Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167982.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_24, whole genome shotgun sequence
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File 65 of 84
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* ***
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*
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* * *
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* * ***
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*
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AAAACTTTAAAGATTCTCATTTG
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* *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * **
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* ** * * * * * *** * *
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* * * * * * * * * * *
14550587 AATAG-AT-AGT-TCATGTTGGATACAAGATATTATTTC-TTTCATTTACTACAAACATCATTTC
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*** * * * * * *
14550648 TTTGTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTAGTCATTCAACTCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAA
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*
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* * *
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* * * *
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** * * * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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** * *
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* * * *
14551154 TTTCAAATCATTCAAACGTCCTCAATCGTAAAAGTATAAGTTTTTTTCACAAAGTACTAAGCAAA
1 TTT-AAATCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAA
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
14551348 TAAG-TCCTTTTCACAAAGT-TTAAAGTAAAATAGTTTGTTAC-ATTGGGATACACGATATTATT
191 TAAGTTTCTTTTCAC-AAGTACT-AAGTAAAATAGATAGTTCCTATTGGGATACAAGATATTATT
* * * * * *
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254 GCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTTTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTCGT-C
* * * * * * *
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1 TTTAAATCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAA
** **** * * * *
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66 TAGTATAACTACCATTAGGTA-A-AAGATATTGTTGCA-TTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTCTC
* * * * * **
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128 ACTTTCATTTTGTTTGGTTT--AAG-T-GTCTTTCCAGTCAGT-CAAACTTCCTCAATTGTAAAA
* * * * * * * * *
14551661 GTATAAG-TTCTTTTCATAAAATCCCAAGAAAAATAGTTTGTTACC-ATTGGGATACACGATATT
188 ATATAAGTTTCTTTTCA-CAAGTACTAAGTAAAATAGATAGTT-CCTATTGGGATACAAGATATT
* * * * * * *
14551724 GTTGCTTTCT-TTTGCTAAAAAAAACATTTCTCCCTTTCATTTTATTTTGTTTCAAAG-TCGATC
251 ATTGCTTT-TGTTTACCAAAAAAAGCATTTTTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTCG-T-
14551787 C
313 C
* * ** * * * * *
14551788 TTCAACTTGTTCAAACTTCCACCATTGTAAACA-TATATGTTCTTTGT-ACAAAGTACTAAGTAA
1 TTTAAATCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAA-AGTATAAGTTCTTT-TCACAAAGTACCAAGCAA
** * * * * * * *** * * * *
14551851 AATAG-ATAGTTTCCATCAAGATACAAGATATTATTGCTTTTGTTT-GGGATACACG-ATAT-T-
64 AATAGTATAACTACCAT-TAGGTAAAAGATATTGTTGCATTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTCTC
* * ** ** * ** ** ** * * * *
14551911 -GTTGCA-TTTGTTT-GTCGAAAAAAG-CATTTCTC--CCTTTC-ATTTTGTTTAGTT-TCAAAG
128 ACTTTCATTTTGTTTGGT--TTAAGTGTC-TTTC-CAGTCAGTCAAACTTCCTCAATTGTAAAAA
** * * * * *
14551968 TAGGT-A-TTTCCATTCGATCAAATTTACTCAATTGTAAAA-ATATATGTTCTTTACATGAAGAA
189 TA--TAAGTTTCTTTTC-A-C-AA-GTACT-AA--GTAAAATAGATA-GTTC-CTA-TTG--GGA
* * * * * ** * ** * ***
14552030 CCAATCAAAATAGGTAGTTCCTATTGGGATA-CAAGATATTG--TTACTTT-CGTTTACCA-AAA
240 --TA-CAAGATA-TTA-TTGCT-TTTGTTTACCAA-AAAAAGCATT--TTTCCCTTT--CATTTT
** * **** *
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*** ** * * ** *
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1 TTTAAATCATTCAAA-CT--TCCT-C-CATCG-T-AAAAGT-AT-AAGT--T-------------
* * * * * * * *
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* * *
14552235 TTTACTAAAAAAAGCATTTCTC-CTTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGT-TCATTTTTCAACTC-
106 TTTACCAAAAAAAGCATTTCTCAC-TTTCATTTTGTTTGGTTT--AAGTGTC---TTTCCAGTCA
* * * * * * * * *
14552297 GTTCAAACTTCCACCATTGTAAGAGTATAAG-TCCTTTTCACAAAGTACAAAGCAAAATAGTTTG
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* *** * * * * *
14552361 TT-ATCATTAACATATATGATATTATTGTTTTTGTTTACCACAAAAAA-CA-TTTTACTTTTCAT
228 TTCCT-ATTGGGATACAAGATATTATTGCTTTTGTTTACCA-AAAAAAGCATTTTTCCCTTTCAT
* *
14552423 TTTGTATGGTTTCAAAGTTGGTCC
291 TTTGTTTGGTTTCAAAGTTCGT-C
* * * * * *
14552447 TTCAACTCATTCATACTTCCTCCATCATAAACGTATAAGTTCTTTTCATAAAGTACCAAGCAAAA
1 TTTAAATCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAA
* * * * * *
14552512 TAG-AT-AGT-TC-TTGATGGGATACAAGATATTGCTG-ATTTTTTTTTTACAAAAAAAAAGCAT
66 TAGTATAACTACCATT-A--GG-TAAAAGATATTGTTGCA---TTTGTTTAC-CAAAAAAAGCAT
* * * * * * * * *
14552572 TT-TCCACTTTCATGTTGTTTGGTTTCAAAATTGGTATTTCAACTCATTCAAACATCCTTAAATG
123 TTCT-CACTTTCATTTTGTTTGGTTT---AAGT-GTCTTTCCAGTCAGTCAAACTTCCTCAATTG
* * * * * *
14552636 TAAAAGTATAAG-TTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAGTTTGTTACC-ATTGGGATACTCA
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* ** *
14552699 -ATATTGTTGCTTTTGTTT-CTTTAAAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGT
245 GATATTATTGCTTTTGTTTAC-CAAAAAAAGCATTTTTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGT
*
14552762 TGGTCC
309 TCGT-C
* * * * * * *
14552768 TTCAATTCGTTCAAACTTTCTCCATCATAAAAATATAAGTTCTTTTCAAAAAGTACCAAGCAAAA
1 TTTAAATCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAA
*** * * ** * *
14552833 TAG-ATTGTTGCCATTAGGATACACA-ATATTGTT-TTTTTCATTTACCAAAAAAGGCATTTCTT
66 TAGTATAACTACCATTAGG-TA-AAAGATATTGTTGCATTT-GTTTACCAAAAAAAGCATTTC-T
* * * * * * * * * *
14552895 C-CTTTCATTTTTTTTGCTTGAAAATTGGTCCTTCAACTC-GTTCAAACTTCTTCCATTATAAAA
127 CACTTTCATTTTGTTTGGTT--TAAGT-GTCTTTCCAGTCAG-TCAAACTTCCTCAATTGTAAAA
* ** * * *
14552958 GTATAAG-TTCTTTTCACAAAGTA-TCAAACAAAATA-ATTTGTTACC-ATTAGGATACACGATA
188 ATATAAGTTTCTTTTCAC-AAGTACT-AAGTAAAATAGA-TAGTT-CCTATTGGGATACAAGATA
* * * * ** *
14553019 TTGTTTCTTTCGTTTACCAAAAAAAGCATTTATT-CATTTCATTTCATTTTGTTTCAAAGTT-GA
249 TTATTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTT-TTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTCG-
14553082 TC
312 TC
* ** * * * * *
14553084 ATTTAACTCGCTCAAACTTCCTCTATCGTAAAAGTATAAATTCATTACACAAAGTACCAAGCCAA
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* *** * * * * * ***
14553149 ATGGT-TTGTTACCATTGGGATACATGATATTGTTGCTTTTTTTTTTTTATAAAAAAGCATTTCT
65 ATAGTATAACTACCATTAGG-TAAAAGATATTGTTGC-ATTTGTTTACCA-AAAAAAGCATTTC-
* * * *
14553213 TC-CTTTCATTTTGTTTGGTTTTAAAGTTGGTCTTTCAATTCAGTCAAACTTACTTC-ATCGTAA
126 TCACTTTCATTTTGTTTGG-TTT-AAG-T-GTCTTTCCAGTCAGTCAAACTT-CCTCAATTGTAA
* * * * * *
14553276 AAAT-CAA-TGTTCTTTACATGAAGAACTAAGCAAAATAGATAGTTTCC-ATTGGGATATAAGAT
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* * * ** ** * * *
14553338 TTTATTGCTTCTGTTTACCAAAAAAA-CATTTCTCTTTTTTGTTTTGTTTGCTTTTAAAGTTGGT
248 ATTATTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTTTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTCGT
14553402 CC
313 -C
* * * *
14553404 ATTAAGTCATTCAAACTTTCTCCATCGTAAAAGTATAAGGT-TTTTCACAAAGTACCAATGCAAA
1 TTTAAATCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAA-GCAAA
* * * * * * *
14553468 ATAG-AT-AGTTCTCATTAGGATACAAGATATCGTTTC-TTTATTTACCAACAAAAGCATTTC-C
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* * * * * * * * * **
14553529 -CTTATTTAATTTGTTTAGTTTCAAACTTGGTCATTCAACTCATTCAAACTTCCTCCATCATAAA
128 AC-T-TTCATTTTGTTTGGTTT--AA-GT-GTCTTTCCAGTCAGTCAAACTTCCTCAATTGTAAA
* * * * * * * * * * * *
14553593 AGTACAA-ATTCTTTTCTCAAAATACCAAGCAAAATAGCTTGTTACTGTTGCGATACATA-ATAT
187 AATATAAGTTTCTTTTCAC-AAGTACTAAGTAAAATAGATAGTTCCTATTGGGATACA-AGATAT
* * ** * * * * *
14553656 TGTTACTTTTGTTTATGAAAAAAAAGCATTTCTCCTTTTC-TTTTG-TTAGTTTAAAAGTT-GAA
250 TATTGCTTTTGTTTA-CCAAAAAAAGCATTTTTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTCG-T
*
14553718 A
313 C
* * * * * * * *
14553719 GTTCAA-CGTATTCAAACCTCCTCCATCATAAAAATATAAGTTATTTCCATAAAGTACCAAGCAA
1 TTTAAATC--ATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAA
** * * * * *
14553783 AAT-GCT-T-GGTACCATTACGCTACATGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAGAGCATTTCT
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* * * * * * * * **
14553845 CCCATTCTTTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGATATTTCAACTCATTCAAACTTCCTCCATCATAAAA
127 CACTTTCATTTTGTTTGGTTT--AAG-TG-TCTTTCCAGTCAGTCAAACTTCCTCAATTGTAAAA
* * * * * * *
14553910 GTATAAG-TTCTTTTCAAAAATTACCAAGTAAAATAGTTTGTTACC-ATTAGGATACAAGATATT
188 ATATAAGTTTCTTTTC-ACAAGTACTAAGTAAAATAGATAGTT-CCTATTGGGATACAAGATATT
* * * * *
14553973 GTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTTGTTTAGTTTGAAAGTTGGTCC
251 ATTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTTTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTCGT-C
* ** *
14554037 TTTAACTCATTCAAACTTCCTTTATCGTAAAAGTGTAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAA
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*** * * * **
14554102 TAGT-TTGTTACCATTGGGATACAAGATATTGATT-C-TTTCATTTACCAAAAAAAATATTTCTC
66 TAGTATAACTACCATTAGG-TAAAAGATATTG-TTGCATTT-GTTTACCAAAAAAAGCATTTCTC
* * * * * * * * * *
14554164 CCTTTCATTTTGTTTTGTTTCAAATGGTCCTTCAACTC-GCTCAAACTTCTTCCATCGTAAAAGT
128 ACTTTCATTTTGTTTGGTTT-AAGT-GTCTTTCCAGTCAG-TCAAACTTCCTCAATTGTAAAAAT
* * * * * * * * *
14554228 ATAA-ATTCATTACACAAAATACCAAGCAAAATAGTTTGTTACCGT-TT-GGATACATGATATTA
190 ATAAGTTTCTTTTCAC-AAGTACTAAGTAAAATAGATAGTT-CC-TATTGGGATACAAGATATTA
* * * * * * * *
14554290 TTTCTTTTGTTTACCAACAAAGGTAGTTCTCCCTTAT-GTTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCC
252 TTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTTTCCCTT-TCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTCGT-C
** * * * * ** * * * * * *
14554353 TCCAACTCACTCAAACCTCTTTTATCATAAAACTATAAATTCATTACACAAAGTACCCAGCAAAA
1 TTTAAATCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAA
** ** * * * *
14554418 TA--AT---T--TGTTACCTAAATGATATTGTTTCTTTTGTTTA-CGAAAAAAGTCATTTCTC-C
66 TAGTATAACTACCATTAGGTAAAAGATATTGTTGCATTTGTTTACCAAAAAAAG-CATTTCTCAC
** * * * * * *
14554474 TTTTTGTTTTGTTTGGTTTCAAAATTAGT-TCTTCAACTC-GCTCAAACTTCTTCCATAGTAAAA
130 -TTTCATTTTGTTTGGTTT---AAGT-GTCT-TTCCAGTCAG-TCAAACTTCCTCAATTGTAAAA
* * * * * * * * * *
14554537 GTATAA-ATTCATTACACAAAGTACGAAGCAAAATAGTTTGTTACC-ATTAGGATACATGATATT
188 ATATAAGTTTCTTTTCAC-AAGTACTAAGTAAAATAGATAGTT-CCTATTGGGATACAAGATATT
* * *
14554600 ATTGCTTTTGTTTACCAATAAAAGCATTTCTT-CCTTTCATTTTGTTTGATTTCAAAGTTGGTC
251 ATTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTT-TTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTCGTC
* * * *** * * * * * * ** * *
14554663 CTTCATTTGGTCAAACTTACTCCATCATAAAAATCTTTA-TTCTTTACTTGAAA-AACCAATCAA
1 TTTAAATCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGT-ATAAGTTCTTTTC-ACAAAGTACCAAGCAA
* * ** * * * * * * *
14554726 AATAG-AT-AGTTCTTGTTAGTTTAGAAGATATTGTTG-ATTTCATTTGCTAAGAACAA-TATTT
64 AATAGTATAACTAC-CATTAG-GTAAAAGATATTGTTGCATTT-GTTTACCAA-AAAAAGCATTT
* * * ** * * * **
14554787 CTTC-TTTTCACTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTTTTTTAACT-TGTTTAAACTTCCTTTATTGT
125 C-TCACTTTCATTTTGTTTGGTTT--AAG-T-GTCTTTCCAGTCAG-TCAAACTTCCTCAATTGT
* * * * ** * * **
14554850 AAAAGTGTAAG-TTCTTTTGATAAAGTAAAAAGCAAAATAGATAGTTCCCATTAAGATACAAGAT
184 AAAAATATAAGTTTCTTTTCA-CAAGTACTAAGTAAAATAGATAGTTCCTATTGGGATACAAGAT
* * * *
14554914 ATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAACA-AATATGTCTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTGAAAGTT
248 ATTATTGCTTTTGTTTACCAAAAAA-AGCAT-T-TTTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTT
*
14554978 GGTCC
310 CGT-C
* * * * * * **
14554983 TTCAACTCGTTCAAACTTCCTTCATTGTAAAAGGATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCCTGCAAAA
1 TTTAAATCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAA
* * * * * * * *
14555048 TTGT-TTATTACCATTGGGGTACACA-ATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGTATTTCTCC
66 TAGTATAACTACCATT-AGGTA-AAAGATATTGTTGCATTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTCTCA
* * * ** * *
14555111 CTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGCCATTCCATTTGGTCAAAC-TCACTCCATAGTAAAAA
129 CTTTCATTTTGTTTGGTTT--AAG-T-GTCTTTCCAGTCAGTCAAACTTC-CTCAATTGTAAAAA
* * * * * * * * ** * * *
14555175 TCTATG-TTCTTTACATAAAGAACCAAGCAAAATAGACAGTT-CTCGCTAGGATAAAAGATATTG
189 TATAAGTTTCTTTTCA-CAAGTACTAAGTAAAATAGATAGTTCCT-ATTGGGATACAAGATATTA
* * * * ** * * *
14555238 TTG-TTTTATTTGCCAAAAAAACCATTTCTCATTTTCACTTTGTTTGGTTTCAAAATTGGTCC
252 TTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTTTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTCGT-C
* * *
14555300 TTTAAATCGTTCAAACTT-CT---T--T-CAAG--T---TT-TTTT-AGCAAAGTACTAAGCAAA
1 TTTAAATCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCA-CAAAGTACCAAGCAAA
* * * ** *
14555351 ATAG-ATAA-TTCCTGTTGAGATTGAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAAAAAGCATT
65 ATAGTATAACTACC-ATT-AGGTAAAAGATATTGTTGCATTTGTTTACC----AAAAAAAGCATT
** * * * * **
14555414 TCTCTTTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCCTT-CAGCTCATTCAAACTTCTTCCATCAC
124 TCTCACTTTCATTTTGTTTGGTTT--AAG-T-GTCTTTCCAG-TCAGTCAAACTTCCTCAAT-TG
* * * * * * * *
14555478 T-AAAATATAAGTTTTTTTTCATAAAATACCAAGTGAAATAGCTCGTTACC-AGTGGGATACACA
183 TAAAAATATAAGTTTCTTTTCA-CAAGTACTAAGTAAAATAGATAGTT-CCTATTGGGATACA-A
* * * * *
14555541 -ATATTATTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAAAAACATTTCTCCCATTCTTTTTCTTTGGTTTCAAA
245 GATATTATTGCTTTTGTTTACC---AAAAAAAGCATTTTTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAA
* *
14555605 GTTGGTA
307 GTTCGTC
* * * * * * *
14555612 TTTCAACTCGTTCAAACCTCCTCTATTGTAAAAGTATAAGTTCTATTCATAAAGTACCAAGCAAA
1 TTT-AAATCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAA
*** * * * * *
14555677 ATAGT-TTGTTACCATTATGATACACA-ACATTGTTGC-TTTCGTTTACCTAAAAAACCATTTCT
65 ATAGTATAACTACCATTA-GGTA-AAAGATATTGTTGCATTT-GTTTACCAAAAAAAGCATTTCT
* * * * **
14555739 C-CTTTTCATTTTGTTT-GTTTCAAAGTTGGTATTTCAACTCATTCAAACTTTAT-ACATTGTAA
127 CAC-TTTCATTTTGTTTGGTTT--AAG-T-GTCTTTCCAGTCAGTCAAACTTCCTCA-ATTGTAA
* * * * * * ** * *
14555801 AAGTATAAGTTT-TTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAGCTTGTAACC-ATTGCAATACATGATG
186 AAATATAAGTTTCTTTTCAC-AAGTACTAAGTAAAATAGATAGT-TCCTATTGGGATACAAGATA
* * * * *
14555864 TTGTTGC-TTTGTTTACCAAAATAAGCATTTCTCCCATTC-TATTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGT
249 TTATTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTTTCCCTTTCAT-TTTGTTTGGTTTCAAAGTTCGT
*
14555927 AT
313 -C
** * * * *
14555929 TTTAGCTCTTTCAAACTTCTTCCATTGCAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAAGCAAA
1 TTTAAATCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACC-AAGCAAA
** * ** ** * * *
14555994 ATAGCT-T-GTTACC-TTTGCAGTGCACTATATTGTTGCTTTTATTTACCAAAAAAAGTATTTCT
65 ATAG-TATAACTACCATTAG--GTAAAAGATATTGTTGCATTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTCT
* * * * * * * *
14556056 CCCTTTCATTTTGTTTGGTTCCAAAGTTAGTCCTTT-AACTC-GTTCAAATTTCCTCTATTATAG
127 CACTTTCATTTTGTTTGGTT--TAAG-T-GT-CTTTCCAGTCAG-TCAAACTTCCTCAATTGTAA
* * * * * * * * *
14556119 CAGTATAAG-TTATTTTCACAAAATACTAAGCAAAATAGTTTGTTACC-ATT-GGTTACATGATA
186 AAATATAAGTTTCTTTTCAC-AAGTACTAAGTAAAATAGATAGTT-CCTATTGGGATACAAGATA
* * * * * * * *
14556181 TT-TATACTTTTGTTTACAAAAAAAAAAGCATTTCTACTTTTTATTTTGTTTGGTTTCAAAATTG
249 TTAT-TGCTTTTGTTTAC--CAAAAAAAGCATTTTTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTC
14556245 GTC
311 GTC
** * ** * * * * * * *
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1 -TTTAAATCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCAC-A-AAGTACCAAGCA
** * * * * * *
14556311 AAATAG-AT-TGTTCTCATTGAGATACAAGATATTGTTGC-TTTCATTTACCAAGAAAACCATTT
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* * * * * * **
14556373 CTC-CTATTCACTTTGTTTGGTTTCCAAGTTTGTCTTTCAACT-TGTTCAAACTTCTTCCATCAT
125 CTCACT-TTCATTTTGTTTGGTTT--AAG--TGTCTTTCCAGTCAG-TCAAACTTCCTCAATTGT
* * * * * * *
14556436 TAAAGTGTAAG-CTCTTTTCACAAAGTATTAAGCAAAATAGATAGTTTCC-ATTAGGATACAAGA
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*
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247 TATTATTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCAT-T--TTTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCA-AAG
* *
14556558 ATGGTC
308 TTCGTC
* * ** ** * * *
14556564 TTTCTACTTGTTCAAACTTATTCCAT--TATAAAGTGTAAGTTATTTTCACAAAGTACCAAGTAA
1 TTT-AAATCATTCAAACTTCCTCCATCGTA-AAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAA
* * * ** * * * *
14556627 AATGGT-TTATTACCATTGAAATACACA-ATATTGTTGCATATGTTTGA-CAAAACATGCATTT-
64 AATAGTATAACTACCATT-AGGTA-AAAGATATTGTTGCATTTGTTT-ACCAAAAAAAGCATTTC
* * * * * ** * *
14556688 TCCCCTTTCATTTTGTTTAGTTTTAAAGTAGGTCCTTCTATTTGGTCAAACTTACTCAATCGTAA
126 T-CACTTTCATTTTGTTT-GGTTT-AAGT--GTCTTTCCAGTCAGTCAAACTTCCTCAATTGTAA
* * ** * ** * *
14556753 AAATCTATG-TTCTTTAAATGAAAAACTAAG-CAAATAGATAGTTCCTATTGGGATACAAGCTAT
186 AAATATAAGTTTCTTTTCA-CAAGTACTAAGTAAAATAGATAGTTCCTATTGGGATACAAGATAT
* * * * * * *
14556816 TGTTGCTTTGGTTTACCAAAAAAGGCA-TTCTCTCCTTTTATTTTGTTTGGTTTTAAAGTTGGTC
250 TATTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTTTC-CCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTCGTC
* * * * * * * *
14556880 TTTCAACTCGTTCAAACATCATCCATTGTAAAAGTATAAGTTTTTTTTTCACAAAATACTAAGCA
1 TTT-AAATCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAG--TTCTTTTCACAAAGTACCAAGCA
** * ** * * ** *
14556945 AAATAG-ATAGTTGCTGTT-GGAATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGTGTTAC
63 AAATAGTATAACTACCATTAGG--TAAAAGATATTGTTGCATTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTC
14557008 TC-CATTTCATTTTGTTTGGTTT
126 TCAC-TTTCATTTTGTTTGGTTT
14557030 CAAAGTTGGT
Statistics
Matches: 4926, Mismatches: 1143, Indels: 863
0.71 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
303 5 0.00
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TTTACCAAAAAAAGCATTTTTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTCGTC
Found at i:14551744 original size:159 final size:158
Alignment explanation
Indices: 14550217--14557128 Score: 3908
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14550207 GTAGTTTTTA
* *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
14550502 CATTTTGTTTAGCTTCAAAGTAGGTCCTTC
129 CATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTC
* * *** * * * * *** * *
14550532 CATTTGGTCAAAC-T--T-AATCATAAAA-TATATGTTCTTTGCATGCAGAACTAAGCAAAATAG
1 AACTCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAG
* * * * ** * * * * ***
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* *
14550655 CATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTAGTCATTC
129 CATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTC
* * * * *
14550685 AACTCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAATATAAGTTTTTTTTTCACAATGTACTAAGTAAAAT
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* * * * *
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*
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* * * *
14550846 AACTCATTTAAACTTCCTCCATTGTAAAATTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGTAAAATAG
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* * * * * * * **
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66 TTAGTTACCATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACC-AAAAAAAGCA-TTTCCCCTTT
14550976 CATTTTGTTTGGTTT---A---GGTCTTTC
129 CATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTC
* * * * * * * * * * * *
14551000 CATTCAGTCAAACTTACTCAATTGTAAAAATATATGTTCTTTACACGAAGAACCAATCAAAATAG
1 AACTCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAG
* * *
14551065 GTAGTT-CCTATTAGGATACATGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTCCCCCTAT
66 TTAGTTACC-ATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTT-CCCCT-T
* *
14551129 T-TTTTTGTTT-GTTTCAAAGTTTGTCTTTC
128 TCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTC
* * * * *
14551158 AAATCATTCAAACGTCCTCAATCGTAAAAGTATAAGTTTTTTTCACAAAGTACTAAGCAAAATA-
1 AACTCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAG
* * * * * * **
14551222 TATAATTTCTATTAGG-TAAAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAATGCATTTCTCATTTT
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* *
14551286 CTTTTTGTTTGGTTTCAAAGTTAGTCTTTC
129 CATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTC
* * * * ** * *** *
14551316 TAGTCATTCAAACTTCCACTATTATAAAAGTATAAGTCCTTTTCACAAAGTTTAAAGTAAAATAG
1 AACTCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAG
* * * * * * ** *
14551381 TTTGTTA-CATTGGGATACACGATATTATTGTTTTTGTGTACCATAAAAAGCATTTTACTTTTCA
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** *
14551445 TTTTGTTTGGTTTCAAAGTTCATCCTTC
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* * * * * * *
14551473 AAATCGTTCATACTTCCTCCATCATAAAAGTATAAATTCTTTTCATAAAGTACCAAACAAAATAG
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* **** * * * * *
14551538 ATAGTTTTTGTTGGTATACAAGATATTGCTGATTTTCTTTACAAAAAAAAGCATTTCCCACTTTC
66 TTAGTTACCATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTCCC-CTTTC
* *
14551603 ACTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTATTTC
130 ATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTC
** * * * * * * *
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* * * * *
14551697 TTTGTTACCATTGGGATACACGATATTGTTGCTTTCT-TTTGCTAAAAAAAACATTTCTCCCTTT
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* * * * *
14551761 CATTTTATTTTGTTTCAAAGTCGATCCTTC
129 CATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTC
** * * * * *
14551791 AACTTGTTCAAACTTCCACCATTGTAAACA-TATATGTTCTTTGT-ACAAAGTACTAAGTAAAAT
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* * *** * *** * * * *
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* ***
14551914 GCA-TTTGTTT-G--TCGAAA-AAAG-CATTTC
128 TCATTTTGTTTGGTTTC-AAAGTTGGTC-TTTC
* * * * ** ** * * * ** *
14551941 -TCCCTTTC--ATTTTGTTTAGT-TTCAAAGTAGGT-ATTTCCATTCGATCAAATTTACTCAATT
1 AACTCATTCAAACTTCCTCCA-TCGTAAAAGTA--TAAGTTCTTTTC-A-CAAA-GTAC-CAA--
* ** * * * * * * **
14552001 GTAAAAATATATGTTCTTTA-CA-TGAAGAACCAATCAAAATAGGTAGTTCCTATTGGGATA-CA
57 G--CAAA-ATA-GTTAGTTACCATTG--GGA--TA-CAAGATA--TTGTTGCT-TTTGTTTACCA
* ** * * *** ** * **** *
14552063 AGATATTGTTACTTT--CGTTTACCA-AAAG-AAGTATTTCCCCCTATTGT-TTT-
110 A-AAAAAG-CA-TTTCCCCTTT--CATTTTGTTTG-GTTTCAAAGT-TGGTCTTTC
*** ** * ** * * * **
14552113 GTTTGTTTCAAAGTTGGTCC-T-GCAAATCGT-TCAAACTTCCTGAATCATCAAAGTATAACTTC
1 AACTCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAA-AGTAT--AAGTT-CT-TTTCA-CAAAG--T-AC--C
*** *** ** * ** * * * ** *
14552175 TTTTCACAAAGTACAAAG-TAAAATAGATAGTTCTTATTGGGTACAAGAAATTG-TTGCTTTTTT
55 -AAGCA-AAA-TAGTTAGTTACCATTGGGA-TAC--A--AGATA-TTG---TTGCTT--TTGTTT
* * ** *
14552238 ACTAAAAAAAGCATTTCTCCTTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTCATTTTTC
106 ACCAAAAAAAGCATTTC-CCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTC
* * * * * *
14552292 AACTCGTTCAAACTTCCACCATTGTAAGAGTATAAGTCCTTTTCACAAAGTACAAAGCAAAATAG
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* * *** * * * * ** *
14552357 TTTGTTATCATTAACATATATGATATTATTGTTTTTGTTTACCACAAAAAA-CATTTTACTTTTC
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* *
14552421 ATTTTGTATGGTTTCAAAGTTGGTCCTTC
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* * *
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* **
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* * **
14552676 GTTTGTTACCATTGGGATACTCA-ATATTGTTGCTTTTGTTT-CTTTAAAAAAGCATTTCTCCCT
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*
14552739 TTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCCTTC
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* * * * * *
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* * * * * *
14552836 ATT-GTTGCCATTAGGATACACA-ATATTGTT-TTTTTCATTTACCAAAAAAGGCATTTCTTCCT
66 -TTAGTTACCATTGGGATACA-AGATATTGTTGCTTTT-GTTTACCAAAAAAAGCATTTC-CCCT
* * * * *
14552898 TTCATTTT-TTTTGCTTGAAAATTGGTCCTTC
127 TTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTC
* * ** * * *
14552929 AACTCGTTCAAACTTCTTCCATTATAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTATCAAACAAAATAA
1 AACTCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAG
* * * * * ** *
14552994 TTTGTTACCATTAGGATACACGATATTGTTTCTTTCGTTTACCAAAAAAAGCATTTATTCATTTC
66 TTAGTTACCATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTT-CCCCTTTC
** * *
14553059 ATTTCATTTTGTTTCAAAGTTGATCATTT-
130 ATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTC-TTTC
** * * * * * *
14553088 AACTCGCTCAAACTTCCTCTATCGTAAAAGTATAAATTCATTACACAAAGTACCAAGCCAAATGG
1 AACTCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAG
* * * *** *
14553153 TTTGTTACCATTGGGATACATGATATTGTTGCTTTTTTTTTTTTATAAAAAAGCATTTCTTCCTT
66 TTAGTTACCATTGGGATACAAGATATTGTTGC-TTTTGTTTACCA-AAAAAAGCATTTC-CCCTT
*
14553218 TCATTTTGTTTGGTTTTAAAGTTGGTCTTTC
128 TCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTC
* * * * * ** * *
14553249 AATTCAGTCAAACTTACTTCATCGTAAAA--ATCAATGTTCTTTACATGAAGAACTAAGCAAAAT
1 AACTCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTAT-AA-GTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAAT
* * * * * * **
14553312 AGATAGTTTCCATTGGGATATAAGATTTTATTGCTTCTGTTTACCAAAAAAA-CATTTCTCTTTT
64 AGTTAGTTACCATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTC-CCCTT
** * * *
14553376 TTGTTTTGTTTGCTTTTAAAGTTGGTCCATT-
128 TCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGT-CTTTC
* * *
14553407 AAGTCATTCAAACTTTCTCCATCGTAAAAGTATAAGGT-TTTTCACAAAGTACCAATGCAAAATA
1 AACTCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAA-GCAAAATA
* * * * * * *
14553471 GATAGTT-CTCATTAGGATACAAGATATCGTTTC-TTTATTTACCAACAAAAGCATTTCCCTTAT
65 GTTAGTTAC-CATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTCCCCT-T
* * * * *
14553534 TTAATTTGTTTAGTTTCAAACTTGGTCATTC
128 TCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTC
* * * * *
14553565 AACTCATTCAAACTTCCTCCATCATAAAAGTACAAATTCTTTTCTCAAAATACCAAGCAAAATAG
1 AACTCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAG
** * * ** *
14553630 CTT-GTTACTGTTGCGATACATA-ATATTGTTACTTTTGTTTATGAAAAAAAAGCATTTCTCCTT
66 -TTAGTTACCATTGGGATACA-AGATATTGTTGCTTTTGTTTA-CCAAAAAAAGCATTTC-CCCT
* * ****
14553693 TTC-TTTTG-TTAGTTTAAAAGTTGAAAGTTC
127 TTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTC
* * * * * *
14553723 AACGT-ATTCAAACCTCCTCCATCATAAAAATATAAGTTATTTCCATAAAGTACCAAGCAAAAT-
1 AAC-TCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATA
* ** * * * *
14553786 GCTT-GGTACCATTACGCTACATGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAGAGCATTTCTCCCAT
65 G-TTAGTTACCATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTC-CCCTT
* * *
14553850 TCTTTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGATATTTC
128 TCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTC
* * * *
14553881 AACTCATTCAAACTTCCTCCATCATAAAAGTATAAGTTCTTTTCAAAAATTACCAAGTAAAATAG
1 AACTCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAG
* *
14553946 TTTGTTACCATTAGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTCTCCCTTTC
66 TTAGTTACCATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTC-CCCTTTC
* *
14554011 ATTTTGTTTAGTTTGAAAGTTGGTCCTTT-
130 ATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGT-CTTTC
** *
14554040 AACTCATTCAAACTTCCTTTATCGTAAAAGTGTAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAG
1 AACTCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAG
* ** **
14554105 TTTGTTACCATTGGGATACAAGATATTGATT-CTTTCATTTACCAAAAAAAATATTTCTCCCTTT
66 TTAGTTACCATTGGGATACAAGATATTG-TTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTC-CCCTTT
* *
14554169 CATTTTGTTTTGTTTCAAA--TGGTCCTTC
129 CATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTC
** * * * * *
14554197 AACTCGCTCAAACTTCTTCCATCGTAAAAGTATAAATTCATTACACAAAATACCAAGCAAAATAG
1 AACTCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAG
* * * * * * * * * *
14554262 TTTGTTACCGTTTGGATACATGATATTATTTCTTTTGTTTACCAACAAAGGTAGTTCTCCCTTAT
66 TTAGTTACCATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTC-CCCTT-T
* * *
14554327 -GTTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCCTCC
129 CATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTC
* * * ** * * * * * * *
14554356 AACTCACTCAAACCTCTTTTATCATAAAACTATAAATTCATTACACAAAGTACCCAGCAAAATAA
1 AACTCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAG
* * * * *
14554421 TTTGTTACC--T---A-A-ATGATATTGTTTCTTTTGTTTA-CGAAAAAAGTCATTTCTCCTTTT
66 TTAGTTACCATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAG-CATTTC-CCCTTT
** * *
14554478 TGTTTTGTTTGGTTTCAAAATTAGT-TCTTC
129 CATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCT-TTC
** * * * * * *
14554508 AACTCGCTCAAACTTCTTCCATAGTAAAAGTATAAATTCATTACACAAAGTACGAAGCAAAATAG
1 AACTCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAG
* * * * * *
14554573 TTTGTTACCATTAGGATACATGATATTATTGCTTTTGTTTACCAATAAAAGCATTTCTTCCTTTC
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* *
14554638 ATTTTGTTTGATTTCAAAGTTGGTCCTTC
130 ATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTC
* *** * * * * * * ** * *
14554667 -ATTTGGTCAAACTTACTCCATCATAAAAATCTTTA-TTCTTTACTTGAAA-AACCAATCAAAAT
1 AACTCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGT-ATAAGTTCTTTTC-ACAAAGTACCAAGCAAAAT
* ** * ** * * ** * * * * * *
14554729 AGATAGTT-CTTGTTAGTTTAGAAGATATTGTTGATTTCATTTGCTAAGAACAA-TATTTCTTCT
64 AGTTAGTTAC-CATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAA-AAAAAGCATTTC-CCC
* * *
14554792 TTTCACTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTTTTTT
126 TTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTC
** * ** * * * * **
14554825 AACTTGTTTAAACTTCCTTTATTGTAAAAGTGTAAGTTCTTTTGATAAAGTAAAAAGCAAAATAG
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* * ** *
14554890 ATAGTTCCCATTAAGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAACA-AATATGTCTCCCT
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* *
14554954 TTCATTTTGTTTGGTTTGAAAGTTGGTCCTTC
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* * * * ** *
14554986 AACTCGTTCAAACTTCCTTCATTGTAAAAGGATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCCTGCAAAATTG
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* *
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* *
14555114 TCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGCCATTC
128 TCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTC
* * *** * * * * * * *
14555145 CATTTGGTCAAAC-TCACTCCATAGTAAAAATCTATGTTCTTTACATAAAGAACCAAGCAAAATA
1 AACTCATTCAAACTTC-CTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATA
** ** * * * * * **
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65 GTTAGTTAC-CATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTC-CCCTT
* *
14555272 TCACTTTGTTTGGTTTCAAAATTGGTCCTTT-
128 TCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGT-CTTTC
* * * *
14555303 AAATCGTTCAAACTT-CT---T--T-CAAG--T---TT-TTTT-AGCAAAGTACTAAGCAAAATA
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* * * * **
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** *
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* * * * * * **
14555453 AGCTCATTCAAACTTCTTCCATCACTAAAA-TATAAGTTTTTTTTCATAAAATACCAAGTGAAAT
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* * * * *
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64 AGTTAGTTACCATTGGGATACA-AGATATTGTTGCTTTTGTTTACC---AAAAAAAGCATTTC-C
* * * *
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* * * * * *
14555616 AACTCGTTCAAACCTCCTCTATTGTAAAAGTATAAGTTCTATTCATAAAGTACCAAGCAAAATAG
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* ** * * * * *
14555681 TTTGTTACCATTATGATACACA-ACATTGTTGCTTTCGTTTACCTAAAAAACCATTTCTCCTTTT
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*
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129 CATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTC
** * * *
14555774 AACTCATTCAAACTTTATACATTGTAAAAGTATAAGTTTTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAG
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* ** * * * *
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* *
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129 CAT-TTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTC
* * * * *
14555932 AGCTCTTTCAAACTTCTTCCATTGCAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAAGCAAAATA
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* * * ** * *
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* *
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* * * ** ** * * *
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* * * * * * *
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* * *
14556220 TTTATTTTGTTTGGTTTCAAAATTGGTCATTC
127 TTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTC
* * ** * * * * * * *
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* ** * * *
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* * *
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** * * * * * **
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* * * *****
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*
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* ** ** * * * *
14556568 TACTTGTTCAAACTTATTCCAT--TATAAAGTGTAAGTTATTTTCACAAAGTACCAAGTAAAATG
1 AACTCATTCAAACTTCCTCCATCGTA-AAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATA
** * * * *
14556631 GTTTA-TTACCATTGAAATACACA-ATATTGTTGCATATGTTTGA-CAAAACATGCATTTTCCCC
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* * * *
14556693 TTTCATTTTGTTTAGTTTTAAAGTAGGTCCTTC
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* * *** * * * * * ** * * *
14556726 TATTTGGTCAAACTTACTCAATCGTAAAAATCTATGTTCTTTAAATGAAA-AACTAAGC-AAATA
1 AACTCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCA-CAAAGTACCAAGCAAAATA
* * * * *
14556789 GATAGTT-CCTATTGGGATACAAGCTATTGTTGCTTTGGTTTACCAAAAAAGGCATTCTCTCCTT
65 GTTAGTTACC-ATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATT-TCCCCTT
* *
14556853 TTATTTTGTTTGGTTTTAAAGTTGGTCTTTC
128 TCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTC
* * * * * * *
14556884 AACTCGTTCAAACATCATCCATTGTAAAAGTATAAGTTTTTTTTTCACAAAATACTAAGCAAAAT
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* * ** * ** * *
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64 AGTTAGTTACCATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTC-CCCTT
14557014 TCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCCTTT-
128 TCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGT-CTTTC
* * * * ** * *
14557045 AACTCATTCAAACTTCTTCCATCATAAGAGTATAAGCAT-TTTTCATGAAGTACAAAAC-AAATA
1 AACTCATTCAAACTTCCTCCATCGTAAAAGTATAAG-TTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATA
*
14557108 GTTTGTTACCATTGGGATACA
65 GTTAGTTACCATTGGGATACA
14557129 CATCATAGGT
Statistics
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Consensus pattern (158 bp):
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TTAGTTACCATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTCCCCTTTCA
TTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTC
Found at i:14551910 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 14551870--14551924 Score: 83
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*
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* *
14551898 GATACACGATATTGTTGCATTTGTTTG
1 GATACAAGATATTATTGCATTTGTTTG
14551925 TCGAAAAAAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GATACAAGATATTATTGCATTTGTTTGG
Found at i:14552069 original size:187 final size:187
Alignment explanation
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14551697 TTTGTTACCA
*
14551707 TTGGGATACACGATATTGTTGCTTTCTTTTGCTAAAAAAAACATTTCTCCCTTTCATTTTATTTT
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* * * * * *
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* *
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131 AAAGAACCAAGTAAAATAGATAGTTTCCATCAAGATACAAGATATTATTGCTTTTGT
* * * *
14551894 TTGGGATACACGATATTGTTGCATTT-GTTTG-TCGAAAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTTGTT
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* * * * *
14551957 TAGTTTCAAAGTAGGTATTTCCA-TTCGATCAAATTTACTCAATTGTAAAAATATATGTTC-TT-
64 TAGTTTCAAAGTAGATACTTCAACTT-GATCAAACTTACACAATTGTAAAAATATATGTTCTTTG
*
14552019 TACATGAAGAACCAA-TCAAAATAGGTAGTT
128 TACA--AAGAACCAAGT-AAAATAGATAGTT
14552049 CCTATTGGGA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 19, Indels: 12
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
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187 117 0.90
188 3 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (187 bp):
TTGGGATACACGATATTGTTGCTTTCTTTTGCTAAAAAAAACATTTCTCCCTTTCATTTTATTTA
GTTTCAAAGTAGATACTTCAACTTGATCAAACTTACACAATTGTAAAAATATATGTTCTTTGTAC
AAAGAACCAAGTAAAATAGATAGTTTCCATCAAGATACAAGATATTATTGCTTTTGT
Found at i:14556207 original size:160 final size:157
Alignment explanation
Indices: 14555377--14557128 Score: 1085
Period size: 158 Copynumber: 11.0 Consensus size: 157
14555367 GAGATTGAAG
**
14555377 ATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAAAAAGCATTTCTCTTTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAA
1 ATATTGTTGCTTTTGTTTA-C---AAAAAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAA
* * * * ** * * *
14555442 GTTGGTCCTTCAGCTCATTCAAACTTCTTCCATCACTAAAA-TATAAGTTTTTTTTCATAAAATA
62 GTTGGT-ATTTAACTCATTCAAACTTCCTCCAT-TGTAAAAGTATAAG-TTCTTTTCACAAAGTA
** * * *
14555506 CCAAGTGAAATAGCTCGTTACCAGTGGGATACACA
124 CCAAGCAAAATAGCTTGTTACCA-TTGGATACATA
* * * * *
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1 ATATTGTTGCTTTTGTTTA-C--AAAAAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAG
* * * * *
14555606 TTGGTATTTCAACTCGTTCAAACCTCCTCTATTGTAAAAGTATAAGTTCTATTCATAAAGTACCA
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* * *
14555671 AGCAAAATAGTTTGTTACCATTATGATACACA
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* * ** * *
14555703 ACATTGTTGCTTTCGTTTACCTAAAAAACCATTTCTCCTTTTCATTTTGTTT-GTTTCAAAGTTG
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** * *
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66 GTATTT-AACTCATTCAAACTTCCTCCATTGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGC
* * *
14555832 AAAATAGCTTGTAACCATTGCAATACATG
130 AAAATAGCTTGTTACCATTG-GATACATA
* * * *
14555861 ATGTTGTTGC-TTTGTTTACCAAAATAAGCATTTCTCCCATTC-TATTTGTTTGGTTTCAAAGTT
1 ATATTGTTGCTTTTGTTTACAAAAAAAAGCATTTCTCCCTTTCAT-TTTGTTTGGTTTCAAAGTT
* * * *
14555924 GGTATTTTAGCTCTTTCAAACTTCTTCCATTGCAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAA
65 GGTA-TTTAACTCATTCAAACTTCCTCCATTGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACC-AA
* * *
14555989 GCAAAATAGCTTGTTACCTTTGCAGTGCACT-
128 GCAAAATAGCTTGTTACCATTGGA-TACA-TA
* * * * *
14556020 ATATTGTTGCTTTTATTTACCAAAAAAAGTATTTCTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTCCAAAGTTA
1 ATATTGTTGCTTTTGTTTACAAAAAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTG
* * * * * ** * * *
14556085 GTCCTTTAACTCGTTCAAATTTCCTCTATTATAGCAGTATAAGTTATTTTCACAAAATACTAAGC
66 GT-ATTTAACTCATTCAAACTTCCTCCATTGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGC
* * *
14556150 AAAATAGTTTGTTACCATTGGTTACATG
130 AAAATAGCTTGTTACCATTGGATACATA
* * * * *
14556178 ATATT-TATACTTTTGTTTACAAAAAAAAAAGCATTTCTACTTTTTATTTTGTTTGGTTTCAAAA
1 ATATTGT-TGCTTTTGTTTAC--AAAAAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAG
** * ** * * * * * * *
14556242 TTGGTCATTCCATTCGGTCAAACTTACTTCATCGTAAAAATCTATGTT-TTTT-ACAAGAAGAAC
63 TTGGT-ATTTAACTCATTCAAACTTCCTCCATTGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCAC-A-AAGTAC
* *
14556305 TAAGCAAAATAGATTGTT-CTCATTGAGATACA-A
125 CAAGCAAAATAGCTTGTTAC-CATTG-GATACATA
** * * * * *
14556338 GATATTGTTGCTTTCATTTACCAAGAAAACCATTTCT-CCTATTCACTTTGTTTGGTTTCCAAGT
1 -ATATTGTTGCTTTTGTTTACAAAAAAAAGCATTTCTCCCT-TTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGT
* * ** * ** * * * **
14556402 TTGTCTTTCAACTTGTTCAAACTTCTTCCATCATTAAAGTGTAAGCTCTTTTCACAAAGTATTAA
64 TGGTATTT-AACTCATTCAAACTTCCTCCATTGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAA
* * *
14556467 GCAAAATAGATAGTTTCCATTAGGATACA-A
128 GCAAAATAGCTTGTTACCATT-GGATACATA
* ** **
14556497 GATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAA-CATGTAAT-TTTTTCATTTTGTTTGGTTT-ATAA-
1 -ATATTGTTGCTTTTGTTTACAAAAAAAAGCAT-TTCTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCA-AAG
* * * ** ** * * *
14556558 ATGGTCTTTCTACTTGTTCAAACTTATTCCATTAT-AAAGTGTAAGTTATTTTCACAAAGTACCA
63 TTGGTATTT-AACTCATTCAAACTTCCTCCATTGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCA
* * * * * *
14556622 AGTAAAATGGTTTATTACCATTGAAATACACA
127 AGCAAAATAGCTTGTTACCATTG-GATACATA
* * * * * *
14556654 ATATTGTTGCATATGTTTGAC-AAAACATGCATTT-TCCCCTTTCATTTTGTTTAGTTTTAAAGT
1 ATATTGTTGCTTTTGTTT-ACAAAAAAAAGCATTTCT-CCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGT
* * * *** * * * * * * ** * * *
14556717 AGGTCCTTCT-ATTTGGTCAAACTTACTCAATCGTAAAAATCTATGTTCTTTAAATGAAA-AACT
64 TGGT-ATT-TAACTCATTCAAACTTCCTCCATTGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCA-CAAAGTACC
* *
14556780 AAGC-AAATAGATAGTT-CCTATTGGGATACA-A
126 AAGCAAAATAGCTTGTTACC-ATT-GGATACATA
* * * * * *
14556811 GCTATTGTTGCTTTGGTTTACCAAAAAAGGCA-TTCTCTCCTTTTATTTTGTTTGGTTTTAAAGT
1 -ATATTGTTGCTTTTGTTTACAAAAAAAAGCATTTCTC-CCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGT
* * * * * * *
14556875 TGGTCTTTCAACTCGTTCAAACATCATCCATTGTAAAAGTATAAGTTTTTTTTTCACAAAATACT
64 TGGTATTT-AACTCATTCAAACTTCCTCCATTGTAAAAGTATAAG--TTCTTTTCACAAAGTACC
* * * **
14556940 AAGCAAAATAGATAGTTGCTGTTGGAATACA-A
126 AAGCAAAATAGCTTGTTACCATTGG-ATACATA
* ** * *
14556972 GATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGTGTTACTCCATTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTT
1 -ATATTGTTGCTTTTGTTTACAAAAAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTT
* * ** * * ** *
14557037 GGTCCTTTAACTCATTCAAACTTCTTCCATCATAAGAGTATAAGCAT-TTTTCATGAAGTACAAA
65 GGT-ATTTAACTCATTCAAACTTCCTCCATTGTAAAAGTATAAG-TTCTTTTCACAAAGTACCAA
* *
14557101 AC-AAATAGTTTGTTACCATTGGGATACA
128 GCAAAATAGCTTGTTACCATT-GGATACA
14557129 CATCATAGGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (157 bp):
ATATTGTTGCTTTTGTTTACAAAAAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTG
GTATTTAACTCATTCAAACTTCCTCCATTGTAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCA
AAATAGCTTGTTACCATTGGATACATA
Found at i:14556422 original size:319 final size:314
Alignment explanation
Indices: 14555403--14556525 Score: 903
Period size: 319 Copynumber: 3.5 Consensus size: 314
14555393 TTACCAAAAA
* * * * * * * *
14555403 AAAAAAGCATTTCTCTTTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCCTTCAGCTCATTCAAACTT
1 AAAAAACCATTTCTC-CTTTCATTTTGTTTGGTTTCCAAGTTAGTCTTTCAACTCGTTCAAATTT
* * * * * * * ** * * *
14555468 CTTCCATCACTAAAATATAAGTTTTTTTTCATAAAATACCAAGTGAAATAGCTCGTTACCAGTGG
65 CAT-CATTA-TAAAGTATAAG-TTATTTTCACAAAGTACTAAGCAAAATAGATTGTTACCA-TTG
** * * * * *
14555533 GATACACAATATTATTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAAAAACATTTCTCCCATTCTTTTTCTTTGG
126 GATACATGATATTGTTGCTTTTGTTTA-C-AAAAAAAAAGCATTTCTCACATTCTATTTGTTTGG
* * * * * * * * * * * *
14555598 TTTCAAAGTTGGTATTTCAACTCGTTCAAACCTCCTCTATTGTAAAAGTATAAGTTCTATTCATA
189 TTTCAAAATTGGTATTCCAGCTCGGTCAAACTTCTTCCATCGCAAAAATATAAGTTCTTTTCACA
* * * *
14555663 AAGT-ACCAAGCAAAATAGTTTGTTACCATT-ATGATACACAACATTGTTGCTTTCGTTTACC
254 AAGTAACAAAGCAAAATAGATTGTTACCATTGA-GATACA-AATATTGTTGCTTTCATTTACC
* * * *
14555724 TAAAAAACCATTTCTCCTTTTCATTTTGTTT-GTTTCAAAGTTGGTATTTCAACTCATTCAAACT
1 -AAAAAACCATTTCTCC-TTTCATTTTGTTTGGTTTCCAAGTTAGTCTTTCAACTCGTTCAAA-T
* * * * *
14555788 TT-ATACATTGTAAAAGTATAAGTTTTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAGCTTGTAACCATTG
63 TTCAT-CATTAT-AAAGTATAAGTTATTTTCACAAAGTACTAAGCAAAATAGATTGTTACCATTG
* * * * *
14555852 CAATACATGATGTTGTTGC-TTTGTTTAC-CAAAATAAGCATTTCTCCCATTCTATTTGTTTGGT
126 -GATACATGATATTGTTGCTTTTGTTTACAAAAAAAAAGCATTTCTCACATTCTATTTGTTTGGT
* ** ** * *
14555915 TTCAAAGTTGGTATTTTAGCTCTTTCAAACTTCTTCCATTGCAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAA
190 TTCAAAATTGGTATTCCAGCTCGGTCAAACTTCTTCCATCGCAAAAATATAAGTTCTTTTCACAA
* * * * * *
14555980 AGTACCAAAGCAAAATAGCTTGTTACCTTTGCAG-TGCACTATATTGTTGCTTTTATTTACC
255 AGTAACAAAGCAAAATAGATTGTTACCATTG-AGATACA-AATATTGTTGCTTTCATTTACC
**
14556041 AAAAAAAGTATTTCTCCCTTTCATTTTGTTTGG-TTCCAAAGTTAGTCCTTT-AACTCGTTCAAA
1 -AAAAAACCATTTCT-CCTTTCATTTTGTTTGGTTTCC-AAGTTAGT-CTTTCAACTCGTTCAAA
* * * *
14556104 TTTCCTCTATTATAGCAGTATAAGTTATTTTCACAAAATACTAAGCAAAATAGTTTGTTACCATT
62 TTTCATC-ATTATA-AAGTATAAGTTATTTTCACAAAGTACTAAGCAAAATAGATTGTTACCATT
* * * *
14556169 GGTTACATGATATT-TATACTTTTGTTTACAAAAAAAAAAGCATTTCT-ACTTTTTATTTTGTTT
125 GGATACATGATATTGT-TGCTTTTGTTTAC-AAAAAAAAAGCATTTCTCACATTCTA-TTTGTTT
* * * *
14556232 GGTTTCAAAATTGGTCATTCCA-TTCGGTCAAACTTACTT-CATCGTAAAAATCTATGTT-TTTT
187 GGTTTCAAAATTGGT-ATTCCAGCTCGGTCAAACTT-CTTCCATCGCAAAAATATAAGTTCTTTT
*
14556294 -ACAAGAAG-AACTAAGCAAAATAGATTGTT-CTCATTGAGATACAAGATATTGTTGCTTTCATT
250 CAC-A-AAGTAACAAAGCAAAATAGATTGTTAC-CATTGAGATACAA-ATATTGTTGCTTTCATT
14556356 TACC
311 TACC
* * * *
14556360 AAGAAAACCATTTCTCCTATTCACTTTGTTTGGTTTCCAAGTTTGTCTTTCAACTTGTTCAAACT
1 AA-AAAACCATTTCTCCT-TTCATTTTGTTTGGTTTCCAAGTTAGTCTTTCAACTCGTTCAAATT
* * * * * * * *
14556425 TCTTCCATCATTAAAGTGTAAGCTCTTTTCACAAAGTATTAAGCAAAATAGATAGTTTCCATTAG
64 TCAT-CATTA-TAAAGTATAAGTTATTTTCACAAAGTACTAAGCAAAATAGATTGTTACCATT-G
* *
14556490 GATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAA
126 GATACATGATATTGTTGCTTTTGTTTACAAAAAAAA
14556526 CATGTAATTT
Statistics
Matches: 658, Mismatches: 109, Indels: 71
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Matches are distributed among these distances:
316 90 0.14
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ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (314 bp):
AAAAAACCATTTCTCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCCAAGTTAGTCTTTCAACTCGTTCAAATTTC
ATCATTATAAAGTATAAGTTATTTTCACAAAGTACTAAGCAAAATAGATTGTTACCATTGGATAC
ATGATATTGTTGCTTTTGTTTACAAAAAAAAAGCATTTCTCACATTCTATTTGTTTGGTTTCAAA
ATTGGTATTCCAGCTCGGTCAAACTTCTTCCATCGCAAAAATATAAGTTCTTTTCACAAAGTAAC
AAAGCAAAATAGATTGTTACCATTGAGATACAAATATTGTTGCTTTCATTTACC
Found at i:14557108 original size:319 final size:314
Alignment explanation
Indices: 14551894--14557128 Score: 2891
Period size: 316 Copynumber: 16.5 Consensus size: 314
14551884 TTGCTTTTGT
* * * ** * *
14551894 TTGGGATACACGATATTGTTGCATTTGTTTGTCGAAAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTTGTTTA
1 TTGGAATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTTGTTTG
* * * * * * ** * * *
14551959 GTTTCAAAGTAGGT-ATTTCCATTCGA-TCAAATTTAC-TCAATTGTAAAAATATATGTTCTTT-
66 GTTTCAAAGTTGGTCCTTT-AACTC-ATTCAAACTT-CTTCCATCAT-AAAGTATAAGTTTTTTC
* * * * * *
14552020 ACATGAAGA-ACCAATCAAAATAGGTAGTT-CCTATTGGGATACAAGATATTGTTACTTTCGTTT
127 ACA--AA-ATACTAAGCAAAATAGATTGTTACC-ATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTT
* * * * * * *
14552083 ACCAAAAGAAGTATTTCCCCCTATTGTTTTGTTT-GTTTCAAAGTTGGTCCTGCAAATCGTTCAA
188 ACCAAAA-AAGCATTTCTCCCTTTTATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTCAACTCGTTCAA
* ** ** * * * * *
14552147 ACTTCCTGAATCATCAAAGTATAACTTCTTTTCACAAAGTACAAAGTAAAATAGATAGTT-CTTA
252 AC-TCATCCATTGTAAAAGTATAAGTTTTTTTCACAAAGTACTAAGCAAAATAGATAGTTAC-TA
* * * *
14552211 TTGG-GTACAAGAAATTGTTGC-TTT-TTTACTAAAAAAAGCATTTCTCCTTTTCATTTTGTTTG
1 TTGGAATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTTGTTTG
** * * ** ** *
14552273 GTTTCAAAGTTCAT-TTTTCAACTCGTTCAAACTTCCACCATTGTAAGAGTATAAGTCCTTTTCA
66 GTTTCAAAGTTGGTCCTTT-AACTCATTCAAACTTCTTCCATCATAA-AGTATAAGT-TTTTTCA
* * * * *** * * * *
14552337 CAAAGTACAAAGCAAAATAGTTTGTTATCATTAACATATATGATATTATTGTTTTTGTTTACCAC
128 CAAAATACTAAGCAAAATAGATTGTTACCATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCA-
* * * * * *
14552402 AAAAAACATTT-T-ACTTTTCATTTTGTATGGTTTCAAAGTTGGTCCTTCAACTCATTCATACTT
192 AAAAAGCATTTCTCCCTTTT-ATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTCAACTCGTTCAAAC-T
* ** * * * *
14552465 CCTCCATCATAAACGTATAAGTTCTTTTCATAAAGTACCAAGCAAAATAGATAGTT-CT-
255 CATCCATTGTAAAAGTATAAGTTTTTTTCACAAAGTACTAAGCAAAATAGATAGTTACTA
* * * * * *
14552523 TGATGGGATACAAGATATTGCTGATTTTTTTTTTACAAAAAAAAAGCATTT-TCCACTTTCATGT
1 T--TGGAATACAAGATATTGTTG--CTTTTGTTTAC-CAAAAAAAGCATTTCTCC-CTTTCATTT
* * * ** *
14552587 TGTTTGGTTTCAAAATTGGT-ATTTCAACTCATTCAAACATCCTTAAAT-GTAAAAGTATAAGTT
60 TGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCCTTT-AACTCATTCAAAC-TTCTTCCATCAT-AAAGTATAAGTT
* * * *
14552650 CTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAGTTTGTTACCATTGGGATACTCA-ATATTGTTGCTTTTG
122 -TTTTCACAAAATACTAAGCAAAATAGATTGTTACCATTGGGATAC-AAGATATTGTTGCTTTTG
* * * *
14552714 TTT-CTTTAAAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCCTTCAATTCGT
185 TTTAC--CAAAAAAGCATTTCTCCCTTTTATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTCAACTCGT
** * * * * *
14552778 TCAAACTTTC-TCCATCATAAAAATATAAGTTCTTTTCAAAAAGTACCAAGCAAAATAGATTGTT
248 TCAAAC--TCATCCATTGTAAAAGTATAAGTTTTTTTCACAAAGTACTAAGCAAAATAGATAGTT
* *
14552842 GCCA
311 ACTA
* * * *
14552846 TTAGG-ATACACA-ATATTGTT-TTTTTCATTTACCAAAAAAGGCATTTCTTCCTTTCATTTT-T
1 TT-GGAATACA-AGATATTGTTGCTTTT-GTTTACCAAAAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTTGT
* * * * * * *
14552907 TTTGCTTGAAAATTGGTCCTTCAACTCGTTCAAACTTCTTCCATTATAAAAGTATAAGTTCTTTT
63 TTGGTTTCAAAGTTGGTCCTTTAACTCATTCAAACTTCTTCCATCAT-AAAGTATAAGTT-TTTT
* * * * * *
14552972 CACAAAGTA-TCAAACAAAATA-ATTTGTTACCATTAGGATACACGATATTGTTTCTTTCGTTTA
126 CACAAAATACT-AAGCAAAATAGA-TTGTTACCATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTA
* * * * ** * * *
14553035 CCAAAAAAAGCATTTATTCATTTCATTTCATTTTGTTTCAAAGTTGATCATTT-AACTCGCTCAA
189 CC-AAAAAAGCATTTCTCCCTTTTATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTC-TTTCAACTCGTTCAA
* * * * ** * * * * * * *
14553099 ACTTCCTCTATCGTAAAAGTATAAATTCATTACACAAAGTACCAAGCCAAATGGTTTGTTACCA
252 AC-TCATCCATTGTAAAAGTATAAGTTTTTTTCACAAAGTACTAAGCAAAATAGATAGTTACTA
* * * *** *
14553163 TTGGGATACATGATATTGTTGCTTTTTTTTTTTTATAAAAAAGCATTTCTTCCTTTCATTTTGTT
1 TTGGAATACAAGATATTGTTGC-TTTTGTTTACCA-AAAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTTGTT
* * * * * *
14553228 TGGTTTTAAAGTTGGT-CTTTCAATTCAGTCAAACTTACTT-CATCGTAAA-AATCAATGTTCTT
64 TGGTTTCAAAGTTGGTCCTTT-AACTCATTCAAACTT-CTTCCATCATAAAGTAT-AA-GTTTTT
* * * * * *
14553290 T-ACATGAAGA-ACTAAGCAAAATAGATAGTTTCCATTGGGATATAAGATTTTATTGCTTCTGTT
125 TCACA--AA-ATACTAAGCAAAATAGATTGTTACCATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTT
* ** * * * * * *
14553353 TACCAAAAAAACATTTCTCTTTTTTGTTTTGTTTGCTTTTAAAGTTGGTCCATT-AAGTCATTCA
187 TACCAAAAAAGCATTTCTCCCTTTTATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGT-CTTTCAACTCGTTCA
* * *
14553417 AACTTTC-TCCATCGTAAAAGTATAAG-GTTTTTCACAAAGTACCAATGCAAAATAGATAGTT-C
251 AAC--TCATCCATTGTAAAAGTATAAGTTTTTTTCACAAAGTACTAA-GCAAAATAGATAGTTAC
14553479 TCA
313 T-A
* * * * * * *
14553482 TTAGG-ATACAAGATATCGTTTC-TTTATTTACCAACAAAAGCATTTC-CCTTATTTAATTTGTT
1 TT-GGAATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTCTCCCT-TTCATTTTGTT
* * * * * * *
14553544 TAGTTTCAAACTTGGTCATTCAACTCATTCAAACTTCCTCCATCATAAAAGTACAAATTCTTTTC
64 TGGTTTCAAAGTTGGTCCTTTAACTCATTCAAACTTCTTCCATCAT-AAAGTATAAGTT-TTTTC
* * * ** * *
14553609 TCAAAATACCAAGCAAAATAGCTTGTTACTGTTGCGATACATA-ATATTGTTACTTTTGTTTATG
127 ACAAAATACTAAGCAAAATAGATTGTTACCATTGGGATACA-AGATATTGTTGCTTTTGTTTA--
** * * * **** *
14553673 AAAAAAAAGCATTTCT-CCTTTTCTTTTG-TTAGTTTAAAAGTTGAAAGTTCAACGT-ATTCAAA
189 CCAAAAAAGCATTTCTCCCTTTTATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTCAAC-TCGTTCAAA
* ** * * * * * * * * *
14553735 CCTCCTCCATCATAAAAATATAAGTTATTTCCATAAAGTACCAAGCAAAAT-GCTTGGTACCA
253 -CTCATCCATTGTAAAAGTATAAGTTTTTTTCACAAAGTACTAAGCAAAATAGATAGTTACTA
* * * * * *
14553797 TTACG-CTACATGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAGAGCATTTCTCCCATTCTTTTTGTTT
1 TT-GGAATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTTGTTT
* * *
14553861 GGTTTCAAAGTTGAT-ATTTCAACTCATTCAAACTTCCTCCATCATAAAAGTATAAGTTCTTTTC
65 GGTTTCAAAGTTGGTCCTTT-AACTCATTCAAACTTCTTCCATCAT-AAAGTATAAGTT-TTTTC
* * * *
14553925 A-AAAATTACCAAGTAAAATAGTTTGTTACCATTAGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACC
127 ACAAAA-TACTAAGCAAAATAGATTGTTACCATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACC
* * * *
14553989 AAAAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTTGTTTAGTTTGAAAGTTGGTCCTTT-AACTCATTCAAAC
191 -AAAAAAGCATTTCTCCCTTTTATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGT-CTTTCAACTCGTTCAAAC
* ** * * * * * * *
14554053 TTCCTTTATCGTAAAAGTGTAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAGTTTGTTACCA
254 -TCATCCATTGTAAAAGTATAAGTTTTTTTCACAAAGTACTAAGCAAAATAGATAGTTACTA
* ** **
14554115 TTGGGATACAAGATATTGATT-CTTTCATTTACCAAAAAAAATATTTCTCCCTTTCATTTTGTTT
1 TTGGAATACAAGATATTG-TTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTTGTTT
* * ** * * * *
14554179 TGTTTCAAA--TGGTCCTTCAACTCGCTCAAACTTCTTCCATCGTAAAAGTATAAATTCATTACA
65 GGTTTCAAAGTTGGTCCTTTAACTCATTCAAACTTCTTCCATCAT-AAAGTATAAGTT-TTTTCA
* * * * * * *
14554242 CAAAATACCAAGCAAAATAGTTTGTTACCGTTTGGATACATGATATTATTTCTTTTGTTTACCAA
128 CAAAATACTAAGCAAAATAGATTGTTACCATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAA
* * * * * * * **
14554307 CAAAGGTAGTTCTCCCTTATGTTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCCTCCAACTCACTCAAACCTC
193 -AAAAGCATTTCTCCCTTTTATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTCAACTCGTTCAAA-CTC
* ** ** * * ** * ** *
14554372 TTTTATCATAAAACTATAAATTCATTACACAAAGTACCCAGCAAAATA-ATTTGTTACCTA
256 ATCCATTGTAAAAGTATAAGTTTTTTTCACAAAGTACTAAGCAAAATAGA-TAGTTA-CTA
* * * **
14554432 ----AAT----GATATTGTTTCTTTTGTTTA-CGAAAAAAGTCATTTCTCCTTTTTGTTTTGTTT
1 TTGGAATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAG-CATTTCTCCCTTTCATTTTGTTT
* * * * ** * * *
14554488 GGTTTCAAAATTAGTTCTTCAACTCGCTCAAACTTCTTCCAT-AGTAAAAGTATAAATTCATTAC
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* * * * * *
14554552 ACAAAGTACGAAGCAAAATAGTTTGTTACCATTAGGATACATGATATTATTGCTTTTGTTTACCA
127 ACAAAATACTAAGCAAAATAGATTGTTACCATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCA
* * * * * * * *
14554617 ATAAAAGCATTTCTTCCTTTCATTTTGTTTGATTTCAAAGTTGGTCCTTC-ATTTGGTCAAACTT
192 A-AAAAGCATTTCTCCCTTTTATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTCAACTCGTTCAAACTC
** * * * * * * *
14554681 ACTCCATCATAAAAATCTTTA-TTCTTTACTTGA-AAA--ACCAATCAAAATAGATAGTT-CTTG
256 A-TCCATTGTAAAAGT-ATAAGTT-TTT--TTCACAAAGTACTAAGCAAAATAGATAGTTAC-TA
* ** * * ** * * * * * * *
14554741 TTAGTTTAGAAGATATTGTTGATTTCATTTGCTAAGAACAA-TATTTCTTCTTTTCACTTTGTTT
1 TTGGAATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAA-AAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTTGTTT
** ** * * ** * *
14554805 GGTTTCAAAGTTGGTTTTTTAACTTGTTTAAACTTCCTT-TATTGTAAAAGTGTAAGTTCTTTTG
65 GGTTTCAAAGTTGGTCCTTTAACTCATTCAAACTT-CTTCCATCAT-AAAGTATAAGTT-TTTTC
* * ** * * **
14554869 ATAAAGTAAAAAGCAAAATAGATAGTTCCCATTAAGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCA
127 ACAAAATACTAAGCAAAATAGATTGTTACCATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCA
* * *
14554934 AAAAA-CAAATATGTCTCCCTTTCATTTTGTTTGGTTTGAAAGTTGGTCCTTCAACTCGTTCAAA
192 AAAAAGC--AT-T-TCTCCCTTTTATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTCAACTCGTTCAAA
* * * * *** * * *
14554998 CTTCCTTCATTGTAAAAGGATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCCTGCAAAATTGTTTA-TTACCA
253 C-TCATCCATTGTAAAAGTATAAGTTTTTTTCACAAAGTACTAAGCAAAATAG-ATAGTTACTA
** *
14555061 TTGGGGTACACA-ATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGTATTTCTCCCTTTCATTTTGTTT
1 TTGGAATACA-AGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTTGTTT
** * *** * * * * *
14555125 GGTTTCAAAGTTGG-CCATTCCATTTGGTCAAAC-TCACTCCAT-AGTAAAAATCTATGTTCTTT
65 GGTTTCAAAGTTGGTCC-TTTAACTCATTCAAACTTC-TTCCATCA-T-AAAGTATAAGTTTTTT
* * ** ** * * *
14555187 -ACATAAAGAACCAAGCAAAATAGACAGTT-CTCGCTAGGATAAAAGATATTGTTG-TTTTATTT
126 CACA-AAA-TACTAAGCAAAATAGATTGTTAC-CATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTT
* * * * * *
14555249 GCCAAAAAAACCATTTCT-CATTTTCACTTTGTTTGGTTTCAAAATTGGTCCTTT-AAATCGTTC
188 ACC-AAAAAAGCATTTCTCCCTTTT-ATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGT-CTTTCAACTCGTTC
* * *
14555312 AAACT--T-C--T-T-----T-CAAGTTTTTTT-AGCAAAGTACTAAGCAAAATAGATAATTCCT
250 AAACTCATCCATTGTAAAAGTATAAGTTTTTTTCA-CAAAGTACTAAGCAAAATAGATAGTTACT
*
14555364 G
314 A
** **
14555365 TT-GAGATTGAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAAAAAGCATTTCTCTTTTTCATTTT
1 TTGGA-ATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACC----AAAAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTT
* * *
14555429 GTTTGGTTTCAAAGTTGGTCCTTCAGCTCATTCAAACTTCTTCCATCACTAAAATATAAGTTTTT
61 GTTTGGTTTCAAAGTTGGTCCTTTAACTCATTCAAACTTCTTCCATCA-TAAAGTATAAG--TTT
* * ** * * * *
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123 TTTCACAAAATACTAAGCAAAATAGATTGTTACCATTGGGATACA-AGATATTGTTGCTTTTGTT
* * * *
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187 TACC----AAAAAAGCATTTCTCCC-TTTTATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTCAACTCG
* * * * * * * *
14555622 TTCAAACCTCCTCTATTGTAAAAGTATAAGTTCTATTCATAAAGTACCAAGCAAAATAGTTTGTT
247 TTCAAA-CTCATCCATTGTAAAAGTATAAGTTTTTTTCACAAAGTACTAAGCAAAATAGATAGTT
*
14555687 ACCA
311 ACTA
* * * * * *
14555691 TTATG-ATACACA-ACATTGTTGCTTTCGTTTACCTAAAAAACCATTTCTCCTTTTCATTTTGTT
1 TT-GGAATACA-AGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTTGTT
* * **
14555754 T-GTTTCAAAGTTGGT-ATTTCAACTCATTCAAACTT-TATACATTGTAAAAGTATAAGTTTTTT
64 TGGTTTCAAAGTTGGTCCTTT-AACTCATTCAAACTTCT-TCCATCAT-AAAGTATAAG-TTTTT
* * * * ** * *
14555816 TCACAAAGTACCAAGCAAAATAGCTTGTAACCATTGCAATACATGATGTTGTTGC-TTTGTTTAC
125 TCACAAAATACTAAGCAAAATAGATTGTTACCATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTAC
* * * * *
14555880 CAAAATAAGCATTTCTCCCATTCTA-TTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTATTTTAGCTCTTTCAAA
190 CAAAA-AAGCATTTCTCCC-TTTTATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTCAACTCGTTCAAA
* * * * * *
14555944 CTTCTTCCATTGCAAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAAGCAAAATAGCTTGTTACCT-
253 C-TCATCCATTGTAAAAGTATAAGTTTTTTTCACAAAGTA-CTAAGCAAAATAGATAGTTA-CTA
* * * ** * *
14556008 TTGCAGTGCACTATATTGTTGCTTTTATTTACCAAAAAAAGTATTTCTCCCTTTCATTTTGTTTG
1 TTGGAATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTTGTTTG
* * * * * * * *
14556073 GTTCCAAAGTTAGTCCTTTAACTCGTTCAAATTTCCTCTATTATAGCAGTATAAGTTATTTTCAC
66 GTTTCAAAGTTGGTCCTTTAACTCATTCAAACTTCTTCCATCATA-AAGTATAAGTT-TTTTCAC
* * * *
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129 AAAATACTAAGCAAAATAGATTGTTACCATTGGGATACAAGATATTGT-TGCTTTTGTTTAC---
* * * * * * * *
14556201 AAAAAAAGCATTTCTACTTTTTATTTTGTTTGGTTTCAAAATTGGTCATTCCATTCGGTCAAACT
190 CAAAAAAGCATTTCTCCCTTTTATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTCAACTCGTTCAAACT
* * * * * * * * *
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255 CA-TCCATTGTAAAAGTATAAGTTTTTTTCACA-AAGTACTAAGCAAAATAGATAGTTACT-A
** * * *
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1 TTGGA-ATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTCTCCCT-TTCATTTTGTT
* * ** * *
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64 TGGTTTCAAAGTTGGTCCTTT-AACTCATTCAAACTTCTTCCATCA-TAAAGTATAAG-TTTTTT
* * * * *
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126 CACAAAATACTAAGCAAAATAGATTGTTACCATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACC
* ** * * * *
14556519 AAAAAAACATGTAAT--TTTTTCATTTTGTTTGGTTT-ATAA-ATGGTCTTTCTACTTGTTCAAA
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* * * * * * * * *
14556580 CTTATTCCATTAT-AAAGTGTAAGTTATTTTCACAAAGTACCAAGTAAAATGGTTTA-TTACCA
253 CTCA-TCCATTGTAAAAGTATAAGTTTTTTTCACAAAGTACTAAGCAAAATAG-ATAGTTACTA
* * * * *
14556642 TTGAAATACACA-ATATTGTTGCATATGTTTGA-CAAAACATGCATTT-TCCCCTTTCATTTTGT
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* * * * *** * * * * * *
14556704 TTAGTTTTAAAGTAGGTCCTTCT-ATTTGGTCAAACTTAC-TCAATCGTAAAAATCTATGTTCTT
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* * * * *
14556767 T-AAATGAAAAACTAAGC-AAATAGATAGTT-CCTATTGGGATACAAGCTATTGTTGCTTTGGTT
125 TCACA--AAATACTAAGCAAAATAGATTGTTACC-ATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTT
*
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* *
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250 AAAC-TCATCCATTGTAAAAGTATAAG--TTTTTTTCACAAAGTACTAAGCAAAATAGATAGTTA
*
14556958 CTG
312 CTA
** * *
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1 TTGGAATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAAAAGCATTTCTCCCTTTCATTTTGTTTG
* *
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66 GTTTCAAAGTTGGTCCTTTAACTCATTCAAACTTCTTCCATCATAA-AGTATAAG-TTTTTTCAC
* * * * *
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AATACTAAGCAAAATAGATTGTTACCATTGGGATACAAGATATTGTTGCTTTTGTTTACCAAAAA
AGCATTTCTCCCTTTTATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCTTTCAACTCGTTCAAACTCATCCA
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** * * *
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* * * *
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*
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* ** * *
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* * * ***
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* * ** * * *
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** *
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129 CAC
* *
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* * * * ***
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*
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*
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* * * * * * * *
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*
14557849 CCAC
128 TCAC
* * * ** * *
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* * * * * * ** *
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65 AAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTCGTAATTAGGGTATAAGGGCATAATAGTTAATTTGGTC
14557980 AC
130 AC
* * * * * *
14557982 AAGACAATTTCTTATCATATACA-AG-AAAGGGTATTTTGC-TAATCTCATAGGGAATTATTTAG
1 ATGTCAATTTCTTATCATATA-ATGGAAAAAGGTATTTT-CATAATTTCATAGGCAATTATTTAG
* * * *
14558044 TAAATGATTATAAGAGAATA-GTTATTTTCATAATTTA---TATGAA-GGCATAATATTTAATTC
64 TAAATAATTATAAGAGAA-AGGGTATTTTCGTAA-TTAGGGTAT-AAGGGCATAATAGTTAATT-
*
14558104 AGG-CAC
125 TGGTCAC
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AATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTCGTAATTAGGGTATAAGGGCATAATAGTTAATTTGGTCA
C
Found at i:14558928 original size:20 final size:20
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* *
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1 GATCCCTTA-CATAGGGGATT
** *
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1 GATCCCTTACATAGGGGATT
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1 GATCCCTT
14558972 TTCTAGAAAA
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GATCCCTTACATAGGGGATT
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14561815 CTCTAATAAA
*
14561825 ATGATGCCTAATTTCAATATGTTTGGTTCTAGAGTGTTTAATTGGATTTTTAGTGAGATTGATGG
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*
14561918 ATGATACCTAATTTCAATATGTTTGGTTCTAGAGTGTTTAATTGGATTTTTGGTGAGATTGATGG
1 ATGATACCTAATTTCAATATGTTTGGTTCTAGAGTGTTTAATTGGATTTTTAGTGAGATTGATGG
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66 CACTAGTATTATCACATTTAATGGGAAT
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1 ATGATA
14562017 TGAGCATATT
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CACTAGTATTATCACATTTAATGGGAAT
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* *
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*
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*
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1 GATTGATCCCTTATGTAGGG
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1 GATTGATCC
14567449 TTTTCTTAGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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14567844 AAGGCCAACA
** *
14567854 GATTATTTAGTAAATTGTTATAAGAGAA-GAGGTATTTTAGTAATTATGGTATGAGGGCATAATA
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATG-GGTATTTTCGTAATTATGGTATGAGGGCATAATA
* * *
14567918 GTCTATTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATAT-ATGGAAAAGGCATTTTAGTAATTT-ATTGA
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127 GG
* * * * * *
14567983 GCTTATTTAGTAAAAAATTATAAAAGGAATGGGTGTTTTCGTAATTATGGTATGATGACATAATA
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* * ** **
14568048 GTCAATTTGACACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTCATAATTTCATAAAA
65 GTCAATTTGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCAT-AGG
* ** * *
14568113 AATT-TTTACAGTAAATAATTATAAGAGAAAT-GGTATACTTTTATAATTATGATATGA-AGCTA
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* * * * * * *
14568175 TAATAGTCAATTCGACAACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGCAATGGTAGTTTCGTAATTTC
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124 ATAGG
* * * * *
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1 -GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAG-AATGGGTATTTTCGTAATTATGGTATG-AGGGCATAA
* * * * * *
14568308 TAGTCTATTTTACCACATGTTAATTTCTTATCATATAATGAAAAAGGTATTTTGGTAATTTCATA
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14568373 GG
127 GG
* ** * * * * *
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1 -GATTATTTAGTAAATAATTAT--AAGAGAATGGGTATTTTCGTAATTATGGTATGAGGGCATAA
* * * ** * *
14568440 TAGTTCACTTAGCCACATGTTAATTTCTTATCATATAAT-GAAAGGGCATTTTACTAATTTTTAA
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14568504 AGG
126 AGG
* * * ** * *
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1 G-ATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAT-GGGTATTTTCGTAATTATGGTATGAGGGCATAAT
* * * *
14568571 AGTCAGTTTGGCCACATGTAAATTTTTTATCATATAATGGAAA--GCATTTTGGTAATTTCCTAG
64 AGTCAATTT-GCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATA-
14568634 GG
127 GG
* ** * * * *
14568636 GATTATTTAGTAAATAATTATTAGAGACGGGGTATTTTTGTAATTATGGTATAAAGGAATAATAG
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGGTATTTTCGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAG
* * * * * * ** *
14568701 TCAATTTGGCTAGAAGTCAATTTCTTATTACATAATGAAAAGATCATTTTGGTAATTTCACAGG
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* * **** *
14568765 TGACTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAA-GGGTATTTAT-GTAATTACAACATAAGGGCATAAT
1 -GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGGTATTT-TCGTAATTATGGTATGAGGGCATAAT
* * * * * *
14568828 AATCAATTTGGTCACATGTCAATTTTTTATCATATAATGAAAAGCGCATTTTGGTAAATTT-TTA
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14568892 GGG
127 -GG
* * * *
14568895 GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAG---GAGTATTTTCATAATTATGGCATGAGGGCATGATAG
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGGTATTTTCGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAG
* * * * ** *
14568957 TCCATTTGACAAAATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAATGG----TACGTAATTTCATAGAA
66 TCAATTTG-CCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATAG-G
* ** *
14569018 GATTATTTACTAAATAATTATAAGAG-ATGAGGTATTTTTATAATTATGGTATGAAGGCATAATA
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATG-GGTATTTTCGTAATTATGGTATGAGGGCATAATA
* ** * * * *
14569082 GTTC-ATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATACAATAAAAAAGGTATTTCGGTAATTTAATAG
65 G-TCAATTT-GCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATAG
14569146 G
128 G
* * ** * *
14569147 CAACTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAAGGTATTTTCGAAATTATGGTATAAGGGCATAATA
1 -GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGGTATTTTCGTAATTATGGTATGAGGGCATAATA
* * * * ** * * *
14569212 GTCAATTTGACCACATGTTAACTTCTTATTATATACTGGAAAGGATATTTTGGTATTTTTATAAT
65 GTCAATTTG-CCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCAT-AG
*
14569277 A
128 G
* ** * * ** * *
14569278 GATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAATGACTATTTTTGTAATTATAGTCCGAAGGCATAACAG
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGGTATTTTCGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAG
* * * * *
14569343 TCCATTTGCCCACGTTTCAATTTCTTATCATATATTGGAAAAGGGTATTTTGGTAATTTCATAGT
66 TCAATTTG-CCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGG-AAAGGGCATTTTGGTAATTTCATAG-
14569408 G
128 G
* * * *
14569409 GATTATTTAGCAAATAATTATATGAGAA-GGGATATTTTCATAATTATTGTATGAGGGCATAATA
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGG-TATTTTCGTAATTATGGTATGAGGGCATAATA
* * * * * * **
14569473 GTTAATTTGGCCACATGTGAATTTCTTATTATATAATGAAAAGGGCATTTTAGTAATTTAATAAA
65 GTCAATTT-GCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATAGG
* * * * * *
14569538 AAATATTTGGCAAATAATTATAAGAGAATGGGTATTTTCATAATTATGGAATGAGGGCATAATAG
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGGTATTTTCGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAG
* * * * * * *
14569603 TCATTTTGGTCACATGTCAATTTCTTATCATATAACGAAAATGGCATTTT-GAAATTTCATATGC
66 TCAATTT-GCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATA-GG
* * * * ** *
14569667 GATTATTTGGTAAATAATTGTAA-ATGAATGGGGAATTTTCGTAATTATGGTATAAACGCGTAAT
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAGA-GAAT-GGGTATTTTCGTAATTATGGTATGAGGGCATAAT
* * * * ** *
14569731 AGTCCATTTGGTCATATGTCAATTTCTTATCATATAGTGGAAAAAAGTATTTTGGTAATTTCATA
64 AGTCAATTT-GCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGG-AAAGGGCATTTTGGTAATTTCAT-
14569796 AGG
126 AGG
* * * *
14569799 GATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAATGGGTATTTTCGTAATTATGATATTAGGGCATAATAC
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGGTATTTTCGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAG
* * * * * ** ** *
14569864 TCAATTTAGTCACACGTAAATTTCTTATCATATAATAGAAAGGGTATTTTGGTTTTTTTTTTTGG
66 TCAATTT-GCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGG-TAATTTCATAGG
* * * * * ** * *
14569929 GATTATTTACTAAATAATTATAAGAGAAGGGGTATTTTCCTAGTAATTATATGAGAGCACAATAG
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGGTATTTTCGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAG
* * * * * * * *
14569994 TCCATTTGGCAACATGTCAATTTCTTCTCATATAACGAAAATGGCATTTTTGTAATTTAAAATA-
66 TCAATTT-GCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTT--CATAG
14570058 G
128 G
* * ***
14570059 AATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAA-GGGATATTTTCATAATTATGGTATGTAAAAACATAA
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGG-TATTTTCGTAATTATGGTATG--AGGGCATAA
*
14570123 TAGTTC-ATTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGATAA-GGCATTTTGGTAAGTTCA
63 TAG-TCAATTTG-CCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGA-AAGGGCATTTTGGTAATTTCA
* *
14570186 AATGC
125 TA-GG
* * * * * * *
14570191 AATTATTTAGTAAATAATTATAGGAGAAAGTGTATTTTTGTAATTATGATATGAAGGCATAATAG
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGGTATTTTCGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAG
* ** **
14570256 TCAATTTGGCCACATGTCAACTTCTTATCATATAAT-GAAAGGGTTTTTTGGTAATTTCATATAA
66 TCAATTT-GCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATA-GG
* * ** * ** *
14570320 GATTCTTTATTAAATAATTATACA-AGAATGAATATTTTCATAATTACAGTATGAAGGCATAATA
1 GATTATTTAGTAAATAATTATA-AGAGAATGGGTATTTTCGTAATTATGGTATGAGGGCATAATA
* * * * * * * *
14570384 ATCAATTTTGCCACATTTCAATTTCTTCTCATATACTAGAAAAAGGTATTTTGGTAATTTCTTAG
65 GTCAA-TTTGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAAT-GGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATAG
*
14570449 AT
128 -G
* * * * * *
14570451 GATTATTTAGTAAACAATTATAAGAAAAAGGGTATTTTTGTAATGATGGTATGAGGCCATAATAG
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGGTATTTTCGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAG
* * * * * * * **
14570516 TGAATTTGGCCAAATGTCAGTTTCTTATCATATAATGGAAAAGGTACTTTAGTAATTTCATAATA
66 TCAATTT-GCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCAT-AGG
* * * * * *
14570581 GATTATTTAGTAAATAATTATAAGACAAGGGGTATTTTTGTATTTATGATATGAGGGTATAATAG
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGGTATTTTCGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAG
** * * * *** ** * **
14570646 TCAATTTGATAACATGTCAACTTCTTACCATATAATGGATAGCATATTTTCATTATTTCATAAAA
66 TCAATTTG-CCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCAT-AGG
* * * * *
14570711 GATTATTTAGTAAATAATTAGAAAAGAATGGTTATTTTCATAATTATGGTAT-ACGAGCATAATA
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGGTATTTTCGTAATTATGGTATGA-GGGCATAATA
* * * * * ** * *
14570775 GTCCATTTGGCCATATGTCAATTTTTTATCGTATAATGGAATGAACATTCTGGTAAGTTT-AGAA
65 GTCAATTT-GCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAA-TTTCA-TA
**
14570839 AT
127 GG
* * * * * * * *
14570841 GATTATTTAGTAAAGAATTGTAAGAAAATGGGTATTTTCTTAATTATGATATAAGGGAATAGTAG
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGGTATTTTCGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAG
14570906 TC
66 TC
14570908 CACTTAGCCA
Statistics
Matches: 2327, Mismatches: 505, Indels: 185
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
122 6 0.00
123 30 0.01
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127 63 0.03
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134 2 0.00
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GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGGTATTTTCGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAG
TCAATTTGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATAGG
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Alignment explanation
Indices: 14571310--14571593 Score: 362
Period size: 146 Copynumber: 2.0 Consensus size: 145
14571300 CCTTTATGGA
* * *
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*
14571375 ATATTTCATGATTTTTGATGCATTTGAAATCACAGCAATACCTCGAGAGATGTAAAATTAGC-AA
66 ATATTTCATGATTTTTGATGCATTTGAAATCACAGCAATACCTAGAGAGATGTAAAATTA-CAAA
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130 ATACTCTTTTTAAGGG
*
14571454 TATTTTCGTAATTTGGCCTACT-CGAGCTCAAATTTTCATGAAACTTTTTC-GAATCTTAAATTT
1 TATTTTCGTAATTTGACCT-CTCCGAGCTCAAATTTTCATGAAAC-TTTTCAG-ATCTT-AATTT
* * ** * * * *
14571517 CATAATATTTCATGATTTTTGGTGCATTTGAAATTATGGTAGTACCTTAGA-AGGTGTGAAATTA
62 CATAATATTTCATGATTTTTGATGCATTTGAAATCACAGCAATACC-TAGAGAGATGTAAAATTA
14571581 CAAAATACTCTTT
126 CAAAATACTCTTT
14571594 ATGGATATTN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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147 7 0.06
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TATTTTCGTAATTTGACCTCTCCGAGCTCAAATTTTCATGAAACTTTTCAGATCTTAATTTCATA
ATATTTCATGATTTTTGATGCATTTGAAATCACAGCAATACCTAGAGAGATGTAAAATTACAAAA
TACTCTTTTTAAGGG
Found at i:14572944 original size:152 final size:154
Alignment explanation
Indices: 14572610--14573064 Score: 442
Period size: 156 Copynumber: 2.9 Consensus size: 154
14572600 NNNCCCAAAA
* * * * *
14572610 AAAAAAACATTTCTCC-CATT-TTTTCTTTGGTTTCAAAGTT-GTATTTTAACTCGTTCAAACCT
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* * * ***
14572672 CCTCTATTGTAAAAGTATATGTTCTATT--CAAAGTACCAAGCAAAATAG-TTGTTACCATTATG
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128 ATACACAACATTGTTGCTTCGTTTACC
* * * * *
14572761 TAAAAACCATTTCTCCT-TTTCATTTTGTTTGTTTCAAAGTTGGTATTTCAACTCATTCAAACTT
1 AAAAAACCATTTCTCCTCATTC-TATTGTTGGTTTCAAAGTTGGTATTTTAACTCATTCAAACTT
* * *
14572825 CATACATTGTAAAGTATAAGTTTTTTTCACAAAATACCAAGCAAAATAGCTTGTAACCATTGCAA
65 CAT-CATTGTAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAGCTTGTTACCATTGCAA
** ** *
14572890 TACATGATGTTGTTGCTTTGTTTACC
129 TACACAACATTGTTGCTTCGTTTACC
* * *
14572916 AAAATAAGCATTTCTCC-CATTCTATTTGTTGGTTTCAAAGTTGGTATTTTAGCTCTTTCAAACT
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* * * *
14572980 TCTTCCATTGCAAAAGTATAAG-TCTTTTCATAAAGTACCAAAGCAAAATAGCTTGTTACCTTTG
64 TCAT-CATTG-TAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACC-AAGCAAAATAGCTTGTTACCATTG
* * * *
14573044 CAGTGCACTATATTGTTGCTT
126 CAATACACAACATTGTTGCTT
14573065 TTTATTTACC
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 43, Indels: 20
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
151 16 0.06
152 27 0.11
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157 48 0.19
ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (154 bp):
AAAAAACCATTTCTCCTCATTCTATTGTTGGTTTCAAAGTTGGTATTTTAACTCATTCAAACTTC
ATCATTGTAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAGCTTGTTACCATTGCAATA
CACAACATTGTTGCTTCGTTTACC
Found at i:14572958 original size:156 final size:153
Alignment explanation
Indices: 14572610--14574097 Score: 543
Period size: 158 Copynumber: 9.4 Consensus size: 153
14572600 NNNCCCAAAA
* * * *
14572610 AAAAAAACATTTCTCCCATT--TTTTCTTTGGTTTCAAAGTT-GTATTTTAACTCGTTCAAACCT
1 AAAAAAGCATTTCTCCCATTCATTTT-GTTGGTTTCAAAGTTGGTATTTTAACTCATTCAAACTT
* * * ***
14572672 CCTCTATTGTAAAAGTATATGTTCTATT--CAAAGTACCAAGCAAAATAG-TTGTTACCATTATG
65 CATC-ATTGT-AAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAGCTTGTTACCATTGCA
* * *
14572734 ATACACAACATTGTTGCTTCGTTTACC
128 ATACA-TATATTGTTGCTTTGTTTACC
* * ** * *
14572761 TAAAAACCATTTCTCCTTTTCATTTTGTTTGTTTCAAAGTTGGTATTTCAACTCATTCAAACTTC
1 AAAAAAGCATTTCTCCCATTCATTTTGTTGGTTTCAAAGTTGGTATTTTAACTCATTCAAACTTC
* * *
14572826 ATACATTGTAAAGTATAAGTTTTTTTCACAAAATACCAAGCAAAATAGCTTGTAACCATTGCAAT
66 AT-CATTGTAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAGCTTGTTACCATTGCAAT
*
14572891 ACATGATGTTGTTGCTTTGTTTACC
130 ACAT-ATATTGTTGCTTTGTTTACC
* *
14572916 AAAATAAGCATTTCTCCCATTC-TATTTGTTGGTTTCAAAGTTGGTATTTTAGCTCTTTCAAACT
1 AAAA-AAGCATTTCTCCCATTCAT-TTTGTTGGTTTCAAAGTTGGTATTTTAACTCATTCAAACT
* * * *
14572980 TCTTCCATTGCAAAAGTATAAG-TCTTTTCATAAAGTACCAAAGCAAAATAGCTTGTTACCTTTG
64 TCAT-CATTG-TAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACC-AAGCAAAATAGCTTGTTACCATTG
* * *
14573044 CAGTGCACTATATTGTTGCTTTTTATTTACC
126 CAATACA-TATATTGTTGC--TTTGTTTACC
* * * * ** * *
14573075 AAAAAAAGTATTT-TCCCTTTCATTTTGTTTGGTTCCAAAGTTAGTCCTTTAACTCGTTCAAATT
1 -AAAAAAGCATTTCTCCCATTCATTTTG-TTGGTTTCAAAGTTGGTATTTTAACTCATTCAAACT
* * * ** * *
14573139 TCCTTATTATCGCCAGTATAAGTTAC-TTTCA-AAAATACTAAGCAAAATAG-TTGTT-CCATGT
64 TCATCATTGT--AAAGTATAAGTT-CTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAGCTTGTTACCAT-T
** *
14573200 G-GTTACATGATATT-TATACTTTTGTTTACC
125 GCAATACAT-ATATTGT-TGC-TTTGTTTACC
* * * * * *
14573230 AAAAAAAAAGCATTCTCTACCTTTTATTTTTGTTGG-TTCAAAAATTGGTCA-GTT--CT-TTGT
1 ---AAAAAAGCATT-TCTCCCATTCA-TTTTGTTGGTTTC-AAAGTTGGT-ATTTTAACTCAT-T
* * * * * * * * *
14573290 CAAACTTACTTCATCGTAAAATCTATTGTTCTTTACA-AGAAGAACCAAGCCCAAAATAGATAGT
58 CAAACTT-CATCATTGTAAAGTATA-AGTTCTTTTCACA-AAGTACCAAG--CAAAATAGCTTGT
* * * *
14573354 TTCTCATTGACGATTACAAGATATTGTTGCTTTCATTTACC
118 TAC-CATTG-C-AATAC-ATATATTGTTGCTTT-GTTTACC
* * * * * * * *
14573395 AAGAAAACCATTTCTCCTATTCACTTTGATTGGTTTTCCAAGTTTGTCTTTCAACTCGTTCAAAC
1 AA-AAAAGCATTTCTCCCATTCATTTTG-TTGG-TTTCAAAGTTGGTATTTTAACTCATTCAAAC
* * * ** * * * *
14573460 TTCTTCCATCAT-TAAAGTGTAAGCTCTTTTCACAAAGTATTAAACAAAATAGATAGTTTCCATT
63 TTCAT-CAT--TGTAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAGCTTGTTACCATT
* * *
14573524 AG-GATACAAGATATTGTTGCTTTTTTTTACC
125 -GCAATAC-ATATATTGTTGC-TTTGTTTACC
* * *** * * * **
14573555 AAAAAAACATGTCAT-TTTTTCATTTTGTTTGGTTTTATAA-ATGGTCTTTCT-ACTTGTTCAAA
1 AAAAAAGCATTTC-TCCCATTCATTTTG-TTGGTTTCA-AAGTTGGTATTT-TAACTCATTCAAA
* * * * *
14573617 CTT-ATTCCATTATAAAGT-TAATGTAT-TTTTCACAAAGTACCAAGTAAAATGGTTTATTACCA
62 CTTCA-T-CATTGTAAAGTATAA-GT-TCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAGCTTGTTACCA
** *
14573679 TTAAAATACATGATATTGTTGCATCTGTTTGA-C
123 TTGCAATACAT-ATATTGTTGC-TTTGTTT-ACC
* * * * * * * ***
14573712 AAAACATGCATTT-TCCCCTTTCATTTTGTTTAGTTTCAAAGTAGGTCCTTCT-ATTTGGTCAAA
1 AAAA-AAGCATTTCT-CCCATTCATTTTG-TTGGTTTCAAAGTTGGT-ATTTTAACTCATTCAAA
** * * * ** * * * * *
14573775 CTTGC-TCAATCATAAAAATCTATGTTCTTTAAATGAAA-AACCAAG-TAAATAGATAGTT-CCT
62 CTT-CATC-ATTGT-AAAGTATAAGTTCTTTTCA-CAAAGTACCAAGCAAAATAGCTTGTTACC-
** *
14573836 ATTGGGATACA-AGCTATTGTTGCTTTGGTTTACA
122 ATTGCAATACATA--TATTGTTGCTTT-GTTTACC
* * * * * * *
14573870 AAAAAAGGCATTTCTCCCTTTTATTTTGTTTGGTTTTAAAGTTGGTCTTTCAACTCGTTCAAACA
1 AAAAAA-GCATTTCTCCCATTCATTTTG-TTGGTTTCAAAGTTGGTATTTTAACTCATTCAAACT
* * * * * * *
14573935 TCATCCATTGTAAAAGTATAATTTTTTTTTTCACAAAATACTAAGCAAAATAGATAGTT-CCTGT
64 TCAT-CATTGT-AAAGTATAA--GTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAGCTTGTTACC-AT
* * *
14573999 TGGAATACAAGATATTGTTGCTTTTATTTACC
124 TGCAATAC-ATATATTGTTGC-TTTGTTTACC
** * ** *
14574031 AAAAAAAGTGTTACT-CCATTTCATTTTGTTTGGTTTCAAAGTTGGTCCTTCAACTCATTCAAAC
1 -AAAAAAGCATTTCTCCCA-TTCATTTTG-TTGGTTTCAAAGTTGGTATTTTAACTCATTCAAAC
14574095 TTC
63 TTC
14574098 TTCCATCATA
Statistics
Matches: 1020, Mismatches: 214, Indels: 196
0.71 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
151 16 0.02
152 27 0.03
153 30 0.03
154 20 0.02
155 48 0.05
156 98 0.10
157 154 0.15
158 203 0.20
159 131 0.13
160 66 0.06
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166 11 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (153 bp):
AAAAAAGCATTTCTCCCATTCATTTTGTTGGTTTCAAAGTTGGTATTTTAACTCATTCAAACTTC
ATCATTGTAAAGTATAAGTTCTTTTCACAAAGTACCAAGCAAAATAGCTTGTTACCATTGCAATA
CATATATTGTTGCTTTGTTTACC
Found at i:14573187 original size:315 final size:306
Alignment explanation
Indices: 14572617--14573192 Score: 664
Period size: 315 Copynumber: 1.9 Consensus size: 306
14572607 AAAAAAAAAA
* * *
14572617 CATTTCTCCCATTTTTTCTTTGGTTTCAAAGTTGTATTTTAACTCGTTCAAACCTCCTCTATTGT
1 CATTTCTCCCATTTTTTCGTTGGTTTCAAAGTTGTATTTTAACTCGTTCAAACCTCCTCCATTGC
*
14572682 AAAAGTATATGTTCTATTCAAAGTACCAAGCAAAATAGTTGTTACCATTATGATACACAACATTG
66 AAAAGTATAAGTTCTATTCAAAGTACCAAGCAAAATAGTTGTTACCATTATGATACACAACATTG
* * * * *
14572747 TTGCTTCGTTTACCTAAAAACCATTTCTCCTTTTCATTTTGTTTGTTTCAAAGTTGGTATTTCAA
131 TTGCTTCATTTACCAAAAAACCATTTCTCCCTTTCATTTTGTTTGTTCCAAAGTTAGTATTTCAA
* **
14572812 CTCATTCAAACTTCATACATTGTAAAGTATAAGTTTTTTTCACAAAATACCAAGCAAAATAGCTT
196 CTCATTCAAACTTCATACATCGTAAAGTATAAGTTACTTTCACAAAATACCAAGCAAAATAG-TT
14572877 GTAACCATTGCAATACATGATGTTGTTGCTTTGTTTACCAAAATAAG
260 GTAACCATTGCAATACATGATGTTGTTGCTTTGTTTACCAAAATAAG
* * * *
14572924 CATTTCTCCCATTCTATTT-GTTGGTTTCAAAGTTGGTATTTTAGCTCTTTCAAACTTCTTCCAT
1 CATTTCTCCCATT-T-TTTCGTTGGTTTCAAAGTT-GTATTTTAACTCGTTCAAACCTCCTCCAT
* *
14572988 TGCAAAAGTATAAG-TCTTTTCATAAAGTACCAAAGCAAAATAGCTTGTTACC-TT-TGCAGTGC
63 TGCAAAAGTATAAGTTCTATTC--AAAGTACC-AAGCAAAATAG-TTGTTACCATTATG-A-TAC
* * * **
14573050 ACTATATTGTTGCTTTTTATTTACCAAAAAAAGTATTT-TCCCTTTCATTTTGTTTGGTTCCAAA
122 ACAACATTGTTGC--TTCATTTACC-AAAAAACCATTTCTCCCTTTCATTTTGTTT-GTTCCAAA
* * * * * **
14573114 GTTAGTCCTTT-AACTCGTTCAAATTTCCTTATTATCG-CCAGTATAAGTTACTTTCA-AAAATA
183 GTTAGT-ATTTCAACTCATTCAAACTT-CATA-CATCGTAAAGTATAAGTTACTTTCACAAAATA
*
14573176 CTAAGCAAAATAGTTGT
245 CCAAGCAAAATAGTTGT
14573193 TCCATGTGGT
Statistics
Matches: 222, Mismatches: 31, Indels: 25
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
307 13 0.06
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309 39 0.18
310 10 0.05
311 14 0.06
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314 28 0.13
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CATTTCTCCCATTTTTTCGTTGGTTTCAAAGTTGTATTTTAACTCGTTCAAACCTCCTCCATTGC
AAAAGTATAAGTTCTATTCAAAGTACCAAGCAAAATAGTTGTTACCATTATGATACACAACATTG
TTGCTTCATTTACCAAAAAACCATTTCTCCCTTTCATTTTGTTTGTTCCAAAGTTAGTATTTCAA
CTCATTCAAACTTCATACATCGTAAAGTATAAGTTACTTTCACAAAATACCAAGCAAAATAGTTG
TAACCATTGCAATACATGATGTTGTTGCTTTGTTTACCAAAATAAG
Found at i:14574726 original size:131 final size:132
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* ** *
14574366 ATGTCAATTGCTTATCATATAATGG--AAAAGACATTTT-AGTAATTTCTTAAGG-AATTATTTA
1 ATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAAAGGTATTTTCA-TAATTTCAT-AGGCAATTATTTA
* * * * * * ***
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64 GTAAATAATTATAAGAGAAAG-GGTATTTTCGTAATTAGGGTATGAGGGCATAATAGTTAATTTG
*
14574491 GACAC
128 GTCAC
* ** * *
14574496 ATGTCAATTTCTTATCATATAAT---AGAAAGGTCATTTTGGTAATTTTAT-GCGCAACTATTTA
1 ATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAAAGGT-ATTTTCATAATTTCATAG-GCAATTATTTA
**
14574557 GTAAATAATTATAAGAGAAAAAGTATTTGTC-TAATTAGGGTATGAGGGCATAATAGTTAATTTG
64 GTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTT-TCGTAATTAGGGTATGAGGGCATAATAGTTAATTTG
14574621 GTCAC
128 GTCAC
* *
14574626 ATGTCAATATCTTATCATATAATGGAAAAAAGG-ATTTTCATAATTTCATATGCAATTATTTAGT
1 ATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAAAGGTATTTTCATAATTTCATAGGCAATTATTTAGT
* * * * ***
14574690 AAATAATTATAACAGAAAGGGTATTTTCGTAGTTAGGGTATTAGGGCATAATAGTCT-GTTCCAT
66 AAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTCGTAATTAGGGTATGAGGGCATAATAGT-TAATTTGGT
*
14574754 TAC
130 CAC
*
14574757 ATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAAAGGTATTTTCATAATTTCATAGGCAATTATTTATT
1 ATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAAAGGTATTTTCATAATTTCATAGGCAATTATTTAGT
* * * * * * * *
14574822 ACATAATTATAAGAAAAAGGGCATAATTTCATAATTATGTTATGAGGGTATAATAGTCAAATTT-
66 AAATAATTATAAGAGAAAGGG--TATTTTCGTAATTAGGGTATGAGGGCATAATAGT-TAATTTG
*
14574886 ATCAC
128 GTCAC
* * * ** * * *
14574891 ATATCAATTTCTTATTATATAAT-G--AAAATGTCATTTTGGTAATTTCAAAGGTAATTATTTAA
1 ATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAAAGGT-ATTTTCATAATTTCATAGGCAATTATTTAG
* * * * * * * ** *
14574953 AAAATAATTAAAAGAG-AAGAGTATTTTTGTAATTACGGTATGAGGGCATACTAATCCATTTGGC
65 TAAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTCGTAATTAGGGTATGAGGGCATAATAGTTAATTTGGT
14575017 CAC
130 CAC
* * * * *
14575020 AAGAT-AATTTCTTATCATATACA---AGAAAGGGTATTTTGC-TAATCTCATAGGGAATTATTT
1 ATG-TCAATTTCTTATCATATA-ATGGAAAAAAGGTATTTT-CATAATTTCATAGGCAATTATTT
* * * * * *
14575080 AGTAAATGATTATAAGAGAATA-GTTATTTTCATAATT--TGTATGAAGGCATAATATTTAATTC
63 AGTAAATAATTATAAGAGAA-AGGGTATTTTCGTAATTAGGGTATGAGGGCATAATAGTTAATT-
*
14575142 AGG-CAC
126 TGGTCAC
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1 ATGTCAATTTCTTATCATATAATG
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Statistics
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ATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAAAGGTATTTTCATAATTTCATAGGCAATTATTTAGT
AAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTCGTAATTAGGGTATGAGGGCATAATAGTTAATTTGGTC
AC
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14574356 ATTTGGCAAT
* * * *
14574366 ATGTCAATTGCTTATCATATAATGGAAAAGA-CATTTTAGTAATTTCTTAAGGAATTATTTAGTA
1 ATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAAAGCATTTTA-TAATTTCATAAGCAATTATTTAGTA
* * * * * *
14574430 AATAATTAT-AAGAAATGAGGCATTTTCGTAAATATGGTATAAGGGAATAATAGACCATTTGGAC
65 AATAATTATAAAGAAA-G-GGTATTTTCGTAATTACGGTATAAGGGCATAATAG-TC-TTTCGAC
* * * *
14574494 ACATGTCAATTTCTTATCATATAAT-AGAAAGGTCATTTTGGTAATTTTAT-GCGCAACTATTTA
126 ACATGTCAATTTCTTATCATATAATAAAAAAGGT-ATTTT-CTAATTTCATAG-GCAATTATTTA
14574557 GTAAATAATTATAAGAGAAAA-AGTATTTGTC-TAATTAGGGTATGAGGGCATAATAGTTAATTT
188 GTAAATAATTATAAGA-AAAAGA-TATTT-TCATAATTA-GGTATGAGGGCATAATAGTTAATTT
14574620 GGTCAC
249 GGTCAC
* * *
14574626 ATGTCAATATCTTATCATATAATGGAAAAAAGGATTTTCATAATTTCATATGCAATTATTTAGTA
1 ATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAAAGCATTTT-ATAATTTCATAAGCAATTATTTAGTA
* * * * *
14574691 AATAATTATAACAGAAAGGGTATTTTCGTAGTTAGGGTATTAGGGCATAATAGTCTGTTCCATTA
65 AATAATTATAA-AGAAAGGGTATTTTCGTAATTACGGTATAAGGGCATAATAGTCT-TTCGA-CA
*
14574756 CATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAAAGGTATTTTCATAATTTCATAGGCAATTATTTAT
127 CATGTCAATTTCTTATCATATAAT--AAAAAAGGTATTTTC-TAATTTCATAGGCAATTATTTAG
* * * * *
14574821 TACATAATTATAAGAAAAAGGGCATAATTTCATAATTATGTTATGAGGGTATAATAGTCAAATTT
189 TAAATAATTATAAGAAAAA--G-ATATTTTCATAATTA-GGTATGAGGGCATAATAGT-TAATTT
*
14574886 -ATCAC
249 GGTCAC
* * * * * *
14574891 ATATCAATTTCTTATTATATAAT-G-AAAATGTCATTTTGGTAATTTCA-AAGGTAATTATTTAA
1 ATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAAAG-CATTTT-ATAATTTCATAA-GCAATTATTTAG
* * * * * * * *
14574953 AAAATAATTA-AAAGAGAAGAGTATTTTTGTAATTACGGTATGAGGGCATACTAATCCATTTGGC
63 TAAATAATTATAAAGA-AAGGGTATTTTCGTAATTACGGTATAAGGGCATAATAGT-C-TTTCGA
* * * * *
14575017 CACAAGAT-AATTTCTTATCATATACA-AGAAAGGGTATTTTGCTAATCTCATAGGGAATTATTT
125 CACATG-TCAATTTCTTATCATATA-ATAAAAAAGGTATTTT-CTAATTTCATAGGCAATTATTT
* * * * * * *
14575080 AGTAAATGATTATAAGAGAATAGTTATTTTCATAATT-TGTATGAAGGCATAATATTTAATTCAG
187 AGTAAATAATTATAAGA-AAAAGATATTTTCATAATTAGGTATGAGGGCATAATAGTTAATT-TG
14575144 G-CAC
250 GTCAC
* *
14575148 ATGTCAATTTCTTATCATATAAT-G-AAAGAGCATTTTGGTAATTTCAT
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14575195 TAAAAATTAT
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Consensus pattern (254 bp):
ATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAAAGCATTTTATAATTTCATAAGCAATTATTTAGTAA
ATAATTATAAAGAAAGGGTATTTTCGTAATTACGGTATAAGGGCATAATAGTCTTTCGACACATG
TCAATTTCTTATCATATAATAAAAAAGGTATTTTCTAATTTCATAGGCAATTATTTAGTAAATAA
TTATAAGAAAAAGATATTTTCATAATTAGGTATGAGGGCATAATAGTTAATTTGGTCAC
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14575927 TTGAACAACC
*
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* *
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*
14575978 GATTGATCCCTTATGTAGGG
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1 GATCGATC
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GATCGATCCCTTATTAGGG
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14576207 TGGTAAGGAG
*
14576217 GGGATTGATCCTTCCCTTAA
1 GGGATCGATCCTTCCCTTAA
*
14576237 GGGATCGATCCCTCCCTTAA
1 GGGATCGATCCTTCCCTTAA
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1 GGGATCGAT-CCTTCC
14576273 ATCACAGCTT
Statistics
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GGGATCGATCCTTCCCTTAA
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14576280 CTTGCACTAA
* *
14576290 ACATGTTTTGTTTTGAGAATTTG
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1 ACATATTTT-GTTTTCAGAATT
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ACATATTTTGTTTTCAGAATTTG
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14577016 GTGAACTTGT
14577026 GTTACCAGCTCATGTTGAGTTTCCTCTA
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14577054 GTTACCAGCTCATGTTGAGTTTCCTCTA
1 GTTACCAGCTCATGTTGAGTTTCCTCTA
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GTTACCAGCTCATGTTGAGTTTCCTCTA
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Indices: 14584320--14584368 Score: 64
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20
14584310 TTTAAGAGGT
*
14584320 GATTGATCCCTTACCTTAGGT
1 GATTGATCCCTTA-CTTAGGG
14584341 GATTGATCCCTTA-TGTAGGG
1 GATTGATCCCTTACT-TAGGG
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1 GATTGATC
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GATTGATCCCTTACTTAGGG
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Period size: 130 Copynumber: 23.5 Consensus size: 127
14584764 AAGGCCAACA
** * *
14584774 GATTATTTAGTAAATTGTTATAAGAGAA-GAGGTATTTT-AGTAATTATGGTATGAAGGCATAAT
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAATG-GGTATTTTCA-TAATTATGGTATGAGGGCATAAT
* * * * *
14584837 AGTCTATTTGATCACATGTCAATTTCTTATAATAT-ATGGAAAAGGCATTTTAGTAATTT-ATTG
64 AGTCAATTTG-CCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGG-AAAGGTATTTTGGTAATTTCA-T-
14584900 AGG
125 AGG
* * * * *
14584903 GCTTATTTAGTAAAAAATTATAAAAGGAATGGGTGTTTTCATAATTATGGTATGATGACATAATA
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAAA-GAATGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATA
* * * ** *
14584968 GTCAATTTGACACATGTCAATTTCTTATCATATAGTGGAAAGGGAATTTTCATAATTTCATAGA
65 GTCAATTTGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAA-GGTATTTTGGTAATTTCATAGG
* * * * *
14585032 G-TT-TTTACAGTAAATAATCATAAGAGAAAT-GGTATACTTTTATAATTATGATATGA-AGCTA
1 GATTATTT--AGTAAATAATTATAAAAG-AATGGGTAT--TTTCATAATTATGGTATGAGGGC-A
* * * *
14585093 TAATAGTCAATTCGACAACATGTCAATTTGTCAATTTCTTATCATATAATGGCAATGGTAGTTTC
60 TAATAGTCAATTTG-C--CA---C-A--TGTCAATTTCTTATCATATAATGG-AAAGGTATTTTG
*
14585158 ATAATTTCATAGG
115 GTAATTTCATAGG
* ** *
14585171 AGATTATTTAGTAAATAAATATAAAAGAAAAGGCATTTTCATAATTATGGTATGCA-GGCATAAT
1 -GATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAATGGGTATTTTCATAATTATGGTATG-AGGGCATAAT
* * *
14585235 AGTCTATTTTGCCACATGTTAATTTCTTATCATATAATGAAAAAGGTATTTTGGTAATTTCATAG
64 AGTC-AATTTGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATG-GAAAGGTATTTTGGTAATTTCATAG
14585300 G
127 G
* ** * * ** *
14585301 CAATTATTTAGTAAGGAATTATAAAAAAAATGGATATTTTTGTAATTATGGTATGAGGGCTTAAT
1 -GATTATTTAGTAAATAATTAT-AAAAGAATGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAAT
* * * * ** * *
14585366 AGTTCACTTAGCCACATGTTAATTTCTTATCATATAAT-GAAAGGGCATTTTACTAATTTTTAAA
64 AG-TCAATTTGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAA-GGTATTTTGGTAA-TTTCATA
*
14585430 AG
126 GG
* * * * * ** * *
14585432 AATAATTTAGTAAATAATAATGAGAG-ATGGGGTATTTTCATAATTATTATAAGAGGGCATCATA
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAAT-GGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATA
* * * *
14585496 GTCAATTTGGCCACATGTAAATTTTTTATCATATAATGGAAA-GCATTTTGGTAATTTCCTAGGG
65 GTCAATTT-GCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGTATTTTGGTAATTTCATA-GG
* * ** ** * * *
14585560 GATTATTTAGTAAATAATTATTAGAGACGGGGTATTTTTGTAATTATGGTATAAAGGAATAATAG
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAATGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAG
* * * * * *
14585625 TCAATTTGGCTAGAAGTCAATTTCTTATCACATAATGAAAAGATCATTTTGGTAATTTCATAGG
66 TCAATTT-GCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGT-ATTTTGGTAATTTCATAGG
* * * ** * *
14585689 TGACTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAA-GGGTATTTAT-GTAGTTACAGCATAAGGGCATAAT
1 -GATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAATGGGTATTT-TCATAATTATGGTATGAGGGCATAAT
* * * * * * * * *
14585752 AATCAATTTGGTCACATGTTAATTTTTTATCATATAATGAAAAGCGCATTTCGATAAATTT-TTA
64 AGTCAATTT-GCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAG-GTATTTTGGT-AATTTCATA
14585816 GGG
126 -GG
*
14585819 GATTATTTAGTAAATAATTAT--AAG-A-GGAGTATTTTCATAATTATGGCATGAGGGCATAATA
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAATGG-GTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATA
* * * *
14585880 GTCCATTTGACAAAATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAATGGTATTTTCGTAATTTCATAGA
65 GTCAATTTG-CCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAA-GGTATTTTGGTAATTTCATAG-
*
14585945 A
127 G
* * * *
14585946 GATTATTTACTAAATAATTATAAGAG-ATGGGGTATTTTTATAATTATGGTATGAAGGCATAATA
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAAT-GGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATA
* ** * * *
14586010 GTTC-ATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATACAATAAAAAAGGTATTTCGATAATTTAATAG
65 G-TCAATTT-GCCACATGTCAATTTCTTATCATATAAT-GGAAAGGTATTTTGGTAATTTCATAG
14586074 G
127 G
* * * *** * *
14586075 CAACTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAATGTATTTTCAAAATTATGGTATAAGGGCATAATA
1 -GATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAATGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATA
* * * * * *
14586140 GTCAATTTGACCACATGTTAACTTCTTATTATATACTGGAAAGGATATTTTGGTAATTTTATAAT
65 GTCAATTTG-CCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGG-TATTTTGGTAATTTCAT-AG
*
14586205 A
127 G
* ** *
14586206 GATTATTTAGTAAAT-ATTATAAAAGAATGAGTATTTTTGTAATTATAGT-TCGAGGGCATAATA
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAATGGGTATTTTCATAATTATGGTAT-GAGGGCATAATA
* * * *
14586269 GTCCATTTGCTCACGTTTCAATTTCTTATCATATATTGGAAAAGGGTATTTTGGTAATTTCATAG
65 GTCAATTTGC-CACATGTCAATTTCTTATCATATAATGG-AAA-GGTATTTTGGTAATTTCATAG
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127 -G
** *
14586336 GATTATTTAGTAAATAATTATATGAGAA-GGGATATTTTCATAATTATTGTATGAGGGCATAATA
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAATGGG-TATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATA
* * * * * * **
14586400 GTCAATTTGGCCACATGTGAATTTCTTATTATATAATGAAAAAGGCATTTTAGTAATTTAATAAA
65 GTCAATTT-GCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATG-GAAAGGTATTTTGGTAATTTCATAGG
* * * * * * * **
14586465 AAATATTTGGCAAATAATTATAAGACAATGGGTATTTTCATAATTATGGAATGACAGCATAATAG
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAATGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAG
* * * * * * *
14586530 TCATTTTGGTCACATGTCAATTTCTTATCATATAACGAAAATGGCATTTT-GAAATTTCATATGC
66 TCAATTT-GCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAA-GGTATTTTGGTAATTTCATA-GG
* * * * * * * *
14586594 GATTATTTGGTAAATAATTGTAAATGAATGGAGAATTTTCGTAATTATGGTATAAGCGCGTAATA
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAATGG-GTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATA
* * * * *
14586659 GTCCATTTGGTCATATGTCAATTTCTTATCATATATTGGAAAAAAGTATTTTGGTAATTTCATAA
65 GTCAATTT-GCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGG--AAAGGTATTTTGGTAATTTCAT-A
14586724 GG
126 GG
* * *
14586726 GATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAATGGGTATTTTCGTAATTATGATATTAGGGCATTAATA
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAATGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCA-TAAT-
* * * * *
14586791 ACTTCAATTTAGCCACACGT-AAATTCTTTATTCATATAATAGAAAGGGTATTTTGGTATATTTT
64 A-GTCAATTT-GCCACATGTCAATTTC-TTA-TCATATAATGGAAA-GGTATTTTGGTA-ATTTC
* *
14586855 TTTGG
123 ATAGG
* * * *
14586860 GATTATTTACTAAATAATTATAAGAGAA--AGTATTTCCTATAATTAT--TATGAGGAG-ATACA
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAATGGGTATTTTC-ATAATTATGGTATGAGG-GCAT--A
* * * * * * *
14586920 ATAGTCCA-TTGGCACATGTCAATTTCTTCTCA-ATAA-CGAAA-ATCATTTTTGTAATTT-AAA
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*
14586980 GA
126 GG
* * * *
14586982 AATTATTTTAGTAAATAATTATAAGAGAA-GCGG-ATATTT-ATAATTATGGTATGA-GACATGA
1 GATTA-TTTAGTAAATAATTATAAAAGAATG-GGTAT-TTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAA
* * * *
14587043 TAGTTC-A-TTACCACATGTTCAATTTCTTATCATATAA-GGATAAGGCATTTTGGT-AGTTCAA
63 TAG-TCAATTTGCCACATG-TCAATTTCTTATCATATAATGGA-AAGGTATTTTGGTAATTTCAT
*
14587104 ATGC
125 A-GG
* * * * * ** * *
14587108 AATTATTTAGTAAAATAGTTTATAAGAGAAAGTGTATTTTTGTAATTATGATATGAAGGCATAAT
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* *
14587173 AGTCAATTTGGCCACATGTCAACTTCTTATCATATAAT-GAAAGGGTTTTTTGGTAATTTCATAT
64 AGTCAATTT-GCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAA-GGTATTTTGGTAATTTCATA-
*
14587237 GA
126 GG
* * * ** ** * *
14587239 GATTCTTTATTAAATAATTATACAAGAATGAATATTTTCATAATTACAGTATGAAGGCATAATAA
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAATGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAG
* * * * *
14587304 TCAATTTTGCCACATTTCAATTTCTTCTCATATACTAGAAAAAGGTATTTTGGTAATTTCTTAGA
66 TCAA-TTTGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAAT-G-GAAAGGTATTTTGGTAATTTCATAG-
*
14587369 T
127 G
* ** ** * *
14587370 GATTATTTAGTAAACAATTATAAGAA-AAAAGGTATTTTTGTAATGATGGTATGAGGCCATAATA
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAA-AAGAATGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATA
* * * * * *
14587434 CTGAATTTGGCCAAATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAGGTACTTTAGTAATTTCATAAT
65 GTCAATTT-GCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGG-AAAGGTATTTTGGTAATTTCAT-AG
*
14587499 A
127 G
* * * ** * ** *
14587500 GATTATTTAGTAAATAATTATAAGACAAGGGGTATTTTTGTATTTATAATATGAGGGTATAATAG
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAATGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAG
** * * * * ** *
14587565 TCAATTTGATAACATGTCAACTTCTTACCATATAATGGATA-GCATATTTCATTATTTCATAGG
66 TCAATTTG-CCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGTAT-TTTGGTAATTTCATAGG
* * * *
14587628 AGATTATTTAGTAAATAATTAGAAAATAATGGTTATTTTCATAATTATGGTAT-ACGAGCATAAT
1 -GATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAATGGGTATTTTCATAATTATGGTATGA-GGGCATAAT
* * * * * * * *
14587692 AGTCCATTTGGCCATATGTCAATTTTTTATCGTATAATGGAACGGACATTCTGGTAAGTTT-AGA
64 AGTCAATTT-GCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGG-TATTTTGGTAA-TTTCA-T
**
14587756 AAT
125 AGG
* * * * * * *
14587759 GATTATTTAGTAAAGAATTGTAAGAA-AATGGGTATTTTCTTAATTATGATATAAGGGAATAGTA
1 GATTATTTAGTAAATAATTATAA-AAGAATGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATA
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65 GTC
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GATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAATGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAG
TCAATTTGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGTATTTTGGTAATTTCATAGG
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* * * *
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* * * *
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*
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* ** * * * * *
14588460 ATTTGAAATTATGGTAATACCTTAGA-AGGTGTGAAATTACTAAAATACTCTTTATGGATATTTT
66 ATTTGAAATCACAGCAATACC-TAGAGAGATGTAAAATTACCAAAATACTCTTTAAGGATATTTT
* * * *
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130 CGTAATTTGAGCCTAC
* * * * * * * *
14588540 T-AAGCTCAGATTTTGA-CAAAATTTTTTAGATCTCAATTTTATAATATTTCATAATTTTTTGTG
1 TCGAGCTCAAATTTTCATGAAAA-TTTTTAGATCTTAATTTCATAATATTTCATGATTTTTGGTG
*
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ATTTGAAATCACAGCAATACCTAGAGAGATGTAAAATTACCAAAATACTCTTTAAGGATATTTTC
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14589806 CATGTCATAA
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Statistics
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ATT
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14595095 TTTCCAATAT
*
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*
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1 AGAAA
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AGAAAAAAGAA
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14595108 AACAAAGAGA
* * *
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* *
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130 AAATGTTTCCC
* * *
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* * *
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GAAAAAAGAAAGAACAAAGAAAGAAAGACATGCACCTCGAACATAAGAATACAAGACAAAAAATG
AATAAAGCTTCAAGATCCCAAGTAAAAAGGGAGATAGAATTCAAGAAAAAAGAAAGTTGAAGTCA
AATGTTTCCC
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* *
14596937 TCATCTTTTACTGCTTGACTGTTAATGTTGTCCCAATCATCTTATCTTTTCGACCGCTAGTGTTA
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66 TCCCGA
* * *
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65 ATCC
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TCATCTTCTACTGCTTGACCGTTAATGTTGTCCCAATCATCTTATCTTTTCGACCGCTAGTGTTA
TCCCGA
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** * * *
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1 GACCGTTAATGTTATCCTAATCATCTTAT-CT-TTTC
* * *
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* * ** * *
14596988 GACCGCTAGTGTTATCCCGATCATCTTCTACTCTTC
1 GACCGTTAATGTTATCCTAATCATCTTAT-CTTTTC
*
14597024 GACCGTTAATGTTGTCCTAATCATCTTATCTTTTC
1 GACCGTTAATGTTATCCTAATCATCTTATCTTTTC
* * * * * *
14597059 GATCGTTAGTGTTATCCTAGTCGTCTTTATTTTTTT
1 GACCGTTAATGTTATCCTAATCATC-TTATCTTTTC
* *
14597095 GTCC-TGTAATGTTATCCTAGTCATCTT
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GACCGTTAATGTTATCCTAATCATCTTATCTTTTC
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* ** *
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* **
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* * *
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TTATCCTAGTCATCTTTATTTTTTAACCTGTAATA
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* *
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*
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1 ATCATCTTTATTTTTTAACTAT-TGGTGTTGTCCC
* * *
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Statistics
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ATCATCTTTATTTTTTAACTATTGGTGTTGTCCC
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* * * *
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* *
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* * * * *
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** * ** * *
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AATGTTGTATTGATCAGCTTTATTTTTTTGACTTGCGGTA
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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* ** * **
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** * * *
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AACCTACAATGTTGTATTGATCAGCTTTATTTTTTTTGACTTG
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** * *
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* * * ** * *
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* *
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* * *
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* * * *
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* * *** * *
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* ** * ***
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* * * *
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* * *
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* *
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* ** * * *
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* * * *
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* * * *** * *
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** * *
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* * * * ** * *
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Statistics
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14597879 TGTTTTTCCG
* * *
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* *
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*
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*
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1 ATCATCTTTATTTTTTGACTTG-AATGTTGTCCCA-TCAT
14598074 ATTTGTTTCT
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Consensus pattern (73 bp):
ATCATCTTTATTTTTTGACTTGAATGTTGTCCCATCATTTATCTTAATTTTTTTAACTTATGGTA
TTGTCACA
Found at i:14598134 original size:36 final size:36
Alignment explanation
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14597561 TATTATACCT
* * * * *
14597571 ATCATCTTTA-TTTTTTGACTTGTAGTATTGTCTCG
1 ATCATCTTTATTTTTTTGACTTATGGTGTTGTCCCA
* * * * * * **
14597606 GTTATATTTGTTTTCTTGACTGT-TGGTGTTATCCTG
1 ATCATCTTTATTTTTTTGACT-TATGGTGTTGTCCCA
* ** * *
14597642 ATCATTTTTATTTTTTTGACTTACAGTATTGTCTCA
1 ATCATCTTTATTTTTTTGACTTATGGTGTTGTCCCA
* * *
14597678 GTTATCTTTA-TTTTTTGACTTACT-GT-TTGTCCTA
1 ATCATCTTTATTTTTTTGACTTA-TGGTGTTGTCCCA
* * ***
14597712 ATCATC-TTATTTTTCTAACTTGCAGTGTTGTCCCA
1 ATCATCTTTATTTTTTTGACTTATGGTGTTGTCCCA
* * * *
14597747 ATCATTTTTA-TTTTTAGACTTGTGGTGTTGTCCCT
1 ATCATCTTTATTTTTTTGACTTATGGTGTTGTCCCA
* * * ** * * *
14597782 GTCATCTTTATCTTCTCAACCTGTGGTGTTGTCTCA
1 ATCATCTTTATTTTTTTGACTTATGGTGTTGTCCCA
* * * * * ***
14597818 GTTATCTTTATCTTTCTGACCATTA--GTGTTATCTTG
1 ATCATCTTTATTTTTTTGA-C-TTATGGTGTTGTCCCA
* *** * * *
14597854 TTCATCTTTA-TTTTTTGACTTACAATGTTTTTCCG
1 ATCATCTTTATTTTTTTGACTTATGGTGTTGTCCCA
* *
14597889 ATCATCTTTA-TTTTTTGACTTA-GATGTTGTCTCA
1 ATCATCTTTATTTTTTTGACTTATGGTGTTGTCCCA
* * *
14597923 ATTATCTTTATTTTTTTGACTTATGGTATTGTCACA
1 ATCATCTTTATTTTTTTGACTTATGGTGTTGTCCCA
* ****
14597959 ATCATCTTTA-TTTTTTGAGTTGCAATGTTGTCCCA
1 ATCATCTTTATTTTTTTGACTTATGGTGTTGTCCCA
* * * *
14597994 ATCATTTATCTTAATTTTTTTAACTTGTGGTATTGTCCCA
1 ATC----ATCTTTATTTTTTTGACTTATGGTGTTGTCCCA
* * **
14598034 GTCATCTTTA-TTTTTTGACTTGTAATGTTGTCCCA
1 ATCATCTTTATTTTTTTGACTTATGGTGTTGTCCCA
* * * * * * * *
14598069 GTCATATTTGTTTCTCTGACCTGTAGTGTTGTCCCA
1 ATCATCTTTATTTTTTTGACTTATGGTGTTGTCCCA
* *
14598105 ATCATCTTTATTTTTTTAACTTATGGTGTTGTCCCG
1 ATCATCTTTATTTTTTTGACTTATGGTGTTGTCCCA
* **** * * **
14598141 ATCATATTTATTTTCCCAAC-CATTGGTATTGTCCTG
1 ATCATCTTTATTTTTTTGACTTA-TGGTGTTGTCCCA
* * * * **
14598177 GTCATTTTTATTTTTTTGACTTACGATGTTGTTTCA
1 ATCATCTTTATTTTTTTGACTTATGGTGTTGTCCCA
* *
14598213 ATCATCTTTA--TTTTTGACTTGTAGTGTTGTCC
1 ATCATCTTTATTTTTTTGACTTATGGTGTTGTCC
14598245 TAGTCATATT
Statistics
Matches: 470, Mismatches: 146, Indels: 47
0.71 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
33 6 0.01
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ACGTcount: A:0.18, C:0.16, G:0.14, T:0.52
Consensus pattern (36 bp):
ATCATCTTTATTTTTTTGACTTATGGTGTTGTCCCA
Found at i:14598460 original size:130 final size:130
Alignment explanation
Indices: 14598299--14599967 Score: 972
Period size: 130 Copynumber: 12.9 Consensus size: 130
14598289 AACATTTGGA
* * * * * *
14598299 CACATGTTAATTTCTTATCATATAATAGAAAAGCCATTTTGGTAATTTCATTAGCGATTATTTAA
1 CACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATTAGAGATTATTTAG
* * ** * *
14598364 AAAATAATGATAAAAGAATGGGAATTTTCATAATTATGGTATAAAGGCATCGTAGTCCATCTGAC
66 TAAATAATTATAAAAGAATGGGAATTTTCATAATTATGGTATAAAGGCATAATAGTCAATTTGAC
* * * * * * * *
14598429 CATATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAACGG--TTTTAGTAGTTTCCTGAGGGCTTATTTA
1 CACATGTCAATTTCTTATCATATAATGG-AAAGGGCATTTTGGTAATTTCATTAGAGATTATTTA
* * * * * *
14598492 GTAAACAATTATAAGAGAATGGGTATTTTGC--AATTTTGGT-TTAAGGACATAATAATCAATTT
65 GTAAATAATTATAAAAGAATGGGAATTTT-CATAATTATGGTATAAAGG-CATAATAGTCAATTT
14598554 GAC
128 GAC
* * * * ** ** * *
14598557 CACATATCAATTTGTTACCATATAATGGAAAGGGTAAGTTCATAATTTTATAAGAGATTATTTAG
1 CACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATTAGAGATTATTTAG
* * * * * * *
14598622 TAAATAATTATAAAAGAATAGGTATATCTTCCTAATTATGGTATGACA-TCATAATATTAAATTT
66 TAAATAATTATAAAAGAAT-GGGA-ATTTTCATAATTATGGTAT-AAAGGCATAATAGTCAATTT
14598686 GAC
128 GAC
* * * * ** * * *
14598689 AACTTGTCAATTTCTTATCATCTGATGGAAAGGGCATTTTCATAATTTC-TTAAAGAATTATATG
1 CACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATTAGAG-ATTATTTA
* * * * * * *
14598753 GTAAATAATTATAAGA-AAGGGGATATTTTCATACTTATGGTATGAGGGCATAATAGTCCATTTA
65 GTAAATAATTATAAAAGAATGGGA-ATTTTCATAATTATGGTATAAAGGCATAATAGTCAATTTG
*
14598817 AG
129 AC
* * * * * * * *
14598819 CACATATCAATTTCTTATCATATAATAGAATGGGCATTTTGATAATTTCATTGGCGACTATTTAA
1 CACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATTAGAGATTATTTAG
* * * * *
14598884 TAAATAATTATAAGAAAAAT-GGTATTTTTATAATTATGGTATAAGGGCATAATAATCAATTTGA
66 TAAATAATTATAA-AAGAATGGGAATTTTCATAATTATGGTATAAAGGCATAATAGTCAATTTGA
14598948 C
130 C
* * * ** *** * * *
14598949 CACATTTTAA---CTTATCATATAATGGAAATGATATTTCAATAATTTTATAAGTGATTATTTAG
1 CACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATTAGAGATTATTTAG
* *** ** * * * *
14599011 TAAAT-ATTATAAGAGAATAAAAATTTTTGTAATAATAGTATAAGGGTATAATAGTTC-ATTTG-
66 TAAATAATTATAAAAGAATGGGAATTTTCATAATTATGGTATAAAGGCATAATAG-TCAATTTGA
14599073 C
130 C
* * * * * *
14599074 CTACATGTTAATTTCTTATCATATATTGGAAATGGTACTTTGGTAATTT-AATAGGAGATTATTT
1 C-ACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATTA-GAGATTATTT
* ** * * * * *
14599138 AGTAAATAGTTATATGAGAATAGGTATTTTCATAATTATTGTATGATGGCATAATAGTCAATTTG
64 AGTAAATAATTATAAAAGAATGGGAATTTTCATAATTATGGTATAAAGGCATAATAGTCAATTTG
*
14599203 GC
129 AC
* * * *
14599205 TC-CATGTCAATTTCTTATCATATAATTGAAAGGGCATTTTGGTAATTTGATGAGGGATTATTTA
1 -CACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATTAGAGATTATTTA
**** * * * *
14599269 GTAAATAATTATAAAAGAATTATTACTTTCATAATTATGGTATAAAGGTATAATAGTTATTTTTG
65 GTAAATAATTATAAAAGAATGGGAATTTTCATAATTATGGTATAAAGGCATAATAGTCA-ATTTG
14599334 -C
129 AC
* *** * *
14599335 CACATGTCAATTTCTTATTATATAACAAAAATGGCATTTTAGTAATTTCA-TATGCA-ATTATTT
1 CACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATTA-G-AGATTATTT
* * * ** * **
14599398 AGTAAATAATTATAAAAGAAT-GGATATTATCGTATTTATTATATAAGGGCGCAATAGTCAATTT
64 AGTAAATAATTATAAAAGAATGGGA-ATTTTCATAATTATGGTATAAAGGCATAATAGTCAATTT
14599462 -AGC
128 GA-C
* * * * ** * * * *
14599465 CACATGAT-AACTTT-TTATTATGTGATGAAAAATGTATTTTGATAATTT-AATAAAGGATTATT
1 CACATG-TCAA-TTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATTAGA-GATTATT
* * * *
14599527 TAGTAAATAATTAT-AAAGAA--AGTATTTTCGTAATTATAAG-AT-AAGGACATAATAGTTC-A
63 TAGTAAATAATTATAAAAGAATGGGAATTTTCATAATTAT-GGTATAAAGG-CATAATAG-TCAA
14599586 TTT-AGC
125 TTTGA-C
* * * * ** *
14599592 CACATGGT-AATTTCTTATCAAATATTAGAAAAGATATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTTA
1 CACAT-GTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATTAGAGATTATTTA
* * * * * *
14599656 GTAAATAGTTATAAGAA-AA-GAAGTATTTTCATAATTATGATAT-GAGAGTATAATAGTCAATT
65 GTAAATAATTATAA-AAGAATG-GGAATTTTCATAATTATGGTATAAAG-GCATAATAGTCAATT
**
14599718 TGGT
127 TGAC
* * * * * * ** * *
14599722 TACATGTTATTTTCTTACCACATAATGTAAAGGATATTTTTGTAATTTC-GTAGGAGATTATTTA
1 CACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATTA-GAGATTATTTA
* * * * *
14599786 GTAAATAATTATTAAAA-AATGGGTATTTTCATAA-T-TGATATTAGGGCATAATAGTTAATTTG
65 GTAAATAATTA-TAAAAGAATGGGAATTTTCATAATTATGGTATAAAGGCATAATAGTCAATTTG
14599848 AC
129 AC
*** * * * * * * * * * *
14599850 TGTACGTCAATTTTTTATAATATAATGAAAATGGTATTTTGATAATTTCATAAGAGATTATTCAA
1 CACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATTAGAGATTATTTAG
* * * * * * *
14599915 TAAATAATTATAAGA-AATAGAGTACTTTCATAAATATGGTATGAGGGCATAAT
66 TAAATAATTATAAAAGAAT-GGGAATTTTCATAATTATGGTATAAAGGCATAAT
14599968 TTCTTTCAAA
Statistics
Matches: 1196, Mismatches: 280, Indels: 126
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
125 6 0.01
126 53 0.04
127 142 0.12
128 146 0.12
129 151 0.13
130 574 0.48
131 36 0.03
132 86 0.07
133 1 0.00
134 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (130 bp):
CACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATTAGAGATTATTTAG
TAAATAATTATAAAAGAATGGGAATTTTCATAATTATGGTATAAAGGCATAATAGTCAATTTGAC
Found at i:14599382 original size:260 final size:257
Alignment explanation
Indices: 14598299--14599967 Score: 1091
Period size: 260 Copynumber: 6.5 Consensus size: 257
14598289 AACATTTGGA
* ** * *
14598299 CACATGTTAATTTCTTATCATATAATAGAAAA-GCCATTTTGGTAATTTCATTAGCGATTATTTA
1 CACATGTCAATTTCTTATCATATAATA-AAAATGGTATTTT-GTAATTTCATAAGAGATTATTTA
** * * * * * * ** * * *
14598363 AAAAATAATGATAAAAGAATGGGAATTTTCATAATTATGGTATAAAGGCATCGTAGTCCATCTGA
64 GTAAATAATTATAAGAGAATAGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGG
* * * * * ** * *
14598428 CCATATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAACGGT-TTTAG-TAGTTTCCTGAGGGCTTATTT
129 CC-CATGTCAATTTCTTATCATATAATTG-AAAGGGTATTTTGATAATTTGATAAGGGATTATTT
* * * * * * * * *
14598491 AGTAAACAATTATAAGAGAATGGGTATTTTGC--AATTTTGGTTTAAGGACATAATAATCAATTT
192 AGTAAATAATTATAAAAGAATGAGTATTTT-CATAATTATGGTATAAGGGCATAATAGTTATTTT
14598554 GAC
256 G-C
* * * ** * * ** *
14598557 CACATATCAATTTGTTACCATATAATGGAAAGGGTAAGTTCATAATTTTATAAGAGATTATTTAG
1 CACATGTCAATTTCTTATCATATAATAAAAATGGT-ATTTTGTAATTTCATAAGAGATTATTTAG
* * *** * *
14598622 TAAATAATTATAAAAGAATAGGTATATCTTCCTAATTATGGTATGACATCATAATATTAAATTTG
65 TAAATAATTATAAGAGAATAGGTAT-T-TTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTG
* * * * * * * * ** * * *
14598687 ACAACTTGTCAATTTCTTATCATCTGATGGAAAGGGCATTTTCATAATTTCTTAAAGAATTATAT
128 GC-CCATGTCAATTTCTTATCATATAATTGAAAGGGTATTTTGATAATTTGATAAGGGATTATTT
* * * * * * *
14598752 GGTAAATAATTATAAGA-AAGGGGATATTTTCATACTTATGGTATGAGGGCATAATAGTCCATTT
192 AGTAAATAATTATAAAAGAATGAG-TATTTTCATAATTATGGTATAAGGGCATAATAGT-TATTT
*
14598816 AAG-
255 -TGC
* * * ** * *
14598819 CACATATCAATTTCTTATCATATAAT-AGAATGGGCATTTTGATAATTTCATTGGCGACTATTTA
1 CACATGTCAATTTCTTATCATATAATAAAAAT-GGTATTTTG-TAATTTCATAAGAGATTATTTA
* * * * *
14598883 ATAAATAATTATAAGA-AAAATGGTATTTTTATAATTATGGTATAAGGGCATAATAATCAATTTG
64 GTAAATAATTATAAGAGAATA-GGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTG
* * * * * * ** * *
14598947 ACCACATTTTAA---CTTATCATATAATGGAAATGATATTTCAATAATTTTATAAGTGATTATTT
128 GCC-CATGTCAATTTCTTATCATATAATTGAAAGGGTATTTTGATAATTTGATAAGGGATTATTT
* * ** ** * * *
14599009 AGTAAAT-ATTATAAGAGAATAAAAATTTTTGTAATAATAGTATAAGGGTATAATAGTTCA-TTT
192 AGTAAATAATTATAAAAGAATGAGTATTTTCATAATTATGGTATAAGGGCATAATAGTT-ATTTT
14599072 GC
256 GC
* * ** * * *
14599074 CTACATGTTAATTTCTTATCATATATTGGAAATGGTACTTTGGTAATTTAATAGGAGATTATTTA
1 C-ACATGTCAATTTCTTATCATATAATAAAAATGGTA-TTTTGTAATTTCATAAGAGATTATTTA
* * * *
14599139 GTAAATAGTTATATGAGAATAGGTATTTTCATAATTATTGTATGATGGCATAATAGTCAATTTGG
64 GTAAATAATTATAAGAGAATAGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGG
* * *
14599204 CTCCATGTCAATTTCTTATCATATAATTGAAAGGGCATTTTGGTAATTTGATGAGGGATTATTTA
129 C-CCATGTCAATTTCTTATCATATAATTGAAAGGGTATTTTGATAATTTGATAAGGGATTATTTA
* * * * *
14599269 GTAAATAATTATAAAAGAATTATTACTTTCATAATTATGGTATAAAGGTATAATAGTTATTTTTG
193 GTAAATAATTATAAAAGAATGAGTATTTTCATAATTATGGTATAAGGGCATAATAGTTA-TTTTG
14599334 C
257 C
* * * *
14599335 CACATGTCAATTTCTTATTATATAACAAAAATGGCATTTTAGTAATTTCATATGCA-ATTATTTA
1 CACATGTCAATTTCTTATCATATAATAAAAATGGTATTTT-GTAATTTCATAAG-AGATTATTTA
* * * * ** * ** *
14599399 GTAAATAATTATAAAAGAAT-GGATATTATCGTATTTATTATATAAGGGCGCAATAGTCAATTTA
64 GTAAATAATTATAAGAGAATAGG-TATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTG
* * * ** * *
14599463 GCCACATGAT-AACTTT-TTATTATGTGA-TGAAAAATGTATTTTGATAATTTAATAAAGGATTA
128 GCC-CATG-TCAA-TTTCTTATCATATAATTG-AAAGGGTATTTTGATAATTTGATAAGGGATTA
* * *
14599525 TTTAGTAAATAATTAT-AAAGAA--AGTATTTTCGTAATTATAAG-ATAAGGACATAATAGTTCA
189 TTTAGTAAATAATTATAAAAGAATGAGTATTTTCATAATTAT-GGTATAAGGGCATAATAGTT-A
*
14599586 TTTAGC
252 TTTTGC
* * *
14599592 CACATGGT-AATTTCTTATCAAATATTAGAAAA-GATATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTT
1 CACAT-GTCAATTTCTTATCATATAATA-AAAATGGTATTTT-GTAATTTCATAAGAGATTATTT
* * * * * * *
14599655 AGTAAATAGTTATAAGAAAAGAAGTATTTTCATAATTATGATATGAGAGTATAATAGTCAATTTG
63 AGTAAATAATTATAAGAGAATAGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTG
** * * * * *
14599720 GTTACATGTTATTTTCTTACCACATAA-TGTAAAGGATATTTTTG-TAATTTCG-T-AGGAGATT
128 G-CCCATGTCAATTTCTTATCATATAATTG-AAAGGGTA-TTTTGATAATTT-GATAAGG-GATT
* * *
14599781 ATTTAGTAAATAATTATTAAAA-AATGGGTATTTTCATAA-T-TGATATTAGGGCATAATAGTTA
188 ATTTAGTAAATAATTA-TAAAAGAATGAGTATTTTCATAATTATGGTATAAGGGCATAATAGTTA
*
14599843 ATTTGAC
252 TTTTG-C
*** * * * * * *
14599850 TGTACGTCAATTTTTTATAATATAATGAAAATGGTATTTTGATAATTTCATAAGAGATTATTCAA
1 CACATGTCAATTTCTTATCATATAATAAAAATGGTATTTTG-TAATTTCATAAGAGATTATTTAG
* *
14599915 TAAATAATTATAAGA-AATAGAGTACTTTCATAAATATGGTATGAGGGCATAAT
65 TAAATAATTATAAGAGAATAG-GTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAAT
14599968 TTCTTTCAAA
Statistics
Matches: 1090, Mismatches: 262, Indels: 118
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
254 1 0.00
255 3 0.00
256 144 0.13
257 245 0.22
258 181 0.17
259 75 0.07
260 300 0.28
261 55 0.05
262 81 0.07
263 4 0.00
264 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (257 bp):
CACATGTCAATTTCTTATCATATAATAAAAATGGTATTTTGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGT
AAATAATTATAAGAGAATAGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCC
CATGTCAATTTCTTATCATATAATTGAAAGGGTATTTTGATAATTTGATAAGGGATTATTTAGTA
AATAATTATAAAAGAATGAGTATTTTCATAATTATGGTATAAGGGCATAATAGTTATTTTGC
Found at i:14599738 original size:387 final size:391
Alignment explanation
Indices: 14599103--14599967 Score: 846
Period size: 387 Copynumber: 2.2 Consensus size: 391
14599093 CATATATTGG
* * * *
14599103 AAATGGTACTTTGGTAATTTAATAGGAGATTATTTAGTAAATAGTTATATGAGAATAGGTATTTT
1 AAATGGTACTTTGATAATTTAATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATATAAGAATAGGTATTTT
* * * *
14599168 CATAATTATTGTATGATGGCATAATAGTCAATTTGGCTCCATGTCAATTTCTTATCATATAATTG
66 CATAATTATAGTATGAAGGCATAATAGTCAATTTAGCTCCATGTCAATTTCTTATCAAATAATTG
* * * * * ** *
14599233 AAAGGGCATTTTGGTAATTTGATGAGGGATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAATTATTACTTT
131 AAAAGACATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAAGAAGTACTTT
* * * * ** *
14599298 CATAATTATGGTATAAAGGTATAATAGTTATTTTTGCCACATGTCAATTTCTTATTATATAACAA
196 CATAATTATGATATAAAGGTATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTACCACATAACAA
14599363 AAATGG-CATTTTAGTAATTTCATATGCA-ATTATTTAGTAAATAATTA-TAAAAGAATGGATAT
261 AAA-GGACATTTTAGTAATTTCATA-GCAGATTATTTAGTAAATAATTATTAAAA-AATGGATAT
14599425 TATCGTATTTATTATATAAGGGCGCAATAGTCAATTTAGCCACATGATAACTTTTTATTATGTGA
323 TATCGTATTTATTATATAAGGGCGCAATAGTCAATTTAGCCACATGATAACTTTTTATTATGTGA
14599490 TGAA
388 TGAA
*
14599494 AAAT-GTATTTTGATAATTTAATAA-AGGATTATTTAGTAAATAATTATA-AAGAA-A-GTATTT
1 AAATGGTACTTTGATAATTTAATAAGA-GATTATTTAGTAAATAATTATATAAGAATAGGTATTT
*
14599554 TCGTAATTATAAG-AT-AAGGACATAATAGTTC-ATTTAGC-CACATGGT-AATTTCTTATCAAA
65 TCATAATTAT-AGTATGAAGG-CATAATAG-TCAATTTAGCTC-CAT-GTCAATTTCTTATCAAA
* *
14599614 T-ATTAGAAAAGATATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAGTTATAAGAA-AAGA
125 TAATT-GAAAAGACATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAA-AAGAAGA
* * ** * *
14599677 AGTATTTTCATAATTATGATAT-GAGAGTATAATAGTCAATTTGGTTACATGTTATTTTCTTACC
188 AGTACTTTCATAATTATGATATAAAG-GTATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTACC
*** * * * *
14599741 ACATAATGTAAAGGATATTTTTGTAATTTCGTAGGAGATTATTTAGTAAATAATTATTAAAAAAT
252 ACATAACAAAAAGGACATTTTAGTAATTTCATAGCAGATTATTTAGTAAATAATTATTAAAAAAT
* * * * ** * *
14599806 GGGTATTTTC--A-TAATTGATATTAGGGCATAATAGTTAATTT-G--AC-TGTACGTCAATTTT
317 GGATATTATCGTATTTATT-ATATAAGGGCGCAATAGTCAATTTAGCCACATG-A--T-AACTTT
* * *
14599864 TTATAATATAATG-A
377 TTATTATGTGATGAA
* * * * *
14599878 AAATGGTATTTTGATAATTTCATAAGAGATTATTCAATAAATAA-T-TATAAGAAATAGAGTACT
1 AAATGGTACTTTGATAATTTAATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATATAAG-AATAG-GTATT
* * *
14599941 TTCATAAATATGGTATGAGGGCATAAT
64 TTCATAATTATAGTATGAAGGCATAAT
14599968 TTCTTTCAAA
Statistics
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382 3 0.01
383 2 0.01
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391 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (391 bp):
AAATGGTACTTTGATAATTTAATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATATAAGAATAGGTATTTT
CATAATTATAGTATGAAGGCATAATAGTCAATTTAGCTCCATGTCAATTTCTTATCAAATAATTG
AAAAGACATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAAGAAGTACTTT
CATAATTATGATATAAAGGTATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTACCACATAACAA
AAAGGACATTTTAGTAATTTCATAGCAGATTATTTAGTAAATAATTATTAAAAAATGGATATTAT
CGTATTTATTATATAAGGGCGCAATAGTCAATTTAGCCACATGATAACTTTTTATTATGTGATGA
A
Found at i:14599818 original size:517 final size:515
Alignment explanation
Indices: 14598599--14599931 Score: 1226
Period size: 516 Copynumber: 2.6 Consensus size: 515
14598589 GGTAAGTTCA
* * * * * *
14598599 TAATTTTATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAA-AAGAATAGGTATATCTTCCTAATTATGG
1 TAATTTAATAAGAGATTATTTAGTAAATAGTTATAAGAA-AAGAAGTAT-T-TTCATAATTATTG
*** * * * * * * * * *
14598663 TATGACATCATAATATTAAATTTGACAACTTGTCAATTTCTTATCATC-TGATGGAAAGGGCATT
63 TATGATGGCATAATAGTCAATTTGGCTACATGTCAATTTCTTACCA-CATAATTGAAAGGACATT
** ** * * * * * * * *
14598727 TTCATAATTTCTTAAAGAATTATATGGTAAATAATTATAAGAAAGGGGATATTTTCATACTTATG
127 TTGGTAATTTGATGAGGGATTATTTAGTAAATAATTATAAAAAATGGG-TATTTTCATAATTATG
* * * *
14598792 GTATGAGGGCATAATAGTCCATTTAAGCACATATCAATTTCTTATCATATAATAGAATGGGCATT
191 GTATAAAGGCATAATAGTCCATTTAAGCACATATCAATTTCTTATCATATAAAAAAATGGGCATT
* * *
14598857 TTGATAATTTCATTGGCGACTATTTAATAAATAATTATAAGAAAAATGGTATTTTTATAATTATG
256 TTGATAATTTCATTGGCAACTATTTAATAAATAATTATAAGAAAAATGGTATTATCATAATTATG
* * ** *
14598922 GTATAAGGGCATAATAATCAATTTGACCACATTTTAACTTATCATATAATGGAAATGATATTTCA
321 ATATAAGGGCACAATAATCAATTTGACCACATGATAACTTATCATATAATGAAAATGATATTTCA
* *
14598987 ATAATTTTATAAGTGATTATTTAGTAAATATTATAAGAGAATAAAAATTTTTGTAATAATAGTAT
386 ATAATTTAATAAGTGATTATTTAGTAAATATTATAAGAGAATAAAAATTTTCGTAATAATAGTAT
** * * * * *
14599052 AAGGGTATAATAGTTCATTTGCCTACATGTTAATTTCTTATCATATATTGGAAATGGTACTTTGG
451 AAGGACATAATAGTTCATTTGCCTACATGGTAATTTCTTATCAAATATTAGAAAAGATACTTTGG
* * * * *
14599117 TAATTTAATAGGAGATTATTTAGTAAATAGTTATATGAGAATAGGTATTTTCATAATTATTGTAT
1 TAATTTAATAAGAGATTATTTAGTAAATAGTTATAAGAAAAGAAGTATTTTCATAATTATTGTAT
* * * *
14599182 GATGGCATAATAGTCAATTTGGCTCCATGTCAATTTCTTATCATATAATTGAAAGGGCATTTTGG
66 GATGGCATAATAGTCAATTTGGCTACATGTCAATTTCTTACCACATAATTGAAAGGACATTTTGG
*** *
14599247 TAATTTGATGAGGGATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAATTATTACTTTCATAATTATGGTAT
131 TAATTTGATGAGGGATTATTTAGTAAATAATTATAAAA-AATGGGTATTTTCATAATTATGGTAT
* * ** * *
14599312 AAAGGTATAATAGT-TATTTTTGCCACATGTCAATTTCTTATTATATAACAAAAAT-GGCATTTT
195 AAAGGCATAATAGTCCATTTAAG-CACATATCAATTTCTTATCATATAA-AAAAATGGGCATTTT
* * * * *
14599375 -AGTAATTTCATAT-GCAATTATTTAGTAAATAATTATAA-AAGAATGGATATTATCGTATTTAT
258 GA-TAATTTCAT-TGGCAACTATTTAATAAATAATTATAAGAAAAATGG-TATTATCATAATTAT
* * * * * *
14599437 TATATAAGGGCGCAATAGTCAATTT-AGCCACATGATAACTTTTTATTATGTGATGAAAAATG-T
320 GATATAAGGGCACAATAATCAATTTGA-CCACATGATAAC---TTATCATATAATG-AAAATGAT
** **
14599500 ATTTTGATAATTTAATAAAG-GATTATTTAGTAAATAATTATAA-AG-A-AAGTATTTTCGTAAT
380 ATTTCAATAATTTAAT-AAGTGATTATTTAGTAAAT-ATTATAAGAGAATAAAAATTTTCGTAAT
*
14599561 TATAAG-ATAAGGACATAATAGTTCATTTAGCC-ACATGGTAATTTCTTATCAAATATTAGAAAA
443 AAT-AGTATAAGGACATAATAGTTCATTT-GCCTACATGGTAATTTCTTATCAAATATTAGAAAA
*
14599624 GATATTTTGG
506 GATACTTTGG
*
14599634 TAATTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAGTTATAAGAAAAGAAGTATTTTCATAATTA-TGATA
1 TAATTTAATAAGAGATTATTTAGTAAATAGTTATAAGAAAAGAAGTATTTTCATAATTATTG-TA
* * * * *
14599698 TGA-GAGTATAATAGTCAATTTGGTTACATGTTATTTTCTTACCACATAA-TGTAAAGGATATTT
65 TGATG-GCATAATAGTCAATTTGGCTACATGTCAATTTCTTACCACATAATTG-AAAGGACATTT
*
14599761 TTGTAATTTCG-T-AGGAGATTATTTAGTAAATAATTATTAAAAAATGGGTATTTTCATAA-T-T
128 TGGTAATTT-GATGAGG-GATTATTTAGTAAATAATTA-TAAAAAATGGGTATTTTCATAATTAT
* * * ** * * * *
14599822 GATATTAGGGCATAATAGTTAATTT--G-ACTGTACGTCAATTTTTTATAATATAATGAAAAT-G
190 GGTATAAAGGCATAATAGTCCATTTAAGCAC-ATA--TCAATTTCTTATCATATAA-AAAAATGG
* ** * *
14599883 GTATTTTGATAATTTCATAAG-AGATTATTCAATAAATAATTATAAGAAA
251 GCATTTTGATAATTTCATTGGCA-ACTATTTAATAAATAATTATAAGAAA
14599932 TAGAGTACTT
Statistics
Matches: 669, Mismatches: 115, Indels: 64
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
512 2 0.00
513 1 0.00
514 2 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (515 bp):
TAATTTAATAAGAGATTATTTAGTAAATAGTTATAAGAAAAGAAGTATTTTCATAATTATTGTAT
GATGGCATAATAGTCAATTTGGCTACATGTCAATTTCTTACCACATAATTGAAAGGACATTTTGG
TAATTTGATGAGGGATTATTTAGTAAATAATTATAAAAAATGGGTATTTTCATAATTATGGTATA
AAGGCATAATAGTCCATTTAAGCACATATCAATTTCTTATCATATAAAAAAATGGGCATTTTGAT
AATTTCATTGGCAACTATTTAATAAATAATTATAAGAAAAATGGTATTATCATAATTATGATATA
AGGGCACAATAATCAATTTGACCACATGATAACTTATCATATAATGAAAATGATATTTCAATAAT
TTAATAAGTGATTATTTAGTAAATATTATAAGAGAATAAAAATTTTCGTAATAATAGTATAAGGA
CATAATAGTTCATTTGCCTACATGGTAATTTCTTATCAAATATTAGAAAAGATACTTTGG
Found at i:14600753 original size:130 final size:128
Alignment explanation
Indices: 14600274--14601577 Score: 636
Period size: 130 Copynumber: 10.1 Consensus size: 128
14600264 AAAAATGCCC
** * * * *
14600274 TTATAATTATTTACTAAATAAT-TCCTTATGAAATTATTAACATA-TCTTTCCCATTATAAGATA
1 TTATAATTATTTACTAAATAATCT-CTTATGAAATTACCAAAATACACTTT-TCATTATATGATA
* * * * * * * * * * * * *
14600337 AGAAGTTTAAATGTGGACAAATGGATAATTTTACCCTTATACCATAATTACTAAACTATCTCTTC
64 AGAAATTGACATGTAGCCAAATGAATTATTATGCCCTCATACCATAATTACAAAAATA-C-CTTT
*
14600402 TC
127 TT
* * * * *
14600404 CTATAATTA-TTACTAAATAATC-CATTATTAAATTTCTAAAATACTA-TTTACATTATATGATA
1 TTATAATTATTTACTAAATAATCTC-TTATGAAATTACCAAAATAC-ACTTTTCATTATATGATA
* ** * * * * ** * *
14600466 AGAAGTT-A-ATGT-GTCCAAATTTACTATCATGTCCTCGT-TTATAATTACGAAAATA--TCTT
64 AGAAATTGACATGTAG-CCAAATGAATTATTATGCCCTCATACCATAATTACAAAAATACCTTTT
14600525 T
128 T
* * * * * *
14600526 TTGTAATTATTTATTAAATAATTTC-TATCG-ATTTACCAAAATATCA-TTTCCATTATATAATA
1 TTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTAT-GAAATTACCAAAATA-CACTTTTCATTATATGATA
* * ** * * *
14600588 A-AAATTGACATGTGGACAAATGGTTTATTATGCCCTTACACCAAAATTACAAAAATACACATTT
64 AGAAATTGACATGTAGCCAAATGAATTATTATGCCCTCATACCATAATTACAAAAATAC-C-TTT
14600652 TT
127 TT
*
14600654 TTATAATTATTTACTAAATAATATCTTATGAAATTACCAAAATACACTTTTCATTATATGATAAG
1 TTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACACTTTTCATTATATGATAAG
* * * * * * * * * *
14600719 AAGTTAACATGTGGCCAAATTAATTATTAAGCCCTTATATCATAATTACAAAAGTACCCCTTCTC
66 AAATTGACATGTAGCCAAATGAATTATTATGCCCTCATACCATAATTACAAAAATA--CCTTTTT
* * * *
14600784 TTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTATCAAAATACCCTTTCCATTATATGATTAG
1 TTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACACTTTTCATTATATGATAAG
* * * * * * ** *
14600849 AAATTGACATATAACCAAATGGATAATTATTCCCTCATATCATAATTATGAAAATATCCTTTCTC
66 AAATTGACATGTAGCCAAATGAATTATTATGCCCTCATACCATAATTACAAAAATA-CCTTT-TT
* * *
14600914 TTATAAATA-TTACTAAATAATCTCTTATTAAATTACTCAAAATACCCTTTTCATTATATGATAA
1 TTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTAC-CAAAATACACTTTTCATTATATGATAA
* * * * * * * ** **
14600978 GAAGTTTATATTTAGCCAAATGAAATATTTTGCTCTCATACTGTAATTACAAAAATACTCGTTCA
65 GAAATTGACATGTAGCCAAATGAATTATTATGCCCTCATACCATAATTACAAAAATAC-C-TTTT
14601043 T
128 T
* * *
14601044 TTATAATTATATACCAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAATACA-TTTTCTATTATATGATAA
1 TTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACACTTTTC-ATTATATGATAA
* ** * * * * * *
14601108 GAAATTGA-ATTGCAGTCGGATTG-ACTATTATGTCTTTATACCA-AATTTGCAAAAATACACTT
65 GAAATTGACA-TGTAG-CCAAATGAATTATTATGCCCTCATACCATAA-TTACAAAAATAC-CTT
* *
14601170 ATC
126 TTT
* * * * * *
14601173 TTGTAATTATTAAATAAAT-ATTTCCTTATGCAATTA-CGAAA-ACACTCTTTCTATTATATGAT
1 TTATAATTATTTACTAAATAATCT-CTTATGAAATTACCAAAATACACT-TTTC-ATTATATGAT
* * * * * * ** * * ** **
14601235 AGGAAGTTTATATATGGGTAAATGTATAATTATGTTCTCATACCATAATTATGAAAAT-CGTCAT
63 AAGAAATTGACATGTAGCCAAATGAATTATTATGCCCTCATACCATAATTACAAAAATAC--C-T
* *
14601299 TCTC
125 TTTT
* * * * ** * * *
14601303 TTATAGTAAGTTACAAAATAATGC-CACA-AAAATTACGAAAATAC-CCTTTCTATTATATGATA
1 TTATAATTATTTACTAAATAAT-CTCTTATGAAATTACCAAAATACACTTTTC-ATTATATGATA
* * * * * * * *
14601365 AGAAATTGAAATAT-GATCAAATGAACTATTATGCCCTTACATCATAATTACCAAAATACCCTTT
64 AGAAATTGACATGTAG-CCAAATGAATTATTATGCCCTCATACCATAATTACAAAAATA-CCTTT
14601429 ATT
127 -TT
* * * * ** * *
14601432 TTATAATTATTTATTAAA-AATTCCCTTATTAAATTACAAAAATACTTTTTTTATTATATAATAA
1 TTATAATTATTTACTAAATAA-TCTCTTATGAAATTACCAAAATACACTTTTCATTATATGATAA
* * * * * * * * *
14601496 GAAATAT-ACATGTGGCCAAATGGATTATTCTTCTCTTATACCATAATTACGAAATTACCCTTCT
65 GAAAT-TGACATGTAGCCAAATGAATTATTATGCCCTCATACCATAATTACAAAAATA-CCTTTT
14601560 T
128 T
*
14601561 TTATTATTA-TTACTAAA
1 TTATAATTATTTACTAAA
14601578 ATCCCATTTC
Statistics
Matches: 889, Mismatches: 231, Indels: 110
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
121 4 0.00
122 39 0.04
123 30 0.03
124 15 0.02
126 14 0.02
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131 41 0.05
132 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (128 bp):
TTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACACTTTTCATTATATGATAAG
AAATTGACATGTAGCCAAATGAATTATTATGCCCTCATACCATAATTACAAAAATACCTTTTT
Found at i:14600931 original size:259 final size:257
Alignment explanation
Indices: 14600273--14601577 Score: 755
Period size: 259 Copynumber: 5.1 Consensus size: 257
14600263 GAAAAATGCC
** * * *
14600273 CTTATAATTATTTACTAAATAAT-TCCTTATGAAATTATTAACATATC-TTTCCCATTATAAGAT
1 CTTATAATTATTTACTAAATAATCT-CTTATGAAATTACCAAAATACCATTT-CCATTATATGAT
* * * * * *
14600336 AAGAAGTTTAAATGTGGACAAATGGATAATT-TTACCCTTATACCATAATTACT-AAACTAT-CT
64 AAGAAATTGACATGTAGCCAAATGGATAATTATT-CCCTTATACCATAATTA-TGAAAATATCCT
* * * * * *
14600398 CTTCTCCTATAATTATTACTAAATAATCCATTATTAAATTTCTAAAATACTA-TTTACATTATAT
127 -TTCTCTTATAATTATTACTAAATAATTC-TTATGAAATTACCAAAATAC-ACTTTTCATTATAT
* * * * * ** * *
14600462 GATAAGAAGTT-A-ATGTGTCCAAATTTACTATCATGTCCTCGT-TTATAATTACGAAAATA-TC
189 GATAAGAAGTTAACATGTGGCCAAATTAATTATTATGCCCTTATATCATAATTAC-AAAATACCC
14600523 -TT-T
253 ATTCT
* * * * * *
14600526 -TTGTAATTATTTATTAAATAATTTC-TATCG-ATTTACCAAAATATCATTTCCATTATATAATA
1 CTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTAT-GAAATTACCAAAATACCATTTCCATTATATGATA
* * * * * * * **
14600588 A-AAATTGACATGTGGACAAATGGTTTATTATGCCCTTACACCAAAATTACAAAAATA-CACATT
65 AGAAATTGACATGTAGCCAAATGGATAATTATTCCCTTATACCATAATTATGAAAATATC-C-TT
*
14600651 T-TTTTATAATTATTTACTAAATAATATCTTATGAAATTACCAAAATACACTTTTCATTATATGA
128 TCTCTTATAATTA-TTACTAAATAAT-TCTTATGAAATTACCAAAATACACTTTTCATTATATGA
* *
14600715 TAAGAAGTTAACATGTGGCCAAATTAATTATTAAGCCCTTATATCATAATTACAAAAGTACCCCT
191 TAAGAAGTTAACATGTGGCCAAATTAATTATTATGCCCTTATATCATAATTACAAAA-TACCCAT
14600780 TCT
255 TCT
* * *
14600783 CTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTATCAAAATACCCTTTCCATTATATGATTA
1 CTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACCATTTCCATTATATGATAA
* * * *
14600848 GAAATTGACATATAACCAAATGGATAATTATTCCCTCATATCATAATTATGAAAATATCCTTTCT
66 GAAATTGACATGTAGCCAAATGGATAATTATTCCCTTATACCATAATTATGAAAATATCCTTTCT
* * *
14600913 CTTATAAATATTACTAAATAATCTCTTATTAAATTACTCAAAATACCCTTTTCATTATATGATAA
131 CTTATAATTATTACTAAATAAT-TCTTATGAAATTAC-CAAAATACACTTTTCATTATATGATAA
* * * * * * * * * * * *
14600978 GAAGTTTATATTTAGCCAAATGAAATATTTTGCTCTCATA-CTGTAATTACAAAAATACTCGTTC
194 GAAGTTAACATGTGGCCAAATTAATTATTATGCCCTTATATC-ATAATTAC-AAAATACCCATTC
14601042 AT
257 -T
* * * *
14601044 -TTATAATTATATACCAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAATA-CATTTTCTATTATATGATA
1 CTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACCA-TTTCCATTATATGATA
* * ** * *
14601107 AGAAATTGA-ATTGCAGTCGGATTGACT-ATTATGT-CTTTATACCA-AATT-TGCAAAA-ATAC
65 AGAAATTGACA-TGTAGCCAAATGGA-TAATTAT-TCCCTTATACCATAATTATG-AAAATAT-C
* * * * * *
14601166 AC-TTATCTTGTAATTATTAAATAAATATTTCCTTATGCAATTA-CGAAA-ACACTCTTTCTATT
125 -CTTTCTCTTATAATTATT-ACTAAATAATT-CTTATGAAATTACCAAAATACACT-TTTC-ATT
* * * * ** * ** * * *
14601228 ATATGATAGGAAGTTTATATATGGGTAAATGT-ATAATTATGTTCTCATACCATAATTATGAAAA
185 ATATGATAAGAAGTTAACATGTGGCCAAAT-TAATTATTATGCCCTTATATCATAATTA-CAAAA
*
14601292 T-CGTCATTCT
248 TAC-CCATTCT
* * * * ** * * * *
14601302 CTTATAGTAAGTTACAAAATAATGC-CACA-AAAATTACGAAAATACCCTTTCTATTATATGATA
1 CTTATAATTATTTACTAAATAAT-CTCTTATGAAATTACCAAAATACCATTTCCATTATATGATA
* * * * * * * ** *
14601365 AGAAATTGAAATAT-GATCAAATGAACT-ATTATGCCCTTACATCATAATTACCAAAATACCCTT
65 AGAAATTGACATGTAG-CCAAATGGA-TAATTATTCCCTTATACCATAATTATGAAAATATCCTT
* * * * * ** * *
14601428 TATTTTATAATTATTTATTAAA-AATTCCCTTATTAAATTACAAAAATACTTTTTTTATTATATA
128 TCTCTTATAATTA-TTACTAAATAATT--CTTATGAAATTACCAAAATACACTTTTCATTATATG
* ** * * * * *
14601492 ATAAGAA-ATATACATGTGGCCAAATGGATTATTCTTCTCTTATACCATAATTACGAAATTACCC
190 ATAAGAAGTTA-ACATGTGGCCAAATTAATTATTATGCCCTTATATCATAATTAC-AAAATACCC
14601556 -TTCT
253 ATTCT
* *
14601560 TTTATTATTA-TTACTAAA
1 CTTATAATTATTTACTAAA
14601578 ATCCCATTTC
Statistics
Matches: 822, Mismatches: 169, Indels: 118
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
250 53 0.06
251 81 0.10
252 28 0.03
253 27 0.03
254 11 0.01
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261 11 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (257 bp):
CTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACCATTTCCATTATATGATAA
GAAATTGACATGTAGCCAAATGGATAATTATTCCCTTATACCATAATTATGAAAATATCCTTTCT
CTTATAATTATTACTAAATAATTCTTATGAAATTACCAAAATACACTTTTCATTATATGATAAGA
AGTTAACATGTGGCCAAATTAATTATTATGCCCTTATATCATAATTACAAAATACCCATTCT
Found at i:14601864 original size:45 final size:46
Alignment explanation
Indices: 14601778--14601878 Score: 125
Period size: 45 Copynumber: 2.2 Consensus size: 46
14601768 CATACTATAA
**
14601778 TTATGAAATTACCCATTTCTCTTATAATTATGTACTTAATAATCCC
1 TTATGAAATTACCCATTTCTCTTATAATTATGTACAAAATAATCCC
* * **
14601824 TTATGAAATTATCCA-TTCT-TCTATAATTATTTACAAAATAATCTT
1 TTATGAAATTACCCATTTCTCT-TATAATTATGTACAAAATAATCCC
14601869 TTATGAAATT
1 TTATGAAATT
14601879 GCCAAAATAC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 6, Indels: 3
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
44 1 0.02
45 33 0.69
46 14 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.04, T:0.46
Consensus pattern (46 bp):
TTATGAAATTACCCATTTCTCTTATAATTATGTACAAAATAATCCC
Found at i:14602084 original size:130 final size:130
Alignment explanation
Indices: 14601845--14603234 Score: 934
Period size: 130 Copynumber: 10.7 Consensus size: 130
14601835 TCCATTCTTC
* * *
14601845 TATAATTATTTACAAAATAATCTTTTATGAAATTGCCAAAATA-CCATTTTCATTATATGATAAG
1 TATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATATCC-TTTTCATTATATGATAAG
* * * * * * * ** *
14601909 AAATTGACATGTGGCTAAATAAATTAGTATACGC-TCATGCTATAATTATAAAAATACCCTTTGT
65 AAATTGACATGTGGCCAAATGAACTATTATGC-CTTCATACCATAATTACGAAAATACCCTTTCT
14601973 CT
129 CT
* * *
14601975 TATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAATATACTTTCCATTATATGATAAGA
1 TATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATATCCTTTTCATTATATGATAAGA
* * * * * * *
14602040 AGTTAACATGTGGTCAAATTAACTATTATGCCTTCATATCATAATTACAAAAATAGCCC-TTCTT
66 AATTGACATGTGGCCAAATGAACTATTATGCCTTCATACCATAATTACGAAAATA-CCCTTTCTC
14602104 T
130 T
* ** * * *
14602105 TATAATTATTTACCAAATAATCTCCAATAAAATTACCAAAATA-CCCTTTCATTATATGATTAGA
1 TATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATATCCTTTTCATTATATGATAAGA
* *
14602169 AATTGACATGTGGCCAAATGGAA-TATTATTCCCTT-ATACCATAATTATGAAAATATCCCTTT-
66 AATTGACATGTGGCCAAAT-GAACTATTA-TGCCTTCATACCATAATTACGAAAATA-CCCTTTC
*
14602231 TCC
128 TCT
* * * * *
14602234 TATAATTA-TTACTAAATAATCCCTTATTACATTACCAAAAATACCCTTTTTATTATATGATAAG
1 TATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACC-AAAATATCCTTTTCATTATATGATAAG
* * * * * * * * * ** *
14602298 AAGTTTATATCTAGCCAAATGAAATATTTTGCCCTCAAACCATAATTACGAAAATATTTCTTT-A
65 AAATTGACATGTGGCCAAATGAACTATTATGCCTTCATACCATAATTACGAAAATA-CCCTTTCT
14602362 CT
129 CT
* * * *
14602364 TATAATTATTTACTGAATAATCTCTTATGAAATTATCAAAAT-GCTGTTTTCATTATATGATAAG
1 TATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATATC-CTTTTCATTATATGATAAG
* * * * * * *
14602428 AAATTG--ATGTGCAGCTAAATGGACTATTATGTTCTT-ACACCAAAATTACGAAAATGCAC-TT
65 AAATTGACATGTG--GCCAAATGAACTATTATG-CCTTCATACCATAATTACGAAAATACCCTTT
*
14602489 ATCT
127 CTCT
* * * * * * *
14602493 TATAATTTTTTATTAAATAATTTCTTATGAAATTATCAAAATACCCTTTTAATTATATGATATGA
1 TATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATATCCTTTTCATTATATGATAAGA
* * *** * * * * * * *
14602558 AATTTATATACAAG-CAAATGGACAATTTTGCCCTCATACCACAATTAC-AAAACTATCCATTCT
66 AATTGACAT-GTGGCCAAATGAACTATTATGCCTTCATACCATAATTACGAAAA-TACCCTTTCT
*
14602621 CC
129 CT
* *
14602623 CATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATA--CTATTTGCATTATATAATAA
1 TATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATATCCT-TTT-CATTATATGATAA
* * * ** ** * * *** * * * * *
14602686 GAAGTTAATATGTATCCAAATTTATTATCACATCTTTAT-TCATAATTACAAAAATACTCATTCT
64 GAAATTGACATGTGGCCAAATGAACTATTATGCCTTCATACCATAATTACGAAAATACCCTTTCT
14602750 CT
129 CT
* *
14602752 TATAATTATTTATTAAATAATC-CTTATGAAATTACCAAAATA-CCTTATTCATCATATGATAAG
1 TATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATATCCTT-TTCATTATATGATAAG
* * * * * * * * * * *
14602815 AAAATGACATGGGGGCAGATGGACTATTATGCCTTTATACAAAAATTACGAAAATA-TCATTGTC
65 AAATTGACATGTGGCCAAATGAACTATTATGCCTTCATACCATAATTACGAAAATACCCTTTCTC
*
14602879 A
130 T
* * * * * * * **
14602880 TATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATCAAATTTCTAAAATATCATTTCCATTATATAATATTA
1 TATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATATCCTTTTCATTATATGATAAGA
* * * * * * * *
14602945 AGTTTATATGTGGGCAAAT-AGA-TAATTTTGCCCTCATACCATAATTACTAAACTATCCCTTTC
66 AATTGACATGTGGCCAAATGA-ACT-ATTATGCCTTCATACCATAATTACGAAAATA-CCCTTTC
*
14603008 TCC
128 TCT
* * * * * *
14603011 TATAATTATTTATTAAATAATCACTTATGAAATTACTAAAATA-CACATTCCATTATAAGATAA-
1 TATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATATC-CTTTTCATTATATGATAAG
* * * * * * * *
14603074 AAAGTT-AGCATGTGGCCAAATTAATTATTATGCCCTT-GTATCAAAATTATGATAATA-CTTAT
65 AAA-TTGA-CATGTGGCCAAATGAACTATTATG-CCTTCATACCATAATTACGAAAATACCCT-T
14603136 TCTCT
126 TCTCT
** * * * * *
14603141 TATAATTATTTACTAAATAATAGCCTATGAAATTAACGAAATA-CCATTTCCATTATATGATTAG
1 TATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATATCC-TTTTCATTATATGATAAG
*
14603205 AAATTGACATGTAGCCAAATTG-ACTATTAT
65 AAATTGACATGTGGCCAAA-TGAACTATTAT
14603235 CATAACGTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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132 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (130 bp):
TATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATATCCTTTTCATTATATGATAAGA
AATTGACATGTGGCCAAATGAACTATTATGCCTTCATACCATAATTACGAAAATACCCTTTCTCT
Found at i:14602369 original size:259 final size:255
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14601835 TCCATTCTTC
* * *
14601845 TATAATTATTTACAAAATAATCTTTTATGAAATTGCCAAAATACCATTTTCATTATATGATAAGA
1 TATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACC-TTTTCATTATATGATAAGA
* * * * * * * *
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**
14601974 TTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAATATA--CTTTCCATTATATGATA
128 TTATAATTA-TTACTAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAA-ATACCCTTTTAATTATATGATA
* * * * * * * * * *
14602037 AGAAGTTAACATGTGGTCAAATTAACTATTATGCCTTCATATCATAATTACAAAAATAGCCCTTC
191 AGAAGTTTATATCTAG-CAAATGAAATATTTTGCCCTCATACCATAATTAC-AAAATA-TCCTTC
*
14602102 TTT
253 TCT
* ** * * *
14602105 TATAATTATTTACCAAATAATCTCCAATAAAATTACCAAAATACCCTTTCATTATATGATTAGAA
1 TATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACCTTTTCATTATATGATAAGAA
* *
14602170 ATTGACATGTGGCCAAATGGAATATTATTCCCTTATACCATAATTATGAAAATATCCCTTTTCCT
66 ATTGACATGTGGCTAAATGGAATATTATTCCCTTATACCATAATTATGAAAATA-CCCTTTTCTT
* * * *
14602235 ATAATTATTACTAAATAATCCCTTATTACATTACCAAAAATACCCTTTTTATTATATGATAAGAA
130 ATAATTATTACTAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAAATACCCTTTTAATTATATGATAAGAA
* *
14602300 GTTTATATCTAGCCAAATGAAATATTTTGCCCTCAAACCATAATTACGAAAATATTTCTT-TACT
195 GTTTATATCTAG-CAAATGAAATATTTTGCCCTCATACCATAATTAC-AAAATA-TCCTTCT-CT
* * * *
14602364 TATAATTATTTACTGAATAATCTCTTATGAAATTATCAAAATGCTGTTTTCATTATATGATAAGA
1 TATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATAC-CTTTTCATTATATGATAAGA
* * * * * * * *
14602429 AATTG--ATGTGCAGCTAAATGGACTATTATGT-TCTTACACCAAAATTACGAAAATGCACTTAT
65 AATTGACATGTG--GCTAAATGGAATATTAT-TCCCTTATACCATAATTATGAAAATACCCTTTT
* * * * *
14602491 CTTATAATTTTTTATTAAATAATTTCTTATGAAATTATC-AAAATACCCTTTTAATTATATGATA
127 CTTATAA-TTATTACTAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAAATACCCTTTTAATTATATGATA
* * * * *
14602555 TGAAATTTATATACAAGCAAATGGACA-ATTTTGCCCTCATACCACAATTACAAAACTATCCATT
191 AGAAGTTTATAT-CTAGCAAAT-GAAATATTTTGCCCTCATACCATAATTACAAAA-TATCC-TT
*
14602619 CTCC
252 CTCT
* *
14602623 CATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATA-CTATTTGCATTATATAATAAG
1 TATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACCT-TTT-CATTATATGATAAG
* * * ** * ** * * * * * ** * *
14602687 AAGTTAATATGTATCCAAATTTATTATCACAT-CTTTAT-TCATAATTACAAAAATACTCATTCT
64 AAATTGACATGTGGCTAAATGGAATATTA-TTCCCTTATACCATAATTATGAAAATAC-CCTTTT
* * * *
14602750 CTTATAATTATTTATTAAATAATC-CTTATGAAATTACC-AAAATA-CCTTATTCATCATATGAT
127 CTTATAATTA-TTACTAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAAATACCCTT-TTAATTATATGAT
** * * *** * * * * * * * * * *
14602812 AAGAAAATGACATGGGGGCAGATGGACTATTATGCCTTTATACAAAAATTACGAAAATATCATTG
190 AAGAAGTTTATAT-CTAGCAAATGAAATATTTTGCCCTCATACCATAATTAC-AAAATATCCTTC
*
14602877 TCA
253 TCT
* * * * * * * **
14602880 TATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATCAAATTTCTAAAATATCATTTCCATTATATAATATTA
1 TATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATA-CCTTTTCATTATATGATAAGA
* * * * * *
14602945 AGTTTATATGTGGGC-AAATAG-ATAATT-TTGCCCTCATACCATAATTACT-AAACTATCCCTT
65 AATTGACATGT-GGCTAAATGGAAT-ATTATT-CCCTTATACCATAATTA-TGAAAATA-CCCTT
* * * * * * * ** *
14603006 TCTCCTATAATTATTTATTAAATAATCACTTATGAAATTA-CTAAAATACACATTCCATTATAAG
125 T-TCTTATAATTA-TTACTAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAAATACCCTTTTAATTATATG
* * * * * * * ** * * * * *
14603070 ATAAAAAG-TTAGCATGTGGCCAAATTAATTATTATGCCCTTGTATCAAAATTATGATAATACTT
188 ATAAGAAGTTTA-TATCTAG-CAAATGAAATATTTTGCCCTCATACCATAATTA-CAAAATA-TC
*
14603134 ATTCTCT
249 CTTCTCT
** * * * * *
14603141 TATAATTATTTACTAAATAATAGCCTATGAAATTAACGAAATACCATTTCCATTATATGATTAGA
1 TATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACC-TTTTCATTATATGATAAGA
* * * *
14603206 AATTGACATGTAGCCAAATTGACTATTAT
65 AATTGACATGTGGCTAAATGGAATATTAT
14603235 CATAACGTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
255 1 0.00
256 1 0.00
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262 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (255 bp):
TATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACCTTTTCATTATATGATAAGAA
ATTGACATGTGGCTAAATGGAATATTATTCCCTTATACCATAATTATGAAAATACCCTTTTCTTA
TAATTATTACTAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAAATACCCTTTTAATTATATGATAAGAAG
TTTATATCTAGCAAATGAAATATTTTGCCCTCATACCATAATTACAAAATATCCTTCTCT
Found at i:14602550 original size:389 final size:388
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Indices: 14601833--14603234 Score: 943
Period size: 389 Copynumber: 3.6 Consensus size: 388
14601823 CTTATGAAAT
* * * ** * *
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* * * * * * * * * * * ** * **
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** *
14601962 ATA-CCCTTTGTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAATATACTTTCC
130 ATATTTCTTT-ACTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAATATACTTTCC
* * * * *
14602026 ATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGGTCAAATTAACTATTATGCCTTCATATCATAATTACAAA
194 ATTATATGATAAGAAATT-ACATGTGGTCAAATGAACTATTATGCCTTCACACCAAAATTACAAA
* * * *
14602091 AATAGCCCTTCTTTTATAATTATTTACCAAATAATCTCCAATAAAATTACCAAAATACCCTTTCA
258 AATAGCACTTATCTTATAATTATTTACCAAATAATCTCCAATAAAATTACCAAAATACCCTTTAA
*** * *
14602156 TTATATGAT-TAGAAATTGACAT-GTGGCCAAATGGA-ATATTATT-CCCTTATACCATAATTAT
323 TTATATGATAT-GAAATTGACATACAAG-CAAATGGACA-ATT-TTGCCCTCATACCACAATTA-
*
14602217 GAAAA-
383 CAAAAC
* * * * * * **
14602222 TATCCCTTTTCCTATAATTA-TTACTAAATAATCCCTTATTACATTACCAAAAATACCCTTTTTA
1 TATCCATTCTCCCATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACC-AAAATACCATTTGCA
* *
14602286 TTATATGATAAGAAGTTTATATCTAGCCAAATGAAATATTTTGCCCTCAAACCATAATTACGAAA
65 TTATATAATAAGAAGTTAATATCTAGCCAAATGAAATATTTTGCCCTCAAACCATAATTACGAAA
* * * * * *
14602351 ATATTTCTTTACTTATAATTATTTACTGAATAATCTCTTATGAAATTATCAAAATGCT-GTTTTC
130 ATATTTCTTTACTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAAT-ATACTTTCC
* * *
14602415 ATTATATGATAAGAAATT-GATGTGCAG-CTAAATGGACTATTATGTTCTT-ACACCAAAATTAC
194 ATTATATGATAAGAAATTACATGTG--GTC-AAATGAACTATTATG-CCTTCACACCAAAATTAC
* * ** * ** * *
14602477 GAAAAT-GCACTTATCTTATAATTTTTTATTAAATAATTTCTTATGAAATTATCAAAATACCCTT
255 AAAAATAGCACTTATCTTATAATTATTTACCAAATAATCTCCAATAAAATTACCAAAATACCC-T
* *
14602541 TTAATTATATGATATGAAATTTATATACAAGCAAATGGACAATTTTGCCCTCATACCACAATTAC
319 TTAATTATATGATATGAAATTGACATACAAGCAAATGGACAATTTTGCCCTCATACCACAATTAC
14602606 AAAAC
384 AAAAC
* *
14602611 TATCCATTCTCCCATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACTATTTGCAT
1 TATCCATTCTCCCATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAATACCATTTGCAT
* * * * ** ** *
14602676 TATATAATAAGAAGTTAATATGTATCCAAAT---TTATTAT-CACATCTTTATTCATAATTACAA
66 TATATAATAAGAAGTTAATATCTAGCCAAATGAAATATTTTGC-C--CTCAAACCATAATTACGA
* * * *
14602737 AAATA-CTCATTCT-CTTATAATTATTTATTAAATAATC-CTTATGAAATTACCAAAATA-CCTT
128 AAATATTTC-TT-TACTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAATATACTT
* * * * * * * * * *
14602798 ATTCATCATATGATAAGAAAATGACATGGGGGCAGATGGACTATTATGCCTTTATACAAAAATTA
191 -TCCATTATATGATAAG-AAATTACATGTGGTCAAATGAACTATTATGCCTTCACACCAAAATTA
* * * * * * * * * * *
14602863 CGAAAATATCA-TTGTCATATAATTATTTACTAAATAATC-CCTTATCAAATTTCTAAAATATCA
254 CAAAAATAGCACTTATCTTATAATTATTTACCAAATAATCTCC-AATAAAATTACCAAAATACCC
* * * * * * **** * * *
14602926 TTTCCATTATATAATATTAAGTTTATATGTGGGCAAATAGATAATTTTGCCCTCATACCATAATT
318 TTT-AATTATATGATATGAAATTGACATACAAGCAAATGGACAATTTTGCCCTCATACCACAATT
*
14602991 ACTAAAC
382 ACAAAAC
* * * * * *
14602998 TATCCCTTTCTCCTATAATTATTTATTAAATAATCACTTATGAAATTACTAAAATACACA-TTCC
1 TAT-CCATTCTCCCATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAATAC-CATTTGC
* ** * * * * * *** * * *
14603062 ATTATA-AGATAAAAAGTTAGCATGTGGCCAAATTAATTATTATGCCCTTGTATCAAAATTATGA
64 ATTATATA-ATAAGAAGTTAATATCTAGCCAAATGAAATATTTTGCCCTCAAACCATAATTACGA
* * * ** * * * * *
14603126 TAATACTTATTCT-CTTATAATTATTTACTAAATAATAGCCTATGAAATTAACGAAATA-CCATT
128 AAATATTTCTT-TACTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAATATAC-TT
* * *
14603189 TCCATTATATGATTAGAAATTGACATGTAGCCAAATTG-ACTATTAT
191 TCCATTATATGATAAGAAATT-ACATGTGGTCAAA-TGAACTATTAT
14603235 CATAACGTAT
Statistics
Matches: 814, Mismatches: 158, Indels: 81
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
385 1 0.00
386 15 0.02
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391 12 0.01
392 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (388 bp):
TATCCATTCTCCCATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAATACCATTTGCAT
TATATAATAAGAAGTTAATATCTAGCCAAATGAAATATTTTGCCCTCAAACCATAATTACGAAAA
TATTTCTTTACTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAATATACTTTCCAT
TATATGATAAGAAATTACATGTGGTCAAATGAACTATTATGCCTTCACACCAAAATTACAAAAAT
AGCACTTATCTTATAATTATTTACCAAATAATCTCCAATAAAATTACCAAAATACCCTTTAATTA
TATGATATGAAATTGACATACAAGCAAATGGACAATTTTGCCCTCATACCACAATTACAAAAC
Found at i:14604408 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 14604400--14604452 Score: 106
Period size: 3 Copynumber: 17.7 Consensus size: 3
14604390 CTTTAAAATC
14604400 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
14604448 ATT AT
1 ATT AT
14604453 GCATAAATTT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 50 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.00, T:0.66
Consensus pattern (3 bp):
ATT
Found at i:14607141 original size:130 final size:128
Alignment explanation
Indices: 14606947--14608805 Score: 922
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14606937 CCTTTATATT
* * * * *
14606947 ATAATTACGAAAATATCCCCTT-TCTTACAATTATTAATTAAATAATCTCTCATAAAATTACCAA
1 ATAATTATGAAAATAT-CCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTCATGAAATTACCAA
* * * * *
14607011 AATACCCCCTTCTATTATATGATAAGAAATTAACATCTGATCAAATGGACTATTGTTCTCTCATA
65 AATA-CCCTTTC-ATTATATGATAAGAAATTAACATGTGACCAAATGAACTATTATTC-CTCATA
14607076 CC
127 CC
** * * *
14607078 ATAATTATGAAAATATTTCTTCTTTTCTAATTA-TTACTAAATAATCTCTCATTAAATTACCAAA
1 ATAATTATGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTCATGAAATTACC-AA
* * ** * * * ** * *
14607142 AATAACACTTCCATTATATGATAAGATGTTTATATGTGGCCAAACAAAATATT-TTGCCCTTATA
65 AAT-ACCCTTTCATTATATGATAAGAAATTAACATGTGACCAAATGAACTATTATT--CCTCATA
14607206 CC
127 CC
* * * *
14607208 ATAATTATGAAAATACCCCTTCGCTTATAATTATTTACTAAATAATCTC-CTATTAAATTATCAA
1 ATAATTATGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTC-ATGAAATTACCAA
** * * * * *
14607272 AATATCTTTTTCATTATAAGATAAGCAATTAACGTGT-AGCCAGATGGACTATTATGTCCAT-AT
65 AATA-CCCTTTCATTATATGATAAGAAATTAACATGTGA-CCAAATGAACTATTAT-TCC-TCAT
14607335 ACC
126 ACC
* * * * * * * *
14607338 A-AAAT-TGCAAAA-ATGCACTTATCTTATAATTATTTACTAACTAATCCCCTTATGGAATTATC
1 ATAATTATG-AAAATAT-CCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT-CTCTCATGAAATTACC
* ** * * * ** * * *
14607400 AAAATACCCATTCCATTATATGATTTGAAATTTATATGAGGGCATAA-GCACAATGT-TACCCTC
63 AAAATACCC-TTTCATTATATGATAAGAAATTAACATGTGACCA-AATGAACTAT-TAT-TCCTC
**
14607463 ATATT
124 ATACC
* * * * * *
14607468 ATAATTA-CAAAACTATCCCTTCTCATATAATTATTAACTAAATAATCCCTTATGAATTTACCAA
1 ATAATTATGAAAA-TATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTCATGAAATTACCAA
* ** * * * * * * ** *
14607532 ATTACTTTTTCATTATATGGTAAGAAATTAAAAAGTGCCCAAATTG-ATTATAATGTTGTCATAT
65 AATACCCTTTCATTATATGATAAGAAATTAACATGTGACCAAA-TGAACTATTAT-TCCTCATAC
14607596 C
128 C
* * * *
14607597 ATAATTATGAAAATATCTCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT-TCTTACGAAATTACCAAG
1 ATAATTATGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTCATGAAATTACCAAA
* * * ** * * * *
14607661 ATACTCTTTCCATTATATGATAAGATATTGATGTGCAGACC-GATGGACTATT-TTACCCTTATA
66 ATACCCTTT-CATTATATGATAAGAAATTAACATG-TGACCAAATGAACTATTATT--CCTCATA
14607724 CC
127 CC
* ** * * * * * * *
14607726 AAAATTACAAAAATACCCCTTCTTTTATAATT-GTTAGTAAATAATCTTTTATTAAATTACCAAA
1 ATAATTATGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTCATGAAATTACCAAA
** * ** ** * *
14607790 ATACTATTTTCATTATATGATAAGAAGTTAACATAAGTTCAAATTAACTATTATATCCTCATATC
66 ATAC-CCTTTCATTATATGATAAGAAATTAACATGTGACCAAATGAACTATTAT-TCCTCATACC
* * * * **
14607855 ATAATTACGAAAATAGCTCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTC-CTATAAAATTATAAA
1 ATAATTATGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTC-ATGAAATTACCAA
* ** * * *
14607919 AATGCCCTTTCCATTATACAATAAGAAATTGACATGTGACCAAATTAACTATTATCTCCTCAAAC
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*
14607984 A
128 C
** **
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* * * * * * * *
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126 ACC
** * * * * **
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** * * * * * * * * *
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127 CC
* * * * *
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* ** * * * * *
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64 AAATACCCTTTCATTATATGATAAGAAATTAACATGTGACCAAATGAACTATTATTC-CTCATAC
14608371 C
128 C
* * * * * *
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* * * * * * *
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*
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125 TACC
* ** * ** * *
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* * * * * * * * * *
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126 ACC
* ** * ** * ** * * *
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* * * *
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*
14608757 ACT
126 ACC
** * *
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* * * * * *
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*
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259 A
*
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * ** * * * *
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** *
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256 AACA
* * * * * *
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*
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* ** * ** * *
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* *
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** * * * * *
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** * * *
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* ** ** ** * *
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* * * * ** * * **
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*
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** * * * * * * * *
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* * * * * * * ** **
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** * * * * * *
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** ** * * * * * ** * * ***
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* **
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253 TCAAACA
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* * * * * *
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* * * * * *
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130 ATAATTACGAAAATAGCTCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTC-CTATGAAATTATAAA
* * * * * * ** * * * * * *
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*
14609792 ACC
257 ACA
* ** * * * *
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1 ATAATTACCAA-AATATCCCCTTCTCTTATAATTA-TTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCA
* * ** * * *
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* * * * ** * *
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* *** * *** * * **
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*
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255 AA-ACA
* ** * * * *
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1 ATAATTACCAAAATATCCCCTTCTCTTATAATTA-TTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAA
* * * * * ** ** * ** *
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* * * * * **
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** * * * * * * * * **
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192 AAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGATATGTGACCAAATAAAATATTATACCCTCAA
***
14610311 GTT
257 ACA
** *** * **
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* * * * * * * * * ** * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * * *
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* * * * ** ** * * *
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** * * * * *
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* * * * * * * * **
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** * * * *
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* * ** ** *
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * ** * * ** * *
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* * * * * * *
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* **
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* * *
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* * * * * * * **
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* * * * * ** * * * * *
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*
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256 -AACA
** * * * * *
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* * ** * ** * * *
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65 AATACCATTTTCATTATATGATAAGAAATTAACATAAGTTCAAATGGACTATTAT-TCCTCATAC
* * * * * * **
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*** * * * * ** * * *
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*
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256 AACA
* * ** ** *
14611895 A-CATTA-CGAAA-ATGGCCTAATC-TATAATTATTTACTAAATAATC-CATTATGAAATTACTA
1 ATAATTACCAAAATATCCCCTTCTCTTATAATTA-TTACTAAATAATCTC-TTATGAAATTACCA
* * * * * * ** ** * *
14611955 ACATATCC-TTTCCATTATAAGATAAGAAGTTTATATGTGGGCAAATGGACAATT-TTGCCCGCA
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* * * * * * ** * * * *
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* * * * * * * * ** * * **
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*
14612147 ATATC-
255 A-AACA
* ** *
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1 ATAATTACCAAAATATCCCCTTCTCTTATAATTA-TTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAA
* * ** ** * * * *
14612215 AATACCTTTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGACCAAATGAACTATTATGTCATAACA
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* * * * * * **
14612280 CCTTAATTACGAAATTACCTCTTCTTTTATAATTATTTACCAAATAATC-CTTTATGAAATTACC
128 CCATAATTACGAAAATAGCTCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTC-CTATGAAATTATA
* * * * ** *
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192 AAAATACC-CTTTCCATTATATGATAAGAAATTGATATGTGACCAAATAAAATATTATACCCTCA
*
14612408 ACACC
256 A-ACA
* * *
14612413 TTAATTA-CAAAAT-TACCCCTTCTTTTATAATTATTTACCAAATAATC-CTTTATGAAATTACC
1 ATAATTACCAAAATAT-CCCCTTCTCTTATAATTA-TTACTAAATAATCTC-TTATGAAATTACC
* * * * *
14612475 AAAATATCATTTCCATTTTATGATAACAAATTGACAT--G------TGG----TTA------A-A
63 AAAATACCATTTTCATTATATGATAAGAAATTAACATAAGTTCAAATGGACTATTATTCCTCATA
* * * * * **
14612521 CCGTAATTACAAAAATACCAT-TTATCTTATAATTATTTACTAAATAATC-CATATGAAATTACC
128 CCATAATTACGAAAATAGC-TCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCCTATGAAATTATA
* * * * * ** * * * * **
14612584 AAGATACACTTTGCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGACTAGTATGCCTTCGT
192 AAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGATATGTGACCAAATAAAATATTATACCCTCAA
*
14612649 ACC
257 ACA
* * ** * * * *
14612652 ATAATTACGAAAATA-ACATTTGTTTTATAATTATTTACTAAATAATCTC-TA-AAAATTATCAA
1 ATAATTACCAAAATATCCCCTTCTCTTATAATTA-TTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAA
* * * * *** * * * *
14612714 AATATTC-TTTCCATTATATGATAAGAAATT--CATATGTGGCCAAACATATTGTTATATCTTAA
65 AATA-CCATTTTCATTATATGATAAGAAATTAACATAAGT--TCAAATGGACTATTAT-TCCTCA
* * * * *
14612776 TAGCATAATTACGAAATTA-CTCCCTT-TTTTATAACTATTTACTAAATAATCTCATATGAAATT
126 TACCATAATTACGAAAATAGCT--CTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCCTATGAAATT
** * * * * * * * ** *
14612839 ACCAAAATACCCTTTCCATTTTATTATAAGAAGTTGACATGTGGCCAAATTAATTATTATGTCTT
189 ATAAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGATATGTGACCAAATAAAATATTATACCCT
* *
14612904 TATATC-
254 CA-AACA
* *
14612910 ATAATTACGAAAATA-CCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTATCAA
1 ATAATTACCAAAATATCCCCTTCTCTTATAATTA-TTACTAAATAATCTCTTATG-AA--AT---
* * * *
14612974 AATACCTAAAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATTAGAAATTGACATGTAG-CCAAATG
59 --TACC-AAAA-TACC-----A--TTTT-CATTATATGATAAGAAATTAACAT-AAGTTCAAATG
* ** * * *
14613038 GATTATTATTCCTTCATATGATAATTATGAAAATA-TTCTTTCTCTTATAA-TAATTACTAAATA
111 GACTATTATTCC-TCATACCATAATTACGAAAATAGCTC-TTCTCTTATAATTATTTACTAAATA
* * * *
14613101 ATC-CCTTACT-AAATTACCAAAAATACCCTTTCCATTATATGATAA-AAAGTTTATATATGGCC
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** * * * *
14613163 AAATGGAATATTTTGCCCTCATACC
235 AAATAAAATATTATACCCTCAAACA
* * *
14613188 ATAATTACGAAAATAT-CCATT-TGCTTATAATTATATACTAAATAATCTCTTATGAAATTATCA
1 ATAATTACCAAAATATCCCCTTCT-CTTATAATTAT-TACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCA
** * * *
14613251 AAACGCCA-TTTCTATTATATGATAAGAAATTAA-AGTGCAG-CCAGATGGACTATTATGT-CT-
64 AAATACCATTTTC-ATTATATGATAAGAAATTAACA-T-AAGTTCAAATGGACTATTAT-TCCTC
* * * * * * *
14613311 ATGTACCAAAATTGCAAAAAT-GCAT-TTATCTTGTAATTATTTACTAAATATTC-CCTTATAAA
125 A--TACCATAATTACGAAAATAGC-TCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCC-TATGAA
** * * * * * * ** * *
14613373 ATTACCAAAATAACTTTTTCATTATATGATAACAAATAT-ACATGTGGCCAAATGGACTATTATT
186 ATTATAAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAAT-TGATATGTGACCAAATAAAATATTATA
* * *
14613437 CTCTCATACC
250 CCCTCAAACA
** * * * *
14613447 ATAATTATGAAAATA--CCCTTCTTTTATTATTATTACTAAATAATC-CAATAGGAAATTACCAA
1 ATAATTACCAAAATATCCCCTTCTCTTATAATTATTACTAAATAATCTC-TTATGAAATTACCAA
* * * * ** * * * ** * *
14613509 AATGCC-TTTCCATTGTATGATAAGAAATTGACATGTGCTCAAATTGACAATTAAAGCCTAAAAC
65 AATACCATTTTCATTATATGATAAGAAATTAACATAAGTTCAAATGGACTATT-ATTCCTCATAC
* * * ** * **
14613573 CATAATTACGAAAATA-CCCATTCTATTATAAATATTTACTATGTAATC-CCTTGTGAAATTAGG
129 CATAATTACGAAAATAGCTC-TTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCC-TATGAAATTATA
** * ** * * * * *
14613636 AAAATACAGTTTCCATTATATGGTAAGAAATTGATATGTGATAAAATGAACTATTATGCCATCAT
192 AAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGATATGTGACCAAATAAAATATTATACCCTCAA
**
14613701 ATT
257 ACA
* * * * * *
14613704 ATAATTACGAAAATAT-CCCTTCTTTTATAATTATTTACTGAATAAT-TCCTCAAGAAATTACTA
1 ATAATTACCAAAATATCCCCTTCTCTTATAATTA-TTACTAAATAATCT-CTTATGAAATTACCA
* * * * * * * ** * *
14613767 AATTGCC-TTTTCCATTATATTACAAGAAATTGACATGTAG-CCAAATTTACTATTACTCTTTCA
64 AAATACCATTTT-CATTATATGATAAGAAATTAACAT-AAGTTCAAATGGACTATTATTC-CTCA
* * * * * * *
14613830 CATCATAATTACGAAAAT-GCCCTATCTCTAATAACTATTTACTATATAATC-CCTTATAAAATT
126 TACCATAATTACGAAAATAGCTCT-TCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCC-TATGAAATT
* * * * * * * ** * * *
14613893 ATCAAAATA-CCTTTTCATTAGATGCTCAGAAATTCACT-TGTG-CTGAAATTGATTATTATTCT
189 ATAAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGA-TATGTGAC-CAAATAAAATATTATACC
* *
14613955 CTCATACC
252 CTCAAACA
*** ** * * * *
14613963 ATAA-TAGGGAAATA-CCATTTTTCTTATAATTATTTCTAAATAATCCCTAATGAAATTACCAAA
1 ATAATTACCAAAATATCCCCTTCTCTTATAATTATTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAA
* * * * * *
14614026 ATACCCTTTTCATTATATGATAAGAAATTAACATGTAG-CCAAATGGATTGTTATGTCCTTATAC
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* * * * * * * *
14614090 CAAAATGACGAAAAT-GCCCTTATCTTATAATTATTTGCCAAAAAATC-CCTTATGAAATTATCA
129 CATAATTACGAAAATAGCTCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCC-TATGAAATTATAA
* * * * * *** * * **
14614153 AAATA-CCTTATCCACTATGTGATATGAAGTTTATATGTGGGTAGATGGACAAT-TT-TGGCCTC
193 AAATACCCTT-TCCATTATATGATAAGAAATTGATATGTGACCAAAT--AAAATATTATACCCTC
* *
14614215 ATACG
255 AAACA
* * ** *
14614220 ATAATTA-CAAAA-CTCTCCCTTCTTTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTAAAAAATTATCA
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* * * ** * ** *
14614283 AAATACTATTTCCATTGTATGATAA-AAAGTTAACATGTGTCCAAATTAACTATTTATGTTCTCA
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** * * * * * **
14614347 TATTATAATTAC-AGAAATACCTCTTCTCTTATAAATATTTACTAAATATTCCCCGAAAAAATTA
126 TACCATAATTACGA-AAATAGCTCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCCTATGAAATTA
* * * * * ** * ***
14614411 TGAAAATGCCCCTTCCATTATACT-ATAAGAAATTGATAAGTAACCAAATTTACTATTACGTCCT
190 TAAAAATACCCTTTCCATTATA-TGATAAGAAATTGATATGTGACCAAATAAAATATTATACCCT
*
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254 CAAACA
* * * ***
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1 ATAATTACCAAAATATCCCCTTC-TCTTATAATTATTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCAA
* * * ** ** * * ** *
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* * *
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* * * * * * * * ** *** * *
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190 TAAAAATACCCTT-TCCATTATATGATAAGAAATTGATA-TGTGACCAAATAAAATATTATACCC
* ** *
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253 TCAAACA
* *** * *
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* * * * ** ** *
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* * * * * * * * *
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* ** * ** * * * ** **
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*
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* * * * * * **
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * **** * *
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188 TA-TAAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGATATGTGACCAAATAAAATATTATACC
* *
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252 CTCA-AACA
** * * * *
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* ** ** * *
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* * * * * * *
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128 CCATAATTACGAAAATAGCTCTTCTCTTATAATT-ATTTACTAAATAATCTCCTATGAAATTATA
* * * * * * ** * *
14615443 AAAATACCCTTTCTATTATATGATAATAAGTTTACATGTGGCCAAATGGACTATT-TGCTCCT-A
192 AAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGATATGTGACCAAATAAAATATTATAC-CCTCA
* *
14615506 TACC
256 AACA
* * ** * * *
14615510 ATAGTTA-CAAAA-ATACTATTTTCATTATAATTGTTTACTAAATAATC-CATATGAAATTACCA
1 ATAATTACCAAAATATCCCCTTCTC-TTATAATT-ATTACTAAATAATCTCTTATGAAATTACCA
* * * ** ** * * *
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64 AAATACCATTTTC-ATTATATGATAAGAAATTAACATAAGTTCAAATGGACTATTAT-TCCTCAT
* * * * * * *
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* ** * * ** * *
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* * *
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253 TCAAACA
* * * *
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* * ** * ** ** ** **
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* * * * *
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** * * * * ** * ***
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190 TAAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGATATGTGACCAAATAAAATATTATACCCTC
* *
14616023 ATACC
255 AAACA
** * * *
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1 ATAATTACCAAAATATCCCCTTCTCTTATAATTATTACTAAATAATCTCTT-ATGAAATTAC-CA
* * * * * * ** ** * *
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** * *
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** ** ** * * * ** * * * * * ***
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187 TTATAAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGATATGTGACCAAATAAAATATTATACC
* *
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252 CTCA-AACA
* *** *
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* * * * ** * * * * * *
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* * *
14616411 TACCAAAAATTACAAAAATACCCTCTT-T-TTATAATTA-TTACTAAATAATC-CCTTATGAAAT
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* * *
14616472 TATCAAAATACCATTTTCATTATATGATAAGAA
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Statistics
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Alignment explanation
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* * ** *
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** ** * * ** * * *
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*
14607467 T
517 A
* * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * *** *
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* * *
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* * * * * *
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* * * ** *
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*
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *** * * * *
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* * * * * *** * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * *
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** ** * *
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*
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* * * *
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** ** * * * *
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* * *
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* * * * * *
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14609654 ---------
375 AAACGGAAA
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** * * * * * * * **
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* * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** * * * *** * * *
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* **
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* * * * ** * *
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** ** * * * * *
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* * * * * ** * *
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** * * * * *
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* ** *
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* * *
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* * * * * *
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* * **
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* * ** * * ** * * *
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* *** * * *
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189 CTCCTATAAAATTACCAAAAT-GCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTG-GCCAAATG
* * ** *
14611874 GACTATTATGC-CCTTATACCAA-CATTACGAAAAT-GGCCTAATC-TATAATTATTTACTAAAT
252 AACTATTAT-CTCC-TATA-CAATAATTAC-AAAATATCCCTTATCTTATAATTA-TTACTAAAT
* * * * * * *
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312 AATCTC-TTATGAAATTACTAA-AAACACCATTTCCATTATATGATAAGAAGTCTATATATCGCC
* *
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375 AAACGGAAA
* ** * * * * * *** * * * * *
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1 ATTATGCCTTCATACCATAATTACAAAAATACCCCTTCTATTATAATTACTTAGTAAATAATCTC
* * * * * * *
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* * * * * *
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130 ATTATATCCT-ATATCATAATTA-GAAAAT-GCTCTTATCTTATAATTATTTACTAAATAATCTC
* * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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315 CTC-TTATGAAATTACTAAAA-ACACCATTTCCATTATATGATAAGAAGTCT-ATATATCG-CCA
* *
14612389 AA-TGAACT
376 AACGGAA-A
* * * * * * * * **
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1 ATTATGCCTTCATACCATAATTACAAAAATACCCCTTCTATTATAATTACTTAGTAAATAATCTC
* * * *
14612461 TTTATGAAATTACCAAAATA-TCATTTCCATTTTATGATAACAAATTGACAT--G-----TGG--
66 -TTATGAAATTACCAAAATACT-ATTTTCATTATATGATAAGAAATTAACATAAGACAAATGGAC
* * *
14612516 --TTA-AACCGTA-AT--T-A-CA-AAAATAC-CATTTATCTTATAATTATTTACTAAATAATC-
129 TATTATATCC-TATATCATAATTAGAAAATGCTC--TTATCTTATAATTATTTACTAAATAATCT
* * * * * *
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191 CCTATAAAATTACCAAAATGC-CTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGAAC
* * * * * ** * *
14612635 TAGTATGC-CTTCGTACCATAATTACGAAAATAACATTTGTTTTATAATTATTTACTAAATAATC
255 TATTAT-CTCCT-ATACAATAATTAC-AAAATATCCCTTATCTTATAATTA-TTACTAAATAATC
* * * * * * *
14612699 TC-TA-AAAATTA-TCAAAATATTC-TTTCCATTATATGATAAGAAAT-TCATATGTGGCCAAAC
316 TCTTATGAAATTACTAAAAACA-CCATTTCCATTATATGATAAGAAGTCT-ATATATCGCCAAAC
** **
14612759 ATATT
379 GGAAA
* ** * * * * * * * *
14612764 GTTATATCTTAATAGCATAATTACGAAATTACTCCCTT-TTTTATAACTATTTACTAAATAATCT
1 ATTATGCCTTCATACCATAATTACAAAAATAC-CCCTTCTATTATAATTACTTAGTAAATAATCT
* ** * * * * * ** * ** *
14612828 CATATGAAATTACCAAAATACCCTTTCCATTTTATTATAAGAAGTTGACATGTGGCCAAATTAAT
65 CTTATGAAATTACCAAAATACTATTTTCATTATATGATAAGAAATTAACAT-AAGACAAATGGAC
* * * * *
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129 TATTATATC-CTATATCATAATTA-GAAAAT-GCTCTTATCTTATAATTATTTACTAAATAAT--
* * *
14612958 CTTATGAAATTATCAAAATACCTAAAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATTAGAAATTG
189 C-----------TC---CTA--TAAAATTACCAAAATGCC-TTTCCATTATATGATAAGAAATTG
* * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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363 CTATATATCGCCAAACGGAAA
* * * * * * *
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1 ATTATGCCTTCATACCATAATTACAAAAATACCCCTTCT-ATTATAATTACT-TAGTAAATAATC
* ** * * * *
14613235 TCTTATGAAATTATCAAAACGCCA-TTTCTATTATATGATAAGAAATTAA-AGTGCAGCCAGATG
64 TCTTATGAAATTACCAAAATACTATTTTC-ATTATATGATAAGAAATTAACA-T-AAGACAAATG
* * * *
14613298 GACTATTATGT-CTATGTACCAAAATT-GCAAAAATGCAT-TTATCTTGTAATTATTTACTAAAT
126 GACTATTATATCCTA--TATCATAATTAG--AAAATGC-TCTTATCTTATAATTATTTACTAAAT
* * * * *
14613360 ATTC-CCTTATAAAATTACCAAAATAACTTTTTCATTATATGATAACAAATAT-ACATGTGGCCA
186 AATCTCC-TATAAAATTACCAAAAT-GCCTTTCCATTATATGATAAGAAAT-TGACATGTGGCCA
* * * * * *
14613423 AATGGACTATTAT-TCTCTCATACCATAATTATGAAAATA-CCCTTCTTTTATTATTATTACTAA
248 AATGAACTATTATCTC-CT-ATACAATAATTA-CAAAATATCCCTTATCTTATAATTATTACTAA
* * * ** * * * *
14613486 ATAATC-CAATAGGAAATTAC-CAAAATGCC-TTTCCATTGTATGATAAGAAAT-TGACATGT-G
310 ATAATCTC-TTATGAAATTACTAAAAACACCATTTCCATTATATGATAAGAAGTCT-ATATATCG
** *
14613546 CTCAAATTGACA
373 C-CAAACGGAAA
* * * * * * * * ** *
14613558 ATTAAAGCC-TAAAACCATAATTACGAAAATACCCATTCTATTATAAATATTTACTATGTAATCC
1 ATT-ATGCCTTCATACCATAATTACAAAAATACCCCTTCTATTATAATTACTTAGTAAATAATCT
* ** * * * * ** * *
14613622 CTTGTGAAATTAGGAAAATAC-AGTTTCCATTATATGGTAAGAAATTGATATGTGATAAAATGAA
65 CTTATGAAATTACCAAAATACTA-TTTTCATTATATGATAAGAAATTAACATAAGA-CAAATGGA
* * * * * * *
14613686 CTATTAT-GCCATCATATTATAATTACGAAAATATCCCTTCTTTTATAATTATTTACTGAATAAT
128 CTATTATATCC-T-ATATCATAATTA-GAAAAT-GCTCTTATCTTATAATTATTTACTAAATAAT
* * * * *
14613750 -TCCTCA-AGAAATTACTAAATTGCCTTTTCCATTATATTACAAGAAATTGACATGTAGCCAAAT
189 CTCCT-ATA-AAATTACCAAAATGCC-TTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAAT
** * * *
14613813 TTACTATTA-CT-CTTTCACATCATAATTACGAAAAT-GCCC-TATCTCTAATAACTATTTACTA
251 GAACTATTATCTCCTAT-ACA--ATAATTAC-AAAATATCCCTTATCT-T-ATAATTA-TTACTA
* * * * * * * * * * *
14613874 TATAATCCCTTATAAAATTA-TCAAAATACC-TTTTCATTAGATGCTCAGAAAT-TCACT-TGT-
309 AATAATCTCTTATGAAATTACTAAAAACACCATTTCCATTATATGATAAGAAGTCT-A-TATATC
* ** **
14613934 GCTGAAATTGATT
372 GC-CAAACGGAAA
* *** ** * * ** *
14613947 ATTAT-TCTCTCATACCATAA-TAGGGAAATACCATTTTTCTTATAATTA-TTTCTAAATAATCC
1 ATTATGCCT-TCATACCATAATTACAAAAATACCCCTTCTATTATAATTACTTAGTAAATAATCT
* ** * * *
14614009 CTAATGAAATTACCAAAATACCCTTTTCATTATATGATAAGAAATTAACATGTAGCCAAATGGAT
65 CTTATGAAATTACCAAAATACTATTTTCATTATATGATAAGAAATTAACAT-AAGACAAATGGAC
* * * * * * * * *
14614074 TGTTATGTCCTTATACCAAAATGACGAAAATGCCCTTATCTTATAATTATTTGCCAAAAAATC-C
129 TATTATATCC-TATATCATAATTA-GAAAATGCTCTTATCTTATAATTATTTACTAAATAATCTC
* * * * * * * * * ** * *
14614138 CTTATGAAATTATCAAAATACCTTATCCACTATGTGATATGAAGTTTATATGTGGGTAGATGGAC
192 C-TATAAAATTACCAAAATGCCTT-TCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGAAC
* * ** * * * *
14614203 AATTTTGGCCTCATACGATAATTACAAAACTCTCCCTTCTTTTATAATTATTTACTAAATAATCT
255 TATTATCTCCT-ATACAATAATTACAAAA-TATCCCTTATCTTATAATTA-TTACTAAATAATCT
** * * * * * * * *
14614268 CTTAAAAAATTA-TCAAAATACTATTTCCATTGTATGATAAAAAGT-TA-ACATGTGTCCAAA-T
317 CTTATGAAATTACTAAAAACACCATTTCCATTATATGATAAGAAGTCTATATAT-CG-CCAAACG
*
14614329 TAACTA
380 GAA--A
* * ** * * * * * * * *
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1 ATTATGCCT-TCATACCATAATTACAAAAATACCCCTTCTATTATAATTACTTAGTAAATAATCT
** ** ** * *** * * *
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65 CTTATGAAATTACCAAAATACTATTTTCATTATA-TGATAAGAAATT-A-ACA-TAAGACAAATG
* ** * * * * *
14614461 TACTATTACGTCCT-TAAACAATAATTACAAAAATATCCCTCATCTTATAATTA-TTACTAAATA
126 GACTATTATATCCTAT-ATC-ATAATTA-GAAAAT-GCTCTTATCTTATAATTATTTACTAAATA
* *** * * * *
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* ** * * * * *
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248 AATGAACTATTAT-CTCCT-ATACAATAATTA-CAAAATATC-CCTTATCTTATAATTA-TTACT
* * * * * * * * * * *
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308 AAATAATCTCTTATGAAATTACTAAAAACACCATT-TCCATTATATGATAAGAAGTCT-ATATAT
* ** * **
14614711 TGAAAAATGGACC
371 CGCCAAACGGAAA
* * * ** * * * * *
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1 ATTATGCCTTCATACCATAATTAC-AAAAATACCCCTTCTATTATAATTACTTAGTAAATAATCT
* * ** *
14614788 CTTATGAAA-TACCAAAATAACT-TTTTCCATTAAATAATAAGAAA-TATACATTTGGCCAAATG
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* * * * * *
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126 GACTATTATATCCT-ATATC-ATAATTAGA-AAATGCT-CTTATCTTATAATTATTTACTAAATA
* * ** * * * ** * * *
14614911 ATCACATAGGATATTAGCAAAATGGCCTTTCTATTATACAATACGATATTGACATGTGGTCAAAT
187 ATCTCCTATAAAATTACCAAAAT-GCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAA-
* * * * * * *
14614976 TG-A-TAAGTA-CACCTTAATATC-ATAATTACAAAGTAACCATTTTGTTATAATTATATACTAA
250 TGAACT-ATTATCTCC-T-ATA-CAATAATTACAAAATATCCCTTATCTTATAATTAT-TACTAA
* ** * ** *
14615037 ATAATCCCTTATGAAATTAAGAAAATACA-C-TTTCCATTATATGATAAGAAAT-TGACGTGA-A
310 ATAATCTCTTATGAAATTACTAAAA-ACACCATTTCCATTATATGATAAGAAGTCT-ATAT-ATC
* * *
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372 GCCAAA-CGGA-AA
* * * * * * * ** *
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* * * ** * * ****
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* * * * *
14615238 TGTTAT-TCCTTCATATCATAATTATG-AAATGCACCTTCTCTTATAATTATTTATTATATAAT-
129 TATTATATCC-T-ATATCATAATTA-GAAAATGC-TCTTATCTTATAATTATTTACTAAATAATC
* * *
14615300 TCCTTATGAAATTACCAAAATACCATTT-CATTATATGATAAGAAATTG-CATGTGCCCAAATGA
190 TCC-TATAAAATTACCAAAATGCC-TTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGA
* * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* **
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* * ** * ** *
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1 ATTATGCCTTC-ATACCATAATTACAAAAATACCCCTTCT-ATTATAATTACTTAGTAAATAATC
* * ** * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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314 TCTC-TTATGAAATTACTAAAA-ACACCATTTCCATTATATGATAAGAAGTCT-ATATATCGCCA
** *
14615874 AA-TTAACT
376 AACGGAA-A
* * * * ** * * *
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1 ATTATGCCTTCATACCATAATTACAAAAATACCCCTTCTATTATAATTACTTAGTAAATAATCT-
* * * * ** *
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* * * * * * *
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128 CTATTATATCCT-ATATCATAATTA-GAAAAT-GCTCTTATCTTATAATTATTTACTAAATAATC
* * * * * * * *
14616073 -CCT-TAATAAATTACTAAAAATACTCTTTCCATTATGTAATAAGAAGTTTATATGTGGACAAAT
190 TCCTAT-A-AAATTAC-CAAAATGC-CTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAAT
* * * *
14616136 GGAA-TATTTTGC-CCTTACACAATAATTA-AAAAAATACCCTT-TCATTTACAATTATTTACT-
251 -GAACTATTAT-CTCC-TATACAATAATTACAAAATAT-CCCTTATC--TTATAATTA-TTACTA
* * * * ** *
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309 AATAATCT-CTTATGAAATTACTAAAAACACCATTTCCATTATATGATAAGAAGT
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TTACTAAAAACACCATTTCCATTATATGATAAGAAGTCTATATATCGCCAAACGGAAA
Found at i:14609154 original size:129 final size:128
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* * * *
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* * *
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* * * * ** * *
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*
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126 --TTC
* * * * * * * *
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1 CCTTATACCATAATTA-GAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAA
* * * * * * * *
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*
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** * * * * * * * *
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14609520 TTAACATATG
Statistics
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0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
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CCTTATACCATAATTAGAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAA
TTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAGATTGTATGTGGCCTAATGGACTATTTTC
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14608891 GGTTATTCCT
** ** ** * *
14608901 TCATATCATAATTATGAAAATACCTATTCCCTTATAATTATTTACTATATAGA-CCCTTATGAAA
1 TCATATCATAATTACAAAAATACCCCTTCTATTATAATTATTTACTAAATA-ATCCCTTATTAAA
* * * * * * *
14608965 TTTAGCAAAATACCATTTTCCATTATATGATAA-ACAATTGATAAGT-ACCAAAATGGACTATTA
65 -TTACCAAAATACC--TTTCCATTATATGATAAGA-AGTTTACATGTGGCC-TAATGGACTATT-
* *
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124 TACCA
* * ** * * * *
14609033 TTATACCATAATTAGGAAATTGCCCCTTCTCTTATAATTATTT-CTAAATAATCACTTATTAAAT
1 TCATATCATAATTACAAAAATACCCCTTCTATTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATTAAAT
*
14609097 TACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAGTTTGCATGTGGCCTAATGGACTATGTTACCA
66 TACCAAAATACC-TTTCCATTATATGATAAGAAGTTTACATGTGGCCTAATGGACTAT-TTACCA
* *
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1 TCATATCATAATTACAAAAATACCCCTTCTATTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATTAAAT
* * * *
14609227 TACCAAAATAACCTTTCCATTATATGATAAAAAATTGATATGTGGCC-AGATGGACTA-TTA-CA
66 TACCAAAAT-ACCTTTCCATTATATGATAAGAAGTTTACATGTGGCCTA-ATGGACTATTTACCA
* * * ** * * * * * * **
14609289 TTTTTATACCAAAATTATGAAAAT-GCCATTTTCTTATCATTATTTAATAAATAATCCCTTACGA
1 ---TCATATCATAATTACAAAAATACCCCTTCTATTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATTA
* * * * * * *
14609353 AATTATCAAAATACCCTATCCATTATGTGATATGAAGCTTATATGTGCGCATAA-GGA-TAATTT
63 AATTACCAAAATA-CCTTTCCATTATATGATAAGAAGTTTACATGTG-GCCTAATGGACT-A-TT
* *
14609416 TGCCT
124 TACCA
** * * * * ** * * *
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1 TCATATCATAATTACAAAAATACCCCTTCTATTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATTAAAT
* * * * * * *
14609486 TACCAAAATACTATTTCCATTATATGATAAGAAGTTAACATATGTCCAAATTGACTACTATGT-G
66 TACCAAAATAC-CTTTCCATTATATGATAAGAAGTTTACATGTGGCCTAATGGACTA-T-T-TAC
14609550 C-
127 CA
* * * * * *
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1 TCATATCATAATTACAAAAATACCCCTTCTATTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATTAAAT
* *
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66 TACCAAAATACC-TTTCCATTATATGATAAGAA
14609645 AGTTGTATTA
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TACCAAAATACCTTTCCATTATATGATAAGAAGTTTACATGTGGCCTAATGGACTATTTACCA
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* ** * *
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* * * * * * * *
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*
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127 TTC
* *
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1 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAATCCTATTTCCATTATATGATA
* * ** * * *
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66 AGAAGTTGACATGTGGCCAAACAGACTACT-ATG-CCTCATACCATAATTATCAAAATACCATTT
14609946 C
129 C
** * * *
14609947 TCTTATAATTATTTACTAAATAAT-CCAAATAAAATTACCAAAAT-ATGTTTTCCATTATATGAT
1 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAATCCT-ATTTCCATTATATGAT
* * * * * * * **
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65 AAGAAGTTGACATGTGGCCAAACAGACTACTATG-CCTCATACCATAATTATCAAAATACCATTT
14610075 C
129 C
* * * * *
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1 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAAT-CCTATTTCCATTATATGAT
* * * ** *
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*
14610204 TA
128 TC
* * * *
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1 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAATCCTA-TTTCCATTATATGAT
* * * * *** * **
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128 TC
* ** * * *
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1 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTT-ATGAAATTACCAAAAT-CCTATTTCCATTATATGA
* ** * ** * * * * * *
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*
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123 CCA-T-TTC
* * * * *
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1 TCTTATAAT-TATTTACT-AAATA-ATCC---CT-T-ATGAA--ATTAC-CAA-AATCCTATTTC
* * * * * ** * * ** *** *
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** **
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* * * * * *
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1 TCTTATAAT--TATTTAC-TAAATA----ATCCCTTATGAA--A-TTAC-CAA-AAT--CCTAT-
* * * *
14610657 AAATTACCAAAATACTCTTTCCATCATATGATAAGAAATTGACGTGTGGCCAAA-TGAACTAGTA
51 ---TT-CC-----A-----T---T-ATATGATAAGAAGTTGACATGTGGCCAAACAG-ACTACTA
** * *
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97 TG-CCTCATACCATAATTATCAAAATACCAT-TTC
* *
14610754 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAATACACT-TTTCCATTTTATTA
1 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAAT-C-CTATTTCCATTATATGA
* * * * * * * * *
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64 TAAGAAGTTGACATGTGGCCAAA-CAGACTACTATG-CCTCATACCATAATTATCAAAATACCAT
*
14610882 TTA
127 TTC
* * * * *
14610885 T-TTAATAATTATTTACTAAATAATCTC-AATAAAATTACCAAAATACC--CTTCTATTATATGA
1 TCTT-ATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAAT-CCTATTTCCATTATATGA
* * * * *
14610946 T-AGAAATTAACATGTGGCCAAA-TGAACTATTATTCTCTCATACCATAATTA-CGAAAATATCC
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*
14611008 -CTTC
125 ATTTC
* * *
14611012 TCTTATAATTA-TTACTGAATAATCCATTATTAAATTACCAAAAATACC-ATTTCCATTATATGA
1 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACC-AAAAT-CCTATTTCCATTATATGA
* * ** * * * *
14611075 TAAGAAGTTTATATGTGGCCAAATGGAATATTTTTCCTTCATACCATAATTA-CAAAAATACTCA
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14611139 -TTC
126 TTTC
* ** * * * *
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1 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAAT-CCTATTTCCATTATATGAT
* ** * * * * * * * * * *
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65 AAGAAGTTGACATGTGGCCAAACAGACTACTATG-CCTCATACCATAATTATC-AAAATACCATT
*
14611268 TA
128 TC
* * * * * *
14611270 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGGAATTATCAAAATACTCTTTCCTTTATATGATA
1 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAATCCTATTTCCATTATATGATA
* * * ** ** * * * ** * *
14611335 TGAAGTTTACATATGGGTAAATGGA-TAATTTTGCCCTTATATGATAATTA-CAAAACAATCC-C
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14611397 TTC
127 TTC
* * *
14611400 TCATATAATTATTTACTAAATAATCACTTATGAAATTACCAAAATACTAGTTT-CATTATATGAT
1 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAATCCTA-TTTCCATTATATGAT
* * * * *** * * * * *
14611464 AAAAAGTTAACATGCGTCCAAGTTGACTGCCATGTTCTCATATCATAATTA-CAAAAATACCCCT
65 AAGAAGTTGACATGTGGCCAAACAGACTACTATG-CCTCATACCATAATTATC-AAAATA-CCAT
14611528 TT-
127 TTC
* * *
14611530 TCTTATAATTATTTACTAAATAAT-CTTTATAAAATTACCAAAATACCCT-TTT-CATTATATAA
1 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAAT--CCTATTTCCATTATATGA
* ** * ** * * * *
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126 TTTC
* * * * * * *
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1 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAATCCTATTTCCATTATATGATA
* * * * * * * * * * * *
14611724 AGAAGTTAACATGTGTCCAAATTA-ACTATTATATCATTATATCATAATT-GCGAAAT-CC-CTA
66 AGAAGTTGACATGTGGCCAAA-CAGACTACTAT-GCCTCATACCATAATTATCAAAATACCATTT
14611785 C
129 C
* * * * *
14611786 TCTTATAATTTTTTTAATAAATGATCCC-TATGAAATTACCAAAAT-ATATTTTCTATTATATGA
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* * * ** * * *
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**
14611911 C--TAA
124 CATTTC
* * *
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1 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAA-A-ATCCTATTTCCATTATATGA
* * * ** * * * * * * *
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64 TAAGAAGTTGACATGTGGCCAAACAGACTACTATG-CCTCATACCATAATTATC-AAAATA-CCA
*
14612040 CTTC
126 TTTC
** * * * *
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1 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAATCCTATTTCCATTATATGATA
* * * * ** * * * *
14612109 AGAAGTTAACATATGTCTAAATTGACTA-TAATGTCCTCATATCATATTTATGAAAATATCC-CT
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14612172 TC
128 TC
*
14612174 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCC-TATGAAATTACCAAAATACCTTTTTCCATTATATGAT
1 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAAT-CCTATTTCCATTATATGAT
* * * * * * * * *
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14612300 CTTC
127 -TTC
* * * *
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1 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAAT-CCTATTTCCATTATATGAT
* * * * * * * * **
14612369 AAGAAATTGACATGTGACCAAA-TGAACTATTATGTCATAACACCTTAATTA-CAAAATTACCCC
65 AAGAAGTTGACATGTGGCCAAACAG-ACTACTATG-CCTCATACCATAATTATCAAAA-TACCAT
14612432 TTC
127 TTC
* * * * *
14612435 TTTTATAATTATTTACCAAATAATCCTTTATGAAATTACCAAAAT-ATCATTTCCATTTTATGAT
1 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAATCCT-ATTTCCATTATATGAT
* *
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** * *
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* *
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* * *
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* * * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * **
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382 TATGAAATTACCAAAATACTC-TTTCC-TTTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGA-
* * * * ** *
14610846 AATTATGTCCTAATATCATAATTA-TGAAAATACCCTT-TATTTAATAATTATTTACTAAATAAT
444 TATTATGCCCTTATACCATAATTACAAAAAAT-CCCTTCT-CTT-ATAATTATTTACTAAATAAT
*
14610909 -CTCAAT
506 CCT-TAT
* ** *
14610915 AAAATTACCAAAATAC-CCTTCTATTATATGAT-AGAAATTAACATGTGGCCAAATGAACTATTA
1 GAAATTACCAAAATACTATTTCCATTATATGATAAGAAATTAACATGT-GCCAAATG-ACTATTA
* *
14610978 TTCTCTCATACCATAATTACGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTA-TTACTGAATAATCCATTAT
64 TTC-CTCATACCATAATTACGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTAT
* *
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* * * *
14611107 TTTCCTTCATACCATAATTACAAAAATA-CTCATTCACTTATAATTATTTACTAAATAATTTCTT
192 TTGCCTTCATACCATAATTACGAAAATATC-CCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATTTCTT
* * * * ** *
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256 ATGAAATTATCAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATA-ACTAT
* * * *
14611236 TATGTCTTTATACCAAAATTGCGAAAATGCACTATCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTAT
320 TATGTCTTTATACCATAATTACGAAAATGCCCTATCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTAT
* * * * * * ** *
14611301 GGAATTATCAAAATACTCTTTCCTTTATATGATATGAAGTTTACATATGGGTAAATGGATAATTT
385 GAAATTACCAAAATACTCTTTCCTTTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGAT-ATTA
** *
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449 TGCCCTTATACCATAATTACAAAA-AATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATC-CTTAT
* * **
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* * * * * * *
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62 TAT-TCCTCATACCATAATTACGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTT
* * * * * * * *
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126 ATGAAATTACCAAAATACCATTTCCATTATATGATAAGAAATTTATATG-TGGCCAAATGGAATA
* * * * * * * *
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* ** * * * *
14611685 CTTATGAAATTACCAAAATACTATTTTCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGTCCAAATTAAC
253 CTTATGAAATTATCAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAA-TAAC
* * * * * * *
14611750 TATTATATCATTATATCATAATTGCG-AAAT-CCCTACTCTTATAATTTTTTTAATAAATGATCC
317 TATTATGTCTTTATACCATAATTACGAAAATGCCCTA-TCTTATAA-TTATTTACTAAATAATCC
* * * *
14611813 C-TATGAAATTACCAAAATA-TATTTTCTATTATATGATAATAAATTGACATG-GAGACAAATGG
380 CTTATGAAATTACCAAAATACTCTTTCCT-TTATATGATAAGAAATTGACATGTG-GCCAAATGG
* * **
14611875 ACTATTATGCCCTTATACCA-ACATTAC-GAAAATGGCCTAATC-TATAATTATTTACTAAATAA
443 A-TATTATGCCCTTATACCATA-ATTACAAAAAAT-CCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAA
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505 TCC-TTAT
* * * * * * * * *
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1 GAAATTACCAAAATACT-ATTTCCATTATATGATAAGAAATTAACATGT-GCCAAAT-GACTATT
* * * * * ** * * *
14612009 -TTGCCCGCATACCATAGTTGCTAAACTATCCCTTCTCGCATAATTATTTACTTAATAAACGCTT
63 ATT--CCTCATACCATAATTACGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTT
* * * * * * * * *
14612073 ATGAAATTATCAAAAT-CCTATTTCCATTATATGATAAGAAGTTAACATATGTCTAAATTGACTA
126 ATGAAATTACCAAAATACC-ATTTCCATTATATGATAAGAAATTTATATGTGGCCAAATGGAATA
** * * * *
14612137 TAATGTCC-TCATATCATATTTATGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAA-TCC
190 TTTTG-CCTTCATACCATAATTACGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATTTC
* * * *
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254 TTATGAAATTATCAAAATACC-CTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAAT-AAC
* * * * * * *
14612265 TATTATGTCATAACACCTTAATTACGAAATTACCTCT-TCTTTTATAATTATTTACCAAATAATC
317 TATTATGTCTTTATACCATAATTACGAAAATGCC-CTATC--TTATAATTATTTACTAAATAATC
* * * * *
14612329 CTTTATGAAATTACCAAAATACCTTTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGACCAAATGA
379 CCTTATGAAATTACCAAAATA-CTCTTTCCTTTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGG
* * * * * * * * *
14612394 ACTATTATGTCATAACACCTTAATTACAAAATTACCCCTTCTTTTATAATTATTTACCAAATAAT
443 A-TATTATGCCCTTATACCATAATTACAAAA-AATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT
14612459 CCTTTAT
506 CC-TTAT
* * *
14612466 GAAATTACCAAAATA-TCATTTCCATTTTATGATAACAAATTGACATGTG------G----TTA-
1 GAAATTACCAAAATACT-ATTTCCATTATATGATAAGAAATTAACATGTGCCAAATGACTATTAT
* * * * *
14612519 -----A-ACCGTAATTACAAAAATA-CCATTTATCTTATAATTATTTACTAAATAAT-CCATATG
65 TCCTCATACCATAATTACGAAAATATCC-CTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATG
* * * * * * *
14612576 AAATTACCAAGATA-CACTTTGCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGACTAGTA
129 AAATTACCAAAATACCA-TTTCCATTATATGATAAGAAATTTATATGTGGCCAAATGGAATATTT
* * ** * * *
14612640 TGCCTTCGTACCATAATTACGAAAATAACATTTGTTTTATAATTATTTACTAAATAATCTC-TA-
193 TGCCTTCATACCATAATTACGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATTTCTTAT
* ** * * * * *
14612703 AAAATTATCAAAATATTCTTTCCATTATATGATAAGAAATTCATATGTGGCCAAACATATTGTTA
258 GAAATTATCAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATA-ACTATTA
* * * * * * * *
14612768 TATCTTAATAGCATAATTACGAAATTACT-CCCTTTTTTATAACTATTTACTAAATAATCTCATA
322 TGTCTTTATACCATAATTACGAAA--A-TGCCCTATCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTA
* * * **
14612832 TGAAATTACCAAAATACCCTTTCCATTT-TATTATAAGAAGTTGACATGTGGCCAAATTAATTAT
384 TGAAATTACCAAAATACTCTTTCC-TTTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGA-TAT
* * * * *
14612896 TATGTCTTTATATCATAATTACGAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTT
447 TATGCCCTTATACCATAATTAC-AAAAAATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT-CCTT
14612961 AT
510 AT
* *
14612963 GAAATTATCAAAATACCTAAAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATTAGAAATTGACATG
1 G-AA--AT-----TACC-AAAA-TA-C----TA---TTTCCATTATATGATAAGAAATTAACATG
* ** * * * *
14613028 TAGCCAAATGGATTATTATTCCTTCATATGATAATTATGAAAATATTCTTTCTCTTATAA-TAAT
48 T-GCCAAAT-GACTATTATTCC-TCATACCATAATTACGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATT
*
14613092 TACTAAATAATCCCTTACT-AAATTACCAAAAATACCCTTTCCATTATATGATAA-AAAGTTTAT
110 TACTAAATAATCCCTTA-TGAAATTACC-AAAATACCATTTCCATTATATGATAAGAAA-TTTAT
* * *
14613155 ATATGGCCAAATGGAATATTTTGCCCTCATACCATAATTACGAAAATATCCATT-TGCTTATAAT
172 ATGTGGCCAAATGGAATATTTTGCCTTCATACCATAATTACGAAAATATCCCTTCT-CTTATAAT
* * ** * *
14613219 TATATACTAAATAATCTCTTATGAAATTATCAAAACGCCATTTCTATTATATGATAAGAAATT-A
236 TATTTACTAAATAATTTCTTATGAAATTATCAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGA
* * * * * * * * ** *
14613283 -AAGTGCAGCCAGATGGACTATTATGTCTATGTACCAAAATTGCAAAAATGCATTTATCTTGTAA
301 CATGTG--GCCAAAT-AACTATTATGTCTTTATACCATAATTACGAAAATGC-CCTATCTTATAA
* * * * *
14613347 TTATTTACTAAATATTCCCTTATAAAATTACCAAAATAACT-TTTTCATTATATGATAACAAATA
362 TTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAAT-ACTCTTTCCTTTATATGATAAGAAAT-
* * * ** *
14613411 T-ACATGTGGCCAAATGGACTATTATTCTCTCATACCATAATTA-TGAAAATACCCTTCTTTTAT
425 TGACATGTGGCCAAATGGA-TATTATGCCCTTATACCATAATTACAAAAAAT-CCCTTCTCTTAT
* * *
14613474 TATTA-TTACTAAATAATCCAATAG
488 AATTATTTACTAAATAATCC-TTAT
* * * * *
14613498 GAAATTACCAAAATGC-CTTTCCATTGTATGATAAGAAATTGACATGTGCTCAAATTGACAATTA
1 GAAATTACCAAAATACTATTTCCATTATATGATAAGAAATTAACATGTGC-CAAA-TGACTATT-
** * * * * ** *
14613562 AAGCCTAAAACCATAATTACGAAAATA-CCCATTCTATTATAAATATTTACTATGTAATCCCTTG
63 ATTCCTCATACCATAATTACGAAAATATCCC-TTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTA
** * * ***
14613626 TGAAATTAGGAAAATA-CAGTTTCCATTATATGGTAAGAAATTGATATGTGATAAAAT-GAACTA
127 TGAAATTACCAAAATACCA-TTTCCATTATATGATAAGAAATTTATATGTGGCCAAATGGAA-TA
* * ** * * *
14613689 TTATGCCATCATATTATAATTACGAAAATATCCCTTCTTTTATAATTATTTACTGAATAATTCCT
190 TTTTGCCTTCATACCATAATTACGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATTTCT
* * * * * * * * *
14613754 CAAGAAATTA-CTAAATTGCCTTTTCCATTATATTACAAGAAATTGACATGTAGCCAAATTTACT
255 TATGAAATTATC-AAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAA-TAACT
* * * * *
14613818 ATTA-CTCTTTCACATCATAATTACGAAAATGCCCTATCTCTAATAACTATTTACTATATAATCC
318 ATTATGTCTTT-ATACCATAATTACGAAAATGCCCTATCT-T-ATAATTATTTACTAAATAATCC
* * * * * * * * * * *
14613882 CTTATAAAATTATCAAAATAC-CTTTTCATTAGATGCTCAGAAATTCACTTGT-GCTGAAATTGA
380 CTTATGAAATTACCAAAATACTCTTTCCTTTATATGATAAGAAATTGACATGTGGC-CAAATGGA
* * * *** * *
14613945 TTATTATTCTCTCATACCATAA-TA-GGGAAATACCATTTTTCTTATAATTATTT-CTAAATAAT
444 -TATTATGCCCTTATACCATAATTACAAAAAAT-CC-CTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT
*
14614007 CCCTAAT
506 -CCTTAT
** * * *
14614014 GAAATTACCAAAATACCCTTTTCATTATATGATAAGAAATTAACATGTAGCCAAATGGATTGTTA
1 GAAATTACCAAAATACTATTTCCATTATATGATAAGAAATTAACATGT-GCCAAAT-GACTATTA
* * * * * * * *
14614079 TGTCCTTATACCAAAATGACGAAAAT-GCCCTTATCTTATAATTATTTGCCAAAAAATCCCTTAT
64 T-TCCTCATACCATAATTACGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTAT
* * * * * ** *
14614143 GAAATTATCAAAATACC-TTATCCACTATGTGATATGAAGTTTATATGTGGGTAGATGGACA-AT
128 GAAATTACCAAAATACCATT-TCCATTATATGATAAGAAATTTATATGTGGCCAAATGGA-ATAT
* * * *
14614206 TTTGGCC-TCATACGATAATTAC-AAAACTCTCCCTTCTTTTATAATTATTTACTAAATAATCTC
191 TTT-GCCTTCATACCATAATTACGAAAA-TATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATTTC
** ** * * *
14614269 TTAAAAAATTATCAAAATACTATTTCCATTGTATGATAA-AAAGTTAACATGTGTCCAAATTAAC
254 TTATGAAATTATCAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAA-TTGACATGTGGCCAAA-TAAC
* ** * * * *
14614333 TATTTATGT-TCTCATATTATAATTAC-AGAAATACCTCTTCTCTTATAAATATTTACTAAATAT
317 TA-TTATGTCT-TTATACCATAATTACGA-AAATGCC-C-TATCTTATAATTATTTACTAAATAA
** ** ** * * * * * * **
14614396 TCCCCGAAAAAATTATGAAAATGCCCCTTCCATTATACT-ATAAGAAATTGATAAGTAACCAAAT
377 TCCCTTATGAAATTACCAAAATACTCTTTCCTTTATA-TGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAAT
** * * * *
14614460 TTACTATTACGTCCTTAAACAATAATTACAAAAATATCCC-TCATCTTATAATTA-TTACTAAAT
441 GGA-TATTATGCCCTTATACCATAATTACAAAAA-ATCCCTTC-TCTTATAATTATTTACTAAAT
14614523 AATCCCTTAT
503 AAT-CCTTAT
* *** * * * * **
14614533 TAAATTA-TTGAATCACCATTTCCATTATATGATAAGAAGTCT-ATATGTGACCATATGAAAAAT
1 GAAATTACCAAAAT-ACTATTTCCATTATATGATAAGAAAT-TAACATGTG-CCAAATG-ACTAT
* * * * *
14614596 TATGCCCTCATACCATAATTAGGAAAACA-CTCATTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCA
62 TAT-TCCTCATACCATAATTACGAAAATATC-CCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCT
* ** * * * * * * * ** **
14614660 TATAAAATTATGAAAATACC-TTCTCTATTATGTTATAAGAAATTCACATTTTGAAAAATGGACC
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* * * * * * ** * **
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189 ATTTTGCCTTCATACCATAATTACGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATTTC
* ** * * * *
14614789 TTATGAAA-TACCAAAATAACTTTTTCCATTAAATAATAAGAAATAT-ACATTTGGCCAAATGGA
254 TTATGAAATTATCAAAAT-ACCCTTTCCATTATATGATAAGAAAT-TGACATGTGGCCAAAT-AA
* ** * * *
14614852 CTATTAT-T-TTCTCATACTATAATTAC-ATAAATATCCTTTTTTATTATTA-TTACTAAATAAT
316 CTATTATGTCTT-T-ATACCATAATTACGA-AAATGCCCTATCTTATAATTATTTACTAAATAAT
* * * * * * ** * * *
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378 CCCTTATGAAATTACCAAAAT-ACTCTTTCCT-TTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAAT
* * * * * * * *
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441 GGATATTA-TGC-CCTT-ATACCATAATTACAAA-AAATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAA
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502 TAAT-CCTTAT
** * * * * *
14615049 GAAATTAAGAAAATAC-ACTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACGTGAAG-TAAAGTGGAGTAG
1 GAAATTACCAAAATACTA-TTTCCATTATATGATAAGAAATTAACATG-TGCCAAA-T-GACTA-
* * * *
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* * * * * * * ****
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* * * * * *
14615239 GTTATT-CCTTCATATCATAATTATG-AAAT-GCACCTTCTCTTATAATTATTTATTATATAATT
189 ATT-TTGCCTTCATACCATAATTACGAAAATATC-CCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATT
* * * *
14615301 CCTTATGAAATTACCAAAATACCATTT-CATTATATGATAAGAAATTG-CATGTGCCCAAATGAA
252 TCTTATGAAATTATCAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAAT-AA
* * * * * *
14615364 CTATTAT-TCCCTCATGCCATAATTAGGAAAATACCTCT-TCTTTTATAATTCCTTT--TAAATA
316 CTATTATGT-CTTTATACCATAATTACGAAAATGCC-CTATC--TTATAATT-ATTTACTAAATA
* * * * * * * *
14615425 ATCTCATATTAAATTATCAAAATACCCTTT-CTATTATATGATAATAAGTTTACATGTGGCCAAA
376 ATCCCTTATGAAATTACCAAAATACTCTTTCCT-TTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAA
* ** * *
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*
14615551 ATAATCCATAT
501 ATAATCCTTAT
* ** * * * *
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1 GAAATTACCAAAATACTATTTCCATTATATGATAAGAAATTAACATGTG-CCAAAT-GACTATTA
* * * * * * *
14615627 TGTCGTTATACCAAAATTATGAAAATA-CCCATATCTTATTATTATTTACTAAATAATCCCTTAT
64 T-TCCTCATACCATAATTACGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTAT
* * * * ** * *
14615691 TAAATTTCTAAAATACCCTTTCCATTATATGATATTAAGTTTATATGTGGGCAAATGGACA-ATT
128 GAAATTACCAAAATACCATTTCCATTATATGATAAGAAATTTATATGTGGCCAAATGGA-ATATT
** * * * *
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192 TTGCCTTCATACCATAATTACGAAA-ATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATTTC-T
* * ** ** * *
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255 TATGAAATTATCAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAA-TAACTA
* * * * * * * * **
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319 TTATGTCTTTATACCATAATTACGAAAATGCC--CTATCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCT
* * *
14615948 TATAAAATTACCAAAATAC-CTTTTCCATTATATGATTAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGACT
382 TATGAAATTACCAAAATACTC-TTTCCTTTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGA-T
*** * * * *
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445 ATTATGCCCTTATACCATAATTA-CAAAAAATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT-CC
14616075 TTAAT
508 TT-AT
* * * * * * * * *
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1 GAAATTAC-CAAAATACTATTTCCATTATATGATAAGAAATTAACATGT-GCCAAAT-GACTATT
* ** *
14616144 -TTGCC-CTTACACAATAATTAAAAAAATA-CCCTT-TCATTTACAATTATTTACT-AATAATTC
63 ATT-CCTCATAC-C-ATAATTACGAAAATATCCCTTCTC--TTATAATTATTTACTAAATAA-TC
* ** * * * ** * * *
14616204 CC-TATGAAATTACCAAAATACTATTTAAATTATATTATAAGAAGTTAACCTGTGTCTAAAT-TA
122 CCTTATGAAATTACCAAAATACCATTTCCATTATATGATAAGAAATTTATATGTGGCCAAATGGA
** * * **
14616267 ATTATCATGTTCTT-ATATCATAATTACGAAAATA-CATTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATA
187 A-TATTTTG-CCTTCATACCATAATTACGAAAATATC-CCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATA
* * * * * * * * ** * *
14616330 ATTT-TCATAAAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGACAAAAAATTGATAGGCAGACAGAT
249 ATTTCTTATGAAATTATCAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAAT
* * * * * * * *
14616394 AGACTATTCTGCCCTTATACCAAAAATTACAAAAATACCCTCTTTTTATAATTA-TTACTAAATA
314 A-ACTATTATGTCTTTATACC-ATAATTACGAAAATGCCCT-ATCTTATAATTATTTACTAAATA
* * * * * * *
14616458 ATCCCTTATGAAATTATCAAAATAC-CATTTTCATTATATGATAAGAAGTTAACATGAGTCCAAA
376 ATCCCTTATGAAATTACCAAAATACTC-TTTCCTTTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAA
* * * *
14616522 TTGACTATTAT-CTCTTCATTTCC-TAATTACAAAAATACCCCTTC-CTTTATAATTATTT
440 TGGA-TATTATGCCCTT-A-TACCATAATTACAAAAA-ATCCCTTCTC-TTATAATTATTT
14616580 CCATTATATG
Statistics
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ATACCATAATTACAAAAAATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCTTAT
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* * * * *
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* * * * * * * * * ** *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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377 TCACTTATGAAATTACCAAAATACTA--TTTCCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGTCCAAA
* * * *
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* * * ** *
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503 TAATCTCTATAAAATTACCAAAATACCCTTTTCATTATATGATAAGAAATTGATGTGAGGCCAAA
* * * *
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568 TGAACTATTATGCTCTAATACCATAATTACGAAAATATCCCTTTTCTTATAATTATTTACTAAAT
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633 AATCCATTAT
* * * * * *
14611042 TAAATTACCAAAAATACCATTTCCATTATATGATAAGAAGTTTATATGTGGCCAAATGGAA-TAT
1 GAAATTACC-AAAATACTATTTTCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGACCAAAT-GAACTAT
* * * * *
14611106 T-TTTCCTTCATACCATAATTACAAAAATACTCATTCACTTATAATTATTTACTAAATAATTTCT
64 TATATCATT-ATACCATAATTAC-AAAATAC-CCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAA-TCCT
* * ** * * * * *
14611170 TATGAAATTATCTAAATACCCTTTCCATTTTATGATAAGAAGTTGGCATGTAACCAGATACACTA
125 TATGAAATTACCAAAATA-TATTTCCATTTTATGATAACAAATTGACATGGAACCAAATACACTA
* * *
14611235 TTATGTCTTTATACCAAAATTGCGAAAATGCACTATCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTA
189 TTATGCCCTTATACCAAAATTACGAAAATGCACTATCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTA
* * * * * *
14611300 TGGAATTATCAAAATACTCTTTCCTTTATATGATATGAAGTTTACATATGGGTAAATGGATAATT
254 TGAAATTATCAAAATACTCTTTCCATTATAAGATAAGAAGTTTACATATGGGCAAATGGACAATT
** **
14611365 TTGCCCTTATATGATAATTACAAAACAATCCCTTCTCATATAATTATTTACTAAATAATCACTTA
319 TTGCCCGCATACCATAATTACAAAACAATCCCTTCTCATATAATTATTTACTAAATAATCACTTA
* * * **
14611430 TGAAATTACCAAAATACTAGTTT-CATTATATGATAAAAAGTTAACATGCGTCCAAGTTGACTGC
384 TGAAATTACCAAAATACTA-TTTCCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGTCCAAATTGACTAT
* * ** *
14611494 CATGTTCTCATATCATAATTACAAAAATACCCCTTTTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTTTA
448 AATGTCCTCATATCATAATTATGAAAATA-CCCTTTTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTA
* * *
14611559 TAAAATTACCAAAATACCCTTTTCATTATATAATAAGAAATTGATGTGCAGGCC-AATGGACTAC
512 TAAAATTACCAAAATACCCTTTTCATTATATGATAAGAAATTGATGTG-AGGCCAAATGAACTAT
* * * * * * *
14611623 TATGCTCTTATACCAAAATTATGAAAATATCCCTTTTCCTATAGTTATTTGCTAAATATTCTC-T
576 TATGCTCTAATACCATAATTACGAAAATATCCCTTTTCTTATAATTATTTACTAAATAATC-CAT
14611687 TAT
640 TAT
* *
14611690 GAAATTACCAAAATACTATTTTCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGTCCAAATTAACTATTA
1 GAAATTACCAAAATACTATTTTCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGACCAAATGAACTATTA
* * * * * * * *
14611755 TATCATTATATCATAATTGCGAAAT-CCCTACTCTTATAATTTTTTTAATAAATGATCCCTATGA
66 TATCATTATACCATAATTACAAAATACCCTTCTCTTATAA-TTATTTACTAAATAATCCTTATGA
* * * **
14611819 AATTACCAAAATATATTTTCTATTATATGATAATAAATTGACATGGAGA-CAAATGGACTATTAT
130 AATTACCAAAATATA-TTTCCATTTTATGATAACAAATTGACATGGA-ACCAAATACACTATTAT
*
14611883 GCCCTTATACCAACATTACGAAAATGGC-CTAATC-TATAATTATTTACTAAATAATC-CATTAT
193 GCCCTTATACCAAAATTACGAAAAT-GCACT-ATCTTATAATTATTTACTAAATAATCTC-TTAT
* * *
14611945 GAAATTA-CTAACATA-TCCTTTCCATTATAAGATAAGAAGTTTATATGTGGGCAAATGGACAAT
255 GAAATTATC-AAAATACT-CTTTCCATTATAAGATAAGAAGTTTACATATGGGCAAATGGACAAT
* * * * ** * * *
14612008 TTTGCCCGCATACCATAGTTGCTAAACTATCCCTTCTCGCATAATTATTTACTTAATAAACGCTT
318 TTTGCCCGCATACCATAATTACAAAACAATCCCTTCTCATATAATTATTTACTAAATAATCACTT
* * * *
14612073 ATGAAATTATCAAAATCCTATTTCCATTATATGATAAGAAGTTAACATATGTCTAAATTGACTAT
383 ATGAAATTACCAAAATACTATTTCCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGTCCAAATTGACTAT
* * *
14612138 AATGTCCTCATATCATATTTATGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTA
448 AATGTCCTCATATCATAATTATGAAAATA-CCCTTTTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTA
* *
14612203 TGAAATTACCAAAATACCTTTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGA--CCAAATGAACT
512 TAAAATTACCAAAATACCCTTTT-CATTATATGATAAGAAATTG--ATGTGAGGCCAAATGAACT
* * * *
14612266 ATTATG-TCATAACACCTTAATTACGAAATTA-CCTCTTCTT-TTATAATTATTTACCAAATAAT
574 ATTATGCTC-TAATACCATAATTACGAAAATATCC-CTT-TTCTTATAATTATTTACTAAATAAT
*
14612328 CCTTTAT
636 CCATTAT
* *
14612335 GAAATTACCAAAATACCT-TTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGACCAAATGAACTAT
1 GAAATTACCAAAATA-CTATTTT-CATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGACCAAATGAACTAT
* * * * * *
14612399 TATGTCATAACACCTTAATTACAAAATTACCCCTTCTTTTATAATTATTTACCAAATAATCCTTT
64 TATATCATTATACCATAATTACAAAA-TA-CCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCC-TT
***
14612464 ATGAAATTACCAAAATATCATTTCCATTTTATGATAACAAATTGACATGTG--GTTAA-AC-CGT
126 ATGAAATTACCAAAATAT-ATTTCCATTTTATGATAACAAATTGACATG-GAACCAAATACAC-T
* * * *
14612525 A--A------T-TA-CAAAAATAC---CAT---TTATCTTATAATTATTTACTAAATAATC-CAT
188 ATTATGCCCTTATACCAAAATTACGAAAATGCACTATCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTT
* * * * * * * * * * *
14612573 ATGAAATTACCAAGATACACTTTGCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGACTAG
253 ATGAAATTATCAAAATACTCTTTCCATTATAAGATAAGAAGTTTACATATGGGCAAATGGACAAT
* ** * * ** * ** *
14612638 TATGCCTTCGTACCATAATTACGAAAATAA-CATTTGTTTTATAATTATTTACTAAATAATCTC-
318 TTTGCCCGCATACCATAATTAC-AAAACAATCCCTTCTCATATAATTATTTACTAAATAATCACT
* * * * * * * * * *
14612701 TA-AAAATTATCAAAATATTCTTTCCATTATATGATAAGAAATTCATATGTGGCCAAACAT-ATT
382 TATGAAATTACCAAAATACTATTTCCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGTCCAAA-TTGACT
* * * * * * * * *
14612764 GTTATATCTTAATAGCATAATTACGAAATTACTCCCTTTT-TTATAACTATTTACTAAATAATCT
446 ATAATGTCCTCATATCATAATTATGAAAATA--CCCTTTTCTTATAATTATTTACTAAATAATCT
* * * * * ** * * *
14612828 CATATGAAATTACCAAAATACCCTTTCCATTTTATTATAAGAAGTTGACATGTGGCCAAATTAAT
509 C-TATAAAATTACCAAAATACCCTTTTCATTATATGATAAGAAATTGATGTGAGGCCAAATGAAC
* * * *
14612893 TATTATG-TCTTTATATCATAATTACGAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATC
573 TATTATGCTC-TAATACCATAATTACGAAAATATCCCTTTTCTTATAATTATTTACTAAATAATC
*
14612957 CCTTAT
637 CATTAT
* * *
14612963 GAAATTATCAAAATACCTAAAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATTAGAAATTGACATG
1 G-AA--AT-----TACC-AAAA-TA-C----TA--TTTT-CATTATATGATAAGAAGTTAACATG
* * * ** * * *
14613028 T-AGCCAAATGGATTATTAT-TCCTTCATATGATAATTATGAAAATATTCTTTCTCTTATAA-TA
48 TGA-CCAAATGAACTATTATATCATT-ATACCATAATTA-CAAAATA-CCCTTCTCTTATAATTA
* *
14613090 ATTACTAAATAATCCCTTACT-AAATTACCAAAA-ATACCCTTTCCATTATATGATAA-AAAGTT
109 TTTACTAAATAAT-CCTTA-TGAAATTACCAAAATATA---TTTCCATTTTATGATAACAAA--T
* * ** * * * * * *
14613152 TATATATGG--CCAAATGGAATATTTTGCCCTCATACCATAATTACGAAAATATC-CATTTGCTT
167 T-GACATGGAACCAAATACACTATTATGCCCTTATACCAAAATTACGAAAAT-GCAC-TAT-CTT
* ** * *
14613214 ATAATTATATACTAAATAATCTCTTATGAAATTATCAAAACGC-CATTTCTATTATATGATAAGA
228 ATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTATCAAAATACTC-TTTCCATTATAAGATAAGA
* * * * * * **** * * **
14613278 A-ATTA-A-AGTGCAGCCAGATGGACTATTATGTCTATGTACCAAAATTGC-AAA-AATGCATTT
292 AGTTTACATA-TG--GGCAAATGGACAATTTTGCCCGCATACCATAATTACAAAACAAT-CCCTT
* * * * * * *
14613338 ATCTTGTAATTATTTACTAAATATTCCCTTATAAAATTACCAAAATAACT-TTTTCATTATATGA
353 CTCATATAATTATTTACTAAATAATCACTTATGAAATTACCAAAAT-ACTATTTCCATTATATGA
* * * * * *
14613402 TAACAA-ATATACATGTGGCCAAATGGACTATTAT-TCTCTCATACCATAATTATGAAAATACCC
417 TAAGAAGTTA-ACATGTGTCCAAATTGACTATAATGTC-CTCATATCATAATTATGAAAATACCC
* * * * *
14613465 TTCTT-TTATTATTA-TTACTAAATAATC-CAATAGGAAATTACCAAAAT-GCCTTTCCATTGTA
480 TT-TTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTATA--AAATTACCAAAATACCCTTTTCATTATA
** * * * *
14613526 TGATAAGAAATTGACATG-TGCTCAAATTG-ACAATTAAAGC-CTAAAACCATAATTACGAAAAT
542 TGATAAGAAATTGATGTGAGGC-CAAA-TGAACTATT-ATGCTCTAATACCATAATTACGAAAAT
* * * ** * *
14613588 A-CCCATTCTATTATAAATATTTACTATGTAATCCCTTGT
604 ATCCC-TTTTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCATTAT
** * * * * * **
14613627 GAAATTAGGAAAATAC-AGTTTCCATTATATGGTAAGAAATTGATATGTGATAAAATGAACTATT
1 GAAATTACCAAAATACTA-TTTTCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGACCAAATGAACTATT
** * ** * * *
14613691 ATGCCATCATATTATAATTACGAAAATATCCCTTCTTTTATAATTATTTACTGAATAATTCCTCA
65 ATATCATTATACCATAATTAC-AAAATA-CCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAA-TCCTTA
* * * * * * * * * * **
14613756 AGAAATTACTAAATTGCCT-TTTCCATTATATTACAAGAAATTGACATGTAGCCAAATTTACTAT
127 TGAAATTACCAAAAT--ATATTTCCATTTTATGATAACAAATTGACATGGAACCAAATACACTAT
* * * * * *
14613820 TA--CTCTT-TCACATCATAATTACGAAAATGCCCTATCTCTAATAACTATTTACTATATAATCC
190 TATGCCCTTAT-AC--CAAAATTACGAAAATGCACTATCT-T-ATAATTATTTACTAAATAATCT
* * * * * * * * * *
14613882 CTTATAAAATTATCAAAATAC-CTTTTCATTAGATGCTCAGAAATTCAC-T-TGTGCTGAAATTG
250 CTTATGAAATTATCAAAATACTCTTTCCATTATAAGATAAGAAGTTTACATATGGGC--AAATGG
** * * * * * *
14613944 ATTATTATT-CTCTCATACCATAA-TAGGGAAATACCAT---TTTTCTTATAATTATTT-CTAAA
313 ACAATT-TTGCCCGCATACCATAATTA--CAAA-ACAATCCCTTCTCATATAATTATTTACTAAA
* * ** * *
14614003 TAATCCCTAATGAAATTACCAAAATACCCTTTTCATTATATGATAAGAAATTAACATGTAG-CCA
374 TAATCACTTATGAAATTACCAAAATACTATTTCCATTATATGATAAGAAGTTAACATGT-GTCCA
* * * * * * * * * * * * *
14614067 AATGGATTGTTATGTCCTTATACCAAAATGACGAAAATGCCCTTATCTTATAATTATTTGCCAAA
438 AATTGACTATAATGTCCTCATATCATAATTATGAAAATACCCTTTTCTTATAATTATTTACTAAA
* * * * * * * * * * * * **
14614132 AAATCCCTTATGAAATTATCAAAATA-CCTTATCCACTATGTGATATGAAGTTTATATGTGGGTA
503 TAATCTC-TATAAAATTACCAAAATACCCTT-TTCATTATATGATAAGAAATTGATGTGAGGCCA
* * * * * * *
14614196 GATGGACAATTTTGGC-CTCATACGATAATTAC-AAAACTCTCCCTTCTT-TTATAATTATTTAC
566 AATGAACTATTAT-GCTCTAATACCATAATTACGAAAA-TATCCCTT-TTCTTATAATTATTTAC
*
14614258 TAAATAATCTC-TTAA
628 TAAATAATC-CATTAT
* * * * * * *
14614273 AAAATTATCAAAATACTATTTCCATTGTATGATAAAAAGTTAACATGTGTCCAAATTAACTATTT
1 GAAATTACCAAAATACTATTTTCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGACCAAATGAACTA-TT
* * ** * * **
14614338 ATGTTC-TCATATTATAATTACAGAAATACCTCTTCTCTTATAAATATTTACTAAATATTCCCCG
65 AT-ATCATTATACCATAATTACA-AAATACC-CTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT-CCTT
** ** **** * * * * * **
14614402 AAAAAATTATGAAAATGCCCCTTCCATTATACT-ATAAGAAATTGATAAGTAACCAAATTTACTA
126 ATGAAATTACCAAAAT-ATATTTCCATTTTA-TGATAACAAATTGACATGGAACCAAATACACTA
* * * * * * *
14614466 TTACGTCCTTA-AACAATAATTACAAAAATATCCCTCATCTTATAATTA-TTACTAAATAATCCC
189 TTATGCCCTTATACCAA-AATTACGAAAAT-GCACT-ATCTTATAATTATTTACTAAATAATCTC
* ** * * * * ** * *
14614529 TTATTAAATTAT-TGAATCAC-CATTTCCATTATATGATAAGAAGTCTATATGTGACCATATGAA
251 TTATGAAATTATCAAAAT-ACTC-TTTCCATTATAAGATAAGAAGTTTACATATGGGCAAATGGA
* * * * * * *
14614592 AAATTATGCCCTCATACCATAATTAGGAAAACACT-CATTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT
314 CAATTTTGCCCGCATACCATAATTA-CAAAACAATCCCTTCTCATATAATTATTTACTAAATAAT
* * * ** * * * * * * * **
14614656 CCCATATAAAATTATGAAAATACCT-TCTCTATTATGTTATAAGAAATTCACAT-TTTGAAAAAT
378 CACTTATGAAATTACCAAAATA-CTATTTCCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGT-CCAAAT
* ** * * * * *
14614719 GGACCGTTATG-CCT-TTATCCCATAATTACT-AAAAAAGGCCTTATCTTATAATTATTTACTAA
441 TGACTATAATGTCCTCATAT--CATAATTA-TGAAAATA-CCCTTTTCTTATAATTATTTACTAA
* * * * * * * *
14614781 ATAATCCCTTATGAAA-TACCAAAATAACTTTTTCCATTAAATAATAAGAAATATACAT-T-TGG
502 ATAATCTC-TATAAAATTACCAAAATACCCTTTT-CATTATATGATAAGAAAT-T-GATGTGAGG
* ** * * *
14614843 CCAAATGGACTATTATTTTCTCATACTATAATTAC-ATAAATAT-CCTTTT-TTATTATTA-TTA
563 CCAAATGAACTATTATGCTCTAATACCATAATTACGA-AAATATCCCTTTTCTTATAATTATTTA
*
14614904 CTAAATAATCACA-TAG
627 CTAAATAATC-CATTAT
* * * * ** * * **
14614920 GATATTAGCAAAATGGC--CTTTCTATTATACAATACGATA-TTGACATGTGGTCAAATTG-A-T
1 GAAATTACCAAAAT-ACTATTTTC-ATTATATGATAAGA-AGTTAACATGTGACCAAA-TGAACT
* * * * * * * * *
14614980 AAGTACA-CCTTAATATCATAATTACAAAGTAACCATTTTGTTATAATTATATACTAAATAATCC
62 -ATTATATCATT-ATACCATAATTACAAAAT-ACCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT-C
** * * * * ** **
14615044 CTTATGAAATTAAGAAAATACACTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACGT-GAAGTAAAGTGGA
123 CTTATGAAATTACCAAAATATA-TTTCCATTTTATGATAACAAATTGACATGGAACCAAA-TACA
* * * * * * * *
14615108 GTAGTT-TGCCTTTATACCATAATCACGAAAATACCCTTTCTCTTATAATTATTTACCAAATAAT
186 CTA-TTATGCCCTTATACCAAAATTACGAAAATGCAC--TATCTTATAATTATTTACTAAATAAT
* * * * * * * * *
14615172 CCCTCATG-AATTA-CTAAAATAC-CTTTTTCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAATT
248 CTCTTATGAAATTATC-AAAATACTC-TTTCCATTATAAGATAAGAAGTTTACATATGGGCAAAT
****** ** * ** * * *
14615234 TTTTTGTTATT-CCTTCATATCATAATT--ATGA-AATGCACCTTCTCTTATAATTATTTATTAT
311 GGACAATT-TTGCCCGCATACCATAATTACAAAACAAT-C-CCTTCTCATATAATTATTTACTAA
* * * *
14615295 ATAATTC-CTTATGAAATTACCAAAATACCATTT-CATTATATGATAAGAAATT-GCATGTGCCC
373 ATAA-TCACTTATGAAATTACCAAAATACTATTTCCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGTCC
* ** * *
14615357 AAA-TGAACTATTAT-TCCCTCATGCCATAATTAGGAAAATACCTCTTCTT-TTATAATTCCTTT
437 AAATTG-ACTATAATGT-CCTCATATCATAATTATGAAAATACC-CTT-TTCTTATAATT-ATTT
* * * * * **
14615419 --TAAATAATCTCATATTAAATTATCAAAATACCC-TTTCTATTATATGATAATAAGTTTACATG
497 ACTAAATAATCTC-TATAAAATTACCAAAATACCCTTTTC-ATTATATGATAAGAAATTGATGTG
* * * * ** *
14615481 TGGCCAAATGGACTATT-TGCTCCT-ATACCATAGTTACAAAAATA-CTATTTTCATTATAATTG
560 AGGCCAAATGAACTATTATGCT-CTAATACCATAATTACGAAAATATCCCTTTTC-TTATAATTA
14615543 TTTACTAAATAATCCA-TAT
623 TTTACTAAATAATCCATTAT
* ** * * * * *
14615562 GAAATTACCAAACTAC-CCTTTCTATTATAAGATAAGAAATTAACATGCGACCAGATGGACTATT
1 GAAATTACCAAAATACTATTTTC-ATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGACCAAATGAACTATT
* * * * * * *
14615626 ATGTCGTTATACCAAAATTATGAAAATACCCATATCTTATTATTATTTACTAAATAATCCCTTAT
65 ATATCATTATACCATAATTA-CAAAATACCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT-CCTTAT
* * * ** * ** * * * ** ** *
14615691 TAAATTTCTAAAATACCCTTTCCATTATATGATATTAAGTTTATATGTG-GGCAAATGGACAATT
128 GAAATTACCAAAATA-TATTTCCATTTTATGATAACAAATTGACATG-GAACCAAATACACTATT
* ** * * * * *
14615755 TTGCCCCCATACCATAATTACTAAACAAT-CCCTTTTTTTATAATTATTTACTAAATAATC-CTT
191 ATGCCCTTATACCAAAATTAC-GAA-AATGCAC-TATCTTATAATTATTTACTAAATAATCTC-T
* * ** * * **
14615818 TATAAAATTACCAAAATAGACTTTCCATTATATGATAAGAAG-CTA-ATATGTGGCCAAATTAAC
252 TATGAAATTATCAAAATACTCTTTCCATTATAAGATAAGAAGTTTACATATG-GG-CAAATGGAC
* ** ** * * * *
14615881 TATTACGCCATCATATCATAATTAC-GAA-AATACCTTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT
315 AATTTTGCCCGCATACCATAATTACAAAACAAT-CC-CTTCTCATATAATTATTTACTAAATAAT
** * * * * * *
14615944 TGCTTATAAAATTACCAAAATACCT-TTTCCATTATATGATTAGAAATTGACATGTGGCCAAATG
378 CACTTATGAAATTACCAAAATA-CTATTTCCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGTCCAAATT
* * * *
14616008 GACTATTATTTGCTCATACCATAATTATGAAAATATCCCTTCTT-TTATAATTA-TTACTAAA-A
442 GACTATAATGTCCTCATATCATAATTATGAAAATA-CCCTT-TTCTTATAATTATTTACTAAATA
* * * * * * * * * * *
14616070 ATCCCT-TAATAAATTACTAAAAATACTCTTTCCATTATGTAATAAGAAGTTTATATGTGGACAA
505 ATCTCTAT-A-AAATTAC-CAAAATACCCTTTTCATTATATGATAAGAAATTGATGTGAGGCCAA
* * * * * ** *
14616134 ATGGAA-TATTTTGCCCTTACACAATAATTAAAAAAATA-CCC-TTTCATTTACAATTATTTACT
567 AT-GAACTATTATGCTCTAATACCATAATTACGAAAATATCCCTTTTC--TTATAATTATTTACT
*
14616196 -AATAATTCC-CTAT
629 AAATAA-TCCATTAT
** * * * * * * *
14616209 GAAATTACCAAAATACTATTTAAATTATATTATAAGAAGTTAACCTGTGTCTAAATTAATTATCA
1 GAAATTACCAAAATACTATTTTCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGACCAAATGAACTATTA
* * ** *
14616274 TGTTC-TTATATCATAATTACGAAAATACATTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT-TTTCA
66 T-ATCATTATACCATAATTAC-AAAATAC-CCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCTT-A
* * * * * * *
14616337 TAAAATTACCAAAATACCT-TTTCCATTATATGACAAAAAATTGATA-GGCAGA-CAGATAGACT
127 TGAAATTACCAAAATA--TATTTCCATTTTATGATAACAAATTGACATGG-A-ACCAAATACACT
* * * * * * *
14616399 ATTCTGCCCTTATACCAAAAATTACAAAAATACCCTCTTTTTATAATTA-TTACTAAATAATCCC
188 ATTATGCCCTTATACC-AAAATTACGAAAATGCACT-ATCTTATAATTATTTACTAAATAATCTC
* * *
14616463 TTATGAAATTATCAAAATAC-CATTTTCATTATATGATAAGAAGTTAACAT
251 TTATGAAATTATCAAAATACTC-TTTCCATTATAAGATAAGAAGTTTACAT
14616513 GAGTCCAAAT
Statistics
Matches: 4256, Mismatches: 895, Indels: 632
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
626 3 0.00
627 1 0.00
628 174 0.04
629 37 0.01
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636 4 0.00
637 11 0.00
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648 160 0.04
649 156 0.04
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654 2 0.00
655 4 0.00
656 4 0.00
657 7 0.00
660 2 0.00
661 2 0.00
663 11 0.00
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668 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (642 bp):
GAAATTACCAAAATACTATTTTCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGACCAAATGAACTATTA
TATCATTATACCATAATTACAAAATACCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCTTATGAA
ATTACCAAAATATATTTCCATTTTATGATAACAAATTGACATGGAACCAAATACACTATTATGCC
CTTATACCAAAATTACGAAAATGCACTATCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATT
ATCAAAATACTCTTTCCATTATAAGATAAGAAGTTTACATATGGGCAAATGGACAATTTTGCCCG
CATACCATAATTACAAAACAATCCCTTCTCATATAATTATTTACTAAATAATCACTTATGAAATT
ACCAAAATACTATTTCCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGTCCAAATTGACTATAATGTCCT
CATATCATAATTATGAAAATACCCTTTTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTATAAAATTAC
CAAAATACCCTTTTCATTATATGATAAGAAATTGATGTGAGGCCAAATGAACTATTATGCTCTAA
TACCATAATTACGAAAATATCCCTTTTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCATTAT
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Alignment explanation
Indices: 14610499--14616513 Score: 2121
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14610489 CCTTTCTCTA
* * * * * *
14610499 ATAATTA-TTACTAAATAATCCCTTATTAAATTACCAAAAAGACTCTTTCCATTATATGATAAGA
1 ATAATTATTTACTAAATAAACGCTTATGAAATTATC-AAAATACTATTTCCATTATATGATAAGA
* * * ** ** * * * *
14610563 AATTTATATGCGGCTAAATGGA-ATATTTTTCCCTTATATCATAATTACGAAAATAGCCCTTCGC
65 AGTTAACATATGGCTAAATGGATA-ATAATGCCCTCATATCATAATTA-GAAAATATCCCTTCTC
*
14610627 TTATAATTATTTACTAAATAAT-ACCCTATGAAATTACCAAAATACTCTTTCCATCATATGATAA
128 TTATAATTATTTACTAAATAATCA-CCTATGAAATTACCAAAATACTCTTTCCATTATATGATAA
* * * * * * *
14610691 GAAATTGACGTGTGGCCAAATGAACTAGTATGCCCTC-TGTCATAATTACCAAAATACCTATTGT
192 GAAATTGACATGTGACCAAATGAACT-GTATG-TCTCATATCATAATTACAAAAATACCTCTTTT
* * * *
14610755 CTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACCAAAATACACTTTTCCATTTTATTATA
255 CTTATAATTATTTACTAAATAATCCTTTATGAAATTACCAAAATACCCTTTTCCATTATATAATA
* * * * * *
14610820 AGAAGTTAACATGTGACCAAATTAACAATTATGTCCTAATATCATAATTATGAAAATACCCTTTA
320 AGAAATT--GATGTGACCAAATGAACAACTATGTCCTAATACCAAAATTATGAAAATACCCTTTA
* *
14610885 TTTAATAATTATTTACTAAATAATCTCAATAAAATTACCAAAATACCCTTCTATTATATGATAGA
383 TCTAATAATTATTTACTAAATAATCTCAATAAAATTACCAAAATACCATTCTATTATATGATAGA
*
14610950 AATTAACATGTGGCCAAATGAACTATTATTCTCTCATACCATAATTACGAAAATATCCCTTCTCT
448 AATTAACATGTGGCCAAATGAACTATTATTCTCTCATACCATAATTACG-AAATATCCCTACTCT
* * * *
14611015 TATAATTATTACTGAATAATCCATTATTAAATTACCAAAAATACCATTTCCATTATATGATAAGA
512 TATAATTATTAATAAATAATCCACTATGAAATTACCAAAAATA-CATTTCCATTATATGATAAGA
* * * * ** *
14611080 AGTTTATATGTGGCCAAATGGAATATTTTTCCTTCATACCATAATTACAAAAATACTCATTCACT
576 AATTGACATGTGGACAAATGGAATATTTGCCCTTCATACCATAATTACAAAAATACTCAAT-ACT
* * *
14611145 TATAATTATTTACTAAATAATTTCTTATGAAATTATCTAAATACCCTTTCCATTTTATGATAAGA
640 TATAATTATTTACTAAATAATTCCTTATGAAATTATCTAAATACCCTTTCCATTATAAGATAAGA
* * * * *** *
14611210 AGTTGGCATGTAACCAGATACACTATTATGTCTTTATACCAAAATTGCGAAAATGCACTATCTT
705 AGTTGACATGTAACCAAATACACAATTATGCCCGCATACCAAAATTGCGAAAATGCACTATCTC
* * * * * *
14611274 ATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGGAATTATCAAAATACTCTTTCCTTTATATGATATGAA
1 ATAATTATTTACTAAATAAACGCTTATGAAATTATCAAAATACTATTTCCATTATATGATAAGAA
* * ** * * * * *
14611339 GTTTACATATGGGTAAATGGATAATTTTGCCCTTATATGATAATTACAAAACAATCCCTTCTCAT
66 GTTAACATATGGCTAAATGGATAATAATGCCCTCATATCATAATTAGAAAA-TATCCCTTCTCTT
* *
14611404 ATAATTATTTACTAAATAATCACTTATGAAATTACCAAAATACTAGTTT-CATTATATGATAA-A
130 ATAATTATTTACTAAATAATCACCTATGAAATTACCAAAATACT-CTTTCCATTATATGATAAGA
* * * * * *
14611467 AAGTTAACATGCGTCCAAGTTG-ACTGCCATGTTCTCATATCATAATTACAAAAATACCCCTTTT
194 AA-TTGACATGTGACCAA-ATGAACTG-TATG-TCTCATATCATAATTACAAAAATACCTCTTTT
*
14611531 CTTATAATTATTTACTAAATAAT-CTTTATAAAATTACCAAAATACCCTTTT-CATTATATAATA
255 CTTATAATTATTTACTAAATAATCCTTTATGAAATTACCAAAATACCCTTTTCCATTATATAATA
* * *
14611594 AGAAATTGATGTGCAGGCC-AATGGACTACTATG-CTCTTATACCAAAATTATGAAAATATCCCT
320 AGAAATTGATGTG-A--CCAAATGAACAACTATGTC-CTAATACCAAAATTATGAAAATA-CCCT
* * * * * * *
14611657 TT-TCCT-ATAGTTATTTGCTAAATATTCTCTTATGAAATTACCAAAATACTATTTTCATTATAT
380 TTAT-CTAATAATTATTTACTAAATAATCTC-AATAAAATTACCAAAATACCATTCT-ATTATAT
* * * * *
14611720 GATAAGAAGTTAACATGTGTCCAAATTAACTATTATATCAT-T-ATATCATAATTGCG-AA-ATC
442 GAT-AGAAATTAACATGTGGCCAAATGAACTATTAT-TC-TCTCATACCATAATTACGAAATATC
* * * *
14611781 CCTACTCTTATAATTTTTTTAATAAATGATCC-CTATGAAATTACCAAAATATA-TTTTCTATTA
504 CCTACTCTTATAA--TTATTAATAAATAATCCACTATGAAATTACCAAAA-ATACATTTCCATTA
* * *
14611844 TATGATAATAAATTGACATG-GAGACAAATGGACTATTATGCCCTT-ATACCA-ACATTACGAAA
566 TATGATAAGAAATTGACATGTG-GACAAATGGAATATT-TGCCCTTCATACCATA-ATTACAAAA
* *
14611906 ATGGC-CTAAT-C-TATAATTATTTACTAAATAA-TCCATTATGAAATTA-CTAACATATCCTTT
628 AT-ACTC-AATACTTATAATTATTTACTAAATAATTCC-TTATGAAATTATCTAA-ATACCCTTT
* * *** ** * * * *
14611966 CCATTATAAGATAAGAAGTTTATATGTGGGCAAATGGACAATTTTGCCCGCATACCATAGTTGCT
689 CCATTATAAGATAAGAAGTTGACATGTAACCAAATACACAATTATGCCCGCATACCAAAATTGCG
*
14612031 AAACTAT-CCCT-TCTCGC
754 AAA--ATGCACTATCT--C
* *
14612048 ATAATTATTTACTTAATAAACGCTTATGAAATTATCAAAATCCTATTTCCATTATATGATAAGAA
1 ATAATTATTTACTAAATAAACGCTTATGAAATTATCAAAATACTATTTCCATTATATGATAAGAA
* * * *
14612113 GTTAACATATGTCTAAATTGACT-ATAATGTCCTCATATCATATTTATGAAAATATCCCTTCTCT
66 GTTAACATATGGCTAAATGGA-TAATAATGCCCTCATATCATAATTA-GAAAATATCCCTTCTCT
*
14612177 TATAATTATTTACTAAATAATC-CCTATGAAATTACCAAAATACCTTTTTCCATTATATGATAAG
129 TATAATTATTTACTAAATAATCACCTATGAAATTACCAAAATA-CTCTTTCCATTATATGATAAG
* * * * * * *
14612241 AAATTGACATGTGACCAAATGAACTATTATGTCATAACACCTTAATTACGAAATTACCTCTTCTT
193 AAATTGACATGTGACCAAATGAACT-GTATGTC-TCATATCATAATTACAAAAATACCTCTT-TT
* * *
14612306 -TTATAATTATTTACCAAATAATCCTTTATGAAATTACCAAAATACCTTTTTCCATTATATGATA
255 CTTATAATTATTTACTAAATAATCCTTTATGAAATTACCAAAATACCCTTTTCCATTATATAATA
* * * * ** * *
14612370 AGAAATTGACATGTGACCAAATGAACTATTATGTCATAACACCTTAATTA-CAAAATTACCCCTT
320 AGAAATTG--ATGTGACCAAATGAACAACTATGTCCTAATACCAAAATTATGAAAA-TACCCTTT
* * * * ** * * * *
14612434 CTTTTATAATTATTTACCAAATAATCCTTTATGAAATTACCAAAATATCATTTCCATTTTATGAT
382 ATCTAATAATTATTTACTAAATAAT-CTCAATAAAATTACCAAAATACCA-TTCTATTATATGAT
* * ** * * *
14612499 AACAAATTGACATGTGG-TTAA--ACCGTA--A-T-T-ACA-A--A-AA-TAC--CAT-T---TA
445 -AGAAATTAACATGTGGCCAAATGAAC-TATTATTCTCTCATACCATAATTACGAAATATCCCTA
* * *
14612545 -TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCA-TATGAAATTACC-AAGATACACTTTGCATTATATGA
508 CTCTTATAATTA-TTAATAAATAATCCACTATGAAATTACCAAAAATACA-TTTCCATTATATGA
* * * * * *
14612607 TAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGACTAGTATG-CCTTCGTACCATAATTACGAAAATA-ACA
571 TAAGAAATTGACATGTGGACAAATGGAATA-TTTGCCCTTCATACCATAATTACAAAAATACTCA
* ** * * **
14612670 TTTGTTTTATAATTATTTACTAAATAA-T-CTCTA-AAAATTATCAAAATATTCTTTCCATTATA
635 -AT-ACTTATAATTATTTACTAAATAATTCCT-TATGAAATTATCTAAATACCCTTTCCATTATA
* * * * ** * * *** ** *** * * *
14612732 TGATAAGAAATTCATATGTGGCCAAACATATTGTTATATCTTAATAGCATAATTACGAAATTACT
697 AGATAAGAAGTTGACATGTAACCAAATACACAATTATGCCCGCATACCAAAATTGCGAAA--A-T
* * * *
14612797 -CCCTTTTTT
759 GCACTATCTC
* * * * * ** * *
14612806 ATAACTATTTACTAAATAATCTCATATGAAATTACCAAAATACCCTTTCCATTTTATTATAAGAA
1 ATAATTATTTACTAAATAAACGCTTATGAAATTATCAAAATACTATTTCCATTATATGATAAGAA
* * * ** * * * * * *
14612871 GTTGACATGTGGCCAAATTAATTATTATGTCTTTATATCATAATTACGAAAATACCCCTTCTCTT
66 GTTAACATATGGCTAAATGGATAATAATGCCCTCATATCATAATTA-GAAAATATCCCTTCTCTT
14612936 ATAATTATTTACTAAATAATC-CCTTATGAAATTATCAAAATACCTAAAATTACCAAAATACCTT
130 ATAATTATTTACTAAATAATCACC-TATG-AA--AT-----TACC-AAAA-TA-C----T--C-T
* * * * *
14613000 TTCCATTATATGATTAGAAATTGACATGT-AGCCAAATGGATTATTAT-TCCTTCATATGATAAT
176 TTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGA-CCAAATGAACT-GTATGT-C-TCATATCATAAT
** * * *
14613063 TATGAAAATA-TTCTTTCTCTTATAA-TAATTACTAAATAATCCCTTACT-AAATTACCAAAAAT
237 TACAAAAATACCTCTTT-TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCTTTA-TGAAATTACC-AAAAT
* * * * * * * * *
14613125 ACCC-TTTCCATTATATGATAA-AAAGTTTATATATGGCCAAATGGAA-TATTTTGCCCTCATAC
299 ACCCTTTTCCATTATATAATAAGAAA--TT-GATGTGACCAAAT-GAACAACTATGTCCTAATAC
* * * * * * * * *
14613187 CATAATTACGAAAATATCCATTT-GCTTATAATTATATACTAAATAATCTCTTATGAAATTATCA
360 CAAAATTATGAAAATA-CCCTTTATCTAATAATTATTTACTAAATAATCTC-AATAAAATTACCA
** * * *
14613251 AAACGCCATTTCTATTATATGATAAGAAATTAA-A-GTGCAGCCAGATGGACTATTATGTCTAT-
423 AAATACCA-TTCTATTATATGAT-AGAAATTAACATGTG--GCCAAATGAACTATTAT-TCTCTC
* * * * ** * * * *
14613313 GTACCAAAATTGC-AAAAATGCATTTA-TCTTGTAATTATTTACTAAATATTCC-CTTATAAAAT
483 ATACCATAATTACGAAATAT-C-CCTACTCTTATAATTA-TTAATAAATAATCCAC-TATGAAAT
* * * * * *
14613375 TACC-AAAATAACTTTTTCATTATATGATAACAAATAT-ACATGTGGCCAAATGGACTATTATTC
544 TACCAAAAAT-ACATTTCCATTATATGATAAGAAAT-TGACATGTGGACAAATGGAATATT-TGC
* ** * * * * *
14613438 TC-TCATACCATAATTATGAAAATAC-C-CTTCTT-TTATTATTATTACTAAATAA-TCCAATAG
606 CCTTCATACCATAATTACAAAAATACTCAATACTTATAATTA-T-TTACTAAATAATTCC-TTAT
* * * * * * * **
14613498 GAAATTACCAAAAT-GCCTTTCCATTGTATGATAAGAAATTGACATGT-GCTCAAATTGACAATT
668 GAAATTATCTAAATACCCTTTCCATTATAAGATAAGAAGTTGACATGTAAC-CAAATACACAATT
* ** * * * *
14613561 AAAG-CCTAAAACCATAATTACGAAAATACCCATTCTAT-T-
732 -ATGCCCGCATACCAAAATTGCGAAAAT--GCA--CTATCTC
* ** * * * ** *
14613600 ATAAATATTTACTATGTAATCCCTTGTGAAATTAGGAAAATAC-AGTTTCCATTATATGGTAAGA
1 ATAATTATTTACTAAATAAACGCTTATGAAATTATCAAAATACTA-TTTCCATTATATGATAAGA
* * * * * * *
14613664 AATT--GATATGTGATAAAATGAACT-ATTATGCCATCATATTATAATTACGAAAATATCCCTTC
65 AGTTAACATATG-GCT-AAATGGA-TAATAATGCCCTCATATCATAATTA-GAAAATATCCCTTC
* * * * * * * *
14613726 TTTTATAATTATTTACTGAATAAT-TCCTCAAGAAATTACTAAATTGC-CTTTTCCATTATATTA
126 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCACCT-ATGAAATTACCAAAATACTC-TTTCCATTATATGA
* ** * * * * * *
14613789 CAAGAAATTGACATGT-AGCCAAATTTACTATTACTCTTTCACATCATAATTACGAAAATGCC-C
189 TAAGAAATTGACATGTGA-CCAAATGAACT-GTA-TGTCTCATATCATAATTACAAAAATACCTC
* * * * * * * *
14613852 TATCTCTAATAACTATTTACTATATAATCCCTTATAAAATTATCAAAATA-CCTTTT-CATTAGA
251 T-TTTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCTTTATGAAATTACCAAAATACCCTTTTCCATTATA
** * * * ** * * * * *
14613915 TGCTCAGAAATTCACTTGTG-CTGAAATTG-ATTATTAT-TCTCTCATACCATAA-TAGGGAAAT
315 TAATAAGAAATTGA--TGTGAC-CAAA-TGAACAACTATGTC-CTAATACCAAAATTATGAAAAT
* * * * * * *
14613976 ACCATTTTTCTTATAATTATTT-CTAAATAATCCCTAATGAAATTACCAAAATACCCTTTTCATT
375 ACCCTTTATCTAATAATTATTTACTAAATAATCTC-AATAAAATTACCAAAATACCATTCT-ATT
* * * * * * *
14614040 ATATGATAAGAAATTAACATGTAGCCAAATGGATTGTTATGTC-CTTATACCAAAATGACGAAA-
438 ATATGAT-AGAAATTAACATGTGGCCAAATGAACTATTAT-TCTCTCATACCATAATTACGAAAT
*** * * *
14614103 ATGCCCTTA-TCTTATAATTATTTGCCAAAAAATCC-CTTATGAAATTATC-AAAATACCTTATC
501 AT-CCC-TACTCTTATAATTA-TTAATAAATAATCCAC-TATGAAATTACCAAAAATACATT-TC
* * * * * * ** * * *
14614165 CACTATGTGATATGAAGTTTATATGTGGGTAGATGGACA-ATTTTGGCC-TCATACGATAATTAC
561 CATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGACAAATGGA-ATA-TTTGCCCTTCATACCATAATTAC
* ** * ** * **
14614228 AAAACT-CTCCCTTCTTTTATAATTATTTACTAAATAA-TCTCTTAAAAAATTATCAAAATACTA
624 AAAAATACTCAATAC--TTATAATTATTTACTAAATAATTC-CTTATGAAATTATCTAAATACCC
* * * * ** * ** * ** *
14614291 TTTCCATTGTATGATAAAAAGTTAACATGTGTCCAAATTA-ACTATTTATGTTCTCATATTATAA
686 TTTCCATTATAAGATAAGAAGTTGACATGTAACCAAA-TACAC-AATTATGCCCGCATACCAAAA
* * *
14614355 TTAC-AGAAATAC-CTCTTCTC
749 TTGCGA-AAATGCACT-ATCTC
* ** * ** ** * * ***
14614375 TTATAAATATTTACTAAATATTCCCCGAAAAAATTATGAAAATGCCCCTTCCATTATACT-ATAA
1 --ATAATTATTTACTAAATAAACGCTTATGAAATTATCAAAATACTATTTCCATTATA-TGATAA
* * * ** * ** * * * * * *
14614439 GAAATTGATA-AGTAACCAAATTTACT-ATTACGTCCTTA-AACAATAATTACAAAAATATCCC-
63 GAAGTTAACATA-TGGCTAAATGGA-TAATAATGCCCTCATATC-ATAATTA-GAAAATATCCCT
* ***
14614500 TCATCTTATAATTA-TTACTAAATAATC-CCTTATTAAATTA-TTGAATCAC-CATTTCCATTAT
124 TC-TCTTATAATTATTTACTAAATAATCACC-TATGAAATTACCAAAAT-ACTC-TTTCCATTAT
* * * * * * ** *
14614561 ATGATAAGAAGTCT-ATATGTGACCATATGAAAAAT-TATGCCCTCATACCATAATTAGGAAAAC
185 ATGATAAGAAAT-TGACATGTGACCAAATG--AACTGTATG-TCTCATATCATAATTACAAAAAT
* ** * ** * *
14614624 A-CTCATTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCATATAAAATTATGAAAATA-CCTTCTCTA
246 ACCTC-TTTTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCTTTATGAAATTACCAAAATACCCTTTTCCA
* * * * * * *** * * *
14614687 TTATGTTATAAGAAATTCACATTTTGA-AAAATGGACCGTTATG-CCTTTATCCCATAATTACT-
310 TTATATAATAAGAAATT--GA-TGTGACCAAATGAACAACTATGTCC-TAATACCAAAATTA-TG
* * * * * * **
14614749 AAAAAAGGCC-TTATCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAA-TACCAAAATAACTTT
370 AAAATA-CCCTTTATCTAATAATTATTTACTAAATAATCTC-AATAAAATTACCAAAAT-AC-CA
* * * * * * *
14614812 TTCCATTAAATAATAAGAAA-TATACATTTGGCCAAATGGACTATTATTTTCTCATACTATAATT
431 TTCTATTATATGAT-AGAAATTA-ACATGTGGCCAAATGAACTATTATTCTCTCATACCATAATT
* * * * * * * * *
14614876 ACATAAATAT-CCT-TTTTTATTATTATTACTAAATAAT-CACATAGGATATTAGC-AAAATGGC
494 AC-GAAATATCCCTACTCTTATAATTATTAATAAATAATCCAC-TATGAAATTACCAAAAAT-AC
* * ** * * * * ** * * *
14614937 CTTTCTATTATACAATACGATATTGACATGTGGTCAAATTG-ATAAGTACACCTTAATATCATAA
556 ATTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGACAAATGGAATATTTGC-CCTTCATACCATAA
* * ** * * ***
14615001 TTAC-AAAGTAAC-CATTTTGTTATAATTATATACTAAATAATCCCTTATGAAATTAAGAAAATA
620 TTACAAAAAT-ACTCA-ATACTTATAATTATTTACTAAATAATTCCTTATGAAATTATCTAAATA
* * * * ** ** * * ***
14615064 CACTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACGTG-AAGTAAAGTGGAGTAGTT-TGCCTTTATACCA
683 CCCTTTCCATTATAAGATAAGAAGTTGACATGTAACCAAA-TACA-CAATTATGCCCGCATACCA
* ** * * *
14615127 TAATCACGAAAATACCCTTTCTC
746 AAATTGCGAAAATGCACTATCTC
* * * * *
14615150 TTATAATTATTTACCAAATAATCCCTCATG-AATTA-CTAAAATACCT-TTTTCATTATATGATA
1 --ATAATTATTTACTAAATAAACGCTTATGAAATTATC-AAAATA-CTATTTCCATTATATGATA
* * * * * *** ** * * * *
14615212 AGAAATTGACATGTGGCCAATTTTTTTGTTATTCCTTCATATCATAATTATG-AAAT-GCACCTT
62 AGAAGTTAACATATGGCTAAATGGATAATAATGCCCTCATATCATAATTA-GAAAATATC-CCTT
* * *
14615275 CTCTTATAATTATTTATTATATAATTC-CTTATGAAATTACCAAAATAC-CATTT-CATTATATG
125 CTCTTATAATTATTTACTAAATAA-TCACCTATGAAATTACCAAAATACTC-TTTCCATTATATG
* * ** **
14615337 ATAAGAAATTG-CATGTGCCCAAATGAACTATTAT-TCCCTCATGCCATAATTAGGAAAATACCT
188 ATAAGAAATTGACATGTGACCAAATGAACT-GTATGT--CTCATATCATAATTACAAAAATACCT
* * * * *
14615400 CTTCTT-TTATAATTCCTTT--TAAATAAT-CTCATATTAAATTATCAAAATACCC-TTTCTATT
250 CTT-TTCTTATAATT-ATTTACTAAATAATCCT-TTATGAAATTACCAAAATACCCTTTTCCATT
* * * * * * * * * * **
14615460 ATATGATAATAAGTTTACATGTGGCCAAATGGACTA-TTTGCTCCT-ATACCATAGTTACAAAAA
312 ATATAATAAGAA-ATT-GATGTGACCAAATGAACAACTATG-TCCTAATACCAAAATTATGAAAA
** * * * * *
14615523 TACTATTT-TCATTATAATTGTTTACTAAATAATC-CATATGAAATTACCAAACTACCCTTTCTA
374 TACCCTTTATC-TAATAATTATTTACTAAATAATCTCA-ATAAAATTACCAAAATA-CCATTCTA
* * * * * * *
14615586 TTATAAGATAAGAAATTAACATGCGACCAGATGGACTATTATGTCGT-T-ATACCAAAATTATGA
436 TTATATGAT-AGAAATTAACATGTGGCCAAATGAACTATTAT-TC-TCTCATACCATAATTACGA
* * * * * *
14615649 AA-ATACCCATA-TCTTATTATTATTTACTAAATAATCC-CTTATTAAATT-TCTAAAATACCCT
498 AATAT-CCC-TACTCTTATAATTA-TTAATAAATAATCCAC-TATGAAATTACCAAAAATA-CAT
** * * * * *
14615710 TTCCATTATATGATATTAAGTTTATATGTGGGCAAATGGACA-ATTTTGCCC-CCATACCATAAT
558 TTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGACAAATGGA-ATA-TTTGCCCTTCATACCATAAT
* ** ** * * *
14615773 TACTAAACAAT-CCCTTTTTTTATAATTATTTACTAAATAA-TCCTTTATAAAATTACCAAAATA
621 TAC-AAA-AATACTCAATACTTATAATTATTTACTAAATAATTCC-TTATGAAATTATCTAAATA
** * * * * ** * * ** * *
14615836 GACTTTCCATTATATGATAAGAAGCTAATATGTGGCCAAATTA-ACTATTACGCCATCATATCAT
683 CCCTTTCCATTATAAGATAAGAAGTTGACATGTAACCAAA-TACACAATTATGCCCGCATACCAA
* * *
14615900 AATTACGAAAATAC-CTTTTCTC
747 AATTGCGAAAATGCAC-TATCTC
** * * *
14615922 TTATAATTATTTACTAAATAATTGCTTATAAAATTACCAAAATACCT-TTTCCATTATATGATTA
1 --ATAATTATTTACTAAATAAACGCTTATGAAATTATCAAAATA-CTATTTCCATTATATGATAA
* * * * * * *
14615986 GAAATTGACATGTGGCCAAATGGACTATTATTTG--CTCATACCATAATTATGAAAATATCCCTT
63 GAAGTTAACATATGGCTAAATGGA-TAATA-ATGCCCTCATATCATAATTA-GAAAATATCCCTT
* * *
14616049 CTTTTATAATTA-TTACTAAA-AATC-CCTTAAT-AAATTACTAAAAATACTCTTTCCATTATGT
125 CTCTTATAATTATTTACTAAATAATCACC-T-ATGAAATTAC-CAAAATACTCTTTCCATTATAT
* * * * * * * * * *
14616110 AATAAGAAGTTTATATGTGGA-CAAATGGAA-TAT-TTTGCCCTTACACAATAATTAAAAAAATA
187 GATAAGAAATTGACATGT-GACCAAAT-GAACTGTATGT-CTCATA-TC-ATAATTACAAAAATA
* * *
14616172 CC-C-TTTCATTTACAATTATTTACT-AATAATTCC-CTATGAAATTACCAAAATA--CTATTTA
247 CCTCTTTTC--TTATAATTATTTACTAAATAA-TCCTTTATGAAATTACCAAAATACCCT-TTTC
* * * * * * * ** * * * * *
14616231 AATTATATTATAAGAAGTTAACCTGTGTCTAAATTAATTA-TCATGTTCTTATATCATAATTACG
308 CATTATATAATAAGAAATTGA--TGTGACCAAATGAACAACT-ATGTCCTAATACCAAAATTATG
** * * * *
14616295 AAAATACATTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATTTTC-ATAAAATTACCAAAATACCTTTT
370 AAAATACCCTTTATCTAATAATTATTTACTAAATAA-TCTCAATAAAATTACCAAAATACC-ATT
* * * * * * ** * * * * * * *
14616359 CCATTATATGACAAAAAATTGATAGGCAGACAGAT-AGACTATTCTGCCCTTATACCAAAAATTA
433 CTATTATATGA-TAGAAATTAACATGTGGCCAAATGA-ACTATTATTCTCTCATACC-ATAATTA
* * * *
14616423 C-AAAAATACCCT-CTTTTTATAATTATTACTAAATAATCC-CTTATGAAATTATC-AAAATACC
495 CGAAATAT-CCCTAC-TCTTATAATTATTAATAAATAATCCAC-TATGAAATTACCAAAAATA-C
* * *
14616484 ATTTTCATTATATGATAAGAAGTTAACATG
556 ATTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATG
14616514 AGTCCAAATT
Statistics
Matches: 4069, Mismatches: 831, Indels: 679
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
756 4 0.00
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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*
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* * *
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* * * *
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*
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* ** * * * **
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* * * * * * * * *
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*
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* * * * * * * * * *
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*** * * *
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128 G
* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * ** * *
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* * * * *
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**
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* * * * * **
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* ** * * * * **
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**
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** ** * * * ** **
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* * * *
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*
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126 ATG
*** * * * * * * **
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* * * * *
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*
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126 ATG
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* * * ** *
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127 TG
* * * *
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* * * * *
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*
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126 ATG
* * ** * ** * * * * *
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** * * * * *
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127 TG
** * ** * *
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* * * * * *
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126 ATG
* * * **** *
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* ** * * *
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127 TG
* *
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* ** * * * * *
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*
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127 TG
* * * * * *
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* * * * *
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127 TG
* * * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * *
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*
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127 TG
** * * **
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** * * * **
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*
14615951 A
128 G
*
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* * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* ** * * * * * * ** * *
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* * * * ** *
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*
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* * *
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126 ATG
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* * *
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*
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255 TA
* * * * *
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* * *
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* * * * **
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* * * * ** ** *
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**
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251 -TTTATA
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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*
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252 TTATA
* * * * * *** ** * *
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1 AAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTAATATGCGA-CAAATAGACTATTAT
* * * * * * * * *
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* * * * * ** *
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* ** ** * *
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193 GCTCTTCATACCATAATTACAAAA-ATA-CATTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT--TTT
*
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254 ATA
* * * * **
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1 AAATTACCAAAATACCT--TTTCCATTATATGATAAGAAA-TTAATATGCG-ACAAATAGACTAT
* ** * * * *
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62 TATGCCCTTATACCATAATTACGAAAATA-CCCTTTCT-TTATAATTATTTACTAAATAATCCCT
* * * * * ** *
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* * * * * * * *
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*
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251 -T-TTATA
* * * * *
14611691 AAATTACCAAAATA-CTATTTTCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGTCCAAATTA-ACTATT
1 AAATTACCAAAATACCT-TTTCCATTATATGATAAGAAATTAATATGCG-ACAAA-TAGACTATT
** * * * * * * *
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63 ATGCCCTTATACCATAATTACGAAAATACCCTTTCT-TTATAA-TTATTTACTAAATAATCCCTT
* ** * * * *
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* * * * **
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* *
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251 -TTTATA
* * * * * * * * * *
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1 AAATTACCAAAATA-CCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTAATATG-CGACAAATAGACTATTA
** * * * * ** * * *
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* * * *
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* * * * ** ** **
14612138 AATG-TCCTCATATCATATTTATGAAAATATC-CCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCC
190 TATGCTCTTCATACCATAATTACAAAAATA-CATTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT-TT
*
14612201 TATG
253 TATA
* * *
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1 AAATTACCAAAATACC-TTTTCCATTATATGATAAGAAATTAATATGCGA-CAAATAG-ACTATT
* * * * * * * *
14612269 ATGTCATAACACCTTAATTACGAAATTA-CCTCTTCTTTTATAATTATTTACCAAATAATCCTTT
63 ATGCCCTTATACCATAATTACGAAAATACCCT-TTC-TTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTT
* * * * *
14612333 ATGAAATTACCAAAATACCTTTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGACCAAATGAACTA
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* * * * * *** * *
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189 TTATGCTCTTCATACCATAATTACAAAAATACATTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT--T
*
14612462 TTATG
252 TTATA
* * * *
14612467 AAATTACCAAAATATCATTTCCATT-T-T-AT--G------ATA----ACAAATTGAC-A-TGTG
1 AAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTAATATGCGACAAATAGACTATTATG
* * * * * * * * * *
14612515 --GTTAAACCGTAATTACAAAAATACCATTTATCTTATAATTATTTACTAAAT-AATCCATATGA
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** ** *** * * * * *
14612577 AATTACCAAGA-TA-CACTTTGCATTAT-A-----TGATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGA
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* * *
14612634 CTAGTATGC-CTTCGTACCATAATTACGAAAATAACATTTGT-T-TTATAATTATTTACTAAATA
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*
14612696 ATCTCTA-A
249 AT-TTTATA
* * * * * * * * *
14612704 AAATTATCAAAATA-TTCTTTCCATTATATGATAAGAAATTCATATGTGGCCAAACATATTGTTA
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** * * * * *
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* * * * * ** *
14612831 ATGAAATTACCAAAATACCCTTTCCATTTTATTATAAGAAGTTGACATGTGGCCAAATTAATTAT
126 ATGAAATTATCAAAATA-CCTTTTCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGGCCAAATGGACTAT
* * * ***
14612896 TATG-TCTTTATATCATAATTACGAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCT
190 TATGCTCTTCATACCATAATTACAAAAATACATTTTCTCTTATAATTATTTAC----TAA-----
14612960 TATGAAATTATCAAAATACCTA
246 -AT--AATT-T-----TA--TA
* * * * * * *
14612982 AAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATTAGAAATTGACATGTAGCCAAATGGATTATTAT
1 AAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTAATATG-CGACAAATAGACTATTAT
* ** * ** *
14613047 -TCCTTCATATGATAATTATGAAAATATTCTTTCTCTTATAA-TAATTACTAAATAATCCCTTAC
65 GCCCTT-ATACCATAATTACGAAAATACCCTTTCT-TTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTA-
* * * * * * *
14613110 T-AAATTACCAAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAAAAGTTTATATATGGCCAAATGGAATAT
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* * * * *
14613174 TTTGC-CCTCATACCATAATTACGAAAATATCCA-TTT-GCTTATAATTATATACTAAATAATCT
190 TATGCTCTTCATACCATAATTAC-AAAA-ATACATTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT-T
*
14613236 CTTATG
252 -TTATA
* ** * * * * *
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1 AAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTAATA-TGC-GACAAATAGACTATTA
* * * * * * * * * *
14613306 TG-TCTATGTACCAAAATTGCAAAAAT-GCATTTATCTTGTAATTATTTACTAAATATTCCCTTA
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* * * * *
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127 TGAAATTATCAAAAT-ACCTTTTCATTATATGATAAGAAGTTA-ACATGTGGCCAAATGGACTAT
* ** ** * * ***
14613433 TATTCTC-TCATACCATAATTATGAAAATAC-CCTTCTTTTATTATTA-TTACTAAATAATCCAA
190 TATGCTCTTCATACCATAATTACAAAAATACATTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATTTTA
14613495 TA
255 TA
* * * * * *
14613497 GGAAATTACCAAAATGCC-TTTCCATTGTATGATAAGAAATTGACATGTGC-TCAAATTGACAAT
1 --AAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATT-A-ATATGCGACAAATAGACTAT
* * * * * **
14613560 TAAAG-CCTAAAACCATAATTACGAAAATACCCATTCTATTATAAATATTTACTATGTAATCCCT
62 T-ATGCCCTTATACCATAATTACGAAAATACCCTTTCT-TTATAATTATTTACTAAATAATCCCT
* ** * * * * * * *** *
14613624 TGTGAAATTAGGAAAATACAGTTTCCATTATATGGTAAGAAATTGATATGTGATAAAATGAACTA
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* ** * ** * *
14613689 TTATGC-CATCATATTATAATTACGAAAATATC-CCTTCTTTTATAATTATTTACTGAATAATTC
189 TTATGCTCTTCATACCATAATTACAAAAATA-CATTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATT-
*
14613752 CTCA-A
252 -TTATA
* * * * * * * * * **
14613757 GAAATTACTAAATTGCCTTTTCCATTATATTACAAGAAATTGACATGTAGCCAAATTTACTATTA
1 -AAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTAATATG-CGACAAATAGACTATTA
* * * * * *
14613822 --CTCTT-TCACATCATAATTACGAAAATGCCCTATCTCTAATAACTATTTACTATATAATCCCT
64 TGCCCTTAT-AC--CATAATTACGAAAATACCCTTTCT-TTATAATTATTTACTAAATAATCCCT
* * * * * * * * * *
14613884 TATAAAATTATCAAAATACCTTTTCATTAGATGCTCAGAAATTCACTTGT-GCTGAAATTGATTA
125 TATGAAATTATCAAAATACCTTTTCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGGC-CAAATGGACTA
* ***
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* * *
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251 TTTATA
* * * * * *
14614015 AAATTACCAAAATACCCTTTT-CATTATATGATAAGAAATTAACATGTAGCCAAATGGATTGTTA
1 AAATTACCAAAATA-CCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTAATATG-CGACAAATAGACTATTA
* * * * * * *
14614079 TGTCCTTATACCAAAATGACGAAAATGCCCTTATC-TTATAATTATTTGCCAAAAAATCCCTTAT
64 TGCCCTTATACCATAATTACGAAAATACCCTT-TCTTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTAT
* * * * * * ** * * *
14614143 GAAATTATCAAAATACCTTATCCACTATGTGATATGAAGTTTATATGTGGGTAGATGGACAATTT
128 GAAATTATCAAAATACCTT-TTCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGGCCAAATGGACTATTA
* * * *
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*
14614269 TTAAA
252 TTATA
* * * * *
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1 AAATTACCAAAATACCT-TTTCCATTATATGATAAGAAA-TTAATATGCG-ACAAA-TAGACTA-
** * ** * *
14614336 TTATGTTCTCATATTATAATTAC-AGAAATA-CCTCTTCTCTTATAAATATTTACTAAATATTCC
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** ** * * * * * * * * ** **
14614399 CCGAAAAAATTATGAAAATGCCCCTTCCATTATACT-ATAAGAAATTGATAAGTAACCAAATTTA
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* * * **
14614463 CTATTACG-TCCTT-AAACAATAATTACAAAAAT--ATCCCTCATCTTATAATTA-TTACTAAAT
186 CTATTATGCT-CTTCATACCATAATTACAAAAATACAT-TTTC-TCTTATAATTATTTACTAAAT
* *
14614523 AATCCCTTATT
248 AAT--TTTATA
*** * * * * **
14614534 AAATTA-TTGAATCACCATTTCCATTATATGATAAGAAGTCT-ATATGTGAC-CATATGAAAAAT
1 AAATTACCAAAAT-ACCTTTTCCATTATATGATAAGAAAT-TAATATGCGACAAATA-G-ACTAT
* * * * * *
14614596 TATGCCCTCATACCATAATTAGGAAAACACTCATTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCAT
62 TATGCCCTTATACCATAATTACGAAAATACCCTTTCT-TTATAATTATTTACTAAATAATCCCTT
* * * * * * * * * ** **
14614661 ATAAAATTATGAAAATACCTTCTCTATTATGTTATAAGAAATTCACATTTTGAAAAATGGACCGT
126 ATGAAATTATCAAAATACCTTTTC-ATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGGCCAAATGGACTAT
* * **** * *
14614726 TATGC-CTTTATCCCATAATTACTAAAAA-AGGCCTTATCTTATAATTATTTACTAAATAATCCC
190 TATGCTCTTCATACCATAATTAC-AAAAATACATTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT--T
*
14614789 TTATG
252 TTATA
* * * * * *
14614794 AAA-TACCAAAATAACTTTTTCCATTAAATAATAAGAAATATACATTTG-GCCAAATGGACTATT
1 AAATTACCAAAAT-ACCTTTTCCATTATATGATAAGAAAT-TA-ATATGCGACAAATAGACTATT
*** * * * * * *
14614857 ATTTTCTCATACTATAATTAC-ATAAATATCCTTT-TTTATTATTA-TTACTAAATAATCACATA
63 ATGCCCTTATACCATAATTACGA-AAATACCCTTTCTTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTA
* * * * ** * * * *
14614919 GGATATTAGCAAAATGGCC-TTTCTATTATACAATACGATA-TTGACATGTGGTCAAATTGA-TA
127 TGAAATTATCAAAAT-ACCTTTTC-ATTATATGATAAGA-AGTTAACATGTGGCCAAATGGACT-
* ** * * * * *
14614981 AGTACAC-CTTAATATCATAATTACAAAGTAA-CCA-TTT-TGTTATAATTATATACTAAATAAT
188 ATTATGCTCTTCATACCATAATTACAAA--AATACATTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT
* *
14615042 CCCTTATG
251 --TTTATA
** * ** * * * *
14615050 AAATTAAGAAAATACAC-TTTCCATTATATGATAAGAAATTGACGTGAAGTA-AAGTGGAGTAGT
1 AAATTACCAAAATAC-CTTTTCCATTATATGATAAGAAATTAATATG-CG-ACAAATAGACTA-T
* * * *
14615113 T-TGCCTTTATACCATAATCACGAAAATACCCTTTCTCTTATAATTATTTACCAAATAATCCCTC
62 TATGCCCTTATACCATAATTACGAAAATACCCTTTCT-TTATAATTATTTACTAAATAATCCCTT
* * * **** *
14615177 ATG-AATTA-CTAAAATACCTTTTTCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGGCCAATTTTTTTG
126 ATGAAATTATC-AAAATACC-TTTTCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGGCCAAATGGACTA
* * ** * ** * *
14615240 TTATTC-CTTCATATCATAATTA-TGAAATGCACCTTCTCTTATAATTATTTATTATATAATTCC
189 TTATGCTCTTCATACCATAATTACAAAAATACATTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATT--
*
14615303 TTATG
252 TTATA
* * * *
14615308 AAATTACCAAAATACCATTT-CATTATATGATAAGAAATTGCATGTGC-CCAAAT-GAACTATTA
1 AAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATT-AATATGCGACAAATAG-ACTATTA
* * * * * * *
14615370 TTCCCTCATGCCATAATTAGGAAAATA-CCTCTTCTTTTATAATTCCTTT--TAAATAATCTCAT
64 TGCCCTTATACCATAATTACGAAAATACCCT-TTC-TTTATAATT-ATTTACTAAATAATCCCTT
* * * *
14615432 ATTAAATTATCAAAATACCCTTTCTATTATATGATAATAAGTTTACATGTGGCCAAATGGACTAT
126 ATGAAATTATCAAAATACCTTTTC-ATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGGCCAAATGGACTAT
* * * * **
14615497 T-TGCTCCT-ATACCATAGTTACAAAAATACTATTTTC-ATTATAATTGTTTACTAAATAATCCA
190 TATGCTCTTCATACCATAATTACAAAAATAC-ATTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT-TT
*
14615559 TATG
253 TATA
* * * * * * *
14615563 AAATTACCAAACTACCCTTTCTATTATAAGATAAGAAATTAACATGCGACCAGATGGACTATTAT
1 AAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTAATATGCGA-CAAATAGACTATTAT
* * * * * * *
14615628 GTCGTTATACCAAAATTATGAAAATACCCATATC-TTATTATTATTTACTAAATAATCCCTTATT
65 GCCCTTATACCATAATTACGAAAATACCC-TTTCTTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATG
* ** * * * * *
14615692 AAATT-TCTAAAATACCCTTTCCATTATATGATATTAAGTTTATATGTGGGCAAATGGACAATTT
129 AAATTATC-AAAATA-CCTTTTCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGGCCAAATGGACTATTA
** * *
14615756 TGC-CCCCATACCATAATTACTAAACAATCCCTTTT-T-TTATAATTATTTACTAAATAATCCTT
192 TGCTCTTCATACCATAATTAC-AAA-AATACATTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT--TT
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253 TATA
* ** * *
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1 AAATTACCAAAATA-CCTTTTCCATTATATGATAAGAAATTAATATG-CGACAAA-TAGACTATT
* * * * * **
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* * * * *
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* * * *
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188 ATTATGCTCTTCATACCATAATTACAAAAATACATTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATTT
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253 T-ATA
* * * * * *
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* *
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* * *
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128 GAAATTATCAAAATACC-TTTTCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGGCCAAATGGACTATTA
*
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CCCTTATACCATAATTACGAAAATACCCTTTCTTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAA
ATTATCAAAATACCTTTTCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGGCCAAATGGACTATTATGCT
CTTCATACCATAATTACAAAAATACATTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATTTTATA
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* * * * *
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* *
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14616752 C
128 C
* * * * * *
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1 ATAATTATGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATC-CCTATGAAATTACCAAA
* * * * * *
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*
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127 TC
* ** * * * * *
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* * * **
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14617010 TC
127 TC
* * * * * * *
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1 ATAATTATGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACT-AAATAATCCCTATGAAATTACCAAA
* * * * ** * * *
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14617135 ATC
126 ATC
* * * * * * * *
14617138 AAAATTATGAAAAT-GCCCTTATCTTATGATTATTTACGAAATAATCCTTTATGAAATTTCTAAA
1 ATAATTATGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCC-CTATGAAATTACCAAA
* * * ** ** * * * *
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* ** *
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1 ATAATTA-TGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATC-CCTATGAAATTACCAA
* * * ** *
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14617395 C
128 C
* * * * *
14617396 ATAATTA-CAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTTAATAATCACCTATAAAACTATCAAA
1 ATAATTATGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATC-CCTATGAAATTACCAAA
* * * * **
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65 ATACAC-TTTCCATTATATGA-TA-AAAGTTAACATG-TGACCAAATGAACTATTATGCCCTCAT
*
14617522 ACC
126 ATC
** * *
14617525 ATAATTACAAAAATATCCCTTCTCTTATAATTA-TTACTAAAAAATCCCTTAAT-AAATTACAAA
1 ATAATTATGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCC-T-ATGAAATTAC-CA
* * * * * * * * * *
14617588 AAATACTCTTTCTATTATGTTATAAGAAGTTTATATGTGGA-CAAATGGAA-TATTTTACCATTA
63 AAATACACTTTCCATTATATGATAA-AAGTTAACATGT-GACCAAAT-GAACTATTATGCCCTCA
14617651 TA-C
125 TATC
* * * *
14617654 AATAATTATGAAAATACCCCTTCGCTTATAATTATTTAC-AAGTAATTCCCTATAAAATTACCAA
1 -ATAATTATGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAA-TCCCTATGAAATTACCAA
*
14617718 AATACTA-TTTTCATTATATGAT
64 AATAC-ACTTTCCATTATATGAT
14617740 TGTAGACACT
Statistics
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Consensus pattern (128 bp):
ATAATTATGAAAATATCCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTATGAAATTACCAAAA
TACACTTTCCATTATATGATAAAAGTTAACATGTGACCAAATGAACTATTATGCCCTCATATC
Found at i:14619703 original size:3 final size:3
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14619685 TTAAAGTTGT
14619695 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA
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1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA T
14619764 GATTTTAAAG
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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TAA
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14620953 GCCCTTATAT
* * * * *
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* * * *
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65 ATACCATTTCCATTATATGATAAGAAATTAATATG--AGCCAAATGGACTATTAT-CTCCTCATA
14621091 -
127 C
* * * * *
14621091 TAAAAATTATGAAAATACCACTCCTTTTATAATTA-TTACTAAATAATCCCTTATAAAATTA-CT
1 T-ATAATTACGAAAATACC-CTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT-CCTTATGAAATTATC-
* ** * * *
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*
14621219 AT
126 AC
* *
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* * * * ** *
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*
14621350 A
127 C
* * * * * * *
14621351 TGTAATTATGAAATTAGCCTTTCTTTTATAA-TATTTACCAAATAATCCCTTACGAAATTATCAA
1 TATAATTACGAAAATA-CCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT-CCTTATGAAATTATCAA
* * * *
14621415 AATACCCTTTCTATTATATGATAGGAAATTGACATATGA-CCAAATGGACTAGTATGC-CCTCAT
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14621478 AC
126 AC
* * * * *
14621480 CATAATTATGAAAATACCCTTTGTCTTAT-A--A-TTACTTAATAATCCTTTATGAAATTACCAA
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* * * * ** * *
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126 AC
* * * * *
14621606 -ATAATTATGAAAGTACCCTTTCTCTTATAATTATTTACCAAAT-ATCTCTTATGTAATTACCAA
1 TATAATTACGAAAATACCC-TTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATC-CTTATGAAATTATCAA
** * * *
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14621732 AC
126 AC
* * * * *
14621734 TATAATTAC-AAAACATCCCTTCTCTGATAATTA-TTACAAAATAATCCCTTATTAAATTATAAA
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* * * * * *
14621797 AAATACCATTTCTATTATATGATAAGAAGTTTATATGTAGCCAAATGGAATATT-TTTCCCTTAT
63 AAATACCATTTCCATTATATGATAAGAAATTAATATG-AGCCAAATGGACTATTATCT-CCTCAT
14621861 AC
126 AC
* * * * * * *
14621863 TATAATTATGAAAATACCAATTCACTTACAATTATTTATTAAATAATCTCTTATAAAATTACCAA
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* * * * * *
14621928 AATACCTTTTTCATTATATGATAAGAAATTGACGTACGA--CAAGATGGACTATTATGTCCTTAT
64 AATACCATTTCCATTATATGATAAGAAATT-A-ATATGAGCCAA-ATGGACTATTATCTCCTCAT
14621991 AC
126 AC
* * * *
14621993 TAAAATTACG-AAA-A---TGCACTTATAATTATTTACTAAATAATCCTTTATGGAATTATCAAA
1 TATAATTACGAAAATACCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCC-TTATGAAATTATCAAA
* * ** * * * ** *
14622053 ATACCCTTTCCATTATATAATATTAAGTTTATATGTGGGAAAATGGACAATT-T-TGCCTTCATA
65 ATACCATTTCCATTATATGATAAGAAATTAATATG-AGCCAAATGGACTATTATCT-CC-TCATA
14622116 C
127 C
* * *
14622117 CATAATTAC-AAAACTATCCCTTCTCATATAATTATTTACTAAATAATCACTTATGAAATTACCA
1 TATAATTACGAAAA-TA-CCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATC-CTTATGAAATTATCA
* * * * * *
14622181 AAATACTATTTTCATTATATGATAAGAAATTAACATGTGCCTAAATTGACTATCA-CGTCCTCAT
63 AAATACCATTTCCATTATATGATAAGAAATTAATATGAGCC-AAATGGACTATTATC-TCCTCAT
14622245 A-
126 AC
* **
14622246 TCATAATTACAAAAATACCCTT-T-TT-TAATT-TTTACTAAATAATCCCGATGAAATT-TCCAA
1 T-ATAATTACGAAAATACCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCTTATGAAATTAT-CAA
* * ** **** * * *
14622306 AA-ACCATTTCCATTATATGATAAAAAATTGACGTGCAGGTTGATGGACTATTATGTCTTTATAC
64 AATACCATTTCCATTATATGATAAGAAATTAATATG-AGCCAAATGGACTATTATCTCCTCATAC
* * * *
14622370 CAAAATTA--AAAATACCCCTTCTCTTATAATTA-TTACTAAATAATCCTTTATTAAATTACCAA
1 TATAATTACGAAAATA-CCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCC-TTATGAAATTATCAA
* * * * * * * *
14622432 AATACTATTTCCATTATAAGATACAAAAATTAATAAGAGTCCAAATTGACTATAATGTCTTCATA
64 AATACCATTTCCATTATATGATA-AGAAATTAATATGAG-CCAAATGGACTATTATCTCCTCATA
14622497 TC
127 -C
* * *
14622499 T-TAGTTAC-AGAAATACCTCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTTTGAAATTATTA
1 TATAATTACGA-AAATACC-CTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT-CCTTATGAAATTATCA
* * * * * * * *
14622562 AAATGGCC-TTTCCATTATATAATAAGAAATTGACT-TGTGACTAAATTGATTATTA-CATCGTC
63 AAAT-ACCATTTCCATTATATGATAAGAAATT-AATATGAG-CCAAATGGACTATTATC-TCCTC
*
14622624 AAAC
124 ATAC
* ** * * * * *
14622628 AATAATTAAAAAAATGTCCCTTCTCATATAATTA-TTACTAAATAATCTTTTATTAAATTACCAA
1 TATAATTACGAAAAT-ACCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATC-CTTATGAAATTATCAA
* * * ** * ** * *
14622692 AATACCTTTTCCATTATATAACAAGAAATTTGTATGTTGCTGAAGGGA-TAATTATGC-CTTCAT
64 AATACCATTTCCATTATATGATAAGAAATTAATATG-AGCCAAATGGACT-ATTAT-CTCCTCAT
14622755 AC
126 AC
* * * * ** ** *
14622757 CATAATTACAAAAATACTCATTTTCTTATAATTGCTTACTAAATAATCCCACATGAAATTATGAA
1 TATAATTACGAAAATAC-CCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT-CCTTATGAAATTATCAA
* * * * ** * *
14622822 AATATCATTTCCATTATATGATAAAAAATTAACATGTAGCAAAATTAACAATTA-CGCCATCATA
64 AATACCATTTCCATTATATGATAAGAAATTAATATG-AGCCAAATGGACTATTATCTCC-TCATA
*
14622886 T
127 C
* * * * *
14622887 TATAATTACAAAAATACTCATTTTCTTATAATTTTTTACTAAATAATCCTTCAAGAAATTA-CTA
1 TATAATTACGAAAATAC-CCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCTT-ATGAAATTATC-A
** * * * *
14622951 AAATGTCATTTCCATTATATGATAAGAAATTTATATAAAGGCCAAA-GGAATATTATGC-CCTTA
63 AAATACCATTTCCATTATATGATAAGAAATTAATAT-GA-GCCAAATGGACTATTAT-CTCCTCA
14623014 TA-
125 TAC
* * * ** *
14623016 TCATAGTTACAAAAATACCGTGTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCCCAAGAAATTA-CT
1 T-ATAATTACGAAAATACCCT-TCTCTTATAATTATTTACTAAATAATC-CTTATGAAATTATC-
* * * * * *
14623080 AAAATGCCCTTTTCATTATATGATAAAAAATTGACATAT-AACCAAATGGACTATTATGC-CCTT
62 AAAATACCATTTCCATTATATGATAAGAAATT-A-ATATGAGCCAAATGGACTATTAT-CTCCTC
*
14623143 ATCC
124 ATAC
* * * * * * * *
14623147 GATAATTATGAAAGTGCCCATACT-GTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATCACCAA
1 TATAATTACGAAAATACCC-TTCTCTTATAATTATTTACTAAATAAT-CCTTATGAAATTATCAA
*
14623211 AATATCC-TTTCCATTATATGATTAGAAATT
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14623241 GACATGTGGT
Statistics
Matches: 1694, Mismatches: 330, Indels: 251
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
121 6 0.00
122 9 0.01
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Consensus pattern (127 bp):
TATAATTACGAAAATACCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCTTATGAAATTATCAAAA
TACCATTTCCATTATATGATAAGAAATTAATATGAGCCAAATGGACTATTATCTCCTCATAC
Found at i:14621672 original size:254 final size:255
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Period size: 259 Copynumber: 13.2 Consensus size: 255
14620988 TTATAATTAT
* * * * * *
14620998 TTACTAAAAAATCC-TTATAAAATTACCAAAATACCATTTCCATTATATGATAAGAAATTGATGT
1 TTACTAAATAATCCTTTATGAAATTACCAAAATACCATTTCCATTATATAATAAGAAGTTTATAT
** * * * * * * * *
14621062 GCAAGCAGATGGACTATTATGCCCTT-ATATAAAAATTATGAAAATACCAC-TCCTTTTATAATT
66 GTGACCAAATGAACTATTTTG-CCTTCATA-CATAATTATGAAAATACC-CTTTCTCTTATAATT
* * * * * * * *
14621125 A-TTACTAAATAATCCCTTATAAAATTACTAAAATATCATTT-TTATTATATGATAAGAAGTT-A
128 ATTTACCAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACCCTTTCTCATTATATGATAAGAAATTGA
* * * ** *
14621187 -ATATGAGTCCAACTTGACTATTATCTCCTCATATTATAATTACGAAAATACCTTTTCTCTTATA
193 CATATGA--CCAAATGGACTATTATGTCCTCATACCATAATTACGAAAATACCCTTT-TCTTAT-
14621251 ATTA
254 A--A
** * * ** *
14621255 TTTACTAAATAAT-CTCTTATGAAATTATGAAAATACCATTTTCATTATATGATAAGAAACTGAT
1 -TTACTAAATAATCCT-TTATGAAATTACCAAAATACCATTTCCATTATATAATAAGAAGTTTAT
* * * ** * * * *
14621319 ATATGGCCAACT-AGACTATTAGGTCC-TAATA-ATGTAATTATGAAATTAGCCTTTCTTTTATA
64 ATGTGACCAAATGA-ACTATTTTG-CCTTCATACA--TAATTATGAAAATACCCTTTCTCTTATA
* * * *
14621381 A-TATTTACCAAATAATCCCTTACGAAATTATCAAAATACCCTTTCT-ATTATATGATAGGAAAT
125 ATTATTTACCAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACCCTTTCTCATTATATGATAAGAAAT
* * *
14621444 TGACATATGACCAAATGGACTAGTATGCCCTCATACCATAATTATGAAAATACCCTTTGTCTTAT
190 TGACATATGACCAAATGGACTATTATGTCCTCATACCATAATTACGAAAATACCCTTT-TCTTAT
14621509 AA
254 AA
* * *
14621511 TTACTTAATAATCCTTTATGAAATTACCAAAATA-CATTTCCATTATATAATAAGAAGTTAAAAT
1 TTACTAAATAATCCTTTATGAAATTACCAAAATACCATTTCCATTATATAATAAGAAGTTTATAT
* * * * *
14621575 GTGACCAAATTAACTATTATGCATTCACATCATAATTATGAAAGTACCCTTTCTCTTATAATTAT
66 GTGACCAAATGAACTATTTTGCCTTCATA-CATAATTATGAAAATACCCTTTCTCTTATAATTAT
* * *
14621640 TTACCAAAT-ATCTCTTATGTAATTACCAAAATACCCCTTC-CATTATATGATTAGAAATTGACA
130 TTACCAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACCCTTTCTCATTATATGATAAGAAATTGACA
* * * * * * *
14621703 TGTGGCCAAATGGACTATTAT-TAACTCATACTATAATTAC-AAAACATCCCTTCTCTGATAATT
195 TATGACCAAATGGACTATTATGT-CCTCATACCATAATTACGAAAATA-CCCTTTTCT--T-ATA
14621766 A
255 A
* * * ** * *
14621767 TTACAAAATAATCCCTTATTAAATTATAAAAAATACCATTTCTATTATATGATAAGAAGTTTATA
1 TTACTAAATAATCCTTTATGAAATTA-CCAAAATACCATTTCCATTATATAATAAGAAGTTTATA
* ** * *
14621832 TGT-AGCCAAATGGAA-TATTTTTCCCTT-ATACTATAATTATGAAAATACCAATTCACTTACAA
65 TGTGA-CCAAAT-GAACTA-TTTTGCCTTCATAC-ATAATTATGAAAATACCCTTTCTCTTATAA
** * *
14621894 TTATTTATTAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAATA-CCTTTTTCATTATATGATAAGAAATT
126 TTATTTACCAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACCCTTTCTCATTATATGATAAGAAATT
* * * * * * * **
14621958 GACGTACGA-CAAGATGGACTATTATGTCCTTATACTAAAATTACGAAAATGCACTTATAATTAT
191 GACATATGACCAA-ATGGACTATTATGTCCTCATACCATAATTACGAAAATACCCTT-TTCTTAT
14622022 --
254 AA
* * * **
14622022 TTACTAAATAATCCTTTATGGAATTATCAAAATACCCTTTCCATTATATAATATTAAGTTTATAT
1 TTACTAAATAATCCTTTATGAAATTACCAAAATACCATTTCCATTATATAATAAGAAGTTTATAT
*** * * * *
14622087 GTGGGAAAATGGACAATTTTGCCTTCATACCATAATTA-CAAAACTATCCC-TTCTCATATAATT
66 GTGACCAAATGAACTATTTTGCCTTCATA-CATAATTATGAAAA-TA-CCCTTTCTCTTATAATT
* * ** *
14622150 ATTTACTAAATAATCACTTATGAAATTACCAAAATACTATTT-TCATTATATGATAAGAAATTAA
128 ATTTACCAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACCCTTTCTCATTATATGATAAGAAATTGA
* * * * * * **
14622214 CATGTG-CCTAAATTGACTATCACGTCCTCATATCATAATTACAAAAATACCCTTTT-TTAATTT
193 CATATGACC-AAATGGACTATTATGTCCTCATACCATAATTACGAAAATACCCTTTTCTT-ATAA
** * * ** * *
14622277 TTACTAAATAATCC-CGATGAAATTTCCAAAA-ACCATTTCCATTATATGATAA-AAAATT-GAC
1 TTACTAAATAATCCTTTATGAAATTACCAAAATACCATTTCCATTATATAATAAGAAGTTTATAT
**** * * * * * *
14622338 GTGCAGGTTGATGGACTATTATGTCTTTATACCAAAATTA--AAAATACCCCTTCTCTTATAATT
66 GTG-A-CCAAATGAACTATTTTGCCTTCATA-CATAATTATGAAAATACCCTTTCTCTTATAATT
* * ** * *
14622401 A-TTACTAAATAATC-CTTTATTAAATTACCAAAATACTATTTC-CATTATAAGATACAAAAATT
128 ATTTACCAAATAATCTC-TTATGAAATTACCAAAATACCCTTTCTCATTATATGATA-AGAAATT
* * * * * * * *
14622463 -A-ATAAGAGTCCAAATTGACTATAATGTCTTCATATCTTAGTTAC-AGAAATACCTCTTCTCTT
191 GACATATGA--CCAAATGGACTATTATGTCCTCATACCATAATTACGA-AAATACC-CTTTTCTT
14622525 ATAATTA
252 AT-A--A
** * * *
14622532 TTTACTAAATAATCCCTTT-TGAAATTATTAAAATGGCC-TTTCCATTATATAATAAGAAATTGA
1 -TTACTAAATAAT-CCTTTATGAAATTACCAAAAT-ACCATTTCCATTATATAATAAGAAGTTTA
* * **** * * ** * *
14622595 CT-TGTGACTAAATTG-ATTATTACATCGTCAAACAATAATTAAAAAAATGTCCC-TTCTCATAT
63 -TATGTGACCAAA-TGAACTATTTTGCCTTCATAC-ATAATTATGAAAAT-ACCCTTTCTCTTAT
* * * * * *
14622657 AATTA-TTACTAAATAATCTTTTATTAAATTACCAAAATACCTTTTC-CATTATATAACAAGAAA
124 AATTATTTACCAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACCCTTTCTCATTATATGATAAGAAA
* * ** * * *
14622720 TTTG-TATGTTG-CTGAAGGGA-TAATTATG-CCTTCATACCATAATTACAAAAATACTCATTTT
189 -TTGACAT-ATGACCAAATGGACT-ATTATGTCC-TCATACCATAATTACGAAAATAC-CCTTTT
14622781 CTTATAA
249 CTTATAA
*** ** * * * * *
14622788 TTGCTTACTAAATAATCCCACATGAAATTATGAAAATATCATTTCCATTATATGATAAAAAATTA
1 ----TTACTAAATAATCCTTTATGAAATTACCAAAATACCATTTCCATTATATAATAAGAAGTTT
* * * * ** * * ** *
14622853 ACATGT-AGCAAAATTAACAATTACGCCATCATATTATAATTACAAAAATACTCATTT-TCTTAT
62 ATATGTGA-CCAAATGAACTATTTTGCCTTCATA-CATAATTATGAAAATAC-CCTTTCTCTTAT
* * * * ** *
14622916 AATTTTTTACTAAATAATC-CTTCAAGAAATTACTAAAATGTCATTTC-CATTATATGATAAGAA
124 AATTATTTACCAAATAATCTCTT-ATGAAATTACCAAAATACCCTTTCTCATTATATGATAAGAA
* * * * * * * * * * * *
14622979 ATTTATATAAAGGCCAAA-GGAATATTATGCCCTTATATCATAGTTACAAAAATACCGTGTCTCT
188 ATTGACAT-ATGACCAAATGGACTATTATGTCCTCATACCATAATTACGAAAATACCCT-TTTCT
14623043 TATAATTA
251 TAT-A--A
** * * * * * * * * * *
14623051 TTTACTAAATAAT-CTCCCAAGAAATTACTAAAATGCCCTTTTCATTATATGATAAAAAATTGAC
1 -TTACTAAATAATCCT-TTATGAAATTACCAAAATACCATTTCCATTATATAATAAGAAGTTTAT
* * * * * * * * * *
14623115 ATATAACCAAATGGACTATTATGCCCTT-ATCCGATAATTATGAAAGTGCCCATACT-GTATAAT
64 ATGTGACCAAATGAACTATTTTG-CCTTCATAC-ATAATTATGAAAATACCCTTTCTCTTATAAT
* * * * *
14623178 TATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATCACCAAAATATCCTTTC-CATTATATGATTAGAAATTG
127 TATTTACCAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACCCTTTCTCATTATATGATAAGAAATTG
* * *
14623242 AC--ATG------TGGTCCA--ATG------GA-CATAATTACGAAAATATCCCTTTT-TTATAA
192 ACATATGACCAAATGGACTATTATGTCCTCATACCATAATTACGAAAATA-CCCTTTTCTTAT-A
14623289 TTA
255 --A
* * * * *
14623292 TTACTAAATAATCCCTTATTAAATTACTAAAAATACTCA-TTCCATAATATGATAAGAAGTTTAT
1 TTACTAAATAATCCTTTATGAAATTAC-CAAAATAC-CATTTCCATTATATAATAAGAAGTTTAT
* * * *
14623356 GTGTGGCCAAATGGAA-TATTTTGTCC-TCATACTATAATTA-CAAAATACCCTTT-GCTTATAA
64 ATGTGACCAAAT-GAACTATTTTG-CCTTCATAC-ATAATTATGAAAATACCCTTTCTCTTATAA
* * * * * *
14623417 TTATTTACTAAATAATCTCCTATAAAATTATCAAAATA-CCTTTTTTATTATATGATAAGAAATT
126 TTATTTACCAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACCCTTTCTCATTATATGATAAGAAATT
*** * * * ** * **
14623481 GACATGCAAGCAGATGGACTATTATGT-C-CA-A--A-AA-T--GCACTTA-TCTTGTAATTAT-
191 GACATATGACCAAATGGACTATTATGTCCTCATACCATAATTACGAAAATACCCTT-TTCTTATA
14623535 -
255 A
* * * * * * *
14623535 TTA-TGAAATATTTCC-TTATAAAATTACCAAAATACC-TTTGGCATTTTATAATAAAAAATATA
1 TTACT-AAATA-ATCCTTTATGAAATTACCAAAATACCATTT-CCATTATATAATAAGAAGTTTA
* * *
14623597 CATAT-AGCCAAAT-AGACTATTATT--CTCTCATACCATAATTATGAAAATA-CCTTTCTTTTA
63 TATGTGA-CCAAATGA-ACTATT-TTGCCT-TCATA-CATAATTATGAAAATACCCTTTCTCTTA
* * * * * * * * *
14623657 TTATT-TTTA-TACATAATCAT-ATAAGAAATTACCAGAATGCTCTTTC-CATTAT-TAATAAGA
123 TAATTATTTACCAAATAATC-TCTTATGAAATTACCAAAATACCCTTTCTCATTATATGATAAGA
* * ** * * * * * * * *
14623717 AATTGATATGTGGTCAAATTGACTATTAAAGT-CTAAAATCATAATTACAAAAATACCCACTTTG
187 AATTGACATATGACCAAATGGACTATT-ATGTCCTCATACCATAATTACGAAAATACCC-TTTTC
14623781 TTATAATTA
250 TTAT-A--A
** * ** * * * * *
14623790 TTTACTAAATAATCCCCTATAAAATTAGGACAATACACA-TTCCATTATATGATAAGAAATTAAC
1 -TTACTAAATAATCCTTTATGAAATTACCAAAATAC-CATTTCCATTATATAATAAGAAGTTTAT
*** * * * * * *
14623854 ATGTGGTAAAATGGATTATTATGCCCTCATACCATAATTATGAAGATACCCCTTC-CTTTATAAT
64 ATGTGACCAAATGAACTATTTTGCCTTCATA-CATAATTATGAAAATACCCTTTCTC-TTATAAT
* * * * * * * * *
14623918 TATTTACTAAGTAATCTCTCATTAAATTACTAAAATGCCTTTTC-CATTATATTATAAGAAATTT
127 TATTTACCAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACCCTTTCTCATTATATGATAAGAAATTG
* * * * * * *
14623982 ACACATGACCAAATTGACTGTTATAG-CTTTATACCATAATTATGAAAATA-CCTATCTCTAAAT
192 ACATATGACCAAATGGACTATTAT-GTCCTCATACCATAATTACGAAAATACCCT-TTTCT---T
* *
14624045 TTAT
252 ATAA
* ** * * * * *
14624049 TTACTATATTGTCAC-CTATGAAATTACCAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAGTTGACA
1 TTACTAAATAATC-CTTTATGAAATTACCAAAATACCATTTCCATTATATAATAAGAAGTTTATA
* * * * *
14624113 TGTG-CCTAAATTG-TCTATTATT-CCTTTATATCATAATTATGGAGATACCCTTTCTTTTA-AA
65 TGTGACC-AAA-TGAACTATT-TTGCCTTCATA-CATAATTATGAAAATACCCTTTCTCTTATAA
* * ** * *
14624174 TTA-TTACTAAATAATCTCTTATTAAATTACCAAAATACATTTTC-CATTATATGATGAGAAGTT
126 TTATTTACCAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACCCTTTCTCATTATATGATAAGAA-AT
* * * * * * * *
14624237 TG-CATATGGCCAAATGGATTATTTTG-CTGTCAAACTATAATTACGAAAATACCCCTTTATTAT
190 TGACATATGACCAAATGGACTATTATGTC-CTCATACCATAATTACGAAAATACCCTTTTCTTAT
14624300 AATTA
254 -A--A
* *
14624305 TTTACTAAATAAT-CTTCTATGAAATTACTAAAATACCTTTTC
1 -TTACTAAATAATCCTT-TATGAAATTACCAAAATACCATTTC
14624347 TAGTATGATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (255 bp):
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GTGACCAAATGAACTATTTTGCCTTCATACATAATTATGAAAATACCCTTTCTCTTATAATTATT
TACCAAATAATCTCTTATGAAATTACCAAAATACCCTTTCTCATTATATGATAAGAAATTGACAT
ATGACCAAATGGACTATTATGTCCTCATACCATAATTACGAAAATACCCTTTTCTTATAA
Found at i:14622199 original size:642 final size:631
Alignment explanation
Indices: 14620918--14623245 Score: 1594
Period size: 642 Copynumber: 3.6 Consensus size: 631
14620908 TATGATAATG
* * * * * * * * * *
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1 ATAAGAAATTAAAATGTGCCTAAATTAACTATCACGTCCTCACATCATAATTATGAAAATAC-CC
* *
14620983 TTCTTTTATAATTATTTACTAAAAAATCCTTATAAAATTACCAAAATACCATTTCCATTATATGA
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* *
14621048 TAAGAAATTG--ATGT-GCAAGCAGATGGACTATTATGCCCTTATA-TAAAAATTATGAAAATAC
128 TAAGAAATTGACATGTGGC---CAGATGGACTATTAT--TCTTATACT-AAAATTA-AAAAAT-C
* * * * *
14621109 CACTCCTTTTATAATTATTACTAAATAATCCCTTATAAAATTACTAAAATATCATTTTTATTATA
185 C-CTTCTCTTATAATTATTACTAAATAATCCCTTATTAAATTA-TAAAATACCATTTCTATTATA
* * * *
14621174 TGATAAGAAGTTAATATGAGTCCAACTTGACTATTATCTCCTCATATTATAATTACGAAAATACC
248 TGATAAGAAGTTAATATGAGTCCAAATGGAATATTATCTCCTCATACTATAATTACGAAAATACC
** * * * **
14621239 TTTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCTTATGAAATTATGAAAATACCATTTTCATTATA
313 AATTCACTTACAATTATTTACTAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAATACCATTTTCATTATA
* * * * ** * *
14621304 TGATAAGAAACTGATATATGGCCAACTAGACTATTAGGTCCTAATAATGTAATTATGAAATTAGC
378 TGATAAGAAACTGACATATCGACAAATAGACTATTAGGTCCTAATAATAAAATTACGAAAATAGC
* *
14621369 CTTTCTTTTATAATATTTACCAAATAATCCCTTACGAAATTATCAAAATACCCTTTCTATTATAT
443 C-TAC-TTTATAATATTTACCAAATAATCCCTTACGAAATTATCAAAATACCCTTTCCATTATAT
* * * *
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506 AATAGGAAATTGACATATGACAAAATGGACAAGTATGCCCTCATACCATAATTATCAAAATACCC
* *
14621499 TTTGTCTTATAATTACTTAATAATCCTTTATGAAATTACCAAAATACATTTCCATTATATA
571 TTTCTCTTATAATTACTAAATAATCCTTTATGAAATTACCAAAATACATTTCCATTATATA
* * * * *
14621560 ATAAGAAGTTAAAATGTGACC-AAATTAACTATTATG-CATTCACATCATAATTATGAAAGTACC
1 ATAAGAAATTAAAATGTG-CCTAAATTAACTATCACGTC-CTCACATCATAATTATGAAAATACC
* * **
14621623 CTTTCTCTTATAATTATTTACCAAATATCTCTTATGTAATTACCAAAATACCCCTTCCATTATAT
64 C-TTCT-TTATAATTATTTACAAAATATC-CTTATGAAATTACCAAAATACCATTTCCATTATAT
* * * *
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* *
14621753 TTCTCTGATAATTATTACAAAATAATCCCTTATTAAATTATAAAAAATACCATTTCTATTATATG
187 TTCTCTTATAATTATTACTAAATAATCCCTTATTAAATTAT--AAAATACCATTTCTATTATATG
* * * *
14621818 ATAAGAAGTTTATATGTAG-CCAAATGGAATATT-TTTCCCTTATACTATAATTATGAAAATACC
250 ATAAGAAGTTAATATG-AGTCCAAATGGAATATTATCT-CCTCATACTATAATTACGAAAATACC
* *
14621881 AATTCACTTACAATTATTTATTAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAATACCTTTTTCATTATA
313 AATTCACTTACAATTATTTACTAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAATACCATTTTCATTATA
* * * * * *
14621946 TGATAAGAAATTGACGTA-CGACAAGATGGACTATTATGTCCTTATACTAAAATTACGAAAAT-G
378 TGATAAGAAACTGACATATCGACAA-ATAGACTATTAGGTCCTAATAATAAAATTACGAAAATAG
* * * *
14622009 -C-AC-TTATAATTATTTACTAAATAATCCTTTATGGAATTATCAAAATACCCTTTCCATTATAT
442 CCTACTTTATAA-TATTTACCAAATAATCCCTTACGAAATTATCAAAATACCCTTTCCATTATAT
** * * * * ** * * *
14622071 AATATTAAGTTTATATGTGGGAAAATGGACAATTTTGCCTTCATACCATAATTA-CAAAACTATC
506 AATAGGAAATTGACATATGACAAAATGGACAAGTATGCCCTCATACCATAATTATCAAAA-TA-C
* *
14622135 CC-TTCTCATATAATTATTTACTAAATAATCAC-TTATGAAATTACCAAAATACTATTTTCATTA
569 CCTTTCTC-T-T-A-TAATTACTAAATAATC-CTTTATGAAATTACCAAAATAC-ATTTCCATTA
*
14622198 TATG
628 TATA
* * * **
14622202 ATAAGAAATTAACATGTGCCTAAATTGACTATCACGTCCTCATATCATAATTACAAAAATACCCT
1 ATAAGAAATTAAAATGTGCCTAAATTAACTATCACGTCCTCACATCATAATTATGAAAATACCCT
* ** *
14622267 T-TTT-TAATT-TTTACTAAATAATCCCGATGAAATTTCCAAAA-ACCATTTCCATTATATGATA
66 TCTTTATAATTATTTACAAAAT-ATCCTTATGAAATTACCAAAATACCATTTCCATTATATGATA
* * * ** * *
14622328 AAAAATTGACGTGCAGG-TTGATGGACTATTATGTCTTTATACCAAAATTAAAAATACCCCTTCT
130 AGAAATTGACATG-TGGCCAGATGGACTATTAT-TC-TTATACTAAAATTAAAAA-ATCCCTTCT
* * * * *
14622392 CTTATAATTATTACTAAATAATCCTTTATTAAATTACCAAAATACTATTTCCATTATAAGATACA
191 CTTATAATTATTACTAAATAATCCCTTATTAAATTA-TAAAATACCATTTCTATTATATGATA-A
* * * * * * * * * **
14622457 AAAATTAATAAGAGTCCAAATTGACTATAATGTCTTCATATCT-TAGTTAC-AGAAATACCTCTT
254 GAAGTTAATATGAGTCCAAATGGAATATTATCTCCTCATA-CTATAATTACGA-AAATACCAATT
* * * * * ** * * *
14622520 CTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTTTGAAATTATTAAAATGGCC-TTTCCATTATATAA
317 CACTTACAATTATTTACTAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAAT-ACCATTTTCATTATATGA
* * * * * ** * * * **
14622584 TAAGAAATTGACTTGT-GACTAAATTGATTATTACATCGTCA-AACAATAATTAAAAAAAT-GTC
381 TAAGAAACTGACATATCGAC-AAATAGACTATTAGGTCCTAATAATAA-AATTACGAAAATAG--
* * * ** ** * *
14622646 CCTTCTCATATAAT-TATTACTAAATAATCTTTTATTAAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATA
442 CCTACT-TTATAATAT-TTACCAAATAATCCCTTACGAAATTATCAAAATACCCTTTCCATTATA
* * * * ** * * * *
14622710 TAACAAGAAATTTG-TATGTTG-CTGAAGGGATAATTATGCCTTCATACCATAATTA-CAAAAAT
505 TAATAGGAAA-TTGACAT-ATGACAAAATGGACAAGTATGCCCTCATACCATAATTATC-AAAAT
* *** **
14622772 ACTCATTT-TCTTATAATTGCTTACTAAATAATCCCACATGAAATTATGAAAATATCATTTCCAT
567 AC-CCTTTCTCTTATAA----TTACTAAATAATCCTTTATGAAATTACCAAAATA-CATTTCCAT
*
14622836 TATATG
626 TATATA
* * * * * * * **
14622842 ATAAAAAATTAACATGTAG-CAAAATTAACAATTACG-CCATCATATTATAATTACAAAAATACT
1 ATAAGAAATTAAAATGT-GCCTAAATTAACTATCACGTCC-TCACATCATAATTATGAAAATAC-
* * * * * * **
14622905 CATTTTCTTATAATTTTTTACTAAATAATCCTTCAAGAAATTACTAAAATGTCATTTCCATTATA
63 CCTTCT-TTATAATTATTTACAAAAT-ATCCTT-ATGAAATTACCAAAATACCATTTCCATTATA
* * ** * * * * *
14622970 TGATAAGAAATTTATATAAAGGCCA-AAGGAATATTATGCCCTTATA-TCATAGTTACAAAAATA
125 TGATAAGAAATTGACAT-GTGGCCAGATGGACTATTAT--TCTTATACT-AAAATTA-AAAAAT-
* * ** * *
14623033 CCGTGTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCC-CAAGAAATTACTAAAATGCCCTTT-TCAT
184 CCCT-TCTCTTATAATTA-TTACTAAATAATC-CCTTATTAAATTA-TAAAATACCATTTCT-AT
* * * * * * * *
14623096 TATATGATAAAAAATTGACATAT-A-ACCAAATGGACTATTATGC-CCTTATCCGATAATTATGA
244 TATATGATAAGAAGTT-A-ATATGAGTCCAAATGGAATATTAT-CTCCTCATACTATAATTACGA
* * * * * * *
14623158 AAGTGCCCA-T-ACTGTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATCACCAAAATATCC-TT
306 AAATACCAATTCACT-TACAATTATTTACTAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAATA-CCATT
* * *
14623220 TCCATTATATGATTAGAAATTGACAT
369 TTCATTATATGATAAGAAACTGACAT
14623246 GTGGTCCAAT
Statistics
Matches: 1348, Mismatches: 252, Indels: 166
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
634 28 0.02
635 175 0.13
636 71 0.05
637 120 0.09
638 15 0.01
639 10 0.01
640 183 0.14
641 111 0.08
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649 48 0.04
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651 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.16, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (631 bp):
ATAAGAAATTAAAATGTGCCTAAATTAACTATCACGTCCTCACATCATAATTATGAAAATACCCT
TCTTTATAATTATTTACAAAATATCCTTATGAAATTACCAAAATACCATTTCCATTATATGATAA
GAAATTGACATGTGGCCAGATGGACTATTATTCTTATACTAAAATTAAAAAATCCCTTCTCTTAT
AATTATTACTAAATAATCCCTTATTAAATTATAAAATACCATTTCTATTATATGATAAGAAGTTA
ATATGAGTCCAAATGGAATATTATCTCCTCATACTATAATTACGAAAATACCAATTCACTTACAA
TTATTTACTAAATAATCTCTTATAAAATTACCAAAATACCATTTTCATTATATGATAAGAAACTG
ACATATCGACAAATAGACTATTAGGTCCTAATAATAAAATTACGAAAATAGCCTACTTTATAATA
TTTACCAAATAATCCCTTACGAAATTATCAAAATACCCTTTCCATTATATAATAGGAAATTGACA
TATGACAAAATGGACAAGTATGCCCTCATACCATAATTATCAAAATACCCTTTCTCTTATAATTA
CTAAATAATCCTTTATGAAATTACCAAAATACATTTCCATTATATA
Found at i:14622682 original size:260 final size:252
Alignment explanation
Indices: 14622118--14622709 Score: 644
Period size: 251 Copynumber: 2.3 Consensus size: 252
14622108 CCTTCATACC
* * *
14622118 ATAATTACAAAACTATCCCTTCTCATATAATTATTTACTAAATAATCACTTATGAAATTACCAAA
1 ATAATTA-AAAAATATCCCTTCTCATATAATTA-TTACTAAATAATCATTTATTAAATTACCAAA
* * * * * *
14622183 ATACTATTTTCATTATATGATAAGAAATTAACATGTGCCTAAATTGACTATCACGTCCTCATATC
64 ATACTATTTCCATTATAAGATAAAAAATTAACAAGAGCCTAAATTGACTATAACGTCCTCATATC
14622248 ATAATTACAAAAATACCCTTTTTTAATTTTTACTAAATAATCCCGATGAAATTTCCAAAAACCAT
129 ATAATTACAAAAATACCCTTTTTTAATTTTTACTAAATAATCCCGATGAAATTTCCAAAAACCAT
* * ** ** * * *
14622313 TTCCATTATATGATAAAAAATTGACGTGCAGGTTGATGGACTATTATGTCTTTATACCA
194 TTCCATTATATAATAAAAAATTGACGTGCAGCTAAATGGACTATTACATCGTCATAACA
* * *
14622372 A-AATT-AAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTACTAAATAATCCTTTATTAAATTACCAAAAT
1 ATAATTAAAAAATATCCCTTCTCATATAATTATTACTAAATAATCATTTATTAAATTACCAAAAT
* * *
14622435 ACTATTTCCATTATAAGATACAAAAATTAATAAGAGTCC-AAATTGACTATAATGTCTTCATATC
66 ACTATTTCCATTATAAGATA-AAAAATTAACAAGAG-CCTAAATTGACTATAACGTCCTCATATC
* * * ** *
14622499 TTAGTTACAGAAATACCTCTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTTTGAAATTAT-TAA
129 ATAATTACAAAAATACC-CTT-T-TT-TAATT-TTTACTAAATAATCCC-GATGAAATT-TCCAA
* * * *
14622563 AATGGCC-TTTCCATTATATAATAAGAAATTGACTTGTG-A-CTAAATTGATTATTACATCGTCA
187 AA--ACCATTTCCATTATATAATAAAAAATTGAC--GTGCAGCTAAATGGACTATTACATCGTCA
14622625 -AACA
248 TAACA
* *
14622629 ATAATTAAAAAAATGTCCCTTCTCATATAATTATTACTAAATAATCTTTTATTAAATTACCAAAA
1 ATAATT-AAAAAATATCCCTTCTCATATAATTATTACTAAATAATCATTTATTAAATTACCAAAA
14622694 TACCT-TTTCCATTATA
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ATAATTAAAAAATATCCCTTCTCATATAATTATTACTAAATAATCATTTATTAAATTACCAAAAT
ACTATTTCCATTATAAGATAAAAAATTAACAAGAGCCTAAATTGACTATAACGTCCTCATATCAT
AATTACAAAAATACCCTTTTTTAATTTTTACTAAATAATCCCGATGAAATTTCCAAAAACCATTT
CCATTATATAATAAAAAATTGACGTGCAGCTAAATGGACTATTACATCGTCATAACA
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14623545 TTTCCTTATA
** * * * * * *
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* * * * * * * ** *
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65 ACCT-TTATACCATAATTATGAAAATACCCTATCTTCTA-AATTATTACTAAATAATCACCTATG
* * * * * * * *
14623682 AAATTACCAGAAT-GCTCTTTCCATTAT-TAATAAGAAATTGATATGTGGTCAAATTGACTATTA
1 AAATTACCAAAATACCT-TTTCCATTATATGATAAGAAGTTTACATAT-GCCAAATTGACTATTA
** * * * ** * *
14623745 -AAGTCTAAAATCATAATTACAAAAATACCC-A-CTTTGTTATAATTATTTACTAAATAATCCCC
64 TACCT-TTATACCATAATTATGAAAATACCCTATC-TT-CTA-AATTA-TTACTAAATAATCACC
*
14623807 TATA
124 TATG
** * * * * * ** * *
14623811 AAATTAGGACAATACAC-ATTCCATTATATGATAAGAAATTAACATGTGGTAAAATGGATTATTA
1 AAATTACCAAAATAC-CTTTTCCATTATATGATAAGAAGTTTACATAT-GCCAAATTGACTATTA
* * * * * *
14623875 TGCCCTCATACCATAATTATGAAGATACCCCT-TCCTT-TATAATTATTTACTAAGTAATC-TCT
64 TACCTTTATACCATAATTATGAAAATA-CCCTAT-CTTCTA-AATTA-TTACTAAATAATCACCT
*
14623937 CATT
125 -ATG
* * * * * *
14623941 AAATTACTAAAATGCCTTTTCCATTATATTATAAGAAATTTACACATGACCAAATTGACTGTTAT
1 AAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAGTTTACATATG-CCAAATTGACTATTAT
* * **
14624006 AGCTTTATACCATAATTATGAAAATA-CCTATC-TCTAAATTTATTTACTATATTGTCACCTATG
65 ACCTTTATACCATAATTATGAAAATACCCTATCTTCTAAA-TTA-TTACTAAATAATCACCTATG
* * * *
14624069 AAATTACCAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAGTTGACATGTGCCTAAATTGTCTATTAT
1 AAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAGTTTACATATGCC-AAATTGACTATTAT
* * * * * * * * *
14624134 TCCTTTATATCATAATTATGGAGATACCCTTTCTTTTAAATTATTACTAAATAATCTCTTATT
65 ACCTTTATACCATAATTATGAAAATACCCTATCTTCTAAATTATTACTAAATAATCACCTATG
* * * * *
14624197 AAATTACCAAAATACATTTTCCATTATATGATGAGAAGTTTGCATATGGCCAAATGGATTATT-T
1 AAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAGTTTACATAT-GCCAAATTGACTATTAT
** * * * * * * * **
14624261 TGCTGTCAAACTATAATTACGAAAATACCCCTTTATTAT-AATTATTTACTAAATAATCTTCTAT
65 ACCT-TTATACCATAATTATGAAAATA-CCCTATCTTCTAAATTA-TTACTAAATAATCACCTAT
14624325 G
127 G
*
14624326 AAATTACTAAAATACCTTTTC
1 AAATTACCAAAATACCTTTTC
14624347 TAGTATGATA
Statistics
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AAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATAAGAAGTTTACATATGCCAAATTGACTATTATA
CCTTTATACCATAATTATGAAAATACCCTATCTTCTAAATTATTACTAAATAATCACCTATG
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14624849 TTACTAAACT
* * * *
14624859 ATCCCTTATTAAATTACCAAAATACTA-TTTCCATTATATGATAAGAAATTAACATTTCG-CCAA
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* * * * * * * *
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*
14624986 ATA
128 TTA
* * * * * * *
14624989 ATCCCCTATGAAACTACCAAAATACCCATTCCATTATATGATAAAAAATTGACATATGGTCGAAT
1 ATCCCCTATGAAATTACCAAAATACACTTTCCATTATATGATAAGAAATTAACATATGGCCCAAT
** * * * * * * *
14625054 GGACTAGTATGCCCTTACACCATAATTATGAAAATACCCTTTGTCTTATTATTATTTACTAAATC
66 TAACTATTATGCCCTCATACCATAATTATGAAAATACCCATTCTCTTATAATTATTTACT-AATT
14625119 A
130 A
** ***
14625120 A-CCTTTATGAAATTACCAAAATACACTTTCCATTATATGATAAGATGGTAACATATGGCCCAAT
1 ATCCCCTATGAAATTACCAAAATACACTTTCCATTATATGATAAGAAATTAACATATGGCCCAAT
* * * * *
14625184 TAACTATTATCCCCTCATATC-TAATTATAAAAATATCGATTCTCTTATAATTATTTACTAATTA
66 TAACTATTATGCCCTCATACCATAATTATGAAAATACCCATTCTCTTATAATTATTTACTAATTA
* * * * *
14625248 ATCCCCTATGAAATTA-TAAAAGTACAGTTTCCATTATATGTTAAGAAATTAACATGTGGCCAAA
1 ATCCCCTATGAAATTACCAAAA-TACACTTTCCATTATATGATAAGAAATTAACATATGGCCCAA
* *
14625312 TTGACTATTATGCCCTCATTCCAT
65 TTAACTATTATGCCCTCATACCAT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.19, G:0.08, T:0.36
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ATCCCCTATGAAATTACCAAAATACACTTTCCATTATATGATAAGAAATTAACATATGGCCCAAT
TAACTATTATGCCCTCATACCATAATTATGAAAATACCCATTCTCTTATAATTATTTACTAATTA
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Period size: 130 Copynumber: 3.5 Consensus size: 127
14625336 TATTTGAGGG
* * * ** *
14625346 GAAAATGACATGTGTCCAAATGTACT-ATTATGCCCTTATATTATAATTACAAAAATACTC--CT
1 GAAATTGACATGTGGCCAAATGGA-TAATTATG-ATTTATATTATAATTACAAAAATAC-CAATT
* * * * * * * **
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* * *
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* *
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* ** * ** * * **
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1 GAAATTGACATGTGGCCAAATGGATA-ATTATG-ATTTATATTATAATTACAAAAATACCAATTT
* * * * * *
14625667 TC-TATAATTATTTACTAAACAATCTCCTACAAAATTTTCCAAAATGCCCTTTTCTTTATATGAT
64 TCTTATAATTATATACAAAATAATC-CCTA-AAAATTAT-CAAAATACCCTTTTCATTATATGAT
14625731 AA
126 AA
* **
14625733 GAAATTGACATGTGTCCAAATGGACT-ATTAT-ATTCTCATATTATAATTACAAAAATACCCCTT
1 GAAATTGACATGTGGCCAAATGGA-TAATTATGATT-T-ATATTATAATTACAAAAATACCAATT
14625796 TTCTTAT
63 TTCTTAT
14625803 TTTTGTTTAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (127 bp):
GAAATTGACATGTGGCCAAATGGATAATTATGATTTATATTATAATTACAAAAATACCAATTTTC
TTATAATTATATACAAAATAATCCCTAAAAATTATCAAAATACCCTTTTCATTATATGATAA
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Alignment explanation
Indices: 14625346--14626023 Score: 681
Period size: 260 Copynumber: 2.6 Consensus size: 257
14625336 TATTTGAGGG
* * * * ** * *
14625346 GAAAATGACATGT-GTCCAAATGTACTATTATGCCCTTATATTATAATTACAAAAATACTCCTTC
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* * **
14625410 CTTATAAATGTTTACTAAATAATCCCTAAAAATTACCAAAATACCATTTTCATTATACAATAAGA
65 CTTATAAATATTTACTAAATAATCCCTAAAAATTACCAAAATGCCATTTTCATTATATGATAAGA
* * *
14625475 AATTGACATATGGCCAAATTGA-TAATTATGATGTTATATTATAATTACGAAAATACCAATTTTC
130 AATTGACATGTGGCCAAATAGACT-ATTATGATGTTATATTATAATTACAAAAATACCAATTTTC
* * **
14625539 TTTTAATTATATACAAAATAATCCCGTAAGAAATTA-TCAAAATACCCTTTTCATTATATGTTAA
194 TTTTAATTATATACAAAATAATCACGTAAGAAATTAGT-AAAATACCCTTTCCATTATATAATAA
* *
14625603 GAAATTGACATGTGGTCAAATGGAATATTATGCCCTCATACCATAATTACTAAAATA-TCTTTTT
1 GAAATTGACATGTGGTCAAATGGAATATTATGCCCTCATACCATAATTACAAAAATACTCTTTTC
* * * * *
14625667 TCTATAATTATTTACTAAACAATCTCCTACAAAATTTTCCAAAATGCCCTTTTCTTTATATGATA
66 T-TATAAATATTTACTAAATAATC-CCTA-AAAA-TTACCAAAATGCCATTTTCATTATATGATA
* * **
14625732 AGAAATTGACATGTGTCCAAATGGACTATTAT-AT-TCTCATATTATAATTACAAAAATACCCCT
127 AGAAATTGACATGTGGCCAAATAGACTATTATGATGT-T-ATATTATAATTACAAAAATACCAAT
* * * * * * ** * *
14625795 TTTCTTATT-TTTGTTTACTAAATACTTATTTATGAAATTAGTAAAATACCCTTTCCATTATCTA
190 TTTCTT-TTAATTATATACAAAATAATCACGTAAGAAATTAGTAAAATACCCTTTCCATTATATA
14625859 ATAA
254 ATAA
* * * * * * *
14625863 GAAGTTAACATGTGG-CTAAATTGAATATT-TGCCCTCATACCATAATTACGATAATACCCCTTA
1 GAAATTGACATGTGGTC-AAATGGAATATTATGCCCTCATACCATAATTACAAAAATA-CTCTTT
* * * * *
14625926 TCTTAAAAATATGTACTAAATAATCGGCTATGAAATTACCAAAATGCCATTTCCATTATATGATA
64 TCTTATAAATATTTACTAAATAATC-CCTA-AAAATTACCAAAATGCCATTTTCATTATATGATA
* *
14625991 AAAAATTTACATGTGGCCAAATAGACTATTATG
127 AGAAATTGACATGTGGCCAAATAGACTATTATG
14626024 CCCTTATACC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (257 bp):
GAAATTGACATGTGGTCAAATGGAATATTATGCCCTCATACCATAATTACAAAAATACTCTTTTC
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ATTGACATGTGGCCAAATAGACTATTATGATGTTATATTATAATTACAAAAATACCAATTTTCTT
TTAATTATATACAAAATAATCACGTAAGAAATTAGTAAAATACCCTTTCCATTATATAATAA
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Indices: 14626227--14626377 Score: 257
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14626217 CATATTATAA
*
14626227 TTACAAAATATTCATTTTTTTAAATTATTTACTAAATAATCCTTTAAGAAATTACTAAAATGCCT
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66 TTTCCATTAT
* * *
14626302 TTACTAAATACTCATTTTCTTTTAATTATTTACTAAATAATCGTTTAAGAAATTACTAAAATGCC
1 TTACAAAATACTCATTTT-TTTAAATTATTTACTAAATAATCCTTTAAGAAATTACTAAAATGCC
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65 TTTTCCATTAT
14626378 ATAATAAGAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTACAAAATACTCATTTTTTTAAATTATTTACTAAATAATCCTTTAAGAAATTACTAAAATGCCT
TTTCCATTAT
Found at i:14626557 original size:128 final size:127
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Indices: 14626319--14626776 Score: 379
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14626309 ATACTCATTT
* ** *
14626319 TCTTTTAATTATTTACTAAATAATCGTTTAAGAAATTACTAAAATGCCTTTTCCATTATATAATA
1 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTAAG-AATTACTAAAATGCCCTTTCCATTATATAATA
* *** * * * * *
14626384 AGAAATTTACTTAAAGGTAAAAGGA-AATTATGCCCTTATATCATAGTTACGAAAATACCTTGTC
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** * * *
14626448 T-TTATAATTATTTACTAAATAATCCCCGAAGAATTGCTAAAATGCCCTTTCCATTATTTGATAA
1 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTAAGAATTACTAAAATGCCCTTTCCATTATATAATAA
* *
14626512 GAAATTGATTTGTGGCCAAATGGACTATTATGCCATCATACCATAGTTAC-AAAGATACCTCTTC
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* * * * * *
14626576 TCTTATGATTATTTACTAAACACTTCCTCTTAA-AATTACTAAAA-G-ACTGTCCAATTATATCA
1 TCTTATAATTATTTACTAAATA-ATCC-CTTAAGAATTACTAAAATGCCCTTTCC-ATTATATAA
* ** * * * * * *
14626638 TAAGTAATTAACATGTGGTCAATTGGACTATTATACCTTCATATTATAATTACGAAAATAGCCAT
63 TAAGAAATTAATTTGTGG-CAAATGGACTATTATGCCATCATATCATAGTTACGAAAATA-CCTT
14626703 TC
126 TC
* * * ** * * *
14626705 TCTTATAATTATTTACTAAATAATTCCTTATAAAATTACCAAAACACCCTTCCCAATAGATAATA
1 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTA-AGAATTACTAAAATGCCCTTTCCATTATATAATA
14626770 AGAAATT
65 AGAAATT
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Statistics
Matches: 260, Mismatches: 55, Indels: 27
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Matches are distributed among these distances:
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TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTAAGAATTACTAAAATGCCCTTTCCATTATATAATAA
GAAATTAATTTGTGGCAAATGGACTATTATGCCATCATATCATAGTTACGAAAATACCTTTC
Found at i:14626641 original size:129 final size:129
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Indices: 14626508--14626834 Score: 337
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14626498 CCATTATTTG
** * *
14626508 ATAAGAAATTGATTTGTGGCCAAATGGACTATTATGCCATCATACCATAGTTAC-AAAGATA-CC
1 ATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGACTATTATACCATCATACCATAATTACGAAA-ATAGCC
* * * * *
14626571 TCTTCTCTTATGATTATTTACTAAACACTTCCTCT-TAAAATTACTAAAAGA-CTGT-CCAATTA
65 -ATTCTCTTATAATTATTTACTAAACAATTCCT-TATAAAATTACCAAAACACCT-TCCCAA-TA
* *
14626633 TATC
126 GATA
* * * * * **
14626637 ATAAGTAATTAACATGTGGTCAATTGGACTATTATACCTTCATATTATAATTACGAAAATAGCCA
1 ATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGACTATTATACCATCATACCATAATTACGAAAATAGCCA
*
14626702 TTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATTCCTTATAAAATTACCAAAACACCCTTCCCAATAGATA
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* *
14626767 ATAAGAAATTGACATGCGGCCAAAT-GACTATTATATCC-TCATACCTTAATTACGAAAATACGC
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64 CATTCT
14626835 AATCCCTTAT
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 27, Indels: 16
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Matches are distributed among these distances:
128 1 0.01
129 121 0.74
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ACGTcount: A:0.38, C:0.19, G:0.09, T:0.34
Consensus pattern (129 bp):
ATAAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGACTATTATACCATCATACCATAATTACGAAAATAGCCA
TTCTCTTATAATTATTTACTAAACAATTCCTTATAAAATTACCAAAACACCTTCCCAATAGATA
Found at i:14627069 original size:129 final size:128
Alignment explanation
Indices: 14626834--14627409 Score: 545
Period size: 130 Copynumber: 4.4 Consensus size: 128
14626824 ATACGCCTTC
* * *
14626834 TAATCCCTTATGAAATTTTCAAAATATACATTT-CATTATATGATACGAAATTGACATGTTG-CC
1 TAATCTCTTATGAAATTTTC-AAA-ATACCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATG-TGACC
** * * **
14626897 AAATGGACTATTATGGTCTCATATCATAATTACGAAGACACCCTTCTCTTATAATTGCTTACTAA
63 AAATGGACTATTATGCCCTCATATCATAATTACGAAAATACCCTTCTCTTATAATTATTTACTAA
*
14626962 G
128 A
* * *
14626963 TAATCTCTTAAGAGATTTTCAAAATGACCTTTCCATTATATGATAAAAAATTGACATGTGACCAA
1 TAATCTCTTATGAAATTTTCAAAAT-ACCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGACCAA
* * * * * *
14627028 ATTGACTATCATGCCCTCATACCATAATTACTAAAATACCCTTTGTCTTATAATTATTTGCTAAA
65 ATGGACTATTATGCCCTCATATCATAATTACGAAAATACCC-TTCTCTTATAATTATTTACTAAA
** * *
14627093 TAATCTCTTAATGAAATTACCAAAATACCTTTTCAATATATGATAAGAAATTGACATGT-AGCCA
1 TAATCTCTT-ATGAAATTTTCAAAATACCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGA-CCA
* * * ** * * *
14627157 GATGGACTATTATGCCCTCATAGCATTATTAC-AAAATTACTTGTTCTTTTATAGTTATATACTA
64 AATGGACTATTATGCCCTCATATCATAATTACGAAAA-TAC-CCTTCTCTTATAATTATTTACTA
14627221 AA
127 AA
** * * *
14627223 TAATCT-TCTATGAAATTACCAAAATACACTTTCCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTGGCCA
1 TAATCTCT-TATGAAATTTTCAAAATAC-CTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTGACCA
* * ** ** *
14627287 AAT-TATCTATTACGCCCTCATATCGCAATTACGAAAATACTTTTCATCATATAATTATTTACTA
64 AATGGA-CTATTATGCCCTCATATCATAATTACGAAAATACCCTTC-TCTTATAATTATTTACTA
14627351 AA
127 AA
* * *
14627353 TAAT-TTTCTATGAAATTTTCAAAGTACCTTTTCCATTATATGATTAGAAAATTGACA
1 TAATCTCT-TATGAAATTTTCAAAATACC-TTTCCATTATATGATAAG-AAATTGACA
14627410 CGTTGCAAAA
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TGGACTATTATGCCCTCATATCATAATTACGAAAATACCCTTCTCTTATAATTATTTACTAAA
Found at i:14627748 original size:129 final size:128
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14627432 TATTATATCT
** * * * * * *
14627442 CTTCTCTTATAA-TA-TTACTAAATAATCATTTATTACATTACCAAAATGCCCTATGCATTATAT
1 CTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACAAAAATACCCTTTCCATTATAT
* * * * * ** **
14627505 GATAAGAAGCA-TATATATG-GA-GAAATAGACTATTTTACCAACATACCATAATTATGAAAATA
66 GATAA-AA-AATTA-ATATGAGACCAAATGGA-TATTATGCCCTCATACCATAATTACAAAAATA
14627567 CCC
127 -CC
* ** * *
14627570 CTTC-CATTATAATTATTTACTATATAATCTTTTATGAAATTACCAAAATACCCTTACCATTATA
1 CTTCTC-TTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACAAAAATACCCTTTCCATTATA
* * * * * *
14627634 TGATAAGATATTAATGTGCGACCAAATGGACTATTATGCCCTTATACCAAAATTACAAAAATACC
65 TGATAAAAAATTAATATGAGACCAAATGGA-TATTATGCCCTCATACCATAATTACAAAAATACC
* *
14627699 CTTATCTTATAATTATTTACAAAATAATCCCTTATGAAATTACAAAAATACCCTTTCCATTATAT
1 CTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACAAAAATACCCTTTCCATTATAT
* * * ** * **
14627764 TATAAAAAGTTTATATGAGGGCAAATGGATAATTTTGCCCTCATACCATAATTA-TGAAATA--
66 GATAAAAAATTAATATGAGACCAAATGGAT-ATTATGCCCTCATACCATAATTACAAAAATACC
* * *
14627825 -ATCTCTTATAATTATTTGCTAAATAATCCCTTATGAAATTATAAAAATACCCTTTCCATTATAT
1 CTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACAAAAATACCCTTTCCATTATAT
* * * * *
14627889 GATAAAAAATTAACATGTGACCAAATGGATAGTTATTCCATCATACTATAATTATC-AAAATACC
66 GATAAAAAATTAATATGAGACCAAATGGATA-TTATGCCCTCATACCATAATTA-CAAAAATACC
* * * * * * *
14627953 ATTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCTCCCTATGAAATTACCAAAATGCCATTTCCATTTTT
1 CTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATC-CCTTATGAAATTACAAAAATACCCTTTCCATTATA
* * * * * *
14628018 TAATAAAAAAATTGACATG-GAGCCAAATGGACTATTATGCCTTTATGCCATAATTACAAAAATA
65 TGAT-AAAAAATTAATATGAGA-CCAAATGGA-TATTATGCCCTCATACCATAATTACAAAAATA
14628082 CCC
127 -CC
* * *
14628085 CTTCTCTTACAATTATTTACTAAATAATCCCTAAGGAAATTAC
1 CTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTAC
14628128 CAAAGTNNNN
Statistics
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CTTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATCCCTTATGAAATTACAAAAATACCCTTTCCATTATAT
GATAAAAAATTAATATGAGACCAAATGGATATTATGCCCTCATACCATAATTACAAAAATACC
Found at i:14629411 original size:130 final size:130
Alignment explanation
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14629159 TTACATGTAG
* * * * *
14629169 TCAAATTGACAATTATGCCTTCATATTATAATTA-CAAAATACCCATT-T-TTATAATTATTTAC
1 TCAAAATGACTATTATGCCTTCATATCATAATTATGAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTTAC
* ** * * * * * *
14629231 TAAATAATCTCTCAAAAAATTACTAAAGTGCCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTTACATAAGA
66 TAAATAATCCCTTTAGAAATTACCAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATATGA
* *
14629296 TCAAAATGACTATTAGGCCTT-ATATCATAATTATGAAAATACCCCTTCTCTTATAATTTTTTAC
1 TCAAAATGACTATTATGCCTTCATATCATAATTATGAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTTAC
* ** *
14629360 TAAATAATCCCTTTTAGAAATTACCAAAATGCCCTTTCCATTATACAATAAGAAAGTGACATATG
66 TAAATAATCCC-TTTAGAAATTACCAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATATG
*
14629425 G
130 A
* * * * ** * * *
14629426 CCAAATTAACAATTATGTTTTCATATCATAATTATGAAAATAGCCATTTTCTTATAATTATTTAC
1 TCAAAATGACTATTATGCCTTCATATCATAATTATGAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTTAC
* * *
14629491 TAAATAATCCCCTATT--AAATTACCAAAATACCCTTTCCATTAAACGATAAGAAATTGACATGT
66 TAAATAAT-CCCT-TTAGAAATTACCAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATAT
14629554 G-
129 GA
* * * * *
14629555 GCCAAATGGA-TAATTATTCACTT-ATACCATAATTATGAAAATA-CCCTTCTCCTATAATTATT
1 TCAAAAT-GACT-ATTATGC-CTTCATATCATAATTATGAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATT
* * ** * * * * * * *
14629617 TAATAAATAATCCACTAT-GAAATTAGTAAAATGCCTTTTTCGTAATATAATAAGAACTTGACAT
63 TACTAAATAATCC-CTTTAGAAATTACCAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACAT
*
14629681 GT-A
127 ATGA
* * * * * ** * *
14629684 GCCAAGTAGACTATTATGCCTTGAT-GCTATAATTATG-AAATA--ATTTTTCTTTTAATTATTT
1 TCAAAAT-GACTATTATGCCTTCATATC-ATAATTATGAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTT
* * * * * * *
14629745 ACTAAATAAT-CCTATAAGAAAATACCAAAATATCATTTCCCTTATATGATAA-AAATCGACATC
64 ACTAAATAATCCCT-TTAGAAATTACCAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATA
*
14629808 TGG
128 TGA
* * * * * * * * * *
14629811 TCAAACTAACAATTA--CATTGTCATATCAGATTTATGAAAATACTCTTTTTGTTATAATTATTT
1 TCAAAATGACTATTATGC-CT-TCATATCATAATTATGAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTT
* * ** *
14629874 ACTAAATAATCCC-CTATGCAATTAAGAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGATA-A
64 ACTAAATAATCCCTTTA-GAAATTACCAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATA
14629937 GTGA
128 -TGA
* * * *
14629941 T-AAAATGGACTATTATGCCCTCATACCATAATTATGAAAATACCCCTTTTGTTATAATTATTTA
1 TCAAAAT-GACTATTATGCCTTCATATCATAATTATGAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTTA
* * * * * * * * * *
14630005 CTTAATAATCCC-TCACGAAATAACTAAAATGCCTTTTCAATTATATGATAAAAAATTGTCATGT
65 CTAAATAATCCCTTTA-GAAATTACCAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATAT
*
14630069 GG
129 GA
* * * * * * * *
14630071 CCAAATTGATTATTATGTCC-TCATATCTTATTTACGAAAATACCCTTTCTCCTATAATTATTTA
1 TCAAAATGACTATTATG-CCTTCATATCATAATTATGAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTTA
* * * * * *
14630135 CTAAATAAT-CCTCTATGAAATTACCAAAATA-CCTTAGCCATTATATGGTAAGAAACTAACATG
65 CTAAATAATCCCTTTA-GAAATTACCAAAATACCCTT-TCCATTATATGATAAGAAATTGACATA
14630198 T-A
128 TGA
* * * * * *
14630200 GTC-AAATAGACTATTATTCTTTCATACCATAATTAGGAAAATATCCCTTCTTTTATAATTATTT
1 -TCAAAAT-GACTATTATGCCTTCATATCATAATTATGAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTT
** *
14630264 ACTAAATAATCCACCAT-GAAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATA
64 ACTAAATAATCC-CTTTAGAAATTACCAAAATACCCTTTCCATTATATGATA
14630315 TACATTAAAA
Statistics
Matches: 793, Mismatches: 183, Indels: 83
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
124 1 0.00
125 3 0.00
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131 60 0.08
132 8 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (130 bp):
TCAAAATGACTATTATGCCTTCATATCATAATTATGAAAATACCCCTTCTCTTATAATTATTTAC
TAAATAATCCCTTTAGAAATTACCAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATATGA
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Indices: 14629156--14630314 Score: 989
Period size: 260 Copynumber: 4.5 Consensus size: 258
14629146 ATAGTGAAAA
* * * * ** * *
14629156 AAATT-ACATGTAGTCAAATTGACAATTATGCCTTCATATTATAATTA-CAAAATACCCATTTTT
1 AAATTGACAAGTAGCCAAATAGACTATTATGCCTTCATACCATAATTATGAAAATACCCTTTTTT
* * * * * *
14629219 ATAATTATTTACTAAATAATCTCTCAAAAAATTACTAAAGTGCCCTTTCCATTATATGATAAGAA
66 ATAATTATTTACTAAATAATCCCTCAAGAAATTACCAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAAAA
* ** ** * * * * * *
14629284 ATTTACATAAGATCAAAATGACTATTA-GGCCTTATATCATAATTATGAAAATACCCCTTCTCTT
131 ATTGACATGTGGCCAAATTGACAATTATGTCCTCATATCATAATTATGAAAATACCCTTTCTCCT
* * * * * *
14629348 ATAATTTTTTACTAAATAATCCCTTTTAGAAATTACCAAAATGCCCTTTCCATTATACAATAAG
196 ATAATTATTTACTAAATAATCCCCTAT-GAAATTAACAAAATACCCTTTCCATTATATAATAAG
* * * ** * *
14629412 AAAGTGACATA-TGGCCAAATTA-ACAATTATGTTTTCATATCATAATTATGAAAATAGCCATTT
1 AAATTGACA-AGTAGCCAAA-TAGACTATTATGCCTTCATACCATAATTATGAAAATA-CCCTTT
** * *
14629475 TCTTATAATTATTTACTAAATAATCCC-CTATTAAATTACCAAAATACCCTTTCCATTAAACGAT
63 T-TTATAATTATTTACTAAATAATCCCTC-AAGAAATTACCAAAATACCCTTTCCATTATATGAT
* * * * *
14629539 AAGAAATTGACATGTGGCCAAATGGATAATTAT-TCACTTATACCATAATTATGAAAATACCC-T
126 AAAAAATTGACATGTGGCCAAATTGACAATTATGTC-CTCATATCATAATTATGAAAATACCCTT
* * ** * * * * *
14629602 TCTCCTATAATTATTTAATAAATAATCCACTATGAAATTAGTAAAATGCCTTTTTCGTAATATAA
190 TCTCCTATAATTATTTACTAAATAATCCCCTATGAAATTAACAAAATACCCTTTCCATTATATAA
14629667 TAAG
255 TAAG
* * * * * * **
14629671 AACTTGACATGTAGCCAAGTAGACTATTATGCCTTGATGCTATAATTATG-AAATA-ATTTTTCT
1 AAATTGACAAGTAGCCAAATAGACTATTATGCCTTCATACCATAATTATGAAAATACCCTTTT-T
* * * * * *
14629734 TTTAATTATTTACTAAATAAT-CCTATAAGAAAATACCAAAATATCATTTCCCTTATATGAT-AA
65 TATAATTATTTACTAAATAATCCCT-CAAGAAATTACCAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAA
* * * * * ** ** * * * * *
14629797 AAATCGACATCTGGTCAAACTAACAATTACATTGTCATATCAGATTTATGAAAATACTCTTTTTG
129 AAATTGACATGTGGCCAAATTGACAATTATGTCCTCATATCATAATTATGAAAATACCCTTTCTC
* * * *
14629862 TTATAATTATTTACTAAATAATCCCCTATGCAATTAAGAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAG
194 CTATAATTATTTACTAAATAATCCCCTATGAAATTAACAAAATACCCTTTCCATTATATAATAAG
* ** * *
14629927 AAATTGATAAGT-GATAAAATGGACTATTATGCCCTCATACCATAATTATGAAAATACCCCTTTT
1 AAATTGACAAGTAG-CCAAATAGACTATTATGCCTTCATACCATAATTATGAAAATA-CCCTTTT
* * * * * * *
14629991 GTTATAATTATTTACTTAATAATCCCTCACGAAATAACTAAAATGCCTTTTCAATTATATGATAA
64 -TTATAATTATTTACTAAATAATCCCTCAAGAAATTACCAAAATACCCTTTCCATTATATGATAA
* ** * * *
14630056 AAAATTGTCATGTGGCCAAATTGATTATTATGTCCTCATATCTTATTTACGAAAATACCCTTTCT
128 AAAATTGACATGTGGCCAAATTGACAATTATGTCCTCATATCATAATTATGAAAATACCCTTTCT
* * * **
14630121 CCTATAATTATTTACTAAATAATCCTCTATGAAATTACCAAAATA-CCTTAGCCATTATATGGTA
193 CCTATAATTATTTACTAAATAATCCCCTATGAAATTAACAAAATACCCTT-TCCATTATATAATA
14630185 AG
257 AG
* * * * * * *
14630187 AAACTAACATGTAGTCAAATAGACTATTATTCTTTCATACCATAATTAGGAAAATATCCCTTCTT
1 AAATTGACAAGTAGCCAAATAGACTATTATGCCTTCATACCATAATTATGAAAATA-CCCTT-TT
* *
14630252 TTATAATTATTTACTAAATAATCCAC-CATGAAATTACCAAAATACCTTTTCCATTATATGATA
64 TTATAATTATTTACTAAATAATCC-CTCAAGAAATTACCAAAATACCCTTTCCATTATATGATA
14630315 TACATTAAAA
Statistics
Matches: 713, Mismatches: 165, Indels: 46
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
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258 14 0.02
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ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (258 bp):
AAATTGACAAGTAGCCAAATAGACTATTATGCCTTCATACCATAATTATGAAAATACCCTTTTTT
ATAATTATTTACTAAATAATCCCTCAAGAAATTACCAAAATACCCTTTCCATTATATGATAAAAA
ATTGACATGTGGCCAAATTGACAATTATGTCCTCATATCATAATTATGAAAATACCCTTTCTCCT
ATAATTATTTACTAAATAATCCCCTATGAAATTAACAAAATACCCTTTCCATTATATAATAAG
Found at i:14630827 original size:130 final size:130
Alignment explanation
Indices: 14630590--14630834 Score: 287
Period size: 130 Copynumber: 1.9 Consensus size: 130
14630580 CCATTAATGA
* * *
14630590 AAAGGGCATTTTGCTAATTTAATATGGAATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAAGGTATTGT
1 AAAGGGCATTTTGCAAATTTAATATGCAATTATTTAGTAAATAATTATAAGACAAAAGGTATTGT
* * * * **
14630655 AACAATTATGGTATGATGGCATTATAATGCATTTGGTGACATGTCAATTTCTTACCATATAATAG
66 AACAATTATAGTATAAGGGCATAATAATGCATTTGGCCACATGTCAATTTCTTACCATATAATAG
* * * ** *
14630720 AAAGGGCATTTTGGAAATTTCATA-GACAATTCTTTAGTAAATAATTATAAGACAAGGGGTATTT
1 AAAGGGCATTTTGCAAATTTAATATG-CAATTATTTAGTAAATAATTATAAGACAAAAGGTATTG
** * *
14630784 TAGTAATTATAGTATAAGGGCATAATAGT-CAATTTGGCCACATGTTAATTT
65 TAACAATTATAGTATAAGGGCATAATAATGC-ATTTGGCCACATGTCAATTT
14630835 TCGTAGGAGA
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 19, Indels: 4
0.80 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
129 2 0.02
130 92 0.98
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AAAGGGCATTTTGCAAATTTAATATGCAATTATTTAGTAAATAATTATAAGACAAAAGGTATTGT
AACAATTATAGTATAAGGGCATAATAATGCATTTGGCCACATGTCAATTTCTTACCATATAATAG
Found at i:14630929 original size:95 final size:96
Alignment explanation
Indices: 14630752--14630929 Score: 227
Period size: 95 Copynumber: 1.9 Consensus size: 96
14630742 TAGACAATTC
* * * **
14630752 TTTAGTAAATAATTATAAGACAAGGGGTATTTTAGTAATTATAGTATAAGGGCATAATAGTCAAT
1 TTTAGTAAATAATCATAAGACAAGGGCTATTTCAGTAATTATAGTATAAGCCCATAATAGTCAAT
* *
14630817 TTGGCCACATGTTAATTTTCGTAGGAGATTA
66 TTGGCCACATATCAATTTTCGTAGGAGATTA
* * *
14630848 TTTAGTAAATAATCATAAGAGAAGGGCTATTTCA-TAATTAT-GATATTAGCCCATAATTA-TGA
1 TTTAGTAAATAATCATAAGACAAGGGCTATTTCAGTAATTATAG-TATAAGCCCATAA-TAGTCA
14630910 ATTTGGCCACATATCAATTT
64 ATTTGGCCACATATCAATTT
14630930 CTAATCATAT
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 10, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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TTGGCCACATATCAATTTTCGTAGGAGATTA
Found at i:14631329 original size:262 final size:260
Alignment explanation
Indices: 14630841--14631586 Score: 636
Period size: 262 Copynumber: 2.9 Consensus size: 260
14630831 ATTTTCGTAG
* * * * * * * **
14630841 GAGATTATTTAGTAAATAATCATAAGAGAA-GGGCTA-TTTCATAATTATGATATTAGCCCATAA
1 GAGATTAATTAGAAAATAATTACAAGAGAATGGG-TATTTTCATAATAATGGTATAAGGGCATAA
* * * * * * * * * * *
14630904 TTATGAATTTGGCCACATATCAATTTCTAATCATATAATGAAAAGGTCATTTTTGTAATTTTTTC
65 TAATCAATGTGACCATATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGTAATTTTTGTAATTTTATA
* * * * * * *
14630969 AG-GAACTATTTA-TAAAAAAAATTCTAAGAGAAGGGGTATTTTCATAATAATGGTGTGAAGGCA
130 AGAG-ATTATTTAGT--AAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTAATAATTATGGTATGAAGGCA
* *
14631032 TAATAGTGAATTTGGCCAAATGTCAATATCTTATCAAACAATGGAAAGGGTATTTTCATAATTTC
192 TAATAATGAATTTGGCCAAATGTCAATATCTTATCAAACAATGGAAAAGGTATTTTCATAATTTC
14631097 ATAA
257 ATAA
* * * * *
14631101 GAGATTAATTAGTAAATAATTACAAGAGAATGGGTATAATTTCCTAATTATGTTATAAGGGTATA
1 GAGATTAATTAGAAAATAATTACAAGAGAATGGGTAT--TTTCATAATAATGGTATAAGGGCATA
*
14631166 ATAATCAATGTGACCATATGT-AAGTTTCTTATCATATAATGGAAATGGT-GTTTTTGTAATTTT
64 ATAATCAATGTGACCATATGTCAA-TTTCTTATCATATAATGGAAA-GGTAATTTTTGTAATTTT
* *
14631229 ATATGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTAATAATTATGGTATGAGGGCA
127 ATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTAATAATTATGGTATGAAGGCA
* * * * * **
14631294 TTATAAT-ACATTTGG-CAACATGTTAATTTCTTATCATATAATGGAAAAGGTATTTTGGTAATT
192 TAATAATGA-ATTTGGCCAA-ATGTCAATATCTTATCAAACAATGGAAAAGGTATTTTCATAATT
* *
14631357 TTATAG
255 TCATAA
* * * * *
14631363 GTGATTATTTAGAAAATAATTATAAGAGAATGGGTGTTTTCATAATAATGGTATGAGGGCATAAT
1 GAGATTAATTAGAAAATAATTACAAGAGAATGGGTATTTTCATAATAATGGTATAAGGGCATAAT
* ** * * * * *
14631428 AGTCTTTTTGGCCATATGTCAA--T-TTATCATATATTGGAAA-GTAAATTTTGCTAATTTCATA
66 AATCAATGTGACCATATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGTAATTTTTG-TAATTTTATA
* * * ** * *
14631489 AGGGATCATTTAGTAAATAATTATAAGAG-TAGGGATATTTTTGTAATTATGGTATGACGACATA
130 AGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGG-TATTTTAATAATTATGGTATGAAGGCATA
* * * * * * *
14631553 GTAGTCAATTTAGCTACATGTCAATTTCTTATCA
194 ATAATGAATTTGGCCAAATGTCAATATCTTATCA
14631587 TATAATTATA
Statistics
Matches: 396, Mismatches: 74, Indels: 35
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
255 2 0.01
256 9 0.02
257 99 0.25
258 3 0.01
260 66 0.17
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262 127 0.32
263 76 0.19
264 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (260 bp):
GAGATTAATTAGAAAATAATTACAAGAGAATGGGTATTTTCATAATAATGGTATAAGGGCATAAT
AATCAATGTGACCATATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGTAATTTTTGTAATTTTATAA
GAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTAATAATTATGGTATGAAGGCATAAT
AATGAATTTGGCCAAATGTCAATATCTTATCAAACAATGGAAAAGGTATTTTCATAATTTCATAA
Found at i:14631356 original size:130 final size:130
Alignment explanation
Indices: 14630841--14631592 Score: 666
Period size: 130 Copynumber: 5.8 Consensus size: 130
14630831 ATTTTCGTAG
* * * **
14630841 GAGATTATTTAGTAAATAATCATAAGAG-AAGGGCTA-TTTCATAATTATGATATTAGCCCATAA
1 GAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGG-TATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAA
* * * * * *
14630904 TTATGAATTTGGCCACATATCAATTTCTAATCATATAAT-GAAAAGGTCATTTTTGTAATTTTTT
65 TAATCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAGGT-ATTTTGGTAATTTTAT
*
14630968 CA
129 AA
* * * * * * *
14630970 G-GAACTATTTA-TAAAAAAAATTCTAAGAGAAGGGGTATTTTCATAATAATGGTGTGAAGGCAT
1 GAG-ATTATTTAGT--AAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCAT
* * * * * * * ** *
14631033 AATAGTGAATTTGGCCAAATGTCAATATCTTATCAAACAATGGAAAGGGTATTTTCATAATTTCA
63 AATAATCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAGGTATTTTGGTAATTTTA
14631098 TAA
128 TAA
* * * * * * *
14631101 GAGATTAATTAGTAAATAATTACAAGAGAATGGGTATAATTTCCTAATTATGTTATAAGGGTATA
1 GAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTAT--TTTCATAATTATGGTATGAGGGCATA
* * * * * *
14631166 ATAATCAATGTGACCATATGT-AAGTTTCTTATCATATAATGGAAATGGTGTTTTTGTAATTTTA
64 ATAATCAATTTGGCCACATGTCAA-TTTCTTATCATATAATGGAAAAGGTATTTTGGTAATTTTA
*
14631230 TAT
128 TAA
* *
14631233 GAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTAATAATTATGGTATGAGGGCATTAT
1 GAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAAT
* *
14631298 AAT-ACATTTGGCAACATGTTAATTTCTTATCATATAATGGAAAAGGTATTTTGGTAATTTTATA
66 AATCA-ATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAGGTATTTTGGTAATTTTATA
*
14631362 G
130 A
* * * * *
14631363 GTGATTATTTAGAAAATAATTATAAGAGAATGGGTGTTTTCATAATAATGGTATGAGGGCATAAT
1 GAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAAT
* ** * * * *
14631428 AGTCTTTTTGGCCATATGTCAA--T-TTATCATATATTGG-AAA-GTAAATTTTGCTAATTTCAT
66 AATCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAGGT--ATTTTGGTAATTTTAT
14631488 AA
129 AA
* * * ** * * *
14631490 GGGATCATTTAGTAAATAATTATAAGAG-TAGGGATATTTTTGTAATTATGGTATGACGACATAG
1 GAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGG-TATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAA
* * *
14631554 TAGTCAATTTAGCTACATGTCAATTTCTTATCATATAAT
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GAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAAT
AATCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAGGTATTTTGGTAATTTTATAA
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14631495 CATTTAGTAA
* * * * *
14631505 ATAATTATAAGAGTAGGGATATTTTTGTAATTATGGTATGACGACATAGTAGTCAATTT-AGCTA
1 ATAATTATAAAAGAAGGGATATTTTCGTAATTATGGTATGACGACATAATAGTCAATTTGA-CCA
* *
14631569 CATGTCAATTTCTTATCAT
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*
14631588 ATAATTATAAAAGAAGGGGTATTTTCGTAATTATGGTATGA-GAGCATAATAGTCAATTTGACCA
1 ATAATTATAAAAGAAGGGATATTTTCGTAATTATGGTATGACGA-CATAATAGTCAATTTGACCA
*
14631652 CATGTCATTTTCTAACCAT
65 CATGTCAATTTCTAACCAT
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1 ATAAT
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ATAATTATAAAAGAAGGGATATTTTCGTAATTATGGTATGACGACATAATAGTCAATTTGACCAC
ATGTCAATTTCTAACCAT
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14631368 TATTTAGAAA
* * * * ** * *
14631378 ATAATTATAAGAGAATGGGTGTTTTCATAATAATGGTATGAGGGCATAATAGTCTTTTTGGCCAT
1 ATAATTATAAAAGAAGGGGTATTTTCATAATAATGGTATGAGAGCATAATAGTCAATTTGACCAC
* * * * *
14631443 ATGTCAATTTATCATATATTGGAAAGTAAATTTTGCTAATTTCATAAGGGATCATTTAGTAAATA
66 ATGTCAATTTACCATATAATGGAAAGGAAATTTTGCTAATTTCATAAGGAATCATTTAGTAAACA
* * * * *
14631508 ATTATAAGAGTAGGGATATTTTTGTAATTATGGTATGACGACA-TAGTAGTCAATTTAGCT-ACA
131 ATTATAAGAGAAGGGATACTTTAGTAATTATGGTATGAAGACATTA-TAATCAATTT-GCTGACA
14631571 TGTCAATTTCTTATCAT
194 TGTCAATTTCTTATCAT
* *
14631588 ATAATTATAAAAGAAGGGGTATTTTCGTAATTATGGTATGAGAGCATAATAGTCAATTTGACCAC
1 ATAATTATAAAAGAAGGGGTATTTTCATAATAATGGTATGAGAGCATAATAGTCAATTTGACCAC
* * * *
14631653 ATGTCATTTTCTAACCATATAATGGAAAGGGAATTTT-CATAATTTCAT-TGGAAATTATTTAGT
66 ATGTCA-ATT-T-ACCATATAATGGAAAGGAAATTTTGC-TAATTTCATAAGG-AATCATTTAGT
* * * * * *
14631716 AAACAATTATAAGAGAAGAGG-TGCTTTAGTAGTTATGGTTTGAAGGCATTATAATCCATTTGGT
126 AAACAATTATAAGAGAAG-GGATACTTTAGTAATTATGGTATGAAGACATTATAATCAATTTGCT
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190 GACATGTCAATTTCTTATCAT
14631801 AT
1 AT
14631803 TATAGAAAAG
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ATAATTATAAAAGAAGGGGTATTTTCATAATAATGGTATGAGAGCATAATAGTCAATTTGACCAC
ATGTCAATTTACCATATAATGGAAAGGAAATTTTGCTAATTTCATAAGGAATCATTTAGTAAACA
ATTATAAGAGAAGGGATACTTTAGTAATTATGGTATGAAGACATTATAATCAATTTGCTGACATG
TCAATTTCTTATCAT
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14631696 TTCATTGGAA
** * * * *
14631706 ATTATTTAGTAAACAATTATAAGAGAAGAGGTGCTTTAGTAGTTATGGTTTGAAGGCATTATAAT
1 ATTATTTAAAAAACAATTATAAGAGAAGAGGTACTTTAGTAATTATGGTATGAAGGCATAATAAT
* ** * *
14631771 CCATTTGGTGACATGTCAATTTCTTATCATATTATAGAAAAGGCATCTTAGTCATTTTTATAGGC
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14631836 G
131 G
* * * * *
14631837 ATTATTTAAAAAATAATTATAAGAGAAGTGGTATTTTTGTAATTATGGTAT-AAGGGCATAATAC
1 ATTATTTAAAAAACAATTATAAGAGAAGAGGTACTTTAGTAATTATGGTATGAA-GGCATAATAA
*
14631901 TCCATTCGGCCATATGTCAACTTCTTATCATA-TACTAAAAAAG
65 TCCATTCGGCCACATGTCAACTTCTTATCATATTA-TAAAAAAG
14631944 TTATTTTGCT
Statistics
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ATTATTTAAAAAACAATTATAAGAGAAGAGGTACTTTAGTAATTATGGTATGAAGGCATAATAAT
CCATTCGGCCACATGTCAACTTCTTATCATATTATAAAAAAGGCATCTTAGTCATTTTTATAGGC
G
Found at i:14632158 original size:200 final size:200
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14631771 CCATTTGGTG
** *
14631781 ACATGTCAATTTCTTATCATATTATAGAAAAGGCATCTTAGTCATTTTTATAGGCGATTATTTAA
1 ACATGTCAATTTCTTATCATAAAATAGAAAAGGCATCTTAGTAATTTTTATAGGCGATTATTTAA
* * * * * *
14631846 AAAATAATTATAAGAGAAGTGGTATTTTTGTAATTATGGTATAAGGGCATAATACTCCATTCGGC
66 AAAATAATTATAAGAGAAGAGGTATTTTTGTAATCATGCTATAAGAGCATAATACTCCACTCAGC
* ** ** *
14631911 CATATGTCAACTTCTTATCATATACTAAAAAAGTTATTTTGCTAATTTCATATGGGATTATCAAT
131 CACATGTCAACTTCTTATCATATACTAAAAAAGAAATTTCACTAATTTCA-AAGGGATTATCAAT
14631976 TTGAAC
195 TTGAAC
* * * * *
14631982 ACATGTTAATTTCTTATTATAAAATGGAAAAGGCATTTTAGTAATTTTT-TGAGG-GTTTATTTA
1 ACATGTCAATTTCTTATCATAAAATAGAAAAGGCATCTTAGTAATTTTTAT-AGGCGATTATTTA
* * * *
14632045 GAAAATAATTATAAGAGAAGAGGTATTTTTGTAATCATGCTATGAGAGTATAATAGTCCAC-CTA
65 AAAAATAATTATAAGAGAAGAGGTATTTTTGTAATCATGCTATAAGAGCATAATACTCCACTC-A
** * ** *
14632109 GCCACATGTTGATTTCTTATCATATACTGGAAAGGAAATTTCACTAATTTCAAAGGGATTAT
129 GCCACATGTCAACTTCTTATCATATACTAAAAAAGAAATTTCACTAATTTCAAAGGGATTAT
14632171 TTAGTAAATA
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 30, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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ACATGTCAATTTCTTATCATAAAATAGAAAAGGCATCTTAGTAATTTTTATAGGCGATTATTTAA
AAAATAATTATAAGAGAAGAGGTATTTTTGTAATCATGCTATAAGAGCATAATACTCCACTCAGC
CACATGTCAACTTCTTATCATATACTAAAAAAGAAATTTCACTAATTTCAAAGGGATTATCAATT
TGAAC
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Period size: 129 Copynumber: 2.6 Consensus size: 130
14631971 TCAATTTGAA
* * * * * * ** * *
14631981 CACATGTTAATTTCTTATTATAAAATGGAAAAGG-CATTTTAGTAATTTTTTGAGGGTTTATTTA
1 CACATGTCAATATCTTATCATACAATGGAAAAGGAAATTTCA-TAATTTCATAAGGGATTATTTA
* * * * *
14632045 GAAAATAATTATAAGAGAAGAGGTATTTTTGTAATCATGCTATGAGAGTATAATAGTCCACCTAG
65 GTAAATAATTATAAGAAAAGAGGTATTTATGTAATCATGCTATGAGAGCATAATAGTCAACCTAG
14632110 C
130 C
** * * *
14632111 CACATGTTGATTTCTTATCATATACTGG-AAAGGAAATTTCACTAATTTCA-AAGGGATTATTTA
1 CACATGTCAATATCTTATCATACAATGGAAAAGGAAATTTCA-TAATTTCATAAGGGATTATTTA
* * * * ** *
14632174 GTAAATAATTATAAGATAAAG-GGTATTTATGTAATTATGTTTTGAGGGCATAATAGTCAATTTG
65 GTAAATAATTATAAGA-AAAGAGGTATTTATGTAATCATGCTATGAGAGCATAATAGTCAACCTA
14632238 GC
129 GC
* * * *
14632240 CACATGTCAATATCTTATCATACAATGGAAAAGGTATTTTCATAATTTCATAAGAGATTAATTAG
1 CACATGTCAATATCTTATCATACAATGGAAAAGGAAATTTCATAATTTCATAAGGGATTATTTAG
14632305 TAAATAATTATAAGA
66 TAAATAATTATAAGA
14632320 GAATGGGTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CACATGTCAATATCTTATCATACAATGGAAAAGGAAATTTCATAATTTCATAAGGGATTATTTAG
TAAATAATTATAAGAAAAGAGGTATTTATGTAATCATGCTATGAGAGCATAATAGTCAACCTAGC
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14632028 TTTTGAGGGT
* ** * * * * *
14632038 TTATTTAGAAAATAATTATAAGAGAA-GAGGTATTTTTGTAATCATGCTATGAGAGTATAATAGT
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATG-GGTATTTACGTAATTATGTTATAAGGGCATAATAG-
** ** * * * * *
14632102 CC-ACCT-AGCCACATGTTGATTTCTTATCATATACTGGAAAGGAAATTTCACTAATTTCA-AAG
64 CCAATTTCA-CCACATGTAAATATCCTATCATATAATGGAAAGGTATTTTCA-TAATTTCATAAG
*
14632164 GGA
127 AGA
* * * * * *
14632167 TTATTTAGTAAATAATTATAAGATAAAGGGTATTTATGTAATTATGTTTTGAGGGCATAATAGTC
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGGTATTTACGTAATTATGTTATAAGGGCATAATAGCC
** * * *
14632232 AATTTGGCCACATGTCAATATCTTATCATACAATGGAAAAGGTATTTTCATAATTTCATAAGAGA
66 AATTTCACCACATGTAAATATCCTATCATATAATGG-AAAGGTATTTTCATAATTTCATAAGAGA
* *
14632297 TTAATTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGGTTTAATTT-CGTACTTATGTTATAAGGGCATAATA
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGG--T-ATTTACGTAATTATGTTATAAGGGCATAATA
* * *
14632361 GCCAATTTCACTATATGTAAGAT-TCCTATCATATAAT-GAAAGGGGTATTTAT-GTAATTTCAT
63 GCCAATTTCACCACATGTAA-ATATCCTATCATATAATGGAAA--GGTATTT-TCATAATTTCAT
*
14632423 ATGAGA
124 AAGAGA
* *
14632429 TTATTTAATAAATAATTATAAGAGAATGAGTATTT
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGGTATTT
14632464 TAATTATTAT
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 40, Indels: 24
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Matches are distributed among these distances:
128 1 0.00
129 91 0.37
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131 1 0.00
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ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.16, T:0.37
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TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGGTATTTACGTAATTATGTTATAAGGGCATAATAGCC
AATTTCACCACATGTAAATATCCTATCATATAATGGAAAGGTATTTTCATAATTTCATAAGAGA
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Period size: 112 Copynumber: 1.9 Consensus size: 112
14632377 GTAAGATTCC
* * * *
14632387 TATCATATAATGAAAGGGGTATTTATGTAATTTCATATGAGATTATTTA-ATAAATAATTATAAG
1 TATCATATAATGAAAGAGGCATTTAGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGA-AAATAATTATAAG
*
14632451 AGAA-TGAGTATTTTAATTATTATGGTATGAGGGCATTATAATACATTT
65 AGAATTG-GTATTTTAATAATTATGGTATGAGGGCATTATAATACATTT
* *
14632499 TATCATATAATGGAAA-AGGCATTTAGGTAATTTTATAAGTGATTATTTAGAAAATAATTATAAG
1 TATCATATAAT-GAAAGAGGCATTTAGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGAAAATAATTATAAG
* ** *
14632563 AGAATTGTTATTTTTGTAATTATGGTATGGGGGCAT
65 AGAATTGGTATTTTAATAATTATGGTATGAGGGCAT
14632599 AATAGTCCCT
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 11, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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TATCATATAATGAAAGAGGCATTTAGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGAAAATAATTATAAGA
GAATTGGTATTTTAATAATTATGGTATGAGGGCATTATAATACATTT
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Period size: 132 Copynumber: 2.3 Consensus size: 130
14632842 ACCAATAAGG
* *** * * * *
14632852 GAAAGGGTATTTTTG-TAATTTCATAAAAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAGAGGTGTT
1 GAAAAGGTA-TTTTGCTAATTTCATAGGGGATTATTTAGAAAAAAATTATAAAAGAAGAGGTATT
* * *
14632916 TTAATAATTATGGTTTGAGGGCATTATAATCCATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAAT
65 TTAATAATTATGGTATGAGGGCATAATAATCCATTTGGCCACATGTCAACTTCTTATCATATAAT
14632981 A
130 A
* * *
14632982 GAAAAGGTATTTTAG-TCATTTTCATAGGTGATTATTTAGAAAAAAAATTATAAAAGAAGTGGTA
1 GAAAAGGTATTTT-GCT-AATTTCATAGGGGATTATTTAG-AAAAAAATTATAAAAGAAGAGGTA
** * *
14633046 TTTTTGTAATTATGGTATGAGGGCATAATACTCCATTTGGCCATATGTCAACTTCTTATCACT-T
63 TTTTAATAATTATGGTATGAGGGCATAATAATCCATTTGGCCACATGTCAACTTCTTATCA-TAT
**
14633110 TCT-
127 AATA
*
14633113 GGAAAGGTTATTTTGCTAATTTCATAGGGGATTAT
1 GAAAAGG-TATTTTGCTAATTTCATAGGGGATTAT
14633148 CCATTTGACC
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 22, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
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132 82 0.59
133 1 0.01
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Consensus pattern (130 bp):
GAAAAGGTATTTTGCTAATTTCATAGGGGATTATTTAGAAAAAAATTATAAAAGAAGAGGTATTT
TAATAATTATGGTATGAGGGCATAATAATCCATTTGGCCACATGTCAACTTCTTATCATATAATA
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14633203 TGTTGAGGGC
* * *
14633213 TTATTTAG-AAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTTTGCTATGAAGGTATAATAGTC
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAG-AAGGGTATTTTCATAATTATGGTATG-AGGCATAATAGTC
* * *
14633277 CA-TTGGCCACATGTCAATTTTTTATCATATGAT-GAAAGGGAAATTTTGCTAATTTCATAGAGG
64 AATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGG-AATTTTGCTAATTTCATAGAGG
14633340 A
128 A
**
14633341 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAGGGTATTTTTGTAATTATGGTATGGAGGCATAATAGTCA
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAGGGTATTTTCATAATTATGGTAT-GAGGCATAATAGTCA
* * * * *
14633406 ATATGGCCACATGTCAATATCTTATCATACAATGGAAAAGGTATTTT-CATAATTTCATA-AGAG
65 ATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTGC-TAATTTCATAGAG-G
14633469 A
128 A
* * * * * *
14633470 TTAATTAGCAAATAATTACATGAGAACGGGTATAATTTCATAATTATGTTATAAGGGCATAATAG
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAA-GGGTAT--TTTCATAATTATGGTATGA-GGCATAATAG
* * * * *
14633535 TTAATTTGACC-CTATGT-AAGTTTCTTATCATATAATGGGAAGGGTATTTTTCTAATTTCATAT
62 TCAATTTGGCCAC-ATGTCAA-TTTCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTGCTAATTTCATA-
14633598 GA-GA
124 GAGGA
* * * * * *
14633602 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTGTTTTAATGATTATGGTATAAGGGCATTATAAT-
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAG-AAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGA-GGCATAATAGTC
* * * * ** *
14633666 ACATTTGGCCATATGTCAATTTCTTATCATATAATAGAAAAGGCATTTTGGAAATTTTATAG-GT
64 A-ATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTGCTAATTTCATAGAG-
14633730 GA
127 GA
* *
14633732 TTATTTA-TAAAATAATTATAAGAGAAGAGGTATTTTTATAATTATGGTATGGGGGCATAATAGT
1 TTATTTAGT-AAATAATTATAAGAGAAG-GGTATTTTCATAATTATGGTAT-GAGGCATAATAGT
** * * * * **
14633796 CCCTTTGGCCAGATATCAATTTCTTATCATATACTAGAAAGTAAATTTTGCTAA-TTCA-ATG-G
63 CAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTGCTAATTTCATA-GAG
14633858 GAA
127 G-A
* * * * *
14633861 TTATTTAGTAAACAATTATAAGAGATGGGGTATTTTCATAACTATGGCATAAGGACATAATAGTC
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGA-AGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGG-CATAATAGTC
* *
14633926 AATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCAT-TGAATGAAAATGGAATTTT-CATAATTTCATAG-G
64 AATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATAT-AATGGAAAGGGAATTTTGC-TAATTTCATAGAG
14633988 AGA
127 -GA
* * * *
14633991 CTATTTAGTAAATAATTATATTA-AAAAGGGTAATTTT-GTAATTATGGTATGATGGGATAATAG
1 TTATTTAGTAAATAATTATA--AGAGAAGGGT-ATTTTCATAATTATGGTATGA-GGCATAATAG
* * * * **
14634054 TCAATTTGGCAATATGTCAATTTCCTATCATCTAATGGAAAGAAAATTTT-CATAATTTCATAG-
62 TCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTGC-TAATTTCATAGA
14634117 GAGA
126 G-GA
* * *
14634121 TTATTTAGTAAATAATTATAA-AGAAAGGTATATTTTCATAATTATGGTGTG-GCAGTATAATAG
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAG-AAGG-GTATTTTCATAATTATGGTATGAG--GCATAATAG
* * * * ** *
14634184 TCAATTTGACAACATGTCATTTTCTTACCATATAATGG-AAGGCTATTTT-CATAAATTCATAG-
62 TCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTGC-TAATTTCATAGA
*
14634246 GAAA
126 G-GA
* *
14634250 TTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGCTGGCATAATAGTC
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAG-AAGGGTATTTTCATAATTATGGTATG-AGGCATAATAGTC
* * * * * * * *
14634315 CATTTGGTCACACGTCAA-TTCTTACCATATACTGGAATGGGAATTTCG-TAAATTTCATAAAGG
64 AATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTGCT-AATTTCATAGAGG
14634378 A
128 A
* **
14634379 TTATTTAGTAAATAATTATAAGCGAATGGGTATTTTCATAATTATGGTATGACAACATAATAGTC
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAA-GGGTATTTTCATAATTATGGTATGA-GGCATAATAGTC
* * * **
14634444 AATTTGACCATATATCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTTATAATTTCATA-AGAG
64 AATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTGCTAATTTCATAGAG-G
14634508 A
128 A
* *
14634509 TTATTTTGTAAATAATTATAAGAGAATGGGCATATTCTT-ATAATTA-GGATATGAAGGTATAAT
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAA-GGG--TATT-TTCATAATTATGG-TATG-AGGCATAAT
** * * *
14634572 AGAT-AATTTAACAACATGTC-ATTCTCTTATCATATAATGTAAAGGGTATTTT-CATAATTTCA
60 AG-TCAATTTGGCCACATGTCAATT-TCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTGC-TAATTTCA
*
14634634 TA-AGAAA
122 TAGAG-GA
* * *
14634641 TTATTTAATAAATAATTATAAGAGAAGAGGTATTTTCATAATTATGGTATAAGGAGATAATAGTC
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAG-GGTATTTTCATAATTATGGTATGAGG-CATAATAGTC
* * * * * * * * *
14634706 CACTTAGCTAAATGT-ATATTTCTTACCATATAATGGAAATGGCATTTTAG-TAAATTCATA-AG
64 AATTTGGCCACATGTCA-ATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTT-GCTAATTTCATAGAG
14634768 AGA
127 -GA
* * * * * * * * *
14634771 TCATTTAGTAAATAATTATACGAGAAGAGGTATTTTCATAATTACGTTACGAATGCGTTATAGTT
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAG-GGTATTTTCATAATTATGGTATG-AGGCATAATAGTC
* * * * * *
14634836 AATTTGGCTAGATGTCAAATTT-TTATCATATAATGGAAATGGCATTTAGTTAATTTCATA-AGG
64 AATTTGGCCACATGTC-AATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTGCTAATTTCATAGA-G
14634899 GA
127 GA
* * * * * *
14634901 TTATTTAGTAACTAATTATAAGACATAGGGTATTGTCATAGTTA-GGTTATAAGGGAATAATAGT
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGA-AGGGTATTTTCATAATTATGG-TATGA-GGCATAATAGT
* ** * ** * ** *
14634965 CCATTTGGCTGCATGTTAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGTCATTTTGATGGTTTCCTA-AGG
63 CAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTGCTAATTTCATAGAGG
14635029 CA
128 -A
* * * * *
14635031 CTATTTAGTATATAATTATAAGAGAATGGGTATTTTCGTAAATATGGTATGTGAGCATAATAGT-
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAA-GGGTATTTTCATAATTATGGTATGAG-GCATAATAGTC
* * * * * *
14635095 ATTTTGGCCACATGTCAATTTCTTGTCATATAATGGAAAAGGAATTTTGGTAATTTCTTAGGGGA
64 AATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTGCTAATTTCATAGAGGA
* * * * * * *
14635160 TTACTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAAGATATTTTAATCATTAT-GTATAAGGGTATAATAGTC
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAG-AAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGA-GGCATAATAGTC
* * * * * * ** ** *
14635224 TATTTGACCACAT-TCATTTTTTTTATCACATAATCGAAAATGTGTTTTAG-TAATTTC-TCGAG
64 AATTTGGCCACATGTCA-ATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTT-GCTAATTTCATAGA-
14635286 GGCA
126 GG-A
* * * ** *
14635290 -TCTTT-GTTAGATAATTATAAGAGAATGGGCATTTTTGTAATTTTGGTATG-GTAGCATAATAG
1 TTATTTAG-TAAATAATTATAAGAGAA-GGGTATTTTCATAATTATGGTATGAG--GCATAATAG
* * * ** ***
14635352 TCAATTTGGTCGCATGTCATTTTCTTATTTTATAAT-GAAAGGCTTTTTTTTG-TAATTTTGCA-
62 TCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGG--GAATTTTGCTAA-TTT-CAT
*
14635414 A-AGGG
123 AGAGGA
* * * * *
14635419 TTATTTTGTAAATAATTATAAGAGAATAGGTTATTTT-GTAATTATGGTATGATAGCATGATAGT
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAG-A-AGGGTATTTTCATAATTATGGTATGA-GGCATAATAGT
* * *
14635483 CAATTTGACCACATGTCAGTTTCTAATCATATAATGGAAAGGGTAATTTTG-TAATTTCATATGA
63 CAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGG-AATTTTGCTAATTTCATA-GA
14635547 -GA
126 GGA
* * * *
14635549 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAAAAGAGGTATTTTAATAATTATGGTATGAGGGCATTATAATC
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAG-GGTATTTTCATAATTATGGTATGA-GGCATAATAGTC
* * *
14635614 CATTCGGCCACATGTCAATTTCTTATCATA-AATGGACAA-GGTATTTTAG-TAATTTTCATA-A
64 AATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGA-AAGGGAATTTT-GCTAA-TTTCATAGA
14635675 GCGA
126 G-GA
* ** *
14635679 TTATTTAGAAAATAATTATAAGAGAATGGGTATTTTTGTAATTATGGTAT-AGGACATAATACTC
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAA-GGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGG-CATAATAGTC
* * * * ** *
14635743 CATTTGGCCATATGTCAATTTCTTATCATATACTGGAATGGTTATTTTGCTAATTTCATAGGGGA
64 AATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTGCTAATTTCATAGAGGA
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1 TTAT
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Statistics
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Consensus pattern (128 bp):
TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGCATAATAGTCAA
TTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTGCTAATTTCATAGAGGA
Found at i:14634006 original size:389 final size:384
Alignment explanation
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Period size: 389 Copynumber: 6.7 Consensus size: 384
14633203 TGTTGAGGGC
* * * *
14633213 TTATTTAG-AAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTTTGCTATGAA-GGTATAATAGT
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* * * *
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* *
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* * * **
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191 CAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGG-AAAGGTATTTTCATAATTTCATGGGA-
* * * * * * *
14633469 ATTAATTAGCAAATAATTACATGAGAACGGGTATAATTTCATAATTATGTTATAAGGGCATAATA
254 ATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTAT--TTTCATAATTATGGTATAAGGACATAATA
* * * * *
14633534 GTTAATTTGACC-CTATGT-AAGTTTCTTATCATATAATGGGAAGGGTATTTTTC-TAATTTCAT
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*
14633596 ATGAGA
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* * * *
14633602 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTGTTTTAATGATTATGGTATAAGGGCATTATAATA
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTAATAATTATGGTATAAGGGCATAATAGT-
* * * * *
14633667 CATTTGGCCATATGTCAATTTCTTATCATATAATAGAAAAGGCATTTTGGAAATTTTATAGGTGA
65 CATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAGGAATTTTGGTAATTTCATAGG-GA
14633732 TTATTTATAAAATAATTATAAGAGAAGAGGTATTTTTATAATTATGGTATGGGGGCATAATAGTC
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** * * * *
14633797 CCTTTGGCCAGATATCAATTTCTTATCATATACTAGAAA-GTAAATTTTGC-TAA-TTCAATGGG
192 AATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGT--ATTTT-CATAATTTC-ATGGG
* ** * *
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* *
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14633988 AGA
382 AGA
* ** * * *
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1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGT-ATTTTAATAATTATGGTAT-AAGGGCATAATAG
* * * * * **
14634054 TCAATTTGGCAATATGTCAATTTCCTATCATCTAATGG-AAAGAAAATTTTCATAATTTCATAGG
64 TC-ATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAG-GAATTTTGGTAATTTCATAGG
* * ** *
14634118 AGATTATTTAGTAAATAATTATAA-AGAAAGGTATATTTTCATAATTATGGTGTGGCAGTATAAT
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* * * * *
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* * **
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* * * * *
14634310 TAGTCCATTTGGTCACACGTCAA-TTCTTACCATATACTGG-AATGGGAA-TTTCGTAAATTTCA
315 TAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAT-GGAATTTTCGT-AATTTCA
*
14634372 TA-AAGGA
378 TAGGA-GA
* * * * ***
14634379 TTATTTAGTAAATAATTATAAGCGAATGGGTATTTTCATAATTATGGTATGACAACATAATAGTC
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTAATAATTATGGTATAAGGGCATAATAGTC
* * * * ** *
14634444 AATTTGACCATATATCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTTATAATTTCATAAGAGA
66 -ATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAGGAATTTTGGTAATTTCAT-AGGGA
* * ** *
14634509 TTATTTTGTAAATAATTATAAGAGAATGGGCATATTCTTATAATTA-GGATATGAAGGTATAATA
129 TTA-TTTATAAATAATTATAAGAGAA-GGG--TATTTTTATAATTATGG-TATGGGGGCATAATA
** * *
14634573 GAT-AATTTAACAACATGTC-ATTCTCTTATCATATAATGTAAAGGGTATTTTCATAATTTCATA
189 G-TCAATTTGGCCACATGTCAATT-TCTTATCATATAATGGAAA-GGTATTTTCATAATTTCAT-
* * * *
14634636 AGAAATTATTTAATAAATAATTATAAGAG-AAGAGGTATTTTCATAATTATGGTATAAGGAGATA
250 GGGAATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAG-GGTATTTTCATAATTATGGTATAAGGACATA
* * * * * * * * *
14634700 ATAGTCCACTTAGCTAAATGT-ATATTTCTTACCATATAATGGAAATGGCATTTTAGTAAATTCA
314 ATAGTCAATTTGGCCACATGTCA-ATTTCTTATCATATAATGGAAATGGAATTTTCGTAATTTCA
*
14634764 TAAGAGA
378 TAGGAGA
* * * * * * * * *
14634771 TCATTTAGTAAATAATTATACGAG-AAGAGGTATTTTCATAATTACGTTACGAA-TGCGTTATAG
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAG-GGTATTTTAATAATTATGGTA-TAAGGGCATAATAG
* * * * * * *
14634834 TTAATTTGGCTAGATGTCAAATTT-TTATCATATAATGGAAATGGCATTTAGTTAATTTCATAAG
64 -TCATTTGGCCACATGTC-AATTTCTTATCATATAATGGAAAAGGAATTTTGGTAATTTCAT-AG
* * * * * ** *
14634898 GGATTATTTAGTAACTAATTATAAGACATAGGGTATTGTCATAGTTA-GGTTATAAGGGAATAAT
126 GGATTATTTA-TAAATAATTATAAGAGA-AGGGTATTTTTATAATTATGG-TATGGGGGCATAAT
* ** * * ** * *
14634962 AGTCCATTTGGCTGCATGTTAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGTCATTTTGATGGTTTCCTAA
188 AGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGT-ATTTTCATAATTTCAT-G
* * * * * *
14635027 GGCACTATTTAGTATATAATTATAAGAGAATGGGTATTTTCGTAAATATGGTAT--GTGAGCATA
251 GGAATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATAAG-GA-CATA
* * * * *
14635090 ATAGT-ATTTTGGCCACATGTCAATTTCTTGTCATATAATGGAAAAGGAATTTTGGTAATTTCTT
314 ATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAATGGAATTTTCGTAATTTCAT
*
14635154 AGGGGA
379 AGGAGA
* * * * *
14635160 TTACTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAAGATATTTTAATCATTAT-GTATAAGGGTATAATAGTC
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTAATAATTATGGTATAAGGGCATAATAGTC
* * * * * * ** *
14635224 TATTTGACCACAT-TCATTTTTTTTATCACATAATCGAAAATGTGTTTTAGTAATTTC-TCGAGG
66 -ATTTGGCCACATGTCA-ATTTCTTATCATATAATGGAAAAGGAATTTTGGTAATTTCAT--AGG
* * * * **
14635287 GCATCT-TTGT-TAGATAATTATAAGAGAATGGGCATTTTTGTAATTTTGGTATGGTAGCATAAT
127 G-AT-TATT-TATAAATAATTATAAGAGAA-GGGTATTTTTATAATTATGGTATGGGGGCATAAT
* * * ** * **
14635350 AGTCAATTTGGTCGCATGTCATTTTCTTATTTTATAAT-GAAAGGCTTTTTTTTGTAATTTTGCA
188 AGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGG--TATTTTCATAA-TTT-C-
* * * *
14635414 AAGGG--TTATTTTGTAAATAATTATAAGAGAATAGGTTATTTT-GTAATTATGGTATGATA-G-
248 ATGGGAATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAA-AGGGTATTTTCATAATTATGGTAT-A-AGGA
* * * * *
14635474 CATGATAGTCAATTTGACCACATGTCAGTTTCTAATCATATAATGGAAAGGGTAATTTT-GTAAT
310 CATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAATGG-AATTTTCGTAAT
*
14635538 TTCATATGAGA
374 TTCATAGGAGA
* * *
14635549 TTATTTAGTAAATAATTATAAGA-AAAGAGGTATTTTAATAATTATGGTATGAGGGCATTATAAT
1 TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAG-GGTATTTTAATAATTATGGTATAAGGGCATAATAGT
* * * * *
14635613 CCATTCGGCCACATGTCAATTTCTTATCATA-AATGGACAAGGTATTTTAGTAATTTTCATAAGC
65 -CATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAGGAATTTTGGTAA-TTTCAT-AGG
* * * * *
14635677 GATTATTTAGAAAATAATTATAAGAGAATGGGTATTTTTGTAATTATGGTAT-AGGACATAATAC
127 GATTATTTA-TAAATAATTATAAGAGAA-GGGTATTTTTATAATTATGGTATGGGGGCATAATAG
* * * *
14635741 TCCATTTGGCCATATGTCAATTTCTTATCATATACTGGAATGGTTATTTTGC-TAATTTCATAGG
190 TCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGG-TATTTT-CATAATTTCAT-GG
*
14635805 GGATTAT
252 GAATTAT
14635812 CCATTTGACC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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387 40 0.02
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ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (384 bp):
TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTAATAATTATGGTATAAGGGCATAATAGTC
ATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAGGAATTTTGGTAATTTCATAGGGATT
ATTTATAAATAATTATAAGAGAAGGGTATTTTTATAATTATGGTATGGGGGCATAATAGTCAATT
TGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGTATTTTCATAATTTCATGGGAATTATTT
AGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATAAGGACATAATAGTCAATTTG
GCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAATGGAATTTTCGTAATTTCATAGGAGA
Found at i:14636041 original size:129 final size:129
Alignment explanation
Indices: 14635814--14636385 Score: 530
Period size: 129 Copynumber: 4.4 Consensus size: 129
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* * * * ** * * ** *
14635814 ATTTGACCACATTTTAATTTCTTATGATATAATGGAAAATGAGTTTTAATAAATTT-TTAGG-GC
1 ATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTCAT-AATTTCAAAGGAGA
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*
14635941 CC
128 CA
** * * * * * *
14635943 ATTTGATCACATGTCAATTTCTTATCATATATTGGAACGGGAA-TTTCGCTAACTTCATAGGGGA
1 ATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTC-ATAATTTCAAAGGAGA
* * * * * * * *
14636007 TTATTTAGTATATAATTATAAGATAAGGGTATTTTTGTAGTTTTGGTATGACGGCATAATA-ACA
65 TTATTTAGAAAATAATTATAAAAGAAGGGTATTTTTGAAATTATGGTATGACGGCATAATAGTCA
** * * * *
14636071 ATTTGGCCACATGTTGATTTTTTATC-TATGAATGGAAATGGAATTTTCATAATTTCAAAAGACA
1 ATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATAT-AATGGAAAGGGAATTTTCATAATTTCAAAGGAGA
*
14636135 TTATTTAGAAAATAATTATAAAAGAAGAGGTATTTTTGTAATTATGGTATGACGGCATAATAGTC
65 TTATTTAGAAAATAATTATAAAAGAAG-GGTATTTTTGAAATTATGGTATGACGGCATAATAGTC
14636200 A
129 A
* * * * **
14636201 ATTAGGCCACATGTCAATTTCTCATCAGACAATGGAAAAAGAATTTTCATAATTT-AACAGGAGA
1 ATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTCATAATTTCAA-AGGAGA
* ** * * * *
14636265 TTTTTTAGTCAATAATTATAAAAAAAGGATATATTTTCATAATTATGGTATG-CGGGTATAATAG
65 TTATTTAGAAAATAATTATAAAAGAAGGGTAT-TTTTGA-AATTATGGTATGAC-GGCATAATAG
14636329 TCA
127 TCA
* * * *
14636332 ATTTGGCAACATGTTATTTTCTTATCATATAATGGAAAGGGTATTTTCATAATT
1 ATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTCATAATT
14636386 ATGTTATACA
Statistics
Matches: 357, Mismatches: 73, Indels: 24
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (129 bp):
ATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTCATAATTTCAAAGGAGAT
TATTTAGAAAATAATTATAAAAGAAGGGTATTTTTGAAATTATGGTATGACGGCATAATAGTCA
Found at i:14636247 original size:130 final size:130
Alignment explanation
Indices: 14635877--14636385 Score: 514
Period size: 130 Copynumber: 3.9 Consensus size: 130
14635867 TTTTTAGGGC
* *
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* ** * * * * * * *
14635941 CCATTTGATCACATGTCAATTTCTTATCATATATTGGAACGGGAA-TTTCGCTAACTTCATAGGG
65 CAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCAGATAATGGAAAGGGAATTTTC-ATAATTTCAAAGGA
14636005 GA
129 GA
* * * * * * *
14636007 TTATTTAGTATATAATTATAAGATAAG-GGTATTTTTGTAGTTTTGGTATGACGGCATAATA-AC
1 TTATTTAGAAAATAATTATAAAAGAAGAGGTATTTTTGTAATTATGGTATGACGGCATAATAGTC
** * * * * *
14636070 AATTTGGCCACATGTTGATTTTTTATC-TATGAATGGAAATGGAATTTTCATAATTTCAAAAGAC
66 AATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCAGAT-AATGGAAAGGGAATTTTCATAATTTCAAAGGAG
14636134 A
130 A
14636135 TTATTTAGAAAATAATTATAAAAGAAGAGGTATTTTTGTAATTATGGTATGACGGCATAATAGTC
1 TTATTTAGAAAATAATTATAAAAGAAGAGGTATTTTTGTAATTATGGTATGACGGCATAATAGTC
* * * **
14636200 AATTAGGCCACATGTCAATTTCTCATCAGACAATGGAAAAAGAATTTTCATAATTT-AACAGGAG
66 AATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCAGATAATGGAAAGGGAATTTTCATAATTTCAA-AGGAG
14636264 A
130 A
* ** * *
14636265 TTTTTTAGTCAATAATTATAAAA-AA-AGGATATATTTTCATAATTATGGTATG-CGGGTATAAT
1 TTATTTAGAAAATAATTATAAAAGAAGAGG-TAT-TTTT-GTAATTATGGTATGAC-GGCATAAT
* * * * *
14636327 AGTCAATTTGGCAACATGTTATTTTCTTATCATATAATGGAAAGGGTATTTTCATAATT
62 AGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCAGATAATGGAAAGGGAATTTTCATAATT
14636386 ATGTTATACA
Statistics
Matches: 312, Mismatches: 56, Indels: 21
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
127 3 0.01
128 68 0.22
129 71 0.23
130 100 0.32
131 70 0.22
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (130 bp):
TTATTTAGAAAATAATTATAAAAGAAGAGGTATTTTTGTAATTATGGTATGACGGCATAATAGTC
AATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCAGATAATGGAAAGGGAATTTTCATAATTTCAAAGGAGA
Found at i:14636381 original size:77 final size:76
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Indices: 14636296--14636438 Score: 187
Period size: 77 Copynumber: 1.9 Consensus size: 76
14636286 AAAAAGGATA
* ** * * * *
14636296 TATTTTCATAATTATGGTATGCGGGTATAATAGTCAATTTGGCAACATGTTATTTTCTTATCATA
1 TATTTTCATAATTATGGTATACAAGCATAATAGTCAATGTGGCAACATGTTA-ATTATTATCATA
14636361 TAATGGAAAGGG
65 TAATGGAAAGGG
* * *
14636373 TATTTTCATAATTATGTTATACAAGCATAATAGTCCATGTGGCCACATGTTAATTATTATCATAT
1 TATTTTCATAATTATGGTATACAAGCATAATAGTCAATGTGGCAACATGTTAATTATTATCATAT
14636438 A
66 A
14636439 CTAGAAAAGG
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 10, Indels: 1
0.84 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
76 12 0.21
77 44 0.79
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.15, T:0.41
Consensus pattern (76 bp):
TATTTTCATAATTATGGTATACAAGCATAATAGTCAATGTGGCAACATGTTAATTATTATCATAT
AATGGAAAGGG
Found at i:14636621 original size:130 final size:129
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Indices: 14636366--14637741 Score: 1099
Period size: 130 Copynumber: 10.6 Consensus size: 129
14636356 TCATATAATG
* * * *
14636366 GAAAGGGTATTTTCATAATTATGTTATACAAGCATAATAGTCCATGTGGCCACATGTTAA-TTAT
1 GAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATA-AAGCATAATAGTCCATTTGGCCACATGTCAATTTCT
* * * * * * *
14636430 TATCATATACTAGAAAAGGAATTTCGCTAATTTCATAAGGGATTTTTTAGTAAATAATTATAAGA
65 TATCATATAATGGAAAGGGAATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGA
* ** * * * *
14636495 GAATGGGTATTTTTGTAATTATGGTATAACAGTATAATAGTCAATTTGGCCACGTGTCAATTTAT
1 GAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATAA-AGCATAATAGTCCATTTGGCCACATGTCAATTTCT
* * *
14636560 TATTATATAATGGAAAGGGAATTTTCGTAATTTCATAAGAGATTATTTAATAAATAATTATAAGA
65 TATCATATAATGGAAAGGGAATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGA
* * ** * * ****
14636625 GAAAGGATATATTTCATAATTACGGTATGAGGGTATAATAGTCAATTTAATGACA--TC-ATTCT
1 GAAAGGGTAT-TTTCATAATTATGGTAT-AAAGCATAATAGTCCATTTGGCCACATGTCAATT-T
* * ** * * *
14636687 CGTATCATATAATGGAAAGGGTATTTTCCTAATTTCATAGGAAATTATTTATTAAATAATTATAA
63 CTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAA
14636752 GA
128 GA
* *** *
14636754 GAAGGGGTATTTTCATAATTATGGTGCGCAGGCATAAT-GTCCATTTGGCCACATGTCAATTTCT
1 GAAAGGGTATTTTCATAATTATGGT-ATAAAGCATAATAGTCCATTTGGCCACATGTCAATTTCT
* ** * * * * * ** *
14636818 TATCATCTAACAGAAAAGGCATTTTGGTAATTTAATATGCGATTATTTAGTAAGGAATTATAAAA
65 TATCATATAATGGAAAGGGAATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGA
* ** * * * * * * * *
14636883 GAAGGGGTATTTTTGTAGTTATGGTATGAGAGGATAATTGTCCACTTAGCCACATGTTAATTTGT
1 GAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTAT-AAAGCATAATAGTCCATTTGGCCACATGTCAATTTCT
* * * ** * *
14636948 TACCATATAATGGAAAGGGCATTTTAGTAATTTTTTAAAATATTATTTAGTAAATAATTATAAGA
65 TATCATATAATGGAAAGGGAATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGA
* * * *
14637013 GAAAGGATATTTTCATAATTATGTTA-AAGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCATATGTCAATTT
1 GAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATAA-A--GCATAATAGTCCATTTGGCCACATGTCAATTT
* * * * * * *
14637077 TTTATCATATAATTGAAAGAGTATTTTGGTAATTTCTTAGGAGATTATTTAGTAAATAATTTTAA
63 CTTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAA
*
14637142 AA
128 GA
* * * * * * *** *
14637144 GATAGGATATTTTCATAGTTATGCTATAAAGGAGTAATAATCCATTTGGTTGCATGTCAA-TTAT
1 GAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATAAAGCA-TAATAGTCCATTTGGCCACATGTCAATTTCT
** * * * *
14637208 TATCATATAATGGAAATGTCACTTTTGGTAATTTC-TTAGGGCACTATTTAGTAAATAATTATAA
65 TATCATATAATGGAAA-GGGAATTTTGGTAATTTCATAAGAG-ATTATTTAGTAAATAATTATAA
14637272 GA
128 GA
* ** * * ** **
14637274 GAAATGGTATTTTTGTAATTATGGTATTAAGGCATTATAGTTAATTTGGTGACATGTCAATTTCT
1 GAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTA-TAAAGCATAATAGTCCATTTGGCCACATGTCAATTTCT
* * * * * * *
14637339 TATCATATAATGGGTAAA--AAATTTTGGTAATGTCTTAGGGGATTATTTAGTAAGTAACTATAA
65 TATCATATAAT-GG-AAAGGGAATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAA
14637402 GA
128 GA
* * * * * *
14637404 G-AAGAGCTATTTTCATAATTATGCTATGAAGGCATAATAGTCCATTTGACCATATGCCAATTTC
1 GAAAG-GGTATTTTCATAATTATGGTAT-AAAGCATAATAGTCCATTTGGCCACATGTCAATTTC
* ** * * * * * * *
14637468 TTATCACATAATGGAAAATGCATTTTAGTAATTTCTTAAG-GCCTTATTTAATAGATAATTGTAA
64 TTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTGGTAATTTCATAAGAG-ATTATTTAGTAAATAATTATAA
14637532 GA
128 GA
* * * *
14637534 GAAAGGGTATTTTCATAATTTTGGTATGAAGGCATTATAGT-CATTTTGGCCACATGTTAATTTC
1 GAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTAT-AAAGCATAATAGTCCA-TTTGGCCACATGTCAATTTC
* * ** * *
14637598 TTATCTTATAATGGAAAGGGTATTTTTTTAATTTCATATTG-GATTCTTTAGTAAATAATTATAA
64 TTATCATATAATGGAAAGGGAATTTTGGTAATTTCATA-AGAGATTATTTAGTAAATAATTATAA
14637662 GA
128 GA
* * * * *
14637664 GAACA-TGTATTTTAATAATTATGGTATAAGGACATAATAATCCATTTGGCCACATGTTAATTTC
1 GAA-AGGGTATTTTCATAATTATGGTATAAAG-CATAATAGTCCATTTGGCCACATGTCAATTTC
*
14637728 TTATTATATAATGG
64 TTATCATATAATGG
14637742 TATGATGGTA
Statistics
Matches: 991, Mismatches: 222, Indels: 67
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
127 10 0.01
128 29 0.03
129 237 0.24
130 540 0.54
131 167 0.17
132 5 0.01
133 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (129 bp):
GAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATAAAGCATAATAGTCCATTTGGCCACATGTCAATTTCTT
ATCATATAATGGAAAGGGAATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGA
Found at i:14637676 original size:390 final size:383
Alignment explanation
Indices: 14636366--14637741 Score: 1307
Period size: 390 Copynumber: 3.5 Consensus size: 383
14636356 TCATATAATG
* * * *
14636366 GAAAGGGTATTTTCATAATTATGTTAT-ACAAGCATAATAGTCCATGTGGCCACATGTTAATTAT
1 GAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGA-AGGCATAATAGTCCATTTGGCCACATGTCAATTAT
* * * * *
14636430 TATCATATACTAGAAAAGGAATTTCGCTAATTTCATAAGGGATTTTTTAGTAAATAATTATAAGA
65 TATCATATAATAGAAAAGGTATTTTGGTAATTTCAT-AGGGATTATTTAGTAAATAATTATAAGA
* * * * *
14636495 GAATGGGTATTTTTGTAATTATGGTATAACAGTATAATAGTCAATTTGGCCACGTGTCAATTTAT
129 GAA-AGGTATTTTTGTAATTATGGTATAA-GGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCT
* * * *
14636560 TATTATATAATGGAAAGGGAATTTTCGTAATTTCATAAGAGATTATTTAATAAATAATTATAAGA
192 TATCATATAATGGAAA-GGAATTTTAGTAATTTCTTAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGA
* * * * ** *
14636625 GAAAGGATATATTTCATAATTACGGTATGAGGGTATAATAGTCAATTTAATGACAT-C-ATTCTC
256 GAAAGGATAT-TTTCATAATTATGCTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGACCATATGCAATT-TC
* * ** * *
14636688 GTATCATATAATGGAAAGGGTATTTTCCTAATTTCATAGGAAATTATTTATTAAATAATTATAAG
319 TTATCATATAATGGAAA-AGTATTTTAGTAATTTCTTAGGAAATTATTTAATAAATAATTATAAG
14636753 A
383 A
* ** * *
14636754 GAAGGGGTATTTTCATAATTATGGTGCGCAGGCATAAT-GTCCATTTGGCCACATGTCAATTTCT
1 GAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAAGGCATAATAGTCCATTTGGCCACATGTCAA-TTAT
* * * * * ** *
14636818 TATCATCTAACAGAAAAGGCATTTTGGTAATTTAATATGCGATTATTTAGTAAGGAATTATAAAA
65 TATCATATAATAGAAAAGGTATTTTGGTAATTTCATA-GGGATTATTTAGTAAATAATTATAAGA
* * * * * * * *
14636883 GAAGGGGTATTTTTGTAGTTATGGTATGAGAGG-ATAATTGTCCACTTAGCCACATGTTAATTTG
129 GAA-AGGTATTTTTGTAATTATGGTAT-A-AGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTC
* * * * *
14636947 TTACCATATAATGGAAAGGGCATTTTAGTAATTTTTTAAAATATTATTTAGTAAATAATTATAAG
191 TTATCATATAATGGAAA-GGAATTTTAGTAATTTCTTAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAG
* * *
14637012 AGAAAGGATATTTTCATAATTATGTTAAAGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCATATGTCAATTT
255 AGAAAGGATATTTTCATAATTATGCT-ATGAGGGCATAATAGTCAATTTGACCATATG-CAATTT
* * * * * *
14637077 TTTATCATATAATTGAAAGAGTATTTTGGTAATTTCTTAGGAGATTATTTAGTAAATAATTTTAA
318 CTTATCATATAATGGAAA-AGTATTTTAGTAATTTCTTAGGAAATTATTTAATAAATAATTATAA
*
14637142 AA
382 GA
* * * * * * ***
14637144 GATAGGATATTTTCATAGTTATGCTATAAAGG-AGTAATAATCCATTTGGTTGCATGTCAATTAT
1 GAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAAGGCA-TAATAGTCCATTTGGCCACATGTCAATTAT
* * * *
14637208 TATCATATAAT-GGAAATGTCACTTTTGGTAATTTCTTAGGGCACTATTTAGTAAATAATTATAA
65 TATCATATAATAGAAAAGGT-A-TTTTGGTAATTTCATAGGG-ATTATTTAGTAAATAATTATAA
* * **
14637272 GAGAAATGGTATTTTTGTAATTATGGTATTAAGGCATTATAGTTAATTTGGTGACATGTCAATTT
127 GAGAAA-GGTATTTTTGTAATTATGGTA-TAAGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTT
* * * * * * *
14637337 CTTATCATATAATGGGTAAA-AAATTTTGGTAATGTCTTAGGGGATTATTTAGTAAGTAACTATA
190 CTTATCATATAAT-GG-AAAGGAATTTTAGTAATTTCTTAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATA
* * *
14637401 AGAG-AAGAGCTATTTTCATAATTATGCTATGAAGGCATAATAGTCCATTTGACCATATGCCAAT
253 AGAGAAAG-GATATTTTCATAATTATGCTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGACCATATG-CAAT
* * ** * *
14637465 TTCTTATCACATAATGGAAAATGCATTTTAGTAATTTCTTAAGG-CCTTATTTAATAGATAATTG
316 TTCTTATCATATAATGGAAAA-GTATTTTAGTAATTTCTT-AGGAAATTATTTAATAAATAATTA
14637529 TAAGA
379 TAAGA
* * * *
14637534 GAAAGGGTATTTTCATAATTTTGGTATGAAGGCATTATAGT-CATTTTGGCCACATGTTAATTTC
1 GAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAAGGCATAATAGTCCA-TTTGGCCACATGTCAA-TTA
* * * ** * *
14637598 TTATCTTATAATGGAAAGGGTATTTTTTTAATTTCATATTGGATTCTTTAGTAAATAATTATAAG
64 TTATCATATAATAGAAAAGGTATTTTGGTAATTTCATA-GGGATTATTTAGTAAATAATTATAAG
* ** * * *
14637663 AGAACATGTATTTTAATAATTATGGTATAAGGACATAATAATCCATTTGGCCACATGTTAATTTC
128 AGAA-AGGTATTTTTGTAATTATGGTATAAGG-CATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTC
*
14637728 TTATTATATAATGG
191 TTATCATATAATGG
14637742 TATGATGGTA
Statistics
Matches: 797, Mismatches: 162, Indels: 57
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
387 33 0.04
388 224 0.28
389 18 0.02
390 325 0.41
391 186 0.23
392 8 0.01
393 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (383 bp):
GAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAAGGCATAATAGTCCATTTGGCCACATGTCAATTATT
ATCATATAATAGAAAAGGTATTTTGGTAATTTCATAGGGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGA
AAGGTATTTTTGTAATTATGGTATAAGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATC
ATATAATGGAAAGGAATTTTAGTAATTTCTTAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAG
GATATTTTCATAATTATGCTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGACCATATGCAATTTCTTATCAT
ATAATGGAAAAGTATTTTAGTAATTTCTTAGGAAATTATTTAATAAATAATTATAAGA
Found at i:14638516 original size:129 final size:128
Alignment explanation
Indices: 14638280--14640562 Score: 937
Period size: 130 Copynumber: 17.7 Consensus size: 128
14638270 AATCTCTACA
* * * * * * *
14638280 ATAATAGTCCATATGCCCACATGTCAATTTCTTATCATATACTAGAAAGGGAATTTTGCTAATTT
1 ATAATAGTCAATTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGTATTTTGATAATTT
* * * *
14638345 CATAGGGGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAGGAGTATTTTCATAGTTATGGTATGATGGC
66 CATA-GGTATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAG-GTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGC
* * * * *
14638410 ATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTTTTATCAAATAAT-CAAAGGGTATTTTTATAATTT
1 ATAATAGTCAATTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGTATTTTGATAATTT
* **
14638474 CATAGGTATTTATTTAGTAAATAATTATAAGATAATAGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGAAC
66 CATAGGTA-TTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAA-AGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGC
* * * * * *
14638539 ATAATAGTCAATTTGACCACTTGTCAGTTTATTACCATAAAATGGAAAGTGTATTTT-ATAATTT
1 ATAATAGTCAATTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGTATTTTGATAATTT
** *
14638603 CATAAGAAATTATTTAGTAAATAATTATAAGA-AAAGGGGTACAATTTTGC--AATTATGGTATA
66 CAT-AGGTATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAA--GGT---ATTTT-CATAATTATGGTATG
14638665 AGGGC
124 AGGGC
* * * * * * *
14638670 ATAATAATCAATTAGACAACATTTCCATTTCTTAGCATAT-ATGGAAA-GGTCATTTTGGTAATT
1 ATAATAGTCAATTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGT-ATTTTGATAATT
** * * * *
14638733 TTTTAAGAG-ATTATATGGTAAATAATAATAAGAGAAAAGGTATTTTCATAATTATAGTATGAGG
65 TCAT-AG-GTATTATTTAGTAAATAATTATAAGAG-AAAGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGG
14638797 GC
127 GC
* * * **
14638799 ATAATAGTCCATTTGGCCACAAGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGACATTTTGATAATTT
1 ATAATAGTCAATTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGTATTTTGATAATTT
* * * ** * *
14638864 CATTGGTGACTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTATCTTGGTAATTATGGTATAAGGGT
66 CATAGGT-ATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAA-GGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGC
* ** * * * *
14638929 AAAATAGTCAATTTGATAACATGTTAACTTCTTATCATATAATGGAAATGGTATTTTTGTAAAAT
1 ATAATAGTCAATTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGTA-TTTTG-ATAAT
* * * * * * * ** * **
14638994 AATT-ATAAGGGAGCGAGTATTTTCGTAATTATACTATGAGGGCATAATAGCCCATTTGC-CCA-
64 --TTCAT-A--G-G-TATTA-TTTAGTAAATA-ATTAT-A-AG-AGAA-AG-GTATTTTCATAAT
* ***
14639056 CAT-GTCA--ATTTC
115 TATGGT-ATGAGGGC
* * * * * ** * * * *
14639068 TTATTA-T-ATATTGGA--AAAAG---ATTT-TT-TGGTA-ATTTTGTAA-GGTATTATTTAGTA
1 ATAATAGTCA-ATTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATA-ATGGAAAGGGTATT-TTGA-TA
** *** ** * * * ** **
14639122 A----ATAATTATATAAGAAG-GGAT-ATTTT-TGATATATCGTATGATGGCATAA-TA--GTCA
62 ATTTCATAGGTAT-TATTTAGTAAATAATTATAAGAGA-AAGGTAT--TTTCATAATTATGGT--
**
14639177 AT-TTGGC
121 ATGAGGGC
* * * * ** *** * * ** *
14639184 CTCAT-GTCAATTTGTTATCATATAATGGAAAAAGCTT-T-TTGGTAATTTCATAAGGAT-TTTT
1 ATAATAGTCAATTTG--A-C-CA-CATGTCAATTTCTTATCAT-ATAA-TGGA-AAGGGTATTTT
* * * * ** * * *
14639245 TAGTAA----ATA---ATTA-TAAGAAAATGGGCATT-T-TCA-TAA-TTATTTCTTATAATTAT
58 GA-TAATTTCATAGGTATTATTTAGTAAAT---AATTATAAGAGAAAGGTATTT-TCATAATTAT
14639298 GGTATGAGGGC
118 GGTATGAGGGC
* * * * * ** *
14639309 ATAATTTAGT---TTTGGCAACATGTCAATTTCATATTATACAACAGAAAAGGTATTTTTG-TAA
1 ATAA--TAGTCAATTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGTA-TTTTGATAA
* * * * * *
14639370 TTTCATATGTGATTATTTGGTAAATAATTATAAAAGAATGGGTATTTTCATAATTATGGCATAAG
63 TTTCATAGGT-ATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAA-AGGTATTTTCATAATTATGGTATGAG
14639435 GGC
126 GGC
* * * * * *
14639438 ACAATACTCAATTT-AGCCACATGTTAACTTCTTATTATATAATGGAAAAGGTATTTTGATAATT
1 ATAATAGTCAATTTGA-CCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGTATTTTGATAATT
* * *
14639502 T-ATAAAGG-ATTATTTAGTAAATAATTATAAGA-CAA-GTATTTTCATAACTATGGTAGGAGGG
65 TCAT--AGGTATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGG
14639563 C
128 C
* * * * * * * * *
14639564 CTAATAGTTC-GTTTGGCCACATGTCATTTTTTTATTATACATTAGGAAA-GGTATTTTGGTAAT
1 ATAATAG-TCAATTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAAT-GGAAAGGGTATTTTGATAAT
* * * * * *
14639627 TTCATAGGGAATTATTTAATACATAATTACAAGAGAATGTGTGTTTTCATAATTATGGTATGAGG
64 TTCATA-GGTATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAG-GTATTTTCATAATTATGGTATGAGG
14639692 GC
127 GC
* * *
14639694 ATAATAGCCAATTTGA-CATCATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAATGGTATTTTGGTAATT
1 ATAATAGTCAATTTGACCA-CATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGTATTTTGATAATT
* * * * *
14639758 TCATAAGGGATTATTTAATAAATAATCATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTATGATATTAGGG
65 TCAT-AGGTATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAA-GGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGG
14639823 C
128 C
* * * * * * *
14639824 ATAAGT-GTGAATTTGGCCATATGTCAATTTCTTATCATGTAATGGAAAAGGCATTTTCATAATT
1 ATAA-TAGTCAATTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGTATTTTGATAA-T
** * * * * * **
14639888 TTTTTCAGGGATTATTTACTAGATAATTCTAAGAGAATGGGGT-TTTTTGTAATTATGGTATGAG
64 TTCAT-AGGTATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAA--AGGTATTTTCATAATTATGGTATGAG
14639952 GGC
126 GGC
* * * * * ** * * *
14639955 ATAATAGTCAATTTGGCCACTTATCAATATATTATTGTACAATGGAAAGCGAATTTTGATAATTT
1 ATAATAGTCAATTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGTATTTTGATAATTT
* * * * * *
14640020 CTTAAAGG-ATTATTTAGTAAATAATTATAAAAGAAGGAGAATTTTCATAATTATGGTATAAAGG
66 C--ATAGGTATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAG-GTATTTTCATAATTATGGTATGAGGG
14640084 C
128 C
* * * * * *
14640085 ATAATAGTCCATTTGGCCACATGTTAATTTCTTATCATATAATGGAAAAGGCATTTTAAT-ATTT
1 ATAATAGTCAATTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGTATTTTGATAATTT
* * * * *
14640149 CGTATGAG-ACTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGCATTTTCCTAATTATTGTATGAGGG
66 CATA-G-GTATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAA-GGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGG
14640213 C
128 C
* * * * * * * *
14640214 AGAATAGTC-ATTTGGCCACATGTTAACTTT-TTATCATATAATTGAAAAGATATGTTGGTAATT
1 ATAATAGTCAATTTGACCACATGTCAA-TTTCTTATCATATAATGGAAAGGGTATTTTGATAATT
* * * * *
14640277 TCATAGGGGATTATTTAGTAAATAACTATAAGAGAATGAGTATTTTCGTAATTATGGTATGAGGC
65 TCATA-GGTATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAG-GTATTTTCATAATTATGGTATGAGGG
14640342 C
128 C
* * * * * * * * * *
14640343 TTAATAGTCCATTTGCCCACATGTGAACTTCTTATCATATATTAGAAAGGGCATTTTGATAGTTA
1 ATAATAGTCAATTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGTATTTTGATAATTT
* * * * * ** *
14640408 CACAAGTGACTATTTAGTAAATAATTATATGAGAAAGGTTATTTTCGTAATTATCATATAAGGGC
66 CATAGGT-ATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGG-TATTTTCATAATTATGGTATGAGGGC
* * ** * ** * **
14640473 ATAATAGTCAACTTGGCTTCGTGTCAATTTCCCATCATATAATGGAAATGGCGTTTTGATAATTT
1 ATAATAGTCAATTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGGTATTTTGATAATTT
* * *
14640538 CGTGAGGGATTATTTAGTAGATAAT
66 CAT-AGGTATTATTTAGTAAATAAT
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CATAGGTATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGC
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14638270 AATCTCTACA
* * * * * * *
14638280 ATAATAGTCCATATGCCCACATGTCAATTTCTTATCATATACTAGAAAGGGAATTTTGCTAATTT
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* * *
14638345 CATAGGGGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAG-AAGGAGTATTTTCATAGTTATGGTATGATGG
65 CATAGGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGG-GTATTTTCATAATTATGGTATGAGGG
14638409 C
129 C
* * * * *
14638410 ATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTTTTATCAAATAAT-CAAAGGGTATTTTTATAATTT
1 ATAATAGTCAATTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAA-GGTATTTTGATAATTT
* * *
14638474 CATAGGTA-TTTATTTAGTAAATAATTATAAGATAATA-GGTATTTTCATAATTATGGTATGAGA
65 CATAGG-AGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAA-AGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGG
*
14638537 AC
128 GC
* * * * *
14638539 ATAATAGTCAATTTGACCACTTGTCAGTTTATTACCATAAAATGGAAAGTGTATTTT-ATAATTT
1 ATAATAGTCAATTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAG-GTATTTTGATAATTT
* * *
14638603 CATAAGAAATTATTTAGTAAATAATTATAAGA-AAAGGGGTACAATTTTGC--AATTATGGTATA
65 CATAGGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAA-GGGT---ATTTT-CATAATTATGGTATG
14638665 AGGGC
125 AGGGC
* * * * * * *
14638670 ATAATAATCAATTAGACAACATTTCCATTTCTTAGCATAT-ATGGAAAGGTCATTTTGGTAATTT
1 ATAATAGTCAATTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGT-ATTTTGATAATTT
** * * * * * *
14638734 TTTAAGAGATTATATGGTAAATAATAATAAGAGAAAAGGTATTTTCATAATTATAGTATGAGGGC
65 CATAGGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGC
* * * *
14638799 ATAATAGTCCATTTGGCCACAAGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGGACATTTTGATAATTT
1 ATAATAGTCAATTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAGG-TATTTTGATAATTT
* * * * ** * *
14638864 CATTGGTGACTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTATCTTGGTAATTATGGTATAAGGGT
65 CATAGGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGC
* ** * *
14638929 AAAATAGTCAATTTGATAACATGTTAACTTCTTATCATATAATGGAAATGGTATTTT
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Statistics
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ATAGGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGC
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Alignment explanation
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Period size: 238 Copynumber: 1.9 Consensus size: 238
14638762 AAGAGAAAAG
* * *
14638772 GTATTTTCATAATTATAGTATGAGGGCATAATAGTCCATTTGGCCACAAGTCAATTTCTTATCAT
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* *
14638837 ATAATGGAAAGGACATTTTGATAATTTCATTGGTGACTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGG
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* * * * *
14638902 GTATCTTGGTAATTATGGTATAAGGGTAAAATAGTCAATTTGATAACATGTTAACTTCTTATCAT
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196 ATAATGGAAATGGTATTTTTGTAAAATAATTATAAGGGAGCGA
* * *
14639010 GTATTTTCGTAATTATACTATGAGGGCATAATAGCCCATTTGCCCACATGTCAATTTCTTATTAT
1 GTATTTTCATAATTATACTATGAGGGCATAATAGCCCATTTGCCCACAAGTCAATTTCTTATCAT
* ** * ** *
14639075 ATATTGGAAAAAGATTTTTTGGTAATTTTGTAAGGT-ATTATTTAGTAAATAATTATATA-AG-A
66 ATAATGG-AAAAGACATTTTGATAATTTCAT-AGGTGACTATTTAGTAAATAATTATA-AGAGAA
* * * * * ** * *
14639137 AGGGATATTTTTGAT-A-TATCGTATGATGGCATAATAGTCAATTTGGCCTCATGTCAATTTGTT
128 AGGG-TA-TCTTGATAATTATCGTATAAGGGCAAAATAGTCAATTTGACAACATGTCAACTTCTT
14639200 ATCATATAATGGAAA
191 ATCATATAATGGAAA
14639215 AAGCTTTTTG
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 29, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (238 bp):
GTATTTTCATAATTATACTATGAGGGCATAATAGCCCATTTGCCCACAAGTCAATTTCTTATCAT
ATAATGGAAAAGACATTTTGATAATTTCATAGGTGACTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGG
GTATCTTGATAATTATCGTATAAGGGCAAAATAGTCAATTTGACAACATGTCAACTTCTTATCAT
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Found at i:14639213 original size:130 final size:128
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Period size: 130 Copynumber: 12.1 Consensus size: 128
14638980 TATTTTTGTA
* * ** * * *
14638990 AAATAATTATAAG-GGAGCGAGTATTTTCGTAATTATACTATGAGGGCATAATAGCCCATTTGCC
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* * * **
14639054 CACATGTCAATTTCTTATTATATATTGGAAAAAGATTTTTTGGTAATTTTGTAAGGTATTATTTA
64 CACATGTCAATTTCTTATCATATAATGG-AAAAGATATTTTGGTAATTTCATAAGG-ATTATTTA
14639119 GT
127 GT
* * *
14639121 AAATAATTATATA-AGAAGGGATATTTT--TGATATATCGTATGATGGCATAATAGTCAATTTGG
1 AAATAATTATA-AGAGAAGGG-TATTTTCATAAT-TATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGG
* * * *
14639183 CCTCATGTCAATTTGTTATCATATAATGGAAAAAGCT-TTTTGGTAATTTCATAAGGATTTTTTA
63 CCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGG-AAAAGATATTTTGGTAATTTCATAAGGATTATTTA
14639247 GT
127 GT
*
14639249 AAATAATTATAAGAAAATGGGCATTTTCATAATTATTTCTTATAATTATGGTATGAGGGCATAAT
1 AAATAATTATAAGAGAA-GGG--------T-A-T-TTTC--ATAATTATGGTATGAGGGCATAA-
* * * * ** * *
14639314 TTAGT---TTTGGCAACATGTCAATTTCATATTATACAACAGAAAAGGTATTTTTGTAATTTCAT
51 -TAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAGATATTTTGGTAATTTCAT
* *
14639376 ATGTGATTATTTGGT
115 AAG-GATTATTTAGT
* * * * * *
14639391 AAATAATTATAAAAGAATGGGTATTTTCATAATTATGGCATAAGGGCACAATACTCAATTTAGCC
1 AAATAATTATAAGAGAA-GGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCC
* * * * *
14639456 ACATGTTAACTTCTTATTATATAATGGAAAAGGTATTTTGATAATTT-ATAAAGGATTATTTAGT
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* * * * *
14639520 AAATAATTATAAGACAA--GTATTTTCATAACTATGGTAGGAGGGCCTAATAGTTC-GTTTGGCC
1 AAATAATTATAAGAGAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAG-TCAATTTGGCC
* * * * * * * *
14639582 ACATGTCATTTTTTTATTATACATTAGG-AAAGGTATTTTGGTAATTTCATAGGGAATTATTTAA
65 ACATGTCAATTTCTTATCATATAAT-GGAAAAGATATTTTGGTAATTTCATAAGG-ATTATTTAG
14639646 T
128 T
* * * * * *
14639647 ACATAATTACAAGAGAATGTGTGTTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGCCAATTT-GAC
1 AAATAATTATAAGAGAA-GGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCC
* * *
14639711 ATCATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAATGGTATTTTGGTAATTTCATAAGGGATTATTTAA
65 A-CATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAGATATTTTGGTAATTTCATAA-GGATTATTTAG
14639776 T
128 T
* * * *
14639777 AAATAATCATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTATGATATTAGGGCATAAGT-GTGAATTTGGC
1 AAATAATTATAAGAG-AAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAA-TAGTCAATTTGGC
* * ** ** ** *
14639841 CATATGTCAATTTCTTATCATGTAATGGAAAAGGCATTTTCATAATTTTTTTCAGGGATTATTTA
64 CACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAGATATTTTGGTAA-TTTCAT-AAGGATTATTTA
*
14639906 CT
127 GT
* * **
14639908 AGATAATTCTAAGAGAATGGGGT-TTTTTGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGC
1 AAATAATTATAAGAGAA--GGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGC
* * * * ** * * * *
14639972 CACTTATCAATATATTATTGTACAATGGAAAGCGA-ATTTTGATAATTTCTTAAAGGATTATTTA
64 CACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAA-AGATATTTTGGTAATTTCAT-AAGGATTATTTA
14640036 GT
127 GT
* * * * *
14640038 AAATAATTATAAAAGAAGGAGAATTTTCATAATTATGGTATAAAGGCATAATAGTCCATTTGGCC
1 AAATAATTATAAGAGAAGG-GTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCC
* ** ** * * *
14640103 ACATGTTAATTTCTTATCATATAATGGAAAAGGCATTTTAAT-ATTTCGTATGAGACTATTTAGT
65 ACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAGATATTTTGGTAATTTCATAAG-GATTATTTAGT
* * * *
14640167 AAATAATTATAAGAGAAAGGGCATTTTCCTAATTATTGTATGAGGGCAGAATAGTC-ATTTGGCC
1 AAATAATTATAAGAG-AAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCC
* * * *
14640231 ACATGTTAACTTT-TTATCATATAATTGAAAAGATATGTTGGTAATTTCATAGGGGATTATTTAG
65 ACATGTCAA-TTTCTTATCATATAATGGAAAAGATATTTTGGTAATTTCATA-AGGATTATTTAG
14640295 T
128 T
* * * * * * *
14640296 AAATAACTATAAGAGAATGAGTATTTTCGTAATTATGGTATGAGGCCTTAATAGTCCATTTGCCC
1 AAATAATTATAAGAGAA-GGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCC
* * * * * ** * * * * *
14640361 ACATGTGAACTTCTTATCATATATTAGAAAGGGCATTTTGATAGTTACACAAGTGACTATTTAGT
65 ACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAGATATTTTGGTAATTTCATAAG-GATTATTTAGT
* * * ** * * *
14640426 AAATAATTATATGAGAAAGGTTATTTTCGTAATTATCATATAAGGGCATAATAGTCAACTTGGCT
1 AAATAATTATAAGAG-AAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCC
* * ** * *** * * *
14640491 TCGTGTCAATTTCCCATCATATAATGGAAATGGCGTTTTGATAATTTCGTGAGGGATTATTTAGT
65 ACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAGATATTTTGGTAATTTCAT-AAGGATTATTTAGT
*
14640556 AGATAAT
1 AAATAAT
14640563 GGAAATGGCA
Statistics
Matches: 1156, Mismatches: 224, Indels: 125
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
126 73 0.06
127 33 0.03
128 69 0.06
129 206 0.18
130 530 0.46
131 126 0.11
132 11 0.01
133 1 0.00
134 1 0.00
136 2 0.00
137 1 0.00
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140 6 0.01
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143 3 0.00
144 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.09, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (128 bp):
AAATAATTATAAGAGAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCA
CATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAAGATATTTTGGTAATTTCATAAGGATTATTTAGT
Found at i:14639947 original size:261 final size:257
Alignment explanation
Indices: 14639290--14640562 Score: 1111
Period size: 261 Copynumber: 4.9 Consensus size: 257
14639280 ATTATTTCTT
* * * * **
14639290 ATAATTATGGTATGAGGGCATAATTTAGT---TTTGGCAACATGTCAATTTCATATTATACAACA
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* * * * *
14639352 GAAAAGGTATTTTTG-TAATTTCATATGTGATTATTTGGTAAATAATTATAAAAGAATGGGTATT
64 GAAAAGGCA-TTTTGAT-ATTTCATA-GGGACTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGGT-TT
* * * * * * * *
14639416 TTCATAATTATGGCATAAGGGCACAATACTCAATTTAGCCACATGTTAACTTCTTATTATATAAT
125 TTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAAT
* * *
14639481 GGAAAAGGTATTTTGATAATTT-ATAAAGGATTATTTAGTAAATAATTATAAGA-CAA--GTATT
190 GGAAAAGGTATTTTGATAATTTCATAAGGGATTATTTAGTAAATAATCATAAGAGAAAGGGTATT
14639542 TTC
255 TTC
* * * * * * * * * *
14639545 ATAACTATGGTAGGAGGGCCTAATAGTTCGTTTGGCCACATGTCATTTTTTTATTATACATTAGG
1 ATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCCATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAAT-GG
* * * * * * *
14639610 -AAAGGTATTTTGGTAATTTCATAGGGAATTATTTAATACATAATTACAAGAGAATGTGTGTTTT
65 AAAAGGCATTTTGAT-ATTTCATAGGG-ACTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGGT-TTTT
* *
14639674 CATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGCCAATTT-GACATCATGTCAATTTCTTATCATATAATG
127 CATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCA-CATGTCAATTTCTTATCATATAATG
* * *
14639738 GAAATGGTATTTTGGTAATTTCATAAGGGATTATTTAATAAATAATCATAAGAGAAAGGGTATTT
191 GAAAAGGTATTTTGATAATTTCATAAGGGATTATTTAGTAAATAATCATAAGAGAAAGGGTATTT
14639803 TC
256 TC
* * ** * *
14639805 ATAATTATGATATTAGGGCATAAGT-GTGAATTTGGCCATATGTCAATTTCTTATCATGTAATGG
1 ATAATTATGGTATGAGGGCATAA-TAGTCCATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGG
* ** * * * *
14639869 AAAAGGCATTTTCATAATTTTTTTCAGGGATTATTTACTAGATAATTCTAAGAGAATGGGGTTTT
65 AAAAGGCATTTTGAT-A-TTTCAT-AGGGACTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAT-GGGTTTT
** * * * * ** *
14639934 TTGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACTTATCAATATATTATTGTACAATG
126 TCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATG
* * * * * *
14639999 G-AAAGCGAATTTTGATAATTTCTTAAAGGATTATTTAGTAAATAATTATAAAAG-AAGGAGAAT
191 GAAAAG-GTATTTTGATAATTTCATAAGGGATTATTTAGTAAATAATCATAAGAGAAAGG-GTAT
14640062 TTTC
254 TTTC
* * *
14640066 ATAATTATGGTATAAAGGCATAATAGTCCATTTGGCCACATGTTAATTTCTTATCATATAATGGA
1 ATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCCATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGA
* * * * * *
14640131 AAAGGCATTTTAATATTTCGTATGAGACTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGCATTTTCC
66 AAAGGCATTTTGATATTTCATA-GGGACTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGG-TTTTTCA
* * * *
14640196 TAATTATTGTATGAGGGCAGAATAGTC-ATTTGGCCACATGTTAACTTT-TTATCATATAATTGA
129 TAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAA-TTTCTTATCATATAATGGA
* * * * * *
14640259 AAAGATATGTTGGTAATTTCATAGGGGATTATTTAGTAAATAA-CTATAAGAGAATGAGTATTTT
193 AAAGGTATTTTGATAATTTCATAAGGGATTATTTAGTAAATAATC-ATAAGAGAAAGGGTATTTT
14640323 C
257 C
* * * * * * * *
14640324 GTAATTATGGTATGAGGCCTTAATAGTCCATTTGCCCACATGTGAACTTCTTATCATATATTAGA
1 ATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCCATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGA
* * * * * * *
14640389 AAGGGCATTTTGATAGTTACACAAGTGACTATTTAGTAAATAATTATATGAGAAAGGTTATTTTC
66 AAAGGCATTTTGATA-TTTCA-TAGGGACTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGGT-TTTTC
* ** * * ** * **
14640454 GTAATTATCATATAAGGGCATAATAGTCAACTTGGCTTCGTGTCAATTTCCCATCATATAATGGA
128 ATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGA
* ** * * *
14640519 AATGGCGTTTTGATAATTTCGTGAGGGATTATTTAGTAGATAAT
193 AAAGGTATTTTGATAATTTCATAAGGGATTATTTAGTAAATAAT
14640563 GGAAATGGCA
Statistics
Matches: 824, Mismatches: 162, Indels: 58
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
253 4 0.00
255 30 0.04
256 143 0.17
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262 10 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.09, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (257 bp):
ATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCCATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGA
AAAGGCATTTTGATATTTCATAGGGACTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAATGGGTTTTTCATA
ATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATGGAAAA
GGTATTTTGATAATTTCATAAGGGATTATTTAGTAAATAATCATAAGAGAAAGGGTATTTTC
Found at i:14640582 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 14640557--14640601 Score: 81
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
14640547 TTATTTAGTA
*
14640557 GATAATGGAAATGGCATTTT
1 GATAATGGAAAAGGCATTTT
14640577 GATAATGGAAAAGGCATTTT
1 GATAATGGAAAAGGCATTTT
14640597 GATAA
1 GATAA
14640602 GAGAATGGGT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 24 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.04, G:0.24, T:0.31
Consensus pattern (20 bp):
GATAATGGAAAAGGCATTTT
Found at i:14641732 original size:129 final size:130
Alignment explanation
Indices: 14640598--14641808 Score: 918
Period size: 130 Copynumber: 9.4 Consensus size: 130
14640588 AGGCATTTTG
* * * ** * *
14640598 ATAAGAGAATGGGTATTTTCATAATGATGGTATGAGGGCGTAATAGTCGTTTTAGCCACATGTCA
1 ATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCCATTTGGCTACATGTCA
* ** * * * * *
14640663 ATTTTTTATCATATAACAGAAAAGGTATTTTGGCAATTTTATATGCGATTATTTGGTAAATAATT
66 ATTTCTTATCATATAATTGAAAAGGTATTTTGGTAATTTCATAGGGGATTATTTAGTAAATAATT
* ** * ** * * * * * * *
14640728 ATAAAAGATTGAGTATTTTTGTAATTATAGTATAAGGGCAAAATTAAAGTCAATTTAGCCACATA
1 ATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAA-T--AGTCCATTTGGCTACATG
* * * * *
14640793 TTAA---CTTATTATGTAATGGAAAAGGTA-TTTGGATAATTTCATATGGGATTATTTAGTAAAT
63 TCAATTTCTTATCATATAATTGAAAAGGTATTTTGG-TAATTTCATAGGGGATTATTTAGTAAAT
*
14640854 TATT
127 AATT
* * ** * * *
14640858 AT-A-AGACA-CGTATTTTTGTAATTATGGTATGAAGACATAATAGTCCATCTGGCTACATGTCA
1 ATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCCATTTGGCTACATGTCA
* *** *
14640920 ATTTCTTATCATAT-ATTGGAAAAGGTATTTTGGTAATTTCAAAGATCATTAGTTAGTAAATAAT
66 ATTTCTTATCATATAATT-GAAAAGGTATTTTGGTAATTTCATAGGGGATTATTTAGTAAATAAT
14640984 T
130 T
* * * * *
14640985 ATAAGAG-ATGGGACATTTTCATAATTATGGTATG-GGGACATAATAGTCAATTTGGGTATATGT
1 ATAAGAGAAAGGG-TATTTTCATAATTATGGTATGAGGG-CATAATAGTCCATTTGGCTACATGT
* * * * *
14641048 TAATTTCTTATCATAT-ATTGGAAAGGGTATTTTGGTAATTTAATAGGCGATTATTTAGTAAAGA
64 CAATTTCTTATCATATAATT-GAAAAGGTATTTTGGTAATTTCATAGGGGATTATTTAGTAAATA
**
14641112 GCT
128 ATT
* * * * * * *
14641115 ATAAGAG-AATGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGGATAATAATTCACTTGTCTACATCTCA
1 ATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCCATTTGGCTACATGTCA
* * * * * *
14641179 ATTTCTTACCATATAA-TGGAAA-GCATTTTAGTAATTTCATAAGTGATTATTTAGTAAATAATT
66 ATTTCTTATCATATAATTGAAAAGGTATTTTGGTAATTTCATAGGGGATTATTTAGTAAATAATT
* * * * * ** *
14641242 ATAAGGGAAGGGGTATTTTCATATTTATCGTAAGAGGGCATAATAGTTGATTTGG-T-CGTATAT
1 ATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCCATTTGGCTAC--ATGT
** **
14641305 CAATTTCTTATCATAT-ATTGGAAAAGACATTTTGGTAATTTCATAGGAAATTATTTAGTAAATA
64 CAATTTCTTATCATATAATT-GAAAAGGTATTTTGGTAATTTCATAGGGGATTATTTAGTAAATA
14641369 ATT
128 ATT
* * ** * * * *
14641372 AAAAGAGATATAGTATTTTCATACTTATGTTATAAGGG-AAAATAGTCCATTTGGCTACATGTCA
1 ATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCCATTTGGCTACATGTCA
* * * ** * * **
14641436 ATTTCTTATGACATAA-TGAAAAGGTCATTTTGGTAATTTCCTAGATGACTATTTAGCAAATTGT
66 ATTTCTTATCATATAATTGAAAAGGT-ATTTTGGTAATTTCATAGGGGATTATTTAGTAAATAAT
14641500 T
130 T
* * * *
14641501 ATAA-A-ACAAGTGGTTTTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAAGTTGGCCACATGT
1 ATAAGAGA-AAG-GGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCCATTTGGCTACATGT
* * * * *
14641564 CAATTTCTTATCATATAATAGAAAGGGAATTTTGTTAATTT-TTAGGGGATTATTTAGTAAATAA
64 CAATTTCTTATCATATAATTGAAAAGGTATTTTGGTAATTTCATAGGGGATTATTTAGTAAATAA
14641628 TT
129 TT
*** ** * * *
14641630 ATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGACAACATAATAGTTTATTTGACCATATGTCA
1 ATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCCATTTGGCTACATGTCA
* ** ** ** * * *
14641695 ATTTCTTATCATATAATTGAAAAGGTGTTTTAATAATTTTTGTAAAGGCTTCTTTAGTATATAAT
66 ATTTCTTATCATATAATTGAAAAGGTATTTTGGTAA-TTTCATAGGGGATTATTTAGTAAATAAT
14641760 T
130 T
* ** * * * * *
14641761 ATAAGAAAAAAAGTATTTTCGTAATTCTAGTATAAAGGCATAATAGTC
1 ATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTC
14641809 AAAAAAAGTA
Statistics
Matches: 849, Mismatches: 198, Indels: 67
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
124 16 0.02
126 4 0.00
127 112 0.13
128 76 0.09
129 249 0.29
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133 18 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (130 bp):
ATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCCATTTGGCTACATGTCA
ATTTCTTATCATATAATTGAAAAGGTATTTTGGTAATTTCATAGGGGATTATTTAGTAAATAATT
Found at i:14641805 original size:131 final size:131
Alignment explanation
Indices: 14640838--14641810 Score: 351
Period size: 129 Copynumber: 7.5 Consensus size: 131
14640828 ATTTCATATG
* * * ** * *
14640838 GGATTATTTAGTAAATTATTATAAG---ACACGTATTTTTGTAATTATGGTATG--AAGACATAA
1 GGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAAAAAAAGTATTTTCATAATTATAGTATGACAAGGCATAA
* * * * * * ** *
14640898 TAGTCCA-TCTGGCTACATGTCAATTTCTTATCATATATTGGAAAAGGTATTTTGGTAA-TTTCA
66 TAGTCAAGT-TGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATAGAAAAGGAATTTTAATAATTTTTA
14640961 AA
130 AA
* * * *** * * *
14640963 GATCATTAGTTAGTAAATAATTATAAG-AGATGGGACATTTTCATAATTATGGTATG---GGGAC
1 G--GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAAAAAAAG-TATTTTCATAATTATAGTATGACAAGG-C
* *** * * * * * * **
14641024 ATAATAGTCAATTTGGGTATATGTTAATTTCTTATCATATATTGGAAAGGGTATTTTGGTAA--T
62 ATAATAGTCAAGTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATAGAAAAGGAATTTTAATAATTT
14641087 TTAATA
127 TTAA-A
* ** * ** * * *
14641093 GGCGATTATTTAGTAAAGAGCTATAAG-AGAATGGTATTTTCATAATTATGGTATG--AGGGGAT
1 -G-GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAAAAAAAGTATTTTCATAATTATAGTATGACAAGGCAT
* * * * * * * * *
14641155 AATAATTC-ACTTGTCTACATCTCAATTTCTTACCATATAAT-GGAAA-GCATTTTAGTAA-TTT
64 AAT-AGTCAAGTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATAGAAAAGGAATTTTAATAATTTT
*
14641216 CATAA
128 TA-AA
** *** * * * *
14641221 GTGATTATTTAGTAAATAATTATAAGGGAAGGGGTATTTTCATATTTATCGTA--AGAGGGCATA
1 G-GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAAAAAAAGTATTTTCATAATTATAGTATGACAAGGCATA
** * ** ** * * * ** *
14641284 ATAGTTGATTTGGTCGTATATCAATTTCTTATCATATATTGGAAAA-GACATTTTGGTAA-TTTC
65 ATAGTCAAGTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATAGAAAAGGA-ATTTTAATAATTTTT
*
14641347 ATA
129 AAA
* * * * * * * *
14641350 GGAAATTATTTAGTAAATAATTAAAAGAGATATAGTATTTTCATACTTAT-GT-T-ATAAGGGAA
1 GG--ATTATTTAGTAAATAATTATAAGAAAAAAAGTATTTTCATAATTATAGTATGACAAGGCAT
* * * * * * * **
14641412 AATAGTCCATTTGGCTACATGTCAATTTCTTATGACATAAT-GAAAAGGTCATTTTGGTAATTTC
64 AATAGTCAAGTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATAGAAAAGG-AATTTTAATAATTT-
* *
14641476 CTAGA
127 TTAAA
* * * ** *** * * *
14641481 TGACTATTTAGCAAATTGTTATAA-AACAAGTGGTTTTTTCATAATTATGGTATG--AGGGCATA
1 GGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAA-AAAAAGTATTTTCATAATTATAGTATGACAAGGCATA
* * **
14641543 ATAGTCAAGTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCATATAATAGAAAGGGAATTTTGTTAATTTTTA
65 ATAGTCAAGTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATAGAAAAGGAATTTTAATAATTTTTA
**
14641608 GG
130 AA
* ** *
14641610 GGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGGGTATTTTCATAATTATGGTATGACAA--CATAA
1 GGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAAAAAAAGTATTTTCATAATTATAGTATGACAAGGCATAA
** * * * **
14641673 TAGTTTATTTGACCATATGTCAATTTCTTATCATATAATTGAAAAGGTGTTTTAATAATTTTTGT
66 TAGTCAAGTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATAGAAAAGGAATTTTAATAA-TTTT-T
14641738 AAA
129 AAA
* * * * *
14641741 GGCTTCTTTAGTATATAATTATAAGAAAAAAAGTATTTTCGTAATTCTAGTAT-A-AAGGCATAA
1 GGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAAAAAAAGTATTTTCATAATTATAGTATGACAAGGCATAA
14641804 TAGTCAA
66 TAGTCAA
14641811 AAAAAGTATT
Statistics
Matches: 659, Mismatches: 151, Indels: 70
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
125 1 0.00
127 55 0.08
128 67 0.10
129 247 0.37
130 220 0.33
131 69 0.10
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (131 bp):
GGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAAAAAAAGTATTTTCATAATTATAGTATGACAAGGCATAA
TAGTCAAGTTGACCACATGTCAATTTCTTATCATATAATAGAAAAGGAATTTTAATAATTTTTAA
A
Found at i:14641823 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 14641766--14641853 Score: 176
Period size: 43 Copynumber: 2.0 Consensus size: 43
14641756 TAATTATAAG
14641766 AAAAAAAGTATTTTCGTAATTCTAGTATAAAGGCATAATAGTC
1 AAAAAAAGTATTTTCGTAATTCTAGTATAAAGGCATAATAGTC
14641809 AAAAAAAGTATTTTCGTAATTCTAGTATAAAGGCATAATAGTC
1 AAAAAAAGTATTTTCGTAATTCTAGTATAAAGGCATAATAGTC
14641852 AA
1 AA
14641854 TTCGACCACA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 45 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (43 bp):
AAAAAAAGTATTTTCGTAATTCTAGTATAAAGGCATAATAGTC
Found at i:14642441 original size:130 final size:130
Alignment explanation
Indices: 14641816--14644571 Score: 2101
Period size: 130 Copynumber: 21.5 Consensus size: 130
14641806 GTCAAAAAAA
* * * * * * * * *
14641816 GTATTTTCGTAATTCTAGTATAAAGGCATAATAGTCAATTCGACCACATGTTAATTTTTTATCAT
1 GTATTTTTGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCAT
* * ** * * ** * *
14641881 ACAATGGAAAAGGTATTTTCATAATTTTATAAAAGATTATTTACCAAATAATTATAAGATAAGGG
66 ATAATGGAAAGGGTATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGG
* * * ** *
14641946 GTGCATTTTTGTAATTATGGTATGAAGGCATAAAAGT-AAATTGGATAACATGTCCATTTCTTAT
1 GT--ATTTTTGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGG-CCACATGTCAATTTCTTAT
* * * *
14642010 CATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCAT-ATA-ATTATTTATTAAATAATTATATGAGAA
63 CATATAATGGAAAGGGTATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAA
*
14642073 ATG
128 AGG
* ** * * * *
14642076 GTAATTTAATAATTATCGTATGAGGGCATAATAGCCAATTTGGCCTCACGTCAATTTCTTATCAT
1 GTATTTTTGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCAT
*
14642141 ATAATGGATAGGGTATTTTGGTAATTTCATATAG-GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAG-AAG
66 ATAATGGAAAGGGTATTTTGGTAATTTCATA-AGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAG
14642204 CG
130 -G
** * * * * * **
14642206 GTATTTTCATAATTATGATATTAGGG-AGAATAATCAATTTGGCCATACATCAA----TT-TC-T
1 GTATTTTTGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCAT
* * * * *
14642264 -TAATGGAAAGGGCT-TTTTGGGAAATTCATGAG-GAATTTTTTAGTAAATAATTATAATAGAAA
66 ATAATGGAAAGGG-TATTTTGGTAATTTCATAAGAG-ATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAA
14642326 GG
129 GG
* * *
14642328 GTATTTTTGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAGCCAATTTGACCTCATGTCAATTTCTTATCAT
1 GTATTTTTGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCAT
* * *
14642393 ATAATGGAAATGGTATTTTGGTAATTTCATACGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAGGG
66 ATAATGGAAAGGGTATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGG
* * * * *
14642458 GTATTTTCT-TAGTTATGATATTAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATATCAATTTATTATCA
1 GTATTTT-TGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCA
* * * * *
14642522 TATAATGAAAAGGGCATTTTGGTAATTTTC-TCAAG-GATTATTTACTAAATAATTAGAAGGGAA
65 TATAATGGAAAGGGTATTTTGGTAA-TTTCAT-AAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAA
*
14642585 TGG
128 AGG
* ** *
14642588 GTATTTTTGTAAGTATGGTATGAGAACATAATAGTCAATTTGGCCACATGT-AAATTCTTATCAT
1 GTATTTTTGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCAT
* * ** * * * * * * * *
14642652 ACAATGGAAACGAAATTTTGGTAGTTTCTTAGGGGATTATTTAG-AAATAGTTGTAAAAGAAGGG
66 ATAATGGAAAGGGTATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGG
* ** * * *
14642716 GAATTTTAATAATTATGGTATGAAGGCATAAAAGTCATTTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCAT
1 GTATTTTTGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCAT
* * * ** * *
14642781 GTAATGGAAAAGGCATTTTCAT-ATTTCATAAGCA-ACTATTTAGTAAATAACTATAAGAGATAA
66 ATAATGGAAAGGGTATTTTGGTAATTTCATAAG-AGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGA-AA
14642844 -G
129 GG
** * * * * * * *
14642845 GTATTTTACTAATTATTGTATGAAGGTAGAATAGTAAATTTGGCCACATG-CTAACTTGTTATCA
1 GTATTTTTGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTC-AATTTCTTATCA
* * * * *
14642909 TATAATGGAAAAGGTATTTTGGTAAATTCATAAG-GATTTTTTAGTAAATAATTATAATAGAATG
65 TATAATGGAAAGGGTATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAG
*
14642973 A
130 G
* * * * *
14642974 GTATTTTTGCAATTATAGTATGAGGGCATAATAGTCCATTTGCCCACATGTAAATTTCTTATCAT
1 GTATTTTTGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCAT
* * * ** *
14643039 ATATTGGAAAGGGTATTTTGGTAGTTTCATAGGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGTCAATGG
66 ATAATGGAAAGGGTATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAGG
* ** * * * * ** *
14643104 ATATTTTAATAGTTATGGTGTGAGTGTATAATAGTCGTTTTGGTCACATGTCAATTTCTTATCAT
1 GTATTTTTGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCAT
* * * * * * * *
14643169 ATAGCA-GAAAATGGCATTTTGGGAATTTCATATGCGATTATTTGGTAAATGA-T-T--------
66 ATA--ATGGAAAGGGTATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAA
14643223 --
129 GG
* ** * * * * * * * *
14643223 GTCTTTTCCTAATTATGGCATAAGGGCACAATAGTCTATTTAGCCACATGTTAACTTCTTATTAT
1 GTATTTTTGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCAT
** ** * *
14643288 ATAATGGAAAATGTATTTTTATAATTAT-ATAAG-GAATTA-TT--TAAATAAGTATAAGA-CAA
66 ATAATGGAAAGGGTATTTTGGTAATT-TCATAAGAG-ATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAA
14643347 --
129 GG
* * * * * * * * *
14643347 TTATTTTCGTAATTATGGTATGAGCGCATAGTAGCCCATTTTGCCATATGTCAATTTCTTATTAT
1 GTATTTTTGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCAT
* * * * * * *
14643412 ATATTGGAAATGTTATTTTGATCATTTCATAGGGGGGATTATTTAGTAAATAATTATAAGA-AAA
66 ATAATGGAAAGGGTATTTTGGTAATTTCATA--AGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAA
14643476 GG
129 GG
** * * *
14643478 GTATTTTCATAATTATGGTATGAGAGCATAATA-CCTAATTTGGCCTCATGTCAATTTCTTATCA
1 GTATTTTTGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTC-AATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCA
*
14643542 TATAATGGAAAGAGTATTTTGGTAATTTCATAA-AGGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAA
65 TATAATGGAAAGGGTATTTTGGTAATTTCATAAGA-GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAA
14643606 GG
129 GG
* ** * * * * *
14643608 GTATCTTCATAATTATGATATTAAGGCATAATAGTCAACTTGGTCACATGTCAATTTCTTATCAT
1 GTATTTTTGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCAT
* ** ** * ** * *
14643673 ATAATGGAAAAAGGGCATTTTAATAATTTTTTTTAGA-ATTATTTACAAAATAATTAGAAGAGGA
66 ATAATGG--AAAGGGTATTTTGGTAA-TTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAA
*
14643737 ATG
128 AGG
* * *** * *
14643740 CTATTTTTTTAATTATGGTATGAAAACATAATAGTTAATTTGGCCACATGTCAA-ATCTTATCAT
1 GTATTTTTGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCAT
* * *
14643804 -TCAATGGAAAGGGAATTTTGGTAATTTC-TTAGGGAATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAA
66 AT-AATGGAAAGGGTATTTTGGTAATTTCATAAGAG-ATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAA
14643867 -G
129 GG
** * * **
14643868 CAAATTTTGATAATTATGGAATGAAAGCATAATAGTCAATTTGGCCACATG-CAATTTCTTATCA
1 GTATTTTTG-TAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCA
* * ** * *
14643932 TGTAATGGAAAGGGCATTTTCAT-ATTTCAT-AGATGACTATTTCGTAAATAATTATAAGAGAAA
65 TATAATGGAAAGGGTATTTTGGTAATTTCATAAGA-GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAA
**
14643995 AT
129 GG
* * * * * * * *
14643997 GTATTTTAGTAATTACT-GTATGAAGGTAGAAGAGTCAATTTGACCACATGTTAACTTCTTATCA
1 GTATTTTTGTAATTA-TGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCA
* * * * * * *
14644061 TATAATGGAAAGGGTATCTCGATAAATTCATAAGGGATTATTTAGTAAATAATTATAATAGAATG
65 TATAATGGAAAGGGTATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAG
*
14644126 A
130 G
* * * * * *
14644127 GTATTTTCGTAATTATAGTATAAGGGCATAATAGTCCATTTTGCCTACATGT-AAATTCTTATCA
1 GTATTTTTGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCC-ACATGTCAATTTCTTATCA
* * * * *
14644191 TAT-ATAGGAAAAGGTATTTTGGTAGTTTAATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGTATAT
65 TATAAT-GGAAAGGGTATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAG-AGAA
14644255 A-G
128 AGG
** * *** *
14644257 GTATTTTCATAATTATGGTATGATGGCATAATAGTTGTTTTGGCCATAT-T-AATTT-TCTATCA
1 GTATTTTTGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCT-TATCA
* * * * * * * *
14644319 TAAAACGGAAAAGGCATTTTGGTAATTTCATATGCGATTATTTGGTAAATAATTATAA-ATGATT
65 TATAATGGAAAGGGTATTTTGGTAATTTCATAAGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGA-GA-A
14644383 A-G
128 AGG
* * * * ** * * * * *
14644385 GTCTTTTCT-TAATTATGGCATAAGGGCAAAATAGTTGATTTAGCCACATATTAACTTCTTATTA
1 GTATTTT-TGTAATTATGGTATGAGGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCA
** * *
14644449 TATAATGGAAAATGTATTTTGATAA-TTCTATAAG-GAATTATTTAGTAAATAATTATAAGA-CA
65 TATAATGGAAAGGGTATTTTGGTAATTTC-ATAAGAG-ATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAA
14644511 A--
128 AGG
* * * *
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*
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * * *
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130 GTATTTTCATAATTATGGTATGAAGGCATAAAAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTTATCAT
* * * * *
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256 GG
* * * * *
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* * *
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* * ** * * *
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257 G
* * * * ** * *
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* * * * *
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*** * * * * * *
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* * ** *
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* * * * * * ** *
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*** * * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * ** * *
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254 AAGG
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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252 GAAAGG
* * * * * *
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* ** ** * * ** *
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* * ** ** * * *
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* *
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*
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** * * *
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* * * ** * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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192 CATATAATGGAAAGGGCATTTTGGT-ATTTCAT-AGGAATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAA
* *
14644124 TGA
255 AGG
* * * *
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* * *
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* * *** *
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125 A-AGGGGTATTTTCATAATTATGGTATGAAGGCATAAAAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCT
* * * *
14644313 CTATCATAAAACGGAAAAGGCATTTTGGTAATTTCATATGCG-ATTATTTGGTAAATAATTATAA
189 -TATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGT-ATTTCATA-G-GAATTATTTAGTAAATAATTATAA
*
14644377 -ATGATTA-G
250 GA-GA-AAGG
* ** * * *** * * * * *
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* * *
14644449 TATAATGGAAAATGTATTTTGATAA-TTCTATAAGGAATTATTTAGTAAATAATTATAAGACAA-
65 TATAATGGAAAAGGTATTTTGGTAATTTC-ATAAGG-ATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAG
** * * * *
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128 GGGTATTTTCATAATTATGGTATGAAG-GCATAAAAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCTT
14644572 CGAAGATGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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* * * * * * *
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* ** ** **
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* ** * * ** *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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*
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* * * * * * * * * ** *
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* * * * * * *
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** * * *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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376 AAT
* * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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250 AAAAGGTATTTTA-TAATTA-TGTAT-AAGGCAAAATAGTCAATTTGACCACATGTTAACTTCTT
* * *
14642905 ATCATATAATGGAAAAGGTATTTTGGTAAATTCATAAGG-ATTTTTTAGTAAATAATTATAATAG
312 ATCATATAATGGAAAAGGTATTTTGAT-AATTCATAAGGAATTATTTAGTAAATAATTATAAGAG
14642969 AAT
376 AAT
* * * * *
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* * *
14643035 TCATATATTGGAAAGGGTATTTTGGTAGTTTCAT-AGGAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGTC
62 TCATATATAGGAAAAGGTATTTTGGTA-TTT-ATAAGG-GATTATTTAGTAAATAATTATAAG-A
* * * * * ** *
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123 AAAGG-TATTTTCATAATTATGGTATGAG-GCATAATAGTCAATTTGGCCACATG-CAATTTCTT
* * * * *
14643164 ATCATATAGCA-GAAAATGGCATTTTGGGAATTTCATATG-CGATTATTTGGTAAATGA-T-T--
185 ATCATATA--ATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATA-GACGATTATTTAGTAAATAATTATAA
* * * * *
14643223 --------GTCTTTTCCTAATTATGGCATAAGGGCACAATAGTCTATTT-AGCCACATGTTAACT
247 GAGAAAAGGTATTTT-ATAATTAT-GTATAA-GGCAAAATAGTCAATTTGA-CCACATGTTAACT
* * * * *
14643279 TCTTATTATATAATGGAAAATGTATTTTTATAATTATATAAGGAATTA-TT--TAAATAAGTATA
308 TCTTATCATATAATGGAAAAGGTATTTTGATAATT-CATAAGGAATTATTTAGTAAATAATTATA
*
14643341 AGACAAT
372 AGAGAAT
* * * * * * *
14643348 -TATTTTCGTAATTATGGTATGAGCGCATAGTAGCCCATTTTGCCATATGTCAATTTCTTATTAT
1 GTATTTTCGTAATTATGGTATAAGAGCATAATAGTCCATTTTGCCACATGTCAAATTCTTATCAT
* * * * *
14643412 ATATTGGAAATGTTATTTTGATCATTTCATAGGGGGGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAAAAG
66 ATATAGGAAAAGGTATTTTGGT-ATTT-ATA--AGGGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAAAA-
* *
14643477 GGTATTTTCATAATTATGGTATGAGAGCATAATA-CCTAATTTGGCCTCATGTCAATTTCTTATC
126 GGTATTTTCATAATTATGGTATGAG-GCATAATAGTC-AATTTGGCCACATG-CAATTTCTTATC
* * * *
14643541 ATATAATGGAAAGAGTATTTTGGTAATTTCATAAAGGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAA
188 ATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATAGACGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAA
* * * * ** * *
14643606 GGGTATCTTCATAATTATGATATTAAGGCATAATAGTCAACTTGGTCACATGTCAATTTCTTATC
253 AGGTAT-TTTATAATTATG-TA-TAAGGCAAAATAGTCAATTTGACCACATGTTAACTTCTTATC
* * ** * ** *
14643671 ATATAATGGAAAAAGGGCATTTTAATAATTTTTTTTA-GAATTATTTACAAAATAATTAGAAGAG
315 ATATAATGG-AAAA-GGTATTTTGATAA--TTCATAAGGAATTATTTAGTAAATAATTATAAGA-
14643735 GAAT
375 GAAT
** * ** *
14643739 GCTATTTTTTTAATTATGGTATGAA-AACATAATAGTTAATTTGGCCACATGTCAAA-TCTTATC
1 G-TATTTTCGTAATTATGGTAT-AAGAGCATAATAGTCCATTTTGCCACATGTCAAATTCTTATC
* * * *
14643802 AT-TCA-ATGGAAAGGGAATTTTGGTAATTTCTTAGGGAATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGA
64 ATAT-ATA-GGAAAAGGTATTTTGGT-ATTTATAAGGG-ATTATTTAGTAAATAATTATAAGA-A
** * * *
14643865 AAGCAAATTTTGATAATTATGGAATGAAAGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGCAATTTCTTAT
124 AAG-GTATTTTCATAATTATGGTATG-AGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGCAATTTCTTAT
* ** * * *
14643930 CATGTAATGGAAAGGGCATTTTCAT-ATTTCATAGATGACTATTTCGTAAATAATTATAAGAGAA
187 CATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATAGACGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAA
* * * *
14643994 AATGTATTTTAGTAATTACTGTATGAAGGTAGAAGAGTCAATTTGACCACATGTTAACTTCTTAT
252 AAGGTATTTTA-TAATTA-TGTAT-AAGGCAAAATAGTCAATTTGACCACATGTTAACTTCTTAT
* * * * *
14644059 CATATAATGGAAAGGGTATCTCGATAAATTCATAAGGGATTATTTAGTAAATAATTATAATAGAA
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14644124 T
378 T
* *
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*
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* *** * *
14644254 TAGGTATTTTCATAATTATGGTATGATGGCATAATAGTTGTTTTGGCCATAT-TAATTT-TCTAT
124 AAGGTATTTTCATAATTATGGTATGA-GGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGCAATTTCT-TAT
* * * *
14644317 CATAAAACGGAAAAGGCATTTTGGTAATTTCATATG-CGATTATTTGGTAAATAATTATAA-ATG
187 CATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATA-GACGATTATTTAGTAAATAATTATAAGA-G
** * * * ** *
14644380 ATTAGGTCTTTTCTTAATTATGGCATAAGGGCAAAATAGTTGATTT-AGCCACATATTAACTTCT
250 AAAAGGTATTTT-ATAATTAT-GTATAA-GGCAAAATAGTCAATTTGA-CCACATGTTAACTTCT
* *
14644444 TATTATATAATGGAAAATGTATTTTGATAATTCTATAAGGAATTATTTAGTAAATAATTATAAGA
311 TATCATATAATGGAAAAGGTATTTTGATAATTC-ATAAGGAATTATTTAGTAAATAATTATAAGA
*
14644509 CAA-
375 GAAT
* * * *
14644512 GTATTTTTGTAATTATGGTATGAGAGCATAATAGTCCATTTTGCCGCATGTCAATTTCTTCGAAG
1 GTATTTTCGTAATTATGGTATAAGAGCATAATAGTCCATTTTGCCACATGTCAAATTCTT-----
* * * * ** * * * *
14644577 ATGATTATTTA-GAAAA--TA-ATT-ATA-AGAGAAGGGTATT-TTT-GT-AGTTATTATATG--
61 ATCA-TATATAGGAAAAGGTATTTTGGTATTTATAAGGG-ATTATTTAGTAAATAATTATAAGAA
* * * * * * * * * * *
14644631 AGGGCA---TGATAGTCTCT--T-TG-GTC-T-CTTGTTAATTT--CTTAC---C-ATATAC-T-
124 AAGGTATTTTCATAAT-TATGGTATGAGGCATAATAGTCAATTTGGC-CACATGCAAT-TTCTTA
** *** * * * * * *
14644679 GGA-A-AA-GG-AA-TTT----TGCTAATTTTATAGGGC-ATTATATAGTAAATAATTATAAAAT
186 TCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATA-GACGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAG
* * * * * *
14644734 AAAAGGGCATTTTCATAATTATGGTATGATGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGTCAATTTCT
250 AAAA-GGTATTTT-ATAATTAT-GTAT-AAGGCAAAATAGTCAATTTGACCACATGTTAACTTCT
* * * * ** * *
14644799 TATCCTATAA--GAAAAGGGCATTTTGGTAATACCAT-AGGGGTTAATTTACTAAATAATTACAA
311 TATCATATAATGGAAAA-GGTATTTTGATAAT-TCATAAGGAATT-ATTTAGTAAATAATTATAA
* *
14644861 TAGAAGGG
373 GAGAA--T
* * * * * ** *
14644869 GTATTTTCATAATTATGGTATGAGAACATAATAGT-AAATTTGACCACATGTCAGTTTCTTACCA
1 GTATTTTCGTAATTATGGTATAAGAGCATAATAGTCCATTTTG-CCACATGTCAAATTCTTATCA
** * ** * *
14644933 TATA-ATTAAAGGGGTATTTTCATAATTT-TAAAGGAGATTATTTAGTAAACAATTATAAGAGAA
65 TATATAGGAAA-AGGTATTTTGGT-ATTTAT-AAGG-GATTATTTAGTAAATAATTATAAGAAAA
* * * * * *
14644996 GGAATATTTTCGTAATTATGGTATGAGGGAATAACAATCAATTTGGCCACATGTAAATTTTTTAT
126 GG--TATTTTCATAATTATGGTATGA-GGCATAATAGTCAATTTGGCCACATG-CAATTTCTTAT
* * * * * *
14645061 CATATAAT-GAAAAGGCATTTTGGTAGTGTCATA-AGGGATAATTTAGTAAATAATTATAAAAGA
187 CATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATAGA-CGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGA
* ** * * * *
14645124 ATAGGTATTTT-TGAAATTATGGTATAAGAGCGTAATAGTCAAATTGATCACATG-TCAGTTCCT
251 AAAGGTATTTTAT--AATTAT-GTATAAG-GCAAAATAGTCAATTTGACCACATGTTAACTT-CT
** * * * *
14645187 TA-CTATATAATGGAAGGGGTATTTTCATAATTTCA-GAGAAGATTATTTAATAAATAATTATAA
311 TATC-ATATAATGGAAAAGGTATTTTGATAA-TTCATAAGGA-ATTATTTAGTAAATAATTATAA
*
14645250 GTGAAT
373 GAGAAT
** * * * * *
14645256 AGGTATTTTAATAATTATGGTATGAA-AGCATTATAATCCATTTGGCCATATGTCAATTTCTTAT
1 --GTATTTTCGTAATTATGGTAT-AAGAGCATAATAGTCCATTTTGCCACATGTCAAATTCTTAT
* * * *
14645320 CATATAATA-GAAAAAGCATTTTTGTAATTT-TCATAGGTGATTATTTAGAAAATAATTATAAGA
63 CATAT-ATAGGAAAAGGTATTTTGGT-ATTTAT-A-AGG-GATTATTTAGTAAATAATTATAAGA
* * * * * *
14645383 GAATGAGTTTTTTCGGTAATTATGGTATGAGGGCATAATACTCCATTTGGCCATATGCCAATTTC
123 -AAAG-GTATTTTC-ATAATTATGGTATGA-GGCATAATAGTCAATTTGGCCACATG-CAATTTC
* ** ** ** * * *
14645448 TTATCATATACTACAAAGGTTATTTTTCTATTTTCATTAG-GGATTATTGAGT-AATAATTATAA
183 TTATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCA-TAGACGATTATTTAGTAAATAATTATAA
** * * * *
14645511 GAGAATGGGTATTTTAATAATTATGATATAAGGGCATAATAGTCAATTTGATCACATGTCAATTT
247 GAGAAAAGGTATTTT-ATAATTATG-TATAA-GGCAAAATAGTCAATTTGACCACATGTTAACTT
* * * * * ** * * *
14645576 CTTGTTATATAAT-AAAAAGAGCATTTTGGTAATTTTGTCAAAG-ATAATTTTG-ATAATAATTA
309 CTTATCATATAATGGAAAAG-GTATTTTGATAA-TTCAT-AAGGAATTATTTAGTA-AATAATTA
14645638 TAAGAGAAGGT
370 TAAGAGAA--T
* * * *
14645649 GTATTTTCATAATTATGGT-T-TGAG-------G--------G-CATAT-T-AATTTCTTATCAT
1 GTATTTTCGTAATTATGGTATAAGAGCATAATAGTCCATTTTGCCACATGTCAAATTCTTATCAT
* * * * ** * * *
14645694 ATA-ATGAGAGGGTATTGTCATAATTTCAT-TGGAAATTATTTAGCAAATAATTATAAGAGAATA
66 ATATAGGAAAAGGTATTTTGGT-ATTT-ATAAGG-GATTATTTAGTAAATAATTATAAGA-AA-A
* * * * *
14645757 GGTATTTTCATAATTATGGCATACAGGCATAATAGTCTATTTGGCCATATGTCAATTTCTTATTA
126 GGTATTTTCATAATTATGGTAT-GAGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATG-CAATTTCTTATCA
* * * * * * * * *
14645822 TATAATGGAAATGGCATTTTGGTAACTTAATAAATGATTATTTAGCAAAGAATTATAAAAGAAAG
189 TATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATAGACGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAA
** * * * * * * * * * *
14645887 GAGTATTTCCGTAATTACGATACGAAGGGAAAATAGTCTACTTGGCCACATGTCAATTTTTTATA
254 G-GTATTT-TATAATTATG-TA-TAAGGCAAAATAGTCAATTTGACCACATGTTAACTTCTTATC
* **** * * *
14645952 ATATAATAGAAACTCCATTTT-ATTAATTGCAT-AGGTGATTATTTAGTAAATAATTATAAAAAA
315 ATATAATGGAAAAGGTATTTTGA-TAATT-CATAAGG-AATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGA
14646015 AT
377 AT
* * * ** * * *
14646017 GAGTATTTTTAG-AATTATGGTAAGAAG-GCATAAAAGTTGATTTAGACACATATC-AA---TT-
1 --GTA-TTTTCGTAATTATGGT-ATAAGAGCATAATAGTCCATTTTGCCACATGTCAAATTCTTA
* * * * * * * *
14646075 TC-T-TA-A--CATA---ATTTT-G------TAGGGGATTTTTTAATAAATAATTATAACAGATG
62 TCATATATAGGAAAAGGTATTTTGGTATTTATAAGGGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAAAAG
* * * * * * *
14646125 TATTATTTTCATAGTTATGTTATGAGGAAATAATAGTCCATTTGGCTACATTTCAATTTCTTATC
127 --GTATTTTCATAATTATGGTATGAGG-CATAATAGTCAATTTGGCCACA-TGCAATTTCTTATC
* * * ** * *
14646190 ATATAATGGGAATGTCA-TTTGCAAATTTCCTAGGCGATTATTTTAGTAAATAATTATAAGAGAA
188 ATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATAGACGATTA-TTTAGTAAATAATTATAAGAGAA
* * * * * * * * * *
14646254 AGGGTATTTTCGTTATTACGGTATAAGGGCATAATAGTTAATTTGGCCATATGTCAATTTCTTAT
252 AAGGTATTTT-ATAATTA-TGTATAA-GGCAAAATAGTCAATTTGACCACATGTTAACTTCTTAT
* ** * * * * ** * *
14646319 CATATAATGGAAATGAAATTTTGGTAATTTCTTAGGGGATTATTTAGTAAATAAAAAGAAGAAAA
314 CATATAATGGAAAAGGTATTTTGATAA-TTCATAAGGAATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAA
*
14646384 GGG
378 --T
* * * * * * * * *
14646387 GTATTTTCATAATTATGATATAAGGGCATAATAGTCTA-TTTGACCATATTTCAATTTCATATTA
1 GTATTTTCGTAATTATGGTATAAGAGCATAATAGTCCATTTTG-CCACATGTCAAATTCTTATCA
** * * * * *
14646451 TATA-ATGGAAAAAAATGTTTTAGTAATTTCTTGAA-GGCTAATTTAGTAAATAATTATAA-AAA
65 TATATA-GG-AAAAGGTATTTTGGT-ATTT-AT-AAGGGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAAA
* ** * * * ** * * *
14646513 GGGTATTTTTGTAATTATAGTATAAAGACATAATAGTCAATTTTACCATATGTCTATTTCTTTTC
125 AGGTATTTTCATAATTATGGTAT-GAGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATG-CAATTTCTTATC
* * *
14646578 ATATAATGGGAAA-GGAATTTTCGTAATTTCATA-ATAGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAG-
188 ATATAAT-GGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATAGA-CGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGA
** * * * * * * * *
14646640 ATGGGATATATTTTCATAATTACGGTATGAGG-ATATAATAATCAATTTTACAATATGTCAATTT
251 AAAGG---TATTTT-ATAATTA-TGTATAAGGCA-A-AATAGTCAATTTGACCACATGTTAACTT
* * * *
14646704 CTTAT-ATATAATGGAAAGGGTATTTTCATAATTTAGT-AGGAGATTATTTAATAAATAATTATA
309 CTTATCATATAATGGAAAAGGTATTTTGATAATTCA-TAAGGA-ATTATTTAGTAAATAATTATA
14646767 AGAGAAGT
372 AGAGAA-T
* * * * * *
14646775 GGTATTTTCATAGTTATGGTATGAGGGCATAATAGTCCA-TTTGACCACATCTCAATTTCTTATC
1 -GTATTTTCGTAATTATGGTATAAGAGCATAATAGTCCATTTTG-CCACATGTCAAATTCTTATC
* * * * * *
14646839 ATATA-ATGGAAAA-GTCGTTTTGGTATTTTCTTATA-GGCTTCTTTAAT-AATGATTATAAGAG
64 ATATATA-GGAAAAGGT-ATTTTGGTA-TTT-ATA-AGGGATTATTTAGTAAATAATTATAAGA-
* * * * ** *
14646900 AAAGGGTATTTT-AGTAATTCTGGTATGAAGGCTTAAAAGTCAGTTTGATCACATGTCAATTTTT
123 AAA-GGTATTTTCA-TAATTATGGTATG-AGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATG-CAATTTCT
* * * ** * * * *
14646964 TATCATATAATGAAAATGGTATTTTCATAATTTCTTAGGA-GTTTATTTAGTAAATAGTCATAA-
184 TATCATATAATGGAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATA-GACGATTATTTAGTAAATAATTATAAG
* * * * * **
14647027 A-AAAGGGTTATAATTTTGTAATTATGGTATAAAGACATAATAGTCAA-TTGCACAACATGTCCA
248 AGAAAAGG---T-ATTTTATAATTAT-GTAT-AAGGCAAAATAGTCAATTTG-ACCACATGTTAA
* * ** * * *
14647090 -TGTCTTATTATATAAT-GAAAATGGTATTTTGGTAATTTTTTAGGAGATTATATGGTAAATAAT
306 CT-TCTTATCATATAATGGAAAA-GGTATTTTGATAATTCATAAGGA-ATTATTTAGTAAATAAT
*
14647153 TATAAGAGAAGG
368 TATAAGAGAA-T
** * * * * * * *
14647165 GATATTTTTATAATTATGGTTTGATG-GCATAATAATCCCTTTCGCCACATGTTAATTTCTTATC
1 G-TATTTTCGTAATTATGGTAT-AAGAGCATAATAGTCCATTTTGCCACATGTCAAATTCTTATC
14647229 ATATA
64 ATATA
14647234 ATGTTATGAA
Statistics
Matches: 3836, Mismatches: 834, Indels: 716
0.71 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
350 1 0.00
351 6 0.00
352 2 0.00
353 10 0.00
354 69 0.02
355 58 0.02
356 8 0.00
357 48 0.01
358 7 0.00
359 6 0.00
360 4 0.00
361 10 0.00
362 1 0.00
363 4 0.00
364 3 0.00
365 2 0.00
366 1 0.00
367 19 0.00
368 225 0.06
369 168 0.04
370 119 0.03
371 25 0.01
372 8 0.00
373 118 0.03
374 78 0.02
375 34 0.01
376 19 0.00
377 10 0.00
378 78 0.02
379 8 0.00
380 79 0.02
381 24 0.01
382 182 0.05
383 48 0.01
384 19 0.00
385 108 0.03
386 106 0.03
387 296 0.08
388 563 0.15
389 475 0.12
390 428 0.11
391 253 0.07
392 60 0.02
393 45 0.01
394 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (378 bp):
GTATTTTCGTAATTATGGTATAAGAGCATAATAGTCCATTTTGCCACATGTCAAATTCTTATCAT
ATATAGGAAAAGGTATTTTGGTATTTATAAGGGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAAAAGGTAT
TTTCATAATTATGGTATGAGGCATAATAGTCAATTTGGCCACATGCAATTTCTTATCATATAATG
GAAAGGGCATTTTGGTAATTTCATAGACGATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAAAGGTATTT
TATAATTATGTATAAGGCAAAATAGTCAATTTGACCACATGTTAACTTCTTATCATATAATGGAA
AAGGTATTTTGATAATTCATAAGGAATTATTTAGTAAATAATTATAAGAGAAT
Done.