Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167993.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_25, whole genome shotgun sequence
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Warning! 94000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 87 of 100
Found at i:15361248 original size:180 final size:180
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15360402 TCTAATAAGG
* * * *
15360412 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAACAATCA-AATCT
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* * * * * * * * *
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62 ATTTAAACTTATTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATAT
** * * *
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* * * * * *
15360593 ATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTCAATTAAATAATTGTTC-AATAGTCTTAACTA
1 -TTTTATG-C-AAAAAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* ** * * * * *
15360657 TTTGAACTGGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-CAATTTTTGGAATATTA
63 TTTAAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTA
* *
15360721 TTAAATTAGTATTATTTTA-ATCAAAATAAGCTTGTATGGAA-AGAAACAATTG-
128 TTAAATTAGTATTATTTTATTTC-TAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAACAATTGT
* * * *
15360773 TTTTATG-AAAAACTAAAGATCATAACTATTTTATATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGCAAAAA--AAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
15360837 TTAAAC-TATTTCGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCT-CT--TT-TTAATTTTCAAAATATTA
64 TTAAACTTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTA
* * * * * ** *
15360897 ATAGATCAGTATTAATTTATTT-TGACTAATTTTGCATGAATAGAAACAATT-T
128 TTAAATTAGTATTATTTTATTTCT-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * *
15360949 TTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTA
1 TTTTAT-GCAAAA-AAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
*
15361013 TTTAAACTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTT-TTAATTTTTAGAATATT
63 TTTAAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA-CTTATTAATTTTTAGAATATT
* * *
15361077 AGTAAATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAACTTGTATGAATATAAACAATTGT
127 ATTAAATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
** * * * *
15361131 TTTTATGGTAAAAAAAGATTATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTT
1 TTTTATGCAAAAAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * ** *
15361196 TAACTTACTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTA
66 AAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTA
* * * * *
15361261 TATTTGTATTATTTTATTTCAAATATGCATGTATGAATAGAAACAATTG-
131 AATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* *
15361310 GTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACTATTT
1 TTTTATG-CAAAAAAAAGGTCATAACTATTT
15361341 AATGTGTTCA
Statistics
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176 60 0.10
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TTTTATGCAAAAAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
AAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTA
AATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
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Alignment explanation
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15361205 CGGTAAACAA
* * * * * *
15361215 ATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTTGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTAAAATTTTTTACCTATTAATGTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT
* * * * *
15361280 CAAATATGCATGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACTATTTAAT
66 CAAATAAGCATGTATGAACAAAAACAATTAGTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTAAT
15361344 GTGTTCAAAAAATAG
131 GTGTTCAAAAAATAG
15361359 ATTTATTTTTAAAA-TTTTTACCTATTAATGTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTAAAATTTTTTACCTATTAATGTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT
** * * * *
15361423 GGAATAAGCTTGTATGAGCAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAATGTCATAA
66 CAAATAAGCATGTATGAACAAAAACAATTAGTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA
15361479 TGATTTGAAA
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 17, Indels: 2
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
143 78 0.76
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ATTTATTTTTAAAATTTTTTACCTATTAATGTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT
CAAATAAGCATGTATGAACAAAAACAATTAGTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTAAT
GTGTTCAAAAAATAG
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15360703 ACAATTTTTG
* *
15360713 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGTATGGAAAGAAACAATTGTTTTA
1 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGTATGGAAAGAAACAATTATTTTA
* * * * * * *
15360778 TGAAAAACTAAAGATCATAACTATTTTATATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
66 TAAAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * * *
15360843 TATTTCGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTTTTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAGTA
131 TATTTCAGTAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTGTTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGTA
* *** * *
15360908 TTAATTTATTTTGACTAATTTTGCATGA-ATAGAAACAATTTTTTTATCACAAAACAAAAGGTCA
196 TTAATTTATTTTGAATAAGCCTACATGAGAT-GAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCA
** * * * * *
15360972 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTAAACTTATTC-AGTAAACAGA
260 TAACAATTTAAAATAAATAAGTATTCAAATAGACATGACTATTTAAACTTATTCGA-TAAACAGA
** * * * *
15361036 TTTATTTTTTAAATCTCCTACCTT-TTAATT-TTTAGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATT
324 TTTATTTTAAAAATCTCCTA-CTTATTAATTGTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
* * * * ** * *
15361099 TCTAATAAACTTGTATGAATATAAACAATTGTTTTTATG-GTAAA-AAAAGATTATAACT-ATTT
387 CCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTG-TTTTATGACAAAAGAAAAGATCA-AAATGATTT
* * *
15361161 GAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTTAACTTA-CTCGGTAAACAAATTTATTTTT
450 AAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTATCTC-ATAAACAAATTTATTTTT
** * * * * * * *
15361225 AAAATTTTTTACTTATTAATT-TTTGGAATATT-ATTATATTTGTATTATTTTATTTCAAATATG
514 AAAATCCTTCACTTATTAATTGTCT-AAATATTCA-TAAATTT-TATTAGTTTAATTCAAATAAG
* *
15361288 CATGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACTATTTAATGTGTTCAAA
576 CATGTATGAATAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACTATTTAATGTGTTCAAA
15361353 AAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTACCTATTAATGTTTA
641 AAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTACCTATTAATGTTTA
* *** *
15361393 GAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAGCAA-AAACAATTATTT
1 GAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGTATG-GAAAGAAACAATTATTT
15361456 TATAACAAAACAAAATG-TCATAA-TGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
64 TATAA-AAAACAAAA-GATCATAACT-ATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
15361519 TGAACT-TGTTTAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGTTAATTTTTACAATATTAATAAA
126 TAAACTAT-TTCAGTAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTGTTAATTTTCAAAATATTAATAAA
* * * * * * * **
15361583 TTAGTATTACTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAGCTTATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAA
190 TCAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCCTACATGAGATGAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAA
* ** * * *
15361648 GGTTATAACAATTTAAAATAAATAAGTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTCGATAAA
255 GGTCATAACAATTTAAAATAAATAAGTATTCAAATAGACATGACTATTTAAACTTATTCGATAAA
* **
15361713 CATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
320 CAGATTTATTTTAAAAATCTCCTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * *
15361778 ATCCGAGTAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCAAAATGATTT
385 ATCCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGATCAAAATGATTT
* * * *
15361843 AAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTCATAAACAAATTTATTTTTT
450 AAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTATCTCATAAACAAATTTATTTTTA
* * *
15361908 AAATCCTTCACTTTTTAATTGTCTAAATATTCATAAATTTTATTAGTTTAATTGAAATAAGCTTG
515 AAATCCTTCACTTATTAATTGTCTAAATATTCATAAATTTTATTAGTTTAATTCAAATAAGCATG
* *
15361973 TATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACGAAACAAA
580 TATGAATAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAA
15362008 AGGTTATAGT
Statistics
Matches: 504, Mismatches: 95, Indels: 31
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
680 64 0.13
681 335 0.66
682 100 0.20
683 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (680 bp):
GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGTATGGAAAGAAACAATTATTTTA
TAAAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
TATTTCAGTAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTGTTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGTA
TTAATTTATTTTGAATAAGCCTACATGAGATGAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCAT
AACAATTTAAAATAAATAAGTATTCAAATAGACATGACTATTTAAACTTATTCGATAAACAGATT
TATTTTAAAAATCTCCTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGA
ATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGATCAAAATGATTTAAAATA
AATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTATCTCATAAACAAATTTATTTTTAAAATCC
TTCACTTATTAATTGTCTAAATATTCATAAATTTTATTAGTTTAATTCAAATAAGCATGTATGAA
TAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACTATTTAATGTGTTCAAAAAATAGATTT
ATTTTTAAAATTTTTACCTATTAATGTTTA
Found at i:15361831 original size:181 final size:181
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15361318 CAAAACAAAG
* * * * * *
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* * *
15361389 TTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTTGGAATAAGCTTGTATGAGCAAAAACAATTA
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* * * *
15361453 TTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATA
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* * * * *
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1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
* * * * * * * ** * *
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** * ** *
15361631 TTTATGATGAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAAATAAGTATTCAAATA
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* * * **
15361684 GTTATGATTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTGT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
** * *
15361749 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAGTAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
66 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTT
* * *
15361814 TATGACAAAAGAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATA
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* * * * *
15361865 GTCATAACTATTTGAACTTATTTC-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCCTTCACTTTTTAATTG
1 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
* * * *
15361929 TCT-AAATATTCATAAATT-TTATTAGTTTAA-TTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATT
65 T-TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTG-AATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATT
* * * * ** *
15361990 ATTTTATGACGAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATA
127 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * * *
15362045 GTCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAAC-TGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTACTAACTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TT
* * * * ** * * *
15362109 -TTGGAATATTAATAAATTAAAATTATGTT-ATTTCAAATAAGCTTGTACAAATAGAAATAATTA
64 GTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTA
* * * * * * *
15362172 TTTTGTTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGACATATATTATTGTTC-AATCA
128 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAAT-A
* *** * * * **
15362226 GTCATAACTATTT-ACAC-TGGTCAGGCCAACAGATTCATTTTTTAGATCCGTTACTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGA-ACTTGTTC-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * *** * * * ** * * * * *
15362289 -TTCAGAATATTAATAAGTTAGCGTTACTTT-ATTTCAAACAAAATCGCATCAATAGAAACAATT
64 GTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
* * * ** * * *
15362352 CTTTTATGACAAAACAAATGGTAATAACAATTTAAAATAAACAATTGTTCAAATT
127 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * * * * * *
15362407 TTTATAACTAATTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
* * * * * * *
15362468 TAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTT--TTTCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTT
66 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATT
* * * * * *
15362531 TTA-CAGCAAAACAAAA--ACAT-TTGTTTTACAACA-AAAGGTCTTAATGATTTGAAATA
130 TTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTA-AA-ATAAA-----TAATTA-TTCAAATA
* * ** ** * *
15362587 G--ATAATTATTTGTAA-TAG-TC-AT-AAC-TATTTGAACTATTTCAAAAAATAGATTTAATTT
1 GTCATAACTATTTG-AACTTGTTCGATAAACATATTT--A-T-TTT--TTAAAT-CTTTTACTTA
* * * **
15362645 TTAAATCTCTT-ATTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATTATTTT-ATTATGAACAATTTT
58 TT-AAT-TGTTGA--AATATT---AATA--AAT---T-AATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTT
* * * * * * ** * * * *
15362708 GCATGAACAGAAACAATTGTTTAATTACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAACTG
109 GTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTA
* *
15362773 CTCAAATG
174 TTCAAATA
* * * * * * ** *
15362781 GACATGACTATTTGAATTTGTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA---T
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
* * * * * * *
15362843 T----T-TT-A-GAATTAATATTATTTT-ATTCCG-GTAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
66 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATT
** * * **
15362899 TTATGACAAAACAAAAGAACATAACT-ATTTGAAATAAATAATT-TTTAACCA
130 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * * * *
15362950 ATCATAGCTATTTGAATTTGCTT-GGTAAATAGATTTATTTTGTTAAATCTTTTACTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACATATTTATTTT-TTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * * * * *
15363014 TTTGGAATATGAATAAACTAGTGTTATTTT-ATTTCAAATATGCATT-TATGAACAAAAACAATT
64 GTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGC-TTGTATGAACAAAAACAATT
** *
15363077 GGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTACTT-AAATA
127 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTAAAATAAATAATTA-TTCAAATA
* ** * * * *
15363132 GTCATAACTATTT-AAATGTGTTTTATGACAAAATAGTCTTAACTATTTAAGT-TGGTTTGGCAA
1 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGAT-A-AACATA-T-TT-ATTTTTTAAATCT--TTT-----
** * * * * * * * ** * * *
15363195 ACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAA-GTT-TTGGAATATT-ATTAA-ATTAGTATT
53 ACTTATTAATTGTTGAAA--TATTAATAAATTAATATTATTTTAAT-TTGAATAAGCTT-GTATG
**** * * * ** * * * ** ** *
15363255 ATTTTAATCTGAATAAGTTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGAT-CATAA
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* * *
15363319 TGATTTGAGATA
171 TTA-TTCAAATA
* * * * *
15363331 G--ATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACCATTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA
1 GTCATAACTATT----T-G----AACT-TGTT---CGA-TA-A--ACAT--ATTTATTTTTTAAA
* * * * * * **
15363393 TC---T-CTTATTAATT-TTCAAAATATTAATAGATCAGTCTTATTTT-ATTCTAAATAATTTTG
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* * ** * * * * * * *
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110 TATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTA
*
15363517 TTCAAATG
174 TTCAAATA
* * * ** **** * *
15363525 GACATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAGGCATATTTA-TTTTTAAATGGCCTACCTATTACTT-T
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
* * * * * * * **
15363588 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAACTTGTGTGAATAGAAACAATTGC
66 T-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAT
* * * *
15363652 TTTATGACAAAAGAAAAGATCATAACT-ATATT-AAATAAATAATTGTTCAAACA
129 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGAT-TTAAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * * *
15363705 ATTATAACTATTTGAACTTACTTAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
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* * * * * **
15363769 TTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGT
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** * * * *
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* * * *
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1 GTCATAACTATTTGAACT-TG-TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * * *
15363948 TTTGGAATATTAAT-AATTTATATTATTTT-ATTCAGTATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTA
64 GTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTA
* * * * * *
15364011 TTTTATAATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
128 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * * * * * *
15364065 ATCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAGTT-T
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
* * ** * * * ** * * *
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* ** * **
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130 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * * *
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1 GTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
** * ** * *
15364309 GTCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAACAATTGT
64 GTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAT
* * * * *
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* * ** * * *
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1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-G
*** * * * *
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* * *** * *
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* * * * * * *
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1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
* ** * * *
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* * * * ** * *
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129 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
* * *** * * * *
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1 GTCATAACTATTTGA-ACTTGTTC-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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127 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * * ** * * *
15364966 GTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
* * * * * * *
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66 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATT
** * * * * * * *
15365091 TTACAACAAAACAAAATGACATAACGATTTGAAATAGATAATTAATCATATA
130 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * * * * * * * * * *
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1 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
* * * * * * *
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65 TTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAT-TA
** * * * * **
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128 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * * ** * *
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1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
** * * * * *
15365377 TTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAGGCTTATATG-ATAAAAACAATTGTT
65 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATT
* * * * * * * *
15365441 TTACGACAAAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAGATG
130 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * * ** *** * *
15365493 GCCGTAACCATTTTAA-TTGATTTAATAAAC-TAATTTATGTTTTT-AATCTCCAATTTCTTAAT
1 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAT-ATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * ** *
15365555 TTTTGAAATATTAATAAAGTAAT-TTTTTTTCGCAATTTTTGAA-ATA--TT-AATAAATTAATA
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** * * * * * ** * * ** ** *
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*
15365678 CATAA-C
176 CA-AATA
** * * *
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* * * * * *
15365744 TTTATTTTTTAAATTCCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTT
50 TTTACTTATT-AATT-GTTG---A-----------AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT
* ** * * * * *
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* * *
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164 TAAATAATTATTCAAATA
* * * * * * * *
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* * * ** * * ** ** ** * * * *
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* * * ** *
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128 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * *
15366070 GTCATAACTATTTGAA-TTGGTCTGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
* * ** * * * *
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* * * * * *
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*** * * *
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* * ** * * *
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* * * *
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* * *
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1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-T
* * * * * * * * *
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64 GTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTA
** * * * *
15366554 TTTTATGGTAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
128 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * * * * * *
15366608 GTCGTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCATATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTG
* * * *** * *
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65 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAT
** * * ** * * *
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* * *
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1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
** * * * * * *
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* * *
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129 TTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
* * *
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1 GTCATAACTATTTGAA
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TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
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** * * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * ** ** * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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*
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* * * * * * *
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*** * * ** *
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844 AATATTAATAAATTTA
* *
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* ** * * *
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* * ***
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*** * * * *
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* * * * *
15361666 TAAATAAGTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACT-TGTTCGATAAACATATTTA-TTTTAAAA
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* * * *
15361729 ATCTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAGTAAGCTTG
320 ATC---T-CTTATTAATT-TTCAAAATATTAATAAATCAATATTAATTTAATCCGACTAAGCTTG
* * *
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380 CATGAACAAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAAATAATTGT
* * * *
15361858 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTCA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATC-CTTCACTT
445 TCAAATAGACATAACTATTTAAACTTA-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCT-ACCT
* * *
15361921 TTTAATTGTCTA-AATATTCA-TAAATT-TTATTAGTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGA
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* * ** * *
15361983 AAAAATT-ATTTTATGACG-AAACAAAAGGTTAT-AGTGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATA
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* **
15362045 GTCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACTGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTACTAACTTT
632 GTCATAACTATTTAAACTTACTCGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTACTAACTTT
* * *
15362110 TGGAATATTAATAAATTAAAATTATGTTATTTCAAATAAGCTTGTACAAATAGAAATAATTATTT
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* *
15362175 TGTTACAAAACAAAAGGTCATAA
762 TATGACAAAACAAAAGGTCATAA
15362198 TGATTTGACA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (859 bp):
TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTC
AAAACAATTTCAAATAAAAAATTATTCAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAGAT
TCATTTTTTAAATCTCTTACTTAAATTTTTACAATATTAATAAATTAGTATTACTTTAATCAAAA
TAAGCCTATATGGAAAGAAACAATTGTTTTATGAAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAATAAA
TAAGTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTATTTCGATAAACAGATTTAGTTTTAAAATCTCT
TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAATATTAATTTAATCCGACTAAGCTTGCATGAACAAAA
ACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGACA
TAACTATTTAAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTTTTAATTTCTAGA
ATATTAGTAAATTAGTATTAGTTTAATTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGATTTTAT
GGTAAAAAAAGATTATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTAAACTT
ACTCGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTACTAACTTTTGGAATATTAATAAATTAA
AATTATGTTATTTCAAATAAGCATGTACAAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTC
ATAACTATTTAATGTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTACCTATTAATGTTTAGAA
TATTAATAAATTTA
Found at i:15362152 original size:361 final size:358
Alignment explanation
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Period size: 362 Copynumber: 15.5 Consensus size: 358
15361349 CAAAAAATAG
* * * * *
15361359 ATTTATTTTTAAAAT-TTTTACCTATTAATGTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * *
15361423 GGAATAAGCTTGTATGAGCAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
65 CGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * *
15361488 ATAAAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAATAGATTCATTTTTTAA
130 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTCA-TAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * *
15361552 AT-C-T-CTTGTTAATTTT-TACAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTG-AATAAGCCTA
194 ATCCTTACTTATTAATTTTCTA-AATATTAATAAATT-GTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTG
* * * * ** * * * *
15361612 TATGAGCT-TATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAAATAAGTA
256 TATGA-ATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * *
15361676 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAT
320 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC-T
* * * * * *
15361716 ATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATC
1 ATTTATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * *
15361781 CGAGTAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCAAAATGATTTAAA
65 CGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
*
15361846 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTCATAAACAAATTTATTTTTTAAA
130 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTCATAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * *
15361911 TCCTTCACTTTTTAATTGTCTAAATATTCATAAATTTTATTAGTTTAATTGAAATAAGCTTGTAT
195 TCCTT-ACTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTAT
* * *** *
15361976 GAATAGAAAAAATTATTTTATGACGAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGGTAATTGTTCA
259 GAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* *
15362041 AATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACT
324 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACT
* * ** * *
15362076 GATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTACTAACTTTTGGAATATTAATAAATTAAAATTATGTTATT
1 -ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* ** * * * * * *
15362141 TCAAATAAGCTTGTACAAATAGAAATAATTATTTTGTTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
64 TCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * ** ** *
15362206 CATATATTATTGTTC-AATCAGTCATAACTATTT-ACAC-T-GGTCAGGCCAACAGATTCATTTT
129 AATAAATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGA-ACTTATTTCA--TAAACAGATTTATTTT
* * ** * * * *
15362267 TTAGATCCGTTACTTATTAATTTTC-AGAATATTAATAAGTTAGCGTTACTTTATTTCAAACAAA
190 TTAAATCC-TTACTTATTAATTTTCTA-AATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTTGAAATAAG
* * * * * * * * * * *
15362331 ATCGCATCAATAGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAATGGTAATAACAATTTAAAATAAACAA
252 CTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAA
** * * * * * *
15362396 TTGTTCAAATTTTTATAACTAATTGAACTGGTTTGGTAAACAG
317 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC-T
*
15362439 ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTT-TTT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * *
15362499 CGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTACAGCAAAACAAAAACATTTGTTTTACAACA
65 CGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA-TG----------ACA--------A-AACA
* * * **
15362564 AAAGGTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTATTTGTAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTCA
110 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTC-
* * * * * **
15362628 AAAAATAGATTTAATTTTTAAAT-C-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATTAT
173 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAAT-TGTATTAT
* ** * * * * *
15362690 TTTATTATG-AACAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTAATTACAAAACAAAAGGTTATAAC
237 TTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC
* * * * * * * * *
15362754 AATTTGAAATAGATAACTGCTCAAATGGACATGACTATTTGAATTTGTTCGGTAAGCAA
301 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC-T
* * * *
15362813 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA---TT----T-TT-A-GAATTAATATTATTTTATTC
1 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * **
15362868 CG-GTAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAACATAACT-ATTTGA
65 CGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGA
* ** * * * ** ** *
15362931 AATAAATAATT-TTTAACCAATCATAGCTATTTGAATTTGCTTGGTAAATAGATTTATTTTGTTA
129 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTCATAAACAGATTTATTTT-TTA
* * * * * * *
15362995 AATCTTTTACTTATTAATTTT-TGGAATATGAATAAACTAGTGTTATTTTATTTCAAATATGCAT
193 AATC-CTTACTTATTAATTTTCT-AAATATTAATAAA-TTGTATTATTTTATTTGAAATAAGC-T
* * * * *
15363059 T-TATGAACA-AAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAAT
254 TGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * *
15363122 TACTT-AAATAGTCATAACTATTT-AAATGTGTTTTATGACAAAATAGTCTTAACT
318 T-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TG---T-T--C--GATA-----AACT
* * *
15363176 ATTTAAGTTGGTTTGGCAAA-CACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGGAATAT
1 ATTT-A-TT--TTT---AAATCTC--TTACTTATT-AA-----T--TT-TTAA-------AATAT
* * * *
15363240 TATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCTGAATAAGTTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGAC
41 TAATAAATTAATATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
15363303 AAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-CA
104 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
* * * * *
15363366 TTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAAT-C-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAGT
169 TTTCA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAAT-TGT
* ** * * * * *
15363428 CTTATTTTATTCT-AAATAATTTTGCATGAATAGGAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAAAGGT
232 ATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGT
* * * * * * **
15363492 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAGGCAT
295 TATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC-T
** * * * * *
15363557 ATTTATTTTTAAATGGCCTACCTATTACTTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC
1 ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
* * * * * * * *
15363621 TAAATAAACTTGTGTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAAGAAAAGATCATAACT-ATATT-
66 -GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGAT-TTG
* * * * *
15363684 AAATAAATAATTGTTCAAACAATTATAACTATTTGAACTTACTT-AGTAAACATATTTATTTTTT
128 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTCA-TAAACAGATTTATTTTTT
* * * *
15363748 AAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTG-AATATGC
192 AAATC-CTTACTTATTAATTTTCT-AAATATTAAT-AAATTGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGC
* * ** *
15363811 TTGTATGAACA-AAAACAATTGGTTTATGACAAAATGAAAGGTTATAACTATTTGAAATAGATAA
253 TTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAA
*
15363875 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAA-T
317 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TG-TTCGATAAACT
* * ** *
15363916 AGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTACTAATTTTTGGAATATTAAT-AATTTATATTATTTTA-
1 --ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * *
15363978 TTCAGTATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATAATAAAATAAAAGGTCATAATGATTT
63 TTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * *
15364043 GAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATAGATTCATTTTT
127 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTC-ATAAACAGATTTATTTTT
* * * *
15364107 TAAATCTCTTACTCATTAGTTTTC-AGAGTATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTG-AATAAG
191 TAAATC-CTTACTTATTAATTTTCTA-AATATTAATAAATT-GTATTATTTTA-TTTGAAATAAG
* * * * * * *
15364170 CCTATATGAACT-GATATAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGGTA
252 CTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATA
* * * *
15364234 ATTATTCAAATAG-CTATGACTATTTAAACTTGTTC-AGGAAACAT
316 ATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAAC-T
* * * *
15364278 ATTTATTTTTAAAATCT-TCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAAT
1 ATTTATTTTT-AAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * * * * *
15364342 CCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAACAATTGTGTTATGACAACAC-AAAGAGTCATAACGATTTA
64 TCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAATGATTTG
* * * * *
15364406 AAATAAATATTTTTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTT-TTTCCTTAAACAGATTTATATTTT
128 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTT-CATAAACAGATTTATTTTTT
* * * * *
15364470 AAATCTTTTACTTATTAATTATT-TGAATGA-TAATAAATTTGCATTATTTTAATTGAAAAAAGC
192 AAATC-CTTACTTATTAATT-TTCTAAAT-ATTAATAAA-TTGTATTATTTTATTTGAAATAAGC
* * * * ** * **
15364533 TTGTAGGAATAGAAAAAGTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATGATGATTTAAAATAGGCAAT
253 TTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * *
15364598 TCTTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAA
318 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC-T
* * * * *
15364640 ACTTAGTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATGTTATT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATT
* * * * * * * * ** *
15364704 CCCAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAATGTTCATAACAATTTAA
64 TCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * ** * *
15364769 AATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT-ACAC-TA-GTCAGGCCAATAGATTCATTTTT
129 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTATTTCA--TAAACAGATTTATTTTT
* * * *
15364831 TAAATCTGTTACTTATTAATTTT-TAGAATAATAATAAATTAGCATTACTTTATTTCG-AATAAG
191 TAAATC-CTTACTTATTAATTTTCTA-AATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTT-GAAATAAG
* * * * * *
15364894 ATTGTATCAATAGAAATAATTGTTTTATGAC--AA-AAAA-GTCATAACGATATGAAATCA-ATA
252 CTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT-AGATA
* * * * * * **
15364954 ATTGTTTAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGCAAA-T
316 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACT
15364996 AAATTTATTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-
1 --ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * ** * * *
15365056 TTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTACAACAAAACAAAATGACATAACGATTT
63 TTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* ** * * * * * * * * *
15365121 GAAATAGATAATTAATCATATAGCCTTATCTATTTGAA--TAGGTTCAACAAATAAATTTATATT
127 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTC-ATAAACAGATTTATTTT
* * * * *
15365184 TTGAATCTCTTAATTATTAATTTTC-ATAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTCG-AATAAG
190 TTAAATC-CTTACTTATTAATTTTCTA-AATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTTGAAATAAG
* * * ** ** * *
15365247 CTTGTATGAACATAAATAATCT-TTTTATGACAAAACAAAAAATTATAATGACTTGAAATATATA
252 CTTGTATGAATAGAAAAAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATA
* * * *
15365311 ATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAGCTAGTTC-AGTAAA-T
316 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACT
* * * * ** *
15365353 A--GA----T-AATCTCCTACTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTT
1 ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
* * * * * *
15365411 GAATAGGCTTATATG-ATAAAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAA
66 GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * *
15365475 TAGATAATTGTTCAGATGGCCGTAACCATTTTAA-TTGATTTAATAAACTA-ATTTATGTTTTT-
131 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTCATAAAC-AGATTTAT-TTTTTA
** * * * * **
15365537 AATCTCCAATTTCTTAATTTT-TGAAATATTAATAAA--GTAATT-TTTT-TTCGCAAT--TTTT
193 AATC-CTTACTTATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTGT-ATTATTTTATTTGAAATAAGCTT
* * * * * *** * **
15365595 GAAATATTAATA-AATTAATATTATTTTTATTTTGGA-TAAGCTTTTATGAAATGAAACAA-TTG
255 G---TATGAATAGAA--AA-A--ATTGTT-TTAT-GACAAAAC-AAAAGGTTAT--AACAATTTG
*** ** * *
15365657 TTTTATGATAA---AACAAA-AGGTCATAACGATTTTAATATGGTAA-TTGTTCAAATAGTCATA
307 AAATA-GATAATTGTTCAAATA-GTCATAAC-----T-AT-TTG-AACTTGTTC---GA-T-A-A
15365717 ACT
356 ACT
* * **
15365720 ATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTCCTTGCTTATTAATTTTTTGAATATT
1 ATTT--A--T-TTT--T--A-A-A--T---------C-T-CTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * ** * *
15365785 AATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAA
42 AATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * * *
15365850 ACAAAAAGTCAAAACGATTTG-AA-AGATAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTGAA-TGAGTT
107 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TT
* * * * **
15365912 T-AGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAAATATTATTAGTTTAGT
171 TCA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATT-GT
* * ** ** * *
15365975 AATATTTTGCTCCG-AATAAATTTGTAT-AGATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGAT
232 ATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * ** * * *
15366037 CATATCAATTTGAGTTATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTCTGATAAACA
295 TATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAAC-
*
15366101 A
358 T
*
15366102 ATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
** * * * * * * *
15366162 CTGAATAATTTTATATGAATAGAAACAATTGTTTAATGACAAAACAGAAGATCATAACGATTTGA
65 C-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * *
15366227 AATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCA-CTCAGTTAACAGATTTATTTTTTA
129 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTCA-TAAACAGATTTATTTTTTA
* * **
15366291 AATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTC
193 AATC-CTTACTTATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTTGAAATAAGCT-
* * * * **
15366355 T-TATGAATACAAACAGTTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
254 TGTATGAATAGAAAAAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAAT
*
15366418 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGA-AAACAT
318 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAAC-T
* * * ** * * *
15366460 ATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTAATAATCTTTGGAGTATTAGTAAATTTATATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * ** *
15366524 -GAAATAAGCTTGTCTAAATAGAAACAATTGTTTTATGGTAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGA
65 CG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * ** * * *
15366588 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCATATTCATTTTTTAA
129 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTCATAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * *
15366653 ATCTCTTACTCATTAATTTTTTGAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTG
194 ATC-CTTACTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTG
* * * ** * ** **
15366717 TATGAATTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAGAAGGCCATAACAATTTGAAATAGATAATTAA
256 TATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * *
15366782 TCAAATAATTATTACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAT
321 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC-T
* **
15366821 ATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-
1 ATTTA--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * *
15366885 ATCTGAATAAGGTAGTGTGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAACAAAAGGTCATAATAATT
63 TTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * *
15366950 TGAAATAAATAATTATTGAAATAGTTAGAATTATTTGAAATTA-TTCAGTAAACA
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15367004 AAATTGAAAT
Statistics
Matches: 4083, Mismatches: 869, Indels: 664
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
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346 36 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTCATAAACAGATTTATTTTTTAAAT
CCTTACTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA
ATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACT
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** * * ** *
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* * * ** * * ** * *
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* ** ** * * * *
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257 AAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGC-TTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
* *
15363092 AAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTACTT-AAATA
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*
15363132 GTCATAACTATTT-AAATGTGTTTTATGACAAAATAGTCTTAACTATTTAAGTTGGTTTGGCAAA
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* * ** *
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43 TA-A---A-----T---TC-C-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * *
15363450 TGCATGAATAGGAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
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*
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* * * ** * * * *
15363525 GACATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAGGCATATTTA-TTTTTAAATGGCCTACCTATTACTTTT
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* * * * *
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* * *
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130 TATGACAAAA-AAAAGATCATAACTAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT
* * * * **
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* * * * * * **
15363782 AAAATAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAATG
257 AAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACA
*
15363847 AAAGGTTATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
322 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** *
15363886 GTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTACTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTCCTACTTATTAATTTT
** * * * *
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* * *
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* * * * * *
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192 TGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAAT
* * * * *
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257 AAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACA
* * *
15364207 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATA
322 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
15364246 G-CTATGACTATTTAAACTTGTTCAGGAAACATATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTAATTG
1 GTC-ATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TCCTACTTATTAATTT
* * * * ** * *
15364310 TCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAAACAATTGTG
64 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTT
* * * * * * *
15364375 TTATGACAACACAAAGAGTCATAACGATTTAAAATAAATATTTTTTCAAATAATCATAACTATTT
129 TTATGACAAAAAAAAGA-TCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT
** ** * * * *
15364440 GAACTTTTTCCTTAAACAGATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATT-TGAATGA-TAA
193 GAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTCAGAAT-ATTAA
* * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * *
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1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAAT-TCCTACTTATTAATTT
* * * ** *
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* * * * * * *
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** * * * *
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* * * * *
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256 TAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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** * ** * ** * *
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** * * * * * *
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* * * *
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** * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *** * *
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* * * * ** * * *
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* * ** * * **** ** *
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* * ** * * * ****
15365630 ATAAGCTTTTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAA-AGGTCATAACGATT-TT-A
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*
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* * *** *
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* ** * * * *
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48 TCC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAT
** * * *
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* * * * *
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* * * ** * * ** ** ** *
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239 AATTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAATA
* * * ** * *
15366013 ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATATCAATTTGAGTTATATAATTATTCAAATA
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* *
15366070 GTCATAACTATTTGAA-TTGGTCT-GATAAACAAATTTAGTTTTTAAA-T-CT-CTTATTAATTT
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* ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
15366260 GAACTCA-CTCAGTTAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATTTTAA
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* *** * * * *
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* * * * ** * *
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** * * *
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** * * * *
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* ** ** * * * ** *
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* * * *
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GTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
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* * *
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*
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** ** * * ** * * **
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* * * * * *
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* *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *** * * * * *
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* * ** * * *
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* * ** * *
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* * * *
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** * *
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*
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* *
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* * * * *
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* *
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* *
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515 AACAATTATC-TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAC-AATTGTTTCTATTCA
*
15370956 TA-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
578 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * ** * *
15371020 TTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAGTAAACTCAAATAACTATGACTGTTTGAACAATT-TTTA
643 TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATA
* * * *
15371084 TTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGCCATAAAACAGTTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTT
707 TTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TATTCATACAAGTTTATTT
* * * *
15371149 GGAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTCTGCAAATTGATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAA
771 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTA-GAGATTTAAAAAATAAA
* * *
15371214 TTTGTTTACTAAACAAGTTCAAGTAGTCATGTCTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCA
835 TTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA
* * * * * *
15371275 TTATGACCCTTTATTTTGTCATAATATAGTTGTTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAAT
* ***
15371340 AATACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCCGTTTATC
66 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATATATTTATC
* * ** * * * * *
15371401 AAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATTTTTATCTATCTCAAATCATAAAGATCTTTTAT
130 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTT-G
* * ** * *** * * *
15371466 TTTCTCATACAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATGATACTAATTTAAT
193 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * ** *
15371531 AATATTTTGAAAATTAACAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAACCAGTTCAAAT
258 AATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAAT
* * * * * * *
15371596 AGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACA
323 AGTTATGACTATT-TAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACA
** * * * *
15371661 ATCATTT-TAGTTCATACATGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAA
387 ATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATA--AATTTATTAATATTCCAAAAA
* * *
15371725 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAACTTGTTTAT-TGAATAAT-TTCAAATAGATATGACT
448 TTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATCTGAA-CATGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
15371788 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTTTGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-A
510 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTA
* ** * * * *
15371852 GTTAATA-AAATTTTTTTGGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAGTTATTAAGT
574 -TTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * **** *
15371916 AAGAGATTTCAAAACTAAAGT-TGTTTTTTTAAAGC-AATTCTAATAGTTA-GAACTATTTGAAC
637 AAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTG--TTTACCGAGCAAATTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAAC
* * * *
15371978 AAGTATCA-ATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTATCATAC
698 AATTAT-ATATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAT-TCATAC
* *
15372041 AAGTTGATTTGG-ATACAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTTGAAAATTAAT-A--AGAGATT
761 AAGTTTATTTGGAATA-AAATAATACTAATTT-ATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAGAGATT
* * * ** * * * *
15372101 TAAAAAATAAATGTGTTT-GTGAATTAGTTCAAATAGTTAAGAT-TATTAGAATAATTATCTATT
824 TAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG-TCTATTTGAACAATTATTTATT
*
15372164 TCAAATCG
888 TCAAATCA
* * * * * *
15372172 TTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTTATACAATCTTATTCGAAAGAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAA
* * * * * *
15372236 TAATACTAATTTATTAA-CTTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTCGAAAAAAATAAATCTATTT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT---TAAAAATAAATATATTT
* * * * * **
15372300 A-CTGAACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAAATT
127 ATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTT
* * * * * *
15372364 TTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTT
190 TTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * **
15372429 ATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAATCA-ATTTACTAAATTAGTTC
255 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATATTTACTAAACAAGTTC
* * * * * *
15372493 AAATAATTATGGCCATTTAAGTAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCATAA
319 AAATAGTTATGACTATTTAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAA
* * * *
15372558 AACAGTTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
383 AACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAAT
15372599 TGTTAGTACC
Statistics
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0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
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894 3 0.00
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AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATATTTATCA
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATATTATGACCTTTTGTTT
GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGT
TATGACTATTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
TAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
TATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
ATAAATCTGTTTACCGAGCAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATA
GTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTA
AACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA
Found at i:15371695 original size:539 final size:536
Alignment explanation
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Period size: 538 Copynumber: 11.7 Consensus size: 536
15367656 AACAAAATTG
* ** *
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* * * * *
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** * * * * *
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130 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
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** * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * ** * *
15368050 TAAAATAATTGAATCTGTTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAAGA-TAAATTTATTAAAAT
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* * * *
15368113 TTCAAAAATTAATAACTAAAAATTTAAAAGAT-AATATGTTT-TCTGAACACGTTCAAACAGTTA
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* *
15368176 TGACAATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCA
505 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * *
15368208 TTATGATAATTAGTTTTTTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCCTATTTGGAATAAACT
1 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * *
15368273 AATGCTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAATCTGTTTAA
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* * ** *
15368337 C-AAGCAAGTTCTAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGATCTTTT
130 CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * *
15368401 GTTTTGTCATAAAATAATCGTTTATA-TTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT
194 GTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
15368465 ATTATTATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTAAAAAAACAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCA
258 ATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGGTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCA
* * * * *** * * * * * *
15368530 AATAGTCATGTCCATTTAAACTGCTATCTGTTTCAAATCTTTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAA
322 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAA
* * * * * * *
15368595 ATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAAAAAATACCAATTCATTACTATTTCAC
387 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * *
15368660 AAATTAATAAG-GA-TTCAAAAATAAATGTGTTT-TCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATT
451 AAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAAT-TGTTTAT-CAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * *
15368722 AGAACAACTCTCTATTCCAAATTA
513 TGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * ** * * * * * *
15368746 TTCTAATATTTTGTTTAGTAAAAAAATAATTACTT-TAGTTTATACATGGTTATTCGAAATATAA
1 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* ** *
15368810 TAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAA-A-TT-AAAAA-AAATCTATTTA
65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * *
15368871 TCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTT
129 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TT
* * *** * * * * * * * * **
15368935 TTATTTTA-TCATAAAACAACCATTTCAATACATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATACTATTTCT
192 TT-GTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
15368999 TTATTAATATT-TCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTAG-TTAATCAA-ATTA
256 TTATTAATATTCT-AAAAATTAAT-AGGTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACA--A
* * * *
15369061 GTTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTTATTTTG
317 GTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG-ACCTTTTATTTTG
* * ** *** *** *
15369125 TCATAAAGCAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTACTAATA
380 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * ** * * * * *
15369190 TTTCAAAAATTAGTAAGTAAGGGATTTAAAAACTTAACCTATTTACCGAACCAGTTTAAATTGTT
445 TTTCAAAAATTAATAAG-AA---ATTTAAAAA-ATAAATTGTTTATC-AAACAGTTCAAATAGTT
* * * * * *
15369255 CTAACTATTTGAATAATTATATATTTCGAATTA
504 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * * *
15369288 TTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAATAATTATTT-TGCTTCACACAAGTTTATTCGAAATAAAA
1 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * ** * * * *
15369352 TAATACTAATATAATAGTATTTTGTAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGC
65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
** * * * * * * * *
15369417 TAAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTA
130 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * *
15369482 TTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCAGTTCTTAC-TAACTTATTCGGAATAAAATAA-AGC--A--
195 TTTAGTCATAAAATAATTGTTTT-AGTTCATACAT-GCTTATTTGAAATAAAATAATA-CTAATT
* * *
15369540 TATT--TA-T-T---AA-T-AT---T---TA-TTAAAAAA-AAATTTGTTTGCCT-AACTAGTTC
257 TATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACTGAACAAGTTC
* * * * * *
15369587 AAATAATTATGATTATTGGAACAATGATCTATTTAAAATCGTTATGACCATTTATTTTGTCATAA
321 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAA
* * *
15369652 AACAAATGTTTTTGTTCTATCATAAAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAA
386 AACAATTGTTTCTG---T-TCAT---ACAAA-A------TT-AT-TCA--------A-AATAAAA
* * * *
15369717 TAATATTAATTTATTAAGATTTTAAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATAAGTTTA-
426 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT---AA-TAAGAAATTTAAAAAATAAAT-TGTTTAT
* ** * * *
15369781 CTAAACTAGTTCAATTAGCCAT-AGCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTA
486 C-AAAC-AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
15369834 TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AGTTTTATTTGGAATAAAG
1 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTGGAATAAAA
* * * * * **
15369898 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAGTGAATCTATTGGC
65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * **
15369963 CTG-ACCAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
130 C-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * ** * * * *
15370027 GTTTTA-TCACAAAATAATTGTTTTTGTTTGTACCA-ACTTATTTGAAATAACATAATTCTATTT
194 G-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATA-CATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * ** *
15370090 TATTAATATTCTAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGCTTACCGAATGAGTAC
257 TATTAATATTCTAAAAATTAATAGGT-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTC
* * * ** * *** * *
15370155 AAACAATTATAACTATTTGAATGATTATTTATTTAAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
321 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAA
* * * *** * * *
15370220 AACAATT-TTTTTAATTCACACATGCTTATTTC-AAATATAATTATACAAATTTATTAATA-TTC
386 AACAATTGTTTCT-GTTCATACAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * *
15370282 AAACAACTAATAAGTAAAATTTCAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATAAGTTCACAGAGTTATGA
449 AAA-AATTAATAAG--AAATTT-AAAAAATAAA-TTGTTTATCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGA
* *
15370347 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTCA
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* * * * *
15370376 TTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATGAGACAATTGTTT-TCTTCATACAAGCCTATTTGGATTAAAA
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* * * * *
15370439 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAATAAATATATTTAT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * *
15370503 CGAGCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTGTTTCAAAT-GTTATGACCTATTG
130 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * ** *
15370567 TTTGGTCATAAAATAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCAAAAT-AAAT-ATCACAAATTTA
195 TTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAAT-ACTAATTTA
* * * *
15370630 TTAGTATTCTAAAAATTAAT-GAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATATGTTTACTAAACAAGTTC
259 TTAATATTCTAAAAATTAATAG-GT-AGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTC
* * *
15370694 AAATAGTAATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAA
321 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAA
* * ** ** * *
15370759 ATCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAAT--TAAATTTATTCATATTCCA
386 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCA
* * * * * * *
15370822 AAATTTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAATTTTTTTTTCTTAACATGTTCAAATAGTTCTAACT
450 AAAATTAATAAG---AAATTTAAAAAATAAATTGTTTATC-AAACA-GTTCAAATAGTTATGACT
*
15370887 ATTTGAACAATTATCGT-TTTCGAAT-A
510 ATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCA
* * *
15370913 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATCCATA-AAGCTTATTTGAAATAAA
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*
15370976 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTT
* ** ** ** * * **
15371041 ACTGAGTAAACTCAAATAACTATGACTGTTTGAACAATT-TTTATTTCAAAT-AGTTATGATATT
128 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTT
* * * * * * * *
15371104 TTGTTTTGCCATAAAACAGTTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTACT
192 TTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
** * *
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256 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTA-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTT
* * * * * *
15371233 CAAGTAGTCATGTCTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCCTTTATTTTGTCATA
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* * * * *
15371298 ATATAGTTGTTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTA
385 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * *
15371363 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCCGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATT
450 AAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATT
*** *
15371428 TGAATTTTTATCTATCTCAAATCA
513 TGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
15371452 TAAAGATCTTTTATTTTCTCATACAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAAT
1 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * * * *
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66 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * * *
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131 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* ** * *
15371647 TTAGTCATAAAACAATCATTTTAGTTCATACATGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATT
196 TTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * *
15371712 AACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAACTTGTTTATTGAATAATTTCAAA
261 AATATTCTAAAAATTAATAGGT-AGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAA
* ** * **
15371777 TAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTTTGACCTTTCGTTTTGTCATAAAAC
324 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAC
* * * * * ** *
15371842 AATTATTTCAGTTAATA-AAATTTTTTTGGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAA
389 AATTGTTTCTGTTCATACAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * * *
15371906 GTTATTAAGTAAGAGATTTCAAAACTAAAGTTGTTTTTTTAAAGCAATTCTAATAGTTA-GAACT
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* * * *
15371970 ATTTGAACAAGTATCAATCTCAAATCG
510 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* *
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1 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTT-ATTTGGAATA-A
* *
15372058 AATAATACTAATTTCA-TAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATGTGTT
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** ** * * * * * *
15372118 T-GTGAATTAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTT
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* * *
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* ** * * *
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* * * ** ** *
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* *
15372373 ATAAAACAATTGTTTCTGTTC--ACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATA
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** * ** * *
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445 TTTCAAAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATC-AAA-CAGTTCAAATAGT
* * *
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* * ** * * * **
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1 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* ** * * *
15372598 TTGTTAGTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGAACATACAAGTTTATTTGAGATAAA
65 ----TAATA-C--T--AATT-T-AT----TAA-TATTTT--A-A-A-AA--TTA-ATAAG-TAAA
* * * ** ** * **
15372663 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTA--GTACAAGATTCAAAAAATAAATATGTTTACC
105 A-GAT-TTAA---A-AAATAAATC--TGTTTACCGAACAAG-TTC---AAATAGTTATG---A-C
* * *
15372726 ATATAAGTTCAA-ATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTAATTGTTATAACCTTTTGTTC
154 -TAT---TTGAACA-A-TTAT-C-TATTT---CAA--ATC-ATT-A-TG-----ACCTTTTGTTT
** * * * ** * *** * * *
15372790 CATCAAAAAACAATTATTTTTATTCATATAAATTTA-TTCAAATAAAATAATACTAAATTAATAA
198 AGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * * * *
15372854 TATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTTAAAAAAATAAATTTATTT-GTCAAACTAGTTCAAA
263 TATTCTAAAAATTAATAGGT-AGAGA-TTT-AAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTTCAAA
* * * * * * ** * * *
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324 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAC
* *** * ** * * *
15372983 AATTATTTCAACTCATCCAAGTTTATTCATAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAA
389 AATTGTTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * ** * *
15373048 TTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACCAAATCAAATAATTATAACTATT
454 --T-TAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAA-TTGTTTATC-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* **
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513 TGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
15373137 TTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
1 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * * * * * * *
15373202 AATATTGATCTAATAATATTTTGATAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCC
66 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * * * * * * * *
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* ** ** * * * * *
15373331 TTTTA-TTGTAAAATAATT-TTTTCAACTCTTAC-TAACTTATTCGGAATAAAATAA-ATTGAAT
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* * **
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256 TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAGGT-AGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTA-CTGAAC-A
* * * * ** * *
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316 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT
** * * * * * *
15373518 CATAAAACAAAAGTTTTTGTTCATATAAATTTGTTCAAAATAAAACAATATTAATTTATTAATAT
381 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * ** * *
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* * **
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* * * * * * * * * * * * *
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* * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * **
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* ** *** * *
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384 AAAACAATT
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GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA
TTGTTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
AATAAGAAATTTAAAAAATAAATTGTTTATCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
TATCTATTTCAAATCA
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15372528 AAATCATTAT
* *
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15372603 AG
66 AG
* * * * *
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AG
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* *
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* * * *** *
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* * * * * * *
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* * *
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195 AATTGTTTTAGTTTATACAATCTTATTCGAAAGAAAATAATACTAAATTAATAACTTTTAAAAAT
* * * *
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260 TAATAAGCAAGAGATTCGAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAATTCAAACAGTTAAGAACAT
* * ***
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* * **
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** ** ** * *
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520 TTTCAAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAGTTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTT
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585 AAAATAAAATTGTTAGTAC
*
15372608 CTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTGAACATACAAGTTTATTTGAGATA-AAATAATACT
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*
15372671 AATTT-ATTAATA-TTTCAATAATTAGTACA-AGATTCAAAAAATAAATATGTTTACCATATAAG
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* *
15372733 TTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTA-TT-AATTGTTATAACCTTTTGTTCCA-TC
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* *
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* ** * * * *
15372854 TATTCTAAAAATTCATAA-CTAAGAGATTTTAAAAAAATAAATTTATTT-GTCAAACTAGTTCAA
250 T-TT-TAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTCGAAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACAAATTCAA
* * * * *
15372917 ACAGTTAAGAATATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AATCTTTTATTTTGTTATAAA
311 ACAGTTAAGAACATATGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAA-ATTTT-GTTTGTCATAAA
* * * *
15372981 ACAATTATTTCAACTCATC-CAAGTTTATTCATAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAA
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* * ** *
15373045 AAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-TCGAACCAAATCAAATAATTATAAC
438 AAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAATCAATTTACT-AAACCAAATCAAATAATTATAAC
*
15373109 TATTTGAA-CAATTATATATTTCAAAT
502 CATTT-AAGCAATTATATATTTCAAAT
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Consensus pattern (603 bp):
CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGAACATACAAGTTGATTTGGATACAAATAATACTAA
TTTCATAATATTTTCAAAATTAATAAGAGATTCAAAAAATAAATATGTTTACCAATAAGTTCAAA
TAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAATCGTTATAACCTTTTGTTCAGTCAAAAAACA
ATTGTTTTAGTTTATACAATCTTATTCGAAAGAAAATAATACTAAATTAATAACTTTTAAAAATT
AATAAGCAAGAGATTCGAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAATTCAAACAGTTAAGAACATA
TGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAAATTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCA
CAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
TTCAAAAAATAAATCAATTTACTAAACCAAATCAAATAATTATAACCATTTAAGCAATTATATAT
TTCAAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAGTTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTA
AAATAAAATTGTTAGTAC
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Indices: 15372595--15374073 Score: 1019
Period size: 181 Copynumber: 8.3 Consensus size: 181
15372585 ATTTAAAATA
** * * * * *
15372595 AAATTGTTAGT-ACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGA-ACATACAAGTTTATT-TG
1 AAATTGTTA-TAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATATAAATTTATTCAG
* * * *
15372656 AGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAGT-AC--A-AGATTCAAAAAATAAAT
64 A-ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
15372717 ATGTTTACCATA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTA-TT-
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* ** * *
15372769 -AATTGTTATAACCTTTTGTTCCATCAAAAAACAATTATTTTTATTCATATAAATTTATTCA-AA
1 AAATTGTTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTCAGAA
* * * *
15372832 TAAAATAATACTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTTAAAAAAATAAAT
66 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAACTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAAT
* * * * * * * *
15372896 TTATTTGTCAAACTAGTTCAAACAGTTA-AGAATATATGAATAATTATCTATTTC
128 TTATTTGCCAAACCAATTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * ** * *
15372950 AAATTGTTATAATCTTTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTCAACTCATCCAAGTTTATTCATAA
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* * *
15373015 TAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
66 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
** * * *
15373080 TTTATCGAACCAAATCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTC
131 TTTGCCAAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * ** *
15373131 AAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAA
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* * * ** * *
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* * * * *
15373261 TTTGCCAAACCACTTTAAATAATTA-AGGCTATATGAACACTTATCTATTTC
131 TTTGCCAAACCAATTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * ** * * * * * * *
15373312 AAATAGGTATGACATTTTATTTTATTGTAAAATAATTTTTTCAACTCTTACT-AACTTATTCGGA
1 AAATTGTTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATA-TAAATTTATTCAGA
* *
15373376 ATAAAATAA-ATTGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAT-AATG
65 ATAAAATAATATT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* * * * *
15373439 TTGTTAGCCAAACTAATACAAATAATTATGAA-TATTTGAACAATTATCTATTTT
128 TTATTTGCCAAACCAATTCAAATAATTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
15373493 AAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-AAGTTTTTGTTCATATAAATTTGTTCAAA
1 AAATTGTTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTA-TTTCTATTCATATAAATTTATTCAGA
* * ** *
15373557 ATAAAACAATATTAATTTATTAATATCTT-GAAAATTAATATTTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
65 ATAAAATAATATTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * *
15373621 TATTTGCCAAACCAATTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTC
129 TATTTGCCAAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
15373674 AAATTGTTATAACCATTTATTTTATGATAAAACAATTATTTTTGTTCATAT-AGTCTTATTC-G-
1 AAATTGTTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAAT-TTATTCAGA
* ** * * * *
15373736 ---AAATAA-AGTAA--TGCT-A-ATTT--AAAATTAATAAATAATGA-ATTTAGAAAATATATC
65 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAA-GAGATTTAAAAAATAAATT
* * ** * * * * * * * *
15373790 TGTTGGCCTGACCAGTGCAAACAGTTATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTC
129 TATTTGCCAAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * **
15373843 -AATTCATTATGACCTTTTGTTCTGTCACAAAACAATTATTTTTGTTCAT-TCAAGCTTATTC-G
1 AAATT-GTTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAT-AAATTTATTCAG
* * * * *
15373905 AAATAACATAAT-TCTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAACAAGTAAG-GAATTTAAAAAATGA
64 -AATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAG-ATTTAAAAAATAA
* * * **
15373968 ATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTC
126 ATTTATTTGCCAAACCAA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
15374024 TAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTATCTATGCATA
1 AAATTGTTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATT-TCTATTCATA
15374074 CAAGCTTATT
Statistics
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AAATTGTTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTCAGAA
TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
TTTGCCAAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
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15372611 TCGTTTTGTC
* * * *
15372621 ATAAAACAATTATTTTGAA--CATACAAGTTTATT-TGAGATAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 ATAAAACAATTA-TTTCAACTCATCCAAGTTTATTCT-A-ATAAAATAAAATTAATTTATTAATA
* * * * * *
15372683 TTTCAATAA--T-T-AGTACA-AGATTCAAAAAATAAATATGTTTACCATATAAGTTCAAATAGT
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* * * *
15372743 TATGACTATTTAAACAATTATCTA-TT-AATTGTTATAACCTTTTGTTCCATCAAAAAACAATTA
124 TATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTA
* * * * *
15372806 TTTTTATTCATATAAATTTATTCAAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTCATA
189 TTTTTGTTCATATAAATTTATTCAAATAAAATAATA-TTAATTAATAATATTTTGAAAATTAATA
* * * * *
15372871 ACTAAGAGATTTTAAAAAAATAAATTTATTTGTCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGAATATATGAA
253 ACTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAA
* * *
15372936 TAATTATCTATTTCAAATTGTTATAATC-TTTTATTTTGTT
316 CAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCATTTTATTTTATT
15372976 ATAAAACAATTATTTCAACTCATCCAAGTTTATTCATAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTATTTCAACTCATCCAAGTTTATTC-TAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATT
*
15373041 TCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACCAAATCAAATAATTAT
65 TCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-TTTA-CCAA-CAAATCAAATAATTAT
* *
15373106 AACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATT
127 AACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATT
* * ** * * *
15373171 TCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTGATCTAATAATATTTTGATAATTAATAA
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* * * * * *
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254 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAA
* * *
15373301 TTATCTATTTCAAATAGGTATGA-CATTTTATTTTATT
319 TTATCTATTTCAAATTGTTATAACCATTTTATTTTATT
* * * * * * *
15373338 GTAAAATAATTTTTTCAACTCTTACTAA-CTTATTCGGAATAAAAT-AAATTGAATTTATTAATA
1 ATAAAACAATTATTTCAACTCAT-CCAAGTTTATTC-TAATAAAATAAAATT-AATTTATTAATA
* * * *
15373401 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAT-AATGTTGTTAGCCAAACTAATACAAATAAT
63 TTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTA-CC-AACAAAT-CAAATAAT
* * *
15373465 TATGAA-TATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-
124 TAT-AACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAAT
* * * * *
15373528 AAGTTTTTGTTCATATAAATTTGTTCAAAATAAAACAATATTAATTTATTAATATCTTGAAAATT
187 TA-TTTTTGTTCATATAAATTTATTC-AAATAAAATAATATTAA-TTAATAATATTTTGAAAATT
** * * *
15373593 AATATTTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACCAATTCAATTAGTTATA-ACTATTT
249 AATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTA-AGACTATAT
* *
15373657 GAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCA-TTTATTTTATG
313 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCATTTTATTTTATT
**** * * **
15373700 ATAAAACAATTATTTTTGTTCAT--ATAGTCTTATTC----GAAAT-AAAGTAA--TGCT-A-AT
1 ATAAAACAATTATTTCAACTCATCCA-AGT-TTATTCTAATAAAATAAAATTAATTTATTAATAT
* * * * * ** * * * * *
15373754 TT--AAAATTAATAAATAATGA-ATTTAGAAAATATATCTGTTGGCCTGACCAGTGCAAACAGTT
64 TTCAAAAATTTATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTACC-AACAAAT-CAAATAATT
* * * * * * * * *
15373816 ATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAATTCATTATGACCTTTTGTTCTGTCACAAAACAATTA
125 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATT-GTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTA
** * * **
15373881 TTTTTGTTCAT-TCAAGCTTATTCGAAATAACATAAT-TCTAAATTATTAATATTTCAAAAATTA
189 TTTTTGTTCATAT-AAATTTATTC-AAATAAAATAATAT-T-AATTAATAATATTTTGAAAATTA
* * * * * * * *
15373944 ACAAGTAAG-GAATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTT
250 ATAACTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATAT
* * * * *
15374007 GAACAATTATCTATTTCTAATTGCTATAACC-TTTTGTTTTGTC
313 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCATTTTATTTTATT
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1 ATAAAACAATT
15374061 TTATCTATGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (356 bp):
ATAAAACAATTATTTCAACTCATCCAAGTTTATTCTAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTACCAACAAATCAAATAATTATAACT
ATTTGAACAATTATCTATTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGT
TCATATAAATTTATTCAAATAAAATAATATTAATTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAG
ATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTA
TTTCAAATTGTTATAACCATTTTATTTTATT
Found at i:15374574 original size:180 final size:180
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15374093 TTTACTAAAT
* * ** *
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* * * * * * * *
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** * * * *
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128 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
* * * * * * * *
15374282 AAGTTTAAATAGTAATAACTATTGGAATAATTATCTATTTCAAATCCTTA-AATCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * ** * *
15374346 TCATAAAAAATTGTATCA-ATTCAGATAGGCTTATCCAAAATAAAAATAATACTAACTTATTAAT
66 TCATAAAAAATTGT-TTATATTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
15374410 ATTCCAAAAACTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTACCGAAC
129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
*
15374462 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
15374527 TCATAAAATATTGTTTATGTTCATAGAAGCATATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATA
66 TCATAAAAAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * * * * * *
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130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAAC
* * *
15374641 ACGTTCAAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTT-TTTT
1 AAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
15374705 GTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATA-AATGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
65 GTCATAAA-AAATTGTTTATATTCATACAA-GCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
15374769 -ATTTTCAAAAATTAAT-AGCTAAAAGATTTATAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
128 TA-TTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
* * * * * *
15374822 GAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * ** *
15374887 TCATAAAACAATAGTTTCTATTTAGACAAGTTTATTGAAAATAGGATAATACTAAGTTATTAATA
66 TCATAAAA-AATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
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130 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
* * * * * *
15375003 AAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * ** * ** * * *
15375067 G-CTGTAAGACAATTGTTTCCATTCTTACAAAATTATTCCA-AAAAAAATAATCCT-ATTTCATT
65 GTC-ATAA-AAAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTT-ATT
** * * * * * *
15375129 AATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTCAAAAACTAAATCTGCTTATTGGATC
126 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAAC
* * * *
15375181 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCAGTATGATC-TTTATTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * ** *
15375244 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAACTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA
66 TCATAAAA-AATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
15375309 TTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCGAAC
130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
* * ** * *
15375360 AAG-TCAAATAGTTGA-GACTATTAGAATC-ATTATCAATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTT
1 AAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
15375422 AGTTATTAAATAATTGTTTCA-GTTCATACATA-CTTATTT-GAAATAAAATAATAATAATTTAT
64 TGTCA-TAAAAAATTGTTT-ATATTCATACA-AGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
15375484 TAACATTT-AGAAAATTAATAAGGAAG-GAATTTAAAAAA-ATATATGTTTACCAAAT
125 TAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
* * *
15375539 AAGTTAAAATAATTATCACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAACTCATTATGACCTTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * ** * * *
15375603 ATCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAA
65 GTCATAAAA-AATTGTTT-ATATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * **
15375667 TATTTCCAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCGAATC
128 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCGAA-C
* * * * * * *
15375721 AA-TTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTGGT-TATTTCAAATCGTTACGAAC-TTT-TATT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * *
15375782 GTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAATC-CATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTA
65 GTCATAAAA-AATTGTTTAT-ATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* *
15375844 AAATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TT-----AT---T-TGTTTATCGAAC
127 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
* * ** * * * * *
15375888 CAGTTCAAATAAG-TATGGCTATTTGAACAATTATAAATTTCAAGTCGTTATAACTTTTTATTTT
1 AAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
15375952 CTCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAA
65 GTCATAAAA-AATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* *
15376016 TA--TCATGAAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAAC
128 TATTTCA--AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
* * * * * * * *
15376065 AAGTTCTAATAGTTAAGGCTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGTCTTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
15376130 TCA
66 TCA
15376133 GAATCTGTTA
Statistics
Matches: 1448, Mismatches: 311, Indels: 186
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 52 0.04
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172 2 0.00
173 2 0.00
175 2 0.00
176 81 0.06
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Consensus pattern (180 bp):
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
TCATAAAAAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
Found at i:15376995 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15376586--15378328 Score: 1417
Period size: 181 Copynumber: 9.6 Consensus size: 181
15376576 AATTGCTATA
* * ** * * * *
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* * *
15376651 AAATTTATTAATA-T-TAAGATAATTAATAAGTAA-AGA-TTAAGAAAACAAATATATTTACCAA
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* ** * * * * **
15376712 ACATGTTCAAATCTTTATGATTATTTAAACAATTATTTATTTTTAAATTGTTATG
128 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATG
* * ** *
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1 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAT
* * * *
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66 TAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAAC
* * * * * * *
15376895 AAATTGAAATGGTCATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTGTG
130 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
15376947 ACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTCTCCGTTCGTATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAT
* * * * * *
15377012 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTA-TAGAAT
66 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTA-AAC
* * * * *
15377076 ATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCCATTTCAAAACATTATG
130 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
15377128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-ATCTTGTTTATGCAAGTTTATTTCAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA
* * * * * *
15377192 TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATTTTTTCTAAGC
65 TTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAAC
* **
15377256 ACA-TTCAAATAGTTATGAGTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
130 A-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
15377308 ACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAT
* * * * * * *
15377373 TAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAGTCTATTTACTGAGCG
66 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACA
* * * *
15377438 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATA
131 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * ** ** *
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1 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAT
* * ** * *
15377554 TAATTTATTAATATTTTAAAAATAAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
66 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACA
* * * * * * **
15377619 AGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTAACAATTTCAAATGGTTATG
131 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * ** * *
15377670 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATGCAAAATTATTTAGATTAAAATAATAT
1 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAT
* * * * * * * * *
15377735 TGATCTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTGAAAACTAAATCTATTTTTCGAAAC
66 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATA-TTTACTAAAC
* * ** * * *
15377796 -TGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTACCTCAAAACATTGTA
130 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * ** * * *
15377847 ATCTTTCT-TTTGA-CATAAAATGATTGTTCCT-TTCCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAAT
1 ACCTTT-TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTT-CATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAAT
* * * * * * *
15377909 ACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAA
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* * * * * *
15377974 CTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCACATCATTCTA
129 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
15378027 ACATTTT-ATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAGAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA
* * * * * *
15378091 TTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
65 TTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATATTTACTAAA
* * * * * * * *
15378156 -AAGGTTCAAAAAGATT-TGACTTTTTGAATAGTCATTCTAATTATTTAAAGCCGTTATG
129 CAA-GTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTA-TCT-A-T-TTCAAA-TCATTATG
* * * * * * * *
15378214 AGCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTT-TAGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATG
1 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA
* * * * *
15378278 CTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAACAAATAAGAGATTTAAAAACTAAA
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TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACA
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* * ** * * * *
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* *
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** * * * *** *
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* ** * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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1 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
* * * * *
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66 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAGAA-
* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * **
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* * * *
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1 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA
* * * * *
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* * * **
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* **
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194 GTCATAAAACAATTGATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * ** * * * *
15377565 TATTTTAAAAATAAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA-AGTTCAAATA
258 TATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACACAGTTCAAATA
* * * * **
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* * * *
15377670 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATGCAAAA--TTATTT-AGATTAAAATAA
1 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCAT--AAAAGCTTATTTCA-AATAAAATAA
* * * * * * * * * *
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* * ** * *
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128 AAA-TGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATAATCTTTTGTT
* ** * *
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** *
15377919 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAAC-TAGTTCAA
255 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACACAGTTCAA
* * * * * * *
15377983 ATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCACATCATTCTA
319 ATAGTCATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATG
* * * *
15378027 ACATTTT-ATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAGAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAAT
1 ACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTCA-AATAAAATAAT
* * * * * * * *
15378090 ATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAA
64 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATATTTACTAG
* * * * * * * *
15378155 AAAGGTTCAAAAAGATT-TGACTTTTTGAATAGTCATTCTAAT-TATTT-AAAGCCGTTATGAGC
128 AAATGTTCAAATAG-TTATGACTATTT-AA-A--CAAT-T-ATCTATTTCAAA-ACATTATAATC
* * * * * *
15378217 TTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTG-TTT-TAGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATGCT
185 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT
* * * * * *
15378280 ACTTTATTAATATTTCAAAAATTAACAAATAAGAGATTTAAAAACTAAA
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15378329 ACTATTTGAA
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ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAGAAA
TGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATAATCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACACAGTTCAAATAGTCA
TGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATG
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15376576 AATTGCTATA
* * * * * *
15376586 ACCTTTTATTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAT
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* * *
15376651 AAATTTATTAATATTAAGATAATTAATAAGTAAAGA-TTAAGAAAACAAATATATTTACCAAACA
65 AAATTTATTAATATTAA-A-AATTAATAAGTAAAGATTTAA-AAAATAAATATTTTTTCC-AACA
* ** * * * * *
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126 CGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGT
*** * *
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190 CATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAA-AA
* * * *
15376845 TTCTACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAACAAATTGAAATGGTC
254 TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAACAAATTCAAATAGTT
* * * * *
15376909 ATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTG
319 ATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * *
15376974 TCTCCGTTCGTATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
383 T-TTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT
* * * * * * * *
15377039 GAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTA-TAGAATATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAA
447 GAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA-AA-AAGTTCAAATAGTCATGACCATCTAAA
* *
15377103 CAATTATCCATTTCAAAACATTATG
510 CAATTAACAATTTCAAAACATTATG
* * *
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1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTTGTTCATGCAAGATTATTTCAAATAAAATAATAT
* *
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65 AAATTTATTAATATT--AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATTTTTTCCAA-CAC
* *
15377258 ATTCAAATAGTTATGAGTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
127 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTC
* * * *
15377323 ATAAACCAATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT
191 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAAAATT
* * * * * * * *
15377388 CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAGTCTATTTACTGAGCGATTTCAAATAGTTAT
256 CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAACAAATTCAAATAGTTAT
* * *
15377453 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAATCTTTTGTTTTGTCATAACACAATTGTT
321 GACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
** ** * *
15377518 TCTATTCATACAATTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATAAATAA
385 TC-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGA
** * * * *
15377583 GTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTA
449 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-AAGTTCAAATAGTCATGACCATCTAAACAA
***
15377648 TTAACAATTTCAAATGGTTATG
513 TTAACAATTTCAAAACATTATG
* *
15377670 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATGCAAAATTATTT-AGATTAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA-TTTTGTTCATGCAAGATTATTTCA-AATAAAATAATA
** * * * * * *
15377734 TTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTGAAAACTAAATCTATTTTTCGAA-A
64 TAAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTTTCCAACA
* ** * *
15377795 CTGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTACCTCAAAACATTGTAAT--C-TTTCTTT
126 C-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC--AA-ATTGTTATGACTTTTGTTT
* ** * * *
15377857 TGACATAAAATGATTGTTCCT-TTCCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATA
187 TGTCATAAAACAATTATTTCTATT-CATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTA
* * ** * * *
15377921 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACTAGTTCAAATA
251 AAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAACAAATTCAAATA
* * * * * * *
15377986 GTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCACATCATTCTAACATTTTATTTAGTCATAAAACAA
316 GTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * *
15378051 TTATTTCAGTTCATAGAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCAAAAAAT
380 TTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAAT
*
15378115 TAATGAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAAAAGGTTCAAA
443 TAATGAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAAAA-GTTCAAA
15378166 AAGATTTGAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (534 bp):
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTGTTCATGCAAGATTATTTCAAATAAAATAATATA
AATTTATTAATATTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATTTTTTCCAACACGTTC
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAA
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAACAAATTCAAATAGTTATGACTA
TTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTC
ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGTAAGAG
ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAAAGTTCAAATAGTCATGACCATCTAAACAATTAACAAT
TTCAAAACATTATG
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Alignment explanation
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15378318 TAAAAACTAA
* * **
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* * * *
15378393 ATTAACAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAACTTGAATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGAG
65 ATTAACAAATTAGAATTATATTAATTCAAATAAACTTGAATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGAG
* * * *
15378458 AAAACTAAA-GGTTATAGTGGTTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCAT
130 AAAAC-AAATGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTGCTCAAACAGTCAT
*
15378508 AACTATTTGAACTTGTTTAGTGA-ACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA-TTA-AA-T-TTAAAA
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* * * *
15378568 TTATTAATAAATTAGAATTATATTAATTCAAATAAGCTT-ATATGAATAGAAATAATTGTTTTGT
64 -TATTAACAAATTAGAATTATATTAATTCAAATAAACTTGA-ATGAATAGAAAAAATTGTTTTAT
* *
15378632 GATAAAACAAATGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCAT
127 GAGAAAACAAATGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTGCTCAAACAGTCAT
15378685 AACTATTTG
1 AACTATTTG
15378694 CACTGTTCAG
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 19, Indels: 13
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (179 bp):
AACTATTTGAACTTATTTAGTATACATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAATTGTTAAAATA
TTAACAAATTAGAATTATATTAATTCAAATAAACTTGAATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGAGA
AAACAAATGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTGCTCAAACAGTCAT
Found at i:15379028 original size:306 final size:305
Alignment explanation
Indices: 15378447--15378999 Score: 729
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15378437 TAGAAAAAAT
* * * * *
15378447 TGTTTTATGAGAAAACTAAAGGTTATAGTGGTTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACT
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* ** *
15378512 ATTTGAACTTGTTTAGTGAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAAATTTAAAATTATTAATA
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* * * * * *
15378577 AATTAGAATTATATTAATTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTGTGATAAAACAA
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* *
15378642 ATGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTGTTCAGGCT
196 AAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTGTTCAGGCT
* *
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* * *
15378752 TGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAAG-GATTTGAAATAAAAAATTGTTGAAATAGTTATAA
1 TGTTTTATGACAAAACTAAA-GGTCAT-AGTGATTTGAAATAAAAAATTGCTCAAATAGTCATAA
*
15378815 CTAATTGAA-TTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATTCTTTTATTAATTTTCAAAA-TAT
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* * ** * *
15378878 TAATAAATTA-ATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATTTGAACAAAAACATTTGTTTTATGATA
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* * *
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AAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTGTTCAGGCT
AAAAAATTCATTTTTTTCATCCCTTATTGTATGAACAAAAACAAA
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** * ** * *
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* * * *
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* * * * **
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* * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* ** * *
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* * * * * * ** * * * *
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* * *** * * * *
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*
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* * *
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* * * * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* ** *
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* * * * * *
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1 TTGTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAA
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * **
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* * * * *
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1 TTGTATGAACT-GAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATA
* * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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1 TTGTATGAACT-GAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATA
* * * * * * * *
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*
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* * * ** *
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* * *
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*
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* * ** * * *
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1 TTGTATGAACT-GAAAAAATTGTTTTATG---ACA-AAACAAAAGGTCATAACTATT-TGAAATA
* * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* ** * * * * * *
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1 TTGTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAAT
* * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * ** * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * *
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* * * * *
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* ** * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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** * ** * * * * *
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* * ** *** *
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* * * * * * * *
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1 TTGTATGAACTGAAA-AA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATA
* * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * * * * *
15382873 TTGTATGAATTCAAACAATTGTTTTAAGACTAAACAGAAGATTAGAACAATTTGAAATAGATAAT
1 TTGTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAAT
* * * * * ** *
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* * * *
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* * * *
15383055 TTGTATGAA-T-AAAACAATTGTTTTACG-TAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
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** * ** * * * * ** ** * * * * **
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65 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * **
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130 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGC
* *** * * * * * *
15383231 TAGTATGAA-TAGAACCCATTGTTTGATGATAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAA
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
15378860 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATTTGAACAAAA
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* *
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* * ** * * *
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* * * ** *
15379055 ATATTAACAAATT-TTTTTATTTTATTTTTAATAA-C
325 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAAAAGC
* * ** * * * *
15379090 TTAGTAAGAACTGAAAAAATTGTTTTACGATAAAGTAAAACGTCATGACT-ATTTGAAATAAAGA
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* * *
15379154 ATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTGGTTCATAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
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** * * * *
15379219 GTTATTAATTTTTAGAATATTGTTACATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTGTGAATAG
129 -TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * * * * *
15379284 AAATAATTATTTTATGACAAAGCAAAATGTTATAA-GAAATTAAAACATATAATTGTTTAAATAG
193 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
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* * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * *
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* **
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* * * * *
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* * * * ** * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* **
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* * *
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* *
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* * * *
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** * ** * * * * * * *
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** *** * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
15380266 AAATAGAATAATTTTGTAAATCT-TTAACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
448 AAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
15380330 TTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAG
511 TTTATTTCTAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * * *
15380358 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAGAGATCCTAATGATTTGCAATAAATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * *** * * *
15380423 CAAAACTATTTGAACTCACTCAGTAAGCA-AATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTTTG
66 TATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATAA-TTATTTTTAAAAT-TCTTACTTATTAATTTTG
* * *
15380487 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAAAT-AGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGGTT
129 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC--AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* *** * * * *
15380550 TATGACAAAACAAGTGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGT-ATAACTATTTG
192 TATGATAAAACAAAAAGTCATAA-CAATTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * **
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256 AACTTATTCGGTAAACAA--A-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAA
* * * * ** *
15380674 TAAAATTTATATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGCACGAATAGAACCAATTGTTTTATGAAAAA
317 T-AAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTATG---AC
* ** *
15380738 ATAAAAAAAAGGTCATAA-TGTTCTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACT
377 A-AAACAAAAGGTCATAACAATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * **
15380802 TGTTCA-GTAAGCAGATTCATTTTTTTAATTCTTTTACTCT-TTAATTTTTTGAATATTAATAAA
440 TGTT-AGGTAAACAAATT-A-TTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTCAGAATATTAATAAA
* * * * * *
15380865 TTAGTATTATTTTATTTCAAATTAGCTTTTCTG-ACTA
501 TTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * * * *
15380902 AAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAATGTCACAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
15380967 CATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATAATTATTTTTAAAATTTTTACTAATAAATTATTGA
66 TATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATAATTATTTTTAAAATTCTTACTTATTAATT-TTGA
* * * *
15381032 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCATGTATGAGCAAAAACAATTGTTTTAT
130 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
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195 GATAAAACAAAAAGTCATAACAATTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* *
15381162 TATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAGTAATTGTCTT-AATATTAATAAATT
260 TATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAATT
** * * * ** * *
15381226 TGTATTATTTTCTTCAAAATAAACTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTACGAGAAAACAAAAGG
323 AATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * *
15381291 TTATAGCAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTGTTAGGTAAACG
388 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGGTAAACA
* * * * * * * *
15381356 GATTCATTTTTTAGATCTCTTAATTATTAAATTTCATAATATT-TTGAATTTGGTATTATTTTAT
453 AATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAT
*
15381420 TTCTAATAAGCTTATATGAATTG
516 TTCTAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * * * *
15381443 ATATAATTTTTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
15381508 TATGACTATTTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAAAATT-TTAATTATTAATTGTT
66 TATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATAATTATTTTT--AAAATTCTTACTTATTAATT-TT
* *
15381572 -ACAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA-TCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
128 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTT
* * * * * *
15381635 TTATAATAGAA-AAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGCTTAAATAGTCATAATTA-TT
191 TTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAA-TTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * **
15381698 CAACCTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAGT--TTTCCAAATATTAATA
255 GAACTTA-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATA
* * * * * *
15381760 GATTAATATTATTTTGTT-TCAAATAAACTTATATGAACA-AAAACATTTGTCTTATGACAAAAC
319 AATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAAC
* *
15381823 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTAG
382 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTAG
* * * * *
15381887 GTAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAATTTTAAAAATATTAATAAATCCA-TTTT
446 GTAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAAT-TAGTATT
* *
15381951 ATTTTA-TTCTGAATAAGCTAGTATGATTTG
509 ATTTTATTTCT-AATAAGCTTGTATGAATTG
* * * * ** * * *
15381981 AAAAAAAAAATGTTTTTTGACAAAACAAAAGGACATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTATAT
1 ---AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * *
15382046 AGTCT-TAA-TGAATTAAACTAAT-TTGA-CAAACA-AATTTATTTTTAAAATCTCTTAGTTATT
63 AGT-TATAACT-ATTTGAACT--TGTTCAGTAAACATAA-TTATTTTTAAAAT-TCTTACTTATT
* * * * * * *
15382106 AATTTTTGAAATATTATTAGATTACTATTATCTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAA
122 AA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA
* * * * * * ** * * *
15382171 TTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTTTACAATTGCTTAAATAGTCATAAT
186 TTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAAC-AATTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAC
* ** * * * *
15382236 TATTTGAAATGGTTTGATAAACAGA-TTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAAGAT
250 TATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATAT
* * * *
15382296 TAATAAATTAGTATTATTTTTTTCCT-AATAAGCTTGTATGATCA-AAAACAATTGTTATATGAC
314 TAATAAATTAATATTATTTTATT-CTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAA-AATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
15382359 CAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTT-AAATTG
377 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * ** *
15382423 ATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAA
442 -TTAGGTAAACAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAG
* * * *
15382488 TATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACTA
505 TATTATTTTATTTCTAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * * *
15382522 AAACATTTGTTTTATGACAAAA-GAAA-GTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * * * * * *
15382585 TGTAGCTATTCAAATTTGTTCAGTATACAAAATATGTTTTTTAAATTCTTGCTTATTAACTTTTG
66 TATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATAAT-TATTTTTAAAATTCTTACTTATTAA-TTTTG
** * *** * * * *
15382650 AAATATTAAGGAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGATTTTATGAACTGAAACAATTTTTTTT
129 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA--TTGTTT
* * * * * * * * *
15382715 TATGACAAATCAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTG
192 TATGATAAAACAAAAAGTCATAACAA-TTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
15382780 AACTGT-TTCGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTGATTTTCCAAATGTTAAT
256 AACT-TATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAAT
* * * * *** * * *
15382844 AAATTATTTTTAATTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAATTCAAACAATTGTTTTAAGACTAAACA
318 AAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * * ** *
15382909 GAAGATTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTCA-A
383 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-AGG
* * *
15382973 TAAACAAAATTATTTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTGTTGA-AATATTATTAAATTAGTATT
447 TAAAC-AAATTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTCAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
15383037 ATTTTAATAT-GAATAAGCTTGTATGAA-TA
509 ATTTT-ATTTCTAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * * * ** *
15383066 AAACAATTGTTTTACG-TAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCACATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * ** ** *
15383130 TTTAATTTTTTGAA-TTGGTTC-G-ACAA-TTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGT
66 TATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTA-AACATA-A-TTA-TTTTTAAAATTCTTACTTATTAATT
* * * * ** * * * *
15383191 TT--AATATTATTAAATTAATATTAATTT-ATTCTGAATAAAATAGTATGAATAGAACCCATTGT
126 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGT
* * * * * * * * *
15383253 TTGATGATAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAAATATTCAAATAGTCAAAACTATT
190 TTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAA-TTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATT
* ** * * *
15383318 TGAAATGGTTTGGTAAGCAGATTTATTTTTT-AA------A--TATTAA----T-AA-A-T--T-
254 TGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATA
* * * * *
15383364 -A-T--TATTATTTTATT-TCAATCAAACTTATATTAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAT
319 AATTAATATTATTTTATTCTAAAT-AAGCTTGTATGAACAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
15383423 AAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA-TTGGTTCA
382 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT-A
* * * * * * *
15383487 -GTAAATAGAATTATTCTCTAAATCTC-TA---ATAAATTTT-TGAAATATTAATGAATTAGTTT
445 GGTAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * ** *
15383546 TATTCTATTCCAAATAAGCTTGTATGAGCTA
508 TATTTTATTTCTAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * * * * *
15383577 AAATAATTGTTCTAT------TC----TG-AATAA-G-CTTGAAAT-AATAATTGTTCATATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * * * ** *
15383628 T-TAACAATTTGAACTGGTTTGGTAAA-TTGATTTATTTTTTAAATCTCTTTGTTATTAATTTTT
66 TATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT-AATTATTTTTAAAAT-TCTTACTTATTAATTTTG
* * * * * * *
15383691 AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAATAG-AACAATTTTTTT
129 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
15383755 ATGATAGAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAAATAAATGTTCAAATAGTCATATAACTATTT
193 ATGATAAAACAAAAAGTCATAACAA-TTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC--ATAACTATTT
* ** * * *
15383820 GAAC-CAGTTTAGTGAACAGATTTA-TTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTCTTGAAATATTAAT
255 GAACTTA-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAAT
* * * * **
15383879 AAATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG--TTGAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAA
318 AAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAA--AATTGTTTTATGACAAAA
* * ** * * *
15383942 TAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAAT-GACCATAATTATTTGAAC-TGATT
381 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-TT
* * * * * *
15384005 CA-ATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTT-GGAAATATTAATAAAGTA--
444 -AGGTAAAC-AAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGT
* * * * *
15384066 ATTATTTTATTT-TGGATAAGCTTTTACGAACTA
506 ATTATTTTATTTCT-AATAAGCTTGTATGAATTG
* *** * *
15384099 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAATCATCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
15384164 CATAACTATTTGAACGTT-TTC-GATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCCTGCTTATTAATTT
66 TATAACTATTTGAAC-TTGTTCAG-TAAACATAATTA-TTTTTAAAAT-TCTTACTTATTAA--T
* *
15384227 TTTGAAA-GTTAATAAATTAGTATTGTTTT--TTCCCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAAT
125 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT--CAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAAT
* * * * * * * * * *
15384288 TATTATATGACT-AAATAAAAGGTTAAAATAATTTGAAACAGATAATTATTCT-AATAGTCTTAA
187 TGTTTTATGA-TAAAACAAAAAGTCATAACAA-TTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAA
* ** * * * *
15384351 CTATTTGAACTGATTCGACAAACACATTT-TATTTTAAA--TC-T-CTTATGAATTTTTGGAATA
249 CTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATA
* * * * * * ** * *
15384411 TTATTAAATTAGTAGTATTTTTATT-TGAATGAGCTTGTATGATCAGAAACTATTGTTTCATGAG
313 TTAATAAATTAATATTA-TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGAC
* ** * ** * * *
15384475 AAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTCATATTTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAG
377 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * ** * * * *
15384539 TTTGGAAAATAGCTTTAGTATTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAAGTAG
442 TTAGGTAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAG
* * * *
15384603 CATTATTTTA-TTCCAATAAGATTTTATGAATTG
505 TATTATTTTATTTCTAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * * * *
15384636 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGACTTT-AAATAGATAATTATTCAAACAA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** *
15384700 TCGA-ATCTATTTGAACTTGTTCAGCAAACA-AATTTATTTTTTTAAA-TC-T-CTTGCTCATTT
65 T-TATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATAA-TTA-TTTTTAAAATTCTTACTTATTAATTT
* * * *** ** * ** * **
15384760 CG-AATGTTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCTCGGTGGGATTGTATGAACTTAAATAATTACT
127 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTT
* * * * * * **
15384823 TTATGACT-AAACAAAATGTCAGAATGATTTGAATTATATAATTGTTCT-AATAGTTTTAACTAT
191 TTATGA-TAAAACAAAAAGTCATAA-CAATTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAACTAT
* * * *
15384886 TTGAAC-TAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTAC--A--AATTTTTGGAATATTA
253 TTGAACTTA-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* ** * * *
15384946 TTAAAGCAGTATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAA
316 ATAAATTAATATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTAT-GAACAGAAAAAATTGTTTTATGACAA
* * ** * * * * *
15385009 AA-TAAAGATTGTAACTATTTTAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTATT
379 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GT
* * * * * * * *
15385072 TCA-GTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--T-ATA-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATTATT
443 T-AGGTAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGT
* * ** * ***
15385132 ATTAATTTA-TTCTGACTAATTTTGCATGAACAA
506 ATTATTTTATTTCT-AATAAGCTTGTATGAATTG
* * * ** * ** *
15385165 AAACAATTTTTTTTTGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACGGA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** * * * * * * *
15385230 CATGACTATTTGAGCTTACTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTA
66 TATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATAATTATTTTTAAAAT-TCTTACTTATTAATTTTGA
* * * * * *
15385295 GAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAACTTGTATAAAAAGAAGCAATTGTTTTA
130 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
15385360 TGACAAAAC-AAAAGATTATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGCCATAACTATTTTA
194 TGATAAAACAAAAAG-TCATAAC-AATTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
15385424 ACTTACTT-AGTAATCAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
257 ACTTA-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAA
* * * *
15385488 ATTAGTATTATTTTATT-TCAAATACA-CTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATA
320 ATTAATATTATTTTATTCT-AAATA-AGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * *
15385551 AAAGGTCATAACTA-TTG-AA-CG-----TGTTCAAAAATAG--ATTAA-TTTTTAAAATTTTTA
383 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC--AAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTA
* * ** ** ** *
15385605 -CT-TATTAATT-TTTAGAATATTAATAAAT-TTACATTATT--TTATTTGGAATAAGCTTGTAT
445 GGTAAACAAATTATTT----T-TTAA-ATCTCTTAC-TTATTAATT-TTCAGAAT-A--TT-AAT
* ** * ** * *
15385664 GAGCAATAACAATTGTTTTATGAC-AA-AA-C----A-AAATGTC
498 -A--AATTAGTATTATTTTATTTCTAATAAGCTTGTATGAAT-TG
*** * *
15385701 ATAACAATT-TGAAAT-A-AAAACTTATTCAAATAGTCATAACT-ATTT-AAACT---T-GTTCG
1 A-AACAATTGTTTTATGACAAAAC--A---AAA-GGTCATAA-TGATTTGAAA-TAAATAATT-G
* * * * * * * * * * * * **
15385757 GT-AAAAAGAT-TCA-TTTTTAAAATCTCTT-ACT---CAT--TAATTTTTACAATAT-TAACAA
56 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACATAATTATTTTTAAAAT-TCTTACTT
** * * * ** * * * * *
15385812 ATTAGTATTATT-TTATTTTGAATAACTCTA-TATGA-GCTGATAC-AAT-TG-TTTTATG-A-T
119 ATTA--ATT-TTGAAATATT-AATAAAT-TAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACA
** * * * *** * ** *
15385869 GAAACAAAAG-GTTATAACAATTTGAAATAG--ATAAGTATT--CA-A-AT-A--GT-T--AT-G
179 GAAACAATTGTTTTATGATAA-AACAAAAAGTCATAACAATTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
* * * * * *
15385920 -----ACTATTTCAACTT-GTCTGATAAACATATATATTTTTAAAATCT-TGTACTTATTAATTG
243 TCATAACTATTTGAACTTATTC-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATT-
* * *
15385978 TTGAAATATTAATCAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAATAATTGT
305 TTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAA-AATTGT
* * * * * * *
15386042 TTTATGACAAAAGAAAAGGTCAAAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGGCA-AACTATT
369 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
** * * * *
15386106 TGAACTTACTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-CTTTACTTTTTAATTATCTA-AATATTA
434 TGAACTTGTTAGGTAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTC-AGAATATTA
** * *
15386169 ATAAATT-GTATTATTTTGA-TTGAAATATGCTTGTATGAATAG
496 ATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCTAATAAGCTTGTATGAATTG
* * * ** * * *** ** * *
15386211 AAAAAATTATTTCATGATGAAACAAAAGATTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTATTTAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
15386276 CATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTTAGTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAACTTTC
66 TATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATAATTA-TTTTTAAAAT-TCTTACTTATTAA-TTTT
* * ** * * ** *
15386340 AAAATATTATTAAATTAAAATTATGTT-ATTCTGAATAAGCTTGTACAAATAGAAACAATTGTTT
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* * * * *
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* * * ** * * * *
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** * * * * * * * * * *
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318 AAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAG-CTTGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC
* * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * ***
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509 ATTTTATTTCT-AATAAGCTTGTATGAATTG
* * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCA-AATAG
* * ** * *
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** * * * * * *
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* * * * * * **
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* ** * * * *
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* * * * * *
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318 AAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACA
** * * * ** *
15387131 AAA-AACTATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAACCAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCA-
383 AAAGGTC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTAG
** * * ** * * *
15387194 ACAGACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTAATATTA
446 GTAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * ***
15387259 TTTTATTT-TGAATACGCAAGTACGAACAA
510 TTTTATTTCT-AATAAGCTTGTATGAATTG
* * * * *
15387288 AAACAATTGGTTTATAACAAAATAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAATAAA-AATTGTTTAAATA-
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* *
15387350 TTCATAACTATTTGAA-TATGCTTTATAACA-AAATAGTCATAACTATTTGAGTTGGCTCGACAA
65 TT-ATAACTATTTGAACT-TG---T-T--CAGTAA-A--CATAATTA-TT---TT---T------
* *
15387413 ACATATTTATTTTTTAAATATCTTATTTACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT
106 A-A-A---A--TTCT---TA-CTTA--T--TAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * *
15387478 AA-TCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGA-TCATAACGAT
155 AATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAAC-AA
* * * * * * * *
15387541 TTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCAGTAAATAGATTTAGTT
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* * * * *
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282 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAG
* * ** *
15387666 TTTGCT-TGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTAGAAATAGATA
346 CTTG-TATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
* * * * * * * * * * **
15387730 ATTATTCTAATGGGCATGACTATTTGAACCTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCGCCAA
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* * * * * * * *
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15387859 G
538 G
* * * * *
15387860 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTTAAATAAATAATTATTCAAACAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
** * *
15387924 TTATAACTATTTGAACTTACTCAGTAAACATATTTATTCTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTT
65 TTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATAATTATT-TTTAAAAT-TCTTACTTATTAA-TTT
* * ** * * * * *
15387988 TGGAATATTAATTAAA-TAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAACAAAAATAGTTGGT
127 TGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTT
* * * * *
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191 TTATGATAAAACAAAAAGTCATAAC-AATTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
15388117 GAACATGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
255 GAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATA
* * * * * * * *
15388181 AATTTATCTTATTTTATTC-AGTATAAGCTTGCATGGATAGAAATAATTTTTTTATGACAAAACA
319 AATTAATATTATTTTATTCTA-AATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * *
15388245 AAAAGTTATAACAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCA-G
383 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-AGG
* * * * *
15388309 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTATTAT
447 TAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
15388374 TTTATTT-TGAATAAGCCTATATGAACTG
511 TTTATTTCT-AATAAGCTTGTATGAATTG
* * * * ** * *
15388402 ATACAATTGTTTTATAACGAAAGAATAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT----T--
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * *** * ** *
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** * * *** ** * * **
15388513 -AAT-TCGGATAAACTT-GCATGA-ACAAAAAC-AAT-TG-TTTTATG-ACA-AAACAAAAAGTC
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* * * * * *** * ** * * *
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* * ** * * * * * * * *
15388629 A--A-TAG-ATTTATT-TTTAAATC--TTTTATTTATTAATTTTCTAAATGATAATAAATTTGTA
248 ACTATTTGAACTTATTCGGTAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT--T-ATTAATTTTTA
* * ** ***** * ** * * *
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309 -AATATTAA-T-AAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGC--TTGTATGAACAGAAA-AAATTG
* * ***
15388747 -GTTATGGCAATTTGAAATAGG---TA-----------------ATTGTTCAAATAGTCATAACT
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* * * *
15388791 ATTTGAACTTGTTCA-ATAAACAAAGTTATTTTTTAAATCTCTCATTTATTAATTTTCAAAATAT
431 ATTTGAACTTGTT-AGGTAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATAT
* * * * **
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* * * * ** * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * ** * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * * *
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** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * ** * *
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** * * * * * *
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* *
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* * * * * **
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* * * *
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* * * ** * *
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* * *
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* * * * *
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* *
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* * ** * *
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** * *
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* * * * * * * **
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252 TTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * * ** * * * * *
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316 ATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACAAA
** * * * * * *
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380 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTA
* ** * * * * * *
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445 GGTAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATT
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* * * * ** * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
*
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Statistics
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ATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAAT
ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
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TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCTA
ATAAGCTTGTATGAATTG
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* * * *** * * *
15383082 TAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCACATAGTTTTAATTTTTTGAATTG
66 TAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATCATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATG
**
15383147 GTTCGACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTT
131 GTTCGACAAGCAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTT
* * * * *
15383193 AATATTATTAAATTAATATTAATTTATTCTGAATAAAATAGTATGAATAGAACCCATTGTTTGAT
1 AATATTATTAAATTAATATTAATTTAATATGAATAAAATAGTATGAATA-AAACAATTGTTTGAC
* *
15383258 GATAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAAAT-ATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA
65 G-TAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAT-AATCATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA
* **
15383322 ATGGTTTGGTAAGCAGATTTATTTTTTAA
128 ATGGTTCGACAAGCAGATTTATTTTTTAA
15383351 ATATTAATAA
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AATATTATTAAATTAATATTAATTTAATATGAATAAAATAGTATGAATAAAACAATTGTTTGACG
TAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATCATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATG
GTTCGACAAGCAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTT
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Period size: 166 Copynumber: 1.8 Consensus size: 164
15383429 TAATAACGAT
** *
15383439 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTCAGTAAATAGAATTATTCT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGAATTATTCT
* * * *
15383504 CTAAATCTCTAATAAATTTTTGAAATATTAATGAATTAGTTTTATTCTATTCCAAATAAGCTTGT
66 CTAAATCTCTAATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCCAAATAAACTTAT
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131 ATGAGCTAAAATAATTGTTCTATTCTGAATAAGC
* ** * * *
15383603 TTGAAATA-ATAATTGTTCATATAGTT-TAACAATTTGAACTGGTTTGGTAAATTGATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGAATTATTCT
* * * * * * *
15383666 TTAAATCTCTTTGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAA
66 CTAAATCTC----TAATAAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCCAAATAAA
15383730 CTTATATGA
126 CTTATATGA
15383739 ATAGAACAAT
Statistics
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TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGAATTATTCT
CTAAATCTCTAATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCCAAATAAACTTAT
ATGAGCTAAAATAATTGTTCTATTCTGAATAAGC
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Alignment explanation
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Period size: 537 Copynumber: 3.5 Consensus size: 532
15383646 TTGGTAAATT
* *
15383656 GATTTATTTTTTAAATCTCTTTG-TTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTAT
1 GATTTATTTTTTAAATCTC-CTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
15383720 TTCGAATAAACTTATATGAA-TAGAACAATTTTTTTATGA-TAGAACAAAAGGTTAAAACAATTT
65 TTCAAATAAACTTGTATGAACTAAAACAA-TTATTTATGACTA-AACAAAAGGTTAAAATAATTT
* * * * ** *
15383783 GAAATAAATAAATGTTCAAATAGTCATATAACTATTTGAACCAGTTTAGTGAACAGA-TTTATTT
128 GAAATAAATAATTGTTCTAATAGTC-T-TAACTATTTGAA-CTGATTAGCAAACACATTTTA-TT
* * * * * *
15383847 TTAAATCTTTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-CTTTATTTTGAATAAGCTTG
189 TTAAATCTCTTATAAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TTTGAATAAGCTTG
* * * * *
15383911 TATGTTGAA-AAGCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTG
253 TATGAT-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATAATAATGATTTGAGATAGATAATTG
* * * * *
15383975 TTCAAAT-GACCATAATTATTTGAACT-GATTCA-ATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCTCA
316 TTCAAATAG-TCATAAATATTTGAACTAG-TTTAGA-AAA-TAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
15384036 CTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAAGTAATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTACGAACTAAA
377 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATTATTTTA-TTCGAATAAGATTTTATGAACTAAA
** * *
15384101 ACAATTATTTTATGACAAAACAAATCATCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
441 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCA
15384166 TAACTATTTGAACGTT-TTCGATAAACA
506 TAACTATTTGAAC-TTATTCGATAAACA
* *
15384193 GATTTATTTTTTCAAATCTCCTGCTTATTAATTTTTTGAA-AGTTAATAAATTAGTATTGTTTT-
1 GATTTATTTTTT-AAATCTCCTGCTTATTAATTTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * *
15384256 TTCCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTATATGACTAAATAAAAGGTTAAAATAATT
64 TT-TCAAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTATT-TATGACTAAACAAAAGGTTAAAATAATT
* * * *
15384321 TGAAACAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGACAAACACATTTTATTTT
127 TGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTAG-CAAACACATTTTATTTT
* * *
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191 AAATCTCTTATAAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * * * ** *
15384451 GATCAGAAACTATTGTTTCATGAGAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATTCATATTTGTTCAA
256 GATAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATAATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAA
* * *
15384516 ATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTGGAAAATAGCTTTAGTATTTAAATCTCTTACTTATTAAT
321 ATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTAGAAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * *
15384581 TTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTCCAATAAGATTTTATGAATTGAAACAATTGT
386 TTTTGAAATATTAATAAAGTA--ATTATTTTATTCGAATAAGATTTTATGAACTAAAACAATTAT
* * * * * *
15384646 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGACTTTAAATAGATAATTATTCAAACAATCGA-ATCTAT
449 TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAGTC-ATAACTAT
* *
15384710 TTGAACTTGTTC-AGCAAACA
513 TTGAACTTATTCGA-TAAACA
* * * * * *
15384730 AATTTATTTTTTTAAATCTCTTGC----TCA--TTTCGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAT
1 GATTTA-TTTTTTAAATCTCCTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** ** * * * * * *
15384789 TCTC-GGTGGGA-TTGTATGAACTTAAATAATTACTTTATGACTAAACAAAATGTCAGAATGATT
65 T-TCAAAT-AAACTTGTATGAACTAAAACAATTA-TTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATAATT
* * * * * *
15384852 TGAATTATATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTT
127 TGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACT-GATTAGCAAACACATTT-TATTT
* ** * *
15384917 TAAATCTCTTACAAATTTTTGGAATATTATTAAAGCAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTA
190 TAAATCTCTTATAAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTTGAATAAGCTTGTA
* ** *
15384982 TGGA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATTGTAACT-ATTTTAGATAGATAATTGTT
255 T-GATAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATAATAA-TGATTTGAGATAGATAATTGTT
* * * * *
15385045 CAAATAGTCATAACTATTTAAATTA-TTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--T-ATA-TTAT
318 CAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTT-AGAAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
15385105 TAATTTTTAAAATATTAATAGATTATTATTAATTTATTCTGACT-A-ATTTTGCATGAACAAAAA
382 TAATTTTTGAAATATTAATAAAGTA--ATTATTTTATTC-GAATAAGATTTT--ATGAACTAAAA
* * * * * *
15385168 CAATTTTTTTTTGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACGGACAT
442 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCAT
* * * *
15385233 GACTATTTGAGCTTACTCGGTAAACA
507 AACTATTTGAACTTATTCGATAAACA
* * *
15385259 GATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATCTCCTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
15385324 TCAAATAAACTTGTAT-AA-AAAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACT-ATT
66 TCAAATAAACTTGTATGAACTAA-AA-CAATT-ATTTATGACTAAACAAAAGGTTA-AAATAATT
* * * * * * * * *
15385386 TGAAATAAATAATTGTTCAAACAGCCATAACTATTTTAACTTACTTAGTAATCA-AATTTATTTT
127 TGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGA-TTAGCAAACACATTTTA-TTT
* * * * *
15385450 TAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATACA
190 T-AAA---TCT-CTTATAAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTT-GAATA-A
*
15385514 -CTTGTATGA-ACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAG
248 GCTTGTATGATA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAG
15385555 GTCATAACTA
Statistics
Matches: 1099, Mismatches: 205, Indels: 114
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Matches are distributed among these distances:
527 5 0.00
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Consensus pattern (532 bp):
GATTTATTTTTTAAATCTCCTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
TCAAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTATTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATAATTTGAA
ATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTAGCAAACACATTTTATTTTAAATC
TCTTATAAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTTGAATAAGCTTGTATGATAA
GAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATAATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAAATATTTGAACTAGTTTAGAAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
AAATATTAATAAAGTAATTATTTTATTCGAATAAGATTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGA
CAAAACAAAAGATCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTT
ATTCGATAAACA
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Alignment explanation
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Period size: 357 Copynumber: 4.7 Consensus size: 354
15383769 GGTTAAAACA
* * **
15383779 ATTTGAAATAAATAAATGTTCAAATAGTCATATAACTATTTGAACCAGTTTAGTGAACAGATTTA
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* * **
15383844 TTTTTAAA--TCTT-TTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTGAATAA
63 TTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAA
* *
15383906 GCTTGTATG--TTGAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGA
127 GCTTGTATGAATTG-AAA-CAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTAATAAAGATTTGAAATAGA
* * * * ** **
15383969 TAGTTGTTCAAATGACCATAAT-TATTTGAACTGATTCAATAAACTGATTTA-TTTTTTAAATCT
190 TAATTATTCAAATAATCATAATCTATTTGAACTGATTCAGCAAACAAATTTATTTTTTTAAA--T
* * * *
15384032 CTCACTTATTAATTTTGGAAATATTAATAAAGTAATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTACGAAC
253 CT--CTTATGAATTTTGGAAATATTAATAAAGTAAGTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAAC
*
15384097 TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATCATCATAATG
316 TAAAACAATTATTTCATGACAAAACAAATCATCATAATG
* * * *
15384136 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-GTTTTCGATAAACAGATTTAT
1 ATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACAG-TTTAGA-AAACAGATTTA-
* * *
15384200 TTTTTCAAATCTCCTGCTTATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTAGTATTGTTTT-TTCCCAA
63 TTTTT-AAATCT-CTTCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CC-A
* * * *
15384263 ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTATATGACT-AAATAAAAGGTTAA-AATA-ATTTGAA
123 ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAATAAAAGG-TAATAA-AGATTTGAA
* * * * * *
15384325 ACAGATAATTATTCTAATAGTCTTAA-CTATTTGAACTGATTC-GACAAACACA-TT-TTATTTT
185 ATAGATAATTATTCAAATAATCATAATCTATTTGAACTGATTCAG-CAAACAAATTTATTTTTTT
* * *
15384386 AAATCTCTTATGAATTTTTGG-AATATTATTAAATTAGTAGTATTTT-TATTTGAATGAGCTTGT
249 AAATCTCTTATGAA-TTTTGGAAATATTAATAAAGTA--AGTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGT
* * * * * *
15384449 ATGATC-AGAAACTATTGTTTCATGAGAAAACAAA-GATCATAATG
310 ACGAACTA-AAACAATTATTTCATGACAAAACAAATCATCATAATG
* * * * * *
15384493 ATTTGAGATTCATATTTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTGGAAAATAGCTTTAGT
1 ATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAC-AGTTTAGAAAACAGATTTA-T
* * *
15384558 ATTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTCCAATAAG
64 TTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAATAAG
* * * * *
15384623 ATTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGACTTT-AAATAGATA
128 CTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTAATAAAGA-TTTGAAATAGATA
* *
15384687 ATTATTCAAACAATC-GAATCTATTTGAACTTG-TTCAGCAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTC
192 ATTATTCAAATAATCATAATCTATTTGAAC-TGATTCAGCAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTC
* * * * * * * * ** * *
15384750 TTGCT-CA-TTTCG-AATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTCG-GTGGGATTGTATGAACT
256 TT-ATGAATTTTGGAAATATTAATAAAGT-A-AGTATTTTATT-TTGAATAAGCTTGTACGAACT
* * * * *
15384811 TAAATAATTACTTT-ATGACTAAACAAAAT-GTCAGAATG
317 AAAACAATTA-TTTCATGACAAAAC-AAATCATCATAATG
* * * ** * * * *
15384849 ATTTGAATTATATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACATTTATT
1 ATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAC-AGTTTAGAAAACAGATTTA-T
* * ** *
15384914 TTTTAAATCTCTTAC--A--AATTTTTGGAATATTATTAAAGCAGTATTATTTTAATTCGAATAA
64 TTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAATAA
* * * ** ** * *
15384975 GCTTGTATGGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAT-AAAGATTGTAACTATTTTAGATAGAT
127 GCTTGTAT-GAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTAATAAAGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * * *
15385038 AATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTT-AAATTATTTCAGTAAATAGATTTA-GTTTTTAAATAT
191 AATTATTCAAATAATCATAATCTATTTGAACTGA-TTCAGCAAACAAATTTATTTTTTTAAATCT
* * ** * * * * * * ** * * *
15385100 ATTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATTATTATTAATTTATTCTGACTAATTTTGCATGAACAA
255 CTTATGAATTTTGGAAATATTAATAAAGTA--AGTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAACTA
* ** ** **
15385165 AAACAATTTTTTTTTGACAAAACAAAAGATCATAACA
318 AAACAATTATTTCATGACAAAACAAATCATCATAATG
* ** * * * * * *
15385202 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACGGACATGACTATTTGAGC--TTACTCGGTAAACAGATTTA
1 ATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACAGTT--T-AGAAAACAGATTTA
* * * *
15385265 TTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAA
63 -TTTTTAAATCT-CTTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAA
* * ** * * * * * ** *
15385329 TAAACTTGTATAAAAAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACTATTTGAAATAA
124 TAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTAATAAAGATTTGAAATAG
* * ** * * * *
15385394 ATAATTGTTCAAACAGCCATAA-CTATTTTAACTTACTT-AGTAATCAAATTTATTTTT
189 ATAATTATTCAAATAATCATAATCTATTTGAACTGA-TTCAGCAAACAAATTTATTTTT
15385451 AAAATTTTTT
Statistics
Matches: 1041, Mismatches: 201, Indels: 144
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
350 4 0.00
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353 151 0.15
354 16 0.02
355 163 0.16
356 153 0.15
357 183 0.18
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ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
ATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACAGTTTAGAAAACAGATTTATTT
TTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAATAAGCTT
GTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTAATAAAGATTTGAAATAGATAATTA
TTCAAATAATCATAATCTATTTGAACTGATTCAGCAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTATG
AATTTTGGAAATATTAATAAAGTAAGTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAACTAAAACAATT
ATTTCATGACAAAACAAATCATCATAATG
Found at i:15385406 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15383603--15385566 Score: 1361
Period size: 176 Copynumber: 11.0 Consensus size: 179
15383593 CTGAATAAGC
* * * ** ** **
15383603 TTGAAATA-ATAATTGTTCATATAGT-TTAACAATTTGAACTGGTTTGGTAAATTGATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATTTT
* *
15383666 TTAAATCTCTTTGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAC
66 TTAAATCTC--TATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAC
* * * * * * * * *
15383731 TTATATGAATAG-AACAATTTTTTTATGATAGAACAAAAGGTTAAAACAAT
129 TTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTAT
* * * * *
15383781 TTGAAATAAATAAATGTTCAAATAGTCATATAACTATTTGAAC-CAGTTTAGTGAACAGATTTA-
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC--ATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAGATTTAT
* * *
15383844 TTTTTAAATCT-T-TTATTAATTCTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTGAATAA
63 TTTTTAAATCTCTATTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* ** * * * *
15383906 GCTTGTATGTTGAA-AAGCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAA-TGAT
127 ACTTGTATG-AAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-AT
* * * * * *
15383959 TTGAAATAGATAGTTGTTCAAAT-GACCATAATTATTTGAACTGATTCAATAAACTGATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATTT
* * * *
15384023 TTTAAATCTCTCACTTATTAA-TTTTGGAAATATTAATAAAGTA--ATTATTTTATTTTGGATAA
65 TTTAAATCTCT-A-TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * * **
15384085 GCTTTTACGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAATCATCATAA-TGAT
127 ACTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-AT
*
15384138 TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTT-TTC-GATAAACAGATTTATT
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* * * * *
15384201 TTTTCAAATCTCCTGCTTATTAATTTTTTGAA-AGTTAATAAATTAGTATTGTTTT-TTCCCAAA
64 TTTT-AAATCT-CT-ATTATTAATTTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAA
* * * * * * * * *
15384264 TAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTATATGACTAAATAAAAGGTTA-AAATAAT
124 TAAACTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-AT
* * * * * * * *
15384320 TTGAAACAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTC-GACAAACACATTT-TAT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAG-TAAACAGATTTATTT
* * * * * *
15384383 TTTAAATCTC--TTATGAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAGTATTTTTATTT-GAATGAGC
65 TTTAAATCTCTATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAAC
** * * *
15384445 TTGTATGATCAGAAACTATTGTTTCATGAGAAAAC-AAAGATCATAA-TGAT
129 TTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-AT
* ** * * ** * * * * *
15384495 TTGAGATTCATATTTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAC-TAGTTTGGAAAATAGCTTTAGTA
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAGATTTATTT
* * *
15384559 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTA-TTCCAATAA
65 TTTAAATCTC-TA-TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* ** * * *
15384622 GA-TTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGACT
127 -ACTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTA-T
* * * * * * *
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1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTA-TT
** * * * * * **
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*** * ** * *
15384799 A-TTGTATGAACTTAAATAATTACTTTATGACTAAACAAAATG-TCAGAA-TGAT
127 ACTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACT-AT
* * * ** ** * *
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1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAGATTTATTT
** * * ** * *
15384915 TTTAAATCTC--TTACAAATTTTTGGAATATTATTAAAGCAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCT
65 TTTAAATCTCTATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACT
* * **
15384978 TGTATGGAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATTGTAACTAT
130 TGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTAT
* * * * *
15385027 TTTAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTATTTCAGTAAATAGATTTAGTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAGATTTATTT
* * * * * * **
15385091 TTTAAA--TATATTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATTATTATTAATTTA-TTCTGACTAATT
65 TTTAAATCTCTATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAAC
* * * *
15385153 TTGCATGAACAA-AAACAATTTTTTTTTGACAAAACAAAAGATCATAACAAT
129 TTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTAT
** * * * * *
15385204 TTGAAATAGATAATTGTTCAAACGGACATGACTATTTGAGCTTACTCGGTAAACAGATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATTTT
* * *
15385269 TTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAAC
66 TTAAATCT-CTA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAC
* * *
15385334 TTGTATAAAAAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACTAT
129 TTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTAT
* * * * * *
15385385 TTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGCCATAACTATTTTAACTTACTT-AGTAATCAAATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAGATTTATTT
* * * * *
15385449 TTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATACA
65 TTTAAA-TCTCTA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAA
* * * *
15385514 CTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACTAT
128 CTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTAT
15385566 T
1 T
15385567 GAACGTGTTC
Statistics
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TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTATTTT
TTAAATCTCTATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTT
GTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTAT
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Alignment explanation
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15385435 AATCAAATTT
*
15385445 ATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAA
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*
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128 TGTTCAAAAATAGATTA
**
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* * *
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15385706 AATTTGAAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (144 bp):
ATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTACATTATTTTATTTCAAA
TAAGCTTGTATGAACAATAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTGAACGTGT
TCAAAAATAGATTA
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Alignment explanation
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15385273 ATCTCCTACC
* *
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* * *
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* * * * * * *
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* *
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*
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** * ** *
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*
15385671 AA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAAA-AACTTATTCAAATA
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* * *
15385733 GTCATAACTATTTAAACTT-GTTCGGTAA-AAAGATTCATTTTTAAAATCTCTTACTCATTAATT
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** * * *
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* ** *
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAAAAAGAA
GCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGCCA
TAACTATTTAAACTTACTTAGTAATAAAATTCATTTTTAAAATCTCTTACTCATTAATTTTTACA
ATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATACACTTATATGAACAGAAACAATTGGTTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTGAACGTGTTCAAAAATAGATTAATTTTTAAAATTTTTACT
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Alignment explanation
Indices: 15385101--15386063 Score: 1183
Period size: 505 Copynumber: 1.9 Consensus size: 505
15385091 TTTAAATATA
* * * **
15385101 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATTATTATTAATTTATTCTGACTAATTTTGCATGAACAAA
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* * * * *
15385166 AACAATTTTTTTTTGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACGGAC
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* * * * * * *
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131 ATAACTATTTAAACTTACTCGGTAAAAAGATTCATTTTTAAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAC
* * *
15385296 AATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAACTTGTATAAAAAGAAGCAATTGTTTTAT
196 AATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATAAAAAGAAGCAATTGTTTTAT
* * * *
15385361 GACAAAACAAAAGATTATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGCCATAACTATTTTAAC
261 GACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAAATAAGTATTCAAACAGCCATAACTATTTCAAC
* * * * * *
15385426 TTACTTAGTAATCAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
326 TTACTGAGTAAACAAATATATTTTTAAAATCTTGTACTTATTAATTTTGAGAATATTAATAAATT
* * * *
15385491 AGTATTATTTTATTTCAAATACACTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGG
391 AATATTATTTTATCTCAAATACACTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAAGAAAAGG
15385556 TCATAACTATTGAACGTGTTCAAAAATAGATTAATTTTTAAAATTTTTAC
456 TCATAACTATTGAACGTGTTCAAAAATAGATTAATTTTTAAAATTTTTAC
* * * *
15385606 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-TACATTATTTTATT-TGGAATAAGCTTGTATGAGCA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAT-CATTAATTTATTCT-GAATAAGCTTGCATGAACA
* *
15385669 ATAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATA-AAAACTTATTCAAAT
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* ** *
15385732 AGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAAAAGATTCATTTTTAAAATCTCTTA-CTCATTAATT
127 AGACATAACTATTTAAACTTACTCGGTAAAAAGATTCATTTTTAAAATCTCCTACCT-ATTAATT
** * ***
15385796 TTTACAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AACTCTATATGAGCTGATA-CAATT
191 TTTACAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACT-TATATAAAAAGA-AGCAATT
** * * * ** *
15385859 GTTTTATGATGAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAAGTATTCAAATAGTTATGACTA
254 GTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAAATAAGTATTCAAACAGCCATAACTA
* *
15385924 TTTCAACTTGTCTGA-TAAACATATATATTTTTAAAATCTTGTACTTATTAATTGTTGA-AATAT
319 TTTCAACTT-ACTGAGTAAACAAATATATTTTTAAAATCTTGTACTTATTAATT-TTGAGAATAT
* * *
15385987 TAATCAATTAATATTATTTTAATCT-AAATA-AGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC
382 TAATAAATTAATATTATTTT-ATCTCAAATACA-CTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGAC
15386050 AAAAGAAAAGGTCA
445 AAAAGAAAAGGTCA
15386064 AAACGATTTA
Statistics
Matches: 384, Mismatches: 63, Indels: 22
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (505 bp):
TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTATCATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGCATGAACAAA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGAAAATTATTCAAACAGAC
ATAACTATTTAAACTTACTCGGTAAAAAGATTCATTTTTAAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAC
AATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATAAAAAGAAGCAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAAATAAGTATTCAAACAGCCATAACTATTTCAAC
TTACTGAGTAAACAAATATATTTTTAAAATCTTGTACTTATTAATTTTGAGAATATTAATAAATT
AATATTATTTTATCTCAAATACACTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAAGAAAAGG
TCATAACTATTGAACGTGTTCAAAAATAGATTAATTTTTAAAATTTTTAC
Found at i:15387233 original size:180 final size:180
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Period size: 181 Copynumber: 16.0 Consensus size: 180
15385545 AAAATAAAAG
* * * * *
15385555 GTCATAACTA-TTGAACGTGTTCAA-AAATAGATTAATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTT
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* * * **
15385617 TAGAATATTAATAAATTTACATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAGCA-ATAACAATTGTT
66 TAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT-TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGA-AACAATTGTT
* * *
15385681 TTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATA-AAAACTTATTCAAATA
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAA-TTATTCAAATA
* ** * * * *
15385733 GTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAAAAGATTCATTTTTAAAATCTCTTACTCATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
15385798 TACAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-CTCTATATGAGCT-GATACAATTGT
66 TAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT-TTTCGAATAAGCT-TGTATGA-ATAGAAACAATTGT
** * * *
15385861 TTTATGATGAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAAGTATTCAAATA
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
15385914 GTTATGACTATTTCAACTTG-TCTGATAAACATATATATTTTTAAAATCT-TGTACTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATT
* * ** * * * *
15385977 GTT-GAAATATTAATCAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTG
64 TTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTTTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * *
15386041 TTTTATGACAAAAGAAAAGGTCAAAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* ** * * *
15386095 GGCA-AACTATTTGAACTTACTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-CTTTACTTTTTAATTA
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATT-
* * * * * *
15386158 TCTA-AATATTAATAAATT-GTATTATTTTGATT-GAAATATGCTTGTATGAATAGAAAAAATTA
64 TTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT-TTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* ** * * * * * *
15386220 TTTCATGATGAAACAAAAGATTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTATTTAAATA
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * *
15386274 GTCATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * **
15386339 CAAAATATTATTAAATTAAAATTATGTTATTCTGAATAAGCTTGTACAAATAGAAACAATTGTTT
66 TAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* *
15386404 TGTGACAAAACAAAAGGTCATAA-TAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
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* * ** * *
15386455 GTCATAACTATTTGCACTAG-TCAAGCCAATAGATTCATTTTTTAAATC-CATTACTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATT
* * ** * * *
15386518 TTAATAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTT-GAATAAGAC-TGCATCAATAGAAATAATT
64 TTTAGAATATTAATAAATTAATATTA-TTT-TTTTCGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATT
* * * * * * * *
15386581 TTTTTATGACCAAATAAATA-GTCATAACAATTTGAAACA-AGCAATTGTTCAAATT
126 GTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACTATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATA
* * * * **
15386636 CTTATAACTAATTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * * *
15386696 TAAAATGTCAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTT
66 TAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT-TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
*
15386761 TATGATAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCATAATA
130 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATA
* * * * *
15386813 GTCATAACTTTTTGAACTAT-TTCAAAAAATAGAATTAGTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AA-TT
1 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * *
15386873 TCAAAATATTAATAGATAAATATTATTTTATTCTAAATAA-TTTTTCATGAATAGAAACAATTGT
65 TTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTTC-GAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTGT
* *
15386937 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATG
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* ** * * * * *
15386990 GACAGGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* *
15387055 TAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
66 TAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * ** * **
15387120 GTGCCAAAACAAAA-AACTATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAACCA
131 ATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
15387170 GTCATAACTATTTGAACTTGCTCAACAGACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * ** * * * *
15387235 TGGAATATGAATAAACTAATATTATTTTATTTTGAATACGCAAGTACGAACAAAAACAATTGGTT
66 TAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT-TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * * * * *
15387300 TATAACAAAATAAAAAGTCATAACTATTTGAAATA-AAAATTGTTTAAATA
130 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * *
15387350 TTCATAACTATTTGAA-TATGCTTTATAACAAAATAGTCATAACTATTTGAGTTGGCTCGACAAA
1 GTCATAACTATTTGAACT-TG--TT-CAA-TAAACAG--AT--TTATTT---TT---T--A-AAT
* * * * * * *
15387414 CATATTTATTTTTTAAATATCTTATTTACTAATTTTTGAA-ATATTATTAAATTAGTATTATTTT
48 C-T-CTTACTTATT--A-A--TT-TTTA-GAA-TATT-AATA-AAT-T--AA-TATTATT-TTTT
* * * *
15387478 AATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATT
96 --TC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATT
*
15387542 TGAGATAGATAATTATTCAAATA
158 TGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * *
15387565 GTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * ** *
15387625 TCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGCT-TGAACAGAAACAATTGT
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* * *
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* * * *** * * ** * *
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* * * * *
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* * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* *
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* * * * * * * *
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65 TTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * **
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* * *
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* * ** * * **
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* ** * *
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1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTT
* *
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* * ** **
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* * * * ** *
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* * * ** * * * * *
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* * * *
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* * *
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* ** * *
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44 --A-A---A-TCT---CCTA-CTTA--T--TAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTT
** * * * *
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* * * * *
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* * *
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** * ** *
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* *
15387729 AATTATTCTAATG
350 AATTATTCAAATA
* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
15387872 TATGACAAAAC-AAAAGATCATAACTATTTTAAATAAATAATTATTCAAACAGTTATAACTATTT
130 TATGACAAAACAAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
** * * * * **
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* * * * * *
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259 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * *
15388065 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
324 AAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * **
15388104 GTCATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTT
* * * * * * * *
15388168 TAGAATATTAATAAATTTATCTTATTTTATTCAGTATAAGCTTGCATGGATAGAAATAATTTTTT
66 TAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * * *
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130 TATGACAAAACAAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
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* * * * * * *
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*
15388427 TAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
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15388459 TTTAAAATCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
353 1 0.00
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GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTT
TAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
AACTTGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
AAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
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15387159 TTATTCAACC
* * * *
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* * * *
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66 TTGAAATATGAATAAACTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCAAGTACGAACAAAAACAATTGGT
* * * *
15387299 TTATAACAAAATAAAAAGTCATAACTATTTGAAATA-AAAATTGTTTAAATATTCATAACTATTT
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* * * *
15387384 AGTCATAACTATTTG-AGTTGGCTCGACAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTATTTACTAATT
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* * * * ** *
15387448 TTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTG
65 TTTGAAATATGAATAAACTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCAAGTACGAACAA-AAACAATTG
* * * * *
15387512 TTTTATGACAAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
129 GTTTATAACAAAATAAAAATCATAACGATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
15387577 TGAAT
194 TGAAT
15387582 TGTTTCAGTA
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 28, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
214 21 0.13
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Consensus pattern (215 bp):
AGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTACTAATTT
TTGAAATATGAATAAACTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCAAGTACGAACAAAAACAATTGGT
TTATAACAAAATAAAAATCATAACGATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
AATATGCTTTATAACAAAAT
Found at i:15388410 original size:542 final size:538
Alignment explanation
Indices: 15387411--15388458 Score: 1311
Period size: 542 Copynumber: 1.9 Consensus size: 538
15387401 TTGGCTCGAC
* *
15387411 AAACATATTTATTTTTTAAATATCTTATTTACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATT
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*
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* * * *
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* * **
15387606 TTAAATCTTTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGC
196 TTAAATCTTTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGC
* * ** * *
15387671 TTGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTAGAAATAGATAATTATT
261 ATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTACAAATAAATAATTATT
* * * **
15387736 CTAATGGGCATGACTATTTGAACCTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCGCCAACCTATT
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* * * *
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* * *
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15387930 CTATTTGAACTTACTCAGT
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* * * *
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1 AAACATATTTATTCTTTAAATATCTTACTTACTAATTTTTGAAATATT-ATTAAATTAGTATTAT
* * * * * *
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* *
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* * * * * *
15388140 ATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TCTTATTTTATTCAGTA
191 AGTTTTTAAA-TCTT--TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCAGAA
* * * * * *
15388204 TAAGCTTGCATGGATAGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTCAAATAA
252 TAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTACAAATAA
* * ** *
15388269 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
317 ATAATTATTCAAATAGGCATAACTATTTGAACCTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCGC
** * * * *
15388334 TTA-CTCATTAATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGA
382 CAACCT-ATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACCTATATGA
* * * * *
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TTAAATCTTTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGC
ATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTACAAATAAATAATTATT
CAAATAGGCATAACTATTTGAACCTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCGCCAACCTATT
AATTTTTAGAATACTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACCTATATGAATAGAAACAA
TTGCTTTATAACAAAACAATAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTTATAAC
TATTTGAACTTACTCAGT
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* * * * * * * *
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* * * * ** * * * *
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131 TTTG
* * *
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* * * *
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*
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TTTG
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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*
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* *
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64 GGATAAACTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTCAAA
*
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129 TAAATA-A-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAA
* * * * *
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* * * ** *
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TTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTAATTCAGG
ATAAACTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTCAAATA
AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
CTTACTCATTAATTTTTAAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATATTGAATAAGCCTACAGGA
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * ***
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* * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * * ***
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* *
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* * * * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * ** * * * *
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* * * ** **
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** * ** * *
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* * ** * * * ** *
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* *** ** * *
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**
15389881 ATAGTCATAACT
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* * * * *
15389893 AGTTGAACTTGTTTGGTAAA-CGAT-TTA-TT-TT--TTTTTAAATTCCTTACT-TATT--AATT
1 --TT--A-TT-TTT--TAAATC--TCTTACTTATTAATTTTCAAAAT-ATTAATAAATTAGAATT
* ** * * **** ** * *
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55 ATT-T-TAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACAGA-AAC-AAT-TG-TTTTATGACA---AAA-AA
* * * * * ** *
15390010 TTATTTTATGACTAAACA-AAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATGTTTTAATAGTCTTAAC
109 --A----A--AGT---CATAACGATTTGAA--A--T-AGATA-AT--TGTTCAAATAGTCATAAC
* ** * *
15390074 TATATGAA-TTGGTTCAGCAAATACAT
155 TATTTGAACTT-GTTCAATAAACAAAT
* * * * ** * *
15390100 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGTAA-TATTTTACTCC
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* * * * * * * *
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65 GAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAG-TCATAACGATTTGAA
* * * * *
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* * *
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** * * * *
15390340 GAATAATTTTGTAAGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-TCATAATGATTTGAAA
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* * * * *** * * *
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129 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAAT
* *** * *
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1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTC-
* * * * * * *
15390520 AAATAAGCTTTTATAAATAGAAAAAATTAG-TGTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
65 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAACGATTTGAA
* * * * * *
15390584 ATAGATAATTTTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACATGTTCAAAAAATAGAT
128 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAAT
* * * * *
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1 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTCAAAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTATTT
* * * * * * *
15390699 GGAATAAGCTTCTATGAATAGAAACAATTG-TTTATGGCAAAACAAAAGATCATAACAAATTGAA
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* * * *
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* ** * * * * * *
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66 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * **
15390946 AGATAATTATTCAAATAGTTATTACAATTTGAACTTTTTCGATAAACATTT
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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Statistics
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AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAAT
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15389714 AATCTCCAAC
* *
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15389792 ATTTTATTTT
Statistics
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* * * * * * * * *
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* ** *
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* * *
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191 AATCTTTTACTTATTAATTTT-TAGAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGC
** ** * * ** * *
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253 TTTTATAAATAGAAACAA-T-TGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * *
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316 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGAT
* * * * * * *
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* *** * * * * *
15388880 AATAAGCTTGTATAAACGGAAACAATTGTTTTGTAACAAAATAAAAGCTCATAACAATTTGAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * ** * * *
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130 AAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCA-GTAAATACATTTATTTTTTAAAT
* * *
15389009 CCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA-TAATTACTTTATTCTACATAAGAC---T
194 CTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCTAAATAAG-CTTTT
* * ** * * * *
15389070 ATTAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATTGTTATAACGATATGAAATAAATAATTATT
257 ATAAATAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * *
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321 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGAT
* * *
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1 TTATTTTTTAAATATTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * * * * * ** * * *
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** * * ** * * ** * * *
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129 TAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCAGTAAATACATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * *
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** * ** * ** * *
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* * * * * * **
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* * * * * *
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*** * * * * *
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* * ** * * ** * ** * * *
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*** * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* ** ** * *
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* * ** * * * * * *
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* ** * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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** * * **
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* **
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** *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * **
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* * * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* ***
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* ** * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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*
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* ** ** * * * * *
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* * * * **
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* * * * *
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* *
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TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
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* * *
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* * * * *
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** * * ** * *
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* * * **
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190 GATAAAACATTATTTTAGTTAATAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTCATTAAAATTT
* * * * * * *
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255 CAAAAATTAATAACTAAAAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAAAAGTTCAAATAGTTAT
* * *
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320 GACTATCTAAACAAATATCTATTTCAATACATTATAAC
* * ** ** * **
15401510 TTTTTGTTTTGTCAGAGAGCAATTGGATCTATTCATGAAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAA
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGCTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAT-A
* * * * * *
15401575 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAATA-ATTTAAACAATAAATTTGTTTTTCTGAGC-A
65 ATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTTACCGAACAA
* * * *
15401638 GATTTAAATAGTTATGATT-ATTTACACAATTATCTATTTCAAATTGTAATGA-CTATTAGTTTT
128 G-TTCAAATAGTCAT--TTCATTTA-ACTATTATCTATTTCAAATTATAATGACCTATTA-TTTT
* * * *
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188 GCGATAAAAC-ATTATTT-TAGTTAATA-AAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTCATTA
* * * **
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249 AAATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAAAAGTTCAAAT
* * *
15401829 AGTTATGACTATTTGAACAAATATTTATTTCAA-ATCATTATAA-
314 AGTTATGACTATCTAAACAAATATCTATTTCAATA-CATTATAAC
* * * *
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1 T-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGCTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-T
* ***
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64 AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAA
* * * *
15402002 GTTCAAATAGTCATTTCCAATTGAACTATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGA-TTTGT
128 GTTCAAATAGTCATTT-C-ATTTAACTATTATCTATTTCAAATTATAATGACCTATT-ATTTTG-
* **
15402066 C-ATAAAATAATACCAATTATTCAGAATAATTGGTATTCATATAAAG-TTATTCAAAATAAAATA
189 CGAT---A-AA-A-C-ATTA-T-----T--TTAG--TT-A-ATAAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * ** * * * *
15402129 ATACCAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-T--AAGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCC
235 ATACTAATTCATTAAAATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTTACC
* * * * * *
15402188 AAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAACT-CGTTTTGAC
300 AAA-AAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTA-AACAAATATCTATTTCAA-TACATTATAAC
** * ** * * * * *
15402246 TTTTTGTTCAGTCATAAAATAATTG-TTTTAGCACATCCAAATC-AATTCAAAATCAAATAATAC
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGCTTCTA-TTCAT-AAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-
* * * ** **
15402309 TAATTTATTAACATTTAGAAAATTAATAAG-AAAGAAATTAAAAAACATAAATTAATTTATTGAA
63 TAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTACCGAA
* * * * * * * *
15402373 CAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATTGTTATGACCTTTTATTTT
125 CAAGTTCAAATAGTCATTTC-ATTT-AACTATTATCTATTTCAAATTATAATGACCTATTATTTT
*** * * * * *
15402438 ATTATAAAACAATTGTTTCAGTGCATAA-AAAGCTTATTTGAAATAAAATACTA-TTATTTATTA
188 GCGATAAAAC-ATTATTTTAGT---TAATAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTCATTA
* *
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249 AAATTTCAAAAATTAATAA
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CAAATAGTCATTTCATTTAACTATTATCTATTTCAAATTATAATGACCTATTATTTTGCGATAAA
ACATTATTTTAGTTAATAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTCATTAAAATTTCAAAAA
TTAATAACTAAAAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
CTAAACAAATATCTATTTCAATACATTATAAC
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* *
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1 TATTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATTA--
* * * *** *
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* *
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129 ATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGATTAGTCATAAAATAATACCAATTATTCAGAATAATT
15402097 GG
194 GG
*
15402099 TATTCATATAAAG-TTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTACTATT-TCAAAAATTAA-TA
1 TATTCATA-AAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATTA
* * *
15402161 -AG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAA
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* * * *
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TATTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATTATA
GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAGACAATTGAACAATTAT
CTATTTCAAATCATTATGACATTTTGATTAGTCATAAAATAATACCAATTATTCAGAATAATTGG
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15402768 CTACTTCGGC
* * * *
15402778 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTAGTATTATTT
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** * * * *
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* *
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*
15402945 AAACGAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAATATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAG-AATATT-ATAAATTAATATTAT
* * *
15403009 TTTATTCCAAATAGGCTTATATG-A-TGAAAAACAATTGTGTTATGACA-AA-AAAAAGTTCATC
64 TTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATTG--AAACAATTATGTTATAACAGAACAAAAAGTT-AT-
** *
15403070 ATTATTTGAAATACATAACTGTTCAAATA
125 AACAATTGAAATACATAACTGTTCAAATA
15403099 GCTATAATTA
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Matches are distributed among these distances:
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AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTATAAATTAATATTATTT
TATTCCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATGTTATAACAGAACAAAAAGTTATAACAAT
TGAAATACATAACTGTTCAAATATGAACTGTTTCAGT
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15402523 TGATGAAGCA
* * * * * * * **
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** * *
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* * *
15402663 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
127 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTA
* * * * ** * *
15402728 TTTGAAATAGATAATTA-TTCATATAGACTTAACT-TTTGTACTACTTCGGCAAACA-AATTTAT
192 TTTGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATAATTTAT
* * *
15402790 TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATA
257 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATCCT-AATA
* * * * *
15402854 AGCTT-ATATGAATTGAAACAATTATTTTATAATAGAAC
320 AGCTTGA-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * **
15402892 AATACGTTATAACAA-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-T--GAAC----TG--TT--TCAG-
1 AA-AGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTGGA
*
15402944 TAAAC-GAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA
65 TAAACAG-ATTT-TTTTTTAAA--T-CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
15403008 TTTTATTCCAAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTGTTATGACAAAA-AAAAGTTCATCA
125 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
15403071 TTATTTGAAATACATAACT-GTTCAAATAG-CTATAATTATTTGAAC-TGATTCT-ATAAAC-TA
189 CTATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TT-TGGTAAACATA
* * * * * * **
15403131 ACTCATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTCTTGAAATATTAATACA-GTAAAATTATTTTATC
251 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATA-ATTTAGTATTATTTTATC
* ** * *
15403195 TTGAATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAATA
314 CT-AATAAGCTTGAATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-C
* * * * * *
15403241 AAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATCA-TCATAACTATTTAAACTT-GTTCG
1 AAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTGG
* * * * * *
15403304 ATAAACAAATTTATTTTTTTCAAT-TTCTTGGGTATTAATGTTCT-ACATGTTAATAAATTAGTA
64 ATAAACAGA-TT-TTTTTTTAAATCTAC-T---TATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * *
15403367 TTATTTTATTTCAAATAAGCATGTGTGAACTAAAAAAAAATATTTTATGACTAACCAAAAGGTCA
122 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* ** * * * * * * * *
15403432 AAACGGTTTAAAATAGATAATT-GTTCTAATAATCTTAACTATTTGAA-TGGGTTTTGCAATCA-
186 TAACTATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACAT
* * * * *
15403494 CATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACT
250 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAATTTAGTATTATTTTA-T
15403559 CCTAATAAGCTTGAATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
313 CCTAATAAGCTTGAATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * *
15403604 AAAGATCATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTCAATTGGTTGGAT
1 AAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTGGAT
*
15403669 AAATAGATTTTGTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
66 AAACAGATTTT-TTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * *
15403733 TTTTGAAT-AGTTTTGTATGAATAGAAACAATTGTCTTATGATAAAACAAAATGTCATAACTATT
130 TTTCAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATT
* * * * * *
15403797 TGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATAACCATTTGAACTTGTTTAGTGAACATATTTTATTT
194 TGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATAATTTATTT
** * * * *
15403861 TTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAA
259 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAATTTAGTATTATTTTA-TCCTAATAAG
* * * *
15403926 CTTGTATAAATAGAAATAATTGCTTTATGACAAAAC
322 CTTGAATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * **
15403962 AAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-CTCAG
1 -AAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTGG
* * * ** *
15404026 -TAAACGAAATTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTTG-TCTTTTAAT-AATTAG---T
64 ATAAAC-AGATTTTTTTTTAAATC---TACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * *
15404085 ATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAGCAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
124 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* ** *
15404150 TTATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTT-AAAAAAAGT-A
189 CTATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACA-TAA
* *
15404211 TTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATT
252 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAAT-AATTTAGTATTATTTT-A-T
** * * * *
15404274 GATAA-AAGCTTGCATGAATAG-AGCTAATT-TTTAATGACAAAAT
313 CCTAATAAGCTTGAATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * *
15404317 AATAGGCCATAATGTTTTGAAATAGATAACTGCT-AAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTG
1 AA-AGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTG
* ** * * *
15404381 G-TAAACAGATTCATTTTTTGATTCTCTTACTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAA-TAGTGTT
63 GATAAACAGATT--TTTTTTTA-AATC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
15404443 ATTTTATCTCAGATAAGCTTATATGAGTTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACA
124 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
15404507 A-TAATTTGAAATATATAATTA-ATCAAATAGTCATGACTAATTAAACTTATTTGGAAAACAT-A
188 ACT-ATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATAA
* * * * * *
15404569 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATACTAATAAATTAATTTTATTTTAATCC
252 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAATTTAGTATTATTTT-ATCC
* * * * * *
15404634 AAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTATTGTATGACAAAAC
315 TAATAAGCTTGAATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * ** *
15404677 AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGG
1 -AAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTGG
** * *
15404742 -CGAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTA-
64 ATAAACAGATTT-TTTTTTAAATC---TACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * ** * * ** * *
15404803 TATTTTATTAGAAGTAAGCATGTACAAACAGAAAAAAAATCATTTTATGATAAAACAAAAGGTTA
123 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * * *
15404868 TAGCAATTTCAAATAGATAATTA-TTAAAAAAGTTATAATTATTTAAATTTGTTCGGTAAACA-A
186 TAACTATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATA
* * * **
15404931 ATTTGTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTT
251 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATCC
* * * *
15404996 TGAATAAGCTT-ATGTGAACTA-AAATAATTTTTTTATAACAAAACC
315 T-AATAAGCTTGA-ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-C
* * * * * *
15405041 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTG-ATCTAGTTTGA
1 AAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGGTTGGA
* * * * * *
15405105 TAAACATATTTACTTTTGAAATTTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
65 TAAACAGATTT-TTTTTTAAA---TCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
15405170 TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTATAATAAAA-AAAA-GTCATAACA
126 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT
* * *
15405233 ATTTGAAATAAATAATT-GCTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGGTAAATA-AATTT
191 ATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACATAATTT
** * * *
15405295 ATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGGTTCGTATTTTTTTTATTCCAA
255 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAATTTAGTA-TTATTTTA-TCCTA
* * * * *
15405356 ACAAACTT-AGATGAACATAAAC-ATATGTTTTATGACAAAATA
317 ATAAGCTTGA-ATGAATAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAA-C
* * * * * * *
15405398 AAAGGTCGTAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATGTGAACTGATTAGG-
1 AAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTT-GGA
* * *
15405462 TAAACAAAATTATTTTTTAAATCT-CTTGCATAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTT
65 TAAAC-AGATTTTTTTTTAAATCTACTT--AT--TAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATT
* * * * *
15405525 ACTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTGCAAA-AATTGTTTTATGACAAAAC---A---CA-A
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* * * * * * * * **
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* * * * * **
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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*** * * *
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* * * *
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* ** * * ** *
15406221 TATTTTGCTTT-GGATAAGCTTTTATGAACT-TAAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGATCA
123 TATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * *
15406284 TAA-TGATTTTAAATAAATAATT-GTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTT-TTT--TAATAAA
186 TAACT-ATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAA-ACA
* * * * * * *
15406344 TAGATTTATTTTTTCAAACCTTTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTT-GGATTATTG
249 TA-ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAAT-AATTTAGTATTATTT
* * * * **
15406408 TATTTCAAATAAGCTTGTAAT--ATATGAAACAAATATTTTATGATTAAAC
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* * ** * * ** * *
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1 -AAAGGTC-ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTGG
* * * * *
15406521 ACAAACACATTTATATTATAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA
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** * * * * * *
15406586 TATTTAACTC-AATAACCTTCTAT-AATCAAAAACAATTATTCTATTACAAAACAA
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Alignment explanation
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * **
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** * * *
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* * * * * *
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* * * * *** * * *
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* * * * * * * * * *
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*** * * * * * *
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* * * * * * * *
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1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
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* * * *
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*
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*** * * * *
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* * * * *
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* * **
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* * * * * *
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* * * * **
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* * * ** *
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1 GTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * *
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64 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
*
15404149 ATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTT-
129 ATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTG
** * * *
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1 GTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * * * * *
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64 TATTTT-ATTCCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * *
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* * * * * *
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1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * *
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1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
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66 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* **
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131 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
** * * *
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1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * ** * * ** * *
15404803 TATTTTATTAGAAGTAAGCATGTACAAACAGAAAAAAAATCATTTTATGATAAAACAAAAGGTTA
64 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
** * * * * * * * * *
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* * * * *
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1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
*** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
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66 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* *
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131 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTG
* * ** *
15405283 GTAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGGTTCGTATTT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TT
* * * * * * *
15405344 TTTTTATTCCAAACAAACTTAG-ATGAACATAAAC-ATATGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCGT
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* * * * *
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* * * * * *
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1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATT
* * * *
15405525 ACTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTGCAAA-AATTGTTTTATGACAAAAC---A---CA-A
65 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
15405582 ACAATTTAAAATAGATAATTG-TAAATATAGTCTTAATTATTAGAACTAGTTCG
129 ATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
** * * * * * * *
15405635 ACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT-AGTTTTCAGAATGTTATTATATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATT
*** * * * * * *
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65 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * **
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130 TAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * *
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* * * * * * * * *
15405866 TTTTATTCCAAATAAACTTGTTTG-ATCAAAAACAATTGTTATATGTCCAAATAAAATGTAATAA
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* * * * * * * * *
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130 TAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTG
* * * *
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1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * ***
15406043 TTTTATTTCAAATAAACTTGTATTAACT-GAAACAATTATTTTGTAACCAAAC-AATTTTC--AA
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* * *
15406104 TAGATTGTCAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTTTTGTG
130 TA-ATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TG
* * *
15406158 GTAAA-AAATTTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTAT
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* *** * * ** *
15406221 TATTTTGCTT-TGGATAAGCTTTTATGAACT-TAAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGATCA
64 TATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * *
15406284 TAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTA
127 TAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * * * * * * * *
15406339 ATAAATAGATTTATTTTTTCAAACCTTTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGGATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * ** *
15406404 ATTGTATTTCAAATAAGCTTGTA--ATATATGAAACAAATATTTTATGATTAAACAAAAGATCAA
65 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-A
* ** * * ** *
15406467 AAATGGTTTGAAATAGATAATTATT-TAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTG
127 TAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
** * * * *
15406521 ACAAACACATTTATATTATAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
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Statistics
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Consensus pattern (181 bp):
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TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
Found at i:15405577 original size:538 final size:535
Alignment explanation
Indices: 15402951--15406591 Score: 2153
Period size: 544 Copynumber: 6.8 Consensus size: 535
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** * * *
15402951 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
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* * * * * * * **
15403016 CAAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTGTTATGACAAAAAAAAGTTCATCATTATTTGAA
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* * * * * *
15403080 ATACATAACTGTTCAAATAG-CTATAATTATTTGAACTGATTCT-ATAAACT-AACTCATTTTTT
129 ATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTG-TT-TGGTAAA-TAAATTTATTTTTT
* * * * *** *
15403142 AAATCTCTAACTTATCAATTCTTGAAATATTAATACAGTAAAATTATTTTATCTTGAATAAGCTT
190 AAA--TCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA--TTGAAAAAGCTT
** * * * * *
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250 AGCATGAACAT-AAACATA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * *
15403269 TTGTTTAAATCA-TCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTCAATTTCTT
313 TTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACATGTTAGGTAAACAAAATTA-TTTTTTAAATCTCTT
*** * * * * * * * *
15403333 GGGTATTAATGTTCT-ACATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTGTGAAC
376 ACATATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAA-
* * * * * * * *** * * * *
15403397 TAAAAAAAAATATTTTATGACTAACCAAAAGGTCAAAACGGTTTAAAATAGATAATTGTTCTAAT
439 TTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
* * * * * * *
15403462 AATCTTAACTATTTGAA-TGGGTTTTG-CAATCAC
504 AGTCATGACTATTTGAACT---ATTTGATAAACAT
* * * * * * * *
15403495 ATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
* * * * * * *
15403559 CCTAATAAGCTTGAATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAATAATTTGAG
65 CCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAAAAAAG-TCATAACAATTTGAA
* * * * * *
15403624 ATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTCAATTGGTTGGATAAATAGATTT-TGTTTTTAA
129 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGG-TAAATAAATTTAT-TTTTTAA
* * * * *
15403688 ATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAGTTTTGTAT
192 ATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA--TTGAAAAAGCTTAGCAT
* * * * * *
15403751 GAATAGAAACA-ATTGTCTTATGATAAAACAAAATGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATAGTT
255 GAACATAAACATA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * ** ** *
15403814 CAAATGGACATAACCATTTGAACTTGTTTA-GTGAACATATTTTATTTTTTAAATCTCCAACTTA
318 CAAATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTAGGTAAACA-AAATTATTTTTTAAATCTCTTACATA
* * * * *
15403878 TTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAT-AAATAGAA
381 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAATTA-AA
* * *
15403941 ATAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
444 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * *
15404006 TAACTATTTGAACT-TCTCAGTAAACGA-
509 TGACTATTTGAACTATTTGA-TAAAC-AT
* * * ** *
15404033 AATTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTTG-TCTTTTAAT-AATTAGTATT-TTATT--
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTAA
* ** * ** * **
15404093 T-CAAATAAGCTTTTATGAGCAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTG
64 TCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAA-AAAA-GTCATAACAATTTG
* *
15404157 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTT--TAAAAAAAGTATTTATTTT
127 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTGGT-AAATAA--ATTTATTTT
* * *
15404219 TAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATTGATAAAAGCT
188 TTAAA--TCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTT-ATTGA-AAAAGCT
* * * * *
15404284 T-GCATG-A-ATAGAGC-TAAT-TTTTAATGACAAAATAATAGGCCATAATGTTTTGAAATAGAT
249 TAGCATGAACATA-AACAT-ATGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * *
15404344 AACTGCT-AAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTGGTAAAC-AGATTCATTTTTTGATTCTC
311 AATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACATGTTAGGTAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCTC
* * *
15404407 TTAC-TCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAA-TAGTGTTATTTTATCTCAG-ATAAGCTTATATG
374 TTACAT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCGAATAAGCTTATATG
* * * * * *
15404468 AGTTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATAATTTGAAATATATAATTAATCAA
437 AATTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* *
15404533 ATAGTCATGACTAATTAAACTTATTTGGA-AAACAT
502 ATAGTCATGACTATTTGAAC-TATTT-GATAAACAT
* * *
15404568 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATACTAATAAATTAATTTTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC
* * * *
15404633 CAAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTATTGTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA
66 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAAC-AAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAA
** ** *
15404698 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGCGAATAGATTTATTTTTTAAA
129 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAA
*
15404763 TCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTA-TATTTTATTAGAAGTAAGCATG
193 TC---TACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-GAA-AAAGC-T-
* * * * * * *** *
15404825 TA-CA--AACAGAAAAAAAATCATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATA
249 TAGCATGAACA-TAAACATAT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * * ** * * *
15404887 ATTATTAAAAAAGTTATAATTATTTAAATTTGTTCGGTAAACAAATTTGTTTTTTAAATCTCTTA
312 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA
* * ** * *
15404952 -ATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATGTGAACT
377 CA-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAATT
* * * * * *
15405016 AAAATAATTTTTTTATAACAAAACCAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAG
441 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
*
15405081 TCATGACTATTTGATCTAGTTTGATAAACAT
506 TCATGACTATTTGAACTA-TTTGATAAACAT
* * * *
15405112 ATTTACTTTTGAAATTTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC
* *
15405177 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTATAATAAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
66 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
*
15405242 AAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC
131 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC
** * * * *
15405307 T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGGTTCGTATTTTTTTTATTCCAAACAAACTTAG-ATGA
195 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTA-TTATTTTATT-GAAA-AAGCTTAGCATGA
* * *
15405370 ACATAAACATATGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCGTAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAA
257 ACATAAACATATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * *
15405435 TAGTCATAATTATGTGAAC-TGATTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTGCATAATAAT
322 TAGTCATAACTATTTGAACATG-TTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAT
* * *
15405499 TTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTACTTTATTCCGAATAAGC-TAGTATGAATTGCAAA-AA
386 TTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTA-TATGAATT-AAAATAA
* * * * * * *
15405561 TTGTTTTATGACAAAAC---A---CA-AACAATTTAAAATAGATAATT-GTAAATATAGTCTTAA
448 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAA-ATAGTCATGA
* * * * *
15405618 TTATTAGAACTAGTTCGACAAACAA
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* * * * * * * *
15405643 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTT-TTCAGAATGTTATTATATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
*** * * * * * * **
15405707 TTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGA
65 CCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAA-AAA-AGTCATAACAATTTGA
* * * * * * * * *
15405772 AGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTG---GTTCAGTAAA--CA--TCTT---
128 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * * **
15405827 T-TACTTACTAATTTTTGAGAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTT-GTTTG
193 TCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-GAAA-AAGCTTAGCATG
* * * * * * * * ** * * *
15405890 ATCAAAAACA-ATTGTTATATGTCCAAATAAAATGTAATAACAATTTGAAATAGATAACTATTGA
256 AACATAAACATA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * *
15405954 ATTGGCCATAATTATTTAAAC-TGATTTGGTAAAC-AAATTCATTTTTTAAA--TC--ACTTATT
320 AATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTAGGTAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACATATT
* * * * * * * * * *
15406013 AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCAAATAAACTTGTATTAACTGAAACAA
383 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAATTAAAATAA
* * * * *** * * * * *
15406078 TTATTTTGTAACCAAAC-AATTTTC--AATAGATTGTCAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATA
448 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA-ATT-TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATG
* * * *
15406140 ACTATTTGAATTTTTGTGGTAAA-AA
511 ACTATTTGAACTATT-TGATAAACAT
* * * * **
15406165 ATTTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTGC
1 A-TTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
**** * * * *** **
15406229 TTTGGATAAGCTTTTATGAACT-TAAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGATCATAATGATTT
64 TCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATAACAAAA-AAAAG-TCATAACAATTT
* * * ** *
15406293 TAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTAATAAATAGATTTATTTTTT
126 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTT
* * * * * * *
15406358 CAAACCTTTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTGTATTTCAAATAAGCT
190 -AAA---TCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTGAAA-AAGCT
* * * * ** * * *
15406423 T-G--TAATATATGAAACAAATATTTTATGATTAAACAAAAGATCAAAAATGGTTTGAAATAGAT
249 TAGCATGA-ACAT-AAACATATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGAT
* * ** * ** * * * *
15406485 AATTATT-TAATAGTTTTAACTATTTGAAC-TGGTTTGACAAACACATTTATATTATAAATCTCT
311 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCT
* *
15406548 TACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATATTTA
375 TACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTA
15406592 ACTCAATAAC
Statistics
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ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTGAAAAAGCTTAGCATGAACAT
AAACATATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACATGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTG
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAATTAAAATAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAA
CTATTTGATAAACAT
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* * * *
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*
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* * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* *
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15407074 TGAATGCGCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATAACAAAATAAAAAGTTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTGAAAACTATTTGAAC
TAGTTTGGTAAACAGAATTATTTTCTAAATCTCCTACTGATAAATTTTTG
Found at i:15408207 original size:181 final size:181
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* * * * * **
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* * * * ** *
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* * * * *
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* ** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * **
15408177 ATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAAT
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* * *
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** * * * * * * *
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1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACCTATTA
* * * * * ****
15408358 ATTTTTGGAATATGAATAAACTAGTATAATTTTATTTCGAATACGCATGTATGAATAGAAACAAT
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* *
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* * * * * * * *
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* * * ** * *
15408536 TAGCAACACATTTATTTTTTA-AATCTTTTAGTTATTCATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAT
57 TA-C--C-TA-TTAATTTTTAGAA-----TA-TTAAT-A-AATT--AGTATTATT---TTA-TTT
* * * *
15408600 T-ATTTTAA-TTTGAATAAGCTGGTATAAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAA-ATCA
103 TGA--ATAATTTTG--T-A--T-G----AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
* * * *
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156 TAACTATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * *
15408688 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAT-TTCAATAAATAAATTTAGTTTTTAAATC-TCT---TATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACCTATT
* * * * * * * *
15408748 AAATTTT-GAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTATTTTAAATAATTTGGCATGAACAAAAACA
65 AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * *
15408812 ATTGTTTTATGACAAAACAGAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * ** * * * *
15408865 AAATGGACATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAGTCTCCTATCTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACCTATTA
* * * *
15408930 ATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTAAATAAACTTTTG--TGAATAGAAACA
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AA-TTTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * *
15408992 ATTGCTTTATAACAAAACAAAAAATAATAACTATTTTAAATAAATAATTATTC
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * *** * * * **
15409045 AAATAGTTATAACGATTTGAACTTAAGTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACCTATTA
* * * * * *
15409110 ATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTTATTTCGAAT-ATGCTTGTATGAACAAAAACA
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAT-TTTGTATGAATAGAAACA
* * *
15409174 ATTGGTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAA
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAA
15409213 CGTGTTCAGA
Statistics
Matches: 994, Mismatches: 210, Indels: 146
0.74 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
176 100 0.10
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ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTC
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* * * ** ** * *
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* **
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65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
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* * * * *
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193 ACTATTTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATATCTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAAT-AG
*
15408020 TATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTC
256 TATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
*
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321 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAACTGGACA
*
15408121 TGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGA
1 TAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGA
* *
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66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * ** *
15408250 GAGAAAACAAAAGATTATAACTACTTGAAATAAATAATTGTTCAACCAGTTATAACTATTTGAA-
130 AACAAAACAAAAAATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
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195 TATT--TCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAA---TAT-CTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA
* * **** * *
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253 -TAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* ** * *
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317 GGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAACT-GGACA
* ** *
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1 TAACTATTTGAACT-TGTTT-A-GT---AA-A--C--AA--ATTT-A--TTTTTTA--AATCTC-
* ** * * *
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47 -CTACCTATT-AAT-TTTTAG--A---A-TATT--AATA-AATT-----AGTATTATTTTAATTT
* * * * * * * *
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95 GAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAATCATAACTATTTGAAA
* *
15408675 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTCAATAAATAAATTTAGTTTTTAAAT
160 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAAT
* * * * *
15408740 CTCTTATTAAATTTTGAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTATTTTAAATAATTTGGCATGAAC
225 ATCTTATT-AATTTTGAAATATTAATAAAT-AGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAAT
* * * * * * *
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288 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAACTG
15408870 GACA
353 GACA
** * * * * *
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1 TAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGA
* * * * *
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66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
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130 AACAAAACAAAAAATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** ** * * * * *
15409067 TTAAGT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAA
195 -TATTTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAA---TAT-CTTATTAA-TTTTGAAATATTAAT-AAA
* * * * * ** *
15409131 TAGTATTATTTTTATTTCGAAT-ATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTAATGACAAAACAAA
253 TAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAT-TTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
*
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316 AGGTCATAACAATTTGAA
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Statistics
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AATTTGAAATAAATAATTGTTCAACTGGACA
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15408530 CTGGTTTAGC
* * * * *
15408540 AACACATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTCATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTT
1 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA-T-AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * ** * * *
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* **
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* * * *
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1 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * ** *
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* *
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* * * *
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1 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAT-TA-TAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * *
15408961 TATTCTAAATAAACTTT--TGTGAATAGAAACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAAATAATAACT
63 TATTTTAAAT-AA-TTTGGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACA
* * * * **
15409024 ATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACGATTTGAACTTAAGT-GGTA
126 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTCGGTA
* * * *
15409077 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTT
1 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA-TAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TT
** * * **
15409142 TTATTTCGAAT-ATGCTT-GTATGAACAAAAACAATTGGTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
62 TTATTTTAAATAAT--TTGGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAAC
*
15409205 TATTTGAA
125 AATTTGAA
15409213 CGTGTTCAGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TTTAAATAATTTGGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTG
AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTCGGTA
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15409070 AGTGGTAAAC
* *
15409080 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTTA
*
15409145 TTTCGAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATT
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130 TGAACGTGTTCAGAAAAT
*
15409227 AGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTA-TTTT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-ATAGTATTATTTTT
*
15409289 A-TTC-AATATTAGCTTGTATGAACAAAAGA-AATTATTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
65 ATTTCGAATA-T-GCTTGTATGAACAAAA-ACAATTAGTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
15409351 ATTTGAA
127 ATTTGAA
15409358 ATAGATAATT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 5, Indels: 12
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Matches are distributed among these distances:
143 4 0.03
144 5 0.04
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AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTTA
TTTCGAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTAGTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
GAACGTGTTCAGAAAAT
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Period size: 180 Copynumber: 4.3 Consensus size: 181
15409187 AAAACAAAAG
* * * * * *
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* *
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* * * *
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126 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* *
15409377 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCACTTT-CTCATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATC-CTTTACTTATTAATTT
* * * * * *
15409441 TCATAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAA-ATGATACAATT-G
65 TCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAAACAATTAT
* * *
15409504 TTTATGACGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATA
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* ** * * * * *
15409557 GTTATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTCATTTTTAAAAT-CTTCTACCTATTAACTG
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCCTT-TACTTATTAATTT
* * * ** *
15409621 TCAAAATATTAATAAACTAGCATTATTTTAATCCGAATAAGTTTGTATGAACA-AAAACAATTAT
65 TCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAAACAATTAT
* * * *
15409685 TTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATATTTATTCAAATA
129 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
15409738 GTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTAT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCCTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
15409803 C-TGAATGA-TAATAACTTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAAAAAATTA
66 CAT-AAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAACATAAAACAATTA
* * ** * * *
15409866 TTTTATGACAAAACAAAATGTTATGGCTATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATA
128 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * *
15409920 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTCAGTTTTTAAATC
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATC
15409968 TCTNNNNNNN
Statistics
Matches: 484, Mismatches: 89, Indels: 34
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
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179 1 0.00
180 197 0.41
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182 101 0.21
183 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
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GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCCTTTACTTATTAATTTT
CATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAAACAATTATTT
TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
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15409515 ACAAAAGGTC
*
15409525 ATAACAATTTGAAATAG
1 ATAACTATTTGAAATAG
*
15409542 ATAATTATTT-AAATAG
1 ATAACTATTTGAAATAG
15409558 TTATAACTATTTGAA
1 --ATAACTATTTGAA
15409573 CTTGTTCAAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 4
0.78 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.48, C:0.04, G:0.08, T:0.40
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ATAACTATTTGAAATAG
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15408677 GATAATTATT
* *
15408687 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTCAATAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAAAT
1 CAAAAAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAAAT
* * * *
15408752 TTTGAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTATTTTAAATAATTTGGCATGAACAAAAACAATTGT
66 TTTGAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTCAAATAACTTGGCATGAACAAAAACAATTAT
* * * * *
15408817 TTTATGACAAAACAGAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACATAACTATT
131 TTAATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGACATAACTATT
* * * *
15408882 TGAACTTGTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAGTCTCCTATCTATTAATTTTCAAAATATTAAT
196 TGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTACTATCTATTAATTTTCAAAATATTAAT
* * *
15408947 AAATTAGTATTATTTATTCTAAATAAACTTTTGTGAATAGAAACAATTGCTTTATAACAAAACAA
261 AAATTAGTATTATTTATTCTAAATAAACCTATATGAATAGAAACAATTGCTTTATAACAAAACAA
* * **
15409012 AAAATAATAACTATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACGATTTGAACTTAAGTGGTA
326 AAAATAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACGATTTGAACTT-AGTAATA
* * * ** * * *** *
15409077 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTT
390 AACAGATTCATTTTTAAAATCTTCTACCTATTAACTGTCAAAATATTAATAAAATAGCATTA-TT
* * * *
15409142 TTATTTCGAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTAATGACAAAA
454 TTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAGTTAATGACAAAA
* * * *
15409191 CAAAAGGTCATAACTATTTGAACGT-GTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAT
1 CAAAAAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCA-ATAAATAAATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTTAT
* * * *
15409254 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAATATTAGCTT-GTATGAACAAAA
61 TAAATTTTGAAATATTAATAAA-TCAGTATTATTTTATTTCAA-A-TAACTTGGCATGAACAAAA
** * *
15409316 GA-AATTATTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTC
123 -ACAATTATTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGAC
* * *
15409380 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATC-ACTTTCTCATTAATTTTCA
187 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTACTATCT-ATTAATTTTCA
* * * * * *
15409444 TAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAA-ATGATACAATTG-TTT
251 AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTAAATAAACCTATATGAATA-GAAACAATTGCTTT
* * ** * * * *
15409507 ATGACGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAACTATTTGA
314 ATAACAAAACAAAAAATAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACGATTTGA
*
15409572 ACTT-GTTCAATAAACATATTCATTTTTAAAATCTTCTACCTATTAACTGTCAAAATATTAATAA
379 ACTTAG-T-AATAAACAGATTCATTTTTAAAATCTTCTACCTATTAACTGTCAAAATATTAATAA
* * * * *
15409636 ACTAGCATTATTTTAATCCGAATAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAA
442 AATAGCATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAGTTAATGACAAAA
*
15409697 CAAAAAGTCATAACGATTTGAA
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Statistics
Matches: 440, Mismatches: 74, Indels: 26
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
504 43 0.10
505 3 0.01
506 75 0.17
507 284 0.65
508 35 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (502 bp):
CAAAAAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAAAT
TTTGAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTCAAATAACTTGGCATGAACAAAAACAATTAT
TTAATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGACATAACTATT
TGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTACTATCTATTAATTTTCAAAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTATTCTAAATAAACCTATATGAATAGAAACAATTGCTTTATAACAAAACAA
AAAATAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACGATTTGAACTTAGTAATAA
ACAGATTCATTTTTAAAATCTTCTACCTATTAACTGTCAAAATATTAATAAAATAGCATTATTTT
AATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAGTTAATGACAAAA
Found at i:15412046 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 15410997--15412365 Score: 1028
Period size: 180 Copynumber: 7.6 Consensus size: 178
15410987 GCGTATTTTG
* *
15410997 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAA-ATTTTAGAAAATAAAG
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGAAAAGATTTTA-AAAATAAAT
* *
15411060 CTATTT-TCTGAACACA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
63 TTATTTAT-TGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * **
15411123 TGACCATTTGTTTTGTCAT-AAACAAATTGTTTCTGTTCAAACAAGCTTATTTGG
126 TGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCA
* * * *
15411177 AATAAAATAATTCTAATTAATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAG-AAAAGATTT-TAAAAATAAATT
* * *** * * * *
15411242 TGTTTACCTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATG
64 TATTTA-TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * **
15411307 ATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGG
128 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCA
* * * ** * *
15411359 AATAAAACAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAA-T
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG-AAAAGATTTTAAAAATAAATT
* * **
15411423 TAGTTTATTGAACCAA-TTCAAATAGTCAT-ATCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTA
64 TA-TTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * ** * * *
15411486 TGACATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACACA-ATCATTTA
126 TGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTCA
*
15411539 ATATAAAATAATACTCAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG---AGA-TTTAAAAACTAAA
1 A-ATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAAAGATTTTAAAAA-TAAA
* * ** * ** * * * *
15411600 TCTCTTTACCGAACTAGTTTGAATAGTTATAAACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCGTTA
62 TTTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * *
15411665 TGATC-TTTGTTTGT-CCCTAAAACATTTTTTTCTGTTCATTACAAGCTTATTCA
126 TGACCTTTTGTTT-TATCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-TACAAGCTTATTCA
* * * * * *
15411718 GAGTAAAATATTGCTAAGTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAGAAAATAAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGAAAAGATTTTA-AAAATAAAT
* * * * * * * *
15411782 GTGTTTGTTGATCCA-TTCAAATAGTTAAGAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCT
63 TTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * *
15411846 AACATTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACATGCCTATTCA
127 GACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* *
15411898 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAATTTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA-TTAATAAG-AAAAGATTTTAAAAATAAATT
* * *
15411963 TATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTAAAATCATTATGA
64 TATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * *
15412028 CCTTTTATTTTATCATAAAAC-ATTGTTT-TAGATCATAAAAGCTTGTCCCA
129 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TCA
* * * * *
15412078 AATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAAAGA-TTTAAAACATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTTAAAA-ATAAAT
* ** * * * * *
15412142 CTATTTATCAAATC-AGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAAC-ATTATCTATTTCAAATCATTAC
63 TTATTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * *
15412205 GAACTTTTGTTTTGA-CATAAAAC-ATTGTTTTTCA-TCATACTAGCTTATTCGT
127 GACCTTTTGTTTT-ATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-A
* * * * *
15412257 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCA-ATAAGATATTTATAAATAATTT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAAAGAT-TTTAAAAATAAATT
* ** * * * * *
15412321 TGTTTGCTGGACCAGTTGAAATAATTATGACTATTTGAATAATTA
64 TATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
15412366 AAATAAGTTA
Statistics
Matches: 946, Mismatches: 191, Indels: 105
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 17 0.02
178 110 0.12
179 223 0.24
180 229 0.24
181 186 0.20
182 154 0.16
183 27 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGAAAAGATTTTAAAAATAAATTTA
TTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
Found at i:15412086 original size:359 final size:356
Alignment explanation
Indices: 15410997--15412365 Score: 1153
Period size: 359 Copynumber: 3.8 Consensus size: 356
15410987 GCGTATTTTG
15410997 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAA-ATTTTAGAAAATAAA
1 AATAAAATAATACT-AA-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAGA-TTTAGAAAATAAA
*
15411059 -GCTATTT-TCTGAACACATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
63 TG-TATTTATCTGAAC-CATTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * **
15411122 ATGACCA-TTTGTTTTGTCAT-AAACAAATTGTTTCTGTTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
126 AT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACATGCTTA-TTCAAATAAAAT
* * * * * *
15411185 AATTCTAATTAATTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTAC
188 AATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-TAAAAATAAATTTGTTTA-
*** * * * * *
15411249 CTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGATCTTTT
251 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTT
* * **
15411314 GTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGG
316 -TTTT-TCATAAAAC-ATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTA-TTCA
* * * * *
15411359 AATAAAACAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAAT-
1 AATAAAATAATACTAAT-TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAGAAAATAAATG
* * * * **
15411423 TAGTTTAT-TGAACCAATTCAAATAGTCATA-TCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTA
65 TA-TTTATCTGAACC-ATTCAAATAATTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * ** *** * *
15411486 TGACATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACACAATCATTTAATATAAAATAAT
127 TAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACATGCTTATTCAA-ATAAAATAAT
* * *
15411551 ACTCAATTTATT-ACTATTTCAAAAATTAATAAG----AGA-TTTAAAAACTAAATCTCTTTACC
191 ACT-AATTTATTAAC-ATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAA-TAAATTTGTTTACT
* ** * * *
15411610 GAACTAGTTTGAATAGTTATAAACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTGT
253 GAACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTT-T
* * * * *
15411675 TTGTCCCTAAAACATTTTTTTCTGTTCATTACAAGCTTATTCA
316 TTTTTCATAAAACATTGTTTT-AGTTCA-TACAAGCTTATTCA
* * * *
15411718 GAGTAAAATATTGCTAAGTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAGAAAATAAAT
1 -AATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAGAAAATAAAT
* * * * * *
15411782 GTGTTTGT-TGATCCATTCAAATAGTTAAGAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCT
64 GTATTTATCTGAACCATTCAAATAATTAAG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * *
15411846 AACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACATGCCTATTCAAATAAAATAATAC
128 AACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACATGCTTATTCAAATAAAATAATAC
* * *
15411911 TAATTTATTAACA-TTCAAAAATTTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAATAAATTTATTTATTGAAC
193 TAATTTATTAACATTTCAAAAA-TTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC
* * *
15411975 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTA
257 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTT-TTTT-
* * * *
15412040 TCATAAAACATTGTTTTAGATCATAAAAGCTTGTCCCA
320 TCATAAAACATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT-TCA
* * * *
15412078 AATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAAAGATTTA-AAACATAAAT
1 AATAAAATAATACTA-ATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAGAAA-ATAAAT
* * * * * * *
15412142 CTATTTATC-AAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAAC-ATTATCTATTTCAAATCATTAC
64 GTATTTATCTGAACCA-TTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-
* * * *
15412205 GAAC-TTTTGTTTTGACATAAAAC-ATTGTTTTTCA-TCATAC-TAGCTTATTCGTAATAAAATA
127 TAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAT-GCTTATTC-AAATAAAATA
* * * * *
15412266 ATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT---CAATAAGATATTTATAAATAATTTTGTTTGC
189 ATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAA-AAGAT-TTTAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * *
15412328 TGGACCAGTTGAAATAATTATGACTATTTGAATAATTA
252 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
15412366 AAATAAGTTA
Statistics
Matches: 806, Mismatches: 153, Indels: 100
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
356 11 0.01
357 24 0.03
358 102 0.13
359 239 0.30
360 182 0.23
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362 53 0.07
363 106 0.13
364 14 0.02
365 15 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
AATAAAATAATACTAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAGAAAATAAATGT
ATTTATCTGAACCATTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACATGCTTATTCAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTTTTTTTCATAA
AACATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
Found at i:15412230 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15411896--15412296 Score: 470
Period size: 179 Copynumber: 2.2 Consensus size: 180
15411886 CATGCCTATT
* *
15411896 CAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAATAA
1 CAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAATAA
* ** * * *
15411960 ATTTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTAAAATCATTA
65 ATCTATTTATCAAACAAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATCTAAAATCATTA
* * * *
15412025 TGACCTTTTATTTTATCATAAAACATTGTTTTAGATCATAAAAGCTTGTCC
130 CGAACTTTTATTTTATCATAAAACATTGTTTTACATCATAAAAGCTTATCC
* * * ** *
15412076 CAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAAAGA-TTTAAAACATAA
1 CAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAA-ATAA
* * * *
15412140 ATCTATTTATCAAATC-AGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAA-CATTATCTATTTCAAATCATT
65 ATCTATTTATCAAA-CAAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATCTAAAATCATT
* * ** *
15412203 ACGAACTTTTGTTTTGA-CATAAAACATTGTTTTTCATCATACTAGCTTATTC
129 ACGAACTTTTATTTT-ATCATAAAACATTGTTTTACATCATAAAAGCTTATCC
**
15412255 GTAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
1 CAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
15412297 CAATAAGATA
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 32, Indels: 9
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 103 0.56
180 74 0.40
181 8 0.04
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
CAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAATAAA
TCTATTTATCAAACAAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATCTAAAATCATTAC
GAACTTTTATTTTATCATAAAACATTGTTTTACATCATAAAAGCTTATCC
Found at i:15415309 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 15415275--15415332 Score: 98
Period size: 25 Copynumber: 2.3 Consensus size: 25
15415265 GAACACCATC
15415275 GGCACATGTTGGGTTTCTTGATACA
1 GGCACATGTTGGGTTTCTTGATACA
*
15415300 GGCACATGTTGGGTTTCTTGGTACA
1 GGCACATGTTGGGTTTCTTGATACA
*
15415325 AGCACATG
1 GGCACATG
15415333 CCTCGACCAC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 31 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.17, G:0.29, T:0.33
Consensus pattern (25 bp):
GGCACATGTTGGGTTTCTTGATACA
Found at i:15418062 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 15417480--15418092 Score: 567
Period size: 176 Copynumber: 3.4 Consensus size: 176
15417470 GTTAGTGGCA
* * * *
15417480 TTCGTTTTGAATAATTATCTATTTTAAATCA-TTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTG
1 TTCG-TTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* *
15417544 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATA-ATTAAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAAT
63 TTTCTATTCATACAAG-TTATTCTGAATAAAATATACT-AATTTGTTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * *
15417608 AAGTAAAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTTTTGAACT-CGTTCAAATAGTTATCA
126 -AG-AAAAATTTAAAAAATAAATCT-ATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTA-CG
* * * *
15417662 TT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTCTCATAAACCAATTGTTT
1 TTCGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *
15417726 CTATTCATACAAGATATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATA-A
66 CTATTCATACAAGTTATTCTG-AATAAAAT-ATACTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAGA
* * * ** * *
15417789 AATATTTAAAAAATAAATCTATCTACCAAGCAAGTTAAAATAGTTATG
129 AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTACG
* * * * *
15417837 -ACTGTTTGAACAATTATGTTTTTCAAATAGTTATG-CTATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
1 TTC-GTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *** *
15417900 TTCTATTTAAACAAGTTTATTCTGAATAAAATCATACTAATTTATTAATATTTTGCAATTTAATA
64 TTCTATTCATACAAG-TTATTCTGAATAAAAT-ATACTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * *
15417965 GGCAGGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTCACG
127 -G-A-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTACG
* * ** *
15418018 TTCGCTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTGTTGTAAAAGAATTGTT
1 TTCGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTT
*
15418083 TCAATTCATA
65 TCTATTCATA
15418093 AATATTTTGC
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 64, Indels: 34
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 5 0.01
176 95 0.27
177 40 0.11
178 14 0.04
179 64 0.18
180 32 0.09
181 71 0.20
182 29 0.08
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (176 bp):
TTCGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
CTATTCATACAAGTTATTCTGAATAAAATATACTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAGAAA
AATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTACG
Found at i:15418129 original size:147 final size:147
Alignment explanation
Indices: 15417946--15418211 Score: 390
Period size: 147 Copynumber: 1.8 Consensus size: 147
15417936 CTAATTTATT
* * * * *
15417946 AATATTTTGCAATTTAATAGGCAGGAGATTTTAAAAATAAATCTATTT-ATCAAATAAGTTCAAA
1 AATATTTTGCAATTTAATAAGCAGGAGATTTAAAAAAAAAATCTATTTGCT-AAACAAGTTCAAA
* * * *
15418010 TAGTCACGTTCGCTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTGTTGTAAAA
65 TAGTCACATCCACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTTGTTGTAAAA
15418075 GAATTGTTTCAATTCATA
130 GAATTGTTTCAATTCATA
* * * *
15418093 AATATTTTGCAATTTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAAAAATTTGTTTGCTGAACAAGTTCAAAT
1 AATATTTTGCAATTTAATAAGCAGGAGATTTAAAAAAAAAATCTATTTGCTAAACAAGTTCAAAT
*
15418158 AGTCATATCCACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTT
66 AGTCACATCCACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTT
15418212 GTCATAAAAA
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 14, Indels: 2
0.87 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
147 103 0.99
148 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (147 bp):
AATATTTTGCAATTTAATAAGCAGGAGATTTAAAAAAAAAATCTATTTGCTAAACAAGTTCAAAT
AGTCACATCCACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTTGTTGTAAAAG
AATTGTTTCAATTCATA
Found at i:15418562 original size:502 final size:504
Alignment explanation
Indices: 15417617--15418565 Score: 1112
Period size: 502 Copynumber: 1.9 Consensus size: 504
15417607 TAAGTAAAAA
** ** * * *
15417617 TTAAAAAAATAAATCTGTTTTTTGAACTCGTTCAAATAGTTATCATTATTTGAACAATTATCTAT
1 TTAAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAACAAGTTCAAATAGTCATCATCACTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
15417682 TTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTCTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGATATTCGA
66 TTCAAATAGCTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAACAAAATGTTTCTATTCATACAAAATAATCGA
* *
15417747 AATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAAATATTTAAAAAATAAATCTATC
131 AATAAAAGAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAAATATTTAAAAAATAAATCTATC
* * *
15417812 TACCAAGCAAGTTAAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATGTTTTTCAAATAGTTATGCTATT
196 TACCAAGCAAGTTAAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATGTTTCTCAAATAGTTATGC-ATT
* * ** * *
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* *** * * * * * *
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** * **
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*
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* * *
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* * *** *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * **
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* * * *
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* * * *
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* *
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*
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* * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * * **
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* *
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** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * * * **
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * *
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* ** *
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* * *
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** *
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* * * * * ** * * * ** *
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* * **
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * *
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* **
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* * * * * ***
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * *
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* * *** * *
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* * * * * * *
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* **
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* * * * * *
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*
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** * * * * *
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* * * * * * * *
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*
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* **
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* * * *
15419135 AAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTC--ATAATCTTAACTATTTGAACTGGTTTA
1 CAAAA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-
* ** * * ** * * * *
15419198 GCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTTTAATTTTATTAGATTAGTACTA
64 GGAAACGCATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * ** * * * *
15419263 TTTTATTTCAAACAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGCCTCATGACATAACAAAAGATTATAAC
129 TTTTATTACAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACA-AA-AAAAAATCATAAT
* * * * * ** * *
15419328 AATTTGAAGTATAAAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TGATTTGGCAAACAGATTT
191 GATTTGAAATAGATATTTG-TCAAATAGTCATAATCTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACTGATTT
** * * * * * **
15419391 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCAAA
254 ATTAATTAAATATCTTACTCATTAATTTTTGAAACA-TAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAA
* * * * * *
15419456 TAAACTTGTATGAAAAAAAAAACAATTGTTATAT-AATCAAA
318 TAAGCTTCTATG---AACAAAATAATTGTTTTATGACT-AAA
* * * ** * * * * * * *
15419497 CAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATCATTGAAATGGGCATAATTATTTAAACTGATTCG
1 CAAAA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTG
* *
15419562 ATAAACAG-ATTCATTTTTTAAA--TC--ACTTA-TAATTTTT---A-A--AAT-AATTAGTATT
65 -GAAAC-GCATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * * *
15419614 ATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAATTGAAACCATTATTTTAT-AGCAAAACAAAAGGTCATA
128 ATTTTATTACAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAA-AAAA-ATCATA
* * * * * ** **
15419678 ACGATTTTAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCGTAA-CTATTTGAATTTATTTGGTAAACAAAT
189 ATGATTTGAAATAGAT-ATT-TGTCAAATAGTCATAATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACTGAT
** * * * * * * * *
15419741 TTATTTTTTTTGAA-CTCTTGCTTATTAATTTTGGAAATATTAA-AAAGTTAGTATTACTTTATT
252 TTA--TTAATTAAATATCTTACTCATTAATTTTTGAAACA-TAATAAA-TTGGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
15419804 GTGGATAAGCTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAA
313 TTGAATAAGCTTCTATGAAC-AAAATAATTGTTTTATGACTAAA
* * * * * * *
15419848 CAAAAGGTCATAATGGTTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTTGTTTG
1 CAAAA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTG
* * * * * * * * * * * *
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65 G-AAAC-GCATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTA
*** * * ** * * * * **
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126 TTATTTTATTACAAATAAGCTTGTATGAAAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAA-AAAAAATCATA
* * * ** * * **
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** * * * * * * *
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251 TTTATTAATTAAATATCTTACTCATTAATTTTTGAAACA-TAATAAATTGGTATTATTTTAT-TT
* * * * *
15420168 CGAATAAGCTTTTATGATAAAAAAACAATTTGTTTTATGACAAAA
314 TGAATAAGCTTCTATG--AACAAAATAA-TTGTTTTATGACTAAA
* * * * * * *
15420213 C-AAAGATT-TAATGATTTGAGATTGATAATTGTTTAAATAGTCATGACTATTTAAACTGATTCG
1 CAAAAG-TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTG
* * *
15420276 GTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATTTGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
65 G-AAAC-GCATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
15420340 ATTTTTTTTCAAATATGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA
128 ATTTTATTACAAATAAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA-ATCATAA
** * * * * * * * *
15420405 CAATTTCGTAGTAGATAATCGCTCAAATGGCCATAAT-TATTTTAA-TTGGTTTAGTAAA-TAGA
190 TGATTT-GAAATAGATATTTG-TCAAATAGTCATAATCTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACT-GA
** * * ** * *
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251 TTTATTAATTAAATATCTTACTCATTAATTTTTGAAACA-TAATAAATTGGTATTATTTTATTTT
** * * * *
15420532 GTCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAA
315 GAATAAGCTTCTATGAAC-AAAATAATTGTTTTATGACTAAA
* * * * * * * *
15420573 TCAAAAGGTTA-GA-GATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTCT
1 -CAAAA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT
* ** * * *
15420636 GATAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATCTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTA
64 G-GAAACGCATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTACTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * ** * * * **
15420700 TTAATTTATT-CTGAATAAGCTTGTATGAATCGAAATAGA-TATTTTATGACTAAGCAAAAGGTC
126 TTATTTTATTAC-AAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACA-ATTGTTTTATGAC-AA-AAAAAAATC
* * * * * * *
15420763 AAAACGATTTGCAATATATAATTAT-TCTAATAGTCTTAA-CCATTTGAAC-TGCTTC-GATAAA
186 ATAATGATTTGAAATAGAT-ATT-TGTCAAATAGTCATAATCTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAA
*** * ** * * * * * **
15420824 AAAAGTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATCAGTATTATTTTA
247 CTGATTTATTAATTAAATATCTTACTCATTAATTTTTGAAACA-TAATAAATTGGTATTATTTTA
* * * * * * * ** *
15420889 ATCTGAATAAACTTATATGAACAAAACAATTGGTCTACAACAAAA
311 TTTTGAATAAGCTTCTATGAACAAAATAATTGTTTTATGACTAAA
* * * * ** * * *
15420934 GAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAAAT-ATCATTCATATAGT-ATTAACTATTTGTATTGGTTC
1 CAAAA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTGGTT-
* * * * * ** * * * * *
15420997 AGCAATTA-G-ATTTATTTTTTAATTTTTTTGGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTACTA
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* * ** * * ** *** * * * *
15421060 TTATTTTATTTCGAATAAAATAGTATG-AATAGTCAA---AACTAT-TCAAATAAAAGTTATAAT
126 TTATTTTATTACAAATAAGCTTGTATGAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAATCATAAT
* * * * ** * * **
15421120 GATTTCAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCA-AAACTATTTGAAATAGTTTGGCAATCAAATTT
191 GATTTGAAATAGAT-ATT-TGTCAAATAGTCATAATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACTGATTT
* * * * *
15421183 ACTT-TTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
254 A-TTAATTAAATATCTTACTCATTAATTTT-TGAAACA-TAATAAATTGGTATTATTTTATTTTG
* * * * *
15421246 AACAAACTTATATTAACAAAA-ACACTTGTTTTATGACAAAA
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* ** * * * * * * * *
15421287 CAAAAAGTAATAACAATTTCAAATAGATAACTATTCAGATAATTATAATTATTTGAATTGGTTTA
1 C-AAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-
* * * * * *
15421352 GCAAATAG-AATTATTTTCTAAATCTCTTACTTA-TAAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTTT
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* * * ** * * *
15421415 TATTCTATT-CTGAATAAGCTTTTATGAGTTAAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAT
127 TATTTTATTAC-AAATAAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA-ATCAT
** * * * * * * ** *
15421479 AACAATTTAAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAAT-TGTTTGAAC-TGATTTGGTAAGC-GA
188 AATGATTTGAAATAGATATTTG-TCAAATAGTCATAATCTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACTG-
* * * * * * * * *
15421541 ATTTATT-TTTTAATCTATAAGTTATTAATTTTTAGAATA-TTACTAAATTGGTATTATTTTATT
250 ATTTATTAATTAAATATCTTACTCATTAATTTTT-GAA-ACATAATAAATTGGTATTATTTTATT
* *
15421604 TTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-TAGAA
313 TTGAATAAGCTTCTATGAACA-AAATAATTGTTTTATGACTA-AA
** *
15421648 CAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTA
1 CAAAA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-
** * *
15421713 GGAAACATATTTATCTTTTAAATCTCTTA-TTA--AA-TCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
64 GGAAACGCATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
15421774 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-ATTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTAATA
129 TTTTATTACAAATAAGCTTGTATGA--AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAA--TCATA
* * * * * * **
15421838 ACGAATTGAAATAAATAGTTGGTCAAATGGCCATAAT-TATTTGAACTAATTC-GATAAACTGAT
189 ATGATTTGAAATAGATA-TTTGTCAAATAGTCATAATCTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACTGAT
* * * * *
15421901 TTATTAATTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTG
252 TTATTAATTAAATATCTTACTCATTAATTTTTGAAACA-TAATAAATTGGTATTATTTTATTTTG
* * * *
15421966 GATAAGCTTTTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAA
316 AATAAGCTTCTATGAAC-AAAATAATTGTTTTATGACTAAA
* * * *
15422007 CAAAATGTTCATAATGTTTTTAAAGAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAAATTGGTT
1 CAAAA-GTT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTGGTT
* * * *
15422071 TGGAAAATAGC-TTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTA
63 TGG-AAA-CGCATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
** * * * * * **
15422135 TTATTTTATTACGGATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTTTTTTATAACAAACAAAAGGTCATA
126 TTATTTTATTACAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAAAATCATA
*
15422200 ATGAGTTT-AAATAGATAACTAT-TCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAA
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* ** * **
15422262 T-ATTTTTTTTTTAAATATCTTGCTCATTAATTTTTTGGAGGCA-AATAAATTGGTATTATTTTA
248 TGATTTATTAATTAAATATCTTACTCATTAA-TTTTT-GAAACATAATAAATTGGTATTATTTTA
* *
15422325 TTTTGAATAAACTTCTATAAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAA
311 TTTTGAATAAGCTTCTATGAAC-AAAATAATTGTTTTATGACTAAA
* * * * * * *
15422371 CAAAAGATTAGAATGATTTGAAATACATAATTGTTCTAGTAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTTG
1 CAAAAG-TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTG
* *
15422436 GCAAACGCATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTA
65 G-AAACGCATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
15422501 ATTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAATATCACAATG
129 TTTTATTACAAATAAGCTTGTATGAAAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAATCATAATG
* *
15422566 ATTTGAGATAGATATTTGTCCAGATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TGTTTCAGTAAA-TAGATTT
192 ATTTGAAATAGATATTTGT-CAAATAGTCATAATCTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACT-GATTT
** * ** * * * * *
15422628 ATTTTTTAAAT-T-TT--TTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTA-TTTATTCTAAA
254 ATTAATTAAATATCTTACTCATTAATTTTTGAAACA-TAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAA
* * * *
15422688 TAA-TTTTTCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
318 TAAGCTTCT-ATGAAC-AAAATAATTGTTTTATGACTAAA
* * * *
15422727 CAAAAG-----GTCA--T--AAT-GAT--TTG---AAATAG--ATAACTATTTGAACTTGTTTCA
1 CAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-G
* * * * ** *
15422775 TAAATAG-ATTTATTCTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATT-G-----
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* * * *
15422833 ---TA--CCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAATATCATAAC
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* * * *
15422893 T-ATTTGAAATAAATAATTAT-TCAAATAGTCATAA-ATATTTGAACTTGTT-TGATAAA-TAAA
190 TGATTTGAAATAGAT-ATT-TGTCAAATAGTCATAATCTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACT-GA
** * * * * * *
15422953 TTTATTTTTTATAAT-TTTTAATTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
251 TTTATTAATTA-AATATCTTACTCATTAATTTTTGAAACA-TAATAAATTGGTATTATTTTATTT
** * * * * * * *
15423016 CCAATATGCTTGTATGAATAAAAACAATTGGTTTATTACAAAA
314 TGAATAAGCTTCTATGAA-CAAAATAATTGTTTTATGACTAAA
* * * *
15423059 CAAAAGGTTATAATTATTTGACATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATGTGTTC
1 CAAAA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTT-
*** *** * * *
15423123 AAAAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TAT
63 TGGAAACGCATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * *
15423186 TATTTTATT-CAAAACAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT-TTA-AAAAATAAAAGGTCA
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* * * **
15423248 TAACGATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAATCAT-ATCTATTTGAACTTGTT-GGTAAACAA
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* * * * * *
15423310 ATTCATATT--TTAAATCTATTACTCATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
250 ATT--TATTAATTAAATATCTTACTCATTAATTTTTGAAACA-TAATAAATTGGTATTATTTTAT
** * * ** * *
15423373 TTCAAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGA-TGAAA
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* ** * * * * *
15423418 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTT-
1 CAAAA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTG
* * * * * *
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** * *
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* * * * * * * *
15423588 AATTTGAAATAAAAATTTGTTCAAATAGTCATTA-CTATTTAAATTTATT-TGATAAA-TGGATT
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** * * * * * * * *
15423650 TATTTTTTAAATCTTTTAC-CTATTAATTGTCTGAATA-TTATTAAATTTGAATTATTTTA-ATT
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* * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * *
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* ** ** * * *
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** * * * * * *
15423947 ATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAACAATTATAA-CTATTTGTA-TTGGTCAAGTCAA-TAGA
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** * * * * * * *
15424009 TTTATTTTTTAAAT-CCATTATTTATTAATTTTT-ATAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATT
251 TTTATTAATTAAATATC-TTACTCATTAATTTTTGA-AACA-TAATAAATTGGTATTATTTTATT
* * * * * * *
15424072 TTGAATAAGAC-TATATCAATAGAAGTAATTATTTTTTGACAAAA
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* * * * * * * * * **
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1 CAAA-AGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTG
* * * * *
15424181 GTAAATAG-ATTTGTTGTTTAAATATCTTA--T--TAA-TTTTGAAAATATTAATAAATTAATAT
65 G-AAA-CGCATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTAT
*** * * * * *
15424240 TATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
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* * * * * * * **
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* * ** * * * * * *
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* * * * * *
15424430 CTAAATGAGGTTGTATGAACATAAATAATTATTTTATGA-TAAAA
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* * * * * * *
15424474 CAAAAGGTTAAAATGTTTTGAAAGATATAATTATTCAGATAGTGATAACTATTTGAACTGGTTTG
1 CAAAA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTG
* * * * * * *
15424539 GTAA-GCATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAAATTTTTAAAAAACTAAAAAAATTAGTA
65 GAAACGC--ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACT-AATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTA
* * * * *
15424603 TTACTTTATCT-CGAATAGGCTTATATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTAT-
126 TTATTTTAT-TACAAATAAGCTTGTATGA-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA--ATC
* * * * * * * *
15424666 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAAT-TGTTTGAA-TTGATTCAATAAATT
186 ATAATGATTTGAAATAGATATTTG-TCAAATAGTCATAATCTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACT
* ** * * * **
15424729 GATTTACATT--TTAAATCTCCAACT-TTTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT
249 GATTT--ATTAATTAAATATCTTACTCATT-AATTTTTGAAACA-TAATAAATTGGTATTATTTT
* * *** *
15424791 ATTTTGGATAAGCTTTTATGATTTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAA
310 ATTTTGAATAAGCTTCTATGA-ACAAAATAATTGTTTTATGACT-AAA
* * ** * *
15424838 CAAAAGGTCATAATG-TTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTTGTTCA
1 CAAAA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-T
** ** * * * * * * *
15424902 ATAAACAAATTTATTTTTTGAAATTTCTTCCTAATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAAATAGCA-
64 GGAAACGCATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTACTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
*** * ** * * * ** *
15424965 TATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAGGTCAGAA
127 TATTTTATTACAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAATCATAA
* * * * *
15425030 TGATTTGACATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAT-TATTTGAACTGGTTC
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Statistics
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0.73 0.16 0.11
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Consensus pattern (355 bp):
CAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGG
AAACGCATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTACAAATAAGCTTGTATGAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAATCATAATGATTT
GAAATAGATATTTGTCAAATAGTCATAATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACTGATTTATTAATT
AAATATCTTACTCATTAATTTTTGAAACATAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTC
TATGAACAAAATAATTGTTTTATGACTAAA
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15422957 TTTTTTATAA
*
15422967 TTTTTAATTATTAAT
1 TTTTTAAATATTAAT
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1 TTTTTAAATATTAAT
15422997 AAATTAGTAT
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Consensus pattern (15 bp):
TTTTTAAATATTAAT
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Indices: 15422753--15423573 Score: 855
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15422743 TTTGAAATAG
* * * * * **
15422753 ATAACTATTTGAACTTGTTTCATAAATAGATTTATTCTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAA
1 ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * *
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* ** *
15422873 ACAAAACTAAATATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
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* * * *
15422923 ATAAATATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTATAAT-TTTTAATTATTAATTTTTT
1 ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTA-AATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
15422987 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAATATGCTTGTATGAATAAAAACAATTGGTTTAT
65 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
15423052 TACAAAACAAAAGGTTATAATTATTTGACATTGATAATTGTTCAAATAGTC
130 GACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* ** * * *
15423103 ATAACTATTT-AAATGTGTTCAAAAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTGAACT-TGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * *
15423166 GAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAACAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
65 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * *
15423230 -TTAAAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATC
128 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * * *
15423282 ATATCTATTTGAACTTG-TTGGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTATTACTCATTAAATTTTGG
1 ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * *
15423346 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTAT
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
** * * *
15423411 GATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTT
130 GACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * *
15423462 ATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGA
1 ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* ** *
15423527 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTGTGAA
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAA
15423574 CAAAAACTCA
Statistics
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Consensus pattern (180 bp):
ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
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Indices: 15422844--15423552 Score: 883
Period size: 359 Copynumber: 2.0 Consensus size: 361
15422834 ACCAAATAAA
* * *
15422844 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAAATATCATAACTATTTGAAATAAATAA
1 CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAATAAATATCATAACGATTTGAAATAAATAA
* * * * *
15422909 TTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTATAATTTTTAA
66 TTATTCAAATAATCATAAATATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTCATATTTTATAATTATTAA
* * * * * * *
15422974 TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAATATGCTTGTATGAATAAAA
131 TCATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCCTATATGAATAAAA
* * ** * * *
15423039 ACAATTGGTTTATTACAAAACAAAAGGTTATAATTATTTGACATTGATAATTGTTCAAATAGTCA
196 ACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * *
15423104 TAACTATTT-AAATGTGTTCAAAAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGG
261 TAACTATTTGAAAT-TGTTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGA
*
15423167 AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAACAAG
325 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAACAAG
* *
15423204 CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT-TTA-AAAAATAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
1 CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAATAAATA--TCATAACGATTTGAAATAAAT
** *
15423266 AATTATTCAAATAATCATATCTATTTGAACTTG-TTGGTAAACAAATTCATATTTTA-AATCTAT
64 AATTATTCAAATAATCATAAATATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTCATATTTTATAAT-TAT
* *
15423329 TACTCATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAAT
128 TAATCATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCCTATATGAAT
** * * ** *
15423394 TGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATA
192 AAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * ** * *
15423459 GTTATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGT
257 GTCATAACTATTTGAAATTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGT
15423524 CGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
322 CGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
15423553 ATTTGAATAA
Statistics
Matches: 294, Mismatches: 49, Indels: 12
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (361 bp):
CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAATAAATATCATAACGATTTGAAATAAATAA
TTATTCAAATAATCATAAATATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTCATATTTTATAATTATTAA
TCATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCCTATATGAATAAAA
ACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAAATTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAA
ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAACAAG
Found at i:15423627 original size:156 final size:155
Alignment explanation
Indices: 15423416--15423729 Score: 395
Period size: 156 Copynumber: 2.0 Consensus size: 155
15423406 TTTATGATGA
** ** * * *
15423416 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTT
1 AACAAAAACTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTATT
*
15423481 TGATAAGCAT-ATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTC-GAAATATTAATAAA-TTAA
66 TGATAA--ATGATTTATTTTTAAAATCTTTTACCTATTAATTGTCTG-AATATTAATAAATTTAA
*
15423543 TATTATTTTAATTTG-AATAAGCTTGTGTG
128 -ATTATTTTAA-TTGAAATAAGCTTGTATG
* * *
15423572 AACAAAAACTCATAACAATTTGAAATA-AAAATTTGTTCAAATAGTCATTACTATTTAAATTTAT
1 AACAAAAACTCATAACAATTTGAAATAGAAAA-TTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTAT
* * *
15423636 TTGATAAATGGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTGTCTGAATATTATTAAATTTGAA
65 TTGATAAAT-GATTTATTTTTAAAATCTTTTACCTATTAATTGTCTGAATATTAATAAATTTAAA
15423701 TTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATG
129 TTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATG
15423728 AA
1 AA
15423730 TAGAAAAAAT
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 15, Indels: 12
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
154 2 0.01
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157 4 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (155 bp):
AACAAAAACTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAACTTATT
TGATAAATGATTTATTTTTAAAATCTTTTACCTATTAATTGTCTGAATATTAATAAATTTAAATT
ATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATG
Found at i:15423887 original size:181 final size:180
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Indices: 15423581--15425131 Score: 997
Period size: 181 Copynumber: 8.6 Consensus size: 180
15423571 GAACAAAAAC
* * * * * * * *
15423581 TCATAACAATTTGAAATA-AAAATTTGTTCAAATAGTCATTACTATTTAAATTTATTTGATAAAT
1 TCATAACGATTTGAAATAGATAA-TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAT
* * * * * *
15423645 GGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTGTCT-GAATATTATTAAATTTGAATTATTTTA
65 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTA
15423709 -ATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAATGG
129 TATTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAA-GG
* * * *
15423762 TTATAACAATTTGAAATATG-TAATTATTTAAATAGTCCTAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAT
1 TCATAACGATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAT
* * *
15423826 AGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAT
65 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAT
** ** ** * * * * *
15423891 -TCCAAATAAGCAGGTGCGAACA-AAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAGA
130 AT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAGG
* * * * * * * * * *
15423942 TCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAACAATTATAACTATTTGTA-TTGGTCAAGTCAAT
1 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAAT
* * * *
15424006 AGATTTATTTTTTAAATC-CATTATTTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGCATTACTTTA
65 AGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTA
* * * ** *
15424070 TTTTGAATAAGAC-TATATCAATAGAAGTAATTATTTTTTGACAAAACAAATGG
129 TATTGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAA-GG
* * * * * ** * *
15424123 TCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTAAAACTAATTGAACTAATTTGGTAAATA
1 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATA
* * * * *
15424188 GATTTGTTGTTTAAA--T-AT-CTTATTAATTTTGAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAT
66 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTAT
* * * * * * * *
15424248 TTTGAACAAACTTATATGAACA-AAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
130 ATTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAAC-AAAGG
** * * * * * *
15424300 TCATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGGCTTAACTACTTGAA-TTGGTTC-AGCAAA
1 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAA
* * * ** * * * *
15424363 CAAATTTATTTTTCAAATCTCTTGGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATT-GATATTATTTT
64 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTT
* * * * * * *
15424427 AT-TCTAAATGAGGTTGTATGAACATAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGG
128 ATAT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGG
* * * * * * * * * * * **
15424481 TTAAAATGTTTTGAAAGATATAATTATTCAGATAGTGATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAGCA
1 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATA
* * * * * * * *
15424546 TATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAAATTTTTAAAAAACTAAAAAAATTAGTATTACTTTA
66 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTAGAATA-TTAATAAATTAGAATTATTTTA
* * * * * *
15424611 TCTCGAATAGGCTTATATG-AT-GAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
129 TATTGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAGG
* * * * * * * *
15424663 TATATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTGTTTGAA-TTGATTCAATAAA
1 T-CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAA
* ** ** *
15424727 TTGATTTACATTTTAAATCTCCAACTT-TTCAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTA-ATATTATT
64 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGA-ATTATT
* * * * * * * *
15424789 TTATTTTGGATAAGCTTTTATGATTTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG
126 TTATATTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGG
* * * ** * *
15424845 TCATAATG-TTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTTGTTCAATAAACA
1 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATA
* * * * * * * *
15424909 AATTTATTTTTTGAAATTTCTTCCTAATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGCA-TATTTTAT
66 GATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAT
* * * *
15424973 TTTGAATAAGTTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAGG
130 ATTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAGG
* * * * * * * * * *
15425024 TCAGAATGATTTGACATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGACAAACA
1 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATA
* *
15425089 TATTTATATTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
66 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
15425132 GTTTAGCAAT
Statistics
Matches: 1052, Mismatches: 268, Indels: 106
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
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176 5 0.00
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179 24 0.02
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATA
GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATA
TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAGG
Found at i:15425485 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15425174--15426827 Score: 1296
Period size: 182 Copynumber: 9.2 Consensus size: 180
15425164 TGAAACAAAG
* * * * * *
15425174 ATAGATAATCATTCAAATAGTAATAACTATTT-AAATTGGTTTGGTAAATAGATTTAGTTTCT-A
1 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTAA
* * * **
15425237 AATC--TT--TTATTAATTTTTCA-AGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTT
64 AATCTTTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
* * ** * * *
15425297 GA-ATGAATAAAAAAATTTGTTTTACAACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAA
128 -ATATGAATAAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* ** * * *
15425351 ATAGATAATTGTTTGAATGGAT-ATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTGAA
1 ATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAA
*** *
15425415 ATCTGCAACTT-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTAT
65 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAT
* * * *
15425479 ATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAACA--TCGTGATGACTTGAA
130 ATGAATA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAA
* * *** *
15425530 ATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
1 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAA
* * * * * *
15425595 TCTTTTACTTATTAACTTTTAGAATCTTAATAAATTAGTAATATTTTATTAT-GAATATGCTTTT
66 TCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTAT
* * **
15425659 TTCACAT-AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
130 ATGA-ATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * *
15425710 ATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAATAAATTTATTTTAAAAA
1 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAA
* * *
15425775 T-TTTTAATTATT-ATTTTTGGAATATTAATAAATTTAA-ATTATTTTA-TTCGAAATAAAACTT
66 TCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTTCG-AAT-AAGCTT
** * * * * *
15425836 GCATG---GAACCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAA
128 ATATGAATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
*
15425886 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AGACTTATTCGGTAAACA-ATTT-TTTTT-AA
1 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAA
* * * * * * * * * *
15425947 TTCTCTTAATCATTAAATTTT-GAAATATTAATAAACTAATTTTTTTTTACTTCAAATAAGCTTA
65 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA
* * *
15426011 TATGAACTAAAACAATTATTTTAAGTACAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTAAA
129 TATGAA-TAAAACAATTATTTTATG-ACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * ** * *
15426066 ATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTAAACTTGTTCTATAAACATATGTATTTTT-AAA
1 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAA
* * * * * *
15426130 TCTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAATAGTATTTTA-ATCTAAATAATCTTG
66 TCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTA
* * ** * * *
15426193 TACGAATAGAAATAATTATTTTATGTGAAAACAAAAAGTCATAATAAGTTGAA
129 TATGAATA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* ** * * * * *
15426246 ATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACAAATTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
1 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAA
* *
15426311 ATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTATATCATTTTATTT-GAAATAAGCT
65 ATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG-AATAAGCT
* * * *** *
15426373 TGTATGAATAGAAA-ATATTATTTTATGAC-ACACTAAAAGGTTATAGCAATTTCAA
127 TATATGAATA-AAACA-ATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * ** * *
15426428 ATAGATAACTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTGCTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAA
1 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAA
* * * *
15426493 ATCTCTTTA-TTCTTAATTTTTAGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TAT
65 ATCT-TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCT-T
* * * * *
15426556 ATATGAACTGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAA
128 ATATGAA-TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * ** * *
15426610 ATAGATAATCATTAAAATAGTCATGATTATTTGATCTAATTCGGTAAACATATTTATTTTTGAAA
1 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAA
* * * * *
15426675 TTTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTACTAATATTTTA-ATCTGAATAAGCTTG
66 TCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTA
* * ** * * *
15426738 TATGAACAGAAACAATTGTTTTAAAATAGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAA
129 TATGAATA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* *
15426791 ATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
1 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
15426828 GGATTGATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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183 10 0.01
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAA
TCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATA
TGAATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
Found at i:15426722 original size:545 final size:532
Alignment explanation
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Period size: 545 Copynumber: 2.6 Consensus size: 532
15425416 TCTGCAACTT
* *
15425426 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAA-TAGAAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAAT-AAGTTATATGAACT-GAAA
* * * * * * *
15425490 AAATTATTTTATGACAAAAC-AAACATCGTGATGACTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCAT
64 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTCAT
* * * *
15425554 AACTATTTGAACTCACTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTT-AGA
129 AACTATTTGAACTAATTCGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-A
* * * * * * *
15425618 ATCTTAATAAATTAGTAATATTTTATTATGAAT-ATGCTTTTTTC-ACAT--AAACAATTGGTTT
192 ATATTAATAAATTAATAATATTTTAATCTGAATAAT-C-TTGTACGA-ATAGAAACAATTGTTTT
* * * * *
15425679 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGA
254 ATG-TAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * *
15425744 ACGTGTTCAGAAAATAAATTTA-TTTTAAAAATTTTTAATTATTATTTTTGGAATATTAATAAAT
318 ACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAAAATTTTTAATTATTATTTTT-GAATATTAATAAAT
* * *
15425808 TTAAATTATTTTATTCGAAATAAAACTTGCATGGAACCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTC
382 TTAAATCATTTTATTCGAAATAAAACTTGCATGGAACAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTC
*** * * * * * **
15425873 ATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAGACTTATTCGGTAAACAAT
447 ATAACAATTTCAAATAGATAACTATTCAAACAGTCATAACTATTTAAACTTACTCAATAAACAAT
*
15425938 TTTTTTTAATTCTCTTAATCA
512 TTTTTTTAAATCTCTTAATCA
* * * * * *
15425959 TTAAATTTT-GAAATATTAATAAACTAATTTTTTTTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAA
1 TTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAG-TTATATGAACTGAAA
* * * * * *
15426023 CAATTATTTTAAGTACAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
64 CAATTATTTTATG-ACAAAA-CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTC
* * ** ** * *
15426088 ATTACTATTTAAACTTGTTCTATAAACATATGTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAA
127 ATAACTATTTGAACTAATTCGGTAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * *
15426153 ATATTAATAAATTAATAGTATTTTAATCTAAATAATCTTGTACGAATAGAAATAATTATTTTATG
192 ATATTAATAAATTAATAATATTTTAATCTGAATAATCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
15426218 TGAAAACAAAAAGTCATAATAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACAAATTGAACT
257 T-AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* *
15426283 TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAAT
321 TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAAAAT-TTTTAATTATT-ATT-T-TTGAATATTAATAAAT
* * * * * *
15426347 TTATATCATTTTATTTGAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAA-AATATTATTTTATGA-CACACTAA
382 TTAAATCATTTTATTCGAAATAAAACTTGCATG----GAACAA-ATTATTTTATGATAAAAC-AA
* * * * *
15426409 AAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAACTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTGCTCAATA
441 AAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAACTATTCAAACAGTCATAACTATTTAAACTTACTCAATA
* *
15426474 AATAGATTCATTTTTTAAAATCTCTTTATTC-
506 AACA-ATT--TTTTTT-AAATCTC-TTAATCA
* *
15426505 TTAATTTTTAGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTATATATGAACTGAAAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGT-TATATGAACTGAAAC
* * * * *
15426570 AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAGATAATCATTAAAATAGTCATG
65 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTCATA
* * *
15426635 ATTATTTGATCTAATTCGGTAAACATATTTATTTTTGAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
130 ACTATTTGAACTAATTCGGTAAACATATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * **
15426700 ATTAATAAATTACTAATATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAAAAT
194 ATTAATAAATTAATAATATTTTAATCTGAATAATCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTT-ATGT
* * *
15426765 AGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG
258 AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * *
15426830 ATTGATAAATGGATTTATTT
323 TTTGGTAAATAGATTTATTT
15426850 AAAATATTAA
Statistics
Matches: 723, Mismatches: 136, Indels: 52
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
532 3 0.00
533 60 0.08
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (532 bp):
TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGTTATATGAACTGAAACA
ATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTAATTCGGTAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
TAATAAATTAATAATATTTTAATCTGAATAATCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTATGTAAA
ACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
GGTAAATAGATTTATTTTTAAAAATTTTTAATTATTATTTTTGAATATTAATAAATTTAAATCAT
TTTATTCGAAATAAAACTTGCATGGAACAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATT
TCAAATAGATAACTATTCAAACAGTCATAACTATTTAAACTTACTCAATAAACAATTTTTTTTAA
ATCTCTTAATCA
Found at i:15428899 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 4.9 Consensus size: 180
15428466 CAAGGCTAAC
* * *
15428476 ATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAATAGATAATTG-
1 ATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATTGATAATTGT
* * * * *
15428539 --AAATGGTCATAATTATTTGAACT-GATTAGGTAAACAGAA-TTA-TTTTTACA--TC-T-CTT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGCAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* ** **
15428595 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T-TTATTTTATTCCAAATAGGCTAAT
128 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-CTAATAAACTTGT
* ** * *
15428648 ATGAATTAAAAA-AACTTAATTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATCGATAATT
1 ATGAA-CAAAAATAA-TTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATT
* * * * *
15428712 GTTCAAATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTT
63 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * *
15428777 ATTAATTTGTGGAATATTATTAGATTAGTATTACTTTATTCTACATAAACTTGT
128 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-ATAAACTTGT
* * * * *
15428831 ATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTT
1 ATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTT
* * *
15428896 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * *
15428961 AATTTTTGAAAGA-TAATAAATT-GTTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGA
131 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATT-CTAATAAACTTGT
** * * * * * * * * *
15429011 ATGTTCAAAAAAAATTGTTATATTACCAAGCAAAAGATAATAA-CATTTGAAATTGATAATTATT
1 ATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTT
* * * * * ** * * *
15429075 GATAA-GGCCATAATTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTACTTTTTAAATCACTTACTTTT
66 CA-AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* *
15429139 TAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGT
130 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AATAAACTTGT
** * *
15429191 ATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
1 ATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTT
* * * * * * * * * *
15429256 CATATAATCTTAACTACTTGAATTACTTTGGCAAACAGATTTGTTTTTCAAATCTCTTAATTATT
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* *
15429321 AATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATT
131 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
15429350 TTAAATAGAT
Statistics
Matches: 555, Mismatches: 121, Indels: 43
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
172 6 0.01
173 20 0.04
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTT
CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAATAAACTTGT
Found at i:15429155 original size:360 final size:362
Alignment explanation
Indices: 15428476--15429343 Score: 928
Period size: 360 Copynumber: 2.4 Consensus size: 362
15428466 CAAGGCTAAC
*
15428476 ATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTGAAATAGATAATTG-
1 ATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
15428539 --AAATGGTCATAATTATTTGAACT-GATTAGGTAAACAGAATTA-TTTTTACA--TC-T-CTTA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* *
15428596 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTATTTTATTCCAAATAGGCTAATATGAATTAAAAAA
129 TTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTCATTTATTTTATTCCAAATAAGCTAATATG-ATTAAAAAA
* * * * * * * *
15428661 ACTTAATTTATGATAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATCGATAATTGTTCAAATAGTCTT
193 AATTAATTTATGACAAAACAAAAAGATAATAATCATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAGCCAT
** * * * * * *
15428726 AAATATTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTGTGGAA
258 AAATATTTGAACTAATTTGACAAACAAATTTACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTGTGAAA
* *
15428791 TATTATTAGATTAGTATTACTTTATTCT-ACATAAACTTGT
323 TATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCTGA-ATAAACTTGT
* * ** *
15428831 ATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTT
1 ATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
*
15428896 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
** *
15428961 AATTTTTGAAAGA-TAATAAATTGTTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGA-ATG-TTCAAAAAA
131 AATTTTTGAAAGATTAATAAATTCAT-TTATTTTATTCCAAATAAGC-TAATATGATT-AAAAAA
* * * * * * *
15429023 AATT-GTTATATTACCAAGC-AAAAGATAATAA-CATTTGAAATTGATAATTATTGATAA-GGCC
193 AATTAATT-TATGACAAAACAAAAAGATAATAATCATTTGAAATCGATAATTATTCA-AATAGCC
* * *
15429084 ATAATTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTACTTTTTAAATCACTTACTTTTTAACTTT-TG
256 ATAAATATTTGAACTAATTTGACAAACAAATTTACTTTTTAAATCACTTACTTATTAA-TTTGTG
* *
15429148 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGT
320 AAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCTGAATAAACTTGT
** * *
15429191 ATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
1 ATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * * * *
15429256 CATATAATCTTAACTACTTGAATTACTTTGGCAAACAGATTTGTTTTTCAAATCTCTTAATTATT
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * *
15429321 AATTTTTGGAATATTATTAAATT
131 AATTTTTGAAAGATTAATAAATT
15429344 AGTATTTTAA
Statistics
Matches: 424, Mismatches: 71, Indels: 30
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
354 1 0.00
355 55 0.13
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363 40 0.09
364 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (362 bp):
ATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
AATTTTTGAAAGATTAATAAATTCATTTATTTTATTCCAAATAAGCTAATATGATTAAAAAAAAT
TAATTTATGACAAAACAAAAAGATAATAATCATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAGCCATAAA
TATTTGAACTAATTTGACAAACAAATTTACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTGTGAAATAT
TAATAAATTAGTATTACTTTATTCTGAATAAACTTGT
Found at i:15429624 original size:280 final size:280
Alignment explanation
Indices: 15429106--15429624 Score: 625
Period size: 280 Copynumber: 1.9 Consensus size: 280
15429096 ACTAATTTGA
* * *
15429106 TAAACAAATTTACTTTTTAAATCACTTACTTTTTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTACTTTTTAAATCACTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTAT
* * * *
15429171 TTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATG
66 TTTACTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * ** * * * *
15429236 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAACTACTTGAATTACTTTGGCAAACAGATTTGTT
131 ATTTGAAATACATAATTGGTCAAATAACCATAACTACTTGAACGACTTAGACAAACAGACTTATT
* * * * *
15429301 TTTCAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTTTAAATAGATAATAGT
196 TTTCAAATCTCTTAATTACTAAGTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTTTAAATAGATAATAGT
15429366 TCAAATAAGAACTAGTTCGG
261 TCAAATAAGAACTAGTTCGG
* * *
15429386 TAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTA
1 TAAACAAATTTACTTTTTAAATCACT-TACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTA
** *
15429450 TTTTACTTTGAATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
65 TTTTACTTTGAATAAACTTGTATGAACTG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* ** * * * *
15429513 ACGATTTGAAATACTTAATTGGTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCGA-TTAGATAAACTGACT
128 ACGATTTGAAATACATAATTGGTCAAATAACCATAACTACTTGAA-CGACTTAGACAAACAGACT
*
15429577 TATTTTTTAAATCTC-TAACTTACTAAGTTTTGAAATAGTAATAAATTA
192 TATTTTTCAAATCTCTTAA-TTACTAAGTTTTGAAATAGTAATAAATTA
15429625 AGATTATTTT
Statistics
Matches: 197, Mismatches: 37, Indels: 10
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
278 2 0.01
279 8 0.04
280 186 0.94
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ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (280 bp):
TAAACAAATTTACTTTTTAAATCACTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTAT
TTTACTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
ATTTGAAATACATAATTGGTCAAATAACCATAACTACTTGAACGACTTAGACAAACAGACTTATT
TTTCAAATCTCTTAATTACTAAGTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTTTAAATAGATAATAGT
TCAAATAAGAACTAGTTCGG
Found at i:15429783 original size:461 final size:459
Alignment explanation
Indices: 15428915--15429810 Score: 1027
Period size: 461 Copynumber: 1.9 Consensus size: 459
15428905 ATAACTATTT
* *
15428915 GAACTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATAATAA
1 GAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATAATAA
* ** * * * *
15428980 ATTGTTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGTTCAAAAAAAATTGTTATATTACCAAGCAAA
66 AATAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGATCAAAAAAAATTGTTATATGACAAAACAAA
** * * * *
15429045 AGATAATAACATTTGAAATTGATAATTATTGATAAGGCCATAATTATTTGAACTAATTTGATAAA
131 AGATAATAACATTTGAAATACATAATTAGTCATAAGGCCATAATTATTTGAACCAATTAGATAAA
* * ** *
15429110 CAAATTTACTTTTTAAATCACTTACTTTTTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
196 CAAACTTACTTTTTAAATCACTAACTTACTAACTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * *
15429175 TTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTT
261 TTTTGAATAAACTTGTATGAAAGGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACGTCATAATGATTT
* * * * * *
15429240 GAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAACTACTTGAATTACTTTGGCAAACAGATTTGTTTTTC
326 GAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACAACTTGAATTACTTCGGCAAACAAATTTGTTTTTA
*
15429305 AAATCTCTTAATTATTAATTTT-TGGAATATTATTAAATTAGTATTTTAAATAGATAATAGTTCA
391 AAATCTCTTAATTATTAATTTTAT-GAATATTAATAAATTAGTATTTTAAATAGATAATAGTTCA
15429369 AATAA
455 AATAA
* *
15429374 GAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
1 GAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAAGA-TAAT
** * * * ** *
15429438 AAAATAATATTATTTTACTT-TGAATAGGCTTGTATGATGAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAAC
64 AAAATAATATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGAATGATCAAAAAAAATTGTTATATGACAAAAC
* * * * *
15429502 AAAAGTTCATAACGATTTGAAATACTTAATTGGTCA-AATGGCCATAATTATTTGAACCGATTAG
128 AAAAGATAATAAC-ATTTGAAATACATAATTAGTCATAA-GGCCATAATTATTTGAACCAATTAG
** * * *
15429566 ATAAACTGACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTACTAAGTTTTGAAATAGTAATAAATTAAG-ATT
191 ATAAACAAACTTACTTTTTAAATCACTAACTTACTAACTTTTGAAATAGTAATAAATT-AGTATT
* * * *
15429630 ATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAAGGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAACGTCAT-A
255 ATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAAGGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACGTCATAA
* * * * * *
15429694 TCTATTTTAAATAG-TAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTT-GTTCGGTAAACATAAT
320 T-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACAACTTGAA-TTACTTCGGCAAACA-AAT
* ** * *
15429757 TAT-TTTTTAAAATTTCTTGTTTATTAATTTTATGAATGTTAATGAATTAGTATT
382 T-TGTTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTATGAATATTAATAAATTAGTATT
15429811 ATTTTATTTT
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AGATAATAACATTTGAAATACATAATTAGTCATAAGGCCATAATTATTTGAACCAATTAGATAAA
CAAACTTACTTTTTAAATCACTAACTTACTAACTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTA
TTTTGAATAAACTTGTATGAAAGGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACGTCATAATGATTT
GAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACAACTTGAATTACTTCGGCAAACAAATTTGTTTTTA
AAATCTCTTAATTATTAATTTTATGAATATTAATAAATTAGTATTTTAAATAGATAATAGTTCAA
ATAA
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15429364 GTTCAAATAA
*
15429374 GAACTAGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
1 GAACTAGTTCGATAAACATAA-TTATTTTTTAAATC-TCTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * *
15429437 TAAAATAATATTATTTTACTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAA
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* * * * * * *
15429501 CAAAAGTTCATAACGATTTGAAATACTTAATTGGTCAAATGGCCATAATTATTT
128 CAAAAGGTCATAACTATTTGAAATA-GTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
15429555 GAAC-CGATTAGATAAAC-TGACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTACTAAGTTTTGAAATAGTAA
1 GAACTAG-TTCGATAAACAT-AATTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * *
15429618 TAAATTAAG-ATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAAGGAAACAATTGTTTTATGATAAAA
64 TAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAAGGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * *
15429682 CAAAACGTCATATCTATTTTAAATAGTAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTT
128 CAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *** *
15429735 GAACTTGTTCGGTAAACATAATTATTTTTTAAAATTTCTTGTTTATTAATTTTATG-AATGTTAA
1 GAACTAGTTCGATAAACATAATTATTTTTT-AAATCTCTAACTTATTAATTTT-TGAAATATTAA
* * ** * * *
15429799 TGAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTCATGACTAAAC
64 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAAGGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
15429864 AAAAGGTTAGAGCAATTTGAAATAGATAATT-TTCTTAATAGTCTTAACTATTT
129 AAAAGGTCATAACTATTTGAAATAG-TAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
15429917 GAACTAGTTCAACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
1 GAACTAGTTCGATAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * ** * *
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15430065 GCTAGCTCAG
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AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAAGGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
AAGGTCATAACTATTTGAAATAGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
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15429898 TTAATAGTCT
* * *
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* * * *
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* ** *** *
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* * * * *
15430119 ATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTGTGAATAGAAACAATTGGTTTATG
66 ATATTAATAAATTAGAATTATTCTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATG
15430184 ACAAAATAAAAAGGTCA
131 ACAAAATAAAAAGGTCA
15430201 TAA-TGATTTGAA
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15430213 ATAGATAATT
Statistics
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TAACTATTTGAACTAGCTCAACAAACAGACTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAAA
ATATTAATAAATTAGAATTATTCTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATG
ACAAAATAAAAAGGTCA
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15430078 ACAGACTTAT
* * * *
15430088 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATA
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* * *
15430153 AGCTTTTGTGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
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* * * *
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* * * * * * * *
15430333 AACTTGCATCAATAGAACCAATTGTTTTATGATGAAAGAAAAA-GTCATAATGTTTTAAAATAGA
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* * * * * * ** **
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129 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGAAAATAGATT-TA
** * * * *
15430448 TTTTTTCATTCTCTTACTCATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTC-AAA
1 TTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAA
* * *
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* * * * * * * * *
15430576 TAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTCAACTTGTTTGGTAAACATATGTA
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* * * ** * * *
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* * * * *
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* ** * * * * * *
15430757 ATAAATAATTCATCAAATAATCATAACAATTTGAATT-TGTTCGATAAACAAACTTA
124 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGT-TTAGA-AAATAGATTTA
* * * *
15430813 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTT--AATACTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAA
1 TTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA
* * *
15430876 TAAGCTTTTATGAATAGAAAATATTATATGAATAGAAAATATTATTTTATGACAAAATAAAAGGT
63 TAAGCTTGTATGAATAG--AA-A-CA-AT---T-G---------TTTTATGACAAAAAAAAAGGT
* *** * * * * * * * *
15430941 TATAGCAATTTCAAATAGATAACTATTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCA-ATAAACA
110 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGA-AAATA
*
15431005 GATTCA
173 GATTTA
* * * *
15431011 TTTTTTAAATCTCTTTA-TAATTAATTTTT-AGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCG
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* * * * ** *
15431073 AATAAGCTTATATGAATTGAAACAATT-CTTTATGACAAAACAAAATATTATAATGATTTGAAAT
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* * * * * * *
15431137 AGATAATTATTCAAATAATCATGATTATTTG-ATCTAGTTCA-ATAAACATATTTA
126 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-T-GTTTAGA-AAATAGATTTA
* * * ** * *
15431191 TGTTTTAAATTTTTTAATTACTAATCATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCA-CCTGAA
1 T-TTTTAAA-ATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAA
* ** * * *
15431255 TAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTAAAATAGAATAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATA
63 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * *
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* * * * ** *
15431372 TTTTTTAAA-TTTA-TTATTAACTTTTGAAATATTAATAGATTAGTTTTACCTTATT-TAGAACA
1 TTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-AATA
* * * * * * * * *
15431434 AACTTATATAAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAAGAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGAT
65 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * **
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130 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTAGA-AAAT-AGATTTA
* * * *
15431550 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTCA-TTTTATTTTATTCCAAA
1 TTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAAA
* * * * * * *
15431614 AAAGCTAGTATGAATTGAAA-ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAG
63 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * *
15431678 ATTATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACAAATTTA
128 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGAAAATAGATTTA
* * * * *
15431730 TTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTAAAT
1 -TTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * * * *
15431795 AAGCTTGTATGAATAGAAATAATTTTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATA
64 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* ** * * *
15431860 CAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTGGTTAGATAAATATATTTA
129 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTAGA-AAATAGATTTA
* ** * *
15431911 TTTTTTAAACATCTTAGGTATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAA
1 -TTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAA
* * * * * * * * *
15431975 TAAGATTGTATG-TTCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATA
63 TAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * *
15432039 GATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAATTGATTAGTTAAATAGATTCA
127 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTAG-AAAATAGATTTA
* *
15432092 CTTTTT-AAA--TCACTTATTAATCTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAAT
1 -TTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAAT
* * * *
15432153 AAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATAATTT-AAATAG
64 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * * * *
15432216 AAAATTATTCCAATAGTCGTAATTATTTAAATTTGTTTGGTAAACAAATTTA
128 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGAAAATAGATTTA
* * * * * * * **
15432268 TTTTTTAAACTCTTCCTTATTAATTTTTAAAATATTAAGAAATTAGTGTTATTTTATTTTGGATA
1 -TTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA
* * * * * * ** * *
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65 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * *
15432397 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTCGATAAACAGATTTA
130 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGA-AAATAGATTTA
* * * * * *
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* * * * * ** *
15432510 AATAAGCTTGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTATTACTAATCAAAAGGTCATTATGATTTGAAA
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* * * * * *
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* * ** * * * **
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* * * * ** * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** * ** * ** * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * **
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* * *
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* * * * * * * * * * * * *
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* * * * *
15433475 AGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCA-ATAAATAGAATTA
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* * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * ** * * *
15432522 -AGATATGAAACAAATATTTTATTACTAATCAAAA-GGTCATTATGATTTGAAATAGATAATTGT
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* * * * * *
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317 TCAAATAGTCATAATTATTTAAACT--GTTAGATAAATAAAT
* * * * ** * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** * *
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314 TGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTG--TTAGATAAATAAAT
* * * * *
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1 TTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-G
*** * ** * *
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* ** * * * * * * ** **
15433114 AGATTGTTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTA-GCAATTAGATTTATTTTTTTATT
130 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTAGGTAAAAAGATTTA-TTTTTTAAA
** ** * * * * ** *
15433178 TCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATA
194 T-TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATA
* * * * * * ** *
15433243 TACAAAATCAATTGTTTGATGATAAAATAAAA-GGTTATAATGATTTGAAACAGTTAATTATTCA
256 AACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAA-AAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCA
* * ** *
15433307 AATAGTCAAAACTATTTGAAA-TGGTTTAG-TAAGCAGAT
320 AATAGTCATAATTATTT-AAACT-G-TTAGATAAATAAAT
* * * * *
15433345 TTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCA
1 TTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * *** * * ** * * * * *
15433410 AACAAACTTATGTTAACAAAAACAATTATTTTATGACATAACAAAAAGTAACAACGATTTTAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAATTGAAACATTTGTTTTAAAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * *
15433475 AGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAG-TTCA-ATAAATAGAATTATTTTCTAAA
130 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATT-AGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * * * *
15433538 CTCTTACTTATAAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCTGAATAAGCCTCTAT
194 -T-TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * **
15433603 GAGCTAAAATAATTGTTTCATGACAAAATAAAA-GGTCATAACAATTTGAAATA-AATAATTGTT
255 AAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAA-AAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGAA-AATTGTT
* * * * * * *
15433666 CATATAGTCTTAACTATTTGAACTG---GTTCAA-CAA-
318 CAAATAGTCATAATTATTTAAACTGTTAGATAAATAAAT
* * * * * * *
15433700 --A----TGAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTACTAAATTAGTATTATTTTATTACAA
1 TTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
** * * ** * * * *
15433759 ATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA
66 ATAAGCTTGTATGAATTGAAACATTTGTTTTAAAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * ** *
15433824 GATAATTATCCAAATAGTCATAACTATTTGAA-ATGGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAGGTC
131 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTAGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATT
* * * * ****
15433888 T-CTTATTAATTCTTGAAATGTTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGGTG
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* * * * * *
15433952 AAAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAA-GGTAATAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAAT
259 AAAAACATTTGTTTTATGACAAAA-AAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAAT
* * * * *
15434016 GGCCATAATTATTTGAATTGATTAAATAAA-ATAAT
323 AGTCATAATTATTTAAACTG-TTAGATAAATA-AAT
* ** * *
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1 TTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * * * * ** ** * *
15434107 ATAAGCTTTTATAAACTAAAACAATTGTTTTATGATGAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATA
66 ATAAGCTTGTATGAATTGAAACATTTGTTTTAAAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * **
15434172 GATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTG-TTCA-AT-AAACCATTTATTTTTTCAAA
131 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATT-AGGTAAAAAGATTTATTTTTT-AAA
* * * * *
15434234 TCTCATGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATCTTGT
194 T-T--TACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGT
* *** * * * * ** * *
15434298 ATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAATAAAA-GGTTGGAATGACTTGAAATAGATAATT-T
253 ATAAACAAAAACATTTGTTTTATGAC-AAAAAAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGAAAATTGT
** ** * * * *
15434361 TTTAATAGTTTTAACTA-TTAGAACTGGTTCAG-CAAACACAT
317 TCAAATAGTCATAATTATTTA-AACT-GTT-AGATAAATAAAT
* * ** * * *
15434402 TTATTTTTTGAA-T-AT-CTCGTTAATTTTTGGAATA-TAATTAAATTAGAATT-TTTT-TTACC
1 TTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATT-TC
* * * * * * **
15434461 TGAATAGGCTTGTTTG--TTCAGAAATAGTTG-TTTAATGAGAAAACAAATA--TCATAATAATT
64 -GAATAAGCTTGTATGAATT--GAAACATTTGTTTTAA-AACAAAACAAA-AGGTCATAACGATT
* ** * * * * * * * *
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* * * **
15434584 TTTAAATCTCTTGCTTATTCATTTTTGAAATATTAATAGAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAG
188 TTTAAA--T-TTACTTATT-AATTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAG
* * * * * * ** ** *
15434649 TTTTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGAC-AAAAAAA-GGGCATAACAACTTT-AAATAGATA
248 CTTGTATAAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAAAAAATGGTTATAATGA-TTTGAAATAGAAA
* * * *
15434711 ATTGTTC-AATAGT--TGAATCTATTCAAACTTGTTTAG-CAAACATAT
312 ATTGTTCAAATAGTCAT-AAT-TATTTAAAC-TG-TTAGATAAATAAAT
* * * * * * *
15434756 TTTTTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTG-AATGTTAATAACTTAGTATTATTTTATTTT
1 TTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * ** * * * *
15434820 GAATAAGCTTGTATGAAATGAAATAATTGTTTTATGACTAAATAATAGGTCA-AACAATTTGAAA
64 GAATAAGCTTGTATGAATTGAAACATTTGTTTTAAAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
** * * * * * * * * *
15434884 TGGATAATTGTTCTAATAATCTTAATTATTTGGACTAG-TTCA-GCAAACACATTTATTTTTTTA
129 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATT-AGGTAAAAAGATTTA-TTTTTTA
* * * * * * **
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** * * * ** ** * *
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252 TAT-AAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAAAAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGAAAATTG
* * * * *
15435075 TTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCGATAAATAGA-
316 TTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTG-TTAGATAAATAAAT
* * * * * * *
15435116 TTAATTTTTAAA-T-GTA-TTATTAATTTTTAAAATATTAATATATTAGCATTATTTTATTTTGG
1 TTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
** * * * * ** *
15435178 ATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
66 ATAAGCTTGTATGAATTGAAACATTTGTTTTAAAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * *
15435243 GATAATTGTTCAAATGGACATGA-TGATTTGAACTTG-TTCA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAA
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* * * * * *
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* * * * * * * *
15435369 TAATATAAACAATCATTT-TATCATG--AAACAAAA-GATCATAACT-ATATGAAACA-AATAAT
254 TAA-ACAAA-AA-CATTTGTTTTATGACAAAAAAAATGGTTATAA-TGATTTGAAATAGAA-AAT
* * * * * *
15435428 TGTTCAAACAGTCATAACTATTTGATATTACTT-GATAAAT-GAT
314 TGTTCAAATAGTCATAATTATTT-AAACT-GTTAGATAAATAAAT
* * * * *
15435471 TTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTTT
1 TTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC
* * * * * ** * * *
15435535 GAATATGCTTGTATGAATCGAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGA-GTTTTTAAA
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* * *
15435599 ATAAATAATTATTTAAATCA-TCATAACTATTTGAA--TGTATTCA---AAAACCAAATTTATTT
128 ATAAATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTG-ATT-AGGTAAAA--AGATTTATTT
* * * * *
15435658 TTAAAATTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTA-TATTATTTTATTCTGAAA-GA
188 TTTAAA--TTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAGA-TTAGTATTATTTTATT-T-AAATAA
* * * * * * *
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247 GCTTGTATAAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAA-AAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGAA
* * * * * *
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311 AATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAAC-TGTTAGATAAATAAAT
* ** * * * *
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1 TTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * ***** * * *
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** * * * * *
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194 ---TTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAGATT-AGTATTATTTT--ATTTAAATAAGCTTG
* * * *
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252 TATAAACAAAAACATTTGTTTTAT-GACAAAA-AAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGAA-AAT
* * * * * * *
15436149 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATAT
314 TGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAAC-TGTTAGATAAATAAAT
*
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1 TTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
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* * * * * * * * * *
15436322 TCAATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTTAAC-TAATTCGGTAAACA-ATTT-TTTTTTAAA
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* * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * **
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** * *
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1 TTA-TTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * ** * * * *
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* * * * * * * * *
15436675 AGATAATTGTTCAAGTAATCTTAACCATATGAA-ATGGTTTGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAA
130 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTAGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * * * *
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* * * ** *
15436802 ACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATTGATAATCATTCAT
257 ACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAA-AAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAA
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15436866 ATAGT-ATTGACTATTTAAATTGGTTCGGCAATTAGAT
321 ATAGTCA-TAATTATTTAAACT-GTTAGATAAATAAAT
* ** * ** * * *
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** * ** * * ** * *
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* * * * * * * ** *
15437032 TAGATAATTATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAA-ATGGTTTGGTAAATGGATTTACTTTTTAAA
129 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTAGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * ** * *
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194 --T-TTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTA
* * * *
15437161 TGAACAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAA--G-TACTAA-CATTTGAAATAGATAATTGT
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* * * * *
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* * ** * * *
15437262 TT-TTTTTTAAATCTCTTCCATAAAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTA-TTCT
1 TTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-
*
15437325 GAATAAACTTGT
64 GAATAAGCTTGT
15437337 GCGAGCTTAT
Statistics
Matches: 5368, Mismatches: 1202, Indels: 647
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
344 3 0.00
345 116 0.02
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347 16 0.00
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350 4 0.00
351 46 0.01
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Consensus pattern (356 bp):
TTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
ATAAGCTTGTATGAATTGAAACATTTGTTTTAAAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTAGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATT
TACTTATTAATTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATAAACAA
AAACATTTGTTTTATGACAAAAAAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGT
CATAATTATTTAAACTGTTAGATAAATAAAT
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Alignment explanation
Indices: 15430902--15437322 Score: 4224
Period size: 181 Copynumber: 35.9 Consensus size: 181
15430892 GAAAATATTA
* * * * * * * * *
15430902 TATGAATAGAAA-ATATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAACTA
1 TATGAATTGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * *
15430966 TTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTTG-TTCA-ATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGATT-AGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTAC
* * * *
15431028 TAATTAATTTTT-AGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA
127 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* ** * * *
15431083 TATGAATTGAAACAATT-CTTTATGACAAAACAAAATATTATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * * * *
15431147 TCAAATAATCATGATTATTTGATCT-AGTTCA-ATAAACATATTTATGTTTTAAATTTTTTAATT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGA-TT-AGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* ** ** *
15431210 ACTAATCATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCACCT-GAATAAGCTTG
129 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTG
* * ** * * * * * *
15431263 TATAAATAGAAACAATTGTTTTAAAATAGAATAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGC
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * *
15431328 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGATT-GGTAAAAAGATTTATTTTTTAAA--T-TTA-TTA
66 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GATTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * ** * * *
15431388 TTAACTTTTGAAATATTAATAGATTAGTTTTACCTTATTT-AGAACAAACTTA
130 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTG
* *** * * * * *
15431440 TATAAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAAGAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * **
15431505 TAAAATAGTCATAATTATTTAAACTGATTAGATAAATAAAAAATATTTTTTAAATCTCTTACTTA
66 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTAGATAAAT-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
15431570 TTAATTTTTGAAATATTAATAGATTCA-TTTTATTTTATTCCAAAAAAGCTAG
130 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * *
15431622 TATGAATTGAAA-ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATTATTGT
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * *
15431686 TCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAG-CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTA
66 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GATTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * *
15431750 TTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTG
130 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * * * * * *
15431802 TATGAATAGAAATAATTTTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGT
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * **
15431867 TCAAATAGTCATAACTATTCAAACTGGTTAGATAAATATATTTATTTTTTAAA-CATCTTAGGTA
66 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTA
* * *
15431931 TTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGATTG
130 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * *
15431983 TATG--TTCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATT
1 TATGAATT--GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * *
15432046 GTTGAAATAGCCATAATTATTTGAATTGATTAGTTAAATAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTT
64 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
*
15432107 ATTAATCTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
129 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * ** * *
15432160 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATAATTT-AAATAGAAAATTAT
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * *
15432224 TCCAATAGTCGTAATTATTTAAATTTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTCTTCCTTA
66 TCAAATAGTCATAACTATTTAAA-CTGATTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *** *
15432287 TTAATTTTTAAAATATTAAGAAATTAGTGTTATTTTATTTTGGATAAGCTTT
130 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * * * *
15432339 TATGAATTGAAATATTTG-TTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTAT
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * *
15432403 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGATTAGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTT
* * * *
15432467 ATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTCTTTTATTT-AGAATAAGCTTG
129 ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTG
* * * * * * * *
15432520 TAAG-ATATGAAACAAATATTTTATTACTAATCAAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAATTG
1 TATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * * *
15432584 TTCAAATGGTTATAATTATTTTAATTAAGTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAAAT-TTTTATT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGA-TTAGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT
* ** * * * ** *
15432647 TAATAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTGTTCCATCTAAACTTG
128 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * * * * *
15432701 TTTTAACTGAAACAATTTTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATATATAATTGT
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * *
15432766 TCAAATAATAATAACTATTGAAACTTG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGATTAGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT
* * *
15432830 ATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGAATTAATTTA-TTCTAAATAAGCTTG
129 ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTG
* * * * * * *
15432883 TATGAACTAAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTTT
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * *
15432948 TCTAATAGTCTTAACCATTTAAATTGATTTAG-TAAAT-GAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC--
66 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGA-TTAGATAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * *
15433009 --TAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTGA-ATCTAAATAAGCTTG
129 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTG
*** * * ** *
15433060 TAT-AAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATTGTTAT
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * **
15433124 TCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAG-CAATTAGATTTATTTTTT-TATTTCTTGGTTA
66 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GATTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* ** * * ** ** *
15433187 TTAAGTTTCAAAATATTATTAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAG
130 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
** * * * * * * *
15433239 TAT--ATACAAAATCAATTGTTTGATGATAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAACAGTTAATT
1 TATGAAT-TGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * ** *
15433302 ATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAA-TGGTTTAG-TAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTAC
64 GTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACT-GATTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * *
15433365 TGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCAAACAAACTTA
127 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * *** * * * * * *
15433420 TGTTAACAAAAACAATTATTTTATGACATAACAAAAAGTAACAACGATTTTAAATAGATAATTGT
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
15433485 TCAAATAGTTATAATTATTTGAACT-AGTTCA-ATAAATAGAATTATTTTCTAAA-CTCTTACTT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGA-TT-AGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * * *
15433547 ATAAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTTTTATTCTA-TTCTGAATAAGCCTC
129 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTG
** * * * * * *
15433600 TATGAGCTAAAATAATTGTTTCATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGT
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
15433665 TCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCA-ACAAAT-G------------AATCTCTTACTTA
66 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATT-AGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
15433716 TTAATTTTTAAAATTTTACTAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAGCTTG
130 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
** * * * * * *
15433768 TATGAATAAAAACAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTAT
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * **
15433833 CCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TGGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTT--AGGTC-T-CTTA
66 TCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTGATTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
15433893 TTAATTCTTGAAATGTTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
130 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * *
15433945 TATG--GTGAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAGTT
1 TATGAATTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * *
15434008 GTTCAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTAAATAAAATA-ATTTCTTTTTTAAA--TC-T-CT
64 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTAGAT-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
** *** *
15434068 TATTAATTTTTG----A--AATAAAGCAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT
128 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * ** * * *
15434116 TATAAACTAAAACAATTGTTTTATGATGAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTAT
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * ** * *
15434181 TCAAATAATCATAACTATTTGAACTTG-TTCA-ATAAA-CCATTTATTTTTTCAAATCTCATGCT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGATT-AGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT
* * *
15434243 TATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAATCTTG
128 TATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTG
* * * * *** * *
15434297 TATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAATAAAAGGTTGGAATGACTTGAAATAGATAATT-T
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
** ** * * * * * *
15434361 TTTAATAGTTTTAACTA-TTAGAACTGGTTCAG-CAAACACATTTATTTTTTGAATATC-T-C--
66 TCAAATAGTCATAACTATTTA-AACTGATT-AGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * *
15434420 GTTAATTTTTGGAATA-TAATTAAATTAGAATT-TTTT-TTACCTGAATAGGCTTG
129 ATTAATTTTTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATT-TC-AAATAAGCTTG
* * * * * ** * * *
15434473 TTTG--TTCAGAAATAGTTGTTTAATGAGAAAACAAATA--TCATAATAATTTGAGATTGATATT
1 TATGAATT--GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * *
15434534 TGTTCAAATATTCATAACTATTTAAACTAGCTCAGA-AAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGC
63 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GATTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * *** * *
15434598 TTATTCATTTTTGAAATATTAATAGAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTT
127 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * *
15434653 TATGAACTAAAATAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGGCATAACAACTTT-AAATAGATAATTG
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * *
15434715 TTC-AATAGT--TGAATCTATTCAAACTTGTTTAG-CAAACATATTTTTTTTTTAAATCTTTTGC
65 TTCAAATAGTCAT-AA-CTATTTAAAC-TGATTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * **
15434776 TCATTAATTTTTTG-AATGTTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
127 TTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * * * *
15434831 TATGAAATGAAATAATTGTTTTATGACTAAATAATAGGTCA-AACAATTTGAAATGGATAATTGT
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * ** * * *
15434895 TCTAATAATCTTAATTATTTGGACT-AGTTCAG-CAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTACT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGA-TT-AGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * * *
15434958 TACTAGTTTTTGGAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTG
128 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
** * * * * * *
15435012 TATGAAAAGGAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCGTAACAATTTGAGATAGATAATTGT
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * *
15435076 TTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCGATAAATAGA-TTAATTTTTAAA--T-GTA-TTAT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *** **
15435136 TAATTTTTAAAATATTAATATATTAGCATTATTTTATTTTGGATAATTTTG
131 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * *
15435187 CATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * *
15435252 TCAAATGGACATGA-TGATTTGAACTTG-TTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACC
66 TCAAATAGTCATAACT-ATTTAAAC-TGATT-AGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * *
15435314 TATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTATTATTA-TTTATTTCGAATAAACTTG
128 TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
** * ** * * * * *
15435367 TAT-AATAT-AAACAATCATTTTATCATGAAACAAAAGATCATAACTATATGAAACAAATAATTG
1 TATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
15435430 TTCAAACAGTCATAACTATTTGATA-TTACTT-GATAAAT-GATTTATTTTTAAAATTTTTTACT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTGA-TTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* ** *
15435492 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTTTGAATATGCTTG
128 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * * * * *
15435546 TATGAATCGAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGA-GTTTTTAAAATAAATAATTA
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * *
15435610 TTTAAATCA-TCATAACTATTTGAA-TGTATTCA-A-AAACCAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTG
65 TTCAAAT-AGTCATAACTATTTAAACTG-ATT-AGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * *
15435670 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTA-TATTATTTTATTCTGAAA-GAGCTTG
126 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTG
* * * * * **
15435726 TATGAACAT-AAACAATTATTTTATCACAAAAGAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTG
1 TATGAA-TTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * ** *
15435790 TTCAAATAGTC--AACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGA-TCAAATTTTAAATCTCTTACTCA
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
15435852 ATAATTTTT-AGAATATTAATCAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCCTA
130 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * *** * * * *
15435904 TATAAATTGATACAATTATTTTATGTTGAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTAT
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * *
15435969 TTAAATAGTTATGACTATTTAAACTTG-TTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTA
66 TCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGATTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* ** * * * *
15436033 TTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATTTTTTTTTTAAATTCAAATAAGCTTG
130 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTG
*** * * * * *
15436087 TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGGA-AAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTG
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * *
15436151 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTCTTTTTTAAATCTCTTACTTA
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* *
15436216 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAGCTTG
130 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
** ** * * * *
15436268 TATG-ATAAAAAACAATCATTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATCA-ATAATT
1 TATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATT
* * * * * * * * * *
15436331 ATTTAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTCGGTAAACA-ATTT-TTTTTTAAA--TC-T-CTT
64 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * *** *
15436390 ATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTAATTTTGTATAAGCATG
129 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * * * * *
15436443 TATTAACTAAAACAA-TGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGC
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * *
15436507 TCAAGTAGT-ACTAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAATTGATTTATTTTTTTAAATCTCTTA-T
66 TCAAATAGTCA-TAACTATTTAAAC-TGATTAGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT
* * *
15436569 TAATT--TTTTT--AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCTTG
128 T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * * *
15436620 TATGAACTGAAACAATTGTCTTATGACTAAACGAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGT
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * * *
15436685 TCAAGTAATCTTAACCATATGAAA-TGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTA
66 TCAAATAGTCATAACTAT-TTAAACTGATTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
15436745 TTAATTTTTTAAATAATATTAAATTTGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTG
130 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
*** * * * **
15436797 TATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATCAT
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * ** * * **
15436862 TCATATAGT-ATTGACTATTTAAATTGGTTCGGCAATTAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGGTTA
66 TCAAATAGTCA-TAACTATTTAAACTGATTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* ** * * ** ** *
15436926 TTAAGTTTCAAAATACTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAG
130 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
** * * * * *
15436978 TATGAA-CAAAACCAGTTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTA
1 TATGAATTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * *
15437042 TTCAAATAGTTAAAACTATTTGAAA-TGGTTTGGTAAATGGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTA
65 TTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTGATTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * ** *
15437106 ATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAACAAATTTA
129 ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* ** *
15437159 TTTGAA-CAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GT-ACTAAC-ATTTGAAATAGATAATTG
1 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * *
15437220 TTTAAACAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTAG-TAAATAGATTT-TTTTTTAAATCTCTTCCAT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GATTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
** * * *
15437283 AAAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATT
129 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
15437323 CTGAATAAAC
Statistics
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* * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * * *
15430267 TATTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATCATTTTAT-TCAAA
192 TATTTTTTAAA-TCT-CTTACTAATCTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATCTC-AA
* * * * * ** * * * * *
15430330 ATAAACTTGCATCAATAGAACCAATTGTTTTATGATGAAAGAAAAAGTCATAATGTTTTAAAATA
253 ATAAGCTTGTATAAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * ** ** * * **
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317 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATT-TATTTTTTTA-AA
* * * * * ** *
15430459 TCTTACTCATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAAT-AAGTTTATAT
380 TCTT-CTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTT-TAT
* * * * *
15430523 GAACTAAAACAATTGTTTTAATTACAAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
442 AAACTAAAACAATTGTTTT-ATGA-TAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * * *
15430588 CAAATAGTTATGACTATTTCAACTTGTTTGGTAAACATATGTATTTTTTAAATCT-TTAACTTTT
505 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTAT
* *** * * * * * ** *
15430652 TAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTCTTTTAATAC-AAATAACCTTGTACGAACAGAAAT
569 TAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTAAGAATTGAAAC
* * * * * * ** *
15430716 AATTGCTTTTATGTCAAAACAAAAAGTGATCATAA-G--TTGAAATAAATAATTCATCAAATAAT
633 AATT-ATTTTATGACTAATC-AAAAG-G-TCACAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * * * * * *
15430778 CATAACAATTTGAATTTGTTCGATAAACAAACTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCT
694 TATAATTATTTGAACTAGTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAATAATT-T-T
* * * * *
15430842 T--AATACTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAAATATTATA
755 TGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTC-CAATAAGCTTGTATGAACT-G----------A
* * * * *
15430904 TGAATAGAAAATATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAACTATTC
808 --AAT----AAT-TT-TTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTC
* * * *
15430969 AAACAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAA
865 AAATAGTCATAACTATTGAAACTTGTT-GA
* * *
15430999 TAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TAATTAATTTTTAGATTATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * ** *
15431063 TTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATT-CTTTATGACAAAACAAAATATTATAAT
65 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAAA
* * * * * * * *
15431127 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATGATTATTT-GATCT-AGTTCAATAAACATATTT
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAT-TGA-TTTAGTAAATAGATTT
* * * * * *
15431190 ATGTTTTAAATTTTTTAATTACTAATCATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCACCT-GA
193 ATTTTTTAAA---TCT-CTTACTAATCTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATCTCAA
* ** * * *
15431254 ATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTAAAATAGAATAAAAAGTCATAACGATTTGAAATA
253 ATAAGCTTGTATAAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATA
* ** * * * *
15431319 AATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGATTGGTAAAAAGATTTA-TTTTTTAAAT-
317 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATC
* * * * * ** * * *
15431382 TTATTATTAACTTTTGAAATATTAATAGATTAGTTTTACCTTATTTAGAACAAACTTATATAAAC
382 TTCTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATAAAC
* * * * * * * * *
15431447 AAAAACATTTGTTTTATGACAAAAGAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATA
446 TAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * **
15431512 GTCATAATTATTTAAAC-TGATTAGATAAATAAAAAATATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-T
511 GTCATAACTATTTAAACTTG-TTCGATAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * *
15431575 TTTTGAAATATTAATAGATTCA-TTTTATTTTATTCCAAAAAAGCTAGTATGAATTGAAA-ATTT
574 TTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAAGAATTGAAACAATT
* * * * * *
15431638 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATTATTGTTCATATAGTCT-TAACT
637 ATTTTATGACTAATCAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAATT
* * * * * *
15431702 ATTTGAACTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATT
701 ATTTGAACTAG-TTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAATAATTTTTGAAATATT
* * * ** *
15431767 ATTAGATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTTTTTTATGACAG
764 AATAAATTAGTTTTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTTTTTTATGACAA
* ** * * * *
15431831 AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTGGTT
827 AATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAAACTTGTT
15431896 AGA
892 -GA
* * ** *
15431899 TAAATATATTTATTTTTTAAA-CATCTTAGGTATTAATTTTT-GAAAAATTAATAAATTAGTATT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * * * * *
15431962 ATTTTATTTCGAATAAGATTGTATGTTCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAA
64 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAA
* * * * * * * *
15432027 CGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAATTGA-TTAGTTAAATAGATTC
129 AGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTTAG-TAAATAGATTT
* * * *
15432091 ACTTTTTAAATCACTTATTAATCTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
193 ATTTTTTAAATCTCTTACTAATCTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCAAATAAG
* * * ** *
15432156 CTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATAATTT-AAATAGAAAA
258 CTTGTATAAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * * *
15432220 TTATTCCAATAGTCGTAATTATTTAAATTTGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAACTCTTCC
322 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAA-TCTT-C
* * * * * * * *
15432284 TTATTAATTTTTAAAATATTAAGAAATTAGTGTTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGA
385 TTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATAAACTAA
* * * * * *
15432349 AATATTTG-TTTATG-TCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGT
449 AACAATTGTTTTATGAT-AAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* *
15432412 CATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT
513 CATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
15432477 TGAATGTTAATAAATTTGGATTCTTTTATT-TAGAATAAGCTTGTAAG-ATATGAAACAAATATT
577 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-AATAAGCTTGTAAGAAT-TGAAACAATTATT
* ** * *
15432540 TTATTACTAATCAAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTTATAATTATTT
640 TTATGACTAATCAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTT
* * * * **
15432605 TAATTAAGTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTTTATTTAATAATTTAGGAAATATTAATA
705 GAACT-AGTTAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATTTTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * * *
15432670 AATTAGTTTTATTTTGTTCCATCTAAACTTGTTTTAACTGAAACAATTTTTTTATGAC-AAATCA
768 AATTAGTTTTATTTTATTCCA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTTTTTTATGACAAAAT-A
* * * * *
15432734 AAAGGTTATAACGATTTTAAATATATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTGAAACTTGTTTGG
831 AAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAAACTTG-TTGA
* * * * *
15432798 TAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGAATTA
1 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
15432863 ATTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCATAA
65 TTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAA
* * * *
15432927 AGATTTGAAATAGATAATTTTTCTAATAGTCTTAACCATTTAAATTGATTTAGTAAAT-GAATTT
129 AGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTTAGTAAATAG-ATTT
* * *
15432991 ATTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTGAATCT-AAATAA
193 ATTTTTTAAATCTCTTACTAATCTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATCTCAAATAA
* **
15433055 GCTTGTATAAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATTG
257 GCTTGTATAAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * ** *
15433120 TTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAATTAGATTTATTTTTTTATTTCTTGGT
322 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTT-CT
* * * ** *
15433185 TATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATATAC-AAA
386 TATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATAAACTAAA
* * * * *
15433249 ATCAATTGTTTGATGATAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAACAGTTAATTATTCAAATAGTC
450 A-CAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * *
15433314 AAAACTATTTGAAA-TGGTT-TAGTAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTT
514 ATAACTATTT-AAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
15433377 TAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATT-TCAAACAAACTTATGTTAACAA---AAACAATTA
577 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGC-T-TG-TAAGAATTGAAACAATTA
* * *
15433438 TTTTATGACATAA-CAAAAAGTAACAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTA
638 TTTTATGAC-TAATCAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTA
* * * * * *
15433502 TTTGAACTAGTTCAATAAATAGAATTATTTTCTAAACTCTTACTT-ATAAATTTTTGAAATACTA
702 TTTGAACTAGTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAAT-AATTTTTGAAATATTA
* * * * * * * *
15433566 ATAAATTAGTTTTATTCTATTCTGAATAAGCCTCTATGAGCTAAAATAATTGTTTCATGACAAAA
765 ATAAATTAGTTTTATTTTATTC-CAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTTTTTTATGACAAAA
* * * *
15433631 TAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTG-AAC-TG--G
829 TAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAAACTTGTTG
*
15433692 T
893 A
* * * * *
15433693 TCAACA-A---A-----TGAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTACTAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
*
15433749 TTTATTACAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGA-TAGAACAAAAGGTTATAA
66 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTATTTTATGACTA-AACAAAAGGTTATAA
* *
15433812 CA-ATTTGAAATAGATAATTATCCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TG-GTTAGGTAAATAGAT
129 -AGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGATTTA-GTAAATAGAT
** * * * * *
15433874 TTATTTTTTAGGTCTCTTATTAAT-TCTTGAAATGTTAATAAATTAGGATTATTTTATTTCGAAT
191 TTATTTTTTAAATCTCTTACTAATCT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCAAAT
* * *
15433938 AAGCTTGTATGGTGAA-AAAA-AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATA
255 AAGCTTGTA---TAAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * * * *
15434001 GATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTAAATAAAATA-ATTT-CTTTTTTAAAT
317 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGT-AAATAGATTTATTTTTTTAAAT
* * *
15434064 C-TCTTATTAATTTT----TGA--AATAAAGCAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAA
381 CTTCTTATTAATTTTAAAAT-ATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATAAA
* *
15434122 CTAAAACAATTGTTTTATGATGAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAAT
445 CTAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * *
15434187 AATCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAAC-CATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATT
510 AGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT
* * * *
15434251 TTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATCTTGTATGAATTGAAACAATTAT
574 TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAAGAATTGAAACAATTAT
* *** * * ** * *
15434316 TATATGACTAAAT-AAAAGGTTGGAATGACTTGAAATAGATAATT-TTTTAATAGTTTTAACTAT
639 TTTATGACT-AATCAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTAT
* * * * * * * * * *
15434379 TAGAACTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTGAATATCT-CGT--TAATTTTTGGAATA-TAAT
703 TTGAACTAGTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAA-
* * ** * * * * *
15434440 TAAATTAGAATTTT-TTTTA--CCTGAATAGGCTTGTTTGTTCAGAAATAGTTGTTTAATGAGAA
766 TAAATTAG--TTTTATTTTATTCC--AATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTTTTTTATGACAA
* * * * * * * *
15434502 AACAAATA--TCATAATAATTTGAGAT-TGATATTTGTTCAAATATTCATAACTATTTAAACTAG
827 AATAAA-AGGTTATAACAATTTGAAATAT-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAAACTTG
*
15434564 CTCAGA
890 -T-TGA
* * * * * * *
15434570 -AAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTCATTTTT-GAAATATTAATAGAGTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
*** * * * * **
15434633 TTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGGCATAAC
65 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAA-
* * * * *
15434696 A-ACTTT-AAATAGATAATTGTTC-AATAGT--TGAATCTATTCAAACTTG-TTTAGCAAACATA
129 AGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AA-CTATTTAAA-TTGATTTAGTAAATAGA
* * * * * * *
15434755 TTTTTTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTG-AATGTTAATAACTTAGTATTATTTTATTT
190 TTTATTTTTTAAATC---T-CTTACTAA-TCTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCT
** ** * * * * *
15434819 TGAATAAGCTTGTATGAAATGAAATAATTGTTTTATGACTAAATAATAGGTCA-AACAATTTGAA
250 CAAATAAGCTTGTAT-AAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * * * * * * *
15434883 ATGGATAATTGTTCTAATAATCTTAATTATTTGGACTAGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTTAA
314 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTTAA
** * * * * *** * *
15434948 ATC-TCTTACTTACTAGTTTTTGGAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTG
379 ATCTTCTTA-TTA--A--TTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTT
* * * * * *
15435012 TATGAAA--AGGAACAATTGTTTTATGACAAAAT-AAAGATCGTAACAATTTGAGATAGATAATT
439 TAT-AAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
15435074 GTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTCGATAAATAGA-TTAATTTTTAAA--T-GTA-T
502 ATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
** * * * ** ** * * *
15435133 TATTAATTTTTAAAATATTAATATATTAGCATTATTTTATTTTGGATAATTTTGCATGAATAGAA
566 TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAAGAATTGAA
* * * * * **
15435198 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACA
631 ACAATTATTTTATGACTAATCAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA
* * * ** * *
15435263 TGATGATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT-AG
696 TAATTATTTGAACTAGTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAATAATTTTTGA-
* * * * **
15435327 AATATTAATAAATTA-TTATTA-TTTATTTCGAATAAACTTGTAT-AA-TATAAACAATCATTTT
758 AATATTAATAAATTAGTT-TTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTTTTTT
* ** * * * * * * * *
15435388 ATCATGAAACAAAAGATCATAACTATATGAAACAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGA
820 ATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGA
* *
15435453 TA-TTACTTGA
884 AACTT-GTTGA
* * * * *
15435463 TAAA-TGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTCA-TATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTA
** * * * ** * * *
15435526 TTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAA-TCGAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-G
65 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAA
* * * * * * * * *
15435589 AGTTTTTAAAATAAATAATTATTTAAATCA-TCATAACTATTTGAA-TGTATTCA-AAAACCAAA
129 AG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AGTCATAACTATTTAAATTG-ATTTAGTAAA-TAGA
* * * * *
15435651 TTTATTTTTAAAATTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTA-TATTATTTTATTCT
190 TTTATTTTTTAAA--TCT-CTTACTAATCTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TCT
* * * * * * * * **
15435715 GAAA-GAGCTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATCACAAAAGAAAAGGTTATAATAATTTGAA
250 CAAATAAGCTTGTATAAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAA
* ** ** * **
15435779 ATAGATAATTGTTCAAATAGTC--AACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGA-TCA-AATTTTAA
314 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTTAA
* * * * ** * * *
15435840 ATC-TCTTACTCAATAATTTTTAGAATATTAATCAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCCTA
379 ATCTTCTTA-T---TAA-TTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTT
* * * * * * * * * *
15435904 TATAAATTGATACAATTATTTTATGTTGAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTAT
439 TATAAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * * *
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* *** * * * * ***
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15436098 ATAATTGTTTTATGGA-AAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
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* * * ** * **
15436227 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATCATTTTA
758 AATATTAATAAATTAGTTTTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAATAATTTTTTTA
* * * * * * * * * * **
15436291 TAATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATCA-ATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTTA
821 TGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT-ATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAA
** *
15436355 ACTAATTCGG
885 ACTTGTT-GA
*
15436365 TAAACA-ATTT-TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTTGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* *** * * * * * * *
15436423 TTTAATTTTGTATAAGCATGTATTAACTAAAACAA-TGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAT
65 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAAA
* * ** * * *
15436487 GATTTTAAATAGACAATTGCTCAAGTAGT-ACTAACTATTTGAACTTG-TTT-GATAAATTGATT
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTT-AAATTGATTTAG-TAAATAGATT
* * ** * * * *
15436549 TATTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATA
192 TA-TTTTTTAAATCTCTTACTAATCTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCAAATA
* * * * ** * * *
15436614 AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTCTTATGACTAAACGAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGAT
256 AGCTTGTATAAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * * * *
15436679 AATTGTTCAAGTAATCTTAACCATATGAAATGGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATC-TC
320 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTC
* * * ** * ** * * * *
15436742 TTATTAATTTTTTAAATAATATTAAATTTGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAA
385 TTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATAAACTAA
* * * * * * *
15436807 AACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGT-
449 AACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* ** ** * ** * *
15436871 ATTGACTATTTAAA-TTGGTTCGGCAATTAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGGTTATTAAGTTTC
514 A-TAACTATTTAAACTT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
** * * * * ** * * ** * *
15436935 AAAATACTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAA-CAAAACCAGTTGTTT
577 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAAGAATTGAAA-CAATTATTT
* * * * * * * * *
15436999 GATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAAAACTATTTG
641 TATGACTAATCAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTG
* * * * * *
15437064 AAATGGTTTGGTAAATGGATTTACTTTTTAAATCTCTTAC-TAATTAATTTTCT-AAATATTAAT
706 AACTAG-TTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAA-TAATTTT-TGAAATATTAAT
* * * * ** * * * * * *
15437127 AAATTACTATTATTTTATTTCAAACAAATTTATTTGAAC-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACA
767 AAATTAGTTTTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTTTTTTATGACAAAATA
* * * * * * *
15437191 AAA-G-TACTAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAACAGTTATAATTATTTG-AACTGGTTTA
831 AAAGGTTA-TAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAAACTTGTTGA
* * * ** * * *
15437252 GTAAATAGATTT-TTTTTTAAATCTCTTCCATAAAAAATTTT-GAAATATTAACAAATTAGTTTT
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
15437315 ATTTTATT
64 ATTTTATT
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Statistics
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Consensus pattern (893 bp):
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TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAAAG
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTTAGTAAATAGATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTAATCTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCAAATAAGCTT
GTATAAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTCTTATTA
ATTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATAAACTAAAACAATT
GTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
TTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAAGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAT
CAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTAG
TAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATT
TTATTCCAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTTTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAAT
TTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAAACTTGTTGA
Found at i:15435151 original size:18 final size:19
Alignment explanation
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15435105 CGATAAATAG
*
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1 ATTAATTTTTAAATATATT
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1 ATTAATTTTTAAATATATT
15435152 A
1 A
15435153 ATATATTAGC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.03, T:0.55
Consensus pattern (19 bp):
ATTAATTTTTAAATATATT
Found at i:15438132 original size:363 final size:359
Alignment explanation
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15437394 GCAGATTTAT
* * * *
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* * * * * * * **
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* *
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* * * * **
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* * *
15437658 AAAAACAATTGTTTTATGACAAACGAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
258 AAAAACAATTGTTTTATGAAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
* * * * * * * *
15437723 CCATAATTATTTGATCTGATTTGGTAAATCGATTCAT
323 ACATAACTAGTTGAACTAATTTGGTAAATCAATTAAC
* *
15437760 TTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTAAAAATATAAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATA
1 TTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTTAAAATATAAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATA
*
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66 AGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTCCATAACAATTTTAAAAAGAT
* * * **
15437890 AATTTTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCT
131 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCT
*
15437955 TACTTATTAATTTTCAGAATGTTAATAAATCAGTATTATTTTATTCT-GAATAA-TTTTGCATGA
195 TACTTATTAATTTTCA-AATATTAATAAATCAGTATTATTTTATT-TGGAATAACTTTT--ATGA
*
15438018 ACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
256 ACAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
*
15438083 TGGACATGACTAGTTGAACTAATTTGGTAAA-CAAATTAAC
320 TGGACATAACTAGTTGAACTAATTTGGTAAATC-AATTAAC
* * * * *
15438123 TTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAGTTAGCATTATTTTATTTTGAAT
1 TTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTTAAAATATAAATAAAG-TAGTATTATTTTATTTTGAAT
* *
15438187 AAGCTTGTATCAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT-CATAACAATTTTAAATAA
65 AAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCCATAACAATTTTAAA-AA
* * * * *
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128 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTT-TAAATC
* * * * * * * *
15438315 TCTTGCTTATTAATTTTGGAAATATGAAGAAATTAGCATTATTTTATTTTGGACA-AGCCTTTAT
192 TCTTACTTATTAATTTT-CAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTA-TTTGGA-ATAACTTTTAT
* *** * ** * * * * * * *
15438379 AAATTGAAACAATTCTTCGATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCA
254 GAACAAAAACAATTGTTTTATG-AAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** * * ** * * ***
15438444 AAAAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-GAGATTTGGTT
318 AATGGACATAACTAGTTGAACTAATTTGGTAAATCA-A-TT-AAC
* * ** ** * * * * * * *
15438488 TTTTTGAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCTAAATA
1 TTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTTAAAATATAAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * * * * * * *
15438553 AGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTT-TTACTAAACAAAAGAGT-TAGAACGATTTGAAATA
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* ** * * * * * *
15438615 GATATTTATT-ATAATAGTTTTGACTATTTGAA-TCGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAAT
128 GATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *** **
15438678 CTCTTA-TTA--ATTTTTGAAACATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAACTTCAAT
191 CTCTTACTTATTAATTTTCAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTAT-TTGGAAT-AACTTTTAT
* * * * * * *
15438739 GATCAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA-T-CTGAACAATTTGAAATTGATAATTGTTC
254 GAACAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAAGTAAT-AACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * ** * * *
15438802 AAAT-AATCATAACTA-TTTAATTTGGTTCGATAAAT-AGATTTA-
317 AAATGGA-CATAACTAGTTGAA-CTAATTTGGTAAATCA-ATTAAC
*
15438844 TTTCTTAAATCT-T---TTATTAA-TTTT----T-GAAAT--A-T--TATTATTTTATTTTGAAT
1 TTT-TTAAATCTCTCACTTATTAATTTTTAAAATATAAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * **
15438894 AAACTTGTATG-A-TAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAACAATTTGAAGTA
65 AAGCTTTTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCCATAACAATTTTAAAAA
* * * * * * * * * *
15438956 GATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAAC-TGATTCGATAAGCATATTTATTTTTTAAATT
128 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATC
** * ** *
15439020 TCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GTCTAAGCTTGTAT
192 TCTTACTTATTAATTT-TCAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATT-TGGAATAA-CTTTTAT
* *** * * * * * * *
15439084 TAATTGAAACAATTATTTTAT-AATAGATCAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTC
254 GAACAAAAACAATTGTTTTATGAA-A-AACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * ** * **
15439148 AAAAAGTA-ATAATTATTTGAATTTGTTCGGTAAA-CATATTTAGT
317 -AAATGGACATAACTAGTTGAACTAATTTGGTAAATCA-A-TTAAC
** ** ** * * * * *
15439192 TTTTTAAATCTCTTTCTCCTTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATA
1 TTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTTAAAATATAAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * * * * **
15439257 ACCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGT-TAGAATGA-TTTAAAATAG
66 AGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAAAAAAGTCCATAACAATTTTAAAA-AG
* * * * * * * *
15439320 ATAATTGTTTGTTCTAATAGTCTTAGCCATTTGAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTA
129 ATAA----TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * * * ** * * *
15439384 ATCTCTTACTAATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTATTTTAATCCGAATAGGCCTGT
189 ATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTGGAATA-ACTTTT
* * * * * * * * * **
15439449 ATGAA-TAAAATAGTTCTTTTACGACAAAACAATAGGTCATAACGATGTGAAATAGATAATCATT
252 ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * *** * ** * * * *
15439513 CATATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTGG-CAATTAGATTTAT
316 CAAATGGACATAACTAGTTGAACTAATTTGGTAAATCA-ATTAAC
* * * * * * * * * *
15439557 TTTTTAATTTTTTTTA-TTATTAAGTTTTAGAATATTATTGAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
1 TTTTTAA-ATCTCTCACTTATTAATTTTTAAAATATAAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAAT
** *** * * * * * * * ** *
15439621 AAAATAGCATAAACAGAACCAATTGTTTGATGAGAAAATAAAAGGT-TATAATGATTTGAAATAA
65 AAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCCATAACAATTTTAAA-AA
* * * * *
15439685 -ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTAATAAATAGATTTACTTTTTAAATCT
128 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
** * * * * * *
15439749 CTTACCAATTAGTTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATTA
193 CTTACTTATTAATTTTC-AAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTGGAA-TAACTTTTATGA
* *
15439814 ACAAAAACCATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
256 ACAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
15439879 T
320 T
15439880 AGTTATAATT
Statistics
Matches: 1646, Mismatches: 371, Indels: 200
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
340 6 0.00
341 80 0.05
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343 1 0.00
344 9 0.01
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352 8 0.00
353 7 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
TTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTTAAAATATAAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATA
AGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTCCATAACAATTTTAAAAAGAT
AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
ACTTATTAATTTTCAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTGGAATAACTTTTATGAACAAA
AACAATTGTTTTATGAAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACA
TAACTAGTTGAACTAATTTGGTAAATCAATTAAC
Found at i:15438188 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15437370--15439902 Score: 1951
Period size: 181 Copynumber: 14.1 Consensus size: 181
15437360 CATATAATCT
* * * * * *
15437370 TAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAGTTATGAATTTTT-AG
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* * * *
15437434 AATATAAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTAT
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* * * * *
15437499 GACAAAA-TAAAAGGCTATAACAATTTG-AATTGATAATTATTCAAATAGTCA
130 GACAAAACAAAAAGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
15437550 TAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC----TACTTCTTGAA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * *
15437611 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCTTTTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTA
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTA
* * * * *
15437674 TGAC-AAACGAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCA
129 TGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * **
15437726 TAATTATTTGATCTGATTTGGTAAATC-GATTCATTTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTAAA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * *
15437790 AATATAAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
15437855 GAGAAAA-AAAAAGTCCATAACAATTTTAAAAAGATAATTTTTCAAATAATCA
130 GACAAAACAAAAAGT-CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
15437907 TAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCA
1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * ** * **
15437971 GAATGTTAATAAATCAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTA
65 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
* * *
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* * ** * * * *
15438089 TGACTAGTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTAACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAA
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* * * *
15438154 ATATTAATAAGTTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATCAACTGAAACAATTGTTTTATG
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
15438219 ACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAGTCA
131 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
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* * * * * * * * * **
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65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
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* * * * * * *
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1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTT--ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTT
* * * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * ** *
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* * *** ** * * *
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* * * *
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* * * * *
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1 TAACTATTTGAA-CTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
*
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* * * ** * *
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* * * * * * * * **
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* ** * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * **
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1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTG
* * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** ** * * * * * *
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* * * ** * **
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* ** * * * *
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1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * ** *
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1 TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGA
* * * * ** *
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* * *
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*
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* ** * * * *
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** * *
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* ** * * * *
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* *
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* * * *
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* * * **
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * *
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* * **** * *
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*
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* * * * *
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* * * * *
15441107 TTTTTTTCATACAAGTTTATTCGCAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
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* *
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* * * * * * *
15441235 TAATTTTCTATTTTAAATCGTTCTGACC-TTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTT-AATACCT-
182 GAA--TT-TATTTGAAATCATTCTGACCTTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTGAAT--CTA
* * * * *
15441297 TACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATCCAAATTTATTAAC-TTCAAAAAATTAATAAGCAAA-AG
242 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATGCAAAAAATTAACAAG-AAAGAG
* * **
15441360 ATTTGAAAAAATAAATCTATTTAT-TAAGCAAG-TTAAATAATT-TGACTATTTAAACAATTATT
306 ATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTACC
* * *
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** * * * * *
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* * *
15441550 TAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTT-C
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* * * *
15441583 GACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
1 GACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
15441645 GTTTCAATTC
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GACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
TTGTTTATACAAGCTTATTCGCAATAAAATAACAATAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG
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TCATTCTGACCTTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTGAATCTATACAAGCTTATTCAAAATA
AAATAATACAAATTTATTAACATGCAAAAAATTAACAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTAT
TTATCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTAAAATCATTATAACCT
ATTGATTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAGCTTAGACAAAATAAAATAATAACAAT
TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTCCAAATAAATTA
AAATAATTGC
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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* * ** *** *** *** *
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* ** * * * * ** *
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* * ** ** * * * *
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* * *
15440613 AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA--TTT--AAAA-AAATTTGTTTA-TAGAATC
1 AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGTTTTAAAAAATAAATCTGTTTATTA-AA-C
* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * **
15440782 AATTTATTAACATGCAAAAAATTAACAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAACA
1 AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAG-TTTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACA
* * ** * * *
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65 AGTTTAAATAGTT-TGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * ** * *
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** * * * * * * *
15440964 AATTTATTAATATTTTCAAAATTAGTAAGTAAAAAATTTT-AAAAATAAATATGTTTTTTGATC-
1 AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG-AAAGAGTTTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACA
* * * * * * * * *
15441027 AGTTAAAATAATTGTGGCCATTTGAATGATTATCGATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGT
65 AGTTTAAATAGTT-TGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *** * **
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129 CATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * *
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* * * * * * *
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65 AGTTTAAATAGTTTG-ACTATTTA-AATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
15441273 TCATAAAATATTTGTTT-AATACCTTACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATCCA
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* * * * *
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* * *
15441453 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACC
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* * * * ** *
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* * * *
15441635 TAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAATTAAAGTAATAC-
131 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
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* * ** ** * * * * * * **
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* *** * ** * * * ** * * * *
15441809 A-C--TA-GTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTTCGACCTTTT
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* * *** *
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* * ** * * *
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* * ** *** * ** *
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* ** * * *
15442015 ATTTGAATAACAATCTATTCAAAGTCATTATAATCTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTT
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* * **
15442080 CATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACT
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15442111 ACTTTGCTAACACTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAACTAAATCTATTTACCCAACCA
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* * * * * * ** * *
15442175 A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCGATCTCAAATTGTCATGATC-TTTGTTTTGT
65 AGTTTAAATAGTT-TGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
15442238 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAGTAAAATATTGCT
129 CATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
** * * * ** * ***
15442290 AAACTAATAATATTCT--AAATTTAATAAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACC
1 AATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGAAAGAGTTTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAA-C
* * ** * * * *
15442353 AA-TTCAAGTAGTTAAAACTA-TTAGAATAACTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTA
64 AAGTTTAAATAGTT-TGACTATTTA-AATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
15442416 GTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
127 GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * * * * *
15442470 ATTTTATTAACATTTAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAATA
1 AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAG-AGTTTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACA
* * * * * * *
15442535 AATTCAAATAATTATGA-TAATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTATTATAACCTTTTGTTTTA
65 AGTTTAAATAGTT-TGACT-ATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
15442599 TAATAAAATAATTGTTTTAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATT
128 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * *** * ** * **
15442652 ACTTTATTAATATTTCAAACAA-TGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCAAATT
1 AATTTATTAATATTT-AAAAAATTAATAAGAAAGAGTTTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACA
* * * * * * ** *
15442716 AGTTCAAATAATTATGGCAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-ATATTTGTTTTG
65 AGTTTAAATAGTT-TGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTG
* *
15442780 TCATAAAATAATTGTTTTTCA--TCATATAAGC-TATTCAAAATAAAATAATACT
128 TCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * * * * * *
15442832 AATTTATTAATATCT-GAAAATTTATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAGCTA
1 AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGTTTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAA
* * * * * * *
15442896 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
66 GTTTAAATAGTT-TGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
15442961 ATAAAAAAATTATTT-ATGTTCAGACAAGCTTATTCGAAATAAAA-AA-A-T
130 ATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * ***
15443009 -A-TTATGAA-AATT----AA-TAACTAAG--AGA--TTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAATC
1 AATTTATTAATATTTAAAAAATTAA-TAAGAAAGAGTTTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAA-C
* * * * * * * * * *
15443062 -AGTTCAAATAGTTAAGGCTATGTGAATAACTATGTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTA
64 AAGTTTAAATAGTT-TGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** * * * * *
15443126 TCGTAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAACAATATT
128 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * ** **
15443179 AATTTATTAATATTTTAAAAATGAATAAG--AGA--TTTAAAAAATAAATCTCTTTAACAAACCT
1 AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGTTTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAA
* * * * * * * * * * *
15443240 GTTCAATTAGTTAT-AATAATTTGAACAGTTATTTATTTTAAATTATTATAACCATTTGTTTTGT
66 GTTTAAATAGTT-TGACT-ATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** ** *
15443304 CATAAAATAATTTTTTCTA-TTGATAC-AGTCTTATTTGAAATAATGTAATGCT
129 CATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * ** **
15443356 AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATGAATATGTTGGTTTGAC
1 AATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAG-AAAGAGTTTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAAC
* * * * * * *
15443419 CAGTGTT-AATAGTTTTGACTGTTTGAACAATTATGTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT
64 AAGT-TTAAATAG-TTTGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
** * * *
15443483 GTCACGAAACAATTGTTTCTATTTC-TACAAACTTATTCAAAATAACAA-AATTCT
127 GTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAA-AATAATACT
* * * * * * * * **
15443537 AATTTATTAATATTTCAAAAATTACTAAGTAAGA-ATTTAAAAATTGAATATGTTTGTCGAACAA
1 AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGTTTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAA
* * ** * * *** * *
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* * * *
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* * * * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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65 AGTTTAAATAGTT-TGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
** *** * *
15443846 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-AAGCTTATTTGGATTAAAATAATATT
129 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
** * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* *
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176 ATACT
** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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** * ** * ** * * * **
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* ** * * * * * * ** * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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** * * * ** * * * * * * * * *
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*
15444637 AA
180 -T
* * * *** * *
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** * * * * * * *
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* * *
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** * * * * * **
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* * * * * * * * * * *
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* **
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* ** * * **
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* * * * *
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* ** *** *
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* ** ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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* ** * * * * ** **
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* * * * *
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127 GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACT
* * *
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* *
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Statistics
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* *
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* * ** * ** * *
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* * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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** ** * *
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* * * * *
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** *
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* * * * *
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* * * *
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1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * ** * * * * * *
15443031 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATGTGAATAACTATG
66 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* *
15443096 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCGTAAAATAAATGTTTTT--G
130 TATTTCAAATCATTATAACC-TTTGTTTTATCATAAAA-CAAT-TTTTTCAG
* * * * * * *
15443146 TTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAACAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--GAA-TAA
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* * ** * * * *
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* * * * *
15443271 TTTATTTTAAATTATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-
128 TCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTC-AG
* ** ** *
15443323 TTGATAC-AGTCTTATTTGAAATAATGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * ** ** * * * *
15443387 ACG-GATTTAAAAAATGAATATGTTGGT-TTGACCAGTGT-TAATAGTTTTGACTGTTTGAACAA
64 A-GAGATTTAAAAAATAAATCTATT--TATCAAAAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * ** * *
15443449 TTATGTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCACGAAACAATTGTTTCTAT
125 TTATCTATTTCAAATCATTATAAC-CTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTC-AG
* * *
15443505 TTC-TACAAACTTATTCAAAATAACAA-AATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTACTAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * **
15443568 AGA-ATTTAAAAATTGAATATGTTTGTCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACGATTA
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* *** * * *
15443632 -CTTGTTTCAAATCACCGTAATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCTA-
128 TC-TATTTCAAATCATTATAA-CCTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTTTTTC-AG
* * * * *
15443685 TTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTCATATTTAGACAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
15443749 AAAGATTTAAAAAACAACTATATTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
64 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * * * *
15443814 TTTATTTCAAATC-GTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TG
128 TCTATTTCAAATCATTATAAC-CTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTCAG
*** * * ** *
15443865 TTCATA-AAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * ** * *
15443929 AAGATTTTAAAAA-AAATATGCTTA-CAGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTA
65 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA-AA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
** * *
15443992 -CATATTTCAAATCATTATGGCCATTTGTTTCT-TCATAAAACAATTGTATCAG
128 TC-TATTTCAAATCATTATAACC-TTTGTTT-TATCATAAAACAATTTTTTCAG
* * * * * **
15444044 TTCATATAGGCTTATTTATAGAAGCTTATTTGGATTAAAATAGTATTAATTTATTAATATTTTGA
1 TTCATACAAGCTTA--T-T-CAA----A-----A-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAA
* * * ** * * *
15444109 CAATTAATAAGCAAAAGATTTTTAAAATAAATATATTTA-CAGAACAAGTTCAAATAGTCATAAC
51 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA-AA-AAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
15444173 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCACAAAACAATTGTATT-
114 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTC
15444237 AG
177 AG
* * * * *
15444239 TTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAATTAATGAGCTA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-TA
* * * * *
15444304 TAGA-A-TTAAAAAATGAATCTATTCATCGAACAAA-TTCGAATAATTATGACTATTTGAACAAT
64 -AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AA-AAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * * * * * *
15444366 TTTATATTTCAAATCATTATGATA-TTTTATTTTTTCATAAAATAATTCTTTCTG
126 TATCTATTTCAAATCATTAT-A-ACCTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCAG
* *
15444420 TTCATACAAGCTTATTCCAAATAATATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGT
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTC-AAAAATTAATAAGT
* * * * * *
15444484 AA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
63 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
15444548 ATCTATTTCAAAT
127 ATCTATTTCAAAT
15444561 AGTTTTATCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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171 2 0.00
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174 2 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
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TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAG
AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
ATTTCAAATCATTATAACCTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCAG
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Alignment explanation
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15441045 CATTTGAATG
* * ***
15441055 ATTATCGATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCGTAAAACAATTATTTTTTTTTCATACA
1 ATTATCGATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCCTAAAACAATTATTTTCAGTTCATACA
* ** * *
15441120 AGTTTATTCGCAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
66 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATATCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
* * * *** *
15441185 AAACATAAATGTGTTTGTTAAACCAATTTAAAAAGTTAGAACTATTATAATAATTTTCTATTTTA
131 AAACATAAATCTGTTTATTAAA-CAATTCAAAAAGTTAGAACTATTATAATAACAATCTATTTCA
* * * * * * * *
15441250 AATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTAATACCTTACAAGCTTATTGAGAAT
195 AATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTAATACCATAAAAACTTATTGAGAAT
* *
15441315 AAAATAATCCAAATTTATTAACTTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTAT
260 AAAATAATACAAATTTATAAACTTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTAT
** * ** * *
15441380 TTATTAAGCAAGTTAAATAATTTGACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATTATTATGACCTAT
324 TTACCAACCAAGTTAAATAATTTGACTATTTAAACAATTATCGATCTAAAATTATCATGACCTAT
**
15441445 TATTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACCAATTT
389 TATTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACCAAACT
** * ** * *
15441510 CTTAATATTTTAAAAATTAATAAGGAAGAGTTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCA
454 AATAATATTCTAAAAATTAATAAGGAAGAGACTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACAAATTCA
** * * * * *
15441575 AATAGTTCGACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
519 AATAGTTAAACTATTAGAATAACTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
* * *
15441640 CAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAATTAAAGTAATACAAGCTTATTTAGATTAAAATA
584 CAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAGCTTATTTAGATTAAAATA
15441705 ATACAAGCTTTTCATACAAGCTTATTAAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCGAAAAT
649 ATACAAGCTTTTCATACAAGCTTATTAAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCGAAAAT
15441770 TAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATGTGCTTGGCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA
714 TAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATGTGCTTGGCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA
15441835 GAACA
779 GAACA
* * *
15441840 ATTATCTATTTCAAATC-TTTTCGACCTTTTGTTTAGTCCTAAAACAATTATTTTCAGTTCATGC
1 ATTATCGATTTCAAATCATTAT-GACCTTTTGTTTAGTCCTAAAACAATTATTTTCAGTTCATAC
* * *
15441904 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATATGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTT
65 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATATCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* *
15441969 AAAAAACATAAATCTGTTTATTGAAA-AAGTTCAAATAGATTTG-ACTATT-TGAATAACAATCT
130 --AAAACATAAATCTGTTTATT-AAACAA-TTCAAAAAG-TTAGAACTATTAT-AATAACAATCT
* * *
15442031 A-TTCAAAGTCATTATAATCTTTT-TTTA-TCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATAAAAACTTA
189 ATTTCAAA-TCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTTAATACCATAAAAACTTA
* * * *
15442092 TTTGA-AATAAAATAATACTACTTTGCTAACACTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAA
252 -TTGAGAATAAAATAATACAAATTT-ATAA-ACTTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAA
* * * *
15442154 CTAAATCTATTTACCCAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCGATCTCAAAT
314 ATAAATCTATTTA-CCAACCAAGTT-AAATAATT-TGACTATTTAAACAATTATCGATCTAAAAT
* * * * * ** * *
15442218 TGTCATGATCT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAGTAA
376 TATCATGACCTATTATTTTGACATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAA
* * * * *
15442281 AATATTGCTAAACTAATAATATTCT-AAATTTAATAAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATGTGTTT
440 AATAATACCAAACTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGGAAGAGACTTAAAAAATAAATGTGTTT
* * * * *
15442345 GCCAAACCAATTCAAGTAGTTAAAACTATTAGAATAACTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTT
505 ACCAAACAAATTCAAATAGTT-AAACTATTAGAATAACTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTT
* * *
15442410 TGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
569 TGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
15442469 TATTTTATTA
Statistics
Matches: 518, Mismatches: 94, Indels: 34
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
784 72 0.14
785 305 0.59
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787 56 0.11
788 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (783 bp):
ATTATCGATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCCTAAAACAATTATTTTCAGTTCATACA
AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATATCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
AAACATAAATCTGTTTATTAAACAATTCAAAAAGTTAGAACTATTATAATAACAATCTATTTCAA
ATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTAATACCATAAAAACTTATTGAGAATA
AAATAATACAAATTTATAAACTTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
ACCAACCAAGTTAAATAATTTGACTATTTAAACAATTATCGATCTAAAATTATCATGACCTATTA
TTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACCAAACTAA
TAATATTCTAAAAATTAATAAGGAAGAGACTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACAAATTCAAA
TAGTTAAACTATTAGAATAACTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACA
ATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAAT
ACAAGCTTTTCATACAAGCTTATTAAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCGAAAATTA
ATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATGTGCTTGGCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGA
ACA
Found at i:15443122 original size:167 final size:167
Alignment explanation
Indices: 15442863--15443179 Score: 406
Period size: 167 Copynumber: 1.9 Consensus size: 167
15442853 TTATGAGTAG
* * * *
15442863 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAGCTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
1 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCTAGTTCAAATAGTTAAGACTATGTGAACAACTAT
* *
15442928 ATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAAT-TATTTATGTTCAGACAAGCT
66 ATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAAATGT-TTT-TGTTCAGACAAGCT
*
15442991 TATTCGAAATAAAAAAATATTATGAAAATTAATAACTAA
129 TATTCAAAATAAAAAAATATTATGAAAATTAATAACTAA
* * * * * *
15443030 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAA-ATCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATGTGAATAACTA
1 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATGTGAACAACTA
* * * * *
15443094 TGTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCGTAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTT
65 TATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAAATGTTTTTGTTCAGACAAGCTT
* *
15443159 GTTCAAAATAAAACAATATTA
130 ATTCAAAATAAAAAAATATTA
15443180 ATTTATTAAT
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 20, Indels: 6
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.01
167 118 0.93
168 7 0.06
169 1 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (167 bp):
GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCTAGTTCAAATAGTTAAGACTATGTGAACAACTAT
ATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAAATGTTTTTGTTCAGACAAGCTTA
TTCAAAATAAAAAAATATTATGAAAATTAATAACTAA
Found at i:15444216 original size:195 final size:194
Alignment explanation
Indices: 15443871--15444254 Score: 644
Period size: 195 Copynumber: 2.0 Consensus size: 194
15443861 TTTGTTCATA
*
15443871 AAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTT
1 AAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGATTT
*
15443936 TAAAAAAAATATGCTTACAGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTACATATTTCA
66 TAAAAAAAATATACTTACAGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTACATATTTCA
* * *
15444001 AATCATTATGGCCATTTGTTTCTTCATAAAACAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTTATAG
131 AATCATTATGACCATTTGTTTCATCACAAAACAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTTATAG
*
15444065 AAGCTTATTTGGATTAAAATAGTATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGATTT
1 AAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGA-TT
* *
15444130 TTAAAATAAATATATTTACAGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATC-TATTT
65 TTAAAAAAAATATACTTACAGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTA-CATATTT
* * *
15444194 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCACAAAACAATTGTATTAGTTCATATAGGCTTATT
129 CAAATCATTATGACCATTTGTTTCATCACAAAACAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATT
15444255 CGAAATAAAA
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 11, Indels: 3
0.93 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
194 60 0.34
195 116 0.66
196 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (194 bp):
AAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGATTT
TAAAAAAAATATACTTACAGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTACATATTTCA
AATCATTATGACCATTTGTTTCATCACAAAACAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTTATAG
Found at i:15445178 original size:355 final size:357
Alignment explanation
Indices: 15444606--15445359 Score: 859
Period size: 355 Copynumber: 2.1 Consensus size: 357
15444596 AGCATATTTG
* *
15444606 AAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTT
1 AAATAAAATAATACT-AATCATTAATATTCCAAAAATTAATAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTT
* * * *
15444671 TACCAAGCAAGTTTAAATAGTTATTATGCCAGTTTGGACTATTATTTATTTCAAATAGTTATGAT
65 TACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGA-GCCAGTGTGGAATATTATTTATTTCAAATAGTTATGAT
* * ** * *
15444736 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTA
129 CGTTTATTTCATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* *** *
15444801 ATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-AGGTAGGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAG
194 ATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGCTA-GAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAG
* * * * * * *
15444865 TTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACATTTATATATTTGAAATCATCATGACCTTTTGTTT-TTTA
258 TTCAAATAATTAAGACCATTAGAACAATTATATATTTCAAATCATCATGACCTTTTGTTTAGTT-
* *
15444929 ATAAAAAAATT-GTTTATGTTCATGA-AAAATTATTCA
322 ATAAAAAAATTATTTTA-ATTCAT-ACAAAATTATTCA
*** *
15444965 AAATAAAATAATACTAATCATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAACTAAATTTGT
1 AAATAAAATAATACTAATCATTAATATTCCAAAAATTAAT-A-AGATTTAAAAAAATAAATTTGT
*
15445029 TTACCAAA-ACAGTTTAAATAGTTATGA-CTA-TGT-GAATAATTATTTATCTT-AAATCA-TTA
64 TTACCAAACA-AGTTTAAATAGTTATGAGCCAGTGTGGAAT-ATTATTTAT-TTCAAAT-AGTTA
* * * *
15445088 TGAT-GTTTATTTCATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAAT
125 TGATCGTTTATTTCATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* **
15445152 A-TCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGCTAGAGATTTAAAAATAAATGTGTTTTGCAAA
190 ACT-AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGCTAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAA
* * * **
15445216 CCAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTA
254 CAAGTTCAAATAATTAAGACCATTAGAACAATTATATATTTCAAATCATCATGACCTTTTGTTTA
* *
15445281 GTTATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAACTTATTCA
319 GTTATAAAAAAATTATTTTAATTCATACAAAATTATTCA
* * *
15445320 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAA
1 AAATAAAATAATACTAA-TCATTAATATTCCAAAAATTAA
15445360 AGAGCAAAAG
Statistics
Matches: 333, Mismatches: 50, Indels: 27
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
354 2 0.01
355 197 0.59
356 49 0.15
357 5 0.02
358 21 0.06
359 53 0.16
360 6 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
AAATAAAATAATACTAATCATTAATATTCCAAAAATTAATAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTT
ACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGAGCCAGTGTGGAATATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCG
TTTATTTCATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
TTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGCTAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTC
AAATAATTAAGACCATTAGAACAATTATATATTTCAAATCATCATGACCTTTTGTTTAGTTATAA
AAAAATTATTTTAATTCATACAAAATTATTCA
Found at i:15445916 original size:495 final size:496
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Indices: 15445080--15446019 Score: 1260
Period size: 495 Copynumber: 1.9 Consensus size: 496
15445070 ATTTATCTTA
* ** * *
15445080 AATCATTATGATGTTTATTTCATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGGATTA
1 AATCATTATGATGTTTATTTCATCATAAAACAATTGCTTCTGATCATACAAGCTTATTTGCAATA
*
15445145 AAATAATATCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGCTAGAGATTTAAAAATAAATGTGTTT
66 AAATAATATCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGC-AGAGATTTAAAAATAAATGTATTT
* * *
15445210 TGCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTT
130 TG-AAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCCTT
* * * *
15445275 TGTTTAGTTATAAAACAATTATTTTAATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
194 TGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCACACAAACATATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
*
15445340 ATTAACATTCAAAAAATTAAAGAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACGAAGTAAGTAC
259 AATAACATTCAAAAAATTAAAGAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACGAAGTAAGTAC
*
15445405 AAATAGATTAGACTATTTGAACAACTATC-TATGCAAAATTGTTA-GACCTTTTGTTTTGTCATA
324 AAATAGATTAGACTATTTGAACAACTATCGAAT-CAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-
* * *
15445468 AAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATACTTCA
387 AAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACTACTATATTAATACTTCA
15445533 AAAATTAAAAAGCAGGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTC
452 AAAATTAAAAAGCAGGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTC
* * * *
15445578 AATCCTTATGATTTTTGTTTTC-TCATAAAACAATTGCTTCTGATCTTACAAGCTTATTT-CAAT
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* *
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* * * *
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* * * *
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** * * * *
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* * *
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*
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* * * **
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* * * * * ** * *
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* ** * * * * * *
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** ** * *
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* *
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Statistics
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TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAAT
TGTTTTAATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAA
TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAA
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15446165 GCTTATTCAA
*** *
15446175 AATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
1 AATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATC
** * * *
15446240 TACCAAACCAGTTCAAATAGTCATTACTATTTGAACATTTATCTATTTTAAATAGTTATAACCTT
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131 TCTGTTCATATAAGCTTATTTGG
* *
15446328 AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTGAA-AATTTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTACTAATATT-TCAAGAA--T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
15446392 CCATCTGCCAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTGAAATTGTTAT
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15446456 GACCATTTGT
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 17, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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154 3 0.03
155 1 0.01
156 3 0.03
157 70 0.66
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.38
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AATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATC
TACCAAACCAGTTCAAATAGTCAAGACTATATGAACAATTATCTATTTGAAATAGTTATAACCTT
TCTGTTCATATAAGCTTATTTGG
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Period size: 181 Copynumber: 16.8 Consensus size: 181
15446293 AGTTATAACC
* * ** * * *
15446303 TTTCTGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCTGAAAATTTA
1 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
* ** * * * * *
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65 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTA-GA
* * * * *
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129 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
** * * * * * * *
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1 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCA-AAAATTA
* * * * * * *
15446548 ATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGA
64 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGA
* * ** * * * *
15446613 ATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTG
129 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* ** * * * * * * *
15446666 ATCTT--GTTCATACTATTTTATTCAGAGTAAAAAAATACTAATTCAATAATATTTCGAAACTTG
1 -T-TTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
** * * ** * ** * *
15446729 ATAACCAAGAAAATTAAAAAAGTAAATCTAATTGCCAAACCGGTTCAAATAGTTAAGATTA-TAT
64 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTA-
** * * *
15446793 GAATGATTATCTA-TTCTAAATTGTTATGACTTTTTCTTTTGTCGTAAAACAATTG
127 GAACAATTATCTATTTC-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * *
15446848 TTTTA-TTCATACAAGCTTATTCTA-ATTAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAA
1 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * *
15446911 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATC-AGTTCAAATGGTTAAGATTATTAGA
65 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGA
* * * * * *
15446975 ATAATTATTTATTTGAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG
129 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * *
15447028 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATA-AAATTTATTAACATTTGGAAAAA-TAA
1 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAAATTAA
* * * * *
15447091 TAAGAAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGA
65 TAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGA
* * * * *
15447156 ACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTCTCATAAAACAATTG
129 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * **
15447209 TTTCAGTTAATACACA-CTTAGAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTT-AGTAA--A
1 TTTCAGTTCATACA-AGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * ** * * *
15447269 ATAA-TAAGAAACTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATTAGTTAAAATAATTAT-AGCCATTTA
64 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTA-TTA
** * *
15447332 -AATGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCCTTT-TTTTGTCATAAAACAATTA
127 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * **
15447385 TTT---TTTATTGGACATGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACGTCAAAAAT
1 TTTCAGTTCA-T--ACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* ** * * * *
15447446 TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
62 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTA
* * * * *
15447511 GAACAGTTAT-TAATCTCAAATCGTTAGGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
127 GAACAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * *
15447565 TTTCTAATT-ATAGAAGCTTATTC--AATTAAA-AATAGGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATT
1 TTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA--CTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * **
15447626 AATAAGTAATAGACTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAACCCAA-TTCAAATAGTTAAAACTATTA
63 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTA
* ** * * * * *
15447690 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAATATATTTG
127 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * * *
15447745 TTTC-CTATCTTCCAAGTTTATTTAGAATAAAATAAT-CTAAATTTATTGACA-TTCAAAAAATT
1 TTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATT
* ** ** * * *
15447807 AATAAGGAA-ATGATTTGAAAAAAATAAAAATACTTACCGAACATGTTCAAATAGTGATGAC-AT
63 AATAAGTAAGA-GATTT--AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * **
15447870 TCA-AACAATTATTTACTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG--ATATAAACTAATTG
125 T-AGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAAC-AATTG
* * * * * *
15447927 TTTAAGTTCATAAAACCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAATTT-AAAAATTAA
1 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAA
* * * * * *
15447991 TAAGCAAGAG-TTT--AAAATAAATTTGTTTACCGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
65 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAA
* * * ** * *
15448053 CAATTGTCTACTTAAAATCATTATGACCTTGTGCTTTGTCATAAAACAATTG
130 CAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * *
15448105 -TTGAATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAA
1 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
* * * * * * **
15448168 TAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTTC
65 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAG
* * *
15448232 AGCAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTG-TTTGTCATATAACAATTG
128 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * * *
15448285 TCTT-TGATCATATATGTTTATTC-GAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTA
1 T-TTCAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * *
15448348 ATAAG--AGA-TTTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCAA-TTTAAATAGTTATGATTATTT
64 ATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTA
* * * ** * * * *
15448409 GAACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTA
127 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * **
15448464 TTTCTA-TTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAAAAATA-TTCTAAAAATTA
1 TTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTA
* * * * * * *
15448527 ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGATTA-CATG
64 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTA-G
* *
15448591 AACAATTATCTATTTCAAA----T-TG--CTTTTGTTTTGTCATAAAA-ATTTTT
128 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTG
* * ** *
15448638 TTTCAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
1 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * * *
15448702 TATGTAAGATATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGA
65 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGA
* * *
15448766 ACAATTATCTATTTTAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG
129 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
** * * * * * *
15448819 TTTTTGTTCATATAAGTTTTTTTAGAATAAAATAGTACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAAT
1 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * *
15448884 AA-T---AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAGTTCGAAA-GGTTATGACTATTTA-A
66 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTA-TTAGA
* * * ** * * **
15448943 GCTATTAT-TATTTTC-GATTGTTAT--TTTTTTGTTATG-CTACAAAACAATAA
129 ACAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTG
* * * * * * *
15448993 TTCCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAGATTGAAATAATACTAATTTATTAATTAATT-GACAATTA
1 TTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTA
* * * * * * * * *
15449056 ATAATTAAAATG-TTTAAAAGATAAATATGTTTGCCAAACTA-TATCAAATAGTCATCACTATTT
64 ATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTA
* * * * * * * *
15449119 GTATAAGTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGCCATAAAAAAATTA
127 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * *
15449174 TTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATA-TTCTGAAAATTAA
1 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
* * * ** * * *
15449238 TAA-TGAAGAGA-ATAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGA
65 TAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGA
*
15449301 ACAATTATATATTT
129 ACAATTATCTATTT
15449315 TATTTACACA
Statistics
Matches: 2215, Mismatches: 480, Indels: 273
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 8 0.00
174 193 0.09
175 16 0.01
176 70 0.03
177 219 0.10
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180 354 0.16
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184 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAAC
AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
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Alignment explanation
Indices: 15446798--15452822 Score: 1724
Period size: 719 Copynumber: 8.4 Consensus size: 710
15446788 TATATGAATG
* * *
15446798 ATTATCTA-TTCTAAATTGTTATGACTTTTTCTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTATTCATACAA
1 ATTATCTATTTC-AAATTGTTATGACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TCATACAA
* *
15446862 GCTTATTCTAATTAAAATAAT-GCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
63 GCTTATTC-AAATAAAATAATAGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGA-TTTTA
* * * * * *
15446926 AAAAATAAATTTGTTTATCGAATCAGTTCAAATGGTTAAGATTATTAGAATAATTATTTATTTGA
125 AAAAATAAATATGTTTA-CCAATCAATTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATATATTTCA
** * *
15446991 AATTGTTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
189 AATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCACTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* ** * ** *
15447056 AAATTAATAAAATTTATTAACATTTGGAAAAATAATAAGAAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTAT
254 AAAATAATAAAATTTATTAACATTTCAAAAAATAATAAGAAAG-AATTTAAAAAAATAAAAATAC
* * ** * * **
15447121 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACCT
318 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTCAAACAATTATCTACTTAAAATCATTATAACCT
* * ***
15447186 TTTGATTTCTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACACACTTAGATGGAATAAAATAATACTAAT
383 TTTGATTTCTCATAAAACAATTGTTTAAGTTAATAAACACTTAGACAAAATAAAATAATACTAAT
* *
15447251 TTATTAATACTTAGTAAAATAATAAGAAACTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATTAGTTAAAA
448 TTATTAATACTTAG-AAAATAATAAGAAACTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAATTAAAA
** * * ** *
15447316 TAATTATAGCCATTTAAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCCTTTTTTTGTCATAAAACA
512 TAATTATAGCCATTTAAACAATTATCTACTTAAAATCATTATGACCCTTTCTTTGTCATAAAACA
* * * * *
15447381 ATTATTTTTTATTGGACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACGTCAAAAAT
577 ATTATTATTCATT-GACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACGTCAAAAAT
* * * *
15447446 TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
641 TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTT
*
15447511 GAACA
706 CAACA
* * * * * * *
15447516 GTTAT-TAATCTCAAATCGTTAGGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATTATAGA
1 ATTATCT-ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-ATCATACA
* *
15447579 AGCTTATTC-AATTAAA-AATAGGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-ATAGACT
62 AGCTTATTCAAATAAAATAATA-GCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAT---TT
* * * * * *
15447641 TAAAAAATAAATGTGTTTGCCAACCCAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTT
123 TAAAAAATAAATATGTTTACCAA-TCAATTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATATATTT
* * * * * * * * *
15447706 CAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAATATATTTGTTTC-CTATCTTCCAAGTTTATTTAG
187 CAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCACT-TCATACAAGCTTATTCAG
* *
15447770 AATAAAATAATCTAAATTTATTGACA-TTCAAAAAATTAATAAGGAAATG-ATTTGAAAAAAATA
251 AATAAAATAAT-AAAATTTATTAACATTTCAAAAAA-TAATAA-GAAA-GAATTT-AAAAAAATA
* * *
15447833 AAAATACTTACCGAACATGTTCAAATAGTGATGAC-ATTCAAACAATTATTTACTTAAAATCATT
311 AAAATACTTACCAAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTCAAACAATTATCTACTTAAAATCATT
* * * **
15447897 ATGACCTTTTG-TTT-TGATATAAACTAATTGTTTAAGTTCATAAA-ACCTTATCCAAAATAAAA
376 ATAACCTTTTGATTTCTCATA-AAAC-AATTGTTTAAGTTAATAAACA-CTTAGACAAAATAAAA
* * * * * *
15447959 TAATACTAATTTCTTAATAATTTA-AAAATTAATAAGCAAGAGTT-TAAAATAAATTTGTTTACC
438 TAATACTAATTTATTAAT-ACTTAGAAAA-TAATAAG-AA-ACTTAAAAAATAAATCTATTTACC
* * * * * *
15448022 GAATAAATTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTGTCTACTTAAAATCATTATGA-CCTTGT
499 AAATAAATTAAAATAATTATAG-CCATTTAAACAATTATCTACTTAAAATCATTATGACCCTT-T
*
15448085 GCTTTGTCATAAAACAATTGTTGAATTCA-T-ACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTT
562 -CTTTGTCATAAAACAATTATT--ATTCATTGACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * ** *
15448148 ATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATCAGTTC
624 ATTAATACGTC-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTACCAAACCAGTTC
* *
15448212 AAATAATTATGGCCATTTTCAGCA
688 AAATAATTATGACCA-TTTCAACA
* * * *
15448236 ATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGTCATATAACAATTGTCTTTGATCATATATG
1 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGT-TTT-ATCATACAAG
* * *
15448301 TTTATTCGAAATAAAATAATAG-TAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTTAAAA
64 CTTATTC-AAATAAAATAATAGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGATTTT-AAA
* * * * * *
15448364 AAATAAATATGTTTACCAAATCAATTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTGTATACTTCAAA
127 AAATAAATATGTTTACC-AATCAATTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATATATTTCAAA
* * *
15448429 TCATTATAACCTTTTGTTCTA-TCATAAAACAATTATTTCTA-TTTATACAAGCTTATTCAAAAT
191 TCATTATAACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTC-ACTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* * * * ** **
15448492 AAAATAATACTAA--TATAAAAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATT
254 AAAATAATA-AAATTTATTAACAT-TTC-AAAAAATAATAAGAAAGA-ATTTAAAAAAATAAAAA
** * * * * * *
15448554 TGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGA-T-TACATGAACAATTATCTA-TT----TCA-AAT
315 TACTTACCAAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTCA--AACAATTATCTACTTAAAATCATTAT
** * * * * * *****
15448611 -TGCTTTTGTTTTGTCATAAAA-ATTTTTTTTCAA-TTCAT--ACTAGCTTATTTGGAATAAAAT
378 AACCTTTTGATTTCTCATAAAACA-ATTGTTT-AAGTTAATAAAC-A-CTTAGACAAAATAAAAT
* * * * * * *
15448671 AA-AATAAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATATGTAAGATATTTAAAAAATAATTTTGTTTA
439 AATACT-AATTTATTAATACTT-AGAAAA-T-A-A--TAAGAAACTTAAAAAATAAATCTATTTA
* ** * * * * * *** *
15448734 CCTAACCAATTCAAATAATTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGCTATGACCTTT
497 CCAAATAAATTAAAATAATTATAG-CCATTTAAACAATTATCTACTTAAAATCATTATGACCCTT
* * * * * ** * * *
15448798 TGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCA-T-ATAAGTTTTTTTAGAATAAAATAGTACTAAT
561 T-CTTTGTCATAAAAC-AA--TTATTATTCATTGACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAAT
* ** ** * *
15448861 ATATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAGTT
622 TTATTAATACGTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTACCAAACCAGTT
** * *
15448922 CGAAA-GGTTATGACTATTT-AAGCT
687 C-AAATAATTATGACCATTTCAA-CA
* ** * ** * *
15448946 ATTAT-TATTTTC-GATTGTTAT--TTTTTTGTTATG-CTACAAAACAATAATTCCTATTCATAA
1 ATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT-TGTC-ATAAAACAATTGTT-TTA-TCATAC
* * * * * * * *
15449006 AAGCTTATTCAGATTGAAATAATA-CTAATTTATTAATTAATT-GACAATTAATAATTAAAATGT
61 AAGCTTATTCA-AATAAAATAATAGCTAATTTAATAA-TATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAT-T
* * * * * ** * * * * *
15449069 TTAAAAGATAAATATGTTTGCCAAACTATATCAAATAGTCATCACTATTTGTATAAGTATTTATT
122 TTAAAAAATAAATATGTTTACCAATCAAT-TCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATATATT
** * * * * * * * * * *
15449134 TCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGCCATAAAAAAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAA
186 TCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCACTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * * * *
15449199 AATAAAATAATACTAAGTTATTAATA-TTCTGAAAATTAATAATGAAGAGAA--T-AAAAAATGA
251 AATAAAATAATA-AAATTTATTAACATTTC-AAAAAATAATAA-GAA-AGAATTTAAAAAAATAA
** * ** * * * ** * *
15449260 ATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTATTTACACA
312 AAATACTTACCAAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTCAAAC-A--AT-TA-TCTACTTA-A-A
* ** * * *
15449325 ATTATTTATGTCAAATTGTTATGATCTTTTTTTTTTAATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
370 ATCA-TTA--T-AACCT-TT-TGA---------TTT-CTCATAAAACAATTGTTT-AAGTTAATA
** ** * * *
15449389 CAA-GTTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTTGGAGA
418 -AACACTTAGACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACT-TAGAAAA-TAATAA----GAAA
* * * * *** * * * * * * * *
15449452 TTTAGATAATATAATCTGTTTATTGAATGAGTTCAAATAGTCAT-GTCCATTTGAACTATTATAT
476 CTTAAAAAATA-AATCTATTTACCAAATAAATTAAAATAATTATAG-CCATTTAAACAATTATCT
* * ** ** * **
15449516 ATTTCAAAATCGTTATGACATTTTGATTGTCATAAAACAATTTTTTTTATTCA-T-ACAAAATTA
539 ACTT-AAAATCATTATGACCCTTTCTTTGTCATAAAACAA---TTATTATTCATTGACAAGCTTA
* * * * * * ** *
15449579 TTTAGAATAAAATAATAATAGTTTTTTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACT
600 GTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACGTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * *
15449640 AAATCTA-TTTGCTGAGCCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAAC-
665 AAAT-AAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTCAACA
* * * * * * *
15449685 ATTATCTATCTCAAATTATTATGATC-TTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAT
1 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-ATCATACAA
* * * ** * * * *
15449749 GCTTATTCTGAGTAAAAT-ATTGCTAAACTAGTAGTA-TTCTAAACAATTAATAAATAAGAGATT
63 GCTTATTC-AAATAAAATAATAGCTAATTTAATAATATTTC-AAA-AATTAATAAGT-AGA-TTT
* ** * * * *
15449812 TAAAAAATAAATGTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTAT-TA--T
123 TAAAAAATAAATATGTTTA-CCAATCAATTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATATATTT
* * * * * ** * *
15449874 C--GT--TT-TAACCTTTTGTTTACTCATAAAATAATTGTTTTAGTTTGTACATGCTTATT-TGA
187 CAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCACTTCATACAAGCTTATTCAG-
** * * *
15449933 AATAAAATAATACTATTTCTTCAACA-TTCAAAATATTAATAAGCAAA-AAATTAAAAAAACTAA
251 AATAAAATAATAAAATTTATT-AACATTTCAAAA-AATAATAAG-AAAGAATTTAAAAAAA-TAA
** * * * ** * * *
15449996 ATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
312 AAATACTTACCAAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTCAAACAATTATCTACTTAAAATCATTA
* * * * * * ** **
15450061 TGACTTTTTGTTTTATCA-AAAACAATTGTTTCAA-TTCATCAAGGCTTATCCAAAATAAAATAA
377 TAACCTTTTGATTTCTCATAAAACAATTGTTT-AAGTTAATAAACACTTAGACAAAATAAAATAA
* * * * * * * * ***
15450124 TATTACTTTATTAATATTTTGAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATGAATC-AGCTTATTG
441 TACTAATTTATTAATACTTAGAAAA-TAATAAG--A-A-ACTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCA
*** * * * * * ** * * *
15450188 AATCGGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACATTTGTT
500 AATAAATTAAAATAATTATAGCCATTTAAACAATTATCTACTTAAAATCATTATGACCCTTT-CT
* *
15450253 TTGTCATAAAAC-A--A--A-T-A-T-------TT-GT---AAT--CAT--TACTAATCTATTAA
564 TTGTCATAAAACAATTATTATTCATTGACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * *
15450295 TATTTCAAAAATTAAT---T-AGATATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAACTAGCTT-AAAT
629 TACGTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-AAGTTTACCAAACCAG-TTCAAAT
* * * *
15450354 AGTTATGACTATTTGAGCA
692 AATTATGACCATTTCAACA
* * * * * * * *
15450373 TTTTTTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAA
1 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTT-TA-TCATACAA
* * * * * * * *
15450438 GCTTATTCGGATTAAAATAATA-TTGACTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAATTTTA
63 GCTTATTC-AAATAAAATAATAGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGT--AGATTTTA
* ** * * * * * *
15450502 AAAACTAAATATGTTTATTGAA-CTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGAGTAATTATCTATTT
125 AAAAATAAATATGTTTA-CCAATC-A-ATTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATATATTT
* * * * * * * * *
15450565 GAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCCTAAAAGCTTATT--GA
187 CAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCACTTCATACAAGCTTATTCAGA
* * * * * * * ** * *
15450628 AAAAAATAAGACTAAGTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAAATGAAT
252 ATAAAATAATA-AAATTTATTAACATT-TCAAAAAATAATAAGAAAGA-ATTTAAAAAAATAAAA
* ** * * * * * * * * * *
15450691 CTGTTTACAAAATAAGTTTAATTAATTATGACTATTTC-AACAATTATCTAATTGAAATTACTAT
314 ATACTTACCAAACAAGTTCAAATAGTGATGACTA-TTCAAACAATTATCTACTTAAAATCATTAT
* * * * * * ** ******
15450755 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTA-TTCGTACAAGC-C-TATTTTGGATAAAAT
378 AACCTTTTGATTTCTCATAAAA-CAATTGTTT-AAGTTAATA-AA-CACTTAGACAAAATAAAAT
* *** * **
15450817 AATACAAATTTATTAATAAAAAGATAATTAATAAGTAAAAAATATAAAAATAAATCTATTTA-CA
439 AATACTAATTTATTAATACTTAGA-AAATAATAAG--AAACTTA-AAAAATAAATCTATTTACCA
* * * * * * * * ** * **
15450881 GAA-AAAGTTTAAATATTTATTA-CTATATAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACATTTT
500 -AATAAA-TTAAAATAATTA-TAGCCATTTAAACAATTATCTACTTAAAATCATTATGACCCTTT
* * * * * * * * *
15450944 GTTTTGTTATAAAACAATTGTT-TTCATTCATACAAGCCTA-TACGAATTAAAATAATATTAGTT
562 -CTTTGTCATAAAACAATTATTATTCATT--GACAAGCTTAGT-CAAAATAAAATAATACTAATT
* ** * * * * **** * *
15451007 GATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAATTC
623 TATTAATACGTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTACCAAACCAGTTC
* * * * *
15451072 CAAT--TCATGACTATTTGAATA
688 AAATAATTATGACCATTTCAACA
* * * *
15451093 ATTATCTATTTCAAATTATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-TA
1 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTA--TCATACAA
** * * * * * *
15451157 TTTTAGTTGAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTCTGAAAATTATTGAGTAA-AAGA-AT
63 GCTTA-TTCAAATAAAATAATAGCTAATTTAATAATATT-TCAAAA--ATT-AATAAGTAGATTT
* * * ** * * * * *
15451219 TAAAAAATGAATCTGTTTA-TAAAAAATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CATATATTTAT
123 TAAAAAATAAATATGTTTACCAATCAA--TTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAAT-TATATAT
* * * ** * *
15451282 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGAAATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATT-
185 TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-ACTTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
15451345 TGGATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-ATATTT-AAAAAATA
249 AGAATAAAATAATA-AAATTTATTAACATTTCAAAAAATAATAAG-AAAGA-ATTTAAAAAAATA
** * * * ** * * *
15451408 AATCTATTTACCAAGCGAGTTCAAATAGCT-ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCAT
311 AAAATACTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TGATGACTATTCAAACAATTATCTACTTAAAATCAT
* * ** * * * * ** ****
15451472 TATGATCTTTTTTTTTATTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA-GTTTATTTGAAATAAAA
375 TATAACCTTTTGATTTCTCATAAAACAATTGTTT-AAGTTAATA-AACACTTAGACAAAATAAAA
* * ** *
15451535 TAATACTAATTTATTAATATTCTA-AATATTAAGTTGGAGA-TATAAAAAATAAATCTATTCATA
438 TAATACTAATTTATTAATACT-TAGAA-AATAA-TAAGAAACT-TAAAAAATAAATCTATT--TA
* * * * * * * * * ** **
15451598 -GAACT-AGTTCAAACAACTAT-GTCCATTTAAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTT
497 CCAAATAAATTAAAATAATTATAG-CCATTTAAACAATTATCTACTTAAAATCATTATGACCCTT
* * ** * * *
15451660 TGTTTTGTCATAAAA-AGTATTGTTTCTATTCA-T-ACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTA
561 T-CTTTGTCATAAAACA--A-T-TAT-TATTCATTGACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTA
** * * ** * * *
15451722 ATTTATTAATAATTTC--AAA--ACTAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTATATCGAACCA
620 ATTTATTAAT-ACGTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTACCAAACCA
* * * *
15451782 ATTCAAATAGTTATGACCATTTGAAAA
684 GTTCAAATAATTATGACCATTTCAACA
* * * * * *
15451809 ATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTAT-TTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATTA-A
1 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT-TGTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-ATCA-TACA
* * * * * *
15451872 CACCTTATTCGACAGT-AAATATTGCGCTAAAATTAATAATATTTTTAAAAAATTAATAAGTAAG
62 -AGCTTATTC-A-AATAAAATAAT-AGCT-AATTTAATAATA--TTTCAAAAATTAATAAGT-AG
* * * * * *
15451936 AAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA-AAGCAATTAT
119 -ATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAATC-AATTCAAATAGTTAAGATTATTAGAA-TAATTAT
* * * * * * *
15452000 CTATTCCAAATCATTCTAACC-TTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATACATAAC-T
181 ATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCACTTCATACA-AGCTT
* * * * *
15452063 ATTCAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAACA-CTCAAAAAATTAATAA-ACAAGAA-ATAAAAA
245 ATTCAGAATAAAATAATA-AAATTTATTAACATTTCAAAAAA-TAATAAGA-AAGAATTTAAAAA
* * * * * * *
15452125 AA-AATAAATCGATTTACCAAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTAA
307 AATAA-AAAT--ACTTACCAAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTCAAACAATTATCTACTTAA
* * * * * * * * * *
15452189 AATAAATATGACCTTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAA-ATTTTA-TCTGAA
369 AATCATTATAACCTTTTGATTTCTCATAAAACAATTGTTTAAGTTAATAAACA-CTTAGAC-AAA
* * * * * * *
15452251 ATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCA-AAATTTGATAAGTTAGAGA-TTTAAAAATAAGTC
432 ATAAAATAATACTAATTTATTAATACTT-AGAAA----ATAA-TAAGAAACTTAAAAAATAAATC
* *** * * * * * * * * *
15452314 AATTTATTGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
491 TATTTACCAAATAAATTAAAATAATTATAGCCATTTAAACAATTATCTACTTAAAATCATTATGA
*** * * * * * * *** *
15452379 ATTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCATCAT-ACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATAT
556 CCCTTT-CTTTGTCATAAAACAATTATTATTCAT--TGACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATAC
* ** * * * ** * *
15452443 TAAATTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAGGCGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACC
618 TAATTTATTAATACGTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTACCAAACC
* *
15452507 AGTTC--------CTG----TTTGAACA
683 AGTTCAAATAATTATGACCATTTCAACA
* * * * *
15452523 ATTATCTATTTCTAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGTTTC-TAAAATAATTGTTTCAGTTCATAT
1 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT-TG--TCATAAAACAATTGTTTTA--TCATAC
* * *
15452587 AAGCTTATTTGAAATAAAACAATA-CTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAAAGA-
61 AAGCTTA-TTCAAATAAAATAATAGCTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGT---AGAT
* * * ** * * * * * *
15452649 TTTAAAAAATAAATCTATTTGTCGTAGCAGTTTAAACAGTTAAGACTA-TACAAATAATTATCA-
121 TTTAAAAAATAAATATGTTT-ACCAATCAATTCAAATAGTTAAGATTATTA-GAATAATTAT-AT
* * ** * * *
15452712 ATTTCTAATCATTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGGTTATT
183 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCACTTCATACAAGCTTATT
* * * *
15452777 -TGCAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAATAAG
248 CAG-AATAAAATAATA-AAATTTATTAACATTTCAAAAAATAATAAG
15452823 TGATTTAAAA
Statistics
Matches: 4090, Mismatches: 864, Indels: 712
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
687 68 0.02
688 85 0.02
689 61 0.01
690 6 0.00
691 4 0.00
693 73 0.02
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700 1 0.00
701 3 0.00
702 1 0.00
703 1 0.00
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710 239 0.06
711 222 0.05
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713 20 0.00
714 160 0.04
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731 6 0.00
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737 6 0.00
738 4 0.00
739 86 0.02
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743 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (710 bp):
ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATCATACAAGCT
TATTCAAATAAAATAATAGCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGATTTTAAAAAAT
AAATATGTTTACCAATCAATTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATT
ATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCACTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
TAAAATTTATTAACATTTCAAAAAATAATAAGAAAGAATTTAAAAAAATAAAAATACTTACCAAA
CAAGTTCAAATAGTGATGACTATTCAAACAATTATCTACTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTT
CTCATAAAACAATTGTTTAAGTTAATAAACACTTAGACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
ACTTAGAAAATAATAAGAAACTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAATTAAAATAATTATAG
CCATTTAAACAATTATCTACTTAAAATCATTATGACCCTTTCTTTGTCATAAAACAATTATTATT
CATTGACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACGTCAAAAATTAATAACTAA
GAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTCAACA
Done.