Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167993.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_25, whole genome shotgun sequence
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174 ATCATTCATA
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** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
1077 TAGTATTATTTTATTTTGAATAATCATGTATGAACTAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAG
1 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * ** * * * *
1142 GTTAGAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTGAA-T-TGGTTTAG-TA
66 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT-G-TTAGATA
* * *
1204 AACACATTTATTTTTTAAAT-C--TC---TT-A---CT----TATTAAT---T
129 AATAGATTTA-TTTTTAAATCCTTTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* ** * ** * *
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1 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * *
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* * * * * *
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130 ATAGATTTA-TTTTTAAATCCTTTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * ** * * * * *
1416 TAGTGTTATTTTGTTTTGAACAATTTTGTA-CAAATCGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAGA
1 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* **** * * * * * *
1480 TGTCATGGCAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACT-TGTTCGGT--
65 AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATGTTAGATAA
* * * *
1542 ACACATAT-TTTTTAAAT-CTTTCACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
130 ATAGATTTATTTTTAAATCCTTT--CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
** * ** * *
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1 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * ** *
1657 AGATCATAATGATTTGAAATAAATAACTGTTTAAATAGTAATAACTATTTAAACTCGGTCAG-TA
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** *
1721 AATAGATTTATTTGTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAAT
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* * * * *
1775 TAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAATAATTCG-TTTGTGGCAAAACAAA
1 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAA
** *
1838 TGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTCA-AA
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* * *
1901 AAATA-ATTTTATTTTTATAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAAT-TTAACAAATT
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*** * * * * *
1955 TA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTCTTATGACAAAACAAAAG
1 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
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* * * *
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1 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * * * * * * *
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* *
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** * ** *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *** *
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1 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * * * *
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1 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
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* * * * * *
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** * *
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* * * ** * * * *
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* **
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* * * *
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5113 TAGATATAGTTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAT
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* * * * * * *
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5232 GTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACCATTTGAACTGAT-ATAG-TAA
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* * * ** * * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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*
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131 TAGATT
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Statistics
Matches: 4533, Mismatches: 1032, Indels: 546
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181 1427 0.31
182 311 0.07
183 200 0.04
184 10 0.00
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATGTTAGATAAA
TAGATTTATTTTTAAATCCTTTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
Found at i:683 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 488--807 Score: 405
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 168
478 GAACTATTTA
* * * **
488 GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATAT-TATTAAA-TAATA
1 GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATTAATTTTTGA-AATATCTA-TAAATTAATA
* * * *
550 TTATTTTTTTCCAAATAAGCTTACATAAACTAAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAAGGTT-A
64 TTATTTTATTCC-AATAAGCTTACATAAACAAAAACAATTATTTCATAACAAAACAAAA-GTTCA
614 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCCAATAGAAACTGATTC
127 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCCAATAGAAACTGATTC
*
656 GATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCCTACATATTAATTTTTGAAATATCTATAAATTAGTAT
1 GATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACATATTAATTTTTGAAATATCTATAAATTAATAT
* ** ** *
721 TATTTTATTCCAATAGGCTTGTATAATGAAAAACAATTGTTTCATAACAAAACAAAAGTTCATAA
65 TATTTTATTCCAATAAGCTTACATAAACAAAAACAATTATTTCATAACAAAACAAAAGTTCATAA
* *
786 TGATTTTAAATAGATAATTGTT
130 CGATTTGAAATAGATAATTGTT
808 TAAATGGCTA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 18, Indels: 9
0.83 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 15 0.12
169 96 0.74
170 18 0.14
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (168 bp):
GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATTAATTTTTGAAATATCTATAAATTAATATT
ATTTTATTCCAATAAGCTTACATAAACAAAAACAATTATTTCATAACAAAACAAAAGTTCATAAC
GATTTGAAATAGATAATTGTTCCAATAGAAACTGATTC
Found at i:1272 original size:163 final size:162
Alignment explanation
Indices: 1076--1391 Score: 346
Period size: 162 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
1066 TATTACTAAA
* ** * * * *
1076 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAATCATGTATGAACTA-AAACAAATATTTTATGACTAAACAAA
1 TTAGTAATATTTTAGATAGAATAAGCATGTATGAA-TAGAAACAAATATTTTAGGACAAAAC-AA
* * * * * * * * *
1140 AGGTTAGAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTGAATTGGTTTAGTAA
64 AGATAAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAA
* * * *
1205 ACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
129 ACAAATTTAGTATTCAAATCTCTTACTTATTAAT
* * *
1239 TTAGTAATATTTTAGATAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAG
1 TTAGTAATATTTTAGATAGAATAAGCATGTATGAATAGAAACAAATATTTTAGGACAAAACAAAG
* ** * * *
1304 ATAATAATGATTTGAGATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAAC
66 ATAAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAAC
1369 AAATTTAGTATTCAAATCTCTTA
131 AAATTTAGTATTCAAATCTCTTA
1392 TTAATTTATG
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 29, Indels: 3
0.79 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
162 75 0.61
163 48 0.39
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (162 bp):
TTAGTAATATTTTAGATAGAATAAGCATGTATGAATAGAAACAAATATTTTAGGACAAAACAAAG
ATAAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAAC
AAATTTAGTATTCAAATCTCTTACTTATTAAT
Found at i:2505 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 1239--6183 Score: 3222
Period size: 361 Copynumber: 13.8 Consensus size: 358
1229 ACTTATTAAT
* ** * * * * *
1239 TTAGTAATATTTTAGATAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAG
1 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * **
1304 A-TAATAATGATTTGAGATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAA
66 AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGGTTTGATAAA
* * * * * * *
1368 CAAATTTAGTATTCAAA--TC-T-CTTATTAATTTATGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTG
130 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * * * * ** *
1429 TTTTGAACAA--TT-TTGTACAAATCGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAGATGTCATGGCAA
194 TTTCAAATAAGCTTATT-T-GAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * * *
1491 TTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTACA-CA-TATTTTT
256 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAATTATTTTT
*
1554 TAAATCTTTCACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAA
321 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA
** ** * * *
1592 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTCATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * **
1657 AGATCATAATGATTTGAAATAAATAACTGTTT-AAATAGTAATAACTATTTAAACTCGGTCAG-T
66 AG-TCATAATGATTTGAAATAGATAA-TTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T-GGTTTGAT
* * * * * *
1720 AAATAGATTTATTTGTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAATATTATT
127 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * *
1785 TTATTTTGAATAAGCTT-TTATGAA-TAGAAATAATTCG-TTTGTGGCAAAACAAATGGTCATAA
191 TTATTTCAAATAAGCTTATT-TGAACT-GAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* *** *
1847 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTCAAAAAATAATTTT
253 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAATAATTAT
*
1911 ATTTTTATAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-AGAAT-TTAACAAA
317 -TTTTTA-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA
*** * * * *
1953 TTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTCTTATGACAAAACAAA
1 -TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * ** * * * *
2017 AGGTCATAATGCTTCAAAATAGATAATTGTTT-AGATAGTTATAACTATTTGTACAT-GTTCGGT
65 AAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-TTTCAAATAGTCATAACTATTTG-A-ATGGTTTGAT
* * * *
2080 AAATAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATT
127 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
2145 TTATTTCAAATAAACTTATTTGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTTATAATGA
191 TTATTTCAAATAAGCTTATTTGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * * * *
2210 TTTGAAATAAATAAATATTCAAATAGTCATGA-TAATTTGAACTTGTTCGGTAAGCTTATTGTTT
256 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGGTAA-ATAATTATTT
*
2274 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAA
319 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * *** *
2314 TTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * *
2379 AGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATGGTCATAACGATTTCAATGTGTTTGATAAA
66 AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATG-GTTTGATAAA
* * * * *
2444 TAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTGATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTT
130 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * *
2508 A-TTCGAAATAAGC----TTG---T------A-TG----A-G-CAGAAACAAAAGGTTATAGCAA
193 ATTTC-AAATAAGCTTATTTGAACTGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACGA
* * ** * * *
2552 TTTCAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAGTTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATTT
256 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-TAATT-ATTT
** *
2617 TAAAAAT-TTTTGAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
319 TTTAAATCTTTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
** * * * *
2657 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAAC-ATTTTTTTATGACAAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* ** * ** **
2721 GGTCATAAACAATTTGAAATAGATAATTATTT-AAATGGTCATAACTATTTGGCCTGGTTCAATA
66 AGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATT-TTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAATGGTTTGATA
* * * **
2785 AACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAACTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
128 AACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
2849 TTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGCAACAATTGTTTTCT-AGCAGAACAAAAAGTCATAAC
191 TTATTTCAAATAAGCTTATTTGAACT-GAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
2912 GATTTGAAATAAATAATT-TGTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTAGTTTGATAAATAGATTTA
254 GATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATA-A-TTA
* *
2976 TTTTTTAAATC---T-CTTATTAATCTTTGAAATATTAATATA
316 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * * ***
3015 TTAGTATTACTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACA-AAACATTTGTTTAATGTCAAAATTGAA
1 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * *
3079 GGTCATAACGAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGGT-ATAATTATTTGAACTTGTTAGGTAA
66 AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAA-TGGTTTGATAA
* * * * *
3143 ACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTCTGAAATATTAATAAGTTCA-TTTTATTT
129 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTAAATATTAATAAATT-AGTATTATTT
** * * * *
3207 TATTTTGAATAAGC-TAGTCTGAATTGGAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-T
192 TATTTCAAATAAGCTTA-TTTGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * *
3269 ATTTTGAAATAGATTATTGTTCATATAGTCCTAAATATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTGT
255 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-TAA-TTAT
* * * * * *
3334 TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTGTT-AGAATATTATTAGA
317 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA
* * * * * * * * *
3376 TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGCATGAATAGAAATAATTATTTAATGACATAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* ** * * * * *
3441 AGTTATAATGATTTGAAGCATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGGATTGGTTTGGTAAA
66 AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAATGGTTTGATAAA
* * * * *
3506 TAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAAGTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA
130 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * ** ** * * * *
3571 -TTCTGAATAAGCTTGA-ATGGTCAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACGAT
194 TTTC-AAATAAGCTT-ATTTGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * * * * * *
3634 TTGAAATAGATAATTATTAAAATGGCCTTAATTATTTGAA-ATGATTTGGTAAACAAATTCAATT
257 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAA-TAATT-ATTT
** * *
3698 TTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAAAAAA
319 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAA
** * * * *
3739 TT-GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACTGAAACGATTGTTTTATGACAAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * ** * ** * *
3803 TA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTT-ATATAGTCTTAACGGTTGGAATTATTTTAACA
66 -AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-TTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGGTTTGATA
* * * *
3866 AATAGATTT-TTTTTTAAATCCCTTATTTATTAATTTTTGGAATATT-ATGAAATTAGTATTATT
128 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAAT-AAATTAGTATTATT
* * * * * * * * * * *
3929 CTATTCCAAATAAGTTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAATGA
191 TTATTTCAAATAAGCTTATTTGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * *
3994 TTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAG---GAAC----TG---GT-TTC--TACATAGATTTATTT
256 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATA-A-TTATTT
*
4046 TTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTGAAACATTAATAAA
319 TTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * ** * *
4086 TTAGTATTATTTTTTTTTGAATAGACTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * * * *
4149 AGTTCATAACGATCTAAAATAGATAATTGTTGAAAT-GGCTATAATTATTTGAATTGATTCAGTA
66 AG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAATGGTTTGA-TA
* * *
4213 AACAAATTTACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
128 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * ** * *
4278 TATTTTAGATAA-ATTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTTAAAATAAAAGGTCATAATGA
192 TATTTCAAATAAGCTTATT-TGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * *
4342 TTTTAAA-AAAGTAATTATTCAAATAGTCATAACTA--TGAACTTATTCGGTAAATAAATTTATT
256 TTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAT-AA-TTATT
* * * *** * *
4404 TTTTCAAATCTCTTGCTTATGAATTTTCCCAATGTTAATATA
318 TTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * ** * * * * *
4446 TGAGGATTATTTTATTCCGAATAACCTTGTATGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAAC-AA
1 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * ** * * * ** * * *
4509 AGGTAAGAACAATTCGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACCATTTAAACTGGTTTGACAA
65 AAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGGTTTGATAA
** * * *
4574 ACACCTTTATTTTTTAAA--TCTT--TTATTAGTTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTATTTT
129 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * ** * * * *
4635 -TAATCAAATAAGCTTCTTTGATCAGATACAATCATTTTACGACAAAAC-AAAGATCATAACAAA
193 AT-TTCAAATAAGCTTATTTGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * **
4698 TTGAGATTGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTTAGTAAATATATTTATTT
257 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATA-A-TTATTT
* *
4762 TTTAAATCTGTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
319 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
*** * * * *
4802 TTAGTATTATTTTATTTTGAATATGTTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTTTGTAACAAAACAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * *
4867 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCATAA-AGCCATAATTATTTTAACTGATTCGAT
65 AA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAA-TGGTTTGAT
** * *
4931 AAACA-ATTT-TTTTAAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
127 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * ** *
4994 TTATTAT-GTATAAGCTTAAATT-AACTAAAAAAATTATTTTATGATGAAACAAAATGTCATAAC
191 TTATT-TCAAATAAGCTT-ATTTGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * *
5057 GATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATATAG
254 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATA-AT-TA-
*
5122 TTTTTTAAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA
316 TTTTTT-AAATCT-TTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * *
5166 TTGGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTCTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * ** * * *
5230 AGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACCATTTGAACTGATAT-AGTA
65 AAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGGTTTGA-TA
* * *
5294 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAGTTTTTAAATATTATTAAATTTGTATTATTT
128 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * **
5359 TA-ATCAGAATAAACTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAA
192 TATTTCA-AATAAGCTTATTTGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * * *** *
5422 TTTGAAATTGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAATTAGATT-TATT
256 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATA-ATTAT-TT
* ** * ** *
5486 TTT-AATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAA
319 TTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * *
5526 TTAATATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAACA-AAACCAATTGTTTAATAACAAAACAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* ** * * *
5590 ATGTTC-TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTA
65 AAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATGGTTTGATA
* * * *
5654 AACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTTATAAACTAGTATTATTT
128 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * ** * * **
5719 TATTTGAACA-AA-CTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGAAATAACGA
192 TATTTCAA-ATAAGCTTATTTGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * *
5782 TTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAATGGTTCGGTAAATAGAATTATTT
256 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAT--AATTATTT
* * * * *
5847 TTTAATTCTCTCACTTATAAATTTTTGAAATATTAACAAA
319 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * *** * * * *
5887 TTAGTTTTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATTAGTTGAAATAATTGTCTTATGAGAAATCAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * ** * * * * *
5952 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTTTTAAATGTTTAAACT-ATTTCGACAA
66 AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGGTTT-GATAA
*** * * *
6016 GTGGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATGAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT
129 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * ** * * * * ** * *
6080 A-TTCTAAACAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGCTTTATGATAGAACAAAAAATTATAACAAT
193 ATTTC-AAATAAGCTTATTTGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * *
6144 TTGAAATAAATAATTGTTCAAACATTCATAACTATTTGAA
257 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
6184 TAGTTTGATA
Statistics
Matches: 3582, Mismatches: 805, Indels: 402
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
341 2 0.00
342 90 0.03
343 173 0.05
344 12 0.00
345 1 0.00
346 12 0.00
347 60 0.02
348 192 0.05
349 5 0.00
350 2 0.00
351 3 0.00
352 1 0.00
353 56 0.02
354 3 0.00
355 93 0.03
356 144 0.04
357 244 0.07
358 101 0.03
359 220 0.06
360 641 0.18
361 720 0.20
362 546 0.15
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365 12 0.00
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Consensus pattern (358 bp):
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AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
TCAAATAAGCTTATTTGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAATTATTTTTTAAAT
CTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
Found at i:2639 original size:15 final size:15
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2611 TCATTTTAAA
*
2621 AATTTTTGAATTATT
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1 AATTTTTGAAATATT
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1 AAT
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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*** * * *
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*
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* * * * * * **
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* * * * *
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* * * *
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* ** *
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* * * * *
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* * *
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** * * * *
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* ** *
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** * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * * ***
7959 TTAT-ATCCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAA
1 TTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * *
8022 ATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAATTTAATAACTAAGGGATTTAAAAAATAAATCTATTT
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*** * * ** * * *
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* * * * *
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** * * * *** *
8204 TAATAAAAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTCAAAAGCGAATCTATTTAC
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* * * * * *
8265 CGAA-TCATTTAAAATA--TATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCA
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* * * * * * * *
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* *
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** * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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129 TTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATAATTATCTATTTC-AAATCA
* * **
8673 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTT-TTTCA-ATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCATA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * * *
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* * * **
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127 TA-TTGAACTAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTG-ATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
8852 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAAATGTTT-TTGTTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAG
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * *
8916 TAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T---AGATTT-AAAAACAAATTTGTTTAT
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** * * * * *
8976 CAAATTAGTTCAAATACTTATGACTATTTGACAAATTATTTATTTCAAATCG
130 TGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-TAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *** *
9028 TTATGACTTTTTGTTCTGTTAGAAAACAATTGTTTC-TATTTATAAAACCTTATTTGGATTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
** * * * *
9092 TAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATATGTTTA
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*** * **
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129 TTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATAATTATCTATTTCAAATCA
** * * **
9209 TTTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGT-TCATATAAGCTTATTTGAAATAAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TATCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * *
9273 ATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTCAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
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* * * * * * * * *
9338 CTAAACAAGTTTAGATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTGAAATCG
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* * ** * * * **
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1 TTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * *
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64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * * **
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* * * * *
9573 TTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TGTTCATACAAGGTTATTCAAATTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* ** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * **
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * * * * * * ** *
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* *
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* * * * ***
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * *
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* * * * * **
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* * *
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* * * * * * *
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** * * *
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* *
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** * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * *
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* * * * * ** * * ** *
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* * * * *
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** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * **
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*
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* * *
11330 TT-AAATCAGTTC--ATA-TT-T-A--A----ACAATTATCTATTTCTAATCA
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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** * * * * *
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* * * ** ** * * **
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* * * * ** * ** *
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66 AATACTA
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6413 AATACAAATTTAATAATATTT-AGAAAACTAATAAGTACA-AGATTTAAAAAAATAAATTTGTTT
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*** * * * * * * * *
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* * *** ** * *
6539 TATGTTTAGTTATAAAAGGTTTACTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAATTAATACTAAT
191 TTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * *
6604 TTATTAACATTCAAAAAGTTAATAA--AA-AAATTT--AAAA-AAATCTATTTATCGAACAAGTT
256 TTATTAATATTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTT
* * * * *
6663 CAAATAGTTGTTACTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATCA
320 C-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
6705 TCATGACATTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTAGTTAATACAAA-CTTATAT-AGAAT-AA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-AAAGCTTAT-TCAAAATAAA
* * *
6767 ATAATACTAATTTATTAATGTTT-ATAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAAT--TTTTGTTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * ** * * ** * * * ***
6825 ACTGAATTAA-TTAAAATAATTATGGTTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGGTATT
128 TC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * ** **
6889 TT-TTTTGGCTACAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
192 TTGTTTAGTC-ATAAAATAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* **
6952 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAATCTGTTTATT
255 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC---T-A----TTTACC
* * * * **
7017 GAACCAGTTCGAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCAATCTCAAATTG
311 GAACAAGTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
7068 TTATGA--TATTTGTTTTGTCAT-AAATAATTGTTTTCTGATCA-AATAAGCTTATTC-GATTAA
1 TTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATAA-AAGCTTATTCAAAAT-A
* * * * *
7128 AAATAATTA-TAATTTAATAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTAT
62 AAATAA-TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
** * * ** * *
7192 TTAT-TGAACTAGTTCAACTAGTTAAAACTA-TT-AAGATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAA
126 TT-TCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-A-AATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* **
7254 CTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-ATATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-C
188 CCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * *
7317 TTAATATATTAACATTCAAAAAGTTCATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAA
252 -TAATTTATTAATATTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAA
* * * *
7382 CAAGTTC-ATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CTTTTTTAAAACCA
314 CAAGTTCAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCA
* * * * * *
7428 TTATGACCTTTTATTTTGACATAAAAAAATAGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* **
7493 AATACTAATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAAAATAAATCTGTTTT
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTT
* * * *
7558 CCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTGTATACTT-AAAGTCATTATGACCTTT
129 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTT
* * * * ** *
7622 TATTTAGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTT
193 TGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * *
7687 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTTAGTGATTT-AAAAGT-GATTTGTTTACTGAATC-AGTTT
258 ATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAG-TT
* * * * * **
7749 AAATAATTAT-AGCCATTTCAACAATTGTCTATTTCAAATTG
320 CAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
7790 TTATGAACTTTTGTTTTGT-ATAAAACAATTGTTTTTA-ATCATACAAGCCTATTTGGAAAA-AA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATAAAAGCTTA-TT-CAAAATAA
* * * *
7852 AATAATACTAATTTATTGATATTTCAAAATTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* *
7917 ACCAAAC-----C----AGTT-T--CTATTT-AAATAATTACCTATTTCAAATCATTAT-ATCCT
128 TCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCT
* *
7968 TTTGTTCTA-TTATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
191 TTTGTT-TAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
8032 TTTAATAATATTCTAAAATTTAATAACTAAGGGATTTAAAAAATAAATCTATTT-GCAAACGCAA
255 TTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA--CAA
** * *
8096 -TTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCG
317 GTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
8140 TTATGACCTTTTCTTTTGTCATAGAGCAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAAT
** * * * *** * *
8205 AATAAAAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTCAAAAGCGAATCTATTTACC
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCC
* * * * * * * * *
8266 GAATC-ATTTAAAATA--TATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTTACCTTTTG
131 -AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * ** * *
8328 TTTGGTCATATAACA-AATGGTTTTTA-TCATTCAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATT
195 TTTAGTCATA-AA-ATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATT
* * *
8390 TATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTC
257 TATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
* ** *
8455 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATGTA--TGGTTCAAATCG
321 -AATAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCTATTTCAAATCA
* * * *
8495 TTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTC--ACAAGCTTATTCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * * *
8557 TAATACTAATCTAATAATA-TTCTGACAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAAT-AATTTGTTTG
65 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-
** * * * * * *
8620 T-TGAACTAA-TTGAAATATTTATGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAAAT-GTTATGACCT
128 TCCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCT
* * *
8682 TTTGTTTTGTCATAAAATAACTT-TTTCAATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAA-AATGA
191 TTTGTTTAGTCATAAAATAA-TTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-A
* * * * * * *
8745 ACTTATTAATATATCAAAAATTAATAAG-AA-A-TTTTAAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACTA
254 ATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAACAA
* **
8807 GTTCAAATAATTAT-ACTTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
317 GTTC-AATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
8852 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAGT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * *
8917 AATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T---AGATTT-AAAAACAAATTTGTTTAT-
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TC
** * * * * *
8976 CAAATTAGTTCAAATACTTATGACTATTTGACAAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTG
130 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * * * *
9041 TTCT-GTTAGAAAACAATTGTTTCTATTTATAAAACCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTA
195 TT-TAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
** * * * * * **
9105 TTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGACCA
259 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC-
*
9169 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
321 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * **
9209 TTTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * *
9274 TAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTCAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTC
* * * * * ** *
9339 TAAACAAGTTTAGATAATTATGACTATTT-AAATAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTT
130 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * *
9403 -TGTAGTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCTTACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATT
194 GTTTA--GTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * *
9467 TATTAATATT-AAGATAACTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AGACACA-
257 TATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGA-ACA-AG
* * * * **
9529 TTAAAATCGTTATGACTATTTTAACAATTATTTATTTCAAATTG
318 TT-CAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
9573 TTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGGTTATTCAAATTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
* ** * * * * *
9637 TAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTATAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTC
** * * * * * *
9702 TGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGTATAAGTATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTG
130 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * *
9767 TTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAATTTAGATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTAC
195 TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * ** ** *
9832 TAACATTCCAAAAGTTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTTGTCAACTAAACATGTTCAAA
260 TAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC-AA
9897 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCGAAA-CA
323 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCA
* * * * ***
9935 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGGTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * *
9999 TAATA-TAAATTTA-TAAT-TTCCAAAAACTAATAAGTAA-A-AATTAAAAAATAAATCTATTTT
65 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTT
*** * * *
10059 TTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTTTT
129 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * ** * * * *
10124 GTTTTGTCATTAACCAATTGTTTCTATTCACAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTA
194 GTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
10189 TTAAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTACTGACCAAGTTCA
259 TT-AATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC-
* * *
10254 AATATTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCA
321 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * *
10294 TTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACCATTGTTTCTA-TTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
* *
10358 TAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
65 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTT
* * * ** *
10422 CCAAATAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATC-TTCATGACATTT
129 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACCTTT
* * * * ** * * *
10486 TGTTTTGTCGTAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAAATTGTTT-AGAATAAAATAGTATTAATT
193 TGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATT
* * * * *
10550 TATTAATATTTCAAAAATT-AT---TAAGATATTTCAAAACTAAATCTGTTTATCGAACCAA-TT
257 TATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTT
* * *
10610 CAAATAAG-CATGACTATTTGAACAATAATCTATTCCAAATCA
320 C-AAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
10652 TTATCATC-TTTGTTTTATCCTAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGATTATT-GAAGTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
* ** * * * *
10714 TATTGTTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATATGTTTG
65 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-
** * * * ** * *
10778 T-TGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACGATTATCTATTTCAAATCATTCTGACTTTT
128 TCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* ** * * *
10842 TATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGCTCATACATGCATATTTGAAATAAAGTAATACTAATTT
193 TGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
10907 ATTAACATTCAAAAAATAAATAAATAAGAAATTAAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTA
258 ATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTT-
* * * *
10972 AAATAGTTATGACTAATTGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATAA
320 CAATAG---T---T-A-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
11021 ATATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * * *
11086 AATATTACTTTATTAATTTTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAACAAATGAAT-TAGTTTAT
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTT-T
** * * * * * *
11150 TGAATCGA-TTTAAATAATTATGACCATTT-AAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTT
129 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
** * * *
11213 TGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCCTA-TTGGAATAAAATAATACTAAT
193 TGTTTAGTCATAAAATAATTG--TTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* **
11275 TTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA--TTA-AA--
256 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGT
* * *
11335 TC---AG-T-TCA-TATTTAAACAATTATCTATTTCTAATCA
319 TCAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * *
11371 TTGTAACCTTTTTATTTTGTTATAAAATAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAA
1 TTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * *
11436 TAATACTAATTTAATAAT-GTTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTCAAAAAAATAAATTTGTTT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * * * * * *
11500 ACTGAAGCAA-TGCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACTTT
128 TC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * * **
11564 TTGTTTTGTTATAAAACAATTAG-TTCAGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
192 TTGTTTAGTCATAAAATAATT-GTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
** * * * * * **
11628 TTATTAATATTTTGAATATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGATTCTATTTATTGAATCAA-T
256 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGT
* * ** * * * **
11692 TCAAATAATTATGGCCGTGTCAACAATTATATATTTCAAATTG
319 TC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * ** ** *
11735 TTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTTT-TTATCATTCAAGCTTATTTGAATTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * *** * ** *
11799 TAATACTATATTAATGATTATCTATTTCAAATCATT-ATAAACT-TTTGTTTTATTGTAAA-CAA
65 TAATACTA-ATT--T-ATTA-ATATTTCAAA-AATTAAT-AAGTAAGAGATTTA--AAAAATAAA
* * * * * * *
11861 T-TGTTTTGTTCATACAAGCTT--ATTCAGATTA-AAATAATATT---AATTTAATAATATTTCA
121 TCTG-TTT-TCCAAACAAG-TTCAAAT-AG-TTATGACT-AT-TTGAAAAATT-AT-CTATTTCA
* * ** *** * *
11919 AA-AACTAAT-AAGTAAGAGATTT-G--A-AAAATAAATATGTTTATCGAA-TCAGTTCAAATGG
177 AATCA-TTATGACCT-TTTG-TTTAGTCATAAAAT-AAT-TG-TT-TC-AATTCA-TAC-AA-GC
* * * * * * ***** * * *
11977 TTA--AGACTATTAGAACAATTATCT-ATTTAAATT-GTTTTGGCTTTTTGTTTAGTCA-TAAAA
231 TTATTTGA--AATAAAATAA-TA-CTAATTT--ATTAATATT--C--AAAAATTAATAAGTAAGA
* **** * * * * * * *
12037 CAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTA-TT-CAGAATAAATTAATACTAATTTATTAAC-ATTTGG
286 -GA---TTT-AAAAAATA-AA-TCTATTTACCGAACAAGTTCA-A-T-AGTTA-TGACTATTT-G
* **** *
12099 AA-AATTA-ATAAGAAAGAGAT-T
339 AACAATTATCTATTTCA-A-ATCA
** ** * * ** * *
12120 TTAAAAAATAAATTTGTTTAATG-AACAAGTCAATTAGTTATTACTAT-TTGAACAATTGTCATT
1 TTATGACCT---TTTGTTT--TGTCATAAAACAATT-GTT-TTAGT-TCAT-AA-AA--G-C-TT
*** * * * *
12183 -TT-AAAATGGTTATAA-ACTTTTGATTTGTTAAATTGTTTC---AATTAATACAAGCTTAGACG
52 ATTCAAAAT-AAAATAATAC---TAATTTATT-AA-TATTTCAAAAATTAAT--AAG-TAAGA-G
** * * * * * *
12242 AAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTTTC-TA-AA-TT--AATAAG-TAAGA-AATTTAAAA
107 ATTTAAAA-AATA--AA--T-CT-GT-TTTCCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAAA
* * * * ** ** * * * * *
12300 AATAAATTTGTTTACCAAATTAGTTA--AAATAAT-TATGGCCATTTAAATGATTATCGATTTCA
163 AAT-TATCTATTT--CAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTAGTCA--TAAA--ATAATTG-TTTCA
* * ** * * ** * * * * * * * *
12362 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACACTTGCT--TTGTTTTTATCATACAAGCTTATT
219 ATTC-ATACAAGC--TT-ATTTGAAATAAAATA-ATACTAATT-TATTAAT-ATTCAA---AAAT
* * * * * * *
12425 TAAAATAAAATAAGACTAATTTATTAATATTTCAA-AAAT-TA-ATA-TGAAAAAGATTTTAAAA
274 T--AAT-AAGTAAGA--GATTTA--AA-A----AATAAATCTATTTACCGAACAAG--TTCAATA
** ** * *
12486 AATAAAATCTATTT-ACCGA--A-CTATTTCAAAT-A
325 GTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * *
12518 GTTATGA-CTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTAAGATCTTTGTTTTGTCATAAAATAA
1 -TTATGACCT-TTTG---TTTTGTC-A--T-AAAAC----A-A---TTG---T-T--T----T-A
* * *
12582 TTGTTTCTGATCATAGAAGCTTATTC-GATTGAAAA-AATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAA
38 --G-TTC--AT-A-A-AAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA
* * ** * **
12644 TTAAT--G--AGAGATTTAAAAAATAAATATATTTGTTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAAACTAT
93 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * ** * * *
12704 TAGAATAATTATTTCTTTCAAATTGTT-TTAGCGTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC-AT
157 TTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAAT
* * * * * * * * *
12767 ATCTTAAAAGCTTATTCGAAAT-AAATAATCCAAATTTATTAACA-TCCAAAATTAATAAGCAAA
221 -TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAG
** * *
12830 AGATTTAAAAAATTAAATCTATTTATTGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
285 AGATTTAAAAAA-TAAATCTATTTACCGAACAAGTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* *
12895 TTATTTAAAATCA
348 CTATTTCAAATCA
* * * * * * *
12908 TTATGACTTTTTGTTTTGACGTAATACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * *
12973 AATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAG-GGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCC
* * * * *** * * *
13037 AAATAAATTCACATAATTGCAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGT
131 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * ** *
13102 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAGTACTAATTTATT
196 TTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
13167 ATTATTTGAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCTAATCAA-TTCAAA
261 AATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTC--A
* * * *
13231 AAAATTAT-AGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCA
322 ATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * **
13270 TTATTACCTTTTGTTTGGCCATATAATAATTGTTTTTA-ATCGTATAAGCTTATTCAGGATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * *
13334 TAATTCTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAACATAAATCTATTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTC
* * * * * * **
13399 CAAACCAA-TTTAAATAGTTATGACTATGTGAACAATTGTATACTTCAAATCATTACAACCTTTT
130 CAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * ** *
13463 ATTCT--TAATAAAACAATTATTTCTATTCATGCTAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATC
194 GTT-TAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * *
13525 TAATAATTTATT-AAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAATCAA-T
257 TATTAA--TATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGT
* * * *
13588 TCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCA
319 TC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * **
13631 TTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAA-CTTAGACAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-AAAGCTTATTCAAAATAAAA
* ** * * *
13695 TAATACTAATTTATTAACATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTC
* * * * * * * *** * * *
13760 TGAATC-AGGTAAAATAATTATGCCCATTTGAATGGTTATCGATTTCAAATCGTTATGACATTTT
130 -CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * ** *
13824 GTTTTA-TCATAAAACAATTATTT-TTTATCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
194 G-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * * * * ***
13887 TATCAGTATTTCAAAAACTATTATGTAAAAGATTTAAAAAATTAGTTTGTTTATTAAACCAA-TT
257 TATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTT
* * * * *
13951 CAAATAATTATGAATATTTGAACAACTATCAATTGCAAATCA
320 C-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * ***
13993 TTAAGATC-TTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTA-ATCTTAGAAGCTTGTTC-GGTTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAAT-AAA
* *
14055 ATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAA-T--TAA-T-A-A-ATGT-----AT---T-TG--T
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* ** * * * *
14101 T--GAACTAA-TTCAAATAGTTAAAACTATTAGGATAATTATCTCTTTCAAATCATTATGACCTT
128 TCCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * ** * * *
14163 TTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC-ATATCTTGCAAGCTTATTCAAAAGAAAATAATCCAAAT
192 TTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
14227 TTATTAACATTCAAAAAATCAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAA-AAAT-TGTTTATCGAACAAGT
256 TTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAG-
* * * * * *
14290 TTAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATTTATTTAAAATCG
318 TTCAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
14333 TTATGA-CTTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * *
14397 AATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAG-GGTTTAAAGAAATAAATTTGCTTAC
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATCTGTTTTC
* * * * * * *
14461 CGAATAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTG
130 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * ** * *
14526 TTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAA
195 TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * *
14591 TAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACTGAATTAA-TTCAA
260 TAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTC-A
* * * * * **
14655 ATAATTAT-AGCCATTTCAACAATTATCGATTTTAAATTG
322 ATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * * * * ***
14694 TTATTTCCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTTTTGATCATATAAGTTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * *
14759 AATTCTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCC
* * * * * *
14824 AAACTAA-TTTAAATAGTTATGACTATTT-AAACAATTGTATGCTTT-AAATCGTTATAACCTTT
131 AAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * *** * * *
14886 TTTTCTA-TCATAAGACAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATTTGAAATAGAATAATACTAATC
193 TGTT-TAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * *
14950 TAATAATATTCTGAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAA-TT
257 TATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTT
* * *
15014 CAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCA
320 C-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * ** *
15056 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCAATTCTTACTACCTTATTCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * *
15120 TAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTA
65 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTT
* * * * * *
15180 CCTAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTT-AAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTT
129 CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
*** * * *
15244 TGTTT-GTCATAAAATAAATT-TTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
193 TGTTTAGTCATAAAAT-AATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * *
15307 TATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTC
257 TATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
* * * *
15368 AAATAGTTATGACTATTTGAGCAATCATTTATTTCAAATCG
321 -AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * ** *
15409 TTATGA-CTTCTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGATTAAA
1 TTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAA
* ** * * *
15472 ATAATTCTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATAC-GTTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CTGTTT
* * * *
15536 ACCAAACTAGATCAAATCGTTAT
128 TCCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
15559 TACCTTTTGT
Statistics
Matches: 6755, Mismatches: 1545, Indels: 1107
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
339 5 0.00
340 112 0.02
341 118 0.02
342 7 0.00
343 4 0.00
345 3 0.00
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347 8 0.00
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351 118 0.02
352 122 0.02
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355 207 0.03
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385 30 0.00
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AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
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AATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAATAG
TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:9275 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 7930--15558 Score: 2972
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7920 AAACCAGTTT
* * * * * * *
7930 CTATTTAAATAATTACCTATTTCAAATCATTAT-ATCCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTT
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* * * * * *
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** * * **
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* * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** ** * **
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* * *** * * * * *
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* * * * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTT
* * * * *
8351 --TTATCATTCAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATA
65 CAGT-TCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * *
8413 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAA
128 AGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
** * * * *
8467 CTATTTGAACAATGTA--TGGTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTT
1 CTATTTGAACAAT-TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * * *
8530 CTA-TTC--ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTGACAATTAATAA
65 C-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
* * **** * *
8592 CTAAGAGAA-TTAAAAAAT-AATTTGTTTGTTGAACTAA-TTGAAATATTTATGA
129 GTAA-A-AATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
8644 CTATATGAACAATTATTTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTT-TT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTT
* * * * * *
8707 TCAATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAA-AATGAACTTATTAATATATCAAAAATTAATA
64 TCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * *
8771 AG--AAATTTTAAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACTAGTTCAAATAATTAT-A
128 AGTAAAAATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
** * *
8822 CTTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAAATGTTT
1 C-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * * * *
8887 TTGTTCATATAAGTTTA-TTCAGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
65 CAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
* * * * ** *
8951 -T--AGATTT-AAAAACAAATTTGTTTATCAAATTAGTTCAAATACTTATGA
129 GTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
8999 CTATTTG-ACAAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTCTGTTAGAAAACAATTGTTT
1 CTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
9063 CTA-TTTATAAAACCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAA
65 C-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
* **
9127 GTAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGACCAAATAGTTATGA
129 GTAAAAA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* ** *
9180 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
9245 CAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAT
65 CAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
9310 TCAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTTAGATAATTATGA
130 T-AAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * ** * ** * *
9362 CTATTTAAATAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTTGTAGTGTCATAAAATAATTTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
9427 CTA-TTCTTACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA--TTAAGATAACTAAT
65 C-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA-A-AATTAAT
* * * * *
9489 GAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAGACACA-TTAAAATCGTTATGA
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* * ** * *
9544 CTATTTTAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
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66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * ** *
9673 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTATACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGA
130 TAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
9725 CTATTTGTATAAGTATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * * ** * *
9790 AATTTAGATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAACATTCCAAAAGTTAATGAGT
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT
* * ** * *
9855 AAGAGAA-TTAAAAAATGAATTTGTCAACTAAACATGTTCAAATAGTTATGA
131 AA-A-AATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * *
9906 CTATTTGAACAATTATCTATTTCGAAA-CATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGGTT
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* ** *
9970 CTGTTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTA-TAAT-TTCCAAAAACTAATA
65 CAGTTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* **** *
10031 AGTAAAAA-TTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACATGTTCAAATAGTTATGA
128 AGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
10083 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTGTCATTAACCAATTGTTTC
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* * *
10148 TA-TTCACAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAA-ATTTTCAAAAATTAATAA
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* * ** * *
10211 GTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTACTGACCAAGTTCAAATATTTATGA
129 GTAAAA-ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** *
10265 CTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACCATTGTTTC
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* * ** *
10330 TA-TTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
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* * * * *
10394 TTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGT
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* * * *
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** * * * * *
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* * * * * *
10573 AG---ATATTTCAAAACTAAATCTGTTTATCGAACCAA-TTCAAATAAG-CATGA
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* * **** * *
10750 TAAGATATTTAAAAAATAAATATGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGA
130 TAA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
10802 CTATTAGAACGATTATCTATTTCAAATCATTCTGACTTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * ** * *
10867 AGCTCATACATGCATATTTGAAATAAAGTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATAAATAAAT
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT
* * * *
10932 AAGAAATTAAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTAATTGA
131 AA-AAATT-TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG---T---T-A-TGA
* * * * * * *
10992 CTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATAAATATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * *** * * *
11057 AGTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAAT-TTTTCAAAAATTGATAAG
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAAATTAATAAG
* * * * ** * * * *
11121 TTAGAGATTTAACAAATGAAT-TAGTTTATTGAATCGA-TTTAAATAATTATGA
130 -TAAAAATTTAAAAAATAAATCT-GTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
11173 CCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TT
* * * *
11238 TCA--TCATACAAGCCTA-TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAT
64 TCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
* * *
11300 GTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTT--------A-TT-AAATCAG-T-TCA
129 GTAA-AAATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGA
* * * * * * * *
11343 -TATTTAAACAATTATCTATTTCTAATCATTGTAACCTTTTTATTTTGTTATAAAATAATTATTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
11407 CAGTTCATATAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATGTTCTAAAAATTAATAA
65 CAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
* * * * * * *
11471 CTAAAAGATTCAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAGCAA-TGCAAATAGTTAAGA
129 GTAAAA-ATT-TAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
11525 CTATATGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTAG-TT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTT
* ** * *
11589 CAGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAATATTAATAAG
65 CAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
** * * * * ** * * *
11654 TAAGTGATTTAAAAAGTGATTCTATTTATTGAATCAA-TTCAAATAATTATGG
130 TAA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
** * * * ** * * * *
11706 CCGTGTCAACAATTATATATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTT-
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** * * * * *
11770 TTTATCATTCAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTATATTAATGATTATCTATTTCAAATCATT
66 AGT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA-ATT--T-ATTA-ATATTTTAAA-AATT
* ***** ** * ** * * *
11835 -ATAAACTTTTGTTTTATTGTAAA-CAAT-TGTTTTGTTCATACAAGCTT--ATTCAGATTA-AA
124 AAT-AAGTAAAAATTTA--AAAAATAAATCTG-TTT-ACCAAACAAG-TTCAAAT-AG-TTATGA
* * * * * ** *** * *
11894 ATAATATT--A-ATTTAATAATATTTCAAA-AACTAAT-AAGTAAGAGATTTG--A-AAAATAAA
1 CT-AT-TTGAACAATT-AT-CTATTTCAAATCA-TTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAA-CAA
* * * * * * *
11951 TATGTTT-ATCGAATCAGTTCAAATGGTTA--AGACTATTAGAACAATTATCT-ATTTA--AATT
59 T-TGTTTCA--G-TTCA-TAC-AA-GCTTATTTGA--AATAAAATAA-TA-CTAATTTATTAA-T
* ***** ** * *** * ** * * * *
12010 GTTTTGGCTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGT-TTCAGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAA
112 ATTTT-AAAAATTAATAAG---T-AAA-AATT-TAAAAAATAAAT-C-TGTTTA-CCA-AACAAG
* *
12074 TT-AATACTAATTTATTAA
166 TTCAA-A-T-AGTTA-TGA
* **** * ** ** * * **
12092 C-ATTTGGAA-AATTA-ATAAGAAAGAGAT-TTTAAAAAATAAATTTGTTTAATG-AACAAGTCA
1 CTATTT-GAACAATTATCTATTTCA-A-ATCATTATGACCT---TTTGTTT--TGTCATAAAACA
* * * * *** * *
12152 ATTAGTTATTACTATTTGA-ACAATTG-TCATTTTAAAATGGTTATAA-ACTTTTGATTTGTTAA
58 ATT-G-T-TT-C-AGTTCATACAA--GCTTA-TTTGAAAT-AAAATAATAC---TAATTTATTAA
** ** **
12214 -ATTGTT-TCAATTAATACAAGCTTAGACGAAA--TAAAATAATACTAAT-T-TATTAGTATTTT
111 TATT-TTAAAAATTAAT--AAG--TA-A--AAATTTAAAA-AATA--AATCTGT-TTACCA--AA
* *
12273 CTAAATT--AATAAG-TAAGA
162 C-AAGTTCAAAT-AGTTATGA
* * * * * * * ** ** * * * **
12291 -AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATTAGTTA--AAATAAT-TATGGCCATTTAAATGATT
1 CTATTTGAACAAT-TATCTATTT--CAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCA--TAAA--ACA
* ** * ** * * ** * * * * *
12352 ATCGATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACACTTGCT-TTGTTTTTATCATAC
58 ATTG-TTTCAGTTC-ATACAAGC--TT-ATTTGAAATAAAATA-ATACTAAT-TTATTA--AT--
* * ** ** ** * **
12416 AAGCTTATTTAAAATAAAATAAG-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT-TAATATGAAA-AAGA
112 -A--TT-TTAAAAAT-TAATAAGTAAAAATTTA--AA-AAAT-AAATCTGT-TTACCAAACAAG-
* ** **
12478 TTTTAAA-AAATAAAA
166 -TTCAAATAGTTATGA
* * ** * ***
12493 TCTATTT-ACCGA--A-CTATTTCAAAT-AGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCA-ATCTCAAA
1 -CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCT-TTTG---TTTTGTCATAAAAC-AA
* * * ** ** **
12551 TCG-TTAAGATC-T--TTG--T-TTTGTCATAAAATAATTGT--TTCTGATCATAGAAGCTTATT
59 TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT-T-AT--T--AA---TATT
* * * * ** *
12607 CGATTGAAAAAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAATGAGAGATTTA--AAA-AA--TA
115 ---TT-AAAAATTAATAA-GTAA-AA-ATT-TAAAAAATAAAT--CTG-TTTACCAAACAAGTTC
* *
12666 AATATATTTGTTGAA
169 AA-ATAGTT-ATG-A
* * * * * **
12681 CCAATTCAA-ATAGTTAAAACTA-TT-AGAATAATTATTTCTTTCAAATTGTTTTAGCGTTTTGT
1 CTATTTGAACA-A-TT--ATCTATTTCA-AATCATTATGAC---C------TTTT---GTTTTG-
* * * * * * ** * * *
12743 TTAGTCATA-AAATATTT--GTTTCATATCTTAAAAGCTTATTCGAAAT-AAATAATCCAAATTT
48 TCA-TAAAACAATTGTTTCAG-TTCATA-C-AAGC---TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* ** * * *** *
12804 ATTAACA--TCCAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATTAAATCTATTTATTGAATAAGTTC
106 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTACCAAACAAGTTC
*
12867 AAATAATTATGA
169 AAATAGTTATGA
* * * * * * *
12879 CTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGACGTAATACAATTATTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* *** * * *
12944 AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAAT
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT
*** * * * * * ***
13009 AAGGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCACATAATTGCAA
131 AAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * *
13059 CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * ** * * *
13124 AATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAGTACTAATTTATTATTATTTGAAAAATTAATAAGT
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT
** * * * *
13189 AAGTGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCTAATCAA-TTCAAAAAAATTAT-A
131 AA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAAGTTC-AAATAGTTATGA
* * * * * * *
13240 GCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGCCATATAATAATTGTTT
1 -CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
* * * * * * * * *
13305 TTA-ATCGTATAAGCTTA-TTCAGGATAAAATAATTCTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATA
64 TCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * *
13368 AGTAAGATATTTAAAACATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTTAAATAGTTATGA
128 AGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * ** * * * *
13422 CTATGTGAACAATTGTATACTTCAAATCATTACAACCTTTTATTCT-TAATAAAACAATTATTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** * * *
13486 TA-TTCATGCTAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAAT-TTATTAAAAGTTAATA
66 -AGTTCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAAATTAATA
* * * * * *
13548 ACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAATCAA-TTCAAATAGTTAAGA
128 AGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
13602 CTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* **** * ***
13667 AGTTCATACAAACTTAGACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCCTAAATTAATAAGT
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
13732 AAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATC-AGGTAAAATAATTATGC
131 AA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* *** * * * * *
13783 CCATTTGAATGGTTATCGATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT-
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** * * * * * * *
13847 TTTATCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATCAGTATTTCAAAAACTATTATG
66 AGT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * * ** *
13912 TAAAAGATTTAAAAAATTAGTTTGTTTATTAAACCAA-TTCAAATAATTATGA
130 TAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * *
13964 ATATTTGAACAACTATCAATTGCAAATCATTAAGATC-TTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * ** * *
14028 TA-ATCTTAGAAGCTTGTTCG-GTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAA
66 -AGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
*** ** * ** * * *
14091 --ATGTATTT----GTTGAA-CTAATT--CAAA-TAGTTAAAACTA-TTAGGA
129 GTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAA-TAGTTATGA
* * * * *
14133 -TAATT-ATC-----TC--TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * ** * * * * ** *
14189 A-TATCTTGCAAGCTTATTCAAAAGAAAATAATCCAAATTTATTAACATTCAAAAAATCAATAAG
66 AGT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * * *
14253 CAAAAGATTTGAAAAAA-AAAT-TGTTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTATGA
130 TAAAA-ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
14304 CTATTAGAATAATTATTTATTTAAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* *** * * *
14368 AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGC
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT
*** * * * * * *
14433 AAGGGTTTAAAGAAATAAATTTGCTTACCGAATAAATTTAAATAGTTATGA
131 AAAAATTTAAA-AAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * *
14484 CTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** * * * *
14549 AATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAGGT
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT
** * * * * ** *
14614 AAGTGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACTGAATTAA-TTCAAATAATTAT-A
131 AA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * ** ** * * *
14664 GCCATTTCAACAATTATCGATTTTAAATTGTTATTTCCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTT
1 -CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * * * * *
14729 TTGATCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG
65 CAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * *
14794 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAA-TTTAAATAGTTATGA
130 TAA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * *
14846 CTATTTAAACAATTGTATGCTTT-AAATCGTTATAACCTTTT-TTTCTATCATAAGACAATTATT
1 CTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTT
** * * * * * * *
14909 TTTGTTCATACTAGCTTATTTGAAATAGAATAATACTAATCTAATAATATTCTGAAAGTTAATAA
64 TCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
* * * * *
14974 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGA
129 GTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
15027 CTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * ** * *
15092 AATTCTTACTACCTTATTCAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
15156 ---AGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACTAGTTTAAATAATTATGA
130 TAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
15204 CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAATAAATT-TTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTT
** * * * *
15267 TTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A-
65 CAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * *
15330 -AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
130 TAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
15380 CTATTTGAGCAATCATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTCTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
15444 CTA-TTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAA
65 C-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
* * * *
15508 GTAAAAGATTTTAAAAATAAATAC-GTTTACCAAACTAGATCAAATCGTTAT
129 GTAAAA-ATTTAAAAAATAAAT-CTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
15559 TACCTTTTGT
Statistics
Matches: 5603, Mismatches: 1389, Indels: 912
0.71 0.18 0.12
Matches are distributed among these distances:
160 16 0.00
161 67 0.01
162 2 0.00
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174 3 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT
AAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
Found at i:10189 original size:902 final size:895
Alignment explanation
Indices: 6349--17563 Score: 4686
Period size: 902 Copynumber: 12.4 Consensus size: 895
6339 TACCAAATTG
* * * * *
6349 TTATGAGC-TTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTC-ATTCGTACAAGCTTA-TTCGAATTAAA
1 TTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAA
* * * * * * *
6411 ATAATACAAATTTAATAATATTTAGAAAACTAATAAGTACAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTT
64 ATAATA-TAATTTATTAAT-TTCA-AAAATTAATAAGTA-AA-AATT-AAAAAATAAATCTATTT
** * * * * * * * * *
6476 ATTGTACCAGTTCAAATGGTT-TAAATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCACTCTGACCTT
123 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * *** ** * * ** *
6540 ATGTTTAGTTATAAAAGGTTTACTTC-AATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAATTAATACTAAT
187 TTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTAGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAAT
* * *
6604 TTATTAACA-TTCAAAAAGTTAATAA--AA-AAATTT--AAAA-AAATCTATTTA-TCGAACAAG
252 TTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACAAG
* * * * * * * * * * *
6661 TTCAAATAGTTGTTACTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATCATCATGA-CATTTTATTTTGTC
315 TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTGTTTTGTC
* * * *
6725 ATAAAAAAATTGTTT-TAGTTAATACAAACTTATAT-AGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATG
380 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-
* * * * * *
6787 TTTATAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAAT--TTTTGTTTA-CTGAATTAATTAAAATAAT
442 ATTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAGAA--CATT-AAATAGT
** * * * ** * * *
6845 TATGGTTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATG-GTATTTT-TTTTGGCTACAAAACAA
503 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACT-TTTTGTTTTGTC-ATAAAACAA
* *
6908 TTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
566 TTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT
* * * *
6972 TAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATCTGTTAATCTGTTTATTGAACCAGTTCGAATAGTTAT
629 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-----T-A--TGTTTACTGAA-CAATTCAAATAGTTAT
* * * ** *
7037 GACTGTTTGAACAATTATCAATCTCAAATTGTTATGA--TATTTGTTTTGTCAT-AAATAATTGT
685 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-
* * * * * *
7099 TTTCTGA-TCAAATAAGCTTATTCG-ATTAAAAATAATTA-TAATTTAATAACATTCCAAAAATT
748 TTTC-AATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAA-TACTAATTTAATAATATTCCAAAAATT
* * * * *
7161 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTATTGAAC-TAGTTCAACTAGTTAAAACTA-TT
810 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TAAACAT-GTTCAAATAGTTAAGACTATTT
* *
7224 AAGATAATTATCTATTTCAAATCA
873 GA-ACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
7248 TTCTAACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAT-ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * * * *
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65 TAAT-ATAATTTATTAA-TTTCAAAAA-TTAATAAGTAA-A-AATT-AAAAAATAAATCTATTTA
* * *
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* * * * **
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188 TGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTAGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATT
* ** * * * *
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253 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGT
* * * * * * *
7568 TCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTGTATACTT-AAAGTCATTATGACC-TTTTATTTAGT
316 TCAAATAATTATGACTATTT-AAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAACCTTTTTGTTTTGT
* * * *
7630 AATAAAACAATTGTTTCAATTCACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATAT
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* * * * * * *
7695 TCCAAAAATTAATAAGTTAGTGATTT-AAAAGT-GATTTGTTTA-CTGAATCAGTTTAAATAATT
444 T--AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAGAA-CA--TTAAATAGTT
* * *
7757 AT-AGCCATTTCAACAATTGTCTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTGTTTTGT-ATAAAACAAT
504 ATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * * *
7819 TGTTTTTAATCATACAAGCCTATTTGGAAAAAAAATAATACTAATTTATTGATATTTCAAAATTT
567 TGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TT-CAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT
* * ** *
7884 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC----C-A---AACCAGTT-T--CTATTTAA
630 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * *
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695 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
* * * * *
8002 ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAATTTAATAACTAAGGGAT
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* * ** * * *
8067 TTAAAAAATAAATCTATTTGCAAACGCA-ATTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTAT
824 TTAAAAAATAAATTTGTTTATAAA--CATGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT
*
8131 TTCAAATCG
887 TTCAAATCA
* * * * * * *
8140 TTATGACCTTTTCTTTTGTCATAGAGCAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * * * * ***
8204 TAATAAAAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGT--GATTTCAAAAGCGAATCTATTTACCG
65 TAAT-ATAATTTATTAAT-TT-CAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAATAAATCTATTTACCG
* * * * * * *
8267 AATC-ATTTAAAATA--TATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTTACCTTTTGT
127 AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * ** * *
8329 TTGGTCATATAACAAATGGTTTTTA--TCATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
191 TTTGTCATA-AAAAAATTGTTTCTAGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
8392 TTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAA
255 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAA
* * * ** * *
8457 ATAGTTATAACTATTTGAACAATGTA--TGGTTCAAATCGTTATAACC-TTTTGTTCTGTCATAA
320 ATAATTATGACTATTTAAACAAT-TATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
8519 AACAATTATTTCTATTC--ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTGA
384 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T-TAA
* * * * * * *
8582 CAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAAT-AATTTGTTTGT-TGAACTAATTGAAATATTTATGAC
447 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAGAAC--ATT-AAATAGTTATGAC
* * * * *
8645 TATATGAACAATTATTTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTT-TTTC
509 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTC
* * * * * * *
8709 AATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAA-AATGAACTTATTAATATATCAAAAATTAATAAG
573 TATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * * * *
8773 --AAA-TTTTAAAAAAATAATTTTGTTTACCT-AACTAGTTCAAATAATTAT-ACTTATTTGAAC
636 TAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTA-CTGAAC-AATTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAAC
** * * *** *
8833 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAAATGTTTTTGTTCATATA
697 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACA
* * * * * *
8898 AGTTTA-TTCAGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T---AGATTT
762 AGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * *
8958 -AAAAACAAATTTGTTTATCAAA-TTAGTTCAAATACTTATGACTATTTG-ACAAATTATTTATT
826 AAAAAATAAATTTGTTTAT-AAACAT-GTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAC-AATTATCTATT
*
9020 TCAAATCG
888 TCAAATCA
* * * * * * * * *
9028 TTATGACTTTTTGTTCTGTTAGAAAACAATTGTTTCTATTTATAAAACCTTATTTGGATTAAAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
** * * *
9093 AATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACC
66 AATA-TAATTTATT-A-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAA--TTAAAAAATAAATCTATTTACC
* ** **
9158 AAACAAGACCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTATGACAATTTG
126 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTG
* * * *
9223 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTA
190 TTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTAGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
9287 TTAATATTTCAAAAATTAATAATTCAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTTAG
255 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAA
* * ** **
9352 ATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTTGTAGTGTCATAAA
320 ATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * ** *
9417 ATAATTTTTTCTATTCTTACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGAT
385 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAA-A-
* * * *
9482 AACTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAGACACATTAAAATCGTTATGACTA
448 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAGA-ACATT-AAATAGTTATGACTA
* * * *
9547 TTTTAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT
511 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * *
9612 TCATACAAGGTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAA
576 TCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * *
9677 AGATTTAAAAAATAAATATGTATACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGTATAAGTATT
640 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * *
9742 TATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAATTTAGATAAGCTTAT
704 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAT
* * * * * * *
9807 TTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAACATTCCAAAAGTTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATG
769 TTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
** *
9872 AATTTGTCAACTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCGAAA-CA
834 AATTTGTTTA-TAAACATGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCA
* * *
9935 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGGTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* ***
10000 AATATAAATTTA-TAATTTCCAAAAACTAATAAGTAAAAATTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAA
66 AATAT-AATTTATTAATTT-CAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA
* *
10064 CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAAGACCTTTTGTTTT
129 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* ** * * *
10129 GTCATTAACCAATTGTTTCTA-TTCACAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
194 GTCATAAAAAAATTGTTTCTAGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
10193 -ATTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTACTGACCAAGTTCAAAT
259 TA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAAT
* * *
10257 ATTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA--TATTTTGTTTTGTCATAAAA
322 AATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT-TTTTGTTTTGTCATAAAA
* * *
10320 CCATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
386 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T-TAAAA
* * * * *
10385 ATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA-AATAAGTTCAAATAGTCATGTCTA
449 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAGAA-CA-TT-AAATAGTTATGACTA
* * * * *
10449 TTTGAACTATTATCTATTTCAAATCT-TCATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAAAAATTGTTTCTA
511 TTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
** * * * * *
10513 TTCATACAAAATTGTTTAGAATAAAATAGTATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AT---TAA
575 TTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
10574 GATATTTCAAAACTAAATCTGTTTA-TCGAACCAATTCAAATAAG-CATGACTATTTGAACAATA
639 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAA-CAATTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
10637 ATCTATTCCAAATCATTATCATC-TTTGTTTTATCCTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGAT
701 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
* * ** * * *
10701 TA-TTGAAGTAAAATATTGTTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAA
766 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
10765 ATAAATATGTTTGTTGAACCA-GTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACGATTATCTATTTCAAAT
831 ATAAATTTGTTT-AT-AAACATGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
10829 CA
894 CA
* * * * * * * * *
10831 TTCTGACTTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGCTCATACATGCATATTT-GAAATAAAG
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAA
* * *
10895 TAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATAAATAAATAAGAAATTAAAAAAAATAAATCTATTTA
65 TAATA-TAATTTATTAA-TTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAATT--AAAAAATAAATCTATTTA
* * * *
10960 CCGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTAATTGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATAAATAT
124 CCGAACAAGTTCAAATAG---T---T-A-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * **
11025 AACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAAT
181 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTAGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAAT
* * * * * * * *
11089 ATTACTTTATTAATTTTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAACAAATGAAT-TAGTTTATTGA
246 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACT-A
* * * * *
11153 ATCGA-TTTAAATAATTATGACCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-C-TTTTG
309 AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTTG
* * * **
11215 TTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATT-GGAATAAAATAATACTAATTTA
373 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* *
11278 TTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCT-ATT-T------ATTAAA
437 TTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCAGAACATTAAA
* * * ** * * * *
11335 TCAG-T-TCA-TATTTAAACAATTATCTATTTCTAATCATTGTAACCTTTTTATTTTGTTATAAA
499 T-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
11397 ATAATTATTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATGTTCTAA
562 ACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
* * * * *
11461 AAATTAATAACTAAAAGATTCAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAGCAATGCAAATAGTTAAGAC
625 AAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAATTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
11526 TATATGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTAG-TTC
688 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTC
* * ** * *** *
11590 AGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAATATTAATAAGT
752 AATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * * * ** * *
11655 AAGTGATTTAAAAAGT-GATTCTATTTATTGAATCA-ATTCAAATAATTATGGCCGTGTCAACAA
817 AAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTA-T-AAACATGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAA
* **
11718 TTATATATTTCAAATTG
879 TTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
11735 TTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTT-TTTATCATTCAAGCTTATTT-GAATTAAA
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAA
* * ***** ** * *
11798 ATAATACTATATTAATGATTATCTATTTCAAATCATT-ATAAACTTTTGTTTTATTGTAAACAAT
64 ATAATA-TA-ATT--T-ATTA---ATTTCAAA-AATTAAT-AA-GTAAAAATTA--AAAAATAAA
* ** * * * *
11862 TGT-TTTGTTC-ATACAAGCTT--ATTCAGATTA-AAATAATATT-AAT--TTAATAATATTTCA
116 TCTATTT-ACCGA-ACAAG-TTCAAAT-AG-TTATGACT-AT-TTGAATAATT-AT-CTATTTCA
* * ** *** * * * * * *
11919 AA-AACTAAT-AAGTAAGAGATTTG--A-AAAATAAATATGTTTATCGAATCAGTTCAAATGGTT
172 AATCA-TTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAA-AAAT-TGTTTCTAG-TTCA--T-AAAAGCTT
* * * * * * ** * **** * * *
11979 AAGACTATTAGAA-CAATTATCTATTTAAATTGTTTTGGCTTTTTGTTTAGTCATAA-AA-CAAT
229 ---A-T-TTAAAATAAAATA-ATA-CT-AATT-TATT-AATATTTCAAAAAT--TAATAAGTAAG
* **** * * * * *
12041 TG-TTTCAGTTCATACAAGTTTA-TT-C-AGAATAAATT-AATACTAATTTATTAAC-ATTTGGA
282 AGATTT-AAAAAATA-AA-TCTATTTACTA-AACAAGTTCAA-A-TAA-TTA-TGACTATTT-AA
* **** * * ** * * * **
12100 A-AATTA-ATAAGAAAGAGAT-TTTAAAAAATAAATTTGTTTAATG-AACAAGTCAATTAGTTAT
338 ACAATTATCTATTTCA-A-ATCATTATAACCT--TTTTGTTT--TGTCATAAAACAATT-G-T-T
* *** * * **
12161 TACTATTTGA-ACAATTGTCATT-TT-AAAATGGTTATAA-ACTTTTGATTTGTTAA-ATTGTTT
394 T-CTA-TTCATACAA--G-C-TTATTCAAAAT-AAAATAATAC---TAATTTATTAATA-T-TAA
* * ** * * *
12221 CAATTAATACAAGCTTAGACGAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTTTC-TAA-ATT-AAT
447 AAATTAAT--AAG-TAAGA-GATTTAAAA-AATA--AA--T-CT-GT-TTATCAGAACATTAAAT
* * * * * * * * * *
12283 AAG-TAAGA-AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATTAGTTAAAAT-AATTATGGCCATTTA
500 -AGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCTATTT--CAAATT-GTT---ATGACTTTTTG---TTT-
* ** * * * * *
12345 AATGATTATCGATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACACTTGCTTTGTTTTTA
553 --TG----TC-A--T-AAAACAAT-TG----TTT-CTAT-TCAT---ACA--AGC--T-TATTCA
* ** * * *
12410 TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAAGACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGAAAA
593 -AATA-AA----A--T--AAT-ACT-------AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAA
* * * *
12475 AGATTTTAAAAAATAAAATCTATTTACCGAACTATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
640 AGA-TTTAAAAAAT-AAATATGTTTACTGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * *
12540 TCAATCTCAAATCGTTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATAGAAGCT
702 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AATTCATACAAGCT
* * *
12603 TATTCG-ATTGAAAA-AATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAAT--G--AGAGATTTAAAA
766 TATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * * * *
12662 AATAAATATATTTGTTGAACCA-ATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATTTCTTTCAAA
830 AATAAATTTGTTT-AT-AAACATGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
**
12726 TTG
893 TCA
* * * * * * * * *
12729 TT-TTAGCGTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAT-ATCTTAAAAGCTTA-TTCGAA-ATA
1 TTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTTAGAATA-A
** * *
12790 AATAATCCA-AATTTATTAACATCCAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATTAAATCTATTT
63 AATAAT--ATAATTTATTAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-A-TTAAAAAA-TAAATCTATTT
** * * * * * *
12854 ATTGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACTTTT
123 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * **
12919 TGTTTTGACGTAATACAATTATTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATT
188 TGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTAGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * *
12983 TCTTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAG-GGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTC
253 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTC
* *** * * * *
13047 ACATAATTGCAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATA
318 AAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
13111 AAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAGTACTAATTTATTATTATTTGA
383 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-A
* * * * * *
13176 AAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCTA-ATCAATTCAAAAAAATTAT-
446 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AGAAC-ATT--AAATAGTTATG
* * ** * * * * * *
13239 AGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGCCATATAATAATTGTT
507 A-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * *
13304 TTTAATCGTATAAGCTTATTCAGGATAAAATAATTCTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAA
571 TCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
* * * * * ** * *
13369 GTAAGATATTTAAAACATAAATCTATTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATGTGAACAA
635 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * ** * * * * * *
13434 TTGTATACTTCAAATCATTACAACCTTTTATTCT-TAATAAAACAATTATTTCTATTCATGCTAA
699 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAC-AA
** * * *
13498 -CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATTTATT--AAAAGTTAATAACTAAGAGATTT
763 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAA--TATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * *
13560 AAAAAATAAATTTATTTATCAAATCA-ATTCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTT
826 AAAAAATAAATTTGTTTAT-AAA-CATGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT
13624 CAAATCA
889 CAAATCA
* * * * * *** *
13631 TTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTAGACAAAATAAAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
** * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *** *
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* * * *
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* * * * * * *
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*** ** * * *
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* * * * *
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*
14505 TAAAATCA
888 TCAAATCA
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1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
* * * * * * * * *
14578 AATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACT
66 AATA-TAATTT-ATTA-ATTTCAAAAATTAATAAGTAA--AAATTAAAAAATAAATCTATTTACC
* * * * * * * ** **
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * *
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445 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAGAA-C-ATT-AAATAGTTATG
* * ** * * *
15026 ACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTT
507 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
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572 CTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
* * * * * *
15155 G----AGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCT-AACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACA
635 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *** *
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698 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCAATTCATACA
* * * *
15278 AGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTA
762 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * *
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*
15403 AAATCG
890 AAATCA
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1 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
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* * * * **
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* * *** * ***
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*** * * ** **
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*
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* * * * * *
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* * * * *
16661 AATAAATGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAA
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* * ** * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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17166 A
895 A
* * * * * ** * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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*
17550 TAAAACAATGGTTT
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Statistics
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Alignment explanation
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*
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* * * * *
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* * * * *
11588 TCAGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAATATTAATAA
64 TCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAA
* * * * * *
11653 GTAAGTGATTT-AAAAAGTGATTCTATTTATTGAATCAATTC
128 GTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTAAATCAGTTC
11694 A
1 A
11695 AATAATTATG
Statistics
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Consensus pattern (169 bp):
ACTATTTAAATAATTATCTATTTCTAATCATTATAACTTTTTTTTTGTTATAAAACAATTATTTC
AGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTA
AGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTAAATCAGTTC
Found at i:13808 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11815--14090 Score: 1711
Period size: 180 Copynumber: 12.6 Consensus size: 181
11805 TATATTAATG
* * * * ** * *
11815 ATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTATTGT-AAACAATTGTTT-TGTTCATACAA
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* * * * * *
11878 GCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTGA
66 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * *
11943 AAAATAAATATGTTTA-TCGAATCAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACA
131 AAAATAAATTTGTTTACT-GAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
11994 ATTATCTATTT-AAATTGTTTTGGCTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAA
* * * * ** *
12058 GTTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTA
66 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTA
* * * *
12123 AAAAATAAATTTGTTTAATGAA-CAAGTCAATTAGTTATTACTATTTGAACA
130 AAAAATAAATTTGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
12174 ATTGTC-ATTTTAAAATGGTTATAAACTTTTGATTTGT--T---A-AATTGTTTCAATTAATACA
1 ATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACA
** * * * *
12232 AGCTTAGACGAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTTTC-TAAATTAATAAGTAAGAAATTT
65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
** * * * * * * * **
12296 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTAAATG
129 AAAAAATAAATTTGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * ***
12349 ATTATCGATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACACTTGCTTTGTTTTTATCAT
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG--TT-TCAGT-TCAT
* * * * *
12414 ACAAGCTTATTTAAAATAAAATAAGACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGAAAAAGAT
62 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-
* * * *
12479 TTTAAAAAATAAAATCTATTTACCGAA-CTATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
126 TTTAAAAAAT-AAATTTGTTTACTGAATC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
12536 ATTATCAATCTCAAATCGTTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATAGAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAA
* * *
12600 GCTTATTC-GATTGAAAA-AATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAAT--G--AGAGATTT
66 GCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * ** * ** * *
12658 AAAAAATAAATATATTTGTTGAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATA
129 AAAAAATAAATTTGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * *
12711 ATTATTTCTTTCAAATTGTT-TTAGCGTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCTTAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGT-TCATAC
* * * * * * *
12774 AAGCTTATTCGAAAT-AAATAATCCAAATTTATTAACA--TCCAAAATTAATAAGCAAAAGATTT
64 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * *
12836 AAAAAATTAAATCTATTTATTGAAT-AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
129 AAAAAA-TAAATTTGTTTACTGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * * *
12890 ATTATTTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGACGTAATACAATTATTTCAGTTCATAAAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAA
* * * *
12955 GCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAG-GGTTTAA
66 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
** * * * ***
13019 AAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCACATAATTGCAACTATTTGAACA
131 AAAATAAATTTGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
13070 ATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAA
* * * *
13135 GCTTATTCAAAATAAAATAGTACTAATTTATTATTATTTGAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAA
66 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * *
13200 AAAGTAAATCTGTTTACCT-AATCAATTCAAAAAAATTAT-AGCCATTTCAACA
131 AAAATAAATTTGTTTA-CTGAATCAATTC-AAATAGTTATGA-CTATTTGAACA
* * * * * * * * *
13252 ATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGCCATATAATAATTGTTTTTA-ATCGTATA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCAGTTCATACA
** * * *
13316 AGCTTATTCAGGATAAAATAATTCTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTA
65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * ** * * *
13381 AAACATAAATCTATTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATGTGAACA
130 AAAAATAAATTTGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * ** * * * * * *
13433 ATTGTATACTTCAAATCATTACAACCTTTTATTCT-TAATAAAACAATTATTTCTA-TTCATGCT
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAC-
* * * * *
13496 AA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAAT-TTATTAAAAGTTAATAACTAAGAGATT
64 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * *
13559 TAAAAAATAAATTTATTTA-TCAAATCAATTCAAATAGTTAAGACTATATAAATA
128 TAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* *
13613 ATTATCTATTTCAAATCATTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAA
* ** * ** *
13678 ACTTAGACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAA
66 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
** * * * * **
13743 AAAATAAATTTGTTTACTGAATCAGGTAAAATAATTATGCCCATTTGAATG
131 AAAATAAATTTGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * **
13794 GTTATCGATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT-TTTATCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGT-TCATACA
* ** * * * * * *
13858 AACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATCAGTATTTCAAAAACTATTATGTAAAAGATTTA
65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * * *
13923 AAAAATTAGTTTGTTTATTAAACCAATTCAAATAATTATGAATATTTGAACA
130 AAAAATAAATTTGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * * * * * *
13975 ACTATCAATTGCAAATCATTAAGATC-TTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTA-ATCTTAGA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACA
* *** *
14038 AGCTTGTTC-GGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAA
65 AGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
14091 ATGTATTTGT
Statistics
Matches: 1653, Mismatches: 380, Indels: 127
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 33 0.02
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177 7 0.00
178 32 0.02
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAA
GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
AAAATAAATTTGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
Found at i:13864 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 13825--13866 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
13815 TGACATTTTG
13825 TTTTATCATAAAACAATTATT
1 TTTTATCATAAAAC-ATTATT
13846 TTTTATCATACAAAC-TTATT
1 TTTTATCATA-AAACATTATT
13866 T
1 T
13867 GAAATAAAAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 3
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.30
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (20 bp):
TTTTATCATAAAACATTATT
Found at i:15212 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 15184--15240 Score: 55
Period size: 18 Copynumber: 3.2 Consensus size: 18
15174 TGTTTACCTA
15184 ACTAGTTTAAATAATTATG
1 ACTA-TTTAAATAATTATG
*
15203 ACTATTTAAACAATTAT-
1 ACTATTTAAATAATTATG
**
15220 -CTATTTCAAATCGTTATG
1 ACTATTT-AAATAATTATG
15238 ACT
1 ACT
15241 TTTTGTTTGT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 6
0.76 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.19
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19 6 0.19
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Consensus pattern (18 bp):
ACTATTTAAATAATTATG
Found at i:15670 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 15401--15671 Score: 325
Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
15391 ATCATTTATT
* * * *
15401 TCAAATCGTTATGACTTCTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGG
1 TCAAATCGTTATGACTTCTTGTTCTATCATAAAAAAATAGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * * *
15466 ATTAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATA
66 AATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
15531 CGTTTACCAAACTAGA
131 CGTTTACCAAACTAGA
* * * * *
15547 TCAAATCGTTATTACCTT-TTGTTTTATCATAAAAAAATTA-TTTCAATTCGTATAAGCTTATTT
1 TCAAATCGTTATGA-CTTCTTGTTCTATCATAAAAAAA-TAGTTTCAATTCATACAAGCTTATTC
* *
15610 GAAATATAATAATACTAAGTTATTAATATTCT-AAAATTTAATAATTAAGAA-ATTTAAAAAAT
64 GAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCTGAAAA-TTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAAT
15672 GAATTTATTT
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 17, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
145 3 0.03
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
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TCAAATCGTTATGACTTCTTGTTCTATCATAAAAAAATAGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGA
AATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
CGTTTACCAAACTAGA
Found at i:15996 original size:510 final size:499
Alignment explanation
Indices: 15048--16062 Score: 1150
Period size: 510 Copynumber: 2.0 Consensus size: 499
15038 ATTATCGATT
* * * *
15048 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCTTACTACCTTATTCAA
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCAATTCGTACTACCTTATTCAA
* * * *
15113 AATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTT
66 AATAAAATAAAATGAAGTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGAAATTTAAAAAATAATTTTATT
* * * *
15178 TACCTAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTT
131 TACCTAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAAATATCTATTTCAAATCGTTATAACCTT
* * * * *
15243 TTGTTTGTCATAAAATAAATTTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
196 TTGTTTGTCATAAAATAAATTTTTTTATTAATATAAGCTTATTCGAAACAAAACAATACTAATTT
*
15308 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATA
261 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATA
* * *
15373 GTTATGACTATTTGAGCAATCATTTATTTCAAATCGTTATGACTTCTTGTTCTATTATAAAACAA
326 GTTATAACTATTTGAACAATCATTTATTTCAAATCGTTATGACTTCTTGTTCTATCATAAAACAA
* * **
15438 TAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTTGACAATT
391 TAGTTTCCATTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAACAATT
* *
15503 AATAAGTAAAAGATTTTAAAA-ATAAATACGTTTACCAAACTAGA
456 AATAAGTAAAA-AATTTAAAACATAAATACGTTTACCAAACAAGA
* * * **
15547 TCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCAATTCGTA-TAAGCTTATTTG
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCAATTCGTACT-ACCTTATTCA
* *
15611 AAATATAATAATACT-AAGTTATTAATA-TTCTAAAATTTAATAATTAAGAAATTTAAAAAATGA
65 AAATAAAATAA-AATGAAGTTATTAATATTTC-AAAA---AATAA-TAAGAAATTTAAAAAAT-A
* * * * * *
15674 A-TTTATTTA-CTGTACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAAATGTTTATTTGAAAT-TT
123 ATTTTATTTACCT-AACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAAATATCTATTTCAAATCGT
*
15736 CTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-GATTTTTTCTATTAATATTAAGACAAGCTTATTTCG-
187 -TATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAATAAATTTTTT-TATTAATA-T-----AAGCTTA-TTCGA
*
15799 AACAAAACAATA-TAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAGTAAGTAA-A-TTAAAAAATAAAT
242 AACAAAACAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAA--AAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
15859 TTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATCA-TTATAACTATTTGAACAAGT-ATTTATTTCAACTTGTT
302 CTGTTTATC-AAACAAGTTCAAAT-AGTTATAACTATTTGAACAA-TCATTTATTTCAAATCGTT
* * *
15921 ATGACATT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCCATTCATACAAGTTTATTCGAATTAAAAT
364 ATGAC-TTCTTGTTCTATCATAAAACAA-TAGTTTCCATTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAAT
* * *
15984 AATTTTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAACATAAATATGTTTGCC
427 AATTCTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAACATAAATACGTTTACC
*
16049 AAACAAGT
492 AAACAAGA
16057 TCAAAT
1 TCAAAT
16063 AGTCATTATA
Statistics
Matches: 433, Mismatches: 53, Indels: 49
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
498 4 0.01
499 78 0.18
500 2 0.00
502 7 0.02
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (499 bp):
TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCAATTCGTACTACCTTATTCAA
AATAAAATAAAATGAAGTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGAAATTTAAAAAATAATTTTATT
TACCTAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAAATATCTATTTCAAATCGTTATAACCTT
TTGTTTGTCATAAAATAAATTTTTTTATTAATATAAGCTTATTCGAAACAAAACAATACTAATTT
ATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATA
GTTATAACTATTTGAACAATCATTTATTTCAAATCGTTATGACTTCTTGTTCTATCATAAAACAA
TAGTTTCCATTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAACAATT
AATAAGTAAAAAATTTAAAACATAAATACGTTTACCAAACAAGA
Found at i:16555 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 16529--16584 Score: 60
Period size: 24 Copynumber: 2.4 Consensus size: 23
16519 AAAATAATGG
16529 TAATTTATTAAAATTTTAAAAAT
1 TAATTTATTAAAATTTTAAAAAT
* *
16552 TAA-TAAGTAAAAAATTTTAAAAAT
1 TAATTTA-T-TAAAATTTTAAAAAT
*
16576 AAATTTATT
1 TAATTTATT
16585 TACCGAGCGA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 5, Indels: 6
0.69 0.14 0.17
Matches are distributed among these distances:
22 2 0.08
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24 17 0.68
25 2 0.08
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (23 bp):
TAATTTATTAAAATTTTAAAAAT
Found at i:16750 original size:351 final size:354
Alignment explanation
Indices: 15836--16960 Score: 811
Period size: 351 Copynumber: 3.1 Consensus size: 354
15826 TAAGACAATT
* * * ** * * *
15836 AGTAAGTAAATTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATCA-TTATAACTATTTGAAC
1 AGTAAGAAAATTAAAAAAGAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATAACTATCTAAAT
* * * ** * * * * * * *
15900 AAGTATTTATTTCAACTTGTTATG-ACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCCATTCATAC
65 AATTATCTATTGCAAAATATTATGAACCTTTTATGTTGTCATAAAACAAATAGTTCTATTCATAC
* * * * * * * *
15964 AAGTTTATTCGAATTAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTT
130 AAGCTTATTCCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTCAAAAATAAATAAGT-AAAAACTT
* * * * * * * * * *
16029 AAAACATAAATATGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTCATTATACTTATTTGAATA-TGTATCCT
193 AAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTCCAAATAGTCA-T-GAC-CATTTAAACAGT-TAT-CT
* * * * * * *
16093 ATTTCAAATCATTATGACCTTTT-CTTT-TGCAATAAAGCAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTA
253 ATTTCAAATTATTATAACATTTTGCTTTAT--AGTAAAACAATGGTTTCTATTC--AT-A-C---
* * * * *
16156 TTTGAAGTAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
309 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATA
* *
16202 CGTAAGAGAATTAAAAAAGAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAATA
1 AGTAAGAAAATTAAAAAAGAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAATA
* * * *
16267 ATTATCTATTTCAAAATATTATGACCCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTAGTTCTATTCATACA
66 ATTATCTATTGCAAAATATTATGAACCTTTTATGTTGTCATAAAACAAATAGTTCTATTCATACA
*** *
16332 AGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGTAAAAATTTAA
131 AGCTTATTCCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT-CAAAAATAAATAAGTAAAAACTTAA
* * * * *
16397 AAAATAAATCTATGTT-CTTAACATGTCCAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTATCTATTTCA
195 AAAATAAATCTAT-TTACTAAACAAGTCCAAATAGTCATGACCATTTAAACAGTTATCTATTTCA
* * * *
16461 AATTGTTATGACCTTTTGCTTTATCA-T-AAACGAATTGTTTCTATTCATACTTCGAAATAAAAT
259 AATTATTATAACATTTTGCTTTAT-AGTAAAAC-AATGGTTTCTATTCATACTTCGAAATAAAAT
**
16524 AATGGTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATA
322 AATACTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATA
* * * * * * * * *
16557 AGTAA-AAAATTTTAAAAATAAATTTATTTACCGAGCGAGTTTAAATAGTTATGA-TATTTGAAT
1 AGTAAGAAAA-TTAAAAAAGAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAAT
* * *
16620 AATTATTTATTGC-AAATCATTAT-AATC-TTT-TGTTGTCATAAAATAAAT-GTTTCTATTCAT
65 AATTATCTATTGCAAAAT-ATTATGAACCTTTTATGTTGTCATAAAACAAATAG-TTCTATTCAT
* * * * ** *
16680 ATAAGTTTATTCCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-ATAAAATTAATGAGTTGGAGA
128 ACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCA-AAAATAAATAAG-TAAAAA
* * * * * *
16743 CTTAAAAAATTAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTAAACTGTTATCTAT
190 CTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTCCAAATAGTCATGACCATTTAAACAGTTATCTAT
* * *
16808 TTCAAATTATTATAACATTTTGTTTTATAGTAAAACAATGGTTTTTATTCATATAAAATTATTC-
255 TTCAAATTATTATAACATTTTGCTTTATAGTAAAACAATGGTTTCTATTC--AT---A--CTTCG
* * * *
16872 AAAAAAAATAATACTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATA
313 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATA
** * * *
16914 AG--AG---ATTAAAAACTAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAT
1 AGTAAGAAAATTAAAAAAGAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
16961 GATTATGTGA
Statistics
Matches: 625, Mismatches: 109, Indels: 64
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
349 1 0.00
350 14 0.02
351 150 0.24
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356 1 0.00
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366 109 0.17
367 81 0.13
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
AGTAAGAAAATTAAAAAAGAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAATA
ATTATCTATTGCAAAATATTATGAACCTTTTATGTTGTCATAAAACAAATAGTTCTATTCATACA
AGCTTATTCCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCAAAAATAAATAAGTAAAAACTTAAA
AAATAAATCTATTTACTAAACAAGTCCAAATAGTCATGACCATTTAAACAGTTATCTATTTCAAA
TTATTATAACATTTTGCTTTATAGTAAAACAATGGTTTCTATTCATACTTCGAAATAAAATAATA
CTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATA
Found at i:17056 original size:532 final size:528
Alignment explanation
Indices: 15547--17558 Score: 1558
Period size: 532 Copynumber: 3.7 Consensus size: 528
15537 CCAAACTAGA
* * * * * * *
15547 TCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCAATTCGTATAAGCTTATTTGA
1 TCAAATCATTATGACCTTTTG--TTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTAA
* * * * * *
15612 AATATAATAATACTAAGTTATTAATATTCT-AAAATTTAATAATTAAGA-AATTTAAAAAATGAA
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAA-TTAAT-AGTAGGAGAA-TTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * * * *
15675 TTTATTTACTGTACAAGTTTAAATAATTATGA-CTATTTGAACAAATGTTTATTTGAAATT-TCT
126 TATGTTTACT-AAAAAGTTCAAATAGTTAT-ATCTATTTAAACTATTATCTATTTCAAATTAT-T
* * * * * * * *
15738 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTAATATTAAGACAAGCTTATTTCGAACA
188 ATAACCTTTTATTTTAT-ATAAAA-CAATGTTT-TATT--CA-T-A-A-AA-CTTATTT-AAAAA
* * * * *
15803 AAACAATATAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAGTAAGTA-AATTAAAAAATAAATTTGTTT
242 AAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * * * *
15865 ACTGAACAAGTTCAAATCA-TTATAACTATTTGAACAAGTATTTATTTCAACTTGTTATGACATT
303 ACCGAACTAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT
* * * * **
15929 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCCATTCATACAAGTTTATTCGAATTAAAATAATTTTAATT
367 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTC-TATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGCTAATT
* * * * *
15994 TATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAA-TTTAAAACATAAATATGTTTGCCAAACAAGTT
431 TATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAA-ATAAATATGTTTACCGAACAAGTT
*
16058 CAAATAGTCATTAT-ACTTATTTGAAT-ATGTATCCTATT
495 TAAATAG---TTATGA-TTATTTGAATAAT-TAT-CTATT
* * ** *
16096 TCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGCAATAAAGCAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGA
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTGT-C-ATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTAA
* * * * * *
16161 AGTAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTTGAAAATTAATACGTAAGAGAATTAAAAAAGAAATT
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATA-GTAGGAGAATTAAAAAATAAATA
* * * * *
16226 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAA-TAATTATCTATTTCAAAATATTATG
128 TGTTTACTAAA-AAGTTCAAATAGTTATATCTATTTAAACT-ATTATCTATTTCAAATTATTAT-
* * * * * *
16290 ACCCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTAGTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA
190 AACCTTTTATTTTAT-ATAAAACAA-T-GTTTTATTCATA-AAACTTA-TTTAAAAAAAATAATA
* * * **
16355 TAAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATGTT-CTTAAC
250 T-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTACCGAAC
* * *
16419 -ATGTCCAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGCTTT
310 TA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
* * *
16483 ATCAT-AAACGAATTGTTTCTATTC-AT-A-C---TTCGAAATAAAATAATGGTAATTTATTAAA
374 GTCATAAAAC-AATTATTTCTATTCTATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAAA
* * * *
16541 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTATTTACCGAGCGAGTTTAAATAGT
438 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGT
*
16606 TATGA-TATTTGAATAATTATTTATT
503 TATGATTATTTGAATAATTATCTATT
* * * * * * **
16631 GCAAATCATTATAATCTTTTGTTGTCATAAAATAAATGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCCAAA
1 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTAAAA
* * * *
16696 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTG
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAAT-AGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATG
* * * * *
16760 TTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTAAACTGTTATCTATTTCAAATTATTATAACA
130 TTTACTAAA-AAGTTCAAATAGTTATATCTATTTAAACTATTATCTATTTCAAATTATTATAACC
* * *
16825 TTTTGTTTTATAGTAAAACAATGGTTTTTATTCATATAAAATTATTCAAAAAAAATAATACTAAT
194 TTTTATTTTATA-TAAAACAAT-G-TTTTATTCATA-AAACTTATTTAAAAAAAATAATA-TAAT
* *
16890 TTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGA-TTAAAAACTAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAA
254 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAA
* * * * *
16954 TAGTTATGATTATGTGAACAATTGTCTATCTCAAATTGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAAC
319 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * *
17018 AATTATTTCTATACGTATAAGCTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAA---A-TAAATAGTTT-AAA
384 AATTATTTCTATTC-TATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAAA-ATTTTAAAA
* * * * ** * *
17078 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATGTGTTTATTGAACTAGTTTAAATAGTTAAGATTAT
447 ATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATGATTAT
* *
17142 TAGAACAATTATCTATT
512 TTGAATAATTATCTATT
* * * * * *
17159 TCGAATTATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACATGCTTATTTAA
1 TCAAATCATTATGACCTTTTG-TT-GTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTAA
* * * * * *
17224 AATAAAATTATACTATTTTATTAACATTATGAAAATTAATAAGCAAGTAG-TTTAAAAAAATAAA
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAAT-AG-TAGGAGAATT-AAAAAATAAA
* * * *
17288 TATGTTTACCTAACAAA-TTCAAATAGTTATAAT-TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATT
126 TATGTTTA-CTAA-AAAGTTCAAATAGTTAT-ATCTATTTAAACTATTATCTATTTCAAATTATT
*
17351 A-AGACCTTTTATTTTATAATAAAACAAATGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATA
188 ATA-ACCTTTTATTTTAT-ATAAAAC-AATGTTTTA-TTCATAAAA-CTTATTTAAAA-AAAATA
* * * * * * *
17415 ATATTACTTTATTAATATTTTACAAATTGAGAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCA
247 ATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATT---AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG
* * ** * *
17480 AATTAGTTCAATTAGTTATG-CCCTTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGAACTTTTGTT
307 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
*
17544 TTGCCATAAAACAAT
372 TTGTCATAAAACAAT
17559 GGTTTTTCAT
Statistics
Matches: 1189, Mismatches: 212, Indels: 135
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
525 26 0.02
526 69 0.06
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528 63 0.05
529 8 0.01
530 101 0.08
531 56 0.05
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534 2 0.00
535 24 0.02
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546 11 0.01
547 93 0.08
548 7 0.01
549 142 0.12
550 32 0.03
551 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (528 bp):
TCAAATCATTATGACCTTTTGTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTAAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATGT
TTACTAAAAAGTTCAAATAGTTATATCTATTTAAACTATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTT
TTATTTTATATAAAACAATGTTTTATTCATAAAACTTATTTAAAAAAAATAATATAATTTATTAA
TATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAT
GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
TCTATTCTATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAG
TAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAATAAT
TATCTATT
Found at i:17359 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15555--17563 Score: 1296
Period size: 182 Copynumber: 11.2 Consensus size: 179
15545 GATCAAATCG
* * * * * * *
15555 TTATTACCTTTTGTTTTA-TCATAAAAAAATTATTTCAATTCGTATAAGCTTATTTGAAATATAA
1 TTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * * * * * *
15619 TAATACTAAGTTATTAATATTCTAAAATTTAATAATTAAGAAATTTAAAAAATGAATTTATTTA-
65 TAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAG-AGTTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * * * * * *
15683 CTGTACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAAATGTTTATTTGAAATT-
128 CT-AACAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA
* * ** * *
15735 TCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTAATATTAAGACAAGCTTATTTCG-
1 T-TATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-T-----AAGCTTA-TTCGA
* * *
15799 AACAAAACAATA-TAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAGTAAGTAA-A--TTAAAAAATAAAT
58 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
15859 TTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATCA-TTATAACTATTTGAACAAGTATTTATTTCAACTTG
120 ATGTTTACCT-AACAAGTTCAAAT-AGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA
* * * * * * *
15919 TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCCATTCATACAAGTTTATTCGAATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAAT
** * * * * *
15984 AATTTTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAACATAAATATGTTTGCC
66 AATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGT-AAGAGTTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * *
16049 AAACAAGTTCAAATAGTCATTATACTTATTTGAA-TATGTATCCTATTTCAAATCA
129 TAACAAGTTCAAATAG---TTATAATTATTTGAACAAT-TAT-CTATTTCAAATTA
* * * * * *
16104 TTATGACCTTTTCTTTTG-CAATAAAGCAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTAGTC-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * * * * * *
16168 TAATACTAGTTTATTAATATTTTGAAAATTAATACGTAAGAGAATTAAAAAAGAAATTTATTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * * *
16233 CAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAATA
128 CTAACAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA
* * * *
16285 TTATGACCCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTAG-TTCTATTCATACAAGCTTATTTTG-AATAA
1 TTATGA-CCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATATAAGCTTA-TTCGAAATAA
* * * *
16348 AATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATG-
63 AATAATACT-AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAA--TATGT
* * * * * * *
16411 TT-CTTAACATGTCCAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTATCTATTTCAAATTG
124 TTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA
16466 TTATGACCTTTTGCTTTA-TCAT-AAACGAATTGTTTCTATTC--AT-A-C---TTCGAAATAAA
1 TTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAA
** * * * * * *
16522 ATAATGGTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTATTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGT-AAGAGTTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * * * * * * *
16587 CCGAGCGAGTTTAAATAGTTATGA-TATTTGAATAATTATTTATTGCAAATCA
127 CCTAACAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA
* * * * * *
16639 TTATAATCTTTTG-TT-GTCATAAAATAAATGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCCAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* ** * * *
16702 AATACTAATTTATTAATA-TTATAAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTGTTTA-C
66 AATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * **
16765 TAAATAAGTTCAAATAGTCAT-GTCCATTTAAACTGTTATCTATTTCAAATTA
129 T-AACAAGTTCAAATAGTTATAAT-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA
* * * * ** *
16817 TTATAACATTTTGTTTTA-T-AGTAAAACAATGGTTTTTATTCATATAAAATTATTC-AAAAAAA
1 TTATGACCTTTTG-TTTAGTCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAA
* * * *
16879 ATAATACTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA--TTAAAAACTAAATCTATTTAC
64 ATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * * * *
16940 CGAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATGTGAACAATTGTCTATCTCAAATTG
128 CTAACAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA
* * * * * * *
16992 TTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATACGTATAAGCTTATTCGGAGTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * *
17056 ATTGCTAA---ATAAATAGTTT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATGTGTTTA-T
66 AATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * *
17115 TGAACTAGTTTAAATAGTTA-AGATTATTAGAACAATTATCTATTTCGAATTA
129 T-AACAAGTTCAAATAGTTATA-ATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA
* * * * * * **
17167 TTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACATGCTTATTTAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * *
17232 TATACTATTTTATTAACATTATGAAAATTAATAAGCAAGTAGTTTAAAAAAATAAATATGTTTAC
66 AATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAG-AGTTT-AAAAAATAAATATGTTTAC
* * *
17297 CTAACAAATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA
128 CTAACAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA
* * * * * **
17349 TTAAGACCTTTTATTTTA-TAATAAAACAAATGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAA
1 TTATGACCTTTT-GTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAA
* * * * * * *
17412 ATAATATTACTTTATTAATATTTTACAAATTGAGAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTT
64 ATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAAT-ATGTTT
* * ** * **** * *
17476 ATCAAATTAGTTCAATTAGTTAT-GCCCTTTGAACAATTATCTATTTTAAATTG
126 ACCTAACAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA
* * * *
17529 TTATGAACTTTTGTTTTGCCATAAAACAATGGTTT
1 TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT
17564 TTCATTGTAT
Statistics
Matches: 1434, Mismatches: 295, Indels: 200
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
171 31 0.02
172 13 0.01
173 81 0.06
174 71 0.05
175 125 0.09
176 70 0.05
177 79 0.06
178 68 0.05
179 43 0.03
180 135 0.09
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182 221 0.15
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185 126 0.09
186 6 0.00
187 37 0.03
188 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATATGTTTACCTA
ACAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA
Found at i:17948 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17624--19034 Score: 1088
Period size: 181 Copynumber: 7.9 Consensus size: 180
17614 AAAGTCAATG
* * * *
17624 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAAC-TAGTTTGGTAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAAATTTAT
* * * * * ** * *
17688 TTTCTAAATCTCTTACCTATTAATTTGTGGAATATTAATAAATTAGTATTGCTTTATTCCAAATA
65 TTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATA
* * * * *
17753 AACTGATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAATAGATCATAACT
129 AGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACT
* * ** * * * * *
17805 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATGGCCATAACTATTTGAGTTTACTCGATAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATT
* * * * *
17870 TTTAATTTTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAA
66 TTTAA-ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * * * *
17935 GTTTGTCTGAATAGAAACAATTAG--TTATAACAAAACAAAAAGGTCAAAACT
130 GCTTATATGAATAAAAACAATT-GTTTTATGACAAAA-TAAAAGGTCATAACT
* * * * * * * * *
17986 ATTTAAAATACATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTAGAAAACAGATTTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTA-T
* * * *
18051 TTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTTATGTTATTTTA-TTCGAAATA
65 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG-AATA
*
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* * *
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* * * **
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* * * * ** *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * ** *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * *
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1 -ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTA-
* * *
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* * * * ** *
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* * * ** * *** ** * *
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** * ** *
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* * *
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* *
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* * *
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* *
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*
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1 T
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*
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*
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*
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* * *
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* *
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* * *
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*
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* * * *
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* * *
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* * *
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** *
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* * * *
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* *
20687 AAAATATA-TTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTT
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Consensus pattern (59 bp):
AAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGAAAATAAGCTTTCTC
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20328 TAAAATTCAA
* * *
20338 AAAAAAAAATTTTGAAGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGAAAATAAGCTTTCTAAAAAAA
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* * *
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1 AAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGAAAATAAGCTTTCTAAAAAAT
* *
20520 A-TTTTGGGGAAAAGTTGGAAGTATCAATTTTCCTTAGAAA-CAAGTTTTC
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** *
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1 AAAA--AATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGAAAATAAGCTTTCTA-AAA
* *
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63 AATATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAA-TAAAGTTTTC
* *
20686 -TAAAATATATTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTT
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AAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGAAAATAAGCTTTCTAAAAAAT
ATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAAGTTTTC
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* *
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1 A
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ATAGACAATAGCGACAGGTT
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*
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*
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*
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31194 AA
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AAAAGGAAAAAAAATG
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* * *
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* * *
32121 GAGCAATTTATTTTTCAAAGTTG-GGAGCCTCTGATTAGAG
1 GAGCCATTTATTTTTCAAAGTCGTTGAGCCTCTGATTAGAG
* *
32161 GAGCCATTTATTTTTCAAAAGTCATTGAGCCTCTGATTAGAT
1 GAGCCATTTATTTTTC-AAAGTCGTTGAGCCTCTGATTAGAG
*
32203 GAGCCATTTATTTTTCAAAGTTGTTGAGCCTCTGATTAGAG
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*
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* * *
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** * *
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1 GAGC
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GAGCCATTTATTTTTCAAAGTCGTTGAGCCTCTGATTAGAG
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32593 CCACTTTGTT
*
32603 TTTTTA TTTTGTA TTTTATA TTTCATTA TTTTATTA TTATTA TTTTTA
1 TTTTTA TTTT-TA TTTT-TA TTT--TTA -TTT-TTA TTTTTA TTTTTA
32651 TTTTATA TTTTATA TTTTT
1 TTTT-TA TTTT-TA TTTTT
32670 TCCCTTTATA
Statistics
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TTTTTA
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32592 TCCACTTTGT
*
32602 TTTTTTATTTTGTA
1 TTTTATATTTT-TA
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1 TTTTATATTT--TTA
*
32631 TTTTATTATTATTA
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1 TTTTATATTTT-TA
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1 TTTTATATTTTT
32670 TCCCTTTATA
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TTTTATATTTTTA
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Indices: 32604--32668 Score: 69
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32594 CACTTTGTTT
*
32604 TTTTATTTTGTATTTTATA
1 TTTTATTTTATATTTTATA
32623 TTTCATTATTTTATTATTATTAT-
1 -TT--TTATTTTA-TATT-TTATA
32646 TTTTATTTTATATTTTATA
1 TTTTATTTTATATTTTATA
32665 TTTT
1 TTTT
32669 TTCCCTTTAT
Statistics
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TTTTATTTTATATTTTATA
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Indices: 32603--32698 Score: 108
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32593 CCACTTTGTT
* *
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1 TTTTTATTTTATATTTTATATTTCATTACTTTATATATTATGTA
* * *
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1 TTTTTATTTTATATTTTATATTTCATT-ACTTTATATATTATGTA
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32699 ATTTATTTAT
Statistics
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TTTTTATTTTATATTTTATATTTCATTACTTTATATATTATGTA
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32664 ATTTTTTCCC
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1 TTTATAT-TTATGTA
*
32689 TTTATTATTTATTTA
1 TTTA-TATTTATGTA
*
32704 TTTATTATTACTATTTA
1 TTTA-TATT--TATGTA
*
32721 -TTACTATTTATTTA
1 TTTA-TATTTATGTA
32735 TTTAT-TTT-TGTTA
1 TTTATATTTATG-TA
*
32748 TGTTAATATATATATTTA
1 T-TT-ATAT-T-TATGTA
* **
32766 -TTATTACTTAACTA
1 TTTA-TATTTATGTA
32780 TTTATATATTAT-TA
1 TTTATAT-TTATGTA
* *
32794 TATATATTTATTTA
1 TTTATATTTATGTA
*
32808 -TTATTATTTATCTA
1 TTTA-TATTTATGTA
32822 TTTATAT
1 TTTATAT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTATATTTATGTA
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Period size: 4 Copynumber: 37.5 Consensus size: 4
32672 CCTTTATATC
*
32682 TTAT GTAT TTA- TTAT TTAT TTAT TTA- TTAT TACTAT TTAT TACTAT
1 TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT T--TAT TTAT T--TAT
* * * * *
32728 TTAT TTAT TTAT TTTT GTTAT GTTAAT ATAT ATAT TTA- TTA- TTAC TTAA
1 TTAT TTAT TTAT TTAT -TTAT -TT-AT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT
* * * *
32777 CTAT TTAT ATA- TTAT TATAT ATAT TTAT TTA- TTA- TTAT TTAT CTAT
1 TTAT TTAT TTAT TTAT T-TAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT TTAT
*
32823 TTAT ATAT TT
1 TTAT TTAT TT
32833 TAAGTTATCT
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 18, Indels: 24
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Matches are distributed among these distances:
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TTAT
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Indices: 32632--32832 Score: 135
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32622 ATTTCATTAT
* * * ***
32632 TTTATTATTATTATTT-TTATTTTATATTTTATATTTTTTCCC
1 TTTATTATTATTATTTATTA-TTTATATATT-TATTATATATA
* *
32674 TTTATATCTTATGTATTTATTATTTATTTATTTATTAT-TACTA
1 TTTAT-TATTAT-TATTTATTATTTATATATTTATTATATA-TA
* * * *
32717 TTTATTACTATTTATTTATTTATTTTTGTTATGTTAATATATATA
1 TTTATTATTA-TTATTTA-TTATTTAT-ATAT-TTATTATATATA
*
32762 TTTATTATTACTTA---ACTATTTATATA-TTATTATATATA
1 TTTATTATTA-TTATTTATTATTTATATATTTATTATATATA
32800 TTTATTTATTATTATTTATCTATTTATATATTT
1 TTTA-TTATTATTATTTAT-TATTTATATATTT
32833 TAAGTTATCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTATTATTATTATTTATTATTTATATATTTATTATATATA
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Indices: 32674--32831 Score: 70
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32664 ATTTTTTCCC
*
32674 TTTATATCTTA
1 TTTATATATTA
* *
32685 TGTATTTATTA
1 TTTATATATTA
*
32696 TTTATTTATT-
1 TTTATATATTA
*
32706 TATTAT-TACTA
1 T-TTATATATTA
*
32717 TTTAT-TACTA
1 TTTATATATTA
*
32727 TTTATTTATTTA
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*
32739 TTT-T-TGTTA
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1 TTTATATATTA
* *
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1 TTTATATATTA
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1 TTTATATATTA
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1 TTTATATATTA
*
32800 TTTATTTATTA
1 TTTATATATTA
*
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1 TTTATATATT
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Statistics
Matches: 116, Mismatches: 14, Indels: 34
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TTTATATATTA
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* *
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1 TTATTTATT
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Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 3
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Indices: 33727--33780 Score: 65
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* *
33727 TTATATTTAATTATTTATTTATTA
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*
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1 TTATTTTTAATTATTTATT-GATTA
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1 TTATTT
33781 GTTTAATACT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 2
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Indices: 33790--33868 Score: 63
Period size: 6 Copynumber: 12.7 Consensus size: 6
33780 TGTTTAATAC
* * *
33790 TTTTTA TTTTTA TTTTTG TTTTATT TTCCTTTA TTTTTA TTTTCA TTTTTA
1 TTTTTA TTTTTA TTTTTA TTTT-TA TT--TTTA TTTTTA TTTTTA TTTTTA
*
33841 -TTTTA TCTTTA -TTTTA TTATTTTA TTTT
1 TTTTTA TTTTTA TTTTTA -T-TTTTA TTTT
33869 CTTTAAATAA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 7, Indels: 14
0.74 0.09 0.17
Matches are distributed among these distances:
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TTTTTA
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33781 GTTTAATACT
* * *
33791 TTTTA TTTTTA TTTTTG TTTTA TTTTC CTTTA TTTTTA TTTTCA TTTTTA
1 TTTTA -TTTTA -TTTTA TTTTA TTTTA TTTTA -TTTTA TTTT-A -TTTTA
33841 TTTTA TCTTTA TTTTA --TTA TTTTA TTTT
1 TTTTA T-TTTA TTTTA TTTTA TTTTA TTTT
33869 CTTTAAATAA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 6, Indels: 13
0.76 0.08 0.16
Matches are distributed among these distances:
3 3 0.05
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Indices: 33790--33868 Score: 79
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33780 TGTTTAATAC
33790 TTTTTATTTTTA
1 TTTTTA-TTTTA
*
33802 TTTTTGTTTTA
1 TTTTTATTTTA
**
33813 -TTTTCCTTTA
1 TTTTTATTTTA
33823 TTTTTATTTTCA
1 TTTTTATTTT-A
33835 TTTTTATTTTA
1 TTTTTATTTTA
*
33846 TCTTTATTTTA
1 TTTTTATTTTA
33857 TTATTTTATTTT
1 -T-TTTTATTTT
33869 CTTTAAATAA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 7, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTTATTTTA
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Indices: 33886--34274 Score: 426
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33876 TAAAATTCAA
** *
33886 AAAAATATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGGAAATAAATTTTTC
1 AAAAA-ATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAAT-AAGTTTTC
* * * *
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1 AAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAGTTTTC
* * * * *
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1 -AAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAGTTTTC
* * * **
34059 AAAAGCGA-ATTTTTGAGGAAAAGTTAAAAGTATCAATTTTCCTTGAAAATAAACTTTC
1 AAAA--AATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAGTTTTC
*
34117 TAGAAAAATATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAGTTTTC
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* * * *
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1 AAAAAAT--A-TTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAGTTTTC
* *
34235 -AAAAGTGAATTTTTGATGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTT
1 AAAAAAT--ATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTT
34275 TCCTGCACAA
Statistics
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57 46 0.16
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60 3 0.01
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Consensus pattern (57 bp):
AAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAGTTTTC
Found at i:33994 original size:117 final size:114
Alignment explanation
Indices: 33873--34274 Score: 445
Period size: 117 Copynumber: 3.4 Consensus size: 114
33863 TATTTTCTTT
* *
33873 AAATAAAATTCAAAAAAATATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGGAAATAA
1 AAATAAATTTC-AAAAAA-ATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAAT-A
* * * *
33938 ATTTTTCAAAAAATATTTTTGAAGAAAAATTGAAAGTATCAATTTTCCTTGA
63 AGTTTTCAAAAGATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGA
* * * * * *
33990 AAATAAGCTTTCTAAAAAATA-TTTTGGGGAAAAGTTGTAAGTATCAATTTTTCTTAGAAACAAG
1 AAATAA-ATTTCAAAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAG
*
34054 TTTTCAAAAGCGA-ATTTTTGAGGAAAAGTTAAAAGTATCAATTTTCCTTGA
65 TTTTCAAAA--GATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGA
* * *
34105 AAATAAACTTTCTAGAAAAATATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAA
1 AAATAAA-TTTC-AAAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAA
*
34170 GTTTTC-AAAGATGGATTTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTAGA
64 GTTTTCAAAAGAT--A-TTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTT-GA
** ** *
34224 AACA-AGTTTTCAAAAGTGA-ATTTTTGATGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTT
1 AA-ATAAATTTCAAAA-AAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTT
34275 TCCTGCACAA
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 29, Indels: 26
0.82 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
114 13 0.05
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120 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (114 bp):
AAATAAATTTCAAAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAGT
TTTCAAAAGATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGA
Found at i:34216 original size:27 final size:27
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Indices: 34186--34275 Score: 67
Period size: 29 Copynumber: 3.2 Consensus size: 27
34176 AAAGATGGAT
34186 TTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAA
1 TTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAA
* * * *
34213 TTTTTCTTAGAAACAAGTTTTCAAA--AGTGAA
1 -TTTT-TGAGGAA-AAG--TTGAAAGTA-TCAA
*
34244 TTTTTGATGAAAAGTTGAAAGTATCAA
1 TTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAA
34271 TTTTT
1 TTTTT
34276 CCTGCACAAA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 9, Indels: 15
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.06, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (27 bp):
TTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAA
Found at i:35445 original size:186 final size:182
Alignment explanation
Indices: 34753--35706 Score: 737
Period size: 181 Copynumber: 5.2 Consensus size: 182
34743 TTATGACAAC
* * *
34753 GACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTTTTAACT-A--A-TT
1 GACAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TTTAACTAATTATTT
* * * * **
34814 GAACAAATTTAGTAAACGAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATA
64 GAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * * **
34879 AATTAATATTATTTTATTATGAATAAAATTATATCAACAAAAACGTTCATTTTAT
129 AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAAAATT-ATTTTAT
* * * *
34934 GACAAAACAAAAGCTCACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--TCA-TAATTATTTG
1 GACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTTAACTAATTATTTG
** * *
34996 AACTAGTTCGGCAAACATAATTATTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
65 AACTAGTTTAGTAAACA-AATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * ** * *
35061 CAATTAGTTTTATTTTCTTCCAAATAAA-TTGCTAAGAACTGAAAAAAAATTGTTTTAT
128 AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTG-TATGAAC---AAAAAAATTATTTTAT
* * * * *
35119 AATAAAACAAAAGGTCATAACGATCTGAAATAAAGAATTGTTCATACA-AGCTTAAC----TATT
1 GACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCA-A-ATAGTTTAACTAATTATT
* * * * * * * *
35179 TGAACTAGTCTAATAAATAAGTTTAATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTAT
63 TGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAA
* *
35243 TACATTAGTGTTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAA-AAGAAATAATTATTTTAT
127 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAA-AAA-AATTATTTTAT
* * * *
35300 GACATAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAAT
1 GACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTT-TAACTAATT--AT
* *
35365 TTGAACTAGTTTGGTAAAC-AATTTTTTTTTTAAATCT-TTCACTTATTAATTTTTGAAATATTA
62 TTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * ** ** *
35428 GTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTATTTCAT
126 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAA-AATTATTTTAT
* ** *** *
35486 GACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTCAAAT-G-GCCA-TAATTATTTA
1 GACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTTAACTAATTATTTG
* * * * * *
35548 AACT-GATTCAATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATCAATA
65 AACTAG-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * * ** * *
35612 AAGTAATATTATTTTATT-TCAGATAAGCTTTTTATGCAATGAAACAATTGTTTTAT
129 AATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAAC-TTGTATG-AACAAAAAAATTATTTTAT
* * * *
35668 GATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATT
1 GACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATT
35707 TTTTGGTAAA
Statistics
Matches: 615, Mismatches: 117, Indels: 81
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
GACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTTAACTAATTATTTGA
ACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAAAATTATTTTAT
Found at i:36241 original size:157 final size:158
Alignment explanation
Indices: 35960--36255 Score: 346
Period size: 157 Copynumber: 1.9 Consensus size: 158
35950 AATAAGTTGG
** ** * * *
35960 TATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAATAAGATGTT
1 TATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTAGTTTATGACAAAATAAGAAGTT
* * * * * * * * * * * *
36025 ATATTGATTTGAAATAGATCATAGTTTAAATGAACATGATTATTTGAATTTGTTTGGTAAAAATA
66 ATATCGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATGAACATAACTATTTAAACTCGCTCGGTAAAAAGA
36090 TTTATTTTTTAGCATATTAATAAATTTA
131 TTTATTTTTTAGCATATTAATAAATTTA
*
36118 TATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAATAA-AAGAT
1 TATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTAGTTTATGACAAAATAAGAAG-T
* * *
36181 TATATCGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA-GAGTCATAACTATTTAAACTCGCTCGGTAAATA
65 TATATCGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATGA-ACATAACTATTTAAACTCGCTCGGTAAAAA
36245 GATTTATTTTT
129 GATTTATTTTT
36256 AAAATTTTTT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 23, Indels: 5
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
156 4 0.04
157 73 0.65
158 36 0.32
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (158 bp):
TATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTAGTTTATGACAAAATAAGAAGTT
ATATCGATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATGAACATAACTATTTAAACTCGCTCGGTAAAAAGA
TTTATTTTTTAGCATATTAATAAATTTA
Found at i:36400 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 36095--36741 Score: 685
Period size: 180 Copynumber: 3.6 Consensus size: 178
36085 AAATATTTAT
* * * *
36095 TTTTTAGCATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT
1 TTTTTAGAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATT
* * * *
36160 GTTTATGACAAAATAAAAGATTAT-ATCGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAGTCATAACTA
65 GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * *
36224 TTTAAACTCGCTCGGTAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTGTTAA
129 TTTAAACT-GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAA
* *
36275 TTTTTAGAATTTTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATT
1 TTTTTAGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAA-T
* * *
36340 TGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAA
64 TGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * *
36405 TTTGAACGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTTATTAA
129 TTTAAAC-TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAA
* * * * * ** *
36455 TTTTTTGAATATTAATACATTTATAATAATTTA-TTCAAAAGAAGCTTACATGAATAGAACCAAT
1 TTTTTAGAATATTAATA-AATTATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAAT
* * * * * *
36519 TATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
64 T-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** * * * * *
36584 ATTGAAACTTGTTCGGTAAGCAAATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAA
128 ATTTAAAC-TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATT-TTTTACTTATTAA
* *
36637 CTTTT-GTAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAG-TTTATATTAACT-GAAACA
1 TTTTTAG-AATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTT-TATGAA-TAGAAACA
* * * *
36699 ATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTTACAATGATTTCAAATAA
62 ATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAA
36742 GCTTGAATGA
Statistics
Matches: 385, Mismatches: 67, Indels: 28
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 8 0.02
180 192 0.50
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182 85 0.22
183 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TTTTTAGAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTG
TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
TAAACTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAA
Found at i:36980 original size:243 final size:244
Alignment explanation
Indices: 36496--36983 Score: 565
Period size: 243 Copynumber: 2.0 Consensus size: 244
36486 TATTCAAAAG
* * * ***
36496 AAGCTTACATGAATAGAACCAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATACA
1 AAGCTTACATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTAAAATACA
* * * * * * *
36561 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAAACTTGTTCGGTAAGCAAATTCATTTTTTTAATTCTC
66 CAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTGAAACTCGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTCTAAATCTC
*
36626 TTACTCATTAACTTTTGTAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATTAA
131 TTACTCATTAACTTTTGTAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAA
* * * ** * *
36691 CTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTTACAATGATTTCAAAT
196 ATAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTACAATAATTTCAAAT
* * *
36740 AAGCTTGA-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAG
1 AAGCTT-ACATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAC
* * * *
36804 ACAATTGTTTAAATAGTCATAACGATT-AGAACTCGTTTAGTAAACAGATTTA-TTTTCTAAATC
65 ACAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTGA-AACTCGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTCTAAATC
* * * * * *
36867 TTTTACTTATT-ACTTGTCT-TAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTA
129 TCTTACTCATTAACTT-T-TGTAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATA
* *
36930 -TAAATAAAAGAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTCAAAT
192 TTAAATAAAA-AAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTACAATAATTTCAAAT
36983 A
1 A
36984 GATAATTGTT
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 36, Indels: 11
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
242 11 0.05
243 96 0.47
244 95 0.47
245 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (244 bp):
AAGCTTACATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTAAAATACA
CAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTGAAACTCGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTCTAAATCTC
TTACTCATTAACTTTTGTAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAA
ATAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTACAATAATTTCAAAT
Found at i:37074 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 36731--46611 Score: 3589
Period size: 181 Copynumber: 54.6 Consensus size: 181
36721 GGTTACAATG
* * * * * * *
36731 ATTTCAAATAAGCTTGAATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATAAATA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * * * * * *
36796 TGAAATAGACAATTGTTTAAATAGTCATAACGATTAGAACTCGTTTAGTAAACAGATTTATTTTC
65 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT
* * *
36861 TAAATCTTTTACTTATTACTTGTCTT--AATATTAATAAATTTA-TTTTATTTT
130 TAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * *
36912 ATTTGAAATAAGCTTGTATAAATAAAAGAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAATT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATAAATAAAA-AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * * * * *
36977 TCAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTAAACTTGTTCAGCAAACAGATTCATTTTT
65 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT
** * * * *
37042 TAAGGCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATT-ATTAACTTAGTATTATTTT
130 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * * *
37093 ATTTCAAATAATCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATAATT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTAT-AAATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * * * * ** *
37157 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTT
65 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT
* * * **
37222 AAAAAT-TTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT
130 -TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * ** * ** * * * ** *
37273 AATCCAAATAAACTTGCGTGAATAGAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAAATCATAACAATT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATAAATA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * * * * * *
37338 TAAAATAAATAATTACTT-AAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTT-TGATAAAAAGATTTATTT
65 TGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTT
* *
37401 TTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTTA-TTTTATTTT
128 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
** * * * * * * * * *
37450 ATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATAAATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTT
* * * * *
37515 GAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGAT-AGATAAAAAGAATTATTTT
66 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAACAGATTTATTTT
* * *
37578 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTT
129 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * * * *
37630 ATTTCAAATAAACTAGTATAAATTGAAAAAAA-AAATTTATGACAAAA-TAAAGGTTAT-ATCGA
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATAAA-T-AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-AA
* * ** * ** *
37692 TTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTATTT
63 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTT
** * * *
37757 TTTAAA-C-C-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTATTAGA-TTAGCATTATTTT
128 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * ** * * *
37806 ATTTCAAATAAGTTTGTATGAACAT-AAATAATTGCTTTATGATAGAACAAAAGGTTTATTTTTT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTAT-AA-ATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-TCA-----T
* * * * * **
37870 AAATAATTGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAAC
58 -AAT-A---ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
* * * *
37935 ATATTTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAA-TTAGTATTATTCT
118 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * * * *
37998 A-TTCTGAATAAGCTTGTATGATAA-AAAAGAATTATTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACAC
1 ATTTC-AAATAAGCTTGTAT-A-AATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAA
* * ** * * ** * * *
38061 TTTGAAATAGATAATTATTGAAATAACCATAATTATTTGAA-TTAATTTGGTAAATAGATTCACT
63 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATT
*
38125 TTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTT
127 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * * * *
38175 ATTTCAAATAAGCGTGTATGAATTGAAATAATTATTTTATGATAAGACAAAAGGTCATAATGATT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTAT-AAATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * * ** * * * * *
38240 TTAAATAGATAATTATTCAAATTGTTGTAACTATTTCAAATTATTCAATAAACAAATTTATTTTT
65 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT
* * * * *
38305 TAAAACTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAA-TTACTATTATTTT
130 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
*** ** * * ** * * * ** * * *
38356 ATTTTGGATAAAATTTTGTGAGCTGAAACAATTGTTTTATGTTAAAATAAAAGGTTATAACAATT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTAT-AAATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * * *
38421 TTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTT
65 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT
* * *
38486 CAAATCT-TTAGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAACTTT-G-ATTATTTT
130 TAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTTAGTATTATTTT
** ** * * * *
38537 ATTTTGAATAAGCTTGTA-AGATATGAAGCAAA-TATTTTATGACTAAACGAAAGGTCAAAATGA
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATA-A-AT-AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAA
* * * * * * *
38600 TCTGAAATAGATAATTGTTCTAATGGT-TTAACTATTTGAACTAG-TC-CTACAAGCACATTTAT
63 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA-AA-CAGATTTAT
* * *
38662 TTTTTAAA--TCTT--TTATTAGTTTTTGAAATATTATTAAA-TTAATATTATTTT
126 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
** * ** * * * * * *
38713 -TAACCAAAAAAGCTCATAT-GATCAAAAACACTTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAATGA
1 AT-TTCAAATAAGCTTGTATAAAT-AAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAA
* * * * *
38775 TTTGATATTGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAATAGATTTATT
63 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATT
38839 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT
127 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * *
38893 ATTTCGAATAGGCTTGTAT-AATAACAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATAAATAA-AAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAAT
** * * ** ** *
38957 TTGAAATAGATAATCATTCAAAT-GGCTATAATTACTTT-AACTAATTTGGTACACAGATTTATT
64 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTA-TTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATT
* * * * * *
39020 TTTAAAATTTTTTACTTATTAA-TTTAGAAAATATTAAT-AAGTTCGTATTATTTT
127 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* ** * * ** * * *
39074 ATTCCATCTAAGCTTGTATTAACTGAAACTATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATGATT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTA-TAAATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * * * *
39139 TTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAACAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTT
65 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTT
* * * *
39204 TTAAATCTCTTTCTTATTAACTTTTTTG-AATGTTAATAAA-TTAGTATAAATTT
129 TTAAATCTCTTACTTATTAA--TTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * * **
39257 A-TTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAAAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACG
1 ATTTC-AAATAAGCTTGTAT-AAAT-AAA-AAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * *
39321 ACTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAAATTTAT
62 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTAT
* * *
39385 TTTTT-TATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATTAACTTAGTATTA---T
126 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * *
39436 -TTT--AAT-A-C------AAATAAAACAATTGTTTTATGACGAAACAAAATGTCATAATGATTT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATAAATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTT
** * * * * * * ** *
39490 GAAATAGATAATCATTCATATGGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAATTAGATTTATTTATT
66 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT
* * ** * * *
39555 AATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCGAAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTT
131 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* ** ** * * ** * * * * *
39605 ATTTTAAATAAAATAATATGAACAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGG-CTATAACAAA
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATAAATA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATAAT
* * * * * * * ** *
39669 TTGAAATATATAATTATTCATACAATCAAAACTATTTGAA-ATGATTTGGTAAATAGATTT-TCT
64 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTAT-T
**
39732 TTTTAAATCTCTTACCGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT
127 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * * * * ** * * * *
39786 ATTTTAAACAAACTTATATTAACAAAAACAACTATTTTATGGTAAAAGAAAAAGTAATAACAATT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATAAATAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * * ** * *
39851 TGAAATAGATAATTGTTCAACTAGTTATAATTATTTGAACCGGTT-AGGTAAATAAAATTT-TTT
65 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAA-CAGATTTATTT
* ** * * * * *
39914 TCTAAATCTCTTACTTACAAAATTTTGAAATAATAATATA-TTAGTTTTATTCT
128 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * *** * * * *
39967 ATTTCAAATATGCTTATATGTGCTGAAATAATTATTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTAT-AAATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * ** * * *
40032 TGAAATAAATAATTGTTTACGTAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGT-ATGACAAACAGATTTATTT
65 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-G-TAAACAGATTTATTT
* * *
40095 TTTAAATCTCATT-GTTATTAA-TTTTCAGAATATTACTAAA-TTAGTATTATTTT
128 TTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * * * * *
40148 -GTTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAGG-CTATAACAA
1 ATTTC-AAATAAGCTTGTATAAATAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATAA
* * * *
40211 TTTAAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACAGATTTATT
63 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATT
* * *
40275 TTTTAAA--AC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTT-GTATTAATTT
127 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
** ** ** * * * **
40325 ATTTTGAATAAGCTTGTAT-GTTGACAAACTATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTAATAACGAT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATAAAT-A-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAAT
* * * * * ** * *
40389 TTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTAATTCGGTAAACTG-TTTCATTT
64 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTT-ATTT
*
40453 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-ATAGTATTATTTT
128 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
*** * * * * * * * *
40506 ATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAA-TAGTTTTATAAAAAAAAATAAAAGATCA-AGAC
1 ATTTCAAATAAGCTTGTAT-AAATAAAAAAATTA-TTTTAT--GACAAAACAAAAGGTCATA-AT
* * * * * * *
40569 GATTTTAAATAGATAATTGCTCAAATAATCATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTAT
61 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTAT
* * *
40634 TTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAA-TTAGTATTATTTT
126 TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * * * * * *
40690 ATTTCGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTATATAGATAAATA-AAAA-GTCAAAATGA
1 ATTTCAAATAAGCTTGTAT-AAATAAAAAAATTATTTTAT-GACAAA-ACAAAAGGTCATAATAA
* * * * * ** * *
40753 TTT-ACAATAAATAACTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAACATATTTAT
63 TTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTAT
* * * * *
40816 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAA-TCAATCTTATATTT
126 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTAT-TTT
** * * * * * * ** **
40868 ATATTTGAATAAGTTTGTAT-GATCAAAAACAAATGTTTTTTGAGAAAAC-AAAGACCATAACGA
1 AT-TTCAAATAAGCTTGTATAAAT-AAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAA
* * * * ** * **
40931 TTT-AAGATTGATATTTGTTAAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTACAAAAAACAGCTTTGG
63 TTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-CAGTAAACAGATTTAT
* *
40994 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTT
126 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * * * * *
41049 ATTTCAGATAAGTTTTTATGAATTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTAT-AAATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-AAT
* *
41114 TT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTT
64 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TT
* * *
41177 TTTTAAATCTCTTTA-TCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAA-TTAGTATTATTTT
127 TTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * * * * ** *
41231 A-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTCTTTTACAGA-AGTACCGAAACA-ACCACAA
1 ATTTC-AAATAAGCTTGTAT-AAATAAAAAAATTATTTTA-TGACA-AAAC-AAA-AGGTCATAA
* * ** ** * * * * * *
41293 T-A-TTCACCACT-GCCAATTGAAAAACAAATTCTAGTCATTTATGCTGCTGTCAA-TGGATTCT
60 TAATTTGA--AATAGATAATTG---TTCAAA---TAGTCA--TA-ACT-ATTTGAACTTG-TTCA
* * ** **** * * * * * ** * *
41354 GTGATC-GAATGCCATTAGAAAAAATTTCTCA-ATATGAGAGAGCTATTCCAAATAGT-ATAAAA
112 GTAAACAG-AT-TTATT-TTTTAAATCTCTTACTTAT--TA-A--TTTTTGAAATATTAATAAAT
** * * *
41416 CCAGAATTACTACAATC
169 TTAGTATTA-T---TTT
* * * * * ** ** *** * * * * *** * * *
41433 ACTTTTAGAAAAAGGTGGCT-TAACTAACGAAAGAAAGATA-GAACCAGATACATTCTTAAAAGA
1 A-TTTCA-AATAAGCTTG-TATAAATAAAAAAATTATTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAA-T
*** ** * * * * ** * * ** *
41496 AAGCGCTTTGCCTTACCT-A-TGATGCAAGGTAAGACTAAAAAAAAGTAGAA-GAGTACTC-TTG
61 AA----TTTGAAATAGATAATTG-TTCAA-AT-AG--TCATAACTATTTGAACTTGT--TCAGT-
* * **** ** ** * **
41557 AAA-AAATTGTATTTTCATGACAA-AAGGT-CAGAACAA--TTTG-AA-ATTGAT-AATTGTCCT
114 AAACAGATT-TATTTT--TTA-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-TAGT
* *
41614 AATAGTCTT
174 ATTA-TTTT
* * ** * * ** * * * * *** *
41623 A-AT-AATTTAAAATGGT-TCAGCAAACACATTTATTTT-T--TAAATCTCTTA-GTTATTAAT-
1 ATTTCAA-ATAAGCTTGTATAAATAAA-AAAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCA-TAATA
* * * * ** * ** *
41680 TTTTGGAATATTATTAATTAG-T--ATTA-TTTTAATCCAAAT-AAGCTTGTATAAAAAG-AAAC
62 ATTTGAAATA-GA-TAATT-GTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAA-CTTGT-T---CAGTAAAC
* ** ** * * * *
41739 A-ATTGT-TTTATGACAAACTAAAGATCATCACGATTTGAGATAGAAAATTGTTCAAATAGTCAT
118 AGATT-TATTT-T-------TTAA-ATC-T--C---TT-ACTTA-TTAATTTTTGAAATATTAAT
* *
41802 AAAATTTTA-AACTATTTT
165 -AAA-TTTAGTATTATTTT
** * * ***** ** *
41820 AGTAAACAAATTTAG-TT-TTTAAAT-CTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATACATCAATGTTA
1 A-T-TTCAAA-TAAGCTTGTATAAATAAAAAAATT-ATTTT-ATGACA--AA-ACA--AA----A
* ** * ** * *** * ** * * *
41882 TTTTGTTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAAAAAAATGTCATA-A
52 ---GGTCAT-AATAA-TTTG-A--AATAG--ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACT
* * * * * ** * * ** * * * *
41946 TGATT-TG-AAATAGA-TAATTGTTCAAATGAACATGAC-TATTTGA-ACTTGTTAA-GTAAAAA
106 TG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTC-TTACTTA-TTAATTTTTG-AAATATTAATA
*
42005 AATTTA-T-TT-TTTAA
166 AATTTAGTATTATTT-T
* * * ** * ** *
42019 ATCTCCTACTTATTTATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAAC--T
1 AT-T--T-C-AAATAAGCTT--G--TATAAATAAA--AAAATTATTTTA---TGACA-AAACAAA
* * * * * *** * ** *
42081 TGCTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAG---AAAT-GATCATAACTATTTGAAATAAAT
51 AG-GT-CATA-ATA-ATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACT---T
* * * * ** ** * * * * *
42142 AATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTT-ACCCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATATT
107 -GTTCAGT-AAACAG--AT--TTATTT---TTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATA--
* * ** *
42205 TTACTTATTAATTT-TTAGAATATT
160 TTA---ATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * * * ** * ** * **
42229 A-AT-AAATTAGTTTTGTTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGT--T--T-A
1 ATTTCAAATAAG-CTTGTATAAATAAAAAAATTATTTTATG-ACA-AAACAAAAGGTCATAATAA
* ** * * * *
42287 --TG-ACT---T-A-T-TT----TAGTCATAACTATTCAAACTTGTTTAGAAAACAAACTTATTT
63 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTT
*
42339 TTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT
128 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * * * * *
42391 -CTTCAAAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTCATAATAAT
1 ATTTC-AAATAAGCTTGTATAAATA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAAT
* * * * * *
42455 TTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTCAATTT
64 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTT
* * *
42520 TTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT
129 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
** * ** * * * * *
42572 ATTTTGAATAAGCCTACATGAAATGATACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTAT-AAATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * * * * ** * *
42637 TGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGA-TAATTTGAACTTATTTGGTAAGCATATTTATTTT
65 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTT
* * *
42701 TAAAATCAT-TTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTT
129 TTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * * * * * *
42753 AATCCAAAAAAGCTTGTATGAACAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATAAATAAAA-AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * * * *
42818 TGAAATAAAGAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTT
65 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT
* *
42883 GAAATCTTTTACTTATT-ATTTATCT-AAATATTAATAAATTT-GTATTATTTT
130 TAAATCTCTTACTTATTAATTT-T-TGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * * * *
42934 AATTGAAATAAGGTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAGA-GAT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATAAATA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATAAT
* * * * ** *
42998 TTGAAATAGGTAATTGGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAACAAATAAAGTT
64 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTT
* * *
43062 TTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGGAATATTAATAAA-TTA-TAATTATGTT
128 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGT-ATTATTTT
* * * ** * * * * *
43115 ATTCCAAATGAGCTTATACCAACAGAAACAATTATTTTGTGAC-AAACAAAAGGGT-ATGACAAT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATAAATA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATAAT
* * ** *
43178 TTGAAATAGATAATTGTTCAAACA-TACATAACTATTT--ACATTGGTCAGGCCAACAGATTCA-
64 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAAC-TTGTTCA-GTAAACAGATTTAT
* * * *
43239 TTTTAAAATCTGTTACTTATTAATTTTT-ATAATATTAATAAA-TTAGCATTACTTT
126 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * * * * * *
43294 A-TTCTAAATATGAC-TGTATTAATGAAAACATTTATTTTATTACAAAACAAATGGTTAGAACAA
1 ATTTC-AAATAAG-CTTGTATAAAT-AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAA
* * * * * * * ** * *
43357 TTTAAAATAAAAAATTATTCAAATTGTTATAACTAGTTGAA-TTGGTTTGGTAAACTGATTTACT
63 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATT
* * *
43421 TTTT--ATATC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTT
127 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * * * * *
43471 A-TTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATAAT
1 ATTTC-AAATAAGCTTGTATAAATAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAAT
* * * * * * * ** * * *
43535 TTCAAATAAATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAA-TTGGCTCAACAAATAAATTTATCT
64 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTT
* * * * *
43599 TTTAAGTCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTT-GTATTATTTT
128 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
** * * *
43652 ATTTTGAATAAGCTTGTATAAACATAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA-T
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATAAATA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* *
43716 T---AT--ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTGGTTC-GATAAACAGATTTATTTT
65 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTT
* * **
43775 TTAAATCTCCTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTGCTATTTT
129 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
** * * * *
43827 ATTTTGAATAGGCTTGTAT-AATGAAAAAAAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGTTCATAATGA
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATAAAT--AAAAAAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATAA
* * * * * * *
43890 TTAGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCAATAAACTGATTTATT
63 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATT
** * * * * * *
43954 TTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTTAAATATTAATAAA-GTAATAGTATTTT
127 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
*** * * * * * * * **
44008 ATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATTACGATT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTAT-AAATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * * * * *
44073 TTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACACATTTATTTTT
65 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT
* * *
44138 TAAATCTCTTCCTTATTAATTTTT-AGAATATT-ATTAGTTTA-TCATTATTTT
130 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTAGT-ATTATTTT
* * * * * * * * * **
44189 ACTACGAATAAACTTGTATAAACAGAAATAATTATTTTATGAC--AAGAAAAGATTATAACGATT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATAAATA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * * * ** * * * *
44252 TGAGATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTTTTTGAAAGTGTTTAG-AAAGTAGATGTACTTT
65 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-CAGATTTATTTT
44316 TTAAAGT-T-TTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTT
129 TTAAA-TCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * * *
44367 A-TTCAAAATAAGCTTGCATGAACAAAATCAATTGTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAT-A
1 ATTTC-AAATAAGCTTGTATAAATAAAA-AAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAA
* * * ** * *
44430 TATTGAAAGAAATAATTGCTGTAATAGTCATAACAATTTGAACTTGCTT-AGTAAACAAATTTAT
63 T-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTAT
* * * *
44494 TTTTTAAATCTTTTACTTACTAGTTATCTT--AATATTACTAAATTT-GTATTATTTT
126 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * * * *** *
44549 ATTTGATATAAGTTTGTATGAACAAAAAAATTATTTTATGAC--AACAAAAGGTTATAGCGATGT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATAAATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTT
* * * *
44612 CAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTCT-TTTTT
66 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATT-TATTTTT
* ** *
44676 TAAATCTCTTTA-TTATAAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATGTT
130 TAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * * * **
44727 ATTTCAAATAAACTTATATGAACTGAAACAATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTAT-AAAT-AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAAT
* * * * * * * *
44792 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGATCTAGTTTAGTAAACATATTTATTTT
64 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTT
* * * *
44857 TTAAATTTTTTACTTATTAATTATTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT
129 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * * * * * * ** *
44909 AATTT-GAATAATCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAATCATAACAAT
1 -ATTTCAAATAAGCTTGTATAAATA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAAT
* * * * *
44973 TTGAAATAAATAATTACTT-AAATAGTCATAACTATTTGAA-TAGGTT-TGATAAATAGATTTAT
64 TTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAG-TAAACAGATTTAT
* * * *
45035 TTTTTAAATCTCTTA-TTA--AA-TTTTGATACATTAATAGA-TTAGTATTACTTT
126 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
** * * * * * * * * *
45086 ATTTTGAACAAACTTATGTGAATAAAAATATTTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATAAATAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * * * * * * * *
45151 TGAAAAAGATAATTGTTCAAATAATCATAA-TTTTTTAAATTGGTTAAGTAAATAAAATTATTTT
65 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTT
* *
45215 TTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTT
129 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * ** * * ** *
45263 ATTCCAAATAAACTACTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGATGAAACAAATGGTCATAATAATT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTAT-AAATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * * * ** *
45328 TGAAATAGATAATTTTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTAATTC-GATAAACAAATTTATTTT
65 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTT
* * ** * *
45392 TTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTAGA-TTAGTATTATTTT
129 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * * * * * *
45444 ATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAATGATT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATAAATAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * * * * *
45509 TGAAGTACAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCTA-TAAATAAATTTATTTT
65 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAGATTTATTTT
* * ** *
45573 TTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAAGATTAAT-ACCTTAGAATTATTTT
129 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
** * * * * * **
45625 ATTTTGAATAAGCTTGAATGATAAA-AAACAAA-TGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAAGGA
1 ATTTCAAATAAGCTTG--T-ATAAATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAA
* * * * ** * ** * * *
45688 TTTGAAATAGATAATTGTTGACATGGCCATAGTTATTTAAACTAATTCGGTAAACAGATTCACTT
63 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTT
* * **
45753 TTTAAA--TC--ACTTATGAACTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGCCTTATTTT
128 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * * * *
45802 ATTTTAAATAAGCTTGTATAAACTGAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATAAA-TAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * * *
45867 TGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAATTATTTGAACCATT-TT-GGCAAACAGATTTATTT
65 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-C-TTGTTCAGTAAACAGATTTATTT
* *
45930 TTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTT
128 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
** * * * * * * ** * *
45983 ATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATAACATAACAAAATATTATAACAATT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTAT-AAATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * * *
46048 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAG----GA--A-TTG--C-T-TTGA-TTAACAAATTTATTTTT
65 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT
* * *
46101 TAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTGTTATTTT
130 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* * * * *
46152 ATTTCGAAT-AGACTTGTAT-GATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGA
1 ATTTCAAATAAG-CTTGTATAAAT-AAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAA
* * * * * * *
46215 TTTGAAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACCAAT-TTGA-TAAACTGACTTC
63 TTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-C-TTGTTCAGTAAACAGATTTA
* * * * * * * *
46278 TTTTTT-AATCCCTAACTTATCAAATTTTGAAACATTAATAAA-GTAAT-TTTTTTT
125 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
** * * * * * * * * * * *
46332 AGTTT-GGATAATCTTTTATGAACTGAAATAATTATTTTATGATAAAATAAATGGTCGTATTTAT
1 A-TTTCAAATAAGCTTGTAT-AAATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAAT
* * * * *
46396 TTTAAATAGATAATTATTTAAATAGTC-TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATATATTTT
64 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTT
* * * ** *
46460 TAAAAT-T-TT-TTTA-AAATTTTTTTAATGTTAATAAA-TTAGTATTATTTT
129 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
* *** * * * * * *
46508 ATTTCAAATAAGCATGTATGAACCGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAGAGGTCAGAACAATT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTAT-AAATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * *
46573 TGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAA
65 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
46612 TTGGTTTGGT
Statistics
Matches: 7243, Mismatches: 1866, Indels: 1186
0.70 0.18 0.12
Matches are distributed among these distances:
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GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT
AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTT
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36297 GTATTATTTT
** ** **
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* * * *
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* *
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* * * * * * **
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196 ACATAAATAAAACAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATACATAATTG
* * * ** *
36567 TTCAAATAGTCATAACTATTGAAACTTGTTCGGTAAGCAAATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTC
261 TTCAAATAGTCATAACTATTGAAACTTGTTCAGCAAACAAATTCATTTTTTTAAGGCTCTTAATC
* *
36632 ATTAACTTTTGTAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGT-TTATATTAACTGAA
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*
36696 ACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTTACAATG
390 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTACAATG
*
36731 ATTTCAAATAAGCTTGAATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAAT
1 ATTTCAAATAAGCTTGAATGAATAGAAACAATTTG-TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAT
* * * *
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65 TTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTAGAACGT-GTTCAGAAAACAGATTTATTT
* ** * ** *
36859 TCTAAATCTTTTACTTATTACTTGTCTT-AATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTTGAAATAA
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** * * * * *
36923 GCTTGTATAAATAAAAGAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTCAAATAGATA
192 GCTTACATAAATAAAACAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATACATA
* * * *
36988 ATTGTTCAAATATTCATAATTATTTAAACTTGTTCAGCAAACAGATTCA-TTTTTTAAGGCTCTT
257 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAAACTTGTTCAGCAAACAAATTCATTTTTTTAAGGCTCTT
* * * * * *
37052 AATTATTAATTTTTGGAATATTATTAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAATCTTATATGAATT
322 AATCATTAACTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAATCTTATATGAACT
* *
37117 GAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAG
387 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
37146 TCATAATAAT
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 60, Indels: 10
0.83 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
423 5 0.01
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426 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (424 bp):
ATTTCAAATAAGCTTGAATGAATAGAAACAATTTGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATT
TGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTAGAACGTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTC
TAAATTTTTACTTATTAATTTCTTGAATATTAATAAATTTATAATAATTTATTCAAAAGAAGCTT
ACATAAATAAAACAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATACATAATTG
TTCAAATAGTCATAACTATTGAAACTTGTTCAGCAAACAAATTCATTTTTTTAAGGCTCTTAATC
ATTAACTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAATCTTATATGAACTGAAA
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTACAATG
Found at i:38151 original size:725 final size:716
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Indices: 36748--41233 Score: 1808
Period size: 718 Copynumber: 6.2 Consensus size: 716
36738 ATAAGCTTGA
* * *
36748 ATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTGT
1 ATGAATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * *
36812 TTAAATAGTCATAACGATTAGAACTCGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTCTAAATCTTTTACTTA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG-ATAGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
36876 TTACTTGTCTT-AATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATAAATAAAAG
128 TTAATT-T-TTAAATATTAATAAA-TTATTTTATTTTATTTCAAATAAACTAGTATAAATAAAAG
* * *
36940 AAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATATTCAT
190 AAATAAATTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATATTCAT
* * * * * ***
37005 AATTATTTAAACTTGTTCAGCAAACAGATTCATTTTTTAAGGCTCTTAATTATTAATTTTTGGAA
255 AACTATTTAAACTGGTTCAACAAACAAATTCATTTTTTAAGACTCTTAATTATTAATTTTCAAAA
* * **
37070 TATTATTAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAATCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATGA
320 TATTATTAACTTAGCATTATTTTATTTCAAATAATCTTATATGAAATGAAATAATTGCTTTATGA
* * *
37135 CAAAACAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAG
385 CAAAACAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* *
37200 TTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAAATTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGT
450 TTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAAATTCTTACTTATTAATTATCAAAAGATTAATAAATTAGT
* * * * * * *
37265 ATTATTTTAATCCAAATAAACTTGCGTGAATAGAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAAATCA
515 ATTATTCTAATCCAAATAAACTTGCATGAATAAAAACAATTATTATATAACAGAACAAAAAATAA
** *
37330 TAACAATTTAAAATAAATAATTACTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGATAAAAAGAT
580 TAACAATTTAAAATAAATAATTACTTAAATAACCATAACTATTTAAACTAATTTGATAAAAAGAT
* * * * * * **
37395 TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTTATTTTATTTTATTTTGAACA
645 TCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACA
*
37460 AACTTAT
710 AACGTAT
* *
37467 ATGAA-CAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGATAATTGTT
1 ATGAATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * *
37531 CAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGATAGATAAAAAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GATAGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
37596 AATTTTTAAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTTCAAATAAACTAGTATAAATTGAAAA-A
130 AATTTTT-AAATATTAATAAATT-ATTTTATTTTATTTCAAATAAACTAGTATAAA-T-AAAAGA
* * * * *
37660 AA-AAATTTATGACAAAA-TAAAGGTTATA-TCGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTT-T
191 AATAAATTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGT-AATTTCAAATAGATAATTATTCAAATA-TTCA
* * *
37721 TAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAA-AC-C-T-CTTATTAATTTTCAAA
254 TAACTATTTAAACTGGTTCAACAAACAAATTCATTTTTTAAGACTCTTAATTATTAATTTTCAAA
*
37782 ATATTATTAGA-TTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGT-TTGTATGAACAT-AAATAATTGCTTT
319 ATATTATTA-ACTTAGCATTATTTTATTTCAAATAA-TCTTATATGAA-ATGAAATAATTGCTTT
* * * * *
37844 ATGATAGAACAAAAGGTTTATTTTTTAAATAATTGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTCA
381 ATGACAAAACAAAA-G-TCA-----T-AAT-A---ATTTGAAATAAACAATTATTCAAATAGTCA
* * * * **
37909 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACATATTTGTTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
434 TAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAAAT-TCTTACTTATTAATTATCAA
* ** * * *
37973 AAGATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCTGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAAGAATTATTATA
498 AAGATTAATAAATTAGTATTATTCTAATCCAAATAAACTTGCATGAAT-AAAAACAATTATTATA
* ** * * * * *
38037 TGACCA-AACAAAAGGTAATAACACTTTGAAATAGATAATTA-TTGAAATAACCATAATTATTTG
562 T-AACAGAACAAAAAATAATAACAATTTAAAATAAATAATTACTT-AAATAACCATAACTATTTA
* * *
38100 AATTAATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
625 AACTAATTTGATAAAAAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * *
38165 ATATTATTTTATTTCAAATAAGCGTGT
690 ATATTATTTTATTTCAAACAAACGTAT
** * * * * ** * *
38192 ATGAATTGAAATAATTATTTTATGATAAGACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATT
1 ATGAATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* ** * * *
38257 CAAATTGTTGTAACTATTTCAAATT-ATTCA-ATAAACAA-ATTTATTTTTTAAAACTTTTGCTT
66 CAAATAGTCATAACTATTT-GAATTGA-T-AGATAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * *** * ** * ** *
38319 ATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTACTATTATTTTATTTTGGATAAAATTTTGTGAGCTGAAA
127 ATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTCAAATAAACTAGTAT-AAATAAAA
* *** ** * ** * * * *
38384 -CAATTGTTTTATGTTAAAATAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
189 GAAATAAATTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATATTCA
* * * * * * * *
38448 TAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTCAA-A-TCTTTAGCTTATTAATTTTTC
254 TAACTATTTAAACTGGTTCAACAAACAAATTCATTTTTTAAGACTC-TTA-ATTATTAA-TTTTC
* * * ** * * * * ** * **
38511 -AAATGTTAATAAACTTTG-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATATGAAGCAAATATTT
316 AAAATATT-ATTAACTTAGCATTATTTTATTTCAAATAATCTTATATGAAATGAAATAATTGCTT
* * * * * * * * * * *
38574 TATGACTAAACGAAAGGTCAAAATGATCTGAAATAGATAATTGTTCTAATGGT-TTAACTATTTG
380 TATGACAAAAC-AAAAGTCATAATAATTTGAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * * * ** * *
38638 AACTAG--TCCTACAAGCACATTTATTTTT-TAAA-TCTT--TTATTAGTTTTTGAAATATTATT
444 AACTAGTTTGGTA-AA-CATATTTATTTTTAAAAATTCTTACTTATTAATTATCAAAAGATTAAT
* * *** * * * * *
38697 AAATTAATATTATTTTTAA-CCAAA-AAAGCTCATATG-ATCAAAAACACTTGTTTTATGACAAA
507 AAATTAGTATTA-TTCTAATCCAAATAAA-CTTGCATGAAT-AAAAACAATTATTATATAACAGA
* ** ** * * ** * * * *
38759 AC-AAAGATCTTAATGATTTGATATTGATAATT-GTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGATT
569 ACAAAAAATAATAACAATTTAAAATAAATAATTACTT-AAATAACCATAACTATTTAAACTAATT
* * * * * *
38822 CGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
633 TGATAAAAAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAT
* * ** * *
38887 TATTTTATTTCGAATAGGCTTGT
694 TATTTTATTTCAAACAAACGTAT
* * **
38910 AT-AATAACAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCAT
1 ATGAATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * * *
38974 TCAAAT-GGCTATAATTACTTT-AACTAATTTGGTACACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTT
65 TCAAATAGTC-ATAACTA-TTTGAATTGA-TAGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
** * * * * ** * * * *
39037 ATTAATTTAGAAAATATTAATAAGTTCGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTAACTGAAA
127 ATTAATTT-TTAAATATTAATAAATT-ATTTTATTTTATTTCAAATAAACTAGTA-TAAATAAAA
** * * * * * * * * * *
39102 -CTATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAA
189 GAAATAAATTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATATTCA
* * * *** * * ** *
39166 CAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAA-ATCTCTTTCTTATTAACTTTTT
254 TAACTATTTAAACTGGTTCAACAAACAAATTCA-TTTTTTAAGA-CTCTTAATTATTAA-TTTTC
** * * * * * * * * * * * *
39230 TGAATGTTAATAAATTAGTATAAATTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAAAATTGT
316 AAAATATTATTAACTTAGCATTATTTTATTTC-AAATAATCTTATATGAAATG-AA-ATAATTGC
* * ** * * * * * *
39294 TTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGACTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATT
378 TTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
** * ** * ** *
39359 TGAACT-GATTCAGTAAACAAATTTATTTTT--TTATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
442 TGAACTAG-TTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAAAT-TCTTACTTATTAATTATCAAAAGATTA
* * * * *
39421 TTAACTTAGTATTATT-T--T---AAT--A----CA--AAT-AAAACAATTGTTTTATGAC-GAA
505 ATAAATTAGTATTATTCTAATCCAAATAAACTTGCATGAATAAAAACAATTATTATATAACAG-A
** * ** * * * * *** * * *
39470 ACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCA-TTCATATGGTCTTAACTATTTGAACTAGTT
569 ACAAAAAATAATAACAATTTAAAATAAATAATTACTT-AAATAACCATAACTATTTAAACTAATT
* ** * * ** * * * *
39534 T-AGCAATTAGATTTA-TTTATTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCGAAATATTATTAAATTAGT
633 TGA-TAAAAAGATTCACTTT-TTAA--ATC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT
* * *
39597 ATTATTTTATTTTAAATAAA-ATAAT
692 ATTATTTTATTTCAAACAAACGT-AT
* * * * * *
39622 ATGAA-CAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGG-CTATAACAAATTGAAATATATAATTA
1 ATGAATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * * * **
39685 TTCATACAATCAAAACTATTTGAAATGATTTGGTAAATAGATTT-TCTTTTTAAATCTCTTACCG
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TAGATAAAAAGATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTT
* * *
39749 ATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAACTTA-TATTAACA-AA
127 ATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTCAAATAAAC-TAGTA-TAA-ATAA
* * * ** * * * ** * * *
39812 AACAACT-ATTTTATGGTAAAAGAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAACTAGT
187 AAGAAATAAATTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATA-T
* * * ** * * **
39876 T-ATAATTATTTGAACCGGTT-AGGTAAATAAAATT--TTTTTCTAA-ATCTCTTACTTACAAAA
251 TCATAACTATTTAAACTGGTTCA-ACAAA-CAAATTCATTTTT-TAAGA-CTCTTAATTA-TTAA
* * * ** * ***
39936 TTTT-GAAATAATAATATA-TTAGTTTTATTCTATTTCAAAT-ATGCTTATATGTGCTGAAATAA
311 TTTTCAAAATATTATTA-ACTTAGCATTATTTTATTTCAAATAAT-CTTATATGAAATGAAATAA
** * * * * * ** *
39998 TTATTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTACGTAGTCTTAAC
374 TTGCTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * ** * * * * * *
40063 TATTTGAATTGGTATGACAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTCATT-GTTATTAATTTTCAGAAT
438 TATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAAAT-TC-TTACTTATTAATTATCAAAAG
* * ** * * * * * * *
40126 ATTACTAAATTAGTATTATTTTGTTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAAT
501 ATTAATAAATTAGTATTATTCTAATCCAAATAAACTTGCATGAATAAAAACAATTATTATATAAC
** * * ** * * *
40191 AGAACAAAAGGCT-ATAACAATTTAAAATAGATAATT-GTTGAAATAGTCATAATTATTTGAATT
566 AGAACAAAA-AATAATAACAATTTAAAATAAATAATTACTT-AAATAACCATAACTATTTAAACT
** * * * * * * * * **
40254 GGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAACTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTTGTAT
629 AATTTGATAAAAAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAT
* ** * * * *
40319 TAATTTATTTTGAATAAGCTTGT
694 TATTTTATTTCAAACAAACGTAT
* * * * * * *
40342 ATG-TTGACAAACTATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAGTTGT
1 ATGAATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * ** *
40406 TCAAATGGCCATAATTATTTAAACTAATTCGGTAAACTG-TTTCATTTTTTAAATCTCTTACTTA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TAGATAAAAAGATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * *** * ** *
40470 TTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAA-
128 TTAATTTTT-AAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTCAAATAAACTAGTAT-AAATAAAAG
* ** * * * * * * ** *
40534 CAATAGTTTTATAAAAAAAAATAAAAGATCA-AG-ACGATTTTAAATAGATAATTGCTCAAATAA
190 AAATAAATTTAT--GACAAAACAAAAGGTTATAGTA--ATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAT
* * * *** * * * * **
40597 TCATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTT
251 TCATAACTATTTAAACTGGTTCAACAAACAAATTCATTTTTTAAGA-CTCTTAATTATTAA-TTT
* * * * * * * * *
40662 TC-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATT-AT
314 TCAAAATATTATTAACTTAGCATTATTTTATTTCAAATAATCTTATATGAAATGAAATAATTGCT
* * * * * * *
40725 TATATAGATAAATA-AAAAGTCAAAATGATTT-ACAATAAATAACTATTCTAATAGTCTTAACTA
379 T-TAT-GACAAA-ACAAAAGTCATAATAATTTGA-AATAAACAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * *** *
40788 TTTGAATTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTT-TAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTA
440 TTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAAATTCTTACTTATTAATTATCAAAAGATTA
* * * * * *** ** * * * * * * *
40849 TTAAATCAATCTTATATTTATATTTGAATAAGTTTGTATG-ATCAAAAACAAATGTTTTTTGAGA
505 ATAAATTAGTATTAT-TCTA-ATCCAAATAAACTTGCATGAAT-AAAAACAATTATTATATAACA
* * ** * * ** ** ** **
40913 AAAC-AAAGACCATAACGATTTAAGATTGAT-ATTTGTTAAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTG
567 GAACAAAAAATAATAACAATTTAAAATAAATAATTACTT-AAATAACCATAACTATTTAAACTAA
** * * *** * * *
40975 TTACAAAAAACAGCTTTGGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAG
631 TTTGATAAAA-AGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAA
* * *** *
41040 TATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTT
691 TATTATTTTATTTCAAACAAACGTAT
** * * *
41066 ATGAATTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAAATAATTGT
1 ATGAATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGT
* * *
41130 TCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTTA-
65 TCAAATAGTCATAA-CTATTTGAA-TTGAT-AGATAAAAAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTTAC
* * *
41192 TCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
125 TTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATT
41234 CTGAATAAGC
Statistics
Matches: 2946, Mismatches: 637, Indels: 362
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
708 82 0.03
709 41 0.01
710 38 0.01
711 52 0.02
712 315 0.11
713 87 0.03
714 78 0.03
715 64 0.02
716 10 0.00
717 90 0.03
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719 123 0.04
720 310 0.11
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724 224 0.08
725 327 0.11
726 182 0.06
727 78 0.03
729 1 0.00
730 4 0.00
731 55 0.02
732 14 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (716 bp):
ATGAATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
CAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATAGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
ATTTTTAAATATTAATAAATTATTTTATTTTATTTCAAATAAACTAGTATAAATAAAAGAAATAA
ATTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAACTAT
TTAAACTGGTTCAACAAACAAATTCATTTTTTAAGACTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAT
TAACTTAGCATTATTTTATTTCAAATAATCTTATATGAAATGAAATAATTGCTTTATGACAAAAC
AAAAGTCATAATAATTTGAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGT
AAACATATTTATTTTTAAAAATTCTTACTTATTAATTATCAAAAGATTAATAAATTAGTATTATT
CTAATCCAAATAAACTTGCATGAATAAAAACAATTATTATATAACAGAACAAAAAATAATAACAA
TTTAAAATAAATAATTACTTAAATAACCATAACTATTTAAACTAATTTGATAAAAAGATTCACTT
TTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACGTA
T
Found at i:39474 original size:165 final size:166
Alignment explanation
Indices: 39288--39605 Score: 408
Period size: 165 Copynumber: 1.9 Consensus size: 166
39278 ATTGAAACAA
* **
39288 AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGACTTGAAATAGATAATTGTTC-TAATAGTCTT
1 AATTGTTTTATGACGAAACAAAAGGTCAGAACGACTTGAAATAGATAATCATTCAT-ATAGTCTT
* * * * *
39352 AACTATTTGAACT-GATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTA-TCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
65 AACTATTTGAACTAG-TTCAGCAAACAAATTTATTTATTAATTCTCTTACTTATTAAGTTTCGAA
*
39415 ATATTATTAACTTAGTATTATTTTAATACAAATAAAAC
129 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATACAAATAAAAC
* * * * *
39453 AATTGTTTTATGACGAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCATATGGTCTTA
1 AATTGTTTTATGACGAAACAAAAGGTCAGAACGACTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTA
* ** * * **
39518 ACTATTTGAACTAGTTTAGCAATTAGATTTATTTATTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCGAAAT
66 ACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTATTAATTCTCTTACTTATTAAGTTTCGAAAT
39583 ATTATTAAATTAGTATTATTTTA
131 ATTATTAAATTAGTATTATTTTA
39606 TTTTAAATAA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 21, Indels: 5
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
165 85 0.66
166 44 0.34
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (166 bp):
AATTGTTTTATGACGAAACAAAAGGTCAGAACGACTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTA
ACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTATTAATTCTCTTACTTATTAAGTTTCGAAAT
ATTATTAAATTAGTATTATTTTAATACAAATAAAAC
Found at i:42510 original size:324 final size:325
Alignment explanation
Indices: 41988--42575 Score: 776
Period size: 324 Copynumber: 1.8 Consensus size: 325
41978 TGACTATTTG
* *
41988 AACTTGTTAAGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTTATTTTCAGAATATTAATAA
1 AACTTGTTAAGTAAAAAAACTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAA
*** * * * *
42053 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAA
66 ATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAACTTGATTGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAA
* *
42118 TGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTACCCAATAA
131 TGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTACCCAATAA
* * * * * *
42183 ATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTTTTGTTTT
196 ATAGATTCAATTTTTAAATATCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
42248 ATTTCAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACTTATTTTAGTCATAACTATTCA
261 ATTTCAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACTTATTTTAGTCATAACTATTCA
* ** *
42313 AACTTGTTTAG-AAAACAAACTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAAT
1 AACTTGTTAAGTAAAA-AAACTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAAT
*
42375 AAATTTA-TATTATTTTCTTCAAAATAAACTT-ATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA
64 AAA-TTAGTATTATTTTATTCAAAATAAACTTGAT-TGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * ***
42438 TAAAATG-TCATAA-TAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTT
127 -AAAATGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTACC
** * * *
42501 CGGTAAATAGATTCAATTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAT
190 CAATAAATAGATTCAATTTTTAAATATCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
42566 TATTTTATTT
255 TATTTTATTT
42576 TGAATAAGCC
Statistics
Matches: 224, Mismatches: 33, Indels: 13
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
323 3 0.01
324 187 0.83
325 34 0.15
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (325 bp):
AACTTGTTAAGTAAAAAAACTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAACTTGATTGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAA
TGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTACCCAATAA
ATAGATTCAATTTTTAAATATCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTTCAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACTTATTTTAGTCATAACTATTCA
Found at i:42660 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 42628--42660 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
42618 ATAAAAGGTC
42628 ATAATGATTTGAAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
*
42645 ATAATTATTT-AAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
42661 TTATGATAAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
ATAATGATTTGAAATAG
Found at i:42900 original size:686 final size:681
Alignment explanation
Indices: 41652--42966 Score: 1566
Period size: 686 Copynumber: 1.9 Consensus size: 681
41642 GCAAACACAT
* * * *
41652 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAATTAGTATTATTTTAATCCAA
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATAAATTAGTATTATTTTAATCAAA
* * * * * * *
41717 ATAAGCTTGTATAAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAACTAAAGATCATCACGATTTGAGATAG
66 ATAAACTTATATAAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAGATCATAACAATTTGAAATAG
* * *
41782 AAAATTGTTCAAATAGTCATAAAATTTTAAACTATTTTAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTC
131 AAAATTGTTCAAATAGTCATAAAATTTTAAACTATTTCAGTAAACAAATTCAATTTTTAAATCTC
* * * *** **
41847 TTATTAATTTTCAAAATATTAATACATCAATGTTATTTTGTTTTGAATAATTTTGTATGAATAGA
196 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTTGAATAAGCCTACATGAATAGA
* * *
41912 AACAATTGTTTTAAGACAAAAAAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGAAC
261 AACAATTATTTTAAGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGAAC
* * *
41977 ATGACTATTTGAACTTGTTAAGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTTATTTTCAG
326 ATGACTATTTGAACTTATTAAGTAAAAAAATTTATTTTTAAAATCTCCTACTTATTAATTTTCAG
* * ** * *
42042 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGCTTGAATAGAAACAATTGTTTTAT
391 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATATCCAAAAAACTTGCTTGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * *
42107 GACAAAAGAAATGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
456 GACAAAAAAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAGAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* *
42172 TTACCCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTT-T-TAGAATATTAATAAA
521 TTACCCAATAAACAGATTTATTTTTGAAATATTTTACTTATT-ATTTATCTA-AATATTAATAAA
* * * * *
42235 TTAGTTTTGTTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACTTATTTTAG
584 TTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGGTTTATGACTTATTTTAG
42300 TCATAACTATTCAAACTTGTTTAGAAAACAAAC
649 TCATAACTATTCAAACTTGTTTAGAAAACAAAC
* **
42333 TTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTCTTCA
1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-ATAAA-TTAGTATTATTTTAATCA
* * *
42396 AAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAA-ATGTCATAATAATTTGAA
64 AAATAAACTTATATAAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAGA--TCATAACAATTTGAA
* * * * * *
42460 ATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT-AACTATTTAAACT-TGTTCGGTAAATAGATTCAATTTTTA
127 ATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAAT-TTTAAACTAT-TTCAGTAAACAAATTCAATTTTTA
* *** * *
42523 ATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTA
190 AATCTC-T--T-ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTTGAATAAGCCTA
* * *
42588 CATGAA-ATGATACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
251 CATGAATA-GAAACAATTATTTTAAGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* ** ** ** * *
42652 TTTAAAT-AGTTATGA-TAATTTGAACTTATTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATCAT-TTAC
315 TTCAAATGA-ACATGACT-ATTTGAACTTATTAAGTAAAAAAATTTATTTTTAAAATC-TCCTAC
*
42714 TTATTAATTGTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCCAAAAAAGCTTG-TATGAAC
377 TTATTAATT-TTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATATCCAAAAAA-CTTGCT-TGAAC
42776 A-AAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAA-TGATTTGAAATAAAGAATTATTCAA
439 AGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAAGAATTATTCAA
** * *
42838 ATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTGAAATCTTTTACTTATTATT
501 ATAGTCATAACTATTTGAATTTACCCAATAAACAGATTTATTTTTGAAATATTTTACTTATTATT
* * * *
42903 TATCTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGGTTGTATGAATAGAAAAAATT
566 TATCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATT
42967 ATTTTATAAC
Statistics
Matches: 529, Mismatches: 83, Indels: 39
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
680 24 0.05
681 72 0.14
682 67 0.13
683 1 0.00
685 19 0.04
686 336 0.64
687 10 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (681 bp):
TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATAAATTAGTATTATTTTAATCAAA
ATAAACTTATATAAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAGATCATAACAATTTGAAATAG
AAAATTGTTCAAATAGTCATAAAATTTTAAACTATTTCAGTAAACAAATTCAATTTTTAAATCTC
TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTTGAATAAGCCTACATGAATAGA
AACAATTATTTTAAGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGAAC
ATGACTATTTGAACTTATTAAGTAAAAAAATTTATTTTTAAAATCTCCTACTTATTAATTTTCAG
AATATTAATAAATTAATATTATTTTATATCCAAAAAACTTGCTTGAACAGAAACAATTGTTTTAT
GACAAAAAAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAGAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
TTACCCAATAAACAGATTTATTTTTGAAATATTTTACTTATTATTTATCTAAATATTAATAAATT
AGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGGTTTATGACTTATTTTAGTC
ATAACTATTCAAACTTGTTTAGAAAACAAAC
Found at i:43023 original size:362 final size:358
Alignment explanation
Indices: 42297--48294 Score: 3556
Period size: 360 Copynumber: 16.8 Consensus size: 358
42287 TGACTTATTT
** * * * * *
42297 TAGTCATAACTATTCAAACTTGTTTAGAAAACAAACTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTT
* * * *
42362 TTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTCTT-CAAAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTAT
66 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAA-AAGCTTGTATGAACA-AAACAATTAT
* * *
42426 TTTATGACAAAATAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATT
129 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
42491 TAAACTTGTTCGGTAAATAGATTCAATTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAAT
194 TGAACTTGTTCAGTAAACAGATT-TATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAAT
* ** * *
42556 AAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCCTACATGAA-ATGATACAATTATTTTATGACAAAA
257 AAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAAAAATTATTTTATGACAAAA
* * * *
42619 TAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAA
320 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
42658 TAGTTATGA-TAATTTGAACTTATTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATCATTTACTTATTAAT
1 TAGTCATAACT-ATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAAT
* * *
42722 TGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAAAAAGCTTGTATGAACAAAAGCAATTG
64 TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAAAAGCTTGTATGAACAAAA-CAATTA
* * * * *
42787 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
128 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
42852 TTGAATTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTGAAATCTTTTACTTATT-ATTTATCTAAATATTA
193 TTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTT-T-TAAATATTA
* * * *
42916 ATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGGTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATAACAAAA
255 ATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAA
* * *
42981 CAAAAGGTTATAGA-GATTTGAAATAGGTAATTGGTCAAA
320 CAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * ** * *
43020 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATAAAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATT
* * ** * **
43085 TTTGGAATATTAATAAATT-ATAATTATGTTATTCCAAATGAGCTTATACCAACAGAAACAATTA
65 TTTGAAATATTAATAAATTAAT-ATTATTTTATTCCAAAAAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTA
* * * *
43149 TTTTGTGAC-AAACAAAAGGGT-ATGACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACA-TACATAACT
128 TTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACT
* ** * * *
43211 ATTT--ACATTGGTCAGGCCAACAGATTCATTTTAAAATCTGTTACTTATTAATTTTTATAATAT
191 ATTTGAAC-TTGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATAT
* * * * * *
43274 TAATAAATTAGCATTACTTTATTCT-AAATATGAC-TGTATTAAT-GAAAACATTTATTTTATTA
253 TAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGA
* * * * * * * *
43336 CAAAACAAATGGTTAGAACAATTTAAAATAAAAAATTATTCAAA
315 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * ** * *
43380 TTGTTATAACTAGTTGAA-TTGGTTTGGTAAACTGATTTACTTTTTATATC--T-CTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATT
* * * * *
43441 TTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAA-CTTATATGAACAAAAACATTTG
65 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAA-AAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTA
* * * * * * *
43505 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTCAAATAAATAATTATTCATATAGCCTTAACTAT
128 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * * *
43570 TTGAA-TTGGCTCAACAAATAAATTTATCTTTTAAGTCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTA
193 TTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTA
* * * * * * *
43634 TTAGATTTGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATAAACATAAATAATTATTTTATGACAAA
255 ATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAA
*
43698 ACAAAAGGTCATAAC-AATT---AT--ATAATTGTTCAAA
319 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** * * * * *
43732 TAGTCATAACTATTTCAACTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATT
* ** *** * *
43797 TTTGAAATATTAATAAATTAGTGCTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATAATGAA-AAAA-AATT
65 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAAAAGCTTG--T-ATGAACAAAACAATT
* * * * * * * *
43860 GTTTTAT-ATCAAAACAAAAGTTCATAATGATTAGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATT
127 ATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * ** * *
43924 ATTTGAAC-TGATTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTTAAATAT
191 ATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATAT
* * * * * * * *
43988 TAATAAAGTAATAGTATTTTATTTTG-GATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGAT
253 TAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGAC
* * *
44051 AAAACAAAAGGTCATTACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAA
316 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** * * *
44094 TAGCCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTCCTTATTAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAAT
* * * * * * * *
44158 TTTT-AGAATATT-ATTAGTTTATCATTATTTTACTACGAATAAA-CTTGTATAAACAGAAATAA
64 TTTTGA-AATATTAATAAATTAAT-ATTATTTTA-TTCCAAAAAAGCTTGTATGAACA-AAACAA
* * * ** * * *
44220 TTATTTTATGAC--AAGAAAAGATTATAACGATTTGAGATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAAC
125 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** * * * *
44283 TTTTTGAAAGTGTTTAG-AAAGTAGATGTACTTTTTAAAGT-T-TTACTTATTAATTTTTTGAAT
190 TATTTGAACTTGTTCAGTAAA-CAGATTTA-TTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAAT
** * * * *
44345 ATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACA-AAATCAATTGTTTTTAT
251 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AAATT-ATTTTAT
* * * * * **
44408 GATAAAACAAAAGGTCATAA-TATATTGAAAGAAATAATTGCTGTAA
313 GACAAAACAAAAGGTCATAACGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** * * *
44454 TAGTCATAACAATTTGAACTTGCTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAGTT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATT
* ** ** * * * *
44519 ATCTT--AATATTACTAAATTTGTATTATTTTATTTGATATAAGTTTGTATGAACAAAAAAATTA
65 -T-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAAAAGCTTGTATGAACAAAACAATTA
* *** * * *
44582 TTTTATGAC--AACAAAAGGTTATAGCGATGTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
128 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
44645 TTAAACTTGTTCAGTAAACATATTCTTTTTTTAAATCTCTTTA-TTATAAATTTTCAAAATATTA
193 TTGAACTTGTTCAGTAAACAGATT-TATTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTT-TAAATATTA
* * * * * *
44709 ATAAATTAGTATTATGTTATTTCAAATAAACTTATATGAACT-GAAACAATTTTTTTTATGACAA
255 ATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-AAATTATTTTATGACAA
*
44773 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
318 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
44814 TAGTTATGATTATTTGATC-TAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCTTTACTTATTAAT
* * * ** * * *
44878 TATTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAATCTTGTATGAACAGAAATAATT
64 TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCCAAAAAAGCTTGTATGAACA-AAACAATT
* * * * ** * * *
44942 GTTTTATAATAGAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTT-AAATAGTCATAACT
127 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
45006 ATTTGAA-TAGGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AATTTTGATACAT
191 ATTTGAACT-TGTTCAG-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATAT
* * * * * * *
45066 TAATAGATTAGTATTACTTTATTTTGAACA-AA-CTTATGTGAATA-AAAATATTTGTTTTATTA
253 TAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGA
* *
45128 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAA
315 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * ** * *
45172 TAATCATAA-TTTTTTAAATTGGTTAAGTAAATAAAATTATTTTTTAAATC--T-CTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATT
* * ** *
45233 TTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAAA-CTACTATGAATTGAAAA-AATT
65 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAA-AAAGCTTGTATGAA--CAAAACAATT
** * * * * *
45296 ATTTTATGATGAAACAAATGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTTTTCATATAGTCTTAAATA
127 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
** * * * *
45361 TTTGAACTAATTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATT
192 TTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATT
* * ** * * * *
45425 ATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAATAATTGTTTTATGATAG
254 AATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAA
* * * * * *
45489 AATAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTACAAAATTGTTCAAA
318 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * *
45530 TAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCT-ATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAA
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTA-TT-TGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAA
* ** *** * * * *
45593 TTTTTGAAAGATTAATACCTTAGA-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAATGATAAAAAACAAA
63 TTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTCCAAAAAAGCTTGTATGA-ACAAAACAAT
* * * * ** * * * * **
45657 TGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAAGGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATGGCCATAGTT
126 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** * * * *
45722 ATTTAAACTAATTCGGTAAACAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATGAACTTTTGAAATATT
191 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATT
** * * * * *
45783 AATAAATTAGCCTTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATAAACT-GAAACATTTGTTTTATGACAA
254 AATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAA
* * *
45847 AATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATA
318 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
45888 TAGTCATAATTATTTGAAC-CATTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAAT
* * *** * * **
45952 TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTA
64 TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAAAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTA
* * ** * * *
46017 TTTTATAACATAACAAAATATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG----GA--A-
128 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
46075 TTG--C-T-TTGA-TTAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAAAATATTAA
193 TTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAA
* *
46135 TAAATTAGTGTTATTTTATTTCG-AAT-AGACTTGTATG-AT-GAAAAACAATTGTTTTATGACA
256 TAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAG-CTTGTATGAATAG-AAAA-AATTATTTTATGACA
* *
46196 AAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAAATAGATAATTGTTCAAA
317 AAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAA
* * ** * ** * * * * * *
46239 TAGCCATAATTATTTGAACCAATTTGATAAACTGACTTCTTTTTT-AATCCCTAACTTATCAAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-CTTTACTTATTAATT
* * * *** * * * * *
46303 TTTGAAACATTAATAAAGTAAT-TTTTTTTAGTT-TGGATAATCTTTTATGAACTGAAATAATTA
65 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCAAAAAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTA
* * * * * * * * *
46366 TTTTATGATAAAATAAATGGTCGTATTTATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGTC-TAACTAT
128 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
46430 TTGAACTTGTTCAGTAAACAAATATATTTTTAAAAT-T-TT-TTTA-AAATTTTTTTAATGTTAA
193 TTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAA
* * ** * * *
46491 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACCGAAACAATTATTTTATGACTAAAT
256 TAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAAC
* * * *
46556 AAGAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAA
321 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * ** * * * * *
46594 TAGTCTTAATTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAATACAA-TTATTGCTT-ATTATTAAATTAGT-AT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAAT
* * ** * * * *
46655 TATCTT--AATCTGAATAAGCTAATATGA----A---AAAAACAATTG-TTCTATG-ACAAAATG
64 T-T-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAA-AA--GCTTGTATGAACAAAA-C
* * * ** * * *
46709 AA-GA--TCATAACAATTTCAAATA-G--ATAAT--TGTTCAAATAGTTATAACTAT-TTGAATT
123 AATTATTTTATGACAA-AACAAA-AGGTCATAATAAT-TTGAAATAG--ATAA-T-TGTTCAAAT
* * * * *
46765 GGTTCGATAAACAATATT--AGTT-TT---TAAA-A-CTCTTA---TT-AAT-TTTTA---A--A
181 AG-TC-AT-AACTAT-TTGAACTTGTTCAGTAAACAGAT-TTATTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* ** * *
46812 A-TATT-AATA--AAT---TTA-TATTATTTTATTCT-AAATAATTTTGTATGATTA-AAATCAA
241 ATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AAA
* * * * * * * *
46867 TTATGTTATGATAAAACAAAATGACATATCAATTTGAAATAGATAATAGTCCAAA
304 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * **** *
46922 TGGACATGACTATTTGAAGTTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATT
* * * * *
46987 TTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAA-CTTGAATTAATAGAAACAATT
65 TTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCAAAAAAGCTTGTATGAACA-AAACAATT
* * * * * *
47050 ATTTTATAACAAAA-TAAAGGATCATAACAATTTGGAATAAATAATTGTTGAAATAGTCATAACT
127 ATTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
** * * * * * *
47114 ATTTGAACTCATTTAGTAAATAGATTTATTTTTTGAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAATTTTA
191 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTA
* ** * * * * ** * *
47179 ATAAATTAGTATTAATTTATTCCAAATAAACTTTTATGCATAGAAACAATTGGTTTATAATAAAA
255 ATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAA
* *
47244 C-AAAGTGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAA
320 CAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * *
47283 TAGTTATAACCATTTAAACGT-TTT--CAAAAAATATATCTATTTTTAAAAT-TTTGATTTATTA
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAA-AT-T-TATTTTTTAAATCTTT-ACTTATTA
* * ** * **
47344 ATTTTTAAAATATTAATAAATCT-ATATTGTTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAGCCAA
62 ATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAATATTATTTTATTCCAAAAAAGCTTGTATGAACA-AAACAA
* * * * * * * *
47408 CTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTTATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATCGTCATAAC
125 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * ***
47473 TATTTGAACATGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTGGGATATT
190 TATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATT
* * * * * * *
47538 AATAAACTAGTATTATTTTATTCT-AAATATGCTTATTTGAACTA-AAATAATTGTTTTATTACA
254 AATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACA
* * *
47601 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCAAA
317 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * ** *
47643 TAGTCA-AGATTATTTCAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
1 TAGTCATA-ACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAAT
* ** * * * *
47707 TGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCTAATAACCTTGTATGAACAGAAACAATTG
64 TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAAAAGCTTGTATGAACA-AAACAATT-
* * * *
47772 A-TTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATA-AT--TT-TTCAAATAGTCATAACAA
127 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
47832 TTTGAATTTGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATAT-TTGACTCATTAATTGACTT-AGTT
192 TTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATT--TTTAAATA
* * * *
47894 TTAAAAAATTTGTATT-TTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACATAAAAAATTA-TTT-TGACA
252 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACA
* * * * *
47956 AAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTATTCAAA
317 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * * *
47998 TAATCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATT
* * ** ** * * * *
48063 TTTGGAATATTGATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAA-CTTATATGAACTGAAACAATTT
65 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCAAAAAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTA
* * * *
48127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTAT
128 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
48192 TTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTTAAATATTTTATTTATTAATTGTTGAAATATTA
193 TTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTA
* * *
48257 ATAAATTGGTATTATCTTAATCTG-AATAAGCTTGTATG
255 ATAAATTAGTATTAT-TTTATTTGAAATAAGCTTGTATG
48295 CAACCTTGGA
Statistics
Matches: 4384, Mismatches: 957, Indels: 592
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
327 5 0.00
328 98 0.02
329 11 0.00
330 8 0.00
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334 3 0.00
335 6 0.00
336 9 0.00
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339 15 0.00
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345 14 0.00
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360 840 0.19
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364 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTT
TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAAAAAGCTTGTATGAACAAAACAATTATTT
TATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
AACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAAT
TAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
Found at i:44571 original size:541 final size:538
Alignment explanation
Indices: 42297--48294 Score: 3307
Period size: 541 Copynumber: 11.2 Consensus size: 538
42287 TGACTTATTT
** * * * * *
42297 TAGTCATAACTATTCAAACTTGTTTAGAAAACAAACTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATT
* ** *
42361 TTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTCTTCAAAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTAT
65 TTT-AAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTAT
* * * ** * *
42426 TTTATGACAAAATAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATT
129 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATTACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * * *
42491 TAAACTTGTTCGGTAAATAGATTCAATTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAAT
194 TGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
* * * * * *
42556 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTACATGAAA-TGATACAATTATTTTATGACAAAAT
259 AAATTA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATAT-AAACAGAAACAATTATTTTATGAC-AAAC
* * * * * *
42620 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGA-TAATTTG-AACTTATTT
321 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAAAC-TGTTT
* * * * *
42683 GGTAAGCATATTTA-TTTTTAAAATCATTTACTTATTAA-TTGTTGAAATATTAATAAATTAATA
384 AG-AAACAGATTTACTTTTTAAAATC-TTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTA
* * * * * *
42746 TTATTTTAATCCAAAAAAGCTTGTATGAACAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
446 TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAATCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT
* * *
42811 AATGAT-TTGAAATAAAGAATTATTCAAA
511 AAT-ATATTGAAATAAATAATTACTCTAA
* * *
42839 TAGTCATAACTATTTGAATTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTGAAATCTTTTACTTA-TTATT
1 TAGTCATAACTATTTGAATTGATT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATT
* * * * * *
42903 TATCTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGGTTGTATGAATAGAAAAAATTA
65 T-T-TAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTA
* * * * * *
42968 TTTTATAACAAAACAAAAGGTTA-TAGAGATTTGAAATAGGTAATTGGTCAAATAGTCATAACTA
128 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTA-CGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* ** * * *
43032 TTTGAACTTGTT-TGATAAACAAATAAAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGGAATATT
192 TTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
* * * * ** *
43096 AATAAATTATAATTATGTTATTCCAAATGAGCTTATACCAACAGAAACAATTATTTTGTGACAAA
256 AATAAATTAT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATAAACAGAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * * * *
43161 CAAAAGGGT-ATGACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACA-TACATAACTATTT-ACATTGGT
320 CAAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAAACTGTT
* * *
43223 CAGGCCAACAGA-TT-CATTTTAAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAT-AATATTAATAAATTAG
383 TA-G-AAACAGATTTACTTTTTAAAATCT-TTACTTATTAATTTTT-TGAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * * * *
43285 CATTACTTTATTCTAAATATGAC-TGTATTAATGAAAA-CATTTATTTTATTACAAAACAAATGG
444 TATTATTTTATTCTAAATAAG-CTTGTATGAA-CAAAATCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG
* * * * * * *
43348 TTAGAACA-ATTTAAAATAAAAAATTATTCAAA
507 TCATAATATA-TTGAAATAAATAATTACTCTAA
* * * * * * * * *
43380 TTGTTATAACTAGTTGAATTGGTTTGGTAAACTGATTTACTTTTTATATC---T-CTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAATT-GATTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATT
* * * * * *
43441 TTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTG
65 TTT-AAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTA
* * ** * * * * *
43505 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTCAAATAAATAATTATTCATATAGCCTTAACTAT
128 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * * * *
43570 TTGAA-TTGGCTCAACAAATAAATTTATCTTTTAAGTCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTA
193 TTGAACTT-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTA
* * * * * * *
43634 TTAGATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACATAAATAATTATTTTATGACAAAA
257 ATA-AATTATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATAAACAGAAACAATTATTTTATGAC-AAA
* *
43699 CAAAAGGTCATAAC-AATT---AT--ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-CAACTGGTTC
320 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACT-GTT-
* * * * * *
43757 GATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCCTATTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTG
383 TAGAAACAGATTTACTTTTTAAAATCT-TTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTA
* * * * * ** *
43820 CTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTAT-AATGAAAAAAAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGTTC
446 TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAATCAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAGGTC
* * * *
43883 ATAATGAT-TAGAAATAGATAATT-GTTTAAA
509 ATAAT-ATATTGAAATAAATAATTACTCT-AA
* * * * * * ***
43913 TGGCCATAATTATTTGAACTGATTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTT-CTCAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAATTGATT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACT-AA-
* * * * * *
43977 TTTTTAAATATTAATAAAGTAATAGTATTTTATTTTG-GATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATT
63 TTTTTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATT
* * * * *
44041 GTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATTACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTA
127 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
44106 TTTGAACTAGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTCCTTATTAATTTTTAGAATATTA
192 TTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTA
* ** * * * * * *
44171 TTAGTTTATCATTATTTTACTACGAATAAACTTGTATAAACAGAAATAATTATTTTATGAC-AAG
257 ATAAATTAT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATAAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAC
* * * * * * *
44235 AAAAGATTATAACGATTTGAGATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTTTTTGAAAGTGTTTAG
321 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACTGTTTAG
* * *
44300 AAAGTAGATGTACTTTTTAAAGT-TTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTA-TATTA
386 AAA-CAGATTTACTTTTTAAAATCTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* *
44363 TTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAAAATCAATTGTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA
449 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAATCAATTG-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA
* * *
44428 TATATTGAAAGAAATAATTGCTGTAA
513 TATATTGAAATAAATAATTACTCTAA
* * * *
44454 TAGTCATAACAATTTGAACTTGCTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAGTT
1 TAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATT
* * * * * *
44519 ATCTT-AATATTACTAAATTTGTATTATTTTATTTGATATAAGTTTGTATGAACA-AAAAAATTA
65 -T-TTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTA
* * *
44582 TTTTATGAC--AACAAAAGGTTA-TAGCGATGTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
128 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTA-CGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
44644 TTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTCT-TTTTTTAAATCTCTTTA-TTATAAATTTTCAAAATAT
192 TTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATT-TATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATAT
* * * * * *
44707 TAATAAATTAGTATTATGTTATTTCAAATAAACTTATATGAACTGAAACAATTTTTTTTATGACA
255 TAATAAATTA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATAAACAGAAACAA-TTATTTTATGAC-
* * * * *
44772 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTG-ATCTAG
317 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACT-G
* * * * * **
44836 TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTATTAAAATATTAATAAATTAGT
381 TTTAG-AAACAGATTTACTTTTTAAAATCTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGT
* * * * **
44901 ATTATTTTAATT-TGAATAATCTTGTATGAACAGAAAT-AATTGTTTTATAATAGAACAAAAAAT
445 ATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAATCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT
*
44964 CATAACA-ATTTGAAATAAATAATTACT-TAAA
508 CATAATATA-TTGAAATAAATAATTACTCT-AA
* * * * *
44995 TAGTCATAACTATTTGAATAGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AATT
1 TAGTCATAACTATTTGAATTGATTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATT
* * * * * * * * * *
45057 TTGATACATTAATAGA-TTAGTATTACTTTATTTTGAACA-AA-CTTATGTGAATAAAAATATTT
65 TTTAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAA-ATAAGCTTATATGAACAGAAACAATT
* * * * * * * *
45119 GTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAATCATAA-TT
127 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
45183 TTTTAAATTGGTTAAGTAAATAAAATTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAAATAT
192 TTTGAACTT-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATAT
* * * * * ** * *
45243 TAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAAAC-TACTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGATG
255 TAATAAATT-ATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA-TATAAACAGAAACAATTATTTTATGA-C
* ** * * * * *
45307 AAACAAATGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTTTTCATATAGTCTTAAATATTTG-AACTAA
317 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACT-G
* * * * * * *** * *
45371 TTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTAGATTAG
381 TT-TAGAAACAGATTTACTTTTTAAAATCT-TTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG
* * *
45435 TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAT-AATTGTTTTATGATAGAATAAAAGGT
444 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAATCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT
* * ** *
45499 TATAATGAT-TTGAAGTACAA-AATTGTTCAAA
508 CATAAT-ATATTGAAATA-AATAATTACTCTAA
* * * * ** *
45530 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCTA-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAA-TTGAT-TAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAAT
* ** * *
45594 TTTTGAAAGATTAAT-ACCTTAGAATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGA-ATGATA-AAAAACA
64 TTTT-AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTT-ATATGA-ACAGAAACA
* * * * * * * * * * * * *
45655 AATGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAAGGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATGGCCATAG
124 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * ** * * * * * *
45720 TTATTTAAACTAATTCGGTAAACAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATGAACTTTT-GAAAT
189 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AAT
** ** * * * *
45780 ATTAATAAATTAGCCTTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATAAACTGAAACATTTGTTTTATGAC
253 ATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATAAACAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * *
45845 AAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAATTATTTGAACCAT
317 -AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAC-T
* * * *
45910 -TTTGGCAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATT
380 GTTTAG-AAACAGATTTACTTTTTAAAATCT-TTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATT
* * * ** * * * * *
45972 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAA-CAATTATTTTATAACATAACAAAAT
442 AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAATCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG
* * * * **
46036 ATTATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTC-AA
506 GTCATAATATA-TTGAAATAAATAATTACTCTAA
** ** * * * *
46068 -A-T-AGGA--A-TTGCTTTGA-T--T-AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTT
1 TAGTCATAACTATTTGAATTGATTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTT
* * ** *
46123 TTAAAATATTAATAAA-TTAGTGTTATTTTATTTCG-AAT-AGACTTGTATGATGAAAAACAATT
66 TT-AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAG-CTTATATGAACAGAAACAATT
* * * * * * *
46185 GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATT
127 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTACGATTT-CAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * ** * * * * * * *
46250 ATTTGAACCAAT-TTGA-TAAACTGACTTCTTTTTT-AATCCCTAACTTATCAAATTTT-GAAAC
191 ATTTGAA-C-TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AAT
* * * * * * * *
46311 ATTAATAAAGTA-ATTTTTTTTAGTTT-GGATAATCTTTTATGAACTGAAATAATTATTTTATGA
253 ATTAATAAATTATA-TTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTATATAAACAGAAACAATTATTTTATGA
* * *** * * *
46374 TAAA-ATAAATGGTCGTATTTATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGTC-TAACTATTTG-AAC
316 CAAACA-AAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAC
* * * * * * *
46436 TTGTTCAGTAAACAAATATA-TTTTTAAAAT-TTT-TTTA-AAATTTTTTTAATGTTAATAAATT
379 -TGTTTAG-AAACAGATTTACTTTTTAAAATCTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATT
* * * * *
46497 AGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCATGTATGAACCGAAA-CAATTATTTTATGACT-AAATAAG
442 AGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-CAAAATCAATTGTTTTATGA-TAAAACAAA
* * * **
46559 AGGTCAGAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAA
504 AGGTCATAATATA-TTGAAATAAATAATTACTCTAA
* * * * * * *
46594 TAGTCTTAATTATTTGAATTGGTTTGGT--A-A-A--TA------CAA----TTA-TTGCTTATT
1 TAGTCATAACTATTTGAATT-GATTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATT
* * * * * * *
46642 ATT-AA-ATTAGT--A-TTATCTTA----ATCTG-AATAAGCTAATATGAA-AAAAACAATTGTT
65 TTTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATT
* ** * * * *
46696 CTATGACAAAA-TGAAGATCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT
130 TTATGACAAAACAAAAGGTCATTACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
46760 GAA-TTGGTTC-GATAAAC-AATATTAGTTTTTAAA--AC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTA
195 GAACTT-GTTCAG-TAAACAAAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTA
* ** * * ** * *
46818 ATAAATTTATATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGATTA-AAATCAATTATGTTATGATAA
257 ATAAA-TTATATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATAAACAGAAA-CAATTATTTTATGA-CA
* * * * * * * * * **
46881 AACAAAATGACATATCAATTTGAAATAGATAATAGTCCAAATGGACATGACTATTTGAAGTTGTT
318 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACTGTT
* * * * * * *
46946 CAAAAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATA
383 -TAGAAACAGATTTACTTTTTAAAATCT-TTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * * *
47010 TTATTTTATT-TCGAATAAACTTGAATTAATAGAAA-CAATTATTTTATAACAAAA-TAAAGGAT
446 TTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACA-AAATCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG-T
* * ** **
47072 CATAACA-ATTTGGAATAAATAATTGTTGAAA
508 CATAATATA-TTGAAATAAATAATTACTCTAA
* * * * *
47103 TAGTCATAACTATTTGAACTCATTTAGTAAATAGATTTATTTTTTGAATCTTTTACTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATT
* * * ** * * * * **
47168 TTAAAATTTTAATAAA-TTAGTATTAATTTATTCCAAATAAACTTTTATGCATAGAAACAATTGG
65 TTTAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTAT
* * * * * * *
47232 TTTATAATAAAAC-AAAGTGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACCAT
129 TTTATGACAAAACAAAAG-GTCATTACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * * * *
47296 TTAAACGTT-TTCAAAAAATATATCTATTTTTAAAAT-T-TTGATTTATTAATTTTTAAAATATT
193 TTGAAC-TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTAGAATATT
* * * ** * *
47358 AATAAATCTATATTGTTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAACAGAGCCAACTGTTTTATGACAA
256 AATAAAT-TATATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTATATAAACAGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * *
47422 AGCAAAAGGTTATAA-TATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATCGTCATAACTATTTG-AACATG
319 A-CAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAC-TG
* * * * * * * * *
47485 TTCAGTAAATAGATTCA-TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTTGGGATATTAATAAACTAG
381 TTTAG-AAACAGATTTACTTTTTAAAATCT-TTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG
* * * * *
47548 TATTATTTTATTCTAAATATGCTTATTTGAACTAAAAT-AATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGT
444 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAATCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT
** * *
47612 CATAATGAT-TTGAAATAGTTAATTATTCAAA
508 CATAAT-ATATTGAAATAAATAATTACTCTAA
* * * *
47643 TAGTCA-AGATTATTTCAACTTG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
1 TAGTCATA-ACTATTTGAA-TTGATT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAA
** * * *** * *
47706 TTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCTAATAACCTTGTATGAACAGAAACAATT
63 TT-TTTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATT
* * * * * *
47771 GA-TTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATA-AT--TT-TTCAAATAGTCATAACA
127 -ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * *
47831 ATTTGAATTTGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATAT-TTGACTCATTAATTGACTTAG--
191 ATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATT--TTTAGAA
* * * * * * *
47892 TTTTAAAAAATTTGTATT-TTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAACATAAAAAATTA-TTT-TG
252 TATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTATATAAACAGAAACAATTATTTTATG
* * * * * * *
47953 ACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTT-AAAC
315 AC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAC
* * * * * * * *
48017 TTGTTCGATAAATATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATTGATAAAT
379 -TGTT-TAGAAACAGATTTACTTTTTAAAATC-TTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAAT
* * * * * * * *
48081 TGGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACTGAAA-CAATTTTTTTATGACAAAACAAAA
441 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAATCAATTGTTTTATGATAAAACAAAA
* * *
48145 GGTCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTATTCAAA
505 GGTCATAAT-ATATTGAAATAAATAATTACTCTAA
* * * * * *
48179 TAGTTATGACTATTTG-ATCT-AGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTTAAATATTTTATTTATTA
1 TAGTCATAACTATTTGAAT-TGA-TT-AGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTACTA
* ** * * *
48242 ATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATCTTAATCTG-AATAAGCTTGTATG
62 ATT-TTTAAATATTAATAAATTTATATTAT-TTTATTTGAAATAAGCTTATATG
48295 CAACCTTGGA
Statistics
Matches: 4281, Mismatches: 900, Indels: 555
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
502 2 0.00
503 26 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (538 bp):
TAGTCATAACTATTTGAATTGATTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTT
TTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTT
TATGACAAAACAAAAGGTCATTACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
AACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
ATTATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATAAACAGAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAG
GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACTGTTTAGAAACA
GATTTACTTTTTAAAATCTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
CTAAATAAGCTTGTATGAACAAAATCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATATATTGA
AATAAATAATTACTCTAA
Found at i:46203 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 45917--46241 Score: 462
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
45907 CATTTTGGCA
* * *
45917 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTT
1 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * *
45982 TATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATAACATAACAAAA-TATTATAACAA
66 TATTTCGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGT-TCATAACAA
46046 TTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGGAATTGCTTTGATT
130 TTTGAAAATAGATAATTGTTCAAATAGGAATTGCTTTGATT
* *
46086 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTGTTATTT
1 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * *
46151 TATTTCGAAT-AGACTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAT
66 TATTTCGAATAAG-CTTATATGAATTG--AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAAC
*
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TTGAAAATAGATAATTGTTCAAATAGGAATTGCTTTGATT
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TTTTTAAAATT
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* * * *
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* **
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * * *
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1 TATGAAATA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAATAATTTGAAATAGATAATA
* * * * * * * * *
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* * * *
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* ** * * * * * *
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1 TATGAA-ATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATAG
* * * * * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * *
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1 TATGAAATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAA-TAG
* * *
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65 TTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * * *
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* * * *
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1 TATGAA-ATAAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATA
* * * * * * * *
47813 TTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTGACTC
64 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * *
47878 ATTAATTGACTTAG--TTTTAAAAAATTTGTATT-TTTTATT-TGAAATAAGCTTG
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* ** *
47930 TATGAACATAAAA-AATTA-TTT-TGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTA
1 TATGAA-ATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAA-TA
* * * * * *
47992 -TTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATT
64 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * ** * * *
48056 ATTAATTTTTGGAATATTGATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTA
129 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTAAATAAACTTG
* * * *
48109 TATGAACTGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-
1 TATGAAATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAA-TAG
* * * * * * *
48173 TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTTAAATATTTTATTT
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* ** * * * *
48238 ATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTGGTATTATCTTAATCTGAATAAGCTTG
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TAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTAAATAAACTTG
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49030 AAACCAGTTC
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* * ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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1 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* **
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66 AGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * ** *
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* * * * * * * *
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1 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TT
* * * * *
49466 TTA-TT-ATTTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTGATCTTTCAAAAATTACTAA
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*
49529 GT--GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
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* * ** *
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1 CTATATGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
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* * * ** * *
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* * *** * *
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1 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * *
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* * *
49889 AGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATTTACCAAACTAGTTTAAATAATTATGA
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * * *
49943 CTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
1 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * * *
50008 TGCTCATATAAGTTTGTATGGAATAAAATAATATTAATCTATTAATTTTGTCCTAAAA-TAACTA
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** * *** * * * * *
50072 TTTCTTTTCATACA-AGTTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTCAATAATATTTCAAA-AATTA
128 -----AGT-A-AGAGA-TTTA--AAAAAT-AAAT-TTATTTA-TCAA-ACTAGTTCAAATAATT-
*
50135 ATAA
178 ATGA
* * * ** ** * ** *
50139 GTA-A-G-AGATTTA-AAAAAT-AAA-CGTGTTTATGGAA-CTAGTTCAAATAATTAAGACCATT
1 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATC--G-TTAT--AACCT--TT----T-GTTTTG-TCA-T
* * * ** * ** * * *
50197 AGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTAA-CTTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTCCAGTT
52 AAAACAA-T-TGT-TTT--AGTTCATATAAGC---TTATTT-GAAATAAAATAA-TA--CTAATT
* * * ** * * * *
50261 CATATAAGTTTATTC-AAAATAAAATAA-TACTA-ATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGTGT-
105 TAT-TAA-TAT-TTCAAAAAT-TAATAAGTAAGAGATTTA--AA-A---AATAAATTTATTTATC
* * * **
50322 -AA-GAGATTCAAAAAAATAAATTT
160 AAACTAG-TTC-AAATAAT-TATGA
* * * * * *
50345 GTTTACTAAACAAGTT-TCAAATAAATTTCACTAT--TTGAATAA--TTATCTATTTACAGTCAT
1 CTATA-TGAACAA-TTATC---T--ATTTCA-AATCGTT--ATAACCTT-T-TGTTT--TGTCAT
* * * * * ** *
50405 --GACATTTTGTTTT-G-TCATA-AAACAATTGTTT-AAATTCTTAAAAACTTATAC-AAAATAA
52 AAAACA-ATTGTTTTAGTTCATATAAGC--TTATTTGAAA----T-AAAA-TAATACTAATTTAT
* *** *** ** * *** *
50463 AAATAACACTATTTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAATTAAAGCT-
108 TAATATTTC-A-AAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAA-AA--AATAAATTTATTTATCAAA-CTA
50524 GTTTTTCAAACTAATTCAAATAGTTATAA
166 G---TTCAAA-TAATT---AT-G-----A
* * * * * * * *
50553 CTATTTGAATAGA-TAT-TAATTTGAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCAT-AAATAATTGTT
1 CTATATGAACA-ATTATCT-ATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * *
50614 TCAGATT-ATACAAACTTATTTG-GATAAAAATAAAACTAATTTAATAATA-TTCTAAAA--ACT
64 TTAG-TTCATATAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * ** * * * *
50674 AA-TAAGAGATTTTAAAAATAAATGTGTTTGCCGAATTAGTTCAAATAGTTAAGA
127 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATGA
* * ** * * * ** * *
50728 TTAT-TAGAATAATTATCTATTT-AAATTATTTTGACTTTTTGTTTACTCATATAATAATTGTTT
1 CTATAT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
50791 CT-GTTTATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAATTTAATAA
65 -TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * *
50855 GAAAGAGGTTTGAAAAAATAAATTTGTTTATTGAAA-AAGTACAAATAATTATGA
129 GTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTA-TCAAACTAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * * *
50909 CTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACTATTGTTTT
1 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * *** * *
50974 AATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGT
66 AGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * *
51039 AAGATATTTAAAAAATAAA-TTACTTTATTGAATCT-GTTTAAATAATTATGA
131 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTA-TCAAACTAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * * * *
51090 CCATTTGAATAATGATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAATATAATTGTTTT
1 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
**** * * * * *
51155 TCAACTTACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAAGAA-T--TAA-T
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* * * * * *
51216 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATAA
131 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATGA
* * * ** * * * *
51267 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAGATTTTGTTTTATTATAAAAAAATTATTTT
1 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
51332 TGTTAATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAACACTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAA
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* * * * * * * **
51395 CTAAGAGATTTTAAAAATAAATTCATTTACCAAACCAGCTCAAACAATTAAAA
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* * * * * * * * * *
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1 CTATATGAACAATTA--TCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
51511 TTA---CA-ACT---TTTATTCGAAA-AAGAATAA-ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTTAT
64 TTAGTTCATA-TAAGCTTATTTGAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
** * * *
51567 AAGTATTAGATTTAGAAAATAAATTTATTTA-CTAAACCAGTTCAAATAATTATAA
127 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATC-AAACTAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * * *
51622 CTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTCTCATAAAACAATAGTTTT
1 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
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* * * * * * * * *
51752 AAGATATTT-AAAAGTAAATCTGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGA
131 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * * * * * *
51802 CTATTTCAATAATTATCTATTTCTTAATCATTATAATCTTTTATTTCGTCATCAAACAATTGGTT
1 CTATATGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** * * * * * *
51867 TGGTTTATACT-ATTTTATTTGGAGTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCGAGACTTAATAA
65 TAGTTCATA-TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * * * *
51931 CTAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGTCAAATTAGTTCAAATAGTTAAGA
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * * *
51984 CTATA-GAA-ATGATTTTCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTCTTTTATCATAAAATAATTGTT
1 CTATATGAACA--ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** * * * * * * ** *
52047 TT-CTTTGTACAAACTTATTTTG-ATTAAAATAATATTAATTTAATAATTTTTTGAAAATTAATT
64 TTAGTTCATATAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
52110 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-TCAGTTCCAATAGTTAAT-A
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACT-AGTTCAAATAATT-ATGA
* * * * * * * *
52164 CT-TTTAAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTT
1 CTATAT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
52228 CAGTTCATACAAGCCTA-TTCAGAATAAATTAATATTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAA
65 TAGTTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * * * *
52292 GAAAGATATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATTA
129 GTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * * ** *
52346 CTATTTAAAAAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * ** * * **
52411 AATTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGT
66 AGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * *
52476 AA-AAAGTTTTAAAATTAAATTTGTTTACCGAA-TCAGCTT-AAATAATTAAGG
131 AAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACT-AG-TTCAAATAATTATGA
* * *** * * *
52527 CCATTTGAATGGTTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTTTTTGTTATAAAACAATTGTTTT
1 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TT
* ** * *
52592 TTA-TT-ATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAAAAA
64 TTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * **
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* * * * * * *
52708 CTA-ATAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTT
1 CTATAT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
52772 CATAG--CTTACAA-CTTA-TTCAGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAA
65 --TAGTTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
* * * * *
52832 TAAGTAAAAGATTTGAAAAACTAAATCTATTTA-CTAAACAAGTTTAAATA
126 TAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTATC-AAACTAGTTCAAATA
52882 GTTTAAGTTT
Statistics
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
AGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATGA
Found at i:49632 original size:360 final size:362
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Indices: 49124--50000 Score: 896
Period size: 360 Copynumber: 2.4 Consensus size: 362
49114 AGCTAATTCA
* * * * * * * *
49124 AAATAAAATAATACTG-ATTTAATAATATTTTAAAAATTGACAACTAAAAAATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAAT-ATAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * * * * * * *
49188 TTTGTTTGTCGAAGTAGTGT-AAAAAATTAAGACTATATGAGCAGTTATCTATTTCAAATCGTTA
64 TTTATTTACCAAACTAGT-TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAGCTATTTCAAATCGTTA
** * * *
49252 TGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
128 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * * * * * ***
49317 ACT-AAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTG-ATTCAAAAAGTAAATTTGTTTATT
193 A-TAAATCTGA-TAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAAATAAACTTATTTGCC
* * * * * **
49379 GAA-TCAGTTCAAATAATTATGGTTGTATCAACAATTAACTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTG
255 AAACT-AGTTCAAATAATTAAGATTATATCAACAATTAACTATTTCAAATCGTTATAACAATTTG
* * * *
49443 TTTGGTCATATAGCAATTGTTTTT-TATT-AT-TTAAGCTTATTTG
319 TTTGGTCATAAAACAATT-TTTTTCAATTCATACT-AGCTTATTTG
* * * *
49486 AAATAAAATA-ATATTAATTTATTGATCTTTCAAAAATTACTAAGT-GAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATATA-ATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAAT
* *
49549 TTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-GCATATTTCAAATCGTTAT
65 TTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAGC-TATTTCAAATCGTTAT
* ** * * * **
49613 AACCTTTTGTTCGGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAGGTTTTTTGAAATAAAATAATA
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
49678 TAAATCTGATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAACTTATTTGCCAAAC
194 TAAATCTGATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAACTTATTTGCCAAAC
* * * * * *
49743 TAGTTCAAATATTTAAGATTATATGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATAATAATTTGTTTTG
259 TAGTTCAAATAATTAAGATTATATCAACAATTAACTATTTCAAATCGTTATAACAATTTGTTTGG
*
49808 TCATAAAATAATTTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTG
324 TCATAAAACAATTTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTG
* *
49847 GAATAAAATATAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATT
1 AAATAAAATATAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
49912 TTATTTACCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATG
65 TTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAGCTATTTCAAATCGTTATG
*
49977 ACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAA
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
50001 ATGTTTTTGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
359 8 0.02
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364 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (362 bp):
AAATAAAATATAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATT
TATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAGCTATTTCAAATCGTTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATA
AATCTGATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAACTTATTTGCCAAACTA
GTTCAAATAATTAAGATTATATCAACAATTAACTATTTCAAATCGTTATAACAATTTGTTTGGTC
ATAAAACAATTTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTG
Found at i:49964 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 49932--49964 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
49922 AACTAGTTTA
49932 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
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1 AATAATTATACTATTT
49965 TAAATTGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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AATAATTATACTATTTG
Found at i:50284 original size:249 final size:249
Alignment explanation
Indices: 49829--50301 Score: 592
Period size: 249 Copynumber: 1.9 Consensus size: 249
49819 TTTTTTTCAA
* * * *
49829 TTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATATAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATATAATGAATTCAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
*** * * * * *
49894 GAGATTTAAAAAATAATTTTATTTACCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTAT
66 GAGATTTAAAAAATAAACGTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACCATTAGAACAATTAT
* * * * *** *
49959 CTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGCTCATATAAGTTTG
131 CTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTTTTTAGTCATAAAACAAATATTCCAGCTCATATAAGTTTA
** *
50024 TATGGAATAAAATAATATTAATCTATTAATTTTGTCCTAAAATAACTATTTCTT
196 TATAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATTTTGTCCTAAAATAACTATTTCTT
* * *
50078 TTCATACAAGTTTATTCGGATTAAAATA-ATATTAATTCAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATATA-ATGAATTCAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* ***
50142 AGAGATTTAAAAAATAAACGTGTTTATGGAACTAGTTCAAATAATTAAGACCATTAGAACAATTA
65 AGAGATTTAAAAAATAAACGTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACCATTAGAACAATTA
* * *
50207 TCTATTTCAAATTGTT-TTAACTTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTCCAGTTCATATAAGTT
130 TCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTT-TTTAGTCATAAAACAAATATTCCAGCTCATATAAGTT
*
50271 TAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
194 TATAT-AAAATAAAATAATACTAATCTATTAA
50302 CATTCAAAAA
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 34, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
248 10 0.05
249 177 0.95
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (249 bp):
TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATATAATGAATTCAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
GAGATTTAAAAAATAAACGTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACCATTAGAACAATTAT
CTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTTTTTAGTCATAAAACAAATATTCCAGCTCATATAAGTTTA
TATAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATTTTGTCCTAAAATAACTATTTCTT
Found at i:50930 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 50898--50930 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
50888 AAAAAGTACA
50898 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
50916 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
50931 AAAATTGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:53799 original size:355 final size:346
Alignment explanation
Indices: 53249--54177 Score: 783
Period size: 358 Copynumber: 2.6 Consensus size: 346
53239 GTTTATTCAA
* * *
53249 AATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATGTCTTT
1 AATAAAATAATAATAATTTATGAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATGTCTTT
* * * ** * * *
53314 ACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTGTATACTTTAAATCATTATAATCTAT
66 ACCAAAACAATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATATACTTTAAATCATTATAACCTAT
*
53379 TATTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCT
131 TATTCTATCATAAAACAAATATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCT
* * *
53444 AATAATCTTTTGAAATTTAA-TAACTAAGAGATTGAAAAAATAAATTTGTTTG-CTAAACTAGTT
196 AATAAT-ATTT-AAA--AAATTAA-TAAGAGATTGAAAAAATAAATTTGTTTGTC-AAACCAGTT
* *
53507 CAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATAATTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
255 AAAATAGTTAAGACCATATAAACAATTATCTATTTCAAATAATTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
53572 TTTTTCAATTCATACTAGCTTATTCGG
320 TTTTTCAATTCATACTAGCTTATTCGG
53599 AATAAAATAA-AATGAATTTATGAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAGAAT-AAT
1 AATAAAATAATAAT-AATTTATGAATATTTCAAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAA-AATAAAT
* * *
53662 -TCAATTTACTAAAACAATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTA-TCTTAAATCGTT
60 GTC--TTTACCAAAACAATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATATACT-TTAAATCATT
* * * * * * * * * * *
53725 ATGACCT-TTTTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTTATAGAAGTTTTGTTCAGAATAAAATA
122 ATAACCTATTATTCTATCATAAAACAAATATTTCTATTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATA
* *
53789 ATACTAATCTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACC
186 ATACTAATCTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTGAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACC
* * * * *
53854 AGTTAAAATAGTTAAGACCATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTAT
251 AGTTAAAATAGTTAAGACCATATAAACAATTATCTATTTCAAA----TA--A-TTTTTGTTTTGT
* * ** * * * *
53919 TATAAAACAATAGTTTCTATTCTTA-TAATCTTATTCGT
309 CATAAAATAATTTTTTCAATTCATACT-AGCTTATTCGG
* * * * * * * *
53957 ATTAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCGACAATTATTAAGTAAAAAATTTATAAAATAAATT
1 AATAAAATAATAATAATTTATGAATATTTC-A-AA-AATTAA-TAAGAGATTTA-AAAATAAATG
* * * * * * *
54022 TATTTACC-GAACTAGA-TCAAATAATCATAACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTA
61 TCTTTACCAAAAC-A-ATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATATACTTT-AAATCATTA
* * * * * * **
54084 TGACCTTTTGCTT-TGTCAT-AAA-AATTATTT-TAATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATA
123 TAACCTATT-ATTCTATCATAAAACAAATATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* **
54145 ATACTAAGT-TATTAATATTCCAAAAATTAATAA
186 ATACTAA-TCTAATAATATTTAAAAAATTAATAA
54178 TTAAGAGATT
Statistics
Matches: 472, Mismatches: 73, Indels: 62
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
349 2 0.00
350 31 0.07
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352 5 0.01
353 5 0.01
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361 3 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (346 bp):
AATAAAATAATAATAATTTATGAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATGTCTTT
ACCAAAACAATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATATACTTTAAATCATTATAACCTAT
TATTCTATCATAAAACAAATATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCT
AATAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTGAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACCAGTTAAAATA
GTTAAGACCATATAAACAATTATCTATTTCAAATAATTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTC
AATTCATACTAGCTTATTCGG
Found at i:53968 original size:177 final size:175
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Period size: 181 Copynumber: 6.0 Consensus size: 175
53096 ATACTAACTT
* * * * * * * * * **
53106 ATTAA-TAAGTGATTTAAAAAGTGAATATATTTACTAAATCAGTTCAAATAGTTATGGCTATTCC
1 ATTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTG
* * * * * ** * * *
53170 AACAATTATCTATTTCAATTCATTATTTCCTTTTATTTGGTCATATAACAATTGTTTTTGGA-T-
66 AACAATTATCTATTT-AAATCGTTA-TACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATAGTTTCT--ATTC
* * * * *
53233 ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAA
127 ATATAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAA
* * * * * *
53283 ATTAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATGTCTTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
1 ATTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTG
* * * * * * * *
53346 AACAGTTGTATACTTTAAATCATTATAATCTATTATTCTATCATAAAACAATTA-TTTCTATTCA
66 AACAATTATCTA-TTTAAATCGTTATACT-TTTTGTTTTATCATAAAACAA-TAGTTTCTATTCA
* * * * * *
53410 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATCTTTTGAAATTTA
128 TATAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTT-AAA--AA
* * * *
53463 A-TAACTAAGAGATTGAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATA
1 ATTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTG
* * ** *
53527 AACAATTATCTATTTCAAA----TA-A-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATA
66 AACAATTATCTATTT-AAATCGTTATACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCATA
* * *
53586 CT-AGCTTATTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATGAATATTTCAAAA
130 -TAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAAAAA
* * ** * * * *
53633 ATTAATATGTAAGAGATTTAAAGAAT-AATTCAATTTACTAAAACAATTCAAATAGTTAAAACTA
1 ATT-A-A-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* * *
53697 TTTGAACAATTATCTATCTTAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAA-ATGTTTTTA
62 TTTGAACAATTATCTAT-TTAAATCGTTAT-ACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATA-GTTTCTA
* * * * *
53760 TTTATAGAAGTTTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTAAAAA
124 TTCATATAAG-CTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAA
* *
53814 ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTG-TCAAACCAGTTAAAATAGTTAAGACCATTT
1 ATTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCT-AAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTT
* * * * *
53877 GAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATTATAAAACAATAGTTTCTATTCT
65 GAACAATTATCTATTT-AAATCGTTAT-ACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCA
* * * **
53942 TATAATCTTATTCGTATTAGAATAATACTAATTTATTAATATTTCGACAATT
128 TATAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT--A-AAAA
* * * * * * ** * * * *
53994 ATTAAGTAAAAAATTTATAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGATCAAATAATCATA-ACTATTT
1 ATTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTT
* * * * * *
54058 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAA-ATTA-TTT-TAATTC
65 GAACAATTATCTATTT-AAATCGTTAT-ACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATAGTTTCT-ATTC
* * **
54120 ATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAA
127 ATATAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAA
54170 ATTAA
1 ATTAA
54175 TAATTAAGAG
Statistics
Matches: 699, Mismatches: 148, Indels: 91
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.00
171 1 0.00
172 3 0.00
173 11 0.02
174 114 0.16
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
ATTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTG
AACAATTATCTATTTAAATCGTTATACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCATAT
AAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAA
Found at i:54141 original size:532 final size:530
Alignment explanation
Indices: 53134--54187 Score: 1123
Period size: 532 Copynumber: 2.0 Consensus size: 530
53124 AAGTGAATAT
* * *** * **
53134 ATTTACTAAATCAGTTCAAATAGTTATGGCTATTCCAACAATTATCTATTTCAATTCATTATTTC
1 ATTTACTAAAACAATTCAAATAGTTAAAACTATTCCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * *
53199 CTTTTATTTGGTCATATAACAATTGTTTTTGGATATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTA
66 CTTTTATTTGGTCATAAAACAAATGTTTTTAGATATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * *
53264 ATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATGTCTTTACCAAACCAGTTTAA
131 ATCTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATGTCTTTACCAAACCAGTTAAA
* * * *
53329 ATAGTTATGACTATTTGAACAGTTGTATACTTTAAATCATTATAATCTATTATTCTATCATAAAA
196 ATAGTTAAGACCATTTGAACAATTATATACTTTAAATCATTATAATCTATTATTCTATCATAAAA
* *
53394 CAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATCTTTTGAAA
261 CAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCGAAA
* * * * * * * *
53459 TTTAATAACTAAGAGATTGAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTAT
326 TTTAATAACTAAAAAATTGAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAGATCAAATAATCAAGACTAT
*
53524 ATAAACAATTATCTATTTCAAATAATTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATACTA
391 ATAAACAATTATCTATTTCAAATAATTTTTGCTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATACTA
* *
53589 GCTTATTCGGAATAAAATAAAATGA-A-T-TTATGAATATTTCAAAAATTAAT-ATGTAAGAGAT
456 GCTTATT----ATAAAATAAAATAATACTATTATGAATATTCCAAAAATTAATAAT-TAAGAGAT
53650 TTAAAGAATAATTCA
516 TTAAAGAATAATTCA
** *
53665 ATTTACTAAAACAATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCGTTATGA
1 ATTTACTAAAACAATTCAAATAGTTAAAACTATTCCAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGA
* ** * * *
53729 CCTTTT-TTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTTATAGAAGTTTTGTTCAGAATAAAATAATAC
65 CCTTTTATTTGGTCATAAAACAAATGTTTTTAGATATACAAG-TTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * **
53793 TAATCTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACCAGTT
129 TAATCTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAATAAATGTCTTTACCAAACCAGTT
* * ** * * * * *
53858 AAAATAGTTAAGACCATTTGAGCAATTATTTA-TTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTGTTTTATTA
193 AAAATAGTTAAGACCATTTGAACAATTATATACTTT-AAATCATTATAATC-TATTATTCTATCA
* * * ** * * * *
53921 TAAAACAA-TAGTTTCTATTCTTATAATCTTATTCGTATTAGAATAATACTAATTTATTAATATT
256 TAAAACAATTA-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT
* * * * *
53985 TCGACAA-TTATTAAGTAAAAAATTTATAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGATCAAATAATCA
320 TCGA-AATTTAATAACTAAAAAATTGAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAGATCAAATAATCA
* * *
54049 TA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTTGTCAT-AAA-AATTA
384 -AGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAAT-A--AT----TTTTGCTTTGTCATAAAATAATT-
* *
54111 TTTT-AATTCATA-TAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATT
440 TTTTCAATTCATACT-AGCTTATTATAAAATAAAATAATACT-A-TTATGAATATTCCAAAAATT
54173 AATAATTAAGAGATT
502 AATAATTAAGAGATT
54188 AAAAAAATGA
Statistics
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Consensus pattern (530 bp):
ATTTACTAAAACAATTCAAATAGTTAAAACTATTCCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
CTTTTATTTGGTCATAAAACAAATGTTTTTAGATATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTA
ATCTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATGTCTTTACCAAACCAGTTAAA
ATAGTTAAGACCATTTGAACAATTATATACTTTAAATCATTATAATCTATTATTCTATCATAAAA
CAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCGAAA
TTTAATAACTAAAAAATTGAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTAGATCAAATAATCAAGACTAT
ATAAACAATTATCTATTTCAAATAATTTTTGCTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATACTA
GCTTATTATAAAATAAAATAATACTATTATGAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAA
GAATAATTCA
Found at i:54751 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 6.5 Consensus size: 180
54222 CGCTATAGCT
* ** * * * *
54232 TTTTATTTTGTCATAAAATGATT-TTTTTATTTATACAAGTTTATTTTG-AATAAAATAATACAA
1 TTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGCAATAAAATAATACTA
* * * **
54295 ATTTGTTAATA-TT-AAGGCAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAACCTATTTATTGAAC
65 ATTTATTAATATTTCAA--AAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAACTTATTT-CCGAAC
* ** * * * * *
54357 AAGTTCAAATCTTTATGAATA-TTCAAAAATTATTTATTTCAAAAT-GTTATGA-C
126 ATGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCATTATGATC
* * * * *
54410 TTTGTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCTTATTCATACAAGCTTATTCG-GAT----TAA-AAT
1 TTT-TATTTTATCATAAAACAATTGTTTC-TATTCATACAAGCTTATTTGCAATAAAATAATACT
* *
54468 AA--TATTAATATTTC-AACATATAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAA-TATATTTACCAAA
64 AATTTATTAATATTTCAAAAAT-TAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAACT-TATTT-CCGAA
* * * * * * *
54528 CAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGATC
125 CATGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC
* * * * * *
54584 TTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGCAATAAAATAATGCTA
1 TTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGCAATAAAATAATACTA
* * * *
54648 ATTTATTAATGTTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGAATTAAAAAATGAACTTGTTTGCCGAACATG
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAACTTATTT-CCGAACATG
* * * * *
54713 TTTAAATAATTATGATTATCTT-AATAATTATTTATTTCAAAACATTGTGACC
129 TTCAAATAATTATGATTAT-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC
* * * * **
54765 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCGTGGAAGCTTATTT-CAGATAAAATAATA-TA
1 TTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGCA-ATAAAATAATACT-
* ** * ** * ** *
54828 AATTTATTAATATTTCAAAAAGTGGTAA-ATAAAATTTTTTAAAAAA-ATA-TGT-TTTCTAAAT
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA-AAGA-GATTTAAAAAATAAACT-TATTTCCGAAC
* * * *
54889 ATGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C
126 ATGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC
* * * * * * * *
54943 ATTTTATTTTATCATAAACCAATTGCTTCTATTCATAAAAACTTACTCGAAATAAAATAATGCTA
1 -TTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGCAATAAAATAATACTA
* * * * *
55008 ATTTATTAAAATTTCAATAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAAATAAATTTATTTATCGAGCG
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTT-AAAAAATAAACTTATTT-CCGAAC-
* * * *
55072 A-GTGCAAATAGTTATGATTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGATC
126 ATGTTCAAATAATTATGATTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC
* * * * * * *
55126 TTTTATTTTATCGTAAGATAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTCGTAATAAAATAATACTAA
1 TTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGCAATAAAATAATACTAA
* * *** * * * *
55191 TTTATTAATA-TTCTAAAAACTAATAGGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTAT-TGAATAA
66 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAA-CTTATT-TCCGAACAT
* * * ** * *
55254 GTTCAAATAATTATG-TCCATTTGAATTATTATCTGTTTCAAATTGTTATAATA
128 GTTCAAATAATTATGAT-TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC
* **
55307 TTTTATTTTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAG-AATAAAATAATACTA
1 TTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GCAATAAAATAATACTA
55371 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
55400 GATTTAAAAA
Statistics
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGCAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAACTTATTTCCGAACATGTT
CAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC
Found at i:55050 original size:360 final size:351
Alignment explanation
Indices: 54313--55464 Score: 891
Period size: 360 Copynumber: 3.2 Consensus size: 351
54303 ATATTAAGGC
* * ** *
54313 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACCTATTTATTGAACAAGTTCAAATCTTTATGAATA
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACTTATTTATCGAAC-AGTTCAAATAATTATGATTA
* **
54378 TTCAAAAATTATTTATTTCAAAATGTTATGACTTTGTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTCTTAT
65 TTTAAAAATTATTTATTTCAAAACATTATGACTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTC-TAT
* * *
54442 TCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATATTTCAACATATAATAAGTAAAAGATTTAA
128 TCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATATTTCAACAAATAATAAATAAAAGATTTAA
*
54507 AAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAA
193 AAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * * * *
54572 ATCATTGTGATCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGCAATA
258 ATCATTATGATCTTTTATTTTATAATAAAACAATTGCTTCAGTTCATAAAAACTTACTCGAAATA
**
54637 AAATAATGCTAATTTATTAATGTTTCAAA
323 AAATAATGCTAATTTATTAAAATTTCAAA
* * * ** *
54666 AATTAATAAG-AAAGAGAATTAAAAAATGAACTTGTTTGCCGAACATGTTTAAATAATTATGATT
1 AATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAACTTATTTATCGAACA-GTTCAAATAATTATGATT
* *
54730 ATCTTAATAATTATTTATTTCAAAACATTGTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA
64 AT-TTAAAAATTATTTATTTCAAAACATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA
* ** * **
54795 TTCGTGGAAGCTTATTTCAGATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAA-AAAGTGGTAAATA
127 TTCATACAAGCTTA-TTCAGAT----TAAAAT-AA--TATTAATATTTCAACAAA-TAATAAATA
* ** * * * * * * * *
54859 AAA-TTTTTTAAAA-AAATATGTTTTCTAAATATGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTA
183 AAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACAATTA
* *
54922 TCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTATTTTATCATAAACCAATTGCTTCTA-TTCATAAAAAC
248 TCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTATTTTATAATAAAACAATTGCTTC-AGTTCATAAAAAC
*
54985 TTACTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAAAATTTCAAT
311 TTACTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAAAATTTCAAA
* * * *
55026 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTATCGAGCGAGTGCAAATAGTTATGATT
1 AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAACTTATTTATCGAAC-AGTTCAAATAATTATGATT
* * * * * * * *
55091 ATTTAAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTATCGTAAGATAATTGTTTCTA
64 ATTTAA-AAATTATTTATTTCAAAACATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA
* * * * **
55156 TTTATACAAGTTTATTC-GTAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA-AAACTAATAGGT
127 TTCATACAAGCTTATTCAG-ATTAAAAT-A-A-T-A-TTAAT-AT-TTC-AACAAA-TAATAAAT
*** * * *** * * * ** * * **
55219 TGGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTATTGAATAAGTTCAAATAATTATGTCCATTTGAATTATT
182 AAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACAATT
* ** * * * *
55284 ATCTGTTTCAAATTGTTATAATATTTTATTTTATTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAA
247 ATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTATAATAAAACAATTGCTTC-AGTTCATA-AAAA
** * *
55348 -TTA-TTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
310 CTTACTCGA-AATAAAATAATGCTAATTTATTAAAATTTCAAA
* * * * * *
55389 AATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAA-TCAGTTTATC-AAGCCAATTCAAATAGTTGTGAC
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACTTA-TTTATCGAA--CAGTTCAAATAATTATGAT
55448 TATTTAAACAATTATTT
63 TATTTAAA-AATTATTT
55465 CTGTTTATAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (351 bp):
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACTTATTTATCGAACAGTTCAAATAATTATGATTAT
TTAAAAATTATTTATTTCAAAACATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCA
TACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATATTTCAACAAATAATAAATAAAAGATTTAAAAA
ATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATC
ATTATGATCTTTTATTTTATAATAAAACAATTGCTTCAGTTCATAAAAACTTACTCGAAATAAAA
TAATGCTAATTTATTAAAATTTCAAA
Found at i:55538 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 55501--55540 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
55491 AAATATTGCT
* *
55501 AAATTAATAATATTTTAA
1 AAATTAATAAGAATTTAA
55519 AAATTAATAAGAGATTTAA
1 AAATTAATAAGA-ATTTAA
55538 AAA
1 AAA
55541 ATAAATGTGT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
18 11 0.58
19 8 0.42
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Consensus pattern (18 bp):
AAATTAATAAGAATTTAA
Found at i:55567 original size:131 final size:131
Alignment explanation
Indices: 55322--55573 Score: 344
Period size: 131 Copynumber: 1.9 Consensus size: 131
55312 TTTTATTATA
* * *
55322 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
1 AAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCA
* *
55387 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCAGTTTATCAAGCCAATTCAAATAGTTGTGACTATT
66 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTGTGACTATT
55452 T
131 T
* * * * * * *
55453 AAACAATTATTTCTGTTTATACAAACTTATTTAGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTTTA
1 AAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCA
** * *
55518 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GCTAAACCAGTTCAAATAGTT
66 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATC-AAACCAATTCAAATAGTT
55574 AAGACCATTA
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 16, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
130 1 0.01
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AAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTCA
AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTGTGACTATT
T
Found at i:55841 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 55526--59451 Score: 2761
Period size: 181 Copynumber: 21.9 Consensus size: 180
55516 TAAAAATTAA
* * * * * *
55526 TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACCATTAGAATAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * *
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66 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGC
* *
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131 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAAT-AAG
* * * *
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1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* ** * * * *
55772 TATCTATTTAAAAGAAATATGACCTTTGGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCACAAAAGC
66 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGC
* * * *
55837 TTATTTGAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAG
131 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * * * *
55888 TTAGAAATTTAAAAAAAAAATGCAAGTTTATTGAATCGA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAAT--ATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
** * * *** *
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63 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAA
* * * * *
56017 AGCCTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTACTAAG
128 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
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1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * * * * * * ** *
56124 TATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAGTAATTGTTTCAATTTGTAAAAAC
66 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGC
* * *
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* * * * * *
56240 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAAGTAA-TTCAAACAGTTAAGACTATATGAATAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * *
56304 CTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAA
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* *
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129 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAG
* * * ** ** * * * * *
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1 TAAG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* ** * * * * ** ** * **
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* *
56550 AGCTTATTCGAAATTAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG
128 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * * *
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1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* ** * * * * * * * * *
56669 TGTAAACTACAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATAATAAAACAATTATTTTTA-TTCATATAAG
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* * * ** *
56733 TTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTTGAAAATTAATAAC
130 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * * *
56785 TAAGAAAATTAAAAAATAAAT-TCGTTTGCCAAACCAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAATGA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * *
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65 TTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTT--AGTTCATA
** * * *
56913 CCAGCTTATT-TAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAG
126 AAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
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1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * ** * * * * *
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65 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATA-AAA
* * * * * * * *
57098 -TTTGTT-TAGAATATAGTAATACTAATCTATTGATATTTAAAAATT--TAA-
129 GCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * **
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1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * * * *
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* * * * **
57272 AA-CTTATTC-AGATTAAAATAATACTATTTTACTAATATTTCCACCATTAATAAG
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* ** * * * * * * * *
57326 TAAAACTTTTAAAAAATAAAGATGTTAACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTAAATAAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * * * *
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* *
57456 TTATTCAAAATAAAATAATAC-----TA--AA-A---AAAAATTAATAAT
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* * * * * *
57495 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAATAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* *** * * * *
57560 TAT-TATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTATATTCATACAAG
66 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTA-GTTCATAAAAG
* *
57623 CTTATTTTG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAG
130 CTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAG
* * * * * **
57675 TAAAAGATTTAAAAAACAAATCTGTTTACCCAAA-AAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAGCAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * * * *
57739 TTATTTATTTCAACTTATTATGACTTTTTGTTTTTATCATAAAATAATTGTTTCT-GTTTATACA
65 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATAAA
* * *
57803 AGCTTATTCGGATTAAGATAATACTAATTTATTAATATT-ATAACAATTAATAAG
128 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AA-AATTAATAAG
* * * * * *
57857 TAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTGACTAAACTA-TATCAAATAGTCATGACGATTTGAATAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
** * * * *
57921 TTATCTATTTCAAATCACGATGATCTTTTG-TTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAGTTCATATAAG
65 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAG
* * * *
57985 TTTCTTCGAAATAAAATAATACCAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAG
130 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAG
* * * * * * * * *
58037 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAACAAATTTAAATAATTATGATTTTTTGAACAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * * * * * *
58101 TTATCAATTTGAAATCACTATAACC------TTTGTCATACAATAA-TATTTTATGTTTAGACAA
65 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTA-GTTCATAAAA
* * *
58159 GCTTATTTCG-AATAAAA-AATTACAAATTT-TCTAATACT-AAGTCAATTAATAAG
129 GCTTA-TTCGAAATAAAATAA-TACTAATTTAT-TAATATTCAA--AAATTAATAAG
* * * * *
58212 TAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTAAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAATAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* ** * * **
58277 TATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTA-TTCATACGAG
66 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATAAAAG
* * * * * *
58341 GTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAG
130 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
58393 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-TCGACCAAGTTGAAATAATCT-TGACTATTTGAATA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAATA
* * * * *
58456 ATTAACTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTCAGTTCA-AATA
64 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAA-A
* ** * **
58520 AGCATATTTAAAATAAAATAAT-GTCGGTTTATTAATA-TCAAAAAATTAATAAG
128 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG
* * * * * * * * *
58573 TAAAAGAATTAAAAAATGAATATGTTTACCAAACATGTTTAAATAGTTATGATTATCTGAACAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* ** * *
58638 TATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTCCTTTGTCATAAAATAGTTGGTTTT-GTTCATACAAG
66 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTTAGTTCATAAAAG
58702 CTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAGATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
130 CTTA-TTCGAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
58754 TAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
** * * ** *
58818 TATCTATTTCAAATTGTTAT-AACTTTTGTTTTATCATAAACCAATTATTTCTA-TTCATAAAAG
66 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATAAAAG
* * * * * **
58881 TTTATTTGGAATAAATTAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAATTAATAAG
130 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAG
* * * * *
58932 TAAAAGATTCAAAAAATAAATATATTTACTAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * * * *
58997 TATTTATTCCAAATCGTTATGATCC-TTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTA-TTAATTCAA
66 TATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCA-TAAA
* * * *
59060 A-TTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
128 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG
** * * * * *
59113 TTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGGACT-A
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAATAA
** * *
59177 TTATCTATTTCAAATTGTTATGTCATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA-TTCATACAA
65 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTTAGTTCATA-AA
* * *
59241 A-ATTATT-TAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-
128 AGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
59290 TAAGAGTTTTAAAAACTAAA-ACTGTTCACCGAAACAA-TTTAAATTGTTATGACTATTTAAAGA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATA-TGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* ** * * * * *
59353 ATTATCTATTTAAAATTGTTATGATC-TTTATTTTGTCGTAGAAATAATT-TTTT-TTTCATATA
64 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAATAATTGTTTTAGTTCATAAA
* * * * * *
59415 AGCTTATTTGGATTAAGATAATACTAAATTAATAATA
128 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
59452 AACAATAAAT
Statistics
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0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGC
TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAG
Found at i:58038 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 57482--59451 Score: 1433
Period size: 180 Copynumber: 11.0 Consensus size: 179
57472 AATACTAAAA
* * * * * * *
57482 AAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGA
1 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAAC-A-TTCAAATAGTTATGA
* * *** * * * *
57547 CTATTTAAATAATTAT-TATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTT
64 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * ** *
57610 ATATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-T-T
129 A-GTTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * * *
57660 AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAAATCTGTTTACCCAAAAAGTTCAAATTGTTAT
1 AA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAACA-TTCAAATAGTTAT
** * * * *
57725 GACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTATTATGA-CTTTTTGTTTTTATCATAAAATAATTG
62 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTG-TTTTGTCATAAAATAATTG
* * * * * *
57789 TTTCTGTTTATACAAGCTTATTCGGATTAAGATAATACTAATTTATTAATATTAT
125 TTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * *
57844 AACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTGACTAAACTATATCAAATAGTCATGA
1 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAAC-AT-TCAAATAGTTATGA
* ** *
57909 CGATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCACGATGATCTTTTG-TTTGTCATAAAAGAATTGTTTC
64 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * * * * *
57973 AGTTCATATAAGTTTCTTCGAAATAAAATAATACCAATTTATCAATATTCC
129 AGTTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * * *
58024 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAATTTAAATAATTATGA
1 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAA-ACATTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * *
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64 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT-TGTTT
* * * *
58147 -ATGTTTAGACAAGCTTATTTC-GAATAAAA-AATTACAAATTT-TCTAATA--CT
128 CA-GTTCATACAAGTTTA-TTCGGAATAAAATAA-TACTAATTTAT-TAATATTCT
* * * * *
58197 AAGTCAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTAAACAAGTTCAAATCGTTAT
1 AA--AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAAC-A-TTCAAATAGTTAT
* ** *
58262 GACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGT
62 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
* * * * *
58326 TTCTA-TTCATACGAGGTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-T
126 TTC-AGTTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * * * *
58379 CAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGACCAA-GTTGAAATAATCT-
1 -AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTA--AACATTCAAATAGT-TA
* * * * *
58442 TGACTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTAT
61 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
* * ** *** * ** *
58507 TTCAGTTCAAATAAGCATATTTAAAATAAAATAAT-GTCGGTTTATTAATA-TCA
126 TTCAGTTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT
* * * *
58560 AAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATGAATATGTTTACCAAACATGTTTAAATAGTTATGA
1 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACA--TTCAAATAGTTATGA
* * * * * ** *
58625 TTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTCCTTTGTCATAAAATAGTTGGTTT
64 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTT
* * *
58690 -TGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAGATTTATTAATATT-T
128 CAGTTCATACAAGTTTA-TTCGGAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTCT
* * * * *
58740 CAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATA
1 -AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AA-ACATTCAAATAGTTATG
* ** * * ** *
58804 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACTTTTGTTTTATCATAAACCAATTATTT
63 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * * *
58868 CTA-TTCATAAAAGTTTATTTGGAATAAATTAATACTAATTTATTAAAATT-T
128 C-AGTTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
* * * *
58919 TAAAATTAATAAGTAAAAGATTCAAAAAATAAATATATTTACTAAGCGAGTTCAAATAGTTATGA
1 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAAC-A-TTCAAATAGTTATGA
* * * * *
58984 CTATTTGAATAATTATTTATTCCAAATCGTTATGATCCTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTC
64 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * * * *
59049 TA-TTAATTCAAATTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT
129 -AGTTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
*** * * * *
59100 AAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGT
1 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAAC-A-TTCAAATAGTTATGA
* **
59165 CTATTTGGACT-ATTATCTATTTCAAATTGTTATG-TCATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
64 CTATTT-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-T
* ** ** *
59228 TTTA-TTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTT
126 TTCAGTTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT
* * * * * *
59281 AAAAATTAATAAG----AGTTTTAAAAACTAAA-ACTGTTCACCGAAACAATTTAAATTGTTATG
1 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA-TGTTTA-CTAAAC-ATTCAAATAGTTATG
* * * ** * *
59341 ACTATTTAAAGAATTATCTATTTAAAATTGTTATGATC-TTTATTTTGTCGTAGAAATAATT-TT
63 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATA-AAATAATTGTT
** * * * * * * *
59404 T-TTTTCATATAAGCTTATTTGGATTAAGATAATACTAAATTAATAATA
127 TCAGTTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
59452 AACAATAAAT
Statistics
Matches: 1439, Mismatches: 273, Indels: 163
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 4 0.00
174 7 0.00
175 157 0.11
176 19 0.01
177 69 0.05
178 34 0.02
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180 464 0.32
181 397 0.28
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183 8 0.01
184 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACATTCAAATAGTTATGACT
ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAG
TTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
Found at i:58616 original size:536 final size:529
Alignment explanation
Indices: 55532--59451 Score: 2381
Period size: 533 Copynumber: 7.3 Consensus size: 529
55522 TTAATAAGAG
* * * * * * * * *
55532 ATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACCATTAGAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
** * *
55596 ATTTCAAATCATTTTGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATA-AATGCTT
65 ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAA-GCTT
* * * * * * *
55658 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAGTAAAG-AAGAGATTTGAAA
127 ATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AACAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * * * *
55721 AATAAATATGTTTATTAAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAAG
190 AATAAATATATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * * * **
55786 AAATATGACCTTTGGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCACAAAAGCTTATTTGAAATAAA
255 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * *
55851 ATAATATTATTTTATTAATATTTC-AAAAATTGATAAGTTAGAA-ATTTAAAAAAAAAATGCAAG
320 AT-A-A-T-CTTTATTAATA--TCAAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAAT-C-TG
** * * * *** * * * *
55914 TTTATTGAATCGA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTACAAA
376 TTTA-CCAAACAAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTA-TAA
* * ** * * * *
55978 CTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATTCTA
439 C-----CTTTGTCATAAAATAATT-TTTATGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACAA
* * * *
56043 ATTTATTAATATTTCAA-AAATTACTAAGTAGGAG
498 ATTTATTAATA-TT-AAGCAATTAATAAGTA-AAA
* * * * * *
56077 ATCTAAAAAATAAATCTATTTA-C---C--G---AACTAGTTCT---TATTTGAACAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
* ** * * * * * * ** * * *
56130 TTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAGTAATTGTTTCAATTTGTAAAAACTTATTT
66 TTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * * * *
56195 AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA
131 GGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * * *
56260 TTTGTTTGCTAAAGTAATTCAAACAGTTAAGACTATATGAATAACTATATATTTCAAATCATTAT
196 TATATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * **
56325 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAATA
261 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-
* * * * * * *
56390 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATATGTAAGTA-ATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACCGAA
325 C---TTTATTAATA-TCAAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA
** * *** * * * * * *** *
56454 TTAGTTCAAATAATTATGGCCATGTCAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTG
385 CAAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACC-----TTT-
* ** * * ** * *
56519 GTTATATAGCAATTGTTTTT-TTTATCGTTTAAGCTTA-TTCGAAATTAAATAATACTAATTTAT
444 GTCATA-A--AATAATTTTTATGT-TCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATACAAATTTAT
* * *
56582 TAATCTTTCAA-AAATTAATAAGTAAGAG
504 TAAT-ATT-AAGCAATTAATAAGTAA-AA
* * * * * * * * * **
56610 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACTAGCTCATATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTAAA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
* * ** * * * * * * * * *
56675 CTACAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATAATAAAACAATTATTTTTATTCATATAAGTTTATTC
66 TTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * * * *
56740 GAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTTGAA-AATTAATAACTAAGAA-AATTAAAAAATA
131 GGATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAACAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * *
56803 AAT-TCGTTTGCCAAACCAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAAT-AG
194 AATAT-ATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-
* * * * ** * *
56866 TTATGACCTTCTGTTTTGTCA-AAAAATAAGTTTTTTTGGAATTCATACCAGCTTATTTAGAATA
257 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAA-AA--TTATTT-CAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATA
* * * * * * *
56930 AAATAAAATGAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAAAAGTAAGATATTTAAAAAATAATTTTAT
318 AAAT--AAT--CTTTATTAATA--TCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * **
56994 TTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTGTGATA
377 TTACC-AAACAAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATC--ACT-ATA
*** * * * * * *
57058 TTTTGTTTTGTCATTAAACA-AATGTTTT-TGTTCATAGATA-TTTGTTTAGAATATAGTAATAC
438 ---ACCTTTGTCA-TAAA-ATAAT-TTTTATGTTCATACA-AGCTTATTTCGAATAAAATAATAC
* * * * *
57120 TAATCTATTGATATTTAA-AAATT--TAA-TAAGAG
496 AAATTTATTAATA-TTAAGCAATTAATAAGTAA-AA
* * * * * *
57152 ATGT-AAAAATACATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAC-TTGTGACTATTTGAGCAATTATTT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAAT-CGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
* * * * * * * * *
57215 ATTTTAAATCGTTATGACTATTTGTTCTATTATAAAATAATTCTTTATGTTCATACAAACTTATT
65 ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * * **
57280 CAGATTAAAATAATACTATTTTACTAATATTTCCACCATTAATAAGTAAAACTTTTAAAAAATAA
130 CGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * *
57345 AGATGTTAACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTAAATAAATATCTATTTTAAATTATTA
195 ATATATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* *
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260 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * *
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* * * **
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * *
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** * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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*
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* * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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*
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* * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** ***
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* * *** * *
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* * * * * * * * * ***
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* * * ** * *
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* *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* ** * *
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* *
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* * * * * * *
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*
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* * * * * * * *
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*
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* *
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**** * * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * * * *
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*
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* * ** * * * * *
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* * *
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65 AAATCA-TTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
63789 AATTAAAATAATATTTATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAATAA-ATGATTTT
127 AAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTA
** * * * * * *
63844 AAAAATAAAGATGTTTA-CCAAATAAGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTC
1 AAAAATAAATTTGTTTATCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** * * ** * *
63908 AAATCGTTATGTCCTTTTATTTCATCATAAAACAATTATATC-ATTTCATGTAGGCTTATTCGAA
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAA
* ** *
63972 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGGGTAAGAAATTTA
129 ATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * *
64025 AAAAATGAATTTGTTTAT-TAAATAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTAAACAATTATCTATTTC
1 AAAAATAAATTTGTTTATCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
64089 AAATCATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCGATTCATATAAGCTTAATTCAA
65 AAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA
* * * *
64154 AGAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTT
129 ATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * **
64206 AAAAATAAGTTTATTTTTTGAAC-ACGTTTGAATAGTTATGACTA
1 AAAAATAAATTTGTTTATCGAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTA
64250 AAATAAGTTA
Statistics
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Consensus pattern (180 bp):
AAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT
AAAATAAAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
Found at i:61395 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
61353 AACAAGTTTA
61363 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
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1 AATAATTATACTATTT
61396 AACATCATTA
Statistics
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Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:62940 original size:353 final size:354
Alignment explanation
Indices: 62173--62951 Score: 786
Period size: 353 Copynumber: 2.2 Consensus size: 354
62163 TTGTACAAAA
* * *
62173 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAA--AAAA-AAGAGATTTAAAAATT
1 TTATCCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTGAAAATTAAAATAAGAGATTTAAAAAAT
* ** *
62234 AAATCTGTTTAATGAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTTAAATCAT
66 AAATCAGTTTAATGAACTAATTCAAATAACTATGACCATTTAAACAATTATCTATCTTAAATCAT
* * * * * *
62299 TATAATATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTCTATGTTTGTACAAGCTTATTTGTAGTAAAATAT
131 TATAATATTTATTTTATCATAAAACAATTGTCTATGTTTATACAAGCCTATTCGAAATAAAATA-
* * *
62364 TCCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGA
195 --CT-AACTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTAA
* * ** *
62429 ACCAATTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTATAATTGTTATGACCTTTTGTTT
257 ACCAATTCAAAGAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTTATAATCATTATGACCTTATGTTT
* *
62494 TATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGC
322 TATCATAAAACAATTATTTCAGTTCAGAAAAGC
* * * **
62527 TTATCCAAAATAAAATAATA-TTACCTTATTAATATTTGAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAA
1 TTATCCAAAATAAAATAATACTAATC-TATTAATATTTG-AAAATT-A-AAATAAGAGATTTAAA
*
62591 AAATAAATCAGTTT-ATCGAA-TCAATTCAAATAACTATGGCCATTTAAACAATTATCTAT-TTC
62 AAATAAATCAGTTTAAT-GAACT-AATTCAAATAACTATGACCATTTAAACAATTATCTATCTT-
* * * * * *
62653 TAATCATTATGAACT-TTTATTTTGTTATAAAATAATTGT-TTTTTATTATACAAGCCTATTCGA
124 AAATCATTAT-AA-TATTTATTTTATCATAAAACAATTGTCTATGT-TTATACAAGCCTATTCGA
* * * *
62716 AATAAAATA-T-ATTAAT-AT-TTC-AAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAGAAAATAAATCTATT
186 AATAAAATACTAACTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * *
62776 T-ATCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCA-AATCATTATGACC
251 TGCT-AAACCAATTCAAAGAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTT-ATAATCATTATGACC
* * *
62839 TTATGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-ATGTTTAGACAAGC
314 TTATGTTTTATCATAAAACAATTATTTCA-GTTCAGAAAAGC
* *
62880 TTA-CTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAA
1 TTATC-CAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATT-TGAAAATTAA-AA-TAAGAGATTTAAA
*
62944 AGATAAAT
62 AAATAAAT
62952 TTATTTGCTG
Statistics
Matches: 348, Mismatches: 55, Indels: 45
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (354 bp):
TTATCCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTGAAAATTAAAATAAGAGATTTAAAAAAT
AAATCAGTTTAATGAACTAATTCAAATAACTATGACCATTTAAACAATTATCTATCTTAAATCAT
TATAATATTTATTTTATCATAAAACAATTGTCTATGTTTATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAC
TAACTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTAAACCA
ATTCAAAGAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTTATAATCATTATGACCTTATGTTTTATC
ATAAAACAATTATTTCAGTTCAGAAAAGC
Found at i:64414 original size:325 final size:325
Alignment explanation
Indices: 63964--64566 Score: 777
Period size: 325 Copynumber: 1.9 Consensus size: 325
63954 CATGTAGGCT
**
63964 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGGGTAAGAAATTTAAAAA
1 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA
* ** * * * * *
64029 ATGAATTTGTTTATTAAATAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATC
66 ATAAATCAGTTCACTAAATAAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-
* * * *
64094 ATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCGATTCATATAAGCTTAATTC-AAAGAA
130 AGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTATTTCGATTCATACAAG-TTAATTCAAAAGAA
* * *
64158 AATAATA-TAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTTAAAAATAAGTTTAT
194 AATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATAAATAAGTAGAAAATTTAAAAAATAAATTTAT
* *
64220 TTTTTGAACACGTTTGAATAGTTATGACTAAAATAAGTTATAAACTAATTGTTTCTGTTCATATA
257 TTATTGAACACGTTTAAATAGTTATGACTAAAATAAGTTATAAACTAATTGTTTCTGTTCATATA
64285 AGCA
322 AGCA
*
64289 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAA
1 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAA
* * * *
64352 AAATAAATCAGTTCACTAAGTAAATTCAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAA
64 AAATAAATCAGTTCACTAAATAAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * *
64417 TAGTTATGATCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATGCAAGTTTATTCAAAATAA
129 TAGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTATTTCGATTCATACAAGTTAATTCAAAAGAA
* * * * *
64482 AATATTACTAATTTATTAATATTCTAAAAATAAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
194 AATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATAAATAAGTAGAAAATTTAAAAAATAAATTTATTT
*
64547 ATTGAACATGTTTAAATAGT
259 ATTGAACACGTTTAAATAGT
64567 CATGTCCATT
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 37, Indels: 12
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (325 bp):
TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA
ATAAATCAGTTCACTAAATAAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATA
GTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTATTTCGATTCATACAAGTTAATTCAAAAGAAAA
TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATAAATAAGTAGAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTAT
TGAACACGTTTAAATAGTTATGACTAAAATAAGTTATAAACTAATTGTTTCTGTTCATATAAGCA
Found at i:64482 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 64259--64956 Score: 696
Period size: 181 Copynumber: 3.9 Consensus size: 180
64249 AAAATAAGTT
* * * * ** **
64259 ATAAACTAATTGTTTCTGTTCATATAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
1 ATAAAATAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** * * *
64324 CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAGTTCACTAAGTAAATTCAAATAGTTAT
66 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAA-AAAATTTAAATAGTTAT
* * *
64389 AACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTCTTTTGTC
130 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGATCTTTTATTTTGTC
* * *
64440 ATAAAACAATTGTTTCTATTTATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATT
1 ATAAAATAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * ** *
64505 CTAAAAATAAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACATGTTTAAATAGTCAT
66 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAAAAATTTAAATAGTTAT
* * * *
64570 GTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTC
130 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTATTTTGTC
** * * *
64621 ATAAAATAATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTGATGTATTAATATT
1 ATAAAATAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
64686 TTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTAAAACAATTTAAATAGTTAT
66 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAAA-AATTTAAATAGTTAT
* * *
64747 GACTATTTGAA-AATTTTTCTATCTCAAATCATTATAATC-TTTATTTTGTC
130 GACTATTTGAACAATTATT-TATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTC
** * *
64797 ATAAAATAATTGTTTCT-TTTCATACAAGTTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
1 ATAAAATAATTGTTTCTATTT-ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * ** *
64861 TCCAAAAGTCAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAACCAATTCAAATTA-TT
65 TCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAAAAATTTAAA-TAGTT
* * * **
64925 AAGATTATTAGAACAATTATCGATTTCAAATC
128 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
64957 GTTCTAACAT
Statistics
Matches: 420, Mismatches: 83, Indels: 29
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.01
176 73 0.17
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179 3 0.01
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181 215 0.51
182 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATAAAATAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAAAAATTTAAATAGTTATG
ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTC
Found at i:64941 original size:357 final size:360
Alignment explanation
Indices: 64295--64986 Score: 828
Period size: 357 Copynumber: 1.9 Consensus size: 360
64285 AGCATATTTG
*
64295 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
64360 CAGTTCACTAAGTAAATTCAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATG
63 CAGTTCACTAAGAAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATCTCAAATAGTTATA
* * *
64425 ATCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATATTAC
128 ATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * *
64490 TAATTTATTAATATTCTAAAAATAAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACA
193 TAATTTAATAATATTCCAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACA
* * * * * * *
64555 TGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGT
258 TATTCAAATAGTCAAGTCCATTAGAACAATTATCGATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTAGT
64620 CAT-AAAATAATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTCA
323 CATGAAAATAATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTCA
* * * * * **
64657 AAATAAAATAATATTGATGTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAACTAAATTTG
1 AAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCAG
* * * *
64721 TTTACTAA-AACAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTTTTCTATCTCAAATCA-TTATA
66 TTCACTAAGAA-AATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATT-TATCTCAAAT-AGTTATA
* ** *
64783 ATC-TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-TTTCATACAAGTTTATTCGGATTAAAATAATA
128 ATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTT-ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * *
64846 CTAATTTAATAATATTCCAAAAGTCAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAAC
192 CTAATTTAATAATATTCCAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAA-
* * * *
64911 CA-ATTCAAATTA-TTAAGAT-TATTAGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTCTAACATTTTGTT
256 CATATTCAAA-TAGTCAAG-TCCATTAGAACAATTATCGATTTCAAATCATTATAACATTTTGTT
64973 TAGTCATGAAAATA
319 TAGTCATGAAAATA
64987 CAATTCTTTC
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 44, Indels: 20
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
356 3 0.01
357 161 0.58
358 74 0.27
359 1 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
AAATAAAATAATACTAATGTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCAG
TTCACTAAGAAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATCTCAAATAGTTATAATC
TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
TTTAATAATATTCCAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACATAT
TCAAATAGTCAAGTCCATTAGAACAATTATCGATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTAGTCAT
GAAAATAATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTCA
Found at i:65970 original size:182 final size:176
Alignment explanation
Indices: 65282--66068 Score: 667
Period size: 182 Copynumber: 4.4 Consensus size: 176
65272 CGGTACTTCT
* * *
65282 ATAAAAGAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAGTACTAATTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTA-TTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * ** * *
65347 TGAAAAATTAATGATAAAGAGATTTAAACAAATAAATCTGTTTACGGAACAAGTTTAAATAGATT
65 TCAAAAATTAATAAT-AAGAGATTTAAA-AAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAG-TT
* * * * *
65412 -TGATTATTTGAATAATTATTTATTTAACGTCATTATGACCTTTTAT-TTTATC
127 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA-ATCGTTATGA--TTTT-TGTTTATC
* * * * * * *
65464 ATAAAATAATTGTTTAAATTCATTA-AAACTTATCCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATAT
1 ATAAAACAATTATTT-AGTTCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * ** * *
65528 TTCAAAAATCAATAATTAAGAGAATTAAAAACTAAAGCTATTTTTCATACCAATTCAAATAGTTA
64 TTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTA
* * * ** * * *
65593 TGACTATTCGAACAAATATCAATCCCAAATTGTTATGATCTTTGTTTTCTC
128 TGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATCGTTATGATTTTTG-TTTATC
* * ** * * *
65644 AAAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAACTTATTC-AAATAAAAATAAGT-CTGATTTAATAATA
1 ATAAAACAATTATTTAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAA-TACTAATTTATTAATA
* * * * * *
65707 TTTCAAAAA-T--TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACTAGTTCCAATAGTTA
63 TTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTA
* * * *
65769 AGACTATTAGAATAATTATCTATTGTAAATTGTT-TGGACTTTTTGTTTAGTC
128 TGACTATTTGAACAATTATCTATT-TAAATCGTTAT-GA-TTTTTGTTTA-TC
* * * * *
65821 ATATAATAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATT
1 ATAAAACAATTATTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* *
65886 T-AAAATATTAATAAGTACGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTTAAATAGTT
65 TCAAAA-ATTAATAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTT
65950 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATC
127 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATGAT-TTTTG-TTTATC
* * *
66003 ATAAAACAATTATCTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTAT-TTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
66068 T
65 T
66069 AATTATGGCC
Statistics
Matches: 479, Mismatches: 97, Indels: 58
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 74 0.15
177 56 0.12
178 7 0.01
179 10 0.02
180 62 0.13
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (176 bp):
ATAAAACAATTATTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGA
CTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCGTTATGATTTTTGTTTATC
Found at i:66098 original size:123 final size:123
Alignment explanation
Indices: 65956--66191 Score: 301
Period size: 123 Copynumber: 1.9 Consensus size: 123
65946 AGTTATGACT
* * * * *
65956 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATCTTAG
1 ATTTGAACAACTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATCTTAC
** * *
66021 TTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAATTATGGCC
66 AACATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTAATTATGGCC
** * * * * *
66079 ATTTGAACAACTATCTATTTCGAATCATTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTC
1 ATTTGAACAACTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATCTTAC
* **
66144 AACATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTT
66 AACATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTT
66192 CAAGAATTAA
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 19, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
123 94 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.05, T:0.43
Consensus pattern (123 bp):
ATTTGAACAACTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATCTTAC
AACATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTAATTATGGCC
Found at i:66749 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 66081--68120 Score: 1237
Period size: 180 Copynumber: 11.3 Consensus size: 180
66071 TTATGGCCAT
* * ** * * ** * * * ***
66081 TTGAACAACTATCTATTTCGAATCATTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCAA
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTACCATAAAATAATTATTTCTGTT
* * *
66146 CATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAGAATT-A--A-TAAGA
66 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAGA
* * * * *
66207 GTTTTAAAAAATAAATCAATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA
131 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTA
* * ** * * *
66257 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTATTATGAAACAATTATTTCTAT
1 -TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTACCATAAAATAATTATTTCTGT
* * * * * *
66322 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATACTACTAATTTAGTAATA-TTCTGAAAATTAATAACTAA
65 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATTAGTAA
** *
66386 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCAAACCAATTCAAATAGTTAAAACTA
129 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTA
* * * * *
66438 TGTAAACAATTATTTATTGCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT-CTCATAAAATAATTATTTCAG
1 T-TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTAC-CATAAAATAATTATTTCTG
* * * * * * **
66502 CTCATACAAGCATATTCGAAATAGAATAAAACTAATTTATTATTATTTCAAAAATTTGTTAGTAA
64 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAA
* * * * *
66567 GAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACCTAACCAATTCAAATAATTATAACTA
129 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTA
* * * * * * * *
66619 GTTGAA-AATTATCTATTTTAAATCGTTATTACTTTTTCTTTTACCATAAAATAGTTGTTTTTGT
1 -TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTACCATAAAATAATTATTTCTGT
* * * * * * *
66683 TAATATAAGTTTGTTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATTGGTAAG
65 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAG
* * * * *
66748 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCATTTCTAATAGTTTTGACTA
130 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTA
* * * ** * * **
66799 TATGAATAATTATATATTTC-AATTCGTTATAACCTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCT
1 T-TGAACAATTATCTATTTCAAATT-GTTATAACC-TTTTGTTTTACCATAAAATAATTATTTCT
* * ** ** * * ** * **
66863 GTTTATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATACTTCAAACCTTAATAAACA
63 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTA
* * * * * * ** *
66928 AGAAAATTAATAAGTAAATCTATTTGCTAAATTAGTTCAAATAGTTA-AGACTA
128 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATA-ACTA
** ** * * * * * *
66981 TATGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCGTAAAACAATTGTTT-TGT
1 T-TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTACCATAAAATAATTATTTCTGT
* *** * * * *
67045 TCGTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAG
65 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAG
* * * * * * *
67110 AGATTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCAATTCAAATAGTTA-AGACCA
130 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATA-ACTA
* * * * *
67161 TTAAGACAATTATCTATTTC-AATTGTTCTGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTTTGTTTC
1 TTGA-ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTA-CCATAAAATAA--TTATTTC
** * * * ** *
67224 AATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAATGTATGCTAATTTATTAA-CGTTCAAAAAATTAATAA
62 TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATTA
* * * * * * *
67287 GAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTTGTTACTA
125 GTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTA
* * * ** * * *
67344 TTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT
1 -TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTACCATAAAATAATTATTTCTGT
* * ** * * * *
67409 TAATACAAGCTTAGAT-GGAATAAATTAGTACTAATTTATTAATATTTTC-TAAATTAATAAGTA
65 TCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATTAGTA
* * * * * **
67472 AGA-AGTTTAAAAAAT-AATCTATTTACTAAATCAGTTAAAATATTTATGGCTA
128 AGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTA
** ** * *
67524 TTTGAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TTT
1 -TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTACCATAAAATAATTATTTCTGT
* * * * *
67587 ATCTTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAATAA
65 -TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAA
* * * * * *
67652 GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGATTA
129 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTA
* * ** * ** * * *
67704 TTTGAACAATTATCAATATCAAATCATTA-AGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAAGTGTTTCTG
1 -TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA-ACCTTTTGTTTTACCATAAAATAATTATTTCTG
* * * ** * * * **
67767 GTCATAGAACCTCT-TTC-AGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAGAACTAACAAGT
64 TTCATACAAGCT-TATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGT
** ** * * * * *
67830 AAGAGATTTAAAAAATAAAAGTGCTT-GCAGAACTAGTTCAAATAATTA-AACCA
127 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA-AACCAATTCAAATAGTTATAACTA
* * * * ** * * * * * * **
67883 TTAGAATAGTTATCTATTTTAGATCATTTTGACCTTTCG-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAA
1 TT-GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTA-CCATAAAATAATTATTTCTG
* * *** * * * *
67947 ATCTTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CCAAGTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGC
64 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATTAGT
* *** *
68010 AAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTA
127 AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTA
* * * * *
68065 TTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGA-CATAAAATAAT
1 -TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTT-ACCATAAAATAAT
68121 AGTAATTTCT
Statistics
Matches: 1451, Mismatches: 354, Indels: 111
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.00
177 94 0.06
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185 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTACCATAAAATAATTATTTCTGTT
CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAGA
GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTA
Found at i:67277 original size:723 final size:712
Alignment explanation
Indices: 66106--68120 Score: 1933
Period size: 723 Copynumber: 2.8 Consensus size: 712
66096 TTTCGAATCA
* * *
66106 TTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTTCAACATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
1 TTATAACC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTT--A-TTACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * *** * *
66170 TAATACCAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT----AAGAGTTTTAAAAAATAAATCAATTTAC
62 TAATACTAATTTAATAATACTTAAAAAATTAATAAACAAGAAAATTAAAAAATAAATCTATTTAT
* * *
66231 CGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTG
127 CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * *
66296 -TTCTATTATGAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATACTACTAATTTA
192 TTTC-ATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TGATTAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
66360 GTAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTCAAACCAATTCAA
255 ATAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCGAA-CAATTCAA
* * * **
66425 ATAGTTAAAACTATGTAA-ACAATTATTTATTGCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAA
317 ATAGTT-AAACCAT-TAAGACAATTATCTATTTC-AATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
* ** * * **
66489 ATAA-TTATTTCAGCTCATACAAGCATATTCGAAATAGAATAAAACTAATTTATTATTATTTC-A
379 ATAATTTGTTTCAAATCATACAAGCTTATTCG-AATA-AAT-AATCTAATTTATTAACA-TTCAA
** * * * * *
66552 AAAATTTGTTAGTAAGAGATTT-AGAAAATAATTTTATTTACCT-AACCAATTCAAATAATTATA
440 AAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTA-CTAAACCAATTCAAATAGTTATA
* * * * *
66615 ACTAGTTGAA-AATTATCTATTTTAAATCGTTATTACTTTTTCTTTTACCATAAAATAGTTGTTT
504 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTA-CATAAAATAATTGTTT
** * * * **
66679 TTGTTAATATAAG-TTTGTTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATTG
568 CAGTTAATACAAGCTTAGAT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA
* **
66743 GTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCATTTCTAATAGTTT-TGACTATATGAAT
632 GTAAGAAG-TTTAAAAAAT-AATCTATTTACCAAATCAGTTAAAATA-TTTATGACTATATGAAT
66806 AATTATATATTTC-AATTCG
694 AATTATATATTTCAAATT-G
* * ** **
66825 TTATAACCTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTTA-TACTATTTTATTTGAAATAAA
1 TTATAACC--TTTATTTTGTCATAAAACAATT-GTT-T-TTTATTACAAGCTTATTCAAAATAAA
* ** * *
66889 ATAATACTAATTTAATAATACTTCAAACCTTAATAAACAAGAAAATTAATAAGTAAATCTATTT-
61 ATAATACTAATTTAATAATACTTAAAAAATTAATAAACAAGAAAATTAAAAAATAAATCTATTTA
* ** * * **
66953 GCTAAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
126 TC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* *
67018 TGTTTCATCGTAAAACAATTGTTT-TGTTCGTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTT
190 TGTTTCATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-GATTAAAATAATACTAATTT
* *
67082 AATAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCAATTCA
254 AATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCGAA-CAATTCA
*
67147 AATAGTTAAGACCATTAAGACAATTATCTATTTCAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
316 AATAGTTAA-ACCATTAAGACAATTATCTATTTCAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
* * *
67212 TAATTTTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATGTATGCTAATTTATTAACGTTCAAA
380 TAA-TTTGTTTCAAATCATACAAGCTTATTC-GAATAAAT-AAT-CTAATTTATTAACATTCAAA
* * * *
67277 AAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTTGTTAC
441 AAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATAAC
* * * *
67342 TATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGT-CATAAAACAATTGTTTC
506 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACTTTTTG-TTT-TACATAAAATAATTGTTTC
** * * ***
67406 AGTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAATTAGTACTAATTTATTAATATTTTCTAAATTAATAAGT
569 AGTTAATACAAGCTTAGATAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGT
* * * *
67471 AAGAAGTTTAAAAAATAATCTATTTACTAAATCAGTTAAAATATTTATGGCTATTTGAATGATTA
634 AAGAAGTTTAAAAAATAATCTATTTACCAAATCAGTTAAAATATTTATGACTATATGAATAATTA
*
67536 TCTATTTCAAATTG
699 TATATTTCAAATTG
* *
67550 TTATAACCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTATCTTACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
1 TTATAACCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTA--TTACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * * * * * *
67615 ATGCTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCG
64 ATACTAATTTAATAATACTTAAAAAATTAATAAACAAGAAAATTAAAAAATAAATCTATTTATCA
* * * * *
67680 AACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCAATATCAAATCATTAAGATC-TTTGTT
129 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
** * * * * * * *
67744 TTGTCATAAAAAAAGTGTTTCTGGTCATAGAA-CCTCTTTCAGTTAAAAATAATACTAATTTAAT
194 TCATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGA-TT-AAAATAATACTAATTTAAT
* * * ** * * *
67808 AATATTTCAAGAACTAACAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAAGTGCTTGCAGAACTAGTTCAAAT
257 AATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTC-GAAC-AATTCAAAT
* * ** * *
67873 AATTAAACCATT-AGA-ATAGTTATCTATTTTAGATCATTTTGACCTTTCGTTTAGTCATAAAAT
319 AGTTAAACCATTAAGACA-A-TTATCTATTTCA-ATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAAT
* * *
67936 -ATTTGTTTCAAATCTTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAGTTTATTAACATTCAAAAA
381 AATTTGTTTCAAATCATACAAGCTTA-TTCGAAT-AAATAATCTAA-TTTATTAACATTCAAAAA
* * * * *
68000 ATTAATAAGCAAA-AGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGAC
443 ATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTATTTACTAAACCAA-TTCAAATAGTTATAAC
* *
68063 TATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGACATAAAATAAT
506 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACTTTTTGTTTT-ACATAAAATAAT
68121 AGTAATTTCT
Statistics
Matches: 1064, Mismatches: 184, Indels: 94
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
719 8 0.01
720 80 0.08
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728 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (712 bp):
TTATAACCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
ACTAATTTAATAATACTTAAAAAATTAATAAACAAGAAAATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA
CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTC
ATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATA
TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCGAACAATTCAAATAGTTAAA
CCATTAAGACAATTATCTATTTCAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTGTTTC
AAATCATACAAGCTTATTCGAATAAATAATCTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAG
AGATTTAAAAAAATAAATTTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
CTATTTAAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTACATAAAATAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAG
ATAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAAGTTTAAAAAATA
ATCTATTTACCAAATCAGTTAAAATATTTATGACTATATGAATAATTATATATTTCAAATTG
Found at i:67715 original size:543 final size:533
Alignment explanation
Indices: 66079--67717 Score: 1555
Period size: 543 Copynumber: 3.0 Consensus size: 533
66069 AATTATGGCC
* * * *
66079 ATTTGAACAACTATCTATTTCGAATCATTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTC
1 ATTTGAACAATTATCTATTTC-AATCGTTATTACCTTTTATTTAGTCATAAAATAA-TTTTTTTC
* * * *
66144 AA--CATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTC-AAGAATTAAT-AA
64 AATTCATACAAGCTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCAAAAAATTAATGAA
* * * * *
66205 GAGTTTTAAAAAATAAATCAATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
128 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAACAATTCAAATAGTT-TTACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
66270 CTATTTCAAATTATTATAACCTTTTG-TTCTATTATGAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCT
191 CTATTT-AAATTGTTATAACCTTTTGATT-TGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATACAAGCT
* * * ** *
66333 TATTCAGAATAAAATACTACTAATTTAGTAATATTCTGAAAATTAATAACTAAG-AGATTTAAAA
253 TATT-GGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TTCAAATTAATAAATAAGAAG-TTTAAAA
* * * * * * ** * *
66397 AATAAATCTATTTGTCAAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATGTAAACAATTATTTATTGCAAAT
315 AATAAATCTATTTCT-AAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAAT
* * * * * *
66462 TGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTATTTCAGCTCATACAAGCATATTCGAAATAGA
379 TGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * * ** * * *
66527 ATAAAACTAATTTATTATTATTTCAAAAATTTGTTAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTA
443 ATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA
* * * *
66592 CCTAACCAATTCAAATAATTATAACT
508 TCGAACCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
66618 AGTTGAA-AATTATCTATTTTAAATCGTTATTACTTTTTCTTTTA-CCATAAAATAGTTGTTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTA-TTTCAATCGTTATTACCTTTT-ATTTAGTCATAAAATAATT-TTTTT
* * * * * * *
66681 --GTTAATATAAGTTTGTTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATTGG
63 CAATTCATACAAGCTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAA-T-G
* * * *
66744 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCATTTCTAATAGTTTTGACTATATGAATAAT
126 -AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAATTCAAATAGTTTT-ACTATTTGAACAAT
* * * * * * * * *
66809 TATATATTTCAATTCGTTATAACCTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTTATACTAT
188 TATCTATTTAAATT-GTTATAACCTTTTGA-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAG
* * * * **
66874 TTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-CTTCAAACCTTAATAAACAAGAAAATTAA
251 CTTA-TTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAA--TTAATAAATAAGAAGTTTAA
* * *
66938 TAAGTAAATCTATTTGCTAAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAA
313 AAAATAAATCTATTT-CTAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAA
** * * * * * * * *
67003 ATCATTATGACCTTTTGTTTCATCGTAAAACAATTGTTTTGTTCGTACAAGCTTATTTGGATTAA
377 ATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
* * *
67068 AATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATTTGTTT
442 AATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT
* * *
67133 ATCGAATCAATTCAAATAGTTAAGACC
507 ATCGAACCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
67160 A-TTAAGACAATTATCTATTTCAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTGTTTC
1 ATTTGA-ACAATTATCTATTTCAATCGTTATTACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTTT-TTTC
* * * * **
67224 AATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAATGTATGCTAATTTATTAACGTTCAAAAAATTAATAAG
64 AATTCATACAAGCTTATTAAAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAAT--G
* * *
67288 AAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTTGTTACTATTTGAACAA
126 -AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-AATTCAAATAGTT-TTACTATTTGAACAA
*
67353 TTGTCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAG
187 TTATCTATTT-AAATTGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAG
* * * * *
67418 CTTAGATGGAATAAATTAGTACTAATTTATTAATATTTTCTAAATTAATAAGTAAGAAGTTTAAA
251 CTTA-TTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTC-AAATTAATAAATAAGAAGTTTAAA
* * * * *
67483 AAAT-AATCTATTTACTAAATCAGTTAAAATATTTATGGCTATTTGAATGATTATCTATTTCAAA
314 AAATAAATCTATTT-CTAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAA
* * * * *
67547 TTGTTATAACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTATCTTACAAGCTTATTCAAAATAA
378 TTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTAT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAA
* *
67611 AATAATGCTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT
442 AATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT
* *
67676 ATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGATT
507 ATCGAACCAATTCAAATAGTTATGACT
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1 ATTTGAACAATTATC
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ATTTGAACAATTATCTATTTCAATCGTTATTACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTTTTTTCAA
TTCATACAAGCTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATGAAGAG
ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAATTCAAATAGTTTTACTATTTGAACAATTATCTATT
TAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTATTGGAA
TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAATTAATAAATAAGAAGTTTAAAAAATAAATCTAT
TTCTAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT
TTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
ATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACCAATTCA
AATAGTTATGACT
Found at i:67960 original size:360 final size:356
Alignment explanation
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66138 TTTTTCAACA
* * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * * * * *
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130 TATAAAATCATTATAACCTTTTGATT-TGTCATAAAAAAAGTGTTTC-AGGTAATACAAGCTTAG
* * * * * *
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193 AT--GGA-AAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * *
66400 AAATCTATTTGTCA-AACCAATTCAAATAGTTAAAACTATGTA-AACAATTATTTATTGCAAATT
254 AAATCTGTTT-ACAGAATCAGTTCAAATAATT-AAACCAT-TAGAATAGTTATCTATTTC-AATT
** * * ** *
66463 GTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTATTTCAGCTCA
315 GTTATGACC-TTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAAATCT
* * ** ** * ** **
66506 TACAAGCATATTC-GAAATAGAATAAAACTAATTTATTATTATTTCAAAAATTTGTTAGTAAGAG
1 TACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATGCTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAAAAGAG
* * * * * * *
66570 ATTT-AGAAAATAATTTTATTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATAACTAGTTGAA-AATTATC
64 ATTTAAAAAAATAAATTTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * ** ** * ** * * *
66632 TATTTTAAATCGTTATTACTTTTTCTTTTACCAT-AAAATAGTTGTTTTTGTTAATATAAG-TTT
128 AATATAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAAAAAG-TGTTTCAGGTAATACAAGCTTA
*** * * **
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192 G--ATGGA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTT-CAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * ** * * *
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253 TAAATCTGTTTA-CAGAATCAGTTCAAATA-ATTAAACCATTA-GAATAGTTATCTATTTCAATT
* * * * * * * ** *
66823 CGTTATAACCTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTC-TGTTT
315 -GTTATGACC--TTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAAATCT
* ** * * * * **
66867 ATACTATTTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATACTTC-AAACCTTAATAAACAAG
1 -TACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATGCTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAA-AAG
* * * * * * * * * **
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62 AGATTTAAAAAAATAAATTTATTTATCGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * * * * **
66992 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTCATCGTAAAACAATTGTTT-TGTTCGTACAAGC
125 ATCAATATAAAATCATTATAACCTTTTGATTT-GTCATAAAAAAAGTGTTTCAGGTAATACAAGC
** * *
67055 TTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAA
189 TTAGATGGA--AAAATAATACTAATTTAATAATATTT-CAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * *
67120 AATAAATTTGTTTATC-GAATCAATTCAAATAGTTAAGACCATTAAGACA-A-TTATCTATTTCA
251 AATAAATCTGTTTA-CAGAATCAGTTCAAATAATTAA-ACCATT-AGA-ATAGTTATCTATTTCA
* * *
67182 ATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTGTTTCAATTCA
312 ATTGTTATGACC-TTTGTTTAGTCATAAAAT-A-TTTGTTTCAAATCT
* *
67230 TACAAGCTTATTCAGAAT-AAATGTATGCTAATTTATTAACGTTCAAAAAATTAATAAGAAAGAG
1 TACAAGCTTATTCAGAATAAAAT-AATGCTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAA-AAAGAG
* * * * * *
67294 ATTTAAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAAATTCAAATAGTTGTTACTATTTGAACAATTGTC
64 ATTTAAAAAAATAAATTTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * ** * * *
67358 TATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAG
128 AATATAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAAAAAGTGTTTCAGGTAATACAAGCTTAG
* * *
67423 ATGGAATAAATTAGTACTAATTTATTAATATTTTCTAAATTAATAAGTAAGA-AGTTTAAAAAAT
193 ATGGAA-AAA-TAATACTAATTTAATAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT
* * * ** * *
67487 -AATCTATTTACTA-AATCAGTTAAAATATTTATGGCTATTTGAAT-GATTATCTATTTCAAATT
254 AAATCTGTTTAC-AGAATCAGTTCAAATAATTA-AACCATTAGAATAG-TTATCTATTTC-AATT
* * * ***
67549 GTTATAACCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTATCT
315 GTTATGACCTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAAATCT
* * *
67591 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAATAAGAGA
1 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATGCTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAA-AAGAGA
* *
67656 TTT-AAAAAATAAATTTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCAA
65 TTTAAAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAA
* * * * * * *
67720 TATCAAATCATTA-AGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAAGTGTTTCTGGTCATAGAACCTCTTT
130 TATAAAATCATTATA-ACCTTTTGATTTGTCATAAAAAAAGTGTTTCAGGTAATACAA--GC-TT
* * *
67783 CAG-T-TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAGAACTAACAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
191 -AGATGGAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
** * * * **
67846 AAAAGTGCTTGCAGAA-CTAGTTCAAATAATTAAACCATTAGAATAGTTATCTATTTTAGATCAT
254 AAATCTGTTTACAGAATC-AGTTCAAATAATTAAACCATTAGAATAGTTATCTATTTCA-ATTGT
*
67910 TTTGACCTTTCGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAAATCT
317 TATGACCTTT-GTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAAATCT
** *
67951 TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CCAAGTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAA-A
1 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATGCTAA-TTTATTAACATTCAAAAAATTAATAA--AAAGA
* * * *
68014 GATTTGAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
63 GATTTAAAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
68079 TATTTAAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGACATAAAA
128 AATATAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAA
68117 TAATAGTAAT
Statistics
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0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
358 43 0.03
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
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TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATGCTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAAAAGAGAT
TTAAAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAAT
ATAAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAAAAAGTGTTTCAGGTAATACAAGCTTAGATG
GAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
TTTACAGAATCAGTTCAAATAATTAAACCATTAGAATAGTTATCTATTTCAATTGTTATGACCTT
TGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAAATCT
Found at i:68211 original size:144 final size:144
Alignment explanation
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Period size: 144 Copynumber: 1.9 Consensus size: 144
67978 CAAGTTTATT
* *
67988 AACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAA
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* * *
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131 AATAGTAATTTCTA
* * * * *
68132 AACATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAATTTG
1 AACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT--AAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTC
*
68195 AAATAGTTATGA-TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
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68259 AA
128 AA
68261 CAATTGTTTC
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 11, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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AACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAA
TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAAT
AATAGTAATTTCTA
Found at i:69695 original size:176 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 176 Copynumber: 2.5 Consensus size: 180
69246 TCAAACAGTC
*
69256 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTAT
1 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTAT
* * * *
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66 TTCTA-TTCAT-TCAAGCTTATTTCAAATAAAATAAAACAAAGTTATTAATATTCTAAAAATCAA
* * * *
69384 TAATTAAGAGACTTAAAAAATGAATCTGTTTGCATAACAAGTTTAAATAATT
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* * * * * **
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1 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTA
* * * * * *
69500 TCTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-T-T-AAGA-CAA
65 T-TTCTATTCATTCAAGCTTATTTCAAATAAAATAAAACAAAGTTATTAATATTCTAAAAATCAA
* * * **
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129 TAAGTAAAAGACTTAAAAAATGAATCTATTTACAT-AACAAGTT-TAAATAATT
* *
69612 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTTTATCATAAAAAAATTA
1 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTA
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65 TTTCTATTCATTCAAGCTTATTT
69700 GAGATCATTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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179 1 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTAT
TTCTATTCATTCAAGCTTATTTCAAATAAAATAAAACAAAGTTATTAATATTCTAAAAATCAATA
AGTAAAAGACTTAAAAAATGAATCTATTTACATAACAAGTTTAAATAATT
Found at i:70056 original size:180 final size:180
Alignment explanation
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69704 TCATTGTAAC
* * * * * ** * *
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* * * ** * * *
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*
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127 AAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGAT
* * * ** * *
69896 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTAG-TTCTGTTCATGCAAGCTTACTTCAAATAAATTATTATA
1 CTTTT-TTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATA
* * * * * *
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* * *
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* *
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1 C-TTTTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-TA
* *
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64 AATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAAATCTGTTTGCCAAACA
* * *
70204 AGTTCAAATAGTGATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTTTGAT
128 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAT
* * *
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1 CTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATAA
*
70322 ATTTATTAATATTCTAAAAAATAAATA
65 ATTTATTAATATTC-AAAAAATTAATA
70349 TGTTCACTGA
Statistics
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0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
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TTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAAATCTGTTTGCCAAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAT
Found at i:70246 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 69714--70348 Score: 694
Period size: 181 Copynumber: 3.5 Consensus size: 179
69704 TCATTGTAAC
* * * * ** *
69714 CTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTAATATAAATTTATTTGAAATAAAATAATATTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * *
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66 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA--AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AACAA
* *
69844 GTTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAT
128 G-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AAATCGTTATGAT
* * * * * * *
69896 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTAG-TTCTGTTCATGCAAGCTTACTTCAAATAAATTATTA-T
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * * *
69959 AAATGTATTAATA-TACAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCTAAACA
65 -AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAACA
* *
70023 CA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTT-TTTCAAATCGTTATGAC
127 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TTATTTCAAATCGTTATGAT
* *
70076 CATTTT-TTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC
1 C-TTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * *
70139 TAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAAATCTGTTTGCCAAGCA
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA-CA
* *
70204 AGTTCAAATAGTGATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTTTGAT
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAT
* * * *
70257 CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACAA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* *
70322 ATTTATTAATATTCTAAAAAATAAATA
66 ATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATA
70349 TGTTCACTGA
Statistics
Matches: 380, Mismatches: 53, Indels: 40
0.80 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
179 11 0.03
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CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAT
Found at i:71865 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 71811--71866 Score: 60
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71801 TGATAAACAG
* * **
71811 ATTTATTTTTTAAATATCTTATTT
1 ATTTATTTTTAAAATATCTAATAA
*
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1 ATTTATTTTTAAAATATCTAATAA
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1 ATTTATTTT
71867 ATTTTATTTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 6, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTATTTTTAAAATATCTAATAA
Found at i:71951 original size:181 final size:180
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71620 TAGTAAATAT
* * * * ** * * *
71630 ATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCGAAATACTAATAAATTAGAATTATTTTAATT
1 ATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT
* * * * * * ** * * * * *
71695 CGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTCGTAATATAACAAAAAGTCATAATGATTTAAA
65 TGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * *
71760 ATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAG
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAA
* *
71811 ATTTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTT
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* * * * **
71876 TGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAA
65 TGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * *
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* * * * *
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* * * * **
72057 TGAATAAG-GTAGTATGAATTGAAAAA-AATTGTTTTATGAAAAAACAAAATGTCATAACAATTT
65 TGAATAAGCTTA-TATGAA--CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * * *
72120 GAAATAGACAATTATTCATATTGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGACAAACAA
127 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAA
* * * * ** * * **
72174 ATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAACTTTCGATATATTATTGGATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT
** * * * * * *
72239 CAAATAAGC-TAGTACGAACAAAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAATGTTATAATGATTT-A
65 TGAATAAGCTTA-TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * *
72302 AAGT-GTACAATTGTTTAAATAGT-AGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTAAACCA
129 AA-TAG-ATAATTGTTCAAATAGTCA-TA-ACTA-T-TTGAACTGGT--T---TGA--TAAACAA
* ** **** * * * *
72364 GTTTGGTAAACAAATTTCTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGACAGATTAATAAATTAG
1 ATTTATTTTTTAAATATC----TT--A-C--TT----ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-
* *** * * * * * ** *
72429 TAATATTTTATTCCAAATAAGTTTGTATGATCAAAAACAATTGTTGTATGACCAAACAAAAAATA
52 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * ** * * *
72494 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GACCATAATTATTTGAATTAATTCGATTAACAG
117 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAA
* * * * * *
72558 ATTCACTTTTTAGATAACTTATTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT
* *** * *
72623 TGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTT-AA
65 TGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * *
72687 ATAAACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T-TTATTCAGTAAACAA
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGT-TTGA-TAAACAA
* * * * *
72738 ATTTATTTTCTAAA-ACCCTTGCTTATTAATATTTGAAAA-ATTAAGAAATTATTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATA-TCTTACTTATTAAT-TTTTAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTAT
** * * * ** ** * **
72801 TTTGGGTAAGTTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAATTGTTATAACAATTA
63 TTTGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATT-
* * * * *
72865 T-AAATAAATAATTATTCAAAGAGTCATAACTCTTTGAACTCGTTTGATAAACAA
126 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAA
* * *
72919 ATTTATTTTTTCAAATCAT-TTACTTATTAATGCTTT-GAATGTTAATAAATT-TGAATTATTTT
1 ATTTATTTTTT-AAAT-ATCTTACTTATTAAT-TTTTAAAATATTAATAAATTAT--ATTATTTT
* * *** * * *
72981 ATTCTGAATAAGTTTGTAAGATATGAA-AAAAA-AAACATTTTATGACTAAA-AAAAGGTAAAAA
61 ATTTTGAATAAG-CT-T---ATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * ** * * * *
73043 TGATTTAAAAGAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAATTGGTTTAAAAAACAC
121 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAA
* * *
73103 ATTTATTTTTT-AA-ATC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTACTATTATTTT-TAA
1 ATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTAT-T
* * ** * * * * * *
73163 CTGAATAAGCTTCTATGATTATAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAGAGATCTTAACGATTTGA
64 TTGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
73227 GATTGATAATTGTTCACATAGTCATAACTACTTGAATTGATTT-AGTAAACAA
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAACAA
* * * *
73279 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATTAATTTTTAAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT
** * ** * * * *
73344 CAAATAAGCTTGTATGATTAAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
65 TGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* ** * * * * * * *
73409 ATCGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAATTGATTTGGA-AAACAT
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-GATAAACAA
* * * *** * *
73460 ATTTATTTTTAAAATTTATTACTTATTAATTTAGGAAATATTAAAAAATTAATATTATTCTA-TT
1 ATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTT
* * * ** ** * *
73524 CGCTATAAGCTTATATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAATTAAAAGGTTATAATGATTTTA
65 TG-AATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * ** * * * *
73589 AATTGACAGTTGTTCAAATAGTAATAACTATTTG-ACTTATTCGGTAAATAG
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAA
* * ** * * *
73640 ATTTACTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTCCAAATGTTAATAAATTGGTATTAATTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATT
* * * * * * * * * * *
73705 TTTAATAAACTTGTATAAACTAAAATAATTATTTTAAGACCAAA-AAAAGATCAGAATGATTTGA
64 TTGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* ** * * * * * *
73769 AATAGATAATTCTTTTAATAGTCTTAGCCATTTGAACTGATTTGGTAAATAA
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAA
* * * *
73821 ATTTATTTTTT-AA-ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT
* ** * * * * *
73882 TGAATAAGCTTGTACAAATAAAAAATAATTGTTTTACT-ATAAAACAAAAGGTCACAATGATTTC
65 TGAATAAGCTTATATGAA-CAAAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
*
73946 AAATAAATAAT
128 AAATAGATAAT
73957 CATTTATATA
Statistics
Matches: 1643, Mismatches: 415, Indels: 179
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.00
175 5 0.00
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177 22 0.01
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179 47 0.03
180 276 0.17
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187 5 0.00
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199 2 0.00
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201 1 0.00
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204 6 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTT
GAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAA
Found at i:72661 original size:384 final size:385
Alignment explanation
Indices: 71947--72687 Score: 887
Period size: 384 Copynumber: 1.9 Consensus size: 385
71937 TGAAATAGAT
* *
71947 AATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCAGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTT
* * ** ***
72012 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTTATTTTATTTTATTTTGAATAAGGTAGTATGAATT
66 ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAACATTATAATATTTTATTCCAAATAAGGTAGTATGAATT
* * ** * *
72077 GAAAAAAATTGTTTTATGAAAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCATATT
131 CAAAAAAATTGTTGTATGAAAAAACAAAAAATAATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCATAAT
* * ** * * ***
72142 GTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAACTTT
196 GCCATAATTATTTGAACTAATTCGACAAACAAATTCACTTTTTAAATAACTTAGTTATTAACTTT
* * * ** *
72207 CGATATATTATTGGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTACGAACAAAAATAATTATTT
261 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTACGAACAAAAACAATTATTT
* *
72272 TATGACAGAACAAAATGTTATAATGATTTAAAGTGTACAATTGTTTAAATAGTAGTATAC
326 TATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAGTGTACAATTGTTTAAATAGTAGTATAC
* * * *
72332 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCAGTTTGGTAAACAAATTTCTTTTTTAAATCTTTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCAGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTT
* * *
72397 ACTTATTAATTTTTGACAGATTAATAA-ATTAGTAATATTTTATTCCAAATAAGTTTGTATG-A-
66 ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAACATTA-TAATATTTTATTCCAAATAAGGTAGTATGAAT
** ** * * *
72459 TCAAAAACAATTGTTGTATGACCAAACAAAAAATAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGA-A
130 TCAAAAA-AATTGTTGTATGAAAAAACAAAAAATAATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCATA
* ** * * * *
72523 ATGACCATAATTATTTGAATTAATTCGATTAACAGATTCACTTTTTAGATAACTTATTTATTAAT
194 ATG-CCATAATTATTTGAACTAATTCGACAAACAAATTCACTTTTTAAATAACTTAGTTATTAAC
** * * ***
72588 TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTA
258 TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTACGAACAAAAACAATTA
72653 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAA
323 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAA
72688 TAAACAATTA
Statistics
Matches: 293, Mismatches: 60, Indels: 7
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
383 9 0.03
384 178 0.61
385 106 0.36
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (385 bp):
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCAGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTT
ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAACATTATAATATTTTATTCCAAATAAGGTAGTATGAATT
CAAAAAAATTGTTGTATGAAAAAACAAAAAATAATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCATAAT
GCCATAATTATTTGAACTAATTCGACAAACAAATTCACTTTTTAAATAACTTAGTTATTAACTTT
CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTACGAACAAAAACAATTATTT
TATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAGTGTACAATTGTTTAAATAGTAGTATAC
Found at i:72828 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 72580--72927 Score: 454
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
72570 GATAACTTAT
* * *
72580 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGA
1 TTATTAATTTTCAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACTGA
** *
72645 AACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAATGTCATAATGATT-TAAATAAACAATTATTCAAATAGT
66 AACAATTATTTTAT-ATCAAAACAAAATGTCATAACAATTATAAATAAACAATTATTCAAAGAGT
*
72708 CATAACTATTTGAA-T-TTATTCAGTAAACAAATTTATTTTCTAAAACCCTTGC
130 CATAACTATTTGAACTCGT-TTCA-TAAACAAATTTATTTTCTAAAACCCTTGC
* * ** * *
72760 TTATTAATATTTGAAAA-ATTAAGAAATTATTATTATTTTATTTTGGGTAAGTTTTTATAAACTG
1 TTATTAAT-TTTCAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACTG
* * * *
72824 AAACAATTGTTTTATATCAAAACAAATTGTTATAACAATTATAAATAAATAATTATTCAAAGAGT
65 AAACAATTATTTTATATCAAAACAAAATGTCATAACAATTATAAATAAACAATTATTCAAAGAGT
* *
72889 CATAACTCTTTGAACTCGTTTGATAAACAAATTTATTTT
130 CATAACTATTTGAACTCGTTTCATAAACAAATTTATTTT
72928 TTCAAATCAT
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 19, Indels: 9
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.01
180 80 0.56
181 58 0.40
182 4 0.03
183 1 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TTATTAATTTTCAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACTGA
AACAATTATTTTATATCAAAACAAAATGTCATAACAATTATAAATAAACAATTATTCAAAGAGTC
ATAACTATTTGAACTCGTTTCATAAACAAATTTATTTTCTAAAACCCTTGC
Found at i:73487 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 72581--73892 Score: 812
Period size: 361 Copynumber: 3.6 Consensus size: 358
72571 ATAACTTATT
* * ** * * * *
72581 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAA
1 TATTAATTTTCAAAATAATAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAACTTGTATAAACTAAA
* * * * * * * *
72646 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTT-AAATAAACAATTATTCAAATAGTC
66 ATAATTATTTTAAGACAAAA-AAAA-GATCAGAACGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGCC
* * * ** * *
72709 ATAACTATTTGAATTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTCTAAAACCCTTGCTTATTAATATTT-G
129 ATAACCATTTGAACTGATTTGGAAAACAAATTTATTTT-TAAAA-TC-T-CTTATTAAT-TTTCG
* ** * ** ** * *
72773 AAAAATTAAGAAATTATTATTA-TTTTATTTTGGGTAAG-TTTTTATAAACTGAAACAATTGTTT
189 AAATATTATTAAATTAATATTATTTTTA-ACTGAATAAGCTTTATATTAACTGAAACAATTGTTT
* * * ** * * * *
72836 TAT-ATCAAAACAAATTG-TTATAACAATTAT-AAATAAATAATTATTCAAAGAGTCATAACT-C
253 TATGA-CAAAATAAA-AGATTATAACGATT-TGAAATTGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTAC
* * *
72897 TTTGAACTCGT-TTGA-TAAACAAATTTA-TTTTTTCAAATCAT-TTACT
315 -TTGAA-T--TATTCAGTAAACAAATTTACTTTTTT-AAATC-TCCTACA
* ** * * * * **
72943 TATTAATGCTTT--GAATGTTAATAAATTTGAATTATTTTA-TTCTGAATAAGTTTGTA-AGATA
1 TATTAAT--TTTCAAAATAATAATAAATTAGTATTAATTTATTTC-AAATAAACTTGTATA-A-A
* ** * * * * * * * * * *
73004 -TGAAAAAAAAAACATTTTATGACTAAAAAAAGGTAAAAATGATTTAAAAGAGATAATTATTCTA
61 CT---AAAATAATTATTTTAAGACAAAAAAAAGATCAGAACGATTTGAAATAGATAATTCTTCAA
*** * * * ** * *
73068 ATAGTTTTAACTATTTGAATTGGTTTAAAAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTC
123 ATAGCCATAACCATTTGAACTGATTTGGAAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTTATTAATTTTC
* *
73133 AAAATATTATTAAATTACTATTATTTTTAACTGAATAAGCTTCTATGATT-A-T-AAACAATTGT
188 GAAATATTATTAAATTAATATTATTTTTAACTGAATAAGCTT-TAT-ATTAACTGAAACAATTGT
* * * * *
73195 TTTATGACAAAAT-AGAGATCT-TAACGATTTGAGATTGATAATTGTTCACATAGTCATAACTAC
251 TTTATGACAAAATAAAAGAT-TATAACGATTTGAAATTGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTAC
*
73258 TTGAATTGATTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACA
315 TTGAATT-ATTCAGTAAACAAATTTACTTTTTTAAATCTCCTACA
* * * * *
73302 TATTAATTTTTAAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GATTAAA
1 TATTAATTTTCAAAATAATAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAACTTGTATAAACT-AA
* * * * * *
73366 AATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATCGATAA-TCATTCAAATGGC
65 AATAATTATTTTAAGACAAAA-AAAAGATCAGAACGATTTGAAATAGATAATTC-TTCAAATAGC
** * * * * **
73430 CATAATTATTTTAATTGATTTGGAAAACATATTTATTTTTAAAATTTATTACTTATTAATTTAGG
128 CATAACCATTTGAACTGATTTGGAAAACAAATTTATTTTTAAAA--T-CT-CTTATTAATTTTCG
** **
73495 AAATATTAAAAAATTAATATTATTCTATTCGCT--ATAAGC-TTATATTAACTGAAACAATTGTT
189 AAATATTATTAAATTAATATTATT-T-TTAACTGAATAAGCTTTATATTAACTGAAACAATTGTT
* * * * * *
73557 TTATGACAAATTAAAAGGTTATAATGATTTTAAATTGACAGTTGTTCAAATAGTAATAACTATTT
252 TTATGACAAAATAAAAGATTATAACGATTTGAAATTGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTACTT
* * * * * * *
73622 GACTTATTCGGTAAATAGATTTACTTTTTTAAATCTCTTTCT
317 GAATTATTCAGTAAACAAATTTACTTTTTTAAATCTCCTACA
* ** * **
73664 TATTAATTTTCCAAATGTTAATAAATTGGTATTAATTTATTTTTAATAAACTTGTATAAACTAAA
1 TATTAATTTTCAAAATAATAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAACTTGTATAAACTAAA
* * ** * *
73729 ATAATTATTTTAAGACCAAAAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTCTTTTAATAGTCTT
66 ATAATTATTTTAAGACAAAAAAAAGATCAGAACGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGCCAT
* * * * *
73794 AGCCATTTGAACTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATT
131 AACCATTTGAACTGATTTGGAAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTTATTAATTTTCGAAATATT
*
73859 ATTAAATTAGTATTA-TTTTAATCTGAATAAGCTT
196 ATTAAATTAATATTATTTTTAA-CTGAATAAGCTT
73893 GTACAAATAA
Statistics
Matches: 749, Mismatches: 152, Indels: 102
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
354 2 0.00
355 3 0.00
356 21 0.03
357 107 0.14
358 7 0.01
359 60 0.08
360 65 0.09
361 197 0.26
362 184 0.25
363 12 0.02
364 23 0.03
365 68 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (358 bp):
TATTAATTTTCAAAATAATAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAACTTGTATAAACTAAA
ATAATTATTTTAAGACAAAAAAAAGATCAGAACGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGCCAT
AACCATTTGAACTGATTTGGAAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTTATTAATTTTCGAAATATT
ATTAAATTAATATTATTTTTAACTGAATAAGCTTTATATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACAA
AATAAAAGATTATAACGATTTGAAATTGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTACTTGAATTATTC
AGTAAACAAATTTACTTTTTTAAATCTCCTACA
Found at i:74334 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 73965--75305 Score: 1067
Period size: 181 Copynumber: 7.6 Consensus size: 178
73955 ATCATTTATA
* * * * * *
73965 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATG-A-TAAAAAAAATTTATTATATGACCAAAA-AA
1 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAA-TTATTTTATGA-TAAAACAA
* * ** * * * * ** * * * *
74027 AGGGTAATAATAATTTAAAATAGATAATTGTTGACACAACCATAATTATTTGAATTAATTTAG-T
63 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTCGAT
* * * * **
74091 AAACATATTCACTTTTTAAATCAC--TTATTAATATTCAGAATATTAATAAAT
127 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTTATTAAT-TTTTGAATATTAATAAAT
* * *
74142 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG
1 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAG
* * * * * ** *
74207 GTCATAACAATTTGAAATAGATCATTATTCATATAGTCTTAACCGTTTGGACTGTTTCGATAAAC
66 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCGATAAAC
*
74272 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTTGAATATTATTAAAT
131 AAATTTATTTTTTAAATCTCTT--TTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAAT
* * * * * *
74323 TAGTATTATTTTATTCCAAACAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAG
1 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAG
* * *
74388 GTTATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAG--A-AAC----TG-A----TTCGGTAAAC
66 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCGATAAAC
* * * * *
74441 AGATTTAATTTTTAAAATTTTTTATATATTAATTTTTGAAATATTTATAAAT
131 AAATTT-ATTTTTTAAATCTCTT-T-TATTAATTTTTG-AATATTAATAAAT
* * ** *
74493 TAGTATTATTTTA-TTCCAATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAA
1 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTATTTTATGATAAAACAAA
* * * * * *
74555 AGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCGATTT-GATA
64 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTCGATA
* * * * *
74619 AACTAATTTATTTTTTATATCTCTAATTTATCAATTTTTGAAATATGAATAAAG
128 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCT--TTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAAT
* * * *
74673 TAATATTATTTTATTTCCAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAG
1 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAG
* *** * * *
74738 GTTATATTTATGTT-AAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GGTAA
66 GTCATAACGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTCGATAA
* * * * * * *
74801 ATAGATTTAGTTATTTATATTTCTTGTTTATTATTTTTTGAATGTTAATAAAT
129 ACAAATTTA-TTTTTTAAATCTC-T-TTTATTAATTTTTGAATATTAATAAAT
*
74854 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAACT-AAACCAATTATTTTATGACT-AAACAAA
1 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTATTTTATGA-TAAAACAAA
* * * * * *
74917 AGGTCAAAACGATTTGAAAT-GAATAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTAAACTGGTTTAG-T
64 AGGTCATAACGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTCGAT
* * * *
74980 AAATACATTTATTTTTTAAATCTC--TTATTAATTTTTAGAATATTATTAATT
127 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAAT
* ** * * * *
75031 TAGCAACATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAAC-AAA
1 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAA
* * * ** * *
75094 GATGATAACGATTTGAGATAGATTGTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAA
65 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCGATAAA
* *
75159 CAAATTTAGTTTTAAAATCTC--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
130 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAAT
** * ** * *
75207 TAGTATTATTTTATTTTAAACAATTTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAT
1 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAG
* * *
75272 GTCATGATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT
66 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
75306 GGATATGACT
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TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAG
GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCGATAAAC
AAATTTATTTTTTAAATCTCTTTTATTAATTTTTGAATATTAATAAAT
Found at i:74479 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 74257--74590 Score: 428
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74247 AACCGTTTGG
* *
74257 ACTGTTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTTG-AATA-TTATTA
1 ACTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTTGAAATATTTA-TA
*
74320 AATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAGCTTATATGAACTG-AAACAATTATTTTATAACAAAACA
65 AATTAGTATTATTTTATTCC-AACAAGCTTATATG-A-TGAAAACAATTACTTTATAACAAAACA
74384 AAAGGTT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGAA
127 AAA-GTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGAA
* * * *
74426 ACTGATTCGGTAAACAGATTTAATTTTTAAAATTTTTTA-TATATTAA-TTTTTGAAATATTTAT
1 ACTGATTCGATAAACAAATTT-ATTTTTAAAATCTCTTAGT-TATTAATTTTTTGAAATATTTAT
* * * * *
74489 AAATTAGTATTATTTTATTCCAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAA
64 AAATTAGTATTATTTTATTCCAACAAGCTTATATGATG-AAAACAATTACTTTATAACAAAACAA
* *
74554 AAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
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74591 GGCCATAATT
Statistics
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ATTAGTATTATTTTATTCCAACAAGCTTATATGATGAAAACAATTACTTTATAACAAAACAAAAG
TTCATAACGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGAA
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* *
74445 TTAATTTTTAAAATTTTTTATATA
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*
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1 TTA
74495 GTATTATTTT
Statistics
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TTAATTTTTAAAATTATTTATAAA
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75337 ATATTTTTTA
* * *
75347 AATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGA
1 AATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
** * * * *
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*
75474 ATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AGAATTTTAATAAATT
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** * * * * * * *
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1 AATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* *
75593 TCATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGTTCAGAAAATA
66 TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGTTCAGAAAATA
*
75658 GATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAA-ATTAATAAATT
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* * * * * *
75707 TATATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTCTTATGACAAAACAAAAG
1 AATATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * ** * * *
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* * * * * *
75835 CAGATTCACTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
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* * *
75888 AATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATTTGAACT-GAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
1 AATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * **
75952 GTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA-AGACAATTTGAACT-TGTTTGGTAA
65 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAA-TATGTTCAG-AA
* * * *
76015 ACT-TATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAAAATTAATAAATT
127 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * * *
76069 TATATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTCTTATGACAAAACAAAAG
1 AATATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * ** * * *
76133 GTCATAATGCA-TTGAAATAGATAATTGTTTAGACGGTCATAACTATTTGAACATATTCAGTAAA
65 GTCATAATG-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGTTCAGAAAA
* * * * * *
76197 CAGATTCACTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
129 TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * *
76250 AATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATTTGAACT-GAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
1 AATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * **
76314 GTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA-AGACAATTTGAACT-TGTTTGGTAA
65 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAA-TATGTTCAG-AA
* * *
76377 ACT-TATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATT
127 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * *
76431 AATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACCAAAA-
1 AATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAG
** * * * * *
76495 GTCATAACAATTTGAATTAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTCAATGTGTT-TGATAAA
65 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGTTCAGA-AAA
*
76559 TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTGATTGTCTT--AATATTAATAAATT
129 TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATT
*** * * * * *
76612 TGCATTATTTTA-TTCAAAATAACCTAGTATGAATAGAAAAAATTATTTTTTTGACAAAACAAAA
1 AATATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAA
* ** * *
76676 GGTTATAGCGATTTTAAATACATAATT
64 GGTCATAATGATTTGAAATAAATAATT
76703 ATTTAAACTT
Statistics
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGTTCAGAAAATA
GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
Found at i:76171 original size:362 final size:360
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Period size: 362 Copynumber: 8.2 Consensus size: 360
75339 ATTTTTTAAA
* * * *
75349 TATTATTTTATT-TCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGAT
1 TATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
** * * * * * ** *
75413 TGTAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTAATAACTATTTAAACTCGGTCAACAAATAG
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* * *
75478 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AGAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATT
129 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * * *
75542 TTGAATAAGCTTTTATGAA-TAAAAACAATTGGTTTGTGACAAAACAAATGATCATAATGATTTG
193 TCAAATAAACTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * *
75606 AAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTT
257 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAATA-ATTTATTTTTT
* *
75670 TAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAA-ATTAATAAATTTA-
320 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAG
** * * *
75709 TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTC
1 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** *
75774 ATAATGCA-TTGAAATAGATAATTGTTTAGACGGTCATAACTATTTGAACATATTCAGTAAACAG
66 ATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGTAAACAG
* * * * *
75838 ATTCACTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
129 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
75903 CAAATAAACTTATTTGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
194 CAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * *
75968 ATAAATAATTATTCAAATAGTCA-AGACAATTTGAACTTGTTTGGTAAACTTATTTATTTTTTAA
259 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-TAATTTATTTTTTAA
* * *
76032 ATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAAAATTAATAAATTTA-
322 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAG
** * * *
76071 TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTC
1 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** *
76136 ATAATGCA-TTGAAATAGATAATTGTTTAGACGGTCATAACTATTTGAACATATTCAGTAAACAG
66 ATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGTAAACAG
* * * * *
76200 ATTCACTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
129 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
76265 CAAATAAACTTATTTGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
194 CAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * *
76330 ATAAATAATTATTCAAATAGTCA-AGACAATTTGAACTTGTTTGGTAAACTTATTTATTTTTTAA
259 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-TAATTTATTTTTTAA
* * *
76394 ATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAA
322 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* ** * * *
76433 TATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACCAAAA-GT
1 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGT
** * * * * * ** *
76497 CATAACAATTTGAATTAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTCAA-TGTGTTTGATAAATA
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TCAG-TAAACA
* * * *
76561 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTGATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGCATTATTTTA
128 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * *
76624 -TTCAAAATAACCTAGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTTTTGACAAAACAAAAGGT--T-AT-A
191 TTTC-AAATAAACTTGTATGAACT-GAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
** * * *
76683 ---G-------CGATT-TT-AAATA--CATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTT
253 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAT-AATTTATTT
* * * *
76734 TTTAAATCTCTAAATTATTAATTTTTGAACTATTAATAAATTGG
317 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * *
76778 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGT
1 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * ** *
76843 CATAAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGGTCTCGTTCAATAAACA
65 CAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAACA
* * * * *
76908 TATTTATTTTTTATAAT-TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTAA
128 GATTTATTTTTTA-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
76972 TCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGCAACAATTGTTTTCTAACAGAACAAAAAGTCATAATGATTT
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* * * * * *
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256 GAAATAAATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATA-ATTTATTTTT
* *
77100 TAAA--TC-T-CTTATTAATCTTTGAAATATTAATATATTAG
319 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * *
77138 TATTACTTTATT-TCGAACAAACTTATATGAAC-TAAACATTTGTTTAATGACAAAACTAAAGGT
1 TATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * *
77201 CATAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCAAATAGGT-ATAATTATTTGAACTTGTT-AGGTAAAC
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA-GTCATAACTATTTGAAC-TGTTCA-GTAAAC
* * * * * *
77264 AAAATTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAGTTTATGAAATATTAAT--A--AGT-TCATTTTAT
127 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * **
77324 TT----T--A-TT-CCT-AA-T--AACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAAACAATTT
192 TTCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTT
* * * * ** ** * *
77376 GAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGGTCTCATTCAGTAAACATATTTATTTTTT
256 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATA-ATTTATTTTTT
* * * *
77441 ATAAT-TTTTACTTATTAATTATCGAAATATTAATAAATTAC
320 A-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* ** * * * * * *
77482 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGCAACAATTGTTTTCTAACAGAACAAAAAGTC
1 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * *
77547 ATAATGATTTGAAATAAATTATT-TGTCAAATAGTCATAAGTATTTCAATTGGTTTAATAAATAG
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* * *
77611 ATTTATTTTTTAAATCTC-T--TT-TTAATCTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTT
129 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
77672 CGAGA-AAACTTATATGAACT-AAACATTTGTTTAATGACAAAACCAAAGGTCATAATGATTTGG
194 C-AAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
** * * *
77735 AATAGAA-AATTGTTCAAATAGAT-ATAGTTATTTGAACTTGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTT
258 AATA-AATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-TAATTTATTTTTT
* * *
77798 AAATCTCTTACTTATTAGTTTCTGAAATATTAATAAGTTCA-
320 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AG
* * * ** * * *
77839 TTTTATTTTATTCCT-AATAACCTAGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGT
1 TATTATTTTATT-CTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * * *
77903 CATAAT-ATTTTGAAACAGATTATTATTCATATAGTCCTAAATATTTGAACTAATTCAGTAAACA
65 CATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAACA
* * * * * * * *
77967 AATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTGTCGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTA-T
128 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * ** *
78031 TCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGGCAGAACAAAAAATTATAATGATTT
193 TC-AAATAAACTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* ** * * *
78095 TAAGCATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGGTAAATAAATTTATTTTT
256 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAT-AATTTATTTTT
* *
78159 TAAATCTCTTAC---TTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAA
319 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* ** * * * * *
78198 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGGTCAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTA
1 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
*
78263 ATAACGATTTGAAATAGATAA
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Statistics
Matches: 2109, Mismatches: 359, Indels: 215
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
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343 5 0.00
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CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
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* * *
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*** *
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75337 ATATTTTTTA
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* * * *
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* * ** * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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** *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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** * * * *
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* * * * ** ** *
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* * * * *
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** * * *
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* * * ** * *
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* * **
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* * * * *
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* * * *
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** *
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** * *
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* * *
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* *
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* *
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* *
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* * *
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* * *
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** * *
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* * *
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1 AATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAAG
* * *
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* * *
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* *
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* * *
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* *
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324 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAGTTCATTTTATTTTA---CT--T--CC-----TGA
* * * * * * * *
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377 ACT-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAA
* * * * * *
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* * * *
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* * * * ** *
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1 AATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAAG
* * * * * *
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66 TCATAATGATTTGAA--ATAAATTATTTG-TCAAATAGTCATAACTATTTCAACTGGTTTGATAA
* * * *
78145 ATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATT
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* * ** * *
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192 C-GAAAAAACTT-ATATGAAC-TAAACATTTGTTTA-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * *
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* * * * * * *
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* * * *
78374 TGTATAACCTGAAACGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-AATGATTTGAAATAGATAAT
374 TG---AA-CT-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATAATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * * ** * * * **
78438 TGTTCATATAATCTTAATTGTTTAAACT-ATTTTGACAAATAGATTTATTTTTTA-AATCCCTTA
434 TATTTAAATAGTCATGACTATTTGAACTCATTCAG-TAAACATATTTATTTTTTATAAT-TTTTA
* * * *
78501 GTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATT
497 CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATT
* * ** * * * *
78530 AGTATTATTTTACTTGAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGG
1 AATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAAG
* * ** * *
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* *
78645 TAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
129 TAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATCTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * * *
78710 TTTTAAATAAACTTGTACGATGAA--AAACAATTATTTTATGATC-AAACAGAAGTTCATAATGA
190 TTCGAAA-AAAC-T-TA-TATGAACTAAACATTTGTTTAATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * *** * *
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250 TTTGGA-ATAGATAATTGTTCAAATAGGTATAATTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAAATTAT
* * * * * *
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313 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA-T--TAATA-AGT-TCATTTTATTTT-ACT-
* * * ** * * * * *
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* * * * ** *
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429 ATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGAACTCATTCAGTAAACATATTTATTTTTTATAAT-T
* *
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* * **** ** * * ** * * *
79060 AGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGTCAAAATAAAAG
1 AATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAA
* * * * * *
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* * * * * * *
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126 AAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTT-ATTA--A-TCTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** * * * *
79248 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAAC-AAAGGTCAAAAT
186 TTTA-TTCGAAAAAACTTATATGA-ACT-AAACATTTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * * * * ***
79311 AATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTC-GACAAACACCTTTA
248 GATTTGGAATAGATAATTGTTCAAATAGGTATAATTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAAATTA
* * * **
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * ** * *
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427 AGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGAACTCATTCAGTAAACATATTTATTTTTTATAAT
* * *
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492 -TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATT
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1 AATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAA
* * * * * * * *
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* *
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* * * * * * * * * **
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* * * * * * * **
79854 ATAAATAATTGTTCAAATA-ATAACAACTATTTAAACTTATTC-GATAAA-TAGGTATATTTTTT
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* * *
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* ** * * * * * * *
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431 AATTATT-TAAATAGTCATGACTATTTGAACTCATTCAGTAAACATATTTATTTTTTATAAT-TT
* *
80105 TTACTTATTAATT-TTCTAAATATTATTAAATT
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* * * * * * *
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1 AATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAAG
** ** * * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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190 -TTCGAA-AAAACTTA-TATGAACTA-AA-CATTTGTTTAATGACAAAACAAAA-GGTCATAATG
* * * * * ** * *
80390 ATTTGAAATAGATAATTATTCGAATA-GTCAAAATTATTTGAAAC-AGTTTGGTAAACAGATTTA
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* * *
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** * * * * **
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* * * * * * ** ** * * *
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* * *
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* * * * * *
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130 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTA--T-T-AA-TCTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * **
80873 TTTCGAACAAACTTGTATGAAC-AAAAATAATTGCTTT-ATGACATAACAACAGATTATAACAAT
190 -TTCGAAAAAACTTATATGAACTAAACAT--TTG-TTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * *
80936 TTGAAATAGATAATTATTCAAATA-GTCATAACTATTTGAA
251 TTGGAATAGATAATTGTTCAAATAGGT-ATAATTATTTGAA
80976 TAGTTCGATA
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Consensus pattern (525 bp):
AATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAAG
TCATAATGATTTGAAATAAATTATTTGTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTGGTTTGATAAATA
GATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATCTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAA
AAAACTTATATGAACTAAACATTTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGA
TAATTGTTCAAATAGGTATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCT
TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAGTTCATTTTATTTTACTTCCTGAACTAAACAATTATT
TTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATT
TGAACTCATTCAGTAAACATATTTATTTTTTATAATTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAAT
AAATT
Found at i:77950 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 77339--78210 Score: 547
Period size: 181 Copynumber: 4.9 Consensus size: 180
77329 TCCTAATAAC
* * ** * * * *
77339 AATT-TTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCAT
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCAT-AATGATTTTAAACAGACAATTATTCAAATAGTCAT
* * ** ** * *
77403 GACTATTTGGTCTCATTCA-GTAAACATATTTATTTTTTATAAT-TTTTACTTATTAATTATC-G
65 AAATATTTGAACTTGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTA-AATCTCTTACTTATT-ATT-TCTG
* * * * * *
77465 AAATATTAATAAATTACTATTATTTTAATCC-AAATAAGCTTGTATGAATAGCAAC
126 AAATATTAATAAGTTA-TATTATTTTATTCCTAAATAACCTAGTATGAATAGAAAA
* * * * * * * * **
77520 AATTGTTTTCTAACAGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATTATT-TGTCAAATAGTCAT
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTTAAACAGACAATTAT-TCAAATAGTCAT
* * * * * *
77584 AAGTATTTCAA-TTGGTTTA-ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT--TT-TAATCTT-TGA
65 AAATATTTGAACTT-G-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAT-TTCTGA
* * * * *
77643 AATATTAATATA-TTAGTATTACTTTATTTCGAGAA-AACTTA-TATGAACT--AAAC
127 AATATTAATA-AGTTA-TATTATTTTATTCCTA-AATAACCTAGTATGAA-TAGAAAA
* * * * ** ** * * *
77696 ATTTGTTTAATGACAAAACCAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGAAAATTGTTCAAATAGAT-AT
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTTAAACAGACAATTATTCAAATAG-TCAT
** *
77760 AGTTATTTGAACTTGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTCTGAAA
65 AAATATTTGAACTTGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-TTTCTGAAA
* *
77825 TATTAATAAGTTCATTTTATTTTATTCCT-AATAACCTAGTATGAATTGAAAA
129 TATTAATAAGTT-ATATTATTTTATTCCTAAATAACCTAGTATGAATAGAAAA
** ** * *
77877 AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT-ATTTTGAAACAGATTATTATTCATATAGTCCT
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTT-AAACAGACAATTATTCAAATAGTCAT
** * * *
77941 AAATATTTGAACTAATTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTGTC-GG
65 AAATATTTGAACTTGTT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATT-TCTGA
* * * *
78004 AATATT-ATTAGATTAGTATTATTTTATT-CTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAT
127 AATATTAATAAG-TTA-TATTATTTTATTCCTAAATAACCTAGTATGAATAGAAAA
* * * * * * *
78058 AATTGTTTTATGGCAGAACAAAAAATTATAATGATTTTAAGCATACAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTTAAACAGACAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
78123 ACTATTTGAAC-TGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA--ATTTTTGAAAG
66 AATATTTGAACTTG-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTCTGAAAT
*
78185 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
130 ATTAATAAGTT-ATATTATTTTATTC
78211 TGAATAAGCT
Statistics
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTTAAACAGACAATTATTCAAATAGTCATA
AATATTTGAACTTGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTCTGAAATA
TTAATAAGTTATATTATTTTATTCCTAAATAACCTAGTATGAATAGAAAA
Found at i:78610 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 78293--80993 Score: 1986
Period size: 181 Copynumber: 15.1 Consensus size: 180
78283 AATGATTCAG
* * * * * *
78293 TAAACAGATTCA-CTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
78357 TTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-AACCTGAAACGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT
66 TTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-CTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAA
* * * * * *
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* * * * * *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
78538 TTTACTTGAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAAAG
66 TTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAG
* * *
78603 ATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAG------------GAATTAG-TT-A
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGA
* *
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1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
78705 TTTTATTTTAAATAAACTTGTACG-A-TGAAAAACAATTATTTTATGATC-AAACAGAAGTTCAT
65 TTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCAT
* * * * ** * * * *
78767 AATGATCTGATATAGATAATTGTTGAAATAACCATAATTATTTGAACT-GATTCA
126 AAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGA
* * * * * *
78821 GTAAACAAATTTACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTGATAAAATATTATTA
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * ** * *
78886 TTTTGTTTTAAATAAGTTTGTATTAACTGAAACAAATGTTGCATTACAAAACAAAAGGTCATAAT
65 TTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAA
* * * * * * * * *
78951 GATTTTAAGTATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGA
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTT-TGA
* * *
79004 -AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * *
79068 TTTATTTTGGATAAATTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGTCAAAATAAAAGGTCATAATA
66 TTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-A
* * * * * * *
79133 GTTTTAAAAAAG-TAATTATTCAAATAGT-TATAACTA--TAAACTTG-TTCA
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTTGA
* * * * * * * * *
79181 GTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATGAGTTTTTCAAATGTTAATATATGAGGATT
1 -TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* *
79246 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAAC-AAAGGTCA-A
64 ATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
79308 AATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCGA
127 AA-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGA
* ** * * * * *
79363 CAAACACCTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTTTGAAATATCATTAAATTAGAATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-
*** * * * * ** * *
79428 TTTTAACCGAATAAGCTTCTTTG-ATTAGATACAACCATTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAAC
65 TTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-
* * * ** * * * *
79491 A-ATTTGAGATTGATAATTGTTCAAACAGTGATAACTATTTGAATTGGTTCGG
128 AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGA
* *
79543 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *** * * * * * *
79608 TTTATTTTGAATAAGTTTGTATGATAAAAAAATAATTTTTTTGTAACAAAACAAAATGTCATAAT
66 TTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAA
* * * * *
79673 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCGTAATTATTTTAACT-GATTTAA
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTTGA
* *
79725 TAAACAG---T-TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTAGAAATACTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
79782 TTTATTATGTATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
66 TTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAG
* * * *** * *
79847 ATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATAACAACTATTTAAACTTA-TTCGA
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTTTGA
* * * * * *
79898 TAAATAGGTATATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTACTATT
1 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * * * * * *
79962 AATTTATTCTGAATAAGCTTATACAAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAA
64 ATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * ***
80027 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACCATTTGAACTAATACAA
128 AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGA
* * *
80080 TAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTCT-AAATATTATTAAATTTA-TATT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA-TTAGTATT
* * * * *
80143 ATTTTAATCTAAATAAACTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
64 ATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * *
80207 CA-ATTTGAAATTGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGA
128 -AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGA
* ** * * * ** * ** *
80260 CAATTAGATTTAGTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * * *
80325 TTTATTTTGAATAAAATAGTATGAA-TAGAACCAATTGTTTGATAACAAAACAAAATGTTC-TAA
66 TTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAA
* * * ** * *
80388 CGATTTGAAATAGATAATTATTCGAATAGTCAAAATTATTTGAAAC-AGTTTGG
128 AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTG-AACTAGTTTGA
* * *
80441 TAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTATTT-AAATATTAATAAACTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
80505 TTTTATTTTGAACAAAG-TTATATGAAC-AAAAGCAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTAATA
65 TTTTA-TTTGAA-TAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
80568 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAATTATTTGAAATGGTTTGG
127 AAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTTGA
* * * * * * * *
80622 TAAATAAAATTATTTTTTAATTCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTAA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * * * * *
80687 TTTATTCCGAATAAACTTGTATGAGTTGAAATAATTGTCTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACG
66 TTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAG
* * * * * * * *
80752 ATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAATGTTTGAACTGGCTCGA
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGA
* * * * * * * * *
80803 CAGACGGATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTTAAAATAATAGTAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * ** * * * *
80868 TTTTATTTCGAACAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGCTTTATGACATAACAACAGATTATAAC
65 TTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-
* * *
80933 A-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TAGTTCGA
128 AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGA
80984 TAAACAGATT
1 TAAACAGATT
80994 AATAAATCAA
Statistics
Matches: 1989, Mismatches: 437, Indels: 189
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 2 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGA
Found at i:81462 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 81133--83038 Score: 660
Period size: 181 Copynumber: 10.7 Consensus size: 179
81123 GATATCAATA
*** * *
81133 TCAAATCGTTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAA
1 TCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTCAATTCATACAAGCCTATTTCAA
* * * * *
81198 TAAAAATAATACAAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
65 TAAAAATAATACAAATTTAATAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAAATCT
* ** * * *
81263 GTTTATTATACCAGTTCAAATGGTT-TAAACTATTAGAATAATTATATATT
130 ATTTACGATACAAGTTCAAATAGTTGT-AACTATTAGAACAATTATATATT
* * *
81313 TCAAATCGTTTTGACTTTATGTTTAGTCATAAAATAGTTAGTTCAATTCATACAAGCCTA-TTCA
1 TCAAATCGTTATGACTTT-TGTTTTGTCATAAAACAGTT-GTTCAATTCATACAAGCCTATTTCA
* * *
81377 A-AATAGATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAA-TAATAAGAAAGAAATTTTAAAAAATAA
64 ATAA-A-AATAATACAAATTTAATAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAAA-TTTAAAAAATAA
* * * *
81440 ATCTATTTACCGA-ACAAGTTCAAATAGTTGTTACTATTTGAACAATTGTTTATT
126 ATCTATTTA-CGATACAAGTTCAAATAGTTGTAACTATTAGAACAATTATATATT
* * * * * *** *
81494 TAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAATTTA-TACA
1 TCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTG-TTCAATTCATACAAGCCTATTTCA
* * ** * * * **
81558 GA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTTC-TAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-TTAAA-AA
64 -ATA-AAAATAATACAAATTTAATAA-CATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAA
* * * * * ** * ** **
81619 AT-TGTTTATCGA-ATTAA-TTAAAATAATTATGGCTATTTGAATGATTATCGATT
126 ATCTATTTA-CGATA-CAAGTTCAAATAGTTGTAACTATTAGAACAATTATATATT
* * * * * * *** *
81672 TCAAATCATTATGGCCTTTTGTTTTGTTACAAAACAAATTTTTTTTTATCATACAAGCTTA-TT-
1 TCAAATCGTTAT-GACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AGTTGTTCAAT-TCATACAAGCCTATTTC
* * * * * *
81735 AAAAAAAAAAATACTAATTTACTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAA
63 AATAAAAATAATACAAATTTAATAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
81799 TATGTTTACTGA-ACCAGTTTAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCA-ATCT
127 TCTATTTAC-GATACAAGTTCAAATAGTTGTAACTATTAGAACAATTAT-ATAT-T
** ** * * *
81853 T-AAATTTTTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAATA-A-TTGTT-TTTGATCAAAGAAGCTTA-TT
1 TCAAATCGTTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAA-ACAGTTGTTCAAT--TCATACAAGCCTATTT
* * * * *
81912 CGATTAAAAATAATTCTAATTTAATAACATTCCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAGTAA
62 C-AATAAAAATAATACAAATTTAATAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAAAAATAA
* * * * ** * * *
81973 ATTTATTTATTGA-ACCAGCTCAAATAGTTAAAATTATTAGAATAATTATCTATT
126 ATCTATTTA-CGATACAAGTTCAAATAGTTGTAACTATTAGAACAATTATATATT
* * * * * * * * * * *
82027 TTAAATTGTTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-ATACCATATAAGCTTA-TTC
1 TCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTG-TTCAAT-TCATACAAGCCTATTTC
* * * * * * * * *
82090 AAAATAAAATAAT-CTTAATATATTAACATTTAGAAAATTCATAAGCAAA-AGATTTGAAAAATA
63 AATA-AAAATAATAC-AAATTTAATAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAAATTTAAAAAATA
* * *
82153 AATCTATTTAC-CTAACAAGTT--AATAGTTATAACTATTTA-AATAATTACT-T-TT
125 AATCTATTTACGAT-ACAAGTTCAAATAGTTGTAACTA-TTAGAACAATTA-TATATT
* * * * * * * * * * *
82205 TTAAAACTGTTATGACCTTTTATTTTGACATAAAACAATTTTTTCAGTTCATAAAAACTTA-TCC
1 TCAAATC-GTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AGTTGTTCAATTCATACAAGCCTATTTC
* * * ** ** * * *
82269 AAAATAAAATAATACTAA-TTATTAGTATTTTAAATATTAATAAGCAAGACATTTAAAAAAATAA
63 AATA-AAAATAATACAAATTTAATAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAAATTT-AAAAAATAA
* * * * * * * * * *
82333 ATCTGTTTTCAAAACAAATTCAAATAGTTATGACTGTTTA-AACAATTGTATACT
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* * * * * * *
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* * * ** ** * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * * *
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** * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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** * * **
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Statistics
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Found at i:82022 original size:175 final size:179
Alignment explanation
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* * * *
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* * ** * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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82070 CATACCATAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
174 1 0.01
175 71 0.56
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177 14 0.11
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Consensus pattern (179 bp):
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Done.