Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167993.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_25, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Warning! 94000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 85 of 100
Found at i:15130497 original size:15 final size:15
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Indices: 15130477--15130506 Score: 51
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15130467 ATATTTTTAA
15130477 TTTTATATTTAGGTT
1 TTTTATATTTAGGTT
*
15130492 TTTTATATTTTGGTT
1 TTTTATATTTAGGTT
15130507 AAAACTTCAT
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TTTTATATTTAGGTT
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15131826 TACATCAAAA
*
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1 TCAAAGAATTAATAAACATT
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1 TCAAAGAATTAATAAACA
15131874 CTATAATTAC
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TCAAAGAATTAATAAACATT
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15131773 TAATCTAACA
* *
15131783 AATTAATTCAATCAATATATAGAGATCACAACTAAATCTATAATACATCAAAATCAAAGAATTTA
1 AATTAATTCAATCAATATATAGAGATCAAAACTAAATCAATAATACATCAAAATCAAAGAATTTA
* *
15131848 TAAACATTTCAAAGAATTAATAAACACTATAATTACGGCCATGAAAGATTTTGTTT
66 TAAACATTTCAAAAAATTAATAAACACTATAATTACAGCCATGAAAGATTTTGTTT
* * * *
15131904 AATT-ATTCATTCAATATATATGA-ATCAAAACTAAATCAATGATACATTATAATCAAAGAATTT
1 AATTAATTCAATCAATATATA-GAGATCAAAACTAAATCAATAATACATCAAAATCAAAGAATTT
* **
15131967 CATGATGA-TTCAAAAAAAATTAATAAACACTATAATTA
65 -ATAAACATTTC--AAAAAATTAATAAACACTATAATTA
15132005 TAGTTGTGAA
Statistics
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AATTAATTCAATCAATATATAGAGATCAAAACTAAATCAATAATACATCAAAATCAAAGAATTTA
TAAACATTTCAAAAAATTAATAAACACTATAATTACAGCCATGAAAGATTTTGTTT
Found at i:15132804 original size:143 final size:143
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Indices: 15132587--15132976 Score: 392
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15132577 TGGGAAGGCC
* * * *
15132587 AAAATTACCAAAATACCCTTATAAGGGTATTTTTGTAATTTGATCTTCTTGAGCTTAGATTTTCA
1 AAAATTACCAAAATACCCTTATAAGGGTATTTTTGTAATTTGACCTTCCTAAGCTCAGATTTTCA
* * * * *
15132652 TGAAATTTTTCA-ATCTTAATTTTCTAATATTTCATGATTTTTGGTGAATTCGAAATCACACTAG
66 TGAAATTTTT-AGATCTCAATATTATAATATTTCATAATTTTTGGTGAATTCAAAATCACACTAG
15132716 TACCCCAAGAACAT
130 TACCCCAAGAACAT
* **
15132730 AAAATTACCAAAATACCCTTAT-AGGGTATTTTTGTAATTTGACCTTCCTAAGCTCGGATTTTTG
1 AAAATTACCAAAATACCCTTATAAGGGTATTTTTGTAATTTGACCTTCCTAAGCTCAGATTTTCA
*
15132794 TGAAACTTTTTAGATCTCAATATTATAATATTTCATAATTTTTGGTGCATTCAAAATCACA-TCA
66 TGAAA-TTTTTAGATCTCAATATTATAATATTTCATAATTTTTGGTGAATTCAAAATCACACT-A
* ** *
15132858 GTGCCCCGGGAA-GT
129 GTACCCCAAGAACAT
* * * * * * * * *
15132872 ----GT--GAAATTAGCCTTATAAGGGCATTTTTATAATTTG-GCTTTCTCAAGCTCAAATTTTC
1 AAAATTACCAAAATACCCTTATAAGGGTATTTTTGTAATTTGACCTTCCT-AAGCTCAGATTTTC
*
15132930 ATGAAACTTTTCAGATCTCAAT-TTCATAATATTTCAT-ATTTTTGGTG
65 ATGAAA-TTTTTAGATCTCAATATT-ATAATATTTCATAATTTTTGGTG
15132977 TTTTAAAATC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
136 28 0.13
137 60 0.28
138 1 0.00
142 43 0.20
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AAAATTACCAAAATACCCTTATAAGGGTATTTTTGTAATTTGACCTTCCTAAGCTCAGATTTTCA
TGAAATTTTTAGATCTCAATATTATAATATTTCATAATTTTTGGTGAATTCAAAATCACACTAGT
ACCCCAAGAACAT
Found at i:15140619 original size:222 final size:223
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Indices: 15140241--15140677 Score: 759
Period size: 222 Copynumber: 2.0 Consensus size: 223
15140231 TTGAAGGCCG
**
15140241 AAGCTAATGAAGCCTTCACGTGATACAAAAAGACCCTATAAATGCTCATTTTCAATGGTTATCAT
1 AAGCTAAAAAAGCCTTCACGTGATACAAAAAGACCCTATAAATGCTCATTTTCAATGGTTATCAT
15140306 ATTGTTCCCAACCGACATTTTAGGCTAAAGATTTTTCTCAATCACTTCATCTATGTGCTCTAGTT
66 ATTGTTCCCAACCGACATTTTAGGCTAAAGATTTTTCTCAATCACTTCATCTATGTGCTCTAGTT
*
15140371 ATTTCACCATAAACATTTACAAAACAAAAGATCAATCCAAGCCATTCATAAAGCTATAAGAGAAA
131 ATTTCACCACAAACATTTACAAAACAAAAGATCAATCCAAGCCATTCATAAAGCTATAAGAGAAA
15140436 GAAAGTCAAGATGTATCATTGAAGGAAA
196 GAAAGTCAAGATGTATCATTGAAGGAAA
15140464 AAGCTAAAAAAGCCTTCACGTGATAC-AAAAGACCCTATAAATGCTCATTTTCAATGGTTATCAT
1 AAGCTAAAAAAGCCTTCACGTGATACAAAAAGACCCTATAAATGCTCATTTTCAATGGTTATCAT
* * *
15140528 ATTGTTCCCAACTGACATTTTGGGCTGAAGATTTTTCTCAATCACTTCATCTATGTGCTCTAGTT
66 ATTGTTCCCAACCGACATTTTAGGCTAAAGATTTTTCTCAATCACTTCATCTATGTGCTCTAGTT
* * * * *
15140593 CTTTCGCCACAAACATTTATAAAACAAAAGATCAATCCAAGCCATTCATGAAGCTGTAAGAGAAA
131 ATTTCACCACAAACATTTACAAAACAAAAGATCAATCCAAGCCATTCATAAAGCTATAAGAGAAA
*
15140658 TAAAGTCAAGATGTATCATT
196 GAAAGTCAAGATGTATCATT
15140678 CACTTCCAAT
Statistics
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222 178 0.88
223 24 0.12
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AAGCTAAAAAAGCCTTCACGTGATACAAAAAGACCCTATAAATGCTCATTTTCAATGGTTATCAT
ATTGTTCCCAACCGACATTTTAGGCTAAAGATTTTTCTCAATCACTTCATCTATGTGCTCTAGTT
ATTTCACCACAAACATTTACAAAACAAAAGATCAATCCAAGCCATTCATAAAGCTATAAGAGAAA
GAAAGTCAAGATGTATCATTGAAGGAAA
Found at i:15141262 original size:24 final size:25
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15141214 AAGGTACTTT
15141224 AAAAAAAGTAAAAAAAAAATTTTAA
1 AAAAAAAGTAAAAAAAAAATTTTAA
* *
15141249 AAAAAAAG-ACAAAAAGAATTTT
1 AAAAAAAGTAAAAAAAAAATTTT
15141271 GAGTCTTGTA
Statistics
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AAAAAAAGTAAAAAAAAAATTTTAA
Found at i:15143745 original size:34 final size:34
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15143692 GCTAGCACCT
15143702 AATTTTAAGCCTAGTTTATCTGGCCTCTGATAAA
1 AATTTTAAGCCTAGTTTATCTGGCCTCTGATAAA
* * *
15143736 AATTTTAAGCTTAGTTTATCTGGCC-CTTAAAGAA
1 AATTTTAAGCCTAGTTTATCTGGCCTCTGATA-AA
* * *
15143770 AGATTTTAAGCCCAATTTA-CTTGGCACTC-GATGAA
1 A-ATTTTAAGCCTAGTTTATC-TGGC-CTCTGATAAA
* * * * * *
15143805 GATTTTAAGTCC-AATTTATTTGACCCCTGAT-GA
1 AATTTTAAG-CCTAGTTTATCTGGCCTCTGATAAA
* * * * *
15143838 AATTTTAAGCCCAGTTTATCTGACTTTTAATAAA
1 AATTTTAAGCCTAGTTTATCTGGCCTCTGATAAA
* * *
15143872 GATTTTAAACCTACTTTATCT
1 AATTTTAAGCCTAGTTTATCT
15143893 ACCATAAAAA
Statistics
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AATTTTAAGCCTAGTTTATCTGGCCTCTGATAAA
Found at i:15144017 original size:33 final size:33
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15143901 AAAAACAAAA
* *
15143911 ACAAAAAAGAGACATTCGCATTTGTACTTGCATGTGC
1 ACAAAAAA-AGACATTTGCATTTGTATTTGCA--T-C
* ** * *
15143948 ATAATAAAGAAGACATTTGCATTTACATCTGTATC
1 ACAA-AAA-AAGACATTTGCATTTGTATTTGCATC
*
15143983 ACAAAAAAAGACATTTGCATTTGTATTTACATC
1 ACAAAAAAAGACATTTGCATTTGTATTTGCATC
15144016 AC
1 AC
15144018 TTGCATCTGC
Statistics
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33 23 0.42
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ACAAAAAAAGACATTTGCATTTGTATTTGCATC
Found at i:15144069 original size:47 final size:49
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15143954 AAGAAGACAT
* * * ** *
15143964 TTGCATTTACATCTGTATCACAAAAAAAGACATTTGCATTTGTATTTAC
1 TTGCATTTGCATCTGCATCACAAAAAAAGACATTCGCATTTACATTCAC
* * *
15144013 AT-CACTTGCATCTGCATCAC-AAGAAAGACATTCGCATTTACA-TCAC
1 TTGCATTTGCATCTGCATCACAAAAAAAGACATTCGCATTTACATTCAC
15144059 TTGCATTTGCA
1 TTGCATTTGCA
15144070 CTTGTATAAG
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 11, Indels: 4
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
46 4 0.09
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TTGCATTTGCATCTGCATCACAAAAAAAGACATTCGCATTTACATTCAC
Found at i:15144235 original size:41 final size:40
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Indices: 15144189--15144318 Score: 113
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15144179 CCTGCATGTG
* **
15144189 CATCATGAGAAAGATATTTGCATTTGCATTGCTTGCATCTA
1 CATCATAAGAAAGA-ATTTGCATTTGCATAACTTGCATCTA
** * *
15144230 CATCATAAGAAAGACATTCACATTTGCATAATTTGCATTTA
1 CATCATAAGAAAGA-ATTTGCATTTGCATAACTTGCATCTA
* * * *
15144271 CACCATAAGAAA-AA-TTGCATTTGCATCA-TGGCATCTG
1 CATCATAAGAAAGAATTTGCATTTGCATAACTTGCATCTA
*
15144308 CATCCTAAGAA
1 CATCATAAGAA
15144319 CAAGTATTTG
Statistics
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37 15 0.21
38 11 0.15
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40 1 0.01
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CATCATAAGAAAGAATTTGCATTTGCATAACTTGCATCTA
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Indices: 15144869--15144972 Score: 136
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15144859 AACATTTTAA
15144869 ATTTTCAAAGTTTCAAAGTCTCTATTTGGGGAGAGCC
1 ATTTTCAAAGTTTCAAAGTCTCTATTTGGGG-GAGCC
* *
15144906 ATTTTCAAAGTTTCAAAGTCTTTGTTTGAGGGGAGCC
1 ATTTTCAAAGTTTCAAAGTCTCTATTTG-GGGGAGCC
* * * *
15144943 ATTTTTAAAGTTTCAATGCCTCTAATTGGG
1 ATTTTCAAAGTTTCAAAGTCTCTATTTGGG
15144973 ATGAACATTC
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 8, Indels: 3
0.84 0.12 0.04
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36 2 0.03
37 53 0.91
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ATTTTCAAAGTTTCAAAGTCTCTATTTGGGGGAGCC
Found at i:15145087 original size:179 final size:179
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15144755 ATATTTTAAT
* * * * *
15144765 TTTTTAAAGTTTTAATGCCTCTGATTGAAAGAAGCATTCCAAAATTTTGAGATTTGTAAGACTTC
1 TTTTTAAAGTTTCAATGCCTCTAATTGAAAGAAGCATTCCAAAATTTTAAGATTTGCAAGACCTC
* ***** *
15144830 CGAGCATAATCTCGAAGACCTCTGGGTAAAACATTTTAAATTTTCAAAGTTTCAAAGTCTCTATT
66 AGAGCATAATCTCGAAGACCTCAAAACAAAACATTTTAAATTTTCAAAGTTTCAAAGCCTCTATT
*
15144895 TGGGGAGAGCCATTTTCAAAGTTTCAAAGTCTTTGTTTGAGGGGAGCCA
131 TGGGGAGAGCCATTTTCAAAGTTTCAAAGTCTCTGTTTGAGGGGAGCCA
* *
15144944 TTTTTAAAGTTTCAATGCCTCTAATTGGGATGAA-CATT-CAAAGATTTTAAGATTTGCAAGACC
1 TTTTTAAAGTTTCAATGCCTCTAATT-GAAAGAAGCATTCCAAA-ATTTTAAGATTTGCAAGACC
* * * *
15145007 TCTAG-GCATAATCTCTAAGACCTCAAAACCAAACATTTTAAATTTTCAAAGTTTCAATGCCTTT
64 TC-AGAGCATAATCTCGAAGACCTCAAAACAAAACATTTTAAATTTTCAAAGTTTCAAAGCCTCT
*
15145071 GTTTGAGGGA-AGCCATTTTCAAAGTTTCAAAGTCTCTGTTT
128 ATTTG-GGGAGAGCCATTTTCAAAGTTTCAAAGTCTCTGTTT
15145112 AAAAGAGTAA
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 20, Indels: 8
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 4 0.03
179 130 0.90
180 10 0.07
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (179 bp):
TTTTTAAAGTTTCAATGCCTCTAATTGAAAGAAGCATTCCAAAATTTTAAGATTTGCAAGACCTC
AGAGCATAATCTCGAAGACCTCAAAACAAAACATTTTAAATTTTCAAAGTTTCAAAGCCTCTATT
TGGGGAGAGCCATTTTCAAAGTTTCAAAGTCTCTGTTTGAGGGGAGCCA
Found at i:15145781 original size:146 final size:144
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Indices: 15145619--15146029 Score: 454
Period size: 145 Copynumber: 2.8 Consensus size: 144
15145609 TTTATTATAC
*
15145619 CCCAAAAAAGGT-AAAATTATCAAAAT-CCTCTTATAAGAGTATTTTCATAATTTGACCTTTTCG
1 CCCAAAAAA-GTAAAAATTATCAAAATACC-CTTATAAGAGTATTTTCGTAATTTGACCTTTTCG
* *
15145682 AGCTTAAATTTTCATGAGATTTTTTAGATCTCAATTTTATAATATTTTCATGATTTTTGGTGCAT
64 AGCTTAAATTTTCATGAAACTTTTTAGATCTCAATTTTATAATA-TTTCATGATTTTTGGTGCAT
* * *
15145747 TCGAAATTACACCAGTA
128 TCAAAATCACACCAGCA
*
15145764 CCCAAAAAAGTACAAAATTATCAAAATACCCTTATAAGAGTATTTTTGTAATTTGACCTTCTT-G
1 CCCAAAAAAGTA-AAAATTATCAAAATACCCTTATAAGAGTATTTTCGTAATTTGACCTT-TTCG
* ** * * * *
15145828 AGCTTGAATTTTTGTAAAACTTTTTAGATC-CTAATTTTATAATATTTCATAATTTTTTGTGTAT
64 AGCTTAAATTTTCATGAAACTTTTTAGATCTC-AATTTTATAATATTTCATGATTTTTGGTGCAT
*
15145892 TCAAAATCATACCAGCA
128 TCAAAATCACACCAGCA
* * * * * * * *
15145909 CCCAAAAAAATATGAAATTACCTAAATACCATTATAA-AGGTATTTTCGTAATTTGGCCTTCTCA
1 CCCAAAAAAGTA-AAAATTATCAAAATACCCTTATAAGA-GTATTTTCGTAATTTGACCTTTTCG
* * * * * *
15145973 AGCTTAGATTTTCACGAAACATTCTAGATCTCAATTTCACAATATTTCATGATTTTT
64 AGCTTAAATTTTCATGAAACTTTTTAGATCTCAATTTTATAATATTTCATGATTTTT
15146030 TATATTTTAA
Statistics
Matches: 222, Mismatches: 36, Indels: 16
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
144 4 0.02
145 134 0.60
146 80 0.36
147 4 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (144 bp):
CCCAAAAAAGTAAAAATTATCAAAATACCCTTATAAGAGTATTTTCGTAATTTGACCTTTTCGAG
CTTAAATTTTCATGAAACTTTTTAGATCTCAATTTTATAATATTTCATGATTTTTGGTGCATTCA
AAATCACACCAGCA
Found at i:15154229 original size:17 final size:17
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Indices: 15154196--15154234 Score: 51
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15154186 AATTTCATGC
15154196 AATTTAAATTTAATATT
1 AATTTAAATTTAATATT
* **
15154213 CATTTAAATTTTCTATT
1 AATTTAAATTTAATATT
15154230 AATTT
1 AATTT
15154235 TTATTAAATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 4, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 18 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.05, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (17 bp):
AATTTAAATTTAATATT
Found at i:15155833 original size:162 final size:168
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Indices: 15155503--15155837 Score: 456
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 168
15155493 TTTTCTTCAG
*
15155503 CTATTTTAGTTAGAATTGACTTTTTTTAATAAAATTTTTGTTCATTATTCCCAATTTTAATACTA
1 CTATTTTAGTTAGAATTGACTTTTTTTAACAAAATTTTTGTTCATTATTCCCAATTTTAATACTA
* *
15155568 TTTATTTAAATTTAAAGTTCTCCTATACAATTTTTCCACTTTGACTATATCAATAAATTAACATA
66 TTTATTTAAATTTAAACTTCTCCTATACAATTTTT-C-CTTTCACTATATCAAT-AATTAACATA
* *
15155633 CATATGCATACACACTTATCCCCTAAATAGATTTTCTAGTTT
128 CATAT-CACACACACTTATCCCCTAAATAGAATTTCTAGTTT
*
15155675 CTATTTTCGTTAGAATTGACTTTTTTTAACAAAATTTTT-TTCATTATTCCCAATTTTAATACTA
1 CTATTTTAGTTAGAATTGACTTTTTTTAACAAAATTTTTGTTCATTATTCCCAATTTTAATACTA
* *
15155739 TTATATTTAAATTTAAACTTCT-CTAATACAATTATTT-TTTTCACT-T-T-AACT-A-T-ATAT
66 TT-TATTTAAATTTAAACTTCTCCT-ATACAATT-TTTCCTTTCACTATATCAA-TAATTAACAT
15155796 ACATAT-ACACACACTTATCCCCTAAATAGAATTTCTAGTTT
127 ACATATCACACACACTTATCCCCTAAATAGAATTTCTAGTTT
15155837 C
1 C
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*
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TA
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* *
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*
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* * ** **
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* *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* *
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* * * * **
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* * **
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* *
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* * *
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* * ** * *
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** * * * * *
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1 AATGCAAATGCAAATGTCTTTTTTATAATGTAAAGCTAAATGCAAATGTCTTTTTCACGATGCAC
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66 ACAAGTACAAATGCAAGTAATGCAAATGTGAATCTCTTTTT
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* * *
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* * * ** *
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* * * *
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* *
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* *
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*
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* ** **
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* * *
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65 CTAAGTT-GGATTTAAATCTTCATTAGGTGTCAGGTAAATTGGGCTTAAATTTTTTTTTTGATGT
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129 CAAA
* * * * * *
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AA
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*
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* * * * *
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* * ** *
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* * *** ** ** *
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*
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* * * ** *
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* * *
15176837 TTGGGATTT-AAATCTTCGTTAGGTGTCATGTAAATTGGGCTTAAATTTT
1 TTGGGATTTAAAATCTTCATTAAGTGTCAGGTAAATTGGGCTTAAATTTT
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TTGGGATTTAAAATCTTCATTAAGTGTCAGGTAAATTGGGCTTAAATTTTCACTGAAAATTAGAT
AAG
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15176697 GTTAAGTTGA
* * *
15176707 TTTTAAAATCTTTATTAGGTGTCAGGTAAATTGGGCTTAAAATTTTTTTTTTATGTCAGATAAAC
1 TTTTAAAATCTTCATCAGGTGTCAGGTAAATTGGGTTTAAAATTTTTTTTTTATGTCAGATAAA-
* *
15176772 TGGGTTTAAAATTTTAT-T-AAC-TGTCAGGTAAATTGGGCTTAAATTTTCACT-G-GCAATTAG
65 TGGGTTTAAAATTTT-TGTCAACTTG-CAGGTAAACTGGGCTTAAACTTTCACTAGTGC---TAG
* * * * * *
15176832 CTAAGTTGGGATTT-AAATCTTCGT-TAGGTGTCATGTAAATTGGGCTTAAATTTTTTTTTTGGT
125 CTAAATTGAG-TTTAAAATCTTCATCTA-GTGTCAGGTAAATTAGGCTTAAA-ATTTTTTTTGGT
* * *
15176895 GTCAAATAAACATAGGCTTAATATTTTGATTAAGTGTCAAGTAAACTAGGTTTAAACTGTT-ATC
187 GCCAAAT-AA-ATAGGCTTAAAATTTTGATTAAGTG-CAAGTAAACTAGGATTAAACT-TTCATC
* * * * * *
15176959 AGTGGTTAGATAAACTGGGTTTAAATTTTTATTGAGAGTTAGCTAAGCTGGG
248 AGTGGTCAGATAAACTAGGCTTAAATTTTTACTGAGAGCTAACTAAGCTGGG
* * * * *
15177011 TTTTAAAACCTTCATCAAGTGTCAAGTAAAATGGGTTTAAAATTTTTTTTTTTTGGTATCAGATA
1 TTTTAAAATCTTCATCAGGTGTCAGGTAAATTGGGTTTAAAATTTTTTTTTTAT-G--TCAGATA
** * * * * *
15177076 AATCAAGTTTAACATTTTTGTCAAGTTGCAGGTAAACTGGGTTTAAACTTTCATTAGTGCTAGGT
63 AAT-GGGTTTAAAATTTTTGTCAACTTGCAGGTAAACTGGGCTTAAACTTTCACTAGTGCTAGCT
*
15177141 AAATTGAGTTTAAAATTTTCATCTAGTGTCAGGTAAATTAGGCTTAAAATTTTTTTTGGTGCCAA
127 AAATTGAGTTTAAAATCTTCATCTAGTGTCAGGTAAATTAGGCTTAAAATTTTTTTTGGTGCCAA
* * * * * *
15177206 ATGAATTGGGTTAAAATTTTTATTAGGTGCAGGTAAACTAGGATTAAACTTTCATCAGTGGTCAG
192 ATAAATAGGCTTAAAATTTTGATTAAGTGCAAGTAAACTAGGATTAAACTTTCATCAGTGGTCAG
* * *
15177271 GTAAATTAGGCTTAAATTTTTACTGGGAGCTAACTAAGCTGGG
257 ATAAACTAGGCTTAAATTTTTACTGAGAGCTAACTAAGCTGGG
* * * *
15177314 TTTTAAAATCTTCATCAGGTGCCAGGTAAATTGGGTTTAAATTTTTTTTTTTTGTGTTAGATAAA
1 TTTTAAAATCTTCATCAGGTGTCAGGTAAATTGGGTTTAAA-ATTTTTTTTTTATGTCAGATAAA
* ** * * * *
15177379 TTGGGTTTAAAATTTTTATC-ACGTACCAAGTAAACTGGGTTTAAACTTTCATTAGTG-TCAGGT
65 -TGGGTTTAAAATTTTTGTCAAC-TTGCAGGTAAACTGGGCTTAAACTTTCACTAGTGCT-AGCT
** * * * * *
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127 AAATTGAGTTTAAAATCTTCATCTAGTGTCAGGTAAATTAGGCTTAA
15177489 CTTTCATTAT
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GGGTTTAAAATTTTTGTCAACTTGCAGGTAAACTGGGCTTAAACTTTCACTAGTGCTAGCTAAAT
TGAGTTTAAAATCTTCATCTAGTGTCAGGTAAATTAGGCTTAAAATTTTTTTTGGTGCCAAATAA
ATAGGCTTAAAATTTTGATTAAGTGCAAGTAAACTAGGATTAAACTTTCATCAGTGGTCAGATAA
ACTAGGCTTAAATTTTTACTGAGAGCTAACTAAGCTGGG
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* * *
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* ** *
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** * * *
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Statistics
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TGCAGGTAAATTGAGTTTAAAATTTTCATTAG
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15177092 TTTGTCAAGT
* *
15177102 TGCAGGTAAACT-GGGTTTAAACTTTCATTAG
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* *
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* ** *
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1 TG-CAGGTAAA-TAGGGTTAAAATTTTCATTAG
** * * *
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1 TG-CAGGTAAATAGGGTTAAAATTTTCATTA-G
* * *
15177233 TGCAGGTAAACTAGGATT-AAACTTTCATCAG
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* *
15177264 TGGTCAGGTAAATTAGGCTTAAATTTTT
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Statistics
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TGCAGGTAAATAGGGTTAAAATTTTCATTAG
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
15177209 AATTGGG-TTAAAATTTTTATTAGGTG-CAGGTAAACTAGGATTAAACTTTCATC-AGTGGTCAG
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* *
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AACTGGGTTTAAAATCTTCATCAGGTGCCAGGTAAACTAGGATTAAACTTTCATCTAGTGTCAGG
TAAATTAGGCTTAAAATTTTTCTGGGAGCCAAATG
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Period size: 33 Copynumber: 2.9 Consensus size: 34
15177373 GATAAATTGG
* ** * *
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1 GTTTAAAATTTTTATCAAGTGTCAGGTAAACTGA
* * * *
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*
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Statistics
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GTTTAAAATTTTTATCAAGTGTCAGGTAAACTGA
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* * *
15179453 TATTTTTTTGTATTTTTTAATTTATTTTT
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*
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1 TATTTGTTTGTATTTTCTAATTAATTTTT
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1 T
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Statistics
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TATTTGTTTGTATTTTCTAATTAATTTTT
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15183507 TATTATCCAT
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* **
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*
15183592 AGATG
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Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 3
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TGATGTGAATCAGATGCAATGCATATATTATCTTTTA
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Indices: 15187769--15187815 Score: 60
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*
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*
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1 TTTTATGGCTTTCAAATGGGTTT
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1 T
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TTTTATGGCTTTCAAATGGGTTT
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Period size: 80 Copynumber: 2.0 Consensus size: 80
15189267 TTTCAATTAA
* * * * *
15189277 ATTATAAATATTGGTAAAAATAAAATAAATTATTATAGTAGTGAAATTAAAATTATTTGTAAAAT
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66 ATATATTTTGATGTG
* * * **
15189357 ATTATAAAGAATGGTAGAAGTGAAATGGATGATTATAGTAGTGAAATTAAAATTAATTATAAAAT
1 ATTATAAAGAATGGTAAAAATAAAATAAATGATTATAGTAGTGAAATTAAAATTAATTATAAAAT
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66 ATATATTTTGATGT
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ATTATAAAGAATGGTAAAAATAAAATAAATGATTATAGTAGTGAAATTAAAATTAATTATAAAAT
ATATATTTTGATGTG
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15196960 AACCTTCCCA
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* *
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15197015 TCATCCCATT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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AACCCTAAAAACCTGAAACC
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Period size: 238 Copynumber: 1.9 Consensus size: 238
15197104 TGTTCATCAT
*
15197114 GTTATTATCATGTTCATACACATCATACATATGTTTTTAAAAAGTAGGTTTCTAAAGGAAAATAT
1 GTTATTATCATGTTCATACACATCATACATATGTTTTTAAAAAGTAGGTTTCTAAAGGAAAATAC
15197179 TTTTAAGTAAGATAATATCTCAAGTAAATACAGTTATCGAGATCTGACCTAAATATAAGACTCTT
66 TTTTAAGTAAGATAATATCTCAAGTAAATACAGTTATCGAGATCTGACCTAAATATAAGACTCTT
* *
15197244 GGTGGTTATTATTTATGTAAAGTGTTATCTCGATTTTATAAGGGCAATTTGGAAACCCTCCAGTT
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* * *
15197309 AAGGATATTTTTGAAGTTTTACCTAAATATAGGACTCTTGGTG
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15197352 GTTATTATCATGTTCATACACATCATACATATGTTTTTCAAAAA-TAGGTTTCTAAAGGAAAATA
1 GTTATTATCATGTTCATACACATCATACATATGTTTTT-AAAAAGTAGGTTTCTAAAGGAAAATA
* * *
15197416 CTTTTAAGTAAGATAATATCTCAAGTAAATATAGTTATTGAGATCTGACCTAAATATATGACTCT
65 CTTTTAAGTAAGATAATATCTCAAGTAAATACAGTTATCGAGATCTGACCTAAATATAAGACTCT
* * * * * ** *
15197481 TGGTGGTTATTATTTATGTGAGGTGTTATCTCGGTTTTGTGAGGGCAATTTGAAAACTTTTAAGT
130 TGGTGGTTATTATTTATGTAAAGTGTTATCTCGATTTTATAAGGGCAATTTGAAAACCCTCAAGT
15197546 TAAAGATATTTTTGAAGCTCTACCTAAATATA
195 TAAAGATATTTTTGAAGCTCTACCTAAATATA
15197578 AGAGAATGAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GGTGGTTATTATTTATGTAAAGTGTTATCTCGATTTTATAAGGGCAATTTGAAAACCCTCAAGTT
AAAGATATTTTTGAAGCTCTACCTAAATATAGGACTCTTGGTG
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*
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1 AAAAAAAGA
*
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*
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1 AAAAAAAGA
*
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1 AAAAAAAGA
15199055 AA
1 AA
15199057 GTTTTTTTTT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 7, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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AAAAAAAGA
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* * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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1 TTAAT
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Matches are distributed among these distances:
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Indices: 15199353--15199506 Score: 193
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15199343 AGGCACTATT
* * * * *
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15199418 CATGCACATC
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* * * * * *
15199428 TTAAT-AGATAGTATATTCATTCCATCTCATGCACGTCTTAATAGATAGTATATACATTTCATTT
1 TTAATAAGATAGTATATGCACTCCATCTCATGCACATCTTAATAGATAATACATACATTTCATCT
*
15199492 CATGCACATT
66 CATGCACATC
15199502 TTAAT
1 TTAAT
15199507 GAAAATGTCA
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 12, Indels: 1
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CATGCACATC
Found at i:15201395 original size:74 final size:75
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Indices: 15201252--15201405 Score: 184
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15201242 CACATCATGC
* ** * * * *
15201252 TAATTGATCATTGACATGGTTTGTATTTTACATTATTCGGTTAATCATATTTGTATCATTTAGTG
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66 AGCATCATAA
* ** **
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*
15201391 AGCATCATGA
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1 TAATT
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TAATTAATCATTGACATGGTTTGTATTTTACATTATTCAATCAATCACATTTGTATCATTTAATA
AGCATCATAA
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*
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*
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15201456 CAAGTCCTTT
*
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1 AAAAAAAAAA-CATTT-CAAAATT
15201513 AAATTTTTAT
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AAAAAAAAAACATTTCAAAATTG
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* * *
15201615 TCACTTCATTTTTCGATTTGTGGTTTAGTCCCAC
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* * * * *
15201649 TCACTTCATTTTTTGAATTGTGGTTCACTCCTAG
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* *
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*
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TCACTTCATTTTTTGACTTGTGGTTTAGTCCCAA
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*
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ATCATTTATTTTTTGACTTGTG
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* *
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*
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1 TTTTTGACTTGTGGTTCAATCTTG
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TTTTTGACTTGTGGTTCAATCTTGAACACTTCAC
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15201844 TCACTTTTTG
** *
15201854 ACTTGTGGTTCAATCTTGGTCATTTTAATTTTCA
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* * * * * *
15201888 ATTTGTGGTTCAGTCTCATTTATTTTCTCTTTCA
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** * * *
15201922 ACTACTGGTTTAGT-TTAGAT-AGTTTCT-TTTTTCA
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* * *
15201990 ACTTATGGTTCAATC-CTAGTCGTTTCATTTTTCA
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*
15202024 ACTTGTAGTTCAATC
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15201872 GTCATTTTAA
* * * * * * * *
15201882 TTTTCAATTTGTGGTTCAGTCTCATTTATTTTCTCTTTCAACTACTGGTTTAGT-TTAGATAGTT
1 TTTTCAACTTGTGGTTCAATCTCAGTCATTTTATCTTTCAACTACTGGTTCAATCCTAG-TAGTT
*
15201946 TCTT
65 TCAT
* *
15201950 TTTTCAACTTGTGGTTCAATCTCAGTCATTTTATTTTTCAACTTA-TGGTTCAATCCTAGTCGTT
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15202014 TCAT
65 TCAT
*
15202018 TTTTCAACTTGTAGTTCAATC
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15202039 ACACTCGTTT
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CAT
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15201933 AGTTTAGATA
*
15201943 GTTTCTTTTTTCAACTTGTGGTTCAATCTCAGTC
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* * *
15201977 ATTTTATTTTTCAACTTATGGTTCAATCCTAGTC
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* *
15202011 GTTTCATTTTTCAACTTGTAGTTCAATCACACTC
1 GTTTCATTTTTCAACTTGTGGTTCAATC-CAGTC
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1 GTTTCATTTTT
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15201933 AGTTTAGATA
* * * * * *
15201943 GTTTCTTTTTTCAACTTGTGGTTCAATCTCAGTCATTTTATTTTTCAACTTATGGTTCAATCCTA
1 GTTTCATTTTTCAACTTGTAGTTCAATCACACTCATTTCATTTTTCAACTTATGGCTCAATCCTA
15202008 GTC
66 GTC
* ** *
15202011 GTTTCATTTTTCAACTTGTAGTTCAATCACACTCGTTTCATTTTTTGATTTATGGCTCAAT
1 GTTTCATTTTTCAACTTGTAGTTCAATCACACTCATTTCATTTTTCAACTTATGGCTCAAT
15202072 TTCGGTCATT
Statistics
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GTC
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Period size: 102 Copynumber: 1.9 Consensus size: 102
15201955 AACTTGTGGT
* ** * * *
15201965 TCAATCTCAGTCATTTTAT-TTTTCAACTTATGGTTCAATCCTAGTCGTTTCATTTTTCAACTTG
1 TCAATCTCAGTCATTTCATCTTTTCAA-TTATAATTCAATACTAGTCATTTAATTTTTCAACTTG
*
15202029 TAGTTCAATCAC-ACTCGTTTCATTTTTTGATTTATGGC
65 TAGTTCAATCACTA-TCATTTCATTTTTTGATTTATGGC
* * * * * **
15202067 TCAATTTCGGTCATTTCATCTTTTCAATTATAATTTAGTAGTAGTCATTTAATTTTTTGACTTGT
1 TCAATCTCAGTCATTTCATCTTTTCAATTATAATTCAATACTAGTCATTTAATTTTTCAACTTGT
*
15202132 AGTTCAATCCCTATCATTTCATTTTTTGA
66 AGTTCAATCACTATCATTTCATTTTTTGA
15202161 CTTGTAATTT
Statistics
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0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
102 69 0.90
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TCAATCTCAGTCATTTCATCTTTTCAATTATAATTCAATACTAGTCATTTAATTTTTCAACTTGT
AGTTCAATCACTATCATTTCATTTTTTGATTTATGGC
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Period size: 68 Copynumber: 2.2 Consensus size: 68
15201934 GTTTAGATAG
* * * * * *
15201944 TTTCTTTTTTCAACTTGTGGTTCAATCTCAGTCATTTTATTTTTCAACTTATGGTTCAATCCTAG
1 TTTCATTTTTCAACTTGTAGTTCAATCACACTCATTTCATTTTTCAACTTATGGCTCAATCCTAG
*
15202009 TCG
66 TCA
* ** * * *
15202012 TTTCATTTTTCAACTTGTAGTTCAATCACACTCGTTTCATTTTTTGATTTATGGCTCAAT-TTCG
1 TTTCATTTTTCAACTTGTAGTTCAATCACACTCATTTCATTTTTCAACTTATGGCTCAATCCT-A
15202076 GTCA
65 GTCA
15202080 TTTCATCTTTTCAA
1 TTTCAT-TTTTCAA
15202094 TTATAATTTA
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 13, Indels: 3
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
67 1 0.01
68 59 0.88
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ACGTcount: A:0.20, C:0.19, G:0.11, T:0.50
Consensus pattern (68 bp):
TTTCATTTTTCAACTTGTAGTTCAATCACACTCATTTCATTTTTCAACTTATGGCTCAATCCTAG
TCA
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Indices: 15215344--15216232 Score: 783
Period size: 131 Copynumber: 6.8 Consensus size: 128
15215334 CTTAAGTTTG
*
15215344 TTTTTAATATTTTATACAACGACAAAAAAGTTGTTACAAAAATTTTTATCATATTTGTAATGATA
1 TTTTTAATATTTTATACAACGACAAAAAAGTTGTTACGAAAATTTTTATCATATTTGTAATGATA
* * ** * * *
15215409 AAATATTATTATTGTGATTTTTTTTTATTTTCAATGATTTTTCAATTTCGTTACTTAATTTAT
66 AAATATTATTGTTGTAAACTTATTTTATTTGCAATGATTTTTCAATTTCATTACTTAATTTAT
* * *
15215472 TTGTTTAATATTTTATACAATGACAAAAAAAAATTATTACGAAAATTTATT-TCATATTTGTAAT
1 TT-TTTAATATTTTATACAACGAC--AAAAAAGTTGTTACGAAAATTT-TTATCATATTTGTAAT
* * * * * * * *
15215536 GATAAAAAATTATTGTTGCAAAAAACTTTTTTTATTAGAAACGATTTTTCAATATT-GTTGCTTA
62 GATAAAATATTATTGTTG---TAAACTTATTTTATTTGCAATGATTTTTCAAT-TTCATTACTTA
15215600 ATTTAT
123 ATTTAT
* * * *
15215606 TTGTTTAATATTTGATACAACGATAAAAAAAGGTTGTTACAAAAATTTTTATCATATTTTTAATG
1 TT-TTTAATATTTTATACAACGA-CAAAAAA-GTTGTTACGAAAATTTTTATCATATTTGTAATG
* ** *
15215671 ATAAACA-ATTATTGTTGTGAAAAC-CATTTTTATTCACAATGATTTTTCAATGTCATTACTTAA
63 ATAAA-ATATTATTGTTGT--AAACTTA-TTTTATTTGCAATGATTTTTCAATTTCATTACTTAA
15215734 TTTAT
124 TTTAT
* * * *
15215739 TTTTTAAAAATTTTATACAACGAC-CAAAAGTTGTTAC-AAAATTTTTTATCATATTTATAATAA
1 TTTTT-AATATTTTATACAACGACAAAAAAGTTGTTACGAAAA-TTTTTATCATATTTGTAAT-G
* * * * **
15215802 AAAAAATATTATTGTTGCGAAAACTTATTTTATGTGCGATGATTTTTC-ATTGTCATTGTTTAAT
63 ATAAAATATTATTGTT--GTAAACTTATTTTATTTGCAATGATTTTTCAATT-TCATTACTTAAT
15215866 TTAT
125 TTAT
* * ** * * * *
15215870 TTTTAAAAAATTTTATACAGTGACAAAAATA-TTGTTATGAAAACTTTTATCACATTTATAATGA
1 TTTT-TAATATTTTATACAACGACAAAAA-AGTTGTTACGAAAATTTTTATCATATTTGTAATGA
* * * * *
15215934 TAAAATATTAGTGTTCTAAAAACTTATTTTATTTGCAATGATTTTTC-ACTAC-TGCTACTTAAA
64 TAAAATATTATTGTTGT--AAACTTATTTTATTTGCAATGATTTTTCAATTTCAT--TACTTAAT
15215997 TTAT
125 TTAT
* * * * **
15216001 TTTTTAATAATTTTATACCACGACAAAAAGGTTGTTATGATAAA-TTTTATCACATTTGTAACAA
1 TTTTTAAT-ATTTTATACAACGACAAAAAAGTTGTTACGA-AAATTTTTATCATATTTGTAATGA
* * * * *
15216065 TAAAATATTATTGTTGCAAAAATTTATTTCATTTGCAATGATTTTTCAATGTCATTACTTCATTT
64 TAAAATATTATTGTTG--TAAACTTATTTTATTTGCAATGATTTTTCAATTTCATTACTTAATTT
15216130 AT
127 AT
* * * *
15216132 TTTTTAAAAATTTTATACAATGACAAAAAAATTGTTACGAAAATTTTTATCATATTTGTAATAAT
1 TTTTT-AATATTTTATACAACGACAAAAAAGTTGTTACGAAAATTTTTATCATATTTGTAATGAT
* * *
15216197 AAAATATTATTATTGCAAAAACTTATTTTATATGCA
65 AAAATATTATTGTTG--TAAACTTATTTTATTTGCA
15216233 CCATTTCATA
Statistics
Matches: 622, Mismatches: 98, Indels: 79
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
128 2 0.00
129 25 0.04
130 35 0.06
131 350 0.56
132 40 0.06
133 68 0.11
134 99 0.16
135 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (128 bp):
TTTTTAATATTTTATACAACGACAAAAAAGTTGTTACGAAAATTTTTATCATATTTGTAATGATA
AAATATTATTGTTGTAAACTTATTTTATTTGCAATGATTTTTCAATTTCATTACTTAATTTAT
Found at i:15215995 original size:262 final size:259
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Indices: 15215295--15216232 Score: 866
Period size: 262 Copynumber: 3.6 Consensus size: 259
15215285 AGTTATTGTG
* * * ** * *
15215295 AAAACATATTATATTTGCAACT-ATTTATCAATGTTGTTGCTTAAGTTTGTTTTT-AATATTTTA
1 AAAACTTATTTTA-TTGCAA-TGATTTTTCAATGTCATTGCTTAA-TTTATTTTTAAAAATTTTA
15215358 TACAACGAC-AAAAAAGTTGTTACAAAAATTTTTATCATATTTGTAATGATAAAATATTATTATT
63 TACAACGACAAAAAAAGTTGTTACAAAAATTTTTATCATATTTGTAATGATAAAATATTATTATT
* * ** * * * * *
15215422 GT--GATTTTTTTTTATTTTCAATGATTTTTCAATTTCGTTACTTAATTTATTTGTTT-AATATT
128 CTAAAAACTTATTTTATTTGCAATGATTTTTC-ATAT-GCTACTTAATTTATTT-TTTAAAAATT
* * * * * *
15215484 TTATACAATGACAAAAAAAAATTATTACGAAAATTTATT-TCATATTTGTAATGATAAAAA-ATT
190 TTATACAACGAC---AAAAAGTTGTTAC-AAAATTTTTTATCATATTTGTAATAAAAAAAATATT
15215547 ATTGTTGCAA
251 ATTGTTGC-A
* * * * ** * * *
15215557 AAAACTTTTTTTATTAGAAACGATTTTTCAATATTGTTGCTTAATTTATTTGTTTAATATTTGAT
1 AAAACTTATTTTATT-GCAATGATTTTTCAATGTCATTGCTTAATTTATTT-TTAAAAATTTTAT
* * *
15215622 ACAACGATAAAAAAAGGTTGTTACAAAAATTTTTATCATATTTTTAATGATAAACA-ATTATTGT
64 ACAACGACAAAAAAA-GTTGTTACAAAAATTTTTATCATATTTGTAATGATAAA-ATATTATTAT
* * * **
15215686 TGTGAAAAC-CATTTTTATTCACAATGATTTTTCA-ATGTCATTACTTAATTTATTTTTTAAAAA
127 TCTAAAAACTTA-TTTTATTTGCAATGATTTTTCATATG-C--TACTTAATTTATTTTTTAAAAA
* *
15215749 TTTTATACAACGACCAAAAGTTGTTACAAAATTTTTTATCATATTTATAATAAAAAAAATATTAT
188 TTTTATACAACGACAAAAAGTTGTTACAAAATTTTTTATCATATTTGTAATAAAAAAAATATTAT
*
15215814 TGTTGCG
253 TGTTGCA
* * *
15215821 AAAACTTATTTTATGTGCGATGATTTTTCATTGTCATTGTTTAATTTATTTTTAAAAAATTTTAT
1 AAAACTTATTTTAT-TGCAATGATTTTTCAATGTCATTGCTTAATTTATTTTT-AAAAATTTTAT
** * ** * * * * *
15215886 ACAGTGACAAAAATA-TTGTTATGAAAACTTTTATCACATTTATAATGATAAAATATTAGTGTTC
64 ACAACGACAAAAAAAGTTGTTACAAAAATTTTTATCATATTTGTAATGATAAAATATTATTATTC
* *
15215950 TAAAAACTTATTTTATTTGCAATGATTTTTCACTACTGCTACTTAAATTATTTTTTAATAATTTT
129 TAAAAACTTATTTTATTTGCAATGATTTTTCA-TA-TGCTACTTAATTTATTTTTTAAAAATTTT
* * * * *
15216015 ATACCACGACAAAAAGGTTGTTATGATAAA--TTTTATCACATTTGTAA-CAATAAAATATTATT
192 ATACAACGACAAAAA-GTTGTTA-CA-AAATTTTTTATCATATTTGTAATAAAAAAAATATTATT
15216077 GTTGCA
254 GTTGCA
* * * *
15216083 AAAATTTATTTCATTTGCAATGATTTTTCAATGTCATTACTTCATTTATTTTTTAAAAATTTTAT
1 AAAACTTATTTTA-TTGCAATGATTTTTCAATGTCATTGCTTAATTTA-TTTTTAAAAATTTTAT
* * *
15216148 ACAATGACAAAAAAA-TTGTTACGAAAATTTTTATCATATTTGTAATAATAAAATATTATTATTG
64 ACAACGACAAAAAAAGTTGTTACAAAAATTTTTATCATATTTGTAATGATAAAATATTATTATT-
*
15216212 C-AAAAACTTATTTTATATGCA
128 CTAAAAACTTATTTTATTTGCA
15216233 CCATTTCATA
Statistics
Matches: 562, Mismatches: 85, Indels: 58
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
261 9 0.02
262 279 0.50
263 57 0.10
264 97 0.17
265 65 0.12
266 5 0.01
267 50 0.09
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (259 bp):
AAAACTTATTTTATTGCAATGATTTTTCAATGTCATTGCTTAATTTATTTTTAAAAATTTTATAC
AACGACAAAAAAAGTTGTTACAAAAATTTTTATCATATTTGTAATGATAAAATATTATTATTCTA
AAAACTTATTTTATTTGCAATGATTTTTCATATGCTACTTAATTTATTTTTTAAAAATTTTATAC
AACGACAAAAAGTTGTTACAAAATTTTTTATCATATTTGTAATAAAAAAAATATTATTGTTGCA
Found at i:15216118 original size:393 final size:394
Alignment explanation
Indices: 15215344--15216232 Score: 1043
Period size: 393 Copynumber: 2.3 Consensus size: 394
15215334 CTTAAGTTTG
* *
15215344 TTTTT-AATATTTTATACAACGACAAAAAAGTTGTTACAAAAATTTTTATCATATTTGTAATGAT
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* ** * * * *
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* * * * *
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* * *
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** *
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* *
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* * * **
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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**
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*
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* *
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* *
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** * *
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* * * * * *
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* * ** * * ** *
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*
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* * * * * *
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TCTCCACCTCCCACCAACTC
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*
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TAAAATTTTATTACTAA
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*
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TTTTATTACTAATAAAATT
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T
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*
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* * * * * *
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* ** ** * *
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* * * * **
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*
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*
15234683 CAGC
130 CAAC
* * * * ** *
15234687 GTTTGTATCTTTGAGATGCTACTAATTTAGTGGCATTTTTATGAGAAAAATACTGTTGCTTTAGT
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GTTTCTATCTTTGAGATGCCACTAATTTAGTGGCGTTTTTATGAGAAAAATGCCATTGCTTTGGT
GCGTTTGTAATTAAAAACACCGCTACTTTAGAGGCATTTGTATCTGAAAATGCCCCTATATTAAC
AAC
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*
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1 TTTTG
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15238592 CTTGATGACA
*
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15238618 TATCCTTAACAATTGG
1 TATCCTTAACAATTGG
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1 TAT
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* *
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* *
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* * **
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15240187 GGTTGTTCAA
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* * *
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* ** * * * ** * * *
15241170 AATAAGCATGTATGAACAGAAACAAATGTTTTATAATAGGACAAAAAGTCAGAATGATTTGAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAAT
* * * * *
15241235 AAATAATT-TGTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTGGTTTGATAAATATATT
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* *
15241287 TATTTTTTAAATCTC---C-TATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCTGA
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* ** ** * *
15241348 ACAA---TG-AACAA---AAA-AATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTTTAATGATTTAAAAT
66 ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAAT
* * *
15241405 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTT-AGGTAAACAGAA-A
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA--TAAACA-AATT
* * *
15241457 TATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTTTTCTG
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTG
* * ** *
15241521 AATCAGCTAGTATGAATTGAAA-TTTTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAACATTTTGAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-TTTGAAAT
* * *
15241585 AGATAATTGTTCATATAGTCTTTAAATATTTGAACTGGTTCATCAAACAAATT
129 AGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTCAT-AAACAAATT
* * * * **
15241638 TA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTCCA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
** * * * * * * *
15241701 AATAAGCTTGTATGAAAGGAAATAATTGTTTTGTGATAGAACAAAAAGTTATAACAATT----T-
65 AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTGAAATA
* *
15241761 G--AATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATT
130 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TTCATAAACAAATT
* * * * *
15241810 TATTTTTTAAATCACTGACTTATTAA-TTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTATGTTCTGA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
* * ** * * * *
15241874 ATAAGCTTGAAT-TATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAAT
66 ATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAAT
* * * * * * * *
15241938 AGATAAATGTTGAAATGGCCATAATTATTTGGAA-TGATTTAGTAAGC--ATT
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACTGGTTCA-TAAACAAATT
* *
15241988 TCCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTT-GTATTATTTTATT-
1 T--ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * **
15242047 TCAAATAACCTTGTATGAATTAAAACGATTGTTTTATGATAAAAAAAAATTTCATAACGATTTGA
63 T-GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGA
* * * ** * * * *
15242112 AATAGATAATTGGTCATATTA-TCTTAACGGTTTAAACTGCTTCAGTAAATAGATT
126 AATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA-TAAACAAATT
* * * * *
15242167 TATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTCGTAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-TGA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-
* * * * * * * *
15242231 AATAAGCTTGTATAAACTAAAAC-ATT-TATTTATAATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAA
65 AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAA
* * *
15242294 TAGGTAA---TT---AT--TCA-AA-TA--GGAACTGCTTCTATAAACCAAA-T
128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-ATAAA-CAAATT
* **
15242335 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCCAA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
* * *** * * *
15242400 ACAGGCTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AATGTTCATAATGATTTGAAAT
66 ATAAGCTTGTATGA-ATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAAT
* * * * *
15242464 AGATAATTGTTGAAATA-CCATAATTATTTGAATTGATTCGATAAACAAATT
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-ATAAACAAATT
* * * *
15242515 CACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTATTATTATTTTATT-TCG
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-G
* * * ** *
15242575 AATAAGCTT-TAATGAAATGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAACATCATAACGATTTTAAA
65 AATAAGCTTGT-ATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAA
* * * * * * *
15242639 TATACAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTTGTTCA-AAAAATGAATT
128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCATAAACA--AATT
* * *
15242692 TATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTG
1 TA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * * * * * *
15242757 GATAACCTTTTATGAACTGAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAAT
* * ** * *
15242822 A-ATTAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTATTCGGTAAACAGATT
129 AGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-ATAAACAAATT
* * * * * **
15242874 TATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATATATTAGGATTATTTTATTCCA
1 TA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * * * * * *
15242939 AATAAGCTTGTATG-ATATGAAACAAAT-ATTTATGACTAAA-AATAGTTTAGAATGATTTGAAA
65 AATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAA
* ** ** * * * * *
15243001 TAGATAATTATTCTTATAGTTTTAACCATTTGAACTTGTTCGACAAGCACATT
128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-ATAAACAAATT
* *
15243054 TATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
** * * * * *
15243118 ATAAGCTTGTAT-AATAAAAAACAATTGTTTGATAACAAAACAAATGGTTATAGCGATTTGAAAT
66 ATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAAT
* * * * * *
15243182 AAATAATTGTTCAAATTA-CCATAATTATTT-AACTGATTTGACAAACAAATT
129 AGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTCATAAACAAATT
* * * *
15243233 TATTTTTTAGATCTCTTATTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCT-A
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
* * * * * *
15243297 TATAAACTTGTATTAATTGAAACAATTATTTTATG--AAAA-AAAAGGTTATAGCAATTTTAAAT
66 -ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAAT
* ** * *
15243359 AG---A-----CAATTA-T--TAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATT
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-ATAAACAAATT
** * *
15243400 TATTTTTTAAAATCT-TTTTTTTTTAATTTTTTG-AATGA-TAATAAATTAGTATTAATTTATTC
1 TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * * * *
15243462 CAAATAAGCTCGTATGAACTGAAACAATTGCTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTAGAA
63 TGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAA
* *** *
15243527 ATAGATAATTGTTCTAATAGT-ATTAA-TCATACAAACTGGTTCGATAAA-TAA-T
127 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACT-ATTTGAACTGGTTC-ATAAACAAATT
** * * ** * *
15243579 T-TTTTAAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTTTTATTATTTTAATCCGA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
* * * * *
15243643 ATAAGCTTGTA-CAA--AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATA
66 ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATA
* * * ** * * ** *
15243705 GATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTCATTTGACAATTAGATT
130 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTCATAAACAAATT
* * ** * ** * * * **
15243756 TATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATGTTATTAAATTAATATTATTTTATTCCAA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
** * * * * * * *
15243821 ATAAAATAGTATGAATAGAATCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGT-TTAATGATTTGAAATA
66 ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAATA
* * * * * * * *
15243885 GATAATTATTCATATAGTCAAAACTATTTAAAATGATTTGATAAACATATT
130 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTCATAAACAAATT
* *
15243936 TATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * *** * * ** * *
15244000 AACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAAATAATAATGATTGTGAAA
65 AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATT-TGAAA
* * * * * * ** *
15244065 TAAATAGTTATTCAAATAGTTATAATTATTTTATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAATAAA-T
128 TAGATAATTGTTCAAATAG-----------TCATAACTATTTGAACTG-GTTCATAAACAAATT
* * * * *
15244128 TATTTTTTAAATCTCTTACTTCTAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGT-TTCATTTTATTCTA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTCTG
* * * * *
15244192 AATAAACTTGAATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAAT
* * * * * * **
15244257 AGATAATTATTTATATAGTCTTAAC-AGTTTGAATTGGTTCGACAAACGGATT
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTGGTTC-ATAAACAAATT
* * * * *
15244309 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTA-TAATTTTTAAAACATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
* *** * * * *
15244373 ATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA
66 ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATA
* * ** ** * *
15244438 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTATTTTGGTAAATAGATT
130 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTCATAAACAAATT
* * * *
15244489 TA-TTTTTAGATCTCTTAC----TAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-G
* * * * * * * *
15244548 AATAAACTTGTGTG--TTGAAAAAGAATTGTTTTATGATAAAACATACGATAATAACGATTTGAA
65 AATAAGCTTGTATGAATTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAA
* * * * **
15244611 AT-GTATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAATTAATT
127 ATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-ATAAACAAATT
* * * * *
15244665 TACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTACTATTATTTTATTTTGG
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
* * * *
15244730 ATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTTAAATA
66 ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATA
* * * * * *
15244795 GATAATTTTTCAAATAATAATAACTATTT-AAGCTTGTTCGGTAAACATATT
130 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGGTTC-ATAAACAAATT
* * * *
15244846 TATATTTTCAAATCTCTTGCTTATTAAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
1 TAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * ** *** *
15244910 GCATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTTGGAGCAATTTGAAA
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* * * * * * * ** *
15244975 TAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTAAAATGATTCGGCAAACACATT
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* * ** * * * *
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* ** * ** * * ** *** *
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* * * * *
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* * * * **
15245219 ATTGATTTAGAAAACAGCTT
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* * * *
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1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCT-
* ** * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * *
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** ** *
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* * *
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* *** * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* ** ** **
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*
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* * *
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* * * * **
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*
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* * *
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* * *
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* *
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* *
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** * * * * **
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*
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**
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* * * * * * * * ** *
15242756 G-GATAACCTTTTATGAACTGAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAA
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* * * ** *
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* * * * *
15242884 AATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATATATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
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** * * * * * *
15242949 TATGAT-ATGAAACAAAT-ATTTATGACTAAAA-ATAGTTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTA
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** *** ** * * * *
15243011 TTCTTATAGTTTTAACCATTTGAACTTG-TTCGACAAGCACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
308 TTCAAATA-CCATAATTATTTGAAC-TGATTCGATAAACA-AATTACTTTTTAAA--TC-TACTT
* * *
15243075 AATAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATAAT-AAA--
367 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGC-T-T-TAATGAAATG
* * * * * * * * *
15243136 AAACAATTGTTTGATAACAAAACAAATGGTTATAGCGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA-
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** ** * * * ** *
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* * ***
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* * * * * * **
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* *** * * * *
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* * * * *
15243610 AAATATTATTAAATTTTTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTACA--AAA--AAA-AATTATTT
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* * *
15243670 TATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTG
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* * *
15243735 AACTCATT-TG-ACAATTAGATT
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* * * * ** * * **
15243756 TATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATGTTATTAAATTAATATTATTTTATTCCAA
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* * * * * * * **
15243821 ATAAAATAGTATGAA-TAGAATCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTT-TAATGATTTGAAAT
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* * * * *
15243884 AGATAATTATTCATATAGTCAAAACTATTTAAAATGATT-TGATAAACATATTTATTTTTTAAAT
129 AGATAATTATTCAAATAG--AGAAC---------TGCTTCT-ATAAACAGAATTATTTTTTAAAT
* *** * * *
15243948 CTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATA
182 CTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA
* * * **
15244012 TGA-ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAAATAATAATGATTGTGAAATAAATAGTTAT
246 TGATAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGTTAATAATGATT-TG----AAATAG--A-
* ** * * * *
15244076 TCAAATAGTT-ATAATTATTTTATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAATAAATTATTTTTTAAAT
302 T--AATTGTTCA-AA-TA--CCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACAAATTACTTTTTAAAT
* * * * * *
15244140 CT-CTTACTTCTAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTT-TCATTTTA-TTCTAAATAAACTTG
361 CTACTTA--T-T-AATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTT
** * * *
15244202 AATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
420 AATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * *
15244267 TTATATAGTCTTAAC-AGTTTGAATTGGTTC-GACAAACGGATT
485 TCATATAGTCTTAACTA-TTTAAACT-GTTCAG-TAAACAGATT
* *
15244309 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTA-TAATTTTTAAAACATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCT-A
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* * *
15244372 AATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT
65 AATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTA-TTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT
* * ** * * * *
15244437 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTATTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAGATC
129 AGATAATTATTCAAATAG--AGAACTGCTT---CTA------TAAACAGAATTATTTTTTAAATC
* * * * *
15244501 TCTTAC----TAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTGTG
183 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG
** * * * * *
15244562 -TTGAAAAAGAATTGTTTTATGATAAAACATACGATAATAACGATTTGAAAT-GTATAATTGTTC
248 ATAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAGTTAATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTC
* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * **
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* * *
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* * *
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* * * ** *
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**
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* *** * * * * * *
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** * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * * * **
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* * ** * * * * * *
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* * * * * ** *
15245596 CGTATTTATTTTT----TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCTGAATAAGCTTATATGA-AAA
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* * * ** * * * * * *
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* * ** * **
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* * * * * *
15245783 AATATTGATAAATCAATATTATTTTA-TTCTAAATAA-TTTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTT
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* * * * * * * * * *
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** *
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** ** *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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*
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* * * * *
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* ** * *
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*** * * * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * * * * * * *
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* * * * * * *
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* **
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* * * *
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** ** * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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206 7 0.00
207 33 0.01
208 1 0.00
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210 3 0.00
211 33 0.01
212 8 0.00
213 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
AATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
AGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAATAAT
Found at i:15245050 original size:26 final size:26
Alignment explanation
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Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
15245009 ATGATTCGGC
15245019 AAACACATTTATTTTTGAAATCTTTT
1 AAACACATTTATTTTTGAAATCTTTT
*
15245045 AAACACATTTATTTTTTAAATCTTTT
1 AAACACATTTATTTTTGAAATCTTTT
15245071 A
1 A
15245072 CTTATTAATT
Statistics
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0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 26 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.02, T:0.51
Consensus pattern (26 bp):
AAACACATTTATTTTTGAAATCTTTT
Found at i:15246008 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15245609--15246823 Score: 987
Period size: 181 Copynumber: 6.9 Consensus size: 179
15245599 ATTTATTTTT
* * * * * * *
15245609 TATTATTAAATTAGTATTATCTTA-ATCTGAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATGGTTTTACG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
** * * *
15245673 AC-AAAGTAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAA-T
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
15245736 TGATTCAGTAAACAGGTTTAGTTTTTAAATC-TT-TGATTAATTTTCAAAA
130 TG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTATTATTAATTTTTAGAA
* * * * ** *
15245785 TATTGATAAATCAATATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTGATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
15245849 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATATGAACT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * ** *
15245914 TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTAGAA
130 TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTA-TTATTAATTTTTAGAA
* * *
15245966 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
15246031 CAAAAC-AAAGTATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT-GATC-TAACTATTTGAGC
66 CAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC
* * * *
15246093 TTGCTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC----TT-TTACTTTTT--AA
129 TTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTATTATTAATTTTTAGAA
** * * * * * *
15246137 TATT--TGGAGTACTA--ATTTTATTTTGAATACGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* *
15246198 CAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAA-T
66 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* *
15246261 GTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTT-GAAA
130 -TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTA-TTATTAATTTTTAG-AA
* *
15246313 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAGAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
15246376 GACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAGCTATTTAAAC
64 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
15246441 TTGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTAAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTAGGAA
129 TTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTA-TTATTAATTTTTA-GAA
* * ** * * ** * **
15246494 TATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATTGGCCTATATGAACTTATACAATTGTTTTAAAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
15246559 TC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATCACTATTTGGACT
66 -CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * * * ** *
15246623 TTTTTTGTAAAGATATTTATTTTTAAAACCTTTTACTTATT-ATTTGACAAAA
130 TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTA-TTATTAATTT-TTAGAA
*
15246675 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATATT---ATAAGCTTGTATGAACA-AAACCAATTGTTTTA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTA
* * * * *
15246736 T---AAAA-AACA--TCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATTACTATTTAAA
63 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* *
15246795 CTTATTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAA
128 CTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAA
15246824 TTGTTTGAAT
Statistics
Matches: 846, Mismatches: 149, Indels: 90
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 81 0.10
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169 6 0.01
171 6 0.01
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179 6 0.01
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182 11 0.01
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTATTATTAATTTTTAGAA
Found at i:15246297 original size:167 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15245984--15246423 Score: 482
Period size: 167 Copynumber: 2.5 Consensus size: 170
15245974 AATTAGTATT
* * * *
15245984 ATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGTATCATA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATA
* * * * * *
15246048 ACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT-GATCTAACTATTTGAGCTTGCTCGGTAAACAAATTT
65 ACTATTTGAAATAAGTAATTGTTCAAATAGATCCAACTATTTGAGATTGCTCAGAAAACAAATTT
* *
15246112 ATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATATTTG-GAGTACT-A
130 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATATTTGAGAGTAATAA
* *
15246151 ATTTTATTTTGAATACGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* *
15246216 CTATTTGAAATAAGTAATTGTTCAAATAG-TCACAACTATTTGA-ATGTGTTCAGAAAACAGATT
66 CTATTTGAAATAAGTAATTGTTCAAATAGATC-CAACTATTTGAGAT-TGCTCAGAAAACAAATT
* * *
15246279 TATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
129 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATATTTG--AGAGTAATAA
* *
15246322 ATTTATATTATTTTATTCAGAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAA
1 A--T-T-TTA--TT-TT--GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* *
15246387 AGGTCAAAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATA
57 AGGTCATAACTATTTGAAATAAG-TAATTGTTCAAATA
15246424 ATAATAGCTA
Statistics
Matches: 231, Mismatches: 24, Indels: 23
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 99 0.43
168 40 0.17
170 4 0.02
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174 1 0.00
175 3 0.01
177 2 0.01
178 2 0.01
179 2 0.01
180 75 0.32
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
CTATTTGAAATAAGTAATTGTTCAAATAGATCCAACTATTTGAGATTGCTCAGAAAACAAATTTA
TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATATTTGAGAGTAATAA
Found at i:15246454 original size:348 final size:348
Alignment explanation
Indices: 15245821--15246478 Score: 864
Period size: 348 Copynumber: 1.9 Consensus size: 348
15245811 CTAAATAATT
15245821 TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAAT
1 TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAAT
* ** ** * *
15245886 TATTCAAATGGACATGACTATATGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACC
66 TATTCAAATAGACACAACTATATGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACC
15245951 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAA
131 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAA
* * * *
15246016 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAGTATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATGATCT
196 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAGTATCAAAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATAT
* * * * * *
15246081 AACTATTTGAGCTTGCTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATATTTGGAG
261 AACTATTTAAACTTGCTCAGTAAACAAATTCATTTTTAAAATCTCTTACTTTTTAATATTTGGAG
15246146 TACTAATTTTATTTTGAATACGC
326 TACTAATTTTATTTTGAATACGC
*
15246169 TTGTATGAATAGAAACAATTGGTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATA-AGTA
1 TTGTATGAACAGAAACAATT-GTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGA-TA
* * * ***
15246232 ATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTT
64 ATTATTCAAATAGACACAACTATATGAACT-TGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCA
* **
15246295 ACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAGAATATGCTTGTATGA
128 ACCTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATGA
* * * * *
15246357 ATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG-GTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
190 ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGTATCAAAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* * * *
15246421 ATAATAATAGCTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTAAAATCTCTTACT
254 ATAAT-ATAACTATTTAAACTTGCTCAGTAAACAAATTCATTTTTAAAATCTCTTACT
15246479 CATTAATTTT
Statistics
Matches: 266, Mismatches: 36, Indels: 16
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
346 4 0.02
347 108 0.41
348 150 0.56
349 4 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (348 bp):
TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAAT
TATTCAAATAGACACAACTATATGAACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACC
TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAA
ACAATTATTTTATGACAAAACAAAGTATCAAAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATAT
AACTATTTAAACTTGCTCAGTAAACAAATTCATTTTTAAAATCTCTTACTTTTTAATATTTGGAG
TACTAATTTTATTTTGAATACGC
Found at i:15246456 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15246162--15247641 Score: 865
Period size: 180 Copynumber: 8.4 Consensus size: 179
15246152 TTTTATTTTG
* * *
15246162 AATACGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * *
15246227 A-AGTAATTGTTCAAATAGTCACA-ACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAA
66 AGA-TAATTGTTCAAATAAT-A-ATACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
15246289 ATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCA
127 ATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTCA
* * *
15246341 GAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAA
1 -AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * *
15246406 TAGATAATTGTTCAAATAATAATAGCTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTAAAAT
65 TAGATAATTGTTCAAATAATAATA-CTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * **
15246471 CTCTTACTCATTAATTTTAGGAATATTAACAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG
129 -TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCA
** * * * * ** *
15246523 AATTGGCCTATATGAACT-TATACAATTGTTTTAAAATC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTCAA
1 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * * * *
15246586 ATAGATAATTATTCAAATAGTTATCACTATTTGGACTTTTTTTGTAAAGATATTTATTTTTAAAA
64 ATAGATAATTGTTCAAATAATAAT-ACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* *** * *
15246651 CCTTTTACTTATT-ATTTGACAAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTAAT-A
128 -TTTTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTCA
* * * *
15246702 TTATAAGCTTGTATGAACA-AAACCAATTGTTTTAT---AAAA-AACA--TCATAACGATTTAAA
1 -AATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * *
15246760 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATTACTATTTAAACTT-ATTCGATAAATAGATTTA-----T--
64 ATAGATAATTGTTCAAATAAT-AATACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * *
15246817 -TTTTTA---A-T--TGTTTG-AATATTAACAAATTTGAGTTATT-TTAT-TTGA
127 ATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTT-AG-TATTATTTTATTCA
* * *
15246862 AATAAGCTTGTATGAATAGCAAA-AATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTTATAGCGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * *
15246925 TAGAT-ATAG-TC-----A-GA-GCTATTTTAACTTGTTCAGTAAATAGATTCATGTTTTAAA--
65 TAGATAATTGTTCAAATAATAATACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATT
* * ** * **
15246979 TCT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AAGCTAGAATTAAGTTATTTCA
130 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCA
* * * * * * * *
15247028 AATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGATTTGTGATAACACAAAAAGTTATAACGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * ** * *** *
15247093 AGATAACTGTTCAAACAATTATAAATATTTGCCCTAGGCAAGCT-AAC-GATTAATTTTTTAAAT
66 AGATAATTGTTCAAATAATAAT-ACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAAT
** * * * *
15247156 TCAATAGTTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAA-TTAGCATTACTTTATTCCA
129 T-TTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATT-CA
* * * *
15247208 AGTAAGAC-TGTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAA
1 AATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * *
15247272 TAAATAATTATTCAAATAGTTAA-ACTAATTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAACT
65 TAGATAATTGTTCAAATA-ATAATACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* ** * **
15247336 CTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTACTATTATTTTATTTTG
129 -TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTCA
* * * * * * * *
15247388 AACAAACTTATTTGAAAAAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
15247453 TCA-ATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAA-TTGGTTAAGCAAATAGAATTATTTTTTAA
65 T-AGATAATTGTTCAAATAATAAT-ACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * *
15247516 ATCTCTT-GTTGATT-ATTTTTGAAATATTAATATATTT-GTTTTACTTTATTCTA
127 AT-TTTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTC-A
* * * * * *
15247569 AATAAG-TTACTAAGAACT-GAAAAAATTGTTTTACGATAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAA
1 AATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
*
15247632 ATAGAGAATT
64 ATAGATAATT
15247642 ATTTATATAC
Statistics
Matches: 988, Mismatches: 224, Indels: 176
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
154 22 0.02
155 2 0.00
158 11 0.01
159 30 0.03
160 9 0.01
161 8 0.01
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164 20 0.02
165 16 0.02
166 43 0.04
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168 2 0.00
169 2 0.00
173 3 0.00
174 55 0.06
175 2 0.00
176 16 0.02
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178 3 0.00
179 28 0.03
180 336 0.34
181 278 0.28
182 46 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAATAATACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTT
TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTCA
Found at i:15248237 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15247787--15248268 Score: 542
Period size: 181 Copynumber: 2.7 Consensus size: 180
15247777 TTATAACAAT
* * * *
15247787 TTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACCACTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTA-TTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTT
* * * * *
15247851 TTAAATCTCCTACTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTCCAAATAGGA
66 TTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAATATTATTTTATTTCAAATAAGA
* * * *
15247916 TTGTATGATGGAAACCATTTGTTTTATGAAAAAATAAAAGTTCGTAATGAG
130 TTGTATGATGGAAACCAATTGATTTATGAAAAAATAAAAGGTCATAATGAG
* * * * * *
15247967 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTTGATAAATTAATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAAATTTATTT
* * *
15248031 TTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAG
65 TTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAATATTATTTTATTTCAAATAAG
* * *
15248096 CTTTTATGAACT-GAAA-CAATTGATTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATG-G
129 ATTGTATG-A-TGGAAACCAATTGATTTATGAAAAAATAAAAGGTCATAATGAG
* *
15248147 TTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTT
1 -TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTT
* * * * ** * * *
15248212 TTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATGTAATAGTATTATTTTATTT
65 TTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATAATATTATTTTATTT
15248269 TGAATAAGCA
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 45, Indels: 13
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.00
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TTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGAT
TGTATGATGGAAACCAATTGATTTATGAAAAAATAAAAGGTCATAATGAG
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** * * *
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* * * * *** *
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* ** * * * *
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* *
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1 TTTTGTTTTGACATAAAACAAATATTTTTG--TTCATACTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
*
15248574 TGAATTTATTAATATT-TCCAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTA
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* * * * *
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* * *
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1 TTTTGTTTTGACATAAAACAAATATTTTTGTTCATACTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * *
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* * * *
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* * * ** * * * *
15248873 TTTTTGTTTT-ATTATAAAAC----A-GTTTGTTCAT-CCAAAATTTTTTAGAATAAAATGATAC
1 -TTTTGTTTTGA-CATAAAACAAATATTTTTGTTCATACTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * * * *
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64 T-A-ATATTAATATTCTCAAAATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCG--AA
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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1 TTTTGTTTTGACATAAAACAAATATTT-TTGTTCATACTAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATAC
* * * * *
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** * * * * * ***
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124 ACAAGTTCAAATAG-TAATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACC
* * * ** * * *
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1 TTTTGTTTTGACATAAAACAAATATTTTTGTTCATACTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * *
15249288 AT-TTATTATCATT-TAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAGCA-AGTTCAAATAGATTTAACTATT
66 ATATTA--AT-ATTCT--CAAAATTAA-TAG----CTAAG-AGATTTAAAAAATAATT--CTGTT
** * * * * ** * * * * *
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15249402 -
180 C
* * * * ** * * * *
15249402 -ATTGTTTTAGTTCAT-AAA-AACT-TATTTG-AAATAAATAATAC-TACTTC--ACT--AATAT
1 TTTTGTTTT-G-ACATAAAACAAATATTTTTGTTCAT-ACTAA-GCTTA-TTCAAAATAAAATAA
* * * ** * * * * *
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* * * * * *
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124 ACAAGTTCAAATAGTAATGTCTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATCGTTATGACC
* * * * *** * * *
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1 TTTTGTTTTGACATAAAACAAATATTTTTGT-TC-ATACTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * *
15249623 TAAGCTAATAATATTCT-AAAATTAATAAG-TAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCTAAC
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* * * * * * * *
15249686 CAGTTCAAATAGTTAA-GGCTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGATC
126 AAGTTCAAATAG-TAATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACC
* * * ** * ** * * *
15249741 TTTTG-TTTAATCATAAAATAATTATTTCAGTTCATAC-ATGCTTATTTGAACTAAAATAACAAT
1 TTTTGTTTTGA-CATAAAACAAATATTTTTGTTCATACTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * *
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* * * ** *
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125 CAAGTTCAAATAGTAATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACC
* * * ** ** * * * *
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1 TTTTGTTTTGA-CATAAAACAAATATTTTTGTTCATACTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * ** * ** *
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65 A--ATATTAATATTCTC-AAAATT-AATAGCTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCGAA-
* * * * * *
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125 CAAGTTCAAATAGTAATGTCTATTTGAA-CAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACC
* * * ** * * * *
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1 TTTTGTTTTGA-CATAAAACAAA-TATTTTTGTTCATACTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * **
15250165 TAATTTATTAATATT-TCAAATATTAATGAG-TAAGAGATTTACAAAATAAATCTGTTTGTCGAA
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* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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1 TTTTGTTTTGACATAAAACAAATATTTTTGTTCATACTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 TTTTGTTTTGACATAAAACAAATATTTTTGTTCATACTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-
* * * * * * * *
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* * * *** * * * * * *
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* * * * * *
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1 TTTTGTTTTGACATAAAACAAATATTTT-TGTTCATACTAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * *** * *
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1 TTTTGTTTTG--ACATAAAACAAATATTTTTGTTCATACTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * *
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* ** * * * * *
15251301 CAAGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAATATTTATCTATTTCAAATTGTTATGACA
125 CAAGTTCAAATAGTAATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACC
* * * * * * * * **
15251356 TTTTG-TTTCATCATAAAA-AATTGTATCTATTAATA-TAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTGA-CATAAAACAAATATTTTTGTTCATACTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * *
15251418 AATTTATTAATATTCTAAAAACTAATCAGC-AAGAGATTTAAAAAATGAA-TCTATTTACTGAAC
65 AA--TATTAATATTCTCAAAATTAAT-AGCTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTACCGAAC
** * * * * *
15251481 AAGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTCAAATCGTTATGA-C
126 AAGTTCAAATAGTAATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACC
* * * * * * * * *
15251535 ATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATA-TAAGCTTATCCCAAATAAAATAATA-TA
1 TTTTGTTTTGACATAAAACAAATATTTTTGTTCATACTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-
** * * *
15251598 AATTTATTAATATTC-CAAAAAATTAATAATTAA-AAATTTAAAAAATGAA-TCTATCTT-CTGA
65 AA--TATTAATATTCTC--AAAATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTGT-TTACCGA
* * * * * *
15251659 ATCCA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC
124 A-CAAGTTCAAATAGTAATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACC
* * * * *
15251716 TTTTATTTTGTA-ATAAACCAATTATTTTCTGTTCATAC-AAGCATATTCAAGATAAAATAATAC
1 TTTTGTTTTG-ACATAAAACAAATATTTT-TGTTCATACTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
*
15251779 TAGTTGATTAATATT-TCAAAAATTAATA
64 TA-AT-ATTAATATTCTC-AAAATTAATA
15251807 AGATTTTAAA
Statistics
Matches: 2482, Mismatches: 591, Indels: 442
0.71 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
149 4 0.00
151 1 0.00
152 6 0.00
153 3 0.00
154 15 0.01
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ATATTAATATTCTCAAAATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCGAACAAGTT
CAAATAGTAATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACC
Found at i:15250471 original size:175 final size:176
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* * * *
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* * *
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* * * ** * * **
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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* *
15250301 C-AA-TTAT-TT-ATGACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATGTAA
127 CAAATTTATGTTCAT-ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTAT
*
15250348 TAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCTAAACAAGTTCAAA
1 TAATATT-TGAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTAAACAAGTTCAAA
* * * * *
15250413 TAGTCAAGGCTATATGAATAATTATATATTTCAAATTGTCATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAAC
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* * * * * *
15250478 AAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTAT
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* * * * *
15250529 TAATATTTTGAAAA-T--TAATGAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAT
1 TAATA-TTTGAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTAAA-CAAGTTCAAA
* * * *
15250590 TAGTTATA-ACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAA
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** * * * * * * * * *** *
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* * * * * * * * *
15250707 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAAATGAATATGTTGGCCTGACCAA-TGCA
1 TAATATT-TGAAAATTAATAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTG-CTAAACAAGTTCA
* * * ** * *
15250771 AATAGTT--GACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCACAAA
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* * * * * * * *
15250834 ACAATTGTTTCTATTCCTACAAGCTTATTCAAAATAACATAAT-TTGGATTTAT
126 ACAA--ATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAAT-AATTTAT
* * * * * * *
15250887 TAATATTTTGAAAA-T--TAATAAGAGCTTTAAAAACTGAATCTATTT-ATCGAATAAGTTTAAA
1 TAATA-TTTGAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCT-AAACAAGTTCAAA
* * * * ** * * * *
15250948 TAGTCATGACTATTTGAGTGATTACCTATTTCAATTTGCTATAACCTTTTATTTTGTCATAAA-A
64 TAGTTAAGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACA
* * *
15251012 TAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-ATTAAAATAATACA-AATTTAT
129 -AA---TTTATGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATA-ATAATTTAT
** * * * * * * *
15251064 TAATATTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAACAACTCTATTT-ATCAAATAAATTCAA
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* * * ** * *
15251128 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATTTTTTGTTTTGTTAAAAAA
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* * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * **
15251310 ATAGTCATA-ACTA-TTGAATATTTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTCATCATAAA
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* * * * * *
15251373 -AAATTGTATCTATTAATATAGGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTAT
127 CAAATT-TA--TGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATAATAATTTAT
* * ** * * * **
15251425 TAATATTCTAAAAACTAATCAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAGTTTGAA
1 TAATATT-TGAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTAAACAAGTTCAAA
* * * * * *
15251490 TAGTTATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTGTTTTGTCATAAA-A
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* * * *
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129 -AA---TTTATGTTCATACAAGCTTAT-TCAGAATAAAATAATAAT-AATTTAT
** * * * *
15251605 TAATATTCCAAAAAATTAATAATTAA-AAATTTAAAAAATGAATCTATCTT-CTGAATCCA-TTC
1 TAATATT--TGAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTGCT-AAACAAGTTC
* * * * * *
15251667 AAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTAATAA
61 AAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
15251732 ACCAATTATTTTCTGTTCATACAAGCATATTCA-AGATAAAATAATACTAGTTGAT
126 A-CAA--A-TTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGA-ATAAAATAATAATAATTTAT
* * * *
15251787 TAATATTTCAAAA--ATTAATAAGA-TTTTAAAAAAATAAATCCA-TT--T--AC-----C--A-
1 TAATATTTGAAAATTAATAATAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTGCTAAACAAGTTCAAAT
* * * * *
15251836 AG-CAAG--T-TTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCATTTGT-TTTGTCAT-A-AA
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* * * * * * * *
15251894 ATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATT-TGAAACAAAATACTACTAATTTAT
126 ACAA--ATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATAATAATTTAT
* * * * * *
15251947 TAATATTCTGAAAATTAATAGGTAGGAGACTT-AAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAA
1 TAATATT-TGAAAATTAATA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTAAACAAGTTCAAA
* * * * * * ** * * *
15252011 TA-TTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTTTAATAAAA
64 TAGTT-AAGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA
* * * *** * * *
15252075 CAATTGTTTCTGTTCATGCAAAAATATTCAGAATAAAATAATATTGATCTAT
127 CAA--ATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTAT
* * * * ** * *
15252127 TAATATTTTGAAAA-T--TAATAAGATATTTAAAAACTAAATTTGTTTATTGAAATAA-TTTAAA
1 TAATA-TTTGAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCT-AAACAAGTTCAAA
* * ** * * ** * *
15252188 TAGTT-ATACTATGTGAGCAATTATCTATCTCAAATCATTATGA--TTTTTTTTTCATCATAAAA
64 TAGTTAAGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCAT-AAA
* * * * * * *
15252250 CAATTGTTTCTTTTCATACAAACTTATTC-GAATTATAATAATACTAATTTAA
127 CAA--ATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATAATAATTTAT
** * * * * * *
15252302 TAATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAGGTTTAAACAATAAATATGTTTGCTGAACTAGTTCAAA
1 TAATATT-TGAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTAAACAAGTTCAAA
* * ** * * * * *
15252367 TAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTGCTTCAAATTATTTTGACCTATTGTTTAGTCATAAAAA
64 TAGTTAAGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACA
* * *
15252432 AATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA-TTAT
129 AA-T-TTAT-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTAT
* ** * * * * * *
15252482 TAACATTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAA-ATATCTGTTT-ATCGAACAAGTTTAA
1 TAATATT-TGAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCT-AAACAAGTTCAA
* * * * *
15252545 ATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT---ATAGTCAATAGACCTTTTGTTTTGTCATA
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* * * * * *
15252606 AA-ACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTA-TCCGAAATAAAATAATACTACTTTAT
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* *
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1 TAATATTT-GAAAATTAA
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* * * * * * *
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* * * **
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* * ** * *
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* * * ** * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** *
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** * * * * *
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* * * * * * *
15250630 ATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAGTTTTTTTCTATTGATATAATCTTATACAGATTAAAGTA
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** *
15250695 ACGCTAATTAATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
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* * * ** * *
15250729 TAATAGATTTAAAAAAATGAATATGTTGGCCTG-ACCAA-TGCAAATAG-T-TGACTATTTGAAC
1 --AT---TTT-AAAAAATAAATCTATT-TAC-GAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
15250790 AATTATCTATTTTAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCCTACA
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* * * * ** *
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123 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTA
* * * * * * *** *
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186 AAAAATAAATCTATTTCT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * *
15250981 ATTTGCTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AT
250 AATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGA-
*
15251045 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAACAATTAATAAGTAAAAG
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* * * * *
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1 ATTTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* ** * * * * *
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* * * * * *
15251220 TTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAT
129 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * *
15251285 AAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAATATTTATCTATTTCAAATTGT
192 AAATCTATTTCT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGT
* ** * * * * * * *
15251349 TATGACATTTTGTTTCATCATAAAA-AATTGTATCTATTAATATAGGCTTATTTGAAATAAAATA
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*
15251413 ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATCAGCAAG
320 ATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAAT----AAG
* * ** *
15251451 AGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTG-AACAAGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTT
1 A-TTTTAAAAAATAAATCTATTTAC-GAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
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* * * *
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* * *
15251643 TGAATCTATCTTCTGAATCCA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATA
191 TAAATCTAT-TTCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA
* * * * *
15251707 GTTATGACCTTTTATTTTGTAATAAACCAATTATTTTCTGTTCATACAAGCATATTCAAGATAAA
254 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AGATAAA
* *
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* * *
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* * * * * *
15251857 TATTTCAAATAGTTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTAT
65 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * * * * *
15251922 TTGAAACAAAATACTACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGTAGGAGACTT-AAAAGTA
130 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATA
** * * *
15251986 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATA-TTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCA-
193 AATCTATTT-CTGAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AG
* * * * * * ***
15252049 TTATGACATTTTGTTTTTTAATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAAATATTCAGAATAAAAT
255 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-ATAAAAT
* * * **
15252114 AATATTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG
319 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
15252149 ATATTTAAAAACTAAATTTGTTTATTGAAATAA-TTTAAATAGTTAT-ACTATGTGAGCAATTAT
1 AT-TTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
15252212 CTATCTCAAATCATTATGA--TTTTTTTTTCATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAACTT
64 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * * * *
15252275 ATTCGAATTATAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAGGTTTAAACAA
128 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAA
* * * * * * **
15252340 TAAATATGTTTGCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTGCTTCAAATTA
191 TAAATCTATTT-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TA
* * * * *
15252405 -TTTTGACCTATTGTTTAGTCATAAAAAAATTATTTT-AATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAA
254 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-ATAAA
*
15252468 ATAATACTAA-TTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGTAAG
317 ATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATT-A--A-TAAG
* * * *
15252508 AGATTTAAAAAA-ATATCTGTTTATCG-AACAAGTTTAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTA
1 A-TTTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTA
* ** * *
15252570 TCTATTT-ATAGTCAATA-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAAC
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* * *
15252632 TTATCCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATTTTTCAAAAATTAA
126 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCAAAAATTAA
15252679 AAAGCAAGTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (352 bp):
ATTTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAAT
CTATTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAG
Found at i:15253148 original size:497 final size:497
Alignment explanation
Indices: 15252209--15253179 Score: 1204
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15252199 TGTGAGCAAT
* * * **
15252209 TATCTATCTCAAATCATTATGATTTTTTTTTCATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAACT
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* * *
15252274 TATTCGAATTATAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAGGTTTAAACA
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* * * * * *
15252339 ATAAATATGTTTGCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTGCTTCAAATT
131 ATAAATATATTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTCAAGACTATTAGAATAATTATCTACTTCAAATC
* * * *
15252404 ATTTTGACCTATTGTTTAGTCATAAAAAAATTATTTTAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
196 ATTCTAACATATTGTTTAGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * * *
15252469 TAATACTAATTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATATCTGTTTATCG
261 TAATACTAATTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAAAATCTGTTTATCG
* * * * * * * * *
15252534 AACAAGTTTAAATAGATTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTATAGTCAATAGACCTTTTGTTT
326 AACAAATTCAAATAGATTTAACTATTTAAACAATTATCAATTTAAAATCAATAGACATTTTATTT
* *
15252599 TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCGAAATAAAATAATACTACTT-TATTA
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*
15252663 ATTTTTCAAAAATTAAAAAGCAAGTTATGACTATTTGAACATA
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* *
15252706 TATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTC-TCATAAAATAATTATTTCTAATCATACAAGC
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* ** * * *
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TATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTATTGTATTAA
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* * * * * * * *
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* *
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*
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* *
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** * * * *
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* * *
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* * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* ** * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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** * * * *
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** * * * *
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* *** * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* * **
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* * *
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** * ** * *
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* ** * * * *
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* * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * *
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* * ** *
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** * * * * ***
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* * * * *
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** ** * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * * * * * * *
15261693 TGTCAAAGTAGTTCAAACAATTAAGACTATATGAACAACTACCTATTTCAGATCATTAAGACCTT
1 T-ACCAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-T
* * * * * *
15261758 TTTGTATTGTCATAAAATACTTGTT-TCGGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACAATAA
63 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCT-TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT---AATAC
* * **
15261822 TAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAGTAAACCTGTT
124 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * * * *** * *
15261878 TGTCAAATCAGTTCTAATAATTAT-AGCCATGCCAACAATTCTCTATTTCAAATCGTTATTACCT
1 T-ACCAA-CAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * ** ** * ** * *
15261942 TTTGTTTCGTCATATAACAATTATAT-TTGAACATTTAGGCTTATTAAAAAAAAAATAATATTAA
63 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TCTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
** * * * ** *
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* ** * *
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* * *
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* * * * * *
15262185 ATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTT
126 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * * * *
15262238 TGTCCAATTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
1 T-ACCAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-T
* * * * * * *
15262303 TTTATTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTGAATTCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAAAAC-
63 TTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTCTTG--TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * *
15262366 AAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATAATTCTATT
125 AA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
* * **
15262418 TACCTAACCAGTTCAAATAATTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTT
1 TACC-AA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-T
* * * *
15262483 TTTATTTTGTCGTAAAACAAATT-TT-TTGTTCATATAAG-TTATTCGAAATAAAGTAATACT-A
63 TTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTCTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * *
15262544 TTCTATTAATATTTTAAATATTAAT-AG---AAGATTTAAAAAATAAATCTATT
127 TT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * * * * * *
15262594 TATCAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAGCAATCATTTATTTCAAATAGTTATGACTTT
1 TA-CCAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * * * *
15262659 TTATTTTGTTATAAAATAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATT
64 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* *
15262724 TATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAAATTT-AAAAATAAATATGTT
129 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * * * * * * * * *
15262775 TACCGAACTAGATCAAATAATCATTATTA-TTGAATAATTATTTATTTCAAAACATTATAACTTT
1 TACC-AAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
** * * * * *
15262839 TTGTTTCATTATAAAGCAATTGGTT-TTGTTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT-TTAA
64 TTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTCTTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-A
*
15262901 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAAT
126 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
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Statistics
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GTTTTGTCATAAAACAATTGTTCTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
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15258338 GAATGAGTTT
* * * * * *
15258348 CTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTCTA-TTATAAAATAATTG-T
1 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTAGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
15258410 TTCAGTTCATATATGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAATATTGATA
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* ** *
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* * * * * * * ** *
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1 CTATTTGAACAATTATTTATTT-CAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTAGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
15258592 TTTGA-TCATTCAAGCCTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATCTTTCAAAAATTAAT
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* * * * *
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* * ** * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTAGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
15258767 TTTGTTCATACAATCTTATTTAGAATAAAATAATGCTAATCTAATAATATTATGAAAATTAGTAA
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* * *
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* * * *
15258885 CTATATGAACAATTATCTT-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTAG-CATAAAATAATTTTT
1 CTATTTGAACAATTAT-TTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTAGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
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* * ** * *
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* * * *
15259062 CAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTT-GTCATAAAACAAATGTTT
1 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTAGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
15259126 TTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATGTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
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* * * *
15259191 AGATTTAAAAATAAATCTATTTATCAAATGAGTTCAAATAGTTATGA
131 AGATTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAT-AGTTCAAATA-TTATGA
* *
15259238 CTATTT-AAGCAACTATTTATTTCAAATAGTTATGA-CTTGTTGTTTTGGT-ATAAAACAATTGT
1 CTATTTGAA-CAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTT-TTGTTTTAGTCATAAAACAATTGT
* * * * *
15259300 TTCTATTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAATAATTAATA
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15259365 AG
129 AG
15259367 TACAAAATTT
Statistics
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTAGTCATAAAACAATTGTTT
TTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
AGATTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAGTTCAAATATTATGA
Found at i:15260271 original size:359 final size:353
Alignment explanation
Indices: 15259459--15262954 Score: 1534
Period size: 359 Copynumber: 9.8 Consensus size: 353
15259449 TATAACCTTT
* *
15259459 TTGTTT-T-TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AGTTATTAATATTATGAAAATT
1 TTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TAAAAATT
* * * * * * * * * * * *
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* *** *
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** * ** * ** * ***
15259644 TTGTACAAGTTTATTTCAAATAAAAATAATAAAAAATTATTAATATAAAAAAAATTAATAAGTAA
186 TCATAAAAACTTATTTGAAAT-AAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
15259709 GACATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATCTT-TGACTATTTGAACAATTATT
250 GACATTTAAAAAATAAATCTATTTACAGAACAA-TTCAAATATTATGACTATTTGAATAATTATT
*
15259773 TATTTCAAATTCTTATGACTTTCTGTTTTGTCATAAAACAA
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* * * * *
15259814 TTGTTTTTGTT-ATACAAGCTTATTCAAATTACAATAATATTAATTTATTAATATTTCCACAATT
1 TTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATA-TAATTTATTAATATTT-AAAAATT
** *
15259878 AATAAGTAAAAGA-TTTAGGTAATAAGTATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTCCTGACTCTTT
63 AATAAGTAAAA-ATTTTA-AAAATAA--ATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTCTTT
* * * * *
15259942 GAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTGTTTTAGTTCA
124 GAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCA
* * * *
15260007 TATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAGAGA
189 TAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGACA
* * * * *
15260072 ATTAAAAAATGAATCTGTTTACAGAACATATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
254 TTTAAAAAATAAATCTATTTACAGAACA-ATTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATTTAT
* * *
15260137 TTTAAAACATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
317 TTCAAATC-TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * *
15260175 TTGGTTCAGTTCATGTAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTGAAAAATT
1 TTGTTTCTGTTCATATAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTT-AAAAATT
* * * *
15260240 AATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATGTTTTTTGAATATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
63 AATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTCTTTGAAT
* * * * * *
15260305 AATTAGCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAA
128 AATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAA
* * * * * *
15260370 AACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAACTAATAAGTAAAATATTTA
193 AACTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGACATTTA
* * **
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258 AAAAATAAATCTATTT-ACAGAAC-AATTCAAA-TATTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTC
*
15260499 AAATCGCTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
320 AAATC-TTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * *
15260534 TTGTTTCTTTTCATATAAGTTTATTGAAATGAAATAATACTAACTTATTAATATTCTTAAAATTA
1 TTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TAAAAATTA
** * * *** *
15260599 ATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TTATTCACCAAACAAGTTCAAATATTCAT-A-TCCATT
64 ATAAG-TAAAAATTTTAAAAATAAATGTT-TT--TTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACT-C-TT
* * **
15260661 TGAGCT-ATTATCTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCGGAAAACAATTGTTTCTA-T
123 TGA-ATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGT
** * ** *
15260724 TCATACAAAA-TTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATCAATATTTTGAAAATTAACAAG--A
186 TCATA-AAAACTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* **** * * * *
15260786 G--ATTTAAAAACTAAATCTATTTATC-GATGTGTTCTAACAGTTATGATTATTTGAACAATTAT
250 GACATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAGAACAATTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * *
15260848 CTATCTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTATTATAAAAAAA
313 TTATTTCAAATC-TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * *
15260889 TTTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGC-AGT-AAATTATAGCTAAATTAATAATATTCTAAAA
1 -TTGTTTCTGTTCATATAAGCTTA-TT-CAAATAAAATAATA--TAATTTATTAATATT-TAAAA
* * ** * **
15260952 ATTAAT-A--ACAGA-TTTAAACAATAAATGTGTTTGCCGAACCAA-TTCAAAT-GATTAAAACT
60 ATTAATAAGTAAAAATTTTAAA-AATAAATGT-TTT-TTGAA-CAAGTTCAAATAG-TCATGACT
* * * * * * * * *
15261011 ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTTTTTTAG
120 CTTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* ** * ** * * * **
15261076 TTCATACATGCTTAATCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTAAAAAATTAATAAACAA
185 TTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * ** * * *
15261140 CA-ATTTTAAAAAAATAAATATGTTTATGGAACAAGTTTAAATCGTTAT-AGCTATTTGAACAAT
250 GACA-TTT-AAAAAATAAATCTATTTACAGAACAA-TTCAAAT-ATTATGA-CTATTTGAATAAT
* * * ** * * *
15261203 TCTCTATTT-ATTATAAATATGAC-CTTT-TTTTATCATAAAAAAA
310 TATTTATTTCA-AAT-CTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * **
15261246 TTGTTT-TAGCTCATA-AATGCTTATCCGAAATAAAATAATATTACCTTATTAATATTTCAAAAA
1 TTGTTTCT-GTTCATATAA-GCTTATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTT-AAAAA
** * * * * * * * * *** * ** * *
15261309 TCGATAAGTTAGAGATTTAAAAAACAAGTCAATTTATCGAATTGGTTCAAATAATTTTGGGC-AT
61 TTAATAAG-TAAAAATTTTAAAAATAAAT--GTTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTCAT-GACTCT
** * * * * *
15261373 TTGAGCAATTATCTATTTCAAATCGTTACGAACTTTTGTTTTGTTATAAAATAATT-TTTT-GTC
122 TTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-
* * * * ** * * *
15261436 ATCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAAAAAGTAA
186 -TCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
** * * *
15261501 GGGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA-AACCAGTTC--CTATT-T-A--A----ACT-ATTAT
250 GACATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAGAA-CAATTCAAATATTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * *
15261554 CTATTTCAAAT-TGTAATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAA
313 TTATTTCAAATCT-T-ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* ** * * * *
15261596 TTGTTGCAATTCATATAAACCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATT
1 TTGTTTCTGTTCATATAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TAAAAATT
* * * * * * * * * * * * * *
15261661 AACAACTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTATTTGTCAA-AGTAGTTCAAACAATTAAGACTATAT
63 AATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATGT-TTTTTGAACA--AGTTCAAATAGTCATGACTCTTT
* * * * * * * * * * **
15261725 GAACAACTACCTATTTCAGATCATTAAGACCTTTTTGTATTGTCATAAAATACTTGTTTCGGTTC
124 GAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTC
* * ** **
15261790 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACAATAATAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTA
188 ATAAAAACTTATTTGAAATAAAAT---AATACCAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * *** *
15261854 A-ATGATTTAAAAAGTAAACCTGTTTGTCA-AATCAGTTCTAATAATTAT-AGCCATGCCAACAA
249 AGA-CATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACAGAA-CAATTCAAAT-ATTATGA-CTATTTGAATAA
* * * * * *
15261916 TTCTCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTCGTCATATAACAA
309 TTATTTATTTCAAATC-TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* ** * * * * ** *
15261962 TTATATT-TGAACATTTAGGCTTATTAAAAAAAAAATAATATTAATTTAGCAATCTTTCAAAAAT
1 TTGT-TTCTGTTCATATAAGCTTATT-CAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTT-AAAAAT
* * * * **** * * * *
15262026 TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAACCTATTTACCAAACTA-TCTCAAATAATTATGACTATT
62 TAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAA--TGTTTTTTGAACAAGT-TCAAATAGTCATGACTCTT
* ** * * * * * * *
15262090 TGAACAATTATAAACTTTAAATCCTTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTATTTTGGGTC
123 TGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTC
* * * * * * * *
15262155 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-CTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAG
188 ATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAC
* * * * ** * * * * *
15262219 AATT-AAAAATAAATTTGTTTGTCCA-ATTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCT
253 ATTTAAAAAATAAATCT-ATT-TACAGAACAATTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATTT
* *
15262282 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAATAA
315 ATTTCAAATC-TTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * *
15262323 GTT-TTTTTGAATTCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAAAACAAGTTTATTAATATTTCAAAA
1 -TTGTTTCTG--TTCATATAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATAA-TTTATTAATATTT-AAAA
* * * * * * * ** *
15262387 ATTAATAAGT---GATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT-AACCAGTTCAAATAATTTTGACTAT
60 ATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATGT-TTT--TTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTCT
* * ** * *
15262448 TTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTTATTTTGTCGTAAAACAAATT-TTTT-G
122 TTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTAG
* * * * * * *
15262511 TTCAT-ATAAGTTATTCGAAATAAAGTAATA-CTATTCTATTAATATTTTAAATATTAAT-AG-A
185 TTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACCAATT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * ** *
15262572 AG--ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA-AACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAGCAATC
249 AGACATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAGAAC-AATTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATT
* * * *
15262634 ATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTATTTTGTTATAAAATAA
311 ATTTATTTCAAAT-CTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * *
15262678 TTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATT
1 TTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTT-AAAAATT
* *** * * * *
15262743 AATAAGTAAAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAATCATTA-T-TATT
63 AATAAGT-AAAAATTTTAAAAAT-AA-ATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTCT-TT
* * * * * * ** * *
15262806 GAATAATTATTTATTTCAAAACATTATAACTTTTTGTTTCATTATAAAGCAATTGGTTTT-GTTC
124 GAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTC
** * ***
15262870 ATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATTTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A
188 ATAAAAACTTA-TTTGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* *
15262933 AATTTTAAAAATAAATCTATTT
252 CATTTAAAAAATAAATCTATTT
15262955 CAAAAACATT
Statistics
Matches: 2436, Mismatches: 526, Indels: 353
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
347 1 0.00
348 17 0.01
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368 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (353 bp):
TTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTAAAAATTAAT
AAGTAAAAATTTTAAAAATAAATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTCTTTGAATAAT
TATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAAC
TTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAA
AATAAATCTATTTACAGAACAATTCAAATATTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCT
TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
Found at i:15261659 original size:169 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
15261370 CATTTGAGCA
* * * *
15261380 ATTATCTATTTCAAATCGTTACGAACTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTTTTTGTCATCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTAAGAACTTTTGTTCTATTATAAAATAATTTGTTGTCATCATACAA
* * * * * *
15261445 GCCTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAAAAAGTAAGGGATTTAA
66 ACCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCTAAAAATTAAAAACTAAGAGATTTAA
15261510 AAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCCTATTTAAACT
131 AAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCCTATTTAAACT
* *
15261549 ATTATCTATTTCAAATTG-TAATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAA-TTGTTG-CAATTCATA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTAAGAA-CTTTTGTTCTATTATAAAATAATTTGTTGTC-A-TCATA
* * * *
15261611 TAAACCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAACAACTAAGAGATT
63 CAAACCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCTAAAAATTAAAAACTAAGAGATT
*
15261676 TAAAAAATTAATCTATTT
128 TAAAAAATAAATCTATTT
15261694 GTCAAAGTAG
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 17, Indels: 6
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.01
168 10 0.08
169 114 0.91
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
ATTATCTATTTCAAATCGTTAAGAACTTTTGTTCTATTATAAAATAATTTGTTGTCATCATACAA
ACCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCTAAAAATTAAAAACTAAGAGATTTAA
AAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCCTATTTAAACT
Found at i:15262994 original size:134 final size:132
Alignment explanation
Indices: 15262817--15263232 Score: 444
Period size: 134 Copynumber: 3.0 Consensus size: 132
15262807 AATAATTATT
* * * *
15262817 TATTTC-AAAACATTATAACTTTTTGTTTCATTATAAAGCAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTA
1 TATTTCAAAAACATTATGAC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTA
15262881 TTTTGAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATA
65 TTTTGAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAAAATTTTAAAAATA
15262946 AATC
129 AATC
* *
15262950 TATTTCAAAAACATTATGACTTATTGTTTTACCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCCTA
1 TATTTCAAAAACATTATGACTT-TTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTA
* *
15263015 -TTTGAAACAAAATAATTTAAATTTATTAATATTCCAAAAACTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAT
65 TTTTG-AATAAAATAATTTAAATTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAAAATTTTAAAAAT
15263079 AAATC
128 AAATC
* * * * ** *
15263084 TATTTTTTGAACATGTTCAAATAGTTATGAACTTTT-TTTTGTCACAAGCCCATTGGTTTTGTTC
1 TA---TTT---CA----AAAACA-TTATG-ACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTTTGTTC
** * * *
15263148 ATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAAAATTTCAAAAATAATAAGTAAAAG
54 ATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAAA-
*
15263212 ATTTAAAAAATAAATC
117 ATTTTAAAAATAAATC
15263228 TATTT
1 TATTT
15263233 ACCTAGTGAG
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 26, Indels: 28
0.82 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
133 12 0.05
134 112 0.47
137 3 0.01
140 2 0.01
141 3 0.01
143 12 0.05
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145 11 0.05
146 4 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (132 bp):
TATTTCAAAAACATTATGACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTAT
TTTGAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAA
TC
Found at i:15263495 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 6.7 Consensus size: 180
15263089 TTTGAACATG
* * * ** * * *
15263099 TTCAAATAGTTATGAACTTTT-TTTTGTCACAAGCCCATTGGTTT-TGTTCATAAAAGCTTATTT
1 TTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * *
15263162 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
15263226 TCTATTTACCT-AGTGAGTTCAAATAGTTGTGATTATTTAAACAATTATTTAT
130 TCTGTTTA-CTAAAT-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
15263278 TTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
1 TTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * ** *
15263343 AAATAAAAAAATACTAATTTATTAGTA-TTCTAAAAATTAATAATTTGGAGATTTACAAAATAAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
15263407 TCTGTTTACTAAATAAGTTTAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTATCTAT
130 TCTGTTTACTAAATAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * ** *
15263459 TTGAAATCGTTATGA-CATTTTATTTCGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATGCAAAATTATTC
1 TTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* *
15263523 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATTAAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * *
15263584 TTTGTTTACAAAATCAATTGAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
130 TCTGTTTACTAAAT-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
15263636 CTCAAATCATTAGGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTGATACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * ** * * * *
15263700 AAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTTCAAGAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAATTAA
66 AAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
15263765 TGTGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
130 TCTGTTTACTAAA-TAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** * * *
15263817 TTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAATTATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATGCTTATTT
1 TTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTT
* ** * *
15263881 GAAATAAAACAATACTTTTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGA-AGTTTAAAAAAAT
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAAAT
* * *
15263944 AAATCTATTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
127 AAATCTGTTTACT-AAATAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * ***
15263999 TTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTCTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCA
1 TTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * **
15264064 AAATAAAATACTATTATTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGA-TTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
15264128 CAGTTTATTTAATCAATTCAAATAATTATCACCATTTGAACAATTATCTAT
131 CTGTTTACTAAAT-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** * *
15264179 TTAAAATCTTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCGTCATACAAGCCTATTTC
1 TTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
*
15264244 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
15264307 TTGTTTTGTC
Statistics
Matches: 834, Mismatches: 166, Indels: 56
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 41 0.05
177 95 0.11
178 7 0.01
179 25 0.03
180 215 0.26
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182 178 0.21
183 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
CTGTTTACTAAATAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:15263773 original size:358 final size:353
Alignment explanation
Indices: 15263135--15264306 Score: 1184
Period size: 358 Copynumber: 3.2 Consensus size: 353
15263125 TCACAAGCCC
* * * ** *
15263135 ATTGGTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAAT
1 ATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * * * *
15263200 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAGTGAGTTCAAATAGTTGTGATTATTTA
65 --TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
*
15263265 AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
126 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * *
15263330 ACAAGTTTATTTGAAATAAAAAAATACTAATTTATTAGTA-TTCTAAAAATTAATAATTTGGAGA
191 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTTGGAGA
* * * *
15263394 TTTACAAAATAAATCTGTTTACTAAATAAGTTTAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTATCTAT
255 TTTA-AAAATAAATCTGTTTACTAAATAA-TTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
15263459 TTGAAATCGTTATGACATTTTATTTCGTCATAAAACA
318 TTAAAATCATTATGAC-TTTTGTTTAGTCATAAAACA
* **
15263496 ATTGTTTTTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
1 ATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * *
15263561 TAATAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTACAAAATCAATTGAAATAGTTATGACTATTTGAAC
65 TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-AAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** ** *
15263626 AATTATCTATCTCAAATCATTAGGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTGATACA
129 AATTATCTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * ** * * **
15263690 AGCTTATTTGAAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTTCAAGAATTAATAAGTAAGAGATTT
194 AGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTGGAGATTT
* * * * * * * *
15263755 GAAAAATTAATGTGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTC
258 -AAAAATAAATCTGTTTACTAAA-TAATTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTA
* * * *
15263820 AAATCATTTTGACCTTTTGTTTAATTATAAAATA
321 AAATCATTATGA-CTTTTGTTTAGTCATAAAACA
* * * * ** *
15263854 ATTG-TTTCAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAACAATACTTTTTTATTAACA-TTCAAAAA
1 ATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA
15263917 ATTAATAAGCAAGAAGTTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT
63 ATTAATAAG--AG-A-TTT-AAAAAATAAATCTATTTA-CAAATCAA-TTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
15263981 ATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTCTTTCAA
121 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* *** * * * * *
15264046 TTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATACTATTATTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTG
186 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTG
* * * * *
15264111 GAGATTAAAAAATAAATCAGTTTATTTAATCAATTCAAATAATTATCACCATTTGAACAATTATC
251 GAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAAT-AATTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATC
* *
15264176 TATTTAAAATCTTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
315 TATTTAAAATCATTATGA-CTTTTGTTTAGTCATAAAACA
** * *
15264216 ATTGTTTTTCGTCATACAAGCCTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
1 ATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-
15264281 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
64 T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAA
15264307 TTGTTTTGTC
Statistics
Matches: 654, Mismatches: 132, Indels: 50
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
357 56 0.09
358 228 0.35
359 12 0.02
360 4 0.01
361 63 0.10
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365 3 0.00
366 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (353 bp):
ATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
TTATCTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAA
AATAAATCTGTTTACTAAATAATTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATC
ATTATGACTTTTGTTTAGTCATAAAACA
Found at i:15264363 original size:109 final size:109
Alignment explanation
Indices: 15264198--15264415 Score: 271
Period size: 109 Copynumber: 2.0 Consensus size: 109
15264188 TTATGATCTT
* * * *
15264198 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCGTCATACAAGCCTATTTCAAATAAAATAATATTAATT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCGTCATACAAGCCTATTTCAAATAAAATAATACTAATC
* *
15264263 TATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
66 TAATAATATTAT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
15264307 TTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTAT-GTTCATACATGCTTA-TTCGAAATACAATAATACTAA
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCG-TCATACAAGCCTATTTC-AAATAAAATAATACTAA
* * *
15264370 TCTAATAATATTATGAAAGTTAATAACTAAGAGATTTGAAAAATAA
64 TCTAATAATATTATAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAA
15264416 ATTTTTTTAC
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 13, Indels: 6
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
108 4 0.04
109 88 0.95
110 1 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (109 bp):
TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCGTCATACAAGCCTATTTCAAATAAAATAATACTAATC
TAATAATATTATAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAA
Found at i:15265173 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15264886--15265737 Score: 847
Period size: 181 Copynumber: 4.7 Consensus size: 180
15264876 AAACATAAAT
* * * * ** *
15264886 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTGAATTTCTTT-TTGATT
1 CTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAT
* *
15264950 AAGTTCAAATAGTTACT-ACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTT
65 AAGTTCAAATAGTTA-TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTT
* * *
15265014 GTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATA
129 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATA
* * * * * * *
15265066 CAAATTTATTAATATTCAGACAACTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCCAAT
1 CTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAT
* * * * * *
15265131 AAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTG
65 AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
* * * *** *
15265196 TCATAAAACTATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATA
130 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * **** * ** *
15265247 TTAATTTATTAACATTTTGTCAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAAATATGTTTACCGAAC
1 CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAT
* * * *
15265312 AAGTTCTAATAGTCATAACTACTAG-ACTAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTT
65 AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTT
** * * * * *
15265375 CCTCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATT
128 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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201 5 0.00
202 44 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTTATCATACAAGCTTATTAAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
Found at i:15268962 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 15268931--15268963 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
15268921 CAGTTCTAAT
15268931 AATTATCACTATTTGAAC
1 AATTATCAC-ATTTGAAC
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1 AATTATCACATTTGAA
15268964 ATTGTTATGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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18 8 0.53
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AATTATCACATTTGAAC
Found at i:15268985 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 15268967--15268995 Score: 58
Period size: 13 Copynumber: 2.2 Consensus size: 13
15268957 ATTTGAAATT
15268967 GTTATGACCTTTG
1 GTTATGACCTTTG
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1 GTT
15268996 TTGTCATAAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 16 1.00
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Consensus pattern (13 bp):
GTTATGACCTTTG
Done.