genome.fa.s159.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167984.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_241, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  44576

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15--60	17	2.6	18	80	10	51	52	4	0	43	1.21
1424--1464	13	3.0	13	89	7	55	48	4	2	43	1.37
1671--1741	31	2.4	29	80	17	85	52	0	1	46	1.09
1690--1753	16	4.1	16	75	15	62	50	0	1	48	1.10
1692--1753	24	2.7	22	75	18	63	50	0	1	48	1.10
1672--1724	15	3.4	16	80	12	58	54	0	1	43	1.11
1669--1757	37	2.4	36	83	9	101	51	0	2	46	1.13
1837--1875	16	2.5	15	83	4	51	46	0	0	53	1.00
1852--1936	30	2.8	30	71	25	72	49	2	0	48	1.14
1829--1904	27	2.9	26	81	11	75	47	1	0	51	1.09
1807--1939	25	5.1	25	71	12	74	47	3	1	48	1.26
2038--2086	18	2.7	19	78	15	59	53	4	0	42	1.20
2877--2937	32	2.0	30	84	15	81	52	4	3	39	1.39
3466--3507	14	2.9	14	86	10	50	50	4	2	42	1.36
3864--3918	25	2.2	25	87	6	76	49	0	0	50	1.00
3867--3905	16	2.5	15	83	4	51	46	0	0	53	1.00
3864--3923	27	2.3	25	80	11	68	48	0	0	51	1.00
3864--3933	26	2.6	28	78	13	85	47	1	0	51	1.09
4079--4133	18	3.3	16	76	18	51	52	3	0	43	1.18
4538--4567	15	2.1	14	93	6	51	56	0	0	43	0.99
4759--4822	30	2.1	31	85	2	85	46	3	4	45	1.39
5324--5390	18	3.6	19	73	18	61	43	1	2	52	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5615--5671	25	2.3	25	82	11	73	42	3	1	52	1.28
5995--6019	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
6322--6363	14	2.6	17	75	21	54	47	0	0	52	1.00
6296--6439	50	2.9	48	76	15	143	50	2	0	46	1.15
6314--6436	20	6.2	20	67	24	73	52	1	0	46	1.10
6464--6507	21	2.1	21	83	8	54	52	2	2	43	1.26
6509--6539	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
6553--6604	22	2.4	21	74	20	54	53	3	0	42	1.19
6554--6619	25	2.9	22	72	16	62	54	3	0	42	1.15
6853--6904	27	1.9	27	84	7	70	46	0	0	53	1.00
6851--6897	23	2.0	23	83	0	58	48	0	0	51	1.00
7018--7047	11	2.7	11	94	0	51	43	6	3	46	1.46
7182--7216	17	2.2	15	90	10	52	40	0	5	54	1.24
7325--7398	29	2.4	30	77	8	78	47	5	0	47	1.25
7335--7386	25	2.0	25	85	11	68	48	3	0	48	1.20
7435--7490	23	2.5	22	76	21	55	48	0	1	50	1.11
7464--7492	11	2.7	11	94	5	51	55	0	0	44	0.99
7966--8000	10	3.4	10	88	7	52	45	0	0	54	0.99
7963--8001	14	2.9	14	92	3	62	43	0	0	56	0.99
8719--8764	21	2.1	22	84	4	58	34	2	2	60	1.21
8733--8775	22	2.0	22	81	9	52	34	2	0	62	1.08
8930--8989	19	3.1	19	79	9	59	53	0	3	43	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9069--9141	24	3.0	24	69	21	62	52	0	1	46	1.09
9174--9210	18	2.0	19	89	5	58	51	2	0	45	1.15
9331--10589	177	7.0	177	75	7	910	41	10	7	40	1.69
11137--11170	16	2.1	16	89	10	52	41	0	0	58	0.98
11132--11211	24	3.6	23	71	25	73	41	0	0	58	0.98
11107--11208	16	6.6	16	63	26	51	38	2	0	58	1.13
11256--12488	182	6.9	179	75	9	817	40	9	8	40	1.69
11261--12500	540	2.3	532	77	8	1246	40	9	8	40	1.69
12543--13382	180	4.7	177	76	10	712	41	10	8	39	1.69
13611--13698	10	8.2	10	70	19	54	47	2	1	48	1.21
13662--13705	22	2.0	23	86	13	65	50	0	0	50	1.00
14018--16410	181	13.6	179	71	12	1128	40	9	8	40	1.68
15368--15661	163	1.8	163	88	0	453	38	7	8	45	1.63
14349--15654	687	1.9	682	79	7	1475	41	9	8	40	1.68
15549--16023	177	2.7	177	80	5	507	38	8	8	43	1.67
16469--17012	179	3.0	178	81	4	549	41	9	6	41	1.64
16877--17157	145	1.9	145	86	4	397	39	9	9	41	1.70
18215--19056	183	4.7	182	75	6	624	41	9	7	41	1.65
19035--19083	15	3.3	15	71	5	55	55	4	0	40	1.19
19010--19085	29	2.6	29	95	4	134	53	2	0	43	1.14
19021--19068	14	3.4	14	71	5	51	50	2	0	47	1.12
18840--19251	211	1.9	211	81	5	492	45	7	6	40	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20392--20464	20	3.5	21	75	17	64	47	0	2	49	1.15
20780--20831	24	2.2	24	86	6	70	57	0	0	42	0.98
20758--20858	40	2.4	43	81	14	106	53	2	1	41	1.27
20882--20924	14	3.2	14	80	9	54	51	0	0	48	1.00
20896--20940	19	2.4	20	85	10	60	48	0	2	48	1.13
20887--20978	30	3.1	29	72	20	73	48	2	2	46	1.26
21765--21810	20	2.3	20	78	10	51	50	2	2	45	1.26
21813--21849	19	2.0	18	89	5	56	37	8	0	54	1.30
21819--21856	18	2.1	19	85	5	51	44	5	0	50	1.24
22865--22916	26	2.0	26	85	7	70	42	0	0	57	0.98
22861--22906	22	2.0	23	83	4	58	47	0	0	52	1.00
24061--24103	20	2.2	19	88	12	61	46	0	0	53	1.00
24343--24392	24	2.1	24	85	3	66	54	2	2	42	1.23
24969--25048	18	4.8	17	69	18	60	50	1	0	48	1.08
24969--25036	24	2.8	24	82	8	84	50	1	0	48	1.10
24966--25070	24	4.5	24	73	17	80	48	1	0	48	1.18
25183--25219	15	2.3	17	86	9	51	51	2	2	43	1.30
25412--25466	19	3.0	19	81	7	69	52	1	0	45	1.11
25390--25460	25	2.7	28	74	22	73	49	2	1	46	1.25
25741--25786	24	1.9	24	82	8	58	36	2	2	58	1.22
26352--26387	17	2.1	17	89	0	54	52	0	0	47	1.00
26549--26613	24	3.0	21	70	16	60	49	0	1	49	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26516--26613	46	2.2	45	82	14	121	46	1	2	50	1.19
26713--26768	13	4.1	14	82	11	71	50	0	0	50	1.00
26717--26856	12	10.5	13	65	24	53	52	0	0	46	1.11
26713--26888	22	8.4	22	67	16	72	53	0	1	44	1.12
26715--26888	65	2.8	63	73	19	150	54	0	1	44	1.12
26725--26856	30	4.4	29	72	16	83	53	0	0	45	1.11
27016--27092	13	6.1	13	72	11	52	50	0	1	48	1.09
26996--27044	19	2.6	18	77	22	55	44	0	2	53	1.12
27032--27084	17	2.8	20	77	16	67	50	0	1	47	1.12
27015--27100	20	4.4	20	72	11	72	51	0	2	46	1.13
27194--27257	20	3.2	20	70	24	55	43	0	4	51	1.22
27310--27354	17	2.7	18	83	10	60	44	4	0	51	1.21
27431--27481	22	2.2	25	86	10	72	47	0	0	52	1.00
27532--27606	29	2.4	31	82	13	91	49	1	2	46	1.24
27663--27705	13	3.2	13	80	6	50	53	0	0	46	1.00
27717--27778	19	3.1	21	71	19	69	50	1	4	43	1.33
28252--28331	30	2.6	30	74	22	76	45	2	2	50	1.28
28781--28809	9	3.3	9	95	4	51	41	0	0	58	0.98
28857--29514	182	3.7	182	79	6	621	41	10	7	40	1.68
29553--29598	24	1.9	24	86	0	65	41	2	4	52	1.33
29584--29626	21	2.0	21	82	8	52	44	0	2	53	1.13
29722--29753	15	2.1	15	94	0	55	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29834--29883	18	2.8	18	76	8	57	52	6	0	42	1.26
30118--30220	16	7.1	15	72	22	62	47	0	1	50	1.12
30097--30247	55	2.9	53	74	16	136	49	0	1	48	1.14
30126--30193	31	2.2	32	82	12	79	47	0	1	51	1.09
30368--30436	24	2.8	23	79	16	68	43	0	0	56	0.99
30358--30429	28	2.7	28	77	14	80	47	0	0	52	1.00
30372--30456	25	3.5	24	75	19	70	45	0	1	52	1.08
30627--30694	15	4.7	15	77	13	63	52	0	1	45	1.09
31487--31528	22	2.0	21	90	4	66	52	2	0	45	1.13
31481--31527	22	2.3	20	74	19	53	53	2	0	44	1.12

Tables:   1   2