Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167982.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_24, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 18142777
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Warning! 63000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 3 of 84
Found at i:206929 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 206170--207100 Score: 868
Period size: 182 Copynumber: 5.2 Consensus size: 181
206160 AATAATTTTG
** *
206170 AATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* ** * * * * *
206235 ACAATTATTTTTATTCATATTAGCTTTTTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCT-A
66 ACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTT-TAA
* *** *
206299 CAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATAGGTTCACTGAACAAGTTCA
129 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCA
* * * * ***
206352 AATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCGATTTCAAATCATTATGA-CATTTGTTTCACCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * ***
206416 ACAATTATATCAATTCAT--AGGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAACTTATTACTATTCCGAA
66 ACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA-AATTTTAAA
* * * *** * *
206479 ACTTAATGAG-AAAGAGATTTAAAAAAATGAATCTATTTAGAAAATAAGTTAA
130 AATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCA
* ** *
206531 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * *
206596 ATAACTATTTTTGTTCATACAACCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATTTCA
66 ACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA-ATTTTA
* * * * * **
206659 AAGATTAATAAGTAAAA-ATAT-ATAAAATAAATTTGTTTTTTGAACACA-TTCA
128 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA-AGTTCA
* * * * *
206711 AATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
206776 CCAATTGTTTCTATTCATAAAAGATTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTTAAAA
66 ACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTT-AAA
* * * ***
206841 AATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATTAAATCTATTTACCGAGTGAGTTCA
130 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCA
* * * *
206893 AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTAATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
206958 ACAGTTGTTTCTATTCATACAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTTGA
66 ACAATTATTTCTATTCATA-AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTTAA
* *
207022 AAATTAATAAG----AGATTT-AAAAACTAAATCTATTTACTGAACCAGTTCA
129 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCA
207070 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
207101 CTGAAATCGA
Statistics
Matches: 604, Mismatches: 126, Indels: 43
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 55 0.09
178 8 0.01
179 116 0.19
180 160 0.26
181 39 0.06
182 213 0.35
183 13 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTTAAAA
ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCA
Found at i:206949 original size:362 final size:357
Alignment explanation
Indices: 206146--207109 Score: 976
Period size: 362 Copynumber: 2.7 Consensus size: 357
206136 AGCTTATTTC
* * * ** *
206146 AAATCTGTTTACCAAATAATTTTGAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCAT
1 AAATCTATTTACAAAATAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCAT
** * * ** *
206211 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATATTAGCTTTTTTGGATTAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAACTTATTTCAAATAAAATA
* * * *
206276 ATATTAATTTATTAATATTTCTACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATAGGTTCACT
131 ATA-TAATTTACTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAAA-ATTT--AAAAATAAATATGTTTACT
* * * * * *
206341 GAACA-AGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCGATTTCAAATCATTATGACATTTGT
191 GAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTAT
* * * * *
206405 TTCACCATAAAACAATTATATCAATTCATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAACTTATTAC
256 TTCACCATAAAACAATTATATCAATTCATAAGATTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTAA
** * *
206470 TATTCCGAAACTTAATGAGAAAGAGATTTAAAAAAAT
321 TATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAAT
* * * **
206507 GAATCTATTTAGAAAATAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
1 AAATCTATTTACAAAATAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCAT
* * * * *
206572 TATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAACTATTTTTGTTCATACAACCTTATTTCAAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAACTTATTTCAAATAAAATA
* * **
206637 ATATAAATTTACTAATATTTCAAAGATTAATAAGTAAAAATATATAAAATAAATTTGTTTTTTGA
131 ATAT-AATTTACTAATATTTCAAA-ATTAATAAGTAAAAATTTA-AAAATAAATATGTTTACTGA
* * *
206702 ACACA-TTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATT
193 ACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA-CATTTATT
*** * * * * * *
206766 TTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGATTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTA
257 TCACCATAAAACAATTATATCAATTCAT--AAGATTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTA
* * *
206831 A-ATTTTAAAAAATTAATAAGTAAA-ATATTTAAAAAATT
320 ATA-TTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAAT
** * * * * *
206869 AAATCTATTTACCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCAT
1 AAATCTATTTACAAAATAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCAT
* * * * * *
206934 TATGATCTTTTGTTTTGTAATAAAACAGTTGTTTCTATTCATACAAAATTA-TTCAAAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAACTTATTTC-AAATAAAAT
* * * *
206998 AATACTAATTT-CTTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTATTTACT
130 AATA-TAATTTAC-TAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAA-TAAATATGTTTACT
* *
207059 GAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTGAAATCG
191 GAACACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
207110 ATAAGTAAGA
Statistics
Matches: 494, Mismatches: 94, Indels: 32
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
358 7 0.01
359 120 0.24
360 34 0.07
361 145 0.29
362 178 0.36
363 10 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
AAATCTATTTACAAAATAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCAT
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAACTTATTTCAAATAAAATA
ATATAATTTACTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACA
CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTATTTCAC
CATAAAACAATTATATCAATTCATAAGATTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTC
AAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAAT
Found at i:207157 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 207029--207186 Score: 192
Period size: 86 Copynumber: 1.8 Consensus size: 86
207019 TGAAAATTAA
* * ** * * * ** *
207029 TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAACAGCTCAAATAAG-TAAGACTATTAAAACAA
207093 TTATCTATCTGAAATCGATAAG
65 TTATCTATCTGAAATCGATAAG
* *
207115 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAATAGCTCAAATAAGTAAGACTATTAAAACAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAACAGCTCAAATAAGTAAGACTATTAAAACAAT
207180 TATCTAT
66 TATCTAT
207187 TTCAAATCAT
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 12, Indels: 2
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
86 57 0.97
87 2 0.03
ACGTcount: A:0.46, C:0.11, G:0.10, T:0.33
Consensus pattern (86 bp):
TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAACAGCTCAAATAAGTAAGACTATTAAAACAAT
TATCTATCTGAAATCGATAAG
Found at i:208016 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 207873--208388 Score: 605
Period size: 59 Copynumber: 8.7 Consensus size: 58
207863 GTTTTTGTGC
* * ** * * *
207873 AGGAAAATTGATACTTTTAACTTTTCCAAAAAAAAAATATTCTTTTGAAACTTTAATTTTG
1 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTTC---TCAAAAATATTTTTTTGAAACTTTATTTTTA
*
207934 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCTCAAAAATTGATTTTTTTGAAAATTTATTTTTA
1 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCTCAAAAA-T-ATTTTTTTGAAACTTTATTTTTA
* *
207994 AGGAAAATTGATAC-TTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTTGAAATTTTATTTTTA
1 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCTCAAAAATATTTTTTTGAAACTTTATTTTTA
*
208051 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTTC-CAAAAA-ATGTTTTTCTGAAACTTTGATTTTCA
1 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCTCAAAAATAT-TTTTT-TGAAACTTT-ATTTTTA
* * *
208110 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTTTAAAATTTTATTTTTA
1 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCTCAAAAATA-TTTTTTTGAAACTTTATTTTTA
* * *
208169 AGGAAAATTGATACTTTCAAC-TTTTCCCAAAAAATGTTTTTTTTGAAACTTTGATTTTCA
1 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCTC-AAAAAT-ATTTTTTTGAAACTTT-ATTTTTA
* * * * **
208229 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAATATTCTTTGGAAACTTTGATTTTCG
1 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCTCAAAAATATTTTTTTGAAACTTT-ATTTTTA
* *
208288 AGGAAAATTGATACTTTCAAC-TTTTCCCAAAAA-ATCGTTTTTTGAAAATTTATTTTTA
1 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCTCAAAAATAT--TTTTTTGAAACTTTATTTTTA
*
208346 AAGAAAATTGATACTTTCAAC-TTTTCTCCAAAAATATTTTTTT
1 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCT-CAAAAATATTTTTTT
208389 TATTTTTATT
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 36, Indels: 37
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
56 2 0.00
57 49 0.12
58 77 0.19
59 155 0.39
60 81 0.20
61 37 0.09
62 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (58 bp):
AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCTCAAAAATATTTTTTTGAAACTTTATTTTTA
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Alignment explanation
Indices: 207873--208388 Score: 700
Period size: 117 Copynumber: 4.4 Consensus size: 117
207863 GTTTTTGTGC
* ** * * * *
207873 AGGAAAATTGATACTTTTAACTTTTCCAAAAAAAAAATATTCTTTTGAAACTTTAATTTTGAGGA
1 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCC---TCAAAAATATTTTTTTGAAATTTTATTTTTAAGGA
* * *
207938 AAATTGATACTTTCAACTTTTTCTCAAAAATTGATTTTTTTGAAAATTT-ATTTTTA
63 AAATTGATACTTTCAAC-TTTTCCCAAAAAATG-TTTTTTTGAAAATTTGATTTTCA
207994 AGGAAAATTGATAC-TTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTTGAAATTTTATTTTTAAGGAAAA
1 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTTGAAATTTTATTTTTAAGGAAAA
* * *
208058 TTGATACTTTCAACTTTTTCCAAAAAATGTTTTTCTGAAACTTTGATTTTCA
66 TTGATACTTTCAACTTTTCCCAAAAAATGTTTTTTTGAAAATTTGATTTTCA
*
208110 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTTTAAAATTTTATTTTTAAGGAAA
1 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATA-TTTTTTTGAAATTTTATTTTTAAGGAAA
*
208175 ATTGATACTTTCAACTTTTCCCAAAAAATGTTTTTTTTGAAACTTTGATTTTCA
65 ATTGATACTTTCAACTTTTCCCAAAAAATG-TTTTTTTGAAAATTTGATTTTCA
* * * * **
208229 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAATATTCTTTGGAAACTTTGATTTTCGAGGAAA
1 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTTGAAA-TTTTATTTTTAAGGAAA
*
208294 ATTGATACTTTCAACTTTTCCCAAAAAATCG-TTTTTTGAAAATTT-ATTTTTA
65 ATTGATACTTTCAACTTTTCCCAAAAAAT-GTTTTTTTGAAAATTTGATTTTCA
*
208346 AAGAAAATTGATACTTTCAACTTTT-CTCCAAAAATATTTTTTT
1 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCT-CAAAAATATTTTTTT
208389 TATTTTTATT
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 29, Indels: 18
0.88 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
115 13 0.04
116 33 0.09
117 110 0.31
118 77 0.21
119 100 0.28
120 12 0.03
121 14 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (117 bp):
AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTTGAAATTTTATTTTTAAGGAAAA
TTGATACTTTCAACTTTTCCCAAAAAATGTTTTTTTGAAAATTTGATTTTCA
Found at i:208299 original size:178 final size:174
Alignment explanation
Indices: 207873--208389 Score: 738
Period size: 178 Copynumber: 2.9 Consensus size: 174
207863 GTTTTTGTGC
* * *
207873 AGGAAAATTGATACTTTTAACTTTTCCAAAAAAAAAATATTCTTTTGAAACTTTAATTTT-GAGG
1 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCC---CAAAAAATATTCTTTTGAAACTTTGATTTTCGAGG
*
207937 AAAATTGATACTTTCAACTTTTTCTCAAAAATTGATTTTTTTGAAAATTTATTTTTAAGGAAAAT
63 AAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAA-T-ATTTTTTTGAAAATTTATTTTTAAGGAAAAT
* * *
208002 TGATAC-TTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTTGAAATTTTATTTTTA
126 TGATACTTTCAACTTTTCC-CAAAAATTTTTTTTTGAAATTTGATTTTCA
* * *
208051 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCCAAAAAATGTT-TTTCTGAAACTTTGATTTTCAAGGAA
1 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCAAAAAATATTCTTT-TGAAACTTTGATTTTCGAGGAA
*
208115 AATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTTTAAAATTTTATTTTTAAGGAAAATTGA
65 AATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTTGAAAA-TTTATTTTTAAGGAAAATTGA
208180 TACTTTCAACTTTTCCCAAAAAATGTTTTTTTTGAAACTTTGATTTTCA
129 TACTTTCAACTTTTCCC-AAAAAT-TTTTTTTTGAAA-TTTGATTTTCA
* *
208229 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAATATTCTTTGGAAACTTTGATTTTCGAGGAAA
1 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCAAAAAATATTCTTTTGAAACTTTGATTTTCGAGGAAA
*
208294 ATTGATACTTTCAACTTTTCC-CAAAAA-ATCGTTTTTTGAAAATTTATTTTTAAAGAAAATTGA
66 ATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATAT--TTTTTTGAAAATTTATTTTTAAGGAAAATTGA
208357 TACTTTCAACTTTTCTCCAAAAATATTTTTTTT
129 TACTTTCAACTTTTC-CCAAAAAT-TTTTTTTT
208390 ATTTTTATTT
Statistics
Matches: 309, Mismatches: 19, Indels: 23
0.88 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 15 0.05
175 49 0.16
176 53 0.17
177 66 0.21
178 123 0.40
179 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (174 bp):
AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCAAAAAATATTCTTTTGAAACTTTGATTTTCGAGGAAA
ATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTTGAAAATTTATTTTTAAGGAAAATTGATA
CTTTCAACTTTTCCCAAAAATTTTTTTTTGAAATTTGATTTTCA
Found at i:208433 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 208422--208480 Score: 59
Period size: 6 Copynumber: 9.7 Consensus size: 6
208412 ATAACAAAAC
*
208422 AAAATA AAAATAA ATAAATA AGAAGTA AAAAT- AAAATA AAAAT- AAAATA
1 AAAATA AAAAT-A A-AAATA A-AAATA AAAATA AAAATA AAAATA AAAATA
*
208471 AAGATA AAAA
1 AAAATA AAAA
208481 GAATATTAAA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 8
0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
5 10 0.23
6 21 0.48
7 9 0.20
8 4 0.09
ACGTcount: A:0.78, C:0.00, G:0.05, T:0.17
Consensus pattern (6 bp):
AAAATA
Found at i:208461 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 208417--208479 Score: 69
Period size: 11 Copynumber: 5.8 Consensus size: 11
208407 ATAGAATAAC
*
208417 AAAACAAAATA
1 AAAATAAAATA
208428 AAAAT-AAAT-
1 AAAATAAAATA
208437 -AAATAAGAAGTA
1 AAAATAA-AA-TA
208449 AAAATAAAATA
1 AAAATAAAATA
208460 AAAATAAAATA
1 AAAATAAAATA
*
208471 AAGATAAAA
1 AAAATAAAA
208480 AGAATATTAA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 2, Indels: 10
0.79 0.04 0.18
Matches are distributed among these distances:
8 4 0.09
9 1 0.02
10 6 0.13
11 26 0.58
12 2 0.04
13 6 0.13
ACGTcount: A:0.78, C:0.02, G:0.05, T:0.16
Consensus pattern (11 bp):
AAAATAAAATA
Found at i:208849 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 208826--208864 Score: 60
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
208816 TTCACCAGAT
208826 TCTGGAATTTTTCATCGGAA
1 TCTGG-ATTTTTCATCGGAA
*
208846 TCTGGGTTTTTCATCGGAA
1 TCTGGATTTTTCATCGGAA
208865 GTTCACAGGA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 13 0.72
20 5 0.28
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Consensus pattern (19 bp):
TCTGGATTTTTCATCGGAA
Found at i:209356 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 209331--209519 Score: 90
Period size: 22 Copynumber: 8.5 Consensus size: 22
209321 ATAGTCTTCC
*
209331 AAAATAAAAATCAGATAAAATA
1 AAAATAAAAATAAGATAAAATA
* *
209353 AAAA-AAATTAAT-AGATAATTAGA
1 AAAATAAA--AATAAGATAA-AATA
*
209376 AAAATAATAATAAGAT-AAATCA
1 AAAATAAAAATAAGATAAAAT-A
* * *
209398 ACAATAATATTATAAGATAAATAAA
1 AAAATAA-A-AATAAGATAAA-ATA
*
209423 AAAATAATAATAACAGAT-AAATA
1 AAAATAAAAAT-A-AGATAAAATA
* * *
209446 AATAT-ATAATTAGAT-AAATA
1 AAAATAAAAATAAGATAAAATA
* * *
209466 AAAATACATATAAAATAAAATA
1 AAAATAAAAATAAGATAAAATA
*
209488 AAAAGAAAAA-AAGGA-AAAAT-
1 AAAATAAAAATAA-GATAAAATA
209508 AAAATAAAAATA
1 AAAATAAAAATA
209520 TATATTAATA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 26, Indels: 33
0.68 0.14 0.18
Matches are distributed among these distances:
20 22 0.18
21 17 0.14
22 39 0.31
23 21 0.17
24 12 0.10
25 13 0.10
26 1 0.01
ACGTcount: A:0.70, C:0.03, G:0.05, T:0.22
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AAAATAAAAATAAGATAAAATA
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* * *
209345 ATAAAATAAA-AAAAAT-TAAT-AGATAATTAGAAAAATAATA
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*
209385 ATAAGATAAATCAACAATAATATTATAAGATAAATAAAAAAATAATA
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*
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* *
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*
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*
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*
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* *
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* *
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AGATAAATAAAAAAATAATATATA
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*
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* * *
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* *
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** *
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* *
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*
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* *
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*
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209571 AAATATATAC
*
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* *
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* * * *
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* ** * *
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*
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*
209968 ACGACTTTGGGAAAGTAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCACC
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* *
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*
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* *
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* * *
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*
210178 ACGACTTT-GAAAAGTAAATTGCTCCTCTAAACAGAGGCATC
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* *
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* *
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*
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* *
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*
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* *
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* *
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*
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* *
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*
210235 AAATTACTCCT
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210246 TGACAATCAT
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CCACGACTTTGGAAAAGT
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*
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*
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215855 AAAGAAAATA
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*
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* *
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1 ATAAATAAATACATAATCAG
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216879 AATACATATA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 2
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216943 TAGTAATAAT
**
216953 AAAT-AAATAAATACATAGGATATA
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** *
216977 AAGGAAAATATATACATAAAATATA
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217015 ATAAAAAGAA
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AAATAAAATAAATACATAAAATATA
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*
216981 AAAATATATACAT
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216994 AAAATATAAAAT
1 AAAATATAAAAT
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* *
217017 AAAA-AGAACA-
1 AAAATATAAAAT
*
217027 AAAATATAAAAC
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217039 AAAAT
1 AAAAT
217044 TAGGCTTACC
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 5, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
10 4 0.09
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AAAATATAAAAT
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Indices: 217403--220921 Score: 1774
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217393 CGAACCATTC
*** * * * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * *
217468 AGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTC-CAAAAATTAATAAC
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* * *
217532 TAAGAGATTTAAATAAATTTGTTTGTCGAAGCAGTTCAAATAGTTAAGA
130 TAAGAGATTTAAATAAATTTGTTTATCGAAACAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
217581 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTTATAGAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* *
217646 AGTTCATACAAGCTCATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTTAATAAG
66 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTCAAAA-TTAATAAG
* * * * * * * * *
217710 TAAGTGATCTAAAAAGTGAATCTATTTA-CTGAATCAATTCAAATAATTATGG
130 TAAGAGAT-T-TAAA-TAAATTTGTTTATC-GAAACAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * ** ** * * *
217762 CCATGTGAACAATTATCTATTTC-AATCATTATTACCCTTTTACTTCATTATATAACAAATGTAT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-T
* *** * * * *
217826 T-TGAAAAATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT-TCAAAA--ATTA
64 TCAG-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTCAAAATTAATA
* *
217887 A-TAAGAGATTTAAAATATAAATATGTTTAATCG-AACTAGTTCAAA-AGTTTTGA
128 AGTAAGAGATTT--AA-ATAAATTTGTTT-ATCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGA
* ** ** * * * * *
217940 CTATTTGAACAATTGTAAACTTGAAAATCGTTATAACTTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTT
1 CTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * *** * * * *
218005 TTGTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTC-CAAAATTAATAAC
65 CAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTCAAAATTAATAAG
* * * * * *
218069 TAAGAGAATTAAAAATAAA--T-TTT-TCTAAACTAGATGAAATATTTTAAGA
130 TAAGAG-ATT-TAAATAAATTTGTTTATCGAAAC-AGTTCAAATA-GTTATGA
** * * * *
218118 CTATACGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTT
* * ** * *
218183 GAATTCATAGTAGCTTATTTAGAA-AAAA-AAT--TAATTTATTAATATT-TCCAAAATTAATAA
65 CAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-CAAAATTAATAA
* * * * * * *
218243 ATGAGAGAATTAAA-AAATAAT-TCTA---AATAC-TTTCAAATAGCTATGA
129 GTAAGAGATTTAAATAAAT-TTGTTTATCGAA-ACAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
218289 CTATTTGAGCAATTATCTCTTTTAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAACCAATTATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * **
218353 TGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGT
66 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTCAAAATTAATAAGT
* ** * * *
218418 AAAAGATTTAAAAATAAATTTGTTTA-CCTAAGAGTTTAAATATTTATGA
131 AAGAGATTT--AAATAAATTTGTTTATCGAAACAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
218467 CTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATA-TTTGTTTTGTCA-AAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* *
218530 TA-TTCATA-AA-CATTTATTCGAAATAAAATAATA-TCAATTTA-TAATATTCT-AACATTAAT
66 -AGTTCATACAAGC--TTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTCAAAATTAAT
** * * * * *
218589 AAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAATAAGTTCAAAATAGTCATGTC
127 AAGTAAGAGATTT---AAATAAATTTGTTTATCGAAA-CAGTTC-AAATAGTTATG-A
* * * ** * * *
218646 CCATTTGAACTATTATCTCTTTCAAATTGGTTATGAAATTTTG---TGTCACAAAATAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
* ** * * * *
218708 TTA-TTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAACACTAATTTATGAATATT-TCAACAA-T--T-
64 TCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTCAA-AATTAATA
* * *** * * * *
218767 AGTAAAACATTTAAAAACTAAATCCATTTACCGAACCAATTTAAATAGTT-TGA
128 AGTAAGAGATTT--AAA-TAAATTTGTTTATCGAAACAGTTCAAATAGTTATGA
*
218820 CTA-TTGAACAATTATCTATATCAAATCATTATG--ATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* ** * * * ** * * *
218882 CTA-TTCATATAAGCTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATCATATTCT-AAAA--ATTAA
65 C-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTCAAAATTAATAA
** * ** *** * **
218943 -TAAGAGATTTAAAAAATAAATGCGCTTGCCGAATTTGTTCAAATAGTGAAAA
129 GTAAGAGATTT---AAATAAATTTGTTTATCGAAACAGTTCAAATAGTTATGA
** * * * * *
218995 CTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACATTTTGTTTAGTCATAACATAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * *
219060 AATTTATACATA-CTTATTCAAAATAAAATAATGCTACTGTATTAACATTC-AAAAATTTAATAA
66 AGTTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTCAAAA-TTAATAA
* ** * * *
219123 GCAA-A-AAATAAAAAAATTAAGTCTTTTTACTG-AACAAGTTCAAATAGTTATGA
129 GTAAGAGATTTAAATAAATT---TGTTTAT-C-GAAAC-AGTTCAAATAGTTATGA
* * *
219176 CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
219241 TCGGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTGAGA
64 TCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTC-AAAATTAATA
** * * * * *
219305 AGTTGGAAATTTAAAAAATAAATTAGTTTATC-AAATCAATTCAAATAATTATGG
128 AGTAAGAGATTT---AAATAAATTTGTTTATCGAAA-CAGTTCAAATAGTTATGA
* ** *
219359 CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AAACTTTT-TCTTTGTCATAAAACAATTGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA-TTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTG--
* * *** *
219422 TTTCA--TCATACAAGCCTCTTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAA
62 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-CAAAATTAA
* * * * *
219484 TAAGTAGGAGATTTAAAAATCAATATGCTTA-CTGAACCAGTTCAAATAGTTATGA
126 TAAGTAAGAGATTT--AAATAAATTTGTTTATC-GAAACAGTTCAAATAGTTATGA
* * * ** * * *
219539 TTATTTGAACATTTATATATTTCAAATTGTTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** * * * * * * *
219603 ATCTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAGTACTAATCTAATAATATTATGAAAATTCATAAC
66 A-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTCAAAATTAATAAG
* * * * * * *
219668 TAAAAGATATAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAATTTAAATAGTTAAGTGA
130 TAAGAGAT-T--TAAATAAATTTGTTTATCGAAACAGTTCAAATAGTT-A-TGA
* * * * ** * * *
219722 -TA--TGGATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAAATATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * * *
219784 TGTACATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-T
66 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTCAAAATTAATAAGT
* * * * * *
219845 AAGAGTTTAATAAATAAATCTATTTA-CCAAACTAGTTC-AATAAATTATAA
131 AAGAGATT--TAAATAAATTTGTTTATCGAAAC-AGTTCAAAT-AGTTATGA
* * * ** *
219895 CTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** * * *
219959 CTA-TTAATACAGATCTTATTCTTAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTGAAAA-TAATA
65 C-AGTTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTCAAAATTAATA
** * * * *
220022 AGTAATG-GAATTTAAA-AAATGAATCTGTTGGCTTG-ACCA-TGCAAATAGTTA-AA
128 AGTAA-GAG-ATTTAAATAAAT---T-TGTT-TATCGAAACAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
220075 CT-TTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTGTTTTGTCACATAAACAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTT
*** ** * ** * *
220138 TTTTTTGTACAAGCTTATTCAGAATAGCATAATTCTATTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAA
65 CAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTC-AAAATTAATAA
* * * * * *
220202 GTAAGAGATTTAAAAACTGAATATATTTAT-TAAGCAAGTTTAAATAGTTATGA
129 GTAAGAGATTT--AAA-TAAATTTGTTTATCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGA
* *** * * * *
220255 CTATTTGAACAATTACCTA-TTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAATAATTTTAT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGT-T
* * *
220319 TCTA-TTGATACAAGCTTATTTC-AATTAAAAT-ATA-TGAATTTA-T-A-ATTCAT-ACAATTA
64 TC-AGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTC-TCAAAATTA
* * * * * *
220376 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAAACTCTG-TTATGGAATAAAATTTCAAATAGTTATGA
125 ATAAGTAAGAGATTTAAATAAA-TTTGTTTATCG-A-AACAGTTCAAATAGTTATGA
* * *
220432 CTATTTGAACAATTATTTATTTGAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATCAAAA-AATAT-TT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAAACAAT-TGTT
* * * * * * * * *
220495 T-TGTTCATATAAGCTTATT-GAATTAAAATAATATTAATGTATTAATATTTTGACAATTAATAA
64 TCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTCAAAATTAATAA
* * * * * *
220558 GCAAAAGATTCTTAAAATAAATATGTTTA-CCAAACAAGTTTAAATAGTCATGA
129 GTAAGAGA-T-TT-AAATAAATTTGTTTATCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
220611 CTATTTGAATAATTATCTATTTCATATCGTTATGAC-TTTT-TTTTCATCATAAAACAATTGTAT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
220674 CAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTATTGAG
65 CAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTCAAAATTAATAAG
* * **
220739 TAAGAGATTTAAA-AAATGATTCAATTTACCG-AACAAGTTCAAATAGTTACAA
130 TAAGAGATTTAAATAAAT--TT--GTTTATCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
220791 CTACTTGAACAATT-TCTATTTTAAATCATTATGATATTTTATTTTGTCAGAAAATAATTGGTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * ** *
220855 TA-TTCATACAAGTTTATTCCAAATAAAATAATAAAAATTCATTAATATT-TCAAAAATTAATAA
66 -AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTC-AAAATTAATAA
220918 GTAA
129 GTAA
220922 AAATTAAAAA
Statistics
Matches: 2560, Mismatches: 577, Indels: 406
0.72 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
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170 19 0.01
171 47 0.02
172 15 0.01
173 63 0.02
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185 6 0.00
188 8 0.00
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Consensus pattern (178 bp):
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Found at i:219613 original size:180 final size:180
Alignment explanation
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217393 CGAACCATTC
*** * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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130 TAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * ** ** * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-T
*** * * *
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* * *
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* ** ** * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *** * * * * *
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* * * * * * *
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130 TAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATA-GTTATGA
** * * * * *
218118 CTATACGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTT
** * * *
218183 GA-ATTCATAGTAGCTTATTTAGAA-AAAA-AAT--TAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATAA
65 -ATATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * ** * *
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* * * * * * * *
218289 CTATTTGAGCAATTATCTCTTTTAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAACCAATTATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA
* * * *
218353 TGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAAG
66 TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
* * * * *
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130 TAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA
* * *
218530 TATTCATA-AA-CATTTATTCGAAATAAAATAATA-TCAATTTA-TAATA-TTCTAACATTAATA
66 TATTCATACAAGC--TTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
** * ** ** * *
218590 AGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAAATAGTCATGTC
128 AGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACTGAACCAGTTC-AAATAGTTATG-A
* * * ** * *
218646 CCATTTGAACTATTATCTCTTTCAAATTGGTTATGAA-ATTTTG---TGTCACAAAATAATTGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** * * * * *
218707 TTTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAACACTAATTTATGAATATTTCAACAA-T--T-A
64 TATATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * *** * * *
218768 GTAAAACATTTAAAAACTAAATCCATTTACCGAACCAATTTAAATAGTT-TGA
129 GTAAGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGA
* *
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* * ** * * * ** * *
218882 CTATTCATATAAGCTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATCATA-TTCTAAAAA-T--TAA
65 ATATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
** * * * *** * **
218943 -TAAGAGATTTAAAAAATAAATGCGCTTGCCGAATTTGTTCAAATAGTGAAAA
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** * * * * * *
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* * * * *
219060 A-ATTTATACATA-CTTATTCAAAATAAAATAATGCTACTGTATTAACA-TTCAAAAATTTAATA
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* * * ** * * * *
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* * * *
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*** * * * * * *
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** * * * * * *
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* **
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* * *
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* * * ** * *
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* * * * *
219668 TAAAAGATATAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAATTTAAATAGTTAAGTGA
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* * * * * ** * * *
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* * * * * * **
219784 TGTACATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-T
66 TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * ** * * *
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* * * *
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* * * * *
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130 TAAGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTACTGAA-CCAGTTCAAATAGTTATGA
* *** * * *
220255 CTATTTGAACAATTACCTA-TTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAATAATTTTAT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGT-T
* * * *
220319 TCTATTGATACAAGCTTATTTC-AATTAAAAT-ATA-TGAATTTA-T-A-A-TTCATACAATTAA
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* * * ** *
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* * * *
220432 CTATTTGAACAATTATTTATTTGAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATCAAAA-AATAT-TT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCAT-AAAACAAT-TGTT
* * * * * * ** *
220495 T-TGTTCATATAAGCTTATT-GAATTAAAATAATATTAATGTATTAATATTTTGACAATTAATAA
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* * * ** * * *
220558 GCAAAAGATTCTTAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATGA
129 GTAAGAGATT-TAAAAATAAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
220611 CTATTTGAATAATTATCTATTTCATATCGTTATGAC-TTTT-TTTTCATCATAAAACAATTG--T
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTT
* * * ** * *
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* * * * * **
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* * ** *
220855 TATTCATACAAGTTTATTCCAAATAAAATAATAAAAATTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
66 TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * *
220920 AA-AAATTAAAAAAATAAATCTGTTT
131 AAGAGATT-TAAAAATAAATATGTTT
220945 TTTTGAATAC
Statistics
Matches: 2601, Mismatches: 597, Indels: 331
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 21 0.01
170 19 0.01
171 51 0.02
172 23 0.01
173 56 0.02
174 119 0.05
175 109 0.04
176 151 0.06
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179 280 0.11
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184 13 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA
TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
AAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGA
Found at i:222342 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 220980--222905 Score: 931
Period size: 179 Copynumber: 10.9 Consensus size: 179
220970 ACTCTAGCCT
* * * * * *
220980 TAACTA-TTGAACTAGTTTGGTAAACA-ATTTTTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCAC
1 TAACTATTTGAAATAGTTTAGTAAATAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA-
* * * * * * *
221042 AATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTC-CATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTAT
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTG-TTTAT
* * * * * *
221106 GACAAAACAAAATGTTATAATGATCTGAAATATATAACTATTCAAATAGTCA
128 GACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * ** * * *
221158 TAACTGTTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTATTTTTTTAAATCTCATT-CTCATTAA-TTCTGA
1 TAACTATTTGAAATAGTTTAGTAAATAGATTA-TTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTTA
* * * *** ** *
221221 AATATTAATAAATTAGTA-CATTTTATCTAAAATAGGTTTTATATG-TGAAAAACAATTTTTTGA
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA-AACTTATATGAACAAAAACAATTGTTT-A
* * ** * *
221284 TGACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTCTAATAGATAATTGTTCCAAT-G-CTA
127 TGACAAAATAAAAGGTT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-A
* * * * * ** * * *
221336 TAATTATTTTGAACT-GATTCGATAAATTGATTTAGCTTTTAAATCTAC-AACTTCTCAATTTTT
1 TAACTA-TTTGAAATAGTTTAG-TAAATAGA-TTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTT
* * *** * * * * * *
221399 TAAA-ATTAATAAAGTAATATTA-TTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAATAGTTATTTA
62 TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTA
* * * * * * * * *
221462 TTATAAAACAAAATGTCATAATGATTT-AAATAGATAGTTGTTTAAAATAGTCA
127 TGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCA
* * * * * * *
221515 GAACTATTT-AAATTTGGTCAATAAATAGATTTATTTTTTTTAA--T-TT-CTTACTAA--TTTT
1 TAACTATTTGAAA-TAGTTTAGTAAATAGA-TTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTT
* * * * * * * * * ** * *
221573 GAATGTTAATAAAATAATA-TATTTTTATTTCGAATAAGCATGTATTAACTGAAATAATTATTTA
63 AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTA
* * * * * * * *
221637 TGACTAAATAAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGCCT
127 TGACAAAAT-AAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
221691 TAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACACATT-TATTTTGAAATCTCCTAC-TATTAA--TTTTAG
1 TAACTATTTGAAATAGTTTAGTAAATAGATTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA-
* ** * * * * ** * *
221752 AATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAAT-AACTCGTATAAACAGAAACAATTGTTTCAT
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTT-AT
* * * * *
221816 GAC-AAAT-AAAGATCATAA--ATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
128 GACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * ** * * *
221864 TAACAATTTGAATTAGTCCAGTAAACAGATTTAGTTTTTTAAA--T-TT-CTT-CTAATTTTTGA
1 TAACTATTTGAAATAGTTTAGTAAATAGA-TTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA
** ** * * *
221924 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTTGTTTTT
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAA-TTGTTTAT
* ** * * * *
221989 GACAAAACAAAATATTCATAATGATTTAAAATAGATAA-TATTTCAAATGGACA
128 GACAAAATAAAAGGTT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCA
* * * * * * * * ** ** *
222042 TGACTATTTGAACT-TTTTGGTAAACAAATTAATTCTTTAAGTCTCCAACCCATTAATTTTAT-A
1 TAACTATTTGAAATAGTTTAGTAAATAGATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAA
* * * * * *
222105 ACATTAATAAATTAGTATTATTTAATTTCAAATAAA-ATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGAT
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTA-TATGAACAAAAACAATTGTTT-AT
* * *
222169 AACAAAATGAAAGGTTATAATGATTT-AAA-ACGATAATTATTCAAATAGTCA
128 GACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATAGTCA
* * *
222220 AAACTATTT-AAATGGTTT-GATAAATAGATTTACTTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTT
1 TAACTATTTGAAATAGTTTAG-TAAATAGA-TTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTT
* * *
222283 AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCGAACAAACTTATATAAACAAAAACAATTGTCTTA
63 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGT-TTA
* * * * *
222347 TGACATAACAAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TCAAATAGTTTA
127 TGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCA
* * ** *
222399 TAATTATTT-AAACTAGTTTAGTAAATAGAATTATTTATTAAATCTCTTACTTA-TAAAATTTAA
1 TAACTATTTGAAA-TAGTTTAGTAAATAG-ATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA
** * * * ** *
222462 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAGTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTTAT
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTG-TTTAT
* * * * * * *
222527 GACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAATTAGATAATTGTTCATATAGTCT
128 GACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * *
222579 TAACTATGTTG-AATTGGTTAGCAAACGTA-CTTATTTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTT
1 TAACTAT-TTGAAATAGTTTAGTAAA--TAGATTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * *
222642 TGAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAAC-AAAATAATTGCTT
62 T-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTG-TT
* * *
222706 TATGATAGAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATT-TTCAGATAGTCCA
125 TATGACA-AAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-CA
* * * * * * *
222762 TAATTATTTGAACTAGTTTATTAAATAAATAATTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTCTTGAAA
1 TAACTATTTGAAATAGTTTAGTAAATAGATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAA
** * ***
222823 TA-T--T-AA-TAGTATTATTTTATTTC-AATAAGTTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGA
66 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTG-TTTATGA
** * *
222882 CAAAACGAAAGGTAATAACAATTT
130 CAAAATAAAAGGTTATAACGATTT
222906 TATTTCAATA
Statistics
Matches: 1333, Mismatches: 323, Indels: 192
0.72 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 30 0.02
171 37 0.03
172 29 0.02
173 81 0.06
174 30 0.02
175 68 0.05
176 58 0.04
177 83 0.06
178 220 0.17
179 330 0.25
180 183 0.14
181 58 0.04
182 38 0.03
183 88 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TAACTATTTGAAATAGTTTAGTAAATAGATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTATGAC
AAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
Found at i:223777 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 223011--225903 Score: 1824
Period size: 180 Copynumber: 16.3 Consensus size: 179
223001 AAAACTAATC
* *
223011 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAA-ATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAG
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * * ** *
223074 AGATGCTTTTATGAACTAAAACAATTG-TTTATGACAAAAC-AAAGTTCATAATAATTTTAAATA
66 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATA
* * *
223137 GATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
130 GATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
* * * * * * *
223188 TATTTTTGCAAATCT-TATGCTTATTAATGTTTT-AATGTTAATAAATTAATATTATTTTATCTC
1 TATTTTT-TAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * * *
223251 ATATAGGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTGATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAA
64 AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAA
* ** * * ** * **
223316 TAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATTTGATCTAATTCGACAAACCA-A-T
128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTGGTAAA-CAGATT
* * * * **
223368 TATTTTCTAAA--TC--ACTTATTAA-TTTTTGAAATACTATTAAATTAGTATTGTTTT-TATCA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTT
* * * * * *
223427 AAATAAGCTTGTATGATCAGAAACTA-TGTTTTTATGACAAAAC-AAAGATCGTAATGATTTGAG
64 AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAA
* * ** * *
223490 ATTGATATTTGTTCAAATAGTTGTAACTAGTTGAAC-TGATTTGGAAAACA-ATTT
127 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGA-TT
* * * *
223544 TAAGTTTTT-AATCTCTT-GTCTATTAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTT
1 T-ATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * * *
223607 AGATAAGTTTTTATGAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCAAAACAATTTTAAAT
64 AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAAT
* * * *
223672 AGATAATTGTTCAAATATTCATATATGTTTGAACTTGTTTGGCAAATAGATT
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ATATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
** * * *
223724 TATTTTTTCAAATCTCTTGTTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTTG
1 TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * * * *
223789 AATAAG-TTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAAGAAACGATTTGAAA
65 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCA-TAACGATTTGAAA
* * * ** ** *
223853 TCA-ATAATTGTTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAATTTGACAAACACATT
128 T-AGATAATTG-TTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
* * * * * * *
223907 TATTTTTTAAATTTCTTACATATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTACTATTTTAATCTG
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* ** * * ** * * * *
223971 AATAAGCATGTATGAAAAGAAATAATTATCCTATGATAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGAT
65 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAAT
* *
224035 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA-TTGATTTAGTAAACAGAGT
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AATATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATT
*** * ** * *
224087 TATTTTTTAAA--TC-TA-TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAACATTATTTTAATTCTG
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTA
* ** * * *
224148 AATAATTCTT-TATGAACAAAAATAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
65 AATAA-GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * *
224212 TAGATAACTATTCAAATGGACATGATTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAAAGT
128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AATATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
* * * **** * * **
224265 TATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAGTTTCCAAAAAATTAATAAATTAGTA-TGTTTTATTTCGA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* *
224329 ATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTG-TTTGTG-----AC-AAA--C-T----ATTTGAAAAT
66 ATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTG-AAAT
* ** * * *
224379 AAATAATTGTTCAAATAGT--TAACTATTTGCGCTTGCTAGGTAAACAAATT
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
* * * *
224429 TA-TTTTTAAATCT-TTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCTAA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * ** ** *
224492 ATAAGC-TGTATGAA-TAGAAACAATTGGTTTCTGACAAAATAAAAGGTTGTAACTTTTTGAAAA
66 ATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAAT
* * ** *
224555 AGATAATT-TTACAAATAGTTA-AATCTATTTGAACGTGTTT-AAAAATAGATT
129 AGATAATTGTT-CAAATAGTCATAA--TATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
* * * * *
224606 TATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAAT-AATT-TTATT-GTTTATTTAAA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* *
224666 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTAAAATA-
66 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAG
* * *
224730 AGTAATTGTTCAAATAGTAAAAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATT
131 A-TAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
* * * * * * * * *
224781 CA-TTTATAAATCTCTTACTCAATAATTTTTAGAATATTAATATATTAATATTATTTTGTTTCAA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * * *
224845 ATAAGCCTATATGAACTGACACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
66 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATA
* * * ** *
224910 GATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATT
130 GATAATTGTTCAAATAGTCAT-AATATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
* * * ***** * * *
224961 TTTTTTTTAAAAAAC-CTTGTACTTATTAGTTGCCAAAAATATGAAGAAATTAATATTATTTTAA
1 TATTTTTT--AAATCTC-T-TACTTATTAATT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A
**** ** * *
225025 CCCGAAATAAGCTTGGT-TGAACAAAAAC-ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATT
60 TTTTAAATAAGCTT-GTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATT
* * * *
225088 TGAAATAAATAATTGTTCAAACTAGTCATAAGTATTTTGAATTTATTTGGTAAA-AAATT
123 TGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAA-TA-TTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
* * * * * * *
225147 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTGAATATTACTAAATTTGCAATTGTTTTATTTGA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTA
* * * * **
225212 AATAAGTTTCTATGAA-TAGAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAA
65 AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAA
* * * *
225275 T-GCATAATTGTTCAAATAGTCATAATTGTTTAAACTTGTTCGATAAACAGA-T
128 TAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
** * * * *
225327 TAAATTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTTGAAATATAAATAAATTAG-AATATGTTATTTTG
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
** * * *
225386 AATAATTTTGTACGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAA
65 AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAA
* * * * *** ** *
225450 TAGAAAATTGTTTAAACAGTTATAACTATTTG-A----TCAAGCCAATAG-TT
128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
* * * ** * * **
225497 TCATTTTTTAAATATGTTATTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCAA
1 T-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
** * * *
225562 AATAAGGC-AATAT-AAATAGAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAATGATCATAACGATTTGAA
65 AATAA-GCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAA
* * * * * * * *
225625 ATAAATAACTGTTCAAATAGTAATAGGTAATTGAACTAGTTTAGTAAATAGATT
127 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ATATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
* *** * **
225679 TATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * ** * *
225744 ACAATCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAATGATTTGAAATA
66 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * *
225809 GATAATTGTTCAAATGGTCATAAT-TATTGTACTGGTTTGGCAAATAAAAT
130 GATAATTGTTCAAATAGTCATAATAT-TTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
*
225859 TA--TTTTAAATATCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATT
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATT
225904 TGTTTTACAA
Statistics
Matches: 2107, Mismatches: 470, Indels: 277
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
162 47 0.02
163 30 0.01
164 24 0.01
165 5 0.00
166 18 0.01
168 1 0.00
169 4 0.00
170 8 0.00
171 8 0.00
173 6 0.00
174 103 0.05
175 203 0.10
176 227 0.11
177 92 0.04
178 160 0.08
179 119 0.06
180 330 0.16
181 313 0.15
182 181 0.09
183 89 0.04
184 14 0.01
185 69 0.03
186 40 0.02
187 16 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAG
ATAATTGTTCAAATAGTCATAATATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
Found at i:224173 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 224148--224188 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
224138 TTTAATTCTG
224148 AATAATTCTTT-ATGAACAAA
1 AATAATTCTTTCATG-ACAAA
*
224168 AATAATTGTTTCATGACAAA
1 AATAATTCTTTCATGACAAA
224188 A
1 A
224189 CAAAAGGTCA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 16 0.84
21 3 0.16
ACGTcount: A:0.49, C:0.10, G:0.07, T:0.34
Consensus pattern (20 bp):
AATAATTCTTTCATGACAAA
Found at i:226231 original size:497 final size:497
Alignment explanation
Indices: 225501--226398 Score: 1192
Period size: 497 Copynumber: 1.8 Consensus size: 497
225491 ATAGTTTCAT
* * * *
225501 TTTTTAAATATGTTATTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCAAAATA
1 TTTTTAAATATCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCAAAATA
* * *
225566 AGGCAATATAAATAGAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAATGATCATAACGATTTGAAATAAAT
66 AGGCAATATAAACAGAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAAT
** * * *
225631 AACTGTTCAAATAGTAATAGGTAATTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
131 AACTGTTCAAATAGTAATAACTAATTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCT
* *
225696 GCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAATCTTATATGAACA
196 ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTCCAAACAAGCTTATATGAACA
* *
225761 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
260 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
* * ** * * * *
225826 TCATAATTA-TTGTACTGGTTTGGCAAA-TAAAATTATTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTG
325 CCATAATTATTTGAACTAATTCGACAAACT-AAATTATTTTAAATATCTAACTTATGAATTTTTG
225889 AAATATTAATAAATTTGTTTTACAACAAGACAAAAAGTCATAAACGATTTGAAATAAAGAATTGT
389 AAATATTAATAAATTTGTTTTACAACAAGACAAAAAGTCATAAACGATTTGAAATAAAGAATTGT
225954 TCATATAGCCTTAACTATTTAAAGTAGTTGGGAAAACAAGTTTA
454 TCATATAGCCTTAACTATTTAAAGTAGTTGGGAAAACAAGTTTA
* * * * **
225998 TTTTTAAATATCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTACATTAATATTATTTTATTCTGAATA
1 TTTTTAAATATCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCAAAATA
* ** * * * * * * *
226063 A-GCTTATATGGACAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGATTATAGCAATTTGAAATATA
66 AGGC-AATATAAACAGAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAA
* * ** *
226127 TAATTGTT-TAATAGTAATAACTGTTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAGATCTC
130 TAACTGTTCAAATAGTAATAACTAATTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTC
** * * * * **
226191 CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATG
194 CTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTATTCCAAACAAGCTTATATGAAC
* * *
226256 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAGCGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATG
259 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG
* * * *
226321 GCCATAATTATTTGAACTAATTCGATAAACTAATTTTTTTTAAATCTCTAACTTATGAATTTTTG
324 GCCATAATTATTTGAACTAATTCGACAAACTAAATTATTTTAAATATCTAACTTATGAATTTTTG
226386 AAATATTAATAAA
389 AAATATTAATAAA
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TTTTTAAATATCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCAAAATA
AGGCAATATAAACAGAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAAT
AACTGTTCAAATAGTAATAACTAATTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCT
ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTATTCCAAACAAGCTTATATGAACAA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGC
CATAATTATTTGAACTAATTCGACAAACTAAATTATTTTAAATATCTAACTTATGAATTTTTGAA
ATATTAATAAATTTGTTTTACAACAAGACAAAAAGTCATAAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTC
ATATAGCCTTAACTATTTAAAGTAGTTGGGAAAACAAGTTTA
Found at i:226446 original size:178 final size:176
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 3.7 Consensus size: 176
225923 AAGTCATAAA
* * * ** * * * * * *
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1 CGATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGCAATAACTATTTGAACTAATTGAGTAAACAAATTAT
* * * ** * *
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* *
226061 TAAGCTTATATGGACAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGATT-ATAG
128 TAAGCTTTTAT-GA-AG-AATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG-TTCATAG
* * * * * * *
226113 CAATTTGAAATATATAATTGTTTAATAGTAATAACTGTTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTAT
1 CGATTTGAAATAGATAATTGTTAAATAGCAATAACTATTTGAACTAATTGAGTAAACAAA-TTAT
* * * **
226178 TTTTTTAGATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCCAAAT
65 TTTTTTAAATCT-CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCTGAT
* * * *
226242 AGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAG
129 AAGCTT-T-T-ATGAAGAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAG
* * * * *
226293 CGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCGA-TAAACTAA-T-
1 CGATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGCAATAACTATTTGAACTAATT-GAGTAAACAAATTA
* * *
226355 TTTTTTTAAATCTCTAACTTATGAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTTGA
64 TTTTTTTAAATCTCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCTGA
* * *
226420 TAAACTTTTATGAATTGAATAATTG-TTTATGATAAAATAAAAAG-TCATAA
128 TAAGCTTTTATGAA--GAATAATTGTTTTATGATAAAA-CAAAAGTTCATAG
* * * * ** * * *
226470 TGATTTTAAATAGATAAATTGTTCGAATATC-AT-ACTATTTGAACTTGTTTCG-GTATACTGAT
1 CGATTTGAAATAGAT-AATTGTT-AAATAGCAATAACTATTTGAAC-TAATT-GAGTAAAC-AAA
* * * * * * *
226532 TTATTTTTTTAATTTTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTC
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226596 AAATAAGAAT
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Matches are distributed among these distances:
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CGATTTGAAATAGATAATTGTTAAATAGCAATAACTATTTGAACTAATTGAGTAAACAAATTATT
TTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCTGATAA
GCTTTTATGAAGAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAG
Found at i:227262 original size:181 final size:175
Alignment explanation
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Period size: 182 Copynumber: 4.3 Consensus size: 175
226849 GATAAACAAA
*
226859 TTTATTTTTAAATCTCTTAT-TAATTTT-TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA--ATAAA
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
227031 TTTACTTTTTAAATTTTCTTAGTTATTATGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTAAGTATTTTATT
1 TTTAC-TTTTAAA-TCTCTTA--TATAAT-TTTCTAAATATTATTAAATTAGT-ATTATTTTATT
* * *
227096 CTAAATAAAATAGTATGAACATAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGCT-ATAATGATTTG
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*
227160 AAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-AAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAG-T
122 -AAATAGATAATTATTCAAATAGTCTAAACTATTTGAAATAGTTTGG-AAATAGAT
* *
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1 TTTACTTTTAAATCTCTTA-T-A-TAATTTTCTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTAT-
** * * *
227279 AACAT-ACTTA-TATCAACAAAAGCAATTGTCCCTATGACAAAATAAAAAGTAATAACGATTTGA
62 AA-ATAAAATAGTATGAACAAAA-CAATTGT--TTATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGA
* * * * * *
227342 AATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAATTATTT-AAACCAATTAGATAAATAGA-
123 AATAGATAATTATTCAAATAGTCTA-AACTATTTGAAA-TAGTTTG-GAAATAGAT
* * * *
227395 ATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTT-TGAAATATT-TCTAAATTAGTTTTATTCTATT
1 TTTACTTT-TAAATCTCTTA--TAT-AATTTTCT-AAATATTAT-TAAATTAGTATTATTTTATT
* * ** * * * * * * * **
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60 ATAAATAAAATAGTATGAAC-AAAACAATTG-TTT-ATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTG
* ** * * * * * *
227523 AAATAAATAATT-GCCATATAGTCTTAACTATTTGAAACTGGTTTAGCAAA-CGAA
122 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCTAAACTATTTGAAA-TAGTTT-GGAAATAGAT
* *
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAATAGTATGAACAAAACAATTGTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATA
ATTATTCAAATAGTCTAAACTATTTGAAATAGTTTGGAAATAGAT
Found at i:227460 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 227131--227462 Score: 413
Period size: 181 Copynumber: 1.8 Consensus size: 181
227121 CAATTGTTTG
* *
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*** * * **
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66 AACAATTAGATAAATAGAATTACTTTTAAATCTCTTACTGACTAATTTTCTAAATATTAATAAAT
*
227261 TAGTATTATTTTATTTTGAACATACTTATATCAACAAAAGCAATTGTCCCT
131 TAGTATTATTCTATTTTGAACATACTTATATCAACAAAAGCAATTGTCCCT
* * *
227312 ATGACAAAATAAAAAG-TAATAACGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTT
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* * *
227375 -AAACCAATTAGATAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTA-TAAATTTT-TGAAATATTT
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* *
227437 CTAAATTAGTTTTATTCTATTTTGAA
125 ATAAATTAGTATTATTCTATTTTGAA
227463 TAATCTTGTA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 18, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
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AACAATTAGATAAATAGAATTACTTTTAAATCTCTTACTGACTAATTTTCTAAATATTAATAAAT
TAGTATTATTCTATTTTGAACATACTTATATCAACAAAAGCAATTGTCCCT
Found at i:228569 original size:180 final size:177
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Indices: 227715--228900 Score: 631
Period size: 177 Copynumber: 6.7 Consensus size: 177
227705 AAATGTTTAA
* * *
227715 TAAA-TAGTATTATT-TTATTTCG-AATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTATTATATGACTA
1 TAAATTAGTATTATTATTA-TTCGAAATAAGCTTGTAT-AA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-A
* * * ** * * * *
227776 ACAAAATGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTCACTATTTGAACTGATT
62 A-AAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-A-T
* ** * * *
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124 T--CAATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAGAATATTAT
* * *
227891 TAAATTAGTATTATTTTTA-TCCAAATAAGCTTGTATAATTAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAA
1 TAAATTAGTATTATTATTATTCGAAATAAGCTTGTATAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * ** * *
227955 CAAATATCATAACAATTTGAAATTGATGTTTGTTCAAATTA-TCATAATTATTTGAACTAGTTCG
65 -AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTA-TTC-
* * * *
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126 AATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAGAATATTAT
* * * * *
228068 T-AA-TA-AAGTAGTA-T-TTCGAAA-AAGTTTTTATGAATTA-AAACAATTGTTTTATGACAAA
1 TAAATTAGTATTATTATTATTCGAAATAAGCTTGTAT-AA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AA
* * *
228126 ACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAATCA-AATCTATTTG-AGT-TT
63 A-AAAAGATCATAACAA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTATT
** * * * * * * * * *
228187 -GGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCCCACTAATTTTTGAATGTTAA
125 CAATAAACAAATTTAGTTTTT-AAATCTCTTACTCATTAATTTTAGAATATTAT
* * *
228240 TAAAGTAGTATTATT-TTATTCTG-AATAAGCTTGTATAAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAA
1 TAAATTAGTATTATTATTATTC-GAAATAAGCTTGTAT-AATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AA
* * * * ** * * *
228303 ACAAAAGGTCAAAACGATTTGAACTAGATAATTATT-ATAATAGTTTTAACTTTTTAAACTGCTT
63 A-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACT-ATT
** * * * * *
228367 TGACAAATAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTGATTAAGTTTTAGAATATTAT
125 CAATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTAGAATATTAT
* * * *
228421 TAAATTAGTATTCTTATAATTC-AAATAAGCTTATATGGAA-AGAAATAATTGTTTTATGACAAA
1 TAAATTAGTATTATTATTATTCGAAATAAGCTTGTAT--AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * *
228484 ATAAAGATCTTAACGATTTGCAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCA
64 A-AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCA
* *
228549 ATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTCAAAATATTAA
127 ATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT-AGAATATTAT
* * * ** * *
228597 TAGATCAGTATTATT-TTATTCTG-GATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAA
1 TAAATTAGTATTATTATTATTC-GAAATAAGCTTGTAT-AATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AA
* ** * * * * ** *
228660 ATAAAAGGTCATAACAATTTGATTTAGATAATTGTTCAAATGGACATAATTATTCAAACTTGTTC
63 A-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTC
* * * * * * * *
228725 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAC-CTATTAGTTTTCA-AATTTTTAA
126 AATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTC-ATTAATTTT-AGAA-TATTAT
* * * * * * *
228778 TAAATTAGTATTATT-TTATTTTG-AATAAAAC-TGTATGAACAAAAATAACTATTTTATGACGA
1 TAAATTAGTATTATTATTA-TTCGAAAT-AAGCTTGTAT-AATAGAAACAATTGTTTTATGAC-A
* * * *
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62 AA-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
228901 TGCTTGGTAA
Statistics
Matches: 786, Mismatches: 165, Indels: 114
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Matches are distributed among these distances:
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174 16 0.02
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TAAATTAGTATTATTATTATTCGAAATAAGCTTGTATAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAA
AAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTCAATAA
ACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAGAATATTAT
Found at i:228921 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 227711--228925 Score: 816
Period size: 181 Copynumber: 6.8 Consensus size: 178
227701 TTCAAAATGT
* * * *
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* * ** * * * *
227773 C-TAACAAAATGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTCACTATTTGAACT
64 CAAAACAAAA-GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
227837 GATTTGGCAAA-AACTTTTCTTTTTTAAATCT-CT--TATTGATTTTTAAAATA
128 G-CTTGGTAAATAA-ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTATT-AATTTTCAAATA
* ** *
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* * ** * *
227950 GAAAACAAATA--TCATAACAATTTGAAATTGATGTTTGTTCAAATTA-TCATAATTATTTGAAC
64 CAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
228012 TAG-TTCG-AAAAACAACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATA
127 T-GCTTGGTAAATA-AA-TTTATTTTTTAAATCTCCTAC-TATTAA-TTTTCAAATA
* * * * *
228067 TTAAT-AA--AGTAGTA---T-TTC-GAAAAAGTTTTTATGAATTA-AAACAATTGTTTTATGAC
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*
228123 AAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAATCA-AATCTATTTG-A--
65 AAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACT
* * * * * * ** *
228183 GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCCCACTAATTTTTGAATG
128 GCTTGGTAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTCCT-ACTATTAATTTTCAAATA
* * * *
228236 TTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATTGAAATAATTGTTTTATGACT
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* * * ** * *
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66 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTGC
** * *
228365 TTTGACAAATAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTGATTAAGTTTT-AGAATA
130 -TTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACT-ATTAA-TTTTCA-AATA
* * * * *
228417 TTATTAAATTAGTATTCTTATAATTC-AAATAAGCTTATATGGAA-AGAAATAATTGTTTTATGA
1 TTAATAAATTAGTATTATT-TTATTCTGAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAATAATTGTTTTATGA
* * * * * *
228480 CAAAA-TAAAGATCTTAACGATTTGCAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
64 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
* ** * *
228544 ATTCAATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCT-CT--TATTAATTTTCAAAATA
129 CTT-GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTATTAATTTTC-AAATA
* * * ** * * *
228593 TTAATAGATCAGTATTATTTTATTCTGGATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACA
* ** * * * * **
228658 AAATAAAAGGTCATAACAATTTGATTTAGATAATTGTTCAAATGGACATAATTATTCAAACTTG-
66 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGC
* * * *
228722 TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAGTTTTCAAATTT
130 TT-GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTA-CTATTAATTTTCAAA-TA
* * * * * *
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* * * * * *
228838 GAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTG
65 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TG
*
228903 CTTGGTAAACAAATTTATTTTTT
129 CTTGGTAAATAAATTTATTTTTT
228926 GAATATTAAT
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AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGCT
TGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTATTAATTTTCAAATA
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228991 AAAACAAAAG
* * * * * *
229001 GTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTAGTTATTAATTT
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* * * * * *
229064 TTGGAATATTAATAAATTTATAATATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGGACAAAAATAATTGTT
64 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTG-AATAAGC-TATATGAACAAAAACAATTGTT
* * *
229129 TTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTT-AAATA
127 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTTCAAATA
* * * * * * *
229181 GTCATAACTATTTGAGCTTGTTTAGTCAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCAATAA-TCT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGT
* * * * *
229245 T--CAGA--AATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAACGCCTATATG--CAATGATACGATTGT
65 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAA-G-CTATATGAACAA--AAACAATTGT
* *
229304 TTTAT-A-GAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTTATTTCAAATA
126 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TT-TTTCAAATA
* * * * * *
229357 GTTATGACTA-TTGAACTTGTTCAGTAACCGATATTTATTTTTAAAAT-TGTTACTTGTTAATTG
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAA-C-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTG
* *
229420 TTGAAATATTAAATAAAATAATATTGATTTTAATTTGAATAAGCTGTATGAACAAAAACAATTGT
64 TTGAAATATT-AATAAATTAATATT-ATTTT-ATTTGAATAAGCTATATGAACAAAAACAATTGT
* * *
229485 TTTATGAC-AAACAAAA-GTCATAAAG-TTTGAAAAATATAATAATTGTTCAAAATA
126 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG--AAATA-GATAATTTTTC-AAATA
* * * * *
229539 GTTCATATACAATTTGAAACTTAGTTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTA
1 G-TCATA-ACTATTTG-AACTT-G-TTCAGT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* ** * * *
229604 AATGTTCTTAATATTCAA-AAA-TATACATTATTTT-TATTGAAAGTAGGCCT-TGA-GAATGAA
60 ATTGTT-GAAATATT-AATAAATTA-ATATTATTTTAT-TTG-AA-TAAG-CTAT-ATGAA-CAA
* * * * *
229664 AAA-AATTATTTTATGACAAAAACAAAAAGTTATAGCGATTTTAAATAGATAATTTATTCAAATT
116 AAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTT-TTCAAA-T
229728 A
178 A
* * * * * * *
229729 -TCATAATTATTTAAACTTGTCCAGTAAACAAATTCA-TTTTTAAATCTCTTAATTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTG
* * *** * * *
229792 TTTAGAATACTAATAAATTGGCATTATTTTATTTCAATATA-CTTATATGAAC-TAAACAATTCT
64 TTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATA-AGC-TATATGAACAAAAACAATTGT
* * * *
229855 TCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATATA
126 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATA
* * * * * ** * *
229908 GAT-ATGACTAATTGATCTAGTTCAGTAAACCATATTTATTTTAAAAATTTTTTCACTTATTAAT
1 G-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT-AA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAAT
** * * ** *
229972 TGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAATAAAGCTTATATGAACAGAAACAATTT
62 TGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAAT-AAGC-TATATGAACAAAAACAA-TT
* * * * * *
230037 GTTTTATAATAGAACAGAAA-GTCATAAGGATTTGAAATAAATAATTTGTCAAATA
124 GTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATA
* * * * *
230092 GTCATAACTATTTAAACTAGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAGT--TT-
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-T-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTG
* * * * * * * *
230152 TCGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTTATTCTGAACAAACTTATACGAACAAAAACATTTAT
64 TTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATT-TGAATAAGC-TATATGAACAAAAACAATTGT
* *
230217 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
126 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATA
* * * * *
230270 GTCATAATTATTTGAA-TTGGTT-AGGTAAACATAATAATTTTTTTAAATCTCTTACTAATTAAT
1 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCA-GT-AACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* *
230333 T-TTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATTC-AAAA-AAT
62 TGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTA-TATGAA--CAAAAACAAT
* * * * * * *
230395 TGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATGACGTTTTGAAACAGATAATTGTT-ATTATA
123 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCA-AATA
* * * * ** * * *
230451 GTCTTAAATATTTGAAATGGTTCGACAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGT
* * * * * * * * *
230515 TGGAATATTATTAGATTAGTATT-TATTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAATAATTGTT
65 TGAAATATTAATAAATTAATATTAT-TTTATT-TGAATAAGC-TATATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * * * * * * *
230578 TTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAACTTGAAGTATACAATTGTTGAAATA
127 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATA
* ** * *
230630 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGT
* * * * *** *
230691 TGATAGATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCT-TGAATGATTGAAAACATTTGTT
65 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTAT--ATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * * * * * *
230755 ATATGACCAAGCAAAAGGTAAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATG
127 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATA
* * * ** * * * *
230807 GCCATAATTATTTGAA-ATGCTTTGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAAT
1 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGT-AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
230869 AAATTTGTAT
Statistics
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0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
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GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAGCTATATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATA
Found at i:230440 original size:543 final size:523
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Indices: 229027--233087 Score: 1687
Period size: 522 Copynumber: 7.6 Consensus size: 523
229017 TGTGTTCAGA
* * * * * *
229027 AAATAAATTTATTTTTTAAATTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TAATATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATT
* * * * * * * *
229091 TTATTTGAAATAAGCTTGTATGGACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGA
62 TTATTTGAAA-AA-C-T-TAAGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA
* * * * * * * *
229156 TTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTTAGTCAATAGAT-TCATT
123 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA-ATTGGTTAGTAAACAAATAT--TT
* * *
229220 TTTTAAATCTCTTACTCAA-TAATCTT-CAGA-AATAAATT-AGTATTATTTTATTTGAATAACG
185 TTTTAAATCTCTTACT-AATTAATTTTAAATATAATAAATTCA-T-TTATTTTATTTGAATAA-G
* * *
229281 CCTATATGCAATGATACGATTGTTTTAT-A-GAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
246 -CTATATG-AAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * *
229344 TTTATTTCAAATAGTTATGACT-ATTGAACTTGTTCAGT-AACCGATATTTATTTTTAAAA-TTG
308 -TTA-TTCATATAG-TATGACTAATTGAACTAGTTCAGTAAACC-ATATTTA-TTTTAAAATTTC
* * * **
229406 TTACTTGTTAATTGTTGAAATATTAAATAAAATAATATTGATTTTAATTTGAATAAGC-TGTATG
368 TTACTTATTAATTGTTGAAATATT-AATAAATTAGTATT-ATTTTAA-TCCAATAAGCTTGTATG
* *
229470 AACAAAAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGTCATAAAG-TTTGAAA-AATATAATAATTGTT
430 AACAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAA-ATAAT--TTGTT
* *
229532 CAAAATAGTTCATATACAATTTGAAACTTAGTTTCAAT
492 C-AAATAG-TCATA-ACTATTT-AAAC-TAGTTT-GAT
* * ** *
229570 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAAATGTTCTTAATATTCAA-AAATATA-CATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATT-AATTTTCGAAATATT-AATAAAT-TAGTATT
* * * * *
229633 ATTTT-TATTGAAAGTAGGCCTTGAGAATGAAAAA-AATTATTTTATGACAAAAACAAAAAGTTA
59 ATTTTAT-TTGAAA--A--ACTTAAGAA-CAAAAACATTTATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTTA
* * * * *
229696 TAGCGATTTTAAATAGATAATTTATTCAAATTA-TCATAATTATTTAAACTT-GTCCAGTAAACA
117 TAACGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAA-TAGTCATAATTATTTGAA-TTGGT-TAGTAAACA
* * *
229759 AAT-TCATTTTTAAATCTCTTAATTTATTAATTTTTTAGAATACTAATAAATTGGCA-TTATTTT
178 AATAT-TTTTTTAAATCTCTT-ACTAATTAA--TTTTA-AATA-TAATAAATT--CATTTATTTT
* * *
229822 ATTTCAATATA-CTTATATGAACTAAACAATTCTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
235 ATTTGAATA-AGC-TATATGAA-TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
*
229886 GAAATAGATAATTATTCATATAGATATGACTAATTGATCTAGTTCAGTAAACCATATTTATTTTA
297 GAAATAGATAATTATTCATATAG-TATGACTAATTGAACTAGTTCAGTAAACCATATTTATTTT-
* **
229951 AAAATTTTTTCACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAATAAAGC
360 AAAATTTCTT-ACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAT-AAGC
* * *
230016 TTATATGAACAGAAACAATTTGTTTTATAATAGAACAGAAAGTCATAAGGATTTGAAATAAATAA
423 TTGTATGAACAGAAACAA-TTGTTTTATGATAGAACA-AAAGTCATAAAGATTTGAAATAAATAA
230081 TTTG-TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGAT
486 TTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGAT
* *
230118 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAGTTTTCGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTTA
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTA
230183 TTCTGAACAAACTTATACGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTT
65 TT-TGAA-AAACTTA-A-GAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTT
230248 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACATAATAATTTTTT
126 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTA-GTAAACA-AAT-ATTTTTT
230313 TAAATCTCTTACTAATTAATTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTTTGAATAAGCTA
188 TAAATCTCTTACTAATTAATTTT-AAATA-TAATAAATTCA-TTTATTTTA-TTTGAATAAGCTA
* * * * ** * *
230378 GTATGAATTCAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATGACGTTTTGAAACAGATAATTG
249 -TATGAA-T-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * * * * *
230443 TT-ATTATAGTCTTAAATATTTGAAATGGTTC-G-ACAAACAAATTTATTTT-TAATTCTCTTAC
311 TTCA-TATAGT-ATGACTAATTGAACTAGTTCAGTA-AACCATATTTATTTTAAAATT-TCTTAC
* * * * * *
230504 TTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATT-TATTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAG
372 TTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTAATCC-AATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * * * *
230568 -AATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACA-ACTTGAAGTATACAA-TTGTTGAAATA
435 AAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAA-GTCATAA-AGATTTGAAATAAATAATTTGTTCAAATA
* *
230630 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGT
498 GTCATAACTATTTAAACTAGTTTGAT
* * * *
230656 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGATAGATTAATAAATTAGTATCATTTTAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
* *** * * * * * * *
230721 TTTGAATAAGCTTGAATGATTGAAAACATTTGTTATATGACCAAGCAAAAGGTAAAAATGATTTG
65 TTTGAA-AAACTT-AA-GAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * * * * *
230786 AAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAATGCTTTGGTAAATAGAT-TCACTTTTT
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTG-GTTAGTAAACAAATAT--TTTTTT
* * * * * *
230850 AAATCACTTACTTATTAA---TAAAT-T--T---GT-A-TCATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
189 AAATCTCTTACTAATTAATTTTAAATATAATAAATTCATTTATTTTATTT-GAATAAGC-TATAT
* * **
230904 GAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATACATAATTGGTCA
252 GAA-T-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * ** * * * * *
230969 TGTAGTCTTACTGTTTGAA-TTGCTTC--TACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTAGTTAT
315 TATAGTATGACTAATTGAACTAG-TTCAGTA-AACCATATTTA-TTTTAAAAT-TTCTTACTTAT
* * * * * * * * *
231030 TAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTGTAAACTGAAATA
376 TAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCCAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
* * * * * * * *
231095 ATTATTTTATAATAGAAAAAAAGGTTATAATGATTT---A-AAAT-A---GGT-AATTACTCA-A
440 ATTGTTTTATGATAGAACAAAA-GTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTTGTTCAAATAGTCATA
** * **
231150 A-TA--GGAACTGGTTCAAT
504 ACTATTTAAACTAGTTTGAT
* * * **
231167 AAATAGATTTATTTTCT---CCTACTTATTAATTTTTGACGTATTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * ** * * *
231229 TTCT-AAGTAACCTTGTATG-ATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATGAT
65 TT-TGAA--AAAC-T-TAAGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACGAT
* * * * * * * * *
231291 TTGAAATAAATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTAAATTGATTTAGTAAATAGAT-TCACTT
124 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTG-GTTAGTAAACAAATAT--TTT
* * * *
231355 TTTAAATCGCTTATTAA-T--TTTTAGAATATTAATAAATT-ATTATTATTTTATTTCAAATAAA
186 TTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTA-AATA-TAATAAATTCA-T-TTATTTTATTT-GAATAAG
* * * *** * * ** * *
231416 CTTGTATGAACCGAAGCAATTAAATTATAACAAAACAACA-GTCATAATGATTTTAAATATATAA
246 C-TATATGAA--TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * * * * *
231480 TTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTCAGAAAACGA-ATTAACTTTTTTAAATCTT-T
308 TTATTCATATAGT-ATGACTAATTGAACTAGTTCAGTAAACCATATTTA--TTTTAAAAT-TTCT
* * * *** *
231543 TACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAT
369 TACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCCAATAAGCTTGTATGAA-
* * * * * * *
231608 CA-AAACAATTTTTTTGTGACAAAACAAAAGTCATAACA-ATTTTAAATAAGTAA-TTGATCAAA
432 CAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGTCATAA-AGATTTGAAATAAATAATTTGTTCAAA
* * * *
231670 TAGTC--AACTATTTGAGCTTGTTCGAT
496 TAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGAT
* * * * *
231696 AAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATATATTAGGT-TT
1 AAATAGATTTATTTTTT-AAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTCGAAATATTAATAAATTA-GTATT
** * ** ** * *
231759 ATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAA-AAAAGGTTAGA
59 ATTTTATT-TGAA-AA-ACT-TAAGA-ACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
* * ** ** * * ** * *
231822 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCTTATAGTTTTAACTATTTGAACTATTTTGCTAAACACAT-T
119 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAG-TAAACAAATAT
* * * * *
231886 TATTTTTCAAATCTCTTATTAATT--TTTGAAATATTATTAAATT-A-GTATTATT-TTT-AACC
183 T-TTTTT-AAATCTCTTACTAATTAATTTTAAATA-TAATAAATTCATTTATT-TTATTTGAA-T
* * * * * * * *
231945 AA---ATAAGCAGAAATAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATTGATAA
243 AAGCTATATGAATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * * * *
232006 TTGTTCAAATAGTCAT-AATTATTCGAACTGGTT-TGATAAA-CATATTTATCTTTTAAA--TC-
308 TTATTCATATAGT-ATGACTAATT-GAACTAGTTCAG-TAAACCATATTTAT-TTTAAAATTTCT
* * * * * ** *
232065 T-CTCATTAATTTTTGAAATATTAATGAATTACTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGATCA
369 TACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * *
232129 -AAAGCAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT-TT-GAA
434 GAAA-CAATTGTTTTATGATAGAACAAAA-GTCATAAAGATTTGAAATAAATAATT-TGTTCAAA
* * * * *
232191 T-GACCATAATTATTTTAACT-GATTCAGT
496 TAG-TCATAACTATTTAAACTAGTTTGA-T
* * *
232219 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * ** ** * * * * * *
232284 TGATTCCT-ATAAGCTTGTACTAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGA
62 TTATT--TGAAAAAC-T-TAAGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA
* * * * * * * *
232348 TTTAAAATAGACAATTGTTTAAATAGTAATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAATATATTTATT
123 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTAG-TAAACA-A-ATATT
* * * * * * *
232412 TTTTAAAATCTCTTTCTTATTAAATTTTTTAATGTTAATAGATT-AGTATTAATTTA-TTGCAAA
184 TTTTTAAATCTCTTACTAATT-AA-TTTTAAAT-ATAATAAATTCA-T-TTATTTTATTTG--AA
* * * * * **
232475 TAAGCTTGTATGAACTTAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAG
242 TAAGC-TATATGAA--TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * * * * *
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304 ATAATTATTCAT-ATAGT-ATGA-C-TAATTGAACTAGTTCAG-TAAACCATATTTA-TTTTAAA
* * * * ** * * *
232600 ATCTCTTACCTATTAATTTTTGAAGTATTCTTAAATTTGTATTATTTTAATCTGAATAAGCCTGT
363 ATTTCTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC-CAATAAGCTTGT
* * * * * * * ** *
232665 ACGAACA-AAA-AATTATTTTATAACAAAACAATAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAA-TCGT
427 ATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAA-AAGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTTGT
* * * *
232727 TC-ATTAGTCTTAACTATTTAAACTAG-TTCAGC
491 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGA-T
* ** * * * *
232759 AATTAGATTTATTTTTTATTTTCATGGTTAATAAGTTTC-ATAATATTATTAAATTAGTATTATT
1 AAATAGATTTATTTTTTA-AATC-T-CTTATTAATTTTCGA-AATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * ** * * *
232823 TTATTCAAAATAAAATAGTATGGACAAAACCAACTATTTGATGACAAAACAAAATGTTATAATGA
62 TTATT-TGAA-AAACT--TAAGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA
* * * * * * * *
232888 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCAAAACTATTTGGAA-TGATTTAATAAAGAGAT-TTAC
123 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-GAATTG-GTTAGTAAACAAATATT--
* * *
232951 TCTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAAC
184 TTTTTAAATCTCTTACTAATTAA-TTT-TAAATA-TAATAAATTCA-T-TTATTTTATTT-GAAT
* * * * * *
233015 AAACTTATATGAACACAAATAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGA
243 AAGC-TATATG-A-ATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
233080 TAATTATT
305 TAATTATT
233088 TAAATAGTTA
Statistics
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Consensus pattern (523 bp):
AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TTGAAAAACTTAAGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGTAAACAAATATTTTTTTAAATCTC
TTACTAATTAATTTTAAATATAATAAATTCATTTATTTTATTTGAATAAGCTATATGAATAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTATGAC
TAATTGAACTAGTTCAGTAAACCATATTTATTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTGTTGAAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAGA
ACAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTT
GAT
Found at i:230623 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 229663--231153 Score: 533
Period size: 181 Copynumber: 8.4 Consensus size: 180
229653 TTGAGAATGA
* * * * *
229663 AAAAAATTATTTTATGACAAAAACAAAAAGTTATAGCGATTTTAAATAGATAATTTATTCAAATT
1 AAAAAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAA-T
* * * * * * *
229728 A-TCATAATTATTT-AAACTTGTCCAG-TAAACA-AAT-TCATTTTTAAATCTCTTAATTTATTA
63 AGTCATAAATATTTGAAA-TGGT-TAGACAAACATAATAT-TTTTTTAAATCTCTT-ACTAATTA
* * * *
229788 ATTTTTTAGAATACTAATAAATTGGCA--TTATTTTATTTC-AATATA-CTTA-TATGAACT-
124 A-TTTTGA-AATATTAATAAATT--CATTTTATTTTATTCCGAATA-AGC-TAGTATGAATTC
* * * * * * *
229845 AAACAATTCTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGA
1 AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* * * ** * * * * * *
229910 T-ATGACTAATTGATCTAGTTCAGTA-AACCAT-AT-TTATTTTAAAAATTTTTTCACTTATTAA
65 TCATAAATATTTGAAATGGTT-AG-ACAAACATAATATT-TTTT-TAAATCTCTT-ACTAATTAA
** * *
229971 TTGTCAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAATCC-AATAAAGCTTA-TATGAA--C
125 TT-TTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAAT-AAGC-TAGTATGAATTC
* * * * * *
230026 AGAAACAATTTGTTTTATAATAGAACAGAAA-GTCATAAGGATTTGAAATAAATAATT-TGTCAA
1 A-AAA-AA-TTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGT-TCAA
* * * * *
230089 ATAGTCATAACTATTT-AAACTAGTTTGA-TAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-ATT
61 ATAGTCATAAATATTTGAAA-TGGTTAGACAAACATA-ATAT-TTTTTTAAATCTCTTACTAATT
* * * * * * *
230147 AGTTTTCGAAATATTAATATATT-AGTATTACTTTTATTCTGAACAAACTTA-TACGAA--C
123 AATTTT-GAAATATTAATAAATTCA-TTTTA-TTTTATTCCGAATAAGC-TAGTATGAATTC
*
230205 AAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
1 AAAAA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * **
230270 GTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACATAATAATTTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTT
64 GTCATAAATATTTGAAATGGTTAGACAAACATAAT-ATTTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTT
**
230335 TGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATTC
128 TGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTC
* * * * * * *
230388 AAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATGACGTTTTGAAACAGATAATTGTT-ATTATAG
1 AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAG
* * * *
230452 TCTTAAATATTTGAAATGGTTCGACAAACA-AAT-TTATTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTT
65 TCATAAATATTTGAAATGGTTAGACAAACATAATATT-TTTTTAAATCTCTTACTAATTAA-TTT
* * * *
230515 TGGAATATTATTAGATT-AGTATTTA-TTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-T-
128 TGAAATATTAATAAATTCA-T-TTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTC
* * * * * * * * *
230566 AGAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAACTTGAAGTATACAATTGTTGAAATAG
1 A-AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** * *
230631 TCATAACTATTTGAACTAGTTTG-GTAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-T--TTT
65 TCATAAATATTTGAAATGGTTAGACAAACATA-ATAT-TTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTT
* * * * ** * * *
230691 TGATAGATTAATAAATT-AGTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATG-ATTG
128 TGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTC
* * * * * * * * *
230743 AAAACATTTGTTATATGACCAAGCAAAAGGTAAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGG
1 AAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** * * * * * *
230808 CCATAATTATTTGAAATGCTTTGGTAAATAGATTCA-CTTTTTAAATCACTTACTTATTAA---T
65 TCATAAATATTTGAAATGGTTAGACAAACATAAT-ATTTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTT
* * * *
230869 -AAAT-TT-GT--A-TCATTTTA---T-TT-CAAATAAGCTTGTATGAACT-
129 GAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTC
* * * * * **
230909 AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATACATAATTGGTCATGTAG
1 AAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * ** * * * * *
230974 TC-TTACTGTTTGAATTGCTTCTACAAACA-GATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTT
65 TCATAAATATTTGAAATGGTTAGACAAACATAATAT-TTTTTTAAATCTCTTACTAATTAA-TTT
* * * * * * * * *
231037 TGAAATATTATTAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTGTAAACTG
128 TGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTC
* * * * * * * **
231090 AAATAATTATTTTATAATAGAAA-AAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGGTAATTACTCAAATAG
1 AAAAAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
231154 GAACTGGTTC
Statistics
Matches: 996, Mismatches: 225, Indels: 178
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 38 0.04
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168 1 0.00
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170 4 0.00
171 6 0.01
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174 3 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAAATATTTGAAATGGTTAGACAAACATAATATTTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTGA
AATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTC
Found at i:231632 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 231181--233146 Score: 1107
Period size: 181 Copynumber: 11.0 Consensus size: 178
231171 AGATTTATTT
* ** *
231181 TCTCCTACTTATTAATTTTTGACGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAGTAACCTTGT
1 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAGCTTGT
* *
231245 ATG-ATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
65 ATGAATCAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAAT-AATAATTGTT
* * * * * * * * *
231309 GAAATGGCCATAATTATTT-AAATTGATTTAGTAAATA-G-ATTCACTTTTTAAA
128 CAAATAGTC-TAACTATTTGAATTTG--TTCGCAAA-ACGAATTTATTTTTTAAA
* * * *
231361 --TC--GCTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTG
1 TCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTG
* * * ** * * *
231420 TATGAACCGAAGCAATTAAATTATAACAAAACAACAGTCATAATGATTTTAAATATATAATTGTT
64 TATGAATCAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGTT
*
231485 CAAATAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTCAG-AAAACGAATTAACTTTTTTAAA
128 CAAATAGTC-TAACTATTTGAATTTGTTC-GCAAAACGAATTTA-TTTTTTAAA
* * * * *
231538 TCTTTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTA
1 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTA
* * ** * *
231603 TGAATCAAAACAATTTTTTTGTGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTTAAATAAGTAATTGATCA
66 TGAATCAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAA-TAATTGTTCA
** *
231668 AATAGTC-AACTATTTGAGCTTGTTCG-ATAAACAAATTTATTTTTTCAAA
130 AATAGTCTAACTATTTGAATTTGTTCGCA-AAACGAATTTATTTTTT-AAA
* * * *
231717 TCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATATATTAGGT-TTATTTTATTCTGAATAAGTTTG
1 TCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTA-GTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * * * * *
231780 TATGATAT-GAAACAAATATTTTATGACTAAAA-AAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTA
64 TATGA-ATCAAAACAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTG
** * * *
231843 TTCTTATAGTTTTAACTATTTGAACTATT-TT-GCTAAAC-ACATTTATTTTTCAAA
126 TTCAAATAG-TCTAACTATTTGAA-T-TTGTTCGCAAAACGA-ATTTATTTTTTAAA
* * **
231897 --TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGC----
1 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGT
* * * ** * *
231953 A-G-----AAATAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATTGATAATTGTT
65 ATGAATCAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGA-AATAATAATTGTT
* * * * * *
232011 CAAATAGTCATAATTATTCGAACTGGTTTG-ATAAAC-ATATTTATCTTTTAAA
128 CAAATAGTC-TAACTATTTGAATTTGTTCGCA-AAACGA-ATTTATTTTTTAAA
* *
232063 TCTC-T-C--ATTAATTTTTGAAATATTAATGAATTACTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTA
1 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTA
* * * *
232123 TG-ATCAAAAGCAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
66 TGAATCAAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGTT
** * * * * * *
232187 TGAAT-GACCATAATTATTTTAA-CTGATTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAA
128 CAAATAG-TC-TAACTATTTGAATTTG-TTC-GCAAAACGAATTTATTTTTTAAA
* *
232239 TCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTGATTCCT--ATAAGCTTGT
1 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTGAATAAGCTTGT
* * * * * *
232302 ACT-AA-CTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAGACAATTG
65 A-TGAATC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTG
* * * *
232365 TTTAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCG-ATAAA-TATATTTATTTTTTAAAA
126 TTCAAATAGT-CTAACTATTTGAATTTGTTCGCA-AAACGA-ATTTATTTTTT-AAA
* * * * * *
232420 TCTCTTTCTTATTAAATTTTT-TAATGTTAATAGATTAGTATTAATTTATTGC-AAATAAGCTTG
1 TCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTGAATAAGCTTG
* * * * *
232483 TATGAA-CTTAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAACTG
64 TATGAATC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTG
* ** * * *
232547 TT-ATAATAGTCTTAACCATAAGAATTGGTTCG-ATAAACAAATTTATTTTTCAAA
126 TTCA-AATAGTC-TAACTATTTGAATTTGTTCGCA-AAACGAATTTATTTTTTAAA
* * ** * * *
232601 TCTCTTACCTATTAATTTTTGAAGTATTCTTAAATTTGTATTATTTTAATCTGAATAAGCCTGTA
1 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTA
* * * * *
232666 CGAA-CAAAA-AATTATTTTATAACAAAACAATAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATCGTTC
66 TGAATCAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA-AAGTCATAATGATTTGAAA-TAATAATTGTTC
* * * * * *
232729 -ATTAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCAGCAATTA-G-ATTTATTTTTT-AT
129 AAATAGTC-TAACTATTTGAATTTGTTC-GCAA-AACGAATTTATTTTTTAAA
* * ** * * * * ** ** *
232778 TTTCATGGTTAATAA-GTTTCATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAAATAGT
1 TCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGT
* * * * *
232842 ATGGA-CAAAACCAACTATTTGATGACAAAACAAAATGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
65 ATGAATCAAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGT
* * * * * *
232906 TCAAATAGCCAAAACTATTTGGAA--TGATT--TAATAAAGAGATTTACTCTTTAAA
127 TCAAATAGTC-TAACTATTT-GAATTTG-TTCGCAA-AACGA-ATTTATTTTTTAAA
* * * *
232959 TCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAACAAACTTA
1 TCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTG
* * * * ** *
233022 TATGAA-CACAAATAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTA
64 TATGAATCA-AAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTG
* * * * * *
233086 TTTAAATAGT-TATATTTATTTGAACTGGTTTAGTAAATA-GAA-TTATTTTTTAAA
126 TTCAAATAGTCTA-A-CTATTTGAATTTG-TTCGCAAA-ACGAATTTATTTTTTAAA
233140 TCTCTTA
1 TCTCTTA
233147 TCATAAAAAT
Statistics
Matches: 1397, Mismatches: 276, Indels: 225
0.74 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
165 17 0.01
166 100 0.07
167 3 0.00
168 4 0.00
169 1 0.00
170 1 0.00
171 1 0.00
172 1 0.00
174 4 0.00
175 39 0.03
176 193 0.14
177 97 0.07
178 46 0.03
179 210 0.15
180 190 0.14
181 353 0.25
182 125 0.09
183 7 0.01
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTA
TGAATCAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAATAATTGTTCAA
ATAGTCTAACTATTTGAATTTGTTCGCAAAACGAATTTATTTTTTAAA
Found at i:233597 original size:161 final size:161
Alignment explanation
Indices: 233412--233904 Score: 435
Period size: 161 Copynumber: 3.0 Consensus size: 161
233402 AATTAATAAG
* *
233412 AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTAGACCTGTTCAAATAGTTATGATTATCTAGACAATTATC
1 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAGACCAGTTCAAATAGTTATGATTATCTAGACAATTATC
* * *
233477 TATTTCAAATCGTTATGATCTTTGTCTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAATCGTACAAGCTTATT
66 TATTTCAAATCGTTATGATCTTTGT-TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * **
233542 CGGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATTGGT
130 CAGAGTAAAATATTACTAAATTAATAATTAAT
* * * * *
233574 -GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTCATG-TCCATCTCA-ACTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAG-ACCAGTTCAAATAGTTATGAT-TATCT-AGACAATT
* * **
233635 ATCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAAT
63 ATCTATTTCAAATCGTTATGATC--TTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * *
233699 TATTCAAAATAAAATATACTATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
126 TATTCAGAGT--AA-A-A-TA-TTACTAA-A-TT-AATAATTAAT
* * * * *
233744 AACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TGAAACCAATTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAATAA
1 ---AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AGACCAGTTCAAATAGTTATGATTATCTAG-ACAA
* * * * *
233807 TTATCTATCTT-AAATCATTATGATCTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAG
61 TTATCTAT-TTCAAATCGTTATGATCTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
*
233871 CTTATTCAGAGTAAAATATTCCTAAATTAATAAT
124 CTTATTCAGAGTAAAATATTACTAAATTAATAAT
233905 ATTCCAAAAA
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 46, Indels: 49
0.73 0.13 0.14
Matches are distributed among these distances:
160 3 0.01
161 104 0.40
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164 1 0.00
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** * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* ** * *
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* * * * * *
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326 ATTAATAATTGGT
* * * *
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130 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACAGATTTAAAAAATAAATT
* *
233765 TGTTTA-TGAAACCAATTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAATAATTATCTATCTT-AAATCATTA
195 TGTTTACT-AAACCAATTCAAATAGTTATGACTATCTAG-ACAATTATCTAT-TTCAAATCATTA
* * **
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CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACAGATTTAAAAAATAAATTT
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CTTTGTCTTGACATAAAACAATTGTTTCTAATCATAAAAGCTTATTCAGAGTAAAATATTCCTAA
ATTAATAATTGGT
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* * * * *
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* * * ** * **
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * *
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* *** * * ** * * * *
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* *** * * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * *
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* * ** * * * * * * *
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* * *
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** * * *
234767 ATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAAAAAAGTAAGT
128 ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * * * * *
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1 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATC
** * * * ** ** * *
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* * *
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* * * ** *
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1 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-
* * * * * * ** * *
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* * * ** * *
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130 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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1 GATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * **
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1 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTAT
* * * * ** * * *
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* *
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129 TTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* ** ** * * *
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1 GA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
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* * * **
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** * * * * * * * * *
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1 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * * **
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66 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
* * *
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131 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* ** * * *
236075 GATTTAAAAAATAAATCTATCATAAAGCCAATAAATCT-G-TCATGAAGCCAATTCAAATAGTTA
1 GATTTAAAAAATAAAT-T-T-GTTTA--C--TGAA-CTAGTTCA--AA--TAGTT---AT-G--A
* * **
236138 TGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCATTATGATC-TTTGTTTCATCATAAAACAATTG
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** * * * * *
236201 TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTCCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAA
109 TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
*
236265 TAAATAAGA
173 TAAGTAAGA
* * * * * * *
236274 GATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAGCCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCT
1 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * * ** * ** *
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* * **
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130 TCAG-AATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * ** * * * * * *
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1 GA-TTTAAAAAATA-AATT-TGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* *** * * * * * * * *
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1 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *** *
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66 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
* *
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131 CAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * *
236819 GATTTAAAAAATAAGTCTGTTTAC----C--GGTC---CAG-T-T-CCTATTTGAATAATTATCT
1 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
*** * * * * ** *
236872 ATTTCAAATCATTCCAATCTTTTCTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATT
66 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
* * * *
236937 -TGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGA
131 CAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * ** * * * * * *
236988 GATTTGAAAAATAAATTTGTTTGCCAAAGC-AATTCAAACAGTTAAGACCATATAAACAATTATC
1 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * *
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* * * *
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*** * * * * * * *
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1 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATC
** * * * * ** *
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130 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
*
237346 GATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTAT-AGCTATTTGAACAATTA-C
1 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATC
* * * * * ***
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* * * * *
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* * ** * * * ***
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1 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * **
237589 ATTTTAAATCGTTAT-AACTTTTTTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTAATTCATACTGGCTTAT
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** * * *
237652 TTGGGATAAAATAA-ACAAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAAGA
130 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * *
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1 GATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACT-GAACTAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTA
* * *** * * *
237765 TCTATTTCAAAACATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAACATTTTTGTTGATATAAGTTT
63 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT
* ** * * * * *
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* * * * *
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1 GATTTAAAAAAT-AAATTTGTTTACTGAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * ** ** * * ** * * *
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* * * *
238008 TT-TGGATGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAACTAA-A
129 TTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * * *
238060 AATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAGCAAGTTCACATCGTTATGACTATTCGAATAATTATT
1 GA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** ** * * * *
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* * * * * *
238189 TTCAAAATAAAATAATACTACTTTAATACTATTTTAAAAATTAATAAGTTAGA
129 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * *
238242 GATTTAAAACATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTCAACTATTATCT
1 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * **
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66 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
*
238372 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGA
131 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * *
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* * * * * *
238481 CTATCTT-AAATCGTTATTATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTT
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** * * * * *
238544 ATTTGGAGTAAAATATTCCTAAATTAATAATATTGT-AAAAATTAATAAGTAAGA
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* * * * * **
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* ** * * * * * * *
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66 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCT-TAT
* * * * *
238727 TAAAAATAAAATAA-ATCTAATTTATTAACATTT-AGAAAAGTAATAA-CAAGA
130 TCAGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * *
238778 AATTTTAAAAAAT-AATTCTATTTAAC-AAACAAGTTCAAATAGTTGTGACTATCTGAATAATTA
1 GA-TTTAAAAAATAAATT-TGTTT-ACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * ** * * *
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63 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT
* * * * * * *
238906 A-TCCGAAATAAAATGACA-TACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAGA
128 ATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* *** * * * ** * *
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1 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * * *** *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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1 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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1 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATC
* ** * * * * ** *
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65 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT
* * *
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130 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * *
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1 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * *
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* * * * * * *
239795 TTCAATAAAAAAATAATTCTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGA
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* * * * ** * * ** * * *
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1 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
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66 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTTG--TTCATACAAGCTT
* * * * * *
239978 ATTTAGGATAAAATAA-ACAAATCTATTAATATTTTAAAACTTAATAAGTAAGA
128 ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * *
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CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
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* *
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AATAAATCTATCATAAAGCC
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236685 CCATTTGAGC
* *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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*
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** * * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * ** * * *
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* * * ** ** *
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* ** ** * ** *
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* *
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314 TCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATCA-TTCAAAAATTAATAAG-AG--A-TTTAAAAAA
** * * *** *
235730 TAAACCTGTTTACCCAACAAGCTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
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** ** * * * * *
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* * ** *
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** ** * *** * * * * * * *
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1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAAT
* * * *
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* * * ** *
236023 ATTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAACGGATTTAAAAAAT
128 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--G---TATGAGAT
* * * ** * * * *
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188 ---T-TA--AAAAAG--AAGTCAAT-T-TAC-CGAA-TTAGTTCAAATAATTATAAC-ATTGTCA
* * * ** * ****
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* ** * * * * *
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* ** * * * *
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364 TTTAAAAAATAAATATGTTTA-C-A--CAGGTC--ACAGTTATA-CCTATTTGAACAATTA-CAA
* *** ** * * ** *
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* * **
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* * *** * * * *
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1 TAAGAGA-TTTAAAAAATA-AATT-TGTTTGCCAAACAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATAAAC
*** * * * *
236514 AATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTGGTTTTATCGTAAAATAATTTTTTCAGTTCACAAA
62 AATTATCTATTTAAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTTAGTTCATAAA
* * * * * *
236579 AGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGT-TAGAGATTT
126 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAT-GAGATTT
* ** * ** * * *
236643 AAAAAATAAGTCAATTTATTGAATTAGTTTAAATAATTATGGCCATT-TGAGCAATTATGTATTT
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* *
236707 CAAATCATTACGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGCTTTCCATCATACAAGCCTATTC-GA
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* *
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318 AATAAAATAATACTAATTTATTAATCA-TTCAAAAATT---AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
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* * * *
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* * *
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1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAA-CAATTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAAT
* * * * *
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* * *
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* *
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** ** * * * * ** * *
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*
237307 AATAATACTAATTTATTAATCATTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTG
323 AATAATACTAATTTATTAATCATTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC--
* * * * *
237372 AACTAGTTCAAATAGTTATAGCTATTTGAACAATTACAAACTTCAAATCAATATAACCTTTTGTT
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* *** * * * *
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* * * *
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1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAA-CAATTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAAT
* * * * * ***
237584 TATCTATTTTAAATCGTTATAACTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTAATTCATACTGGCT
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* ** * * *
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130 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTATGAGATTTAAAAA
* * * *** ** * * * * * *
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* * * * **** ***** * ** *
237775 AACATTA-TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAACATTTTTGTTGATATAAGTTTGTTCAGAAT
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** * * * * * * *
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* * * *** * * *** ** **
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384 A-C-A-C-AGGTC--ACAGTTAT-ACCTATTTGAACAATTACAAACTTCAAATCAATACAACCTT
* * ** * * * * * *
237966 TTGTTCTATTTTAAAACAATTATTTTTA-TTTATACAAGCTTATTTG-GATGAAAATAA-TACTA
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* * *
238028 ATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAC
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* * ** * * * * * *
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1 TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACAA-TTCAAATAGTTAAGACTATAT-AAACA
* * ** * * *
238119 ATTATTTATTTCAAATTTTTATGA-TGTTTGGTTTTGTCATAAAA-AGATTGTTTCTA-TTCGTA
63 ATTATCTATTTAAAATCGTTATGACT-TTT-GTTTTATCATAAAATA-ATT-TTTTTAGTTCATA
* * * * * *
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124 AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAT-GAGAT
* * * *** * ** * * ** *
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188 TTAAAAAAGAAGTCAATTTACCGAATTAGTTCAAATAATTAT-AACATTGTCAACAATTATCTAT
* * * * * * ***
238309 TTCAAATCGTTATG-ACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAAATTATT
252 TTCAAATCATTACGAAC-TTTTATTTGGTCATAAAACAATTGCTTTCCA-ACATACAAGCCTATT
*
238372 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAATAAATC
315 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCA-TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* * * ** * * * * * ** *
238435 TTTTTGTGAAACTAATTCAAATAGTTATGA-CTATTTGATCAATCATCTATCTT-AAATCGTTAT
378 ATGTT-T-ACAC-AGGTC--ACAGTTAT-ACCTATTTGAACAATTA-CAAACTTCAAATCAATAC
* * * * * * * *
238498 TATCTTTAT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATAAAAGCTTATTTGGAGTAAAAT-A
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* * * ** *
238559 TTCCTAAATTAATAATATTGTAAAAATTAATAAG
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* * *
238593 TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TAAAACAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCC-AAACAATTCAAATAGTTAAGACTATAT-AAACAA
* * * * * * ** *
238657 TTATCTAATTCAAATTGTTTTGACCTTTTG-TTTAGTCATGAAATAATTGTTTTAGTTCATGCAT
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** * *
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Statistics
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*** *
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* ** * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* *** ** * * *
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**** * * *
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* ** * * ** * * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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316 ATAATACTAAT-TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * *
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* * * * ** *
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* *
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509 TATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGA
* * ** * * * * * * * *
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1 GATTTAAAAAATAAATCTTTTTGT--GAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
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* * * * *
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127 TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * ** * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * *
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** * * ** * * * * *
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** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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187 AATAAATCTGTTTACCA-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * * * * **
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** * * * * *
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315 AATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* ** * ** * *
235560 AC-CAATTTAGTTCAAATAGTTATGTCTATTT-AAGTGATTATTTATTTCAAATCATTATGACTT
380 ACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* ** * * * *
235623 TTTGTTCTATTTTAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTC-AGATGAAAATAATATTAA
443 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAA
*
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507 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A
* **** *
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1 G--A-TTTAAAAAATAAATCT-TTTTGTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * *
235781 TTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
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*** * ** **
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** * * * * ** *
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* * * * **
235976 TTAGGACATTTTTTTTA-TCATAAAATAATTGTTTATATTCATAAAAAATTATTCAAAATAAAAT
254 TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* *
236040 -ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAACGGATTTAAAAAATAAATCTATCATAAAGCC
318 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA--G--TT-----AGAGAT-T-T-A-AAA---
* *
236104 AATAAATCT-GTCA-TGAAGCCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-A
367 AATAAATCTATTTACTGAA--CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCA
* * * *** *
236165 AATCATTATGATC-TTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAGT
429 AATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * * *
236229 AAAATATTCCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAATAAGA
494 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-T--T-AATAAGA
* *** * * * *
236274 GATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAGCCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCT
1 GATTTAAAAAATAAATCT-TTTTGTGA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * ** * *
236339 ATTTCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTAT-TCACGAAATAATTG-TTTCAGTTCATACATGCTTA
64 ATTTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTT-TGTCATAAAATAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTA
* * * ** *
236402 TTCGAAATAAAATAACT-CTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAACAAGAAATTTTAAAAA
126 TTTGGAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAA
* * *** * * * *
236466 AATAATTCTATTTTTTAAACAAGTTCAAATAGTTATGAGTATCT-AAATAATTATCTATTTAAAA
187 AATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TAAAACAATTATCTATTTCAAA
*** * * * * *
236530 TAAATATGACCTTTGGTTTTA-TCGTAAAATAATT-TTTTCAGTTCACAAAAGCTTATCCAAAAT
251 TCGTTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTT-A-TTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * * * *
236593 AAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGTCAAT
313 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* ** * * * * * * * *
236658 TTATTGAATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAGCAATTATGTATTTCAAATCATTACGAACT
378 TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * ** * * *
236723 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGCTTTCCA-TCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATATTAA
443 TTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
236787 TTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGA
507 TTTATTAATATTTCAAAAATT---AA-TAAGA
* * * * * * *
236819 GATTTAAAAAATAAGTC-TGTT-T--ACCGGTC---CAG-T-T-CCTATTTGAATAATTATCTAT
1 GATTTAAAAAATAAATCTTTTTGTGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* *** * * * *
236874 TTCAAATCATTCCAATCTTTTCTTTTGTTATAAAATAATTG-TTTCAGTTCATATAAGCTTATTT
66 TTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTT
* * * * *
236938 GAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAATAAA
129 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
237003 TTTGTTTGCCAAAGCAATTCAAACAGTTAAGACCA-TATAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
193 TCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTA-AAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * *
237067 TGACATTTTGTTATA-TCATAAAATATTTTTTTTAGTTTATAGAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
257 TGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * *** *
237131 TGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAG-TATGTGATTTAAAAAGGGAATCTATTTACCG
320 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG
** * * * ** * *
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384 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
** * * * *
237259 TTGGTCATATAACAATTGTTTTTGA-ACATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
448 TTTATCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
*
237323 TAATCA-TTCAAAAATTAATAAGT
512 TAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGA
* **
237346 GATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTAT-AGCTATTTGAACAATTA-C
1 GATTTAAAAAATAAATCT-TTTTGTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATC
* * ** * * * * ***
237409 AAACTTCAAATCAATATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAACAATTTTT-TT-ATACAAGCTTA
63 -TATTTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA
* * * * * * *
237472 -TTCGAA-AAAAAAATTACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAA
126 TTTGGAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * *
237535 TAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATATTTAAGACTATAAAAACAATTATCTATTTTAAATCG
189 TAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * ** ****
237600 TTAT-AACTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTAATTCATACTGGCTTATTTGGGATAAAAT
254 TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * * *
237664 AA-ACAAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTA-T
318 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * * * * *
237727 ATAACCAATTTAAAAT-TTTATGACTATTTTAATAATTATCTATTTCAAAACATTATAACCTTTT
383 -GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* *** * * * * * * ** * *
237791 GTTTTGTCATAAAACAAACATTTTTGTTGATATAAGTTTGTTCAGAATAAGGTAAAACTAA-TCA
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* * *
237855 CTAATATTTCGAAAGTTAATAAGA
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1 GATTTAAAAAAT-AAATCTTTTTGTGAA-C-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * ** * * *
237944 TATTTGAAATTGTTATGAGTTTTTGTTCTATTTTAAAACAATTATTTTTATTTATACAAGCTTAT
63 TATTTCAAATCGTTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTAT
* * *
238009 TTGG-ATGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAACTAA-AAATTTTAAAAAA
127 TTGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAA
* ** * * * * ** * * **
238072 TAAATTTGTTTACTGAGCAAGTTCACATCGTTATGACTATTCGAATAATTATTTATTTCAAATTT
189 TAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCG
** * * *
238137 TTATGATGTTTGGTTTTGTCATAAAA-AGATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATTCAAAATAAAA
254 TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATA-ATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * *
238201 TAATACTACTTTAATACTATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATTTGTTTAC
317 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * *
238266 TGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTCAACTATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTG
382 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * **
238331 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
447 TTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
238396 TAATATTTCAAAAATTAATAAGA
512 TAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* * *
238419 GATTT-AAAAATAAATCTTTTTGTGAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATCATCT
1 GATTTAAAAAATAAATCTTTTTGTG-AAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
238483 ATCTT-AAATCGTTATTATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTATT
64 AT-TTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATT
* * * * *
238547 TGGAGTAAAATATTCCTAAATTAATAATATTGTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
128 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
238612 ATGTGTTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTAATTCAAATTGTTT
192 ATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * *
238677 TGACCTTTTGTTTAGTCATGAAATAATTGTTTTAGTTCATGCATG-TATATTAAAAATAAAATAA
257 TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAA
* * ** * *
238741 -ATCTAATTTATTAACA-TTTAGAAAAGTAATAA-CAAGAAATTTTAAAAAATAATTCTATTTAA
320 TA-CTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTTAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTT-A
* * * * * * *
238803 C-AAACAAGTTCAAATAGTTGTGACTATCTGAATAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTT
381 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * * * *
238867 GTTTTATCATAAAATAATTG-TTTCAGTTAATAAAAGTTTATCCGAAATAAAATGACA-TACTTT
446 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* *
238930 ATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAGA
510 ATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGA
* * * * ** * *
238959 GATTTAAAAAATAAGTCAATTTAT-TGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCGTTTGAGCAATTATG
1 GATTTAAAAAATAAATC--TTTTTGTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * ** *
239023 TATTTCAAATTGTTATGGATTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGCTTTCCA-TCATGCAAG-TCT
63 TATTTCAAATCGTTAT-GATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTTTATTCATACAAGCT-T
* * * *
239085 A-TTCGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTACTAGGTATGAGATTTAAAAA
125 ATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * *
239149 GTAAATCTGTTT----AA-C-GATC---TAGTTCT---TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATC
188 ATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
239202 ATTATAACCTTTTGTTCTA-TTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCTGAAA-AA
253 GTTATGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAAATAA
* * * * *
239265 AATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAATAAATCTATTT
315 AATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * *
239330 GCTGAAGCAA-TTCAAATAGTTAAGACCATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
380 ACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
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239394 TTATTTTATCCTAAAATACTT-TTTTTAAGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
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* * * * * * * * * *
239554 TATTTCTAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCACATAACAATTGTTTTTGA-ACATTCAAGCTTA
63 TATTTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTA
*** * *
239618 TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
126 TTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * ** * * *
239679 AAATCTATTTACTAAGCTAGTTCAAAGAGTTGTGGCTATTTGAACAATT-GCAAATTTCAAATCA
190 AAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAAAACAATTATC-TATTTCAAATCG
** * * * * *
239743 TTAAAACCTTTTGTTCTA-TCATAAAACAATTATTTTTGTTGATACAAGCTTATTCAATAAAAAA
254 TTATGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAATAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTCAA-AATAAA
* * * ** * * * * * *
239807 ATAATTCTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATAAAAAAATAAATTTATTTC
316 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** * * ** * * * *
239872 CCAAACCAGTTCAAATATTTAAAATTGTATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
381 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * ** *
239937 GTTTTGTCATAAAATAAGTT-TATTTGAATTCATACTAGTTTATTTAGGATAAAATAA-ACAAAT
446 GTTTTATCATAAAACAA-TTGT-TTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * *
240000 CTATTAATATTTTAAAACTTAATAAGTAAGA
508 TTATTAATATTTCAAAA---ATTAA-TAAGA
* * * * *
240031 GATTTAAAAAATAATTCTATTTATAT-AACCAATTTAAATAATTATGACTACTTTAATAATTATC
1 GATTTAAAAAATAAATCT-TTT-TGTGAA-C-AGTT-CA-AA-TA-G-------T--T-ATGA-C
* * * * * * * *
240095 TATTTCAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTCATTTTGTCATAAAAACAAATGTTTT
47 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTT-GTTTTGTCAT-AAAATAATTGTTTT
* * * *** ** * * ** *
240160 TGTTGATATAAG--T-TTCAAAATAAGGTAAAACTAA-TCATTAATATTTCGAAAGT--TAA-TA
110 TATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
240218 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGATCTAGTTCAAATAGTTATGACT-TT------TTTT
175 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAAAACAATTA
* * * * * *** *
240276 TCTATTTTAAAAC---A--A-ATTTT-TTT-GTCCATACAAGCTTATTCGGATGAAAATTAATAC
240 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGT-CATA-AA-ATAATT--G-T-TTTATTCATAC
* * ** * * * * ** * *
240333 TAA-TTTATT-AATATTTCAACAAT--TAA-TAAGTAAAAAATTAAAAA--AATAAATT---TAT
298 -AAGCTTATTCAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGAT
*** ** * * * * * * * *
240388 TTACCCAGCAAGCTCATAGTTA-TG-ACTACTT-AAATAATTAT--TTATTTCAAATCATTATGA
361 TTAAAAAATAA-ATC-TATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAA-CA--ATTA
** * * * ** * * *** ** * *
240448 TCT-TTT-ATTTTC-TAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
420 TCTATTTCA-AATCATTAT-GACCTTTTGTTT-TA-TCATA-AAAC-AATT--GTTTTTATTCAT
* * ** * * * * * **
240510 ACTAA-TTTATTACTATTTTAAA-AAT--TAA-TAAGTTGGAGATTT-AAAAAGT-A-AATC
477 AC-AAGCTTATT-CAAAATAAAATAATACTAATTTA-TT-AATATTTCAAAAATTAATAAGA
* ** * * * *
240564 TATTTACTAAATAAA-C---------A-AGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTAT
1 GATTTAAAAAATAAATCTTTTTGTGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * ** **
240618 TTCAAATCATTATGAAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAAATTATTCA
66 TTCAAATCGTTATG-ATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTG
* * *
240682 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAATAAAT
130 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** * ** * * *
240743 CTGTTTATGAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTTTCTATCTT-AAATCATTAT
194 CTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAAAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTAT
* * * * * * *
240807 GA--TATTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAGTAAAATATT
258 GACCT-TTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * * * * * * * *
240870 CCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTATTAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GTCGA
321 ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GA
* * * * ** *
240934 GCTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTG-TT
385 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * ** *
240998 TAGTCATGAAATAATTG------TT-AT----GCCTATTTGAAATAAAATAACT-CTAATTTCTT
450 TA-TCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-TACTAATTTATT
*
241051 AACA-TTCAAAAAATTAATAAACAAGA
513 AATATTTC-AAAAATTAAT----AAGA
* * * **** * * *
241077 AATTAAAAAAAATAATTCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATA
1 GATT-TAAAAAATAAATCT-TTTTGTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* *** * * ** * **
241142 TATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAATATTAT
63 TATTTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTAT
** * * * * *
241207 CCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATA
127 TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* ** * * * * * * * ** * * *
241272 AGTCAATTTATCGAATCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAGCAATTATGTATTTCAAATCATT
191 AATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * ***
241337 ATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTCCA-TCATAAGAATC-TATTTGGAATAAAAT
256 ATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTT-TATTCAT-ACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * *
241400 AATATTGATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAGAAAATAAATTTGTTTAC
318 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAA-AAAATAAATCTATTTAC
* * * **
241465 ----C--GATC---TAG-T-T-ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCACTACAACCTTTTG
382 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * *** * * * ** * *
241518 TTCTGTTATAAAATAATTGTTGCAACTCATATAAGCATATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTAA
447 TTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
*
241583 TAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGA
512 TAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGA
* * * * * ** * *
241610 GATTTGAAAAAA-AAAT-TGTTTGCCGAAGTAGTTCAAACAGTTAAGACCGTATAAACAATTATC
1 GATTT-AAAAAATAAATCTTTTTG-TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
241673 TATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATT-TTTTCAGTTCATAAAAGTTTA
63 TATTTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTA
* * * * *
241737 TTTGAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTAAAAAATTAAAAAGCAAGTGATTTAAAAAAT
126 TTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * ** * *
241802 GAATTTGTTTACCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACCT-TGT-CAACAATTATCTATTTCAAATT
190 AAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGA-CTAT-TAAAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * * * *
241865 GTTATTACCTTTTGTCTGGTCATATAACAATTGTTTT-TGAACATTCAAGATTATTTAGAGTAAA
253 GTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAT--TCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * * *
241929 ATTATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAACTAAATTTATTTG
316 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * *
241993 CTAAACTAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATT-GCAAACTTCAAATCATTAT-ATCCTT
381 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGA-CCTT
* * * * * * * *
242056 TTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTATTGATGCAAGCTTATTCAAAAAAAAAAAAACACTAAT
444 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
242121 CTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAA
508 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--GA
** * * * * * * *
242150 GATAATTAAAAAATAAAT-TTGTTTACAGAACCAATTCAAATATTTAAGATTATATGAATAGTTA
1 GAT--TTAAAAAATAAATCTT-TTT-GTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * *
242214 TCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT-AAATAAGTATTTTTGAATTCATACTAGC
61 TCTATTTCAAATCGTTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT--ATTCATACAAGC
* * * * *
242278 TTATTTGGGATAAAATAA-ACAAATTTCTTAATATTTCAAAACTCAATAAGTAAGAGATTTAAAA
123 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * **
242342 AATAATTCTATTTA-TATAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATCTATTTCAAA
187 AATAAATCTGTTTACCA-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * * * * * *
242406 TCATTATAACCTTTTCTTTTGTCATAGAACA-AATTTTTTTGTTGATATAAGTTTGTTCGAAATA
251 TCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATA-AA-ATAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATA
** * * * *
242470 AGGTAAAACTAA-TCATTAATATTTCAAAAGTTAAT-A---AGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
314 AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * *
242530 TAC-CAATCTAAATT-AAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC
379 TACTGAA-C-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* ** * * * * * *
242593 TTTTGTTCTATTTTAAAATAATTGATTCTATTTATACAAGCCTATTC-AATTGAAAATAATACTA
442 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTA
*
242657 ATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTA
506 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A
* * * * *
242687 GAAAATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACTGAGCAAGTTCACATAGTTATGACTATTTAAATAATT
1 G---ATTTAAAAAATAAATCTT-TTT-GTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
242751 ATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCT
60 ATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCT
*** * **
242816 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAA
124 TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
** * * * * * ** *
242881 ATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTTAGATAGTCT-TGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAAT
188 ATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGT-TATGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * **
242945 CGTTAGGACGTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAA
252 CGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * *
243010 ATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAA--T--AGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-
316 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * *
243070 GTGAAACTAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATCTT-AAATCATTATGA--T
381 CTG-AAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCT
* * * * * * *
243131 ATTTATATTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATATTCCTAA
443 -TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* *
243196 ATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGA
507 TTTATTAATATTTC-AAAAA-T--TAA-TAAGA
* * * *
243228 GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCATG-CCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATC
1 GATTTAAAAAATAAATCTTTTTG---TGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * * * * ** *
243292 TATTTCAAATTATTCTGACCTTTTTGTTTAGTTAT-GAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTA
63 TATTTCAAATCGTTATGA--TCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA
*** * * * * * * *
243356 TTAAAAATAAAATAA-ATTTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAATAAAAAATTTTAAAAA
126 TTTGGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * ** * * *
243420 TAATTCTATTTACTAAACAAATTCAAATAGATATG--T-TTCTGAATAATTATCTATTTAAAATA
189 TAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT-AAAACAATTATCTATTTCAAATC
** * * **
243482 AATATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATT-TTTCAGTTCATAAAAGCTTATTGGAAATAAA
253 GTTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * *
243545 ATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATATGTTA-AGATTTAAAAAATAAGTCAATTTA
316 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * ** * *
243609 -TCGAATC-AGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAGCAATTATGTATTTCAAATTGTTATGAACAT
381 CT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * **
243672 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTCTA-TCATACAAG-TCTATTCGGAATAAAATAATACTAA
444 TTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTTATTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAA
* **
243735 GTT-TTAAGTATTTCAAAAATCCATAAGTAA
507 TTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAAG--A
* * * * * * *
243765 GATTTAAAAAATTAATC-TGTT-T-ACCA-ATC---CAG-T-TCA-TATTTGAATAATTATCTAT
1 GATTTAAAAAATAAATCTTTTTGTGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
243820 TTGAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTG-TTTCAGTTCATATAAGCTTATTG
66 TTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTT
* * *
243884 GGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAATAAA
129 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * *
243949 TCTGTTTGCCGAAA-CAGTTCAAATAATTAAAACTA-TATGAACAATTATCTATTTCAAATCTTT
193 TCTGTTTACC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTA-AAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * *
244012 CTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTAA-TGTTTCAAATCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATA
256 ATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-TAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * * ** * * * *
244076 ATACTAATTTATTAATGTTTCAAAAATTAAAAAGTAAGTTATTTAAAAAGTGAATTTGTTTA-TC
319 ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-
* * * * * * *
244140 GAATC-CGTTCAAATAATTATGACCT-TATCAACAATTATCAACTTCAAATCATTATTACCTTTT
383 GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
244203 GTTT
446 GTTT
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Consensus pattern (534 bp):
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TTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGG
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
GTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAT
AAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAAGA
Found at i:240109 original size:16 final size:16
Alignment explanation
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*
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Matches are distributed among these distances:
16 14 1.00
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Consensus pattern (16 bp):
AATTATCTATTTCAAC
Found at i:240556 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 240302--244225 Score: 2595
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240292 TTTTTTTGTC
* *
240302 CATACAAGCTTATTCG-GATGAAAATTAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA
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* * * * * * * * * * *
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64 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
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* * * **
240482 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTAAAAATTAATAAGTTGGA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * * *
240547 GATTTAAAAAGTAAATCTATTTACTAAATAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATT
66 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC----CAAACAAGTTC--ATAGTTATGACTATTTGAACAATT
*
240612 ATCTATTTCAAATCATTATGA-ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
125 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* ** * * *
240666 CAAACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAATAAG--A-A
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* ** * *
240728 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATGAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTTTC
66 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAGTTC--ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
240791 TATCTT-AAATCATTATGA--TATTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTGTT
128 TAT-TTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * * * *
240842 CATACAAGCTTATTC-AGAGTAAAATATTCCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTATTAAATAA
1 CATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
* ** * * * * *
240905 GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAGCTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTAT
64 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTC--ATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * * *
240970 CTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATGAAATAATTG------TT
127 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * **
241017 -AT----GCCTATTTGAAATAAAATAACT-CTAATTTCTTAACA-TTCAAAAAATTAATAAACAA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
241075 GA-AATTAAAAAAAATAATTCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
64 GAGATTTAAAAAATA-AATT-TGTTTACCAAACAAG-TT-CATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
241139 ATATATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAATT
125 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* ** * * * * * *
241194 CATAAAATATTATCCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAGA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* *** * * * * * * * *
241259 GATTTAAAAAATAAGTCAATTTATCGAATC-AGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAGCAATTATG
66 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAAACAAG-TT-CATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* *
241323 TATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTCCA-T
128 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATT
* * * * * *
241375 CATAAGAATC-TATTTGGAATAAAATAATATTGATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
1 CAT-ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* *
241439 AGATTTAAGAAAATAAATTTGTTTA-C---C--GATC-TAG-T-T-ACTATTTAAACAATTATCT
65 AGATTTAA-AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * * * * *
241494 ATTTCAAATCACTACAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTGCAACT
129 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * * * *
241545 CATATAAGCATATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * ** * * ** * *
241610 GATTTGAAAAAA-AAA-TTGTTTGCCGAAGTAGTTCAAACAGTTAAGACCGTATAAACAATTATC
66 GATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTC--ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * * *
241673 TATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTC-AGTT
128 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * * * * * *
241725 CATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTAAAAAATTAAAAAGCAAGT
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * ** * *
241790 GATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAATTAGTTCAAATAGTTATGACCT-TGTCAACAATTATC
66 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTC--ATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATC
** * * * * * *
241854 TATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTCTGGTCATATAACAATTGTTTTTGA-A
128 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATT
* * * * * *
241906 CATTCAAGATTATT-TAGAGTAAAATTATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAG
1 CATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * *
241970 AGA-TTAAAAACTAAATTTATTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATT-GC
65 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTC--ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
242033 AAACTTCAAATCATTAT-ATCCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTATT
128 -TATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * * * * * * *
242086 GATGCAAGCTTATTCAAAAAAAAAAAAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAG
1 CATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * *
242151 ATAATTAAAAAATAAATTTGTTTA-CAGAACCAA-TTCAAATATTTAAGATTATATGAATAGTTA
65 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA-AA-CAAGTTC--ATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* **
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126 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACA--ATTGTTTCTATT
* * ** * * * *
242269 CATACTAGCTTATTTGGGATAAAATAA-ACAAATTTCTTAATATTTCAAAACTCAATAAGTAAGA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * *
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66 GATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCA-AA-CAAGTT-CATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
242396 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTTTGTCATAGAACAAATT-TTTTTGTT
127 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATT
* * * * ** * * *
242449 GATATAAGTTTGTTCGAAATAAGGTAAAACTAA-TCATTAATATTTC-AAAAGT--TAA-TAAGA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * *
242509 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAATCTAAATTAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTT
66 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-AAGTT-CATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * ** * *
242574 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTATTTTAAAATAATTGATTCTATT
129 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * *
242625 TATACAAGCCTATTC-AATTGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGT-AG
1 CATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* ** * * *
242688 AAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAGCAAGTTCACATAGTTATGACTATTTAAATAATTAT
65 -AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTT--CATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* *
242753 TTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
127 CTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * **
242806 CATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTAAAAATTAATAAGTTGGA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* ** * * * *
242871 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTTAGATAGTCT-TGTCCATTTGAACTATTATC
66 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAG-TT-CATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
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** * *
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1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* *** * * * *
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66 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-AAGTT-CATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
243113 ATCTT-AAATCATTATGA--TATTTATATTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
129 AT-TTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * *
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64 GAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAACAAGTTC--ATAGTTATGACTATT-TGAACAATT
* * * * *
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* * * * * * * *
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1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* *** * * * * * * * *
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66 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAAACAAG-TT-CATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * *
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128 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATT
* * **
243702 CATACAAG-TCTATTCGGAATAAAATAATACTAAGTT-TTAAGTATTTCAAAAATCCATAAGT-A
1 CATACAAGCT-TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
243764 -AGATTTAAAAAATTAATCTGTTTACCAATCCAGTTCATA-TT-TGA--A--T----AATTATCT
64 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
243818 ATTTGAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTC-AGTT
129 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * * * *
243869 CATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * ** *
243934 GATTTGAAAAATAAATCTGTTTGCCGAAAC-AGTTCAAATAATTAAAACTATATGAACAATTATC
66 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AAACAAGTTC--ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
243998 TATTTCAAATCTTTCTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTAA-TGTTTCAAAT
128 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATT
* * * *
244050 CATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTTCAAAAATTAAAAAGTAAGT
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * * * *
244115 TATTTAAAAAGTGAATTTGTTTATCGAATC-CGTTCAAATAATTATGACCT-TATCAACAATTAT
66 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAAACAAGTTC--ATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
244178 CAACTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGGCATACAATAATTGTTT
127 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
244226 TTGAACATTC
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Found at i:241597 original size:170 final size:168
Alignment explanation
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* *
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*
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128 TTTGAAAAAAAAATTGTTTACCGA
241636 AGTAGTTCAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GAAAAAAAAATTGTTTACCGATCTAGTTACTATTTAAA
Found at i:242787 original size:538 final size:536
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* * * * * * *
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* * * ** * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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312 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCAT-AAATAATTGTTTCAATTCATATAAG
* * * *
240674 ATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAATAAG--A-A-ATTTAAA
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* * * *
240735 AAATAAATCTGTTTA-T-GAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTTTCTATCTT-
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* * *
240797 AAATCATTATGA--TATTTATTTTGTCATAAAAA
504 AAATCATTATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * *
240956 ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTT-TAGTCATGAAATAATTG-----
123 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTA-TCATAAAACAATTGATTCT
* * ** * *
241015 -TT-AT----GCCTATTTGAAATAAAATAACT-CTAATTTCTTAACA-TTCAAAAAATTAATAAA
187 ATTCATACAAGCCTATTCGAAAGAAAATAA-TACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAG
* * * * * * *
241072 CAAGAAA-TTAAAAAAAATAATTCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATA
250 TAA-AAATTTAAAAAATA-AATT-TGTTTA-CGAGCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATA
* * * * * *
241136 ATTATATATTTAAAATAAATATGACC-TTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATAAA
310 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCAT-AAATAATTGTTTCAATTCATATA
** *** * * * * *
241200 ATATTATCCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTA
374 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * * * * * *
241265 AAAAATAAGTCAATTTA-TCGAATCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAGCAATTATGTATTTC
439 AAAAATAAATCTATTTACTAGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
*
241329 AAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC
504 AAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
** * * * * * *
241362 AATTGCTTTC-CATCATAAGA-ATCTATTTGGAATAAAATAATATTGATTTATTAATATTTCAAA
1 AATT--TTTCTGTTCATAAAAGAT-TATTCGAAATAAAATAATACT-AATCATTAATATTTCAAA
* * * *
241425 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAGAAAATAAATTTGTTTAC----C-GA--T--CTAG-T-T-ACT
62 AATTAATAAGT---AGATTTAA-AAAATAAATCTATTTACGAAACTAATTTAAATAGTTATGACT
* * * ** * * * *
241478 ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCACTACAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTG-TTGCA
123 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGATT-CT
* * * * * * * *
241542 ACTCATATAAGCATATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTA
187 ATTCATACAAGCCTATTCGAAAGAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * ** * * *
241607 AGAGATTTGAAAAAA-AAA-TTGTTTGCCGAAGTAGTTCAAACAGTTAAGACCGTATAAACAATT
252 A-AAATTT-AAAAAATAAATTTGTTT-ACG-AGCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATT
** * * * * * *
241670 ATCTATTTCAAATTGTTCTGACC-TTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTCAGTTCATAAAAGT
313 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCAT-AAATAATTGTTTCAATTCATATAAGC
* * * * * *
241734 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTAAAAAATTAAAAAGCAAGTGATTTAAAA
377 TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * ** * * * *
241799 AATGAATTTGTTTAC-CGAATTAGTTCAAATAGTTATGACCT-TGTCAACAATTATCTATTTCAA
442 AATAAATCTATTTACTAGAACCAATTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * * *
241862 ATTGTTATTACCTTTTGTCTGGTCATATAAC
506 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* ** ** * * * * *
241893 AATTGTTTTTGAACATTCAAGATTATT-TAGAGTAAAATTATACTAATTTATTAATCTTTCAAAA
1 AATT-TTTCTGTTCATAAAAGATTATTCGA-AATAAAATAATACTAA-TCATTAATATTTCAAAA
* * * * * * * *
241957 ATTAATAAGTAAGAGATTAAAAACTAAATTTATTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGGCTATT
63 ATTAATAAGT-AGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACTAATTTAAATAGTTATGACTATT
**** * * *
242022 TGAACAATTGCAAACTTCAAATCATTAT-ATCCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATT-ATTTTTAT
126 TGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGA-TTCTAT
* * * * * * * * * *
242085 TGATGCAAGCTTATTCAAAAAAAAAAAAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAA
189 TCATACAAGCCTATTC-GAAAGAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
242150 GATAA-TTAAAAAATAAATTTGTTTACAGAACCAATTCAAATATTTAAGATTATATGAATAGTTA
253 -A-AATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-G-AGCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTA
* *
242214 TCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAATAAGTATTTTTGAATTCATACT-AG
314 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATAA-T-TGTTTCAATTCATA-TAAG
*** * * * *
242277 CTTATTTGGGATAAAATAA-ACAAATTTCTTAATATTTCAAAACTCAATAAGTAAGAGATTTAAA
376 CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * *
242341 AAATAATTCTATTTA-TATAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATCTATTTCAA
441 AAATAAATCTATTTACTAGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
*
242405 ATCATTATAACCTTTTCTTTTGTCATAGAACA-
506 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA-AA-AT
* * * * * ** * *
242437 AATTTTTTTGTTGATATAAGTTTGTTCGAAATAAGGTAAAACTAATCATTAATATTTCAAAAGTT
1 AATTTTTCTGTTCATAAAAGATTATTCGAAATAAAATAATACTAATCATTAATATTTCAAAAATT
* * * *
242502 AATAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAATCTAAATTAAATAGTTATGACTATTTGAGC
66 AATAAGTAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACTAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC
** * *
242566 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTATTTTAAAATAATTGATTCTATTTATACA
131 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGATTCTATTCATACA
* * *
242631 AGCCTATTC-AATTGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAGAAAATTT
196 AGCCTATTCGAA-AGAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTT
* * * *
242695 AAAAAATAAATTTGTTTACTGAGCAAGTTCACATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTC
259 AAAAAATAAATTTGTTTAC-GAGCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * *
242760 AAAT-AGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAA
322 AAATCA-TTATGACCTTTTTGTTTTGTCAT-AAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTAA
* * **
242823 AATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATC
385 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * *
242888 TGTTTACT-GAA-CAAGTTTAGATAGTCT-TGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCGTTA
450 TATTTACTAGAACCAA-TTCAAATAAT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
** *
242950 GGACGTTTTGTTTTGTCATAAAAT
513 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * *
242974 AATTGTTTCTATTCATACAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAA
1 AATT-TTTCTGTTCATA-AAAGATTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TCATTAATATTTCAAAA
* **
243038 ATTAATAA-TAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTGAAACTAATTTAAATAGTTATGACTATTTG
63 ATTAATAAGTAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACTAATTTAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
243102 AATAATTATTTATCTT-AAATCATTATGA--TATTTATAT-TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
128 AACAATTATTTAT-TTCAAATCATTATGACCT-TTTGT-TCTATCATAAAACAATTGATTCTATT
* * * *
243163 CATACAAGCTTATTC-AAAGTAAAATATTCCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAA
190 CATACAAGCCTATTCGAAAG-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
243226 GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCATGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTAT
253 -AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACGA-G-CAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * *
243291 CTATTTCAAATTATTCTGACCTTTTTGTTTAGTTATGAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTA
315 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTA
* * * * * * *
243356 TTAAAAATAAAATAA-ATTTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAATAAAAAATTTTAAAA
380 TTTAAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * *
243419 ATAATTCTATTTACTA-AACAAATTCAAATAGA-TATG--T-TTCTGAATAATTATCTATTTAAA
443 ATAAATCTATTTACTAGAACCAATTCAAATA-ATTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAA
* * * *
243479 ATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAT
506 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * * * * *
243510 AATTTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTGGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAAT
1 AATTTTTCTGTTCATAAAAGATTATTCGAAATAAAATAATACTA-ATCATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * * * * *
243575 TGATATGTTAAGATTTAAAAAATAAGTCAATTTATCGAATC-AGTTTAAATAATTATGGCCATTT
65 TAATAAG-T-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGAAACTAATTTAAATAGTTATGACTATTT
* * ** * * * * *
243639 GAGCAATTATGTATTTCAAATTGTTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTCTA-TC
127 GAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTG-ATTCTATTC
* * * **
243703 ATACAAGTCTATTCGGAATAAAATAATACTAAGTTT--TAAGTATTTCAAAAATCCATAAGT-AA
191 ATACAAGCCTATTCGAAAGAAAATAATACTAA-TTTAATAA-TATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * * *
243765 GATTTAAAAAATTAATCTGTTTAC---CAA-TC---CAGTT--CA-TATTTGAATAATTATCTAT
254 AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACGAGCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * *
243820 TTGAAATCATTATAACC-TTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTG
319 TTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCAT-AAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTT
** * * * *
243884 GGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAATAAA
383 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * ** * * *
243949 TCTGTTTGC-CGAAACAGTTCAAATAATTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTC
448 TCTATTTACTAGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
244013 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACT
513 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-T
* *** * * * *
244038 AATGTTTCAAATCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTTCAAAAAT
1 AATTTTTCTGTTCATAAAAGATTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TCATTAATATTTCAAAAAT
*
244103 TAAAAAGTA
65 TAATAAGTA
244112 AGTTATTTAA
Statistics
Matches: 2577, Mismatches: 553, Indels: 319
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
522 49 0.02
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545 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (536 bp):
AATTTTTCTGTTCATAAAAGATTATTCGAAATAAAATAATACTAATCATTAATATTTCAAAAATT
AATAAGTAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACTAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC
AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGATTCTATTCATACA
AGCCTATTCGAAAGAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAA
AAAATAAATTTGTTTACGAGCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
CATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAA
ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
CTAGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT
TGTTTTGTCATAAAAT
Found at i:244379 original size:127 final size:127
Alignment explanation
Indices: 244146--244380 Score: 267
Period size: 127 Copynumber: 1.9 Consensus size: 127
244136 TATCGAATCC
* *
244146 GTTCAAATAATTATGACCTTATCAACAATTATCAACTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGGC
1 GTTCAAATAATTATGACCTTATCAACAATTATAAACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTGGGC
* * * * * ***
244211 ATACAATAATTGTTTTTGAACATTCTAGCTTATTTGGAATAAAATAAATGTTTACTGAGCTT
66 ATAAAACAATTATTTTTGAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAATGTTTACTGAGCTT
* * * * *
244273 GTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCT-G
1 GTTCAAATAATTATGACCT-TATCAACAATTATAAACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TGG
* ***
244336 TCATAAAACAATTATTTTTGTTGATACAAGCTTATTCAAAATAAA
64 GCATAAAACAATTATTTTTGAACATACAAGCTTATTCAAAATAAA
244381 GAAATACTAA
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 19, Indels: 4
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
126 2 0.02
127 84 0.97
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (127 bp):
GTTCAAATAATTATGACCTTATCAACAATTATAAACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTGGGC
ATAAAACAATTATTTTTGAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAATGTTTACTGAGCTT
Found at i:245331 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 244438--245429 Score: 1057
Period size: 361 Copynumber: 2.7 Consensus size: 359
244428 AAAAAATAAA
* * * *
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATATTAA
* * * * *
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65 TTTATTAAT-ATTTAAAAATTAA-AAGTTAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTT
* * *
244568 CAAATAGTCATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTAAT
128 CAAATAGTTAT-ACTATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-CT
* * * * ** * * **
244632 TAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATATTAACGTATTAATATTT
190 TAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
244697 CAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAACAAAAAAAATATGTTTATTGAATAAATTTAAATAGTTAT
255 CAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAACAAAAAAAATATGTTTATGGAATAAATTTAAATAGTTAT
* *
244762 GACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATAACCT
320 AACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATCATAACCT
* * * *
244802 TTTGTTTTGTCACAAAACAATTG---CT-TCCATGCAAGTTTATTTCGAATAAAATAAT-TTAAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATATT-AA
* * ** * * * * * ** *
244862 TTTATTAATATTTGATAAATTAATACATAAAAATTTTTAAAATGAATCTATTTTTTGAACATGTT
65 TTTATTAATATTT-AAAAATTAAAAGTTAAAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTT
* * * *
244927 TAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCTTA
128 CAAATAGTTAT-ACTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCTTA
* * *
244992 AACCAATTGTTTCTATGT-ATAAAAGAATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTC
192 AAACAATTGTTTCTAT-TCATAAAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
** * * * * *
245056 AAAAATTAATAAGTAAAAGGTTTAA-AAAATAAATTTGTTTATGGAGTGAGTTTAAATAGTTATA
256 AAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAACAAAAAAAATATGTTTATGGAATAAATTTAAATAGTTATA
* * *** * **
245120 ACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTCATGATTT
321 ACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATCATAACCT
* * *
245159 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAACAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATATTAAT
** * *
245224 TTATTAATATTCTAAAAATTAAAAGTTGGAGATTTCAAAAATAAATATGTTTACCGAGCAAGTTC
66 TTATTAATATT-TAAAAATTAAAAGTTAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTC
* * * * * *
245289 AAATAGTTATATCCATTCGAACTATAATCTATTTCAAATCATTGTGACATTTTGTTTTGTCGTAA
129 AAATAGTTATA-CTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCTTAA
* * *
245354 AACAATTGTTTTTATTCATACAAA-ATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGA
193 AACAATTGTTTCTATTCATA-AAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
245418 AAAATTAATAAG
257 AAAATTAATAAG
245430 AGATTTAGAA
Statistics
Matches: 510, Mismatches: 103, Indels: 33
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
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360 8 0.02
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362 5 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATATTAAT
TTATTAATATTTAAAAATTAAAAGTTAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAA
ATAGTTATACTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCTTAAAAC
AATTGTTTCTATTCATAAAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
TTAATAAGTAAAAGAATTAACAAAAAAAATATGTTTATGGAATAAATTTAAATAGTTATAACTAT
CTAAATAATTATCTATTTCAAAACATCATAACCT
Found at i:245357 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 244438--245429 Score: 902
Period size: 181 Copynumber: 5.5 Consensus size: 181
244428 AAAAAATAAA
* * ** * *
244438 TTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTCTATTCATACAAGGTTATTTGGATTAAAATAATATTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGATTATTTAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
244503 TTTATTAATGTTTTAACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATACATATGTTTACTGAACTAGT
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTCAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGT
* * *
244567 TCAAATAGTCATGACTATTTG-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
130 TTAAATAGTTAT-ACTATTCGAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * * * * * *
244619 TTTATTTTGTAATTAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATATTAA
1 TTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTAAAATAAAATAATACTAA
** * * * *
244684 CGTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAACAAAAA-AAATATGTTTATTGAATAA
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATT-TCAAAAATAAATATGTTTATTGAACAA
* * * *
244748 ATTTAAATAGTTATGACTA-TCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATAACCT
128 GTTTAAATAGTTAT-ACTATTCGAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * ** *
244802 TTTGTTTTGTCACAAAACAATTG---CT-TCCATGCAAGTTTATTTCGAATAAAATAAT-TTAAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTAAAATAAAATAATACT-AA
* * ** * * * * *
244862 TTTATTAATATTTGATAAATTAATACA-TAAAA-ATTTTTAAAATGAATCTATTTTTTGAACATG
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAAAGATTTCAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAG
* * * *
244925 TTTAAATAGTTATGGCTATTTG-AACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCT
129 TTTAAATAGTTAT-ACTATTCGAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * *
244978 TTTGTTTTGTCTTAAACCAATTGTTTCTATGT-ATAAAAGAATATTCAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGATTATTTAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * ***
245042 TTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTATGGAGTGAGT
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTCAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGT
* * ** * **
245107 TTAAATAGTTATAACTATT-TAAATAATTATTTATTTCAAATTGTCATGATTT
130 TTAAATAGTTAT-ACTATTCGAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* *
245159 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAACAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTAAAATAAAATAATACTAAT
*** ** *
245224 TTATTAATA-TTCTAAAAATTAA-AAGTTGGAGATTTCAAAAATAAATATGTTTACCGAGCAAGT
66 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTCAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGT
* * * * * *
245287 TCAAATAGTTATATCCATTCGAACT-ATAATCTATTTCAAATCATTGTGACAT
130 TTAAATAGTTATA-CTATTCGAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * *
245339 TTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTAAAATAAAATAATACTAAT
*
245404 TTATTAATATTTGAAAAATTAATAAG
66 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
245430 AGATTTAGAA
Statistics
Matches: 650, Mismatches: 137, Indels: 48
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.01
176 80 0.12
177 3 0.00
178 49 0.08
179 6 0.01
180 195 0.30
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTAAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTCAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTT
TAAATAGTTATACTATTCGAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
Found at i:245553 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 245522--245554 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
245512 GCTTATTTAG
245522 AGTAAAATATTGCTAA
1 AGTAAAATATTGCTAA
245538 AGTAATAATATT-CTAA
1 AGTAA-AATATTGCTAA
245554 A
1 A
245555 AATTAATAAG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.62
17 6 0.38
ACGTcount: A:0.52, C:0.06, G:0.09, T:0.33
Consensus pattern (16 bp):
AGTAAAATATTGCTAA
Found at i:246015 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 245561--247020 Score: 1146
Period size: 181 Copynumber: 8.2 Consensus size: 181
245551 TAAAAATTAA
* ** * * *
245561 TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * *
245626 TATCTATGTCAAATCGTT-TTAACCTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTT-TATTTCATACAAG
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* *
245689 CTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAG
130 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
245740 CAATA-ATTTAAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTCGAATAGTTATGACTATTTAAACA
1 TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * *** * *
245803 ATTATCTATTTAAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAAATGATAAA
64 ATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
* * * * *
245867 AGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAG
128 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * ** *
245921 TTAGAGATTTAAAAAGTAAATCAATTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* *
245986 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCT-TATCATATAAG
66 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCATACAAG
* * **
246050 CCTCTTTGAAATAAAATAATACT-A---ATT--T-TTT-AAAAATTAATAAG
130 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
246094 TAGGAGATTTTAAAAA-AAATC---TTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
246155 TATATCTTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTATTTTGTCATAAAATAA---TTTATGTTCATACAAG
66 TATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * ** * * *
246216 CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATATAACAATATTAT-GAAAATGAATAAC
130 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * * * *
246268 TAAAAGATTTAAAAAATAGATTTGTTT-GCTGAAGCAATTCAAATAGTTAAG-CATATATGAATA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACCAGTTCAAATAATTATGAC-TATTTGAACA
* * * * * * * *
246331 ATTATCTATTTCAAATTATTATG-ACTTTTTGTTTTATCGTAAAACAAATATTTTTGTTTATATA
64 ATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
* * * * *
246395 AGTTTGA-ACAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
128 AGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
246449 --A-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAATTCAATTAATTATAACAATTTGAATAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * **
246510 TATTTATTTCAAATCTTTATGACCATTTGTTTTGTCATGAAACAATTGTTTCTATTGATACATTC
66 TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGC
* * ** *
246575 TTATTCGAAATAAAGTAACGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAA
131 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
* * ** * * * *
246626 TAATG-GATTTAAAAAAATGAATCTATTGGCTTG-ACCAGTACAAATAATTATAACTATTTGAAT
1 TAA-GAGATTT-AAAAAATAAATCTGTT-TATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * *
246689 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACC
63 AATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
*** *
246753 AGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAG
128 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
246807 TAAGAGATTTAAAAATTGAATTTGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * * * *
246872 TACCTATTTCAAATCGTTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAG
66 TATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * * *
246936 CTTATTTC-AATTAAAATAATTCAAATTTATTAATATTT-AGACAATTAATAAG
130 CTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG
* * *
246988 TAAAAGAATTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA
247021 TAAATTCAAA
Statistics
Matches: 1016, Mismatches: 213, Indels: 102
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 30 0.03
167 2 0.00
168 2 0.00
169 71 0.07
170 1 0.00
172 6 0.01
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176 3 0.00
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179 72 0.07
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181 371 0.37
182 75 0.07
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
TATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGC
TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
Found at i:246700 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 246668--246700 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
246658 GACCAGTACA
246668 AATAATTATAACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
246686 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
246701 CAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:246726 original size:705 final size:715
Alignment explanation
Indices: 245698--247014 Score: 1578
Period size: 705 Copynumber: 1.8 Consensus size: 715
245688 GCTTATTCAA
* *
245698 AATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCAAAAATTAATAAGCAATAATTTAAAAAAATAAATTT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAATTAATAAG-AATAATTTAAAAAAATAAATAT
* * * *
245763 GTTTACTAAACAAGTTCGAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAAC
65 GTTTACCAAACAAGTTCGAATAATTATAACAATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAAC
* * *
245828 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAAATGATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTA
130 CATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAAATGATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTA
* * * * * *
245893 CTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTAGAGATTTAAAAAGTAAATCAATTTATCGAACCAG
195 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTGATCGAACCAG
* * *
245958 TTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCG
260 TACAAATAATTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCA
* * *
246023 TAAAACAATTGTTTCT-TATCATATAAGCCTCTTTGAAATAAAATAATACT-A-ATT-T-TT-TA
325 CAAAACAATTGTTTCTGT-TCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATATTATATTCTA
* *
246082 AAAATTAATAAGTAGGAGATTTTAAAAA-AA-AT-CTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACA
389 AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAATATGCTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACA
* * * *
246144 ATTTGAACAATTATATCTTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAA-TTTATGTT
453 ATTTGAACAATTACATATTTCAAATCGTTATAACATTTTATTTTGTCATAAAATAATTTTATATT
*
246208 CATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATATAACAATA-TTATGAAAATGAATAACTAA
518 CATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACAAATATAACAATATTTA-GAAAATGAATAACTAA
* * *
246271 AAGATTTAAAAAATAGATTTGTTTGCTGAAGCAATTCAAATAGTTAAGCATATATGAATAATTAT
581 AAGAATTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAAGCAATTCAAATAGTTAAGCATATATGAATAATTAT
246336 CTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTATCGTAAAACAAATATTTTTGTTTATATAAGTTTG
646 CTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTATCGTAAAACAAATATTTTTGTTTATATAAGTTTG
246401 AACAG
711 AACAG
* * *
246406 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-A-AATTT-AAAAAATAAATAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGAATAATTTAAAAAAATAAATAT
* * * * * *
246468 GTTTACCAAACCAA-TTC-AATTAATTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCTTTATG
65 GTTTACCAAA-CAAGTTCGAA-TAATTATAACAATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATA
* * * * * ** * * * *
246531 ACCATTTGTTTTGTCATGAAACAATTGTTTCTATTGATACATTCTTATTCGAAATAAAGTAACGC
128 ACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAAATGATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACAC
* * * * *
246596 TAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATAATG-GATTTAAAAAAATGAATCTATTGGCTTG
193 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAGAAATAA-GAGATTT-AAAAAATAAATCAATT-GATCG
* * *
246659 -ACCAGTACAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTT
254 AACCAGTACAAATAATTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTT
* * * *
246722 TTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACCAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTTATTA
319 TTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAA--TATT-
* * *** *
246787 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTGAATTTGTTTATTGAACAAGTTTAAATA
381 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-T-AATATGCTTACCAAACAAGTTCAAATA
* * * *
246852 GTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAA
444 GTTATGACAATTTGAACAATTACATATTTCAAATCGTTATAACATTTTATTTTGTCATAAAATAA
* * * * ** * *
246917 TTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATTCAAATTTATTAATATTTAGACAATT
509 --TTTTATATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATATAACAATATTTAGAAAATG
*
246982 AATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATGTTT
572 AATAACTAAAAGAATTAAAAAATAAATATGTTT
247015 ATCGAATAAA
Statistics
Matches: 501, Mismatches: 82, Indels: 40
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
704 5 0.01
705 190 0.38
706 76 0.15
707 3 0.01
708 23 0.05
709 18 0.04
711 1 0.00
712 10 0.02
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715 2 0.00
716 1 0.00
717 73 0.15
720 72 0.14
721 7 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (715 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAATTAATAAGAATAATTTAAAAAAATAAATATG
TTTACCAAACAAGTTCGAATAATTATAACAATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACC
ATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAAATGATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTAA
TTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTGATCGAACCAGT
ACAAATAATTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAC
AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATATTATATTCTAAA
AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAATATGCTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACAATT
TGAACAATTACATATTTCAAATCGTTATAACATTTTATTTTGTCATAAAATAATTTTATATTCAT
ACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATATAACAATATTTAGAAAATGAATAACTAAAAGAA
TTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAAGCAATTCAAATAGTTAAGCATATATGAATAATTATCTATT
TCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTATCGTAAAACAAATATTTTTGTTTATATAAGTTTGAACAG
Found at i:246971 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 245543--248584 Score: 2247
Period size: 355 Copynumber: 8.6 Consensus size: 359
245533 GCTAAAGTAA
* * **** *
245543 TAATATTCTAAAAATTAATAAG--A-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAGTTCAAAT
1 TAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAAT
* * * * * * * *
245605 AATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATGTCAAATCGTTTTAACCTTTGTTTAGTCATAAAATAA
65 AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * *** * *
245670 TTATTT-TATTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTC-AAAAAT
130 TTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
* * * * *
245733 TAATAAGCAATA-ATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCGAATAGTTATGACTATT
194 TAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * *
245797 TAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAAATG
258 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * *
245862 ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTAT
323 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
245899 TAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTAGAGATTTAAAAAGTAAATCAATTTATCGAACCAGTTCAAA
1 TAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAA
* * *
245964 TAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCGTAAAAC
64 TAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * *
246029 AATTGTTTCT-TATCATATAAGCCTCTTTGAAATAAAATAATACT-A---ATT--T-TT-TAAAA
128 AATTGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
* * * * *
246085 ATTAATAAGTAGGAGATTT-TAAAA-AAA-AT-CTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACAAT
192 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * *
246146 TTGAACAATTATATCTTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAA---TTTATGTT
257 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * *
246208 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATATAA
322 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * * **
246246 CAATATTATGAAAATGAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAGATTTGTTTGCTGAAGCAA-TTCAA
1 TAATATT-TAAAAATTAATAAGT-AAGGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAAGTTCAA
* * * * * * * *
246310 ATAGTTAAG-CATATATGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTATCGTAAA
63 ATAATTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *** * *
246374 ACAAATATTTTTGTTTATATAAGTTTGA-ACAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAA
126 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT-ATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
* * *
246438 AAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAA-TTCAATTAATTATAAC
190 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
246498 AATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCTTTATGACCATTTGTTTTGTCATGAAACAATTGTTTCT
254 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* ** * * **
246563 ATTGATACATTCTTATTCGAAATAAAGTAACGCTAATTTAT
319 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * ** * *
246604 TAATATTCTAAAAATTAATAAATAATGGATTTAAAAAAATGAATCTATTGGCTTG-ACCAGTACA
1 TAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA-GGATTT-AAAAAATAAATCTATT-TATTGAACAAGTTCA
* * * *
246668 AATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCACAAAA
62 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAA
* *
246733 CAATTGTTTCTGTTCATACCAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAA
127 CAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
* * * *** *
246798 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTGAATTTGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTAT
192 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * *
246863 TTGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATT
257 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * *
246928 CATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATTCAAATTTAT
322 CATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * *
246966 TAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATAAATTCAAA
1 TAATATTTA-AAAATTAATAAGT-AAGGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAA
* * * * *
247031 TAGTAAAGACTGTTTGAACAAATTGTC-A--T-AAA--A-TA--A---TTG---T-T--T-----
64 TAATTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * *
247073 --TTG-TTC-----ATACAAGATTATTT-GAATTAAAATAATATTAATTTGTTAATATT-TATAT
128 AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AA
* * * * * * *
247128 AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATCATAACTA
191 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * *
247193 TTTGAATAATTATCTATTTTCAAATCATTATGAGCTTTTATTTTATCATAAAACAACTGTGTC-A
256 TTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * **
247257 GTTCATATATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
320 -TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* ** * * * *
247298 TAATATTCCAAAAATTAACGAGTAAGAGATTTAAAATATGAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAA
1 TAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAA
* * * * * ** * *
247363 TAGTTATGATTCTTTGAACAATTATCCATTCCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTC-TAAAAT
64 TAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * *
247427 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-TTCTTGAATAAAAAAAAATA-TAAATATGTTAATATTCTA
128 AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TGGAAT--AAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTA
* * * ** *
247490 AAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCTGAACACA-TTTAAATAGTTATGA
189 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
247553 CTATTTGAATAATTATCAATGTCAAATAATTATAACCTTTTGTTTTGCCATAAACCAATTGCTTA
253 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
247618 TTTTCATATAAGCATATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTGT
318 TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * ** *
247660 TAACATTTAAAAA--ATTAA-TAA--ACTT-AAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTTAAATA
1 TAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATA
* * * * * *
247719 TTTATGTCTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTGGCTTTGTCATAAAACA
66 ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTT-GTTTTGTCATAAAACA
* * * * *
247783 ATTGTTTTTATTCATAAAAGTTTATTTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAA
129 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAA
* * * * * ** * * *
247848 TTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTGAATAATCATG-TTCAT
193 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-AT
* * * * *
247912 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
257 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* ** *
247977 CATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAT
322 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* ** * *
248015 TAACATTTTTAAATT--T---TAA-AATTTAAAAAATTAATCTATTTATTGAA-ATAGTTCAAAT
1 TAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACA-AGTTCAAAT
* * * * ** * ** * *
248073 AGTTATGACTATTTGGACAAATATCTATCTCAAATTGTTACGATATTTATTTTGTCATAAAACAC
65 AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * *
248138 TTGTTTCTTTTCATA-AAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATT
130 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
* * * ** * * *
248202 AGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTTGTTTAAAT-GATTAAGACTATTA
195 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTT
* * * * * *
248266 GAATAATTATCTATTTTAAATCATTCTAATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTT
259 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC
* * * *
248330 ATACAAGTTTATTTAGAATAAACTAATACTAATTTAT
323 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
** * * * * * *
248367 TAGCATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATATCTATTTATCGAATAAGTTCAAA
1 TAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAA
*
248432 TATATT-TGATTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
64 TA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
248495 AGAATTGTTT-TAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TCA
126 ACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-A
*
248558 AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA
189 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
248585 CGTACTAAAT
Statistics
Matches: 2104, Mismatches: 454, Indels: 250
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
330 5 0.00
331 117 0.06
332 131 0.06
333 1 0.00
335 3 0.00
336 3 0.00
337 3 0.00
338 2 0.00
340 1 0.00
344 3 0.00
346 4 0.00
347 159 0.08
348 7 0.00
349 1 0.00
350 76 0.04
351 8 0.00
352 179 0.09
353 27 0.01
354 157 0.07
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356 29 0.01
357 11 0.01
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360 136 0.06
361 130 0.06
362 291 0.14
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364 36 0.02
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
TAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATA
ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
ATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
Found at i:247068 original size:150 final size:150
Alignment explanation
Indices: 246903--247182 Score: 429
Period size: 150 Copynumber: 1.9 Consensus size: 150
246893 ACATTTTGTT
*
246903 TTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAAT-TCAAATTTAT
1 TTGTCATAAAATAATTGTTTT-TATTCATACAAGATTATTTCAATTAAAATAATAT-AAATTTAT
*
246966 TAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATAAATTCAAA
64 TAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAATTCAAA
247031 TAGTAAAGACTGTTTGAACAAA
129 TAGTAAAGACTGTTTGAACAAA
* * * *
247053 TTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGATTATTTGAATTAAAATAATATTAATTTGTTA
1 TTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGATTATTTCAATTAAAATAATATAAATTTATTA
* * * * *
247118 ATATTTATATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATA
66 ATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAATTCAAATA
247183 ATCATAACTA
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TTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGATTATTTCAATTAAAATAATATAAATTTATTA
ATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAATTCAAATA
GTAAAGACTGTTTGAACAAA
Found at i:247363 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 247053--248584 Score: 1273
Period size: 181 Copynumber: 8.6 Consensus size: 181
247043 TTTGAACAAA
* ** * * * *
247053 TTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGATTATTTGAATTAAAATAATATTAATTTGTTA
1 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
247118 ATATT-TATATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAAT
66 ATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT
* * * * *
247182 AATCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTTCAAATCATTATGAGCTTTTATT
130 AATTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
247235 TTATCATAAAACAACTGTGTCAGTTCATATATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
1 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** * * * *
247300 ATATTCCAAAAATTAACGAGTAAGAGATTTAAAATATGAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATA
66 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATA
* * * * * **
247365 GTTATGATTCTTTGAACAATTATCCATTCCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
131 ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
247416 TTTTC-TAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTTTCTTGAATAAAAAAAAATA-TAAATAT
1 TTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTAT-TTGAA-ATAAAATAATACT-AATTT
* * *
247478 GTTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTT-TCTGAACACA-TT
62 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACA-AGTT
* * * * * * *
247540 TAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATGTCAAATAATTATAACCTTTTGTT
125 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * * *
247597 TTGCCATAAACCAATTGCTT-ATTTTCATATAAGCATATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTGTT
1 TTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
247661 AACATT-TAAAAA--ATTAA-T-A-A-ACTT-AAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTTAAAT
65 AATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT
* * * * * * *
247718 ATTTATGTCTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTGGCT
130 AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTT
* * * *
247770 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATAAAAGTTTATTTTGGAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * **
247834 TAATATTCTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTGAA
64 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAA
* * *
247899 TAATCATG-TTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTT
129 TAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
** * ** ** *
247952 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTA
1 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** * * *
248017 ACATT-TTTAAATT--T---TAA-A-ATTTAAAAAATTAATCTATTTATTGAA-ATAGTTCAAAT
66 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA-AGTTCAAAT
* * * * ** * *
248073 AGTTATGACTATTTGGACAAATATCTATCTCAAATTGTTACGA--TATTTATT
130 AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTT
* ** * *
248124 TTGTCATAAAACACTTGTTTCTTTTCATA-AAGCTTATTT-AGATTAAAATAATACTAATTTAAT
1 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATT
* * * ** * ** *
248187 AATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTTGTTTAAAT
65 AATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT
* * * * * * * *
248252 GATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTCTAATCTTTTGTT
130 AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
248304 TTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTTATACAAGTTTATTT-AGAATAAACTAATACTAATTTATT
1 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATT
** * * * * * *
248368 AGCATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATATCTATTTATCGAATAAGTTCAAAT
65 AATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT
*
248433 ATATT-TGATTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTT
130 A-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
248485 TTGTCATAAAAGAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTA
1 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
*
248550 ATATT-TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA
66 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
248585 CGTACTAAAT
Statistics
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TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATA
ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
Found at i:248900 original size:23 final size:25
Alignment explanation
Indices: 248868--248915 Score: 64
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248858 CATATGCTAG
*
248868 TCAAATATATG-AAAT-AAGCACAA
1 TCAAACATATGCAAATCAAGCACAA
*
248891 TCAAACATATGCATATCAAGCACAA
1 TCAAACATATGCAAATCAAGCACAA
248916 GCAATTTTGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TCAAACATATGCAAATCAAGCACAA
Found at i:252131 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 252093--252135 Score: 61
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252083 TTTTCATTCA
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1 TCAAATCA-CAAATTTCTTTT
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252134 TC
1 TC
252136 TAAAAATTCA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (20 bp):
TCAAATCACAAATTTCTTTT
Found at i:254891 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 254622--255076 Score: 416
Period size: 178 Copynumber: 2.5 Consensus size: 176
254612 TTTTATGACT
* * * ** ** * *
254622 AAACAAAAGATTAGAACGATTTGAAATAGATAATTAATCTAATAGTCCTAACTATTTGAATTGGT
1 AAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-
* * * ** * *
254687 TTAACAAATATATTTAATTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTCTGGAATATTATTAAATTAATA
64 TTAATAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTAATTA--AATTTC-AAAATATTAATAAATCAATA
*
254752 TTA-TTTTAATCCAA-ATATGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGAA-A
126 TTATTTTTAATCCAATA-AT-CTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTA-CAATA
* * **
254803 AAATAAAGATCATAACGATTTGAGGTAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTTGAACTGGT
1 AAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTGGT
* *
254868 TAGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTT-ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAATATTA
65 TA-ATAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTAATTAAATTTCAAAATATTAATAAATCAATATTA
** * * * *
254932 TTTTTTTTTTCAATAATTTTGTATGAACAGAAACAATTTTTTTACAATA
129 -TTTTTAATCCAATAATCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTACAATA
* * * * * * * *
254981 AAACAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGT-GAACATGACTATGTCAACTTGT
1 AAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGGT
*
255045 TCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
65 T-AATAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTA
255077 CCTATTAAAT
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 40, Indels: 21
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Matches are distributed among these distances:
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AAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT
AATAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTAATTAAATTTCAAAATATTAATAAATCAATATTATT
TTTAATCCAATAATCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTACAATA
Found at i:255117 original size:145 final size:146
Alignment explanation
Indices: 254951--255242 Score: 433
Period size: 146 Copynumber: 2.0 Consensus size: 146
254941 TCAATAATTT
* *
254951 TGTATGAACAGAAACAATTTTTTTACAATAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
1 TGTATGAACAGAAACAATTTTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATT
* * *
255015 GTTCAAGTGAACATGACTATGTCAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCT
66 CTTCAAGTGAACATGACTATGTCAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCA
*
255080 ATTAAATTGTAGAATA
131 ATTAAATTGCAGAATA
* *
255096 TGTATGAACAGAAATAATTTTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATT
1 TGTATGAACAGAAACAATTTTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATT
* * * * * ** *
255161 CTTCGAGTGGACGTGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTATCA
66 CTTCAAGTGAACATGACTATGTCAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCA
255226 ATTAAATTGCAGAATA
131 ATTAAATTGCAGAATA
255242 T
1 T
255243 TAATAAATTA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 16, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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TGTATGAACAGAAACAATTTTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATT
CTTCAAGTGAACATGACTATGTCAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCA
ATTAAATTGCAGAATA
Found at i:255392 original size:177 final size:179
Alignment explanation
Indices: 255098--255528 Score: 424
Period size: 178 Copynumber: 2.4 Consensus size: 179
255088 GTAGAATATG
* * * * * * * * * *
255098 TATGAACAGAAATAATTTTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTCT
1 TATGAATAGAAACAA-TTGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAAAAAATAATTGT
* * * * * * * * *
255163 TCGAGTGGACGTGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TCAA
65 TCAAATAGTCATTACTATTTGAACTTGCTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCCTAGT-AA
255227 TTAAATTGCAGAATATTAATAAATTAGTATGATTTTATTTAGAATAAACTTGT
129 TTAAATTGCAGAATATTAATAAATTAGTATGATTTT-TTTAGAATAAACTT-T
*
255280 T-TGAATAGAAATAA-T-TTTATGACAAAACAAAATAG-CATAACTATTTGAAAAAAATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACTATTTGAAAAAAATAATTGT
* * * ** *
255341 TCAAATAGTCATTACTATTTTAACTTGCTCAGTAAATAGA-TTATTTTTTAAATATTTTAGTTAT
65 TCAAATAGTCATTACTATTTGAACTTGCTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCCTAGTAAT
* *** * * *
255405 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTGAATAAGCTTT
130 TAAATTGCAGAATATTAATAAATTAGTATGATTTTTTTAGAATAAACTTT
* * * * *
255455 TATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATTACTATTTGAAATAGATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAAAAAATAATTGT
255520 TCAAATAGT
65 TCAAATAGT
255529 TAAATAGTCA
Statistics
Matches: 206, Mismatches: 36, Indels: 17
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.01
176 24 0.12
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAAAAAATAATTGTT
CAAATAGTCATTACTATTTGAACTTGCTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCCTAGTAATT
AAATTGCAGAATATTAATAAATTAGTATGATTTTTTTAGAATAAACTTT
Found at i:255651 original size:185 final size:185
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Indices: 255374--255713 Score: 501
Period size: 185 Copynumber: 1.8 Consensus size: 185
255364 CTTGCTCAGT
* * *
255374 AAATAGATTATTTTTTAAATATTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
1 AAATAGATTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGCAATATTAACAAATTAG-ATTATTT
** * * *
255439 TTTTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATTACT-AT
65 TTTCGGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGCTTCATGACAAAATAAAAGGTCA-TAATGAT
255503 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAAATAGTCATAACTATTTGAACGAGTTTAG
129 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAAATAGTCATAACTATTTGAACGAGTTTAG
* *
255560 AAATAGATTTATTTTTT-AA-CTTTTACTTATTAATTTTTGCAATATTAACAATTTTA-ATTATT
1 AAATAGA-TTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGCAATATTAACAA-ATTAGATTATT
255622 TTATTCGGAATAAG-TTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTCATGACAAAATAAAAGGTCATAATG
64 TT-TTCGGAATAAGCTTT-TATGAATAGAAACAATTGCTTCATGACAAAATAAAAGGTCATAATG
255686 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
127 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
255714 CATAACTAAT
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 10, Indels: 11
0.87 0.06 0.07
Matches are distributed among these distances:
184 14 0.10
185 104 0.75
186 12 0.09
187 9 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.12, T:0.43
Consensus pattern (185 bp):
AAATAGATTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGCAATATTAACAAATTAGATTATTTT
TTCGGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGCTTCATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTT
GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAAATAGTCATAACTATTTGAACGAGTTTAG
Found at i:256123 original size:334 final size:334
Alignment explanation
Indices: 255630--256281 Score: 737
Period size: 334 Copynumber: 1.9 Consensus size: 334
255620 TTTTATTCGG
* * * * *
255630 AATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTCATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
1 AATAAGTTTGTATGAAGAAAAAAAATTGCTTCATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * *
255695 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTCAGTAAGCAGATTCATTTTTTTTTAA
66 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTATTCAGTAAACAGATT-ATATTTTTTCAA
* * * *
255760 ATCTCTTGCTTGTTAATTTTTAGAATATGCCTATATGAACTAG-TACAATTGTTTTATAATG-AA
130 ATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATGCCTATATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATAA-GAAA
* * * * * *
255823 A-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACTTATT
193 ATAAAAAGATAATAACAATTTGAAATAGATAATTAGTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACTTATT
* *
255887 CGGTAAACAAATTTA-TTTTAAAATCTT-TTACTTATTAATTGGTAAAATATTAATAAACTCATA
258 AGGTAAACAAATTAATTTTTAAAAT-TTCTTACTTATTAATTGGTAAAATATTAATAAACTCATA
255950 TTCTTTTAATCCA
322 TTCTTTTAATCCA
* * *
255963 AATAAGTTTGTATGAAGAAAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAATAGTCATAATGATTTGAAA
1 AATAAGTTTGTATGAAGAAAAAAAATTGCTTCATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTGAAA
* * * *
256028 TAAATAATTTTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-AGGTAAATAGATT-TATTTTTTCA
65 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTATTCA-GTAAACAGATTATATTTTTTCA
* * * * *
256091 ATAT-T-TTACTTATTAATTTTATTTGAAATATGCTTGTGTGAATAGAAAAAAAATTGTTTTATG
129 A-ATCTCTTACTTATTAA-TTT-TTAG-AATATGCCTATATGAATAG--AAAAAATTGTTTTATA
* * *
256154 AGAAAATAAAAAGATAATAGCAATTTGAAATAGATAATTGGTCAAATCGTTAAGACTATTTGAAC
188 AGAAAATAAAAAGATAATAACAATTTGAAATAGATAATTAGTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAC
* * * * ** *
256219 TTGTTAGGTATATAAATTAATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
253 TTATTAGGTAAACAAATTAATTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTGGTAAAATATTAATAAA
256282 TTAGAATTAT
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 44, Indels: 21
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
331 9 0.03
332 13 0.05
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335 1 0.00
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Consensus pattern (334 bp):
AATAAGTTTGTATGAAGAAAAAAAATTGCTTCATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTATTCAGTAAACAGATTATATTTTTTCAAA
TCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATGCCTATATGAATAGAAAAAATTGTTTTATAAGAAAATA
AAAAGATAATAACAATTTGAAATAGATAATTAGTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACTTATTAGG
TAAACAAATTAATTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTGGTAAAATATTAATAAACTCATATTCT
TTTAATCCA
Found at i:256182 original size:156 final size:155
Alignment explanation
Indices: 255978--256266 Score: 379
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255968 GTTTGTATGA
* ** *
255978 AGAAAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAATAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTTTTTAA
1 AGAAAAAAAATTGTTTTATGAGAAAACAAAATAG-CATAATGATTTGAAATAAATAATTGGTCAA
* * *
256043 ATAGTCATA-ACTATTTGAACTTATTAGGTAAATAGATTTATTTTTTCAATATT-TTACTTATTA
65 ATAGTCA-AGACTATTTGAACTTATTAGGTAAATAAATTAATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTA
256106 ATTTTATTTGAAATATGCTTGTGTGAAT
128 ATTTTATTTGAAATATGCTTGTGTGAAT
* *
256134 AGAAAAAAAATTGTTTTATGAGAAAATAAAA-AG-ATAATAGCAATTTGAAATAGATAATTGGTC
1 AGAAAAAAAATTGTTTTATGAGAAAACAAAATAGCATAAT-G--ATTTGAAATAAATAATTGGTC
* * * *
256197 AAATCGTTAAGACTATTTGAACTTGTTAGGTATATAAATTAATTTTTTAAATTTCTTACTTATTA
63 AAATAGTCAAGACTATTTGAACTTATTAGGTAAATAAATTAATTTTTTAAATTTCTTACTTATTA
256262 ATTTT
128 ATTTT
256267 TGAAATATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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154 1 0.01
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AGAAAAAAAATTGTTTTATGAGAAAACAAAATAGCATAATGATTTGAAATAAATAATTGGTCAAA
TAGTCAAGACTATTTGAACTTATTAGGTAAATAAATTAATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATT
TTATTTGAAATATGCTTGTGTGAAT
Found at i:257258 original size:181 final size:178
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 5.1 Consensus size: 178
256690 CGTCATACTG
* * * * * * * ** * *
256700 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACAGGTTTGGCAAATAGAATTATT
1 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGCCTTAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAATAGATTTATT
* * * * *
256765 TTTTAAAT-ATCTTACTTATTTATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTAATTTA-TTCTGAA
66 TTTTAAATCA-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAA
* * ** * ** * *
256827 TAAG-TTACTAAGAAC-TCAA-ATTGTTCTGCGGCAAAACAAAAGGTCATA-A
128 TAAGCTT-GTATGAACAGAAACATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATATA
* * * * * * ** *
256876 CATTTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAGCAAATTTA
1 -A-TTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGCCTTAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAATAGATTTA
* * * * * *
256941 TTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTTA-TTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCGA
64 -TTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * *
257005 ATAAACTTGTGTGAACAGAAATAATTATTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATA
127 ATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTAAT-ATA
* * * *
257060 ATTTAAAATATATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAATTGATTTATT
1 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGCCTTAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAATAGATTTATT
** *
257125 TTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGAAATATT-TGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
66 TTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAT-TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * *
257189 AGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAACTATG
130 AGCTTGTATGAACAGAAACA-TTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTAA-TATA
* * * * * * * * * * * *
257241 ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCCTAAGTATTTGAAA-TGATTCGGTAAACATATTCAC
1 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGCCTTAACTATTT-AAATTGGTTTGGTAAATAGATTTAT
* * * * *
257305 TTTTTAAATCACTTACTTAATAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAACA
65 TTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * *
257370 ATCTTGTATGAACTGAAACGATTGTTTTATGACAAGAGAAAAGGTCAAAACA
130 AGCTTGTATGAACAGAAAC-ATTGTTTTATGACAA-ACAAAAGGT-AATATA
* ** * * * * *
257422 ATTCAAAATAGATAATT-TTTTGTATAGTCTTAAATGTTTGAATTGCTTTGGTAAATAGATTT-T
1 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAG-ATAGCCTTAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAATAGATTTAT
** ** * * * * *
257485 TTTAAAAAAAAATTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCCTAAT
65 TTT-TTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* ** * * * *
257550 AAGCTTGTGTGAATTGAAACAATTATTTTATAGTA-GAACAAAAGGTTATAGCA
129 AAGCTTGTATGAACAGAAAC-ATTGTTTTAT-G-ACAAACAAAAGGTAATA-TA
* *
257603 ATTTGAAATAGATAATTATTCA
1 ATTTAAAATAGATAATTGTTCA
257625 AATAAAAACT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGCCTTAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAATAGATTTATT
TTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
GCTTGTATGAACAGAAACATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTAATATA
Found at i:259468 original size:179 final size:181
Alignment explanation
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Period size: 179 Copynumber: 2.1 Consensus size: 181
259229 TCAAGTTGTT
* * * * **
259239 ATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCGGAAT-AAATA
1 ATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATATCAAAATAAAATA
*
259302 AATACT-AATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAATAA-ATT-TGTTTG
66 AA-A-TGAATCTAATAATATTCC-AAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAA-AATATTATGTTTA
* * * *
259364 TCGAACCATTTCAAATATTTAAGACTATAAT-AACAATTATCTGTTTCAAAACGTC
127 CCGAACCAATTCAAATAATTAAGACTAT-ATGAACAATTATCTATTTCAAAACGTC
* * * *
259419 ATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTGAATTCATACTAGCTTATATCAAAATAAAATA
1 ATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATATCAAAATAAAATA
* * * * * *
259483 AAATGAATTTATTAATATTTCAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAATTATTATGTTTACCT
66 AAATGAATCTAATAATATTCCAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAAA-TATTATGTTTACCG
* * * *
259548 AACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
130 AACCAATTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAACGTC
*
259600 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
1 ATAACCTTTTATTTTGTCATAAAA
259624 TAAATGTTTT
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 27, Indels: 14
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Matches are distributed among these distances:
178 2 0.01
179 65 0.38
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ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.07, T:0.39
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ATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATATCAAAATAAAATA
AAATGAATCTAATAATATTCCAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAAATATTATGTTTACCGA
ACCAATTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAACGTC
Found at i:259968 original size:359 final size:355
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Period size: 360 Copynumber: 6.0 Consensus size: 355
258689 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * * * * *
258699 AATTACCTATTTTAAATCATTATAACCTTT-TTTATTATAAAATAATTATTTCAGTTTACACAAA
1 AATTATCTATTTCAAATCCTTATGACTTTTGTTTATTATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAG
** * *
258763 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAA-A-AATTAATAACTAAAAGATTTA
66 CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* ** * ** * ** * *
258826 AAAAATAAATCT-GTTTGTAGAAGCAA-TTCAAACAGT-AAGACTACATGACCAATTATGTATTT
129 AAAAATAAATATAGTTACT-GAA-CAAGATCAAATTGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * *
258888 CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAA
192 CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTA-TTCAA
* * * * * *
258953 ATAAAATGATAC-AA---ATT--TA-TT----AATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTT
256 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
** * * * * *
259007 ACCAAAGC-A-TTTCAAATAATTATGGCCATTTCAAC
321 ACTGAA-CAAGTTT-AAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * ** * **
259042 AATTATCTATTTCAAATCATTTTTACCTTTTGCTTGGTCATATAAA-AA-TGTTT-TCAATCAT-
1 AATTATCTATTTCAAATCCTTATGA-CTTTTG-TTTATTATA-AAACAATTGTTTCT-GTTCATA
* * *
259103 TCAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAATTTATTAATCTATCAA-A-AATTAATAAG----AG
62 T-AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA--TATTAAGACAATTAATAAGTAAAAG
* * ** * * * * * * *
259162 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTGTATA
124 ATTTAAAAAATAAATATAGTTACTGAACAAGATCAAATTGTCATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * * * *
259227 CTTCAAGTTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC
189 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTC
* * * * *
259292 GGAAT-AAATAAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT-AAAAATAA
254 -AAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTC--AAA--AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
259355 ATTTGTTT-GTCGAACCA-TTTCAAATATTTAAGACTATAAT-AAC
313 ATATGTTTACT-GAACAAGTTT-AAATAGTTATGACTAT-TTGAAT
* * * * *
259398 AATTATCTGTTTCAAAACGTCATGACTTTTATTT-TGTCATAAAACAATT-TTT-TGAATTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCCTTATGACTTTTGTTTAT-T-ATAAAACAATTGTTTCTG--TTCATA
* * * * *
259460 CT-AGCTTATATCAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCA-A-AATTAATTAGTAAGA
62 -TAAGCTTAT-TTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAA
* * * ** *
259521 GATTTAAAAAAATTATTAT-GTTTACCT-AACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT
123 GATTT-AAAAAATAAATATAG-TTA-CTGAA-CAAGATCAAATTGTCATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
259583 ATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCGTATAAGTT
184 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTT
* * *
259648 TGTTCAGAATAAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCGAAAACTAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
249 TATTCA-AATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
259712 AAATCTATTTA-TCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGACA-
311 AAATATGTTTACT-GAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGA-AT
*
259757 AATTATTTATTTCAAATCCTTATGACTTTCTGTTCTATTATAAAACAAATTGTTTCTGTTCATAT
1 AATTATCTATTTCAAATCCTTATGACTTT-TGTT-TATTATAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATAT
** * **
259822 AAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTGAAAA-ATT
63 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGT-AAAAGATT
* * * * *
259886 T-TAAAATAAATATGGTTACTGAACTAGATC-AATTAGTCAT-ATCTATATGAATAATTATCTAT
127 TAAAAAATAAATATAGTTACTGAACAAGATCAAATT-GTCATGA-CTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
259948 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAGAAGAATTGTTTTAGTTCATATAAGTATATTGA
190 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCA
* * * * * * *
260013 AATAAAATAATGCCAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATT
255 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T-CAAA--AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
* *
260078 TGTTTACTGGACAAGTTTAAATAATTATGA-TAATTTGAAT
316 TGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACT-ATTTGAAT
* * * * *
260118 AATTATCTATTTAAAATCGC-TATAACTTTTTGTTT-TGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCAT-
1 AATTATCTATTTCAAATC-CTTATGAC-TTTTGTTTAT-T-ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* * * * * * * *
260180 CAAGCCTACTTCAAATAAAATAAT-GTATATTTTTTAATATTAAGACATTTAATATGTAAAAGAT
62 TAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * *
260244 TTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT
126 TTAAAAAATAAATATAGTTACTGAACAAGATCAAATTGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * *
260309 TCAAACTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAA
191 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCAA
* * * * * *
260373 ATTAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCAACAATTAACAAGTAACAAATTTTAAAAATAAATA
256 A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A-AA--AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
* * *
260438 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
316 TGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAT
** * * *
260478 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCA-TATAAAACAATTGTATCAGTGCATATA
1 AATTATCTATTTCAAATCCTTATGA-CTTTTGTTT-ATTATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATA
* * * ** * * *
260542 GGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCTGA-AGATTATTGAGTAAGAGATTT
64 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAGACA-ATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * *
260606 AAAAAATGAATCTA-TTGACTAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT
128 AAAAAATAAATATAGTT-ACTGAACAAGATCAAATTGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * * * * *
260670 TAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTCCATACAAGCTTATTTCAA
192 CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTA-TTCAA
* * * * *
260735 ATAAAATATTA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA-TAACTAAAAATTTAAAAAATAAATT
256 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAA-TAAGT-A--AGAGATTTAAAAAATAAATA
* * *
260798 TATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGAC
316 TGTTTACTGAACA-AGTTTAAATAGTTATGAC
260829 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 1405, Mismatches: 271, Indels: 205
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
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345 50 0.04
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348 2 0.00
349 1 0.00
353 1 0.00
354 5 0.00
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363 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
AATTATCTATTTCAAATCCTTATGACTTTTGTTTATTATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAG
CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
AAATAAATATAGTTACTGAACAAGATCAAATTGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCAAATAAA
ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGA
ACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAT
Found at i:260120 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 258971--260828 Score: 1460
Period size: 180 Copynumber: 10.3 Consensus size: 179
258961 ATACAAATTT
* * * * ** * * * *
258971 ATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTACCAAAGC-ATTTCAAATAATTATGGCCA
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * *
259035 TTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTTACCTTTTGCTTGGTCATATAAA-AA-TGTTTTCA
65 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTT-A
* * * *
259098 -ATCAT-TCAAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAATTTATTAATCTATCAAAA
128 GTTCATAT-AAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAA
* ** *
259151 A-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * * * *
259212 TTCAACAATTGTATACTTCAAGTTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTA-T
66 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGT
* * * * *
259276 TCATACAAGCTTATTCGGAAT-AAATAAATACTAATCTAATAATATTCCAAAA
130 TCATATAAGCTTATTC-AAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATT-TAAAA
* * * * * * *
259328 ATTAATAAGTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTT-GTCGAACCATTTCAAATATTTAAGACTA
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
259391 TAAT-AACAATTATCTGTTTCAAAACGTCATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTTGA
65 T-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-A
* * *
259453 ATTCATACT-AGCTTATATCAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAA
128 GTTCATA-TAAGCTTAT-TC-AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAAAA
* * * * *
259507 ATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAATTATTATGTTTACCT-AACCAA-TTCAAATAATTATGAC
1 ATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
259570 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTT
63 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
* * * * **
259635 GTTCGTATAAGTTTGTTCAGAATAAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCGAA
128 GTTCATATAAGCTTATTCA-AATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTAAAA
* * * * *
259689 A--ACTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTA
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
259750 TTTG-ACAAATTATTTATTTCAAATCCTTATGA-CTTTCTGTTCTATTATAAAACAAATTGTTTC
65 TTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTT-
** * * *
259813 T-GTTCATATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACA
126 TAGTTCATATAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAA
* * * * * * * *
259868 ATTAATAAGTGAA-AAATTT-TAAAATAAATATGGTTACTGAACTAGATCAATTAGTCAT-ATCT
1 ATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CT
* * * * *
259930 ATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAGAAGAATTGTTTTAG
64 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* * * *
259995 TTCATATAAG-TATATTGAAATAAAATAATGCCAATTTATTAGTATTCTAAAA
129 TTCATATAAGCT-TATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAA
* * * * * *
260047 ATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGGACAAGTTTAAATAATTATGA-TAA
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-A
* * * * * * *
260111 TTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-
65 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAG
* * * *
260175 TTCAT-CAAGCCTACTTCAAATAAAATAAT-GTATATTTTTTAATA-TTAAGACA
129 TTCATATAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTAA-A-A
* * * * * *
260227 TTTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATTGTTATGACTAT
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* *
260292 TTGAACAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
66 TTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* * * *
260355 TCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCAACA
130 TCATATAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAA
* * * * * * *
260407 ATTAACAAGTAACAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * ** * * *
260472 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCAT-ATAAAACAATTGTATCAGTG
66 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTT
* * * *
260536 CATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCTGAAG
131 CATATAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAA
* * * * * * *
260587 ATTATTGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTGACTAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTAT
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * *
260652 TTAAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTC
66 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTT
* * *
260717 CATACAAGCTTATTTCAAATAAAATATTA-TAAATTTATTAATATTCCAAAA
131 CATATAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-TAAAA
* * * * *
260768 ATTAATAACTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGAC
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGAC
260829 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 1334, Mismatches: 267, Indels: 154
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.00
176 91 0.07
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178 102 0.08
179 187 0.14
180 579 0.43
181 236 0.18
182 71 0.05
183 9 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTT
CATATAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAA
Found at i:260343 original size:540 final size:532
Alignment explanation
Indices: 258971--260828 Score: 1762
Period size: 540 Copynumber: 3.4 Consensus size: 532
258961 ATACAAATTT
* * * * * * * *
258971 ATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTACCAA-AGCATTTCAAATAATTATGGCCA
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTAACA--AGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * * * * * * ***
259035 TTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTTACCTTTTGCTTGGTCATATAAA-AATGTTTTCAA
64 TTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATA-AAATAATTTTTTTGT
* * * *
259099 TCATTCAAGCTTA-TTCAAAATAAAATGATACTAATTTATTAATCTATCAA-AA--ATTAATAAG
128 TCA-TCAAGCTTACTTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAA--TATTAAGAATTAATAATAAA
* * * * *
259160 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTGTA
188 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
* * * * *
259225 TACTTCAAGTTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTAT
253 TATTTCAA-ATGTTATGA-CTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
* * * * * * *
259290 TCGGAAT-AAATAAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TTAAAAAT
316 TCGGATTAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAACA-AATTTTAAAAT
* ** * * * * * * *
259353 AAAT-TTGTTTGTCGAACCATTTCAAATATTTA-AGACTATAAT-AACAATTATCTGTTTCAAAA
379 AAATATGGTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTCATA-ACTAT-ATGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * *
259415 CGTCATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTTGAATTCATACT-AGCTTATATCAAAAT
441 TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATA-TAAGC-TATATTAAAAT
*
259477 AAAATAAAATG-AATTTATTAATATT-TCAAA
503 AAAAT--AATGCAATTTATTAATATTCTAAAA
* *
259507 ATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAAT-TATTATGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATGAC
1 ATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATGAATT-TGTTTA-CTAA-CAAGTTCAAATAATTATGAC
* * *
259570 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTT
62 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTTTTTT
** * **
259635 GTTCGTAT-AAG-TTTGTTCAGAATAAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCGAA--AACTAAT
126 GTTC--ATCAAGCTTACTTCA-AATAAAA-TAATA-TAATTTATTAATATTAAGAATTAA-TAAT
* * *
259696 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG-ACAAAT
185 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AAT
* * *
259760 TATTTATTTCAAATCCTTATGACTTTCTGTTCTATTATAAAACAAATTGTTTCTGTTCATATAAG
249 TATTTATTTCAAAT-GTTATGACTTT-TGTTCTATCATAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATACAAG
* **
259825 CTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTGAA-AAATTTTA
311 CTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGT-AACAAATTTTA
* * * *
259889 AAATAAATATGGTTACTGAACTAGATCAATTAGTCATATCTATATGAATAATTATCTATTTCAAA
375 AAATAAATATGGTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATATGAATAATTATCTATTTCAAA
* * *
259954 TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAGAAGAATTGTTTTAGTTCATATAAG-TATATTGAAATAA
440 TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTATATTAAAATAA
*
260018 AATAATGCCAATTTATTAGTATTCTAAAA
505 AATAATG-CAATTTATTAATATTCTAAAA
* * *
260047 ATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGGACAAGTTTAAATAATTATGA-TAA
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAATTATGACT-A
* * * *
260111 TTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTAT
64 TTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTT-TGT
* * * *
260176 TCATCAAGCCTACTTCAAATAAAATAATGTATATTTTTTAATATTAAGACATTTAATATGTAAAA
128 TCATCAAGCTTACTTCAAATAAAATAATATA-ATTTATTAATATTAAGA-A-TTAATA-ATAAAA
** *
260241 GATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
189 GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
* * *
260306 ATTTCAAACTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC
254 ATTTCAAA-TGTTATGACTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC
** * * *
260371 AAATTAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCAACAATTAACAAGTAACAAATTTTAAAAATAAA
318 GGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAACAAATTTT-AAAATAAA
* *
260436 TATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
382 TATGGTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
** * * * *
260501 GACCTTTTGTTTCAT-ATAAAACAATTGTATCAGTGCATATAGGCT-TATTCAAAATAAAATAAT
447 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTATATT-AAAATAAAATAAT
* * * *
260564 ACTAATTTGTTAATATTCTGAAG
511 GC-AATTTATTAATATTCTAAAA
* * * * * * *
260587 ATTATTGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTGACTAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTAT
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAATTATGACTAT
* * * * * *
260652 TTAAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTC
65 TTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTT
* * *
260717 CATACAAGCTTATTTCAAATAAAATATTATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAA
129 CAT-CAAGCTTACTTCAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATT--AAGAATTAATAA-TAAAA
* *
260782 -ATTTAAAAAATAAATTTATTT-TCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGAC
189 GATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACA-AGTTCAAATAGTTATGAC
260829 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 1102, Mismatches: 161, Indels: 114
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
536 24 0.02
537 99 0.09
538 63 0.06
539 324 0.29
540 406 0.37
541 174 0.16
542 9 0.01
543 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (532 bp):
ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTAACAAGTTCAAATAATTATGACTATT
TGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTGTTCA
TCAAGCTTACTTCAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTAAGAATTAATAATAAAAGATTTAA
AAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAA
ATGTTATGACTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAA
ATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAACAAATTTTAAAATAAATATGGTTAC
TGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTATATTAAAATAAAATAATGCAATTTATT
AATATTCTAAAA
Found at i:261220 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 260903--261366 Score: 457
Period size: 181 Copynumber: 2.6 Consensus size: 177
260893 ATTAATATTC
* * * * * * * *
260903 AAAAATAAATTTGTTTAC-CAAGCAAGTTCAATTAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
1 AAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTAATTC
* * * * * * *** *
260967 AAATAGTTATGATCTTTTGTTTCGTCATAAAATAGTTATTTTTGTTCATACAGTTTTATTCAAAA
65 AAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAAATTATCCAAAA
*
261032 TAAAATAATACTAATTTATTAAAAATTTGAAAACTAATAGGTAGGAGATTTA
130 TAAAATAATACTAATCTATTAAAAATTTGAAAACTAATA---A-GAGATTTA
** * *
261084 AAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTTGAATAATTATGTCCATTTGAACAATTATCTAAATCA
1 AAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTAATTCA
* * * * *
261149 AATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATCCAGAAT
66 AATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAAATTATCCAAAAT
* * * *
261214 AAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTA
131 AAAATAATACTAATCTATTAAAAATTTGAAAACTAATAAGAGATTTA
* * * * ** * * *
261261 AAAACTAAATTTGTTTATTGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTGC
1 AAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTAATT-C
* * *
261325 AAATCGTTAAGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCT
65 AAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTATTTCT
261367 TTCCATATAA
Statistics
Matches: 231, Mismatches: 50, Indels: 9
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
176 28 0.12
177 67 0.29
178 1 0.00
181 133 0.58
182 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
AAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTAATTCA
AATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAAATTATCCAAAAT
AAAATAATACTAATCTATTAAAAATTTGAAAACTAATAAGAGATTTA
Found at i:262101 original size:527 final size:528
Alignment explanation
Indices: 260943--262155 Score: 1253
Period size: 527 Copynumber: 2.3 Consensus size: 528
260933 ATTAGTTATG
* * * * * * * * *
260943 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTCGTCATAAAATAGTTATT
1 ACTATTAGAATAATTATCTAGTTCAAATCA-TTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATT
*** * * * ** * *
261007 TTTGTTCATAC-AGTTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAAATT-TGAAAACTAAT
65 TCAATTCATACAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT-AACATTCAAAAAATTAGT
* * * ** ** *
261070 AGGTAGGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTTGAATA-ATTATG-TCCATTTG
128 AAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTAC----CAAACTCAAATAGATT-TGAT-TATTTG
261132 AACAATTATCTAAATCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCAT
187 AACAATTATCTAAATCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCAT
* **
261197 GCAAAATTATCCAGAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAA
252 GAAAAATTATCCAG---AAAATAATACT-ATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAA
* * * * ** *
261262 AAACTAAATTTGTTTATTGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTGCAA
313 AAACTAAAGTTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAACATCAATTGCAA
* * * * *
261327 ATCGTTAAGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTTTCCATATAAGCTTATTTGAATTAT
378 ATCGTTAAGATATTTATTTTCTCATAAAACAATTATTTCTTT-CATACAAGCTTATTTGAATAAA
* * * *
261392 AAGAATACTAATTTAATAATATTCTAAAACTTAATCAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTATTT
442 AAGAATACTAATTTAATAATATTCTAAAA--TAATCAATAAGAGATTTAAAAAAAAAAGTTATTT
* * *
261457 GTCAAAGCAGTTTAAAAAGTTAAA
505 GCCAAAGCAGTTCAAAAAGTGAAA
* *
261481 ACTATTATAATAATTATCTAGTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT
1 ACTATTAGAATAATTATCTAGTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT
* * **
261546 CAATTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTCAAAAAATTAGTGGG
66 CAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAGTAAG
*
261611 CAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTCAAATAGATTTGATTATTTGAATAATTAT
131 CAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTCAAATAGATTTGATTATTTGAACAATTAT
* * * *
261676 CT-ATTTAAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAATTCAT-AAAAAC
196 CTAAATCAAA-TTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCT-ATTCATGAAAAA-
* * *
261738 TTTTTC-G-AAATACTACT-T-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTA
258 TTATCCAGAAAATAATACTATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAACTA
* *
261799 AAGTTGTTT-TTCGAACTAGTTCAAATAATTATGA-TAATTTGAACAAACATCAATTTCAAATTG
319 AAGTTGTTTATT-GAACTAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACAAACATCAATTGCAAATCG
* * * * *
261862 TTATGATATTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAATT-ATACAAGCTTATTTGGATAAAAAT
382 TTAAGATATTTATTTTCTCATAAAACAATTATTTCT--TTCATACAAGCTTATTTGAATAAAAAG
*
261926 AATACTAATTTAATAATATT-TTAAA-AATCAATAAGAGATTTAAAAAAGAAAAGTT-TTTGCCA
445 AATACTAATTTAATAATATTCTAAAATAATCAATAAGAGATTTAAAAAA-AAAAGTTATTTGCCA
* * *
261988 AATCAGTTCAAATAGTGAAG
509 AAGCAGTTCAAAAAGTGAAA
* * * * *
262008 ATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCATTTTG-TTAGTCATATAATAATTGTT
1 ACTATTAGAATAATTATCTAGTTCAAATCATTTTGACC-TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATT
* * **
262072 TCAGTTCATATAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAGTA
65 TCAATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAGTA
*
262136 AGCAAGAGATTTGAATAAAT
129 AGCAAGAGATTTGAAAAAAT
262156 GAATTTGTTT
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 88, Indels: 51
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
526 1 0.00
527 185 0.33
528 11 0.02
530 16 0.03
531 136 0.24
533 2 0.00
534 11 0.02
535 71 0.13
536 4 0.01
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539 21 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (528 bp):
ACTATTAGAATAATTATCTAGTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT
CAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAGTAAG
CAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTCAAATAGATTTGATTATTTGAACAATTAT
CTAAATCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATGAAAAATTA
TCCAGAAAATAATACTATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAAGTTGT
TTATTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAACATCAATTGCAAATCGTTAAGATAT
TTATTTTCTCATAAAACAATTATTTCTTTCATACAAGCTTATTTGAATAAAAAGAATACTAATTT
AATAATATTCTAAAATAATCAATAAGAGATTTAAAAAAAAAAGTTATTTGCCAAAGCAGTTCAAA
AAGTGAAA
Found at i:262197 original size:94 final size:92
Alignment explanation
Indices: 262086--262257 Score: 231
Period size: 94 Copynumber: 1.8 Consensus size: 92
262076 TTCATATAAG
* *
262086 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TGAAAAATTAGTAAGC-AAGAGATTTG
1 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAACATTCT-AAAAATTAATAA-CTAAGAGATTT-
* *
262149 AATAAATGAATTTGTTTACCGATCAAGTTAA
63 AA-AAATAAATTCGTTTACCGATCAAGTTAA
* * *
262180 CTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAA
1 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAACATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAA
262245 AATAAATTCGTTT
66 AATAAATTCGTTT
262258 GCTAAACCAG
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 7, Indels: 6
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
92 12 0.17
93 3 0.04
94 53 0.77
95 1 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (92 bp):
CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAACATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAA
AATAAATTCGTTTACCGATCAAGTTAA
Found at i:262922 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 262181--262949 Score: 498
Period size: 181 Copynumber: 4.3 Consensus size: 180
262171 TCAAGTTAAC
* * * *
262181 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTA-AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAA
1 TTATTTAGAATAAAAT-ATACTAATTTAATAATATT-TAGAAAATTAATAACTAAGAAAATTAAA
* * * ** * *
262245 AA-TAAATTCGT--TTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATG-GCAATTATTTATTTCA
64 AAGTAAA-AC-TAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTACTTCA
* * * * * * * **
262306 AATTATTAT-GACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATT-ATTTTAGCTCATACAAGA
127 AATCATAATAG-CCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGATTAT-GTTCATACAATT
* * * * * * * *
262360 TTATTCAAAATAGAATAAAACTAATTTAGA-AATATTTCA-AAAATTTATAAGTAAGAGATTTAG
1 TTATTTAGAATAAAAT-ATACTAATTTA-ATAATATTT-AGAAAATTAATAACTAAGAAAATTA-
** * * * *** * * * * *
262423 AAAA-TAATTCTATTTATCTAATTGGTTTAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTC
62 AAAAGTAAAACTAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAATAATTATCTACTTC
* * * ** * * * * *
262486 AAATCGTTATTA-CTTTTTATTTTGTCATAGGACAATTGCTTTTGTTGATATAAGT
126 AAATC-ATAATAGCCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGATTATGTTCATACAATT
* * * * * * * * * *
262541 ATGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAGTCAGTAAGAGATTTAAAA
1 TTATTTAGAATAAAAT-ATACTAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATAACTAAGAAAATTAAAA
* * ** * *
262606 AGTAAAACTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
65 AGTAAAACTAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTACTTCAAAT
* * * *
262671 CATTATAGCCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTATGTTCATACTATT
130 CATAATAGCCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGATTATGTTCATACAATT
*
262722 TTATTTAGAATAAAATACTACTAATTTAATAATATTTTGAAACA-TAATAACTAAGAAAATTAAA
1 TTATTTAGAATAAAATA-TACTAATTTAATAATATTTAGAAA-ATTAATAACTAAGAAAATTAAA
* * * *
262786 AAGTAAATCTAATTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTACTTCAAA
64 AAGTAAAACTAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTACTTCAAA
* * *
262851 TCGTAAT-GACC-TTTCTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTGTTCATACAAGCTT
129 TCATAATAG-CCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGATTATGTTCATACAA--TT
*
262903 TT-TTT--ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA-AAAATTAATAA
1 TTATTTAGAATAAAAT-ATACTAATTTAATAATATTT-AGAAAATTAATAA
262950 GAGATTTAAA
Statistics
Matches: 468, Mismatches: 99, Indels: 47
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
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182 7 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTATTTAGAATAAAATATACTAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATAACTAAGAAAATTAAAAA
GTAAAACTAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTACTTCAAATC
ATAATAGCCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGATTATGTTCATACAATT
Found at i:263207 original size:148 final size:147
Alignment explanation
Indices: 263025--263296 Score: 377
Period size: 148 Copynumber: 1.8 Consensus size: 147
263015 CTATTTCAAA
* * * *
263025 TCATTTTGATCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAGAAGCTTATTCAG-AATA
1 TCATTTTGACCCTTTGTTTAGCCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATT-AGAAATA
* * ** *
263089 AATTACTACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAATAAATATA
65 AAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAA-A-AATTAAAAAAATAAATATA
263153 TTTACTGAACAAATTTTAAC
128 TTTACTGAACAAATTTTAAC
* * ** *
263173 TCATTTTGACCCTTTGTTTAGCCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATTCTTATTTGAAATAA
1 TCATTTTGACCCTTTGTTTAGCCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTAGAAATAA
263238 AATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTAAAAAAATAAAT
66 AATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTAAAAAAATAAAT
263297 CAGTATACCG
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 14, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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TCATTTTGACCCTTTGTTTAGCCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTAGAAATAA
AATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTAAAAAAATAAATATATTT
ACTGAACAAATTTTAAC
Found at i:263742 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 263224--263906 Score: 592
Period size: 180 Copynumber: 3.8 Consensus size: 178
263214 TTCATACATT
* * * * *
263224 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTAAA
1 CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAA
* * * * *
263288 AAAATAAATCAGTATACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTAAA
65 AAAATAAATTAGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT-GAACAATTATCTATTTCAA
** * * *
263353 ATCATTATGACTTTTTATTTTATCATAAAACAA-TTATTTCAATTCATAAAAG
129 ATCGCTATAAC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTC-A-TCATAAAAG
* ** * * * * *
263405 TTTATCAAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTCATAAGTTAGAGATT-TAA
1 CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAA
* * * * *
263469 AAA-AAATTAGTTTA-TCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTGAACAAATATCTATTTCAAA
66 AAATAAATTAGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTGAACAATTATCTATTTCAAA
* *
263532 TCGCTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAG
130 TCGCTAT-AACTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTTCATCATAAAAG
* ** *
263583 CCTATTTGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATCTAAA
1 CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT-TAAA
* * * * * *
263647 AAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAACAGTTATTACTATTAAACAATTATATATTTCAAA
65 AAAATAAATTAGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * *
263712 TTGCTATAATCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTGTC--CATATAAG
130 TCGCTATAA-CTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTT-T-TCATCATAAAAG
* * * * * ** * * *
263763 CTTATTCAGAATAAAATAATATTAATGTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGATATTTAAA
1 CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAA
* ** * * * * * *
263828 AAATAAACTT-GTTTTCCCAACTACTTTAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAA
66 AAATAAA-TTAGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TGAACAATTATCTATTTCAA
* *
263892 ATCGTTATGACTTTT
129 ATCGCTATAACTTTT
263907 TGTCTTGTTG
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 85, Indels: 31
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 42 0.10
178 57 0.14
179 42 0.10
180 144 0.36
181 112 0.28
182 5 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAA
AAATAAATTAGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTGAACAATTATCTATTTCAAAT
CGCTATAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTCATCATAAAAG
Found at i:264230 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 263924--266885 Score: 1654
Period size: 181 Copynumber: 16.6 Consensus size: 181
263914 TTGTAAAACA
* * * * * *
263924 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTT-AAAAATAATTTTATTTGCCAAACCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAA
* * * * * *
263988 GTACAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTC
66 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
264053 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGATTGTTTGGAATAAAATAATATT
131 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATT
** * *
264104 AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAA
* ** * * * *
264169 GTTCAATTACCTATTACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATCGTTATGATCATTTGTTTTGTC
66 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * **
264234 ATTAAACAATTGTTTCTATTTATA-TTGCCTTATTTTG-AATAAAGTAATGCT
131 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTA-TTTGAAATAAAATAATATT
* * * * **
264285 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAACATATTTAAAAAATGAAA-CTATTGGCT-----
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACTAAACA
* * * * * * * *
264344 TGATCAAATAGTTATAACTGTTTAAACAATT-TTCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTA
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* ** ** *
264408 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAAATTATTCAAAATAACATAAT-TCT
129 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT-T
* * * *
264461 AATTTATTTATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATTAATCTGTTTA-TCGAACA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACA
* * * ** ** *
264520 AGTTTAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATGCATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * ***
264585 CATAAAATAATTTTTTCTATTCATAGAAACTTATTTCAAATAAAACAATGCA
130 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATT
* * * * * *
264637 AATTTAGTAATA-TTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTACCAAATA
1 AATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACA
* * * *
264701 AATTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ***
264766 CATAAAATAATTGTTTTTGTTCA-ACCAAGCTTATTTCGGGTTAAAATAATATT
130 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATATT
* * **** * * * * *
264819 AATTTCTTCATATTTTGGCAACTAATAAGTACA-AGATTTTTAAAAAAAAAAATATGTTTACTGA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AGAGA--TTT-AAAAAATAAATCTATTTACTAA
* * * * * *
264883 ACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTT
62 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * *
264948 TGTCATAAAACAATTGTGTC-AGTTCATATAGGCTTATTTGAAACAAAATAATATT
127 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATT
* * * * * * **
265003 AATATATTAATA-TTCTAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTATAAAATGAATCTGTTTACCGAACA
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACA
* * * *
265067 AGTTCAAATAGTTTTTACTATTTGAACAATTACTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
265132 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTAAAT-AAACAATA--
130 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATT
* * * ** *
265181 AAATTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTAAACAC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAA
* * ** ** *
265245 GTTCAAATAGATT-TAACTATTTGTAA-AATTATCT-TTTCAAAAAGTTACAACCTTTTATTTTG
66 GTTCAAATAG-TTATGACTATTTG-AACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
265307 TCAGAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AGAACAAAATAATACT
129 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATATT
* * * * * *
265360 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCT-AGCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAACA
** * * **
265423 AGCGCAAATAGTTA--ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTTTGTCACAAAACAATTG
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATG--AC----CTTTTG
* * * * ** *
265486 TTTCTATTCAT---ACAA--G-TT-TATTCGAAATA-AAACATA-CT--AATTTATTAAT-TT
124 TTT-T-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTC---ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATT
* ** * * * * ** ** *
265537 --TTTGGAAACTAATAGGT-AGGAGATTTAAAAAATAACTTTG-TTTACCAAACAAAT-TCA---
1 AATTT----ATTAATATTTCA--AAAATTAATAAGTAA--GAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTT
* * * *
265594 AATAATCATGTCCATTTGAATAGTTAT--CTATTT---C-A--A---A--TC--A---TTATGAC
57 ACTAAACAAGTTCA----AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * * * *
265641 CTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTATTTTTGTTCATA-AAGAATTATTCAGAATTAAAATAATGT
118 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATT-TGAAATAAAATAATAT
265705 T
181 T
* ** * *
265706 GATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAAATAACTCTGTTTACTAAATCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAA-CA
* * * * * * *
265767 A-TTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTATTTTAT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * * * * * * *
265830 CATAGGATAATTATTTCTTTTCATACATGCTTA-TTCAGATTAAAATAGTACT
130 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATATT
* * * * * * **
265882 AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GTCAAATT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACA
* * * ** * * *
265946 AGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTCTTACCTTTTGTTTAGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** * *
266011 CATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAACTTATTCAAAACAAAATAATACT
130 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATT
* ** * *
266063 AATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAACAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTGCCAAAC
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTAAAC
* * * * * * *
266127 AAGTTCAAACA-TATATGAATATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTTTGACTTTTTGTTTT
64 AAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
266191 GTCATAAAACAATTGTTT-AAGTTCATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACT
128 GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATT
* * * * * * *
266245 ACTTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-AGACAAGAGA-TTAAAAACTAAAAT-TGTTTTCCAAAT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACTAAA-
* ** * ** * * * *
266307 C-AGTTCAACTAGTTACAACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTACGATC-TTTGTTTT
63 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
266370 GTCATAAAAC-ATAGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTTTGATA-AAAACAATACT
128 GTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATATT
* * * * *** * * **
266423 AATTTAATAGTATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAGAAAATAATTGGGTTT-GTCGAATT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACA
* * ** * * * * *
266483 AGATCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
266548 CATCAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCCTATATGAGATAAAATAATATT
130 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATT
* * * * * *
266600 AATTTATTAACA-TTAAAAACATTAATAAGCATA-AGATTTGCAAAAATAAATCTGTTTA-TCGA
1 AATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAATAAGTA-AGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACT-AA
* * * ** *
266662 ACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGAACTTTTGTTT
62 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
266727 TGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCATCTCTAAAATAAAATAATACT
127 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATT
* * ** * *
266782 ACTTTATT-A-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAGAT-TAGTTTTTTTAATA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACTAAACA
* * *
266844 AGTTCAAATAGTGATAGCCT-TTTGTACAATTATTTATTTCAA
65 AGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAA
266886 TTTGTTATAA
Statistics
Matches: 2121, Mismatches: 500, Indels: 323
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
159 4 0.00
160 10 0.00
161 17 0.01
162 11 0.01
163 5 0.00
164 9 0.00
165 8 0.00
166 13 0.01
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169 2 0.00
170 4 0.00
171 14 0.01
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175 70 0.03
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATT
Found at i:265399 original size:357 final size:359
Alignment explanation
Indices: 263924--268874 Score: 2556
Period size: 357 Copynumber: 13.7 Consensus size: 359
263914 TTGTAAAACA
* * * * *
263924 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTT-AAAAATAATTTTATTTGCCAAACCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-TCTGTTTACCAAACAA
* * * ** *
263988 GTACAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTGTTTTGTC
65 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
264053 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGATTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
130 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT
** * * * * *
264118 TTGAAAATTAATAAG--CAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTCAATTACCT
194 TCAAAAATTAATAAGTACAA-A-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATA-GT
* * * * * *
264181 ATT-ACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATCGTTATGATCATTTGTTTTGTCATTAAACAATT
256 -TTAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* ** * * *
264245 GTTTCTATTTATA-TTGCCTTATTTTGAATAAAGTAATGCT
320 GTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTAGAATAAAATAATACT
* * * * * * ** **
264285 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAACATATTTAAAAAATGAAACT-ATT----GGCTT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTACCAAACAA
* * * * * * *
264345 GATCAAATAGTTATAACTGTTTAAACAATTTTCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTATC
65 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** ** * * *
264410 ATAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAAATTATTCAAAATAACATAATTCTAATTTATTTATATT
130 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-TATAATTTATTAATATT
* * * * * * *
264475 TCAAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAATTAATCTGTTTATCGAACAAGTTTAAACAATTAT
194 TCAAAAATTAATAAGTACAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT-T
* * * * *
264535 GACTATTTGAACAATTATGC-ATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTT
258 AACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * *
264599 TTCTATTCATAGAAACTTATTTCA-AATAAAACAATGCA
322 TTCTATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACT
* * * * *
264637 AATTTAGTAATA-TTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTACCAAATA
1 AATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTACCAAACA
* * * * * *
264701 AATTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGT
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *** * *
264766 CATAAAATAATTGTTTTTGTTCA-ACCAAGCTTATTTCGGGTTAAAATAATATTAATTTCTTCAT
129 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-CAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATA-TAATTTATTAAT
**** * * * * **
264830 ATTTTGGCAACTAATAAGTACAAGATTTTTAAAAAAAAAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
191 ATTTCAAAAATTAATAAGTACAA-A-ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
* * *
264895 AGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACA
253 AGT-TTAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * *
264960 ATTGTGTC-AGTTCATATAGGCTTATTT-GAAACAAAATAATATT
317 ATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACT
* * * * *
265003 AATATATTAATA-TTCTAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTATAAAATGAATCTGTTTACCGAACA
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTACCAAACA
* * * *
265067 AGTTCAAATAGTTTTTACTATTTGAACAATTA-CTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * *
265131 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTAAAT-AAACAATA-AAATTATTAATAT
128 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAATTTATTAATAT
* * *** *
265194 TCCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTAAACACGTTCAAATAGATT
193 TTCAAAAATTAATAAGTACAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TT
* ** * * *
265258 TAACTATTTGTAA-AATTATCT-TTTCAAA-AAGTTACAACCTTTTATTTTGTCAGAAACCAATT
257 TAACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
*
265320 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAACAAAATAATACT
320 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
* * * * * *
265360 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCTAGCAA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTACCAAACAA
** *
265424 GCGCAAATAGTTA--ACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AA-----AT-A------GTTTTGTC
65 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
265474 ACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAA-CATACTAATTTATTAATTTT
130 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT
*** * * ** * * * * * *
265538 TTGGAAACTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAACTTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAATCAT
194 TCAAAAATTAATAAGTACAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT-TT
** * * * * *
265603 GTCCATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTATT
258 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * **
265668 TTTGTTCATA-AAGAATTATTCAGAATTAAAATAATGTT
323 TCTATTCATACAAG-CTTATTTAGAA-TAAAATAATACT
* ** *
265706 GATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAAATAACTCTGTTTACTAAATCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-TCTGTTTACCAAA-CA
* * * * *
265767 A-TTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTATTTTAT
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * * * * * * *
265830 CATAGGATAATTATTTCTTTTCATACATGCTTA-TTCAGATTAAAATAGTACTAATTTAATAATA
129 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATA
* * ** ** *
265894 TTTCAAAAATTAATATGTA-AGAAATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAATTAGTTTAAATAGT
192 TTTCAAAAATTAATAAGTACA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * *
265958 TAAGACTATTAGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTCTTACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT
256 TTA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * *
266023 ATTTCAATTCATACAAACTTATTCAAAACAAAATAATACT
320 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
* ** * *
266063 AATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAACAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTGCCAAAC
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT-AATCTGTTTACCAAAC
* * * * *
266127 AAGTTCAAACA-TATATGAATATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTTTGACTTTTTGTTTT
63 AAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
** * * * * *
266191 GTCATAAAACAATTGTTTAAGTTCATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAAT
127 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAAT
* * * *
266256 ATTTAAAAAATTAAT-AG-ACAAGAGA-TTAAAAACTAAAAT-TGTTTTCCAAATC-AGTTCAAC
191 ATTTCAAAAATTAATAAGTACAA-A-ATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAA
* * * * * *
266316 TAGTTACAACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTACGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAC
252 TAGTT-TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * *
266380 -ATAGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTTTG-ATAAAAACAATACT
316 AATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACT
* * * ** * **
266423 AATTTAATAGTATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAGAAAATAAT-TGGGTTTGTCGAATT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATCT--GTTTACCAAACA
* * ** * * *
266483 AGATCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGT
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
266548 CATCAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCCTATATGAGATAAAATAATATTAATTTATTAACA-
129 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATAT
* * * * * * *
266612 TTAAAAACATTAATAAGCATAAGATTTGCAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGT
193 TTCAAAA-ATTAATAAGTACAAAATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
* * * * *
266677 TATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
256 T-TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * *
266742 GTTT-TAGTTCATAAAAGCATCTCTAAAATAAAATAATACT
320 GTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
* **** *
266782 ACTTTATT-A-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAGAT-TAGTTTTTTTAATA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-ATCT-GTTTACCAAACA
* * * *
266844 AGTTCAAATAGTGATAGCCT-TTTGTAC-A--AT-TATTT---ATT-TCA--A---TTTG---T-
64 AGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
* *** * ** * *
266891 T-ATAAAACAATTGTTTTTCAACATGCAAGCTTATTTGAAATAAAATTGTTATTACCTTTCGTT-
128 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA-TAATA-TA-ATTT-ATTA
* * * * ** * *
266954 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAACTTATTTGAAATAAA-ATAATACTATTAATAT
189 ATAT-TTCAAA-AA---TTAAT-AA-GTACAAA---ATTT-AAA-AAATA-AAT-CTGTT--TA-
* * * * ** * * * *
267018 TTC-AAGAA-TT-AGTAAGAGATTTAAAAAATTTATTT-ATTTAATAAACTAGTTCAAATAATTA
237 -CCAAACAAGTTCA--AATAG-TTT----AA-CTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * *
267079 TGA-CTATCTGAAAATTTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTA-TCATAAAGCAATT
292 TGACCT-TTTG---TTTTGTC-A--T-AAA-----ACAA--TTGT-TTCTATTCAT--A-C-A--
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * **
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* * * * * * * * * *
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190 TATTTCAAAAATTAATAAGTACA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATA
* * * * * *
267436 ATTATAACTATTTG-ATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTATGTCATAAGACAA
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* * * * *
267500 TTGTTTTTGTTTATATAAG-TT-TGTTCGAAATAAAATAATACT
318 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTAG-AATAAAATAATACT
* * * * * *
267542 AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTATCAAACCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTACCAAACAA
* * * * * * ** * ** *
267607 TTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTGTTTTAAATCATTATAACCTTTCATTTTGTT
65 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * ** * *
267672 ATCAAACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTTGAAATTAAATAATACTAATTTATTAAT-GT
130 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT
** *** * * * * *
267736 T-ATAAAATTAATGGGTTGGAGACTTAAAGAATTAATTTGTTTACCCAAA-AAGTTCAAATAGTC
194 TCA-AAAATTAATAAGTACAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGT-
* ** * * **
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256 TTAACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* ** * *
267863 GTTTTTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACT
320 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
* * * ***
267903 AATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAAG-AAGAAATTTAAAAACTAAATCTGTTTGCTGGACTA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTACCAAAC-A
* * * * *
267964 A-TTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATCTCAAA-TGTTATGATC-TTTATTTTGT
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * * ** *
268026 CATGAAACAATTGTTTCTGTTTATACGAGTTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-
129 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATAT
* ** * * * *
268090 TTCTAAAATTAATAAGTAGGAGATTTCAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAA-TTCAAATAG-T
193 TTCAAAAATTAATAAGTACAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTT
* ** * *
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257 TAA--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TTT-GTCATAAAACAA
* * * * *
268217 TTATTTC-AGTTAATACATGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATT
318 TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACT
* * * * * * *** *
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1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAAT-AATCTGTTTACCAAACA
* * * * * * ** * *
268320 AATTTAAATAGTTCTGACTATTTAAACAACTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTAT
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *** *
268385 AATAAAATAACTATTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAT-AAATAATATTACTTTATTAAT-
129 CATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA
* * * *** * ** ** * * *
268447 TTTAAAAAATTGAGAAGTTGTAGATTTAAAAGCTAAATCAATTTATCGAATC-AGTTCAAATAAT
192 TTTCAAAAATTAATAAGTACAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGT
* * * ** *
268511 TATAGCCATTGGAACAATTATCTATTAGAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATCAAAA-AAT
256 T-TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAAT
* * * * *
268575 TGTTTTTCA-TCATATAAACCTATTTTAGAATAAAATAGTACT
319 TGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA-TTTAGAATAAAATAATACT
* * * *
268617 AATTTATTAATATTTCAGAAATTAATGAG-AATGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTACCAAAC-
* * * * * ** * *
268681 AA-TTCAAACAGTTATGACTATTTGAATAGTTATATATTTCAGATCATTATAACATTTTGTTTTG
63 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
268745 TCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTGGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA
128 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA
* * * * * *
268810 TTGT-GAAAATTAATAACTA-AGAGATTTAAAAAAAAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAG
192 TT-TCAAAAATTAATAAGTACA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
268873 TT
255 TT
268875 AAGGCTAGAG
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ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
Found at i:265672 original size:20 final size:20
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*
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1 T
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Statistics
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Found at i:266240 original size:182 final size:179
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* * * *
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* *** * * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * ** * * ** *
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** * * * *
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* * *
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* * ** * * ** * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * *** *
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* * * * * ** * * ** *
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* ** * *
266490 ATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTT
129 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* * * * * * *
266541 GTTTAGTCATCAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCCTATATGAGATAAAATAATATTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * ** *
266606 TTAACATTAAAAACATTAATAAGCATA-AGATTTGCAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTC
65 TTAATATTCAAAA-ATTAATAAGCA-AGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTTC
* * * *
266670 AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGAACTTTT
127 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* * * * *
266723 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCATCTCTAAAATAAAATAATACTACTTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * **** *
266788 TTAAT-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAGAT-TAGTTTTTTTAATAAGTTCAA
65 TTAATATTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTGCCAAACAAGTTCAA
* * * * * * * **
266851 ATAGTGATAGCCT-TTTGTACAATTATTTATTTCAATTTGTTATAAAACAATT
129 ATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-GACCTTTT
* *** *** ***
266903 GTTTT-TCA-ACATGCAAGCTTATTTGAAATAAAATTGTT-ATTACCTTTCGTT-TTGTCATAAA
1 GTTTTGTCATA-A---AA-C--AATTG---TTTCA--GTTCA-TA-CAAGC-TTATTAAAATAAA
* * * * * * * ** **
266964 ACAAT--T-GTTT-TTCAACATACAAACTTATTTGAAATAA--AATA-ATACT-ATTAATATTTC
51 ATAATACTAATTTATT-AATATTCAAA---AATT--AATAAGCAAGAGAT-TTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * * * * **
267021 AAGAATTAG-TAAGA-GATTTAAAAAATTTAT--TTATTT-AATAA--A-CTAGTTCAAATAATT
109 -TG--TTTGCCAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
*
267078 ATGA-CTATCT
170 ATGACCT-TTT
* * * * ****
267088 GAAAATTTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTC--TATCATA-AAGCAATTATTTTTGT
1 G---TTTTGTC-A--T-AAA-----ACAA--TTGT-TTCAGT-TCATACAAGC--TTA-TTAAAA
* * * * * ** * ** * *
267150 TCATATAAGT--TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCAAAAAATTCATAACTA
47 TAAAATAA-TACTAATTT---AT-TAAT-ATTC-AA-AAATTAATAAGCAAGAGATT--TAA--A
** *** * * * * *
267213 AGAGATTTAAAAAATAAGTACGTTTGCTGAACCAA-TTCACATAGTTAAGACTATATGAACAATT
100 A-A-A--T-AAATCTGTTT------GC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * *
267277 ATCTAATTCAAATCGTTATGACATTTT
153 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* *
267304 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAA-CTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGC-TTATT-AAAATAAAATAATACTAATTT
** * * * * * * * * * *
267368 ATTAATATTTTAAATTTTATAAGTAAGAGATTTAATAAATAATTCTATTTACTAAACTAGTTTAA
64 ATTAATATTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTTCAA
* * * ** * *
267433 ATAATTATAACTATTTG-ATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTT
129 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* * ** * * * * *
267483 GTTATGTCATAAGACAATTGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * ** * * *
267548 TTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTATCAAACCATTTTAA
65 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTTCAA
* * * * ** * *
267613 ATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTGTTTTAAATCATTATAACCTTTC
129 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* * * * * ** * *
267664 ATTTTGTTATCAAACAATTGGTTCTA-TTCATACTATTTTATTTGAAATTAAATAATACTAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTT
* ** *** * * * * *
267728 ATTAATGTT-ATAAAATTAATGGGTTGGAGACTTAAAGAATTAATTTGTTTACCCAAA-AAGTTC
64 ATTAATATTCA-AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-GCCAAACAAGTTC
* * * * ** **
267791 AAATAGTCATGTCCATTTGAA-ATATTATCTATTTTAAATCATTATGATATTTT
127 AAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* **
267844 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTT
* * ***
267908 ATTAATATTTCAAAAA-T--TAAG-AAGAAATTTAAAAACTAAATCTGTTTGCTGGACTAA-TTC
64 ATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAAC-AAGTTC
* * * *
267968 AAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATCTCAAA-TGTTATGATC-TTT
127 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* * * * * * ** * * * **
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1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
268084 ATAATATTCTAAAATTAATAAGTAGGAGATTTCAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAA-TTCAA
65 TTAATATTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAA-CAAGTTCAA
* * * *
268148 ATAGTTAAGGCTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTT
129 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* * * * * * *
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1 GT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATT
* * * * **** * *
268263 TATTAACATTCAAAAAATTAGTAAG--A-A-ATTAAAAAAAATAAATCTATTTATTGACCAAATT
63 TATTAATATTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTT
* * * * * ** *
268324 TAAATAGTTCTGACTATTTAAACAACTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTT
126 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* * * * * * * * * *
268378 GTTTTATAATAAAATAACTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAT-AAATAATATTACTTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * ** ** ** * * *
268442 TTAATTTTAAAAAATTGAGAAG-TTGTAGATTTAAAAGCTAAATCAATTTATCGAATC-AGTTCA
65 TTAATATTCAAAAATTAATAAGCAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-GCCAAACAAGTTCA
* * * ** ** *
268505 AATAATTAT-AGCCATTGGAACAATTATCTATTAGAAATCATTATGAACTTTT
128 AATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* * * * *
268557 GTTTTGTCATCAAAA-AATTGTTTTTCA--TCATATAAACCTATTTTAGAATAAAATAGTACTAA
1 GTTTTGTCAT-AAAACAATTG--TTTCAGTTCATA-CAAGCT-TATTAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
268619 TTTATTAATATTTCAGAAATTAATGAG-AATGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAA
61 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAAC-AA
* * * * * ** * *
268683 -TTCAAACAGTTATGACTATTTGAATAGTTATATATTTCAGATCATTATAACATTTT
123 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
* * *
268739 GTTTTGTCATAAAACAATTATTT-ATGTTCATACAAGCTTATTGGAAATAAAATAATACTAATCT
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTT
* ** * * * *
268803 AATAATATTGTGAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAAAAAATTTGTTTACCAAACTAGTTC
64 ATTAATATT-CAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTTC
268867 AAATAGTTA
127 AAATAGTTA
268876 AGGCTAGAGT
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACAAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
Found at i:266550 original size:537 final size:536
Alignment explanation
Indices: 265557--266826 Score: 1447
Period size: 537 Copynumber: 2.4 Consensus size: 536
265547 AATAGGTAGG
* * * * * * * *** * *
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1 AGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAACAGTTATGAATATTTGAACAATTAT
* * * * *
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66 CTATTTAAAATTATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAA-AACTT
* ** ** * *
265685 AT-TCAGAATTAAAATAATGTTGA-TTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATAGA-TTTAAAAAA
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* * * ** * * **
265747 TAACTCTGTTTACTAAATCAATTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTG
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* * ** * * *
265812 TTATGATCTTTATTTTATCATAGGATAATTATTTCTTTTCATACATGCTTATTCAGATTAAAATA
256 TTACGATCTTTATTTTATCATA-GATAAATATTTCTGATCATACAAGCTTATTCAGATAAAAACA
* * *
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* * * *
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*
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266071 AACATTCAAAAA-ATTAATAAACA-A
512 AACATT-AAAAACATTAATAAACATA
*
266095 GAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACAAGTTCAAACA-TATATGAATATTTGAACAATT
1 -AGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAACAGT-TATGAATATTTGAACAATT
* * *
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*
266224 TATCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAGACAAGAGATTAAAAAC
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* * *
266289 TAAAAT-TGTTTTCCAAATCAGTTCAACTAGTTACAACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATC
191 T-AAATCTGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATC
* * **
266353 ATTACGATCTTTGTTTTGTCATA-A-AACATAGTTTCTGATCATACAAGCTTATTTTGATAAAAA
255 ATTACGATCTTTATTTTATCATAGATAA-ATA-TTTCTGATCATACAAGCTTATTCAGATAAAAA
* * * *
266416 CAATACTAATTTAATAGTATTTCAAAAATTAATAAGT-G-ATTTAGAAAATAATTGGGTTTGTCG
318 CAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAATTTAAAAAATAAATGGGTTTGTCA
* * *
266479 AATTAGATCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTT
383 AATTAGATCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCGATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTT
* * * * * * * * *
266544 TAGTCATCAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCCTATATGAGATAAAATAATATTAATTTATTA
448 TAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAACCTATATAAAACAAAATAATACTAATTTATTA
*
266609 ACATTAAAAACATTAATAAGCATA
513 ACATTAAAAACATTAATAAACATA
* * * * * *
266633 AGATTTGCAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTAT
1 AGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAACAGTTATGAATATTTGAACAATTAT
* * *
266698 CTATTTAAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCATC
66 CTATTTAAAATTATTATG-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTA
*
266763 TCTAAAATAAAATAATACTACTTTATT-A-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
130 TCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA--AAGAGA-TTAAAAAAT
266826 A
192 A
266827 GATTAGTTTT
Statistics
Matches: 620, Mismatches: 92, Indels: 42
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
534 1 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (536 bp):
AGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAACAGTTATGAATATTTGAACAATTAT
CTATTTAAAATTATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTAT
CTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAAAGAGATTAAAAAATAAAT
CTGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTACG
ATCTTTATTTTATCATAGATAAATATTTCTGATCATACAAGCTTATTCAGATAAAAACAATACTA
ATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAATTTAAAAAATAAATGGGTTTGTCAAATTAGAT
CAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCGATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATA
AAACAATTATTTCAATTCATACAAACCTATATAAAACAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAA
AACATTAATAAACATA
Found at i:267289 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 267028--268842 Score: 855
Period size: 181 Copynumber: 10.1 Consensus size: 180
267018 TTCAAGAATT
* * * * * *
267028 AGTAAGAGATTTAAAAAAT-TTATTTATTTAATAAACTAGTTCAAATAATTAT-GACTATCTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAATA-CTATTTACTAAACCAATTCAAATAATTATAGACTATATGAA
* * * * *
267091 AATTTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAGCAATTATTTTTGTTCATAT
65 AA-TTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTATGTCATAAAGCAATTATTTTTGTTCATAT
* * * *
267156 AAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCAAAAAATTCATA
129 AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-AAAAAATTAATA
* * * * * *
267209 ACTAAGAGATTTAAAAAATAAGTAC-GTTTGCTGAACCAATTCACATAGTTA-AGACTATATGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAA-TACTATTTACTAAACCAATTCAAATAATTATAGACTATATGAA
* * * * ** * *
267272 CAATTATCTAATTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATAC
65 -AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTATGTCATAAAGCAATTATTTTTGTTCATAT
* * ** * *
267337 AACTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAATTTTATA
129 AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAATTAATA
* * * * * * *
267389 AGTAAGAGATTTAATAAATAATTCTATTTACTAAACTAGTTTAAATAATTATA-ACTATTTGATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAATACTATTTACTAAACCAATTCAAATAATTATAGACTATATGAAA
* * * * *
267453 ATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTATGTCAT-AAGACAATTGTTTTTGTTTATATA
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTATGTCATAAAG-CAATTATTTTTGTTCATATA
* *
267517 AGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATC
130 AGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTAAAAAATTAATA
* * * * * *
267569 AGTAAGAGATTTAAAAAGTAA-ATCTATTTA-TCAAACCATTTTAAATAGTT-TTGACTATTTGA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAATA-CTATTTACT-AAACCAATTCAAATAATTATAGACTATATGA
* * * * ** * * ** * *
267631 ATAATTATCTGTTTTAAATCATTATAACCTTTCATTTTGTTATCAAA-CAATTGGTTCTATTCAT
64 A-AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTATGTCAT-AAAGCAATTATTTTTGTTCAT
* * * * * *
267695 ACT-ATTTTATTTGAAATTAAATAATACTAATTTATTAATGTTATAAAATTAATG
127 A-TAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAATTAATA
* ** * * * * * * * * * *
267749 GGTTGGAGACTTAAAGAATTAAT-TTGTTTACCCAAA--AAGTTCAAATAGTCAT-GTCCATTTG
1 AGTAAGAGATTTAAA-AAATAATACTATTTA-CTAAACCAA-TTCAAATAATTATAGACTATATG
* * * * * * * *
267810 AAATATTATCTATTTTAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
63 AAA-ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTATGTCATAAAGCAATTATTTTTGTTCAT
* ** * *
267875 ACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TA
127 ATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTAAAAAATTAATA
* * * * ** * ** *
267927 AG-AAGAAATTTAAAAACTAA-ATCTGTTTGCTGGACTAATTCAAATTGTTAT-GACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAATA-CTATTTACTAAACCAATTCAAATAATTATAGACTATATGAA
* * * * * *
267989 CAATTATTTATCTCAAAT-GTTATGATC-TTTAT-TT-TGTCATGAAA-CAATTGTTTCTGTTTA
65 -AATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACATTT-TGTTATGTCAT-AAAGCAATTATTTTTGTTCA
** * * * * * ** * **
268049 TACGAGTTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAATTAATA
126 TATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAATTAATA
* * * * * * * *
268104 AGTAGGAGATTTCAAAAATAA-ATGTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTA-AGGCTAT-TAGA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAATA-CTATTTACTAAACCAATTCAAATAATTATAGACTATAT-GA
* * * * * ** ** *
268166 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTT-TATTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTAA
64 A-AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGT-TAT-GTCATAAAGCAATTATTTTTGTTCA
* * * * * *
268230 TACATGCTTATTCGAAATAAAATAATATTATTTTATTAACATTCAAAAAA-T--T-
126 TATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-AAAAAATTAATA
* * ** * * * * *
268282 AGTAAGAAATTAAAAAAAATAA-ATCTATTTA-TTGACCAAATTTAAATAGTTCT-GACTATTTA
1 AGTAAGAGATT-TAAAAAATAATA-CTATTTACTAAACC-AATTCAAATAATTATAGACTATATG
* * * * * * * ** * *
268344 AACAACTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATAATAAAATAACTATTTTAGTTCAT
63 AA-AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTATGTCATAAAGCAATTATTTTTGTTCAT
* * * * * * * * *
268409 AAAAGCTTATCCAAAAT-AAATAATATTACTTTATTAATTTTAAAAAATTGAGA
127 ATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAATTAATA
* ** * * * * *
268462 AGT-TGTAGATTTAAAAGCTAA-ATCAATTTA-TCGAATCAGTTCAAATAATTATAG-CCAT-TG
1 AGTAAG-AGATTTAAAAAATAATA-CTATTTACT-AAACCAATTCAAATAATTATAGACTATAT-
** * * * * **
268522 GAACAATTATCTATTAGAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATCAAA-AAATTGTTTTTCAT
62 GAA-AATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACATTTTGTTATGTCAT-AAAGCAATTATTTTTGTT
*** ** * * * *
268585 CATATAAACCTATTTTAGAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTCAGAAATTAATG
124 CATATAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTAAAAAATTAATA
** * * * *
268644 AG-AATGAGATTTAAAAAATAA-ATCTATTTACCGAACTAATTCAAACAGTTAT-GACTATTTGA
1 AGTAA-GAGATTTAAAAAATAATA-CTATTTACTAAACCAATTCAAATAATTATAGACTATATGA
* * * * * * *
268706 ATAGTTATATATTTCAGATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATA
64 A-AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTATGTCATAAAGCAATTATTTTTGTTCATA
* * * * * **
268771 CAAGCTTATTGGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTGTGAAAATTAATA
128 TAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-AAAAAATTAATA
*
268825 ACTAAGAGATTTAAAAAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAA
268843 AAAATTTGTT
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Consensus pattern (180 bp):
AGTAAGAGATTTAAAAAATAATACTATTTACTAAACCAATTCAAATAATTATAGACTATATGAAA
ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTATGTCATAAAGCAATTATTTTTGTTCATATAA
GTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAATTAATA
Found at i:268428 original size:895 final size:896
Alignment explanation
Indices: 266951--268811 Score: 1933
Period size: 895 Copynumber: 2.1 Consensus size: 896
266941 ATTACCTTTC
* *
266951 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATAC----TA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTA
* * ** * *
267011 TTAATATTTCAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATTTATTTATTTAATAAACTAGTTCAAATAA
65 TTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTAATAAACTAATTCAAATAA
*
267076 TTATGACTATCTGAAAATTTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAGCAAT
130 TTATGACTATCTGAAAATTTATCTATCTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAGCAAT
* * ** * *
267141 TATTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCAAAAAATTC
195 TATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTCAAAAAATTA
* ** *
267206 ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAGTACGTTTGCTGAACCAATTCACATAGTTAAGACTATATGA
260 ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATACGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGA
*
267271 ACAATTATCTAATTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATA
325 ACAATTATCTAATTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTAATA
* * ** * *
267336 CAACTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAATTTTATAAGTAAGAGATTT
390 CAACTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAA-TAAATAAGTAAGAAATTA
* * * * * * * *
267401 AATAAATAATTCTATTTACTAAACTAGTTTAAATAATTATAACTATTTGATAATTATCTATTTCA
454 AAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAATTTAAATAATTATAACTATTTAACAACTATCTATTTAA
* * * * * * * * * * * * * *
267466 AATCATTATTACTTTTTGTTATGTCATAAGACAATTGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCGAAAT
519 AATCATTATGACATTTTGTTATATAATAAAACAACTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAT
** *
267531 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAG-AGATTTAAAAAG-TAAATCT
584 -AAATAATACTAATTTATTAAT-TTTAAAAAATTAAGAAGT-AGTAGATTT-AAAAGCTAAATCA
* * * * * * * * **
267594 ATTTATCAAACCATTTTAAATAGTT-TTGACTATTTGAATAATTATCTGTTTTAAATCATTAT-A
645 ATTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATAG-CCATTGGAACAATTATCTATTAGAAATCATTATGA
* * *** *
267657 ACCTTTCATTTTGTTATCAAACAATTGGTTCT-ATTCATACT-ATTTTATTTGA-AATTAAATAA
709 A-CTTTCATTTTGTCATCAAAAAATTGGTTCTCA-TCATA-TAAACCTATTTGAGAATAAAATAA
* ** * * * *
267719 TACTAATTTATTAATGTTAT-A-AAATTAATG-GGTTGGAGACTTAAAGAATTAATTTGTTTACC
771 TACTAATTTATTAATATT-TCAGAAATTAATGAGAAT-GAGACTTAAAAAATAAATCTATTTACC
* * * * * *
267781 CAA-AAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAAATA-TTATCTATTTTAAATCATTATGATATTTT
834 CAACAAA-TTCAAACAGTCATGACCATTTG-AATAGTTATATATTTCAAATCATTATAACATTTT
* *
267844 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTA
* * ** ** *
267909 TTAATATTTCAAAAATTAAG-AAGAAATTTAAAAACTAAATCTGTTTGCTGGACTAATTCAAATT
65 TTAATATTTCAAAAATT-AGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTAATAAACTAATTCAAATA
* * * * * * *
267973 GTTATGACTATTTGAACAA-TTATTTATCTCAAA-TGTTATGATC-TTTATTTTGTCATGAAA-C
129 ATTATGACTATCTGAA-AATTTATCTATCTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCAT-AAAGC
* * * * * * *
268034 AATTGTTTCTGTTTATACGAGTTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTC-TAAAA
192 AATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTCAAAAAA
* * * ** *
268098 TTAATAAGTAGGAGATTTCAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTAT-
257 TTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATACGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATA
* * * * *
268162 TAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTT-TATTTAGTCATAAAATAATTATTTCAG
322 T-GAACAATTATCTAATTCAAATCGTTATGACATTTTGT-TTT-GTCATAAAACAATTATTTCAG
* * * * * *
268226 TTAATACATGC-TTATTCGAAATAAAATAATATTATTTTATTAACA-TTCAAA-AAATTAGTAAG
384 CTAATACA-ACTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAATAAATAAGTAAG
* * * * * *
268288 AAATTAAAAAAAATAAATCTATTTATTGACCAAATTTAAATAGTTCTGACTATTTAAACAACTAT
448 AAATT-AAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAATTTAAATAATTATAACTATTT-AACAACTAT
* *
268353 CTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATAATAAAATAACTATTTTAGTTCATAAAAGCTTA
511 CTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTATATAATAAAACAACTATTTTAGTTCATAAAAGCTTA
* * * *
268418 TCCAAAATAAATAATATTACTTTATTAATTTTAAAAAATTGAGAAGTTGTAGATTTAAAAGCTAA
576 TCCAAAATAAATAATACTAATTTATTAATTTTAAAAAATTAAGAAGTAGTAGATTTAAAAGCTAA
* *
268483 ATCAATTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATAGCCATTGGAACAATTATCTATTAGAAATCATTA
641 ATCAATTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATAGCCATTGGAACAATTATCTATTAGAAATCATTA
** * * * *
268548 TGAACTTTTGTTTTGTCATCAAAAAATTGTTTTTCATCATATAAACCTATTTTAGAATAAAATAG
706 TGAACTTTCATTTTGTCATCAAAAAATTGGTTCTCATCATATAAACCTATTTGAGAATAAAATAA
* *
268613 TACTAATTTATTAATATTTCAGAAATTAATGAGAATGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGA
771 TACTAATTTATTAATATTTCAGAAATTAATGAGAATGAGACTTAAAAAATAAATCTATTTACCCA
* * * *
268678 ACTAATTCAAACAGTTATGACTATTTGAATAGTTATATATTTCAGATCATTATAACATTTT
836 ACAAATTCAAACAGTCATGACCATTTGAATAGTTATATATTTCAAATCATTATAACATTTT
* * * * *
268739 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTGGAAATAAAATAATACTAATCTA
1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT-TA
*
268804 ATAATATT
65 TTAATATT
268812 GTGAAAATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (896 bp):
GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTAT
TAATATTTCAAAAATTAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTAATAAACTAATTCAAATAAT
TATGACTATCTGAAAATTTATCTATCTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAGCAATT
ATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTCAAAAAATTAA
TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATACGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAA
CAATTATCTAATTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTAATAC
AACTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAATAAATAAGTAAGAAATTAAA
AAAATAAATCTATTTACTAAACAAATTTAAATAATTATAACTATTTAACAACTATCTATTTAAAA
TCATTATGACATTTTGTTATATAATAAAACAACTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAA
ATAATACTAATTTATTAATTTTAAAAAATTAAGAAGTAGTAGATTTAAAAGCTAAATCAATTTAT
CAAACCAGTTCAAATAATTATAGCCATTGGAACAATTATCTATTAGAAATCATTATGAACTTTCA
TTTTGTCATCAAAAAATTGGTTCTCATCATATAAACCTATTTGAGAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTTCAGAAATTAATGAGAATGAGACTTAAAAAATAAATCTATTTACCCAACAAATTCAA
ACAGTCATGACCATTTGAATAGTTATATATTTCAAATCATTATAACATTTT
Found at i:269563 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 268883--272770 Score: 2131
Period size: 181 Copynumber: 21.7 Consensus size: 178
268873 TTAAGGCTAG
*** * * * *
268883 AGTCATAACTATTTGACCGTATTCAAAAAACAGATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTT
1 AGTCATAACTATTTGAATTTATTCGATAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * ** *
268947 TTGAAATATTAATGAATTTTTATTATTTTATTTGGAATAAACTTGTATGAATAGAACCAATTATT
65 TTG-AATATTAAT-AAATTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTT
* * * * *
269012 TTCTGACAAAATAAAATA-TCATAATGATTTAAAATAGAAAATTGTTCAAGT
128 TTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
** * * * ** * * *
269063 AGTTGTAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATTGAATCATTTTTTAAATCTCTTACTCAATAATTT
1 AGTCATAACTATTTGAATTTATTCGATAAACAG-ATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * * *
269128 TCAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCCTATATGAACT-GATACAATTG
65 T-TGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTG
** * * *
269191 TTTTATGATGAAACAAAAAGTCATAACGATATGAAATAGATAATTATTCAAAT
126 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * * *
269244 AGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACATATT-TATTTTAAGAATCTTTTGCTTATTAATT
1 AGTCATAACTATTTGAATTTATTCGATAAACAGATTAT-TTTTTA-AATCTCTTACTTATTAATT
*** * * * * * *
269308 GTCAAAATATTAATACATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAACA-AAAATATT-T
64 -TTTGAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGT
* * *
269371 TTTGACGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAAT
127 TTT-ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* *
269424 AGTCATAACTATTTGAATTTATTCCATAAACAGAGTT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
1 AGTCATAACTATTTGAATTTATTCGATAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-
* * * *
269488 TATGAATATTAATAAATTCATA-TATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATCAATAGAATAAAATTAT
64 TTTGAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAA-AAAATTGT
* * *** *
269552 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAAT
127 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** * * * *
269604 AGTCATAACTATTTAAACTTGCTT-AATAAATATATTCAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
1 AGTCATAACTATTTGAA-TTTATTCGATAAACAGATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * ** * * *
269668 TTTGAAATATTAATAAAATAGAATTATGCTATTCTG-AATAAGCTTGTA-CAAAAAAAAACAATT
64 TTTG-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATT
* * * *
269731 GTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA-
125 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ** * **
269784 AGTTATAACTATTTGCA-TTGGTCAAGCCAACAGATTCATTTTTTAAATC-CATTACTTATTAAT
1 AGTCATAACTATTTGAATTTATTCGA-TAAACAGATT-ATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAAT
* * * * * * *
269847 TTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTA-TTAAGAATAAGATTGTATTAATAGAAACAATT
63 TTT-TGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTGA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATT
* ** ** * * *
269911 ATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAAT
125 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
269965 AGTTATAA-TTTATTGAA-CTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTATTAAA---C-T-CTTATTAAT
1 AGTCATAACTAT-TTGAATTTA-TTCGATAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
** * *
270023 TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACA-AA-CTTATATG--TACAAAAATA
63 TTT-TGAATATTAATAAATT-ATATTATTTTA-TTTGAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAAAA-A
** * * * * *
270084 TTTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATCCATAT
123 -TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ** * * * * * *
270141 CA-TCTTAACTATTTAAATTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTATATCTTTTAGTTATGAATT
1 -AGTCATAACTATTTGAATTTATTCGATAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * *
270205 TTCAT-AATATTATTAGATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAGATAAATAATTG
64 TT--TGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTG
* ** * *
270269 TTTTATGACAAAACAAAATA-TTATAACAATTTGAAATATATAAATGTTCAAAT
126 TTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ** * * *
270322 AATCATAACTATTTGAACTGGTTC-AGTAAGCATATTGA-TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATT
1 AGTCATAACTATTTGAATTTATTCGA-TAAACAGATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-T
* ** * *
270385 TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAGAGGCTTGTATG-AT-GAAAAACAATT
63 TTTTGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAA-AATT
* * **
270448 GTTTTATGAC-AAAGAAAAAGTTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
125 GTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * ** * *
270502 GGCCATAATTATTTGAATTGATTTGATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATTTCCAACTTCTCAATT
1 AGTCATAACTATTTGAATTTATTCGATAAAC-AGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * ** *
270566 TTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTG-GATAAGCTTTTATGAACCGAAACAATTG
64 TTTG-AATATTAATAAA-TTATATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTG
* *
270630 TTTTATGATAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT
126 TTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
270683 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAAAAAGACTTAATTTTTT-TATTTTTTGCTTATTAA
1 AGTCATAACTATTTGAATTTATTCGA-T-AAACAGA-TT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * *
270746 TTTTTGAATGTTAATACAA-TAGCATTATTTTATTTCAAATAAG-TATGTAT-AGATCGAAACAA
62 TTTTTGAATATTAATA-AATTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCT-TGTATGA-ATAGAAAAAA
* * * * * * * * **
270808 TTATGTTATGACTAAACAAAATGTTAGAATGATATGAAATAGATAATTATTTTAAT
123 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** * ** * * * * *
270864 CGTTTTCACTATTTTGAA-CAAATCGACAAGCCGCATT-TATTTTTGAA--TC-T-CTTATTAAT
1 AGTCATAACTA-TTTGAATTTATTCGATAAACAG-ATTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * ** * ** * *
270923 TTTTAGAATATGATTAGTTTAGCAATTATTTTACTCCG-AATAAGCTTTATATGAATAGAAACAA
63 TTTT-GAATATTAATAAATTA--TATTATTTTA-TTTGAAATAAGC-TTGTATGAATAGAAAAAA
* *
270987 TTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGATATAGATAATTGTTC-AAT
123 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** * ** * * * *
271041 AGTCA-AACTATTTAAATTGGTTCGGTAAATGGATTTAGTTTTTAAA--TGTT--TTACTAATTG
1 AGTCATAACTATTTGAATTTATTCGATAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** *
271101 TTGAAATATTCATAAATTAGTGTTATTTTATTCT-AAATAATTTTGTATGAATA-AAAACAATTA
65 TTG-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTG
* ** ** * *
271164 TTTTGTGAC---ACAAAATTTCATAACAATTTGAAAGAGATAATAGTTCAAAT
126 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * **
271214 GGACATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATGT
1 AGTCATAACTATTTGAATTTATTCGATAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-T
* *
271279 TTAGAATATTAATAAATTGATATTATTTTATTTCG-AATAAATG-TT-TATGAATAGAAACAATT
64 TTTGAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTT-GAAAT-AA-GCTTGTATGAATAGAAAAAATT
* * *
271341 ATTTT-TGACAAAACAAAATA-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAAT
125 GTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
271394 AGTCATAAATATTTAAACTCT-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
1 AGTCATAACTATTTGAA-TTTATTCGATAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-T
* * *
271458 TTTTGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTTTATGAACA-AAAATAATT
63 TTTTGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATT
* * * * *
271521 GGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAAGAGATAATTGCTCAAAT
125 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** * * * *
271575 AGTCATAGCTATTTGAAAGTATT---T--AGA-ATTATTTTTTAATTCTCTCATTTATTAATTTT
1 AGTCATAACTATTTGAATTTATTCGATAAACAGATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * ** *
271634 GGAAATATTAATAAATTA-ATT-TTTT-TTTCTAAATAAGCTACTATGAATTCA-AAAAAACTTA
66 TG-AATATTAATAAATTATATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAA-T-AGAAAAAA-TTG
* * **
271695 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTGTTCGTAT
126 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
271748 AGTCTTAAATATTT-CATCTAGTTTAGA-AAA-AAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAAT
1 AGTCATAACTATTTGAATTTA--TTCGATAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * ** * *
271810 TTTTGGAATATTATTAGATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACA-AAAATAATT
63 TTTT-GAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATT
* * * * * ** *
271874 GTTTTATGACAGAACAAAAAGTTATAACGATTTCAAGTTTACAATTGTTCAAAT
125 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
271928 AGTCAAAACTTTTTGAA-CTAGTTCGATAAACAGATTTATATTTTAAA--TC-T-CTTATTAATT
1 AGTCATAACTATTTGAATTTA-TTCGATAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * ** * *
271988 TTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGAAT-TTTCA-AATACATT
64 TTTG-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAA-AAAAT
* * ** ** ** * *
272050 TGTTATATAATGAAGTAAAGGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACAT
124 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
272105 GGCCATAATTATTTGAATTGATTC-AGTAAATAGATTCACTTTTTAGATCACTTACTTATTAAAT
1 AGTCATAACTATTTGAATTTATTCGA-TAAACAGATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AAT
* * * *
272169 TTTAGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTG-AATGAGCTTGTATGAACT-GAAACAATT
63 TTTTGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATT
* * * * *
272232 GTTCTATAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAT
125 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ** * * *
272286 AGTCTTAACTATTTGAACTGCTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT
1 AGTCATAACTATTTGAATTTATTCGATAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
272351 TTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTATATGAACT-TAAACAATTA
65 TT-GAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTG
* * * * * ***
272414 TTTTATAACAGAACAATAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
126 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
** * * *
272467 AG------------GAATTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TCTACCTATCAATT
1 AGTCATAACTATTTGAATTTATTCGATAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATT
* * *
272519 TTTGAAATATTAATAAATTAGATTATTTTATTCTG-AATAGGTTTGTATG-ATA-AAAAGCAATT
64 TTTG-AATATTAATAAATTATATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA--AATT
* ** *
272581 GTTTTATGACAAAA-GAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
125 GTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
272635 GGCCGTAATTATTTGAACTAATTCGATAAACTA-ACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATT
1 AGTCATAACTATTTGAATTTATTCGATAAAC-AGA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * *
272699 TTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAAGTG
64 TTTG-AATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTG
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Consensus pattern (178 bp):
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TGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
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* * * * * * * **
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* * ** * * ** * *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * *
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* ** *
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* * *
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* * * * * *
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*
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* * * * **
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1 AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * *
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* * * ** *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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** *
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* * * * * * * **
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65 TCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * **
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* * * *
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** * * ** * * **
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* * * * * **
270482 AAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTTGATAAACTA-ATTTATTTTTT
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* * * * * * * *
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* ** * * * * *
270610 TTTATGAACCGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAATT
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* *
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320 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTT-AGT-AAAT
* ** * * * * *
270715 AGACTTAATTTTTTTATTTTTTGCTTATTAATTTTTG-AATGTTAATACAA-TAGCATTATTTTA
1 AGA-TTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * * *
270778 TT-TCAAATAAG-TATGTATAGATC-GAAACAATTATGTTATGACTAAACAAAATGTTAGAATGA
64 TTCT-GAATAAGCT-TGTAT-GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * ** * ** * **** *
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* * * ** * * **
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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1 AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * * * ** **
271132 TCTAAATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTGTGAC---ACAAAATTTCATAACAATTTG
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* * * * * * ** **
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130 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA
** *
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** * *
271322 TT-TATGAATAGAAACAATTATTTT-TGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAAT
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* * *
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* * *
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1 AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * *
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64 TTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * *** *
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* * * * *
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** * * *
271673 ACTATGAATTCA-AAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATA
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** * * * * * * *
271737 ATTGTTCGTATAGTCTTAAATATTTCATCTAGTTTAG-AAAA
317 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTTAGTAAAT
* * * * * * *
271778 AAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTGTTATTTTAT
1 AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * * *
271843 TCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAAGTTATAACGATTTC
65 TCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* ** * * * * * *
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130 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTCAG-TAAACAGATTTATTTTTT
* *
271972 AAAT-C-T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTT
193 AAATCCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGCTT
* ** * * * * ** ** * * *
272033 GAAT-TTTCA-AATACATTTGTTATATAATGAAGTAAAGGGTAATAATGATTTGAAATAGATAAT
256 GTATGAAT-AGAA-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * *
272096 TGTTCACATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTCAGTAAAT
319 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTT-AGTAAAT
* * * * *
272136 AGATTCACTTTTTAGATCACTTACTTATTAAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTA
1 AGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * ** * * * *
272200 TTTTGAATGAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTCTATAACAAAACAAAATGTCATAACGATTT
64 TTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * *
272265 GAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGCTTC-GACAAACAAATTTATTTTT
129 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-GTCAG-TAAACAGATTTATTTTT
* * * *
272329 TAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
192 TAAATC-CTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCT
* * * * * * * *
272394 TATATGAACT-TAAACAATTATTTTATAACAGAACAATAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAAT
255 TGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* ** *
272458 TGTTCAAATAG----GA--A-TT--GGTT-C-GA-TAAAT
319 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTTAGTAAAT
* *
272486 AGATTTATTTTTTAAATCT-TCTACCTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-ATTATTTTA
1 AGATTTA-TTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * **
272549 TTCTGAATAGGTTTGTATGATA-AAAAGCAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCATAACAATT
64 TTCTGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * *** *
272613 TGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCGTAATTATTTGAACTAATTC-GATAAACTA-ACTTATTT
128 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTCAG-TAAAC-AGATTTATTT
* * * * *
272676 TTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCA-AATAA
190 TTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AGAATAA
* * *
272740 GCTTTTATGAACT-GAAACAAGTGTTTTATGA
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272771 TGTAGACACC
Statistics
Matches: 2752, Mismatches: 602, Indels: 296
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
AGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
CTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
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TCCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATG
AATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
ATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTTAGTAAAT
Found at i:272726 original size:711 final size:702
Alignment explanation
Indices: 268914--272743 Score: 2297
Period size: 711 Copynumber: 5.4 Consensus size: 702
268904 TTCAAAAAAC
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268914 AGATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATGAATTTTTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*** * * * * * * **
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269042 AAAATAGAAAATTGTTCAAGTAGTTGTAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATTGAATCATTTTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCGATAAACAGATTTATTTTTT
** * ** ** * *
269107 AAATCTCTTACTCAAT-AATTTTCAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCC
193 AAATCTCCAACT-TATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCT
* * * * * * *
269171 T-ATATGAACTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAA-AGTCATAACGATATGAAATAGATAA
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* * * * ** * * * * *
269234 TTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTAAGAATCTTTTGC
315 TTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA-TTGTTCAGTAAAAAGATTAATTTTTA-AATCTTTTAC
* * * * * * *
269299 TTATTAATTGTCAAAATATTAATACATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAACAAA
378 TTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAA
* * ** * * * * *
269364 AA-TATTTTTTGACGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
442 AACAATTGTTT-ATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTC
* * * * * * * * * *
269428 ATAACTATTTGAATTTATTCCATAAACAGAGTT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTAT
506 TTAACTATTTGAA-CTGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTA-
* * * * * * *
269491 GAATATTAATAAATTCA-TA-TATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATCAATAGAATAAAATTATTT
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* * * * *
269554 TATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA
631 TATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTG------TA-TCA-AACTA-TGA
* *
269619 AACTTGCTT-AATAAAT
687 AA-TTGGTTCGATAAAT
* * * * * * **
269635 ATATTCAGTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGAATTATGCTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** ** * * * * **
269699 TTCTGAATAAGCTTGTACAAAAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
65 TTCCAAATAAGCTTGTA-TGATAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAGAAAAGTTCATAACAATTT
* * * ** * * *** * ** *
269764 GAAATAAATAATTATTCAAA-AGTTATAACTATTTGCA-TTGGTCAAGCCAACAGATTCATTTTT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCGA-TAAACAGATTTATTTTT
* * * ** * *
269827 TAAA--TCCATTACTTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTAAGAATAA
192 TAAATCTCCA--ACTTATCAATTTTTGA-AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT-TGAATAA
* * * * * * * * ** *
269889 GATTGTATTAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATA
253 GCTTGAATT-ACA-AAACATTTGTTTTAT-A-ATAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * ** * *
269954 ATTATTTAAATAGTTAT-AATTTATTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTATTAAA-C---T
314 ATTGTTCAAATAGTCATAAATAT-TTGAA-TTGTTCAGTAAAAAGATTAATTT-TTAAATCTTTT
* * * * * * *
270014 -CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGTACA
376 ACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * *
270078 AAAATATTTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATCCATATCA
440 AAAACAATTG-TTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATAT-A
* * ** * * * *
270143 -TCTTAACTATTTAAATTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTATATCTTTTAGTTATGAATTTT
503 GTCTTAACTATTTGAACT-GTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
* * * * * * * *
270207 CATAATATTATTAGATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAGATAAATAATTGTTT
567 TAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TTAAACAATTATTT
* * * *
270272 TATGACAAAACAAAATATTATAACAATTTGAAATATATAAATGTTCAAATAATCATAACTATTTG
631 TATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGAT-AA--TT---GT-ATCA-AACTA--TG
* **
270337 -AACTGGTTC-AGTAAGC
686 AAATTGGTTCGA-TAAAT
* * * * *
270353 ATATTGA-TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * *
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66 TCCAAATAAGCTTGTATGAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAG-AAAAGTTCATAACAATTTG
* * *
270482 AAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTTGATAAACTA-ATTTATTTTTT
129 AAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCGATAAAC-AGATTTATTTTTT
* * *
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193 AAATCTCCAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTT
** * * * * *
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257 GAAT-TA-CAAAACATTTGTTTTAT-A-ATAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *** * ** *
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* ** * * * * * *
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** * *
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*
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* * * * * * *
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1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * * * *
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66 TCCAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAGAAAAGTTCATAACAATTTGA
* * * * * * * *
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130 AATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * ** *
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442 AACAATT-GTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTC
* * * *** * * * * *
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* *
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* ** * *
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630 TTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAA---TT-G--TA-TC--AAACTATG
** * *
271761 TCATCTAGTTTAGA-AAA-
686 AAAT-T-GGTTCGATAAAT
* * ** * * * *
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1 AGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * *
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191 TTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT-TGAATAAGC
* * * * * *
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255 TTGAA-TTACAAA-ACATTTGTTTTATAAT-AA-CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * **
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316 TGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTG-TTCAGTAAAAAGATT-AATTTTTAAATCTTTTACT
* * * **
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* * *
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*
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* *
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571 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TTAAACAATTATTTTATG
* * * * * *
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635 ACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTATCAAACTATGAAATTGGTTCGATA
272483 AAT
700 AAT
*
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1 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * *
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* * *
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129 AAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCGATAAAC-AGATTTATTTTTT
* *
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GTCATAAATATTTGAATTGTTCAGTAAAAAGATTAATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAG
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTATA
ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACT
GTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAG
TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCA
TAACAATTTGAAATAGATAATTGTATCAAACTATGAAATTGGTTCGATAAAT
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TTTTTATTTTA
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* * *
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* *
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*
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*
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*
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* * * *
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*
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66 GTGGTGCCTCTGTTTAGAGGAGCAATTTACTTTCCAAAGT-GTGGTGCCTCTGTTTAGAGGAGCA
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130 ATTTACTTTTCAAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAG
* * * *
280047 AGGAGCAATTTATTTTTCAAAGTCGT-GTGCCTCTGTTTAGAGGAGCCATTTATGTTTCTCAAAG
1 AGGAGCAATTTACTTTCCAAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAGAGGAGCAATTTA-CTTT-TCAAAG
* *
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64 TCGTGGTGCCTCTGTTTAGAGGAGC
280134 TTTGGTCAAA
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TTTACTTTTCAAAGTCGTGGTGCCTCTGTTTAG
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1 AAAA
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* *
280320 ATTTTT -TTTTT A-TATT -TTTTT CTTTTT A-TTTT A-TTTT A-TTTT
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* * * * * *
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** * * * * *
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128 AGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAG-GTTATAACAATTTAAAATAGAT
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* * * * *
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65 T-ATTATTAA-TTTTCCAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTGAATAAACTAGTATGAA
* * * *
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* * * * *
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1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAA-AAGATTTTCTTTCTAAATCTCT
* * * * * *
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** * * * ** **
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127 CAGAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATA-GAT
** ** * * * *
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1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-GGTTCGGTAAAAAGATTTTCTTTCTAAATCTCT
* * *
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* * *
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127 CAGAA-ACAATTG-TTTATGACAA-AACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGAT
* * * * * *
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1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-GGTTCGGTAAAAAGATTTTCTTTCTAAATCTCT
* * * * * * *
284005 --TTATCAATTCTT-GAAATATTAAAAAATTAG-AGTTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGT
65 TATTATTAATT-TTCCAAATATTAATAAATTAGTA-TTA-TTTATTCT-GAATAAACTAGTATGA
** * * * * *
284065 TGAAAAACAATTGTTGTATAACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTAAAATAGGT
126 ACAGAAACAATTGTT-TATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGAT
* * * * * ** * * *
284119 AGTTGTTCAAATGGCCATAA-TCGTTTGAACTAATTTGGTAAACTA-ATTTAT-TTTTTAAATCT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAAATGGTTCGGTAAA-AAGATTT-TCTTTCTAAATCT
* ** * * * *
284181 CTTACTTATTAACTTTT-GAAATATTAATAAGGTAGCATTATTTTATTTTGTATAAACT-TTATG
63 CTTA-TTATTAA-TTTTCCAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTGAATAAACTAGTATG
* * *
284244 AACTA-AAACAATTGTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATGGAT
125 AAC-AGAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGAT
* * * * * * * * *
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1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAAAAGATTTTCTTTCT-AAATCTCT
* *** * * * *
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* * * *** ** * *
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* * * * *** * * *
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1 AATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAAAAGATTT-TCTTTCTAAATCTC
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* * * * * * *
284604 AGAAAGGAATTGCTTTATGAGAAAA-TAAA-GATA-AACTATTTGAGATA-AT
128 AGAAA-CAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGAT
* ** * *
284653 -ATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT-AAACTGGTTC-CAAAAATAGCCTTTAGT-TTTTTAAAT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TGGTTCGGTAAAA-AG-ATTT--TCTTTCTAAAT
** * * * ** **
284714 CTCTT-TGCTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGTTTTTA
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* * * * * *
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* * * * * * *
284834 AATTATTCAAATAGTCA-AATCTATTT-AAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTTTAAATC
1 AATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAA-TGGTTCGGTAAAAAGA-TT-TTCTTTCTAAATC
* ** * * * * * *
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* * * ** *
284962 AACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAAA-AAAA-GTTAGAATGATTTGAAATAGAT
125 AACAGAAACAATTG-TTTATGAC-AAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGAT
** * * * * ** * *
285016 AATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGG-CAATTGCATTTATTTTTTTAAAATCT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAAAAG-ATTT-TCTTTCT-AAATCT
*** * * * *
285080 CTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTC-GAAGAAGCTTGTATG
63 CTTA-TTATTAATTTTCCAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT-ATTCTGAATAAACTAGTATG
* * *** * * *
285144 AAAAGAAACAATTGTTTTATGA-AAAATAAAA-ACCATAACGATTTGAGATAGAT
125 AACAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGAT
* * * * * ** * ** * *
285197 AATTGTCCAAATAGTTATAACTATTTGGATTGTTTTTGTAAATAGATTTAGTTTTTATATCTC-T
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAAAAGATTTTCTTTCTAAATCTCTT
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66 ATTATTAATTTTCCAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTT-ATTCTGAATAAACTAGTATGAACA
* * * * ** *
285322 G----ATTTTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGAT
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* * * * * ** * * * *
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1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAAAAGATTTTC-TTTCTAAATCTCT
* * *
285432 TACCTATTAATTTT-CATAA-ATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAA
65 TA-TTATTAATTTTCCA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTGAATAAACTAGTATGAA
* * * * * * * * *
285495 TAGAAATAATTGCTTTATAACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAT
127 CAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGAT
** * * * * * * *
285548 AATTGTTCAAGCAATCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAACATATTTAT-TTTCTAACTCTT
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* * ** *
285675 ACAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAGAT
126 ACAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGAT
** *
285729 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTC-AAAAAACAGATTTAT-TTTTTAAAT-T
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-ATGGTTCGGTAAAA-AGATTT-TCTTTCTAAATCT
* *** ** ** * * * * *
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63 CTTA-TTATTAATTTTCCAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTGAATAAACTAGTATGA
* * * * ** *
285855 ATAGGAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
126 ACAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGAT
* * ** * * *
285909 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTCTTTGG-AAAATAG--TTTCATTTTTTAAAACT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAAA-AGATTTTC--TTTCTAAATCT
* ** * * *
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286032 AATTGATACAATTGTTTTATAATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGAT
125 AACAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGAT
* * * * * ** * * *
286087 AATTACTT-AAATAGTTATAAATATTTGAACTTGTTCAATAAACATATCTATT-TTT-GAAATCT
1 AATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAAAAGAT-T-TTCTTTCTAAATCT
* * * * * * ** * *
286149 -TTCGCTTATTAATTGTCAAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATG
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286213 GAGAAAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATA-AGT
125 AACAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGA-T
* * * ** * * * *
286268 AATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTTATTTGGTAAACAA-ATTTAT-TTTTTATATCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAA-AAGATTT-TCTTTCTAAATCTC
** * * *
286331 TTACTTATTAATAGTCTAAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATT-TGAAATAAAC-ATGTATG
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* * * * * *
286394 AATAGAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGCTATTTGAAATAGAT
125 AACAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGAT
* * *
286449 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATT-TTT-TAAATCTC
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAAAAGATT--TTCTTTCTAAATCTC
* * * **
286512 TTACTTATTAATTTT-AAGAATATTAATAAATTAG-ATTTATGTTATT-TCAAATAAGCTTTTAT
64 TTA-TTATTAATTTTCCA-AATATTAATAAATTAGTA-TTAT-TTATTCT-GAATAAACTAGTAT
* * * * * ** *
286574 GAATAGAAACAATTGCTTTGTGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
124 GAACAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGAT
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1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAAAAGATT-TTCTTTCTAAAT-CTC
* * *
286692 TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAG---CA-TTA--CT---T--ACT-GTATGAAT
64 TTA-TTATTAATTTTCCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTCTGAATAAACTAGTATGAAC
* * * * * * *
286745 AGAAACAATTGTTTTAT-A-TAAACAAATTGTTATA-ACA-AT-TTGAAATAAAG
128 AGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAA-AGGT-TATA-ACAATTTAAAATAGAT
* * * * * * *
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1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGG-TTCGGTAAAAAGATTT-TCTTTCTAAATCTC
* * * * * * *
286858 TTACTTTCTTAGTTTTCAAAATATGAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTA-TATG
64 TTA--TTATTAATTTTCCAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTGAATAAAC-TAGTATG
* * * ** *
286922 AACA-AAAAAATTTGTTTTATGACAAAAGAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
125 AACAGAAACAA-TTG-TTTATGAC-AAA-ACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGAT
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1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAAAAG-ATTTTCTTTCTAAATCTCT
** * * ** * ** * *
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287103 TGAAAAAATTGTTTTACGACCAAAGAAAAGGTCATGACAATTTGAAATAAAG
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* * * * * * * * *
287155 AATTGTTCATATAGCCCTAACTATTTGAATTGATTCAGCAAATAA-ATTTAT-TTTTTAAATTTC
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAA-AAGATTT-TCTTTCTAAATCTC
* * * * **
287218 TTAGTTATTAATTTT-TAGAATATTATTACAA-TAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTTTATG
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* * * * * *
287281 AATAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATAT
125 AACAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGAT
* * * * *
287336 AATTCTTCAAATAGTGATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAATAGATTTAT-TTTCTAAATCTCT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAAAAGATTT-TCTTTCTAAATCTCT
** * * ** *
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65 TA-TTATTAATTTTCCAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTGAATAAAC-TAGTATGAA
* * * * ** * *
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127 CAGAAACAA-TTGTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACAATTTAAAATAGAT
* * * * * * * * * * * *
287517 AATTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTGATAAACTA-ATTTAT-TTTTTAGATCTC
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAA-AAGATTT-TCTTTCTAAATCTC
* * ** * * * ** *
287580 TAACTTATCAATTTTTGAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTCTATGC
64 TTA-TTATTAATTTTCCAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCT-GAATAAACTAGTATGA
* * * * ** ** * * *
287643 ACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGCCATAATGATTTTAAATATAC
126 ACAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGAT
* * * * *
287697 AATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT-AAACTTGTCCGATAAACTAAG-TTATT-TTT-T-AATT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TGGTTCGGTAAA--AAGATT-TTCTTTCTAAATC
* * * **
287757 TCTTCCTTATTAA-TTTCC---TA--AAT--ATTATTA-T-TTTACTT-GGAATAGGC-ATGTAT
62 TCTT-ATTATTAATTTTCCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTA-TTCTGAATAAACTA-GTAT
* * * * * ** * *
287810 GAGCTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAA-GTCAAAATGATTTGAAAAAAAAT
124 GAAC-AGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTT-AAAATAGAT
* * * * * * *
287866 AATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAA-ATTTAT-TTTTTGAATC-C
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAA-AAGATTT-TCTTTCTAAATCTC
* * * * * ** **
287928 TTATTA--AGTTTT-GAAATAATAATAAATTGGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTTTATGAAT
64 TTATTATTAATTTTCCAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTGAATAAACTAGTATG-A-
* * * * ** *
287990 ACCAATTATTTTGAATAATTGGTATTATTTTACGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATA
126 A-C-A-GA-----AACAATT-GT-TTA---T--GACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATA
288055 GAT
176 GAT
* * * * * * * *
288058 AATAGCTT-AAATGGGCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAA-ATTTAT-TTTTTAAATCT
1 AATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAA-AAGATTT-TCTTTCTAAATCT
* * * * * * **
288120 CTAACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAAGTAGCATTATTT-TTTTCAAATAAACTTTTATG
63 CTTA-TTATTAATTTTCCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTATTCT-GAATAAACTAGTATG
* * * * * ** *
288183 AATAGAAACAATTGTTTTATGACCAAAGAAAAGATCATAATGATTTGAAATA-ACT
125 AACAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGA-T
* * * * * * * * * *
288238 ATTTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCTGTAAATAGATTTAT-TTTTTAAATATTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAAAAGATTT-TCTTTCTAAATCTCT
** * ** * * *
288302 TACTTATTAATTTTTTGAAATTTTAGGAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGA
65 TA-TTATTAA-TTTTCCAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCT-GAATAAACTAGTATGA
* * * * * * * *
288366 ACA-AAGGCAACTGATTTATCACAAAATAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAAT
126 ACAGAA-ACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGAT
* * * * * *
288420 AATTGTTTAAATAGTCATAACTAATTAAACAT-GTTCAGAAAAATAAATTTAT-TGTT-TAAAT-
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-ATGGTTCGGTAAAA-AGATTT-TCT-TTCTAAATC
* ** * * * *
288481 TATTATTTATTAATTTTTGAAATATTTATAAATATA-TGTTATTTTATTC-GAAATAAGCT-TTC
62 TCTTA-TTATTAATTTTCCAAATATTAATAAAT-TAGTATTA-TTTATTCTG-AATAAACTAGT-
* ** * * * * ** *
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122 ATGAACAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAAT-TTAAAATAGAT
* * * * ** ** * * *
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1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAAAAGATT--TTCTTTCTAAATCTC
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** *
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* *
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* * * * * * **
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*
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* ** * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** *
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* ** * * * **
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* * * * *
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* ** *** * *
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* * * *
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** * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** * * ** **
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* ** * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* ** *
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***
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* * ** ** *
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* * * * * *
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* * * * *
285907 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTCTTTGGAAAATAG-TTT-CATTTTTTAAAAC
128 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTAC-TTTTTTAAATC
* * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * *
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** * * * * * *
286160 ATTGTCAAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGGAGAAAAATAAT
381 ATT-TTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTACAAAAACAAT
* * *
286225 TGCTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTTATAAT
445 TG-TTTATGA-AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTTATAAC
*
286289 TATTTGAACTTATTTGGTAAAC-AAATTTA
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* * * * * *
286318 TTTTTTATATCTTTTACTTATTAATAGTCT-AAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATT-TGAA
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* * * * * *
286381 ATAAACATGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGCTATTTGAAAT
64 ATAAAC-TTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* *
286445 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTCA-TTTTTTAAAT
126 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTACTTTTTTAAAT
* * * *
286509 CTCTTACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAG-ATTTATGTTATT-TCAAATAAGCTTTT
191 CTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGT
* * * * *
286572 ATGAATAGAAACAATTGCTTTGTGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
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* * ** * ** * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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* ** *
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* * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * *
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** *** * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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192 TCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTA
* * * * * * * * * * *
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* ** * * *
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*** * * ** * * *
287765 A--TT--AAT-TTCCTAAA-TATTATTATTTTACTTGGAATAGGCATGTATG-AGCTAAAACAAT
381 ATTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTA-CAAAAACAAT
* * * ** * * *
287823 TATTTTATGACTAAAC-AAAAGTCAAAATGATTTGAAAAAAAATAATTGTTCTAATAGTCT-TAA
445 T-GTTTATGA-AAAACAAAAAGTCATAACAATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAA
* * *
287886 CTATTTGAACTGGTTTGATAAAC-AAATTTA
506 CTATTTGAACT-ATTTGGTAAACTAGATTTA
* * * * *
287916 TTTTTTGAA--TC---CTTATTAAGTTTTGAAATAATAATAAATTGGTATTATTTTATTCTAAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
** * * * *
287976 AATTTTTTATGAATACCAATTATTTTGAATAATTGGTATTATTTTACGACAAAACAAAATGTCAT
66 AA-ACTTTATG-A-A-C---TA----AAACAATT-G-----TTTTATGAC-AAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * *
288041 AATGATTTGAAATAGATAATAGCTT-AAATGGGCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAAT
113 AACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGAT
* * * *
288105 TTA-TTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTTTTC-
177 TTACTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * * *
288168 AAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACCAAAGAAAAGATCATAATGATTTGAAA
242 GAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * *
288233 TA-ACTATTTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCT-GTAAATAGATTTATTTTTTAA
306 TAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACAGATTTA-TTTTT-A
* * **
288296 ATATTTTACTTATTAATTTTTTGAAATTTTAGGAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
367 A-ATCTTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* ** * * * ** *
288361 TATGAACAAAGGCAACTGATTTATCACAAAATAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGT
429 TATGTACAAAAACAATTG-TTTATGA-AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * *
288426 TTAAATAGTCATAACTAATTAAAC-ATGTTCAGAAAAATAAATTTA
492 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAT-TT-GGTAAACTAGATTTA
* * * * *
288471 TTGTTTAAAT-TATTATTTATTAATTTTTGAAATATTTATAAATATA-TGTTATTTTATTC-GAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTCTG-A
* ** ** * * *
288533 ATAAGCTTTCATGAA-TAGATCCAATTGCATTCTGACAAAACAAAAAGTCATAATG-TGTTGAAA
64 ATAAACTTT-ATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACGAT-TTGAAA
* * * * ** * * *
288596 TAGATGATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCAATAAATAGATTCATTTTTTTAAT
125 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTACTTTTTTAAA
* * * *
288661 TCTCTTACTCATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTA
190 TCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTG
* * * * * * * *
288724 TATTAACTGAAACAATTGTTTTATTATAAAGCAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTAT
253 TATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
288789 TCAAATAGTCATGACTACTTGAACTT-TTTCGGTAAAAATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
317 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATC--TTACTTA
* ** * * * * * *
288853 TTAACTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGT-TGAATAGAAAC
378 TTAA-TTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTACAAAAAC
* *
288917 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAA-TT----T-G----TTGTTCAAATAATCATA
442 AATTG-TTTATGA-AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATA
* *
288972 ACGATTTAAACTTATTTGGTAAAC-AGATTTA
505 ACTATTTGAAC-TATTTGGTAAACTAGATTTA
* * * **
289003 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATCCAAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
* * * *
289066 ATAAACTTGTATGAAC-AGAAAAAATCT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAA
64 ATAAACTT-TATGAACTA-AAACAAT-TGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
289129 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTCA-TTTTTTAAA
125 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTACTTTTTTAAA
* * * *
289193 TCTCTTAATTATTAATTTTT-GAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTA
190 TCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTG
* * *
289256 TATGAACTAAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAT
253 TATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
289319 TCAATTAGTCATGACTATTTGATA-TAGTTTGGTAAACATATTTACTTTCTT-AA--TT--TT-T
317 TCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTTAGTAAACAGATTTA-TTT-TTAAATCTTACTTAT
** * * * ** * *
289377 TACATTGTCAAAATATTAATAAAA-TAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAATAGAAA
379 TA-ATT-TTGAAATATTAA-AAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTACAAAAA
* * ** * * * *
289441 CTATTGTTTTAT-AATAGAACAAAAAGTAATAATGA-TTGTAATAAAATAATTGATCAAATAGTC
441 CAATTG-TTTATGAA-A-AACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTT
* * *
289504 ATAACTATTTGGACTGGTTTGATAAA--AGGATTTA
502 ATAACTATTTGAACT-ATTTGGTAAACTA-GATTTA
* **
289538 TTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
* * * * **
289599 AAACTTATACGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGA
66 AAACTT-TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * *
289664 TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTAGAA-TTGGTTAGGTAAATAGAATTA-TTTTTTAAATCT
129 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATAGATTTACTTTTTTAAATCT
* * * * *
289727 CTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAGTAAATTCAATTTTATTTTATTATGAATAAGCTAGTAT
193 CTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT
* ** * * * *
289791 AAATTGAAAA-TTTTGTTTTATAATAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
256 GAA-T-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *
289855 ATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTAGTTATTA
319 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTT-ATTTTTAAA--TCTTACTTATTA
**** * * * * *
289920 AGTTTT-AACATATTATCGGATTACTATTATTGTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAA
381 A-TTTTGAA-ATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTACAAAAACAA
* * * * * * * *
289984 TTGTTTTATGAAAGAACAAAAGGTTTATTTTTAAATAATTATTTGAAGTATACAATTCTTTAAAT
444 TTG-TTTATGAAA-AACAAAAAG-TCA----T-AA-CA--ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** *
290049 AGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAAC-ATATTTA
498 AGTTATAACTATTTGAACT-ATTTGGTAAACTAGATTTA
* * * *
290087 TTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAC
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
* * * * * * **
290152 AACCTTGTATGATA-AAAAAAAATTGTTATATGAC-TACATGAAAGGTAATAATAATTTGAAATA
66 AAACTT-TATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAACA--AAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * ** ** * * *
290215 GGTAATTGTTGAGATAG-CTATAATTATTTCAACTAATTTAGTAAACATATTCAC-TTTTTAAA-
127 GATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTACTTTTTTAAAT
*
290277 -TC--ACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
191 CTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTA
* * * * * * *
290338 TGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTC
255 TGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
** * * *
290403 AAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCT-GTAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGCTTATT
319 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TAGTAAACAGATTTA--TTTTTAAA-TCTTACTTATT
* * *
290467 AATTTTTAAAATTTTAAGAAATTAGTATTATTTTATTT
380 AA-TTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTT
290505 TGGATAAGCT
Statistics
Matches: 5442, Mismatches: 1065, Indels: 720
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
523 5 0.00
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Consensus pattern (535 bp):
TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
AAACTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
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ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTGAAAT
ATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTACAAAAACAATTGTTTATGAAA
AACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTATTT
GGTAAACTAGATTTA
Found at i:287358 original size:887 final size:885
Alignment explanation
Indices: 283552--290423 Score: 2681
Period size: 887 Copynumber: 7.7 Consensus size: 885
283542 GTTGTATGAA
* * * ** * *
283552 AAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTTTAAATAGTTATAATTGTTTGAACTT
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* * * * * *
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65 GATTTAG-TAAACA-AATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT-T-AAATATTATTAAA
* * ** * * * * *
283674 TTAGCT-TTATTCTAATCCGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAA-T-TATTATGACAAAATAAA
126 TTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA
** * * ** ** ** * *
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190 AGGTTATAATATTTG-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTA
* *
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253 AACAGATTTA-TTTTCTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGT-TTATT
* * * * * * * *
283864 TTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACA-AACACAATTGTTTTATGA-AAGTACAAAAGTTTAAAA
315 TTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATAGAA-ACAATTGCTTTATGATAA-AACAAAAGGTCATAA
** * * * * ** * *
283926 CAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTAGTTTCAGTAAATAGATTT
377 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAA-CAGGTTCAAAAAACAGATTC
* * * * *
283991 ACTTTT-TAAATC--T-CTTATCAATTCTT-GAAATATTAAAAAATTAGAGTTATTTTATTTCAA
441 A-TTTTCTAAATCATTACTTATTAATT-TTCAAAATATTAATAAATT-TAG-CA-TTTA--T---
** * * * * * * *
284051 ATAAGCTTGTAT-GTTGAAAAACAATTGTTGTATAACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTAAAAT
496 -TAAGCTTGTATAAAT-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * ** * ** *
284115 -AGGTAGTTGTTCAAATGGCCATAATCGT--TTGAACTAATTTGGTAAACTAATTT-ATTTTTTA
559 AAAG-AATTATTCAAATAGTCATAA-C-TAATTGAACTGCTTAGG-AAAAGAGTTTCATTTTTTA
* ** * ** ** * * *
284176 AATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAGGTAGCATTATTTTATTTTGTATAA-ACTT
620 AAACTCTTAC-TATT---TTTTTTAATATGAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAACAAGACTA
* * * * * * *
284240 TATGAA-CTAAAACAATTG-TTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATGGATAATT-
681 TATGAATC-AAAAAAATTGTTTTATAATAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * **** * * * * *
284301 GTTCAAATA-ATCATTAGTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTCAAATCTCTTGC
745 CTT-AAATAGA-CATAAATATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATCTA-TTTTTGAAA--TCTTCC
* *** * * * * * * * ***
284365 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGATCTAA
805 TTATTAATTGTCAAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATCCAAACAA-CTTGTATGAAGAAA
* * *
284430 AACAATT-ATTATATGAC
869 AAAAATTGCTT-TACGAC
* * ** ** * * * * *
284447 TAAACAAAAGATCGGAATGATTTGAAATAAATAAGTATT-ATAATAGTCTTAACTATTTGAA-TT
1 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAGTAATTGTTCA-AATAGCCATAACTATTTGAACTT
* * ** * *
284510 GGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTA
65 GATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTATTAAATTA
* * * * * * *
284571 GTATTATTTT-TATCTGAATAAGCTTGTATGATTAGAAAGGAATTGCTTTATGAGAAAA-TAAA-
129 GTATTATTTTAT-TTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * *** *
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192 GTTATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * * *
284695 AGCCTTTAGTTTTTTAAATCTCTTTGC-TATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTT
256 AG-ATTTA-TTTTCTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGT-TTATTT
* * * ** * *
284759 TA-TTCAAATAAGTTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGGCAAAATAAAAGGTCATAACGA
316 TATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGCTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * ** ** * *
284822 CTTT-AAATAAAAAATTATTCAAATAGTCA-AATCTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTTAT
380 -TTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAA-CTATTTGAACAGGTTCAAAAAACAGATTCA-
* * * * * **
284885 TTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAA
442 -TTTTCTAAATC-ATTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATT--TAGCA-TTTA---T---
* * * * **
284950 TAAGCTTGTATCAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAAA-AAAA-GTTAGAATGATTTGAAAT
496 TAAGCTTGTAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * ** * * * * **
285012 AGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAATTGCA-TTT-ATTTTTTTAA
559 AAAGAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTGCTTAGG-AAAAG-AGTTTCA-TTTTTTAA
* * * * * * * *
285075 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCGAAGAAG-CTT
621 AA-CTCTTAC-TATT--TTTTT-TAATATGAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAACAAGAC-T
* * * *
285139 GTATGAA--AAGAAACAATTGTTTTATGAA-AAATAAAAA--CCATAACGATTTGAGATAGATAA
680 ATATGAATCAA-AAA-AATTGTTTTAT-AATAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * ** * * * * **** * * * *
285199 TT-GTCCAAATAGTTATAACTATTTGGATTGTTTTTGTAAATAGATTTAGTTTTT-ATATC-T-C
742 TTACT-TAAATAGACATAAATATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATCTA-TTTTTGAAATCTTCC
* * * * ** * * * *
285260 TCT-TTAATTTTCAACA-ATTAATAGACCAATGTTA-TTTAATTCTAAATAA-TT-T-TGCATG-
805 T-TATTAATTGTCAAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAA-TCCAAACAACTTGTATG-AAGA
* * ** * *
285318 -AATAGATTTTTTTATGAA
867 AAAAAAATTGCTTTACGAC
** * * * *
285336 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAAT-AGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTT
1 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAG-TAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
285400 G-TTTAGTAAACATATTTCTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCATAA-ATTATTAAATTA
65 GATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTATTAAATTA
* * * * *
285463 GTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGCTTTATAACAAAATAAAAGAT
129 GTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* ** *
285528 CATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAGCAATCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAACA
194 TATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACA
* * * * * * *
285592 TATTTATTTTCTAACTCTTTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTACTATTTTATT
257 GATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGT-TTATTTTATT
* * * * *
285657 TCAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGA
320 TCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGCTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * *
285722 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAAAAAACAGATTTATTTTTTAA
385 AATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACAGGTTCAAAAAACAGATTCATTTTCTAA
** *** ** *
285787 ATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTCCAAACAAGCTTGTG
450 ATCATTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA--TTTAGCA-TTTATT------AAGCTTGTA
* ** * *
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* * * *
285917 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTCTTTGGAAAATAGTTTCATTTTTTAAAACTCTTACTCATTT
571 AAATAGTCATAACTAATTGAACTGCTTAGGAAAAGAGTTTCATTTTTTAAAACTCTTACT-ATTT
* * * * ** * *
285982 TTTTTAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGGCTATATGAATTGATACAATTGT
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* * * **
286047 TTTATAATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTACTTAAATAGTTATAAATATT
700 TTTATAATAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTTAAATAGACATAAATATT
* * *
286112 TGAACTTGTTCAATAAACATATCTATTTTTGAAATCTTTCGCTTATTAATTGTCAAAATATTAAA
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* * * *
286177 AAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGGAGAAAAATAATTGCTTTATGAC
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* * ** *
286236 AAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAGTAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTT-
1 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAGTAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
286300 ATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTATATCTT-TTACTTATTAATAGTCTAAATATTAATAAATTT
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* * * *
286364 GTATAATTTTA-TTTGAAATAAACATGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG
129 GTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* *
286428 TTATAGCTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
193 TTATA-ATATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * *
286493 GATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGATTTATGTTATT
257 GATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAG-TTTATTTTATT
* * *
286558 TCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGCTTTGTGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGA
320 TCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGCTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * ** *
286623 AATAGATAATTGTTCAAACA-TCATAACTATTTGCACCGGTT-AAGCCAACAGGTTCATTTTCTA
385 AATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACAGGTTCAA-AAAACAGATTCATTTTCTA
*
286686 AATGCATTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGCA-TTACTT-A-C-TGTATGAATA
449 AAT-CATTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTAGCATTTA-TTAAGCTTGTATAAATA
** * *
286746 GAAACAATTGTTTTAT-AT-AAACAAATTGTTATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTCAAATAG
512 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAGAATTATTCAAATAG
* * * *
286809 TTATAACTAATTGAACTGGCTTAGTAAACAGA-TTT-ATTTTTTAAATCTGTTACT-TTCTTAGT
577 TCATAACTAATTGAACT-GCTTAGGAAA-AGAGTTTCATTTTTTAAAACTCTTACTATT-TT--T
*
286871 TTTCAAAATATGAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAA-ACTTATATGAA-CAAAAAAATT
637 TTT---AATATGAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAACAAGAC-TATATGAATCAAAAAAA-T
*
286934 TGTTTTATGACA-AAAGAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-CTTCAAATAGACAT
697 TGTTTTAT-A-ATAAA-AAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTT-AAATAGACAT
* * * * **
286997 AATTATTTGAACTGGTTCGACAAACAGAAT-T-TTTTTTAAATC-T-CTTATTAATTTTTGAAAT
758 AAATATTTGAACTGGTTCAACAAACA-AATCTATTTTTGAAATCTTCCTTATTAATTGTCAAAAT
* * * * *
287058 ATTAACAAATTTATTTTATTTTATTCCAAACAA-TT-TACT-AAGAACTGAAAAAATTGTTTTAC
822 ATTAAAAAATTAATATTATTTTAATCCAAACAACTTGTA-TGAAGAA---AAAAAATTGCTTTAC
287120 GAC
883 GAC
* * * * *
287123 CAAAGAAAAGGTCATGACAATTTGAAATAAAG-AATTGTTCATATAGCCCTAACTATTTGAA-TT
1 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AAGTAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTT
* * * *
287186 GATTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACAA-T
65 GATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTATTA-AATT
* * *
287250 AGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTTTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGG
128 AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * *
287315 TTATAATAATTTGAAATATATAATTCTTCAAATAGTGATAACTATTTGAA-TTAGTTCGGTAAAT
193 TTATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAAC
* *
287379 AGATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTTTTATTTTA-
256 AGATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAG-TTTATTTTAT
* * * ** * * *
287443 TTCTGAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGTTCACAATGATT
319 TTC-AAATAAGCTTATATGAAT-AGAAACAATTGCTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * ** * * * * ** * *
287507 TTAAATATATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTGATAAACTA-ATTTATTTT
382 TGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACAGGTTCAAAAAAC-AGATTCATTTT
* * * ** ** *
287571 TTAGATC-TCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGC
446 CTAAATCAT-T-ACTTATTAATTTTCAAAATATTAAT-A--AAT-TTA--GCATTT--ATTAAGC
* * * * * * ** * * *
287635 TTCTATGCACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGCCATAATGATTTTAAATATACAA
501 TTGTAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAGAA
* * * * ** *
287699 TTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACT--TGTCCGATAAACTAAG-TT-ATTTTTT--AA-T-
565 TTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTGCT-TAGGA-AAA--GAGTTTCATTTTTTAAAACTC
** * *** * * * * * * *
287756 TT-CT-TCCTTATTAAT-TTCCT-AAATATTATTATTTTACTTGGAA-TAGGCATGTATG-AGCT
626 TTACTATTTTTTTTAATATGAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAACAAGAC-TATATGAATC-
* * * * * * * * * *
287815 AAAACAATTATTTTATGACT-AAACAAAA-GTCAAAATGATTTGAAAAAAAATAATT-GTTCTAA
689 AAAAAAATTGTTTTAT-AATAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTG-AAATAGATAATTACTT-AAA
* * * ** * *
287877 TAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTG-AA---TCCTTATTAAGTT
751 TAGACATAAATATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATCTA-TTTTTGAAATCTTCCTTATTAA-TT
** * * ** * * * * * *
287938 -TTGAAATAATAATAAATTGGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTTTATGAATACCAATTATTTT
814 GTCAAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATCCAAACAA-CTTGTATGAAGA--AA--A----
*
288002 GAATAATTGGTATTATTTTACGAC
870 -AA-AATT-G-----CTTTACGAC
* ** * * * *
288026 AAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATAGCTT-AAATGGGCATGACTATTTGAACT
1 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAG-TAATTG-TTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT
* * * * *
288089 TG--TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAG
64 TGATTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTATTAAAT
* ** * * * *
288152 TAGCATTATTTT-TTTCAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACCAAAGAAAAG
127 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * *
288216 ATCATAATGATTTGAAATAACTATTTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCTGTAAAT
192 GTTATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * * **
288281 AGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTTGAAATTTTAGGAAATTAGTATTATTTTA
256 AGATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAG-AATATTAATAAATTAGT-TTATTTTA
* * * * * * * * * **
288346 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAGGCAACTGATTTATCACAAAATAAATGGTCATAACAATT
318 TTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAA-ACAATTGCTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * * * *
288410 TGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAATTAAACATGTTCAGAAAAATAAATTTATTGT
382 TGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACAGGTTCA-AAAAACAGATTCATT-T
* * ** * * *
288475 T-TAAATTATTATTTATTAATTTTTGAAATATTTATAAATATATGTTATTTTATTCGAAATAAGC
445 TCTAAATCATTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTA-G-CA-TTTA-T-----TAAGC
* ** ** * * * ** *
288539 TT-TCATGAATAGATCCAATTGCATTCTGACAAAACAAAAAGTCATAA-TGTGTTGAAATAGATG
501 TTGT-ATAAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAAT-TTGAAATA-AAG
* * * * ** * * **
288602 -ATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCA--ATAAATAGATTCATTTTTTTAATTCT
563 AATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTGCTT-AGGA-AAAGAGTTTCA-TTTTTTAAAACT
* * * * ** * *
288664 CTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ACTTATATT
625 CTTACT-ATT--TTTTT-TAATATGAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAACAAGAC-TATATG
* * * ** * *
288728 AA-CTGAAACAATTGTTTTATTATAAAGCAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTC
685 AATC-AAAAAAATTGTTTTATAATAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTT-
* * * * ** *** * * *
288791 AAATAGTCATGACTACTTGAACTTTTTCGGTAAA-AATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
748 AAATAGACATAAATATTTGAACTGGTTCAACAAACAA-ATCTATTTTTGAAATC--TTCCTTATT
* * * * * * *
288855 AACTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGT-TGAATAGAAACAA
810 AATTGTCAAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATCCAAACAA-CTTGTATGAAGAAAAAAAA
* *
288919 TTGTTTTATGAC
874 TTGCTTTACGAC
* ** * *
288931 AAAACAAAAAGTCATAACAA-TT----T--G---TTGTTCAAATAATCATAACGATTTAAACTT-
1 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAGTAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTG
* * *
288985 ATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATT
66 ATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTATTAAATT
* **** * *
289048 TGTATTATTTTATCCAAAATAAACTTGTATGAACAGAAAAAATCT-TTTTATGACAAAACAAAAG
128 AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAG
** * * * * * *
289112 GTTATAGCGATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAAT
192 GTTATA-ATATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * *
289177 AGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTAT
256 AGATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGT-TTATTTTAT
* * * **
289242 TTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTT
319 TTCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGCTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* ** * * **** * * *
289304 GAAATAGATAATTATTCAATTAGTCATGACTATTTGATATA-GTTTGGTAAACATATTTACTTTC
383 GAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGA-ACAGGTTCAAAAAACAGATTCATTTTC
* * * **
289368 T---TAATT--TT-TTACATTGTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCT
447 TAAATCATTACTTATTA-ATTTTCAAAATATTAAT-AAAT-TTAGCA-TTT-AT-----TAAGCT
* * * * * ** * *
289427 TGTATAAATAGAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTAATAATGA-TTGTAATAAAATAAT
502 TGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AAAGAAT
* * * * * * *
289491 TGA-TCAAATAGTCATAACTATTTGGACTGGTTTGATAAAAG-GATTT-ATTTTTTAAATCTTTT
566 T-ATTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTGCTTAG-GAAAAGAG-TTTCATTTTTTAAAACTCTT
* * * ** * * * *** * *
289553 ATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-ACTTATACGAA-CAAA
628 ACTATTTTTTTTAATATGAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAACAAGAC-TATATGAATCAAA
* * * * * ** * *
289616 AACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGT
692 AA-AATTGTTTTATAATAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTT-AAATAGA
* * * ** * * * *
289680 CATAATTATTAGAATTGGTT-AGGTAAATAGAAT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
755 CATAAATATTTGAACTGGTTCA-ACAAACA-AATCTATTTTTGAAA--TCTTCCTTATTAATTGT
** ** * * *** * * * *** ** *
289743 TGAAATATTAGTAAATTCAATTTTATTTTATTATGAATAAGCTAGTATAAATTGAAAATTTTGTT
816 CAAAATATTAAAAAATT-AATATTATTTTAATCCAAACAA-CTTGTATGAAGAAAAAAAATTGCT
** *
289808 TTATAAT
879 TTACGAC
* ** * * * *
289815 AAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTA
1 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAG-TAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTT
* * * * * ***
289879 G-TTTAGCAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAGTTTTAACATATTATCGGATTA
65 GATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAA-ATATTATTAAATTA
* * ** * * *
289943 CTATTATTGTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGA-AAGAACAAAAGG
129 GTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAA-AACAAAAGG
* * * * * * *
290007 TTTATTTTTAAATAATTATTTGAAGTATACAATTCTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTT
193 -------TT--ATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * * * *
290072 CAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTAT
248 CGGTAAACAGATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGT-T
** * * * * * * ** *
290137 TATTTTATTTTGAACAACCTTGTATG-ATAAAAAAAAATTG-TTATATGACT-ACATGAAAGGTA
311 TATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAT-AGAAACAATTGCTT-TATGA-TAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * * **
290199 ATAATAATTTGAAATAGGTAATTGTTGAGATAG-CTATAATTATTTCAACTA-ATTTAGTAAACA
373 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTC-ATAACTATTTGAAC-AGGTTCAAAAAACA
* **
290262 TATTCACTTTT-TAAATC---ACTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
436 GATTCA-TTTTCTAAATCATTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATT--TAGCA-TTTA-
* * * * * *
290322 TTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTT
495 --T---TAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * ** *
290387 AAATAGACAATTATTCAAATAGTTGTAACTATTTGAA
555 AAATAAAGAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAA
290424 TTTGTTCTGT
Statistics
Matches: 4677, Mismatches: 952, Indels: 684
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
881 3 0.00
882 155 0.03
883 28 0.01
884 45 0.01
885 9 0.00
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888 162 0.03
889 152 0.03
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891 65 0.01
892 261 0.06
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922 44 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (885 bp):
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ATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTATTAAATTAGT
ATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
TAATATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATT
TATTTTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTTTATTTTATTTCAAAT
AAGCTTATATGAATAGAAACAATTGCTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
TAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACAGGTTCAAAAAACAGATTCATTTTCTAAATCATT
ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTAGCATTTATTAAGCTTGTATAAATAGAAACAATT
GTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAGAATTATTCAAATAGTCATAACTA
ATTGAACTGCTTAGGAAAAGAGTTTCATTTTTTAAAACTCTTACTATTTTTTTTAATATGAATAA
AATAATATTATTTTATTTTGAACAAGACTATATGAATCAAAAAAATTGTTTTATAATAAAAAAAA
AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTTAAATAGACATAAATATTTGAACTGGTTCAACAA
ACAAATCTATTTTTGAAATCTTCCTTATTAATTGTCAAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTAA
TCCAAACAACTTGTATGAAGAAAAAAAATTGCTTTACGAC
Found at i:288493 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 288017--290530 Score: 1859
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288007 ATTGGTATTA
* * * * * * *
288017 TTTTACGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGCTTAAATGGGCATGACTAT
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* *
288082 TTGAACTTGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AGAATATT
66 TTGAACTTGTTCAGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATT
* * * *
288145 AATAAAGTAGCATTATTTT-TTTCAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTG
130 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTG
* * * * *
288197 TTTTATGACCAAAGAAAAGATCATAATGATTTGAAATA-ACTATTTGTTGAAATAGTCATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTTAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
288261 TTTGAACTCGCTCTG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTTGAAATTT
65 TTTGAACTTGTTCAGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATAT
** * * *
288325 TAGGAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAGGCAACTG
129 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAA-ACAATTG
* * * * ** * *
288379 ATTTATCACAAAATAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
288444 TTAAACATGTTCAGAAAAATAAATTTATTGTTTAAAT-TATTATTTATTAATTTTTGAAATATTT
66 TTGAACTTGTTCAGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* **
288508 ATAAATATA-TGTTATTTTA-TTCGAAATAAGCTT-TCATGAATAGATCCAATTG
131 ATAAAT-TAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGT-ATGAATA-AAACAATTG
** * * * *
288560 CATTCTGACAAAACAAAAAGTCATAATG-TGTTGAAATAGATGATTGTTTAGATAGTCATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTA
* * * * *
288624 TTTGAACTTTTTCA-ATAAATAGATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATAT
65 TTTGAACTTGTTCAGATAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * *
288688 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATTAACTGAAACAATTG
129 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTG
* * * * * * * *
288742 TTTTATTATAAAGCAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAC
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAT
* * * * * **
288807 TTGAACTTTTTC-GGTAAA-AATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTGTCAAAATATT
66 TTGAACTTGTTCAGATAAATAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* *
288870 AATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGT-TGAATAGAAACAATTG
130 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTG
* * * * * *
288922 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-CAATT----T-G----TTGTTCAAATAATCATAACGAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
288977 TTAAACTTATT-TGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATAT
66 TTGAACTTGTTCAGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATAT
* * * * *
289039 TAATAAATTTGTATTATTTTA-TCCAAAATAAACTTGTATGAACAGAAAAAATCT-
129 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAAT-TG
* ** * * * * *
289093 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAT
* * * *
289158 TTAAACTTGTTCAG-TAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTA
66 TTGAACTTGTTCAGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * *
289222 ATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATT-
131 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTG
** * * * *
289273 TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAATTAGTCATGACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * * **
289337 TTGATA-TAGTT-TGGTAAACATATTTACTTTCTT-AAT-T-TT--TTA--CATTGTCAAAATAT
66 TTGA-ACTTGTTCAGATAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * *
289393 TAATAAAATAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACTATTG
129 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTG
* * * * * * * * *
289447 TTTTATAATAGAACAAAAAGTAATAATGA-TTGTAATAAAATAATTGATCAAATAGTCATAACTA
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* * * * *
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** * * * *
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* *** *
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** * ** * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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** * * * * *
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* * * * *
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* *** * * * *
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* * *
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* * * * *
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** * * ** * *
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* * * *
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* * *
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* * ** *
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1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TTTTTAGTAAATAGATTTATTTTTT-AATTCTTT
* ** * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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** ** * * * *
287770 --TTT--CCTA--AAT--A-T-TATTATTTTACTTGGAATAGGCATGTATGAGCTA-AAACAATT
255 TTTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTATATGA-ATAGAAACAATT
* * * * *
287824 ATTTTATGACTAAAC-AAAAGTCAAAATGATTTGAAAAAAAAT
318 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT-ATTTG-AAATAGAT
* * * * *
287866 AATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTT-GATAAACAAATTTATTTTTTGAA-TC--
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTT-AATTCTT
* * * ** *
287927 --CTTATTAAGTTTTGAAATAATAATAAATTGGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTTTATGAA
63 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG-A
* * * * *
287989 TACCAATTATTTTGAATAATTGGTATTATTTTACGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAAT
126 -A-C--TGA-----AACAATT-G--TT-TTATA--ATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * *
288054 AGATAATAGCTT-AAATGGGCATGACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAA
176 AAATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAAATAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * *
288117 TCTCTAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTTTTCAAATAAACTTTTA
240 TCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCAAATAAGCTTATA
* *
288181 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACCAAA-GAAAAGATCATAATGATTTGAAATA-ACT
303 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAAT-ATTTGAAATAGA-T
* * * *
288238 ATTTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCT-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATAT-T
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TTTTAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAT-TCT
* **
288301 TTACTTATTAATTTTTTGAAATTTTAGGAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
62 TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * ** *
288366 AC--AAAGGCAACTGATTTATCACAAAATAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTA
126 ACTGAAA--CAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * * * *
288429 AATAGTCATAACTAATTAAACATGTTCAGAAAAATAAATTTATTGTTTAAAT-TATTATTTATTA
189 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * **
288493 ATTTTTGAAATATTTATAAATATATGTTATTTTATTCGAAATAAGCTT-TCATGAATAGATCCAA
254 ATTTTTGAAATATTAATAAAT-TATATTATTTTATTC-AAATAAGCTTAT-ATGAATAGAAACAA
** * *
288557 TTGCATTCTGACAAAACAAAAAGTCATAATGTGTTGAAATAGAT
316 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAT-TTGAAATAGAT
* * * * *
288601 GATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCAATAAATAGATTCATTTTTTTAATTCTCT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTT-AGTAAATAGATTTA-TTTTTTAATTCT-T
* * * *
288666 TACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATTAAC
63 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * *
288731 TGAAACAATTGTTTTATTATAAAGCAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
128 TGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
288796 GTCATGACTACTTGAACTTTTTCGGTAAAAAT--ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACT
193 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-AAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* ** *
288859 GTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGT-TGAATAGAAACAATTGT
257 TTTGAAATATTAATAAATT-ATATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGT
* *
288923 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATT----T-G--
320 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATATTTGAAATAGAT
* * * * * *
288955 --TTGTTCAAATAATCATAACGATTTAAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAATTC-TTT
* * *
289018 ACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TCCAAAATAAACTTGTATGA
64 ACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGA
* * * * * ** * *
289080 ACAGAAAAAATCT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAAATAATTATTCAA
126 ACTGAAACAAT-TGTTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * *
289144 ATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAG-TAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA
190 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* *
289208 TTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAATAAT
255 TTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAAT
*
289272 T-TTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTGAAATAGAT
317 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-TATTTGAAATAGAT
* * * * * * * *
289313 AATTATTCAATTAGTCATGACTATTTGATA-TAGTTTGGTAAACATATTTACTTTCTTAA-T-TT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACT-TTTTAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAATTCTT
* * ** * * * * *
289375 T--TTA--CATTGTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTAT-AAA
63 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * *
289435 TAGAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTAATAATGA-TTGTAATAAAATAATTGATCAAA
128 T-GAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AAATAATTGTTCAAA
* * * **
289499 TAGTCATAACTATTTGGACTGGTT-TGATAAAA-GGATTTATTTTTTAAA--TCTT--TTATTAA
191 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * *
289558 TTTATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATACGAACAAAAACATTT
255 TTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-CAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATT
*
289623 GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGAT
318 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT-ATTTGAAATAGAT
* * * * *
289665 AATTGTTCAAATAGTCATAATTATTAGAA-TTGGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTA-GTAAATAGATTTATTTTTTAATTCT-T
* * * * * *
289729 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTCAATTTTATTTTATTAT-GAATAAGCTAGTATAA
63 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
289793 ATTGAAA-ATTTTGTTTTATAATAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAT
126 ACTGAAACA-ATTGTTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * * *
289857 ATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAG-CAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA
190 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* ** * * * * *
289921 GTTTT-AACATATT-ATCGGATTACTATTATTGTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAA
255 TTTTTGAA-ATATTAAT-AAATTA-TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAA
* * * * *
289984 TTGTTTTATGA-AAGAACAAAAGGTTTATTTTTAAATAATTATTTGAAGTATAC
316 TTGTTTTATGACAA-AACAAAA-----A---GT-CATAA-TATTTGAAATAGAT
* * * * * * * *
290037 AATTCTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTATT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAATTCT-TT
* ** * *
290102 ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAACCTTGTATGATA-
64 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-AC
** * * * * ** * * ** * *
290166 AAAAAAAATTGTTATATGACT-ACATGAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGGTAATTGTTGAGAT
128 TGAAACAATTGTTTTAT-AATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * ** * * * *
290230 AG-CTATAATTATTTCAACTAATTTAGTAAACAT--ATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAA
192 AGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCAG-AAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* ** * *
290288 TTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATT
255 TTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATT
* * * *
290353 GTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAGAC
318 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-TATTTGAAATAGAT
* ** * * * *
290395 AATTATTCAAATAGTTGTAACTATTTGAA-TTTGTTCTGTAAACAAATTTATTTTTTTAA-ACTC
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTT-TT-AGTAAATAGATTTA-TTTTTTAATTCT-
* * * * ***
290458 TTGCTTATTAATTTTTAAAATTTTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTT-TATGAA
62 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
290522 CTGAAACAA
127 CTGAAACAA
290531 CTGTGGATGT
Statistics
Matches: 5715, Mismatches: 1176, Indels: 827
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
344 24 0.00
345 51 0.01
346 94 0.02
347 51 0.01
348 48 0.01
349 216 0.04
350 154 0.03
351 328 0.06
352 190 0.03
353 38 0.01
354 160 0.03
355 217 0.04
356 247 0.04
357 365 0.06
358 365 0.06
359 566 0.10
360 387 0.07
361 566 0.10
362 610 0.11
363 422 0.07
364 113 0.02
365 36 0.01
366 4 0.00
367 72 0.01
368 12 0.00
369 2 0.00
370 3 0.00
371 108 0.02
372 182 0.03
373 30 0.01
374 1 0.00
375 1 0.00
376 1 0.00
377 9 0.00
378 39 0.01
379 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAATTCTTTAC
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGA
AACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
AAATATTAATAAATTATATTATTTTATTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAAGTCATAATATTTGAAATAGAT
Done.