Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167982.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_24, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Warning! 63000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 4 of 84
Found at i:289586 original size:177 final size:179
Alignment explanation
Indices: 286736--290503 Score: 1519
Period size: 181 Copynumber: 20.9 Consensus size: 179
286726 CATTACTTAC
* * ** * ** * *
286736 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-AT-AAACAAATTGTTATAACAATTTGAAATAAAGAATT
1 TGTATAAATAGAAACTATTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
286799 GTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGCTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTGTTACT
66 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAATAGAATTATTTTTTAAA-CTCTTA--
* * * * * ** * *
286863 TTCTTAGTTT-TCAAAATATGAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACT
127 TTATTAATTTAT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT
* * * * * *
286916 TATATGAACA-AAAAAAT-TTGTTTTATGACAAAAGAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
1 TGTAT-AA-ATAGAAACTATTGTTTTATAATAAAA-CAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * *
286979 AATTCTTCAAATAGACATAATTATTTGAACTGGTTCGACAAACAGAATT-TTTTTTAAA-TC-TC
62 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGAATTATTTTTTAAACTCTTA
* * * * *
287041 TTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTTA-TTTTATTTTATTCCAAACAA--T
127 TTATTAATTTATGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT
** ** ** * * * ** * *
287092 T-TACTAAGA-ACTGAAAAAATTGTTTTACGACCAAAGAAAAGGTCATGACAATTTGAAATAAAG
1 TGTA-TAA-ATA--GAAACTATTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * *
287155 AATTGTTCATATAGCCCTAACTATTTGAA-TTGATTCAGCAAATA-AATTTATTTTTTAAATTTC
62 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAATAGAA-TTATTTTTTAAA-CTC
* * ** * *
287218 TTAGTTATTAATTT-TTAGAATATTATTACAA-TAGTATTATTTTATTTTGAACAAACT
124 TTA-TTATTAATTTATGA-AATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT
* * * * * * * * *
287275 TTTATGAATAGAAA-TAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAAT
1 TGTATAAATAGAAACT-ATTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * *
287339 TCTTCAAATAGTGATAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTCTAAATCTCTTACT
65 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGAATTATTTTTTAAA-CTCTTA-T
* * * * *
287404 TATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTTTTATTTTATTCTGAATAGGCT
128 TATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT
* * * * * * * * * *
287456 TATAT-GATGAAAAACAATTTTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCACAATGATTTTAAATATATAA
1 TGTATAAAT-AGAAACTATTGTTTTATAATAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * * *
287519 TTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTGATAAACTA-ATTTATTTTTTAGATCTCTAA
64 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAA-TAGAATTATTTTTTA-AACTCTTA
* * * * *
287583 CTTATCAATTTTTGAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCT
127 -TTATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT
* * * * * * * * * *
287636 TCTATGCACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGCCATAATGATTTTAAATATACAAT
1 TGTAT-AAATAGAAACTATTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * ** * *
287700 TGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTCCGATAAACTA-AGTTATTTTTT-AA-T-TTCTT
65 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAA-TAGAATTATTTTTTAAACTCTTATT
* ** * * * *
287761 CCTT-A--T-T--AAT-TTCCTAAA-TATTATTATTTTACTT-GGAATAGGCA
129 -ATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCGAATAAGCT
** * * * * * *
287805 TGTATGAGCTA-AAACAATTATTTTATGACT-AAAC-AAAAGTCAAAATGATTTGAAAAAAAATA
1 TGTAT-AAATAGAAACTATTGTTTTAT-AATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTG-AAATAGATA
* * * *
287867 ATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACA-AATTTATTTTTTGAA-TCCTT
63 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGAA-TTATTTTTTAAACT-CTT
* * * ** **
287930 ATTA--AGTTT-TGAAATAATAATAAATTGGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTTT
126 ATTATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAA---GCT
* * * ** * *
287984 ATGAATACCAATTATTTTGAATAATTGGTATTATTTTACGACAAAACAAAATGTCATAATGATTT
1 -TGTATA--AA-TA----G-A-AA---CTATTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATGATTT
* * * * * * *
288049 GAAATAGATAATAGCTT-AAATGGGCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA-AATTTATTTT
53 GAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGAA-TTATTTT
* * * * * * *
288112 TTAAATCTCTAACTTATTAATTT-TTAGAATATTAATAAAGTAGCATTATTTT-TTTCAAATAAA
116 TTAAA-CTCTTA-TTATTAATTTATGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG
288175 CT
178 CT
* * * * ** * *
288177 TTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACCAAA-GAAAAGATCATAATGATTTGAAATA-ACTAT
1 TGTATAAATAGAAACTATTGTTTTATAATAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGA-TAA
* * * * * *
288240 TTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCTG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTA
64 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTTGATAAATAGAATTATTTTTTAAA-CTCTTA
* * ** * *
288304 CTTATTAATTTTTTGAAATTTTAGGAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
127 -TTATTAA-TTTATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT
* * * * * * * * * ** ** *
288359 TGTATGAACA-AAGGCAACTGATTTATCACAAAATAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAAT
1 TGTATAAATAGAA-ACTATTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * *
288423 TGTTTAAATAGTCATAACTAATTAAACAT-GTTCAGAAAAATA-AATTTATTGTTTAAATTATTA
65 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTT-TGATAAATAGAA-TTATTTTTTAAACTCTTA
* * *
288486 TTTATTAATTTTTGAAATATTTATAAATATA-TGTTATTTTATT-CGAAATAAGCT
127 -TTATTAATTTATGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGCT
* ** * ** * * * *
288540 T-TCATGAATAGATCCAATTGCATTCTGACAAAACAAAAAGTCATAATG-TGTTGAAATAGATGA
1 TGT-ATAAATAGAAACTATTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATGAT-TTGAAATAGATAA
* * * * *
288603 TTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTCAATAAATAG-ATTCATTTTTTTAATTCTCT
64 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-GATAAATAGAATT-A-TTTTTTAA-ACTCT
* * * * *
288666 TACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACT
125 TA-TTATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT
* * * * * * *
288722 TATATTAACT-GAAACAATTGTTTTATTATAAAGCAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAAT
1 TGTA-TAAATAGAAACTATTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * *
288786 TATTCAAATAGTCATGACTACTTGAACT-TTTTCGGTAAAAATATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
65 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-GATAAATAGAATTATTTTTTAAA-CTCTTA-
* * *
288850 TTATTAACTGTCA--AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-CAAATAAGCT
127 TTATTAA-T-TTATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCGAATAAGCT
* * * * * *
288903 TGT-TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-CAATT----T-G----TT
1 TGTATAAATAGAAACTATTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * ** * * * *
288957 GTTCAAATAATCATAACGATTTAAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
66 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGAATTATTTTTTAAA-CTCTTA-TT
* * * * *
289022 ATTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TCCAAAATAAACT
129 ATTAATT-TATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC-GAATAAGCT
* * ** * * * * ** * *
289073 TGTATGAACAGAAAAAATCT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAAATAAT
1 TGTATAAATAGAAACTAT-TGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
289137 TATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTG-TTCAGTAAATAG-ATTCATTTTTTAAATCTCTTA
65 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAATAGAATT-ATTTTTTAAA-CTCTT-
* * * *
289200 ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
126 ATTATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT
* * * * **
289254 TATATGAACTA-AAA-TAATT-TTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
1 TGTAT-AAATAGAAACT-ATTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * * *
289315 TTATTCAATTAGTCATGACTATTTGATA-TAGTTTGGTAAACATATTTACTTTCTT-AA---TT-
64 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTGGTTTGATAAATAGAATTA-TTTTTTAAACTCTTA
* *
289374 TT-TTACATTGTCA--AAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCT
127 TTATTA-ATT-T-ATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT
* * * *
289427 TGTATAAATAGAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTAATAATGA-TTGTAATAAAATAAT
1 TGTATAAATAGAAACTATTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAAT
* * *
289491 TGATCAAATAGTCATAACTATTTGGACTGGTTTGATAAA-AGGATTTATTTTTTAAA-TCTT-TT
65 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATA-GAATTATTTTTTAAACTCTTATT
* *
289553 ATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACT
129 ATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT
* ** * * * * * *
289604 TATACGAACAAAAAC-ATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGATAAT
1 TGTATAAATAGAAACTA-TTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
289668 TGTTCAAATAGTCATAATTATTAGAATTGGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACT
65 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGAATTATTTTTTAAA-CTCTTA-T
* * * * **
289733 TATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTCAATTTTATTTTATTATGAATAAGCT
128 TATTAATTTATGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT
* * * * * *
289786 AGTATAAATTGAAAATTTTGTTTTATAATAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
1 TGTATAAATAGAAACTATTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
289851 GTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTT-AGCAAACA-AATTTAATTTTTAAATCTCTTAG
66 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAATAGAA-TTATTTTTTAAA-CTCTTA-
** * * * *
289914 TTATTAAGTTT-T-AACATATT-ATCGGATTACTATTATTGTATTTCAAATAAGCT
127 TTATTAA-TTTATGAA-ATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT
* * * * * * *
289967 TGTATGAACATAAA-TAATTGTTTTATGAA-AGAACAAAAGGTTTATTTTTAAATAATTATTTGA
1 TGTATAAATAGAAACT-ATTGTTTTAT-AATAAAACAAAA-----A---GT-CATAATGATTTGA
* * * * * * * * * *
290030 AGTATACAATTCTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTGG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTA
55 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAATAGAATTATTTTTTA
* * * ** * *
290094 AATCTATTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAACCT
119 AA-CTCTTA-TTATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT
** * * * ** * * * *
290157 TGTATGATAA-A-AAAAAATTGTTATATGACT-ACATGAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGGTA
1 TGTAT-A-AATAGAAACTATTGTTTTAT-AATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * ** * * *
290219 ATTGTTGAGATAG-CTATAATTATTTCAACTAATTT-AGTAAACA-TATTCACTTTTTAAA-TC-
63 ATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAATAGAATT-ATTTTTTAAACTCT
* * **
290279 -ACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
125 TA-TTATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT
* * * * * * ** * *
290334 TGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAGACAATT
1 TGTATAAATAGAAACTATTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* ** * * * *
290399 ATTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCTG-TAAACA-AATTTATTTTTTTAAACTCTTGC
66 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-TGATAAATAGAA-TTA-TTTTTTAAACTCTT-A
* * * *
290462 TTATTAATTTTTAAAATTTTAAGAAATTAGTATTATTTTATT
127 TTATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
290504 TTGGATAAGC
Statistics
Matches: 2760, Mismatches: 615, Indels: 425
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
168 19 0.01
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Consensus pattern (179 bp):
TGTATAAATAGAAACTATTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGAATTATTTTTTAAACTCTTATTAT
TAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT
Found at i:291077 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 290730--291146 Score: 448
Period size: 182 Copynumber: 2.3 Consensus size: 178
290720 CGCAAGCACA
* *
290730 TTATTTGTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATCATTAAATTAGTTATTATTTTAACAG
1 TTATTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTAACAG
* * * ** *
290794 AATAAGCTTCTATGACCAGAAACATTATTTTATGACAAACAAAGATCTTAATGATTTGAGATTGA
64 AATAAACTTATATGACCAGAAACATTATTTTATGACAAACAAAGATCATAACAATTTGAGATAGA
** * *
290859 TAATTGTTCAAAATAGTCATAACTATATTGAACTGATTCAGTAAATAGAT
129 TAATCATTCAAAATAGCCATAACTATATTGAACTGATTCAGTAAACAGAT
*
290909 TTATTTTTAAATCTCTTACTTATTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
1 TTATTTTTAAATCTCTTACTTA-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA--ACA
* * * * *
290974 -AATAAACTTATATGATCTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAT
63 GAATAAACTTATATGA-CCAGAAAC-ATTATTTTATGAC-AAAC-AAAGATCATAACAATTTGAG
* * *
291037 ATAGATAATCATTC-AAATGGCCATCATTATATT-AACTGATTCAGTAAACAGAT
124 ATAGATAATCATTCAAAATAGCCATAACTATATTGAACTGATTCAGTAAACAGAT
* * *** * *
291090 TTATTTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTCAAAAATATTAATAAACTAGTTTTAT
1 TTA-TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
291147 GACAAAATAA
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 28, Indels: 17
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 16 0.08
179 20 0.10
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183 37 0.19
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Consensus pattern (178 bp):
TTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAACAGAA
TAAACTTATATGACCAGAAACATTATTTTATGACAAACAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATA
ATCATTCAAAATAGCCATAACTATATTGAACTGATTCAGTAAACAGAT
Found at i:291352 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 291323--291367 Score: 74
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22
291313 AATAAGCTTA
*
291323 TTAATTTTCTTGCTTATT-ATT
1 TTAAATTTCTTGCTTATTAATT
291344 TTAAATTTCTTGCTTATTAATT
1 TTAAATTTCTTGCTTATTAATT
291366 TT
1 TT
291368 TTGAATGTTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 17 0.77
22 5 0.23
ACGTcount: A:0.22, C:0.09, G:0.04, T:0.64
Consensus pattern (22 bp):
TTAAATTTCTTGCTTATTAATT
Found at i:291996 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 291438--292015 Score: 569
Period size: 181 Copynumber: 3.2 Consensus size: 178
291428 TGCCATAACA
* * * * **
291438 ATTTGAAATCA-ATAATAGTTCGAATGGACATAACTATTTGAACTTGTTC-GTGAATAGATTTAT
1 ATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAGAAAATAGATTTA-
* * * *
291501 TTTTTAAATCTCCAACTTATTAGTTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCACAT
63 TTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATCAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * *
291565 AAACTTGTATGAATAGAAATAACTGTTTTATGACAAGACAAAAGATCATAAT
127 AAGCTTGTAAGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT
* * * **
291617 GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTTAATTCACTCA-ATAAATAGATTTA
1 -ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCAGA-AAATAGATTTA
* * * *
291681 TTATTTTAATCTTCTATTTATTAATATTTGAAATTTTAA-CAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
63 TT-TTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATCAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* ** *
291745 TAAGCTTTTAAGAATAGAAACAATTAATTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
126 TAAGCTTGTAAGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-T
* * * *
291799 ATTTGAAATGGTTAATTGTTGAAATAGTTATAACTATTTGAATGTGTTCAGAAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGTTCAGAAAATAGATTTATT
* *
291864 TTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATA
65 TTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATCAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATA
* * * * * **
291926 AGCTTGCAACAACAGAACCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAAT
128 AGCTTGTAAGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT
** * *
291977 ATTTTCCAATAGATAATTGTTCATATGGTCATAACTATT
1 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
292016 CGAACATGTT
Statistics
Matches: 323, Mismatches: 62, Indels: 27
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 4 0.01
179 110 0.34
180 51 0.16
181 156 0.48
182 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCAGAAAATAGATTTATTT
TTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAATATTAATCAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
TTGTAAGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT
Found at i:292080 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 292020--292103 Score: 159
Period size: 42 Copynumber: 2.0 Consensus size: 42
292010 ACTATTCGAA
*
292020 CATGTTTGGTAAACAGATTAATTTTTAATTCTCTTACTCATT
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1 CATGTTTGGTAAAAAGATTAATTTTTAATTCTCTTACTCATT
292104 AATTTGTGAA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
42 41 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.10, T:0.48
Consensus pattern (42 bp):
CATGTTTGGTAAAAAGATTAATTTTTAATTCTCTTACTCATT
Found at i:292352 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 292284--292354 Score: 72
Period size: 25 Copynumber: 2.8 Consensus size: 25
292274 TTACTTATTA
292284 ATTGTCAAAATATTGATAAATTAAT
1 ATTGTCAAAATATTGATAAATTAAT
* *** **
292309 ATTATTTTAATCA-AAATAAATTAAT
1 ATTGTCAAAAT-ATTGATAAATTAAT
292334 ATTGTCAAAATATTGATAAAT
1 ATTGTCAAAATATTGATAAAT
292355 AATTATTTTA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 12, Indels: 4
0.67 0.25 0.08
Matches are distributed among these distances:
24 1 0.03
25 30 0.94
26 1 0.03
ACGTcount: A:0.49, C:0.04, G:0.06, T:0.41
Consensus pattern (25 bp):
ATTGTCAAAATATTGATAAATTAAT
Found at i:292440 original size:190 final size:189
Alignment explanation
Indices: 292166--292517 Score: 488
Period size: 190 Copynumber: 1.9 Consensus size: 189
292156 GAACTGAAGC
* * ** ** * *
292166 AATTATTTTATTACAAAACCAAAGGTCAAATGAGTTGAAATAGTTAATTATTTAAATAATCATGA
1 AATTATTTTATTACAAAACAAAAAGTCAAACAAGTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAA
* * * * * *
292231 CTATTTCAACTTGTTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATA
66 CGATTTCAACTTATTCAATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATA
* *
292296 TTGATAAATTAATATTATTTTAATCAAAATAAATTAATATTGTCAAAATATTGATAAAT
131 TTAACAAATTAATATTATTTTAATCAAAATAAATTAATATTGTCAAAATATTGATAAAT
* *
292355 AATTATTTTATTACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
1 AATTATTTTATTACAAAACAAAAAGTCA-AACAAGTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATA
* **
292420 ACGATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCCTAAT
65 ACGATTTCAACTTATTCAATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAAT
* *
292485 ATTAACAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAA
130 ATTAACAAATTAATATTATTTTAATCAAAATAA
292518 GTTGGTTCAG
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 23, Indels: 1
0.85 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
189 26 0.19
190 113 0.81
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.05, T:0.43
Consensus pattern (189 bp):
AATTATTTTATTACAAAACAAAAAGTCAAACAAGTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAA
CGATTTCAACTTATTCAATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATA
TTAACAAATTAATATTATTTTAATCAAAATAAATTAATATTGTCAAAATATTGATAAAT
Found at i:293228 original size:356 final size:352
Alignment explanation
Indices: 292556--294577 Score: 1031
Period size: 357 Copynumber: 5.6 Consensus size: 352
292546 AATCTCTTAA
* * ** * * **
292556 TTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATGGGTATTATTTTATTTTGAATAAAGTTATAAGAACTTA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAACTTATATGAACAAA
* * *
292621 AACAATTCCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
65 AACAATT-GTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT-GATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * * *
292686 -TGACTATTTGATATAGTTCA-GCAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTGTACTTATTAATTGTC
127 ATAACTATTTAAT-TGGTT-AGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTT
* * ** * *
292748 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAA-AAGCTTGTATAAACAAAATCAATTGTTTT
189 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAACAAAAT-ATTTGTTTT
* ** * * *
292812 AT-ATTAGGACAAAAAGTCATAA-TGGTTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAAATATTT
253 ATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACT--TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTT
* * * * * * **
292875 AAATTGGTTTC-TTAAATAGATTTATTTTTAA-AAATATT
315 AAACTAG-TTCGATAAACAAAATT-TTTTTAATAAATAAG
* * *
292913 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCCGAACAAACTTATATGAACAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAACTTATATGAACAAA
* *
292978 AACATTTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTTATAATGA-TTGAAATGATAACTATTCAAATAGTCA
65 AACAATTG-TTTATGAT-AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATGATAATTATTCAAATAGTCA
* ** *
293042 TAATTATTTAAATTGGTTAGGTAAACATAAATATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTGAA
128 TAACTATTT-AATTGGTTAGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
*
293107 ATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAACTAAAA-ATTTGTTTTAT
192 ATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAAC-AAAATATTTGTTTTAT
* * * **
293170 GACAAAACAAAAGGTCATAACATTTTGAAATGGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGTAC
255 GACAAAACAAAAGGTCATAAC-TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTAAAC
***
293235 TAGTTCGATAAACAAAATTTTTTTAATTCTCTAAG
319 TAGTTCGATAAACAAAATTTTTTTAA-TAAATAAG
* * *** * *
293270 TTATTAATTATCGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTTTTAAGCTTATATGAACAGAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTGAATAAACTTATATGAACAAAA
* * * ** ** * *
293335 ATAATTGTTTGTGGTAGAACAAAATTTTATAACAATTTGAAGTAT-ACAATTGTTCAAATAGTCA
66 ACAATTGTTTATGATA-AACAAAAGGTTATAATGATTTGAA--ATGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * *
293399 TAACTATTTGAATTGGTTCGATAAAGAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTACTTTTTGAA
128 TAACTATTT-AATTGGTTAGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * *
293464 AGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTAATAAGCTTAAATGATAAA-AAAATATTTGTTATA
192 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-T-AGT-ATAAACAAAATATTTGTTTTA
* * * * * * **
293527 TGACCAAACAAAAGGTAATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCTTACTTATTTGAA
254 TGACAAAACAAAAGGTCATAACT-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTT-AA
* * * * * *
293592 A-T-GATTCGGTAAAC-AGATTCACTTTTTAAATCACTTAC
317 ACTAG-TTCGATAAACAAAATT---TTTTT-AATAAATAAG
* * * * * * **
293630 TTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATTATCTGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAACTTATATGAACAAA
* * * * * * *
293694 AATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTCT-AAATAGACAATTGTTCAAATAAT
65 AACAATTG-TTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAATGATT-TGAAAT-GATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
293758 AATAACTATTTGAACTT-GTTCA-ATAAATAGATTTATTTTTTTAAATATCTTTCTTATTAATTT
126 CATAACTATTT-AA-TTGGTT-AGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT
* * * * * * *
293821 TTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAACTTGTACT-AACTGAAAACAATT
186 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTA-TAAAC--AAAATATTT
** * * * * * * * ** * **
293884 GTTGCATGACTAAAGAAAAGGTAAGAACAATTTCAAATGGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACCA
248 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATA
* * * * * * *** * *
293949 TATGAATTGATTTTG-TAAACAAAATTCTTTTAAATGTCTTAT
312 TTTAAACT-AGTTCGATAAACAAAATT-TTTTTAATAAATAAG
* * * * * * * *
293991 TTATTAATTTTTGAAA-ATT-ATCAAATTTGTCTTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTACGAACAC
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AGATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAACTTATATGAACAA
* * * * ** *
294054 AAA-AATTATTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAGT
64 AAACAATT-GTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT-GATAATTATTCAAATAGT
** *** * ** * * * ** ** *
294118 TTTAACTATTTGAA-CCATTCA-GCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTAAAAAAATAG
126 CATAACTATTT-AATTGGTT-AGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT--ATTAAT-T
* * * ** * * * *
294181 TTTGTAGAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAACAAAACCAATA
186 TTTG-A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAACAAAA-TATTT
* * * *
294246 GTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCGAAATAGTGA-AAA
248 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT--TTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAAA
* * * * * * * *** *
294309 CTATCTAAAATTGTTTGGTAAACAGATTTGCTTTTTAATTCTCTCA-
310 -TATTTAAACTAGTTCGATAAACAAAATT--TTTTTAA-TAAATAAG
* * * * * *
294355 TTGATTGATTTTCT-AAATATAAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAACAAACTTATATAAACA
1 TT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAACTTATATGAACA
* * ** *
294419 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAACTAATAATGATTTGAAAT-ATATATT-TTCAAATAG
63 AAAACAATT-GTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATGATA-ATTATTCAAATAG
* * * * * * * *
294482 TTC-TAATTATTTGAATTGGTTCA-GTAAATAGAATTATTCTTTAAATCTCTTACCTATAAAATT
125 -TCATAACTATTT-AATTGGTT-AGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * *
294545 TTGAAAAATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTC
187 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
294578 TGAATAAACT
Statistics
Matches: 1313, Mismatches: 270, Indels: 160
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
354 1 0.00
355 49 0.04
356 182 0.14
357 247 0.19
358 94 0.07
359 48 0.04
360 121 0.09
361 154 0.12
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364 20 0.02
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366 66 0.05
367 40 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (352 bp):
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTGAATAAACTTATATGAACAAAA
ACAATTGTTTATGATAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATGATAATTATTCAAATAGTCATAA
CTATTTAATTGGTTAGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAACAAAATATTTGTTTTATGACAAA
ACAAAAGGTCATAACTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTAGTTCG
ATAAACAAAATTTTTTTAATAAATAAG
Found at i:293770 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 292527--294594 Score: 1353
Period size: 179 Copynumber: 11.5 Consensus size: 180
292517 AGTTGGTTCA
* * * **
292527 GTAAACA-ATTTTTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATGGGTATTA
1 GTAAACAGA-TTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * ** * **
292591 TTTTATTTTGAATAAAG-TTATAAGAACTTAAACAATTCCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
65 TTTTATTCTGAAT-AAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
292655 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TGACTATTTGATAT-AGTTCA
129 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGA-TTCG
* * * * **
292706 GCAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTGTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTT-AAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * ** *
292770 ATTTTAATCTGAA-AAGCTTGTATAAAC-AAAATCAATTGTTTTAT-ATTAGGACAAAAAGTCAT
64 ATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAT-AATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
292832 AATGGTTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAAATATTT-AAATTGGTTTC-
127 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-T-GATTCG
* * ** * * *
292886 TTAAATAGATTTATTTTTAAAAATATT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTAC
1 GTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * ** *
292949 TTTATTCCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTTATAATG
66 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
293014 A-TTGAAAT-GATAACTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGGTTAG
131 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TGATTCG
* ** * *
293062 GTAAACATAAATATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTT
1 GTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATT
** * *
293126 ATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAACTAAAAAT--TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
64 ATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
293189 A-CATTTTGAAATGGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGTACT-AGTTCG
128 ATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGA-TTCG
* * * * * * * * *
293242 ATAAACAAAATT-TTTTTAATTCTCTAAGTTATTAATTATCGAAATATTAATAGATTAGTATTAT
1 GTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
*** * * * ** * ** * **
293306 TTTATT-TTTTTAAGCTTATATGAACAGAAATAATTG-TTTGTGGTAGAACAAAATTTTATAACA
66 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
293369 ATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCG
131 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTCG
* * * *
293419 ATAAAGAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTACTTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * *
293484 TTTTATTCT-AATAAGCTTAAATGATAAAAAAATATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAA
65 TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
293548 CT-ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GGCCTTACTTATTTGAAATGATTCG
129 -TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAAATGATTCG
* * *
293600 GTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTA
1 GTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * ** *
293664 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATTATCTGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAT
65 TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
293729 GATTCT-AAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTG-TTCA
130 GATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-ATGATTCG
* * * * *
293780 ATAAATAGATTTATTTTTTTAAATATCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTAT
1 GTAAACAGATTTA--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * ** * * *
293844 TAATTTATT-TCAAATAAACTTGTACT-AACTGAAAACAATTGTTGCATGACTAAAGAAAAGGTA
63 TATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTA-TGAAC-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * ** * * * * **
293907 AGAACAATTTCAAATGGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACCATATGAATTGATTTT
125 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTCG
* * * * * * *
293963 GTAAACAAAATT-CTTTTAAATGTCTTATTTATTAATTTTTGAAA-ATT-ATCAAATTTGTCTTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTA
* * * * *
294025 TTTTAATCTGAATAAGCTTGTACGAACACAAA-AATTATTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAAT
65 TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * ** ** *
294089 GATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAGTTTTAACTATTTG-AACCATTCA
130 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTCG
* ** * * ** ** * * *
294139 GCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTAAAAAAATAGTTTGTAGAATATTATTAAATTAA
1 GTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTT--ATTAAT-TTTTG-A-AATATTAATAAATTAG
* ** * ** * *
294204 TATTATTTTATT-TCAAATAAAATAGTATGAACAAAACCAATAGTTTGATGACAAAACAAAAGGT
60 TATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
294268 TATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCGAAATAGTGAAAACTATCTAAAATTG-TTTG
124 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAAA-TGATTCG
* * * * * *
294326 GTAAACAGATTTGCTTTTTAATTCTCTCA-TTGATTGATTTTCT-AAATATAAATAAATTAGTTT
1 GTAAACAGATTT-ATTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * ** *
294389 TATTTTATTTTGAACAAACTTATATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAACTAATA
63 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
294454 ATGATTTGAAATATAT-ATT-TTCAAATAGTTC-TAATTATTTGAATTGGTTCA
128 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAATGATTCG
* * * * * * * *
294505 GTAAATAGAATTATTCTTTAAATCTCTTACCTATAAAATTTTGAAAAATTAACAAATTAGTTTTA
1 GTAAACAGATTTATT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
*
294570 TTTTATTCTGAATAAACTTGTATGA
65 TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA
294595 GTTGAAATAA
Statistics
Matches: 1448, Mismatches: 366, Indels: 150
0.74 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
176 54 0.04
177 190 0.13
178 146 0.10
179 326 0.23
180 259 0.18
181 138 0.10
182 129 0.09
183 75 0.05
184 36 0.02
185 52 0.04
186 15 0.01
187 25 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
GTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTCG
Found at i:294299 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 294269--294302 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
294259 ACAAAAGGTT
*
294269 ATAATGATTTGAAATAG
1 ATAATGATTCGAAATAG
*
294286 ATAATTATTCGAAATAG
1 ATAATGATTCGAAATAG
294303 TGAAAACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 15 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (17 bp):
ATAATGATTCGAAATAG
Found at i:294673 original size:154 final size:152
Alignment explanation
Indices: 294456--294748 Score: 362
Period size: 154 Copynumber: 1.9 Consensus size: 152
294446 AACTAATAAT
* * * *
294456 GATTTGAAATATATATTTTCAAATAGTTCTAATTATTTGAATTGGTTCAGTAAATAGAATTATTC
1 GATTTGAAATAGATATTTTCAAATAGTTCTAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGAATTATTC
* *
294521 TTTAAATCTCTTACCTATAAAATTTTGAAAA-ATTAACAAATTAGTTTTATTTTA-TTCTGAATA
66 TTTAAATCTCTTACCTAT-AAATTTTCAAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATA
294584 AACTTGTATGAGTTGAAATAATAC
129 AACTTGTATGAGTTGAAATAATAC
* *
294608 GATTTGAAATAGATAATTGTTCATATTG-TCTTAACTATTTGAACTAGTTCAAG-AAAT-GAATT
1 GATTTGAAATAGAT-ATT-TTCAAATAGTTC-TAACTATTTGAACTAGTTC-AGTAAATAGAA-T
* ** * **
294670 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
61 TATTCTTTAAATCTCTTACCTATAAATTTTCAAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
294735 ATAAACTTGTATGA
126 ATAAACTTGTATGA
294749 ACATAAATAA
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 14, Indels: 12
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
152 13 0.11
153 18 0.15
154 84 0.70
155 5 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (152 bp):
GATTTGAAATAGATATTTTCAAATAGTTCTAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGAATTATTC
TTTAAATCTCTTACCTATAAATTTTCAAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAA
CTTGTATGAGTTGAAATAATAC
Found at i:295311 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 294608--295914 Score: 1139
Period size: 182 Copynumber: 7.3 Consensus size: 178
294598 GAAATAATAC
* * * * *
294608 GATTTGAAATAGATAATTGTTCATATTGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAAG-AAA-TGAATTT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAG-ATTT
* * ** * *
294671 ATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
64 ATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAA
* * * *
294736 TAAACTTGTATGAAC-ATAAATAATTGA-TTTATGACAGAACAAAAGCTTATAAC
127 TAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAG-TTATAAT
* * * *
294789 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGGTAAACAGATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTAT
* *
294854 TTTTTAAA--TC-TCTTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
66 TTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAA
* * * * *
294916 GCTTGTATG--TTGAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTAATAAC
130 GCTTGTATGAACT-A-AAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGTTATAAT
* * * * * *
294966 GATTTGAAATATATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACTGATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTA
* * **
295030 TTTTTTAAATCTCTTCCTTATTAATTTATGAAATATTAATAAAGTT-GTACTATTTTATTTTTAT
65 TTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTAAAT
* *
295094 AAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAT
128 AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTT-ATAAT
* * * * *
295146 GATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTCTTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTAT
* * * * *
295211 TTTTTCTAATCTTTTGCGTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTGTTTTATTCTAAA
66 TTTTT-AAATCTCTT-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAA
* * *
295275 TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATTTTAGAAT
127 TAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAAT
* ** * * * ** * *
295328 GATTTGAAATAGATAATTATTTTAGTAGTCTTAACCATTTGAACTAATTCGGTAAACACATTTA-
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTAT
* * * * **
295392 TTTTTAAA-AT-ATCTTACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATTCGATAA
66 TTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTAAATAA
* * * * ** **
295454 GCTTGTATGATCAAAAACAATTTTTTTATGACCAAA-TGAAGATTATAGC
130 GCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-TTATAAT
* * * * * * * * *
295503 AATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTTATAGCTATTTGAA-TTGGTTCA-AAAACCAGCTTT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAA-CAGATTT
* * * *
295566 AATTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTTAA
64 ATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAA
* * * * *
295631 TAAGTTTTTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTAAAAT
127 TAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGTTATAAT
* * * ** *
295684 GAGTTT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATATCTATTTGATCTTGTTTGGTAAACATATTTA
1 GA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA
* *
295748 TTATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
65 TT-TTTTAAATCTCTT-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAA
** * * * *
295812 ATAAGCTTGTATGAACTAAAATTATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAAT
126 ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAAT
* * * * *
295866 GATTTAAAATATG-TAATTGTTC-AATAATCTTAACTTTTTGAACTGGTTC
1 GATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
295915 GGCAAAATAC
Statistics
Matches: 903, Mismatches: 181, Indels: 84
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
175 45 0.05
176 52 0.06
177 167 0.18
178 8 0.01
179 48 0.05
180 134 0.15
181 214 0.24
182 222 0.25
183 9 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTAT
TTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAG
CTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTATAAT
Found at i:295929 original size:538 final size:536
Alignment explanation
Indices: 294614--295935 Score: 1548
Period size: 538 Copynumber: 2.5 Consensus size: 536
294604 ATACGATTTG
* ** * * * *
294614 AAATAGATAATTGTTCATATTGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAAG-AAA-TGAATTTATTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTT-TAGTAAACAG-ATTTATTTTT
* * *** * * * *
294677 TAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACT
64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * **
294742 TGTATGAAC-ATAAATAATTGATTTATGACAGAACAAAAGCTTATAACAATTTGAAATAGATAAT
129 TGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGCTTAAAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
294806 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
192 TGTTC-AATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACACATTTATTTTTAAAATATCTTACT
* * *
294871 AATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAGAAACAA
256 AATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAA
* *
294936 TTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTAATAACGATTTGAAATATATAATTATTCAAATGGCCATAAT
321 TTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTAATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATGGCCATAAC
* * * *
295001 TATTTGAACTGATTCAGTAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTCCTTATTAATTTATGAAATAT
386 TATTTGAACTGATTCAGAAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTCCTTAATAATTTATGAAATAT
* *
295066 TAATAAAGTTGTACTATTTTATTTTTATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAA
451 TAATAAAGTAGTACTATTTTATTTTTATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAA
* *
295131 ACAAAAGTTCATAATGATTTT
516 ACAAAAGTTCAAAATGAGTTT
* *
295152 AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTCTTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTC
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTT-
* * * * * * *
295217 TAATCTTTTGCGTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTGTTTTATTCTAAATAAGCTT
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * ** *
295282 GTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATTTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTA
130 GTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGCTTAAAATGATTTGAAATAGATAATT-
* * * * **
295347 TTTTAGTAGTCTTAACCATTTGAACTAATTCGGTAAACACATTTATTTTTAAAATATCTTACTAA
193 GTTCAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACACATTTATTTTTAAAATATCTTACTAA
* * *
295412 TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATTC-GATAAGCTTGTATGATCAAAAACAAT
258 TTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAAT
* * * * * * * * * ** *
295475 TTTTTTATGACCAAATGAAGA-TTATAGCAATTTGAGAT-TGATATTTGTTCAAATGGTTATAGC
322 TGTTTTATGACAAAATAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAT-ATAATTATTCAAATGGCCATAAC
* * * * *
295538 TATTTGAATTGGTTCA-AAAACCAGCTTTAATTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATA
386 TATTTGAACTGATTCAGAAAA-CAGATTTAATTTTTAAATCTCTTCCTTAATAATTTATGAAATA
* * * *
295602 TTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTTAATAAGTTTTTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACA
450 TTAATAAAGTAGTACTATTTTATTTTT-ATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACA
295667 AAACAAAAAGTT-AAAATGAGTTT
514 AAAC-AAAAGTTCAAAATGAGTTT
* * * * * *
295690 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATATCTATTTGATCTTGTTTGGTAAACATATTTATTATTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATT-TTTT
295755 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * *
295820 GTATGAACTAAAATTATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATATG-TAATT
130 GTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGCTTAAAATGATTTGAAATA-GATAATT
* * * *
295884 GTTCAATAATCTTAACTTTTTGAACTGGTTCGGCAAAATACATTTATTTTTA
193 GTTCAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGG-TAAACACATTTATTTTTA
295936 TTATTAAATT
Statistics
Matches: 654, Mismatches: 116, Indels: 28
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
536 4 0.01
537 133 0.20
538 315 0.48
539 199 0.30
540 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (536 bp):
AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTA
AATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
TATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAGCTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
CAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACACATTTATTTTTAAAATATCTTACTAATTC
TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTT
TTATGACAAAATAAAAAGTAATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATGGCCATAACTATTT
GAACTGATTCAGAAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTCCTTAATAATTTATGAAATATTAATA
AAGTAGTACTATTTTATTTTTATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
AGTTCAAAATGAGTTT
Found at i:296456 original size:179 final size:175
Alignment explanation
Indices: 296070--297616 Score: 751
Period size: 181 Copynumber: 8.7 Consensus size: 175
296060 TTTTAAATCT
** * * * ** * *
296070 CTTATTAATTTTCAAAATTTTAAAAAATCA-TATTATTTTATTTTGAATAA-TTATATATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAACA
* * * * *
296133 AAAGCAATTGTTT-TACAACAAAGCTAAAGGTCATAA-TGA-TTGAAAATAGATAATTATTTAAA
65 AAAACAAGTGTTTAT-C-ACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTG-AAATAGATAATTATTCAAA
* * *
296195 TGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA
126 TAG-C-T-A-TAATTG-ACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * ** * * *
296250 CCTAATAATTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * *
296315 AAACAAGTCTTTGATCATAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATCA-ATAATTATTCAAACAG
66 AAACAAGTGTTT-ATCACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATAG
* * * *
296379 CTATAACTTAGAGCTTGCTTGGTCAATGGATTTATTTCTTAAATCAT-TTA
129 CTATAA-TT-GA-CTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTA
* *
296429 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA
* *
296494 AAA-AATTGGTTTA-CGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
66 AAACAAGT-GTTTATC-ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * *
296557 CCATAATT-ATTTGAATGTGTTCAAAAAATAAATTTATTTTTTCAATTTC-TA
129 CTATAATTGACTTG--TTTGGT----AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** * * *
296608 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATGAGTTTGTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * *
296672 GAAACGATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA
65 AAAACAAGTG-TTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * *
296736 GTCATAATTATTTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA
128 G-C-T-A-TA-ATTG-ACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
296790 CTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCCTATATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA
* *
296854 AAAACAA-TGGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
65 AAAACAAGT-G-TTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* *** * * * *
296918 GTTATGACTATTTGGACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTA
128 GCTAT-A--A-TT-GACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** * *
296971 CCTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATT--T-TTA----A-TCCGAATAAGCTTGTATGAACA
1 CTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * *
297027 AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-TGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATT
65 AAAACAAGTG-TTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-T
* * * * * *
297091 ATC-ATAACTGTTTGAACATATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
127 AGCTATAA----TTG-ACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * ** * * *
297144 CCTT-TTGATTATCTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTCTAAAT
1 -CTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * * * *
297207 AGAAAA-AAATATTT-T-ACAATCAAACAAATGATTATAGCAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAA
64 A-AAAACAAGTGTTTATCAC-A--AAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * * *
297269 ATAGTCATAAGTATTTGAACTTATTTAGAAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTA
125 ATAG-C-T-A-TAATTG-ACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** * * * * * * *
297325 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATATGTTAGAATTATATTGTTTCGAATAAGATTGTATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * * * *
297390 AAACAATTGATTTGTGATAAAGCAAAAGTTTATAA-TGATTTGAAATTA-ATAATTGTTCAAATA
66 AAACAAGTG-TTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATA
* * * * **
297453 G---TCA--GAAC---------CAACAGATTCATTTTTTAAATCAATTA
128 GCTATAATTG-ACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
297488 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC-AGTATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAACA
* * * * * ** * * *
297552 TAAACAATTATTTTATGATAAAATGAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
65 AAAACAAGT-GTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
297617 AACAAAACAA
Statistics
Matches: 1081, Mismatches: 202, Indels: 185
0.74 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
162 2 0.00
163 122 0.11
170 1 0.00
172 6 0.01
173 121 0.11
174 13 0.01
175 3 0.00
176 6 0.01
177 6 0.01
178 61 0.06
179 161 0.15
180 118 0.11
181 318 0.29
182 123 0.11
183 4 0.00
184 4 0.00
185 8 0.01
187 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA
AAACAAGTGTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCT
ATAATTGACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
Found at i:297288 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 296158--297456 Score: 942
Period size: 181 Copynumber: 7.2 Consensus size: 179
296148 CAACAAAGCT
* * * * * * *
296158 AAAGGTCATAATGA-TTGAAAATAGATAATTATTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGG
1 AAAGGTCATAACGATTTGAAAA-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG
* * ** ** ** * *
296222 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTAATAATTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTAT
65 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTTTTAATTTT-TGAATATTAATAAATTTGTATTAT
* * * * * * *
296287 TTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACA-AAAACAA-GTCTTTGATCATAAAACA
128 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATGT-TTT-ATGACAAAACA
* * * * * * * * *
296339 AAAGATCATAACTATTTGAAATCA-ATAATTATTCAAACAG-CTATAAC--TTAGAGCTTGCTTG
1 AAAGGTCATAACGATTTGAAA-AAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTTA
* *** * * * *
296400 GTCAATGGATTTATTTCTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAGTA
64 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTA
* * * * *
296465 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAG-AAAAATTGGTTTACGACAAAACA
127 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATGTTTTATGACAAAACA
* * * * * *
296517 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAA-TGTGTTCAA
1 AAAGGTCATAACGATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAG
* * * * *
296581 AAAATAAATTTATTTTTTCAAT-TTCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTAT
65 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-TTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTGTATTAT
* * * ** * *
296645 TTTATTTGGAATGAGTTTGTATGAATAGAAACGATTGTTTTATGACTAAACA
128 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATGTTTTATGACAAAACA
* * *
296697 AAAGGTCATAATGATTT-AAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTTGAACTTGTTTG
1 AAAGGTCATAACGATTTGAAAA-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTGTTTA
* * * * *
296761 GTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
64 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TTTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTGTATTA
* * * * *
296826 TTTTATTTCGAATAGGCCTATATGAACT--AAAACAATGGTTTTATTACAAAACA
127 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAAAT-GTTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
296879 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTCAAT
1 AAAGGTCATAACGATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT
* * * **
296944 AAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACCTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAA-TT-T-TTA-
66 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTTTTAATTT-T-TGAATATTAATAAATTTGTATTAT
* *
297004 ---A-TCCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACA
128 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAA-TGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
297052 AAATGTCATAATGATTT-AAAATAAATAATTGTTCAAATTA-TCATAACTGTTTGAACATATTTG
1 AAAGGTCATAACGATTTGAAAA-AGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA
* *
297115 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTTTTGATTATCTGAATATTAATAAATTTGTATTA
64 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTTTTAATT-TTTGAATATTAATAAATTTGTATTA
* * * * **
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* * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* *
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* *
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* ** *
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* * * * * * *
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* * *** ** *
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* * * * * * * *
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** * * *
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* ** * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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** * *
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* * * ** *
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*
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * *
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* ** ** *
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* * * * * **
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1 AC-AAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
* * * * * * * *
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* * * *** *
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* * * * **
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* * *
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* * **
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* *** ** * ** * * *
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1 ACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* * * * * * * * *
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* * * * * * ** * * * *
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123 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATG
** * *
299799 ACTGAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATATTCATAACTATTTGAA
1 ACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTG--
* * *
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* *** * * * * *
299922 ATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACTTATAT-AAGCAAAAACATTTGTTTTAT
116 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATG-AAAAACAATTGTTTTAT
299986 G
180 G
* * *
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1 ACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
** * * * *
300052 GATTCGGGAAACAAAATTATTTTTTAAACCTCTTA-TTGATTAATGTTTT-GAAATATTAATAAA
66 G-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAAT-TTTTAG-AATATTAATAAA
* * * * *
300115 TTTGTTTTATTTTATTTCG-ATAAG-TTAGTAAGAATTG-AAAA-AATTGTTTTACG
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* * * * * * * *
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1 ACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAAT
** * * * * *
300232 TAGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAACTTTTAGAATATTATTACATT
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* ** * *
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* * ** * * *
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1 ACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
* * * * * *
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* **
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* * * * *
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1 ACAAAACAAAAGTTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* * * * * * *
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* * * * * * ** *
300656 TAATATTATTTTATTTCGAACAAGATTTTTTGAATTG--AAACAATCATTTTAAG
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* * * * * * * *
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1 ACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AAT
* * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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1 ACAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
* ** * * * * *
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64 TTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* * * * *
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* ** * * * *
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1 ACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
* * * * * *
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* ** * ** * *
301182 AGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATG
129 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * * * * *
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1 ACAAAACA-AAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA
* * * * * *
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* * * *
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* ** *
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** * * *
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64 T-TGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
** * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * ** ** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
302195 ACTTATTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATTTTTTACTTACTAATTGTCTT--AATATTAATA
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* * * ** * **
302257 AATTTGTACTATGTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATCATTTTATG
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* * *** ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** *
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* * * * * * * * * *
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** * * ** * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * *
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* * * * * ** * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * * ** *
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* ** * ** * *
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* *
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*** * * * *
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* * * * *
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*** * * * * * * *
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* * * * * ***
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * * *
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1 ACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
* * ** * * * * * * *
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* * ** ** * * *
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* * * * * *
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* * ** *
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Statistics
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * * * *
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*** * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * ** * * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * *
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* * * **
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* * * *
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* * * * * * *
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129 G-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTT---ATTTTTTATT-TTC--TTACTTATT
* * * * ** *
297670 AATTATTTGAACTAGTTCAATAAACATATTTATT-TTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTTGAA
187 AATTTTTTGAA-TA-TT-AATAAA-TTA-GTATTATTTT-ATT-T-CGA---A-TAA-GCTTG-T
* * * *** **** * * * *
297734 AT-ATTA-ATA-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGG-CTTGTATGA--TGAAA-A-ACAATT
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* * * * *
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* ** *
297854 TATTTGAATTAATTCGATAA
345 T-TTT---TTAAATCTCTTA
* * * ** * * * ** *
297874 ATTGATTTATGTTTT-AAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTA-AT-AAAGTAATATTAT
1 CTT-ATTAAT-TTTTAAAATAT-TAA--TA--AATTAGTATTATTTTATTTCAAA-TAAGCTTGT
* * ** * * * * * ** * * * **
297936 TTTATTTCAGATAA--GCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAAT-AAA-AGGTCA
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* * * *** ** *
297996 TAACTAT-TTTAAATAGATAATTGGTCAAATAGTCAAAACTAT-TTAAACTTGTTCGGTAA-ACA
115 TAA-T-TGTTCAAATAG-TCA----T-AACTA-TTTGAACT-TGTT---C--G---GTAAATAGA
* * * *
298058 GATTTTTTTTTATTTTCTTACTTACTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
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* * ** * * * ***
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* * * * * * * *
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355 CTCTTA
* * * * * * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* ** * ** **
298385 GTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAAAAAGATTTAGATTTTA-AATCTT--TTATTAA-TTT
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* * ** *
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* * * * * * *
298509 TTTTATGACAAAACAAAATGTCACAACGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATGGAT-ATTACTA
255 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTA
* * * *
298573 TTTGAACTTGTTCGAAAAATAGATTAATGTTTTAAATCT-TGAA
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* * ** *
298616 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TA
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* * * *** *
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65 GAAACAATTGTTTTATGACAAA--AT-A-AAAG-GTCA-TAACTATTTGA-AAT-A-GATAATTG
* * * ** *
298741 AAAT-AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTT-GATAAATAGATTTATTTTT
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* * * *
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171 --TATTTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-G
* * * * * * * *
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* * * *
298931 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATATGTTC-AAAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTA
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* ** * * * *
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* * * *
299056 AGAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA-TGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGAT
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* ** *
299120 AGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGACAAATAGATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TT-AT
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* * * * * **
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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125 AATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAA-TAGATTTAT-TTTTTATTTTCTTACTTATT
* * * * * * *
300634 AATTTTTAT-AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAACAAGATTTTTTGAAT-TGAAAC
187 AATTTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATCAGAAAC
** * * * * * * *
300697 AATCATTTTAAGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGACAATTATTCAAATAGTCAAA
250 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
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* ** * * * * * *
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1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * *
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* * * * * ** * * *
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130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTATTTTCTTACTTATTAATTTTTT
* * * * * *
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195 GAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATCAGAAACAATTGTTT
* * ** * * * *
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258 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * *
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* * * ** * *
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1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * * *
301217 GAAACAATTATTTTATGACAAAATATAATGTTATAACAATTTCAAATAGATAATAGTTTAAGT-G
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
301281 CACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTAATTTTTTAAATCTTC-AACTTATTAATTT
130 -TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT--ATTTTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
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* ** *
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256 TTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** * * *
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* * * * **
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1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * *
301578 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATGATTGTTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *** * * ** *
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131 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTATTTTCTTACTTATTAATTTTTTG
** * * *
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* *
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* * *
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* * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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** * ** *** * * * ** * *
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* * * * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * * **
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* * * **
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*** * * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * * ** *
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* * ** * * ** * *
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* *
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* * * ****
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* * * * * *
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* * *** ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* ** * * ** ** * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * ** * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * **
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
297250 GAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAACTTATTTAGA-AAACAAATTCATTTTT
254 GAAATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGACAAACACATTTATTTTT
* ** * * * * * * *
297314 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATATGTTAGAATTATATTGTTTCGAATAAGAT
318 TAAATCTCTTACTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTCCAATAAGCT
* * ** * * * * * *
297379 TGTATGAATAGAAACAATTGATTTGTGATAAAGCAAAAGTTTATAATGATTTGAAATTA-ATAAT
382 TATATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AAGTAGATAAT
* * * * **
297443 TGTTCAAATAGTCAGAAC-----CAAC-AGAT---T---C----ATTTTTTAAATCAATTACTTA
446 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * *
297492 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC-AGTATGAACATAAA
511 TTAA-TTTTAAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAG-CTTGTATGAACAGAAA
* * ** ** * *
297556 CAATTATTTTATGATAAAATGAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGAACA
572 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT------
* * * * * * * * * *
297621 AAACAAAAAGTTATAACAATTTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA-TTTGAACTAG
631 --------AGTCATAACTATTTGAACT-TGT--TCGAT-AAATAG--AT--TTATTTTTAAAT-C
* * * * * *
297685 TTCAATAAACATATTTATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
679 TTC--T--ACTTA-TTAATTTTTAA-----ATA-TTAATAA--ATT--AGTATT-AT--------
* *
297750 ATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTG-TTTATTGACAAAACAAAAGTT
720 -----TTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAGGTT
** * * * * *
297813 AATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTAATTCGATAAATT
777 -ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTT-G-TAAATA
* * * * *
297877 GATTTATGTTTT-AAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAA
839 GATTTAT-TTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAG
* * * * *
297930 TATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTC
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGGTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *** *
297995 ATAACT-ATTTTAAATAGATAATTGGTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAG
66 ATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAAAAAATAG
* ** * * *
298059 ATTT-TTTTTTATTTTCTTACTTACTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
130 ATTTATTTTTAAAATT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-
* * ** * * * ***
298123 GAATAAGCATGTATG-ATCTGAAGTAATTATTTTATGACTAAACAAAATGTTGGAATGATTTGAA
193 GAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * *
298187 ATAGATAATTGTTCTAGTAGTCTTAACTATTTGAAC-TGCTACGACAAACACATTTATTTTTTAA
257 ATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGACAAACACATTTATTTTTTAA
* * * * * * *
298251 ATC-CTTACTTATTAATGTTTAAAATATT-ATTAATTTAGCA-ATATTTTA-CTCCGAATAAACC
321 ATCTCTTACTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTT-GTATA-ATTTTATTTCC-AATAAGCT
* * * ** *
298312 TATATGAATAGAAATAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGACCATAATGATTTG-AGATAGATAA-
382 TATATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAG-TAGATAAT
* * ** * *
298374 TAGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAA-AAAGATTTAGATTTTAAATCTTTT
446 TA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATA-TT---TTTTAAATCTTTT
* * * * ** * *
298438 A-TTAATT--TTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTACATAATTTTTTATGAATAG
506 ACTT-ATTAATTTTAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGA-ATAAGCTTGTATGAACAG
* * * *
298500 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCACAACG-ATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATGG
569 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * **
298564 AT-ATTACTATTTGAACTTGTTCGAAAAATAGATTAATGTTTTAAATCTTGAACTTATTAATTTT
633 -TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAT-TTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTT
* * *
298628 TAGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
696 TA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTT
* * * *
298693 TATGACAAAGGATCATAATGAATAGAAACAAAGGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCA
759 TAT-------GA-C---------A-AAACAAAGG-TTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
*
298758 AATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTGATAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTCTACTTATTA
805 AATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTG-TAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCT-TACTTATTA
* *
298822 ATTTTAGAATATTAATAAATGAG
868 ATTTTTGAATATTAATAAATTAG
** * * * * *
298845 TATTATTTTATTTTGAATAATGTTTTTTGAACAGAAACAATTGGTTTATGAAAAAACAAATGGTC
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGGTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * *
298910 ATAATGATTTAAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATATGTTC-AAAAATAAA
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAAAAAATAGA
* * *
298974 TTTATTTTTTAAATTTTTACTTAATAATTTTTGGAACATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTG
131 TTTA-TTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG
* * * * * *
299038 AAATAAGCTTGCATAAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGTTTTGAAA
194 -AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * *
299103 TAGATAATTGTT-TAGATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGACAAATAGATTTATTTTTTTAA
258 TAGATAATTGTTCAAG-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGACAAACACATTTA-TTTTTTAA
* * * ** * *
299167 TTCTCTTACTCTTT-ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAGCTTAC
321 ATCTCTTACT-TTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTCCAATAAGCTTAT
* * ** * *
299231 ATGAATTGAAACAATTTTTTTA-TTCTAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAGTAGATAATTAT
385 ATGAATAGAAACAATTGTTTTACGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTAT
** * * * *
299295 TCAAATAGTCATGGCTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATATTTTTTAGATCTTTTACTTATTA
449 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * * * *
299360 ATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATATTAATCCAAATAAGCTCGTATGGACAGAAACAAT
514 ATT-TTAAAA-ATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT
* * *
299425 TGTTTTATGATAAAATAAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
576 TGTTTTATGACAAAA-CAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** * *
299490 GGTTTGAACTTGTTCGTTAAATAGATTTAATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATA
640 TATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTT-ATTTTTAAATCTTCTACTTATTAATT-T-TTAAATA
* ** * **
299554 TTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAGCAAAAAAAATCATTTTATGACA
702 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACA
* * ** * ** * * ***
299619 AATCAAAAGGTTATAGCAATTCCAAGTCCATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTCAT-TTTTC
766 AAAC-AAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT--TGAACTC
** * * *** *
299683 AAAAGCTTGTTCAT--ATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATCAATAAAT
828 ---A-CTTGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAAT
*
299746 TTG
888 TAG
* * * * * * * * ** *
299749 TATTATATTA-ATCTAAACAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTATTTTATAACTGAACAAAAAGT
1 TATTATTTTATTTC-AAATAAGGTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * *
299813 CATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATATTCATAACTATTTGAATAACTAT-TTGAACT
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTT--A-AAC-ATGTTCAA--
* ** * *
299876 AGTTTGATAGATAGATTTATTTTTTAAATCCT--TTATTAA-TTTTGAAATATTAATAGATTAGT
123 A-----A-A-ATAGATTTATTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGT
** * * * * *
299938 ATTATTTTATTCCAAACAAACTTATAT-AAGCAAAAAC-ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
181 ATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTT-TTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * **
300001 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGATTCGGGAAACA
243 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGACAAACA
* * * * *
300065 AAATTATTTTTTAAACCTCTTA-TTGATTAATGTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTA
307 CATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT--TTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTTGTATAATTTTA
* * * * *
300129 TTT-CGATAAG-TTAGTAAGAATTGAAAAAATTGTTTTACGACAAAACCAAAGGTCATAACGATT
369 TTTCCAATAAGCTTA-TATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * * * * * * *
300192 TGAAATAAAGAATTGTTCATATAG-CTTTAACTATTGGAATTAGTTCGGCAAATAAATTTATTTT
433 TGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAGTTCGG-TAA-ACATATATTTT
* * * * * *
300256 TTAAATCTCTTAGTTATTAACTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGC
495 TTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTA-AAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGC
* * * * * * *
300321 TTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGTCAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAAT
557 TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAAT
* * * * * *
300386 TGTTCTAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGAT-AA-ACATTTATTTTTTAAATCTTCTATT
622 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTCTACT
* * *
300449 TATTAAATTTTGAAA-ATTTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCAA-ATAGTCTTGTATG-ATGA
686 TATT-AATTTTTAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATA-AG-CTTGTATGAAT-A
* * ** *
300511 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGTCAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
746 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGT-TATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
300576 CCATAATTATTTAAATTGATTTGATAAACTA-ATTTATGTATT-AAATCTCTAACTTATCAATTT
810 TCATAACTATTTGAACTCACTTG-TAAA-TAGATTTAT-TTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * *
300639 TTATAATATTAATAAAGTAA
872 TT-GAATATTAATAAATTAG
* * * * ** ** * * *
300659 TATTATTTTATTTCGAACAAGATTTTTTGAATTGAAACAATCATTTTAAGATAAAATAAAAGGTC
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGGTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * ** * *
300724 ATAATGATTTCAAATAGACAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGCACTTGTTCAGTAAACATA
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCA--AAAAATA
* ** * *
300789 TA-TT-TTTTT--AATTTTTTTTA-TAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
129 GATTTATTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T
* * * * * * * * * *
300849 GAATTAGCATATATGAGCT-GAAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAGAACGA-TT---
193 GAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * *
300909 -T-GA-AATTGTTCTAA-TAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAA
257 ATAGATAATTGTTC-AAGTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAA
* * * * * *
300970 ATC-CTTACTTATTAATGTTT-AGAATATT-ATTAATTTAGCA-ATTTTTTACTTCGAATAAGCT
321 ATCTCTTACTT-TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTT-GTATA-ATTTTATTTCCAATAAGCT
* * * * * * *
301031 TGTATGAATAGAAATAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTG-AGATAAATAAT
382 TATATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAG-TAGATAAT
* * * * * *
301094 TGTTCAAATAGTCATAACTCTTTAAACTAGTTCGGTAATGAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CT
446 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAA--ACATATATTTTTTAAATCTTTTACT
* ** *
301155 TATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAACAGAA
509 TATTAATTTT-AAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * * * * * * * * * *
301220 ACAATTATTTTATGACAAAATATAATGTTATAACAATTTCAAATAGATAATAGTTTAAGT-GCAC
571 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TC
* * * * * * *
301284 ATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTTA
635 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTCTACTTATTAA-TTTTTA
* * * *
301349 AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAACGTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
698 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTAT
*
301414 GACAAAACAAAGGATTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
762 GACAAAACAAAGG-TTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
*
301479 TCACTTAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAATATTAATAAATTA
826 TCACTT-GTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTA
301543 G
890 G
* * * *
301544 TATTATTTTATTTCAAATAAGGTTTTTTGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTC
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGGTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * *
301609 ATAACGATTTGAAATAGATGATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTAAACATGTT-AAAAAATTGA
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAAAAAATAGA
**
301672 TTTATTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGACCATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGA
131 TTTATTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-
* * *
301736 AATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTTGAAA
194 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAA
* *
301801 TAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTTTAA
258 TAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGACAAACACATTTA--TTTTTTAA
* * *
301866 ATCTCGTACTCTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATAATTTTGTTTCCAATAAGCTTAC
321 ATCTCTTACT-TTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTCCAATAAGCTTAT
* ** * *
301931 ATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAGTAGATAATTATT
385 ATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATT
* *
301996 CAAATAGTCATGACTATTTGAACT-GTTCTGTAAACATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
450 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * *
302060 TTGTTAAAAATTAACAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTTTGGACAAAAACAATTG
515 TT-TTAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTG
* *
302125 TTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACGA
578 TTTTATGACAAAAC-AAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
302190 TTTAAACTTATTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATTTTTTACTTACTAATTGTCTT-AATATTA
642 TTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTTCTACTTATTAATT-T-TTAAATATTA
* * * * * **
302254 ATAAATTTGTACTATGTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAG
705 ATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAA-
* * ** * * * * ***
302319 CCAAAGGTTATAGCAATTCCAAATCGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTTG
768 ACAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTT-
* * * ** *
302384 GTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAACTTTCAGAATATTAA-AAACATAG
832 GTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAA-TTAG
* * * * * * * * * *
302444 TATTATTTTGTCTCGAATAACGTTATATGAACTGAAATAATTTTTTTATGACAAAGCAAAATGTC
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGGTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * * *** *
302509 ATAATGA-TTAAAATTAGATAATTAATCAAATAGTCATGACTATTTGATC-TAGTTCGGTAAACA
66 ATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAT-GTTCAAAAAATA
* * * * *** * *
302572 TATTTATTTTCTAAATTTTTTACTCATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTACATTAAT
129 GATTTATTTT-TAAA-ATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAT
* * * * * * * * * *
302637 CTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTA-TTATTTAGTAATATAATAAACA-GCCATAACGATTT
191 TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTA-TGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTT
* ** * * * * * *
302700 GAAATAAATAATT-ACCTAAATATTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGATAAATAGATTTA-TTT
254 GAAATAGATAATTGTTC-AAGTAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGACAAACACATTTATTTT
** * * * * * *
302762 TTAAATCTCTTA---TTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACT
317 TTAAATCTCTTACTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTCCAATAAGCT
* * * * * * * *
302824 TATACGAACAAAAACATTTGTTTTACGACAAAAAAAAAGGTCTTAACAATTTGAAATAGATAATT
382 TATATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATT
** * * * * * * * * *
302889 GCTCAAATAGTGATAATTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAAATTATTTTTCAAATCTATTAGTG
447 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAC-ATA-TATTTTTTAAATCTTTTACTT
* ** * * *
302954 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTTTTTTATTTTATTTC-AAGTAAG-TTAGTAAGAGCTA-
510 ATTAA-TTTT-AAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAA-TAAGCTT-GTATGAAC-AG
* * * * * * *
303016 AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG-ACTTGCAATAAAGAATT-TCTCATATA
569 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGT-TCAAATA
* * * * * * * *
303079 G-CTTTAACTATTTGAACTGGCTCGGT-AATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTTTTAATTT
632 GTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTT
* ** * * ** *
303142 TTAGAATATTATTGCATTAGTATTATTTTATTCCT-AA-AAGCTTGTACGAATATAAGTAATTTT
695 TTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT--TGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
* ** * * *
303205 TTTATGATAGAATTAAATGTTATAACAAATTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
757 TTTATGACA-AAACAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
303270 TGAACT-AGTTCATTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAA
821 TGAACTCACTT--GTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAA
303334 TAAATTAG
883 TAAATTAG
* * *** * *
303342 TATTATTTTATTCCAAAT-AGGCTTGTATGTTGAGAAACGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTT
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGG-TTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * *
303406 TATAATGATCTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAACCA-ATTCAATAAAC
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTT-AAACATGTTCAA-AAAA
* * * ** * * *
303469 T-GATTTATGTTTT-AAATCTCTAACATATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTC
127 TAGATTTAT-TTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * *
303532 ATTTTGGATAAGCTTTTATCAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAATATAAA-GTCATAACT-
189 A-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAA-TG
* * * * * * * * * *
303594 ATTTTAAATAGATAATTATTCGAA-AAGTCAAAATTATTTAAATTTGTTC-AGTAAATAGATTT-
250 ATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAGTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-CAAACACATTTA
* * * * * * * * **
303656 TTTTCT-AATTTCTCACTTAATAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAGTTTATTTTGAA
313 TTTTTTAAATCTCTTACTT-TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTCCAA
** * * * * * * * * * * * *
303719 TAAGAATATATGAGTTGAAGCAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTAAAAATGATTTAAAATAG
376 TAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAG
* * * * * * * *
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441 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATAT-TTTTTAAATCTTT
* * * * * * * *
303846 --CATATAAATGTTTAGAATATTATTGATTTA-TCAATATTTTACTGCGAATAAGCTTGT-TGAA
505 TACTTATTAAT-TTTA-AAAATTAATAAATTAGT-ATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * *
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566 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * * *
303970 TAGTCATAACTATTTAAACTGGTT-TAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAA---TCT-CTTATTAAT
630 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTCTACTTATTAAT
* * ** **
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693 TTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTG
* * * ** * * * * *** * ** *
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756 TTTTATGACAAAACAAAGGTTAT-AA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * ** * *
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819 TTT-GAACTCACTTGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTT--ATTAATTTTTGAATATT
**
304200 AATAGAACCA-
881 AATA-AATTAG
** * ** * * *
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1 TATTATTTTATTTCAAATA-AGGTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GG
* ** * ** * * **
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64 TCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAG-TC-AT-AAC-TATTTAAACATGTTCAAA
* ** * * * ** * * *
304310 TAAT-TCTCTTACTTTTT-AATTTTTGGA-GTACTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAA
124 AAATAGAT-TTA-TTTTTAAAATTTT--ACTTATTAAT-TTTTGG-A--ATATTA-AT-AAATTA
* ** * * * * **
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* * * * * * * * * * ** *
304416 TAAAATGATTTGAAGTAGACAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTATTTGGTAAACAT
243 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGACAAACAC
* * * ** * *
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308 ATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATT
* * * * * *
304539 TCCAAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTTTTTTATGA-GAAACAAAAAAGTCATAA-GAATT
371 TCC-AATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAAC-AAAAGGTCATAACG-ATT
* * * * * * * * * *
304602 TGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACGAATTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTT
433 TGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGT-AA-ACATATATTTTT
* * * *
304667 TAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGC
496 T-AAATCTTTTACTTATTAATT-T-TAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCG-AATAAGC
* * ** * * * * ** **
304731 TTATATGAACA-AATAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTTAT-AGTGATTCCAAATGGATA
557 TTGTATGAACAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAG-AATTTGAAATAAATA
* * * * * * *
304794 ATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTTGTTC-AGTAAATACATTCATTTTTTAAAT-ATCT
620 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTC-
* * *
304857 TAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTCGAATAACCTTATATGAA
682 TACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * * *
304921 CTGAAATA-ATTTTTTTTATAACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATGGATAATTATTCAA
744 -T-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * *
304985 ATAGTCATGACTATTAGATCT-AGTTCAGTAAACATATTTTATTTTTAAAAT-TTTTAACTTATT
806 ATAGTCATAACTATTTGAACTCACTT--GTAAATAGA-TTTATTTTTAAAATCTCTT-ACTTATT
***
305048 AATTGTCAAAATATTAATAAATTAG
867 AATT-TTTGAATATTAATAAATTAG
* * * * ** * * * * * *
305073 TGTTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACTATTGTTTTATAATAGAAGAAAAAGT
1 TATTATTTTATTTC-AAATAAGGTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* ** * * * * * ** *
305137 CACAACAATTTGAAATAAAATAATTGCTT-ACATATTTATAACTATTTAAA-TTGGTTTGATAAA
65 CATAATGATTTGAAAT-AGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAT-GTTCAAAAAA
* * * * * * *
305200 CAAATTTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATAATTTTATT
127 TAGATTTATTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
* * * ** * *
305263 TTGAACAAACTTATATGAGCAAAAAC-ATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTG
191 TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * *
305327 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTTATTTGAAC-TGTTTAGGTC-AACA-A--AATTTT
255 AAATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAAC-TATTTGAACTTG-TT-CGACAAACACATTTATTTT
* * * * * *
305386 TTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTACTTTA-TTCCGAATAAT
317 TTAAATCTCTTACTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTCC-AATAAG
* * * * ** * *
305450 C-TAGTATGAATTGAGAA-AACTCTTTTATGATGAGACAAAAGGTCATAACGATTTGAATTAGAT
380 CTTA-TATGAATAGA-AACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGAT
* * * * * ** * *
305513 AATTGTTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTATTTCGAAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
443 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAC--ATATATTTTTTAAATCTTTT
* * * * * * *
305578 AGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTGTTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAACA
506 ACTTATTAA-TTTT-AAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * * *
305643 AAAATAATTGTTTTATGACATACCAAAAGGTTATAATG-ATTT-AAAGTATAGAATTGTTCAAAT
568 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAA-TAAATAATTGTTCAAAT
** * * * * *
305706 AGTCATAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATC-TCTTAATTATTAATT
631 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATT
* * * ** *
305770 TTTGAAAGATTAATATATTATTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATGATTAAAAACAATTGT
694 TTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
* * * * * * *
305835 TGTATGACCAAACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GATCATCATTAT
757 TTTATGACAAAAC-AAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTAT
* ** * *
305899 TTGAACT-AATTCAACAAATAGATTCACTTTTT--AA--TC--ACTTTTTAATTTTTGGAATATT
820 TTGAACTCACTT--GTAAATAGATTTA-TTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATT
305957 AATAAATTAG
881 AATAAATTAG
* * * * ** *
305967 AATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTC
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGGTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * ** ** * ***
306032 ATAATAATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTCGTAACTATCAAAATTTTTTCGGTAAATA-A
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAAAAAATAGA
* * * ** * * *
306096 ---A--TTT---ATTTT--TT-TAAACTCTT-GCTTATTAAT---TT-CT-TT-TTAT-TTTGGA
131 TTTATTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAA
* * * * * *
306142 TAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTATATA-
196 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * *
306206 ATTAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCTG-TAAACAAATTTATTTTTTCAAAT
261 A-TAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GACAAACACATTTATTTTTT-AAAT
* * * * * * * * **
306270 CTTTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTCATAAATTTGGATTATTTTA-TTCCGAATAAACTCGTA
323 CTCTTACTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTCC-AATAAGCTTATA
* * * * * * * * *
306334 AGACAT-GAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGG-CTTGAATGATTTGAAATAGATAATTTT
386 TGA-ATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCAT-AACGATTTGAAGTAGATAATTAT
* ** * * **** * *
306397 TCTAATAGTTTTAGCTATTTGAACTGGTTTAACAAACACATTTATTATTTAAATCTTTTA-TTAA
449 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAA-ACATATATTTTTTAAATCTTTTACTT-A
* * * * ** * * * **
306461 TT--TTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTTAACCAAATAAACTTCTATGATTAGAAACAA
511 TTAATTTTAAAAATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA
* * ** * ** *
306524 TTATTTTATGACAAAACAAAGA-TTTTAACG-ATTTGAGATTGATAAGTGTTCAAATAGTCATAA
575 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
306587 TTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTGTTTAAAT-TTGTTACCTATTAATTTTTGAAAT
639 CTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATT-TTTAAATCTT-CTACTTATTAATTTTT-AAAT
* *
306651 ATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAATAATTGTTTTATGA
701 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGA
* * * ** * * * * * * *
306715 CAAAATAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATCATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTA
764 CAAAA-CAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTC
* ** * * * *
306780 ATTTGGTAAGCAAATTTATTTTT-AAAT-TTTTAACTTATTAATTTGGTAAATATTAATAAATTA
828 ACTT-GTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTT-ACTTATTAATTT-TTGAATATTAATAAATTA
306843 G
890 G
* ** * * * ** *
306844 TATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTG-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAATTAAAAGAT
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGGTTTTA-TGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * * * *
306908 TATAATGATTTTAAAAAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAAAAAATAG
* * * * * *
306973 ATTTGTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTC
130 ATTTATTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
* * * * * * * *
307038 TCAATAAGCTTGTACGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAATGGTCAAAACGATTTGAA
192 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * * *
307103 GTATATAATTATTCTAA-TAGTCTTAACCATTTGAA-ATGATTGCG-TAAACAAAATTATTTTTT
257 ATAGATAATTGTTC-AAGTAGTCATAACTATTTGAACTTG-TT-CGACAAACACATTTATTTTTT
* * * * * * **
307165 AAATCTCTTA---TTAGTTTTTTAAATATT-ATGTAATTAGTATTATTTTAATAACAATAAGCTT
319 AAATCTCTTACTTTTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTTGTATAATTTTATTTCCAATAAGCTT
* ** * * * * * * * *
307226 GTACAAACA-AAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAAAGACTTGAACTAGATAATCA
383 ATATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTA
* * * * * * * * * * **
307290 TTTATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGCAATTAGATTTATTTTTT-AATTTTCTTGGTT
448 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAA--ACATATATTTTTTAAATCTT-TTACTT
* * * * * * * ** * * *
307354 ACTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTTGCATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATAAATA-AAA
510 ATTAA-TTTT-AAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * *
307418 TCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAAGGTTATAATG-ATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGT
572 -CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * ** * *
307481 CAAAACTATTTGAA-ATGTTTTGACAAGCAGATTTACTTTTTAAAT-ATCTTACTGATTAATTTT
634 CATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTT
* * * * * * *
307544 CTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTT
696 -TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTT
* * * ** * * *
307609 TATGACAAAATGAAATGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTA-AATTATTTG
759 TATGACAAAA-CAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
*** * * *
307673 AACTGGTTTTGTAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA--TA--AATTTTTGAAATATTAATAA
823 AACT-CACTTGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAA
*
307734 ATTAA
886 ATTAG
* * * * * * ** * * *
307739 TTTTATTCTATTCCGAATAAGCTTTTATGAGCTTAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGGTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * * * *** *
307804 ATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAAC-TGATTCGGCAAACAG
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATG-TTCAAAAAATAG
* * *** * *
307868 ATTTATATTTT-AAATCTCATAGTTATTAATTTTCAAAATATTACTAAATTATTATTATTTTATT
130 ATTTAT-TTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
* * * * * * **
307932 TTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA-G-GATAACAAAA-GTTATAACAATTTGA
191 TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *** *
307994 AATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATATTAG-CAAATTGATTTCTTTTTTA
256 AATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAAC-TTGTTCGACAAACACATTTATTTTTTA
* * * * ** * * *
308058 AATCTCTTA---TTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATCTTATTTAGAAAAAGATTGT
320 AATCTCTTACTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTCCAATAAGCTTAT
* * * * * * * * * * * *
308120 A-CATTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTGT
385 ATGAAT-AGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTAT
* * * * * * * * * *
308184 TTAAATAGCCATGATTATTTGAATTAATTCAGTAAAC-T-GA-TTTTTAAATCTCTTGCTTATTA
449 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * * *
308246 ATTTTTAAAATATTAATCAAGTAGTATTATTTTGTTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAA
514 A-TTTTAAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAA
** * * *
308310 TTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATG-ATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAA
575 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
308374 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTCAAATC-TCATGCTTATTTATTTTTTTA
639 CTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA--TTTTT-AAATCTTC-TACTTA-TTAATTTTTAA
* * * * * *
308438 ATGTCAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTATTATAT
699 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTAT
* * ** * * * * * *
308502 GACTAAAGA-AAAGGTCAAAATGATTTTAAATATATAATTATTCTAATAGCCTTAACTATTTGAA
762 GAC-AAA-ACAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
308566 CT-AATTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTC-T-C--ATTAATTGTTAGAATATTATTAAA
825 CTCACTT--GTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAA
308626 TTAG
887 TTAG
* * * * * *
308630 TATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATGATA-AAAAAAAATTGTTTTATGAGAAAACAAATA-
1 TATTATTTTAT-TTCAAATAAGGTTTTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AG
* * * * * * * **
308692 -TCATAAGGATTTGAGATTGATAATTGTTCACATAGTCATAAATATTTGAACTATTTTCAGTAAA
63 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-ATGTTCAAAAAA
* * * *** *
308756 T-GAATTT-TGTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTATCAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTA
127 TAG-ATTTAT-TTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** * * * * **
308817 TTTTAAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATTACAATTT
190 -TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * ** * *
308882 GAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTT-TTTTTT
254 GAAATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGACAAACACATTTATTTTTT
** * * * * * * **
308946 AAATCTCAAACTTATTAATTTTTGGAATACTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAAATT
319 AAATCTCTTACTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTCCAATAAGCTT
* * * * ** * * *
309011 GTATGAATAGAAACAATTG-TTTATGAAAAAATAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTA
383 ATATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTA
* * * * * *
309075 TTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGCTCGATAAACAGATTTGTTTTTATAATCTTTTACTTA
448 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATAT-TTTTTA-AATCTTTTACTTA
* * * *
309140 TTAATTTTTTAAATTTAAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGGAA-AAGCTTTTATGAACAAAAA
511 TTAA-TTTTAAAAATT-AATAAATTAGTATTATTTTA-TTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * ** *
309204 CAATTGATTTATTATTAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTG------A-AA-----CAAATAGTCA
572 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
309256 TAACTATTCGAACGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TT-TACTTATTAATTTTTGG
636 TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTT-AAATCTTCTACTTATTAATTTTT-A
* * * * * *
309319 AATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGGTTTA
698 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
* *** * * ** *
309383 TGACAAAACAAA-ATATCATAATGTTTTAAAATACATAATTGTTCGGATAGTCATAACTATTTGC
761 TGACAAAACAAAGGT-T-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * *
309447 ACTTA-TTCAGTAAA-CGTATTCT-TTGTTTTAATTTTCTTACTCATTAATTTTTGAAACATTAA
824 ACTCACTT--GTAAATAG-ATT-TATT-TTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAA
*
309509 TGAATTAG
883 TAAATTAG
** * * * ** * * *
309517 TATTAACTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTTAAACAAGTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTC
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGGTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *** *
309582 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATATA
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAAAAAATAGA
* * *** * * **
309647 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTATAAATTAATATTATTTTAATCC
131 TTTA-TTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTT
* * * * * * ** *
309712 GAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAAGTTGAAA
193 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * ** * * ** *
309777 TAAATAATTGATGAAATAACCATAA-TGGTTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
258 TAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAA
* * *** * ** *
309841 TCTTTTACTTATTAATTGTCCTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTAGA
322 TCTCTTACTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTCCAATAAGCTTATA
* * * * * * * * * *
309906 TGAATAAAAAAAAACATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCTATTTCAAATAAATAATTA
386 TGAAT--AGAAACA-ATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTA
* * * * * ** *
309971 TTCAAATAGTCCTAATTATTTAAATTTGTTTAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTAC-T
448 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATA-T-ATTTTTTAAATCT-TTTACTT
** * * * ** *
310035 ATTAATTTTTGGATTAA-TAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGCA
510 ATTAA-TTTT--AAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAA
** * * * *
310099 ACAATTCCTTTATGACAAAAC-AAATGATCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGT
571 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * * * * **
310162 CATTATTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCA
634 CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTT-AAATCTTCTACTTATTAATT-TTT
** *
310227 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
697 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
310292 TAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
761 TGACAAAAC-AAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
310357 CT-AGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC--AGTTATTACTTTTTGAAATATTAATAGA
825 CTCA-CTTG-TAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAA
310417 TTAG
887 TTAG
* * * ** * * * *
310421 T-TCTACTTCATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
1 TAT-TATTTTATTTCAAATAAGGTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * ** *
310485 AATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGGTT-AGGTAAAC
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAT-GTTCA-AAAAAT
* * * * * *
310548 AAAATTATTTTTTAAAATCTCTTACTTACTAATATTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTT
128 AGATTTA-TTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT
** * ** * * *
310612 ATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTCAAACATACCTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
189 ATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-A-TTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
** * * *
310677 TTTGAAATAGATAATTGTTCATA-TAGTTTTAAAC-ATTT-AAATTGGTTCAACAAACAAATTTA
251 TTTGAAATAGATAATTGTTCA-AGTAGTCAT-AACTATTTGAACTT-GTTCGACAAACACATTTA
* ** * * * * * * *
310739 TTTTTTAATTCTCTTTGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTGGTGTTATTTTA-TTCTAAA
313 TTTTTTAAATCTCTTACTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTC-CAA
* * * * * * * * * * * * * **
310803 TAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTCTATGATAGAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTT
376 TAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAG
* * * * *
310868 ATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAATTAGTT-TGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
441 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAC--ATATATTTTTTAAATCTT
* * * * * * **
310931 TTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTGTTCCAAAAAAGCTTGAATGTT
504 TTACTTATTAA-TTTT-AAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * ** * *
310996 CA-AATAAAATTCTTATATGACGAAACAAAAGGTAATAATG-ATTTAAAATAGATAATTACTGAC
566 CAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * *
311059 ATAGCCATAATTATTTGAA-GTGATTCGGTAAATAGATTCACTTTTAAA---TC-ACTTATTAAA
629 ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTTCTACTTATT-AA
** * * **
311119 TTTTGGAATATTAATAAAATAGTTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTG
692 TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTG
* * * *
311184 TTTTATGACAAAGTA-AAAGGTGATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTC-TTACTT
756 TTTTATGACAAA--ACAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-T
* * * *
311247 GTTTGAACT-ACTTCGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-CGTTATTAATTTTTGAAAAT
818 ATTTGAACTCACTT--GTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTAC-TTATTAATTTTTGAATAT
*
311310 TATTAAATTAG
880 TAATAAATTAG
* * * * *** * * * * *
311321 TATTATTTTA-TTCTAAGTAAGCTTATACGAGTTGAAACAATTATTTTATAATAGAATAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTC-AAATAAGGTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-
* * * ** *
311385 TGA-AATCATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG----GA--A-TT----A-GTTCAGCAAACA
64 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAAAAAATA
* * * **
311437 GATTTATTTTTTAAATCTACTACTTA-TAACTGTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
129 GATTTATTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAA-TTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * ** *
311501 TCTGAAT-AGGTGTGTATG-ATA-AATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTTATAACT-AT
191 T-TGAATAAGCT-TGTATGAATAGAA-ACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGAT
* * * * * * * * * ** *
311562 TTGAAATAGATAACTATTCAAGTGGCCATTATTATTTGAAC-CGATTTGATAAACTGACTTATTT
252 TTGAAATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGACAAACACATTTATTT
* * * * *
311626 TTT-AATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATACTAATAAAGTAATGT-T-ATTTTATTTCAAATA
316 TTTAAATCTCTTACTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAA-T-TTGTATAATTTTATTTCCAATA
* * *** * *
311688 AGCCTT-TATGAACTA-AAACAATTCTTTTATGA-AAAACAAAAGGTCAT-ATTTTTTTAAATAG
378 AG-CTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAG
* * * * *
311749 ATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAAT-T
441 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAC--ATATA-TTTTTTAAATCT
** * ** * * * * *
311813 TTTTGTGTATTAATTTTCGGAATGTTAATAAATCAGTAATATTTT-TTTGAATAAGCATGTATAA
503 TTTACT-TATTAATTTT--AAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * * * *
311877 ACTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACG-ATTTGAAAATAGATAATTATTCT
565 ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-GAATTTG-AAATAAATAATTGTTCA
* * * * * ** * * * *
311941 AACAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAACACATTTATATTTTAAATTTTGTACTTATTAA
628 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAT-TTTTAAATCTTCTACTTATTAA
* * * * * * * *
312006 TTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAGTATTTTACTCTGAATAAGCTTGTGTGAACAGAAACAATT
692 TTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATT
* **
312071 ATTTTATGACAAAACAAA-G--AT--C-A--T--AAT-G--AATTG-----A-A--C-T---GGT
755 GTTTTATGACAAAACAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
312111 TTG-----A----TAAATAGATTTAGTTTTT-AAATCTCTTA--TA--AATTTTTGAAATATTAA
820 TTGAACTCACTTGTAAATAGATTTA-TTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAA
*
312162 AAAATTAG
883 TAAATTAG
* * * ** * * * **
312170 CATTATTTTATTAT-GAATAA-TTTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTACGACAAAGCAAAATA
1 TATTATTTTATT-TCAAATAAGGTTT-TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
** * * * * * * * *
312233 TCATAACAATTTGAAATAGATGATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAATA
64 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAAAAAATA
* ** *
312298 GATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
129 GATTTATTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * *
312363 TCGAATAAAATTGAATGTATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGA
192 T-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * ***
312428 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTAAACTCT-CTCAGTA-AAATGGATTTATTTTT
256 AATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTC-G-ACAAACACATTTA--TTT
* * * * * *
312491 TTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAAT-TCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAA
316 TTTAAATCTCTTACTT-TTAATTTTTGAAATAT-TAATAAATTTGTATAATTTTATTTCCAATAA
* * * * * * * * *
312554 G-GTACTATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATGGAT
379 GCTTA-TATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGAT
* * ** *
312618 AATTCTTCGAATAGTCATAACTATTTGAACGT-GTTTAG-AAAAATATTATTTTTTAAAT-TTTT
443 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACATA-TATTTTTTAAATCTTTT
* * * *
312680 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAAC
506 ACTTATTAA-TTTT-AAAAATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * * *
312744 ATAACCAATTATTTTATGATAAAAC-AAAGGTAATAATG--TTTCGAAATAAATAATTATTCAGA
567 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-GAATTT-GAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * * * *
312806 TAGTAATAACTATTTGAACATGTTC-AGCAAATAGATTCATTTTTTAAT-TCTCTTACTCATTAA
630 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTAAATCT-TC-TACTTATTAA
*
312869 TTTTTAAATATTAATAAAGTAGTATTA---TA--TG---AA-C-----TG-----AAACAATTGT
692 TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
* * ** * * *
312915 TTTATTACAAAACAAAAGCTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATT
757 TTTATGACAAAAC-AAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * *
312980 TGAACTTATTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAAT
821 TGAACTCACTT-GTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAAT
*
313045 AAATTAA
884 AAATTAG
* * * * ** * * *
313052 TAATATTTTATATT-GAATAAGCTTGTACCAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGT
1 TATTATTTTAT-TTCAAATAAGGTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * ** * ** **** *
313116 CATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCCAATAGTCACAAAGATTTGAATTTGTTTGGTAAATAA
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAAAAAATAG
** * *** * * *
313181 ATTTATTTTTTCAATCTTTTACTTATTAATTATCCTAATGTTAATAAATTTGTATTATTTTATTC
130 ATTTA-TTTTT-AAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * ** * * *** *
313246 GAAATACGCTTGT-TCAAATGGAAAAAATCATTTTATGAGAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCA
193 G-AATAAGCTTGTAT-GAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
** * * * * * * * * *
313310 AATAGATAATTGTGGAAATAGTTATAATTATTTAAACTTATTCAATAAACATATTCATTTTTTAA
256 AATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAA
* * * * * *
313375 ATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTA
321 ATCTCTTACTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTCCAATAAGC-TTA
* * * * * * * * *
313440 TATGAACT-GAAATAATTTTTTTATGATAGAACAAAAGGTCCTAAGGATTTGAAATAGATATTTA
384 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTA
* * ** * * * * *
313504 TTCAAATAGTCATGACTAATTGATTTAATTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTAGTTA
448 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATA--TATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
313569 TTAATTATTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
511 TTAATT-TT-AAAAATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * *
313634 TATTGTTTTAT-AGCAGAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAAGAAATAATTACTT-AAATAGTCA
573 AATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATT-GTTCAAATAGTCA
* * *
313697 -AGCATATTT-AAATTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTG
636 TAAC-TATTTGAACTT-GTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTT-
* * * * * * * * *
313756 CAATATTATTATAA-TAG---TATTTT-TTT-AACAAACTTATATGAACAAAAGCATTTATTTTA
697 AAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTA
* * *
313815 TGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
761 TGACAAAAC-AAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
*** * * * * * ** * *
313880 CTGGTTTGATAAACAAAATTATTTTTTATATC-CTTTAAATATTTATTTATGAAATATTAATAAA
825 CTCACTTG-TAAATAGATTTATTTTTAAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAA
313944 TTCA-
887 TT-AG
* ** * * ** * *
313948 TTTTATTTTATTTTGAATAA-GTTAGTACGAATTGAAA-ATTTGTTTTATGATAAAACAAAA---
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGGTT-TTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * ** * ***
314008 -A-CA--ATTTGAAATATATAATCGTTCATATACTCTTAACTATTGGAA-TTAGTTCGGTAAATA
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAT-GTTCAAAAAATA
* * * * * *
314068 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATT
129 GATTTATTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
314133 TCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGA
192 T-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * * ** * *
314198 AGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTTG--GTACAAATTTATATTTTAA
256 AATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAA
* * * * * *
314261 ATCTCATACTTATTAATTTTTGAAAGT-TTAATAAATTAGTAT-ATTTTATATCGAATAAACTTG
321 ATCTCTTACTT-TTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTCCAATAAGCTTA
* * * * * * * * *
314324 TTTG-ATAAAAAATAATTGTTATATGAC-AAACAAAAGCATAATAATGATTTGAAATAGATAATT
384 TATGAAT-AGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAGTAGATAATT
* * * * ** * **
314387 ATTGAAAT-GGCTATAATTATATGAA-TAGAACGG-----AT-TCACTTTTTAAATCACTTACTT
447 ATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATAT-ATTTTTTAAATCTTTTACTT
* *
314444 ATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTGCT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAA
510 ATTAA-TTTT-AAAAATTAATAAATTAGTATTATTT--TATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * *
314507 A-AATTGTTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAATG-ATTTGTAATAGATAATTGTTCATATAGTC
571 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * ** * *
314570 TTAACTGTTTAAACTACTTC-AGCAAATAGATTTATATTTTAAATC-TCTTATTTATTAATTTTT
635 ATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTAT-TTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTT
* * * * * * * *
314633 GGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACT-GAAATAATTATTT
697 -AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTT
* * * * *
314697 TATAATAGAATA-AAAGGTTATAACGATTTGAAATAG---ATTGTTCAAAGAG---GAACTA---
759 TATGACA-AA-ACAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
314752 G---T---TTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTTTGAAATATTAATA
822 GAACTCACTTG-TAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATA
*
314811 AATTAC
885 AATTAG
* * * ** * * **
314817 AATTATTTTATTTCGAAT-AGGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAATTT
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGG-TTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
** * * * ** * * *
314879 TGTAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTCGAA-TTGATTCGATAAACT
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATG-TTC-AAAAAAT
* * * * * * * * *
314943 AG-CTTATTTTTTAAATCTCTAACTTCTCAAATTTTGAAATATTAATAGAGTAGTATTATTTTAT
128 AGATTTATTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
* * ** * * * *
315007 TTTGAATAAACTTTTATGAACT-GAAATGATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATATTTATTT
190 TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * *
315070 TAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTC-AGTAAACAAATTTATTTTT
254 GAAATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-CAAACACATTTATTTTT
* * * * * *
315134 TAAAATTTTTTA-TGTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
318 T-AAATCTCTTACT-T-TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTCCAATAA
* * * ** * * *
315197 ACTTGTATGAACTA-AAA-ATATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
379 GCTTATATGAA-TAGAAACA-ATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGA
* * * * * * * *
315260 TAATTATTCTAATAGTCTTAACTACTTGAACTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCT
442 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGG-TAA-ACATATATTTTTTAAATCTTT
* * * * * * * * *
315325 TACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAACTTGTATGAAT
505 TACTTATTAA-TTTTA-AAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * *
315390 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAACAATTTG----GACT-A--GTTC---GA
567 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
315444 -TC--AACAGATTT--AGTT-TT---TAAAT--CTCTTA----TCAAT-TT-T--TGA--AATAT
632 GTCATAAC-TATTTGAACTTGTTCGATAAATAGAT-TTATTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTT
* * * * * **** * * *
315488 TAAAAAATT-AT-TATTA-TTTTATTCTTAATAATTTT-----GTATAAATAGAAACAATTGTTT
695 TTAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTT
** ** ** * * * * *
315545 TACAACAATGCACAATATCATAACAATTTGAAATAGATGATAGTTTAAATA--CATGACTATTTG
759 TATGACAAAACA-AAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * ** * *
315608 AACT-TGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTAGAATATTTATA
823 AACTCACTT--GTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATA
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** * * * * *
315678 TATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGATC
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGGTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * ** * ** *
315743 ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTAAATTTGCTCAGTAAATAAA
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAAAAAATAGA
* * *
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131 TTTA-TTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATTTTTGGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT
* **
315872 TGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAA
192 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * *
315936 ATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTT-AAATGTGTT-GAGAAA-ATATATCTA-TTTTA
257 ATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGACAAACACAT-T-TATTTTTT
* * * * * *
315997 AAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTCAAAATAAGCT
319 AAATCTCTTACTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTC-CAATAAGCT
** * * * * *
316060 TGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTTGAAATAGATAAT
382 TATATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAGTAGATAAT
* * * * * * * * * *
316124 TGTTTAGATAGTCATAACTATTTAAAC-ATGTTCAGTAAATAGATTCATGTTTTAATTCTCTTAC
446 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTCGGTAAACATA-T-ATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * *
316188 -CATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTGA
508 TTATTAA-TTTT-AAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * * * * *
316251 AACAATTATTTTATTG-CAAAACAAAAGGTCACAATG-ATTTAAAATAGATAATTATTCACATAG
570 AACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
316314 TCATGACTATTTAAACTTGTT-TAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTG
633 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTT-
* * * * ** * *
316377 TCAAAATATTATTAAATTAATATAATTTTAATTCAAATAAGCTTGTAT-AATTAGAAACAATTAT
695 T-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGT
* * * * * * * **
316441 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAAAAATTATTCAAATAGTCAAAAAGATT
757 TTTATGACAAAAC-AAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
** * * * * * * *
316506 TGAACT-TGTTCAATAAACATATTTATTTTTGAAATCTTTTACTTGTTAATTGTCTT-ACTATTA
821 TGAACTCACTT--GTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTA
*
316569 ATAAATTTG
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TTTATTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAA
TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
ATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTC
TTACTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTCCAATAAGCTTATATGAAT
AGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATA
GTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAA
AAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTTATAA
CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTGTAAATAGATTTAT
TTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAG
Found at i:304716 original size:181 final size:178
Alignment explanation
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304104 CATTAATTTT
* *
304114 TAAATAAATTTAGTTTTT-AATTTTTACTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTA-TATTAT
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
* ** * * * **
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*
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* * * * *
304291 ATAAACAAATTTATTATTTT-AATTCTCTTACTTTTTAATTTTTGGAGTACTAATAAATTGGTAT
1 -TAAATAAATTTATT-TTTTAAATT-T-TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
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61 TATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
* * * * * * * **
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* * ** *
304474 T-AA-ACA--T-TTTTTTAAATATTATACTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAATATTAT
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
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64 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAAGTCATAAG
* * *
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* *
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1 TAAATAAATTTATTTTTT-AAATTTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
304714 TTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAACA-AATAAAATCATTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAG
63 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAA-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA-
* ** ** * * * *
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126 AGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * * *
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1 TAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAA-ATTAGTATTA
* * * * * * *
304895 TTTTATTTCGAATAACCTTATATGAACT-GAAATAATTTTTTTTATAACAAAATAAAATGTCATA
63 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
** * * * * *
304959 ACGATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTAGATCTAGTTCAG
126 A-GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * * *** *
305013 TAAACATATTTTATTTTTAAAATTTTTAACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTGTTA
1 TAAATA-AATTTATTTTTTAAATTTTT-ACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * * *
305078 TTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACTATTGTTTTATAATAGAAGAAAAAGTCACAA
63 TTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * * *
305142 CAATTTGAAATAAAATAATTGCTT-ACATATTTATAACTATTT-AAATTGGTT-TG
127 -GATTTGAAAT-AAATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAG
* * * *
305195 ATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATAAT
1 -TAAATAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * ** * * * *
305257 TTTATTTTGAACAAACTTATATGAGCAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATG
64 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-G
* *
305322 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTTATTTGAAC-TGTTTAGG
128 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTTGTTCA-G
* * * * *
305373 TCAACAAA---ATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTA
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * * * * * * ** * *
305434 CTTTATTCCGAATAATC-TAGTATGAATTGAGAA-AACTCTTTTATGATGAGACAAAAGGTCATA
63 TTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAATAGA-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
* * * * *
305497 ACGATTTGAATTAGATAATTGTTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTAT-TTC-G
126 A-GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAG
* * * * * * *
305550 AAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTG
1 -TAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * *
305615 TTTTATTT-AGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACATACCAAAAGGTTATAA
63 TTTTATTTCA-AATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* * ** *
305679 TGATTT-AAAGTATAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCGG
127 -GATTTGAAA-TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * * * * * *
305732 TAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAAGATTAATATATTATTATTAT
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
** ** * * * * * * * *
305797 TTTATTTTGAATAAAATTGTATGATTAAAAACAATTGTTGTATGACCAAACAAAAGGTGATAACG
64 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-G
* * * * ** *
305862 ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GATCATCATTATTTGAACTAATTCAA
128 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * * * * * *
305913 CAAATAGATTCACTTTTT-AA---TCACTTTTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATT
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
305974 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATAA
65 TTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-GA
* * * * * *** * * *
306039 TTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTCGTAACTATCAAAATTTTTTCGG
129 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * *
306089 TAAATAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTT
1 TAAATAAATTTA-TTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTT
306128 CTTTTTATTT
Statistics
Matches: 1433, Mismatches: 322, Indels: 159
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 9 0.01
175 5 0.00
176 254 0.18
177 50 0.03
178 216 0.15
179 20 0.01
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181 577 0.40
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184 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TAAATAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAGATT
TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
Found at i:304804 original size:357 final size:358
Alignment explanation
Indices: 304137--312088 Score: 1789
Period size: 357 Copynumber: 22.3 Consensus size: 358
304127 TTTTTAATTT
* * * * *
304137 TTACTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGGATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * **
304202 TAGAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCACAATTTTTGAAATAGAA-AATTG-TTAAGA
66 TAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAGATTTGAAATA-AATAATTGTTTAA-A
* * *
304265 TAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTC-GATAAACAAATTTATTATTTT--AATTCTCTTACTTTTT
129 TAGTCATAAC-AATTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATT-TTTTAAAATT-T-TTACTTATT
* * * * ** *
304327 AATT-T-TTGGAGTACTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAATTGAAAC
189 AATTGTCTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTATATGAATCAAAAA
** * ** * * *
304390 AATTGTTTTATTACAAAACAAAACGTTAAAATGATTTGAAGTAGACAATTATTCAAATAGTCATG
251 AATCATTTTATGACAAAACAAAACGTTAAAATGATTCCAAATAGACAATTATTCAAATAGCCATA
* **
304455 ATTATTTGAACTTATTTGGT-AA-ACA-T-TTTTTTAAATAT-
316 ATTATTTAAACTTATTCAGTAAATACATTATTTTTTAAATATC
* * * * *
304493 TATACTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGG
1 T-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* *
304558 ATAGAAACAATTTTTTTATGA-GAAACAAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTTAA
65 ATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAAC-AAAATGTCATAAG-ATTTGAAATAAATAATTGTTTAA
* *
304622 ATAGTCATAACGAATTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAAT
128 ATAGTCATAAC-AATTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAAT
*
304687 TGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAA-CAAATAAAATC
192 TGTCTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTATATGAATCAAA-AAAATC
* * * * * * * *
304751 ATTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAGTGATTCCAAATGGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTA
255 ATTTTATGACAAAACAAAACGTTAAAATGATTCCAAATAGACAATTATTCAAATAGCCATAATTA
*
304816 TTTAAACTTGTTCAGTAAATACATTCATTTTTTAAATATC
320 TTTAAACTTATTCAGTAAATACATT-ATTTTTTAAATATC
* * * * *
304856 TTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTCGAATAACCTTATATGA
1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA-ATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * ** * *
304920 ACT-GAAATAATTTTTTTTATAACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATGGATAATTATTCA
65 A-TAGAAACAA-TTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-GATTTGAAATAAATAATTGTTTA
* * * * *
304984 AATAGTCATGACTATTAGATCTAGTTCAGTAAACATATTT-TATTTTTAAAATTTTTAACTTATT
127 AATAGTCATAACAATT-GAACTTGTTCAGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAAATTTTT-ACTTATT
** * * * ** **
305048 AATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACTA
189 AATTGTCTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTATATGAATCAAAAAAA
** * * * * * * * ** ** * * ***
305113 TTGTTTTATAATAGAAGAAAAAGTCACAACAATTTGAAATA-A-AATAATTGCTTACATATTTAT
253 TCATTTTATGACAAAACAAAACGTTAAAATGATTCCAAATAGACAATTATT-C--AAATAGCCAT
* * * * *
305176 AACTATTTAAA-TTGGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTT-AA-ATC
315 AATTATTTAAACTT-ATTCAG-TAAATACA-TTATTTTTTAAATATC
* * * ** * * *
305219 -T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGATTAGTATAATTTTATTTTGAACAAACTTATATGA
1 TTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
** * * *
305281 GCAAAAAC-ATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
65 ATAGAAACAATTT-TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-GATTTGAAATAAATAATTGTTTAA
* * * * *
305345 ATAGTCAT-ACTTATTTGAAC-TGTTTAGGTCAACAAA---ATTTTTT-TAATCTCTTACTTATT
128 ATAGTCATAAC--AATTGAACTTGTTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATT
* * ** * * *
305404 AATT-T-TTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTACTTTATTCCGAATAATC-TAGTATGAATTGAG
189 AATTGTCTT--AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTA-TATGAA-TCAA
* ** * * * * * ** * * * * * *
305465 AAAACTC-TTTTATGATGAGACAAAAGGTCATAACGATTTGAATTAGATAATTGTTTATATAGTC
248 AAAAATCATTTTATGACAAAACAAAACGTTAAAATGATTCCAAATAGACAATTATTCAAATAGCC
* * * * *
305529 TTAACTATTTGAAC-TATTTC-G-AAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
313 ATAATTATTTAAACTTA-TTCAGTAAATAC--A-TTATTTTTTAAATATC
* * * * * *
305576 TTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTGTTTTATTT-AGAATAAGCTTGTATGA
1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * * * * *
305640 ACAAAAATAATTGTTTTATGACATACCAAAAGGTTATAATGATTT-AAAGTATAGAATTGTTCAA
65 ATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-GATTTGAAA-TAAATAATTGTTTAA
* ** * * * *
305704 ATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTCATTTTTT-AAATCTCTTAATTATTAA
128 ATAGTCATAAC-AATTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAA
* * * * ** * *
305768 TT-T-TTGAAAGATTAATATATTATTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATG-ATTAAAAACA
191 TTGTCTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTATATGAATCAAAAA-A
** * * * * * * ** * * * * *
305830 ATTGTTGTATGACCAAACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GATCATC
252 ATCATTTTATGACAAAACAAAACGTTAAAATGATTCCAAATAGACAATTATTCAAATAG-CCATA
* * ** * *
305894 ATTATTTGAACTAATTCAACAAATAGATTCACTTTTT--A-ATC
316 ATTATTTAAACTTATTCAGTAAATACATT-ATTTTTTAAATATC
* * *
305935 --ACTTTTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * * * *
305997 ATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGACAATTATTCAAA
65 ATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-GATTTGAAATAAATAATTGTTTAAA
* * ** * * * * * * * *
306062 TAGTCGTAACTATCAAAATTTTTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATT
129 TAGTCATAACAAT-TGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATT
** * ** * * ** * * *
306127 -TCTTTTTATT-TTGGATAAGCTTTTA-TGAATTGAAACAATTG-TTTTATG--TCAAAACAAAA
193 GTCTTAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTAAATAA--GCTTATATGAATC-AAA-AAAA
* **** * * * * * *
306186 GGTCA--TAATGATTTTATATAA--TT-AATTG-TT-TAAATA-ATCATAACTATT-TAA-A--C
253 --TCATTTTATGACAAAACAAAACGTTAAAATGATTCCAAATAGA-C--AATTATTCAAATAGCC
** * * * *
306239 -TTGTTCTGT-AA---A--C---AAAT---TTATTTTTTCAAATCTT
313 ATAATTATTTAAACTTATTCAGTAAATACATTATTTTTT-AAATATC
* * * *** * * * * *
306273 TTGCTTATTAATTTTTCA-AATGTTCATAAATTTGGATTATTTTATTCCGAATAAACTCGTAAGA
1 TTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * *
306337 CAT-GAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAA-GGCTTGAATGATTTGAAATAGATAATT-TTTC
65 -ATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCAT-AA-GATTTGAAATAAATAATTGTTT-
* ** * * * * ** * * *
306399 TAATAGTTTTAGCTATTTGAACTGGTTTAACAAACACATTTATTATTT-AAA-TCTT--TTATTA
126 AAATAGTCATAAC-AATTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTA
* * *** * * * *
306460 ATT-T-TTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTTAACCAAATAAACTTCTATG-ATTAGAAAC
190 ATTGTCTT--AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTAAATAAGCTTATATGAATCA-AAAA
* ** * ** * * * * * *
306522 AATTATTTTATGACAAAAC-AAA-GATTTTAACGATTTGAGATTGATAAGTGTTCAAATAGTCAT
251 AATCATTTTATGACAAAACAAAACG-TTAAAATGATTCCAAATAGACAATTATTCAAATAGCCAT
* ** * * * * *
306585 AATTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTGTTTAAATTTG
315 AATTATTTAAACTTATTCAGTAAATACA-TTATTTTTTAAATATC
* * * **
306630 TTACCTATTAATTTTT-GAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-
1 TTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * * *
306693 ATAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATCATTATTCAA
65 AT-AGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-GATTTGAAATAAATAATTGTTTAA
* * * * * ** ** *
306758 ATGGCCATAATTATTTTAACTAATTTGGTAAGCAAATTTA-TTTTT-AAATTTTTAACTTATTAA
128 ATAGTCATAA-CAATTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTT-ACTTATTAA
* * * ** * * * *
306821 TT-TGGTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTGACT-GAAACAA
191 TTGT-CTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTATA-TGAATCAAAAAAA
** ** * ** * * ***
306884 TTGTTTTATGACAAATTAAAA-GATTATAATGATTTTAAAAAGACAATTGTTCAAATAATAATAA
253 TCATTTTATGACAAAACAAAACG-TTAAAATGATTCCAAATAGACAATTATTCAAATAGCCATAA
* * * * * * *
306948 CTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAGATTTGTTTTTTAAATCTC
317 TTATTTAAACTTATTCAG-TAAATACA-TTATTTTTTAAATATC
* * * * * *
306991 TTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTC-AATAAGCTTGTACGA
1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * *
307055 ATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAAC-AAATGGTCAAAACGATTTGAAGTATATAATTATTCT-
65 ATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAA-GATTTGAAATAAATAATTGTT-TA
* * * * *
307118 AATAGTCTTAACCATTTGAA-ATGATTGC-GTAAACAAAATTATTTTTT-AAA--TCT-CTTATT
127 AATAGTCATAA-CAATTGAACTTG-TT-CAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATT
* * * * * * * * *
307177 AGTT-TTTTAAATATT-ATGTAATTAGTATTATTTTAATAACAATAAGCTTGTA-CAAACAAAAC
189 AATTGTCTT-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTA-AATAAGCTTATATGAATCAAAAA
* * * * * * * * * * * *
307239 AATTATTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAAA-GACTT-GAACTAGATAATCATTTATATAGTCT
251 AATCATTTTATGACAAAACAAAACGTTA-AAATGA-TTCCAAATAGACAATTATTCAAATAGCCA
* * * * * * * *
307302 TAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTC
314 TAATTATTTAAACTT-ATTCAGTAAATACA-TTATTTTTTAAATATC
** * * * * *** ** ** * *
307348 TTGGTTACTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTTGCATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATAAA
1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * *
307413 TA-AAATCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAAGGTTATAATGATTT-AAATAGATAATTATTCAA
66 TAGAAA-CAATTTTTTTATGACAAAA-CAAAATGTCATAA-GATTTGAAATAAATAATTGTTTAA
* * * ** * * * *
307476 ATAGTCAAAACTATTTGAA-ATGTTTTG-ACAAGCAGATTTACTTTTT-AAATATCTTACTGATT
128 ATAGTCATAAC-AATTGAACTTGTTCAGTA-AA-CAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATT
* * * * * *
307538 AATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAACAAACTTATATTAA-CAAAAACA
189 AATTGTCTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTATATGAATCAAAAA-A
** ** * ** * * * **
307602 ATTGTTTTATGACAAAATGAAATG-TAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTA-A
252 ATCATTTTATGACAAAACAAAACGTTAA-AATGATTCCAAATAGACAATTATTCAAATAGCCATA
* ** ** *
307665 ATTATTTGAACTGGTTTTGTAAATAAAATTATTTTTT-AA-ATC
316 ATTATTTAAACTTATTCAGTAAAT-ACATTATTTTTTAAATATC
* * * * * *
307707 -T-CTTATAAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTCCGAATAAGCTTTTATGA
1 TTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * *
307769 GCT-TAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATT-TTTCA
65 -ATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-GATTTGAAATAAATAATTGTTT-A
* * ** * * * * ** *
307832 TATAGTCTTAACTGTTTGAAC-TGATTCGGCAAACAGATTTATATTTT-AAATCTCATAGTTATT
127 AATAGTCATAAC-AATTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATT
* ** * * * *
307895 AATTTTCAAAATATTACTAAATTATTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACA
189 AATTGTCTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTATATGAATCA-AAAAA
** * * * ** ** * * * *
307959 ATTGTTTTA-G-GATAACAAAA-GTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAA
252 ATCATTTTATGACAAAACAAAACGTTAAAATGATTCCAAATAGACAATTATTCAAATAGCCATAA
* * * * ** *
308021 CTATTTGAACAATATT-AGCAAATTGATT-TCTTTTTTAA-ATC
317 TTATTTAAAC-TTATTCAGTAAATACATTAT-TTTTTAAATATC
* * * * * *
308062 -T-CTTATTAATTCTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATCTTATTT-AGAAAAAGATTGTA-C
1 TTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATG
* * * * * * * *
308122 ATTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTGTTT
64 AAT-AGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAA-GATTTGAAATAAATAATTGTTT
* ** * * * * *
308186 AAATAGCCATGATTATTTGAA-TTAATTCAGTAAAC----TGA-TTTTT-AAATCTCTTGCTTAT
126 AAATAGTCAT-AACAATTGAACTT-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTAT
* * * ** *
308244 TAATT-T-TTAAAATATTAATCAAGTAGTATTATTTTGTTTTGGATAAGCTTTTATGAA-CTAAA
188 TAATTGTCTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTATATGAATC-AAA
* ** ** * * ** * * * *
308306 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCA
249 AAAATCATTTTATGACAAAACAAAACGTTAAAATGATTCCAAATAGACAATTATTCAAATAGCCA
* * * ** * * *
308371 TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTCAAATCTC
314 TAATTATTTAAACTTATTCAGTAAATACA-TTA-TTTTTT-AAATATC
* * * ** * * * *
308419 ATGCTTATTTATTTTTTTAATGTCAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * * *
308484 CT-GAAATAATTATTATATGACTAAAGAAAAGGTCAAAATGATTTTAAATATATAATTATTCT-A
66 -TAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-GATTTGAAATAAATAATTGTT-TAA
* * * ** * * * *
308547 ATAGCCTTAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACACATTTATTTTTT-AAA--TCT-CTCATTAAT
128 ATAGTCATAAC-AATTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAAT
* * ** * *
308608 TGT-TAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAAAAAT
192 TGTCT-TAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTAAATAAGCTTATATGAAT-CAAAAAAAT
** * * * * ** * * * * * * *
308671 TGTTTTATGAGAAAACAAATA--TCATAAGGATTTGAGATTGATAATTGTTCACATAGTCATAAA
254 CATTTTATGACAAAACAAA-ACGTTAAAATGATTCCAAATAGACAATTATTCAAATAGCCATAAT
* * *
308734 TATTTGAACTATTTTCAGTAAATGA-ATT-TTGTTTTTAA-ATC
318 TATTTAAACT-TATTCAGTAAAT-ACATTATT-TTTTAAATATC
* * * * * * ** *
308775 -T-CTTATTAATTATCAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTTAAATAATTTTGCATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
308838 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATTACA-ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAA
66 TAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCA-TA-AGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAA
* * * * * * ***
308902 TGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTT-TTTTTT-AAATCTCAAACTTATTAAT
129 TAGTCATAAC-AATTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAAT
* * ** * *
308965 T-T-TTGGAATACTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAAT-AGAAACAA
192 TGTCTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTATATGAATCA-AAAAAA
* * ** * * ** * * *
309027 T--TGTTTATGAAAAAATAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA
253 TCAT-TTTATGACAAAACAAAACGTTAAAATGATTCCAAATAGACAATTATTCAAATAGCCATAA
* * ** * * * *
309090 ATATTTGAACTTGCTC-GATAAACAGATT-TGTTTTTATAATCTT
317 TTATTTAAACTTATTCAG-TAAATACATTAT-TTTTTA-AATATC
* * *
309133 TTACTTATTAATTTTTTA-AAT-TTAAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGGAA-AAGCTTTTAT
1 TTACTTATTAA-TTTTTAGAATATT-AATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTAT
* * ** * ** * *
309195 GAACAAAAACAATTGATTTATTATTAAACAAAAGGTCATAATGATTTG------A-AA-----CA
63 GAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-GATTTGAAATAAATAATTGTTTA
* * ** *
309248 AATAGTCATAACTATTCGAACGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAAA-TTTTACTTATTAA
127 AATAGTCATAACAATT-GAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAA
* * ** **
309312 TT-T-TTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAAT-AGAACC
191 TTGTCTT--AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTATATGAATCA-AAAA
*** ** * * * ** * * * ** *
309373 AATTGGTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGTTTTAAAATACATAATTGTTCGGATAGTCATA
251 AATCATTTTATGACAAAACAAAACGTTAAAATGATTCCAAATAGACAATTATTCAAATAGCCATA
* ** *** * * *
309438 ACTATTTGCACTTATTCAGTAAACGTATTCTTTGTTTTAATTTTC
316 ATTATTTAAACTTATTCAGTAAATACATT-ATT-TTTTAAATATC
* * * * ** * *
309483 TTACTCATTAATTTTT-GAAACATTAATGAATTAGTATTAACTTACTTCAAATAAGCTTATATGA
1 TTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * * *
309547 ACT-TAAACAAGTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
65 A-TAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-GATTTGAAATAAATAATTGTTTAA
* * * * *
309611 ATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA
128 ATAGTCATAAC-AATTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAA
** * * *** * *
309675 TTGTCAAAATATTTATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGAA-CAAAAATAAT
191 TTGTCTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTATATGAATCAAAAA-AAT
** * * * * * *
309739 TGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAA-G-TT-GAAATAAATAATTGA-TGAAATAACCAT
254 CATTTTATGACAAAACAAAACGT--TAA-AATGATTCCAAATAGACAATT-ATTCAAATAGCCAT
** * * ** * * * *
309800 AATGGTTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
315 AATTATTTAAACTTATTCAGTAAATACA-TTATTTTTTAAATATC
* *** ** *
309845 TTACTTATTAATTGTCCTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTAG-ATGA
1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGA
* * * * * * *
309909 ATAAAAAAAAACATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT-AGCTATTTCAAATAAATAATTATT
65 AT--AGAAACA-ATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAG--ATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * * * * *
309973 CAAATAGTCCTAATTATTTAAATTTGTTTAGTAAACAAATTCATTTTTT-AAATCTCTTTAC-TA
125 TAAATAGTCATAA-CAATTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-T-TTTACTTA
* * * *
310036 TTAATT-T-TTGGATTAATAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGC-
187 TTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTATATGAA-T-CA
* * * * * * * ** * *
310098 AACAATTC-CTTTATGACAAAAC-AAATGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAG
247 AAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAACG-TTAAAATGATTCCAAATAGACAATTATTCAAATAG
* * * * ** * * * * *
310161 TCATTATTATTTGATC-TAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTT
311 CCATAATTATTTAAACTTA-TTCAGTAAATACA-TTATTTTTTAAATATC
* * * * * * *
310210 TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * *
310275 TAGAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAACTGTTCAAAT
66 TAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-GATTTGAAATAAATAATTGTTTAAAT
* * * * * * * *
310340 AGTCATAACTATTTGAACTAGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTT-AAA---TCAGTTATTACTT
130 AGTCATAAC-AATTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATT
* * * * * *
310400 -T-TTGAAATATTAATAGATTAGT-TCTACTTCATTCCAAATAAACTTATATGAA-CAAAAACAT
193 GTCTT--AATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATT-TAAATAAGCTTATATGAATCAAAAA-AA
** * ** * * * *
310461 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAA
253 TCATTTTATGACAAAACAAAACGTTAA-AATGATTCCAAATAGACAATTATTCAAATAGCCATAA
* ** * * *
310525 TTATTTGAACTGGTT-AGGTAAACAAAATTATTTTTTAAAATCTC
317 TTATTTAAACTTATTCA-GTAAA-TACATTATTTTTT-AAATATC
* * * * * *
310569 TTACTTACTAATATTT-GAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGA
1 TTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
** * * * * *
310633 ATTCAAACATACCTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
65 ATAGAAACA-A-TTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-GATTTGAAATAAATAATTGTTTA
* ** * * ** **
310698 TATAGTTTTAA-ACATTTAAATTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTT--AATTCTCTTTGTTAT
127 AATAGTCATAACA-ATTGAACTT-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATT-T-TTACTTAT
* * * * * *
310760 TAATT-T-TTGGAATATTATTAGATTGGTGTTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAA-CAAAA
188 TAATTGTCTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTATATGAATCAAAA
* * * * * * * ** * ** * * *
310822 ATAATTATTCTATGATAGAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCA
250 A-AATCATTTTATGACAAAACAAAACGTTAAAATGATTCCAAATAGACAATTATTCAAATAGCCA
* * * * * *
310887 -AACTATTTGAA-TTAGTT-TGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
314 TAATTATTTAAACTTA-TTCAGTAAATACA-TTATTTTTTAAATATC
* * * * *
310931 TTACTTATTAATTTTT-GAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTGTTCCAAAAAAGCTTGAATG-
1 TTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * * * ** *
310994 TTCA-AATAAAATTCTTATATGACGAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTACTGA
65 AT-AGAA-ACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-GATTTGAAATAAATAATTGTTTA
* * * * * * * * * * *
311058 CATAGCCATAATTATTTGAA-GTGATTCGGTAAATAGATTCA-CTTTT-AAA---TCACTTATTA
127 AATAGTCATAA-CAATTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATT-
* * * * * ** *
311117 AATT-T-TGGAATATTAATAAAATAGTTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA
189 AATTGTCT-TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTATATGAATCAAAAAA
** ** * * * ** * * * * *
311180 ATTGTTTTATGACAAAGTAAAAGGTGATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTA
252 ATCATTTTATGACAAAACAAAACGTTA-AAATGATTCCAAATAGACAATTATTCAAATAGCCATA
* * * * * * *
311244 CTTGTTTGAAC-TACTTCGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
316 ATTATTTAAACTTA-TTCAGTAAATACA-TTATTTTTTAAATATC
* * * * * *
311288 TT-CGTTATTAATTTTT-GAAAATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAGTAAGCTTATACG
1 TTAC-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * * * * * *
311350 AGTTGAAACAATTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTGA-AATCATTTGAAATAGATAATTGTTCA
64 AATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAA-GATTTGAAATAAATAATTGTTTA
* * * **
311414 AATAG------GAATT--A---GTTCAGCAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTACTACTTA-TAA
127 AATAGTCATAACAATTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAA
* * * * *
311466 CTGT-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT-AGGTGTGTATG-AT-AAATAC
191 TTGTCTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCT-TATATGAATCAAA-AA
** ** * ** * * * *
311527 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTTATAACT-ATTTGAAATAGATAACTATTCAAGTGGCCAT
251 AATCATTTTATGACAAAACAAAACGTTA-AAATGATTCCAAATAGACAATTATTCAAATAGCCAT
* * ** * *
311591 TATTATTTGAACCGATT-TGATAAACTGAC-TTATTTTTT-AATCTC
315 AATTATTTAAACTTATTCAG-TAAA-T-ACATTATTTTTTAAATATC
* * * * *
311635 TAACTTATCAATTTTT-GAAATACTAATAAAGTAATGTTATTTTATTTCAAATAAGCCTT-TATG
1 TTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATG
* * *** * * * *
311698 AACTA-AAACAATTCTTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATATTTTTTTAAATAGATAATTATTCAA
64 AA-TAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAGATTTGAAATAAATAATTGTTTAA
* * * ** * **
311761 ATAGTCATAAGTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATTTTTTGTGTATTAA
128 ATAGTCATAA-CAATTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTACT-TATTAA
* ** * * * * * * * * * *
311826 TTTTCGGAATGTTAATAAATCAGTAATATTTT-TTTGAATAAGCATGTAT-AAACTGAAATAATT
191 TTGTCTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTATATGAATC-AAAAAAATC
* * * * ** * * * * * *
311889 ATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAAATAGATAATTATTCTAACAGTCTTAACT
255 ATTTTATGACAAAACAAAACGTTAAAATGA-TTCCAAATAGACAATTATTCAAATAGCCATAATT
** ** * * * *
311954 ATTTAAACTGGTTTGGCAAACACATTTATATTTTAAAT-TT
319 ATTTAAACTTATTCAGTAAATACA-TTATTTTTTAAATATC
* * ** * * * *
311994 TGTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAGTATTTTA-CTCTGAATAAGCTTGTGTG
1 T-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG
* *
312058 AACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
64 AATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAA
312089 GATCATAATG
Statistics
Matches: 5795, Mismatches: 1346, Indels: 905
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
334 6 0.00
335 4 0.00
336 12 0.00
337 11 0.00
338 30 0.01
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* * * * * *
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* * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* ** * ** * *
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* ** * * * * * * * * *
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*
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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*** * * * * * * * **
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* * * * * *
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* * *
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1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTAT
* * * ** * * *
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66 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * **
305322 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTTATTTGAACT-GTTTAGGTC-AACA-AAAT
131 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTAG-TT-CGACAAACAGATTT
* * * * *
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193 ATTTTTTAA-ATC--ACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * ** * *
305446 TAATCTAGTATGAATTGAGAA-AACTCTTTTATGATGAGACAAAAGGTCATAACGATTTGAATTA
254 TAAGCTTGTATGAATTGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * *
305510 GATAATTGTTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTATTTCGAAAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
318 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
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383 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * *
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**
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512 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * *
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1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTAT
** * * * * *
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66 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * *
305862 ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GATCATCATTATTTGAACTAATTCAACAAATAGATTCAC
131 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAGATTTAT
* *
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195 TTTTTAAATCACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
* ** * *
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260 TGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * *** * * * * *
306055 ATTCAAATAGTCGTAACTATCAAAATTTTTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGC-
325 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT
* * * ***
306118 --TT-A---TT---A-ATT--T--CTT--T-TTA---T-TTT-GGATAAGCTTTTATGAATTGAA
389 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * *
306161 ACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTATATAATTAATTGTTTAAATAATCA
454 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* *
306226 TAACTATTTAAACTTGTTCTG
518 TAACTATTTGAACTTGTTCGG
* ** * * * *
306247 TAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTCATAAATT-TGGATT
1 TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAT-TATT
** * * * * * * * *
306311 ATTTTATTCCGAATAAACTCGTAAGA-CATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGG-CTTG
64 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATTA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-
* * ** * * ** *
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127 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAGATT
* * * * ** *
306439 TATTATTTAAATC-TTTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TAACCAAAT
192 TATTTTTTAAATCACTTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAAT
* * * * ** * *
306502 AAACTTCTATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATTTTAACGATTTGAGATTG
255 AAGCTTGTATGAATT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * ** * * * * * *
306565 ATAAGTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATTGTTTAAATTTG
319 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * *
306630 TTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAT
384 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGA-
* * * * * *
306695 A-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATCATTATTCAAA
448 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAAATAATTGTTCAAA
* * * * ** *
306759 TGGCCATAATTATTTTAACTAATTTGG
512 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * * *
306786 TAAGCAAATTTA-TTTTTAAAT-TTTTAACTTATTAA-TTTGGTAAATATTAATAAATTAGTATT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAA-TTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTATTATT
** * * ** * *
306848 ATTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTATTGACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAATTAAAAGATTAT
64 ATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTA-TGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
306911 AATGATTTTAAAAAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
127 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAGATT
* * * *
306976 TGTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTC
192 TATTTTTTAAATCAC--T-TT-TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TC
* * * * *
307040 -AATAAGCTTGTACGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAATGGTCAAAACGATTTGAAG
251 GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * *
307104 TATATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAAATGATTGCG-TAAACAAAATTATTTTTTAAA
316 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * *
307168 TCTCTTA-TTAGT--TTTTT-AAATATT-ATGTAATTAGTATTATTTTAATAACAATAAGCTTGT
380 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGT
** * * * * * * **
307228 ACAAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAAAGACTTGAACTAGATAATCATT
444 ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTAAATAAATAATTGTT
* * * *
307292 TATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAG
508 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGG
* ** * * * ** * * * * *
307323 CAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTACTAAGTTTTGGAATATTATTAAATT-TGCATTA
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAT-TATTA
** * * * * * *
307387 TTTTATTTTGAATAAAATAGTATAAATA-AAATCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAAGGTTATA
65 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATTAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATA
* * * * *
307451 ATGATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAAT-GTTTTGACAAGCAGATT
128 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGACAAACAGATT
* *
307514 TACTTTTTAAAT-ATCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTC
192 TATTTTTTAAATCA-CTT--T--TTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * *** ** * * *
307577 AAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAATGTAATAATGATTTGAAA
251 GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * *
307642 TAGATAATTGTTTAAATAGTTA-AATTATTTGAACTGGTTTTG-TAAATAAAATTATTTTTTAAA
316 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * ** *
307705 TCTCTTA--TA--AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTCCGAATAAGCTTTTA
380 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTA
* ** * * * ** *
307766 TGAGCTTAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTC
445 TGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAAATAATTGTTC
* * *
307831 ATATAGTCTTAACTGTTTGAAC-TGATTCGG
509 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGG
* * * * * ** *
307861 CAAACAGATTTATATTTTAAATCTCATAGTTATTAATTTTCAAAATATTACTAAATTATTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTAT
* ** * * * **
307926 TTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA-G-GATAACAAAA-GTTATAACA
66 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * ** *
307988 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATA-TTAG-CAAATTGATTTC
131 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC--TAGTTCGACAAACAGATTTA
* * * * * * *
308051 TTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATCTTATTTAGAAAAAGA
194 TTTTTTAAATCACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
* * * * * *
308116 TTGTA--CATTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTTAATAATGATTTAAAATAGATA
259 TTGTATGAATTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * *
308179 GTTGTTTAAATAGCCATGATTATTTGAATTAATTC-AGTAAAC----TGA-TTTTTAAATCTCTT
322 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * * * *
308238 GCTTATTAATTTTTAAAATATTAATCAAGTAGTATTATTTTGTTTTGGATAAGCTTTTATGAACT
386 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAACA
* * *
308303 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAG
451 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
*
308368 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
515 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * ** * ** * * *
308392 TAAACAGATTTATTTTTTTCAAATCTCATGCTTATTTATTTTTTTAATGTCAATAAATTAGTATT
1 TAAACAAATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATT
* * * * * * *
308457 ATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTATTATATGACTAAAGAAAAGGTCAA
64 ATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * ** *
308520 AATGATTTTAAATATATAATTATTCTAATAGCCTTAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACACATT
127 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAGATT
* ** * * * *
308585 TATTTTTTAAATCTCTCATTAATTGTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAAT
192 TATTTTTTAAATCACTTTTTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAAT
** * * * * *
308648 AAGCTTGTATG-ATAAAAAAAAATTGTTTTATGAGAAAACAAATA--TCATAAGGATTTGAGATT
255 AAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATA
* * **
308710 GATAATTGTTCACATAGTCATAAATATTTGAACTATTTTC-AGTAAATGAATTT-TGTTTTTAAA
318 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTCGA-TAAACAAATTTAT-TTTTTAAA
* ** * ** *
308773 --TC-T-CTTATTAATTATCAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTTA-AATAATTTTGC
380 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAGAATAAGCTTGT
* * * * ** * *
308833 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATTACAATTTGAAATAGATAATAGTT
444 ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAAATAATTGTT
* * *
308898 CAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGG
508 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * * *
308929 TAAATAAATTT-TTTTTTAAATCTC-AAACTTATTAATTTTTGGAATACTAATAAATTAGTT-TT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TTATT
** ** * * * **
308991 ATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATGAAAAAATAAAATATCATAA
64 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
309055 TGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGCTCGATAAACAGATTT-
129 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAGATTTA
* * *
309119 GTTTTTATAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAAT-TTAAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGG
194 TTTTTTA-AATC----ACTTTTTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTTC-G
* *** * * ** *
309183 AA-AAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGATTTATTATTAAACAAAAGGTCATAATGA-TT----T
252 AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * *
309242 -GA-AA-----CAAATAGTCATAACTATTCGAACGT-GTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAAA
317 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAA
* * *
309299 T-T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTG
380 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTAG-AATAAGCTTG
* * * * * ** * *
309360 CATGAATAGAACCAATTGGTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGTTTTAAAATACATAATTGT
443 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAAATAATTGT
** * * *
309425 TCGGATAGTCATAACTATTTGCACTTATTCAG
507 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
** * * * * * * *
309457 TAAACGTATTCT-TTGTTTTAATTTTCTTACTCATTAATTTTTGAAACATTAATGAATTAGTATT
1 TAAACAAATT-TATT-TTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATT
** * ** * * * *
309521 AACTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTT--AAACAAGTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCAT
64 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-A-TTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * ** * *
309584 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATATATT
127 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAGATT
* * ** * * * *
309649 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTATAAATTAATATTATTTTAATCCGA
192 TATTTTTTAAATC----ACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* *** * * * *
309714 ATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAAGTTGAAATA
253 ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * ** * * * *
309779 AATAATTGATGAAATAACCATAA-TGGTTTGAACT-TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
318 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAT-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * *** *
309842 CTTTTACTTATTAATTGTCCTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTAG-
381 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAG-AATAAGCTT-GT
* * * * *
309905 ATGAATAAAAAAAAACATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCT-ATTTCAAATAAATAAT
444 ATG-A-ACAAAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTT-AAATAAATAAT
* * * * * **
309969 TATTCAAATAGTCCTAATTATTTAAATTTGTTTAG
504 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * * * * * **
310004 TAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTACTATTAATTTTTGGATTAATAATAAATTGGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTAT
* * ** * * *
310069 TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATT-GCAACAATTCCTTTATGACAAAACAAATGATCATAAC
66 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * ** *
310133 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTCATTATTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTAT
130 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAGATTTAT
* * * * ** * *
310198 TTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATA
195 TTTTTAAA----TCACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * * *
310263 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAAT
256 AGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * *
310328 AACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-
321 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * * * * *
310389 -AGTTATTACTTTTTGAAATATTAATAGATTAGT-TCTACTTCATTCCA-AATAAACTTATATGA
385 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATT-TAGAATAAGCTTGTATGA
* * * *
310451 ACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAA
448 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAAATAATTGTTCAAA
* * *
310516 TAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGG
512 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
* * * *
310543 TAAACAAAATTATTTTTTAAAATCTCTTACTTACTAATATTTGAAATATTAATAAATTTATT-TT
1 TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATTATT
*** * * * *
310607 ATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATT-CAAACATACCTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
64 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * ** * * * * *
310671 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAAC-ATTTAAATTGGTTCAACAAACAAA
126 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAGA
* * * * * * *
310735 TTTATTTTTTAATTCTCTTTGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTGGTGTTATTTTA-TTC
190 TTTATTTTTTAAATCAC--T-TT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * *** * * * * * * * *
310799 TAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTCTATGATAGAATAAAAGGTTATAATGATTTGAA
251 -GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* ** * *
310864 GTTTATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAATTAGTTT-G-TAAACAGATTTATTTTTTAA
315 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * *
310926 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTGTTCCA-AAAAAGCTTG
379 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGCTTG
* ** * * * * * *
310990 AATGTTCAAATAA-AATTCTTATATGACGAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTA
443 TATGAACAAA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAAATAATTG
* * * * * *
311054 CTGACATAGCCATAATTATTTGAA-GTGATTCGG
506 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGG
* * * * * * *
311087 TAAATAGATTCA-CTTTTAAATCACTT-ATTA--AA-TTTTGGAATATTAATAAAATAGTT-TTA
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TTATTA
* ** *
311146 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAGTAAAAGGTGATAA
65 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
311210 CT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTC-TTACTTGTTTGAACTACTTCGGCAAATAGATT
129 -TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTAGTTCGACAAACAGATT
* * *
311273 TATTTTTTAAATCTCTTCGTTATTAATTTTTGAAA-ATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTA
192 TATTTTTTAAATCAC-T--TT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * * * * * * * *
311336 AGTAAGCTTATACGAGTTGAAACAATTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTGA-AATC-ATTTGAA
253 A-TAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAA-CGATTTGAA
* * * * *
311399 ATAGATAATTGTTCAAATAG---GAATTAGTT---C-A----G-CAAACAGATTTATTTTTTAAA
315 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * *
311452 TCTAC-TACTTA-TAACTGTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAAT-AGGTG
380 TCT-CTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGCT-
* * ** * * *
311513 TGTATG-ATAAATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTTATAACT-ATTTGAAATAGATAAC
441 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTT-AAATAAATAAT
* * * * * * * * *
311576 TATTCAAGTGGCCATTATTATTTGAAC-CGATTTGA
504 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGG
** * * * * * *
311611 TAAACTGACTTATTTTTT-AATCTC-TAACTTATCAATTTTTGAAATACTAATAAAGTAATGTTA
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTA
** * *
311674 TTTTATTTCAAATAAGCCTT-TATGAACTA-AAACAATTCTTTTATGA-AAAACAAAAGGTCAT-
65 TTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATG-ATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * * ** *
311735 ATTTTTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAAATTT
128 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAGATTT
*** * * * * *
311800 ATTTTTTTAAATTTTTTGTGTATTAATTTTCGGAATGTTAATAAATCAGTAATATTTT-TTT-GA
193 A-TTTTTTAAA-TCACT-T-T-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * * * * * * *
311863 ATAAGCATGTATAAACTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAAAT
253 ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AAAT
* * * * * * ** * *
311928 AGATAATTATTCTAACAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTT-GGCAAACACATTTATATTTTAAAT
317 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *
311992 -TTTGTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAGTATTTTACTCT-GAATAAGCTTG
381 CTCT-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAGAATAAGCTTG
* * * *
312054 TGTGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGA
443 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
312100 ATTGAACTGG
Statistics
Matches: 5838, Mismatches: 1275, Indels: 671
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Matches are distributed among these distances:
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TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTAT
TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACAGATTTATT
TTTTAAATCACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
GTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTTGTTCGG
Found at i:306145 original size:158 final size:159
Alignment explanation
Indices: 305972--306286 Score: 427
Period size: 158 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
305962 ATTAGAATTA
*
305972 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAT
1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
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*
306101 TTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTCT
130 TTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTCT
* * * *
306130 TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAAT
1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * ** *
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66 AATTTTAAATAATCAATTATTCAAATAATCATAACTATCAAAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAT
*
306260 TTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTT
131 TTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTT
306287 TTCAAATGTT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 20, Indels: 3
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
157 1 0.01
158 118 0.87
159 16 0.12
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.09, T:0.45
Consensus pattern (159 bp):
TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
AATTTTAAATAATCAATTATTCAAATAATCATAACTATCAAAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAT
TTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTCT
Found at i:306713 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 306130--312105 Score: 3720
Period size: 181 Copynumber: 33.4 Consensus size: 180
306120 ATTAATTTCT
* * * *** * * *
306130 TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAAT
1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTATAAT
* * * * * * * *
306195 GATTTTATATA-ATTAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCTGTAAACAAATTTA
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* * * * * * *
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129 TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * * *
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1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAA-GATTATA
* * ** * **** *
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63 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTT
* * *
306440 ATTATTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTA
128 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * ** * * * *
306489 TTTT-TAACCAAATAAACTTCTATGATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAAC
1 TTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATTATAAT
* * * * *
306553 GATTTGAGATTGATAAGTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTAT
65 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTAT
* * * * *
306618 TGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTA
130 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
306669 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAA
1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TTATAA
* * * * * * ** * * *
306733 TGATTTGAAATAGATCATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTTGGTAAGCAAATTTA
64 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA
* *
306798 -TTTTTAAAT-TTTTAACTTATTAA-TTTGGTAAATATTAATAAATTAGTATTA
129 TTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* * **
306849 TTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTATTG-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAATTA-AAAGATTAT
1 TTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTA-TGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAA--ACAAAGATTAT
* * * * * * *
306911 AATGATTTTAAAAAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
62 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATT
* * *
306976 TGTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTA
127 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *** * * * *
307030 ATTTATTCTC-AATAAGCTTGTACGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAATGGTCAAAA
1 TTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GATTATAA
* * * * * * * * * * *
307094 CGATTTGAAGTATATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAAATGATT-GCGTAAACAAAATT
64 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCG-GTAAACAGATTT
* *
307158 ATTTTTTAAATCTCTTA-TTAGT--TTTTT-AAATATT-ATGTAATTAGTATTA
128 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTA
** ** * * * *
307207 TTTTAATAAC-AATAAGCTTGTACAAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAA
1 TTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGATTATAA
* * * ** * * * * * * **
307270 AGACTTGAACTAGATAATCATTTATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGCAATTAGATTTA
64 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA
* * ** * * * * * *
307335 TTTTTTAATTTTCTTGGTTACTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTTGCATTA
129 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * * * *
307387 TTTTATTTTGAATAAAATAGTATAAATAAAATCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAAGGTTATAA
1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAAGATTATAA
* * * * * ** *
307452 TGATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGTTTTGACAAGCAGATTTA
64 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA
* * *
307516 CTTTTTAAATATCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTA
129 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
307568 TTTTGTTTCAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAATG-TAATAA
1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAA-GATTATAA
* * * ** * * *
307632 TGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTA-AATTATTTGAACTGGTTTTGTAAATAAAATTA
64 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA
* *
307696 TTTTTTAAATCTCTTA--TA--AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTA
129 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * ** * * * *
307744 TTCTATTCCGAATAAGCTTTTATGAGCTTAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC
1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTATAAT
* * * * * * * *
307809 AATTTGAAATAAATAATTTTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGATTCGGCAAACAGATTTAT
65 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTAT
* * * ** * *
307874 ATTTTAAATCTCATAGTTATTAATTTTCAAAATATTACTAAATTATTATTA
130 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * **
307925 TTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAGGATAACA-AAAG-TTATAACA
1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATTATAATG
* * * * ** *
307988 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAAT-ATT-AGCAAATTGATTTC
66 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC--TGGTTCGGTAAACAGATTTA
*
308051 TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
129 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * ** *
308099 TCTTATTTAGAAAAAGATTGTA-CATTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTTAATA
1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TT-ATA
* * * * * * * ** * *
308162 ATGATTTAAAATAGATAGTTGTTTAAATAGCCATGATTATTTGAATTAATTCAGTAAAC----TG
63 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTT
* * * *
308223 A-TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATCAAGTAGTATTA
128 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
308275 TTTTGTTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAAT
1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GATTATAAT
* * * *
308340 GATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTAT
65 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA-
* * * ** * *
308405 TTTTTTCAAATCTCATGCTTATTTATTTTTTTAATGTCAATAAATTAGTATTA
129 TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * * *
308458 TTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTATATGACTAAAGA-AAAGGTCAAA
1 TTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAAGATTATA
* * * * * * ** *
308521 ATGATTTTAAATATATAATTATTCTAATAGCCTTAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACACATTT
63 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTT
* *
308586 ATTTTTTAAATCTC-T-C--ATTAATTGTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTA
128 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
308635 TTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATGATA-AAAAAAAATTGTTTTATGAGAAAACAAATATCATAA
1 TTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATTATAA
* * * * * ** * *
308698 GGATTTGAGATTGATAATTGTTCACATAGTCATAAATATTTGAACTATTTTCAGTAAA-TGAATT
64 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTCGGTAAACAG-ATT
* ** *
308762 T-TGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTATCAAAATATTAATATATTAGTATTA
127 TAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** ** * * * *
308812 TTTTATTTTAAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-ATGTCATTA
1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAT-T-ATAA
** * * * * * * *
308876 CAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTT-
64 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA
** * * *
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129 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * *
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1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAT-T-ATAA
* * * * * *
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64 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA
* * *
309119 GTTTTTATAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAAT-TTAAATAAATTAGTATTA
129 TTTTTTA-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTA
* * * ** * *
309172 TTTTATTTCGGAA-AAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGATTTATTATTAAACAAAAGGTCATAA
1 TTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTATAA
* *** *
309236 TGA-TT----T-GA-AA-----CAAATAGTCATAACTATTCGAAC-GTGTTCAAAAAACATATTT
64 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTCGGTAAACAGATTT
* *
309288 ATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTA
128 ATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * * * *
309340 TTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGGTTTATGACAAAACAAA-ATATCATA
1 TTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAT-T-ATA
* * * ** * ** *
309403 ATGTTTTAAAATACATAATTGTTCGGATAGTCATAACTATTTGCACTTATTCAGTAAAC-GTATT
63 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAG-ATT
* * * * *
309467 CT-TTGTTTTAATTTTCTTACTCATTAATTTTTGAAACATTAATGAATTAGTATTA
127 -TATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * ** * * * * *
309522 ACTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTTAAACAAGTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAAT
1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGATTATAAT
* * * * *
309587 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATATATTTAT
65 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTAT
* * ** * *
309652 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTATAAATTAATATTA
130 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
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1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAT-T-ATAA
** * * * * ** * * *
309767 CAAGTTGAAATAAATAATTGATGAAATAACCATAA-TGGTTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTT
64 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTT
* * *** *
309831 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCCTAATATTAATAAATTTGTATTA
128 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
309884 TTTTATTT-GAAATAAGCTTAG-ATGAATAAAAAAAAACATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
1 TTTTATTTCG-AATAAGCTT-GTATG-A-ACAAAAACA-ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATT
* * * * * * * * * ** *
309947 ATAGCT-ATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCCTAATTATTTAAATTTGTTTAGTAAACAA
60 ATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAG
* * * * *
310011 ATTCATTTTTTAAATCTCTTTAC-TATTAATTTTTGGATTAATAATAAATTGGTATTA
124 ATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * **** ** * *
310068 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGCAACAATTCCTTTATGACAAAACAAATGATCATAAC
1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GATTATAAT
* * * * * * * *
310133 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTCATTATTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTAT
65 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTAT
* * * * **
310198 TTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA
130 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * * *
310249 TTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAAC
1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TTATAAT
* * * * * * *
310314 AATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTAT
65 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTAT
* * *
310379 TTTTTAAA--TC--AGTTATTACTTTTTGAAATATTAATAGATTAGT-TCTA
130 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-TA
* * * * * * * * *
310426 CTTCATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAT
1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TTATAAT
* * * * *
310491 GATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAAAATTAT
65 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTAT
* * *
310556 TTTTTAAAATCTCTTACTTACTAATATTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTA
130 TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * * * * ** * * *
310608 TTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTCAAACATACCTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA--CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTATA
* * ** * * *** *
310673 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAAC-ATTTAAATTGGTTCAACAAACAAATT
63 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATT
* ** * * * * *
310737 TATTTTTTAATTCTCTTTGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTGGTGTTA
127 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
310791 TTTTA-TTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTCTATGATAGAATA-AAAGGTTATA
1 TTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA-AA-ACAAAGATTATA
* ** * * *
310854 ATGATTTGAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAATTAGTT-TGTAAACAGATTT
63 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTT
* *
310917 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTA
128 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * ** * * * * *
310970 TTTTGTTCCAAAAAAGCTTGAATGTTCAAATAA-AATTCTTATATGACGAAACAAAAGGTAATAA
1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAA-AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTATAA
* ** * * * * * * * *
311034 TGATTTAAAATAGATAATTACTGACATAGCCATAATTATTTGAAGTGATTCGGTAAATAGATTCA
64 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA
* * * * *
311099 -CTTTTAAA--TC--ACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAAATAGTTTTA
129 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
*** * *
311146 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAGTA-AAAGGTGATAA
1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAA--ACAAAGATTATAA
* * * ** * *
311210 CT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTC-TTACTTGTTTGAACTACTTCGGCAAATAGATT
64 -TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATT
*
311273 TATTTTTTAAATCTCTT-CGTTATTAATTTTTGAAA-ATTATTAAATTAGTATTA
127 TATTTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * **** * * * *
311326 TTTTA-TTCTAAGTAAGCTTATACGAGTTGAAACAATTATTTTATAATAGAATA-AAAGGTTGA-
1 TTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA-AA-ACAAAGATT-AT
* * * *
311388 AATCATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG----GA--A-TT--A---GTTCAGCAAACAGATT
62 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATT
* *
311441 TATTTTTTAAATCTAC-TACTTA-TAACTGTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
127 TATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
311495 TTTTA-TTCTGAAT-AGGTGTGTATG-ATAAATACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-ATTTTAT
1 TTTTATTTC-GAATAAGCT-TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA--TTAT
* * * * * * * * * * * * *
311556 AACT-ATTTGAAATAGATAACTATTCAAGTGGCCATTATTATTTGAACCGATTTGATAAACTGAC
62 AA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGAT
* * * * * *
311620 TTATTTTTT-AATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATACTAATAAAGTAATGTTA
126 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
311674 TTTTATTTCAAATAAGCCTT-TATGAACTAAAACAATTCTTTTATGA-AAAACAAAAGGTCAT-A
1 TTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTATAA
** * * * * * * *
311736 TTTTTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAAATTTA
64 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA
* ** * * * * *
311801 TTTTTTTAAAT-TTTTTGTGTATTAATTTTCGGAATGTTAATAAATCAGTAATA
129 -TTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * * * * *
311854 TTTT-TTT-GAATAAGCATGTATAAACTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAAC
1 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTATAAT
* * * * * * * *
311917 GATTTGAAAATAGATAATTATTCTAACAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAACACATTTA
65 GATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA
* * * * * *
311982 TATTTTAAAT-TTTGTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAGTA
129 TTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
312034 TTTTA-CTCTGAATAAGCTTGTGTGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAAT
1 TTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATTATAAT
*
312098 GAATTGAA
65 GATTTGAA
312106 CTGGTTTGAT
Statistics
Matches: 4511, Mismatches: 1042, Indels: 484
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167 17 0.00
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186 1 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATTATAATG
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
Found at i:307313 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 306993--308689 Score: 435
Period size: 176 Copynumber: 9.5 Consensus size: 177
306983 TAAATCTCTT
* * * ** **
306993 TCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTCAATAAGCTTGTACGAATT
1 TCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAATAACAATAAGCTTGTACGAAAC
* * * * * * * *
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* * *
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1 TCTTATTAATTTTTTAAATATTAAT-AAATTAGTATTAATTTAATAACAATAAGCTTGTACGAAA
*
307233 CAAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAAA-GACTTGAACTAGATAATCATT-TATA
65 CAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-AAACGACTTGAACTAGATAATCATTCTA-A
* * * * ** * * *
307296 TAGTCTTAACTATTTGAATTGGTT-CAGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTC
128 TAGTCTTAACCATTTGAAATGATTGC-GTAAACAAAATTATTTTTTAA--ATC
* * * ** * * * * * *** ** * *
307348 TTGGTTACTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTTGCATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTA-TAA
1 -T-CTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAATAACAATAAGCTTGTACGAA
* * * * * * * * * * *
307412 ATAAAATCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAAGGTTATAATGA-TTTAAATAGATAATTATTCAA
64 ACAAAA-CAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCAAAACGACTTGAACTAGATAATCATTCTA
** * * * * * *
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127 ATAGTCTTAACCATTTGAAATG-ATTG-CGTAAACAAAATTA-TTTTTTAA-ATC
* * ** ** * * * **
307529 TTACTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTGTTTCAAACAAACTTATA-TT
1 -T-CTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAATAAC-AATAAGCTTGTACGA
* ** * * * * **
307592 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAATGT-AATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-T
63 AAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAA-AACGACTTGAACTAGATAATCATTCT
* ** * * ** *
307655 AAATAGT-TAAATTATTTGAACTGGTTTTGTAAATAAAATTATTTTTTAAATC
126 -AATAGTCTTAACCATTTGAAATGATTGCGTAAACAAAATTATTTTTTAAATC
* * * * ** * *
307707 TCTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT-TTTATTCT-ATTCCGAATAAGCTTTTATG-A
1 TCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATT-TAATAAC-AATAAGCTTGTACGAA
* * * * * * * * * **
307769 GCTTAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTC-AT
64 AC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGACTTGAACTAGATAATCATTCTA-
** * * * * *
307833 ATAGTCTTAACTGTTTGAACTGATT-CGGCAAACAGATTTATATTTTAAATC
127 ATAGTCTTAACCATTTGAAATGATTGC-GTAAACAAAATTATTTTTTAAATC
** * * * * * *
307884 TCATAGTTATTAATTTTCAAAATATTACTAAATTATTATTATTTTATTTTA-AATAAGCTTGTAT
1 TC----TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTA-ATAACAATAAGCTTGTAC
* * * * * * * * * **
307948 G-AACAGAAACAATTGTTTTA-G-GATAACAAAA-GTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTC
61 GAAACA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGACTTGAACTAGATAATCATTC
* * * *** * *
308009 AAATAGTCATAACTATTTGAACAAT-ATTAGC--AAATTGATTTCTTTTTTAAATC
125 TAATAGTCTTAACCATTTG-A-AATGATT-GCGTAAACAAAATTATTTTTTAAATC
* * * * * * *
308062 TCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATCTTATTTAGAAAAAGATTGTAC-ATT
1 TCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAAT-TTAATAACAATAAGCTTGTACGA--
* * * * * * * * * **
308125 GA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTTAATAATGATTTAAAATAGATAGTTGTT-TA
63 AACAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAA-AACGACTTGAACTAGATAATCATTCT-
* * * ** * * *
308187 AATAGCCATGATTATTTGAATTAATT-CAGTAAAC----TGA-TTTTTAAATCTC
126 AATAGTCTTAACCATTTGAAATGATTGC-GTAAACAAAATTATTTTTTAAA--TC
* * * * ** **** * *
308236 TTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATCAAGTAGTATTATTTTGTTTTGGATAAGCTTTTATG-A
1 -T-CTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAATAACAATAAGCTTGTACGAA
* * * * * * * ** **
308300 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAA
64 AC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGACTTGAACTAGATAATCATTCTAA
* * * * * *
308365 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG-GTAAACAGATTTATTTTTTTCAAATCTC
128 TAGTCTTAACCATTTGAA-ATGATTGCGTAAACAAAATTA-TTTTTT-AAA--TC
* * * * * * * *
308419 ATGCTTATTTATTTTTTTAATGTCAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-AATAAGCTTGTATG-
1 -T-CTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTA-ATAACAATAAGCTTGTACGA
* * * * * * * * * * *
308482 AACTGAAATAATTATTATATGACTAAAGAAAAGGTCAAAATGATTTTAAATATATAATTATTCTA
63 AAC-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGACTTGAACTAGATAATCATTCTA
* * * * * *
308547 ATAGCCTTAACTATTTGAACTAATT-CGGTAAACACATTTATTTTTTAAATC
127 ATAGTCTTAACCATTTGAAATGATTGC-GTAAACAAAATTATTTTTTAAATC
* * * * * * *
308598 TCTCATTAA-TTGTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAT-CCAAATAAGCTTGTATGAT
1 TCTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTAATTTAATAAC-AATAAGCTTGTACGA-
* * *
308661 AA-AAAAAAATTGTTTTATGAGAAAACAAA
63 AACAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
308690 TATCATAAGG
Statistics
Matches: 1170, Mismatches: 263, Indels: 174
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
172 8 0.01
173 6 0.01
174 60 0.05
175 15 0.01
176 311 0.27
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179 28 0.02
180 87 0.07
181 202 0.17
182 42 0.04
183 138 0.12
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAATAACAATAAGCTTGTACGAAAC
AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGACTTGAACTAGATAATCATTCTAATAG
TCTTAACCATTTGAAATGATTGCGTAAACAAAATTATTTTTTAAATC
Found at i:311227 original size:176 final size:179
Alignment explanation
Indices: 311022--311408 Score: 403
Period size: 180 Copynumber: 2.2 Consensus size: 179
311012 ATGACGAAAC
* * * * *
311022 AAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTACTGACATAGCCATAATTATTTGAAGTGA-TTCG
1 AAAAGGTGATAATCATTTGAAATAGATAATTACTCACATAGCCATAATTATTTGAACT-ACTTCG
* * *
311086 GTAAATAGATTCA-CTTTTAAATCACTT-ATTA-AATTTTGGAATATTAATAAAATAGTTTTATT
65 GCAAATAGATTCATCTTTTAAATCACTTCATTATAATTTTGGAAAATTAATAAAATAGTATTATT
* * * *
311148 TTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACA-AAGT
130 TTA-TTCGAAGTAAGCTTATACGAATTGAAACAATTATTTTATAACAGAA-T
** * * * * *
311198 AAAAGGTGATAA-CTATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTACTTGTTTGAACTACTTCG
1 AAAAGGTGATAATC-ATTTGAAATAGATAATTACTCACATAGCCATAATTATTTGAACTACTTCG
* * * * * * *
311262 GCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTCGTTATTAATTTTTGAAAATTATTAAATTAGTATTAT
65 GCAAATAGATTCATCTTTTAAATCACTTCATTA-TAATTTTGGAAAATTAATAAAATAGTATTAT
* * *
311327 TTTATTCTAAGTAAGCTTATACGAGTTGAAACAATTATTTTATAATAGAAT
129 TTTATTCGAAGTAAGCTTATACGAATTGAAACAATTATTTTATAACAGAAT
311378 AAAAGGTTGA-AATCATTTGAAATAGATAATT
1 AAAAGG-TGATAATCATTTGAAATAGATAATT
311409 GTTCAAATAG
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 29, Indels: 16
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.01
176 60 0.35
177 12 0.07
178 3 0.02
179 5 0.03
180 85 0.49
181 6 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAAAGGTGATAATCATTTGAAATAGATAATTACTCACATAGCCATAATTATTTGAACTACTTCGG
CAAATAGATTCATCTTTTAAATCACTTCATTATAATTTTGGAAAATTAATAAAATAGTATTATTT
TATTCGAAGTAAGCTTATACGAATTGAAACAATTATTTTATAACAGAAT
Found at i:312257 original size:141 final size:141
Alignment explanation
Indices: 311998--312257 Score: 301
Period size: 141 Copynumber: 1.8 Consensus size: 141
311988 AAATTTTGTA
* ** * * *
311998 CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAGTATTTTACTCTGAATAAGCTTGTGTGAACAG
1 CTTATAAATTTTTAGAATATTAAAAAATTAGCAGTATTTTACTATGAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * *
312063 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGAATTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTAG
66 AAACAATTATTTTACGACAAAACAAAGATCATAATCAATTGAAATAGTATGATAAATAGATTTAG
312128 TTTTTAAATCT
131 TTTTTAAATCT
* * ** **
312139 CTTATAAATTTTT-GAAATATTAAAAAATTAGCATTATTTTATTATGAATAATTTTGTATGAATT
1 CTTATAAATTTTTAG-AATATTAAAAAATTAGCAGTATTTTACTATGAATAAGCTTGTATGAACA
* *
312203 GAAACAATTATTTTACGACAAAGCAAAATATCATAA-CAATTTGAAATAG-ATGATA
65 GAAACAATTATTTTACGACAAAAC-AAAGATCATAATCAA-TTGAAATAGTATGATA
312258 GTTCAAATGG
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 19, Indels: 6
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CTTATAAATTTTTAGAATATTAAAAAATTAGCAGTATTTTACTATGAATAAGCTTGTATGAACAG
AAACAATTATTTTACGACAAAACAAAGATCATAATCAATTGAAATAGTATGATAAATAGATTTAG
TTTTTAAATCT
Found at i:312574 original size:183 final size:181
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312106 CTGGTTTGAT
* * * *
312116 AAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA--TA--AATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGCATTATT
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* ** ** *** * * * * **
312177 TTATTAT-GAATAATTTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTACGACAAAGCAAAATATCATAACA
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* * * * * * * *
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** *
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1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
312358 TTATTTCGAATAAAATTGA-ATGTATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATG
66 TTATTTCAAATAAGA-T-ACATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATG
* * *
312422 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTAAAC-TCTCTCAGTA
129 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGT-TCAGTA
* *
312475 AAATGGATTTATTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAAT-TCTAATAAATTAGTATT
1 AAATAGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATAT-TAATAAATTAGTATT
* * *
312538 ATTTTATTTCAAACAAGGTACTATGAACAAAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAA-AGTCAT
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** * * * *
312601 AATGATTTGAAATGGATAATTCTTCGAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTAG-A
125 AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGTA
* *
312657 AAA-ATA-TTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
* * * * * *
312718 TTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAACATAACCAATTATTTTATGATAAAAC-AAAGGT-AATAA
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* * * *
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* * * * * *
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1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * * ** * * * **** *
312898 TGAACTGAAACAATTGTTTTAT-TAC-AAAACAA-AAGCTTATAATGATTTGA-AATAGAT---A
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* * * * * * * *
312956 ATTATTT-AAAT-AGTCA-TG----ACTA-T-TTGAACTTATTTGGAAAACATATTTA-TT
126 ATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-AAC-TATTT-G--AACATGTTCAGTA
*** * * * * * * * *
313007 TTTTA-A---ATCTTTT-ACT-TATTAATTGTTGAAATATT--AATA--AATTAA-TA--A-TAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** ** * * *
313058 TTTATATT-GAATAAGCTTGTACCAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAA
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* * * ** ** **
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* * * * *** * *
313175 AAATAAATTTATTTTTTCAATCTTTTACTTATTAATTATCCTAATGTTAATAAATTTGTATTATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * *** * * * * * * *
313240 TTA-TTCGAAATACGCTTGTTCAA-ATGGAAAA-AATCATTTTATGAGAAAACAAAAGGTTATAG
66 TTATTTC-AAATAAGATACATGAACA---AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAA
** * * ** * * * * * *
313302 CAATTTCAAATAGATAATTGTGGAAATAGTTATAATTATTTAAACTTATTCAATA
127 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGTA
* * * *
313357 AACAT--ATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTAT
1 AA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * * * **
313420 TTTATTTCAAATAA-ACTTTATATGAACTGAAATAATTTTTTTATGATAGAACAAAAGGTCCTAA
65 TTTATTTCAAATAAGA---TACATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAA
* * * * * * ** *
313484 GGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTAATTG-ATTTAATTCAGTA
127 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAGTA
* * * * * * *
313539 AACAT--ATTTATTTTTAAAATTTTTTAGTTATTAATTATTGAAATATTAATAAAATAGTATTAT
1 AA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** * * * * *
313602 TTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTAT-AGCAGAATA-AAAAG-TCATA
65 TTTATTTCAAATAAG-ATACATGAACAAAAACAATTATTTTATGA-CA-AA-ACAAAAGATCAAA
** * * * *
313664 ACAATTTGAAAGAAATAATTACTT-AAATAGTCA-AGCATATTT-AA-ATTGGTT-TG-A
126 ATGATTTGAAATAAATAATT-GTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACA-T-GTTCAGTA
* *
313718 TAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGCAATATTATTATAA-TAG---TA
1 -AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA-AATTAGTATTA
** * * * * * * *
313775 TTTT-TTT-AACA-AACTTATATGAACAAAAGCATTTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAC
64 TTTTATTTCAA-ATAAGATACATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAAT
* * * *
313837 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGGTT-TGATA
128 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAG-TA
* * ** * * * *
313891 AACA-A-AATTATTTTTTATATC-CTTTAAATATTTATTTATGAAATATTAATAAATTCA-TTTT
1 AA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AGTATT
** * * * *** * * *
313952 ATTTTATTTTGAATAAGTTAGTACGAATTGAAA-ATTTGTTTTATGATAAAACAAAA-A-C---A
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* * * * * * * *
314011 --ATTTGAAATATATAATCGTTCATATACTCTTAACTATTGGAA-TTAGTTCGGT-
127 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAGTA
* * * * *
314063 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAGTATTATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
314128 TTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATGA
66 TTATTTCAAATAAG-ATACATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGA
* * * * * **
314193 TTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAAC-TGGTTTGGT-
130 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAGTA
* * * *
314244 ACA-A-ATTTATATTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAAGT-TTAATAAATTAGTA-TAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAA-TATTAATAAATTAGTATTAT
* * *** * * *
314305 TTTATATCGAATAA-ACTTGTTTGATA-AAAAATAATTGTTATATGAC-AAACAAAAGCAT-AAT
65 TTTATTTCAAATAAGA--TACATGA-ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-ATCAA-
* * * * * *
314366 AATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-GGCTATAATTATATG-A-A---T-AG--
125 AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACATGTTCAGTA
** * * * *
314415 -AACGGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * ** ** * * *
314478 TGCTTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-AATTGTTTTACGACAAAACAAAA-AGTCATAATG
66 TTATTTCAAATAAG-ATACATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCAAAATG
* * * * * * * *
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129 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAGTA
* * *
314593 AAATAGATTTATATTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * * * * * * * *
314658 TTA-TTCTAAATAA-ACTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTATAAC
66 TTATTTC-AAATAAGA--TACATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAAT
* * * *
314721 GATTTGAAAT--A-GATTGTTCAAAGAG---GAACTAGTT-----TG--C--T-
128 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGTA
* * * **
314759 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACAATTATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * ** ** * * ** ***
314824 TTATTTCGAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAATTTTGTAATGA
66 TTATTTCAAATAAG-ATACATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGA
* * * *
314887 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTCGAA-TTGATTC-GATA
130 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTCAG-TA
* * * * * * * * *
314939 AACTAG-CTTATTTTTTAAATCTCTAACTTCTCAAATTTTGAAATATTAATAGAGTAGTATTATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
** ** ** ** * * * * * *
315003 TTATTTTGAATAA-ACTTTTATGAACTGAAATGATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATATTT
66 TTATTTCAAATAAGA--TACATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATG
* * * * *
315066 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTCAGTA
129 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGTA
* * * *
315119 AACA-A-ATTTATTTTTTAAAATTTTTTA-TGTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATT
1 AA-ATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * *
315181 ATTTTATTTCAAATAA-ACTTGTATGAACTAAAAA-TATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAT
63 ATTTTATTTCAAATAAGA--TACATGAAC-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAA
* * * * * * **
315244 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTACTTGAAC-TGGTT-TGGC
125 AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAGTA
* * * * * * *
315300 AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * *
315365 TTA-CTCTAAATAA-ACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCA
66 TTATTTC-AAATAAGA--TACATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCA
315423 TAACAATTTG
Statistics
Matches: 2374, Mismatches: 536, Indels: 437
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.00
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AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTCAAATAAGATACATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGAT
TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGTA
Found at i:312968 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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312926 ACAAAAGCTT
312936 ATAATGATTTGAAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
*
312953 ATAATTATTT-AAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
312969 TCATGACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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ATAATGATTTGAAATAG
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312739 TGAACATAAC
* * *
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1 CAATTATTTTATGACAAAACAAAGCTAATAATGTTTCGAAATAAATAATTATTCAAATAGTAATA
* * * * *
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* * * * * *
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1 CAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGCTAATAATG-TTTCGAAATAAATAATTATTCAAATAGTAA
* * ** * * * *
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129 ATATTAATAAA
313048 TTAATAATAT
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 22, Indels: 4
0.82 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
159 17 0.15
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
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CAATTATTTTATGACAAAACAAAGCTAATAATGTTTCGAAATAAATAATTATTCAAATAGTAATA
ACTATTTGAACATATTCAGAAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTGTTGAAAT
ATTAATAAAGTAGTATTATATGAACTGAAA
Found at i:313242 original size:181 final size:181
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312899 GAACTGAAAC
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* * * *
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* * **
313039 ATTAATAAATTAATAATATTTTATATTGAATAAGCTTGTACCAACAAAAAT
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* * * * *
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** * * * ***
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* * * * *
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** * * * * ** *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *** * * * * *
313336 ATTATTTAAACTTATTCAATAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAAT
66 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTGAAAT
* * * * **
313401 ATTAATAACTTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAACTTTATATGAACTGAAAT
131 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATATT-GAATAAGC-TTGTATGAACAAAAAT
* * * * ** * * *
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1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * ** * * * *
313518 ACTAATTG-ATTTAATTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTAGTTATTAATTATTGAAA
66 ACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTGAAA
* * * *
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* * * * * *
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1 AATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCA
* * * * * *
313697 -AGCATATTT-AAATTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTG
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* * * **
313756 CAATATTATTATAA-TAGTATT-TTTT-TA---ACA-AA-CTTATATGAACAAAAGC
127 AAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATATTGA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAAT
* * *
313805 ATTTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * ** *
313870 ATTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAAATTATTTTTTATATCCTTTAAATATTTATT-TATGAAA
66 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTAT-TGAAA
* * * **
313934 TATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTACGAATTGAAAAT
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* * * * * *
313987 --TTGTTTTATGATAAAAC--AA----A-AACAATTTGAAATATATAATCGTTCATATACTCTTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
314043 ACTATTGGAA-TTAGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAA
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* * * *
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* * * ** * * *
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* * * * ** *
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* * *
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** **
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* * ** * * *
314508 AATTGTTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGTAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** ** * * * * * * * *
314573 ACTGTTTAAACTACTTCAGCAAATAGATTTATATTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGGAAT
66 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTGAAAT
* * * * **
314638 ATTATTAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAACTTATATGAACTGAAAT
131 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATAT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAT
* * * * * * *
314689 AATTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAG---ATTGTTC-AA-AG-----
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * *
314744 ---A--GGAACTAGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTTTGAAAT
66 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTGAAAT
** * **
314804 ATTAATAAATTACAATTATTTTAT-TTCGAATAGGCTTGTATGATGAAAAAT
131 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATATT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAAT
** ** ** * *
314855 AATTGTTTTATGAC-AAA-AAAATTTTGTAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * ** * * * *
314918 ATTATTCGAA-TTGATTCGATAAACTAGCTTATTTTTTAAATCTCTAACTTCTCAAATT-TTGAA
66 ACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT-TAATTATTGAA
* * * * * **
314981 ATATTAATAGAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATGAACTGAAAT
129 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAT
* * *** * *
315034 GATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** * *
315098 ACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTTA-TGTATTAATTTTTTG-
66 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACT-TATTAA-TTATTGA
* * *
315161 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAACTTGTATGAACTAAAAAT
128 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATT-GAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAT
* * * ** * * *
315216 -ATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
315280 ACTACTTGAACTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAGAA
66 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTGA-AA
* * * * * * * * * *
315344 TATTATTAATTTAGCAATATTTTACT-CTAAATAAACTTGTATGAATAGAAAC
130 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TATTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAT
*
315396 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTG
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
315433 GACTAGTTCG
Statistics
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* ** * * * * * * *
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* * * ** * *
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* * *
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** ** ** * * * * *
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* * * *
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* *
312660 ATATTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-
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* * ** * *
312722 TTCAAAATAAGCTTGCATGAAC--ATAACCAATTATTTTATGATAAAAC-AAAGGTAATAATG-T
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * ** *
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* * * *
313000 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATAATATTTTATAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T
* ** * * *
313065 T-GAATAAGCTTGTACCAAC--AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTT
65 TCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * ** * * * * * * *
313127 GAAATAAATAATTGTTCCAATAGTCACAAAGATTTGAATTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTT
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* * * *** * * * **
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* * ** * * *** *
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260 GTAT-GAAT-GAAATAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAG--AATT
** * * * * *
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* *
313359 CATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTA
1 -AT-TT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
313424 TTTCAAATAAACTTTATATGAACTG--AAATAATTTTTTTATGATAGAACAAAAGGTCCTAAGGA
63 TTTCAAATAAGC-TTGTATGAACTGAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * ** * * * * *
313487 TTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTAATTGATTTAATTCAGTAAACATATTTAT-T
127 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGCAAATAGATTTATAT
* * * * * * **
313551 TTTAAAATTTTTTAGTTATTAATTATTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAATCCGAATAA
192 TTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
* * * ** *
313616 GCTTGTATGAATAGAAACT-ATTGTTTTATAGCAGAATA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAAGAA
256 ACTTGTATGAAT-GAAA-TAATTGTTTTAT-G-ATAA-ACAAAAGGTAATAATGATTTG-AA-AT
* * * * * * * *
313678 ATAATTACTTAAATAGTCAAGCATATTTAAATTGGTTTGATAAATAG
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* *
313725 ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGCAATATTATTATAA-TAG---TATTTT-TT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATT
* ** * * **
313781 T-AACA-AA-CTTATATGAAC--AAAAGCATTTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATT
65 TCAA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * ** * * * *
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* ** * * * * *
313906 TATATC-CTTTAAATATTTATTTATGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAAT-AA
194 TAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAAATAAA
* * * * *
313968 GTTAGTACGAATTGAAA-ATTTGTTTTATGATAAA-ACAAA---AA-CA--ATTTGAAATATATA
257 CTT-GTATGAA-TGAAATAATTGTTTTATGATAAACA-AAAGGTAATAATGATTTG-AA-ATAGA
* * * * * *
314025 ATCGTTCATATACTCTTAACTATTGGAATTAGTTCGGTAAATAA
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* * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * *
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* * * * * * * *
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131 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGCAAATAGATTTATATTTTA
* *
314260 AATCTCATACTTATTAATTTTTGAAAGT-TTAATAAATTAGTA-TATTTTATATC-GAATAAACT
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* ** * * *
314322 TGTTTGATAAAAAATAATTGTTATATGACAAACAAAAGCATAATAATGATTTGAAATAGATAATT
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* * * * * **
314387 ATTGAAATG-GCTATAATTA-TATGAATAGAACGG
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* * * **
314420 ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTGCTTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
314484 CGAATAAGCTTGTATGAACTG--AAA-AATTGTTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTG
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* * * * * *
314546 TAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTAAACTACTTCAGCAAATAGATTTATATTTTA
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* * * *
314611 AATCTCTTATTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTA
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* * * * *
314676 TATGAACTGAAATAATTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAG-ATTGTTC
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* * *
314740 AAAGAG-GAACTAGTTTGCTAAATAG
324 AAAGAGCTAACTAGTTTGCTAAACAA
* * **
314765 ATTTATTTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACAATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * ** **
314830 CGAATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAATTTTGTAATGATTTG
66 CAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * ** * ** * *
314891 AAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTCGAA-TTGATTCGATAAACTAG-CTTATTTTT
131 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG-TTCGGCAAA-TAGATTTATATTT
* * * * * * * *
314954 TAAATCTCTAACTTCTCAAATTTTGAAATATTAATAGAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACT
194 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACT
* * * * * *
315019 TTTATGAACTGAAATGATTGTTTTATGATAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTG
259 TGTATGAA-TGAAATAATTGTTTTATGATAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAG--AATTG
* *
315084 TTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAA
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* * *
315124 ATTTATTTTTTAAAATTTTTTA-TGTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT-TATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * *
315187 TTTCAAATAAACTTGTATGAACT-AAAAAT-ATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCATAATGAT
63 TTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * * * *
315250 TTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTACTTGAACTGGTTTGGCAAACACATTTATTTT
128 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGCAAATAGATTTATATT
* * * * *
315315 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTAAATAAA
193 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAA
* * * * *
315379 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG----ACAAAA---CA-AA-GA--TCATA-ACAA-T-
257 CTTGTATGAAT-GAAATAATTGTTTTATGATAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGAATTG
* * * *
315430 TT----G-G---ACTAGTTCGATCAACAG
321 TTCAAAGAGCTAACTAGTTTGCTAAACAA
* * * *
315451 ATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATCAATTTTTGAAATATTAAAAAATTATTATTATTTTA-TT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * * * ** ** * ** **
315511 CTTAATAATTTTGTAT-AAAT-AGAAACAATTGTTTTACAACAATGCACAATATCATAACAATTT
66 C-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * * * *
315574 GAAATAGATGATAGTTTAAATA--CATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT
130 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGCAAATAGATTTATATTTT
** * * *
315637 AAATCTCCAACCTATTAATTTTT-AGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAAA
195 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAAC
* * * * *
315700 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAAT
258 TTGTATGAAT-GAAATAATTGTTTTATGATA-AACAAAAGGTAATAATGATTTGAAAT--AGAAT
* * * *
315765 TGTTCAAATAGTCATATCTATTTAAATTTGCTCAGTAAATAA
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* *
315807 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA-ATTTAATAAATTAGTATTATTTTCTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * *
315871 TTGAATAAGCTTTTATGAA-T-AGAAACAATTGA-TTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATT
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* * * * * *
315932 TGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTAAA-T-GTGTTGAGAAAATATATCTAT-T
129 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGT-TCG-GCAAATAGATTTATAT
* * * * *
315994 TTAAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAA
192 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
* * * ** * *
316057 GCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGAT
256 ACTTGTATGAA-TGAAATAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTAATAATGA-TTTGAAATAG--
* * * * * *
316121 AATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAGTAAATAG
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* * * *
316166 ATTCATGTTTTAATTCTCTTAC-CATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
316229 CAAATAAGCTTATATAAACTG--AAACAATTATTTTATTG-CAAAACAAAAGGTCACAATGATTT
66 CAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAATAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * ** * * *
316291 AAAATAGATAATTATTCACATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTT
130 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGCAAATAGATTTATATTTT
* ** * * * *
316356 AAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTATTAAATTAATATAATTTTAATTC-AAATAAGC
195 AAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAAC
* * *
316419 TTGTAT-AATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
258 TTGTATGAA-T-GAAATAATTGTTTTATGA-TAAACAAAA
316458 AGTCATAACA
Statistics
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CAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGCAAATAGATTTATATTTTA
AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTG
TATGAATGAAATAATTGTTTTATGATAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGAATTGTTCAA
AGAGCTAACTAGTTTGCTAAACAA
Found at i:315860 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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315439 TTCGATCAAC
* * * *
315449 AGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATCAATTTTTG-AAATATTAAAAAATTATTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** * ** * * * *
315509 -TTCTTAATAATTTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTACAACAATGCACAATATCATAACAATT
66 TTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA-ACAAAAGATCATAACGATT
* * * *
315573 TGAAATAGATGATAGTTTAAATA--CATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAT
129 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAAT
*** * * *
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1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** *
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66 TTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGATCATAACGATTT
* * *
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* *
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1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * *
315869 TTTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTG
66 TTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGATCATAACGATTTG
* * * * *
315934 AAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTAAA-TGTGTTGAGAAAAT
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* * * * *
315985 ATATCTA-TTTTAAAAT-TTTTACTTATTAAATTTTG-GAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT
* * * * *
316046 A-TTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TAT
65 ATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAACGA-
* * * *
316109 TTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAGTAAAT
127 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAAT
* * * * *
316164 AGATTCATGTTTTAATTCTCTTAC-CATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * *
316226 TTTCAAATAAGCTTATATAAACT-GAAACAATTATTTTATTG-CAAAACAAAAGGTCACAATGAT
66 TTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA-TGAC-AAACAAAAGATCATAACGAT
* * * * *
316289 TTAAAATAGATAATTATTCACATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAAC
128 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAAT
* * * * *
316343 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTATTAAATTAATATAATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * *
316407 ATTCAAATAAGCTTGTAT-AATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACAAT
66 TTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGA-TCATAACGAT
* * * * ** ** * * *
316470 TTAAAATAAAAAATTATTCAAATAGTCAAAAAGATTTGAACTTGTTCAATAAAC
128 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAAT
* * * * *
316524 ATATTTATTTTTGAAATCTTTTACTTGTTAATTGTCTT---ACTATTAATAAATTTGTATTATTT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* *
316586 TATTTGC-TATAAGCTTGTATAAATAGAAA
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AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAAT
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315910 CAAAAAAAAG
*
315920 GTCATAATGATTTGAAATA
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* *
315939 G--ATAATTCTTCAAATA
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1 GTCATAATTATTTAAAT
315972 GTGTTGAGAA
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GTCATAATTATTTAAATA
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318723 CTTTCTTTAT
* *
318733 TTTTATTCGAAAGGA
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* *
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*
318761 TTTTTTTTG-AAA-A
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* *
318774 CTTTACTTGAAAAGA
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318789 TTTTATTTGAAAAGA
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318804 T
1 T
318805 CTTTTCATCT
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TTTTATTTGAAAAGA
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*
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AAAAATAAAAATAAAATCA
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*
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*
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TAAAAATAAAATAAAATAAAAAAA
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319717 TTTTGGTCTC
319727 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
* * *
319775 AAT AAT AAT AAT GAT AAT GAT AAT AAC AAT AAT -AT AAT A
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT A
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Statistics
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AAT
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319894 GGGCATCTAC
* * * * * * * * *
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* * * *
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* * *
320032 TTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
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* * * * * *
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1 AATAGTCATAACTAATTGAACT-GGTTAGGCAAATAGAATTATTTTTTCAAATCTCTCACTTGT-
*
320147 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAA-ACTTATATGAATA-AAA-
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*
320209 AAGTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATATAAAATAGATAATTGTTCA
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* * * *
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*
320331 GGTTTTAAAATATTAATAAATT
66 -ATTTTAAAATATTAATAAATT
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Statistics
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AATAGTCATAACTAATTGAACTGGTTAGGCAAATAGAATTATTTTTTCAAATCTCTCACTTGTTA
ATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAGACTATATAAATAGAAACAATT
GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATATAAAATAAATAATTGTTCA
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Period size: 181 Copynumber: 9.2 Consensus size: 180
320446 ACTAAAAACT
* * * *
320456 AAAAAAAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATA-AGGAATTGTTCATAT
1 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * *
320700 AGTCATAACTATTTAAACTGATTCGATAAACAGATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
65 AGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACATATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
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** * *
320817 AAAAACGTTTATTTTATGACAAAACAAAA-GTACATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAT
1 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
320881 -GGCTATAATTATTCGAACTAATTTGATAAAC-TAATTTATTTTTTAAATCTC-AAGCATATCAA
65 AGTC-ATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAT-ATTTA-TTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAA
* * ** * *
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126 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATC
* * * * * * * * *
320996 AGTGATACAATTGTTTTATAATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAA
1 A--AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * ** *
321061 TAGACATAACTATTTTAAACTTATTCAATAAATAGATTT-TTTAAAAAT-TGTTGACTTATTAAT
64 TAGTCATAACTA-TTTGAACTGATTCGATAAACATATTTATTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAAT
* * * * * * *
321124 TTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTATATTTCGAATAGGCATGTATGAAC
127 TTT-TGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATC
* * * * * ** ** * * * *
321178 TAAAATAATTATTTTTTTAACTAAATGAAATATCAAAACGATTTGGAATAGATAATTATT-ATGA
1 AAAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AA
** **
321242 TAGTTTTAACTATTTGAACTGATTCAGA-AAACACCTTTATTTTTAAA--TC---CTTATTAATT
64 TAGTCATAACTATTTGAACTGATTC-GATAAACATATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * **
321301 TTTAAAATAGTAATAAATTGGTATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATGAAT-
128 TTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG-ATC
* * * * ** *
321354 AGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTCACAACGATTTGAAATAGATAACAGTTCAAATG
1 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
321419 GAT-ATGACTATTTAAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTAACTTATTAAT
66 G-TCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAACATATTTA--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * ** *
321482 TTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC
127 TTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATC
** * ** *
321536 AAAAACAATTGGTTTATGGCAAAACAAATTGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
1 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
321601 GTCATAACTATTTGAACGTGCTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATGT
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* ** *** *
321664 TTT-AAATTTTAATAAATTTATTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTCACATGAAC
128 TTTGAAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGATC
* * ** * * * *** *
321717 AGAACCAATTATTTTATGACAAAACAACTGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTTGAGA
1 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* *
321782 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACATATTCATATTTTTAATTCTCTTACTCATTAATT
66 GTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAACATATT--TATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
** * * *
321846 TTTGGTATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAAC
128 TTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATC
** * * * * * * *
321899 TGAAACAATTGTTTTATTACAAAACATAAGGTCACAATGATTTGAAAGAGATAATTATTCAAATA
1 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
321964 ATCATGACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACATATTTATTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGT
66 GTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAACATATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
322028 TGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATCCAAACAAGCTTGTTTGATT
130 TGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATC
* * * *
322079 ATAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAAGTCATAAC
1 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
322117 AATTCTATTG
Statistics
Matches: 1165, Mismatches: 261, Indels: 110
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 67 0.06
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177 9 0.01
179 7 0.01
180 225 0.19
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
GTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACATATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATC
Found at i:321794 original size:363 final size:357
Alignment explanation
Indices: 320456--322056 Score: 1156
Period size: 363 Copynumber: 4.4 Consensus size: 357
320446 ACTAAAAACT
* * * ** * * *
320456 AAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-AGGAATTGTTCATATA
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATA
* * * * * *
320520 GCCTTAACTATTTGAATTAATTCA-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAACTGATT-AGATAAACATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTT
* * * * * * * * *
320584 TTAGAATATTATTATATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTGTGAACAAAAATAATTGTT
127 TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCAAATAAAATTATATGAAC-AGAACAATTATT
* * *** * * * * *
320649 TTATGAGATAACAAAA-GGAT-ATAACAATTTGAGATATATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTA
190 TTATGACA-AAAAAAATGG-TCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATT-ATGAGAGTCATAACTA
* **
320711 TTTAAACTGATTCGATAAACAGA-TTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
252 TTTAAACTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * **
320775 AGTAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATG
316 AATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
** * * * *
320817 AAAAACGTTTATTTTATGACAAAACAAAAGTACATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAT-
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGT-CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * ** * *
320881 GGCTATAATTATTCGAACTAATTTGATAAAC-TAATTTATTTTTTAAATCTCAAGCATATCAATT
65 GTC-ATAACTATTTGAACTGATTAGATAAACAT-ATTTA-TTTTTAAATTTTTA-CTTATTAATT
* * * * ** ** *
320945 TTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAAATTTTATTTAGTGATACAATTGT
126 TTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCAAATAAAATTATATGAACAGA-ACAATTAT
* * * * *
321010 TTTATAATAAAATAAAA-GGTCATAATGATTTT-AAATAGATAATTATTCA-AATAGACATAACT
189 TTTATGACAAAA-AAAATGGTCATAATG-TTTTGAAATAGATAATTATT-ATGAGAGTCATAACT
* * * * ** *
321072 ATTTTAAACTTATTCAATAAATAGA--T-TTTTTAAAAAT-TGTTGACTTATTAATTTTCT-AAA
251 A-TTTAAAC-TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTT-TGAAA
* * * * * *
321132 TGTTAATAAATTAGTATTATTATATTTCGAATAGGCATGTATGAAC
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* * * * * ** * * * * *
321178 TAAAATAATTATTTTTTTAACTAAATGAAATATCAAAACGATTTGGAATAGATAATTATT-ATGA
1 AAAAACAATT-GTTTTATGAC-AAAACAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA-AA
** ** *
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* ** * ** * *
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* * * * *
321367 TTATGACAAAATAAAAT-GTCACAACGATTTGAAATAGATAACAGTTCA-AATG-GA-T-ATGAC
190 TTATGACAAAA-AAAATGGTCATAATGTTTTGAAATAGAT-A-A-TT-ATTATGAGAGTCATAAC
* * * *
321427 TATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTAGAAATA
250 TATTTAAAC-TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* **
321492 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC
314 TTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * *
321536 AAAAACAATTGGTTTATGGCAAAACAAATTGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-TGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
*
321601 GTCATAACTATTTGAACGTGCTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATGTT
65 GTCATAACTATTTGAAC-TGATTAGATAAACATATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTATTAAT-TT
* * ** * *
321665 TT-AAATTTTAATAAATTTATTATTATTTTATTCAAAATAAGCTCACATGAACAGAACCAATTAT
127 TTAAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTC-AAATAAAATTATATGAACAGAA-CAATTAT
* * *
321729 TTTATGACAAAACAACTGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTTGAGAGTCATAACTATT
189 TTTATGACAAAAAAAATGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTATGAGAGTCATAACTATT
* * * * * * **
321794 TGAACTTGTTCGATAAACATATTCATATTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGTATATTAA
254 TAAAC-TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* *
321859 TAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAAC
318 TAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
** * * * ** *
321899 TGAAACAATTGTTTTATTACAAAACATAAGGTCACAATGATTTGAAAGAGATAATTATTCAAATA
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * *
321964 ATCATGACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACATATTTATTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGT
65 GTCATAACTATTTGAAC-TGATTAGATAAACATATTTATTTTTAAA-TTTTTACTTATTAATTTT
*
322028 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
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Statistics
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AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTGATTAGATAAACATATTTATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAA
AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAATAAAATTATATGAACAGAACAATTATTTTATGA
CAAAAAAAATGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTATGAGAGTCATAACTATTTAAACTG
TTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
AATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
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Alignment explanation
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322121 CTATTGCAGA
322131 ACTATTTCAAATAATTAT
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*
322149 GACTATTT-GAATAATTAT
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*
322167 -CTATTTCAAATCATTAT
1 ACTATTTCAAATAATTAT
322184 TACCTTTTGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.04, T:0.45
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ACTATTTCAAATAATTAT
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322126 GCAGAACTAT
* * * *
322136 TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTATCT
1 TTCAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * *
322201 TAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAG-TTTGTTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTAT-TT-AGAAT-AAATAATATTAATTTATTAATATT
* * * *
322265 TCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAG
128 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATATATTGACCAAACCAG
** * * * * *
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1 TTCAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTATC
*
322382 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAATCTTATTTAGAATAAAGTAATATTAATTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGC-TATTTAGAATAAA-TAATATTAATTTATTAATATT
* * * * * ***
322447 TTAAAAATTAATAAGTAACGA-ATTTAGAAAATGTATCTATTGGCTTGACCAG
128 TCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATGAATATATTGACCAAACCAG
* * *
322499 TGT-AAACAATTATGACTGTTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
1 T-TCAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATC
* * * * *
322563 ACAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTAATTT-GAAATAACAT-ATTTCTAATTTATTAATA
65 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGCT-ATTTAG-AATAA-ATAATAT-TAATTTATTAATA
* ** * *
322626 TTTCAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATG-A-ATCGTGTACAAAACAAG
126 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATATATTG-ACCAAACCAG
* * * *
322679 TTCAAATAGTTAATG-CTATTTAAACAATTTTCTATTTCAAAT
1 TTCAAACAATT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
322721 TGCTGTAACC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTCAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
TAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTATTTAGAATAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATATATTGACCAAACCAG
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Alignment explanation
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323044 ATAAAATGAT
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*
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323140 CTTATTACTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
43 42 1.00
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TGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAA
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Alignment explanation
Indices: 323114--325396 Score: 1392
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323104 ATTCATGTAG
* * * * *
323114 GCTTATTCAAAACAAAATAA-TACTAACTTATTACTA-TTCTGAAAATTACTAAGT---GATTTA
1 GCTTATTCAAAATAAAATAATTA--AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTA
* **
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* *
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*** * * * * *
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1 GCTTATTCAAAATAAAATAAT-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAA
* *
323356 AAATAAATCTATTTTATGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTC-AA
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* * * * *
323420 TCGTTATGCCCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGCTTCTATTCATAAAA
128 TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * * *
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1 GCTTATTCA-AAATAAAATAATTAA-ATTTATT-AATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTT
* * * ** * * *
323532 AAAAAATAAATCAGTTTACCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTC
62 AAAAAATAAATTATTTTA-TGA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * *
323597 AAATTGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAA
125 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA
** * * *
323650 AATTAATCATAATAAAATTAAATT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGATTT-A
1 GCTTATTCAAAATAAAA-T-AATTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAA
* * ** *
323710 AAACTAAATT-TGTTTATCAGACCAACTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCA
64 AAAATAAATTAT-TTTAT--GAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * *
323774 AATTGGTATAATC-TTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTCTATACAA
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* ** * * * * *
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1 GCTTATTCAAAATAAAATAAT--TAAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTA
**** * * * *
323885 AAAAATAAATATATTTGCCAAACCAGTTAAAATAGTTAAGACTATTAGAACAACTATCTATTTCA
63 AAAAATAAAT-TATTTTATGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
** * *** * *
323950 AATCATTTTGACCTTTTGTTCAATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAT
126 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA
* * *
324002 GCTTATTCAAAATAAAATAA-TACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAGAATTT
1 GCTTATTCAAAATAAAATAATTA--AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAG-A-TT
** * * *
324065 TAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAATCAGTACAAATAGCTATGACTATTTGAATAATTATC-ATT
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* ** * * * *
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* * * *** **
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1 GCTTATTCAAAATAAAATAAT-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAA
* * *
324247 AAACATAAATTAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCA
64 AAA-ATAAATTATTTTAT-GAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * *
324312 AATTGTTTTGAACTTTGGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAA
126 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAA
* * * *
324364 GCCTATTCAAAA-AAAATAATAATAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TT--
1 GCTTATTCAAAATAAAATAATTA-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAA
* * * * * * * * * *
324425 ---AT---CTGTTTAATGAACCAATTCTAATAATTATGATTATTTGAGCAATTATATATTTCAAG
64 AAAATAAATTATTTTATGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
** * * * * * *
324484 TCATTATGATCTTTTGTTTTATTATAAAATAATTATTTATATTCACACAA
128 TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * * * * * *
324534 GCTTCTTTAAAATAAAATAATAATAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAATTAAGAGATTTG
1 GCTTATTCAAAATAAAATAATTA-AATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTA
* * * * * *
324598 AAAAATAAATT-TGTTTGTTGAATCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTC
63 AAAAATAAATTAT-TTT-ATGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
324662 AAATTGTTATGTCCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAA
125 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * ** *
324715 GTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--ACAGATTTAAA
1 GCTTATTCAAAATAAAATAAT-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAA
** * * * * * * * * *
324777 AAATAAATT-TGTTTACCAAATTAATTCAATTAGTTATAACAATTTAAAAAATTATTTATTTCAT
65 AAATAAATTAT-TTTA-TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
324841 ATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCTTAAAATAATTATTTCTATTGATA-TA
127 ATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA
* * *
324891 GTCTTATTCAGAATAAAGTACTGCT-AATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAATAGATT
1 G-CTTATTCAAAATAAAATAAT--TAAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATT
* * * * * *
324954 TAAAAAATGAATT-TGTTGGTCTGACCGGTAT-AAATAGTTATAACTTTTTGAACAATTATCTAT
61 TAAAAAATAAATTAT-TT--TATGAACAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * *
325017 TTCAAATAATTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAA
122 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA
*** * * * * *
325073 GCTTATTGGGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAATAAGAGATTT-A
1 GCTTATTCAAAATAAAATAATT-AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAA
* * * * * *
325137 AAACTGAATT-TGTTTATTGAAGAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTACCTATTTCA
64 AAAATAAATTAT-TTTA-TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* ** * * ** * **
325201 AATCGCCATAACCTTTTGTTTTGTCATAAATTTTTTTTTTCTATTCCCACAA
126 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * *
325253 GCTTATT-ACAATTAAAATAATAAAATTTATT-ATCA-TTCAGACAACTAATAAGTAAAAGATTT
1 GCTTATTCA-AAATAAAATAATTAAATTTATTAAT-ATTTCA-AAAATTAATAAGT-AAAGATTT
* * * *
325315 AAAAAATAAATATGTTTGCTAT-ATA-AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAAATATTTATT
62 AAAAAATAAAT-TATTT--TATGA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
*
325378 TCAAATTATTATGA-CTTTT
123 TCAAATTGTTATGACCTTTT
325397 AAGGATTTGG
Statistics
Matches: 1640, Mismatches: 363, Indels: 204
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 84 0.05
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173 2 0.00
174 9 0.01
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Consensus pattern (177 bp):
GCTTATTCAAAATAAAATAATTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAA
AATAAATTATTTTATGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA
Found at i:323543 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 323169--325396 Score: 909
Period size: 181 Copynumber: 12.5 Consensus size: 179
323159 TTACTAAGTG
* * * *
323169 ATTTAAAAAATGAATCTATTTACCCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTA
* * * * *
323234 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTT
65 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTA
* * * *
323299 TGAATAAAATAATGTAAATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAAA
130 GGAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTCCAAAAATCAATAAGTAAAA
* *
323349 ATTTTAAAAATAAATCTATTTTA-TGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCT
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* * *
323413 ATTTC-AATCGTTATGCCCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGCTTCTATTCATAAAAACTTATT
64 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATT
* *
323477 AGGAATAAAATAATA-ATAA-TTATTCAA-ATTTCAAAAATCAATAAGTAAGAA
129 AGGAATAAAATAATATA-AATTTACT-AATATTCCAAAAATCAATAAGTAA-AA
** *
323528 ATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTT
1 ATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCT
** *
323592 ATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTCTATTCATACAAAA-TTA
64 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATA-AAAACTT-
* * * * ** * *
323655 ATCA-TAATAAAATTAA-ATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AG
126 ATTAGGAATAAAA-TAATATAAATTTACTAATATTCCAAAAATCAATAAGTAAAA
* * * * * ** * *
323705 ATTT-AAAACTAAATTTGTTTATCAGACCAACTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTA
* * * * * * *
323769 TCTCAAATTGGTATAATC-TTCGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCT-GTCTATACAAACTTAT
65 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTC-ATAAAAACTTAT
* * * * * * * ** *
323831 TCGGAGTAAAATATTGCTAAA-CTAATAATATTCTAAAAATTTATAAG---AG
128 TAGGAATAAAATAAT-ATAAATTTACTAATATTCCAAAAATCAATAAGTAAAA
* * * * * * *
323880 ATTTAAAAAATAAATATATTTGCCAAACCAGTTAAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAACTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AATAATTATCT
** * *** * * * **
323944 ATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTCAATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATT
64 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATT
* * * * * * *
324009 CA-AAATAAAATAATACT-ATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAGA
129 -AGGAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATTCCAAAAATCAATAAGTAAA-A
* * * *
324061 ATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAGTACAAATAGCTATGACTATTTGAATAATTATC-
1 A-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCT
* ** * * * * *
324125 ATTTTAATATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAGAAA-AAATTATTTC-ATTTCATAAAAGCTTA
64 ATTTCAA-ATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTA-TTCATAAAAACTTA
* * * * * * **** ** *
324188 TCCA-AAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGGGAAGTTGCAG
127 T-TAGGAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTCCAAAAATCAATAAG-TAAAA
* * * * *
324242 A-TTAAAAACATAAAT-TAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATC
1 ATTTAAAAA-ATAAATCTA-TTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATC
* * * * * * * *
324305 TATTTCAAATTGTTTTGAACTTTGGTTTTCTCATAAAAC-AATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCT
63 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCT-ATTCATAAAAACTT
* * * * * * *
324368 ATTCA--AAAAAAATAATA-ATAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAG
126 ATT-AGGAATAAAATAATATA-AATTTACTAATATTCCAAAAATCAATAAGTA-AAA
* ** * * * * * ** *
324422 A--T------T--ATCTGTTTAATGAACCAATTCTAATAATTATGATTATTTGAGCAATTATATA
1 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTA
* ** * * * * * * * * * *
324477 TTTCAAGTCATTATGATCTTTTGTTTTATTATAAAATAATTATTTATATTCACACAAGCTTCTTT
65 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAACTT-ATT
* * * *** * * *
324542 A-AAATAAAATAATA-ATAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAATTAAGAG
129 AGGAATAAAATAATATA-AATTTACTAATATTCCAAAAATCAATAAGTAA-AA
* * * *** * * * * *
324593 ATTTGAAAAATAAATTTGTTTGTTGAATCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTA
* * * * * * ** *
324658 TTTCAAATTGTTATGTCCTTTTGTTTTGTCGTAAAAC-AAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTT
65 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATT
* * * *** *
324722 CA-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAAT---TAA-TAACAG
129 -AGGAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTCCAAAAATCAATAAGTAA-AA
* * * * * * * * * *
324770 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATTAATTCAATTAGTTATAACAATTTAAAAAATTATTTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTA
* * * * * * * * **
324835 TTTCATATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCTTAAAATAATTATTTCTATTGATATAGTCTTATTC
65 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATT-
* * * * * * *
324900 A-GAATAAAGTACTGCT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATAG
129 AGGAATAAAATAAT-ATAAATTTACTAATATTCCAAAAATCAATAAGTAA-AA
* * * * * * * * * *
324951 ATTTAAAAAATGAATTTGTTGGT-CTGACCGGTAT-AAATAGTTATAACTTTTTGAACAATTATC
1 ATTTAAAAAATAAATCTATT--TACCGAACAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATC
** * * * * * *
325014 TATTTCAAATAATTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAAC-AATTATTTCTGTTCATACAAGCTTA
63 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTA
* * * * * * * *
325078 TTGGGAATAACATAAT-TCTAATTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAATAAGAG
127 TTAGGAATAAAATAATAT-AAATTTACTAATATTCCAAAAATCAATAAGTAA-AA
* * * * ** * * * * * *
325132 ATTT-AAAACTGAATTTGTTTATTGAAGAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTACCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTA
* ** * * ** * ** * *
325196 TTTCAAATCGCCATAACCTTTTGTTTTGTCATAAATTTTTTTTTTCTATTCCCACAAGCTTATTA
65 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTA
* * *
325261 -CAATTAAAATAATA-AAATTTA-TTATCATT-CAGACAA-CTAATAAGTAAAA
130 GGAA-TAAAATAATATAAATTTACTAAT-ATTCCA-AAAATC-AATAAGTAAAA
* * * * * * * * * *
325310 GATTTAAAAAATAAATATGTTT-GCTATATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAAATATT
1 -ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGA-A-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATC
*
325374 TATTTCAAATTATTATGA-CTTTT
63 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
325397 AAGGATTTGG
Statistics
Matches: 1593, Mismatches: 359, Indels: 193
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 81 0.05
171 43 0.03
172 1 0.00
173 1 0.00
174 9 0.01
175 69 0.04
176 120 0.08
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178 41 0.03
179 177 0.11
180 373 0.23
181 387 0.24
182 84 0.05
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAACTTATTAG
GAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTCCAAAAATCAATAAGTAAAA
Found at i:324594 original size:713 final size:711
Alignment explanation
Indices: 323115--324861 Score: 1634
Period size: 713 Copynumber: 2.5 Consensus size: 711
323105 TTCATGTAGG
* * * * * * *
323115 CTTATTCAAAACAAAATAATACT-AACTTATTACTATTCTGAAAA-TTACTAAGTGATTTAAAAA
1 CTTATTCAAAATAAAATAATAATAAAC-TAATAATATTATAAAAATTTA-TAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * *
323178 ATGAATCTATTTACCCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
64 ATAAATATATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATT
* ***
323243 GTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAA
129 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * *
323308 TAAT-GTAAATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAA-AATTTT-AAAAATAAATCTATTT
194 TAATACT-AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAGAATTTTAAAAAATAAATCTA-TT
** * * * * *
323370 TA-TGAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAATCGTTATGCCCTT
257 TACCAAATCATGTACAAATAGCTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAATCATTATGACCTT
* * * * * *
323433 TTGTTTTGTCATAAACTAATTGCTTCTATTCATAAAAACTTATTAGGAATAAAATAATAATAATT
322 TTGTTTTATCAGAAACAAATTACTTCTATTCATAAAAACTTATCAGAAATAAAATAATAATAATT
* * *
323498 ATTCAAATTTCAAAAATCAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCGAGTGAGTTCA
387 ATTCAAATTTCAAAAATCAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCGAATCAGTTCA
* * * * *
323563 AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAA
452 AATAGTTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATATTTGGTTTTCTCATAAA
* * * * *
323628 ACAATTTTTTCTATTCATACAAAATTAATCATAATAAAATTAAATTAATTTATTAATATTTTAAA
517 ACAATTTTTTCTATTCATACAAAACTAATCATAATAAAAATAAAATAACTTATTAATATTTCAAA
* *
323693 AATTAATAAGAGATTTAAAACTAAATTTGTTTATCAGACCAACTCAAATAGTTATGACTATTTGA
582 AATTAATAAGAG---TAAAACTAAATCTGTTTATCAGACCAACTCAAATAATTATGACTATTTGA
* ** * * * *
323758 ACAATTATCTATCTCAAATTGGTATAATCTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTCTATAC
644 ACAATTATATATCTCAAATCAGTATAATCTTCGTTTTATCATAAAACAATTATTTATGTCTACAC
323823 AAA
709 AAA
** * * ** *
323826 CTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTTATAAGAGATTTAAAAAAT
1 CTTATTCAAAATAAAATAATAATAAACTAATAATATTATAAAAATTTATAAGAGATTTAAAAAAT
* * **
323891 AAATATATTTGCCAAACCAGTTAAAATAGTTAAGACTATTAGAACAACTATCTATTTCAAATCAT
66 AAATATATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
* *** * * *
323956 TTTGACCTTTTGTTCAATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATA
131 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* *
324021 ATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAGAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACC
196 ATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAGAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACC
*
324086 AAATCA-GTACAAATAGCTATGACTATTTGAATAATTATC-ATTTTAATATCATTATGACCTTTT
261 AAATCATGTACAAATAGCTATGACTATTTAAATAATTATCTA-TTTAA-ATCATTATGACCTTTT
* * * *
324149 GTTTTATCAGAAA-AAATTATTTC-ATTTCATAAAAGCTTATCCA-AAATAAAATAATATTACTT
324 GTTTTATCAGAAACAAATTACTTCTA-TTCATAAAAACTTAT-CAGAAATAAAATAATAATA-AT
*** * * * *
324211 TATT-AATATTTCAAAAATTGGGAAGT-TGCAGA-TTAAAAACATAAATTAGTTTATCGAATCAG
386 TATTCAA-ATTTCAAAAATCAAGAAGTAAG-AAATTTAAAAA-ATAAATCAGTTTACCGAATCAG
* * *
324273 TTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGA-ACTTTGGTTTTCTC
448 TTCAAATAGTTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATA-TTTGGTTTTCTC
** *
324337 ATAAAACAATTGTTTT-TCA-TCATACAAGCCTATTCA-AA-AAAAATAATAATAACTTATTAAT
512 ATAAAACAATT-TTTTCT-ATTCATACAAAACTAATCATAATAAAAATAA-AATAACTTATTAAT
* * * * * * *
324398 ATTTCAAAAATTAATAAGTAG-GAGA-T-TATCTGTTTAATGA-ACCAATTCTAATAATTATGAT
574 ATTTCAAAAATTAATAAG-AGTAAAACTAAATCTGTTT-ATCAGACCAACTCAAATAATTATGAC
* * * * * * * *
324459 TATTTGAGCAATTATATATTTCAAGTCATTATGATCTTTTGTTTTATTATAAAATAATTATTTAT
637 TATTTGAACAATTATATATCTCAAATCAGTATAATC-TTCGTTTTATCATAAAACAATTATTTAT
* *
324524 AT-TCACACAAG
701 GTCT-ACACAAA
* * * * *
324535 CTTCTTTAAAATAAAATAATAATAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAATTAAGAGATTTGAA
1 CTTATTCAAAATAAAATAATAATAAACTAATAATATTATAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAAA
* * *** * * * *
324600 AAATAAATTTGTTTGTTGAATCAATTCAAATAGTTAAGGCTA-TATGAATAATTATCTATTTCAA
62 AAATAAATATATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * *
324664 ATTGTTATGTCCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATA
126 ATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAAAATA
* *** * *
324729 AAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA-C--AG-A-TTTAAAAAATAAATTTGT
191 AAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAGAATTTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * * * *
324789 TTACCAAATTAAT-T-CAATTAGTTATAACAATTTAAAAAATTATTTATTTCATATCGTTATGAC
256 TTACCAAA-TCATGTACAAATAGCTATGACTATTTAAATAATTATCTATTT-AAATCATTATGAC
*
324852 CATTTGTTTT
319 CTTTTGTTTT
324862 GTCTTAAAAT
Statistics
Matches: 836, Mismatches: 168, Indels: 67
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
708 122 0.15
709 73 0.09
710 4 0.00
711 185 0.22
712 30 0.04
713 268 0.32
714 149 0.18
715 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (711 bp):
CTTATTCAAAATAAAATAATAATAAACTAATAATATTATAAAAATTTATAAGAGATTTAAAAAAT
AAATATATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAGAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACC
AAATCATGTACAAATAGCTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAATCATTATGACCTTTTGT
TTTATCAGAAACAAATTACTTCTATTCATAAAAACTTATCAGAAATAAAATAATAATAATTATTC
AAATTTCAAAAATCAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCGAATCAGTTCAAATA
GTTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATATTTGGTTTTCTCATAAAACAA
TTTTTTCTATTCATACAAAACTAATCATAATAAAAATAAAATAACTTATTAATATTTCAAAAATT
AATAAGAGTAAAACTAAATCTGTTTATCAGACCAACTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
TATATCTCAAATCAGTATAATCTTCGTTTTATCATAAAACAATTATTTATGTCTACACAAA
Found at i:324970 original size:358 final size:355
Alignment explanation
Indices: 323198--325396 Score: 1623
Period size: 358 Copynumber: 6.2 Consensus size: 355
323188 TTACCCAACA
* *
323198 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGC
1 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *** * * *
323263 CATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATGTAAATTTACTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * * ** *
323328 TCCAAAGATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATCTAT-TTTA-TGAA-CATGTTCAAATAGT
131 TTCAAAAATTAAT-A--ACAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTTACCAAACCA-ATTCAAATAGT
* * * * *
323390 TATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAATCGTTATGCCCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTG
190 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA
* * *
323455 CTTCTATTCATAAAAACTTATT-AGGAATAAAATAATAATAA-TTATTCAA-ATTTCAAAAATCA
255 TTTCTATTCAT-AAAGCTTATTCA-GAATAAAATAATAATAATTTATT-AATATTT-AAAAATTA
* ** ** * *
323517 ATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCGAGTG
316 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAATC
* * * * **
323557 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * *
323622 CATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAAATTAATCATAATAAAATTAA-ATTAATTTATTAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA-TAATATTAATTTATTAATA
* * * * * *
323686 TTTTAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAACTAAATTTGTTTATCAGACCAACTCAAATAGTTATGA
130 TTTCAAAAATTAATAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
323750 CTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGGTATAATC-TTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
195 CTATTTGAACAATTATCTATTTC-AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC
* * * * * ** ** *
323814 T-GTCTATACAAACTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATT--T-A-
259 TATTC-ATA-AAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG
* * * * *
323874 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCCAAACC
321 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAATC
* * * ** * ***
323909 AGTTAAAATAGTTAAGACTATTAGAACAACTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTCAAT
1 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
323974 CATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * * *
324038 TTCAAAAAATTAATAAGCAAAGAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAGTACAAATAGC
131 TTC-AAAAATTAATAA-C--AG-A-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGT
* * * * *
324103 TATGACTATTTGAATAATTATC-ATTTTAATATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAGAAAA-AAT
190 TATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCA-ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* * * *
324166 TATTTC-ATTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATT
253 TATTTCTA-TTCAT-AAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTT-AAAAATT
*** * * *
324230 GGGAAGT-TGCAGA-TTAAAAACATAAATTAGTTTATCGAATC
315 AATAAGTAAG-AGATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTGTCGAATC
* * * * * * *
324271 AGTTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGAACTTTGGTTTTCT
1 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
324336 CATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCAAAA-AAAATAATAATAACTTATTAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
** * * * *** * *
324399 TTTCAAAAATTAAT-A-AG---TAGGAGAT-TATCTGTTTAATGAACCAATTCTAATAATTATGA
130 TTTCAAAAATTAATAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
324458 TTATTTGAGCAATTATATATTTCAAGTCATTATGATCTTTTGTTTTATTATAAAATAATTATTTA
195 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC
* * * * * * * *
324523 TATTCACACAAGCTTCTTTAAAATAAAATAATAATAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAATT
259 TATTCATA-AAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGT
* *
324588 AAGAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTGTTGAATC
322 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAATC
* * * * *
324622 AATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGTCCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
324687 CGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
** ** * *
324752 TTTGAAAATTAATAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATTAATTCAATTAGTTATAAC
131 TTCAAAAATTAATAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
324817 AATTTAAAAAATTATTTATTTCATATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCTTAAAATAATTATTTCT
196 TATTTGAACAATTATCTATTTCA-ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT
* * * * **
324882 ATTGATATAGTCTTATTCAGAATAAAGTACTGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
260 ATTCATAAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTA
* * * *
324947 ATAGATTTAAAAAATGAATTTGTTGGTCTG-ACC
323 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTC-GAATC
* * ** * *
324980 GGTAT-AAATAGTTATA-ACTTTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGATCTTTTATTTT
1 AGT-TCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
* * *** *
325043 GTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTGGGAATAACATAAT-TCTAATTTATTAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAA
* * * * * *** * *
325107 TATTCCAAAATTTAATAAATAAGAGATTT-AAAACTGAATTTGTTTATTGAA-GAAGTTTAAATA
128 TATTTC-AAA---AATTAATAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATA
* * ** * * **
325170 GTTATAACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCCATAACCTTTTGTTTTGTCATAAATTTT
188 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* ** * * *
325235 TTTTTTCTATTCCCACAAGCTTATTACA-ATTAAAATAATAA-AATTTATT-ATCATTCAGACAA
252 TTATTTCTATTCATA-AAGCTTATT-CAGAATAAAATAATAATAATTTATTAAT-ATTTA-AAAA
* * * * *
325297 CTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTG-CTATATA
313 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGA-ATC
* * * * *
325340 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATTATTATGA-CTTTT
1 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
325397 AAGGATTTGG
Statistics
Matches: 1432, Mismatches: 338, Indels: 140
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
349 1 0.00
350 67 0.05
351 172 0.12
352 179 0.12
353 3 0.00
354 11 0.01
355 96 0.07
356 31 0.02
357 15 0.01
358 351 0.25
359 151 0.11
360 94 0.07
361 136 0.09
362 124 0.09
363 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAATAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA
TTCATAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGA
GATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAATC
Found at i:325799 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 325474--326723 Score: 974
Period size: 181 Copynumber: 7.0 Consensus size: 181
325464 TTTAAAATTT
* * * * *
325474 CTTATTAAA-TTTTCAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTATGAGC
1 CTTA-TAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
325537 TGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATT
64 TAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
325602 GTCTTAATTGTTTAAATTGGTTCAGGAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAG
129 GTCTTAACTATTTAAATTGGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-G
* * * * * * *
325656 -TTATAAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACATGTATAAACAA
1 CTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * *
325720 AAATAATTGATTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATTGT
66 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
325785 CCTAACTATTTAAATTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
131 CTTAACTATTTAAATTGGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* ** *
325836 C---T-AATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGTGA-T
1 CTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AACT
* ** * * *
325896 AAACT-ATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATGG
65 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
325960 CCTTCA-TTTTTGAACTGATTCA-ACAAAGTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTG
130 TCTTAACTATTTAAATTGGTTCAGA-AAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * * * * * *
326011 TTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATGGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA
1 CTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * *
326076 AAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAA-GTTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAA
66 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
326140 TCATAACTATTTAAACTT-GTTTAGTAAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTG
130 TCTTAACTATTTAAA-TTGGTTCAG-AAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTG
* * * * * *
326194 CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGTATTACTTT-CTTCTAAATAAGCTTGTATGAAC
1 CTTA-TAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * ** * ** * *
326257 TGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAATCTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
64 TAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * *
326322 GTCTTAACCATTTGAACTAATTTAGTAAA-CGCATTTATTTTTTAAA--TCTT-
129 GTCTTAACTATTTAAATTGGTTCAGAAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * *
326372 -TTACT-AATTTTTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAAGCTTATATGAT
1 CTTA-TAAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
326433 CAAAAACAATTTTTTTATGACAAAA-AAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGTTAATTGTTCAAAT
63 CTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** ** ** * *
326497 AGTCATATTTATTTGAGCTT-GTTTGGTAAATATG-TTTATTTGTTTAAATTTCTTG
128 AGTCTTAACTATTT-AAATTGGTTCAGAAAATA-GATTTATTT-TTTAAATCTCTTG
* * * *
326552 CTTAATAATTTTTTG-CATGTTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTGTATGAACT
1 CTT-ATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * ** * *
326615 GAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAATGTTAGAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAG
65 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
326680 TCTTAACTATTTGAACTGGCTCGACAAAATACATTTATTTTTTA
130 TCTTAACTATTTAAATTGGTTC-AGAAAATAGATTTATTTTTTA
326724 TTATTAAATT
Statistics
Matches: 842, Mismatches: 184, Indels: 85
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 34 0.04
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177 119 0.14
178 5 0.01
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183 117 0.14
184 10 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (181 bp):
CTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA
AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CTTAACTATTTAAATTGGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTG
Found at i:326684 original size:357 final size:356
Alignment explanation
Indices: 325474--329845 Score: 2855
Period size: 357 Copynumber: 12.4 Consensus size: 356
325464 TTTAAAATTT
* ** * * * *
325474 CTTATTAAATTTTCAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTATGAGCT
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * *
325538 GAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATTG
65 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
325603 TCTTAATTGTTT-AAATTGGTTCAGGAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATAAATTTT
130 TCTTAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAA-CGATTTATTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTT
* * * * * * * * *
325667 TAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACATGTATAAACAAAAATAATTGATT
189 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCT-AAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
325732 TATGATAGAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATTGTCCTAACTATTT-
253 TATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *
325796 AAATTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-
318 AACTT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTA
* * ** *
325832 CTTACTAA-TTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGTGA-
1 CTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AAC
** * * * *
325895 T-AAACT-ATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAAT
64 TGAAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * **
325958 GGCCTTCA-TTTTTGAAC-TGATTCAACAAA-GTAATTTATTTTTTAAATCTCTTGTTTATTAAT
128 AGTCTTAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACG--ATTTATTTTTTAAA--TC-T-TTTATTAAT
* * * ** * * *
326020 TTTTGAAATATTAATAAAATGGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTG
186 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCTAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTG
** * * * * *
326085 TTTTATGACAAAACGAAAGTTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTAT
250 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
326150 TTAAACTTGTTTAGTAAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTG
315 TTGAACTTGTTTGGT-AAACAGATTTATTTTTT-AAATTTCTTA
* * * * *
326194 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGTATTACTTT-CTTCTAAATAAGCTTGTATGAACT
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * * * *
326258 GAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAATCTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
65 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** *
326323 TCTTAACCATTTGAACTAATTTAGTAAACGCATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTTTTGAAA
130 TCTTAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACG-ATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAA
* * *
326388 TATT-ATGAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATAAGCTTATATGATCAAAAACAATTTTTTTATG
194 TATTAAT-AAATTAGTATTA-TTTTATCTAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATG
* * * ** *
326452 ACAAAA-AAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGTTAATTGTTCAAATAGTCATATTTATTTGAGCT
257 ACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* *
326516 TGTTTGGTAAATATG-TTTATTTGTTTAAATTTCTTG
322 TGTTTGGTAAACA-GATTTATTT-TTTAAATTTCTTA
* * * *
326552 CTTAATAATTTTTTGCATGTTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTGTATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * *
326616 AAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAATGTTAGAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGT
66 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* *
326681 CTTAACTATTTGAAC-TG----GCT---CGA--CA------AAATAC----ATTTATTTTT----
131 CTTAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACGATTTATTTTTTAAAT-CTTTTATTAATTTTTGAAA
* * * ** *
326722 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCCAAATAAGCTAATATGA--AAAGAAGCAATTGTTCTAT
194 TATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATCTAAATAAGCTTGTATGATCAAA-AA-CAATTGTTTTAT
* * * *
326785 GACAAAAT-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTAATTGAAC
256 GACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* *
326849 TGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-
321 TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTA
*** **
326881 CTTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA--TC---T-A-----TATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
* ** * * * * *
326934 AAATAATTGCTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGA
66 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
326999 C-AAGAGTATTT-AACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCCTACCTT-TTAATTTT
131 CTTA-ACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAC-GATTTATTTTTT-AA-AT-CT--TTTATTAA-TTT
* * * * *
327061 TTG-AATATTAAT-AATTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAT-AGAAATAATTGT
188 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCT-AAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGT
* ** * * ** * * *
327123 TTGAACACAAAACAAAAGATCATAACCATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATT
251 TTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** ****
327188 AGAGTTTGCCCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTA
316 TGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTA
* *
327229 CTTATTAA-TTTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA
1 CTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * *
327293 GAAATAGTTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTCAAATAGAAAATTATTCAAATAG
65 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * *
327358 TCATAATTATTTGAA--TGTAGTTAGAAAATAAATTTATTTTTGAAATTTCTACTTATTAATTTT
130 TCTTAACTATTTGAACTTGT--TTAGTAAA-CGATTTATTTTTTAAA--TCT-TTTATTAATTTT
* * * * *
327421 TGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTTTTTGAAATAAGCTTGTATCAAT-AGAAACAATTGT
189 TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATCT-AAATAAGCTTGTAT-GATCAAAAACAATTGT
* * *
327484 TTTATAACAAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAAT-GAATAATTGTTCAAATAGTCATAACCAT
251 TTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
327548 TTGAACTTGGTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTT-TTA
315 TTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTA
* * * * *
327590 CTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACT-
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * *
327654 AATACAATTGTTTTATTACAAAA-AAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATA
66 AA-ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
327718 GT-TATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC-ATATTAATTTTTAAAATCCTTTAATT-ATTATT
129 GTCT-TAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACGAT-TT-ATTTTTTAAAT-CTTTTATTAATT-TT
* * * * *
327780 TGTCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTG
189 TG---AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATCTAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTG
* * *
327845 TTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
250 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** * *
327910 TTGAACTTACTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTA
315 TTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTA
* * * *
327952 CTTCTTAATTGTCTGAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAA-
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * *
328014 TAGAAAAAATTGTTTTATAATAAAACAAAA-GATTATAACGATTTGAAAAATATAATTGTTCAAA
64 T-GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
328078 TAATCATAAATATTTGAACTTGTTTAATAAACAGATTT-TTTTTAAAACCTCTTATTAATTTTTG
127 TAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAC-GATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTG
* * * * * * * * * *
328142 GAATGTTAATAAGTTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGGTTGTACGAAT-AGAAACAATTGATTT
191 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCT-AAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTT
* * * * *
328206 GTGATAAAATAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC---A--A----A
254 ATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* *
328262 AC---------CAACAGATTCATTTTTTAAA-TTCATTA
319 ACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTC-TTA
* * * *
328291 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTGGTATTACTTTA-TTCAAAATAAGAC-TGTATGAAC
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAG-CTTGTATGAAC
* * * *
328354 AT-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATAGTCATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCAAA
64 -TGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * *
328417 TAGT-TTAACTAATTGAACTAGTTTAGTCAACATATTTATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATT
127 TAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAC-GATTTATTTTTTAAATC--TT--TTATTAATT
* * * * *
328481 TTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TACGAATAAAGTCAT-T-TGACCAAAAACATT
187 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTA--AAT-AAG-CTTGTATGATCAAAAACAAT
* ** * * * * * *
328543 TGTTTTCTGACGGAACAAAATGT--T-ATAACTTGAAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAACT
248 TGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
328605 ATTTGCACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AATTCACCTA
313 ATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATT-TCTTA
* **
328649 CTTATT-ATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATTGGCTTGTATG-A-T
1 CTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * *
328711 GAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTGCAAAT-
65 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * * * *
328774 GACCATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAAATTGATTTATGTTTTAATTATCTAACTTATCAATC
129 G-TCTTAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAA-CGATTTATTTTTTAA--ATCT--TTTATTAATT
* * * * * * * *
328838 TTT-ATAATATCAATAAAGTAATATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTG
187 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCTAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTG
* * * *
328902 TTTTATGATAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTA
250 TTTTATGA-CAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* **
328967 TTTGAATTTGTTCAGTAAAC--A--TA-TTTTT---TTTCTTA
314 TTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTA
* * * * * *
329002 CTTATTAATTTTTTTAATGTCAAT-AATTAGTATTATTTTATTTCTAGTAAGCATGTAT-AAGCT
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-CT
** * * * * *
329065 GAAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCA-AAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
65 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
329129 ATCTTAACTATTTGAAATGGTTTGGCAACAC-ATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATGTTT
129 GTCTTAACTATTTGAACTTGTTTAGTAA-ACGATTTATTTTTTAAAT-CTT--TTATTAATTTTT
* * * * * * * *
329193 -AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTA-CTTCCAATAAGCTTGTATGAAT-ATAAATAAATGT
190 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATC-T-AAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGT
* * * * *
329255 TTTAGGACAAAAT-AAAGATCATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATT
251 TTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
329319 TGAACTGGTTTGGTAAAAAGATTTAGTTTTTAAA--T-AT-
316 TGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTA
** * **
329356 CTTATTAATTTTTAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATGAA-T
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * *
329419 AGAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAACTAGAAAATAGTTCAAATA
65 -GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
329484 GACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAATTAATCTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTT
129 GTCTTAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACGATTTATTTTTTAAATCTT----TTATTAATTTTT
* * * * * *
329549 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTCTAAACAAACTTTTATGA-CTAGAAATAATTGTTT
190 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCTAAATAAGCTTGTATGATC-AAAAACAATTGTTT
* ** * * * *
329613 TGTGGTAAAA-CAAAGGATCATAATAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
253 TATGACAAAATAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * ** **
329677 GAACTCGCTCGATAGGCAGATTTATTTTAAAAATCTT-TTA
317 GAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTA
* * * * *
329717 CTAATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAATAAGGTTTTTTGAA-T
1 CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * *
329779 AGAAACAATTAG-TCTATGACAAAAC-AAATAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
65 -GAAATAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
329842 TAGT
127 TAGT
329846 TAAACCTTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CTTAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATCTAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAA
AATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
TGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTA
Found at i:327579 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 326722--329845 Score: 2441
Period size: 361 Copynumber: 8.8 Consensus size: 361
326712 ATTTATTTTT
* * * * ** * * *
326722 TATTATTAAA-TTAGTATTATCTTAATCCAAATAAGCTAATATGAAAAGAAGCAATTGTTCTATG
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
326786 ACAAAAT-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTAATTGAAC-
66 ACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ***
326849 TGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTCAAAATATTAATAAATTA
131 TGG-TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTA
* * * * **
326910 G---TA--TTATTTT--AT---C-TATATGAACAAAAATAATTGCTTTACAACAAAACAAAAGGT
195 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * *
326964 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACA-AGAGTATTT-AACTTGTTTGGTAAACA
260 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA
* * *
327027 AATTTATTTTTTAAATATCCTACCTT-TTAATTTTTTGAA
324 AATTTA-TTTTTAAATCTTCTA-CTTATTAATTTTTAGAA
* * * * **
327066 TATTAAT-AA-TTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTGAAC
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * * * **
327129 ACAAAACAAAAGATCATAACCATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTAGAGTT
66 ACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
****
327194 TGCCCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTA
131 TGGTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTA
* * *
327259 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAGTTGGTTTATGACAAAACAAAAGGT
195 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
327324 TATAACT-ATTTCAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA--TGTAGTTAGAAAA
260 CATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT--TTGGTAAA
* *
327386 TAAATTTATTTTTGAAAT-TTCTACTTATTAATTTTTGGAA
322 CAAATTTATTTTT-AAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * *
327426 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTTTTTGAAATAAGCTTGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATA
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* *
327490 ACAAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAAT-GAATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAAC
66 ACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * *
327554 TTGGTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
130 TTGGTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATT
* * * *
327619 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTA-ATACAATTGTTTTATTACAAAA-AAAAT
194 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-
* * * *
327682 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA
257 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA
* * * * *
327747 CATATTAATTTTTAAAATCCTT-TAATTATT-ATTTGTCAAAA
322 CAAATTTATTTTT-AAAT-CTTCTACTTATTAATTT-TTAGAA
* * * * * * *
327788 TGTTAATAAA-TTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * *
327852 ACAAAATAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
66 ACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * *
327917 TACTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTCTTAATTGTCTGAATATTAATAAATTT
131 TGGTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAA-TT
* * * * *
327982 A-TTTTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATAATAAAACAAAAG
194 AGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * **
328045 ATTATAACGATTTGAAAAATATAATTGTTCAAATAATCATAAATATTTGAACTTGTTTAATAAAC
258 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* * *
328110 AGATTT-TTTTTAAAAC--CT-CTTATTAATTTTTGGAA
323 AAATTTATTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * * * *
328145 TGTTAAT-AAGTTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGGTTGTACGAATAGAAACAATTGATTTGTG
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
328209 ATAAAATAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC---A--A----AAC-
66 ACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
328264 --------CAACAGATTCATTTTTTAAAT-TCATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
131 TGGTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATT
* * *** *
328320 GGTATTACTTTATTCAAAATAAGAC-TGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATA
194 AGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-A
** * * * * * * * *
328384 -GTCATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGT-TTAACTAATTGAACTAGTTTAGTCAA
257 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA
* *
328447 CATATTTATTTTTTAAATCTGT-TACTTATTAATTTTTAAAA
322 CAAATTTA-TTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * ** * * *
328488 TATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTACGAATAAAGTCAT-T-TGACCAAAAACATTTGTTTTC
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
** * * * * * * *
328550 TGACGGAACAAAATGT--T-ATAACTTGAAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGCA
64 TGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *** *
328612 C-TAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATTCACCTACTTATTATTTTTTGAAATATTAATAAA
129 CTTGGTT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAA
** ** * * *
328676 TTAGTATTATTTTATTTCAAATTGGCTTGTATG-A-TGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA
192 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * *
328739 GTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTGCAAAT-GACCATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTA
257 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTA
*** * * *
328802 AATTGATTTATGTTTT-AAT-TATCTAACTTATCAATCTTTATAA
320 AACAAATTTAT-TTTTAAATCT-TCT-ACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * *
328845 TATCAATAAA-GTAATATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
328908 GATAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA
65 GA-CAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
328973 -TTTGTTCAGTAAAC--A--TATTTTTT---T-TCTTACTTATTAATTTTTTTAATGTCAAT-AA
129 CTTGGTT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAA
* * * * * *
329028 TTAGTATTATTTTATTTCT-AGTAAGCATGTAT-AAGCTGAAGCAATTATTTTATGACTAAACAA
192 TTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * *
329091 AAGGTCA-AAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTGAAATGGTTTGG-
255 AAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
* * * *
329154 CAACACATTTATTTTTTAAATCCT-TACTTATTAATGTTTAGAA
319 AAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * * * * *
329197 TATT-ATTAATTTAGCAATATTTTACTTCCAATAAGCTTGTATGAATATAAATAAATGTTTTAGG
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
329261 ACAAAAT-AAAGATCATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-
66 ACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
329324 TGGTTTGGTAAAAAGATTTAGTTTTTAAA---TAT-CTTATTAATTTTTAAAATAGTAATAAATT
131 TGG-TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATT
* ** * * * *
329385 AGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAATG
194 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * *
329450 TCATAATGATTTGAACTAGA-AAATAGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
259 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* * *
329514 -AATTAATCTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAAAA
323 AAATTTAT-TTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * * *
329553 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-CTCTAAACAAACTTTTATGACTAGAAATAATTGTTTTGT
1 TATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
** * * * *
329616 GGTAAAA-CAAAGGATCATAATAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
65 GACAAAATAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * ** ** *
329680 CTCGCTCGATAGGCAGATTTATTTTAAAAATCTTTTACTAATTAATTTTTGAATATTAATAAATT
129 CTTGGTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATT
* * * * * * *
329745 AATATTATTTTATTCTGAATAAGGTTTTTTGAATAGAAACAATTAG-TCTATGACAAAACAAATA
194 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAA-A
*
329809 -GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
257 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
329846 TAAACCTTAT
Statistics
Matches: 2199, Mismatches: 440, Indels: 266
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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342 1 0.00
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Consensus pattern (361 bp):
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TGGTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAA
TTTATTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAA
Found at i:327796 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 327449--329845 Score: 1765
Period size: 181 Copynumber: 13.5 Consensus size: 181
327439 ATATTATTTT
* * * * *
327449 TTTTGAAATAAGCTTGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAAGGTCAAAATGATT
1 TTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * *
327514 TGAAAT-GAATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGGTTGGTAAATAGATTCATTTT
65 TGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTT
* *
327578 TTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
129 TTAAATCCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
327631 TTTTGAATAAGCCTATATGAACTA-ATACAATTGTTTTATTACAAAA-AAAATGGTCATAACGAT
1 TTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACGAT
* * * * * *
327694 TTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTAATTTT
64 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTT
* * *** * *
327759 TAAAATCCTTTAATTATT-ATTTGTCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTA
129 TTAAATCCTTTACTTATTAATTT-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* *** * * * * * *
327812 ATCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGATTT
1 TTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * ** * *
327877 AAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTACTCGGTAAACAAATTTATTTTTT
66 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * *
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131 AAATCCTTTACTTATTAATT-TTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* * * * *
327993 -TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGATTATAACGATT
1 TTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * **
328057 TGAAAAATATAATTGTTCAAATAATCATAAATATTTGAACTTGTTTAATAAACAGA-TT-TTTTT
65 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTT
* * * * *
328120 TAAAACC--T-CTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAGTTAGAATTATGTTA
130 TAAATCCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * * * *
328169 TTTCAAATAAGGTTGTACGAATAGAAACAATTGATTTGTGATAAAATAAAAGGTTATAACGATTT
1 TTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * *
328234 AAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC---A--A----AAC---------CAACAGATTCATTTTTT
66 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * * *
328281 AAATTCATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTGGTATTACTTTA
131 AAATCCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
*** * * *
328332 TTCAAAATAAGAC-TGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATA-GTCATAACAAT
1 TTTTGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGAT
* * * * * * * *
328395 TTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGT-TTAACTAATTGAACTAGTTTAGTCAACATATTTATTTT
64 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTT
** *
328459 TTAAAT-CTGTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
129 TTAAATCCT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * ** * * * ** * *
328512 TTACGAATAAAGTCAT-T-TGACCAAAAACATTTGTTTTCTGACGGAACAAAATGTTATAAC---
1 TTTTGAAT-AAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * * *
328572 TTGAAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGCACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTT
64 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTT
* * * *
328637 TTAATTCAC-CTACTTATTATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
129 TTAAATC-CTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** ** * * * * *
328690 TTTCAAATTGGCTTGTATG-AT-GAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAATGATTT
1 TTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * ** *
328753 GAAATAGATAATTGTGCAAAT-GACCATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAAATTGATTTATGTT
66 GAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTT
* * * ** * * *
328816 TTAATTAT-C-TAACTTATCAATCTTTATAATATCAATAAAGTAATATTATTTTA
129 TTAA--ATCCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
328869 TTTT-AGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAAATAAAAGGTCATAATGA
1 TTTTGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * **
328932 TTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAAC--A--TATTT
63 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTT
* ** * *
328993 TTT---TTC-TTACTTATTAATTTTTTTAATGTCAAT-AATTAGTATTATTTTA
128 TTTAAATCCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * *
329042 TTTCT-AGTAAGCATGTAT-AAGCT-GAAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCA-AAGTG
1 TTT-TGAATAAGCTTGTATGAA--TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CG
* * * * * * *
329103 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTGAAATGGTTTGG-CAACACATTTATT
62 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATT
* * * * * *
329167 TTTTAAATCC-TTACTTATTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTA
127 TTTTAAATCCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** * * * * * * **
329221 CTTCCAATAAGCTTGTATGAATATAAATAAATGTTTTAGGACAAAA-TAAAGATCATAATAATTT
1 TTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * *
329285 GAGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAAAAGATTTAGTTTTT
66 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT
* ** *
329350 AAA---TAT-CTTATTAATTTTTAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTA
131 AAATCCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** * * * *
329397 TTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTT
1 TTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * *
329462 GAACTAGAAAATAGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-ATTAATCTTTT
66 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT
* **
329526 AAAT-CTTCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
131 AAATCCTT-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * * * ** **
329577 CTCTAAACAAACTTTTATGACTAGAAATAATTGTTTTGTGGTAAAAC-AAAGGATCATAATAATT
1 TTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACGATT
* * * * * * ** *
329641 TAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCGATAGGCAGATTTATTTTA
65 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTT
* * * *
329706 AAAATCTTTTACTAATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
130 TAAATCCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * *
329757 TTCTGAATAAGGTTTTTTGAATAGAAACAATTAG-TCTATGACAAAACAAATA-GTCATAATGAT
1 TTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGAT
* *
329820 TTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
64 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
329846 TAAACCTTAT
Statistics
Matches: 1751, Mismatches: 373, Indels: 184
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
158 6 0.00
159 1 0.00
160 10 0.01
162 1 0.00
163 105 0.06
164 1 0.00
165 1 0.00
167 4 0.00
171 9 0.01
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174 25 0.01
175 13 0.01
176 209 0.12
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179 177 0.10
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182 80 0.05
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT
AAATCCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
Found at i:329575 original size:180 final size:179
Alignment explanation
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* * * * ** *
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* ** * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * * *
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** * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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*
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* * * * * * * ** * *
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* * * *
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** * * * * *
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* *
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*
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**
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*
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*
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* * * * * * *
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Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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TAT
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* *
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* * * *
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*
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* *
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*
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* * *
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* *
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*
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**
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* **
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*
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*
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* *
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TTTTCTTTTTC
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* *
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1 TTTTTTCTTTTTGTTTT
* *
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1 TTTTTTCTTTTTGTTTT
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1 TTTTTT
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Statistics
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TTTTTTCTTTTTGTTTT
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365770 CACTTTATTG
* * *
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1 TTTTTC TTTTT
365837 TTCATGAATT
Statistics
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TTTTTC
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1 G
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GAAGCAGATTTAGGAGATCCTATTTTATGCAATTGTCTGGTCCATTT
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*
374197 TAAATTTATTAAAATTA-A
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1 TA
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Statistics
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TAAATTTAAAAAATTATA
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*
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GGTTGGGTTTGGGTTTGA
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*
381037 TGGGTTTGAGG-T
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*
381049 TGGGTTTGGGTT
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1 TGGGGTTGG
381070 ATGAGTTTTA
Statistics
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TGGGGTTGGGTT
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381805 AGTATACTTT
**
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1 TAGTCCCAAACCTTTTATTTAGGTTTCACTTTGATCTTTAATTTTTAAATTATTCTATTATAGTT
* * *
381880 CAAAACCTTTTAAAATTGTGCCAATTTGGTCCTTTCATCAAATTTTGCATAAAAATTAAAAAATT
66 -AAAACCTTTTAAAATGGTGCCAATTTGGTTCTTTAATCAAATTTTGCAT--AAA--AAAAAA-T
* * *
381945 TACAACTTAAGATAATAAATCTAAAATTATTATTTTTTCCT-T-AAAGCTAAAATATATTTATTA
125 TATAACTTAAGATAATAAATCTAAAATTATTA-TTTTTACTATCATA-CTAAAATATATTTATTA
* *
382008 GAAAATAAAT-AAAA-TTTTAAAAATTTTATGAATGAAATAGAACTATTATTTTT-TCCTTGGAT
188 GAAAATAAATAAAAACTTTT-AAAATTTTAAGAATGAAATAGAACTATCATTTTTGTCCTTGGAT
* * * * *
382070 TTAAAAATTCGGCTAAAAATTAAGAGCAATGATACTTTAGTTTCTTTCTTAATAATTTTAAAAAT
252 TTAAAAATTCAGCTGAAAATTAGGA-AAATGATACTTTAGTTTCCTTCTTAATAATTTT-AAAAT
* * * *
382135 TTTATTTTGTTTCTAATAAATACATTTTAGTATGATAGCAAAAAGCAATAATTTTGGATCCATCA
315 TTTATTTTCTTTCTAATAAAAAAATTTTAGTATGATAGCAAAAAGTAATAATTTTGGATCCATCA
* * * *
382200 TGATTTTATTTTGTTTCTTTATTCTTATTTTATCAAAATATATTTCCCTATATTTATAAATTTCG
380 TGATTTTATTTCGTTTCTTTATTCTTATTTTATCAAAATTTATTTCCCTATGTTTATAAATTTTG
* * * *
382265 ATCAAAGAATAT-AAATTCAAATAATATTATGAATAAAGCTAGAATTTCTTTAAAAACAAGGAAA
445 ATCCAAGAATATAAAATT-AAATTATATTATGAATAAAGCTAGAA----TTTAAAAAAAAAG-AA
* *
382329 GAAATGAAATATATCAAAAAATGTTTTAATACTTAATTAAACAAAAGTAAATAATAGTTAATAAT
504 GAAATGAAATATATCAAATAATGTTTTAATACTTAATTAAACAAAAGTAAATAATAATTAATAAT
* * *
382394 TTTAGAAAGTAATTTTTGTAAATTATTACTAGTATAATTTGAACCTTTCTAAAATCATGCAAATG
569 TTTAGAAAGTAATTTTTGTAAATTATTACTAGTATAATTTGAAACTCTCTAAAATTATGC-AATG
** * *
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633 CAACAC-AACAACTTATTTATTATTATAATCTCTTGAGAAAATATTTTATTATAAATAATTCATT
* * * * *
382523 CAATATCACTTAGTAAATGAGTATGATTTACTAACTATTTAAGGTTAAAATTATAGCTAAAATTA
697 CAATATCACTTAGCAAATAAGTAT-AATTCCTAACCATTTAAGGTTAAAATTATAGCTAAAATTA
*
382588 AAACTTAATTAA-TTA-A-A-ACTTTAAGTGCATTGC
761 AAAATTAATTAACTTAGATAGACTTTAAGTGCATTGC
* * *
382621 TAGTCCCAAACCTTTTAGTTAGGTATCACTTTGATCTTTTATTTTTAAATTATTCTATTATAGTC
1 TAGTCCCAAACCTTTTATTTAGGTTTCACTTTGATCTTTAATTTTTAAATTATTCTATTATAGT-
*
382686 TAAAACCTTATAAAATGGTGCCAATTTGGTTCTTTAATCAAATTTTGCATAAAAAAAAAGTTATA
65 TAAAACCTTTTAAAATGGTGCCAATTTGGTTCTTTAATCAAATTTTGCATAAAAAAAAA-TTATA
* * * * * *
382751 GCTTAAGATAATAAATCTAGAATTATCATTCTTTGCTATCGTACTAAAATATATTTATTAAAAAA
129 ACTTAAGATAATAAATCTAAAATTATTATT-TTTACTATCATACTAAAATATATTTATTAGAAAA
* * *
382816 TAAATAAAAACTTTTAAAATTTTAAAGAATGAAAGAGAACTATCATTTTTGTCTTTGGATTTCAA
193 TAAATAAAAACTTTTAAAATTTT-AAGAATGAAATAGAACTATCATTTTTGTCCTTGGATTTAAA
* * * *
382881 AATTCAACTGAAAATTATGGAAAATAATACTATAGTTTCCTTCTTAACAA-TTTAAAA-TTT-TT
257 AATTCAGCTGAAAATTA-GGAAAATGATACTTTAGTTTCCTTCTTAATAATTTTAAAATTTTATT
* * *
382943 TTCTTTCTAATAAAAAAATTTTAATATGATAACAAAAAGTAATAATTTTGGGTCCATCATGATTT
321 TTCTTTCTAATAAAAAAATTTTAGTATGATAGCAAAAAGTAATAATTTTGGATCCATCATGATTT
*
383008 TATTTCGTTTCATTATTCTTATTTTATCAAAATTTATTTCTCCTATGTTTATAAATTTTGATCCA
386 TATTTCGTTTCTTTATTCTTATTTTATCAAAATTTATTTC-CCTATGTTTATAAATTTTGATCCA
* * *
383073 AGAATATAAAATTAAATTATCTTACGAATAAAGCTAGAA-TTAAAAAAAAAGAAGAAATGAAACA
450 AGAATATAAAATTAAATTATATTATGAATAAAGCTAGAATTTAAAAAAAAAGAAGAAATGAAATA
* * * *
383137 TATTCAAATAAGGTTTTAATACTTAATTAAATAGAAGCAAATAATAATTAATAATTTTAGAAAGT
515 TA-TCAAATAATGTTTTAATACTTAATTAAACAAAAGTAAATAATAATTAATAATTTTAGAAAGT
* * * * * *
383202 AATTTATCTATATTATTACTAGCATAATTTGAAGCTCTCTAAAATTATGTCAATGCAATACAACA
579 AATTTTTGTAAATTATTACTAGTATAATTTGAAACTCTCTAAAATTATG-CAATGCAACACAACA
* *
383267 ACTTATTTTACTATTATAATCTCTTGAGAAAATATTTTATCATAAATAATTCATTCAATATCACT
643 ACTTA-TTTATTATTATAATCTCTTGAGAAAATATTTTATTATAAATAATTCATTCAATATCACT
* * * *
383332 TAGCAAATAAGTATAATTCCTTTACCATTTAAGTTTAAAATTATAGGTAGAATTGAAATCATTTT
707 TAGCAAATAAGTATAATTCC-TAACCATTTAAGGTTAAAATTATAGCTAAAATT-AAA--A----
** *
383397 ATTAATTAAGTCCTTTAGTATTTAGGTTGGTTTTAAGTGCATTGT
764 ATTAATTAA---C-TTAG-A--TA----GACTTTAAGTGCATTGC
* * * * *
383442 TAGTGCAAAACCTTTTATTTAGGTTTCACTTT-ATCGTGAATTTTTAAATTATTTTATTATAGTT
1 TAGTCCCAAACCTTTTATTTAGGTTTCACTTTGATCTTTAATTTTTAAATTATTCTATTATAG-T
** *
383506 TAAAGTCTTTTAAAATGGTGCCAATTTGG-TCTTTTAATCAAATTTTGTGTAAAAATAAGAAAAA
65 TAAAACCTTTTAAAATGGTGCCAATTTGGTTC-TTTAATCAAA-TTT-TG----CATAA-AAAAA
* *
383570 AATTATAACTTAAGATAATAGATCTAAAATTATTACTTATTACTATCATACTAAAATATATTTAT
122 AATTATAACTTAAGATAATAAATCTAAAATTATTA-TTTTTACTATCATACTAAAATATATTTAT
383635 TAGAAAATAAA-AAAAACTTTT-AAATTTCTAAGAATGAAATAGAACTATCATTTTTGTCCTTGG
186 TAGAAAATAAATAAAAACTTTTAAAATTT-TAAGAATGAAATAGAACTATCATTTTTGTCCTTGG
* * *
383698 ATTTAAAAATTCAGTTGAAAATTAGGAAAAATGATACTTTAGTTTTCTTCTTAGTAATTTTAAAA
250 ATTTAAAAATTCAGCTGAAAATTAGG-AAAATGATACTTTAGTTTCCTTCTTAATAATTTTAAAA
* * * *
383763 TTTTTATTTTCTTTCTAATAAATACAATTAT-GTATGATAGTAAAAAGTAATAATTTTGAATCCA
314 -TTTTATTTTCTTTCTAATAAA-AAAATTTTAGTATGATAGCAAAAAGTAATAATTTTGGATCCA
* * *
383827 TCATGTTTTTATTTCCTTTCTTTATTCTTATTTTATCAAATTTTATTTCCCCTATGTTTATAAAT
377 TCATGATTTTATTTCGTTTCTTTATTCTTATTTTATCAAAATTTATTT-CCCTATGTTTATAAAT
* *
383892 TTTGA--C-AG-ATGATATAAATTATATTATATTATGAAATAAAGCTATAATTTAAAAAAAAAAA
441 TTTGATCCAAGAAT-ATA-AAATTAAATTATATTATG-AATAAAGCTAGAATTT--AAAAAAAAA
* ** * * * *
383953 AAAGGAGAGATGAAATATGCCCAAATAATATTTTAATACTTAATTAAACATAAGTAAATACTAAC
501 GAA-GA-A-ATGAAATAT-ATCAAATAATGTTTTAATACTTAATTAAACAAAAGTAAATAATAAT
* * ** ** * *
384018 TACTAATTTTAG-AATTTTTTTTTGTAAATTATTACTAGTATAATTCCAAATTCTTTAAAATTAT
562 TAATAATTTTAGAAAGTAATTTTTGTAAATTATTACTAGTATAATTTGAAACTCTCTAAAATTAT
* * * * *
384082 GCCAA-CCTAACACAACAAACTTATTTATTACTAAAATCTCTTGAGACAATATTTTATTATAAGT
627 G-CAATGC-AACACAAC-AACTTATTTATTATTATAATCTCTTGAGAAAATATTTTATTATAAAT
* *
384146 AATTCATTCAAAATCACTTAGCAAATAAGTATGATTCC
689 AATTCATTCAATATCACTTAGCAAATAAGTATAATTCC
384184 CTTAAATCAT
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Matches are distributed among these distances:
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AAAACCTTTTAAAATGGTGCCAATTTGGTTCTTTAATCAAATTTTGCATAAAAAAAAATTATAAC
TTAAGATAATAAATCTAAAATTATTATTTTTACTATCATACTAAAATATATTTATTAGAAAATAA
ATAAAAACTTTTAAAATTTTAAGAATGAAATAGAACTATCATTTTTGTCCTTGGATTTAAAAATT
CAGCTGAAAATTAGGAAAATGATACTTTAGTTTCCTTCTTAATAATTTTAAAATTTTATTTTCTT
TCTAATAAAAAAATTTTAGTATGATAGCAAAAAGTAATAATTTTGGATCCATCATGATTTTATTT
CGTTTCTTTATTCTTATTTTATCAAAATTTATTTCCCTATGTTTATAAATTTTGATCCAAGAATA
TAAAATTAAATTATATTATGAATAAAGCTAGAATTTAAAAAAAAAGAAGAAATGAAATATATCAA
ATAATGTTTTAATACTTAATTAAACAAAAGTAAATAATAATTAATAATTTTAGAAAGTAATTTTT
GTAAATTATTACTAGTATAATTTGAAACTCTCTAAAATTATGCAATGCAACACAACAACTTATTT
ATTATTATAATCTCTTGAGAAAATATTTTATTATAAATAATTCATTCAATATCACTTAGCAAATA
AGTATAATTCCTAACCATTTAAGGTTAAAATTATAGCTAAAATTAAAAATTAATTAACTTAGATA
GACTTTAAGTGCATTGC
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*
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386280 TCTCTCTCTT
Statistics
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TTTTTTTTATTTTTTTC
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386237 GCCAAATCAA
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*
386255 ATTTTTTTC
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1 T
386283 CTCTCTTTCT
Statistics
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TTTTTTTTC
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*
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*
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Statistics
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* * *
387238 TTTAAAAATTTATCTTGAAAAAACTCATCTAAGCAG-AGACTCAACAAC
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** *
387286 TTTAAAAATAAATCTTGGAAAAGCTCATCTAAGTA-AAGGCTTAACAAC
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* *
387334 TTTAAAGATTTTATCTTGGAAAAGGCTCCTCTAAGTAGAAGCTCAACAAC
1 TTTAAA-AATTTATCTTGGAAAA-GCTCATCTAAGTAGAAGCTCAACAAC
387384 TTTAAAAA
1 TTTAAAAA
387392 AATTCATCTT
Statistics
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TTTAAAAATTTATCTTGGAAAAGCTCATCTAAGTAGAAGCTCAACAAC
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*
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*
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Matches are distributed among these distances:
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* * * **
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* *
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*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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*
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ATTTAATTTTATTAAAAAA
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*
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* * * *
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*
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Statistics
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AAAAATTAAAAATATTTTATAA
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* *
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*
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* * * *
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Indices: 419861--419924 Score: 92
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419851 GCTTCTCCAC
* * * *
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1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
419903 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
419925 GTTTGCTCAT
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TA
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*
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*
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*
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Matches: 47, Mismatches: 4, Indels: 7
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AATAAAAATCAATAATATAAAT
Done.