Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_019167982.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_24, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 18142777
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.34

Warning! 63000 characters in sequence are not A, C, G, or T


File 67 of 84

Found at i:14785132 original size:5 final size:5

Alignment explanation

Indices: 14785122--14785148 Score: 54 Period size: 5 Copynumber: 5.4 Consensus size: 5 14785112 GTGCCCTCGT 14785122 TTGCC TTGCC TTGCC TTGCC TTGCC TT 1 TTGCC TTGCC TTGCC TTGCC TTGCC TT 14785149 CTCTCTATCT Statistics Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 5 22 1.00 ACGTcount: A:0.00, C:0.37, G:0.19, T:0.44 Consensus pattern (5 bp): TTGCC Found at i:14785248 original size:5 final size:5 Alignment explanation

Indices: 14785238--14785262 Score: 50 Period size: 5 Copynumber: 5.0 Consensus size: 5 14785228 TTTTAAGCAG 14785238 TTATA TTATA TTATA TTATA TTATA 1 TTATA TTATA TTATA TTATA TTATA 14785263 CCAAGGCATT Statistics Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 5 20 1.00 ACGTcount: A:0.40, C:0.00, G:0.00, T:0.60 Consensus pattern (5 bp): TTATA Found at i:14785725 original size:19 final size:20 Alignment explanation

Indices: 14785703--14785744 Score: 54 Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 14785693 TAAAAAAATA 14785703 AAAAAT-ATAA-ATATTTTTT 1 AAAAATAATAAGA-ATTTTTT 14785722 -AAAATAATAAGAATTTTTT 1 AAAAATAATAAGAATTTTTT 14785741 AAAA 1 AAAA 14785745 TTATTAAAAA Statistics Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 5 0.80 0.00 0.20 Matches are distributed among these distances: 18 5 0.25 19 11 0.55 20 4 0.20 ACGTcount: A:0.57, C:0.00, G:0.02, T:0.40 Consensus pattern (20 bp): AAAAATAATAAGAATTTTTT Found at i:14785868 original size:26 final size:27 Alignment explanation

Indices: 14785835--14785886 Score: 88 Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27 14785825 AGAATTTCTT 14785835 AAATTCTAAAAATTAAAAAA-ATAATA 1 AAATTCTAAAAATTAAAAAATATAATA * 14785861 AAATTCTAGAAATTAAAAAATATAAT 1 AAATTCTAAAAATTAAAAAATATAAT 14785887 TTTTTTTCAA Statistics Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 1 0.92 0.04 0.04 Matches are distributed among these distances: 26 19 0.79 27 5 0.21 ACGTcount: A:0.65, C:0.04, G:0.02, T:0.29 Consensus pattern (27 bp): AAATTCTAAAAATTAAAAAATATAATA Found at i:14785918 original size:20 final size:19 Alignment explanation

Indices: 14785875--14785925 Score: 66 Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19 14785865 TCTAGAAATT * * 14785875 AAAAAATATAATTTTTTTT 1 AAAAAATCTAATTTTTTTA * 14785894 CAAAAATCTAATTTTTTTA 1 AAAAAATCTAATTTTTTTA 14785913 AAAAAATTCTAAT 1 AAAAAA-TCTAAT 14785926 AAAAAATCTA Statistics Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 1 0.84 0.12 0.03 Matches are distributed among these distances: 19 21 0.78 20 6 0.22 ACGTcount: A:0.49, C:0.06, G:0.00, T:0.45 Consensus pattern (19 bp): AAAAAATCTAATTTTTTTA Found at i:14785952 original size:21 final size:21 Alignment explanation

Indices: 14785913--14785958 Score: 58 Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21 14785903 AATTTTTTTA 14785913 AAAAAATTCTAATAAAAAATCT 1 AAAAAATTCTAATAAAAAAT-T * * 14785935 AAAAAATT-TCATACAAAATT 1 AAAAAATTCTAATAAAAAATT 14785955 AAAA 1 AAAA 14785959 TTAAAAAAAT Statistics Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2 0.85 0.08 0.08 Matches are distributed among these distances: 20 5 0.23 21 9 0.41 22 8 0.36 ACGTcount: A:0.65, C:0.09, G:0.00, T:0.26 Consensus pattern (21 bp): AAAAAATTCTAATAAAAAATT Found at i:14786384 original size:20 final size:19 Alignment explanation

Indices: 14786338--14786373 Score: 65 Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19 14786328 TGTTTTCAAT 14786338 TTTTTTAATTTTTCATAAA 1 TTTTTTAATTTTTCATAAA 14786357 TTTTTTAATTTTT-ATAA 1 TTTTTTAATTTTTCATAA 14786374 TTGCTTTTTA Statistics Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 1 0.94 0.00 0.06 Matches are distributed among these distances: 18 4 0.24 19 13 0.76 ACGTcount: A:0.31, C:0.03, G:0.00, T:0.67 Consensus pattern (19 bp): TTTTTTAATTTTTCATAAA Found at i:14786433 original size:27 final size:26 Alignment explanation

Indices: 14786403--14786458 Score: 71 Period size: 27 Copynumber: 2.1 Consensus size: 26 14786393 GATTTTTCAA 14786403 AAATTTT-AATCATTTTAGGAT-TTTTTT 1 AAATTTTAAAT-ATTTTA--ATATTTTTT 14786430 AAATTTTAAATATTTTAATATTTTTT 1 AAATTTTAAATATTTTAATATTTTTT 14786456 AAA 1 AAA 14786459 AAAATTTAAT Statistics Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 5 0.84 0.00 0.16 Matches are distributed among these distances: 25 2 0.07 26 9 0.33 27 13 0.48 28 3 0.11 ACGTcount: A:0.38, C:0.02, G:0.04, T:0.57 Consensus pattern (26 bp): AAATTTTAAATATTTTAATATTTTTT Found at i:14787848 original size:16 final size:17 Alignment explanation

Indices: 14787823--14787857 Score: 54 Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17 14787813 TACGAGAAAC 14787823 TTTTCAATTTTATATTT 1 TTTTCAATTTTATATTT * 14787840 TTTTC-ATTTTTTATTT 1 TTTTCAATTTTATATTT 14787856 TT 1 TT 14787858 AATTTAAAAA Statistics Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1 0.89 0.05 0.05 Matches are distributed among these distances: 16 12 0.71 17 5 0.29 ACGTcount: A:0.17, C:0.06, G:0.00, T:0.77 Consensus pattern (17 bp): TTTTCAATTTTATATTT Found at i:14787907 original size:27 final size:28 Alignment explanation

Indices: 14787856--14787910 Score: 78 Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 28 14787846 TTTTTTATTT 14787856 TTAATTTAAAAATAATGAAATAATTTTA 1 TTAATTTAAAAATAATGAAATAATTTTA * 14787884 TTAATTT-AATATAAT-AAATAAATTTTA 1 TTAATTTAAAAATAATGAAAT-AATTTTA 14787911 ATTTTATAAA Statistics Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 3 0.86 0.03 0.10 Matches are distributed among these distances: 26 4 0.16 27 14 0.56 28 7 0.28 ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.02, T:0.45 Consensus pattern (28 bp): TTAATTTAAAAATAATGAAATAATTTTA Found at i:14787931 original size:24 final size:24 Alignment explanation

Indices: 14787884--14787948 Score: 69 Period size: 24 Copynumber: 2.7 Consensus size: 24 14787874 AATAATTTTA * * 14787884 TTAATTTAATATAATAAATAAATT 1 TTAATTTTATAAAATAAATAAATT 14787908 TTAATTTTATAAAATTAAAT-AATT 1 TTAATTTTATAAAA-TAAATAAATT * * 14787932 TAAATTTTTATTAAATA 1 TTAA-TTTTATAAAATA 14787949 TAATTTTTAA Statistics Matches: 35, Mismatches: 4, Indels: 4 0.81 0.09 0.09 Matches are distributed among these distances: 24 21 0.60 25 14 0.40 ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49 Consensus pattern (24 bp): TTAATTTTATAAAATAAATAAATT Found at i:14789203 original size:204 final size:201 Alignment explanation

Indices: 14788792--14789396 Score: 649 Period size: 204 Copynumber: 2.9 Consensus size: 201 14788782 AATATTAGTA * * ** * 14788792 ATGAAAGGTAAATCATCACAATATTAGTGACAAAATTATTGTCACCAATGATTGTAAGATAATGT 1 ATGAAAGATAAATCATCACAATATTAGTGACACAATTATTGTCA-TGATAATTGTAAGATAATGT * *** ** * ** * 14788857 CTATTGTGACAATAAAATCAAACATTACCTTATGC-TTTAATTTTTGTGACATTAGTTTTGGTTA 65 CAAACATGACAATAAAATCAAATGTCACCTTATGCTTTTTTTTTTTGTGACATTAGTTTTCGTTA * 14788921 GCTATTTATGAACAAAAATGTCATTAAAGGCTATAATCGTCACAAAATAAATGATAAAATCATAT 130 GCTATTTAT-AA-AAAAATATCATTAAAGGCTATAATCGTCACAAAATAAATGATAAAATCATAT * * 14788986 ATATTAGTG 193 ACATTAATG * * * 14788995 ATGAAAGATAAACCGTCACAATATTAGTGACACAATTATTGTCATGATAATTATAAGATAATGTC 1 ATGAAAGATAAATCATCACAATATTAGTGACACAATTATTGTCATGATAATTGTAAGATAATGTC * 14789060 AAACATGACAATAAAATCAAATGTCACCTTATGCTTTTTTTTTTTTTGTGACGTTAGTTTTCGTT 66 AAACATGACAATAAAATCAAATGTCACCTTATGC--TTTTTTTTTTTGTGACATTAGTTTTCGTT * * * * * * 14789125 AGCTATTTATAAAAAGAACATCATTGAATGTTATAATCATCACAAAATAAACGATAAAATCATAT 129 AGCTATTTATAAAAA-AATATCATTAAAGGCTATAATCGTCACAAAATAAATGATAAAATCATAT 14789190 ACATTAATG 193 ACATTAATG * * * 14789199 ATGAAA-AGTAAATCATCACAGTATTAGTAACACAATTATCGTCACAAATGATTGTAAGATAACA 1 ATGAAAGA-TAAATCATCACAATATTAGTGACACAATTATTGT--C--ATGA---T-A-AT---- ** * * * 14789263 TGTAAGATAACATTAAACATGACAATAAAATCAAATG-CAACATTATGCTTTATTTTTTTGTGAC 52 TGTAAGATAATGTCAAACATGACAATAAAATCAAATGTC-ACCTTATGCTTTTTTTTTTTGTGAC * * * 14789327 ATTAGTTTTCATTAGCTATTTATGACAAAATATCATTAAAGGCTATAATCGTCACAAAATAAATG 116 ATTAGTTTTCGTTAGCTATTTATAAAAAAATATCATTAAAGGCTATAATCGTCACAAAATAAATG 14789392 ATAAA 181 ATAAA 14789397 TTTGATATAT Statistics Matches: 334, Mismatches: 49, Indels: 27 0.81 0.12 0.07 Matches are distributed among these distances: 202 44 0.13 203 44 0.13 204 86 0.26 205 34 0.10 206 1 0.00 208 4 0.01 211 1 0.00 212 1 0.00 213 2 0.01 214 36 0.11 215 39 0.12 216 1 0.00 217 41 0.12 ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.12, T:0.34 Consensus pattern (201 bp): ATGAAAGATAAATCATCACAATATTAGTGACACAATTATTGTCATGATAATTGTAAGATAATGTC AAACATGACAATAAAATCAAATGTCACCTTATGCTTTTTTTTTTTGTGACATTAGTTTTCGTTAG CTATTTATAAAAAAATATCATTAAAGGCTATAATCGTCACAAAATAAATGATAAAATCATATACA TTAATG Found at i:14789268 original size:12 final size:12 Alignment explanation

Indices: 14789251--14789275 Score: 50 Period size: 12 Copynumber: 2.1 Consensus size: 12 14789241 CACAAATGAT 14789251 TGTAAGATAACA 1 TGTAAGATAACA 14789263 TGTAAGATAACA 1 TGTAAGATAACA 14789275 T 1 T 14789276 TAAACATGAC Statistics Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 12 13 1.00 ACGTcount: A:0.48, C:0.08, G:0.16, T:0.28 Consensus pattern (12 bp): TGTAAGATAACA Found at i:14792392 original size:15 final size:14 Alignment explanation

Indices: 14792372--14792401 Score: 51 Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 14 14792362 AAGACACATT 14792372 ATTAATTTAAAATTA 1 ATTAATTT-AAATTA 14792387 ATTAATTTAAATTA 1 ATTAATTTAAATTA 14792401 A 1 A 14792402 CATGTAATAT Statistics Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1 0.94 0.00 0.06 Matches are distributed among these distances: 14 7 0.47 15 8 0.53 ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47 Consensus pattern (14 bp): ATTAATTTAAATTA Found at i:14794719 original size:177 final size:181 Alignment explanation

Indices: 14794255--14805736 Score: 2275 Period size: 181 Copynumber: 63.8 Consensus size: 181 14794245 CATTTGAACT * * * ** * 14794255 ATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTTTA-TTCATACA 1 ATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTTCAGTTCATACA ** * * * * * 14794319 AAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-GAAAACTAAT----AAGACATTT 65 AGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAACAAGAAATTT * * * * * * * * * * ** * 14794379 AAAAACTAAATTTGTTTACTGAACCAA-TTTAAATAGTTATGACTCTTTGAACA 129 AAAAAATAAGTCTATTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTGAAGACTATTAAAATA * * * * * * 14794432 ACTATCTATCTTAAATCAGTATGATCTTTAT-TTT-GTCATATAACAATTGTTTCAGTTCATACA 1 ATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTT-TGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACA * * * ** ** * * * * 14794495 AGCTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGA-TTA 65 AGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTA * * *** * * * 14794559 AAAAA-ATG-C-ATTTGTTGGACTAGTTCAAATAGTGAAGATTGTTAAAATA 130 AAAAATAAGTCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTGAAGACTATTAAAATA * 14794608 ATTATCTATTTTAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAAGTT-ATACA 1 ATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACA * * * * 14794672 TGCTTATTCGAAATAAAATAATATTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTT 65 AGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAACAAGAAA-TTT * * ** 14794737 AAAAAATAAGTCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA 129 AAAAAATAAGTCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTGAAGACTATTAAAATA * * * * * 14794790 ATTAACTATTTAAAATCATTATGACATTTCGTTTTA-TCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAA 1 ATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACA * * * * * *** * 14794854 AGCTTATACAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTC-AAAAATTGA-GAAGTTGTAGATTT 65 AGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAACAAG-AAATTT * * * * * * * * ** * 14794917 AAAAAATAAATCAATTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACA 129 AAAAAATAAGTCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTGAAGACTATTAAAATA * * * * * * 14794970 ATTATCTAGTTTT-AATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA--TCATG 1 ATTATCTA-TTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAA-T-TGTTTCAGTTCATA * * * * * ** ** * * 14795032 CCAGCCTATTCGGAATAAAATAATAATGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTATGAGATT 63 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAACAAGAAATT * * * * * ** * 14795097 TAAAAAATAAATATATTTA-CTGAACCAGTTCAAATAGTCGTA-ACTATTTGAACA 128 TAAAAAATAAGTCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGT-GAAGACTATTAAAATA * * * * * * * * * * 14795151 ATTATATATTTCAAATCGTTATAACATTTTATTTTA-TCATAAAACAATTATTT-ATCTTCGTAC 1 ATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTT-GTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCA-GTTCATAC * * * * * * * * 14795214 AAACTTATTAGAGATAAAATAATACTAATATAATAATATT-ATGAAAATTAAT-AACTAAGAGAT 64 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCA-AAAAATTAATAAAC-AAGAAAT * * * * * * * * 14795277 TTAAAAAATAAATTTGTTTATTAAACCAA-TTTAAATAGTTAAGAC-AATATAGATA 127 TTAAAAAATAAGTCTATTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTGAAGACTATTA-AAATA * * * * ** * * 14795332 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATGTTT-ATGTTCATATA 1 ATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCA-GTTCATACA * * * * * 14795396 AGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT----AAGAGATTTA 65 AGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTA * * * * * * * ** 14795457 ATAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAACA-AGTTATA-ACTATTTGAATA 130 AAAAATAAGTCTATTTATCAAACAAGTTCAA-ATAGTGA-AGACTATTAAAATA * * ** ** * * * 14795509 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCAGTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TATTC-G--GA-A-T 1 ATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGT-TTCAGTTCATACA ** * * * ** * 14795568 AGC--A-T---AAT--TCTAAT-TT-A-TTAAT-AT-TTCAAAAATTAATA--AGTAAGATATTT 65 AGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTA-ATAAACAAGAAATTT * * * * * * ** * 14795618 AAAAACTGAA-TCTGTTTATCAAACATGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACA 129 AAAAAAT-AAGTCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTGAAGACTATTAAAATA * * * * * 14795671 ATTACCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-T-TTTCTA-TTCATACA 1 ATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACA * * * * * * ** 14795733 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Indices: 14794149--14805806 Score: 6945 Period size: 362 Copynumber: 32.4 Consensus size: 359 14794139 TAATGATTTG * * * * 14794149 AAAT-AAATAATGCGAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT 1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG-TAGAGATTTAAAAAATAAAT ** ** * * * * * * * 14794213 CTGTTTACTTAATAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTATTTATTTCAAATCATTATG 64 CTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG * * ** ** 14794278 -ACATTTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTTT-ATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAAT 129 AAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT * * * * * * * * 14794341 ACTAATTTATTAATATTTC-GAAA--ACTAA-TAAGACATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTGAA 192 ATTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAA * * * * * 14794402 CCAA-TTTAAATAGTTATGACTCTTTGAACAACTATCTATCTT-AAATCAG-TATG--ATCTTTA 255 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATC-GTTATGACAT-TTTG * * 14794462 TTTTGTCATATAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCG 317 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Indices: 14795578--14814563 Score: 5535 Period size: 361 Copynumber: 52.7 Consensus size: 356 14795568 AGCATAATTC * * * 14795578 TAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAACTGAATCTGTTTATC-AAA 1 TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG-AAG--ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAA * * ** * * 14795641 CATGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCACTATAACCTTT-TGTTT 62 -A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTAT-TTT * * * * * 14795705 TGTCATAAAATAA-T-TTTCTATTCATACAAGCTTATGT--T-AATTAAAATAAAATAAATTTAT 124 T-TCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTAT-TCATAAAATAAAATAATATTAATTTAT * * * * 14795765 TAATATTC-AGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACTAACTTTTTTTA-CTGAATAAATTCA 187 TAATATTCTA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTATC-GAATAACTTCA * * 14795828 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAA 248 AATAGTTA-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTTGTTTTGTCATAA * * * * * 14795893 AACAGTTGTTTTTGTTAATACAAGCTTATTC-GAATTAAACTAATAT 311 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATAT * * * 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T-TCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACA-AGCTTATTCATAAAATAAAATAATATTAATTTAT * * * * * 14797921 TAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAATTAATAAATCTGTTTACCAAAGT-AGTTCAA 187 TAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAATAAATCTGTTTATCGAA-TAACTTCAA * * * * * * ** ** 14797981 TTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTCAAGTTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAA 249 ATAGTTA-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA * * * * * ** 14798046 TAATTGTTTCTATTAATACAATCTTGTTCAGAATAAAGTAATGC 313 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAT * * * * ** * *** 14798090 TAATTTATTAATATTATAAAACTTAATAGGCAACAGATTTAAAAAAGAAATCTGTTGGCTTGGCC 1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CGAAA * * * * * 14798155 AGTACAAATAGTTATAATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTG 62 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTAT-TTTT- * * * * * ** 14798219 TCACAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTAATT--TGAAATACCATAAT-TCTAATTTATTA 125 TCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCATAAAATAAAATAATAT-TAATTTATTA * * * 14798281 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* * 14813670 CCAA-TTCAAATAGTTAAGGTTATATGAATAATTATCTATTTCTAATTGTTATGACCTTT-TGTT 61 --AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTAT-TT * * * * * * 14813733 TTGTCGTAAAACAAATGTTT-TTATTCATATAAGTTTGTT--TGAAATAAAATAATATTAATTTA 123 TT-TCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTCATAAAATAAAATAATATTAATTTA * * * * * * 14813795 TTAATATGTCAAAAATTAATAAG----AGATATAATAAATAAATCAGTTTACCAAACT-AGTTCA 186 TTAATAT-TCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAATAAATCTGTTTATCGAA-TAACTTCA * * * * * * * * * * 14813855 ATTAGTTATAATAATGTGAACAATTATTTATTTTAAGTCGTTATGACTATTTGTTTTGTTATAAA 248 AATAGTTAGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAA * * * * * * * 14813920 ATAATTGTTTCTATTAATATAATCTTATT-TGAAATAAAGTAATGT 312 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATAT * * ** * ** 14813965 TAATTTATTAATATTCTAAAACTTAATAAGTAATGAATTTAAAAAAGAAATCTGTTGGCATGACC 1 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AA-G-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CGAAA * * * * * 14814030 GGTACAAATA-TTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTTTTTTAT 62 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Indices: 14794149--14805802 Score: 5539 Period size: 719 Copynumber: 16.2 Consensus size: 717 14794139 TAATGATTTG * * * *** 14794149 AAAT-AAATAATGCGAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT 1 AAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT ** * * * * * * * * 14794213 CT-GTTTACTTAATAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTATTTATTTCAAATCATTAT 65 -TAGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAT * * * * ** ** 14794277 GACATTTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATA 129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA * * * * * * * * * 14794342 CTAATTTATTAATATTTC-GAAA--ACTAA-TAAGACATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTGAAC 193 CTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTC-AAAC * * * * * * * * 14794403 CAATTTAAATAGTTATGACTCTTTGAACAACTATCTATCTTAAATCAGTATGATCTTTATTTTGT 257 CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATATTTGTTTTGT * *** * * * ** 14794468 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* * 14796410 TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATGCAAG-TGTTTTTGAAAT-AAAT 126 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCATCATACAAGCT-TATTTGAAATAAAAT * * * * * * * * * * 14796473 AATACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATACATATGTTTACC 189 AATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCA ** * * * ** * 14796538 AAGAAAGTTTAAATAATTATG-CTTGTTTGAACAAATATTTATTTCAAAT-AGTTATGATATTTT 254 AACCAA-TTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCA-TTATGATA-TTT * ** * * * * ** * * 14796601 GTTTTATTGTAAAACAATTATTTCTATTT-ATACCATTTTATTTATA-ATAAAATAATACTAATT 315 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTTCATACAAGCTTATTCAGATA-AAAATAATACTAATT * ** * * ** * * 14796664 TATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCA 379 TAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCAAACCAGTTCA * * * * * * * 14796726 AATAGTCATA-TCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGC-TTTTGTTTTGTCATA 444 AATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTAGTCATA ** * ** ** * * * 14796789 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* * ** * * * * 14799475 TTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATGCAAAATTATTTAGA-ATAAAATAATATTGATCTA 317 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTTCATACAAGCTTATTCAGATA-AAAATAATACTAATTTA * ** * * * * ** ** * 14799538 CTAATATTTTGAAAATTAA-CA--AGAGATTTAAGAACTAAATTTACTTACCTAAA-GAGTTCAA 381 ATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTC-AAACCAGTTCAA * ** * * * * 14799599 ATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTAT-TTT-TTCATAA 445 ATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTT-TGTTTAGTCATAA * ** * * * * 14799661 AACAATTGTTTCTTTTC-ATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCA 508 AACAATTATTT-TAGTCTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCA * * * * * * * * * 14799725 AGAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCATTTCAAATAGTTA-AGA 572 AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATA-A * * * * * * * * * * * * 14799789 CTGTTAGAAGAGTTTACCTATTTGAAATTACTT-TGACCATTTGTTTTATCGTAAAGA-AAATGT 636 CTATTTGAACA-ATTATCTATTT-AAAATATTTATAAAC-TTT-TTTTGTCATAAA-ACAATTGT * * * * 14799852 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Indices: 14795557--14805805 Score: 6180 Period size: 538 Copynumber: 18.9 Consensus size: 537 14795547 ATAAAATAAT * ** * * * * * 14795557 TTATTCGGAATAGCATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-ATATTTAAA 1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-GAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAA * * * * * * * * * 14795621 AACTGAATCTGTTTATCAAACATGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAA 65 AAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA *** * * * * * * 14795686 TCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTCTATTCATACAAGCTTATGT-TAATTAA 130 TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAA * * * * 14795749 AATAA-AATAAATTTATTAATA-TTCAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACTAACTTTTT 194 AATAATACT-AATTTATTAATATTTCA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTGT * * * * 14795812 TTA-CTGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACT 255 TTATC-GAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC- * * ** * * * * * * 14795876 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTTTGTTAATACAAGCTTATTCGAATTAAACTAATATTA 317 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Indices: 14805919--14807189 Score: 962 Period size: 181 Copynumber: 7.1 Consensus size: 180 14805909 TTTTAATTTG * * * * * * * * 14805919 GTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAACTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAAGTC 1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTT * * * ** * * * * * * 14805983 ATTAATATTCCCAAAATTAGTAATTATGAGATTTTAAAAATGAAA-CTATTTACTGAACAAATTT 65 ATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATTTGTTTACCGAACAAGTTC ** * * * 14806047 AAATAACTATAACTATTTGAACAATTATCTATTT-AGAATCGCGATAAGCTTTT 128 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCGTGATAACCTTTT * * * 14806100 GTTTTATCATAAAA-AGATT-TCATT-TGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAAA 1 GTTTTGTCATAAAACA-ATTGT--TTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAAT * * 14806162 TTGTTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGT 63 TTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGT * * * * * 14806226 TCAAATTGTTGTGACTATTTGAAC----A---A---CAAATTGTTATAACTTTTT 126 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTGATAACCTTTT * * * * 14806271 GTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTCA-TTCAAATTAAAATAACATTAATTT 1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATACTAATTT * * * * * * 14806335 TTTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTATACCGAACAATTTTC 65 ATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAA-GTTC * * * * * * 14806400 AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTACCCATTTCAAATCATTG-TGACCTTTT 128 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTGATAACCTTTT * * * ** ** * * 14806453 ATTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAATAAATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA 1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTA * * ** ** 14806518 TTAATATTCCAAAAATTAGTGAGT-AAAGAACTAAAACAACGAATTTGTTTACCGAACAAGTTCA 66 TTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-AATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCA * * * * * 14806582 AATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTT 129 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTGATAACC-TTTT * * * * * * 14806635 ATTTTGTCAGAAAACAATTGGTTCTATTCATCCAAGCTTATTTCCAATAAAATAATA-TATATTT 1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTA-ATTT * * * * 14806699 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAA-ATTTGAAAAATAAATTTGTTTTCTGAACAATGTTC 65 ATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAA-GTTC * * * * * ** 14806763 AAATAGTTTTAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTG-GTATGACCAATT 128 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTG-ATAACCTTTT * * * * * * * 14806816 GTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTTATACAAGGTTA-TTCGGAGTGAAATAATACTAATTT 1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTT * * * * *** 14806880 ATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGTGAGTTCA 65 ATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCA * * * * 14806945 AATAGTTATGACTATTTAAATAATTA-CTTATTTCAAATCGTTATAA-TTTGTT 129 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTGATAACCTT-TT * * * * ** * * ** 14806997 GTTTTGTCTTAAAGCAGTTGTTTCTATTTGTAAAAGTTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTA 1 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTA * * * * 14807062 TTAATATTCTAAAAATTAATGAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTT-AA 66 TTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAA * * * * * * * 14807126 ATAGTTATGTCCATTTGAACCATCATCTGTTTCAAATCAT--TAGACATTTT 130 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTGATA-ACCTTTT * 14807176 GTTTTGTCGTAAAA 1 GTTTTGTCATAAAA 14807190 TAATACCAAT Statistics Matches: 863, Mismatches: 181, Indels: 94 0.76 0.16 0.08 Matches are distributed among these distances: 170 8 0.01 171 103 0.12 172 26 0.03 173 2 0.00 174 1 0.00 176 1 0.00 177 1 0.00 178 2 0.00 179 17 0.02 180 46 0.05 181 397 0.46 182 250 0.29 183 9 0.01 ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.39 Consensus pattern (180 bp): GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTA TTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAA TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTGATAACCTTTT Found at i:14806871 original size:363 final size:361 Alignment explanation

Indices: 14806259--14807130 Score: 876 Period size: 363 Copynumber: 2.4 Consensus size: 361 14806249 CAACAAATTG * * 14806259 TTATAACTTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTCA-TTCAAATTAAAA 1 TTAT-ACTTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAA * * * * * * 14806323 TAACAT-TAATTTTTTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTATA 64 TAATATAT-ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTA * * * * * * ** 14806387 CCGAACAATTTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTACCCATTTCAAATCATTGTGACCTTT 127 CCGAACAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAATTACCCATTTCAAATCAGTATGACCAAT * * * 14806452 TATTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAATAAATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT 192 TATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATAAATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT * * * * * * 14806517 ATTAATATTCCAAAAATTAGTGAGT-AAAGAACTAAAACAACGAATTTGTTTACCGAACAAGTTC 257 ATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAACTAAAA-AACAAATCTATTTACCGAACAAGTTC * 14806581 AAATAGTTATGACTATCTGAACAATTA-TCTATTTCAAAACA 321 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTACT-TATTTCAAAACA * * * * * 14806622 TTATGACCTTTTTATTTTGTCAGAAAACAATTGGTTCTATTCATCCAAGCTTATTTCCAATAAAA 1 TTAT-A-CTTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAA * * * * 14806687 TAATATATATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAATTTGAAAAATAAATTTGTTTTCT 64 TAATATATATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC ** * * ** * 14806752 GAACAATGTTCAAATAGTTTTAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGGTATGACCAATTG 129 GAACAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAATTACCCATTTCAAATCAGTATGACCAATTA * * *** ** * * * * 14806817 TTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTTATACAAGGTTATTCGGAGTGAAATAATACTAATTTAT 194 TTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATAAATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT ** * * *** 14806882 TAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGTGAGTTCAAA 259 TAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAACTAAAAAACAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAA * * * * 14806947 TAGTTATGACTATTTAAATAATTACTTATTTCAAATCG 324 TAGTTATGACTATCTAAACAATTACTTATTTCAAAACA * ** * * ** * * ** 14806985 TTATAATTTGTTGTTTTGTCTTAAAGCAGTTGTTTCTATTTGTAAAAGTTTATTTTGAATAAAAT 1 TTATACTTT-TTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT * * * * 14807050 AATACTA-ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC 65 AATA-TATATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC * 14807114 CAAACAA-GTT-AAATAGT 128 CGAACAATGTTCAAATAGT 14807131 TATGTCCATT Statistics Matches: 413, Mismatches: 88, Indels: 18 0.80 0.17 0.03 Matches are distributed among these distances: 361 10 0.02 362 76 0.18 363 231 0.56 364 90 0.22 365 6 0.01 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40 Consensus pattern (361 bp): TTATACTTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATA ATATATATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGA ACAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAATTACCCATTTCAAATCAGTATGACCAATTATT TTGTAATAAAACAATTGTTTCAATAAATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA AAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAACTAAAAAACAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATA GTTATGACTATCTAAACAATTACTTATTTCAAAACA Found at i:14808031 original size:360 final size:355 Alignment explanation

Indices: 14807647--14808321 Score: 788 Period size: 360 Copynumber: 1.9 Consensus size: 355 14807637 CCATTTACAT * * * * 14807647 AATTATTTATTTTAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTGTCA-TC-AAG 1 AATTATTTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCAAAAAACAA-TATTT-TCAGTCTAAG * * ** * * 14807710 CAAGCCTATTTAGTATAAAATAATAA-TAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGAT 64 CAA-CCTACTCAAAATAAAATAA-AACAAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT * 14807774 ATAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATT-TATAT 127 ATAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATAT * * * 14807837 TTCAAATTGCTATAATCTTTTGTTAT-ACATAAAAT-AATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTC 191 TTCAAATTACTATAACCTTTT-TTATGACATAAAATAAATGATTT-TATTCATACAAGTTTATTC * 14807900 GAAATAAAATAGTAGTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA 254 GAAATAAAATAATAGTAATGTAATAATATTCTAAAAATT-A-AA--AA-AGATTTAAAAAATAAA 14807965 TTTATTTGTCAAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAAC 314 TTTATTTGTCAAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAAC * * * * * * * 14808007 AATTCTTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAACAATATTTTCAGTTCTTAGT 1 AATTATTTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCAAAAAACAATATTTTCAG-TCTAAGC * * * 14808072 AACTTACTCAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA 65 AACCTACTCAAAATAAAATAAAACAAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATATA * * * * * 14808137 AAAAATAATTTTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA 130 AAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCA * * * * * * * * * 14808202 AATTATTATTACCTTTTTTTTGTCATAAAATAAATGCTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGGAATA 195 AATTACTATAACCTTTTTTATGACATAAAATAAATGATTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATA * * * * * 14808267 AAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAAAAAGATTTAAAAAATAAAT 260 AAATAATAGTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAAAAAAGATTTAAAAAATAAAT 14808322 CCATTTACTA Statistics Matches: 263, Mismatches: 44, Indels: 20 0.80 0.13 0.06 Matches are distributed among these distances: 356 17 0.06 357 2 0.01 358 3 0.01 359 8 0.03 360 145 0.55 361 82 0.31 362 6 0.02 ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41 Consensus pattern (355 bp): AATTATTTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCAAAAAACAATATTTTCAGTCTAAGCA ACCTACTCAAAATAAAATAAAACAAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATATAA AAAATAAATCTGTTTATCGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAA ATTACTATAACCTTTTTTATGACATAAAATAAATGATTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAA AATAATAGTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAAAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTCAA ACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAAC Found at i:14808133 original size:181 final size:178 Alignment explanation

Indices: 14807442--14809753 Score: 730 Period size: 181 Copynumber: 12.9 Consensus size: 178 14807432 CAATAACAAG * * * * * * 14807442 TTCAAA-AGTTATCACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTATTTTTATC 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TATATTTCAAATTATTATAACCTTTT-GTTTTATC * * * * * ** * * * 14807506 GTAGAATAATTGTTT-TAGTGT-ATAAAAGCTTA-TCCAAAATAAAATATTATTACTTATTAATA 64 ATAAAACAATTATTTCTA-T-TCATACAAGCTTACT-CAAAATAAAATAAAATAATTTAATAATA * * * *** ** ** * 14807568 TTTCAAAATTTCATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATTAAATTAG 126 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-TCGAACCAA * * * * * * * * * 14807622 TTCAACTAATTATGGCCATTT-ACATAATTATTTATTTTAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGT 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATT-TATATTTCAAATTATTAT-AACCTTTTGTTTTAT * * * * * * * ** * 14807685 CAAAAAATAATTGTTTGTCA-TCA-AGCAAGCCTATTTAGTATAAAATAATAATAATTTACTAAT 63 CATAAAACAATTATTTCT-ATTCATA-CAAGCTTACTCAAAATAAAATAA-AATAATTTAATAAT * * * * 14807748 ATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATATAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAA 125 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* * * * * * * * 14808927 ATAAAATAATTGTTTTTCTCCATATAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT 64 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTACTCAAAATAAAATAA-AATAATTTAATAATATT * * * * 14808992 TCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATT-TTTATCGAA-TAA 128 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTT-TCGAACCAA * * * ** * * ** * * * 14809043 GTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAGTAATTATCTATTT-ATGATCGTTATGACTTTTTGTTTCAT 1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TATATTTCA-AATTATTATAACCTTTTGTTTTAT * * * * * * * * 14809107 CATAAAACAATTGTATC-AGTTCACATAGGCTTATTC-AAAT-AAATAATACTAATTTATTAATA 63 CATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTACTCAAAATAAAATAA-AATAATTTAATAATA * * * * * 14809169 TTCCAAAAATTAA-AGAGTAAGAGTTTTAAAAAAATGAAA-CTATTTACTGAA-CAA 126 TTTCAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTT-AAAAAAT-AAATTTGTTTTC-GAACCAA * * * * * * 14809223 GTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC 1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TATATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTATC * * * *** * * 14809288 ATTAAACAATTGTTTCTATTCATACAATG-TTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATAT 64 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAA-GCTTACTCAAAATAAAATAAAAT-AATTTAATAATAT * * ** * 14809352 TTCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAACTAAATAAGTTGTCTGAA-CATA 127 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTTC-GAACCA-A * * * * * 14809403 TTCAAATGGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGATCTTTTG-TTT-TC 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TATATTTCAAATTA-TTATAACCTTTTGTTTTATC * * * * * * * * 14809465 AT-AAACTGATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTAGTAATA- 64 ATAAAAC-AATTATTTCTATTCATACAAGCTTACTCAAAATAAAATAA-AATAATTTAATAATAT * * * * * 14809528 TTCTAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAA 127 TTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCGAACCAA * * * * * * * * 14809581 GTTCAAATAGTTATGATTGTTTAAACAATTATTTATTT-AAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGT 1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TATATTTCAAATTA-TTATAACCTTTTGTTTTAT * * * * * * 14809645 CATAAAATAATTATTT-TAGCTCATACAAGCTTA-TCCAAAAAAAAATTAATACTACTTTATTAA 63 CATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTACT-CAAAATAAAA-TAA-AATAATTTAATAA * * 14809708 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Indices: 14807724--14814555 Score: 2166 Period size: 538 Copynumber: 12.8 Consensus size: 523 14807714 CCTATTTAGT * ** * 14807724 ATAAAATAATA-ATAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TATAAA-AAATAAA 1 ATAAAATAATACA-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTA-AAACAAATAAG * * * * *** 14807786 TCTGTTTACTGAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATT-TATATTTCAAATTGCTA 64 T-TG--T-CCGAA-AATATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTA * * * * * * * 14807849 T-AATCTTTTGTTAT-ACATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTC-GAAATAAAATA 124 TGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCAG-AATAAAATA * * * * * * * * * * 14807911 GTAGTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTCA 187 ATACTAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCG * * * * * * ** 14807976 AACCAA-TTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCA-AATTATTATGACCTTTTG 251 AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTT-ATAATCGTTATGACCTTTTG * * * * * 14808039 TTTTATTATAAAACAATAT-TTTC-AGTTCTTAGTAA-CTTA-CTCAAAATAAAATAAAACAAAT 314 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AATTGTTTCTATTCA-TACAATG-TTATTTAAA * * * * * * 14813053 ATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTAAAAAATCAATAAGCAAGAA-ATCTGAAA-AAATAAA 1 ATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGAT-TAAAACAAAT-AA * * * * * * 14813116 TTTGTTTATCGAAAA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTGATTTCAAATCGTTA 63 GTTG--T-CCGAAAATA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTA * * * * * 14813180 TGAC-TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCACAATAAAATAA 124 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-GTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAA * * * * * ** * 14813243 TACTACTGTATTATTATTTCAAAAGTTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATTGA 188 TACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGA * * * * * * * 14813308 ATC-AGTTTAAATAATTATGGCCGTTTGAACAATTATCGATTTGA-AATCATTATGAACTTTTG- 252 A-CAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTT-ATAATCGTTATGACCTTTTGT * * * * * * ** * 14813370 TTTATCCTAAAACAATTATTT-TTCATTAGACTAGCCTATTTGGAAGA-AAATAATACTAATTTA 315 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTAC-TT-TACAAG-CT-TATCCAAAATAAATAATACTAATTTA * * * * * * * * 14813433 TTAGTATGT-CAAACATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAACTAAATATACTTACTAAACCAGTTCA 376 TTAATAT-TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCA * * * * * 14813497 AATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAGA 440 AATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTT-AAA--A-TAT-A-C---TG-----CCATAAA * * * * 14813562 ACAATTATTTATCTTCATACAA-GTTTATTTGAA 491 ACAATTGTTTCTATTCATACAATG-TTATTTAAA ** * * * * * * * * * 14813595 ATAATGTAATACTAATCTACTAATATTAT-GAAAATTAAAAACTAAGAGATTTAAA-AAATAAAT 1 ATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAACAAAT-AAG * * ** * * * * ** 14813658 TTGTTTGCTC-AACCA-ATTCAAATAGTTAAGGTTATATGAATAATTATCTATTTCTAATTGTTA 64 TTG--T-C-CGAA-AATATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTA * * * * * * * * * 14813721 TGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTT-TGAAATAAAATAA 124 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCAG-AATAAAATAA * * * * ** * * 14813785 TATTAATTTATTAATATGTCAAAAATTAATAAG----AGATATAATAAATAAATCAGTTTACCAA 188 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these distances: 506 16 0.00 507 77 0.02 508 32 0.01 509 3 0.00 510 7 0.00 511 33 0.01 512 144 0.03 513 14 0.00 514 8 0.00 515 5 0.00 516 2 0.00 517 3 0.00 518 2 0.00 519 11 0.00 520 63 0.01 521 12 0.00 522 135 0.03 523 283 0.06 524 92 0.02 525 240 0.05 526 29 0.01 527 15 0.00 528 4 0.00 529 13 0.00 530 8 0.00 531 6 0.00 532 8 0.00 533 141 0.03 534 155 0.03 535 67 0.01 536 83 0.02 537 424 0.09 538 557 0.12 539 510 0.11 540 349 0.07 541 339 0.07 542 482 0.10 543 228 0.05 544 195 0.04 545 6 0.00 546 1 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41 Consensus pattern (523 bp): ATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAACAAATAAGTT GTCCGAAAATATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTT TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT TATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCA AATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTATAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA ACAATTGTTTCTACTTTACAAGCTTATCCAAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA 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Indices: 14810012--14811430 Score: 975 Period size: 181 Copynumber: 7.9 Consensus size: 179 14810002 AGTTTATTTG * 14810012 AAATAAAACTAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATA 1 AAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATA * * * * * * * * * 14810075 AATCTGTCTACC-AAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTAAACT-ATTATCTATTTCAAATCA 63 AATATGTTTACCGAACTAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCG * ** * * ** * 14810138 TTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTAATTCATACAAAATTATTTA 126 TTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-ATTT-ATTCATACAAGCTTATTCA * * * ** 14810194 AAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTC-AAAA--ACTAA-TAAGACATTTAAAACCTAAAT 1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT * * * * * * * * * * 14810255 TTGTTTACCAAACAAATTTAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATG 66 ATGTTTACCGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATA * * * * ** 14810320 A-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG 131 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-ATT-TATTCATACAAGCTTATTCA * * * ** * * * 14810370 GAGTAAAATATTAGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAA 1 AAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA * ** * * * * 14810434 TACGTTTGTCGAACCAATTCAAATAGTGAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCT 65 TATGTTTACCGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT * * * * 14810499 AACCTTTTG-TTTAGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTTATACATGCTTATTCA 130 AACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTATTT--ATTCATACAAGCTTATTCA * * * * * 14810551 AAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAGAAATAA 1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAA * * * * * * 14810615 GTTTGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCCTT 64 ATATGTTTACCGAACTAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT * * * * * * * 14810679 ATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCCTATCCA 128 ATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT-A-TTCATACAAGCTTATTCA ** * * * 14810733 AAATAAAATAATGTTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT 1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT * ** * * * * * * * * 14810798 CA-ATTTATTGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTAT 66 -ATGTTTACCGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT * 14810862 GAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTCATCATGCAAG-TCTATTCA 130 -AACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATTCAT-A--CAAGCT-TATTCA * * * * * * * 14810914 GAATAAAATAATATTAATTCATTAATATTTCAAAAATTGATATGTAGGAGATTTAAAAAATAATT 1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT * * * * * 14810979 ATGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTCATA-ACTTTTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT 66 ATGTTTACCGAACTAATTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT * * * 14811043 AACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATCTTGATACAAACTTATT-A 130 AACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTA--TTCATACAAGCTTATTCA ** * * * * 14811094 GAAATAAAATAGCACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAA 1 -AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA * * * ** * * * * * * 14811158 ATTTGCTTGCTAAACCAATTTAAATAGTTAAGACAATATGGATAATTATATATTTCAAATCGTTA 64 ATATGTTTACCGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA * * * ** * * * * * ** 14811223 TGACCTTTTATTTTGTTGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTG 129 TAACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AAT-TATTTATTCATACAAGCTTATTCA * 14811276 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAATAATAAATA 1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-A-AA-AAATA * * * * * * * 14811337 AATTTGTTTGCC-AAGCCAGTTCAAGA-AGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATT 63 AATATGTTTACCGAA-CTAATTCAA-ATAGTTA-AGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC * * * * 14811399 GTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAGAATT 125 GTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT 14811431 TATTCGAAAT Statistics Matches: 976, Mismatches: 214, Indels: 98 0.76 0.17 0.08 Matches are distributed among these distances: 176 54 0.06 177 85 0.09 178 18 0.02 179 13 0.01 180 169 0.17 181 467 0.48 182 154 0.16 183 12 0.01 184 4 0.00 ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39 Consensus pattern (179 bp): AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT ATGTTTACCGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATA ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATTCATACAAGCTTATTCA Found at i:14811870 original size:181 final size:178 Alignment explanation

Indices: 14811430--14814562 Score: 2209 Period size: 181 Copynumber: 17.4 Consensus size: 178 14811420 ATAAAAGAAT ** * * * * 14811430 TTATTCGAAATATCATAATTCTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA 1 TTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA * * * * * * 14811495 ACTGAATCTGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAT 65 AATAAATCTGTTTACTG-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT ** * * * * * 14811560 CACTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTATATTCATACAAGC 129 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTTCATACAAGC * * *** * * 14811611 TTATTTCAATTAAAATAATAC-AAATTATTAATATTCGGACAATTAATAAGTATAAGATTTAAAA 1 TTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA * * * 14811675 AATAACTCTGTTTACTGACTAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATCTT-AAA 65 AATAAATCTGTTTACTGAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT-TTCAAA * * * 14811739 TCATTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGTTTATACAAGC 128 TCGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGTTCATACAAGC * * * * * ** 14811791 ATATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACATTTAATAAGTAAAAGATTTTTAA 1 TTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA * ** * * * ** * * 14811856 AATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAACAGTCAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT 65 AATAAATCTGTTTA-CTGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT * ** ** * * 14811921 CGTTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTATATCAGTTCATATAGGC 129 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT-TTTGTTCATACAAGC * ** * * 14811972 TTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTGAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAA 1 TTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA * * * ** * * * ** * * * 14812037 AGTGATTCAATTTACCGAACAAGTTTAGATAGTTACAATTAATTGAACAATT-TTTATTTTAAAT 65 AATAAATCTGTTTACTG-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT * * * 14812101 CGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGC 129 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTTCATACAAGC ** * 14812152 TTATTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAA 1 TTATTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA * * * * * * * 14812215 AACACATCTATTTTCTGATCACGTTCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAAT 65 AATAAATCTGTTTACTGA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT * * * * 14812280 AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTAG-TCATATAAG- 129 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-T-GTTCATACAAGC * * * ** * * 14812330 TGTTTTCGAAAT-AAAGAATACTAGTTTATTAATATTGGAAAAAGTAATAAGTAAAACATTTAAA 1 T-TATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA * * ** * * * * 14812394 AAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGCCTGTTTGAACAAATATTTATTTCAAA 64 AAATAAATCTGTTTA-CTGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA * * * * * * * 14812459 TAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTTATACTAGT 128 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTTCATACAAGC * * * ** 14812511 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAGTTAATAGGTAGGAGATTTAAAA 1 TTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA * * * * * * * 14812576 AATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT 65 AATAAATCTGTTTACTG-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT * * * * * * ** 14812641 AGTTATGAGCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATGCAAAA 129 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTTCATACAAGC * * 14812692 TTATTCAGAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTAAACATTAATAAG---AA-ATTTAAAA 1 TTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA * * * * * * 14812753 ACTAAATCTATTTA-TCAAAATAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATCTCAAA 65 AATAAATCTGTTTACT-GACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA * * * * * 14812817 TCGTTATGA-TTTTTATTTTGTCATAAAATAAAATT-TTTTTTTCATACAACC 128 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA-ACAATTATTTTGTTCATACAAGC * * * * 14812868 TTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTA--AATATATTCCAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAA 1 TTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA * * ** * * * ** 14812927 AAAATAAATTTGTTTGCTGAACTGGTTCAAATAGTAAAGATTATTAAAACAATTATTTATTTCAA 63 AAAATAAATCTGTTTACTG-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAA * * * ** * * * * ** 14812992 ATCGCTCTAACCTTTTGTTGAGTTATATAATAATTGTTTCATT-ATTACAAGC 127 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGTTCA-TACAAGC * * * * * * 14813044 TTATTTAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTAAAAAATCAATAAGCAAGAA-ATCTGAA 1 TTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAGAT-TTAA * * * 14813108 AAAATAAATTTGTTTA-TCGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTGATTTCA 63 AAAATAAATCTGTTTACT-G-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCA * * * 14813172 AATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGC 126 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-GTTCATACAAGC * * * * * * * * 14813225 TTATCCACAATAAAATAATACTACTGTATTATTATTTCAAAAGTTATTAAGTAAGAGATTTAAAA 1 TTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA * * * * * ** ** * 14813290 AATAAATCAGTTTATTGA-ATCAGTTTAAATAATTATGGCCGTTTGAACAATTATCGATTTGAAA 65 AATAAATCTGTTTACTGACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA * * * * * 14813354 TCATTATGAACTTTTG-TTTATCCTAAAACAATTA-TTT-TTCATTAGACTAGC 128 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGTTCA-T--ACAAGC * ** * * * * * ** 14813405 CTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAGTATGTCAAACATTAATAAGTAGGAGATTTAAAA 1 TTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA * * ** * * * * * 14813470 ACTAAATATACTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATATATTTCAAAT 65 AATAAATCTGTTTACT-GACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT * * * * * * 14813535 CATTATAACCTTTTGTTTTATCATAGAACAATTATTTATCTTCATACAAGT 129 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTTCATACAAGC * ** * * * * * * * 14813586 TTATTTGAAATAATGTAATACTAATCTACTAATATTATGAAAATTAAAAACTAAGAGATTTAAAA 1 TTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA * * * * ** * * * * 14813651 AATAAATTTGTTTGCTCAACCAA-TTCAAATAGTTAAGGTTATATGAATAATTATCTATTTCTAA 65 AATAAATCTGTTTACT-GA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA * * * * * 14813715 TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATGT-TTTTATTCATATAAGT 128 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TTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA * 14814549 AATAAATATGTTTA 65 AATAAATCTGTTTA 14814563 TAGAAAAAGT Statistics Matches: 2329, Mismatches: 521, Indels: 206 0.76 0.17 0.07 Matches are distributed among these distances: 173 1 0.00 174 6 0.00 175 10 0.00 176 168 0.07 177 217 0.09 178 59 0.03 179 172 0.07 180 685 0.29 181 950 0.41 182 50 0.02 183 7 0.00 184 4 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41 Consensus pattern (178 bp): TTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA ATAAATCTGTTTACTGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCG TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGTTCATACAAGC Found at i:14814597 original size:89 final size:91 Alignment explanation

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Indices: 14814663--14814739 Score: 127 Period size: 34 Copynumber: 2.2 Consensus size: 34 14814653 ATAGAAAAAG * 14814663 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT 1 TTCAAAT-CTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT 14814698 TTCAAATCTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT 1 TTCAAATCTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT * 14814732 TTGAAATC 1 TTCAAATC 14814740 ATTACGACCT Statistics Matches: 40, Mismatches: 2, Indels: 1 0.93 0.05 0.02 Matches are distributed among these distances: 34 33 0.82 35 7 0.17 ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.05, T:0.43 Consensus pattern (34 bp): TTCAAATCTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT Found at i:14815444 original size:180 final size:181 Alignment explanation

Indices: 14814711--14819258 Score: 3591 Period size: 181 Copynumber: 25.4 Consensus size: 181 14814701 AAATCTCATA * * * * * 14814711 ACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCA-TTACGACCTTTTGTTTAG-CATAAAATAATTG-T 1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT * * * * * 14814773 ATTAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATG 65 TTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA * * * * * * 14814837 AGTAAGAGATTTAAAATATTAATCTATTTATTGAATAAGTTTAAATGGTTATG 129 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG * * * * * 14814890 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTGGTTTTGTCATAAAATAATTG-TT 1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * * * *** 14814954 TTGTCCATACAAACTTATTTTTAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA 66 TTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA * * * ** * 14815018 GTAA-AAATTTACAAAATAAATATATTTTTTGAACAATTTCAAATAGTTATG 130 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG * * * * * 14815069 ACTATTTGAATAATTATCTCTTTCAAATAGATATGACCTTTTTGTTTTTGTTATAAACCAATTGT 1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC-TTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGT * * * 14815134 TTTTGTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA 64 TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA * * * * * 14815199 AGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATATAGTTAC-CAAGCAAGTTCATATCA-TTATG 129 AGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAAT-AGTTATG * * ** 14815252 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTT 1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * ** * * * 14815317 ATATTCATACAAATTTGTTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAGG 66 TTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG * * * 14815381 TAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCAT- 131 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG * * * * 14815431 ATCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT 1 A-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT * ** * ** * ** 14815496 TTTATTCATGCAAAATTATTCAGAATAAAATAATACCGATCTATTAATATT-TTGAAA-T--T-A 65 TTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA * * * 14815556 GTAAGAGATTTAAAAACTAAATTTATTTACCGAA-ACAGTTCAAATAGTTATG 130 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATG * * * * * 14815608 ACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTT 1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * * * * * * 14815672 TTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATTTTTTAAAAA-T--TAA- 66 TTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG ** * * ** * * * 14815733 TAAGAGATTTAGTAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTTAATTAGTTAT- 131 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG * * * * * 14815783 AATAATTTGAATAATTATTTATTTCAAGTCA-TTATGACCATTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGT 1 ACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT * * * * * * * * 14815846 TTCTATTAATACAATCTTATTC-GAATAAAGTAATGCTAATTCATTAATATTCTAAAATTTAATA 64 TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA * * * ** * * * * 14815910 GGT-AGTGGATTTAAAAAA-AGAATCAATTGGCCT-AGCCAGTACAAATAGTTATA 129 AGTAAG-AGATTTAAAAAATA-AATCTATT-TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG * * * ** * * * * 14815963 ATTGTTCGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAACTCTTT 1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * * * * * * 14816028 CTATTCGTACAAGCTGATTCCAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG 66 TTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG * * * ** * 14816093 TAACG-GATTTAAAAAATGAATTTGTTGGCCTG-ACTAA-TGCAAATAGTTATG 131 TAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATT-TACTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATG * * * ** * 14816144 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTGTTTTATCGCAAAAAAATTGTTT 1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * * * * * 14816208 CTATTCATACAAGCTTATCCAAAATAACATAATTCTAATTTATTGATATTCTAAAAAATTAATAA 66 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AGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATTTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTCATA 129 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATG ** * * * 14816686 ACTATTTGAGTAATTATCTATTT-AGAATCA-TTATGATCTTTTGGTTTATCATAAAACAATTG- 1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT * * * * * ** * 14816748 TATCAGTTCATATAGGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAAT 64 TTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT * * ** * 14816813 GAGTAAGAG-TTTTAAAAATGAAA-CTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATG 128 AAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG * * * 14816866 ATTATTTGAAC-A--AT-TA--TC---TA-TTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT 1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * * * * 14816921 CTATTTATACGAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATAGTTC-AAAAATTAATA 66 TTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATA * * * * 14816984 AGTAA-AAATTTAAAACATAAAT-AAGTTTTCTGAACACA-TTCAAATAG-TATG 129 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATG * * * * * 14817035 ACTATTTGAACAATTATCTATGTCAAATAGTTATAACCTTTT-ATTTGTCATAAACCAATTGTGT 1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * *** * * * * 14817099 CTATTCATATGGGCATATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAG 66 TTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG * * * 14817164 TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTT-AAATTAGTTATG 131 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAA-TAGTTATG * * * * * 14817215 ATTGTTTGAACAATTATTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT 1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * * * *** * 14817280 CTATTCGTACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTCTGAAAATTAA-AAT 66 TTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA- * * * * * * 14817343 ATAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGATCAAATAGTTATG 130 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG * * * * * * 14817395 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCCAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATAATAAAACAATTGTTT 1 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* * * 14817045 CAATTATCTATGTCAAATAGTTATAACCTTTT-ATTTGTCATAAACCAATTGTGTCTATTCATAT 192 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATAT ** * * * * 14817109 GGGCATATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTT 256 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT * 14817174 AAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTT-AAATTAGTTATG 319 AAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAA-TAGTTATG * * * * 14817215 ATTGTTTGAACAATTATTTATTTAAAAT-AGTTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT 1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT * * * ** * 14817278 TTCTATTCGTACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATT-A-ATTTCTGAAAATTAA- 64 TTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT * ** * 14817340 AA-TATAATAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACTAAACAAGATCAAATAGTTATGACTATTTG 128 AAGTA-AA-AGATTTTAAAAATAAATATT-TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG * * * * * ** 14817403 AACAATTATCTATTTCCAATTGTTATAACCTTTT-GTTCTATAATAAAACAATTGTTTTTTTTTC 190 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Indices: 14824713--14824738 Score: 52 Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12 14824703 TAAGGGGGAG 14824713 TTTTTCAAAATC 1 TTTTTCAAAATC 14824725 TTTTTCAAAATC 1 TTTTTCAAAATC 14824737 TT 1 TT 14824739 ACATGTCTTA Statistics Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 12 14 1.00 ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.00, T:0.54 Consensus pattern (12 bp): TTTTTCAAAATC Found at i:14826735 original size:180 final size:179 Alignment explanation

Indices: 14826405--14828429 Score: 1510 Period size: 180 Copynumber: 11.3 Consensus size: 179 14826395 AAAGCTAACA ** * * ** ** * 14826405 CTATTCATACAAAATTATTTAGATTAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAG 1 CTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG * * * * 14826470 TTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GTCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATA 65 -TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA * * * 14826533 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTGTTT 127 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * ** * * * * * 14826586 CAATTCATATGAGCTAATTTGAAGTAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAG 1 CTATTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG * * * * * 14826651 TAAGAGAATTAAAAAATGAATCGTTTAGTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATT 65 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT * * * * 14826716 ATCTATTTCAAAACATTATGGA-CTTCTATTTTGTCTTAAAACAATTGGTTT 130 ATCTATTTCAAATCATTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTT * * * * * ** * 14826767 -TGTTTATGCAAACTTATTTCGAGTAAAATAATAAAAATTTATTAATATTACAAAAATTAATAAG 1 CTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG * * * * * * * 14826831 CAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCTTAACACGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT 65 TAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT * * 14826895 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCAT-AAACTAATTGTTT 129 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTT * * * * * * 14826946 CTGTTCATACAAGTTTATTTGTAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAG 1 CTATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG * * * * * * 14827011 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAGCAAGTTCAACTATTTATGATTATTT-AAAAA 65 TAAGAGATTTAAAAAATAAATC-GTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA * * * * * 14827074 GTTATTTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTATCATAGAACAATTGTTT 128 -TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * * * * * 14827127 CTACTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATA--TAATAAAATTAATGA 1 CTATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAA ** * * * * * * * * * 14827190 GTTGGAAACTTAAAAAATTAGTCTGTTTA-TCGAACAAGTTCAAAAAGTCATGTCCATTTGAACT 64 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-GTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA * ** * * 14827254 GTTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT 127 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * * ** * * 14827307 TTACTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA- 1 CTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG * * * * * * * 14827368 TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACT-AGACTAGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAACCA 65 TAAGAGATTTAAAAAATAAATC-GTTTACTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA * * * 14827432 TTATCCATCTCAAATTC-TTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT 128 TTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * * * * * * * ** * * 14827483 CTATTGACACAAACTTATTCGGAGTGAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAG 1 CTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG * ** * ** * * * 14827547 TAATAGATTTAAAAAATTGATGTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAAT 65 TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT * * * 14827612 TATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCAT-AAATAATTGTTT 129 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * * * * * 14827662 -TAGTTCATAAAAGCTTA-TCCAA-AAAATAATACTACTTTATTATTATTTC-AAAAGT--TAA- 1 CTA-TTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG ** * * * * 14827720 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTATTTACTGAATAAGTTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAACAAC 65 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAAT ** * 14827784 TATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT 129 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * * * * * * 14827835 TTCA-ACATACAAGCTTATTCAAAATAGAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAGAA-T--TAA 1 CT-ATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA * * * * * 14827896 -TAAGAGACTTAAAAATTAAATCTGTTTACTAAACCAA-TTTAATTAGTTATGACTATTTGAACA 64 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-GTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA ** * * * * * * * 14827959 ATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTCTATAATAAAATAATTGTTT 127 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * * * 14828012 CTATTTATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAA 1 CTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA * * * * ** * * * 14828076 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTT-GTCGAACCAA-TTTAAGCAGTTAAGACTATATGAAT 64 GTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CGTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC * * ** * * 14828139 AGTTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAGAACAATTATTT 126 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * * * * * * 14828193 -TAGCTCTTATAAGCTTATTCAGAATAGAGTAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A 1 CTA-TTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA * * * ** * * * * * 14828254 -TAAGAGATGTAGAAAATAATTTTATTTATTGAACCAA-TTCAAATAATTATAACTATTGGAATA 64 GTAAGAGATTTAAAAAATAA-ATCGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA * * * * 14828317 ATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTT 127 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * * * * * * * * 14828370 TTGTTAAAATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTT-AGAAAATTA 1 CTATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTA 14828430 TCTATTTCAA Statistics Matches: 1460, Mismatches: 321, Indels: 129 0.76 0.17 0.07 Matches are distributed among these distances: 171 1 0.00 172 64 0.04 173 40 0.03 174 6 0.00 175 10 0.01 176 132 0.09 177 315 0.22 178 21 0.01 179 115 0.08 180 409 0.28 181 338 0.23 182 9 0.01 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41 Consensus pattern (179 bp): CTATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT AAGAGATTTAAAAAATAAATCGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT Found at i:14827266 original size:361 final size:357 Alignment explanation

Indices: 14826429--14828429 Score: 1469 Period size: 361 Copynumber: 5.6 Consensus size: 357 14826419 TTATTTAGAT * ** * * * * 14826429 TAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATATG 1 TAAAATAATTCTAATTTATTAATATAAT-AAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAATTAATCTG * * * * * 14826494 TTTGTCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC 65 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC * * * ** * * 14826559 TTTTCTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAATTCATATGAGCTAATTTGAAGTAAAATAAAACTAA 130 TTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA-TAAAATAATACTAA * * * * * ** 14826624 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATC-GTTTAGTGAACAAGT 194 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAACAAGT * * * * * * * 14826688 TCAAATAGTTATGACTATCT-AAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGGACTTCTATTTTGTCT 257 TCAAATATTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCA ** * * * 14826752 TAAAACAATTGGTTTTGTTTATGCAAACTTATTTCG-AG 321 TAAAACAATT-GTTTTACTCATACAAACTTA-TTCGAAA *** * * * 14826790 TAAAATAATAAAAATTTATTAATATTACA-AAAATTAATAAG-CAAAAATTTAAAAAATAAATTT 1 TAAAATAATTCTAATTTATTAATA-TA-ATAAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAATTAATCT * * * 14826853 GTTT-TCTTAACACGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA 64 GTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA * * * * 14826917 CCTTTTATTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGTAATAAAATAATATT 128 CCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACT * * * 14826982 AATTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAGCAA 192 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA-CAA * * * * * 14827047 GTTCAACTATTTATGATTATTT-AAAAAGTTATTTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTAT 255 GTTCAAATATTTATGACTATTTGAAAAA-TTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGT * ** 14827111 CATAGAACAATTGTTTCTACTCATACAAGTTTATTCGAAA 319 CATAAAACAATTGTTT-TACTCATACAAACTTATTCGAAA * ** * * 14827151 TAAAATAATTCTAATTTATTAATATAATAAAATTAATGAGTTGGAAACTTAAAAAATTAGTCTGT 1 TAAAATAATTCTAATTTATTAATATAATAAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAATTAATCTGT * * * * * ** * * 14827216 TTATCGAACAAGTTCAAAAAGTCATGTCCATTTGAACTGTTATCTATTTCAAATTGTTATGACAT 66 TTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT * * * * * ** ** * 14827281 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTACTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAAT 131 TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAAT * * * 14827346 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTAGACTAGTTC 195 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA-ACAAGTTC * * ** * * * 14827408 AAAT-TGTCATAACTATTTGAACCATTATCCATCTCAAATTC-TTATGATC-TTTGTTTTGTCAT 259 AAATAT-TTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT * * * * * 14827470 AAAACAATTGTTTCTATTGACACAAACTTATTCGGAG 322 AAAACAATTGTTT-TACTCATACAAACTTATTCGAAA * ** * ** * * * 14827507 TGAAAT-ATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAATTAATAAG-TAATAGATTTAAAAAATTGATGT 1 TAAAATAATT-CTAATTTATTAATATAATAAAATTAATAAGTTAA-AAATTTAAAAAATTAATCT * * * * * * 14827570 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14828340 ACTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAAAATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATAC 127 ACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATAC * 14828405 TAATTTAGTAATATTT-AGAAAATTA 191 TAATTTATTAATATTTCA-AAAATTA 14828430 TCTATTTCAA Statistics Matches: 1319, Mismatches: 264, Indels: 117 0.78 0.16 0.07 Matches are distributed among these distances: 348 8 0.01 349 68 0.05 350 28 0.02 351 52 0.04 352 115 0.09 353 45 0.03 354 3 0.00 355 25 0.02 356 148 0.11 357 81 0.06 358 252 0.19 359 18 0.01 360 192 0.15 361 281 0.21 362 3 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41 Consensus pattern (357 bp): TAAAATAATTCTAATTTATTAATATAATAAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAATTAATCTGT TTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATT TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAACAAGTTCAA ATATTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA CAATTGTTTTACTCATACAAACTTATTCGAAA Found at i:14828429 original 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Indices: 14828316--14828529 Score: 279 Period size: 109 Copynumber: 2.0 Consensus size: 109 14828306 CTATTGGAAT * * * * * * * 14828316 AATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTATTTTGTCATA-AAATAATTGTTTTTG-TTAAAA 1 AATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTATTTTGTCA-ACAAACAATCGGTTCTGTTTAAAA ** * 14828379 TAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTAGAA 65 T-AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAGAA * * 14828425 AATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTATTTTGTCAACAAACAATCGGTTCTGTTTATACT 1 AATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTATTTTGTCAACAAACAATCGGTTCTGTTTAAAAT * 14828490 ATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT 66 AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT 14828530 CAAAACTTCA Statistics Matches: 90, Mismatches: 13, Indels: 4 0.84 0.12 0.04 Matches are distributed among these distances: 108 1 0.01 109 84 0.93 110 5 0.06 ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.05, T:0.46 Consensus pattern (109 bp): AATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTATTTTGTCAACAAACAATCGGTTCTGTTTAAAAT AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAGAA Found at i:14829763 original size:718 final size:717 Alignment explanation

Indices: 14828602--14830691 Score: 1675 Period size: 718 Copynumber: 2.9 Consensus size: 717 14828592 TATATGAATG * * * * 14828602 ATTATCTATTTCAAATCATTGTA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCGTACAA 1 ATTATCTATTTCAAATCATT-AAGACC-TTTGTTTTGTCAT-AAACAATTATTTTGATCATA-AA * * * * 14828666 GCTTATTTTGATT-AAAACAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAGTAAGTAAGAT-ATTT 62 ACTTA-TTTGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTCAAAATT--TAA-TAAG-TGATTT * * * * * * 14828729 AAAAAATAAATTTGTTTACTAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTG 121 AAAAAATAAATGTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTG * * * * 14828794 AAATCGTTCTAACATTTTGTTTACTCATAAAACAATCGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAA 186 AAATCATTCTAACATTTTGTTTACTCAGAAAACAATCGTTGCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA ** * 14828859 TAAATTAATACCAATTTATTAACATCCAAAAAATTAATAAGAAAGGGATTTAAAACAATAAATTT 251 TAAATTAATACCAATTTATTAACATCCAAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAACAATAAATCT * * * * * 14828924 GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGCTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAAC 316 ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTAAAATCGTTATAAC * * * * *** 14828989 CTTTTGATTTGTTATAAAATAATTGTTTTAGCTAATACAAGCGTAGATGGAATAAAATAATACTA 381 CTTTTGATTTGATATAAAACAATTGTTTCAGCTAATAAAAGCGTAGACAAAATAAAATAATACTA * 14829054 ATTTATT-ATATTTCAT-AAAA-TAATATA-TAAGAAATTCAAAAAATAAATTTATTTACCAAAT 446 ATTTATTAATATTT--TGAAAATTAATA-AGTAAGAAATTCAAAAAATAAATTTATTTACCAAAC * * * ** * * * 14829115 TAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATT-TTCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTT 508 AAATTAAAATAATTATGACCATTTGAACAATTGTT-TATTTAAAATCACTATGAACTTTTGTTTT * * ** * * 14829179 ATCAT-AAACAATTGTTTTCGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTGTTAAA 572 ATCATAAAACAATTATTTTAGATCATACAAGCTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAA * * * * 14829243 ACTT-TAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTCAAATAG 637 A-TTCTAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAAATCAAATAA * 14829307 TTATGACTATTT-AAGCA 701 TTATGACCATTTCAA-CA * * * 14829324 ATTAT-TAATCTT-AAATTATTAAGATCTTTGTTTTGTCATGAAACAATTATTTATGATCATAGG 1 ATTATCT-AT-TTCAAATCATTAAGACCTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTATTT-TGATCATA-A 14829387 AACTTATTTGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTTAATAAGTGATTTAAAAA 61 AACTTATTTGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTTAATAAGTGATTTAAAAA * * * 14829452 ATAAATGTATTTA-TCGAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATTCGAATAATTATATATTTTAAAT 126 ATAAATGTATTTACT-AAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTGAAAT * * * * * * * * * ** * 14829516 CATTCTGACCTTTTGTTTAGTTAGAAAATATTTGTTGCA-TATCTTACAATCTTATTTGGAATTA 190 CATTCTAACATTTTGTTTACTCAGAAAACAATCGTTGCAGT-TCATACAAGCTTA-TTCAAAATA *** * 14829580 AA-TAAT-CCAAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAAATATTTGAAAA-AATAAATCT 253 AATTAATACC-AATTTATTAACATCCAAAAAATTAATAAGAAAAAGATTT-AAAACAATAAATCT *** * * 14829642 ATTTATTGAACAAGTTCAAATAG-TGATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTAAAATCGTTATGA 316 ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGCT-ATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTAAAATCGTTATAA * * * * ** 14829706 CCTTTTGTTTTGATATAAAACAATTGTTTCAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT 380 CCTTTTGATTTGATATAAAACAATTGTTTCAGCTAATAAAAGCGTAGACAAAATAAAATAATACT * ** * * 14829771 AATTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGTTTCAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAA 445 AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTCAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAA * * * 14829836 ATTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATCACTATGAACTTTTGTTTTGTC 510 ATTAAAATAATTATGACCATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATCACTATGAACTTTTGTTTTATC * * * 14829901 ATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGTTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT 575 ATAAAACAATTATTTTAGATCATACAAGCTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT * * * * * 14829966 CTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAAGCAAATCAAATAATTAT 640 CTAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAAATCAAATAATTAT * * 14830031 GGCCATTTCCACA 705 GACCATTTCAACA * ** * * * 14830044 ATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTT-TATTTCATCATATAACAATTATTTTTTATTATACA 1 ATTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTTTGT-TTT-GTCATA-AACAATTA-TTTTGATCATA-A * * * * * * * 14830108 AATTTATTTGG-AATAAAATAATAATAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA 61 AACTTATTTGGTTA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTTAATAAGTGATTTAAAA * * * * * * * ** * * * * * 14830172 AATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTGTAAATTTTG-AA 125 AATAAATGTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATA-TTTGAAA * * * * * ** * * * 14830236 TCGTTATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATA 189 TCATTCTAACATTTTG-TTTACTCAGAAAACAATCGTTGCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA * * * ** * * * ** * * * 14830300 AAATAATACTAATATAAAAATATTTC-AAAAATAAATAACTAAGAGATTTAAAA-AATAAATTTG 253 AATTAATACCAATTTATTAACA-TCCAAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAACAATAAATCTA * * * * * *** * * 14830363 TTT-CCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGGATTGTTATCTATTT-CAAT--TTGT---- 317 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACC * * * * ** ** * ** * * 14830420 TTTTGTTTTG-TCATGAAACAATTTTTTC-GATTCGTATTAGCTTATTCGAAATAAAATAA-AAT 382 TTTTGATTTGAT-ATAAAACAATTGTTTCAG-CTAATAAAAGCGTAGACAAAATAAAATAATACT * *** * * * * 14830482 GAATTTATTCATATTAAAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTACCTAAC 445 -AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTCAAAAAATAAATT-TATTTACCAAAC * * * * * * ** * * * 14830546 CAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTCGTTTTG 508 AAATTAAAATAATTATGACCATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATCACTATGAACTTTTGTTTTA * * * * * * * ** * 14830611 TCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATATGTTTGTTCGAAAA-AAAATAATACTAATCCATTAAT 573 TCATAAAACAATTATTTTAGATCATACAAGCTTATT-AAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAA 14830675 ATT-TCAAAAATTAATAA 637 ATTCT-AAAAATTAATAA 14830692 AATATTAAAA Statistics Matches: 1114, Mismatches: 213, Indels: 92 0.79 0.15 0.06 Matches are distributed among these distances: 711 9 0.01 712 218 0.20 713 4 0.00 716 3 0.00 717 7 0.01 718 269 0.24 719 148 0.13 720 165 0.15 721 226 0.20 722 63 0.06 723 2 0.00 ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (717 bp): ATTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTTTGTTTTGTCATAAACAATTATTTTGATCATAAAACTT ATTTGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTTAATAAGTGATTTAAAAAATAAA TGTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTGAAATCATTCT AACATTTTGTTTACTCAGAAAACAATCGTTGCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATA CCAATTTATTAACATCCAAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAACAATAAATCTATTTACCAAA CAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATTT GATATAAAACAATTGTTTCAGCTAATAAAAGCGTAGACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT ATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAAATTCAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAATTAAAATAAT TATGACCATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATCACTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATT ATTTTAGATCATACAAGCTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAA TAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAAATCAAATAATTATGACCATTTCAA CA Found at i:14829816 original size:539 final size:536 Alignment explanation

Indices: 14828501--14831058 Score: 1618 Period size: 539 Copynumber: 4.8 Consensus size: 536 14828491 TTTTATTCAA * * * * * * 14828501 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTCAAGAA-A-A-TTAAAAAATAAAATCCA 1 AATAAAATAATAATAATTTATTAATCTTTCAAAAATT-AATAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTA * ** * * * * * * * ** * * * * * 14828563 ATTGTCGAACTAGTACAAATATTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATCATTGTAACC 64 TTTACCAAACAAGTTCAAATAATGATGACTATTTGAAAAATTATATATTTTAAATCGTTATGACC * * * * * * 14828628 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCGTACAAGCTTATTTTG-ATTAAAACAATACTAA 129 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAA * * * * ** * 14828692 TTTAATAATATTTTGAAAATTAGTAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATC-AG 193 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAAA * * * * * * ** 14828756 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCT-ATTTGAAATCGTTCTAA-CA-TTTTGTTTAC 257 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAATTTAAAATC--ACTAAGAACTTTTGTTTTG ** * * * * * * * * 14828818 TCATAAAACAATCGTTTCAGTTCATATAAGC-TTATTCAAAATAAATTAATACCAATTTATTAAC 319 TCATAAAACAATTATTTTAGATCATACAA-CTTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT * * * * * * * 14828882 ATCCAAAAAATTAATAAGAAAGGGATTTAAAACAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATA 383 ATTCTAAAAATT-ATAAGTAAGTGATTTAAAA-AATAAATCTATTTACCAAACCAA-ATCAAATA ** ** * * * * * ** * ** * * 14828946 GCTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGTTATAAAATAA 445 ATTAAAACCATTTCAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTT-ATTTCATATAGAACAA * *** * *** ** 14829011 TTGTTTTAGCTAATACAAGCGTAGATGG 509 TTATTTTTTATTATACAAATTTATTTGG * * * * * 14829039 AATAAAATAATACTAATTTATT-ATATTTCATAAAATAATATATAAGAAATTCAAAAAATAAATT 1 AATAAAATAATAATAATTTATTAATCTTTCA-AAAAT--TA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATC ** * * * * ** * * * 14829103 TATTTACCAAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTTTCTATTTTAAATCATTATGA 62 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAATGATGACTATTTGAAAAATTATATATTTTAAATCGTTATGA * * * 14829168 CCTTTTGTTTTATCAT-AAACAATTGTTTTCGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATT 127 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTCGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT * * * * * 14829232 AATTTGTTAAAACTTTAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCA 191 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAA * * * 14829297 ATTCAAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATTAATCTT-AAATTATTAAGATC-TTTGTTTTG 256 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATTAAT-TTAAAATCACTAAGAACTTTTGTTTTG * * **** 14829359 TCATGAAACAATTA-TTTATGATCATAGGAAC-TTATT-TGGTTAAAAATAATACTAATTTAATA 319 TCATAAAACAATTATTTTA-GATCATA-CAACTTTATTAAAAAT-AAAATAATACTAATTTAATA * * * * * * 14829421 ATATT-TCAAAATT-TAA-TAAGTGATTTAAAAAATAAATGTATTTATCGAACCAATTCAAATAG 381 ATATTCTAAAAATTATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAAATCAAATAA * * * * * 14829483 TTAAAACTA-TTCGAATAATTATATATTTTAAATCATTCTGACCTTTTGTTT-AGT-TAGAA-AA 446 TTAAAACCATTTC-AACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTCA-TATAGAACAA 14829544 -TATTTGTTGCATATCT-TAC-AATCTTATTTGG 509 TTATTT-TT---TAT-TATACAAAT-TTATTTGG * * * * 14829575 AATTAAATAATCCA-AATTTATTAA-CATTTGAAAAATTAATAAGAAAAATATTTGAAAAAATAA 1 AATAAAATAAT-AATAATTTATTAATC-TTTCAAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAAATAA *** * * * 14829638 ATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTAAAATCGTTA 59 ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATGATGACTATTTGAAAAATTATATATTTTAAATCGTTA * * * * 14829703 TGACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAA 124 TGACCTTTTGTTTT-ATCATAAAACAATTGTTTC-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA * * 14829767 TACTAATTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTCAAAAAATAAATTTGTTTACCG 187 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCG * * * * 14829831 AACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATCACTATGAACTTTTGTT 251 AACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTAATTTAAAATCACTAAGAACTTTTGTT * * * 14829896 TTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGTTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTA 316 TTGTCATAAAACAATTATTTTAGATCATACAACTTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTAATA * * * * 14829961 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAAGCAAATCAAATA 381 ATATTCTAAAAATT-ATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAAATCAAATA *** * * * * * 14830026 ATTATGGCCATTTCCACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTCATCATATAACAA 445 ATTAAAACCATTTCAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTCAT-ATAGAACAA 14830091 TTATTTTTTATTATACAAATTTATTTGG 509 TTATTTTTTATTATACAAATTTATTTGG * 14830119 AATAAAATAATAATAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT 1 AATAAAATAATAATAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT * * * * * * * * * 14830184 TACCAAACTAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTGTAAATTTTGAATCGTTATAACCTT 66 TACCAAACAAGTTCAAATAATGATGACTATTTGAAAAATTATATATTTTAAATCGTTATGACCTT * * * 14830249 TTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATA 131 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT ** * * * * * * 14830314 TAAAAATATTTCAAAAATAAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-CCAAACTAGTTC 195 TATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAATTC * * * *** * * * * 14830378 AAATAGTTAAGACTATATGGATTGTTATCT-ATTT-CAAT---T-TG--TTTTTGTTTTGTCATG 260 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAATTTAAAATCACTAAGAACTTTTGTTTTGTCATA * * * * ** * * * 14830435 AAACAATT-TTTTCGATTCGTATTAGC-TTATTCGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTCATATT 324 AAACAATTATTTTAGA-TCATA-CAACTTTATTAAAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATT ** * * * * 14830497 AAAAAAATTAATAAGTAAGAT-ATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAACCAATTCAAATAATTA 386 CTAAAAATT-ATAAGTAAG-TGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAAATCAAATAATTA ** * * * *** * 14830561 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTCGTTTTGTCATA-A-AACAATT 449 AAACCATTTCAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTT--TATT-TCATATAGAACAATT * * ** * * * 14830624 ATTTTTGT-TCATATATGTTTGTTCGA 511 ATTTTT-TATTATACAAATTTATTTGG * * ** * 14830650 AAAAAAATAATACTAATCCATTAATATTTCAAAAATTAATAA-A-ATATT--AAAA-AAATCTAT 1 AATAAAATAATAATAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGAGAT-TTAAAAAATAAATCTAT ** * * * * ** * * * 14830710 TTATTAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTT 65 TTACCAAACAAGTTCAAATAATGATGACTATTTGAAAAATTATATATTTTAAATCGTTATGACCT * * * ** * * * * * 14830775 TTTGTTCTGTTATAAAACAATAATTTCTATTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATGATACTAAT 130 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT * * * * * * * * * 14830840 TTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGA- 194 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC-AAAT * * * ** * * * * 14830904 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTTA 258 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAATTTAAAATCACTAAGAACTTTTGTTTTGTCA * * * * ** * * * 14830968 TAAAAAAATCATTTCA-ATGCATATAAGC-TTATTTGAAATAAAATAATGCTAAGTTATTAATAT 322 TAAAACAATTATTTTAGAT-CATACAA-CTTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT * * 14831031 TTTAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAA 385 TCTAAAAATTATAAGTAAGTGATTTAAAAAA 14831059 AGAACCTGTT Statistics Matches: 1611, Mismatches: 324, Indels: 177 0.76 0.15 0.08 Matches are distributed among these distances: 527 156 0.10 528 40 0.02 529 5 0.00 530 10 0.01 531 220 0.14 532 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Indices: 14828578--14831121 Score: 1809 Period size: 181 Copynumber: 14.2 Consensus size: 179 14828568 CGAACTAGTA * * * ** * * * * * 14828578 CAAATATTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTTTGTCATA 1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA * * * * * * 14828643 AAACAATTGTTTT-GTTCGTACAAGCTTATTTTG-ATTAAAACAATACTAATTTAATAATATTTT 66 AAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT * * * 14828706 GAAAATTAGTAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATC-AGTT 130 AAAAATTAATAAGTAAG--ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAGTT * * * * * * * * ** 14828758 CAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATCGTTCTAACATTTTGTTTACTCATA 1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA ** * * * * * * *** 14828823 AAACAATCGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACCAATTTATTAACATCCAA 66 AAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA * 14828888 AAAATTAATAAGAAAGGGATTTAAAACAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTT 131 AAAATTAATAAGTAA--GATTTAAAA-AATAAATTTGTTTACCAAACAAGTT * * * * * * * * * 14828940 CAAATAGCTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGTTATA 1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA * * * * * * * * 14829005 AAATAATTGTTTTAGCTAATACAAGCGTAGAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATT-ATATTTC 66 AAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT * * ** 14829068 ATAAAA-TAATATA-TAAGAAATTCAAAAAATAAATTTATTTACCAAATTAGTT 130 A-AAAATTAATA-AGTAAG--ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTT * * * * ** * * 14829120 AAAATAATTATGGCCATTTGAATGATT-TTCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAT 1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT-TATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT * * * * * * * * 14829184 -AAACAATTGTTTTCGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTGTTAAAACTTT 65 AAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT * * 14829248 AAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAA-TT 130 AAAAATTAATAA-GTA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AAACAAGTT * * ** * * 14829300 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CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCAT * * * * * * * 14829722 AAAACAATTGTTTCAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTT 65 AAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT * * * 14829787 GAAAATTAATAAGTAAGAGTTTCAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAATT 130 AAAAATTAATAAGTAAGA-TTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTT * * * ** * 14829839 CAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATCACTATGAACTTTTGTTTTGTCATA 1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA * ** * 14829904 AAACAATTATTTTAGTTCATACAAGTTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA 66 AAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA * * * * 14829969 AAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAAGCAA-AT 131 AAAATTAATAAGTAA--GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAGTT * * * ** * * * * ** 14830020 CAAATAATTATGGCCATTTCCACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTCATCATA 1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA * ** * * * * 14830085 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AATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTACCAAACTAGAT 130 AAAAATTAATAAGT--AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTT * * * * * * 14830905 CAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTTATA 1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA * * * * * * * * * 14830970 AAAAAATCATTTCAATGCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAAGTTATTAATATTTTA 66 AAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA ** *** 14831035 AAAATTAATAAG--AGATTTAAAAAA-AGAACCTGTTTAATGAACAAGTT 131 AAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATA-AATTTGTTTACCAAACAAGTT * * * * * * * 14831082 TAAATAATTATGATTATTTGAATAGTTATCTATTTGAAAT 1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAAT 14831122 AAAATAATGC Statistics Matches: 1863, Mismatches: 416, Indels: 173 0.76 0.17 0.07 Matches are distributed among these distances: 171 3 0.00 172 15 0.01 173 206 0.11 174 37 0.02 175 12 0.01 176 77 0.04 177 258 0.14 178 7 0.00 179 81 0.04 180 298 0.16 181 593 0.32 182 265 0.14 183 11 0.01 ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40 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Indices: 14828416--14840983 Score: 2589 Period size: 362 Copynumber: 35.4 Consensus size: 343 14828406 AATTTAGTAA * * ** *** 14828416 TATTTAGAA-AATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTATTTTGTCA-ACAAACAATCGGTT 1 TATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACCTTTCGTTTTGTCATA-AAACAATTATTT * * ** * * * * 14828479 CTGTTTATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTCAAGAA 64 CTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATT-AATAA *** * * * * * * 14828544 -A-A-TTAAAAAATAAAATCCAATTGT-CGAACTAGTACAAATATTTAAGACTATATGAATGATT 127 GAGATTTAAAAAAT-AAAT-TTGTT-TCCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGA--ATT * ** 14828605 ATCTATTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGT-TCGTACAAGCT 186 ATCTATTTC-AAT--TTGT----TTTTGTTTTGTCAT-AAACAATT-TTTTCTATTATACAAGCT ** * * * * ** * 14828669 TATTTTGATTAAAACAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAGTAAGTAAGATATTTAAAAA 242 TATTCGGAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAA * * * * * 14828734 ATAAATTTGTTTACTAAA-TCAGTTCAAATAGTTAAGAC 306 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CATTTGAATGATTTTCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAT-AAACAATTGTTT-T 1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT * * * * * 14829197 CGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTGTTAAAACTTT-AAAAATTAATAAG 66 -GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATA-TTTCAAAAATTAAT--- * * * 14829261 GAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAGCAAT 125 -AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-CC-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTT--GGAAT * * * * * * 14829326 TAT-TAATCTTAAATTATTAAGATCTTTGTTTTGTCATGAAACAATTATTTATGATCATAGGAA- 185 TATCT-AT-TTCAA-T-TT--G-TTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTTTTTCT-ATTATA-CAAG * * * * * 14829389 CTTATTTGG-TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTTAATAAGT--G--ATTTAA 240 CTTATTCGGAAT-AAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAA * * * * * * ** 14829449 AAAATAAATGTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTAAAAC 303 AAAATAAATCTGTTTACCAAACTAATTCAAATAATTATGAC * * * * ** * * * * * * * * * 14829490 TATTCGAATAATTATATATTTTAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTTAGAAAATATTTGTTGCA 1 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AGTTCATACAAGTTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAG 66 -GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG * * * ** * * * ** 14829981 TAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAAGCAAATCAAATAATTATGGCCATTTCCACAAT 128 --A--GATTTAAAAAATAAATTTGTTT-CCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTT--GGAAT * * * * 14830046 TATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTT-TATTTCATCATATAACAATTATTTTTTATTATACAAA 185 TATCTATTTC-AAT--TTGTT---TTTGT-TTT-GTCATA-AACAATT-TTTTCTATTATACAAG * * * 14830110 TTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAA 240 CTTATTCGGAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAA * * * 14830171 AAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTTAAATAATTATGAT 304 AAATAAATCTGTTTACCAAACTAATTCAAATAATTATGAC * ** ** * * * * * 14830211 TATTTGAACAATTGTAAATTTTGAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCT 1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT ** 14830276 GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTTCAAAAATAAATAACTA 66 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CTATTTGAAATAAAATAATGCTAAGTTATTAA-TATTTTAAAAATTA-ATAAG-AGATT---TA- 188 CTATTT-CAATTTGTTTTTGTTTTGTCATAAACAATTTTTTCTATTATACAAGCTTATTCGGAAT * * * * * ** * * * * * * 14831169 AAAAGAGAAT-CTGT-TTAATGA--AC-AAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAGT-TATCT 252 AAAATAAAATAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATT-AATAAGTAAGA-TATTTAAAAAATAAATCT * * *** ** * * 14831228 ATTTA-AAATCACT-ATATCCTTTTGTTTTGTC 314 GTTTACCAA--ACTAAT-TCAAATAATTATGAC ** * * * * * * * * 14831259 -A-TAAAATAATTTTTTCTA-TTC--AT-GC-A--AGC-TT-ATTTTG-AATAAAATAATACAAC 1 TATTTGAACAA--TTATCTATTTCAAATCGCTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAAT--TAT * * * * * * * * * 14831312 TT-TATTAATATTAAGACAATTAGTAAGTAC-AAGATTTAAAAAAATTCTATTTACTAAACAAGT 62 TTCTGTTCATA-CAAG-C--TTA-T---T-CGAA-A--TAAAATAATACTAATTA-TTAA-TATT * ** * * * * * 14831375 TC--TAATTTTTATGACTATTTTAACAGAT--ATTTATTT-C-AA-A-TT----T--TTATGA-T 113 TCAAAAATTAATAAGA-GA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTCCAAACAGTTCAAATAGTTATGACT * ** * *** * * * * 14831425 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTG-TTTC--TAT-TCAT--ACAA-----GC-A-TATTCAA- 176 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Indices: 14828570--14839939 Score: 2399 Period size: 898 Copynumber: 12.8 Consensus size: 873 14828560 CCAATTGTCG * * * 14828570 AACTAGTACAAATATTTAAGACTATAT-GAATGATTATCTATTTCAAATCATTGTAACCTTTTGT 1 AACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGGATTG-TTATCTATTTC-AAT--TTGT----TTTTGT * * * * 14828634 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTG-TTCGTACAAGCTTATTTTGATTAAAACAATACTAATTTAAT 58 TTTGTCATGAAACAATT-TTTTGATTCGTACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAA-ACTAATTTATT ** * * 14828698 AATATTTTGAAAATTAGTAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACTAAATCAGTTCAAA 120 AATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTACTAAA-CAATTCAAA * * * * * * * ** 14828762 TAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATCGTTCTAACATTTTGTTTACTCATAAAAC 183 TAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC * * * * * * 14828827 AATCGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACCAATTTATTAACA-TCCAAAAA 248 AATTGTTTCAGTTCATATAAGCTT-TTCAAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTC-AAAA * * * * * 14828891 ATTAATAAGAAAGGGATTTAAAACAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGCTATTACTA 311 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* * * 14830564 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT 192 CTATTTGAAAAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC * * * * 14830629 TGTTCATATATGTTTGTTCGAAAA-AAAATAATACTAATCCATTAATATTTCAAAAATTAATAAA 257 AGTTCATATAAGCTT-TTC-AAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAA * * * * * * 14830693 ATA-TTAAAAAAATCTATTTATTAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTAT 320 AGATTTAAAAAAATATATTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTTTAT * * * 14830757 TTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAACAATAATTTCTA-TTTATACAAGCTTATTC 385 TTAAAATTGTTATGAC-TTTTGTT-TGTTATAAAACAATTATTT-TAGTTAATACAAGCTTATT- * * * 14830821 GGATTAAAATGATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAA 446 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAATAAA * * * * * 14830886 TATGCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT 511 TATGTTTACCAAACTAGATCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT * * * * * * 14830951 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*** 14834484 TGTCGTAAAATGATTTTTTTTGTTCATAGAAA-CTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATT 507 TATCGTAAAATAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCATATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATT * * 14834547 AAAATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGT 570 AAAATTCAA-AAAAATAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAT-AAAT---T-TATTTACTGAACAAGT * * 14834611 TCAAACT-TTATTGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAACTTGA-TATGA-CTTTT-TGTTTAG 628 TCAAA-TATTA-TGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAA-ATCATTATGATCTTTTAT-TTT-G * 14834672 TCATAAAACAATTG-TT-T-GTCATACATGCT 688 TCATAAAACAATTGTTTCTAGTCATACAAGCT * * * * 14834701 TATTTC-AACTAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAA 1 TA-TTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAA * * * 14834765 AATAAAAATGTTT-TCCAAACAAGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA 65 AATAAAAATATTTAT-CAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA * * * * 14834829 TCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATATAAGCTTATTTGAAATA 129 TCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAGCTTATTTCAAATA * * * 14834893 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* * * * * * * * * 14839094 ATTAATATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTA-TTCAGAG 128 ATCATTATGACCTTTTGTTTTATAAT-AAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTCA-AA * * * ** * * * * * * * 14839157 TAAAATATTGCCAAACTAATAAAATTCCAGAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATGTA 191 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATATG * * ** * * * * * * * * * * 14839218 TTTGCCAAAC-TTTTTATAATATTTAAGAATTTTA-GAACAATTATCTATTTTAAATCATTCTGA 256 TTTACCGAACATAATCA-AATA-GTCATAACTATATGAACAAATATCTATTTCAAAACATTATGA * * * ** * * * * * * * 14839281 CTTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTTTTTTTAGTTCATACAAGCTAATGCAAAATACAATAATACA 319 CATTTT-TTTTATCATAAAAAAATTAGTTCAATTCTTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATA * * * * * * ** 14839346 AA-TTTATTAACATTCATAAAGTTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAA 383 AAGTTGA-TAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA-AAA-TT-AAAAAATAAATAGATTTATC-GAA * * * * * * * 14839409 CAAG-TTCAAATAGTTATGACTATCTGGACAACTATTTATTT-AAAGTCATTATGACCATT-TAT 443 C-AGTTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTGAAA-TCACTATAACC-TTCTGT * * * * * * * * 14839471 TTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCAAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACA-TTATGTTA 505 TATATCGTAAAATAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTA * * * *** 14839534 TTAATATTTC-AAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTA-TCGAATC-AGT 568 TTAA-AATTCAAAAAAATAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTA-TTTACT-GAA-CAAGT * * * * *** * * 14839595 TCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGAACTTTTGTTTTGTCAT 628 TCAAAT-ATTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTCAT * * 14839660 AATACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGACT 692 AAAACAATTGTTTCT-AGTCATACAAG-CT * * * * * * 14839689 T-TTCAAAATAAAATAATCCA-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTGAAA 1 TATTCGAAATAAAATAAT-AATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAA * ** * * * * * * * 14839752 AATAAATATGCTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTAGT-ACTATTTGAATAATTATATATTTTAAA 65 AATAAAAATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA * * * * * * * 14839816 TCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATGAAAA-AATTATTTATATTCTTTCAAGTTTA-TTCAAAAT 129 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Indices: 14838168--14838555 Score: 453 Period size: 172 Copynumber: 2.3 Consensus size: 167 14838158 GTATGTTTAC * * * 14838168 CGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTCTTC 1 CGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTCTTC * * 14838233 TTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTGTATATAAATTTATATGAAGTAAAATAATATTAATTTAT 66 TTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTGTATACAAACTTATATGAAGTAAAATAATATTAATTTAT 14838298 TAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAAGAATCTGCTTAT 131 TAATATTCCAAAAATTAATGAG-AA-A-AA-AATCT-CTTAT * * 14838340 CGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCT-TTC 1 CGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTCTTC * * * * * * * 14838404 ATTTTGTCATCAAACAATTGGTTT-TGT-TCATGCAAGCTTATTTTG-AGTAAAGTAAT-TTAAA 66 -TTTTGTAATAAAACAATT-GTTTCAGTGT-ATACAAACTTA-TATGAAGTAAAATAATATT-AA * * * * 14838465 TTTATTAATATTCCACAAATTAATGAGAAAAAAATGTTTTTT 126 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAAAAATCTCTTAT * * * * 14838507 TGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA 1 CGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAA 14838556 TGTAATGACC Statistics Matches: 187, Mismatches: 24, Indels: 15 0.83 0.11 0.07 Matches are distributed among these distances: 167 46 0.25 168 4 0.02 169 2 0.01 170 1 0.01 171 8 0.04 172 119 0.64 173 7 0.04 ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.10, T:0.40 Consensus pattern (167 bp): CGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTCTTC TTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTGTATACAAACTTATATGAAGTAAAATAATATTAATTTAT TAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAAAAATCTCTTAT Found at i:14839682 original size:18 final size:19 Alignment explanation

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Indices: 14842120--14842198 Score: 64 Period size: 26 Copynumber: 3.2 Consensus size: 26 14842110 CTTATGATGG * 14842120 TTATGTTTGTCTTAAGTTATTGTTGA 1 TTATGTTTGTCTTAAGTCATTGTTGA * 14842146 TTATGGGATTT-TCTT-A-TGA-TG--G- 1 TTAT--G-TTTGTCTTAAGTCATTGTTGA 14842168 TTATGTTTGTCTTAAGTCATTGTTGA 1 TTATGTTTGTCTTAAGTCATTGTTGA 14842194 TTATG 1 TTATG 14842199 GCCTATAATT Statistics Matches: 41, Mismatches: 2, Indels: 20 0.65 0.03 0.32 Matches are distributed among these distances: 19 3 0.07 20 5 0.12 21 1 0.02 22 6 0.15 23 3 0.07 25 3 0.07 26 11 0.27 27 1 0.02 28 5 0.12 29 3 0.07 ACGTcount: A:0.19, C:0.05, G:0.22, T:0.54 Consensus pattern (26 bp): TTATGTTTGTCTTAAGTCATTGTTGA Found at i:14842174 original size:48 final size:48 Alignment explanation

Indices: 14842103--14842199 Score: 185 Period size: 48 Copynumber: 2.0 Consensus size: 48 14842093 CTTAAGTGAA * 14842103 GGATTTTCTTATGATGGTTATGTTTGTCTTAAGTTATTGTTGATTATG 1 GGATTTTCTTATGATGGTTATGTTTGTCTTAAGTCATTGTTGATTATG 14842151 GGATTTTCTTATGATGGTTATGTTTGTCTTAAGTCATTGTTGATTATG 1 GGATTTTCTTATGATGGTTATGTTTGTCTTAAGTCATTGTTGATTATG 14842199 G 1 G 14842200 CCTATAATTT Statistics Matches: 48, Mismatches: 1, Indels: 0 0.98 0.02 0.00 Matches are distributed among these distances: 48 48 1.00 ACGTcount: A:0.19, C:0.05, G:0.24, T:0.53 Consensus pattern (48 bp): GGATTTTCTTATGATGGTTATGTTTGTCTTAAGTCATTGTTGATTATG Found at i:14846868 original size:177 final size:177 Alignment explanation

Indices: 14846160--14853994 Score: 2840 Period size: 181 Copynumber: 43.2 Consensus size: 177 14846150 CCAACTTCTC ** * * ** * * * * 14846160 AATTTTTGAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAGCT-GAAACA 1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGA-ATAAAAACA * * * * ** * * * * 14846224 TTTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATCGATAATTGTTTAAATAGTCATAA 65 ATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAA * *** * * * 14846289 CTATTTGAACTTGTTTAATAAACAAACTTATTTCTTGAAATTTCTTACTTATT 130 CTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTT-TTTAAA--TC-T-CTTATT * * * * * * * * ** 14846342 AATTTTATG-AATGTTAATAAAATAGTTTTATTTTATT-TCGAATAAGCATATATAAATTGAAAC 1 AATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATGAATAAAAAC * * * ** * * 14846405 AATT-TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCTAATAGTCTT 64 AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCAT * * * ** 14846468 TACTATTT-AAATTGATTTGACAAAC-GTATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT 128 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AACTATTTGAA----CTTATTCGGTAA---ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATT * * * * * * * * 14851224 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGGAATAATTTTTTTATTACAAAATAAAAGGTTATAA 1 A-ATT-TTTGAAAT-A--TTA-ATAAATT--AGT-ATTATTTTATT-CTAAAT-AAA-CTTGT-A * ** * * * * ** * * * 14851289 TGATTTGAAATAAATA-ATTAT-TCAAATAC-TTATGACTCTTTGAAC-TTGTTCGATAA-ACAT 53 TGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAA-ACAAAATG--TC-AT-AACAAT-TT-GA-AATAGAT ** * ** * * * ** ** ** 14851349 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTGTCAAAATATT-AATAAATGAACTTATTCGGTAA 110 A---ATAGTTCAAAT-AGTCA-TAACTATTTG--AACTTATTCGGT--A--AACAGATT---T-- ** ** 14851413 ACAGATTCTTTTTTTAATTCTCCTACTCATT 159 ----A-T-TTTTTAAATCT---CT--T-ATT * * ** * * * ** * 14851444 AATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTACAAC-AAATAAGCTTATATAAATTGAAAGA 1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTATGAATAAAAACA * * * * * * * * * * 14851508 ATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGTTAGAATAATTTAAAATAGATAATTA-CTCAAATAGTCATG 65 ATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATA * * ** * 14851572 ACTATATGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT 129 ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATT * ** * * * * * * 14851625 AATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATATACATATATGAATAAAAACT 1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAACTTGTATGAATAAAAACA * * * * ** * * * 14851689 ATTATTTTATAACATAAAAAAAAAGTTATAACGGTTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATA 65 ATTATTTTATGACA-AAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATA ** * * 14851754 ACTATTAAAAC-TATTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATT 129 ACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATT * * * * * * * ** ** 14851803 AATTTTTGAAATATTAGTAGATCAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACCAAAACTT 1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAAAAACAA * * ** * * * 14851868 TTGTTTTATGACAAAACAAAA-G--GTAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAAT 66 TTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAAC * * * * * 14851930 TATTTG-ATTTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTTTAAATCTCTTATTTATT 131 TATTTGAACTT-ATTCGGTAAAC-AGATT-TATTTTTTAAATCTC----TTATT * * * 14851983 AATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCT-AATAAGCTAGTATGAATTGAAAA 1 AATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-CTAAATAAACTTGTATGAA-T-AAAA * * * * * * * * 14852046 A-AATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGATCACACAATCT 62 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCA * ** * 14852109 TAACTATTTGAAC-TAGTTTGACATACA-ACTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT 127 TAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTC----TTATT * * * * * * 14852164 AATTTTTAAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATA 1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATG-A-ATAAAAA * * * ** * * ** * * * * 14852228 -AACT-TTTTATGATAGAATGAAAGGTTATAATGATTTG--ATATACAATTGTTTAAATAGTCAT 63 CAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCAT * ** * 14852289 AACTATTTAAACTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATT 128 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-T--TATT * * * * * * * * 14852342 AATTTTTTAAAGATTAATAAAATATTATTATTTTATTCTGAATAAGCATATATG-ATCAAAAACA 1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAAT-AAAAACA * * * * * * * * * 14852406 ATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGTCATAA 65 ATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAA * ** * * * *** 14852471 TTATTTGAACCGATCCGATAAATAGATTCGCTTTTTAAATTTCATACTTATT 130 CTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATT * * * ** 14852523 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GTAACA 1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAA-TAAAAACA * * * * * * * * * 14852587 ATTGTTTTATAACAAAACCAAAGGTAATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCTAATAGT-AGT- 65 ATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCA-TA * * * 14852650 ACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAACTCATGCTTATT 129 ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-TC-T-CTTATT * * * ** * * 14852702 AATTTTTAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGA-TTTTATAAACT-AAAAC 1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-ACTTGTATGAA-TAAAAAC * * * * * * 14852765 AATTGTTTTATGGCAAAA-AAAAAGTCATGACAATTTTAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCAT 64 AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCAT * * ** * 14852828 AACTATTTAAACTTGTTTTGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTAGCTTATT 128 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATC--T--CTTATT * * * * * * * * * 14852883 AAGTTTTT-TAATGTTAATTAAATTTGGATTA-TTTGTTCCAAATAAGCTTGTAAG-ATATGAAA 1 AA-TTTTTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATA-AAAA * * * * * * * * * 14852945 CAAATATGTTATGACTAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAACAAAAAATTA-TTCTAATAGTT 63 CAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTC * * * * * 14853008 TTTACTATTTGAAC-TAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATT 126 ATAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATT * * * * * * * * 14853060 AATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTTTGTG-ATCATAAA 1 AATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAACTTGTATGAAT-AAAAA * * ** * * * 14853122 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CAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCA-AATAGTCA * * * * * 14853549 TAACCATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTTATT 127 TAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATT * * * * * 14853600 AATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAA 1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAAAAACAA * * * * * * * 14853664 TTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAA-AGATTTGAAATAGATTATCA-TTCATATAGTCTTA 66 TTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAAT-AGTTCAAATAGTCATA **** ** * * * * * 14853727 ACTATTTGAA-TTGATTTAACAATTAGACTTATTTTTTAATTTTTTTGGTT 129 ACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATT * * * * * ** * 14853777 ATTTAGTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTATT-TCAAATAAAATAATATGAATAGAA 1 AATT--TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATGAATAAAA * * * * 14853841 CCAATT-TTTTGATGACAAAATAAAA-GCTTATAACAATTTGAAATAGTTAAGTA-TTCAAATAG 62 ACAATTATTTT-ATGACAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAG * * * ** * * * 14853903 TTAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATT 124 TCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-ATT 14853961 AATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT 1 AATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT 14853995 GTGACAAAAC Statistics Matches: 5835, Mismatches: 1346, Indels: 945 0.72 0.17 0.12 Matches are distributed among these distances: 166 3 0.00 167 2 0.00 168 3 0.00 169 6 0.00 170 7 0.00 171 4 0.00 172 9 0.00 173 11 0.00 174 54 0.01 175 78 0.01 176 310 0.05 177 580 0.10 178 322 0.06 179 595 0.10 180 1199 0.21 181 1355 0.23 182 565 0.10 183 87 0.01 184 202 0.03 185 30 0.01 186 25 0.00 187 16 0.00 188 30 0.01 189 12 0.00 190 22 0.00 191 7 0.00 192 5 0.00 193 8 0.00 194 18 0.00 195 4 0.00 196 3 0.00 197 21 0.00 198 16 0.00 199 15 0.00 200 25 0.00 201 14 0.00 202 11 0.00 203 11 0.00 204 23 0.00 205 14 0.00 206 6 0.00 207 28 0.00 208 22 0.00 209 14 0.00 210 5 0.00 211 9 0.00 212 2 0.00 213 4 0.00 214 7 0.00 215 3 0.00 218 6 0.00 219 3 0.00 220 4 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42 Consensus pattern (177 bp): AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAAAAACAA TTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAAC TATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATT Found at i:14847338 original size:361 final size:361 Alignment explanation

Indices: 14846160--14853994 Score: 4162 Period size: 361 Copynumber: 21.6 Consensus size: 361 14846150 CCAACTTCTC ** * * * 14846160 AATTTTT-GAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAGCT-GAAAC 1 AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGA-ATAGAAAC * * * * * * * * 14846223 -ATTTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATCGATAATTGTTTAAATAGTCAT 64 AATTAG-TTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCAT * * * * * 14846287 AACTATTTGAACTTGTTTAATAAACAAACTTATTTCTTGAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTATG 128 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-G * * * * * * * ** 14846351 AATGTTAATAAAATAGTTTTATTTTATTTCGAATAAGCATATATAAATTGAAACAATT-TTTTAT 191 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTAT * * * * * 14846415 GACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCTTTACTATTT-AA 256 GACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAA * * * * * 14846478 ATTGATTTGACAAAC-GTATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT 319 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AGTTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-TTTTGTATGAATAAAAAC 1 AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTT-TATGAATAGAAAC * * 14846938 AATT-GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGAT-G 64 AATTAG-TTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAG-TCA * * * * * * * 14847001 TGACAATTTAAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGA 127 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA * * * * * * 14847066 ATATTAATAAATTAGTATCAATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAAAAATAATTATTTTAC 192 ATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTAT * * 14847131 GACAAAACAAAA-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACT 256 GACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT * * * 14847195 CATTCGATAAACAGATATATATTTTAAATATTTTACTTATT 321 TATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATT * * * * 14847236 AATTTTTAGAATTTTCATAAATTAGTATTATTTAATTTTGAATAAGCTTTTATAAATAGAAACAA 1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAA * * * * * * * 14847301 TTAGTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCGTTA 66 TTAGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAA * * * * * * 14847365 CTATTTGAACATGTTTAGAAAACAAATTAATTTTTTAAAT-T-TGTACTTCTTAATTTTTGGAAT 130 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAGAAT * * * * 14847428 ATTAATAAATTTA-AATTA-TTT-TTTCAAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTTATG 194 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATG * * * * * 14847490 ACAAAATAAAATGATCAT-ATTATTTTGAAAGAGATAATTGTTTAGATGGTCATAACTATTTGAA 257 ACAAAACAAAA-G-TCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA * * * * * * 14847554 CTTATTTGGTAAACAGATTCT-TTTTTTAATTCTCTTACTCATT 319 CTTATTCGATAAACAGATT-TATTTTTTAAATATTTTACTTATT * * ** * 14847597 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACA 1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAACA * * * * 14847661 ATT-GTTTTATTACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCAT 65 ATTAG-TTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCAT * * ** * * * * * * 14847724 GACAATTTGAACTTGTTCAGTAAACCTATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTAATAATTGTCAAAA 128 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA * * * * 14847789 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATG 193 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATG * ** * * 14847853 ACAAAGTA-AAAAGTCAAAACAATTTGAAATA-AGTAATTGCTTAAATAGTCATAA-TAATTTAA 257 ACAAA--ACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTTAAATAGTCATAACT-ATTTGA *** *** * * * * * * * 14847915 AAAAAAAAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTAAACAACTTCAGCAAATTGATTT 318 ACTTATTCGATAA------ACAGA-T-TT-ATTTTTTAAA-TATTTTA-C---TT-A-TT * * * * * * * ** 14847975 ATTTTTTA-AATCTCT--T-AGTTATTAATT-TTTGAAATATTATTAAATTAG-TATTAT-TTTA 1 AATTTTTAGAATAT-TAATAAATTAGT-ATTATTT----TATT-TTGAATAAGCTTTTATGAATA *** * * * * * ** * 14848033 -TTCCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAATAGA--ACAAA-AGGTTACAATG 59 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ATTA-GTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCAT * * ** * * * * 14848478 AACTATTTGAACCTATTTGGTAAGCATATTTATTTTTTAAA-AT-TT-CTTATTAATTTTTTGAA 128 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA * * ** * * * * * 14848540 TTTTAATCAAA-TAGTATTTTTTTTAATTTTGAATAAGCATGTATAAATTAAAGCAATTATTTTA 193 TATTAAT-AAATTAGTA-TTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTA * ** * * * ** * 14848604 TGACTAGCCAAAATGTTAGAA-GATTTGAAATAGCTAATTGTTTTGATAGTCTTAACTATTTGAA 255 TGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA * * * * * 14848668 -TTGGTTC-AGTAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT 319 CTT-ATTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATT * * ** * ** * * * 14848711 AATTTTTAGAATATTATTAATTTAACAATATTTTACATTGAATAAACTTCTATGAATAGAAATAA 1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAA * * * * * * * 14848776 TTATTTTATGATAAAAC-AAATATCATAACGATTTTAGATAGACAATAGTTCAAATAATCATAAC 66 TTAGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAAC * * * * * 14848840 TATTTGAGA-TCGTTCAATAAATAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATA 131 TATTTGA-ACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA * ** ** * * * 14848900 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGGATGAAAACAATTGTTTTACGACA 195 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACA * * * ** * * * * 14848965 AAACAAAATATCATAACGATTT-AAAGTAGCTAATAATTTGAATAGACTTGACTATTTGAACTTA 260 AAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA * * * * *** 14849029 TTCAATGAATA-ATTTATTTTTTAAATCTACAACTTATT 323 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATT * * * 14849067 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATGGAAACAA 1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAA * * * * 14849132 TTATTTTATGACAAAACAAAA-GATCACAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATA 66 TTAGTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATA *** * * * 14849195 ACTATTTGAACTCACTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATT-ATTTTTTGAA 129 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-A * * * * 14849258 ATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATG 192 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATG * * ** * * * 14849323 ATAAAACAAATGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACG 257 ACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT * * 14849388 TGTTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACATATT 321 TATTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATT * * ** * * * 14849428 AATTTTT-GCAGTATTAATCAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGCATGAACATAAC 1 AATTTTTAG-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTTTATGAATAGAAA * ** * * * 14849490 CAATTATTTTATGACAAAACAAAACATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTA-TTCGAATAGTCA 63 CAATTAGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCA * * * * * * 14849554 TAACTATTTGAGCTTGTTCAGTAAACAAGTTCA-TTTTTAATTCTCTTACTCATTAATGTTT-GA 127 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG- * * * ** * * 14849617 AATATTAATAAATTA-TATTA-TTTATTTAAAATAAGCTTATTTGAATTGAAACAGTTATTTTAT 191 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTAT * * * * * * * * * 14849680 TACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGTTAACTATTCAAATAATCATGAC-ATTTCAAC 256 GACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC * * * * * * 14849744 TTGTTTGGTAAACATATTTATCTTTTAAATCTTTTTACTTATT 320 TTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-ATTTTACTTATT * * * * * * *** * * * 14849787 AATTGTCAAAATATTCAT-AATTAATATTATTTTAATCCAAATAACCTTGTATGAATAAAAACAA 1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAA ** * * * 14849851 TT-GTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATA-AGTAATTGCTCAAATAGTCATA 66 TTAG-TTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATAGTTCAAATAGTCATA * * * ** 14849914 AC-ATTTGAACTTGTT-TGATAAACATACTTATTTTCAAAATCT-TGTACTTATTAATTGTCTT- 129 ACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATT-T-TTA * * * * * 14849975 -AATATTAATAAATTTGTATTGTTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATAAATAGAAAA-ATTTTATT 190 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14850400 TGACAAAATAAGA-TCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAC 255 TGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC * * * * 14850464 -TAGTTTGATAAACATATTTAATTTTT-AA-A-TCT-CTTATT 320 TTA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATT * * * * * 14850502 AATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTTTATATAAATAGAAATA 1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTT-TATGAATAGAAACA * * * * * * * * 14850566 A-TCGTTTTAAGACAAAACAAAATGTCACAATGATTTAAAATAGATAATAATTTAAATAGACATA 65 ATTAG-TTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATA * * ** 14850630 GCTATTTGAACTTGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAA 129 ACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA ** * * 14850694 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTCTTTTATGA 193 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA * * * ** * 14850759 CAAAATAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAAGGGTCATAACTATTTGAACTC 258 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T-CTC--T-TACTCA-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT 321 TATTCGATAAACAGATTTATTTTTTA-AATATT--T-TACT--TATT * * * * *** * * 14851224 ATTTTATTTCA-AATAAGCTTATATGAATTGGAATAATTTTTTTATTACAAAATAAAAGGTTATA 1 A-ATT-TTT-AGAAT-A--TTA-ATAAATT--AGT-ATTATTTTATT-TTGAAT--AAGCTT-TT * * * * * * 14851288 ATGATTTGAAATAAATA-ATTAT-TCAAATACTTATGACTCTTTGAACTTGTTCGATAAACATAT 52 ATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAA-AC--A--A-------AA--TG-TC-AT-AAC---- * * ** * * ** * * 14851351 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTGTCAAA-A-T-ATTAA-TAAATGAACTTATTCGGTA 96 -GA--TTTGAAA-----TAGATAATA-GT-TCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCAGTA * * * * * * 14851412 AACAGATTCT-TTTTTTAATTCTCCTACTCATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATT 150 AACAAATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT *** * * ** * * * * * * 14851476 TTACAACAAATAAGCTTATATAAATTGAAAGAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGTTAGAATAA 214 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTCATAATGA * ** * * * * * * 14851541 TTTAAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATGACTATATGAACTTGTT-TAGTAAACATATTTATT 278 TTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGA-TAAACAGATTTATT * 14851605 TTTTAAATCTTTTACTTATT 342 TTTTAAATATTTTACTTATT * * * * * * * * * 14851625 AATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATATA-CATATATGAATAAAAACT 1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA-AGCTTTTATGAATAGAAACA * * * * * * * * * 14851689 ATTATTTTATAACATAAAAAAAAAGTTATAACGGTTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATA 65 ATTAGTTTATGACA-AAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATA ** * * * 14851754 ACTATTAAAACTATTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAA 129 ACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-A * * * * * * * * ** ** 14851813 ATATTAGTAGATCAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACCAAAACTTTTGTTTTATG 192 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATG * * * * * 14851878 ACAAAACAAAAG--GTAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTG-ATTT 257 ACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTT * * * * * * * * 14851940 GGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTTTAAATCTCTTATTTATT 322 -ATTCGATAAAC-AGATT-TATTTTTTAAATATTTTACTTATT * * ** * 14851983 AATTTTT-GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCT-AATAAGCTAGTATGAATTGAAA 1 AATTTTTAG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TTGAATAAGCTTTTATGAATAG-AA * * * * * * * * 14852045 AAAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGATCACACAATCT 62 ACAATTAGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCA * * * * 14852109 TAACTATTTGAACTAGTT-TG-ACATACAACTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTA 127 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTA-A-ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA * * * * * * 14852172 AAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATA-AACT-TTT 190 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-A-ATAAAAACAATTGTTT * ** * * * * * 14852235 TATGATAGAATGAAAGGTTATAATGATTTG--ATATACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTA 253 TATGACA-AAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTG ** * * 14852298 AACTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATT 317 AACTTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATT * * * * * * * 14852342 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AACTATTTGAAATGGTTTGGTAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTA-A 128 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAGA 14853971 ATATTAATAAATTAGTATTATTTT 192 ATATTAATAAATTAGTATTATTTT 14853995 GTGACAAAAC Statistics Matches: 5727, Mismatches: 1326, Indels: 841 0.73 0.17 0.11 Matches are distributed among these distances: 352 5 0.00 353 70 0.01 354 149 0.03 355 35 0.01 356 387 0.07 357 539 0.09 358 788 0.14 359 636 0.11 360 416 0.07 361 1068 0.19 362 343 0.06 363 269 0.05 364 161 0.03 365 170 0.03 366 17 0.00 367 13 0.00 368 14 0.00 369 20 0.00 370 18 0.00 371 14 0.00 372 12 0.00 373 10 0.00 374 17 0.00 375 24 0.00 376 11 0.00 377 14 0.00 378 20 0.00 379 12 0.00 380 14 0.00 381 6 0.00 382 20 0.00 383 11 0.00 384 8 0.00 385 10 0.00 386 8 0.00 387 3 0.00 388 27 0.00 389 140 0.02 390 7 0.00 391 5 0.00 392 15 0.00 393 3 0.00 395 6 0.00 396 35 0.01 397 89 0.02 398 12 0.00 399 17 0.00 400 3 0.00 401 12 0.00 402 2 0.00 403 3 0.00 404 1 0.00 405 1 0.00 406 8 0.00 407 9 0.00 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Indices: 14849223--14849267 Score: 56 Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23 14849213 GTAAACAGAT * * 14849223 TTATTTTTTAAAATTTTTACTTA 1 TTATTTTTTAAAATTTTTAATAA * 14849246 TTATTTTTTGAAA-TTTTAATAA 1 TTATTTTTTAAAATTTTTAATAA 14849268 ATTAGTATTA Statistics Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 1 0.83 0.13 0.04 Matches are distributed among these distances: 22 7 0.37 23 12 0.63 ACGTcount: A:0.33, C:0.02, G:0.02, T:0.62 Consensus pattern (23 bp): TTATTTTTTAAAATTTTTAATAA Found at i:14849860 original size:719 final size:708 Alignment explanation

Indices: 14846160--14855903 Score: 3316 Period size: 718 Copynumber: 13.6 Consensus size: 708 14846150 CCAACTTCTC * ** * * * * * 14846160 AATTTTTGAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAGCT-GAAACA 1 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA-ATAGAAACA * * * * ** * * 14846224 TTTGTTTTATGATAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTTAAATCGATAATTGTTTAAATAGTCATA 65 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA * * * * * * 14846288 ACTATTTGAACTTGTTTAATAAACAAACTTATTTCTTGAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTATGA 129 ACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTC-TACTTATT-ATTTTTTAA * * * * * * * ** 14846352 ATGTTAATAAAATAGTTTTATTTTATTTCGAATAAGCATATATAAATTGAAACAATT-TTTTATG 192 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATG * * * * * * * * 14846416 ACT-AAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCT-TTACTATTTAAA 257 A-TAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAA * * * * * * * * 14846479 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ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACA-ATTATTTTAT * * * * * * 14850041 G-TCAAAACAAAAAGTTACAGCGATTTGGAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAA 256 GAT-AAAACAAAAA-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA * * * * * 14850105 CTTGTCTGGTAAATATATTCT-TTTTTTAAATATCTTA-ATTATTAATTTTTGAAATATTACTAA 319 C-TGT-TCGAAAACATATT-TATTTTTTAAATATTTTACA-TATTAATTTTTG-AATATTAAT-A * * * * ** 14850168 ATTGT-TATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA-TTGAAACAAATCTTTTACAACAAAA-A 378 ATT-TATATTATTTTATTT-AAATAAGCTTATATGAACAT-AAACAATTATTTTATGACAAAACA *** * * 14850230 AAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTTTATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTGGATA 440 AAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTAG-TA * * * * * * * 14850295 AGCACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATT-ATTTTTTATAATATTATTAATTTAGCAATATT 503 AACACATTTATTTTTTAATTC-TTTACTCATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-TATTATT * * * * * 14850359 TTACTTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAGCAATTGTCTTATGACAAAATAAGATCATAATGAT 565 TTA-TTTAAAATAAGCTTATATGAACAAAAGCAATTATCTTATGACAAAAAAAGATCATAATAAT * * * * * 14850423 TTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACATATTTAATTT 629 TTGAAATAGATAACTATTCAAATAATCAAAACTATTTCAACTAGTTTGATAAACATATTTAATTT 14850488 TTAAATCT-CTTATT 694 TTAAATCTACTTATT * ** * * * 14850502 AATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATAAATAGAAATAA 1 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAA * * * * * * * * 14850567 TCGTTTTAAGACAAAACAAAATG-TCACAATGATTTAAAATAGATAATAATTTAAATAGACATAG 66 TTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA * * * 14850631 CTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAAT 130 CTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTCTACTTATTATTTTTTA-AAT ** * * * 14850695 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTCTTTTATGAC 194 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGAT * * * ** * 14850760 AAAATAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAAGGGTCATAACTATTTGAACTCG 259 AAAA-CAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-G * * * * 14850825 TTCGATAAACTTATTTATTTTTTAAAATATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATT 322 TTCGA-AAACATATTTATTTTTT-AAATA--TTTTACATATTAATTTTT-GAATATTAATAATTT * * *** 14850890 AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGATTATGACAAAACAAAATG 382 A-TATTATTTTATT-TAAATAAGCTTATATGAACATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-G * * * 14850955 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACATGTTTAGAAAACA 444 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TG-TTAGTAAACA * * 14851020 TATTTATTTTTTAAATT-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT 507 CATTTATTTTTT-AATTCTTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATT ** * * * * 14851084 TAAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGT-TTAATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GTTT- 570 TAAAATAAGCTTATATGAACAAAAGCAATTATCTT-ATGAC-AAA-AAAAGATCATAATAATTTG * ** ** * * * * 14851146 ---T--TTAA--A--C--ATGTTC--GGC-A----AAC-A----GATGAA-TTTTTTAA-TTCT- 632 AAATAGATAACTATTCAAATAATCAAAACTATTTCAACTAGTTTGATAAACATATTTAATTTTTA * * 14851185 -CT-TACTCATT 697 AATCTACTTATT * ** * * * * * 14851195 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATTGGAATAA 1 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAA * * * * * * * * * 14851260 TTTTTTTATTACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATACTTATGAC 66 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC * * * * ** 14851325 TCTTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTATTTGTCAAAATA 131 TATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTCTACTTATTATTT-TTTAAATA * * * 14851389 TTAATAAATGAACTTATTCGGTAAACAGATTCTTTTTTTAATTCTCCTACTCATTAA--TT-TTT 195 TTAAT--A--AA-TTA----GT------A---TTATTTT-ATT-T-C-A---AATAAGCTTGTAT * * * ** * * * ** * * * ** 14851451 GGAATTTTAATA-AATTAGTATTATTTTACAACAAATAAGCTTATATAAATTGAAAGAATTGTTT 235 -GAA--TAAAAACAATTA-TTTTATGATAAAACAAA-AATCATA-ACGATTTGAAATAAAT-AAT * * * * * * 14851515 TATTACAAAAGAAAAAGTTAGAA-TAATTTAAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATGACTATAT 293 TGTT-C-----AAATAGTTATAACT-ATTTGAACT-G----TT-C-GAAA-A--CAT-A-T-T-T * ** * * 14851579 GAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTT-ACTTATTAATTATCAAAATATTAAT 337 --A-TT-TTT--TAAATAT-TTTACATATT-AAT-TTTTGA---A-T-ATTA--ATAAT-TT-AT * * ** * ** * * * * * 14851643 AAATTAATATTATTTTAATTTGAATATACATAT-ATGAATAAA-AACTATTATT-TTATAACATA 384 --ATT-ATTTTA-TTTAA-AT-AAGCT-TATATGA-ACATAAACAATTATT-TTATGACAAAACA * * * * * ** ** * 14851705 AAA--AAAAAGTTATAACGGTTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTAAAACTAT 440 AAAGTCATAA--CA-AT----TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-G * * * * * * * 14851768 TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAGATCAATA 497 TTAG-TAAACACATTTATTTTTTAATTCTTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TATA ** * * ** * * ** 14851830 TTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACCAAAA-CTTTTGTTTTATGACAAAACAAA-A-GGT 560 TTATTTTATTTAAAATAAGCTTATATGAA-CAAAAGCAATTATCTTATGACAAAA-AAAGATCAT * * ** * * * * ** * * * * 14851892 AATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGATTTGGTTAGGTAAACAAAAT 623 AATAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAATCAAAACTATTTCAACTAGTTTGATAAAC-ATAT ** * 14851957 TATTTTTTTTAAATCTCTTATTTATT 687 T-TAATTTTTAAA--TC-TACTTATT * * * * * * 14851983 AATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCT-AATAAGCTAGTATGAATTGAAAA 1 AATTTTTAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TTGAATAAACTTGTATGAATAG-AAA * * * * * * * * * * 14852046 AAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGA-TCACACAATCT 63 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCACAATGATTTGAAATAAATAATT-ATTCAAATAGTCA * * * * * * 14852109 TAACTATTTGAACTAGTTTGACATACAACTTTATTTTTT-AAATC-TCTTAGTTATTAATTTTTA 127 TAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTC-TACTTATT-ATTTTTT * * * * * 14852172 AAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATA-AACT-TTT 190 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-A-ATAAAAACAATTATTT ** ** * * * * * * * 14852235 TATGATAGAATGAAAGGTTATAATGATTTG--ATATACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTA 253 TATGATA-AAACAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTG * * * * * 14852298 AACTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTTAAAGATTAATAA 317 AACT-GTTCGA-AAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACATATTAA-TTTTTGAATATTAATAA ** * * * * * * * 14852362 AATATTATTATTTTATTCTGAATAAGCATATATGATCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAA 379 TTTA-TATTATTTTATT-TAAATAAGCTTATATGAACATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA * * * * * * * ** 14852427 AGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGTCATAATTATTTGAACCGATCCGATAA 442 A-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTAG-TAA * * ** * * * 14852492 ATAGATTCGCTTTTTAAATT-TCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT 504 ACACATT-TATTTTTTAATTCT-TTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTT ** * ** * * * * * * 14852556 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGTAA-CAATTGTTTTATAACAAAACCAAAGGTAATAACAA 566 TATTTAAAATAAGCTTATATGAAC-AAAAGCAATTATCTTATGACAAAA--AAAGATCATAATAA * * * * * * ** * * * * * * 14852620 TTTTAAATAGACAATTGTTCTAATAGT-AGTACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACATATTTATTT 628 TTTGAAATAGATAACTATTCAAATAATCAAAACTATTTCAACTAGTTTGATAAACATATTTAATT * 14852684 TTTAAACTCATGCTTATT 693 TTTAAA-TC-TACTTATT * * * * 14852702 AATTTTTAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGA-TTTTATAAACTA-AAAC 1 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ACTTGTATGAA-TAGAAAC * * * 14852765 AATTGTTTTATGGCAAAAAAAAAGTCATGACAAT--TTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGTCA 64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAG--ATCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA * * 14852827 TAACTATTTAAACTTGTTTTG-TAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTT-TAGCTTATTAAGTTTT 127 TAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTCTA-CTTATT-A-TTTT * * * * * * * * 14852890 TT-AATGTTAATTAAATTTGGATTA-TTTGTTCCAAATAAGCTTGTAAG-ATATGAAACAAATAT 188 TTAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTAT * * * * * * * * * 14852952 GTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAACAAAAAATTATTCTAATAGTTTTTACTAT 251 TTTATGA-TAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT * * * * * * 14853016 TTGAACTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTT-AA-A-TCT-CTTATTAATTTTTAGAATATTAT 314 TTGAACT-G-TTCGAAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACATATTAATTTTT-GAATATTAA *** * * * * 14853077 TAATTTAGTATTATTTTTAACCAAATAAGCTTTTGTGATCATAAACAATTGTTTTATGACAAAAC 376 TAATTTA-TATTA-TTTTATTTAAATAAGCTTATATGAACATAAACAATTATTTTATGACAAAAC ** * * * * * * * 14853142 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGAGTCGA 439 AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTAG- * * * ** * 14853207 TAAACA-ACTTTATTTTTAAAATT-TTTAACTTAATAATTTACGAAATATTAATAAATTAGAATT 501 TAAACACA-TTTATTTTT-TAATTCTTT-ACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATT ** * * * * * * * 14853270 ATTTTATTCT-ATCTAAGCTTGTA-GTAACTGAAA-CAATTGTTTTATGATAAATTAAAAGGTTA 562 ATTTTATT-TAAAATAAGCTTATATG-AAC-AAAAGCAATTATCTTATGACAAA--AAAAGATCA ** * * * * * * * * * * 14853332 TAACGATTTTATATAGACAATTGTTCAAATAAT-AATAATTATTTAAACTTGTTTGATAAATAGA 622 TAATAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAATCAA-AACTATTTCAACTAGTTTGATAAACATA * * 14853396 TTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATT 686 TTTA-ATTTTTAAA--TC-TACTTATT ** * * * * 14853423 AATTTTTTGAATGTCAATAAATTAGTATTCA-TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAAC 1 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAAC * * * ** * * * * 14853486 AATTGTTTTATAACTAAACAAAA-AGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATT-TTTATAATTGTCT 64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCA-AATAGTCA * ** * * 14853549 TAACCATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAAA---TCT-CTTATTAATTTTTGA 127 TAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTCTACTTATT-ATTTTTTA * * * * * 14853609 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTAT 191 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTAT * * * * * * * ** * 14853673 GACAAAATAAAAGGTTATAAAGATTTGAAATAGATTATCATTCATATAGTCT-TAACTATTTGAA 256 GATAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAA * * * * * * * *** * ** * * 14853737 TTGATT-TAACAATTAGACTTATTTTTTAATTTTTTTGGTTATTTAGTTTCAGAATATTATTAAA 319 CTG-TTCGAA-AA-CATATTTATTTTTTAAATATTTTACATA-TTAATTTTTGAATATTAATAAT * ** * * * * * 14853801 TTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAAATAATATGAATAGAACCAATT-TTTTGATGACAAAATAAA 380 TTA-TATTATTTTATTT-AAATAAGCTTATATGAACATAAACAATTATTTT-ATGACAAAACAAA * * * * * * * 14853865 AGCTTATAACAATTTGAAATAGTTAAGTATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAA 442 AG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-G-TTAGTAA * * * * * 14853930 GCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTT 504 ACACATTTATTTTTTAATTCT-TTACTCATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTA-TATTATTT * * * * * * 14853994 T-GTGACAA-AA-C--A-A--AA-AGTAA-TAATTA--TT-TG----AAATAGAT--T-AT--TG 566 TATTTAAAATAAGCTTATATGAACA-AAAGCAATTATCTTATGACAAAAAAAGATCATAATAAT- * * ** * * * * * 14854037 TTCAAAGAG-T---TA-T--AAT--T---ATTTGA--T---CTGGTTCGATAAATAGAATT-ATT 629 TTGAAATAGATAACTATTCAAATAATCAAAACT-ATTTCAACTAGTTTGATAAACATATTTAATT * * * 14854084 TTCTAAGCCTCTTAATTATA 693 TT-TAA--ATC-TACTTATT * * * *** * * * * * 14854104 AATTTTTAAAATATTAACAAATTAGTTTTATTCTATTCCAAAGAAGCTTGTAAGAGCTA-AAATA 1 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA-ATAGAAACA * * * * ** * * 14854168 ACTATTTTATGATAAAAC-----A--A-AATG--TTAAAATAAATAATTATTCATGTAATCTTAA 65 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA * * ** ** **** * ** 14854223 GTATTTAAACTACTTTGGCAAATGGTTTTATTTTTT-AAATC-TCTTAGTTATTAAATTTTAGAA 130 CTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTC-TACTTATTATTTTTTA-AA * * * * * * 14854286 TTTTACTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATAAACAGAAAA-AATTATTTTGT 193 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTATTTTAT * * * * * * * 14854349 GATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGTAA 256 GATAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTG-AA * * * * * * * * 14854414 -TGGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTTAA-A-TCT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAAT 319 CT-GTTC-GAAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACATATTAATTTTTG-AATATTAATAATT * * *** * * 14854475 TAGGATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATACGTTGAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAG 381 TA-TATTATTTTATTT-AAATAAGCTTATATGAACATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA- * ** * * * * * *** * * * * 14854540 GTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATTTTTACTTGAATTGATTCAATAAGC 443 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TT-AGTAAAC * * * 14854605 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* * * * * 14855002 TATTATTAAATTACTATTATTTTATCT-GAATAAGCTTGTATG-ATCAGAAATAATTGTTTTATG 193 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTATTTTATG * * * * ** * * * * 14855065 AGAAAACAAAGATCATAACTATTTGAGATTGATATTTGTTCTAATATTTATAACTATTTGAATTG 257 ATAAAACAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT- * * * * 14855130 GTTTGAAAA-ATAGCTTTAGTTTTTT--A-A-TCT-CTTATTAATTTTTGAA-A-TATTAA--TA 321 GTTCGAAAACATA--TTTA-TTTTTTAAATATTTTACATATTAATTTTTGAATATTAATAATTTA *** * * * * * * * 14855185 GGGTATTTTATTTCGAATAAGTTTTTATGAA-TTGAAATAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT 383 TATTATTTTATTT-AAATAAGCTTATATGAACAT-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GT * * * * * 14855249 CATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTGTTTGGTAAATA 445 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TG-TTAGTAAACA * * * * * 14855313 GATTTATATTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTAAATGTTAAT-AATTAGTATTATTTTAT 507 CATTTAT-TTTTTAATTC-TTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTAT * * * * * * * * * 14855377 TCT-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-TAATT-TTTTATGACTAACTAAAAGGTCAAAATGATT 569 T-TAAAATAAGCTTATATGAAC-AAAAGCAATTATCTTATGAC-AA-AAAAAGATCATAATAATT * * * * * ** * * * * * * 14855439 TGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAAGTATTTGAAATAGTTTGACAAACACATTTATTTTT 630 TGAAATAGATAACTATTCAAATAATCAAAACTATTTCAACTAGTTTGATAAACATATTTAATTTT * 14855504 TAAATCT-CTTACT 695 TAAATCTACTTATT ** * * * *** * * * * 14855517 AATTTTTGGAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAAAAGAAAAAA 1 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAA * * * * * * 14855582 TTATTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC 66 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC * ** * * * 14855646 TGTTTGAACTAT-TTTG-TAAACAGCTTCAGTTTTT-AAA---TCT-CTTATTAATTTTTAAAAT 131 TATTTGAACT-TGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTCTACTTATT-ATTTTTTAAAT * ** ** ** ** * * * * 14855704 ATTAATATATCGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTACATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC 194 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGAT * * * * ** 14855769 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGACATAACTATTTGAACT-T 259 AAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGT * * ** * 14855833 AT--AAAA-GTATTTATTTTTTAAATCTCCTA-ACTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT 323 -TCGAAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACA-TATTAATTTTT-GAATATTAATAATTTA-T 14855894 ATT-TTTTATT 384 ATTATTTTATT 14855904 AATAAATTAT Statistics Matches: 6855, Mismatches: 1558, Indels: 1240 0.71 0.16 0.13 Matches are distributed among these distances: 671 44 0.01 672 40 0.01 673 139 0.02 674 19 0.00 675 44 0.01 676 77 0.01 677 10 0.00 678 2 0.00 680 7 0.00 681 78 0.01 682 17 0.00 683 2 0.00 684 2 0.00 685 1 0.00 686 3 0.00 687 1 0.00 689 2 0.00 690 5 0.00 691 3 0.00 692 3 0.00 693 169 0.02 694 9 0.00 695 6 0.00 696 6 0.00 697 14 0.00 698 14 0.00 699 3 0.00 700 15 0.00 701 104 0.02 702 133 0.02 703 46 0.01 704 2 0.00 705 6 0.00 706 10 0.00 707 187 0.03 708 69 0.01 709 20 0.00 710 19 0.00 711 87 0.01 712 28 0.00 713 78 0.01 714 225 0.03 715 300 0.04 716 435 0.06 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Indices: 14851422--14855903 Score: 1798 Period size: 359 Copynumber: 12.7 Consensus size: 357 14851412 AACAGATTCT * * * * * * *** 14851422 TTTTTTAATTCTCCTACTCATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTACAACAAAT 1 TTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT * * * * * * * 14851487 AAGCTTATAT-AA-ATTGAAAGAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGTTAGAATA-ATTTAAAAT 65 AAGCTTGTATGAACA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-AGATTT--GAT * ** * * * * ** * 14851549 AGATAATTACTCAAATAGTCATGACTATATGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATC 126 AGACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC * * ** * 14851614 TTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATATA-CATATA 191 TCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATA-AGC-TATA * * * * * * * * 14851677 TGAATAAAAACTATTATTTTATAACATAAAAAAAAAGTTATAACGGTTTGAAATAAATAATTGCT 253 TGAATAAAAA-AATTGTTTTATGACA-AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGAT ** * 14851742 CAAATAGTCATAACTATTAAAACTATTTTGATAAACAGATTTA 316 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACA-ATTTA * * * * * 14851785 TTTTTTAAATCTC---TTATTAATTTTTGAAATATTAGTAGATCAATATTATTTTATTCCAAACA 1 TTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA * * ** * 14851847 AACTTATATGAACCA--AAACTTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGG---TAATGATTTGAAATAG 66 AGCTTGTATGAA-CATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAAGATTTG--ATAG * * * * ** * * * 14851907 ATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGATTTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTTTAAATC 128 ACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAC-AGATT-TATTTTTTAAATC * * * 14851972 TCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCT-AATAAGCTAGTA 191 TCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-CTGAATAAGCTA-TA * * 14852035 TGAATTGAAAAAAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGAT 253 TGAA-T-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGAT * * * * * * 14852099 CACACAATCTTAACTATTTGAACTAGTTTGACATACAACTTTA 316 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAA-TTTA * * * * 14852142 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AAATAAGCTTGTAAG-ATATGAAACAAATATGTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAA 61 AAATAAGCTTGTATGAACATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAAGATTTG-- * * * * ** * * * * * 14852986 ACAAAAAATTATTCT-AATAGTTTTTACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAA 124 ATAGACAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA * * * ** 14853050 A--TC-T-CTTATTAA-TTTTTAGAATATTATTAATTTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCT- 188 ATCTCTTACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTA * * * * * 14853108 TTTGTGATCATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT 251 TATG-AAT-A-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT * * * * * * 14853173 GTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGAG-TCGATAAACAACTTTA 313 GATCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTGATAAACAA-TTTA * * * ** * * * ** 14853219 TTTTTAAAAT-TTTTAACTTAATAATTTACGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTATC 1 TTTTTTAAATCTCTT-A-TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA * ** * * 14853283 TAAGCTTGTA-GTAAC-TGAAACAATTGTTTTATGATAAATTAAAAGGTTATAACGATTTTATAT 64 TAAGCTTGTATG-AACATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAAGA-TTT-GAT * * * * * * * * * 14853346 AGACAATTGTTCAAATAATAATAATTATTTAAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTTAAAT 126 AGACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAAT * * * * * 14853411 CTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTCAATAAATTAGTATTCA-TTTATTCTGAATAAGCTTGTA 190 CTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTCTGAATAAGC-TATA * * * * * * * * 14853475 TGAACTGAAACAATTGTTTTATAACTAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATT-TTT 253 TGAA-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGATC * * * * * 14853539 ATAATTGTCTTAACCATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTA 317 A-AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAAC-AATTTA * * 14853582 TTTTTAAAATCTC---TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATA 1 TTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA * 14853644 AGCTTGTATGAACA--AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAAAGATTTGAAATAGA 66 AGCTTGTATGAACATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAAGATTTG--ATAGA ** ** * * * * * **** ** * * * * 14853707 TTATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGATTTAACAATTAGACTTATTTTTTAATTTTTT 129 CAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT ** * * * * * * ** 14853772 TGGTTATTTA-GTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTATT-TCAAATAAAATAATATGA 194 TACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCT-ATATGA ** * * * * * 14853835 ATAGAACCAATT-TTTTGATGACAAAA-TAAAAGCTTATAACAATTTGAAATAGTTAAGT-ATTC 256 ATA-AAAAAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGA-TC * * * * * * 14853897 AAATAGTTAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAGCAGATTTA 317 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACA-ATTTA * * * * ** 14853939 CTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTGAC-AA 1 TTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTT-TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA * * * * * * * ** * * 14854002 -AA-C----A--AA-AAGTAATAA-T-TATT-TGA-AATAGATTATTGTT-CAAAGAGTT-AT-- 64 TAAGCTTGTATGAACATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTTATAAAGATTTGATAG * ** * * * ** * * * * 14854050 --AATTATTTGATCTGGTTCGATAA--A-TAGAATTATTTTC--TAAGC--CTCTTA-ATTATAA 128 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* * * 14854444 --TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTAT 189 TCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGC-TAT * * * * * * * * 14854504 ACG-TTGAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGT 252 ATGAAT-AAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGA * * * *** * * ** * 14854568 TTAAATGGCCATTTTTACTTGAA-TTGATTCAATAAGCTAATTTA 315 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAAC-AATTTA * * * * **** 14854612 TTTTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGAT 1 TTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT ** * * * * ** * * * * 14854676 AAATTTTTATGAAC-CGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATATCATAATGATTTTAAATTG 65 AAGCTTGTATGAACATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAAGA-TTT-GATAG * * * ** ** * 14854740 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAGGCACATTTATTTTTTCAAATCT 128 ACAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCT ** * * * * * * 14854805 AATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAGTAAGCTTGTATA 192 CTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGC-TATATG * * * * * * * * * * 14854869 AACTGAAACAATTATTATATGACTAAACAATAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCT 255 AA-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGA-TCA * * * * 14854933 AATATTCTTAACTATTTGAACTGGTTT-AGCAAACATATTTA 318 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACA-ATTTA * * * ** 14854974 -TTTTTAAATCAC---TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTACTATTATTTTA-TCTGAATA 1 TTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA * * * * * ** * 14855034 AGCTTGTATGATCA-GAAATAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAACTATTTGAGATTGA 66 AGCTTGTATGAACATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAAGATTT--GATAGA * * * * * * ** * * 14855097 TATTTGTTCT-AATATTTATAACTATTTGAATTGGTTTGAAAAATAGCTTTAGTTTTTT-AA--T 129 CAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT * ** * * * 14855158 C-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT--A-GGGTATT-TTAT-TTC-GAATAAGTTTTTATGA 192 CTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG-CTATATGA * * * * * * * 14855215 ATTGAAATAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAA 256 A-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGATCAAA * * * * 14855280 TAGTCA-AATCTATTTCAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA 320 TAGTCATAA-CTATTTGAACTAGTTTGATAAACA-ATTTA * * * * * * ** 14855319 TATTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTAAATGTTAAT-AATTAGTATTATTTTATTCTGAA 1 T-TTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA * * * 14855383 TAAGCTTGTATGAAC-TGAAATAATT-TTTTATGAC-TAACTAAAAGGTCA-AAATGATTTGAAA 64 TAAGCTTGTATGAACATGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTATAAA-GATTTG--A * * * * * * * ** * 14855444 TAAATAATTGTTCT-AATAGTCTTAAGTATTTGAAATAGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAA 125 TAGACAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA ** * * * ** * 14855508 TCTCTTAC----TAATTTTTGGAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTA 189 TCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC-TATA * * * * * * * * 14855569 TAAAAAGAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAGA-TCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTC 253 TGAATA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGATC * * * * 14855633 AAATAGTCATAACTGTTTGAACTATTTTG-TAAACAGCTTCA 317 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACA-ATTTA * * * * ** *** 14855674 GTTTTTAAATCTC---TTATTAATTTTTAAAATATTAATATATCGGTATTATTTTATTTTGAATA 1 TTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA ** ** * * 14855736 ATTTTACATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA 66 AGCTTGTATGAACATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAAGATTTG--ATAGA * * * * * * 14855800 TAATTATTCAAATTGACATAACTATTTGAAC---TT--ATAAA-AGTATTTATTTTTTAAATCTC 129 CAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCT- * 14855859 CTAAC-TATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATT 192 CTTACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT 14855904 AATAAATTAT Statistics Matches: 3123, Mismatches: 731, Indels: 543 0.71 0.17 0.12 Matches are distributed among these distances: 314 24 0.01 315 8 0.00 316 8 0.00 317 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Indices: 14847970--14853993 Score: 1711 Period size: 540 Copynumber: 11.1 Consensus size: 531 14847960 TCAGCAAATT * * * * 14847970 GATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT 1 GATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-TAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTAT ** * * * * * * * 14848034 TCCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTAT-AATAGAACAAAAGGTTACAATGATTT 64 TCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTCAAAACGATTT * * * * * ** ** 14848098 GAAATAGGTAATTGTT-CAA-A----TAACAATTGGTTC-AA-----TAAACAGTTTTATTTTTT 128 GAAATAGATAATTTTTATAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTT * * * * * 14848151 AAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTT 192 AAA-AT-CT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTT * * * 14848216 GTATGATGA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAAAAGATAATT 254 GTATGA--ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATT * * * * * * ** 14848280 ATTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACTGATTTATTTTTTTTAAATCTCCAA 317 ATTCATATAGTCT-TAACTATTTGAACTGATTCGACAAAC-AACTTA--TTTTTTAAAT-TCTTA * * * * * * * * 14848344 CTT-TTCAAATTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGATTTTA-AGAAT 377 CTTATT-AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AATAAGCTTGTATA-AAC * * * * * * * * * 14848407 TGAAACAATTATTTTTATGATAAAAGAAAATGTCATAACAATTATAAATAGATAATTGTTCGAAT 439 T-AAACAATT-GTTTTATGAT-AAATAAAAGGTTATAACGATTTTATATA-ACAATTGTTCAAAT * * * * * * 14848472 AATCATAACTATTTGAACCTATTTGGTAAGCA 500 AGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACA * * * * 14848504 TATTTA-TTTTTTAAA-AT-TT-CTTATTAATTTTTTGAATTTTAATCAAA-TAGTATTTTTTTT 1 GATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTT-AATGTTAAT-AAATTAGTA--TTATTT * * * * * ** * * * 14848564 AATTTTGAATAAGCATGTAT-AAATTAAAGCAATTATTTTATGACTAGCCAAAATGTTAGAA-GA 62 -ATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGA * * * ** ** * * 14848627 TTTGAAATAGCTAATTGTTT-TGATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAATACATTTATT 125 TTTGAAATAGATAATT-TTTATAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTA-T * * * ** * ** 14848691 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GATTTATTTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTT-TAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTA * * * * * * * 14849102 TTTTGAATAAACTTGTATGAA-TGGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCACAATGATT 63 TTCTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATT * * * * * ** * 14849166 TGAAATAAATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCAGTAAACAGATTTATTTT 127 TGAAATAGATAATT-TTTATAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTA-TTT * * * * * 14849230 TTAAAATTTTTACTTATTATTTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC 190 TTAAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGC * * * * * 14849295 TTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAATGATCATAACA-ATTTGAAATAGATAA 252 TTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAA * * * * 14849359 TTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACGTG-TTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATTTTT 315 TTATTCATATAGTCT-TAACTATTTGAAC-TGATTC-GACAAACA-ACTTATTTTTTAAATTCTT * ** * * * * 14849421 ACATATTAATTTTTGCAGTATTAATCAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGCATGAA 376 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCT--AATAAGCTTGTATAAA * * * * ** * * * * * * 14849484 CATAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAACATCATAATG-TTTTGAAATAGATAATTATTCGAA 438 C-TAAACAATTGTTTTATGA-TAAATAAAAGGTTATAACGATTTT-ATATA-ACAATTGTTCAAA * * * 14849548 TAGTCATAACTATTTGAGCTTG-TTCAGTAAACA 499 TAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGA-TAAACA * * * ** * 14849581 -AGTTCA--TTTTTAATTCTCTTACTCATTAATGTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTAT 1 GA-TTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTAT * * * * * * * * * ** 14849642 T-TAAAATAAGCTTATTTGAATTGAAACAGTTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATAATTT 64 TCT-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTT * * * * * * * ** * 14849706 GAAATAGTTAACTATTCA-AATAATCATGAC-ATTTCAACTTGTTTGGTAAACATATTTATCTTT 128 GAAATAGATAA-TTTTTATAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTAT-TTT * ** * * * 14849769 T-AAATCTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTCAT-AATTAATATTATTTTAATCCAAATAAC 191 TAAAATC----T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAG * ** 14849832 CTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACA-ATTTGAAATA-AGT 251 CTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGA-T ** * * * * * * 14849895 AATTGCTCAAATAGTCATAAC-ATTTGAACTTG-TTTGATAAACATACTTA-TTTTCAAAATCTT 313 AATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGATTCGACAAACA-ACTTATTTTTTAAATTC-T * * * 14849957 GTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTGTTTTATTCGAAATAAGCTTGTATA 375 -TACTTATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-TAATAAGCTTGTATA * * * * * * * * 14850020 AA-TAGAAAAATTTTATTTTATG-TCAAAACAAAAAGTTACAGCGATTTGGA-ATAAATAATTGT 436 AACTA-AACAA--TTGTTTTATGAT--AAATAAAAGGTTATAACGATTT-TATAT-AACAATTGT * * * * * 14850082 TCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTCTGGTAAATA 494 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACA * * * * * * * 14850120 TA-TTCTTTTTTTAAATATCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTACTAAATT-GTTATTATTTTA 1 GATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-TAATGTTAATAAATTAG-TATTA-TTTA * * * * * * ** * * * 14850183 TT-TCAAATAAACTTATATGAATTGAAACAAATCTTTTACAAC-AAA-AAAAAGTCATAACAATT 63 TTCT-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATT * * * * 14850245 TGAAATAGATAATTATTT-TTATAGTCTTAACTATTTGAACTGA-TTGGATAAGCACATTTATTT 127 TGAAATAGATAATT-TTTATAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTGG-TAAACAAATTTATTT * * * * * * * * * *** 14850308 TTTAAATCTTTTACTCATTATTTTTTATAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTTGAATAAG 190 TTAAAATCTCTTA-T--TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAG * * * * * 14850373 CTTGTATGAACAAAAGCAATTGTCTTATGAC-AAA-ATAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAA 251 CTTGTATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAA * * ** * * * * 14850436 TTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACT-AGTTTGATAAACATATTTAATTTTTAAA-TC-T-C 315 TTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGA-TTCGACAAACA-ACTTATTTTTTAAATTCTTAC * * ** * 14850497 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATAAA-TAG 378 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AATAAGCTTGTATAAACT-- * * * * * * * * * * * * ** * * 14850561 AAATAATCGTTTTAAGACAAAACAAAATGTCACAATGATTTAAAATAGATAATAATTTAAATAGA 440 AAACAATTGTTTTATGA-TAAATAAAAGGTTATAACGATTTTATATA-ACAATTGTTCAAATAGT * * 14850626 CATAGCTATTTGAACTTGTTTGATAAACA 503 CATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACA * ** * * 14850655 AATTTA-TTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT 1 GATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-TAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTAT * ** * * * ** * * 14850719 T-TCAAATAAAATTGTATGAA-TAGAAACAATTCTTTTATGACAAAATAAAAAATCATAATGATT 64 TCT-GAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATT * ** * ** * * ** 14850782 TGAAATAAATAATTGTTTA-AAGGGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGATAAACTTATTTATTTT 127 TGAAATAGATAATT-TTTATAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTA-TTT * * * 14850846 TTAAAATATCTTTTACTTATTAATTTTT-AGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT 190 TT-AAA-ATC---T-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAAT * ** * 14850910 AAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGATTATGACAAAACAAAATGTCATAACA-ATTTGAAATAG 248 AAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAG * * * * * * * * 14850974 ATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACATGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATTT 311 ATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGATTCGACAAACA-ACTTATTTTTTAAATTC * * * 14851038 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TAAAATAAGCTTGCATG 374 TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT--AATAAGCTTGTATA * * * * * * * 14851101 AACAAAACCAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-TTTTTTA-AAC-A-TGTTC--- 436 AACTAAA-CAATTGTTTTATGA-TAAATAAAAGGTTATAACGATTTTATATAACAATTGTTCAAA * 14851159 --GGCA-AAC-------A-------GAT----- 499 TAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACA * * * * 14851170 GA---A-TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT 1 GATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-TAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTAT * * * * * * * * * * * * 14851231 T-TCAAATAAGCTTATATGAATTGGAATAATTTTTTTATTACAAAATAAAAGGTTATAATGATTT 64 TCT-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTT * * * ** * * * 14851295 GAAATAAATAATTATTCA-AATA--CTTATGACTCTTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTT 128 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T-A--TG-ATA-A-ATAAAAG-GTTATAACGATT-TTATATAACAATTGTTCAAATAGTCATAAC ** ** * * 14851721 GGTTTGAAA-TAAATAATTGCTCAAATA 509 TATTT-AAACT---TGTTTGAT-AAACA * ** * * * * *** ** ** * 14851748 G--TCATAACTATTAAAACTATT--TTGATAAACAGATTT-AT-TTTTTAAATCTCTTATTAATT 1 GATTTAT-TTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAA-TTTTTTAATGTTAATAAAT-TAGTATTATTT * * * * * ** 14851807 -TT-TGAA-ATA--TTAGTA-G-A-T-CAA-TATTATTTTAT-TCCAAACAAACTTATATGAACC 62 ATTCTGAATA-AGCTT-GTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAAC-AA---A-A-G-GTC * * * * * * * * 14851861 AAAACTTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCA 118 AAAAC----G-ATT-TG-----A-AATAGATAAT--TTT--TATA-AT-AGT-CTTAACTA-T-T * * * 14851926 T-AATTATTTGATTTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTT 162 TGAACTA----A--T--TT-GGTAAAC-AAATT-TATTTTTAAAATCTC----TTATTAATTTTT * * * * * * * 14851990 GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCTAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAAATT-AT 212 GAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA--CAAAACAATTGTT * * * * 14852053 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* * * * * 14852854 AATTTATTTTTTCAAATCT-TTAGCTTATTAAGTTTTTTAATGTTAATTAAATTTGGATTATTTG 1 GATTTATTTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAA-TTTTTTAATGTTAA-TAAATTAGTATTATTTA ** * * * * 14852918 TTCCAAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATGTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAA-GAT 63 TTCTGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA-AAACGAT * * * * * * * * * * 14852981 TTGAAACAAAAAATTATTCTAATAGTTTTTACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACATTTATTTT 126 TTGAAATAGATAATTTTTATAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTT * * * 14853046 TTAAATCTCTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGTATTATTTTTAA-CCAAATAAGCTT 191 TAAAATCTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAATCCAAATAAGCTT * * * * * 14853109 TTGTGATCATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG 254 GTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTA * * * * * * * * * * 14853174 TTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGAGTCGATAAACAACTTTATTTTTAAAATTTTTAACTTA 318 TTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGACAAACAAC-TTATTTTTTAAATTCTT-ACTTA * *** * * 14853239 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AACAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAAAGATTTGAAATAGATTATCATTCATA 259 AACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCATA * ** ** * * ** * * 14853719 TAGTCTTAACTATTTGAATTGATTTAACAATTAGACTTATTTTTTAATTTTTTTGGTTATTTAGT 324 TAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGACAAACA-ACTTATTTTTTAA-ATTCTTACTTATTAATT * * * * * ** ** * 14853784 TTCAGAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAAATAATATGAA-TAGAACCAATT- 387 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAATAAGCTTGTATAAACTA-AA-CAATTG * * * * * ** * * * * 14853847 TTTTGATGACAAAATAAAAGCTTATAACAATTTGAAATAGTTAAGTATTCAAATAGTTAAAACTA 449 TTTT-ATGA-TAAATAAAAGGTTATAACGATTTTATATA-ACAATTGTTCAAATAGTCATAACTA * * * 14853912 TTTGAAA-TGGTTTGGTAAGCA 511 TTT-AAACTTGTTTGATAAACA * * * * 14853933 GATTTA-CTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT 1 GATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TTAATGTTAATAAATTAGTATTATTT 14853994 TGTGACAAAA Statistics Matches: 4114, Mismatches: 937, Indels: 875 0.69 0.16 0.15 Matches are distributed among these distances: 505 6 0.00 506 6 0.00 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Indices: 14854249--14855902 Score: 1060 Period size: 176 Copynumber: 9.3 Consensus size: 177 14854239 GGCAAATGGT * * * * 14854249 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAATTTTAGAATTTTACTAAATTAGTATTATTTTATTCT 1 TTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCT * * * * * * * * 14854314 GAATAAGCTTGTATAAACAGAAAAAATTATTTTGTGATAGAACAAAAGGTTATAAC-AATTTGAA 61 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTGATTTGAA * * * * * * * ** 14854378 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGTAA-T-GGTTCAGTAAATAAA 126 ATAGATAATTGTTCTAATATTTATAACTATTTG-AACTAGTTTGA-AAAATAGC * * * * * 14854430 TTTATTTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAA 1 TTTA-TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCT-GAA * * *** * * * 14854495 TAAGCTTATACGTTGAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAA-TGATTTGAAATA 64 TAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTGATTTGAAATA * ** *** * * * * * * 14854559 GATAGTTGTT-TAA-ATGGCCATTTTTACTTGAA-TTGATTCAATAAGCTA-A 129 GATAATTGTTCTAATAT--TTATAACTATTTGAACTAGTTTGAA-AA-ATAGC * * * * * 14854608 TTTATTTTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTT 1 TTTATTTTTTAA--ATC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCT * ** * * * * * ** * 14854672 GGATAAATTTTTATGAACCGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATATCATAA-TGATTTTAA 61 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTGATTTGAA * * * * * * *** 14854736 ATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAGGCA-C 126 ATAGATAATTGTTCTAATATTTATAACTATTTGAACTAGTTTGAA-AAATAGC * * * 14854787 ATTTATTTTTTCAAATCTAATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT 1 -TTTATTTTTT-AAATC---T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATC * * * * * * * * * 14854852 TCGAGTAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTATTATATGACTAAACAATAGGTTATAA-TGATTTG 60 T-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTGATTTG * * * 14854916 AAATAGATAATTATTCTAATATTCT-TAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACATA-- 124 AAATAGATAATTGTTCTAATATT-TATAACTATTTGAACTAGTTT-G-AAAAATAGC * * * 14854970 TTTA-TTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTACTATTATTTTATCTGAATA 1 TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTGAATA * * * * * 14855034 AGCTTGTATGATCAGAAATAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAACT-ATTTGAGATTGA 66 AGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTGATTTGAAATAGA * * * 14855097 TATTTGTTCTAATATTTATAACTATTTGAATTGGTTTGAAAAATAGC 131 TAATTGTTCTAATATTTATAACTATTTGAACTAGTTTGAAAAATAGC * ** 14855144 TTTAGTTTTTT-AATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT--A-GGGTATT-TTATT-TC-GAA 1 TTTA-TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATCTGAA * * ** * * * 14855202 TAAGTTTTTATGAATTGAAATAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTTAAATA 64 TAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTGATTTGAAATA * * * * * ** * 14855266 GATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTGTTTGGTAAATAGA 129 GATAATTGTTCTAATATTTATAA-CTATTTGAACTAGTTTGAAAAATAGC * ** * 14855315 TTTATATTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTAAATGTTAAT-AATTAGTATTATTTTATTC 1 TTTAT-TTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TC * * * 14855379 TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATT-TTTTATGAC-TAACTAAAAGGTCA-AAATGATTTG 60 TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACTGATTTG * * * * * * 14855441 AAATAAATAATTGTTCTAATAGTCT-TAAGTATTTGAAATAGTTTGACAAACA-C 124 AAATAGATAATTGTTCTAATA-TTTATAACTATTTGAACTAGTTTGAAAAATAGC * * * ** 14855494 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGGAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAA 1 -TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATCTGAA * * * * * * * 14855559 TAAGCTTGTATAAAAAGAAAAAATTATTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAA-TGATTTGAGATA 64 TAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTGATTTGAAATA * * * * * * * 14855622 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACTATTTTG-TAAACAGC 129 GATAATTGTTCTAATATTTATAACTATTTGAACTAGTTTGAAAAATAGC * * ** * ** * 14855670 TTCAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATATATCGGTATTATTTTATTTTGAAT 1 TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCTGAAT ** ** * 14855735 AATTTTACATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-GATTTGAAATAG 65 AAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTGATTTGAAATAG * * * * 14855799 ATAATTATTC-AA-ATTGACATAACTATTTGAACT--TAT-AAAAGTA-- 130 ATAATTGTTCTAATATT--TATAACTATTTGAACTAGTTTGAAAAATAGC * 14855842 TTTATTTTTTAAATCTCCTAACTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTAT 1 TTTATTTTTTAAATCT-CT---TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT 14855903 TAATAAATTA Statistics Matches: 1162, Mismatches: 241, Indels: 147 0.75 0.16 0.09 Matches are distributed among these distances: 170 39 0.03 171 67 0.06 172 30 0.03 173 5 0.00 174 63 0.05 175 172 0.15 176 230 0.20 177 28 0.02 178 122 0.10 179 24 0.02 180 180 0.15 181 74 0.06 182 122 0.10 183 2 0.00 184 2 0.00 185 2 0.00 ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.44 Consensus pattern (177 bp): TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTGAATA AGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTGATTTGAAATAGA TAATTGTTCTAATATTTATAACTATTTGAACTAGTTTGAAAAATAGC Found at i:14855361 original size:527 final size:523 Alignment explanation

Indices: 14854249--14855903 Score: 1672 Period size: 527 Copynumber: 3.1 Consensus size: 523 14854239 GGCAAATGGT * * * * 14854249 TTTATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAA-ATTTTAGAATTTTACTAAATTAGTATTATTTTATT 1 TTTATTTTTTAAATCT-TTTGCTTATTAATTTTTTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT * * ** 14854312 CTGAATAAGCTTGTATAAACAGAAAAAATTATTTTGTGA-TAGAACAAAAGGTTATAACAATTTG 64 CTGAATAAGCTTGTATAAACTGAAAAAATTATTTTATGACTA-AACAAAAGGTTATAATGATTTG * * * * * 14854376 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGTAATGGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTT 128 AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTG-AATGGTTTAGCAAACAAATTTA-TTTTTT * * * * * * * 14854441 AAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAC 191 AAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATCT-AAATAAGCTTGTAT * * * * * 14854506 GTTGAA-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTT- 255 GAT-AAGAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTC * *** * * * * * 14854569 TAA-ATGGCCATTTTTACTTGAATTGATTCAATAAGCTA-ATTTA-TTTTTTAAGTCTCTTACTT 318 TAATAT--TCATAACTATTTGAATTGTTTGAA-AA-ATAGCTTTAGTTTTTTAA---TC-T-CTT * * * 14854631 ATTAATTTTTAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGAACCGAAAC 374 ATTAATTTTTAAATATTAAT--AG----GTTATTTTATTTTGAAT-AATTTTTATGAACAGAAAC * * ** * * 14854696 AATTATTTTATGACAAAATAAAATATCATAATGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATA 432 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA * ** 14854761 ACTATTTGAACTTGTTCAATAGGCACA 497 ACTATTTCAACTTGTTCAATAAACACA ** * 14854788 TTTATTTTTTCAAATCTAATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT- 1 TTTATTTTTT-AAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTC * * * * 14854852 TCGAGTAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTATTATATGACTAAACAATAGGTTATAATGATTTGA 65 T-GAATAAGCTTGTATAAACTGAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGATTTGA * * 14854917 AATAGATAATTATTCTAATATTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACATATTTA-TTTTTAA 129 AATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAA * * * 14854981 ATCACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTACTATTATTTTATCTGAATAAGCTTGTATGAT 193 ATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATCTAAATAAGCTTGTATGAT * * * * * 14855046 CAGAAATAATTGTTTTATGAGAAAACAAAGATCATAACT-ATTTGAGATTGATATTTGTTCTAAT 258 AAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAA-TGATTTGAGATAGATAATTGTTCTAAT * 14855110 ATTTATAACTATTTGAATTGGTTTGAAAAATAGCTTTAGTTTTTTAATCTCTTATTAATTTTTGA 322 ATTCATAACTATTTGAATT-GTTTGAAAAATAGCTTTAGTTTTTTAATCTCTTATTAATTTTT-A * * ** * * 14855175 AATATTAATAGGGTATTTTATTTCGAATAAGTTTTTATGAATTGAAATAGTTGTTTTATGACAAA 385 AATATTAATAGGTTATTTTATTTTGAATAA-TTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAA * 14855240 ACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTGTT 449 ACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTCAACTTGTT *** * * 14855304 TGGTAAATAGA 513 CAATAAACACA * 14855315 TTTATATTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTAAATGTTAAT-AATTAGTATTATTTTATTC 1 TTTAT-TTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTC * * * * 14855379 TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATT-TTTTATGACT-AACTAAAAGGTCAAAATGATTTGA 65 TGAATAAGCTTGTATAAACTGAAAAAATTATTTTATGACTAAAC-AAAAGGTTATAATGATTTGA * * * * * 14855442 AATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAAGTATTTGAAATAGTTT-GACAAACACATTTATTTTTTA 129 AATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTG-AATGGTTTAG-CAAACAAATTTATTTTTTA * * * * 14855506 AATCTCTTACTAATTTTTGGAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATA 192 AATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-ATCTAAATAAGCTTGTATG * * * * 14855571 AAAAGAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAA 256 ATAAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCTAA * * * * * * 14855636 TAGTCATAACTGTTTGAACTAT-TTTG-TAAACAGCTTCAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT 321 TATTCATAACTATTTGAA-T-TGTTTGAAAAATAGCTTTAGTTTTTTAATCTCTTATTAATTTTT * 14855699 AAAATATTAATATATCGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTACATGAACAGAAACAATTGTTTT 384 -AAATATT-A-ATA--GG--TTATTTTATTTTGAATAATTTT-TATGAACAGAAACAATTGTTTT * * * * * 14855764 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGACATAACTATTTGA 441 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCA * 14855829 AC---TT--ATAAA-AGTA 506 ACTTGTTCAATAAACA-CA * ** * 14855842 TTTATTTTTTAAATCTCCTAAC-TATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATT 1 TTTATTTTTTAAATCT-TTTGCTTATTAATTTTTTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT 14855904 AATAAATTAT Statistics Matches: 943, Mismatches: 135, Indels: 89 0.81 0.12 0.08 Matches are distributed among these distances: 524 4 0.00 525 78 0.08 526 169 0.18 527 248 0.26 528 9 0.01 529 3 0.00 530 2 0.00 531 6 0.01 532 104 0.11 533 13 0.01 534 2 0.00 535 2 0.00 536 44 0.05 537 51 0.05 538 50 0.05 539 14 0.01 540 138 0.15 541 6 0.01 ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.44 Consensus pattern (523 bp): TTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT GAATAAGCTTGTATAAACTGAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAA TAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATC TCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATCTAAATAAGCTTGTATGATAAG AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCTAATATTC ATAACTATTTGAATTGTTTGAAAAATAGCTTTAGTTTTTTAATCTCTTATTAATTTTTAAATATT AATAGGTTATTTTATTTTGAATAATTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG GTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTCAATAAAC ACA Found at i:14855383 original size:351 final size:349 Alignment explanation

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Indices: 14856002--14856337 Score: 401 Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171 14855992 TTTGAAATAA * * ** 14856002 ATAATTATTCAAACAATCATAACTATTCAAACTTG-CTT-GGTAAA-TGATTTATTTTAAAAAAT 1 ATAATTATTCAAACAATCATAACTATT-AAA-TTGTCTTCAGAAAACAAATTTATTTTAAAAAAT * * * 14856064 TTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTAT 64 TTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTGTATTTGGAATAAGCTTGTAT * * 14856128 GAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGAGTAT 127 AAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGAGTAT * * ** * * * 14856173 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATTGTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTAAAATTTT 1 ATAATTATTCAAACAATCATAACTATTAAATTGTCTTCAGAAAACAAATTTATTTTAAAAAATTT * * * * 14856238 TTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTATATTATTGTCTTTGGAATAAGCTTGTATAAAT 66 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTGTATTTGGAATAAGCTTGTATAAAC * * * 14856303 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCAT 131 AAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT 14856338 AACGATTTGA Statistics Matches: 138, Mismatches: 23, Indels: 8 0.82 0.14 0.05 Matches are distributed among these distances: 169 3 0.02 170 3 0.02 171 92 0.67 172 40 0.29 ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43 Consensus pattern (171 bp): ATAATTATTCAAACAATCATAACTATTAAATTGTCTTCAGAAAACAAATTTATTTTAAAAAATTT TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTGTATTTGGAATAAGCTTGTATAAAC AAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGAGTAT Found at i:14857578 original size:179 final size:180 Alignment explanation

Indices: 14856957--14857607 Score: 643 Period size: 182 Copynumber: 3.6 Consensus size: 180 14856947 ATGGCTATAA * * * * * * 14856957 TATTTTATTCTGAATAAAATAGTATGAATAGAACTAATTGTTTGATGA-AAAACAAAAGGTTAAA 1 TATTTTATT-T-AATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA * * * 14857021 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGATTTGGTAAATAGATTT 64 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATGGATTT * * ** * 14857086 A--CTTTTAAAGTCTCTTACTGATTAGTTTTTTA-AATATTAAAAAAATAGTAT 129 ATTTTTTTAAA-TCTCTTACTTA-TAAATTTTTAGAATATTAAAAAATTAGTAT * * * * * * 14857137 TATTTTATTTAAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATA 1 TATTTTATTT--AATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA * * * * * * 14857202 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTTATAATTATTTAAAATGGTTAGGTAAATAGAATT 64 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAAT-GGATT ** * * * * 14857267 T-TTTTTAAAAATCTCTTCCTTATAAAATTTT-GAAATATTAACAAATTAAT-T 128 TATTTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAG-AATATTAAAAAATTAGTAT * * * * * 14857318 TGATTTTATTCCAAATAAACTTGCATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT 1 T-ATTTTATT--TAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT * * * * * * * 14857383 AACGATTTGGAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAATGGATT 63 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATGGATT * * * ** 14857448 TATTTTTTTAAATCTCTTATTTATGAATTTTTAGACTATTATTAAATTAGTAT 128 TATTTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAGAATATTAAAAAATTAGTAT * * * * 14857501 TATTTT-TTTAATAAATTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAGAAGGTTATAAT 1 TATTTTATTTAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAT * * * 14857565 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAA 66 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA 14857608 CTGATCATAA Statistics Matches: 377, Mismatches: 81, Indels: 27 0.78 0.17 0.06 Matches are distributed among these distances: 179 85 0.23 180 36 0.10 181 80 0.21 182 168 0.45 183 8 0.02 ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.11, T:0.40 Consensus pattern (180 bp): TATTTTATTTAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAT GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATGGATTTAT TTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAGAATATTAAAAAATTAGTAT Found at i:14857785 original size:65 final size:66 Alignment explanation

Indices: 14857695--14857830 Score: 193 Period size: 65 Copynumber: 2.1 Consensus size: 66 14857685 AATTAGTATT * * * 14857695 ATTTTATTTCAAATAAGATTGTATGTTGTAAAATAATTATTTTATGAAAAAACGAAAGGTAATAA 1 ATTTTATTT-AAATAAGATTGTATGTTGGAAAACAAATATTTTATGAAAAAACGAAAGGTAATAA * 14857760 CG 65 CA * * * 14857762 ATTTTATTT-AATAAGCTTGTATGTTGGAAAACAAATGTTTTATGACAAAACGAAAGGTAATAAC 1 ATTTTATTTAAATAAGATTGTATGTTGGAAAACAAATATTTTATGAAAAAACGAAAGGTAATAAC 14857826 A 66 A 14857827 ATTT 1 ATTT 14857831 GAAATAGATA Statistics Matches: 62, Mismatches: 7, Indels: 2 0.87 0.10 0.03 Matches are distributed among these distances: 65 53 0.85 67 9 0.15 ACGTcount: A:0.43, C:0.06, G:0.14, T:0.37 Consensus pattern (66 bp): ATTTTATTTAAATAAGATTGTATGTTGGAAAACAAATATTTTATGAAAAAACGAAAGGTAATAAC A Found at i:14858544 original size:181 final size:179 Alignment explanation

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* * * * 14858149 GAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGA 1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT * * * * * * ** * 14858214 CATGACTATTTAAACTGATTCGATAAACAAATTAACTTTTTAAATCACTTAGTTATTAA-TTTTG 66 CATAACTATTTGAATTTATTC-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG * * * 14858278 AAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG 130 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-ATAAGCTTTTATGAATTG * * * 14858329 GAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT 1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT * * * * * 14858394 TATAACTATTTAAATTTTTTCATTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTTTTACTCATTAATTTTG 66 CATAACTATTTGAATTTATTCA-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT * * * * 14858458 GAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCTAGATATGCTTTTATAAATTG 129 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTGATAAGCTTTTATGAATTG * ** * * * 14858510 AAACAATTCTTTTATTTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGT 1 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Indices: 14862616--14862664 Score: 55 Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 17 14862606 TGCTGAACCA * 14862616 ATTTAAATAGTTATGACT 1 ATTTAAATAATTAT-ACT 14862634 ATTTAAATAATTAT-CT 1 ATTTAAATAATTATACT * 14862650 ATCTTAAATTATTAT 1 AT-TTAAATAATTAT 14862665 GATCTTTGTT Statistics Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 3 0.85 0.06 0.09 Matches are distributed among these distances: 16 4 0.14 17 11 0.39 18 13 0.46 ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.04, T:0.49 Consensus pattern (17 bp): ATTTAAATAATTATACT Found at i:14863485 original size:171 final size:171 Alignment explanation

Indices: 14863192--14863523 Score: 420 Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171 14863182 AACATTTATC * * * * * 14863192 TATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACTATCCTAT 1 TATTTCAAATTCTTATGAACTTTTGGTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTCATCATACAATCCTAT * * * * 14863257 TCGTAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATA 66 TCGTAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAGAAGATTTAAAAAATA * 14863322 AATCTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACAATTTG 131 AATCTGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACAATTTG * * ** * 14863363 TATTTCAATTTCTTAT-AACCTTTTGGTTTGTTATAAAAAAATTATTTTTTTTCATACAAGT-TT 1 TATTTCAAATTCTTATGAA-CTTTTGGTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTCATCATACAA-TCCT * 14863426 ATTCAG-AATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAGTAGATTTAAAA 64 ATTC-GTAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTC-AAAAATTAATAACTAGAAGATTTAAAA * * ** 14863489 AATAAATTTGTTTGCTAAACCGGTTCAAATAGTTA 127 AATAAATCTGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTA 14863524 AAGCTATATG Statistics Matches: 137, Mismatches: 20, Indels: 8 0.83 0.12 0.05 Matches are distributed among these distances: 170 5 0.04 171 130 0.95 172 2 0.01 ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42 Consensus pattern (171 bp): TATTTCAAATTCTTATGAACTTTTGGTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTCATCATACAATCCTAT TCGTAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAGAAGATTTAAAAAATA AATCTGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACAATTTG Found at i:14863729 original size:16 final size:17 Alignment explanation

Indices: 14863708--14863740 Score: 50 Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17 14863698 ATAACTTTGA 14863708 CTATTT-AAATAATTAT 1 CTATTTCAAATAATTAT * 14863724 CTATTTCAAATCATTAT 1 CTATTTCAAATAATTAT 14863741 GACCTTTTGT Statistics Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1 0.88 0.06 0.06 Matches are distributed among these distances: 16 6 0.40 17 9 0.60 ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.00, T:0.48 Consensus pattern (17 bp): CTATTTCAAATAATTAT Found at i:14863922 original size:181 final size:181 Alignment explanation

Indices: 14860411--14863922 Score: 2695 Period size: 181 Copynumber: 19.5 Consensus size: 181 14860401 AATAAATTCA ** * * * * * ** * 14860411 AATAAGTAAGTTATTTAAAAAGTAAATATGTTTACTGAATCAGTTAAAATAACTATG-GTCATTT 1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACT-ATTT * ** * * * ** ** 14860475 CAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACATTTTGTTTGGTCATTTAACAATTGCTTT-TGACC 65 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTGTTC * * * * 14860539 ATACGAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAGTTTATTAATCTTTCAAAAATT 129 ATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT * ** 14860592 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AATATATGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTT 1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-ATCTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTT ** * * * ** * * * * * * 14860656 GAGCAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCA 65 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA ** * ** * * 14860721 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACCTAATAATATTCCAAAAATT 130 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT * * * * * * 14860773 AATAACTAAGAGA-TTAAAAATATAAAAT-TATTT-GTCGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTAT 1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAA-AT-AAATCTGTTTACT-GAACCAATTCAAATAGTTATGACTAT * ** 14860835 ATGAATAATTATCTATTTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAT-TTTCAA 63 TTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTG * * 14860899 TTCATACTAGCTTATTT-AGAATAAAATAA-AATATATTTATTAATATTTCAAAAATT 126 TTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATATTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATT * * * * * * * 14860955 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCTATTTATCT-AACTAGTTCAAATAATTATAACTATTT 1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTT ** * 14861019 GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTGTTCA 65 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA * * * * * * * 14861084 TATAAGTTTGA-TTGGAATAAAATAATAGTAATCTAGTAATATTTCAAATATT 130 TACAAGCTT-ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT * * * * * ** * 14861136 AATAAG--ATA-TTTTGAAAAATAAATATGTTTA-TCAAACCGGTTC-AA-A-TTAAGACTATTT 1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTT * * ** * * * * * * 14861194 -AAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTATTC 65 GAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC * ** * ** * 14861258 ATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACAAATTTATTCATATTTTGACAATT 129 ATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT * * * * * * * * * 14861311 AATAAGTAAAAAATGTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGA-TCAAACAGTCATAACTATT 1 AATAAGTAAGAGAT-TTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATT * ** * * * ** ** 14861375 TTAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGTCGTAAAAAAATCATTTCAATTC 64 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC * * 14861440 ATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAAATTATTAATA-TTCTAAAAATT 129 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT * * * * 14861493 AATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATATTTA-TCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATT 1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATT * ** * * * 14861556 TGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTC 64 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC * * 14861621 ATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATT 129 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT * * * * ** * 14861674 TATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-CAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTT 1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTT * * * * * * 14861738 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTATTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAGTTCA 65 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA * * * * 14861803 TATAAGCCTATTTGAAATAAAATAATATTAATTGATTAATATTCCAAAAATT 130 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT * * * * * * * * 14861855 AA-AGACTAAGAGAATTAGAAAAATGAATTTGCTTATTG-ATCAAGTTGAAATAGTTATGACTAT 1 AATA-AGTAAGAGATTTA-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTAT * * * * * * * * * 14861918 CTAAACAATTATCTCTTTCAAAACATTATGGCATTTTGGTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTT 63 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTT * * * * 14861983 CATGCAAACGTATTTTG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATT 128 CATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT * * * * * * * 14862037 AATAAGTAA-A-ATTTTAGAAAATAAAGCTATTTTCT-AAACACGTTCAAATAGTTGTGACTATT 1 AATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATT * * * * * * * 14862099 TGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTTTTTTTTGTT 64 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTGTT * * * * * 14862164 CAAACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCCAAAATT 128 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT * * * * * * * 14862217 AATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTG 1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG * * * * 14862281 AATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATTCAT 66 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT * * * 14862346 ACAAGTTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCTAAAAATT 131 ACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT * * * * * 14862397 AATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATTAATCAGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCAT 1 AATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGA-CTAT * * * * * 14862459 TGGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAAAAT-TTTCTA 63 TTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTG * * ** * * 14862522 TTTATAAAAAATTATTT-ATAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAA-T 126 TTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT * * * * * 14862577 --TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTCTTTGCTGAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTA 1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG * * * * 14862639 AATAATTATCTATCTT-AAATTATTATGATC-TTTGTTTTGTTC-TAAAACATTTGTTTTTGTTC 66 AATAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTGTTC * * * * 14862701 ATACAAGCTTATTTTG-AGTAAAAT-ATTTCTAAGTTAATAATA-TTCTAAAAATT 129 ATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATT * * * * * * * * * 14862754 AATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGATCCAGTTAAAATAGTTAAGACCAGTAG 1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG * * * * * * 14862818 AATAATTATTTATTTGAAATCATTCTGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCA 66 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCA * * 14862882 TACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATT 130 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA-AAAATT * * * * * * 14862934 AATAAGCAAGAAATTTAGAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-TAAGTCTAAATAGTTATGACTAT 1 AATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTC-AAATAGTTATGACTAT * * * * * * * 14862998 TTGAATAACTATCTATCTAAAATCATTAAGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGA 63 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GT * *** * * 14863062 TCATAAAAGCTTATCCCAAGTAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATT 127 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AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG * * 14863896 AACAATTATTTATTTCAAATCATTATG 66 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATG 14863923 GCTATTAAGA Statistics Matches: 2644, Mismatches: 556, Indels: 262 0.76 0.16 0.08 Matches are distributed among these distances: 170 5 0.00 171 123 0.05 172 1 0.00 174 10 0.00 175 110 0.04 176 60 0.02 177 74 0.03 178 39 0.01 179 147 0.06 180 313 0.12 181 1182 0.45 182 416 0.16 183 160 0.06 184 4 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41 Consensus pattern (181 bp): AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT Found at i:14863989 original size:138 final size:138 Alignment explanation

Indices: 14863807--14864059 Score: 307 Period size: 138 Copynumber: 1.8 Consensus size: 138 14863797 AAAATAATAT * * * * * 14863807 TAATTTATTAATATTTTGAAAACTAATAAGTAAGAGAATCAAAAAATA-AATCTGTTTA-CTAAA 1 TAATTTATTAATAATCTAAAAACTAATAAGTAAGAGAATCAAAAAA-AGAATATGTTAACCT-AA * * * 14863870 CCAAT-TCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGGCTATTAAGAA 64 CCAATGT-AAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGGCTATTAAGAA 14863934 TAAAGAAATGC 128 TAAAGAAATGC * * 14863945 TAATTTATTAATAATCTAAAAACTAATAAGTAATG-GATTTAAAAAAAGAATATGTTAACCTAAC 1 TAATTTATTAATAATCTAAAAACTAATAAGTAA-GAGAATCAAAAAAAGAATATGTTAACCTAAC * * * * * 14864009 TAGTGTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAGATCATTAT 65 CAATGTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT 14864060 AATCATTTGT Statistics Matches: 96, Mismatches: 15, Indels: 8 0.81 0.13 0.07 Matches are distributed among these distances: 137 1 0.01 138 91 0.95 139 4 0.04 ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.09, T:0.37 Consensus pattern (138 bp): TAATTTATTAATAATCTAAAAACTAATAAGTAAGAGAATCAAAAAAAGAATATGTTAACCTAACC AATGTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGGCTATTAAGAATAA AGAAATGC Found at i:14864611 original size:181 final size:178 Alignment explanation

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Indices: 14863944--14865539 Score: 1339 Period size: 361 Copynumber: 4.5 Consensus size: 356 14863934 TAAAGAAATG * * * ** * * * * * 14863944 CTAATTTATTAATAATCTAAAAACTAATAAGTAATGGATTTAAAAAAAGAATATGTTAACCTAAC 1 CTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAAT-AGTAAAAGATTTAAAAATA-AATCTATTTACCGAAC * * * * * * * 14864009 TAGTGT-AAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAGATCATTATAATCATTTGTTTT 64 AAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTT * * * * 14864073 ATTACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAACATAAT-TCTAATTTATTAA 128 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAA * * 14864137 TATTCTAGAAATTAATAAG-AG--ATTTAAAAAATGAATCTGTTCACTGAACATGTTCAAATAGT 192 TATTCTAGAAATTAATAAGTAGAAATTT-AAAAATAAATCTGTTTAC-GAACATGTTCAAATAGT * * * 14864199 TATGATTATTTGAACAATTATCTA-TT----TCA--AC--CCTTTTGTTTTGTCATAAATA-AAT 255 CATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCTTTTGTTTTATCATAAA-ACAAT * ** 14864254 T-TATTCTATTCATAAAAGCTTATTTCCTATAAAATAATA 319 TGT-TTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA * * * ** * * * * ** * 14864293 CAAAATTGTTAATATT-AAAAAAATAATAAATAAAAAATTTAAAAGATAAATCTGTTTGTCGAAT 1 CTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAAT-AGTAAAAGATTTAAAA-ATAAATCTATTTACCGAAC * * * ** 14864357 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATGA-CTTTTTATTTT 64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTATTTT * * * * * * 14864421 GTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTCGCATTAAAATAATATTAATTTATTAAC 128 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT * * * * * 14864486 ATT-TAGACAATTAATAAGTAAAATAGTTTTAAAATAAATGTGTTTACCGAACAAGTCCAAATAG 193 ATTCTAGA-AATTAATAAGTAGAA-A-TTTAAAAATAAATCTGTTTA-CGAACATGTTCAAATAG * * * * * * * * * * 14864550 ACATAACTAGTTGAATAACTATTTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATTATAAAACAAT 254 TCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT ** * *** * 14864615 TGTAGCAATTCATATGGGCTTATTTGAAATAAAATAATA 319 TGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA * * * 14864654 CTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAAC 1 CTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAAT-AGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCGAAC * * * 14864719 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG 64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTG * * 14864784 TCATAAAACAATTGTTTGTATTCATACAAGCTTAATTTG-AATAAAATAATATAAATTTATTAAT 129 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT * * * * * 14864848 ATTCCA-AAATTTATTAAGTAGAAATTTAAAACATAAATCTATTTTCAAAACATGTTCAAATAGT 193 ATTCTAGAAA-TTAATAAGTAGAAATTTAAAA-ATAAATCTGTTTAC-GAACATGTTCAAATAGT * * ** * * 14864912 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTTACAACCTTTCATTTTGTCATAAACCAAT 255 CATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTACGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT * * 14864976 TATTTCTATTCGTACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA 319 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA * * * 14865015 TTAATTTATTAATATTCT-AAAAGTTAATATGTAAAAGATTTAAGAAATAAATTTATTTACCGAG 1 CTAATTTATTAATATTCTGAAAA-TTAATA-GTAAAAGATTTAA-AAATAAATCTATTTACCGAA * * * * 14865079 CAAGCTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATTTTTTATTT 63 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGATCTTTTATTT ** * * ** * * 14865143 CATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATACTACTAATTTATTAA 127 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAA * * 14865208 TATT-TTGAAAATTAATAGGTAGGAAATTTAAAAATAAATCTGTTT----AC-----C-AATAGT 192 TATTCTAG-AAATTAATAAGTA-GAAATTTAAAAATAAATCTGTTTACGAACATGTTCAAATAGT * * * * * * 14865262 CATGTCCATTTAAACAATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATT 255 CATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT * * ** 14865327 GTTTTTGTTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATA 320 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATA * * * * * * * * 14865365 TTGATTTATTAAGATTTTGAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTATCGAACC 1 CTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTACCGAA-C * * 14865427 AA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTG 64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTG * * * * * * * * 14865490 TCATAGAACAATTATTT-TTTTCATATAAACTTATTCGAATTAAGATAATA 129 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA 14865540 ATAAAAAATA Statistics Matches: 996, Mismatches: 205, Indels: 97 0.77 0.16 0.07 Matches are distributed among these distances: 344 25 0.03 345 24 0.02 346 68 0.07 347 10 0.01 348 147 0.15 349 18 0.02 350 104 0.10 351 6 0.01 352 45 0.05 353 6 0.01 356 2 0.00 357 3 0.00 359 1 0.00 360 22 0.02 361 337 0.34 362 168 0.17 363 10 0.01 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (356 bp): CTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCGAACAA GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTC ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT CTAGAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAATAAATCTGTTTACGAACATGTTCAAATAGTCATGAC TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT ATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATA Found at i:14865949 original size:180 final size:178 Alignment explanation

Indices: 14865568--14866336 Score: 580 Period size: 180 Copynumber: 4.3 Consensus size: 178 14865558 TTGCCGAACC * ** * * * ** * 14865568 AGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTGCAAATTGTTCTAACCATTTGTTTAGT 1 AGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGT * * * * * * * * 14865633 CATAAAACAATTATTTCAGTTCATGCTAGCTTATTTGGAAA-TAAA-AAAATTAATTTATTAATA 66 CATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TT-CAAATTAAATAATACTAATTTATTAATA * * ** * 14865696 -TTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTTTAAAA-AAA-TCTGTTTACCAAACA 129 TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGA--TTTAAAAATAAAGT-TGTTTA-TTAACT * ** ** * 14865747 AGCTCAAATAAATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGT 1 AGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGT * ** * * * 14865812 CATAAAATAATTGTTTTAGTTTATA-AAAATTATCCGAAATTAAATAATACTACTTTATTAGTAT 66 CATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-AAATTAAATAATACTAATTTATTAATAT * * * * 14865876 TTCAAAAATTATTATGGAAGAGATTTAAAAACTAAAGTTGTTTTTTGAACT 130 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA-TAAAGTTGTTTATT-AACT * * * * * * 14865927 AGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGTTATGA-TATTTGTTTTGT 1 AGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGT * * * * 14865991 CATAAAAAAATTGTTTCT-GATCATACAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATA 66 CATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAT-TAAATAATACTAATTTATTAATA * * * ** 14866055 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAGAATG-TGTTTGCCTAA-T 129 TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAAGTTGTTT-ATTAACT * * * * * * * 14866103 CAATTCAAATGGTTAAAACTATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATCAGTCTA--ACCTTTTGTTT 1 -AGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATC-GT-TATGACTTTTTGTTT * * * * * 14866166 AGTCATAATATAATTATCTTAGTGCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAATAATACTAATTTATTAA 63 TGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA-AATTAAATAATACTAATTTATTAA * * * * 14866230 CA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAA-TCTATTTATCAAACA 127 TATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT--AAAAATAAAGT-TGTTTAT-TAACT ** * * 14866285 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCTTTATGA 1 AGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGA 14866337 ACTTGAATCA Statistics Matches: 457, Mismatches: 105, Indels: 54 0.74 0.17 0.09 Matches are distributed among these distances: 176 4 0.01 177 91 0.20 178 59 0.13 179 128 0.28 180 131 0.29 181 44 0.10 ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.38 Consensus pattern (178 bp): AGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGT CATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAATAATACTAATTTATTAATATT TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAAGTTGTTTATTAACT Found at i:14866747 original size:68 final size:65 Alignment explanation

Indices: 14866674--14866837 Score: 170 Period size: 68 Copynumber: 2.5 Consensus size: 65 14866664 CTTTGAAACC * * * 14866674 TTGGATGTGAATCTCTAAAATTTTTTGAATAAGAATTTTTGAAAATTTGGATGTGAAACCCTAAA 1 TTGGATGTGAATCT-TAAAATTTTTTAAATAAGAATCTTTG-AAATTTGGAGGTG-AACCCTAAA 14866739 ATT 63 ATT * * * * * 14866742 TTGGATGTGAAACATTGAAAA-TTTTTAAATAAGAATCTTTGAATTTTGGAGGTGAGCCTTGAAA 1 TTGGATGTGAATC-TT-AAAATTTTTTAAATAAGAATCTTTGAAATTTGGAGGTGAACCCTAAAA 14866806 TT 64 TT * * 14866808 TTTGATGTGAATC-TATAAATTTTTCAAATA 1 TTGGATGTGAATCTTA-AAATTTTTTAAATA 14866838 TGAAAATCTG Statistics Matches: 81, Mismatches: 11, Indels: 11 0.79 0.11 0.11 Matches are distributed among these distances: 63 1 0.01 64 4 0.05 65 9 0.11 66 20 0.25 67 11 0.14 68 31 0.38 69 5 0.06 ACGTcount: A:0.36, C:0.07, G:0.17, T:0.40 Consensus pattern (65 bp): TTGGATGTGAATCTTAAAATTTTTTAAATAAGAATCTTTGAAATTTGGAGGTGAACCCTAAAATT Found at i:14866983 original size:17 final size:17 Alignment explanation

Indices: 14866938--14867038 Score: 62 Period size: 17 Copynumber: 5.9 Consensus size: 17 14866928 ATGACGAAGT * * 14866938 TGAATTTCTTGCAAATC 1 TGAAGTTCTTGCAAACC * * 14866955 TAAAAATTCTTGCAAACC 1 T-GAAGTTCTTGCAAACC * * 14866973 TGAAGTTCTTGCGAACT 1 TGAAGTTCTTGCAAACC * 14866990 TGAAATTCTTAAG-AAACC 1 TGAAGTTCTT--GCAAACC * * 14867008 -GAAGCTCTTACAAACC 1 TGAAGTTCTTGCAAACC * * 14867024 TAAAGTTCTTACAAA 1 TGAAGTTCTTGCAAA 14867039 ACTTAGATCC Statistics Matches: 64, Mismatches: 15, Indels: 10 0.72 0.17 0.11 Matches are distributed among these distances: 16 5 0.08 17 41 0.64 18 17 0.27 19 1 0.02 ACGTcount: A:0.38, C:0.20, G:0.12, T:0.31 Consensus pattern (17 bp): TGAAGTTCTTGCAAACC Found at i:14867206 original size:17 final size:17 Alignment explanation

Indices: 14867122--14867220 Score: 63 Period size: 17 Copynumber: 5.7 Consensus size: 17 14867112 AATTCTTGTG * * 14867122 AATCTAGAACCTTTACA 1 AATCTAAAACCTTTGCA * * 14867139 AAACTTAAAACTTTTGCA 1 AATC-TAAAACCTTTGCA ** * ** 14867157 AATCTGGAACCTCTAAA 1 AATCTAAAACCTTTGCA ** * 14867174 AATCTAAAAAATTTTGCG 1 AATCT-AAAACCTTTGCA 14867192 AATCTAAAACCTTTGCA 1 AATCTAAAACCTTTGCA * 14867209 AATCTAGAACCT 1 AATCTAAAACCT 14867221 CTATAAAACT Statistics Matches: 57, Mismatches: 23, Indels: 4 0.68 0.27 0.05 Matches are distributed among these distances: 17 35 0.61 18 22 0.39 ACGTcount: A:0.42, C:0.20, G:0.08, T:0.29 Consensus pattern (17 bp): AATCTAAAACCTTTGCA Found at i:14867212 original size:35 final size:35 Alignment explanation

Indices: 14867110--14867214 Score: 111 Period size: 35 Copynumber: 3.0 Consensus size: 35 14867100 TTGTGAAACT * * * 14867110 AAAATTCTTGTGAATCTAGAACCTTTACAAAACTTA 1 AAAATT-TTGCGAATCTAGAACCTTTACAAATCTAA * * * * * 14867146 AAACTTTTGCAAATCTGGAACCTCTAAAAATCTAA 1 AAAATTTTGCGAATCTAGAACCTTTACAAATCTAA * * 14867181 AAAATTTTGCGAATCTAAAACCTTTGCAAATCTA 1 AAAATTTTGCGAATCTAGAACCTTTACAAATCTA 14867215 GAACCTCTAT Statistics Matches: 54, Mismatches: 15, Indels: 1 0.77 0.21 0.01 Matches are distributed among these distances: 35 49 0.91 36 5 0.09 ACGTcount: A:0.42, C:0.18, G:0.09, T:0.31 Consensus pattern (35 bp): AAAATTTTGCGAATCTAGAACCTTTACAAATCTAA Found at i:14867366 original size:19 final size:18 Alignment explanation

Indices: 14867312--14867367 Score: 60 Period size: 18 Copynumber: 3.0 Consensus size: 18 14867302 GAATCATTTA * 14867312 CAAACTTTTGGAATCTTTG 1 CAAACCTTTGGAATC-TTG * 14867331 CAAAAC-TTGGAATTCTTG 1 CAAACCTTTGGAA-TCTTG 14867349 CAAACCTTTGTGAATCTTG 1 CAAACCTTTG-GAATCTTG 14867368 ACTTTTGGCG Statistics Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 6 0.77 0.08 0.15 Matches are distributed among these distances: 18 14 0.45 19 14 0.45 20 3 0.10 ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.16, T:0.38 Consensus pattern (18 bp): CAAACCTTTGGAATCTTG Found at i:14867628 original size:43 final size:43 Alignment explanation

Indices: 14867568--14867768 Score: 244 Period size: 43 Copynumber: 4.6 Consensus size: 43 14867558 TATTTAAAAT * * 14867568 TTTTAAAGTTGTTTAGCCTCTATATAGAGGAGCCCATTTCATA 1 TTTTAAAGTTGTTTAGCCTCTATATAGAGGAGCACATTTCTTA * * * * 14867611 TTTTAAAGTTGTTTAGCCTCTGTATAGAGAAACATATTTCTTA 1 TTTTAAAGTTGTTTAGCCTCTATATAGAGGAGCACATTTCTTA * * * 14867654 ATTTAAAGTTATTTTAGCCTCTATATAGAAGAGCACATTTCTTAA 1 TTTTAAAGTT-GTTTAGCCTCTATATAGAGGAGCACATTTCTT-A * * 14867699 TTTTAAAGTTGTTTAGCCTCTGTATAAAGGAGC-CTATTT-TCTA 1 TTTTAAAGTTGTTTAGCCTCTATATAGAGGAGCAC-ATTTCT-TA * 14867742 TTTTAAAGTTATTTAGCCTCTATATAG 1 TTTTAAAGTTGTTTAGCCTCTATATAG 14867769 TCTTTATATA Statistics Matches: 133, Mismatches: 21, Indels: 8 0.82 0.13 0.05 Matches are distributed among these distances: 43 73 0.55 44 50 0.38 45 10 0.08 ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.14, T:0.43 Consensus pattern (43 bp): TTTTAAAGTTGTTTAGCCTCTATATAGAGGAGCACATTTCTTA Found at i:14868710 original size:20 final size:21 Alignment explanation

Indices: 14868685--14868723 Score: 62 Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21 14868675 TTGAGCTGCC * 14868685 TTTATTTTTTTAA-TATCTTA 1 TTTATTTATTTAATTATCTTA 14868705 TTTATTTATTTAATTATCT 1 TTTATTTATTTAATTATCT 14868724 ATTATTCTTT Statistics Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1 0.89 0.05 0.05 Matches are distributed among these distances: 20 12 0.71 21 5 0.29 ACGTcount: A:0.26, C:0.05, G:0.00, T:0.69 Consensus pattern (21 bp): TTTATTTATTTAATTATCTTA Found at i:14870273 original size:181 final size:180 Alignment explanation

Indices: 14869578--14873226 Score: 2058 Period size: 181 Copynumber: 20.3 Consensus size: 180 14869568 ATGATAAACT * * * * * * 14869578 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTT-ATAACGATTTTATATAGATAATTATTCAAATG 1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * * * 14869642 GTA-AAATCTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTGTTAAATCTCTTA-CTCATTAAT 66 G-ACTAA-CTATTTG-AATTGTTTGATAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTCCTACCT-ATTAAT * * * * * ** 14869705 TTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATT 126 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAAAA * * * * * * * * 14869760 GAAATAATTATTTTATGACCAAACAAAAGG-TCAAAACGATTTGGAATAGAAAATTGTTCTAGTA 1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * * * * * * 14869824 GTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGACAGACACATTTATTCTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT 66 GAC-TAACTATTTGAATT-GTTTGATAAACAGATTTATT-TTTTAAATCTCCTACCTATTAATTT * * * * * * 14869889 TTGGCATATTATTAAATTAGTATTATTTGAATCCAAATAAGCTTGTT-TGAAAA 128 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* * 14871087 GTCATAACTAATTGAACTTACTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCGT-TTACTTATTAATTG 66 GAC-TAACTATTTGAA-TTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCCTACCTATTAATT- * * * * 14871151 TCT-GAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATA 127 TTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTTTATGAAAA * ** * * * * * ** * 14871204 GAAAAAATAATTTTGTGACCAAACAAAAGGAT-ATAGCAATTTGAAATAGATAACCGTTCACATA 1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * * * * * * * * * * * 14871268 GTCATAACTATTTGCATTGATTAGGTCAATAGATTCATTTTCTAAATC-CATTACTTATTAAATT 66 GAC-TAACTATTTGAATTG-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-CTACCTATTAATTT * * * * * ** * * * * 14871332 TGAGGATAGTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGATTGTATCAATA 128 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAAAA * * * * * * 14871385 GAAACAATTGTTTTACGATAAAAC-AAATGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATT 1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * * * * 14871449 GTTA-TAACTGA-TTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA---CCT-CTTATTAATT 66 G--ACTAACT-ATTTGAA-TTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATT * ** * * * * 14871508 TTTAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATT-TCAATCAAACTTATATCAACAA 127 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT-AAGCTTTTATGAA-AA * ** * * 14871563 -AAACATTTGTTTTACAACAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA 1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * * * * ** 14871626 GCCTCAACTATTCGAATTGGTTT-AGCAAACA-ATATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT 66 GACT-AACTATTTGAATT-GTTTGA-TAAACAGAT-TTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATT * * * * * * 14871689 TTTATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACA 127 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTTTATGAAAA * * * * * * 14871743 TAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATT-ATAACGATTTGAAATATATAATTGTTTAAATA 1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA **** * * 14871807 GTTA-TAACTATTTGAACCAATT--TAAACAG----A-----T-GATCTCCTACTTATTAATTTT 66 G--ACTAACTATTTGAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTT * * ** * * * * * * 14871859 T-GAAACATTAATAAAATAACATTACTTTATTTTGAATATGCTTGTATGATGAA 129 TAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGA-AAA ** * 14871912 -AAACAATTGTTTTATGATGAAA-AAAA-GTTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTAT-AAAT 1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAAT * * * * * * * 14871973 TGCCTTAACTATTTGAATTGATTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTT 65 AGAC-TAACTATTTGAATTG-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTT * * * * ** * ** 14872038 TT-GAAATATTAATAAAATAATATTATTTAATTTTGGATAAAACTTTTATGAACT 128 TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT-AAGCTTTTATGAAAA * * * * * * 14872092 GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTTATATAGATAATTATTCAAATA 1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * * * * * 14872156 GTCATAAATATTTGAACTTGTTTTG-TAAATAGATTTATTTTATTAAAT-TCCTTGCTTATTAAT 66 GAC-TAACTATTTGAA-TTG-TTTGATAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTCC-TACCTATTAAT * * ** * * * 14872219 TTTTTGAATGTTAATAAAAAAAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCATGTATGAACTA 126 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Indices: 14869578--14873226 Score: 2841 Period size: 362 Copynumber: 10.2 Consensus size: 360 14869568 ATGATAAACT * * * * * * * 14869578 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTTATAACGATTTTATATAGATAATTATTCAAATG 1 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA * * ** * * 14869642 GT-AAAATCTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTGTTAAATCTCTTACTCATTAATT 65 GTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAA-T * * * * * 14869706 TTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTA 127 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAAAATTG * * * * * * * 14869770 TTTTATGACCAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGGAATAGAAAATTGTTCTAGTAGTCTTAACTAT 191 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT * * * 14869835 TTGAATTGGTTT-G-ACAGACACATTTATTCTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGCATAT 256 TTGAATT-GTTTAGTA-A-ACAGATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATAT * * * ** * * * 14869898 TATTAAATTAGTATTATTTGAATCCAAATAAGCTTGTTTGAAAA 317 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GTCATAACTAATTGAACTTACTC-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCGT-TTACTTATTAATT 65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATT * * 14871150 GTCTG-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAT 128 -TTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATA-AAAAAAT ** * * * * ** * 14871212 AATTTTGTGACCAAACAAAAGGAT-ATAGCAATTTGAAATAGATAACCGTTCACATAGTCATAAC 189 TGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC * * * * * * * * * 14871276 TATTTGCATTGATTAGGTCAATAGATTCATTTTCTAAATC-CATTACTTATTAAATTTGAGGATA 253 TATTTGAATTGTTTA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATA * * * * * 14871340 GTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGA-TTGTATCAATA 316 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-ACTTGTATGAATA * * * * * * 14871385 GAAACAATTGTTTTACGATAAAACAAATGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTG 1 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG * * ** 14871450 TTATAACTGA-TTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-C-C-T-CTTATTAATTTT 66 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Indices: 14869578--14880800 Score: 4548 Period size: 539 Copynumber: 20.7 Consensus size: 540 14869568 ATGATAAACT * * * * * * 14869578 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTTATATAGATAATTATTCAAATGG 1 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG * * * * 14869643 T-AAAATCTATTTGAAATTGTTTG-GTAAACAGATTTATTTTGTTAAATCTCTTACTCATTAATT 66 TCATAA-CTATTTG-AATTGATTGAGTCAACAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATT * * * * * * * * 14869706 TTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTAT 128 TTTTGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGACTAGAAACAATTGT ** * * * 14869771 TTTATGACCAAACAAAAGGTCAA-AACGATTTGGAATAGAA-AATTGTTCT-AGTAGTCT-TAAC 193 TTTATGATAAAACAAAAGAT-AATAACGATTTGAAATA-AATAATTGTT-TAAATAGT-TATAAC * ** 14869832 TATTTGAATTGGTTT-G-ACAGACACATTTATTCTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGCA 254 TATTTGAATT-GTTTAGTA-A-ACAAATTTATT-TTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAA * * * * * * * * 14869895 TATTATTAAATTAGTATTATTTGAATCCAAATAAGCTTGTTTGAAAAGGAAAAATTGTTTTATGA 314 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TTTATGATAAAACAAAAGATAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATT * * * * * * 14873066 TGAACGTGTTTAG-AAAAAAGATTCATTTTTTAAATC-TTGCTTATTAATTTTTTAAATATTAGT 258 TGAA-TTGTTTAGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT * * * * 14873129 AAATTTATATTATTTT-GTT-AGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGTCAAAA 321 AAATTAATATTATTTTACTTCA--AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAA * *** * * 14873192 CAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TGGTAAACA-AATTCATT----TT-TTAA 384 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT-ATTGAACTTGTTAA ** ** * * * * * * 14873250 -ATCATTTA-TTAATTTTCAAATGT-TAATAAGTTAGTATTATTTTGTTTCA-AATAAGCCTATA 448 GAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT--T-A-CT--TATTA-ATT-TTT-AGAAT-A--TTA-A * ** * * ** * 14873311 TGAACTTA-TACAATTATTTTATGATGAAACAAAAG-TTCTAACAATTT 500 T-AAATTAGT---ATTATTTTAT--TTCAA-ATAAGCTTGTATGAA-TA * * * * * * * * * * * 14873358 GAAATAGATAATTCT-T--C---A-AATA-GT-TTTACTATTTGAACTTG-T--TCGCTCAACAT 1 GAAACA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-AT * ** * * * * * * * * *** * * * * 14873411 ATTTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTATATTATTTTAATCTGA 64 A--GTCATAACTATTTGAATTGATTGA--GTCAACAGATTTATTTTTTA-AATCTCTT-A-CTTA * * * * * * ** * * ** * * 14873475 ATAAGCTTGTTG-A-A-CAA-AAA-TA--ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTT 122 TTAA-TTTTTTGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTAT-TC-TGA-ATAAACTTGT-ATGACTA * ** * ** * * * * 14873533 GAAATAAATAATTGTTCA-AAT-AGTCATAA-CTATTTGAACTTG-TTTG--GTAAATAGA-T-T 182 GAAA-CAATTGTT-TT-ATGATAAAACAAAAGATA-AT-AAC--GATTTGAAATAAATA-ATTGT * * **** * 14873590 TGAAATAAGCTTGTATAAATAGAAAAAAATTTGTTTCATGACAAAACAAAATGTTATAGCAATTT 239 TTAAAT-AG--T-TATAACT--ATTTGAA-TTGTTT-A-G--TAAAC-AAAT-TTAT-----TTT * ** * * * * 14873655 GAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-TAGATTCATT-T 286 ----T-TA-AATCT-TT-ACTTA--T-TAA-TTTTTGAA-ATATT-AATAAATTA-A-T-ATTAT * * * ** * * * * * * 14873717 TTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATGCTAATA-AATTAAAATTATGTTAT-TC-CAA-ATAAG 334 TTT-ACT-TC-AAATAA-GCTTG-TATG--AATAGAA--AAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG * ** ** * ** * * * * 14873778 CTTGT-ATGATCAGAAACA-ATTGTT-TTGCGACAAAATAAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAG 390 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT----C-AAAT---AA--TCATAACTA-TTGAACTTG * * * * * ** * ** 14873840 ATAATTATTCAAACAG-TTATAACTATTTGCA-CTGGTTAGGCCAACAGTTACATTTTCTA-AAT 444 TTAA-GA---AAATAGATT-T-ATTTTTTAAATCT-CTTA---C-TTA-TTA-ATTTT-TAGAA- * * * * *** * 14873902 CTATTACT-TATTAATTTTCAAAATATTAAT-AAATTACGTTACTT-TATTTCGAATAAGATTGT 494 -TATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATT--TCAAA-TAAG---CTTGTA--T-G----A-A---T 14873964 A 540 A * * * * * * 14873965 TGAACAAAAACAATTGTTTTATGACCAAA-AAATGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC 1 -G----AA-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC * * * * * * 14874029 AAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTTTG-GTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATT 60 AAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTGAGTCAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT *** * * * ** * * 14874089 AATTTTCAAAATATTAATAAATT-GATATTGTTTTATTTTGAGCAAACTTATATGAAC-AAAAAC 124 AATTTTTTGAATATTAATAAATTAG-CATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATG-ACTAGAAAC * * * * ** * * 14874152 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GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG * * * * * * * * * 14874556 TTATAATTATTTGAAATAGTTTG-GTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTCACTTA-TAAATTT 66 TCATAACTATTTG-AATTGATTGAGTCAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT *** * * * 14874619 TTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATT-TAGAATAAACTTGGATGAGCT-GAAATAAATG 130 TTG-AATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCT-GAATAAACTTGTATGA-CTAGAAACAATTG * * * * * 14874682 TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-TTTCATATAGTCT-TAACT 192 TTTTATGATAAAACAAAAGATAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTT-AAATAGT-TATAACT * *** * * ** 14874745 ATTTGAATTGGTTTAGCAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATT 255 ATTTGAATT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATT * * * * * * * * * 14874810 ACTAATTTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAG 318 AATAAATTAATATTATTTTACTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAA * ** * * * 14874874 AACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTA-TGCAAATTGAT 382 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CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTA-TTGAACTTG-TTA * * * ** * * * 14878719 GGCAAGTAGATTTACATTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGCATT 447 AGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT * * 14878784 ATTTAATTAT-GAATAAGCTTGTATGAACTA 512 ATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAA-TA * * * * * * * * * 14878814 -AGACAAATATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATA- 1 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG * * * * * 14878877 --A-GA--A-TT--A--G-TTCGA-TAAATACATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTT 66 TCATAACTATTTGAATTGATT-GAGTCAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT ** * * * * * 14878930 TAAAAAATTAAAAAATTAGTATTATTCTCT-TTC-GAATAGACTTGTATGA-TGAAAAACAATTG 130 TTGAATATTAATAAATTAGCATTATT-T-TATTCTGAATAAACTTGTATGACT-AGAAACAATTG * * * * * * * * ** * 14878992 TTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATATATAATTATTGAAATGGCCATAATTAT 192 TTTTATGATAAAACAAAAGATAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTATAACTAT * * * * * 14879057 TTGAATTGATTCAATAAACATATTCATTTTTTAAATC---ACTTATTACTTTTTGAAATATTAAT 257 TTGAATTG-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT * ** * * * * ** ** 14879119 AAACTGTTACTA-TTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTA-AAGCAATTGTTTTATGGGAAAAC 321 AAATTAATATTATTTTACTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC ** * * * * * * 14879182 AAAAGGTCATAGCGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTGTTCAA 385 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTA-TTGAACTTGTT-AA * * 14879247 -AAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTAT 448 GAAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTAT *** * 14879310 TATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT- 511 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TA * * * * * * 14879340 GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATA-AGTAATTATTCAAATA 1 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATA * * * * * 14879404 GTCAAAACTATTTGAACTT-ATTTG-GTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTTCTCATTAAT 65 GTCATAACTATTTGAA-TTGA-TTGAGTCAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAAT * * * * 14879467 TTTTTGAATATTAATATATTAGGATTATTTTA-TCTTGAATAAACTTGTATGA-TATGAAAGAAA 127 TTTTTGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTC-TGAATAAACTTGTATGACTA-GAAACAAT * ** * * * 14879530 TATTTTATGACT--AA-AAAAGATCAA-AATAATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTTTTA 190 TGTTTTATGA-TAAAACAAAAGAT-AATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT-TAAATAGTTATA * * * * * * * 14879590 CCTA-TTGAACTGGTTCGATAAACACATTTATTTTTTTTAAATCTCGTACTTATGAATTTTTGAA 252 ACTATTTGAATTGTTTAG-TAAACAAATTTA--TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAA * * ** 14879654 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT---ATAAGCTTATATG-ATCA-AAAATAATCATTTTA 313 ATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAAA-AATTGTTTTA * * *** * * 14879713 -GAACAAAACAAAAGGTCGTAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTA 376 TG-ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTA-TTGA * * * * 14879777 AC-TGATTCAATAAACA-A-ATTTATTTTTTATATTTCTTACTTATCAA-TTTTAGAAATATTAA 439 ACTTG-TT-AAGAAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAA *** * * * 14879838 TAAATTA-TATTATTTTATTTTGTATAAGCTAGCATTAACTA 500 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Indices: 14873474--14873711 Score: 332 Period size: 122 Copynumber: 2.0 Consensus size: 119 14873464 TTTTAATCTG * * * ** 14873474 AATAAGCTTGTTGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATA 1 AATAAGCTTGTTAAACAAAAAAAATTGTTTCATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATA ** 14873539 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTGA 66 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTGA * * * * 14873593 AATAAGCTTGTATAAATAGAAAAAAATTTGTTTCATGACAAAACAAAATGTTATAGCAATTTGAA 1 AATAAGCTTGT-TAAACA-AAAAAAA-TTGTTTCATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA * * 14873658 ATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT 63 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT 14873712 CATTTTTTAA Statistics Matches: 103, Mismatches: 13, Indels: 3 0.87 0.11 0.03 Matches are distributed among these distances: 119 11 0.11 120 4 0.04 121 6 0.06 122 82 0.80 ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.13, T:0.35 Consensus pattern (119 bp): AATAAGCTTGTTAAACAAAAAAAATTGTTTCATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATA AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTGA Found at i:14873903 original size:178 final size:175 Alignment explanation

Indices: 14873592--14875327 Score: 794 Period size: 181 Copynumber: 9.8 Consensus size: 175 14873582 AATAGATTTG * * * * * * * * * 14873592 AAATAAGCTTGTATAAATAGAAAAAAATTTGTTTCATGACAAAACAAAATGTTATAGCAATTTGA 1 AAATAAGATTGTATGAACA-AAAACAA-TTGTTTTACGACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGA * 14873657 AATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAATAGATTCATTTTTTA 63 AATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTT-AGGTAAATAGATTCATTTTTTA ** * 14873721 AATCTCTTATTAATTTTTGAAATGCTAATAAATTAAAATTA-TGTTATTCC 127 AATCTCTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATT-AAATTACT-TTATTCC * * * * * * 14873771 AAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTGCGACAAAATAAAAAGGTCATAACGATTTAAA 1 AAATAAGATTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTACGAC-AAA-AAAAAGGTCATAACAATTTGAA * * * ** * * 14873836 ATAGATAATTATTCAAACAGTTATAACTATTTGCACTGGTTAGGCCAACAG-TTACATTTTCTAA 64 ATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAGATT-CATTTTTTAA * ** * 14873900 ATCTATTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTACGTTACTTTATTTC 128 ATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTAAATTACTTTATTCC * * * * * 14873952 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AATAGATAATTTTTCATATAGTCT-TAACTATTTGAATTGGTTTA-GCAAATGGATTTATTTTTT 63 AATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGG-TTAGGTAAATAGATTCATTTTTT * * * * * * 14874779 AAATCTCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTACTAATTTAGTATTATTTTATTCT 126 AAATCTCTTA--T-T-AATTTTCAAAATACTAATAAATTA-AATTACTTTATTCC * * * * * * * * 14874834 GAATAA-ACTTATATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGA 1 AAATAAGA-TTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTACGACA-AAAAAAAGGTCATAACAATTTGA * * *** * * * * * 14874897 AATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATGCAAATTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTGA 63 AATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAGATTCATTTTTTAA * * * * * ** 14874962 ATCTCATACTAA-TTCCTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTT 128 ATCTCTTATTAATTTTC-AAAATACTAATAAATTA-AATTACTTTATTCC * * ** * * ** * * * ** 14875011 GAATAAGCTTGTAT-ATTGAAAAATAATTATTTTATAACAAAACGAAAGGTAAAAATGATTTGAA 1 AAATAAGATTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTACGACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAA * ** * * * * * 14875075 ATAGATAACTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAATTGATTCA-GTAAATTGATTTATTTTTTAA 64 ATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTT-AGGTAAATAGATTCATTTTTTAA * * * * ** 14875139 ATCTCTTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTT 128 ATCTC-T---TATTAATTTTCAAAATACTAATAAATTA-AATTACTTTATTCC * * * ** * * * ** * 14875192 GAATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCACAATGATTTTAAA 1 AAATAAGATTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTACGACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAA * * * ** * * * * 14875257 TAGATAAATGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTTACTTTTTTAAA 65 TAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAGATTCA-TTTTTTAAA 14875322 TCTCTT 129 TCTCTT 14875328 GCTTATTAAT Statistics Matches: 1213, Mismatches: 255, Indels: 179 0.74 0.15 0.11 Matches are distributed among these distances: 161 1 0.00 162 2 0.00 163 6 0.00 164 33 0.03 165 39 0.03 166 25 0.02 167 3 0.00 171 3 0.00 172 6 0.00 173 7 0.01 174 3 0.00 175 74 0.06 176 80 0.07 177 148 0.12 178 90 0.07 179 161 0.13 180 16 0.01 181 426 0.35 182 82 0.07 183 6 0.00 184 1 0.00 185 1 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.11, T:0.40 Consensus 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Indices: 14874529--14874576 Score: 57 Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19 14874519 GGTTATAACG 14874529 ATTTGAAATA--TATAATT 1 ATTTGAAATAGTTATAATT * * 14874546 -GTTCAAATAGTTATAATT 1 ATTTGAAATAGTTATAATT 14874564 ATTTGAAATAGTT 1 ATTTGAAATAGTT 14874577 TGGTAAATAG Statistics Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 4 0.75 0.12 0.12 Matches are distributed among these distances: 16 7 0.29 18 7 0.29 19 10 0.42 ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.10, T:0.46 Consensus pattern (19 bp): ATTTGAAATAGTTATAATT Found at i:14874689 original size:181 final size:180 Alignment explanation

Indices: 14874491--14875595 Score: 968 Period size: 181 Copynumber: 6.1 Consensus size: 180 14874481 TCTTTAAATA * * * * 14874491 GAAATAATTATTTTATGATAGAGCAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG 1 GAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG * * * * 14874556 TTATAATTATTTGAAATAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTCACTTATAAATTTTT 66 TCATAACTATTTGAAATAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTT * * * * * 14874621 GAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTTAGAATAAACTTGGATGAGCT 131 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGA-CT * * * * * 14874672 GAAATAAATGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTTTTCATATAG 1 GAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG * * * * * * * * * 14874737 TCTTAACTATTTGAATTGGTTTAGCAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTC 66 TCATAACTATTTGAAATAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTT * * * * * 14874802 AAAATATTACTAATTTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAACTTATATGAAT 131 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGCTTGTATGACT * * * 14874852 AGAAAAAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTA 1 -GAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * * * 14874917 GTCATAACTA--TGCAAATTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTGAATCTCATAC---T-AATT 65 GTCATAACTATTTG-AAATAG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATT ** * * * 14874976 CCTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-ATT 128 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGACT * * * * * ** * 14875028 GAAAAATAATTATTTTATAACAAAACGAAAGGTAAAAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAAT 1 G--AAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT * * * ** * * * 14875093 AGCCATAATTATTTG-AATTGATTCAGTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATT 64 AGTCATAACTATTTGAAATAG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATT * * * * * 14875157 TTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAACT 128 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATG-ACT * * * * ** * * 14875211 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCACAATGATTTTAAATAGATAAATGTTCAAATA 1 GAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * * * * * * * 14875275 ATCATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAACAGATTTACTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATT 65 GTCATAACTATTTGAA-ATAGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAAT * * * * 14875339 TTTTTAAA-GTTAATAGATTAGTATTAATTTT-TTTAGAATAAGCTTTTATGAACT 127 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATG-ACT * * * * * 14875393 GAAACAATTATTTTATGACT-AAACAAAAGATT-TGAACAATTTAAAATAGATAATTATTCTAAT 1 GAAATAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTTAT-AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT * * * * * * * * 14875456 AGTCTTAACTATTT-AAACTAATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTT 64 AGTCATAACTATTTGAAA-TAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATT * * ** * 14875520 TTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCA-AATTAGCTTGTATGA-T 128 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGACT * * * 14875572 GAAAACAATTGTTTTATGACAAAA 1 G-AAATAATTATTTTATGATAAAA 14875596 TAAAGATCAT Statistics Matches: 752, Mismatches: 141, Indels: 63 0.79 0.15 0.07 Matches are distributed among these distances: 175 1 0.00 176 3 0.00 177 138 0.18 178 1 0.00 179 6 0.01 180 39 0.05 181 414 0.55 182 130 0.17 183 20 0.03 ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42 Consensus pattern (180 bp): GAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG TCATAACTATTTGAAATAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTT AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGACT Found at i:14875181 original size:358 final size:358 Alignment explanation

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Indices: 14875606--14882186 Score: 2359 Period size: 181 Copynumber: 36.3 Consensus size: 179 14875596 TAAAGATCAT ** * * * * ** * 14875606 AAATAGTTGTAACTATTTGAAATGATTCAGAAAATAGCTTTAATTTTTAAATCTCTTA---A-TA 1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA * * * * * * * 14875667 ATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TCAGATAAGTTTTTATGAATTGAAATAA 66 A-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTATATGAATAGAAACAA ** * * 14875731 TTGTTTTACAACAAAACAAAAAGGTCATAAAGATTTTAAATAGATAATTGTTC 129 TTGTTTTATGAC-AAA-AAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC * * * * * ** 14875784 AAATAGTTATATCTATTTGAACTTGTTCAGCAAACAAATTAATTGTTTTAAATCTCTTGTTTATT 1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATT ** * * * * 14875849 AATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAAAAGC-TAGTATGAACTA-AAAT 65 AA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTA-TATGAA-TAGAAAC * * * * 14875912 AATTATTTTATGACTAAACAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTG 127 AATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC * * * ** * * 14875967 TAATAGTCTTAACTATTTGAAATGGTTCAACAAACATATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTA 1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA * * * * 14876032 ACTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATATGCTTGTATGAAAAGAAACAAT 66 A-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAAT * * * * 14876097 TGTTCTATGACAAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTC 130 TGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC * * ** * 14876147 AAATAGTTATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTA 1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA * * * ** * 14876208 ATTTTCAAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGA-ATGCATAGAAAC-A 66 ATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTT-ATATGAATAGAAACAA * ** * * * 14876271 TTTTTTTATGGTAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAAATGTTT 129 TTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC ** * * ** * * ** * * * 14876323 AAATAAACATGATTATTTGAACTTCTTCGGTAGATGAATTTATTTTTTAAGTCTCCTACCTATTA 1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA * * * * * * 14876388 ATTTGTATAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTCTGAATAAACTTATATAAATAGAAAGAAT 66 ATTT-TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAAT * *** * * 14876453 TGTTTTATAACAAAACAAAATAACATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTC 130 TGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC * * * * * * * * * 14876504 AAACAATCATGACTATTTGAACTTGCTCTA-TAAATAGATTTATTTTTGAAATCTTTTACTTATT 1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT ** * * * 14876568 AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTATATGAACAGAAATA 65 AA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTATATGAATAGAAACA ** * * * * * * 14876632 ATTAATTTATGATGAAACAAAATGTCATAACTATTTAAAATAGATAATTATTC 128 ATTGTTTTATGA-CAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC * * * * * ** * * 14876685 AAATAGTTATAACTATTTGAA-TGTGTTAAGAAAATAGATTT-TTTTAAAAAT-TTTTGCTTATT 1 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Indices: 14877832--14880800 Score: 1513 Period size: 358 Copynumber: 8.3 Consensus size: 354 14877822 TACTTAATAG * * ** * * 14877832 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAGTTTTCAAAATATTAATAAA-TATTATT-TTATTTC 1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTC * * * * ** * 14877894 AAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA 66 GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA * * * * * * *** * 14877959 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTACTGCAAACAAAATTATTTTTTAACT 131 TA-ATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAA-- * * * * ** * 14878024 CTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAATTTGTTTTA-TTTTATTTTGAATAAG-TTACT 193 ATC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTG-ATTACTTTTATTTCAAATAAGCCTA-T * * * * * 14878087 AAGAACTACAAA-AATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAGAACTGT 254 ATGAACTA-AAACAATTATTTTATG--AAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAACAATTGT * *** * **** * 14878151 TCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAA 316 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ATTCA-CTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATCT-GTATTATTTTAT 1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTA-TTT-T * * * * * * * * * ** * 14878610 TTTGAACAAGCTTGTATGAGCTGAAACAAGTGCTTTATGACAAGATAAAATGTCAAAACAATTTA 63 TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG * * *** *** * * *** ** * ** 14878675 AAATAGATAATTGTTTATGCAGTTTTAACTATTTGAACTGCTTCGGCAAGTAGATTTACATTTTA 128 AAATA-ATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTA * * * * 14878740 AATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGCATTA-TTTAATTAT-GAATAAGC 192 AA--TC-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATT-G-ATTACTTTTATT-TCAAATAAGC * * * * * * ** * * * 14878802 TTGTATGAACTAAGACAAATATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAAT 250 CTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGA-A-AACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAACAAT * * * * * 14878867 TATTC-AA-A-TAA-GA--A-TT--A---GTTCGATAAATAC 313 TGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACAC * * * * 14878897 ATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAAAATTAAAAAATTAGTATTATTCTCTT 1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-T-TT * 14878961 TCGAAT-AGACTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATT 64 TCGAATAAG-CTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT * * * * * 14879023 TGAAATATATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTCAATAAACATATTCATTTTT 126 TGAAATA-ATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGATTCAATAAACAAATTTATTTTT * * 14879088 TAAATC-ACTTATTACTTTTTGAAATATTAATAAACTG-TTACTATTTATTTCAAATAAGCCTAT 190 TAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTGATTACT-TTTATTTCAAATAAGCCTAT * * * * * 14879151 ATGAACTAAAGCAATTGTTTTATGGGAAAACAAAAGGTCATAGCGATTTTAAATATACAATTGTT 254 ATGAACTAAAACAATTATTTTAT--GAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAACAATTGTT * * * * 14879216 CAAATAGTCATAACTATTTAAATTTGTTCAAAAAACAT 317 CAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACAC 14879254 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT 1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT-TT * * * * * * 14879319 TTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTTA 64 TCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA * * *** * * 14879384 AATAAGTAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTC 129 AATAA-TAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAA-TTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTT- * * 14879448 AAATCT-CTTTCTCATTAATTTTTTG-AATATTAATATATTAGGATTA-TTTTATCTT-GAATAA 191 AAATCTAC--T-T-ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATT--GATTACTTTTAT-TTCAAATAA * * * * * * * * * * * * * 14879509 ACTTGTATGATA-TGAAAGAAATATTTTATGACTAA-AAAAGATCAAAATAATTTGAAATAGATA 248 GCCTATATGA-ACTAAAACAATTATTTTATGA-AAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAACA * * ** * * * * 14879572 ATTATTCTAATAGTTTTACCTA-TTGAACTGGTTCGATAAACAC 311 ATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACAC * * 14879615 ATTTATTTTTTTTAAATCTCGTACTTATGAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT 1 ATTTA-TTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-T * * ** * ** * 14879680 T---ATAAGCTTATATGATCAAAAATAATCATTTTA-GAACAAAACAAAAGGTCGTAATGATTTG 64 TCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG * * * * * 14879741 AAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTA 128 AAAT-AATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTA * * * * *** 14879806 TATTTCTTACTTATCAATTTTAGAAATATTAATAAATTATATTA-TTTTATTTTGTATAAG-CTA 192 -A-ATC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-GATTACTTTTATTTCAAATAAGCCTA * * * * * * 14879869 GCATTAACTAAAACAATTACTATATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTATATAAACAATTG 253 -TATGAACTAAAACAATTATTTTATG--AAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAACAATTG * ** * * 14879934 TTAAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAGCAAATAG 315 TTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACAC * * * * 14879974 ATTTATTTTTTTAAATATCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTAT 1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTT * * ** 14880038 TCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTG 64 TC-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG * * * * * * * 14880103 AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATATGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTA 128 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TGAATCGCTTA-TTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAACTAGTATTA-TTTTATTTCAAAAAA 190 TAAAT--C-TACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA-TTG-ATTACTTTTATTTCAAATAA * * * * * * * * * * 14880586 ACTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATA 248 GCCTATATGAACTAAAACAATTATTTTATG--AAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAACA * * * ** * * 14880651 ATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAAC-TGATT-ATGTAAATAA 311 ATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG-TTCA-AAAAACAC * * ** * * * * 14880695 AATTA--TTTTTAAATCTTTTACTTAAAAAATTTTGATATATTAACAAAATTAGTTTTATTTTAT 1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTA-TTT-T * * * * * * 14880758 TTTGAATAAACTTGTATGAGCTAAAATAGTTGTTTTATGACAA 63 TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAA 14880801 TAATTGTTCA Statistics Matches: 2016, Mismatches: 472, Indels: 243 0.74 0.17 0.09 Matches are distributed among these distances: 343 3 0.00 344 2 0.00 345 65 0.03 346 49 0.02 347 4 0.00 348 8 0.00 349 7 0.00 350 124 0.06 351 3 0.00 352 3 0.00 354 2 0.00 355 5 0.00 356 41 0.02 357 122 0.06 358 656 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Indices: 14874368--14880800 Score: 3105 Period size: 720 Copynumber: 8.9 Consensus size: 714 14874358 TAACAATTTG * * * * * * * 14874368 AAATTGTCTTAACTATTTGAAGTGGTTTGGCAAACAAATTCATTTTTTAAAATCTCTTAGTAATT 1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATT * * * * ** * * * * * * 14874433 AATTGTCAGAATCTTATTAGGTTAGTACTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTCT-TTAAATAGAAAT 65 AATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-TAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAAA * * * * * * * 14874496 AATTATTTTATGATAGAGCAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGT-TAT 128 AATTATTTTATGACA-AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-CGTTC-TATAGTCT-T * * * * * * * * * 14874560 AATTATTTGAAATAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCT-CTCACTTATAAATTTTTGAA 189 AACTATTTGAACTAGTTCGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCCT-ACTTATTAATTTTTAAA * * * * * * ** * 14874624 ATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTTAGAATAAACTTGGATGAGCTGAAATAAATGTTTTATG 253 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT--CATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTTTATG * ** * * * * * * * 14874689 ATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTTTTCATATAGTCTTAACTATTTGAATT 315 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-T * * ** *** * * * * * * 14874754 GGTTTAGCAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTACTAATTTA 379 GATTCAATAAACAAATTTATTTTTT-AATATCTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTA * * * * * * * * 14874819 GTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTA-TATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGATAGAACAAAA 442 -TATTATTTTATTTC-AAATAAGC-TAGCATGAACTA-AAACAATTGTTATATGACAAAACAAAA * * * * * * * *** ** * 14874881 GGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATGCAAATTGATTTGGTAAA 503 GGTCATAACGATTTTAAATAAACAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTCAGAAAA * * * * * ** * * 14874946 TAGATTTA-TTTTTT-GA-ATC-T-CATACTAATTCCTAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTT 567 CAAATTTATTTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT * * * * * * * ** 14875006 ATTTTGAATAAGCTTGTAT--ATTGAAAAATAATTATTTTATAACAAAACGAAAGGTAAAAATGA 632 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA * * 14875069 TTTGAAATAGATAACTGTTC 695 TTTGAAATAGATAATTATTC * * * * * * *** * 14875089 AAATAGCCATAATTATTTGAATTGATTCAGTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTA 1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA * * * * * * * * * 14875154 ATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAACTGAAACAAT 66 ATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAAT * * * ** * * * * * 14875219 TGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCACAATGATTTTAAATAGATAAATGTTCAAATAATCATAACT 131 TATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT-AACGTTC-TATAGTCTTAACT * * * * 14875284 ATTTGAACTTA-TTCGATAAACAGATTTACTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTTAAA- 193 ATTTGAAC-TAGTTCGATAAACACATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACTTATTAA-TTTTTAAAAT * * * * * * ** * * 14875347 GTTAATAGATTAGTATTAATTTTTTTAGAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGAC 255 ATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATT--CATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTTTATGAC * * * ** * * * * * * * * * * 14875412 TAAACAAAAGAT-TTGAACAATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTA 317 AAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-TG 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* * * 14875849 AATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAAAAAGCTAGTATGAACTAAAATA 65 AATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-TAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAA * * * 14875913 ATTATTTTATGACTAAACAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGTAATAGTCTTA 129 ATTATTTTATGAC-AAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-CGTTCT-ATAGTCTTA * * * * * * * * 14875978 ACTATTTGAAATGGTTCAACAAACATATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAACTTTTAAAAT 190 ACTATTTGAACTAGTTCGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAAT * * * * * 14876043 ATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATATGCTTGTATGA-AAAGAAACAATTGTTCTATGA 255 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC---ATAAGCTTGTATGATCAA-AAATAATTGTTTTATGA * * * * * * ** * * 14876107 CAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTG 316 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-TG * *** * * * 14876171 GTTTGGTAAACAAATTTAGTTTTTAA-ATC-T-CTTATTAATTTTCAAAATAATAATAAATTAGT 380 ATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAATATCTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTA-T ** ** * * * * * ** * 14876233 ATTATTTTATTTTGAATAATTTTGAATGCA-TAGAAAC-ATTTTTTTATGGTAAAACAAAAGATC 443 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGCATGAACTA-AAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTC * * * * * ** * * * * * * ** 14876296 ATAACGATTTGAAATAGATAAATGTTTAAATAAACATGATTATTTGAACTTCTTCGGTAGATGAA 507 ATAACGATTTTAAATAAACAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAGAAAACAAA * * * * * * 14876361 TTTA-TTTTTTAAGTCTCCTACCTATTAATTTGT-ATAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATT 571 TTTATTTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT * * * * * * *** * 14876424 CTGAATAAACTTATAT-AAATAGAAAGAATTGTTTTATAACAAAACAAAATAACATAACTATTTG 635 TTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG * * 14876488 AAATAAATAATTGTTC 699 AAATAGATAATTATTC * * * * * *** * * * * 14876504 AAACAATCATGACTATTTGAACTTGCTCTATAAATAGATTTATTTTTGAAATCTTTTACTTATTA 1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA ** * * * * 14876569 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAACTTATATGAAC-AGAAATA 66 ATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTT-AAATAAGCTTGTATGAACTA-AAAAA * * * * * ** * 14876632 ATTAATTTATGATGAAACAAAATGTCATAACTATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATA 129 ATTATTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-CGTTC-TATAGTCT-TA * * * * ** ** * ** 14876696 ACTATTTGAA-TGTGTTAAGA-AAATAGATTT-TTTTAAAAAT-TTTTGCTTATTAATTTTTTGA 190 ACTATTTGAACT-AGTT-CGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAA * * * * * 14876757 ATGTTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTATATGAAT-AGAAACAGCTAT-TTT 253 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC---ATAAGCTTGTATG-ATCAAAAATA-AT-TGTTT ** * * * * * * 14876819 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAT-TTCATATAGTCACAACTATTT 311 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAAT-TGTTCAAATGGCCATAATTATTT * * * * * 14876883 GACCTTG-TTCAATAAACAAATTCATTTTTAAAAACTCTTA-TTCATTAATTTTTGAAATGTTAA 375 GA--ATGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAATA-TCTTACTT-ATTAA-TTTTGAAATATTAA ** * * * * ** 14876946 TAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATACA--AACTGACACAATTGTTTTATGATGAA 435 TAAATT-ATATTATTTTATTTCAAATAAGC-TA-GCATGAACTAAAACAATTGTTATATGACAAA * * * * * * * * * 14877009 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AATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-CGTTC-TATAGTCTTA * * * * * * * 14877416 ACTATTTGAACTTGCTTTG-TAAACAAATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTTATTTTCAAAA 190 ACTATTTGAACTAG-TTCGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAA * ** * * * 14877480 TATTAATAAATTAGAATTAAATTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAATAATTATTTTGTG 254 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC--ATAAGCTTGTATG-ATCAAAAATAATTGTTTTATG * * ** * * * ** * * 14877544 ATAAAAC-AAAGAGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTTAAACAGTCATAACTATTT-ACA 315 ACAAAACAAAAG-GTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGA-A ** * * 14877607 CT--TCTCAAGCCAACAGATTCT-TTTTTTAA-ATTCATGACTTATTAATTTT-AGAATATTAAT 378 -TGAT-TCAA-TAAACAAATT-TATTTTTTAATA-TC-TTACTTATTAATTTTGA-AATATTAAT * * ** * * * 14877667 AAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGACTA-TATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGGCAAAA 436 AAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAG-CTAGCATGAACTA-AAACAATTGTTATATGACAAAA * * * * * * * * * * * ** 14877730 TAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTGATAACTAATTAAACTAGTTTG 498 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* ** * * * * * 14878166 TATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATAT 192 TATTTGAACTAGTTCGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATAT * * * * * * * * 14878230 CATTACATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAGCATAAATAATTGTTTTATGACAT 257 TAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC--ATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTGTTTTATGACAA * ** * * * * * 14878295 AACAAAAGGTTATAACCATTTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTT 319 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAATGA-TT ** * 14878360 CGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATATTTGAAATATTAATAAATTAATAT 383 CAATAAACAAATTTATTTTTT-AATATCTTACTTATTAAT-TTTGAAATATTAATAAATT-ATAT * * * * * * * * 14878425 TATTCTATTCCAAATAAGCTTGCATGATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATA 445 TATTTTATTTCAAATAAGCTAGCATGAACTAAAACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTCATA * * * * * * * * 14878490 ACGATTTGAAATACATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAATGATTC-GATAAACAAATT 510 ACGATTTTAAATAAACAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTCAGA-AAACAAATT * * * 14878554 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** * * 14879697 AAAAATAATCATTTTA-GAACAAAACAAAAGGTCGTAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT 1 AAAAACAATTGTTTTATG-ATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT * * * * * * * * * * ** * 14879761 GGCCATAATTATTTTAACTGATTCAA-TAAACAAATTTA-TTTTTTATATTTCTTACTT-ATCAA 65 AGTCAAAACTATTTGAACTGGTT-AAGCAAATAGATTTACTTTTTGA-ATCGCTTA-TTGATTAA * * * **** * * ** * 14879823 TTTTAGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTTGTATAAGCTAGCATTAAC 127 GTTTCGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTACAAAAAAACTAATATGAAC * ** * * * * * * * * * * * 14879877 TAAAACAATTACTATATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTATATAAACAATTGTTAAAATA 1 AAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA * * * * ** * 14879942 GT-AATAACTATTTGAACTTGTTCAGCAAATAGATTTATTTTTTTAAATATCTT-TCTTATTAAT 66 GTCAA-AACTATTTGAACTGGTTAAGCAAATAGATTTA-CTTTTTGAATCGCTTAT-TGATTAA- * * * * * * * * ** 14880005 TTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATT-CTGAATAAGCTTGTATGAAC 127 GTTTCGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTAC-AAAAAAACTAATATGAAC ** * * * * 14880059 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AAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATT-CAAAT * * 14880481 AGTCAAAACTATTTGAAATGGTTAAGCAAATAGATTTACTTTTTGAATCGCTTATTGATTAATTT 65 AGTCAAAACTATTTGAACTGGTTAAGCAAATAGATTTACTTTTTGAATCGCTTATTGATTAAGTT * * * 14880546 TCTAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAACTTATATGAAC 130 TCGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTACAAAAAAACTAATATGAAC * * * 14880598 AAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA 1 AAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA * * * 14880663 GTTATAATTATTTGAACTG 66 GTCAAAACTATTTGAACTG 14880682 ATTATGTAAA Statistics Matches: 1190, Mismatches: 259, Indels: 147 0.75 0.16 0.09 Matches are distributed among these distances: 174 4 0.00 175 3 0.00 176 118 0.10 177 63 0.05 178 100 0.08 179 235 0.20 180 183 0.15 181 139 0.12 182 328 0.28 183 15 0.01 184 2 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41 Consensus pattern (181 bp): AAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA 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Indices: 14881897--14882515 Score: 693 Period size: 330 Copynumber: 1.9 Consensus size: 333 14881887 CTAATAAATT * * * * * 14881897 GAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAG 1 GAAACAATTGTTCTAGGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG * * * * * ** * 14881962 TCATATCTATTTGAGCTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTT 66 TCAGAACTATTTGAGCTGGTTCGGTAAACAAATTTAGCTATTAAAA-CTCTTGCTTATTAATTTT * * * * * * * * 14882027 TGATTGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATTGAAATATTTGTTTT 130 TAAATACTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGATTATATGAATAGAAACAATTGTTTT * * * * * 14882092 ATGACTAAACAAAAGGTCGAAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTGA 195 ATGACTAAACAAAAGATCGAAACAATTTCAAATAAATAATTATTCTAATAATCATAACTATTAGA * * 14882157 ACTTGTTTAACAAAACATATTTATTTTTTATTATTAAGTTAGTATTATCTTAATTCGAATAAGCT 260 ACTTATTT-ACAAAACAGATTTATTTTTTATTATTAAGTTAGTATTATCTTAATTCGAATAAGCT 14882222 TATATGAAAA 324 TATATGAAAA * * * * 14882232 GAAACAATTGTTCTAGGATAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAG 1 GAAACAATTGTTCTAGGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG 14882296 TCAGAACTATTTG-GACTGGTTCGGTAAACAAATTTAGCTATT-AAA-TC-T-CTTATTAATTTT 66 TCAGAACTATTTGAG-CTGGTTCGGTAAACAAATTTAGCTATTAAAACTCTTGCTTATTAATTTT * *** * 14882356 TAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA-ATATGTATGAATAGAAACAATTGTT 130 T-AAATACTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGAT-TATATGAATAGAAACAATTGTT ** * 14882420 TTATGA-TAAAACAAAAGATC-ATAATTATTTGAAATAAATAATTATT-TAA-ACAGTCATAACT 193 TTATGACT-AAACAAAAGATCGA-AACAATTTCAAATAAATAATTATTCTAATA-A-TCATAACT * ** 14882481 ATTAGAGCTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTA 254 ATTAGAACTTATTTACAAAACAGATTTATTTTTTA 14882516 AATCTTTTAC Statistics Matches: 234, Mismatches: 43, Indels: 20 0.79 0.14 0.07 Matches are distributed among these distances: 328 1 0.00 329 38 0.16 330 102 0.44 331 2 0.01 333 4 0.02 334 66 0.28 335 21 0.09 ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41 Consensus pattern (333 bp): GAAACAATTGTTCTAGGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG TCAGAACTATTTGAGCTGGTTCGGTAAACAAATTTAGCTATTAAAACTCTTGCTTATTAATTTTT AAATACTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGATTATATGAATAGAAACAATTGTTTTA TGACTAAACAAAAGATCGAAACAATTTCAAATAAATAATTATTCTAATAATCATAACTATTAGAA CTTATTTACAAAACAGATTTATTTTTTATTATTAAGTTAGTATTATCTTAATTCGAATAAGCTTA TATGAAAA Found at i:14882589 original size:181 final size:179 Alignment explanation

Indices: 14882185--14884200 Score: 1591 Period size: 181 Copynumber: 11.3 Consensus size: 179 14882175 ATTTATTTTT * * * * * * * * 14882185 TATTATTAAGTTAGTATTATCTTAATTCGAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTCTAGGA 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA * * * ** * * * 14882250 TAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCAGAACTATTTGGACTG 66 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-GACTT * * ** * * 14882314 GTTCGGTAAACAAATTTAGCTATTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAA 130 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAA * * * 14882361 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA-ATATGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG * * ** * * * * 14882425 ATAAAACAAAAGATCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTTAAACAGTCATAACTATTAGAGCT 65 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-CT * * * 14882490 TATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATATTTGGAA 129 TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTAGAA * * 14882542 TAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGA 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA * * * * * * * * 14882607 CAAAACAAATGGTCATAACTATTTGAAATAGATTATTGTTTATATAGTCAAAACTA-TTGAATGT 66 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGACT-T ** * * * 14882671 GTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATTTTTGAAA 130 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AA * * * * 14882721 TATTAGTAAATTTA-TATTTTTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAGAATTG-TTTATG 1 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG ** * ** * * * * 14882784 ACAAAACAAACTGTCAAAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTGTTTGAAAT 65 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-ACT ** * * * 14882849 TGTTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTAGAA 129 TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAA * * * * * 14882901 TATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACT-GATACAATTGTTTTATA 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG ** * * * * 14882965 ATGAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTTGACT 65 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTTGACT * * * ** * * 14883030 TGTTCAATAGACATATTT-TTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAA 129 TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAGAA * * * * * * 14883081 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAATAATTGTTTTATGA 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA * * * * * * 14883145 CAAAACCAAAA-GTCATTACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACT 66 CAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-GACT * * * * * * 14883209 TATTCAGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTAATTAATTGTTTG-A 129 TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAGAA * * * 14883260 -A-TAATAAATTTGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-ATTTTGTTTCAT 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTAT * * * * ** 14883321 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14884103 TGGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATATCTTAGTTCTTAATTTTTAGGA 129 T-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAA * * * * 14884156 TATTATTATATCAGTATTATTTTTTTTCGAATAAGCTTGTATGAA 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA 14884201 CATAAATCTC Statistics Matches: 1463, Mismatches: 313, Indels: 123 0.77 0.16 0.06 Matches are distributed among these distances: 174 4 0.00 175 88 0.06 176 109 0.07 177 113 0.08 178 158 0.11 179 186 0.13 180 361 0.25 181 420 0.29 182 23 0.02 183 1 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41 Consensus pattern (179 bp): TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGACTTG TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAA Found at i:14882638 original size:511 final size:511 Alignment explanation

Indices: 14881670--14882695 Score: 1260 Period size: 511 Copynumber: 2.0 Consensus size: 511 14881660 ATTTTTAAAA * * * * * * * * 14881670 TATTATTAAATTAGTATTTTTTTTATTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTTTTTTATGA 1 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATTCGAATAAGCTTATATGATAAAAAACAATTGTTCTAGGA * * * * * * 14881735 CAAAGCAAAGATCATAATGATTTAAGATTGATATTTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTGG 66 CAAAACAAAGATCATAATGATTTAAGATAGATAATTATTCAAATAGTCAGAACTATTTGAACTGG * * * * * * * 14881800 TATAGAAAACAACTTTCGTTGTTAAATCTCTTGCTTAAAAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGT 131 TATAGAAAACAAATTTAGCTATTAAATCTCTTGATT--AAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAAT * * * * 14881865 ATTATTTTATTTTGGATAATTTCTAATAAATTGAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCA 194 ATTATTTTATTTTGAATAATATCTAATAAATAGAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGATCA * * * * * * * * * 14881930 TAACGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATATCTATTTGAGCTTGTTTGGTAAACATAT 259 TAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAACAGTCATAACTATTAGAGCTTATTTAGTAAACAGAT * * * ** 14881995 TTATTTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGATTGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA 324 TTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA * * * * * 14882060 AATAAGCTTATATGAATTGAAATATTTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCGAAACAATTTCAAAT 389 AATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCGAAACAATTTCAAAT ** * 14882125 AGATAATTGTTCTA-ATAATCTTAACTATTTGAACT-TGTTTAACAAAACATATTTATTTTT 454 AGATAATTGTT-TATATAATCAAAACTA-TTGAA-TGTGTTCAA-AAAACATATTTATTTTT * 14882185 TATTATTAAGTTAGTATTATCTTAATTCGAATAAGCTTATATGA-AAAGAAACAATTGTTCTAGG 1 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATTCGAATAAGCTTATATGATAAA-AAACAATTGTTCTAGG * * * * 14882249 ATAAAATAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCAGAACTATTTGGACTG 65 ACAAAACAAAGATCATAATGATTTAAGATAGATAATTATTCAAATAGTCAGAACTATTTGAACTG * * * 14882314 GT-TCGGTAAACAAATTTAGCTATTAAATCTCTT-ATT-AATTTTTAAAATATTAATAAATTAAT 130 GTAT-AGAAAACAAATTTAGCTATTAAATCTCTTGATTAAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAAT * * * * 14882376 ATTATTTTATTTTGAATAAATATGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATC 194 ATTATTTTATTTTGAAT-AATATCTAATAAATAGAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGATC ** 14882440 ATAATTATTTGAAATAAATAATTATTTAAACAGTCATAACTATTAGAGCTTATTTAGTAAACAGA 258 ATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAACAGTCATAACTATTAGAGCTTATTTAGTAAACAGA * * 14882505 TTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATATTTGGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTT 323 TTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTGGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTC * * * * * 14882569 CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTC-ATAACTATTTGA 387 CAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCGA-AACAATTTCA * * 14882633 AATAGATTATTGTTTATATAGTCAAAACTATTGAATGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTT 451 AATAGATAATTGTTTATATAATCAAAACTATTGAATGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTT 14882694 TA 1 TA 14882696 AATTTCTACT Statistics Matches: 434, Mismatches: 70, Indels: 20 0.83 0.13 0.04 Matches are distributed among these distances: 509 20 0.05 510 31 0.07 511 241 0.56 512 5 0.01 514 5 0.01 515 132 0.30 ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41 Consensus pattern (511 bp): TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATTCGAATAAGCTTATATGATAAAAAACAATTGTTCTAGGA CAAAACAAAGATCATAATGATTTAAGATAGATAATTATTCAAATAGTCAGAACTATTTGAACTGG TATAGAAAACAAATTTAGCTATTAAATCTCTTGATTAAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATAT TATTTTATTTTGAATAATATCTAATAAATAGAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGATCATA ACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAACAGTCATAACTATTAGAGCTTATTTAGTAAACAGATTT ATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA TAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCGAAACAATTTCAAATAG ATAATTGTTTATATAATCAAAACTATTGAATGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTT Found at i:14883245 original size:360 final size:361 Alignment explanation

Indices: 14882185--14884207 Score: 1684 Period size: 360 Copynumber: 5.6 Consensus size: 361 14882175 ATTTATTTTT * * * * * * * * 14882185 TATTATTAAGTTAGTATTATCTTAATTCGAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTCTAGGA 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA * * * ** * * * * * 14882250 TAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCAGAACTATTTGGACTG 66 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT ** * ** * * 14882314 GTTCGGTAAACAAATTTAGCTATTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAA 131 GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAA * * * * * 14882375 TATTATTTTATTTTGAATAA-ATATGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGAT 196 TATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-T * * * * * 14882439 CATAATTATTTGAAATAAATAATTATTTAAACAGTCATAACTA-TTAGAGCTTATTTAGTAAACA 259 CATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTA-AACTTATTCAGTAAACA * * * * 14882503 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATATTTGGAA 323 AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAATTTTTAGAA * * 14882542 TAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGA 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA * * * * * * * * 14882607 CAAAACAAATGGTCATAACTATTTGAAATAGATTATTGTTTATATAGTCAAAACTA-TTGAA-TG 66 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT- * * * ** * * 14882670 TGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTT 130 TGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA * * * * * 14882734 ATATTTTTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAGAATTG-TTTATGACAAAACAAACTGT 195 ATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGT * * * * * * * ** 14882798 CAAAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTGTTTGAAA-TTGTTTGGTAAACA 259 CATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTT-AAACTTATTCAGTAAACA * * 14882862 AATTCATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTAGAA 323 AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAATTTTTAGAA * * * * * 14882901 TATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACT-GATACAATTGTTTTATA 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG ** * * * 14882965 ATGAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTTG-AC 65 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTA-TTTGAAC * * ** * * 14883029 TTGTTCAATAGACATATTT-TTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATT 129 TTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATT * * * 14883093 AATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACCAAAAG 194 AATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAG * ** * * 14883157 TCATTACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTTATTCAGTAAGCA 258 TCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTTATTCAGTAAACA * 14883222 AATTTATTTTTTAAATATTTTACTAATTAATTGTTT-G-A 323 AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAATT-TTTAGAA * * * 14883260 -A-TAATAAATTTGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-ATTTTGTTTCAT 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTAT * * * * * ** 14883321 CACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATGTATTTGAAC 64 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC * * * * * * * 14883386 TTGTTTAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTCAGAATATTAATAAGTT 129 TTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATT * * * * * * 14883451 -AGATTATGTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGG 194 AATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-G * * * * * ** * 14883515 T--T-A-TA-TTGAAGTACATAATTGTTTAAATAGTC-ATACATATTTGCAC-TAGTCAAGCT-A 258 TCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAAC-TATTTAAACTTATTC-AG-TAA * ** ** * * 14883572 ACAGATTCCTTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTCAGAA 320 ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAATTTTTAGAA ** * 14883614 TATTAATAAATTAACATTACTTTA-TTCTGAATAAGAC-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT * * * * * 14883677 GACAAAACAAATGGTCATAACAATTCGAAATAAATAATTAGTCAAATAGTTA-AACTAATTGAAC 64 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC * * * * * * * 14883741 TGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTGAAAATACTAATAAATT 129 TTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATT * * * * * * 14883806 AATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATTTGAACA-AAA-ACATT-TACTTATGACAAAACAAAA 194 AATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATA-ATTGT-TTTATGACAAAAC-AAA * * * * * * ** * * 14883868 AGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAGAATTATTTGAA-TGGGTTCGGCA 256 A-GTCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACT-TATTCAGTA * * * 14883932 AATAGAA-TTATTTTTTAAATCTTTTGCTAATTAATTTTTAAAA 319 AACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAATTTTTAGAA * * * * * * * * * 14883975 TGTTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCCAAATAAG-TTAGTAAGAACT-GAAAAAATTATTTTAC 1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT ** ** * * * * * 14884038 GATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCT-TAACTATTTGAA 64 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TTATAACTATTTGAA * * * * * * ** * * 14884102 -TTGGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATATCTTAGTTCTTAATTTTTAGGATATTATTATA 128 CTT-GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA * * * * 14884166 TCAGTATTATTTTTTTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAT 192 TTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAT 14884208 CTCATAGTTA Statistics Matches: 1332, Mismatches: 275, Indels: 111 0.78 0.16 0.06 Matches are distributed among these distances: 352 9 0.01 353 60 0.05 354 5 0.00 355 86 0.06 356 131 0.10 357 230 0.17 358 100 0.08 359 222 0.17 360 234 0.18 361 157 0.12 362 95 0.07 363 3 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41 Consensus pattern (361 bp): TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAA TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCA TAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTTATTCAGTAAACAAAT TTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAATTTTTAGAA Found at i:14883600 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Indices: 14882344--14883906 Score: 664 Period size: 180 Copynumber: 8.7 Consensus size: 176 14882334 TATTAAATCT * * * * * * * * 14882344 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA-ATATGTATGAATA 1 CTTATTAAGTTTCAGAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTGAATAAGA-CTGTATGAACA * * * * * * * 14882408 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTTAAACAG 65 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT--T-A-TA-TTGAAATACATAATTGTTCAAATAG * * ** * * 14882473 TCATA-ACTATTAGAGCTTA-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA 125 TCATACA-TATTTGAAC-TAGTCAAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA ** * ** * 14882525 CTTATTAA-TATTTGGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAG-CTTGTATGAA 1 CTTATTAAGT-TTCAGAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCT-GAATAAGAC-TGTATGAA * ** * * * * * 14882587 TAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACTATTTGAAATAGATTATTGTTTATAT 63 CAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT--T-A-TA-TTGAAATACATAATTGTTCAAAT * * * * * * 14882652 AGTCA-AAACTA-TTGAA-TGTGTTCAA-AAAACATATTTATTTTTTAAATTTC-TA 123 AGTCATACA-TATTTGAACT-AG-TCAAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA ** * * * ** 14882704 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAGTAAATTTATATTTTTTTATT-TGGAATAAG-CTTGTATGAA 1 CTTATTAAGTTTCAG-AATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCT-GAATAAGAC-TGTATGAA * * * ** * * 14882766 TAGAAAGAATT-GTTTATGACAAAACAAACTGTCAAAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT 63 CAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT---TA-TA-TTGAAATACATAATTGTTCAAAT * * * * *** * * 14882830 AGTTATA-ACTGTTTGAAATTGTTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTTTTA 123 AGTCATACA-TATTTGAACTAGTCAAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA * * * * * * * * 14882884 CTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATT-TCGAATAAGCCTATATGAACT 1 CTTATTAAGTTTCAGAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCT-GAATAAGACTGTATGAACA * * * ** * * * 14882948 GATACAATTGTTTTATAATGAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG 65 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT---A-TA-TTGAAATACATAATTGTTCAAATAG * * * * * * 14883013 TTATGAC-TATTTTG-ACTTGTTCAA-TAGACATATT--TTTTTAAAAATCTTTTA 125 TCAT-ACATA-TTTGAACTAG-TCAAGTAAACAGATTCATTTTT-TAAATCTCTTA * * * * ** 14883064 CTTATTAA-TTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAG-CTTGTATGAAC 1 CTTATTAAGTT-TCAGAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTGAATAAGAC-TGTATGAAC * * * * * * * 14883127 A-AAATAATTGTTTTATGACAAAACCAAAAGTCATTACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA 64 AGAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAG--GTTA-TA-TTGAAATACATAATTGTTCAAATA * * * * * * * * 14883191 GTCA-AAACTATTTAAACTTATTC-AGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATATTTTA 124 GTCATACA-TATTTGAAC-TAGTCAAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA * *** * 14883244 CTAATTAATTGTTT--G-A-A-TAATAAATTTGTATTATTTTATT-TGAAATAAG-CTTGTATGA 1 CTTATTAA--GTTTCAGAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTG-AATAAGAC-TGTATGA * * * * 14883302 ATAG-AA-AATTTTGTTTCATCACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCA 62 ACAGAAACAATTAT-TTT-ATGACAAAACAAAAGGTTAT----A-TTGAAATACATAATTGTTCA ** * ** * 14883365 AATAGTCATATGTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA 120 AATAGTCATACATATTTGAACTAGTCAAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA * * 14883422 CTTATTAAGTTTCAGAATATTAATAAGTT-AGATTA-TGTTATT-TCGAATAAG-CTTGTATGAA 1 CTTATTAAGTTTCAGAATATTAATAAATTAACATTACT-TTATTCT-GAATAAGAC-TGTATGAA * * * * * * 14883483 CATAAATAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGGTTATATTGAAGTACATAATTGTTTAAATAGTCA 63 CAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATATTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCA * * 14883548 TACATATTTGCACTAGTCAAGCT-AACAGATTCCTTTTTTAAATC-CATTA 128 TACATATTTGAACTAGTCAAG-TAAACAGATTCATTTTTTAAATCTC-TTA * * 14883597 CTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTGAATAAGACTGTATGAATAG 1 CTTATTAAGTTTCAGAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTGAATAAGACTGTATGAACAG * * * * 14883662 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTCGAAATAAATAATTAG-TCAAATAG 66 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT--T-A-TATT-GAAATACATAATT-GTTCAAATAG * * * * ** * * * 14883726 TTAAAC-TAATTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAATTCTCTTA 125 TCATACATATTTGAACTAGTCAAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA * * * * * * * * 14883777 CTTATTAATTTTGAAAATACTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAA-ACT-TATTTGAAC 1 CTTATTAAGTTTCAGAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTGAATAAGACTGTA--TGAAC * * * * * 14883840 AAAAACATTTA-CTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT 64 AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGT--T-AT-A-TTGAAATACATAATTGTTCAAAT 14883904 AGT 123 AGT 14883907 TAGAATTATT Statistics Matches: 1102, Mismatches: 199, Indels: 163 0.75 0.14 0.11 Matches are distributed among these distances: 174 1 0.00 175 92 0.08 176 62 0.06 177 54 0.05 178 139 0.13 179 179 0.16 180 332 0.30 181 226 0.21 182 15 0.01 183 2 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41 Consensus pattern (176 bp): CTTATTAAGTTTCAGAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTGAATAAGACTGTATGAACAG AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATATTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAC ATATTTGAACTAGTCAAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA Found at i:14884870 original size:181 final size:181 Alignment explanation

Indices: 14884570--14885575 Score: 419 Period size: 181 Copynumber: 5.6 Consensus size: 181 14884560 GGTCATAATT * * * * * * 14884570 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATT 1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTCAGCAAACACATTTATT * * * * *** * * 14884635 TTTTTAATTTCTTGCCTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCGAATAA 66 TTTTTAAATCCTTACCTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCGAATAA 14884700 GCG-TGTATGAACT-GAAACAATTATTTCATAACTTAACAAAAGGTCGGAACA 131 G-GTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTCATAACTTAACAAAAGGTCGGAACA * * ** * 14884751 ATTTGAAATAGATAGTTGTTCTAATAGTTTTAACTATTT-AAATTGATTCAGCAAACACATTTGT 1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-ATTCAGCAAACACATTTAT * * * 14884815 TTTTTTAAATCCTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAAT 65 TTTTTTAAATCCTTACCTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCGAAT * * * ** ** * ** * 14884879 AAGGTTGTATGAATAGAAACAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAACG 129 AAGGTTGTATGAATAGAAACAATTATTTCATAACTTAACAAAAGGTCGGAACA * ** * * * * * * 14884931 ATTT-AAGATAGATAATTGTTAAAATAACCATTACTATTT-AAACTGATTCGGTAAAGAGATTTA 1 ATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TTATTCAGCAAACACATTTA * ** * * * * ** 14884994 -ATTTTTAAATCTCTTA---A-TAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA 64 TTTTTTTAAATC-CTTACCTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCGAA ** * * ** * ** 14885054 TAATTTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTCTATGACAAAACAAAATGTCATAACA 128 TAAGGTTGTATGAATAGAAACAATTATTTC-ATAACTTAACAAAAGGTCGGAACA * * * * * * * * * * 14885108 ATTTGAAATATATAATAGTTCAAATGGAT-ATGACTAGTTG-AATTCGTTCGGTAAATAGA-TTA 1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAATT-ATTCAGCAAACACATTTA * * * * * * * * * * 14885170 ATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAA-ATTTTAGGATATTAAT-AATTAGTAGTATTTTATTTCAA 64 TTTTTTTAAATCCTT-ACCTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCGA ** * * * * * ** ** * 14885233 ATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAGCAAAACATCATAATGA 127 ATAAGGTTGTATGAATAGAAACAATTATTTCATAACTTAA-CAAAAGGTCGGAA-CA * * * * * * * * * * 14885289 TTTTGCAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTT-GGTAAATAGATTTA- 1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTA-TTCAGCAAACACATTTAT * * ** ** * * * * 14885352 TTTTTTGAATCTTTTATTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT 65 TTTTTTAAATC-CTTACCTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCGAAT * * * * * ** * * 14885416 AAGCTTCTTTGAATAGAAACAATTGGTTT-ATGACAAAACAAATA--T-TGATGATA 129 AAGGTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTCATAACTTAACAAA-AGGTCGGA--ACA * ** * * *** 14885469 TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAATGGATTTA-T 1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTCAGCAAACACATTTATT * ** * ** 14885533 TTTTTGAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT 66 TTTTTAAATCCTTACCTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATT 14885576 TATAATAATT Statistics Matches: 652, Mismatches: 136, Indels: 75 0.76 0.16 0.09 Matches are distributed among these distances: 175 2 0.00 176 65 0.10 177 67 0.10 178 2 0.00 179 29 0.04 180 223 0.34 181 246 0.38 182 18 0.03 ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42 Consensus pattern (181 bp): ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTCAGCAAACACATTTATT TTTTTAAATCCTTACCTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCGAATAA GGTTGTATGAATAGAAACAATTATTTCATAACTTAACAAAAGGTCGGAACA Done.