Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167982.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_24, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 63000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 84
Found at i:115133 original size:478 final size:482
Alignment explanation
Indices: 114277--115218 Score: 1203
Period size: 478 Copynumber: 2.0 Consensus size: 482
114267 ATTTTATTCA
* * **
114277 AAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTCATGGCAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAA
1 AAATAAGCTTGTATAAACAGAAAAAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
* **
114342 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAACTTGTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAAT
66 TAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTCGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAAT
* ** * * * * *
114407 CTTTTACTCATTAATTTTTAGAATAGTAATACGTTAGTATTATTTTGTTTCGAATAAGCCTATAT
131 CTTTTA-TCATGAATTTTTAGAATAGTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGCCTATAT
** * *
114472 CAATTGATACAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
195 CAACAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * * * ** * *
114537 AATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAA
260 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTCAGCAAATAGATACATTTTCTAAATATGTTACTTATTAA
* * * * *
114602 TTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATT
325 TTGTTAAAATATTAATAAATTAACATTACTTTAATCCAAATAAGATAGTATGAACAAAAACAATT
*
114667 GTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTACAAATAGTCATATCT
390 GTTTTATGACAAAACAAAATGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTACAAATAGTCATAACT
*
114731 ATTTGAAATTATTCGATAAACAAATTTG
455 AATTGAAATTATTCGATAAACAAATTTG
* * * * *
114759 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAATACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAA
1 AAATAAGCTTGTATAAACAGAAAAAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
* *
114824 TAGATAATTGTTCAGATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAAT
66 TAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTCGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAAT
* * * * *
114889 C-TTT-T-ATGAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGCTTGTATG
131 CTTTTATCATGAATTTTTAGAATAGTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGCCTATATC
** * * *
114951 AACAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACGAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
196 AACAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * *
115016 ATAGTCATAATTGTTTGCA-TTGGTCAGGCCAATAGATACATTTTCTAAATCTGTTACTTATTAA
261 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTCA-GCAAATAGATACATTTTCTAAATATGTTACTTATTAA
* * *** *
115080 TT-TTCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGATTGTATGAACAAAAACAAT
325 TTGTT-AAAATATTAATAAATTAACATTACTTTAATCCAAATAAGATAGTATGAACAAAAACAAT
* * * * *
115144 TGTTTTATGATAAAACAAAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAAC
389 TGTTTTATGACAAAACAAAATGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTACAAATAGTCATAAC
115209 TAATTGAAAT
454 TAATTGAAAT
115219 ACTTTGGTAA
Statistics
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0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
477 8 0.02
478 212 0.54
479 49 0.13
481 3 0.01
482 117 0.30
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Consensus pattern (482 bp):
AAATAAGCTTGTATAAACAGAAAAAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
TAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTCGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAAT
CTTTTATCATGAATTTTTAGAATAGTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGCCTATATC
AACAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
ATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTCAGCAAATAGATACATTTTCTAAATATGTTACTTATTAAT
TGTTAAAATATTAATAAATTAACATTACTTTAATCCAAATAAGATAGTATGAACAAAAACAATTG
TTTTATGACAAAACAAAATGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTACAAATAGTCATAACTA
ATTGAAATTATTCGATAAACAAATTTG
Found at i:115383 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 115362--115394 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
115352 TAACATTTTG
115362 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
115378 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
115395 TGAAATGGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
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Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:115875 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 115847--115891 Score: 72
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
115837 TAAATTTATT
*
115847 AAAATTTCAAAAATTAATATGTA
1 AAAATTTCAAAAATAAATATGTA
*
115870 AAAATTTTAAAAATAAATATGT
1 AAAATTTCAAAAATAAATATGT
115892 TTTTTGAACA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 20 1.00
ACGTcount: A:0.58, C:0.02, G:0.04, T:0.36
Consensus pattern (23 bp):
AAAATTTCAAAAATAAATATGTA
Found at i:116101 original size:360 final size:356
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Indices: 115437--117300 Score: 1011
Period size: 355 Copynumber: 5.3 Consensus size: 356
115427 TTTTTGTTTA
*
115437 GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA--TTCAATTAAAATAATATTAATTTATTAA
1 GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAA
** * *
115500 TATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAG
65 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG
* ** *
115565 --T-C-A-T----AATTATCTATTTCAAATCATTTTG-ACCTTCTATTTTGTAATAAAGCAATTG
129 TATGCTATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAAATT-TATTTTGTCATAAA-CAATTG
* * * * * * **
115620 TTTCGGTTAATATAAGCCTATTTGAA-AAAACTAATTCTAATTTATTAATATACCAAAAATTAAT
192 TTTCTGTTCATACAAACTTATTTGAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* *
115684 GAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAA
256 -AGTAAAAGAATTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAA
* *
115749 TAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCATTTATTTT
320 CAATTATATATTTCAAAACATTATGACCATTTATTTT
* * * * *
115786 GTCAT-AAATAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAAA
1 GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * * * *
115850 ATTTCAAAAATTAATATGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTTTGAACACGTTCAAATAGTT
66 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG-T
* *
115915 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAAATTTGTTTTGCCATAAACCAATTG
130 ATG-CTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAAATTTATTTTGTCATAAA-CAATTG
*
115980 TTTCTGTTCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAAT
192 TTTCTGTTCATACAAACTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * * *
116045 AGCTAAAAG-ATTTAAATAATAAATTTGTTTA-CTGAGCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
256 AG-TAAAAGAATTAAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAA
**** * *
116108 ACAATTATATATTTCAAGTTGTTATGATCTTTTATTTT
319 ACAATTATATATTTCAAAACATTATGACCATTTATTTT
* * * *
116146 GTCATAAAACAACTATTTCTATTTATACAA-CTT-TATTTGAAATAAAA-AGATATTAATTTATT
1 GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTTG-AATAAAATA-ATATTAATTTATT
* * * * *
116208 ATTA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAA
63 AATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAA
* * *
116272 TAGTCATGTCCT-TCTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATTAAA
126 TAGT-ATG--CTAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAAATTTATTTTGTCA-TAAA
* * * * * * *
116336 TAATTGTATCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTCAAAA
186 CAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATT-TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * * * * * * *
116401 ATT-A-A-T--AAGGATT-TAAATATAAATGTGTTTTTTAAATAA-TTTAAATTGTTA-AGACCA
250 ATTAATAGTAAAAGAATTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTA
* * *** * * * * *
116458 T-TAGAATAATTATCTA-TTCTAAATTGTTCTGATCTTTTGTTTA
314 TCTA-AACAATTATATATTTC-AAAACATTATGACCATTTATTTT
* * * * *** * *
116501 GTCAAAAAATAATTATTTC-AGTTCATACATGCTTCTTCAAAATATAATAATACTAATTTATTAA
1 GTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAA
* * * * *
116565 TA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAA-TT-AAAAA-AAATCT-ATCAACTGAATAAGTTCAAAT
65 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAAT
* * * *** *
116625 AGATATGTTTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACA
127 AG-TATG-CTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAAATTTATTTTGTCAT-AAACA
* * * * * *
116690 AATG----TGTACATA-AAAGTTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAA
188 ATTGTTTCTGTTCATACAAA-CTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * ** * * * *
116750 TTGATAAGTTAGAG-ATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATCAAATTAGTTCGAATAATTATAGCCA
251 TTAAT-AGTAAAAGAATTAAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
* * * * * * *
116813 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTT
314 TCTAAACAATTATATATTTCAAAACATTATGACCATTTATTTT
* * * * * * *
116856 GCCATAAAAT--TT-TTTTTA-TCATATAAGCCTA-TTCG----AAATAA-AATAA--TACTAAT
1 GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * * * * * *
116909 ATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAGTTAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTT
66 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG-T
* * ** ** * * *
116971 ATAACTATATGAACAATTATATATTTCAAATTGTT-T-AACCTTT-TGTTATCTTATAAAATAAT
130 AT-GCTAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAAATTTAT-TT-TGTCAT-AAACAAT
* * * ** * * * *
117033 TATTTCTATTCACACAAGTTTATTTGGAAAAAAATAATACTAATGTAATAATATTAT-GAAAATT
190 TGTTTCTGTTCATACAAACTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATT
* * * * * * * * **
117097 AATAACTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTGAACTAGTTCAAATAATTA-AGGTTAT
253 AAT-AGTAAAAGAATTAAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTAT
* * * * * * * * * *
117159 ATGAATAATTTCTTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTT
315 CTAAACAA-TTATATATTTCAAAACATTATGACCATTTATTTT
* * * * * * **
117202 GTTATAAAATAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAA-CTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATTA
1 GTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTA
* * *
117265 ATATTTCAAAACTTCATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
64 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAA
117301 AACTATTTTA
Statistics
Matches: 1184, Mismatches: 234, Indels: 181
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
339 3 0.00
340 9 0.01
341 17 0.01
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343 23 0.02
344 5 0.00
345 96 0.08
346 45 0.04
347 4 0.00
348 112 0.09
349 46 0.04
350 12 0.01
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353 14 0.01
354 31 0.03
355 160 0.14
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Consensus pattern (356 bp):
GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTA
TGCTATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAAATTTATTTTGTCATAAACAATTGTTTC
TGTTCATACAAACTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAA
AAGAATTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTA
TATATTTCAAAACATTATGACCATTTATTTT
Found at i:116896 original size:177 final size:179
Alignment explanation
Indices: 115567--117300 Score: 913
Period size: 181 Copynumber: 9.8 Consensus size: 179
115557 TCAAATAGTC
* * * * * *
115567 ATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTCTATTTTGTAATAAAGCAATTGTTTCGGT-TAAT
1 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAA-CAATT-TTT-TGTATCAT
* * * * ** *
115631 ATAAGCCTATTTGAAA-AAACTAAT-TCTAATTTATTAATATACCAAAAATTAATGAGTAAGAGA
63 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-
* * * *
115694 ATTAAAAAAATGAATCTA-TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATCTAA
126 ATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATCAAA-AAGTTCAAATAGTTATAGACTATTTGA
* * * * * *
115748 ATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCATTTATTTTGTCATAAATAATTGGTTCTGT-TCATG
1 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAACAATT--TTTTGTATCATA
* * * * *
115812 CAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATATAAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATATGTAA-AAAT
64 CAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * *
115875 TTTAAAAATAAAT-ATGTTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGA
128 TTAAAAAATAAATCA-G-TTTATCAAAAAGTTCAAATAGTTATAGACTATTTGA
* ** * *
115927 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAAATTTGTTTTGCCATAAACCAATTGTTTCTGT-TCAT
1 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAA-CAATT-TTT-TGTATCAT
* * * * * *
115991 ACAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAAT-AGCTAAAAGA
63 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGA
* ** * **
116055 TTTAAATAATAAATTTGTTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGA
127 TTTAAAAAATAAATCAGTTTA-TCAAAAAGTTCAAATAGTTATAGACTATTTGA
* * * ** * * * * *
116108 ACAATTATATATTTCAAGTTGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAACTATTTCTATTTATA
1 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCAT-AAACAATTTTTTGTA-TCATA
* * *
116173 CAA-CTTTATTTGAAATAAAA-AGATATTAATTTATTATTA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAG
64 CAAGC-TTATTCGAAATAAAATA-ATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * *
116235 ATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCAT-GTCCT-TCTGA
126 ATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATC-AAAAAGTTCAAATAGTTATAG-ACTATTTGA
* * * *
116289 ACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACATTTTATTTTGTCATTAAATAATTGTATCTATTCA
1 A-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTATTTTGTCA-TAAACAATTTTTTGTA-TCA
** ** *
116352 TACAAAATTATTC-AGAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAG-G
62 TACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* ** * * * * * *
116411 ATTT-AAATATAAATGTGTTTTTTAAATAA-TTTAAATTGTTA-AGACCATTAGA
126 ATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAA-AAGTTCAAATAGTTATAGACTATTTGA
** * * * * * * *
116463 ATAATTATCTA-TTCTAAATTGTTCTGATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTATTTCAGT-TCA
1 ATAATTATCTATTTC-AAATCATTATGAACTTTTATTTTGTC-ATAAACAATT-TTT-TGTATCA
* * * * *
116526 TACATGCTTCTTCAAAATATAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGA-
62 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAG
* ** * * * **
116589 AATT-AAAAA-AAATCTA-TCAACTGAATAAGTTCAAATAGATAT-GTTTATTTGA
126 ATTTAAAAAATAAATC-AGTTTA-TCAAAAAGTTCAAATAGTTATAGACTATTTGA
* * * * * *
116641 ATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAA--ATGTGTA-CATAA
1 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCAT-AAACAATTTTTTGTATCATAC
* * * *
116703 AAGTTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATT
65 AAGCTTATTC-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * *
116767 TAAAAAATAAATCAGTTTATCAAATTAGTTCGAATAATTATAG-CCATTTGA
129 TAAAAAATAAATCAGTTTATCAAA-AAGTTCAAATAGTTATAGACTATTTGA
* * *
116818 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGCCAT-AA-AATTTTTTTTATCATATA
1 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAACAATTTTTTGTATCATACA
* *
116881 AGCCTATTCGAAAT---A-AA-A-TAA--TACTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTA
66 AGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * ** *
116934 AAAAGTTAATCTA-TTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATA-ACTATATGA
131 AAAAATAAATC-AGTTTATC-AAAAAGTTCAAATAGTTATAGACTATTTGA
* * ** * * * * * * * *
116983 ACAATTATATATTTCAAATTGTT-T-AACCTTTTGTTATCTTATAAAATAATTATTTCTATTCAC
1 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTATTTTGTCAT-AAACAATTTTTTGTA-TCAT
* * * * * * * *
117046 ACAAGTTTATTTGGAAA-AAAATAATACTAATGTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAAAG
63 ACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAG
** * * ** * ** *
117109 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACTAGTTCAAATAATTA-AGGTTATATGA
126 ATTTAAAAAATAAATCAGTTT-ATCAAAAAGTTCAAATAGTTATAGACTATTTGA
* * * *
117163 ATAATT-TCTTTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTTTTT-TAGTT
1 ATAATTATC--TATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTATTTTGTCAT-AAACAATTTTTTGTA--T
* * * * * ** * *
117225 CTTAGTAA-CTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAACTTCATAAGTAAG
60 CATA-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
117289 AGATTTAAAAAA
124 AGATTTAAAAAA
117301 AACTATTTTA
Statistics
Matches: 1204, Mismatches: 247, Indels: 203
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.00
164 11 0.01
165 64 0.05
166 8 0.01
167 9 0.01
168 10 0.01
169 22 0.02
171 3 0.00
172 3 0.00
173 13 0.01
174 146 0.12
175 29 0.02
176 32 0.03
177 95 0.08
178 70 0.06
179 91 0.08
180 145 0.12
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ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAACAATTTTTTGTATCATACA
AGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
AAAAATAAATCAGTTTATCAAAAAGTTCAAATAGTTATAGACTATTTGA
Found at i:117240 original size:182 final size:180
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Period size: 182 Copynumber: 1.9 Consensus size: 180
116943 TCTATTTACC
* *
116953 GAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATATGAACAATTATATATTTCAAATTGTTTAACCTTTTGTT
1 GAACTAGTTCAAATAATTATAACTATATGAACAATTATATATTTCAAATCGTTTAACCTTTTGTT
* * *
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66 ATCTTATAAAATAATTATTTCTATTCACACAAGCTTATTTGGAAAAAAATAAAACAAATGTAATA
*
117083 ATATTATGAAAA-TTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCT
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** * * *
117133 GAACTAGTTCAAATAATTA-AGGTTATATGAATAATTTCTTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTT
1 GAACTAGTTCAAATAATTATA-ACTATATGAACAA-TTATATATTTCAAATCGTT-TAACCTTTT
* * * ** * * *
117197 GTTTTGTTATAAAATAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAA-CTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATT
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* * * *
117260 TATTAATATTTCAAAACTTCATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
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117301 AACTATTTTA
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GAACTAGTTCAAATAATTATAACTATATGAACAATTATATATTTCAAATCGTTTAACCTTTTGTT
ATCTTATAAAATAATTATTTCTATTCACACAAGCTTATTTGGAAAAAAATAAAACAAATGTAATA
ATATTTCAAAACTTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCT
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115641 TTGAAAAAAC
* * * **
115651 TAATTCTAATTTATTAATATACCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATCTATTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATACAAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAAA-GAATCTATCAA
*
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* * * * ** *
115781 ATTTTGTCATAAATAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTAT
130 ATTTTATCATAAACAAATGG-T-TGTACATAAAAGCTTATTCTGAATAAAATAATATAAATTTAT
* * * **
115846 TAAAATTTCAAAAATTAATATGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTTTGAACACGTTCAAAT
193 TAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACACGTTCAAAT
* * *
115911 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAAATTTGTTTTGCCATAAACCA
258 AATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAAATTTATTTTGCCATAAA-CA
* * * *
115976 ATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAAT
322 ATTGTTTCTGTTCATACAAACCTATTCGAAATAAAATAATAC-------TTAATATTTCAAAAAT
* * * * *
116041 TAATAGCTAAAAGATTTAAATAATAAATTTGTTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
380 TAATA-CTAAAAGATTTAAATAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATAT
* * * * * *
116106 GAACAATTATATATTTCAAGTTGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAACTATTTCTATTTA
444 GAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTATCTCATAAAACAACTATTTCTATTCA
* * * * * * * * *
116171 TACAACTTTATTTGAAATAAAAAGATATTAATTTATTATTATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGA
509 CACAACTTTATTTGAAATAAAAAGATACTAATGTAATAATATTATAAAAATTAATAACTAAAAGA
* * *
116236 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCTTCTGAACTATTATCTAT
574 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTAAGGT-CTTATGAACTATTATCTAT
* *
116301 TTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATTAAATAATTGTATCTATTCATACAAAATTATTCA
638 TTCAAATCATTATAACATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTATCTATTCATACAAAATTATTCA
* * *
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703 GAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGATTTAAATATAAATGTGTTT
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833 GTTTAGTCAAAAAATAATTATTTCAGTTCATACATGCTTCTTCAAAATATAA
*
116548 TAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGA-AATT-AAAAAA-AATCTATCAA-
1 TAATACTAATTTATTAATATACAAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAAAGAATCTATCAAT
* * *** * * *
116609 CTGAATAAGTTCAAATAGATATGTTTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAATCATTATGACCTTT
66 C-AAACAAGTTCAAATAGATATAACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAA-CATTATGACCATT
* * *
116673 TATTTTATCATAAAACAAAT-G-TGTACATAAAAGTTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTA
129 TATTTTATCAT-AAACAAATGGTTGTACATAAAAGCTTATTCTG-AATAAAATAATATAAATTTA
* * * * *
116735 TTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCAAATTA-GTTC
192 TTAAAATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCAAA-CACGTTC
* * **
116798 GAATAATTAT-AGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGCCAT-
254 AAATAATTATGA-CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAAATTTATTTTGCCATA
* * *
116861 AA-AATT-TTT-TTTATCATATAAGCCTATTCGAAATAAAATAATAC-TAATATTTCAAAAATT-
318 AACAATTGTTTCTGT-TCATACAAACCTATTCGAAATAAAATAATACTTAATATTTCAAAAATTA
* * *
116921 A-A-TAAGAGATTTAAA-AAGTTAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATATGA
382 ATACTAAAAGATTTAAATAA-TAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATATGA
* * * *
116983 ACAATTATATATTTCAAATTGTT-TAACCTTTTGTTATCTTATAAAATAATTATTTCTATTCACA
446 ACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTATCTCATAAAACAACTATTTCTATTCACA
* *
117047 CAAGTTTATTTGGAAA-AAAATA-ATACTAATGTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAAAGA
511 CAACTTTATTT-GAAATAAAA-AGATACTAATGTAATAATATTATAAAAATTAATAACTAAAAGA
* * * * *
117110 TTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTGAACTAGTTCAAATAATTAAGGT-TATATGAA-TAATT-TC
574 TTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAAT-AGTAAGGTCT-TATGAACT-ATTATC
* * * * * * * ** *
117171 TTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAACT
635 --TATTTCAAATCATTATAACATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTATCTA-TTCATACAAAAT
** * *
117235 TATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAACTTCATAAG
697 TATTCAGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
117285 TAAGAGATTT
Statistics
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TAATACTAATTTATTAATATACAAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAAAGAATCTATCAAT
CAAACAAGTTCAAATAGATATAACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCATTTA
TTTTATCATAAACAAATGGTTGTACATAAAAGCTTATTCTGAATAAAATAATATAAATTTATTAA
AATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACACGTTCAAATAAT
TATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAAATTTATTTTGCCATAAACAATTG
TTTCTGTTCATACAAACCTATTCGAAATAAAATAATACTTAATATTTCAAAAATTAATACTAAAA
GATTTAAATAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATATGAACAATTATAT
ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTATCTCATAAAACAACTATTTCTATTCACACAACTTTATT
TGAAATAAAAAGATACTAATGTAATAATATTATAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAA
ATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTAAGGTCTTATGAACTATTATCTATTTCAAATCATTAT
AACATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTATCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAAAA
CAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGATTTAAATATAAATGTGTTTTTTAAATAATTTA
AATTGTTAAGACCATTAGAATAATTATCTATTCTAAATTGTTCTGATCTTTTGTTTAGTCAAAAA
ATAATTATTTCAGTTCATACATGCTTCTTCAAAATATAA
Found at i:117347 original size:16 final size:17
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117299 AAAACTATTT
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TATTTGAACAATTATAC
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117467 AAGCTTATAT
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* *
117504 ACAAAAGGTTATAACAA-T-TTGTA--ATAGA
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1 -AAACATAAACAATTGTTTTATGATAGA
117560 A
1 A
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Statistics
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AAACATAAACAATTGTTTTATGATAGA
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117467 AAGCTTATAT
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117533 AAACATAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGTAATAGAG
1 AAACATAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGTAATAGAG
117589 AA
1 AA
117591 TTGTTTAAAT
Statistics
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AAACATAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGTAATAGAG
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117489 TTGTTTTATG
117499 ATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGTA
1 ATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGTA
* *
117527 ATAGAGA-AACA---TA-AACAATTGTTTTA
1 ATAGA-ACAAAAGGTTATAACAA-T-TTGTA
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1 --ATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGTA
117583 ATAGA
1 ATAGA
117588 GAATTGTTTA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 4, Indels: 20
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ATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGTA
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117955 AATAAAAAGA
* * * * *
117965 TTAATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTGGAATATTAATAGATTAGCACTATTTTATTCC
1 TTAA-TTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTA-CATTATTTTATTTC
* * * * * * *
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* * * *
118088 AAATTGATAATTATTCAA-AAAGTCATAATTA-TTAGAACCGGTTAGGTAAATAGAA-
126 AAATAGATAATTATT-AATAAAGTCATAACTATTTA-AACCGGTTAGGCAAACA-AAT
* * * *
118143 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-CATTTTATTTTATTTT
1 TTAATTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTACA--TTATTTTATTTC
* * * * *
118207 GAATAAGCTAGTATGAA-TTGAAAAAATTATTTTATGACAAAAGAAAAAGTCATAATGATTTGAA
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* * * ** *
118271 ATAGATAATTGTTAATATAGTCTTAACTATTTAAATTGGTTTGGCAAACAAAT
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* * *
118324 TTAATTTTTAAATCTCTTAGTAATTAATTTTTGAAATAATATTAGATTACCATTATTTTATTTCA
1 TTAATTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTA-CATTATTTTATTTCA
* * *
118389 AATAAGCTTGTATAAACATAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAA
65 AATAAGCTAGTATAAACATAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA
118435 GGTTTATTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATAAGCTAGTATAAACATAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATA
GATAATTATTAATAAAGTCATAACTATTTAAACCGGTTAGGCAAACAAAT
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118879 ATTTGTTTTT
* * * ** * * *
118889 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCCGAATAAGCTTATATGACA-AGAAATAATTGTTCTATG
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* * *
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** * * * *
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* * * **
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* * * * * * * *
119129 ATAAAACAAAAGGTCATAACAATTAGAAATAGATAATTTTTCAAA-TAGACA-AGACTAATTAAA
65 ATAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAAGTAGTCATA-ACTATTTAAA
* * * * *
119192 CTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAA
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*
119246 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
119311 TAAAATAAAAGATCATAACTATTAGAAATAAATAATTGTTCAAACT-GTCATAACTATTTGAGCT
66 TAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAAGTAGTCATAACTATTTAAACT
* * * **
119375 TGTTCAATAAACAGATTCGTA-TTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAA
131 TGTTCGATAAACATATT--TAGTTTTAAATCTCCTACT-ATTAATTTTTAAAA
* * * * * *
119427 TATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTATTTTATGA
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* * * * * * * *
119492 CAAAATAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATT-TAAGTAGTTATGACCATTAAAAC
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* * * ** *
119555 TTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTGTTAAAA
130 TTGTTCGATAAACATATTTAGTTTT-AAATCTCCTAC-TATTAATTTTTAAAA
* * * * * * * *
119608 TGTTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATAGTTTTATGA
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* * *
119673 TAAAACAAAATG-TCACAACGATTTGAAATAAATAAT
66 TAAAATAAAA-GATCATAACTATTTGAAATAAATAAT
119709 GACTATTTGA
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Matches: 517, Mismatches: 103, Indels: 43
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TAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAAGTAGTCATAACTATTTAAACT
TGTTCGATAAACATATTTAGTTTTAAATCTCCTACTATTAATTTTTAAAA
Found at i:119567 original size:362 final size:353
Alignment explanation
Indices: 118889--119967 Score: 1018
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118879 ATTTGTTTTT
* * * * * *
118889 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCCGAATAAGCTTATATGACAAGAAATAATTGTTCTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGA-AAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
118954 CAAAAT-AAAGATCATAA-TGATTTGAGATACATAATTATTCAAAGAGTCATAACTATTTAAACA
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* * * ** * *
119017 CGTTCGATAAATAAATTTAGTTTTTAATACTC-T--TATTAATTTTCAAAATCTTAATAAATTGG
126 TGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTAAAT-CTCTTACTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAG
* * * *
119079 TATTATTTTATTTTGAAT-AGTTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATGATAAAACAAAAGGT
188 TATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTATATGAATAG-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * *
119143 CATAACAATTAGAAATAGATAATT-TTTCAAA-TAGACAAGACTAATTAAACTTATTTGGTAAAC
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* *
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* * * * *
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* * * *
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** * *
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* *
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65 ACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
**** * * *
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* * *
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* * *
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* *** * * *
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* * ** * * *
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65 ACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
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* * * * *
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1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTAT
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* ** * *** *
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* * * * * * * *
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64 GACAAAAC-AAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT----AGTCA-TAACTAT
* * * * * * * * * * *
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** ** * * * * * *
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* *
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127586 ATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATTGATACAATCATTTTATG
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* * *** * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * ** * *
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64 GACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAG--T--CATAAC-TAT
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127897 TT---TT-TTT-TTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATGTTTT-
122 TTGAATTGTTTGGTAAA---C-AG-AT-TTATTTTTTA-AAT-CTCTT-ACTTATTAAT-TTTTG
127956 -A
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* * * * *
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* * * ** *
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128 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
** * * * *
128108 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATAAACAGAAATAATTGTTTTACG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
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128173 ATAAAACAAAATGTTATAACCATTTGAAATAGATAACAGCTCAAACAAACATGACTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
** * * **
128238 TGTTCAGTGAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGA
128 TGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-A
* ** * * * *
128290 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTATATGAATAGAAACAATTATTCTATA
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
128355 ACAAAACAAAAGATCATAATCATTTGAAATAAATAATTGTTTAAAAAGTCATAACTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
* * * * * *
128420 CGCTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGGA
128 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * *
128471 ATTTTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCGAATAAGCTTTTATGAACA-AAAGCATTTGGTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTAT
* * * *
128535 GACAAAACAAAAAATCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAAATATTTGAAT
64 GACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
** * * * *
128600 GTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-T-TTAACTTATTAATTTTTGGA
128 -TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAA
* * * * *
128651 ATATTAATAAATTTA-CAATATTTTATT-TGGAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTTTTTTA
1 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT--AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
128714 TAACAAAACAAGAGCTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTATCCAGATAGTCATATCTATTTGAA
63 TGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * ** * * *
128779 CATATTCAGTAAACAAATTAATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTT-AGA
127 -TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-A
* * * *
128832 ATATTGATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGCACT-GAAACAATTGTTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTAT
* *
128896 TACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTGAA
64 GACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAA
* * ** * **
128960 TTTGTTTGGAAAATATCTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCAAA
127 -TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAA
* * * *
129013 ATATTTATATATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCT-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
** * * **
129077 GACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAATTAGTCATAAAGATTTGAACT
64 GACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
* * *
129142 TGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTGTCTT--A
128 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAA
* * * * * ** ** *
129193 ATACTAATAAATT-GTATTATTTTATTCAAAATATGCTTGTATGAACAGAAAAAAGCGTTTGGTA
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-TAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* *** * * *
129257 ACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACT
65 ACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
* * * *
129322 TGTTAGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGA
128 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-A
* * * *
129373 ATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGC-TGATATGAACTA-AAATAATT-TTTTA
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAATAAGCTTG-TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
129435 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATACTTATTTAAATAGTTATGACTATTTG-A
63 TGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * **
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127 T--TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * ** * * *
129553 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGTTTTTATGAATAGAAATTATTATTTTGTA
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
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* * *
129680 CTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-TA-TTATTAATTTTTGAA
127 -TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * * * * *
129729 ATATTAATAGATTAGT-TCTAATTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATTCT-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
*** * *
129793 GACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC
64 GACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
* * * * * *
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127 TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * *
129910 ATATTAATAAATTCA-T-TTAATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAATAGAAAAAATTGCTTTA
1 ATATTAATAAATT-AGTATT-ATTTTATTCT-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
129973 T--C---ACAAAA--CAAAATGATTTGAAATAGGTAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTCAAC
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* * * * * * *
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127 TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
** * * * * * *
130083 ATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAAAAAAAAAAATTGTTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * *
130148 ATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTATG-CAATTATTCAAATAGTCATAACTACTTAAAC
65 ACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
* ** * *
130212 TGGTTTAATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAA
127 TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * * * * *
130265 AAATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACATATATGATTAAAAACAATTGTTATATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * * * * *
130330 ACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATTGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
** * *
130395 GATTCAGTAAACAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAA
129 G-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * ** *
130442 ATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTTTAACTAAGCTTGTATGAATTCAGACAATTGTTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
130507 ACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTACATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTCAGATT
65 ACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT-TGAAT
* * * *
130572 TGTTCGATAAA-TGAATTTA--TTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAA
128 TGTTTGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * *
130620 TTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
130684 GTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGACATCACTATTTGAAC
64 GACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
* * * * *
130749 TTATTCGATAAACAGATTTATTTTTCCAAATCAT-TTCCTTATTAATTTTTTG-A
127 TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTT-TAAATC-TCTTACTTATTAA-TTTTTGAA
* * * * * * *
130802 ATGTTAATAAATTTAG-ATTAGTTTTTTTCTGACTAAGCTTGTAAG-ATATGAAAAAAATATTTT
1 ATATTAATAAA-TTAGTATTA-TTTTATTCT-AATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTT
* ** * * * *
130865 ATGACTAAACAAAAGGTCGGAATGATTTGAAATTA-ATAATTTTTCTAATA-ACTTTAACTATTT
62 ATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTT
* * * *
130928 GAATTGGCTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCGTA-TTGATTAATTTTTGAA
124 GAATT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGAA
* ** * * * *
130984 ATATTATTAAATTAG-AGTTATTTTTAACCAAATAAGCTTATATG-ATCATAAACAATTGTTTTC
1 ATATTAATAAATTAGTA-TTA-TTTTATTCTAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
131047 TAACAAAACAAATA-TC-TAAACGACTT-AAGATTAG-TAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTT
63 TGACAAAACAAA-AGTCAT-AATGATTTGAA-A-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** * *
131108 CAATTGGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
124 GAATT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* *
131164 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATT-TTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTAT
* * * ** * * * *
131227 GACAAAATTAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAA-CGACTATAATTATTTTAA
64 GACAAAA-CAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAA
** * * * *
131291 CTAATTCGGTAAA-TGTATTT-TTTTTT-AA-GT-TT-CTTATT-ATTTTAGTAA
127 -TTGTTTGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AA
* * * * *
131339 GTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCATGTATTAACTA-AAACAATTGTTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* ** * * ** * * * *
131403 GACTAATGAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGACATTTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACT
64 GACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG----
*** * * *
131468 TAACTTGTTCATTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAACTTTTG-A
125 -AA-TTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * *
131524 ATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAGGCTTGTACGAACTA-AAACAATTGTTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * ** *
131588 GACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACCGTTTGAAC
64 GACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* ** * * * **
131653 TGATTCGACAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTCAAA
128 TG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * ** * * * *
131705 ATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATTAGAAAAAGCTTGTATGTATA-AAACAATTGTTATACG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * ** *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * ** * * * *
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* *
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* * *
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* * * *** *
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* * * * *
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* * * * *
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** * ** * * *
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* *
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* ** * * *
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* ** * * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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* * *
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* * **
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * *
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** ** * * * * * *
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* *** * *
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* * ** *
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*** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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192 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * ** * * *
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*** * * * *
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* * * * *** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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* * * *
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* * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** **
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* * * * * * * ** *
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1 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * *
124819 TATTTTATGATAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
65 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * *
124883 ATTAGAACTGGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTCTTAATTTTTAAAATATT
130 ATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * ** ** * **
124944 AAAAAATTGGTATTATTTTATTTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAA
195 AATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * *
125009 AACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGCTCAAATGGAT-ATGATTATTTGAACTTGT
258 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGT
** * * ***
125073 TCGGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTA
322 TCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
** ** * *
125112 ATTTTAAGAATATTAATAAGCTAGTATTATTTTATTTAGAATAAACTTATATGAATAGAAACAAT
1 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * *
125177 TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAGA-GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
65 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
125241 TATTTGAACTCGTTTGGTAAACAGATTTATATTTTAAACCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTT
129 TATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * *
125306 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAA
194 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAA
* * * *
125371 AACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTT
258 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* *
125436 CAAAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTA
323 CAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
** * * * ** *
125473 ATTTTTCAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATT-AAAACAGGTTACATGAATAGAACCAA
1 ATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * ** * *
125536 TTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAGTGTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
64 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** * * * * *
125601 TATTTAAAC-ATGTTCA-AAAAATAGATTCATTTTTTAATTCTTTTA-TTCATTATTTTTTGGAA
129 TATTTGAACTA-GTT-AGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTTTGAAA
* * * *
125663 TATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTA
191 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * ** *
125728 C-AAACAAAAGGTCATTATGATTTAAAATGGATAATTATTCAAATAGTTAGGACTATTTGAATTT
255 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* **
125792 GTTCGAA-AAACATATTTATTGCTTAAATCTTTTACTTATTA
320 GTTC-AATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * * *
125833 ATTATTGAAATATTAATAAACTAATATTATTGTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACATG-AACAA
1 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAA
* * *
125897 TTGTTTTATGACAAAACAGAAA-GTCATAA-GAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
64 TTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * *
125960 A-GATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAGATTTA-TTTTTAAATGTCTTTA--TATTAA----T---
127 ACTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * **
126013 A-A--AAT---TT--TATTATTTTATTTGAAATAAACTTGTATAAATAGAAAAAAATCATTTTAT
190 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GA-ACAAAACAATTGTTTTAT
* * *** * * * * * * *
126070 AATAAAACAAAAGG-CTATAGCAATTTCAAAAAGAAAATTATTGAAATAGTCATAATTATTTAAA
253 GACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
126134 GTTGCTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
317 CTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
*
126178 A-TTTTGGTAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC-----T---T-------A
1 ATTTTTGG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
** * * *
126227 ------TATGACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATACTCATGAC
64 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
126286 TATTTGATCTAGTTCA-ATAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATTGAAATA
129 TATTTGAACTAGTT-AGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * * * * *
126350 TTAATAAATTATTACTATCTTA-ATCTGAATAAACTTGTTTGAATAGAAATAATTGTTTTATAAC
193 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
126414 AAAACAACAA-GTCATAATTATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTT
256 AAAACAA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * *
126478 GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CCTATTA
320 GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
*** * * * ** * * * * *
126515 ATTTTCAAAATATTAATAGATTCGTATTACTTTATTCCAAAAAAACTTATATGAACA-AAAGCAT
1 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAA
* * * * *
126579 TTGTTTTATGAGAAAACAAAGGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTTTTTCAAATAATCAT-A
64 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
126643 GTAATTTGAATTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAAT
128 CT-ATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * *
126704 ATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAA-AAGCTAGTATAAATTCAAAAAAACTTATTTTAT
192 ATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA--CAAAACAA-TTGTTTTAT
* * *
126767 G-CTAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGT-TTAA-TATTTGAA
253 GAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
126829 C-TGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTA
317 CTTG-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * * * * *
126873 ATTTTTAGAATATTATTATATTAGCATTATTTTATTCTGAATAAGATTGTATGAACAAAAATAAT
1 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * ** * * *
126938 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATGGTTCAAATAGTTAT-A-T
65 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
127001 ATTTGAACTAGTTTGGGAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATT
130 ATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * *
127066 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGAATGATCAAAAAAATTG---TA--ACCAAA
195 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* ** * * * * * * ** *
127126 CAAAAGGCCATAATTTTTTATAAACAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTACTTT
260 CAAAAGGTCATAATGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
*** * * * *
127191 GGCAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTAGTTATCA
324 AATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* ** ** ***
127229 ATTTTTGGAATATTATTAAAGCAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTCACATGAACT-GAAACAA
1 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA
* * * * ** * *
127293 TTATTTTATAACAGAACAAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA---AAAA
64 TTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* *
127355 CTCA-TT---C-AG-TA--T--ATAGATTTATTTGTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAAT
128 CT-ATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* ** * * *
127406 ATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAGGCTTGTGTGATGA-AAAACAATTGTTCTATGA
192 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA--ACAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * * *
127470 CAAAATAAAAGTTCGTAATAATTT-ACATTAGATAATTATTTAAATGGTCATAATTATTTAAAGC
255 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-C
*
127534 --GATTCGATAAACTA-ACTTT-TTTTTTAAAATC-TTTATCTT-TTCA
318 TTG-TTCAATAAAC-AGA-TTTATTTTTT-AAATCTTTTA-CTTATT-A
* * * * * * *
127577 ATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATTGATACAAT
1 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
** * * * * *
127642 CATTTTATGATAAAACAAAAGCTCAT-AC-TTCCTTGTAAATATATAATTGTTCAAATAGTCAGA
65 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT--TTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** *
127705 ACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAAATTTATTTTTTGAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTTG-
127 ACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTTGA
* * * * *
127768 AATGTTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTATTTTAT
189 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTAT
* * * * **
127833 GACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAACTGTT----TGAG-C-T---GGTTTG--
253 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAA
* * * *
127887 ---G--C---AAACACATTTTTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTA
317 CTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * * * * *
127923 ATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATGTTTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAT
1 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * * * * *
127988 TATTTTATGATAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTGAAATGGTTATAACA
65 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * ** *
128052 ATTTGAACTGGCTT-GATAAGTAGATTTAATTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATAT
130 ATTTGAACTAG-TTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* ** * * * *
128112 TAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATAAACAGAAATAATTGTTTTACGATA
194 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACA
* * ** ** * * ** *
128176 AAACAAAATGTTATAACCATTTGAAATAGATAACAGCTCAAACAAACATGACTATTTGAACTTGT
257 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * ***
128241 TCAGTGAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCCAACTTATTA
322 TCAATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* ** *
128281 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTATATGAATAGAAACAAT
1 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * * *
128346 TATTCTATAACAAAACAAAAGATCATAATC-ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAAAAGTCATAAC
65 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
128410 TATTTGAACTCGCTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGGAATT
129 TATTTGAACTAG-TTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * *
128474 TTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCGAATAAGCTTTTATGAACAAAAGCATTTGGTTTATGACA
193 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGACA
** * * *
128539 AAACAAAAAATCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAAATATTTGAA-TGTG
257 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TG
* * *
128603 TTCAGA-AAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTAACTTATTA
321 TTCA-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * *
128642 ATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-CAATATTTTATTTGGAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAA
1 ATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * * * * * * * *
128706 TTTTTTTATAACAAAACAAGAGCTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTATCCAGATAGTCATATC
64 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
128771 TATTTGAACATA-TTCA-GTAAACAAATTAATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAA
129 TATTTGAAC-TAGTT-AGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AA
* * * * *
128833 TATTGATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGCACTGAAACAATTGTTTTATTA
191 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGA
* *
128898 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTGAATT
255 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACT
** * **
128962 TGTTTGGA-AAATATCTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-
319 TG-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
*** * * *
129003 ATTTGTCAAAATATTTATATATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
1 ATTT-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * *
129068 TTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAATTAGTCATAAA
64 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
129132 GATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTGTCTT--AAT
129 TATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAAT
* * * ** ** *
129195 ACTAATAAATT-GTATTATTTTA-TTCAAAATATGCTTGTATGAACAGAAAAAAGCGTTTGGTAA
192 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGA
* *** * * *
129258 CAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTT
255 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
129323 GTT-AGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTA
320 GTTCA-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * *
129364 ATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGC-TGATATGAACTA-AAATA
1 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTG-TATGAA-TAGAAACA
* * * * * *
129427 ATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATACTTATTTAAATAGTTATGA
63 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * **
129491 CTATTTGATCAAGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATA
128 CTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * ** * * *
129556 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGTTTTTATGAATAGAAATTATTATTTTGTAACA
193 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
129621 AAA-GAAAGAATCATAA-CATTTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAA-TTTTTGAACT
257 AAACAAAAG-GTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** *
129682 GGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC---TA-TTATTA
319 TGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * * * * * *
129720 ATTTTTGAAATATTAATAGATTAGT-TCTAATTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACAT
1 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * *
129784 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAAT
64 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
129849 TATTTGAACTAGTTAGGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATAT
129 TATTTGAACTAGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * *
129914 TAATAAATTCA-T-TTAATTTTA-TTCTGAATAAGCTAGTATGAATAGAAAAAATTGCTTTAT--
194 TAATAAATT-AGTATT-ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
129974 C---ACAAAA---CAAAATGATTTGAAATAGGTAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTCAACTA
255 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
**** * * * *
130033 GTTTTGCAAACAAATTTGTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTA
320 GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
** * * * * *
130074 ATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAAAAAAAAAAAT
1 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * *
130139 TGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTATG-CAATTATTCAAATAGTCATAAC
65 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * *
130203 TACTTAAACTGGTTTA-ATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAAA
129 TATTTGAACTAG-TTAGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* ** * * * *
130267 ATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACATATATGATTA-AAAACAATTGTTATATGA
192 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA--ACAAAACAATTGTTTTATGA
* * ** * * * * *
130331 CCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATTGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAC-T
255 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * *
130395 GATTCAGTAAACAGATTCACTTTTTAAATC----ACTTATTA
320 G-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * ** *
130433 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTTTAACTAAGCTTGTATGAATTCAGACAAT
1 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * *
130498 TGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTACATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAAC-
65 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * * * *
130562 AATTCAGATTTGTTCGATAAA-TGAATTTA--TTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAATTA
130 ATTTGA-ACTAGTTAGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * *
130623 TTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCA
193 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
130688 AAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGACATCACTATTTGAACTTAT
257 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * *
130753 TCGATAAACAGATTTATTTTTCCAAATCATTTCCTTATTA
322 TCAATAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTTTTACTTATTA
* * * * * *
130793 ATTTTTTGAATGTTAATAAATTTAG-ATTAGTTTTTTTCTGACTAAGCTTGTAAG-ATATGAAAA
1 ATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTA-TTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAAC
* * * ** * * * * *
130856 AAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCGGAATGATTTGAAATTA-ATAATTTTTCTAATA-ACTT
62 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTC-A
* * * **
130919 TAACTATTTGAATTGGCTTA-GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCGTA-TTGATTAATTTTTG
125 TAACTATTTGAACTAG-TTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTTTG
* ** * *
130982 AAATATTATTAAATTAG-AGTTATTTT-TAACCAAATAAGCTTATATGATCATAAACAATTGTTT
188 AAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTT
* * * * * *
131045 TCTAACAAAACAAATA--TC-TAAACGACTT-AAGATTAG-TAATTATTCAAATAGTCAAAACTA
250 TATGACAAAACAAA-AGGTCAT-AATGATTTGAA-A-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * *
131105 TTTCAA-TTGGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
311 TTTGAACTT-GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* *
131155 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAA
1 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAA
** * * ** * *
131219 TT-TTTTATGACAAAATTAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAA-CGACTATAA
64 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAA
* * * * * * * *
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* ** * *
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* ** * ** * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * *
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** * ** * * * * **
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* * * * * * * *
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* * ** * *
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* ** ** * **
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* * * *
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* * ** * ** *
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* * ** ** *
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** * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * *
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** * *
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** * * * *
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* * * * **
132130 TGAGAAAATAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATGTAGTC
128 TGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * ** *
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1 ATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * *
132246 ATAATATTACTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAGGTTTATATGAATAGAACCAATTATTT
64 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTT
* * * * * * * *
132310 TATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGCAATAAATACTTGTTCCAATAGTC
126 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* *
132364 ATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTCTTGA
1 ATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * *
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65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAA-CAATTGTTTTA
* * * * * * * *
132489 TGAGAAAACAAAAATGTAATAACAATTTGAAATGGATAGTTGTTTAAATGGTC
128 TGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
*
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1 ATAACTATTTGAACTG
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CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
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* * ** * * * * *
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** * * * * * * *
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* * *
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* ** * *
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* * * * ** *
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* ** * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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1 ATTT-GAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTCAACTAGTTAGGCAAACAAAATTA-
** * * * ** * *
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* * *** * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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* * ** * * * * * ** *
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1 --AT--TTGA-AATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTCAA-CTAGTTAGGCAAACAAA
* * * * *
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* * *** * * *** * * *
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* * * * * * ** * *
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1 A--T--TTG-AAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTCAACTAGTTAGGCAAACAAAA
* * * *
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* ** ** * *
127797 CGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAA-G
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * ** * * ** ** * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTCAACTAG-TTAGGCAAACAAAATTAT
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** * * * * *
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129 AAGCTTATATGAAA-AAAAAAAATTGCTTTATC-ACAAAACAAAATG
** * ** * * * *
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1 --------ATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTCAACTAGTT-AG-GCAAA
* * * ** *
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56 CAAAATTA-TTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* ** ** * * * *
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* * * * * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTCAACTAG-TTAGGCAAACAAAATTAT
* * * * * *
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65 TTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
128620 TTTTTAAAAT-T-TTAACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-CAATATTTTATTTGGA
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** * * ** ** *
128682 ATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTTTTTTATAACAAAACAAGAGCTCATAATG
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* * * * * *
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* * *
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* * *** * * *
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** * * * * * * * ***
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* * ** * * *
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* * * * ** * *
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128 TAAGCTTATATGAAAAAAAAAAATTGCTTTATCACAAAAC-AAA---AT---G
* * * ** * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * ** * * *
129403 AATAGGCTGATATGAACTAAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
126 AATAAGCTTATATGAAAAAAAAAAATTGCTTTATCACAAAAC-AAA----AT---G
* * ** * * * * * * * * ** * *
129458 ATTTGAAATAAATACTTATTTAAATAGTTATGACTATTTGATCAAGTTCGATAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTCAACTAGTTAGGCAAACAAAATTATT
* * * * ** * *
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66 TTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * ** ** * * * *
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* * * * * ** *
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1 A-TTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTCAACTAGTTAGGCAAACAAAATTAT
* * * * *
129702 TTTTTAAA--TC-TA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGT-TCTAATTTATTTTGAAC
65 TTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATTTCGAAT
* * * * * *
129762 AAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAG
129 AAGCTTATATGAAAAAAAAAAATTGCTTTATCACAAAAC-AAA----AT-G
*
129813 CAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGCAAACAAAATTA
1 --ATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTCAACTAGTTAGGCAAACAAAATTA
129878 TTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T-TTAATTTTA-TTCTG
64 TTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATT-ATTTTATTTC-G
* *
129940 AATAAGC-TAGTATGAATAGAAAAAATTGCTTTATCACAAAACAAAATG
126 AATAAGCTTA-TATGAAAAAAAAAAATTGCTTTATCACAAAACAAAATG
* * * * ** * *
129988 ATTTGAAATAGGTAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTCAACTAGTTTTGCAAACAAATTTGTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTCAACTAGTTAGGCAAACAAAATTATT
** * ** *
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66 TTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * *
130118 GCTTATATGAAAAAAAAAAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACG
131 GCTTATATGAAAAAAAAAAATTGCTTTATCACAAAAC-AAA----AT---G
* * ** * * * * ** *
130169 ATTTGAAGTATG-CAATTATTCAAATAGTCATAACTACTTAAACTGGTTTA-ATAAACAAATTTA
1 ATTTGAAATA-GATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTCAACTAG-TTAGGCAAACAAAATTA
* * * * *
130232 TTTTTTAAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAA
64 TTTTTT-AAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * ** * * **
130297 TAAACATATATGATTAAAAACAATTG-TTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACA
128 TAAGCTTATATGAAAAAAAAAAATTGCTT-TAT---C--ACAAAA--CAA-AATG
* * * * * * * *
130351 ATTTGAAATTGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACT-GATTCA-GTAAAC-AGATTC
1 ATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTCAACTAG-TT-AGGCAAACAAAATT-
* * * *
130413 ACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTT-TAA
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*
130473 CTAAGCTTGTATGAA
128 -TAAGCTTATATGAA
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* * *
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* * * * *
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* * *
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*
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
133406 AAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-C
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* * * * *
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* ** * * *
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* ** ** * *
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* * **
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* * * * * * **
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* * * * *
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Statistics
Matches: 660, Mismatches: 111, Indels: 64
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AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCTA
AAATTAATAGTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTC
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133101 ATATATATTT
* * * *
133111 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTCTTTGAATACGTTCAA
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* *
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*
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* * *
133279 ATTACTATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAGCA-A-GCT
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* *
133342 CAAATAGTTATGA-TCGTTTGAACAATTA-TTTATTTCAAATAGTTATGATACT-TTGTTTTGTC
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* * *
133404 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT
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ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTTATTTCAAATAGTTATGAACTCTTGTTTTATCATAAA
ACAATTGTTCCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
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132920 ATACTAATTT
* * * * * * * *
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* * * * *
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*
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131 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATATATTTATTAATATTCCAAA
* ***** * * *
133125 AATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTCTTTGAATACGTTCAAATAGTTATGACTAT
196 AATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTAACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTAT
* ** *
133190 TTGGACAATTATTTTATTTCAAATAGTTATGACCTCTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTCCTAT
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**
133255 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
326 TCATACAAAATTATTCAAAATAAA
* * *
133279 ATTACTATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAGCAAGCTCA
1 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAACAAACTCA
* *
133344 AATAGTTATGATCGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATAC-TTTGTTTTGTCATAA
66 AATAGTTATGATCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
133408 AATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTCTA
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* * * *
133472 AAAATTAATAGGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTAACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTC
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* * * * * *
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* * *
133601 TGTTCATATAAAATTATTTAAAATAAA
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1 ATTAATA
133634 CTGATTTATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAACAAACTCA
AATAGTTATGATCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATATATTTATTAATATTCCAAA
AATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTAACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTAT
TTGAACAATTATTCCATTTCAAATAGTTATGACCTCTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCCTAT
TCATACAAAATTATTCAAAATAAA
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133828 TTTGCTGATC
* * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
133968 -TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATTAATATGTTTACCTAA-
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** * * * ** *
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1 C-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * ** * * * * *
134084 GTCATAAAATAATTGTTCCAGTTCATAAAAATTTATCCAAAATGAAATAATACTACTTCATTAAT
65 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ** * * * *
134149 ATTTAAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAGAAGCT-AATGTTGTTTTCTGAAC
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* * * * * ** *
134201 CGGTTCAAATAGTTACA-ACCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGCTATGATC-TTTGTTTT
1 CAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * *
134264 GTTAAAAAAAAATTATTTC-TTATCTTACAA-CGTTATTC-AAATTAAAATAATACTAATTTAAT
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* * *
134326 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGCCGAAT
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* * * * * * *
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1 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
134446 TCATAAAATAATTGTTTCAATTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA
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** * * **
134511 TTAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAA-AAATATGTTTATTGAA-
131 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* ** * * * * * *
134561 CAAGCTCAAATAGTTATTATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTATTATGAACTTTTATTTT
1 C-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
134626 GTCATAAAACAATTGTTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAATATTTTATTAA
65 GTCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
134691 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATCGGTTTATCGAAT
129 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * * * * **
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1 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
134809 TCATAAAATAATTCTTTTTCAA--CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAACATTAATTTATTAA
66 TCATAAAACAA-T-TGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * ** *
134872 TATTTCAAGAA-T--T-AGAAAGAGATCT-AAAAATAAATCTCCTTACCAAAAT
129 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-GAAT
* * * * ** * *
134921 -AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTG
1 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* ** * * * *
134985 TCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
135050 -TTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
131 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * *
135101 CATTTCAAACAGTTAATACTATAT-AACAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
1 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * * * *
135165 GTCATAAAATAATTATTTCAACTCATTCAAGTTTATTTGGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAAT
65 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
135230 ATTTCAAAATTTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAAT
130 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * * *
135282 CAGTTCAAATAATTATAAAATAATTATAACTATTTGAACAACTATTTATTTTAAATCATTATTA-
1 CAGTTCAAAT-A--GT----T-A--A-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * ** * * * * *
135346 CTTTTGGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT-TGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAAAAAC
55 CTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT-AATAC
* * * * *
135410 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAC
118 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * ** * * * * * *
135474 CATTTTAAATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTACTTAAAATCATTATAACTTTTTGTTTTG
1 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * ** * * *
135539 TCATCAAACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTAATAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * ** * *
135604 TTTTGAAACTTAATAACTAAGAAAATTAAAAGATAAATCTAATTGCTGAAT
131 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * ** * * *
135655 GAGTTCAAATAGTTAAGACAATATCAATGATTATCTATTTCAAATCACTATGACCATTTGTTTTA
1 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* ** ** * * * *
135720 TCATAAAACAATTTTTTTTATTTGTACAAGCTTATTC-ATATTAAAAT-ATGCAAATTTAATAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * *
135783 ATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATTTGTTTATCGAAC
130 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * * * * * * *
135833 CAATTTATAT-GATTAATACTATTAGAATAATTATCTATTTCTAATCGTTTTGACCTTTTGTTTA
1 CAGTTCAAATAG-TTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
135897 GTCATCAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAATTAATACTAATTTATTAAC
65 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * **
135962 A-TTCAAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTACTTACCGAA-
130 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * ***
136014 CAAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGCTATGACCTTTTGTTT
1 C-AGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * * *
136078 TTTCATAAAACAATTATTTCAGTTAATACAAGTTTATACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAA
64 TGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
136143 TTTTTCTAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGCTTATCAAAT
129 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * ** * *
136192 CAATT-AAATAATTATA-ACAATTTGAACAATGATCTATTTCAAATCGCTATAACCATTTGTTTT
1 CAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *** *
136255 ATTATCAAACAATTCTTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATAATACTAATTTATTA
65 GTCATAAAACAATT-GTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * ** *
136320 ATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATGTGCTTGTCGAAC
128 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* ** * * ** * * * * *
136374 CAGTTCAAATAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTACTTCAAATTGTTCTAAACTATT-TTTAG
1 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
136438 TCATAAAATATTTGTTTC-ATATCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATCCTAATATATTAA
66 TCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
136501 CA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAAT
129 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * * ** *
136555 -ATGCTT-AAATAATTATGACTATTTGAATAGTTAAT-TATTTAAAATCATTATGGTCTTTTATT
1 CA-G-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * *
136617 TTGTCATAAAACAATTGCTTCAGTTCATAAAAGGTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTA
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* * * *
136682 ATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAAATAGATGTGTTCT-CTGAA-
128 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTGTT-TACCGAAT
* * * * * **
136737 CAAATTCAAATAGTTGCA-ACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATCATTATGATGTTTTGTTT
1 C-AGTTCAAATAGTT-AAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
136801 TATCATAAAACAATTGCTTCATTTCATTA-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTA
64 TGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCA-TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * **
136865 ATATTCCAAAAATTGATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTATAGAAT
128 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * * *
136919 CAATTCAAATAATTATG-CTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-ATTGTTTTG
1 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * *
136982 TCATAAAACAATTGTTTTTC-ATT-ATACAAGACTT-TTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTA
66 TCATAAAACAATTG--TTTCAATTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* *
137044 ATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTATCG-A-
128 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * * * *
137092 -AG--C--A-A-TT---CCTATTTGAATAATTACCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTCTA
1 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
137147 TTATAAATA-AA-TGTTTCATTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTAATAAT
66 TCATAAA-ACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * ** *
137210 ATTACAAAAATTAATAAATATGGGATTTAAAAAATAATTCTATTTGTCGAAG
130 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* ** * ** * **
137262 CAGTTTAAGCAATTAAGACTATAAGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTGTTTTG
1 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* ** * * * * **
137327 TCATTAAACAATCATTTTAGTTCACACAA-CGTTAATT-GCAATAAAATAATAAAAATTTATTAA
66 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGC-TT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
137390 TATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACTGAAT
129 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * * * * * * *
137439 CATTTTAAATAATTATGGCCATTTCAAC-ATTTTCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGG
1 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * *** * *
137503 TCATATAACAAATGTTTTTTTATCACT-CAAGCTTATT-TAGAATACAATAATACTAATTTATTA
66 TCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCA-TACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
137566 ATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAA
128 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * * ** ** * *
137619 CTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTGTATCCTTCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTT
1 C-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
137684 GTTACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAG-TTA-TCTGAAATAAAATAATACTAATATAATA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAC-AAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
137747 ATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTGA-CAAAT
128 ATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACCGAAT
* * * * * *
137800 CAATTCAAATATTTAAGACTATATGGACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGCTTT
1 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
137864 GTCATAAAACAAAT-TTTCAATTCATACTAGCTAATT-TAGAATAAAATAA-AATGAATTTATCA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * ** * * *
137926 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGATATTTAAAAAATATTTATGTTTACCTAAC
128 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * * **
137980 CAATTCAAATAATTATGACTATGTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAAAACCTTTTGTTTTG
1 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* *** * * * * * *
138045 TCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
138110 TTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAGATAAAATCTATTTATCAAAC
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* * * * * ** * * *
138158 CAATTTAAATAATTATGACTATTT-AACAAATTAT-TTTTTCAAATTGTTTTGACTTTTTGTCTT
1 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
138221 ATTATAAAACATTTGTTTCTATTCATACATGCTTATTC-AAATTACAATAATACTAATTTATTAA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * *
138285 TATTTTGACAATTAATAAATAA-AGATTTTAAAAAAT--A--TATTTACTGAA-
129 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * * * * *
138333 CTAGATCAAATGGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTT
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* * * * * * *
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* * * *
138463 TA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTTAAAAAAAAGAATCTATTTACTG-AT
129 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATA-AATCTGTTTACCGAAT
* * * * * * * * *
138517 CAAGTTTAAATAATTATGATTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCGA-TATAACATTTTGTTT
1 C-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * *
138581 TGACATAAAATAATTTTTTCTATTCATACTA---T-TTCG-AATAAAATAATACAAAATTATTAA
64 TGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * *
138641 TA-TT-AAGACAATTTGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAA
129 TATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * **
138693 CATGTTCAAAT-GGTATA-ACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTCTTTGTT
1 CA-GTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTT
* * *
138755 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGGTTATTC-AAATTAAAATAATATTAA-TTATT
63 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATT
** * * * *
138818 AATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATAAATATGTTTACC-AAA
127 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT---AAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* ** * * * * * * *
138875 CAAGTTGATGTAGTCATGATTATTTGAATAATTAGCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTC
1 C-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * * *
138940 ATAATAAAACAACTATTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTGATTAAT
65 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
139005 A-TTCTGAATATTAATGAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATCTCTTTATCGAA-
130 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * *
139056 CAAGCTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATCATGACCTTTTGTTTT
1 C-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
139121 GTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTCTTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTGATTA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * * **
139184 ATATTACAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCTTAAT
128 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * * ** ** *
139237 -ACGTTCAAATAGTTATA-TCAATTTGAATAATTATCCATTACAAATTGTTACAATCTTTTGTTT
1 CA-GTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * *** * * * ** *
139300 TGTCATAAACCAATTTTTTTTTTTCACAAAAGCTTATTTGGTATAAAATAATACTATTTTATTAA
64 TGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * *** *
139365 AATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAAATCTGTTT-TTTAAG
129 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCGAAT
* * * * * *
139419 CGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTCTT
1 C-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
139484 CTCATAAAGCAATTGTTTCTACTT-ATACAAGTTTATTTGAAAATAAAATAATATTAATTTATTA
65 GTCATAAAACAATTGTTTC-AATTCATACAAGCTTATTCG-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
139548 ATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTCA-CTAAA
128 ATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
** * * * * * * *
139601 CAAGTTCAAATAGCCAAGTCTATTCGAACTATTAGCTATTTTAAATCGTTATGACATTTT-TTTT
1 C-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * ** ** *
139665 GTCGTAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAAATTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTT-TTAA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * * *
139728 TATTTTGAAAA-T-A-AA-TAAAAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATC-AAA
129 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * * *
139776 CTAGTTTAAATAGTTATA-ACTATTTAAATAATTATCTATCTAAAATCATTATGATCTTTT-TTT
1 C-AGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* ** * * * * * * *
139839 TCTCATAAAGTAATTGTTT-ATGTTCATACAAGTTTATTC-AGAGTAAAATATTGCTAACTTAAT
64 TGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATT
*** * * * ** *
139902 AATATCAGAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAAC
127 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
* * * * *
139957 CAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTAGCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAG
1 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* *
140022 TCATAAAATAATTGTTTCAATTTATACAA
66 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAA
140051 TTATCTATTT
Statistics
Matches: 4716, Mismatches: 1084, Indels: 464
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
162 4 0.00
163 5 0.00
164 77 0.02
165 15 0.00
166 3 0.00
167 4 0.00
168 27 0.01
169 1 0.00
170 1 0.00
171 2 0.00
172 1 0.00
174 7 0.00
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179 240 0.05
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182 709 0.15
183 408 0.09
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185 1 0.00
188 1 0.00
189 2 0.00
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193 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT
Found at i:135662 original size:373 final size:373
Alignment explanation
Indices: 134926--136032 Score: 886
Period size: 373 Copynumber: 3.0 Consensus size: 373
134916 AAAATAATTC
* * * * **
134926 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAA
1 AAATAATTATAACTATTTGAACAACTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTCATAA
* * *
134991 AACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAA
66 AAAAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCTAA
* * *
135056 AAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACCATTTCAAACAGTTAATACT
131 AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCATTTCAAACAGTTAATACT
* * * * * *
135121 ATATAACAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAA
196 ATATAACAAATTATCTACTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTCAA
* * ** * * *
135186 CTCATTCAAGTTTATTTGGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAAGTAA
261 CTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACTAA
* * *
135251 AAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATA
326 AAGAATTAAAAAATAAATCTAATTACCAAATCAGTTCAAATAATTATA
* * *
135299 AAATAATTATAACTATTTGAACAACTATTTATTTTAAATCATTATTA-CTTTTGGTTTTGTCATA
1 AAATAATTATAACTATTTGAACAACTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-GTTCTGTCATA
* * *
135363 AAAAAATTATTT-TGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAAAAACTAATTTATTAATATT-T
65 AAAAAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAAT-AAAACTAATTTAATAATATTCT
* * * * *
135426 AAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCATTTTAAATAGTT-TT
129 -AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCATTTCAAACAGTTAAT
* * * *
135490 GACTATATGAA-TAATTATCTACTTAAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGG
193 -ACTATAT-AACAAATTATCTACTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAG
* * * * * * **
135554 TTCTATTCATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATA
256 TTCAACTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATA
* * ** * *
135619 ACTAAGAA-AATTAAAAGATAAATCTAATTGCTGAATGAGTTCAAAT-AGT-TA
321 ACTAA-AAGAATTAAAAAATAAATCTAATTACCAAATCAGTTCAAATAATTATA
* * * * * * * * * *
135670 AGACAA-TAT--C-A-ATG----ATTATCTATTTCAAATCACTATGACCATTTGTTTTATCATAA
1 AAATAATTATAACTATTTGAACAACTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTCATAA
* * * * ** * * * ** * * *
135726 AACAATTTTTTTTATTTGTACAAGCTTA-TTCATATTAAAAT-ATGCAAATTTAATAATATTTTG
66 AAAAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGA-AATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCTA
* * * * * *
135789 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATTTGTTTATCGAACCAATTT-ATA-TGATTAAT
130 AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACC-ATTTCAAACAG-TTAAT
* ** * * * * *
135850 ACTAT-TAGA-ATAATTATCTATTTCTAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATCAAACAATT-G
193 ACTATATA-ACA-AATTATCTACTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAG
** * * * * * * *
135912 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAA
256 -TTCAACTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTTC-AAAACTTAA
* * * * *
135976 GAA-GAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTACTTACCGAA-CAAGTTCAAATAATTATA
319 TAACTAAA-AGAATTAA-AAAATAAATCTAATTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATA
136032 A
1 A
136033 CTATTTGAAC
Statistics
Matches: 591, Mismatches: 120, Indels: 57
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
357 2 0.00
358 9 0.02
359 120 0.20
360 36 0.06
361 38 0.06
362 46 0.08
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366 2 0.00
367 1 0.00
368 1 0.00
370 3 0.01
371 6 0.01
372 35 0.06
373 267 0.45
374 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (373 bp):
AAATAATTATAACTATTTGAACAACTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTCATAA
AAAAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCTAA
AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCATTTCAAACAGTTAATACT
ATATAACAAATTATCTACTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTCAA
CTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACTAA
AAGAATTAAAAAATAAATCTAATTACCAAATCAGTTCAAATAATTATA
Found at i:136508 original size:540 final size:536
Alignment explanation
Indices: 135687--137082 Score: 1316
Period size: 540 Copynumber: 2.6 Consensus size: 536
135677 ATCAATGATT
* *
135687 ATCTATTTCAAATCACTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTTATTTGTACAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCACTATAACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTTATTTATACAAGCT
* * ** *
135752 TATTCATATTAAAATATGCAAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
66 TATTCATAGTAAAATATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAA
* * * * * * * *
135817 AATTTGTTTATCGAACCAATTTATATGATTAATACTATTAGAATAATTATCTATTTCTAATCGTT
131 AATGTGCTTATCGAACCAATTCAAATGATTAAAACTATAAGAATAATTATCTACTTCAAATCGTT
* * * * * *
135882 TTGACCTTTTGTTTAGTCATCAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAATTAA
196 CTAAACTATTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
*
135947 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTT-AAGAAAATAAATCTACTTACC
261 TACTAATATATTAACATTCAAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTTGAA-AAAATAAATCTACTTACC
* **
136011 GAACAAG-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATT-GTCTATTTAAAATTGCTATGACCTTTT
325 GAACAAGCTT-AAATAATTATAACTATTTGAACAATTAAT-TATTTAAAATCACTATGACCTTTT
* * * * *
136074 GTTTTTTCATAAAACAATTATTTCAGTTAATACAAGTTTATACAAAATAAAATAATACAAATTTA
388 ATTTTGTCATAAAACAATTACTTCAGTTAATAAAAGGTTATACAAAATAAAATAATACAAATTTA
* *
136139 TTAATTTTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGCTTATCAAATCAATTAAATAAT
453 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGCTTATCAAATCAATTAAATAAT
136204 TATAACAATTTGAACAATG
518 TATAACAATTTGAACAATG
* * *
136223 ATCTATTTCAAATCGCTATAACCATTTGTTTTATTATCAAACAATTCTTTTTT-TTATCATACAA
1 ATCTATTTCAAATCACTATAACCATTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTTTATT-T-ATACAA
* * *
136287 GCTTATTCGA-AGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTAA
63 GCTTATTC-ATAGTAAAAT-ATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-A
* *
136351 AAAAATAAATGTGCTTGTCGAACCAGTTCAAAT-AGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTACTTC
125 AAAAA-AAATGTGCTTATCGAACCAATTCAAATGA-TTAAAACTATAAGAATAATTATCTACTTC
* * *
136415 AAATTGTTCTAAACTATT-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCATACAAGCTTATTC-AG
188 AAATCGTTCTAAACTATTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCGA-
* * *
136477 AATAAAATAATCCTAATATATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAAT
251 AATAAAATAATACTAATATATTAACATTCAAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTTGAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
136542 CTATTTACTGAATATGCTTAAATAATTATGACTATTTGAATAGTTAATTATTTAAAATCATTATG
316 CTACTTACCGAACAAGCTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTAATTATTTAAAATCACTATG
** * * *
136607 GTCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGCTTCAGTTCATAAAAGGTTATCCAAAATAAAATAATAC
381 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTACTTCAGTTAATAAAAGGTTATACAAAATAAAATAATAC
* * * * * *
136672 TAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAAATAGATGTG-TTCTCTGA
446 AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTT--AAAAAATAAATTTGCTTATC-AA
* ** *
136736 A-CAAATTCAAATAGTTGCAACTATTTGAACAATTG
504 ATC-AATT-AAATAATTATAACAATTTGAACAA-TG
* * * * *** ** *
136771 -TATATTTAAAATCATTATGATGTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTGCTTCATTTCATTA-AAG
1 ATCTATTTCAAATCACTATAACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTTATTT-A-TACAAG
* * * * * *
136833 CTTATTTGA-AATAAAATAATA-ATAATTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAGTGATTTA
64 CTTA-TTCATAGTAAAAT-ATACA-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTA
** * * * * * ** *** * *
136896 AAAAGTGAATCTGTTTATAGAATCAATTCAAATAATT-ATGCTATTTCAACAATTATCTATTTCA
125 AAAA-AAAATGTGCTTATCGAACCAATTCAAATGATTAAAACTATAAGAATAATTATCTACTTCA
* * * * * *
136960 AATCATTATGAAC-ATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TT-ATACAAGACTT-TTTGG
189 AATCGTTCTAAACTATTGTTTAGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAG-CTTATTCGA
* * * *
137021 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT---AA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAA
251 AATAAAATAATACTAATATATTAACA-TTCAAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTTGAAAAAATAAA
137080 TCT
315 TCT
137083 TTTTATCGAA
Statistics
Matches: 706, Mismatches: 118, Indels: 69
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
536 44 0.06
537 7 0.01
538 20 0.03
539 53 0.08
540 236 0.33
541 66 0.09
543 3 0.00
544 92 0.13
545 96 0.14
546 34 0.05
547 53 0.08
548 2 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (536 bp):
ATCTATTTCAAATCACTATAACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTTATTTATACAAGCT
TATTCATAGTAAAATATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAA
AATGTGCTTATCGAACCAATTCAAATGATTAAAACTATAAGAATAATTATCTACTTCAAATCGTT
CTAAACTATTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
TACTAATATATTAACATTCAAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTACTTACCG
AACAAGCTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTAATTATTTAAAATCACTATGACCTTTTATT
TTGTCATAAAACAATTACTTCAGTTAATAAAAGGTTATACAAAATAAAATAATACAAATTTATTA
ATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGCTTATCAAATCAATTAAATAATTAT
AACAATTTGAACAATG
Found at i:136957 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 136929--136960 Score: 57
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
136919 CAATTCAAAT
136929 AATTATGCTATTTCAAC
1 AATTATGCTATTTCAAC
136946 AATTAT-CTATTTCAA
1 AATTATGCTATTTCAA
136961 ATCATTATGA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.60
17 6 0.40
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.03, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
AATTATGCTATTTCAAC
Found at i:136967 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 136922--136969 Score: 57
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
136912 ATAGAATCAA
*
136922 TTCAAATAATTATGCTAT
1 TTCAAATCATTATGCTAT
136940 TTC-AA-CAATTAT-CTAT
1 TTCAAATC-ATTATGCTAT
136956 TTCAAATCATTATG
1 TTCAAATCATTATG
136970 AACATTGTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 8
0.74 0.03 0.24
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.28
17 14 0.56
18 4 0.16
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.04, T:0.44
Consensus pattern (18 bp):
TTCAAATCATTATGCTAT
Found at i:137963 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 137129--140050 Score: 1232
Period size: 180 Copynumber: 16.3 Consensus size: 180
137119 TTTTAAATCA
* * * * * *
137129 TTATAACCTTTTGTTCTATTAT-AAATAAATGTTTCATTTCATAC-AAGCTTATTT-GAAATAAA
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTCAATTCATACAAAGCTTATTTAG-AATAAA
* ** * * ** *
137191 ATAATATTAATTTAATAATATTACAAAAATTAATAAATATGGGATTTAAAAAAT-AATTCTATTT
65 ATAATACTAATTT-ATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATT-TGTTT
* * * * * ** * * * *
137255 GTCGAAGCAGTTTAAGCAATTAAGACTATAAGAGCAATTATCTATTTC-AAATCA
128 -ACCAAACAATTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-G
* * * * * * *
137309 TTATGAA-ATTTTGTTTTGTCATTAAAC-AATCATTTTAGTTCACACAACG-TTAATT-GCAATA
1 TTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-ATTTCAATTCATACAAAGCTTATTTAG-AATA
** ** * * *
137370 AAATAATAAAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT--G--ATTTAAAAAGTGAATCTGTT
63 AAATAATACTAATTTA-TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * * * * * * *
137431 TACTGAATCATTTTAAATAATTATGGCCATTTCAAC-ATTTTCTATTTC-AAATCA
127 TAC-CAAACAATTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-G
* * * * * * * *
137485 TTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTT--TTTTATCACTCAAGCTTATTTAGAATAC
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTCAATTCAT-AC-AAAGCTTATTTAGAATAA
* *
137548 AATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAG-TGATTTAAAAAATAAATTTGTT
64 AATAATACTAATTTA-TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAT-ATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * * * ** *
137612 TATCAAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTGTATCCTTCAAATTG
127 TACCAAAC-AATTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAATG
* * * * * *
137667 TTTTAACCTTTTGTTTTGTTACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAG-TTATCT-GAAATAAA
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTCAATTCATACAAAGCTTATTTAG-AATAAA
* * * * *
137730 ATAATACTAATATAATAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTG
65 ATAATACTAAT-TTATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTT-
* * *
137794 A-CAAATCAATTCAAATATTTAAGACTATATGGACAATTATCTATTTCAAAATG
128 ACCAAA-CAATTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAATG
* * * *
137847 TTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAAAT-TTTCAATTCATAC-TAGCTAATTTAGAATAAAA
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTCAATTCATACAAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * *
137910 TAA-AATGAATTTATCAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGATATTTAAAAAAT-ATTTATGTTT
66 TAATACT-AATTTAT-AATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATT-TGTTT
* *
137973 ACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATGTGAACAATTATCTATTTC-AAATCG
128 ACC-AAACAATTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-G
* * *** * * * ** *
138027 TTAAAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATA-TAAGTTTGTTCGGAATAAAG
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTCAATTCATACAAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * * * *
138091 TAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAGATAAAATCTATTTA
66 TAATACTAATTTA-TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAAT-AAATTTGTTTA
* * * * *
138152 TCAAACCAATTTAAATAATTATGACTAT-TTAACAAATTAT-TTTTTCAAATTG
129 CCAAA-CAATTCAAATAATTATGACTATATGAAC-AATTATCTATTTCAAAATG
* * * * * * ** * * * * *
138204 TTTTGACTTTTTGTCTTATTATAAAACATTTGTTTCTATTCATAC-ATGCTTATTCA-AATTACA
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTCAATTCATACAAAGCTTATTTAGAA-TAAA
* * * *
138267 ATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAGAT-TTTAAAAAAT--A--TATTT
65 ATAATACTAATTTA-TAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTT
** ** * * * *
138327 ACTGAACTAGA-TCAAATGGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCG
128 ACCAAAC-A-ATTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-G
* * * * ** * * * * *
138381 TTATGACCTTTTTTTTTTATCATAAAAGATTTGTTTCAGTTCATA-TAAGTTTA-TTCGAAATAA
1 TTATAACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTCAATTCATACAAAGCTTATTTAG-AATAA
* * * * * * *
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64 AATAATACTAATTTA-TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATA-TTTAAAAAATA-AATTTGT
** * * * * * * *
138509 TTACTGATCAAGTTTAAATAATTATGATTATTTAAATAATTATCTATTT-TAAATCG
126 TTACCAAACAA-TTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-G
* * * * * * * *
138565 ATATAACATTTTGTTTTGACATAAAATAATTTTTTCTATTCAT----A-C-TATTTCGAATAAAA
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTCAATTCATACAAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * ** * * *
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66 TAATACTAATTTA-TAATATTTTAA-A-AATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * ** * * * * *
138687 ATCAAACATGTTCAAAT-GGTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTG
128 ACCAAACA-ATTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAATG
* * * * * *
138740 TTATGA-CTCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGGTTATTCA-AATTAA
1 TTATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTCAATTCATACAAAGCTTATTTAGAA-TAA
* * * * * *
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* ** * * * * * * * *
138866 TTTACCAAACAAGTTGATGTAGTCATGATTATTTGAATAATTAGCCATTTC-AAATCA
125 TTTACCAAACAA-TTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-G
* ** * *
138923 TTATGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAACTATTTCAATTCA-A-ATAAGCTTATTT-GAAATAA
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTCAATTCATACA-AAGCTTATTTAG-AATAA
* * * * * * * * *
138985 AATAATACTAATTGATTAATATTCTGAATATTAATGAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATCTCTTT
64 AATAATACTAATTTA-TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * **
139050 ATCGAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACA
128 ACCAAACAA-TTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAATG
* * * ** * * * *
139104 TCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGC-AAGCTTCTTTCGAATAAAA
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTCAATTCATACAAAGCTTATTTAGAATAAAA
* ** * *
139168 TAATA-TAAATTGATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTT
66 TAATACT-AATTTA-TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * * * * *
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129 C-CAA-ACAATTCAAATAATTATGA-CTATATGAACAATTATCTATTTCAAAATG
* * * * * *** * * *
139284 TTACAATCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTTTTTTTTTTCACA-AAAGCTTATTTGGTATAAAA
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTCAATTCATACAAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * * *
139348 TAATACTATTTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT-TTTAAAAAATAAAATCTGTT
66 TAATACTAATTTA-TAATATTTTAAAAATTAATAAGT--AAGATATTTAAAAAAT-AAATTTGTT
*** * * * * * *
139412 TTTTAAGCGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AAATCG
127 TACCAAAC-AATTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-G
* * * * * * * * * *
139467 TTATGATCTTTTGTCTTCTCATAAAGCAATTGTTTCTACTT-ATAC-AAGTTTATTTGAAAATAA
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTC-AATTCATACAAAGCTTATTT-AGAATAA
* * * * * *
139530 AATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTC
64 AATAATACTAATTTA-TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* *** * * * * *
139595 ACTAAACAAGTTCAAATAGCCAAGTCTAT-TCGAACTATTAGCTATTT-TAAATCG
128 ACCAAACAA-TTCAAATAATTATGACTATAT-GAACAATTATCTATTTCAAAAT-G
* * * * * ** *
139649 TTATGACATTTT-TTTTGTCGTAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAA-ATTATTTAGAATAAAA
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTCAATTCATACAAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * * * * * *
139712 TAATACTAATTTTTAATATTTTGAAAATAAATAA--AAG--ATTTAAAAACTAAATCTATTTATC
66 TAATACTAATTTATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
* * * * * * * * *
139773 AAACTAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATCT-AAAATCA
131 AAAC-AATTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-G
* * * ** * * * * * *
139824 TTATGATCTTTT-TTTTCTCATAAAGTAATTGTTT-ATGTTCATAC-AAGTTTATTCAGAGTAAA
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTCA-ATTCATACAAAGCTTATTTAGAATAAA
* * * *** * * * *
139886 ATATTGCTAACTTAATAATATCAGAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTG
65 ATAATACTAA-TTTATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * ** *
139951 CTAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTAT-TAGAACAATTAGCTATTTCAAATCAT-
129 CCAAA-CAATTCAAATAATTATGACTATAT-GAACAATTATCTATTTCAAA--ATG
* * * * * *
140005 TT-TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTTATACAA
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTCAATTCATACAA
140051 TTATCTATTT
Statistics
Matches: 2119, Mismatches: 482, Indels: 280
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175 169 0.08
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TAATACTAATTTATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
AAACAATTCAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAATG
Found at i:138257 original size:718 final size:714
Alignment explanation
Indices: 133855--140050 Score: 3513
Period size: 719 Copynumber: 8.6 Consensus size: 714
133845 AATAGTTAAG
* * * * * * * *
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*
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* * * * * *
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* * * ** * * * *
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* ** *** * * * * * *
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* ** * ** * ** * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* *
134297 TATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
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* * * ** * ** * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * *
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** * * * *
134553 TTATTGAA-CAAGCTCAAATAGTTATT
689 TTACCGAACCAA-TTTAAATAATTATA
* * * * * *
134579 ATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTATTATGAACTTTTAT-TTTGTCATAAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTAT-TTTTTAAAATCATTTTG-ACTTTT-TGTTTATCATAAAACAATTGTT
* ** * * * *
134643 T-TCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAATATTTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
63 TCT-A-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * *
134707 AAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATCGGTTTATCGAATCGGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAAC
126 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* ** * * * *
134772 AATTATATATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTCATCAT-AAAATAATTCTTTTTCA-ACATA
191 AATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAAACAATTGTTTCT-ATTCATA
* * * *
134835 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAACATTAATTTATTAATATTTCAAGAATT-A-GA-AAGAG-ATC
255 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGAAT-
* * * * *
134896 TAAAAATAAATCTCCTT-ACCAAAAT-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATT
319 TAAAAATAAATCTGCTTGA-C-GAATCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATT
* * ** * *
134959 TCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGG
382 TCAAAATGTTATAACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAG
* * * *
135024 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
446 AATAAAATAA-AATAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTA
* *
135089 TGTTTATCGAACC-ATTTCAAACAGTTAAT-ACTATAT-AACAAATTATCTATTTCAAATCGTTA
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* * ** * * * *
135151 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAACTCATTCAAGTTTATTTGGAATAAAATAAA
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* * * * *
135216 ACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAA
637 ACTAATTTATTAATATTTCAAAA--AT-TAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCGAA
135281 TCAGTTCAAATAATTATAAAATAATTATA
697 -C----C----AATT-T-AAATAATTATA
* * * * * *
135310 ACTATTTGAACAACTATTTATTTTAAATCATTATT-ACTTTTGGTTTTGTCATAAAAAAATTATT
1 ACTATTTGAACAATTATTT-TTTAAAATCATT-TTGACTTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
135374 T-TGTTCATATAAGTTTGTTT-GAAATAAAATAAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT
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* * * * * * * * * *
135437 TAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCATTTTAAATAGTTTTGACTATATGAAT
126 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * *
135502 AATTATCTACTTAAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATC-AAACAATTGGTTCTATTCATAC
191 AATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* ** * * ** * *
135566 TATTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACTAAGAAAATT
256 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGAATT
** * * * * *
135631 AAAAGATAAATCTAATTG-CTGAATGAGTTCAAATAGTTAAGACAATATCAATGATTATCTATTT
320 AAAA-ATAAATCTGCTTGAC-GAATCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTT
** * * * * ** ** * *
135695 C-AAATCACTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTTATTTGTACAAGCTTATTCAT
383 CAAAAT-GTTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAG
* ** * *
135759 ATTAAAATATGCA-AATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AATT-
446 AATAAAATA-AAATAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTA
* * * * *
135821 TGTTTATCGAACCAATTTATATGATTAAT-ACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCTAATCGTTTT
510 TGTTTATCGAACCAATTTAAATAATT-ATGACTATAT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * *
135884 GACCTTTTGTTTAGTCATCAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAATTAATA
573 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATA
* * *
135949 CTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTACTTACCGA
638 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT---AA-TAAGAGATTT-A-AAAATAAATCTATTTACCGA
*
136013 A-CAAGTTCAAATAATTATA
696 ACCAA-TTTAAATAATTATA
* * *** * * * *
136032 ACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTAT-TTTTTAAAATCATTTTGACTTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTT
* * ** * * * *
136097 C-AGTTAATACAAGTTTATACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATTTTTCTAAAA-T--TAA
64 CTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * *
136158 -TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGCTTATCAAATCAATT-AAATAATTATAACAATTTGAACAA
128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA
* * ** * * * * * *
136221 TGATCTATTTCAAATCGCTATAACCATTTGTTTTATTATC-AAACAATTCTTTTTTTTATCATAC
193 TTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAAACAATT-GTTTCTAT-TCATAC
* * *
136285 AAGCTTATTCGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAG-ATT
256 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGAATT
* * * * * * *
136349 AAAAAAATAAATGTGCTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTACTT
320 --AAAAATAAATCTGCTTGACGAATCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTT
* * * * * * *
136414 CAAATTGTTCTAAACTATTT-TTAGTCATAAAATATTTGTTTC-ATATCATACAAGCTTATTCAG
383 CAAAATGTTATAACCT-TTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTTAG
** * * * * * *
136477 AATAAAATAATCCTAATATATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAAT
446 AATAAAATAA-AATAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAATT
* * * * * * * *
136542 CTATTTA-CTGAA--TATGCTTAAATAATTATGACTATTTGAATAGTTAAT-TATTTAAAATCAT
509 ATGTTTATC-GAACCAAT--TTAAATAATTATGACTATATGAACAATT-ATCTATTTCAAATCGT
** * * * * * *
136603 TATGGTCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGCTTCAGTTCATAAAAGGTTATCCAAAATAAAATA
570 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATA
* ** *
136668 ATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA-AAATAGATGTGTTCT
635 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAATAAATCTAT-T-TAC-
* * * **
136732 CTGAACAAATTCAAATAGTTGCA
693 C-GAACCAATTTAAATAATTATA
* * * *
136755 ACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATCATTATGA-TGTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGCT
1 ACTATTTGAACAATTAT-TTTTTAAAATCATTTTGACT-TTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTT
* * *
136819 TC-ATTTCATTA-AAGCTTATTT-GAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCAAAAATTGA
63 TCTA-TTCA-TACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * *
136881 TAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTAT-AGAATCAATTCAAATAATTATG-CTATTTCA
125 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA-AATCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGA
* * *
136944 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-C-ATTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTTTCATT-
189 ACAATTATATATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATCAAAACAATTGTTTCT-ATTC
* *
137005 ATACAAGACTT-TTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAATAAGAG
252 ATACAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAG
* * * * * *
137066 ATTTAAAAAATAAATCT-TTTTATCGAAGCAATTC------------CTATTTGAATAATTACCT
316 AATT-AAAAATAAATCTGCTTGA-CGAATCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCT
* * * * *
137118 ATTT-TAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATTATAAATA-AA-TGTTTCATTTCATACAAGCTTA
379 ATTTCAAAAT-GTTATAACCTTTTGTT-TGTCATAAA-ACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA
* * * *
137180 TTT-GAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTAC-AAAAATTAATAAATATGGGATTTAAAAA
441 TTTAG-AATAAAATAA-AATAATTTAATAATATT-CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * ** * * *
137243 ATAATTCTATTTGTCGAAGCAGTTTAAGCAATTAAGACTATAAGAGCAATTATCTATTTCAAATC
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* ** * ** * * * *
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** * * * * *
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* * *
137437 ATCATTTTAAATAATTATG
696 ACCAATTTAAATAATTATA
* * * * * * * *
137456 GCCATTTCAAC-ATT-TTCTATTTCAAATCATTATT-ACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGT
1 ACTATTTGAACAATTATT-T-TTTAAAATCATT-TTGACTTTTTGTTT-ATCATAAAACAATTGT
* * * *
137518 TTTTTTATCACT-CAAGCTTATTTAGAATACAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAA
62 TTCTAT-TCA-TACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * *
137582 TAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAA-CTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGA
125 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGA
* ** ** * * *
137646 ACAATTGTATCCTTCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTTGTTA-CAAAACAATTATTTCTATTCAT
189 ACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * *
137710 ACAAAG-TTATCTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAG
254 AC-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-TAAGAG
* * * * * *
137773 AATTAAAAATAAATTTGTTTGACAAATCAATTCAAATATTTAAGACTATATGGACAATTATCTAT
316 AATTAAAAATAAATCTGCTTGACGAATCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTAT
* * * *
137838 TTCAAAATGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAAAT-TTTCAATTCATACTAGCTAATTTA
381 TTCAAAATGTTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTA
* * * *
137902 GAATAAAATAAAATGAATTT-ATCAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGATATTTAAAAAATATT
445 GAATAAAATAAAAT-AATTTAAT-AATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAT
* * * * *
137966 TATGTTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATGTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAA
508 TATGTTTATCGAACCAATTTAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * ** * * * *
138031 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAGTAATA
573 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATA
* * *
138096 CTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAGATAAAATCTATTTATCAAACCAA
638 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA-AT-AAATCTATTTACCGAACCAA
*
138161 TTTAAATAATTATG
701 TTTAAATAATTATA
* ** * *
138175 ACTATTT-AACAAATTATTTTTTCAAATTGTTTTGACTTTTTGTCTTATTATAAAACATTTGTTT
1 ACTATTTGAAC-AATTATTTTTTAAAATCATTTTGACTTTTTGT-TTATCATAAAACAATTGTTT
* * * ** *
138239 CTATTCATACATGCTTATTCA-AATTACAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAA
64 CTATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * ** * * *
138303 ATAA-AGATTTTAAAAAAT--A--TATTTACTGAACT-AGATCAAATGGTCATGATTATTTGAAT
128 GTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
138362 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTTTATCAT-AAAAGATTTGTTTC-AGTTCAT
191 AATTATATATTTCAAATCATTATAACC-TTTTGTTTTGTCATCAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT
* * * *
138425 ATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGA
254 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-TAAGAGA
* * * * * * * * * *
138489 TTTTAAAAAAAAGAATCT-ATTTACTG-ATCAAGTTTAAATAATTATGATTATTTAAATAATTAT
317 -ATT-AAAAATA-AATCTGCTTGAC-GAATCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTAT
* * * * * * *
138552 CTATTT-TAAATCGATATAACATTTTGTTTTGACATAAAATAATTTTTTCTATTCAT---A-C-T
377 CTATTTCAAAAT-GTTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTT
* * * **
138611 ATTTCGAATAAAATAATACA-AAATTATTAATA-T-TAAGACAATTTGTAAGTAAGAGATTTAAA
440 ATTTAGAATAAAATAA-A-ATAATTTAATAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * ** * * * *
138673 AAATAAATCTATTTATC-AAAC-ATGTTCAAAT-GGTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCA
501 AAATAATTATGTTTATCGAACCAAT-TT-AAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCA
* *
138735 AATTGTTATGA-CTCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGGTTATTC-AA
564 AATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGTTTATTCGAA
* ** *
138797 ATTAAAATAATATTAA-TTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATAA
627 A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTT----AAAAATAA
* * * * ** * * *
138861 ATATGTTTACC-AAACAAGTTGATGTAGTCATG
683 ATCTATTTACCGAACCAA-TTTAAATAATTATA
* * *** * * * * * *
138893 ATTATTTGAATAATTAGCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAACTATTT
1 ACTATTTGAACAATTA-TTTTTTAAAATCATTTTGACTTTTTGTTT-ATCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
138958 CAATTCAAATAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTGATTAATA-TTCTGAATATTAATG
64 CTATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * * *
139021 AGTAAGAGACTTAAAAAATAAATCTCTTTATCGAA-CAAGCTCAAATAGTTATGACTATCTGAAC
127 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
139085 AATTATCTATTTCAAAACATCATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGGTTCTATTCATGC
191 AATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * *
139149 AAGCTTCTTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTGATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAA-A-AA
256 AAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGAA
* ** * * * * *
139210 TTTAAAAAATAAATTTG-TTTTCTTAAT-ACGTTCAAATAGTTATA-TCAATTTGAATAATTATC
318 -TT-AAAAATAAATCTGCTTGAC-GAATCA-ATTCAAATAGTTA-AGACTATATGAATAATTATC
* * * * * * * *** * *
139272 CATTACAAATTGTTACAATCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTTTTTTTTTTCACAAAAGCTTAT
378 TATTTCAAAATGTTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAT
* * * * * * *
139337 TTGGTATAAAATAATACTATTTTATTAAAATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAA
442 TTAGAATAAAATAA-AATAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAA
* * ** * * * * *
139401 TAAAATCTGTTT-TTTAAGCGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
504 T-AATTATGTTTATCGAA-CCAATTTAAATAATTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * *
139465 CGTTATGATCTTTTGTCTTCTCATAAAGCAATTGTTTCTACTT-ATACAAGTTTATTTGAAAATA
567 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGTTTATTCG-AAATA
* *
139529 AAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
630 AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A---AGAGATTT-AAAAATAAATCTAT
* * * * ***
139593 TCA-CTAAACAAGTTCAAATAGCCA-A
689 TTACCGAACCAA-TTTAAATAATTATA
* * * * * * * * * *
139618 GTCTATTCGAACTATTAGCTATTTT-AAATCGTTATGACATTTTT-TTTGTCGTAAAATAATTAT
1 -ACTATTTGAACAATTA--TTTTTTAAAATCATTTTGAC-TTTTTGTTTATCATAAAACAATTGT
* ** **
139681 TTCTGTTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTT-TTAATATTTTGAAAA-T-A-A
62 TTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * *
139742 A-TAAAAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCAAA-CTAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAAT
127 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * * * ** * *
139805 AATTATCTATCTAAAATCATTATGATCTTTT-TTTTCTCAT-AAAGTAATTGTTTATGTTCATAC
191 AATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * * * *** * *
139868 AAGTTTA-TTCAGAGTAAAATATTGCTAACTTAATAATATCAGAAAAATTTATAAGTAAGAGATT
256 AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGAAT
* * * * * * * *
139932 TAAAAAATAAATGTGTTTG-CTAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTAT-TAGAACAATTAGCTAT
319 T-AAAAATAAATCTGCTTGAC-GAATCAATTCAAATAGTTAAGACTATAT-GAATAATTATCTAT
* * *
139995 TTCAAATCAT-TT-TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTTATACAA
381 TTCAAA--ATGTTATAACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAA
140051 TTATCTATTT
Statistics
Matches: 4262, Mismatches: 927, Indels: 570
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Matches are distributed among these distances:
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699 4 0.00
700 36 0.01
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705 4 0.00
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AATAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTATCGAA
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GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
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133897 GTTTAGTTAG
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * **
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* * * * *** * * *
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* ** * ** * * * ** *** *
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254 TAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-CTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATT
* * * * * * * * * *
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318 CGAACTATTATCTATTTTAAATCGTTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTAT-
* * * * * *
134286 TCTTACAACGTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA-AAAATTAATAAGTA
381 TCAT-CAAC-TTATTTCGAA-TAAAATAATACAAAATTATTAATA-TTAAGAAAATTAATAAGTA
* * ** ** * * * * *
134349 AGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGCCGAATCA-TTTCAAATGGT-TAAGACTATTAGAATAAT
442 AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACACGTTCAAATGGTAT-A-ACAATTTGAACAAT
* * ** *
134412 TATCTATTTCAAATCATT-CTAAC-CTTTTGTTTAGTCAT
504 TATCCATTACAAATTGTTAC-AACTC-TTTGTTTTGTCAT
* * * * *
134450 AAAATAATTGTTTCAATTCA-AACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTA
1 AAAACAATTGTTTCTATTCACAA-AAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAA-TTATTAAAATTT
* * * * *** * * *
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* * ** * * * *
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* * * *** * * *
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193 -TTTCAATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
* * ** * * * * *
134706 TAAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATCGGTTTA-TCGAATC-GGTTCAAATAATTATGGCCATTTG
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* * * * * * ** * * *
134769 AACAATTATATATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTCTTTTTCA-ACA
320 AACTATTATCTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT-ATTCA
* ** *
134833 TACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAACATTAATTTATTAATATTTCAAG--AATTAGA-AAG--A
384 T-CAA-CTTATTTCG-AATAAAATAATACAAAATTATTAATA-TT-AAGAAAATTA-ATAAGTAA
* ** * ** * * * *
134892 G--ATCT-AAAAATAAATCTCCTTACCAAA-ATAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
443 GAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACA-CGTTCAAAT-GGTATAACAATTTGAACAATTA
** * * *
134953 TTTATTTCAAATTGTTATAAC-CTTTTGTTCTGTCAT
506 TCCATTACAAATTGTTACAACTC-TTTGTTTTGTCAT
* * * * * **
134989 AAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGGAA-TAAAATAATACTAA-T-TTAATAATAT
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* * * * * * * * *
135051 TCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTT---AAAAAATAAATATGTTTATCGAACCATTTCAAACAG
63 TC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTGAAATAG
* * * * * **
135113 TTAAT-ACTATAT-AACAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
127 -TCATGATTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTCTCATAAAGCA
* * * * *
135176 ATTATTTCAACTCAT-TCAAGTTTATTTGGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATT-TCAAAA
189 ATTGTTTCAATTCATAT-AAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAA
* * * * * ** *
135239 TTTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATAAAAT
252 ATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAAT-A--GT----T
* * * * * * * *
135303 AATTATAACTATTTGAACAACTATTTATTTTAAATCATTATTAC-TTTTGGTTTTGTCATAAAAA
309 -A-TGT--CTATTCGAACTATTATCTATTTTAAATCGTTATGACATTTT-GTTTTGTCATAAAAT
* * * * * * *
135367 AATTATTT-TGTTCATATAAGTT-TGTTTGAAATAAAATAAAAACTAATTTATTAATATTTAA-A
369 AATTATTTCTATTCAT-CAACTTAT-TTCG-AATAAAAT-AATACAAAATTATTAATA-TTAAGA
* * * * * * * * * *
135429 AAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAC-CATTTTAAATAGTTTTGAC
429 AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAC-GTTCAAAT-GGTATAAC
* * * * ** * *
135493 TATATGAATAATTATCTACTTA-AAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCAT
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* * * ** ** * * * *
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1 AAAACAATTGTTTCTATTCACAAAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAA-TTATTAAAATTT
** * * * * * ** * ** ** *
135607 TGAAACTTAATAACTAAGAA-AATT---AAAAGATAAATCTAATTGCTGAATGAGTTCAAATAGT
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* * ** * * * ** * * *
135668 TAAGACAATATCAATGATTATCTATTTCAAATCACTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATT
128 CATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTCTCATAAAGCAATT
* ** ** * * * * * * * * *
135733 TTTTTTATTTGTACAAGCTTA-TTCATATTAAAAT-ATGCAAATTTAATAATATTTTGAAAATTA
192 GTTTCAATTCATATAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
* * * * * *
135796 ATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATTTGTTTA-TCGAACCAA-TTTATAT-GATTAAT-ACTAT
256 ATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAG-TT-ATGTCTAT
* * * * * * *
135855 TAGAA-TAATTATCTATTTCT-AATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATCAAACAATTGTTTC-A
317 TCGAACT-ATTATCTATTT-TAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA
* * * * *
135917 GTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAA-AAAATTAAGAAG
380 -TTCAT-CAA-CTTATTTCG-AATAAAATAATACAAAATTATTAATATT-AAGAAAATTAATAAG
* * * * * * ** *
135980 AAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTACTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAA
440 TAAGAAATTTAA-AAAATAAATCTATTTATCAAACACGTTCAAAT-GGTATAACAATTTGAACAA
* * * ** *
136045 TTGTCTATTTA-AAATTGCTATGAC-CTTTTGTTTTTTCAT
503 TTATCCA-TTACAAATTGTTACAACTC-TTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * * **
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* * * * *
136148 CTAAAATTAATAAG----AGATTT---AAAAAATAAATTTGCTTATCAAATCAA-TT-AAATAAT
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* * ** * * * * * * *
136204 TATAACAATTTGAACAATGATCTATTTCAAATCGCTATAACCATTTGTTTTATTATCAAA-CAAT
128 CATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTCTCAT-AAAGCAAT
* *** * * * *
136268 TCTTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAA
191 T-GTTTCAAT-TCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAA
* * * * * * ***
136332 TTATTAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATGTGCTTGT-C-GAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTA
253 TTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATT-TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTA
** * * * * * * * * *
136395 TAAGAA-TAATTATCTACTTCAAATTGTTCT-AAACTATT-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTC-
316 TTCGAACT-ATTATCTATTTTAAATCGTTATGACA-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT
** *
136456 ATATCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAAT-CCTAATATATTAACATTCAA-AAAATTAATA
379 AT-TCAT-CAA-CTTATTTC-GAATAAAATAATACAAAAT-TATTAATATT-AAGAAAATTAATA
* * * * * ** * *
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* * * ** *** *
136581 ATAGTTAAT-TATTTA-AAATCATTA-TGGTCTTTTATTTTGTCAT
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* * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * ** * *
136751 --TGCAACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATCATTATGATGTTTTGTTTTATCATAAAACAA
128 CATG--ATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTCTCATAAAGCAA
* * * * *
136814 TTGCTTCATTTCAT-TAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCAAAAAT
190 TTGTTTCAATTCATAT-AAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
* * * * * * *
136878 TGATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTA-TAGAATCAA-TTCAAATAATTATG-CTAT
254 TAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGTCTA-
* * * * * *
136940 TTC-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACA--TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC
316 TTCGAACTATTATCTATTTTAAATCGTTATG-ACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT-
* ** * *
137002 ATT-ATACAAGACTT-TTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG
379 ATTCAT-C-A-ACTTATTTCGAATAAAATAATACAAAATTATTAATA-TTAAGAAAATTAATAAG
* * * * *
137064 --AG--ATTTAAAAAATAAATCTTTTTATC-GA-A-G--C-AA---T-T-CCTATTTGAATAATT
440 TAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACACGTTCAAATGGTATAACAATTTGAACAATT
** ** * * * *
137114 A-CCTATTTTAAATCATTATAAC-CTTTTGTTCTATTAT
505 ATCC-ATTACAAATTGTTACAACTC-TTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
137151 AAATA-AA-TGTTTC-ATTTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATATTAATTTAATAATAT
1 AAA-ACAATTGTTTCTA-TTCACAAAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAA-TTATTAAAAT
* * *** * ** * * * **
137212 TACAAAAATTAATAAATATGGGATTTAAAAAATAAT-TCTAT-TTGT-CGAAGC-AGTTTAAGCA
62 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATAAATATGTT-TACCAAACAAGTTGAAATA
* * * * ** ** * ** *
137273 ATTAAGACTATAAGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTGTTTTGTCATTAAA-CA
126 GTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTCTCA-TAAAGCA
** * * * * * * ** *
137337 ATCATTTTAGTTCACACAACG-TTAATTGCAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCCAAAAA
189 ATTGTTTCAATTCATATAA-GTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAA
* * * * * * * *
137401 TTAATAAG-T---GATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACTGAATC-ATTTTAAATAATTATGGCCAT
253 TTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGTCTA-
* * * * * * * *
137461 TTC-AAC-ATTTTCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACA-AATGTTTTTT
316 TTCGAACTATTATCTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATA-AA-ATAAT-TATTTC
* * * * * *
137523 TA-TCACTCAAGCTTATTTAGAATACAATAATACTAATTTATTAATCTTTCA-AAAATTAATAAG
378 TATTCA-TCAA-CTTATTTCGAATAAAATAATACAAAATTATTAAT-ATTAAGAAAATTAATAAG
** * * ** * **
137586 TAAGTGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTA-GTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAA
440 TAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC-ACGTTCAAAT-GGTATAACAATTTGAACAA
** * *
137650 TTGTATCC-TT-CAAATTGTTTTAAC-CTTTTGTTTTGTTAC
503 -T-TATCCATTACAAATTGTTACAACTC-TTTGTTTTGTCAT
* * *
137689 AAAACAATTATTTCTATTCATACAAAG-TTATCTGAAA-TAAAATAATACTAA-TA-TAATAATA
1 AAAACAATTGTTTCTATTCACA-AAAGCTTAT-TCAAATTAAAATAATACTAATTATTAA-AAT-
* * * * *
137750 TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGAATT----AAAAATAAATTTGTTTGA-CAAATCAA-TTCAAA
62 TTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATAAATATGTTT-ACCAAA-CAAGTTGAAA
* * * * * * * * *
137809 TATTTAAGACTATATGGACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAA
124 TAGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTG-TTTCTCATAAAG
* * * * * *
137873 CAAAT-TTTCAATTCATACT-AGCTAATTT-AGAATAAAATAA-AATGAATTTATCAATATTTTA
187 CAATTGTTTCAATTCATA-TAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTA
* ** * * *
137934 AAAATTAATAAG-TAGGATATTTAAAAAATATTTATGTTTACCT-AACCAA-TTCAAATAATTAT
249 AAAATTAATAAGTTA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
* * * ** * * * *
137996 GACTATGT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAAAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGT
311 GTCTAT-TCGAACTATTATCTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTAT
* * * * * * *
138060 TTTTGTTCATATAAGTT-TGTTCGGAATAAAGTAATAC-TAATCTATTAATATTTCA-AAAATTA
375 TTCTATTCAT-CAACTTAT-TTC-GAATAAAATAATACAAAAT-TATTAATA-TTAAGAAAATTA
* * * ** * *
138122 ATAAG--AG--ATTTAAAAGATAAAATCTATTTATCAAAC-CAATTTAAATAATTATGACTATTT
435 ATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AAATCTATTTATCAAACAC-GTTCAAAT-GGTATAACAATTT
** * *** * * * *
138182 -AACAAATTAT-TTTTTCAAATTGTTTTGACTTTTTGTCTTATTAT
497 GAAC-AATTATCCATTACAAATTGTTACAACTCTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
138226 AAAACATTTGTTTCTATTCATACATGCTTATTCAAATTACAATAATACTAATTTATTAATATTTT
1 AAAACAATTGTTTCTATTCACAAAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAA-TTATTAAAATTTC
* * * * ** * * * *
138291 GACAATTAATAAAT-AAAGATTT--TAAAAAAT--ATA--TTTACTGAACTAGATCAAATGGTCA
65 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTGAAATAGTCA
* * *
138349 TGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTTTATCATAAAAG-ATTT
130 TGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC--TTTTGTTTCTCAT-AAAGCAATT
* * *
138413 GTTTCAGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
192 GTTTCAATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
* * * *
138478 TAA-TTAAGAGATTTTAAAAAAAAGAATCTATTTACTGATCAAGTTTAAATAATTATGAT-TATT
257 TAAGTT-AGAGA-TTTAAAAAATA-AATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG-TCTATT
* * * * * *
138541 -TAAATAATTATCTATTTTAAATCGATATAACATTTTGTTTTGACATAAAATAATTTTTTCTATT
318 CGAACT-ATTATCTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATT
* ** *
138605 CAT--AC-TATTTCGAATAAAATAATACAAAATTATTAATATTAAGACAATTTGTAAGTAAGAGA
382 CATCAACTTATTTCGAATAAAATAATACAAAATTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGTAAGAAA
* * * **
138667 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACATGTTCAAATGGTATAACTATTTGAGCAATTATTTATT
447 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACACGTTCAAATGGTATAACAATTTGAACAATTATCCATT
* **
138732 TCAAATTGTTATGACTCTTTGTTTTGTCAT
512 ACAAATTGTTACAACTCTTTGTTTTGTCAT
* * * * * **
138762 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGGTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTATTAATATTTTG
1 AAAACAATTGTTTCTATTCACAAAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTATTAAAATTTCA
* **
138827 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTGATGTAGTCAT
66 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTGAAATAGTCAT
* * * * * * *
138892 GATTATTTGAATAATTAGCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAACTATT
131 GATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTC-TCATAAAGCAATTGTT
* * * * * *
138957 TCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTCTGAATATTAATGA
195 TCAATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * *
139022 GTAAGAGACTTAAAAAATAAATCTCTTTA-TCGAACAAGCTCAAATAGTTATGACTA-TCTGAAC
260 GTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTC-GAAC
* * * * * * * **
139085 AATTATCTATTTCAAAACATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCA
323 TATTATCTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCAT-CA
* *
139150 AGCTTCTTTCGAATAAAATAATA-TAAATTGATTAATATTACA-AAAATTAATAAGTAA-AAATT
387 A-CTTATTTCGAATAAAATAATACAAAATT-ATTAATATTA-AGAAAATTAATAAGTAAGAAATT
* * * * * * *
139212 TAAAAAATAAATTTGTTT-TCTTAATACGTTCAAATAGTTATATCAATTTGAATAATTATCCATT
449 TAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACACGTTCAAAT-GGTATAACAATTTGAACAATTATCCATT
139276 ACAAATTGTTACAA-TCTTTTGTTTTGTCAT
512 ACAAATTGTTACAACTC-TTTGTTTTGTCAT
* * * * *** *
139306 AAACCAATTTTTTTTTTTCACAAAAGCTTATT-TGGTATAAAATAATACTATTTTATTAAAATTT
1 AAAACAATTGTTTCTATTCACAAAAGCTTATTCAAAT-TAAAATAATACTA-ATTATTAAAATTT
* * * *** * * * *
139370 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATA-AAATCTGTTTTTTAAGCGAGTTTAAATAGTT
64 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTGAAATAGTC
* * * *
139434 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTCTTCTCATAAAGCAATTG
129 ATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT-TTCTCATAAAGCAATTG
* * *
139499 TTTCTACTT-ATACAAGTTTATTTGAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
193 TTTC-AATTCATATAAGTTTATTTG-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
* * * ** *
139563 ATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTCACTAAACAAGTTCAAATAGCCAAGTCTATTCGA
256 ATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTCGA
* * *
139628 ACTATTAGCTATTTTAAATCGTTATGACATTTT-TTTTGTCGTAAAATAATTATTTCTGTTCATA
321 ACTATTATCTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCAT-
* * * * ** *
139692 CAAAATTATTTAGAATAAAATAATAC-TAATTTTTAATATTTTGAAAATAAATAA--AAG--ATT
385 C-AACTTATTTCGAATAAAATAATACAAAATTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGTAAGAAATT
* * * * * * *
139752 TAAAAACTAAATCTATTTATCAAACTA-GTTTAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATC
449 TAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC-ACGTTCAAAT-GGTATAACAATTTGAACAATTATCCAT-
** ** * *
139816 TA-AAATCATTATGA-TCTTTTTTTTCTCAT
511 TACAAATTGTTACAACTCTTTGTTTTGTCAT
** * * * * * * * * * * * ***
139845 AAAGTAATTGTTTATGTTCATACAAGTTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAACTTAATAATATCAG
1 AAAACAATTGTTTCTATTCACAAAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAA-TTATTAAAATTTC
* * * * * * * *
139910 AAAAATTTATAAGTAAGAGATTT---AAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTA
65 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTGAAATAGTCA
** * * * * * * * **
139972 AAACTATTAGAACAATTAGCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGT
130 TGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-CTCATAAAGCAATTGT
140037 TTCAATT
194 TTCAATT
140044 TATACAATTA
Statistics
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AAAACAATTGTTTCTATTCACAAAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTATTAAAATTTCA
AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTGAAATAGTCAT
GATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCTCATAAAGCAATTGTTT
CAATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
TTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTCGAACTAT
TATCTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATCAACTT
ATTTCGAATAAAATAATACAAAATTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAA
TAAATCTATTTATCAAACACGTTCAAATGGTATAACAATTTGAACAATTATCCATTACAAATTGT
TACAACTCTTTGTTTTGTCAT
Found at i:139803 original size:18 final size:19
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Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
139764 CTATTTATCA
*
139774 AACTAGTTTAAATAGTTAT
1 AACTAGTTTAAATAATTAT
139793 AACTA-TTTAAATAATTAT
1 AACTAGTTTAAATAATTAT
139811 CTATCTAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AACTAGTTTAAATAATTAT
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Indices: 139983--140103 Score: 174
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139973 AACTATTAGA
* *
139983 ACAATTAGCTATTTCAAATCATTTTGACC-TTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTTA
1 ACAATTAGCTATTTAAAATCATTTTGACCTTTTTGTTTTA-ACATAAAATAATTGTTTCAATTTA
140046 T
65 T
* **
140047 ACAATTATCTATTTAAAATTGTTTTGACCTTTTTGTTTTAACATAAAATAATTGTTT
1 ACAATTAGCTATTTAAAATCATTTTGACCTTTTTGTTTTAACATAAAATAATTGTTT
140104 TAGTTCATAA
Statistics
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ACAATTAGCTATTTAAAATCATTTTGACCTTTTTGTTTTAACATAAAATAATTGTTTCAATTTAT
Found at i:140924 original size:179 final size:176
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140420 CTCATAACTT
* * * * * *
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1 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-
* * * * *
140494 TTCGTATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAC
64 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAA-
* * *
140559 AGA-TTTAAAATATGAATC--TATT-T-ACAAGTTCAAATGGTTATGACTA
128 AAATTTTAAAA-A-GAATCTGTTTTCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * *
140605 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTGTGTCATCAAATAATTGTTTATGT
1 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
*
140670 TCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAAT-ATAAATTTATTAATATTCCTAAAATTAATAAGAA
65 TCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTCC-AAAATTAATAAGTA
* *
140733 AAAATTTTAAAAAGCAAGTCTGTTTTCTGAACACA-TTCAAATAGCTATGATTA
127 AAAATTTTAAAAAG-AA-TCTGTTTTCT-AACA-AGTTCAAATAGTTATGACTA
* *
140786 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTG-TTGTCATAAACCAACTGTTTCTATT
1 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* *
140850 CATACAAG-TGTATTTGAAATAAACTAATAATATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
66 CATACAAGCT-TATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCC-AAAATTAATAAGTAAA
* * * * *
140914 AATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAGCAAGTTCATATCGTTATGACTA
129 AATTTT-AAAAA-GAATCTGTTTTCTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * *
140965 TTTAAACAATTTTTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTTTCATAAAAAAAAT-TTTCTAT
1 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * ** ** *
141029 TCATACAAGTTTATTT-AGATTAAAATAATATTGTTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAG
65 TCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAATAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTA-
* * * * * * *
141093 GAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGATT-TGACTA
127 AAAATTT-TAAAAA-GAATCTGTTTTCT-AACAAGTTCAAATAG-TTATGACTA
* ** * * *
141146 TTTGAATAATTATCGATTT-AAAGTTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-A
1 TTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * *** * * * *
141209 GTTCATAAAAACTTATCAAAAATAAAATAATAATACTTTTTTAATATTTCAAATATTAATAAGCA
64 -TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCAAA-ATTAATAAGTA
* * * * * * * *
141274 AGAGA-TTTAAAAACTAAAGCTATTTTCGAAACCATTTCAAATAATTATGACTA
127 A-AAATTTTAAAAA--GAATCTGTTTTC-TAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
141327 TTTGAACAA
1 TTTGAACAA
141336 ATATCGATCT
Statistics
Matches: 592, Mismatches: 99, Indels: 74
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
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175 96 0.16
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
TTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAAAA
TTTTAAAAAGAATCTGTTTTCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
Found at i:141125 original size:360 final size:356
Alignment explanation
Indices: 140430--141298 Score: 878
Period size: 360 Copynumber: 2.4 Consensus size: 356
140420 CTCATAACTT
* * *
140430 TTTGAATAATTATATATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTAT-TAG
1 TTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTAG
* * * * * *
140494 TTCGTATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC-AAAATTAATAAGTAA
65 TTCATAAAAG-TTATTAGAAATAAAATAATAATATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
140558 CAGATTTAAAATATGAATCTATTTACAAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
129 CAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATT
* * * * * * *
140623 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTGTGTCATCAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTCG
194 TCAAATAGTTATGACCTTTTATTGTGTCATAAAAAAAATGTTTATATTCATACAAGCTTATTTAG
* * *
140688 AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCTAAAATTAATAAGAAAAAATTTTAAAAAGCAAGTC
259 AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCTAAAATTAATAAGAAAAAATTTAAAAAAACAAATC
* * *
140753 TGTTTTCTGAACACA-TTCAAATAGCTATGATTA
324 TGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGATATGACTA
* * * * *
140786 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTG-TTGTCATAAACCAACTGTTTCTA-T
1 TTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGT
* * *
140849 TCATACAAGTGTATTTGAAATAAACTAATAATATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-
66 TCATAAAAGT-TATTAGAAATAAAATAATAATATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAC
* * *
140913 AAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAGCAAGTTCATATCGTTATGACTATTTAAACAATTTT
130 AAA-TTTAAAAAATAAATCTATTT----A-CAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTAAACAATTAT
* * * * * *
140978 TTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTTTCATAAAAAAAAT-TTTCTATTCATACAAGTTTA
189 CTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTGTGTCATAAAAAAAATGTTTATATTCATACAAGCTTA
* *** * * ** *
141042 TTTAGATTAAAATAATATTGTTTTATTAATATT-TTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAA
254 TTTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCT-AAAATTAATAAG-AAAAAATTTAAAAAA
* * * *
141106 ATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGATTTGACTA
317 ACAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGATATGACTA
** * *
141146 TTTGAATAATTATCGATTT-AAAGTTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-A
1 TTTGAATAATTATATATTTCAAA-TTGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * * *
141209 GTTCATAAAAACTTATCAAAAATAAAATAATAATACTTTT-TTAATATTTCAAATATTAATAAGC
64 GTTCAT-AAAAGTTATTAGAAATAAAATAATAATA-TTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * *
141273 AAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTT
127 AACAAATTTAAAAAATAAATCTATTT
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Statistics
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
TTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGT
TCATAAAAGTTATTAGAAATAAAATAATAATATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAACA
AATTTAAAAAATAAATCTATTTACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTC
AAATAGTTATGACCTTTTATTGTGTCATAAAAAAAATGTTTATATTCATACAAGCTTATTTAGAA
TAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCTAAAATTAATAAGAAAAAATTTAAAAAAACAAATCTG
TTTACTGAACAAGTTCAAATAGATATGACTA
Found at i:141373 original size:124 final size:124
Alignment explanation
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141227 AAAATAAAAT
* *
141237 AATAATACTTTTTTAATATTTCAAATATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTCG
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* * * *
141302 AAACCATTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCGATCTCAAATCATTATGATC
66 AAACCAGTTCAAACAATTATCACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC
* * * * *
141361 AATAATATTTTTTTAATTTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAATGTTGTTTTCC
1 AATAATACTTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTCC
* * *
141426 AGACCAGTTCAAACAGTTATCACTATTTGAACAAATATCAATCTTAAATCATTATGATC
66 AAACCAGTTCAAACAATTATCACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC
141485 TTTGTTTTCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.13, G:0.08, T:0.37
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AATAATACTTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTCC
AAACCAGTTCAAACAATTATCACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC
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Alignment explanation
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Period size: 177 Copynumber: 5.3 Consensus size: 180
141363 TAATATTTTT
* * * * * * **
141373 TTAATTTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACT-AATGTTGTTTTCCAGACCAGTTCA
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAA-CATGAGATTTAAAAAATAAAT-CTGTTTACCAAATTAGTTCA
* * * * * * *
141437 AACAGTTATCACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAATCA-TTATGATC-TTTGTTTTCTCATA
64 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCACTT-TGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * *
141499 AAACAATTGTTTCTA-ATCATATAAGCTTATTCG-AATAAAAATAATACT-ATTCTA
127 AAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAACTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATT-TA
* * * * * ** **
141553 ATAATATTCCAAAATTTAAT-A-A-GAGATTTAAAAAATTAATGTGTTTACTGAACCAGTTCAAA
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAACATGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTAGTTCAAA
* * * * * * * * *
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66 TAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * *
141680 AATTGTTTTAGTTCATACAAACTTATTTGGAATAAAGTAATACTAATTTA
131 AATTGTTTTAGTTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * **
141730 TTAACATTTAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGGAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCA
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAA-CATGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTAGTTCA
* *** * * *
141795 AATAGTTATTTTTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCA-TTTGACCATTTGTTTTGTCATAAA
64 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * *
141859 ACAGTTGTTTTAGTTCATA-AAATCTTA-TCCAAATAAAATAATACTACTTTA
129 ACAATTGTTTTAGTTCATACAAA-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
141910 TTAATATTTCAAAAGTTAATAATAAAT-ATGTTTTAAAAAATAAAT-TAATTTACCAAATTAGTT
1 TTAATATTTCAAAAATTAAT-A-ACATGA-GATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAATTAGTT
* * * *
141973 CAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATTG-CCTTTTGTTTTGTCAT
62 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACT-TTGACCTTTTGTTTTGTCAT
**** * ** *
142037 AAAACAATTGTTTTTCAACATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
126 AAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
142092 TTAATATTTCAAGAATTAAT-A-A-GAGATTTTAAAAATACATATGTTTACCAAATTAGTTCAAA
1 TTAATATTTCAAAAATTAATAACATGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTAGTTCAAA
* * ** * * * *
142154 TATTTATGACTATTTGAACAATTATGTATTTCAAAT-TGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAA
66 TAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTT-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* **
142218 TAATTGTTTTTA-TTCATACAAGTTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTA
130 CAATTG-TTTTAGTTCATACAAACTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTA
* ** * *
142269 GTAATATTTTGAAAATTAATGACTATGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTT
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142319 GCTGAACCAA
Statistics
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Consensus pattern (180 bp):
TTAATATTTCAAAAATTAATAACATGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTAGTTCAAA
TAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
AATTGTTTTAGTTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
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144173 AACAAACTTA
* * ** * * * *
144183 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAATTATAGTGATTTGGAATAAATAATTGT
1 TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
144248 TTAAATAGTTATATCTATTTGAACTAGCTT-A-AAAACATATTTATTTTGTAAATCTTTTACTTA
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* * * *
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* * * *
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1 TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* *
144428 TCAAATAGTCAT-A-A---GAACGTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATT
66 TCAAATAGTCATAATATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* *
144487 AATTTTTCAAATATTAATAAATTTA-TATTACTTTATTCAAAATAAGCTTG
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* * * * *
144537 TATGAATAGAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGT
1 TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * *
144602 TCAGATAGTCATAACTATGTGAA-TATGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCA
66 TCAAATAGTCATAA-TATTTGAACT-TGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * *
144666 CTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTA
129 TTAATTTTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTG
* * * * * *
144718 TATTAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAATAAGGTCATAAAGATTTAAAATAGATAATTA
1 TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * **
144783 TTCAAATAGTTAGGACTATTTGAACATGTTCAAAAAACATATTTATTTCCTAAATCTTTTACTTA
65 TTCAAATAGTCA-TAATATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * *
144848 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTGTTATT-TGAATAAGCTTG
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* * * * *
144900 TATGAACATAAACAATTGTATTATGACAAAACAAAA-GTCATAA-GAATTTGAAGTAAATAACTG
1 TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
144963 TTTAAATAGTCATAAGATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATGTTTTACTTAT
65 TTCAAATAGTCATAATATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* *
145028 TAATTGCCTTT-ATATTAATAAATTTGTATTA-TTTATTCAAAATAAGCTTG
130 TAATT---TTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTG
145078 TAT
1 TAT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
TCAAATAGTCATAATATTTGAACTTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
AATTTTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTG
Found at i:145784 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 145742--145784 Score: 63
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145732 ATATACCTCT
145742 TTTCTCTATGATGATTTGGCTC
1 TTTCTCTATGATGATTTGGCTC
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1 TTTCTCTATGATGATT-TGGCTC
145785 CTCCAAGAAC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (22 bp):
TTTCTCTATGATGATTTGGCTC
Found at i:146767 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 146752--146798 Score: 60
Period size: 16 Copynumber: 3.1 Consensus size: 15
146742 ATTTATTTTA
*
146752 AACTTTTG-CTTATT
1 AACTTTTGAATTATT
*
146766 AATTTTTGAATTATTT
1 AACTTTTGAATTA-TT
146782 AACTTTTGAATTATT
1 AACTTTTGAATTATT
146797 AA
1 AA
146799 GAAATTAGTA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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15 7 0.25
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Consensus pattern (15 bp):
AACTTTTGAATTATT
Found at i:147750 original size:181 final size:180
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Indices: 146780--148732 Score: 1311
Period size: 181 Copynumber: 10.8 Consensus size: 180
146770 TTTGAATTAT
* * * * *
146780 TTAACTTTTGAATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAAC
1 TTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
* * * * * *
146845 AATTGTTTTCT-ATCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA
65 AATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *
146909 TCACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACA-ATTTTATTTTTCCAAA--TCATTTCCTTA
128 TAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAGA-TTTATTTTT-TAAATTTC-TTT-CTTA
* * * *
146963 TTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTAG-ATTAGTTTA-TTCTGACTAAGCTTGTAAGATA-TGA
1 TTAA-TTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA-ACT-A
* * * * * * *
147025 AAA-AAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATTA-ATAATTTTTCTAATAG
61 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
147088 -CTTTAACTATTTGAATTGGCTT-AGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCGTAT-TGA
125 TC-ATAACTATTTGAACT-GATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTC-TTTCTTA
* ** * * *
147144 TTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAG-AGTTATTTT-TAAGCAAATAAGCTTATATGATC-ATA
1 TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-A
* * * * *
147206 AACAATTGTTTTCTGACAAAACAAATA--TCTTAACGACTT-AAGATTA-ATAATTATTCAAATA
62 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAA-A-TAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
147267 GTCAGAACTATTTCAA-TTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTA
124 GTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTTCTTA
*
147324 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-AATCAAAAA
1 TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-CTAAAA
* ** * ** ** *
147388 CAATTATTTTATGACAAAATTAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-GACTA
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-A
* * ** * * * * *
147452 TTATTATTTTTACTAATTCAGTAAACATATAT-TTTTTTAAGTTTCTTAC-TA
128 TAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTTCTTA
* * * * *
147503 TT-ATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATCTAACCTTGTATTAACTAAA
1 TTAATTTTTG-AA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACTAAA
* * * * * * * *
147566 ACAATTGTTTTATGGCTAATCAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGACATTTGTTCAAATAGTAA
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
147631 TAATTATTTGAATTTATTCATTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTTCTTA
128 TAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATTTCTTTCTTA
* * * *
147685 TTAATTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAGGCTTGTATGAACTAAAACA
1 TTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACA
* * * * *
147750 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCAAAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTA
66 ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
147815 A-TCGTTTGAACTGATTC-GACAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAT-TTA
130 ACT-ATTTGAACTGATTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTT-TCTTA
** * * * * *
147866 TTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATTAGAA-AAGATTGTATGAA-TAAAAC
1 TTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
* * ** * ** * *
147929 AATTGTTTTACGACAAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATCATTCATATAGTCTT
65 AATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** ** ** * **
147994 AACTATTTGAATTGGGTCAACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTT-
129 AACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTTCTTA
* * * ** * *
148045 TTTATGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAAATAGTATGAA-TAGG
1 TTAAT-TTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTA-A
* * * * *
148108 ACCAATTGTTTGATGACAAAGTA-AAAAGTTC-TAACAATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATAG
62 AACAATTGTTTTATGACAAA--ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
148171 TCAAAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTT-TTACTGA
125 TCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTTCTTA
* * * * * *
148227 TTAATTTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAAC-AAAG
1 TTAATTTT-T-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAA-
* * ** *
148291 ACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATGTAGTCT
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * ** **
148356 TAACTATTTGAGCT-AGTTTAGCAAATGGATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTA
128 TAACTATTTGAACTGA-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTTCTTA
* * * * * * *
148409 TTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAGGCTTGTA-CAAATAGAAC
1 TTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAA
* * * * * * *
148473 CAATTGTTTTATGATAGAATAAAACGTTATAACAATTTGAAATAAATACTTGTTCAAATAGTCAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** *
148538 AACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC--TCTTA
129 AACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTTCTTA
* * * * *
148586 TTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTCTAT--ATTGAAAA
1 TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAA
* * * * * * * * *
148649 GCAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAAGTAATAACAATTTGAAATGGATAGTTATTTAAATGGCC
64 -CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
*
148714 ATAATTATTTGAACTGATT
127 ATAACTATTTGAACTGATT
148733 TATTTTTAAA
Statistics
Matches: 1404, Mismatches: 284, Indels: 169
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 5 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTGATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTTCTTA
Found at i:148439 original size:363 final size:359
Alignment explanation
Indices: 146793--149238 Score: 1286
Period size: 361 Copynumber: 6.8 Consensus size: 359
146783 ACTTTTGAAT
* *** * * * * *
146793 TATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTCT-A
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAAC-AAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
146857 TCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-TATCACTATTTGAA
65 -GAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCT-TAACTATTTGAA
* * * * ** * *
146921 CTT-GTTCAATAAACA-ATTTTATTTTTCCAAATCAT-TTCCTTATTAATTTTTTGAATGTTAAT
127 -TTAGTTCAACAAATAGA-TTTATTTTT-TAAAT-TTCTTAGTTATTAA-TTTTAGAATATTAAT
* * * * ** * *
146983 AAATTTAG-ATTAGTTTATTCTGACTAAGCTTGTAAG-ATATGAAAAAAATATTTTATGACTAAA
187 AAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTTGTATGAATA-GAACCAATTGTTTTATGAC-AAA
* * * * * * * * *
147046 -CAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATTA-ATAATTTTTCTAATAG-CTTTAACTATTTGAATTGGC
249 TAAAAAGTTC-TAACAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGT
* * * *
147108 TTAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCGTA-TTGATTAATTTT-TGAAA
311 TTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTT-ATTAATTTTCTAAAA
* ** * * * * *
147157 TATTATTAAATTAG-AGTTATTTT-TAAGCAAATAAGCTTATATGATCATAAACAATTGTTTTCT
1 TATTAATAAATTAGTA-TTATTTTAT-TTCAAACAAACTTATATTAACA-AAACAATTGTTTTAT
* * * * * * ** *
147220 GACAAAACAAATA--TCTTAACGACTT-AAGATTA-ATAATTATTCAAATAGTCAGAACTATTTC
63 GAGAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAA-A-TAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTG
** * * * *
147281 AATTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
125 AATTAGTTCAACAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTAGTTATTAATTTTAG-AATATTAATA
* * * *
147345 AATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTAT-AATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAAT
188 AATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAGGCTTGTATGAAT-AGAACCAATTGTTTTATGAC-AAAT
* * * ** ** * * * ** ** *
147408 TAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-GACTATTATTATTTTTACTAATTCA
250 AAAAAGTTCTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTTA
* * * * * * *
147472 GTAAACATATAT-TTTTTTAAGTTTCTTAC-TATT-ATTTTAGT-AAG
314 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTT-CTAAAA
* * * *
147516 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATCTAACCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAC-AAACTTATATTAAC-AAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * ** *
147580 -GCTAATCAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGACATTTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAAT
64 AG-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-
** * ** * *
147644 TTA-TTCATTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTTCTTATTAATTTTTGAATGTTAATAAAT
127 TTAGTTCAACAAATAGATTTATTTTTT-AAATTTCTTAGTTATTAATTTTAGAATATTAATAAAT
* * * *
147708 TAGTATTAATTTATTTTGAATAGGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
191 TAGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTTGTATGAA-TAGAACCAATTGTTTTATGAC-AAATAAAA
* * * * * * * * * *
147772 AGGTCAAAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAA-TCGTTTGAACT-GATTCGAC
254 AGTTC-TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTTAG-T
* * *
147835 AAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTC-AAAA
316 AAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTCTAAAA
* * * * * * *
147879 TATTATTAAATTAGCATTATTTTAATT-AGAA-AAGA-TTGTATGAATAAAACAATTGTTTTACG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AACAA-ACTTATATTAACAAAACAATTGTTTTATG
* * ** * **
147941 ACAAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAAT
64 A-GAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAT
* * * * * * * *
148006 TGGGTCAACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTT-TTTATGTTTTGAAATATTATTAAAT
128 TAGTTCAACAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAAT-TTTAG-AATATTAATAAAT
* *** * * *
148070 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAAATAGTATGAATAGGACCAATTGTTTGATGACAAAGTAAAAA
191 TAGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTTGTATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAA-TAAAAA
* * * *
148135 GTTCTAACAATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAAT
255 GTTCTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAAT
* *
148200 AGATTTACTTTTTAAATCTTTTACTGATTAATTTTCTAAAA
320 AGATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTCTAAAA
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1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAACAAA-ACAATTGTTTTATGA
* * **
148306 GAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATGTAGTCTTAACTATTTGAGCTA
65 GAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTA
* * * *
148371 GTTTAGCAAATGGATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAG
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* ** * *
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194 TATTATTTTATTCTGAATAGGCTTGTATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACA-AATAAAAAGTT
* * * *
148501 ATAACAATTTGAAATAAATACTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGA
258 CTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGA
* *
148566 TTTATTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTCT-TGAAA
323 TTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTCTAAAA
* * * ** * *
148599 TATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTCTATATTGA-AAAGCAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAAC-T-TATATTAACAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
148663 AGAAAACAAAAAAGTAATAACAATTTGAAATGGATAGTTATTTAAAT-GGC----C-A--T-AAT
64 AGAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAT
* * * *
148719 TATTTGAAC---T-GATTTA-TTTTTAAATCTCTTA-TTA--ACTTTT-GAAATATTAATACAA-
128 TAGTTCAACAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTAG-AATATTAATA-AAT
* * * * * *
148774 TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTATAA-CAATTG-TTTATGACAAA-ACAAA
191 TAGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTTGTATGAA-TAGAACCAATTGTTTTATGACAAATA-AAA
* ** * * * * * * * * *
148836 AGGTCATAATGATTTTAAATTGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTCGAATTTGTTCAATAA
254 AGTTC-TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAA
* * **
148901 ACA-ATTTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTT-TTGAA
318 ATAGA-TTTATTTTTT-AAATCT-TTACTTATTAATTTTCTAAAA
* * * * * * * *
148944 TGTTAAAAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAACAAACTTATATTAAC-AAAACAATTGTTTTATG
** * * * * * * *
149008 ACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATTA-AAAACTATTC-TAATAGTCTTAATTATTTGAA
64 AGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAT-ATAGTCTTAACTATTTGAA
* * ** * * * * * *
149071 CT-GTTTTAGTAAAAACATTTATTTTTTTAAATCTCTTA-CTA--ATTTTTAGAATATTATTAAA
127 TTAG-TTCAACAAATAGATTTA-TTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTAGAATATTAATAAA
** ** ** * * *
149132 TTAGTATTATTTT-TATCCAAATAACCTTGTATG-ATCAGAAATAATTATTTTATGAGAAA-ACA
190 TTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAGGCTTGTATGAAT-AGAACCAATTGTTTTATGACAAATAAA
* * * * *
149194 AAGATC-AA-AATTTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCAAAACT
253 AAGTTCTAACAA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
149239 TGCTTTTTAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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339 8 0.00
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Consensus pattern (359 bp):
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AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTAG
TTCAACAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTCTGAATAGGCTTGTATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAATAAAAAGTTCTA
ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTT
ATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTCTAAAA
Found at i:149094 original size:182 final size:178
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148720 ATTTGAACTG
* * * *
148730 ATTTA-TTTTT-AAATCTCTTATTAACTTTT-GAAATATTAATACAA-TAGTATTATTTTATTTT
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** * * * * * *
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* * *
148854 ATTGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTCGAATTTGTTCAATAAACAA
128 ATTAAAAACTATTTAAATAGTCATAACTATTCGAATTTGTTCAATAAACAA
* * * *
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1 ATTTATTTTTTCAAA--TC-T-CTTACTAATTTTTAGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATT
* *
148970 CTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGA
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* * * *
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* ** *
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1 -ATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTAATTTTTAGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTAT-TCT
* * * * *
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149196 GATCAAAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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176 5 0.02
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Consensus pattern (178 bp):
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ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATT
AAAAACTATTTAAATAGTCATAACTATTCGAATTTGTTCAATAAACAA
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Indices: 148750--149730 Score: 1284
Period size: 492 Copynumber: 2.0 Consensus size: 493
148740 AAATCTCTTA
* * * * *
148750 TTAACTTTTGAAATATTAATACAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTATAAC
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* * *
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* * * **
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* *
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194 GTTAAAAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGAC
* ** *
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259 TAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAAGCAAAAACTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGG
* * *
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324 TTCAGCAAAAACATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAATATT
* ** * * *
149140 ATTTTTATCCAAATAACCTTGTATGATCAGAAATAATTATTTTATGAGAAAACAAAGATCAAAAT
389 ATTTTAATCCAAATAACCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCAAAAA
* * * *
149205 TTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCAAAACTTGCTTT
454 TTTAAGATAGATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTTGCTTT
* *
149245 TTAATTTTTGAAAAATTAATAAAATAGCATTATTTTATTTTGTATAAATTTTTATAAACTGA-AA
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* *
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* * * *
149372 -AATATATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGA-TATTTTTT-AAATCTCTTGCTCATTAATTTTTCA
128 TAA-ATATTCGAACTTGTTCAATAAACA-ATTATTTTTTCAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTCA
* *
149434 AATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TCAAAATAATTATTTTA
191 AATGTTAAAAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTATTTTA
* * *
149498 TGACTAAACAATAA-GTTAAAATGATTTG-AAGCAGATAATTATTCTAATAGTCTT-ATCTATTT
255 TGACTAAACAA-AAGGTTAAAACGATTTGAAAGCA-AAAACTATTCTAATAGTCTTAAT-TATTT
* *
149560 GAACTGGTTCAGCAAATACATTTA-TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT-GAATATTATTAAAT
317 GAACTGGTTCAGCAAAAACATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTAGAATATTATTAAAT
* * * *
149623 TAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAATA
382 TAATATTATTTTAATCCAAATAACCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA
* *
149688 TCATAACAATTTAAGATAGATAATTGCTCACATAGTCATAACT
447 TCA-AA-AATTTAAGATAGATAATTGCTCAAATAGTCAAAACT
149731 ATTTAAACTA
Statistics
Matches: 422, Mismatches: 53, Indels: 25
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (493 bp):
TTAACTTTTGAAAAATTAATAAAATAGCATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTATAAACTATAAC
AATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAACTTTAAATTGATAATTATTCAAATAGTCATAA
ATATTCGAACTTGTTCAATAAACAATTATTTTTTCAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGT
TAAAAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTA
AACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAAGCAAAAACTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTT
CAGCAAAAACATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAATATTAT
TTTAATCCAAATAACCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCAAAAATT
TAAGATAGATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTTGCTTT
Found at i:150271 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 150220--150271 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 18
150210 AAAACAAAAG
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1 GTCATAACTATTT-AAATA
* * *
150239 G--ATAATTGTTGAAATA
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150255 GTCATAACTATTTAAAT
1 GTCATAACTATTTAAAT
150272 GTGTTAAAAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 6, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (18 bp):
GTCATAACTATTTAAATA
Found at i:150394 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 149245--152351 Score: 2040
Period size: 181 Copynumber: 17.4 Consensus size: 179
149235 AACTTGCTTT
* * * ** ** * * *
149245 TTAATTTTT-GAAAAATTAATAAAATAGCATTATTTTATTTTGTATAAATTTTTATAAACTGAAA
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* *
149309 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCTATTAAC--TTT-AAATATATAATTGTTCAAATAGTC
64 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-A-TAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
149371 A-AATATATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGA--TATTTTTTAAATCTCTTGCTCA
127 ATAA-CTATTT-AAATTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* *
149423 TTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATCA-AA
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* * * * ** * *
149486 ATAATTATTTTATGACTAAACAATAA-GTTA-AAATGATTTGAAGCAGATAATTATTCTAATAGT
63 ACAATTATTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * ** * *
149549 CTTATCTATTTGAACTGGTTCAGCAAATACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTA
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* * ** *
149600 TTAATTTTT-GAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAAC
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* * * * *
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* * * * * *
149726 TAACTATTTAAACTATTTCGATAAACAAATTTAGTTTTTAAA---TTT-CTTA
128 TAACTATTTAAATTGTTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * ** *
149775 TTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAGAATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAACAGAAAC
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* * * * * * *
149840 AATTGTTTTATTAAAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAGTAGATAAATGTTCAAATGGACAT
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* * ** ** *
149904 GACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTT-GCTTTTAAATCTCCTACCTA
129 AACTATTT-AAATTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * *
149955 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
** *
150020 AATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACTATTTGAAAT-GAATAATTGTTTAAATAGGCAT
65 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATA-G--T
* * *** *
150084 AATAACTATTTAAAATTGCTCAATAAATAGA--T-TTTTTTAAA----AT-CTTA
126 CATAACTATTT-AAATTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * *
150131 TTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAATAGAAAT
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
** *
150196 AATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATA
65 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
****
150261 ACTATTTAAATGTGTTAAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTA
130 ACTATTTAAAT-TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * *
150311 TTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAACAGAA
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* * * * *
150375 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTG-AATAGAAAATTGTTCAATTTGTCA
63 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
150439 TAACTATTCGAACTTGTTTGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTGCTCA
128 TAACTATT-TAAATTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * *
150492 -TAATTTTCT-TAATATTAATAAATTAGTATTATATTATTTCAAATAAGCCTATATTAACAGATA
1 TTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
** * * *
150555 CAATTATTTTATGATGAAACAAAATGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAAATATTCAAATAG---
64 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * ** * *
150616 --ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATTTTTATTTTTAAAATCTTTTAATTA
128 TAACTATTT-AAATTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * ** * *
150667 TTAATTGTT-GAAATATTACTAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAACAAAAA
1 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * * * * *
150731 AAATTGTTTTTTTCTACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAGTTGTTCAAATAGTC
64 CAATT-ATTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
150796 ATAACTATTTGAATTTATTTGATAAATAGAGTTT-TTTTTAAAAATCTTTTACTTA
127 ATAACTATTT-AAATTGTTTGGTAAATAGA-TTTATTTTT-TAAATCTTTTACTTA
* * *
150851 TTAATTGTTT-GAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATTGAAATAAGCGTGTATGAATAGAA
1 TTAATT-TTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * * *** *
150914 A-AATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATCACTCAATTAGTCA
63 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
150977 TAATTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTCAGTTTTTAAATC---T-CTTA
128 TAACTATTT-AAATTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
151026 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAATAAGCTTGTAGGAACAAAAAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * *
151091 AATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTAAAATAAATAATTGTTTAAACAGTCAA
65 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *** ** * * * ** *
151155 AACTATTTGCACTGGTCAAGCCAACAAATTCATTTTTTAAATCCGTCACTTA
129 AACTATTT-AAATTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * * * *
151207 TTAATTTTTAGAAAATTAGTTAATTAGCATTACTTTATTCTAAATAAGAC-TATATCAATAGAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAG-CTTGTATGAACAGAAA
* * * * * *
151271 AAACTATTTTATGACAAAACAAATA-GTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTT
64 CAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
** * * *
151334 ATAACTAATTGGACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTCA
127 ATAACT-ATTTAAATTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * * * * * *
151384 TAAATTTTCAAAATATT-ATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * *
151448 ATTTATTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTT
65 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * ** *
151512 AACTATTTGAATTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCA
129 AACTATTTAAATTG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * ** *
151564 TTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTTATATGATGAAAAA
1 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * * * * *
151628 CTATTGTTTTATGATAAAATAAATGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTA-CCA
64 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCA
* ** *** *** *
151692 TAATTATTCGAATTGATTCAATAAATTA-ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTC
128 TAACTATTTAAATTG-TTTGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * ** * * ** *
151745 TCAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTAAAAATTA-AA
1 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAA
* * * * * * * *
151808 ACAATTGTTTTATTATAAAACCAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTGCACATAGTCA
63 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
151873 TAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTTAAAT-TTCTTGCTTA
128 TAACTATTT-AAATTGTTTGGTAAATAGATTTA--TTTTTTAAATCTT-TTACTTA
* * * *
151928 TTAATTTTCTA-AATGTTAAT-AAGTAGTATTATTTTAGTTCAAATAAGCATGTATGAACTA-AA
1 TTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAA
** * *
151990 ACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCAGAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC
63 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
152054 TTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAAAACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
127 ATAACTATTTAAATT-GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* ** * * * * ** *
152108 -TAA-TTTTAGAATATTATTAGCTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAGCTTGTCTGGCCAAAAAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
** * * * * *
152171 AATTGCTTTATGACAAAAC-AAAGATCATTACAATTTTAAATAGATAATTGTTCACATAGTCATA
65 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* *
152235 ACTATTTAAATTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAT-TTCTTGCTTA
130 ACTATTTAAA-TTGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTT-TTACTTA
* * ** * *
152287 TTAATTTTCTA-AGTGTTAATAAGGTAGTATTATTTTAGTTCAAATAAGCATGTATG-ACA-AAA
1 TTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
152349 CAA
64 CAA
152352 AAGGTCATAA
Statistics
Matches: 2313, Mismatches: 491, Indels: 249
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 4 0.00
173 23 0.01
174 15 0.01
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Consensus pattern (179 bp):
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ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTAAATTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
Found at i:150400 original size:357 final size:353
Alignment explanation
Indices: 149245--153020 Score: 2134
Period size: 357 Copynumber: 10.6 Consensus size: 353
149235 AACTTGCTTT
* * ** * * ** * * *
149245 TTAATTTTT-GAAAAATTAATAAAATAGCATTATTTTATTTTGTATAAATTTTTATAAACTGAAA
1 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
*
149309 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCTATTAAC--TTT-AAATATATAATTGTTCAAATAGTC
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-A-TAACTATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAG-C
* * * *
149371 AAAT-A-TATTTGAACTTGTT-TAGTAAATAGATATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTC
126 TAATAACTATTTGAAATTGTTCGA-TAAATAGAT-TTTTTTAAATATC-T--T-ATTAATTTTT-
* * *
149433 AAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATCA-AAATAATTATTTT
184 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAAAAATTATTTT
* * * ** * * *
149497 ATGACTAAACAATAA-GTTAAAATGATTTGAAGCAGATAATTATTCTAATAGTCTTATCTATTTG
248 ATGACAAAACAA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
149561 AACTGGTTCAGCAAATACATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTA
312 AACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTA
* * * * *
149600 TTAATTTTT-GAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * *
149664 AATTTTTTTATGACAAAATAAATA--TCATAACAATTT-AAGATAGATAATTGCTCACATAG-TC
66 AATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACTATTTGAA-ATA-ATAATTGTTCAAATAGCTA
* * * *
149725 ATAACTATTT-AAACTAT-TTCGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTCAAAA
128 ATAACTATTTGAAA-T-TGTTCGATAAATAGA-TT--TTTTTAAATATCTTATTAATTTT-TAAA
* * * ** * * * * *
149788 TATTAATAGATCAGAATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATTA
187 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGA
* * * * * * *
149853 AAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAAATGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTT
252 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* ** * *
149918 GTTTGGTAAATAGATTT-GCTTTTAAATCTCCTACCTA
317 GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTA
* * *
149955 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
** *
150020 AATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACTATTTGAAATGAATAATTGTTTAAATAGGCATA
66 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT-AATAATTGTTCAAATA-GC-TA
* * * *
150085 ATAACTATTTAAAATTGCTCAATAAATAGATTTTTTTAAA-ATCTTATTAATTTTTGGAATATTA
128 ATAACTATTTGAAATTGTTCGATAAATAGATTTTTTTAAATATCTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * * * * **
150149 ATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAATAGAAATAATTGGTTTATGACAAAA
192 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAA
* * *
150214 CAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTT-AAATGTGTT
257 CAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTT
**** *
150277 AAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTA
320 CGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTA
* * * *
150311 TTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAACAGAAA
1 TTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * * *
150376 CAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTG-AATAGAAAATTGTTCAATTTG-TCA
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGCTAA
* * * * * * *
150439 TAACTATTCGAACTTGTTTGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTGCTCATAATTTTCTTAA
129 TAACTATTTGAAATTGTTCGATAAATAGA-T--TTTTTTAAATATCTT-AT--TAATTTT-TAAA
* * * * * * *
150504 TATTAATAAATTAGTATTATATTATT-TCAAATAAGCCTATATTAACAGATACAATTATTTTATG
187 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATG
** * *
150568 ATGAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAAATATTCAAATAG-----ACTATTTGAACT
251 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * *
150628 TGTTCGGTAAACATTTTTATTTTTAAAATCTTTTAATTA
316 TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTA
* * * * * * *
150667 TTAATTGTT-GAAATATTACTAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAACAAAAA
1 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * * * *
150731 AAATTGTTTTTTTCTACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAGTTGTTCAAATAG-T
65 CAATT-ATTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT-AATAATTGTTCAAATAGCT
* * * * *
150795 CATAACTATTTGAATTTATTTGATAAATAGAGTTTTTTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTGTT
127 AATAACTATTTGAAATTGTTCGATAAATAGA--TTTTTTT--AAA---TAT-CTTATTAATT-TT
* * *
150860 TGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATT-GAAATAAGCGTGTATGAATAG-AAAAATT-TT
183 TAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATT
* *** * * * * *
150921 TTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATCACTCAATTAGTCATAATTATTT
246 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
150986 GAACTTATTCGATAAATAGATTCAGTTTTTAAA--TCT-CTTA
311 GAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTA
* * * *
151026 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGA-ATTATGTTA-TTCTAAATAAGCTTGTAGGAACAAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * * *
151089 ACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTAAAATAAATAATTGTTTAAACAG-T
64 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAAT-AATAATTGTTCAAATAGCT
* * * * ** *
151152 CAA-AACTATTTG-CACTGGTCAAGCCAACAAATTCA-TTTTTTAAATCCGTCACTTATTAATTT
127 -AATAACTATTTGAAATTGTTC--G---ATAAATAGATTTTTTTAAAT--AT--CTTATTAATTT
* * * * * * * *
151214 TTAGAAAATTAGTTAATTAGCATTACTTTATTCTAAATAAGAC-TATATCAATAGAAAAAACTAT
182 TTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAAAAATTAT
* * * *
151278 TTTATGACAAAACAAATA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTAA
245 TTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
151342 TTGGACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCT-CTCA
309 TTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTA
* * * * * * * *
151384 TAAATTTTCAAAATATT-ATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * *
151448 ATTTATTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCT-
66 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAG-CTA
* * *
151511 -TAACTATTTG-AATTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTTG
128 ATAACTATTTGAAATTG-TTCGATAAATAGA--T-TTTTTTAAATAT-CT--T-ATTAATTTTT-
* * * *
151574 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTTATATG-AT-GAAAAACTATTGTTT
184 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAA--ATTATTT
* * * * ** * * * *
151637 TATGATAAAATAAATGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTA-CCATAATTATTC
247 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTT
** * * *
151701 GAA-TTGATTCAATAAATTA-ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTC
311 GAACTTG-TTCGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTA
* * * * * * ** *
151745 TCAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTAAAAATTA-AA
1 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-CAGAA
* * * * * * * * *
151808 ACAATTGTTTTATTATAAAACCAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTGCACATAG-TC
64 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGCTA
* * * ** *
151872 ATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTC
128 ATAACTATTTGAAATTG-TTCG---ATAAATAGA-TTTTTTTAAA--T-AT-CTTATTAATTTT-
* * * *
151937 TAAATGTTAAT-AAGTAGTATTATTTTAGTTC-AAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATT
183 TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATT
** * * * *
151999 TTATGATTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTT
246 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
152064 GAA-TTGGTTTGGCAAAAACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
311 GAACTT-GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTA
* ** ** * * * * ** *
152108 -TAA-TTTTAGAATATTATTAGCTTAGCAATATTTTA-CTCTAAATAAGCTTGTCTGGCCAAAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
** * * * * * *
152170 CAATTGCTTTATGACAAAAC-AAAGATCATTACAATTTTAAATAGATAATTGTTCACATAG-TCA
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGCTAA
* * * *
152233 TAACTATTT-AAATTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCT
129 TAACTATTTGAAA-TTGTTCGATAAATAG----ATTTTTTTAAA--T-AT-CTTATTAATTTT-T
* * **
152297 AAGTGTTAATAAGGTAGTATTATTTTAGTTC-AAATAAGC--------AT-G------------T
184 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTT
** * * * * *
152340 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGA
248 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
152405 ACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTCAAC-TA
313 ACTTGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAAT-T-TCTACTTA
* * * * ** * *
152448 TTAATTTTTAGAATATAAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAAATTATATGAACA-AAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * *
152511 AATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCA
66 AA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGCTAA
* * * * * *
152575 TAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAACATA-ATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG
129 TAACTATTTGAAATTGTTCGAT-AA-ATAGA-T-TTTTTTAAA--T-AT-CTTATTAA-TTTTT-
* * * * * * *
152639 AAATATTAAGAAATTCA-TTTTATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAGTTGTTTT
184 AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTT
* * * *
152703 ATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTATTCATATCGTCTTAACTATTTGA
248 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * *
152767 ACTAGTTCGGCAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA
313 ACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTA
** * * * * * * * *
152809 TTAATTTTGGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTACTTCGAGTAAGCTAGTATGAA-AAAAAT
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * * * * * *
152873 AATTGTTTTATGATAGAACAAAAAGTTATAA-TGATTTCAAGTATACAATTATTTAAATAG-TCA
66 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGCTAA
* * * *
152936 TAACTATTT-AAATTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
129 TAACTATTTGAAATT-GTTCGATAAATAGA-TT-TTTTT-AAA--T-AT-CTTATTAATTTTT-A
*
153000 AAGATTAATAAATTAGTATTA
185 AATATTAATAAATTAGTATTA
153021 AGGATTTAAA
Statistics
Matches: 2683, Mismatches: 544, Indels: 383
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
339 69 0.03
340 20 0.01
341 70 0.03
342 100 0.04
343 5 0.00
344 3 0.00
350 2 0.00
351 16 0.01
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353 42 0.02
354 96 0.04
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356 323 0.12
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366 6 0.00
367 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (353 bp):
TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAATAATTGTTCAAATAGCTAATA
ACTATTTGAAATTGTTCGATAAATAGATTTTTTTAAATATCTTATTAATTTTTAAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAA
AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA
ATAGATTTATTTTTTAAATTTCTACTTA
Found at i:150772 original size:178 final size:180
Alignment explanation
Indices: 150298--151138 Score: 432
Period size: 179 Copynumber: 4.7 Consensus size: 180
150288 TTTATTTTTT
* * * * *** *
150298 AAAT-TTTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGGAATAAGCT
1 AAATCTTTTAATTATTAATTGTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCG
* * * * * * *
150362 TATATGAACAGAAACAATT-ATTTTAT-GACAAAACAAAATGTCATAACGATTTG-AATAGAA-A
65 TCTATGAACAAAAAAAATTGTTTTTTTCTACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATA-AATA
* * * * * * * *
150423 ATTGTTCAATTTGTCATAACTATTCGAACTTGTTTGATAAATAGA-TTCATTTTTT--
129 AATATTCAA---AT-AGAACTATTTGAACTTATTCGATAAATACAGTT--TTTTTTAA
** * * * * * * *
150478 AAATCTTTTGCTCA-TAATT-TTCTTAATATTAATAAATTAGTATTATATTATTTCAAATAAGCC
1 AAATCTTTTAATTATTAATTGTT-TGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCG
* * * * * * * * ** * * *
150541 TATATTAACAGATACAATT-ATTTTAT-GATGAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
65 TCTATGAACAAAAAAAATTGTTTTTTTCTACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAA
* * * *
150604 ATATTCAAATAG-ACTATTTGAACTTGTTCGGT-AA-ACATTTTTATTTTTA
130 ATATTCAAATAGAACTATTTGAACTTATTCGATAAATACAGTTTT-TTTTAA
* *
150653 AAATCTTTTAATTATTAATTG-TTGAAATATTACTAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCT
1 AAATCTTTTAATTATTAATTGTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCG
*
150717 TCTATGAACAAAAAAAATTGTTTTTTTCTACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAG
65 TCTATGAACAAAAAAAATTGTTTTTTTCTACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAA
* * * * *
150782 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTTGATAAATAGAGTTTTTTTTAA
130 ATATTCAAATAG----AACTATTTGAACTTATTCGATAAATACAGTTTTTTTTAA
* * **
150837 AAATCTTTTACTTATTAATTGTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATTGAAATAAGCGT
1 AAATCTTTTAATTATTAATTGTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCGT
* * * * * * * * * **
150902 GTATGAA-TAGAAAAA-T-TTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGT-AA
66 CTATGAACAAAAAAAATTGTTTTTTTCTACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAAA
* * * * *
150962 TCACTCAATTAGTCATAATTATTTGAACTTATTCGATAAATAGA-TTCAGTTTTT--
131 T-ATTCAA--A-T-AGAACTATTTGAACTTATTCGATAAATACAGTT--TTTTTTAA
* * * *
151016 AAATC---T-CTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGA-ATTATGTTATTCTAAATAAGC
1 AAATCTTTTAATTATTAATTGTTT-GAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATCCAAATAAGC
* * * * * * * * *
151075 TTGTAGGAACAAAAACAATTG-TTTTGT-GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATA
64 GTCTATGAACAAAAAAAATTGTTTTTTTCTACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATA
151138 A
129 A
151139 TTGTTTAAAC
Statistics
Matches: 527, Mismatches: 100, Indels: 70
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
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173 6 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAATCTTTTAATTATTAATTGTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCGT
CTATGAACAAAAAAAATTGTTTTTTTCTACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAAA
TATTCAAATAGAACTATTTGAACTTATTCGATAAATACAGTTTTTTTTAA
Found at i:151290 original size:538 final size:534
Alignment explanation
Indices: 149305--153013 Score: 1822
Period size: 538 Copynumber: 6.9 Consensus size: 534
149295 TTTATAAACT
* * * *
149305 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCTATTAAC--TTT-AAATATATAATTGTTCAAAT
1 GAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-A-TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAATT
* * *
149367 AGTCA-AATATATTTGAACTTGTT-TAGTAAATAGA-T-ATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAAT
63 AGTCATAA-CTATTTGAACTTATTCGA-TAAATAGATTCATTTTTTAAATCTC-T--TCATTAAT
* * * * * *
149428 TTTTCAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATC-AAAATAATT
123 TTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATATTATTCTAAATAAGCTTATATGAA-CAAAAACAATT
* * * ** * * * *
149492 ATTTTATGACT-AAACAATAA-GTTAAAATGATTTGAAGCAGATAATTATTCTAATAGTCTTATC
186 GTTTTATGA-TAAAACAA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAA-A--ATAAAC
* * * * *
149555 TATTTGAAC-TGGTTCAGCAAATACATTTATTTTTTAAAT-C-TC--TTATTAATTTTTG-AATA
245 TATTTGAACTTGG-TCAGCAAACAAATTCATTTTTAAAATCCGTCAATTATTAATTGTTGAAATA
* * * * * * **
149614 TTATTAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAA-TTTTTTTATGA
309 TTACTAAATTAACATTACTTTAATCCAAATAAGCTTATATCAACAA-AAAAAACTGATTTTATGA
* * * * * * *
149677 CAAAATAAATA-TCATAACAATTT-AAGATAGATAATTGCTCACATAGTCATAACTATTTAAACT
373 CAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAA-ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
* * * * * ** *
149740 AT-TTCGATAAACAAATTTAGTTTTTAAA---TTT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGA-T
436 TTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATT
* * ** **
149799 CAGAATTATTTTATTCT-AAATAATTTTGCATGAACA
500 TA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTATATGAACA
* * * * * * * * *
149835 GAAACAATTGTTTTATTAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAAATGTTCAAATGG
1 GAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAATTAG
* * * * * * *
149900 ACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT--TGCTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTCAT-TTTTTAAATCT-CT-TC-ATTAATTTT
* * * * * * *
149963 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATT
126 T-GAATATTAATAAATTAGTATTATATTATTCT-AAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTT
* **
150027 TTATGACAAAACAAAATATCATAACT-ATTTGAAAT-GAATAATTGTTTAAATAGGCATAATAAC
189 TTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAG-ATAATTGTTT-AA-A---AT-A-AAC
* * * ** * * * *
150090 TATTTAAAATTGCTCAATAAATAGATT--TTTTTAAAA----TC--TTATTAATTTTTGGAATAT
245 TATTTGAACTTGGTCAGCAAACAAATTCATTTTTAAAATCCGTCAATTATTAATTGTTGAAATAT
* * ** * * *** * * * * * * * *
150147 TAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAATAGAAATAATTG-GTTTATGACA
310 TACTAAATTAACATTACTTTAATCCAAATAAGCTTATATCAACAAAAAAAACTGATTTTATGACA
* * * * * *
150211 AAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTAAATGTGT
375 AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGT
** *
150276 TAAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTTAT
440 TTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTT-GAATATTAATAAATTTAT
*
150340 ATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAACA
503 ATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAACA
* * * *
150372 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTG-AATAGAAAATTGTTCAATTTG
1 GAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAATTAG
* * * *
150436 TCATAACTATTCGAACTTGTTTGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTGC-TCATAATTTTC
65 TCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTT-CAT--TAATTTT-
* * * * * *
150500 TTAATATTAATAAATTAGTATTATATTATT-TCAAATAAGCCTATATTAACAGATACAATTATTT
126 TGAATATTAATAAATTAGTATTATATTATTCT-AAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * * *
150564 TATGATGAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAAAT-ATTCAAATAGACTATTTGAACT
190 TATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAATAAACTATTTGAACT
* * * ** * ** *
150628 TGTTCGGTAAACATTTTTATTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTGTTGAAATATTACTAAATTA
255 TGGTCAGCAAACAAATTCATTTTTAAAATCCGTCAATTATTAATTGTTGAAATATTACTAAATTA
* * * * * * * *
150693 ATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAACAAAAAAAATTGTTTTTTTCTACAAAACAAAAA
320 ACATTACTTTAATCCAAATAAGCTTATATCAACAAAAAAAACTGATTTTAT-GACAAAACAAAAA
* *
150758 GTCATAACGATTTGAAATAAATAGTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTTGATAAAT
384 GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGATAAAT
*
150823 AGAGTTT-TTTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTT
449 AGA-TTTATTTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTT
* * * *
150887 AATTGAAATAAGCGTGTATGAATA
511 ATTTGAAATAAGCTTATATGAACA
* * * * * *
150911 GAAAAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATCACTCAATTAGT
1 GAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAATTAGT
* *
150975 CATAATTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTCAGTTTTTAAATCTCTT-ATTAATTTTTAGAA
66 CATAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTCATTAATTTTT-GAA
* * * * *
151039 TATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAATAAGCTTGTAGGAACAAAAACAATTGTTTTGTGA
130 TATTAATAAATTAGTATTATATTATTCTAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
151104 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTTAAACAGTCAAAACTATTTGCAC-T
195 TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAA-A-T--AAACTATTTGAACTT
* * * * * *
151168 GGTCAAGCCAACAAATTCATTTTTTAAATCCGTCACTTATTAATTTTTAGAAA-ATTAGTTAATT
256 GGTC-AGCAAACAAATTCATTTTTAAAATCCGTCAATTATTAATTGTT-GAAATATTACTAAATT
* * * * * *
151232 AGCATTACTTTATTCTAAATAAGAC-TATATCAATAGAAAAAACT-ATTTTATGACAAAACAAAT
319 AACATTACTTTAATCCAAATAAG-CTTATATCAACAAAAAAAACTGATTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * * *
151295 AGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTAATTGGACTGGTTTGGTAAA
383 AGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGATAAA
* * ** *
151360 TAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTCATAAATTTTCAAAATATT-ATAAATTAATATTATTTTA
448 TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTTATATTATTTTA
151420 TTTTGAACA-AA-CTTATATGAACA
512 -TTTGAA-ATAAGCTTATATGAACA
* *
151443 -AAAACATTTATTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-ATAT
1 GAAAA-A-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAT-T
* * * * *
151506 AGCCTTAACTATTTGAA-TTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATT
63 AGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCT-CT--TCATTAATT
* * * ** *
151570 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTTATATGATGAAAAACTATTGT
124 TTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATATTATTCTAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGT
* * * ** * * *
151635 TTTATGATAAAATAAATGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTACCATAATTATT
188 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAA--A-TA-AACTATT
* * ** ** * * * * *
151700 CGAA-TTGATTCAATAAATTAATTTATTTTTTAAAT-C-TCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATT
249 TGAACTTG-GTCAGCAAACAAATTCATTTTTAAAATCCGT-CAA-TTATTAATTGTTGAAATATT
* * * * * **** * * ** ** * * * *
151762 AATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTAAAAATTAAAACAATTG-TTTTATTATAA
311 ACTAAATTAACATTACTTTAATCCAAATAAGCTTATATCAACAAAAAAAACTGATTTTATGACAA
* * * * * *
151826 AACCAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTGCACATAGTCATAACTATTTGAATTTGTT
376 AACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTT
* * * * * * *
151891 TGGTAAACAAATTTATTTTTTTTAAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTCTAAATGTTAAT-AA-GTA
441 TGATAAATAGATTTA--TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTTA
* * * *
151953 GTATTATTTTAGTTCAAATAAGCATGTATGAACTA
502 -TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAAC-A
** * * *
151988 -AAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAA-TA
1 GAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATTA
* * * ** * * * *
152051 GTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAAAACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAATTTT
64 GTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTT-CAT-TAATTTT
* * ** * * * * * * ** *
152115 AGAATATTATTAGCTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAGCTTGTCTGGCCAAAAACAATTGCTTT
126 TGAATATTAATAAATTAGTATTATATTATTCTAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTT
* * * ** * * * *
152180 ATGACAAAAC-AAAGATCATTACAATTTTAAATAGATAATTGTTCACATAGTCATAACTATTTAA
191 ATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTA-A-AAT-A-AACTATTTGA
* ** ** * * * * * * * * * * *
152244 ATTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATTTCTTGC--TTATTAATT-TTCTAAGTGTTAA
252 ACTTGGTCAGCAAACAAATTCA--TTTTTAAAATCCGT-CAATTATTAATTGTT-GAAATATTAC
** ** * * *
152306 TAAGGTAGTATTA--TT--T-----T-AG----T-T---C-AAATAAGC--A-TGTATGACAAAA
313 TAAATTAACATTACTTTAATCCAAATAAGCTTATATCAACAAAAAAAACTGATTTTATGACAAAA
* * * * * * * * * *
152349 CAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTATTCG
378 CAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTG
* * ** *
152414 ATAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTCAAC-TATTAATTTTTAGAATATAAAT-AA-TTAGTA
443 ATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTA-TA
*
152476 TTATTTTATTTTGAACA-AA-ATTATATGAACA
504 TTATTTTA-TTTGAA-ATAAGCTTATATGAACA
* * * * * *
152507 AAAAAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 GAAAAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAATTAG
* * *
152572 TCATAATTATTTGAAC-TAGTTAGGTAAACATA-ATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
65 TCATAACTATTTGAACTTA-TTCGAT-AA-ATAGATTCATTTTTTAAATCTCTT-C--ATTAA-T
* * * * ** *
152634 TTTTGAAATATTAAGAAATTCA-TTTTATTTTATTCTGAATAAGC-TAGTATGAATTGAAAA-AG
123 TTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTATATTATTCTAAATAAGCTTA-TATGAA-CAAAAACAA
* *** *
152696 TTGTTTTATG-TCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTATTCATATCGTCTTAA
184 TTGTTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT--TA--AAATAAA
* * * * * * * *
152759 CTATTTGAACTAGTTCGGCAAAAAAAATT-ATTTTTTAAATCTC-TTAGTTATTAATT-TTGGGA
244 CTATTTGAACTTGGTCAGC-AAACAAATTCATTTTTAAAATC-CGTCAATTATTAATTGTT-GAA
* * ** * * * * * * * *
152821 ATATTATTAGATTAGTATTATTTTACTTCGAGTAAGC-TAGTATGAA-AAAAATAATTG-TTTTA
306 ATATTACTAAATTAACATTACTTTAATCCAAATAAGCTTA-TATCAACAAAAAAAACTGATTTTA
* * * * * * * * * * *
152883 TGATAGAACAAAAAGTTATAATGATTTCAAGTATACAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAA
370 TGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
152948 TTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAAT
435 TTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAAT
153013 T
499 T
153014 AGTATTAAGG
Statistics
Matches: 2483, Mismatches: 525, Indels: 329
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
519 6 0.00
520 138 0.06
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526 2 0.00
528 25 0.01
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546 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (534 bp):
GAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAATTAGT
CATAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTCATTAATTTTTGAAT
ATTAATAAATTAGTATTATATTATTCTAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAT
AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAATAAACTATTTGAACTTGGTCA
GCAAACAAATTCATTTTTAAAATCCGTCAATTATTAATTGTTGAAATATTACTAAATTAACATTA
CTTTAATCCAAATAAGCTTATATCAACAAAAAAAACTGATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
CGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGATAAATAGATTTA
TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATA
AGCTTATATGAACA
Found at i:152812 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 152339--153020 Score: 662
Period size: 181 Copynumber: 3.8 Consensus size: 179
152329 AATAAGCATG
* ** * * * *
152339 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTG
1 TATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * *
152404 AACTTA-TTCGATAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTCAAC-TATTAATTTTT-AGAATATAA
66 AAC-TAGTTAGGTAAACAAAATTA-TTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTA
* * * **
152466 AT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAAATTA-TATGAACAAAAAAATTTGTTT
127 ATAAATTAGTATTATTTTACTTCGAA-TAAGCTAGTATGAA-AAAAAAA-TTGTTT
* ** * * *
152520 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
1 TATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *
152585 AACTAGTTAGGTAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAAATATTAAGA
66 AACTAGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATA
* * *
152650 AATTCA-TTTTATTTTA-TTCTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAGTTGTTT
130 AATT-AGTATTATTTTACTTC-GAATAAGCTAGTATGAA--AAAAAAATTGTTT
* * * *
152702 TATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTATTCATATCGTCTTAACTATTTG
1 TATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * *
152766 AACTAGTTCGGCAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGGGAATATTATTAG
66 AACTAGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
*
152831 ATTAGTATTATTTTACTTCGAGTAAGCTAGTATGAAAAAAATAATTGTTT
131 ATTAGTATTATTTTACTTCGAATAAGCTAGTATGAAAAAAA-AATTGTTT
* * * * * * *
152881 TATGAT-AGAACAAAAAGTTATAATGATTTCAAGTATACAATTATTTAAATAGTCATAACTATTT
1 TATG-TCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * *
152945 AAATTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATA
65 GAACTAGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
153010 AATTAGTATTA
130 AATTAGTATTA
153021 AGGATTTAAA
Statistics
Matches: 420, Mismatches: 67, Indels: 29
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 4 0.01
179 38 0.09
180 148 0.35
181 164 0.39
182 60 0.14
183 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
AACTAGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTACTTCGAATAAGCTAGTATGAAAAAAAAATTGTTT
Found at i:152996 original size:702 final size:701
Alignment explanation
Indices: 151654--152996 Score: 1619
Period size: 702 Copynumber: 1.9 Consensus size: 701
151644 AAATAAATGT
* * * *
151654 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTACCATAATTATTCGAATTGATTCAATAAATT
1 TCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGACCATAACTATTCGAATTGATTCAATAAAAT
*
151719 AATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT
66 AATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATAAATAAAGTAATATTATTTTATT
* * * * * * * * * *
151784 TTGGATAAACTTTTAAAAATTAAAACAATTGTTTTATTATAAAACCAAAGGTCATAACGATTTTA
131 TTGAACAAAATTATAAAAATCAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTA
* * * *
151849 AATAGATAATTGTGCACATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTT
196 AATAGATAATTGTGCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTA-TTTTTTT
* * * *
151914 AAATTTCTTGCTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAGTAGTATTATTTTAGTTCAAATAAGCATG
260 AAATCTCTTACTTATTAATTTTCTAAATATTAAAAAGTAGTATTATTTTAGTTCAAATAAGCATG
* *
151979 TATGAACTAAAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGT
325 TATGAACTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * *
152044 TCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAAAACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
390 TCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * **
152109 AATTTTAGAATATTATTAGCTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAGCTTGTCTGGCCAAAAACAAT
455 AATTTTAGAATATTATTAGATTAGCAATATTTTACTCTAAATAAGCTAGTATGGAAAAAAACAAT
* * * * * *
152174 TGCTTTATGACAAAACAAAGATCATTACAATTTTAAATAGATAATTGTTCACATAGTCATAACTA
520 TGCTTTATGACAAAACAAAAATCATAACAATTTCAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
152239 TTTAAATTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCTAAGTGTT
585 TTTAAATTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTAAGTGTT
152304 AATAAGGTAGTATTATTTTAGTTCAAATAAGCATGTATGACAAAACAAAAGG
650 AATAAGGTAGTATTATTTTAGTTCAAATAAGCATGTATGACAAAACAAAAGG
* * *
152356 TCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGA-CATGACTATTTGAACTT-ATTCGATAAA
1 TCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAAT-GACCATAACTATTCGAA-TTGATTCAATAAA
* *
152419 CAT-ATTTATTTTTTTAAATCTCTCAACTAT-T-AATTTTT-AGAATATAAAT-AATTAGTATTA
64 -ATAATTTA-TTTTTTAAATCTC-CAACT-TCTCAATTTTTGA-AATATAAATAAAGTAATATTA
**
152479 TTTTATTTTGAACAAAATTATATGAA-CAAAAAAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
124 TTTTATTTTGAACAAAATTATAAAAATCAAAAAAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* *
152543 CAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAACATAA-TT
188 CAATTTTAAATAGATAATTGTGCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACA-AATTT
* * *
152607 A-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAAATATTAAGAAATTCA-TTTTATTTTA-TTC
252 ATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCT-AAATATTAA-AAAGT-AGTATTATTTTAGTTC
* * * * *
152669 TGAATAAGC-TAGTATGAATTGAAAA-AGTTGTTTTATG-TCAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
314 -AAATAAGCAT-GTATGAACT-AAAACAATTATTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCAGAATGATTT
*
152731 GAAATA-ATAATTATTC-ATATCGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAAAAAAATTATTTTT
375 GAAATAGATAATTATTCTA-ATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAAAAAAATTATTTTT
* * * * * *
152794 TAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTACT-TCGAGTAAGC
439 TAAATCTCTTACTTA-TAATTTT-AGAATATTATTAGATTAGCAATATTTTACTCT-AAATAAGC
* * * * * ** * *
152858 TAGTAT-GAAAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAAGTTATAATGATTTCAAGTATACAAT
501 TAGTATGGAAAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAA-TCATAACAATTTCAAATAGACAAT
* *
152922 TATTTAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAAATCTCTTAC
565 TATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTAC
152986 TTATTAATTTT
630 TTATTAATTTT
152997 TGAAAGATTA
Statistics
Matches: 539, Mismatches: 81, Indels: 42
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
700 28 0.05
701 81 0.15
702 291 0.54
703 132 0.24
704 6 0.01
705 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (701 bp):
TCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGACCATAACTATTCGAATTGATTCAATAAAAT
AATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATAAATAAAGTAATATTATTTTATT
TTGAACAAAATTATAAAAATCAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTA
AATAGATAATTGTGCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTTA
AATCTCTTACTTATTAATTTTCTAAATATTAAAAAGTAGTATTATTTTAGTTCAAATAAGCATGT
ATGAACTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATT
CTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATA
ATTTTAGAATATTATTAGATTAGCAATATTTTACTCTAAATAAGCTAGTATGGAAAAAAACAATT
GCTTTATGACAAAACAAAAATCATAACAATTTCAAATAGACAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
TTAAATTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTAAGTGTTA
ATAAGGTAGTATTATTTTAGTTCAAATAAGCATGTATGACAAAACAAAAGG
Found at i:153238 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 153052--153686 Score: 569
Period size: 180 Copynumber: 3.6 Consensus size: 176
153042 TCTATTGAAC
* * * *
153052 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACTATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTA-T
* *
153117 CATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACAT
65 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATAT
*
153182 TCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTATTACCAAACA
130 TC-AAAAATTAATAAG--AGAAATTAAAAAAATAAATCTATTATCAAACA
* * *
153232 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAACCATTATGACCTTTTATTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTAT
* * * * * *
153297 CATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTATTTTATTGATAT
65 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATA-
* * * * * * * **
153362 TTTAAAAATTGATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAATT
129 TTCAAAAATTAATAAG--AGAAATTAAAAAAATAAATCTA-TTATCAAACA
* * * * * * * *
153413 AGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTCTTTTAAATCGTTATGAACTTTAGTTTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAT
*** * *** * *
153478 CATAAAACAATTGTTTCCCATCATACAAT-CCTATTTGGAATAAAATAA-AGTAATTTATTAATA
65 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC-ATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATA
* * * *
153541 TTTCAAAAATTAATAAGAG-ATTTAAAAATAA-AATATGT-TTTTCAAACC
129 -TTCAAAAATTAATAAGAGAAATTAAAAA-AATAA-ATCTATTATCAAACA
* * ** * * * * *
153589 AGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTGTAAACTTGTGTTCTCT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TAT
* ** *
153654 CATAAAACAATTATTTTTGTTCGTACATGCTTA
65 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTA
153687 AATAATGCTA
Statistics
Matches: 364, Mismatches: 82, Indels: 22
0.78 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.01
176 79 0.22
177 8 0.02
178 5 0.01
180 166 0.46
181 101 0.28
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTATC
ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATT
CAAAAATTAATAAGAGAAATTAAAAAAATAAATCTATTATCAAACA
Found at i:154388 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 154138--157279 Score: 1924
Period size: 181 Copynumber: 17.6 Consensus size: 180
154128 GTTTAACTGC
* * * *
154138 TTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * *
154203 TATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGCT
66 TATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGTT
* * * *
154268 CAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGAACTT
129 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTT
* * * * *
154320 TTGTTTTGTCATTAAACAATT-TTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAATATTT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * *
154384 TATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATAGAAT-CGAT
66 TATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATTGAATAAG-T
* * * ** ***
154447 TCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTTCCTT
128 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTT
* * * **
154500 TTGTTTTATCATAAAACAATTCTTTTTCA--ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
1 TTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * ** ***
154563 TTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTAAGAGATCT-AAAAATAAATCTCCTTACCAAAATAA-
64 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TTGAATAAG
* *
154622 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTT
127 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-CTT
* * * * * * *
154676 TTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTACA-TTGATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAAT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * ** *
154740 TTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCATTT
65 TTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGTT
* * * * *
154805 TAAATAGTTAAT-ACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
129 CAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTT
* * * * * *
154857 TTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGCTCATTCAAGTTTATTCAAAATAAAATAA-ACTACTT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * **
154921 TGTTAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAAAGGCTT-AAAAAT--A-A---TTA-T-AA-AA--T-
66 TATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGTTC
* * * ** *
154973 --A-A-TTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTAT-TACTTTT
130 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC--TT
* * ** * * * ** * *
155021 TTGTCTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATGAAAAAAAAAACTAA
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT--AAAATAATACTAA
* * * * ** *
155086 TTTATTAATATTTAAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCATT
64 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGT
* * * * *
155151 TTAAATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTAT-AACTTT
128 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC-TT
* * * ** *** *
155204 TTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTA-TTCATACTATTTTATTTGGAATAAAATAATATTAAT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
** * *** * ** * * * * ** * *
155268 TTAACAATCTTTTGTAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAGATAAATCTAATTGTTGAATGAGTT
65 TTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGTT
* * ** *** * *
155333 CAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATCACTATGACCAT
129 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTT
* ** * * *
155385 TTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTTTTGTTCTTACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACAAAT
1 TTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * *
155450 TTAATAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTT-TAAAA-AAATTTGTTTATCGAACCAA-T
65 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAA-TAAGT
* * ** * ** * *
155512 TTATAT-GATTAAT-ACTATCAGAATAATTATCTATTTTGAATTGTTTTGACCTT
128 TCAAATAG-TT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTT
* * * * * ** * *
155565 TTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAATTAGTACTAATT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * ** ** *
155630 TATTAACATTCGAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTACTTACCGAACAAGTT
66 TATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATATGTTTATTGAATAAGTT
* * * * * *
155695 CAAATAATTATAACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGCTATGACCTT
129 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTT
* * * * * *
155747 TTGTTTTTTCATAAAACAATTGATTCAGTTAATACAAGTTTATACAAAATAAAATAATACAAATT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * *
155812 TATTAATTTTTCTAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCAA-TT
66 TATTAA-TATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAAT-AAGTT
* * * * * *
155872 -AAATAATTATGGCAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTAT-AACCAT
129 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-CTT
* * * * * *** *
155923 TTGTTGTATTATCAAACAATTATTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATAATACTAAT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
** * * * ** **
155988 TTATTAATATTTCAAAAATTGTTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGTCAAACCAGTT
65 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGTT
** * ** * * * *
156053 CAAATAGTTAAAATTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAAACTA
129 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTT
* * * * *
156105 TT-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATCCTAAT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * *
156168 ATATTAACATTTAAAAAACTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGC
65 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAG-
* * * ** **
156233 TT-AAATAGTTATGACTATTTAAACAGTTAAT-TATTTAAAATCATTATGGTCTT
127 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATTGTTATGAACTT
* * * * *
156286 TTGTTTTATCATAAAACAATTGCTTCAGTTCATA-AATGATTATCCAAAATAAAATAATACCAAT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAA-GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
156350 TTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA-AATAGATGCATTT-TCTGAACA
65 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-ATATG--TTTAT-TGAATA
* * * * * * * ** **
156413 AATTCAAATAGTTGTAACTATTTAAACAATTGTATATTTAAAATCATTATGATGTT
125 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTT
* * *
156469 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCATTTCATTA-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAAT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
156533 TTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGT----GATTTAAAAAGT-GA-AT-CTTATAGAATCAA-T
65 TTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAAT-AAGT
* * * * * *
156590 TCAAATAATTATGGCTATTTCATCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC-A
128 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTT
* * * * ***
156642 TTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTTCA-TT-ATACAAGATTGTTTGGAATAAAATAATACTAA
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * *
156705 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCG---AAG-
64 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGT
* * * * **
156766 -C--A-A--T-T-CCTATTTGAATAATTACCTATTTTAAATCATTAT-AACCTT
128 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-CTT
* * * ** *
156811 TTGTTCTATTATAAATA-AATT-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAGTAAT
1 TTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * ** **
156874 TTAATAATATTACAAAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAAAATAATTCTATTTGTCAAAGCAGTT
65 TTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGTT
* ** * * * ** *
156939 TAAGCAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAAATT
129 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG-AACTT
* * ***
156992 TTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGCAATAAAATAATA-TAAAT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AAT
* * * * * * *
157056 TTATTAATATTCCAAAAATTAAT-A--AA-TGATTTAAAAAGTGAATCTATTTATTGAATCATTT
65 TTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGTT
* * * * * * ** * *
157117 TAAATAATTATGGCCATTTCAACATTTATCTATTTCAAATCATTATTACCTT
129 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTT
* * * ** * *
157169 TTGTTTGGTCATATAACAAATGTTT-TTTATCACT-CAAGCTTATTCAGAATACAATAATACTAA
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * *
157232 TTTATTAATCTTTTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAAT
64 TTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
157280 CTTTTTATCA
Statistics
Matches: 2311, Mismatches: 515, Indels: 269
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 3 0.00
163 31 0.01
164 43 0.02
165 1 0.00
166 11 0.00
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171 5 0.00
172 3 0.00
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177 163 0.07
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181 487 0.21
182 379 0.16
183 179 0.08
184 38 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
TATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGTTCA
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTT
Found at i:155799 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 154969--157286 Score: 1158
Period size: 182 Copynumber: 12.9 Consensus size: 180
154959 AATAATTATA
* * * * * * * * *
154969 AAATAATTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATTACTTTTTTGTCTTGTCATA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTTTATCATA
** * * * * ** * *
155034 AAACAATT-ATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATGAAAAAAAAAACTAATTTATTAATATT
65 AAACAATTGA-TTCAGTTAATACAAGCTTATTCAAAAT--AAAATAATACTAATTTATTAATA-T
* * * * * ** * * *
155098 TAAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCATTTT
126 TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
* * * * * * * * *
155153 AAATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATCA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * ** *** * ** * **
155218 AACAATTGGTTCTA-TTCATACTATTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTAACAATCTTTTG
66 AACAATTGATTC-AGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCA
* * * * * * * *** **
155282 TAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAGATAAATCTAATTGTTGAATGAGTTC
129 AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
* ** * ** * *
155334 AAATAGTTA-AGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATCACTATGACCATTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
** ** ** * * * *
155398 AAACAAATTTTTTTTGTTCTTACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTT
65 AAAC-AATTGATTCAGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
** * * * * *
155463 AAAAATTAATAAATAAGAGATTT-TAAAA-AAATTTGTTTATCGAACCAA-TTT
128 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTC
* ** * ** * *
155514 ATAT-GATTA-ATACTATCAGAATAATTATCTATTTTGAATTGTTTTGACCTTTTG-TTTAGTCA
1 AAATAG-TTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCA
* * * * * * ** * * *
155576 AAAAATAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAATTAGTACTAATTTATTAACATTC
63 TAAAACAATTGATTCAGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * *
155641 GAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTACTTACCGAACAAGTTC
128 -AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAA-AAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
* * * * *
155696 AAATAATTATAACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTTTCATAA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * * *
155761 AACAATTGATTCAGTTAATACAAGTTTATACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATTTTTCTA
66 AACAATTGATTCAGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCAA
* * *
155826 AAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCAA-TT-
130 AAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTC
* ** * * * * * * * *
155872 AAATAATTATGGCAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCATTTGTTGTATTATCA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
*** *
155937 AACAATT-ATTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
66 AACAATTGATTCAGTTA--ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
** * * ** ** * *
156001 AAAAATTGTTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTGTCAAACCAGTTC
128 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
* * ** * * * * * * *
156054 AAATAGTTAAAATTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAAAC-TAT-TTTTAGTCATA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATA
* * * * * * * * *
156117 AAATATTTGTTTCA-TATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATCCTAATATATTAACATTTA
65 AAACAATTGATTCAGT-TAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
* * *
156181 AAAAACTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGCTT-
128 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAG-TTC
* * * * **
156235 AAATAGTTATGACTATTTAAACAGTTAAT-TATTTAAAATCATTATGGTCTTTTGTTTTATCATA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATT-ATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * * *
156299 AAACAATTGCTTCAGTTCATA-AATGATTATCCAAAATAAAATAATACCAATTTTTTAATATTTC
65 AAACAATTGATTCAGTTAATACAA-GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
* * * *
156363 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAAATAGATGC-ATTTTCTGAACAAATTC
128 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT--AAAAAATAAAT-CTATTTACCGAACAAGTTC
* * * * * **
156418 AAATAGTTGTAACTATTTAAACAATTGTATATTTAAAATCATTATGATGTTTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * *
156483 AACAATTGTTTCATTTCATTA-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCA
66 AACAATTGATTCAGTT-AATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CA
* * * * *
156547 AAAATTGAT----AAGTGATTTAAAAAGTGAATCT-TATA--GAATCAA-TTC
129 AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTC
* ** * * * * * * * *
156592 AAATAATTATGGCTATTTCATCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC-ATTATTTTGTCGTAA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * ***
156656 AACAATTGTTTTTCA-TT-ATACAAGATTGTTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
66 AACAATTG--ATTCAGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
* *
156719 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCG---AAG--C
128 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
* * * * * * * *
156767 --A-A--T-T-CCTATTTGAATAATTACCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATTATAA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * ** * *
156825 ATA-AATT-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTAATAATATTACA
66 A-ACAATTGATTCAGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CA
* * ** * *
156888 AAAATTAATAA-CTAAGGGATTTAAAAAATAATTCTATTTGTCAAAGC-AGTTT
129 AAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTC
** * * * * ** *
156940 AAGCAATTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAAATTTTGTTTTGTCAT
1 AAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATG-ACCTTTTGTTTTATCAT
* * * * ***
157004 AAAACAATCGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGCAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTC
64 AAAACAATTGATTCAGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-
* * * ** * *
157068 CAAAAATTAAT-A--AA-TGATTTAAAAAGTGAATCTATTTATTGAATC-ATTTT
127 CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTC
* ** * * * * * * ** *
157118 AAATAATTATGGCCATTTCAACATTTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATAT
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * * * *
157183 AACAAATG-TT--TTTTATCACTCAAGCTTATTCAGAATACAATAATACTAATTTATTAATCTTT
66 AACAATTGATTCAGTTAAT-A--CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATT
* * * *
157245 TAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATCTTTTTA
127 CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
157287 TCAAACTAGT
Statistics
Matches: 1651, Mismatches: 390, Indels: 189
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 5 0.00
167 4 0.00
168 105 0.06
169 15 0.01
170 2 0.00
171 2 0.00
172 3 0.00
173 62 0.04
174 51 0.03
175 16 0.01
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177 155 0.09
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179 78 0.05
180 158 0.10
181 254 0.15
182 354 0.21
183 187 0.11
184 44 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
AACAATTGATTCAGTTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAA
AATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
Found at i:156290 original size:539 final size:538
Alignment explanation
Indices: 155357--157082 Score: 1277
Period size: 538 Copynumber: 3.2 Consensus size: 538
155347 TATATGAATG
* * * *
155357 ATTATCTATTTCAAATCACTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTTTTGTTCTTACA
1 ATTATCTATTTCAAATCACTATAACCATTTGTTGTATCATAAAACAAATTTTTTTTGTTCATACA
* * *
155422 AGCTTATTCAAATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTT
66 AGCTTATTCAAAGTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTA
* * * * * * * **
155487 AAAAAAATTTGTTTATCGAACCAATTTATATGATTAATACTATCAGAATAATTATCTATTTTGAA
131 AAAAAAATGTGCTTATCAAACCAATTCAAATGATTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAA
* * * * * *
155552 TTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
196 TTGTTCTAAACTATTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTAGAAATAA
* * * * *
155617 ATTAGTACTAATTTATTAACATTCGAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTACT
261 AATAATACTAATATATTAACATTCAAAAAACTAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTACT
* * **
155682 TACCGAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGCTATGACCTT
326 TACCGAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCACTATGACCTT
* *
155747 TTGTTTTTTCATAAAACAATTGATTCAGTTAATACAA-GTTTATACAAAATAAAATAATACAAAT
391 TTGTTTTATCATAAAACAATTGATTCAGTTAATA-AATGATTATACAAAATAAAATAATACAAAT
* *
155811 TTATTAATTTTTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCAATTAAAT
455 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCAATTAAAT
155876 AATTATGGCAATTTGAACA
520 AATTATGGCAATTTGAACA
* * *
155895 ATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCATTTGTTGTATTATCAAAC-AATTATTTTTT-TATCATA
1 ATTATCTATTTCAAATCACTATAACCATTTGTTGTATCATAAAACAAATT-TTTTTTGT-TCATA
* * ** *
155958 CAAGCTTATTCAAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTGTTAAGTAAGAGATT
64 CAAGCTTATTCAAAGTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATT
* * *
156023 TAAAAAATAAATGTGCTTGTCAAACCAGTTCAAAT-AGTTAAAATTATAAGAATAATTATCTATT
129 T-AAAAA-AAATGTGCTTATCAAACCAATTCAAATGA-TTAAAACTATAAGAATAATTATCTATT
* *
156087 TCAAATTGTTCTAAACTATT-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTC-ATATCATACAAGCTTATTCA
191 TCAAATTGTTCTAAACTATTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATT-A
* * * *
156150 G-AATAAAATAATCCTAATATATTAACATTTAAAAAACTAATAAGCAAGAGATTTGAA-AAAATA
254 GAAATAAAATAATACTAATATATTAACATTCAAAAAACTAAGAAGAAAGAGATTT-AAGAAAATA
* * * * * *
156213 AATCTATTTACTGAATAAGCTT-AAATAGTTATGACTATTTAAACAGTTAAT-TATTTAAAATCA
318 AATCTACTTACCGAACAAG-TTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATT-ATCTATTTAAAATCA
* ** * * *
156276 TTATGGTCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGCTTCAGTTCATAAATGATTATCCAAAATAAAAT
381 CTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGATTCAGTTAATAAATGATTATACAAAATAAAAT
* * **
156341 AATACCAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAA-AATAGATGCATTT
446 AATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAA-ATTTG--TTT
* * ** * *
156405 -TCTGAA-CAAATTCAAATAGTTGTAACTATTTAAACA
504 ATC-GAATC-AATT-AAATAATTATGGCAATTTGAACA
* * * * * *** * **
156441 ATTGTATATTTAAAATCATTATGATGTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATTGTTTCAT-TTCATTA
1 ATTATCTATTTCAAATCACTATAACCATTTGTTGTATCATAAAACAAATT-TTTTTTGTTCA-TA
* * * * *
156504 -AAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-ATAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--T-GATAAGTGAT
64 CAAGCTTATTCAAAGTAAAATAATACA-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGAT
* * * *** ***
156563 TT--AAAAAGTGAAT-CTTAT-AGAATCAATTCAAATAATTATGGCTAT-TTCATCAATTATCTA
128 TTAAAAAAAATG--TGCTTATCA-AACCAATTCAAATGATTAAAACTATAAGAAT-AATTATCTA
* * * * * ** * * *
156623 TTTCAAATCGTTATGAAC-ATTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTTC-ATT-ATACAAGATTGT
189 TTTCAAATTGTTCTAAACTATTGTTTAGTCAAAAAATAATTG--TTTCAATTCATACAAGCTTAT
* * * * * * *
156685 TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAA
252 TAGAAATAAAATAATACTAATATATTAACA-TTCAAAAAACTAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAA
* * * * * * *
156748 TAAATCTATTTATCG---AAG--C----AA-T-T-CCTATTTGAATAATTACCTATTTTAAATCA
316 TAAATCTACTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCA
* * * * * * * ***
156801 TTATAACCTTTTGTTCTATTATAAATA-AATT-TTTCAGTTCATACAA-GCTTATTTGAAATAAA
381 CTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA-ACAATTGATTCAGTTAATA-AATGATTATACAAAATAAA
** * * * *
156863 ATAATAGTAATTTAATAATATTACAAAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAAAAT-AATTCTATTT
444 ATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTT
* * * * ** * * * *
156927 GTCAAAGCAGTTTAAGCAATTAAGACTATATGAACA
504 ATCGAATCA-ATTAAATAATTATGGCAATTTGAACA
* * * * ** *
156963 ATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-AATTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATCGTTTTAGTTCATA
1 ATTATCTATTTCAAATCACTAT-AACCA-TTTGTTGTATCATAAAACAAATTTTTTTTGTTCATA
* * *
157026 CAAGCTTATTTGC-AA-TAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAAT
64 CAAGCTTA-TT-CAAAGTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAAT
157083 GATTTAAAAA
Statistics
Matches: 958, Mismatches: 173, Indels: 125
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
522 44 0.05
523 69 0.07
524 70 0.07
525 50 0.05
526 3 0.00
527 6 0.01
528 2 0.00
534 3 0.00
537 35 0.04
538 230 0.24
539 225 0.23
540 70 0.07
541 9 0.01
542 3 0.00
543 18 0.02
544 4 0.00
545 56 0.06
546 61 0.06
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (538 bp):
ATTATCTATTTCAAATCACTATAACCATTTGTTGTATCATAAAACAAATTTTTTTTGTTCATACA
AGCTTATTCAAAGTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTA
AAAAAAATGTGCTTATCAAACCAATTCAAATGATTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAA
TTGTTCTAAACTATTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTAGAAATAA
AATAATACTAATATATTAACATTCAAAAAACTAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTACT
TACCGAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCACTATGACCTT
TTGTTTTATCATAAAACAATTGATTCAGTTAATAAATGATTATACAAAATAAAATAATACAAATT
TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCAATTAAATA
ATTATGGCAATTTGAACA
Found at i:158140 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 157832--158791 Score: 740
Period size: 177 Copynumber: 5.4 Consensus size: 177
157822 ATGTTATATA
* * * * * * * * * * **
157832 ATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAATTGTTTGAATTGGTTCAGCAAATGGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTATT
* * *
157897 TTTTAAATTTCTTAGTCATTAA-TTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAAT
66 TTTTAAATCTC-T--T-ATTAACTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAAT
* * * * **
157960 AAACTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACA
125 AAACTTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* *
158013 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACAGATATATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTATT
* *
158078 TTTTAAATCTCTTTTTAA-TTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACT
66 TTTTAAATCTCTTATTAACTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACT
* * *
158142 TATATG-TTAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-CAATAATG
130 TATATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATG
* *
158190 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGC----C-A--T-AA-TTA-TT--TAAACTA-ATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAAC-AGATTTAT
* *
158241 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-GGATA
65 TTTTTAAATC---T-CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * *
158305 AGA-TTTTATGAA-CGAAAACAACTATTTTATGACAAAACAAATGGTCA-AATG
126 A-ACTTATATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* *
158356 ATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACAGATTTAT
* ** * * * *
158420 TTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCCAAA
65 TTTTT-AAA--TC-T-CTTATTAA-CTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
** * * * * * * *
158485 TAAGTTTGTATGAACTA-AAACAATTATTGTATGACTAAACAAAAGGTCAGAGTA
124 TAAACTTATATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* ** * * * * *
158539 ATTTGAAATAGATAATTATTGTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACACATTAATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTATT
* * * * *
158604 TTTTAAATCTCTTATTAA-ATTTGGAATATTATTAGAA-TAATATTATTTT-TATTCGAATAAGC
66 TTTTAAATCTCTTATTAACTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAAC
* * * *
158666 TTATATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGCTCATAATG
129 TTATATGAAT-AGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * *
158714 ATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-GAAAAATAGCTTTAG
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAG-TAAACAGATTTAT
158778 TTTTTAAATCTCTT
65 TTTTTAAATCTCTT
158792 GCTTATTAAT
Statistics
Matches: 627, Mismatches: 109, Indels: 92
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
164 20 0.03
165 1 0.00
166 29 0.05
167 42 0.07
168 43 0.07
169 3 0.00
171 2 0.00
172 2 0.00
174 3 0.00
175 76 0.12
176 62 0.10
177 100 0.16
178 16 0.03
179 17 0.03
180 15 0.02
181 90 0.14
182 43 0.07
183 63 0.10
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATTTATT
TTTTAAATCTCTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTT
ATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
Found at i:158575 original size:183 final size:179
Alignment explanation
Indices: 158235--158827 Score: 483
Period size: 175 Copynumber: 3.3 Consensus size: 179
158225 ATTTAAACTA
** * *
158235 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTAATTTATTC
** * * * *
158300 GGATAAGATTTTATGAACGAAAACAACTATTTTATGACAAAACAAATGGTCAAATGATTTTAAAT
66 AAATAAGATTTTATGAACGAAAACAACTATTGTATGACAAAACAAAAGGTCAAATAATTTGAAAT
* * * *
158365 AGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAG
131 AGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACAC
* * ** * *
158414 ATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTAT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCATACTTATTAA-CTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTAATTTAT
* * * *
158479 TCCAAATAAG-TTTGTATGAACTAAAACAATTATTGTATGACTAAACAAAAGGTCAGAGTAATTT
64 T-CAAATAAGATTT-TATGAACGAAAACAACTATTGTATGACAAAACAAAAGGTCA-AATAATTT
*
158543 GAAATAGATAATTATTGT-AATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACAC
126 GAAATAGATAATTATT-TAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACAC
* * * * * *
158597 ATTAATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-ATTTGGAATATTATTAGAA-TAATATTATTTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAACTTTTGAAATATTAATA-AAGTAGTATTA-ATTTAT
* * * * * * * * * *
158656 TCGAATAAGCTTATATGATC-AGAAACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGCTCATAATGATTTG
64 TCAAATAAGATTTTATGAACGA-AAACAACTATTGTATGACAAAACAAAAGGTCA-AATAATTTG
* * * * * * * *
158719 AGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-G-AAAAAT
127 AAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACAC
* * * * * *
158770 AGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTCAAAATATTAAAAAAGTATTATT
1 A--TTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAACTTTT-GAAATATTAATAAAGTAGTATT
158828 GATCATAATG
Statistics
Matches: 334, Mismatches: 61, Indels: 37
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 5 0.01
174 1 0.00
175 62 0.19
176 50 0.15
177 12 0.04
178 9 0.03
179 25 0.07
180 31 0.09
181 32 0.10
182 44 0.13
183 62 0.19
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTAATTTATTC
AAATAAGATTTTATGAACGAAAACAACTATTGTATGACAAAACAAAAGGTCAAATAATTTGAAAT
AGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACAC
Found at i:158579 original size:349 final size:344
Alignment explanation
Indices: 157890--158758 Score: 814
Period size: 349 Copynumber: 2.5 Consensus size: 344
157880 CAGCAAATGG
* * * *
157890 ATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTCATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTCATTAATTTTGAGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTC
* * * *
157955 TGAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA
66 TGAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAACTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
*
158020 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACAGATATATTTTTTAAA
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATATATTTTTTAAA
* *
158085 TCTCTTTTTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGTT
196 TCTCTTTTTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCCAAATAAACTTATATG-T
* * * * * *
158150 AAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
260 AAAAAACAATTATTGTATGACAAAACAAAAGGCAAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* *
158215 GGCCATAATTATTTAAACTA
325 AGCCATAACTATTTAAACTA
*
158235 ATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAACTTTTGA-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTCATTAA-TTTTGAGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT
* * * * **
158298 T-TGGATAAGA-TTTTATGAA-CGAAAACAACTATTTTATGACAAAACAAATGGTCA-AATGATT
64 TCTGAATAA-ACTTGTATGAATAGAAAA-AACTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * *
158359 TTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACAGATTTATTTT
127 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACAGATATATTTT
* ** *
158423 TTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCCAAATAA
191 TT-AAATCTC-T--TT-TTAA-TTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCCAAATAA
** * * *
158488 GTTTGTATG-AACTAAAACAATTATTGTATGACTAAACAAAAGGTC-AGAGTAATTTGAAATAGA
250 ACTTATATGTAA--AAAACAATTATTGTATGACAAAACAAAAGG-CAAGAATAATTTGAAATAGA
** * * *
158551 TAATTATTGTAATAGTCTTAACTATTTAAACTG
312 TAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTA
* *** * * * *
158584 GTTTAGTAAACACATT-AATTTTTTAAATCTCTTATTAAATTTG-GAATATTATTAGAA-TAATA
1 ATTTA-T----TTTTTAAATTTCTT--A-CTC--ATTAATTTTGAGAATATTAATA-AAGTAGTA
* * * * * * *
158646 TTATTTTTATTC-GAATAAGCTTATATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGCTC
55 TTA-TTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAAT-AGAAAAAACTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * *
158708 ATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
118 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
158759 GTTTGAAAAA
Statistics
Matches: 425, Mismatches: 66, Indels: 54
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
343 69 0.16
344 46 0.11
345 52 0.12
346 7 0.02
347 4 0.01
348 4 0.01
349 113 0.27
350 2 0.00
352 2 0.00
353 5 0.01
354 2 0.00
355 1 0.00
356 2 0.00
357 29 0.07
358 83 0.20
359 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (344 bp):
ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTCATTAATTTTGAGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTC
TGAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAACTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAGATATATTTTTTAAA
TCTCTTTTTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCCAAATAAACTTATATGTA
AAAAACAATTATTGTATGACAAAACAAAAGGCAAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
GCCATAACTATTTAAACTA
Found at i:158926 original size:124 final size:124
Alignment explanation
Indices: 158706--158951 Score: 413
Period size: 124 Copynumber: 2.0 Consensus size: 124
158696 AAAACAAAGC
* * *
158706 TCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGAAAAATA
1 TCATAATGATTTGAGATCGATATTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGAAAAATA
*
158771 GCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAAAAAAGTATTATTGA
66 GCTTTAGTTTTTAAATATCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAAAAAAGTATTATTGA
*
158830 TCATAATGATTTGAGATCGATATTTATTCAAATAGTCATACCTATTTGAAATGGTTTCG-AAAAT
1 TCATAATGATTTGAGATCGATATTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTT-GAAAAAT
**
158894 AGCTTTAGTTTTTAAATATCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAAGTATTATT
65 AGCTTTAGTTTTTAAATATCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAAAAAAGTATTATT
158952 ATTTTATTTT
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 7, Indels: 2
0.93 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
124 113 0.99
125 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.12, T:0.44
Consensus pattern (124 bp):
TCATAATGATTTGAGATCGATATTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGAAAAATA
GCTTTAGTTTTTAAATATCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAAAAAAGTATTATTGA
Found at i:159132 original size:661 final size:663
Alignment explanation
Indices: 158236--159468 Score: 1512
Period size: 661 Copynumber: 1.9 Consensus size: 663
158226 TTTAAACTAA
* * * *
158236 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTG
1 TTTAGTTTTTAAATATCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAAAAAAGTAGTATTATTTTATTTG
** *
158301 GATAAGATTTTATGAACGAAAACAACTATTTTATGACAAAACAAATGGTCAAATGATTTTAAATA
66 GATAAGATTTTATGAACGAAAACAACTATTTTATGACAAAACAAATGGTCAAACAACTTTAAATA
* * * *
158366 GATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATC
131 GATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTCAAATC
* * ** * * * **
158431 TCATGCTTATTAATTTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCCAAATAAGTTTGTAT
196 TCATACCTATTAATTTTTTAGAATATTAATAAAATAGTATTAATTTAATCCAAATAAACTTGTAT
* * * * * *
158496 GAACTA-AAACAATTATTGTATGACTAAACAAAAGGTCA-GAGTAATTTGAAATAGATAATTATT
261 GAA-TAGAAA-AATT-TTGTATGACGAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAAAAATTATT
** * * * * * *
158559 GTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACACA-TTAATTTTTTAAA-TCT-CTTATTA
322 CAAATAGTCATAACGATATAAACTGGCTCAGTAAACACATTTAATTTTTAAAATTCTACTTATTA
* * * *
158621 A-ATTTGGAATATTATTAGAATAATATTATTTT-TATTCGAATA-AGCTTATATG-ATCAGAAAC
387 ATATTTGGAATATTAATAAAATAATATTCTTTTAT-TTCAAATACA-CTTATATGAAT-AGAAAC
* * * * *
158682 AATTGTTTTATGAGAAAAC-AAA-GCTCATAA-TGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCA
449 AATTGGTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* *
158744 TAACTATTTGAACTG-GTTT-GAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTCA
512 CAACTATTTGAA-TGTGTTTAG-AAAATAGATTTAGTTTTTAAAT-TCTTGCTTATTAATTTTCA
158807 AAATATTAAAAAAGTATTATTGATCATAATGATTTGAGATCGATATTTATTCAAATAGTCATACC
574 AAATATTAAAAAAGTATTATTGATCATAATGATTTGAGATCGATATTTATTCAAATAGTCATACC
158872 TATTTGAAATGGTTTCGAAAATAGC
639 TATTTGAAATGGTTTCGAAAATAGC
* * * *
158897 TTTAGTTTTTAAATATCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAAGTATTATTATTTTATTTT
1 TTTAGTTTTTAAATATCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAAAAAAGTAGTATTATTTTATTTG
* * * * * *
158962 TATAAGTTTTTATGAATTG-AAATAATTGTTTTATGACAAAACGAAAT-GTCATAACAACTTTAA
66 GATAAGATTTTATGAA-CGAAAACAACTATTTTATGACAAAAC-AAATGGTCA-AACAACTTTAA
*
159025 ATAGATAATTGTTGAAATAGTCA-AATCTATTTAAACTTGTTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTTA
128 ATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAA-CTATTTAAACTTGTTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTCA
* * *
159089 AATCTCCTACCTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCTAAATAAACTT
192 AATCTCATACCTATTAATTTTTTAGAATATTAATAAAATAGTATTAATTTAATCCAAATAAACTT
* * *
159153 GTATGAATAGAAAAATTTTTTATTACGAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAAAATTGTT
257 GTATGAATAGAAAAATTTTGTATGACGAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAAAATTATT
* * * * * * *
159218 CAAATAGTCATAACGATATGAACTTGCTCGGTAAATAGATTTACTTTTTAAAATTTTTACTTATT
322 CAAATAGTCATAACGATATAAACTGGCTCAGTAAACACATTTAATTTTTAAAA-TTCTACTTATT
* * *
159283 AATTTTTGGAATATTAATAAAATATTATTCTTTTATTTCAAATACACTTGTATGAATAGAAACAA
386 AATATTTGGAATATTAATAAAATAATATTCTTTTATTTCAAATACACTTATATGAATAGAAACAA
159348 TTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAAC
451 TTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAAC
* * *
159413 TATTTGAATGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTCTTATTAATTTT
516 TATTTGAATGTGTTTAGAAAATAGATTTAGTTTTTAAATTCTTGCTTATTAATTTT
159469 TGGAATATTA
Statistics
Matches: 478, Mismatches: 75, Indels: 35
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
659 63 0.13
660 19 0.04
661 145 0.30
662 85 0.18
663 8 0.02
664 80 0.17
665 75 0.16
666 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (663 bp):
TTTAGTTTTTAAATATCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAAAAAAGTAGTATTATTTTATTTG
GATAAGATTTTATGAACGAAAACAACTATTTTATGACAAAACAAATGGTCAAACAACTTTAAATA
GATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTCAAATC
TCATACCTATTAATTTTTTAGAATATTAATAAAATAGTATTAATTTAATCCAAATAAACTTGTAT
GAATAGAAAAATTTTGTATGACGAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAAAATTATTCAAA
TAGTCATAACGATATAAACTGGCTCAGTAAACACATTTAATTTTTAAAATTCTACTTATTAATAT
TTGGAATATTAATAAAATAATATTCTTTTATTTCAAATACACTTATATGAATAGAAACAATTGGT
TTATGACAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTT
GAATGTGTTTAGAAAATAGATTTAGTTTTTAAATTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAAAAA
AGTATTATTGATCATAATGATTTGAGATCGATATTTATTCAAATAGTCATACCTATTTGAAATGG
TTTCGAAAATAGC
Found at i:159439 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 158830--159954 Score: 1014
Period size: 181 Copynumber: 6.2 Consensus size: 180
158820 GTATTATTGA
* * * * * * *
158830 TCATAA-TGATTTGAGATCGATATTTATTCAAATAGTCATACCTATTTGAAATGGTTTC-GAAAA
1 TCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGAAAA
* * * *
158893 TAGCTTTAGTTTTTAAATATCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAA-AAAAGTATTATTATTTT
64 TAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAA-TATTATTATTTT
** * * * * * *
158957 ATT-TTTATAAGTTTTTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACGAAATG
127 ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * *
159010 TCATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTGAAATAGTCA-AATCTATTTAAACTTGTTCAGTAAA
1 TCATAACTA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAG-AAA
* * * *
159073 A-AGATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATAGTATTATTT
63 ATAGATTTA--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATATTATTATTT
* * * * *
159137 TAATCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAA-AATT-TTTTATTACGAAACAAAAGA
126 TATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * *
159190 TCATAACTATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACGATATGAACTTGCTCGGTAAATA
1 TCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATA
* *
159255 GATTTACTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATATTATTCTTTTAT
66 GATTTA-TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATATTATTATTTTAT
* *
159319 T-TCAAATACA-CTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATG
129 TCT-AAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* *
159371 TCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAAT
1 TCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGAAAAT
* * *
159435 AGATTTATTTTTTAAAT-TTTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AAATTTATATTATTTTA
65 AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAT-TATTATTTTA
* * * * * *
159498 TTCAAAATAAGATTGTATGAACATAAACAATTATTTT-TGACACGAA-AAAAGG
128 TTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGG
* * * *
159550 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTG-TCTAGTAAAC
1 TCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGAAAAT
* * * *
159614 AAATTCATATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
65 AGATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATATTATTATTTTAT
* * * * *
159679 T-TCAAATAAGCCTATATGAACTA-ATACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGG
129 TCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * * * *
159731 TCATAGCAATTTCAAATATATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTATTCGGTAAACA
1 TCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATA
* * * * * ** * * *
159796 TATTTATTTTGAAAATCTTTTACTTTTTAA-TTGTCAATATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
66 GATTTATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGA-ATATTAATAAAATATTATTATTTTAT
* * * * * *
159860 TCTAAATAAACTTGTGTGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAG
129 TCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * *
159912 TCATAACGATTAGGAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
1 TCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
159955 GATTCAATAA
Statistics
Matches: 775, Mismatches: 135, Indels: 69
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 3 0.00
179 160 0.21
180 266 0.34
181 321 0.41
182 25 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATA
GATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATATTATTATTTTATTC
TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
Found at i:159556 original size:360 final size:357
Alignment explanation
Indices: 158890--159953 Score: 1143
Period size: 360 Copynumber: 2.9 Consensus size: 357
158880 ATGGTTTCGA
* * *
158890 AAATAGCTTTAGTTTTTAAATATCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAA-AAAAGTATTATTAT
1 AAATAGATTTA-TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAA-TATTATTAT
** * * * * *
158954 TTTATTT-TTATAAGTTTTTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACGAAATGTCATAACA
64 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACA
* *
159018 ACTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCAAATCTATTTAAACTTGTTCAGTAAAAAGATTTATT
129 A-TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAA-CTATTTGAACTTGTTCAG-AAAAAGATTTA-T
** * *
159083 TTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-ATAGTATTATTTTAATCTAAAT
190 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATCTAAAT
* * * * *
159147 AAACTTGTATGAATAGAAA-AA-TTTTTT-ATTACGAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAA
254 AAACTTGTATGAACAAAAACAATTTTTTTGA-CACG-AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAA
* * *
159209 AAAATTGTTCAAATAGTCATAACGATATGAACTTG-CTCGGT
317 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATATGAACTTGTCT-AGT
* *
159250 AAATAGATTTACTTTTTAAA-ATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATATTATTCT
1 AAATAGATTTA-TTTTTAAATA-TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATATTATTAT
* *
159314 TTTATTTCAAATACA-CTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC
64 TTTATTTCAAATA-AGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC
* *
159378 TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAATAGATTTA
128 AATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACT-TGTTCAGAAAA-AGATTTA
* * * *
159442 TTTTTTAAAT-TTTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAAT
189 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATCTAAAT
* *
159506 AAGA-TTGTATGAACATAAACAATTATTTTTGACACGAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
254 AA-ACTTGTATGAACAAAAACAATT-TTTTTGACACGAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAA
*
159569 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTCTAGT
317 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATATGAACTTGTCTAGT
* * * * * *
159610 AAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAATAGATTTAT-TTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATATTATTATT
* * * * * *
159675 TTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTA-ATACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAGCA
65 TTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACA
* * * * * * * *
159739 ATTTCAAATATATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTATT
129 ATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTCAG-AAAAAGATTTATT
** * * * *
159804 TTGAAAATCTTTTACTTTTTAATTGTCA-ATATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATA
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* * * * * *
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255 AACTTGTATGAACAAAAACAATT-TTTT-TGACACGAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAA
*
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TATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAAT
TTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAAAGATTTATTTTTTA
AATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATCTAAATAAACTTG
TATGAACAAAAACAATTTTTTTGACACGAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
CAAATAGTCATAACCATATGAACTTGTCTAGT
Found at i:159643 original size:180 final size:180
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* * * * * * **
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
* * * * * * * *
159149 ACTTGTATGAATAGAAA-AATT-TTTTATTACGAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAAA
66 A-TTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
* * * * * *
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* * * *
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1 TTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAAT
* * * * * *
159326 ACACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGA
64 A-AATTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * *
159391 TAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAATAGATTTATT
128 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAAATTTATA
* * *
159444 TTTTAAAT-TTTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATA
* * *
159507 AGATTGTATGAACATAAACAATTATTTT-TGACACGAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
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* *
159570 TAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTG-TCTAGTAAACAAATTCATA
128 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAAATTTATA
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1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATA
** * * * * * *
159687 AGCCTATATGAAC-TAATACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTCAAATATA
65 A-ATTGTATGAACATAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * *
159751 TAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTAT-
128 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATA
* * * * ** * *
159803 TTTGAAAATCTTTTACTTTTTAA-TTGTCAATATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAAT
1 TTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * * * *
159867 AAACTTGTGTGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACGATTAGGAATAAA
64 AAA-TTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * ** *
159932 TAATTGTTCAAATAGTAATAAC----TG-A----TTCAATAAACTGATTTATTT
128 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTA-TA
** *** * * * * **
159977 TTTTAAATCTCCAACTTCCCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
* * ** * *
160042 AATGTTATGAAC-TAAAACAATTATTTTATGTTAAAACAAATAGGTCAAAACAATTTTAAATAGA
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160106 TAATTGT
128 TAATTGT
160113 ATAAATTGAA
Statistics
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TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
ATTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATA
Found at i:160126 original size:65 final size:65
Alignment explanation
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160046 TTATGAACTA
* * *
160056 AAACAATTATTTTATG-TTAAAACAAATAGGTCAAAACAATTTTAAATAGATAATTGTATAAATT
1 AAACAATTATTTTATGACT-AAACAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTATAAATT
160120 G
65 G
* * *
160121 AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGCTAATTGTA
1 AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTA
160179 CTAATAGTCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTATAAATTG
Found at i:160722 original size:182 final size:181
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160099 AAATAGATAA
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * *
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* ** * * * *
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1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * *
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66 TATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * **
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129 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGC
* * * *
160467 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTAAAATGGCTAA
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * **
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*
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129 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTCAAATAAGC
* * * * *
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1 TTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * *** ** * * *
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* * **
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* * * ** * *
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1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * *
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66 TATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * *
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* * * * * *
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1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * *
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* * * *
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131 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * * * * * ** * * * *
161191 TTATTTGAATTGAAATAGTTGTTTTATTATGAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATGGCTAA
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * *
161256 TTATTCAAATA-ATCGTGACTATTTCAACTTGTT-TGATAAACATATTTATTTTTTTTAAATCTT
65 TTATTCAAATAGA-CATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTA--TTTTTTAAATCTC
* * * * *
161319 TTACTTATTAA-TTGTCGAAATATTAAT-AATTAATATTATTTTAATAT-GAATAACC
126 TTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTCAAATAAGC
* * *
161374 TTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAA
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * *
161438 TTGTTCAAATAGTCATAAC-ACTTAAACTTTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
65 TTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * ***
161501 TTACTAATTGTCTT--AATATTAATAATTTTGCATTATTTTA-TTC-AA-AA--
130 TTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * * * * ** * * *
161548 TAGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGTCAAAA-AAATG-TTTTATCAATTTCAAATAGATAAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * *
161611 TGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGATT-GGTAAACATATTCTTTTTTTTAAATCCCTTA
66 TATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTCTTA
* * * ** * * *
161675 ATTATTAATTTTTTGAATATTAATAAAGTGGTTTTATTTTATTTCGAATAAAC
129 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * * * * * *
161728 TTATATGAACT-GCAACAAATCTTTTATGATAAAAGAAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATA
1 TTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAGATA
* ** * * ** *
161791 ATTATTCAAATA-ATCATGACCGTTTGATCTAGTTTGGT----AAATCTATTTTTTAAAATCT-T
64 ATTATTCAAATAGA-CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCT
* * * * * *
161850 TACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTGTAATTT-GAATAAGC
127 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATT-TTATTTCAAATAAGC
* * * * * * * *
161905 ATGTACGAACAGAAACAAATGTTTTATAACAAGACAAAA-AGTCAAAACAATTTGAAATA-AGTA
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAGA-TA
* * * * * *
161968 ATT-TGTTAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGGTT-TGATAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC
64 ATTAT-TCAAATAGACATAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * ** **
162028 -T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTCGAGCAAAA
126 TTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * * * * * * ** *
162082 TTATACGAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTTTAATGATTTGAAATAGATAAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAAT
*
162147 TGTTCAAAT
66 TATTCAAAT
162156 CATTGTGACT
Statistics
Matches: 1456, Mismatches: 330, Indels: 163
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 36 0.02
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175 45 0.03
176 88 0.06
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Consensus pattern (181 bp):
TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAAT
TATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGC
Found at i:160944 original size:364 final size:357
Alignment explanation
Indices: 160120--162155 Score: 1340
Period size: 354 Copynumber: 5.7 Consensus size: 357
160110 TGTATAAATT
* * * * * * * *
160120 GAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGCTAATTGTACTAATA
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAA-GTCATAACGATTTGAAATGGCTAATTATTCAAATT
* * * * *
160185 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
64 G-ATTGACTATTTGAACTTGTT-AGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTT
* * ** * * * * *
160250 TAG-AATATTATTAAGTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTACT
126 TAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGCT
* * * * * *
160314 TTATGAGAAAA-AAAAGATCATAATGATTTTAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
190 TTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
160378 GAATTGGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TCTT--TTATTTATTTTCAAAATATTAATA
255 AAACT-GTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
* *
160439 AATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-TTTTGTATGAATA
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* * *
160478 GAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTAAAATGGCTAA-TAGTTCAAATA
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATGGCTAATTA-TTCAAATT
** **
160542 GACTTGACTATTTGAACTTGTTTAGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTT
64 GA-TTGACTATTTGAACTTG-TTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTT
160607 TAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTCAAATAAACTTGTAT-AAGTAGAAACAATTG
126 TAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTT-AAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTG
* * * *
160670 CTTTATGAGAAGACAAAAGATCATAACGATGTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTAATAACTAT
188 CTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAACTAT
** * * * *
160735 TTAAACTCACTCAAAAAATAGATTTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTT
253 TTAAACT-GTTCAATAAATAGA-TTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
*
160800 AATAAATTAGTATTATTTTATACCAAATAAGCTTTTATGAA-A
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* * ** * * *
160842 AAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGATTGTAACAATTTGAAATCGATAATTATTCAAATTG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATGGCTAATTATTCAAATTG
* * * * *
160907 ATATAACTATTTGAACGTATTAAGAAAAAAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTT-
65 AT-TGACTATTTGAACTTGTT-AGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTA
* * * * * * *
160970 GTAATATTAATCAATTTATATTATTTTATTCAAA-AGAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTT
128 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAAATA-AA-CTTGTATGAATAGAAACAATTGCTT
* * * * * *
161034 TATGACAAAACAAAAGGTCATGATGTTTTGAAATAGATAATTGTTT-AGATAGTCATAACTATTT
191 TATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATT-TTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * * *
161098 GAGCTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAGTCTCTTACTCATTAATATTCAGAATATTAATA
255 AAAC-TGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
* * *
161163 AATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATT-TGAATT
319 AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-TTATGAATA
* * * ** *
161202 GAAATAGTTGTTTTATTATGAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATGGCTAATTATTCAAA-T
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAA-GTCATAACGATTTGAAATGGCTAATTATTCAAATT
* * * * *
161266 AATCGTGACTATTTCAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
64 GAT--TGACTATTTGAACTTGTTAGA-AAACAAATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * *
161331 TGTCGAAATATTAAT-AATTAATATTATTTTAATATGAATAACCTTATATGAATAGAAACAATTG
124 TTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * *
161395 TTTTATGACAAAAC-AAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-A
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* * ** *
161458 CTTAAACTTTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTGTCTT--AATATT
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* * * *
161521 AATAATTTTGCATTATTTTATTCAAAAT-AG----TATGAATA
315 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATA
* * * * ** * * * * * * *
161559 GAAAAAATTATTTTATGTCAAAA-AAATGTTTTATCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATGGCTAATTATTCAAATTGA
* * * * * * * * *
161622 TCATAATTATTTAAACTTGATTGGTAAACATATTCTTTTTTTTAAATCCCTTAATTATTAATTTT
66 T--TGACTATTTGAACTTG-TTAGAAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTT
* * ** * * * * *
161687 TTG-AATATTAATAAAGTGGTTTTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACT-GCAACAAAT-C
126 TAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-AAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGC
* * * * * * * **
161749 TTTTATGATAAAAGAAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATGACCG
189 -TTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAACTA
* * ** * * * *
161813 TTTGATCTAGTT---T-GGTAAATCTATTTTTTAAAATCT-TTACTTATTAATTGTCAAAATATT
252 TTTAAACT-GTTCAATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* ** * * * *
161873 AATAAATTAGTATTATTGTAATT-TGAATAAGCATGTACGAACA
315 AATAAATTAGTATTATT-TTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATA
* * * * * * *
161916 GAAACAAATGTTTTATAACAAGACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAAG-TAATT-TGTTAAAT
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAAT-GGCTAATTAT-TCAAAT
* * * * * *
161979 AG-TCATAATTATTT-AAATTGGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAAT
63 TGAT--TGACTATTTGAACTT-GTTAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * ** * * * * * *
162038 TTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTCGAGCAAAATTATACGAACAAAAACATTTG
124 TTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-AAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * ** * * *
162103 TTTTATGATAAAACAAAAGGTTTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
188 CTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTTTTCAAAT
162156 CATTGTGACT
Statistics
Matches: 1333, Mismatches: 275, Indels: 144
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
350 1 0.00
352 47 0.04
353 52 0.04
354 231 0.17
355 17 0.01
356 5 0.00
357 156 0.12
358 76 0.06
359 166 0.12
360 50 0.04
361 141 0.11
362 99 0.07
363 39 0.03
364 182 0.14
365 67 0.05
366 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATGGCTAATTATTCAAATTGA
TTGACTATTTGAACTTGTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAA
ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGA
CAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTG
TTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATA
Found at i:161157 original size:543 final size:539
Alignment explanation
Indices: 160211--162071 Score: 1479
Period size: 543 Copynumber: 3.5 Consensus size: 539
160201 CTGGTTCAGC
* * * * * *
160211 AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAGTTAGCAATAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
160275 TTTACT-CTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTACTTTATGAGAAAA-AAAAGATCATAAT
65 TTTA-TACTAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * * * * *
160338 GATTTTAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAATAGATTTAG
129 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TTAGATAAATAGATTTAT
* *** * * * *
160403 TTTTTAAATCTTTTATTTATT--TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAT
192 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAATATTAATAATTTA-TATTATTTTATTCAAAAGAAG
* * * * *
160466 TTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTAAAATGGCTAA
256 CTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAA
* * * *
160531 TAGTTCAAATAGACTTGACTATTTGAACTTGTTTAGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAAC
321 TAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAAC
* * * *
160596 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTCAAATAAACTTGTAT-AAGTA
386 TCATTAATATTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTCAAATAAACTTATATGAA-TA
*
160660 GAAACAATTGCTTTATGA-GAAGAC-AAAAGATCATAACGATGTGAAATAAATAATTTTTCAAAT
449 GAAACAATTGCTTTATGATGAA-ACAAAAAGATCATAACGATGTGAAATAAATAATTATTCAAAT
*
160723 AGTAATAACTATTTAAACTCACTCAAA
513 AATAATAACTATTTAAACTCACTCAAA
* *
160750 AAATAGATTTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTA
1 AAACAGA-TTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * **
160815 TTTTATACCAAATAAGCTTTTATGAA-AAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGATTGTAAC
64 TTTTATACTAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * * *
160879 AATTTGAAATCGATAATTATTCAAATTGAT-ATAACTATTTGAACGTATTAAGA-AAAAAAATTT
129 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC-T-TT-AGATAAATAGATTT
160942 ATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTGTAATATTAATCAATTTATATTATTTTATTCAAAAG
190 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAATATTAAT-AATTTATATTATTTTATTCAAAAG
* * * * * *
161006 AAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGATGTTTTGAAATAGA
253 AAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGA
* * * * * * * *
161071 TAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAGTCTCT
318 TAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCC
* * * *
161136 TACTCATTAATATTCAGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAAT
383 AACTCATTAATATTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAAT
* * * * * * * * ***
161201 TGAAATAGTTGTTTTATTATGAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATGGCTAATTATTCAAAT
448 AGAAACAATTGCTTTATGATGAAACAAAAAGATCATAACGATGTGAAATAAATAATTATTCAAAT
** * * *** ** *
161266 AATCGTGACTATTTCAACTTGTTTGAT
513 AATAATAACTATTTAAACTCACTCAAA
* * * *
161293 AAACATATTTATTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAAT-AATTAATATTA
1 AAACAGATTTA--TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
161357 TTTTAATA-TGAATAACCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGAGTCATA
64 TTTT-ATACTAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATA
* * * * *
161420 ACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-ACTTAAACTTTTTGATAAATAGATTTA
127 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TTTAGATAAATAGATTTA
* *
161484 TTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTGTCTTAATATTAATAATTT-TGCATTATTTTATTCAAAA
191 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAATATTAATAATTTAT--ATTATTTTATTCAAAA
* * * * * * ** * * *
161548 -TAG--T--ATGAATAGAAAAAATTATTTTATGTC-AAA-AAAATGTTTTATCAATTTCAAATAG
252 GAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAG
* * * * * * *
161606 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGATT-GGTAAACATATTCTTTTTTTTAAATC
317 ATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATT-TATTTTTTAAATC
* * ** * ** * *
161670 -CCTTAA-TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAAGTGGTTTTATTTTATTTCGAATAAACTTATA
380 TCC--AACTCATTAATATTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATA
* * * * * * *
161733 TGAACT-GCAACAAAT-CTTTTATGATAAAAGAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
443 TGAA-TAGAAACAATTGC-TTTATGATGAAACAAAAAGATCATAACGATGTGAAATAAATAATTA
* * ** * * * ***
161795 TTCAAATAATCATGACCGTTTGATCT-AGT-TTG
506 TTCAAATAATAATAACTATTTAAACTCACTCAAA
** * * **
161827 GTA-A-ATCTATTTTTTAAAATC-TTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * * *
161889 TGTA-ATTTGAATAAGCATGTACGAACAGAAACAAATGTTTTATAACAAGACAAAA-AGTCAAAA
65 TTTATA-CTAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAA
* * * * * *
161952 CAATTTGAAATA-AGTAATT-TGTTAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTTTGATAAATAAATT
128 CAATTTGAAATAGA-TAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TTAGATAAATAGATT
*
162015 TATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGA-TTAGTATTACTTTATT
189 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATA-ATTTA-TATTATTTTATT
162072 TCGAGCAAAA
Statistics
Matches: 1080, Mismatches: 194, Indels: 106
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
527 2 0.00
528 1 0.00
529 32 0.03
530 38 0.04
531 93 0.09
532 13 0.01
533 28 0.03
534 1 0.00
535 1 0.00
536 102 0.09
537 87 0.08
538 24 0.02
539 5 0.00
540 44 0.04
541 148 0.14
542 104 0.10
543 345 0.32
544 12 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (539 bp):
AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATACTAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAA
TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTAGATAAATAGATTTATTTTT
TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAATATTAATAATTTATATTATTTTATTCAAAAGAAGCTTGC
ATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATAGTT
CAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTCATT
AATATTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAA
TTGCTTTATGATGAAACAAAAAGATCATAACGATGTGAAATAAATAATTATTCAAATAATAATAA
CTATTTAAACTCACTCAAA
Found at i:161700 original size:175 final size:174
Alignment explanation
Indices: 161377--161700 Score: 411
Period size: 174 Copynumber: 1.9 Consensus size: 174
161367 AATAACCTTA
* * *
161377 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGT
1 TATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTGT
* * * *
161442 TCAAATAGTCATAACACTTAAACTTTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTA
66 TCAAATAGTCATAACACTTAAACTTATTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCCCTTAATTACTA
161507 ATTGTCTTAATATTAATAATTTTGCATTATTTTATTCAAAATAG
131 ATTGTCTTAATATTAATAATTTTGCATTATTTTATTCAAAATAG
* * ** * *
161551 TATGAATAGAAAAAATTATTTTATGTCAAAA-AAA-TGTTTTATCAATTTCAAATAGATAATTGT
1 TATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTGT
* * * * *
161614 TCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGATTGGTAAACATATTCTTTTTTTTAAATCCCTTAATTA
66 TCAAATAGTCATAA-CACTTAAACTT-ATTGATAAACAGATT-TATTTTTTAAATCCCTTAATTA
* *
161679 TTAATT-TTTTGAATATTAATAA
128 CTAATTGTCTT-AATATTAATAA
161701 AGTGGTTTTA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 20, Indels: 7
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
172 37 0.29
173 12 0.10
174 42 0.33
175 35 0.28
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (174 bp):
TATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTGT
TCAAATAGTCATAACACTTAAACTTATTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCCCTTAATTACTA
ATTGTCTTAATATTAATAATTTTGCATTATTTTATTCAAAATAG
Found at i:161714 original size:175 final size:174
Alignment explanation
Indices: 161377--161717 Score: 400
Period size: 175 Copynumber: 2.0 Consensus size: 174
161367 AATAACCTTA
* * *
161377 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGT
1 TATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTGT
* * * *
161442 TCAAATAGTCATAACACTTAAACTTTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTA
66 TCAAATAGTCATAACACTTAAACTTATTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCCCTTAATTACTA
** *
161507 ATTGTCTTAATATTAATAATTTTGCATTATTTTATTCAAAATAG
131 ATTGTCTTAATATTAATAAAGTGGCATTATTTTATTCAAAATAG
* * ** * *
161551 TATGAATAGAAAAAATTATTTTATGTCAAAA-AAA-TGTTTTATCAATTTCAAATAGATAATTGT
1 TATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTGT
* * * * *
161614 TCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGATTGGTAAACATATTCTTTTTTTTAAATCCCTTAATTA
66 TCAAATAGTCATAA-CACTTAAACTT-ATTGATAAACAGATT-TATTTTTTAAATCCCTTAATTA
* * **
161679 TTAATT-TTTTGAATATTAATAAAGTGGTTTTATTTTATT
128 CTAATTGTCTT-AATATTAATAAAGTGGCATTATTTTATT
161718 TCGAATAAAC
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 25, Indels: 7
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
172 37 0.27
173 12 0.09
174 42 0.30
175 47 0.34
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (174 bp):
TATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTGT
TCAAATAGTCATAACACTTAAACTTATTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCCCTTAATTACTA
ATTGTCTTAATATTAATAAAGTGGCATTATTTTATTCAAAATAG
Found at i:162759 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 162178--163008 Score: 730
Period size: 181 Copynumber: 4.6 Consensus size: 179
162168 TTTTTCTATT
*
162178 ATAAAACAA-TATTTTCTATTCATATGAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 ATAAAACAATTA-TTTCTATTCATATAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * *
162241 TTTTAATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTC
64 -TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATC
* * * * * *
162306 ATGACTCTTTAATAATTATCTATTTAAAATCGATATGACCTTTTGCTTTGTC
128 ATAACTATTTAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
162358 ATAAAAAAATTATTTC-AGTTCATATAAGGTTATTTGAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATA
1 ATAAAACAATTATTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATA
* * * * * * * * *
162421 TTCCTAAAATTAATGATTAATAGATTTAAAAAATGATTCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATT
64 TT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATC
** * ** * * * *
162486 ATTGCCATTTGAACAATTAT-TGATTTGGAATCGCTATAACCTTTTGGTTTGCC
128 ATAACTATTT-AACAATTATCT-ATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
** * * * *
162539 ATAAAATTATT-TTATTTGTTCATATTAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATAT
1 ATAAAACAATTATT-TCTATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
162603 TAAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATCATTA
65 TCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATCA
* *
162668 TAACTATTTAAACAATTATTTATTTTAAATTC-TTATGACTTTTTTGTTTTGTC
129 TAACTATTT-AACAATTATCTATTTTAAA-TCGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTC
* *** * *
162721 ATAAAACAATTATTTCTATCCATCCGAGCTTA-TTCAAATTAAAATAAAATTAATTTATTAATAT
1 ATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* * * *
162785 TTCAACAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAACA-ATAT-T-CTTACCGAACAAGTTCAAATAATC
64 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATC
* * * * * * *
162847 ATAACTATTTCAATAATTGTCTAGTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTA
128 ATAACTATTT-AACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
162900 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATT
1 ATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
162965 CCAAAAATTAAAAAGCAAGAGAATTAAAAAAATAAATCTATTTA
66 -CAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTA
163009 TCAAATAAGC
Statistics
Matches: 516, Mismatches: 110, Indels: 48
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.00
179 81 0.16
180 166 0.32
181 173 0.34
182 87 0.17
183 7 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
ATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATA
ACTATTTAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
Found at i:162887 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 162178--163010 Score: 817
Period size: 361 Copynumber: 2.3 Consensus size: 358
162168 TTTTTCTATT
* *
162178 ATAAAACAATAT-TTTCTATTCATATGAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 ATAAAACAAT-TGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
162241 TTTTAATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTC
64 -TTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGATCAAATAGTC
* * *
162306 ATGACTCTTTAATAATTATCTATTTAAAATCGATATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAAAAATTAT
128 ATAACTATTTAACAATTATCTATTTAAAATCGATATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAAAAATTAT
* * * * * *
162371 TTCAGTTCATATAAGGTTATTTGAAATAAAATAATACTATGTTATTAATATTCCTAAAATTAATG
193 TTCAGTCCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAAACTATGTTATTAATATTCCTAAAATTAATA
* * * * * ** *
162436 ATTAATAGATTTAAAAAATGATTCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATTGCCATTTGAACA
258 ACTAAAAGATTTAAAAAATGATTC--TTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATAACCATTTCAACA
* ** * *
162501 ATTATTGATTTGGAATCGCTATAACCTTTTGGTTTGCC
321 ATTATTGAGTTCAAATCACTATAACCTTTTGGTTTGCA
** *** * *
162539 ATAAAATTATT-TTATTTGTTCATATTAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATAT
1 ATAAAACAATTGTT-TCAATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
162603 TAAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATCA-TT
65 TAAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGATCAAAT-AGTC
* * * * * *
162667 ATAACTATTTAAACAATTATTTATTTTAAATTC-TTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
128 ATAACTATTT-AACAATTATCTA-TTTAAAATCGATATGAC-CTTTTGCTTTGTCATAAAAAAAT
* * * *
162731 TATTTCTA-TCCATCCGAGCTTA-TTCAAATTAAAATAAAATTAAT-TTATTAATATTTC-AACA
190 TATTTC-AGTCCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAAAACT-ATGTTATTAATATTCCTAA-A
*
162792 ATTAATAACTAAAAGATTTAAAAACAAT-ATTC-TTACCGAACAAGTTCAAATAATCATAACTAT
251 ATTAATAACTAAAAGATTT-AAAA-AATGATTCTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATAACCAT
* * * * *
162855 TTCAATAATTGTCT-AGTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTA
314 TTCAACAATTAT-TGAGTTCAAATCACTATAACCTTTTGGTTTGCA
* * *
162900 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
162965 CCAAAAATTAAAAAGCAAGAGAATTAAAAAAATAAATCTATTTATC
66 -AAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
163011 AAATAAGCTC
Statistics
Matches: 386, Mismatches: 69, Indels: 33
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
360 7 0.02
361 225 0.58
362 58 0.15
363 82 0.21
364 11 0.03
365 3 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
ATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
AAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGATCAAATAGTCATA
ACTATTTAACAATTATCTATTTAAAATCGATATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAAAAATTATTTC
AGTCCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAAACTATGTTATTAATATTCCTAAAATTAATAACT
AAAAGATTTAAAAAATGATTCTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATAACCATTTCAACAATTAT
TGAGTTCAAATCACTATAACCTTTTGGTTTGCA
Found at i:164200 original size:361 final size:353
Alignment explanation
Indices: 163304--164897 Score: 1164
Period size: 361 Copynumber: 4.5 Consensus size: 353
163294 TAATAAAAGA
* * * * * * *
163304 TCAAATAGTTAGGGCTATTTGAATAATTATCTATCT-CAAATCATTATGATC-TTTGTTCTATCC
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATAT-TACAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTATCA
* * * * * * * * *
163367 TAAAACACTTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-GAAGAAAATATTACTAAAT-TAATAATATT
65 TAAAAAAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATGTATTAATATT
* *
163430 CTAAACATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGT-TCATTG-A-ACTAGTTCAAATAGT
129 CTAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TAT--TTGCATACCA-TTCAAATAGT
* * * * *
163491 TAAGACTATTAGAAC-A--A--T-TTT-AAATTGTTATGACTTTTCGTTTAGTCATAAAATAAT-
188 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTT--TTT-GTTATAAAACAATG
** * *
163548 TGCTTCAACTCATACATA-CTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAAT
250 TTTTTC-A-TCATTCA-AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTC-AAAAAT
*
163611 TAATAAGTAAGAA-A-TTAAAAAA-AAATTGTTTATCGAACAAGT
310 TAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTGTTTATCGAACTAGT
* * * * *
163653 TCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTGTCTATTTA-AAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATA-TTACAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTATCA
* * * * * ** * * * *
163717 TAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAAAATTTTGTTTGAAGTAAAATAATATTACTTTATTAATATT
65 TAAAAAAATTATTTCTA-TTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTATTAATATT
* * * * * *
163781 ATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATCAGTT-TATTG-AT-TCAGTTCAAATAAT
129 CTAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT---TTAT-TTGCATACCA-TTCAAATAGT
* * * * * *
163843 TATGACCATTTGAACAATTATCTATTTTAGATCGTTATTAACATTTATTTTGTCATAAAACAATT
188 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTA-TGAC-TTT-TTTTGTTATAAAACAA-T
* * *
163908 GTTTTTCATCATTCAAGCCTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAATTTTC-AAATTTAA
249 GTTTTTCATCATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT-AATTTTCAAAAATTAA
* * *
163972 TAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATAGAACTAGT
313 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAACTAGT
* * *
164014 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTACAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTAACAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTACAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTATCAT
* * * * * * *
164079 AAAATAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTTATAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCT
66 AAAAAAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTCT
* * *
164144 AAAAATTAATAGCTAAGAGATATAAAAAATAAATTTATTTGCCATACCTATTCAAATAGTTAAGG
131 AAAAATTAATAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTG-CATACC-ATTCAAATAGTTATGA
* * * *
164209 CTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGTTGTAAAACAA--CTTTTC
193 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTT-TTTGTTATAAAACAATGTTTTTC
* * * *
164272 AATTC-TTACTAA-CTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATC
256 -A-TCATT-C-AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTC-AAAAATTAATA
* * * * * *
164335 AGTAAGAGGTTTAAAAAATAATTTTGTTT-GCTGAACCAAT
315 AGTAAAAGATTTAAAAAATAA-ATTGTTTATC-GAACTAGT
* * * * * * *
164375 TTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTACAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTATCAT
* * * * * * *
164440 AAAAAAAATGTTTTTGTTCATATAA-TTTGTTCAAAATAAAAAAAATACTAATCTATTAATATT-
66 AAAAAAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATGTATTAATATTC
* * *
164503 TCAAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATG
130 T-AAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-GCATACC-ATTCAAATAGTTATG
* * * * * *
164565 AATATTT-AGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTTTTTATAAAACAATAGTCTTTG
192 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTTTGTTATAAAACAAT-GTTTTTC
* * * * * * * ** * *
164629 TTCATACAAGTTTGTTTAGAGTAATATAATACTAATTTATTAATTTTTTGACAATTAATTAGTAA
256 ATCATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TTTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * *
164694 AAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAGCTA-T
320 AAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAACTAGT
* * * * *
164728 ATCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCA-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
1 -TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-ATATTACAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTATC
* *
164792 ATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGATTATTCAAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATAT
64 ATAAAAAAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATG-TATTAATAT
* * * * *
164856 TCCAAAAATTAATAATTAGGAGATTTTAAAAATAAACTTATT
128 TCTAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATT
164898 GACTGAACAA
Statistics
Matches: 986, Mismatches: 191, Indels: 127
0.76 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
349 41 0.04
350 36 0.04
351 34 0.03
352 43 0.04
353 7 0.01
354 154 0.16
355 49 0.05
356 27 0.03
357 60 0.06
358 51 0.05
359 95 0.10
360 56 0.06
361 329 0.33
362 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (353 bp):
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTACAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTATCAT
AAAAAAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTCT
AAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCATACCATTCAAATAGTTATGACTA
TTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTTTGTTATAAAACAATGTTTTTCATCAT
TCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
TAAAAAATAAATTGTTTATCGAACTAGT
Found at i:164884 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 163304--164891 Score: 1215
Period size: 181 Copynumber: 8.9 Consensus size: 181
163294 TAATAAAAGA
* * * * * * * * *
163304 TCAAATAGTTAGGGCTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTCTATCCT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** * * * * *
163368 AAAACACTTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-GAAGAAAATATTACTAAATTAATAATATTCT
66 AAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * *
163432 AAACATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTCATTGAACTAGT
131 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGT
* * * *
163482 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC-A--A--T-TTT-AAATTGTTATGA-CTTTTCGTTTAGTCA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCA
* ** * *
163539 TAAAATAATTGCTTCAACTCATACATA-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
65 TAAAACAATTATTTCAATTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
163603 CAAAAAATTAATAAGTAAGA-AATTAAAAAA-AAAT-TGTTTATCGAACAAGT
129 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGT
* * * * *
163653 TCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * ** * ** * * * *
163718 AAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAATTTTGTTTGAAGTAAAATAATATTACTTTATTAATATTAT
66 AAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * * *
163783 AAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATCA-GTTTATTG-ATTCAGT
131 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCGAACT-AGT
* * * * * * * *
163834 TCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTTAGATCGTTATTAACATTTATTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
163899 AAAACAATTGTTTTTC-A-TCATTCAAGCCTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAA-ATT
66 AAAACAA-T-TATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * *
163961 TTCAAATTTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATAGAACTAGT
129 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGT
* * * * * **
164014 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTACAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTAACAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
164079 AAAATAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTTATAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCT
66 AAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * * *
164144 AAAAATTAAT-AGCTAAGAGATATAAAAAATAAATTTATTT-GCCATACCTA-T
131 AAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGA-A-CTAGT
* * * * * **
164195 TCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTTGT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
164259 AAAACAACT-TTTCAATTCTTACTAA-CTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTT
66 AAAACAATTATTTCAATTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * * * * * *
164322 CAAAAAATTAATCAGTAAGAGGTTTAAAAAATAATTTTGTTT-GCTGAACCAAT
129 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACTAGT
* * * * *
164375 TTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *** * * * * *
164440 AAAAAAAATGTTTTTGTTCATATAA-TTTGTTCAAAATAAAAAAAATACTAATCTATTAATATT-
66 AAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * *
164503 TCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAAT
130 T-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGT
* * * * *
164552 TCAAATAGTTATGAATATTT-AGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTT-TTTT-TTAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
** * * * * * * *
164613 AAAACAA-TAGTCTT-TGTTCATACAAGTTTGTTTAGAGTAATATAATACTAATTTATTAATTTT
66 AAAACAATTA-T-TTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * *
164676 TTGACAATTAATTAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAGCTA-T
129 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGT
* * *
164728 ATCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 -TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
164793 TAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGATTATTCAAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATATT
65 TAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATT
* * * *
164857 CCAAAAATTAATAATTAGGAGATTTTAAAAATAAA
129 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
164892 CTTATTGACT
Statistics
Matches: 1109, Mismatches: 246, Indels: 107
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 47 0.04
172 38 0.03
173 96 0.09
174 16 0.01
175 6 0.01
176 28 0.03
177 99 0.09
178 137 0.12
179 61 0.06
180 246 0.22
181 296 0.27
182 33 0.03
183 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGT
Found at i:164968 original size:87 final size:87
Alignment explanation
Indices: 164835--165006 Score: 204
Period size: 87 Copynumber: 2.0 Consensus size: 87
164825 TCAAAATAAA
** *
164835 ATAATACTATGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAGGAGATTTTAAAAATAAA-CTTATTG
1 ATAATACTATGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACCAGAAGATTTTAAAAATAAATC-TATTG
**
164899 ACTGAACAAATTTAAATAATTTT
65 ACCAAACAAATTTAAATAATTTT
*** * * *
164922 ATAATACTATGTTATTAATATTTTGAAAATTTATAACCA-AATGATTTTAAAAATGAATCTATTT
1 ATAATACTATGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACCAGAA-GATTTTAAAAATAAATCTATTG
*
164986 ACCAAACAAGTTTAAATAATT
65 ACCAAACAAATTTAAATAATT
165007 ATGACCATTT
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 12, Indels: 4
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
86 1 0.01
87 69 0.97
88 1 0.01
ACGTcount: A:0.47, C:0.08, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (87 bp):
ATAATACTATGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACCAGAAGATTTTAAAAATAAATCTATTGA
CCAAACAAATTTAAATAATTTT
Found at i:165292 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 164964--165398 Score: 480
Period size: 182 Copynumber: 2.4 Consensus size: 180
164954 ATAACCAAAT
* ** *
164964 GATTTTAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACCATTTGAGCAATTATTG
1 GATTTTAAAAAT-AATCTATTTACCAAACAAGTTTAAAT-ATTATGACTATTTGAATAATTATTT
** * * * * * * *
165029 ATTTGGAATTGCTATAACATTTTGGTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTTGTTCATACAAGCTTAT
64 ATTTCAAATTGCTATAACATTTTGGTTTATCATAAAATGAATTGTTTCTATCCATACAAGCGTAT
165094 TTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAA
129 TTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAA
* *
165146 GATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTTAATCATTATGACTATTCGAATAATTATTT
1 GATTTTAAAAAT-AATCTATTTACCAAACAAGTTTAAAT-ATTATGACTATTTGAATAATTATTT
** * * * *
165211 ATTTCAAATTTTTATGACTTTTTTGTTTTATCATAAAAT-AATTGTTTCTATCCATACGAGCGTA
64 ATTTCAAATTGCTATAAC-ATTTTGGTTTATCATAAAATGAATTGTTTCTATCCATACAAGCGTA
** * * * **
165275 TTTGGATTAATATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAA
128 TTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAA
* * * ** *
165328 GA-TTTAAAAAT-ATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGCCATGACTATTTGAATAATTATCTA
1 GATTTTAAAAATAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATTTA
*
165391 CTTCAAAT
65 TTTCAAAT
165399 CATTGTGACC
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 39, Indels: 7
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 49 0.23
181 9 0.04
182 136 0.64
183 17 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
GATTTTAAAAATAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATATTATGACTATTTGAATAATTATTTAT
TTCAAATTGCTATAACATTTTGGTTTATCATAAAATGAATTGTTTCTATCCATACAAGCGTATTT
CAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAA
Found at i:165721 original size:167 final size:168
Alignment explanation
Indices: 165424--165755 Score: 402
Period size: 167 Copynumber: 2.0 Consensus size: 168
165414 TTTTGTAATA
* * * * *
165424 AAACAATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAAAAAATTAATTTATTAATATTTCAA
1 AAACAATTGGTTCAATCCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAAAAAATAAATTTATTAATATTTCAA
* *
165489 AAATAAAAGAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATCTGTTTGCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
66 AAATAAAAGAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATCTATTTGCTAAACAAGTTCAAATAGCTATGACT
*
165554 ACCTAAACAATTATCTATTTCTAAA-CATTATGACCTTT
131 ACCTAAACAATTATCTATTTC-AAATCATTACGACCTTT
* * *
165592 AAACAATTGGTTCTATCCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATGTTTCA
1 AAACAATTGGTTCAATCCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAA-AAAATAAATTTATTAATATTTCA
* * * * ** * *
165657 AAAATTAATA-AGTAA-A-ATTTAATAAATAAATTTATTTTTTGAACAAGTTCAAGTAGCTATGA
65 AAAA-TAAAAGAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATCTATTTGCTAAACAAGTTCAAATAGCTATGA
** * *
165719 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTACGACC
129 CTACCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTACGACC
165756 ATTTGTTTTG
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 23, Indels: 7
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.02
167 65 0.47
168 37 0.27
169 29 0.21
170 4 0.03
ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
AAACAATTGGTTCAATCCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAAAAAATAAATTTATTAATATTTCAA
AAATAAAAGAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATCTATTTGCTAAACAAGTTCAAATAGCTATGACT
ACCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCTTT
Found at i:166211 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 165592--172871 Score: 2750
Period size: 181 Copynumber: 40.1 Consensus size: 176
165582 TATGACCTTT
* * * ** * *
165592 AAACAATTGGTTCTATCCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATGTTTC
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT-ATTC
* * * * * *
165656 AAAAATTAATAAGTAAAATTTAATAAATAAATTTATTTTTTGAACAAGTTCAAGTAGCTATGACT
64 AAAAATTAATAAG-AAGATTTAA-AAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * *
165721 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCA-TTTGTTTTGACATA
127 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
165771 AACCAATTGTTTCTGTT--TGAAAAACATTATTTGAAATAAAATAATACTCACTTATTAATATTC
1 AAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAA-ATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * ***
165834 CAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGA
64 AAAAATTAATAAG---AAGA-TTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * **
165899 CTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTGTG--A---TCCTTTGTCATA
125 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
* * ** * **
165946 AAACAATTGTTTTTATTAATACAAGTTTGTTCAAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTC-
* * * * * *
166011 AAAAGTTAATAAGTTGTAGATTTAAAACATTAATTTGTTTTTCGAACAAGTTCAAATAGTCATGT
64 AAAAATTAATAA---GAAGATTTAAAA-ATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
166076 CCATTTGAACTATTATTTATTTCAAGTCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
125 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
* * * *
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1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
* * * *
166192 AAAAATTAATAAG-AGATTTAAAACGTAAATCTT-TTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATAAC
64 AAAAATTAATAAGAAGATTTAAAA-ATAAAT-TTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * *
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126 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGTCATA
* * ** * * * * * *
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1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-A
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65 AAAATTAATAAG-AA-GATTT-AAAAATAAATTTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * *
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126 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
* * * *** *
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1 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-
* *
166548 AAAAATTAATAAGTAAGAAATT-AAAA-AAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTTTGACT
64 AAAAATTAATAAG-AAG-ATTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
166611 ATTTGAACAATTATCCATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATA
127 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
* * *
166661 AAACAATTGTTTC-AGTTCATA-AAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTA
1 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAA-ATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * *
166724 TAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATTAGTTTATCGAATCAA-TTCAAATAATTAT
63 CAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAA-ATAAATTTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
** * *
166788 GACCGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTA-ACTTTTGTTTTGTCA-A
123 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTGTCATA
* * *
166841 TAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCA-TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
1 -AAACAATTGTTTCT-ATTCATACAA-AATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
* * * *
166904 TTAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTAT
62 TCAAAAATTAATAAG-A--AG-ATTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* ** * * *
166969 GACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCCTATTT
123 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGT-C-A-TA
* * * * * * * ** * ** *
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1 AAACAATTGTTTCTATTC--A----TA-CA-AAATT-ATTTGAAATAAAATAA-TACTAAT-TT-
** * * * * ** * *
167090 ATATAGTCATATT-TGAAATAAAGTAATGCTA-ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGC-AA
54 AT-TA---ATATTCAAAAATTAA-TAA-G-AAGATTTA--AA-A--AT-AAATTTGTTTATCGAA
* * * ** * ** *
167152 CAGATTTAAAAAATGAATCTGTTGGTTCTGACTGGTTGAACAATTTTCTATTTCAAATTGTTATA
106 CA-AGTT--CAAAT--A-------GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * *
167217 ACTTTTTGTTTTATCACA
159 ACATTTTGTTTTGTCATA
* * ** ** * * * **
167235 AATCAATTGTTTCTATTCGTACAACCTTATTCAAAACAATATAATTCTAACATATTAATATTTCA
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCA
* * * *
167300 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTA-CAGAATAAGTTCAAATACTTATGA
65 AAAATTAATAAG--A-AGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* *** * * * *
167364 CTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATTGCTATAACCTTTTGCTTTGTTATA
125 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
* * ** ** *
167416 AAATAATT-TTTCTATTCAGACAAGCTTATTCCAAATAAAATAACA-TAAATTTATTAATATTCA
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCA
* * * * * *
167479 GACAATTAAAAATTAA-AAGATTTAAAAAATAATTTTTTTTA-CTTAATAAGTTCAAATACTTAT
65 -AAAATT---AA-TAAGAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * *
167542 GA-TAATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATA
123 GACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
* * * ** * * * *
167596 AAACAATTGTTTTTGTTCATA-GAAGCTAATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TT
** ** * * * **
167660 GACAAATAA-TAAGTAA-AAGATTTGAACAATTATCGATTTG-GAATCGCTATAAGATTTTATTT
63 --CAAA-AATTAA-TAAGAAGATTT-AA-AA--ATAAATTTGTTTATCG-AACAAG--TTCAAAT
* ** * *** * ** * * *** *
167722 TGTCGTAAAACAATTTTTTCTATTCAGATAATATTCAAA-CAATTA-AAAAGTAAAG-ATT-T-A
117 AGT--TATGACTATTTGAACAATT-ATCT-AT-TTCAAATC-ATTATGACA-TTTTGTTTTGTCA
*
167782 AA
175 TA
* * * * ** * * *
167784 AAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCGA-ATCATTATAACTATTT-AAACAGCTATTTATTTCA
1 AAA-CAAT-TG-TT-T----CTA-TTC-ATA-CA--A-AATTATTTGAAATA---AAATAATACT
* * * ****** * * *** * ** * *
167847 AATTCTTATGACTTTTTTGTTTTTTCATAA-AACAATTGTTTCAATCCATATGAGCTTATTCAAA
49 AA-T-TTATTA-ATATTCAAAAATTAATAAGAA-GATT-TAAAAAT--AAATTTGTTTA-TCGAA
* ** * * * * * * * ** ** * *
167911 TTAAAAT-AATATTAATTTATTAATATTTCAATAATTA-ATATGT-AAAAGATTTAAAAGATATA
106 -CAAGTTCAA-A-T-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACAT-TT
*
167973 TGTTTAATGAACA-A
165 TGTTT--TG-TCATA
*** * * * * ** * * ** * * *
167987 GTTCAAATAGTCATGACTATT--TGA-ATAATTATCT-ACTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTT
1 AAAC-AATTGT--T-TCTATTCAT-ACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACT-A--ATTTATTA
* * * ** *** *
168048 GTAATAAAACAATTGTTTCAA-TTCATGTAAGAAATTAAAAAAATTTTGTTTA-CTGAACAAGTT
58 ATATTCAAA-AATT-AAT-AAGAAGATTTAA-AAA-T----AAA-TTTGTTTATC-GAACAAGTT
* * * * * * * * *
168111 TAAATATTTTTAACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGATCA-TTTATTTTATCAT
112 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCAT
168175 A
176 A
* * * * * *
168176 AAATAATTGTTT-TAGTTCGTA-AAATCTTGTTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTA
1 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAA-ATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * ** * * *
168239 TAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATCAGTTTATCAAATC-CGTTCAAATAATTAT
63 CAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAA-ATAAATTTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
168303 GACCATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTTTTA-ACTTTTGTTTGGTCA-A
123 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTGTCATA
* *** * *
168356 TAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTT
1 -AAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * *
168420 CAAAAATTAATAAGTTGGAGAATTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATG
63 CAAAAATTAATAA---GAAG-ATTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
** * * * * *
168485 ACTACCTAAACAATTAACTATTTCAAAACATTATGACCTTTTATTTTGTCATA
124 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
* *** ** * *
168538 AAACAATTGGTTCTATTCATGTTAGTTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATGTT-A
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCA
* *** * ** * * *
168601 CAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCAATTTTTTAAACACGTTCAAATTGTTATAAC
65 -AAAATTAATAAG--AAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * *
168666 TATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TATTTGTTTTATCATA
126 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGTCATA
* * * * **
168717 AATCGATTGTTTCCATTCA-A-AAAATCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAA--TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * ** * * *
168780 TAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTACTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATGA
64 AAAAATTAATAAG---AAGA-TTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* **
168845 CTATTTGAACAATTATTTTATTTCAAATTGTTAT-A-ATCCTTTGTTTTGTCATA
125 CTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACAT--TTTGTTTTGTCATA
** * *
168898 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-A
* * * * * * * *
168963 AAAATTAATAGGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTC
65 AAAATTAATA---AGAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * ** * *
169028 CATTTCAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTCGTA
126 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
*
169079 AAACAATTG-TTCTATTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTC
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
* * * ** * *
169142 AAAAATTAACAAG-AGACTTTAAAACTAAATCTCATTATAGAACTAGTTCAAATAGTTA-GACTA
64 AAAAATTAATAAGAAGA-TTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
169205 TTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCACTATG--ATCTTTGTTCTATCCTA
128 TTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGTCATA
* * * * * ** * * * * * * *
169253 AAACATTTATTTTTGTTTATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATCCTA
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-A
* * * ** * * *
169318 AACATTAATAAGTAAGGTTTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACT
65 AAAATTAATAAG-AA-GATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * * *
169383 ATTAGAAC----A---ATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATA
127 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
* * * *** ** *
169426 AAATAATTGCTT-TAGCTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCA
1 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-
* * * * *
169490 AAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAA-AAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTTTGACT
64 AAAAATTAATAAG-AAG-ATTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
169554 ATTTGAATAATTGTCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATA
127 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
* * ** * **
169604 AAACAATTGTTTC-AGTTTAT-C-AAATCTGGTTCAAAATAAAATAATATTGCTTTATTAATATT
1 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAAT-T-ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *** * * *
169666 ---ATATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACGTAAATCAATTTATTGAATCAA-TTCAAATAATTAA
63 CAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAA-ATAAATTTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
* * *
169727 GACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATTA-ACTTTTGTTTTGTCA-A
123 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTGTCATA
* *** *
169780 TAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
1 -AAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * * *
169844 CAAAAATTAATATGTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTTAAATAGTTTTG
63 CAAAAATTAATAAG--A-AG-ATTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * ** *
169909 ACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCA-TTTGTTTTGTCGTA
124 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATA
* ** * *
169962 AACCAATTGTTTCTATTCA-A-AAAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTCTTAATATTC
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAA--TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * ** *** * *
170025 CAAAAGTAATAAGTAAAAGATTTTAGAAAGAAATCTACTTATCGAGTGAGTTTAAATACTTATGA
64 AAAAATTAATAAG---AAGA-TTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* *
170090 CTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTAT-A-ATCCTTTGTTTTGTCATA
125 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT--TTTGTTTTGTCATA
** *
170142 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCA
* * * * * *
170207 AAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTC
65 AAAATTAATAA---GAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * ** * *
170272 CATTTAAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATATTGTTTTGTCGTA
126 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
* * * *
170323 AAATAATTGTTTCTATTCATATAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTC
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
* **
170387 AAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAACT-AATCTCATTA-CAGAACTAA-TTCAAATAGTTATGAC
64 AAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTATC-GAAC-AAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
170448 TTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATG--ATCTTTGTTCTATCCTA
126 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGTCATA
* * ** * * * * *
170498 AAACATTTATTTCTATTCATACAACCTTATTTGAAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCAA
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA
* * ** * *
170563 AACATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAA-GTATTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGAC
66 AA-ATTAATAAG-AA-GATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * ** * *
170626 TATTAGAACAATT-TCAAATCGTTC--TTTGTTCTGATC-TTTTATTTTGTCATA
126 TATTTGAACAATTATC-TAT--TTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATA
* * * *** ** *
170677 AAATAATTGCTTC-AGCTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACCT-ATTTATTAACATTC
1 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTC
* * * * * *
170740 AGAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAGA-AAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTTTGAC
64 A-AAAATTAATAAG-AAG-ATTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * *
170804 TATTTGAATAGTTATCTATTTAAAATCGTTATGGCCTTTTATTTTATCATA
126 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
* *** * *
170855 AAACAATTGTTTC-AGTTCATA-AAAGCTTATCCAAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT
1 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAA-ATTAT-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
170918 ATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATTAGTTTATCGAACTAGTTCAAATAATTAT
63 -CAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAA-ATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * ** *
170983 GACCAATTGAATAATTAGGTATTTCAAATCATTATTA-ACTTTTGTTTTGTCA-A
123 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTGTCATA
* *** ** * *
171036 TAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCAAAAAAAAATAATACTAATATATTAATATTT
1 -AAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * * * * *
171100 CAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTGAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAAAAGTTAAG
63 CAAAAATTAATAAG-A--AG-ATTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * * * *
171165 ACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATGTACTATTG
124 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGT-C-A-TA
* * * * *** ** *
171221 GAACAATT-ATT-TATT--T-C-AAATTGTTATGACCATTTGAT--TGTTTATGTTCATATAGTC
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATT-TGA-AATAAAATAATACTAAT-TT-AT-TA---
* * * * * * ** * * *
171278 TTATTC-GAAATAAAGTAATGCTA-ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGC-AACAAATTTA
58 ATATTCAAAAATTAA-TAA-G-AAGATTTA--AA-A--AT-AAATTTGTTTATCGAAC-AAGTT-
* * * * * *
171340 AAAAATGTATTTGTTGGTTCTGACTTTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTA
112 -CAAA--TA-------GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTG
* *
171405 TTTTATCACA
167 TTTTGTCATA
* * ** * * * * **
171415 AATCAATTGTTTCTATTCGTACAACCTTATTGGAAACAATATAATTCTAACATATTAATATTCCA
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CA
* * * * * *
171480 AAAAATAATAAG-AGATTTAAAAAATGAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATACTTATGACAAT
65 AAAATTAATAAGAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
** * * * *
171544 TTGAACAATTATCT-TTTCAAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGCCCTA
129 TTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
* ** ** ** * * * *
171592 AAACAATTTTTTCTATTCAGGCAAGCTTATTCCAAGTAAAATAACACAAACTTT-GTAATATTCA
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCA
* * *
171656 AACAATTAAAAATTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CAAATAAGTTCAAATAGTTTTG
65 AA-AATT---AA-TAAGAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
171719 ACAATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTATTATGACTTTTTGTTTAGTCATA
124 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
** * * * ** * * *
171772 AAATTATTGTTTTTGTTCATGCAAGCTTA-TTCATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TT
* * * * *
171836 GACAAATAA-TAAGTAA-AAGATTTTTAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTCCAAATAGTCAT
63 --CAAA-AATTAA-TAAGAAGA-TTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * ** *
171899 AATTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATAATA
123 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
* * * * *** * * *
171953 AAATAATTGTAT-TAGTACATATAGGCTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAGTATTCT
1 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-
* * * * * * * *
172017 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAAAAAATTTAAATAGTTATGA
64 AAAAATTAATAAG--A-AGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* *
172082 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATA
125 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
* * *
172134 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTC
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTC
* * * * *
172197 TAAAAATTAATAAGTATAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTAT
64 -AAAAATTAATAAG-A-AGA-TTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAACA-AGTTCAAATAGTTAT
* **
172261 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA--AGTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTA
123 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACATTTTGTTTTGTCATA
* **
172314 AACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCA
* * * * *
172378 AAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTA-CTATGCAAGCTCTAATAGTTATG
65 AAAATTAATAAG--AA-GATTT--AAAAATAAATTTGTTTATCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
172442 ACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATAATC-TTTTGTTTTGTGATC
124 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA-CATTTTGTTTTGTCATA
* **
172495 AAGCAATTGATTT-TATTCATACAAGTTTATTTCGAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT
1 AAACAATTG-TTTCTATTCATACAAAATTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
** * * * * * * *
172558 TGAAAATTAATTGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT-
63 CAAAAATTAA-T--AAGAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * **
172622 ATCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTA
124 A-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
172676 AAACAATTGTTT-TGTTCATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATATTGATTTATTAAAATTTT
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
* * * * * *
172739 GAAAATTAATAAG-AGATTTGAAAACTAAATATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTA
64 AAAAATTAATAAGAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * *
172803 TTTGAACAATTATCTATCTCGAATCATTATG--ATCTTTATTTTGTCATA
128 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGTCATA
* *
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AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA
AAATTAATAAGAAGATTTAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
Found at i:166848 original size:181 final size:177
Alignment explanation
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165582 TATGACCTTT
* * * * *
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1 AAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-
* * * *
165656 AAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAATAAATAAATTTA-TTTTTTGAACAAGTTCAAGTAGCTATG
63 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAATAAA-TTAGTTTATCGAACAA-TTCAAATAGTTATG
* ** * * *
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* * * * * * *
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* * * ** *
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63 AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAAT-TAGTTTATCGA-ACAATTCAAATAGTTATG
* * * * **
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* * * * **
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1 AAACAATTG-TTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-T
* * * * * *
166011 AAAAGTTAATAAGT-TGTAGATTTAAAACATTAATTTGTTTTTCGAACAAGTTCAAATAGTCATG
63 AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAA-ATAAATTAGTTTATCGAACAA-TTCAAATAGTTATG
* * * * * *
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125 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAAC-TTTTGTTTTGTCATA
* ** * * *
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* * * * *
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63 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-ATAAAT-TAGTTTATCGAA-CAATTCAAATAGTTATG
* * * * *
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* * * * * * * *
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1 AAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TA
* * * * * *
166369 AACATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAA-TATGTTT-GCTAAACTAGTTCAAATACTTAAG
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* * * * * * *
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* * * * * *
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1 AAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TA
* * *
166549 AAAATTAATAAGTAAGA-AATT-AAAA-AAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTTTGACT
64 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTAGTTTATCGAACAA-TTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
166611 ATTTGAACAATTATCCATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATA
128 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTTGTCATA
* * *
166661 AAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTATA
1 AAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TA
* * *
166726 AAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATTAGTTTATCGAATCAATTCAAATAATTATGAC
64 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-ATAAATTAGTTTATCGAA-CAATTCAAATAGTTATGAC
** *
166791 CGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTTGTCA-A
127 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTTGTCATA
* *
166841 TAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
1 -AAACAATTG--TTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * *
166905 TAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATCT-GTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTAT
62 TAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAAC-AATTCAAATAGTTAT
* **
166969 GACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTA-TAACCTTTTGTTTTGTC
124 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAA-CTTTTGTTTTGTC
167020 CTATTTGAAC
Statistics
Matches: 988, Mismatches: 198, Indels: 124
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (177 bp):
AAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA
AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTAGTTTATCGAACAATTCAAATAGTTATGACTATT
TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTTGTCATA
Found at i:167043 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 166971--167068 Score: 169
Period size: 49 Copynumber: 2.0 Consensus size: 49
166961 ATAGTTATGA
*
166971 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
1 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTTTGTC
* *
167020 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTC
1 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTTTGTC
167069 ATAAAACAAT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 3, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTTTGTC
Found at i:167502 original size:180 final size:180
Alignment explanation
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167177 TTCTGACTGG
* *
167187 TTGAACAATTTTCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTG-TT-TTATCACAAATCAATTGTTTCTA
1 TTGAACAATTATCTTTTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTGTTAT-A-AAAT-AATTGTTTCTA
* * * * *
167250 TTC-GTACAACCTTATTCAAAACAATATAATTC-TAACA--TATTAATATTTCA-AAAATTAATA
63 TTCAG-ACAAGCTTATTCCAAATAAAATAA--CATAA-ATTTATTAATA-TTCAGACAATTAATA
*
167310 AGTAAGAGATTTAAAAAATGAA-TTTATTTACAGAATAAGTTCAAATACTTATGACT-AT
123 AGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATTTTATTTACAGAATAAGTTCAAATACTTATGA-TAAT
* *
167368 TTGAACAATTATCTTTTTCAAATTGCTATAACCTTTTGCTTTGTTATAAAATAATT-TTTCTATT
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* *
167432 CAGACAAGCTTATTCCAAATAAAATAACATAAATTTATTAATATTCAGACAATTAAAAATTAAAA
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* **
167497 GATTTAAAAAATAATTTTTTTTACTTAATAAGTTCAAATACTTATGATAAT
130 GATTTAAAAAATAATTTTATTTACAGAATAAGTTCAAATACTTATGATAAT
* ** * * * * *
167548 TTGAACAATTAT-TTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
1 TTGAACAATTATCTT-TTTCAAATTGTTATAACTTTTTG-TTTGTTATAAAATAATTGTTTCTAT
* * * * * * ** *
167612 TCATAGAAGCTAATT-CAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAATAATAAGTAA
64 TCAGACAAGCTTATTCCA-AATAAAATAACATAAATTTATTAATATTCAGACAATTAATAAGTAA
167676 AAGATTT
128 AAGATTT
167683 GAACAATTAT
Statistics
Matches: 265, Mismatches: 37, Indels: 26
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.01
179 12 0.05
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Consensus pattern (180 bp):
TTGAACAATTATCTTTTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTC
AGACAAGCTTATTCCAAATAAAATAACATAAATTTATTAATATTCAGACAATTAATAAGTAAAAG
ATTTAAAAAATAATTTTATTTACAGAATAAGTTCAAATACTTATGATAAT
Found at i:170184 original size:361 final size:360
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168084 AAAAAAATTT
* * * * * * * * *
168094 TGTTTACTGAACAAGTTTAAATATTTTTAACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGA
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* * * * * * * * ** *
168159 TCATTTATTTTATCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCGTAAAATCTTGTTTGAAATAAAATAATAT
66 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* ** * * *
168223 TACTTTATTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGA-TTTAAAACATAAATC-AGTTTATCAAA
130 TAATTTATTAATATT-CCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAA-ATAAATCTA-TTTATCGAA
** * * * * * * * *
168286 TCCGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTTTTAACTTTTGTTTG
192 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATAACCTTTGTTTT
* * * *
168351 GTCA-ATAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTA
256 GTCATA-AAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
** * *
168414 ATATTTCAAAAATTAATAAGTTGGAGAATTAAAAAATAAATA
319 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * *
168456 TGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTACCTAAACAATTAACTATTTCAAAACATTATGA
1 TGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * *** *
168521 CCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGTTAGTTTATTTC-AAATAAAATAATA-
66 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * * ** *
168584 TAAATTTATTAATGTTACAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCAATTTTTTAAACA
130 T-AATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAATA
* * * * * * *
168648 CGTTCAAATTGTTATAACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTATTTGTTTTAT
194 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-CTTTGTTTTGT
* * * * * * * **
168713 CATAAATCGATTGTTTCCATTCAAAAAATCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
258 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
168777 TTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATC
323 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
** * * * ** *
168815 TACTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTTATTTCAAATTGTTATA
1 TGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATG
* * **
168880 ATCC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATA
65 A-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * * * *
168944 CTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAGGT-TGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACCAAA
129 CTAATTTATTAATATTC-CAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAA
* * * * * * * *
169008 CAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTCAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTT
192 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-CTTTGTTTT
* ** *
169073 GTCGTAAAACAATTG-TTCTATTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAC
256 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * *
169136 TATTTCAAAAATTAACAAG--AGA-CTTT-AAAACTAAATC
320 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
** ** *
169173 TCATTATAGAACTAGTTCAAATAGTTA-GACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCACTATG
1 TGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATG
* * * * * * * * * * * * * *
169236 ATC-TTTGTTCTATCCTAAAACATTTATTTTTGTTTATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATATTGC
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * ** *
169300 TAAATTAATAATA-TCCTAAACATTAATAAGTAAG-G-TTTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAA
130 TAATTTATTAATATTCC-AAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAA
* * * * *
169362 CT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC----A---ATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTT
192 -TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-TTTGTTT
* * * * * **
169419 AGTCATAAAATAATTGCTT-TAGCTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
255 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* *
169483 ACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGA-AATT-AAAAA-AAATC
319 ATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
169522 TATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTGTCTATTTTAAATCATTATGA
1 TGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * ** *
169587 CCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATCAAATCTGGTTCAAAATAAAATAATAT
66 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
** * * * * * *
169651 TGCTTTATTAATATT---ATATTGATAAGTTAGAGA-TTTAAAACGTAAATCAATTTATTGAATC
130 TAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAA-ATAAATCTATTTATCGAAT-
* * * ** *
169712 AA-TTCAAATAATTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATTAACTTTTGTTTTG
193 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TAACCTTTGTTTTG
* * *
169776 TCA-ATAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
257 TCATA-AAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * *
169839 TATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGAATTAAAAAATAAATT
320 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * **
169880 TGTTTATCGAACTAGTTTAAATAGTTTTGACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
1 TGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * *
169945 CCATTTGTTTTGTCGTAAACCAATTGTTTCTATTCAAAAAATCTTATTCAAAATAAAATAATACT
66 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * * * *
170010 AATCTCTTAATATTCCAAAAGTAATAAGTAAAAGATTTTAGAAAGAAATCTACTTATCGAGTGAG
131 AATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAG
* * * * *
170075 TTTAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCCTTTGTTTTGTCA
196 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA-CCTTTGTTTTGTCA
*
170140 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
260 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
170205 AAAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATTAATC
325 CAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * **
170241 TATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTAAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
1 TGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * *
170306 CATATTGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAA-ATTATTCAGAATAAAATAATAC
66 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * *
170370 TAATTTATTACTATTTCAAAA--ATTAA-TAAGAGA-TTTAAAAACT-AATCTCA-TTA-CAGAA
130 TAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAA-TAAATCT-ATTTATC-GAA
* * * * *
170428 CTAA-TTCAAATAGTTATGACTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTGTTCT
192 -TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTGTTTT
* * * * * * * * * *
170492 ATCCTAAAACATTTATTTCTATTCATACAACCTTATTTGAAGTAAAATATTGCTAAATTAATAAT
256 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*
170557 A-TTCAAAACATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAA-G
321 ATTTCAAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * * ** *
170595 TATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATT-TCAAATCGTTC--TTTGTTC
1 TGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TAT--TTCAAATCATTA
* * * * * * *
170657 TGATCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGCTTC-AGCTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAA
63 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * *
170721 TACCT-ATTTATTAACATTCAGAAAATTAATAAGTAAGA-A-ATTAAAGA-AAATCTATTTATCG
127 TA-CTAATTTATTAATATTC-CAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCG
* * * * ** *
170782 AATAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAGTTATCTATTTAAAATCGTTATGGCCTTTTATT
190 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-TTTGTT
* * *** * *
170847 TTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAATAAAATAATATTACTTTAT
254 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
170911 TAATATTAT-AAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAAT-
317 TAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * ** *
170954 TAGTTTATCGAACTAGTTCAAATAATTATGACCAATTGAATAATTAGGTATTTCAAATCATTATT
1 T-GTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
171019 AACTTTTGTTTTGTCA-ATAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCAAAAAAAAATAAT
65 ACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTCT-ATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * * * *
171082 ACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTGAAAAATAAATCTATTTATCAAA
128 ACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAA
* * * * * *
171147 CT-AGTTCAAAAAGTTAAGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTA
192 -TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-TTTGTTT
** * * * * *** ** *
171211 TGTACTATTGGAACAATT-ATT-TATT--T-CAA-ATTGTTATGACCATTTGAT--TGTTTATGT
255 TGT-C-A-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGA-AATAAAATAATACTAAT-T
* * * * * *
171268 TCATATAGTCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTA-ATATTCTAAAAATTAATAAGCAA
314 T-AT-TAAT-AT-TTC--AA-AAATTAA---TAA-GTA--AGAGATT-T-AAAA--AATAA--AT
171332 C
360 C
** ** * **** * * *
171333 AAATTTA-AAAAAT-GTATTTGTTGGTTCTGACTTTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
1 -TGTTTACCGAACTAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * * * ** * * *
171396 AACCTTTTATTTTATCACAAATCAATTGTTTCTATTCGTACAACCTTATTGGAAACAATATAATT
64 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
** * * * * *
171461 CTAACATATTAATATTCCAAAA--AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTATTGAATA
129 CTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAATA
* * *
171523 AGTTCAAATACTTATGACAATTTGAACAATTATCT-TTTCAAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTG
194 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATAACC-TTTGTTTTG
* * * ** ** * * * *
171587 CCCTAAAACAATTTTTTCTATTCAGGCAAGCTTATTCCAAGTAAAATAACACAAACTTT-GTAAT
257 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAAT
* * * *
171651 A-TTCAAACAATTAAAAATTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
321 ATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
171691 TGTTTA-C-AAATAAGTTCAAATAGTTTTGACAATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTATTATG
1 TGTTTACCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * ** * * ** * * *
171754 ACTTTTTGTTTAGTCATAAAATTATTGTTTTTGTTCATGCAAGCTTATTCATATTAAAATAATAT
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
** * * * * * *
171819 TAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAAATATGTTTATCAAAC
130 TAATTTATTAATA-TTCCA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAAT
* * * * * * * **
171883 AAGTCCAAATAGTCATAATTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCA
193 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-TTTGTTTTG
* * * * * * * * *
171948 TAATAAAATAATTGTAT-TAGTACATATAGGCTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAGT
257 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*
172012 A-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATC
321 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * ** * * *
172052 TATTTACCAAAAAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGA
1 TGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * *
172117 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAA-CTTATTTC-GAATAAAATAATA
66 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATA
* * *
172180 -TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTATA-A-ATTTTAAAAAATAAATCTATTTTTTG
129 CT-AATTTATTAATATTC-CAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTT-AAAAATAAATCTATTTATCG
* * *
172242 AACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-AGTTATGACCTTTTGT
190 AATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-TTTGT
** *
172305 TTTGTTGTAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATT
253 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
172369 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-ATGATTTAAAAAAATAAATC
318 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTT-AAAAAATAAATC
* * * * * * * *
172413 TGTTTA-CTATGCAAGCTCTAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTAT
1 TGTTTACCGA-ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT
* * * * * * * *
172476 AATCTTTTGTTTTGTGATCAAGCAATTGATTT-TATTCATACAAGTTTATTTCGAAA-AAAATAA
64 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAA
** ** * * * *
172539 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATTGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA
127 TACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGA
* * * * * * *
172604 ACAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTT
191 ATAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-TTTGTT
** * ** * * *
172668 TTGTTGTAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATATTGATTTATT
254 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATT
* ** * * *
172731 AAAATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTGAAAACTAAATA
318 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
172770 TGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCGAATCATTATGA
1 TGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * ** ** * *
172835 TC-TTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTTCATATTAGCTTATTCGGATTAAGATAATACT
66 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
*
172899 AATTTAATAATA
131 AATTTATTAATA
172911 AAAAATAAAT
Statistics
Matches: 3478, Mismatches: 783, Indels: 394
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
347 57 0.02
348 87 0.03
349 30 0.01
350 42 0.01
351 52 0.01
352 2 0.00
353 7 0.00
354 148 0.04
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356 212 0.06
357 286 0.08
358 215 0.06
359 120 0.03
360 383 0.11
361 785 0.23
362 480 0.14
363 84 0.02
364 9 0.00
365 7 0.00
366 12 0.00
367 5 0.00
368 1 0.00
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370 3 0.00
371 12 0.00
372 6 0.00
373 12 0.00
374 82 0.02
375 8 0.00
376 8 0.00
377 17 0.00
378 99 0.03
379 5 0.00
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Consensus pattern (360 bp):
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CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
AATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAG
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
Found at i:170185 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 168123--172910 Score: 2903
Period size: 181 Copynumber: 26.6 Consensus size: 178
168113 AATATTTTTA
* * * * * *
168123 ACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGATCATTTATTTTATCATAAAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
168188 -TAGTTCGTA-AAATCTTGTTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTATAAAAATTGATA
65 CTA-TTCATACAAGT-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATA
* * * * *
168251 AGTTAGAGA-TTTAAAACATAAATC-AGTTTATCAAATCCGTTCAAATAATTATG
127 AGTAAAAGATTTTAAAA-ATAAATCTA-TTTATCGAAT-AGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
168304 ACCATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTTTTAACTTTTGTTTGGTCA-ATAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTT
* ** *
168368 TTTCA-TCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATA
64 TCT-ATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATA
*** * * * *
168432 AGTTGGAGAATTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATG
127 AGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAGTTCAAATAGTTATG
** * * * * * *
168485 ACTACCTAAACAATTAACTATTTCAAAACATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
*** *
168550 CTATTCATGTTAGTTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATGTT-ACAAAATTAATA
65 CTATTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCA-AAAATTAATA
* * * ** * * *
168612 AGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCAATTTTTTAAACACGTTCAAATTGTTATA
127 AGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAATA-GTTCAAATAGTTATG
* * * * *
168664 ACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTATTTGTTTTATCATAAATCGATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
168729 CCATTCA-AAAAATCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAG
65 CTATTCATACAAGT-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAG
* * **
168793 TAAAAGATTTTAAAAATAAATCTACTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATG
129 TAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGA-ATAGTTCAAATAGTTATG
* * *
168844 ACTATTTGAACAATTATTTTATTTCAAATTGTTATAATCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* *
168909 TCTATTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAG
64 TCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAA
** * * * * * *
168974 GTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATG
128 GTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
169026 TCCATTTCAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTG-TT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * *
169090 CTATTCATACAAAATTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAACAA
65 CTATTCATACAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAA
* * *
169154 G----AGACTTTAAAACTAAATCTCA-TTATAGAACTAGTTCAAATAGTTA-G
128 GTAAAAGATTTTAAAAATAAATCT-ATTTATCGAA-TAGTTCAAATAGTTATG
** * * * * * *
169201 ACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCACTATGATCTTTGTTCTATCCTAAAACATTTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * * * * *
169265 TTGTTTATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATCCTAAACATTAATAAG
65 CTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG
* * * ** * *
169330 T--AAGGTTTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAG
129 TAAAAGATTTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
169380 ACTATTAGAAC----A---ATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGCTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
169438 -TAGCTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAA
65 CTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAA
* * *
169502 GTAAGAA-A--TTAAAAA-AAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTTTG
128 GTAA-AAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
169551 ACTATTTGAATAATTGTCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** * * ** * *
169616 C-AGTTTAT-CAAATCTGGTTCAAAATAAAATAATATTGCTTTATTAATATT---ATATTGATAA
65 CTA-TTCATACAAGT-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAA
* * * * * * * *
169676 GTTAGAGA-TTTAAAACGTAAATCAATTTATTGAATCAATTCAAATAATTAAG
128 GTAAAAGATTTTAAAA-ATAAATCTATTTATCGAAT-AGTTCAAATAGTTATG
* ** * *
169728 ACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATTAACTTTTGTTTTGTCA-ATAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTT
* ** * *
169792 TTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
64 TCT-ATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATA
* * * * * * * *
169856 TGTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTTAAATAGTTTTG
127 AGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
169909 ACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCGTAAACCAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
169974 CTATTCA-AAAAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTCTTAATATTCCAAAAGTAATAAG
65 CTATTCATACAAGT-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
170038 TAAAAGATTTTAGAAAGAAATCTACTTATCGAGTGAGTTTAAATACTTATG
129 TAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAAT-AGTTCAAATAGTTATG
* * * *
170089 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *
170154 CTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG
65 CTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG
** * * * * *
170219 TTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATG
129 TAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
170270 TCCATTTAAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATATTGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTT
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* ** *
170335 CTATTCATATAAAATTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAA
65 CTATTCATACAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAA
*
170399 G----AGA-TTTAAAAACT-AATCTCA-TTA-CAGAACTAATTCAAATAGTTATG
128 GTAAAAGATTTTAAAAA-TAAATCT-ATTTATC-GAA-TAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
170446 ACTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTGTTCTATCCTAAAACATTTATTTC
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** * * * * * *
170511 TATTCATACAACCTTATTTGAAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCAAAACATTAATAAGT
66 TATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAA-ATTAATAAGT
* * * ** * * * *
170576 -AAGGATTTAAAAAATAAA-GTATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAG
130 AAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
170624 ACTATTAGAACAATT-TCAAATCGTTC--TTTGTTCTGATCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTG
1 ACTATTTGAACAATTATC-TAT--TTCAAATCGTTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * *
170686 CTTC-AGCTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACCT-ATTTATTAACATTCAGAAAATTA
62 TTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTCA-AAAATTA
* *
170749 ATAAGTAAGAA-A--TTAAAGA-AAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTTTG
124 ATAAGTAA-AAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAAT-AGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
170802 ACTATTTGAATAGTTATCTATTTAAAATCGTTATGGCCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
170867 C-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTATAAAAATTGATA
65 CTA-TTCATACAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATA
* * *
170931 AGTTAGAGA-TTTAAAACATAAAT-TAGTTTATCGAACTAGTTCAAATAATTATG
127 AGTAAAAGATTTTAAAA-ATAAATCTA-TTTATCGAA-TAGTTCAAATAGTTATG
* * * ** * * *
170984 ACCAATTGAATAATTAGGTATTTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTTGTCA-ATAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTT
* ** * * *
171048 TTTCA-TCATACAAGCCTATTCAAAAAAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATA
64 TCT-ATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATA
** * * * * *
171112 AGTAGGAGAATTGAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAAAAGTTAAG
127 AGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * ** *
171165 ACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATGTACTATTGGAACAATTA
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGT-C-A-TAAAACAATTG
* * * * ** *** * ** * * * **
171230 TTTAT-TTC--A-AATTGTTATGACCATTTGATTGTTTATGTTCATATAGTCTTATTCGAAATAA
62 TTTCTATTCATACAAGT-TTAT-TCGAAAT-A-AAATAATACTAATTTATTAATATTC--AA-AA
* * * * * * * *** ****
171291 AGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAACAAATTTAAAAAAT-GTATTTGTT
120 ATTAA---TAA-GTA-AAAGATT-T-TAAA--AATAA--ATC-TATTTATCGAATAGT-TCAAAT
* *
171355 GGTTCTG
172 AGTTATG
* * * * * * *
171362 ACTTTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCACAAATCAATTGTTT
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* ** * * * * ** *
171427 CTATTCGTACAACCTTATTGGAAACAATATAATTCTAACATATTAATATTCCAAAA--AATAA-T
65 CTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
171489 AAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATACTTATG
130 AAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAAT-AGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
171539 ACAATTTGAACAATTATCT-TTTCAAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGCCCTAAAACAATTTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
** * * * * * * *
171603 TCTATTCAGGCAAGCTTATTCCAAGTAAAATAACACAAACTTT-GTAATATTCAAACAATTAAAA
64 TCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCAAA-AATTAATA
* * * * * *
171667 ATTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CAAATAAGTTCAAATAGTTTTG
127 AGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAAT-AGTTCAAATAGTTATG
* * * ** * * **
171719 ACAATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTATTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAATTATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
171784 TTGTTCATGCAAGCTTATTC-ATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAATA
65 CTATTCATACAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTCAAAAATTAATA
* * * * * * * *
171847 AGTAAAAGATTTTTAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTCCAAATAGTCATA
127 AGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAGTTCAAATAGTTATG
* * * ** * * *
171900 ATTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATAATAAAATAATTGTAT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * ** * *
171965 -TAGTACATATAGGCTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATAA
65 CTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAA
* * * * * * * *
172029 GTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAAAAAATTTAAATAGTTATG
128 GTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATC-GAATAGTTCAAATAGTTATG
* *
172081 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * **
172146 TTGTTCATACAAACTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
65 CTATTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTC-AAAAATTAATA
* * * * *
172209 AGTATAA-ATTTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACACATTCAAATAGTTATG
127 AGTAAAAGATTTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAATA-GTTCAAATAGTTATG
* ** *
172262 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAACCAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *
172326 CTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
65 CTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
172390 TAAATGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTATGCA-AGCTCTAATAGTTATG
129 TAAAAGATTT-TAAAAATAAATCTATTTA-T-CGAATAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
172442 ACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATAATCTTTTGTTTTGTGATCAAGCAATTGATT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
** *
172507 T-TATTCATACAAGTTTATTTCGAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATT
64 TCTATTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATA
* ** * * * * *
172570 GGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT-
127 AGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAGTTCAAATAGTTATG
* * * * **
172622 ATCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTT
1 A-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** * * * **
172687 T-TGTTCATACAAAATTATTC-AGAATAAAATAATATTGATTTATTAAAATTTTGAAAATTAATA
64 TCTATTCATACAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATA
* * * * * *
172750 AG----AGATTTGAAAACTAAATATGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATA
127 AGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
172799 ACTATTTGAACAATTATCTATCTCGAATCATTATGATCTTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTC
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** * * * * *
172864 TTTTCATATTAGCTTATTCGGATTAAGATAATACTAATTTAATAATA
66 TATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
172911 AAAAATAAAT
Statistics
Matches: 3569, Mismatches: 834, Indels: 413
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 38 0.01
172 17 0.00
173 71 0.02
174 39 0.01
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177 216 0.06
178 255 0.07
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189 5 0.00
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191 6 0.00
192 2 0.00
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197 54 0.02
198 10 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
TATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTA
AAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAATAGTTCAAATAGTTATG
Found at i:173243 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 172931--173725 Score: 716
Period size: 181 Copynumber: 4.4 Consensus size: 182
172921 ATATTTTGTT
* * * * * * *
172931 GAACTAGTTCAAATAATTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTTTTTCAAATCATTCTGACCTTTTG
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTG
* * * * *
172995 TTTAGTCATAAAAAAATTATTAT-AGTTCATATAAGGTTCTTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
65 TTTTGTCATAAAAAAATTGTT-TCAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
*
173059 TTAACA-TTCAAAAAATTAGTAAGCATGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACC
129 TTAACATTTC-AAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * *
173112 AAACAAGCTCAAATAGATATGACTATTTAAACAATTAACTATTTAAAATCGTTATGACTTTTTGT
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGT
* * *
173177 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATT
66 TTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * **
173242 AATATTTCAAAAATGATTAAGTAAGACATTT-AAAAATTAAA-ATTAGTTT-TT
131 AACATTTCAAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATA-T-GTTTACC
* * * * * * * ***
173293 GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTAGTTGAGCAAATAT-TAGTATCAAATTGCTATGA-TTTTTG
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTA-TTTAAAATCATTATGACTTTTTG
* * * * *** *
173356 TTTTGTCATAAAAAAATTTGGTTCTGATCATACAAGCTTATT-TGGATAAAAATAATATTAATTT
65 TTTTGTCATAAAAAAA-TTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTT
* * * * ***
173420 AATAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTGTT
128 ATTAACATTTCAAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACC
** * * * * * * * * * * **
173475 GAATTAGTTTAAATGGTTAAGATTACTAAAATAATTATCTATTTTAAATCATTCTAAGATTTTGT
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGT
* * *
173540 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAGAAGCTTATTCATAAT-AAATAATACTAATTTATT
66 TTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
173604 AACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACC
131 AACATTTC-AAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACC
* *
173656 GAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAAC-TTTTG
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG-ACTTTTTG
173720 TTTTGT
65 TTTTGT
173726 TGTTTTAGTT
Statistics
Matches: 487, Mismatches: 111, Indels: 32
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 30 0.06
181 354 0.73
182 79 0.16
183 24 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (182 bp):
GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGT
TTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
AACATTTCAAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACC
Found at i:174210 original size:521 final size:507
Alignment explanation
Indices: 173184--174644 Score: 1289
Period size: 521 Copynumber: 2.8 Consensus size: 507
173174 TGTTTTGTCA
*
173184 TAAAAT-A-ATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATAT
1 TAAAATCATATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAA-AT
* * * *
173247 TTCAAAAATGATTAAGTAAGACATTTAAAAATTAAAATTAGTTT-TTGAACCAGTTCAAATAGTT
65 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-T-AAATTAGTTTACTGAACCAGTTCAAATA--T
* * * * * * *
173311 ATGACTAGTTGAGCAAATAT-TAGTATCAAATTGCTATGATTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTT
126 AT-ACTATTTGAACAAATATATA-TTTCAAATCGTTATTATTTTTATTTTGTCATAAAAAAA-TT
* *** * *
173375 GGTTCTGATCATACAAGCTTATTTGGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAG
188 GTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA-
**** * * * * * **
173440 TAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAATTAGTTTAAATGGTTAAGATTACTAAA
251 TAAGTAAGAGATTT--AAAAATAAAT-TGTTTAACAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGA
* ** * *
173505 ATAATTATCTATTTTAAATCATTCTAAGATTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTGTTTCA-GTTCA
313 ATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTTTGTCATAAAATCAATTGTTT-ATGTTCA
* * * * *
173568 TAGAAGCTTA-TTCATAATAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGA
377 TACAAGTTTATTTGA-AATAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGA
* * * ** *
173632 TTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA
441 TTTGAAAAAATAAATCCATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTAAGACAATATGAACAATTATCTA
173697 TT
506 TT
* * * *
173699 TAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTGTCCAAAATAAAATAGT
1 TAAAATC---AT--A-----------TTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * *
173764 ACTACTTTATTAAATTTCAAAAATTAATAAGCAAGGGATTTAGAAAATAAATTAGTTTACTGAAT
50 ACTACTTTATTAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAATAAATTAGTTTACTGAAC
* *
173829 TAGTTCAAATA-AT-C-ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATTACTTTTTATTTTGTCA
114 CAGTTCAAATATATACTATTTGAACAAATATATATTTCAAATCGTTATTA-TTTTTATTTTGTCA
* * *
173891 TAAAACAATTGTTTCTCAACATACAAGCTTATCTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
178 TAAAAAAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTAT-TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
173956 CAAGAA-T-T-AGTACGAGATTTAACAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGA
242 CAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAA-AAATAAAT-TGTTTAACAAACTAGTTTAAATAGTTATGA
* * * *
174018 CTATTTGAACAGTTATCTATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTTTATCAT-AAATCAATTATTT
305 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTTTGTCATAAAATCAATTGTTT
*** * *
174082 ATGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAACTAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTCATGA-
370 ATGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAA-TAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAAG
* * ***
174146 CTAAGAGATTT-AAAAATTAAATCCGTTTGTTGAATC-AGTTCAAATAATTAAGACAATATGAAC
434 C-AAGAGATTTGAAAAAATAAATCCATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAATTAAGACAATATGAAC
174209 AATTATCTATT
497 AATTATCTATT
* * ** * * * * * *
174220 TCAAATCATATTATTTCAACTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTGTT-AATA
1 TAAAATCATATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAAAT-
* * * * *
174284 TTCAAAATTTTATAGGTAAGAGATTTAAAAA-ATAATTATATTTACTGAACCAATTCAAATAATT
65 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATA-AATTA-GTTTACTGAACCAGTTCAAAT-A-T
*
174348 ATAACTATTTGAA-AAATATATATTTCAAATCGTTATTAGTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTG
126 AT-ACTATTTGAACAAATATATATTTCAAATCGTTATTA-TTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTG
* * * * * * *
174412 TTTTTGTTTATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT-ATATTT-AGAAAATTAA
189 TTTCTGATCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATT-A
* * *
174475 TAAGTAAGAGAATTAAAAAGTAAATTGTTTAACAAAC-AATTTCAAATAGTTTTCG-CTATTTGA
251 TAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATTGTTTAACAAACTAGTTT-AAATAGTTAT-GACTATTTGA
* * * * * *
174538 ATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAA-CTATTGGTTCTATTCAT
313 ATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTTTGTCATAAAATCAATTGTTTATGTTCAT
* *
174602 ACTATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
378 ACAAGTTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTAATAATATTC
174645 TGATACATAA
Statistics
Matches: 767, Mismatches: 129, Indels: 103
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
503 1 0.00
504 12 0.02
505 76 0.10
506 1 0.00
508 3 0.00
509 9 0.01
510 86 0.11
511 12 0.02
512 118 0.15
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515 6 0.01
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518 2 0.00
519 1 0.00
520 7 0.01
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525 1 0.00
526 73 0.10
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529 2 0.00
531 10 0.01
532 39 0.05
533 51 0.07
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (507 bp):
TAAAATCATATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAAATT
TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTAGTTTACTGAACCAGTTCAAATATATACT
ATTTGAACAAATATATATTTCAAATCGTTATTATTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGA
TCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAG
ATTTAAAAATAAATTGTTTAACAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
TCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTTTGTCATAAAATCAATTGTTTATGTTCATACAAGTTTATTTG
AAATAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAAT
CCATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTAAGACAATATGAACAATTATCTATT
Found at i:174578 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 174258--175134 Score: 663
Period size: 179 Copynumber: 4.9 Consensus size: 180
174248 GTTTATTCAG
* ** * * * * * *
174258 AATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTCA-AAATTTTATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAATTA
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATA
* * * ** * * * *
174322 TATTTACTGAACCAA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAA-AAATATATATTTCAAATCGTTATT
66 TATTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTT-TTGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
** * * *
174385 AGTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTTGA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATATAAGTTTATTTGA
* *
174437 AATAAAATAATACTAATTT-ATTATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAGTAAAT-
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATA
* * * * *
174500 TGTTTAACAAACAATTTCAAATAGTTTTCGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA
66 TATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTTT-GCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * * *
174565 CCTTTTGTTTTGTCATCAAACTATTGGTTCTATTCATACT-ATTTTATTTGA
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATA-TAAGTTTATTTGA
* * *
174616 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-GATACA-TAATAACTGAA-AAAATTAAAAAAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAGA-AAATTAATAAGT-AAGAGAATT--AAAAAAT
* * * * * * *
174678 AAATATAATT-GCAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGACCAATTATCTATTTTAAATTA
61 AAATATATTTATCA-AACAAGTTCAAATAGTTTTG-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
* * * * * * *
174742 TTATGACTTTTTGTATTATCTTAAAACAATT-TTTTTGTTTGTACAAGCTTATTT-A
124 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATATAAGTTTATTTGA
* * *
174797 GATTAAAATAATACCAATTTAATAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA
1 -AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AGAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAA
* * * * * * * ** * ** * * *
174860 TTTGTTTTTTGAATCAA-TTCATATGGTTAAG--GTTAAAACAATTATCCATTTGAAATTGTTCT
64 TAT-ATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * *
174922 TACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATATAAGTTTATTTGA
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATATAAGTTTATTTGA
* * * * * * ** * * *
174975 AATAAATTAATATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAAAAATATATTTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGA-ATTAAAAAATAAAT
* * * * **
175040 CTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATTGCTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATG
65 ATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTT-TTGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
175105 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
175135 CAGATAGTAC
Statistics
Matches: 538, Mismatches: 129, Indels: 59
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 44 0.08
177 62 0.12
178 50 0.09
179 150 0.28
180 36 0.07
181 12 0.02
182 116 0.22
183 68 0.13
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATA
TATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATATAAGTTTATTTGA
Found at i:175127 original size:358 final size:359
Alignment explanation
Indices: 174307--175169 Score: 829
Period size: 359 Copynumber: 2.4 Consensus size: 359
174297 AGGTAAGAGA
* * * ** * *
174307 TTTAAAAAATAATTATATTTACTGAACCAA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAA-AAATATATA
1 TTTAAAAAATAAATATATTTACAGAA-CAAGTTCAAATAGTTATTGCTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * * *
174370 TTTCAAATCGTTATTAGTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTT
65 TTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTT
* * *
174435 GAAATAAAATAATACTAATTTATTATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAGTAAAT
130 GAAATAAAATAATACCAATTTATAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* ** ** * *
174500 TGTTTAACAAACAATTTCAAATAGTTTTCGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA
195 TGTTTAACAAACAATTTCAAATAGGTTAAGC-ATTAAAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATAA
* * * *
174565 CCTTTTGTTTTGTCATCAAACTATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATACT
259 CCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACTAGTTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * *
174630 AATTTAATAATATTCTGATACATAATAACTGAAAAAAT
324 AATTTAATAACATTCTAAAAAATAATAAC--AAAAAAT
** * * * *
174668 TAAAAAAAATAAATATAATTGCAGAACAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATATGACCAATTATCTA
1 TTTAAAAAATAAATATATTTACAGAACAAGTTCAAATAGTTATTG-CTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
174732 TTTTAAATTATTATGACTTTTTGTATTATCTTAAAACAATT-TTTTTGTTTGTACAAGCTTATTT
65 TTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTT
* *
174796 -AGATTAAAATAATACCAATTTAATAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
130 GA-AATAAAATAATACCAATTT-ATAATATTT-AGAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATA
* *** * * * * *
174859 ATTTGTTTTTTGAATCAA-TTCATAT-GGTTAAG-GTTAAAACAATTATCCATTTGAAATTGTTC
192 AATTG-TTTAACAAACAATTTCAAATAGGTTAAGCATTAAAACAATTATCCATTTCAAATTGTTA
* * * *
174921 TTACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTTATA-TAAGTTTATTTGAAATAAATTA
256 TAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATACT-AGTTTATTTGAAATAAAATA
* *
174984 ATATTAATTTATTAACATTC-AAAAAATTAATAA-AAAATATAT
319 ATACTAATTTAATAACATTCTAAAAAA-TAATAACAAAA-A-AT
* *
175026 TTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATTGCTATTTGAACAATTGTCTA
1 TTTAAAAAATAAATATATTTA-CAGAACAAGTTCAAATAGTTATTGCTATTTGAACAATTATCTA
* ** * *
175090 TTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-ATAGTACAAACTTATT
65 TTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTA-TACAAGCTTATT
**
175154 CAAAATAAAATAATAC
129 TGAAATAAAATAATAC
175170 AAGTGATTTA
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 83, Indels: 36
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
356 4 0.01
357 1 0.00
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363 9 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
TTTAAAAAATAAATATATTTACAGAACAAGTTCAAATAGTTATTGCTATTTGAACAATTATCTAT
TTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTTG
AAATAAAATAATACCAATTTATAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATT
GTTTAACAAACAATTTCAAATAGGTTAAGCATTAAAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATAACC
TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACTAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
TTTAATAACATTCTAAAAAATAATAACAAAAAAT
Found at i:176153 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 175175--176281 Score: 776
Period size: 181 Copynumber: 6.2 Consensus size: 180
175165 AATACAAGTG
* * * * * * * * * *
175175 ATTTAAAAACTGAATATGTTTACTGAATCATTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * ** * * * **
175240 TTTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTGGTCATATAACAAATGTTTTTGATCATTTAAGCTTATTC
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTCTAATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC
* * *
175305 GAAATAAAATAATACTAGTTTATTAAT-CTTTCAAAATGTAATAAGTAAGAA
131 GGAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTTAAAAAT-TAATAAGTAA-AA
* * ** * * * *
175356 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATG
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* ** * * * *
175421 CTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTAA-CACAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TCTAATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
* * * * * * *
175485 TGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAATAATTAATAACTATGAGA
130 CGGAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA--AAA
* * * * * * * * * *
175538 A-TT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTGCAAAAATTTAAGACTATATGAACAATTATCCA
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * ** * ** *
175601 TTTCAAAATGA-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTAGTTTTTACTAGCTTATT
66 TTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTCTAATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
* * * * *
175664 TGGAATAAAATAA-AATGAAG-TTATTAGTATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAG
130 CGGAATAAAATAATACT--AGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AA
* * * * *
175716 ATTTAAAAAATATATTTATGTTTGCCT-AACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAC
1 ATTTAAAAAATA-A-ATATGTTT-ACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * ** * * * *
175780 CTCTTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAAAAGTTTG
63 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTCTAATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA
* * * * *
175845 TTCGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATA-TTTCAAAATTAAT-A--AAAT
128 TTCGGAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * * *
175894 ATTT-AAAAATAAATCTATTTA-TCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG-ACAAATTATT
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATC
** * * *
175956 TATTTTGAACCATTATGACTTTTTGTCCTAAT-ATAAAACAATTGTTTTTGTTCGTACAAGCTTA
64 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-CTAATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA
* * * *
176020 TTCGGATTAAAATAATCCTAGTTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAA
128 TTCGGAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * * * *
176073 ATTTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACTAAATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCT
1 A-TTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * ** ** * ** * * *
176138 ATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGGAATTATTTAAGTTCTTATAAGTTTATT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTCTAATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
** * * * *
176203 CAAAATAAAATAATAAC-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAG
130 CGGAATAAAATAAT-ACTAGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AA
* *
176255 ATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAAC
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAAC
176282 AAGCTTATTT
Statistics
Matches: 717, Mismatches: 176, Indels: 67
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 2 0.00
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184 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTCTAATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC
GGAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAA
Found at i:176169 original size:356 final size:355
Alignment explanation
Indices: 175295--176281 Score: 959
Period size: 356 Copynumber: 2.7 Consensus size: 355
175285 TTGATCATTT
* * *
175295 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAAT-CTTTCAAAATGTAATAAGTAAGAAATT
1 AAGCTTATTCGGAATAAAATAAT-CTAGTTTATTAATATTTTAAAAAT-TAATAAGTAAGAAATT
* * * * * * * **
175359 TAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATGCTT
64 TAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * ** * * * * *
175424 CAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTAACACAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGA
129 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCGGA
* *
175489 ATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAATAATTAATAACTATGAGAATTAAAAATAAATTTG
194 ATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAA-AATTAATAAC-A-GAGAATTAAAAATAAATCTA
* *
175554 TTTACCAAACTAGTGCAAAAATTTAAGACTATATGAACAATTATCCATTTCAAAATGATATGACC
256 TTTACCAAACCAGTGCAAAAAGTTAAGACTATATGAACAATTATCCATTTCAAAAT-ATATGACC
* ** **
175619 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTAGTTTTTAC
320 TTTTGTCTAATCATAAAACAATTTTTTAGTTCGTAC
* * ** * * *
175655 TAGCTTATTTGGAATAAAATAAAATGAAG-TTATTAGTATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
1 AAGCTTATTCGGAATAAAAT--AATCTAGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATT
* * * * *
175719 TAAAAAATATATTTATGTTTGCCT-AACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTACCTC
64 TAAAAAATA-A-ATATGTTTG-CTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * *
175783 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAAAAGTTTGTTC
126 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTTATTC
* * *
175848 GGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAATTAATAA-A-ATATTTAAAAATAAATCTA
191 GGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAATTAATAACAGAGAATTAAAAATAAATCTA
* ** * * * ** * *
175911 TTTATCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG-ACAAATTATTTATTTTGAACCAT-TATGA
256 TTTACCAAACCAGTGCAAAAAGTTAAGACTATATGAAC-AATTATCCA-TTTCAA-AATATATGA
* *
175974 CTTTTTGTCCTAAT-ATAAAACAATTGTTTTTGTTCGTAC
318 CCTTTTGT-CTAATCATAAAACAATT-TTTTAGTTCGTAC
* * *
176013 AAGCTTATTCGGATTAAAATAATCCTAGTTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-AAATTT
1 AAGCTTATTCGGAATAAAATAAT-CTAGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAA-TT
* * * *
176077 TAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACTAAATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
64 TAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** ** * * **
176142 TAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGGAATTATTTAAGTTCTTATAAGTTTATTCAAA
129 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCGGA
* * * *
176207 ATAAAATAATAAC-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAATAAATTT
194 ATAAAATAAT-ACTAATCTATTAATATTTC-AAAATTAATAA--CAGAGAATTAAAAATAAATCT
*
176271 GTTTACCAAAC
255 ATTTACCAAAC
176282 AAGCTTATTT
Statistics
Matches: 508, Mismatches: 98, Indels: 41
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
355 2 0.00
356 125 0.25
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358 70 0.14
359 3 0.01
360 49 0.10
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363 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
AAGCTTATTCGGAATAAAATAATCTAGTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTA
AAAAATAAATATGTTTGCTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCGGAAT
AAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAATTAATAACAGAGAATTAAAAATAAATCTATTTAC
CAAACCAGTGCAAAAAGTTAAGACTATATGAACAATTATCCATTTCAAAATATATGACCTTTTGT
CTAATCATAAAACAATTTTTTAGTTCGTAC
Found at i:176532 original size:270 final size:270
Alignment explanation
Indices: 176055--176555 Score: 632
Period size: 270 Copynumber: 1.9 Consensus size: 270
176045 TTAATATTTT
* *
176055 GACAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACTAAATCAAATAGTCATGA
1 GACAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAAATCAAATAGTCATAA
* * * *
176120 CTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGGAATTATTTA
66 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTGTTTTGTAATAAAAGAATTATTTA
* * * *
176185 AGTTCTTATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAACAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATT
131 AGTTCATACAAGGTTATTCAAAATAAAATAATAACAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * *
176250 AAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTA
196 AAAACATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTA
176314 CTAACATTAG
261 CTAACATTAG
* * * * *
176324 GACATTTAGTAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAA-TAAATTCAAATCA-TTA
1 GACAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAAA-TCAAAT-AGTCA
* ** * * *
176386 TAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATCACTTTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTG
63 TAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATCAC-CTTTTGTTTTGTAATAAAAGAATTA
* * * ** ** *
176451 TTTACGTTCATACAAGGTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAGAATTAAT
127 TTTAAGTTCATACAAGGTTATTCAAAATAAAATAATAACAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
*
176516 AAGTAAAACATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAG
192 AAGTAAAACATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAG
176556 TTGAAATAGT
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 34, Indels: 8
0.82 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
268 4 0.02
269 80 0.41
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271 23 0.12
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (270 bp):
GACAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAAATCAAATAGTCATAA
CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTGTTTTGTAATAAAAGAATTATTTA
AGTTCATACAAGGTTATTCAAAATAAAATAATAACAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
AAAACATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTA
CTAACATTAG
Found at i:176933 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 176615--177069 Score: 460
Period size: 180 Copynumber: 2.5 Consensus size: 176
176605 CCTTTTGTTT
*
176615 TTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTTGTTCA-AATAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATGATAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTGTTCATAA-AAGCTTTTTTGAAATAAAATAAT-ATAA
* * *
176679 TTTATTAATATTA-AAAAATTAATGAGTAAGAGAATAAAAAATTAATCTGTTTACCAAACATGTT
64 TTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAA-A-AATAAAAAATAAATCTATTTACCAAACATGTT
* * *
176743 TGAATAGTTATGACTATATGAACAACTA-TCTATTTCAAAAT-ATTTTG-GC
127 TGAATAGTTATAACTATATCAACAACTATTC-ATTTC-AAATCATTATGAGC
* * * **
176792 ATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCTTGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATATA
1 -TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTT-TGTTCATAAAAGCTT-TTTTGAAATAAAATAATAT-
* * **
176856 AATTGATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACT
62 AATTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAAAAA--TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA-T
* * * *
176921 -TTT-AAGTAGTTATAACTATTTCAACAATTATTCATTTCAAATCGTTATGATC
124 GTTTGAA-TAGTTATAACTATATCAACAACTATTCATTTCAAATCATTATGAGC
* *
176973 TTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTG-CTTTGTTCATAAAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATA-TA
* * * *
177037 ATTTTTTAAAATTCCAAAAATTAATAATTAAAA
63 ATTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAAAA
177070 CAATAAATCT
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 31, Indels: 30
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
178 28 0.12
179 52 0.23
180 143 0.62
181 7 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTGTTCATAAAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATATAATT
TATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAAAAATAAAAAATAAATCTATTTACCAAACATGTTTGAA
TAGTTATAACTATATCAACAACTATTCATTTCAAATCATTATGAGC
Found at i:177861 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 177808--177862 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 18
177798 TATGACAAAA
*
177808 CAAATGGTCATAATTATTT
1 CAAATAGTCATAATTA-TT
* *
177827 AAAATAG--ATAATCATT
1 CAAATAGTCATAATTATT
177843 CAAATAGTCATAATTATT
1 CAAATAGTCATAATTATT
177861 CA
1 CA
177863 GACTAGTTAG
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 5, Indels: 5
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.28
17 6 0.21
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19 5 0.17
ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.07, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
CAAATAGTCATAATTATT
Found at i:178287 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 177139--179967 Score: 1975
Period size: 181 Copynumber: 15.8 Consensus size: 181
177129 TTCAAATCAT
177139 TTTGAACTTA-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTGTGTT--AATA
1 TTTGAAC-TAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATT-T-TTGAAATA
* * * * * *
177201 TTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTCTTTTATAAC
63 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACA-AAAATAATTGTTTTATGAC
* * * ** * * *
177265 CAAACAAATGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTA
127 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * * * * *
177320 TTTAAATTTGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTAAAATCTCTTT-ATTATTTATTTTTGGATTATT
1 TTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTAATTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * * *
177384 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCTAATAAGCATATATGAACTAAAACAATTCTTTTATGATAAA
65 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * *
177449 ACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATGATTA
130 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
** * * * * * *
177501 TTTGATGTAGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTTAAAACTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATT
1 TTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TTTTAATTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * *
177565 AATAAATTAGTATTGCTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAA
65 AATAAATTAGTATT-ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAA
* ** * *
177629 AACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTA
129 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
177682 TTTAAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAAATC---T-CTTATTAATATTTGAAATATT
1 TTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATT
* * ** * * * *
177743 AATAGATTAGTATTACTTTT-TTTCGAGCAAACTTA-ATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAA
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* * * ** *
177806 AACAAATGGTCATAATTATTTAAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAATTA
129 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
177859 -TTCAGACTAGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTT-ATCCATTAATTTTTGAAATAT
1 TTTGA-ACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAAT-TATTAATTTTTGAAATAT
* * * * *
177922 TAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTGTAAATTAA-AAAAA-AACTTATTTTA
64 TAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGC---T-TATATGAACAAAAATAA-TTGTTTTA
* * * * *
177984 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGCCTTAAATA
123 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * ** * * * * * * *
178043 TTTGAATTGGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTATTGGAATATTA
1 TTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTA
* * ** *
178108 TTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAA
66 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAA
* * * ** * *
178173 CAAAATGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTATTCAAATAGTCA-AACTA
131 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
*
178223 TTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAAATATTAATTTTTGAAATATTA
1 TTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTA
* * ** * *
178288 ATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAGGTTTATATGATGAAAAAAAATT-TTTGATGACAAA
66 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAA
* ** ** * *
178351 ACAAAAGTTCATAACAATTTCTAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCTATAATTA
130 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTA
* * * ** * * *
178403 TTTGAACT-GATTCGATAAATTGATTTAGTTTTTAAATC-TACAACTTCTCATTTTTTGAAATAT
1 TTTGAACTAG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAA-TTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * * * * *
178466 TAATAAAGTAATATTA-TTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATTATAA
64 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAA
* * *
178530 AAC-AAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAACAGTCATAACTA
129 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * *
178582 TTTGAATTTGGTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTTAATTTTTTACTTACTAATTTTTTG-AATGT
1 TTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTAATTATTAA-TTTTTGAAATAT
* * * * * * *** * *
178646 TAAAAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATTAATTGAAATAATTATTTTATGACTA
64 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAA
* ** * * *
178711 AACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGCCTTAACTA
129 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * ** * *
178764 TTTGAACTGGTTCAGCAAACATATTTTATTTTTGAAATCTCATACTTATTAATTTTAG-AATATT
1 TTTGAACTAGTTCGGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATT
* ** * * * * ** * * *
178828 ATTAGTTTAGAAATATTTTACTCCAAATAAGCTCGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
65 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAA
* * * * *
178893 A-TAAAGATCACAATGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TAA
130 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-A
* * * * * * * * * *
178944 TTTCAATTGGTCCGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTCTTAA--TTTGAAATATTA
1 TTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTA
* ** ** * * * *
179003 ATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTACGACAAAA
66 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAA
** * * * *
179068 CAAAATATCATAATGATTTAAAATAGATAATAT-TTCAAATGGACATGACTA
131 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
179119 TTTGAACTTGTT-GGCTAAACAGATTAATTCTTTAAGTC-TCTAACTTATTAA-TTTT-ATAATA
1 TTTGAACTAGTTCGG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAA-TTATTAATTTTTGA-AATA
* ** * * * *
179180 TTAATAAATTAGTATTATTTAATTTCAAATAA-AATAGTATGAACAGAACTAATTGTTTGATAAC
63 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
179244 AAAACGAAAGGTTATAATGATTTGAAACAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTA
127 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * * *
179299 TTTCAAATGGTTTGATAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATT
1 TTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTT-TGAAATATT
* ** * *
179363 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAATTTATATAAACAAAAA-AATTGTCTTATGACAAA
65 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAA
** * * * *
179427 A-AAAAAATAATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATCAAATAGTTATAATTA
130 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * ** * * * * * * * *
179477 TTTAAATTAGTTTAGTAAATAGAATTATTTATTAAATCTCTTACTTATAAAATTGTAAAATATTA
1 TTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * *
179542 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAG-TTGTATGAGCTAAACTAACTGTTTTATGATAAA
66 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAA
* ** *
179606 A-AAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC--ATAGTCTTAACTA
130 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * * *
179655 TGTGAATTGGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATGAATTTTTTG-AATATT
1 TTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAA-TTTTTGAAATATT
* * * * * ** * *
179719 ACTAGATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAACTTATATGAACGAAAGTAATTGCCTTATGATAGA
65 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAA
* * ** *
179783 ATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
130 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
*** * * * * * *
179835 TTTG-ACTAGTTTAATAAATAAATTTATTTTTTACATC---T-CTTACTAATTCTTGAAAT-GT-
1 TTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * *** * *
179893 -T-AA-TAGTATTATTTTATTTCTAATAAGTTTGTATGTTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAA
66 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAA
* *
179955 CGAAAGGTAATAA
131 CAAAAGGTCATAA
179968 CAATTTTATT
Statistics
Matches: 2067, Mismatches: 506, Indels: 160
0.76 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 13 0.01
171 41 0.02
172 1 0.00
173 3 0.00
174 63 0.03
175 78 0.04
176 14 0.01
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185 8 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
Found at i:180630 original size:181 final size:175
Alignment explanation
Indices: 180161--180844 Score: 521
Period size: 178 Copynumber: 3.8 Consensus size: 175
180151 AAATTTTTCA
* * * **
180161 CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAAT-A
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATCA
* * * *
180225 GAAACAATTGGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATT-TGTCAAAT
66 -AAA-AATT-GTTTTATGATA-AAAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAAT
* * * * * *
180289 AGTCATGACTATTT-AAACTAGTTTGATAAATAGACTTATTTTTTAAATCT
126 AGTCATAAATATTTGAAA-TGGTTAGATAAATAGAATAATTTTTTAAATCT
* * * *
180339 CTTATTAGTTTTCAAAATATTAATATATTAGTATTACTTTTATTCTGAACAAACTTATATGAA-C
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATC
* * *
180403 AAAAATATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGCTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
65 AAAAA-A-TTGTTTTATGATAAAAAAAAAGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
180468 GTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAATAGAATAATTTTTTTAAATCT
127 GTCATAAATATTTGAAATGGTTAGATAAATAGAATAA-TTTTTTAAATCT
* *
180518 CTTACTAATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTGAATAAGC-TAGTAT
1 C-T--T-ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTA-TAT
* * *
180580 GAATTCAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATGACGTTTTGAAATAGATAATTGTT-A
60 GAA-TCAAAAAATTGTTTTATGATAAAA-AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * *
180644 TTATAGTCTTAAATATTTGAAATGGTTTGACAAACA-AAT-GTATTTTAAATTCT
123 -AATAGTCATAAATATTTGAAATGGTTAGATAAATAGAATAATTTTTTAAA-TCT
**** * ** *
180697 CTTATTTATTAATTTTTGGGATATTATTAGTTTAGTATT-TATTTATT-TCGAATAAGCTTGTAT
1 C----TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTCT-GAATAAGCTTATAT
* * * * * * * *
180760 GAA-CAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAACTTGAAGTATACAATTGTTC
60 GAATC-AAAA-AATTGTTTTATGATA-AAAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
*
180824 AAATAGTCATAACTATTTGAA
122 AAATAGTCATAAATATTTGAA
180845 CTAGTTTTTT
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 67, Indels: 60
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
177 9 0.02
178 108 0.26
179 60 0.15
180 98 0.24
181 90 0.22
182 28 0.07
183 15 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATCA
AAAAATTGTTTTATGATAAAAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
TAAATATTTGAAATGGTTAGATAAATAGAATAATTTTTTAAATCT
Found at i:181201 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 180861--183618 Score: 1184
Period size: 181 Copynumber: 15.5 Consensus size: 180
180851 TTTTAAATCT
* * ** * * *
180861 CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATAATCGA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACTA
* * * * * * * * *
180926 AAACATTTGTTATATAACCAAGCAAAAGGTAAAAATAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATG--
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTG--GTAATGTA
* * * * * *
180989 GCCATAATTATTTGAAATGCTT-TGGTAAATAGATTCACTATTTAAATCACTTA
128 GCCATAACTATTTGAACTACTTCT-ATAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTTA
* * *
181042 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATCATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACTA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACTA
* ** *
181107 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATACATAATTGGTAATGTAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGGTAATGTAGC
* * * * *
181172 CTTAACTGTTTGAACTACTTCTATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
130 CATAACTATTTGAACTACTTCTATAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTTA
* * * * ** * *
181223 GTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTGTAAACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACTA
* * * * *
181288 AAATAATTCTTTTATAATAGAAA-AAAAGGTTATAATGATTT--AA-AAT-A--GGTAAT-TA-C
66 AAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAATAATTGGTAATGTAGC
* ** * * *
181344 TCA-AA-TA--GGAACTGTTTCGATAAATAGATT---TATTT---TCTCCTA
130 -CATAACTATTTGAACTACTTCTATAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTTA
* * * * ***
181386 CTTATTAATTTTTGACATATTAATAAATTAGTGTTATTTTA-TTCTAAGTAAGCTTGTATGATGA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATAAACT
* * *
181450 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATGATGATTTGAAATAAAAATAATTGTTGAAAT
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT---AATAATTG--GTAAT
* * * *
181515 G--GCCATAATTATTTAAATTGA-TT-TAGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCGCTTA
125 GTAGCCATAACTATTTGAACT-ACTTCTA-TAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTTA
* * * *
181569 CTTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACT
* * * * * *
181633 AAAGCAATTATTTTATGACAAAACAATAGGTCATAATGATTTTAAATATACAATTGGTCAA-ATA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGGT-AATGTA
* * ** * * * * * *
181697 GTCATAACTATTTGAATTTGTTCAAAAAACATATTAACTTTTTAAAATCTTTTA
128 GCCATAACTATTTGAACTACTTCTATAAATAGATTCACTTTTT-AAATCTCTTA
* *** * * *
181751 CTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAA-TC
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACT-
* ** * * * * * *
181815 GAAATGATTGGTTTGTGACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTTAAATAAGTAATTGATCAA-ATA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAA-TAATTGGT-AATGTA
** * ** * * * *
181878 ATCATAAC-ATTTGAGCTTGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTA
128 GCCATAACTATTTGAACTACTTCT-ATAAATAGATTCACTTTTT-AAATCTCTTA
* * * * * *
181931 -TTA--ATTTTTTG-AATGTTAATATATTAGGATTATTTTA-TTCTAAATAAGTTTGTATGATA-
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTAT-AAAC
* * * * * * ** ** *
181990 TGAAACAAATATTTTATGACTAAA-AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATGGATAATTATTCTTATA
64 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AATAATTGGTAATGTA
*** * * * *
182054 GTTTTAACTATTTGAACTAGTT-TGATAAACACATTTA-TTTTTCAAA--TC-T-
128 GCCATAACTATTTGAACTACTTCT-ATAAATAGATTCACTTTTT-AAATCTCTTA
* * * **
182103 CTTATTAATTTATGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGC--------A--
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATAAACT
* * * * * * * * *
182157 GAAACAATTG-TTTATGATAAAAC-AAAGATCATAACGCTTTGAGATTGATAATTGTTCAA-ATA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-AATAATAATTGGT-AATGTA
* ** ** * * *
182219 GTCATAACTATTCAAACTGGTT-TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-T-
128 GCCATAACTATTTGAACTACTTCT-ATAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTTA
* * *
182270 C--ATTAATTTTTGAAATATTAATGAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGATAA-
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-A-AAC
* ** **
182331 -AAAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCGAATG
64 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGGT--AATG
* * ** * * * * *
182394 -A-CCATAATTATTTTAACTGA-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
126 TAGCCATAACTATTTGAACT-ACTTCTATAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTTA
* * **
182447 CTTATTAA-TTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTGA-TTCCTATAAGCTTGTACT-AACT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA-TAAACT
* * ** * * * *
182509 GAAATAATTGTTTTATGGTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATT-GTTATAATA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGGTAAT-GTA
*** * * * *
182573 ATAATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTT
128 GCCATAACTATTTGAAC-TACTTCTATAAATAGATTCACTTTTT-AAATCTCTTA
* * * * * * *
182627 CTTATTAAATTTTT-TAATGTTAATAGATTAGTATTAATTTATTCCAAATAAGATTGTATGAACT
1 CTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACT
* * * * * * *
182691 TAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAATGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTATAATA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGGTAAT-GTA
* * * ** * ** * *
182755 GTCTTAACCATAAGAATTGGTTC-AGTAAACA-ATTTTA-TTTTTCAAATCTCTTA
128 GCCATAACTATTTGAACTACTTCTA-TAAATAGA-TTCACTTTTT-AAATCTCTTA
* * * ** * * *
182808 CCTATTAAATTTTGAAATGTTCTTAAATCTA-TATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAAC
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATAAAC
* * * *** * *
182871 -AAAA-AATTGTTTTATGAC--AACAATATGTCATAATGATTTGAAATTGATAATCATTCATATA
64 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAATAATTGGTAATGTA
* * * ** * * * * * * * *
182932 GTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGACAATTAGATTTA-TTTTTTATTTTCTTG
128 GCCATAACTATTTGAACTACTTCTATAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * ** * **
182984 GTTAATAA-GTTTCATAATATTATTAAATTAGTCTTATTTTA-TTCAAAATAAAATAGTATGGAC
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATAAAC
* * * * * * * ** *
183047 -AGAACCAACTATTTGATGACAAAACAAAATGTTATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAA-A
64 TA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGGT-AATG
* * ** * * * *
183110 TAGCCAAAACTATTTGAAATGGTT-TAGTAAAGAGATTTACTCTTTAAATCTCATA
126 TAGCCATAACTATTTGAACTACTTCTA-TAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
183165 CTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AGACTTATATGAAC-
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATAAACT
* * * * * ** *
183228 ACAAATAATTGTTTGATGAAAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA-AT
65 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGGT-AATGT
** ** ** ** * * *
183292 AGTTATATTTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGAATT-ATTTTTTGAATCTCTTG
127 AGCCATAACTATTTGAACTACTTCTATAAATAG-ATTCACTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * *
183346 CTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAGCTA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACTA
* * * * * * *
183411 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGG
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGGTAATGTAGC
* * * ** * * * * *
183476 CTTAACTATTTAAATTGGTTCAACAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
130 CATAACTATTTGAACTACTTCTATAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
183527 GTTATGAA-TTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACA-AA-CTTGTATAAA
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAA-ATAAGCTTGTATAAA
* * * * *
183589 CAAAAATAATTATTTTATGATATAACAAAA
63 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
183619 TAAAACTAAT
Statistics
Matches: 2005, Mismatches: 442, Indels: 260
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
162 5 0.00
163 82 0.04
164 7 0.00
165 105 0.05
166 20 0.01
167 5 0.00
169 22 0.01
170 1 0.00
171 1 0.00
172 3 0.00
173 9 0.00
174 27 0.01
175 93 0.05
176 171 0.09
177 121 0.06
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179 91 0.05
180 138 0.07
181 725 0.36
182 201 0.10
183 97 0.05
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACTA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAATAATTGGTAATGTAGCC
ATAACTATTTGAACTACTTCTATAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTTA
Found at i:183990 original size:182 final size:177
Alignment explanation
Indices: 183615--184746 Score: 435
Period size: 181 Copynumber: 6.3 Consensus size: 177
183605 ATGATATAAC
* * * *
183615 AAAATAAA-ACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTTAAAAAAAATCTATT
1 AAAA-AAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTTAATAAGGAAGAGATTGAAAAAAAATCTATT
* ** * * *
183679 TACTGAACCAGTTCAAATAATTAAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATGTTATTACTTTTT
65 AACCAAACCAGTTCAAATAATTAAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATGTTATGACCTTTT
* * * * * *
183744 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTGATATAAGTTTGTTTGAAAT
130 GTTTTGCCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATATAAGTTTATTTGAAAT
* * * *
183792 AAAATATTACTAATTTATTAATATTTGGAAAA-TTAATTAGTAAGAGATTGAAAAAGTAAATCTA
1 AAAAAAATACTAATTTATTAATATTT-GAAAATTTAATAAGGAAGAGATTGAAAAA--AAATCTA
* * * * *
183856 TTAACCAAACCAATTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAC
63 TTAACCAAACC-AGTTCAAATA-ATTAAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAA-TGTTATGAC
* * *
183921 CTTTTGTTTTGCCATCAGACAATTGGTTCTGTTCATACT-ATTTTATTT-AGAAT
125 CTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATA-TAAGTTTATTTGA-AAT
* * * * * * * * *
183974 AAAAAAATATTAATTTAATAACATTTTG-AAACTCAAT-AGCCAAAAAAATT-AAAAATAAATGT
1 AAAAAAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAATTTAATAAG--GAAGAGATTGAAAAA-AAATCT
* * * * * * * * * * * *
184036 AATT-GCCTAACTAGTTCAAATAGTCAATATTATATGAACGATTATCAAATTTCAAATCATTATG
62 -ATTAACCAAACCAGTTCAAATAATTAA-ACTATTTAAACAATTATC-TATTTAAAAT-GTTATG
** * * ** * * *
184100 ACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATCTTTTTTTTATTTGTACAAGCTTATTTGAATT
123 ACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAA--TTGGTTCTGTTCATATAAGTTTATTTGAAAT
* * * * * * * *
184157 AAAATAATA-TAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-AGG-AGA-TTTAAAAAATGAAATTTG
1 AAAAAAATACT-AATTTATTAATATTTGAAAATTTAATAAGGAAGAGATTGAAAAA--AAATCTA
* * * ** * ** ** * *
184218 TTTACCAAACCATTTCATATGGTTAAGACTACTCGAACAATTATCTATTCCAAATCATTCTGACC
63 TTAACCAAACCAGTTCAAATAATTAA-ACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAAT-GTTATGACC
* * * ** * * *
184283 TTTT-TCATTTAGTCATAAGACAATTGTTTCAATTCATACAAAGCTTATTTGGAAT
126 TTTTGT--TTT-GCCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATA-TAAGTTTATTTGAAAT
** * * ** * * * *
184338 AAATTAATCCTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAA-G-AGA-TTTAAAAAAATAAATGTAT
1 AAAAAAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTTAATAAGGAAGAGATT-GAAAAA-AAATCTAT
* * * * * * * * *
184400 TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAGTACTATTT-GACTAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACC
64 TAACCAAACCAGTTCAAATAATTA-AACTATTTAAAC-AATTATCTATTTAAAAT-GTTATGACC
* * * * ** ****
184464 TTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATT-GTTTTAGTTAATACAAGCCTAAACAAAAT
126 TTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGGTTCT-GTTCATATAAGTTTATTTGAAAT
* * * * * *
184515 AAAATAATACAAATTTATTAATATTTGTAAAA-TTAATAA-G-AGA-TTTAAAAAAGAAATTTGT
1 AAAAAAATACTAATTTATTAATATTTG-AAAATTTAATAAGGAAGAGATTGAAAAA-AAATCTAT
* * ** ** * * * * *
184576 TTATCAAATTAG-TCAAAATAATTATGGCCATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTATCACC
64 TAACCAAACCAGTTC-AAATAATTA-AACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAAT-GTTATGACC
** * * * *
184640 TTTTG-TTTGTTATAAAACAATT-GTTTTTTATCATACAAGATTATTTGAAAT
126 TTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGGTTCTGT-TCATATAAGTTTATTTGAAAT
* * * * *
184691 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
1 AAAAAAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTTAATAAGGAAGAGATTGAAAAAA
184747 GAAATATGTT
Statistics
Matches: 736, Mismatches: 173, Indels: 91
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AAAAAAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTTAATAAGGAAGAGATTGAAAAAAAATCTATTA
ACCAAACCAGTTCAAATAATTAAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATGTTATGACCTTTTG
TTTTGCCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATATAAGTTTATTTGAAAT
Found at i:184665 original size:176 final size:175
Alignment explanation
Indices: 184156--184758 Score: 448
Period size: 176 Copynumber: 3.4 Consensus size: 175
184146 TTATTTGAAT
* * * *
184156 TAAAATAATATAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAGGAGATTTAAAAAATGAAATTTGTTT
1 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAA-GAAATATGTTT
* * * * ** * * ** * ** * *
184221 ACCAAACCATTTCATATGGTTAAG-ACTACTCGAACAATTATCTATTCCAAATCATTCTGACCTT
65 ATCAAACAAGTTCAAATAATT-AGTACCATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATCACCTT
* * *****
184285 TT-TCATTTAGTCATAAGACAATTGTTTCAATT-CATACAA-AGCTTATTTGGAA
129 TTGT--TTT-GTCATAAAAC-ATTGTTT--TTTACATACAAGA-C-TAAACAAAA
* * * * ** * * *
184337 TAAATTAATCCTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATGTATTT
1 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAAAGAAATATGTTT
* * * * * * *
184402 ATCGAACAAGTTCAAATAGTTAGTACTATTTGACTAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTT
65 ATCAAACAAGTTCAAATAATTAGTACCATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATCACCTTT
*
184467 TGTTTTGTCATAAAACATTGTTTTAGTTA-ATACAAGCCTAAACAAAA
130 TGTTTTGTCATAAAACATTGTTTT--TTACATACAAGACTAAACAAAA
** *
184514 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTGTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAGAAATTTGTTTA
1 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAGAAATATGTTTA
** * *
184579 TCAAATTAG-TCAAAATAATTA-TGGCCATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTATCACCTT
66 TCAAACAAGTTC-AAATAATTAGT-ACCATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATCACCTT
* * ****
184642 TTG-TTTGTTATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGATTATTTGAAA
129 TTGTTTTGTCATAAAAC-ATTGTTTTTTA-CATACAAGACTAAACAAAA
*
184690 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGAAATATG
1 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAGAAATATG
184755 TTTA
62 TTTA
184759 CTGAACCAAT
Statistics
Matches: 340, Mismatches: 66, Indels: 33
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.01
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ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (175 bp):
TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAGAAATATGTTTA
TCAAACAAGTTCAAATAATTAGTACCATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATCACCTTTT
GTTTTGTCATAAAACATTGTTTTTTACATACAAGACTAAACAAAA
Found at i:184817 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 184690--184903 Score: 306
Period size: 106 Copynumber: 2.0 Consensus size: 106
184680 TTATTTGAAA
* *
184690 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGAAATAT
1 TAAAATAATACCAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAGAAATAT
* * * *
184754 GTTTACTGAACCAATTTGAA-TAGTTATGACTAATTGAACAAT
65 GTTTAC-CAAACAAGTTCAACTAGTTATGACTAATTGAACAAT
* *
184796 TAAAATAATACCAATTTATTAATATTTAGATAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAGAAATATT
1 TAAAATAATACCAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAGAAATATG
* *
184861 TTTACCAAATAAGTTCAACTAGTTATGACTATTTGAACAAT
66 TTTACCAAACAAGTTCAACTAGTTATGACTAATTGAACAAT
184902 TA
1 TA
184904 TTTATTTCAA
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 10, Indels: 4
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
105 9 0.09
106 87 0.91
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Consensus pattern (106 bp):
TAAAATAATACCAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAGAAATATG
TTTACCAAACAAGTTCAACTAGTTATGACTAATTGAACAAT
Found at i:185040 original size:286 final size:282
Alignment explanation
Indices: 184514--185045 Score: 678
Period size: 286 Copynumber: 1.9 Consensus size: 282
184504 CTAAACAAAA
*
184514 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTGTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAGAAATTTGTTTA
1 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTGTAAAATTAACAAGAGATTTAAAAAAGAAATTTGTTTA
* * * * *
184579 TCAAATTAGTCAAAATAATTATGGCCATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTATCACCTTTT
66 CCAAATAAGTCAAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTT
* *
184644 GTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
131 GTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGATTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
184709 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGAAATATGTTTACTGAACCAATTTGAA
196 TAATATTTCAAAAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAGAAATATGCTTACTGAACCAATTTGAA
184774 TAGTTATGACTAATTGAACAAT
261 TAGTTATGACTAATTGAACAAT
*
184796 TAAAATAATACCAATTTATTAATATTTAGATAATTAA-TAAGCAAGAGATTTAAAAAAGAAATAT
1 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTT-G-TAA--AATTAA-CAAGAGATTTAAAAAAGAAAT-T
* * * * * * * *
184860 T-TTTACCAAATAAGTTC-AACTAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAACTCGTTATG
60 TGTTTACCAAATAAG-TCAAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATC
* * *
184923 A-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-TCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATA
124 ACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-TATCATACAAGATTATTCGAAATAAAATAATA
* ** * * * *
184986 TTAATTTATTAATATTTTGACAAGTAATAAGTAAAAGATTTTAAACATAAATATGCTTAC
187 CTAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAGAAATATGCTTAC
185046 CAAACAAGTT
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 30, Indels: 14
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
282 26 0.12
283 1 0.00
284 3 0.01
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ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (282 bp):
TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTGTAAAATTAACAAGAGATTTAAAAAAGAAATTTGTTTA
CCAAATAAGTCAAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTT
GTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGATTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTTCAAAAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAGAAATATGCTTACTGAACCAATTTGAA
TAGTTATGACTAATTGAACAAT
Found at i:185304 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 184796--190434 Score: 3953
Period size: 180 Copynumber: 31.5 Consensus size: 181
184786 ATTGAACAAT
* * * * *
184796 TAAAATAATACCAATTTATTAATATTT-AGATAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAGAAATAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * *
184860 TTTTACCAAATAAGTTCAACTAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAACTCGTTATGA-
65 ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* ** * *
184924 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAT
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* ** * * * * * * *
184976 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAGTAATAAGTAAAAGATTTTAAACATAAATATG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * *
185041 CTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACC
66 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* ** * * * * *
185106 TTTAGTTTCATCATAAAATAATTGTATCAGTTTATATAGGCTTATTTGAAA
131 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * * **
185157 TAAAATAATACTAATTGATTAATATTCCAAAAATTATTGAGTAAGAGATTT-AAAATTTGATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * **
185221 TTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATCATCTATTTCAAATTGTTATGACC
66 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
185286 TTTTATTTTGTGATAAAATAATTGTTT-ATGTTCGTACAAGCTTATTTTG-AA
131 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTA-TTTGAAA
* * * * *
185337 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAA-AAATTTTAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * *
185400 GTTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGAC------AACAATTATTTATTTCAAA-AACTCATGA
65 ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA
* * * ** **
185458 CTTTTTGCTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGAATATTTGAAA
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * *
185511 TAAAGTAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAAATTTTAAAAATAAATC-
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * *
185575 ATTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTGTTTCACAA--AGTTATG
65 ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCA-TTATG
* * * *
185638 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAGTTTA-TTCAGAA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTTGA-AA
* * * *
185692 -CAAATAATACTTATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * **
185755 GTTTACCAAACAAGTTCAAATCGTCATGTCCATTCCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
65 ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * ** **
185820 ATTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTA-TCCAAA
130 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * ** * * *
185872 GTAAAATAATATTGATATATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGACATTTAAAAACTAAATTT
1 -TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * **
185933 GTTTA-CTGAA-ACAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATTATTACA
65 ATTTATC-GAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * ** * *
185996 ATC-TTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGGAT
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * *
186049 TAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATGT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT
* ** * * *
186114 GTTTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGA
65 ATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * **
186177 CCTATTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCATTTCATACAAGCTTATTCAAAA
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * *
186230 TAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAACAATTAA-AGAGCAAAAGATTT-TAAAA-AAA--
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * *
186289 TGTGTATCGAACAAGTTTAAATAGATT-TGACTA-TTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTAT
64 TATTTATCGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTAT
* * * * ***
186351 GACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAA
127 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
** * * * * *
186406 TAAAATAATACTACCTTGTGAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGGGATTTAAAAACTAAAGT-T
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCT
* * * * * * * *
186470 GTTT-TCTGAACCAGTTTAAATAATTATGAATATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA
65 ATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * * * *
186534 --TATTT-TTTTCTCATAAAATAACTATTTCTGATAAGACAAGCTT-TCTCG-AA
129 CCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TTGAAA
* * * *
186584 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAAG-GAGAGATTTAAAAAATAAATGT
1 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * *
186645 GTTT-GCTAAACCAA-TT-ATAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCT
65 ATTTATC-GAA-CAAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* ** * *
186707 AACCTTTTGTTTAATCATATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TT-AAA
127 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * * *
186760 AAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT
* * * *
186825 ATTTGTCGAATAAGTACAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
65 ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * ***
186890 CTTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTAGTTAATAAAAGCTTATCCAAAA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
*
186942 TAAAAT-AT--T-A-GTACTT--TATTTCAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T
1 TAAAATAATACTAATTTA-TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * **
186995 AGTTTATTGAATCAA-TTTAAATAATTATG-GTCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTGTTAT
65 A-TTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * *
187058 TACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTCA--ACATACAAGCTTATTCGAAA
127 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * *
187113 TAAACTAATCCTAATTTATTAACATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATATATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * *
187174 TTTACCAAACCATTTCAAATAG-TATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACC
66 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * ** *
187238 TTTT-TATTCTATCACAAAATAATTATTTCTGTTTATACAAGCTTATCCGTAA
131 TTTTGT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * *
187290 TAAAATAATACTAACTTAGTAA-AATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * *** * *
187354 ATTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTAAGAGTATAAAAACAATTATTTATTACAAA--ATTTGATG
65 ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TT-ATG
* * * * * *
187417 ACCTTTTATTTTGTCATGAAACAATTATTTTAGCTT-ACACAAGCTTA-TTCAGAA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TTCATACAAGCTTATTTGA-AA
* * * * *
187471 TAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTGAAAAATAATTCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * * * *
187536 TTTATTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTGTTACT
66 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * ** * * * * *
187601 TTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTGATATAAGTTTGTTAGAAA
131 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * *
187652 TAAAATGATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAGTTAA-TAAAAGATTTAAAAAGTAAATC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTA-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
** ** * * * * * * * *
187715 TGGTTATTAAACCATTTCAACTAGTTTTGACTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCACTATAA
64 TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * *
187780 CCTTTTATTTTATCATTAAACAATTGATTTTA-TTCATACTA-TTTATTTCAAA
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * ** * *
187832 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* ** * * * * * ** * * *
187897 ATTATTAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGCATGATAATTTATTTCAAATCGTTATGACC
66 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * ** * *
187962 TTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTT-TGTTTTGTACAAGATTATTTGAAT
131 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * *
188012 TCAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-
* * * * * * * *
188076 GTTTA-CTGAATC-AGTTCAAATGGTTAAGACCA-TTAAAAAATTATCTATTTTAAATCGTTATG
65 ATTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * ** *
188138 ACCTTTCGTTTAGTTATAAAATAATTTTTTTGGTTCATACAAACTTATTT-AGAA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AA
* * *
188192 TAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATC
* * * * * * ** *
188256 TATTTACCGATCAAGTTCAAATAATTATTATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAA
64 TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * ** *
188321 CCTTTTGATTTT-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGTTTAGATGGAA
129 CCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* ** * * * *
188374 CAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTATTACA-TAAAAAATTTTAAAAATAAAT-T
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * *
188437 ACTGA-C--TCAA-TTAAAATAATTATGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCAATATGAC
65 ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * *
188498 TTTTTGTTTAGTCATAAAA-TATATGTTTCA-TATCTTACAAGCTTA-TTCAAA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * * *
188549 CTAAAATAATCCAAATTTATTAACA-TTCAAAAAACTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATC
1 -TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * *
188613 TATTTATCGAACAAGTTTAAATAGCTATAATTATTTGAAAAATTATTTATTTAAAATCATTATGA
64 TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * ***
188678 CCTTTTTGCTTTGACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGTTTATCAAAAA
129 CC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* ** * * *
188732 TAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTTGAAACTTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT
* * * * * * * * * * ** *
188796 GTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTACGAGTATTGGAACGATTGTCTATTTAAAATTGTTATAAC
65 ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * *
188861 C-TTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * *
188912 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-AGATAAGTGATTTAAAAAGTGAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * *
188976 GTTTAGT-GAATC-AGTTCAAATAATTATGGCTATTTTAGCAAATATTTATTTCAAATCATTATT
65 ATTTA-TCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * ** * *
189039 ACCTTTTGTTTAGTTATATAACAATTGTTT-TTTATCATACAAGCTTATTCGGAA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTGAAA
* * *
189093 TAAAATAATACTAATTTATT-ATTTTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
** ** * * * * *
189157 TTTATCGAATTAGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTAAAATCATTATAACC
66 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
** * * * * * * **
189222 TTTCATTATATCATAAAAAAATTATTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAA
131 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * *
189273 TAAAATAATTCTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* ** * * * *
189337 TTTA-CAGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATATAAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGTC
66 TTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * *** * *
189401 CTTTTTATTTTGTCATGAAACAGTTTTTTCAATTCATATTTGCTTATTAGGAA
130 C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * *
189454 TAAAATAA-AATGAATCTATTAATATCTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAATTCT
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * **
189514 ATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTGGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
65 ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* ** * * * *
189579 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGCTCATATAAGTTTGTTTGAAA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * *
189631 TAAAAAAAATACTAATCTACTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAACAAATCT
1 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * *
189692 ATTTATCTAACAAGTTCTAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATAA
65 ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA
* * * * * * * * * *
189756 CTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTT-TGTTCATACAAGCATA-ATCAGAT
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AA
* ** * *
189808 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-CAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-T
* * * * * * *
189872 GTTTATCGAACATA-TTTAAATAGTTATTACTA-TTCAAGTAATTATCTCTTTCAAATCATTCTG
65 ATTTATCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * **
189935 ACC--TT-TTTT-TAATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGATG
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * *
189985 TAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGATG-GTTAAAAAA-GAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCT
** * * * * * * *
190048 GCTTACCAAATAACTTTC-AATAGTTATGA-TGATCTAAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATAAT
65 ATTTATCGAACAA-GTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTAT
* * ** * **
190110 GACCTTTTGTTTTTTCATAAAAAAATTGTTTCTCTTCATGCAAGCTTA-TTCCAA
127 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
** * * *
190164 TAAAATAATGTTAATTTATTAAT-TTTCTAAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAACTAAAT-T
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
*** * * *
190227 GATTTATCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTTATTTCAAATCGTTATG
65 -ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATG
** * * * * ** **
190292 ATATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-TTTAGACAAAATTATTCAAAA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * *
190345 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAACTAAATCTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* *
190406 TTTA-CTAGACCAGTTCAAATAGTTATGAC
66 TTTATCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGAC
190435 CTTTTATTTT
Statistics
Matches: 4283, Mismatches: 966, Indels: 423
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.00
171 97 0.02
172 13 0.00
173 10 0.00
174 99 0.02
175 149 0.03
176 479 0.11
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180 1278 0.30
181 957 0.22
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183 20 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
Found at i:185819 original size:535 final size:529
Alignment explanation
Indices: 184896--190385 Score: 2278
Period size: 538 Copynumber: 10.2 Consensus size: 529
184886 TGACTATTTG
** *
184896 AACAATTATTTATTTC-AACTCGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
1 AACAATTATTTATTTCAAAAAC-TCATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
* * *** * *
184959 TACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAGTAATAAGTAAAAGA
64 TACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * *
185024 TTTTAAACATAAATATGCTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAATAATTATCTAT
129 TTTTAAAAATAAATAT--TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * *
185089 TTTAAATCATTATGACCTTTAGTTTCA-TCATAAAATAATTG--TATCAGTTTATATAGGCTTAT
192 TTCAAA-CATTATGACCTTTTGTTT-AGTCATAAAACAATTGTTTAT-A-TTCATACAAGCTTAT
* * * * * *
185151 T-TGAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTCCAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAATTT
253 TCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATA
* *** * * * * **
185215 GATCTATTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATCATCTATTTCAAATTGTT
316 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTACAACAATCATCTATTTCAAATCATT
* * ** ***
185280 ATGAC-CTTTTATTTTGTGATAAAATAATTGTTTATGTTCGTACAAGCTTATTTTGAA-TAAAAT
381 ATGACACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAAATTA-TCCAAAGTAAAAT
* **
185343 AATATAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAAAATTTTAAAAA-TAAATTTGTTTTTT
445 AATATAAATATATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AAA-TTTAAAAACTAAATTTGTTTACT
*
185407 G-AACACGTTCAAATAGTTATGAC-
506 GAAACA-GTTCAAATAGTTATAACT
*
185430 AACAATTATTTATTTCAAAAACTCATGACTTTTTGCTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCAT
1 AACAATTATTTATTTCAAAAACTCATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
** * * *
185495 ACAAGAATATTTGAAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAAA
65 ACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAAAGA
* * * *
185560 TTTTAAAAATAAATCATTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTGTT
129 TTTTAAAAATAAAT-ATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
* * *
185625 TCACAA-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGTTTATTCA
193 TCA-AACA-TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTCA
* * *
185689 GAA-CAAATAATACTTATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
256 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAAT
* * * * * *
185753 TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCGTCATGTCCATTCCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
319 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTACAACAATCATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
185818 ACATTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATCCAAAGTAAAATAATA
384 ACACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAAATTATCCAAAGTAAAATAATA
** * *
185883 TTGATATATTAATATTTTGAAAATTAATAAGACATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTGAAACAGT
449 TAAATATATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTGAAACAGT
*
185948 TTAAATAGTTATAACTATTT
514 TCAAATAGTTATAAC----T
* * * * * *
185968 AAACAATTATCTATCTCAAATTATTACA--ATCTTTAT-TTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTT-T
1 -AACAATTATTTATTTCAAA-AACT-CATGA-CTTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGT
* * * * *
186029 TCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCCAAAAATTAGTAAGTAAG
61 TCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * *
186094 AGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAATAATTA
126 AGATTT-TAAAAATAAA--TATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * *
186157 TCTATTTCAAATCATTCTGACCTATTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAT-TTCATACAAGCT
187 TCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAGCT
* * * * *
186221 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAACAATTAA-AGAGCAAAAGATTTTAAA
250 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAA-AATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * * *
186285 A-AAA--TGTGTATCGAACAAGTTTAAATAGAT-TTGACTATT-GAACAATTATCTATTT-AAAG
313 ATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TCATGACCATTACAACAATCATCTATTTCAAA-
* * * * *
186344 TCATTATGAC-TTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATA-AAAACTTATCCAAAA
376 TCATTATGACACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTT-ATGTTCATACAAAA-TTATCCAAAG
** * * * *
186406 TAAAATAATACTACCT-TGTGAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGGGATTTAAAAACTAAAGTT
439 TAAAATAATA-TAAATATATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AA---ATTTAAAAACTAAATTT
* * * * *
186470 GTTTTCTGAACCAGTTTAAATAATTATGAATATTT
499 GTTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTAT--A-A-CT
* ** * * * * * * * * * *
186505 GAACAAATATCAATCTC-AAATCATTATGA-TATTTT-TTTCTCATAAAATAACTATTTCTGATA
1 -AACAATTATTTATTTCAAAAAC-TCATGACT-TTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
* * * * * *
186567 AGACAAGCTT-TCTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAAG-GAGA
63 ATACAAGCTTAT-TTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * ** * *
186627 GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAA-TT-ATAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTAT
127 GATTTTAAAAATAAA--TATTTACCGAA-CAAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * *
186690 CTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAATCATATAATAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTT
188 CTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAGCTT
* * * * *
186754 ATT-A-AAAAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAA
251 ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAA
* ** * * * * * ** * *
186817 ATAAATATATTTGTCGAATAAGTACAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATC
313 ATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTACAACAATCATCTATTTCAAATC
* * * * *
186882 ATTATGAC-CTTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTT-TAGTTAATA-AAAGCTTATCCAAAATA
378 ATTATGACACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTAT-GTTCATACAAA-ATTATCCAAAGTA
* * * * * * * *
186944 AAAT-AT-T-AGTA-CTT--TATTTCAAAAATTTATAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATT
441 AAATAATATAAATATATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAACTAAATTTGTTTACT
* * * * **
187003 GAATCAATTTAAATAATTATGGTCATTT
506 GAAACAGTTCAAATAGTTA---T-AACT
* * *** * * * * * ***
187031 GAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTCAACA
1 -AACAATTATTTATTTCAAAAACTCATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
* * * * * *
187096 TACAAGCTTATTCGAAATAAACTAATCCTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAG----AGA
64 TACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * * *
187157 TTTAAAAAATATATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAG-TATGACTATTTAAATAATTATCTAT
129 TTTTAAAAATA-A-ATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * * * * *
187221 TTCAAATTATTATAACCTTTTTATTCTA-TCACAAAATAATTATTTCTGTTTATACAAGCTTA-T
192 TTCAAA-CATTATGACC-TTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATT
* * * *
187284 CCGTAATAAAATAATACTAACTTAGTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
254 CAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATA
* * * * * * ** * * * * *
187349 AATCTATTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTAAGAGTATAAAAACAATTATTTATTACAAA--ATT
316 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTACAACAATCATCTATTTCAAATCA-T
* * * * ** *
187412 TGATGAC-CTTTTATTTTGTCATGAAACAATTATTT-TAGCTT-ACACAAGCTTATTCAGAA-TA
380 T-ATGACACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTAT-G-TTCATACAAAATTATCCA-AAGTA
* * * * *
187473 GAATAAAACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTGAAAAA-T-AATTCT
441 AAATAATA-TAAATATATTAATATTTTAAAAA--T-TAA-TAAGAAATTT-AAAAACTAAATT-T
* * * *
187535 ATTTATTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTT
499 GTTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTATAAC----T
* *
187570 GAATAATTATTTATTT--AAAA-TCATTGTTACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTGT
1 -AACAATTATTTATTTCAAAAACTCA-TG--ACTTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * * * * * * * *
187632 TGATATAAGTTTGTTAGAAATAAAATGATACTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAGTTAA-TA
61 TCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTA-ATAAGTA
* *** * * * *
187695 AAAGA-TTTAAAAAGTAAATCTGGTTATTAAACCATTTCAACTAGTTTTGACTATTTGAATAATT
124 AAAGATTTTAAAAA-TAAATAT--TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * *
187759 AACTATTTCAAATCACTATAACCTTTTATTTTA-TCATTAAACAATTGATTT-TATTCATACTA-
186 ATCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTT-GTTTAGTCATAAAACAATTG-TTTATATTCATACAAG
* * * ** * *
187821 TTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAA
248 CTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTA
* ** * * * * * * ** * *
187885 AAAATAAATCTAATTATTAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGC-ATGATAATTTATTTCA
310 AAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCAT-TACAACAATCATCTATTTCA
* * * ** * ***
187949 AATCGTTATGAC-CTTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTT-TGTTTTGTACAAGATTATTTGAA
374 AATCATTATGACACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTATG-TTCATACAAAATTATCCAAA
* * * * * *
188011 TTCAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
438 GTAAAATAATA-TAAATATATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAACTAAATT
* * *
188075 CGTTTACTGAATCAGTTCAAATGGTTA-AGACCATT
498 TGTTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTATA-A-C--T
* * * * * * * * *
188110 AAAAAATTATCTATTT-TAAATCGTTATGACCTTTCGTTTAGTTATAAAATAATT-TTTTTGGTT
1 -AACAATTATTTATTTCAAAAAC-TCATGACTTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTT-GTT
* * * *
188173 CATACAAACTTATTTAGAA-TAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAA
62 CATACAAGCTTATTT-GAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * *
188236 GAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGATCAAGTTCAAATAATTATTATTATTTGAACAATTA
126 -AGATTT-TAAAAATAAA--TATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* ** * * * * *
188301 TCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTT-TTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTAATACAAGT
187 TCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAGC
* * * ** * * *
188364 TTAGAT-GGAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTATTACA-TAAAAAATTTTA
249 TTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATA-AGTAAGAGA-TTTA
* * * * * * * ** * *
188427 AAAATAAAT-TACTGA-C--TCAA-TTAAAATAATTATGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAA
310 AAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTACAACAATCATCTATTTCAA
* * * * * * ** *
188487 ATCAATATGAC-TTTTTGTTTAGTCATAAAAT-ATATGTTTCAT-ATCTTACAAGCTTATTCAAA
375 ATCATTATGACACTTTTATTTTGTCATAAAATAAT-TGTTT-ATGTTCATACAAAATTATCCAAA
* ** * * ** * * *
188549 CTAAAATAATCCAAATTTATTAACATTCAAAAAACTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
438 GTAAAATAATATAAATATATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAACTAAATTT
* * **
188614 ATTTA-TCG-AACAAGTTTAAATAGCTATAATTATTT
499 GTTTACT-GAAAC-AGTTCAAATAG-T-T-A-TAACT
* * * * ***
188649 GAAAAATTATTTATTT-AAAATCATTATGACCTTTTTGCTTTGACATAAAACAATTGTTTCAATT
1 -AACAATTATTTATTTCAAAAAC-TCATGA-CTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
* * *** * * *** * * *
188713 CATAAAAGTTTATCAAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTTGAAACTTAATAAGCAAGA
62 CATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA
* * * * * * * ** *
188778 G-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTACGAGTATTGGAACGATTGTC
127 GATTT-TAAAAATAAA--TATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* ** * * *
188842 TATTTAAAATTGTTATAACC-TTTGTTTTA-TTATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTT
189 TATTTCAAA-CATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAGCTT
* *
188904 ATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-AGATAAGTGATTTAAAA
251 ATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAA
* * * ** * * * * * ** * *
188967 AGTGAATTTGTTTAGTGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCTATTTTAGCAAAT-ATTTATTTCAA
313 A-TAAATCTATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTACAAC-AATCATCTATTTCAA
* * * * * * * ** **
189030 ATCATTATTAC-CTTTTGTTTAGTTATATAACAATTGTTT-TTTATCATACAAGCTTATTCGGAA
375 ATCATTATGACACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGT-TCATACAAAATTA-TCCAAA
* * * *
189093 -TAAAATAATACT-AATTTATT-ATTTTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATC
438 GTAAAATAATA-TAAATATATTAATATTTTAAAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAACTAAATT
* ** ** *
189155 TATTTA-TCGAATTAGTTTGAATAGTTATGACTATTT
498 TGTTTACT-GAAACAGTTCAAATAGTTAT-A--A-CT
* * * * * * * ** * * * *
189191 GAACAATTGTATACTT-AAAATCATTATAACCTTTCATTATATCATAAAAAAATTATTTTTATTC
1 -AACAATTATTTATTTCAAAAAC-TCATGACTTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
* ** * * * * * *
189255 ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAG
63 ATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * ** * * *
189319 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACAGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATATAAACAATTATCTA
128 ATTTTAAAAATAAA--TATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * * * ***
189384 TTTTAAATCATTATGTCCTTTTTATTTTGTCATGAAACAGTTTTTTCA-ATTCATATTTGCTTAT
191 TTTCAAA-CATTATGACC-TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAGCTTAT
* *
189448 T-AGGAATAAAATAA-AATGAATCTATTAATATCTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA
253 TCA-GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA
* * * * * * ** * * **
189507 TAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTGGAATAATTATCTATTTCAAATTG
314 TAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTACAACAATCATCTATTTCAAATCA
* * * * * * ** * **
189572 TTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGCTCATATAAGTTTGTTTGAAA-TAAA
379 TTATGACACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAAATT-ATCCAAAGTAAA
* * * * * *
189635 A-AAAATACTAATCTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAC-AAATCTATTTAT
443 ATAATATA--AATATATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAATTT-AAAAACTAAATTTGTTTA-
* *
189698 CT--AACAAGTTCTAATAGTTATGACT
504 CTGAAAC-AGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * * *
189723 ATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATAGTTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAG-TTTTG
1 A----A-CAATTATTTATTTCAAAAACTCATGACTTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* * * * *** *
189787 TTCATACAAGCATA-ATCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTA
60 TTCATACAAGCTTATTTGA-ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
189851 AAAGATTTAAAAAATAAACATGTTTATCGAACATA-TTTAAATAGTTATTACTA-TTCAAGTAAT
124 AAAGATTTTAAAAAT-AA-ATATTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAAT
* * * * *
189914 TATCTCTTTCAAATCATTCTGACCTTTT-TTTA---ATAAAATAATTGTTTCA-GTTCATATAAG
185 TATCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAG
* * * * *
189974 CTTATT-TGATGTAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGATG-GTTA
248 CTTATTCAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTA
** * * * ** *
190037 AAAA-AGAATCTGCTTACCAAATAACTTTC-AATAGTTATGATGATCTA-AACAATTATCTATTT
310 AAAATA-AATCTATTTACCAAACAA-GTTCAAATAGTCATGACCAT-TACAACAATCATCTATTT
* * * * * * * **
190099 CAAAAT-ATAATGAC-CTTTTGTTTTTTCATAAAAAAATTGTTTCTCTTCATGCAAGCTTATTCC
372 C-AAATCATTATGACACTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAAATTA-TCC
* * *
190162 -AA-TAAAATAATGTTAATTTATTAAT-TTTCTAAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAACTAA
435 AAAGTAAAATAATATAAATATATTAATATTT-TAAAAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAACTAA
*** *
190224 A-TTGATTTA-TCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
495 ATTTG-TTTACT-GAAACAGTTCAAATAGTTAT-A--A-CT
* * *
190263 AAACAATTATTTTATTTC-AAATCGTTATGA-TATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAT-
1 -AACAATTA-TTTATTTCAAAAAC-TCATGACT-TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TG
* ** ** * *
190325 TT-AGACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
60 TTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
190386 ATATTTAAAA
Statistics
Matches: 3900, Mismatches: 774, Indels: 561
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AACATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTCAGAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTA
CCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTACAACAATCATCTATTTCAAATCATTATGACACTTT
TATTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAAATTATCCAAAGTAAAATAATATAAATAT
ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTGAAACAGTTCAAATA
GTTATAACT
Found at i:186105 original size:358 final size:355
Alignment explanation
Indices: 184796--190434 Score: 3524
Period size: 358 Copynumber: 15.8 Consensus size: 355
184786 ATTGAACAAT
* * *
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* * * * * * * *
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** * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * * **
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* * * ** * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA---A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * ** *
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* * * * * ***
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126 C-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-
* * * * * **** *
185349 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAA-AAATTTTAAAAATAAATTTGTTTTTTGAACAC
188 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
* * * *
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253 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTGT
* * ** **
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* * * * *
185511 TAAAGTAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAAATTTTAAAAATAAA-TC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-----AGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * *
185575 ATTTA-TCG-AGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTGTTTCACAA--AGTTA
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* * * * * *
185636 TGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGTTTATTCAGAA-CAAATAAT
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* * *
185700 ACTTATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA
185 ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * **
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* * **
185829 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATCCAAA
313 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATCCAAA
* * * ** * *
185872 GTAAAATAATATTGATATATTAATATTTTGAAAATTAATAAGACATTTAAAAACTAAATTTGTTT
1 -TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * *
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* * *** *
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* * * * * * *
186067 ATAAAATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAA-TTC
194 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAAGTTC
* * * * * * *
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257 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
* *
186195 AACAATTATTTCAT-TTCATACAAGCTTATTCAAAA
322 AACAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTA-TCCAAA
* * *
186230 TAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAACAATTAA-AGAGCAAAAGATTT-TAAAA-AAATG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATA-AG----AGATTTAAAAAATAAATT
*
186291 TGTAT-C-G-AACAAGTTTAAATAGATT-TGACTA-TTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTA
60 TGTTTACTGAAAC-AGTTTAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTA
* * * ** * * *
186350 TGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAAT
122 TAAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
** * * * * * * **
186415 ACTACCTTGTGAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGGGATTTAAAAACTAAAGT-TGTTTTCTGA
185 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCAA
* * * * * * * *
186479 ACCAGTTTAAATAATTATGAATATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA-TATTT-TTT
249 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTT
* * * * * * * *
186542 TCTCATAAAATAACTATTTCTGATAAGACAAGCTT-TCTCGAA
314 TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATC-CAAA
* * ** *
186584 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAGGAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT
1 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * *
186649 GCT-AAACCA-ATTATAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCT
65 ACTGAAA-CAGTTTA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-
** * * **
186712 TTTGTTTAATCATATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-AAAA-AAAATAATACTAAT
127 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * ** * *
186775 TTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATATATTTGTCGAATAAGT
191 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGT
* * * * *
186840 ACAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCGT
255 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
* *
186905 AAAACAATTGTTT-TAGTTAATAAAAGCTTATCCAAAA
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* * *
186942 TAAAAT-AT--T-A-GTACTT--TATTTCAAAAATTTATAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTT
1 TAAAATAATACTAATTTA-TTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * ** *
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65 ACTGAAACAGTTTAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-T
* * ** * * *
187064 TTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAAATAAACTAATCCTAATT
128 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * *
187129 TATTAACATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATATATCTATTTACCAAACCATTTC
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* * * * * * * *
187190 AAATAG-TATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTTATTCTATCACA
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* * * *
187254 AAATAATTATTTCTGTTTATACAAGCTTATCCGTAA
321 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATCC-AAA
* * * *
187290 TAAAATAATACTAACTTAGTAA-AATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
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* * * * *** * *
187354 ATTTA-TCGAACCAGTTTAAATAGTTAAGAGTATAAAAACAATTATTTATTACAAA--ATTTGAT
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* * * * * * * * *
187416 GACCTTTTATTTTGTCATGAAACAATTATTTTAGCTT-ACACAAGCTTATTCAGAATAGAATAAA
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* * * * ***
187480 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTGAAAAATAATTCTATTTATTGAA
185 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA
* * * * * * * * *
187545 CCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTGTTACTTTTTGTTCT
250 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTT
* * * * * * **
187610 ATCATAAAACAATTGTTTTTGTTGATATAAGTTTGTTAGAAA
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* * * * *
187652 TAAAATGATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAGTTAATAAAAGATTTAAAAAGTAAATCTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAA--A-TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * *
187717 GTTA-TTAAACCA-TTTCAACTAGTTTTGACTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCACTATAA
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* * * * * *
187780 CCTTTTATTTTATCATTAAACAATTGATTTTATTCATACTA-TTTATTTC-AAATAAAATAATAC
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* * ** * * ** ** *
187843 TAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTATTAAACC
187 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA
* * * * ** * * * * *
187908 AGTTTAAATAGTTAAGACTATATGCATGATAATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTAT
252 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGT
** * ** *
187972 CATAAAACAATTGTTT-TGTTTTGTACAAGATTATTTGAAT
317 CATAAAACAATTGTTTCTG-TTCATACAAGCTTA-TCCAAA
* * *
188012 TCAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * * * * *
188077 TTTACTGAATCAGTTCAAATGGTTAAGACCA-TTAAAAAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACC
62 TTTACTGAAACAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * * * * * *
188141 TTTCGTTTAGTTATAAAATAATT-TTTTTGGTTCATACAAACTTATTTAGAATAAATTAATACTA
127 TTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT--TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * *
188205 ATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGATCA
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* * * * ** * *
188269 AGTTCAAATAATTATTATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTT-
252 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTG-TTTTG
* * * **
188333 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGTTTAGAT-GGAA
316 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT--ATCCAAA
* * * * *
188374 CAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTATTACATAAAAAATTTTAAAAATAAA----
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-C-AAA-AATTA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
** * * * * * *
188435 -TTACTGACTCAATTAAAATAATTATGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCAATATGACT
62 TTTACTGAAACAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-
* * * * * * * * *
188499 TTTTGTTTAGTCATAAAA-TATATGTTTCATATCTTACAAGCTTATTCAAACTAAAATAATCCAA
126 CTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
188563 ATTTATTAACA-TTCAAAAAACTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAA
189 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA
* * * * * * * * *
188627 GTTTAAATAGCTATAATTATTTGAAAAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTGCTTTGA
253 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTGT
** * * *
188692 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGTTTATCAAAAA
317 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATC-CAAA
* ** *
188732 TAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTTGAAACTTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATAAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTT-AAAAAATAAATTTG
* * * * * * * * * **
188797 TTTAC-CAAACAAATTCAAATAGTTACGAGTATTGGAACGATTGTCTATTTAAAATTGTTATAAC
62 TTTACTGAAAC-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * ** *
188861 CTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
126 CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * ** *
188926 TTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-AGATAAGTGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTAGTGAATC-A
190 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAA
* * * * * * * * * *
188989 GTTCAAATAATTATGGCTATTTTAGCAAATATTTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTAGTT
253 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * **
189054 ATATAACAATTGTTT-TTTATCATACAAGCTTATTCGGAA
318 ATAAAACAATTGTTTCTGT-TCATACAAGCTTA-TCCAAA
* * * *
189093 TAAAATAATACTAATTTATT-ATTTTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATTTG
** * * * * *
189157 TTTA-TCGAATTAGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTAAAATCATTATAAC
62 TTTACT-GAAACAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * * * *
189221 CTTTCATTATATCATAAAAAAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATTCTA
126 CTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * *
189286 ATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CAGAACCA
189 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA-AACAA
** * * * * *
189349 GTTCAAATAGTTAAAACTATATAAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGTCCTTTTTATTTTGT
253 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTTGTTTTGT
* * * ** *** *
189414 CATGAAACAGTTTTTTCAATTCATATTTGCTTAT-TAGGAA
317 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATCCA--AA
* * * *
189454 TAAAATAA-AATGAATCTATTAATATCTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATT
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTT
* * * * * ** *
189517 TACCT-AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTGGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
64 TA-CTGAAACAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-
* * * * * ** *
189581 TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGCTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAAAAAATACTAA
127 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-TTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAA
* * * * * * *
189646 TCTACTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTATCTAACAAGT
190 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGT
* * * * * * *
189707 TCTAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATAACTTTTTGTTCTATTA
255 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTGTCA
* * *
189771 TAAAACAATAGTTT-TGTTCATACAAGCATAAT-CAGAT
319 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGC-TTATCCA-AA
* ** * **
189808 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACATG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * *
189873 TTTA-TCG-AACATATTTAAATAGTTATTACTA-TTCAAGTAATTATCTCTTTCAAATCATTCTG
62 TTTACT-GAAACA-GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * ** * ** **
189935 ACC-TT-TTTT-TAATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGATGTAAAATAATACT
124 ACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * *
189997 AATTTACTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGATG-GTTAAAAAA-GAATCTGCTTACCAAATA
188 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA
* * * * *
190060 ACTTTC-AATAGTTATGA-TGATCTAAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATAATGACCTTTTGTTT
252 A-GTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACTTTTTGTTT
* * * *
190122 TTTCATAAAAAAATTGTTTCTCTTCATGCAAGCTTATTCC-AA
314 TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TCCAAA
** * *
190164 TAAAATAATGTTAATTTATTAAT-TTTCTAAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAACTAAA-TT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTT
*** * * * *
190227 GATTTA-TCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTTATTTCAAATCGTTAT
61 G-TTTACT-GAAACAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTAT
* * * **
190291 GATA-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTATTT-AGACAAAATTATTCAAAATAAAATAAT
123 -A-ACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * *
190354 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAACTAAATCTGTTTACTAGA
185 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA
*
190415 CCAGTTCAAATAGTTATGAC
250 CAAGTTCAAATAGTTATGAC
190435 CTTTTATTTT
Statistics
Matches: 4121, Mismatches: 921, Indels: 475
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
347 35 0.01
348 73 0.02
349 11 0.00
350 8 0.00
351 119 0.03
352 17 0.00
353 80 0.02
354 265 0.06
355 316 0.08
356 397 0.10
357 475 0.12
358 590 0.14
359 152 0.04
360 438 0.11
361 540 0.13
362 479 0.12
363 109 0.03
364 6 0.00
365 7 0.00
366 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
CTGAAACAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTG
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACA
ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATCCAAA
Found at i:187222 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 187201--187233 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
187191 AATAGTATGA
187201 CTATTT-AAATAATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
*
187217 CTATTTCAAATTATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
187234 AACCTTTTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (17 bp):
CTATTTCAAATAATTAT
Found at i:190797 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 190504--191560 Score: 828
Period size: 180 Copynumber: 5.9 Consensus size: 177
190494 AAAATGAATC
* * *
190504 TATTAATATTTCAAACATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTCTATTTA-CATAACT-AGT
1 TATTAATATTTCAAA-A--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA-AA-TAAGT
* * **
190567 TCAAATAATTATGACAATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTC
60 TCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C-TTTTGTTTTGTC
* * * * * *
190631 ATAAAACAAATT-TTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAAAAAAAAAACTAATC
122 ATAAAA-AAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT--AAAAATAATACTAATT
* * * * *
190689 TACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATGTATCAAACAAGTTCTAAT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAAT
* * * * * * *
190754 AGTAAAGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTCTTGTTTCGTTATAAAACA
66 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTT-TTGTTTTGTCATAAAAAA
* * * * * *
190819 ATAG-TTTTGTTCATACAAGCATAATCG-AATTAAAATAATATTAATT
130 ATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAATAATACTAATT
** * * * * ** *
190865 TATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAACTAAATATGGTTATCAAATAAGTTC
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTC
* * *
190930 AAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTATCGATTTCAAATCATTCTGACTTTT-TTTT-T-AGTAA
62 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCA-TAA
** * **
190992 AAAAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGATGT-AAAATAATACTAATT
126 AAAAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAATAATACTAATT
191043 TATTAATATTTC-AAAATTAATGACTA-AGATAATTAAAAAA-AGAATCTATTTACCAAATAAGT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AGAGAT--TTAAAAAATA-AATCTATTTACCAAATAAGT
* * * * * *
191105 TCAAATAGTTATAACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATAATGACCATTTGTTTTGTCAT
60 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
191170 AAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTCAAAT-AAAATATTA-TAAATT
124 AAAAA-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAAATAATACT-AATT
* * * *
191225 TATTAAT-TTTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACCTATTAAGTT
1 TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTT
* *
191289 CAAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTATTTACTTT-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAT
61 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCAT
* * **
191353 -AAAAAATTGTTTTTATTTATACAAAATTATTT-AGAAT-AAAATAATACTAATT
124 AAAAAAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
191405 TATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTAGACT-TGTTCAAA
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA-AATAAGTTCAAA
* * * * * * * * *
191469 TAGTTATGATTATCTAAACAATTATCTATCTCAAAT-GTGATGA-TCTTTGTCTTGTCATAAAAT
65 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAAA
* *
191532 AATTGTTTCTGTTCGTACAAGCTTATTTG
129 AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTG
191561 GAGTAAAATA
Statistics
Matches: 701, Mismatches: 128, Indels: 95
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 12 0.02
175 35 0.05
176 88 0.13
177 84 0.12
178 53 0.08
179 30 0.04
180 135 0.19
181 120 0.17
182 36 0.05
183 85 0.12
184 5 0.01
185 17 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAA
TTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAATAATACTAATT
Found at i:191293 original size:360 final size:356
Alignment explanation
Indices: 190486--191559 Score: 848
Period size: 361 Copynumber: 3.0 Consensus size: 356
190476 ACTTATTAGG
* * * * * * * * *
190486 AATAAAACAAAATGAATCTATTAATATTTCAAACATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAC-AATT
1 AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAACTAAAT
* * * * * **
190550 CTATTTA-CATAACT-AGTTCAAATAATTATGACAATTTGAACT-ATTATCTA-TTTCAAATTGT
65 ATAGTTACCA-AA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCGACTTT-AAATCAT
* ** * ** *
190611 TATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTTTGTTCATATAAGTTTGTTT-GAAATAAA
126 TATGA-CATTTTGTTTTGTCAT-AAA-AAATTGTTTTCATTCATACAAAATTATTTAG-AAT---
* * * * * * *
190674 AAAAAAAAACTAATCTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTATGTA
184 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGAATTAAAAACA-AAATCTATTTA
* * * * * * ** * * * *
190738 TCA-AACAAGTTCTAATAG-TAAAGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTC
248 CCAGAA-TAGTTCAAATAGTTATA-ACTATCTAAACAATTATCTATCTCAAA-CATAATGACCT-
* * * * **
190801 TTGT-TTCGTTATAAAACAATAGTTT-TGTTCATACAAGC--ATAATCGA
309 TTGTCTT-GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTC-A
* * * *
190847 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAACTAAATA
1 AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAACTAAATA
* * * *
190912 TGGTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTATCGA-TTTCAAATCATTCTG
66 TAGTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCGACTTT-AAATCATTATG
* * ** *
190976 AC-TTTTTTTTTAGT-A-AAAAAATTG-TTTCAGTTCATATAAGCTTATTT-GATGTAAAATAAT
130 ACATTTTGTTTT-GTCATAAAAAATTGTTTTCA-TTCATACAAAATTATTTAGA-ATAAAATAAT
*
191036 ACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATGACTAAGATAATTAAAAA-AAGAATCTATTTACCA-
192 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-G--TAAGAGAATTAAAAACAA-AATCTATTTACCAG
* * *
191098 AATAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATAATGACCATTTGTT
252 AAT-AGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATCTC-AAACATAATGACC-TTTGTC
*
191163 TTGTCATAAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTCA
314 TTGTCAT-AAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTCA
*
191207 AATAAAATATTATAAATTTATTAAT-TTTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAA-TAAA
1 AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAGTAAAAAA-TTTAAAAACTAAA
* * * * * **
191270 TCTATTTACCTATTAAGTTCAAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTATTTACTTTAAATCATTAT
64 TATAGTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCGACTTTAAATCATTAT
* *
191335 GACATTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTTTATTTATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATAC
129 GACATTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTTCATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATAC
* * * * * * *
191400 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTAGACTTGTT
194 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGAATTAAAAACAAAATCTATTTACCAGAATAGTT
* * ** * *
191465 CAAATAGTTATGATTATCTAAACAATTATCTATCTCAAATGTGATGATCTTTGTCTTGTCATAAA
259 CAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATCTCAAACATAATGACCTTTGTCTTGTCATAAA
* *
191530 ATAATTGTTTCTGTTCGTACAAGCTTATTT
324 ATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
191560 GGAGTAAAAT
Statistics
Matches: 584, Mismatches: 96, Indels: 71
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
353 6 0.01
354 24 0.04
356 40 0.07
357 105 0.18
358 29 0.05
359 81 0.14
360 115 0.20
361 119 0.20
362 53 0.09
363 12 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAACTAAATA
TAGTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCGACTTTAAATCATTATGA
CATTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTTCATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGAATTAAAAACAAAATCTATTTACCAGAATAGTTCA
AATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATCTCAAACATAATGACCTTTGTCTTGTCATAAAAT
AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTCA
Found at i:191898 original size:176 final size:174
Alignment explanation
Indices: 191593--191940 Score: 391
Period size: 176 Copynumber: 2.0 Consensus size: 174
191583 TAAGTTGGTG
* * * *
191593 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCACATAGTTATGTCCATCTCAACTATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATACTTATGACCATCTCAACAATTATCTA
* * *
191658 TTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCA
66 TTTCAAATCATTATGACA-GTTGTTTTACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCA
* * *
191723 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACAT
130 AAAT-AAATAATACTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAACAT
* * *
191769 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TGAAACCAA-TTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATC
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG-AA-CAAGTTCAAATACTTATGACCATCTCAACAATTATC
* * * **
191832 TATCTT-AAATCAATT-TGATC-GTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAGAAGCTT
64 TAT-TTCAAATC-ATTATGA-CAGTTGTTTT-ACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATT
* * * *
191894 ATTCAGAGTAAATATTCCTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
125 ATTCAAAATAAATAATACTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
191941 GTAAGAGATT
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 22, Indels: 13
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 42 0.29
176 94 0.65
177 8 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (174 bp):
ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATACTTATGACCATCTCAACAATTATCTA
TTTCAAATCATTATGACAGTTGTTTTACATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAA
AATAAATAATACTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAACAT
Found at i:191926 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 191904--191940 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
191894 ATTCAGAGTA
*
191904 AATATTCC-TAAATTAAT
1 AATATTCCAAAAATTAAT
191921 AATATTCCAAAAATTAAT
1 AATATTCCAAAAATTAAT
191939 AA
1 AA
191941 GTAAGAGATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 8 0.44
18 10 0.56
ACGTcount: A:0.54, C:0.11, G:0.00, T:0.35
Consensus pattern (18 bp):
AATATTCCAAAAATTAAT
Found at i:193485 original size:65 final size:65
Alignment explanation
Indices: 193401--193522 Score: 165
Period size: 65 Copynumber: 1.9 Consensus size: 65
193391 GACTATTAGA
* * *
193401 ACAATTAGCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTATG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTTA
1 ACAATTAGCTATTTAAAATCATTCTGACCTTTATGTTTTA-ACATAAAATAATTGTTTCAATTTA
193465 T
65 T
* * * *
193466 ACAATTATCTATTTAAAATCATTTTGACTTTTTTGTTTTAACATAAAATAATTGTTT
1 ACAATTAGCTATTTAAAATCATTCTGACCTTTATGTTTTAACATAAAATAATTGTTT
193523 TAGTTCATAA
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 7, Indels: 2
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
65 45 0.92
66 4 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.07, T:0.48
Consensus pattern (65 bp):
ACAATTAGCTATTTAAAATCATTCTGACCTTTATGTTTTAACATAAAATAATTGTTTCAATTTAT
Found at i:193849 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 193806--193872 Score: 125
Period size: 34 Copynumber: 2.0 Consensus size: 34
193796 GTTTAAATAG
*
193806 TCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
1 TCATAACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATC
193840 TCATAACTATTTGAATAATTATATATTTCAAAT
1 TCATAACTATTTGAATAATTATATATTTCAAAT
193873 TGTTATGACC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 32 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.03, T:0.45
Consensus pattern (34 bp):
TCATAACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATC
Found at i:194152 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 193845--194757 Score: 882
Period size: 180 Copynumber: 5.1 Consensus size: 181
193835 AAATCTCATA
* * **
193845 ACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTAT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-T
* * *
193910 TA-GTTCATATAGGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
65 TATGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * *
193972 AAGTAAGAGATTTAAAATATGAATCTATTTACTGGACAAGTTCAAATGGTTATG
128 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATGATTATG
* * * *
194026 ACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTGTGTCATAAAATAATTCTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
*
194091 ATGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
66 ATGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
194156 -AAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACA-TTCAAAT-AGCTATG
131 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA-AGTTCAAATGA-TTATG
* * *
194206 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTGGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTT
* * *
194270 TCTATTCATACAAG-TGTATTT-GAAATAAAAT-AT-TAATATTTTATTAATATTTCAAAAATTA
65 TATGTTCATACAAGCT-TATTTAG-AATAAAATAATATAA-A-TTTATTAATATTCCAAAAATTA
* * * * *
194331 ATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAGCAAGTTCATATCATTATG
126 ATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATGATTATG
* * * * *
194387 ACTATTTGAACAATTTTTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAA-AA-T-TTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
194449 ACTATTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATACT-ATTTTATTAATACTCAAAAAATTAATA
66 A-TGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * *
194513 GGTAGGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAGATT-TG
129 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAAT-GATTATG
* * * * *
194567 ACTATTTCAACAACTATCTATCT-AAAGTTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * ** * * * *
194631 TCA-GTTTATAAAAACTTATCAAAAATAAAATAATA-ATACTTTTTTAATATTTCAAAAATTAAT
65 T-ATGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATA-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * * *
194694 AAGCAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTT-TTGAAACCATTTCAAAT-AGTTATG
128 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG-AACAAGTTCAAATGA-TTATG
194748 ACTATTTGAA
1 ACTATTTGAA
194758 TAAATATTGA
Statistics
Matches: 608, Mismatches: 88, Indels: 72
0.79 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
178 6 0.01
179 65 0.11
180 235 0.39
181 235 0.39
182 63 0.10
183 3 0.00
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
ATGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATGATTATG
Found at i:194223 original size:395 final size:387
Alignment explanation
Indices: 193496--194233 Score: 858
Period size: 395 Copynumber: 1.9 Consensus size: 387
193486 ATTTTGACTT
* * * * * *
193496 TTTTGTTTTAACATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAATCTTATCCAAAATAAAATAATATTAC
1 TTTTGTTTCAACATAAAACAATTGTATTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAA
* * ** *
193561 TTTACTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAAATGAATCAATTTATTGAATCAG
66 TTTACTAATATTCCAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCAATTTATGGAATCAG
* * * * *
193626 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTCTTAATCATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
131 TTATGACAATTTGAACAATTATCTATTCTAAATCATTATGACCTTTTATTGTGTCATAAAACAAT
* * * * * * ** *
193691 TGTTTTTGTTCACACAAGTTTATTCAGATTAAATAGTATTAATTTATTAATATATTGACAATTAA
196 TCTTTATGTTCACACAAGCTTATTCAGATAAAATAATATAAATTTATTAATATATCAAAAATTAA
* ** *
193756 AAAGTAAAAGATTTTCAAAATAAATAAGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA
261 AAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATAAGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
*
193821 TAATTATCTATTTCAAATCTCATAACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACC
326 CAATTATCTATTTCAAATCTCATAACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACC
* * * * *
193883 TTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATTAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTCAACATAAAACAATTGTATTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAA
* * * *
193948 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAATATGAATCTATTTACTGGACAAG
66 TTTACTAATATTCCAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCAATTTA-TGG--AA-
** *
194012 TTCAAATGGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTGTGTC
127 -TC--A--GTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTCT-AAATCATTATGACCTTTTATTGTGTC
* * **
194076 ATAAAATAATTCTTTATGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATAT-
186 ATAAAACAATTCTTTATGTTCACACAAGCTTATTCAG-ATAAAATAATATAAATTTATTAATATA
* * *
194140 TCCAAAAATTAATAAG-AAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACA-TTCAAATAG-C
250 T-CAAAAATTAAAAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATAAGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTC
*
194202 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
313 -ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
194234 AGTTATAACC
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 50, Indels: 20
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
386 16 0.06
387 87 0.30
389 2 0.01
391 2 0.01
393 1 0.00
394 2 0.01
395 143 0.50
396 34 0.12
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (387 bp):
TTTTGTTTCAACATAAAACAATTGTATTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAA
TTTACTAATATTCCAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCAATTTATGGAATCAG
TTATGACAATTTGAACAATTATCTATTCTAAATCATTATGACCTTTTATTGTGTCATAAAACAAT
TCTTTATGTTCACACAAGCTTATTCAGATAAAATAATATAAATTTATTAATATATCAAAAATTAA
AAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATAAGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CAATTATCTATTTCAAATCTCATAACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACC
Found at i:194280 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 193845--194757 Score: 892
Period size: 181 Copynumber: 5.1 Consensus size: 180
193835 AAATCTCATA
* * ** *
193845 ACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTAT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTT
* * *
193910 -TAGTTCATATAGGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
65 CTA-TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * * *
193972 AAGTAAGAGATTTAAAATATGAATCTATTTACTGGACAAGTTCAAATGGTTATG
127 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
194026 ACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTGTGTCATAAAATAATTCTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTT
* * *
194091 ATGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
65 CTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * *
194156 -AAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACA-TTCAAATAGCTATG
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACA-AGTTCAAATAGTTATG
* * *
194206 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTGGTTTTGTCATAAACTAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAC-AATTGTTT
*
194271 CTATTCATACAAG-TGTATTT-GAAATAAAAT-AT-TAATATTTTATTAATATTTCAAAAATTAA
65 CTATTCATACAAGCT-TATTTAG-AATAAAATAATATAA-A-TTTATTAATATTCCAAAAATTAA
* * * *
194332 TAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAGCAAGTTCATATCA-TTATG
126 TAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTGAACAAGTTCAAAT-AGTTATG
* * * * * * *
194387 ACTATTTGAACAATTTTTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAAAATT-TTAC
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTC
* * * * * *
194451 TATTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATACT-ATTTTATTAATACTCAAAAAATTAATAGG
66 TATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * *
194515 TAGGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAGATT-TG
130 TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTTCTGAACAAGTTCAAATAG-TTATG
* * * * *
194567 ACTATTTCAACAACTATCTATCT-AAAGTTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTT
* * * ** * * * *
194631 TC-AGTTTATAAAAACTTATCAAAAATAAAATAATA-ATACTTTTTTAATATTTCAAAAATTAAT
64 TCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATA-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * *
194694 AAGCAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTT-TGAAACCATTTCAAATAGTTATG
127 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTG-AACAAGTTCAAATAGTTATG
194748 ACTATTTGAA
1 ACTATTTGAA
194758 TAAATATTGA
Statistics
Matches: 609, Mismatches: 91, Indels: 64
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 3 0.00
179 68 0.11
180 229 0.38
181 244 0.40
182 65 0.11
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTC
TATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
Found at i:194532 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 193845--194723 Score: 1010
Period size: 361 Copynumber: 2.4 Consensus size: 361
193835 AAATCTCATA
* * ** *
193845 ACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTAT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
193910 -TAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
66 CTAGTTCATAAAAG-TTATTAGAAATAAAATAATAATATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * **
193974 GTAAGAGATTTAAAATATGAATCTATTTACTGGACAAGTTCAAATGGTTATGACAATTTGAACAA
130 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTCGACAAGTTCAAATCATTATGACAATTTGAACAA
* *
194039 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTGTGTCATAAAATAATTCTTTATGTTCATACAAG
195 TTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTGTGTCATAAAATAATTCTTTATATTCATACAAG
* * *
194104 CTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAAAATTTAAAA
260 CTTATTTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATACTCAAAAAATTAATAAGAAAAAATTTAAAA
* * *
194169 AATAAATATGTTTTCTGAACACA-TTCAAATAGCTATG
325 AATAAATATATTTACTGAACA-AGTTCAAATAGATATG
* * *
194206 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTGGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTT
* * *
194270 TCTA-TTCATACAAGTGTATTTGAAATAAAATATTAATATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
65 TCTAGTTCATAAAAGT-TATTAGAAATAAAATAATAATATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * *
194334 AGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAGCAAGTTCATATCATTATGACTATTTGAA
129 AGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTCGA-CAAGTTCAAATCATTATGACAATTTGAA
* * * * *
194397 CAATTTTTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAA-AA-T-TTTACTATTCATA
192 CAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTGTGTCATAAAATAATTCTTTA-TATTCATA
* * * * ** *
194459 CAAGTTTATTTAGATTAAAATAATACT-ATTTTATTAATACTCAAAAAATTAATAGGTAGGAGAT
256 CAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATACTCAAAAAATTAATAAG-AAAAAAT
* * *
194523 TTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAGATTTG
319 TT-AAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGATATG
* * * * *
194567 ACTATTTCAACAACTATCTATCT-AAAGTTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
194631 TC-AGTTTATAAAAACTTATCAAAAATAAAATAATAATACTTTT-TTAATATTTCAAAAATTAAT
65 TCTAGTTCAT-AAAAGTTATTAGAAATAAAATAATAATA-TTTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* *
194694 AAGCAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTT
128 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
194724 TTGAAACCAT
Statistics
Matches: 436, Mismatches: 66, Indels: 32
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
358 4 0.01
359 55 0.13
360 24 0.06
361 337 0.77
362 16 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
CTAGTTCATAAAAGTTATTAGAAATAAAATAATAATATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTCGACAAGTTCAAATCATTATGACAATTTGAACAAT
TATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTGTGTCATAAAATAATTCTTTATATTCATACAAGC
TTATTTAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATACTCAAAAAATTAATAAGAAAAAATTTAAAAA
ATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGATATG
Found at i:194806 original size:124 final size:124
Alignment explanation
Indices: 194662--194905 Score: 402
Period size: 124 Copynumber: 2.0 Consensus size: 124
194652 AAAATAAAAT
194662 AATAATACTTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAG-AGATTTAAAAACTAAA-TCTATTTT
1 AATAATACTTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGCA-ATTTAAAAACTAAAGT-TATTTT
** * * *
194725 TGAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATTGATCTCAAATCATTATGATC
64 CCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATAGATCTCAAATAATTATGATC
*
194786 AATAATACTTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGCAATTTAAAAACTAAAGTTGTTTTCC
1 AATAATACTTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGCAATTTAAAAACTAAAGTTATTTTCC
194851 AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATAGATCTCAAATAATTAT
66 AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATAGATCTCAAATAATTAT
194906 AATCTTTGTT
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 6, Indels: 4
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
124 110 0.98
125 2 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (124 bp):
AATAATACTTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGCAATTTAAAAACTAAAGTTATTTTCC
AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATAGATCTCAAATAATTATGATC
Found at i:195144 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 194786--195712 Score: 706
Period size: 177 Copynumber: 5.2 Consensus size: 176
194776 CATTATGATC
* *
194786 AATAATACT--TTT-TTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGCAATTTAAAAACTAAAGT-TGTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAG-AAG--ATTTAAAAAATAAA-TCTGTT
* * * * * * ** * * * *
194847 TTCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATAGATCTCAAATAATTATAATC-T
62 TACCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-TGACCTT
** * * * * *
194911 TTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCT-GATT-ATATAAGTTTATTCG-AATAAA
126 TTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-TAG-TTCATACAA-ATCATTTGAAAT-AA
* * * * *
194963 AATAATA-TTATTCTAATAATATTCCAAAATTTAATAA-AAGATTTAAAAAATTAATGTGTTTAC
1 AATAATACTAATT-TATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * *
195026 TAAACCAGTTTAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTACTTTGACCTTTTG
65 CAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTTGACCTTTTG
* * *
195091 TTTAGTCATACAATAATTGTTTTAGTTCATACAAACTCATTTGGAATAA
129 TTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAA-TCATTTGAAATAA
* * *
195140 AATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAG-A--AGATTT-AAAAAATAAATCTGTT
* * * * *
195205 TACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTAAAATCATTTGACCAT
62 TACCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTGACCTT
* * * *
195269 TTGTTTTGTCATAAAACAGTTTTTTTAGTTCATA-AAATC-TTATCCAAATAA
126 TTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAATCATT-T-GAAATAA
* *
195320 AATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAATCT-GTT
** * * * * *
195384 TACCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATTG-CCT
62 TACCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCA-T-TTGACCT
* **** * * *
195448 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATATAAGTTTATTTGAAATAA
125 TTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAA-ATCATTTGAAATAA
* *
195501 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-TTAATAAGAA-ATTTAAAAAATATATCTATTTAC
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * *
195564 CAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTT
65 CAAACCAGTTCAAATAATTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-TGACCTTTT
* * * * **
195628 GTTCTA-TCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAA
128 GTT-TAGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAA-ATCATTTGAAATAA
* * *
195678 AATAATACTAATTTAGTAATATTTTAAAAATTAAT
1 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAAT
195713 GACTAAGAGA
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AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
AAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTGACCTTTTGTT
TAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAATCATTTGAAATAA
Found at i:195767 original size:124 final size:124
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195598 ATTATCTATT
195608 TCAAATTATTATAACATTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAA
1 TCAAATTATTATAACATTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAA
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66 AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTAAAAATTAATGACTAAGAGATTTAAAAAA
* * *
195732 TCAAATTTTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAG
1 TCAAATTATTATAACATTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAA
195797 AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTAAAAATTAATGACTAAGAGATTTAAAAAA
66 AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTAAAAATTAATGACTAAGAGATTTAAAAAA
195856 T-AAAT
1 TCAAAT
195861 CCATTTGCTG
Statistics
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TCAAATTATTATAACATTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAA
AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTAAAAATTAATGACTAAGAGATTTAAAAAA
Found at i:198920 original size:16 final size:16
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198876 ATACAAGCTC
**
198886 ATACCAATTGTTATGG
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198902 ATACCAATTGTTAAAG
1 ATACCAATTGTTAAAG
198918 ATA
1 ATA
198921 TGTTATCAAG
Statistics
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ATACCAATTGTTAAAG
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202744 CAAGGCAAAC
* * ** *
202754 AGTCATAAAATAATTTTTTTGTTAATACAAGCTTATTTCGTTTATAATAATAC-AGATTTAATAA
1 AGTCATAAAATAA-TTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATA-AATAATACTA-ATTTATTAA
* *** **
202818 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAATTCTTATGG
63 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTAAAATAA
* *
202883 TTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTT-TTTT
127 TTAAGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCTTTGTTTT
* * *
202933 AGTCATAAAATAATTGTTTAAGTTCATACAAGCTTATTGGGAATAAATTAATACTAATTTATTGA
1 AGTCATAAAATAATT-TTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAA-TAATACTAATTTATTAA
* * **
202998 TATTTCTAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAGAAAATAAATTTGTTTACCGATTCAATTAAAATA
63 TATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTA-AAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTAAAATA
* * *
203062 ATTATGGCTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATCACTATGACCTTTGTTTT
126 ATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCTTTGTTTT
* * * * * * *
203114 -TTTATAAAACAATTATTTTTTATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTCATTAA
1 AGTCATAAAATAATT-TTTTGT-TCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAA
* * * **
203178 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCC-AACCATTTTGAATA
63 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTA-CCAAACCAATTAAAATA
* * * * ** *
203242 GTTATGACTATTTGAACAATTATCAATATCAAATCGTTATGATCTTTGTTTT
126 ATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCTTTGTTTT
203294 -GTCAATAAAATAA
1 AGTC-ATAAAATAA
203307 AATAATGTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
178 2 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
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AGTCATAAAATAATTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTAAAATAATTAA
GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCTTTGTTTT
Found at i:203678 original size:180 final size:180
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Period size: 180 Copynumber: 4.4 Consensus size: 180
203327 GCTTGTACAG
*
203337 ACAAAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
1 ACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * ** *
203402 TAGTCATAACTATTTGCACTAGCTAGGCCAATTGATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATC
66 TAGTCATAACTATTTGAACTAGCTAGGCAAACAGATTTACTTTTTAAATCTATTACTTATTAATC
* * *
203467 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGAC-TGTATGA
131 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAA-ACTTATATGA
* * * * * *
203517 ATAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
1 ACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * ** * * * * *
203582 TAGTTATAACTAATTGAATTGATTTA-GTAAACAGTTTTACTTTTTAAATTTCTTACTTCTTAAT
66 TAGTCATAACTATTTGAACT-AGCTAGGCAAACAGATTTACTTTTTAAATCTATTACTTATTAAT
* *
203646 TTTCAAAATATTAATAAATTA-TATTGTTTTATTCTGAACAAACTTATATGA
130 CTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGA
* *
203697 ACAAAAACATTTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
1 ACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * ** * * **
203762 CAGTCATAATTATTTGAACCAATTAGGCAAAAAGAATTGTTTTTTAAATC-ACTTACTTATTAAG
66 TAGTCATAACTATTTGAACTAGCTAGGCAAACAGATTTACTTTTTAAATCTA-TTACTTATTAA-
* * * * * * *
203826 TTTTGAAATATTAATACATTTTGTATTACTTTATTAC--AA-ATAAGTTACTAAGA
129 TCTTAAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATT-CTGAACA-AACTTA-TATGA
* ** * * * *
203879 ACTGAAAA-AATTGTTTTATGA-AAAA-AAAAAATCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCAT
1 AC-AAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
** * * * * * * *
203941 ATACCCTTAAATATTTGAAATAGTTCA-GCAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTT-CATTATTA
65 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGCT-AGGCAAACAGATTTACTTTTTAAATCTATTAC-TTATTA
* * * * * *
204004 ATTTTCAAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAACTTATGTCA
128 ATCTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAACAAACTTATATGA
* * * * * * * * * ** * *
204058 ATAGAAATAATTGTTCTAAGAGATAGCAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTTAAA
1 ACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
*
204123 TAGTCAAAACT
66 TAGTCATAACT
204134 CCAACTTCTT
Statistics
Matches: 483, Mismatches: 111, Indels: 45
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Matches are distributed among these distances:
178 3 0.01
179 39 0.08
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182 28 0.06
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.40
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ACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
TAGTCATAACTATTTGAACTAGCTAGGCAAACAGATTTACTTTTTAAATCTATTACTTATTAATC
TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGA
Found at i:204007 original size:360 final size:360
Alignment explanation
Indices: 203337--204133 Score: 846
Period size: 360 Copynumber: 2.2 Consensus size: 360
203327 GCTTGTACAG
*
203337 ACAAAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
1 ACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * ** *
203402 TAGTCATAACTATTTGCACTAGCTAGGCCAATTGATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATC
66 CAGTCATAACTATTTGAACCAACTAGGCAAAAAGAATTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATC
* * * *
203467 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGACTGTATGAATAGAAATAATTATT
131 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCTAAATAAGAC-GTAAGAATAGAAAAAATTATT
*** * * *
203532 TTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATT
195 TTATGATAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCAAATACTTATAACTAATT
* * * ** * *
203597 GAATTGATTTAGTAAACAGTTTTACTTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATA
260 GAATAGATTCAGCAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATA
*
203662 AATTA-TATTGTTTTA-TTCTGAACAAACTTATATGA
325 AATTAGTATTATTTTATTTC-GAACAAACTTATATGA
* *
203697 ACAAAAACATTTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
1 ACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * *
203762 CAGTCATAATTATTTGAACCAATTAGGCAAAAAGAATTGTTTTTTAAATC-ACTTACTTATTAAG
66 CAGTCATAACTATTTGAACCAACTAGGCAAAAAGAATTATTTTTTAAATCTA-TTACTTATTAA-
* * *
203826 T-TTTGAAATATTAATACATTTTGTATTACTTTATTAC-AAATAAGTTAC-TAAGAACT-GAAAA
129 TCTTAG-AATATTAATA-AATTAGTATTACTTTATT-CTAAATAAG--ACGTAAGAA-TAGAAAA
* *
203887 AATTGTTTTATGA-AAAA-AAAAAATCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATACCCTTA
188 AATTATTTTATGATAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCAAATA--CTTA
* *
203950 -AA-TATTTGAAATAG-TTCAGCAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTT-CATTATTAATTTTCA
251 TAACTAATTG-AATAGATTCAGCAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAATTTTCA
* * * * *
204011 AAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATGTCA
314 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGA
* * * * * * * * * ** * *
204058 ATAGAAATAATTGTTCTAAGAGATAGCAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTTAAA
1 ACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* *
204123 TAGTCAAAACT
66 CAGTCATAACT
204134 CCAACTTCTT
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 61, Indels: 27
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
359 2 0.01
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362 48 0.13
363 2 0.01
364 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
ACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
CAGTCATAACTATTTGAACCAACTAGGCAAAAAGAATTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATC
TTAGAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCTAAATAAGACGTAAGAATAGAAAAAATTATTT
TATGATAAAACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCAAATACTTATAACTAATTG
AATAGATTCAGCAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGA
Found at i:204757 original size:181 final size:181
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Indices: 204311--205489 Score: 945
Period size: 181 Copynumber: 6.6 Consensus size: 181
204301 TTTTTAATTT
* ** * *** *
204311 CTTATTAATTTTTTGAATTTTAATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATAAGCATGTATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * * **
204376 -AAACAATTTTTTTTTTACTAAAA-AAAA-GATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAAT
65 GAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT
* * * * * *
204438 AGTCTTAATTATTTGAAC-TGCTTTGGA-AAAAATATTTA-TTTTTAAGTC-----
128 AGTCATAACTATTTGAACTTG--TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAA
* * * ** *
204486 CTTATTAATTTTT-GAAATAGTAATAAATTGGCATTATTTTATTCTGAATAA-TTCTGTATGAAT
1 CTTATTAATTTTTAG-AATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT-TGTATGAAT
* * * * *
204549 AGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAACAGTCCAAATG
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATA
* * * * * *
204614 GACATGATTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAA
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAA
** * * *
204667 CTTATTGCTTTTTAGAATAATAATAAATTAGTATT-TATTTATTCCAAATAAACTTGTGTGAATA
1 CTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * *
204731 GAAACGATTGTTTTATGACCAAACAAAA-GATCATAAAGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATA
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATA
* * * * * * *
204795 GTAATAACTACTTGAACTTGCTCGATAAATAGATTTATTATTTAAATATTTTA
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAA
* * * * * *
204848 CTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * *
204913 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATTGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGT
* * * **
204978 CATAACTATTTGAACGTGTTCAGA-AAACATATTTATTTTTTTAAT-TTTTT
131 CATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAA
* ** * * * *
205028 CTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAAAAAGCTTGCATGAACA
1 CTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * *
205092 -AAACTAATTATTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTA-TTTAGA
65 GAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAA
* * * * * *
205154 TAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTTAATTCTCTAA
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTAA
* * * * * * *
205210 CTCATTAATTTTTGGTATACTAATAAATTAG-AGTTATTTTATTTCAAATGAGCTTATATTAACT
1 CTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * * *
205274 -GAAACAACTGTTTTATTACAAAA-AAAAGGTCACAATTATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAAT
64 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAAT
* * * * * * * *
205336 AGTCTTGAA-AACTTGAACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTCA
128 AGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAA
* * * * **
205390 CTTATTAA-TTGTCGAAATACTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTAG-AATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * *
205454 GAAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCATAA
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA
205490 CAATTATGTT
Statistics
Matches: 809, Mismatches: 158, Indels: 68
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 11 0.01
175 118 0.15
176 12 0.01
179 13 0.02
180 209 0.26
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182 73 0.09
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
CTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTAA
Found at i:205317 original size:542 final size:534
Alignment explanation
Indices: 204209--205489 Score: 1370
Period size: 542 Copynumber: 2.4 Consensus size: 534
204199 CCAAAATAGT
* *
204209 TGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
1 TGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
* *** *
204274 ATTTGAACTTGTTCGATAAATACATTT-TTTTT--A-A-TTT-CTTATTAATTTTTTGAATTTTA
65 ACTTGAACTTGTTCGATAAATACATTTATTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTAAAAATATTA
* * * * * *
204333 ATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTTTTTTTTTACTAAA
130 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATTAC-AAA
* * ** * * *
204398 A-AAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGCTTT
194 ACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGCTTC
* *
204462 GGAAAAAATATTTATTTTTAAGTCCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTGGCATTATTTTA
258 AGAAAAAATATTTATTTTTAAGTCCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTGACATTATTTTA
** * * * * *
204527 TTCTGAATAATTCTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATGATTT
323 TTCAAAAAAACTCTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTT
* * * *
204592 GAAATAGATAACAGTCCAAATGGACATGATTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT
388 GAAATAGATAACAGTCCAAATAGACATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTCATTTTTT
* ** *
204657 AAATCTCTAACTTATTGCTTTTTAGAATAATAATAAATTAGTATTTATTTATTCCAAATAAACTT
453 AAATCTCTAACTCATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTAGTTATTTATTCCAAATAAACTT
* * * *
204722 GTGTGAATAGAAACGAT
518 ATATGAATAGAAACAAC
* * * *
204739 TGTTTTATGACCAAACAAAAGATCATAAAGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
1 TGTTTTATGA-CAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
* *
204804 ACTTGAACTTGCTCGATAAATAGATTTATTATTTAAATATTTTACTTATTAATTTTAAAAATATT
65 ACTTGAACTTGTTCGATAAATACATTTATT-TTTAAATATTTTACTTATTAATTTTAAAAATATT
* * *
204869 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAA
129 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATTACAAA
*
204934 ACAAATTGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTG-TT
194 ACAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGCTT
* * * * ** * *
204998 CAGAAAACATATTTATTTTTTTAATTTTTTCTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTTATATT
257 CAGAAAAAATATTTA--TTTTTAA---GTCCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTGACATT
205063 ATTTTATTCAAAAAAAGCT-TGCATGAACA-AAACTAATTATTTTATGACAAAAC-AAATGGTCA
317 ATTTTATTCAAAAAAA-CTCTGCATGAACAGAAAC-AATTATTTTATGACAAAACAAAAT-GTCA
* * ** * * * * *
205125 TAATGTTTTGAAATAGATAATTA-TTTAGATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGA
379 TAATGATTTGAAATAGATAA-CAGTCCAAATAGACATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAA
* * * *
205189 TTCATTTTTTTAATTCTCTAACTCATTAATTTTTGGTATACTAATAAATTAG-AGTTATTTTATT
443 TTCA-TTTTTTAAATCTCTAACTCATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTAGTTA-TTTATT
* * * *
205253 TCAAATGAGCTTATATTAACT-GAAACAAC
506 CCAAATAAACTTATATGAA-TAGAAACAAC
* * * * ** *
205282 TGTTTTATTACAAAAAAAAGGTCACAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTGAA-A
1 TGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAAT-AACT
* * * * * * ** *
205346 ACTTGAACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTCACTTATTAATTGTCGAAATACT
65 ACTTGAACTTGTTCGATAAATACATTTA-TTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTAAAAATATT
* * * * *
205411 AATAAATTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATTACAA
129 AATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATTACAA
205475 AACAAAAAGTCATAA
193 AAC-AAAAGTCATAA
205490 CAATTATGTT
Statistics
Matches: 618, Mismatches: 106, Indels: 42
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
530 79 0.13
531 5 0.01
532 3 0.00
534 1 0.00
535 1 0.00
536 7 0.01
537 132 0.21
538 3 0.00
539 7 0.01
541 10 0.02
542 286 0.46
543 83 0.13
544 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (534 bp):
TGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTA
CTTGAACTTGTTCGATAAATACATTTATTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTAAAAATATTAA
TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATTACAAAAC
AAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGCTTCAGA
AAAAATATTTATTTTTAAGTCCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTGACATTATTTTATTC
AAAAAAACTCTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
ATAGATAACAGTCCAAATAGACATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTCATTTTTTAAA
TCTCTAACTCATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTAGTTATTTATTCCAAATAAACTTATA
TGAATAGAAACAAC
Found at i:205530 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 205506--205552 Score: 62
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
205496 TGTTTGCAAA
205506 ACTATTTCAAATAATTAT
1 ACTATTTCAAATAATTAT
*
205524 GACTATTT-GAATAATTAT
1 -ACTATTTCAAATAATTAT
205542 -CTATTTCAAAT
1 ACTATTTCAAAT
205553 TGTTATTACC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.24
17 3 0.12
18 9 0.36
19 7 0.28
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.04, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
ACTATTTCAAATAATTAT
Done.