Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_019167993.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_25, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 17943224
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35

Warning! 94000 characters in sequence are not A, C, G, or T


File 89 of 100

Found at i:15560637 original size:179 final size:177

Alignment explanation

Indices: 15560159--15560662 Score: 478 Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 177 15560149 CTATTTGAAT * * * * 15560159 AATTATATATTTCAAATCATAATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATA 1 AATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-AAAACAATTGTTTTTGTTCATACA * * * * * 15560224 AGTTTGTTAGGAATAAAATAACATTAATTTATTAATATTTCAAAGATTATTACA-TAAGAGATTT 65 AGCTTATTAGGAAT-AAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTT * * * ** * * ** 15560288 AAAAAATAAATCTATTTGCCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAAC 127 AAAAAATAAAGCTATTGGCCAAACCAGTGCAAACAATTATAACCA-TCAAAC * * * * * * 15560340 AATTATTTATTTTAAATCATTATGACCATTTG-TTTGATCAGAAACAATTGTTTCTATTCATACA 1 AATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCAAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA * * * * * * 15560404 ATCTTATTCGAAATAAAGTAATACTAATTTGTTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTT 65 AGCTTATTAGGAATAAA-TAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTT * ** * * * 15560468 AGAAAATGTAGCTGTTGGCCTAACCAGTGCAAACAATTATGACCA-CAAAC 127 AAAAAATAAAGCTATTGGCCAAACCAGTGCAAACAATTATAACCATCAAAC * * 15560518 AATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTTTGGTT-GTAC 1 AATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-AAAACAATTGTTTTT-GTTCATAC * * 15560582 AAGCTTATTAGGAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATCT 64 AAGCTTATTAGGAATAA-ATAATATTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT * * 15560647 AAAAAATGAATCTATT 127 AAAAAATAAAGCTATT 15560663 TATCGAACAA Statistics Matches: 257, Mismatches: 56, Indels: 22 0.77 0.17 0.07 Matches are distributed among these distances: 178 38 0.15 179 85 0.33 180 103 0.40 181 31 0.12 ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.10, T:0.39 Consensus pattern (177 bp): AATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA GCTTATTAGGAATAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA AATAAAGCTATTGGCCAAACCAGTGCAAACAATTATAACCATCAAAC Found at i:15560868 original size:121 final size:121 Alignment explanation

Indices: 15560654--15560883 Score: 293 Period size: 121 Copynumber: 1.9 Consensus size: 121 15560644 TCTAAAAAAT * * * 15560654 GAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGC 1 GAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGC * 15560719 TATAACCTTTTGTATTAATATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAACTTTATTTC 66 TATAACCTTTTGTATTAATACAAAACAATTATTTT-TATTCATACAAACTTTATTTC * * * * * * * 15560775 GAATCTGTTTACCGAATAATTTCAAATAATTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGT 1 GAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGC * ** * 15560840 TATGACCTTTTGT-TTTGTCACAAAACAATTATTTTTGTTCATAC 66 TATAACCTTTTGTATTAAT-ACAAAACAATTATTTTTATTCATAC 15560884 TAGTTTATCT Statistics Matches: 92, Mismatches: 15, Indels: 4 0.83 0.14 0.04 Matches are distributed among these distances: 120 3 0.03 121 85 0.92 122 4 0.04 ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.08, T:0.44 Consensus pattern (121 bp): GAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGC TATAACCTTTTGTATTAATACAAAACAATTATTTTTATTCATACAAACTTTATTTC Found at i:15561063 original size:302 final size:302 Alignment explanation

Indices: 15560515--15561063 Score: 726 Period size: 302 Copynumber: 1.8 Consensus size: 302 15560505 TATGACCACA * * * 15560515 AACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTTTGGTTGT 1 AACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTTTGGTTAT * * * 15560580 ACAAGCTTATTAGGAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGAT 66 ACAAGCTTATTAGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGAT * * * ** * * 15560645 CTAAAAAATGAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTAAACAATTATCTATT 131 CTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTACTCAAACAATTATCTATT * * * * 15560710 TCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTAATATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAACTTTATTTC 196 TCAAATTACTATAACCTTTTGTATTAATATAAAACAATTGTATCAATTCATACAAACTTTATTTC 15560775 GAATCTGTTTACCGAATAATTTCAAATAATTGTGACTATTTG 261 GAATCTGTTTACCGAATAATTTCAAATAATTGTGACTATTTG * ** 15560817 AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTTT-GTTCA 1 AACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTTTGGTT-A * * * *** * * 15560881 TACTAGTTTATCT-GGACTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTGATAAGTAAAAG 65 TACAAGCTTAT-TAGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAG * * * * 15560945 ATTTAAAAAAATAAATATGTTTAT-GAACAAGTTCAAATAGTAATAACTACTCGAATAATTATCT 129 ATCT-AAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTACTCAAACAATTATCT * * ** 15561009 ATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTATCAATTCATA 193 ATTTCAAATTACTATAACCTTTTGTATTAATATAAAACAATTGTATCAATTCATA 15561064 TAGGCTTATT Statistics Matches: 208, Mismatches: 36, Indels: 6 0.83 0.14 0.02 Matches are distributed among these distances: 301 3 0.01 302 188 0.90 303 17 0.08 ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.09, T:0.42 Consensus pattern (302 bp): AACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTTTGGTTAT ACAAGCTTATTAGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGAT CTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTACTCAAACAATTATCTATT TCAAATTACTATAACCTTTTGTATTAATATAAAACAATTGTATCAATTCATACAAACTTTATTTC GAATCTGTTTACCGAATAATTTCAAATAATTGTGACTATTTG Found at i:15561195 original size:181 final size:182 Alignment explanation

Indices: 15560783--15561195 Score: 420 Period size: 181 Copynumber: 2.3 Consensus size: 182 15560773 TCGAATCTGT * * * * * * * 15560783 TTACCGAATAATTTCAAATAATTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCT 1 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTATTATAACCT * *** * ** * * * 15560848 TTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTTTGTTCATACTAGTTTATCTGGACTAAAATAATATTAAT 66 TTTGTTTTGTCACAAAACAATTATATCAATTCATACTAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAAC *** * * * 15560913 TTATTAATATTTTGACAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGT 131 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGC * * * * * * * 15560965 TTA-TGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTACTCGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCT 1 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTATTATAACCT * * * 15561029 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTATCAATTCATA-TAGGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTA 66 TTTGTTTTGTCACAAAACAATTATATCAATTCATACTA-GCTTATCT-AAAATAAAATAATACTA * * * * * 15561092 ACTTATTACTATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTT-CAAAAATGAATATGC 129 ACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGC * * 15561145 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTGTATATTTCA 1 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCA 15561196 TATTGCTATC Statistics Matches: 182, Mismatches: 46, Indels: 7 0.77 0.20 0.03 Matches are distributed among these distances: 180 18 0.10 181 161 0.88 182 3 0.02 ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.09, T:0.40 Consensus pattern (182 bp): TTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTATTATAACCT TTTGTTTTGTCACAAAACAATTATATCAATTCATACTAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAAC TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGC Found at i:15561496 original size:301 final size:301 Alignment explanation

Indices: 15560976--15561532 Score: 672 Period size: 301 Copynumber: 1.9 Consensus size: 301 15560966 TATGAACAAG * 15560976 TTCAAATAGTAATAACTACTCGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTTA 1 TTCAAATAGTAATAACTACTCGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCA * * * 15561041 TAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTC 66 TAAAACAATTATATCAATTCATATAGGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTC * * * * * * * * 15561106 CAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTCAAAAATGAATATGCTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG 131 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACAGAACAAGTTCAAATAATAATA * * * * * * 15561171 GCTATTTGAACAATTGTATATTTCATATTGCTATCACATTTT-TTATTATCATAAAACAATTTTT 196 ACTACTTGAACAATTATATATTTCAAATCGCTATCACATTTTATT-TCATCATAAAACAATTTTT 15561235 TCTATTCATACAAACTTATTTCAAATCTGTTTACCAAATAAT 260 TCTATTCATACAAACTTATTTCAAATCTGTTTACCAAATAAT * * * * * * * 15561277 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA 1 TTCAAATAGTAATAACTACTCGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCA * * *** * * * * 15561342 T-AAATAATTATTTTTGTTCATATTA-GCTTAGTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATA 66 TAAAACAATTATATCAATTCATA-TAGGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATAT- * * * 15561405 T-CAATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTATAGAACAAGTTCAAATAATA 129 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGCTTACAGAACAAGTTCAAATAATA * * * * * 15561469 ATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATT 193 ATAACTACTTGAACAATTATATATTTCAAATCGCTATCACATTTTATTTCATCATAAAACAATT 15561533 GTATCAATTC Statistics Matches: 210, Mismatches: 42, Indels: 8 0.81 0.16 0.03 Matches are distributed among these distances: 300 64 0.30 301 144 0.69 302 2 0.01 ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.07, T:0.41 Consensus pattern (301 bp): TTCAAATAGTAATAACTACTCGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCA TAAAACAATTATATCAATTCATATAGGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTC CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACAGAACAAGTTCAAATAATAATA ACTACTTGAACAATTATATATTTCAAATCGCTATCACATTTTATTTCATCATAAAACAATTTTTT CTATTCATACAAACTTATTTCAAATCTGTTTACCAAATAAT Found at i:15561513 original size:482 final size:481 Alignment explanation

Indices: 15560518--15561742 Score: 1652 Period size: 482 Copynumber: 2.5 Consensus size: 481 15560508 GACCACAAAC * * * * *** * * 15560518 AATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTTTGGTT-GTAC 1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TATCAATTCATAT * * ** * * * * 15560582 AAGCTTATT-AGGAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATC 65 AAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAT- * ** * * 15560646 TAAAAAATGAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTAAACAATTATCTATTT 128 TTAAAAATGAATCTGCTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTT * * 15560711 CAAATTGCTATAACCTTTTGTATTAAT-ATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAACTTTATTTC 193 CAAATTGCTATAACATTTTTTATT-ATCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAAC-TTATTTC * * * 15560775 GAATCTGTTTACCGAATAATTTCAAATAATTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGT 256 AAATCTGTTTACCAAATAATTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGT * * 15560840 TATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTTTGTTCATACTAGTTTATCTGGACTAAAATA 321 TATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATCTGAACTAAAATA * ** * 15560905 ATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATG 386 ATATTAATTTATTAATATATCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATG * 15560970 AACAAGTTCAAATAGTAATAACTACTCGAAT 451 AACAAGTTCAAATAATAATAACTACTCGAAT * * * 15561001 AATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTATCAATTCATATA 1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAATTCATATA * 15561066 GGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTC 66 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTT- * * * 15561131 AAAAATGAATATGCTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTGTATATTTCA 130 AAAAATGAATCTGCTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCA * * 15561196 TATTGCTATCACATTTTTTATTATCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTCAAAT 195 AATTGCTATAACATTTTTTATTATCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTCAAAT * * 15561261 CTGTTTACCAAATAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATG 260 CTGTTTACCAAATAATTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG * * * * 15561326 ACCTTTTGTTTTGTCA-TAAATAATTATTTTTGTTCATATTAGCTTAGTC-GAATTAAAATAATA 325 ACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTA-TCTGAACTAAAATAATA * * 15561389 TTAATTTATTAATATATCAATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTATAGAA 389 TTAATTTATTAATATATCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTAT-GAA * 15561454 CAAGTTCAAATAATAATAACTACTTGAAT 453 CAAGTTCAAATAATAATAACTACTCGAAT * * ** 15561483 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTATCAATTCATATA 1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAATTCATATA * * * 15561548 TGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACATATTACTATTGCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTA 66 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTA * * * * 15561613 AAAAGTAAATCTGCTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA 131 AAAA-TGAATCTGCTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCA *** * * * ** * * * 15561678 AATCATTTTGACATATTGTT-TTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCAAA 195 AATTGCTATAACAT-TTTTTATTATCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTCAAA 15561742 T 259 T 15561743 AAAATAATAT Statistics Matches: 653, Mismatches: 81, Indels: 17 0.87 0.11 0.02 Matches are distributed among these distances: 481 98 0.15 482 346 0.53 483 208 0.32 484 1 0.00 ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.08, T:0.41 Consensus pattern (481 bp): AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAATTCATATA AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTA AAAATGAATCTGCTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAA ATTGCTATAACATTTTTTATTATCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAACTTATTTCAAATC TGTTTACCAAATAATTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA CCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATCTGAACTAAAATAATATT AATTTATTAATATATCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATGAACAA GTTCAAATAATAATAACTACTCGAAT Found at i:15561526 original size:181 final size:179 Alignment explanation

Indices: 15561277--15562862 Score: 1426 Period size: 181 Copynumber: 8.8 Consensus size: 179 15561267 ACCAAATAAT * * 15561277 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA * * * * * * * * 15561342 T-AAATAATTATTTTTGTTCATATTAGCTTAGTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATAT 66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-T * * 15561406 CAATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTATAGAACAAG 129 CAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATAGAACAAG * * * * * ** 15561458 TTCAAATAATAATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTCATCA 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA * * * * ** * 15561523 TAAAACAATTGTATCAATTCATATATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACATATTACTATTG 66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT- * * * * * * 15561588 CAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGCTTACCA-AATAAG 129 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TAGAACAAG * * * * * * 15561639 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACATATTGTTTTGCCA 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA * * 15561704 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATT 66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT * * * 15561768 CCAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTT-TATGAACATA- 129 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATA-GAACA-AG * * * * * 15561818 TTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCA 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA * * * 15561883 T-AAACTAATT-TTTCTACTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT 66 TAAAAC-AATTGTTTCTATTCAT-AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T * ** *** 15561946 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTACCGAGTGAG 128 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATAGAACAAG * * * * 15561997 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA * ** * 15562062 TAAAGCAATTGTTTCTATTCATAGAAATTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT 66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T ** * * * * 15562126 TTGAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAACTAAATCTGTTAACT-GGACTAG 128 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TAGAACAAG * * ** * 15562174 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATT-TCTATCTCAAATCAATATGATC-TTTGTTTTGTC 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC * * * * * ** * 15562237 ATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAACTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATT 65 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT ** * * * * * 15562302 CTAAAAATTTTTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTATCGAACCAG 129 C-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATAGAACAAG * * * * * 15562354 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCA 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA * * * ** * * 15562419 TAAAATAATTGTTT-TAGTTCATGCATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATT 66 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT-AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT ** * * * * * 15562483 CAAAAAATTAAT-AGGCAAGGAATTCAAAAAAAATAAATCTATTTACCA-AATAAG 129 C-AAAAATTAATAAGTAAAAG-ATT--TAAAAAATAAATCTGTTTA-TAGAACAAG * * * 15562537 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTTTTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA * * * * 15562602 TAAAACAGTTGTTTC-ATTTCATAAAAGCTTATCCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT 66 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT-AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T * * *** * * 15562666 TCAAAAATTGAGAAGTTGGAGA-TTAAAAACAAAAAT-TAGTTTATTGAATC-AG 128 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATCT-GTTTATAGAA-CAAG * * * * * * 15562718 TTCAAATAGTTATAGGC-ATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTTTGAACTTTT-TTTTGTC 1 TTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC * * * * * * 15562781 ATAAAACATTTGTTTTTCA-TCATACAAACCTATTCAAAATAAAATATTACTAATTTATTAATAT 65 ATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA- 15562845 TTCAAAAATTAATAAGTA 127 TTCAAAAATTAATAAGTA 15562863 GGAGATTATC Statistics Matches: 1131, Mismatches: 227, Indels: 95 0.78 0.16 0.07 Matches are distributed among these distances: 175 2 0.00 176 80 0.07 177 60 0.05 178 52 0.05 179 186 0.16 180 228 0.20 181 312 0.28 182 69 0.06 183 136 0.12 184 6 0.01 ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (179 bp): TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA TAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATAGAACAAG Found at i:15563112 original size:17 final size:16 Alignment explanation

Indices: 15563090--15563124 Score: 52 Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16 15563080 TAAATTGATG 15563090 AACTATAAGCAAATATA 1 AACTATAAGCAAA-ATA * 15563107 AACTATAATCAAAATA 1 AACTATAAGCAAAATA 15563123 AA 1 AA 15563125 GAGATAAGGA Statistics Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1 0.89 0.05 0.05 Matches are distributed among these distances: 16 5 0.29 17 12 0.71 ACGTcount: A:0.63, C:0.11, G:0.03, T:0.23 Consensus pattern (16 bp): AACTATAAGCAAAATA Found at i:15565698 original size:181 final size:181 Alignment explanation

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Indices: 15564708--15574532 Score: 2473 Period size: 361 Copynumber: 27.5 Consensus size: 355 15564698 AAGGTTAACA * * * 15564708 TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA 1 TTTGTTTTGTCATAAAACAA-TT-TCTA--TTCATACAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA * * * * * * *** * 15564773 TCTAATAATATTAT-AAAATTAATAATTAAGAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTGTTAAACCAGT 62 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGT * * * * * 15564837 TCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGTCCTTTTGTTTTGTCGT 126 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-T * * * * * * 15564902 AAAATAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT 190 AAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT * * * * * * 15564967 ACAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAA-ATTTTTTACCAAACTAGTTCAATTAGGTATAA 255 AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATA-TGTTTATCGAACAAGTTCAAATA-GTATAA * * * * * * * * * 15565028 CAACTT-AAACAATAATTTATTTCATATCGTTTTGACCA 318 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Indices: 15565830--15566426 Score: 790 Period size: 326 Copynumber: 1.8 Consensus size: 325 15565820 GGCTTATTCA ** * * * 15565830 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTCTGAAAATTAATGAGTAAAAGATTTAAAAACTGAAT 1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT * 15565895 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG 66 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG * * * * 15565960 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATACTAAATAAAATAATAT 131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCACACAAGCTTATACTAAATAAAATAATAT * 15566025 AAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAACAT 196 -AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAACAA 15566090 GATCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAACCTAATTGTTTTTGTTCATATCAGCGCATTT 260 GATCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAACCTAATTGTTTTTGTTCATATCAGCGCATTT 15566155 G 325 G * * 15566156 AAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT 1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT * * * ** * * 15566221 TTGTTTACCGAGTAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGATTATTTATTTCAAAT-AGTTAT 66 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT * * * * * * * 15566285 GATCTTTT-TTTTGTTATAAAGCAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTC-AGAATAAAGTAAT 130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCACACAAGCTTATACTA-AATAAAATAAT * * * * * * 15566348 ACT-ATGTTATTAATATTCTAAAAATTCATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-G 194 A-TAAT-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTA * 15566411 AACAAGTTCAAATAGT 255 AACAAGATCAAATAGT 15566427 CATGTTATTT Statistics Matches: 231, Mismatches: 34, Indels: 12 0.83 0.12 0.04 Matches are distributed among these distances: 324 3 0.01 325 71 0.31 326 155 0.67 327 2 0.01 ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40 Consensus pattern (325 bp): AAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCACACAAGCTTATACTAAATAAAATAATAT AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAACAAG ATCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAACCTAATTGTTTTTGTTCATATCAGCGCATTTG Found at i:15566492 original size:180 final size:177 Alignment explanation

Indices: 15566157--15566761 Score: 609 Period size: 180 Copynumber: 3.4 Consensus size: 177 15566147 GCGCATTTGA * * * * 15566157 AATAAAATAATACTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT 1 AATAAAATAATACTATGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC * * * * * 15566222 TGTTTACCGAGTAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGATTATTTATTTCAAATAGTTATGA 66 TGTTTATCGA-AAAGTTCAAATAGTTAT-GCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-TTATGA * * * * * 15566287 TCTTTTTTTTGTTATAAAGCAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTCAG 128 TCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCAG * * * * 15566337 AATAAAGTAATACTATGTTATTAATATTCTAAAAATTCATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATC 1 AATAAAATAATACTATGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC * * 15566402 TGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT 66 TGTTTATCGAA-AAGTTCAAATAGTTATGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGAT * * * * * 15566467 CTTCTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTGTTTAG 129 CTT-TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCAG * * * * 15566517 AAT-AAATCAATA-T-TGATCTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGACTTAAAAACTAA 1 AATAAAAT-AATACTATG-T-TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA * * * * * * * 15566575 ATCTATTTATTGAAACGGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATTGTTA 63 ATCTGTTTATCGAAA-AGTTCAAATAGTTATG-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTA * * * * 15566640 TGATCTTTATTTTATCATTAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAG 125 TGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCAG * ** * 15566693 ATTAAAATAATACTAAT-TTAACAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAGA 1 AATAAAATAATACT-ATGTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA * 15566755 TATGTTT 64 TCTGTTT 15566762 GCTGAACCAA Statistics Matches: 349, Mismatches: 58, Indels: 37 0.79 0.13 0.08 Matches are distributed among these distances: 175 2 0.01 176 97 0.28 177 41 0.12 178 3 0.01 179 59 0.17 180 147 0.42 ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41 Consensus pattern (177 bp): AATAAAATAATACTATGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC TGTTTATCGAAAAGTTCAAATAGTTATGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATGATCT TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCAG Found at i:15567125 original size:181 final size:181 Alignment explanation

Indices: 15566810--15568197 Score: 979 Period size: 181 Copynumber: 7.7 Consensus size: 181 15566800 AAACACACTT * * * * ** 15566810 AAATAGTTATGACTATTTAAAAAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTGGGTCAT- 1 AAATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATA * * * * * * 15566873 AAACTAATTGGTTCTGTTCATACATGCATATTCGAAATAAAATAATACTAGTTTATTCATA-TTC 65 AAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC * * * * 15566937 AAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTTAGCAAGGTC 129 -AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTC * ** * * * * 15566991 AAATAGTTTTGACTGGTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGATCTTTTTTTTTGTCATAA 1 AAATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA * * * * 15567056 AACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAAGACTAATTTATTAATATTTTAA 66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA * ** * 15567121 AAATTAATATGTAGGAGATTTAAAACATAAATCTGTTTACTGAAA-AAGTTC 131 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTC * * * * ** * 15567172 AAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAA 1 AAATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA * **** ** * * * * ** 15567237 AACAATTGTTTCTGTTTGCGCAAAATTATTC-AAAAAAAATAATATTTATCTATTAATATTTTGA 66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA * * ** * 15567301 AAATTAATAAG----AGATTTAGAAACTAAATCTGTTTTTTGAAA-TAGTTC 131 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTC * * * * * * * * 15567348 AAATAGTTATTACTATTTAAACAATTATCTGTCTT-AAATCATTATTATC-TTTATTTTGTTATA 1 AAATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA * * * * * 15567411 AAACAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTAAATAATATTTCA 65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA * * * * * 15567476 AAAATTAAAAAGTAAAAAATTTAAAAGAA-AAATGTGTTTACCAAACTAGTTC 130 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-AATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTC * * * * * * 15567528 AAATAGTTAAG-GTTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATA 1 AAATAGTTATGACTAATT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA * * * * * ** * 15567592 AAACAATTATTTCAACTCATACAAGCTAATTC-AGAATTAAATAATACTAATTTATTAGCATTTG 65 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC * * * 15567656 AAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTC 129 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTC * * * * * * *** * * 15567709 AAATAG-AATTGACTATTTAAATAATCAATCTGACTATTTAAAGTTGCTATGACCTTTTTTTTTA 1 AAATAGTTA-TGACTAATTGAACAAT-TATCT-A-T-TTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTG * ** * ** * * * * 15567773 TCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATGGAAACTTAACCAAAATAAAACAATACTACTTTACTAAT 60 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT ** ** * * * 15567837 ATTTCAAAAATTAATATCTAAGAA-ATTTAAAAGCTAAAACTATTT-TTCAAACCAA-TTC 124 ATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAA-CAAGTTC * * * * * 15567895 CAATAGTTATGACT-ATTCGAACAAATAT-TAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCAT 1 AAATAGTTATGACTAATT-GAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT * * * * * * * 15567957 AAAATAATTGTTTTTGA-TCAT-CTAAGTTTATGCG-GATAAAAATAATACTAGTTTAATAATAT 64 AAAACAATTGTTTCT-ATTCATAC-AAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATAT * * * * * 15568019 TTCAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCTA-TTC 126 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTAAACAAGTTC * * * * * * * 15568071 AAACAGTTAAGACT-ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAACTTTTATTTAGTCATA 1 AAATAGTTATGACTAATT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA * * * * 15568135 TAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT 65 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT 15568198 ATTTATTTCA Statistics Matches: 932, Mismatches: 231, Indels: 92 0.74 0.18 0.07 Matches are distributed among these distances: 175 39 0.04 176 162 0.17 177 64 0.07 178 3 0.00 179 11 0.01 180 156 0.17 181 341 0.37 182 20 0.02 183 2 0.00 184 3 0.00 185 11 0.01 186 114 0.12 187 6 0.01 ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40 Consensus pattern (181 bp): AAATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTC Found at i:15569063 original size:181 final size:180 Alignment explanation

Indices: 15568307--15574532 Score: 3811 Period size: 180 Copynumber: 34.7 Consensus size: 180 15568297 TTGTATTCGA * * * * 15568307 AATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAGAAAATAATTC 1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC * ** * * * * * * * 15568368 TATTTATTGGACCGAG-TCAAATAATTATAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATT 65 TGTTTACCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG * * * * * 15568432 A--TTTT-TTTT-TCATAAAATAATTGTTTTTA-TTAATATAAG-TT-TGTTCG 129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-ATTTAGTTCATACAAGCTTAT-TTAG * * * * * * 15568479 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATTAGAAAAAGATTTAAAAAGTGAAT 1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT * * * * * * 15568544 CTATTAACC-AAACCATTTCAAATAGTTTTGAATATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT 64 CTGTTTACCGAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT * * * * ** * * 15568608 AACCTTTT-TATTTTTACATCAAACAATTGGTTCT-GTTCATACTCGTTTATTTGG 128 GACCTTTTGT-TTTGT-CATAAAACAATTGATT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAG * * * ** * * * 15568662 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATCCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATGAAAAAATAAATC 1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC ** *** * ** * * ** 15568727 TAATTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATATAAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGA 65 TGTTTACCGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA * * * * * * 15568792 CCATTTCTTTTGTCGTAAAAGAA-TCATTTTGTTCATACAAGCTTATTCT-G 130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTTAGTTCATACAAGCTTATT-TAG * * * * * 15568842 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATT 1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC * * * * * ** * 15568907 TGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACAATTAGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTCTGA 65 TGTTTACCGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA * * 15568972 CCTTTCGTTTAGTCATAAAACAATTGATTTAGTTCATACAAGCTTATTTAG 130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTTAGTTCATACAAGCTTATTTAG * * ** * * 15569023 AATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAAAAAGATATTGAAAAAAATAAAT 1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAAT * * * * * * 15569088 CTGTTTACC-AAACAAATTCAAATGGTT-TTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTAT 64 CTGTTTACCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT * * * * * * ** * 15569151 AACC-TTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTAATACGAGCTTAGATGG 128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTTAGTTCATACAAGCTTATTTAG * * * * * 15569203 ATTAAAATAAAACTAATTTATTAATAATTCCTAAAA-TAATAAGTAAGAAATTTAAAAAGTAAAT 1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT * * * * * * * * ** * 15569267 TTGTTTGCC-AAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTAAATGATTATCTATTTTAAATCATTAT 64 CTGTTTACCGAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT * * * * * ** * * 15569331 AACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTG-TTTGCGATCATACAAATTTATTCAA 128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTT-AGTTCATACAAGCTTATTTAG * * * * 15569384 AATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAATAAGGGATTTAAAAAATAAATC 1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC ** * * * * * 15569449 TGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTAAGA 65 TGTTTACCGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA * * ** * * * 15569514 TC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCTTATCATAGAAGGTTATTCAG 130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTTAGT-TCATACAAGCTTATTTAG * * * * 15569564 -TTAAATATAATACTAATTTAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAAT 1 AATAAA-ATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT * * ** * * ** * 15569628 GTGTTTACC-AAACTAGGTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTTTCTATTTCAAATTGTTTT 64 CTGTTTACCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT * * * * * 15569692 GACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTG-TTTCA-TATCTTACAAGCTTATTTGG 128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTT-AGT-TCATACAAGCTTATTTAG * * * * * * * 15569745 GATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAGGCAAAAGATTTGAAAAAATAAAT 1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT * * * * * * * * * 15569810 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-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAA * ** * * 15572162 TATGTTTACCG-AGGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTAT 63 TCTGTTTACCGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT * * 15572226 GATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTT-G 128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGA-TT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAG * * * * ** 15572278 AAAGAAAATAATACCAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATATGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT 1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT * * * * * * * 15572343 CTATTCACC-AAACAAGTTTAAATAGTCATGTCGATTTGAACTATTATCTATTTCAAAT-AGTTA 64 CTGTTTACCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTA * * * * * * * * * 15572406 TGGCATTTTGTTGTATCGTAAAACAATTGCTTCTA-TTCATACAAAAC-TATTCAT 127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATT-TAGTTCATAC-AAGCTTATTTAG 15572460 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACA-AAAT 1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAAT * * * * * 15572520 CTATTTATC-AAACCAATTCAAATAGTTATGAGTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTAT 64 CTGTTTACCGAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT * * ** * 15572584 GATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTTGTTCATACAAATTTATTCAG 128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGA-TTTAGTTCATACAAGCTTATTTAG * * * * * * * 15572636 AGTAACATATTGCTAAGTTAATAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATG 1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC * * * ** * 15572697 TGTTTGCC-AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTG 65 TGTTTACCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG * * ** ** 15572761 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTCTTTTAGTTCATACATTCTTATTT-G 129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTTAGTTCATACAAGCTTATTTAG * * ** * * 15572812 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATGCAAAACATTAA-AACACAAGAAATTAAAAAAAATAA 1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAA-ATTAATAA-GTAAGAGATT-TAAAAAATAA * * * * * * 15572876 ATCTGTTTACC-AAACAAGTTTAAATAATTATGACAATTTAAACAATTATCTATTT-AAACTAAA 62 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Indices: 15570337--15571473 Score: 502 Period size: 181 Copynumber: 6.4 Consensus size: 181 15570327 AAGTAAGAGA * * * * * * 15570337 TGTTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT--TATACTTCAAATCATTTTA 1 TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTCGAACAATTACT-TATTTCAAATCATTATG * * * * * ** * * * 15570400 ACCTTTT-ATTCTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA 65 ACATTTTGCTT-TGTCATAAAACAATAATTTTTGTTCATATGAGTTTGTTCGGAATAAAATAA-A * * * * 15570464 CT-AATATAAT-AATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT 128 ATGAATCT-ATCAATATTTC-AAAAATTAATATCTAAGAGATTTAAAAAATAAATC **** * * * * 15570517 TGTTCGTTAAACTAGTTCTAATAATTAAGACAATATT--AACAATTA-TCTATTTTAAAT--TGT 1 TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGAC--TATTCGAACAATTACT-TATTTCAAATCAT-T * * * * * 15570577 -T----TTTT--TTTATCATAAAACAAT--TTTTTAAATTCATA-GTAGCTTATTCAGAATAAAA 62 ATGACATTTTGCTTTGTCATAAAACAATAATTTTT--GTTCATATG-AGTTTGTTCGGAATAAAA * * * * 15570632 TAAAATGAATTTATCAATATTTCAAAAATTAATATTTAAGAGATTTAAAAAATAATTT 124 TAAAATGAATCTATCAATATTTCAAAAATTAATATCTAAGAGATTTAAAAAATAAATC * * ** * 15570690 TGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTCGAATAATTTTTTATTTTAAATCATTATGA 1 TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTCGAACAATTACTTATTTCAAATCATTATGA * * 15570755 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-ATGTTTTTGTTCATATGAGTTTGTTCGGAATAAAA-AAAAT 66 CATTTTGCTTTGTCATAAAACAATA-ATTTTTGTTCATATGAGTTTGTTCGGAATAAAATAAAAT * 15570818 GCTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T-A-A-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATC 130 G--AATCTATCAATATTTCAAAAATTAATATCTAAGAGATTTAAAAAATAAATC * * * ** * 15570868 TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAGCAATTACTTATTTCAAATTTTTATTA 1 TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTCGAACAATTACTTATTTCAAATCATTATGA * * ** * * * * * 15570933 CTTTTTGCTTTGTTATAAAACAATAATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACT 66 CATTTTGCTTTGTCATAAAACAATAATTTTTGTTCATATGAGTTTGTTCGGAATAAAATAA-AAT * * ** * * ** * * * * 15570998 -AATTTATTAATATTTTGACAATAAATAAGTAA-AAATTTTCAAAAGTAAATA 130 GAATCTATCAATATTTCAAAAATTAATATCTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATC * * * * * * * * * * * 15571049 TGTTTATCAAACTAGATCAAGTAGTCATGACTTTTTGAATAAATA-TCTATTTCAAATCGTTATG 1 TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTCGAACAATTACT-TATTTCAAATCATTATG * * * **** * * * ** 15571113 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTCAACTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAAC 65 ACATTTTGCTTTGTCATAAAACAATAATTTTTGTTCATATGAGTTTGTTCGGAATAAAATAAAA- * * * * * 15571177 T-AAGT-TTTGAATATTCCAAAAAATAATAAT-TAAGAGATTTAAAAAATAAATA 129 TGAA-TCTATCAATATTTCAAAAATTAAT-ATCTAAGAGATTTAAAAAATAAATC * ** * * * ** * * * 15571229 TGTTAACTGAACAATTTTAAATAATTATGACTATTTTAACAATTA-TCTATATAAAATCATTATA 1 TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTCGAACAATTACT-TATTTCAAATCATTATG * * ** * * 15571293 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGAT-TTTTTCTGTTCATAT-ATGCTTAT-TTC-TAATAAAATA 65 ACATTTTGCTTTGTCATAAAACAATAATTTT-TGTTCATATGA-G-TT-TGTTCGGAATAAAATA * ** * * ** * * 15571354 ATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAATAAATC 126 AAATGAATCTATCAATATTTCAA-A-AATTAATATCTAAGAGATTTAAAAAATAAATC * ** * ** * * * * * 15571410 TATTCGCCAAACAAGTTCAAATCTTTATGGCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCTTTATG 1 TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTCGAACAATTACTTATTTCAAATCATTATG 15571474 GCTATTTGAA Statistics Matches: 740, Mismatches: 165, Indels: 103 0.73 0.16 0.10 Matches are distributed among these distances: 171 8 0.01 172 4 0.01 173 118 0.16 174 7 0.01 175 6 0.01 177 17 0.02 178 120 0.16 179 14 0.02 180 182 0.25 181 229 0.31 182 29 0.04 183 6 0.01 ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41 Consensus pattern (181 bp): TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTCGAACAATTACTTATTTCAAATCATTATGA CATTTTGCTTTGTCATAAAACAATAATTTTTGTTCATATGAGTTTGTTCGGAATAAAATAAAATG AATCTATCAATATTTCAAAAATTAATATCTAAGAGATTTAAAAAATAAATC Found at i:15571508 original size:35 final size:35 Alignment explanation

Indices: 15571425--15571501 Score: 154 Period size: 35 Copynumber: 2.2 Consensus size: 35 15571415 GCCAAACAAG 15571425 TTCAAATCTTTATGGCTATTTGAATAATTATTTAT 1 TTCAAATCTTTATGGCTATTTGAATAATTATTTAT 15571460 TTCAAATCTTTATGGCTATTTGAATAATTATTTAT 1 TTCAAATCTTTATGGCTATTTGAATAATTATTTAT 15571495 TTCAAAT 1 TTCAAAT 15571502 TGTTATGACT Statistics Matches: 42, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 35 42 1.00 ACGTcount: A:0.32, C:0.09, G:0.08, T:0.51 Consensus pattern (35 bp): TTCAAATCTTTATGGCTATTTGAATAATTATTTAT Found at i:15571797 original size:180 final size:181 Alignment explanation

Indices: 15571460--15574532 Score: 2361 Period size: 181 Copynumber: 17.2 Consensus size: 181 15571450 AATTATTTAT ** * * * ** * 15571460 TTCAAATCTTTATGGCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTATCA 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA * * * ** 15571524 TAAAACAATTGTTTCTATTTATACATGCTTATTTGAATTAAAATAATGTTAATTTATTAATATTT 66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT * * * * ** 15571589 -AGACAATTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTCGAATAAG 131 CA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAG * * * * * * 15571640 TTCAAATAGTCATGACTATTTCAATAATTATTTATTTCAAAAT-ATTGTGACCTTTTGTTTTGTA 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC * * * * 15571704 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT 65 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT * * * * * * 15571769 TC-AAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACATG 130 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAG * * * * 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ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT * * * * ** * 15573022 TCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTTAAAAATAAGT-TAGTTTATTGAAT-CG 130 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCGAATAAG * * * * 15573073 ATTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTC 1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC * * * ** 15573138 ATAAAACAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGCATAAAATAATACTAATTTATTAATAT 65 ATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT * * * 15573202 TTCAAAAACTAATAAGTAGGTGATTTAAAAAATAAATCT-TTT------T-A- 129 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAG * * * ** * * 15573246 TT-GAATCAGCTCT---TATTTGAACAATTATCTATTTCCAAATTGTTATAACCTGTTGTTTTGT 1 TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT ** * * * * 15573307 TGTAAAATAATTGTTT-TAATTCATATAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAAT 64 CATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT * * * * * * 15573370 ATTAT-GAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTT-GCTAA-ACAG 127 ATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATA-AG * * * * * 15573424 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTGTTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCA 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA * * * * * 15573489 TACAACGATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAGTTTATTAATATT 66 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT * * * * ** * * 15573553 CCAAAATTTAATAAGGAAGTGATTTAAAAGGTGAATCTGTTTACCAAATCAA- 130 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAT-AAG * * * * * * * ** 15573605 TTCAAATAATTATG-GTCATGTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAGCTTTTGCTTCATC 1 TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC * * * * ** * * 15573669 ATATAACAATTGCATTT-GA-ACATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATGTATTAA-A 65 ATAAAACAATTG--TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA * * * 15573731 CTTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAATATAAATCTATTTGCCGAACT-AG 128 -TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-TAAG * * * ** * * 15573782 TTTAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTGTAAACTTGAAATCATTAT-A------G-TTTGTCA 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA * * * * * * * * 15573839 TAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTC 66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT * * * * * * * 15573904 CAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAATTAAATTTATTTGCTGAACT-AG 131 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-TAAG * * * * * * * 15573955 TTCAAATATTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCATTACGACTTTTTGTTTTGTCA 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA * * * * * 15574020 TAAAATAAATT-TTTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAAT 66 TAAAA-CAATTGTTTCT--ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT * * * * * * 15574083 ATTACAAAAATTAATAAATGAGAGATTTAAAAAAATAATTATGTTTACCTAATAAG 127 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAG * * * ** 15574139 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Statistics Matches: 2299, Mismatches: 480, Indels: 232 0.76 0.16 0.08 Matches are distributed among these distances: 167 3 0.00 169 78 0.03 170 103 0.04 171 7 0.00 172 8 0.00 173 68 0.03 174 8 0.00 175 9 0.00 176 250 0.11 177 269 0.12 178 149 0.06 179 27 0.01 180 526 0.23 181 535 0.23 182 113 0.05 183 78 0.03 184 68 0.03 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40 Consensus pattern (181 bp): TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAG Found at i:15572052 original size:358 final size:354 Alignment explanation

Indices: 15571460--15574532 Score: 2119 Period size: 358 Copynumber: 8.6 Consensus size: 354 15571450 AATTATTTAT ** * * * ** * 15571460 TTCAAATCTTTATGGCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTATCA 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA * * * * 15571524 TAAAACAATTGTTTCTATTTATACATGCTTATTTGAATTAAAATAATGTTAATTTATTAATATT- 66 TAAAACAATTG-TTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA-TAAAA-AA-ATAAATTTATTAATATTC * * * 15571588 TAGACAATTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTCGAATA-AGTTCAAATAGTCA 127 TA-A-AATTAATTAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATG-TTTTCTAA-ACAGTTCAAATAGTTA * * * * * 15571652 TGACTATTTCAATAATTATTTATTTCAAAAT-ATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTG 187 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG * * 15571716 TTTCAATTCATATAAGCTTA-TCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAA 251 TTTCAATTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA * * * * 15571779 TGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACATG 315 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-A * * * * 15571820 TTCAAGA-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGGCCTTCTGTTTTGCC 1 TTCAA-ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC * 15571884 ATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAAAAATAAATTTATTAATATTCT 65 ATAAAACAATT-GTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAAAAATAAATTTATTAATATTCT * * * * 15571949 AATAATTAATTAGTAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGCC 128 AA-AATTAATTAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACA-GTTCAAATAGTTATGAC * * ** 15572014 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTT 191 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA * * * * * * 15572079 GTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAATTAATACTAATTTATTAAAATATCAAGAATTAATAAGTT 256 ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-T * * ** * 15572144 AA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAGGAG 320 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA * * * 15572178 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA * * 15572243 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAA-AGAAAATAATACCAATTTATTAATATT 66 TAAAACAATT-GTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATA-AAAA-AATA--AATTTATTAATATT ** * * ** * * * 15572307 CTAAAAGTTAA-TATGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACCAAACAAGTTTAAATAGTCA 126 CTAAAA-TTAATTA-G-TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAAC-AGTTCAAATAGTTA * * * * * * * * 15572371 TGTCGATTTGAACTATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGGCATTTTGTTGTATCGTAAAACAATTG 187 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG * * * 15572435 CTTCTATTCATACAAAAC-TATTC-ATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T- 251 TTTCAATTCATAC-AAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA * * 15572496 -TAA-TAAGAGATTTAAAAACA-AAATCTATTTATCAAACCAA 314 ATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTACCAAA-CAA * * * 15572536 TTCAAATAGTTATGAGTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCA 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA * * * ** * * * * * * * * 15572600 TAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAATTTATTCAGAGTAACATATTGCTAAGTTAATAATATTC 66 TAAAACAATT-GTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAAAAAT--AAATTTATTAATATTC * * * * * 15572665 TAAAAATTAA-TA--AGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGA 127 T-AAAATTAATTAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGA * ** * * * * * 15572727 CTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTCTTTT 190 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC * ** * * * 15572792 AGTTCATACATTCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TGCAAAACATTAA-AAC 255 AATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAATAA- ** * * 15572855 ACAAGAAATTAAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA 318 GTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA * * * * * * * 15572893 GTTTAAATAATTATGACAATTTAAACAATTATCTATTT-AAACTAAATATGACCTTTTGTTTTAT 1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGT * * * * * * 15572957 CATAAAAGAATTGTTTTATTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT 64 CATAAAACAATTGTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAA-AA-ATAAATTTATTAATA-T * * * * * * * * 15573022 TCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTTAAAAATAAGT-TAGTTTAT-TGAATC-GATTCAAATAAT 125 TCTAAAATTAATTAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTT-TCT-AAACAG-TTCAAATAGT * * * 15573084 TATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT 185 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T * * * ** * 15573149 ATTTTTC-A-TCATACAAGCCTATTTGGCATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACT 249 -TGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT * * * 15573212 AATAAGTAGGTGATTTAAAAAATAAATCT-TTT-------TA 313 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA * * * ** * * 15573246 TT-GAATCAGCTCT---TATTTGAACAATTATCTATTTCCAAATTGTTATAACCTGTTGTTTTGT 1 TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT ** * * * * * * 15573307 TGTAAAATAATTGTTTTAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT 64 CATAAAACAATTGTTCT-ATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAAAAATA--AATTTATTAATAT * * * * * * * * 15573372 TATGAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTAAACAGTTCAAATAGTTAA 125 TCT-AAAATTAATTAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACAGTTCAAATAGTTAT * * * * * * 15573437 GACTATATGAACAATTATCTGTTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATACAACGATTGTT 188 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT * * * * * 15573502 TCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAGTTTATTAATATTCCAAAATTTAATAA 253 TCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA * * ** * 15573567 GGAAGTGATTTAAAAGGTGAATCTGTTTACCAAATCAA 318 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAA * * * * * * * ** 15573605 TTCAAATAATTATG-GTCATGTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAGCTTTTGCTTCATC 1 TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC * * * ** * * 15573669 ATATAACAATTGCATT-TGA-ACATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATGTATTAA-A 65 ATAAAACAATTG--TTCT-ATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAA-AA-ATAAATTTATTAATA * * * * * * ** * 15573731 CTTTCAAAAATTAA-TA--AGAGATTTAAAATATAAATCTATTTGCCGAACTAGTTTAAATAGTT 124 --TTCTAAAATTAATTAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAAC-AGTTCAAATAGTT * * ** * * * 15573793 TTGACTATTTGAACAATTGTAAACTTGAAATCATTAT-A------G-TTTGTCATAAAACAATTA 186 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG *** * * * * * * 15573850 TTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAAT 251 TTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT * * * * * * ** * 15573915 AACTAAGAGAATTAAAAATTAAATTTATTTGCTGAACTAG 316 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AA * * * * * * * 15573955 TTCAAATATTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCATTACGACTTTTTGTTTTGTCA 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA * * * * * 15574020 TAAAATAAATTTTTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATAT 66 TAAAA-CAATTGTTCT--ATTCATACAAGCTTATTT-GAAT-AAA-AAAATAAATTTATTAATAT * * * * * * * 15574085 TACAAAAATTAATAAATGAGAGATTTAAAAAAATAATTATGTTTACCTAATA-AGTTCAAATAAT 125 T-CTAAAATTAATTAGT-AAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTT-TCTAA-ACAGTTCAAATAGT * * ** * * 15574149 TATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT-TCATAAAATAAAT 185 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT ** * * * * * * * * 15574213 GTTTTTATTCTTATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAA 250 GTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA * * * * * 15574278 TAAGT----GATTTAAAAAATATATTTATTTATCAAACTAG 315 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AA * ** * * * * * * 15574315 TTCAAATAGTTATGACTAGTTGAGTAATTATTTGTTTCAAATCATTATGACTTTTTATTCTGTTA 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA * * 15574380 TAAAACAATTGTT-T-TTCAAGGTACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT 66 TAAAACAATTGTTCTATTC-A--TACAAGCTTATTTG-AATAAAA-AA-ATAAATTTATTAATAT * * * * ** * * 15574443 T-TCAAGAATTAA-TA--AGACATCTAAAAAATAAATATGTCTGT-GGACCAATTCAAATAGTTA 125 TCT-AA-AATTAATTAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGT-TTTCTAAACAGTTCAAATAGTTA * 15574503 TGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT 187 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT 15574533 TGTTTCTATT Statistics Matches: 2149, Mismatches: 433, Indels: 270 0.75 0.15 0.09 Matches are distributed among these distances: 348 5 0.00 349 25 0.01 350 321 0.15 351 79 0.04 352 93 0.04 353 148 0.07 354 10 0.00 355 5 0.00 356 15 0.01 357 212 0.10 358 454 0.21 359 106 0.05 360 164 0.08 361 254 0.12 362 164 0.08 363 16 0.01 364 75 0.03 365 3 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40 Consensus pattern (354 bp): TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA TAAAACAATTGTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAAAAATAAATTTATTAATATTCTAAA ATTAATTAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTT GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCA TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA Found at i:15572917 original size:18 final size:19 Alignment explanation

Indices: 15572889--15572924 Score: 56 Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19 15572879 TGTTTACCAA * 15572889 ACAAGTTTAAATAATTATG 1 ACAAGTTTAAACAATTATG 15572908 ACAA-TTTAAACAATTAT 1 ACAAGTTTAAACAATTAT 15572925 CTATTTAAAC Statistics Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1 0.89 0.06 0.06 Matches are distributed among these distances: 18 12 0.75 19 4 0.25 ACGTcount: A:0.50, C:0.08, G:0.06, T:0.36 Consensus pattern (19 bp): ACAAGTTTAAACAATTATG Found at i:15573356 original size:170 final size:169 Alignment explanation

Indices: 15573091--15573410 Score: 396 Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169 15573081 AATTATGACC * * * * 15573091 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTC 1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTGTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTTTA ** * * * 15573156 ATCATACAAGCCTATTTGGCATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAACTAATAAGT- 66 ATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTAT-AAAAACTAATAACTA * 15573219 AGGTGATTTAAAAAATAAATCTTTTTATTGAATCAGCTCTT 130 AGAT-ATTTAAAAAATAAATCTTTTTATTGAATCAGCTCTT ** ** * 15573260 ATTTGAACAATTATCTATTTCCAAATTGTTAT-AACCTGTTGTTTTGTTGTAAAATAATT-GTTT 1 ATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCATTATGAA-CTGTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTT * * * * 15573323 TAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTATGAAAATTAATAAC 64 TAA-TCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTATAAAAACTAATAAC 15573388 TAAGATATTTAAAAAATAAATCT 128 TAAGATATTTAAAAAATAAATCT 15573411 ATTTGCTAAA Statistics Matches: 127, Mismatches: 19, Indels: 9 0.82 0.12 0.06 Matches are distributed among these distances: 169 26 0.20 170 97 0.76 171 4 0.03 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.42 Consensus pattern (169 bp): ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTGTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTTTA ATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTATAAAAACTAATAACTAA GATATTTAAAAAATAAATCTTTTTATTGAATCAGCTCTT Found at i:15574916 original size:43 final size:43 Alignment explanation

Indices: 15574868--15574953 Score: 163 Period size: 43 Copynumber: 2.0 Consensus size: 43 15574858 GTAAGAGATT 15574868 TAAAAAGTAAATTTGCTTACCAAAATATTTAAAATAGTTTTGA 1 TAAAAAGTAAATTTGCTTACCAAAATATTTAAAATAGTTTTGA * 15574911 TAAAAAGTAAATTTGCTTACCAAACTATTTAAAATAGTTTTGA 1 TAAAAAGTAAATTTGCTTACCAAAATATTTAAAATAGTTTTGA 15574954 CTATTGAATA Statistics Matches: 42, Mismatches: 1, Indels: 0 0.98 0.02 0.00 Matches are distributed among these distances: 43 42 1.00 ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.09, T:0.37 Consensus pattern (43 bp): TAAAAAGTAAATTTGCTTACCAAAATATTTAAAATAGTTTTGA Found at i:15576388 original size:181 final size:179 Alignment explanation

Indices: 15576078--15578224 Score: 1670 Period size: 181 Copynumber: 12.0 Consensus size: 179 15576068 TTGTTTTGTC * * * ** * 15576078 ATAAAATAATCCAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATT-ATAACCAAAAGATTTGAAAAAATAAAT 1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAG-TTT-AAAAAATAAAT * ** * * * 15576141 CTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATG 63 TTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG * * 15576206 ACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT-CAAAGCTTATCCAA 128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAC-AAGCTTATTCAA * * * 15576258 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTACTAAGTAAGAGTTTAAAAGAGTAAATT 1 A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAA-AATAAATT ** * * * * 15576323 TGTTTGTCGAATAAATTCAGATAGTTACGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-AGTTATG 64 TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA-TTATG ** * * 15576387 ACCTTTTGTTTTACCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTAAA 128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAA * * *** 15576439 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* * ** * * * * * 15578773 AAAAGT--AAGATTTAAAATATAAATGTGTTTGCCAAATAAG-TTCAAATGGTTAAGACTCTTAG 567 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATCAGATTCAAATAGTTATGACTATTTG * * * * * * * 15578835 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAATTCA 632 AATAATTATCTATTGCAAATCGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCA * * 15578900 TACAAGCATA-TTCAGA 696 TACAAGCTTATTTGA-A * * 15578916 ATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTCATAAGCAAGAGATTTGAAACAAATAAAT 1 ATAAAATAATACT-ATTTATTAACATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AA-AAAT-AAT * * * * ** * * * 15578981 ATGTTTACTGAACAAGCTGAAATAGTTATTATTATTCGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATG 60 ATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG * * * * * * 15579046 AACTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAC 124 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATAA * * * * * * * * 15579111 TACTTTATTAATATTTCAATAATCAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCGAATT 188 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAATTCTA-TTA-CGAACT * * * * * * * * 15579175 AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATATTTC-AAATCGTTATTACATTTTGTTTTA 251 AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-TTTATAACTTTTTGTTTTG * **** * * 15579239 TCATAAAACAATTTTTTTTCAACATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA 315 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTT-CTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA * * * * * * * 15579304 TTTCAAGAATTAGTAAGAGATCTAAAAA-TAAATCTGTTTAACAAAATAGTTTAAATAGTTATGA 379 TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA * * * * * * * * * 15579368 CTATTAAAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACTTTTTATTTTATCACAAAACAATTATTTT 444 CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TAGTTT * * * * * * * * 15579433 TGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAACATTCATAACT 508 TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT * * * * * * 15579498 AAGAGATTTAAAAAATAAAT-TCGTTT-GTCGAACCAG-TTCAAACAGTTAAGACTATATGAATA 573 AAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACT-GAATCAGATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA * * * * * 15579560 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TCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAGTA * * * * * * * * 15584296 AAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTTTAAAT-TTTATGACCATTTGAGCAATTA 128 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTA * * 15584360 TTTATTTCAAATTGTTATG-TCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGAT 192 TCTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTT * * * * * ** 15584424 TA-TTCAGATTAAAATAATATTAA-TTATTAATATTTTAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA 256 TATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-GGAGATTTAAAA * * * * * 15584487 TATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTAAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTAACAATTTCAAA 319 AATAAATATGTTTACTGAATCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA * * * * * * * 15584551 TCATTATAACTTTTTATTTTGTAATAAAACAACTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAA 384 TCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAA 15584616 AATAAT-CTAATTTATTAATATTATGAAAATTATGAGTAAGAGAA-TTAAAAAATGAATCTGTTT 449 AATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAT-AGTAAGA-AATTTAAAAAAT-AATCTGTTT * ** * * 15584679 ATTGAACGAGCCCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTT 510 ATTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTT * * * * * 15584744 TATTTTGTCATAAAACAATTAGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATGAAATAAT-ATAAATT 575 T-TTCTATCATAAAACAATTAGTTCTGTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATGATAAATT * * * * * * 15584808 GATTAATATTACAAAAATTAATAGGTAA-AAATTGAAAAAAATAAATCTGTTTTCTAAACACA-T 639 -AATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATT-TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-AGT 15584871 TCAAATAGTTATAAC 701 TCAAATAGTTATAAC * * * * 15584886 TATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCACTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTT 1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTTTT * * * * 15584951 GTTCATAAAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTA 63 GTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA * * * * * 15585016 AAAGATTTAAAAAAAATAAATCTATTTACTGAGCGAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAAA 128 AAAGATTT--AAAAAATAAATCTATTTACTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT * * * * 15585081 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AT-AGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTTATACAAGCGTATTTGGAGT 383 ATCA-TTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAT * * ** * * * 15589678 -AAATAATACTAGTCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAGATAAATTTGT 447 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATT-AT-AGTAAGAAATTTAAAAAAT-AATCTGT ** * * * * * * * * * * * * 15589742 TTA-CCAACAAGTTCAAACAGTTATGGCTGTTTGATCAAATATTTAATTCAAATA-GTTATCATC 508 TTATTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-ACATTATGACC * * ** * * * * * 15589805 TTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTATTTCTATTTATACCTA-TTTATTC-GAAATAAAATAAT-AC 572 TTTT-TTCTATCATAAAACAATTAGTTCTGTTCATA-CAAGCTTATTCTG-AATAAAATAATGA- * * * * * * * 15589867 TAATTTATTTATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA 633 TAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA * ** 15589932 AGTTCAAATAGTCATGTC 698 AGTTCAAATAGTTATAAC * ** * 15589950 CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT 1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT-T * * ** * *** 15590015 ATTCATTCAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTCATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG- 63 GTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT * ** * * * * 15590078 ---AGATTTAAAACATAAATCTATTTACCAAAATAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT 127 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATT * * * * 15590140 ATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTG----T-TTCATGCAAGCT 191 ATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTT * * * * * * * 15590199 TA-TTCACATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTTATAA---GATATTTAAAAC 256 TATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGGAGATTTAAAAA * * * * * * * * * * * 15590260 ATAATTGTGTTT-GTCGAA-CTAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGTACAATTATCTATTTTAAA 320 ATAAATATGTTTACT-GAATCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA * * * * * * * 15590323 TCATTCTAACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAATCTTATT-TAGAATA 384 TCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATA * * ** * * * 15590387 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* * * * * * * 15591572 TTATATATTTTAAATCATTATAACCATTTATTTTATCATAAAACAATTATTTATCTTCATAAAAA 189 TTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG * * * ** * * ** 15591637 CTTATTTGAAATAAAATAATACCAATATAAAAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAAAGATTTAA 254 TTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGT-GGAGATTTAA * * ** * * * * * * * 15591701 AAAATAAATTTGTTTATTGACCCAA-TTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAACTATTTATTTGA 317 AAAATAAATATGTTTACTGAATCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA * * * * * * * * * * 15591765 AATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTT-TAGAA 382 AATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AA * * * * * 15591829 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAA--ATTGATAAGAGATTTAATAAATAAATCTGTT 446 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTATAG-TAAGAAATTTAAAAAAT-AATCTGTT *** * * * * * * **** * 15591892 TACCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTTGTTATCA-CTA 509 TATTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCT- * * * * ** * * * 15591956 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* ** 15592355 CTTATTTCAATTAAAATAATA-TAAAATTTATTAATA-TTCAGACAACTAAAAAGTAAAAGATTT 254 TTTATTTGAAATAAAATAATACT--AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGT-GGAGA-TT * * * * 15592418 TAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAT-AAGTTCAAATAATTATGACTATTCGAATAATTATCTATT 314 TAAAAAATAAATATGTTTACTGAATCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATT * * ** * * 15592482 TCAAATTATTATGACTTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTAT-TAGTTCATATAAGCTTATTCG 379 TCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG ** ** 15592546 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACAAAAATTAATGAGTAA-AAGATTTAAATTATGAA 443 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATT-AT-AGTAAGAA-ATTTAAAAAAT-AA ** * * * * * 15592610 TCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTAT 503 TCTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTAT * * * * * * 15592675 AACCTTTTATTTTGTCATAAAATAACATA-TTTTGTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAAT 568 GACCTTTT-TTCTATCATAAAACAA-TTAGTTCTGTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAAT * * * * * ** 15592739 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* ** * * * 15593540 TATTAAAATAATTATCTACTGT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAAATGTTTT 1 TATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGCTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TTTT * * * * * * 15593604 TGTTCATATAAGTTTGTTT-AGAATAAAATAATATTTATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA- 62 TGTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG * * * ** * * * * 15593664 TAAAAGATTTAAATAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAAT 126 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT * * ** * * * * * * 15593729 TATTTATCTCAAATCATTATGACCATTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTACTAATAC-ATT 190 TATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGT * * * * *** 15593793 CTTA-TTCAGAATAAAGTAATGCTAATTCATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGAAACAGATTTA 255 -TTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TGGAGATTTA * * ** ** * * * * * * 15593856 CAAAAA-GAATCTGTTGGCTTCA-CTAG-ACAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTT 316 -AAAAATAAATATGTTTACTGAATCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTT * * * * * ** * * ** * * 15593918 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* * 15594323 TGTTAATAGAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTCATTAATATTTCAACAATTAATAAGT 62 TGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT ** * 15594388 AAAAGATTTTTCAAAATAAATATATTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAA 127 AAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAAC-AGTTCAAATAG---T---TA--TG----- * * 15594452 TTATCTATTTCAAATCCCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGT 176 --A-CTA-TT----T---A-AAC---------AATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGT ** * * * * * 15594517 TTCATAATAAAACAA-TGTAT-TAGTTCATATAGGCTTATTTGGAAA-AAAATAATACT-ATTTA 220 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTA * * * ** ** 15594578 TTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAATACGA-ACAATTATGACGTTTTGTTGTG 283 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-GGAGATTTAAAA-A--ATA-AA-TAT---G-TTTACTGAA * * ** * * * ** * * 15594642 TC-A--TAAAATAAT--TGTTTAGGTT-CATACA--AACTTATTTCGAATAAAATAAAATAAATT 338 TCAAGTTCAAATAGTCATGACTA-TTTGAATA-ATTATC-TATTTC-AA-ATCAT--TATAACTT * * *** *** * * * * *** 15594699 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A-TAGT-TATA--AC * * * * * * * * ** 15595089 GATTTAAAAAATAAATCTGTTT---ATCGC-ATAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATT 1 TATTTGAACAAT-TATCTATTTCAAATCGCTATAACTT----TTGTTTTGT-CA-TAAAACAA-T * **** *** * * 15595150 ATCTATTTAAAGTT-ATTATAA-CTT-TTTGTTTTGTCATGAA-AC-AA-TTATTTATGTT-CAT 58 -T-T-TTT---GTTCA-TACAAGCTTATTTCAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTCCA- * * * * * * * * * * 15595208 GCAAAATTATTTAGAATAAAATAGTACTAATATATTAATATTTTAAAAATTAAT-AAGAGATTTA 114 --AAAATTA-ATA-AGTAAAAGA-T-TTAA-AAAATAA-A-TCT---ATTTACTGAACAG--TT- * * * * * 15595272 AAAACTAAATTTGTTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTCTCTATCTCA 164 ----C-AAA-TAG-TT------AT-G----ACTATTTA-AAC-AATT-----A---TCTATTTCA * * * * 15595337 AATTGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGTTTATTCGAATT 201 AATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAAT * * ** * * * 15595401 AAAATAATACTAATTCA-TAATATTGT-AAAAATTAGTAAGCAAGAGAATTAAAAAAATACATGT 266 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-TGGAG-ATTTAAAAAATAAATAT * ** * * * * 15595464 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TATTTGAACAAATATCAACATCAAATCATTATGA-TTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTT-T 1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTGT * * ** * 15595919 ATTATATAAGCTTATTT-GGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG-- 65 -TCATACAAGCTTATTTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA * * * * * * * 15595981 --AGATTTAAAAAATAAATGTATTT-GTCGAATCAATTCAAATATATTAAGA-TAATTATAATAA 128 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAA-CAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTA-AACAA * * * * * * * * 15596042 TTATCTATTTCAAATTGCTCTGAGCTTTTGTTTAGTCATACAATAATTGTTTCAATTCAAACAAG 189 TTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG * * 15596107 CTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAT-GAGATTT 254 TTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG--TGGAGATTT * * * * 15596169 GAAAATATAAATTTGTTTA-TCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT 315 -AAAAAATAAATATGTTTACT-GAATCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTAT * * * * * * 15596232 TTAAAATCATTATGACTATTTT-TTTT-TCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCAAAAAATCTTA-T 378 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62 TGTTCATACAAGCTTATTTCA-AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA * * * * * * * * 15596694 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTT-TTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACA 125 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACA * * * * 15596758 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-ACCTCATACA 188 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA * * * * 15596822 AGCTTTATTT-AGAATAGAATAAAACTAATTT-TTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATT 252 AG-TTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-GGAGATT * * * ** * * * * 15596885 TAGAAAATAATTATATTTACCAAAGCAA-TTCAAAATAATCATAACTATTTGAACAATTATCTAT 314 TAAAAAATAAATATGTTTACTGAATCAAGTTC-AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTAT * * * * * * * * * * * * 15596949 TTCAAATCGTTATTACTTTATGTTCTATCTTAAAACAATTGCTTT-TGTTAATATAAGTTTGTTT 378 TTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTC * * * * * * * 15597013 GAAAGAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTATGAGATTTACAAAGTAAA 442 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* * * * * * * 15598180 TTATCTATTTCAAATTGTTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTTTTTCAATTCGTACTAG 189 TTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG * ** * * * 15598245 CTTATTCAAAATAAAATAA-AATGAATTTATAAATATTTCAAAAATTAAT-A--GGAGATTTACA 254 TTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGGAGATTTAAA * * * * * * 15598306 AAATAATTTTGTTTACCT-AA-CTAGTTCTAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTATTTCA 318 AAATAAATATGTTTA-CTGAATCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA * * * * * * * * * * 15598369 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAATATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTC-AAAT 382 AATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA- * * * * * * * * 15598433 TAAAATAATACAAATCTATTAATATTTAAAAAATTA-A-TAAGAGAGTTAAAAGATAAATATTTT 446 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-GAAAATTATAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AATCTGTT ** * ** * * * * ** * 15598496 TATCAAACCAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAGCAATTCTTTATTTGAAGTCATTTTGACCTT 509 TATTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTT * * * 15598561 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* * * 15599739 TAAAAA-AAATTTGTTTAC-CAAGT-GAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATTTATT 315 AAAAAATAAATATGTTTACTGAA-TCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATT * * * * * ** * 15599801 TCAAATCGTTATGA-TCTTTTGTTCTGTCATGAAACAATTGTTTCTATTCATAAAATTTTATTTG 379 TCAAATCATTATAACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG * * * * 15599865 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT 443 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAATT-AT-AGTAAGAAATTTAAAAAAT-AAT * *** * * * * ** * * * * 15599930 TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAATTATCATCTATTTCCAACCGTTATG 504 CTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATG * ** * * * ** * 15599995 ACATTTTGTTGTCATAAAATAATACCAATTATTTAGAATAATTGCTATTCGTACAAAATTATTCA 569 AC-CTTT-TT-TC-TATCATAA-AAC-A--A-TTAG-----TT-CTGTTCATACAAGCTTATTCT * * * * * * * * 15600060 AAATAAAAAAAT-ATCAATTTATTACTATTTC-AAAATT--TAA-TAA-AGATTT-TAAAATAAA 619 GAATAAAATAATGAT-AAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAA * ** * * ** 15600118 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15601662 ATTCATATAAGCATA-TTCGAAATAAAATAATAC-AATTTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG 63 GTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG * * * * * * * 15601725 TAAGAGATTT-AAAAATAAATGTGTTTGCTGAATCAATTCAAATAATTAAGACTA-TTAGAACAA 126 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAA * ** * * * * * * 15601788 TTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTATTTAGTCTTAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAA 189 TTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA * ** * * * * ** 15601852 GCTTATTAAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAAGATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGA-TT-A 253 GTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TGGAGATTTAA * * * * * * * * * 15601915 AAAA-AAATCTGTTTACCGAAT-AAGTTTAAATAGAT-TTAACTATTTAAACAATAATATATTT- 317 AAAATAAATATGTTTACTGAATCAAGTTCAAATAG-TCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC * * ** * * * * 15601976 AAAGTCGTTATGACCATCTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATAGAAACTTA-TCTG 381 AAA-TCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-G * * * * * * 15602039 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* * * * * ** 15602427 AAGAGATATGAAAAAATAAATCTATTCATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAGTATTTGAATTAA 127 AAAAGAT-TTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAACAA * ** * * * 15602492 TTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCATTGTTT-TAGTTCATAAAA 189 TTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA * *** * * 15602556 GCTTATCCAAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAA 253 GTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-GGAGATTTAA * * * * * * * * ** * * 15602620 AAAATAAATCTGTTTAC-CAA-AATAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTT 317 AAAATAAATATGTTTACTGAATCA-AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC * * * * * * * 15602683 AAATCATTATTACTTTTTGTTTTTTCTTAAAACAACTGTTTTTTAAT-ATACAAGCTTATTTGAA 381 AAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA * * * * * 15602747 AT---A-AA-A-TAA--TATTAGTATTTCAAGAATTA-A-TAAGAGATTTAAAAAGTATATATGT 445 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAA-AATTATAGTAAGAAATTTAAAAAATA-ATCTGT *** * * *** * * 15602802 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15603200 TACCTATTTCAAATCATTACT-A-CTTTTTGTTTTGTC-TGAAAACAATTGTTTTTCA-ACATAC 190 TATCTATTTCAAATTGTTA-TGATC-TTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCT-ATTCATAC * ** * 15603261 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAA---GAGATTTA 251 AAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGGAGATTTA * * * * * * * 15603323 AAAAGTAAATCTATTTAC-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC 316 AAAAATAAATATGTTTACTGAATCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC ** * * * * * * * * * * * 15603387 AAATTGTTATAACCTTTTCTTCTATCATAAAACAATTATTTATGTTCAAATAGGCTTATT-TAGA 381 AAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-A * * * * 15603451 ATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATATATCT 445 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATT-AT-AGTAAGAAATTTAAAAAATA-ATCT * * * * * * * * **** 15603516 GTTTGTCGAACCAATTTAAATAGTTGA-GACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGCTATGA 506 GTTTATTGAACTAGTTCAAATAATT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA * * * * * 15603580 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TATGACCTTTT-TTCTATCATAAAACAATTAG-TTCTGTTCATACAAGCTTATTCTGAA-TAAAA * * * * * * * * * * 15607258 TAAT-ATTAATTTATTAACATTTCGACAATTCATAAGTAA-AAGATTTTAAAAAGAAATATGTTT 627 TAATGA-TAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTT ** * * 15607321 ACTGAACAAGTTTAAATAGTCATAAC 690 ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAAC * * ** * * 15607347 TATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATATTA 1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-T-TTT * * * * * 15607412 GTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTA 63 GTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA * * 15607477 AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-TAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTT-AACAAT 128 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTAAACAAT * * * * * * 15607540 TTTCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGC 190 TATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGT * * * * * 15607605 TTATTTCAAATAAAAAAAATA-TGAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAAATTTTAA 255 TTATTTGAAAT-AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGGAGA-TTTAA * * * * * 15607668 AAAATAAATATGTTTTCTGAA-CACGTTCAAATAGTAATGACTATTGGAATAATTTTCTATTTCA 317 AAAATAAATATGTTTACTGAATCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA * * ** 15607732 AATCATTATAA-TATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTAAA 382 AATCATTATAACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA * * * * 15607796 TAAATTAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AATTTTTAAAAATAAAATC 446 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-GAAAATT-AT-AGTAAGAA-ATTTAAAAA-ATAATC * * * * * * * * 15607859 TGTTTTTTGAA-AATGTTCAAATAGTTTTAAATATTCGAACAATTATCTATTTCAAATA-GTTAT 505 TGTTTATTGAACTA-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-ACATTAT * * * * * * 15607922 GACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACCATTTGTTTATGTTCATACAAGCTTATT-TGAA-ATAAATGA 568 GACCTTTT-TTCTATCATAAAACAATTAG-TTCTGTTCATACAAGCTTATTCTGAATA-AAATAA ** * * * * 15607984 T-ACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT 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* * ** * * * * * * 15608781 TATTAGAATAATTATATATTTAAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCTTATAATAATTGTTTTA 1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT- * * ** 15608846 GTTCATACAAGCTTCTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACGTTCCAAAAATTAATAAGCT 63 GTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-T * * * * ** * * * 15608911 -AGAGATTTGAAAAGATAAATTTGTTTACCAAACAAGCTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAAT 127 AAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT * ** * * * * * * 15608975 TAT-TGATTTAAAATCATAATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACGATTGTTT-TAGTTAATAAAA 190 TATCT-ATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA * *** * * * * 15609038 GCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATT-ATCATTT-AGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTT 253 GTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCA-AAAATTAATAAGT-GGAGATTT * * * * * * * * * 15609101 AATAAACAAAT-TAGTTTACTAAAT-AAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATT 315 AAAAAATAAATAT-GTTTACTGAATCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATT * ** * * * * * 15609164 TCTAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTCA 379 TCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCG * * * 15609228 AAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAAAAATTA-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT 443 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAATTATAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AATCT * * ** * * * * * *** * 15609291 GTTTACTGAACCAGTTCAAATTGTTATAACTATTCGAATAAATATCTGTTTCAAATTGTTATAAC 506 GTTTATTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGAC * * * * 15609356 CTTTTCTTTTATAATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGTTTATT-TGGAATAAAATAAT-A 571 CTTTT-TTCTATCATAAAACAATTAG-TTCTGTTCATACAAGCTTATTCT-GAATAAAATAATGA * * * * * **** 15609418 CTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCAT-TTGGTGAA 633 -TAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAA-TC-TGTTTACCAA * * * * 15609482 CCAA-TTCAAACAATTA-AGAT 695 ACAAGTTCAAATAGTTATA-AC * * * * * * 15609502 TATATGAACAATTAAT-TATTTCAAATTGTTGTGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTC 1 TATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCGCTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT- * * *** * * * * * 15609566 AGCTCATACAAGCTTATTTGGTATAGAGTAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAATT--TTA-T 62 TGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT * * * * * * * * 15609627 AAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACCGAATCAATTCAAATAATTATAATTATTTGAAA-AAT 127 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAACAAT ** * * * * * * * 15609691 TATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGGTTAATATAAG 190 TATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAG * * ** 15609755 TTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATTAGTAAAAGATTTAA 254 TTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGT-GGAGATTTAA * * * * * * ** * * 15609819 AAAGTGAAA-CTGTTTGC-CAATCCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATTATTTTCTATTTC 317 AAAAT-AAATATGTTTACTGAATCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC ** ** * * * * * * * * 15609882 AAATTGTTATAACCCTTTCTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCCATTCATACTA-TTTTTTTGAAA 381 AAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA * * ** * * 15609946 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15610345 -TAAGAGATTTAAAAAATAAA-CATGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTA-TTAGAAT 125 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-TATTTACTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AAC * * * * * * * * * * * 15610407 AATTATATATTTTAAATTGTTCTTACCTTTTGTTTAGTTAGAAAATATTTGTTTC-ATGTCTTAC 187 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATAC * ** * * * * 15610471 AA-TCTTA-TTCAGAATAAAATAAGCCAAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAG-GAAAAGA 251 AAGT-TTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTG--GAGA * * * * * * * * 15610533 TTTGAAGAATTAAATCTGTTTA-TCAAAT-AAGTTCAAATAGTGATGATTATTTGAACAATTATT 312 TTT-AAAAAATAAATATGTTTACT-GAATCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATC * ** * * * * * 15610596 TATTTAAAATCATTATGGCCTTTTGTTTTCAT-ATAAAATAATTGTTTC-AGCTCATAAAAGCTT 375 TATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT * * * 15610659 ATCCAAAATAAAATAATACTAATTT-TTAAATATTTCAAAAATTA-A-TAAGCAAAAGTTTTAAA 438 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT-AATATTT-GAAAATTATAGTAAG--AAA--TTTAAA ** ** * * * ** * * 15610721 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-TTCTATCATAAAACAATTAGTTCTGTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATGATAAATTA * * * * * * ** 15612998 TTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACACTTTCAA 640 ATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAA * * 15613063 ATAGTCATATC 705 ATAGTTATAAC ** * * * ** * 15613074 TATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAATGATTGCTTCT 1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT--TTTT * ** * * 15613139 ATTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCACAAATTAATAAG- 63 GTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT * * * * * * * * 15613202 ---GGATTTAAAAACTAACTTTGTTTA-TCGAACTTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT 127 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT * * * 15613263 TATCTATCTT-AAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGCTTCTATTCATTCAAG 190 TATCTAT-TTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG * * * * * * * * ** 15613326 CTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAAATAATAAGAAAGAGATTTAA 254 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TAACTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATTTTTTTGCCAAACTAA-TTCAAATATTTAAAGAC 659 TAAGTAAGA-AATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATA-AC ** ** * * * 15614482 TATAAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAAGTTTTTTT 1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTTTTT * * ** * ** * 15614547 GAATTCA-ACTAGCTTTTTTGGAATAAAATAAAAGGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG 63 G--TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG * * * * * * * * 15614611 TAAGAGATTTAAAAAACAATTATGTTTACCT-AACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAA 126 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA ** * * * 15614675 TTATCTATTTCAAATCATTATG-TCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-TGTTTTATAT 189 TTATCTATTTCAAATTGTTATGAT-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCT-ATTCATAC * * * 15614738 AAGTTTGTTTGAAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA---GAGATTTA 251 AAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGGAGATTTA * * * * ** * * * * 15614800 AAAAATAAATCTATTTA-TCAAACGTGTTCAACTAGTTATGACTCATTTTATTAA-TAT-T-TTG 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ATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATGATAAA-TTAATAATATTCCAA-A-AATTAATAAGTAA * * * ** * ** * 15615238 -AAGATTTAAAAATTAAATTTATTTA-TGAACAAGTTTAAATCTTTATGAC 666 GAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAAC * * * * * * * * 15615287 TATTTG-ACAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTAATAAAACTATTGTTTCT 1 TATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCGCTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTGT * ** * *** * * 15615351 ATCATACATGCTTATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAG 65 -TCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA * * * * * * * * 15615416 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAATAATTAT 129 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAT ** * * * * * * 15615481 CTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACCATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTT 193 CTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTT * * * * ** * 15615545 AATTGAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAA 257 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TGGAGATTTAAAAAA * * * * * * 15615610 TGAATTTGTTTACTGAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATC 321 TAAATATGTTTACTGAATCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC * * * * * * * * * * * 15615674 ATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACATTTGGTTATGTTTATGCAAGCTTATTTTG-AACAAA 386 ATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAA * * * 15615738 ATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAATAAATATATTT 450 ATAATACT-AATTTATTAATATTT-GAAAATT-AT-AGTAAGAAATTTAAAAAAT-AATCTGTTT * * * ** 15615800 TTTGAAC-ACTTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATGATTATCTATTTC--AA-A-T-T----TT 510 ATTGAACTA-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTT * * * * * * * * 15615855 GTTT-TGTCATAAACCAATTATTTTTGTTCATA-AAACTTATTCAGAATAAAATAAT-ACTAAGT 574 TTTTCTATCATAAAACAATTAGTTCTGTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATGA-TAAAT * * ** * * * * * 15615917 TATTAAAATTAAAAAAATTAATGAGTAA-AAGATGT-AAAAATAAATATGTTTACCGAACGAGTT 638 TAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTT 15615980 CAAATAGTTATAAC 702 CAAATAGTTATAAC ** * * * 15615994 --TTT-----A-T-T-TATTTCAAATCTTTATTATCTTTTATTTTGTCTTAAAACAATTGTTTCT 1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTA-TAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT-T * ** * * * * 15616049 ATTCATACAATTTTA-TTCAAAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTCTAAAAATTGATAATT 63 GTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT *** * * * * * * * * 15616113 TGGAGATTT-AAAAATAAGT-T-TTTTCATCGAACAAGGTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTA 127 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-T-GAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA * * ** * * * * 15616175 TTATCTATATGAAACAGTTATGATATTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAA 189 TTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG * ** * * * 15616240 ATTATTCAAAATGAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA---AAGATTTAAAA 254 TTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGGAGATTTAAAA * * * * * * * * * * 15616302 ACTAAATCTCTATATTGAA-CCAGTTCAAATAATTATGA-TTTTTGAATAATTATCTATCTCAAA 319 AATAAATATGTTTACTGAATCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA * * ** * * * 15616365 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* * * 15618318 TATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTT-TAGTTCATATAAG 190 TATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG * * * * * * * ** 15618382 CTTAATCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAGTAATCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAA 254 TTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TGGAGATTTAAA * * * * * * * 15618447 AAATGAATATGTTTATTGAA-CAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AA 318 AAATAAATATGTTTACTGAATCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA * * * * * * * * * 15618510 ATTTACTATAACCTTTTATTGTGTCATAAAAGAATTTTTTCTATCCATACAATCTTATTTC-AAA 383 A-TCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAA * * * * * * * 15618574 TAATATAATACAAATTTAGTAATATTAAGACAATTAATA-TATACAAGATTTAAAAAATAAATTT 446 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATT-ATAGTA-AGAA-ATTTAAAAAAT-AATCT *** * ** ** * * 15618638 GTTTACAAAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGTGCAATTATTTATTT--AAACTTGTTATG 506 GTTTATTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAC--ATTATG * * * * * 15618701 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15619108 CTTATTTTG-AATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A----AG-----A 254 TTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGGAGATTTAA * * * * 15619161 AAAA-AAA-AT-TTT--T-AA-C-GGATTCAAATACTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTATTT 317 AAAATAAATATGTTTACTGAATCAAG-TTCAAATAGTCATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTT * * * * * * * 15619217 GAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCACAAAAGCTTATTTCG 380 -CAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCG * * 15619281 -AATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAGGTAA-AAGATTT-AAAAATAA 443 AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATT-ATA-GTAAGAA-ATTTAAAAAAT-A * * * ** * * * ** * 15619343 ATATGTTTAATG-AGTGAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATAATTTTTTTTCAAGTCGT 502 ATCTGTTTATTGAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAAACAT * * * * * * * ** 15619407 TATGATCTTTTTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTTATACAAGTTTTTTCAAAATAAAATA 565 TATGACCTTTTTTCTATCATAAAACAATTAG-TTCTGTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATA * * * * ** * * * 15619471 AT-ATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG 629 ATGATAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA * * ** 15619535 AA-AGGTTCAAATAGTCATGTC 694 AACAAGTTCAAATAGTTATAAC * * ** * ** * 15619556 CATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTCATCATAAAATAATTGTTTTT 1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTTTT * ** * * 15619621 ATTCATACAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAACATTAATAAG- 63 GTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT * * * * * 15619684 ---AGATTTAAAAACT-AATCTATTT-GTCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTCAACAAT 127 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT * * * * * * 15619744 TATCTATCTCAAATCAG-TATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTTATAGAAG 190 TATCTATTTCAAAT-TGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG * * * * ** * * 15619807 CTTA-TTCAAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAA---GAGATTTTA 254 TTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTGGAGATTTAA * * * * * * * * * * 15619867 AAAATAAATGTATTTGC-CAAACTAGTT-ATAATAGTTAAGGCTATTAGAATAATTATCTATTTC 317 AAAATAAATATGTTTACTGAATCAAGTTCA-AATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC ** * * * * * * 15619930 AAATTGTTCTGACCTTTTGTTTTGTCATACAA-AA---TTTC-AGTTCATACAAGCTAATTTGAA 381 AAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAA * ** * 15619990 ATAAAATAATAC-AATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAAT 445 ATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATT-TGAAAATT-AT-AGTAAGAAA-TTTAAAAAAT-AAT ** * * * 15620054 CTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATCGTTAT 504 CTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAA-CATTAT * * * * * * * ** * 15620118 AACCTTTTGTTTTATCATTAAATAATT-GTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAGTAAT 568 GACCTTTT-TTCTATCATAAAACAATTAG-TTCTGTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAAT ** * * * * * * ** 15620182 -ATGACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAT-TTTATAA 631 GAT-AAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATC-TGTTTACCA * ** 15620245 AATC-AGTTCAAATAATTATGGC 694 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* * * 15621025 GTTCGTACAAGCTAACAAGGAATAACATAATTCTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTA 63 GTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA * * * * * * * * * 15621090 AGAGATTTAAAAACTGAAT-T-TCTTA-TCAAACAATTTGAAATAGTTATGATTATTTGAGCAAT 128 AAAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTACT-GAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT *** * * * 15621152 TATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATATT-TTTCTATTCATACAAG 190 TATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTATTCATACAAG * * * * * * ** * 15621216 CTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAATAACTAATATGTAAAAGATTTTT 254 TTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGT-GGAGA-TTTA * ** * * 15621280 AAAAA-AAATCTGTTTACTGAAT-AAGTTCAAATAGTTGTAACTATTT-AATAATTATTTATTTC 316 AAAAATAAATATGTTTACTGAATCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC ** * * * * * 15621342 AAATCGCTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCTTAAAAGCTTATTCGAAT 381 AAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA * * * * * * 15621406 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15621808 AAAA-TTTTAAAGAATAAA-CATGTTTTCTGAATACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT 127 AAAAGATTTAAAAAATAAATC-TATTTACTGAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT * * * * * * * ** 15621871 TATCTATTGCAAATAGTTGTGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATGCAAAA 190 TATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGT * * ** 15621936 TTATTT-AGAATAAAATAATACAAATATATTAATATTTTGAAAATTAATAA---GAGATTTAAAA 255 TTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGGAGATTTAAAA * * * * * * * 15621997 ACTAAATTTGTTTAC-CAA-AATAGTTCTAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-A 319 AATAAATATGTTTACTGAATCA-AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCA ** * * * * * 15622059 AATTGTTACGATCTTTTTTTTTTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTATTCG 382 AATCATTA-TAAC--TTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG * * * * * * * * 15622124 AATTAAAATTATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAT-TAGTAAGAGATTTAATAAA-AATGTGT 443 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTATAGTAAGAAATTTAAAAAATAATCTGT * * * ** * * * * * * * * 15622187 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* * * 15622590 CATCAATCTCAAATCATTATGTTC-TTTGTTTTCTTATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAG 190 TATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAG * * * * * 15622653 CTTATTTG-GATAAAAATAATTCTAATTTAGTAATA-TTCTGAAAATTAATAA---GAGATTTAA 254 TTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTGGAGATTTAA * * * * * * * * * 15622713 AAAACAAATGTGTTTGCCGAA-CTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCA 317 AAAATAAATATGTTTACTGAATCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA * * * * * ** * * * * 15622777 AATTACTATGACTTTTTGTTTAGTCATATATTAATTGCTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAAT 382 AATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAT * * * * * 15622842 AAAATAATACTAA-TTATTAACATTCGAAAAATTAATAAGCATGAAATTTGGAAAAATAAAT-TC 447 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTG-AAAATT-AT-AGTAAGAAATTT-AAAAAAT-AATCT- * * * * * 15622905 GTTTGTCGAA-TAAGTTTACATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATCATTATG 506 GTTTATTGAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAA-CATTATG * * * * * ** 15622968 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* * * * *** * * 15623371 TTTTAATTGAAATAAACA-AATACTATTTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-AGCCAAAAAAAAT 253 GTTTATTTGAAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---TGGAGATT * ** * * * * * * * ** 15623434 TAAAAAATAAATCTAATTGCT-AAACCAGTACAAATAGTTAAGACTATATGAACGATTATCTATT 314 TAAAAAATAAATATGTTTACTGAATCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATT * * * * * * 15623498 TCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTCGTAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTC-A 379 TCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA * * * * * 15623561 GATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTA-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTT 444 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-GAAAATTATAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AATCT * *** * ** * * * * * * 15623624 GCTTAGCAAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGAC 506 GTTTATTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGAC * * * 15623689 ATTTTGTT-TAGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAATTAAT- 571 CTTTT-TTCTA-TCATAAAACAATTAGTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCT-GAATAAAATAATG * * * * * * * * 15623750 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* * 15624155 AACAATAAATCTATTTACAAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAACAAATATCAATCTC 316 AAAAATAAATATGTTTACTGAATCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC ** * * * * * ** 15624219 AAATTGTTA-AAATCTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTC--TT-ATATAAGCTTATTCG-GT 381 AAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA * * * ** * * * 15624279 TAAAAATAATATTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATCTAAAAAAATAAATG 446 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATT-AT-AGTAAGAAAT-TTAAAAAAT-AATC * * * ** * * * * * * 15624344 TGTTTATCGAAGTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTAA 505 TGTTTATTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA * * * * * 15624409 CCTTTTGTT-TGGTCATAAAA-TATGT-GTT-TATATCTTACAAGCCTATTCAT-AATAAAATAA 570 CCTTTT-TTCT-ATCATAAAACAAT-TAGTTCTGT-TCATACAAGCTTATTC-TGAATAAAATAA * * * * * * * * 15624469 TCA-AATTTATTAACATTCAAAAAATTGATAAGTAA-AAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATC 630 TGATAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACC * ** 15624532 GAACAAGTTCAAATAGTTA-GGC 693 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* * * * * * 15633303 TTATCATTCAAGCTTAATT-AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCTAAAATTAGTAAG 63 GT-TCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG * * * * * 15633367 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACAGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT 126 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT * * * * * * * * 15633432 TGTATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGT 190 TATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGT * * * * * * 15633497 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAA 255 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGT-GGAGATTTAAA * * ** * * * * * * * * 15633561 AAATAAATTTGTTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAGTTCTTTATTTCAA 318 AAATAAATATGTTTACTGAATCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA * * * * * * * * * 15633625 ATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTCT-TTCTTAGTAA-CTTATTTGGAAT 383 ATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTATTCGAAAT * * * * * 15633688 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AAAATATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGCTATGACCATTTGAACAATT 127 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATT * *** * * * * * * * * 15635650 ATTTATTTCAAACCATTAT-AACTTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCTTCATGCATGC 191 ATCTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGT * * * ** * 15635714 TTATTT-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTT-TA 255 TTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-GGAGATTTAAA * * * * 15635777 CAATAAATATGTTTACCGAAT-AAGTTCAAATAGTCATAACTACTTGAATAATTATCTATTTCAA 318 AAATAAATATGTTTACTGAATCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA * * * * ** * * * * * 15635841 ATCGTTATGACCTTTTATTTCATCATAAAATAATTGTGTC-AGTTCATATAGGCTTATTCAAAAT 383 ATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAAT * ** * * 15635905 AAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTTAAAAAATGAATCTA 447 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATT-AT-AGTAAGA-AATTTAAAAAAT-AATCTG ** * * * * 15635970 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Indices: 15583184--15586095 Score: 969 Period size: 359 Copynumber: 8.1 Consensus size: 355 15583174 AGCTTATTCG * * * * 15583184 AAATAAAATAATACTAATTTCTTAATC-TTTCAAAAATTAATAAGTAATTT-TAAAA-AAATCTG 1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CATTTCAAAAAATAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTG * * * * * * * 15583246 TTTA-TCGAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTT--A-AACAATTATATA-CTTCAAATTATTA 65 TTTATTCAAAC-AATTCAAATAGTTACGAATATTTGAAGAACAATTATCTATC-T-AAA--A-TA * * * * * * 15583306 TAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCTG-AATAAAACAA 124 CAATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAA * * * * * * * * * 15583370 TGCT-AATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-ACAAATAAATTTTTTTGA-T 188 TACTAAAT-TAATAATATTCTAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TATGTTCACC * ** * * * * * * 15583432 GAACCAGTTCAAATATTTAAGACTA-TATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATAACCTTTT 250 AAATAAGTTCAAATAGTCAAAACTATTA-GAACAATTAACTATTTC-AAATCATTATAACATTTT * * ** * 15583495 GTTTTGTCATAAAACAA-T-TTTCAATTCATACTAGCTTATTCA 313 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Indices: 15586382--15594467 Score: 4726 Period size: 181 Copynumber: 45.3 Consensus size: 178 15586372 GTTGTTTATT * * * * * ** * * 15586382 GAATATGTTCAAATTGTTATGACTATTTAAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACTTTTTTG 1 GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTG * * * * 15586447 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAATTAAAATAATATTAATTTAT 65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGAA-TAAAATAATACTAATTTAT * * * * 15586512 TAATATTTTGACAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT 128 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC * * * * * * * * 15586564 GAACAAGTTGAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTGT-TGATTTCAAATCATTATGACCTTTTC 1 GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTG * * 15586628 TTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAGTTCATA-AATGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTA 65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAA-GCTTATTTGAA-TAAAATAATACTAATTTA * * * * 15586692 TTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-GAATATGTTTACC 127 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC * 15586744 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Indices: 15586388--15587269 Score: 564 Period size: 180 Copynumber: 4.9 Consensus size: 180 15586378 TATTGAATAT ** * * * ** * * * 15586388 GTTCAAATTGTTATGACTATTTAAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACTTTTTTGTTTTGT 1 GTTCAAAAAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTT-TTTGGT * * * * * * * ** * * 15586453 CATAAAATAATT-ATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATA 64 CATAAAACAATTGGTTT-TATTTATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTACTAAAA * ** * * * * * * 15586517 TTTTGACAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA-A 128 TCTCAAAAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-AAACACA * * * * * * * * 15586570 GTTGAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTGT-TGATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGT 1 GTTCAAAAAGTTATGACTATCTAAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTGGT * * * * * * * * * * 15586634 AATAAAATAATT-GTTTCAGTTCATAAATGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATA 64 CATAAAACAATTGGTTTTA-TTTATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTACTAAAA * * * * * * * 15586698 T-TCCAAAAATTAATG-AGTAAGAGAATTAAAAAA-GAATATGTTTACCGAATA-A 128 TCT-CAAAAATTAA-GAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACACA * * 15586750 GTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTCTTTCAAA-CATTATGACCATTTTTTTGGTC 1 GTTCAAAAAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTTTTGGTC * * ** * * 15586814 ATAAAACAATTGGTTTTGTTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATTTAAATTTACTAATATT 65 ATAAAACAATTGGTTTTATTTATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTACTAAAATC * 15586879 TCAAAAATTAAGAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAACACA 130 TCAAAAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-AAACACA * * * 15586930 -TTCAAAAAGTTATGACTAT-TCGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTTGATTTG 1 GTTCAAAAAGTTATGACTATCT-AAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTT--TTGG * * * * * 15586992 TCGTAAACCAGTTGTTTTTATTTATAAAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACAAATTT-GTGAA 63 TCATAAAACAATTGGTTTTATTTATAAAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACAAATTTACT--A * * * *** 15587055 AAATCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAGAGTGA 125 AAATCTCAAAAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAAACACA * * * * 15587110 GTTCAAACAGTTATAACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTAT-GT 1 GTTCAAAAAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TT-TGGT * * * * * * * * 15587174 CA-AAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCGCAATAAAAGAATACCAATTTATTAAT 64 CATAAAACAATTGGTTT-TATTTATAAAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTACTAAA * *** 15587236 AT-TCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAA 127 ATCTC-AAAAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAA 15587270 AAACTTGTTT Statistics Matches: 567, Mismatches: 101, Indels: 66 0.77 0.14 0.09 Matches are distributed among these distances: 178 18 0.03 179 136 0.24 180 201 0.35 181 164 0.29 182 47 0.08 183 1 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40 Consensus pattern (180 bp): GTTCAAAAAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTGGTCA TAAAACAATTGGTTTTATTTATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTACTAAAATCT CAAAAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAAACACA Found at i:15587217 original size:360 final size:358 Alignment explanation

Indices: 15586382--15587303 Score: 932 Period size: 360 Copynumber: 2.6 Consensus size: 358 15586372 GTTGTTTATT * * * * ** * * 15586382 GAATATGTTCAAATTGTTATGACTATTTAAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACTTTTTTG 1 GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTTG * * * 15586447 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAATTAAAATAATATTAATTTAT 65 -TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAA-TAAAATAAT-TTAATTTAT ** * * * * * 15586512 TAATATTTTGACAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTGAAA 127 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAA * * * * * * 15586577 TAGTCATGACTATTTGAATAATTGTTGATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAAT 192 AAGTCATGACTATTCGAACAATTATTGATTTCAAATCATTATGACCTTTTCATTTGTAATAAAAC * * * * * 15586642 AATTGTTTCAGTTCATAAATGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA 257 AATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACAAATTTATGAAAAATCCAAAAA * * * * 15586707 TTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAGAATATGTTTACC 322 TTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAAAAATATGTTTACA * * * 15586744 GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTCTTTCAAA-CATTATGACCATTTT- 1 GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTG * * * * 15586807 TTTGGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATTTAAATTTA 65 TTT-GTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCGAATAAAATAATTT-AATTTA * * * * 15586871 CTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAACACA-TTCA 126 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACA-AGTTCA * * * * ** 15586934 AAAAGTTATGACTATTCGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGATTTGTCGTAA 190 AAAAGTCATGACTATTCGAACAATTAT-TGATTTCAAATCATTATGACCTTTTCATTTGTAATAA * * * * * * 15586998 ACCAGTTGTTTTTA-TTTATAAAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACAAATTTGTGAAAAATCT 254 AACAATTG-TTTCAGTTCATAAAAGCTTATTT-GAAGTAAAATAATACAAATTTATGAAAAATCC * * 15587061 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACA 317 AAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAA-AAATATGTTTACA * * * * 15587104 GAGTGAGTTCAAACAGTTATAACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGT 1 GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGT * ** 15587169 TATGTCA-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGCAATAAAAGAATACCAATTTATT 66 T-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCG-AATAAAATAAT-TTAATTTATT * * * * ** * 15587233 AATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAA-AAACT-TGTTTACCGAATAAGTTCAA 128 AATATTTC-AAAAATTAATAAGTAGAAAATTTAAAAAATAAA-TATATTTACTAAACAAGTTCAA * 15587295 ATAGTCATG 191 AAAGTCATG 15587304 TCCATTTTAT Statistics Matches: 456, Mismatches: 84, Indels: 42 0.78 0.14 0.07 Matches are distributed among these distances: 359 165 0.36 360 205 0.45 361 43 0.09 362 43 0.09 ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40 Consensus pattern (358 bp): GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGT TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAATAAAATAATTTAATTTATTAAT ATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGTTCAAAAAGT CATGACTATTCGAACAATTATTGATTTCAAATCATTATGACCTTTTCATTTGTAATAAAACAATT GTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACAAATTTATGAAAAATCCAAAAATTAA TAAGTAAAAGAATTAAAAAAAAATATGTTTACA Found at i:15587585 original size:322 final size:324 Alignment explanation

Indices: 15586988--15587591 Score: 761 Period size: 322 Copynumber: 1.9 Consensus size: 324 15586978 GACTTTTTGA * * * * * 15586988 TTTGTCGTAAACCAGTTGTTTTTATTTATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTGTG 1 TTTGTCGTAAAACAATTGTTTTTATTCATAAAAGATTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATG * *** * 15587053 AAAAATCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAGAGTGAGTTCAAAC 66 AAAAATCTAAAAATTAATAAGT--AACATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAGAACCAATTCAAAC * * * 15587118 AGTTATAACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTATGTCAAAAACAA 129 AGTTATAACTATCTAAACAATTATGTATCTCAAATCATTATGATCTTTGGTTATGTCAAAAACAA * ** * 15587183 TTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGCAATAAAAGAATACCAATTTATTAATATTCTAAAAATT 194 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGCAATAAAAGAATACCAAACTAATAATATTCTAAAAATT ** 15587248 AATAAGTTGGAGATTTAAAAAAAAACTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTTA 259 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAACTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTTA 15587313 T 324 T * 15587314 TTTGTCGTAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAA-ATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT 1 TTTGTCGTAAAACAATTGTTTTTATTCATA-AAAGATTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTAT * ** * * * * * 15587378 -TATTATTTCAAAAATTAATAA-T-ACATTTAAAAACTAAATCTGTTTACCGAACCAATTTAAAT 65 GAAAAATCT-AAAAATTAATAAGTAACATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAGAACCAATTCAAAC * * * * 15587440 AGTTATGACTATTTGAACAATTATGTATCTCAAATCATTATGATCTTTGGTT-TGTCATAAAATA 129 AGTTATAACTATCTAAACAATTATGTATCTCAAATCATTATGATCTTTGGTTATGTCA-AAAACA * * * * * * 15587504 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AGTAAAATATTGCTAAACTAATCATATTCTAAAAA 193 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GCAATAAAAGAATACCAAACTAATAATATTCTAAAAA * 15587568 TTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAA 257 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA 15587592 TATATACGTT Statistics Matches: 235, Mismatches: 39, Indels: 12 0.82 0.14 0.04 Matches are distributed among these distances: 321 5 0.02 322 155 0.66 323 1 0.00 325 5 0.02 326 66 0.28 327 3 0.01 ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39 Consensus pattern (324 bp): TTTGTCGTAAAACAATTGTTTTTATTCATAAAAGATTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATG AAAAATCTAAAAATTAATAAGTAACATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAGAACCAATTCAAACAG TTATAACTATCTAAACAATTATGTATCTCAAATCATTATGATCTTTGGTTATGTCAAAAACAATT GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGCAATAAAAGAATACCAAACTAATAATATTCTAAAAATTAA TAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAACTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTTAT Found at i:15589156 original size:362 final size:360 Alignment explanation

Indices: 15588038--15603609 Score: 10034 Period size: 362 Copynumber: 43.5 Consensus size: 360 15588028 TTGTTTTTCA * * 15588038 TCATACAAGCCTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAG 1 TCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA * * * * 15588102 GAGATTGAAAAAATAAATATGCTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT 65 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT * * * * * * * * * * 15588167 ATATTTCAATTTGTTATAACCTTTTGTTTTATTATAAAAAAATTATTTATCTTCATATAAGCTTA 130 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATATAAGCTTA * * * * * * 15588232 TTCGAAATAAAATAGTACTAATCTAGTAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA 195 TT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAA * * * * * * * * * * * 15588296 TAAATTTATTTGCCAAACCAA-TTTAAATAGTTAAGACGATATGGATAATTATTTATTTCGAATC 257 TAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC * * * * * * 15588360 GTTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGT 321 ATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT * ** ** * * * 15588400 TCATATAAATTTATTCAAAATAAAAAAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAG 1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG * * * ** ** * * 15588461 AGATTTAATAAATAAATCTATTTACCAAATC-A-TTTTAATAAGTTATAACAATTTGAACAATTA 66 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTA * * * * * * * 15588524 TTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTGATACAATCTT 129 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATATAAGCTT * * * * 15588589 ATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATAACG-GATTTAAAAA 194 ATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAGTAA-GAGATTTAAAAA * ** * * * * 15588652 ATGAATC-AGTTGGCTTGACCAA-TGCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA 256 ATAAATCTA-TTTAC-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA * * * * * 15588715 CCATTATGA-TCTTTTGTTTTGTCACAAAACAACTATTTCTGT 319 TCATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT * * ** * * * 15588757 TCGTACAAGCTAATTTGAAATAGTATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAACTAAG 1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG * * * * * * 15588822 AGATTTAAAAACTAAATATGTTTATTGAACAAGTTTAAATGGTTATGGCTATTTGAACAATTACC 66 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC * * * * 15588887 TATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATGAAATAATTTTTTTCTATTCATATAAGCTTA 131 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTTTTTCTATTCATATAAGCTTA * * 15588952 TTTCAATTAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTCAAACAATTAATACGTAAAAGATTTAAAAAA 195 TTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAAA * * * * * * * * 15589015 TAACTCTATTTACCGAATAAATTCAAATAGTTATGAGTATTTAAACAATTATTTATTTCTAATCG 257 TAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA * * 15589080 TTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGCTTT-TGT 322 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTAT * * ** * * * * * 15589119 TCATACAACCTTATTTGAATTAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTAACAATTAAAAATTAAA 1 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-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA 65 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA * * * * * * * * 15589604 CCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTTATACAAGCGT 129 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATATAAGCTT * * * * * * * * 15589669 ATTTGGAGT-AAATAATACTAGTCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAGA 194 ATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAA * * * * * * * * * 15589733 TAAATTTGTTTACC-AACAAGTTCAAACAGTTATGGCTGTTTGATCAAATATTTAATTCAAAT-A 257 TAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA * ** * 15589796 GTTATCA-TCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTATTTCTAT 322 -TTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT * * * * * * 15589836 TTATACCTA-TTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTTATA-TTCTAAAAATTAATAGGTA 1 TCATA-CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA * * ** * * * 15589899 GGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTA 64 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TCTATTTTAAATCATTCTAACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAATCTT 129 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATATAAGCTT * * * 15590377 ATTTAGAATAAAATAATAGTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAA 194 ATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AGTAAGAGATTT-AAAA * * ** * * 15590441 AATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATA-TATTTGATTATTTGAACAATTATCTATTT-AAA 255 AATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA * * 15590504 CTCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATT 319 -TCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T * * * * * * 15590547 TCGTAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAG 1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG * * ** * * 15590612 AGATTTAAAAACTAAA-ATTGTTTTCCCAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATAT 66 AGATTTAAAAAATAAATA-TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT * * ** * * * * * * 15590676 CAATCTCAAATCAATATGATC-TTGGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTAATCATATAAGCTTA 130 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* * 15594616 ACGAACAATTATGACGT-TTTGTTGT-GTCATAAAATAATTGTTTAGGTTCATACAAAC--TTAT 118 TTGAACAATTAT--C-TATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTT-TG-TCATA-AAACAATTTT * * * 15594677 TTCGA---ATA-AA----A-TAAAAT-AAAT-TTA--------TTAATATTTCAAAAATTAATAA 176 TTCTATTCATATAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A * * * * ** * * 15594723 GCAA-AAATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTAAACATGTTCAACTAGTTATGACTATTTGAA-AA 240 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA * * * * * 15594786 TTATCTATGTCAAAT-AGTTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTAT 305 TTATCTATTTCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT * * * * 15594842 TCATACAAGCGTATTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAA- 1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG * * * * * * * * * 15594906 AAATTTTAAAAAATAAATTTATTTACT-AAGCAAGTTCATATCGTTATGATTGTTTGAATATTTA 66 AGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA * * * * ** * * * 15594970 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* * * * * * * 15591578 ATTTTAAATCATTATAACCATTTATTTTATCATAAAACAATTATTTATCTTCATAAAAACTTATT 691 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATT * * * * ** * 15591643 TGAAATAAAATAATACCAATATAAAAATATT-ATGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATA 756 TCAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA--AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA * ** * * * * * * * * * 15591707 AATTTGTTTATTGACCCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAACTATTTATTTGAAATTATT 819 AATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT 15591772 ATGACC 884 ATGACC * * * * 15591778 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATATTAA 1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATATTAA * * * * 15591843 TTTATTAATATTTCAAAAATT--GATAAGAGA-TTTAATAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTT 64 TTTATTAATATTTC-AAAATTAAAATAAGAGATTTTAA-AAATAAATTTGTTTACCAAACAAATT * * * * * * * * 15591905 CAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTTGTTATCA-CTAGTTGTTTTGTCAT 127 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCT-TTTATTTTGTCAT * * * * ** * * * 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** * 15594679 CGAATA-AAATAAAATAAATTTA-TTAAT-ATTTCAAAAATTA--ATAAGCA-A-AA-ATT-TT- 162 CAAATAGTTATGACCT---TTTATTTTGTCA-TAAAAAAATTATTCTATTCATACAAGTTTATTC * * * * * * * * * * 15594734 -AAA-AATA-AAT-CTATTTTCTAAACATGTTCAACTAGTT-AT--GACTATTTGAAAAT-TATC 223 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAA-AAATTAATAAGA-GATTTAAAAATAAATC * * ** * * ** * * * * 15594791 TATGT-CAAAT-AGTTACGACCTTTTGTTTTGTC-A--TAAACCA--AT-TATTTCTATTCA-TA 285 TATTTACCAATCAGTT-C-A--AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA * * * ** * ** * * * * 15594847 -CAAGC--GTA-TTCGAAATAAAATAATACTAT-T-TT-AT-TAAT-AT-TTC--AA-AAACTAA 346 TGAA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATCTTATTCGAAATAAAATAA * *** * * * 15594899 TAAGTAA---A--AAT-TT-T---AA--AA-AATAA--ATTTATTTACT-AAGCAAG-TTCAT-A 410 T-ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATAAGGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTCTTGA * * * * * *** ** * ** * 15594946 TC-GTT-ATGATTGTT-TGAATATTT-ATTTATT-TC-AAAT--AGTTATGAT---CTTTTGTTT 473 ACAATTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT * ** * * ** * 15595000 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AAGCTTATTTCA-ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATT * * * * * 15596168 TGAAAATATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT 810 T-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT * 15596233 TAAAATCATTATGA-C 874 TCAAATCATTATGACC * * * * * *** * * 15596248 TATTT-TTTTTTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCAAAAAATCTTATCCAAATAAAATAATACTAC 1 T-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATATTAA * * * *** * * 15596312 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATTGTATC-AG 64 TTTATTAATATTTC-AAAATTAA-AA-TAAGAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTA-CCAAACAAA * * * * * * ** * 15596376 TTCAAATAATTATAGCCATTTG-ACCA-TA--TATTTCAAATAGTTATTACCTTTTGTTTCATCT 125 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCA * * * * 15596437 TAAAATAATTGTT-T-TTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATAT 190 TAAAAAAATTATTCTATT---CATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT * * * * * 15596500 TTCAAGAATTAATAAGAGA-TTAAAAA-AATATACTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATG 252 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* * * * * 15596944 TCTATTTCAAATCGTTATTA-CTTTATGTTCTATCTTAAAACAATTGCTTT-TGTTAATATAAGT 688 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATATAAGC * * ** * * * ** * 15597007 TTGTTTGAAAGAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTATGAGATTTACAA 751 TTATTTCAATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA * ** * * * * * 15597072 AGTAAATCTACTTGCCAAACCATTTCAAATAGGTT-TGACTATTTGAATAATTATCTGTTTCAAA 815 AATAAATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATA-GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA * 15597136 TCATTATAACAC 879 TCATTATGAC-C * * * * ** * * 15597148 -TTTATTTTGTCATCAAACAATTCGTTTTGCTCATACTATTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA 1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTGTTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATATTAA * * * * * * ** * * * 15597212 TTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCT-AATGCCAAACTAGT 64 TTTATTAATATTTCAAAA-TTAA-AA-TAAGAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAAT * * * * * 15597276 TCAAATAGTTA-AGACTATATGAA-ATATTATTTATTTTAAACT-GTTATGACCTTTTGTTTTAT 126 TCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTATTTTGT * * * * * * ** ** ** * * 15597338 CGTAAAACAATTGTTTTTTTCGTATGAGCCTATTCGGAGTAAAATAATACTAATTTAATAATATT 188 CATAAAAAAATTATTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT * * * * * 15597403 TCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCAATTCAAATTGTTA- 253 TCAAAAATTAATAAG--AG--ATTT-AAAAATAAATCTATTTA-CCAATCAGTTCAAATAGTTAT * * * ** * * 15597467 AGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTG-ACTTTT-TGTT-T--T------A--G- 312 A-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT * * * * * * 15597518 -----TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACAGT-TGAAAATTAATA 376 TTCTATTCATACAATCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT- * ** ** * * 15597577 ACAAAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATATG 440 --AATAAG-GATTT-AAAAAATAAATCAGTTT-CTTGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTG * * * * * * * * * 15597641 AACAATTGTCTATCTAAAATCATTATAACCATTTGGTTTGTCATAAAACAATTATCTC-AGTT-A 499 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA * *** * ** 15597704 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* * * * ** * * 15610348 GAGATTTAAAAAATAAACATGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTAT 624 GAGATTTAAAAACTAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT * * ** * * * * * * * * * * 15610413 ATATTTTAAATTGTTCTTACCTTTTGTTTAGTTAGAAAATATTTGTTTC-ATGTCTTACAATCTT 689 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATATAAGCTT * ** * * * * * 15610477 A-TTCAGAATAAAATAAGCCAAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGGAAAAGATTTGAAGA 753 ATTTCA-ATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAA * * * * * * * * * * 15610541 ATTAAATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTGATGATTATTTGAACAATTATTTATTTAAAAT 815 AATAAATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT * 15610606 CATTATGGCC 880 CATTATGACC * * * * * *** * 15610616 TTTTGTTTTCAT-ATAAAATAATTGTTTCAGCTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTA 1 TTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTAT-TTGAATAAAATAATATTA * * * * * 15610680 ATTT-TTAAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAG-TTTTAAAAAATAAAGTAGTTTACCGAACA 63 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ATAA--TAAGGATTTAAAAAATAAATCAGTTTCTTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGA * * * * * * * 15613801 ATAATTATCTATTTCAAATTGCTACGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTTTCA-TCAT 500 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCAT * * ** 15613865 AAAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT----AA--AA-AA-T-A-A-A- 564 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAGAGAT * * 15613918 -T-----C----TA--TTTACCGAAC----T---A-A--T-T-CCTATTTGAACAATTATCTATT 629 TTAAAAACTAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT * * * * * * * * 15613959 TCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTATTTC-AGTTAATATGAGCTTA-TTC 694 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTC * * * * * ** 15614022 AAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTGATAA-CAAGGTGATTTAAAAAATAA 758 -AATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAA * * * * * * * * * * * 15614086 ACCTATTTGCC-AA-AATAGTTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATTTGTTTATCAAA-A 820 ATCTGTTTACCGAACAA-A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATT-TCAAATC * * 15614148 ATTACGATC 881 ATTATGACC * * * * 15614157 TTTTGTTTGGTCATAGAACAATTGTTTT-TCATCATTCAAGCTTATTCTGAATAAAATAATACTA 1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGT--TCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATATTA * * * * *** *** * 15614221 ATTTATGAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATGGAGTTAG 63 ATTTATTAATATTTC-AAAATTAA-AA-TAAGAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAA * * * ** * * * * * 15614286 TACAAATA--TATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTGAAATCA-TTATAACCTTTTGTTATGTC 125 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTATTTTGTC * * * *** * * 15614348 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT 189 ATAAAAAAATTA-TTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT * * * * * * * * 15614413 TCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTTTTTGCCAAACTAATTCAAATATTTAA 253 TCAAAAA-T--TAA-TAAGAG-ATTTAAAAATAAATCTATTTACCAATC-AGTTCAAATAGTTAT ** * * * * 15614478 AGACTATAAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAAGTT- 312 A-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAA-TTG * * * * * * * ** 15614542 TTTTTGAATTCA-ACTAGCTTTTTTGGAATAAAATAAAAGGAATTTATTAATATT-TCAAAAATT 375 TTTCT--ATTCATACAATCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATT * * * * * * 15614605 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-CAATTATGTTTACCT-AACCAGTTCAAATAATTATGATTATT 437 AATAA-TAAG-GATTTAAAAAATAAATCA-GTTT-CTTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATT * * * 15614668 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGTCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-TGTT 497 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCT-AT * * * * * * 15614732 TTATATAAGTTTGTTTGAAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAG 560 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAG * * * * ** * * ** 15614793 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACGTGTTCAACTAGTTATGACTCATTTTATTAA-TAT 625 AGATTTAAAAACTAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTAT * * * ** ** * * * 15614857 -T-TTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAGTAAATATGGTTACCA-AACTAGATCAAATAG 689 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-TGAACAAGTTTAAATCTTTATGACTATTTG-ACAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTT 116 CCAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTT * * ** * * * *** * 15615325 TGTTTTGTAATAAAACTATTGTTTCTA-TCATACATGCTTATTTTGAATAAAATAATATTAATTT 180 TATTTTGTCATAAAAAAATT-ATTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT ** * * * * * 15615389 ATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAA-CAAGTTC 244 ATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AG-AGATTT-AAAAATAAATCTATTTAC-CAATC-AGTTC * * * * * * * 15615453 AACTAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAA 302 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAA * * * * * 15615518 AACCATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTAATT-GAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTCC 367 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAATCTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT * * ** * 15615581 AAAAATTAATGAGA-AAGAGAATTAAAAAATGAATTTGTTTAC-TGAACATGTTCAAATAGTTAT 430 AAAAATTAAT-A-ATAAG-GATTTAAAAAATAAATCAGTTT-CTTGAACA-ATTCAAATAGTTAT * * * * * * 15615644 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* * * 15621805 AGTAA-AATTTTAAAGAATAAA-CATGTTT-TCTGAATACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA 441 A-TAAGGA-TTTAAAAAATAAATCA-GTTTCT-TGAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA * * * * * * * 15621867 TAATTATCTATTGCAAATAGTTGTGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATGC 501 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC ** * * ** 15621932 AAAATTATTT-AGAATAAAATAATACAAATATATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATT 566 AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAGAGATT * * * * 15621992 TAAAAACTAAATTTGTTTA-CCAAAATAGTTCTAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATC 630 TAAAAACTAAATATGTTTATCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT- ** * * * * 15622056 TT-AAATTGTTACGATCTTTTTTTTTTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTA 693 TTCAAATCATTATGA-C--CTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTA * * * * 15622120 -TTCGAATTAAAATTATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTT-AATAA 754 TTTC-AATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA * * * * * * ** * 15622179 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-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAA-TTGT * * * * * * * 15625331 TTCAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT 376 TTCTATTCATACAATCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT * * * * * * 15625395 AAGTAAGAGATTAAAAAAATAATTCTA-TTTACCT-AACCAGTTCAAATAATTATGGCTATTTGA 440 AA-TAAG-GATTTAAAAAATAAATC-AGTTT-CTTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGA * * * * * * * 15625458 ACAATTATCCATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATA 500 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA * * * * ** * 15625523 TAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACT-ATCCTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGACAT 565 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAGAGAT * * ** * 15625583 TTAAAAA-TAAATTTGTTTATCAAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATTTAT 629 TTAAAAACTAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTAT * * ** * * * * * * 15625646 TTCAAATC-TTATGACTTTTTCTTACGTTATAAAGCAATAT-TTT-TGTTCACACAAGCTTAATT 693 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CATA-AAAAAATTATTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT * * * * * 15626089 TT-AAGATAATTAATAAGTAAAAAATTTAAATAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAACTCGT 252 TTCAA-A-AATTAATAAG----AGATTTAAA-AATAAATCTATTTACC-AATCAGTTCAAATAGT * * ** * * 15626153 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG-ACTTTT-TGTTTCATCATAAAATAA 309 TATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTAT-TTT-GTCATAAAACAA ** * * * * * * * 15626216 TTGTTTCTGCTCATTCAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAACAAT 372 TTGTTTCTATTCATACAATCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAAT ** * * * ** 15626280 TAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTAC-CGAACAATTTATTAATA-TTCA-AAAA 436 TAATAA-T-AAGGATTTAAAAAATAAATCA-GTTT-CTTGAACAATTCA--AATAGTT-ATGACT * *** ** * * ** * 15626341 ATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAAT-GAATCTGTTTATGGAGCAAGTTCAAACAGTTATT-AC 494 ATT--T--G--A-ACAATTATCTATTTCAAATC-G-TTAT-GA-C--CTT----TTGTT-TTGTC * * * * * * ** * * * 15626404 TATCTAAATAA-T-TATCTATTCCAAAACATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTT 541 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* * 15627961 CATAAAAAAACGTT-TT-TGTTCAAATAAGTTTGTT-AAAA-AAAATCTTATTAATTTATTATTA 188 CATAAAAAAA--TTATTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA ** * * * * * * 15628022 TTTTGAAAATTAATAAGAGAATTAAAAA-AAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAATTAGTT-TAAC 251 TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTAC-CAATCAGTTCAAATAGTTATAAC * * ** * * * 15628085 TATTTAAACAATTATTTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC 315 TATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC *** * * * 15628150 TATTCATATTGTCTTATTCGAAATAAAGTAACACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT 379 TATTCATACAATCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-T * * * * * * * * 15628215 AACAGATTTAAAAAATAAATGAATCTGTTAGCCTGACCAATGCAAATAGTTATGACTGTTTGAGC 443 AA-GGATTTAAAAAAT--A--AATCAGTT-TCTTGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC * * * * * * * * * * * 15628280 ACTTATGC-ACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATGAAACAATTATTTTTGTCCGTAC 502 AATTAT-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC * * ** * 15628344 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-AAGTTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTGTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGCTCAT 501 CAA-TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT * * ** * * * ** * * * 15631068 GCAAGTTTATTCAAAATAAAATAAAACCAATTTTTTAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAAATAT 564 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAGAGAT * * * * * * * * 15631133 TAAAAAAATAATTCTATTTA-CAGAACCAA-TTCAAATACTTATAACTATTTGAACAACTATCTA 629 TTAAAAACTAAATATGTTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA * * ** * * * * 15631196 TTTCAAATCGTTATTATTTTTTGTTTTATCATAAGACAATT-TTTTTTTTCATATAAG-TT-TGT 692 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTAT-T * * * * ** * 15631258 TCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAACATTAATTAGTAAGCGATTT-AAAAGTA 756 TC-AATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA * * * * * * ** 15631322 AATCTGTTTACCTAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGTAATAATTACCTATTACAAATTGT 819 AATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTG-AATAATTATCTATTTCAAATCAT * * 15631387 TATAACA 883 TATGACC * * * ** * * * 15631394 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TTTATTAATATTTCAAAATTAAAATAAGAGATTTTAAAAA-TAAATTTGTTTA-CCAAACAAATT * ** * ** * * * * 15633224 CAAATAATTATGGCCATTACAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATA 127 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATA * * * * * * * * * 15633289 TAACAATTCTTTTTTTATCATTCAAGCTTAATT-AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT 192 AAAAAATT-ATTCTAT-TCATACAAG-TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT * * * * 15633353 CTAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CAGAACTAGTTCAAATAGTTAT 254 C-AAAA--ATTAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCA-ATC-AGTTCAAATAGTTAT * * * ** * * * 15633417 GACTATTTGAACAATTGTATATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTAT 312 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT * * * * * * * * 15633481 TTATGTTCATACAAGT-TTATTTGGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTATGAAAATTAAT 376 TTCTATTCATACAA-TCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT ** ** * * * 15633545 AACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGC-CAAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAA 440 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TATTTC-AATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA * * * * * * 15636680 ACTAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCTAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAT 815 AATAAATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT * 15636745 CATTATGATC 880 CATTATGACC * * * * * * * * * 15636755 -TTTATTTTGTCATAGAACAATTATTTCTTTTCATGCAAGCATATTCAGATTAAAATAATACTAA 1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATATTAA * * * * * * * * 15636819 TTTAATAGA-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTTGCCTAACTA 64 TTTATTA-ATATTTC-AAAATTAA-AA-TAAGAGATTTTAAAAATAAATTTG-TTTACCAAACAA * * * * * * * * 15636883 GTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGT 124 ATTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGT * * * * * 15636947 CATAAAACAA-TATT-TCAGTTCATACCAA-CTTATTCAAAATAACATAATACTAATTTGTTAAC 188 CATAAAAAAATTATTCT-A-TTCATA-CAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT * ** ** 15637009 A-TTGAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAATAAATCTGCTTATGAA-CTAGTTCAAATAG 250 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T-ATTTCGACAACTAG-TA-AGGGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATTAGTTCAAATAGT 295 TCAGTTC-A-AA-TAGTTATAACTATTTGAACAAT-TATCTA-TT-TCAAATCA-TT---AT-G- * * 15648002 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AAATGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAAT 348 -A--ACT-TTT-----A-T-T-T-TGTCATAAA----ACAA----TTG---T-T--T----C--- * * * * * * 15648066 TATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATGTTATGAAAATTC 379 ----TA--TTCATACAATCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA * ** * * * * * * * 15648131 ATCACTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTGAATCAGTTCTAACAGTTAAGACTATATGA 438 AT-AAT-AAGGATTTAAAAAATAAATCAGTTTCTTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGA * * * * * 15648196 ACAATTATCTATTTCAAATCGTAATGACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTATTTCAACTT-GT 500 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT * * * ** * * * 15648260 ATAA-CTTTATTTGGAATAAAATAAAACTAATTTGCTAATAGTTC-AAAA-T-TTTA-TAAGAGA 564 ACAAGC-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAGAGA * * * * * * * * * 15648320 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ATTGTTTCTATTCATACAATCTTATTCGAAAT-AAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAA * ** * ** * * * 15653525 ATCAAT-AGGAGG-TTTAAAAAAGAAATGTGTTTGC-TAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATT 434 ATTAATAATAAGGATTTAAAAAATAAATCAGTTT-CTTGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATT * * * * * * * * * 15653587 AGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTATTTAGTCATATAATAACTGTTGC-AGTT 497 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT ** * * 15653651 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAA-T--TAA-TAAGA 561 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAGA * ** * * 15653712 GATTTGAAAAAATAAACGTATTTA-CTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT 626 GATTT-AAAAACTAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT * * * * 15653776 -TCATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTTATAAAAGCT 689 CT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCT * * * * * ** * * * 15653839 TA-TCCAAAATAAAATAGTACTACTTTGTTAATATTTTGAAAGTTAATGAGTAAAAGATTT-GAA 752 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* *** * ** * * * 15655418 ATCTTATCAAAAATAAAATAATATTACCTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTC 567 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAGAGATTT- * * * * * * * 15655483 AAAAA-TAAAT-TAGTTTATCAAATC-AGTTTAAATAATTATGGCCATTTGTATAATTATCTATT 631 AAAAACTAAATAT-GTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT * * * * * * * * * 15655545 TTAAATCGTTCTAAAC-TTT-TATTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTA-TTC 694 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATATAAGCTTATTTC * * ** 15655606 GGAA-TAAAATAACACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAA 758 --AATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA * * * * * * ** 15655670 ATTTGTTTACTGAATC-AGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTT 820 ATCTGTTTACCGAA-CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT * 15655734 ATAACC 884 ATGACC * * * * * * * * * 15655740 TTTTGCTCTATCATAAAACAATTATTTCTATCCATATAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAA 1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATATTAA * * * * * * * * * 15655805 TGTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGA-AATTTAAAAATAAATTTGCTTATCGAACCAGT 64 TTTATTAATA-TTTCAAAATTAA-AA-TAAGAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAAT * * * * * * * 15655869 TCAAATTGTTA-AAGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATTGTT-TGACCTTTTATTTTGCCG 126 TCAAATAGTTATAA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCA ** * * ** * * * 15655932 TAAAAATTTTTTTTTAGTTTTTACTAA-ATTATTCAGAAT-AAATAA-AATAAATTTATTAATAT 190 TAAAAAAATTATTCTA-TTCATAC-AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT * * * * * * * 15655994 TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCGAACCAATTCAAATAATTA 252 TTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACC-AATCAGTTCAAATAGTTA * * ** * * * 15656059 TCACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGT 311 TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT * * * ** * * * * 15656124 TTTTGTTCATATAAAATTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA---TGAAAATTAATA 376 TTCTATTCATACAATCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA * * * * * * * 15656186 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* 15658550 AATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTCTGACCATTTGTTTAGTCATC 129 AATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTATTTTGTCATA * * * * * * 15658613 AAATAATTGTTTTAGTTCATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACA-TTCA 192 AAAAAATTATTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC- * ** * * * * 15658677 AAAAATTAATAAACATAAGATTTGAAAAAATAAATCCGTTTACCAAACAAATTCATATAGTTATG 255 AAAAATTAAT--A-A-GAGATTT--AAAAATAAATCTATTTACCAATC-AGTTCAAATAGTTATA * * * * * * * 15658742 ATTTTTTAAACAATTATCTATTT-AAACTCGTTATGAACTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTT 313 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT * * ** * * * 15658806 TCAATTTATA-AA-AATATCTCCAAAATAAAATAATACTACTTTGTTAATATT-TCAAAAATTAA 377 TCTATTCATACAATCTTAT-T-CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAA * * * * * * 15658868 TAAGTAAGAGATTTAAAAAACAAAATTAGTTTGTCGAATAAGTTCAAATAGTTATGGCCT-TTTG 439 TAA-TAAG-GATTTAAAAAA-TAAATCAGTTTCTTGAACAA-TTCAAATAGTTAT-GACTATTTG * * * * * * * * * 15658932 TACAATTGTCTTTTTCAATTTGTTATTACC--TT-TTTTGTAATAAAATAATTGTTTTTCA-TCA 499 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCA 15658993 TACAAGCTTATTTGAAATAAAAT 563 TACAAGCTTATTTGAAATAAAAT 15659016 TGTTATTACC Statistics Matches: 52723, Mismatches: 12784, Indels: 10622 0.69 0.17 0.14 Matches are distributed among these distances: 825 2 0.00 826 4 0.00 827 14 0.00 828 15 0.00 829 12 0.00 830 18 0.00 831 25 0.00 832 21 0.00 833 163 0.00 834 74 0.00 835 58 0.00 836 29 0.00 837 11 0.00 838 24 0.00 839 59 0.00 840 22 0.00 841 8 0.00 842 6 0.00 843 37 0.00 844 16 0.00 845 109 0.00 846 97 0.00 847 78 0.00 848 83 0.00 849 76 0.00 850 32 0.00 851 24 0.00 852 34 0.00 853 85 0.00 854 25 0.00 855 8 0.00 856 85 0.00 857 81 0.00 858 150 0.00 859 233 0.00 860 82 0.00 861 109 0.00 862 91 0.00 863 377 0.01 864 402 0.01 865 476 0.01 866 537 0.01 867 273 0.01 868 259 0.00 869 596 0.01 870 764 0.01 871 462 0.01 872 292 0.01 873 426 0.01 874 717 0.01 875 614 0.01 876 457 0.01 877 440 0.01 878 545 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Indices: 15592446--15592497 Score: 65 Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 19 15592436 ACTGAATAAG 15592446 TTCAAATAATTATGACTA- 1 TTCAAATAATTATGACTAT * 15592464 TTCGAATAATTAT--CTAT 1 TTCAAATAATTATGACTAT * 15592481 TTCAAATTATTATGACT 1 TTCAAATAATTATGACT 15592498 TTTTGTTTCA Statistics Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 5 0.78 0.08 0.14 Matches are distributed among these distances: 16 3 0.11 17 11 0.39 18 12 0.43 19 2 0.07 ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.06, T:0.44 Consensus pattern (19 bp): TTCAAATAATTATGACTAT Found at i:15594461 original size:16 final size:16 Alignment explanation

Indices: 15594440--15594495 Score: 51 Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 16 15594430 ATAGTCATAA 15594440 CTATTTGAATAATTAT 1 CTATTTGAATAATTAT * * * 15594456 CTATTTCAAATCCCA-TAA 1 CTATTT-GAAT--AATTAT 15594474 CTATTTGAATAATTAT 1 CTATTTGAATAATTAT 15594490 CTATTT 1 CTATTT 15594496 CAAATTATTA Statistics Matches: 30, Mismatches: 6, Indels: 8 0.68 0.14 0.18 Matches are distributed among these distances: 15 1 0.03 16 14 0.47 17 6 0.20 18 8 0.27 19 1 0.03 ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.04, T:0.46 Consensus pattern (16 bp): CTATTTGAATAATTAT Found at i:15594475 original size:34 final size:34 Alignment explanation

Indices: 15594435--15594500 Score: 132 Period size: 34 Copynumber: 1.9 Consensus size: 34 15594425 TTCAAATAGT 15594435 CATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCC 1 CATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCC 15594469 CATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT 1 CATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT 15594501 TATTATGACC Statistics Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 34 32 1.00 ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.03, T:0.42 Consensus pattern (34 bp): CATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCC Found at i:15595046 original size:181 final size:179 Alignment explanation

Indices: 15594624--15597516 Score: 1996 Period size: 181 Copynumber: 16.1 Consensus size: 179 15594614 ATACGAACAA * * * * * *** * * 15594624 TTATGACGTTTTGTTGTGTCATAAAATAATTGTTTAGGTTCATACAAACTTATTTC-GAATAAAA 1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAA * * * * * * * 15594688 TAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTC 65 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC * * * 15594752 TAAACATGTTCAACTAGTTATGACTATTTGAA-AATTATCTATGTCAAATAG 129 T-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAG * * * * * 15594803 TTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATACAAGCGTATTCGAAATAAAAT 1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT * * * * 15594868 AATACTATTTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATTTATTTACT 66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACT * * * * * * * 15594933 AAGCAAGTTCATATCGTTATGATTGTTTGAATATTTATTTATTTCAAATAG 130 AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAG * ** * 15594984 TTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAGTAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT 1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT * * * * * 15595049 AATACTATTTTATTAATATTAT-GAAAATTAATATGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT 66 AATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA- ** * * * 15595113 CGCATAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTA- 128 CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA--TAG * * * * * * * ** * * 15595165 TTATAACTTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTATTTATGTTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAAT 1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT * * * * * 15595230 AGTACTAATATATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACCA 66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTA * * * * * 15595292 AAATAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTCTCTATCTCAAATTG 131 ACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAG * * * * * * * * 15595342 TTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGTTTATTCGAATTAAAAT 1 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AATACTACTTTTTTGACATTTCAAAAA-TCATAAGCAAGGGATTTAAAAACTAAAGTTGTTTTCC 66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTG-TTTAC * * * * * ** 15595833 AAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAAATATCAACATCAAATCA- 129 TAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AG * * * * *** 15595884 TTATGA--TTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTATT-ATATAAGCTTATT-TGGATAAAAA 1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAA * * * * * 15595945 TAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTC 65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-AC * * * * * 15596007 GAATCAA-TTCAAATATATTAAGA-TAATTAT-AATAATTATCTATTTCAAATTG 129 TAA-CAAGTTCAAATA-GTTATGACT-ATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATAG * * * * * * * * * * 15596059 CTCTGAGCTTTTG-TTTAGTCATACAATAATTGTTTCAATTCAAACAAGCTTATTTAGAATAAAA 1 TTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA * * * * 15596123 TAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAATATAAATTTGTTT 65 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Indices: 15594627--15603510 Score: 2297 Period size: 717 Copynumber: 12.4 Consensus size: 712 15594617 CGAACAATTA * * * * ** * * * 15594627 TGACGTTTTGTTGTGTCATAAAATAATTGTTT-AGGTTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATAA 1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCA-ACTCAAACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA * * * * * 15594691 AA-TAAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAA-AAATTTTAAAA-ATAAATCTATTTTC 65 AACT-AATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAATATAAATTTATTTAC * * * * * * * * * 15594752 TAAACATGTTCAACTAGTTATGACTATTTGAA-AATTATCTATGTCAAAT-AGTTACGACCT-TT 128 CAAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA-TTATGA-CTATT * * * * * * * * * * * 15594814 TGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTA-TTCATACAAGCGTATTCGAAATAAAATAATACTATTT 191 T-TTCTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCAAAAAATCTTA-TCCAAAGAAAATAATACTAATT * * * * * * 15594878 TATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAAATAAATTTA-TTTACTAAGCAAGT 253 TATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAA-TTAGCTTACCAAACCAGT * ** *** * * * 15594941 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* * * ** * * ** * * 15595724 ATAAAAAAATT-ATTT-CAATTCATAAAAATTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTTTTGACA 375 -T-AAACAATTGTTTTGCAA--CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA * * ** * ** * * * 15595787 TTTCAA-AAATCATAAGCAAGGGATTTAAAAACTAA-AGTTGTTTTCCAAACTAGTTCAAATAGT 436 TTTCAAGAATTAATAAG-AA---A-TTAAAAAAAAATACTTGAATACCAAACCAATTCAAATAGT * * * * * ** * * * 15595850 TATGAATATTTGAACAAATATCAACATCAAA-TCA-TTATGA--TTTTGTTTTCTCATAAAACAA 496 TAAGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAACT-AGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA * 15595911 TTGTTTTTATT-ATATAAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T 560 TTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATT * * * 15595974 --TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCGAATCAATTCAAATATATTAAGATAATTAT 625 AATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCAATTCAAATA-GTTAAGAT-A-TAT * 15596037 -AATAATTATCTATTTCAAATTGCTC 687 GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTC * * * * * * * 15596062 TGAGCTTTTGTTTAGTCATACAATAATTGTTTCAATTCAAACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT 1 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15596517 GATTAAAAAAATATACTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT 454 AATTAAAAAAAAATACTTGAATACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCT * * * * * 15596582 ATTTTAAATTAGTTATAACCTCTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTAT 519 ATTTTAAACTAGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTAT * * * 15596647 TTAGAATAAAAAAAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT 584 TT-GGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAAT * * * * * 15596712 AAATCCATTTTTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGT 647 AAATCTATTTATCGAATCAATTCAAATAGTTAAGA-TATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGT * 15596777 TA 711 TC * * * 15596779 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCACCTCATACAAGCTTTATTTAGAATAGAATAA 1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCAAACAAGC-TTATTTAGAATAAAATAA * * * 15596844 AACTAATTT-TTAATATTTC-AAAAATTTATAAGTAAGAGATTT-AGAAA-AT-AATTATATTTA 65 AACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGA-AAATATAAATT-TATTTA * * * 15596904 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* * ** * 15598450 ATTAATATTTAAAAAATTAATAAG----AGAGTTAAAAGATAAA-TATTTTTATCAAACCAGTTC 254 ATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTA-GCTTACCAAACCAGTTC ** * * * * * * * 15598510 AAATTGTTAT-GACTATTTGAGCAATTCTTTATTTGAAGTCA-TTTTGACCTTTTG-TTCTATTA 318 AAATAATTATAG-CCATTTGA-CAA---TATATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTC-A-TC * * * * * * * 15598572 TAAAACAATAG-TTT-CTATTCATACAAGCTTATTCGAATTTAAATAATACTAATTTATTATTAT 375 T-AAACAATTGTTTTGC-A-ACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT ** * * * ** * * * 15598635 TTTGACAATTAATAAGTAAA--AAATTTTAAAAATGAATATGTTTACCGAACTAAATCAAATAGT 437 TTCAAGAATTAATAAG-AAATTAAA---AAAAAAT-ACT-TGAATACCAAACCAATTCAAATAGT * * * * * * * * * 15598698 CATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAT 496 TAAGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAACTAGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT * ** * * * * * * 15598761 TATTTCAATTCATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAATTT 561 TGTTTTTATTCATATAAGCTTATTTGGATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATT * * * ** * 15598825 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AGTTCAAATAATTATAG-CCATTTG-AC-A--ATATATTTCAAATAGTTATAACCTTTTG-T-T- * * * * * * * * * 15600740 TCAT-AAAATAATT-ATTT-CTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAGTTCTAATGTAATA 370 TCATCTAAACAATTGTTTTGC-A-ACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATA * * * * 15600802 ATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATTTATTTG--T--CAAACCAATTG 433 ATATTTC-AAGAA-T--TAA-TAAGA-AATTAAAAAA-AAA--TACTTGAATACCAAACCAATTC * * * * * * * * * 15600862 AAATAGTTATA-ACTATATGAATAATTCTTTGTTTTAAA-TTGTTATGACATTTTGTTTTGTCGT 489 AAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAACTAGTTATAACCTTTTGTTTTATCAT * * * * * * 15600925 AAAACAATT-TTTTCAATTCTTAGTAA-CTTAATCAT-AATAAAACA-AA-ACAAATTTATTAAT 553 AAAACAATTGTTTT-TATTCATA-TAAGCTT-AT-TTGGATAAAA-ATAATACTAATTTAATAAT * ** * * * * 15600985 ATT-TCAAAAATGAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-ACTTCTGTTT-GCTGAACCAGTTCAAATA 613 ATTCT-AAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAATCAATTCAAATA * * * * * ** * 15601047 ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTA 675 GTTAAGA-TATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTC * * * * *** * * * * * 15601086 TTACCTCTTATTTTGTCATAAAACAAATGATTT-TGTTCATATAGGTTTATTTGGAATAAAATAA 1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTCAACTCAAACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA * * *** * * * * * 15601150 TATTAATTTATTAACATTTTGAAAATTAAGAAGTAAAAGATTT-AAAATATAAATTTGTTTACTA 65 AACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAATATAAATTTATTTACCA * * * * * * * * * * ** * * 15601214 AACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTAAACAAATATTTACTTCACATTGTAATGACCATTTGAT 130 AACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTATTT--T * * * * * *** * ** * 15601279 T-TGTCATAAAAGAATTGTTTCTA-TTTATACAATCTTATTTGGAATAAAGCAATGCTAATTTAT 193 TCTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCAAAAAATCTTA-TCCAAAGAAAATAATACTAATTTAT * ** * * * * ** * * 15601342 TACTATTCT-AAAAATTAATAAGTAACGGA-TTCAAAAATGAATTTG-TTGGCCTGAGCAGTGCA 256 TAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAGCTT-ACCAAACCAGTTCA * **** * * * * * 15601404 AATAGTTATAATTGTTTGAAAAATTATCTATTCCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCACAA 319 AATAATTATAGCCATTTG-ACAA-TA--TATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTCAT--CTA * * * * * * * 15601468 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* * * * 15601873 AGTAATTTATTAAGATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGA-TT-AAAA-A-AAATCTGTTTACCGA 66 ACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAATATAAATTTATTTACCAA * * * * * * * * * 15601934 ATAAGTTTAAATAGAT-TTAACTATTTAAACAATAATATATTTAAAGTCGTTATGACCATCTGTT 131 ACAAGTTCAAATA-ATCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTAT-T-TT * * * * * * * * 15601998 T-TGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAGAAA-CTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTAC 193 TCTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCA-AAAAATCTTATC-CAAAGAAAATAATACTAATTTAT ** * * * ** * ** * 15602061 TAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAGGCT-GTTTTTCAAACCAATTCAA 256 TAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA-ATTAGCTTACCAAACCAGTTCAA * ** * * *** 15602125 ATAGTTAT-GATTATTTGAACAAATATCAATCTAAAATA-TATAGTTATGTTCTTTGTTTTC-TC 320 ATAATTATAG-CCATTTG-AC-AATAT--ATTTCAAATAGT-TA--TAACCT-TTTG-TTTCATC * ** * * * * 15602187 ATAAAACACTT-TTTTTTATCATACAAGCTTTTTC-AGATAAAAATAATA-T--TCTAA-AA-A- 375 -T-AAACAATTGTTTTGCAACATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATAT * ** ** ** * * * 15602244 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Found at i:15604146 original size:180 final size:180 Alignment explanation

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Indices: 15606243--15606534 Score: 320 Period size: 143 Copynumber: 2.0 Consensus size: 143 15606233 CCTATTTGAA * * * * * * * 15606243 ATAAAATAATATTAATTTATTTATATTTTGAAAATTAATTAGTATGAGATTTAAAAAATAAATCT 1 ATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT * * * * * 15606308 ATTTAGCAAACGGGTTCAAATAATTATGACTATTTA-AACAATTATATATTTCAAATCGTTATAA 66 ATTTAGCAAACGAGCTCAAATAATTAAGACTA-TAAGAACAATTATATATTTAAAATCGTTATAA * 15606372 CCTATTGTTTTGTC 130 CCTATTATTTTGTC * * * 15606386 ATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAATTAAGATATTTAAAAAATAAATTT 1 ATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT * * * * * * 15606451 GTTT-GCTAAA-GTAGCTCAAATAGTTAAGGCTATAAGAATAATTATTTATTTAAAATTGTTATA 66 ATTTAGC-AAACG-AGCTCAAATAATTAAGACTATAAGAACAATTATATATTTAAAATCGTTATA * 15606514 ACCTTTTATTTTGTC 129 ACCTATTATTTTGTC * 15606529 GTAAAA 1 ATAAAA 15606535 CAAATGTTTT Statistics Matches: 122, Mismatches: 24, Indels: 6 0.80 0.16 0.04 Matches are distributed among these distances: 142 5 0.04 143 117 0.96 ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.09, T:0.41 Consensus pattern (143 bp): ATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT ATTTAGCAAACGAGCTCAAATAATTAAGACTATAAGAACAATTATATATTTAAAATCGTTATAAC CTATTATTTTGTC Found at i:15606705 original size:177 final size:176 Alignment explanation

Indices: 15606486--15607093 Score: 562 Period size: 181 Copynumber: 3.4 Consensus size: 176 15606476 AAGGCTATAA * * * * * * 15606486 GAATAATTATTTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCA 1 GAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCA * * * 15606551 TATATGTTTGTTCGAAACAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATT-AT-TAAGAGATT 66 TACA-GTTTATTCGAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATATAAGAGATT * * 15606614 TAAAATATAAATATGTTTACCAAACCAATTTAATTAGTTAT-ATTAATTT 129 TAAAA-ATGAATATGTTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATAATT-ATTT * * * * * * 15606663 GAATAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTGA 1 GAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCA * * * * * * 15606728 TACAGTCTTATTTGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAACAAA 66 TACAGT-TTATTCGAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A-TAAGAGA * * ** * ** 15606793 TTTAAAAAATGAATCTGATGGCCTAACCAATGCAAATAGTTATAACTT-TTT 127 TTT-AAAAATGAATATGTTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATAA-TTATTT * * * * 15606844 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCA 1 GAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCA * * ** * * 15606909 TACAAGCTTATTCAAAATAGCATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGA 66 TAC-AGTTTATTCGAAATAAAATAATT-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A-TAAGAGA * *** * * 15606974 TTTTAAAAGTGAATATGTTTATTGAA-CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTT 127 -TTTAAAAATGAATATGTTTACCAAACCAA-TTTAAATAGTTATAATTATTT * * * * * 15607025 GAATAATTACCTATTTTAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATGTTTTCTATCC 1 GAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG-TTTCTATTC 15607089 ATACA 65 ATACA 15607094 AGCTTACTTC Statistics Matches: 348, Mismatches: 69, Indels: 25 0.79 0.16 0.06 Matches are distributed among these distances: 176 2 0.01 177 96 0.28 178 2 0.01 180 8 0.02 181 228 0.66 182 10 0.03 183 2 0.01 ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.42 Consensus pattern (176 bp): GAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCA TACAGTTTATTCGAAATAAAATAATTTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATATAAGAGATTTA AAAATGAATATGTTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATAATTATTT Found at i:15607163 original size:362 final size:358 Alignment explanation

Indices: 15606486--15607164 Score: 778 Period size: 362 Copynumber: 1.9 Consensus size: 358 15606476 AAGGCTATAA * ** ** * * 15606486 GAATAATTATTTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCA 1 GAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCACAAAACAAATGTTTCTATTCA * * * * * * 15606551 TATATGTTTGTTCGAAACAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTATTAAGAGATTTA 66 TACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGAGATTTA * * ** 15606616 AAATATAAATATGTTTACCAAACCAATTTAATTAGTTATATTAATTTGAATAATTATTTATTTAA 131 AAATATAAATATGTTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATACTAATTTGAATAATTACCTATTTAA * * ** * * 15606681 AATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTGATACAGTCTTATTTGAAAT 196 AATCGCTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATCCATACAGTCTTACTTCAAAT * * * * * * 15606746 AAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATGAATCTGA 261 AAAGTAATACAAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATAAATAACAAATCTAAAAAATGAATCTGA 15606811 TGGCCTAACCAATGCAAATAGTTATAACTTTTT 326 TGGCCTAACCAATGCAAATAGTTATAACTTTTT * * * 15606844 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCA 1 GAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCACAAAACAAATGTTTCTATTCA * ** * 15606909 TACAAGCTTATTCAAAATAGCATAAT-TCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGG 66 TACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AT---TAAGAG * * *** 15606973 ATTTTAAAA-GTGAATATGTTTATTGAA-CAAGTTTAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTAC 126 A-TTTAAAATATAAATATGTTTACCAAACCAA-TTTAAATAGTTAT-ACTAATTTGAATAATTAC * * * * 15607035 CTATTTTAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TGTTTTCTATCCATACAAG-CT 188 CTATTTAAAATCGCTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAATCCATAC-AGTCT * * * 15607098 TACTTCCATTAAAGTAATACAAATTTAATAATATTTAGACAATTAATAAATAA-AAGATCTAAAA 251 TACTTCAAATAAAGTAATACAAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATAAATAACAA-ATCTAAAA 15607162 AAT 315 AAT 15607165 AACTATGTTT Statistics Matches: 262, Mismatches: 48, Indels: 18 0.80 0.15 0.05 Matches are distributed among these distances: 357 1 0.00 358 96 0.37 359 2 0.01 361 7 0.03 362 145 0.55 363 11 0.04 ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41 Consensus pattern (358 bp): GAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCACAAAACAAATGTTTCTATTCA TACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGAGATTTA AAATATAAATATGTTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATACTAATTTGAATAATTACCTATTTAA AATCGCTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATCCATACAGTCTTACTTCAAAT AAAGTAATACAAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATAAATAACAAATCTAAAAAATGAATCTGA TGGCCTAACCAATGCAAATAGTTATAACTTTTT Found at i:15607174 original size:181 final size:180 Alignment explanation

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Indices: 15607056--15607340 Score: 331 Period size: 146 Copynumber: 2.0 Consensus size: 146 15607046 CGCTATAACC * * * 15607056 TTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TGTTTTCTATCCATACAAGCTTACTTC-CATTAAAGTAATACA 1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATCCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACA * * * * 15607119 AATTTAATAATATTTAGACAATTAATAAATAAAAGATCTAAAAAATAACTATGTTTACCGAATAA 64 AATTTAATAACATTTAGACAATTAATAAATAAAAGATCTAAAAAAGAAATATGTTTACCGAACAA 15607184 ATTCAAATAGTTATGACT 129 ATTCAAATAGTTATGACT * * * * * ** 15607202 TTTTGTTTTGTCATGAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCAAATTAAAATAATATTAA 1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATCCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACAAA * * * * * * * * 15607267 TTTATTAACATTTCGACAATTCATAAGTAAAAGATTTTAAAAAGAAATATGTTTACTGAACAAGT 66 TTTAATAACATTTAGACAATTAATAAATAAAAGATCTAAAAAAGAAATATGTTTACCGAACAAAT * 15607332 TTAAATAGT 131 TCAAATAGT 15607341 CATAACTATA Statistics Matches: 114, Mismatches: 23, Indels: 4 0.81 0.16 0.03 Matches are distributed among these distances: 145 3 0.03 146 105 0.92 147 6 0.05 ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40 Consensus pattern (146 bp): TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATCCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACAAA TTTAATAACATTTAGACAATTAATAAATAAAAGATCTAAAAAAGAAATATGTTTACCGAACAAAT TCAAATAGTTATGACT Found at i:15607511 original size:181 final size:180 Alignment explanation

Indices: 15607185--15612981 Score: 4187 Period size: 181 Copynumber: 32.3 Consensus size: 180 15607175 ACCGAATAAA * * * * * 15607185 TTCAAAT-AGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTA-TT 1 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTT * * * * * * * * * 15607248 CAAATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCGACAATTCATAAGTAAAAGATTTTAAAAAGAA 65 GAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA * * * * * * 15607313 ATATGTTTACT-GAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATATGAATAATTATCTAT 128 ATCTGTTTA-TAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT * * * * 15607366 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATATTAGTTCATATAGGCTTATTTG 1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTG * 15607431 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT 66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT * * * 15607496 TTATTTATAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTT-AACAATTTTCTAT 130 CTGTTTATAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTAT * ** * * 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CAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAGATTAATAAGTATA-A-ATTTAAAAATTA 65 GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATA * * * * * 15612702 AATATGTTT-TCTGAACACGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATAT 127 AATCTGTTTAT-AGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT *** * * * 15612756 TTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAACCAATTGTTTCT-GTTCATAAAAGCTTATTT 1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTT * * * * * * 15612820 GGAATAAAATAATACTAATTTAGTAAAATTTCAAAATTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAA 65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA * * * ** * 15612885 TCTATTTACT-GAGCGAGTTCAAATAGTTATGACCCTTTGAACAATTATTTAT 129 TCTGTTTA-TAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT * * 15612937 TTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATT-TTTTA 1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA 15612982 CAATCATACT Statistics Matches: 4456, Mismatches: 942, Indels: 437 0.76 0.16 0.07 Matches are distributed among these distances: 171 1 0.00 172 74 0.02 173 33 0.01 174 30 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Indices: 15606503--15607841 Score: 1635 Period size: 689 Copynumber: 1.9 Consensus size: 685 15606493 TATTTATTTA * * * * 15606503 AAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATATGTTTGTTCGAAA 1 AAATAGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAA * * * * 15606568 CAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTATTAAGAGATTTAAAATATAAATATGTTTA 66 CAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAAAAATTATTAAAAGATTTAAAATAGAAATATGTTTA * * * * * * 15606633 CCAAACCAATTTAATTAGTTATATTAATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCATTT 131 CCAAACCAATTTAAATAGTCATACTAATATGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTT * * * * * 15606698 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTGATACAGTCTTATTTGAAATAAAGTAATGCTAATTTA 196 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA * * * * * 15606763 TTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATGAATCTGATGGCCTAACCAATGCAA 261 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATAAATCTGATGGCATAAACAATGCAA * * * * 15606828 ATAGTTATAACT-TTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAA 326 ATAGTTATAACTATCTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTATCACAAA ** * * * * 15606892 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAGCATAATTCT-AATTTATTAATATTTCA 390 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAAAAAATATGAATTTATTAATATTCCA * * * * * 15606955 AAAATTAATAAGTAAGGGATTTT-AAAAGTGAATATGTTTAT-TGAACAAGTTTAAATAGTTATG 454 AAAATTAATAAGTAA--AATTTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACAAGTTCAAATAGTAATG * * * * * 15607018 ACTATTTGAATAATTACCTATTTTAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TGTTT 516 ACTATTGGAATAATTACCTATTTCAAATCACTATAACATTTTATTTTGTCATAAAATAATTG-TT * * * 15607082 TCTATCCATACAAGCTTACTTCCATTAAAGTAATACAAATTTAATAATATTT-AGACAATTAATA 580 TCTATCCATACAAGCTTACTTCAAATAAAGTAATACAAATTTAATAATATTTCA-AAAATTAATA 15607146 AATAAAAGATCTAAAAAATAACTATGTTTACCGAATAAATTC 644 AATAAAAGATCTAAAAAATAACTATGTTTACCGAATAAATTC * * * * * 15607188 AAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTC-AAA 1 AAATAGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAA * * * 15607252 TTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCGACAATTCATAAGTAAAAGATTTTAAAA-AGAAATA 66 -CAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAAAAATT-AT---TAAAAGA-TTTAAAATAGAAATA ** * 15607316 TGTTTACTGAA-CAAGTTTAAATAGTCATAACT-ATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT 125 TGTTTACCAAACCAA-TTTAAATAGTCAT-ACTAATATGAATAATTATCTATTTAAAATCATTAT * * * 15607379 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATATT-AGTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAAT 188 GACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT-TTCAATTCATACAGGCTTATTTGAAATAAAATAAT * * * * ** 15607443 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTAT-TTATAG 252 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATAAATCTGATGGCATA- * * * * * * 15607506 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTTAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTT 316 AACAA-TGCAAATAGTTATAACTATCTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTT * * 15607571 TTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAAAAATATGAATTTATT 380 TTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAAAAATATGAATTTATT * 15607636 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATA 445 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAATA ** * * 15607701 GTAATGACTATTGGAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATAATATTTTATTTTGTCATAAAATAA 510 GTAATGACTATTGGAATAATTACCTATTTCAAATCACTATAACATTTTATTTTGTCATAAAATAA * * * * * * 15607766 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAATTAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATT 575 TTGTTTCTATCCATACAAGCTTACTTCAAATAAAGTAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATT * 15607831 AATAAGTAAAA 640 AATAAATAAAA 15607842 TTTTTAAAAA Statistics Matches: 549, Mismatches: 87, Indels: 32 0.82 0.13 0.05 Matches are distributed among these distances: 684 3 0.01 685 82 0.15 686 2 0.00 687 2 0.00 688 16 0.03 689 393 0.72 690 51 0.09 ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41 Consensus pattern (685 bp): AAATAGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAA CAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCAAAAATTATTAAAAGATTTAAAATAGAAATATGTTTA CCAAACCAATTTAAATAGTCATACTAATATGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTT GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATAAATCTGATGGCATAAACAATGCAA ATAGTTATAACTATCTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTATCACAAAA CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAAAAATATGAATTTATTAATATTCCAAA AATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTAATGACTAT TGGAATAATTACCTATTTCAAATCACTATAACATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATC CATACAAGCTTACTTCAAATAAAGTAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAA GATCTAAAAAATAACTATGTTTACCGAATAAATTC Found at i:15607521 original size:327 final size:327 Alignment explanation

Indices: 15606858--15607528 Score: 787 Period size: 327 Copynumber: 2.1 Consensus size: 327 15606848 AATTATCTAT * * 15606858 TTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC 1 TTCAAAT-AGTTATGACTTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC ** * ** * 15606922 AAAATAGCATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTTAAAAGTGAA 65 AAAATAAAATAATTCTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAGTAAA * * * * * * 15606987 TATGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTTAAATCGCTAT 130 TATGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATATGAATAATTACCTATTTCAAATCACTAT * * * * * 15607052 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATGTTTTCTATCCATACAAGCTTACTTCCATTAAAGTAATA 195 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATGTTATCTATCCATACAAGCTTACTTCAAATAAAATAATA * * * * * 15607117 CAAATTTAATAATATTTAGACAATTAATAAATAAAAGATCTAAAAAATAACTATGTTTACCGAAT 260 CAAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATAAATAAAAGATCTAAAAAATAAATATATTTACAGAAC 15607182 AAA 325 AAA ** * * * * 15607185 TTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCA 1 TTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA * * * * 15607250 AATTAAAATAATAT-TAATTTATTAACATTTCGACAATTCATAAGTAAAAGATTTTAAAAAG-AA 66 AAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTT-AAAAGTAA * * 15607313 ATATGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA 129 ATATGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATATGAATAATTACCTATTTCAAATCACTA * * * * * * 15607378 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TATAT-TAGTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATA 194 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATGT-TATCTA-TCCATACAAGCTTACTTCAAATAAAATA * * * * * * * * 15607441 ATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATA 257 ATACAAATTTAATAATATT-TAGAAAATTAATAAATAAAAGATCTAAAAAATAAATATATTTACA * 15607505 GAACAAG 321 GAACAAA 15607512 TTCAAATAGTTATGACT 1 TTCAAATAGTTATGACT 15607529 ATCTTAACAA Statistics Matches: 287, Mismatches: 51, Indels: 12 0.82 0.15 0.03 Matches are distributed among these distances: 326 4 0.01 327 275 0.96 328 8 0.03 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40 Consensus pattern (327 bp): TTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA AAATAAAATAATTCTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAGTAAAT ATGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATATGAATAATTACCTATTTCAAATCACTATA ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATGTTATCTATCCATACAAGCTTACTTCAAATAAAATAATAC AAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATAAATAAAAGATCTAAAAAATAAATATATTTACAGAACA AA Found at i:15608240 original size:361 final size:361 Alignment explanation

Indices: 15607185--15626322 Score: 6697 Period size: 362 Copynumber: 52.9 Consensus size: 361 15607175 ACCGAATAAA * * * * * * 15607185 TTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTA-TTC 1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTG * * * * * * * 15607249 AAATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCGACAATTCATAAGTAAAAGATTTTAAAAAGAAA 66 AAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA * * * * * * * 15607314 TATGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT 130 TCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT * * * * * * 15607379 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATAT-TAGTTCATATAGGCTTATT-TGAAATAAAATAA 195 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATAA * * * ** 15607442 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATAGA 258 TACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA * * 15607507 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTT-AACAATTTTCTAT 322 ACAAGTTCAAATAGTTATAACTAT-TTGAACAATTATCTAT * ** * * * * * 15607547 TTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC 1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTG * * * 15607612 AAATAAAAAAAATA-TGAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-TTTTAAAAAATAA 66 AAAT-AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA * * * * * * 15607675 ATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTAATGACTATTGGAATAATT-TTCTATTTCAAATCATT 129 ATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT-TATTTCAAATCATT * ** * * * * * 15607739 ATAATATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTA-AATAAATTA 193 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCAGAATAAAATA * * 15607803 ATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTTAAAAATAAAATCTGTTTT 257 ATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT-AAATCTGTTTA ** * * * 15607865 TTGAA-AATGTTCAAATAGTTTTAAATATTCGAACAATTATCTAT 318 CCGAACAA-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT * * 15607909 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCATTTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTG 1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTG * * * 15607974 AAAT-AAATGATACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT 66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT * * * 15608038 CTGTTTACT-AAGGAAGTTCAAATAGTTATGCCTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTA 131 CTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTA * ** * * * * * * 15608101 TGATCTTTAATTTTTTTATAAAACAATTGTTTCTATTTATGCAAGTTTGTTCAGAATAAAATAAC 194 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAT * * 15608166 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA-AAGGTAGGAGATTTAAAGAATAAAT-TGATTTACCG 259 ACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTACCG * * * 15608229 AACAAGTTCAAATAGTCAT-GCTCATATGAACAATTATCTAT 321 AACAAGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAACAATTATCTAT * * * * * * ** ** 15608270 TTCAAATCA-TTATGACATTTTGTTTTATGATAAAACAATTGTTTCTATTCTTGGAAAATTATTT 1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTT * * ** * * 15608334 -AGAATAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGAATTAAAAACTAA 65 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA * * * * * * * 15608394 ATCTGTTTAAC-GAA-ATAGTTTAAATAGTTATTACCATTTGAACAAGTATCTATCTCAAATCTT 129 ATCTGTTT-ACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCAT * * * * * 15608457 TATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCAAACAAGGTTT-TTCAGATTAAAAT 192 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GTTTATTCAGAATAAAAT * * * * * *** 15608520 AATACTAATTTAATAATATTCCATAAATTAAT-AG---GAGATTT-AAAAGTAAATGTGTTTGTT 256 AATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC ** * * 15608580 GAACCTGTTCAAATATTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTAT 320 GAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTAT * * * 15608622 TTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAACTAT-TTTA-GTTCATACAAGCTTATT 1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTATGTTCATACAAGCTTATT * * * * 15608685 TG-GATAAAAATAATGCTAATTTAATAATA-TTCTAAAAA-T--T-AGTGAAAGATTTTAAAAAA 64 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* *** ** * 15611851 TTCAAATCA-TTATGAACTTTTGTTTTATCGTAAAAAAATCACTTCGGTTCATATAAGCTTATTT 1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTT * ** * * * 15611915 GAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAA 65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA * * * * * * 15611980 TCTATTTAATGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTT-TTTGAAATCACTA 130 TCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TTATTTCAAATCATTA * * * * * * * * ** 15612044 TAATCTTTTGTTCTG-CTGTAAAATGATATT-TTTCTATTTATACAAGCTAATTTTTGAATAAAA 194 TGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAA-CA-ATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCAGAATAAAA * * * * 15612107 TAATA-TAAATTTATTAATA-TTAAGCCAATTAATAAGTAAAAGATCTAAAAACTAAATCTGTTT 255 TAATACT-AATTTATTAATATTTAA--AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT * * ** * * * 15612170 ACCGAACAATTTCAATTCTTTATGACTATTTGAATAATTATTTAT 317 ACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT * * * * * * * 15612215 TTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTA-TTC 1 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** * *** *** * * * * * 15620198 TTCAAA-AATTGA-GA-AGTTAGAGAT-T--TAAAA-AATAAATCAT-TTTATA-AA-ATCAGTT 1 TTCAAATAGTT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTT * * * * * * * * *** * 15620253 CAAAT--AATTATGGC-CATTTGAGCAATTATCTATTTC-AAATTGTTATGAACT-TTTGTTTTG 65 GAAATAAAATAAT-ACTAATTT-----ATTA-ATATTTCAAAAAT-TAAT-AAGTAAAAG--AT- * * * * * * * * ** 15620313 TTATAAAATAATTAT-TTTTCATCATACTAA-TTTATTAATA-TTTTAAAAATTAATAAGTAGGA 118 TTAAAAAATAAATCTGTTTAC-TGA-AC-AAGTTCA--AATAGTTATGACTATT--T--G-A--A * ** ** * * * ** 15620375 GAATTA-AAAAAT-AAAT-ATGCTTTGCAAACTAATTTAAATAGTTATT-ACTATTTAATAATTA 171 CAATTATTTATTTCAAATCAT--TATG---AC--CTTT---T-GTT-TTGTC-A-T-AA-AACAA * * * *** * * * 15620436 TATATTTCAAATTGTTATAGCCTTTTTGTTTC-GTCATAAAACAAT--T-ATTTATGT--TCA-- 220 T-TGTTTC-TA-T-TCATA-CAAGTTT-ATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAT-TAAT-ATT ** * * * * ** * * ** 15620493 TACAAGCTTAATCAAAATAAAATAATACTAATCCAATAATATTATGAAAATTA-ATAACTAAGAG 276 TA-AAAATTAAT--AAGTAAGA-GAT-TTAA-AAAATAA-A-TCTG---TTTACCGAAC--A-AG * ** * * * * 15620557 ATTTAAA-AAATA-AATTTGTTTG-CCAA--ATC-AA 327 -TTCAAATAGTTATAA-CTATTTGAACAATTATCTAT * * * ** * * 15620588 TTCAAATAGTTAAG-GCTATATGAATAACTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TG- 1 TTCAAATAGTTATGACCT-TTTG--T-TTTGTC-A--T-AAAAC---A--A----TTGTTTATGT * * * * ** ** * ** * * 15620650 TCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTCTGAATAAAATAATATAATTTATTAATAT 49 TCAT--A-C-AA-GCTTAT-TTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT--TTCA--AA-A- * * * ** * * 15620715 TTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACAAAACCAA-TTCAAATAGCTATAA 101 ATTAATAAGT-A-AA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA * * * * 15620778 CAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT 162 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC * * * ** * * 15620843 TATTGATAC-AGTTTTATTCAAAATAAAGTAATGTTAATTTATTTATATTCTAAAAATTAACAAG 227 TATTCATACAAG-TTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG * * * * * * * 15620907 TAACG-GATTTAAAAAATGAATCTATTGGT-CTG-ACCAGTGCAAATAGTTATAATTGTTTGAAC 290 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CCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT * * * * * * * * 15621339 TTCAAATCGCTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCTTAAAAGCTTATTCG 1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTG * * * * * 15621403 AATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAA-TTAAAGATTTTAAAAATAAAT 66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT * * * * * * * * * 15621467 ATGTTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTCATAACTACTTGAATAATTATCTATATCAAATCGTTATG 131 CTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG * * * ** * * * * 15621532 ACCTTTTGTTTCGTCATAAAATAATTGTATC-AGCCTATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATA 196 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATA * * ** * * * * 15621596 CTAA-TTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAATTATGAATCTATTTACTGAAT 260 CTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC * 15621660 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT 324 AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT * * * * 15621698 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTTTCTGCTCATACAAGCTTATTT 1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTT * * * * 15621762 CAAATAAAATAATA-TAAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-TTTTAAAGAATAA 65 GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA * * * * * * 15621825 A-CATGTTTTCTGAATACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTGCAAAT-AGT 129 ATC-TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-T * * * * ** * 15621888 TGTGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATA 192 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATA * * * * * 15621953 ATACAAATATATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACC- 257 ATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG * * * 15622013 AAAATAGTTCTAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT 321 AACA-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT * * * * * * * 15622055 CTT-AAATTGTTACGATCTTTTTTTTTTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTT 1 -TTCAAATAGTTATGA-C--CTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTT * * * * * * 15622119 ATTCGAATTAAAATTATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTT-AATAA 61 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA * * * * * * 15622179 -AAATGTGTTTACTGAACCAA-TTCAAATCGTTAAGACTATTAGAGCAATTATCTATTTCAAATC 126 TAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC * * * * * * * ** * 15622242 GTTCTAAGCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAA 190 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAGAATAAA * * * * * 15622306 ATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAGTTAATGAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAATATGTTT 254 ATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAA-TTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTT * 15622371 ACCGAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTAT 317 ACCGAACAAGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACAATTATCTAT ** * * * ** 15622416 TT-AAAGTCA-TTATGAAATTCTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATAAAAATTTAT 1 TTCAAA-T-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATACAAGCTTAT * * * * * * * 15622478 CTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGCAAGAGATTTAATAAGTA 63 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA * * * * * * ** ** * 15622543 AAGCTGGTTTTCT-AACAAGTTCAAATAATTATAATTATTTGAATAAACATCAATCTCAAATCAT 128 AATCT-GTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCAT ** * * * * * 15622607 TATGTTC-TTTGTTTTCTTATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATT-TGGATAAAAA 192 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATTCAGAAT-AAAA * * * * * * 15622669 TAATTCTAATTTAGTAATATTCTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAACAAATGTGTTTGC 255 TAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC * * * * 15622730 CGAACTAGTTTAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTAT 319 CGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTAT * * * * ** * * 15622773 TTCAAATTA-CTATGACTTTTTGTTTAGTCATATATTAATTGCTTCA-ATTCATACAAGCTTATT 1 TTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTATGTTCATACAAGCTTATT * * * * * 15622836 TGGAATAAAATAATACTAA-TTATTAACA-TTCGAAAAATTAATAAGCATGAA-ATTTGGAAAAA 64 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ATCTGCTTACCAAACCATTTCAAATAGATT-TAACTATTTGAATAATTATTTACTTCAAATCTTT 129 ATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATT * * * * * * * * 15623326 ATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTCATACTATTTTAATTGA-AATAAACA- 193 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTT-ATTCAGAATAAA-AT * * * * * * ** * 15623389 AATACTATTTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-AGCCAAAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATTG 256 AATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG--TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA ** * * * * 15623453 CTAAACCAGTACAAATAGTTA-AGACTATATGAACGATTATCTAT 318 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTAT * * * * 15623497 TTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTCGTAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTC 1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTG * * 15623560 AGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAA 66 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA * * * ** * * * * * * * 15623621 TTTGCTTAGC-AAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTT 130 TCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTA * * * * * 15623685 TGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAA 194 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAA * * * * 15623749 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATT-ATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCG 258 TACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCG * * * * 15623813 AACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTAC 321 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT * * * * * ** 15623854 TTAAAATCA-TTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTATTTCA-GTTAATACAAGCTTAGA 1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATACAAGCTTATT * * ** 15623917 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCCTAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATA 64 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATA * * * * * * * * 15623981 GATTTCTTTA-TCGAATC-AGTTAAAATAATTATGGCTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCA 128 AATCTGTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA * * * * * 15624044 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTCTTT-TTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA 191 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAA * * ** * * 15624108 TAATACTAATTGATTAATATTTTAAAAATTAAAAAGTAATTGATTTAAACAATAAATCTATTTAC 255 TAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC ** * * * * 15624173 AAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAACAAATATCAAT 319 CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT * * ** * * * * * * 15624216 CTCAAATTGTTAAAATC-TTTGTTTTGCCATAAAATAATTG-TT-TCTT-ATATAAGCTTATTCG 1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTG ** * * * * * * 15624277 -GTTAAAAATAATATTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATCTAAAAAAATAA 66 AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT-TTAAAAAATAA * ** ** * * 15624341 ATGTGTTTA-TCGAAGTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATT 129 ATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATT * * * * * * ** * 15624405 CTAACCTTTTGTTTGGTCATAAAA-TATGTGTTTATA-TCTTACAAGCCTATTCATAATAAAATA 193 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATA * * * * * * * 15624468 AT-CAAATTTATTAACATTCAAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATC 257 ATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACC ** * 15624532 GAACAAGTTCAAATAGTTA-GGCTATTTGAACAATTATTTAT 320 GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT * * * * * ** 15624573 TTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAA-AATTGTTTCA-ATTCATAAAAGCTTATCC 1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATACAAGCTTATTT * * * * ** * 15624636 AAAATAAAATAATA-TGAATTTCTTAGTATTTCAAAAATTAATAAGCAGGAG-TTTAAAAAAAAA 65 GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATA * * * * * * * * * * * * 15624699 AAT-TGTTTACTGAAAAAATTTAGATAGATACGACTATTTAAACAATTGTCTCTTTAAAATCGTT 128 AATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATT * * * * 15624763 ATGATCC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTT-TTCAAAATAAAATA 193 ATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATA * * * * * ** 15624826 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*** * * * 15625997 TTGAAATCA-CTATAACCTTTTGTTTTGTCATATATTGACTTATTCTA--TACATACAAGCTTAT 1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTT-TATGTTCATACAAGCTTAT * * * 15626059 TCTG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGATAATTAATAAGTAAAAAATTTAAATA 63 T-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA * * * * * 15626121 ATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAACTCGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATT 125 ATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC * * ** * ** * * ** * 15626186 GTTATGACTTTTTGTTTCATCATAAAATAATTGTTTCTGCTCATTCAAGCTTATTTGGATTAAAA 190 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAA * * * * * 15626251 TAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAC 255 TAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC 15626316 CGAACAA 319 CGAACAA 15626323 TTTATTAATA Statistics Matches: 13989, Mismatches: 3507, Indels: 2560 0.70 0.17 0.13 Matches are distributed among these distances: 332 30 0.00 333 65 0.00 334 2 0.00 336 4 0.00 337 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Indices: 15607185--15626307 Score: 7604 Period size: 361 Copynumber: 53.4 Consensus size: 356 15607175 ACCGAATAAA * * * * * * * * * 15607185 TTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTA-TTC 1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG * * * * * * 15607249 AAATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTCGACAATTCATAAGTAAAAGATTTTAAAAAGA-A 66 AAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAA-ATA * * * * * * 15607313 ATATGTTTACTGAA-CAAGTTTAAATAGTCATAACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATT 127 A-ATGTTTAATGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT * * * * 15607377 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATATT-AGTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAAT 190 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT * * 15607440 AATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA- 254 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC * * 15607503 TAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTT-AACAATTTTCTAT 314 T-GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAT-TTGAACAATTATCTAT 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*** ** * 15611851 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCGTAAAAAAATCACTTCGGTTCATATAAGCTTATTTG 1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG * * * 15611916 AAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAT 66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA- * * * * * * * 15611981 CTATTTAATGAA-CAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTGAAATCACTAT 128 ATGTTTAATGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT * * * * ** * * * 15612045 AATCTTTTGTTCTG-CTGTAAAATGA-TATTTTTCTATTTATACAAGCTAATTTTTG-AATAAAA 192 GACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTTTC-ATTCATACAAGCT--TATTTGAAATAAAA * * * 15612107 TAATA-TAAATTTATTAATA-TT-AAGCCAATTAATAAGTAAAAGATCTAAAAACTAAATCTGTT 253 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAA--AAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTT * * * ** * * * 15612169 TACCGAACAATTTCAATTCTTTATGACTATTTGAATAATTATTTAT 311 TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT * * * * * * 15612215 TTCAAATTGTTATGACTTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTA-TT 1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT * * * * 15612278 CAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATA 65 GAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA * * * * * * 15612342 AATAAGTTTATTGAA-CAAGTTTAAATAGTCATGAGTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCAT 127 AAT--GTTTAATGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT * * * * * * * * 15612406 TGTGACCATTTGCTTTGTAATAAAACAA-T-TCTTTCAGTT-GTATAAGCCTATTTGAAATAAAA 189 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA * * * * * 15612468 TAATACTAATATATTAATA-TTCTGAAAATTAATGAGTATGAGAATTAAAAAATTAATCTGTTTG 253 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA * * 15612532 TTGAACATGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT 313 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT * * ** * ** * ** * * 15612576 TTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAAAAATTGGATGTGGTCATGCAAGCTTATTTC 1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG * * * 15612641 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AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA- ** * * * ** * 15613042 TTGTTT-ACCAAACACTTTCAAATAGTCAT-ATCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCGTTA 129 -TGTTTAATGAACCA-ATTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA * * ** * * ** 15613105 TGACATTTTGTTTTGTCGTAAAATGATTGCTTCT-ATTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAATA 191 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATA * * * * * 15613168 ATACTAATTTATTAATATTTCACAAATTAATAAGGGATTTAAAAACTAACTTTGTTTA-TCGAAC 255 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAAC ** 15613232 TTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT 319 AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT * * * * * * 15613270 CTT-AAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGCTTCTATTCATTCAAGCTTATTT 1 -TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT * * * * * * * * 15613333 GGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAA 65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA * * * * * * * * * 15613398 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* * * * * * ** * * 15614174 ACAATTGT-T-TTTC--ATCATTCA--AGC--TTATTCTG-AATAAAATAA----TACTAATTTA 167 ACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCA * * *** * ** ** * * * * 15614226 T-GAATCTT-TCAAAAAT-TAATAAGTAAGAGATTTA--AA-AAAT-AAATATGT-TTATG-GAG 231 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-TACTA-ATTTATTAATATTTCAAAAAT-TAATAAGAGAT * * * ** * * 15614282 TTAGTACAAATATATGACT-ATT--TGAACAA-TTGTAA-ACTTGA-AA-TCATTAT-AAC-CTT 293 TTA--AAAAATAAAT--CTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTT-ATAACT-ATT-TGAACAATT * * 15614338 TTGTTAT 351 AT-CTAT * * * * ** * ** * * * * * * 15614345 GTCATAAAACAATTAT----TTTTG---T-TCATACAA-GTTTATTTGGAATAAAATAATACTAA 1 TTC--AAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTA * * * ** ** * * ** 15614401 TCT--AAT--AATATTTC-AA-AAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAA-ATTTTTTTGCCA 62 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAGA--GATTT---A * * * * * * * * 15614459 AACTAATTCAAATATTTAAAG-A-CTA-TAAGAACAATTAT--CTATTTCAA-ATCATTATGACC 120 AA--AAAT-AAATGTTTAATGAACCAATTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACA--ATTAT---C * *** * ** * ** * ** ** * 15614518 TTTTGTTTTATCATAAAAT-A-AGTTT-TTTTG-AATTCAACTAGCTT-TTTTGGAATAAAATAA 176 TATT-TCAAATCAT--TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-A-ATTGTTTT-TCAT-TCATAC * * * * * ** * * 15614578 AAGGAATT-TATT-AATATTTCAAA-AAT--TAA-TAAGTAAGAGATTT-AAAAAACAATTA-TG 234 AA-G-CTTAT-TTGAA-A--TAAAATAATACTAATTTA-TTA-ATATTTCAAAAATTAATAAGAG * * * * * ** * 15614635 TTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAA-TT-ATCTA-TT-TCAAATCATTAT 291 ATT---TAA--A----AAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTAT-AACT-ATT-T * * * * * 15614696 G-TC-CTTTTGTTT 343 GAACAATTATCTAT * ** 15614708 TGTCATAAAACAAT-TG--CTTTTGTTTTAT-AT-----AA--G------TT--T----G----T 1 T-TC--AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT * * 15614746 TTGAAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATA 63 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA * * * *** * * ** * 15614807 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Indices: 15612987--15613914 Score: 613 Period size: 181 Copynumber: 5.2 Consensus size: 179 15612977 TTTTACAATC * * * ** * * * *** 15612987 ATACTAGTTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA 1 ATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGACAAAGATCTAAAAAATAAA-GTGTTTATTG * * ** * * * 15613052 AAC-ACTTTCAAATAGTCAT-ATCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTG 65 AACTAGTTT-AAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTCTGACCTTTTG * * ** * ** * 15613115 TTTTGTCGTAAAATGATTGCTTCT-ATTCATACAAAATTATT-TAGAATAAAATA 128 TTTAGTCATAAAACAATTG-TTTTAATTCATA-AAAGCTATTCGA-AATAAAATA * * * * ** * 15613168 ATACTAATTTATTAATATTTC-ACAAATTAATAAG----GGATTTAAAAACTAACTTTGTTTATC 1 ATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGACAAAGATCTAAAAAATAA-AGTGTTTATT * * * * * * 15613228 GAACTTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATTGTTATGATC-TTTG 64 GAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATAGTTCTGACCTTTTG * * * ** * * * 15613291 TTTTGTCATAAAATAATTGCTTCT-ATTCATTCAAGCTTATTTGGAGTAAAATA 128 TTTAGTCATAAAACAATTG-TTTTAATTCATAAAAGC-TATTCGAAATAAAATA * * * * * * 15613344 TTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAAA-TAATAAGA-AAGAGATTTAAAAAATAAACGTGTTTAC 1 ATACTAATTTATTAATATTC-AAAAAATTAATAAGACAA-AGATCTAAAAAATAAA-GTGTTTAT * * * * * 15613407 TGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTCTTACCTTTTG 63 TGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTCTGACCTTTTG * * * * * 15613472 TTTAGTCAGAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTAATTCGAAATAAAATA 128 TTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAATTCATAAAAGCT-ATTCGAAATAAAATA * * * * 15613525 ATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAGTAA-ACAAGGAATCTAAAAAAATAAATTTGTTTAT 1 ATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGACAAAG-ATCT-AAAAAATAAA-GTGTTTAT * * * ** * 15613589 TGAACAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AGAATAAATATGACCTTTT 63 TGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATAGTTCTGACCTTTT * * * 15613653 GTTTTA-TTATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATA 127 G-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAATTCATAAAAGC-TATTCGAAATAAAATA * * ** * * 15613707 ATATTACTTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAAT-AAGTCAGTTTGT 1 ATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGACAAAGATCTAAAAAATAAAGT--GTTTAT * * * * * * 15613770 TGAA-TCAGTTTAAATAATTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTAC-GAACTTT 63 TGAACT-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAG-TTCTGACCTTT * * * * 15613833 TGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTTTCA-TCATAAAAGCCTATTCAAAATAAAATA 126 TGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTTTAATTCATAAAAG-CTATTCGAAATAAAATA * 15613888 ATACTAATTTATTAATATTTAAAAAAT 1 ATACTAATTTATTAATATTCAAAAAAT 15613915 AAATCTATTT Statistics Matches: 593, Mismatches: 118, Indels: 72 0.76 0.15 0.09 Matches are distributed among these distances: 175 5 0.01 176 64 0.11 177 66 0.11 178 5 0.01 179 3 0.01 180 84 0.14 181 212 0.36 182 143 0.24 183 11 0.02 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40 Consensus pattern (179 bp): ATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGACAAAGATCTAAAAAATAAAGTGTTTATTGA ACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTCTGACCTTTTGTTT AGTCATAAAACAATTGTTTTAATTCATAAAAGCTATTCGAAATAAAATA Found at i:15613782 original size:363 final size:358 Alignment explanation

Indices: 15613159--15613914 Score: 803 Period size: 363 Copynumber: 2.1 Consensus size: 358 15613149 AATTATTTAG * * * * * * 15613159 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-ACAAA-TTAATAAGGGATTTAAAAACTAACTTTG 1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTTAACAAGGAATTAAAAAAATAAATTTG ** * * *** * 15613222 TTTATCGAACTTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTTAAATTGTTATGATC 65 TTTATCGAACAAGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATCTTAAATAAATATGACC * * * ** * * * * 15613287 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGCTTCTATTCATTCAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAA 130 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGCTTCAATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAA 15613352 TTAATAATATTCTAAAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAACGTGTTTACTGAACTAGTT 195 TTAATAATATTCTAAAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAACGTGTTTACTGAACTAGTT * * * * * 15613417 TAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCG-TTCTTACCTTTTGTTTAGTCAG 260 TAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTAC-GAACTTTTGTTTAGTCAG * * ** * * * 15613481 AAAATAATTGTTTTAGTTCATACATG-CTAATTCGA 324 AAAACAATCGTTTTACATCATAAAAGCCT-ATTCAA * 15613516 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAGTAAACAAGGAATCTAAAAAAATAAAT 1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATT--T-AACAAGGAAT-TAAAAAAATAAAT * * 15613581 TTGTTTATTGAACAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAGAATAAATAT 62 TTGTTTATCGAACAAGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATCTTA-AATAAATAT * * 15613645 GACCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA 126 GACC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGCTTCAATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA * ** * * * ** 15613710 TTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAAT-AA-GTCAGTTTGTT 190 CTAAATTAATAATATTCT-AAAAAATAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAACGT--GTTTACT * * * * * 15613771 GAA-TCAGTTTAAATAATTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTACGAACTTTTG 251 GAACT-AGTTTAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTACGAACTTTTG * * * 15613835 TTTTGTCATAAAACAATCGTTTTTCATCATAAAAGCCTATTCAA 315 TTTAGTCAGAAAACAATCGTTTTACATCATAAAAGCCTATTCAA * 15613879 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAAT 1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAAT 15613915 AAATCTATTT Statistics Matches: 326, Mismatches: 58, Indels: 24 0.80 0.14 0.06 Matches are distributed among these distances: 356 3 0.01 357 29 0.09 358 1 0.00 360 1 0.00 361 13 0.04 362 68 0.21 363 205 0.63 364 6 0.02 ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40 Consensus pattern (358 bp): AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTTAACAAGGAATTAAAAAAATAAATTTGT TTATCGAACAAGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATCTTAAATAAATATGACCT TTGTTTTATCATAAAACAATTGCTTCAATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAAT TAATAATATTCTAAAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAACGTGTTTACTGAACTAGTTT AAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTACGAACTTTTGTTTAGTCAGAA AACAATCGTTTTACATCATAAAAGCCTATTCAA Found at i:15613814 original size:16 final size:17 Alignment explanation

Indices: 15613782--15613814 Score: 50 Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17 15613772 AATCAGTTTA 15613782 AATAATTATGGCTATTTG 1 AATAATTAT-GCTATTTG 15613800 AATAATTAT-CTATTT 1 AATAATTATGCTATTT 15613815 CAAATTGCTA Statistics Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 16 6 0.40 18 9 0.60 ACGTcount: A:0.36, C:0.06, G:0.09, T:0.48 Consensus pattern (17 bp): AATAATTATGCTATTTG Found at i:15614401 original size:179 final size:181 Alignment explanation

Indices: 15613938--15614847 Score: 756 Period size: 182 Copynumber: 5.0 Consensus size: 181 15613928 GAACTAATTC * * * * * * * 15613938 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTATTTC 1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT * * ** * *** * * * 15614003 AG-TTAATATGAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTGATAA- 66 TGATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG * * ** * *** * * * 15614066 CAAGGTGATTTAAAAAATAAACCTATTTGCCAAAATAGTTCAAACAATTAAGA 131 TAA-GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATGAAACTAGTTCAAA-TATTATGA * * * * * * * * 15614119 CTATATGAACAATTATTTGTTTATCAAA-AATTACGATCTTTTGTTTGGTCATAGAACAATTGTT 1 CTATTTGAACAATTATCT-ATT-TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT * * * * * 15614183 TTTCA-TCATTCAAGCTTATTCT-GAATAAAATAATACTAATTTATGAATCTTTCAAAAATTAAT 64 TTTGATTCATACAAGTTTATT-TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT * ** * 15614246 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATGGAGTTAGTACAAATA-TATGA 128 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATGAAACTAGTTCAAATATTATGA * ** * * * * * 15614299 CTATTTGAACAATTGTAAACTTGAAATCATTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTT 1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT * * * 15614364 TG-TTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAAC 66 TGATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG * * * * 15614428 TAAGAGAATTAAAAAATAAAT-T-TTTTTGCCAAACTAATTCAAATATTTAAAGA 131 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATG--AAACTAGTTCAAATA-TT-ATGA ** * * 15614481 CTATAAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAAGTT-TTT 1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTT * * ** 15614545 TTGAATTCA-ACTAGCTTT-TTTGGAATAAAATAAAAGGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT 65 TTG-ATTCATACAAG-TTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT * * *** * 15614608 AAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTATGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGA 128 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATGAAACTAGTTCAAAT-ATTATGA * * * 15614663 TTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGTCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT 1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT * * * * * * * 15614728 TGTTTTATATAAGTTTGTTTGAAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA- 66 TGATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG * * * * 15614789 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACGT-GTTCAACTAGTTATGA 131 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATGAAAC-TAGTTCAAATA-TTATGA 15614841 CTCATTT 1 CT-ATTT 15614848 TATTAATATT Statistics Matches: 576, Mismatches: 127, Indels: 54 0.76 0.17 0.07 Matches are distributed among these distances: 177 6 0.01 178 48 0.08 179 121 0.21 180 18 0.03 181 27 0.05 182 258 0.45 183 86 0.15 184 9 0.02 185 3 0.01 ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (181 bp): CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT TGATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATGAAACTAGTTCAAATATTATGA Found at i:15615198 original size:181 final size:177 Alignment explanation

Indices: 15614846--15618962 Score: 940 Period size: 181 Copynumber: 23.1 Consensus size: 177 15614836 TATGACTCAT * * * * * ** * * 15614846 TTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAGTAAATATGGTTACCAAACTAGA 1 TTTATTAATATTATGACAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTCTGAACAAGT * * * * * *** * * * * 15614911 TCAAATAGTCATGACTATTTGA-ATAATTATCTACTTCAAATCAATATGACAATTTGTTTTGTCA 65 TTAAATATTTATGACTATTTGACA-AATTATTTATTTCAAATTGCTATAAC-TTTTATTTTGTAA ** * * *** 15614975 TAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAA 128 TAAAACTATTGTTTC--TTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAA * * * * * * * * 15615027 GTTAGTAATATTATGATAACTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTGCTAAACAAGT 1 TTTATTAATATTATGACAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-CTGAACAAGT * 15615092 TTAAATAATTT-TGACTATTTTGAC-AATTATTTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTTATTTTGT 65 TTAAAT-ATTTATGACTA-TTTGACAAATTATTTATTTCAAATTGCTATAA-C-TTTTATTTTGT ** * * * 15615155 TCTAAAA-TGATATTTTTGTTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAA 126 AATAAAACT-AT-TGTTTCTTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAA * * * * * * 15615208 TTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATTAAATTTATTTATGAACAAGTT 1 TTTATTAATATTATGACAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTCTGAACAAGTT * * * * 15615273 TAAATCTTTATGACTATTTGACAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTAATAA 66 TAAATATTTATGACTATTTGACAAATTATTTATTTCAAATTGCTATAACTTTTATTTTGTAATAA * * * 15615338 AACTATTGTTTCTATCATACATGCTTATTTTGAATAAAATAATATTAA 131 AACTATTGTTTCT-TCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAA * 15615386 TTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGT-AGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAG 1 TTTATTAATATTATGACAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATATG-TTTCTGAACAAG * * * * * * *** * * * 15615450 TTCAACTAGTCATAACTATTTGA-ATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTA 64 TTTAAATATTTATGACTATTTGACA-AATTATTTATTTCAAATTGCTAT-AACTTTTATTTTGTA * * * * 15615514 ATAAAACCATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTA-ATTGAAATAAAATATTACTAA 127 ATAAAACTATTG-TTT-CTTCATATAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACTAA *** * * * * * * * 15615567 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACATGT 1 TTTATTAATATTATGACAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-CTGAACAAGT * * ** *** * * * * 15615632 TCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCCATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCA 65 TTAAATATTTATGACTATTTGACA-AATTATTTATTTCAAATTGCTATAAC-TTTTATTTTGTAA * * ** * 15615696 TAAAAC-ATTTGGTTATGTTTATGCAAGCTTATTTTGAACAAAATAATA-TAAA 128 TAAAACTA-TT-GTT-TCTTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACT-AA * * * * * * 15615748 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAATAAATATATTTTTTGAAC-AC 1 TTTATTAATATTAT-GACAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTCTGAACAAG * * * * * * 15615809 TTTCAAATAGTTATGACTATTTG---AATGA-TTA--TC-TATTTC-A-AA-TTTTGTTTTGTCA 64 TTT-AAATATTTATGACTATTTGACAAATTATTTATTTCAAATTGCTATAACTTTTATTTTGTAA * * * ** 15615864 TAAACCAATTATT-TTTGTTCATA-AAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAA 128 T-AA--AACTATTGTTTCTTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAA * * ** * * * * * * 15615915 GTTATTAAAATTAAAAAAATTAATGAGTAAAAGATGT-AAAAATAAATATGTTTACCGAACGAGT 1 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15616324 GTTCAAATAATTATGA-TTTTTGA-ATAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TATTCATTTTG- 63 GTTTAAATATTTATGACTATTTGACA-AATTATTTATTTCAAATTGCTATAACT-TTTATTTTGT ** * ** * * * 15616385 ACATAAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAA 126 A-AT-AAAACTATTGTTTC--TTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAA * ** * * * * ** * 15616441 ATTAACAATATTCTTA-AA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAGT 1 TTTATTAATATTATGACAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-CTGAACAAGT * * * * * * * * ** ** * * 15616502 TCATATAGTTAAGACTATTAGA-ACAATTATCTATTTTAAATCATTCTA-ATGTTTTGCTTAGTC 65 TTAAATATTTATGACTATTTGACA-AATTATTTATTTCAAAT--TGCTATAACTTTTATTTTGTA * * * 15616565 ATAAAA-TAATAT-TTTCAATTCATA-AATGCTT-GTTTGAAATAAAATGATAACTAC 127 ATAAAACT-AT-TGTTTC--TTCATATAA-GCTTATTTTG-AATAAAATAAT-ACTAA * * * ** * * * * 15616619 TTTATTAACATTCA-AAAAATTAATAAACAAAAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAA 1 TTTATTAATATT-ATGACAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTT-CTGAACAA * * * * * *** * * * 15616683 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Found at i:15620646 original size:181 final size:180 Alignment explanation

Indices: 15620336--15626324 Score: 4251 Period size: 181 Copynumber: 33.4 Consensus size: 180 15620326 ATTTTTCATC * * * * 15620336 ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATGCTTT-GC 1 ATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTTACC * * * * * 15620400 AAA-CTAATTTAAATAGTTATTACTATTT-AATAATTATATATTTCAAATTGTTAT-AGCCTTTT 64 AAATC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CC-TTT * * * 15620462 TGTTTCGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTAATCAAAATAAAATA 126 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA ** * * * * 15620517 ATACTAATCCAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCA 1 ATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA * * * * * 15620582 AATCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAACTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT 65 AATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT * * * * * * ** 15620647 TTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTCTGAATAAAATA 130 TTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA * 15620698 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AATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT * * * * *** 15624239 TTGCCATAAAATAATTG-TT-TCTT-ATATAAGCTTATTC-GGTTAAAAATA 130 TTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATA * * * * * * 15624287 ATATTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATCTAAAAAAATAAATGTGTTTATC 1 ATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGAT-TTAAAAAATAAATTTGTTTA-C * * * ** * * * * * * 15624352 GAAGT-AGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTG 63 CAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG * * * * * * 15624416 TTTGGTCATAAAA-TATGTGTTTAT-ATCTTACAAGCCTATTCATAATAAAATA 128 TTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA * * * * * * * * 15624468 AT-CAAATTTATTAACATTCAAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATC 1 ATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACC * * * * * 15624532 GAA-CAAGTTCAAATAGTTA-GGCTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTG 64 AAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG * * * * 15624595 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Indices: 15620336--15626316 Score: 4055 Period size: 538 Copynumber: 11.1 Consensus size: 534 15620326 ATTTTTCATC * * * * * 15620336 ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATGCTTT-GC 1 ATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTTACC * * * * * * * * 15620400 AAACTAATTTAAATAGTTATTACTATTT-AATAATTATATATTTCAAATTGTTAT-AGCCTTTTT 61 AAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCCTTTTT * * * * * * ** 15620463 GTTTCGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTAATCAAAATAAAATAATACTAATCCA 126 -TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA * * * * * ** * 15620528 ATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAATCAATTCA 189 TTAATATT-TCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATCTGTTTACTGAACCAATTCA * * * * * * 15620592 AATAGTTAAGGCTATATGAATAACTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA 250 AATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA * * * * * * * 15620657 ACAAATGTTTTTA-TTCATATAAGTTTGTTCTG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTTA 315 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* * ** * * * 15624238 TTTGCCATAAAATAATTGTTTC--TT-ATATAAGCTTATTCG-GTTAAAAATAATATTAATATAA 126 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTAT * * * ** * 15624299 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATCTAAAAAAATAAATGTGTTTA-TCGAAGTAGTTCA 190 TAATATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGAGAT-T-TAAAAA-AAATCTGTTTACT-GAACCAATTCA * * * * * * 15624363 AATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTGGTCATAAA 250 AATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA * * * 15624428 AT-A-TGTGTTTA-TATCTTACAAGCCTATTC-ATAATAAAATAAT-CAAATTTATTAACATTCA 315 ATAATTGT-TTTAGT-TCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC- * * * * * 15624488 AAAAATTGATAAGTAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA-G 376 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG * * ** * 15624552 GCTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAA-AATTGTTT 441 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * * 15624616 CAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATA 505 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Indices: 15626321--15627379 Score: 912 Period size: 180 Copynumber: 5.9 Consensus size: 179 15626311 TTTACCGAAC * * * * * * * 15626321 AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATCTGTTTA-TGGAGC 1 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAAC * * * * * * * * * * * 15626385 AAGTTCAAACAGTTATTACTATCTAAATAATTATCTATTCCAAAACATTATTACCTTTTGTTTTG 63 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTG * * * * 15626450 TCATAAAACAATTAG-TTCTGTTCATGCAAGCTTAATTTGAATAAAATAATA-T 128 TCATAAAACAATT-GTTTTTGTTCATACAAACTT-ATTCGAATAAAATAATACT * * * * 15626502 AAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTAAA-CA 1 -AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCA * 15626566 TGTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGT 65 -GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGT * * * 15626631 CATAAACCAATTGTTTTTGTTCAAACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT 129 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTCG-AATAAAATAATACT * * * * *** 15626683 AATTTATTACTATTC-CAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATTGAGTG 1 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTAAACC * ** * 15626747 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGT 64 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGT * * * 15626812 CATAAAACAATTGTTTATT-TTCATACAAATTTATTCAAAAAAAATAATACT 129 CATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAACTTATTCGAATAAAATAATACT * * 15626863 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAGTAAGTTAAAGATTTAAAAAATTAACCTA-G-TTA-TCAAA 1 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAA-TAA-ATATGTTTACT-AAA * * * * * * * * 15626925 CAAGTTCAATTAG-CATG-TTCGTTTGAACTATTATATATTTCAAATCATTACGA-CATTTTGTT 62 CCAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCA-TTTGTT * * * * * 15626987 TTGTCATAAACCAATTGTTTCTCTTCATACAAAATTATGTAGAATAAAATAATACT 125 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTAT-TCGAATAAAATAATACT * * * * * * 15627043 AATTTATTACTATTTTAAAAATTATTAAG---AGATTTAAAAACTAAAT-CGCTTTACTGAACCA 1 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATG-TTTACTAAACCA ** * * * * * ** * 15627104 GTTCAAATAGTTATGAAAAATGGAATAGTTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTATTTTGTC 65 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTC * * * * * * * * 15627168 CTAAAACATTTCTTTTTGTTCATATAACCTTATTCTGAGTAAAATATTGCT 130 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTC-GAATAAAATAATACT * * * * * * 15627219 AAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAACAAATATGTTTGCCAAACCAG 1 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAG * * * * * * * 15627284 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCA 66 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTCA * * * 15627349 TAAAATAGTTGTTTTAGTTCATA-AAAGCTTA 131 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAA-CTTA 15627380 AACAATTATC Statistics Matches: 709, Mismatches: 136, Indels: 66 0.78 0.15 0.07 Matches are distributed among these distances: 174 2 0.00 175 4 0.01 176 97 0.14 177 26 0.04 178 4 0.01 179 155 0.22 180 253 0.36 181 132 0.19 182 36 0.05 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40 Consensus pattern (179 bp): AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACCAG TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTCA TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTCGAATAAAATAATACT Found at i:15627935 original size:16 final size:17 Alignment explanation

Indices: 15627902--15627945 Score: 54 Period size: 16 Copynumber: 2.6 Consensus size: 17 15627892 GAACTAGTTC 15627902 AAATAATTATGACTATTT 1 AAATAATTAT-ACTATTT * 15627920 GAATAATTAT-CTATTT 1 AAATAATTATACTATTT * 15627936 AAATCATTAT 1 AAATAATTAT 15627946 GATATTTTGT Statistics Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 2 0.82 0.11 0.07 Matches are distributed among these distances: 16 14 0.61 18 9 0.39 ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.05, T:0.45 Consensus pattern (17 bp): AAATAATTATACTATTT Found at i:15629136 original size:361 final size:358 Alignment explanation

Indices: 15627380--15629638 Score: 1784 Period size: 361 Copynumber: 6.3 Consensus size: 358 15627370 TAAAAGCTTA * ** * * * 15627380 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTG-TTCT-TCGTC 1 AACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT--TC * * ** ** * 15627443 ATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATTTGTAGGA 63 A-ATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGA ** * * 15627507 GATTTAAAAAATAAAATCTGTTTACCAAAGCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT 126 GATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT * ** * * * * * * 15627571 ATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTCA 189 CTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA * * * * * * * 15627636 TTCAAAATAAAATAATATTAATGTAATAATATTTTGAAAATTAAGAACTAAGAA-ATTTCAAAAA 254 TT-TAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAA * * ** ** * 15627700 TAAATTTGTTTGCCGAACCGGTTCAAATAGT-TAAGGCTATATG 317 TAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTATAA--CTATTTG * * * * 15627743 AACAATTTTTTATTTCAAATC-GTATGACCTTTTGGTTTAT-ATTAAAA-AAAT-TTT-TAGTTC 1 AACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTA-TTC * ** * * * * 15627803 TTACTAA-CTTATTCGGAATAAAACAAAACAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATTAGTAAG 63 --AATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAG * * * * * 15627866 AGATTTGAAAAAA-AATTCTATTTGCTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTAT 125 AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT * ** * * 15627930 CTATTT-AAATCATTATGA-TATTTTGTTTTGTCATAAAA-AAACGTTTTTGTTCAAATAAG-TT 189 CTATTTCAAATCATTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT * ** * * * 15627991 -TGTTAAAAAAAATCTTATTAATTTATTATTATTTTGAAAATTAATAAG----AGAATT-AAAAA 253 AT-TTAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA * * * * * 15628050 -AAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAATTAGTTTAACTATTTA 317 TAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTATAACTATTTG ** * 15628091 AACAATTATTTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC- 1 AACAATTA-TTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA * * * * * * 15628155 ATATTGTCTTATTCGAAATAAAGTAACACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAACAG 64 ATA-AG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAG * * * * * * 15628220 ATTTAAAAAATAAATGAATCTG-TTAGCCTGACCAA-TGCAAATAGTTATGACTGTTTGAGCACT 127 ATTTAAAAAAT--A--AATCTGTTTA--CTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT * * * * * * * * 15628283 TATGC-ACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATGAAACAATTATTTTTGTCCGTACAAG 186 TAT-CTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG * ** * * * * 15628347 CTTATTTGAAATAACATAAT-TCTGCCTTT-TTAATATTTCAAAACTTAACAAGTAAGAGATTTA 250 CTTATTT-AAATAAAATAATAT-T-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA * * * 15628410 AAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG 312 AAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAG-TATAACTATTTG * * * * * * 15628458 AACAATTATCTATTTCACATCACTATAACCTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTTTTTCTATTCAT 1 AACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA- * * * * 15628523 ACAAGCCTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTC-AAACAATTAATAAGTAAAAG 64 ATAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA-AATTAATAAGTAAGAG * * * * * * * * 15628586 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTA 127 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA * * 15628651 GTTT-AAATCATTATG---ATTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATT 192 -TTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT * * * * * 15628712 TAGATTAAAACAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTCAAAAATAA 256 TA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA * ** * * * 15628777 ATATGTTTACCGAACAAGTCCAAATGGTCATAACTAATTG 320 ATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGT-ATAACTATTTG * * * * * * * * 15628817 AATAGTTATCTATGTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTCATTATAAAACAATTGTATC-AGTTCA 1 AACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA * * * 15628881 ATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTCTAAAAATTATTAGGTAAGAGAT 64 ATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT * * * * * 15628946 TCAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT 129 TTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT * * * * * * * 15629011 TCCAATCATTTTGACCATTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTTGA 194 TCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-A * ** 15629076 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC 258 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC * * * * 15629141 TATTTACTAAATAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTG 323 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAG-TATAACTATTTG ** * * * 15629178 AACAATTATTTATTTTGAATAATTCTGATCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA 1 AACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-A ** * * * * * * 15629243 TAAATTTATTTAGAACAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATT 65 TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT * * * * * 15629308 TAAAAAAGAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATCATG-TTCATTTGAACAATTATTTATT 130 TAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATT * * * * * 15629372 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGGTTTATAC-AGAATTATTCA 194 TCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-CTTATTTA * * * * * 15629436 GAGTAAAATAATATTGATTTGTTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGACTTAAAAACTAAAT 258 -AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT * * ** * * 15629497 CTATTTATCGAATTAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTG 322 CTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAG-TATAACTATTTG * * * * * * ** * * 15629535 AGCAATTATCTATCTCAAATCGTTATTATCTTTAT-TTTGTCATGGAACAACTGTTTCTTTTCAT 1 AACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA- * * * * 15629599 ATAAGATTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATA 64 ATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA 15629639 AAAAATAAAT Statistics Matches: 1517, Mismatches: 303, Indels: 158 0.77 0.15 0.08 Matches are distributed among these distances: 348 12 0.01 349 40 0.03 350 28 0.02 351 13 0.01 352 59 0.04 353 3 0.00 354 1 0.00 355 39 0.03 356 34 0.02 357 175 0.12 358 171 0.11 359 211 0.14 360 110 0.07 361 372 0.25 362 63 0.04 363 24 0.02 364 6 0.00 365 8 0.01 366 125 0.08 367 21 0.01 368 2 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41 Consensus pattern (358 bp): AACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAT AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC AAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAAAT AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT TTACTAAACAAGTTCAAATAGTATAACTATTTG Found at i:15629869 original size:82 final size:81 Alignment explanation

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* * * * 15627746 AATTTTTTATTTCAAATCG-TATGACCTTTTGGTTTAT-ATTAAAA-AA--ATTTTT-AGTTCTT 1 AATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT-GTTTGTCA-TAAAACAATTATTTTTCA--TCAT * * * * 15627805 ACTAA-CTTATTCGGAATAAAACAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAGAGA 62 AC-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA-T--TTAGTAAGAGA * * * * * * * * * 15627869 TTTGAAAAAA-AATTCTATTTGCTGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTA 122 TTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACCAATTCAAATAATTATGATTATTTGAACAA-TATCTA * * * * * * * * 15627933 TTT-AAATCATTATGATA-TTTTGTTTTGTCATAAAAAAACGT-TTT-TGTTCAAATAAGTTTGT 186 TTTCAAATCGTTAT-A-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTATTTCTATTCATACAAGCTTAT * ** * * * * 15627994 T--AAAAAAAATCTTATTAATTTATTATTATTTTGAAAATTAATAAG--AGA-A-TT-AAAAA-A 248 TCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA ** * * * * * 15628051 AATTTGTTTACTAAACCAGTTCAATTAGTTTA-ACTATTTAAAC 313 AATCAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAT * * * * * 15628094 AATTATTTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATA 1 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Indices: 15627383--15631594 Score: 1856 Period size: 181 Copynumber: 23.3 Consensus size: 178 15627373 AAGCTTAAAC * * * * 15627383 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTCTTC-G-TCATA 1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTG-TTTGTCATAAAACAATT-AT-TTCAGTTCATA * ** ** * 15627446 CAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTTGTAGGAGATT 63 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATT * * * * * 15627511 TAAAAAATAAAATCTGTTTACCAAAGCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC 127 TAAAAAAT-AAATC-GTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAT * * 15627565 AATTATATATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATA 1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA-CTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATA * * * * * * * * 15627628 CAAGCTCATTCAAAATAAAATAATATTAATGTAATAATATTTTGAAAATTAAGAACTAAGAAATT 63 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATT * * * * * * * * 15627693 TCAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACCGGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAAC 127 TAAAAAATAAA-TCGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAT * * 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TGCGAATTCAGTTCAAATAATTATCGAC-A-TTACAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACT ** * * * 15633813 TTTTTTTATCATGAAACAAATGTTTTTG 507 TTTTTTGGTCATAAAACAATTGTTTTTC * * * * * * * ** ** 15633841 TTCATATAAG-TTTGGTCAAAATAAAATAATA-TCAATTTATTAGT-TTTTTAAAATT-AT-TTT 1 ATCATACAAGCCTT-ATTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT ** ** * * * 15633901 AA-A-A--TAATACAAATTTATTATGTTATTTCGAACAAGCTCAAATGGATATGACTATTTGAAC 64 AAGAGATTTAA-A-AAATAAATT-TGTT-TACCGAAC-AG-TCAAATAGTTATGACTATTTGAAT * * * * * * 15633962 AATTATC-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTT-TAATTCATA 123 AATTA-CATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTGTTTAT-GTTCATA * * * * * 15634025 AGAA-CTTA-TCTTAAATAAAATAATACT-A-CT-TTAATATTTCAGAAATTATTAAGC-AAGAG 186 A-AAGTTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-CTAAGAG * ** ** * * * * * * 15634084 ATTTAAAAACTAAA-AT-TGTTTTCGTACCAGTTCAAATAATTATGA-TCATTTGAACAAATATT 248 ATTTAAAAAATAAATATAT-TTGCCAAAACA-TTTAAATAGTTAAGACT-ATATGAACAATTATT * * * * * * * * 15634146 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* ** * * * * 15635739 TTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTACAATAAATATGTTTACCGAA-TAAGTT 66 TTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT-AGTT * * * * * 15635803 CAAATAGTCATA-ACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTCATCAT 130 CAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTT-ATCAT * * * * * * * 15635867 AAAATAATTGTGTCAGTTCATATAGGCTTATTCA-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC 193 AAAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC * * * * * * 15635931 CAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTGAAATAGTTAT 257 TAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT * * * * 15635996 GACCTA--TGAA-ATATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTTTCATAAAACAATTA 321 GA-CTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG * * *** * 15636058 TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA 384 TTTCTGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAA * * * * * * 15636122 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CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT * * * * * 15636496 TAAAAAATAAATCTGTCTACCAAACA-AGTTCAAATAGTCATGTCCATTTCAACA 128 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA * ** * ** * * 15636550 TTTATCTATTTCAAATTGTTTATGACCTTTTGTTTCATCATTAAAAAAATTGTTTCT-GTGCATA 1 ATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTATTTTGTCA-TAAAACAATTGTTT-TAGTTCATA ** * * * * * * 15636614 CAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--AA-ATATT 63 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT * * * * 15636675 TAAAAACTAAATCTGTTTACCGAACTAGTTCTAATAGTTATGACTATTTGAACA 128 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA * * * * * * 15636729 ATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAGAACAATTATTTCT-TTTCATGCA 1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACA * * * * * 15636792 AGCATATTC-AGATTAAAATAATACTAATTTAATAGA-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAAT 65 AGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTA-ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT * * * * * * * * 15636855 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* * * 15642037 TTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAACTAAAT-TTTTTGTTGAACCAGTTCAAATAG 127 ATAA-ATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATTGAACCAATTCAAATAA * * * ** * * * * * * ** * 15642101 TTATGGCTATTTTAACAATTACCTATCTCAAAATTGTTAT-GA-TATTGGTTTTCCTCATAAAAT 191 TTAAGACCATTACAATAATTATCTATTTC-AAATCGTT-TGGACTTTTCG-TTTAGTCATAAAAC * **** * * ** * * * * * * * * 15642164 AACTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAA-CCAATAATATGCTAAAA 253 AATTGTTTTACAACATACAAGCTTATACAAAATAAAATAATAC-AAATTCATTAACATTCAAAAA * * * * * 15642228 ATTAATAAGTAATAGATTT-AAAAAATAAATGTGTTTACCC 317 ATTAATAAG-AAGATATTTAAAAAAATAAATATATTTACCA * * * * * * * * 15642268 AA-TCAATTCAAATAATTAAGTCTATTAGAACAA-TATCTATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGT 1 AACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGT * * * * ** * * * * 15642331 TTAACCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATGATATTATTTTATT 65 TTTATCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAT * * * 15642396 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* 15646592 TTTTGTTGTAAAACAATTGGTTCTGTTCATATAGAA--TTATTTAAAATAAAATAATAATGATTT 64 TTTTATCATAAAACAATT-GTTTTGTTCATA-A-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT * ** * * 15646655 ATTAATATTTTGAAAATAAATAAGAGATTTAAAAACTAAATC 126 AATAA-ATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATC 15646697 TATTACCAAA Statistics Matches: 4765, Mismatches: 1069, Indels: 751 0.72 0.16 0.11 Matches are distributed among these distances: 323 43 0.01 324 3 0.00 325 2 0.00 328 2 0.00 329 1 0.00 330 4 0.00 331 4 0.00 332 12 0.00 333 2 0.00 334 8 0.00 336 2 0.00 337 5 0.00 338 67 0.01 339 41 0.01 340 138 0.03 341 77 0.02 342 277 0.06 343 75 0.02 344 14 0.00 345 62 0.01 346 3 0.00 347 43 0.01 348 29 0.01 349 39 0.01 350 6 0.00 351 2 0.00 352 29 0.01 353 45 0.01 354 3 0.00 355 2 0.00 356 125 0.03 357 685 0.14 358 528 0.11 359 512 0.11 360 559 0.12 361 679 0.14 362 284 0.06 363 239 0.05 364 61 0.01 365 53 0.01 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (356 bp): 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Indices: 15641216--15643633 Score: 1172 Period size: 181 Copynumber: 13.5 Consensus size: 182 15641206 AATCATTTCA * * * * 15641216 AATAATTATAACTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAGACAATTATTTCAATTC 1 AATAATTAT--CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTC * * * 15641281 ATATAAGCTTATTGGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-TAAAAATTAATGAG-TAAG 64 ATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATGAGTTAAA * * * * ** * * * 15641344 AGAATTAAAACAA-GAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGCTATAATTATCTG 128 AGATTTAAAA-AATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG * * * * * 15641399 AATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGGTTCCATTCAT 1 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCAT ** * ** 15641464 GCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT-AAATAAAA 66 ATAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCATAAAATTAATGAGTTAAAA * * * * * * 15641526 -TTTTAAAAAATAAATTTATTTTCTGAACAT-A-TTTAAATAGTTATGACTATTCG 129 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15643486 GATTTAGAAACTAAACATATTTA-TCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG 129 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG * * * * * * * * * 15643540 AACAAATTATCTATTTCAAATTATCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTTTTTCTCTTC 1 AA-TAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTC * * * 15643605 ATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATAC 64 ATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC 15643634 AATACATTTA Statistics Matches: 1710, Mismatches: 416, Indels: 218 0.73 0.18 0.09 Matches are distributed among these distances: 166 66 0.04 167 22 0.01 168 32 0.02 170 6 0.00 172 1 0.00 173 3 0.00 174 2 0.00 175 3 0.00 176 51 0.03 177 239 0.14 178 153 0.09 179 164 0.10 180 335 0.20 181 512 0.30 182 64 0.04 183 57 0.03 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41 Consensus pattern (182 bp): AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCAT ATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATGAGTTAAAAGA TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG Found at i:15642971 original size:539 final size:530 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Indices: 15641219--15647392 Score: 2386 Period size: 539 Copynumber: 11.6 Consensus size: 530 15641209 CATTTCAAAT * 15641219 AATTATAACTATTTCAAATCATTAT-GACCTTTTCTTTTGTAATAAGACAATTATTTCA-ATTCA 1 AATTAT-A-TATTTCAAATCATTATAG-CC-TTT-TTTTGTAATAAAACAATTATTT-ATATTCA * * * * * 15641282 TATAAGCTTATTGGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGA 60 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGA * * * * * * * * 15641347 ATTAAAACAA-GAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGCTATAATTATCTGAATAATTATCTA 125 TTTAAAA-AATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA ** * * * * * ** * 15641411 TTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGGTTCCATTCATGCAAGCTTATTT 189 TTTCAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATT-ATTTCATTCATAAAAGCTTATTC ** * * 15641476 TGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAATAAAATTTTAAAAAATAAA 253 AAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAAT-AGA-TTTAAAAAATAAA * * * * * * 15641540 TTTATTT-TCTGAACATATTTAAATAGTTATGACTATTCGACCAATTATCAATTTCAAATCATTA 315 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* * * * * 15643159 TTACCAAATCATTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTA 320 TTATCAAA-CAAGTCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGAATA * * * * *** * * 15643224 TTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCATTGATAAAATTTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAA 384 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATATAAGCCTATT-GGAATAAAATAATACTAA * * * * * * ** * 15643288 TTTATTAATATTTTAAAAATTATTAAGT-AAGGATTTAAAAAATGAATCTATTGGCC---TAAGT 447 TTTA-TAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGT * * 15643349 T---AT-GATT--GT-TTGAAC 510 TCAAATAGTTTAACTATT-AAC * * * * * * * * * 15643364 AATTATCTATTTCAAATCGTTGT-GACATTTTTTTGTCACAAAACAATTGTTTATGTTCGTACAA 1 AATTATATATTTCAAATCATTATAG-CCTTTTTTTGTAATAAAACAATTATTTATATTCATACAA * * * * * ** ** * 15643428 GCTTATTTGGAATAACATAATTCTAATTTGTTAATAATCCAAAAATTAATAAGTGTGAGATTTAG 65 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA * ** * * * 15643493 AAACTAAACATATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATTATCTATTTCA 130 AAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCA * * * * * * * * * * 15643558 AATTATCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTTTTTCTCTTCATACAAGCTTATTTC-AA 194 AAATGT-TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTC-ATTCATAAAAGCTTA-TTCAAA * * * * 15643622 TTAAAATAATA--CA---A-T-ACATTT----AA-TAAGT--A-A-ATTTAAAAAAT--AGTTA- 256 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAAATAGATTTAAAAAATAAATTTAT * * * * * ** * * * * 15643668 --CT-GAATAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCT 320 TTATCAAACAAG-TCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGA-AT * * * * * * * * 15643730 -TTTGTTTTCTCACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAACATAATTCTAA 383 ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATATAAGCCTA-TTGGAATAAAATAATACTAA * * * * * * 15643794 TTTATTAATATTTCAGAAATTAATAATTAAGAGA-TTTAAAAACTGAATTTGTTTATCAAA-CAA 447 TTTA-TAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-TAAATCTGTTTACCAAATC-A * * 15643857 GTTCAAATAGTTATGACTTTTTGAAC 508 GTTCAAATAGTT-TAAC-TATT-AAC * * * * * * * 15643883 AAATTATCTATTTCAAAT-A-TCTA--C----------ATAAAATAATTTTTTCTCTTCATATAA 1 -AATTATATATTTCAAATCATTATAGCCTTTTTTTGTAATAAAACAATTATTTATATTCATACAA * * * * * 15643934 GCTTATTTCG-ATTAAAATCATACCAATTTATTAATATT-TAGACATTTAATAAGTAA-AGGATT 65 GCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATA-AAAATTAATAAGTAAGA-GATT * * * * * * 15643996 TAAAACAT--A---G-TTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTACTT 127 TAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT * * * * * ** 15644055 CAAATTGTTATTGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAAG-TTATTCA 192 CAAAATGTTA-TGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATT-ATTTCATTCATA-AAAGCTTATTCA * * ** * * * * 15644119 AATTAAAGTAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTT-TAAAAT--AT 254 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AATAGATTTAAAAAATAAAT * * * * * * * * * * 15644181 ATGTTTA-CTGAACAAGTTTAAAAAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTAT 316 TTATTTATC-AAACAAG-TCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTAT * ** * * * * * 15644245 G-ATCTTT-TGTTTGTTGTAAAACAATT-TTATTAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAA 379 GAATATTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTT-TTTGATCATATAAGCCTATT-GGAATAAAATAA * * * * * * 15644307 TACTAA-TTATTAATATTCTAAAAATTAATGACTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAA 441 TACTAATTTA-TAATTTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCAA * * 15644371 A-CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAAC 504 ATC-AGTTCAAATAGTT-TAACTA-TT-AAC * * * * * * * * * 15644401 AATTATCTATTTGAATTCATTATAACCTTTTATTTTGTCATGAAACAATTGTTTCTGTTCATACA 1 AATTATATATTTCAAATCATTATAGCC-TTT-TTTTGTAATAAAACAATTATTTATATTCATACA ** * 15644466 AGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AGAAATT 64 AGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATT * * * * * ** 15644528 TAAAAAATAAATATATTT-TCTAAACACGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATCTATT 127 TAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT ** * * * 15644592 TC-AAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAATCAATTATTTC-TGCTTATACAAGCTTATTT 191 TCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCAT--TCATAAAAGCTTATTC * * * * * * * * 15644655 GAAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTCCAAACATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAA 253 AAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AATAGATTTAAAAAATAAA * * * * * * 15644720 TATATTTA-CTAAGCGAGTTCAAATAGATT-TGGCTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAGT-TG 315 TTTATTTATC-AAACAAG-TCAAATAG-TTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAA-TCT- * * ** * * * * *** 15644781 TTATGAA-ATTTTGTTTTGTTATAAAACAATCGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAA 375 TTATGAATA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATATAAGCCTAT-TGGAATAAAA * * * * * * 15644845 TAATGCTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGCAAGAGA-TTTAAAAACTAAAGT-TATTT 438 TAATACTAATTTA-TAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-TAAA-TCTGTTT * * * * 15644908 TCTGAAGT-AGTTCAAATA-TTTATGATTATTTGAAC 499 AC-CAAATCAGTTCAAATAGTTTA--ACTA-TT-AAC * * ** * * * * * * 15644943 AA--ATATCAGTCTCCAATTGTTAT-GATCTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAATCATA 1 AATTATAT-A-TTTCAAATCATTATAG-CCTTT-TTTTGTAATAAAACAATTATTTATATTCATA * * * ** * 15645005 CAAGCTTA-TTCAGATAAATATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGACAT 62 CAAGCTTATTTGAAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGAT * * * ** * * * ** ** * 15645065 TTAAAAAATATATGTATTTGCCAAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATGCGAATGATTATCTATT 126 TTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT * * * * * * * * * 15645130 TC-AAATCATTCTAACCTTTTG-TTTAGTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTT 191 TCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAAAAATTATTTCA-TTCATAAAAGCTTATTC * * * * 15645193 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAAT- 253 AAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A--AATAGATTT-AAAAAATA * * * * * * * * 15645256 AATTCTACTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAATGTTTGAATAATTATCAATTTAAAATCGT 313 AATT-TATTTATCAAACAAG-TCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAATCTT * * * * * * * * *** 15645321 TATGACT-TCTTGTTTTGTCCTAAAATAATAGTTTTTGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT 376 TATGAATAT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATATAAGCCTAT-TGGAATAAAAT * ** * * ** * * 15645385 AATACTACTTTATTAATATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGAGAAATAAAAAATAAAT-TAGTTTAT 439 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CTA-TTCGCTGAACCAGTTTAAACAATTAAGACTATAT-GAATAATTATCTA-TTCAAATCATTA 316 TTATTTATC-AAACAAG-TCAAATAGTTATGACTAT-TCGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTA * * * * * * * * * * * * 15645860 TGACCT-TTTATTTTGCCACAAAATAATTATTTCT-ATTTATACAAGTCTATTCAGAATAATATA 378 TGA-ATATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATATAAGCCTATT-GGAATAAAATA * * * * * * * * ** 15645923 ATATTTATTTATTAGTATTTAAAAAATTAAT-A-T--GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTA 440 ATACTAATTTA-TAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCA * * * * 15645984 AAT-ATATTCAAATAGTTATAATTGTTTGAAT 503 AATCA-GTTCAAATAGTT-TAACT-ATT-AAC * * ** * 15646015 AATTATCAATTCTATTTCAAATCGTTAT-GACGTTTTGTTT-TATCATAAAACAATTGCTTCT-T 1 AATTAT--A---TATTTCAAATCATTATAG-CCTTTT-TTTGTA--ATAAAACAATTATTTATAT ** ** * 15646077 TCATACAAGCTTATTTCG-AATAAGGTAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAAT- 57 TCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTA * * * * * * 15646139 AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT 120 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Indices: 15644006--15646788 Score: 1959 Period size: 180 Copynumber: 15.5 Consensus size: 179 15643996 TAAAACATAG * * * * ** * 15644006 TTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTACTTCAAATTGTTATTGACT 1 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACC * * * * 15644071 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAAG-TTATTCA-AATTAAAGTAATATT 65 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC-AAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATA-T * * * * * 15644134 AATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTT-TAAAAT--ATATGT 127 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATATAT ** * * * * * * 15644185 TTACTGAACAAGTTTAAAAAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGATCT 1 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT ** * * * 15644250 TTTG-TTTGTTGTAAAACAATT-TTAT-TAGTTCATATAGGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT 66 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCT-GTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA-T * * * * * * * 15644311 AA-TTATTAATATTCTAAAAATTAATGACTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGT 127 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** * 15646699 TTACCAAATTAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGATC- 1 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT * * * 15646763 TTTATTTTATCATAGAACAATTGTTT 66 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT 15646789 ATTTTTTCAA Statistics Matches: 2057, Mismatches: 449, Indels: 200 0.76 0.17 0.07 Matches are distributed among these distances: 174 1 0.00 175 32 0.02 176 257 0.12 177 182 0.09 178 19 0.01 179 175 0.09 180 584 0.28 181 561 0.27 182 189 0.09 183 6 0.00 184 51 0.02 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41 Consensus pattern (179 bp): TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAATT TATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATATAT Found at i:15644824 original size:361 final size:355 Alignment explanation

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* * * * * 15644373 AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTGAATTCATTATAACCTTTTATTTTG 1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTG * * ** 15644438 TCATGAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA 64 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATA * * * 15644503 TTCCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTT 128 TTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACA-GTTCAAATAGTTA * * * 15644568 TGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAATCAATTAT 192 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAT-AATTGT * * 15644633 TTCTGCTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTGATATTCCAAACATTAATA 256 TTCTG-TTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA * * * * 15644698 AGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTACTAAGC 320 AGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAC * * ** ** 15644734 GAGTTCAAATAGATT-TGGCTATTTGAATAATTATCTATTTAAAGTTGTTATGAAATTTTGTTTT 1 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CATATAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA- 65 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATAT * * * * * 15645221 TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAATTCTACTTA-TCAAACAAGTTCAAATAG 129 TTC-AAAAATTAATAAGTAGAA-ATTT-AAAAAATAAATATATTTACT-AAAC-AGTTCAAATAG * * * * * * * * 15645285 TTATGAATGTTTGAATAATTATCAATTTAAAATCGTTATGA-CTTCTTGTTTTGTCCTAAAATAA 189 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTT-TTGTTTTATCAT-AAATAA * * * *** * *** * 15645349 TAGTTTTTGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAGTT 252 TTGTTTCTG-TTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT * * * 15645414 AATAAGTAAGAGAA-ATAAAAAATAAAT-TAGTTTATTGAATC 316 AATAAGTAAGA-AATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACT-AAAC * * * * * * * 15645455 AGTTCAATTAATTATGGCCATTTCG-ACAACTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTG 1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTG * * * * 15645519 CCACAAAACAATTGTTT---TTAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAA 64 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TTTAAAAAATTAAT-A-T-GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTAAATATATTCAAATAGTTA 128 TTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACA-GTTCAAATAGTTA * * * * * * 15646002 TAATTGTTTGAATAATTATCAATTCTATTTCAAATCGTTATGA-CGTTTTGTTTTATCATAAAAC 192 TGACTATTTGAACAA-T-T--A-TCTATTTCAAATAGTTATGATC-TTTTGTTTTATCAT-AAAT * ** 15646066 AATTGCTTCT-TTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAGGTAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAA 250 AATTGTTTCTGTT-ATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAA * * 15646128 AATTAATAAAT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAAC 312 AATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAC * * * 15646171 ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTGCAAAT-AGCTATGACCTTTTTTTTT 1 A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTT * * * * ** 15646235 GTTATAAACCAATTGTTTCTA-TTTATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAA 63 GTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAA * * ** * * 15646299 TA-TTCTAAAAATTAATGAGTA-AAAGGTTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAGCAAGCTCAAAT 126 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Indices: 15647955--15648872 Score: 659 Period size: 181 Copynumber: 5.1 Consensus size: 178 15647945 CGACAACTAG * ** * 15647955 TAAGGGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA 1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAA * * * * 15648019 TTATCTATTTCAAAAT-GTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAA 65 TTATCTATTTC-AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTATTTATGTTCATATAA * * 15648083 GC-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT-GTTATGAAAATTCATCA 129 -CTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAGTTA--AAAATT-ATTA * * * ** * * * * * 15648135 CTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTGAATCAGTTCTAACAGTTA-AGACTATATGAACA 1 -TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACA * * ** * 15648199 ATTATCTATTTCAAATCGTAATGACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTATTTCAACTT-GTATA 64 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTATTT-ATGTTCATATA * * ** * 15648263 ACTTTATTTGGAATAAAATAAAACTAATTTGCTAATAGTTCAAAATT-TTA 128 ACTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAGTTAAAAATTATTA * * * 15648313 TAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACTAAACCAGTTCAAATAAG-TATAACTATTTGAATAG 1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTCAAAT-AGTTATAACTATTTGAACAA * * * * 15648377 TTATCTATTTCAAATCGTTATTACATTTTGTTTTGTCAT-ATAACAATTGTTTTTGTTCATATAA 65 TTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCA-AACAATTATTTATGTTCATATAA * * * * * 15648441 ATTTGTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATTAA 129 CTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAGTT-AAAAATT-ATT-A * * * * * * * ** * 15648494 TTAGAGATTTAATAAGTAAAT-TCGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGGCTATTTGAATAA 1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAA * * * * ** * * 15648558 TTAGCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAATAGTTGGTTCTATTCATACT-A 65 TTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTATTTATGTTCATA-TAA * * * 15648622 TTTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAACTTA--A 129 CTTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATAGT-TAAAAATTATTA * * * * * * 15648671 TAACCA-ATCAAATAAAAAATAAATCTAATTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGATTATATGA 1 TAA-GAGAT---TTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGA ** * * * * * * * * * 15648734 ATGATTATCAATTCCAAATCATTTTGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTTCGTA 61 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTATTTATGTTCATA * * * * * * * * 15648798 CAAGC-TTATTCGGATTAAAATAATAC-AAATTAATAATATTTTGAAAATTAATAA 126 TAA-CTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-GTTAAAAATT-ATTA * 15648852 GTAAGAGATTTGAAAAATAAA 1 -TAAGAGATTTAAAAAATAAA 15648873 ATTATCTGTG Statistics Matches: 581, Mismatches: 121, Indels: 72 0.75 0.16 0.09 Matches are distributed among these distances: 176 3 0.01 177 133 0.23 178 29 0.05 179 39 0.07 180 96 0.17 181 266 0.46 182 15 0.03 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (178 bp): TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT TATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTATTTATGTTCATATAACT TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAGTTAAAAATTATTA Found at i:15648446 original size:20 final size:20 Alignment explanation

Indices: 15648403--15648448 Score: 60 Period size: 20 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20 15648393 GTTATTACAT 15648403 TTTG-TTTTGTCATATAACA 1 TTTGTTTTTGTCATATAACA * 15648422 ATTGTTTTTGTTCATATAA-A 1 TTTGTTTTTG-TCATATAACA 15648442 TTTGTTT 1 TTTGTTT 15648449 AAAATAAAAT Statistics Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 3 0.82 0.07 0.11 Matches are distributed among these distances: 19 3 0.13 20 12 0.52 21 8 0.35 ACGTcount: A:0.24, C:0.07, G:0.11, T:0.59 Consensus pattern (20 bp): TTTGTTTTTGTCATATAACA Found at i:15648629 original size:358 final size:356 Alignment explanation

Indices: 15647912--15648872 Score: 840 Period size: 358 Copynumber: 2.7 Consensus size: 356 15647902 CCTACAAGCA * * * * * 15647912 TATTT-GAA-AAAA-AAAACTAATTTATTAATATTTCGACAAC-TAGTAAGGGATTTAAAAAATA 1 TATTTAGAATAAAATAAAACTAATTTAATAATA-TTCTAAAACTTAATAAGAGATTTAAAAAATA ** * * * 15647973 AATCTATTTA-TCAAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-G 65 AATCTATTTACT-AAACCAGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAATAGTTATCTATTTC-AAATCG * * * * * * 15648036 TTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT 127 TTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAAT * * * *** 15648101 AATACTAATTTAATAATGTTATGAAAATTCATCACTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTT 191 AATACTAATTTAATAATGTTATAAAAATTAATCAATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC * * * * * * 15648166 GAATCAGTTCTAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTAATGACCTTTTGT 256 AAACCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTAGCTATTTCAAATCATAATAACCTTTTGT * * 15648231 TTTGTCATCAAACAATTATTTCAACTTGTATAACTT 321 TTTGTCATCAAACAATTAGTTCAACTTATATAACTT * ** * * 15648267 TATTTGGAATAAAATAAAACTAATTTGCTAATAGTTC-AAAATTTTATAAGAGATTTAAAAAATA 1 TATTTAGAATAAAATAAAACTAATTTAATAATA-TTCTAAAACTTAATAAGAGATTTAAAAAATA * 15648331 ATTCTATTTACTAAACCAGTTCAAATAAGTATAACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCGTT 65 AATCTATTTACTAAACCAGTTCAAAT-AGTATAACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCGTT * * * * * * 15648396 ATTACATTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTTTTTGTTCATATAAATTTGTTTAAAATAAAATAA 129 ATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAA * * * * * * * * 15648461 TACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATTAATTAGAGATTTAATAAGTAAAT-TCGTTTACC 193 TACTAATTTAATAATGTTAT-AAAAATTAATCAATAAAAAATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACC * * ** * * * * 15648524 AAACCATTTCAAATAGTTTTGGCTATTTGAATAATTAGCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT 256 AAACCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTAGCTATTTCAAATCATAATAACCTTTTGT * * * * * 15648589 TTTGTCATCAAATAGTTGGTTCTA-TTCATACT-ATTT 321 TTTGTCATCAAACAATTAGTTCAACTT-ATA-TAACTT * * * 15648625 TATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAACTTAATAACCA-ATCAAATAAAAA 1 TATTTAGAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCTAAAACTTAATAA-GAGAT---TTAAAAA * * * * * * 15648689 ATAAATCTAATTGCTAAACCAGTTCAAATAGT-TAAGATTATATGAAT-GATTATCAATTCCAAA 62 ATAAATCTATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTAT-A-ACTATTTGAATAG-TTATCTATTTCAAA * * * * ** * 15648752 TCATT-TTGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTGTTCGTACAAGCTTATTCGGATTAA 124 TCGTTATT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTGTTCATACAAACTTATTCAAAATAA * * * * * * * 15648816 AATAATAC-AAATTAATAATATTTTGAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTGAAAAATAAA 188 AATAATACTAATTTAATAATGTTATAAAAATTAATCAA-TAAAAAATTTAAAAAATAAA 15648873 ATTATCTGTG Statistics Matches: 487, Mismatches: 97, Indels: 40 0.78 0.16 0.06 Matches are distributed among these distances: 355 5 0.01 356 3 0.01 357 18 0.04 358 301 0.62 359 43 0.09 360 37 0.08 361 80 0.16 ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (356 bp): TATTTAGAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCTAAAACTTAATAAGAGATTTAAAAAATAA ATCTATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTATAACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTAT TACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATAC TAATTTAATAATGTTATAAAAATTAATCAATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACC AGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTAGCTATTTCAAATCATAATAACCTTTTGTTTTGT CATCAAACAATTAGTTCAACTTATATAACTT Found at i:15649327 original size:183 final size:179 Alignment explanation

Indices: 15649012--15650745 Score: 1045 Period size: 182 Copynumber: 9.6 Consensus size: 179 15649002 TTCAAAAAAT * * * * 15649012 AACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTA-- 1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT--TTTATC * * * * * * 15649075 GTACAAGCTTATATGGAAT-AAATTATA-TTATTTGATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGA 63 ATACAAGCTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA * * * * * 15649138 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATAAGTTAAAATAATTATGACAATTTG 126 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG * * 15649192 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTTATCATA 1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATA * * 15649257 CAAGCTTGTTTGAAATATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAG 66 CAAGCTT-TTTG-AA-A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG * * * * * * 15649322 ATTT-AAAAAT-TATTTGGTTTATTGAACCAA-TTCGAATAGTTATGACTAATTG 127 ATTTAAAAAATAAATCT-GTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG * * * * * * * 15649374 AACAATTATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTGATCCTA 1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATA * * * ** * * 15649439 GAAGCTTATTCAGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAACTTAATAAGTAAGAGAT 66 CAAGCTTTTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT * * * ** * 15649503 TTAAAAAATAAATGTGTTTATCACACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAG 129 TTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG * * * * * * ** 15649554 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTT-TTCTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCA 1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATC-TTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCA * * * * * * 15649617 TACAAG-TTTATTAGGAATAAAATAATCCTAATATATTAACA-TTCGAAAAATTCATAAGCAAGA 64 TACAAGCTTT-TT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA * * * * 15649680 GACTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTG 126 GA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG ** * * * * 15649735 AACAATTACTCT-TTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATCGTTTTAGT-TC 1 AACAATTA-TCTATTTAAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TTATC * * * * * 15649798 ATA-AA-ATTTTATCCAAAATAAAATCATACTAATTTATTTATATTTCAAAAATTAATAAGCAAG 63 ATACAAGCTTTT-T--GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG * * * * * * 15649861 AAATTTAAAAAAATAAATCTATTTTTCTGAACAAATTCAAATTGTTATGACTATTTG 125 AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG * * * * ** 15649918 AACAATTGTATATTTAAAAT-AGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGT-TC 1 AACAATTATCTATTTAAAATCA-TTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTATC ** * ** 15649981 ATACAAGCTTATTCAAAAAATAATAATAATAATAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA 63 ATACAAGCTT-TT--TGAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA * * * * * ** * * * * 15650046 GTA-ACTTAAAAAGTGAATCTATTTA-CTGAATTAGTTTAAATAATTATGACCATTTC 124 G-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG * ** * * * 15650102 AACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAACACAATTGTTTTTCATCAT 1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCAT * * * ** * 15650167 AC-AGACTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTTCAAATTTTAATAAGTAGGAGA 65 ACAAG-CTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA * * * 15650231 TTTAAAAAATAGATCTGTTTACCAAAC-----C----AG-T-T-CCTATTTG 128 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG ** * * * * * * * * ** 15650271 AGTAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTCAGT-TCA 1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTATCA * * * 15650335 TACAAG-TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGA 64 TACAAGCTTT-TT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA * * * * * * **** 15650398 GATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAAGC-AGTTCAAACAGTTAAGACTGCAAG 126 GATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG * * * ** ** * 15650452 AACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTGTTTCATCATAAAACAATCATTTTAGT-TC 1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA--TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TTATC * * * * * * * * * 15650516 ATACATGTTTATTTGATATAAAATGATATTAATTTATTGATA-TTCTAAAAA--AAAAAATAAGT 63 ATACAAGCTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA * * * * * ** * * * * * 15650578 GATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACCACATTATTTCAAATAATTATGGCCATTTC 126 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG * ** * * * * 15650632 AACAATTATCTATTTCAAATCGCTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAAC-ATAT-TTTTTTATCA 1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTTTATCA * * * 15650695 TTCAAGCTTTTTTGAAATAAAATGAA-ACTAATTTATTAATCTTTAAAAAAT 64 TACAAGC-TTTTTGAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT 15650746 AAATCTATTT Statistics Matches: 1202, Mismatches: 277, Indels: 151 0.74 0.17 0.09 Matches are distributed among these distances: 167 1 0.00 168 6 0.00 169 115 0.10 170 6 0.00 171 1 0.00 172 1 0.00 174 1 0.00 177 4 0.00 178 48 0.04 179 109 0.09 180 215 0.18 181 162 0.13 182 242 0.20 183 134 0.11 184 90 0.07 185 24 0.02 186 41 0.03 187 2 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40 Consensus pattern (179 bp): AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATA 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Indices: 15649012--15650734 Score: 1194 Period size: 362 Copynumber: 4.8 Consensus size: 361 15649002 TTCAAAAAAT * ** * * * 15649012 AACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTA 1 AACAATTATCT-TTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTGA-TCA * * * 15649075 GTACAAGCTTA-T-ATGGAAT-AAATTATA-TTATTTGATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAA 63 -TA-AAGCTTATTCA-GAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAA * * * * * 15649136 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATAAGTTAAAATAATTATGACAATTTGAACAATTAT 123 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT * * * * ** 15649201 CTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTT-TTGTTATAAAACAATTGTTT-TTTATCATACAAGCT 188 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCT * * * * 15649263 TGTT-TGAAATATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAAAGATTT 252 TATTCAG-AA-A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTA * ** * * * 15649326 AAAAAT-TATTTGGTTTATTGAACCAA-TTCGAATAGTTATGACTAATTG 314 AAAAATAAATTT-GTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG * * * ** * * * 15649374 AACAATTATCAATCTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTGATCCT 1 AACAATTATC-TTTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TGATCAT ** * 15649438 AGAAGCTTATTCAGTTA-AAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAACTTAATAAGTAAGAG 64 A-AAGCTTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA-TTAATAAGTAAGAG * * * ** * * 15649501 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCACACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTA 126 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA * * * * 15649566 TTTCAAATCGTTATGA-CATTT-TTCTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCATACAAGTTTAT 191 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTAT * * * * * 15649628 T-AGGAATAAAATAATCCTAATATATTAACA-TTCGAAAAATTCATAAGCAAGAGACTTGAAAAA 255 TCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAAATTAATAAGCAAGAGA-TT-AAAAA * 15649691 ATAAATTTGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTG 318 ATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG * * 15649735 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AACAATTATCT-TTTAAAATTGTTATG-ACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTGATCA * * * * * 15650166 TACAGACTTATTC-GGAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTTCAAATTTTAATAAGTAGGAG 63 TAAAG-CTTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-ATTAATAAGTAAGAG * * * ** * 15650230 ATTTAAAAAATAGATCTGTTTACCAAAC-----C----AG-T-T-CCTATTTGAGTAATTACCTA 126 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA * * * 15650283 TTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTC-TGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATT 191 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT * * 15650347 CA-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAA 256 CAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAAATTAATAAGC-AAGAGA-TTAAAAAA * * * * * * * **** 15650409 TAAATCTATTTGCTGAAGC-AGTTCAAACAGTTAAGACTGCAAG 319 TAAATTTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG * * * ** * 15650452 AACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTGTTTCATCATAAAACAATCATTTTAGTTCA 1 AACAATTATCT-TTTAAAATTGTTATGA-CTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT-GATCA * * * * * * * * * * * 15650517 TACATGTTTATT-TGATATAAAATGATATTAATTTATTGATA-TTCTAAAA-AAAAAAATAAGTG 63 TA-AAGCTTATTCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAG * * * * * ** * * * * * 15650579 ATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACCACATTATTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTA 126 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA * * * * * * 15650644 TTTCAAATCGCTATTACCTTTTGTT-TGGTCATATAACAT-ATTTTTTTA--TCATTCAAGCTT- 191 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTTGTCATA-AA-ATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA ** 15650704 TTTTGAAATAAAATGAA-ACTAATTTATTAAT 254 TTCAGAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAAT 15650735 CTTTAAAAAA Statistics Matches: 1073, Mismatches: 221, Indels: 136 0.75 0.15 0.10 Matches are distributed among these distances: 349 34 0.03 350 99 0.09 351 61 0.06 352 2 0.00 353 72 0.07 354 2 0.00 355 1 0.00 356 1 0.00 358 4 0.00 359 42 0.04 360 42 0.04 361 135 0.13 362 251 0.23 363 35 0.03 364 44 0.04 365 40 0.04 366 27 0.03 367 136 0.13 368 41 0.04 369 4 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40 Consensus pattern (361 bp): 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Indices: 15652357--15655167 Score: 1989 Period size: 181 Copynumber: 15.7 Consensus size: 181 15652347 TTTCAACACA * * * * * * * 15652357 TTCAAATAATTATGACCCTTTCTTTTGTCATAAACCAATTGTTT-TCGTTCATATAAGCATATTC 1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC * ** * 15652421 AAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA 65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA * ** * * * 15652486 TATATTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTGT 130 TCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT * ** * * * 15652538 TTTAAATAGTTATGTTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTCA 1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA * * * * * 15652603 GAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTGAAAAATAAAT 66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT * * * * * * 15652668 TTCTTTACCGAATAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTAT 131 CTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT * * * ** 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TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-CTCGACTAATTAA 561 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTC-A-AAATTTA * * * 15655142 TAAGAAAGAGAATT--AAAA-AA---A--T----AA--A--T---AT-GTT-T-GC----TGAAC 623 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC 15655181 -A--A---ATTTC- 688 AATTATCCATTTCA * * * * * * * ** ** 15655188 AAATCATTATGACCTTCTATTTAT-TCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATTCTTATTTGAA 1 AAAT-ATTATAACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTATTTTAGTTTATATAAGCTTATTCAAA * * * * * 15655252 ATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTAAAAAAATAAATC 64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGTAA-AAGATT-TAAAAATAAATC * * ** * * * * 15655316 AGTATACCAAACCAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTA-T 127 AATTTACTGAA-CAATTCAAATAATTTA-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATT * * * * * * * 15655379 AAC-TTT-TTTTATCATAAGACAA-T-TATTTCAATTCATAAAATCTTATCAAAAATAAAATAAT 189 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAA---ATACAAGCTTATC--GAA-AAAATAAT * ** * * * * 15655440 ATTACCTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTCAAAAATAAATTAGTTTATCAAA 248 ACTAATTTATTAATATTTC-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAC * * * * * * * * * * * * 15655505 TCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGTATAATTATCTATTTTAAATCGTTCTAAACTTT-TATTG 307 T-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGTTTTA * * ** * ** 15655569 TCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCGGAATAAAATAACACT-AATTTTTTAA 371 TCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTAATAA * * * ** 15655632 TATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-TCAGTTCAAAT 434 TATTCT-GAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTGCCAAACT-AGTTCAAAT ** * * * * * ** * * 15655695 AGTTATTACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGCTCTATCATAAAACA 493 AGTTAAGACTA-TTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACA * * * * * * * * * 15655760 ATTATTTCTA-TCCATATAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTTAAAAA 557 ATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCA-AATTAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAA * * * * ** * * * 15655824 TTAATAACTAAGAAATTT-AAAAATAAATTTGCTTATCGAACCAGTTCAAATTGTTA-AAGCTAT 619 TTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATAA-CTAT * * ** 15655887 ATGAACAATTCTTTATTTCA 682 TTGAACAATTATCCATTTCA * * * * * * * * * * * 15655907 AATTGTT-TGACCTTTTATTTTGCCGTAAAA-ATTTTTTTTTAGTTTTTACTAA-ATTATTCAGA 1 AAATATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTATTTTAGTTTATA-TAAGCTTATTCAAA * ** * * * * 15655969 AT-AAATAA-AATAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTT 64 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATC ** * * * * * 15656032 TGTTTACCGAACCAATTCAAATAA-TTATCACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATG 127 AATTTACTGAA-CAATTCAAATAATTTA-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATT * * * * * * 15656096 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATA-AA-ATTGTTCAAAATAAAATAAT 189 ACCTTTTATTTTGTCATAAAAC-AAT-TGTTT-TTCAAATACAAGCTT-ATC-GAA-AAAATAAT * * * * * 15656159 ATTAATTTATTAATA--TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTAAAC 248 ACTAATTTATTAATATTTCAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTAC-CAAC * * * * * * ** * 15656222 TAGTTGAATTACTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATAATTTGTTTTG 307 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTGTTTTA * *** * *** * * * 15656287 TCATAAAAC-ATT-TTTTTATTCAT-GTTGTATTATTTGGAATAAAGTAATGCT-AATTTATTAA 371 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAAT-ATAAATTTAATAA * * * * * * * * * 15656348 TATTCTAAAAATTAATAACAAATTTAAAAATTGAA--C--CTG----ACTGGTTAAAATAGTTAT 434 TATTCTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAA * * * * * * * * * 15656405 GATTGTTGGAACAAATAGCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTATCACAAAACAATTGTT 499 GACTATT-AAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT * * * * 15656470 TCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT 563 TC-AGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAA-ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTTAT * * * * * * 15656533 AAGTAAGATATTT-AAAAATGGATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGAA-TATTTGAA 624 AAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAA * * 15656596 TAATTATCTATTTCA 687 CAATTATCCATTTCA * ** * * * * * * * 15656611 AATTGCTAAAACCTTTTGTTTTGCCATAAAATATTTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AA 1 AAATATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTTATATAAGCTTA-TTCAAA * * * * * 15656674 ATAAAATAATA-TAAATTTATTAAAATTCAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATC 64 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATC * * * * * * 15656738 AGTTTACTAAATAAATTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATA 127 AATTTACTGAA-CAATTCAAATAATTTA-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATT * * * ** * * * 15656802 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTTCTTCATGCAAGCTTATTCAGATTAAAATAATAT 189 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-AAATACAAGCTTA-TC-GA-AAAAATAATAC * * * ** * 15656867 TAATTTCTTCATATTTTGACTATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAA-T 250 TAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAG----AGA-TTTAAAAATAAATTTGTTTACC-AACT * * * ** * ** 15656931 AAGTTCAAATAATCAAG-CTATTTGATTAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCCA 308 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTA * * * * * * * * * * 15656995 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Indices: 15652379--15655123 Score: 1733 Period size: 358 Copynumber: 7.7 Consensus size: 356 15652369 TGACCCTTTC * * * * * * 15652379 TTTTGTCATAAACCAATTGTTTTCGTTCATATAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTAT 1 TTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT * * * * ** * * 15652444 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATATTTACCGAGCAAGTTCAA 66 TAATATT-TAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCA-ATTTACTAAACCAGTTCAA * * * * ** * 15652508 ATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTGTTTTAAATAGTTATGTTCTTTTGTTTTGTCATAAA 129 ATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAA * * * * * 15652572 ACAACTGTTTCTA-TTTATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAA-A-TTCT 193 ACAATTGGTTC-AGTTCATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATTTA-TAAATATTTC- * * * * * * 15652634 GAAAATTAATAGGTAGGAGATTTGAAAAATAAATTTCTTTACCG-AA-TAAGTTCAAATAATCAT 254 AAAAATTAATA---A-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGAAACT-AGTTCAAATAGTTAT * * * * 15652697 GTCCATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTG 313 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Indices: 15655035--15655314 Score: 398 Period size: 148 Copynumber: 1.9 Consensus size: 147 15655025 GCAATTATCT * * * 15655035 ATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT 1 ATTTCAAATCATTATGACCTTCTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT * * ** 15655100 CAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACACTCGACTAATTAATAAGAAAGAGAATTAAAAAAATA 66 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTCAAAAAATTAATAAGAAAGA-AATTAAAAAAATA 15655165 AATATGTTTGCTGAACAA 130 AATATGTTTGCTGAACAA * * * ** 15655183 ATTTCAAATCATTATGACCTTCTATTTATTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATTCTTATT 1 ATTTCAAATCATTATGACCTTCTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT ** * * * 15655248 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAATAA 66 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTCAAAAAATTAATAAGAAAGAAATTAAAAAAATAA 15655313 AT 131 AT 15655315 CAGTATACCA Statistics Matches: 115, Mismatches: 17, Indels: 1 0.86 0.13 0.01 Matches are distributed among these distances: 147 16 0.14 148 99 0.86 ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.07, T:0.38 Consensus pattern (147 bp): ATTTCAAATCATTATGACCTTCTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTCAAAAAATTAATAAGAAAGAAATTAAAAAAATAA ATATGTTTGCTGAACAA Found at i:15655825 original size:181 final size:181 Alignment explanation

Indices: 15655183--15659015 Score: 2699 Period size: 181 Copynumber: 21.4 Consensus size: 181 15655173 TGCTGAACAA * * * ** 15655183 ATTTCAAATCATTATGACCTTCTATTTAT-TCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATTCTTA 1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA * * * * * 15655246 TTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAA 64 TTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA * * ** * * 15655310 TAAATCAGTATACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCT 128 TAAATCTGTTTACTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT * * * * * * * * * 15655364 ATTTAAAATCATTAT-AAC-TTT-TTTTATCATAAGACAATTATTTCAATTCATAAAATCTTATC 1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT * * * ** * * * 15655426 AAAAATAAAATAATATTACCTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTCAAAAATAA 66 TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA * * * * * * * 15655491 AT-TAGTTTA-TCAAATCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGTATAATTATCT 131 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TCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAACATA-AGATTTGAAAAA 65 TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA-AGAGATTT-AAAAA * * * * * * * * 15658706 ATAAATCCGTTTAC-CAAACAAATTCATATAGTTATGATTTTTTAAACAATTATCT 127 ATAAATCTGTTTACTGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT * * * * * * ** 15658761 ATTT-AAACTCGTTATGAACTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTTCAATTTATA-AA-AATAT 1 ATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT * * * * 15658823 CTCCAAAATAAAATAATACTACTTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA 65 -T-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA * * * * * * 15658888 CAAAAT-TAGTTT-GTCGAATAAGTTCAAATAGTTATGGCCT-TTTGTACAATTGTCT 128 -TAAATCT-GTTTACT-GAATCAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCT * * ** * * * * 15658943 TTTTCAATTTGTTATTACC--TT-TTTTGTAATAAAATAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCTTAT 1 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTAT 15659004 TT-GAAATAAAAT 65 TTAG-AATAAAAT 15659016 TGTTATTACC Statistics Matches: 2896, Mismatches: 601, Indels: 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* * * * 15660696 ATAGGCTTGTACGAACAGAAGCAATTGTCTTGCAATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATA 1 ATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA * * * * * ** * * 15660761 GATAATTGTTCCAACAGTCATAATTATTTGCACTGCTT-AGGCCAACAAATTCATTTTTT-AATC 66 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATC ** * * * 15660824 CATTACTTATTAA-TTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTGA 130 TTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGA ** * * * 15660875 ATAAGAATGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAGCGATTTGAAAT 1 ATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT * * * * * * * * 15660939 AAATAATTTTTCAAATAGTTAAAACTAATTGAACTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTT-AA-- 65 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC * * * 15661001 TTCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGA 130 TTTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGA * * * * * * 15661052 ACAAACTTATTTGAATA-AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT 1 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* * * * * 15661902 AAAATTTTTTCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAACCAT 64 AAAATCTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT * * * * * * * * * 15661967 ATATGAATTG--AAACAATAATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAAATTAAAATAGATAAT 129 ATTTG-A-TGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTTGAAATAAATAAT * * * * * * 15662030 TATT-ATAATAATCTTAACTATTTGAACTGGA-TCGACAAACACATTTATTTTTTAAAT-TTTTA 192 TGTTCA-AATGATCATAACTATTTGAACT-GATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA * * * * * 15662092 CTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAATA 255 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATA * * * * * * 15662156 GAAACAAATGTTTTAGGACAAAA-CAAAGATCATAACGA-TTTAAGAAAGATAATTGTTTAAATA 318 GAAACAATTGTTTTA-TACAAAACCAAAGGTTATAACAATTTTAA-ATAGATAATTGTTTAAATA * *** ** * * * * 15662219 GTCATAGCTATTTGAACCGGTTCGGTAAAGAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTACTAATTTTCAAA 381 GTCATAACTATTTGAATTTGTTCAATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAA * * * * * * 15662284 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AATTTTAATA Statistics Matches: 2227, Mismatches: 466, Indels: 210 0.77 0.16 0.07 Matches are distributed among these distances: 712 2 0.00 713 12 0.01 714 132 0.06 715 7 0.00 716 106 0.05 717 246 0.11 718 374 0.17 719 548 0.25 720 85 0.04 721 126 0.06 722 12 0.01 723 20 0.01 724 194 0.09 725 303 0.14 726 58 0.03 727 2 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41 Consensus pattern (713 bp): AAATAGATAATTATTCAAATAATTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAA AATCTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTAT TTGATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT CAAATGATCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT TGTTTTATACAAAACCAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTA TTTGAATTTGTTCAATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATGTTAATAA ATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAAATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA AGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTGGCAAAC 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AGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTC-ACAAACAAATTTA-TTTTTTAA-A * * * * * 15661181 CTTTTACTGATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTGTCTTATTTTA-TTCTTAATAAG-TTAG 762 TTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCTCAATAAGCTT-G ** * * * * * 15661243 TAACAACTAAAAAAATTTTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAAC-ATTTGAAATA-A-AGAATT 825 TATGAATTGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA-AATT 15661305 GTT 889 GTT * * * * * * * 15661308 CATATGGCCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTAAAAACTCTTAGTTAT 1 -AAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTT-TAAA-TC-T-CTTAT * * * * * * * * 15661372 TAATTTTTAAAAGATTATTACATTAGTATTTTTTTATATAGAATAAACTTGTACGAATAGAAATA 61 TAA-TTTTAAATG-TTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACA * * * * * * * * 15661437 ATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAA-GAAATTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATA 123 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATACTCATA * * * * * 15661501 ATCATTTGATCTGGTTCGATAAACATATTTAATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAA 187 CT-ATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTT-A-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA ** * * ** * ** * * * 15661566 TATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCT-GAATTGGCTAGTATGATGAAAAAGAATTGTCTTATG 249 TATTAATAAATTAATATTATTGTAATCTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATCTTATA * * * * * * 15661630 ACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACT 314 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT * * * * * * * * 15661695 AATTCGATAAACT-GATTTATGTTTTGAATCT-CTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAG 379 GATTCGGTGAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCCT-ACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAAT * * * * * ** * 15661758 TAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTAT-A-AACTGAAACAATTGTTTTATGGTAAAATAAA 442 TAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATAA---AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAA * * * * * * 15661821 AAG-TCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA 503 AAGTTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAA-TAAAACTATTTGAAC-TGTTCGATA * * * * 15661885 AACAGATTTATTTTTTAAAAATTTTTTCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATT 566 AACAGATTTATTTTTT--AAA--TTCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATT * * * * * * 15661950 TTATTTTGAATAACCATATATGAATTGAAACAATAATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAA 627 TTATTTTGAATAAGCATTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA * * * * * * 15662015 ATTAAAATAGATAATTATT-ATAATAATCTTAACTATTTGAACTGGATCGACAAACACATTTATT 692 TTTAAAATAGATAATTGTTCA-AATAATCATAACTATTTGAACTAGTTC-ACAAACAAATTTATT * * * * * * 15662079 TTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTAC-TCTGAATAA 755 TTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCTCAATAA * * * * * * 15662143 GCTTGTATGAATAGAAACAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTT-AAGAAAGAT 820 GCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGAT 15662206 -AATTGTTT 884 AAATTG-TT * * * * * * ** * 15662214 AAATAGTCATAGCTATTTGAAC-CGGTTCGGTAAAGAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTACTAATT 1 AAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT * * * * * * 15662278 TTCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACATAAACATTTGT 66 TT--AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTAT * * * * * * 15662343 TTTATGACAAAACAAAATGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTATTCATATA-GCATTAACCAT 128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATACTCA-T-ACTAT * * * * * ** * 15662407 TTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTA-TATGTTAATTTTCAAAATATTAT 191 TTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAA * * * * * * * * * 15662471 TAGATTACTATTATT-TTATTTCGAATAAACTTGTATGAATATAAATAATTATTTTAAAACAAAA 255 TAAATTAATATTATTGTAATCTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATCTTATAACAAAA * * * * 15662535 CAAAAGGTTATAATGATTCGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCG 320 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCG * * 15662600 GTGAATAGATTTCTTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTA 385 GTGAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTA * * * * 15662665 TTTTATTCCT-AATAGGCTTATTTGATGAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA 450 TTTTATT-CTGAATAAGCTTGTATGAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA * * * ** 15662729 CGATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATGGATAAAATTATTTGAACTGATTCGATAAATTGATTTA 513 CGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT-AATAAAACTATTTGAACTG-TTCGATAAACAGATTTA * * * * * 15662794 TTTTTTAAATCTCCAACCTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAAT 576 TTTTTTAAAT-T-C-TCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAAT ** * * * * * * 15662859 AAGGTTTTATGAACTGAAACACTTGTTTTAT-TCTAAAACCAAAGGTTATAACAATTTTAAATAG 638 AAGCATTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAG * * * * * * * 15662923 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCATTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTT 702 ATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTCA-CAAACAAATTTATTTTTTAAA--TT * * * * 15662988 TTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAATATTATTTTACTTC-CAATAAGCATGTATG 764 TTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCTCAATAAGCTTGTATG * * * * 15663052 AATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAAATAGTCT 829 AATTGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAATTGT-T * * 15663116 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G-TGAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATT * * 15663564 ATTTTAAT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT-A 449 ATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATG-ATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCA * *** * * * * 15663626 T-AGGAATTTGAAATGGGTAATTGTTCAAATAATCATAACTATGTGAATTTGTTCAATAAACAGA 510 TAACG-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAAT-AAAACTATTTGAA-CTGTTCGATAAACAGA * * 15663690 TTTAGTTTTTAAA-TCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGA-ATTATATTATTTTGA 572 TTTATTTTTTAAATTCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTTGA * * * * * * 15663753 ATAAGCATGTATGAACAGAAATAATTATTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAACTATTTAAAATA 636 ATAAGCATTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATA * * * 15663818 GATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGCACTAGTT 701 GATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTT 15663856 AGGCGAACAT Statistics Matches: 2017, Mismatches: 439, Indels: 183 0.76 0.17 0.07 Matches are distributed among these distances: 895 1 0.00 896 132 0.07 897 168 0.08 898 157 0.08 899 369 0.18 900 547 0.27 901 217 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Indices: 15660396--15664107 Score: 2778 Period size: 538 Copynumber: 6.9 Consensus size: 536 15660386 TAACAACTTA * * ** * 15660396 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTA 1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTA * * * * * * 15660461 AGTCTTTTACTTATTAACTATTT-CAATATTAACAAATTTGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCT 66 AATC---TACTTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTG-AATAAGCT * * * 15660524 TGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGGTTTGAAATAGATAATT 126 TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATT * * * * * * 15660589 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTGAACAGATTCA-TTTTAAATCTCTTACGT 191 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACATATTTATTTTTAAATC-CTTACTT * * * ** * * * 15660652 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAGATTATGTTATTTCAAATAGGCTTGTACGAACAGAAG 254 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA * *** * * * * * * 15660717 CAATTGTCTTGCAATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCCAACAGTCAT 319 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AAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCA-ACAAAGAAAATTATTTTTTTAAGCCTTTTACTGAT 195 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCC--TTACTTAT * ** * ** 15661192 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTCTTATTTTATTCTT-AATAAG-TTAGTAACAACTA-AA 256 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TTGAATAAGCTT-GTATGAAC-AGAA * * * * * * * * * * * 15661254 AAAATTTTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAA-CATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATGGCCT 318 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA * * * * * 15661318 TAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTAAAAACTCTTAGTTATTAATTTTTAA 383 TAACTATTTGAACTT-GTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAA * * * * * * * * * * 15661382 AAGATTATTACATTAGTATTTTTTTATATAGAATAAACTTGTACGAATAGAAATAATTGTTTTAT 447 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTGAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAATTATTTTAT * * * 15661447 GACAGAACAAAAGGTTATAAGAAATTA 511 GACAAAACAAAAGGTTATAAG-ATTTG * * * * 15661474 AAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TCATTTGATCTGGTTCGATAAACATATTTAATTTTT 1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTT-ATTTTT * * * * ** 15661538 TAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTCTGAATTGGCT 64 TAAA--T-CTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCT * * * * * * 15661603 AGTATG-ATGAAAAAGAATTGTCTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAGATAGATAA 126 TGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACGATTTGAAATAGATAA * * * * * * * * 15661666 TTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCGATAAAC-TGATTTATGTTTTGAATCTCTAA 189 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAT-ATTTAT-TTTTAAATC-CTTA * * * * * * * 15661730 CTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATAAACTG 251 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAG ** * * * * 15661795 AAACAATTGTTTTATGGTAAAATAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAAT 316 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT * * * * 15661860 TATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAAT-TTTTTCTTATTAATTTT 381 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTT--AAATCTTTTACTTATTAATTTT * * * * * * * 15661924 TTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAACCATATATGAATTGAAACAATAATTT 444 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAATTATTT * * * * * * 15661989 TATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAAATTA 508 TATGACAAAACAAAAGGTTATAA-GATTTG * * * * ** * 15662019 AAATAGATAATTATT-ATAATAATCTTAACTATTTGAACTGGATCGACAAACACATTTATTTTTT 1 AAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT * * * * * * 15662083 AAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAA-TATTTTACTCTGAATAAGCTT 65 AAA--TCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG-AATTATTTTATTTTGAATAAGCTT * * * * * * 15662147 GTATGAATAGAAACAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTT-AAGAAAGATAATT 127 GTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAA-ATAGATAATT * * ** * * * * 15662210 GTTTAAATAGTCATAGCTATTTGAACCGGTTCGGTAAAGAGATTTAGGTTTTAAAT-C-T-CTTA 191 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCCTTACTTA * * * * * * * 15662272 CTAATTTTCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACATAAAC 255 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC * * * * * * 15662337 ATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAG-CATT 320 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-T * * * * * * 15662401 AACCATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTA-TATGTTAATTTTCAAA 384 AACTATTTGAACTTGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTAAA * * * * * * * ** 15662464 ATATTATTAGATTACTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATATAAATAATTATTTTAAA 448 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATG * 15662529 ACAAAACAAAAGGTTATAATGATTCG 512 ACAAAACAAAAGGTTATAA-GATTTG * * * * 15662555 AAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTGAATAGATTTCTTTTTTA 1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTA * * * * * 15662620 AATCTCCTACTCATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCT-AATAGGCTT 66 AA--T-CTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATT-TTGAATAAGCTT * * * * * * 15662684 ATTTG-ATGAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAACAAATAAT 127 GTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACGATTTGAAATAGATAAT * * * * * * ** 15662747 TGTTCAAATGGAT-AAAATTATTTGAACT-GATTCGATAAA-TTGATTTATTTTTTAAATCTCCA 190 TGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAG-TTAGGTAAACAT-ATTTA-TTTTTAAATC-CTT * * * * * * * 15662809 ACCTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGGTTTTATGAACT 250 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA * * * * * ** * * 15662874 GAAACACTTGTTTTAT-TCTAAAACCAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATA 315 GAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * *** * * * 15662938 GTCATAACTATTTGAATTTGTTCATTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTTACTTATTAATTT 379 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTT ** * * * ** * * 15663003 TTTGAATGTTAATAAAATAATATTATTTTACTTCCAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATT 443 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAATTATT * * * 15663068 TTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTG 507 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TTTTTAAAATATTAATAAATTTTAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGAC-TA 259 TTTTTAAAATATTAATAAA--TTAATA-T--T--ATT----TTA---T-TTT-GAATAAG-CTTG ** ** * ** * * * * 15663958 TACCAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTAT 307 TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT * * * * * * ** * * 15664023 TCATATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTTAACAGATTTATTTTTTATATC---T-CTTAT 372 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT 15664084 TAATTTTTAAAATATTAATAAATT 437 TAATTTTTAAAATATTAATAAATT 15664108 GTTATAACTA Statistics Matches: 2476, Mismatches: 583, Indels: 217 0.76 0.18 0.07 Matches are distributed among these distances: 534 3 0.00 535 134 0.05 536 153 0.06 537 289 0.12 538 583 0.24 539 300 0.12 540 30 0.01 541 5 0.00 542 195 0.08 543 163 0.07 544 338 0.14 545 147 0.06 546 5 0.00 549 1 0.00 550 25 0.01 551 1 0.00 553 2 0.00 554 99 0.04 555 3 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41 Consensus pattern (536 bp): 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Indices: 15664157--15665263 Score: 801 Period size: 181 Copynumber: 6.1 Consensus size: 181 15664147 TTTTATATCT * * * * * * * * * 15664157 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TCCAAACAAACTTATTTGAACA 1 CTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATCTTCGAATAAGCTTGTATGAACA * * * * * ** * 15664221 AAAACATTTGTTTTACGACAAAACAAAAAGTTATAACT-ATTTGAAATAGATAATTACTCATATA 66 AAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * * ** * * ** * ** 15664285 GCCTTAACTATTTGCACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTTAAT-TTTTGA 129 GTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACATGTTTA-TTTTTTAAATCTCCT-A * * * * * * 15664339 GTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTAGCATTATTTT-T-TTCGAATAAGCTTGTATGAAC 1 CTTATTAATTTTTGA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATCTTCGAATAAGCTTGTATGAAC * * * 15664401 ATAAAA-AATTATCTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAAATT-TTCAAA 65 A-AAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAA * ** 15664464 TAGTTATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACATGTTTAGTTTTTTAAGCCTCCTA 127 TAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACATGTTTA-TTTTTTAAATCTCCTA * * ** 15664520 CTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATCTT-GAATAGGTTTGTATGATGA 1 CTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATCTTCGAATAAGCTTGTATGAACA * * * * 15664584 AAAACAATTATTTTTTGACAAACCAAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG 66 AAAACAATTATTTTATGACAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG * * * * 15664649 TCATAATTATTTGAACT-GATTCAATAAAC-TGATTTATTTTTTAAATCTCCAA 130 TCATAACTATTTAAACTAG-TTCGATAAACATG-TTTATTTTTTAAATCTCCTA * * * * * * * 15664701 CTTCTCAATTTTTGAAATAG-TAATAAAGTAATATTATTTTTAT-TTTGGATAAGCTTTTATGAA 1 CTTATTAATTTTTGAAAT-GTTAATAAATTAGTATTA-TTTTATCTTCGAATAAGCTTGTATGAA * * * * 15664764 CTAAAACAATTGTTTTATTGTA-AAAGAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAA 64 CAAAAACAATTATTTTA-TG-ACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA * * * * * * * ** * * ** * 15664828 TAGTCGTAAATATTTGAATTTGTTCAACAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTG 127 TAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACATGTTTATTTTTTAAATCTCCTA * * 15664883 CTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCATGTATGAAC 1 CTTATTAATTTT-TGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATCTTCGAATAAGCTTGTATGAAC * * * * * 15664946 GAAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGAT-ATATATTCTAAT 65 AAAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAAT * * * * ** ** * * 15665010 AGTCTTAACTATTTAAAATGGTTTGGCAAACACATTTATTTTCTAAATCTCTTA 128 AGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACATGTTTATTTTTTAAATCTCCTA * * * *** * * * 15665064 CTTATTAATTTTAG-AATATTATTGGTTTAGCAATATTTTA-CTTCGAATAAGCTTGTATAAACA 1 CTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATCTTCGAATAAGCTTGTATGAACA * * * ** * 15665127 GAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAATA--TCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATA 66 AAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * * 15665190 GTCATAACTATTTAAACTAGTAT-GATAAATA-GATTTAGTTTTTAAA--T-CT- 129 GTCATAACTATTTAAACTAGT-TCGATAAACATG-TTTATTTTTTAAATCTCCTA * * 15665239 CTTATTAATTTTTGAGATATTAATA 1 CTTATTAATTTTTGAAATGTTAATA 15665264 GATGTGGTTG Statistics Matches: 738, Mismatches: 155, Indels: 70 0.77 0.16 0.07 Matches are distributed among these distances: 175 13 0.02 176 8 0.01 177 1 0.00 179 60 0.08 180 67 0.09 181 315 0.43 182 264 0.36 183 9 0.01 184 1 0.00 ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42 Consensus pattern (181 bp): CTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATCTTCGAATAAGCTTGTATGAACA AAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT CATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACATGTTTATTTTTTAAATCTCCTA Done.