Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167982.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_24, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 63000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 68 of 84
Found at i:14885257 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 14884525--14885758 Score: 863
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14884515 TTCAAACTTT
* * * ** * *
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* * * * * *
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65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCT-TTACTTA
* * ** * *
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* * * ** * ** * *
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1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAG
* ** * * * * * * ** *
14884769 TTCTAATAGTTTTAACTATTTAAATTGATTCAGCAAACACATTTGTTTTTTTAAATCCTTACTTA
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGGTAAATAGA-TTAATTTTTTAAATCTTTACTTA
* * * * * * *
14884834 TTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGGTTG
128 TTAA-TTTTAGGATATTAATAAATTAGTAATATTTTA-TTCAAATAAGCTTG
* * * *
14884886 TATGAATAGAAACAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAA-GATCATAACGATTT-AAGATAGATAATT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAA-ATAGATAATA
* ** * * *
14884948 GTTAAAATAACCATTACTATTTAAACTGATTCGGTAAAGAGATTTAA-TTTTTAAATC--T-CTT
64 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGGTAAATAGA-TTAATTTTTTAAATCTTTACTT
* ** * * **
14885009 AATAATTTTCAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTG
127 ATTAATTTT-AGGATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTC-AAATAAGCTTG
* *
14885062 TATGAATAGAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATATATAATAGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGT
* * * *
14885127 TCAAATGGAT-ATGACTAGTTGAATTCGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTTAACTTA
66 TCAAATAG-TCATAACTATTTGAACT-GTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTT-ACTTA
* *
14885191 TTAAATTTTAGGATATTAAT-AATTAGTAGTATTTTATTTCAAATAAACTTG
128 TT-AATTTTAGGATATTAATAAATTAGTAATATTTTA-TTCAAATAAGCTTG
* * ** * * * *
14885242 TATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAACATCATAATGATTTTGCAATAAATAATTA
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAA-TA
* * * *
14885307 -TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTGAATCTTTTATT
64 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--GTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATC-TTTACT
* * *
14885370 TATTAATTTT-GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTC
126 TATTAATTTTAGG-ATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTC-AAATAAGCTTG
* * * * * * *
14885423 TTTGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATAT-TGATGATATTTTGAAATAGATAATTG
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-ATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAG
* * * * * *
14885487 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAATGGATTTATTTTTTGAATTTTTACTTAT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTTACTTAT
* * *
14885552 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TAATAATTTATTCAAATTAACCTTG
129 TAATTTTAGG-ATATTAATAAA-TTAGTAATATTTTATTCAAA-TAAGCTTG
* * * * * * ***
14885603 CATGAACA-AAACCAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTAATGATGTTTTGAAATAGATAATTA
1 TATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TA
* * * * * *
14885667 -TTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACTTTTTCGATAAACAGATTCATTTTTTCAATTCTCTTACT
64 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTT-AAATCT-TTACT
* *
14885731 CT-TTAATTTTTAGAATATTAGTAAATTA
126 -TATTAA-TTTTAGGATATTAATAAATTA
14885759 TTCAGTAAAT
Statistics
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0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 6 0.01
176 70 0.08
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178 4 0.00
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183 6 0.01
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Consensus pattern (177 bp):
TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTTACTTATTA
ATTTTAGGATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTCAAATAAGCTTG
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14884524 TTATGAACTG
* * *
14884534 AAACAATTGTTTT-TGATAAAATAAAAGGTCATAATTATTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
14884597 TCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAT-TTCTTGCCTATTAATTTT
66 TCATAACTATTTGAAC-TATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTT
* * * * *
14884661 TTAAATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTATT-TCGAATAAGCGTGTATGAACT-GAAACAATTAT
128 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGT
* * ** ** * * **
14884724 TTCATAACTTAACAAAAGGTCGGAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTCTAATAGTTTTAACTATT
191 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
14884789 TAAATTGATTCAGCAAACACATTTGTTTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATT
256 TGAATTG-TTCGGTAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAAT
* * * * * * *
14884854 AATTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGGTTGTATGAATAG
318 AAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAA
* * * * *
14884895 AAACAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAACGA-TTT-AAGATAGATAATTGTTAAAATA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATA
** * * * * * *
14884957 ACCATTACTATTTAAACTGATTCGGTAAAGAGATTTAATTTTTAAATC---T-CTTAATAATTTT
65 GTCATAACTATTTGAACT-ATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * ** *
14885018 CAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTC
129 -AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * * * * *
14885083 TATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATATATAATAGTTCAAATGGAT-ATGACTAGTT
193 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTT
* * *
14885147 GAATTCGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAAATTTTAGGATATTAAT-
257 GAATT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTT-ACTTATT-AATTTTAGAATATTAATA
* *
14885211 AATTAGTAGTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAA
319 AATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAA
* ** * * *
14885251 AAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAACATCATAATGATTTTGCAATAAATAATTATTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
14885316 TCATAACTATTTGAACTCACTTGGTAAATAGATTTATTTTTTGAATCTTTTATTTATTAATTTTG
66 TCATAACTATTTGAACT-ATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTA
* * * *
14885381 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTCTTTGAATAGAAACAATTGGTTTA
130 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
14885446 TGACAAAACAAATA-TTGATGATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
195 TGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * ** * * *
14885510 ACGTGTTCAGAAAATGGATTTATTTTTTGAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
259 A-TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAA-
* * * * *
14885575 TTA-TAATAATTTATTCAAATTAACCTTGCATGAACAA
321 TTAGTATTATTTTATTCAAA-TAAGCTTGTATGAATAA
* * * * *
14885612 AACCAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTAATGATG-TTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
14885676 TCATAACTGTTTGAACTTTTTCGATAAACAGATTCATTTTTTCAATTCTCTTACTCT-TTAATTT
66 TCATAACTATTTGAACTATTT-GGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACT-TATTAA-TT
* *
14885740 TTAGAATATTAGTAAATTA
127 TTAAAATATTAATAAATTA
14885759 TTCAGTAAAT
Statistics
Matches: 698, Mismatches: 137, Indels: 57
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
356 69 0.10
357 150 0.21
358 63 0.09
359 5 0.01
360 91 0.13
361 279 0.40
362 41 0.06
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAA
Found at i:14886205 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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14885761 CAGTAAATAT
* * * *
14885771 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGATATATTAATAAATTAATATTATTTTA-AT
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* * * **
14885835 CTGAATAAGCTGGA-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
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* * * * * *
14885899 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT-AGTAAGTTGAACTTGTTCAGTAAATAG
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* *
14885952 ATTTA-TTGTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
* * ** * *
14886013 TTCAAAATAAGCTTATATGAACATAATA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATT
63 TTC-GAATAAGCTTATATGAACAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * ** *
14886077 TCAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAATAG
126 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * * * *
14886132 ATTCATTTTTAAAATTTTTTAATTATTAATTTTAGGAATATTAATAGCA-TAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTA-AAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATT
** * * *
14886196 TCGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
64 TCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * *
14886261 AATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGATCTAGTTCGATAAACAT
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * * *
14886313 ATTCATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTGA-TATTTTAAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATT
* * * * * * * * *
14886377 TCAAATAAGCTTATTTGAACAAAAACTATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAA-GATTTGA
64 TCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * ** * * * *
14886441 AATAAATAATTGCTT-AAATTA-TTATAACTATTTGAGCTAATTTGATAAATAA
129 AATAGATAATTG-TTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* **
14886493 ATTTATTTTTTAAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGGTTAGTATTATTTTA-T
1 ATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
14886553 TCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTC
64 TC-GAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
14886618 AAATAGATAATTATTCATATAGTCATAATTATTTTAA-TTGGATAGGTAAATAG
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAG
* ** * *
14886671 AATTATTTTTT-AATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-T
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT
* * * * ** * *
14886733 TCTGAATAAGC-TACTAT-----G----AATT-TATTA--ATATATCAACAATTTGA-AATGGTT
64 TC-GAATAAGCTTA-TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAATGATT
* * * * *
14886784 TGGTAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAC
126 T-G-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * * ** * *
14886841 ATTTATTTTTCAAATCTATTACTTATTAATTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTT
* * * * * * *
14886906 -GAACAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAATAATTTGAG
65 CGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * *
14886969 ATAGATAATTATTTAAAATAGTCATAACAAATTAAAC-TGGTCTAGTAAGCAG
130 ATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAG
* * * *
14887021 ACTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * * * *
14887081 CTGAATAATTTTGTATGAATAAAAATACTTGTTTTACGATC-AAACAAAATGTCATAAAGATTTG
65 C-GAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * *
14887145 AAATAGATGATTGTTCAAATGGACATGACTTTTTGAACTTATTCGATAAACAA
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * ** * **
14887198 ACTAATTTTTTAAGT-TTCCAACTCATTAATTTTATTATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * ** * *
14887262 TGAATAAACTTGTATGAGTA-AAACCAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGTTTATAATGATTTGA
65 CGAATAAGCTTATATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * * *
14887325 AATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACTAGTTGAACTCGCTCGATAAATAA
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * *
14887377 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTA
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
14887442 CAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
65 CGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * *** ** *
14887507 ATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGAGTTAAG-AAA-AC
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
** * **
14887556 A--T-TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTTTTATTATTTTA-TT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * *
14887616 CGAAATAAGCTTGCATAAACA-AAACCAATTGTTTTAAGACAAAATAGAAGGTCATAATGTTTTG
65 CG-AATAAGCTTATATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* *
14887680 AAATAGATAATTGTTTAGAA-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTC-GTAAACAA
128 AAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAG
* * * * * *
14887733 ATTCT-TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTACT
1 ATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * * * *
14887797 TCAAATAAG-TTCATATGAATTGAAACAACTATTTTATTACAAAAGAAAAGGCCATAATGATTTG
64 TCGAATAAGCTT-ATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* ** ** * *
14887861 AAATAG-TAATTATTCAAATAGTCATTCCTATTTGAACTTGTTTAGCAAACAT
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * ** * *
14887913 ATTTATTTTTTAAATATTTTATTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * ** *
14887978 CAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAA
65 CGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* ** * * *
14888043 ATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTCGATAAACAT
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
** * *
14888094 ATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-TCATATTCATCAATTTA-TATTATTTTA
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTA
* * * ** * * **
14888157 -TTCAAAATAAGCTTCTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACAATT
62 TTTC-GAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * *
14888221 CT-AAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAA
126 -TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* ** * * *
14888276 ATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTTATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTTTTAATTTA-T
1 ATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTA-TTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * **
14888339 TCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGTTTTATGACTAGACAAAAGGTCAAAACAATTTG
64 TC-GAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * *
14888404 AAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAA-TCATTTAAAC-TGATTCGGTAAACAA
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAG
* * * *
14888457 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAACTATT-ATGAAATTAGTATTATTTTA-A
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * **
14888519 TCTGAATAAGCTTGTACAAACA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAACAATTTG
64 TC-GAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
** * * * * * * ***
14888583 AAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTAAATTTGTTTGGGAATTGG
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* ** * *
14888636 ATTTATTTTTT-AATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * * * * * * *
14888700 TTGAATAA-AATAGTTTTAACAGAACCAATTGTTTGACGACAAAATAAATGGTTATAATGATTTG
64 TCGAATAAGCTTA-TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
14888764 AAGTAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAG
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * *
14888817 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * *
14888881 CAAACAAACTTATATTAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA---AATAAT-AATT---
65 CGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * *
14888939 -T-GATAATTATTCAAATAGTTATAA-TCATTTGAA-TTGGTTTGTTAAATAG
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAG
* * * * * * * *
14888988 AATTATTTTCTAAATCTCTTA-TTA-AAATTTTGAAATAGTAATAAATTAGTTTTATTCTA-TTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * *
14889050 TGAATAAG-TTGTAT-AAGCTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAA
66 -GAATAAGCTTATATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * ** * * * * * *
14889113 AATAAATAATTGTTCATATAGTTTTAATTGTATGAACTGGTTTGGCAAACAG
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * **
14889165 A-TT-TTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAGTAAATTAACATTATTTTA-TT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * *
14889227 CTAAATAAGCCTATATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATAATTTGA
65 C-GAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
14889292 AATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAT
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* *
14889344 AATTACTTTTTAAATC---T-CTTATTAACTCTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-T-TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * *** * * * * * * ** *
14889404 TCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAATAATTATTTTAAGACAAAACAAAAAGTAATAACAACTTGA
64 TCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * *
14889469 AATAGGTAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGTTTGGTAAACTG
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * * *
14889520 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTTTTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA--TTTTAT
* * * * * **
14889585 TTTGGATAAGC-TAGTATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
63 TTCGAATAAGCTTA-TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * * * * *
14889649 GAAATAAATAATTGTTTATATAGTCTTAATTGTTTGAA-TAGGTTTGGCAAACAA
127 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAG
* * *
14889703 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGC-TATTAATTTTTAAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTGTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * **
14889767 TTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTTTTTTATTATAGAAC-ACAGGTTATAACAATTTGA
64 TCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * **
14889831 AATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTGGATCTTGTTTAGTAAACAG
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
** * * *
14889883 ATTTATTTTTTAAATCTACTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * ** *
14889948 CAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATATCATAACT-ATTTTA
65 CGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGA
* * * * *
14890012 AATAAATAATTGTTTAAACAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * ** * *
14890064 ATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATCAACTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
14890129 TGAATACGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGA
65 CGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGA
***
14890193 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTCAAAAAACTA-
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAAC-AG
**
14890245 ATTTATTTTTTAAA-CTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-T
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * * * *
14890307 TCAAAACAAGC-TATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-TAAAGGTCATAATGATTTT
64 TC-GAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * *
14890370 AAATAGATAATTGTTCCAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAG
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * * *
14890423 -TTTCATTATTTAAAACTCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * ** * *
14890487 TCGAATAAGCCTATATGAACTGATATAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATACTGATTTTA
64 TCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* ** * * * *
14890552 AATAAATAATTACTC-AATAGTTATGACTACTTGAACTTGTTCGGATAAACAT
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG-TAAACAG
* * * * *
14890604 ATCTATTTTTAAAATCTTTT-CATATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-A
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-T-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
14890666 TCTGAATAAGCTTGTATAGAGA-A-AAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATT
64 TC-GAATAAGCTTATAT-GA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * **
14890729 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAG
126 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * * **
14890784 ATTTATTTTTTTAATCTTTTACTTATTGGATTGTCAAAATATTAATAAATTTGTACAATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATT-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * ** *
14890849 TTAAATAA-ATTGA-ATGAATAGAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGT--TATTGCAATT
64 TCGAATAAGCTT-ATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG--ATT
* ** *
14890910 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTCAAACTTGTTCAGTAAACAG
126 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* ** * *
14890965 ATTCATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
14891030 CGGATAAGCTTGTA-GAAATAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
65 CGAATAAGCTTATATG-AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * *
14891094 AATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGCAC-TGATCAGGCT-AACAA
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GG-TAAACAG
* ** * * *
14891146 ATTCATTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
14891211 TGAATAAGAC-TATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACTAATGGTCATAACGATTTGA
65 CGAATAAG-CTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * ** *
14891275 AATAAATAATTATTCAAATAATTATAACTAATTAAACTAGTTTAGTAAATAG
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* *
14891327 ATTTA-TTTTTAAATC---T-CTTTTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * **
14891387 CAAATAAACTTATATAAACA-AAAGCATTTGTTTTATGATAAGACAAAAGGTAATAACAATTTGA
65 CGAATAAGCTTATATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* ** * * * *
14891451 AATAGAAAATCATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAA
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * * * *
14891503 AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTCGTTTTATTTTA-TT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA-ATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * ** * *
14891567 CTGACTAAG-TTACTAAGAACTGAAAAAATTGTTTTACAATAAAACAAAATGTCATAACT-ATTT
65 C-GAATAAGCTTA-TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTT
14891630 GAA
127 GAA
14891633 CTAGTTCAAT
Statistics
Matches: 4540, Mismatches: 926, Indels: 430
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 50 0.01
169 38 0.01
170 88 0.02
171 83 0.02
172 6 0.00
174 5 0.00
175 143 0.03
176 194 0.04
177 348 0.08
178 193 0.04
179 375 0.08
180 1211 0.27
181 1426 0.31
182 302 0.07
183 74 0.02
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
GAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
Found at i:14886491 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 14885764--14892223 Score: 4436
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14885754 AATTATTCAG
* *
14885764 TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-GATATATTAATAAATTAATATTA
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* * * *
14885828 TTTTA-ATCTGAATAAGCTGGA-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
64 TTTTATTTC-GAATAAGCT-TATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * *
14885891 ACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT-AGTAAGTTGAACTTGTTC-AGTAAATAGAT
127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGAT
*
14885954 TTA-TTGTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT
190 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * ** * * *
14886015 CAAAATAAGCTTATATGAACATAATA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTC
252 CTAAATAAGCTTATATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * **
14886079 AAATAGATAATTGTTCTAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTCAA
316 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA
* * * * * *
14886125 TAAATAGATTCATTTTTAAAATTTTTTAATTATTAATTTTAGGAATATTAATAGCA-TAGTATTA
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTA-GAATATTAATA-AATTAGTATTA
** * * *
14886189 TTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAAT
64 TTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * *
14886254 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGATCTAGTTCGATAAACATATTCAT
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTAT
* * * *
14886319 TTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTGA-TATTTTAATTC-AAA
194 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTT-ATTCTAAA
* * * * * * * *
14886382 TAAGCTTATTTGAACAAAAACTATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAA-GATTTGAAATAA
257 TAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * **
14886446 ATAATTGCTT-AAATTA-TTATAACTATTTGAGCTAATTTGA
322 ATAATTG-TTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA
* **
14886486 TAAATAAATTTATTTTTTAAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGGTTAGTATTA
1 TAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
14886547 TTTTA-TTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
64 TTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * * *
14886611 TGATTTCAAATAGATAATTATTCATATAGTCATAATTATTTTAA-TTGGATAGGTAAATAGAATT
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTT
** * * *
14886675 ATTTTTT-AATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTGA
192 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAA
* * * * ** * *
14886738 ATAAGC-TACTATG---------AATT-TATTA--ATATATCAACAATTTGA-AATGGTTTGGTA
256 ATAAGCTTA-TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAATGATTT-G-A
* * * *
14886789 AATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGG
317 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA
* * * * * ** * *
14886834 TAAACACATTTATTTTTCAAATCTATTACTTATTAATTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATT
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
14886899 TTACTTT-GAACAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAATA
66 TTA-TTTCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * *
14886962 ATTTGAGATAGATAATTATTTAAAATAGTCATAACAAATTAAAC-TGGTCTAGTAAGCAGACTTA
130 ATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTA
* * * *
14887026 GTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAAT
193 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
** * * * * * * *
14887087 AATTTTGTATGAATAAAAATACTTGTTTTACGATC-AAACAAAATGTCATAAAGATTTGAAATAG
258 AAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * *
14887151 ATGATTGTTCAAATGGACATGACTTTTTGAACTTATTCGA
322 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA
* * * * ** * **
14887191 TAAACAAACTAATTTTTTAAGT-TTCCAACTCATTAATTTTATTATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * ** * *
14887255 TTTATTTTGAATAAACTTGTATGAGTA-AAACCAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGTTTATAAT
65 TTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * * * *
14887318 GATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACTAGTTGAACTCGCTCGATAAATAAATTTAT
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTAT
* * * *
14887383 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTAC-AAAT
194 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTAAAT
* * * * *
14887447 AAACTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATATA
258 AAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* ***
14887512 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGAG-TT-A
323 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA
* ** * * **
14887549 -AGA-AAACAT-TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTTTTATTAT
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * *
14887610 TTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATAAACA-AAACCAATTGTTTTAAGACAAAATAGAAGGTCATAA
65 TTTATTTCG-AATAAGCTTATATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
14887673 TGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGAA-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCG-TAAACAAATT
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATT
* * * * *
14887736 CT-TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTACTTC-
191 -TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCT
*** * * * * *
14887799 AAATAAG-TTCATATGAATTGAAACAACTATTTTATTACAAAAGAAAAGGCCATAATGATTTGAA
254 AAATAAGCTT-ATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* **
14887863 ATAG-TAATTATTCAAATAGTCATTCCTATTTGAACTTGTTT-A
318 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA
* * * * * * * **
14887905 GCAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTATTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAAAATTA
1 -TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
14887970 TTTTAATCCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
64 TTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * *
14888035 AAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTAT
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTA-
* * * *
14888100 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--CATATTCATCAATTTA-TATTATTTTATTCAA
193 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTA
* * *** * * **
14888162 AATAAGCTTCTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACAATTCT-AAA
255 AATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAA
* * *
14888226 TAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG-TTCA
319 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA
* * * *
14888268 GTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTTATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTTTT
1 -TAAATAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTA-TTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
14888332 AATTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGTTTTATGACTAGACAAAAGGTCAAA
63 ATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * *
14888396 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAA-TCATTTAAAC-TGATTCGGTAAACAAAT
127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGAT
* * * *
14888459 TTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAACTATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAATCT
190 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCT
* * ** * * **
14888522 GAATAAGCTTGTACAAAC-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAACAATTTGAAA
254 AAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
** * * * * *
14888586 TAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTAAATTTGTTTGG
319 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA
* * ** * ** * * *
14888629 GAATTGGATTTATTTTTT-AATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTA
1 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * * * * *
14888693 TTTTATTTTGAATAA-AATAGTTTTAACAGAACCAATTGTTTGACGACAAAATAAATGGTTATAA
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * **
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* * * * * * * * *
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* * *
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* *
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* * *** * * * * * *
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** * * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * *
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** *
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* * * * *
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TTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAATAATTGTTC
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* *
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* * *
14894887 TTAT TTAT TTAT TTA- TTA- TTA- TTA- TTAT GTAT TTAT TAGAT TTGT
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* *
14894932 TTA- GTAT TT-T TTATT TTATT TTATT TTATT TTAT TT-T TTTT TTAT
1 TTAT TTAT TTAT TTA-T TTA-T TTA-T TTA-T TTAT TTAT TTAT TTAT
*
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*
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*
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* * * * * * *
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T
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*
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* *
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*
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* * *
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* * * *
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* *
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* *
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* * * * *
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* *
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* *
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1 AAATAAGTTTTC-AAAAAAATGTTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGAAAATAA
* * *
14895191 GCTTTCTAAAAAATATTTTTGGGGAAAAGTTAAAAGTATAAATTTTCCTTAA
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* *
14895243 AAATAAGTTTTC--AAAAATGAATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTCGAAATTA
1 AAATAAGTTTTCAAAAAAATG--TTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGAAAAT-
* *
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14895356 GTACAAAAGC
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14895013 TAAATTTTGA
* * *
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* * *
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***
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1 AAAAAATATTTTTAAAGAAAAGTTAAAAGTATAAATTTTCCTTAAAAATAAGTTTTCTAAAAAAT
*
14895261 GAATTTTT-GAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTCGAAATTAAAGTTTT-TAAAAAATATT
66 --ATTTTTGGA-GAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTCGAAAAT-AAGTTTTCTAAAAAATATT
*
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** * * **
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*
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* * *
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* * * **
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* *
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* * *
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* * *
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*
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TTTATTTTTCAAAGTCGTTGAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTG
Found at i:14897709 original size:86 final size:86
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* * **
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* * *
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*
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* * ** *
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* *
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* * * *
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1 TTTATCTTTCAAAAGTCGTTGAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTGT-TATTTTTCAAAGTCGTTAC
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* *
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TTTATCTTTCAAAAGTCGTTGAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTGTTATTTTTCAAAGTCGTTACA
CCTCTGATTAGAGGAGCTTTG
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* * ** * *
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* *
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127 A
* *
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* * * *
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* * **
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1 GAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTGTCTATCTTTCAAAGTTGTAGAGCCTCTGATTAGAGGAG-CA
* *
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GAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTGTCTATCTTTCAAAGTTGTAGAGCCTCTGATTAGAGGAGCAA
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*
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* * *
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1 ATTTTATTTTTTAT
* *
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1 ATTTTATTTTTTAT
*
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* *
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*
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* *
14898193 GTATTTATTATTTAT
1 AT-TTTATTTTTTAT
14898208 TTATTTATTA
Statistics
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ATTTTATTTTTTAT
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14898071 GGGTAGGCCC
*
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* *
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1 AT-TTTATATTTAT-TATTTATTTATTTT
14898161 ATTTTAT-TTTATTTATTTATTTATTTT
1 ATTTTATATTTA-TTATTTATTTATTTT
* * *
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1 ATTTTATATTTATTATTTATTTATTTT
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* * * *
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1 ATTTTATAT-TTATTATTTATTTATTTT
* * *
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* *
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1 ATTTTATAT-TTATTATTT
14898318 TTATTTATCT
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ATTTTATATTTATTATTTATTTATTTT
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* * *
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* * *
14898126 TGTA TTTA TATT- TATA TTTA TATA TTT- TTTA TTTTA TTTTA TTTTA
1 TTTA TTTA T-TTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA -TTTA -TTTA -TTTA
*
14898172 TTTA TTTA TTTA TTT- TCTTA TGTA TTTA -TTA TTTA TTTA TTTA -TTA
1 TTTA TTTA TTTA TTTA T-TTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA
* * * *
14898218 TTACTA TTTA TTAA TATA TATT- TTTA -TTA TTTA TTTG TTAATA TATA
1 TT--TA TTTA TTTA TTTA T-TTA TTTA TTTA TTTA TTTA TT--TA TTTA
* * * *
14898265 TGTA TTTA -TTA -TTA TTTA TCTA TTTA TATA TTATAA TTTA TCTA -TTA
1 TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TTTA TT-T-A TTTA TTTA TTTA
* * *
14898312 TTATT TTTA TTTA TCTA ATTA TTT
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14898336 CTTTTAATTA
Statistics
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TTTA
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14898073 GTAGGCCCAT
*
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1 TTTATTA
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1 TTTATTA
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1 TTTATTA
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1 TTTAT-TA
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1 TTTAT-TA
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1 TTTAT-TA
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1 TTTATTA
14898136 TTTA-TA
1 TTTATTA
14898142 TTTATATA
1 TTTAT-TA
*
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1 TTTATTA
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1 -TTTATTA
*
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14898172 TTTATTTA
1 TTTA-TTA
*
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1 TTTATTA
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1 TTTATTA
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1 TTTATTA
*
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1 TTTATTA
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1 TTTATT-A
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1 T-T-TATTA
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1 TTTATTA
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1 TTTATTA
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1 T-TT-AT-TA
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1 T-T-TATTA
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1 T-TTATTA
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1 TTTAT-TA
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1 TTTATTA
*
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1 T-TTATTA
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1 TTTAT-TA
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1 TTTATTA
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14898321 TTTAT
1 TTTAT
14898326 CTAATTATTT
Statistics
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TTTATTA
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* * * *
14898169 TTATTTATTTATTTAT-TTTCTTATGTATTTA
1 TTATTTATTTATTAATATATATTATTTA-TTA
* *
14898200 TTATTTATTTATTTAT-TATTACTATTTATTA
1 TTATTTATTTATTAATATA-TATTATTTATTA
* * * * *
14898231 ATATATATTT-TTATTATTTATT-TGTTAATA
1 TTATTTATTTATTAATATATATTAT-TTATTA
* * *
14898261 TATATGTATTTATTATTATTTATCTATTTATATA
1 T-TATTTATTTATTAATATATAT-TATTTAT-TA
* *
14898295 TTA-TAATTTATCTATTAT-TATT-TTTATT
1 TTATTTATTTAT-TAATATATATTATTTATT
14898323 TATCTAATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTATTTATTTATTAATATATATTATTTATTA
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14898148 TATTTTTTAT
*
14898158 TTTATTTTATT-TTATTTATTTA
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*
14898180 TTTATTTTCTTATGTATTTAT-TA
1 TTTA-TTTATTAT-TATTTATCTA
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1 TTTATTTA-TTATTATTTATCTA
14898224 TTTATTAATATATATT-TTTAT-TA
1 TTTATT--TAT-TATTATTTATCTA
* *
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1 TTTATTTATTATTATTTATCTA
*
14898265 TGTATTTATTATTATTTATCTA
1 TTTATTTATTATTATTTATCTA
* *
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1 TTTATTTATTATTATTTATCTA
*
14898309 -TTA-TTATTTTTATTTATCTA
1 TTTATTTATTATTATTTATCTA
* * *
14898329 ATTATTTCTT-TTAATTATCTA
1 TTTATTTATTATTATTTATCTA
14898350 TT
1 TT
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Consensus pattern (22 bp):
TTTATTTATTATTATTTATCTA
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14898266 GTATTTATTA
* **
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* * *
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14898366 TGATTTTATT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 6, Indels: 2
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1 TTATTTATTTAT
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1 TTATTTATTTAT
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1 TTATTTATTTAT
*
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1 TTATTTATTTAT
* *
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*
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* *
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* *
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*
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* *
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* *
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14899335 TTTTTGTTAT
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 15, Indels: 38
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TTATTTATTTAT
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* **
14899294 TATTTTTTTCTTTATTTTAATTTTATTTTATTTATT
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14899330 TATTTTTTT
1 TATTTTTTT
14899339 TGTTATTATT
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*
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*
14899304 TTTATTTTAATTTTATTTTATTT
1 TTTATTTTTATTTTATTTTATTT
14899327 ATTTATTTTT
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14899358 TAAATTTTGA
*
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* * *
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14899523 TCAAGTATCA
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*
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AATTTTTC
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*
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*
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* * * *
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* *
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* *
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* * *
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* *
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* * *
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*
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1 TAAATTA
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TAAATTATATAATTTAATTATTAT
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TTAATAAG
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*
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*
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1 TAATA
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TAATATTATAATAAAT
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*
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1 AACAATTAATATAAT
*
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14901484 TGTTATAAGT
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AACAATTAATATAAT
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14902299 ATT--TAATATATCAATATT
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14902267 AAGTTATTCA
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*
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1 ATATTA
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ATATTATTTAATTATA
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1 TATTAA-TAAT
*
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*
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1 TATTAATAAT
*
14902474 TAATTATTTAAT
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*
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1 TATTAATA-AT
* *
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*
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*
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* *
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*
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1 TATTAATAAT
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1 --TAT-TAATAAT
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1 TATTAA-TAAT
14902602 TATTA
1 TATTA
14902607 TTGATAATAA
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TATTAATAAT
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14902676 TTGTAATTAA
* *
14902686 TAAATTTAATTTAATTATAATT
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*
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1 TAAATTCAATTCAATTATAATT
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1 T
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* ** *
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1 TAATATATTAAA-ATTTTATTTA
14902873 T
1 T
14902874 CTTATATATT
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* * * * * *
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1 TAATATTCCAAAAATTAATA-AGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAAGCTAT-TTATCGAAT-GAATT
* * * * *
14903389 GAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATATATTTCAAAACATTATGATTTTTTTTTGTAATAAA
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* * *
14903454 ACAATTGGTTCTATTCATGCGAGTATATTTTGAATAAAATAATATAAATTTAT
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* * * * * *
14903507 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTATAA-TTTTAGAAAGTAAAGCTATTT-GCTGAAT-ACATTTA
1 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTATC-GAATGA-ATTCA
* * * *
14903569 AATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTTTTTGTCATAAA
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* ** * *
14903634 CCAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTAAT
127 ACAATTGTTTCTATTCATGCAAG-TTATTTGGAATAAAATAA-TATAATTTAT
** * * * *
14903687 TAATATTCC-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGTGAGTTCAGA
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* * *
14903751 TAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAAC
66 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGA-CTTTT-TTTTGTAATAAAAC
* *
14903816 AATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATATGT
129 AATTGTTTCTATTCATGCAAG-TTATTTGGAATAAAATAATA-TAATTTAT
* * **
14903867 TAACATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAAT
1 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
14903906 TAATTAGTTT
Statistics
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TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTATCGAATGAATTCAAA
TAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACTTTTTTTTGTAATAAAACAA
TTGTTTCTATTCATGCAAGTTATTTGGAATAAAATAATATAATTTAT
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14904316 ATTAATTGTT
*
14904326 CTAATTAA-TATTTAAA
1 CTAATTAATTATTAAAA
14904342 CTAATTAAATTATTAAAA
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14904360 CTAA-TAATTATTA
1 CTAATTAATTATTA
14904373 TTTAATAGAT
Statistics
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Indices: 14904588--14904632 Score: 58
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14904578 ATATTTATTA
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*
14904610 ATTTT-AATAATA-TTATTAAAT
1 ATTTTCAA-AATATTTAATAAAT
14904631 AT
1 AT
14904633 ATTTTACTTG
Statistics
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ATTTTCAAAATATTTAATAAAT
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Indices: 14905342--14905395 Score: 58
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14905332 AGATAATTAA
* *
14905342 TTAATTATAAATTTAATGT
1 TTAATAATAAATTTAATAT
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1 TTAATAAT-AA-ATTTAATAT
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1 TTAATAATAAATTTAA
14905396 AATATTAATT
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TTAATAATAAATTTAATAT
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Indices: 14905352--14905390 Score: 62
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14905342 TTAATTATAA
*
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* *
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* *
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* * *
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* * * *
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* ** * * * ** **** * * ** * ** *
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* * * ** * * * **
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* ***
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** *
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* * * * * * *
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* * * *** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** ** * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *** * * * *
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1 T-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * ** * * * * *
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* * *
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** * *
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1 -TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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TAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTCAT
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14907822 TCTTACTCAT
* ** * * ** * *
14907832 TAAATTAATATT-TTTTATTTTAAATAAGCTTATATTAACTGAATCAATTGTTTTATTACAAAAC
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** * * * * * *
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* * * *
14907961 TGAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAA
131 TAAACAGATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* ** * *
14908192 TAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAA-AATCATCTTATGATAAA
1 TAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * ** * ** * *
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* * * * ***
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* * * * * *
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1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT-ATGACAAAA
* * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * ** * * *
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65 CAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCG
* *
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130 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * ** * * * * *
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1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
14908796 AAAAGGTCATAATTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAATTGGTTAGG
66 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA
* * * * * *
14908861 TAAGCATAATTATTTGTTAAATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATACTAA
131 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * * *
14908908 TAAATTCA-T-TTAATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAATTAAAAA-AATTATTTTATGACAA
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * *
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1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
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66 --AAAAGG-TCA-----T-AATAA-T--TTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * *
14909219 TAAACAGGTTAGATAAATAAATTTAATTTTTAAAT-TT-CTTATTAACTTTTAAAAGATTAA
118 TGAACTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
** * * * *
14909279 TAAATTAGTATTATTTTATT--TTA-AAGCTTGTACGATA-AAAAACAATTGTTATATAACCAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * * **
14909340 CAGAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGCCATAATTATTTGAACTAATTCG
65 CAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCG
* * * *
14909405 GTAAACAGAATCATTTTTTAAATC--ACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
130 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * **
14909453 TAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
14909518 AAAATGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAGTAGTCATAACTATTTGAATTTGTTC-A
66 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA
* * * * *
14909582 GGAAACAAATTAATTTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAA
131 -TAAACAGATTTA-TTTTTTAAA-TCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* **** * ** *
14909634 GAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGGTTTT-TGTCAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-GTTTTATGACAAAA
** * * *
14909698 CAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATT-
65 CAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTC
* * * ** *
14909762 GGTAAACAGATTTATTTTTTCATATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAA
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1 TAAATT
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*
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**
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AATTGGTTAAATAAGCATAATTATTTG
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* * * * * * * *** * * *
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* * *** * ** **
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * *
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* * * * * * ** *
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* ** * **
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * * * * * ** *
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* * * ** * * *
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65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA
* * * * * * * * *
14911077 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAGAATAAAAGGTTGTAACA
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* * * * **
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* * * * *
14911193 TTTTTAAA--T-GT-CTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTGGTATTGTTTTATTTCAAATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA
* * ** * * * * *
14911254 AGCT-TGTATGTTGAAAAACAATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACA
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* * * * * * * *
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* * * * **
14911370 TTCTTTTAAAT-TAGTTACTTATTAATTTTCAAAATATTACTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGG
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* * * * * **
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127 ATAAAC-TATAT-AAATAAAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAA-GGTTATAACG
* * * * * * * ***
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1 ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTA-T
* ** * * **
14911555 TTTTTAAATCTCATGA-TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAAT
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* * * * * * ** ** * * * * *
14911619 AAGCTTGTATGGACTAAAGCAATTATTACACGACTAAAGAAAAGGTCAGAATTG
129 AAAC-TATAT-AAATAAAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAAGGTTATAA-CG
* * * * * * *
14911673 -TTTGAAATTGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACACA--T-TT
1 ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATT
** * * *
14911734 TTTT-AA--TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAATATTTT-TATCTAAATA
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* * ** * * * * * * * * * *
14911793 AGCT-TGTATGGTCAGAAATAATTATATTATGAGAAAA-CAAAGATCAAAACA
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* ** * * * * * * * *
14911844 ATTTGAGGTTGATATTTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGATTTGGAAAATA-ATTTTAG
1 ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGA-TTTAT
** * * * * *
14911908 TTTTTAAAAATCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAAGTAGTATTATTTTATTTCACAT
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTAAAT
** * * * * * *
14911973 AAGTTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
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* * * * ** ** * *
14912026 ACTTT-AAATAGATAATTATTTAAATAATCA-AATCTATTTTAATTTATTCAATAAACATATTTA
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* ** * * *
14912089 TTTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAA
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* * * * * * * * * * *
14912154 TAAGCTTGTATGAATTAAAATAATTGTTTTGTGACTAAACAAAA-GTCAAAATG
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* * * * * * * * *
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* *** * * *
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* * * * ** *
14912335 AGCTTATATGAAA-AGAACAATTGTTTTATGACAAAAT-AAAGATCGTAACA
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* * * * * * * *
14912385 ATTTGATATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTGAACT-GTTCTAGTAAATAAATTTAT
1 ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-GGTAAATAGATTTAT
* * *
14912449 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-
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* * * * * * * *
14912509 AATTTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACT
130 AACTAT--ATAAATA-AAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAAGGTTATAACG
* * *
14912561 ATTTAAAATAG-TAATTGTTCAAAT-G----GAC-A--TG-A----TTCAGTAAATAGATTTATT
1 ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATT
* * * * * * * * **
14912612 TTTTAAATCTCCTACCTACTAACTTTCAAAGTATTAATCAATTAGTATTATTTTCTTCCAAATAA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAA
* * ** * * * *
14912677 ACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAGATCATAACT
131 AC-TATATAAATA-AAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAAGGTTATAACG
* * * * * * * * * * *
14912728 ATTTGAAATAAAAAATTATTTAAACAGTCATAACGATTTGAATTAGCTCAGTAAACAGATTTATT
1 ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTATT
* * * * * *
14912793 TTTAAAATTTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAT
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAA
* * * * * * * * * *
14912857 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAGGGTCATGACT
131 AC-TATATAAATA-AAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAAGGTTATAACG
* * * * * *** * *
14912908 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAAGAGTCATAATTATTTGAACAT-GTTCAAAAAACATATTTAT
1 ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGGTAAATAGATTTAT
* * *
14912972 TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTCTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
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Consensus pattern (179 bp):
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TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAA
ACTATATAAATAAAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAAGGTTATAACG
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Indices: 14909851--14913040 Score: 2400
Period size: 362 Copynumber: 8.9 Consensus size: 362
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* * * * * * * * ***
14909851 AAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGTCATAATTATTTTAAATGATTAAATA
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* * * *** *
14909916 AACAAAATTA-TTTTTAAATTTTTTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTTGTATTATT
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* ** * * * * ** * *
14909980 TTATTCCATCTAAACTTGTATTAACT-GAAACAATTATTTTATAACAAATTAAAAGGTTATAATG
130 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
14910044 ATTTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGTACTTGTTCGGTAAATAGATTTATT
194 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGATTTA-T
* ** * * *
14910109 TTTTTAAATCTCATT-TTTATTAATTTTTTGAATGTTACTAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAA
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* * * *
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** * * * * * *
14910214 AATATTAGAACGATTTAAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTTGGT
1 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGT
* * *
14910278 AAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATT
65 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * ** *
14910342 TTAATCCAAATAAGCTTGTACGAACA-AAACAATTGTTTTACAACAAAAGAAAAGGTCATAACGA
130 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
** * * * * * *
14910406 TTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTCAACTGGTTCGGCAATTAGATTTATTT
195 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGATTTATTT
* * ** * * * * **
14910471 TTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAA-
260 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
** * * *
14910535 AATACTAT-AAATAAAACCAATTGTTTGATGATAAAATAA
325 CTTA-TATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * ** * *
14910574 AAGGTTATAACGATTCAAAATAGATAATT-TTTAAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGT
1 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGT
* * * * **
14910638 AAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTTTAATATTAATAAATTAGTATTATT
65 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * * * *
14910703 TTATTTCAAGCAAACTTATATTAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGA
130 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * *
14910768 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGAATTATTT
195 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGATTTATTT
* * * * *
14910833 TCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-TTTTCATTCTATTTCAAATTA
260 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTCAAATAA
* * * *
14910897 GCTTATATGAGCTAAAATAATTATTTTATGATAAAATAA
324 GCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * * * * * * * * **
14910936 AATGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTATATAGACTTAACTGTTTGAA-AGAGTTTGAC
1 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTTGGT
* * * * ** * *
14911000 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTCATTTTTAGAATATTGCTAAAGTAGCATTATT
65 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * ** *
14911065 TTATTTTC-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAGAATAAAAGGTTGTAACA
130 TTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * *
14911129 ATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACTA-ATTTAT
194 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAA-TAGATTTAT
* * * *
14911193 TTTTTAAA--T-GT-CTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTGGTATTGTTTTATTTCAAATA
258 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* **** * *
14911254 AGCTTGTATGTTGAAAAACAATTTTTTTTATGACAAAACAA
323 AGCTTATATGAACTAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAATAA
* * * * * * *
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1 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTTGGT
** * * * *
14911359 AAACTGATTTATTCTTTTAAAT-TAGTTACTTATTAATTTTCAAAATATTACTAAAGTAGTATTA
65 AAACAAATTTATT-TTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
*** * *
14911423 TTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGGTCATA
128 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATA
** * * * * * * * *
14911487 ATTATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAACTTGTTTAATAAATAGATTT
191 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGATTT
* ** * * *
14911552 ATTTTTTTAAATCTCATGA-TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCA
256 A-TTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * ** * * *
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319 AATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* *** * * * *
14911660 AAGGTCAGAATTGTTTGAAATTGATAATTATTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGT
1 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGT
* ** * *
14911724 AAACACA--T-TTTTTT-AA--TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAATATT
65 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
14911781 TT-TATCTAAATAAGCTTGTATG-GTCAGAAATAATTATATTATGAGAAAAC-AAAGATCAAAAC
130 TTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* ** * * * * * * ** *
14911843 AATTTGAGGTTGATATTTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGATTTGGAAAATA-ATTTTA
193 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGA-TTTA
* ** * * * *
14911907 GTTTTTAAAAATCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAAGTAGTATTATTTTATTTCACA
257 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * *
14911972 TAAGTTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
321 TAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * * ** ***
14912014 AAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTATTTAAATAATCA-AATCTATTTTAATTTATTCAA
1 AAGGTCATAACAA-TTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGGTTTGG
* * ** *
14912077 TAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTA
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* * * * *
14912142 ATTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATTA-AAATAATTGTTTTGTGACTAAACAAAA-GTCAAA
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* * * * * * * * * * *
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* *** * * *
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256 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAA
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320 ATAAGCTTATATGAACTAA-AACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * * * * * * * *
14912373 AAGATCGTAACAATTTGATATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTGAACT-GTTCTAGT
1 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-TGGT
* * *
14912437 AAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATT
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** ** * * * *
14912498 TTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACTA
130 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* *
14912562 TTTAAAATAG-TAATTGTTCAAAT-G----GAC-A--TG-A----TTCAGTAAATAGATTTATTT
195 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGATTTATTT
* * * * * * * * * *
14912613 TTTAAATCTCCTACCTACTAACTTTCAAAGTATTAATCAATTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAA
260 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
* * *
14912678 CTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAA
325 CTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * * * * * * * * **
14912716 AAGATCATAACTATTTGAAATAAAAAATTATTTAAACAGTCATAACGATTTGAATTAGCTCAGTA
1 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTA
* * * * *
14912781 AACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
66 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * *
14912845 TATTTCAAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAGGGTCATGACTAT
131 TATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * ** * *
14912910 TTGAAATATATAATTGTTCAAAGAGTCATAATTATTTGAACAT-GTTCAAAAAACATATTTATTT
196 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCAGTAAATAGATTTATTT
* * *
14912974 TTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTCTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAGAATA
260 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCA-AATA
14913036 AGCTT
323 AGCTT
14913041 GTTTATATTA
Statistics
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0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
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341 50 0.02
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345 3 0.00
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TATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
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TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
TTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
Found at i:14911156 original size:543 final size:538
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Indices: 14909957--14913042 Score: 2330
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14909947 TAATTTAGGA
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
14910150 ATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAACCTTTTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATAACCAAATA
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* * * * * * * * * **
14910213 AAATATTAGAACGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTTGGT
253 AAAGATAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCAGT
* * ** *
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* * * ** * *
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* ** * * * *** *
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* * * * * * *
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510 TTTTAAATCTCATAGTTATTAATTTTTAG
* * * ** ** * * *
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** * * * *
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* * * * * **
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** * * * * * *
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193 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA
* * *
14910759 TAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCAGTAAATA
258 TAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCAGTAAATA
* * * * *
14910824 GAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-TTTTCATTCTAT
323 -AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTAT
* * * * * * * * *
14910888 TTCAAATTAGCTTATATGAGCTAAAATAATTATTTTATGATAAAATAAAATGTTATAACAATTTG
386 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * *
14910953 AAATAAATAATTGTTTATATAGACTTAACTGTTTGAAAGAGTTTGACAAATAAATTTATTTTTTA
451 AAATAAATAATTGTTCAAATAGACTTAACTATTT-AAAGAGTTTAACAAATAGATTTATTTTTTA
* *
14911018 AATCTCTTAGTTATTCATTTTTAG
515 AATCTCATAGTTATTAATTTTTAG
** * *
14911042 AATATTGCTAAAGTAGCATTATTTTATTTTCAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTAT
* * * *
14911107 GATAGAATAAAAGGTTGTAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
65 GATA-AATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * *
14911172 TAGTTCAATAAACTA-ATTTATTTTTTAAA--T-GTCTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATT
129 TAGTTCGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * *
14911233 GGTATTGTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTTTTTTTATGACAAAACAAAA
193 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * **
14911297 GGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAAT-GGCTATAATTATTTGAACTGATTGGGTAA
256 GATAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAATTATTTGAACTGATTCAGTAA
* * * * *
14911361 ACTGATTTATTCTTTTAAAT-TAGTTACTTATTAATTTTCAAAATATTACTAAAGTAGTATTATT
320 A-TAAATTATT-TTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
*** * * **
14911425 TTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGGTCATAATT
382 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACA
* * * * ** *
14911490 ATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAACTTGTTTAATAAATAGATTTATT
446 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACTTAACTATTTAAA-GAGTTTAACAAATAGATTTA-T
*
14911555 TTTTTAAATCTCAT-GATTATTAATTTTTTG
509 TTTTTAAATCTCATAG-TTATTAATTTTTAG
* * * * * * **
14911585 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-CTTCCAAATAAGCTTGTATGGACTAAAGCAATTATTACA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTC-AATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
14911649 CGACTAAAGAAAAGGTCAGAATTG-TTTGAAATTGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGA
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* * *
14911713 ACTAGTTCGGTAAACACA--T-TTTTTT-AA--TC-TCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAAT
127 ACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * * * *
14911771 TAGTAATATTTT-TATCTAAATAAGCTTGTATG-GTCAGAAATAATTATATTATGAGAAAAC-AA
192 TAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
** * * * * ** *
14911833 AGATCAA-AACAATTTGAGGTTGATATTTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGATTTGGAA
255 AGAT-AATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCAGTA
* * ** * *
14911897 AATAATTTTAGTTTTTAAAAATCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAAGTAGTATTATT
319 AATAA-ATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATT
* * * * *
14911962 TTATTTCACATAAGTTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
382 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * * ** * * * *
14912027 CTTT-AAATAGATAATTATTTAAATA-A-TCAAATCTATTTTAATTTA-TTCAATAAACATATTT
447 -TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACT-TAA-CTA-TTTAA-AGAGTTTAACAAATAGATTT
* *
14912088 ATTTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTTG
507 A-TTTTTTAAATCTCATAGTTATTAATTTTTAG
* * * * * * *
14912121 AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTAAAATAATTGTTTTGT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
14912186 GACTAAACAAAA-GTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATCCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-
65 GA-TAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * ** *
14912249 TTGTTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTACTAATTTTTGGTATATTATTAAAT
129 TAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * *
14912313 TAGTATTATTTTCATAT-GAATAAGCTTATATGAA-AAGAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAA
192 TAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
** * * *
14912375 GATCGTAACAATTTGATATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTGAACTG-TTCTAGTAA
256 GATAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTC-AGTAA
*
14912439 ATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTT
320 ATAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** ** * * *
14912500 ATTTTGAATAATTTTGCATGAAC-AGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACTAT
384 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * *
14912563 TTAAAAT-AGTAATTGTTCAAATGGAC---A-TGA-TT---CAG--T---AAATAGATTTATTTT
448 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACTTAACT-ATTTAAAGAGTTTAACAAATAGATTTATTTT
* ** * * *
14912614 TTAAATCTCCTACCTACTAACTTTCA-
512 TTAAATCTCATAGTTATTAATTTTTAG
* * * * *
14912640 AAGTATTAATCAATTAGTATTATTTT-CTTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
1 AA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTC-AATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTT
* * * * * * * * * * *
14912704 AGGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAAAATTATTTAAACAGTCATAACGATTTGA
63 ATGA-TAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
14912769 ATTAGCTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA
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* * * *
14912833 TTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAG
191 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * **
14912898 GGTCATGACTATTTGAAATATATAATTGTTCAAAGAGTCATAATTATTTGAACATG-TTCAAAAA
256 GATAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATTCAGTAA
* * * *
14912962 ACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA-TTTCTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATT
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TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCAGTAAATAAAT
TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
AATAATTGTTCAAATAGACTTAACTATTTAAAGAGTTTAACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
ATAGTTATTAATTTTTAG
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* *
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*** ** * *
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* *
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* * * *
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*
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ATTTAAAATAGTAATTGTTCAAATGGACATGATTC
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* * * *
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* *
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*
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* * * * *
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* * * * ** *
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** *
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14913043 TTATATTAAC
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TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTAGGACAAAACAAAAGATCATA
ACTATTTGAAATAAAAAATTATTCAAACAGTCATAACGATTTGAACATGC
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* * ** *
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* ** * * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATA
* * * * **
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* * * * * * *
14913542 -CAAAATTATTAAGTA-AAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTTCTAAATC-A-TT
129 TAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTATGAA-CAAGTT
* * * *
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1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACATTTTGTTTTATCAT
* * *
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* * * * *
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128 CTAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA--TGAACAAGTT
* * * *
14913772 TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTCGTTATGATC-TTTTGTTTTATCAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTATCAT
* * * *
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* * * *
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130 AAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TGAACAAGTT
* * * * * * * * * *
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1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATA
* ** * * * *
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* * * **
14914082 AAAA--AA-AA-TA-AGACATTTAAAAACTAAATCTCTTTATCGAACCGGTT
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* * * * * * *
14914129 CAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTACATATCGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCCTA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATA
* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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1 CAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTA-TCA
* * * *** * *
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* *
14914435 CAAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTTAAAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTT
128 CTAAAAATTAATAAG-TAGAAGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTAT-GAACAAGTT
* * * * * ** * * * *
14914491 CAAATAGTTTTAACTATTTGAAAAATTATCTACTTAAAATTGTTATAACCTTATATTTTATCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATA
* * * * * * * *
14914556 AAACATTTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTT
66 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * *
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* * * * * * *
14914672 CAAATAATTATGGCTATTT-AAGTAATTATTTATTTTAAATCATTATGAAATTTTGTTTTTTCAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCAT
*
14914736 AAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
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* * * *
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129 T-AAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
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* * *
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** * *
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* * * * * * **
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* * * * *
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*
14913311 TAGGTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAAAGAG
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* * * * *
14913376 TAAGAGAATTAAAAAATAATTTTTTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAGTATCTAAAAAAA
316 TAAGACAATTAAAAAATAAATCTCTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAAAAAA
* * * * *
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381 ATCTATTACAAAACATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTTTATTCATACAAACT
* * * *
14913506 TATTTCCAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAATTATTAAGTAAAAATTTTAAAAAT
446 TATTTCCAATAAAATAATATAAATTTAATAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAT
* * * * * * * * *
14913571 AAATTTGTTTTCTAAATCATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTTTCTATTTCAAATCGTT
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* * * **
14913636 ATGAACATTTGTTTTGTCATAAACTAATTTGTTCTATTCAAACAAGTTTATTTGAAATAAAATAA
576 ATGAACATTTGTTTAGTCATAAAATAATTTGTTCTATTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * *
14913701 TACTAATTTATTAATACTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCTAG
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*
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* * * * *
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* * * * * *
14913837 AAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTTTTATTATTCTA
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* * *
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* * * * * *
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** * *
14914031 TATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAACAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAAAA-A-TAAG
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* * ** * * * **
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* ** * * * *
14914348 CATTTTGGCCTTTTGTTTAGTCATAAAATAA-TTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAA
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* *
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*
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* * * * * * * *
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1 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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Statistics
Matches: 846, Mismatches: 160, Indels: 57
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (711 bp):
CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA
AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAA
AAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATCATGTCT
ATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTTCATAAAACAATTGTTTTATC
ATACAAGTTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAAAGAGTAAGACAATT
AAAAAATAAATCTCTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAAAAAAATCTATTACA
AAACATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTTTATTCATACAAACTTATTTCCAAT
AAAATAATATAAATTTAATAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATGTGTTT
ACTAAACCATGCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACATTT
GTTTAGTCATAAAATAATTTGTTCTATTCAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
TGAACACTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTT
Found at i:14915768 original size:67 final size:66
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14915628 AATTAGTATT
* * * *
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14915703 A
66 A
* * * * *
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1 ATTTT-TTTAAAATAAGCTTGTATATTCAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACGAAAGACAATAA
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A
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* * * **
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** * * * * * * * * ***
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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* * *
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65 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACACATTTA
* *
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130 TTTTTTAAATTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
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1 A-TTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * *
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* * * * ** * *
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** *
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* * * * *
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1 ATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * * *
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65 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAG-TAA-ACA--C
* *** * *
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14916795 T
179 T
* * * ** * * * * * * *
14916796 ATTTTAATCCAAATATGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATTATAAAA-TAAAGATTATAT
1 ATTTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * *
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*
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* * * * * *
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1 ATTTTATTCGA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * **
14917037 CAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG-CATTAACTA-TTAAATCTGATTTGGTAAACACATT
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* ** *
14917100 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTAGTATT
128 TATTTTTTAAAT-TCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
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1 ATTTTAT-TC-GAAT-AAGCTTGTATGAACTG-AAACAATTATTTTATGACAAAACAA-AAGGTC
** * * * * * ** *
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* * ** *
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124 -CATTTATTTTTTAAATTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
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1 ATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * ** * * *
14917394 CAATTTTAAATAGATAGTTGTTCAAATAGTCATTTCTATTAGAACTTATTCAGTAAACAGATTTA
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* * * *
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130 TT-TTTTAAA-TTCTTGCTTATTAA--TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
14917511 ATTTTATTCCAAATTAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATG-----ACTAAAGGTCAGAA
1 ATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
14917571 CGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAA-TTAGTTCAGCAAATATATTT
65 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAGTAAACACATTT
* *** *
14917635 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATT
129 ATTTTTTAAAT-TCTTGCTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * *
14917688 ATTTTAATTTGAATATA-CTTGTATGAAAAGAAACAA-TAGTTCTATGACAAAA-TAAAGATCAT
1 ATTTT-ATTCGAATA-AGCTTGTATGAACTGAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * *
14917750 AATGATTT-AAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAGCTGGTT-AGATAAAC-CG
63 AACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAG-TAAACAC-
** * *
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* * * *
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1 ATTTTA--TTCGAATAAGCT-TGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * *
14917927 AACAATTTAAAATAGATAATTGTTC-AAGTGGACATGACTATGTCAACTTG-TTCAGCAAACAAA
63 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAA-TAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACACA
14917990 TTTATTTTTTAAAT
126 TTTATTTTTTAAAT
14918004 CTCCTACCTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTTAAATTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
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14915694 GATAATAACA
* * * **
14915704 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT--ATTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGCAAT
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* * * * * ** * * * * * *
14915767 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGTA-GTGATTGAATAAACTGTT
61 AATAATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACAGAT
* * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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*
14916193 TTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTCAAAATAATATTAAATTAGTATTATTTTTATTC
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* *
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187 GAATAAGCTTGTATGATC-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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*
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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1 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGATAAAA-AAAG-TTATAAT
* * * * *
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* *
14916924 ATTTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAG
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* * * *
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189 ATAAGCTTGTATGATCGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * * *
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* * * *
14917111 TCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTAGTATT
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** * * * ** * * *
14917153 ATTTT-TATCTGAGTCAA-CCTATATG--ATCGAAAACAATTACTTTATGACAAAACAA-TTATC
1 ATTTTAT-TCCAAAT-AAGCTTGTATGAAAT-G-AAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAGTTATA
* * * * * * * ** *
14917213 ATAATGATTTAAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTGGAA-TTGGTTCAAAAAATAG
62 ATAAT--TTTAA-ATAGATAATTATTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAG
* * * * *
14917277 CTTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT
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* * * * * * * * * *
14917338 CAAATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTTAA
186 CGAATAAGCTTGTATGATC-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA
* ** * * * * * *
14917403 ATAGATAGTTGTTCAAATAGTCATTTCTATTAGAACTTA-TTCAGTAAACAGATTTATTA-TTTC
250 ATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAAC-TAGTTC-G-AAAAATATATATAATTTTT
* * * * * *
14917466 AAATTTCTTGGTTACTAACTTTTTCAAA-GTTAATAAATTAGTATT
311 AAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATT
* * * * * * * **
14917511 ATTTTATTCCAAATTAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACT---AAAGGTCAGAACG
1 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAAAAAGTTATAATA
* ** * * * * *
14917573 ATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCCTAACTATTTGAA-TTAGTTCAGCAAATATATTTA
65 ATTTTAAATAGATAATTATT-TAAATAGTTATAATTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAGATTTA
* * * * * *
14917636 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAA
128 TTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAA-TTTTT-CAAAATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAA
** * * *
14917701 TATA-CTTGTATGAAAAGAAACAA-TAGTTCTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTT-AAGA
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* * * * * * *** * **
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251 TAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAGTTCGAAAAATATATATAATTTTTAAAT
* * *
14917826 -TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTACT
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* * * * * *
14917864 ATTTTACTTTC-AATAA-TTCTATATGAACA-GAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
1 ATTTTA-TTCCAAATAAGCT-TGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGA-TAAA-AAAA-GTTA
* *
14917926 TAACAATTTAAAATAGATAATT
60 TAATAATTTTAAATAGATAATT
14917948 GTTCAAGTGG
Statistics
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TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATT
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Alignment explanation
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Period size: 535 Copynumber: 4.3 Consensus size: 532
14915694 GATAATAACA
** * ** *
14915704 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-ATTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAG-GCAAT
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* * * * * *
14915767 AATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGTA-GTGATT-GAATAAACTG
64 AATGATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGAA-AAA--A
* ** * * * * *
14915829 TTTTATTTTGTAAATCTT-TTACTTATTGA-TCTTCAAAATATTAACAAAGTAATATT-TTTTAT
124 ATTTATTTT-TAAAT-TTCTTGGTTAATAATTTTTC-AAA-ATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT
*** * * * * * * *
14915891 TTTGGATAAACTTTTATGAACTGCAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAACAATTTT
185 TCCAGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAG-TCAGAACAATTTG
* * *
14915956 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTC
249 AAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-
* ** * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* ** * *
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*
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* * *
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* * * * * *
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** * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * *
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* *
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* ** *
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* * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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** * ** * * * *
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* * * *
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* * * * *
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190 ATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGTCAGAACAATTTGAAATAG
* * * *
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*
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** * * * * * *
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* * * * * *
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*
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508 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
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** * * * * * * * *
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TAAATTAGTATT
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1 AA
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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* *
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* * ** * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * * ****
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* * *
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* * * *
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* *
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*
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* *
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* * *
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* *
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128 AATATCTTACTTATTAATTTT
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ATCTTACTTATTAATTTTATTTG
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* *
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* *
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* * *
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* ** * * *
14918754 TAAGCCTATATGAACTGATACAATTATTTTATAATGAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAG
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* * * * * * *
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* * * *
14918884 ACTTATTAATTGGCAAAATATTAATAAATTCACATTATTTTAATCCAAATAAGTTTGTGTGAAGA
325 ACTTATTAATTGGCAAAATATTAATAAATTCACATTACTTTAATCCAAATAAGATTATATGAAGA
* * * *
14918949 AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAATTTATAATGATTTGAAATAAATAATT-TTTCAAATA
390 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTT-AAATA
*
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454 GTCATAACTAATTGAACTTATTAGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAA
* * * * * *
14919074 TTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATTGTTTTACGATAAAATAAAAAGGTTATA
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* * * * * *
14919139 GTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGA-TT
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* * *
14919203 AATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TTCATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATATTATTTTG
130 AATTTTTTAAATCTCTTA--TACTTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATATTATTTAG
* * * * * *
14919267 AACATGCTTGTACAAACAGAAAACAATTATTTTGTGAT-AAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
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**
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* * * * **
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* * * **
14919454 ATTATATGAATAGAAACAATTATTTTGTGACAAAA-AAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAA
378 ATTATATGAAGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAA
*
14919518 TTGTTTAAATAGTTATAACTAATTGAA
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Consensus pattern (514 bp):
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TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACCAATTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTA
ATTTTTTAAATCTCTTATACTTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATATTATTTAGAAC
AAGCCTATACAAACAGAAACAATTATTTTATAATGAAAAAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGA
TAATTATTCAAACAATCATGAATATTTAAACTTGGTCAGTAAATAAATTATTTTAAAATCTGTTA
CTTATTAATTGGCAAAATATTAATAAATTCACATTACTTTAATCCAAATAAGATTATATGAAGAA
AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGT
CATAACTAATTGAACTTATTAGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAA
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14919628 ACAAACTTAT
*
14919638 ATGAACAAAAACATTTGTTTTATGA
1 ATGAACAAAAACATTAGTTTTATGA
*
14919663 ATGAACAAAAAGATTAGTTTTATG
1 ATGAACAAAAACATTAGTTTTATG
14919687 TTATAATGAT
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ATGAACAAAAACATTAGTTTTATGA
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14919058 ATATTTTACT
* * * * * *
14919068 TATTAATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATTGTTTTACGATAAAATAAAAAG
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* * * * **
14919133 GTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAA
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* * * * *
14919197 TAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTCATTTTTGGAATATTAATAAATTAG
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* * ** * * ** * * *
14919252 AATTATATTATTTTGAACATGCTTGTACAAACAGAAAACAATTATTTTGTGATAAAA-AAAAGGT
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * ** * * ** * *
14919316 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGCACTGGTCAAGCT-AATA
65 TAAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGAT-TTGGTAAACA
* * * * *
14919380 GACTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAA-CTTTCAGAATATTAATAAATTAG
129 GATTTACTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG
* * * * * * * * *
14919433 CATTACTTTA-TTCTGAATAAGATTATATGAATAGAAACAATTATTTTGTGACAAAA-AAATGGT
1 TATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * ** * * * **
14919496 CATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTATAACTAATTGAATTGGTTTACTAATA-A
65 TAAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAA-ACA
* * * ** *
14919560 -ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTACTTTTCAAAATATTAATAAATTAA
129 GATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * ** * * * * * *
14919612 TCTTATTTCATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGA-ATGAACAAAAAGA
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAAC-AAAAG-
* * * * *
14919676 TTAGTTTTATGTTATAATGATTTGAAATTAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGG
63 ---G--TTA----A-AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGA
* * * * *
14919741 TTTGGCAAATATAATTA-TATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTG
118 TTTGGTAAACAGATTTACT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * * * *
14919805 TTTTA-TTTATTTCAAATAAG-TTACTAAGAACTGAAAAAATTGTTCTA-CAGCAAAGCTAAAGA
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGG
* * * * * * *
14919867 TTATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACA
64 TTAAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACA
* * * ** * *
14919932 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTACATTAG
129 GATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * *
14919985 TATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTGTGAACAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTT
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * * *
14920050 ATAATAATTTGAAATATATAGTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTGCTAAACAG
66 AAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGA-TTTGGTAAACAG
* * * * *
14920114 ATTTAGTTTTTAAATCTTTTGCATATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAG
130 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * *
14920166 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGACTAAAGAAAAGG-T
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * * * * *
14920230 AATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCCTAATTATTTGAAATGATTCGGTAAACAG
66 AA-AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACAG
* * * *
14920295 ATTCACTTTTTAAATCACTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-
130 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAG
* * * *
14920347 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
14920412 AAAATGATT
66 AAAATGATT
14920421 AATTTTTGAA
Statistics
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Consensus pattern (181 bp):
TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
AAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACAGA
TTTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
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Indices: 14920319--14920519 Score: 332
Period size: 99 Copynumber: 2.0 Consensus size: 99
14920309 TCACTTATTT
* *
14920319 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAA
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*
14920384 CGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATG
66 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATG
14920418 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAA
* * *
14920482 ACAATTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTCACAATG
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATG
14920517 ATT
1 ATT
14920520 TAAAATAGAT
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 6, Indels: 2
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
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CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATG
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Period size: 280 Copynumber: 2.0 Consensus size: 279
14920128 TCTTTTGCAT
* * *
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* * * * * **
14920203 CATTTGTTATATGACTAAAGAAAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCCT
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* *** * * **
14920268 AATTATTTGAAATGATTCGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTTATTAATTTTTGGAA
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* * * * * *
14920333 TATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACGATTGTTTTATGA
195 TATTAATAAATTAATATTATTTAATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA
*
14920398 CAAAACAAAAGGTCAAAATG
260 CAAAACAAAAAGTCAAAATG
**
14920418 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-ATATGAACTGAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGA-ATGAACAAAA
* * * * *
14920482 ACAATTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTGAAACAG-TT
65 ACAATTGTTATATGACAAAAGAAAAGGTAACAATGATTTAAAATAGATAATTATTGAAACAGCCT
* * * **
14920546 AGGACTATTTGAACTTG-TTCAAAAAACATATTTA-TTTCTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGT
130 A--ACTATTTGAA-ATGATTCAAAAAACAGATTCACTTT-TTAAATCACTTACTTATTAATTTGT
*
14920608 CAAACTATTAATAAATTAATATTATTGTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATT
191 CAAA-TATTAATAAATTAATATTATT-TAATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATT
14920672 TTATGACAAAACAAAAAGTCA
254 TTATGACAAAACAAAAAGTCA
14920693 TAAGAATTTG
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 38, Indels: 14
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (279 bp):
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGAACAAAAA
CAATTGTTATATGACAAAAGAAAAGGTAACAATGATTTAAAATAGATAATTATTGAAACAGCCTA
ACTATTTGAAATGATTCAAAAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTGTCAAAT
ATTAATAAATTAATATTATTTAATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC
AAAACAAAAAGTCAAAATG
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Indices: 14919957--14920871 Score: 1020
Period size: 461 Copynumber: 2.0 Consensus size: 460
14919947 TCTCTTAGTT
* * * *
14919957 ATTAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTGTGAACAGAAA
1 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAGAAA
* * * * * * * * * *
14920022 TAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAGTTGTTCAAATAGTCAT
66 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAACAGTCAG
**** * * *
14920087 AACTATTTGAACTAGTTTGCTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTGCATATTAATTTTTGAAA
131 AACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTGTCAAA
* * * * * *
14920152 TATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGA
196 TATTAATAAATTAATATTATTTAATTTCGAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTATTATATGA
* * * * * * * * * *
14920217 CTAAAGAAAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCCTAATTATTTGAAATG
261 CAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAATGATTTGAAATG
* * *
14920282 ATTCGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA
326 ATTCGGTAAACAAATTCAATTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTA
* ** **
14920347 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
390 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
14920412 AAAATG
455 AAAATG
** * *
14920418 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA
1 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAGAAA
* * * * *
14920483 CAATTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTGAAACAGTTAG
66 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAACAGTCAG
* * * *
14920548 GACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTA-TTTCTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCAA
131 AACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACAGATTTAGTTT-TTAAATCTTTTACATATTAATTTGTCAA
* * *
14920611 ACTATTAATAAATTAATATTATTGTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTA
195 A-TATTAATAAATTAATATTATT-TAATTTCGAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTATTATA
* * *
14920675 TGACAAAACAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAGTAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-GATTTGA
258 TGACAAAACAAAAAGTAATAATG-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAATGATTTGA
* * * *** *
14920738 ACTTG-TTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTATCTT-TATATTAATA
322 A-ATGATTCGGTAAACAAATTCAATTTTTAAATCACTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATA
*
14920801 AATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAA-TGGAAAAAAATCATTTTATGACAAAA
384 AATTTATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACT-G-AAAAAATCATTTTATGACAAAA
14920864 CAAAAGGT
446 CAAAAGGT
14920872 TATAGCAATT
Statistics
Matches: 372, Mismatches: 72, Indels: 20
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (460 bp):
ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAGAAA
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AACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTGTCAAA
TATTAATAAATTAATATTATTTAATTTCGAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTATTATATGA
CAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAATGATTTGAAATG
ATTCGGTAAACAAATTCAATTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTTAT
ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
AAATG
Found at i:14921011 original size:181 final size:178
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Indices: 14920418--14922262 Score: 948
Period size: 181 Copynumber: 10.4 Consensus size: 178
14920408 GGTCAAAATG
* *
14920418 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA
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* * * * ** * * * *
14920483 CAATTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTGAAACAGTTAG
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAA-AGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
14920548 GACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTCTTAAATCTTTTACTT
129 AACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-CTTACTT
* * * * *
14920599 ATTAA-TTGTCAAACTATTAATAAATTAATATTATTGTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGA
1 ATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TGA
* * *
14920662 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAGTAA-ATAATTATTCAAATAGT
63 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AA-AAAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * **
14920726 CATAA-GATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATGTTTTACTT
126 CATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CCTTACTT
* * *
14920779 ATTAATTATCTT--TATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATGG
1 ATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAT-G
* * * * *
14920841 AAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAAAAGATAATTATTGAAATAG
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* * * *
14920906 TCATAATTATTTAAACTTGTTCGACAAACAGATTCATTTTTTAAATGCCTTAATT
125 TCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CCTTACTT
* * * * * *
14920961 ATTAATTTTTGTAATATTAATAACTTAGTATTA-TTTATTTTGAGTAAGCTTATATAAACTGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TG-AA
* * * ** *
14921025 ATAATTTTTTTATGACAAAACGAAAGGTTCATAATGATTT-GAAAGATAATTATTCAAATAGTCA
64 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTAAAAAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * * **
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128 TAACTATTTAAACTT-GTTCGA-TAAACAGATTTATTTTT-TAAA-TCCTTACTT
* ** * * *
14921142 ATTAAATGGTGAAATATTGATAAATTAGTATTATTTTA-ATCGAATAGGCTTGTATGAATGGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAA
* * * ** *
14921206 CAATGATTTTATAACCAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAA-ATAATTGCTAAAATAGTC
65 CAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAA-AAGATAATTATTCAAATAGTC
* * *
14921270 ATAACTATTTAAGCTT-TTTGATAAATAGATTTA-TTTTTAAAT-CTT-CTT
127 ATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCCTTACTT
* * * * * * * **
14921318 ATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCCAAACAAACTTATCATTGAACAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT-A-TGAA-TGA
* * * ** * * *
14921383 AACATTTGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTC
63 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAAAAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * *
14921448 ATAATTATTTGAAC-TGTTTAGGTAAATAGAATTA-TTTTAAAAT-C-T-CTT
127 ATAACTATTTAAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCCTTACTT
* * *
14921496 ATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTCA-TTTTATTTT-TGTTCCAAATAAGCTAGTATGAATTG
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAT-TT-CGAATAAGCTTGTATGAA-TG
* *** * * * *
14921558 AAAAAAAACTTATTTTATGACCAAAACAAAA-GTCATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTTATA
62 --AAACAA-TTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAAAAGATAATTATTCAAA
* * * * * * * * * *
14921622 TAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTTGGTGAACA-AATTATTTTTTAATTCTCTTAATT
122 TAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-CTTACTT
** * * * ** * **
14921679 ATTAATTTTCAAAATAATATTAGATTAGTATT-TTTT-TTTAAAATAAGCTTCTATGAACAAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAA
* * * * * * * ** * *
14921742 TAATTGTTGTATGATAGAAC-AAAGCTTATAACAATTTGAAGTTTA-ACAATTGTTCAAAATAGT
65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AA--AAAGATAATTATTC-AAATAGT
* * * * *
14921805 TAT-A-TATTTGAA-TTAGCTAG-TAAACAGATTTATTTTTTCAAT-C-T-CTT
126 CATAACTATTTAAACTT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCCTTACTT
* * * *
14921852 ATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGC-TGAATG-ATCAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT--GAA
* * ** * * * *
14921915 ACAATTGTTTATATGATC-AAACAAAAGGCCATAA-TTTTTATAAATAAATAATTGTTCATATAA
64 ACAATTATTT-TATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTA-AAA-AGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * *
14921978 TCGTAATTGGTTTAAA-TTGCTTTGA-CAACAGATTTATTTTTTACATCTCTTAGTT
125 TCATAACT-ATTTAAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-CTTACTT
* * * * * * * *
14922033 ATTAATTTTTGGGAAT-CTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATAAACTAAA
1 ATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TGAA
* * * * * ** * *
14922097 ACAATTATTTTATAATC-GAATAAAATGTTATAATGATTGAAATAGATAATTATTCAAATA---A
64 ACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAAAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * *
14922158 -AA--A-CT-AA----TTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
128 TAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-CTTACTT
* * * *
14922201 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTACTTTATTCCAAAT-AGCTTGTATG-ATGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGAAA
14922263 AAAGATTCAT
Statistics
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172 1 0.00
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184 15 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGAAAC
AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAAAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
CTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCCTTACTT
Found at i:14921038 original size:642 final size:640
Alignment explanation
Indices: 14919777--14921063 Score: 1472
Period size: 642 Copynumber: 2.0 Consensus size: 640
14919767 TCTCTTACTT
* *
14919777 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTATTTCAAATAAGTTACTAAGAACTGAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTCAAATAAGTTACTAAGAACTGAAAA
* * * * * * *
14919842 AATTGTTCTACAGCAAAGCTAAAGATTATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTA
66 AATTGTTCTACAGCAAAGATAAAGATCACAACGATTTAAAATAAAGAATTATTCAAACAG-CTTA
**** * * *
14919907 ACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAAT
130 ACTATTTGAACTGGTTCAAAAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCAAAAT
* * * * * * *
14919972 ATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTGTGAACAGAAATAATTGTTTTATGAC
195 ATTAATAAATTAATATTATTTAATTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * * * * *
14920037 ATAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAGTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
260 AAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTAG
* * * *
14920102 TTTGCTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTGCATATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGT
325 TTTGCTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGT
* * * * *
14920167 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGACTAAAGAAAAGGTAA
389 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGATCAAAAAAATATGTTATATGACAAAACAAAAGGTAA
** * * * * * **
14920232 TAATGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCCTAATTATTTGAAATGATTCGGTAAACAGAT
454 TAACAATTTCAAAAAGATAATTATTGAAATAGCCATAATTATTTGAAATGATTCGACAAACAGAT
* *
14920297 TCACTTTTTAAATCACTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTCA
519 TCACTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTTATATTATTTTATTTCA
* * *
14920362 AATAAGCTTTTATGAACTGAAACGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCAAAATG
584 AATAAGCTTATATAAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTCAAAATG
*
14920418 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAACTGAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCAAATAAG-TTACTAAGAACTGAA
* * * * * * * *
14920482 ACAATTGTTTTATTA-CAAA-ATAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTGAAACAG-
64 AAAATTGTTCTA-CAGCAAAGAT-AAAGATCACAACGATTTAAAATAAAGAATTATTCAAACAGC
* * *
14920544 TTAGGACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTCTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTC
127 TTA--ACTATTTGAACTGGTTCAAAAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTC
* * *
14920609 AAACTATTAATAAATTAATATTATTGTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTT
190 AAAATATTAATAAATTAATATTATT-TAATTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTT
*
14920673 TATGACAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAGTAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-GATTTG
254 TATGACAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACGATTTG
* * * * *
14920737 AACTTGTTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTATCTT-TATATTAATA
319 AACTAGTTTGCTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTTTTACATATTAATT-T-TTAAATATTAATA
* * *
14920801 AATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATGGAAAAAAATCAT-TT-TATGACAAA
382 AATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGAATG-AT-CAAAAAAAT-ATGTTATATGACAAA
* * *
14920863 ACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAAAAGATAATTATTGAAATAGTCATAATTATTT-AAACTTG-T
443 ACAAAAGGTAATAACAATTTCAAAAAGATAATTATTGAAATAGCCATAATTATTTGAAA--TGAT
* *
14920926 TCGACAAACAGATTCATTTTTTAAATGC-CTTAATTATTAATTTTTGTAATATTAAT-AACTTAG
506 TCGACAAACAGATTCACTTTTTAAAT-CACTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTTA-
** * * * *
14920989 TATTA-TTTATTTTGAGTAAGCTTATATAAACTGAAAATAATTTTTTTATGACAAAACGAAAGGT
569 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
*
14921053 TCATAATG
633 TCAAAATG
14921061 ATT
1 ATT
14921064 TGAAAGATAA
Statistics
Matches: 537, Mismatches: 90, Indels: 36
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Matches are distributed among these distances:
640 6 0.01
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644 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (640 bp):
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTCAAATAAGTTACTAAGAACTGAAAA
AATTGTTCTACAGCAAAGATAAAGATCACAACGATTTAAAATAAAGAATTATTCAAACAGCTTAA
CTATTTGAACTGGTTCAAAAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCAAAATA
TTAATAAATTAATATTATTTAATTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACA
AAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTAGT
TTGCTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTAT
TATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGATCAAAAAAATATGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATA
ACAATTTCAAAAAGATAATTATTGAAATAGCCATAATTATTTGAAATGATTCGACAAACAGATTC
ACTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTTATATTATTTTATTTCAAA
TAAGCTTATATAAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTCAAAATG
Found at i:14921115 original size:362 final size:353
Alignment explanation
Indices: 14920430--14922257 Score: 1110
Period size: 362 Copynumber: 5.1 Consensus size: 353
14920420 TAATTTTTGA
* * *
14920430 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACTGGAAAAAATTATTTTA
* * * ** * * ** *
14920494 TTA-CAAAATAAAAGGTCACAATGATTT-AAAATAGATAATTATTGAAACAGTTAGGACTATTTG
65 TGACCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAA-AGATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTTA
* * * * * * * *
14920557 AACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTCTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCAAACTATTAATA
129 AACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAA-TATTAAT-
* * * * *
14920621 AATTAATATTATTGTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
192 AATTAGTATTATT-TATTTTGAATAAGCTTATATGAAC-GAAAAAATTTTTTTATGACAAAACAA
* * * *
14920686 AAAGTCATAA-GAATTTGAAGTAAATAATTATTCAAATAGTCATAAGATTTGAACTTGTTTGGTA
255 AAGGTCATAATG-ATTTGAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATATTTGAA-TTGTTTAGTA
14920750 AACAAATTTAATTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTATCTT
317 AACAAA-TT-ATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTAT-TT
* * *
14920791 TATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAA-TGGAAAAAAATCATTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGG-AAAAAATTATTTT
* * * *
14920855 ATGA-CAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAAAAGATAATTATTGAAATAGTCATAATTATTTA
64 ATGACCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAAAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTTA
* * *
14920919 AACTTGTTCGACAAACAGATTCATTTTTTAAATGC-CTTAATTATTAATTTTTGTAATATTAATA
129 AACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * *
14920983 ACTTAGTATTATTTATTTTGAGTAAGCTTATATAAACTGAAAATAATTTTTTTATGACAAAACGA
193 A-TTAGTATTATTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC-GAAAA-AATTTTTTTATGACAAAACAA
* *
14921048 AAGGTTCATAATGATTTGAA-AGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATTTAGTTTAGTA
255 AAGG-TCATAATGATTTGAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AATATTTGAATT-GTTTAGTA
* ** **
14921112 AACATATTCATTTTTAAAAATTTATTACTTATTAAATGGTGA
317 AACAAATT-ATTTTT--AAATTT-TTACTTATT-AATTATTT
* * * * * *
14921154 AATATTGATAAATTAGTATTATTTTAATCGAATAGGCTTGTATGAA-TGGAAACAATGATTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAACTGGAAAAAATTATTTTAT
* * ** *
14921218 AACCAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAA-ATAATTGCTAAAATAGTCATAACTATTTAA
66 GACCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA-AAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTTAA
* * * *
14921282 GCTT-TTTGATAAATAGATTTA-TTTTTAAA--TCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGA
130 ACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATA-A
*** * * *
14921342 TTAGTATTACTTTATTCCAAACAAACTTATCATTGAAC-AAAAACATTTGTTTTATGACAAGACA
194 TTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTAT-A-TGAACGAAAAA-ATTT-TTTTATGACAAAACA
* * *
14921406 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGTTTAGGT
254 AAAGGTCATAATGATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAATTGTTTA-GT
* * *
14921471 AAATAGAATTA-TTTTAAA-ATCT-CTTATTAATT-TTT
316 AAACA-AATTATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTATTT
* * * * *
14921506 GAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTTGTTCCAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAAAACTTA
1 -AATATTAATAAATT-AGTATTA-TTTTATT-CAAATAAGCTTGTATGAACTG-GAAAAAA-TTA
*** * * * * * *
14921570 TTTTATGACCAAAACAAAA-GTCATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAAATA
60 TTTTATGACCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAAAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * ** *
14921634 TTTGAACTAGTTTGGTGAACA-AATTATTTTTTAATTCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATAATA
125 TTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * * * *
14921698 TTAGATTAGTATT-TTT-TTTTAAAATAAGCTTCTATGAACAAAAATAATTGTTGTATGATAGAA
190 ATA-ATTAGTATTATTTATTTT-GAATAAGCTTATATGAACGAAAA-AATTTTTTTATGACAAAA
* * ** * * * *
14921761 C-AAAGCTTATAACAATTTGAAGTTTA-ACAATTGTTCAAAATAGTTAT-ATATTTGAATTAG-C
252 CAAAAGGTCATAATGATTTGAA---TAGATAATTATTC-AAATAGTCATAATATTTGAATT-GTT
* * *
14921822 TAGTAAACAGATTTATTTTTTCAA--TCT-CTTATTAATT-TTT
312 TAGTAAACA-AATTA-TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTATTT
* * * * ** *
14921862 GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGC-TGAATG-A-TCAAAAACAATTGTT
1 --AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACTGGAAAA-AATTATT
* * * * * * * * * * *
14921924 TATATGATC-AAACAAAAGGCCAT-A-ATTTTTATAAATAAATAATTGTTCATATAATCGTAATT
62 T-TATGACCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA-AAA-AGATAATTATTGAAATAGTCATAACT
* * * * *
14921986 GGTTTAAA-TTGCTTTGA-CAACAGATTTATTTTTTACATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGGAAT
124 -ATTTAAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT--GAA-
* *** * * * *
14922049 CTATT-A-AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATAAACTAAAACAATTATTTTATAA
184 ATATTAATAATTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACGAAAA-AATTTTTTTATGA
* * * * *
14922112 TC-GAATAAAATGTTATAATGA-TTGAAATAGATAATTATTCAAATA---A-AA-A-CT-AATTC
247 -CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATATTTGAATT-
* *
14922168 G---A-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTT
309 GTTTAGTAAACAAA-TTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTATTT
* *
14922211 GAAATATTAATAAATTAATATTACTTTATTCCAAAT-AGCTTGTATGA
1 --AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGCTTGTATGA
14922258 TGAAAAAAGA
Statistics
Matches: 1168, Mismatches: 216, Indels: 177
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
344 1 0.00
345 16 0.01
346 1 0.00
348 10 0.01
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350 1 0.00
351 6 0.01
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353 60 0.05
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364 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (353 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAACTGGAAAAAATTATTTTAT
GACCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAAAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTTAAA
CTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAATT
AGTATTATTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACGAAAAAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
ATAATGATTTGAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATATTTGAATTGTTTAGTAAACAAATTA
TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTATTT
Found at i:14924830 original size:130 final size:128
Alignment explanation
Indices: 14924682--14925347 Score: 401
Period size: 130 Copynumber: 5.2 Consensus size: 128
14924672 ATGAAAACTC
* * *
14924682 TTTCCATTATATAATAAGAAATTGACATGTTGTCGAATTAACTATTATACATTCATATCATAATT
1 TTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTTG-CCAATTAACTATTATAC-TTCATAACATAATT
* * *
14924747 ATGAAAATACTCATTCTCCTATAATTATTTACTAAATAATATCTTATTG-AATTACCAAAACACC
64 ATGAAAATACTCATTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATAGCCTA-TGAAATTACCAAAACACC
14924811 A
128 A
* * * * * *
14924812 TTTCCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTAGCCAAATAGAGTATTATGACTTTATAACATAATT
1 TTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTTGCCAATTA-ACTATTAT-ACTTCATAACATAATT
* * * *
14924877 ATGAAAATAC-CCTTCTCTTATAAATT-TTTACCAGAT-ATAGCCTATGAAATTACCAAAATACC
64 ATGAAAATACTCATTCTCTTAT-AATTATTTACTAAATAATAGCCTATGAAATTACCAAAACACC
*
14924939 C
128 A
* * ** * *
14924940 TTTCCATTATATGATAAAAAATTGACATGTGGCCACATGGACTATTATGCCTTCATAGCATAATT
1 TTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTTGCCA-ATTAACTATTAT-ACTTCATAACATAATT
* * * ** * *
14925005 ACGAAAATA-TCCACTTTTCTTATAATTATTTACTAAATAAT-TCCTCAAAAAATTACTAAAATA
64 ATGAAAATACT-CA-TTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATAGCCT-ATGAAATTACCAAAACA
*
14925068 TCA
126 CCA
* * * ** **
14925071 TTTCCTTTTTTTTGCCAAGAAATTGACATCATGCC-----A-TA--ATA---C----CATAATTA
1 TTTCC-ATTATATGATAAGAAATTGACATGTTGCCAATTAACTATTATACTTCATAACATAATTA
* * * * * ** *
14925121 -CAAATATACTCATTCTTTTATAATTATTTACTAAATAATCGCCTATGAAATTGCTAAAATGCCC
65 TGAAA-ATACTCATTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATAGCCTATGAAATTACCAAAACACCA
** * * * * *
14925185 TTTGAATTATATGATAAAAAATTGACATG-TGACTAATTAGACTATAACACTTTCATACCATAAT
1 TTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTTG-CCAATTA-ACTATTATAC-TTCATAACATAAT
** * * ** * * *
14925249 TACAAAAATAATGC-TTCTTTTATAATTATTTA-TGAAATAATCTCCTATGAAACTACAAAAATA
63 TATGAAAATACT-CATTCTCTTATAATTATTTACT-AAATAATAGCCTATGAAATTACCAAAACA
14925312 CCA
126 CCA
* * *
14925315 TTTTTCATTATGTGATAAGAAATTGACTTGTTG
1 -TTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTTG
14925348 TTTAGTTGAC
Statistics
Matches: 415, Mismatches: 83, Indels: 74
0.73 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
112 2 0.00
113 18 0.04
114 45 0.11
115 16 0.04
116 1 0.00
119 2 0.00
120 2 0.00
122 2 0.00
123 2 0.00
125 2 0.00
126 2 0.00
127 2 0.00
128 80 0.19
129 29 0.07
130 136 0.33
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132 22 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (128 bp):
TTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTTGCCAATTAACTATTATACTTCATAACATAATTAT
GAAAATACTCATTCTCTTATAATTATTTACTAAATAATAGCCTATGAAATTACCAAAACACCA
Found at i:14924968 original size:128 final size:129
Alignment explanation
Indices: 14924681--14925045 Score: 398
Period size: 128 Copynumber: 2.8 Consensus size: 129
14924671 TATGAAAACT
* * * * *
14924681 CTTTCCATTATATAATAAGAAATTGACATGTTGTCGAATTA-ACTATTAT-ACATTCATATCATA
1 CTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTAG-CCAAATAGACTATTATGAC-TTCATAACATA
* * * * *
14924744 ATTATGAAAATACTCATTCTCCTATAATTATTTACTAAATAATATCTTATTGAATTACCAAAACA
64 ATTATGAAAATAC-CCTTCTCTTATAATTATTTACCAAATAATAGCCTATTGAATTACCAAAACA
14924809 CC
128 CC
* * * * *
14924811 ATTTCCATTATATGATAAGAAGTTAACATGTAGCCAAATAGAGTATTATGACTTTATAACATAAT
1 CTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTAGCCAAATAGACTATTATGACTTCATAACATAAT
* *
14924876 TATGAAAATACCCTTCTCTTATAAATT-TTTACCAGAT-ATAGCCTA-TGAAATTACCAAAATAC
66 TATGAAAATACCCTTCTCTTAT-AATTATTTACCAAATAATAGCCTATTG-AATTACCAAAACAC
14924938 C
129 C
* * * * * *
14924939 CTTTCCATTATATGATAAAAAATTGACATGTGGCCACATGGACTATTATGCCTTCATAGCATAAT
1 CTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTAGCCAAATAGACTATTATGACTTCATAACATAAT
* * *
14925004 TACGAAAATATCCACTTTTCTTATAATTATTTACTAAATAAT
66 TATGAAAATA-CC-CTTCTCTTATAATTATTTACCAAATAAT
14925046 TCCTCAAAAA
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 32, Indels: 15
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
127 2 0.01
128 83 0.43
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130 78 0.40
131 4 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (129 bp):
CTTTCCATTATATGATAAGAAATTGACATGTAGCCAAATAGACTATTATGACTTCATAACATAAT
TATGAAAATACCCTTCTCTTATAATTATTTACCAAATAATAGCCTATTGAATTACCAAAACACC
Found at i:14926401 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 14926363--14926446 Score: 100
Period size: 34 Copynumber: 2.5 Consensus size: 34
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* **
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*
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*
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AT
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*
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* *
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*
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* *
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*
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1 TA TA TA TA TA TA TA T
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*
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GAACATG
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*
14979010 AATGAGATTAAATATTGTAAT
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1 AATGAGATTAAATATT-ATAAT
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1 AA
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14986597 AATTTTAAAT
1 AATTTTAAAT
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1 AATTTTAAAT
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* *
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Period size: 26 Copynumber: 2.1 Consensus size: 26
14988596 ACCCCGTTTT
14988606 TCTCGTTTTCTTTTTCCTCTCATCAA
1 TCTCGTTTTCTTTTTCCTCTCATCAA
14988632 TCTCGTTTTCTTTTTCCTCTCATCAA
1 TCTCGTTTTCTTTTTCCTCTCATCAA
14988658 TC
1 TC
14988660 AAACACTATC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 28 1.00
ACGTcount: A:0.11, C:0.31, G:0.04, T:0.54
Consensus pattern (26 bp):
TCTCGTTTTCTTTTTCCTCTCATCAA
Done.