Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167987.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_244, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 44224
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Found at i:1550 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 1512--1564 Score: 88
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
1502 CCGGTTTGAT
*
1512 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
1 CTTAGACTAGGAATGAACTCCGTATG
*
1538 CTTAGACTAGGAATGAACTCTGTATG
1 CTTAGACTAGGAATGAACTCCGTATG
1564 C
1 C
1565 CTAAGTCAAC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 25 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.19, G:0.25, T:0.28
Consensus pattern (26 bp):
CTTAGACTAGGAATGAACTCCGTATG
Found at i:2860 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 2811--2861 Score: 68
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
2801 CCGGTCTGAT
* *
2811 CTTAGACTGGGAATGAACTTCTATG
1 CTTAAACTGGGAATGAACTCCTATG
2836 CTTAAACT-GGAATGAACTCCGTATG
1 CTTAAACTGGGAATGAACTCC-TATG
2861 C
1 C
2862 CTAAGTCCAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
24 11 0.48
25 12 0.52
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.22, T:0.29
Consensus pattern (25 bp):
CTTAAACTGGGAATGAACTCCTATG
Found at i:3119 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 3098--3130 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
3088 TATTGATTTC
3098 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
3114 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
3131 TCAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:3339 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 3003--3494 Score: 499
Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 177
2993 TATCTTAGAC
** * * * *
3003 TTTGAAAGGTTAATAAATTAGTGTTATTTTA-TTC-AGAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTAT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATAAGCTTGTATGA-AAAGAAACAATTGT
* ** * * * * *
3066 TATATGACCGAACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGCCATAATTATT
65 TTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATT
* * * * *
3131 TCAACTAATTCAGTAAACAAAATCATTTTTTAAA-TC-ACTTATTAATT
129 TAAACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAACTCTACTCATTAATT
* * **
3178 TTTTAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-ATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGT
3243 TTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAA-TATTCAAATAGCCATAACTATT
65 TTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATT
* ** * *
3307 TAAATTTGTTAAATAAACAAATTAATTTTTTTAAACTCTTGCTCATTAATT
129 TAAACTAATTAAATAAACAAAATAA-TTTTTTAAACTC-TACTCATTAATT
* * * **
3358 TTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATCTTGGATAAGCTTTTATGAACCGAAACAATTGT
1 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTG-
* * * * * * *
3423 TTTTTTGTCGAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCACAACTAT
64 TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
*
3488 TTGAACT
128 TTAAACT
3495 TGATTGGTAA
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 44, Indels: 17
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 26 0.10
176 41 0.16
177 53 0.20
178 15 0.06
180 62 0.24
181 40 0.15
182 24 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTT
TTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTA
AACTAATTAAATAAACAAAATAATTTTTTAAACTCTACTCATTAATT
Found at i:3593 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 3555--3596 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
3545 GAATGTTAAT
*
3555 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
3577 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
3597 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:4959 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 4938--4970 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
4928 TATTGATTTC
4938 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
4954 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
4971 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:5135 original size:175 final size:181
Alignment explanation
Indices: 4916--5333 Score: 483
Period size: 175 Copynumber: 2.3 Consensus size: 181
4906 TATATGACCG
* * * * * *
4916 AACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTAATT
1 AACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAATT
* * * * *
4981 CAGTAAACAAAATCA-TTTTTTAAA-TC-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTA-T
66 AAATAAACAAAATAATTTTTTTAAACTCTACTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTACTATT
*
5042 ATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTTTATGACAA
131 ATTTTATCTT-GAATAAGCTTGTATGAACCGAAACAATTGTTTTTATGACAA
** * * **
5092 AACGGAA-GATCATAATGATTTTAAATAGATAA-TATTCAAATAGCCATAACTATTTAAATTTGT
1 AACAAAATG-TCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAAT
* * *
5155 TAAATAAACAAATTAATTTTTTTAAACTCTTGCTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTA
65 TAAATAAACAAAATAATTTTTTTAAACTC-TACTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTACTA
* * * * *
5220 TTATTTTATCTTGGATAAGCTTTTATGAACCGAAACAATTGTTTTTTTGTCGA
129 TTATTTTATCTTGAATAAGCTTGTATGAACCGAAACAATTGTTTTTATGACAA
* * * *
5273 AACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACT
1 AACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT
5334 TGATTGGTAA
Statistics
Matches: 199, Mismatches: 33, Indels: 14
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 38 0.19
176 34 0.17
177 2 0.01
179 30 0.15
180 34 0.17
181 37 0.19
182 24 0.12
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
AACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAATT
AAATAAACAAAATAATTTTTTTAAACTCTACTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTACTATT
ATTTTATCTTGAATAAGCTTGTATGAACCGAAACAATTGTTTTTATGACAA
Found at i:7332 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 7298--7335 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
7288 TGATATTTAT
7298 TAATAAATAAGCTATGAAA
1 TAATAAATAAGCTATGAAA
*
7317 TAATAATATAATCTATGAA
1 TAATAA-ATAAGCTATGAA
7336 TTTTGTTAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.35
20 11 0.65
ACGTcount: A:0.55, C:0.05, G:0.08, T:0.32
Consensus pattern (19 bp):
TAATAAATAAGCTATGAAA
Found at i:8619 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 8588--8629 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
8578 CACAGTTATT
*
8588 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
8606 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
8623 AACTATT
1 AATTATT
8630 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:9552 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 9521--9562 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
9511 CACAATTATT
*
9521 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
9539 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
9556 AACTATT
1 AATTATT
9563 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:9659 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 9634--9673 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
9624 TTCATAATTA
9634 ATAAATAATTAAAAATTAAT
1 ATAAATAA-TAAAAATTAAT
*
9654 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAATTAAT
9673 A
1 A
9674 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.63
20 7 0.37
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAATTAAT
Found at i:9862 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 9822--9871 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
9812 ATCTATACAG
9822 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
9837 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
9851 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
9869 TTA
1 TTA
9872 ATAAAAACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:10778 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 10757--10789 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
10747 TATTGATTTC
10757 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
10773 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
10790 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:11252 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 11214--11255 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
11204 GATTGGTAAT
*
11214 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
11236 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
11256 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:12475 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 12444--12485 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
12434 CACAGTTATT
*
12444 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
12462 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
12479 AACTATT
1 AATTATT
12486 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:13410 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13379--13420 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
13369 CACAATTACT
*
13379 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
13397 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
13414 AACTATT
1 AATTATT
13421 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:13512 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 13490--13528 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 2.7 Consensus size: 14
13480 TATTCATAAT
13490 TAATAAATAATTAA
1 TAATAAATAATTAA
*
13504 TAATTAATAATTATA
1 TAATAAATAATTA-A
*
13519 TTATAAATAA
1 TAATAAATAA
13529 AAGCTTTAAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 1
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
14 12 0.57
15 9 0.43
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (14 bp):
TAATAAATAATTAA
Found at i:13524 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 13476--13521 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 2.5 Consensus size: 19
13466 CAATCAAATA
*
13476 AATT-TATTCATAATTAAT
1 AATTATATTAATAATTAAT
*
13494 AAATA-ATTAATAATTAAT
1 AATTATATTAATAATTAAT
13512 AATTATATTA
1 AATTATATTA
13522 TAAATAAAAG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 3
0.79 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 19 0.83
19 4 0.17
ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (19 bp):
AATTATATTAATAATTAAT
Found at i:13701 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 13661--13710 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
13651 ATCTATATAG
13661 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
13676 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
13690 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
13708 TTA
1 TTA
13711 ATAAAAACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:14887 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 14435--14974 Score: 561
Period size: 180 Copynumber: 3.0 Consensus size: 178
14425 CATTCGTTCG
* ** * * *
14435 AATAGTCATAACTATTTAAACGGGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTA-CTA
1 AATAGCCATAACTATTTAAACTAGTTCAATAAACAAATTAATTTTTTAAA--TCTTACTTATC-A
* ** * * ***
14499 AGTTTTGAAAGGTTAATAAATTAGTGTTATTTTA-TTC-AGAAGCTTGTATGATAAAAAAACAAT
63 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAAT
* * ** * * * * * *
14562 TATTATATGACCGAACAAAAGGTAATATTGAGTTCAAATCGATAATTATTGA
127 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCA
* * * * * * *
14614 AATAGCCATAATTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAAATCATTTTTTAAATC--ACTTATTAATT
1 AATAGCCATAACTATTTAAACTAGTTCAATAAACAAATTAATTTTTTAAATCTTACTTATCAATT
*
14677 TTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
66 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
*
14742 TTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAA-TATTCA
130 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCA
* * * *
14790 AATAGCCATAACTATTTAAATTTGTTAAATAAACAAATTAATTTTTTTAAACTCTTACTCATCAA
1 AATAGCCATAACTATTTAAACTAGTTCAATAAACAAATTAA-TTTTTTAAA-TCTTACTTATCAA
* * *
14855 TTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATCTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATT
64 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT
* * * *
14920 GTTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCA
128 G-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCA
14972 AAT
1 AAT
14975 TGTCACAAAT
Statistics
Matches: 298, Mismatches: 52, Indels: 19
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 35 0.12
176 40 0.13
177 54 0.18
178 15 0.05
179 39 0.13
180 65 0.22
181 42 0.14
182 8 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AATAGCCATAACTATTTAAACTAGTTCAATAAACAAATTAATTTTTTAAATCTTACTTATCAATT
TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCA
Found at i:15092 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 15054--15095 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
15044 GAATGTTAAT
*
15054 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
15076 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
15096 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:15777 original size:173 final size:177
Alignment explanation
Indices: 15373--15796 Score: 439
Period size: 173 Copynumber: 2.4 Consensus size: 177
15363 CTATTTGACC
* * ** * *
15373 AATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTCG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-T-ATAAA
* * *
15437 AGCTTATTCAAAATAAACTAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGTGATTTA
64 AGCTTATGCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-ATAACTAAGAGATTTA
* * ** * * * * *
15502 AAAAGTTAATTTTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTCATGTTCATTTGAAT
128 AAAAATAAATTGCTTACCAAATCAGTTCAAATAATCATGTGCACTTGAAT
* * * *
15552 AGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTCGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTCAGTATAAAAG
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTATAAAAG
* * *
15617 CTTATGCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAA
66 CTTATGCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAA
* * *
15679 AATAAATTGGCTTGCCAAATTA-TATCAAATAATTATG-GC-CTTGAAT
131 AATAAATT-GCTTACCAAATCAGT-TCAAATAATCATGTGCACTTGAAT
* * * **
15725 AATTATCTATTTCCAGTCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCCAACATAAA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTT-CAGTATAAA
15790 AGCTTAT
64 AGCTTAT
15797 TAAATAAAAT
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 35, Indels: 14
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
173 50 0.24
174 24 0.12
175 35 0.17
177 1 0.00
178 45 0.22
179 29 0.14
180 21 0.10
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTATAAAAG
CTTATGCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAA
AATAAATTGCTTACCAAATCAGTTCAAATAATCATGTGCACTTGAAT
Found at i:17467 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 17442--17481 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
17432 TTCATAATTA
17442 ATAAATAATTAAAAAGTAAT
1 ATAAATAA-TAAAAAGTAAT
* *
17462 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAAGTAAT
17481 A
1 A
17482 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.61
20 7 0.39
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.03, T:0.30
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAAGTAAT
Found at i:17645 original size:918 final size:910
Alignment explanation
Indices: 15831--17659 Score: 3046
Period size: 918 Copynumber: 2.0 Consensus size: 910
15821 CTTTTTGTCA
*
15831 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTAATACTTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTAATACTTC
* *
15896 AAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAGGTTTAAATAATTATGACCAC
66 AAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACAGGTTTAAATAATTATGACCAC
* * *
15961 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGGCATA
131 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCATA
* * * * *
16026 TAGATAATAATTATGATTTAAAACGTCAGATTTTGTTTCTGAACAATTTTTGGCTTAAAAACCAT
196 TAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCAT
*
16091 TCGCACAATTATTGCACGATTTTTATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACAT
261 TCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACAT
*
16156 TTTTAGGTGCTCAAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCAAATGATTGAATTTTTAGAAATT
326 TTTTAGGTGCTCAAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCAAATGATGGAATTTTTAGAAATT
16221 TCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCAA
391 TCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCAA
16286 ATAGTTATGAATATTTGAATGCAATAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAG
456 ATAGTTATGAATATTTGAATGCAATAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAG
16351 CTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACACTTATTAATT
521 CTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACACTTATTAATT
16416 ATTAATTAAAAACAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATA
586 ATTAATTAAAAACAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATA
* * * ** **
16481 ATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATTTAAATATGT
651 ATTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAAAAAGTAAATAAAT
* ** * * *
16546 TTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCTTGAGATCTTATATCTACTA
716 ATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTATATCTACTA
16611 TTATCTAATTTATCATAAATAAAATTAATTCAAATTGAATTATCTAATAAAATATATATAACAAT
781 TTATCTAATTTATCATAAAT--AA-TAATT---ATTGAATTATCTAATAAAATATATATAACAAT
*
16676 AATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAA
840 AATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAG-TATAATCTATACAGTTATAATTAAATTAATTAAATAA
16741 TTTTAAT
904 TTTTAAT
*
16748 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAA-TTTTTAATACTT
*
16813 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATGACCA
65 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACAGGTTTAAATAATTATGACCA
* *
16878 CTTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATTATTATAAATAGAAAAAGCCAT
130 CTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
16943 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
195 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
*
17008 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCAATT-TGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATAC
260 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTC-ATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATAC
* * * *
17072 ATTTTTAGGTGCTCAAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATTATGGAATTTTTTGAAA
324 ATTTTTAGGTGCTCAAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCAAATGATGGAATTTTTAGAAA
*
17137 TTTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTC
389 TTTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTC
* * * *
17202 AAATATTTATGAATATTT-AATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATT
454 AAATAGTTATGAATATTTGAATGCAATAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATT
17266 AGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACACTTATTAA
519 AGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACACTTATTAA
*
17331 TTATTAATTAAAAACAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACG
584 TTATTAATTAAAAACAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACA
17396 TAATTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAAGTAA
649 TAATTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAA-T--TAAA-AATTAAAAAGTAA
*
17461 TATAAATCATAAAAATTAATAATTATATTATTAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTAT
710 -ATAAAT-ATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTAT
*
17526 ATCTACTATTATCTAATTTATCATAAAT-A-AA-T-TT-AATTATCTAATAAAATATATATAATA
773 ATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAATAATTATTGAATTATCTAATAAAATATATATAACA
*
17586 ATAATTAAATAAGAATATTAAATTC-TA-TATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATT
838 ATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTATAATCTATACAGTTATAATTAAATTAATTAAA-T
17649 AATTTTAAT
902 AATTTTAAT
17658 TA
1 TA
17660 TCAATAATTT
Statistics
Matches: 860, Mismatches: 43, Indels: 25
0.93 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
909 34 0.04
910 12 0.01
911 2 0.00
912 50 0.06
913 2 0.00
917 265 0.31
918 395 0.46
919 3 0.00
920 5 0.01
921 10 0.01
922 4 0.00
923 78 0.09
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (910 bp):
TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTAATACTTC
AAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACAGGTTTAAATAATTATGACCAC
TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCATA
TAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCAT
TCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACAT
TTTTAGGTGCTCAAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCAAATGATGGAATTTTTAGAAATT
TCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCAA
ATAGTTATGAATATTTGAATGCAATAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAG
CTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACACTTATTAATT
ATTAATTAAAAACAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATA
ATTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAAAAAGTAAATAAAT
ATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTATATCTACTA
TTATCTAATTTATCATAAATAATAATTATTGAATTATCTAATAAAATATATATAACAATAATTAA
ATAAGAATATTAAATTCTTAGTATAATCTATACAGTTATAATTAAATTAATTAAATAATTTTAAT
Found at i:18692 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18661--18702 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
18651 CACAGTTATT
*
18661 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
18679 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
18696 AACTATT
1 AATTATT
18703 TGTTATGTCA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:19131 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19104--19140 Score: 56
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
19094 GATTTACCAA
*
19104 ACCAGTTTAAATAATTATG
1 ACCACTTTAAATAATTATG
*
19123 ACCACTTTAAATAGTTAT
1 ACCACTTTAAATAATTAT
19141 TACTATTTGA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 16 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.14, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (19 bp):
ACCACTTTAAATAATTATG
Found at i:19473 original size:165 final size:164
Alignment explanation
Indices: 19200--19528 Score: 568
Period size: 165 Copynumber: 2.0 Consensus size: 164
19190 ATATAGATAA
*
19200 CAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACA
1 CAATTATGATTTAAAACATCAAACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACA
*
19265 ATTATTGCAAGATTTTAATTTTTCATTTTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGG
66 ATTATTGCAAGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGC-TTTAGATACATTTTTAGG
19330 TGCTCAAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATC
130 TGCTCAAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATC
* *
19365 CAATTATGATTTAAAACATCAAACTTTGTTTCTCAACAATTCTGGGCTTAAAAATCATTCGCACA
1 CAATTATGATTTAAAACATCAAACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACA
** * *
19430 ATTATTGCGCGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATGCTTATTTGCTTTGGATACATTTTTAGGT
66 ATTATTGCAAGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTAGATACATTTTTAGGT
*
19495 GCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATC
131 GCTCAAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATC
19529 AAATGATGGA
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 9, Indels: 1
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
164 51 0.33
165 104 0.67
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (164 bp):
CAATTATGATTTAAAACATCAAACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACA
ATTATTGCAAGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTAGATACATTTTTAGGT
GCTCAAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATC
Found at i:19773 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19742--19782 Score: 59
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
19732 CACAATTATT
19742 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATTAAAAATA
19760 AATTA-TAA-TAAAAATA
1 AATTATTAATTAAAAATA
*
19776 AACTATT
1 AATTATT
19783 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 3
0.84 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 12 0.57
17 4 0.19
18 5 0.24
ACGTcount: A:0.61, C:0.02, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATTAAAAATA
Found at i:19879 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19854--19893 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
19844 TTCATAATTA
19854 ATAAATAATTAAAAATTAAT
1 ATAAATAA-TAAAAATTAAT
*
19874 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAATTAAT
19893 A
1 A
19894 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.63
20 7 0.37
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAATTAAT
Found at i:20993 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 20972--21004 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
20962 TATTGATTTC
20972 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
20988 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
21005 TGAATTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:21304 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 21066--21642 Score: 539
Period size: 180 Copynumber: 3.2 Consensus size: 179
21056 AAATTTTAAT
* * *
21066 AAATAATTATGACCTTTTGTTTTGACAAAAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAG
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TAATAAAACAATTGTTTCA-TTCATAAAAGCTTATCCAA-
*
21131 ATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATTAGCAAGAGTTTAAAAAAATTAATTT
63 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGCAAGAGTTTAAAAAAATTAATTT
** * * * *
21196 GTTTATTTAA-CAAATTTAAATAGTTATGGCTATTTGAATA-TTATCTATTTA
128 GTTTATCGAATC-AATTCAAACAGTCATGGCCATTTGAATAGTTATCTATTTA
* * * *
21247 AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCATTTCATACAAGCTTATTCGAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCA-TTCATAAAAGCTTA-TCCAAA
* * * * *
21312 TAAAATAATAGTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA-TAACTAAGTGATTT-AAAAAGTTAATT
64 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGC-AAGAG-TTTAAAAAAATTAATT
* * * *
21375 TTTTTATCGAATCAGTTCAAACAGTCATGTCCATTTGAATAGTTATCTATTTC
127 TGTTTATCGAATCAATTCAAACAGTCATGGCCATTTGAATAGTTATCTATTTA
* * * * * *
21428 AAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTCAGT-ATAAAAGCTTATGCAAAA
1 AAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCATTCATAAAAGCTTAT-CCAAA
* * * **
21492 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTT-AAAAAATAAATCAG
64 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGCAAGAGTTTAAAAAAATTAATTTG
* ** * * * * * * *
21553 CTTGCCAAAT-TATATCAAATAATTATGGCC--TTGAATAATTATCTATTTC
129 TTTATCGAATCAAT-TCAAACAGTCATGGCCATTTGAATAGTTATCTATTTA
* * * *
21602 CAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT
21643 TCCAACATAC
Statistics
Matches: 326, Mismatches: 61, Indels: 26
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
173 24 0.07
174 29 0.09
175 1 0.00
176 30 0.09
178 2 0.01
179 4 0.01
180 157 0.48
181 54 0.17
182 25 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCATTCATAAAAGCTTATCCAAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGCAAGAGTTTAAAAAAATTAATTTGTT
TATCGAATCAATTCAAACAGTCATGGCCATTTGAATAGTTATCTATTTA
Found at i:22306 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 22275--22315 Score: 59
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
22265 CACAGTTATT
22275 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATTAAAAATA
22293 AATTA-TAA-TAAAAATA
1 AATTATTAATTAAAAATA
*
22309 AACTATT
1 AATTATT
22316 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 3
0.84 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 12 0.57
17 4 0.19
18 5 0.24
ACGTcount: A:0.61, C:0.02, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATTAAAAATA
Found at i:22760 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 22736--22773 Score: 67
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
22726 TGATTTACCA
22736 AACCGGTTTAAATAATTAT
1 AACCGGTTTAAATAATTAT
*
22755 AACCGGTTTAAATAGTTAT
1 AACCGGTTTAAATAATTAT
22774 TACTATTTGA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 18 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (19 bp):
AACCGGTTTAAATAATTAT
Found at i:22942 original size:936 final size:912
Alignment explanation
Indices: 21695--23544 Score: 2972
Period size: 936 Copynumber: 2.0 Consensus size: 912
21685 CTTTTTGTCA
21695 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
* * *
21760 CAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATGACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
*
21825 CTTCAAATAATTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATAAATAAAAAAAGGCAT
131 CTTCAAATAATTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
* * * * *
21890 ATAAATAATAATTATGATTTAAAACGTCAGATTTTGTTTCTTAACAATTTTCGGCTTAAAAATCA
196 ATAAATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTCGGCTTAAAAACCA
*
21955 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTAATACTTATTTGCTTTTAGATACA
261 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTAATACTTATTTGCTATTAGATACA
22020 TTTTTAGATGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAAT
326 TTTTTAGATGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAAT
22085 TTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAAGAGAAACTTAAATTAGAATAATAATAA
391 TTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAAGAGAAACTTAAATTAGAATAATAATAA
*
22150 AATAGTTATGAATATTTGAATGTATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
456 AATAGTTATGAATATTT-AATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
*
22215 GCTACTTAATAAATCAAAT-A-ATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAAT
520 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAAT
22278 TATTAATTAAAAATAAATTATAAT-AAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACAT
585 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACAT
* *
22342 AATTATATAAATTTATACGCTATCAAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAA
650 AATTATATAAATTTATACGCAAGCAAATAAATTTATTCATAATT---AA-TAA-AT-AA--TTAA
** * *
22407 AAATTAATATTTAAAT-ATGTTTACCAATTAATAATTATATTTTGAATAAAAGCTTTAATTTTGT
707 AAATTAATA--TAAATCA----TAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGT
22471 CCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATC
766 CCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAAT--A---AA-T----TT-AATTATC
*
22536 TAATAAAATATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATGCAG
820 TAAT-AAA-ATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAG
22601 TTATAATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
883 TTATAATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
*
22631 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAA-TTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
*
22695 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCG
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
* * * *
22760 GTTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAAGCCA
131 CTTCAAATAATTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATAAAT-AAAAAAAGCCA
* * *
22825 TATAGATAATAATTGTGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACC
195 TATAAATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTCGGCTTAAAAACC
* * *
22890 ATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATTCTTATTTGCTATTAGATAC
260 ATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTAATACTTATTTGCTATTAGATAC
* * * *
22955 ATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTGTCCAATGATGGAATTTTTTGAAA
325 ATTTTTAGATGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAA
* * ** * *
23020 TTTCAAATGTTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTC
390 TTTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAAGAGAAACTTAAATTAGAATAATAATA
* * *
23085 AAATAGTTATGAATATTTAATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTACTTA
455 AAATAGTTATGAATATTTAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
23150 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAAT
520 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAAT
23215 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACAT
585 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACAT
* *
23280 AATTATATAAATTTATATGCAAGCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAAT
650 AATTATATAAATTTATACGCAAGCAAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAAT
*
23345 ATAAATCATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCTTGAGATCTTATA
715 ATAAATCATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTATA
*
23410 TCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTATCTAATAAAATATATATAATAATAATT
780 TCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTATCTAATAAAATATATATAACAATAATT
23475 AAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAATTTT
845 AAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAATTTT
23540 AAT
910 AAT
23543 TA
1 TA
23545 TCAATTAATT
Statistics
Matches: 861, Mismatches: 48, Indels: 34
0.91 0.05 0.04
Matches are distributed among these distances:
912 86 0.10
913 3 0.00
914 11 0.01
915 2 0.00
919 1 0.00
920 2 0.00
923 1 0.00
925 79 0.09
928 5 0.01
929 1 0.00
930 13 0.02
932 2 0.00
933 2 0.00
934 3 0.00
935 186 0.22
936 318 0.37
937 66 0.08
938 80 0.09
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (912 bp):
TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
CTTCAAATAATTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
ATAAATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTCGGCTTAAAAACCA
TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTAATACTTATTTGCTATTAGATACA
TTTTTAGATGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAAT
TTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAAGAGAAACTTAAATTAGAATAATAATAA
AATAGTTATGAATATTTAATGCATTAACATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAG
CTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAATT
ATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATA
ATTATATAAATTTATACGCAAGCAAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAATA
TAAATCATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTATAT
CTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTATCTAATAAAATATATATAACAATAATTA
AATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAATTTTA
AT
Found at i:23243 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 23212--23253 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
23202 CACAATTATT
*
23212 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
23230 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
23247 AACTATT
1 AATTATT
23254 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:23350 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 23325--23364 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
23315 TTCATAATTA
23325 ATAAATAATTAAAAATTAAT
1 ATAAATAA-TAAAAATTAAT
*
23345 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAATTAAT
23364 A
1 A
23365 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.63
20 7 0.37
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAATTAAT
Found at i:23553 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 23513--23562 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
23503 ATCTATACAG
23513 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
23528 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
23542 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
23560 TTA
1 TTA
23563 ATAAAAACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:24469 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 24448--24480 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
24438 TATTGATTTC
24448 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
24464 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
24481 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:24608 original size:177 final size:179
Alignment explanation
Indices: 24257--24842 Score: 514
Period size: 181 Copynumber: 3.3 Consensus size: 179
24247 TTACTTTTTA
* * *
24257 AATAATTGATTTAAACT--ATACATTAGTTCGAATAGTCATAACTATTT-AAATGGGTTC-GATA
1 AATAA-TGATTTAAAATAGATA-ATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTCAG-TA
* * * * * ** * *
24318 AATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTACTAACTTTTGAAAGGTTATTAAATTAGTGTTATTT
61 AACAAAATTATTTTTTAAA-CTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* ** * * *
24383 TA-TTC--AGAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTATATGACCAAACAAAAGGT
124 TATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * **
24436 AATATTGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTAATTCAGTAAACAA
1 AATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAA
* *
24501 AATCATTTTTTAAA-TC-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCG
66 AATTATTTTTTAAACTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
*
24564 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT
131 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * ** * *
24613 CATAATGATTTTAAAATAGATAA-TATTCAAATAGCCCTAACTATTTAAATTTCTTAAAT-AACA
1 AATAATGA-TTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACA
* * *
24676 AAATTAATTTTTTTAAACTCTTGCTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAT
65 AAATT-A-TTTTTTAAACTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *
24741 CTT-GGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTTTTGTCAAAACAAAAGGT
127 -TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * *
24795 CATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGA
1 AATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
24843 CTTGATTGGT
Statistics
Matches: 334, Mismatches: 56, Indels: 31
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 35 0.10
175 3 0.01
176 11 0.03
177 73 0.22
178 69 0.21
179 14 0.04
180 3 0.01
181 78 0.23
182 48 0.14
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAA
AATTATTTTTTAAACTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
Found at i:26276 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26245--26281 Score: 58
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
26235 CACAGTTATT
*
26245 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
26263 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
26280 AA
1 AA
26282 CTGTTTGTTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 13 0.72
18 5 0.28
ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:27213 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 27182--27223 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
27172 CACAATTATT
*
27182 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
27200 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
27217 AACTATT
1 AATTATT
27224 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:27320 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 27295--27334 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
27285 TTCATAATTA
27295 ATAAATAATTAAAAATGAAT
1 ATAAATAA-TAAAAATGAAT
* *
27315 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAATGAAT
27334 A
1 A
27335 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.61
20 7 0.39
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.03, T:0.30
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAATGAAT
Found at i:27522 original size:11 final size:10
Alignment explanation
Indices: 27482--27532 Score: 54
Period size: 11 Copynumber: 5.1 Consensus size: 10
27472 ATCTATACAG
27482 TTATAATTAA
1 TTATAATTAA
27492 TT-TAATTAA
1 TTATAATTAA
27501 --ATAATTTAA
1 TTATAA-TTAA
27510 TTATCAATTAA
1 TTAT-AATTAA
27521 TTTATAATTAA
1 -TTATAATTAA
27532 T
1 T
27533 AAAACTATAG
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 12
0.74 0.00 0.26
Matches are distributed among these distances:
8 3 0.09
9 11 0.31
10 3 0.09
11 12 0.34
12 6 0.17
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (10 bp):
TTATAATTAA
Found at i:28996 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 28971--29010 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
28961 TTCCTAATTA
28971 ATAAATAATTAAAAAGTAAT
1 ATAAATAA-TAAAAAGTAAT
* *
28991 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAAGTAAT
29010 A
1 A
29011 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.61
20 7 0.39
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.03, T:0.30
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAAGTAAT
Found at i:29199 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 29159--29208 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
29149 ATCTATACAG
29159 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
29174 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
29188 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
29206 TTA
1 TTA
29209 ATAAAAACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:30232 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 30201--30242 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
30191 CACAGTTATT
*
30201 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
30219 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
30236 AACTATT
1 AATTATT
30243 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:31159 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 31137--31177 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
31127 CACAATTATT
*
31137 AATTATTAAT-TAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
31154 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
31171 AACTATT
1 AATTATT
31178 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 3
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.20
17 15 0.75
18 1 0.05
ACGTcount: A:0.61, C:0.02, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:31242 original size:935 final size:911
Alignment explanation
Indices: 29755--31469 Score: 2912
Period size: 935 Copynumber: 1.9 Consensus size: 911
29745 TTTAAAAACT
29755 AAATAGTTATTACTATTTGAACAATTAGCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAACCATATAG
1 AAATAGTTATTACTATTTGAACAATTAGCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAACCATATAG
29820 ATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCG
66 ATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCG
* *
29885 CACAATTATTCCGCGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATTCTTATTTGCTTTTAAATAATTTTT
131 CACAATTATTCCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAAATAATTTTT
29950 AGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAATTTCAA
196 AGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAATTTCAA
* * *
30015 ATGTTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAAGAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCAAATAG
261 ATATTACTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCAAATAG
*
30080 TTATGAATATTTAATGCATTGATATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGCTACT
326 TTATGAATATTTAATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGCTACT
*
30145 TAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATTATTAA
391 TAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAATTATTAA
30210 TTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAATTAT
456 TTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAATTAT
* *
30275 ATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATAGAAATCTTAAAAATTA
521 ATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATT---AA-TAA-A-AAA--TTAAAAATTA
** * *
30340 ATATTTAAAT-ATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCTGAG
578 ATA--TAAATCA----TAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAG
*
30404 ATCTTATATCTAGTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCTAATAA
637 ATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAAT--A---AA-T----TT-AATTATCTAATAA
* * *
30469 AATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATTTATACAGTTATAATT
691 AATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGCTATAATG
30534 AATTTAATTAAATAATTTTAATTAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAA
756 AATTTAATTAAATAATTTTAATTAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAA
30599 TAATACTAATTTTTTAATACTTTAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAA
821 TAATACTAATTTTTTAATACTTTAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAA
30664 CCGGTTTAAATAATTATAACCAGTTC
886 CCGGTTTAAATAATTATAACCAGTTC
* *
30690 AAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCATATAG
1 AAATAGTTATTACTATTTGAACAATTAGCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAACCATATAG
* *
30755 ATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTTTGTGCTTAAAAACCATTCG
66 ATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCG
* * *
30820 CACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTTATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTT
131 CACAATTATTCCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAAATA-ATTTT
30885 TAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAATTTCA
195 TAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAATTTCA
30950 AATATTACTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCAAATA
260 AATATTACTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCAAATA
*
31015 GTTATGAATATTTAATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGTTAC
325 GTTATGAATATTTAATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGCTAC
31080 TTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAATTATTA
390 TTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAATTATTA
*
31145 ATT-AAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACGTAATTA
455 ATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAATTA
*
31209 TATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAATATAAA
520 TATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAAAAATTAAAAATTAATATAAA
*
31274 TCATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATTTTATATCTAC
585 TCATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTATATCTAC
* *
31339 TATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTATCTAATAAAATGTATATAATAATAATTAAATA
650 TATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTATCTAATAAAATATATATAACAATAATTAAATA
31404 AGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGCTATAATGAATTTAATTAAATAATTTTAATTA
715 AGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGCTATAATGAATTTAATTAAATAATTTTAATTA
31469 A
780 A
31470 CTTTAATAAA
Statistics
Matches: 748, Mismatches: 30, Indels: 28
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
911 98 0.13
912 2 0.00
916 1 0.00
917 2 0.00
920 1 0.00
922 78 0.10
925 5 0.01
926 1 0.00
927 13 0.02
929 2 0.00
930 1 0.00
931 3 0.00
932 2 0.00
935 277 0.37
936 262 0.35
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (911 bp):
AAATAGTTATTACTATTTGAACAATTAGCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAACCATATAG
ATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCG
CACAATTATTCCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAAATAATTTTT
AGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAATTTCAA
ATATTACTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCAAATAG
TTATGAATATTTAATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGCTACT
TAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAATTATTAA
TTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAATTAT
ATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAAAAATTAAAAATTAATATAAAT
CATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTATATCTACT
ATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTATCTAATAAAATATATATAACAATAATTAAATAA
GAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGCTATAATGAATTTAATTAAATAATTTTAATTAA
AACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTTTAA
GAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCAGTT
C
Found at i:31274 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 31249--31288 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
31239 TTCATAATTA
31249 ATAAATAATTAAAAATTAAT
1 ATAAATAA-TAAAAATTAAT
*
31269 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAATTAAT
31288 A
1 A
31289 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.63
20 7 0.37
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAATTAAT
Found at i:32776 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 32738--32779 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
32728 GAATGTTAAT
*
32738 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
32760 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
32780 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:34134 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 34105--34157 Score: 97
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
34095 CCGATCCCAT
*
34105 CTTAGATTGGGAATGAACTCCGTATG
1 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
34131 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
1 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
34157 C
1 C
34158 CAAAGTCAAC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 26 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.19, G:0.26, T:0.28
Consensus pattern (26 bp):
CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
Found at i:34462 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 34424--34475 Score: 86
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
34414 CCGATCTGAT
*
34424 CTTAGACTAGGAATGAACTTCGTATG
1 CTTAGACTAGGAATGAACTCCGTATG
*
34450 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
1 CTTAGACTAGGAATGAACTCCGTATG
34476 GCTAAGTCAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 24 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.25, T:0.29
Consensus pattern (26 bp):
CTTAGACTAGGAATGAACTCCGTATG
Found at i:36219 original size:900 final size:898
Alignment explanation
Indices: 34238--44224 Score: 12179
Period size: 899 Copynumber: 11.2 Consensus size: 898
34228 TCAGTCGGGT
* * * * **
34238 CAAGTACCAGCACCCATCACACATCGTGTGCGCACACCTCCCCCGACCCCCTGATCACCGGAACC
1 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACACC-CCCCCGGCCCCCCGATCGTCGGAACC
* * *
34303 CCAATGCCGTCGGTCAAGTTCTCCGACGATGCTCCGGCGAT-GTGCCCCGACGAAGAAAAATG-G
65 CCAATGCCGCCGGTCAGGTTCTCCGACGATGCTCCGACGATGGTGCCCCGACGAAGAAAAATGCG
* * *
34366 AGCACCAGCACATGCTCGAGCCCAGCATGTGCTGCCGCAACCCTCGATCCGATCTGATCTTAGAC
130 -GCACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGCTGCCGCAACCCTCGATCCGGTCCGATCTTAGAC
* * *
34431 TAGGAATGAACTTCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGGCTAAGTCAACCCACGAAAC
194 TGGGAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAAC
* ** * * *** *
34496 GAGTGTGCGGGCGCTCAATCAGCCAGAGGGGTGGGATGCGCAAGCCGAGGATCGGTTGGGTGCCC
259 GAGCGTGCGGGCGCTCAGCCGGCCAGAGGGGCGGGATGCGCAAGCCG-GGATCGACCGGGTCCCC
* * ** *
34561 CTCTGCGTGCTGCCGATCCTGCTACCGTAACCCTCGGTCCGGTCTGAAATTAGACTTGGAATGAA
323 CTCTACGTGCTGCCGATCCTGCTACCGCAACCCTCGGTCCGGTCTGATCTTAGACTGGGAATGAA
* * * *
34626 CTCCGTATGCCTAAGCCAACCAACGAAAC-A---AGCGGGCGGGCGGGCATTACGTCGGCCAGAG
388 CTCCGTATGCCTAAGCCAACCGACGAAACGAGCGGGCGGGCGGGCGGGCACTACGCCGGCCAGAG
* *
34687 AGACGGGATGCGCAAGTCGTGGATCGATAGTGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATATTTC
453 AGACGGGATGCGCAAGCCGTGGATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATATTTC
34752 TGCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACGTGAA
518 TGCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACGTGAA
* * * * *
34817 GTTTCATGGCAAAACAACACGTTTTTTATTTTTCACGATTTTTGAAACTTTTTGCGGTTCGAGAT
583 GTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGATTTTTAAAACTTTTTGCGGTTCGAGAT
* ** *
34882 TTTTTAAAATTTTTTTGGAAGGAGTTTTTTCCCCAAACTTGGTAGACATGATCCTTGTATTTTTG
648 TTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTGGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATCCTTGTATTTTTG
* * *
34947 TTGGCATGCATAAAAAAA-TCAGCTAAAAACTCAAAGTGTACAAGATTTTTTGACCATTTGAAAA
713 TTGGCATGCACAAAAAAATTCAGCTAAAAACTCGAAGTGTACAAGATTTTGTGACCATTTGAAAA
* * *
35011 TACTGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTAGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAATGCTCT
778 AAGTGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAATGCTCT
* * * * **
35076 TTAAGGGGGTATGAGTTCTCCAAGTTTGATGAGGCATAGGGGGATAATATAAGGGC
843 TTAAGGGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGGGC
* * * * * *
35132 CAGGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACACCCCCCCGACCCCTCAGATCATCGAAAAC
1 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACACCCCCCCGGCCCC-CCGATCGTCGGAACC
* * ** * *
35197 CCAATGCCGTCAGTCAGGTTCTCCGGTGATGCTCCGACGATGGTGCCCCAACGAAGAAAAATGTG
65 CCAATGCCGCCGGTCAGGTTCTCCGACGATGCTCCGACGATGGTGCCCCGACGAAGAAAAATGCG
* * *
35262 GCACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGCTGCCGTAACCCTCGGTCCGATCCGATCTTAGACT
130 GCACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGCTGCCGCAACCCTCGATCCGGTCCGATCTTAGACT
* * * * * * *
35327 GGGAATGAAATTCGTATGCTTAGACTAGGAATGAACACGGTATGCCTAAGTCAACCTA-GAAAAT
195 GGGAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACG-AAAC
* * ** *
35391 GAACGTGCGGGCGCTCAACCGGCCAGAGGGGATGGATGCGCAAGCCAGGGATCGACCGAGTCCCC
259 GAGCGTGCGGGCGCTCAGCCGGCCAGAGGGGCGGGATGCGCAAGCC-GGGATCGACCGGGTCCCC
* ** * * *
35456 CTCTACATGCTATCGATCCTGCTATCGCAACCCTCAGTCTGGTCTGATCTTAGACTGGGAATGAA
323 CTCTACGTGCTGCCGATCCTGCTACCGCAACCCTCGGTCCGGTCTGATCTTAGACTGGGAATGAA
* * * *
35521 CTCTGTATGCCTAAGCCAACCGATGAAACGAGCGGACGGGCGGGCGGGCACTACGCCGGCCAAAG
388 CTCCGTATGCCTAAGCCAACCGACGAAACGAGCGGGCGGGCGGGCGGGCACTACGCCGGCCAGAG
* * * *
35586 AGACGGGATGCACAAGTCGTGGATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACACCTTCGTATTTC
453 AGACGGGATGCGCAAGCCGTGGATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATATTTC
*
35651 TACATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACGTGAA
518 TGCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACGTGAA
* *
35716 GTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGGTTTTCAAAACTTTTTGCGGTTCGAGAT
583 GTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGATTTTTAAAACTTTTTGCGGTTCGAGAT
* *
35781 TTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTGGCCCCAAACATGGTAGATGTGATCCTTGTATTTTTG
648 TTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTGGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATCCTTGTATTTTTG
* **
35846 TTGGCATGCACAAAAAATTTCAGC-AAAAGACTCGAAGTGTATGAGATTTTGTGACCATTTGAAA
713 TTGGCATGCACAAAAAAATTCAGCTAAAA-ACTCGAAGTGTACAAGATTTTGTGACCATTTGAAA
* *
35910 AAAGTGTTCCCATTTCAGACATTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAATGCTC
777 AAAGTGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAATGCTC
* ** *
35975 TTTATGGGGGTGTGAGCACTCGAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGTGC
842 TTTAAGGGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGGGC
36032 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACACCCCCCCGGACCCCCCGATCGTCGGAACC
1 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACACCCCCCCGG-CCCCCCGATCGTCGGAACC
* * * * *
36097 CCAATGCCGCCGATCAGGTTCTCCGACTATGCTCCGGCGATGGTGCCCCGATGAAGAAAAATGCA
65 CCAATGCCGCCGGTCAGGTTCTCCGACGATGCTCCGACGATGGTGCCCCGACGAAGAAAAATGCG
* ** * *
36162 GCACCAACACATGGTCGAGCCCAGCATGTGCTGTCGCAACCCTCGATCCAGTCCGATCTTAGACT
130 GCACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGCTGCCGCAACCCTCGATCCGGTCCGATCTTAGACT
** * *
36227 GGGAATGAACTCTATATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCATATGCATAAGTCAACCCACGAAACG
195 GGGAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAACG
* * * * * * *
36292 ATCGTGCTGGTGCTCAACCGGCCAGAGGGGCGGGATGCGCATGTCAGGGATCGATCGGGTCCCCC
260 AGCGTGCGGGCGCTCAGCCGGCCAGAGGGGCGGGATGCGCAAG-CCGGGATCGACCGGGTCCCCC
* * * * * * *
36357 TCTATGTG-TGGCTGATCCTGCTGCCACAACCTTCGGTCTGGTCCGATCTTAGACTGGGAATGAA
324 TCTACGTGCT-GCCGATCCTGCTACCGCAACCCTCGGTCCGGTCTGATCTTAGACTGGGAATGAA
* * * **** * * *
36421 CTCCGTATGCCTGAGCCAACCTATGAAACGAATAAGCGGGCAGGCGGGCACTACGTCGGCCAAAG
388 CTCCGTATGCCTAAGCCAACCGACGAAACGAGCGGGCGGGCGGGCGGGCACTACGCCGGCCAGAG
* *
36486 AGACAGGATGCGCAAGCCGTGGTTCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATATTTC
453 AGACGGGATGCGCAAGCCGTGGATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATATTTC
* *
36551 TGCATGCCAATGCCACTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCTTTCACGTGAA
518 TGCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACGTGAA
* * * *
36616 CTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGATTTTTAAAACATTTTGTGGTTCGGGAT
583 GTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGATTTTTAAAACTTTTTGCGGTTCGAGAT
* *
36681 TTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTGGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATCCTTATAATTTTG
648 TTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTGGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATCCTTGTATTTTTG
* *
36746 TTGGCCTGCAAAAAAAAATTCAGCTAAAAACTCGAAGTGTACAAGATTTTGTGACCATTTGAAAA
713 TTGGCATGCACAAAAAAATTCAGCTAAAAACTCGAAGTGTACAAGATTTTGTGACCATTTGAAAA
36811 AAGTGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAATGCTCT
778 AAGTGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAATGCTCT
* * * *
36876 TTAA-GGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTTCATGATGGATAGGGGGCAAATATAGGGGC
843 TTAAGGGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGGGC
*** ** * *
36931 CAAGTATTGGCACCCATCGCACATCATGTGCG--CACCCCCCCGGCCCCCCGATCACCGAAAGCC
1 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACACCCCCCCGGCCCCCCGATCGTCGGAACCC
* ** * * ** *
36994 TAATGCTACCGGTCAAGTTCTCCGACGATGCTCCAACGATGGTGCCCCGGGGAAGAGAAATGCGG
66 CAATGCCGCCGGTCAGGTTCTCCGACGATGCTCCGACGATGGTGCCCCGACGAAGAAAAATGCGG
* * * * *
37059 CACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGTTACTGCAACCCTC-AGTTCGATCCGATCTTAGACT
131 CACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGCTGCCGCAACCCTCGA-TCCGGTCCGATCTTAGACT
* * * * *
37123 GAGAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCATACGCCTAAGTCAACCGACGAAATG
195 GGGAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAACG
* * * * * ** * **
37188 AGCATACGGGCGCTTAGCCAGCCAGAGGGGTGACATGCGCAAGCTGGGGATCGGTCGGGTCCCCC
260 AGCGTGCGGGCGCTCAGCCGGCCAGAGGGGCGGGATGCGCAAGC-CGGGATCGACCGGGTCCCCC
* * * * * * * * ** *
37253 TTTGCGTGCTGCCGATCCTGCTGCCACAACTCTCAGCCCGATCCAATCTTAGACTGGGAATGAAG
324 TCTACGTGCTGCCGATCCTGCTACCGCAACCCTCGGTCCGGTCTGATCTTAGACTGGGAATGAAC
*
37318 TCCGTATGCCTAAGCCAACCGACGAAACGAGCGGGCAGGCGGTCGGGCAGGGCGCTACGCCGGCC
389 TCCGTATGCCTAAGCCAACCGACGAAACGAGCGGGC--G-GG-CGGGC-GGGCACTACGCCGGCC
* * *
37383 AGAGAGACGGGATGCACAACCCGTGGATCGGTAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATA
449 AGAGAGACGGGATGCGCAAGCCGTGGATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATA
* *
37448 TTTCTGCATGCCAATGCCATTTTTATGCCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACT
514 TTTCTGCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACG
* * * *
37513 TGAAGTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCATGATTTTCAAAACATTATGCGGTTC-
579 TGAAGTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGATTTTTAAAACTTTTTGCGGTTCG
* * * *
37577 AGGATTTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGATTTTTTGCCCCAAACATGGTGGACGTGATCCTTGTAT
644 A-GATTTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTGGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATCCTTGTA-
* * * * *
37642 TTTTTGTTGGCATGCAAAAAAAAATTTAGCTAAAAACTTGAACTGTACAAGAGTTTGTGA-CATT
707 TTTTTGTTGGCATGCACAAAAAAATTCAGCTAAAAACTCGAAGTGTACAAGATTTTGTGACCATT
* * * *
37706 TG-AAAAGGTGTCCGCCATTTTAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAAACTTGT-AAATTTCA
772 TGAAAAAAGTGTCC-CCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGC-AAACCTGTAAAATCTCA
* * *
37769 AATGCTCTTTAAGGGGGTGTGAGTTCTCAAGGTTTGATGATGGATAGAGGGCCAATATAAGGGC
835 AATGCTCTTTAAGGGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGGGC
** * *
37833 CAAGTACCAGCACCCATCATACATCAAGTGCGCACA-CCCCCTGGCCCCCTCGATCGTCGGAACC
1 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACACCCCCCCGGCCCCC-CGATCGTCGGAA-C
** * * *
37897 CCCAATGCCGCCGGTCAGGTTCTCCGATAATTCCTCCGACGATGGTGCCCCGGCGAA-AAAAATA
64 CCCAATGCCGCCGGTCAGGTTCTCCGACGA-TGCTCCGACGATGGTGCCCCGACGAAGAAAAATG
* * * * * *
37961 CGGTACCAGC-CAATG-CTGAGCCCCAGCATGTGCTACCGCAACCCCTGGTTCCTGTCCGATCTT
128 CGGCACCAGCAC-ATGCCCGAG-CCCAGCATGTGCTGCCGCAA-CCCTCGATCCGGTCCGATCTT
* *
38024 AGACTGGGAAATGAACTCCATATGCTTAGACTGGGAATGAACTCTGTATGCCTAAGTCAACCCAC
190 AGACTGGG-AATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCAC
* * * * *
38089 GGAAC-AGCGTACGGGCGCTCAGGCCGGGCAGAGGGGCAGGATGCGCAAGCTGGCGATCGACCGG
254 GAAACGAGCGTGCGGGCGCTCA-GCCGGCCAGAGGGGCGGGATGCGCAAGCCGG-GATCGACCGG
** * * * * *
38153 GTCCCCCTCTGTGTGCTGCCAATCCTGCTACCGTAACCCTTGGTCTGGTCTGATCTTAGAATGGG
317 GTCCCCCTCTACGTGCTGCCGATCCTGCTACCGCAACCCTCGGTCCGGTCTGATCTTAGACTGGG
*
38218 AATGAACTTCGTATGCCTAAGCCAACCGACGAAACGAGCGGGCGGGCGGGCGGGCGGGCACTACG
382 AATGAACTCCGTATGCCTAAGCCAACCGACGAAACGA----GCGGGCGGGCGGGCGGGCACTACG
* *
38283 CCGGCCAGAGAGACGGGATGCGCAACCCGTGGATCAATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATC
443 CCGGCCAGAGAGACGGGATGCGCAAGCCGTGGATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATC
* *
38348 TTCATATTTCTGCATGCCAATGCCATTTTTATGCCTTGTAAATTCATACAATTGTCCCTTAAGCC
508 TTCATATTTCTGCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCC
* * *
38413 TTCACGTGAAGTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCATGATTTTTGAAA-TGTTATG
573 TTCACGTGAAGTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGATTTTTAAAACT-TTTTG
*
38477 CGGTTC-AGGATTTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTTGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATC
637 CGGTTCGA-GATTTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTGGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATC
*
38541 CTTGTATATTTT-TTGGCATGCACAAAAAAATTCAGCTAAAAACTCGAAGTGTACAAGAGTTTGT
701 CTTGTAT-TTTTGTTGGCATGCACAAAAAAATTCAGCTAAAAACTCGAAGTGTACAAGATTTTGT
* * * * *
38605 GACCATTTGAAAAAGGTATCCCCATTTCAGACACTTTAATCGCTACTGGTAGCAAACTTGTAAAA
765 GACCATTTGAAAAAAGTGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAA
*
38670 TCTCAAATGCTTTTTAAGGGGGTGTGAGTTCT-GAAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATA
830 TCTCAAATGCTCTTTAAGGGGGTGTGAGTTCTCG-AGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATA
38734 AGGGC
894 AGGGC
* * * *
38739 CAAGTACCAGCACCCATCTCACATCATGTGCGCACATCCCCCCGG-CCCCCTATCGCCGGAACCC
1 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACACCCCCCCGGCCCCCCGATCGTCGGAACCC
* * * *
38803 CAATGCCGCCGGTAAGGTTCT-C--C-A-------ACGAT-GCGCCCCAACAAAGAAAAATGCGG
66 CAATGCCGCCGGTCAGGTTCTCCGACGATGCTCCGACGATGGTGCCCCGACGAAGAAAAATGCGG
*
38856 CACCAGCACATGCCCGA-CCCAGCATGTGCTGCCACAACCCTCGATCCGGTCCGATCTTAGACT-
131 CACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGCTGCCGCAACCCTCGATCCGGTCCGATCTTAGACTG
*
38919 -G-A-G-A------ATG---A-AC------T---CT--GTATGCCTAAGTCAACCCACAAAACGA
196 GGAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAACGA
* * * * *
38959 GCGTACGGGCACTCAGCCGGCCAGAGGGGCGGGATGCGTAAGTCGAGGATTAGTA--GGGTCCCC
261 GCGTGCGGGCGCTCAGCCGGCCAGAGGGGCGGGATGCGCAAGCCG-GGA-TCG-ACCGGGTCCCC
* * * * *
39022 CTCTGCGTGCTGCCGATCCTGCTACCACAACCCTCGATCCGATCCGATCTTAGACTGGGAATGAA
323 CTCTACGTGCTGCCGATCCTGCTACCGCAACCCTCGGTCCGGTCTGATCTTAGACTGGGAATGAA
* * *
39087 CTCCGTATGCCTAAGCCAACCAATGAAACGAGCGGGCGGGTGGGAGGGCGGGCACTACGCCGGCC
388 CTCCGTATGCCTAAGCCAACCGACGAAACGAGCGGGC----GGGCGGGCGGGCACTACGCCGGCC
*
39152 AGAGAGACGGGATGCGCAAGCCGTGGATCGATAGGGTGGTACGTGGGTTTAGGCACATCTTCATA
449 AGAGAGACGGGATGCGCAAGCCGTGGATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATA
* * *
39217 TTTCTACGTGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTGACG
514 TTTCTGCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACG
* * * *
39282 TGAAGTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCATGATTTTCAAAACTTTTTACGATTCG
579 TGAAGTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGATTTTTAAAACTTTTTGCGGTTCG
*
39347 AGATTTTTTAAAATTTTTTTGG-AGTGAGATTTT-GCCCCAAACTTGGTAGACGTGATCCTTGTA
644 AGATTTTTTAAAATTTTTTCGGAAG-GAG-TTTTGGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATCCTTGTA
* * * * * *
39410 CTTTTGTTGGCATGCATAAAACAATTCAGCTAAAAACTCAAAGTTTACAAGATTTTGTGACGATT
707 TTTTTGTTGGCATGCACAAAAAAATTCAGCTAAAAACTCGAAGTGTACAAGATTTTGTGACCATT
*
39475 TGAAAAAAATGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAA
772 TGAAAAAAGTGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAA
*
39540 TTCTCTTTAAGGGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGGGC
837 TGCTCTTTAAGGGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGGGC
* * * *
39602 CAAGTACCAGCACCCATTGCACATCATGTGCGTACA-TCCCCCGGCCCCCCGATCGTC-GAAACC
1 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACACCCCCCCGGCCCCCCGATCGTCGGAACCC
* *
39665 CAATGCCGCCGGTCAGGTTCT-C--C-A-G---C-A--ATGGTG-CCCAAGCAAAGAAAAATGCG
66 CAATGCCGCCGGTCAGGTTCTCCGACGATGCTCCGACGATGGTGCCCCGA-CGAAGAAAAATGCG
* * * * * *
39718 GCACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTACTGCCACAACCCTCGATCTGATCTGATCTTTGACT
130 GCACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGCTGCCGCAACCCTCGATCCGGTCCGATCTTAGACT
*
39783 GGGAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGAGACG
195 GGGAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAACG
* * * * * * * ** * *
39848 AGCGTGCGAGTGTTCAACCGGCCATA-GGGCGGGATGAGCAAGCTGGGGATCGGTCGGGTCTCTC
260 AGCGTGCGGGCGCTCAGCCGGCCAGAGGGGCGGGATGCGCAAGC-CGGGATCGACCGGGTCCCCC
* * ** * * * * *
39912 TTTACGTGCTACTAATCCTACTGCTGCAACCCTCGGTCCAGTCTGATCTTAGACTGGGAATGAGC
324 TCTACGTGCTGCCGATCCTGCTACCGCAACCCTCGGTCCGGTCTGATCTTAGACTGGGAATGAAC
* * * *
39977 TCCGTATGCCTAAGCCTACCGACGAAAGTAGCAGGCGGGCGAGCGGGTGGGCACTACGCCGGCCA
389 TCCGTATGCCTAAGCCAACCGACGAAA--CG-A-GCGGGCGGGCGGGCGGGCACTACGCCGGCCA
* * * *
40042 GAAAGATGGGATGCGCAAGCTGTGGATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACAACTTCATAT
450 GAGAGACGGGATGCGCAAGCCGTGGATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATAT
* *
40107 TTCTGCATGCCAATACCATTTTTATGGCTTCTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACGT
515 TTCTGCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACGT
* * * ** *
40172 GAAGTTTCATGGCAAGACAACTTGTTTTCTATTTTTCATGATTTACAAAACTTTTTGTGGTTC-A
580 GAAGTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGATTTTTAAAACTTTTTGCGGTTCGA
* * * *
40236 GGATTTTTTAAAATTTTTTTGAAAGGATTTTTGGCCCCAAACCTGGTAGACGTGATCCTTGTATT
645 -GATTTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTGGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATCCTTGTATT
*
40301 TTTTTTGGCATGCACAAAAAAATTCAGCTAAAAACTCGAAGTGTACAAGATTTTGTGACCATTTG
709 TTTGTTGGCATGCACAAAAAAATTCAGCTAAAAACTCGAAGTGTACAAGATTTTGTGACCATTTG
* * * * *
40366 GAAAAAGTGTCACCATTTGAAACACTTTAGTGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAATG
774 AAAAAAGTGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAATG
* *
40431 CTCTTTAAGGGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTCGATGAGGGATAGGGGGACAATATAAGGGC
839 CTCTTTAAGGGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGGGC
* * *
40491 CAAGTACCAGCACCCATC-AACATCATGTGCGCACA-CCCCCTGG-CCCCCGATCGCCGGAACCC
1 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACACCCCCCCGGCCCCCCGATCGTCGGAACCC
* * * * * *
40553 CAATGCCGTCGGTCAGGTTCTCC-AGCGATGCTCTGACGATGGTGCTCCAATGAAGAAAAATGAG
66 CAATGCCGCCGGTCAGGTTCTCCGA-CGATGCTCCGACGATGGTGCCCCGACGAAGAAAAATGCG
* * * *
40617 GCACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGCTGTCGCAACCCTCGGTCTGGTCCGATCGTAGACT
130 GCACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGCTGCCGCAACCCTCGATCCGGTCCGATCTTAGACT
* * * *
40682 GGGAATGAACTCCGTATGCTTAGATTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACGCACAAAACT
195 GGGAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAACG
* * * *
40747 AGTGTGCAGGCGCTCAGTCGGCCAGAGGGGCGGGATGCGCAAGCCGAGGATCAACCGGGTCCCCC
260 AGCGTGCGGGCGCTCAGCCGGCCAGAGGGGCGGGATGCGCAAGCCG-GGATCGACCGGGTCCCCC
* * * * * * * *
40812 T-TGCATGCTGCCAATCTTGCTACTGCAACCCTTGGTCCAGTCCGATCTTAGACTGGGAATGAAC
324 TCTACGTGCTGCCGATCCTGCTACCGCAACCCTCGGTCCGGTCTGATCTTAGACTGGGAATGAAC
* * * *
40876 TCCGTATGCCTAAGCCAACAGACGAAACGACTGGGTGGGCGGGCGAGCGGGCACTATGCCGGCCA
389 TCCGTATGCCTAAGCCAACCGACGAAACGA----GCGGGCGGGCGGGCGGGCACTACGCCGGCCA
* * * *
40941 GAGAGACGGGATGCACAAGCCATGGATCGACATGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATAT
450 GAGAGACGGGATGCGCAAGCCGTGGATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATAT
*** * *
41006 TTCTATGTGGCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATTGTCCCTTAAGCCTTCACGT
515 TTCTGCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACGT
*
41071 GAAGTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGATTTTGAAAACTTTTTGCGGTTCGA
580 GAAGTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGATTTTTAAAACTTTTTGCGGTTCGA
* * * * *
41136 GATTTTTTAAAATTTTTTCGAAAGAAGTTTTGGACCCAAACTTGGTAGACATCATCCTTGTATTT
645 GATTTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTGGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATCCTTGTATTT
* * *
41201 TTGTTGGCATCCACAAAACAATTCAGCTAAAAACTCGAAGTGTACAAGATTTTGTTACCATTTGA
710 TTGTTGGCATGCACAAAAAAATTCAGCTAAAAACTCGAAGTGTACAAGATTTTGTGACCATTTGA
** *
41266 AAAAAGTGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTGTTGGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAATCC
775 AAAAAGTGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAATGC
* *
41331 TCTTTCAGGGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCAAATATAAGGGC
840 TCTTTAAGGGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGGGC
* * * *
41390 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGTGCACACACGCCCCCAG-CCCCCTATCATCGGAAC
1 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACAC-C-CCCCCGGCCCCCCGATCGTCGGAAC
* * * * * *
41454 CCCAATGCCGTCGGGCAGGTTCTCCGGCAATGCTCCGACGATGGTGCCCTGACAAAGAAAAATGC
64 CCCAATGCCGCCGGTCAGGTTCTCCGACGATGCTCCGACGATGGTGCCCCGACGAAGAAAAATGC
* * * * *
41519 AGCACCACCAACATGTCCGAGCCCAGCATGTGCTGTCGCAACCCTC-AGTTCGGTCCTGATCTTA
129 GGCACCAGC-ACATGCCCGAGCCCAGCATGTGCTGCCGCAACCCTCGA-TCCGGTCC-GATCTTA
*
41583 GACTGGGAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGCAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCAC-A
191 GACTGGGAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGA
* *
41647 AACGAGCGTGCGGGCGCTCAACCGGCCAGAAGGGGCGGGATGCGTAAGCCGAGGATCGACCGGGT
256 AACGAGCGTGCGGGCGCTCAGCCGGCCAG-AGGGGCGGGATGCGCAAGCCG-GGATCGACCGGGT
* * ** * ** * *
41712 -CCCCTCTACGTGCT-ACAATCCTAATGCTACAACCCTCGGTCTGGTCTGGTCTTAGACTGGGAA
319 CCCCCTCTACGTGCTGCCGATCCTGCTACCGCAACCCTCGGTCCGGTCTGATCTTAGACTGGGAA
*
41775 TGAACTCCGTATGCCTAAGCCAACCGACGAAACGAGCGGGGTGGGCAGGTAGGCGGGCACTACGC
384 TGAACTCCGTATGCCTAAGCCAACCGACGAAACGAGC-GGGCGGGC--G--GGCGGGCACTACGC
* * * *
41840 CGGCCAGAGAGACAGGATGCGCATGCCCGTGTATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAAGCACATC
444 CGGCCAGAGAGACGGGATGCGCAAG-CCGTGGATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATC
* * * *
41905 TTCATATTTTTTCATGCCGATGCCATTTTTAATGCCTTGTAAATTCATACAATGGT-CCTTAAGC
508 TTCATATTTCTGCATGCCAATGCCATTTTT-ATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGC
* * * * *
41969 CTTTACGTGAAGTTTCATGGCAAGACCACTCATTTTCTA-TTTTCATGATTTTTGAAACTTTTTG
572 CTTCACGTGAAGTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGATTTTTAAAACTTTTTG
* * * *
42033 CGGTTGGGGATTTTTTAAAATTTTTTTGGAAAGAGTTTTGGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATCC
637 CGGTTCGAGATTTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTGGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATCC
* ** * * *
42098 TTGTATTTTTTTTCACAAGCACAAAAAAATTCAGCTAAAAAATCGAAGTGTAGAAGATTTTGTGA
702 TTGTATTTTTGTTGGCATGCACAAAAAAATTCAGCTAAAAACTCGAAGTGTACAAGATTTTGTGA
* *
42163 CCATTTGAAAAAAGTGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTGACAGCAAACCTATAAAATC
767 CCATTTGAAAAAAGTGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAATC
* * *
42228 TCAAATGCTCTTTAAGGGGGTGTCAGTTCTCAAGGTTTGATGAGGGATAGGGAGCCAATATAAGG
832 TCAAATGCTCTTTAAGGGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGG
*
42293 GA
897 GC
* * * * * * *
42295 AAAGTACAAGCACCTATCGCACATCATGTTCGCACACCCCACCGGCCCCCCGATCATCGAAACCC
1 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACACCCCCCCGGCCCCCCGATCGTCGGAACCC
* * * *
42360 CAATGTCACCGGTCAGGTTCTCTGGCGATGCTCCGACGATGGTGCCCCG--GAA-AGAAAATGCG
66 CAATGCCGCCGGTCAGGTTCTCCGACGATGCTCCGACGATGGTGCCCCGACGAAGA-AAAATGCG
* * ** *
42422 ACACCAGCACATGCCTGAGTGCAGCATGTGCTACCGCAA-CC-C--T-C-G---G----T---CT
130 GCACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGCTGCCGCAACCCTCGATCCGGTCCGATCTTAGACT
* *
42471 --G---G---TCC-AAT-CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTTTGCCTAAGTCAACCCACGAAACG
195 GGGAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAACG
* * * ** *
42526 AGCGTGCGGGCACTCAGCCGACCAGAGGGGCGGGATGCACAAGCCGGGGATCGGTCGGGTCCCTC
260 AGCGTGCGGGCGCTCAGCCGGCCAGAGGGGCGGGATGCGCAAGCC-GGGATCGACCGGGTCCCCC
* * * ** *
42591 TCTACGTGCTGCCGATCCTGCTGCTGCAACCCTCAGTTTGGT-TCAATCTTAGACTGGGAATGAA
324 TCTACGTGCTGCCGATCCTGCTACCGCAACCCTCGGTCCGGTCT-GATCTTAGACTGGGAATGAA
* * * * *
42655 CTCTGTATGCCTAAGCCAATCGACGAAACAAGCGGGTGGGCGGGCGGGCTCTACGCCGGCCAGAG
388 CTCCGTATGCCTAAGCCAACCGACGAAACGAGCGGGCGGGCGGGCGGGCACTACGCCGGCCAGAG
* * * * * *
42720 AGGCGAGATGCACAAGCTGTGGACCGATAGGGCGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATATTTC
453 AGACGGGATGCGCAAGCCGTGGATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATATTTC
*
42785 TGCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAAATTCATACAATGGTCCCTTCAGCCTTCACGTGA
518 TGCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGT-AAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACGTGA
* * * * * *
42850 AGCTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCAAGATTTTTGAAGCTTTTTACGGTTCGGGA
582 AGTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGATTTTTAAAACTTTTTGCGGTTCGAGA
* * *
42915 -TTTTTAAAATTTTTTCGGAAGG-GCTTTTGGCCCAAAAATTGGTAGGCGTGATCCTTGTATTTT
647 TTTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAG-TTTTGGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATCCTTGTATTTT
* * * * * *
42978 TTTTGGCATGCCACAAAAAAATTTAGCTAAAAAACACAAAGTGAACAAGATTTTGGGACCATTTG
711 TGTTGGCATG-CACAAAAAAATTCAGCT-AAAAACTCGAAGTGTACAAGATTTTGTGACCATTTG
* *
43043 AAAAAAGTGTCCCCATTCCAAACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAATG
774 AAAAAAGTGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAATG
* * *
43108 CTTTTTAAGGGGGTGTGAGTTCTC-ACGGTTTGGTGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGAGC
839 CTCTTTAAGGGGGTGTGAGTTCTCGA-GGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGGGC
* *
43168 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACACCCCCCCGGCCCCCCCGATCGCCGAAACC
1 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACACCCCCCCGG-CCCCCCGATCGTCGGAACC
* * * *
43233 CTAATGCCGCTGGTCAGG-T-T------A---TCCGACGATGGTGCCCTGGCGAAGAAAAAT-CT
65 CCAATGCCGCCGGTCAGGTTCTCCGACGATGCTCCGACGATGGTGCCCCGACGAAGAAAAATGC-
* * *
43286 GGCACCAGCACATGCCTGAG-CCAGCATGTGCTGTCGCAACCCTCGATCTGGT-CGATCTTAGAC
129 GGCACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGCTGCCGCAACCCTCGATCCGGTCCGATCTTAGAC
* * * *
43349 TGGGAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTTCGTATG-CAAAGTAAACCCACGAATC
194 TGGGAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAAC
* * * * *
43413 GAGCGTGTGGGCGCTCAGCCGG-CAGACGGGCGCGATGCGCAAGCTGGGGGTC-ACCCGGGTCCC
259 GAGCGTGCGGGCGCTCAGCCGGCCAGAGGGGCGGGATGCGCAAGC-CGGGATCGA-CCGGGTCCC
* * * * *
43476 CCTCTACATGCTGTCGATCCTGCTACCCACAACCCTCAGTCCGGTCTGATCTTAAACTGGGAATG
322 CCTCTACGTGCTGCCGATCCTGCTA-CCGCAACCCTCGGTCCGGTCTGATCTTAGACTGGGAATG
* *
43541 AACTCCGTATGCCTAAGCCAACCGACGAAACGAAC---AGGGCGGGCGGGCACTACGCCGGCCAG
386 AACTCCGTATGCCTAAGCCAACCGACGAAACGAGCGGGCGGGCGGGCGGGCACTACGCCGGCCAG
*
43603 AGAGAACGGGATGCGGCAAGCCGTGGATCGATAGGGTGGGTAGGTGCGTTTAGGGCAGCATCTTC
451 AGAG-ACGGGATGC-GCAAGCCGTGGATCGATAGGGT-GGTAGGTGGGTTTA-GGCA-CATCTTC
**
43668 ATTATTTCTGGTTGCCAATGCCATTTTTAATGGGCTTGGTAAATT--TCACAATGGTCCCTTAAA
511 A-TATTTCTGCATGCCAATGCCATTTTT-AT-GGCTT-GTAAATTCAT-ACAATGGTCCCTT-AA
* * *
43731 GCCTTCACTGTGAAGTTTTATGGCAAGACGACTCG-TTTCTATTTTCCACAGGGATTTTTGAGAA
570 GCCTTCAC-GTGAAGTTTCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCAC---GATTTTT-AAAA
** * ** * * * *
43795 CTCTTTAACCGGTTTGAGATTTTTTAAAATGGTTTCAGTATGAGTTTTGGCCCCAAAATTTGGTA
630 CT-TTT-TGCGGTTCGAGATTTTTTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTGGCCCC-AAACTTGGTA
*
43860 GGACCGTGATCCTTGTTTTTTTTGTTGGCACATGCACAAAAAAATTCAGGCTAAAAAACTTCAGA
692 -GA-CGTGATCCTTG-TATTTTTGTTGG--CATGCACAAAAAAATTCA-GCT-AAAAAC-TC-GA
*
43925 AATGTACAAAGAATTTTGTGACCATTTGAAAAAAAGTTGTCCCCATTTCAGACACTTT--T-GCT
748 AGTGTAC-AAG-ATTTTGTGACCATTTG-AAAAAAG-TGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCT
43987 -CTTGGCA-CAAAAACCTGTAAAAATC-CAAATGCTCTTTAAGGGGGTGTGAGTTCT-GAAGGTT
809 AC-TGGCAGC--AAACCTGT-AAAATCTCAAATGCTCTTTAAGGGGGTGTGAGTTCTCG-AGGTT
44048 TGATGAGGGATATGGGGGCCAAATATAAGGGCC
869 TGATGAGGGATA-GGGGGCC-AATATAAGGG-C
* * *
44081 CAAGTA-CAGTACCCATCGCACATCATGTGCGCACACTCCTCCGGCCCCCCCGATCGTC-GAACC
1 CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACACCCCCCCGG-CCCCCCGATCGTCGGAACC
** * * *
44144 CCAATGTTGCCGGTCAGGTTCTCTGACGATGCTCCGGCGATGGTG--CCGAAGAAGAAAAATGCG
65 CCAATGCCGCCGGTCAGGTTCTCCGACGATGCTCCGACGATGGTGCCCCGACGAAGAAAAATGCG
*
44207 ACACCAGCACATGCCCGA
130 GCACCAGCACATGCCCGA
Statistics
Matches: 7881, Mismatches: 963, Indels: 472
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
859 6 0.00
862 48 0.01
863 660 0.08
864 84 0.01
865 32 0.00
866 4 0.00
867 1 0.00
868 3 0.00
869 9 0.00
870 79 0.01
871 138 0.02
872 50 0.01
873 185 0.02
874 101 0.01
875 56 0.01
876 76 0.01
878 4 0.00
879 5 0.00
881 1 0.00
882 1 0.00
884 4 0.00
885 31 0.00
886 8 0.00
887 86 0.01
888 168 0.02
889 572 0.07
890 77 0.01
891 55 0.01
892 40 0.01
893 53 0.01
894 109 0.01
895 270 0.03
896 320 0.04
897 18 0.00
898 4 0.00
899 1052 0.13
900 976 0.12
901 359 0.05
902 150 0.02
903 110 0.01
904 252 0.03
905 567 0.07
906 580 0.07
907 215 0.03
908 10 0.00
909 12 0.00
910 67 0.01
911 45 0.01
912 77 0.01
913 8 0.00
919 1 0.00
920 29 0.00
921 1 0.00
922 12 0.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.24, G:0.25, T:0.25
Consensus pattern (898 bp):
CAAGTACCAGCACCCATCGCACATCATGTGCGCACACCCCCCCGGCCCCCCGATCGTCGGAACCC
CAATGCCGCCGGTCAGGTTCTCCGACGATGCTCCGACGATGGTGCCCCGACGAAGAAAAATGCGG
CACCAGCACATGCCCGAGCCCAGCATGTGCTGCCGCAACCCTCGATCCGGTCCGATCTTAGACTG
GGAATGAACTCCGTATGCTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCCTAAGTCAACCCACGAAACGA
GCGTGCGGGCGCTCAGCCGGCCAGAGGGGCGGGATGCGCAAGCCGGGATCGACCGGGTCCCCCTC
TACGTGCTGCCGATCCTGCTACCGCAACCCTCGGTCCGGTCTGATCTTAGACTGGGAATGAACTC
CGTATGCCTAAGCCAACCGACGAAACGAGCGGGCGGGCGGGCGGGCACTACGCCGGCCAGAGAGA
CGGGATGCGCAAGCCGTGGATCGATAGGGTGGTAGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATATTTCTGC
ATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATTCATACAATGGTCCCTTAAGCCTTCACGTGAAGTT
TCATGGCAAGACGACTCGTTTTCTATTTTTCACGATTTTTAAAACTTTTTGCGGTTCGAGATTTT
TTAAAATTTTTTCGGAAGGAGTTTTGGCCCCAAACTTGGTAGACGTGATCCTTGTATTTTTGTTG
GCATGCACAAAAAAATTCAGCTAAAAACTCGAAGTGTACAAGATTTTGTGACCATTTGAAAAAAG
TGTCCCCATTTCAGACACTTTAATGGCTACTGGCAGCAAACCTGTAAAATCTCAAATGCTCTTTA
AGGGGGTGTGAGTTCTCGAGGTTTGATGAGGGATAGGGGGCCAATATAAGGGC
Found at i:36255 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 36219--36271 Score: 97
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
36209 CCAGTCCGAT
*
36219 CTTAGACTGGGAATGAACTCTATATG
1 CTTAGACTGGGAATGAACTCCATATG
36245 CTTAGACTGGGAATGAACTCCATATG
1 CTTAGACTGGGAATGAACTCCATATG
36271 C
1 C
36272 ATAAGTCAAC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 26 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.23, T:0.28
Consensus pattern (26 bp):
CTTAGACTGGGAATGAACTCCATATG
Found at i:40705 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 40676--40726 Score: 93
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
40666 GGTCCGATCG
40676 TAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCT
1 TAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCT
*
40702 TAGATTGGGAATGAACTCCGTATGC
1 TAGACTGGGAATGAACTCCGTATGC
40727 CTAAGTCAAC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 24 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.27, T:0.27
Consensus pattern (26 bp):
TAGACTGGGAATGAACTCCGTATGCT
Found at i:41619 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 41579--41631 Score: 97
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
41569 CGGTCCTGAT
*
41579 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
1 CTTAGACTGGCAATGAACTCCGTATG
41605 CTTAGACTGGCAATGAACTCCGTATG
1 CTTAGACTGGCAATGAACTCCGTATG
41631 C
1 C
41632 CTAAGTCAAC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 26 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.23, G:0.25, T:0.26
Consensus pattern (26 bp):
CTTAGACTGGCAATGAACTCCGTATG
Found at i:43378 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 43342--43394 Score: 97
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
43332 TCTGGTCGAT
43342 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
1 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
*
43368 CTTAGACTGGGAATGAACTTCGTATG
1 CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
43394 C
1 C
43395 AAAGTAAACC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 26 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.19, G:0.26, T:0.28
Consensus pattern (26 bp):
CTTAGACTGGGAATGAACTCCGTATG
Done.