Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167993.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_25, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 94000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 86 of 100
Found at i:15269719 original size:182 final size:180
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* *
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* * * *
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* * *** *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * **
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1 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTCTATTCATA-TAAGCTTATTTAGAATAA
* * ** * * ****
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* ** ** * * * * *
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* ** * * *
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* * * *
15270121 AT-GTGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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1 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT---ATAA--GCTT-A-TTT-
* * * * * *
15270300 CACAAGCCTATTCAGAATAAATTAATATTAATTTATTAACATTTATAAAATTAATAAGAAATAGA
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* * * * ** * * * *
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* *
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* * * * * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * *
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1 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTAT-TCATATAAGCTTATTTAG-AATA
* *
15270683 AAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTT
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* * * * *
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* ** ** * * * * *
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* * * * *
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* ** * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * ** * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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** ** * ** *
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* * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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** * ** * * *
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** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * **
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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1 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAA
* * * * *
15273372 TAATATTAATTTATTAA-ATTTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTTAAAAAAATAAATCTATT
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* * * * * * *
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* *
15268510 ATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAACTA-
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* * * * *
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* * * * * * ** *
15268616 CTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTT-ATATTCATACAA-CTTATTTGAAATAAAATAATAGTA
54 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * **
15268679 ATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATAAAATTTGTTTGCTGAACCAA
118 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAT-AAATTTGTTTACCGAATAAA
* * * * * *
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181 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * ** * * * *
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* *
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* * *
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*
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
15274438 AGTTCAAATAGTTATGACCATTTCAACAATTATCTATCTCAAATTTTTATGAACTTTAT-TTCTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTT-TGTT-T-
* * * *
15274502 T-TCAT---ACAAGCTTATTC-G--AAGTAAAA---TATTGC----T-AAAT--TAATAA--TAT
63 TGTCATAAAACAA-TTTTTTCAGTTCA-TAAAAGTTTATT-CAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * ** *
15274548 T-CTA---AAAAA-T-A-AAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTTAATA
125 TAATATTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * * ** ** * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
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66 CATAAAACAATT-TTTTCAGTTCATAAAAGTTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
15274726 ATTTCAAAAATTGAA-AAGATAAAGA-TTTAAAAAATAAGT-TAGTTTATCAAATC-
129 A-TTCAAAAATT-AATAAG-TAAAAATTTTAAAAAATAAATAT-GTTTACCAAA-CA
* * * * * * * * * *
15274779 -GCTTTAAATAATTATGGCCAT-TTAATTAATTATCTATTTCAAATCACTATGAACTTTTATTTT
1 AG-TTCAAATAGTTATGACTATCTGAA-CAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
15274842 GTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTA
64 GTCATAAAACAA-T-TTTTTCAGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * ** *
15274905 ATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGCTTTAACAAAA-AAAT-TATTTACC--A-A
127 ATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAA-AAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * * * *
15274956 A--T----GAGTT-T--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *** *
15275012 TATAAGATAATTGTTTCAGTTCATATATGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
66 CATAAAACAATTTTTTCAGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
15275077 TCCAAATATTGATAACTAAGAGA-TTTAAAAAACAAATATGTTTACCGAAGC-
131 T-CAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACC-AAACA
* * * * * ** * *
15275128 AGTTTAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTATAAAACATTATGGCCTTTTGTTTGG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTT-CAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** ** ** * *
15275193 TCATATAACAATTTTTT-TGATCATTCAAGCCTATTTGAAATTAAATAATACTAATTTGTTAATC
65 TCATAAAACAATTTTTTCAGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-
* * * * * * *
15275257 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAACTAAATTTTTTTACCGAACT
129 ATTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * * ** * * * *
15275309 AGTTCAAATA--TATAACTATTTGAATAATTGTAAACTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGT
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66 CATAAAACAA
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Statistics
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AGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTTTTTCAGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
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15272869 AAGATTTACA
* *
15272879 AAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCTTGACTATTTGAAAAATTACCTATTTCAAA
1 AAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCTAGACTATTAGAAAAATTACCTATTTCAAA
* * *
15272944 TCATTGTGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAA
66 TCATTGTGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTTTTAGTTCACACAAGCTTATTCAAAATAA
* * * ** * *
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131 AAATAATACTAATTCATGAATATTCAAAAATTAATAAACAAGCAAATTAAAAAAGTAAATTTGTT
* * **
15273074 TATCGAACATTTCCAAATAGTTATGGCCATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTT
196 TACCAAACATTT-CAAATAGTTATGAACATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTT
* *
15273139 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCCATTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATGAATT
260 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCCATTCATGCAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATAAATT
*
15273204 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTTAACACATTCA
325 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACATTCA
* *
15273269 AATATTATGACTATTTGAACAATTATCTGTTTCAAATCGTTATGACATTTCGTTTTGTCATAAAC
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* * * * *
15273334 CTATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAATTTTCAAAA
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*
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*
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585 CTTTAAACAATTATTTATTTCAAATGTTATTAATAAGTAAGAGTTTTTTT
* * * * *
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1 AAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCT-AGACTATTAGAAAAATTACCTATTTCAA
** * ** * * *
15273578 ATTGTTTTGACCTTTTGTTT-AGTCGTAAAATAATT-TTTTCAGTTCACACATGTTTATTCAAAA
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* *
15273641 T-AAAATAATACTAATTTAT-TATCATTCAAAAAATTAATAAACAAG-AAATTTTAAAAAA-TAA
128 TAAAAATAATACTAATTCATGAAT-ATTC-AAAAATTAATAAACAAGCAAA--TTAAAAAAGTAA
* ** *
15273702 ATTTGTTTACCAAACAAGTTT-AAATAGTTATGAATATCTGGATAATTATCTATTTCAAAATATT
189 ATTTGTTTACCAAAC-A-TTTCAAATAGTTATGAACATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATT
***
15273766 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTCCAAATAAAATAA
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15273831 TATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAA
317 TATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAA
* * * ** *
15273896 CACGTTCAAATATTTGTGACTATGTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATTTTTTGTTTT
382 CACATTCAAATA-TTATGACTATGTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTCGTTTT
*
15273961 GTCATAAACCAATT-GTTCATGTTCATAAAAGATTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
446 GTCATAAACCAATTAGTTC-TGTTCATAAAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
*
15274025 AATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAGCGAGTTCAAAT
510 AATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCGAGTTCAAAT
*
15274089 AGTTATGACTCTTTGAACAATTATTTATT
575 AGTTATGACTCTTTAAACAATTATTTATT
15274118 CTAAATCATT
Statistics
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (634 bp):
AAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCTAGACTATTAGAAAAATTACCTATTTCAAA
TCATTGTGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTTTTAGTTCACACAAGCTTATTCAAAATAA
AAATAATACTAATTCATGAATATTCAAAAATTAATAAACAAGCAAATTAAAAAAGTAAATTTGTT
TACCAAACATTTCAAATAGTTATGAACATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCCATTCATGCAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATAAATTT
ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACATTCAA
ATATTATGACTATGTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTCGTTTTGTCATAAACC
AATTAGTTCTGTTCATAAAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAA
TTAATAAATAAAAGATTTTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTC
TTTAAACAATTATTTATTTCAAATGTTATTAATAAGTAAGAGTTTTTTT
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* * * * * * *
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1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTG
* * * * * * *
15273600 TCGTAAAATAATTTTTTCA-GTTCACACATGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT-AT
66 TCATAAAACAA-TTGTTCATGTTCATAAAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * *
15273663 CA-TTCAAAAAATTAATAAACAAGAA-ATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTTAAA
129 -ATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AACAAGTTCAAA
* * * *
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189 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT--AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * *
15273790 CAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAA
252 CAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAA
*
15273854 AATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAA
315 AATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA
* * * * *
15273896 CACGTTCAAATATTTGTGACTATGTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATTTTTTGTTTT
1 CA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTT
* * *
15273961 GTCATAAACCAATTGTTCATGTTCATAAAAGATTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAA
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*
15274026 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCGAGTTCAAATAG
129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA-CAAGTTCAAATAG
* * * *
15274091 TTATGACTCTTTGAACAATTATTTATTCTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAGAACAAT
192 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* ** *
15274156 TGTTTCTATTCATATAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATT
256 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATT
* ** * * * *
15274220 AATCAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCAAC-AAA
319 AATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTT-TACTAAA
* * * * * * * * * *
15274259 TAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATGGTTATAACATTTTATTTT
1 -CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTT
** * *
15274324 GTTGTAAAACAATTATTTCTAT-TT-ATACAAA-ATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT
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* * * *
15274386 AATATTTCACAAATTAATAAG----AGATTTAAAAATTAAATCTATTTATCAATCCAGTTCAAAT
126 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA-CAAGTTCAAAT
* * * * *
15274447 AGTTATGACCATTTCAACAATTATCTA--T--CTCA--A--A-------TTTT-T-AT-GAAC-T
190 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * *
15274493 TTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAA--
255 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTCAAAAATT
*
15274555 AATAAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTTAATA
319 AAT-AAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATATGTTTAC-TAA-A
* * * * * *
15274598 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTATTTTTGTAAGA-AG-TATGACCTTTTGTTT
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAA-ATCGTTATGACTTTTTGTTT
* * * * * *
15274660 TATCATAAAACGATTGTT-TTAGTTCATAAAAGCTTATCTCAACTAAAATAATATTACTTTATTA
64 TGTCATAAAACAATTGTTCAT-GTTCATAAAAGCTTAT-TCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
15274724 ATATTTCAAAAATTGAA-AAG-ATAAAGATTTAAAAAATAAGT-TAGTTTATCAA-ATCGCTTTA
127 ATATTTCAAAAATT-AATAAGTA-AAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAACA-AG-TTCA
* * * * * * *
15274785 AATAATTATGGCCATTT-AATTAATTATCTATTTCAAATCACTATGAACTTTTATTTTGTCATAA
187 AATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *
15274849 AACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCA
250 AACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCA
* ** *
15274913 AAAATTAGTAAGTAAGAGCTTTAACAAAA-AAAT-T-ATT--T--A
313 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAA-AAAATAAATATGTTTACTAAA
* * * *
15274952 C----CAAATGAGTT-T--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCT
1 CAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTT
* * * * * * ** *
15275010 ATTATAAGATAATTGTTTCA-GTTCATATATGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAA
65 GTCATAAAACAATTG-TTCATGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * * *
15275074 TATTCCAAATATTGATAACTAAGAGATTTAAAAAACAAATATGTTTACCGAAGC-AGTTTAAATA
128 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AA-CAAGTTCAAATA
* * * * * * *
15275138 ATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTATAAAACATTATGGCCTTTTGTTTGGTCATATAACA
191 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TT-TAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * *
15275203 ATT-TTTTTGA-TCATTCAAGCCTATTTGAAATTAAATAATACTAATTTGTTAATCTTTCAAAAA
254 ATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * **
15275266 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATTTTTTTACCGAA
317 TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA
* * * ** * * * *
15275307 CTAGTTCAAATA--TATAACTATTTGAATAATTGTAAACTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTT
1 C-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTT
* *
15275370 GTCATAAAACAACTATTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTATTTTTGTTCATACAATCTTATTCAG
65 GTCATAAAAC-A--A--------TTGT--T-------C-A----TGTTCATAAAAGCTTATTCA-
* * * * * * * *
15275435 AATAAAATAATGCTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGAATTGAAAAATAAAT
104 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
15275499 TTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAGTTATCTATTTCAAATCGTTATG
168 CTATTTACC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATG
* * * * *
15275564 ACCTTTTGTTTTAG-CATAAAATAAGTTTTTTTTTTAATTTATACTAGCTTATTTCG-AATAAAA
231 ACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAA---TTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAA
* * * * * *
15275627 TAAAATGAATTTATTAATATTTTAAAAAGTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAATTTTGTTCAC
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*
15275688 CTAAC
353 CTAAA
* ** * * * *
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1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTG
* ** * * * ** * * *
15275758 TCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAGTACTAA-TCATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTCATGTTCATAAAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
15275822 TTTTAAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCAACTGAGTTCAAATAGTT
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAC-AAGTTCAAATAGTT
* *
15275882 ATGACTATTT-AAGCAACTATTTATTTCAAAT-AGTTATGA-CTTGTTGTTTTGGT-ATAAAACA
194 ATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTT-AAATCA-TTATGACCTT-TTGTTTT-GTCATAAAACA
* * *
15275943 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AGATTAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAATAA
254 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * *
15276007 TTAATAAGTATA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAA
317 TTAATAAGTA-AGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA
* * * * *
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1 C-AG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTTGTT
* * *** * * ** *
15276112 TTGTCATATAAGCATATTCGAAAT-AAAATAATACTAAG-TTATT--AATATTATGA-A--AATT
63 TTGTCATA-AAACA-ATT-G--TTCATGTTCATA-AAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * ** * *
15276170 AATAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCAAGCAACTTT---AAAT-AAT-TA--T---GAC
122 TATTA-ATATTTCAAAAATTAATAAG--TA-AAAG--A-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAC
* * * * * * * * ** **
15276225 TATTTC-AATAATT-T-TCTTTTTG-A-AATTA-CTA--T--AGCCTTTTG---TTTTGTCATAA
180 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* **** * *** * * *
15276277 AATAAATTTTTTCTGTTCGTA--C--A-AGTTTAT-TTCA-AATAAAATAATAAAAATTTGTTAA
245 CATAAAACAATTGT-TTC-TATTCATACAAGCT-TATTCGAAATAAAATAAT-ATAATTTATTAA
*** * *
15276335 TATAAAAAAAACTTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA
306 TATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA
* * *
15276388 CAAGTTCAAAT-CTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTTTGTTT
1 C-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACTTTTTGTTT
** * * *
15276451 TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT-ATACAAGCTTATTCAAATTACAATAATATTAATTTATTAA
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* * ** * * ***
15276515 TATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTCAGCAATAAATATGTTTTTTGAACAAGTTCAAATAG
128 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCAACAAGTTCAAATAG
** * * * * *
15276580 TCCTGACTCTTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAAT
192 TTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
15276645 TGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAAAT
256 TGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * *
15276709 AATGAGTAAGAGAA-TTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAA
319 AATAAGTAAGA-AATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA
* * * *
15276748 CATATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAGAA-CATTATGACTTTTTGTTT
1 CA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCGTTATGACTTTTTGTTT
* **
15276812 TGTCATAAAATAATTTGTTCA-GTTCATGTAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATT
64 TGTCATAAAACAA-TTGTTCATGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATT
* * * * *** * * *
15276875 AATATTTTAAAAA-TAATAAATAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAATATGTTTAAAT
126 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCAACAAGTTCAAAT
* * ** * * *
15276938 AGTTATGACTATTTGAATAATTAGCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTCTAATAAACCA
190 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * * * *
15277003 ATTGTTTTTGTTCATAAAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTAAAAAAC
254 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * *
15277068 TAATAAGTAA-AATATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAGT
318 TAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAA-A
* * * *
15277109 GAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGCTATGA-TCTTTTGTTTT
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACT-TTTTGTTTT
* * * * * *
15277173 GTCATAAAACAATTGTTTC-TTTTCATATAAGTTTATTTGAAATGAAATAATACTAACTTATTAA
65 GTCATAAAACAATTG-TTCATGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* *** * * * **
15277237 TA-TTCTTAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAGATAAATTTGTTCGCCAAACAAGTTCAAATA
128 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AACAAGTTCAAATA
* * * * * **
15277301 -TTCAT-ATCCATTTGAGCTATTATCTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCGGAAAAC
191 GTT-ATGA-CTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* ** * * * **
15277364 AATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATCAATATTTTGAAAA
253 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * *
15277429 TTAACAAG--AG--ATTTAAAAACTAAATCTATTTA-TCGAT
317 TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAA
** * * * * * *
15277466 GTGTTCTAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTA
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTG
* * * * ** * * * * *
15277530 TTATAAAAAAATTGTTTATATTCATACAAA-CTTATTTGTAGT-AAATTATAGCTAAATTAATAG
66 TCATAAAACAATTGTTCATGTTCATA-AAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAA
* * * * * * *
15277593 TA-TTCTAAAAA-T--TAA-TAACAGATTTAAACATTAAATGTGTTTGTCGAACCAA-TTCAAAT
128 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACCAA-CAAGTTCAAAT
** * * ** *
15277652 -GATTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-
190 AG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * * *
15277715 TATTTTTTTTAGTTCATACATGCTTAATCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTAAAAA
253 AATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAA
** * * * * * *
15277779 ATTAATAAACAACAATTTTAAAAAAAGAAATCTGTTTATTGAA
316 ATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTAAA
* * * * *** *
15277822 CAAGTTCAAAT-GATTATGGCTGTTTGAACAATTCTCTATTT-ATTATAAATATGACCTTTT-TT
1 C-AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCGTTATGACTTTTTGTT
* * * * * * *
15277884 TTATCATAAAACAATTGTT-TTAGCTCATAAATGCTTATCCGAAATAAAATAATATTACTTTATT
63 TTGTCATAAAACAATTGTTCAT-GTTCATAAAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * ** **
15277948 AATATTTCAAAAATTGATGAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGTCAATTTATTAAACTGGTTCAAAT
126 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAACAAGTTCAAAT
* * * * * * * * *
15278013 AATTTTGGGC-ATTTGAGCAATTATCTATTTCCAATCATTACGAACTTTTGTTTTGTTATAAAAT
190 AGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* ** * * * **
15278077 AATTGTTTGTCA-TCATACAAATAATTGTTTGTCATCATACAAATAAT-TGTTTGTCATCATACA
253 AATTGTTTCT-ATTCATAC-AA-GCTTATTCG--A-AATA-AAATAATATAATT-T-AT--T--A
* * * ** * * * **
15278140 AGCCTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--TA--AGG
305 A---TATTT--CA-AAAAT--TAATAA-GTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA
* * ** * * * * * * *
15278199 GA-TTTAAA-AAATA-AATCTATTT-ACCAAATCAGTTCCTATTTGAACT-ATTATCTA-TTTCA
1 CAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAAC-AATTA--T-CTATTTCAAATCGTTAT-GACTTT--
* ** * * *
15278258 AATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTGCA-ATTCATATAAA-CTTATTTGAA
58 --TTG-T-T----TTGTCAT-------AAAACAATTGTT-CATGTTCATA-AAAGCTTA-TTCAA
* * * * *
15278321 ATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAACAACTAAGAGATTTAAAAAATTAATC
105 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
** * * * * * * *
15278385 TATTTGTCAAAATAGTTCAAACAATTAAGACTATATGAACAACTA-CTTATTTCAAATCATTAAG
169 TATTTACCAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTT-AAATCATTATG
* * *
15278449 ACCTTTTCGTTTTGTCATAAAATACTTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAC
231 ACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT---
*** * ** *
15278513 AATAATAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAATTGATTTAAAAAGTAAACCTATTTA-
291 AAT-ATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
15278576 TCAAA
354 T-AAA
** * * *** * * *
15278581 TCAGTTTTAATAATTAT-AGCCATGCCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTT
1 -CAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTT
* * * * ** ** * *
15278645 GGTCATATAACAATTATAT-TTGAACAT-TTAGACTTATT-AAAAAAAATAATATTAATTTATTA
64 TGTCATAAAACAATTGT-TCATGTTCATAAAAG-CTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
15278707 ATCTTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAACCTATTTACCGAACTA-TCTCAAAT
127 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AACAAGT-TCAAAT
** * * * * *
15278771 AGTTATGACTATTTGAACAATTATAAACTTAAAATCGTTATAACCTTTTCTGTTGTCATAAAACA
190 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* ** * * *
15278836 ATTATTT-TGGGTCATACAAGCTTATTCGAAATAAACTAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAA
254 ATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * *
15278900 TTAATAACTAAGAGAA-TT-AAAAATAAATTTGTTTGTCCAAT
317 TTAATAAGTAAGA-AATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACTAAA
* * * * * * * *
15278941 TAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTG
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTG
* * ** * * * *
15279006 TCATAAAATAAGTTTTTTTTGAATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAAAC-AAGTTTATT
66 TCATAAAACAA-TTGTTCATG--TTCATAAAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAA-TTTATT
* * *
15279070 AATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAACCAGTTCAAAT
126 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AACAAGTTCAAAT
* * * *
15279131 AATTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACA
190 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * *
15279196 AATGCTTT-TGTTCATATAAG-TTATTCAAAATAAAGTAATACT-ATTCTATTAATATTTTAAAT
254 ATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAATT-TATTAATATTTCAAAA
* *
15279258 ATTAATAA--AAG--ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAA
316 ATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAA
* * * * * * *
15279296 CTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTT-AAGCAATCATTTATTTCAAATAGTTATGATTTTTTATTT
1 C-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTT
* ** * ** *
15279360 TGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTTATGCAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAA
64 TGTCATAAAACAATTGTTCATGTTCATAAAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * * *
15279425 TATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGATCAAATAA
128 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * * * * *
15279490 TCATTATTA-TTGAATAATTATTTATTTCAAAACATTATAACTTTTTGTTTTATCATAAAGCAAT
192 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * *
15279554 TGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATTTAAATTTATTAATATTCCAAAAAT
256 T-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * *
15279617 TAATAAATAA-AAATTTTAAAAATAAATCTATTT-CAAAAA
318 TAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-TAAA
* ** * * * ** * * * * * *
15279656 CATTATGACTTATTGTT-TTACCA-TAAAACAATTGGT-TTTGTTC--AT-G-CAAGCCTATTTG
1 CAGT-T--CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTAT-TTCAAATCGTTATGACTTTTTG
******* * * * * **
15279714 AAACAAAATAATTTAA-ATTTATTAATATTCCA-AAAA-CTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAA
61 TTTTGTCATAA---AACAATTGTTCATGTT-CATAAAAGCT--T-A-TTCAAA---T-AAAATAA
* * * * **** ***** * *
15279776 -ATCT-ATTTTTTGAACATGTTCAAATAGTT-ATGAACT--TTTTTTTTTGTCATAAACCCA-TT
114 TA-CTAATTTATT-AATAT-TTCAAA-AATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
****** * * ** * * * * **
15279835 --GGTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAAT-AACACTAATTTATTAAAATTTCAAAAAT
174 ACCAACAAGTTCA-AATAG-TTA--T-GACT-ATTTGAACAATTATCTATTTAAA--TC-ATTAT
* ** *** * *** * *
15279897 -A--ATAAGTAAAAGAT-TTAAAA-AA-TAAATCTATT--TACCTAG-TGAGTTC-AAATAGTTA
230 GACCTTTTGT-TTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTA-TTCGAAATA---A
* * * * * * * * * ** *** * *
15279952 TGATTATTTAAATAATTATTTATTTC-AAATTGTTATAATCTTTTGTTTTTGTCATAAAA-CAAT
288 -AATAATATAATTTATTA-ATATTTCAAAAAT-TAATAA--GTAAGAAATT-T-AAAAAATAAAT
**
15280015 -TGTTT-CTATT
346 ATGTTTACTAAA
* * * *
15280025 CA--T-ACA-AG-T-T---TATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATT-TGGA-TCTTTGTTTT
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GACTTTTTGTTTT
* * * * ** *
15280079 GTCATAAAACAATTGTTTC-TATTCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAA
65 GTCATAAAACAATTG-TTCATGTTCATAAAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
15280143 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATGTGTTTACTAAACCAA-TTCAAATA
128 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAA-CAAGTTCAAATA
* * * ** *
15280207 GTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAATCATAAAATAA
191 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * ** *
15280272 TTGTTTC-AGTTCATTCATGCTTATTTGAAATAAAACAATACTTTTTTATTAACA-TTCAAAAAA
255 TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAA
* * * *
15280335 TTAATATGTAAGAAGTTTAAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAA
317 TTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATATGTTTACT-AAA
* * * * *
15280377 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-ACAATTGTTATAACCTTTTGTTT
1 -CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCGTTATGACTTTTTGTTT
* * * * *
15280441 TATCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTATTTTATTA
64 TGTCATAAAACAATTG-TTCATGTTCATAAAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * *** **
15280505 ATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGA-TTAAAAAATAAATC-AGTTTATTAAATCAA-TTCAAA
127 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA-CCAA-CAAGTTCAAA
* * * * *
15280567 TAATTATCACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
189 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
*
15280632 AATTGCTTT-TCA-TCATACAAGCCTATTTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
253 AATTG-TTTCT-ATTCATACAAG-CT-TATTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCA
* * * * *
15280694 AAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCGAAC
313 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAA
* * * *
15280740 CAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
15280805 TCATAAAATAATTATTTATGTTCATACATGTTTATTCGAAATACAATAATACTAATCTAATAATA
66 TCATAAAACAATTGTTCATGTTCATAAAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * * *
15280870 TTAT-GAAAGTTAGTAACTAAGAGATTTGAAAAATAATTTTTTTTACCAAACCAA-TTCAAATAA
130 TT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AA-CAAGTTCAAATAG
* * * * * *
15280933 TTAACG-CCATATGAATAATTATCTATTTCAAA-CTATTATGACCTTTTGATTTGTCTTAAAACA
192 TT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * ** * * * * * **
15280996 AATGTTTTTGCTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATCTTAATTTATTAATATTTTGAAAAT
254 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * *
15281061 TAATAAG--AG--ATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAA
318 TAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA
* * * * * * * **
15281097 CCAGTTCAAATAATAATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTT
1 -CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTT
* * ** * * * *
15281162 GTCATAAAATAATTGTTTC-TATTGGTACAATCTTATTCAAAATAAAGTAAT-CTAATTTGTTAA
65 GTCATAAAACAATTG-TTCATGTTCATAAAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * ** * * *
15281225 GA-TCCTAAAAATTAATAAGTAACAA-ATTTAAAAAATGAATTTGTTGGCTTGACCAA-TACAAA
128 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC--CAACAAGTTCAAA
* * * * * *
15281287 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAGT-GTTATAACCTTTTGTTTTTGT--TCAC
189 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAA-TCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAA
* ** * *
15281349 ACAA--G-TT-GA--C-T-CAA----A----AAAGCATA-AATCTAATTTATTAATA-TTCTAAA
251 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTC-AAA
* * * * * * *
15281396 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTGAATCTGTTTTCGATTA
315 AATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTA-AA
* ** * *
15281440 -AGTTCAAATAGTTACT-ACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTT
1 CAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTT
* * * * * *
15281503 GTCATAAAATAATTTTTTC-TATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAA
65 GTCATAAAACAA-TTGTTCATGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
15281567 TA-TTCAGACAACTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCCAATAAGTTCAAATA
128 TATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAACAAGTTCAAATA
* * * * *
15281631 CTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACTA
191 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * * **
15281696 TTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTATCAATT
255 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* **
15281761 AATAAGTAA-AAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAA
319 AATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA
* * * * * *
15281800 CAAGTTCTAATAGTCATAACTACTTG-ACTAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
1 C-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTT
** * * * * *
15281864 CCTCATAAAACAATTGTATCA-ATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAGTTTATTA
64 TGTCATAAAACAATTGT-TCATGTTCATAAAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * * * *
15281928 GTATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAATATGAATCTGTTTACTGAAAAAGCTC-AATA
127 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAACAAGTTCAAATA
* * * * ** * *
15281992 GTTATAATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATAATATTTTATTTTGTCATAAAATA
191 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* *
15282056 ATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAAT
254 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TCAAAAA
* * * *
15282120 TTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA
317 TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA
* * * * * *
15282161 TAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTC-TTATGACCTTTTGTTT
1 -CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACTTTTTGTTT
**
15282225 CATCATAAA
64 TGTCATAAA
15282234 TATTAGCTTT
Statistics
Matches: 6253, Mismatches: 1474, Indels: 1222
0.70 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
332 6 0.00
333 10 0.00
334 2 0.00
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373 5 0.00
374 12 0.00
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GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
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AAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATATTAT-AACTTTTGTTTTGT
* * * *
15273783 CATAAAACAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT
64 CATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * * *
15273846 ATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACA
127 ATTCTAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
* * * * * * **
15273898 CGTTCAAATATTTGTGACTATGTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATTTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTAT-AACTTTTGTTTTGT
* * * * *
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* * *
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* *
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* * **
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* ** * * *
15274208 ATTCTAAAAATTAATCAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCAACAAATA
127 ATTCTAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
* * * * * *
15274261 AGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATGGTTATAACATTTTATTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATAAC-TTTTGTTTTGT
** * * * *
15274326 TGTAAAACAATTATTTCTATTTATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
64 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
15274391 T-TCACAAATTAAT---AAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTTATCAATCC
129 TCT-AAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
* *
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AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATAACTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
TAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
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1 TTTTGTT
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15275388 TTGTTTTGTC
* * * * * * *
15275398 ATAAAACAACTATTTTTGTTCATACAATCTTATTCAGAATAAAATAATGCTAAT-CTAATAATAT
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* * * * * * ** * * * **
15275462 TATGAAAATTAATAACTAAGAGAATTGAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATATTTA
65 T-TTAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACCTAACCAATTCAAATAACTA
* * * ** * * * *
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* * * * * * * **
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* * * *
15275642 AATATTTTAAAAAGTAATAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTCACCTAACCAATTCAAATAACT
60 AATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACCTAACCAATTCAAATAACT
*
15275707 ATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATT-TTATTTT-GT
125 ATGACAATTTGAACAACTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-TTGTTATTTTGGT
* * * * * ** * *
15275759 CATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAGTACTAAT-CATTAATAT
1 -ATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATACATTAATAT
* * * * **
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* * *
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129 CAATTTGAA-CAACTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTGTTATTTTGGT
* * *
15275935 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATATATTAATATT
1 ATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATACATTAATATT
* *
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACCTAACCAATTCAAATAACTATGACA
ATTTGAACAACTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTGTTATTTTGGT
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Period size: 181 Copynumber: 13.5 Consensus size: 174
15275376 AAACAACTAT
* * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * *
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124 TTCAAATAGTCATGACTAT-TTAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACA
* * * * * * *
15275567 TTTTGTTTTAG-CATAAAATAAGTTTTTTTTTTAATTTATACTAGCTTATTTC-GAATAAAATAA
1 TTTTATTTT-GTCATAAAACAA---ATGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAA
* * * * * * * * * *
15275630 -AATGAATTTATTAATATTTTAAAAAGTAATAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTCACCTAAC-
60 TACT-AA-TCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTT-AAAAATAAATATATTTATC-AACT
* * * *
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121 GAGTTCAAATAGTC-ATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACA
* * * * * ** * *
15275748 TTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAGTACTAA
1 TTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * *
15275813 TCATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTATCAACTGAGTTCAAAT
66 TCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAATAAATATATTTATCAACTGAGTTCAAAT
* * *
15275878 AGTTATGACTATTTAAGCAACTATTTATTTCAAATAGTTATGAC-
131 AGTCATGACTATTTAA-CAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACA
* * *
15275922 TTGTTGTTTTGGT-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACT
1 TT-TTATTTT-GTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * *
15275986 AATATATTAATATTTCAATAATTAATAAGTATAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACT-
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* * *
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* * * ** ** * * **
15276105 TTTTGTTTTGTCATATAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAAG-TTATT---AATATTATGAA
1 TTTTATTTTGTCATA-AAACA-AAT-G-TTTCTATTCATAC-AAGCTTATTCAGAATAAAAT-AA
* * * * * **
15276166 AATTAAT-A--AGAGATTTAAAAAATGAATCTG---TTTATCAAGCAACTTTAAATA-A-TTAT-
60 TACTAATCATTA-ATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTA--AA--AA---TAAATATATTTATC
* * * ** * * * *
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* * * * * * **
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1 TTTTATTTTGTCATAAAACAAA-TGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT
** *** * *
15276325 AATTTGTTAATATAAAAAAAACTTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAAC-
64 AA-TCATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAG--A-A-ATTT-AAAAATAAATATATTTA-TCAACT
* * * * * ** *
15276389 AAGTTCAAAT-CTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACT
121 GAGTTCAAATAGTCATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACA
* * * * * *
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1 TTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTA
* * ** * * * *
15276506 ATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTCAGCAATAAATATGTTTTTTGAAC-AA
65 A-TCATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AA-ATTT-AAAAATAAATAT-ATTTATCAACTGA
* * * * * *
15276570 GTTCAAATAGTCCTGACTCTTTGAATAATTATCTATTTTAAATCA-TTGTGACC
123 GTTCAAATAGTCATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACA
* * * * * * *
15276623 TTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACC
1 TTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACT
* * * * * * *
15276686 AATTTATTAATATTTCAAAAAATAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACAT
64 AA-TCATTAATATTTC-AAAAAT--T-AATAAGA-AATTTAAAAATAAATATATTTA-TCAAC-T
* * * * *
15276751 -A-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAGAACA-TTATGACT
121 GAGTTCAAATAGTCATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCA-AATAGTTATGACA
* * * **
15276804 TTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTTGTTC-AGTTCATGTAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-
1 TTTTATTTTGTCATAAAACAAATGT-TTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATAC
* * * * *
15276865 TAAATTTATTAATATTTTAAAAATAATAAATAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAA-T
63 T-AA-TCATTAATATTTCAAAAAT--T-AATAAGAAATTT-AAAAATAAATAT-ATTTATCAACT
* * * * * *
15276928 -ATGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAGCTATTTCAAATTGTTATGACC
121 GA-GTTCAAATAGTCATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACA
* * * * * * * * * **
15276983 TTTTGTTTTCTAATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
1 TTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
15277048 TTTATTAAAATTTAAAAAACTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAGTGAGT
66 -TCATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AA-ATTT-AAAAATAAATATATTTATCAACTGAGT
* * * * *
15277113 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGCTATGATC-
125 TCAAATAGTCATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CA
* * * * * * *
15277164 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATATAAGTTTATT-TGAAATGAAATAATACTA
1 TTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTA
* * * * * *** *
15277228 ACTTATTAATA-TTCTTAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAGATAAATTTGTTCGCCAAAC-A
65 A-TCATTAATATTTC-AAAAATTAATAA----GAAATTTAAAA-ATAAATATATTTATC-AACTG
* * * * * *
15277291 AGTTCAAATATTCAT-ATCCATTTGAGCTATTATCTATTTTAAATCGTTATGACA
122 AGTTCAAATAGTCATGA-CTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACA
* ** * * ** * *
15277345 TTTTGTTTTGTCGGAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAA
1 TTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * ** * * * * * *
15277410 TTTATCAATATTTTGAAAATTAACAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCGA-TGTGTTCTA
66 -TCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAA-TAAATATATTTATCAACTGAGTTCAA
* * *
15277474 ATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCA-TTATG--A
129 ATAGTCATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACA
* * * * * * * *
15277519 TCTTTGTTTTATTATAAAA-AAATTGTTTATATTCATACAAACTTATT-TGTAGT-AAATTATAG
1 T-TTTATTTTGTCATAAAACAAA-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATA-
* * * * * * *
15277581 CTAA--ATTAATAGTATTCTAAAAATTAATAACAGATTTAAACATTAAATGTGTTTGTCGAAC-C
62 CTAATCATTAATA-T-TTC-AAAAATTAATAAGAAATTTAAA-AATAAATATATTTATC-AACTG
* * ** * * * *
15277643 AATTCAAAT-GATTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
122 AGTTCAAATAG-TCATGACTATT-TAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACA
* * * * * * * * *
15277697 TTTTGTTTAGTCATAAAA-TATTTTTTTTAGTTCATACATGCTTAATCAAAATAAAATAATACTA
1 TTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * *
15277761 ATTTATTAACA-TTAAAAAATTAATAA
65 A-TCATTAATATTTCAAAAATTAATAA
15277787 ACAACAATTT
Statistics
Matches: 1693, Mismatches: 360, Indels: 339
0.71 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
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TCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAATAAATATATTTATCAACTGAGTTCAAAT
AGTCATGACTATTTAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACA
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1 AA
15278141 GCCTATTTGA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 0, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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* * * * * * * * *
15278234 CTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTGC
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** * * * * *
15278299 AATTCATATAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAACAAC
65 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAC
* * * *
15278363 TAAGAGATTTAAAAAATTAATCTATTTGTCAAAATAGTTCAAACAATTAAGA
129 TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAATTAAGA
* * * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* *
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64 TT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT---AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTA
* ** * **
15278543 ATAAGTAATTGATTTAAAAAGTAAACCTATTTATCAAA-TCAGTTTTAATAATTATAG-
124 ATAACTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTATCAAACT-AGTTCAAATAATTA-AGA
* *** * * * * * *
15278600 CCATGCCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATATT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT-TT
** ** * * *
15278665 TGAACAT-TTAGACTTATT--AAAAAAAATAATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAC
65 TGTTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAC
* * * * *
15278727 TAAGAGATTTAAAAAATAAACCTATTTACCGAACTA-TCTCAAATAGTTATGA
129 TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGT-TCAAATAATTAAGA
** * * * * * *
15278779 CTATTTGAACAATTATAAACTTAAAATCGTTATAACCTTTTCTGTTGTCATAAAACAATTATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA--TTGTT
* * *
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64 TTG--TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * **
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** *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTT
* * * * *
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65 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAC
* *
15279265 -AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTTAAATAGTTAAGA
129 TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAATTAAGA
* * * ** *
15279315 CTATTT-AAGCAATCATTTATTTCAAATAGTTATGATTTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTT
1 CTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TT
* * * *
15279379 TTGTTTATGCAAGCTTATTC-AGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAA
64 TTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * * * **
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128 CTAAGAGA-TTTAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAATTAAGA
* * * * * * * * * *
15279496 TTA-TTGAATAATTATTTATTTCAAAACATTATAACTTTTTGTTTTATCATAAAGCAATTGGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-GTTT
* * * *
15279560 TGTTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
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* * * * * ** * ***
15279623 ATAA-AAATTTTAAAAATAAATCTATTTCA-AAAAC-ATTATGACTTATTGTTTTA
128 CTAAGAGA-TTTAAAAATAAATCTATTT-ATCAAACTAGT-TCAAATAAT-TAAGA
* ** * * * * ** * *
15279676 CCA-TAAAACAATTGGT-TTTGTTC--AT-G-CAAG-CC---TA-TTTGAAACAAAATAATT-TA
1 CTATTTGAACAATT-ATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT-
** * * ** ** ** ****
15279729 AAT-TT-AT-TAA---TATTCCAAA-AACTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTTT
63 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAA--AATAA-TACTAA-TTTATTAATATTTC-AAAAATT
* ** * * * * ** * * * * **** *
15279787 GAACATGTTCAA-ATAGTTATGAACT-TTTTTTTTTGTCATAAACCCATTGGTTTTGTTCA-TAA
123 -AATA-ACT-AAGAGATTTA-AAAATAAATCTATTTATC--AAA--C--TAGTTCAAATAATTAA
*
15279849 AA
178 GA
* * * * * ** * * *** *
15279851 GCTTATTTGGAATAAAATAACACTAATTTATTAAAAT--TTCA-AAAATAATAAGTAAAAGAT-T
1 -C-TATTT-G-A-ACAATTA-TCT-A--T-TTCAAATCGTT-ATGACCT-TTTA-T-TTTG-TCA
*** * * * * ** * * * * *
15279912 TAAAA-AATAAATCTATT--TACCTAG-TGAGTTC-AAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATT
51 TAAAACAATTGTTTTGTTCATA-CAAGCTTA-TTCGAAATA-AAAT-AATA-CTAATTTATTA-A
* * *** * **** * * *
15279972 TATTTC-AAATTGTTATAATCT-TTTGTTTTTGTCATAAAACAATTGT-T---TCTA-TTC--AT
110 TATTTCAAAAAT-TAATAA-CTAAGAGATTTAAAAATAAATCTATT-TATCAAACTAGTTCAAAT
* *
15280028 -A-CAAGT
172 AATTAAGA
* * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * ** * *
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* * * * * * *
15280161 GTAAGAGATTTAAAAAATTAATGTGTTTA-CTAAACCAATTCAAATAGTTAAGA
128 CTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATC-AAACTAGTTCAAATAATTAAGA
* * * * ** *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
* * * * * ** * **
15280279 AGTTCATTCATGCTTATTTGAAATAAAACAATACTTTTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATATG
65 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAC
* *
15280343 TAAGA-AGTTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGA
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* * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * * * * * *
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** * * * **
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* * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTT
** *
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* * * ** * * * * * *
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* * * * *
15280758 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTA
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * *
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* * * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
* ** * * * * * * *
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* * * ** ** * * * *
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* * * * *
15281296 CTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAGT-GTTATAACCTTTTGTTTTTGT--TCACACAA--G--
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* ** *
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* * * * * * **
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* ** * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
* * * * * *
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* * * * * * * *
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128 CTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCAAACT-AGTTCAAATAATTAAGA
* * * *
15281638 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACTATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTT
* * * * * * ** *
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65 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACT
* * * * * * * * *
15281768 AAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCTAATAGTCATA-A
130 AAGAGA-TTTAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAATTA-AGA
* * * **
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1 CTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT-T
*** * * * * * * * * *
15281883 CAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAGTTTATTAGTATTCCAAAAATTAATGAG
64 TTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAC
* * * * * *
15281948 TAAGAGATTTAAAATATGAATCTGTTTACTGAAA-AAGCTC-AATAGTTATA-A
129 TAAGAGATTTAAAA-ATAAATCTATTTA-TCAAACTAGTTCAAATAATTA-AGA
* * * * ** *
15281999 TTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATAATATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
* * * **
15282064 TATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAATTTAATAGG
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* * * * * * * *
15282128 TAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-TAAGTTCAAATAGTCATGT
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* *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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*
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*
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* * * * * * *
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*** * * * ** *
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* *
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257 TTCTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTA
* * ** * *
15279171 TGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGCT-TTTGTTCATATA-AGTTATTCAAAATAAAGTAA
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* * * *
15279234 TACT-ATTCTATTAATATTTTAAATATTAAT-A-AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAA
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* ** * * * **
15279295 ACTAGT-TTAAATAGTTAAGACTATTT-AAGCAATCATTTATTTCAAATAGTTATGATTTTTTAT
448 ACTA-TCTCAAATAGTTAAGACTATTTGAA-CAATCATAAACTTAAAATAGTTATAACCTTTTAT
* * * * *
15279358 TTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGT
511 GTTGTCATAAAACAATTATTTTGGG
* * * * * * *
15279383 TTATGCAAGCTTATTC-AGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA
1 TCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAA
* ** * *
15279447 -AAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGATCAAATAATCATTATTAT-TGAATAATTA
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* * * * *
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128 TATATTTCAAAACATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATACAAGCTT
***
15279575 ATTTTGAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
193 ATTTTGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
15279623 ATAAAAATTT
Statistics
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ATTTCAAAACATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATACAAGCTTATT
TTGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAATTCT
GTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGAC
CTTTTATTTGGTCATAAAACAATGATATTTGAACATATAGACTTATTAAAAAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAACAAGAGATTTAAAAAATAAACCTATTTACCAAACTATCTC
AAATAGTTAAGACTATTTGAACAATCATAAACTTAAAATAGTTATAACCTTTTATGTTGTCATAA
AACAATTATTTTGGG
Found at i:15279520 original size:356 final size:360
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15278290 AATTGTTGCA
* * * * * *
15278300 ATTCATATAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAACAACT
1 ATTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * ** * * * * ** * *
15278364 AAGAGATTTAAAAAATTAATCTATTTGTCAAAATAGTTCAAACAATTAAGACTATATGAACAACT
65 AA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGATCAAATAA-TATTACTATTTGAACAATT
* * * **
15278429 ACT-TATTTCAAATCATTA-AGACCTTTTCGTTTTGTCATAAAATACTTG-TTTTAGTTCATACA
128 A-TATATTTCAAATAATTATA-ACCTTTT-ATTTTGTCATAAAACAAATGATTTT-GTTCATACA
* * * * * **
15278491 AGCTTATTCAAAATAAAATAACAATAATAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAATTGA
189 AGCTTATTCAAAATAAACT---AATACTAATCTAATAATATTTC-AAAAATTAATAA-CAAGAGA
* * ** * * *** * *
15278555 TTTAAAAAGTAAACCTATTTATCAAA-TCAGTTTTAATAATTATAG-CCATGCCAACAATTATCT
249 ATTAAAAA-TAAATCTATTTATCAAACT-AGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATCATAT
* * * * * *
15278618 ATTTCAAATCA-TTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAA-TTATATTTG
311 ATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAGTTGTTTTTG
* ** * * *
15278667 A-ACAT-TTAGACTTATTA-AAA-AAAATAATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAACT
1 ATTCATACAAG-CTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * ** * *
15278728 AAGAGATTTAAAAAATAAACCTATTTACCGAACTATCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
65 AA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGATCAAATA-ATATTACTATTTGAACAATT
* * * ** * * * *
15278793 ATAAACTTAAAATCGTTATAACCTTTTCTGTTGTCATAAAAC-AATTATTTTGGGTCATACAAGC
128 ATATATTTCAAATAATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGATTTT-GTTCATACAAGC
*
15278857 TTATTCGAAATAAACTAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAA
192 TTATTCAAAATAAACTAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAAC-AAGAGAATTAAAA
* * * * * * * *
15278922 ATAAATTTGTTTGTCCAATTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATT
256 ATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATCATATATTTCAAATA
* *
15278987 GTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTTG
321 GTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAGTTGTTTTTG
* * *
15279027 AATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAAAC-AAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
1 -ATTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * *
15279091 T---GATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTTTGACTATTTGAACAATT
64 TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGATCAAATAATATT-ACTATTTGAACAATT
* * * *
15279153 ATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGCTTTTGTTCATATAAG-T
128 ATATATTTCAAATAATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGATTTTGTTCATACAAGCT
* * * * * *
15279217 TATTCAAAATAAAGTAATACTATTCTATTAATATTTTAAATATTAAT-A-AA-AGATTTAAAAAA
193 TATTCAAAATAAACTAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACAAGAGAATT-AAAAA
* * *
15279279 TAAATCTATTTATCAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTAT-TTAAGCAATCATTTATTTCAAATA
257 TAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAA-CAATCATATATTTCAAATA
** *
15279343 GTTATGATTTTTTATTTTGTTATAAAACAA-TTGTTTTTG
321 GTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAGTTGTTTTTG
* * * *
15279382 -TTTATGCAAGCTTATTCAG-ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGT
1 ATTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
15279445 AAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGATCAAATAATCATTATTA-TTGAATAATT
65 -AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGATCAAATAAT-ATTACTATTTGAACAATT
* * * * * * * *
15279509 ATTTATTTCAAA-ACATTATAACTTTTTGTTTTATCATAAAGCAATTGGTTTTGTTCATGCAAGC
128 ATATATTTCAAATA-ATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGATTTTGTTCATACAAGC
*** * * * * * *
15279573 TTATTTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-ATA-AAAATTTTA
192 TTATTCAAAATAAACTAATACT-AATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACA-AGAGAA--TTA
15279635 AAAATAAATCTATTT
253 AAAATAAATCTATTT
15279650 CAAAAACATT
Statistics
Matches: 789, Mismatches: 158, Indels: 79
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
353 51 0.06
354 3 0.00
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367 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
ATTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGATCAAATAATATTACTATTTGAACAATTATA
TATTTCAAATAATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGATTTTGTTCATACAAGCTTAT
TCAAAATAAACTAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACAAGAGAATTAAAAATAAA
TCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATCATATATTTCAAATAGTTAT
GACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAGTTGTTTTTG
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15279502 AATAATTATT
* * * *
15279512 TATTTC-AAAACATTATAACTTTTTGTTTTATCATAAAGCAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTA
1 TATTTCAAAAACATTATAACTTATTGTTTTACCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCCTA
* *
15279576 TTTTGAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAATTTTAAAAATA
66 TTTTGAACAAAATAATTTAAATTTATTAATATTCCAAAAACTAATAAATAAAAATTTTAAAAATA
15279641 AATC
131 AATC
*
15279645 TATTTCAAAAACATTATGACTTATTGTTTTACCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCCTA
1 TATTTCAAAAACATTATAACTTATTGTTTTACCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCCTA
*
15279710 -TTTGAAACAAAATAATTTAAATTTATTAATATTCCAAAAACTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAT
66 TTTTG-AACAAAATAATTTAAATTTATTAATATTCCAAAAACTAATAAATAAAAATTTTAAAAAT
15279774 AAATC
130 AAATC
15279779 TATTT
1 TATTT
15279784 TTTGAACATG
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 8, Indels: 3
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
133 10 0.08
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ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (134 bp):
TATTTCAAAAACATTATAACTTATTGTTTTACCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCCTA
TTTTGAACAAAATAATTTAAATTTATTAATATTCCAAAAACTAATAAATAAAAATTTTAAAAATA
AATC
Found at i:15279943 original size:146 final size:146
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Indices: 15279677--15279954 Score: 348
Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
15279667 ATTGTTTTAC
** ** *
15279677 CATAAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCCTATTTGAAACAAAATAATTTAAATTTATTAATAT
1 CATAAAACAATTGGTTTTGTTCATAAAAGCCTATTTGAAACAAAATAAACTAAATTTATTAAAAT
* * *
15279742 TCCAAAAACTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTTTGAACATGTTCAAATAGTTAT
66 TCCAAAAACTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTCTAGAACATGTTCAAATAGTTAT
15279807 GAACTTTTTTTTTTGT
131 GAACTTTTTTTTTTGT
* * * * *
15279823 CATAAACCCATTGGTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAACACT-AATTTATTAAAA
1 CATAAAACAATTGGTTTTGTTCATAAAAGCCTATTTGAAACAAAATAA-ACTAAATTTATTAAAA
* **
15279887 TTTCAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAG-TGA-GTTCAAATAG
65 TTCCAAAAACTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTT--CTAGAACATGTTCAAATAG
15279949 TTATGA
127 TTATGA
15279955 TTATTTAAAT
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 16, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
145 12 0.11
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148 2 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (146 bp):
CATAAAACAATTGGTTTTGTTCATAAAAGCCTATTTGAAACAAAATAAACTAAATTTATTAAAAT
TCCAAAAACTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTCTAGAACATGTTCAAATAGTTAT
GAACTTTTTTTTTTGT
Found at i:15280671 original size:181 final size:180
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Indices: 15280035--15282233 Score: 1512
Period size: 181 Copynumber: 12.3 Consensus size: 180
15280025 CATACAAGTT
* * *
15280035 TATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTT-GGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-TTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * ** * *
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* ** * * *
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129 AAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGAC
* ** *
15280215 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTT-TGACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTC
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-TTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * ** * *
15280279 AGTTCATTCATGCTTATTT-GAAATAAAACAATACTTTTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAT
65 A-TTCATACAAGCTT-TTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * *
15280342 GTAAGA-AGTTTAAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGAC
127 GTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATC-AGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAATTATGAC
* * *
15280397 TATTTGAATAATTATCTATTT-ACAAT-TGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
15280460 CAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAG
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** ** * *
15280525 TTGGAGA-TTAAAAAATAAATCAGTTTATTAAATCAATTCAAATAATTATCAC
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGAC
* *
15280577 CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTT
15280642 CA-TCATACAAGCCTATTTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
64 CATTCATACAAG-CT-TTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * *
15280705 GTAGGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGCTTACCGAACCAGTTTAAATAGTTATGAC
127 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGAC
* * * * *
15280759 TATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-A
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * * * * * * *
15280823 TGTTCATACATG-TTTATTCGAAATACAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAGTTAGTAA
66 --TTCATACAAGCTTT-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAA
* * * *** *
15280886 CTAAGAGATTTGAAAAATAATTTTTTTTACCAAACCAATTCAAATAATTAACG-C
127 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAACCAATTCAAATAATT-ATGAC
* * * * * *
15280940 CATATGAATAATTATCTATTTCAAA-CTATTATGACCTTTTGATTTGTCTTAAAACAAATGTTT-
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * **
15281003 TTGCTCATATAAG-TTTGTTCAAAATAAAATAAT-CTTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TA
65 AT--TCATACAAGCTTT-TTCAAAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * *
15281063 A-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTA-TTTACCAAACCAGTTCAAATAATAATAAC
126 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGAC
* * * * * *
15281117 AATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-
** * * * * * *
15281182 ATTGGTACAATCTTATTCAAAATAAAGTAAT-CTAATTTGTTAAGA-TCCTAAAAATTAATAAGT
65 ATTCATACAAGCTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * * ** ** *** * * *
15281245 AACAAATTTAAAAAATGAATTTGTTGGCTTGACCAATACAAATAGTTATAAC
129 AAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGAC
* * * * *
15281297 TATTTGAACAATTATCTATCTCAAAGT-GTTATAACCTTTTGTTTTTGT--TCACACAA--G-TT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCTTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* ** *
15281356 GA--C-T-CAA--------AAAAGCATA-AAT-CTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG
64 CATTCATACAAGCTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
15281406 TAAGAGATTTAAAAACTGAATCTGTTTTCGATTA--AGTTCAAATAGTTACT-AC
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCA-AACCAATTCAAATAATTA-TGAC
* ** * * *
15281458 TCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-
* * * * *
15281523 ATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAGACAACTAATTAG
65 ATTCATACAAGCTT-TTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG
* ** * * *
15281586 TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCCAA-TAAGTTCAAATACTTATGAC
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAATTATGAC
* * * * *
15281639 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACTATTGTTTTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTC
* ** * * * * **
15281704 GTTCATACAAGCTTATTT-GGATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTATCAATTAATAAGT
65 ATTCATACAAGCTT-TTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
15281768 AAAAGATTTTAAAAATAAAT-ATGTTTACCGAA-CAAGTTCTAATAGTCATAAC
129 AAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTACCAAACCAA-TTCAAATAATTATGAC
* ** *
15281820 TACTTG-ACTAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTCCTCATAAAACAATTGTAT
1 TATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
15281883 CAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAGTTTATTAGTATTCCAAAAATTAATGAG
64 C-ATTCATACAAGCTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
15281948 TAAGAGATTTAAAATATGAATCTGTTTACTGAAA--AAGCTC-AATAGTTATAAT
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTAC-CAAACCAA-TTCAAATAATTATGAC
* ** * ** * *
15282000 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATAATATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-
* * *
15282065 ATTCATACAAG-TTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAATTTAATAGG
65 ATTCATACAAGCTTT-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG
* * * * *
15282128 TAGGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCAAA-TAAGTTCAAATAGTCATGTC
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTACCAAACCAA-TTCAAATAATTATGAC
* * **
15282181 CATTTGAAAAATTATCTATTTCAAAT-TCTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAA
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
15282234 TATTAGCTTT
Statistics
Matches: 1588, Mismatches: 330, Indels: 201
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
160 7 0.00
161 49 0.03
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172 1 0.00
175 2 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
TTCATACAAGCTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
GAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGAC
Found at i:15281496 original size:161 final size:160
Alignment explanation
Indices: 15281210--15281502 Score: 385
Period size: 162 Copynumber: 1.8 Consensus size: 160
15281200 AAAATAAAGT
* *
15281210 AATCTAATTTGTTAAGATCCTAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATGAATTTGTTGGCTT
1 AATCTAATTTATTAAGATCCTAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATGAATCTGTT-G-TT
**
15281275 GACCAATACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAGTGTTATAACCTTTTGTT
64 GACCAATACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAGTACTATAACCTTTTGTT
15281340 TTTGTTCACACAAGTTGACTCAAAAAAGCATA
129 TTTGTTCACACAAGTTGACTCAAAAAAGCATA
* * * * *
15281372 AATCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTGAATCTGTT-TTCG
1 AATCTAATTTATTAAGATCCTAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATGAATCTGTTGTT-G
** * * *
15281436 ATTAAGTTCAAATAGTTACT-ACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCACTATAACCTTTTG
65 ACCAA-TACAAATAGTTA-TAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAGT-ACTATAACCTTTTG
15281499 TTTT
127 TTTT
15281503 GTCATAAAAT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 14, Indels: 9
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
159 2 0.02
160 5 0.04
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162 54 0.48
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (160 bp):
AATCTAATTTATTAAGATCCTAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATGAATCTGTTGTTGA
CCAATACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAGTACTATAACCTTTTGTTTT
TGTTCACACAAGTTGACTCAAAAAAGCATA
Found at i:15286194 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15285110--15295673 Score: 4758
Period size: 181 Copynumber: 58.5 Consensus size: 180
15285100 ACCTTTATTC
* * * * *
15285110 TGTCATAAAACAATTATTTATATTCATA-CAGCTTATTT-GAAATAAAATAATAGTAATCTATTA
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* * * * * *
15285173 ATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGCTGAACCAATTTAAATA
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* * * * ** *
15285238 ATTAAGACTATATGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTT
129 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
*
15285290 TGTCATAAAACAATT-TTT-TAATTCATACT-AGCTTATTTAGAATAAAATAA-AATGAATTTAT
1 TGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATA-TAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTAT
* * **
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* * *
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126 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-C-----------CTTTT-G
15285470 TTT
178 TTT
* * * * * * * * * *
15285473 TGTCATACAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTTGGAGTAAAATAATGCTTATCTATTAA
1 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
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66 TATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATA
* * *
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129 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* ** * *
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1 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATT-TATT
* * * * ** * *
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64 AATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAAT
* * * * * * * *
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128 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
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1 TGTCATAAAACAATTG-TTTCT-ATTCATATAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
15285889 TAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAAC-AGGCTCAA
63 TAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTA-GTTCAA
* * * *
15285949 ATAATTATGACTATTTGAACAATTCTCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTC
126 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * *
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1 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* *** * * *
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66 TATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATA
* * * *
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129 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * * * * *
15286186 TGTCATAAAACAATTGCTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATACAACAATACTAAGTTATTA
1 TGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * *
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65 ATA--TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACT-AGTTCAAA
* * * * * *
15286315 TAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTTATTT
127 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTTGTTT
* * * ** *
15286370 TGTCA-ACAAACAATTGGTCCTGTTCATACT-ATTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAAT
1 TGTCATA-AAACAATTGTTTCTATTCATA-TAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* ** * * * ** * *
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64 AATATT-TAAAAATTAATAAGTAAG-AGATT--TAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCA
** * * * * *
15286498 AATAGTTAAAACTATATGAACGATTATCTATTCCAAATCGTTATGACCTTTT-TCT
125 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
** * * * * * * *
15286553 TGTTGTAAAACAACTATTT-TATTCATACAAGCTTATCT-GATTAAAATAATGCTAATTTAATAA
1 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
15286616 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATTTATTTAC-CAAATCAGTTGAAATG
66 TATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATA
* * * * * * * *
15286680 GTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATTATTTTGACTTTTTGTTT
129 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * *
15286732 AGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTTACACAAGCCTATTTAGAATAAATTAATATTAATTTATTA
1 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * **
15286796 ACATTTATAAAATTAATAAGAAATAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTAC-GAAACAAGTTTGAA
65 ATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTG-AACTAGTTCAAA
* * * * * * * *
15286860 TAGTTATTACTATTTAAATAATTATCAATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGATT
127 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * ** * * *
15286914 TGTCAAAAAACATTTGTTTCAATTAATACAAGCTTAGATGGATTAAAATAATGCTAATTTATTAA
1 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * ** * * *
15286979 TACTTACCAAAA-TAATAAGTGAGAAACTTAAAAAACAAATCAGTTTATTGAATTAGTTAAAATA
66 TATTTA--AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATA
* * * ** * *
15287043 ATT-TTAGCTGTTTGAATGATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTT
129 GTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * * *
15287095 TCTCATAAAACAATTGTTT-TTTTAGCATATAAGCCTATTT-GAAATAAAATAATATTAATTTAT
1 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATT--CATATAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
15287158 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGTTTAAA
63 TAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAA
* * * * ** **
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127 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTT
* * * * * * *
15287275 TGTCAAAAAAACAATTGTTTCTAATCAGAGAAACTTATTT-G-GT----TAAAACT-A---A-TA
1 TGTC-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * *
15287329 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAGATGTGTTTGCTG-AGTCAATTCATAT
65 ATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACT-AGTTCAAAT
** * * * *
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** * * * * * *
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1 TGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATT
* * * * *
15287509 AATATTCAAAAAATTAAAAAGGAA-ATGATTTGAAAAAATAAATTCGTTTACTGAACAAGTTCAA
64 AATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAA
* * * * * * * ** * *
15287573 ATAGTAATAATTGTTAGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATAACCATTTGTTT
126 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * * ** * *
15287628 TGACATAAAACATTTGTTTC-AGTTCATAAAAGCCTTATCCAAAATAAAAATAATACTAATTTCT
1 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAG-CTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
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* * * **
15287754 TAATTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTT
127 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* ** * * * *
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1 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
15287873 TATTTCAAAAATTAACAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTAAC-GAA-TCAGTTCAAAT
66 TATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACTGAACT-AGTTCAAAT
* * * * ** * *
15287936 AATTATG-GTCATTTCAACAATTATCTGTTTCAAATCATTATTACCTTTTATTT
128 AGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * * * *
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1 TGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * *
15288053 ATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAACTAGTTTAAA
65 ATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACTAGTTCAAA
* * * * * * *
15288117 TAGTTATGACTATTTGAAGAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACCTGTTGTTC
127 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * * **
15288171 TATCATAAAACAATTATTTCCATTCACACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATGCTAATATAAAA
1 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * ** *
15288235 ATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTGAAAAATTAAATTT-TTTTGTCAAACTAGTTCAAAT
65 ATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACTAGTTCAAAT
* * *
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128 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * *
15288345 TCTCATAAAACAAAAT-TTTC-ACTTCATACT-AGCTTATTT-GAAATAAAATAAGA-TAAATTT
1 TGTCATAAAAC-AATTGTTTCTA-TTCATA-TAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACT-AATTT
* * * *
15288405 ATTAAAATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGAATTAAAAAA-CAATTATGTTTACCT-AA-TCAGT
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* ***
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122 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * * *
15288526 TGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCGTATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTGA
1 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* *
15288591 TATTTCAAAAATTAATAA-T-A-A-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACTAGTTCAAA-A
66 TATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATA
* * **
15288650 -TTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATTTTTTGTTCT
129 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT-T
** * * ** * *
15288702 AAT-ACAAAACTTATAATTTCTATTCATGA-AAGCTTATTCA-AATTTAAAATGATACTAA-TTA
1 TGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCAT-ATAAGCTTATTTAGAA--TAAAATAATACTAATTTA
* * * ** *
15288763 TTAATATTTTGACAATTAATAAGCAA-A-ACTTTAAAAAATAAA-TTGTTT-CCAAACTAGATCA
62 TTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCA
* * * * ** *
15288824 AATAGTCATGACTATTTCAATAAGTAT-TATTTCAAATCATTATG-CCCTTTGTTT
125 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * * ** * * *
15288878 TGTTATAAAAAAATTATTT-TAGTAGATCTCAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAAGTTATT
1 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * * *
15288941 -ATATTTCTAAAATTAATAATTAAGAGA-TTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAAT
64 AATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAAT
* * * *
15289004 AGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATTGTTAT-AACTTTT-TTT
128 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
15289055 TGTCACTAAAA-GATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAGTAAAATAATA-TAA-TTATTA
1 TGTCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * ** * *
15289117 ATATTAAAACAATTAATACGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACAAAACAAGTTCAAATC
65 ATATTTAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATA
* * * * **
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129 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
15289234 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTATATTAAAATAATATTAATTTATAAA
1 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * *
15289299 CATTTTAACAACTAATAAGTAAAAGATTTACAAAATAAATATGTTTA-TCAAAC-ATGTTCAAAT
66 TA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACTA-GTTCAAAT
* * ** *
15289362 AGTCT-TGACTATTTGAAAAATTACCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTT
128 AGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
** * * * * *
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1 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
15289479 AATATTCT-AAAATTAATGAGTAAGCAAATTAAAAAAATTAATTTGTTTA-TCGAAC-ATTTCCA
64 AATATT-TAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACTAGTT-CA
* * * * * *** *
15289541 AATAGTTATGGCCATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATAATGACCTTTTGTTT
125 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * **
15289597 TGTCATAAAACAATTGGTTCCATTCATGCAAGC-TATTTCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATT
1 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACT-AATTTATT
* * * * * *
15289659 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTTAAC-ACATTCAAA
64 AATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTA-GTTCAAA
* * *
15289722 TA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTCGTTT
127 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * * *
15289775 TGTCATAAACCTATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
1 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
15289840 -ATTTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTTTAAAAAATAAAATCTATTTAC-CAAGTAAGTTCA
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* * * * * * **
15289903 AATAGTTATGACTCTTTAAACAATTTTTTATTTCAAA-TGTTATTA-ATAAGTAAGATTT
125 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT---TTTG-TTT
** * ** * * * *
15289961 T-TTTTAAATA-AATGTGTTTGTCAAACCA-ATTCAA--ATAGTTAAGACTATTAGAACAATTAC
1 TGTCATAAA-ACAAT-TG-TT-TCTATTCATA-T-AAGCTTA-TTTAGA--A-TAAAATAA-TA-
* ** ** * ** * * * *
15290021 CT-ATTTCA--AATTGTTTCGACCTT--T-TGT-TTAG--TCATAAAAT-AATTT-TTTCAGTTC
54 CTAATTT-ATTAA-TATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-A-CTG
* * ***
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* * ******
15290131 AAACAAGAAATT
169 GACCTTTTGTTT
* * * * * * ** * * * ***
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1 TGTCATAAAA-CAATTGT-TTCTATTCATATAAGCTTATTTAGAATAA-AATAATACTAATTTAT
* * * ** ** *
15290200 TATCTATTTATAAGAAGT-ATGACATTTTG-TTTTTATCATAAAAT-GA-TTGTTTCAGTTCATA
63 TA-ATATTTA-AA-AATTAAT-A-AGTAAGAGATTTA--A-AAAATAAATTTGTTT-A---C-T-
* * * * * * ** ** **
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** *
15290318 TAAAG-AT
174 T-TTGTTT
* * * * * ** * ** **
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1 TGTCATAAAACAA-T-TG-TT-TCTATTCATATA-AGCTTATTTA-GAATAAAATAATACTAATT
* * ** ** * * * *
15290382 TATCT-AT-TTCAAATAATT-ATGAACTTTTG-TTTTGTCATAGAA-CAATTGTTTTATATCATA
60 TAT-TAATATTTAAA-AATTAAT-AA-GTAAGAGATT-T-AAAAAATAAATT-TGTT-TA-C-T-
* ** * ** * *
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114 GAA--CTAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTC--AAATTG-T---TAT
* *
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169 GACCTTTT-----GT---TT
* * * * * * * ** **
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1 TGTCATA-AAACAATTGTTTCTA-TT---CATATAAGCTTATTT-AGAAT-AAAATAA--TACTA
* * *** * * ** * **
15290580 TTGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTCAT-A-TAAGCTTATTTGGAATAAAAT-AATACTAATT--
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* * * * * * * *
15290640 TAATAATA-TTCCAAA-AATTGATAACTA--AGAAAAAATAAATCTATTTGCCAAAGTAGTTCA-
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* *
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169 GAC-CTT-TTGTTT
* * * * ** ** ***
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1 TGTCATAAAACAA--TT-G---TTTCTAT--TCATAT---AA--GCTTATTTAGAATAAAATAAT
* ** * * ** *** * * * * *
15290775 ATTGAAAATA-AAATAGTACTAATTTATTAATCTTTCATA-AATTAATAAGTAAA--TGTTTACT
53 ACT-AATTTATTAATA-T-TTAA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT
* * * * ** * * * *
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114 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
15290899 TT
179 TT
* * * * * * * * * *
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1 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * *
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65 ATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATA
* * * **
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129 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
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1 TGTCATAAAACAA--TTGTTTCTATTCATA-TAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTA
* * * * *
15291146 TTAATATTTCAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAAT-TATTCTATTTGCCT-AACCAGTTCA
62 TTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTT-ACTGAACTAGTTCA
* * ** *
15291204 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTCT
125 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * * * * *
15291260 TGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCGTATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAA
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* * * * *
15291325 TATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTTAAAAA-AAATCTATTTA-TCAAATGAGTTCAAATA
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** * * ** * *
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* * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * ** *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 TGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * ** **
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* * * ** *
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* * * * * * *
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** * * * * ** *
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* * * * * **
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* *
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* * * *
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* *
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* * * *** *
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* * * *
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* ** * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * *
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** **
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** * **
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*
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** *
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* *
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* *
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* * * * *
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**
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* *
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* *
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* *
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*
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* * * *
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* * * * *
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*
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* * *
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* *
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*
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** * *
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*
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* * *
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* *
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* * ***
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*
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* *
15310347 AAAAT- AAAATA ATAAA-A CAAAATA AAAGTG AAAATA AATAATA AATAATA
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* * * * *
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AAAATA
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* *
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* *
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*
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* *
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* *
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*
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*
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1 AAATAAA-AT
*
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* *
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*
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1 AA-ATAAAAT
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1 A
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*
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* * * * *
15311446 AATAAT AATAAT AATAAT AATAAG GAT-AT ATATATT AATAAAT AGTAGT
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* * * *
15311495 AATAAAT AAATAAT AAATACAT AA-GAT AAAAAT AA-AAG AAAAAT -ATATAT
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* * * * * *
15311545 AAAAAC AATAAT AAAAAT AAAAAT AAAAAT AA-AAT AAAAAT AA
1 AATAAT AATAAT AATAAT AATAAT AATAAT AATAAT AATAAT AA
15311588 AACAAAAATG
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AATAAT
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*
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1 AAATAATAATAA
* *
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* *
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*
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*
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*
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1 AAAT
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* * * *
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15311488 TAGTAGTAAT
* * * *
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* *
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* * * *
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* *
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* ** *
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* * * * * **
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* * * * * * *
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** * * * * *** *
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** *
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* * ** * * * * *
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** * * * * * * * **
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* * * * *
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** * * * *
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* * ** * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * **
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** * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * **
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* * *
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* * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * * * ** * **
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126 TTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAA
* * * * * *
15313757 TATAA-ATCTAATTTATTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTGAATCTGTT
1 AATAATA-CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * **
15313821 TATC-AATCAAGTTCAAATAGTTACTACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCT
65 TACCGAAT-AAGTTCAAATAGTTA-TACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACCT
* * *
15313885 TTTGTTTTGTCATAAAATAATCT-TTTCTATTCCTACAAGCTTATTTCAATTAA
127 TTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAA
* * * *
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* * * * * *
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64 TTACCGAATAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACCT
* *
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* * * * * * * * * * **
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* * * * * ** *
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** * *
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* **
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* * * *
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* * * *
15312221 CATATC-C-ATTTAAACT-ATTATCTATTTCAAATCA-TTATGGCTTGTTATTTTGTCGTAAAAA
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * **
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* ** * *
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* * *
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** * * *
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* * * *
15312813 CATAAAACAATTGTT-TTAGTTCATAGAAGCTTA-TCCAAAGTAAAATAATAGTACTTTATTAAT
66 CATAAAACAATTGTTCCTA-TTCATACAAGCTTATTCCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
15312876 ATTTCAAAAATTGAGAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTTAAATACT
129 ATTTCAAAAATTAAGAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCGAATAAGTTTAAATACA
* * * * *
15312941 TATCACGATTTGAATAATTATCTATTTCAAATATTTATGATTTTTTGTTCTATCATAAAACAAAT
194 TATCACGATTTAAATAATTATCTATTTCAAATATTTATGACTTGTTATTCTATCATAAAAAAAAT
* ** * * *
15313006 GTTTTTCATCATACAAGCTTGTTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAA
259 GTTTTTCATAATACAAAATTGATTCAAATAAAATAATACCAACTTATTAATATTTCAAAAACTAA
* **
15313071 TAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
324 TAAG-AGGACATTTAAAAAATAAATATGCTTACAAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
* *
15313136 CAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATGTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATAC
388 CAATTATATATTTCAAATCGCTATAACCTTTCATGTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATAC
* * * *
15313201 AAGCTTATTCAGAATACAATAATATTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAACCAATAGATTT
453 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTATAAAAATTAATAACCAAGAGATTT
* * *
15313266 AAAAAATAAATTTTTTTACCGAACCAATTCAAACAGTTAAAGCTATATGAATAATTATCTATTTC
518 AAAAAATAAATGTGTTTACCGAACCAATTCAAACAGTTAAAGCTATATGAACAATTATCTATTTC
*
15313331 AAACCATTATGACCTTTTGTTT
583 AAACCATTATGACATTTTGTTT
15313353 TGTCATAAAA
Statistics
Matches: 500, Mismatches: 84, Indels: 37
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (724 bp):
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CATAAAACAATTGTTCCTATTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAAGAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCGAATAAGTTTAAATACATA
TCACGATTTAAATAATTATCTATTTCAAATATTTATGACTTGTTATTCTATCATAAAAAAAATGT
TTTTCATAATACAAAATTGATTCAAATAAAATAATACCAACTTATTAATATTTCAAAAACTAATA
AGAGGACATTTAAAAAATAAATATGCTTACAAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA
TTATATATTTCAAATCGCTATAACCTTTCATGTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAG
CTTATTCAGAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTATAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAA
AAATAAATGTGTTTACCGAACCAATTCAAACAGTTAAAGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAA
CCATTATGACATTTTGTTTAGTTATAGAATAATTGTTTCATTTCATACATGCTTATTCAAAATAA
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TACTGAGCA
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Indices: 15312028--15313630 Score: 1550
Period size: 720 Copynumber: 2.2 Consensus size: 716
15312018 TTACCAAGTG
* ** * * * *
15312028 AGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAATCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTCATGACTAGTTAAACAATTAGCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTAT
* **
15312093 CATAAAACAATTGTTCCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTCCTATTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
15312158 TCTAAAAATTAATAATTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAATAAGTTTAAATAGTCA
131 TCTAAAAATTAAGAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATTCATTTACCGAATAAGTTTAAATAG-CA
* * * *
15312223 TATCCATTTAAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGGCTTGTTATTTTGTCGTAAAAAAAATGT
195 TATCCATTTAAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTGTTATTCTATCATAAAAAAAATGT
*
15312288 TTTTATTAATGAAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAACTTATTAATATTTCAAAAATTAAAA
260 TTTTATTAATGAAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAACTTATTAATATTTCAAAAACTAAAA
* * * * * * * *
15312353 ATACATTTAAAAACTAAATTTGTTTACAAAATCATTTCAATTAGTTATGACTATTTGAACAATTA
325 AGACATTTAAAAAATAAATATGCTTACAAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
15312418 TATATCTTAAATTGCTATGATCTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTA
390 TATATCTTAAATCGCTATAACCTTCATGTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTA
* * * **
15312483 TTCAAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
455 TTCAAAGTAAAATAATACTAAACTAATAATATTATAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAAT
* ** * *
15312548 CAATGTGTTTATTGAACAAGTTTAAACAGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
520 AAATGTGTTTACCGAACAAGTTCAAACAGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACCAT
* * * * * * *
15312613 TTTGATATTTTGTTTAGTTATAGAATAATTGTTTCATTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATA
585 TATGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAAATGTTTCATTTCATACAAGCTTATT---AATAAAATA
15312678 ATACTTTTTTATTAACATTCAGAAAATTAATACGCAAGAAGTTTAGAAAAATAAATTTACTTACT
647 ATACTTTTTTATTAACATTCAGAAAATTAATACGCAAGAAGTTTAGAAAAATAAATTTACTTACT
15312743 GAGCA
712 GAGCA
** * * *
15312748 AGTTCAAATAGTTGTGACTAGTTGAATAATTAGCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAGTCATGACTAGTTAAACAATTAGCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTAT
* * * *
15312813 CATAAAACAATTGTT-TTAGTTCATAGAAGCTTA-TCCAAAGTAAAATAATAGTACTTTATTAAT
66 CATAAAACAATTGTTCCTA-TTCATACAAGCTTATTCCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
15312876 ATT-TCAAAAATTGAGAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTATCGAATCAGTTTAAATA
129 ATTCT-AAAAATTAAGAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATTCA-TTTACCGAATAAGTTTAAATA
* * * * *
15312939 -CTTATCACGATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAAT-ATTTATGATTTTTTGTTCTATCATAAAA
192 GCATATC-C-ATTTAAACT-ATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACTTGTTATTCTATCATAAAA
* * ** * * *
15313001 CAAATGTTTTTCA-TCAT-ACAAGCTTGTTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
253 AAAATGTTTTT-ATTAATGA-AAAATT-ATTCAAAATAAAATAATACCAACTTATTAATATTTCA
* **
15313063 AAAACTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGAC
315 AAAACTAA-AA--A-GACATTTAAAAAATAAATATGCTTACAAAACCAGTTCAAATAATTATGAC
* *
15313128 TATTTGAACAATTATATAT-TTCAAATCGTTATAACCTTTTATGTTGTCATAAAACAATTATTTA
376 TATTTGAACAATTATATATCTT-AAATCGCTATAACC-TTCATGTTGTCATAAAACAATTATTTA
* * *
15313192 TATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TACAATAATATTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAAC
439 TATTCATACAAGCTTATTCA-AAGTAAAATAATACTAAACTAATAATATTATAAAAATTAATAAC
* * * * *
15313256 CAATAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTACCGAACCAA-TTCAAACAGTTAA-AGCTA-TATGAAT
503 CAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAACAGTTAAGA-TTATTA-GAAC
* * * * *
15313318 AATTATCTATTTCAAACCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TTGTTTATAT
565 AATTATCTATTTCAAACCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAAATGTTTCAT-TTCATAC
* * * * * *
15313382 AAGTTTGTTAAAAATAAAATAATA-TTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAG--AG-A-T
629 AAGCTTATT---AATAAAATAATACTT-TTTTATTAACA-TTCAGAAAATTAATACGCAAGAAGT
* * * ** *
15313441 TTA-AAAAGTAAATCTATTTACCAAATC-
689 TTAGAAAAATAAATTTACTTA-CTGAGCA
* * * * ** * * ** * * *
15313468 AGTTCGAATGGTTATAAAAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTCATGACTAGTTAAACAATTAGCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTAT
* * * * * * *
15313533 CATAAAATAGTTGTTTCC-ATTAATACAATCTTATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTGTTAATA
66 CATAAAACAATTG-TTCCTATTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
15313597 TCCTCAAAATTAATAAG-T-AACGAATTTAAAAAAT
130 TTCTAAAAATTAAGAAGTTGAA-G-ATTTAAAAAAT
15313631 GAATCTATTA
Statistics
Matches: 717, Mismatches: 135, Indels: 62
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
718 7 0.01
719 15 0.02
720 376 0.52
721 22 0.03
722 1 0.00
723 5 0.01
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725 209 0.29
726 8 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (716 bp):
AGTTCAAATAGTCATGACTAGTTAAACAATTAGCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTAT
CATAAAACAATTGTTCCTATTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TCTAAAAATTAAGAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATTCATTTACCGAATAAGTTTAAATAGCAT
ATCCATTTAAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTGTTATTCTATCATAAAAAAAATGTT
TTTATTAATGAAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAACTTATTAATATTTCAAAAACTAAAAA
GACATTTAAAAAATAAATATGCTTACAAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
ATATCTTAAATCGCTATAACCTTCATGTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTAT
TCAAAGTAAAATAATACTAAACTAATAATATTATAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATA
AATGTGTTTACCGAACAAGTTCAAACAGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACCATT
ATGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAAATGTTTCATTTCATACAAGCTTATTAATAAAATAATAC
TTTTTTATTAACATTCAGAAAATTAATACGCAAGAAGTTTAGAAAAATAAATTTACTTACTGAGC
A
Found at i:15314526 original size:286 final size:286
Alignment explanation
Indices: 15314014--15314567 Score: 720
Period size: 286 Copynumber: 1.9 Consensus size: 286
15314004 CCAAATAAGT
* * * *
15314014 TCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTTTTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTCAT
* * * * *
15314079 AAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT
66 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAGTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTA
* * * * ** * *
15314144 GACAATTAGTAATTAAAAGATTTTAAATATAAATATGGTTACTGAATAAGTTCTAATTGTCATAA
131 GACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGGTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATAA
* * * *
15314209 CTACTTGAGTAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATC
196 CCACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTATTTCATCATAAAACAATTGTATC
15314274 AATTCATATAGGCTTACTAAACAAGC
261 AATTCATATAGGCTTACTAAACAAGC
*
15314300 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGA-TCTTTTATTTTGTC
1 TCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACT-TTTTATTTTGTC
* * *
15314363 ATAAAACAATTGTTTCTCTTCATACAAGTTTAGTCATAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT
64 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAGTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT
* * * *
15314428 CTAGA-AATTAATAGGTAAGAGGTTTAAAAAATAAATAT-GTCTACCAAATTAGTTCAAATAGTC
129 -TAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGGT-TACCAAATAAGTTCAAATAGTC
* * ** *
15314491 ATATCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTATTTTGTCATAAAGCAATTG
192 ATAACCACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTATTTCATCATAAAACAATTG
* *
15314556 TTTCTATTCATA
257 TATCAATTCATA
15314568 CATAATTATT
Statistics
Matches: 228, Mismatches: 36, Indels: 8
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
285 4 0.02
286 221 0.97
287 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (286 bp):
TCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAGTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTA
GACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGGTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATAA
CCACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTATTTCATCATAAAACAATTGTATC
AATTCATATAGGCTTACTAAACAAGC
Found at i:15315786 original size:349 final size:343
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Indices: 15315382--15316020 Score: 711
Period size: 349 Copynumber: 1.8 Consensus size: 343
15315372 TTGTTTTAAC
* ** * *
15315382 TTTTTGTTTAATCATAAAACTATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT-A-AACACTAAT
1 TTTTTGTTTAATCATAAAACAATTGTTTTAGAACATACAAACTTATTCAAAATAATAACACTAAT
*
15315445 TTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAT-ATTTGAAAAAATAAATTTATTTA-CGAACAAG
66 TTATTAACATTCAAAAAA-T--T-AG-AAAATGATTT-AAAAAATAAATTTATTTATCAAACAAG
* * * *
15315508 TTCAAATAGTTATGGTTATTTGAACAATTAT-TTATTTAAAATTGTTTTGAA-CTTTTGTTTTAT
125 TTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTT-TTTAAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTTT-G
* * * * * * * **
15315571 TATAAAATAATTGTTTC-AGTTTATAAAAGCTTACCCAAAATAAAATAATACTACTTTTTTTAAT
187 CATAAAACAATTATTTCTA-TTCATAAAAGCTTAACCAAAATAAAATAATACTA-GTGTAATAAT
15315635 ATTTCAAAAATT-AGTAAATAAGAGATTTAAAACAAATAAATCAGTTTACCAAATCAGTTCAAAT
250 ATTTCAAAAATTCA-TAAATAAGAGATTT-AAA-AAATAAATCAGTTTACCAAATCAGTTCAAAT
15315699 AATTATAGCCATTTGAACAAAATCGTTAATAT
312 AATTATAGCCATTTGAACAAAATCGTTAATAT
** * *
15315731 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GCAACATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACT
1 TTTTTGTTTAATCATAAAACAATTGTTTTAG-AACATACAAACTTATTCAAAAT--AATAACACT
* ** * * * * * * *
15315795 AATTTATTAATATTTTAAGAATTAGTAATTGATTTAAAAATTAAATTTGTTTATCAAACCAGTTT
63 AATTTATTAACATTCAAAAAATTAGAAAATGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACAAGTTC
*
15315860 AAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGCATAAA
128 AAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTTTTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGCATAAA
* * * * *
15315925 ACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTAATCGAAATAAAATAATACTAGTGTAATAATATTTTAAA
193 ACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTAACCAAAATAAAATAATACTAGTGTAATAATATTTCAAA
15315990 AATTCATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
258 AATTCATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
15316021 TTGTTTGTTG
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 39, Indels: 26
0.79 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
345 8 0.03
346 3 0.01
347 31 0.13
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349 106 0.44
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353 22 0.09
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (343 bp):
TTTTTGTTTAATCATAAAACAATTGTTTTAGAACATACAAACTTATTCAAAATAATAACACTAAT
TTATTAACATTCAAAAAATTAGAAAATGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAA
TAATTATGATTATTTGAACAATTATCTTTTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGCATAAAACA
ATTATTTCTATTCATAAAAGCTTAACCAAAATAAAATAATACTAGTGTAATAATATTTCAAAAAT
TCATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATAGCCATTT
GAACAAAATCGTTAATAT
Found at i:15316094 original size:180 final size:181
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Indices: 15315732--15318595 Score: 1986
Period size: 181 Copynumber: 16.0 Consensus size: 181
15315722 CGTTAATATT
* * **
15315732 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGCA-ACATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT--ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
15315795 AATTTATTAATATTTTAAGAATTAGT-AAT---TGATTTAAAAATTAAATTTGTTTATCAAACCA
64 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCA
* * * * ** *
15315856 GTTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATTGTTATAACC
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
15315909 TTTTGTTTTG-CATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTAATCGAAATAAAATAATACTAG
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * ***
15315973 TGTAATAATATTTTAAAAATTCATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAATCAGT
66 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAGT
* * * * * *
15316038 TCAAACAGTTAAGATTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
131 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * ** * * * * *
15316089 TTTTGTTTTGTCTTAAGACAATTATTTGAACTCATATAAGTTTACTT-GGAATAAAATAAAACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
15316153 ACTTGTTAATA-TTTCAAACTT--T-TATAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTATC-AGA-C
65 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCGA-ATC
* * * * * * * *
15316211 GAGTTCAAATAATTATAACTAGTTGAACAATTACCTATTTTAAATCGTTATTACT
128 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * *
15316266 TTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATACTACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
** *** * * * *
15316330 TTTATTAATATTTGGAAAATTAATCGGTAAGAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCATT
66 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAGT
* * * *
15316395 TCAAATAGTTTTGACTATTTGTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACA
131 TCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * ** * * *
15316447 TTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTCTG-AATGAAATAAAATTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTA
* * *** * * * *** *
15316511 ATTTAATT-ATATTTCAAAACTTAATAGCCAAGAAAATTAAAAAAT-AATTTGAATTGTTGAACC
65 ATTT-ATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTTACCGAATC
* * * * * * *
15316574 AATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACGATTATCAATTTCAAATCTTTATGATC
128 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *** * *
15316628 TTTTGTTTTATCATAAAACAAAATT-TTTGT-TT-GTACAAGCTTATTTGGTTTAAAATAAAACA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAC--AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * *
15316690 AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCA
64 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCA
* * * *
15316755 ATTC--ATAGGTTAAGA-TGATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACC
129 GTTCAAATA-GTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * ** * * **
15316807 TTCTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-TAATTCATACAATTTTATTCAAAATAAATTAATAAAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
15316871 ATTTATTAAAATTTGAAAAATTAATAACA-AAGAGATCTAAAAAGTAAATCTATTTATCGAAT-A
65 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCA
* * * * *
15316934 GGTTCAAATAGTCATTACTATTTTGAACAATTATTTTATTTAAAATCATTATAACC
129 -GTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
15316990 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTATATAG-AATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTA
* * *
15317054 ATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAATCAG
65 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAG
** * * * * **
15317115 TAAAAATAATTATG-GTCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTCTGAAT
130 TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * * *
15317167 TTTTATTTTGTTATAAACCAATTGTTT-TTTGTCAGACAAGGTGATGCGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * ** * **
15317231 AGTTATTAATAGTTCCAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-TTGAAT-AG
65 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAG
* * *
15317290 TT---A-A---A--ACTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATCATT-TGACC
130 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * ** *
15317332 --TTGTTTTAGTCATAAAATAGTTGTTTC-ATATCATACAAGCTT-TTTTAGAATAAAATAATCC
1 TTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAC
* * ** * * * * * *
15317393 TAATATATTAACA-TTTAAGAAATTAATAAGCAACATATTGGAAAAAATAAAATCTATTTACCAA
63 TAATTTATTAATATTTTAA-AAATTAATAAATAAGAGATT-TAAAAAAT-AAATTTGTTTACCGA
* * * * * *
15317457 ATAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTA-CT-TATAAAATCGTTATGACC
125 ATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
15317512 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAATACAAGGTTATAT-GAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTA
* *
15317576 ATTTATTAATATTTCT-AAAATTAAT---T-AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAATCA
65 ATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCA
* * * * * *
15317636 GTTAAAATAATTATG-GTCATTTGAATAATTGTCTATTTCAAATCGTTATGACC
129 GTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
15317689 TTTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
1 ---TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG-----AAATAA-A
* * * * *
15317753 ATAATAATAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATTTGTTT
56 ATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * ** *
15317817 GA-CGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACC
120 -ACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
** * * *
15317879 TTTTG-TTTGTCATAAAACAATCATTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAAATAATACA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACT
* * * * * * *
15317942 AATTTATTAATA-TTGAAAAACTTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTATCGAATC
64 AATTTATTAATATTTTAAAAA-TTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATC
* * * * * * * *
15318006 ATTTCAAATAATTAGGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACC
128 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * *
15318060 TTTTGTTTGGTTATATAACAAATGTTTTTGA-TCATTCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* *
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* *** * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * **** *
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* ** * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * * * **
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* ** * * * * * * * *
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* * * * * *
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** ** * * * * * *
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* * * *
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* * * ** ** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * ** * * * *
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** * ** *** * * *
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* * *
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* ** * *
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* ** * **
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* * * * *
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* * * ** * * * * *
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** * *
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* ** *
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** * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * * * * * *
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192 ATAAAACAATTGTTT-TTGATCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** *
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** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * * * *
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127 GTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * * ** * *
15318433 GTAGAACAATT-TTTTCAATTCTTAGTAA-CTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATA
192 ATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATA-CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * ** *
15318496 TTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGA-TTAAAAAAT-AATTATGTTTGCCAAA-CTAGTTCAAATAA
255 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTAACAAATC-AGTTCAAATAG
* *
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* ** * * * * *
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1 TTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAATTCATACAAGGTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
** * ** * *
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66 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAAT-AGT
* * * ** * * * ** * * * *
15318713 TCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGAGCATTTGTTTTATCAT
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* * * * *
15318778 AAAATAATTGTTTCT-ATTCATA-TAGTCTTATTT-AGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATAT
194 AAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAG-CTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * * *** **** *
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256 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAACAAATCAGTTCAAATAGTTA
* *** **
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321 TGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * ** ** * * * *
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1 TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAATTCATACAAGGTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * *
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* * ** * * * *** * *
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191 CATAAA
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Statistics
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ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * *
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** * *
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129 CAAAATAATTGTTTCTA-TTCATA-AAGTCCTATT-GAGAATAA-AGTAATGCTAAC
* * *
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* * * *
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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* * * *
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* **
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* *
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*
15319856 CTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAG
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*
15319921 TAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTT
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15319948 ACCGAGCAAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
AAAATATTAAAAAAATAAATCTATTTTTGAACCTGTTCAAATAACTATGACTATTTA
Found at i:15320085 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15319178--15320216 Score: 587
Period size: 180 Copynumber: 5.7 Consensus size: 181
15319168 TATTTGAAAT
* * * * * *
15319178 AAAATTAATAAG-TAAAATATTTAAAAAATAAATCTTTTTCCCTAATAAGTTCAAATAGTTATGA
1 AAAATTAAT-AGCTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTAAAATAGTTATGA
* * * * * * * * * *
15319242 CTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAAAAAATTGTT
65 CTGTTCGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATTACCTTTAGTTTTGTCAT-AAAACAATTATT
* * * * * * * * * *
15319306 TTTCTTCATACAAACTTATTTGGATTAAAAGAATA-TGAATTTTA-TAATGTTTTG
128 TCTATTCAAACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AA-TTTACTAATATTCTA
** * * * * * * * *
15319360 CCAATTAATATG-TAAAATATTT-TAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAA
1 AAAATTAATA-GCTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTAAAATAGTTATGA
* ** * ** * ** * * *
15319423 CTATTTAAATAATTA-CTATTTCAAATCA-TTAAAACCTTTTGTTTCATTATAAAACAATTGTAT
65 CTGTTCGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATTACCTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * * * *
15319486 C-AGTTCATATAGGCTTATTCT-AAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTA
129 CTA-TTCAAACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCTA
* * * * ** * * **
15319539 AAAATTAACGAG-TAAGAGATTTAAAAAAATGAATATGCTTACCAAACAAGTTCAGTTAGTTATG
1 AAAATTAA-TAGCTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTAAAATAGTTATG
* * * * * * * *
15319603 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTA-TTTTTTCATAAAGCAGTTGT
64 ACTGTTCGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATTACC--TTTAGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * ** *
15319667 TTCTATTCATACAAGCTTATTTCG-AATAACATAAT--TAAATTTGTTAATATTCCA
127 TTCTATTCAAACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATTTACTAATATTCTA
* ** **
15319721 AAAATTAATAAG-TAAAA-ATTAAAAAAATAAAATCTATTT-TTGAACCTGTTCAAATAACTATG
1 AAAATTAAT-AGCTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACCGAACAAGTT--AA-AA-TA-G
* * * * * *
15319783 ACTATTTAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAACC
59 --T-TATGACTGTTCGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATTACCTTTAGTTTTGTCATAAAAC
* *
15319848 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATT-TCA
121 AATTATTTCTATTCAAACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCT-A
* *
15319909 AAAATTAATAAG-TAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCAAGTTAAAATAGTTATGA
1 AAAATTAAT-AGCTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTAAAATAGTTATGA
* * * * * *
15319973 CTGTTCGAACAATTATTTTTTTTAAATAGTTA-T-GCTCTTAGTTTTGTCGTAAAATAATTATTT
65 CTGTTCGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATTACCT-TTAGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * * *
15320036 CTATTCAAACAAGTTTATTTTG-AATAGAATCATACTAATTTATTAATATTCTA
129 CTATTCAAACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCTA
* * ** * * * * * *
15320089 CAATTTAATAGCTAGGAGATTTAACAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTCATGTC
1 AAAATTAATAGCTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTAAAATAGTTATG-A
** * * * *
15320154 CACTT-GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT
65 CTGTTCGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATTACCTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
15320217 TTGTTCATAC
Statistics
Matches: 681, Mismatches: 136, Indels: 81
0.76 0.15 0.09
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ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAAATTAATAGCTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTAAAATAGTTATGAC
TGTTCGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATTACCTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT
ATTCAAACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCTA
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Period size: 180 Copynumber: 2.7 Consensus size: 174
15320282 TCATGTCCAC
* * *
15320292 TTGAATAATTATCTTTTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-TAAAAAAATTGTTTCTATT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
* * * *
15320356 CATACAGAATTATT-GGTAATAAAAT-ATACTAATTTATTTATATTTTGAAAATTAATAAGAGAT
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* * * * **
15320419 TTAAAAACTAAATATGTTTATCTCACCAGTTTAAATAGTTATTACTAT
127 TTAAAAAATAAATATATTTATCTCACCAATTCAAATAGTTAGGACTAT
* * * * *
15320467 TTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTTTTC
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT-TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTC
*
15320532 ATACAAGTGTATTAGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAGAAATTAATAAGTAAGAG
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15320597 ATTTAAAAAATAAATATATTTA-CTCAACCAATTCAAATAGTTAGGACTAT
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* * *
15320647 TAGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-TTT-GTCATAAAACAATTATTTCTA-T
* * *
15320711 TCATACAAGCTTATTCA-GAATAAAATAATATTAATTTATTAA-CTTTTGAAAA
63 TCATACAAG-TTATT-AGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAA
15320763 GTTAGAAGCC
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 32, Indels: 26
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Matches are distributed among these distances:
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179 12 0.05
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182 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (174 bp):
TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCA
TACAAGTTATTAGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAAATAATAAGAGATTTAA
AAAATAAATATATTTATCTCACCAATTCAAATAGTTAGGACTAT
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Indices: 15320867--15323967 Score: 897
Period size: 181 Copynumber: 17.1 Consensus size: 179
15320857 TAACCTTTTG
* * * **
15320867 TTTCAGTTCATA-AGAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTTT
1 TTTCAGTTCATACA-AGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * *
15320931 TAAGTAAGAGATTTAAGAACTAAAGCTAT-TTT-TCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
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* * * * * * ** * **
15320994 TACAAATATCAATCTTAAATCGTTATGATAATTGTTTTGTCATAAAGTAATTA
127 AATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTA
* * * * ** *
15321047 TTTC---TGAT-CAAGCTTATTTG-GATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAACTAA
1 TTTCAGTTCATACAAGCATATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * **
15321107 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAATC-ATTTTGAATAGTTAATG-CTA-TTA
65 TAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAG-T-ATGACTATTTA
* ** * * * * *
15321169 GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG
127 -AATAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTA
* * * *
15321224 TTTTAGTTCATACAAGCATATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTGAAAAATTAA
1 TTTCAGTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAA
* * * * *
15321288 TAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGTATAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
65 TAAGCAAGAAATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTAA
* * * * *
15321353 ATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGTCAAAAAACAATTG
128 ATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTA
* * * * * *
15321405 TTTC-TTTCGTACAAGCATATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT
1 TTTCAGTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * *
15321469 AAGTAATAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACCGAACCAA-TTCAAATAGT-TGGACTA-TTAGA
66 AAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTAT-GACTATTTA-A
* * * * *
15321530 ACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGATCTTTCGTTTAGTCATAAAATAATTA
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* * *
15321583 TTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CTTTCAAAAAATTA
1 TTTCAGTTCATACAAGCATATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTA
* *
15321646 ATAAGCAAGAAATTTAAAAGAATAAATATGTTCACTGAACAAGTTCAAATAGATAT-AGCTATTT
64 ATAAGCAAGAAATTTAAAA-AATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG-TATGA-CTATTT
* * * * *
15321710 AAATAGTTATCTATGTAAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTA-TCATAAAACAACTA
126 AAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTA
* * * * * *
15321765 TTTCAGTTCATAAAAACCTATTTGAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATT
1 TTTCAGTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * ** * *
15321830 AAGTAAGAGATTTAAAAAGTAGAGCTAT-TTT-TTGAACCAGTTCAAATAGTTACGACTATTTAA
66 AAGCAAGAAATTTAAAAAATA-A-ATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTAA
* * * * * *
15321893 ACAAATATCAATCT-AAATCATTGTGATCTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTA
128 ATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTA
** ** * * * ** *
15321944 TTTTTGACCATACAAGC-TGATTTG-GATAAAAATAATACTAATTTAATATTATTTTGAGAATTA
1 TTTCAGTTCATACAAGCAT-ATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * ** * ** *
15322007 ATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTCTAAGAGATTTAAAAAAT-AAAT-GTATTTACCAT
64 ATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATATGT-TTACCGA---ACAAGTTCAAATAGTA-TGA-C-T
* * * * **** * *
15322070 ATCAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-T-AGAATAATTATCCA-TTTCAAATCGTTC-T--AACATT
122 AT---TT-AAATAATT-A-TCTATCTCA-AATCATTAT-GATTTTTGTTTAG-TCATAAAACAAT
*
15322129 TT
178 TA
* * ** * * * * * * * * ** * * *
15322131 TTTTAGTT-ATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAA-GCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATT
1 TTTCAGTTCATACAAGCA-TATTTGAAATAAAATAATACTAATTT---A-TTAATATTTC-AA-A
* ** * ** * * *** *
15322194 TATTAACTTTTG-AA-AAA-TTAATAAGCAAGAGAT-TTGAAAAAATAAATGAGTTTACCGAATA
59 AATTAA--TAAGCAAGAAATTTAAAAAATAA-ATATGTT-TACCGA-ACA--AG-TT--C-AA-A
* * * * * * *
15322255 GGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGT
112 ---T--AGT----ATGACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCATTATG-ATTTTTGTTTAGT
*
15322320 CATAAAACAATTT
167 CATAAAACAATTA
* ** *** * * ** * *
15322333 TTTCAGTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTGAAGATCAAT
1 TTTCAGTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * * * * * *
15322398 AAGTAA-AAGACTTAAAAATTAAA-ACAGTTTATCAAATC-ACTTCAAATAATTATGGCCATTTG
66 AAGCAAGAA-ATTTAAAAAATAAATA-TGTTTACCGAA-CAAGTTCAAAT-AGTATGACTATTTA
* * ** *
15322460 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTTA
127 AATAATTATCTATCTCAAATCATTATGA--TTTTTGTTTAGTCATAAAACAA-TTA
** ** * * * * * * * *
15322516 TTTTTGAACATACAAGCTTATTTTAAACAAAATAATACTAATTGATTAATGTTTCAAGAATGAGT
1 TTTCAGTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * *
15322581 ATG--AG--ATTCAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
66 AAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTAAA
* * ** * **
15322640 CAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTCTA-TCATAAAACAATTA
129 TAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTA
** * * ** ** * * ** *** *
15322692 TTTTTGTTTATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACAAAATTAAAAATA-TTC-TGGATATCA
1 TTTCAGTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT-TAA
* * * * * * * *
15322755 TAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGA
65 TAAGC-AAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTAA
** * * * * * * *
15322819 GGAATTATCCATTTCAAATCATTATTACCTTTTATTTTGTCACAAAGA-AATTA
128 ATAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TTTTTGTTTAGTCATAAA-ACAATTA
* * ** * * * **
15322872 TTTCAGCTCATCCAAGTTTATTTGTAATAAAATAAAACTAATTTTTTAATATTTC-AAAATTTTT
1 TTTCAGTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
** * * * * * * * *
15322936 AAAGTTAGAGATTTAAAAAAAAAAT-TATTTACCGAACTAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAA
66 -AAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAAT-AGTATGACTATTTAAA
* * * * * * *
15323000 CAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA
129 TAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTA
* * * * *
15323052 TTTCTA-TTCATACAAGC-TAATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAAGATTAT-GACAATT
1 TTTC-AGTTCATACAAGCAT-ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATT
* * * * * * * * * * *
15323114 AACAA-CTAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTGCCAAACCACTTCAAATAGTTAAGGA-TGTA
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* * * * * * ** **
15323177 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTAGTTT-GTTGTAAAATGATT-
125 TAAATAATTATCTATCTCAAATCATTAT-G-ATTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTA
* * * * * * * * *
15323232 TTTTAGCTCTTAGTAA-CCTA-TTCAGAATAAAATAAAACAAATTTACTAATATTTCAAAAATTA
1 TTTCAGTTCATA-CAAGCATATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * * * * * * *
15323295 TTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGA
64 ATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAAT-AGTATGACTATTTAA
* * * * * * * *
15323360 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATA
128 ATAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTA
** * ** * * **
15323413 TTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT
1 TTTCAGTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
** * * * * * * *
15323478 AAG--AG--ATTGGAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAAC
66 AAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTAAAT
* * * **
15323539 AATTATTTATTTCAAAATGA-TATGACCATTTGTTTTA-TCATAAAACAATTA
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* * * * *
15323590 TTTCTA-TTCATA-TAGTCTTATTTGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
1 TTTC-AGTTCATACAAG-CATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * ** * * * * * *
15323653 ATAAGTAA-AGGATTTAGAAAATGTATTTG-TTGCCTTG-ACCAGTGCAAACAATTATGACTATT
64 ATAAGCAAGA-AATTTAAAAAATAAATATGTTTACC--GAACAAGTTCAAA-TAGTATGACTATT
* * * * * * * * * *
15323715 TGAACAATAATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTT
125 TAAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTA
** * * * * * *
15323771 TTTCTA-TTTGTATAAGCTTATTT-AGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATCA
1 TTTC-AGTTCATACAAGCATATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * ** *
15323834 ATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATGAATATGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTATGACTATTTAA
64 ATAAG-CAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTATGACTATTTAA
* * *** * * * *
15323899 TTAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT
128 ATAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTA
**
15323952 TTTCTTTTCATACAAG
1 TTTCAGTTCATACAAG
15323968 TTTATTTCAA
Statistics
Matches: 2188, Mismatches: 558, Indels: 349
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.00
175 13 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TTTCAGTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
AAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTATGACTATTTAAATA
ATTATCTATCTCAAATCATTATGATTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTA
Found at i:15321978 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 15321071--15321988 Score: 981
Period size: 359 Copynumber: 2.5 Consensus size: 357
15321061 TATTTGGATA
* ** * *
15321071 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGT
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* * * ** * * * * * ** * * *
15321136 TTATCGAATCATTTTGAATAGTT-AATGCTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTAACC
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*
15321200 TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCATATTTGGAAGAAAATAATACTAA
128 -TTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGC-TATTTGGAAGAAAATAATACTAA
** * * * * *
15321265 TTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGTATAGG
191 TTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATATGTTCACCGAACAAG
* * * *
15321330 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGTCAA
256 TTCAAATAGATATGACTATTTAAATAATTATCTATCTAAAATCATTATGATCTTTATTTTATCAA
* * * * * * * *
15321395 AAAACAATTGTTTCTTTCGTACAAGCATATTTGGATT
321 AAAACAACTATTTCGTTCATAAAAACATATTTGAAAT
* *
15321432 AAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAATAAATATGTT
1 AAAATAATAGTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTT
* * * *
15321497 TACCGAACCAATTCAAATAGTTGGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGATCTTT
66 TACCGAACCAATTCAAATAGTTCGACTATTAGAACAAATATCAATCTCAAATCATTCTGATCTTT
* ** *
15321562 CGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT
131 -GTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGC-TATTTGGAAGAAAATAATACTAATTT
*
15321627 ATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTT-AAAAGAATAAATATGTTCACTGAACAAGTT
194 ATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAA-AATAAATATGTTCACCGAACAAGTT
* * * * * *
15321691 CAAATAGATAT-AGCTATTTAAATAGTTATCTATGTAAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCAT
258 CAAATAGATATGA-CTATTTAAATAATTATCTATCTAAAATCATTATGA-TCTTTATTTTATCAA
*
15321755 AAAACAACTATTTCAGTTCATAAAAACCTATTTGAAAT
321 AAAACAACTATTTC-GTTCATAAAAACATATTTGAAAT
* * * *
15321793 AAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAGAGCTAT
1 AAAATAATAGTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TA-A-ATAT
** * *
15321858 -TTT-TTGAACCAGTTCAAATAGTTACGACTATTTA-AACAAATATCAATCT-AAATCATTGTGA
63 GTTTACCGAACCAATTCAAATAGTT-CGACTA-TTAGAACAAATATCAATCTCAAATCATTCTGA
* **
15321919 TCTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTATTTTTGACCATACAAGCTGATTTGGATA-AAAATAATAC
126 TCTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCT-ATTTGGA-AGAAAATAATAC
15321982 TAATTTA
188 TAATTTA
15321989 ATATTATTTT
Statistics
Matches: 472, Mismatches: 71, Indels: 28
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
358 8 0.02
359 180 0.38
360 55 0.12
361 162 0.34
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363 21 0.04
364 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (357 bp):
AAAATAATAGTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTT
TACCGAACCAATTCAAATAGTTCGACTATTAGAACAAATATCAATCTCAAATCATTCTGATCTTT
GTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTAT
TAACTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATATGTTCACCGAACAAGTTCAA
ATAGATATGACTATTTAAATAATTATCTATCTAAAATCATTATGATCTTTATTTTATCAAAAAAC
AACTATTTCGTTCATAAAAACATATTTGAAAT
Found at i:15322008 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 15321071--15322032 Score: 988
Period size: 361 Copynumber: 2.7 Consensus size: 355
15321061 TATTTGGATA
* ** * *
15321071 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGT
1 AAAATAATAGTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGT
* * * ** * * * * * ** * * *
15321136 TTATCGAATCATTTTGAATAGTT-AATGCTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTAACC
65 TTACCGAACCAATTCAAATAGTTCGA--CTATTAGAACAAATATCAATCTCAAATCATTCTGATC
*
15321200 TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCATATTTGGAAGAAAATAATACTAA
128 -TTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGC-TATTTGGAAGAAAATAATACTAA
* * * * *
15321265 TTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGTATAGG
191 TTTATTAACTTTTG-AAAATTAATAAGCAAGAAATTT-AAAAAATAAATATGTTCACCGAACAAG
* * * *
15321330 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGTCAA
254 TTCAAATAGATATGACTATTTAAATAATTATCTATCTAAAATCATTATGATCTTTATTTTATCAA
* * * * * * * *
15321395 AAAACAATTGTTTCTTTCGTACAAGCATATTTGGATT
319 AAAACAACTATTTCGTTCATAAAAACATATTTGAAAT
* *
15321432 AAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAATAAATATGTT
1 AAAATAATAGTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTT
* * * *
15321497 TACCGAACCAATTCAAATAGTTGGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGATCTTT
66 TACCGAACCAATTCAAATAGTTCGACTATTAGAACAAATATCAATCTCAAATCATTCTGATCTTT
* ** *
15321562 CGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT
131 -GTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGC-TATTTGGAAGAAAATAATACTAATTT
** *
15321627 ATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAGAATAAATATGTTCACTGAACAAGTTC
194 ATTAACTTT-TGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAA-AATAAATATGTTCACCGAACAAGTTC
* * * * * *
15321692 AAATAGATAT-AGCTATTTAAATAGTTATCTATGTAAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATA
257 AAATAGATATGA-CTATTTAAATAATTATCTATCTAAAATCATTATGA-TCTTTATTTTATCAAA
*
15321756 AAACAACTATTTCAGTTCATAAAAACCTATTTGAAAT
320 AAACAACTATTTC-GTTCATAAAAACATATTTGAAAT
* * * *
15321793 AAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAGAGCTAT
1 AAAATAATAGTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TA-A-ATAT
** * *
15321858 -TTT-TTGAACCAGTTCAAATAGTTACGACTATTTA-AACAAATATCAATCT-AAATCATTGTGA
63 GTTTACCGAACCAATTCAAATAGTT-CGACTA-TTAGAACAAATATCAATCTCAAATCATTCTGA
* **
15321919 TCTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTATTTTTGACCATACAAGCTGATTTGGATA-AAAATAATAC
126 TCTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCT-ATTTGGA-AGAAAATAATAC
* * * *
15321982 TAATTTAATATTA-TTTTGAGAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAAT
188 TAATTT-AT-TAACTTTTGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAAT
15322033 GTGTCTAAGA
Statistics
Matches: 507, Mismatches: 77, Indels: 35
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
358 8 0.02
359 179 0.35
360 62 0.12
361 184 0.36
362 45 0.09
363 23 0.05
364 6 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (355 bp):
AAAATAATAGTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTT
TACCGAACCAATTCAAATAGTTCGACTATTAGAACAAATATCAATCTCAAATCATTCTGATCTTT
GTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTAT
TAACTTTTGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTCACCGAACAAGTTCAAAT
AGATATGACTATTTAAATAATTATCTATCTAAAATCATTATGATCTTTATTTTATCAAAAAACAA
CTATTTCGTTCATAAAAACATATTTGAAAT
Found at i:15322827 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 15322037--15323979 Score: 1242
Period size: 181 Copynumber: 10.8 Consensus size: 178
15322027 ATAAATGTGT
* * * * *
15322037 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCATATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAA
1 CTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAA
* * * * * * *** *
15322102 TTATCCATTTCAAATCGTTCTAACATTTT-TTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAA
65 TTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAA
* * * * *
15322166 GCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTGAAAAATTAATAA
129 GTTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTAATAA-TATTTG-AAAATT-ATAA
* * * * **
15322218 GC-AAGAGATTTGAAAAAATAAATGAGTTTACCGAA-TAGGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAA
1 -CTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACCA-GTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAA
* * *
15322281 CAATTATCTATTTAAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAGTTCAT
62 CAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TGTTCAT
* *** ** * * * *
15322344 AAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTGAAGATCAATAA
125 ATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTAATAATA-TTTGAAAAT-TATAA
* * * * ** * * * * * * * *
15322400 GTAAAAGACTTAAAAATTAAAACAGTTTATCAAATCACTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAA
1 CTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAA
* * * ** *
15322465 TTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTTATTTTTGAACATACA
65 TTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAA-TTATTTTTGTTCATATA
* * * * * * * * * *
15322530 AGCTTATTTTAAACAAAATAATACTAATTGATTAATGTTTCAAGA--ATGA
128 AGTTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTGAAAATTATAA
* * * * * * *
15322579 GTATGAGATTCAAAAAATAAATTGTTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
1 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAAT
* * * * *
15322644 TATCTATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTTATATAAGT
66 TATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGT
** * * * * *
15322709 TTATTCAAAATAAAATAATACAAAATTAAAAATATTCTGGATATCATAA
131 TTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATT-TGAAAATTATAA
* * * * * **
15322758 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAGGAA
1 CTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAA
* * * * * ** * **
15322823 TTATCCATTTCAAATCATTATTACCTTTTATTTTGTCACAAAGA-AATTATTTCAGCTCATCCAA
65 TTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTATTTTTGTTCATATAA
* * * ** * *
15322887 GTTTATTTGTAATAAAATAAAACTAATTTTTTAATATTTCAAAATTTTTAAA
129 GTTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTGAAAA-TTAT-AA
* * * * * * * *
15322939 GTTAGAGATTTAAAAAAAAAATTATTTACCGAACTAGTTTAAATAATTATA-ACTATTTGAACAA
1 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAA
* * * * * *
15323003 TTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAG
65 TTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAG
* * * * * * *
15323068 CTAATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAAGATTATGACAATTAACAA
130 TTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATT-TGAAAATT-ATAA
* * * * *
15323119 CTAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTGCCAAACCACTTCAAATAGTTAAGGA-TGTATGAACA
1 CTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAA-GACTATTTGAACA
** ** ** * * *
15323183 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTAG-TTTGTTGTAAAATGATT-TTTTAGCTCTTAGT
64 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATA-T
** * * * *
15323246 AA-CCTA-TTCAGAATAAAATAAAACAAATTTACTAATATTTCAAAAATTATTAA
127 AAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACAAATTTAATAATATTT-GAAAATTA-TAA
* * * * * *
15323299 GTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAA
1 CTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAA
* * *
15323364 TTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATATTTTTGTTCATATAAG
65 TTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAG
* * * *
15323429 TTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T-TAA
130 TTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTAATAATA-TTTGAAAATTATAA
** * *
15323477 -TAAGAGATTGGAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATA-ACTATTTGAACA
1 CTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACA
* * * * * * *
15323540 ATTATTTATTTCAAAAT-GATATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAT-
64 ATTATCTATTTC-AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATA
* * * * *
15323603 AGTCTTATTTGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
128 AGT-TTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTAATAATA-TTTGAAAATT-ATAA
* * ** * ** * * * *
15323657 GTAA-AGGATTTAGAAAATGTATT-TGTTGCCTTGACCAGTGCAAACAATTATGACTATTTGAAC
1 CTAAGA-GATTTAAAAAATAAATTGT-TTACC-AAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAC
* * * * * **
15323720 AATAATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATT-TTTTCTATTTGTAT
63 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TGTTCATAT
* * * * * ** *
15323784 AAGCTTATTT-AGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATCAATAA
127 AAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACAAATTTAATAATATT-TGAAAAT-TATAA
* * * * * * * * *
15323838 GTAAAAAAATTTAAAAAATGAATATGTTTACTAAACAAATTCAAATAG-TATGACTATTT-AATT
1 CT-AAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAA-C
* * * *
15323901 AATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTTTTCATAC
63 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TGTTCATAT
*
15323965 AAGTTTATTTCAAAT
127 AAGTTTATTTGAAAT
15323980 CTGTTTACTG
Statistics
Matches: 1384, Mismatches: 312, Indels: 131
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 45 0.03
177 155 0.11
178 71 0.05
179 52 0.04
180 408 0.29
181 409 0.30
182 188 0.14
183 51 0.04
184 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAAT
TATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGT
TTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTGAAAATTATAA
Found at i:15323376 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 15322037--15323823 Score: 1280
Period size: 358 Copynumber: 5.0 Consensus size: 355
15322027 ATAAATGTGT
* * * * *
15322037 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCATA-TCAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAAT
1 CTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTGCCAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATAT-GAAC
* * * * * * * ** *
15322100 AATTATCCATTTCAAATCGTTCTAACATTTT-TTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATA-
63 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTAGTTT-GTTATAAAA-AATTATTTTAGCTCTTAG
* * * * * * *
15322163 CAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGAT
126 TAA-CTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGAT
** * * **
15322227 TTGAAAAAATAAATGAGTTTACCGAA-TAGGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAACAATTATCTA
189 TT-AAAAAAT-AATTTGTTTACCGAACCA-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *
15322291 TTTAAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC-AGTTCATAAAAGTTTAT
251 TTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATATAAGTTTAT
*** * * * * *
15322354 CCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTGAAGATCAATAA
314 TTGAAATAAAATAATACTA-ATTAATAATATTATGAA-AT-TA-AA
* * * *** ** * * * * * * *
15322400 GTAAAAGACTTAAAAATTAAAACAGTTTATCAAA-TCACTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATA
1 CTAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTGCCAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACA
* * * * * ** *
15322464 ATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTTATTTTTGAACATA-
64 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-AGTTTGTTATAAAA-AA-TTATTTTAGCTCTTAG
* * * * * * * * *
15322528 CAAGCTTATTTTAAACAAAATAATACTAATTGATTAATGTTTC-AAGA--A-TGAGTATGAGATT
126 TAA-CTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATT
* * * * *
15322589 CAAAAAATAAATTGTTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
190 TAAAAAATAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * **
15322654 AAATTGTTATAACCATTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTTATATAAGTTTATTCAAAA
255 AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTTGAAA
* * * * *
15322719 TAAAATAATACAAAATTAAAAATATTCTGGATATCATAA
320 TAAAATAATAC-TAATTAATAATATTAT-GAAATTA-AA
* * * **
15322758 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAGGAA
1 CTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAA
* * * * * * * * **
15322823 TTATCCATTTCAAATCATTATTACCTTTTATTTTGTCACAAAGAAATTATTTCAGCTCAT-CCAA
65 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTAGTTTGTTATAAA-AAATTATTTTAGCTCTTAGTAA
* * * * *
15322887 GTTTATTTGTAATAAAATAAAACTAATTTTTTAATATTTC-AAAATTTTTAAAGTTAGAGATTTA
129 -CTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATT-AAGTAAGAGATTTA
* * * * * * *
15322951 AAAAAAAAATTATTTACCGAACTAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAA
192 AAAAATAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * *
15323016 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTAATTTGAAATA
257 ATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTTGAAATA
*
15323081 AAATAATACTAATCTAATAAGATTATGACAATTAACAA
322 AAATAATACTAAT-TAATAATATTATGA-AATT-A-AA
* * *
15323119 CTAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTGCCAAACCACTTCAAATAGTTAAGGA-TGTATGAACA
1 CTAAGAGATTTAAAA-ATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAA-GACTATATGAACA
* * *
15323183 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGGCCTTTTAGTTTGTTGTAAAATGATT-TTTTAGCTCTTAGTA
64 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTAGTTTGTTATAAAA-AATTATTTTAGCTCTTAGTA
* * * *
15323247 ACCTA-TTCAGAATAAAATAAAACAAATTTACTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTA
128 ACTTATTTGA-AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTA
* * *
15323311 AAAAATAATTATGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCA
192 AAAAATAATT-TGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * *
15323376 AATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAAT
256 AATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTTGAAAT
* *
15323441 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATT-AA
321 AAAATAATACTAA-TTAATAATATTATG-AAATTAAA
* * * *
15323477 -TAAGAGATTGGAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATA-ACTATTTGAACA
1 CTAAGAGATT-TAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACA
* * * *
15323540 ATTATTTATTTCAAAAT-GATATGACCATTT-GTTT-TATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCAT
64 ATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTAGTTTGT-T-ATAAAA-AATTATTT-TAGCTC-T
* ** * *
15323601 ATAGT--CTTATTTGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AG
123 -TAGTAACTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGA-
* * * * * *
15323663 GATTTAGAAAATGTATTTG-TTGCCTTG-ACCAGTGCAAACAATTATGACTATTTGAACAATAAT
186 GATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACC--GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * ** *
15323726 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTTTTTCTATTTGTATAAGCTTA
248 CTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGTTTA
* * *
15323791 TTT-AGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATT
313 TTTGA-AATAAAATAATACTAA-TTAATAATATT
15323824 CCAAAAATCA
Statistics
Matches: 1144, Mismatches: 233, Indels: 99
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TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTAGTTTGTTATAAAAAATTATTTTAGCTCTTAGTAACT
TATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAA
ATAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAAT
AATACTAATTAATAATATTATGAAATTAAA
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Alignment explanation
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15322347 AGTTTATCCA
* * * * * * * * *
15322357 AAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTGAAGATCAATAAGTAAAAGACTTAAAAATTAAAA
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** ** * * * * * * *
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* * * * * *
15322487 ACCTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTTATTTTTGA-ACATACAAG-CTTATTTT
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* * * * * * * * *
15322540 AAACAAAATAATACTAATTGATTAATGTTTCAAGAATGAGT-A-TGA-GATTCAAAAAATAAA-T
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATT
** * * * * *
15322601 TGTTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA
66 TGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * * **
15322666 CCATTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTT-TGTTTATATAAGT-TTATTCA
131 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATAT-AGTCTTATTTG
* * ** * ** * * *
15322716 AAATAAAATAATACAAAATTAAAAATATTCTGGATA-TCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * ** * * *
15322780 CTATTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAGGAATTATCCATTTCAAATCATTATT
65 TTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * *
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* * * * ** *
15322896 TAATAAAATAAAACTAATTTTTTAATA-TTTCAAAATTTTTAAAGTTAGAGATTTAAAAAA-AAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AAGTAAG-GATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * *
15322959 ATTATTTACCGAACTAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAT
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* * * *
15323024 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAG-CTAATTTG
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* * * * * * * * *
15323076 AAATAAAATAATACTAATCTAATAAGATTATGACAATTAACAACTAAGAGATTTAAAATATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
15323141 TTGTTTGCCAAACCACTTCAAATAGTTAAGGA-TGTATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
65 TTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* ** * * * *
15323205 GGCCTTTTAG-TTTGTTGTAAAATGA-TTTTT-TAGCTC-T-TAGTAACCTA-TTC
129 GACCTTTT-GTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATATAGT--CTTATTTG
* * * * *
15323255 AGAATAAAATAAAACAAATTTACTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAA
*
15323319 TTATGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
64 TT-TGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * *
15323384 TTACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATATTTT-TGTTCATATAAGT-TTGTTTG
128 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTTTTTCTATTCATAT-AGTCTTATTTG
* * **
15323437 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--A-GATTGGAAAAATAAATT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * *
15323499 TGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAAT-GATATG
66 TGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATG
* * * *
15323563 ACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAGTCTTATTTG
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATATAGTCTTATTTG
* * * **
15323614 AAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAGAAAATGTAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAGGATTTAAAAAATAAAT
** * * *
15323679 TTG-TTGCCTTGACCAGTGCAAACAATTATGACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGTTAT
65 TTGTTTGCC-AAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* **
15323743 GACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTTTTTCTATTTGTATAAG-CTTATTT-
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATAT-AGTCTTATTTG
* * ** * ** *
15323794 AGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATCAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATGA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT--AAGGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * *
15323859 ATATGTTTACTAAACAAATTCAAAT-AGTATGACTATTT-AATTAATTATCTATTTCAAATTGCT
63 ATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * *
15323922 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTTTTCATA
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15323964 CAAGTTTATT
Statistics
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
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AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATT
TGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATATAGTCTTATTTG
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Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 18.8 Consensus size: 180
15323966 AGTTTATTTC
** * *
15323976 AAATCTGTTTACTGAGTAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-T-TGTTCAAATCG
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* * * * * * *
15324039 TTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTGTTCATACAAG-TGTATTCAGATTAAAA
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* * *
15324103 TAATATTAATTCATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
129 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * **
15324156 AAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
** * * * * **
15324221 TATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTAT-TAGTTCATATAGGATTATTTGAAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* *
15324285 -A-AC----TTATTAAT-TTTCAAAAATTAATGAGTAAGCGATTTAAAAAAT
130 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
15324330 GAATTTATTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATAGT
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
* ** * * *
15324395 TATAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* *
15324460 ATACTAATTTATTAAAATTTCATAAATTAATAAGTAAACGATTTAAAAAAAT
131 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-GATTT-AAAAAAT
* * * * * *
15324512 AAATCTGTTTACTGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTA-GTAAACAATTATTTATTTTAAATTGT
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * **
15324576 TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTCA-TCATACAAGTTTATTTGAAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* *
15324640 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAGT-TG-AAA-ATTTAAAAAAT
130 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * **
15324688 AAATTTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTA-CGAATTTCAAATCA
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTG
* * * * * * * *
15324752 TTATGACATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTTTTTTTATTCATACAA-ATTATTTAGAATAAAAT
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*
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130 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAAT
* ** * * *
15324864 AAATCTATTTACT-AGACCGGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTG
1 AAATCTGTTTACTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
* * * * * * * *
15324928 GTATGATC-TTTG-TTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCGTACAAACTTATT-AGGAGT-AAA
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* * ** * *
15324989 TATTGCTAAACTAATCATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
129 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAAT
* * * * * *
15325042 AAATGTATTTA-TCAAAGCAA-TTCAAATAGTTAAGACTGTTAGAACAATTATCTATTTCAAATT
1 AAATCTGTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
* * * * * * * * **
15325105 GTTCTGACTTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCTGTACATACATGCTTATTTGAAATAAAA
64 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * *
15325170 TAATATTATTTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGGAATTTAAAAAA-
129 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAG-ATTTAAAAAAT
* * * *
15325222 AAGTCCG-GTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATG
1 AAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
* ** * * * * * *
15325284 TTATGGCCTTTT-ACTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTGATAAAAGCCTATACAAAATTAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * *
15325347 TAATATTACTTTATTAATAATTCAAAAATTGAGAAGTTGAAGATTTAAAAAAT
129 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
15325400 AAAATCAGTTTA-TCAAATCAA-CTCAAATAGTTATGGCCATTTGAAAAATTATCTAATTCAAAT
1 -AAATCTGTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * * * *
15325463 CATTATGAACTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGCTTT-TCA-TCAAACAAGCCTATTTC-AAAT
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* * *
15325525 AAAATAATACTTATTT-TTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAGGAGA--T------T
125 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * *
15325573 --ATCTGTTTAAC-GAACCAGTTCAAATAGTT-TAGGCTATTTAAATAATTATATGTTTTAAATC
1 AAATCTGTTT-ACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
* * * * * * *
15325634 GTTATGACCTTTTTGTTTTGTCGTAAATA-AA-TGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAAAATAA
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** **
15325697 AATAATTTTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAAT
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* * * * * * * * *
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1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
** * * * * *** *
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* *
15325878 ATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAAAT
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* * ** * * * * * *
15325930 GAATTTGTTGGCTTGACCAA-TGCAAATTGTTATGACTATTTTAA-ACATTATTTATTTCAAATC
1 AAATCTGTTTAC-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATT
* * * * * * *
15325993 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTACTTTC--TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAT
64 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * *
15326056 ATAATTCTAATTTTTTAATA-TTCAAAAAATTAATAAATAAGTGATTTAAAAATT
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* * * **
15326110 GAATCTGTTTA-TCGAACAAGTT-ATAATAGTTATGACTATTAGAATAATTCCCTATTTCAAATT
1 AAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
* * * * ** * * *
15326173 GCTATAACCTTTTCTTTTGTCATTAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTC-AATTAAA
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* * *
15326237 ATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAACAACTAATAAGTAAAACATTTAAAAAAT
128 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAAT
* * * * *
15326291 AAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGT
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * * * *** *
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66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * ** * *
15326421 ATATTAATTGATTAATATTTTGACAATTACTAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
131 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAAT
* * * ** * * * *
15326472 AAATATGTTTACTGAATAAGTTCCAATAGGCATAACAATTTGAATAATTATCCATTTCAAATTGT
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
* ** ** * * * * *
15326537 TGTGACCTTTTGTTTCATCATAAAATGATTGTATCAATTCATATAGGCTAATTCAAAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * *
15326602 ATACTAATTTAATAACATTAT-GAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAT
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* * * * * * * *
15326653 GATTCTATTT-TTCGATCAAGTTCAATTAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTG
1 AAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
* * **
15326717 TTATGACCTTTTGTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTAGTCTGAATAAAA
65 TTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * *
15326782 TAATA-TAAATTTTTTAATATTGCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAT
129 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAAT
* * *
15326834 AAATCTATTTTA-TGAATGC-A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTCCAAAT
1 AAATCT-GTTTACTGAA--CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * ** * **
15326896 AGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAATCCAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTTGAAATAAA
63 TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * *
15326961 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGGTAAAAGATATAAACAAAT
128 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAA-AAAT
* * * * * *
15327016 AAGTCTATTTACT-AAGCAAGTTCAAATAGTTATCACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAG
1 AAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
* * * *
15327080 TTATTATCC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTTAAAATAAAA
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* * ** *
15327144 TAATACTGATTTATAAATA-TTCTAAAAATTAATGGGTAGGAGATTTAAAAAAAT
129 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA-AAGATTT-AAAAAAT
* * * * * * * * * **
15327198 AAATATGTTTA-TCAAACAAGTTCAAAAAGTCATGTCCATTTAAACAAGTATCTATTTCTAATCA
1 AAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
** * * * ** *
15327262 TTATGACCTCCTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATGCAAAATTATTCAGAATAAAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
*
15327327 AATACTAATTTATTATTATTT
130 AATACTAATTTATTAATATTT
15327348 TGAAAATTTA
Statistics
Matches: 2516, Mismatches: 551, Indels: 247
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAAT
Found at i:15324624 original size:655 final size:655
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Indices: 15323335--15324634 Score: 1575
Period size: 655 Copynumber: 2.0 Consensus size: 655
15323325 TTGCCAAACC
* *
15323335 AGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * ** *
15323400 CGTAAAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAAATATTTTTGTTCATACAAGTGTATTCAGAATAAAATAATACTAATTCATTAATAT
* * * * * * *
15323465 TTTGAAAATTAATAAGAGATTGGAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAAC
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196 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATCATATGACCATTTGTTTCATCATAAAACAATTATATCT
** * *
15323595 ATTCATATAGTCTTATTTGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA
261 ATTCATATAGGATTATTTGAAATAAAG-AA--CTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * **
15323660 AAGGATTTAGAAAATGTATTTGTTGCCTTGACCAGTGCAAACAATTATGACTATTTGAACAATAA
323 AAGGATTTAAAAAATGAATTTGTTACC-TGAAAAGTGCAAACAATTATGACTATTTGAACAATAA
* * * * * * *
15323725 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTTTTTCTATTTGTATAAGCTT
387 TCTATTTCAAATAGTTATAACATTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTTATAAAAGCTT
* * * * *
15323790 ATTTAGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATCAATAAGTAAAAAAATTTAAAAA
452 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATCAATAAGTAAAAAAATTTAAAAA
* * **
15323855 ATGAATATGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTATGACTATTTAATTAATTATCTATTTCAAATTG
517 ATAAATATGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTATGACTATGTAAACAATTATCTATTTCAAATTG
* **
15323920 CTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTTTTCATACAAGTTTATTTCAAATCTGTT
582 CTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTCATCATACAAGTTTATTTCAAATCTGTT
15323985 TACTGAGTA
647 TACTGAGTA
* * *
15323994 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-T-TGTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* * *
15324057 TCATAAAA-AAATTGTTTTTGTTCATACAAGTGTATTCAGATTAAAATAATATTAATTCATTAAT
65 TCATAAAACAAA-TATTTTTGTTCATACAAGTGTATTCAGAATAAAATAATACTAATTCATTAAT
* *
15324121 A-TTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAG
129 ATTTTCAA-AATTAATAAG----AGATTGAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* *
15324185 TAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAA
189 TAATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATCA-TATGACCATTTGTTTCATCATAAAACAA
*
15324249 TTGTAT-TAGTTCATATAGGATTATTTGAAAT-AA-AA-TAACTTATTAAT-TTTCAAAAATTAA
253 TTATATCTA-TTCATATAGGATTATTTGAAATAAAGAACTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * *
15324309 TGAGT-AAGCGATTTAAAAAATGAATTTATTTACC-GAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
317 TAAGTAAAG-GATTTAAAAAATGAATTT-GTTACCTG-AAAAGTGCAAACAATTATGACTATTTG
** * * *
15324372 AACAATTTTCTATTTCAAATAGTTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTAT
379 AACAATAATCTATTTCAAATAGTTATAACATTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTTAT
* * * **
15324437 AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCATAAATTAATAAGT-AAACGA
444 AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATCAATAAGTAAAAAAA
* * * * * *
15324501 TTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTA-GTAAACAATTATTTA
509 TTT-AAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAATTCAAATAG-TATGACTATGTAAACAATTATCTA
* * * *
15324565 TTTTAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTCATCATACAAGTTTATTT
572 TTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTCATCATACAAGTTTATTT
*
15324630 GAAAT
637 CAAAT
15324635 AAAATAATAC
Statistics
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661 9 0.02
662 111 0.20
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Consensus pattern (655 bp):
AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAAATATTTTTGTTCATACAAGTGTATTCAGAATAAAATAATACTAATTCATTAATAT
TTTCAAAATTAATAAGAGATTGAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATCATATGACCATTTGTTTCATCATAAAACAATTATATCT
ATTCATATAGGATTATTTGAAATAAAGAACTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAG
GATTTAAAAAATGAATTTGTTACCTGAAAAGTGCAAACAATTATGACTATTTGAACAATAATCTA
TTTCAAATAGTTATAACATTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTTATAAAAGCTTATTC
AAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATCAATAAGTAAAAAAATTTAAAAAATAA
ATATGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTATGACTATGTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCTAT
AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTCATCATACAAGTTTATTTCAAATCTGTTTACT
GAGTA
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Alignment explanation
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15327899 TATAATGATT
* * *
15327909 TTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAG
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTGTTTTGTCATAAACT-ATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * ** * * *
15327974 CTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAAAATTTCAAAAATTTGTAAGTAAAAAATTAAAA
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* *** * *
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129 AAATAAA-TCGTTTGACTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAA
* *
15328090 TTATTTATTTCAAATCATTATGATATCTTGTTTTGTCATAAAAC-ATATGTTTCTATTCATACAA
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TTGTTTTGTCAT-AAACTAT-TGTTTCTATTCATACAA
* * **
15328154 GTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTA
63 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * * * *
15328218 AAAAATAAATC-TATTTACTAAACAAGTCCAAATAGTCATGGCCATTTGAACTA
127 AAAAATAAATCGT-TTGACTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAA
* * * **
15328271 TTATCTATTTGAAATCGTTATGACATTT-TGTT-T-ATAAACTA-T-TTT-TATTCATACAAAAT
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTGTTTTGTCATAAACTATTGTTTCTATTCATACAAGCT
*
15328330 TATTCAGAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAA
66 TATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * *
15328390 ACTAAATCTGCTT-ACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAA
130 AATAAATC-GTTTGACTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAA
* * * * * ** *
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1 TTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT-GTTTTGTCAT-AAACTATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * ** * *
15328504 CTTATTTGGAATAAAATATTGCTAAAATAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
64 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * *
15328569 AAATAAAT-GTTTG-TTGAATCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAA
129 AAATAAATCGTTTGACTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAA
** * ** *
15328618 TTATCTATTTCAAATTGTTATGAC----CTTTCATCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATA-AAT
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTGTTTTGTCATAAACT-ATTGTTTCTA-TTCATACAA-
*
15328677 ACTTATTTGAAATAAAATAATACT-ATGTTATTA
63 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTA
15328710 CCGTTTAGAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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169 67 0.14
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Consensus pattern (179 bp):
TTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTGTTTTGTCATAAACTATTGTTTCTATTCATACAAGCT
TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
ATAAATCGTTTGACTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAA
Found at i:15328738 original size:350 final size:349
Alignment explanation
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Period size: 350 Copynumber: 2.0 Consensus size: 349
15328053 GCCTAGTGAG
* * * *
15328063 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATATCTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGATATCTTGCTTTGTAA
* * * ** *
15328128 TAAAACATATGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC
66 TAAAAAATATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAAATAATAATATTC
** **
15328193 TAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTCCAAATAGTCATG
131 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TAAACAAGTCCAAATAGTCAAA
* * * * ** * *
15328258 GCCATTTGAACTATTATCTATTTGAAATCGTTATGACATTTTGTTTATAAACTATTTTTATTCAT
195 ACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACACTTTCATCATAAAATATTTTTATTCAT
* * *
15328323 ACAAAATTATTCAGAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAA
260 ACAAAATTATTCAGAAAAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAACAAGAAATTTAA
*
15328388 AAACTAAATCTGCTTACTAAACCAA
325 AAAATAAATCTGCTTACTAAACCAA
*
15328413 TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGAT-T-TTAGCTTTGTA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGATATCTT-GCTTTGTA
* * * *
15328476 ATAAAAAA-ATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGGAATAAAATATTGCTAAAATAATAATAT
65 ATAAAAAATA-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAAATAATAATAT
* * * * *
15328540 TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT-TTGT-TGAATC-AGTTCAAATAGTT
129 TCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT-TAT-AAACAAGTCCAAATAGTC
* *
15328602 AAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTCATCATAAAATAATTGTTTC
192 AAAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACACTTTCATCATAAAAT-ATT-TTT-
* * * *
15328666 AGTTCATA-AATACTTATT-TGAAATAAAATAATACT-ATGTTATTACCGTTT-AGAAAATTAAC
254 A-TTCATACAA-AATTATTCAGAAA-AAAATAATACTAAT-TTATTAACATTTCA-AAAATTAAC
15328727 AAGAAATTTAAAAAATAAATC
314 AAGAAATTTAAAAAATAAATC
15328748 ATTTTATTGA
Statistics
Matches: 281, Mismatches: 42, Indels: 24
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (349 bp):
TTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATCATTATGATATCTTGCTTTGTAA
TAAAAAATATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAAATAATAATATTC
TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATAAACAAGTCCAAATAGTCAAAA
CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACACTTTCATCATAAAATATTTTTATTCATA
CAAAATTATTCAGAAAAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAACAAGAAATTTAAA
AAATAAATCTGCTTACTAAACCAA
Found at i:15329079 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15328762--15330027 Score: 858
Period size: 181 Copynumber: 7.0 Consensus size: 180
15328752 TATTGAAAAA
* * * *
15328762 TTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATA-ATAGCTTATCTA-ACATAAAATAATATTT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA--TCATACA-AGCTTATTTAGA-ATAAAATAATACTA
* * ** * **
15328824 CTTTATTAATATT-TCAAAAATCT-AGAAGTTGGAGATTTAAAAAA-ACAAT-TAGTTTATCAAA
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* * * * * * *
15328885 TCAGTTCAAATAATTATAGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAACCATTGTGAACTT
123 CCAATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTT
** *
15328943 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTATCATACAAGCCAATTCAGAATAAAATAATACTAATT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATT
* * **
15329008 TATTAATATT-TGAAAAATTTATAAGTATGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATTGAACCGGTT
65 TATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATTGAACCAATT
* * * *
15329072 TAAATAATTAT-GACTATTTAAACAATTATATATTTCAAAT-AGTTAT-AACTTT
129 CAAATAGTTATAG-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAAC-TT
* * * * * *
15329124 TTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAGTAATACTAATC
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * * ** *
15329189 TAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGACATTCAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACGAATTC
65 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATTGAACCAATTC
* * * * * ** *
15329254 AAATAGGTATGGCTATATGAACAATTCTCTATTTTAAATTGTTATGACCTT
130 AAATAGTTATAGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTT
* * * * * * *
15329305 TTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTTTTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATATTAAT
1 TTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TGTTTTTATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAAT
* * ** *
15329370 TTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT--AGAAT-AA-AT-CTATATAAAACAAAT
64 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGCT-TATTGAACCAAT
* * *** * *
15329426 TTAATTAGTTATAAAAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT-AACCAT
128 TCAAATAGTTATAGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTT
* * * ** * * *
15329479 TTATTTTGTCATAAAACAAAT-TTTCTATTGGTACAATCTTATTTGGAATAAAATAATCCTAATT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATT
* *
15329543 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAAAAAATGAATATG-TTGGCA-TG-ATCA
65 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATATGCTT---ATTGAACCA
* * * *
15329604 ATACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTT
126 ATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTT
* * * *
15329659 TTGTTTTGTTACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTAGGAATAAAATAATTCTAAT
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATCATACAAGCTTATTTA-GAATAAAATAATACTAAT
* * ** * *
15329723 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTA-TCAAACAAGT
64 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATTGAACCAA-T
* * ***
15329787 TCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTACCTATATCAAATTGCTAT-AACCTT
128 TCAAATAGTTATAG-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTT
* * * * * *
15329840 TTGTTTTGTTATAAAA-TATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTGTTTCA-ATTAAAATAATACAAA
1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TA-TCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAA
* * * * * ** ** **
15329903 TTTATTAATTTTC-AAACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATGAATCTATTTA-CCAAATA
63 TTTATTAATATTCTAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGCTTATTGAACCA
* ** *
15329966 AGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTAATG-ACTT
126 A-TTCAAATAGTTATAG-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTT
15330021 TTGTTTT
1 TTGTTTT
15330028 ATCAAACAGT
Statistics
Matches: 867, Mismatches: 168, Indels: 100
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 4 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTT
ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATTGAACCAATTCA
AATAGTTATAGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTT
Found at i:15329093 original size:18 final size:16
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Indices: 15329070--15329118 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 16
15329060 ATTGAACCGG
15329070 TTTAAATAATTATGACTA
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*
15329088 TTTAAACAATTATATA
1 TTTAAATAATTATATA
*
15329104 TTTCAAATAGTTATA
1 TTT-AAATAATTATA
15329119 ACTTTTTGTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 3
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.19
17 10 0.37
18 12 0.44
ACGTcount: A:0.45, C:0.06, G:0.04, T:0.45
Consensus pattern (16 bp):
TTTAAATAATTATATA
Found at i:15329613 original size:354 final size:357
Alignment explanation
Indices: 15328911--15329951 Score: 1005
Period size: 354 Copynumber: 2.9 Consensus size: 357
15328901 TAGCCATTTA
* * * * * * * *
15328911 AACAATTATCTATTTCAAACCATTGTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-ATCA
1 AACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAAATGTTT-TTGTTCA
** * *
15328975 TACAAGCCAATTCA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAAATTTATAAGTATGA
65 TACAAGCTTATT-AGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCT-AAAAA-TTATAAGTAAGA
* * * ** *** * * * ** *
15329038 GATTTAAAAAATAAATATGCTTATTGAACCGGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATAT
127 GATTTAAAAACTAAATCT-ATTATAAAACAAATTCAAATAGTTATAAAAATTTGAACAATTATAT
* *
15329103 ATTTCAAATAGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATATTCATACAAGCTTATT
191 ATTTCAAATA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * * * * * *
15329168 TGGAATAAAGTAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGACATTCAAAAAATAA
254 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATGA
* * * **
15329233 ATTTGTTTGCTGAACGAATTCAAATAGGTATGGCTATATG
318 ATATGTTGGCTGAACGAATACAAATAGGTATAACTATATG
* ** * *
15329273 AACAATTCTCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTTTTTCA
1 AACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAAATG-TTTTTGTTCA
* * * *
15329338 TATAAGTTTGTTTA-GAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTTAAAAA-T-TAA-TAAGAG
65 TACAAGCTT-ATTAGGAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTATAAGTAAGAG
* * * *
15329398 ATTT-AGAA-TAAATCTA-TATAAAACAAATTTAATTAGTTATAAAAATTTGAACAATTATTTAT
128 ATTTAAAAACTAAATCTATTATAAAACAAATTCAAATAGTTATAAAAATTTGAACAATTATATAT
* * * * ** *
15329460 TTCAAATCATTATAACCATTTATTTTGTCATAAAACAAATTTTCTATTGGTACAATCTTATTTGG
193 TTCAAAT-ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGG
*
15329525 AATAAAATAATCCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAATA
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* * *
15329590 TGTTGGCATGATC-AATACAAATAGTTATAACTATTTG
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* * *
15329627 AACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTACAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAAATGTTTTTGTTCAT
15329692 ACAAGCTTATTAGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
66 ACAAGCTTATTAGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATT-ATAAGTAAGAGAT
* * * ** ** *
15329757 TTAAAAACTAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATA
130 TTAAAAACTAAATCTA-TTATAAAACAAATTCAAATAGTTATAAAAATTTGAACAATTATATATT
* * *
15329822 TCAAAT-TGCTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTGTTT-
194 TCAAATAT--TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA-ATTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
15329885 CAATTAAAATAATACAAATTTATTAATTTTC-AAACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATG
256 GAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA-AATTAATAAGT-AAGGATTT-AAAAAATG
15329949 AAT
317 AAT
15329952 CTATTTACCA
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352 4 0.01
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364 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
AACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAAATGTTTTTGTTCAT
ACAAGCTTATTAGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTATAAGTAAGAGATT
TAAAAACTAAATCTATTATAAAACAAATTCAAATAGTTATAAAAATTTGAACAATTATATATTTC
AAATATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATGAATATGTTG
GCTGAACGAATACAAATAGGTATAACTATATG
Found at i:15330312 original size:180 final size:181
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 1.8 Consensus size: 181
15330052 CTTACTCGAT
* * *
15330062 AAATAGATTTAATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATT
1 AAATAGATTTAATTTTTAAATCTTCTACTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
** *
15330127 TTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCT-
66 TTATTTCAAATAAGCATGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATG
15330191 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATGTGTTCAAA
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATGTGTTCAAA
* *
15330243 AAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATT
1 AAATAGATTTAATTTTTAAATCTTCTACTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * *
15330307 TTATTTGAAATAAGCATGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAATGA
66 TTATTTCAAATAAGCATGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
15330372 TTTGAAATAGATAATTGTTCAA
131 TTTGAAATAGATAATTGTTCAA
15330394 TTCTCTTACT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AAATAGATTTAATTTTTAAATCTTCTACTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
TTATTTCAAATAAGCATGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATGTGTTCAAA
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Alignment explanation
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Period size: 133 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
15330264 TTCTACTTAG
* * *
15330274 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCATGTATGAACAAAAACA
1 TAATGTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCATATATGAACAAAAACA
* * * ** * * * *
15330339 ATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATTCTCTTACT
66 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAAAAGTATTCAATTCTCTTACT
15330404 CAT
131 CAT
* ** ** *
15330407 TAATGTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTACTTCG-AATAAGTTTATATGAACTGATA
1 TAATGTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCATATATGAACAAAAA
* *
15330470 CAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGACATAAAAAAGTATTCAA
64 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAAAAGTATTCAA
15330527 ATAGTTGTGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
132 3 0.03
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ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (133 bp):
TAATGTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCATATATGAACAAAAACA
ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAAAAGTATTCAATTCTCTTACT
CAT
Found at i:15330528 original size:313 final size:315
Alignment explanation
Indices: 15330086--15330708 Score: 790
Period size: 313 Copynumber: 2.0 Consensus size: 315
15330076 TTTAAATCTT
* * * * *
15330086 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAA
1 TTACTCATTAATGTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAATAAGTTTATATGAA
* * * * * * *
15330151 CAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
66 CAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAAAAGTATTCAAAT
* *
15330216 AGTTTTAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAA-T-TTCTACTTAGTAAT
131 AGTTGTAACTATTTGAACT-TGTTCAAAAAACAGATTTA-TTTTTAAATTCTTCTACTTAGTAAT
* ** * *
15330278 TTTTGAAATATTAATAAATTTATATTA-TTTT-ATTTGAAATAAGCATGTATGAACAAAAACAAT
194 TGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTAATCTG-AATAAGCATGTATGAACAAAAACAAT
* * *
15330341 TGTTTTATGACAAAA-TAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATTCTC
258 TGTTTTATAACAAAACTAAAA-GTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAATTCTC
* * *
15330399 TTACTCATTAATGTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCGAATAAGTTTATATGAA
1 TTACTCATTAATGTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAATAAGTTTATATGAA
** * * * *
15330464 CTGATACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGACATAAAAAAGTATTCAAAT
66 CAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAAAAGTATTCAAAT
* **** * * * *
15330529 AGTTGTGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAATTCTTTTTCTTATTAATTG
131 AGTTGTAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACAGATTTATTTTTAAATTCTTCTACTTAGTAATTG
*
15330594 TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
196 TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTAATCTGAATAAGCATGTATGAACAAAAACAATTGT
*
15330659 TTTATAAGAAAACTAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAA
261 TTTATAACAAAACTAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAA
15330709 ATAATCAAAA
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 42, Indels: 10
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (315 bp):
TTACTCATTAATGTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAATAAGTTTATATGAA
CAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAAAAGTATTCAAAT
AGTTGTAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACAGATTTATTTTTAAATTCTTCTACTTAGTAATTG
TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTAATCTGAATAAGCATGTATGAACAAAAACAATTGT
TTTATAACAAAACTAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAATTCTC
Found at i:15331653 original size:717 final size:715
Alignment explanation
Indices: 15330582--15333686 Score: 2120
Period size: 718 Copynumber: 4.3 Consensus size: 715
15330572 AAATTCTTTT
* * *
15330582 TCTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAC
1 TCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTCTGAATAAGCTT-TTTGAAC
* *
15330647 AAAAACAATTGTTTTATAAGAAAACTAAAA-GTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAAT
64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * *
15330711 AATCAAAACTGTTTGAACTTATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAAATATTTTACTTATTAATT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATT
* * * * * *
15330776 GTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TATGAAATAAGCTTTTATGAGTAGAAAAAATTG
191 -TTTAAGTA-TAATAAATTTGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTAAGACTAGAAAAAATTA
* * ** * *
15330840 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
253 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGAGAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
15330905 TTAAACTTATTGGGTAAACAGATTCATTTTTTCAATCTATTACTTATTAACTTTCAGAGTATTAA
318 TTAAACTTATTGGGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTATAACTTATTAACTTTCAGAATATTAA
* * *
15330970 TAGATTAGAATTATGT-TATT-TCGAATAAGCTTGCA-AAACAAAAACAATTGTTTTGTGAT-GA
383 TACATTAGAATTAT-TATATTCT-GAATAAGCTTGCATAAACAAAAACAATTATTTTATGATAGA
* * * * *
15331031 ACAAAAGGTTATAATGATTTG-GATCAAATAATTGTTCAAGTAGACATAACTATTTGCATTGG-T
446 ACAAAAGGTTATAATAATTTGAAAT-AAATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGGTT
* * *
15331094 CAAGCCAACATATTCATTTTTTAAATC-CATTTCTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAG
510 C-AGCAAACATATTCA-TTTTTAAATCTC-CTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG
*
15331157 CATTACTTTATTTT--GAATAAGAC-TGTATGAAGAGAA-ACAATTGTTTTAT-AACAAAAAAAT
571 CA-TA-TTT-TTTTCCAAAT-AGACTTGTATGAAGA-AAGACAATTGTTTTATGAA-AAAAAAAT
* * ** **
15331217 GGTCATAGTGATTTGAAATAAATAATTG-TACAAATAATTATAACTT-ATTGAACT-ATTTTAGT
630 -GTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGCT-CAAATAACCATAA-TTGATTGAACTGATTCGA-T
* *
15331279 AAA-TAGA-TTTAT-TTTTTAAT-TC
691 AAACCA-ATTTTATATTTTAAATCTC
* * *
15331301 TCTTATTAATTTTCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACAAACTTATTTGAACA
1 TCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-TTTGAACA
* * *
15331366 AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
15331431 TTATAATTATTTGAACTGGTTCGGCAATCAAAATTATTTTTCAAATTTCTTACTGATTAATTTTT
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATTT-TTACTTATTAATTTTT
* * *
15331496 CAAGTACTGATAAATTTGTTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTAAGAACTA-AAAAATTTATT
194 -AAGTA-TAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTAAG-ACTAGAAAAAATTATT
* * * *
15331559 TTATGATAGAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGAGAATTATTCATATAG-CTTTAACTATT
255 TTATGACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGAGAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATT
* * * * * * * * *
15331623 TGAACTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAAGTTATTAATTTTCATAATATTATT
319 TAAACTTATTGGGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTATAACTTATTAACTTTCAGAATATTAAT
* * * * * *
15331688 ACATTAGCATTATTATATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAACA
384 ACATTAGAATTATTATATTCTGAATAAGCTTGCATAAACAAAAACAATTATTTTATGATAGAACA
* * *
15331753 AAAGGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGT
449 AAAGGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGGTTCAGC
* *
15331818 AAACATATTTATTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATATTTT
514 AAACATATTCATTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATATTTT
* * *
15331883 TTTCCAAATAGGCTTGTATGATGAAAGACAATTGTTTTATGAAAAAAAAATTTCATAATGATTTA
579 TTTCCAAATAGACTTGTATGAAGAAAGACAATTGTTTTATGAAAAAAAAATGTCATAATGATTTA
** *
15331948 AAATAAATAATTGCTCAAATGGCCATAATTGTTTGAACTGATTCGATAAACCAATTTTATATTTT
644 AAATAAATAATTGCTCAAATAACCATAATTGATTGAACTGATTCGATAAACCAATTTTATATTTT
15332013 AAATCTC
709 AAATCTC
* * * * *
15332020 TAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATAATATTTTATT-TCAGATAAGCTTTTATGA
1 T--CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTTT-TGA
*** ** * * * * *
15332084 ATTGAAACAAACGTTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAA
62 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAA
* ** *
15332149 TAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAATTTATTGCTTATTAATT
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATTT-TTACTTATTAA-T
* * * * * *
15332214 TTTTGAATGT-TCATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAAC-AGAAACAAGT
190 TTTT-AA-GTATAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAG-ACTAGAAAAAATT
* ** * * * * * * * * * *
15332277 ATTTTATTATTAAACAAAAAGCCAGAATGATTCGAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACTA
252 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGAGAATTATTCAAATAGTCATAACTA
** * * * *
15332342 TTTGCA-TTAGTTCGGTAAACACATTCATTTTTTAAATTCT-T-ACTTATTAA-TTTTAGAATAT
317 TTTAAACTTA-TTGGGCAAACAAATTCATTTTTTAAA-TCTATAACTTATTAACTTTCAGAATAT
* * * * * ** * * * *
15332403 TATTA-ATTTAGCAA-TATTTTACTT-AGAATAAACTTGTACGAATAGAAACAAATATTTTAGGA
380 TAATACA-TTAG-AATTATTATA-TTCTGAATAAGCTTGCATAAACAAAAACAATTATTTTATGA
* * * * * * ** * * * *
15332465 CAAAACAAAA-ATCATAATGATATGTGATAGATAATTGTTCAATTAGTCATAACTATTTGAATTG
442 TAGAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTG
* * * * * * * * *
15332529 GTTCGGTAAAGAGATTTAATTTTTAAA--T-GT-CTTATT-ATTTTTCAAAATAGTAATAAACTA
507 GTTCAGCAAACATA-TTCATTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTA
* * * * *
15332589 GTATTATTTTATTCCAAATA-ATTTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAT
570 GCA-TATTTTTTTCCAAATAGA-CTTGTATGAAGA-AAGACAATTGTTTTATGA-AAAA-AAAAT
* * * * * * * *
15332652 GTCTTAATGATTTAAATTAGATAATAGTTCAAATGGA-CATAACT-ATTTAAACTTG-TTC-AGT
630 GTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGCTCAAAT-AACCATAATTGA-TTGAAC-TGATTCGA-T
* *
15332713 AAA-C-ATATTAAATTTTTAAATCTTC
691 AAACCAATTTTATA-TTTTAAATC-TC
* * * * * * * ** * ** *
15332738 AACTTATTAATTTTTAGAAGAATAACAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAACTTGAATGAAT
1 -TCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-TTTGAAC
* * * * *
15332803 AAAAACAATTGTTTTATGATAAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTTTTCAAAT
64 AAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * *
15332868 AGTCATAACTATTTGAA-TTCGCTCGGTAAACAGATTTATTTTCT-AAATCTTTTACTTATTAAT
128 AGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAAATTTATTTT-TAAAAT-TTTTACTTATTAAT
* * * ** * *
15332931 TTTTTAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTTTGAATCA-AACAAATTA
190 TTTTAAGTA-TAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGACT-AGAAAAAATTA
* * * * * *
15332995 GTTTAAGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
253 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGAGAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** * * * * * * * **
15333060 TTGAA-TGAATTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTA
318 TTAAACT-TATTGGGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTATAACTTATTAACTTTCAGAATATTA
* * * ** * * * * *
15333123 ATAAATTTA-TATTATTTTA-TAGGAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTTATGACAA
382 ATACA-TTAGAATTATTATATTCTG-AATAAGCTTGCATAAACAAAAACAATTATTTTATGATAG
* * ** * * * ** * *
15333186 AACAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGAAT--TTTTTTAGATACTCGTAACTATTTGAACTTGT
445 AACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGGT
** * * * *
15333249 TTGGTAAACAAATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
509 TCAGCAAACATATTCA--TTTTTAAATCTCCTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * *
15333313 TATTATTTTATTT-CAAATA-AGTTTATATGAACTAAAG-CAATTAG-TTTATTACAAAACAAAA
571 CA-TATTTT-TTTCCAAATAGA-CTTGTATGAA-GAAAGACAATT-GTTTTA-T-GAAAA-AAAA
* * * * ** * * * * *
15333374 AGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATGACT-ATTTGAACTTG-TTTGGT
628 ATGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAACCATAATTGA-TTGAAC-TGATTCGAT
* * * *
15333437 AAA--TATATT-TATTTTAAAACTT
691 AAACCAATTTTATATTTTAAATCTC
* * * * * * *
15333459 TTTTATTTATTATTATGAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGA
1 TCTTA-TTA--ATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-TTTGA
* * * * ** * ** *
15333524 ATAGAAACAATTGTTTTAGGATAAAACAAAAACTCTTAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
62 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAA
* ** * * * *
15333589 TAGTCA-AAATGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAATAAT
127 TAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAAT
* *
15333653 TGTCTTCA-TATTAATAAATTTGTATTCTTTTATT
190 T-T-TTAAGTA-TAATAAATTTGTATTATTTTATT
15333687 ATGGTTTGTT
Statistics
Matches: 1931, Mismatches: 354, Indels: 198
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
714 6 0.00
715 32 0.02
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718 470 0.24
719 212 0.11
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725 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (715 bp):
TCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTTGAACAA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTAA
GTATAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGACTAGAAAAAATTATTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGAGAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT
ATTGGGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTATAACTTATTAACTTTCAGAATATTAATACATTAG
AATTATTATATTCTGAATAAGCTTGCATAAACAAAAACAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTT
ATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAACATA
TTCATTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATATTTTTTTCCAA
ATAGACTTGTATGAAGAAAGACAATTGTTTTATGAAAAAAAAATGTCATAATGATTTAAAATAAA
TAATTGCTCAAATAACCATAATTGATTGAACTGATTCGATAAACCAATTTTATATTTTAAATCTC
Found at i:15331867 original size:718 final size:713
Alignment explanation
Indices: 15330395--15342248 Score: 5027
Period size: 717 Copynumber: 16.5 Consensus size: 713
15330385 ATTGTTCAAT
* * * * * *
15330395 TCTCTTACTCATTAATGTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCGAATAAGTTTATA
1 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTA
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* ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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508 TGTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATA-ATTT
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571 AGCATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * **
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*
15331102 CATATTCATTTTTTAAA
698 CATATTTA-TTTTTAAA
* * * ** **
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1 TCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTG
* *
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* * * *
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129 CAAATAATCATAACTAT-TTGAACT-TGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAATTCTCTTATTAA
* * * * * * *
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* * * *
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257 GTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
15331440 TTTGAACTGGTTCGGCAATCAAAATTATTTTTCAAAT-TTCTTACTGATTAATTTTTCAAGTACT
322 TTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATATT-TTACTTATTAATTTTT-AAGTATT
* * * * * *
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385 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTT-GTATGAACTAGAAAAA-TTATTTTATGACAA
* * * * *
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448 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAA-TTGT
* * * * * * *
15331632 TTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAAGTTATTAATTTTCATAATATTATTACA-TTAGC
511 TTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATA-ATTTAGC
* * * * * * *
15331696 ATTATTATATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTA
574 ATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
*
15331761 TAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACATAT
638 TAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACATAT
15331826 TTATTTTTAAA
703 TTATTTTTAAA
* * *
15331837 TCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TATTTT-TTTCCAAATAGGCTTGT
1 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-CAAATAAGTTTGT
* * * *
15331900 ATGATGA-AAGACAATTGTTTTATGAA-AAAAAAAT-TTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGC
65 ATGAAGAGAA-ACAATTGTTTTAT-AACAAAAAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGT
*** * * * *
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* * * * * * **
15332025 TATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATAATATTTTATT-TCAGATAAGCTTTTATGAATTGA
186 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTATATGAATAAA
** * * * *
15332089 AACAAACGTTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
250 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* ** *
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315 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATATT-TTACTTATTAA-TTTTT
* * * *
15332218 GAA-TGTTCATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAAC-AGAAACAAGTATTT
378 -AAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTGTATGAACTAGAAA-AATTATTT
* ** * * * * * * * *
15332281 TATTATTAAACAAAAAGCCAGAATGATTCGAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTG
440 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
15332346 CATTAGTTCGGTAAACACATTCATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTT-AGAATATTATTAAT
505 AATT-GTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAT
* * * * * * * *
15332410 TTAGCAATATTTTACTTAGAATAAACTTGTACGAATAGAAACAAATATTTTAGGACAAAACAAAA
569 TTAGCATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * ** * * *
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633 GGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA
* *
15332539 GAGATTTAATTTTTAAA
698 CATATTT-ATTTTTAAA
* ** * * * *
15332556 TGTCTTA-TTA-T--TTTTCAAAATAGTAATAAACTAGTATTATTTTATTCCAAATAATTTTGTA
1 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTA
* * * *
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66 TGAAGAGAAACAATTGTTTTATA-AC-AAA-AAAATGGTCATAATGATTTGAAA-TAAATAATTG
* * * * *
15332679 TTCAAATGGA-CATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTAAATTTTTAAATCTTCAACTT
127 TTCAAAT-AATCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATT-TATTTTTAAA--TTC-TCTT
* * * * * * * *
15332743 ATTAATTTTTAGAAGAATAACAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAACTTGA-ATGAATAAAA
187 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTT-ATATGAATAAAA
* * *
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251 ACAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
15332872 ATAACTATTTGAA-TTCGCTCGGTAAACAGATTTA-TTTTCTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
315 ATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTC-AAATATTTTACTTATTAATTTTT
* * * *
15332935 TAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTTTGAA-TCA-AACAAATTAGTT
378 AAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGTTGTATGAACT-AGAA-AAATTATTT
* * *
15332998 TAAGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
440 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * **
15333063 AA-TGAATTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA
505 AATTG--TTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAAT-A
* ** *
15333127 ATTTA-TATTATTTTATAGGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTTATGACAAAACA
567 ATTTAGCATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGCATGAACAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * * * * *
15333190 AAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGAAT--TTTTTTAGATACTCGTAACTATTTGAACTTGTTTGG
630 AAAGGTCATAATGATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGG
* * *
15333253 TAAACAAATTCATTTTTTTAAT
694 TAAACATATT--TATTTTTAAA
*
15333275 TCTCTTACTCT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTAT
1 TCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGT
* * * * * *
15333339 ATGAACTA-AAGCAATTAG-TTTATTACAAAACAAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATT
65 ATGAA-GAGAAACAATT-GTTTTATAAC-AAA-AAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATT
* * * * * *
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126 GTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAA-TTCTCTTA-T
* * * * * *
15333466 TATTATTATGAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
189 TA--ATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAATAAAAA
* ** * **
15333531 CAATTGTTTTAGGATAAAACAAAAACTCTTAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-
252 CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** * * * * * *
15333595 AAATGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAATAATTGTCTTC
317 AACT-ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATATTTTACTTATTAATT-T-TTA
* * * * ** * ** **** * *
15333660 A-TATTAATAAATTTGTATTCTTTTATTATG-GTTTGTTAAGCAATTTACTTTTTAAA-TCTCTT
379 AGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTT--G-TATGAACTAGAAAAATTATTTT
* ** * ** * * * ** * * * * *
15333722 ACTGATTAATTTTC-TAA-GT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTGAACAAACTTATATT
441 A-TGA-CAA--AACAAAAGGTCA-TAA-CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATA--
* **** ** * ** * *
15333783 ACCAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
497 ACTATTTGAATTGTTTGGT----AAAC----AG--AT-TC-ATTT----TTTA-AATTCTT--AC
* * * * *
15333848 TTATTATAATTATTTCA-ACTGGTTCAATAA-ATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAA
543 TTA-T-TAA-T-TTTCAGAAT-ATT-AATAATTTAGCATTA-TTT-T--AT-T-TGA---AT-AA
* ** * * * * *
15333911 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCGAATAAGCTTCTATAAGTTGAAAAAATT
592 -----G--CT-TGCATGAA-CAG----A----A--AC-AATTA--TT-T-T-A--TG--ACAA--
** ** * * *
15333976 GTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC--ATAGTCTTAACTA
626 -----A--ACAAA--AGGTCATAAT---GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
15334039 TTTGAATTGGTTCAGCAAACAAATTTATTTTGTAAA
679 TTTGAACTGGTTCGGTAAACATATTTATTTT-TAAA
* ** * * * * * * * * *
15334075 TCTCTTAATTATTAATTTTTTTAATTTTATTAGATCAGTACTAGTTTATTTCGAATAA-CTTGCA
1 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTA
* * * * * * * *** * * *
15334139 TGAACAGAAATAATTGCTTCATGACATAACAAAA-GTTTATAGCAATTT-AAGT-ATTCAATTGA
66 TGAAGAGAAACAATTGTTTTATAACA-AA-AAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAAT-AATTGT
* *
15334201 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGGTAAACATATTT-TTTTTAAATCTCTTACTTAT
128 TCAAATAATCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACATATTTATTTTTAAAT-TC-T-CTTAT
** * * * * *
15334264 TAATTTTTTAAAGATTAATAAATTAATACTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTATG-A-AAAAAT
189 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTATATGAATAAAAAC
* * ** * * * * *
15334326 GATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAAT-G----G
253 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
15334386 AC-A--T-AA-TTATT---TAAATAGATTCATTTTTTAAATCA----A-TTATTAATTTTTGAAA
318 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTCAAAT-ATTTTACTTATTAATTTTT-AAG
** * * *
15334438 TATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGAATGAA-TTGAACCAATTATTTTATA
381 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTGTATGAACTAGAA-AAATTATTTTAT-
* * * **
15334501 GA-AGAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAAT
443 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* ** * * * * * * *
15334565 TTTTTCAATAAA-AAATTTATTTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTT-GGAAATATTAAAAAAT
508 TGTTT-GGTAAACAGATTCA-TTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAATT
* * ** ** * *
15334628 TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAG
570 TAGCATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
15334693 GTCATAATGATTTTAAATAAATAACTATTCAAATAGTAATAACTATTTTAACAT-GTTTGGTAGA
634 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGGTAAA
***
15334757 TGGATTTATTTTTTCAAA
698 CATATTTA-TTTTT-AAA
* * * * * *
15334775 TCTTTTTCTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTTA-AATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
1 TCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTG
* * * * ** * * * **
15334838 TAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGATTAAACAAGA-GGTTAGAATGATTTGAAATGGATAATT
64 TATGA-AGAGAAACAATTGTTTTAT-AACAAA-AAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATT
* * * * ** * * * * *
15334901 ATTCTAACAGTTTTAAGTATTTGAACTAGGTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
126 GTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTTAAAT-TC-T-CTT
* * * * * * *
15334966 ATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTACTTTTAATC-AAATAAGCTTCTATGATTAGAA
187 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAATAAAA
* * ** ** ** *
15335030 ACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTTTAACAATTT-AAGATTGATAATTGTTTAAATAGTC
251 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
15335093 ATAACTATTTAAAC-TGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTG
315 ATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATATTTTACTTATTAATTTTT-
* * * ** * *
15335157 AAATTTTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-A-TAAAAAACAATTGTTT
378 AAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTGTATGAACT-AGAAA-AATTATTT
** * * ** * * *
15335220 TATGACAAAACAAAACATCATAACGATTTGTAGTAGATAATCATTCAAA-AGGCCATTATTATTT
440 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTT
* * * * * * *
15335284 TAACTGATTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TAT-AGGAAATATTAA
504 GAATTG-TTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAA-TTCTTACTTATTAATTTTCA-G-AATATTAA
* * * * ** * * * *
15335347 TAAATTAGTATTGTTTTATTCCGTCTAAGCTTGTATTAACTA-AAACAATCATTTTATGACAAAT
565 TAATTTAGCATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGCATGAAC-AGAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * * * * * * * * *
15335411 C-AAAGGTTATAATGTTTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAAATATTTCAACTTGTTCC
628 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCG
* *
15335475 ATAAACAGATTTATTTTTTTTAAA
693 GTAAACATATTTA---TTTTTAAA
* * * * * *
15335499 TCTCTTTCTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTAATAATTTA-TTCTGAATAAGCTTG
1 TCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGTTTG
** * * * * * * * * ** * * *
15335562 TATGAATTGAAATAGTTATTTCAAAACTAAGCAAAA-GGTTAGAACAATTTGCAATATATAATTA
64 TATGAAGAGAAACAATTGTTTTATAAC-AA-AAAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTG
* * * * * * * * *
15335626 TTCCAATAGTCTTAACCATTTGAA-TTGATTCAATAAACAAAGTTATTTTTTAATTCTCTTACTT
127 TTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACATATTTA-TTTTTAAAT-TC-T-CTT
* * * * ** *
15335690 ATTAATTATCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAA-CAAAA
187 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAATAAAAA
* ** * * * * ** * *
15335754 CAATTGTTCTGGGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTT
252 CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * ** * * * ** *
15335819 AACTATTTGAACTAATTCGGTAATTAGATTTATTTTT-TAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTAGA
317 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATATT-TTACTTATTAATTTTTA-A
* * * * * * *
15335883 ATATTATTAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAA-TAGTCAAAACTA---T-T
380 GTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGTTGTATGAACTAG-AAAAATTATTTTAT
* * * * * * * * *
15335943 ---AAAATAAAAGGTTATAATGAATTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTAAAACTATTTGAAA
443 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
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15336005 TGATTTGGCAAGTAGATTTACTTTTTAAATCCCTTACTGATTAATTTTCTA-AATATTAATAAAT
508 TG-TTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTC-AGAATATTAATAATT
** * * * ** * * * * * *
15336069 TAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAACAAAAAAAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAA
570 TAGCATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* ** ** * * * * * *
15336134 GTAATAACAATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAAA
634 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAC
* *
15336199 AGAATTATTTTCTAAA
699 ATATTTATTTT-TAAA
* * * *
15336215 TCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTA-TTCTGAATAAGCTTT-
1 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAG-TTTG
* * * * ** *
15336278 TATG-AGTTGAAATAATTATTTTATGACAAAGCAAAA-GGTCATAAAAATTTAAAATAAATAATT
64 TATGAAG-AGAAACAATTGTTTTATAACAAA--AAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATT
* * * * ** *** *
15336341 GTT-AATATAATCTTAATTATTT-AAATTAATTCGGTAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAG
126 GTTCAA-ATAATCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACATATTTA-TTTTTAAAT-TC-T-C
* * * * * * *
15336404 TTATTAATTTTTAAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAGTTTGA-ATG-ATCA
185 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTT-ATATGAAT-A
* * * * ** * * *
15336467 GACACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA-AGATAATTATTGAAATAG
248 AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
15336531 TC--AACTATTTAAACTAGTTTAGAAAACAAATTTATTGTTT--AA-A-TCT-CTTATTAATTCT
313 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATT-TTTCAAATATTTTACTTATTAATT-T
** ** * * * *
15336589 TTAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGCATG--TTGAAAAACAATTGT
376 TTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTGTATGAACT-AGAAA-AATTAT
* * * ** * * * *
15336652 TTTAAGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGGGCAAATGGCCATAATTGTT
438 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
** * * * * * *
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503 TGAA-TTGTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAA
** * * ** * *
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565 TAATTTAGCATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGCATGAAC-AGAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * *
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628 CAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGGTT
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* * * * * *
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1 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGTTTGT
* * *** * ** * *
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* * * * * * * *
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* *** * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * * *
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* * * *** *
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374 TTTT--AAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTGTATGAACTAGAAA-AAT
* * * * * *
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* * ** * * ** * *
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500 ATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAGA-TTCATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTCAGAATAT
* * * * * ** * * *
15337486 TAATAAATTAGTATTAATTTATTTTCAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAGTTGTTTTATGACTA
562 TAATAATTTAGCATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * * ** * *
15337551 AGCAAAAGGTTAGAATGATTTG----CAGT-A---TTCTAATAGTTTTAACCATTTGAACTGATT
626 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT
* * *
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691 CGGTAAACATATTTA-TTTTTAAA
** * * * * *
15337632 --TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATA
1 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTA
* * * ** * **
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66 TGAAGAGAAACAATTGTTTTATAAC-AAA-AAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * * * ** * * *
15337756 CATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATT
129 CAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTTAA-ATTC-T-CTTATT
** * * * * ** * **
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* * * * * * * * * *
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252 CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** * * * * *
15337941 AACTATTTGAA-ATGTTTTGGCAAGCAAATTTACATTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTCTA
317 AACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTCAAATATTTTACTTATTAATTTT-TA
* * ** * * * * * *
15338004 AATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAA-TAAAAACAATTGTTTTA
379 AGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGTTGTATGAACTAGAAA-AATTATTTTA
* * * * * * * *
15338068 TGACAAAACAAAAAGTAATAACGATATGAAACAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTCAA
442 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * *
15338133 CTGGTTTGGCAAATAGAATT-ATTTTCTAAA-TCTT--TTATAAATTTTTTA-AATACTAATAAA
507 -TTGTTTGGTAAACAG-ATTCATTTTTTAAATTCTTACTTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAT
** * ** ** *** * *
15338193 TTAGTTTTATTCTATTCCAAATAAGCTTTTATGAGTTGAAATAATTATTTTATGACAAAGCAAAA
569 TTAGCATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
** * * * * * * * *
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633 GGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA
***
15338323 TGGATTTATTTTTTAAA
698 CATATTTA-TTTTTAAA
* * * *
15338340 TCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
1 TCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGT
** ** * * ** * * *
15338404 ATG-A-CCAAACAATTGCTTTT-TGATGAACAAAA-GGTTATAACAATTTAAAATATATAATTAT
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* * * ** * * *
15338465 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTACAGAAAATAAATTTATTTTTTAAA-TCTCTTATTAA
128 TCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTTAAATTCTCTTATTAA
* * * ** * * * * * *
15338529 TTCTT-AAAATGTTAAAAAATGAGGATTATTTTATTTTGACTAAACTTGTATG-TTGAAAAACAA
192 TT-TTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAAT-AAAAACAA
* * * * * * * * *
15338592 TTTTTTTATGACAAAACAATAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAAT
255 TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *** * *
15338657 TATTT-AAATTGATTCAATAAATTGATTTACTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT--G-A
320 TATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTCAAATATTTTACTTATTAATTTTTAAGTA
* * * * * * * *
15338717 --AATGAAGTAGTAATATTTTATTTTGGATAAGCTTTTACGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACA
383 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTGTATGAACTAGAAAAATTATTTTATGACA
* *
15338780 AATA-AAAA-GTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
447 AA-ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG
* * * * * * *
15338843 TTCGGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTA
510 TTTGGTAAACAGATTCATTTTTT-AAAT-TCTTACTTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAATTTA
* * * * *
15338907 GTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGT
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* * * * * * ** * * * *
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701 ATTTA-TTTTTAAA
* * * * *
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1 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGTTTGT
** * * * ** ** ** *
15339111 ATGATCAGAAACAATTGTTTCATAAGAAAACAAAT-ATCATAACAATTTGAGGTTGATATTTGTT
65 ATGAAGAGAAACAATTGTTTTATAACAAAA-AAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * * *
15339175 CCAATATTCATAACTATTTAAACTAGTTTAG-AAA-ATAGCTTTAGTTTTTAAATCCCTTGCTTA
129 CAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATA--TTTA-TTTTTAAAT-TC-T-CTTA
** * * * ** * * *
15339238 TTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACT-GAAA
188 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAA-TAAAAA
* * ** * *
15339302 CAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTG-TCCAATAGTCA
252 CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
15339365 -AATCTGTTTAAACTTGTTC-GATAAACAAGTTT-TTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTT
316 TAA-CTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTCAAATATTTTACTTATTAA-TTTTT
* * * * *
15339427 GAA-TCTTAATCAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAAAT-GAAATAATTTTTT
378 -AAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTGTATGAACTAGAAA-AATTATTT
* * * * * * *
15339490 TATGACTAAACAACAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATGGTCTTAACTATTTG
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* ** * * * * * ** * *
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505 AAT-TGTTTGGTAAACAGATTCA---TTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAA
* * *** * * * **
15339619 TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTAT-AAGAGAAACAATTGTTTTATGACAAATT
565 TAATTTAGCATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * *
15339683 AAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTCAG
629 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGG
*
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694 TAAACATAT-TTATTTTTAAA
* * * * *
15339769 TCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTGAATAAGCTTG
1 TCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGTTTG
** * * * * * * * * * * *
15339832 TATGAATTGAAATAGTTGTTTTATGACTAAGCAAAA-GTTTATAACGATTCGTAATATATAATTA
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* * * * * * * * **
15339896 TTCCAATAGTCTTAACCATTTAAACTT-ATTCGATAAACAAAAGTATTTTTAAA-TCTCTTATTA
127 TTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACATATTTATTTTTAAATTCTCTTATTA
* * * * *
15339959 ATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTATATGAA-CAAAACAA
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*** * * * * * * **** * *
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* * * * * * * ** * *
15340087 TATTTTAACTAGTT-TG-ACAATTAGATTTATTTTT-TAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAA
320 TATTTGAACTTGTTCAGTA-AA-CAAATTTATTTTTCAAATATT-TTACTTATTAA-TTTTTAAG
* * * ** * * *
15340149 TATTATTAAATTAGTATTATATTATTTTGAATAAAATAATACGAA-TAGTCAAAACTA---T-T-
381 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGTTGTATGAACTAG-AAAAATTATTTTATG
* * * * * * *
15340208 -C-AAATAAAATGTTATAATGATTTGAAATAGATAA-TGATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAAA
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* * * * * * *
15340270 TGTTTTGGCAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTA-AATACTAATAAAT
508 TG-TTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTC-AGAATATTAATAATT
* * * ** ** * * * * *
15340334 TAGTATTATTTTATTTCAAACAAATTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAA
570 TAGCATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * * * *
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634 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAC
* *
15340464 AAAATTATTTTCTAAA
699 ATATTTATTTT-TAAA
* * * * *
15340480 TCTCTTA-TATATAAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCAAATAAGCTTT-
1 TCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TTTG
* * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * ** *
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189 TA--A-TTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTATATGAATAAA
* * * ** * *
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* * ** * *
15340799 ATAACTATTTGAACTGGTTTAAAAAAACAAATTTATTTTT-TAA-A-TCT-CTTATTAATTCTTT
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* * * ** * *
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* * * * **
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*** * * *
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* * * * * ** * *
15341047 A-GTAGTATTTTTTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAATTA-AAACAATTATTTTATGACAAAAT
567 ATTTAGCA-TTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGCATGAA-CAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * * *
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*
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693 GTAAACATATTTA-TTTTT-AAA
* * * * *
15341197 TCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
1 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTA
** * ** * * * *
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* * * * * * * * * * *
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** * ** * * *
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* * *** ** * * *
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* * * ** ** * *
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* * * * * *
15341578 ATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAGCT-GAAACAATTGTTTTAT
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* * * * *
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* * * * * * ** *
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* * ** * * * *
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567 ATTTAGCATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGCATGAACA-GAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * * * *
15341832 ATAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-TATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGT
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695 AAACATATTTATTT--TT-AAA
* * * * *
15341918 TCTCTTAC----TAATTTTTGAAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTA
1 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTA
* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * *
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*
15342236 AATTATTTGAACT
317 AACTATTTGAACT
15342249 GGTTTGGTAA
Statistics
Matches: 8524, Mismatches: 1996, Indels: 1222
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
695 7 0.00
696 54 0.01
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* * *
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* * * * * *
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* * *** * * * *
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* * * * ** **
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* **
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** * * * * * * * * ** *
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** * * * * *** * * ** *
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* * ****** ** * * * *
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* * * *
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* * * * * ** * * * * ** * * * *
15335568 TTGAAATAGTTATTTCAAAACTAAGCAAAAGGTTAGAACAATTTGCAATATATAATTATTCCAAT
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* * ** * * * *
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129 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
** * * ** *
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1 TTACTTATTAATT-T-TTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA
* * ** * * * ** *
15335749 CA-AAACAATTGTTCTGGGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCATAT
64 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* ** ** *
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** * * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * ** * **
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* * * * * *
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* * * * * * ** ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * ** * * *
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* * *
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* * * * ** * **
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* * * * ** * * * * *
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* * ** *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
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* * *
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* *
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* * * * *
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*
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* ** * * **
15333958 CTAT-AAGTTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
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* * * *
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* ** * * * * * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * * ** * * * * *
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* * * * * * *
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** * * **
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* * * * * * * *
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* * ** ** *
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* * * * * * *
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* ** * * * * **
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* * **
15334741 TAACA-TGTTTGGTAGATGG
512 TAA-ATTGTTCGGTAAACAG
* * * *
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1 ATTTATTTTTT-AAATC-TCTTGTTATTAATTTT-TAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
15334823 TTTCGAATAAGCTTGTAAGAT-ATGAAACAAATATTTTATGATTAAACAAGAGGTTAGAATGATT
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* * * * * * * * * *
15334887 TGAAATGGATAATTATTCTAACAGTTTTAAGTATTTGAACTAGGTTGGTAAACACATTTATTTTT
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* *
15334952 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTACTTTTA-ATCAAATAAGC
187 TAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGC
* ** * * ** *
15335016 TTCTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTTTAACAATTT-AAGATTGATAA
246 TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAA-ATAGATAA
* * * * *
15335079 TTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTATTA
310 TTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * *
15335143 CTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTACTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGATA-
374 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGA-AC
** * ** * * * **
15335206 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACATCATAACGATTTGTAGTAGATAATCATTCAAA-A
437 TGAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATA
* * * * ** * *
15335270 GGCCATT-ATTATTTTAACTGATTTAGTAAATAA
500 -GTC-TTAACTATTTAAATTG-TTCGGTAAACAG
* * * *** * *
15335303 ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATATAGGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-GTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * ** * * * *
15335368 CGTCTAAGCTTGTATTAACTA-AAACAATCATTTTATGACAAATC-AAAGGTTATAATGTTTTTA
65 TGAATAAGCTTGTATGATC-AGAAACAATTGTTTTATGATAAA-CAAAAGGTTATAACGATTTGA
* * * * * * * * * *
15335431 AATAGACAATTGTTCAAATAATAATAAATATTTCAACTTGTTCCA-TAAACAGATTTATTTTTTT
128 AATAGATAATTATTCAAATAGT--CAACTATTTAAACTAGTT-TAGAAAACAAATTTA---TTTT
* * * *
15335495 TAAATCTCTTTCTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTAATAATTTA-TTCTGAATAAGC
187 TAAA--TC--TCTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGC
*** * * * * ** * * * * * *
15335559 TTGTATGAATTGAAATAGTTATTTCAAAACTAAGCAAAAGGTTAGAACAATTTGCAATATATAAT
246 TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * * ** * *
15335624 TATTCCAATAGTCT-TAACCATTTGAATTGATTCAATAAACAA-AGTTATTTTTTAATTCTCTTA
311 TGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** * * * * *
15335687 CTTATTAATTATCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAAC-A
374 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * ** * * ** *
15335751 AAACAATTGTTCTGGGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGT
439 AAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGT
* ** **
15335816 CTTAACTATTTGAACTAATTCGGTAATTAG
502 CTTAACTATTT-AAATTGTTCGGTAAACAG
* * * * * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-GTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * * *
15335911 TGAATAAAATAGTATGAAT-AGTCAA-AA-----CTATTA-AAATAAAAGGTTATAATGAATTGA
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* * * * ** *
15335968 AATAGATAATTATTCTAATAGTTAAAACTATTTGAAA-T-GATTTGGCAAGTAGATTTACTTTTT
128 AATAGATAATTATTCAAATAG-T-CAACTATTT-AAACTAG-TTTAGAAAACAAATTTA-TTTTT
* * * *
15336031 AAATCCCTTACTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTT
188 AAAT--C-T-CTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * * * *
15336096 ATATTAACAAAAAAAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGTTAATTA
248 GTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * *
15336161 TTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAAAAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTA
313 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * ** *
15336226 TAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCTGAATAAGCTTTTATGAGTTGAAAT
378 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * * *
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* * **
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* *
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* * * *
15336447 TGAATAAGTTTGAATGATCAGACACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA
65 TGAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGATA-AACAAAAGGTTATAACGATTTGAA
*
15336512 A-AGATAATTATTGAAATAGTCAACTATTTAAACTAGTTTAGAAAACAAATTTATTGTTTAAATC
129 ATAGATAATTATTCAAATAGTCAACTATTTAAACTAGTTTAGAAAACAAATTTATT-TTTAAATC
* * * ***
15336576 TCTTATTAATTCTTTAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGCATGTTGA
193 TCTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA
* ** *
15336641 AAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGGGCAAATGG
257 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * ** * ** * *
15336706 CCATAATTGTTTGAACTAATTCGATAAACTGATTTATTATTTAAATATCTTACTTATTAATTTTT
322 TTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
15336771 GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTT
387 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTT
* * * * * * *
15336836 ACGACAAAACAAATGGTCATAATATTTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-AAACTATGTGA
452 ATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCTTAACTAT-TTA
** *
15336900 ACCTGTTCGGTAAACAT
514 AATTGTTCGGTAAACAG
* * *
15336917 ATTTATTTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTG-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * ** *
15336982 ATGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAA-T-TATTA--A-AAA-ATCTA-TTTA-AAC--TTGC
64 TTGAATAAGCTTGTATGATC-AGAAACAATTGTTTTATGATAAACA-AAAGGTTATAACGATT--
* * * * * *
15337036 TCG--AT-GAACAATTA-T-GAATA---ATCTATTTAAACTTG-CTCGATAAACAAATTT-TTTT
125 T-GAAATAG-ATAATTATTCAAATAGTCAACTATTTAAACTAGTTTAGA-AAACAAATTTATTTT
* * * * **
15337091 AAAAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
187 --TAAATC---T-CTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
* * * *
15337156 CTTGTATGAA-ATGAAATA-AATT-TTTTGTGACTAAACAACAGGTTAA-AA-GATTTGAAATAG
245 CTTGTATGAACA--AAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TAATAACAATTTGAAATAG
* * *** ** *
15337216 ATAATTG-TC-AATAGTCT-GAACTATTTGAATTGGTTCACCAAACACATTTTTTTTTTTTAAAT
306 ATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA-A-AGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * **
15337278 CTCTTACTTACTAATTTTTGGAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTAT
368 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT
** * * * *
15337343 GAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCA
433 GAACTGAAACAATTATTTTATGACAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-A
* ** * *
15337408 AATAATAATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAG
496 AATAGTCTTAACTATTTAAA-TTGTTCGGTAAACAG
* * * ** * * *
15337444 ATTTGTTTTTTTAAATCTCTTTCTTAATAATTTTTTGAGTGTTAATAAATTAGTATTAATTTATT
1 ATTT-ATTTTTTAAATCTC-TTGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
15337509 TTCAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAGTTGTTTTATGACTAAGCAAAAGGTTAGAATGATTTG
64 TTGAATAAGCTTGTATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * * * *
15337573 ---CAG-----TATTCTAATAGTTTTAACCATTTGAACT-GATTCAGTAAACAAAGTTATTTTTT
127 AAATAGATAATTATTCAAATAG--TCAACTATTTAAACTAG-TTTAGAAAACAAATTTA-TTTTT
* * * * *
15337629 AAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATAT
188 AAATCTCTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * **
15337694 GAAC-AAAACAATTGTTCTATGACAAAAGAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCA
252 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * ** * * **
15337758 TATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTTGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTA
317 AATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * ** * * *
15337822 AGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAACAGTCAA-AA
381 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTG-AAACAA
* * * ** * * * **
15337886 CTA---T-T--CAAATAAAAGGTTATAATGATTTGGAATAGATAATTATTTAAACAGTCAAAACT
445 TTATTTTATGACAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-GTTAAATAGTCTTAACT
* * * *
15337945 ATTTGAAA-TGTTTTGGCAAGCAA
509 ATTT-AAATTG-TTCGGTAAACAG
** * *
15337968 ATTTACATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-GTTATTAATTTT-TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * * * * *
15338032 TCAAACAAACTTATATTAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATATG
64 TTGAATAAGCTTGTA-TGATCAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * * * *
15338096 AAACAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTCAACTGGTTTGGCAAATAGAA-TTATTTTCT
127 AAATAGATAATTATTCAAATAG-T-CAACTATTTAAACTAGTTTAGAAAACA-AATTTATTTT-T
* * * * * * *
15338160 AAATCTTTTATAAATTTTTTAAATACTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCAAATAAGCTTTTAT
188 AAATCTCTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
**** * * * * * * *
15338225 GAGTTGAAATAATTATTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAAAAATTTAAAATAAATAATTGTTCA
252 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * ** *
15338290 TATTGTCT-TAATTGTTTGAACTGATTTGGTAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTA
317 AATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* *
15338354 ATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATG-AC-CAAACA
381 ATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
* ** * * * *
15338415 ATTGCTTTT-TGATGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATATATAATTATTCAAATAGT-TATA
444 ATT-ATTTTATGACAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCT-TA
* * * * * * *
15338478 ACTATTTGAACTGGTACAGAAAATAA
506 ACTATTT-AAATTGTTCGGTAAACAG
* * * * *
15338504 ATTTATTTTTTAAATCTC---TTATTAATTCTTAAAATGTTAAAAAATGAGGATTATTTTATTTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * * * * * * *
15338566 GACTAAACTTGTATGTTGAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAATAGGTAATAATGATTTAAAA
66 GAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAA
* * * * * * ***
15338631 TAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAA-TTGATTCA-ATAAATTGATTTACTTTTTAA
130 TAGATAATTATTCAAATAGTC--AACTATTTAAACTAG-TTTAGA-AAACAAATTTA-TTTTTAA
* * * * * *** * *
15338694 ATCTCTTACTT-A---TTAATTTTTGAAATGAAGTAGTAATATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAC
190 ATCTCTTA-TTAATTTTTAAATATT--AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* *
15338755 GAACTAAAAA-AATTGTTTTATGACAAATA-AAAA-GTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTT
252 GAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
15338817 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTAT
315 CAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAAAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTAT
* *
15338882 TAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
379 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
* * * ** * * * *
15338947 ATTATTATATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTCA
444 ATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCTTAA
* * *
15339012 CTATTAAAATTGTTTCGGCAAACAC
507 CTATTTAAATTG-TTCGGTAAACAG
* ** * *
15339037 ATTTATTTTTTAAATCTC---TCATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TT
** * * * *
15339098 CAAATAGGCTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTCATAAGA-AAACAAATA--TCATAACAATTTG
65 TGAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTGTTT--TATGATAAACAAA-AGGTTATAACGATTTG
** * * * * * * **
15339160 AGGTTGATATTTGTTCCAATATTCATAACTATTTAAACTAGTTTAGAAAATAGCTTTAGTTTTTA
127 AAATAGATAATTATTCAAATAGTC--AACTATTTAAACTAGTTTAGAAAACAAATTTA-TTTTTA
* *** * *
15339225 AATCCCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTT
189 AAT--C-T-CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
** * *
15339290 TATGAACTGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTG
249 TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAA-TTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * *
15339354 -TCCAATAGTCA-AATCTGTTTAAACTTGTTCGATAAACAAG-TTT-TTTTTTAAATCTTTTGCT
313 TTCAAATAGTTATAA-CTATTTGAACTGGTTCGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * *
15339415 CATTAATTTTTTG-AATCTTAATCAATTAGTATTATTTTATT-TGGAATAAGCTTGTATGAAATG
376 TATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * ** * *
15339478 AAATAATTTTTTTATGACTAAACAACAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAATGGTC
439 AAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAATAGTC
* * * * *
15339543 TTAACTATTTGAATCAGTTCAGCAAACAC
503 TTAACTATTTAAAT-TGTTCGGTAAACAG
* * * ** * *
15339572 ATTTATTTTTTTTTAAATCTGTTACTTACTAATTTTTGGAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTA
1 ATTTA---TTTTTTAAATCTCTT-GTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* *** ** * *
15339637 ATCCAAATAAGCTTGTAT-AAGAGAAACAATTGTTTTATGACAAATTAAAAGGTTATAACGATTT
62 TTTTGAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGATAAA-CAAAAGGTTATAACGATTT
* * * * * * * * *
15339701 TAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATATTT-TTTT
126 GAAATAGATAATTATTCAAATAGT--CAACTATTTAAACTAGTTTAGAAAACA-A-ATTTATTTT
* * * *
15339765 TAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTGAATAAGC
187 TAAA--TC--TCTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGC
*** * * * * * * * * * *
15339829 TTGTATGAATTGAAATAGTTGTTTTATGACTAAGCAAAAGTTTATAACGATTCGTAATATATAAT
246 TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * ** * **
15339894 TATTCCAATAGTCT-TAACCATTTAAACTTATTCGATAAACAA-AAGTA-TTTTTAAA--TC-T-
311 TGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * *
15339952 CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTATATGAAC-
374 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT
* ** * * * * **** *
15340015 AAAACAATTGA-CCTATGACAAAAGAAAAAGTCATAACGACTTGAAATAGATAGCCATTCATATA
438 GAAACAATT-ATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATA
* * * ** **
15340079 GTCTTAACTATTTTAACTAGTTTGACAATTAG
500 GTCTTAACTA-TTTAAATTGTTCGGTAAACAG
* * * * * *
15340111 ATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATATTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-GTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** ** * * * * * *
15340176 TGAATAAAATAATACGAAT-AGTCAA-AA-----CTAT--TCAAATAAAATGTTATAATGATTTG
65 TGAATAAGCTTGTATG-ATCAG-AAACAATTGTTTTATGAT-AAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * *
15340232 AAATAGATAATGATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAAA-T-GTTTTGGCAAGCAGATTTACTTTT
127 AAATAGATAATTATTCAAATAG-T-CAACTATTT-AAACTAG-TTTAGAAAACAAATTTA-TTTT
* * **
15340295 TAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAATT
187 TAAATCTC-T--T-ATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * * *
15340360 TATATTAACAAAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATT
247 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * *
15340425 ATTTAAATAGTTATAATTATTTCAATTGGTTCAGTAAATAA-AATTATTTTCTAAATCTCTTA-T
312 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * ** * **
15340488 ATATAAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCAAATAAGCTTTTATGAGTTGA
376 -TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGA
* * * * *
15340553 AATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTAAAATAAATAATTGTTCATATAGTC
440 AACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTC
* * * *
15340618 TTAATTGTTTGAATTGATTTGGTAAACAG
503 TTAACTATTTAAATTG-TTCGGTAAACAG
* * *
15340647 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-GTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
15340712 CGAATAAGCTTGTATGACCAGACACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAA
65 TGAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGAT-AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAA
* * *
15340777 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAAAAAAACAAATTTATTTTTTAA
129 ATAGATAATTATTCAAATAGTC--AACTATTTAAACTAGTTT-AGAAAACAAATTTA-TTTTTAA
* *
15340842 ATCTCTTATTAATTCTTTAAATGTTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
190 ATCTCTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
** *
15340907 TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAA
254 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
** ** * * ** * *
15340972 TAGCCATAGTTATTTGAATTGATTCAATAAAATGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATT
319 TAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * * *
15341037 TTTG----A--AATAAAGTAGTATTTTTTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAATTAAAACAATTA
384 TTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTA
* * * * *
15341096 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAGTTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTAT
448 TTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCTTAACTAT
* * *
15341161 TTGAATTTGTTCGATAAACAT
511 TT-AAATTGTTCGGTAAACAG
* * *
15341182 ATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTG-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * ** * * * *
15341247 TCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATAATATAACTAAATAAAAGGTCAAAACGATTTGA
64 TTGAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAACGATTTGA
* * * *
15341312 AATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTA-TTAGAACTGGTTTGGCAAAA-ACATTTATTTTTT
128 AATAGATAATTATTCAAATAGTC--AACTATTTA-AACTAGTTTAG-AAAACAAATTTA-TTTTT
* * * * * * *
15341375 TAATCTCTCATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATCCGAATAGGCTTGTA
188 AAATCTCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTA
* * * * * ** *** * *
15341439 TGATCAGAAAACAGTGGTTTTATGAGAAAACAAATA--TCATAATGATTTGGGGTTGATATTTGT
251 TGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * ** * * *
15341502 TCAAATA-TTCCTAACTATCT-AAGCTTGTTCAG-AAAATAGCTACAGTTTTTAAATCACTTGCT
314 TCAAATAGTT-ATAACTATTTGAA-CTGGTTCGGTAAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * *
15341564 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAGCTGAA
376 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAA
* * ** * **
15341629 ACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA-TGTCTTTAAATAGATAATTGTCCAATAGTC-
441 ACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAAT-TTGAAATAGATAATTGTTAAATAGTCT
* *
15341692 AAATCTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAG
504 TAA-CTATTTAAA-TTGTTCGGTAAACAG
* * ** *
15341721 ATTT-TTTGTTTAAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTT-TTT-AAATCTCTTG-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * *
15341785 TTTGAATAAGCTTATATGA-AATTAAATAATTGTTTTATGACTAAACAATAGGTCAAAATGATTT
63 TTTGAATAAGCTTGTATGATCA-GAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAACGATTT
* * * * *
15341849 GAAATAGATAATTATTC-TATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTATTTCCT
126 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTC--AACTATTTAAACTAGTTTAGAAAACAAATTTATTT--T
* * * * *
15341913 TAAAATCTCTTACTAATTTTTGAAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGT
187 T-AAATCTCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
* * * * *
15341978 ATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGT
250 ATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * ** * * * **
15342042 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTGCCGAT
314 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * **
15342107 TAATTTTCT-AAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAACAAACTTATATTAACAAAAA
379 TAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * *
15342170 CAAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
442 C-AATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGT
15342233 TATAATTATT
Statistics
Matches: 6251, Mismatches: 1371, Indels: 738
0.75 0.16 0.09
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (530 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
GAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGATAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAAT
AGATAATTATTCAAATAGTCAACTATTTAAACTAGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTAAATCTCT
TATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT
AACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
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** * *
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*
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* * * * * * *
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* *
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* ** ** *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * *
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** * *
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1 ATTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG---TTGAA
* * * * ** * * * * * *
15341810 ATAATTGTTTTATGACTAAACAATAGGTCAA-AATGATTTGAAATAGATAATTATTC-TATAGTC
63 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT-AATAAAAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATGGCC
* * * *** ***
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* * * * * * *
15341932 TT-GAAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGT
188 TTAG-AATATTA-TAAATTAGTAATATTTTATTTCGAATAAGCTTATATG-ACA-AAACAATTGT
* * * * * * * *
15341996 TTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
249 TTTATGA-AAAACAAAAAGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATT
* ** * * * *
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313 TGAACTGGTTCGGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * *
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** * * * * *
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* ** *
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120 AATGGCCATAATTATTTAAACTG
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AAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
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*
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1 ATAATGATTTCAAATAG
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* * * * * *
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* * * * * **
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* *** * * * * *
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* * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * **** * * * *
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* * * * * * * * * **
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*** * *
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* ** *
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* * * * * *
15338445 AATTTAAAATATATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTACAG
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* * * * * * *
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* * * *** * * * *
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* * ** * * * *
15338623 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAATTGATTCAA
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*** * * * * *
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* * * *
15338734 TTATTTTGGATAAGCTTTTACGAACTAAAAA-AATTGTTTTATGACAAATA-AAAA-GTCATAAC
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* * * *
15338796 AATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGG
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTGGTTCAG
* * * *
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** * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * *
15339030 CAAACACATTTATTTTTTAAATCTC-T-C--ATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
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* ** * * * * * * *
15339153 CAATTTGAGGTTGATATTTGTTCCAATA-TTCATAACTATTTAAACTAGTTTAG
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT-ATAACTATTTGAATTGGTTCAG
* * ** * * * *
15339206 AAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCCCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** * *
15339271 TTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACA
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* * * *
15339336 ACTTT-AAATAGATAATTG-TCCAATAGTCA-AATCTGTTTAAACTT-GTTC-G
130 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAA-CTATTTGAA-TTGGTTCAG
* * * * * * *
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1 -TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
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64 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * **
15339513 TGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATGGTCT-TAACTATTTGAATCAGTTCAG
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAATTGGTTCAG
* * * * * * *
15339565 CAAACACATTTATTTTTTTTTAAATCTGTTACTTACTAATTTTTGGAATTTTATTAAATTAGTAT
1 TAAACAAATTTA---TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * ** *
15339630 TATTTTAATCCAAATAAGCTTGTAT-AAGAGAAACAATTGTTTTATGACAAATTAAAAGGTTATA
62 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * *
15339694 ACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTT-GTTCAG
127 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTGGTTCAG
* * * *
15339748 TAAACATATATT-TTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAAAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA
* *** * * * * * *
15339812 ATTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAGTTGTTTTATGACTAAGCAAAAGTTTATAA
64 TTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * *
15339876 CGATTCGTAATATATAATTATTCCAATAGTCT-TAACCATTTAAACTT-ATTC-G
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAA-TTGGTTCAG
** *
15339928 ATAAACAAAAGTA-TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTA
1 -TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* *** * *
15339988 TTTTAATTT-GAATAAGCTTATATGAAC-AAAACAATTGACCTATGACAAAAGAAAAAGTCATAA
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* **** * * * * *
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128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAATTGGTTCAG
* * * * ** * *
15340103 -ACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT
1 TA-AA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATT
* *
15340167 ATATTATTTTGAATAA
63 ATTTTATTTCGAATAA
15340183 AATAATACGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
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TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGTTCAG
Found at i:15340573 original size:181 final size:179
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Indices: 15337107--15342252 Score: 3087
Period size: 181 Copynumber: 28.8 Consensus size: 179
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * *
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** * * * * * **
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* * * * ** *
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* * ** * ** * * *
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* ** * * ** * ** *
15337818 ATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAACAGTCA
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* * * * * * * * * *
15337883 A-AA-----CTAT-TC-AAATAAAAGGTTATAATGATTTGGAATAGATAATTATTTAAACAGTCA
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* * * ** * * **
15337940 AAACTATTTGAAATGTTTTGGCAAGCAAATTTACATTTTAAATCTCTTACTT
130 TAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT--TT
* * * * * * * **
15337992 ATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAATAAAAA
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* * * * *
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66 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT
* * * ** * * *
15338122 AATTATTTCAACTGGTTTGGCAAATAGAA-TTATTTTCTAAA--TCTTTT
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* * * * * * * *
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* * * * ** ***
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** * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* ** *
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1 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACTAAACA
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1 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA--CTAAAC
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* * * * * * *
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* * * *
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131 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT
** * * * * * *
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* * * * * * * *
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130 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* ** *
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1 AATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACA
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* ** * * * * * *
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130 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACT
* * * * *
15345796 AATTTATTAATATTTTGAAAAA-TAATGAGTAAGAA-A-TTAAAAAATGAATCTATTTACTGAAC
1 AATTTATTAATATTTT-AAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAAC
* * ** * *
15345858 AAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGAGCTTTTGTTTTA
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
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129 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CAGAATAAAATAATACT
* * * * * *
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* * * * * * * *
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65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTT-CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
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128 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * ** * * * * *
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1 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAA
* * * ** * * * * *
15346220 GCTCCAATAGTTATGATTGCTTGAATAATTATTTATTTTAAATGGTTATGATCTTTTGTTTTGTC
66 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* *
15346285 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCATAATAAAATAATACT
131 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * ** * *
15346336 AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATACGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAA
1 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAA
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15346401 GTTCAAATAGACATG-TTCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTAAGACCTTTTGTTTTAT
66 GTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
*** * * * * ** *
15346465 TGCAAAACAATTATTTTTGTTCATTCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACT
130 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * * * *
15346517 GATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTGAAAACTAAATCTATTTACTAAACCA
1 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA-CA
* * * * * * * *
15346578 A-TTCAAATAGTTATGATTATTTAAAAAATTATCTATCTCAAATCATTGTGATC-TTTATTTTGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * ** * * *
15346641 CATAGAACAATTGTTT-TTTTCATGTAAGCTTAATT-AGATTAAGATAATATT
130 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCAGAATAAAATAATACT
* *** * * ** * * ** ** *
15346692 AATTTAATAATA-AAAATAAAAGTATTTTGCCAAACCA-ATTCAAATAGCTAAGACTAT-TAGAA
1 AATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAG-TAAA--AGATTTAAA-AAATAA-A-TATGTTTAC
* * * * * * *
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59 TAA--A-CAAGTTCAAA-TAGTTATGA-CTATTTG---AA-CAAT-TATC---TATTTCAAATCG
* ** * * * ** * ** * * *
15346816 ATACAAGCTTATG---CGAAATAAAATAA-T-ACT-TATTTAT-TAA-C--ATT-AGAA-AAATT
111 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
*
15346869 AATAAGT
176 AAT-ACT
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15346876 AAGAGATTTAA-A--AAAATAAATCTATTTATTGAACAAG-CTCAAATAGATATGACTAT-TTGA
1 AATTTA-TTAATATTTTAA-AAAT-TAATAAGT-AA-AAGATTTAAA-A-A-ATAAATATGTT--
* * * * * * * * *** * *
15346936 ATAATTAACTATTTAAAATCGTTATGACCT-TTTG----TTTGGTC-ATAAAACAATTGTT-TTA
56 -TACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATT-ATCTATTTCA-AATCGTTATGA
* * ** * ** * **
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117 CCTTTT-----GTT-T-TGTCATAAAACAAT--TGTTTCTATTCATA---C-AAGCTTATT---C
*
15347057 GAGAGTTCTAAAAACTAA-AGCT
166 -AGA---AT-AAAA-TAATA-CT
* * * * ** ** *
15347079 -ATTTTTTGAACTAGTTCAAATATTTACAACTATTTGAACAA-ATATT--AATCTCAGAT-TGTT
1 AATTTATT-AA-TATTTTAAA-AATT--AA-TAAGT-AA-AAGAT-TTAAAAAAT-AAATATGTT
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15347139 ATGA-TATTTTTTTTTGTCGTAAAAAAAT-TG--TTTTTGATCATACAAGTTTA-TTCAAATAAA
56 -T-ACTA--AACAAGT-TC--AAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTA-TCTATTTCAAAT-CG
* * ** * * *** *** *
15347199 TATAATGTTA-ATTTAATAATACT-TCA-AAAATTAATAAG-TAAAAGGTT-ATA-ACTTTTTGT
111 T-T-ATG--ACCTTT--T-GTTTTGTCATAAAA-CAAT-TGTTTCTA--TTCATACA-AGCTTAT
* * **
15347258 TTAGTCATAAAATAATTGTTTT
164 TCAG-AATAAAATAA---TACT
* * * ** * * *
15347280 AATTCATACAAGTTTATTTGAAATAA--AATAA-TACTA-ATTTACTAATAGTCAAA-A-ATTTA
1 AATTTAT-TAA---TATTTTAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTA--AAAAAT-AAATATGTTTA
* * ** * * * * * *
15347339 -TAAGCAAGAGACTTGAAA-AAATA-AATCTATTT-ATCAA--A-CAAATTCAAATAGTTATG-G
58 CTAAAC-A-AG--TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* *** ** ** ** * *
15347396 TTATTTCAACAATTACCTATTTAAAATCGTTATGAACTTT-TGATTTGTCATAAGACAATTGTTT
118 CT-TTT---GTTTTGTC-A--TAAAA-CAAT-TG---TTTCT-ATTCAT-ACAAG-C--TT-ATT
15347460 CAGTTTATAAAAGCATATCCAAAATAAAATAGTACT
165 C----------AG-A-AT--AAAAT---A-A-TACT
** * * * * * * *
15347496 GCTTTGTTAATGTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTATCGAATC
1 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTA-CTAAAC
* * * * * *
15347560 -AGTTCAAATACTTATGGCTATTTGAACAAATATCTATTTTAAATCGTTATTA-CTTTTCATTTT
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTT
* * * * * * *
15347623 GTAATAAAATAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTACTTGA-AATAAAATCATTATT
128 GTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAAT-AATACT
* * * * * ** * *
15347678 ACCTTTCATT-TTGTCATAAAACAATTGTTTGTCAACCTACAAGCTTATTTGAAATAAA-ATAAT
1 A-ATTT-ATTAATAT-TTTAAA-AA---TTAAT-AA-GTAAAAG---ATTT-AAA-AAATA-AAT
* * * * * * * * * * * * *
15347741 ACTAATTTA-TTAA-TATTTAAAGAATTAG-TAAGA-GATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAA
51 A-T-GTTTACTAAACAAGTT-CA-AA-TAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCTATTT--CAAA
* *** * * * * ** * * * ** * * *
15347802 -C--TA-GTTCAAATGGCTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTG
108 TCGTTATG-ACCTTTTGTTTTGTC-A-TAAAACAA-T---TGTTTC-TATTCATACAAGC--TTA
** *
15347863 TTCTATCATAAAACAAT--T
163 TTC-AGAATAAAATAATACT
* * * * * *
15347881 ATTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTGAAAATCAT
1 AATT-TATT-A-A-TA--TT-TT----A-AAAAT--TAATAA-GTAA-AAGATT-T-AAAA-AAT
* * * * * * **
15347946 AACTAAGAGATTTA--AAA-AA--T-AAATCCGTTTATCAAACTAGTTCAA-ATAGTTA-AGACT
47 AAAT-A-TG-TTTACTAAACAAGTTCAAAT-AG-TTAT--GACTATTTGAACA-A-TTATCTA-T
* * *** ** *** * * *
15348003 ATACAAA-CAATTAT---CTATTTCAAATTGT--TATGATTTTTAGTTT-TCTT-ATA-AAAC-A
102 -TTCAAATC-GTTATGACCT-TTT-GTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTT
** * ** *
15348058 ATT-A-TTTTAGCTTATAC-
162 ATTCAGAATAAAATAATACT
** * ** * * * *
15348075 AAGTTTATTCGGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAA-ATTTTATAAGTAAA-A-GA
1 AA-TTTATT---AAT-ATTTTAAA--AA----TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG-
** * *
15348137 TTTAAAAAATAA-TTC---TATTTATCGAACTAGTTCAAATAAGTATAACTATTTGAATAATTAT
54 TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAT-G-ACTA-TT----T--G---AAC-A--------ATTAT
* * * * * ** ** * * * *
15348198 CTATTTCAAATCATTATTG-CTTTTTGTTCTATCATCAAACCGTAATTTTTGTTCATATAA-ATC
98 CTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-
15348261 TATT-AGAAATAAAATAATACT
161 TATTCAG-AATAAAATAATACT
* * * * * *
15348282 AATTTATTAATA-TTTAGAAAATTAATCAGTAAAAGATTTAAAAAGTTAATCTCTTTACT-AA-T
1 AATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACA
* * * * * * *
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65 AG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
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129 TCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * * * * ** * * * *
15348457 ACTTTAATAATGTTATGAAACTTAATAACCAAGAA-A-ATAAAAAATAAATCTAATTGT-C-GAA
1 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATAT-GTT-TACTAAA
* * * * * * * *
15348518 C-CGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTATTGGTTT
63 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * *
15348582 GTCATAAAACAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATA-T
128 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
15348634 AGATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAATAAATTTGCTTATTGAACC
1 A-ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAAC
** * * * * * * * * *
15348699 AA-TTCTTATGGTTAAGACTATTAT-AACAACTATCTATTTCTAATCATTCTAACCTTTTGGTTA
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
15348762 GTCGTAAAATAATTGTTT-AAGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAATTAATACT
128 GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * *
15348816 AATTTATTAACA-TTAAAAAATTTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA-TCAA
1 AATTTATTAATATTTTAAAAA-TTAATAAGTAAA-AGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACT-AA
* * * * *
15348878 ACAAGTTCAAATAGTTACT-ACTCTTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCCTTTGTT
62 ACAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* *
15348942 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAATT-AGTACAAGCTTATAC-GAAATAAAATAATACT
126 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-TACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACT
* * * *
15348998 ACTTTATTAATATTTCT-AAAATTAGTAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAT
1 AATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAA
* * * * *
15349061 CAA-TTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACC-TTTGTTTT
63 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
15349123 GTTATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCCTATT-TGAAATAAAATAATATT
128 GTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACT
* * * *
15349177 AATTAATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACC
1 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAACA
* * * * *
15349237 AGTTCGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAATCTCAAGTCTTTATGATC-TTTGTTTTG
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * **
15349300 TCATAAAATAATTGTTT-TTTATCATAGAAGCTTATT-TGGTTAAAAATAATACT
129 TCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACT
* *** * *
15349353 AATTTAATAATATTCCCAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAAATATGTTTATTAAACT
1 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATATGTTTACTAAACA
** ** * * * *
15349414 AGTTCAAATAGTTAAAACTATAAGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTT-TTTAGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * ** *
15349478 CATAAAATATTTGCTTC-ATATCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAATCCT
130 CATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * ** * * * * *
15349530 AATATATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAAA
1 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTAAACA
* * * * *
15349595 AGCTCAAATAGTTATGACTATTTCATCAATTA-CTTATTTAAAATTGTTATGACC-TTTGTTTTG
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
** * * * *
15349658 TCATAAAACAATCATTTCGATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT
129 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * * ** * *
15349711 AATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAAAGATTTTAAAAAATAAATGTGTTTTTTGAATA
1 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACA
* ** * * * * *
15349776 AATTCAAATAGTTACAACTATTTAAACAATTGTATATTTAAAATCGTTATGACCTATTGTTTTGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
15349841 CGTAAAATAATTGCTTC-AGTGCATACAAGTTTATT-TGAAATAAAATAACAAT
130 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACT
* * * * * *
15349893 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGCA-ATTT-AAAAGTAAATCTATTTACCAAATC
1 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA-C
* * * * * * * * * * *
15349956 -AGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATTTATTTCAAAGCATTATGAACTTTTTTTTTA
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
15350020 TCATAAAACAAATGTTTTTCA-TCGTACAAG-TAAAATAAGT-AGGAGATTTAAAAAATAATACT
129 TCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCT----T-ATTCA-GA-A--T--AAAATAATACT
* * * ** * *
15350082 AATTTATTAATATGTCAAAATTTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-T---C--
1 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAA
** * * * * * ***
15350141 G---AACCAG-T-T-CCTATTT-AAGTAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCCAT
66 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** *
15350199 TATAAAATAATTATTT-TAGTTTGTACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
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* * * * * * * **
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* ** * * * **
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** * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * *** *
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* * * *
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** * * * * *
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* **
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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*** * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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*
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* ** *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* ** * *
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* * *
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** * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* *** *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * *
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* * ** * * *
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* ** * * * * ***
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* * * ** **
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* ** * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * *
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** * * * * * * * * ***
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * ** * * * *
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** ** *
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** * * * * *
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* * ** * * * ** * ** *
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* * * ** * * * *
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* * ** * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * *
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** * ** * ** * * *
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* * * * ** * ** * *
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* *
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* * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * *
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** * * ** * * * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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** * * *** * **
15351188 AAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGACAAATTATTTATTTCAAATCC
251 AAATCCGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATACAAAC-AATTATCTATTTCAAATTG
* * * * *
15351252 TTATGACTTTTT-GTTCTATTGTAAAACAATTGTTTTTG-TTCA
315 TTATGA-TTTTTAGTTTTCTTATAAAACAATTATTTTAGCTT-A
* * * * * *
15351294 TACAATCTTATTCG-GATTAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAA
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTT-A-AA-GAATAAGTAAAAGA
* * * * * * * * *
15351358 TTT-TAAAATAAATATGTTTACAGAACTAGATCAATTA-ATGATGACTATATGAATAATTATCTA
62 TTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGCT-ATAACTATTTGAATAATTATCTA
** * * * * ** * * * *
15351421 TTTCAAATCGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTT-TAGTTCATATAAGTATGTT
126 TTTCAAATCATTAT-ATCTTTTGTTCTATCATAAAACAATAATTTCTA-TTCATACAAATCTATT
* * * * * * * * * *
15351485 -GAAATAAAATAATGCCAATTTATTAGTTTTCTAAAAATTAATAATTAAGAGACTTAAAAAATGA
189 AGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTGAAAA-TAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAA
*** * * * * * *** * * *
15351549 ATTTTTTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGA-TAATTTGAATAATTATCTATTTGAAATTGCT
253 ATCCGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACT-ATACAAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * ** * *
15351613 ATAACCTTTT-GTTTTGTCGTAAAATAATT-TTTTCTG-TTCA
317 ATGA-TTTTTAGTTTTCTTATAAAACAATTATTTT-AGCTT-A
* * * * *
15351653 TAGAAGCCTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAAATTATTAATATTATGACAATTAATAAGTAAAA
1 TACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAAAACT-AATTTATTAATATT-T-A-AA-GAATAAGTAAAA
* * * * * * * * *
15351716 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCC-AACAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTAAACAATTATT
60 GATTTAAAAAATAAATTTATTTA-CCGAACTAGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAATAATTATC
* * * ** ** *
15351780 TATTTTAAA-CTGTTATGA-CTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTT
124 TATTTCAAATC-ATTAT-ATCTTTTGTTCTATCATAAAACAATAATTTCTATTCATACAAATC-T
* * * * * * * *
15351842 ATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAACAATTAATAAGTAATAGATTTTAAAA
186 ATTAGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTGAA-AA-TAATAACTAAAAGATTTAAAAA
* ** * * *** * *
15351906 ATATATATGTTTA-CTAAA-TAAGTTCAAATAGTCATA-ACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAA
249 ATAAATCCGTTTATC-AAACT-AGTTCAAATAGTTA-AGACTATACAAACAATTATCTATTTCAA
* ** * * *
15351968 ATTGTTATGACCTTTT-G-TTTGGTATAAAACAATTGTATCAG-TTCA
311 ATTGTTATGA-TTTTTAGTTTTCTTATAAAACAATTATTTTAGCTT-A
* * * *
15352013 TACAAGCGTATTTG-AA-AAAA-AATACTAATTTATTAATATTCTAAA-AATTATTGAGTAAGAG
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TAAAGAA-TA---AGTAAAAG
* * * * * * * * * *
15352074 ATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTTTTTA
61 ATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAATAATTATCTA
* ** * * * * * *
15352139 TTTTAAATTGTTATGA-CATTTTGTTTTTTCATAAAACAATTATTTATGTTCATAC-AAGCTTAT
126 TTTCAAATCATTAT-ATC-TTTTGTTCTATCATAAAACAATAATTTCTATTCATACAAATC-TAT
** * * ** * *
15352202 TCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATTTTCCAAAAACTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAAT
188 TAGAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTCTGAAAA-TAATAACTAAAAGATTTAAAAAAT
** * ** * * * * * *
15352265 AAATCTATTTTTTGAAC-ACCTTTAAAT-G----G-CTAT---GAC-ATTTTGTTTTGTCATAAA
251 AAATCCGTTTATCAAACTA-GTTCAAATAGTTAAGACTATACAAACAATTATCTATT-TC--AAA
** * * ** * ** *
15352319 CCGAT-TG-TTTTT-G--TTC--ATACAAGCATATTCAAAATAAAATAA
312 TTGTTATGATTTTTAGTTTTCTTATA-AAACA-ATT--ATTTTAGCTTA
* * * **
15352361 TACTAGTTTATT---AAT--ATTCCAA--AA---ATT-A-A--T--A-----AGTAAAAGATTTA
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTAAAGAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * * * * * *
15352405 AAAAATAAATCTGTTTA-CTAAGCAAGTTCAATTAGTTATGACTATCTGAACAATTATTTTATTT
66 AAAAATAAATTTATTTACCGAA-CTAGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAATAATTA-TCTATTT
* * * * ** * *
15352469 CAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTTCTGTTCATACAAATTTATTCA-
129 CAAATCA-TTAT-ATCTTTTGTTCTATCATAAAACAATAATTTCTATTCATACAAATCTATT-AG
* * * * ** ** *
15352532 AAA-AAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTGAACACTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATTAAT
191 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTGAA-AATAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * * * * * *** *
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255 CCGTTTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATACAAACAATTATCT-ATTTCAAATTGTTA
* * * * *
15352659 TGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-G-TTCA
318 TGA-TTTTTAGTTTTCTTATAAAACAATTATTT-TAGCTT-A
* ** * * * * * *
15352698 TGCAAAATTATTC-AGAACAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAA-ATTAA-TAAGAGAT
1 TACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTT-AAAGAATAAGTAAAAGAT
* * * * * * ** *
15352760 TTAAAAACTAAAATTGTTTACTGAATTAGTTCAAATAGTTATGCCTATTTGAATAATTATCTATC
63 TTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAATAATTATCTATT
* * * * ** * *
15352825 ACAAATCATTAAGATCTTTAT-TT-TGTCATAAAACAGTTGTTTCT-TTCCATA-TAAGCTTATT
128 TCAAATCATT-ATATCTTT-TGTTCTATCATAAAACAATAATTTCTATT-CATACAAATC-TATT
* * * * * * * * *
15352886 CA-AATTATAATAATATTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATCAGTAAGATATTTAAAAAATA
189 -AGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTGAAAA-TAATAACTAAAAGATTTAAAAAATA
** * * * * * *
15352950 AATGTGTTTGTCAAACTAGTCCAAATTGTTAAAACTATTA-TAACAATTATCTAGTTCAAATTGT
252 AATCCGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TACAAACAATTATCTATTTCAAATTGT
* * ** * * **
15353014 TCTGACCTTTT-GTTTAGTAATAAAACAATTATTTCAATTTA
316 TATGA-TTTTTAGTTTTCTTATAAAACAATTATTTTAGCTTA
* * * * * *
15353055 TACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTATTTTATTGACATTCAAA-AAGTTAGTGAGCAAGA
1 TACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTAAAGAA-TAAGT-A--AA-A
* * * * *
15353118 GATTTAAAAAAATAAA-TCATTTACC-AA--A-CTCAAATAGATTTAACTATTTGAACAATTATC
60 GATTT-AAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAATAATTATC
* * * * ** *
15353178 TATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-AAAACT
124 TATTTCAAA-TCATTAT-ATCTTTTGTTCTATCATAAAACAATAATTTCTA-TTCATACAAATCT
*** * * * * *
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* ** * * * *** * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
15353466 TT-TAAAA-AAA-GTGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTAT
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* * * * * ** *
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* * * * *
15353589 TTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TAAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTGAATA
187 TTAGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-GAAAA-TAATAA-CTAAAAGATTT-AAAA
** * * * * *** * *
15353651 AATAAATTTGATTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAA
248 AATAAATCCGTTTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATACAAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * *
15353715 TCGTTATGACCTTTT-GTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTTT
312 TTGTTATGA-TTTTTAGTTTTCTTATAAAACAATTATTTTAGCTTA
* * * * * * * * *
15353760 TGA-AAACTTATCCAAAATAAAATGATACTACTTTATTCATATTTTGAAAGTTAATAAGGAAGAG
1 T-ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTT-AAAG--AATAAGTAAAAG
** * * ** * * **
15353824 ATTTAAAAAATAAATCAATTTA-CTAAATCAGTTCAAATA-CTTATGGCCATTTGAACAACAATC
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* * * * * * * *
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** * * *
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185 -TATTAGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTGAA-AATAATAACTAAAAGATTTAAAA
* * * *** *
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248 AATAAATCCGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATACAAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * *
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* * * * * * ** * *
15354132 TAAAAGTTTATTTGGAGTAAAATAATACTAATTTATTAACGTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGA
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT---TAAA-GAATAAGTAAAAGA
* * * * * *
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* * ** * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * ** * **
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** * * * * * * *
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* ** * * * ** * * * *
15354626 AATTTGTTATAACCTTTTTTTCTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCACA-AAAGGT-TGTTTGG
130 AAATCATTAT-ATCTTTTGTTCTATCATAAAACAATAATTTCTATTCATACAAA--TCTATTAGA
* * ** * * *
15354689 AAGAAAATAGTACTAATTTAGGAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
192 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTGAAAA-TAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
15354754 CATTTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTGTATAAACAATTATCTATTTCAACTTGTTATGA
256 CGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATACAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * *
15354819 CCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAACTTA
321 -TTTTTAGTTTTCTTATAAAACAATTATTTTAGCTTA
* * * * * **
15354855 TACCAGCTTATTTGAAATAGAATGAAACTAATTGATTAATATTTCAAA-AATTTGTAAAAGATTT
1 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTT-AAAGAATAAGTAAAAGATTT
* ** * *
15354919 AGAAAAT-AATTCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATTACTATTTGAACAATTATCTATTT
65 AAAAAATAAATT-TATTTACCGAACTAGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * ** * * * * * *
15354983 AAAATCATTAT-TACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGT-TCGTTA-
129 CAAATCATTATAT-C-TTTTGTTCTATCATAAAACAATAATTTCTATTCATACAAATCT-ATTAG
* * *
15355045 AAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-T-ACCAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTA
191 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTGA--AAA-TAAT-AACTAAAAGATTTAAAAAATA
** * * * * ** *** *
15355106 AATCTATTTACCAAAGTATTTCAAATAATTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
252 AATCCGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATACAAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
15355171 AT
317 AT
15355173 AACATTTTAT
Statistics
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Consensus pattern (356 bp):
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AAATAATACTAATTTAATAATATTCTGAAAATAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCGTTT
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AGTTTTCTTATAAAACAATTATTTTAGCTTA
Found at i:15351188 original size:357 final size:355
Alignment explanation
Indices: 15347686--15355579 Score: 3564
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* *
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* * * * * *
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*** * * * * * *
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* * * * *
15347873 AAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTG
190 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TC
* ** * * * *
15347938 AAAATCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACT
253 AAAA-AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCATTTCAAATAATTATGACT
* *** * *
15348003 ATACAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-TTTTTAG
316 CTTTGAACAATTATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTT-G
* * * * **
15348043 TTTTCTTATAAAACAATTATTTT-AGCTT-ATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAAA-ACTAATT
1 TTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA-AAATAC-AATT
* * * * * * *
15348105 TGTTAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCTATTTATCGAACTAGTTC
62 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAACCAATTC
* * * * * * * *
15348170 AAATAAGTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTG-CTTTTTGTTCTATCATC
126 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATA
** * * * *
15348234 AAACCGTAATTTTTGTTCATATAA-ATCTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
190 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCT-TATT-CAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-
* * * * * * * * *** * * *
15348298 GAAAATTAATCAGTAAAAGATTTAAAAAGTTAATCTCTTTA-CTAATTGTTTCAAATAGTTTTGG
252 CAAAA--AAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCATTTCAAATAATTATGA
* * * * *
15348362 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTG
314 CTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTG
* * * * * * * * *
15348404 TTTTGTCATCAAATAGTTGGTTTT--GTCCATACTA--TTA--T-GAATAAAATAACACTACTTT
1 TTTTGTCATAAAACAATT--TTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAAAATAC-AATTT
* * * * ** * * *
15348462 AATAATGTTAT-GAAACTTAATAACCAAGAA-A-ATAAAAAATAAATCTAATTGT-CGAACC-GT
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* * * * * * * *
15348522 TCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTATTGGTTTGTCAT
124 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* *
15348587 AAAACAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATA-TAGATTTAATAATATTT
189 AAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTT
* * ** * ** ** *
15348650 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAATAAATTTGCTTATTGAACCAATTCTTATGGTTAAG
252 C-AAAA--AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCATTTCAAATAATTATG
* * * * * *
15348715 ACTATTAT-AACAACTATCTATTTC-TAATCATTCTAACCTTTTG
313 ACTCTT-TGAACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTG
* * * * * ** **
15348758 GTTAGTCGTAAAATAATTGTTT-AAGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAATTAATACTAATTTA
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* * * *
15348822 TTAACA-TTAAAAAATTTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTT
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* * * * * *
15348885 CAAATAGTTACT-ACTCTTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTCAT
125 CAAATAATTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* *** * *
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* * * * * *
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* *
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* ** * * * *
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* * * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * ** ** * * *
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* * * * * *
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312 GACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTG
* * ** * * * *
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* * * *
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63 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AACCAATT
* * * * * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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*** * * * ** *
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* * * ** *
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* * * * *
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127 AATAA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATA
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* * * * * * *
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254 AAAAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCATTTCAAATAATTATGACTC--
* *
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* * * * * * **
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* * *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * *
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316 CT-TTGAACAATTATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTG
* * * * *
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* *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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322 AC-AATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTG
* * ** ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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254 AAA--AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCA-TTTCAAATAATTATGAC
* * * * * *
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315 T-CTTTGAACAATTATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTG
* * ** * * *
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* * *
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** * * * *
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* * * * * *
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189 AAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
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253 AA-AA--AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACCATTTCAAATAATTATG
* * * *
15351942 ACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
313 ACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTG
* * * * *
15351985 TTTGGT-ATAAAACAATTGTATCAGTTCATACAAGCGTATTT-G-A-AAAAAAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAAAATAC-AATTTAT
* * * * *
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* * * * * * * *
15352110 ATAGTTATGACTATTTAAACAATTTTTTATTTTAAATTGTTATGACATTTTGTTTTTTCATAAAA
128 ATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
*
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* * * * * ***
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** * ** *
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314 C-TCTTTGAACAATTATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTG
* * * * * * * ** *
15352329 TTGT-TCATACAAGC-A--TATTCAA--AATA-AA-ATAATACTAG--T----TTAT-TA-----
1 TTTTGTCATA-AAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTAT-TTAGAATAAAAAAATACAATTTA
* * * *
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64 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAACCAA-TTCAA
* * * * * *
15352436 TTAGTTATGACTATCTGAACAATTATTTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAA
128 ATAATTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * ** * * *
15352501 ATAGTTGTTTCTGTTCATACAAATTTATTCAAAAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTGAAC
192 ACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAA-
* * * * * * * * * * *
15352566 ACTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATTAATCTATTTA-CGGAACAAGTTCAAATAATCATGTC-C
255 A-AAATA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACCATTTCAAATAATTATGACTC
* *
15352629 ATTTGAACAATTATCTAATTT-GAATTGTTATGACCTTTTG
317 -TTTGAACAATTATCT-ATTTCAAAATGTTATGACCTTTTG
* * ** * ** * * * * *
15352669 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAGAACAAAATAATACTGATCTAT
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** * * * ** *
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65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTAC-CAACCAATTCAA
* * * ** * * * *
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128 ATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * *
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193 CAATTATTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAA
* * * * * * * ** ** *
15352922 AATTAATCAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACTAGTCCAAATTGTTAAAACTA
255 AA--AAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCATTTCAAATAATTATGACTC
* * *
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317 TT-TGAACAATTATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTG
* * * * * * *
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1 TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAAAATAC-AATTTAT
* * * * * * *
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*
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128 ATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
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* * * * * * * * * *
15353272 AATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGTTATTTTTCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
255 AA--AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCATTTCAAATAATTATGACTC
* * * * *
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317 TTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCT-TTTG
* * * *
15353375 TTTTCTCATAAAACAATTATTTCTGATT-ATACAAGCTTATTT-GGATAAAAATAATACTAATTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTTTTTC-AATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAA-AATAC-AATTT
* * * * * * * * *
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63 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAACCAATTCA
* * * * * * * * * *
15353496 AATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGGTTAGTCATATA
127 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** * *
15353561 ATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-AAA
192 ACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * *
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* *
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314 CTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTG
* * ** * ** * ** *
15353731 TTTTGTTATAAAACAATTGTTTT-AGTTTTTGA-AAACTTATCCAAAATAAAATGATACTACTTT
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* ** * * * * * * *
15353794 ATTCATATTTTGAAAGTTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACTAAATCAGTTCA
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* * * ** * * * *
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127 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
*** * * *
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192 ACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATT-CAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * * * *
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256 AAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCATTTCAAATAATTATGACTCTTT
*
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* * * * * * * * *
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1 TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAAAATAC-AATTTAT
** * * *
15354168 TAA-CGTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAGTAT
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* * * * * * * *
15354231 -AGATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTAAAATTGTTATGACCTTTCGTTCTGTCATA
125 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * *
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190 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTC
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15354360 AAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAACATAAATCAGTTTA-CTGAATCAATTCAAATAATTATGG
253 AAA--AAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACCATTTCAAATAATTATGA
* * * * * * *
15354424 C-CATTCAATTATTAATATCTATTTC-AAATCATTGTTACCTTTTG
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* * * *
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15354531 GCTAATATTTCAAGAATTAAT-A-T--GAGATTTAAACGATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTGA
63 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAACCAATTCA
* * * * * * *
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127 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAA
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15354656 AACAATTGTTTCTATTCACAAAAGGTTGTTTGGAAGAAAATAGTACTAATTTAGGAATATTCTAA
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** * * * * * *
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* **
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* * * * *
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* * * * *
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125 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * *
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315 TCTTTGAACAATTATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTG
* * ** * * * ** * * * * *
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1 TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAAAATA-CAATTTAT
** * ** ** * *
15355247 TAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAA-AACTAAAAAATAAATATA-ATAGCCAAACCAATTCA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CC-AACCAATTCA
* * * * * * * * *
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* ** ** * * *
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* * * ** * * ** * *
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* * * *
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317 TTTGAAC-AATTATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTG
* * ** *
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AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAACCAATTCAAATA
ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
TTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATA
ATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCATTTCAAATAATTATGACTCTTTGAACAA
TTATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTG
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15352130 AATTTTTTAT
* * * * *
15352140 TTTAAATTGTTATGACATTTTGTTTTTTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCC
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* *
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* * * *
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* *
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66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
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131 CT
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AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
CTATTTTTTGAACACC
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1 AATTATAATAATATT
15352917 TTAAAAATTA
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AATTATAATAATATT
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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66 AAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * *
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* * * * *
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* * *
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** * * * *
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* * *
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*
15351880 CAATTAATAAGTAATAGATTTTAAAAATATATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATAACT
455 CAATTAATAAG--A-AGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATAACT
* * ** ** *
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517 ATTTGAATAATTATCTATCACAAATCATTAAGACCTTTTGTTTGGTATAAAACAATTGTATCAGT
* * * *
15352010 TCATACAAGCGTATTTGAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTATTGAGTAAGAGA
582 TCATACAAGCGTATTTCAAAAAAAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATCAGTAAGAGA
* * ** * *
15352075 TTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TAAACAATTTTTTA
647 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTCCAAATAGTTAAAACTATTAT-AACAATTATCTA
* * ** *
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711 GTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTTAAT-TT-ATACAAGCTTATT
15352203 CCA-AATAAAATAATATAAATTTATTAATTTTCCAAAAACTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAA
774 -CAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATTTTCCAAAAACTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAA
15352267 ATCTATTTTTTGAACACCTTT
838 ATCTATTTTTTGAACACCTTT
* * *
15352288 AAATGGCTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACCG-ATTGTTTTTGTTCATACAAGCATATTCAAA
1 AAATCGCTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA-AGAATTGTTTTAGTTCATACAAGCATATT-AAA
* * *
15352352 ATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
64 ATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * *
15352417 GTTTACTAAGCAAGTTCAATTAGTTATGACT-ATCTGAACAATTATTTTATTTCAAATAGTTATG
129 GTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGA-TAATCTGAACAATTA-TCTATTTCAAATAGCTATA
* * **
15352481 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTTCTGTTCATACAAATTTA-TTCAAAAAAAATAATAC
192 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAACCTATTTCAAAAAAAATAATA-
* * * ** * *
15352545 T-AATTTATTAAAATTTTGA-ACACTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATTAATCTATTTA-CGGA
256 TAAAATTATTAAAATTATGACA-ACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-CA
* * * *
15352607 ACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTAATTTGAATTGTTATGACCTTTTGTTT
319 ACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTAAACAATTATCTAATTTAAACTGTTATGA-CTTTTGTTT
* * * *
15352672 TGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCAAAA-TTATTCAGAA-CAAAATAATACTGATCTATT
383 TGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT--AAAACTTATTC-GAATCAAAATAATACTAATCTATT
* * *
15352735 AATATTTTGAA-AATTAATAAG-AGA-TTTAAAAACTAAA-ATTGTTTACTGAATTAGTTCAAAT
445 AATA-TTTCAACAATTAATAAGAAGATTTTAAAAA-TAAATA-TGTTTACTAAATAAGTTCAAAT
* ** *
15352796 AGTTATGCCTATTTGAATAATTATCTATCACAAATCATTAAGATCTTTAT-TTT-GTCATAAAAC
507 AGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATCACAAATCATTAAGACCTTT-TGTTTGGT-ATAAAAC
* * * * * * *
15352859 AGTTGTTTC-TTTCCATATAAGCTTA-TTCAAATTATAATAATATTAATTTAATAATATTTTAAA
570 AATTGTATCAGTT-CATACAAGCGTATTTCAAA--A-AA-AATACTAATTTAATAATATTCTAAA
* * * ** * *
15352922 AATTAATCAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACTAGTCCAAATTGTTAAAACTA
630 AATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTCCAAATAGTTAAAACTA
* *
15352987 TTATAACAATTATCTAGTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTTCAAT
695 TTATAACAATTATCTAGTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTT-AAT
15353052 TTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
759 TTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
15353082 CTATTTTATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (858 bp):
AAATCGCTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTAGTTCATACAAGCATATTAAAAT
AAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAATAAATCTGT
TTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGATAATCTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTATAACCT
TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAACCTATTTCAAAAAAAATAATATAAAA
TTATTAAAATTATGACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCCAACAAGTT
CAAATAATCATGACCATTTAAACAATTATCTAATTTAAACTGTTATGACTTTTGTTTTGCCATAA
AACAATTGTTTCTATTCATAAAACTTATTCGAATCAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAC
AATTAATAAGAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATAACTATTT
GAATAATTATCTATCACAAATCATTAAGACCTTTTGTTTGGTATAAAACAATTGTATCAGTTCAT
ACAAGCGTATTTCAAAAAAAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTA
AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTCCAAATAGTTAAAACTATTATAACAATTATCTAGTTCA
AATTGTTATGACATTTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTTAATTTATACAAGCTTATTCAGAATA
AAATAATATAAATTTATTAATTTTCCAAAAACTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTT
TTTGAACACCTTT
Found at i:15353216 original size:177 final size:175
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15352275 TTTGAACACC
* * * * * * *** *
15352285 TTTAAATGGCTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACCGATTGTTTTTGTTCATACAAGCATATTCA
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* * * *
15352350 AAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
15352415 CTGTTTACTAAGCAAGTTCAATTAGTTATGACTATCTGAACAATTATTTTA
130 C-ATTTAC-CA--AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA-TCTA
* * * * * ** **
15352466 TTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTTCTGTTCATACAAATTTATTC
1 TTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTC
* * ** * * * * * *
15352531 A-AAAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTGAACACTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATTAA
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* * * ** *
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129 TC-ATTTAC--CA-AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCT-A
* * * * ** * **
15352647 TTTGAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCA
1 TTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCA
* * * ** *
15352712 GAACAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAACTAAAA
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAT-AAA
** * ** *
15352773 TTGTTTACTGAATTAGTTCAAATAGTTATGCCTATTTGAATAATTATCTA
129 TCATTTAC-CAA--AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA
** * * * * * * * *
15352823 TCACAAATCATTAAGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAGTTGTTTC-TTTCCATATAAGCTTATT
1 T-TTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATT-CATACAAGCTTATT
* * * * * * *
15352886 CA-AATTATAATAATATTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATCAGTAAGATATTTAAAAAATA
64 CAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATA
** * * * * *
15352950 AATGTGTTTGTCAAACTAGTCCAAATTGTTAAAACTATTAT-AACAATTATCTA
127 AAT-CATTT-ACCAA--AGTTCAAATAGTTATAACTATT-TGAACAATTATCTA
* * * * * *
15353003 GTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTAATAAAACAATTATTTCAATTTATACAAGCTTATTC
1 -TTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
15353068 AGAATAAAATAATACTATTTTATTGACATTCAAAAAGTTAGTGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAA
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA-TTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAA
*
15353133 ATCATTTACCAAA-CTCAAATAGATT-TAACTATTTGAACAATTATCTA
128 ATCATTTACCAAAGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
15353180 TTTAAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTTTTC
1 TTTAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTC
* * *
15353245 -G------A-AATACTACTTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAA
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
15353302 GTTATTTTTCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAA
129 -TCA-TTTACCAA--AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
15353353 TCTCAATTCATTATGA--TATTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTCTGATT-ATACAAGCTTAT
1 T-TTAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AATTCATACAAGCTTAT
* * * * *
15353415 T-TGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATCAAT----AAGAGATTTTAAAAA-
63 TCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
15353474 AAGT-GTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTA
126 AAATCATTTAC-CAA--AGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * * * *
15353526 TTTCAAATCATTCTAACCTTTTGGTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT
1 TTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTC
* * *
15353591 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAATAAATAA
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAA
* * * *
15353656 AT-TTGATTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
128 ATCAT--TTAC--CA-AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * ** * *
15353708 TTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTTTTGA-AAACTTATC
1 TTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCAT-ACAAGCTTATT
* * * * ** * *
15353772 CAAAATAAAATGATACTACTTTATTCATATTTTGAAAGTTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAA
64 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAA
* * ** * **
15353837 ATCAATTTACTAAATCAGTTCAAATACTTATGGCCATTTGAACAACAATCTA
128 ATC-ATTTAC-CAA--AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
15353889 TTTCAAATAGCTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAA--CACACAAGCTTAT
1 TTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA--TTTCAATTCATACAAGCTTAT
* * *
15353952 TCCA-AATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAGAATTAAT---TAA-AGATTTAAAAAAT
63 T-CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAT
*
15354012 AAATCTGTTTACCATACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA
126 AAATC-ATTTACCA-A--AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
15354066 TTTCACATTGTTAT-ATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATT
1 TTT-AAATCGTTATGA---C----C-TTTTG-----TT-TT-GTCATAAAACAATTATTTCAATT
* * ** * ** * *
15354130 CATAAAAGTTTATTTGGAGTAAAATAATACTAATTTATTAACGTTCAAAAAATTAATAAGTAAAA
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** * * * *
15354195 GATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTAT-AGATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
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173 CTA
* * * * * * * * *
15354262 TCTAAAATTGTTATGACCTTTCGTTCTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCC
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* * * * ** * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * *
15354445 TTTCAAATCATTGTTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAA--CATACAAGTTTAT
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* ** * * **
15354508 TCAAAATAAAATAATACTAATTTGCTAATATTTCAAGAATTAAT----ATGAGATTTAAACGATA
63 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATA
** * * * *
15354569 AATTTGTTTACTGAACTAGTTGATATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
127 AA-TCATTTAC-CAA--AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * * * * *
15354622 TTTCAATTTGTTATAACCTTTT-TTTCTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCACAAAAGGTTGTT
1 TTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATT
** * * **
15354686 TGGAAGAAAATAGTACTAATTTAGGAATATTCTAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATA
64 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATA
* * * * *
15354750 AATTCATTTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTGTATAAACAATTATCTA
127 AA-TCATTT-ACCAA--AGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *
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1 TTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAA-TTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
15354867 -TGAAATAGAATGAA-ACTAATTGATTAATATTTCAAAAATT--T--GTAAAAGATTTAGAAAAT
64 CAG-AATAAAAT-AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAT
* * *
15354926 AATTCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAATTATTACTATTTGAACAATTATCTA
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* * * * *** * * *
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1 TTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTT-ATT
* * * * *
15355044 -A-AAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTACCAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTA
64 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAAT-AAGCAAGAGATTTAAAAAATA
* * * *
15355106 AATCTATTTACCAAAGTATTTCAAATAATTTTGACTATTTGAATAATTATCTA
127 AATC-ATTTACCAAAG---TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * * * * **
15355159 TTTCAAATTGTTATAACATTTTATTTTGTCATCAAATAATTAGTTCTATTCAAACTATTTTATTC
1 TTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTC
* * * ** * * * **
15355224 ATAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAACTAAAAAATAAA
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
15355289 T-ATAATAGCCAAACCAATTCAAATAGTTA-AGATTATATGAACGATTATCTA
129 TCAT-TTA-CC-AA--AGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * ** ** *
15355340 TTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTTGTCGTAAAACAATTGTTT-TGTTTGTACAAGCTTATTT
1 TTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTC
* * * * * * * *
15355404 TGATTAAAATAACACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAATAAATTTAAAAAATAAA
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA
** * * * *
15355469 TTTGTTTGCCAAATCAATTCAAATGGTTA-AGACTATTAG-ACAAATTATCTA
129 -TCATTTACC-AA--AGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAAC-AATTATCTA
* * * * * *
15355520 TTTGAAATTGTTCTGACCTTTT-TTTAGTCATAAAATAATCATTTCAATTCATAAAAGCTT
1 TTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTT
15355580 GTTATTAAGA
Statistics
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GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC
ATTTACCAAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA
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15353302 GTTATTTTTC
* * * *
15353312 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAATTCATTATGA-TATTTGT
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* * *
15353376 TTTCTCATAAAACAATTATTTCTGATT-ATACAAGCTTATTT-GGATAAAAATAATACTAATTTA
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* * * *
15353439 ATAATATTCCAAAAATCAAT-AAGAGATTT-TAAA-AAAAGTGTTTGCT
128 ATAACATTCAAAAAATCAATAAAGAGATTTATAAATAAAAGTGATTACT
* * * * * * * *
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1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATAA-CTTTTGG
* * * * *
15353550 TTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
65 TTACTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAAT
* * **
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15353698 TAATTATCTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (176 bp):
GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATAACTTTTGGT
TACTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATA
ACATTCAAAAAATCAATAAAGAGATTTATAAATAAAAGTGATTACT
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Alignment explanation
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Period size: 537 Copynumber: 5.7 Consensus size: 536
15352292 GGCTATGACA
* * * *** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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128 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATTGTTAT-AACATTTTATTTTGTC
* * * * ** * *
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191 ATCATAATAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACA
* * * * ** * * * *
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* * * * * *
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318 TTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * *
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382 TTGTTT-TAACTT-AT--AAAGCTTATCCAAAATAAAATGAA-ACT-ACTTTATTAATA-TTTGA
* * ** * * *
15352745 AA-ATTAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAAATTGTTTACTGAA-TTAGTTCAAATAGTTATG-CCT
440 AATAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-T-AAATCATTTACCGAACTCAGTTCAAATAATTATGACC-
* * ** ** *
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502 ATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATTACC
* * * * * * *
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* * * * * * **
15352903 AATTTAATAATATTTTAAAAATTAATCAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACTA
63 AATTTACTAATATTTCAAGAATTAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAACTA
* * ** * * * * * *
15352968 GTCCAAATTGTTAAAACTATTAT-AACAATTATCTAGTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGT
126 GTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTTTGT
* * * * * * * ** * * *
15353032 AAT-AAAACAATTATTTCAATTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTATTTTATTGACA
190 CATCATAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACA
* * * * **
15353096 TTC-AAAAAGTTAGTGAGC-AAGAGATTTAAAAAAATAAA-TCA-TTT--ACCAAACTCAAATAG
255 TTCTAAAAA-TTAAT-AACTAAGAGATTTGAAAAAATAAATTCATTTTCGAACAAGTTCAAATAG
* * * *
15353155 ATT-TAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
318 -TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * * *
15353219 TTG-TTTCAGTTCATAAAAACTTTTTC-----GAAAT---ACTACTTTATTAGTATTTCAAAAAT
382 TTGTTTTAACTT-AT-AAAGCTTATCCAAAATAAAATGAAACTACTTTATTAATATTT--GAAA-
* * * ** * *
15353275 TAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGTTATTTTTCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATT
442 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAA-TCATTTACCGAACTCAGTTCAAATAATTATGACCATT
* * * *
15353339 TGAACAAATATCAATCTCAATTCATTATGA--
505 TGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATTACC
* * * ** ** *
15353369 TATTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTCTGATTATACAAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTA
1 T-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTA-TTCAAAAAAAATAATACTA
* * * * * * * ** *
15353434 ATTTAATAATATTCCAA-AAATCA-ATAAGAGATTTTAAAA--AAA-GTGTTTGCTGAACCAGTT
64 ATTTACTAATATTTCAAGAATTAATATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAACTAGTT
* * * ** * * ** *
15353494 CAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGGTTAGTCAT-
129 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTTTGTCATC
* * *
15353558 ATAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-
194 ATAATAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACATTC
* * *
15353621 TAAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTGAATAAATAAATTTGA-TTACTGAACAAGTTCAAATAGT
258 T-AAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTGAAAAAATAAA-TTCATTTTC-GAACAAGTTCAAATAGT
* *
15353684 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT
319 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
** * * * *
15353749 GTTTTAGTTTTTGAAAACTTATCCAAAATAAAATGATACTACTTTATTCATATTTTGAAAGTTAA
384 GTTTTAACTTAT-AAAGCTTATCCAAAATAAAATGAAACTACTTTATTAATA-TTTGAAA--TAA
* * * * * *
15353814 TAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA-CTAAATCAGTTCAAATACTTATGGCCATTTGA
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*
15353878 ACAACA-ATCTATTTCAAAT-AGCTATTACC
508 ACAA-ATATCTATTTCAAATCA-TTATTACC
* * *
15353907 TTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACACACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATT-CAAAAAAAATAATACTAA
* *
15353972 TTTACTAATATTTCAAGAATTAAT-TAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCATACTAGTTC
65 TTTACTAATATTTCAAGAATTAATATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAACTAGTTC
* *
15354035 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCACATTGTTATATTTCAAATCATTTTGACCT
130 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG-T-TA--T--AA-CATTTT-A--T
* * *
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* * * * ** *
15354164 TTATTAACGTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGT
246 TTATTAACATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAAATAAATTCATTTTC-GAACAAGT
* * * *
15354229 AT-AGATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTAAAATTGTTATGACCTTTCGTTCTGTCA
310 -TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
15354293 TAAAACAATTGTTTT-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT-AATACTACTTTAGTAATTT
374 TAAAACAATTGTTTTAACTT-AT-AAAGCTTATCCAAAATAAAATGAA-ACTACTTTATTAA-TA
* *
15354356 TTTGAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAACATAAATCAGTTTACTGAA-TCAATTCAAATAATT
435 TTTGAAA--TAATAAGTAAAAGATTTAAAA-ATAAATCA-TTTACCGAACTCAGTTCAAATAATT
* * * *
15354420 ATGGCCA-TTCAATTATTAATATCTATTTCAAATCATTGTTACC
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* *
15354463 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTCAAAA-AAAATAATACTAA
* * * **
15354528 TTTGCTAATATTTCAAGAATTAATAT--GAGATTT-AAACGATAAATTTGTTTACTGAACTAGTT
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* * * * * *
15354590 GATATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTTGTTATAACCTTTT-TTTCTATTAT
129 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTT-TGTCAT
* * * * * * ** *
15354654 -AAAACAATTGTTTCTATTCACAAAAGGTTGTTTGGAAGAAAATAGTACTAATTTAGGAATATTC
193 CATAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACATTC
* *
15354718 TAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTCATTTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTAA
258 TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAAATAAATTCATTT-TCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
15354782 GACTGTATAAACAATTATCTATTTCAACTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
322 GACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* *** * * * * **
15354847 TTAACTTATACCAGCTTATTTGAAATAGAATGAAACTAATTGATTAATATTTCAAA-AATTTGTA
387 TTAACTTATA-AAGCTTATCCAAAATAAAATGAAACTACTTTATTAATATTTGAAATAATAAGTA
* * * *
15354911 AAAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACCGAACT-AGTTCAAATAATTATTACTATTTGAACAATT
451 AAAGATTTA-AAAATAAATC-ATTTACCGAACTCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAAAT
* *
15354975 ATCTATTTAAAATCATTATTACT
514 ATCTATTTCAAATCATTATTACC
* ** * *
15354998 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTA-ATATAAG-TTCGTT-AAAAAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-CAACATACAAGCTT-ATTCAAAAAAAATAATACTA
* * * *
15355060 ATTTATTAATATTTACCA-AATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAAGTA
64 ATTTACTAATATTT-CAAGAATTAAT--ATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAACTA
* * * *
15355124 TTTCAAATAATTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTTTGTC
126 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTTTGTC
* ** *** * * * *
15355189 ATCA-AATAATTAG-TTCTATTCA-AACTATTTTATTCATAATAAAATAATATTAATTTAATAAT
191 ATCATAATAATT-GTTTCTATTCATAA-AAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAAC
* * * * * ** * *** *
15355251 ATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAACT-AAAAAATAAATATAATAGCCAAACCAA-TTCAAATA
254 ATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAAATAAAT-TCATTTTCGAA-CAAGTTCAAATA
* * * ** * ** * * *
15355314 GTTAAGATTATATGAACGATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTTGTCGTAAAACAA
317 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
15355379 TTGTTTT
382 TTGTTTT
15355386 GTTTGTACAA
Statistics
Matches: 2043, Mismatches: 378, Indels: 250
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
522 2 0.00
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Consensus pattern (536 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTCAAAAAAAATAATACTAAT
TTACTAATATTTCAAGAATTAATATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCA
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTTTGTCATCAT
AATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAA
AAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAAATAAATTCATTTTCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
ATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAA
CTTATAAAGCTTATCCAAAATAAAATGAAACTACTTTATTAATATTTGAAATAATAAGTAAAAGA
TTTAAAAATAAATCATTTACCGAACTCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAAATATCTATT
TCAAATCATTATTACC
Found at i:15356153 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 15356101--15356158 Score: 57
Period size: 18 Copynumber: 3.3 Consensus size: 18
15356091 TATGATAAAA
* *
15356101 TAAAAAGTCATAACGATTT
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*
15356120 TAAATAG--ATAATTATT
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*
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15356154 TAAAT
1 TAAAT
15356159 TTGTTTAGTA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 6, Indels: 5
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TAAATAGTCATAACTATT
Found at i:15357513 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 15356487--15358386 Score: 1191
Period size: 182 Copynumber: 10.6 Consensus size: 178
15356477 AACTATTCGA
* * * * * * * *
15356487 AAATAAGCTTGCATAAATACAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAATATTTTGAAA
1 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * ** * * *
15356552 TAAATAATTATTGAAATAGTCATAACTATTTCAA-CTTGTGTGGTAAGCATATTCATTATTTTTA
66 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATC-GGTTTAATAAACAGA-T--TTATTTTAA
* * * *
15356616 TTCTCTTACTCT-TCAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
127 ATCTTTTACT-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * ** * * **
15356668 CAAATATGAGTATATGAACTGAGACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
1 -AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * ** * *
15356733 ATAGATAATTATTGAAATAGTCATGACTATTTGAA-CTTGTTTGGTAAATATATTT-TTTTAAAA
65 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATC-GGTTTAATAAACAGATTTATTTT-AAA
* * * * *
15356796 TCTTTTACATATAAATTGTCAAATTATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT
128 TCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTT
* * ** * * ** *
15356848 GAATAAGCTTCTATGAGGAGAAACAATTGTTTTACGATGAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
1 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * *
15356913 CAAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAA-CTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTA
66 -TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAATC-GGTTTAATAAACAGATT--TATTTTA
* * ** * * *
15356976 AATAC-TTTACGTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTCTTCA
126 AAT-CTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T
* * * * ** ** * * *
15357030 AAATAAACTTGTATGAACAAAAAAAATCTTTTTTATCATGAAACAAAAAATTATAGCAATTTCAA
1 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * ** * * *
15357095 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTTGTTTGGA-AAACTGATTCATTTTTTAA
65 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCGGTTT-AATAAACAGATT--TATTTTAA
* * * * * * *
15357159 ATCTCTTAATTATTAAATTTCATAATATT-TTGAACTTGGTATTATTTTATTT
127 ATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * * * * * *
15357211 AGAATAAGCTTTATATGAACTGAAATAATTTTTTTATGATAAAAGAAAAGTTTATAACGATTTGA
1 A-AATAAGC-TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * ** * *
15357276 AATAAACAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGATTTAGTTCAATAAACATATTTATTTTAAAT
64 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCGGTTTAATAAACAGATTTATTTTAAAT
* * *
15357341 TTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT
129 CTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTT
* * **
15357392 GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAATTCATAACAATTTGAAA
1 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* **
15357457 TAAATAATTGCTT-AAATAGTCATCACTATTCAAATCGGTTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAA
66 TAAATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCGGTTTAATAAACAGATTTA--TTTTAAA
* * *
15357521 TC---T-CTTAGTAGTTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTT
128 TCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
15357568 CAAATAAACTTATATGAACAAAAATAAGTGTTTTATGACAAAACACAAACAAAGGTCATAACGAT
1 -AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AC--A-AAAGGTCATAACAAT
* * * * * *
15357633 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTGAATTGG-TTAGGTAAACAAAATTATTT
60 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCGGTTTA-ATAAACAGATTTA-TT
* * * *
15357697 TTTAA---TTCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCTA-TTTTATTTTATTTT
123 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTA-TTT
* * *** *
15357751 GAATAAGCTAGTATGATTTGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
1 AAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * * *
15357815 ATAGATAATTGTT--TATAGTCTTAACAATTTGAATCGGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAA
65 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCGGTTTAATAAACAGATTTA--TTTTAAA
* * ** * * * *
15357878 TCTCTTAATTATTAATTTTTGAAACATTATTAGATTACTATTATTTTATTT
128 TCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
15357929 CAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT-ATTAGAACAAAAGGTTATCACAATTTGA
1 -AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * * ** * *
15357993 AGTATACAATTACTT-AAATAGTCA-AAATAATTTGAA-CTGATTTGGTAAATAGATTATTTTTT
64 AATAAATAATT-GTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAATC-GGTTTAATAAACAGATT-TATTTT
* * ** * *
15358055 AAATCTCTTACCTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
125 AAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T
* * * * **
15358110 AAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAA
1 AAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * ** ** * *
15358175 ATAGATAATTGTTGAAATTGCCATAATTATTTGAA-CTAATTT-GGAAACAAATTCACTTTTTAA
65 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATC-GGTTTAATAAACAGATTTA--TTTTAA
*** *
15358238 ATC----ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTT
127 ATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * * *
15358286 CAAATAAGCTTGTATAAACTGAAACATTTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAACGATTTTAA
1 -AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
**
15358351 ATAAATAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAAT
65 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
15358387 TTGTTTGGTA
Statistics
Matches: 1363, Mismatches: 294, Indels: 127
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCGGTTTAATAAACAGATTTATTTTAAATCT
TTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
Found at i:15357620 original size:544 final size:542
Alignment explanation
Indices: 15356678--15358391 Score: 1250
Period size: 538 Copynumber: 3.2 Consensus size: 542
15356668 CAAATATGAG
* * * * *
15356678 TATATGAACTGAGACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
1 TATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAACAATT
* *** *
15356743 ATTGAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATATATTTTTTTAAAATCTTTTACATAT
66 ATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTTTTTAAAATCTTTTACATAT
* * ** *
15356808 AAATTGTCAAATTATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTCTATGAGGAGAAACA
131 AAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTCTATGAACAAAAACA
* **
15356873 ATTGTTTTACGATGAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
196 ATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
** * * * * **
15356938 ATGATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAAATACTTTACGTATTAATTGTCTTAAT
261 ATGATTCAAACTGGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATACTTTACGTAGT-ATTGTCAAAAT
* * *
15357003 ATTAATAAATTTGTATTATTTTCTTCAAAATAAACTTGTATGAACAAAAAAAATCTTTTTTATCA
325 ATTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCAAAATAAACTTATATGAACAAAAAAAATCTTTTTGATCA
** * * *
15357068 TGAAACAAAAAATTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTT
390 ACAAAC-AAAAATCATAACAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTT
15357133 GTTTGGAAAACTGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAATTTCATAATATTTTGAACTTGG
454 GTTTGGAAAACTGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAATTTCATAATATTTTGAACTTGG
15357198 TATTATTTTATTTAGAATAAGCTT
519 TATTATTTTATTTAGAATAAGCTT
* * * * * *
15357222 TATATGAACTGAAATAATTTTTTTATGATAAAAGAAAAGTTTATAACGATTTGAAATAAACAATT
1 TATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAACAATT
* * * *
15357287 ATTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATTTAGTTCAATAAACATATTTATTTT-AAATTTTTTACTT
66 ATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTT-GTTCAATAAACATATTT-TTTTAAAATCTTTTACAT
* * *
15357350 ATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
129 ATAAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTCTATGAACAAAAA
* * *
15357415 CAATTGTTTTATAACAAAACAAAAATTCATAACAATTTGAAA-TAAATAATTGCTT-AAATAGTC
194 CAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAAATAATTG-TTCAAATAGTC
* * *
15357478 ATCACT-ATTCAAA-TCGGTTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTTA-GTAGT-TT-TC
258 AT-AATGATTCAAACT-GGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATACT-TTACGTAGTATTGTC
* * * *
15357537 AAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGAACAAAAATAAGTGTTT
320 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-CTTCAAAATAAACTTATATGAACAAAAA-AAATCTTT
* * *
15357601 TATGA-CAA-AACACAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATATTCATAA
383 T-TGATCAACAA-AC-AA-AAA--TCATAACAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * ** * * * *
15357664 TTATTTGAATTGGTTAGGTAAACAAAATT-ATTTTTT-AAT-TC--ACTTATTAATTTTTAAAAT
442 TTATTTAAATTTGTTTGGAAAAC-TGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAATTTCATAAT
* * *
15357724 ATTAATAAATCTAT--T-TTATTTTATTTTGAATAAGC--
506 ATT-TTGAA-CT-TGGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTT
** * * * * *
15357759 TAGTATGATTTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
1 TA-TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAACAAT
* * * * * * ** * * * *
15357824 TGTT--TATAGTCTTAACAATTTGAA-TCGGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-
65 TATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACT-TGTTCAATAAACATA-TT-TTTTTAAAATCTTTTAC
* * ** * * * * * * *
15357885 ATTATTAATTTTTGAAACATTATTAGATTACTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA
127 A-TATAAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTCTATGAACA
* * ** * * * * ** * * *
15357949 AAAATAATTGTTTTATATTAGAACAAAAGGTTATCACAATTTG-AAGTATACAATTACTT-AAAT
190 AAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAAATAATT-GTTCAAAT
* * ** * *** * * *
15358012 AGTCAAAATAATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATT-ATTTTTTAAAT-CTCTTACCTATTAATT
254 AGTCATAATGATTCAAACTGGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATACT-TTACGTAGT-ATT
* ** * * * * *
15358075 TTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATA-AAAAAACAAT-
317 GTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCAAAATAAACTTATATGA-ACAAAAAA-AATC
* * * * * ** * * * * *
15358138 TGTTAT-ATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATTGCCATAAT
380 T-TTTTGATCAACAAACAAAA-ATCATAACAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * ** ** * * **
15358202 TATTTGAACTAATTTGG-AAACAAATTCACTTTTTAAATCACTT-ATTAATT---TTT-GGAATA
443 TATTTAAATTTGTTTGGAAAACTGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATT-ATTAAATTTCATAATA
* * **
15358261 TTAAT-AAATTATTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTT
507 TT-TTGAACTTGGTATTATTTTATTT-AGAATAAGCTT
* * * *
15358297 GTATA--AACTGAAACATTTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAAT
1 -TATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAACAAT
* ** * *
15358360 TGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTT
65 TATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTT
15358392 TGGTATATGA
Statistics
Matches: 943, Mismatches: 171, Indels: 118
0.77 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
533 1 0.00
534 1 0.00
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537 87 0.09
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539 95 0.10
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545 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (542 bp):
TATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAACAATT
ATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTTTTTAAAATCTTTTACATAT
AAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTCTATGAACAAAAACA
ATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
ATGATTCAAACTGGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATACTTTACGTAGTATTGTCAAAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCAAAATAAACTTATATGAACAAAAAAAATCTTTTTGATCAA
CAAACAAAAATCATAACAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTTGT
TTGGAAAACTGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAATTTCATAATATTTTGAACTTGGTA
TTATTTTATTTAGAATAAGCTT
Found at i:15357640 original size:361 final size:352
Alignment explanation
Indices: 15356511--15361278 Score: 1478
Period size: 362 Copynumber: 13.4 Consensus size: 352
15356501 AAATACAACC
* * * * * * *
15356511 AATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGCTCATAA-TATTTTGAAATAAATAATTATTGAAATAGTCA
1 AATTGTTTTATGAAAAAAAACAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
15356574 TAACTATTTCAACTTGTGT-GGTAAGCATATTCATTATTTT-TATTCTCTTACTCT-TCAATTTT
65 TAA-TATTTGAA-TTGT-TCAGTAAACATA-T--TTATTTTAAATTAT-TTACT-TATTAATTGT
* * * ** * * * * *
15356636 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATATGAGTATATGAACTGAGACAATTGTT
122 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAATTATT
* ** ** * *
15356700 TTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATAGTCATGACTATTT
185 TTATAACAAAACAAAAATTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * * *
15356765 GAA-CTTGTTTGGTAAATATA-TT-TTTTTAAAATCTTTTACATATAAATTGTCAAATTATTAAT
249 AAATC-GGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT--AT-T-AATTTTCAAAATATT-AT
* * * * ** * *
15356827 AAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTCTATGAGGAGAAAC
308 AGATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAAT
* * * * * *
15356872 AATTGTTTTACGATGAAACAA-AAA-GTCATAACAATTTGAAACAAAATAATTGTTCAAATAGTC
1 AATTGTTTTATGA-AAAAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAAATAATTGTTCAAATAGTT
* * *
15356935 ATAATGATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAAA-TACTTTACGTATTAATTGTCT
64 ATAAT-ATTTGAA-TTGTTCAGTAAACATATT--TATTTTAAATTA-TTTACTTATTAATTGTCA
* * * ** * *
15356999 TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTCTTCAAAATAAACTTGTATGAACAAAAAAAATCTTTTTT
124 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAAT-TATTTT
* ** * * *
15357064 ATCATGAAACAAAAAATT-ATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTA
187 ATAACAAAAC-AAAAATTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTA
** * * * * *
15357128 AATTTGTTTGGA-AAACTGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAATTTCATAATATT-TTG
250 AATCGGTTT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTCAAAATATTATAG
* **
15357191 AACTTGGTATTATTTTATTT-AGAATAAGCTTTATATGAACTGAAAT
310 -A-TTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGC-TTATATGAACAAAAAT
* * * * * * *
15357237 AATTTTTTTATGATAAAAGA-AAAGTTTATAACGATTTGAAATAAACAATTATTCAAATAGTTAT
1 AATTGTTTTATGAAAAAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTAT
* * * *
15357301 GACTATTTGATTTAGTTCAATAAACATATTTATTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATA
66 -AATATTTGAATT-GTTCAGTAAACATATTTATTTTAAATTATTTACTTATTAATTGTCAAAATA
* *
15357366 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACA
129 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA-AATTATTTTATAACA
* * *
15357431 AAACAAAAATTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTTAAATAGTCATCACTATTCAAATCGGT
193 AAACAAAAATTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTAAATAGTCATAACTATTTAAATCGGT
* * *
15357496 TTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTAGTTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTAT
257 TTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATT-ATAGATTAGTATTAT
*
15357561 TTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAAT
321 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAAT
*
15357593 AAGTGTTTTATGACAAAACACAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA-
1 AATTGTTTTATG--AAAA-A-AAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * *
15357657 TTCATAATTATTTGAATTGGTT-AGGTAAACAAAATTATTTT---TTAATTCACTTATTAATTTT
62 TT-ATAA-TATTTGAATT-GTTCA-GTAAACATATTTATTTTAAATT-ATTTACTTATTAATTGT
* * * * ***
15357718 TAAAATATTAATAAATCTA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGATTTGAAAAAATTATT
122 CAAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAAAATTATT
* ** * * * *
15357782 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-TATAGTCTTAACAATTTG
185 TTATAACAAAACAAAAATTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAATAGTCATAACTATTTA
* * ** *
15357846 AATCGGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAACATTATTAG
250 AATCGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTCAAAATATTA-TAG
* *
15357911 ATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAT
310 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAAT
** * * * * * * * * *
15357954 AATTGTTTTAT--ATTAGAACAAAAGGTTATCACAATTTGAAGTATACAATTACTT-AAATAGTC
1 AATTGTTTTATGAAAAAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-GTTCAAATAGTT
* * ** * * * * * * **
15358016 AAAATAATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTATTTTTTAAATCT-CTTACCTATTAATTTTTGA
64 ATAAT-ATTTGAATTG-TTCAGTAAACATATT-TATTTTAAAT-TATTTACTTATTAATTGTCAA
* ** * * *
15358080 AAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTATA
125 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAA-AATTATTTTA
* * ** * ** * * * *
15358145 TGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATTGCCATAATTATTTGAA
188 TAACAAAACAAAAATTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTAAA
** * * * * * *** * *
15358210 -CTAATTTG-GAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAT
252 TC-GGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATT-ATAGATTAG
* * ** *
15358273 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACTGAAAC
315 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAAT
* * * *
15358311 ATTTGTTTTATG--ACAAAACTAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTG
1 AATTGTTTTATGAAAAAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA
** ** * * * * * * **
15358374 TAACTATTTGAATTTGTTTGGTATATGA-ATTTTTTTTTAACT-CTTGCTTATTAATTTTTGAAA
65 TAA-TATTTGAA-TTGTTCAGTA-AACATATTTATTTTAAATTATTTACTTATTAATTGTCAAAA
** * ** *
15358437 TATTAA-GGA--AG----CTTTTA---TG---AA--TTG-A--AAC-----AATT-TTTTACGAT
127 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTATTTTATAAC
* * ** * * * * * *
15358478 AAATCAAAAGGTT-ATAACGTTTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAA-CT
192 AAAACAAAA-ATTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTAAATCG
* * * * * *
15358541 TTTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCACATTCTTATTGATTTTTC-AAATGTTAATAAAT
255 GTTT-GATAAACAGATTTA-TTTTTTAAAT--C--TCTTATT-AATTTTCAAAATATT-ATAGAT
* * ** * * *
15358605 TAGTATTAATTTGTTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
312 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAAT
* ** * * * * * * * *
15358646 AATTGTTTTAAGACTAAACA-AAAGATTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTC
1 AATTGTTTTATGAAAAAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-T-
** * *
15358710 A-ACCATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCT-TTTACTTATTAATTG-CT
64 ATAATATTTGAATTG-TTCAGTAAACATATTTA--TTTT-AAAT-TATTTACTTATTAATTGTC-
* * * * * * *
15358772 AAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCCTGTACGAACAAAATAATTGTTTTA
123 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTATTTTA
* * * ** * * * * *
15358837 TGATAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATTGTTTACATAGTCTTAACTATTTAAC
188 TAACAAAACAAAAATTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTAAATAGTCATAACTATTTAAA
* ** ** * * * *
15358902 T-GGTTTGGTAATTAGATTTATTTTTTTGATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAGAATATTATTAAA
252 TCGGTTTGATAAACAGATTTA-TTTTTT-A-AATC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTA-TAGA
** * * **
15358966 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-AATAGTATGAATAGAACC
311 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAACAAAAAT
** * * * * * * * *
15359008 AATTGTTTGGTGACAAAATA-AAAGGTTATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAA
1 AATTGTTTTATGAAAAAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTAT
* * * * * ** * *
15359072 AACTATTTGAAATGGTTTAGTAAGCAAATTTACTTTTTAAATCT-CTTACAGATTAATTTTCTAA
66 AA-TATTTG-AATTGTTCAGTAAACATATTTA--TTTTAAAT-TATTTACTTATTAATTGTCAAA
* * * ** ** * * * * *
15359136 ATATTCACAAATTAATATTATTTTATTAAGACCAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATG
126 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA-AATTATTTTATA
* * * ** * * * * * *
15359201 ATAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATCTGAGTT
190 ACAAAACAAAAATTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTAAATAGTCATAACTATTTAAATC
* * * * * * **
15359266 GGTGT-AGTAAATAGAATTATTCTCTAAATCTCTTATAAATTTTTGAAATATTA-ATGAATTAGT
254 GGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATA-G-ATTAGT
* * * * * *
15359329 TTTATTCTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAGCTAAAAT
316 ATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACAAAAAT
* ** * * * *
15359366 AATTGTTCTAT-------TTC----G-AATAA-G-CTTGAAACAAATAATTGTTCATATAGT-CT
1 AATTGTTTTATGAAAAAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCA-A-A-TAGT
* * * * * *** * * *
15359416 TA-ACTGTTTAAACTGGTTC-GACAAATGGATTTATTTTTTAAATCT-TTTAGTTATTAATTTTT
63 TATAATATTTGAA-TTGTTCAG-TAAACATATTTA--TTTTAAAT-TATTTACTTATTAATTGTC
* * * * *
15359478 AGAATATTACTAAATTAGTATTTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGACCAGAAACAATTGTTT
123 AAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTATTT
* * * * * * * *
15359543 TATGATAGAACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAATAAATAAATGTTCAACTAGTCATAAGTATTT
186 TATAACAAAACAAAA-ATTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTT
** * * * * * * * *
15359607 GTACCAG-TTCAGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTT-GAAATAATAATAAA
249 AAATCGGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT-TTCAAAAT-ATTATAGA
* * ** * *** *
15359670 TTAGTATTACTTTGTTTTGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAAC
311 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAAT
* * * * * * **
15359712 AATTGTTTTAT--AACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAA-AGGATAGTTGTTCAAATGGCC
1 AATTGTTTTATGAAAAAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTT
*** * * * *
15359774 ATAATTATTTGAACCAATTCAATAAAC-TGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTT
64 ATAA-TATTTGAA-TTGTTCAGTAAACAT-ATTTA--TTTTAAAT-TATTTACTTATTAATTGTC
* * * * * * ** * *
15359837 GAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTACAAACTAAAACAATTGTTTT
123 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAATTATTTT
* * ** *
15359902 ATGACAAAACAAATGA-TCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA
187 ATAACAAAACAAA-AATTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTA
** * * * *
15359966 AA-CTTTTTCAATAAACAG-TTTATTTTTTCAAATCTCATGCTCATTAATTTTTTTAAAGT-TAA
250 AATCGGTTT-GATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTC-T--T-ATTAA--TTTTCAAAATATTA
* * * * * ** *
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307 TAGATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAACAAAAAT
* * ** * * * ** * * *
15360074 AATTATTATATGACTACATA-AAAGGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCT-
1 AATTGTTTTATGAAAAAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-TA
* * * * * * **
15360137 TAACTATTTGAACTGGTTC-GACAAACACATTTATTTT-AA--ATCT-CTTATGAATTTTTGAAA
65 TAA-TATTTGAA-TTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTAAATTATTTACTTATTAATTGTCAAAA
* * * * * *
15360197 TATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGATCAGAAATAATTGTTTCATG
127 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTATTTTATA
* * * * * ** *
15360261 AGAAAATATAGA-TCATAATC-ATTTGAGATTCATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-
190 ACAAAACAAAAATTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTAAAT
* * * * * * ** * *
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* * * * * *
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1 AATTGTTTTATGAAAAAAAACAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * * *
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65 TAA--TATTTGAA-TTGTTCAGTAAACATATTTA---TTTTAAAT-TATTTACTTATTAATTGTC
** * * * * * *
15360533 TGAATGTTAACAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTTAAATATTTATTTT
123 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAATTATTTT
* * ** * * * * * * *
15360598 ATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTCAATTAAATAATTGTTCAATAGTCTTAACTATTTGAA
187 ATAACAAAACAAAAATTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAATAGTCATAACTATTTAAA
* * *** *
15360663 -CTGGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACAATTTTTGGAATATTATTAAAT
252 TC-GGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TT--AATTTTCAAAATATTA-TAGAT
* * * *
15360727 TAGTATTATTTTA-ATCAAAATAAGCTTGTATGGAA-AGAAAC
312 TAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATAT-GAACAAAAAT
* * * * * *
15360768 AATTGTTTTATG---AAAAACTAAAGATCATAACTATTTTATATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
1 AATTGTTTTATGAAAAAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
15360830 TAACTATTTAAACTAT-TTCGGTAAACAGATTTAGTTTTTAA--ATCT-CTTTTTAATTTTCAAA
65 TAA-TATTTGAA-T-TGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTAAATTATTTACTTATTAATTGTCAAA
* * * * * ** * * * * *
15360891 ATATTAATAGATCAGTATTAATTTATTTTGACTAATTTTGCATGAATAGAAACAATTTTTTTATC
126 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTATTTTATA
** ** * * *
15360956 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTAAA-C
190 ACAAAACAAAAATTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTAAATC
* * * * * *
15361020 -TTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTTTTAATTTTTAGAATATTAGTAAAT
254 GGT-TTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CT---TATTAATTTTCAAAATATTA-TAGAT
* * * * * *
15361084 TAGTATTATTTTATTTCTAATAAACTTGTATGAATATAAAC
312 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAAT
** * * * * * *
15361125 AATTGTTTTTATG--GTAAAA-AAAGATTATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCA
1 AATTG-TTTTATGAAAAAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA
* ** * * * * ***
15361187 TAACTATTTTAACTTACTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGA
65 TAA-TATTTGAA-TTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTT-AAATTATTTACTTATTAATTGTCAAA
* * *
15361252 ATATTATTATATTTGTATTATTTTATT
126 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
15361279 TCAAATATGC
Statistics
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AATATTTGAATTGTTCAGTAAACATATTTATTTTAAATTATTTACTTATTAATTGTCAAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTATTTTATAACAAAA
CAAAAATTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAATAGTCATAACTATTTAAATCGGTTTGA
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TTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAAT
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* * ** * *** *
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* ** * *
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* ** * ** * * * * * * *
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* * * * * * ** * * * *
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** * * * * *
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* * *
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* * ** *
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1 AATT-T-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAA
* * ** ** * * *
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** * ** * *** * * *
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* * * ** * ** * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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311 TAATTTGAACTGATTAGGTAAACAAA-ATTA-TT-TTTTAAA-TTCTTACTTATT
* * * *
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* ** * *
15357417 ATTGTTTTATAACAAAACAAAAATTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTTAAATAGTCATCA
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* * * * *
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*
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* * * * * * * *
15357612 ACAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTGAATTGG
260 AC-AACAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAACAATTCTTCAAATAGTCAAAATAATTTGAACTGA
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324 TTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATTCTTACTTATT
* * * ***
15357712 AATTTTTAAAATATTAATAAATCTA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGATTTGAAAA-
1 AATTTTTAAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAAC
* * *
15357775 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-TATAGTCTTAA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAATAGTCATAA
** * * **
15357839 CAATTTGAATCGGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAACA
130 CAATTCAAATCGGTTTAATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTC----TTAGTAATTTTCAAAACA
* * * * **
15357904 TTATTAGATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT-ATT
191 TTAATAGATTACTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAATAAGTGTTTTATGACA
* * * * *
15357968 AGA-AC-A-AAAGGTTATCACAATTTGAAGTATACAATTACTT-AAATAGTCAAAATAATTTGAA
256 AAACACAACAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAACAATT-CTTCAAATAGTCAAAATAATTTGAA
* * * *
15358029 CTGATTTGGTAAA-TAGATTATTTTTTAAATCTCTTACCTATT
320 CTGATTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATT
* * **
15358071 AATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACA
1 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACA
* * * ** * *
15358136 ATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATTGCCATAA
66 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAA
** ** ** ** * * * * * *** *
15358201 TTATTTGAA-CTAATTT-GGAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGGAATATTA
130 CAATTCAAATC-GGTTTAATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTAATTTTCAAAACATTA
* * * * * ** * **
15358264 ATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACTGAAACATTTGTTTTATGAC-AAA
194 ATAGATTACTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAATAAGTGTTTTATGACAAAA
* * * * *
15358328 -AC--TAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
259 CACAACAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAACAATTCTTCAAATAGT
15358372 TGTAACTATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
355 11 0.01
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358 8 0.01
359 160 0.15
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362 155 0.14
363 16 0.01
364 70 0.06
365 55 0.05
366 1 0.00
368 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAATAGTCATAAC
AATTCAAATCGGTTTAATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTAATTTTCAAAACATTAAT
AGATTACTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAATAAGTGTTTTATGACAAAACA
CAACAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAACAATTCTTCAAATAGTCAAAATAATTTGAACTGATT
AGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATTCTTACTTATT
Found at i:15358739 original size:182 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 11.0 Consensus size: 180
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* * * * * *
15358445 AAGCTTTTATGAATTGAAACAATT-TTTTACGATAAATCAAAAGGTTATAACGTTTTTAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTAAGATAAA-CAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA
* * * * ** * *
15358509 CAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTTTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCAC
65 TAATTGTTCTAATAGT-CTAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATC-C
* ** * * ** **
15358574 ATT-CTTATTGATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTGTTTTGAAT
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* * *
15358626 AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTAAGACTAAACAAAAGATTAGAATGATTTGAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTAAGA-TAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA
* * **
15358691 TAATTATTCTAATAGTCTCAACCATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTT
65 TAATTGTTCTAATAGTCT-AACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCCA
* *
15358756 TTACTTATTAATTGCTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAAT
129 TTACTTATTAATTGCTAAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAATCCGAAT
* * * * * * *
15358808 AAGCCTGTACGAAC-AAAATAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAGA
1 AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTAAGAT-AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA
* ** ** * * ** *
15358872 TAATTGTT-TACATAGTCTTAACTATTT-AACTGGTTTGGTAATTAGATTTATTTTTTTGATTTT
65 TAATTGTTCTA-ATAGTC-TAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAAATC
** * * * * * * *
15358935 C-TTGGTTATTAAGTTTC-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
127 CATTACTTATTAA-TTGCTAAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAATCCGAAT
** * * * * * * *
15358988 AAAATAGTATGAA-TAGAACCAATTGTTTGGTGACA-AAATAAAAGGTTATAACAATTTAAAATA
1 AAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTT--TAAGATAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * * *
15359051 AATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAGCAAATTTACTTTTT-AAATC
63 GATAATTGTTCTAATAGTC-TAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATC
** * * * * * * ** **
15359115 TC-TTACAGATTAATTTTCT-AAATATTCACAAATTAATATTATTTTATTAAGACC
127 -CATTACTTATTAA-TTGCTAAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAATCCGAAT
* * * * * * * *
15359169 AAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTAAGAT-AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA
* * * ** * * * *
15359234 TAATTGTT-TAAATAGTTATAATTATCTGAGTTGGTGT-AGTAAATAGAA-TTATTCTCT-AAAT
65 TAATTGTTCT-AATAG-TCTAACTATTTGAACTGAT-TCAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAAAT
* ** * * * * *
15359295 -C--T-CTTATAAATTTTTGAAATATTAATGAATTAGT-TTTATTCTATTCTGAAT
126 CCATTACTTATTAATTGCTAAAATATTAATAAATTAGTATTAATT-TAATCCGAAT
* * * ** * * * *
15359346 AAGCTTGTATGAGCTAAAATAATTGTTCT---AT-TTC-----G-AATAA-G-CTTGAAACAAAT
1 AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTAAGATAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * *** *
15359399 AATTGTTC-ATATAGTCTTAACTGTTTAAACTGGTTC-GACAAATGGATTTATTTTTT-AAATCT
66 AATTGTTCTA-ATAGTC-TAACTATTTGAACTGATTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAAATCC
* * ** * * * * *
15359461 TTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTTATTTTATTCTGAAT
128 ATTACTTATTAATTGCTAAAATATTAATAAATTAGTA-TTAATTTAATCCGAAT
* * * *
15359515 AAGCTTGTATG-ACCAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAA
1 AAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTAAGATA-AACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * *
15359579 ATAAATGTTC-AACTAGTCATAAGTATTTGTAC-CAGTTCAGTAAATAGATTTACTTTTT-AAAT
64 ATAATTGTTCTAA-TAGTC-TAACTATTTGAACTGA-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAAT
* * * ** **
15359641 -C--T-CTTATTAATT-CTTGAAATAATAATAAATTAGTATTACTTTGTTTTGAAT
126 CCATTACTTATTAATTGC-TAAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAATCCGAAT
**** * * *
15359692 AAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATA-ACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAA-AG
1 AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTA-AGA-TAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA-
* * * * * ** * **
15359755 GATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCAATTCAATAAACTGATTTATTTTTT-AAATC
63 GATAATTGTTCTAATAGTC-TAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATC
** * * * * * ** *
15359819 TC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTTGGAT
127 -CATTACTTATTAATTGCTAAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAATCCGAAT
* ** * * * * * * *
15359873 AAGCTTTTACAAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATAATGATTTTAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTAAGA-TAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA
* * ** * * *
15359938 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTTTTCAATAAAC-AGTTTATTTTTTCAAATCTC
65 TAATTGTTCTAATAGTC-TAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATC-C
* * ** * * * ** *
15360002 A-TGCTCATTAATTTTTTTAAA-GTTAATAAATTAGTATT-GTTTTTTGCCAAAT
128 ATTACTTATTAA-TTGCTAAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAAT-CCGAAT
* * * * * * * * * **
15360054 AGGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATATGACTACATAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTAAGA-TAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA
* * * *
15360119 TAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTC-GACAAACACATTTA--TTTT-AAAT-C
65 TAATTGTTCTAATAGTC-TAACTATTTGAACTGATTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAAATCC
* ** * * * * *
15360179 --T-CTTATGAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGAAT
128 ATTACTTATTAATTGCTAAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAATCCGAAT
* * * * * * * * * *
15360229 AAGCTTGTATGATC-AGAAATAATTGTTTCATGAGAAA-ATATAGATCATAATC-ATTTGAGATT
1 AAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTAAGATAAACA-AAAGGTTATAA-CGATTTGAAATA
* * * * * ** * ** *
15360291 CATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGTTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTT-AAATC
63 GATAATTGTTCTAATAGTC-TAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATC
** * * *
15360355 TC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA
127 -CATTACTTATTAATTGCTAAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTA
15360401 TTCTAATAAG
Statistics
Matches: 1349, Mismatches: 339, Indels: 175
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Matches are distributed among these distances:
163 5 0.00
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166 5 0.00
167 2 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTAAGATAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT
AATTGTTCTAATAGTCTAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCCATT
ACTTATTAATTGCTAAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAATCCGAAT
Found at i:15359900 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15359443--15360410 Score: 720
Period size: 181 Copynumber: 5.4 Consensus size: 180
15359433 TCGACAAATG
* * *
15359443 GATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTTATTTTA
1 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTA
* * * * * * *
15359507 TTCTGAATAAGCTTGTATGACCAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTT
64 TTTTGAATAAGCTTGTA-AAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTT
* * * * * * *
15359572 GAAATAAATAAATGTTCAACTAGTCATAAGTATTTGTACCAGTTCAGTAAA-T
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCAATTCAATAAACT
* * * * *
15359624 AGATTTACTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATAATAATAAATTAGTATTACTTTGT
1 -GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
**** *
15359685 TTTGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTG
65 TTTGAATAAGCTTGTA-AAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTG
* * * *
15359750 AAA-AGGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCAATTCAATAAACT
129 AAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCAATTCAATAAACT
* *
15359802 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * ** *
15359867 TTGGATAAGCTTTTACAAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATAATGATTTTA
66 TTGAATAAGCTTGTA-AAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGA
* *** *
15359932 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTTTTCAATAAACA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCAATTCAATAAACT
* * * * * *
15359983 G-TTTATTTTTTCAAATCTCATGCTCATTAATTTTTTTAAA-GTTAATAAATTAGTATTGTTTT-
1 GATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
*** * * ** * * * * * *
15360045 TTGCCAAATAGGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATATGACTACATAAAAGGTCAA-AATAAT
64 TT-TTGAATAAGCTTGTA-AAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-AATAACAAT
* * * *** * * *
15360109 TTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACA
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCAATTCAATAAACT
* * *
15360164 CATTTA--TTTTAAA--TC-T-CTTATGAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TA
1 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-
* * * * * * * * * * *
15360222 TTCGAATAAGCTTGTATGATCAGAAATAATTGTTTCATGAGAAAA-TATAGATCATAATC-ATTT
65 TTTGAATAAGCTTGTA-AAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAA-CAATTT
* ** * * *** *
15360285 GAGATTCATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGTTTCAA-AAAAT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCAATTCAATAAACT
* * *
15360337 AGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT
1 -GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*
15360402 TCT-AATAAG
65 TTTGAATAAG
15360411 GTTTTATGAC
Statistics
Matches: 625, Mismatches: 136, Indels: 53
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 4 0.01
174 59 0.09
175 58 0.09
176 10 0.02
177 117 0.19
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179 14 0.02
180 56 0.09
181 249 0.40
182 28 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
TTGAATAAGCTTGTAAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCAATTCAATAAACT
Found at i:15361132 original size:357 final size:355
Alignment explanation
Indices: 15360411--15361227 Score: 878
Period size: 357 Copynumber: 2.3 Consensus size: 355
15360401 TTCTAATAAG
* * * *
15360411 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAATCA-AATCT
1 GTTTTATGA-AAAAC-AAAGATCATAACTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAA-CT
* * * *** *
15360475 ATTTAAACTTGTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCACTAATTTTTTGAATGT
63 ATTTAAACTTATTCGGTAAACAGATTTA--TTTTTAAATCTCTT-CT-ACTAATTTTCAAAATAT
* * * * * * *
15360540 TAACAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTTAAATATTTATTTTATGACTA
124 TAACAGATCAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGCATGAACTGAAAAATTTATTTTATCACAA
* * * * * *
15360605 AACAAAAGGTCAAAACAATTTCAATTAAATAATTGTTCAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTT
189 AACAAAAGGTCAAAACAATTTCAAATAAATAATTGTTCAATAGACATAACTATTTAAACTGATTC
* * * * *
15360670 GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTA
254 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTACAATTTTTAGAATATTAGTAAATTAGTATTA
*
15360735 TTTTAATCAAAATAAGCTTGTATGGAAAGAAACAATT
319 TTTTAATCAAAATAAACTTGTATGGAAAGAAACAATT
* *
15360772 GTTTTATGAAAAACTAAAGATCATAACTATTTTATATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 GTTTTATGAAAAAC-AAAGATCATAACTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTAT
* *
15360837 TTAAAC-TATTTCGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTT-T-TTAATTTTCAAAATATTAAT
65 TTAAACTTA-TTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTCTACTAATTTTCAAAATATTAAC
* * **
15360899 AGATCAGTATTAATTTATTTTGACTAATTTTGCATGAA-TAGAAACAATTT-TTTTATCACAAAA
128 AGATCAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGCATGAACT-GAAA-AATTTATTTTATCACAAAA
* ** * * * * *
15360962 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTAAACTTATTCA
191 CAAAAGGTCAAAACAATTTCAAATAAATAATTGTTC-AATAGACATAACTATTTAAACTGATTCA
**
15361027 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTTTTAATTTTTAGAATATTAGTAAATTAGTATTA
255 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA-CTTACAATTTTTAGAATATTAGTAAATTAGTATTA
* * *
15361092 TTTTATTTC-TAATAAACTTGTAT-GAATATAAACAATT
319 TTTTA-ATCAAAATAAACTTGTATGGAA-AGAAACAATT
* * * * *
15361129 GTTTTTATGGTAAAA-AAAGATTATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTA
1 G-TTTTAT-GAAAAACAAAGATCATAACTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTA
* * *
15361193 TTTTAACTTACTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAA
64 TTTAAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAA
15361228 ATTTTTTACT
Statistics
Matches: 382, Mismatches: 63, Indels: 27
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
354 1 0.00
355 89 0.23
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358 10 0.03
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360 67 0.18
361 11 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
GTTTTATGAAAAACAAAGATCATAACTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATT
TAAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTCTACTAATTTTCAAAATATTAACAGA
TCAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGCATGAACTGAAAAATTTATTTTATCACAAAACAAAA
GGTCAAAACAATTTCAAATAAATAATTGTTCAATAGACATAACTATTTAAACTGATTCAGTAAAC
AGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTACAATTTTTAGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAAT
CAAAATAAACTTGTATGGAAAGAAACAATT
Done.