Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_019167993.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_25, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 17943224
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35

Warning! 94000 characters in sequence are not A, C, G, or T


File 90 of 100

Found at i:15666410 original size:44 final size:44

Alignment explanation

Indices: 15666346--15666444 Score: 126 Period size: 44 Copynumber: 2.2 Consensus size: 44 15666336 AATAAATACA * * * * * * 15666346 TAATAGTAAATCATTGATAATTTAGATGTAAATTATTGATAACT 1 TAATAATAAATCACTAATAATGTAGATGTAAATCAGTGATAACT * * 15666390 TAATAATAAATCACTAATAATGTAGTTGTAAATCAGTGATAATT 1 TAATAATAAATCACTAATAATGTAGATGTAAATCAGTGATAACT 15666434 TAATAATAAAT 1 TAATAATAAAT 15666445 TAGTTCATCT Statistics Matches: 47, Mismatches: 8, Indels: 0 0.85 0.15 0.00 Matches are distributed among these distances: 44 47 1.00 ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.10, T:0.38 Consensus pattern (44 bp): TAATAATAAATCACTAATAATGTAGATGTAAATCAGTGATAACT Found at i:15666443 original size:22 final size:22 Alignment explanation

Indices: 15666346--15666444 Score: 92 Period size: 22 Copynumber: 4.5 Consensus size: 22 15666336 AATAAATACA 15666346 TAATAGTAAATCATTGATAATT 1 TAATAGTAAATCATTGATAATT * * 15666368 TAGAT-GTAAATTATTGATAACT 1 TA-ATAGTAAATCATTGATAATT * * * * 15666390 TAATAATAAATCACTAATAATG 1 TAATAGTAAATCATTGATAATT * * * 15666412 TAGTTGTAAATCAGTGATAATT 1 TAATAGTAAATCATTGATAATT * 15666434 TAATAATAAAT 1 TAATAGTAAAT 15666445 TAGTTCATCT Statistics Matches: 58, Mismatches: 17, Indels: 4 0.73 0.22 0.05 Matches are distributed among these distances: 21 2 0.03 22 54 0.93 23 2 0.03 ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.10, T:0.38 Consensus pattern (22 bp): TAATAGTAAATCATTGATAATT Found at i:15666616 original size:22 final size:22 Alignment explanation

Indices: 15666548--15666618 Score: 97 Period size: 22 Copynumber: 3.2 Consensus size: 22 15666538 AATCATCAAC * 15666548 AATTTAGTAATAAATCATTCAT 1 AATTTAGTAATAAATCATTGAT * * * 15666570 AAATTAGTAATAAATCAATGCT 1 AATTTAGTAATAAATCATTGAT * 15666592 AATTTAGTAAAAAATCATTGAT 1 AATTTAGTAATAAATCATTGAT 15666614 AATTT 1 AATTT 15666619 GGTAGTATAT Statistics Matches: 41, Mismatches: 8, Indels: 0 0.84 0.16 0.00 Matches are distributed among these distances: 22 41 1.00 ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.07, T:0.38 Consensus pattern (22 bp): AATTTAGTAATAAATCATTGAT Found at i:15666687 original size:22 final size:22 Alignment explanation

Indices: 15666555--15666687 Score: 72 Period size: 22 Copynumber: 6.0 Consensus size: 22 15666545 AACAATTTAG * * * 15666555 TAATAAATCATTCATAAATTAG 1 TAATAAATCAATGATAAATTAA * * * 15666577 TAATAAATCAATGCTAATTTAG 1 TAATAAATCAATGATAAATTAA * * * ** 15666599 TAAAAAATCATTGATAATTTGG 1 TAATAAATCAATGATAAATTAA * * ** 15666621 TAGTATATC-ATGAATAGCTTAA 1 TAATAAATCAATG-ATAAATTAA * * 15666643 TAGTAAATCGATGA-AAATATAA 1 TAATAAATCAATGATAAAT-TAA * 15666665 TAATAAATCAATGATAACTTAA 1 TAATAAATCAATGATAAATTAA 15666687 T 1 T 15666688 TACTAATCAT Statistics Matches: 85, Mismatches: 22, Indels: 8 0.74 0.19 0.07 Matches are distributed among these distances: 21 4 0.05 22 75 0.88 23 6 0.07 ACGTcount: A:0.48, C:0.08, G:0.10, T:0.35 Consensus pattern (22 bp): TAATAAATCAATGATAAATTAA Found at i:15667230 original size:12 final size:12 Alignment explanation

Indices: 15667213--15667244 Score: 55 Period size: 12 Copynumber: 2.7 Consensus size: 12 15667203 AAAGTTAACC 15667213 AAAATTTTATCA 1 AAAATTTTATCA 15667225 AAAATTTTATCA 1 AAAATTTTATCA * 15667237 AAAGTTTT 1 AAAATTTT 15667245 TAAATTTTAC Statistics Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0 0.95 0.05 0.00 Matches are distributed among these distances: 12 19 1.00 ACGTcount: A:0.47, C:0.06, G:0.03, T:0.44 Consensus pattern (12 bp): AAAATTTTATCA Found at i:15669230 original size:2 final size:2 Alignment explanation

Indices: 15669223--15669250 Score: 56 Period size: 2 Copynumber: 14.0 Consensus size: 2 15669213 GCATTACCCA 15669223 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT 1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT 15669251 TTATTTATTT Statistics Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 2 26 1.00 ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50 Consensus pattern (2 bp): AT Found at i:15681001 original size:38 final size:38 Alignment explanation

Indices: 15680953--15681034 Score: 148 Period size: 38 Copynumber: 2.2 Consensus size: 38 15680943 AACTACAGAT * 15680953 TTCAA-TGTAATATACACTGTAGTCATATATAACTGAA 1 TTCAATTGTAATATACACTATAGTCATATATAACTGAA 15680990 TTCAATTGTAATATACACTATAGTCATATATAACTGAA 1 TTCAATTGTAATATACACTATAGTCATATATAACTGAA 15681028 TTCAATT 1 TTCAATT 15681035 AACTATCTCT Statistics Matches: 43, Mismatches: 1, Indels: 1 0.96 0.02 0.02 Matches are distributed among these distances: 37 5 0.12 38 38 0.88 ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.09, T:0.38 Consensus pattern (38 bp): TTCAATTGTAATATACACTATAGTCATATATAACTGAA Found at i:15693023 original size:34 final size:34 Alignment explanation

Indices: 15692971--15693070 Score: 139 Period size: 34 Copynumber: 2.9 Consensus size: 34 15692961 TAAATTACTA * * * * 15692971 AAAACTTATATTATTTTTTGAAAATTGATTTTTG 1 AAAAGTTATATGATTTTTTCAAAATAGATTTTTG 15693005 AAAAGTTATATGACTTTTTT-AAAATAGATTTTTG 1 AAAAGTTATATGA-TTTTTTCAAAATAGATTTTTG 15693039 AAAAGTTATATGATTTTTTCAAAAATAGATTT 1 AAAAGTTATATGATTTTTTC-AAAATAGATTT 15693071 CTAGAAAGTC Statistics Matches: 60, Mismatches: 3, Indels: 5 0.88 0.04 0.07 Matches are distributed among these distances: 33 6 0.10 34 37 0.62 35 17 0.28 ACGTcount: A:0.39, C:0.03, G:0.10, T:0.48 Consensus pattern (34 bp): AAAAGTTATATGATTTTTTCAAAATAGATTTTTG Found at i:15693028 original size:20 final size:19 Alignment explanation

Indices: 15692996--15693056 Score: 69 Period size: 19 Copynumber: 3.4 Consensus size: 19 15692986 TTTTGAAAAT 15692996 TGATTTTTGAAAAGTTATA 1 TGATTTTTGAAAAGTTATA * 15693015 TGACTTTTT-TAAA---ATA 1 TGA-TTTTTGAAAAGTTATA 15693031 -GATTTTTGAAAAGTTATA 1 TGATTTTTGAAAAGTTATA 15693049 TGATTTTT 1 TGATTTTT 15693057 TCAAAAATAG Statistics Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 12 0.71 0.04 0.25 Matches are distributed among these distances: 14 5 0.15 15 5 0.15 16 3 0.09 18 3 0.09 19 13 0.38 20 5 0.15 ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.13, T:0.51 Consensus pattern (19 bp): TGATTTTTGAAAAGTTATA Found at i:15693062 original size:20 final size:20 Alignment explanation

Indices: 15692999--15693062 Score: 61 Period size: 20 Copynumber: 3.5 Consensus size: 20 15692989 TGAAAATTGA 15692999 TTTTTGAAAAGTTATATGACT 1 TTTTTGAAAAGTTATATGA-T 15693020 TTTTT--AAA---ATA-GA- 1 TTTTTGAAAAGTTATATGAT 15693033 TTTTTGAAAAGTTATATGAT 1 TTTTTGAAAAGTTATATGAT * 15693053 TTTTTCAAAA 1 TTTTTGAAAA 15693063 ATAGATTTCT Statistics Matches: 35, Mismatches: 1, Indels: 15 0.69 0.02 0.29 Matches are distributed among these distances: 13 5 0.14 15 5 0.14 16 3 0.09 18 3 0.09 19 5 0.14 20 9 0.26 21 5 0.14 ACGTcount: A:0.38, C:0.03, G:0.11, T:0.48 Consensus pattern (20 bp): TTTTTGAAAAGTTATATGAT Found at i:15693085 original size:35 final size:34 Alignment explanation

Indices: 15692971--15693086 Score: 121 Period size: 34 Copynumber: 3.4 Consensus size: 34 15692961 TAAATTACTA * * * * 15692971 AAAACTTATATTA-TTTTTTGAAAATTGATTTTTG 1 AAAAGTTATATGACTTTTTT-AAAATAGATTTTAG * 15693005 AAAAGTTATATGACTTTTTTAAAATAGATTTTTG 1 AAAAGTTATATGACTTTTTTAAAATAGATTTTAG 15693039 AAAAGTTATATGA-TTTTTTCAAAAATAGATTTCTAG 1 AAAAGTTATATGACTTTTTT--AAAATAGATTT-TAG * 15693075 -AAAGTCATATGA 1 AAAAGTTATATGA 15693087 AAATAAATTT Statistics Matches: 73, Mismatches: 5, Indels: 7 0.86 0.06 0.08 Matches are distributed among these distances: 33 6 0.08 34 37 0.51 35 28 0.38 36 2 0.03 ACGTcount: A:0.40, C:0.04, G:0.11, T:0.45 Consensus pattern (34 bp): AAAAGTTATATGACTTTTTTAAAATAGATTTTAG Found at i:15693096 original size:26 final size:23 Alignment explanation

Indices: 15693060--15693112 Score: 61 Period size: 26 Copynumber: 2.2 Consensus size: 23 15693050 GATTTTTTCA * 15693060 AAAATAGATTTCTAGAAAGTCATATG 1 AAAATAAATTT-T-GAAAGTCATA-G * 15693086 AAAATAAATTTTTAAAGTCATAG 1 AAAATAAATTTTGAAAGTCATAG 15693109 AAAA 1 AAAA 15693113 CAAAAGTCAT Statistics Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 3 0.83 0.07 0.10 Matches are distributed among these distances: 23 5 0.20 24 9 0.36 25 1 0.04 26 10 0.40 ACGTcount: A:0.53, C:0.06, G:0.11, T:0.30 Consensus pattern (23 bp): AAAATAAATTTTGAAAGTCATAG Found at i:15693120 original size:16 final size:17 Alignment explanation

Indices: 15693099--15693134 Score: 56 Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17 15693089 ATAAATTTTT 15693099 AAAGTCATA-GAAAACA 1 AAAGTCATATGAAAACA * 15693115 AAAGTCATATGAAAATA 1 AAAGTCATATGAAAACA 15693132 AAA 1 AAA 15693135 TATCATAACG Statistics Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1 0.90 0.05 0.05 Matches are distributed among these distances: 16 9 0.50 17 9 0.50 ACGTcount: A:0.64, C:0.08, G:0.11, T:0.17 Consensus pattern (17 bp): AAAGTCATATGAAAACA Found at i:15693343 original size:180 final size:180 Alignment explanation

Indices: 15693126--15693804 Score: 658 Period size: 180 Copynumber: 3.8 Consensus size: 180 15693116 AAGTCATATG * * * 15693126 AAAATAAAATATCATAACGATTTGAAATA-ATTAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAA-TT 1 AAAACAAAATATCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAATCATAATTATTTGAACTT * * * 15693189 CCTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGTACT-TTAATAAATT 65 -GTTCGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATT * ** * * * * 15693252 AGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTTTATAAACAGAAATATTTGGTTCATGAT 127 AATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGAT * ** * * * 15693306 AAAATAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTTAA-TGT 1 AAAACAAAATATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTGAACT-T * * * * * 15693370 GTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAA-CTTTTACTTGTTAATTTTTGAAATATTAATTAATTTA 65 GTTC-GAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAA * * * * * 15693434 TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTTTATGAACAGAACCAATTATTTTATGAC 129 TATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTTTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGAT * * * * * * * * 15693486 AAAACAAAAGT-CCATAAAGTTTTGAAATAAATAATTATTCAGATAGTCATAATTATTTAAACAT 1 AAAACAAAA-TATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTGAACTT * * * * ** * * 15693550 GTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAATTCCATTACTCATTAATTTTAG-AACATTAATAAATTAA 65 GTTC-GAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAA * ** * 15693614 TATTATTTTATTTT-AGATAAGCTTATATAAATTGAAACAATTGTTTTATTAT 129 TATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTTTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGAT * * ** * * 15693666 AAAACAAAATATTACAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATGATTATTTGAACTTA 1 AAAACAAAATATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTGAACTTG * * * * 15693731 TTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTATCGAAATATTAATAAATTAAT 66 TTC-GAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAAT 15693796 ATTATTTTA 130 ATTATTTTA 15693805 ATCCATATAA Statistics Matches: 398, Mismatches: 88, Indels: 25 0.78 0.17 0.05 Matches are distributed among these distances: 179 12 0.03 180 321 0.81 181 63 0.16 182 2 0.01 ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.07, T:0.44 Consensus pattern (180 bp): AAAACAAAATATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTGAACTTG TTCGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATA TTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGAT Found at i:15694413 original size:181 final size:179 Alignment explanation

Indices: 15693985--15696341 Score: 1522 Period size: 181 Copynumber: 13.1 Consensus size: 179 15693975 AGTAGTCATA * ** * * * 15693985 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATGAACCAAATGTTT 1 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * * ** * ** 15694050 TCTATTTATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATACCAAAAATTAATAA 65 T-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAA * * ** ** * * 15694115 GTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TCGTTTA-TTAAGGAATTTAAATAGTTATG 128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCAAACAAATTCAAATAATTATG * * * * * 15694166 ACTA-TTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT 1 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * ** * * 15694230 CTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCTAAAAATAAATAAG 65 TTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG * * * 15694295 CT-AGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTCATG 129 -TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAATTATG * * * * * * * 15694346 TCCATTTAAACTATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAAGTGTTT 1 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * * ** 15694411 CTATTCATACAAAAC-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA 65 TTATTCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAA * * * * 15694472 -TAAGAGATTT-AAAAATAAAATATATTTATCGAATC-ATTTCAAATAATTATG 128 GTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTA-CCAAACAAATTCAAATAATTATG * * * 15694523 AGTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT 1 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * * * * * * 15694587 TTGTTCATACAAGTTTATTCGAAGTAAAA-AATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAAT 65 TTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA---CTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAAT * ** * * * * * 15694651 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTAAG 126 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAATTATG * * * * * * 15694705 ACTA-TTAGAACAATTATCTATTACAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTT 1 ACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT * * ** * 15694769 TTTAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATGCAAAGCATTAATA 64 TTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA-AATTAATA * * * * * * 15694834 CA-TAAGATATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATG 127 -AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAATTATG * * * * * * * * * 15694888 ACAATTTAAATAATTATGTATTTAAAATAAATATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACGATTG-TC 1 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * * * * * * * 15694952 TCAGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAATTTGATAA 65 TTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAA * * * * 15695017 GTTAA-AGATTTAAAAAATAAGTC-AGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTAT- 128 G-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA-CCAAACAAATTCAAATAATTATG * * * * * * * 15695068 AGCCA-TTAAATAGTTATCTATTTCAAATCATTGTGAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTATT 1 A-CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT * 15695132 TTTCA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA 64 TTT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATA * * * * * * 15695196 ACTAGGAGACTTAAAAAATAAATCTGTTT----AATAAA--C---CAA-T-T- 127 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAATTATG * * * * ** * * * * * 15695237 CCTATTGAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTAAAACCTATTGTTCTGTTATAAAATAATT-ATT 1 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * * * * * 15695301 TTAGTTCATATAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAGTATTTCAAAAATTAATAA 65 TTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAA * * * * * * * * * * 15695366 CTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAA-ACAGTTCAAACAGTTAAG 128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA-AATTCAAATAATTATG * * * * * * * * * * * 15695418 ATTATATGAACAATTATTTGTTTTAAATCGTTATAATCTTTTGTTTTATCATAGAACAATTGTTT 1 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT ** * * * ** 15695483 CAATTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAGTTTATTAATATTTTGAAATT--TAA-T 65 TTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGT * * * * * 15695545 AAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTACTAAATC-AATTCAAATAATGATG 130 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAATTCAAATAATTATG * * * * * * * * ** * * 15695595 GCCATGTCAACAATTATCAATTTCAAATTATTATTACATTTTGCTTCATCATATAATAATTGTAT 1 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-T * * * * * * 15695660 TTGA-ACATTCAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACT-ACTTATTAATCTTTCAAAATTAATAA 64 TTTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAA * * * ** * * * 15695722 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTGTACTGAACTAGTTCAAATAATTTTG 128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAATTATG * * * * * * * * * * 15695774 ACTATTTGAACAATTGT-AAGCTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATT 1 ACTATTTAAACAATTATCTA-TTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT * * * * * ** 15695838 TTTATTCATACGAGTTTATTTGAAATTAAATAACACTAATTTAATAATATTCCCAAAATTAATAA 64 TTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA * * * * * ** ** * ** 15695903 CTAAAAGAATTAAAAAATAAATTTCTTTGTCAAACTTATTCAAATATTTAAA 128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAATTATG * * * * * 15695955 ACTCTATGAACAATTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTT 1 ACTATTTAAACAA-TTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGT * * * 15696020 TTTTGAATTTATACTAGCTTATTT-AGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATT 63 TTTT--ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATT * * * * * * * * * 15696083 AATAAGTAAGATATTTAAAAAATAATTTTGTTTTCCTAACCATTTTAAATAATTATG 123 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAATTATG * * * * * * 15696140 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA-GACCCTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTT 1 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT * * * * * * * * 15696204 TTGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCAAGAATTAATAAG 65 TTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG * * * * * 15696269 T----GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATA 129 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAATTATG * * * 15696316 ACTATTTCAGCAATTATTTATTTCAA 1 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAA 15696342 CATACAAGCT Statistics Matches: 1700, Mismatches: 387, Indels: 183 0.75 0.17 0.08 Matches are distributed among these distances: 167 1 0.00 168 9 0.01 169 117 0.07 170 2 0.00 171 2 0.00 172 1 0.00 173 3 0.00 174 1 0.00 175 8 0.00 176 124 0.07 177 166 0.10 178 47 0.03 179 185 0.11 180 252 0.15 181 294 0.17 182 196 0.12 183 147 0.09 184 47 0.03 185 98 0.06 ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.41 Consensus pattern (179 bp): ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTA AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAATTATG Found at i:15694897 original size:18 final size:19 Alignment explanation

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Indices: 15696130--15696162 Score: 50 Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17 15696120 AACCATTTTA 15696130 AATAATTATGACTATTTG 1 AATAATTAT-ACTATTTG 15696148 AATAATTAT-CTATTT 1 AATAATTATACTATTT 15696163 CAAATCGTTA Statistics Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 16 6 0.40 18 9 0.60 ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48 Consensus pattern (17 bp): AATAATTATACTATTTG Found at i:15696471 original size:133 final size:133 Alignment explanation

Indices: 15696224--15696471 Score: 343 Period size: 133 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133 15696214 AAGTTTGTTC * * ** * 15696224 GAAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCAAGAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTA 1 GAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATATA * * 15696289 TTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTCAGCAATTATTTATTTCAACATACAAGCTTT 66 TTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTCAACAATTATCTATTTCAACATACAAGCTTT 15696354 TTT 131 TTT * * * 15696357 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAACAAATAAATATG 1 GAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATATA * ** * * * * 15696422 TTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTT 66 TTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTCAACAATTATCTATTT 15696472 TAAATTATTA Statistics Matches: 98, Mismatches: 17, Indels: 0 0.85 0.15 0.00 Matches are distributed among these distances: 133 98 1.00 ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (133 bp): GAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATATA TTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTCAACAATTATCTATTTCAACATACAAGCTTT TTT Found at i:15697037 original size:180 final size:178 Alignment explanation

Indices: 15696342--15698955 Score: 2017 Period size: 181 Copynumber: 14.5 Consensus size: 178 15696332 TTTATTTCAA * * 15696342 CATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGA 1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGA * * * **** * 15696403 CATTTAACAAATAAATATGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTCT 65 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AATAATTATCT * * * * * 15696468 ATTTTAAATTATTATAACATTTTTGTTCTATCATAAAA-AATTGTTTCTATT 129 ATTTCAAATCATTATAAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATT * * * * * * * 15696519 TATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATGCTAATTTAGTAATATTCTGAAAATTAATTACT-A-A 1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGA * *** * * * * * * * 15696582 GATTTAAAAAATGAATCTGTTTGTTAAACCAGTTCAAACAGTTAAGGCTATATGAACAATTATTT 65 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTAATAATTATCT ** * 15696647 ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTTCAGCTT 129 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-A--TT * * * * * * * 15696699 -ATATAAGCTTATTCAAAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTAAAAAATTTATAAGGAAGA 1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGA * * * * * * * * * * * 15696763 GATTTAGAAAATAATTCTATTTACCGAACCAATTTAAATAATTAT-AATATTTGACAATTATCTA 65 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAATAATTATCTA * * * * * * * 15696827 TTTTAAATCGTAATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACCATTGTTTTGGTT 130 TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-ATT * * * * 15696877 AATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAAT-AGTAAGA 1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGA * * * * * 15696941 TATTTAAAAAATAAATTTGATTACCAAACTATTTCAAATAGTTTTGACTATTTATATAATTATCT 65 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-ATAATTATCT * ** * * * 15697006 ATTTCAAATCATTATAACATTTTACTTTGTCATCAAACAATAGGTTCTATT 129 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTATT * * ** * * * * * * *** 15697057 AATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTAAATAATATTTCAAAACTTAATTACCCAGA 1 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GATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTATAACAATTGTCT 65 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TAATAATTATCT * ** ** * * 15697548 ATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGACTTGCCATAAAACAATTGTTTCAGTT 129 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TT * * ** * ** 15697599 AATACAAGTTTAGACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTTTAAATTAATAAGTAAGA 1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGA * * * * * * * * * * 15697664 AATTTAAAAAATAAA-CATGTTTACCGAATTA-ATAAAATAATTATGGCCATCTGAATGATTATC 65 GATTTAAAAAATAAATC-TGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTAATAATTATC * * * 15697727 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCAGAAAACAA-TGATTTTTTTAT 128 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTTAT-T * * * 15697780 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATAAGTAACA 1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGA * * * * 15697845 AATTTAAACAATAAATCTGTTTATCGAA-TAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATC 65 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* * * * 15698682 CATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAGTAAGTAAAA 1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGA * * * * * * 15698747 AATTTAAAAAATAAATATGTTTACCCAACTAGATCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCT 65 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AATAATTATCT * * * * 15698812 ATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTT 129 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TT * * ** * * * 15698862 CATATAAACTTATTTAAAATAAAATAATACT-ATGCTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAG 1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAG * * 15698926 AAATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAAC 64 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC 15698956 AAATTTAAAA Statistics Matches: 1932, Mismatches: 439, Indels: 129 0.77 0.18 0.05 Matches are distributed among these distances: 176 4 0.00 177 184 0.10 178 71 0.04 179 203 0.11 180 542 0.28 181 674 0.35 182 176 0.09 183 76 0.04 184 2 0.00 ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.40 Consensus pattern (178 bp): 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Indices: 15696343--15698957 Score: 2047 Period size: 361 Copynumber: 7.3 Consensus size: 359 15696333 TTATTTCAAC * * 15696343 ATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-T--AAGACA 1 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGAAGAAA * * * ** * * * * 15696405 TTTAACAAATAAATATGTTT-GTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTCTA 66 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAAACAATTATCTA * ** * * * * * 15696469 TTTTAAATTATTATAACATTTTTGTTCTATCATAAAA-AATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATT 129 TTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT * ** * * * * * 15696533 CGGAATAAAATAATGCTAATTTAGTAATA-TTCTGAAAATTAATTACTAAG--ATTTAAAAAATG 193 CGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATA * *** * * * * * * * * ** 15696595 AATCTGTTTGTTAAACCAGTTCAAACAGTTAAGGCTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTT 257 AATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTAT-TTAATAATTATCTATTTCAAATCATT ** 15696660 ATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTTC-AGCTT- 321 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ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATTAG-AAGA * * * * * * 15697483 GATTTAAAAAATAAATCTGTTT-GCTGAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTATAACAATTGTC 64 AATTTAAAAAATAAATCTATTTACCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTA-AACAATTATC * * * ** * * * 15697547 TATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGACTTGCCATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATACAAGTTTA 127 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA ** * * *** 15697611 GACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTTTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT 191 TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT * * * * * * * * * 15697676 AAACATGTTTACCGAATTA-ATAAAATAATTATGGCCATCTGAATGATTATCTATTTCAAATCAT 256 AAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTAT-TTAATAATTATCTATTTCAAATCAT * * * * * 15697740 TATAACCTTTTGTTTTATCAGAAAACAAT-GATTTTTTTA 320 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGGTTCTATTA ** * * 15697779 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATAAGTAAC 1 --ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAG-AAG * * * * * * * 15697844 AAATTTAAACAATAAATCTGTTTATCGAATAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATC 63 AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAAACAATTATC * * ** * * * * 15697909 AATCTCAAATCGTTAAAATC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAGAAGCTTAT 127 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT ** * * * 15697973 TCG-GTTAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT 192 TCGAAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT * * ** * * 15698037 AAATATGTTTATCAAATTAGTTCAAATAATTAAAACTATTAGAATAATTGTCTATTTCAAATCAT 256 AAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATT-TAATAATTATCTATTTCAAATCAT * * * * * 15698102 TTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTA-TTTCATATCT- 320 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATAGGTTC-TAT-TA * * 15698143 -TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-CTAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAA-A 1 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAG-AAGA * * * 15698205 AGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTTAACAAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTAT 64 A-ATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAAACAATTAT * * * * * * * * 15698270 TTATTTAAAATCATTATGACATTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAATTCATACTAGGTT 126 CTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT * * * * * * 15698335 ATTCAAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTGAAAAATTATTAAGTAAGATA-TTAAAAGA 190 ATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAA-A * * * * * * * * * 15698399 ATAATTCTATTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTACTTCAAATC 254 ATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTT-AATAATTATCTATTTCAAATC * * * * 15698464 ATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-AGGTTTTTGTTC 318 ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGG-TTCTATTA * * * * * * 15698506 ATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAA-T--AAGAGA 1 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGAAGAAA * * * * * * 15698568 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATCACTATTTCAACAATTATTTAT 66 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAAACAATTATCTAT * * * * 15698633 TTCAACTCGTTATGACTTTTTATTTTG-CTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC 130 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC * * * * 15698697 GAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAGTAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA 194 GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAA * * * * * 15698762 TATGTTTACCCAACTAGATCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT 259 TATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTAT * * * * 15698827 GA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTA-TTTC-AGTTC 323 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TAGGTTCTA-TTA * * * * ** * * 15698863 ATATAAACTTATTTAAAATAAAATAATACT-ATGCTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGA 1 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATTA-GAAGA * * * 15698927 AATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAA 64 AATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAACAA 15698958 ATTTAAAATT Statistics Matches: 1794, Mismatches: 394, Indels: 137 0.77 0.17 0.06 Matches are distributed among these distances: 356 48 0.03 357 95 0.05 358 228 0.13 359 229 0.13 360 126 0.07 361 521 0.29 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Indices: 15704141--15704485 Score: 407 Period size: 182 Copynumber: 1.9 Consensus size: 182 15704131 TACTAAACAA * * * 15704141 GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATAAATATGACACTTTG-TTTATC 1 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACACTTTGTTTTATC * * * 15704205 AT-AAACAATTG-TTTCAGTTGATAAAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAAGA 66 ATAAAACAATTGTTTTCA--TCATAAAAGCCTATTCTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAGA * * 15704267 TTT-TAAAAATTGATAAGTTAGAAATTTA-AAAAATAAGTTAGTTTATCGAATTG 129 TTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAGAAAAATAAGTTAGTTTATCGAATTG * * * * * * 15704320 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ATTTTTGTTTTGT 1 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACA-CTTTGTTTTAT ** * * * * 15704384 TGTAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA 65 CATAAAACAATTG-TTTTCATCATAAAAGCCTATTCTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAGA * 15704449 TTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAAATAA 129 TTTCTAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAGAAAAATAA 15704486 ATCTGTTTAC Statistics Matches: 137, Mismatches: 21, Indels: 12 0.81 0.12 0.07 Matches are distributed among these distances: 178 1 0.01 179 48 0.35 180 5 0.04 181 19 0.14 182 50 0.36 183 14 0.10 ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.41 Consensus pattern (182 bp): GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACACTTTGTTTTATC ATAAAACAATTGTTTTCATCATAAAAGCCTATTCTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAGATT TCTAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAGAAAAATAAGTTAGTTTATCGAATTG Found at i:15704766 original size:177 final size:177 Alignment explanation

Indices: 15704543--15705567 Score: 829 Period size: 181 Copynumber: 5.7 Consensus size: 177 15704533 TTGTTCTATT * * * * *** * 15704543 ATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT 1 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT * * * * * * * 15704608 CCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTATTTGCCGAAGTAGTTCAAATAGTTAC 66 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAG 15704673 AATGATATGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACTTTT-TTGTC 131 AAT-ATATGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACTTTTGTTGTC * * * * 15704720 TTAAAACAATTGTTTTGGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATAATTTATTAAT 1 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT--AA-AATAATACTAATTTATTAAT * * * * ** * * 15704785 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCTATTTAATTCAAATAAT 63 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGT *** * * * * * 15704850 TATGGCCATGTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGCTTGGTC 128 TA-GAATATATGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTG-TT-GTC * * * ** * * * 15704904 ATATAATAATTGTATTTGAACATTCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT 1 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT * *** 15704969 TCAAAAATTGATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTAT 66 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTA- * * * * * * * 15705034 GACTATTTGAACAATTGTAAACTTT-AAATTGTTATAACCTTTTGTACTATC 130 GAATATATGAACAATTATATA-TTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGT--TGTC * * * * * * ** * 15705085 ATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGGTTATTCAAAATAAAATAAAAATAATCCAATAATATT 1 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT * ** * * * * * * 15705150 TCAAAAATTAATAACTAAGAGAAATAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTACAAATATTTAA 66 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTT-A * * * * 15705215 GACTATATGACCAATTATCTATTACAAATCGTTATGACATTTTGTGTTGTC 130 GAATATATGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGAC--TTT-TGTTGTC * * * * * * * * 15705266 ATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAGGTTTGTTTAAAATAAAATAATACTAATCTGTTAATATT 1 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT ** * * * ** 15705331 T--TGAA-TATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATTAATCTATTTATCAAACTAGTTTGAATAGTTAT 66 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTA- * * * * * * * 15705392 GACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTTTT 130 GAATATATGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGAC--TTT-TGTTGTC * * * * 15705443 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTGTTCGAATTAAAACAATACTAATTTATTAATATT 1 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT * * * * * * * * 15705508 TTAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATA 66 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATA 15705568 ATCATGACGT Statistics Matches: 663, Mismatches: 164, Indels: 38 0.77 0.19 0.04 Matches are distributed among these distances: 176 1 0.00 177 165 0.25 178 5 0.01 179 6 0.01 180 110 0.17 181 328 0.49 182 10 0.02 183 5 0.01 184 33 0.05 ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (177 bp): ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAG AATATATGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACTTTTGTTGTC Found at i:15705467 original size:358 final size:362 Alignment explanation

Indices: 15704580--15705569 Score: 918 Period size: 358 Copynumber: 2.7 Consensus size: 362 15704570 ACTTATTTGG * * * * 15704580 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATTAATC 1 AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATC ** * * * * 15704645 TATTTGCCGAAGTAGTTCAAATAGTTA-CAATGATATGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATG 65 TATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATG * * * * 15704709 AC-TTTTTTGTCT-TAAAACAATTGTTTTGGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATA 129 ACTTTTTTTTTTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATA ** * * * ** * * ** 15704772 ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCTATT 194 ATAATCCAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAAATAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC * * * * * * * * * 15704837 TAATTCAAATAATTATGGCCATGTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGCTTGG 259 CAATACAAATAATTAAGACCATATCAACAATTATCTATTACAAATCGTTATGACATTTTGCTTGG * * * * 15704902 TCATATAATAATTGTATTTGAACATTCAAGCTTATTCGA 324 TCATAAAACAAATGTATTTGAACATTCAAGCTTATTCAA * * * 15704941 AATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTGATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC 1 AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATC * * * * * 15705006 TATTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTT-AAATTGTTATA 65 TATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATA-TTTCAAATCGTTATG ** * * * * * * 15705070 ACCTTTTGTACTATCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGGTTATTCAAAATAAAAT-A-AA 129 A-CTTTT-TTTTTTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAA * * 15705133 -AATAATCCAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAAATAAAAAATAAATTTGTTTGCCAA 192 TAATAATCCAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAAATAAAAAATAAATCTGTTTACCAA * * * * * 15705197 ACCAGTACAAATATTTAAGACTATATGACCAATTATCTATTACAAATCGTTATGACATTTTG-TG 257 ACCAATACAAATAATTAAGACCATATCAACAATTATCTATTACAAATCGTTATGACATTTTGCT- * * ** * * * * 15705261 TTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAT-AGGTTTGTTTAA 321 TGGTCATAAAACAAATGTATTTGAACAT-TCAAGCTTATTCAA * ** * 15705303 AATAAAATAATACTAATCTGTTAATATTTTGAATA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATTAATCT 1 AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATCT * ** * * 15705365 ATTTATCAAACTAGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC 66 ATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGAC * * * * * 15705430 TTTTTATTTTTTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTGTTCGAATTAAAACAATACTA 131 -TTTT-TTTTTTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATA * * * * * * * 15705495 AT--T-TATTAATATTTTAACAATTAATAAGTAA-A-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAA 194 ATAATCCAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAAA--TAAAAAATAAATCTGTTTACCAA * 15705555 ACTAGAT-CAAATAAT 257 ACCA-ATACAAATAAT 15705570 CATGACGTTT Statistics Matches: 503, Mismatches: 110, Indels: 35 0.78 0.17 0.05 Matches are distributed among these distances: 356 3 0.01 357 5 0.01 358 169 0.34 359 6 0.01 360 1 0.00 361 111 0.22 362 162 0.32 363 6 0.01 364 2 0.00 365 38 0.08 ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.39 Consensus pattern (362 bp): AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATCT ATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGAC TTTTTTTTTTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAAT AATCCAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAAATAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCA ATACAAATAATTAAGACCATATCAACAATTATCTATTACAAATCGTTATGACATTTTGCTTGGTC ATAAAACAAATGTATTTGAACATTCAAGCTTATTCAA Found at i:15705715 original size:146 final size:146 Alignment explanation

Indices: 15705425--15705697 Score: 341 Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146 15705415 TCAAATCGTT * * * * * * * * 15705425 ATGACTTTTTATTTTTTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTGTTCGAATTAAAACAA 1 ATGACGTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCTCATACAAACTTATTCGAAATAAAACAA * * * * 15705490 TACTAATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAA 66 TACTAATTTATTAATAATCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAA 15705555 ACTAGATCAAATAATC 131 ACTAGATCAAATAATC * * * * * 15705571 ATGACGTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTAGCTCATATAAACTTATTGGAAATAAAATAA 1 ATGACGTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCTCATACAAACTTATTCGAAATAAAACAA * * * * 15705636 TATTAATTTATTAGTAATCTAAAAATTAATAA-TAAAGAAATTTAAAAAATGAATCTGTTTAC 66 TACTAATTTATTAATAATCTAAAAATTAATAAGTAAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTAC 15705698 TGAATAAGTT Statistics Matches: 105, Mismatches: 21, Indels: 2 0.82 0.16 0.02 Matches are distributed among these distances: 145 4 0.04 146 101 0.96 ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (146 bp): ATGACGTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCTCATACAAACTTATTCGAAATAAAACAA TACTAATTTATTAATAATCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAA ACTAGATCAAATAATC Found at i:15706831 original size:178 final size:177 Alignment explanation

Indices: 15706067--15707109 Score: 509 Period size: 179 Copynumber: 5.8 Consensus size: 177 15706057 TCAAATAGTC * * * * * * 15706067 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATAATGATCTTTTCTTTTGT-AATAAAACAATT 1 ATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCAAT--AACAATT * * * * * * 15706131 GTTT-TAGTTTATATAAG-TTGTTTGAACTAAAATAATATTAATTTACTAATATT-TCAAAAATT 63 GTTTCTA-TTCATAAAAGATTATTTGAAAT-AAA-AATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATT * * * * * * * * 15706193 AATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-AGA-CTTATTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTT 124 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-TATTCAC-GAAGTAACTTCAAACAATT ** * * * * * * 15706246 ATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAACATTATGGCCTTTTGTTTTATC-ATAAACCAATT 1 ATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GACTTTTGTTTTGTCAAT-AA-CAATT * * * * * * * * 15706310 GGTTCTATTCAT-TAGGCTTATTTCG-AAT-AAAATAATTTAAATTTATTAATATACCAAGAATT 63 GTTTCTATTCATAAAAGATTATTT-GAAATAAAAAT-A-CT-AATTTATTAATATTCTAAAAATT * * * *** * * * * * 15706372 AATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTTTGTA-CAAGTTCAAATAGTT 124 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTCACGAAGTAACTTCAAACAATT * ** * * * 15706425 ATGACTATTTGGATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTC-ATAAACCCATT 1 ATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCAAT-AA-CAATT * * * * 15706489 GTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATACTACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAA 63 GTTTCTATTCATAAAAGATTATTTGAAATAAAA-A-TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA * * * * * 15706554 GAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAGTGACTTCAAATAATT 126 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACGAAGTAACTTCAAACAATT * * * * * 15706606 ATGACTATTTAAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCAATATACAATTG 1 ATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCAATA-ACAATTG * ** * 15706671 TTTCTATTCTTATGAGTTTATTTGAAAT-AAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA 64 TTTCTATTCATAAAAGATTATTTGAAATAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA * *** * * * 15706735 TTTGGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTCACCGAA-TAAGTTTAAACAATCT 129 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTCA-CGAAGTAACTTCAAACAAT-T * * * * 15706785 -TGTCCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCGTAA-AACAATT 1 ATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTC--AATAACAATT * * * * 15706848 GTTTTTATTCATACAAA-ATTATTTAAAATAAAATAATATTAACTTATTAATATT-TCAAAAATT 63 GTTTCTATTCATA-AAAGATTATTTGAAAT-AAA-AATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATT * * * * * * * ** * * 15706911 AATAAG----AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACAAAATTAGATCAAATAGTT 124 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACGAAGTAACTTCAAACAATT * * * * * * * * * 15706961 ATAACTATTTCAATAATTATCTATCTGAACTCGTTATGATCTTCT-TTTTGTCATAAAACAATTG 1 ATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA-ATAACAATTG * * * * * * ** * * 15707025 TTTCTATTCATACAAGCTTATTAGGAGTAAAATATTCCTAAACTAATAATATTTTAAAAATTAAT 64 TTTCTATTCATAAAAGATTATTTGAAATAAAA-A-TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT * 15707090 AAATAAGAA-ATTTAAAAAAT 127 AAGTAA-AAGATTTAAAAAAT 15707110 CAATTTGTTT Statistics Matches: 678, Mismatches: 138, Indels: 95 0.74 0.15 0.10 Matches are distributed among these distances: 174 2 0.00 175 7 0.01 176 65 0.10 177 65 0.10 178 149 0.22 179 179 0.26 180 71 0.10 181 133 0.20 182 6 0.01 183 1 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42 Consensus pattern (177 bp): ATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCAATAACAATTGTT TCTATTCATAAAAGATTATTTGAAATAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACGAAGTAACTTCAAACAATT Found at i:15707160 original size:22 final size:22 Alignment explanation

Indices: 15707132--15707178 Score: 85 Period size: 22 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22 15707122 TGAACCAATT * 15707132 CAAATAGTTAAGAGTATTAGAG 1 CAAATAGTTAAGAGCATTAGAG 15707154 CAAATAGTTAAGAGCATTAGAG 1 CAAATAGTTAAGAGCATTAGAG 15707176 CAA 1 CAA 15707179 TTATCTATTT Statistics Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 0 0.96 0.04 0.00 Matches are distributed among these distances: 22 24 1.00 ACGTcount: A:0.47, C:0.09, G:0.21, T:0.23 Consensus pattern (22 bp): CAAATAGTTAAGAGCATTAGAG Found at i:15707848 original size:180 final size:179 Alignment explanation

Indices: 15706026--15708488 Score: 1077 Period size: 181 Copynumber: 13.6 Consensus size: 179 15706016 TGACAAAGAT * * * * * * 15706026 TTTAAAAGATAAGTATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTAT 1 TTTAAAAAATAAATATG-TTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT * * * * * * * 15706091 TTCAAATCATAATGATCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAGTTTATATAAGTTGT-TT 65 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATA-TTCATATAAGTT-TATT * * * * 15706154 -GAACTAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGA 128 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA * * * ** * 15706206 ATTAAAAAA-AGACTTAT-TTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTA 1 TTTAAAAAATA-A-ATATGTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA * * * * * * * * * 15706269 TTTAAAAACATTATGGCCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGGTTCTATTCAT-TAGGCTTATTT 64 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATATTCATATAAGTTTA-TT * ** * * 15706333 CG-AATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATACCAAGAATTAATAAGTAA-AAA 128 CGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAAGTAAGAGA * *** * * * * 15706384 TTTTAAAAATAAATATGTTTTTTGTACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGATAATTATCTAT 1 TTTAAAAAATAAATATG-TTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT * * * * * * * * * 15706449 TTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAACCCATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTG 65 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATATTCATATAAGTTTATTCG * * * * * * 15706514 GAATAAAATACTACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAAGAAGTAAAAGA 130 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA * ** * * * * 15706565 TTTAAAAAATAAATCTAT-TTA-CTAAGTGACTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATTT 1 TTTAAAAAATAAA--TATGTTACCGAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT * * * * * * * * * 15706628 ATTTTAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCA-ATATACAATTGTTTCTATTCTTATGAGTTTAT 63 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA-AAACAATTGTTTATATTCATATAAGTTTAT * * ** 15706692 TTGAAAT--AA-AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTTGGAGA 127 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA * * * ** * * * * * * * 15706743 TTTAAAAAGTAAATCTATTCACCGAATAAGTTTAAACAATCT-TGTCCATTTGAGCTATTATCTA 1 TTTAAAAAATAAATATGTT-ACCGAACCAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTA * * * * * ** * 15706807 TTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTT 64 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATATTCATATAAGTTTATTC * * * 15706872 AAAATAAAATAATATTAACTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGA 129 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA * * ** ** * * * * 15706920 TTTAAAAACTAAATTTGTTTACAAAATTAGATCAAATAGTTATAACTATTTCAATAATTATCTAT 1 TTTAAAAAATAAATATG-TTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT * * * * * * * * * * 15706985 CTGAACTCGTTATGATCTTCT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTAG 65 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATATTCATATAAGTTTATTCG * * * * ** * * * 15707049 GAGTAAAATATTCCTAAACTAATAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAAA 130 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA * * * * * * * * * 15707100 TTTAAAAAATCAATTTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTAAGAGTATTAGAGCAA--A--TAG 1 TTTAAAAAATAAATATG-TTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT * * * * * ** * * 15707161 TT-AAGAGCATTA-GAGCAATTATCTATTTCAAGTCATTCTAAC-CTTGTATT-TAGTCATAAAA 65 TTCAA-ATCGTTATGA-C-CTT-T-TGTTT-TA-TCA-TAAAACAATTGT-TTATATTCAT---A * * *** * *** ** * ** * * * 15707222 TAATTGTTTCTGTTCAGACAT-GCTTATTTGAAATAAAATAATACTCTT--TTATTAA-CATTCA 118 TAA--G-TT-TATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T-TTAAAAATTAATAAGTAA * 15707283 GAAA 176 GAGA ** * ** * * * 15707287 TTTAGTAAGTAAGA-A-GTTTAAAAGAATAAATCTATTTACTGAACAT-GTTCAAAT-AGTTATG 1 TTTAAAAAATAA-ATATG-TT-ACCG----AA-CCAGTT-C--AA-ATAGTT---ATGA-CTAT- * * 15707348 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT 49 -----TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT * * * * * ** * * 15707413 CA-ATTCAT-TAAAGCTTATCCAAAATAAAATACTATTTCTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGA 109 -ATATTCATAT-AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATA ** 15707476 AGTTGGAGA 171 AGTAAGAGA * * * * 15707485 TTTAAAAAATAAATCAAT-TTATCAAATCAGTTCAAATAATTATTG-CTATTTGAACAATTATCT 1 TTTAAAAAATAAAT--ATGTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCT * ** * * * ** 15707548 ATTTCAAATCTTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-TGA-TCTTACAAGACTA 63 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTAT-ATTCATATAAGTTTA ** 15707611 TTTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAGAGA 126 -TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA * 15707665 TTTAAAAAATAAATATGCTTACCGAACCAGTTCAAAT-GTTATGACTATTTGAACAATTATATAT 1 TTTAAAAAATAAATATG-TTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT * * * * 15707729 TTCAAATTGTTA-GAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTTATATAAGTTTATTC 65 TTCAAATCGTTATG-ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATATTCATATAAGTTTATTC * * * * * * 15707793 GAAATACAATAATCCTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGA 129 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA * * * ** * * * * * * 15707845 TTT-AAAAATAATTTTTTTTGTCGAACCAATTTAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTAT 1 TTTAAAAAATAA-ATATGTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT * * * * * * * 15707909 TTCAAACCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTCG 65 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATATTCATATAAGTTTATTCG * * * 15707974 AAATAAAATAATATTAATTTGTTAATATTGTGAAAA-T--TAA-TAAGAGA 130 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA * * * ** * * * 15708021 TTTAAAAAGTAAATCTAT-TTACC-AAGCTAGTTCAAATAGTTATAAGAATGTGAATAATTATTT 1 TTTAAAAAATAAA--TATGTTACCGAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TC * * * * * * 15708084 TATTTTAAATCATTAT-AACTATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TCA-ATACAGTCT 62 TATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATATTCATATA-AGT-T * * * * * * 15708146 TATTTGAAATAAAGTAATGCTAATTTTTTTATATTCTAAAAATTAATAAGTAATAGA 124 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA * * * * * * 15708203 TTTAAAAAATAAATTTGTTGGCTTG-ACCAGTGCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA 1 TTTAAAAAATAAATATGTT-AC-CGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA * * * * * * * * * * 15708267 TTTCAAAGCGTTATAACATTTTGTTTTGTTACAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGTTAACTT 64 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATATTCATATAAGTTTA-TT * * 15708332 C-AAATAACATAAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGA 128 CGAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA * * * * * * * * * * 15708384 TTTAAAAACTGAATCTGTTTATC-AATCAATTTCAAATAGTTATGATTTTTTAAACAATTATCTG 1 TTTAAAAAATAAATATG-TTACCGAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA * * * * * * 15708448 TTTCAGATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTGATAAAATAATT 64 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT 15708489 TTTTCAAAGT Statistics Matches: 1712, Mismatches: 432, Indels: 277 0.71 0.18 0.11 Matches are distributed among these distances: 175 4 0.00 176 86 0.05 177 122 0.07 178 237 0.14 179 329 0.19 180 286 0.17 181 373 0.22 182 81 0.05 183 12 0.01 185 3 0.00 186 4 0.00 187 22 0.01 188 8 0.00 189 19 0.01 190 8 0.00 191 2 0.00 192 5 0.00 193 4 0.00 194 4 0.00 195 9 0.01 196 15 0.01 197 7 0.00 198 20 0.01 199 3 0.00 200 3 0.00 202 6 0.00 203 12 0.01 204 7 0.00 205 4 0.00 206 2 0.00 207 2 0.00 208 9 0.01 209 4 0.00 ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41 Consensus pattern (179 bp): TTTAAAAAATAAATATGTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATATTCATATAAGTTTATTCGA AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA Found at i:15708930 original size:181 final size:178 Alignment explanation

Indices: 15708537--15709150 Score: 639 Period size: 181 Copynumber: 3.4 Consensus size: 178 15708527 GCTTATTTGG * * * * * 15708537 TAAACAAATTTAATTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATATATTAGGATTA 1 TAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA * * * * * * * 15708602 TTTTATTCTAAATAAACTTGTATGATATGAAAGA-AA-TATTTTATGACTAA-AAAAGGTTAGAA 65 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG--ATCAAAGACAATTATTTTATGACAAACAAAAGGTCATAA ** * * ** 15708664 CAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACTGGTTCAA 128 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACT-GTTC-A * * 15708717 TAAACACATTTATTTTTTAAATCTCGTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT 1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT * * 15708782 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAGACAATTGTTTTATAACGAAACAAAAGGTCATAATG 66 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAGACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATG * * * * * 15708847 ATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATCGTCATAATTATTTTAACTGATTCGA 130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTG-TTC-A * 15708898 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTA 1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTA * * * * * 15708962 TTTTATTTTGTATAAGCTTGTGCT-AACTGAA-ACAATTATTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATA 65 TTTTATTTTGAATAAGCTTGT-ATGATC-AAAGACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATA * * * 15709025 ATGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTACA 127 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAAC-TGTTCA * * * * * ** * 15709078 GTAAATATATCTATTTTTTAAAATATCTTTA-GTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTAT 1 -TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT 15709142 TATTTTATT 63 TATTTTATT 15709151 CCAAATACTC Statistics Matches: 368, Mismatches: 53, Indels: 24 0.83 0.12 0.05 Matches are distributed among these distances: 177 7 0.02 178 2 0.01 179 77 0.21 180 19 0.05 181 212 0.58 182 44 0.12 183 7 0.02 ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.44 Consensus pattern (178 bp): TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAGACAATTATTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGA TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTGTTCA Found at i:15709635 original size:516 final size:518 Alignment explanation

Indices: 15708652--15709663 Score: 1105 Period size: 516 Copynumber: 2.0 Consensus size: 518 15708642 TTATGACTAA * * * * * 15708652 AAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACTGGTTCAA 1 AAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATATAAACTGATTCAA * * * * 15708717 TAAACACATTTATTTTTTAAATCTCGTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT 66 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCACGTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTAT * * * * * 15708782 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAGACAATTGTTTTATAACGAAACAAAAGGTCATAATG 131 TTTAATCTGAATAAGCTTGTACGATCAAAAAAAATTGTTTTATAAC-AAACAAAAGGTCATAATG * * * * * 15708847 ATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATCGTCATAATTATTTTAACTGATTCGATAAATAAATTTATT 195 ATTTAAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGACAAATAAATTTATT * * * 15708912 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTATAA 260 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAA ** * * * ** * * 15708977 GCTTGTGCTAACTGAAACAATTATTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATA 325 AATAGTGATAACAGAAACAATTATTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA * ** * ** 15709042 ATTGTTTAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTACAGTAAATATATCTATTTTTTAAAATATCTT 390 ATTATTTAAATAGTAATAACTATTTAAACTAATACAGTAAACATATCTACCTTTTAAAATATCTT * * * * 15709107 TAGTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATACTCTTGTATGAAC 455 TACTAATAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATACTCTTGTATGAAC * ** * * * * * 15709171 AAAATGTTAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATATGAATTGATTTAG 1 AAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATATAAACTGATTCAA * * * 15709236 TAAACAAATTTA-TTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAGATTTA-CATTA 66 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCACGTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATA-AATTAGCATTA * 15709299 TTTTAATCTGAATAAGCTTGTACGAAT-AAAAAAAATTGTTTTATGAC-AACAAAAGGTCATAAT 130 TTTTAATCTGAATAAGCTTGTACG-ATCAAAAAAAATTGTTTTATAACAAACAAAAGGTCATAAT * * * * * * * 15709362 GATTTAAAATTGATAA-TCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAATTAGATTTA 194 GATTTAAAATAGATAACT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGACAAATAAATTTA * * * * * * 15709426 TTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTTTT-GAAATATTATTAGATTAATATTGTTTTATTTCGAA 258 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAA * * * ** * 15709490 TAAAATAGT-ATGAACAGAACCAATTGTTTGATGAGAAAACAAAATTTTATAACGATTTGAAATA 322 TAAAATAGTGAT-AACAGAAACAATTATTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA * *** * 15709554 GATAATTA-TTACTACTAGTCAA-AACTATTTGAAA-TAATTTGGTAAACATATTTACCTTTT-A 386 GATAATTATTTA--AATAGT-AATAACTATTT-AAACTAATACAGTAAACATATCTACCTTTTAA * * * 15709615 AATCA-C-TTACTGAATAATTTTCTAAATTTTAATAAATTATTATTTTTTT 447 AAT-ATCTTTACT-AATAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT 15709664 CGAACAAACT Statistics Matches: 402, Mismatches: 80, Indels: 25 0.79 0.16 0.05 Matches are distributed among these distances: 515 9 0.02 516 206 0.51 517 35 0.09 518 83 0.21 519 69 0.17 ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43 Consensus pattern (518 bp): AAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATATAAACTGATTCAA TAAACAAATTTATTTTTTAAATCACGTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTAT TTTAATCTGAATAAGCTTGTACGATCAAAAAAAATTGTTTTATAACAAACAAAAGGTCATAATGA TTTAAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGACAAATAAATTTATTT TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAA ATAGTGATAACAGAAACAATTATTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA TTATTTAAATAGTAATAACTATTTAAACTAATACAGTAAACATATCTACCTTTTAAAATATCTTT ACTAATAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATACTCTTGTATGAAC Found at i:15710145 original size:181 final size:177 Alignment explanation

Indices: 15709168--15710238 Score: 784 Period size: 181 Copynumber: 6.0 Consensus size: 177 15709158 CTCTTGTATG * * * * * * * * 15709168 AACAAAATGTTAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATATGAATTGATT 1 AACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTT * * * * * * * 15709233 TAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAGATTTACAT 66 TGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTT-GAAATATTAATA-AATTATAT * * * * * * * 15709297 TATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTACGAATA-AAAAAAATTGTTTTAT-GAC 129 TATTTTATTTC-AAATAAACTTGTA-TAA-ACAAAATAATTATTTTATGGAA * * * * * * 15709346 AACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATTGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTT 1 AACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTT ** ** * * * * * * * 15709411 TGACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAGATTAATAT 66 TGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAA-TTTTGAAATATTAATAAATT-ATAT * * * * * ** * * 15709476 TGTTTTATTTCGAATAAAATAGTATGAACAGAACCAATTGTTTGATGAGAA 129 TATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAAACA-AAATAATTATTTTATG-GAA ** * * * * ** * ** 15709527 AACAAAATTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTACTACTAGTCAAAACTATTTGAAATAAT 1 AACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGT * ** * * * * 15709592 TTGGTAAACATATTTACCTTTTAAATCACTTACTGAATAATTTTCTAAATTTTAATAAA-T-TAT 65 TTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTT-GAAATATTAATAAATTATAT * * * * * * * 15709655 TATTTT-TTTCGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATCATTTT-GGGATAA 129 TATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAAAC-AAAATAATTATTTTATGG--AA * ** * * * 15709705 AACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTTAATTATTTGAATTGGTT 1 AACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTT * * * * * * 15709770 TTGTAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTATTTT 66 TGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-ATAATTTTGAAATATTAATAAATTATATT * * * * 15709835 ATTTTATTTCAAATAAATTTGTATGAACCAAAATAATTGTTTTA-CGACA 130 ATTTTATTTCAAATAAACTTGTAT-AAACAAAATAATTATTTTATGGA-A * * * * * * 15709884 ACACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAACTGTTTGAACTAGT 1 A-ACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGT * * * * ** * * 15709949 TCGGCAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAGGAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTA 65 TTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTT-GAAATATTAATAAATTA-TA * 15710014 TTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTATAAATAGAAATAATTATTTTATGGTAA 128 TTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATAAACA-AAATAATTATTTTATGG-AA * * * * * * * 15710066 AACAAAAAGTTATAATAATTTGAAATAAATAGTTCTTCAAATAGTCATAAGTATTTAAACTGGTT 1 AACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTT * * 15710131 TGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTAC-TAAT--TCTTGAAATATTAATAAATTAGTATT 66 TGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTGAAATATTAATAAATTA-TATT * 15710193 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATATTAA-AAAATAATTATTTTATG 130 ATTTTATTTCAAATAAACTTGTATA--AACAAAATAATTATTTTATG 15710239 ACAAAATGAA Statistics Matches: 692, Mismatches: 171, Indels: 61 0.75 0.19 0.07 Matches are distributed among these distances: 176 1 0.00 177 115 0.17 178 142 0.21 179 88 0.13 180 135 0.20 181 151 0.22 182 59 0.09 183 1 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42 Consensus pattern (177 bp): AACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTT TGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTGAAATATTAATAAATTATATTA TTTTATTTCAAATAAACTTGTATAAACAAAATAATTATTTTATGGAA Found at i:15710151 original size:361 final size:358 Alignment explanation

Indices: 15709237--15710208 Score: 944 Period size: 361 Copynumber: 2.7 Consensus size: 358 15709227 TTGATTTAGT * * * 15709237 AAACAAATTTATTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAGATTTACATTATTT 1 AAACAAATTTATTTTTAAATCACTTACTTAATAATTTTCAAAATATTATTA-AATTATATTATTT * * * * * * * * 15709302 TAATCTGAATAAGCTTGTACGAATAAAAAAAATTGTTTTAT-G-ACAACAAAAGGTCATAATGAT 65 TATTCTGAATAAACTTGTATGAATAAAAAAAATTATTTTATGGTAAAACAAAAAGTAATAATAAT * * * * ** * * 15709365 TTAAAATTGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAATTAGATTTATTTT 130 TTGAAATAGATATTC-TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAAATTTATTTT * * * * * * * * 15709430 TTAATTTTCTTAGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAGATTAATATTGTTTTATTTCGAATAAAA 194 TTAAATATCTTACTTA-TAAATTTTGAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTTCAAATAAAA * * * ** 15709495 TAGTATGAACAGAACCAATTGTTTGATGAGAAAACAAAATTTTATAACGATTTGAAATAGATAAT 257 TAGTATGAACAGAAACAATTGTTTGACGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAAT * * * 15709560 TATTACTACTAGTCAAAACTATTTGAAATAATTTGGT 322 TATTACTACTAATCAAAACTATTTGAAATAATTCGGC * * * * * * 15709597 AAACATATTTACCTTTTAAATCACTTACTGAATAATTTTCTAAATTTTAATAAA-T-TATTATTT 1 AAACAAATTTA-TTTTTAAATCACTTACTTAATAATTTTCAAAATATTATTAAATTATATTATTT * * * * * * * * 15709660 TTTTC-GAACAAACTTATATGAACAAAAACAATCATTTT-GGGATAAAACAAAAAGTAATAACAA 65 TATTCTGAATAAACTTGTATGAATAAAAAAAATTATTTTATGG-TAAAACAAAAAGTAATAATAA * * * * * * 15709723 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTTAATTATTTGAATTGGTTTTGTAAATAAAATTATTT 129 TTTGAAATAGAT-ATTCTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAAATTTATTT * * * * 15709788 TTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTATTTTATTTTATTTCAAATAAAT 193 TTTAAATATCTTACTTAT-AAATTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTCAAATAAAA * * * * ** 15709853 TTGTATGAACCA-AAATAATTGTTTTACGACAACACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAA 257 TAGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTGACGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAA * ** * * * 15709917 TTGTT-CATA-TAATCTTAACTGTTTGAACTAGTTCGGC 321 TTATTAC-TACTAATCAAAACTATTTGAAATAATTCGGC * * * ** 15709954 AAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAGGAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATT 1 AAACAAATTTA-TTTTTAAATCACTTACTTAATAATTTTCAAAATATTATTAAATTA-TATTATT * * * * * 15710019 TTATTCTAAATAAACTTGTATAAATAGAAATAATTATTTTATGGTAAAACAAAAAGTTATAATAA 64 TTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAAAAAAAATTATTTTATGGTAAAACAAAAAGTAATAATAA * * * * * 15710084 TTTGAAATAAATAGTTCTTCAAATAGTCATAAGTATTTAAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTT 129 TTTGAAATAGATA-TTCTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAAATTTATTT 15710149 TTTAAATATCTTAC---T-AATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA 193 TTTAAATATCTTACTTATAAATT-TTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAA 15710209 GCTTGTATAT Statistics Matches: 489, Mismatches: 107, Indels: 34 0.78 0.17 0.05 Matches are distributed among these distances: 356 4 0.01 357 107 0.22 358 107 0.22 359 99 0.20 360 26 0.05 361 144 0.29 362 2 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42 Consensus pattern (358 bp): AAACAAATTTATTTTTAAATCACTTACTTAATAATTTTCAAAATATTATTAAATTATATTATTTT ATTCTGAATAAACTTGTATGAATAAAAAAAATTATTTTATGGTAAAACAAAAAGTAATAATAATT TGAAATAGATATTCTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTT AAATATCTTACTTATAAATTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTCAAATAAAATAGT ATGAACAGAAACAATTGTTTGACGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATT ACTACTAATCAAAACTATTTGAAATAATTCGGC Found at i:15710267 original size:67 final size:68 Alignment explanation

Indices: 15710193--15710331 Score: 217 Period size: 67 Copynumber: 2.1 Consensus size: 68 15710183 AATTAGTATT * * 15710193 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATATTAAAAAATAATTATTTTATGACAAAATG-AAAGGCAATA 1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATATTAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAAGGCAATA * 15710257 ATG 66 ATA * * * 15710260 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAAGGCAATA 1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATATTAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAAGGCAATA 15710325 ATA 66 ATA 15710328 ATTT 1 ATTT 15710332 GAAATAGATA Statistics Matches: 65, Mismatches: 6, Indels: 1 0.90 0.08 0.01 Matches are distributed among these distances: 67 49 0.75 68 16 0.25 ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.12, T:0.37 Consensus pattern (68 bp): ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATATTAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAAGGCAATA ATA Found at i:15710648 original size:181 final size:177 Alignment explanation

Indices: 15710289--15711283 Score: 596 Period size: 180 Copynumber: 5.6 Consensus size: 177 15710279 TGTATGTTGA * * * 15710289 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAAG-GCAATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT 1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTC-ATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT * * * * * 15710353 GGCCATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACTAATTCATTTTTTAAA--TC-TCTTATTAATTTT 64 AGTCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTT * * * ** * 15710415 TGAAGTATTAA-AGAAGTAGTAATATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT 128 TGAA-TATTAATA-AATTAGTATTAATTTA-TTCCGATAAGCTTGTATGAACT * * 15710467 AAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAA 1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG * 15710531 TCAGAATTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAATTTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTT 66 TCATAATTATTTGAAC-TGATTCGATAAACAA-TTTATTTTTT-AAATCTCTT-CTTATTAA-TT * 15710595 TTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCCGACTAAGCTTGTATGAACT 126 TTTGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCCGA-TAAGCTTGTATGAACT * * * * * * * * 15710648 AAAACAATTATTTTATGACTAAACACAAGGTT-AGAATGATTTGAAATAAAAAATTATTCTAATA 1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGTTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA * * * * 15710712 GTCTTAACTATTTGAACTGATTCGATAAACACATTTATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATGTT 65 GTCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTT * * * * 15710777 TGAAATATTATTAAATTAGTATT-ATTTTTATCCGAATAAGCTTGTTTG-ATT 128 TG-AATATTAATAAATTAGTATTAATTTAT-TCCG-ATAAGCTTGTATGAACT * * * * * * * * * 15710828 AGCAACAATTTTTTTATGACAAAAC-AAAGATAATAATGATTTGAGATTAATATTTGTTCTAAT- 1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA ** * * * * * * * 15710891 GATTGTAACTATTTGAACTGGTAT-GAAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTTCTTAATAATT 65 G-TCATAATTATTTGAACTGAT-TCGATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTC-TTCTTATTAATT ** * ** * ** ** * 15710955 TCTAAAATATTATTAAACAAGTATTATTTTATTTCAAATAATATT-TATG-AGT 126 T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCCGATAAGCTTGTATGAACT ** ** * * * 15711007 -TGA-AA-------A--ACAAAACAAAAGACCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG 1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG * * * * * * * 15711061 TCAT-ATCAATTTGAGCTTGTTTAG-TGAACATATTTATTTGTTAAAATCT-TACTTATTAATTT 66 TCATAAT-TATTTGAAC-TGATTCGATAAACA-ATTTATTT-TTTAAATCTCTTCTTATTAA-TT * * * * * * 15711123 TTTGAATCTTAATAAGTTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACT 126 TTTGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCC-GATAAGCTTGTATGAACT * * * * * * * * 15711176 GAAATAATTGGTTTATGACTAAATAAAAGGTTGA-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATA 1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA * * * * 15711239 GTCTTAACTATTTGAACT-AGTTTGGTAAAACACATTTATTTTTTA 65 GTCATAATTATTTGAACTGA-TTCGAT-AAACA-ATTTATTTTTTA 15711284 TTTTTAAATT Statistics Matches: 638, Mismatches: 127, Indels: 103 0.74 0.15 0.12 Matches are distributed among these distances: 166 2 0.00 167 45 0.07 168 56 0.09 169 16 0.03 170 1 0.00 171 2 0.00 175 2 0.00 176 51 0.08 177 21 0.03 178 29 0.05 179 31 0.05 180 160 0.25 181 154 0.24 182 67 0.11 183 1 0.00 ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.41 Consensus pattern (177 bp): AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG TCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGA ATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCCGATAAGCTTGTATGAACT Found at i:15710965 original size:180 final size:180 Alignment explanation

Indices: 15710450--15710984 Score: 476 Period size: 181 Copynumber: 3.0 Consensus size: 180 15710440 TTTATTTTGG * * * * * * * * 15710450 ATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTT-AAATA 1 ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACACAAGATAAGAATGATTTGAAATA * * * * ** * * * 15710514 AATAATTGTTCAAATAATCAGAATTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAATTTTATTTTTTCAAAT 66 AAAAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGATTCGAAAAACACTTTTA-TTTTT-AAAT * ** * * * 15710578 CTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTA-ATTTATTCCGA 128 CTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCCGA * * * * 15710631 CTAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACACAAGGTTAGAATGATTTGAAATA 1 ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACACAAGATAAGAATGATTTGAAATA * * 15710696 AAAAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGATAAACACATTTATGTTTTAAATCT 66 AAAAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGAAAAACACTTTTAT-TTTTAAATCT * 15710761 CTTACTTATTAATGTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TCCGA 130 CTTACTTATTAAT-TTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCCGA * * * * * * 15710812 ATAAGCTTGTTTG-ATTAGCAACAATTTTTTTATGACAAAACA-AAGATAATAATGATTTGAGAT 1 ATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACACAAGATAAGAATGATTTGAAAT * * * * * * * 15710875 TAATATTTGTTCTAAT-GAT-TGTAACTATTTGAACTGGTAT-GAAAAATAGTTTTAGTTTTTAA 65 AAAAAATTATTCTAATAG-TCT-TAACTATTTGAACTGAT-TCGAAAAACACTTTTA-TTTTTAA * * ** 15710937 ATCTCTTTCTTAATAATTTCTAAAATATTATTAAACAAGTATTATTTT 126 ATCTCTTACTTATTAATTT-TAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT 15710985 ATTTCAAATA Statistics Matches: 294, Mismatches: 49, Indels: 23 0.80 0.13 0.06 Matches are distributed among these distances: 179 4 0.01 180 106 0.36 181 130 0.44 182 54 0.18 ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42 Consensus pattern (180 bp): ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACACAAGATAAGAATGATTTGAAATA AAAAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGAAAAACACTTTTATTTTTAAATCTC TTACTTATTAATTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCCGA Found at i:15711660 original size:181 final size:181 Alignment explanation

Indices: 15711288--15719414 Score: 2049 Period size: 181 Copynumber: 44.9 Consensus size: 181 15711278 TTTTTATTTT * * * * * * 15711288 TAAATTAGTATTATCTTAATTT-GAATAA-GCTTATATGAA-AAGAAACAATTGTTCTACGATAA 1 TAAATTAGTATTAT-TTTATTTCAAATAATTC-TATATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAA * * ** * ** * 15711350 AA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTTGAATAGTCATAACTATTTTAA-TTGCT 63 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-T * * * * * * 15711413 TCAATAAATATATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAA 127 TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA * * * ** * * 15711464 TAAATCAGTATTATTTTATTTTAAATAATTCTATAAGAACAAAAACAATTGTTTTACAATAAAAT 1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAATTCTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC * * * 15711529 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTAG 66 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG * 15711594 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAGAATATTAA 131 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA * * * * * * 15711645 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAATT-TGTATAAATATAAACAATTATTTTATAACAAA 1 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAT-AATTCTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAA * ** * * ** 15711708 ACAAAAGATCATAA-ATATTCAAAATA-AGTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTAC 64 ACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT * * * * * 15711771 TCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGCATA-T-- 127 TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA * * * * * * 15711823 T-CATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-GCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAA 1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAATTC-TATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA * * * * * * 15711886 TAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAGTATTTGAA-TGTGTTC 65 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTT * * * * * * 15711950 AG-AAAAAAGATTTATTTTGTAAATTTC-TATTTATTAATATTTGGAATATTAA 129 AGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA * * * * 15712002 CAAATTTA-TATTATTTTTATTTGAAATAAGTT-TGTATGAACAATAACAATTG-TTTATGACAA 1 TAAA-TTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAA-TTCTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA * * * *** 15712064 AACAAATGGTAAAAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT 63 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT ** * * * * 15712129 CGGTGAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAA 128 TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA * ** ** * * * * * 15712183 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCCTATATGAACTGATATAATTTTTTTATAATAAAAC 1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAATTCTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC * * * * * * 15712248 AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTTGG 66 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG * * * * * 15712313 TAAACATAGTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAA 131 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAA * * * * * * * * 15712364 TAAATTAATATTGTTTTAATCCAAATAA-GCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAGA 1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAATTC-TATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA * * * * * * * 15712428 CAAAAAGTCATAACGATTT-AACATAAATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTAAACTTATTC 65 CAAAAGGTCATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT- * * * ** * * 15712492 TA-TAAATAGA-CT-TTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAA 128 TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA * * * * * * * 15712543 TAAATTTGTATTATTTTATTTGAAAT-ATGCTTGTATGAATAGAAAA-AAATGTTTTATCACAAA 1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAATTC-TATATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAA * * * * * * 15712606 GCCAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTA 64 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT * * * * * ** 15712671 AGTTAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAGTTACAGAATATTAA 129 AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA * * * * * * * * * * 15712724 TAAGTTAG-ACTTATGTCATTTCGAATAAACTTGTACA--AACAGAAACAATTATTTTGTGATAA 1 TAAATTAGTA-TTATTTTATTTCAAAT-AA-TTCTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA * ** * * * 15712786 AACAAAATGGT-ATAACTATTTGAAGCACATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCAC-TGG 63 AACAAAA-GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT * ** * * * * 15712849 TCAGGCCAATAGATTCATTTTTCAAATC-CATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA 127 TTA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA * * * * ** * * * 15712905 TAAATTAGCATTACTTTA-GTCTGAATAAGACTATATGAATAGAAACAATTCTTTTATGACAAAA 1 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAATTCTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA * * * * * * * * 15712969 CAAATGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAGTAGTTA-AATTAATTGAACTGGTTTA 65 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA * * * * 15713033 GTAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATACTAA 130 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA * * * * * * * 15713085 TAAATTAATATTATTTTATTTTGAACA-AACT-TATTTGAATAAAAATATTTG-TTTATGACAAA 1 TAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAA-ATAATTCTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAA * ** * * 15713147 ACAATAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTT 64 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT * * * 15713211 -GACAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTT-GAAATATTAA 129 AG-TAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAA * * * * ** * * 15713264 TAAATTTA-TTTTGTTTTATTCCAAATAAGT-TAGTAAAAACTAAAA-AATTGTTTAAT-ACAAA 1 TAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAATTCTA-TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAA * * * * ** * 15713325 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAACCTTAACTATTTGAA-TTGGTT 64 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT * * * * * ** 15713389 TGGCAAACAAA-TTATTTTTTAAATTTCTTAGTTCTTAATTTTTAGAATATTCT 128 TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA * * * * * * * 15713442 TACATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-GCTTGTATGAACAAAAATAATTAG-TTTATGATATA 1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAATTC-TATATGAACAAAAACAATT-GTTTTATGACAAA * * * 15713505 ACAAAATGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGCTT 64 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TT * * * 15713569 T-GATAAACATATTTATTTTTTCAATCTCCTA-TGTATTAATTTTT-GAAATATTAA 128 TAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTAG-AATATTAA * ** * ** * * 15713623 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AGGCTTGTATGATGAAAAACAATTATTTTATGAGAAAA 1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAATTC-TATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA * * * * * **** 15713687 CAAAAGTTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGCT-CTTATGAACTAAAACAA-TTGTT 65 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCAT-AACTATTTGAACTTG-T * * * * * * 15713750 TTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATGATTATTCAAATTGTTATAATTATTT 127 TTA-G-T-AAA-CAAA--T--TTAT-TTTTTAAAT--CT-CTTA--C---TT-AT-TAATT-TTT * * 15713815 -GAACTTGTTCGA 172 AGAA--TATT-AA * * * * ** * ** * 15713827 TAAA-CA-AATTAATTTT-TTTTAATTTCTTGCCTATTAATTTTTTTAATGTTAATA-AATTAGT 1 TAAATTAGTATT-ATTTTATTTCAAATAATT--CTA-T-A-----TGAA--CAAAAACAATT-GT * *** *** * * * * * * 15713888 ATTATTTTATTTCGAGTAAGCTTATGAAC----TGAAACA-ATTATTTTATGACTAAATAAAAGG 53 TTTATGACAAAAC-A-AAAGGTCAT-AACAATTTGAAATAGATAATTGT-T--C-AAAT---A-G * * * * 15713948 TCAAAACGATTTAAAATGGATAATTGTTCTAATAGTATTAAC-AATTTAAATTGGTTTGGCAAA- 107 TCATAACTA-TT----T-GA-ACTTG-T-T--TAGTA--AACAAATTT--ATT--TTT--TAAAT * ** * * ** 15714011 CACATTTGTTTTTTAAATCTTTA-CTTATTAA 153 CTC--TTACTTATT-AATTTTTAGAATATTAA ** * * * * * * 15714042 T---TTAACAATATTTTACTTT-AAATAAGGT-TGTATGAATAGAAACAAATGTTTTA-GTACAA 1 TAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAA-TTCTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATG-ACAA * * * * * * * 15714101 AAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAACTAG-T 63 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT * * * * * * * 15714164 TCGATAAAGAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA---A-TAATTTTCAAAATAGTAA 128 TAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA * * * *** * ** * * * * * * * 15714215 TAAA-TAATTTTGTAAGAATAGAAACAATT-TATTTTATG-TCGAAATAGAA-TGTCATAATGAT 1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAATTCTA---TATGAAC-AAAAACAATTGT-TTTATGAC *** * * * * * * * 15714276 TTGA-AATA--T-ATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTAGTT-AAACTTA-TACAGTAAAC-ATT 61 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT--AGAT-AATTGTTCAAA--TAGT-CA-T-AACTATT * * * ** * * 15714333 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* * * * * * * * * * 15715439 TATTTGATCTAGTTTAATAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATAT 114 TATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATAT 15715504 TAA 179 TAA * * * * * * * 15715507 TAAATTAGT-TATATTTTAATTCAAATAAGGT-TGTGTGAACAAAAACTATTGTTTTATAATAAA 1 TAAATTAGTAT-TATTTTATTTCAAATAA-TTCTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAA * * * * * ** 15715570 AGAAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAAATAATTACTT-AAATAGTCATAACTATTTGAAATAATT 64 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT * * * * * 15715633 T-GATAAATAGATTTATTGTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAA 128 TAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA ** * * * * * * * 15715683 TAGGTTAGTATTATTTTATTCCGAATAA-ACTTATATAAACAAAAGCATTTGTTTTATGAGAAAA 1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAATTC-TATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA * ** * * * * * * * * 15715747 CAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGAGAATTGTTTAAACAGTTATAATTATTTGAAATGGTTAA 65 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA * * 15715812 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* * * 15717361 TACAAGGTTATGATGATTTTAAATAGACAACTGTTCAAATAATAATAATTATTTGAACTTGTTCT 65 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-T * * * * * 15717426 -GTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCGTA-TAATTTTTTGATTGTTAA 129 AGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA * * * * * * 15717478 GAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAA-GCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAA 1 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAATTC-TATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAA * * * * * * ** * 15717541 ACAAAATGTCAGAACGATTCGAGATAGATAATTATTGTAATAGTCTTAA-TCATTTGAA-TTGAT 64 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTG-T ** ** * * 15717604 TCGGTAAACAAA--T-TTTTTTAAAAAT-TT-CATATTAATTTTT-GAAATATTAT 127 TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAA * * * * * 15717654 TAAATTAG---TA--TTATTGC-------T-TGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTACGATAAAAG 1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAATTCTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC * ** * * * ** 15717705 AAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATCATTTATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCG 66 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Indices: 15711441--15755510 Score: 4707 Period size: 539 Copynumber: 81.9 Consensus size: 536 15711431 TTTTAAATCT * ** * * * * 15711441 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTAAATAATTC-TATAAGAACA 1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAAT-ATGCTTGTATGAACA * * * * * 15711505 AAAACAATTGTTTTA-CAATAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG 65 AAAA-AAATGTTTTATC-ACAAAA-CAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * * * * * * 15711569 GACATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTT 127 GTCATAACTATTTGAACTTGTTAAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT * * * * 15711634 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATAAATATAAACAATTATTT 192 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAATAAACTTGTATAAACAGAAACAATTATTT * * * ** 15711699 TATAACAAAACAAAAGATCATAA-ATATTCAAAATAAGTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT 256 TATAATAAAACAAAAGGTTATAACA-ATTTGAAATAA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT * * * * ** 15711763 -GAGCTTACTCA-GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGCATA-T-- 319 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-CTTATGAACTAAAACAA-TTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATGA 126 AGTCAT-AACTATTTGAACTTG--TTAAG-T-AAA-CAGA-TTCAT--T--TTTTAAAT--CT-C * * * * * 15713791 TTATTCAAATTGTTATAATTATTT-GAACTTGTTCGATAAACAAATTAAT-TTTTTTTAATTTCT 177 TTA--C---TT-AT-TAATT-TTTAGAA-----T--ATTAATAAATTAGTATTATTTT-A--T-T * * * * * **** * ** *** * * 15713854 TGCCTATTAATTTTTTTAATGTTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCGAGTAAGCTTATGAAC- 223 T--CAATAAACTTGTATAAACAGAA-ACAATTA-TTTTATAATAAAAC-A-AAAGGTTAT-AACA * * * * * * 15713917 ---TGAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAACGATTTAAAATGGATAATTGTTCTA 281 ATTTGAAATAA-TA-ATTAT-TC-AAAT---A-GTCATAACTA-TT----TGG--ACTTG-T-T- * * * ** * ** 15713979 ATAGTATTAACA-ATTTAAATTGGTTTGGCAAACA-CATTTGTTTTTTAAATCTTT-ACTTATTA 328 A-GGTA--AACATAGTT--ATT--TTT---AAA-ATCTTTTACTTATT-AAT-TTTGAAATATTA ** * * *** * * * * 15714041 AT---TTAACAATATTTTACTTTAAATAAGGTTGTATGAATAGAAACAAATGTTTTA-GTACAAA 380 ATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATG-ACAAA * * * * * * * * 15714102 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TAGTCATAACTTTTTGAACTTGTT-CGATAAACA-ATTTTAGTTTTTTTATTTCTCTTACTCATT 125 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAAG-TAAACAGA-TTCA--TTTTTTAAATCTCTTACTTATT * * * * * * 15714885 AATTTTTGGAATATTAATAAATTGTTCGGTAAACATATTTATATTTTAAAAATTTTACTTATTAA 186 AATTTTTAGAATATTAATAAA---TT-AGT--A-TTATTT-TATTTCAATAA----ACTT-GT-A * * * * ** ** * 15714950 TTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGAATGAACAGAAACAATT 237 -TA--AACAGA--AA-CAATT-ATTTTATAATAAAAC-AA-AAGGTT--AT-------AACAA-- * * * * * * 15715015 GTTTTATGACAA-AACAA-AATGTCATAATAATTTATAA-TGAATGATTGTTCAAATAT-TCATA 282 ---TT-TGA-AATAATAATTAT-TCA-AAT-AGTCATAACT--AT--TTG---GACT-TGT--T- * * * * * 15715076 ACGAGTTGAAC-TTGTTTGATAAATAGATTTATTATTTAAATCTTTTACTTAATAATTGTCT-TA 328 A-G-G-TAAACATAG-TT-AT---T---TTTA--A-A---ATCTTTTACTTATTAATT-T-TGAA * * ** * * 15715139 ATATTAGTAAATTTGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAATA-AATCATTTTA 374 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCG-AATAAGCTTGTATGAACAGAA-ACAATTATTTTA * * * * * * * 15715202 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TTTATAATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT-AATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTAT * * ** * * * * * * 15715622 TTGAAATAATTTGATAAATAGATTTATTGTTT-AAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTA 317 TTGGACTTGTTAGGTAAACATAGTTATT-TTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTT-GAAATATTA ** * * * * * * * 15715682 ATAGGTTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTATATAAACA-AAAGCATTTGTTTTATGAGAAA 380 ATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTATTTTATGACAAA * ** * * * * * * * * * 15715746 ACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGAGAATTGTTTAAACAGTTATAATTATTTGAAATG-GTT 444 ACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAAGTATTT-AAATGTATT * * * *** * 15715810 AAGTAAATAGAAT-TATTTTTTTAATCTCTTA 507 CAGAAAAAAG-ATCTATTTTAAAAATTTC-TA * * * * * * 15715841 CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATT 1 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATATGCTTGTATGAA-C * ** * *** * ** * * * 15715905 GAAAAAGTTGTTTTATGACAAAATTTTTA-GTCATAATGATTTGAAATAAATACTTGTTCATATA 64 AAAAAAAATGTTTTATCACAAAA--CAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * ** * * * * * * 15715969 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TTATAATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA-ATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATT * * * * * *** * * 15721999 TGAACTTATTCA-GCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCAACATATTAATTTTTAGAATATTAA 318 TGGACTTGTT-AGGTAAACATAGTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAA * * * * * * 15722063 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAT 381 TAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC * ** * * * * * 15722128 AAAAGATCATAATGATGTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAG-CTT- 446 AAAAGGTCATAACAAT-TTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAAGTATTT-AAAT-GTATTC ** * * * * * 15722191 ATTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTTA 508 AGAAAAAAGATCTA-TTTTAAAAATTTCTA * * * * * * * * 15722221 CTTAATAAATTTTAGAATTTTAATATATTAGTA-TATTTTTATTCCG-AATAAGCTTTTATGAAC 1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGTATTA-TTTTATT-TGAAATATGCTTGTATGAAC * * * * * ** * 15722284 AAAAACAAT-TAGTTTATGACAAAACAAAAG-ATCTTATGATTTGAAATGGATAATTGTTCAAAT 64 AAAAAAAATGT--TTTATCACAAAACAAAGGTA-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT * * * 15722347 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AC-TATTTGGACTTG-TTAGGTAAACATAGTT-ATTTTTAAAATCT-TTTACTTATTAA-TTTTG * * * * * ** * * * * * 15723115 GATTACTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATATTTCTTTTA 372 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTA * * ** * 15723180 TGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTCAAATAGATAATTATTCCAAA-AATCATGATTATTT- 437 TGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTT-AAATAAATAATTATT-CAAATAGTCAAAAGTATTTA * * * * * * * * * 15723242 GATCTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTGTAAATTTTTTA 499 AATGTA-TTCAGAAAAAAGATCTATTTT-AAAAATTTCTA * ** * *** * * * * 15723282 CTTATAAATTGCTAAAATATTAATAAACAAGTATTATTTTAATCTG-AATAAGCATGTATGAATA 1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTT-ATTTGAAATATGCTTGTATGAACA * * * * * * ** * 15723346 GAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATA 65 -AAAAAAATGTTTTATCACAAAAC-AAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATA * * * * * * 15723410 GTCATAACTATTTGAACTAGTT-TGATAAATAGATTTATTATTTAAATCTCTTA-TTAAT-A-TT 127 GTCATAACTATTTGAACTTGTTAAG-TAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT * * * * * * * * * 15723471 TGA-AATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACA-AAAAAATTTGT 191 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAACTTGTATAAACAGAAACAA-TTAT * * * * ** * * * 15723534 TTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATT 254 TTTATAATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT * * * * * * 15723599 T-GAATTGGTTA-GTAAATATAATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA 318 TGGACTT-GTTAGGTAAACATAGTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAA * * * 15723662 TAAATTTA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAT-TATGAATTCA-AAA-AACTTATTTTATGAC 381 TAAA-TTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCT-TGTATGAA--CAGAAACAA-TTATTTTATGAC * ** * * * * * 15723723 AAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGTCTTAAA-TATTTAAACCG 441 AAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGTC-AAAAGTATTTAAA-TG * * * ** * * 15723787 -GTTCAGCAAATAA-ATTTATTTTTTAATTCTTTTA 503 TATTCAG-AAAAAAGATCTATTTTAAAAAT-TTCTA * * * ** * 15723821 GTTATTAATTTTT-GAAATATTATTATATTAATATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATG-A- 1 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTT-GAAATATGCTTGTATGAAC * * * * * * * * * 15723882 AAACAAAA-G-GTTGT--------AATGAT-TTGA-AGTTTGCAAT---T-A-T-TT-AAATAGT 64 AAAAAAAATGTTTTATCACAAAACAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT ** ** * * * * 15723928 CATTGCTACCT-AACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTT- 129 CATAACTATTTGAACTTGTTAAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA * * ** * 15723991 GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAAATGATAA-A-AAACAATTGTT 194 G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAACTTGTAT-A-AACAGAAACAATTATT * * * * ** ** * * * * * * 15724054 ATATGATCAAACAAAATGCCATAA-TTTTCTGTAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGT 255 TTATAATAAAACAAAAGGTTATAACAATT-TG-AAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT * * * * * 15724118 TTGAAC-TGTT---TCAACAAATAGGTTTATTTTTTAAATCTCCTTA-TTATCAATTTTTGAAAT 317 TTGGACTTGTTAGGT-AA-ACATA-G-TTATTTTTAAAATCT-TTTACTTATTAA-TTTTGAAAT * * * * * * * * 15724178 AATATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAAC 376 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CATATTAA-TTTTATAATATGAATAAATTCATTTTTTTTTATTTTG-AATAAGCTAGTATGAATT 1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTTGAAATATGCTTGTATGAA-C * * * ** * 15726501 GAAAAAATTGTTTTA-CGACAAAACAAA---AAT---GATTTGAAATAGATAAAGGTTCATATAG 64 AAAAAAAATGTTTTATC-ACAAAACAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG * * * * * * * * * 15726559 TCTTAACTATTTGAACTAGTT-TGTCTAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTCAGTTAGTAATTTT 128 TCATAACTATTTGAACTTGTTAAGT-AAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT * * ** * * * * * 15726623 TGGAATATT-TTTTATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTT 192 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAACTTGTATAAACAGAAACAATTATTT * * * * * * * * * 15726687 TATGACAGAACAAAAGCTTATAACTATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTA 256 TATAATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG * * * * * * * * * 15726752 AAC-TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTATAGATTAATAAA 320 GACTTGTTAGGTAAACATAGTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAA * * ** * * * * * * 15726816 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TTTAG-AATATTAATAAATTAGTA-T-T-ATTTTATTTCAATAAACTTGTATAAACAGAAACAAT * * ** * * * 15727218 TGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCAC 251 TATTTTATAAT-AAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT-AATAATTATTCAAATAGTCATAAC * * * * * * * * * * 15727282 TATTTGAATTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTCCTTATTAATTTTTTAAATA 314 TATTTGGACTTGTTAGGTAAACATAGTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATA * * * * ** * * * * * * * * 15727347 TTAAGAAATTTGGATTAATTTTATTCAAAATAAGATTATAAGATA-TGAAATAAATATTTTCTAA 377 TTAATAAATTAGTATT-ATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTATTTTATGA * * * * * *** ** 15727411 CTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTAAAATATATAATTATTCTAATAGTTTTATCTATTTAAACTA 440 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAAGTATTTAAA-T- * * * * * * 15727476 GT-TT-GGCAAACACATTTATTTTTTAAAA--TCT- 502 GTATTCAGAAAAAAGATCTA-TTTTAAAAATTTCTA * * * *** * * * 15727507 CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGC-TCTATGATCA 1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAT-TTGAAATATGCTTGTATGAACA * * * * * * ** ** * * 15727570 AAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAGATCCTAATGATTTGAGATTA-ATAATTGCTCAAATAG 65 AAAA-AAATGTTTTATCACAAAACAAAGGTAATAACAATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAG * * * ** * 15727634 TCATAATTATTCGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT 128 TCATAACTATTTGAACTTGTTAAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT * * * * * * 15727695 -GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGATAAAAAAAAAAATTGT 193 AG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAACTTGTAT-A-AACAGAAACAATTAT *** * * ** * * 15727759 TTTATGGCAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCAT-ACTATT 254 TTTATAATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT * * * * ** * * * ** * * 15727823 TGAAATGGTTCGGTAATTAGATTTATTTTT-TAAT-TTTCATGGTTATTAAGTTTCAGAATATT- 318 TGGACTTGTTAGGTAAACATAGTTATTTTTAAAATCTTT--TACTTATTAATTTTGA-AATATTA * * * * ** * * * * * * 15727885 ATTAATGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGAAAAA 380 ATAAAT-TAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAA * ** * * * * * 15727950 ATAAAATATTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACAAAACTATTTGAAATGGT-T 444 ACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAAGTATTT-AAAT-GTAT * * * * * * * 15728014 T-GGTAAATAGTTTTACTTTT-TAAATCTCTTA 506 TCAGAAAAAAGATCTA-TTTTAAAAATTTC-TA * * * * * 15728045 CTAATTAATTTTCTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACA-A-ACTTTTATTAA 1 CTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTTGAA-ATATGCTTGTATGAA * * * * * * * ** ** * * 15728107 CAAAAACAATTATTTTGTTATAAAAAAAAAGTAATAATGTGATCCCGAGAATTGATGGTTAAGAT 63 CAAAAA-AAATGTTTTATCACAAAACAAAGGTAATAA--CAAT-TTGA-AA-T-A--GATAA-TT * * **** ** * * ** 15728172 GTTGAAGAGTAACTGCA-AA-TAGAAAAAGCTCATAAAG-AAGACA-ACTCATAAGAATTTGAAT 118 GTTCAA-A-T-AGT-CATAACTATTTGAA-CTTGTTAAGTAA-ACAGATTCAT-----TTTTTA- ** ** * * *** ** * *** ** * 15728233 AATGGCAGAATATGATT-ATTGGATT-GAA-AGGGATAAAAGTTCACCACTAAGACTA-GACACT 171 AATCTCTTACT-T-ATTAATT--TTTAGAATATTAAT-AAA-TT-AGTA-TTATTTTATTTCAAT *** * * * * * ** ** * * 15728294 AAGGGATATAGAAACACTACCCTAAGAATCCTAATCAAGGATGCAAAACAATAGAAG-T-TCACA 228 AA-ACTTGTATAAACA-GA----AACAAT--TATTTTATAAT--AAAACAA-A-AGGTTATAACA * * * * * * ** 15728357 ACTTTAGGAAATCCACCTAA-GAGTTACAAA-ACTTGAAGAACAATCTAAAAGA-TTGCTTAAGG 281 A-TTT--GAAAT--A-ATAATTA-TT-CAAATA-GT-CATAACTAT-T--TGGACTTG-TT-AGG * * * * * * ** ** * * * *** * * 15728419 ATAAAGAAAACTCTA-TTCT---ACCTTCTACCAAAGAATAATAGAAA-ATAAATAGGCTAGGAA 331 -TAAA-CATAGT-TATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTAT * ** ** ** 15728479 CATCCCTCCAAGTATGGGAACTTTCATATTGCATTGCTA-GAATCATGCCTAAAATCAAGGGATT 392 TAT---T-TTA--ATCCGAA---T-A-A--GC-TTG-TATGAA-CA-G----AAA-CAA-TTATT * ** * ** * * * * 15728543 TACATG-TGAACCTATTTA-CTCATATA-GA-TTACATAATAATGAATCTGA-CCATAATCTCAT 434 T-TATGACAAAAC-A-AAAGGTCATA-ACAATTTAAAT-A-AAT-AAT-T-ATTCA-AA--T-A- ** * * *** * * * * ** * 15728603 CCGTCTTTATGCTCTTTTTTTTCAGCTAGTGC-GAACATA-ATCTTTCTATTCCAACCCACTT-T 485 --GTC-AAAAG-T-ATTTAAAT--G-TA-TTCAGAAAAAAGATCTAT-T-TT--AA-AAATTTCT 15728665 A 536 A * * ** * ** ** * * * 15728666 -TTTTTGCATTTATTTAGTGGTTTTGGACCAAGGATAGGCCCATCT-TATTT-TTGGATAAGTCC 1 CTTATT--AATT-TTTAG-AATATT--AATAA--ATTTG--TAT-TAT-TTTATTTGA-AA-T-A * * ** * * ** * * ** 15728728 T-CTTTAGTCTCAACCCAAGTTGTAAGATGTGTTGAT----ATTC-TAGTGTCATAATGATTTGA 51 TGC-TT-GTATGAA--CAA---AAAAAATGT-TTTATCACAAAACAAAG-GTAATAACAATTTGA * * * * * * * * 15728787 AATAGATAATTGTTCGAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTT-CGATAAATAAAATT-ATTTTCT 107 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAAG-TAAA-CAGATTCATTTTTT * * * * * * 15728850 AAATCTCTTA--TA--AATTTTGA-AATATTAATAAAGTAGTTTTACTCTATTTCAAATAAGCTT 170 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAACTT * * * * ** * * * * 15728910 GCATGAGCTGAAGTAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAGATAAATAATT 234 GTATAAACAGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA-AT-AATAATT * * * * * *** * * * * 15728974 GTTCATATAATCATAACTGTTT-GAATTGGTTCA-GTAAATGGATTTATTTTTCAAATCTCTTAG 297 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGGACTT-GTT-AGGTAAACATAGTTATTTTTAAAATCTTTTAC * * ** * 15729037 TTATTAATTTTTAAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA 360 TTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAGA * * * * * * * * * * 15729101 AACAATTGTTTTATTATAGAA-AAAATGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT 424 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGTC * * * * * ** 15729165 ATAACTATTTAAACTG-GTTCA-ATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCT- 488 AAAAGTATTTAAA-TGTATTCAGA-AAAAAGATCTATTTTAAAAATTTCTA * * * * * *** 15729211 CTTATTAATTTTT-GAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTAGCATGTTG 1 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTTGAAATATGCTTGTATGAAC * * ** * * * * 15729274 AAAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAACAAATAGTTGTTCAAATG 64 AAAAA-AAATGTTTTATCACAAAAC-AAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * * * * * * * * 15729339 GCCATAATTATTTAAACTTATTTAGTAAACTGATTTATTTTTTTAAATC-C---CTTATTAACTT 127 GTCATAACTATTTGAACTTGTTAAGTAAACAGATTCA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT * * * ** * * * * 15729400 TT-GAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTG 191 TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAATAAACTTGTATAAAC-AGAAACAATTA * * * * * * * * * * 15729463 TCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATCAATAATTGTTCAAACAGTCCTAACTCT 253 TTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT-AATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT * * * * * * * 15729528 TTGAACTTGTTCA-GTAAACAAATTTATCTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATGTT 317 TTGGACTTGTT-AGGTAAACATAGTTAT-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATT * * * * * * 15729592 AATAAATTAGTATCATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATAGGACTAA 379 AATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC-AA * * * * * ** * * 15729657 AA-AAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATGATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAA-CTAGT 443 AACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAAGTATTTAAATGTA-T * * * ** 15729720 TC-GACAAATACATATATTTTTTAAA--TCT- 506 TCAGA-AAAAAGATCTATTTTAAAAATTTCTA * * * ** * * * 15729748 C--ACTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TGTCCAAATAAGCTGGTATGACC 1 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAT-TTGAAATATGCTTGTATGAAC * * * * * * * * * * * ** * 15729809 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* * 15731715 TAAATTA-TAATTATGCTATTTCGAATAAGTTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAA 381 TAAATTAGT-ATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA * * * * * * * * * ** ** 15731779 TAAAAAGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTTATAACTATTTGCAT-TGGTCA 445 CAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAAGTATTTAAATGTATTCA ** * * ** * 15731843 GGTCAACATAT-TCATTTTTTTAAATTTGTTA 509 -GAAAAAAGATCT-A-TTTTAAAAATTT-CTA * ** * ** * * * * 15731874 CTTATTAATTTTTAGAATATTAGTAAATGAGTAATATTTTATTCCAAATAAGATTGTATCAATAG 1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATATGCTTGTATGAACA- * * * ** * * * * 15731939 AAACAATTGTTTTAT-AGCAAAA-AAATTGGTCATAATGATTGGAAATAAATAATTATTCAAATT 65 AAAAAAATGTTTTATCA-CAAAACAAA--GGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * * * * ** * * * * * 15732002 GTTATAAC-AATTAAACTAGTTTGGTAAATAGGTTTATATTTTAAATCTCTTA---A-TAACTTT 127 GTCATAACTATTTGAACTTGTTAAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT * * * * * * * * 15732062 CAAAATATTAATAAATTAATGTTATTTTATTTCGAACAAACTTATA-AGAAGCA-AAACATTTGT 192 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAACTTGTATA-AA-CAGAAACAATTAT * * * ** * * * * * 15732125 TTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGCAGATAATTATTCATATAGCCTTTACTGTT 254 TTTATAATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT * * * * * * * * * 15732190 T-GAATTGGTTTGGCAAACA-A-TTTTTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTAT 318 TGGACTT-GTTAGGTAAACATAGTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAA * * * * * * * 15732252 TAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATATTTATTTTATGACAAAAC 381 TAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC * * * * * * * * 15732317 AAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT-GA-GCTAGTT- 446 AAAAGGTCATAACAATTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAAGTATTTAAATG-TA-TTC * * * * ** * 15732379 GGCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA 508 AG-AAAAAAGATCTATTTTAAAAAT-TTCTA * * ** * * * 15732410 CTCATTAATTTTT-GAAATACTAATAAATTCATATTATTTTGTTTTG-AATAGGCTTATAT-AAT 1 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTT-ATTTGAAATATGCTTGTATGAA- * * * * * * * * * 15732472 GAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAGAT 63 CAAAAA-AAATGTTTTATCACAAAAC-AAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT * * * * * * * * * 15732537 GGCCATAATTATTTAAAC-TGATT-TGATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATC-CTCAACTTCTCA 126 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTAAG-TAAAC-AGATTCATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTA * * ** * * * * 15732598 ATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGTAA-TGAAACA 187 ATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAACTTGTAT-AAACAGAAACA * * * * * 15732661 ATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATAATTT----TAA-AATGA-TC--ATA---AT--- 249 ATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAATAATTATTCAAATAGTCATAAC * * * * 15732712 TATTAGAACTGGTTA-GTAAACATAATTATTTTT-AAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA 314 TATTTGGACTTGTTAGGTAAACATAGTTATTTTTAAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTGAAATA * * * * ** * ** * 15732774 TTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCTAATAAGCAAGTATGTATTGAAA-AAATATTTTATGAC 377 TTAATAAATT-AGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC * * ** * * * * 15732837 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATACATTCTTAACA-T-TTTGAA-C 441 AAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAAATAATTATTCA-A-ATAGTCAAAAGTATTTAAATG * * * 15732899 TAGTT-AGACAAATAA-ATTTAATTTT-TAAATCTCTTA 503 TA-TTCAGA-AAA-AAGATCT-ATTTTAAAAATTTC-TA * * * * * * 15732935 GTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTATATGAACA 1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTT-GAAATATGCTTGTATGAACA * * * ** * * * 15732999 TAAATAAT-TATTCTATAACAAAACAAAAGGTTTTATTTTGTAAATAATTGATTTGAAGTATACA 65 AAAAAAATGT-TT-TATCACAAAAC-AAA-G---------GT-AATAA-CAATTTGAAATAGATA * * * * * * * 15733063 ATTCTTTAAAT-GTCATAACTATTTGATCTGGTTCAA-TAAACAAATTTA-ATTTTAAAT-TCTT 115 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-AAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTT * * * 15733124 -CTTTATTAATTTTT-GCAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATGAT 179 AC-TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAAA-CTTGTAT-AA * * ** * ** * * ** * 15733187 ATA-AAACAATTGTTACATGACCAAACAAAAGGTAACAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAA 240 ACAGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA-ATAATTATTCAAA * * ** * 15733251 TAG-CAATAATTATTTGAACTAATTCA---AAAAATAGATTCACTTTTT-AAATC----ACTTAT 304 TAGTC-ATAACTATTTGGACTTGTT-AGGTAAACATAG-TT-A-TTTTTAAAATCTTTTACTTAT * * * * ** * ** 15733307 TAATCTTTGGACTATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAATTGAAACA 364 TAAT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA * * * * * * * * 15733372 ATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA 428 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAA * * * * ** * * ** * * 15733437 CTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAA-ATTTATTTTTTTAAA-CTCTTG 492 GTATTTAAATGTATTCAG-AAAAAAGATCTA-TTTTAAAAATTTC-TA * * * * * * 15733483 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-GATATGCGTT-TATAAAT 1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTTGAAATATGC-TTGTATGAAC ** * * * * * * * * * 15733546 TGAAATAA--TTGT-TCA-AATAATTACAA-CTATTTGAACTTATTTGATAA-ACATATTTTTTT 64 AAAAAAAATGTTTTATCACAA-AA-CA-AAGGTA-AT-AAC-AATTTGA-AATAGATA--ATTGT * * * * *** 15733605 TTAAATCTTTTGCTCATTAA-T-TTTCCAA-ATGTTAA-TACATTTGAATT-ATTTTATTCCAAA 120 TCAAA----TAG-TCA-TAACTATTT-GAACTTGTTAAGTA-AACAG-ATTCATTTT-TT--AAA * * * 15733665 TAAGCT-TGTAAGATATGAAATAAATATTTTAGGACTAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATA 173 T---CTCT-T-A-CT-T---ATTAAT-TTTTA-G---------AATAT--TAAT-A----AATTA * * * ** * * 15733729 GATAATTATTCTAAGGGTTTTAACTATTTGAACTGGT-TCTACA-AGCACATTTATTTT-T--TA 210 G-T-ATTATT-TTA---TTTCAA-TA----AACTTGTATAAACAGA-AACAATTATTTTATAATA **** * * * ** 15733789 AAATTTTCA-CTTACT-A-ATTTTG---TGAAT-ATTATT-AAATTAGT-ATTA-T-TTTTAAC- 263 AAA-CAAAAGGTTA-TAACAATTTGAAAT-AATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGGACT * * * * * * *** * * ** 15733842 CG---GGTAAAC-T-TTTATGATCATAAACAAT-TGTT--TTATGACAAAATAAAGATCTTAACG 324 TGTTAGGTAAACATAGTTAT--T-TTTAA-AATCTTTTACTTATTA-ATTTTGAA-ATATTAATA * * * * ** 15733899 ATTTGAG-ATTGAAAATTGTTCAAAT-AGTCATAA-CTATTTAAACTGGTTC-GATAACAAATTT 383 AATT-AGTATT----ATT-TT--AATCCG-AATAAGCT-TGT--A-T-GAACAGA-AAC-AA-TT * * * * * * * * ** * 15733960 ATTTT-T--TAAATCTATA-CTTATTAA-ATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT 431 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACAATTT-AAATA--AAT-AATTA-T-TCA-AATA-GT * * * * * 15734020 CAAATAAGCT-TGT--ATG-A-T-A-AAAAAACAAT-TGTTTTATGACAAA--ACAA 487 C-AA-AAG-TATTTAAATGTATTCAGAAAAAA-GATCTATTTTA--A-AAATTTCTA ** * * * * * * * * * 15734067 AATATCATAATGATTTCA-AATAGATAATCATTCAAATGGCAATA-ATTATTTTAACTGAT--TT 1 CTTAT--TAAT--TTTTAGAATA-TTAAT-A---AATTTGTATTATTTTATTTGAAAT-ATGCTT * * *** ***** * * * * * * 15734128 -AATAAAC-AAATTTAT-TTTTA--A-AATTTTTTA-CTTATTA-ATTTTGAAAATA-TTAATAA 56 GTATGAACAAAAAAAATGTTTTATCACAA-AACAAAGGTAATAACAATTTG-AAATAGATAAT-T * * ** * * * * 15734184 ATT--AATA-TTAT-TTTATTCTGTCCAAGTTTGCACTAACTAAAACA-ATT-GTTTTATGATAA 118 GTTCAAATAGTCATAACTATT-TG---AA-CTTG--TTAAGT-AAACAGATTCATTTT-T--TAA *** ** * * * ** ** *** * 15734243 ATCGAATGGTTA-TAATGATTTTA-AACA--GA-CAATT-GTTCATATAGTAATAACTGTTTGAA 172 ATCTCTTACTTATTAAT--TTTTAGAATATTAATAAATTAG-T-AT-TA-TTTTATTTCAATAAA * * ** * * * ** ****** * ** * * 15734302 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TATTTGGACTTGTTAGGTAAACATAGTTATTTT-TAAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATAT * * * ** * * * * * 15735076 TAA-AAATTAGTTTTATTCTATTCTAAATAAGCTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTCATGACAA 378 TAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAA * * * ** * * ** 15735140 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAATAATTGTTCATATAATCTTAACTATTTGAA-CCAG 443 AACAAAAGGTCATAACAATTT-AAAT-AAATAATTATTCAAATAGTCAAAAGTATTTAAATGTA- ** * ** * 15735204 TTCA-ACAAACGGATTTATTTTTTAAATCTCTTA 505 TTCAGA-AAAAAGATCTATTTTAAAAATTTC-TA * * * * * 15735237 GTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATA 1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TGAAATATGCTTGTATGAACA * * * * * * * * 15735301 GAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA 65 -AAAAAAATGTTTTATCACAAAAC-AAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG * * * * * * 15735366 TTATAACTATTTGAACTAGTT-CGATAAACAGATAT-ATTTTTT-AAT-T-TT-TTTATTACTTC 128 TCATAACTATTTGAACTTGTTAAG-TAAACAGAT-TCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT * * **** * * 15735425 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* 15738422 CTTACTGGTTCTTGGAATATTATTAAGTTCGTATTATTTTAATCT-AAACAAGCTTGTGTGAA-A 1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTT-ATTTGAAATATGCTTGTATGAACA * * * * ** * * * * 15738485 AGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAATCAT-ACTGATTAGAGAT-GATAATTGTTCAAATA 65 A-AAA-AAATGTTTTATCACAAAACAAAGGTAATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA * * * * * 15738548 GTCATAACTATTTGAACTATTTTGA-TAAACATATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTT 127 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTAAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT * * * * ** * * * 15738608 TTAAAATATTAATAGATCAGTGTTATTTTATTTCAAATAATTTTGCATGAACA-AAAGCAATTGT 191 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAACTTGTATAAACAGAAA-CAATTAT ** * ** * * * ** ** 15738672 TTTATAATAAAACAAAAACTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGAAATGCCTATT 254 TTTATAATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT * * * * ** * * 15738737 TGAACTTGTTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATACCTATTAATTTTTAGAATATTAA 318 TGGACTTGTT-AGGTAAACATAGTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAA * * ** * * * * * 15738801 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TCAGA-AACAGTTATTTTATGATAAAACAAAGATCT-TAACAATTTAAGGTTGATAATTGTTCAA 93 T-A-ATAACA---A--TT-TGA-AATAGATA-AT-TGT-TCAA-AT-A-G-TCATAACTATT--- * * * * 15749824 ATAGTCATAACAATTTAAACTGGTTCACTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAAT 139 -T-G----AAC----T----T-GTTAAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT * ** * * * * ** 15749885 TTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAGTTTGTGTGATCACAAATGATT 189 TTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAACTTGTATAAACAGAAACAATT * ** * * ** * * * * 15749949 GTTTTACGATAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCGTAATTA 252 ATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTA * * * * * * * * 15750014 TTT-TAATTAATTCGGTAAATAGATTTACTTTTT-AAAT-TTCTTACTTAAT-ATTTTAGAAAAT 316 TTTGGACTT-GTTAGGTAAACATAGTTA-TTTTTAAAATCTT-TTACTTATTAATTTT-G-AAAT * * * * * * 15750075 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-ATCTAAGCTTGTATTAACTA-AAACAGTTGTTTTATG 376 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGA-ATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTATTTTATG * * * * * * 15750138 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TTATAATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT * * * ** ** * * * ** * * 15750560 GAACTGGTTTGACAATTAGATTTATTTTT-AAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGGAATACTT-T 319 GGACTTGTTAGGTAAACATAGTTATTTTTAAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTGAAATA-TTAA * * * ** * * * * * * 15750623 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAAGAGAACCAATTGTTTGATGATAAAAT 381 TAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA- * * ** ** * 15750688 AAAAAGGTTATAATGATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAGTCAAAATTATTTGAAATGGT-TT 445 CAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAAGTATTT-AAAT-GTATT * * * * * 15750752 -GGTAAATAGAT-TCACTTTT-TAAATCTCTTA 507 CAGAAAAAAGATCT-A-TTTTAAAAATTTC-TA * * * * ** * * 15750782 -TTGATTAATTTTCTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTTCAAACAAACTTATATTAAC 1 CTT-ATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATATGCTTGTATGAAC * * ** * * * 15750845 AAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAA-GTAATAATGATTTGAAATAAAATAATTGTTCGAATG 64 AAAAA-AAATGTTTTATCACAAAACAAAGGTAATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATA * * * * * * 15750907 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AG-AAAAAAGATCTA-TTTTAAAAATTTCTA * * * * * * ** 15751272 CTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAGTCG-AATAAGCTTGGATGATT 1 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTTGTATTA-TTTTATTTGAAATATGCTTGTATGAAC * * * * * * ** * * * * * * 15751335 AGAAACAATTATTTTTTTAGAAAA-AAATATCATAA-TATTTGAGATTGATATTTGTTCAAACAG 64 A-AAAAAAATGTTTTATCACAAAACAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG * * ** * * * * 15751398 TCATAATTATTTGAACTAGTTTGGAAAACA-ATTTTAGTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT 128 TCATAACTATTTGAACTTGTTAAGTAAACAGA-TTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT * ** * ** * * ** * ** 15751462 T-GAAATATTAGTAAGGTAGTATTGTTTTATTTCGAATAAGTTTCTATGAATTGAAGCAATTGCT 192 TAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAACTTGTATAAACAGAAACAATTATT * * * * * * 15751526 TTATGATAGAATAAAAGGTCATAACGACTTT-AAATAGTTAGATCGACTATTCAAATAGTCA-AA 255 TTATAATAAAACAAAAGGTTATAAC-AATTTGAAATA-ATA-AT----TATTCAAATAGTCATAA * * * * * * * * 15751589 TCTATTTGAACTTGTTAGGCAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTG-A 313 -CTATTTGGACTTGTTAGGTAAACATAGTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA--TTTTGAA * * ** * ** * ** * 15751653 ATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGATTGAAATAATTGCTTTATA 374 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATG * *** * ** * * * ** * 15751718 ACTAAAA-ACATTTTGCAGAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTCAACTATTTGAA 439 AC-AAAACAAAAGGT-CATAACAATTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAAGTATTT-AA * * * * * * ** * 15751782 CTG-GTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTA 500 ATGTATTCAGAAAAAAGATCTATTTTAAAAAT-TTCTA * * * * * * * * 15751819 CTTATTCATTTTTGGAATATTATTAAAGTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAA-AA 1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATATGCTTGTATGAACAA * * * * * * ** * * 15751883 GAAGTAATTGTTTTATAACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGT 66 -AA-AAAATGTTTTATCACAAAACAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT * * * * * * * * 15751948 CATAACTATTTGAGCTAT-TTCAA-AAAATATATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATATTAGTT 129 CATAACTATTTGAACT-TGTT-AAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACT--TATTAATT * * * * ** * * * 15752011 TTCA-AACTATTAATAAATTAATATTATTTTGTTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTG 190 TTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAATAAACTTGTATAAACAGAAACAATTA * * * 15752075 TTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-G----AA-TA- 253 TTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT * * * * ** * * 15752133 ---AACTTGTTAAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCATACCTATTAATTTTCAGAATATTAA 317 TTGGACTTGTTAGGTAAACATAGTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAA * * * * * * * * * * * 15752195 TAAATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATTAATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAGC 381 TAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC * * * * * * * * * 15752260 AAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAATTAGTCATAATTATTTGAACT-TGCTT- 446 AAAAGGTCATAACAATTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAAGTATTT-AAATGT-ATTC * * * * ** * 15752323 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA 508 AGAAAAAAGATCTATTTTAAAAAT-TTCTA * * * * * * 15752353 CTTATTAATTTTTGGAATATGAATATACTTGTATTATTTTGCTTTG-AATA--CTTATGTACGAA 1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTT-ATTTGAAATATGC-T-TGTATGAA * * ** * * * * * * * * 15752415 TAGAAACATTTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACTA-TTGAAATAAATAATAGTTTAAAT 63 CA-AAAAAAATGTTTTATCACAAAA-CAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT * ** * * 15752479 AGTCATACCTATTTGAA-TGTGTTTTATGAAAAAATAGTCTTAACTATTTGAGCTGATTTGGCAA 126 AGTCATAACTATTTGAACT-TG--TTA--AGTAAACAG-ATT--C-A-TT----T--TTT----- * * * * 15752543 ACACAATTATTTTTTAAATATCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT 170 ----AA--A-TCTCT---TA-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT * * * * * * * * 15752608 TGAATAAGCTTGTATGAAA-AGCAATAATTATTTTATAACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGA 223 TCAATAAACTTGTAT-AAACAGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGA * * * * * * * 15752671 GATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAT-TTCA-GTAAATAGATTTAGATTTT 287 AATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGGACT-TGTT-AGGTAAACATAGTTA-TTTTT * * * * * * ** ** 15752734 -AAATCTGTTA-TTA--ATTTTTAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTT 348 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TTATAATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT-AATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATT ** * * * * * * * 15754316 TAAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA-TTA--AATTTTAAAATATTAAGA 318 TGGACTTGTTAGGTAAACATAGTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATA * * ** * * * * * * * 15754378 AATTCA-TATTGTTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAACATTTGTTTTA-GTACAAAAC 383 AATT-AGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATG-ACAAAAC * * * * * ** * * * 15754441 AAAAAGAAT-GTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTG-GTT 446 -AAAAG-GTCATAACAATTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAAGTATTT-AAATGTATT * ** 15754504 CA-ACAAACAA-ATTTATTTTTCAAA--TCT- 507 CAGA-AAA-AAGATCTATTTTAAAAATTTCTA * * * * * * 15754531 C---TTAATTATT--AATTTTCAT-AATAT-TATTATTTTCTTTCG-AATAAGCTTGTATGAACA 1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTT-GAAATATGCTTGTATGAACA * * * * ** * * * 15754588 TAAATAACTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTTAAATAG 65 -AAAAAAATGTTTTATCACAAAAC-AAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG * ** ** 15754653 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TTGT-TT-GGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAAATTTTTGG 500 ATGTATTCAG-AAAAAAGATCTA-TTTTAAAAATTTCT-A * * * * * * * 15755061 CTTATTAATTTTTTGAATGTTGATAAAATAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCATGTATGAACT 1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTTGAAATATGCTTGTATGAAC- * * * * * * * * * * * * * 15755125 GAAATAATTATTTTATGACTAAATAAAGGTCAGAACGATTT-AAGATAGATAATTATTCTAGTAG 64 AAAAAAAATGTTTTATCACAAAACAAAGGTAATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAG * * * * * * 15755189 TCTTAACTATTTGAAC-TGATTCAGCAAATACATTTATTTTTT-AATCTCTTA--TA--AATTTT 128 TCATAACTATTTGAACTTG-TTAAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT * ** * * * * ** ** * ** 15755248 TAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGTTTGTATGGACAAAAACAATTGCTT 192 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAACTTGTATAAACAGAAACAATTATTT * * * * * * * * * 15755313 TGTGATAAAAC-AAAGATCATACCGATTTGAGATTGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTG 256 TATAATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGA-AATAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG * * ** * * * * 15755377 AACTGGTCCGGTAAATAGATTTAGTTTTT--AATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATA 320 GACTTGTTAGGTAAACATAGTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATA * ** ** * * * 15755436 AATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAA 383 AATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA * 15755501 AAGATCATAA 448 AAGGTCATAA 15755511 TGTTTATTTA Statistics Matches: 32601, Mismatches: 7735, Indels: 6398 0.70 0.17 0.14 Matches are distributed among these distances: 483 6 0.00 484 3 0.00 485 19 0.00 486 122 0.00 487 14 0.00 488 3 0.00 489 3 0.00 490 102 0.00 491 28 0.00 492 11 0.00 493 28 0.00 494 105 0.00 495 56 0.00 496 12 0.00 497 122 0.00 498 9 0.00 499 8 0.00 500 65 0.00 501 63 0.00 502 7 0.00 503 27 0.00 504 276 0.01 505 41 0.00 506 177 0.01 507 33 0.00 508 88 0.00 509 203 0.01 510 36 0.00 511 164 0.01 512 223 0.01 513 113 0.00 514 424 0.01 515 257 0.01 516 407 0.01 517 151 0.00 518 338 0.01 519 157 0.00 520 151 0.00 521 286 0.01 522 265 0.01 523 389 0.01 524 416 0.01 525 590 0.02 526 319 0.01 527 381 0.01 528 390 0.01 529 551 0.02 530 240 0.01 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Indices: 15711288--15728122 Score: 3520 Period size: 538 Copynumber: 31.4 Consensus size: 538 15711278 TTTTTATTTT * ** * * * 15711288 TAAATTAGTATTATCTTAATT-TGAATAAGCTTATATGAA-AAGAAACAATT-GTTCTACGATAA 1 TAAATTAGTATTAT-TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTAGTT-TATGACAA * ** * * ** * 15711350 AA-TAAA-GATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTTGAATAGTCATAACTATTTTAATTGCT 63 AACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGCT * * * * * 15711413 TCAATAAATATATTTAGTTTTTAAATCT-C--TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAGTAT 127 T-TATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT * * ** * * 15711475 TATTTTATTTT-AAATAATTCTATAAGAACAAAAACAATTGTTTTACAATAAAATAAAAGGTCAT 191 TATTTTATTTTGAAATAACT-TATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCAT * * * * 15711539 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAACAAAT 254 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAGTAAACAGAT * * 15711603 TTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA 319 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* * 15712429 AAAAAGTCATAACGATTT-AACATAAATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTAAACTT-ATTC 66 AAAATGTCATAACAATTTGAA-ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGCTT- * * ** ** ** * 15712492 TATAAATAGA-CT-TTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTGTATT 128 TATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT * * * * * * * 15712555 ATTTTA-TTTGAAATATGCTTGTATGAATAGAAAA-AAATGTTTTATCACAAAGCCAAAGGTTAT 192 ATTTTATTTTGAAATA-ACTTATATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAGGTCAT * * * * 15712618 AGCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTAAGTTAACAGAT 254 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAGTAAACAGAT * * ** * * * * 15712682 TCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAGTTACAGAATATTAATAAGTTAG-ACTTATGTCATTTC 319 TCATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCC * * * * * * 15712746 GAATAAACTT-GTACAAAC-AGAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAATGGT-ATAACTATTTG 382 AAAT-AAGTTAGTAAAAACTA-AAA-AATTATTTTATAACAAAACAAAA-GGTCATAACTATTTG ** * * * * * * ** * 15712808 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ACTATTT-GAATTG-T--TTG-GCAAACA-TAATT-ATTTTTTAAATCT--TTT-----ACTTA- ** * 15714016 TTGTTTTTTA-AATCTTTACTTAT 520 TTAATTTTTAGAA----TA-TTAA * ** * * * * * * 15714039 TAATTTAACAATATTTTACTT-TAAATAAGGTTGTATGAATAGAAACAAAT-GTTT-TAGTACAA 1 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAGTTTAT-G-ACAA * * * * * * * 15714101 AAC-AAA-GATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAACTAG- 63 AACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGC * * * * * * 15714163 TTCGATAAAGAGATTTAGTTTTTAAATCT-C--TTAATAATTTTCAAAATAGTAAT--A--A--A 126 TT-TATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA * * * * * * * 15714219 -TA----ATTTTG--------TA-A-GAATAGAAACAATTTATTTTATGTCGAAATAGAATGTCA 190 TTATTTTATTTTGAAATAACTTATATGAACAAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACA-AAGGTCA ** * * * * * * * * ** ** 15714269 TAATGATTTGAAATATATAATAGTTCAAATGGACATGACTAGTTAAACTT-ATACAGTAAACATT 253 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAGTAAACAGA * * * * 15714333 TTAATTTTTTAAATCT-TTAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAATATTATTTTATTT 318 TTCATTTTTTAAATCTCTT-AC-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC * ** * * * * * 15714397 CAAATAAACTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGATCATAACAATTT 381 CAAAT-AAGTTAGTAAAAACTA-AAA-AATTATTTTATAACAAAA-CAAAAGGTCATAACTATTT * * * * * * * * * * 15714460 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTTGGTAAATAGATTTATCTTTT 442 GAAATAAAGAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGCAAACATAATTATTTTTT * * 15714525 AAATCTTCTACTTA-TAA--ATTAG--TA-T-- 506 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA * * * * * * 15714550 T--A-T--T-TTA--TTA-T--GAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGGCTTATGACAAAAC 1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAAC * * * 15714604 -AAATGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAGCA-TG-TG 66 AAAAT-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA--ATTGCTT * * * ** * 15714666 TAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TA 128 TA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTA * ** * * 15714729 ATATTTTA-TTT-AAATTAATCTTGCATGAAC-ATAACTAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-- 190 TTATTTTATTTTGAAA-TAA-CTTATATGAACAAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTC * * * * * * 15714789 ATAATAATGTTTTAGAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTTTTTGAACTTGTTCGA-TAAA 252 ATAACAA--TTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAGTAAA * ** * * 15714853 CA-ATTTTAGTTTTTTTATTTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTGTTCGGTAA 314 CAGA-TTCA--TTTTTTAAATCTCTTACT-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAA---TT-AGT-- * ** * * ** * * ** * * *** 15714917 ACATATTTATATTTTAAA-AATTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTT 369 A-TTATTT-TATTCCAAATAA-GTTA-GTAAAAACTA--AAAA-ATTATTTTA-TAACA-AAACA * * * * * * * * * * * 15714981 TAA-TTCGAATAAGCT-TGAATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACA-AAATGTCAT-A 425 AAAGGTC--ATAA-CTAT--TTGAA-ATAAAGAATT-ATTCA--A-ATAATCATAACTAT-TTGA ** * * * * * * * 15715041 ATAATTT---ATA-ATGAATGATTGTTCAAATATTCATAAC-GAGTTGAACTTGTTT-G-ATA-- 479 ATTGTTTGGCAAACAT-AATTATTTTTTAAATCTT--TTACTTA-TT-AA-TT-TTTAGAATATT 15715097 AA 537 AA * * * ** * * ** **** * 15715099 TAGATTTATTATTTAAATCTTT-TACTTAATAATTGTCTTAATATTAGTAAATTTGTATTATTTT 1 TA-AATTAGTA-TT--AT-TTTATTCCAAATAA--G-CTT-GTATGAACAAA-AACAATTAGTTT * *** * * * * * * * * 15715163 ATTTGA-AATA-AGCTTGT-AT--GAA-TAG-AATAAATCATTTTATGACA-AGACA-AA--AGG 56 A--TGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTA-T * * * * * * * * 15715217 TT--ATAGCAATTT-CAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATA 117 TTGAATTGC--TTTATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTCCT-ATTA-TT-AA-TT-TT---T- ** ** * * * * ** 15715278 AATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTA-TTAATTTTTAGAAT-A-TTA-ATG-GC--ATAGT 170 AA-A-A-T-A-TTAATAAAT-TAGT-ATTATTTTATTTTGA-AATAACTTATATGAACAAAAACA * **** * * * * * * * 15715336 ATTATTTTAT-TTTGAA-TAAGCTTATATA-AA-CTGAAATA-AT-TTTTTATAACGAAACAAAG 227 ATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATA-ACAATTTGAAATAGATAATTGT-T--C--AA-ATAG * * * * * * * * * * 15715395 TATCATAACAATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCT-AGTTTAATA 285 --TCATAACTATTTGAACTTG-T--TTGAGT-AAACAG--AT-TC-ATTT--TTTAAATCT-CT- * * ** * * * * *** * *** * * * 15715458 AACATATTTATTTTTA-AA-ATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTTATAT 336 TAC-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCCAAATAAGTTAG-TAAAA ** * * * * * ** * * *** 15715521 TTTAATTCAAATAAGGTTGTGTGAACAAAAACTATTGTTTTATAA-TAAAAGAAAAGGTCATAAG 398 ACTAA--AAAATTA--TTTTAT-AAC-AAAACAAAAG-GTCATAACTATTTG-AAA--T-A-AAG * * * * * * ** 15715585 -A-T-TTGAAATAA--ATAATTACTTAAATAG--T--CATAACTATTTGAAATAATTTGATAAAT 451 AATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAATTGTTTGGCA-AAC-A--T--AATTATTTTTTAAAT ** * * * * 15715641 AGATTTA-TTGTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAA 510 -CTTTTACTT-ATT-AAT-TTTTA-GAATATT-AA * * * ** * * * * 15715675 -AATATTAATAGGTTAGTATTATT----TTATTC-CGAATAAACTTATATAAACAA-AAGCATTT 1 TAA-ATTAGTA--TTA-TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC--A-A-AAACAATTAG--TTT * *** ** * * ** * ** * * * 15715733 GTTTTATGAGAAAA---CAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGAGAATTGTTTAAACAGTTATAA 56 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*** * * * * * *** 15719912 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATGTGAACTAATACAATT-GTTTTATGATGGAA 1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAG-TTTATGACAAAA * * * * * * * * 15719976 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTTATGACTATTTGAACTT-ATTT 65 CAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGCTTT * * ** * * * * 15720040 AAGAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTAATAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATT 129 -ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT * * * * * 15720104 ATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTGTGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA 192 ATTTTATTTTGAAATAA-CTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATA * * * * * * 15720168 ACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTG-GTAAACAAATA 255 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAGTAAACAGAT- * * * 15720232 T-ATTTTTAAAAAT-T-TTACTTATTAGTTGTTT-GAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATT 319 TCATTTTT-TAAATCTCTTAC-TATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT * ** * * * * 15720293 -GAAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAAAATATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTT 380 CCAAATAAG-TTAGTAAAAACTA-AAAAAT-TATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACTATTT * * * * * * * ** * * * 15720355 AAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTCAATTTGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTT 442 GAAATAAAGAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGCAAACATAATTATTTTTT * * * 15720420 AAATATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA 506 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA * * ** * * * * * * * 15720453 TAAATTAGAATTATGTTATTCGTAGTTAGGTTATACGAACAGAAACAATT-GTTT-TGTAATAAA 1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAGTTTATG--ACAAA * * * ** * * * * * * * * * 15720516 ATAAAAGGTCATAGCGCTTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATTATAACTATTTGTACTG-GTC 64 ACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGCTTT ** * * ** * * * 15720580 AGGCCAACAGATTCATTTTTTAAATTTATTACTTATTAATTTTTAGAATATCAATAAATTAGCAT 129 A--TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT * * * * * * 15720645 TACTTTATTTCG-AATAAGATTGTATCAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCA 191 TATTTTATTTTGAAATAA-CTTATATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGTCA ** * * * * * * 15720708 TAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTACTTGAA-TTGATTTG-GTAAACAA 253 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGAGTAAACAG * * * * * 15720771 ATTTATTTTTTAAATCTC-T--TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-T 317 ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC * * ** * * * 15720832 AGAACAAACTTA-TATGAAC-AAAAACATT-TGTTGTACAACAAAACAAAATGTCGTAA-TGATT 382 A-AA-TAAGTTAGTAAAAACTAAAAA-ATTAT-TT-TATAACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATT * * * * ** * * * * 15720893 TGAAATAGATAATTAATCATATAGCCTTAACTATTTGAATTGGTTTAGCAAAAAAAATTATTTTT 441 TGAAATAAAGAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAATT-GTTTGGCAAACATAATTATTTTT * * * ** * 15720958 TAAATCTATTAGTTATTAA-TTTGATTATATTAT 505 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA * ** * * ** 15720991 TAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-AATAAATAATTATTTTACAACAAAA 1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTAGTTTATGACAAAA * * * * * * * * * 15721055 CAAAAAGTTATAACGATTTGAAATATATAATTATTTC-AATAGTAATAACTATTTAAACTGGTTT 65 CAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGCTTT * ** * ** * * * 15721119 GGTAAGTATATTTA-TTCGTAATTCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGAATT 129 -ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT * * * * * * * * 15721182 ATTTTATTCTGAATTAGCTTGTATG-A-TAAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAGTTCATAA 192 ATTTTATTTTGAAATAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAGGTCATAA ** * * * * * 15721245 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GACCATAATTATTTGAA-TTAATTTGA-TAATCTGAT 256 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTT-GTTTGAGTAAACAGAT * * * * * * 15721307 TTATTTTTTAAATCTCTAACT-TCTCAATTGTTA-AAGTATTAATAAAATAATATTATTTTATTT 319 TCATTTTTTAAATCTCTTACTAT-T-AATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC *** ** * * * * * * ** * 15721370 TGGATAAGTTTTTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAA-TAATTTTA 381 CAAATAAGTTAGTAAAAACT-AAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGA * * * * * * 15721434 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA 444 AATAAAGAATTATTCAAATAATCATAACTATTTG-AATTGTTTGGCAAACATAATTATTTTTT-A * * 15721499 AAT-TTCTTGCTTATTAATTTTCTA-AATGTTAA 507 AATCTT-TTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAA * * * * * * 15721531 TAAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATTAGCTTGTATGAATTGAAAAA-AA-AAATTTATGATAA 1 T-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA--CAAAAACAATTAGTTTATGACAA * * * ** * ** * * * * 15721593 AACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAATCTTAACTATTAT-AACTGGT 63 AACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT-TGAATTGCT * * * * * * *** * 15721657 TCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA-T-TTAATTTTTAGAATATTATTGGTTTAGCAT 127 T-TATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT * * * * * * * * 15721720 TATTTTACTCT-AAATATGCTTGT-TGAATAGAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAGATCAT- 191 TATTTTATTTTGAAATA-ACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATA * * * * * * * * 15721782 ACTATTTGAGATAGATAACTATTGAAATAGCCATAACTATTTAAACTAGTTTG-GTAAACAGATT 255 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAGTAAACAGATT * * * * * 15721846 TA-GTTTTAAATCTC-TA--ATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGCATTAGTTTATTCTAA 320 CATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA * * * ** ** * * * 15721906 ATAATTTTGCATGAA-TAGAAATAATTATTTTACGATAAAACAAAATGTCATAA-TGATTAGAAA 384 ATAAGTTAGTAAAAACTA-AAA-AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAA * * * * * * ** * 15721969 TAGATAA-TAGTTCAAATGGA-CATGATTATTTGAACTTATTCAGCAAACATATTTATTTTTTAA 446 TAAAGAATTA-TTCAAAT-AATCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGCAAACATAATTATTTTTTAA *** * 15722032 ATCTCCAACATATTAATTTTTAGAATATTAA 508 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA * * * * * 15722063 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAA 1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAG-TTTATGACAAAA * ** * * * * 15722127 TAAAA-GATCATAATGATGTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAGC-T 65 CAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGCTT * ** * * * * * 15722190 TATTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAATAAATTTTAGAATTTTAATATATTAGTA- 128 TA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT ** * * 15722254 TATTTTTATTCCG-AATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGATC 191 TA-TTTTATTTTGAAATAA-CTTATATGAACAAAAACAATT-GTTTTATGACAAAAC-AAAGGTC * ** * * * * 15722317 -TTATGATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTCAG-AAA-AC 252 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAGTAAACAG * * * 15722378 A-T-A-TTTTT---T-TC-T--TATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTTA-AATGATTTTATTC 317 ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC * * ** * * * ** * * * * 15722432 AAAATAAGCTT-GCATGAAC-AAAACCAGTTGTTTTGTGGCTAAACGAAATGTCATAA-TGTTTT 381 CAAATAAG-TTAGTAAAAACTAAAA--AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTT * * * * * * ** * 15722494 GAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAAC---TT--A----TTCG-ATAA-AT--GGATTCTTT 442 GAAATAAAGAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAATTGTTTGGCA-AACATAATTATTTTTT ** * ** * * 15722546 AGTTCTCTTACTCCTTAATTTTTGGAATATTAT 506 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA * * ** * 15722579 TAAATTAGTATTATTTTACTT-CAAATAAACTTATATGAACTTAAACAATT-GTTTTATTACAAA 1 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAG-TTTATGACAAA * * ** * * 15722642 AGAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-TGCA-AGACTATTTGAACTTG- 64 ACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-CATA-ACTATTTGAA-TTGC * * * * * * 15722704 TTTGGTAAACATATTTATTTTTTTAAAACT-TTGACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTA 126 TTT-ATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCCT-A-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA * * * * * 15722768 ATATTATTTTAATTTG-AATAAACTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG 187 GTATTATTTTATTTTGAAAT-AACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC--AAAG * * ** * * * * 15722832 G-CATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCACAAATGGTCATAACGATTT-AA-ATGTGTTCAGTAA 249 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TTGAGTAA * * * * 15722894 ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTAAT-TTAT 313 ACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTAT ** ** * ** * * * * * 15722956 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AAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGTCTTAAATATTTAAACCGGT 62 AAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGCT * * * * * ** * * * * 15723789 TCAGCAAATAAATTTATTTTTTAATTCTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAATA 127 TTA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA * * * * * * 15723854 TTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAA-AACAA-AA-GGTTGTAATG---------A--T-T 190 TTATTTTATTTTGAAATAA-CTTATATGAACAAAAACAATTGTT-TTATGACAAAACAAAGGTCA * * * ** ** * * 15723903 TGA-AGTTTGCAAT---T-A-T-TT-AAATAGTCATTGCTACCT-AACTAG-TTCAGTAAACAGA 253 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAGTAAACAGA * * * * 15723958 TTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTT-GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT 318 TTCATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC * ** ** * * * 15724022 CGAATAAGCTTA--AATGA-TAAAAAACAATTGTTATATGATC-AAACAAAATGCCATAA-TTTT 381 CAAATAAG-TTAGTAAAAACTAAAAAATTATT-TTATA--A-CAAAACAAAAGGTCATAACTATT * * * * * * * * * * * * 15724082 CTGTAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAACTGTTT--CAACAAATAGGTTTAT 441 -TG-AAATAAAGAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAATTGTTTGGCAA-ACATA--ATTAT * * * * 15724145 TTTTTAAATCTCCTTA-TTATCAATTTTT-GAAATAATAT 501 TTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAA * * ** * * * 15724183 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAGC 1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAAC * ** * * ** 15724248 AAAATGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG---GAACTA---G--TT-C--GGT 66 AAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGCTTTAT * * * * * * 15724302 AAACATAATTATGTTTTAAATCTCCTACTTATAAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATT 131 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT * * ** * * * * ** 15724367 TTATTTTG-AATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTTGTAACA 195 TTATTTTGAAATA-ACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACA * * * * ** ** * 15724431 ATTCT-AAATAGATAATTATTCAAAT-GACCATAATTATATGAA-TCAATTCCA-TAAACTGACT 258 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-TACACATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATT-ATTTCTTAGAATATTATTAATTTAGCAATAT 131 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-CTATTATTAATTT-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT * ** * * * * * * ** 15724893 TTTA-CTCCAAATAGGCTTGTATAAACAAAAGCAATTGTTTTATTACAAAACAAAGATCATAATG 194 TTTATTTTGAAATA-ACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACA * * * * 15724957 ATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTT-AAATTGGTTTGA-TAAATAGATTT 258 ATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGAGTAAACAGATTC * * *** 15725019 AATTTTTAAATCAC-T--TATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA 321 ATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA * * ** * ** * * 15725080 TAATTTTGTATGAA-TAGAAACAATCATTTTACGACAAAACAAAATGTCATAATTATTT-AAA-A 385 TAAGTTAGTAAAAACTA-AAA-AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATA * * * * ** * * 15725142 TAG----A-T--AATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAAACATATTTATTTTTAAAAT- 448 AAGAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TTGTT-TGGCAAACATAATTATTTTTTAAATC * * 15725199 TTTTACTAATTAATTTTT-GAATTGTTAA 511 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CAAAAGGTCATAACCATTTGAAA-AAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTG-GTT 65 CAAAATGTCATAACAATTTGAAATAA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGCTTT * ** * * * * * * * 15726407 AGGTAAATAGAAATGTTTTTCAAATCTCTTACATATTAA-TTTTATAATATGAATAAATTCA-TT 129 A--TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-AGTA * ** * 15726470 TTTTTTTATTTTG-AATAAGC-TAGTATGAATTGAAAA-AATTGTTTTACGACAAAAC-AA---- 190 TTATTTTATTTTGAAATAA-CTTA-TATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTC ** ** * * * ** * 15726527 A-AATGATTTGAAATAGATAAAGGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGTCT-AACAA 252 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAGTAAACAG * * * * * * ** * 15726590 ATTTATTTTTTAAATCTCTCAGTTAGTAATTTTTGGAATATT-TTTTATTAGTATTATTTTATTT 317 ATTCATTTTTTAAATCTCTTA-CTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC * ** * * * * * 15726654 CGAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGCTTATAACTATTTG 381 CAAATAAG-TTAGTAAAAACTA-AAA-AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTG * * * * * * * * * * 15726717 AAGTATACAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA 443 AAATAAAGAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAATTGTTTGGCAAACATAATTATTTTTTAA * * * 15726782 ATCTCTTACTTATTAATTTTTA-TAGATTAA 508 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA * * * * * 15726812 TAAATTACTATTATTTTATTCTAAATATA-CTTGTAT-AATAAAAAACAATT-GTTATATAACCA 1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA-AGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTAGTT-TATGACAA * * ** * * * * * * * * 15726874 AACAAAAGGTAATAATGATTT-ATAATAGATAATTGTTGAAATGGCCACAATTATTTGAACTGAT 63 AACAAAATGTCATAACAATTTGA-AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGCT * * * * * ** * 15726938 TTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATC-AC--TTATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAC 127 TT-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT * * *** * 15727000 TATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCAT 191 TATTTTATTTTGAAATAA-CTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCAT * ** * * * ** * * * 15727064 AACAATTTTAAATTTACAATTACTT-AGATAGTTGTAACTATTTGCATTTTTTTG-GTAAACTA- 254 AACAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAGTAAAC-AG * * * * 15727126 ATTTATTTTTTTAAAT-TCTTGCTTTTTAATTTTT-GAAATATTAAGAAATTAGTATTATGATTT 317 ATTCA-TTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT--TTT * **** * ** * * * 15727189 TTTTTGGATAAGCTT-TTATGAACT--GAAATTGTTTTATATCAAAACAAAAGGTCATAA-TGAT 377 ATTCCAAATAAG-TTAGTAAAAACTAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACT-AT * * * * * * ** * * * 15727250 TTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAATTTGTTCGATAAATAGATTTATTTT 440 TTGAAATAAAGAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGCAAACATAATTATTTT * 15727315 TTCAAATCTTTTCCTTATTAATTTTTTA-AATATTAA 504 TT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAA * * * * * * * * * * * * * 15727351 GAAATTTGGATTAATTTTATTCAAAATAAGATTATAAGATATGAAATA-AA-TATTTTCTAACTA 1 TAAATTAGTATT-ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-A-CAAAAACAATTAGTTTATGACAA * * * * * * * ** * * * 15727414 AACAAAAGGTCAGAACGATTTAAAATATATAATTATTCTAATAGTTTTATCTATTTAAACTAG-T 63 AACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGCT ** * ** * 15727478 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Indices: 15714942--15723889 Score: 1329 Period size: 181 Copynumber: 50.4 Consensus size: 173 15714932 AAAAATTTTA * ** * * 15714942 CTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGA-ATGAACA 1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGGTTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGCTT-ATATAAACA * * * ** * * 15715006 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTT-ATAAT-GAATGATTGTTCAAAT 64 -AAACATTTGTTTTATAACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGA-AATAG-ATAATTATT-AAAT * * * * * * * 15715069 ATTCATAACGAGTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTATTTAAATCT 124 AGTCATAACTATTTGAAATAGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT * ** * ** * * * 15715119 TTTACTTAATAATTGTCTTAATATTAGTAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA 1 CTTA-TTAAT--TT-TCAAAATATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTCG-AATAAGCTTATAT-A * ** * * * * * * * 15715184 ATAGAATAA-A-TCATTTTATGACAAGACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCA 60 A-ACAA-AACATTTGTTTTATAACAA-AAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-A * * ** * 15715247 AATAGTCATAATTATTT-AAACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCT 121 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A--AAACATTTGTTTTATAAC-AAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-AAAT ** * * *** * * * * 15716863 AGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCACACATATTTA-TTTTTAGATCTTTT 124 AGTCATAACTATTTGAAATAGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T * * ** ** * * * 15716915 ACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAAGAAGCTTATAT-GA-G 1 -CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGGTTAGTATTA-TTTTATTCGAATAAGCTTATATAAACA * * * * * * * * * ** * * * 15716978 AAGCAATTGTTTTATGATAAAACAAAGATCTTAACGATTTGAGATTGATTTTTGTTCAATTAGTT 64 AAACATTTGTTTTATAACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTC * * ** * * 15717043 ATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATCTATT 128 ATAACTATTTGAAATAGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T * * * * * 15717092 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATCA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATA 1 -CTTATTAATTTTCAAAATATTAAT-AGGTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATAT-AAA * * * * * * 15717156 GAAAAGAATTGTTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGT-TTAAAT 62 CAAAACATTTGTTTTATAACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT--TATTAAAT * * * * * * ** * * * * * 15717220 GGCCATAATTATTT-TATTTGATTTGGTCAACAGATCTATGTTTTAAATTT 124 AGTCATAACTATTTGAAATAG-TTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT * ** * * * ** * 15717270 CTTACTT-ATTAATTAAGGAAATATTAATAAATTAGTATGATTTTATTCCATCTAAGCTGGTATT 1 CTTA-TTAATT--TTCA--AAATATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTCGA-ATAAGCTTATATA * * * ** ** * * * * * * * * 15717334 AGCTGAAACAATTGTTTTATGATGAATTACAAGGTTATGATGATTTTAAATAGACAACTGTTCAA 60 AAC-AAAACATTTGTTTTAT-AACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-AA * * * * * * * * 15717399 ATAATAATAATTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCT 122 ATAGTCATAACTATTTGAAATAGTT-TAATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCT * *** * * * ** * * * * 15717452 CTTTCGTATAATTTTTTGATTGTTAAGAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA 1 C-TT-AT-TAATTTTCAAAATATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTATATAAA * * * * * * * * 15717517 CTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAATGTCAGAACGATTCGAGATAGATAATTATTGTAAT 62 C-AAAACATTTGTTTTATAAC-AAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-AAAT * * *** * * ** * 15717582 AGTCTTAA-TCATTTG-AATTGATTCGGTAAACAAATTT-TTTTAAAAATTT 124 AGTCATAACT-ATTTGAAATAG-TTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT * ** * * * * * 15717631 CATATTAATTTTTGAAATA-T--TA--TTA-AATTA--GTATT---AT-TGCTTGTATGAACAAA 1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTATATAAACAAA * ** * * * * * * 15717684 ACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATCATTTATATAGTCT 66 ACATTTGTTTTATAACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTAAATAGTCA * * **** * * * * 15717749 TAACTATTTGAATTGGTTCGGCAATTATATTTATTTTTTTAATTTTT 129 TAACTATTTGAAATAGTTTAATAAATAGATTTA-TTTTTTAA-ATCT * * * * * ** ** 15717796 TTGGCTATTAAGTTTT-GAAATATTATTA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATGGTATGA 1 CT---TATTAA-TTTTCAAAATATTAATAGGTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATAT-A * * * * * * 15717859 AA-AGAACCAATTGTTTGATAACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAA 60 AACA-AAACATTTGTTTTATAACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-AA * ** * * 15717923 ATAGTCAAAACTATTTGAAAT-GATTTGGTAAACA-ATTTACTTTTTAAATCT 122 ATAGTCATAACTATTTGAAATAG-TTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT * ** * * * * 15717974 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15719522 TTGAACTTGCTCAGTAAATGATTTACT-TTT-AAA-A-TTT-TTTACT-CA-TTAGTTTTTGGAA 111 AT-AA-TTATTAAAT-AGTCA-TAACTATTTGAAATAGTTTAATAAATAGATTTA-TTTTTTAAA 15719580 --T 171 TCT * * * * * * * * * 15719581 ATTAATAA-ATT-AATATTATT-TTA-TTTCG-ACTATGTTTATTTGAAT-AG-------AAAC- 1 CTTATTAATTTTCAA-AATATTAATAGGTTAGTATTAT-TTTATTCGAATAAGCTTATATAAACA * * * * * * 15719632 --A-A-TTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTG-AAT-G-T-GTTCA--GAA-AGC 64 AAACATTTGTTTTATAAC-AAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-ATTAAATAG- * * * * * * * * 15719686 ACATTTA-TTTTTTAAAT--TTT--T-ACT-TATTAATTTTTGAAA--- 126 TCA-TAACTATTTGAAATAGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT * * * * * ** 15719725 --TATTGA---T--AAAT-TT-ATA--TT-GTTTTATTTGA----AATAATG-TTGTATGAGTAG 1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTCGAATAA-GCTTATATAAACA- * * * * 15719773 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT-AGTAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG 64 AAACATTTGTTTTATAACAAAA-AAAAGGTCA-TAACGATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAG * * * ** * * * 15719837 TCATAACCATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTCATATTTTAAATCT 126 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ATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTTAAA 61 ACA-AAACATTTGTTTTATAACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-ATTAAA * * * 15723408 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTATTTAAATCT 123 TAGTCATAACTATTTGAAATAGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT * * * * * * * 15723459 CTTATTAATATTT-GAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACA 1 CTTATTAAT-TTTCAAAATATTAATAGGTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATAAAC- * * * * * * 15723523 AAAAAATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA 63 AAAACATTTGTTTTATAACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAG * * * * * * 15723588 TCATAATTATTTG-AATTGGTTAGTAAATATAATTATTTTTTAAATATCTT 126 TCATAACTATTTGAAATAGTTTAATAAATAGATTTATTTTTT-AA-ATC-T ** ** * * 15723638 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGC-TATTATGAA 1 -CTTATTAATTTTCAAAATATTAAT-AGGTTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTTA-TAT-AA * * * * * * * * * 15723701 TTCAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACA 61 -ACAAAACATTTGTTTTATAACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-AAA * * ** * ** * * 15723766 TAGTCTTAAATATTT-AAACCGGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAATTCTTTT 123 TAGTCATAACTATTTGAAA-TAGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T * ** * ** * * 15723820 AGTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAAA 1 -CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGGTTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATAT--AAA 15723885 CAAAA 62 CAAAA 15723890 GGTTGTAATG Statistics Matches: 6643, Mismatches: 1572, Indels: 1107 0.71 0.17 0.12 Matches are distributed among these distances: 131 3 0.00 132 1 0.00 133 1 0.00 135 4 0.00 136 5 0.00 137 4 0.00 138 2 0.00 139 2 0.00 140 1 0.00 142 4 0.00 143 1 0.00 144 5 0.00 145 39 0.01 146 14 0.00 147 8 0.00 148 4 0.00 149 2 0.00 150 2 0.00 151 15 0.00 152 3 0.00 153 14 0.00 154 6 0.00 155 1 0.00 156 2 0.00 157 11 0.00 161 7 0.00 162 71 0.01 163 18 0.00 164 11 0.00 165 3 0.00 166 17 0.00 167 60 0.01 168 150 0.02 169 28 0.00 170 15 0.00 171 12 0.00 172 9 0.00 173 246 0.04 174 189 0.03 175 151 0.02 176 371 0.06 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Indices: 15714942--15719325 Score: 1456 Period size: 357 Copynumber: 12.3 Consensus size: 349 15714932 AAAAATTTTA * * * * * * ** * * 15714942 CTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGAATGAACAG 1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATTAAGTATTATTATTTTATTTTAAATAAGCTT-TATGAATAG * * * * * 15715007 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTATAA-T-GA-ATGATTGTTCAAAT 65 -AACAATTGTTTGATGACAAAA-TAAAGGTCATAATGATTT-TAAGTAGATAT--TTATTCAAAT * * * * * * * 15715069 A-TTCATAACGAGTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTA-TTATTTAAATCTTTTACTTAATAAT 125 AGTT-ATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAATAAATTTACTT-TTTAAATCTCTTGCTTATTAAT * * ** * 15715132 TGTCTT--AATATTAGTAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAATA-- 187 T-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA-AAGC-T-TATAAACT-GAA-AGC * * * * * * * * * 15715192 AATCATTTTATGACAAGACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA 245 AATTATTATATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-TAATAGT--TA * ** * * 15715257 ATTATTTAAACTT-GTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCT 307 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TA-G-AACAATTGTTTGATGAC-AAA-ATAAAGGTCATAATGATTTTAAGTAGATATTTATTCAA * * * * * * * * * 15716861 ATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCACACATATTTA-TTTTTAGATCTTTTACTTATTAAT 123 ATAGTTATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAATAAATTTACTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAT * * * * 15716925 TTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCGAAGAAGCTTAT--A-TGAGAAGCAATT 187 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCC-AAAAAGCTTATAAACTGA-AAGCAATT * * * * * * * ** * * * 15716986 GTTTTATGATAAAAC-AAAGATCTTAACGATTTGAGATTGATTTTTGTTCAATTAGTTATAACTA 249 ATTATATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAA-TAG-T-TAATTA * * * * * * 15717050 TTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATCTATT 311 TTTGAATTGGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATC---T * * * * 15717092 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATA 1 -CTTATTAATTTTTAAAATATTAATTAAGTATTATTATTTTATTTTAAATAAGCTT-TATGAATA * * * * * * ** * * 15717156 GAAAAGAATTGTTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTTAAATG 64 G--AACAATTGTTTGATGACAAAATA-AAGGTCATAATGATTTTAAGTAGATATTTATTCAAATA ** * * * * * * * * * * 15717221 GCCATAATTATTTTATTTGATTTGGTCAACAGATCTA-TGTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTA 126 GTTATAACTATTTGAATTG-TTTGGTAAATAAATTTACT-TTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTT ** * ** * * * 15717285 AGGAAATATTAATAAATTAGTATGATTTTATTCCATCTAAGCTGGTATTAGCTGAAA-CAATTGT 189 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA-AAAAGCT--TATAAACTGAAAGCAATTAT * ** ** * * * * * * * * * * 15717349 TTTATGATGAATTACAAGGTTATGATGATTTTAAATAGACAACTGTTCAAATAATAATAATTATT 251 TATATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-TAATAGT--TAATTATT * * * 15717414 TGAACTT-GTTCTGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCT 313 TGAA-TTGGTTCGGCAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCT * ** * * ** * * * * 15717452 CTTTCGTATAATTTTTTGATTGTTAAGAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA 1 C-TT-AT-TAATTTTTAAAATATTAATTAAGTATTATTATTTTATTTTAAATAAGCTT-TATGAA * * * * * ** * ** 15717517 CTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACA-AAATGTCAGAACGA-TTCGAGATAGATAATTATTGTA 62 -TAGAACAATTGTTTGATGAC-AAA-ATAAAGGTCATAATGATTTTAAG-TAGATATTTATTCAA * * ** * 15717580 ATAGTCT-TAA-TCATTTGAATTGATTCGGTAAACAAA-TT--TTTTTAAAAAT-TT-CATATTA 123 ATAGT-TATAACT-ATTTGAATTG-TTTGGTAAATAAATTTACTTTTTAAATCTCTTGCTTATTA * ** * * * 15717638 ATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTGCTT-------G--TATGAAC--AAAACAATTG 185 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAAAGCTTATAAACTGAAAGCAATTA * * * * * * * * 15717691 TTTTACGATAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATCATTTATATAGTCTTAACTAT 250 TTATATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTA-ATAG--TTAATTAT * * * * 15717756 TTGAATTGGTTCGGCAATTATATTTATTTTTTTAATTTTT 312 TTGAATTGGTTCGGCAAATAAATTTA-TTTTTTAA-ATCT * * * * * * ** * 15717796 TTGGCTATTAAGTTTTGAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATGGTATGAA 1 CT---TATTAATTTTTAAAATATTAATTAAGTATTATTATTTTATTTTAAATAAGCT-TTATGAA * * * * * * * 15717860 AAGAACCAATTGTTTGATAACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT 62 TAGAA-CAATTGTTTGATGACAAAAT-AAAGGTCATAATGATTTTAAGTAGATATTTATTCAAAT * * * * * * * 15717925 AGTCAAAACTATTTGAAATGATTTGGTAAA-CAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTC 125 AGTTATAACTATTTGAATTG-TTTGGTAAATAAATTTACTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTT * ** *** * 15717989 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TTATATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTT-AATAGT-TAAT-TAT * * * * 15718829 TTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAACCTCTT 312 TTGAA-TTGGTTCGGCAAATAAATTTA-TTTTTTAAA--TC-T * ** * * * * * * * * 15718871 GCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG-TTTGTTAAACT 1 -CTTATTAATTTTTAAAATATTAATTAAGTATTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTT-ATGAA-T * * * * * * * * * * * 15718935 AAAACAATTATTTTATGACTAAACA-AAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA 63 AGAACAATTGTTTGATGAC-AAA-ATAAAGGTCATAATGATTTTAAGTAGATATTTATTCAAATA * * * * * * * * 15718999 -TCT-TAACGATTTGAATTTATTTGGCAAATACA-TT-GTTTTTAAATCTCTTACTGACTAATTT 126 GT-TATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAATAAATTTACTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTT * * ** * * 15719060 TTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAAA-AGAAA-CAATTA 189 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAAAAGC-T-TAT-AAACTGAAAGCAATTA * * * * * * * * * 15719123 TTTTATGA-TAAA-AAAA--TTATAACGATTTGAGATAGGTAATTGTTCAAATAATCATAACTAT 250 TTATATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-TAATAGT--TAATTAT * ** ** * * * 15719184 TTGAACTATTTTAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT 312 TTGAATTGGTTCGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCT * * * * ** 15719222 TTTATTAATTTTCAAAATATTAA-T-AGATCAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAAT 1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATTAAG-T-ATTATTATTTTATTTTAAATAAGCTT-TATGAAT * * * * 15719285 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGAT 63 -AGAACAATTGTTTGATGACAAAA-TAAAGGTCATAATGAT 15719326 ATGATATAGA Statistics Matches: 3099, Mismatches: 693, Indels: 475 0.73 0.16 0.11 Matches are distributed among these distances: 341 1 0.00 342 14 0.00 343 170 0.05 344 22 0.01 345 11 0.00 346 3 0.00 347 31 0.01 348 4 0.00 349 4 0.00 350 41 0.01 351 37 0.01 352 12 0.00 353 104 0.03 354 305 0.10 355 109 0.04 356 159 0.05 357 449 0.14 358 344 0.11 359 250 0.08 360 308 0.10 361 303 0.10 362 371 0.12 363 43 0.01 364 4 0.00 ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.11, T:0.42 Consensus pattern (349 bp): CTTATTAATTTTTAAAATATTAATTAAGTATTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTATGAATAGA ACAATTGTTTGATGACAAAATAAAGGTCATAATGATTTTAAGTAGATATTTATTCAAATAGTTAT 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Indices: 15719656--15723882 Score: 3068 Period size: 181 Copynumber: 23.6 Consensus size: 181 15719646 AAAACAAAAG * * * 15719656 GTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGA-AAGCACATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT 1 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT * * * 15719718 TTTGAAATATTGATAAATTTA-TATTGTTTTATTTGAAATAATG-TTGTATGAGTAGAAACAATT 64 TTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAA-GCTTGTATGAATAGAAACAATT * * 15719781 ATTTTATGACAAAACAAAAAGT-AGTAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA 127 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA * * * * 15719836 GTCATAACCATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTTAGTAATTTT 1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT * * * * * 15719901 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCCTATGTGAACTA-ATACAATTGT 66 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGT *** * * * 15719964 TTTATGATGGAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTA 129 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA * * * ** * * * * * 15720017 GTTATGACTATTTGAACTTATTTAAGAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTAATAATTGT 1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT * * * * * * 15720081 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTGTGAACAAAAACAATTATTT 66 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT * * * 15720146 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA 131 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA * * * * * * * 15720197 GTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATATATTTTTAAAAAT-T-TTACTTATTAGTTG 1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATT- * * * 15720260 TTTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATATA 64 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TG * * ** * * 15720323 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTAAAATAGATAATTATTCAGATA 128 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA * * * * 15720377 GTCATAACTATTTCAATTTGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTT 1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT * * * * * * * * * * * 15720442 TGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCGTAGTTAGGTTATACGAACAGAAACAATTGTTT 66 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT * * * * * ** * * 15720507 TGTAATAAAATAAAAGGTCATAGCGCTTTGAAATAGATAATTATTCAAACA 131 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA * * * * *** * * * 15720558 ATTATAACTATTTGTAC-TGGTCAGGCCAACAGATTCATTTTTTAAATTTATTACTTATTAATTT 1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT * * * * * * 15720622 TT-AGAATATCAATAAATTAGCATTACTTTATTTCG-AATAAGATTGTATCAATAGAAAAAATTG 65 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG ** * * 15720685 TTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATT 128 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA * * * * * 15720739 GTTATAACTACTTGAA-TTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTT 1 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT ** * * * * * 15720799 TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAGAACA-AA-CTTATATGAACAAAAACATTTG 65 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG * ** * * * * 15720862 TTGTACAACAAAACAAAATGTCGTAATGATTTGAAATAGATAATTAATCATATA 128 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA * * * * * * * 15720916 GCCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTAGCA-AAA-AAAATTATTTTTTAAATCTATTAGTTATTAA- 1 GTCATAACTATTTGAACTT-G-TTCG-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT * * * * * * 15720977 -TTTGATTATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAAAATAAATAAT 63 TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT * ** * * * 15721040 TATTTTACAACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATATATAATTATTTC-AATA 126 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATA * * * * * ** * ** * * 15721096 GTAATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAGTATATTTA-TTCGTAATTCTCCTACTTATTAATTTT 1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT * * 15721160 TGAAATATTAAT-AATTAGAATTATTTTATTCTG-AATTAGCTTGTATG-ATA-AAACAATTGTT 66 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ATTTATGATAAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATA 128 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA * * * * * 15721636 ATCTTAACTATTAT-AACTGGTTCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA--T-TTAATTT 1 GTCATAACTATT-TGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT * *** * * * 15721697 TT-AGAATATTATTGGTTTAGCATTATTTTACTCT-AAATATGCTTGT-TGAATAGAAACAATTG 65 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG * * * * * * 15721759 TTTTATCACAAAACAAAGA-TCATACT-ATTTGAGATAGATAACTATTGAAATA 128 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA * * * * * * 15721811 GCCATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACAGATTTA-GTTTTAAATCTC-TA---ATTAATTTT 1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT * * ** * * * 15721871 TGAAATATTAATAAATTAGCATTAGTTTATTCT-AAATAATTTTGCATGAATAGAAATAATTATT 66 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT * * * * * 15721935 TTACGATAAAACAAAATGTCATAATGATTAGAAATAGATAA-TAGTTCAAATG 130 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATA * * * * * * ** * 15721987 GACATGATTATTTGAACTTATTC-AGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCAACATATTAATTT 1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT * 15722051 TT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG 65 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG * * * * * 15722114 TTTTATGACAAAA-TAAAAGATCATAATGATGTAAAATAAATAATTGTTCAAATA 128 TTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA * * * * * * 15722168 GTCAAAACTATTTGAACTAGCTT--ATTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAATAAAT 1 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT * * * * * * 15722231 TTT-AGAATTTTAATATATTAGTA-TATTTTTATTCCG-AATAAGCTTTTATGAACAAAAACAAT 64 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT * * * 15722293 TAG-TTTATGACAAAAC-AAAAGATC-TTATGATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATA 126 T-GTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA * 15722348 GTCATAACTATTTGAACATGTTCAGA-AAAC--A--TA---TTT---T-T-TT-CTTATTAATTT 1 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TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA 128 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA * * * * * * * 15723587 ATCATAATTATTTGAA-TTGGTTAG-TAAATATAATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTT 1 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT * ** ** * 15723650 TTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAT-TATGAATTCAAAAAACTT 65 TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAA-TT * * * * * 15723713 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATA 127 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA * * * ** * * * * * * 15723768 GTCTTAAATATTTAAACCGGTTC-AGCAAATAAATTTATTTTTTAATTCTTTTAGTTATTAATTT 1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT * * * 15723832 TTGAAATATTATTATATTAATATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAA 65 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAA 15723883 AACAAAAGGT Statistics Matches: 3206, Mismatches: 655, Indels: 370 0.76 0.15 0.09 Matches are distributed among these distances: 157 2 0.00 158 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Indices: 15724141--15724455 Score: 379 Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169 15724131 ACAAATAGGT * * * 15724141 TTATTTTTTAAATCTCCTTATTATCAATTTTTGAAATAATATTAAATTAGTATTATTTTATTCCA 1 TTATGTTTTAAATCTCCTTATTATAAATTTTTGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA * ** 15724206 AATAAACTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAGCAAAATGTTATAATGATTTGAAAT 66 AATAAACTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAAT * * 15724271 ATATAATTGTTCAAATAGGAACTAGTTCGGTAAACATAA 131 AGATAATTATTCAAATAGGAACTAGTTCGGTAAACATAA * ** 15724310 TTATGTTTTAAATCTCC-TACTTATAAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT 1 TTATGTTTTAAATCTCCTTA-TTATAAATTTTTGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCC * ** * * * * * 15724374 GAATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAA-GTTTGTAACAATTCT 65 AAATAAACTTATATGAACTG--AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAATG-TTATAACAATT-T 15724436 -AAATAGATAATTATTCAAAT 126 GAAATAGATAATTATTCAAAT 15724456 GACCATAATT Statistics Matches: 122, Mismatches: 19, Indels: 10 0.81 0.13 0.07 Matches are distributed among these distances: 167 2 0.02 168 4 0.03 169 115 0.94 170 1 0.01 ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.42 Consensus pattern (169 bp): TTATGTTTTAAATCTCCTTATTATAAATTTTTGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA AATAAACTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAAT AGATAATTATTCAAATAGGAACTAGTTCGGTAAACATAA Found at i:15725460 original size:182 final size:180 Alignment explanation

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Indices: 15723950--15725829 Score: 1228 Period size: 182 Copynumber: 10.6 Consensus size: 179 15723940 ACTAGTTCAG * ** * * 15723950 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTAT 1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGTATTAT * ** * * * * * 15724015 TTTATTTCGAATAAGCTTAAATGATAAAAAACAATTGTTATATGATC-AAACAAAATGCCATAAT 65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAAT * * * * * * * 15724079 -TTTCTGTAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAAC-TGTTTCAA 128 GATT-TG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGA * * * * * * * 15724132 CAAATAGGTTTATTTTTTAAATCTCCTTA-TTATCAATTTTTGAAATAATATTAAATTAGTATTA 1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGTATTA * * * * * * * * 15724196 TTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAGCAAAATGTTATAAT 64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT * * * * 15724261 GATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG---GAACTAGTT---C--GGT--A 128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA * ** * * * 15724303 -AACATA-A-TTATGTTTTAAATCTCCTACTTATAAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTA 1 TAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGTATTA ** * * * * ** 15724365 TTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTTGTAA 64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT--AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA ** * * * * ** * 15724429 CAATTCT-AAATAGATAATTATTCAAAT-GACCATAATTATATGAA-TCAATTCCA 127 TGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACT-TGTTCGA * * * * * * ** 15724482 TAAACT-GACTTATTTTTTTAAATCATTAACTCATTAGTTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATT 1 TAAA-TAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGTATT * * * * * * * 15724546 ATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTGAGACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGG---T-- 63 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA * * 15724606 TGA----AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTC-A 127 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA * * * * * 15724654 GCAAATAAATTT-TTTTTTAAATTCCTTGT--TTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTAT 1 -TAAATAGATTTATTTTTTAAA-T-CTTTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTTGTAT * * * * * * * 15724716 TATTTTATTTCGAATAAGCATATATGAACTAAAATAATTA-TTTATGACTAAACAAAAGGTAAGA 62 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA * * 15724780 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC----T-GA 126 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA * * * * * * 15724829 T-TACACATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATT-ATTTCTTAGAATATT-ATTAATTTAGCAA 1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTT-TTA-AATATTAATAAATTT-GTAT * * * * * * * * 15724890 TATTTTACTCCAAATAGGCTTGTATAAACAAAAGCAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGATCATA 62 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA * * * 15724954 ATGATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTT-AAATTGGTTTGA 126 ATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGA * * 15725008 TAAATAGATTTAATTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT 1 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TTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCACAAT 64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT * * * * * * * 15725487 GATTTAAAATAAATAATTATTTAAATACTCATAACTATTTCAATTTGTTCGA 128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA * * ** ** 15725539 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTTGAAATATTAATAAATTAATGCT- 1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TT-AAATATTAATAAATTTGTATTA *** * 15725602 TTTTACACCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA 64 TTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA ** * ** * 15725667 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTCGG 127 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA * * * 15725720 TAAATAGATTTATGTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAAA-ATTAATAAATTTGTATTG 1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAATTTGTATTA * * * * 15725784 TTTTATTTAAAATAAGCTTTTATGAATAGAAAAAAATCATTTTATG 64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT--AAAACAATTATTTTATG 15725830 TAGATAATTG Statistics Matches: 1323, Mismatches: 277, Indels: 196 0.74 0.15 0.11 Matches are distributed among these distances: 167 1 0.00 168 24 0.02 169 135 0.10 170 21 0.02 171 72 0.05 172 102 0.08 173 70 0.05 174 95 0.07 175 19 0.01 176 56 0.04 177 31 0.02 178 6 0.00 179 42 0.03 180 48 0.04 181 231 0.17 182 352 0.27 183 17 0.01 184 1 0.00 ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42 Consensus pattern (179 bp): TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATT TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA Found at i:15725922 original size:152 final size:153 Alignment explanation

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Indices: 15725830--15728092 Score: 1105 Period size: 180 Copynumber: 12.7 Consensus size: 177 15725820 TCATTTTATG * * * * * * 15725830 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAAGTTTTCGTTAAACAGATTCATTTTTTAAATC 1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT- * * * * * 15725895 TCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTATAT 65 TTTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAGTTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTATAT 15725959 GAACTAAAATGATTTTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA 128 GAACTAAAAT-ATTTTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA * * ** * 15726010 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTAGTTCGGTAAGCTTATTTATTTCTTAAAA 1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGGTAAACAGATTTATTT-TTTAAA * * * 15726075 TTTTTACTTATTAATTGTTGAAATGTTAATAAGTTAGTATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTAT 64 TTTTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTATAT * * * * * * 15726140 GAA-TAGAAACTATTGTTTTATA-ATAGAACAAAAAGTCATAATAACTTGAAA 128 GAACTA-AAA-TATTTTTTTA-AGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA * * * * * 15726191 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TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGGT-AAACAGATTTATTTTTTAAA * * * * * ** * * 15726604 TCTCTCAGTTAGTAATTTTTGGAATATTTTTTA-TTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGT 64 T-TTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTAT * * * * * * * 15726667 ATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGCTTATAACTATTTGAAG 126 ATGAACTA-AAAT-ATTTTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA * * * * * * 15726720 TATACAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC 1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT- * * * * * * * * 15726785 TCTTACTTATTAATTTTTATAGATTAATAAATTACTATTATTTT-ATTCTAAATATA-CTTGTAT 65 TTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTAATT-TGAATA-AGCTTATAT * * * * * ** 15726848 -AA-TAAAAAACAATTGTTATATA-ACCAAACAAAAGGTAATAATGATTT-ATAA 128 GAACT--AAAA-TATTTTTTTA-AGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA-AA * * * * * * * * 15726899 TAGATAATTGTTGAAATGGCCACAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAA- 1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT * * * * * * * 15726963 --TCACTTATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATA 65 TTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTATATG * * * * * 15727026 AATTGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTTAAA 129 AACT-AAA-ATATTTTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA ** * * * ** ** * * 15727076 TTTACAATTACTT-AGATAGTTGTAACTATTTGCATTTTTTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTTA 1 TAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTGTTCGGTAAAC-AGATTTA-TTTTTTA * * * * * ** * 15727139 AATTCTTGCTTTTTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATGATTTTTTTTGGATAAGCTT 62 AATTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAGTTAGTATTAT--TTTAATTTGAATAAGCTT * * * * ** * 15727204 TTATGAACT-GAA-ATTGTTTTATA-TCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAA 124 ATATGAACTAAAATATTTTTTTA-AGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA * * * * * 15727256 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAATTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTCAAA 1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAA * * * * * * ** * 15727321 TCTTTTCCTTATTAATTTTTTAAATATTAAGAAATTTGGATTAATTTT-ATTCAAAATAAGATTA 64 T-TTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAGTTAGTATT-ATTTTAATT-TGAATAAGCTTA * * * * * * * 15727385 TAAGATA-TGAAATAAATATTTTCT-A-ACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTAAAA 125 TATGA-ACT-AAA-ATAT-TTTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA * * * ** * * * * * 15727439 TATATAATTATTCTAATAGTTTTATCTATTTAAACTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA- 1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT * * * * * *** * 15727503 ATCT-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAA-CCAAATAAGC-TCTAT 65 TTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAGTTAGTATTA-TTTTAATTTGAATAAGCTTATAT * * * * * * * * * ** * 15727565 GATCAAAAACAATTATTTTATGATAAAA-TAAAGATCCTAATGATTTGAGAT 128 GAACTAAAA-TATTTTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA-AA * * * * 15727616 TA-ATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTCGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA- 1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT * * 15727679 -TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTAGTAT 65 TTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCT--TAT * ** * * * * * ** 15727741 GATAAAAAAAAAAATTGTTTTATGGCAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAA 126 -ATGAACTAAAATATTTTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA ** * * ** 15727794 TAGATAATCATTCATATAGTCAT-ACTATTTGAAATGGTTCGGTAATTAGATTTATTTTTT-AAT 1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT ** * * * * ** 15727857 TTTCATGGTTATTAAGTTTCAGAATATTATTAA-TGTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAA-AATA 65 TTT--TACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAGT-TAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTA * * * * * ** * * 15727919 GTATGAA-TAGAACCA-ATTGTTTGATGAAAAAATAAAATATTATAACGATTTGAAA 125 -TATGAACTA-AA--ATATTTTTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA * * * * * * * * 15727974 TAGATAATTATTCAAATAGACAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGTTTTACTTTTTAAAT 1 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT * * * * * 15728039 CTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA 65 -TTTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTAATTTGAA 15728093 CAAACTTTTA Statistics Matches: 1613, Mismatches: 357, Indels: 225 0.73 0.16 0.10 Matches are distributed among these distances: 171 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Indices: 15727569--15728088 Score: 475 Period size: 181 Copynumber: 2.9 Consensus size: 181 15727559 CTCTATGATC * * * * * * * *** 15727569 AAAAACAATTATTTTATGATAAAAT-AAAGATCCTAATGATTTGAGATTA-ATAATTGCTCAAAT 1 AAAAAAAATTGTTTGATGAAAAAATAAAAGATCATAACGATTTGA-AATAGATAATCATTCAAAT * * * * * * * * 15727632 AGTCATAATTATTCGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAA-TT 65 AGACAAAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCATACTAATTAAGTT * * ** 15727692 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGATAAA 130 TCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATG--AAA * ** * * * 15727747 AAAAAAAATTGTTTTATGGCAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCATATA 1 AAAAAAAATTGTTTGATGAAAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATA * * * * * * ** * 15727812 GTC-ATACTATTTGAAATGGTTCGGTAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCATGGTTATTAAGTTT 66 GACAAAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCATACTAATTAAGTTT * * 15727876 C-AGAATATT-ATTAATGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAAT 131 CTA-AATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAAA * ** * * * 15727927 AGAACCAATTGTTTGATGAAAAAATAAAATATTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA 1 AAAAAAAATTGTTTGATGAAAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATA * * * * 15727992 GACAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGTTTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTT 66 GACAAAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCATACTAATTAAGTTT 15728057 CTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT 131 CTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT 15728089 TGAACAAACT Statistics Matches: 277, Mismatches: 53, Indels: 21 0.79 0.15 0.06 Matches are distributed among these distances: 178 60 0.22 179 32 0.12 180 57 0.21 181 79 0.29 182 46 0.17 183 3 0.01 ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.11, T:0.42 Consensus pattern (181 bp): AAAAAAAATTGTTTGATGAAAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATA GACAAAACTATTTGAAATGGTTCGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCATACTAATTAAGTTT CTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAAA Found at i:15729442 original size:178 final size:175 Alignment explanation

Indices: 15728781--15730303 Score: 756 Period size: 178 Copynumber: 8.5 Consensus size: 175 15728771 TGTCATAATG * * * ** * * * * * 15728781 ATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGTTATAATTATTTGAACT-AGTTCGATAAATAAAATTAT 1 ATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGA-TTCAATAAATAGATTTAT * * * * * * * * ** 15728845 TTTCTAAATCTCTTA-TAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAGTTTTACTCTATTTCAAATAAGCT 65 TTTTTAAATCCCTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT * * ** * * 15728909 TGCATGAGCT-GAAGTAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA 130 TGTATGA--TAAAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTAATAACA * * ** * * * * * * 15728957 ATTT-AAGATAAATAATTGTTCATATAATCATAACTGTTTGAATTGGTTCAGTAAATGGATTTAT 1 ATTTGAA-ACAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGATTCAATAAATAGATTTAT * * * * 15729021 TTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAAT-ATTATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA 65 TTTTTAAATC-C---CTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA * * * * * 15729085 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATTATAGAA-AAAATGTTATAATA 126 AGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGATA-AACAAAAGGTAATAACA * * ** * 15729136 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGGTTCAATAAATAGATTTATT 1 ATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGATTCAATAAATAGATTTATT * * * * 15729201 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTA 66 TTTTAAATCCCTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT * * 15729266 GCATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTAATAACA 131 GTATGAT-AAAAACAATTGTTTTATGAT-AAACAAAAGGTAATAACA * * * * * * 15729313 ATTTGAAACAAATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTTATTTAGTAAACT-GATTTAT 1 ATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGATTCAATAAA-TAGATTTA- * * * * 15729377 TTTTTTAAATCCCTTATTAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGGATAAGC 64 TTTTTTAAATCCCTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC * * * * * 15729442 TTTTATGA-ACTAAAACAATTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG 129 TTGTATGATA--AAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTAATAACA * * * * * * * 15729491 ATTTTAAATC-AATAATTGTTCAAACAGTCC-TAACTCTTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTT 1 ATTTGAAA-CAAATAATTGTTCAAATAG-CCATAACTATTTAAAC-TGATTCAATAAATAGATTT * * ** * * 15729553 ATCTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATCATTTTATTCTGA 63 AT-TTTTTAAATC-C---CTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA * * * * * * * 15729618 ATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTATTATAGGACTAAAAAAAAGGTTAGAACA 123 ATAAGCTTGTATGATA--AAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTAATAACA * * * * * * * * * * * 15729673 ATTTGAAATAGATGATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACT-AGTTCGACAAATACATATAT 1 ATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGA-TTCAATAAATAGATTTAT * * * * *** 15729737 TTTTTAAAT--CTCACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TGTCCAAATAAGC 65 TTTTTAAATCCCTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGC * * * * * * * * * 15729799 TGGTATGACCAGAAACAATTATTTTATGAGAAAAAAAAGATCATAATA 129 TTGTATGA-TAAAAACAATTGTTTTATGATAAACAAAAGGTAATAACA * * ** ** * ** * * * * 15729847 ATTCGAGATTAATGTTTGTTCTAATAGTTATAACTATTTGAACT-AGTTTAGA-AAACA-ACTTA 1 ATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGA-TTCA-ATAAATAGATTTA ** * * * * 15729909 AGTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAAT 64 TTTTTTAAATC-C---CTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT * * * * 15729974 AAGTTTTTATGA-AATGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGA 125 AAGCTTGTATGATAA--AAACAATTGTTTTATGAT-AAACAAAAGGTAATAAC-A * *** * * * * * ** 15730028 CTTT-AAATGGATAATTATTCAAATGGTCA-AATCTATTTGAACTTATTTGATAAATAGATTTAT 1 ATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGCCATAA-CTATTTAAACTGATTCAATAAATAGATTTA- * ** * * * 15730091 TTTTTTTAAATCTCTTGCTAATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTCTAA 64 -TTTTTTAAATC-C---CTTATTAA-TTTTTGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA * * * * * * 15730155 ATAAGCTTGTA-CA-AACTGAAATAATTGTTTTATTACTAAGCAAAAGGTCAGAACA 123 ATAAGCTTGTATGATAA---AAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTAATAACA * * ** * * * * * ** * * 15730210 ATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACACATTTATT 1 ATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGATTCAATAAATAGATTTATT * * * * 15730275 TTTCAAAGCTCTTATTAATTTTTGGAATA 66 TTTTAAATCCCTTATTAATTTTTGAAATA 15730304 TTATTAAAGC Statistics Matches: 1053, Mismatches: 234, Indels: 119 0.75 0.17 0.08 Matches are distributed among these distances: 173 11 0.01 174 58 0.06 175 86 0.08 176 117 0.11 177 75 0.07 178 149 0.14 179 147 0.14 180 103 0.10 181 39 0.04 182 131 0.12 183 129 0.12 184 8 0.01 ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41 Consensus pattern (175 bp): ATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTGATTCAATAAATAGATTTATT TTTTAAATCCCTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT GTATGATAAAAACAATTGTTTTATGATAAACAAAAGGTAATAACA Found at i:15730094 original size:354 final size:352 Alignment explanation

Indices: 15728772--15733526 Score: 2257 Period size: 355 Copynumber: 13.4 Consensus size: 352 15728762 ATATTCTAGT * * * * 15728772 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTC-GATAAA 1 GTCATAATAATTTGAATTA-ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAGA-AAA * * * * * * 15728836 TAAAATTAT-TTTCTAAA--TC-TCTTA-TAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAGTTTTACTCTA 64 -CAATTTATCTTT-TAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA * * ** * 15728896 TTTCAAATAAGCTTGCATGAGCTGAAGTAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT 127 TTTCGAATAAGCTTGCATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTT * * * * * ** * * 15728961 -AAGATAAATAATTGTTCATATAATCATAACTGTTTGAA-TTGGTTCAGTAAATGGATTTA-TTT 192 GAA-ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGAGTAAATAGATTTATTTT * * 15729023 TTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC 256 TTTAAATCTC------ATTAATTTTTGAAATATTATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC * * * * 15729088 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATTATAGAAAAAAT 315 TTGTATGACTAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAAAAAA * * * * 15729127 GTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGGTTCA-ATAAA 1 GTCATAATAATTTGAATTA-ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAGA-AAA * * * * 15729191 TAGATTTATTTTTTAAA--TC-TCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAT 64 CA-ATTTATCTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT * * * * * 15729253 TTTGAATAAGCTAGCATG--TTGAAAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTAATAACAATT 128 TTCGAATAAGCTTGCATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATT * * * * * * 15729316 TGAAACAAATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTTATTT-AGTAAACT-GATTTATTT 191 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGAGTAAA-TAGATTTATTT * * * * * * 15729379 TTTTAAATCCCTTATTAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGGATAAGCTT 255 TTTTAAAT--CTCATTAATTTTTGAAAT-ATTATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT * * 15729444 TTATGAACTA-AAACAATTGTCTTATGACAAAACAAAA 317 GTATG-ACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA * * * * * ** * * * 15729481 GGTCATAACGATTTTAAATCAATAATTGTTCAAACAGTCCTAACTCTTTGAACTTGTTCAGTAAA 1 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CAACTTAAGTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT 64 CAATTTATCTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT * ** * * * 15729967 TTCGAATAAGTTTTTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGACTTT 128 TTCGAATAAGCTTGCATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTT ** * * 15730032 -AAATGGATAATTATTCAAATGGTCA-AATCTATTTGAACTTATTTGA-TAAATAGATTTATTTT 192 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTAAACTTATTTGAGTAAATAGATTTA-TTT * * * * 15730094 TTTTAAATCTCTTGCTAATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTCTAAATA 255 TTTTAAA--TC-T-C--ATTAA-TTTTTGAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA ** * * * * 15730158 AGCTTGTACAAACT-GAAATAATTGTTTTATTACTAAGCAAAAG 312 AGCTTGTA-TGACTAGAAACAATTGTTTTATGAC-AA-AAAAAA * * * ** * * * 15730201 GTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAA 1 GTCATAATAATTTGAATTA-ATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAA * 15730265 CACATTTAT-TTTTCAAA--GC-TCTTATTAATTTTTG-------------G-A--A-TA--TTA 64 CA-ATTTATCTTTT-AAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA * ** * 15730307 -TT---A-AAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAATA--TCATAACAATT 127 TTTCGAATAAGCTTGCATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA-AGGTCATAACAATT * * * * * * * * * * 15730365 TGAGATAGATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTAAAC-TGTTTCAGTAAACAGATGTA-GTT 191 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGAGTAAATAGATTTATTTT ** ** 15730428 TTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTA-ATAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTG 256 TTTAAATCTC--ATTAATTTTTGAAATATTATA-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG * * * * 15730492 CATGAATAGAAACAATTGCTTTATGATAAAACAAAA 318 TATGACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA * * * * ** * * * 15730528 GGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTGATATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA 1 -GTCATAATAATTTGAATTA-ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAA * * * * * 15730593 CATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT 64 CA-ATTTATCTTTTAAATCT-CTTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTT * * * * * * ** 15730657 ATTAT-GAATAAACTTGCATAAACAGAAAAAATTGTTTTATGGTAAAACAAAAGATCATAATTAT 126 ATT-TCGAATAAGCTTGCATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAAT * * * * * 15730721 TTGAAATAAATAATTGTTCAAACAAG-CATAACTATTTGAACTTGA-TCG-GTAAATAAATTTA- 190 TTGAAATAAATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTAAACTT-ATTTGAGTAAATAGATTTAT * 15730782 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTTGAAT 253 TTTTTTAAATC---T-C--ATTAATTTTTGAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT * * 15730846 ACA-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAA 311 A-AGCTTGTATGACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA * * * * * * * * 15730889 GGTCAGAATTATTTAAAATAGAAAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACGT-GTTCAAAAA 1 -GTCATAATAATTTGAATTA-ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TAGTTCAGAAA * * * 15730953 ACATATTTATTTTTTAAA-CTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTT 63 ACA-ATTTATCTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTT * * * * * ** 15731016 TATTT-GAAATAAGCTTGTATG-AC-AAAATCAGTTATTTTATTATAAAACAAAATATCATAACA 125 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Indices: 15728849--15732988 Score: 1930 Period size: 537 Copynumber: 7.8 Consensus size: 534 15728839 AATTATTTTC * * * * * ** 15728849 TAAATCTCTTA-TAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAGTTTTACTCTATTTCAAATAAGCTTGCA 1 TAAATCCCTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTA * ** 15728913 TGAGCTGAAGTAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTAAGATAAATAATTGTT 66 TGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAATTTAA-ATAAATAATTGTT * * * * 15728977 CATATAATCATAACTGTTTGAA-TTGGTTCAGTAAATGGATTTA-TTTTTCAAATCTCTTAG-TT 130 CAAATAGTCA-AACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTT-GCTT * * * 15729039 ATTAATTTTTAAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAA 192 ATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAA * * * * * 15729102 ACAATTGTTTTATTA-TAGAAAAAATGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-T 256 ACAATTGTTTTATTACTAAAAAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCT * * 15729165 ATAACTATTTAAACTGGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATA 321 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AATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAA * * ** * * 15729642 TTATTATAGGACTAAAAAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATGATTATTCTAATAGTCTTAAC 260 TTGTTTTATTACTAAAAAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAC * * * * 15729707 TATTTAAACTAGTTCGACAAATACATATATTTTTTAAATCTCACTAATTTTTGAAATATTATTAA 325 TATTTAAACTGGTTCAACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCATTAATTTTTGAAATATTATTAA * * * 15729772 ATTAGTATTATTTT-TGTCCAAATAAGCTGGTATGACCAGAAACAATTATTTTATGA-GAAAAAA 390 ATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTAGCATGACCAAAAACAATTATTTTATGATGAAAAAA * * * ** * ** * 15729835 AAGATCATAATAATTCGAGATTAAT-GTTTGTTCTAATAGTTATAACTATTTGAAC-TAGTTTAG 454 AAGATAATAACAATTCGAAACAAATAG-TTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTTA-TTTAG 15729898 AAAAC-AACTTA-AGTTT 517 AAAACTAACTTATAGTTT * * * 15729914 TAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTT 1 TAAATC-C---CTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT * * * * ** 15729979 TTTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGACTTTAAATGGATAATT 62 TTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAATTTAAATAAATAATT * * * * * 15730044 ATTCAAATGGTCAAATCTATTTGAACTTATT-TGATAAATAGATTTATTTTTTTTAAATCTCTTG 127 GTTCAAATAGTCAAA-CTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTA-TTTTTTCAAATCTCTTG * * * * ** 15730108 CTAATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTACAAACTG 189 CTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTG * ** * * 15730173 AAATAATTGTTTTATTACTAAGCAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGT 254 AAACAATTGTTTTATTACTAAAAAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT * * * * * * 15730238 CTTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACACATTTATTTTTCAAAGCTC-TT-A---TT---A-A- 319 CTTAACTATTTAAACTGGTTCAACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCATTAATTTTTGAAATAT * * * * * * 15730293 T-TT---TT-GGA--ATATTATT----A-AAGCTTGTATGA-AAAGAAACAATTGTTTTATGAT- 384 TATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGCATGACCAA-AAACAATTATTTTATGATG * * * * * * * * *** 15730344 AAAATAAATATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTAAACTGT- 448 AAAAAAAAGATAATAACAATTCGAAACAAATAGTTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACT-TA * * * 15730408 TTCAGTAAAC-AGA--TGTAGTTTT 512 TTTAGAAAACTA-ACTTATAG-TTT * * * * 15730430 TAAATCTCTTATT-AATTTTCAAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA--TTTT 1 TAAATCCCTTATTAAATTTT-GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTT * * * * 15730491 GCATGAA-TAGAAACAATTGCTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-TAATTTGAAATAGATAAT 65 --ATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAATTT-AAATAAATAAT * * * * * * * * * 15730554 TGTTGATATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCCTAC 126 TGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGC * * * * * * * * 15730618 CTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGCATAAACAGA 190 TTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGA * ** * * * ** * * * 15730683 AAAAATTGTTTTA-TGGTAAAACAAAAGATCATAATTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAAG 255 AACAATTGTTTTATTACTAAAA-AAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAA-TAG * * * * *** * 15730747 -CATAACTATTTGAACTTGATCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT 318 TCTTAACTATTTAAACTGGTTCAACAAATACATTTATTTTTTAAATC---T-C--ATTAATTTTT * * *** * * ** * * 15730811 GAAATATTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTTGAATACA-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT 377 GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA-AGCTAGCATGACCAAAAACAATTATTT * * * ** ** * * * * 15730874 TATGA-GAAAACAAAAGGTCAGAATTATTTAAAATAGAA-AATTGTTCAAAAAGTCATAACTATT 441 TATGATGAAAA-AAAAGATAATAACAATTCGAAACA-AATAGTTGTTCAAATAGCCATAACTATT * * * * * * * 15730937 TGAACGTGTTCAAAAAAC-ATATTTAT-TTTT 504 TAAACTTATTTAGAAAACTA-ACTTATAGTTT ** * * 15730967 TAAACTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGC 1 TAAA---TCCCTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGC * * * * * * ** 15731030 TTGTATG-AC-AAAATCAGTTATTTTATTATAAAACAAAATATCATAAC-AATTTGAAATAGAA- 61 TTTTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAATTT-AAATA-AAT * * * * * 15731091 AATTGTTTATATAGTCATAACTATTCGAACTTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTCT 123 AATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCT * * * * * * * * * * 15731155 TACTCATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTGTATTA-TTTATT-TCAAATAAGCCTGTATAAA 187 TGCTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA * * * * * * * 15731218 CTGATACAATTGTTTTATGA-TGAAATAAAAA-GTCATAACAATTTGAAATGGATAATTATTCAA 251 CTGAAACAATTGTTTTATTACT-AAA-AAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTA * * * * * * * 15731281 ATAGT-TATGACTATTTAAACTTGTTTAATAAACATATTTATTTTTAAAATCTGTTACTTATTAA 314 ATAGTCT-TAACTATTTAAACTGGTTCAACAAATACATTTATTTTTTAAATC---T-C--ATTAA * ** ** * * ** * * * 15731345 TTGTCAAAATGA-TAACAAAGTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA 372 TTTTTGAAAT-ATTATTAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTAGCATGACCAAAAACAA * ** * * * * * * * * * 15731408 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTAAAATAGTCACAA 435 TTATTTTATGATGAAA-AAAAAGATAATAACAATTCGAAACAAATAGTTGTTCAAATAGCCATAA * * ** * * * * 15731472 CTATTTGAATTTATTCGGTAAACTTAGTTAT-TTTT 499 CTATTTAAACTTATTTAGAAAACTAACTTATAGTTT ** * ** * * 15731507 TAAATCTTTTATTTATTCATTGTTTG-AATATTAATAACTTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAG 1 TAAATCCCTTA-TTA---AAT-TTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAG * * * * ** 15731570 CTTGTATGAA-TAGAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGC-AATTTGAAATAGGT 60 CTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAATTT-AAATAAAT * * * * * * * 15731632 AATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTGTTC-GATAAACAAATTTAGTTTCT-AAA--TC 123 AATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTC * ** * * 15731693 -T-CTTATT--TTTTT-GAAATATTAATAAATTA-TAATTATGCTATT-TCGAATAAGTTTGTAC 186 TTGCTTATTAATTTTTAG-AATGTTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTAT * * * * * * 15731751 GAA-TAGAAACAATTGTTTTGTGAC-AAAATAAAAAGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATT 248 GAACT-GAAACAATTGTTTTATTACTAAAA-AAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTT * * ** * * * *** * 15731814 CAAACAGT-TATAACTATTTGCATTGGTCAGGTCAACATATTCATTT-TTTTAAATTTGTTACTT 311 CTAATAGTCT-TAACTATTTAAACTGGT----TCAACAAATACATTTATTTT---TTAAAT-CTC * * * * * * * ** * 15731877 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Indices: 15730310--15733528 Score: 2358 Period size: 181 Copynumber: 18.0 Consensus size: 181 15730300 AATATTATTA * * * * 15730310 AAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAATA--TCATAACAATTTGAGATAG 1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAG * * * * * * * 15730373 ATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTAAAC-TGTTTCAGTAAACAGATGTAGTTTTTAAATC- 65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT ** 15730436 --T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAAT 129 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT ** * * * * 15730485 AATTTTGCATGAATAGAAACAATTGCTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGA 1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA * * * * * * ** 15730550 TAATTGTTGATATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCC 66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTT * * * 15730615 TACCTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAT 131 TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT * * * * * ** * 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15732225 CTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAAT 129 TTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT * * * * * * * * 15732278 AAGCTTGTATGAACATAAATATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATA 1 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA * * * * * 15732343 TAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAGCTAGTT-GGCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC 66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTT * * * * 15732407 CTACTCATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTCA-TATTATTTTGTTTTGAAT 130 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAAT * * * * * * * 15732459 AGGCTTATAT-AATGAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCACAACAATTTGAAATAG 1 AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG * * * * * * * * 15732523 ATAATTGTTTAGATGGCCATAATTATTTAAAC-TGATTTGATAAAC-TAATTTATTTTTTAAATC 65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATC * ** * * * * * 15732586 CTCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGAT 128 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TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT Found at i:15731505 original size:720 final size:708 Alignment explanation

Indices: 15730310--15755490 Score: 8064 Period size: 720 Copynumber: 35.3 Consensus size: 708 15730300 AATATTATTA * * 15730310 AAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA-TAAATATCATAACAATTTGAGATAGA 1 AAGCTTGTATG-AAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGA * * * * * 15730374 TAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTAAACTGTTTCAGTAAACAGATGTAGTTTTTAAATCTC- 65 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGTTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT ** ** * * 15730438 T--TATTAATTTTCAAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATA 129 TACTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTATAAATA * * * * * * 15730500 GAAACAATTGCTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTGATATGG 194 GAAACAATTGTTTTATGATGAAA-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG ** * * * * 15730565 ACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTA 258 TTATGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCT--TACTTATTAATTTCA * * * 15730630 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGCATAAACAGAAAA-AATTGTTT 320 A-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAACTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTT ** ** 15730694 TATGGTAAAAC-AAAAGATCATAATTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACA-AGCATAACTATT 382 TATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT-AAA-ATAGCATAACTATT 15730757 TGAACTTGA-TCGGTAAA-TAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA 444 TGAA-TTGATTCGGTAAACT-AA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA * * 15730820 ATAAACTAGTATTATTTATTTTGAATACA-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAA 506 ATAAACTAGTATTATTTATTTTGAATA-AGCTTGTATGAATAGAAA-AATTATTTTATGACAAAA * * ** * * * 15730884 CAAAAGGTCAGAATTATTTAAAATAGAAAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCA 569 CAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCG * * * 15730949 AAAAACATATTTATTTTTTAAACTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTAT 633 ATAAACAAATTTATTTTTTAAACTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTAT 15731014 TTTATTTGAAAT 698 TTTATTTG-AAT * * * * 15731026 AAGCTTGTATGACAA-AATCAGTTATTTTATTATAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGA 1 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TGAATTTATTCGGTAAACTTAGTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTCATTGTTTG-AATATTAA 444 TGAATTGATTCGGTAAAC-TAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAA * * 15731541 T-AACTTTGTATTATTT-TAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAATTATTTTATGACAAAA 507 TAAAC-TAGTATTATTTAT-TTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAATTATTTTATGACAAAA * * * * 15731604 CAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAA-TCATAATTATTTAAACTTGTTC 569 CAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-AAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTC * * 15731668 GATAAACAAATTTAGTTTCTAAA--TCT-CTTATT--TTTTTGAAATATTAATAAA-TTATAATT 632 GATAAACAAATTTATTTTTTAAACTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAT-ATT ** 15731727 ATGCTATTTCGAAT 696 ATTTTATTT-GAAT * * * * * * * 15731741 AAGTTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAA-AGTCAGAACGATTTGAAATAG 1 AAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATA-TCATAACAATTTGAAATAG * * * ** * * * * * * * 15731805 ATAATTATTCAAACAGTTATAACTATTTGCATTGGTCAGGTCAACATATTCATTTTTTTAAATTT 64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGTTTA-GTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT * * * * * * * * 15731870 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ATGACAAAACA-AAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAT-AA-TTGTTCAAAAAG-TCA-TAACTA * * * * * * * * * ** 15733785 TTTAAAATTTTC-ACT-TAC----TAATTTTGTGAA-TAT-TA-TTAAATT-AGTATT-ATTT-T 620 TTTGAACTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAACT-TCTACTT--ATTAATTTTTGAAATAT ***** 15733838 TAA-CCGGGTA-A--ACTTTTA--TG-AT 681 TAATAAATTTATATTA-TTTTATTTGAAT * * * * * * * * 15733860 ---C----AT-----AAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCTTAACGATTTGAGATTGAA 1 AAGCTTGTATGAAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGAT * * * 15733912 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCG-ATAACAAATTTATTTTTTAAATCT-AT 66 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGTTTAGTA-AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT * * 15733975 ACTTATTAAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATA 130 AC-TATT-AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTAT-A-A * ** ** * * * 15734039 A-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTCAAATAGATAATCATTCAAA 191 ATAGAAACAATTGTTTTATGATGAAA-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA * ** * * * * * * 15734103 TGGCAATAATTATTTTAAC-TGATTTAATAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAAT 255 TAGTTATGACTATTTAAACTTG-TTTAGTAAACATATTTATTTTT-AAA--TCTTACTTATTAA- * *** ** * * 15734167 TTTGAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGTCCAAGTTTGCACT-AACTAAAACAATT 315 TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAACTTGTA-TGAACAAAAACAATT * * * ** * * * * * * * * * * 15734231 GTTTTATGATAAATCGAATGGTTATAATGATTTTAAACAGACAATTGTTCATATAGTAATAACTG 378 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAG-CATAACTA ** ** * * 15734296 TTTGAACTTG-TTCAATAGGC-AGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTTCATTATTACTTTTTCG-A 442 TTTGAA-TTGATTCGGTAAACTA-A-TTATTTTTT-AAATCT-TTTAC-TTATTAATTTTT-GAA * * * * * * 15734358 ATGTT-ATAAATTAGTATTAATTTATTTTAAATAAGCTTGTATGACCTA-AAACAATTGTTTGAT 500 ATATTAATAAACTAGTATT-ATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAA-AATTATTTTAT * * * * * ** ** * * * * * 15734421 AACTAAATAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATCATTCTAATAGTCTTAACCATTTAAAC 562 GACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAAC * * * 15734486 TGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTATTTTTTGAAATATTATTAAA-TT 627 TG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAACTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTT * 15734547 AGTATTATTTTAATTCGAAT 691 A-TATTATTTT-ATTTGAAT * ** * * * 15734567 AAGCTTGTACGAACA-AAACAATTGTTTTACAATAAAACAAAAGATCATAATAGTTTGAAATAGA 1 AAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGA * * * * * * ** * * * 15734631 TAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTCAACTGGTTTGGCAATTAGATTTATTTTTT-AATTTTT 65 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT ** * * * ** * 15734695 TGGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAAATAATATGA 129 T--ACTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGATTGTATAA * * * * * * * 15734759 ATAGAACCAATTATTTTATGA-CAAAATTAAATGTTATAATGATTTGAAATAGATGATTATTCAA 191 ATAGAAACAATTGTTTTATGATGAAAA--AAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAA * * * ** * * 15734823 ATAGTCA-GAACTATTTGAA-TTGATTTGGTAAGTAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTA 254 ATAGTTATG-ACTATTTAAACTTG-TTTAGTAAACATATTTA-TTTTTAAA--TCTTACTTATTA ** * * * * * * 15734886 ATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAATAAT 314 A-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAAT * * * ** * * ** * 15734951 TATTTTATGACAAAACATAAAGT-AGTAACAATTTGAAATCGATAGTTGTTCAAATAGTTTTAAT 377 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA-TAACGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAG-CATAAC * * * * * * 15735015 TATTTGAACT-AGTTTGGTAATTA-GAATTATTTTCTAAATC---T-CTTATAAAATTTTGAAAT 440 TATTTGAATTGA-TTCGGTAA--ACTAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT * * * * * * * 15735074 ATTAA-AAATTAGTTTTATTCTATTCTAAATAAGCTTGTATGAGCT-GAAATAATTGTTTCATGA 502 ATTAATAAACTAGTATTATT-TATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAA-AATTATTTTATGA * * * * 15735137 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAATAATTGTTCATATAA-TCTTAACTATTTGAAC 564 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCA-AAAAGTCATAACTATTTGAA- * * * ** * * 15735201 CAGTTCAACAAACGGATTTATTTTTTAAA-TCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAA 626 CTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAACT-TC-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA 15735264 -TTAGTATTATTTTATTCTGAAT 688 TTTA-TATTATTTTATT-TGAAT * ** * * 15735286 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGA 1 AAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGA * * * * * * 15735351 TAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACTAG-TTCGATAAACAGATATATTTTTT-AAT-T- 65 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC ** * * ** * ** 15735412 TTTTTATTACTTCTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-GT 128 TTACTATTAATT-TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTATAAA * * * * * * 15735475 TGAAAAACAATTGTTTTATGA-CACAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAA 192 T-AGAAACAATTGTTTTATGATGA-AA-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAA ** * * * ** * 15735539 AT-GACCATAATTATTTGAACTAATTT-G-AAAAACTAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTA 254 ATAG-TTATGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACA-T-ATTTATTTTTAAA--TCTTACTTATTA ** * * * * * 15735601 GATTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTGGATAAGA-TTTTATGAACTAAAAC-AT 314 -ATTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAA-ACTTGTATGAACAAAAACAAT * ** * * 15735664 TTTTTTATGACAAAAC--AAA-TGGT--C-A--T-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT 377 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAG-CATAACT * * * * * 15735720 ATTTGAACTTGCTT-GG-AAAATAGATTTATTTTTTCAAAACTTGTGCTTATTAATTTTTCG-AA 441 ATTTGAA-TTGATTCGGTAAACTA-A-TTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAA * * * * * 15735782 TGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTGTATG 501 TATTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-AATTATTTTATG * * * * * * * * 15735846 A-ATAAACAAAAGGTTAGAGCGATTTGAAATAGATAGTTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC 563 ACA-AAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAAC * * * * 15735910 TGGTTC-AGTAAACACATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGGAATATT-ATCAAGT 627 T-GTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAACTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT * * 15735970 TAGTAATATTTTTATCTGAAT 690 TA-TATTA-TTTTATTTGAAT * ** * * ** * * 15735991 AAGCTTATATGTTCAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGA 1 AAGCTTGTATG-AAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGA * * * * * * * ** * 15736055 CATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTGGTTTGGAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCT 65 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT * * * * * * ** * 15736120 TGCTTATTAATCTTT-GAAATATTAAAAAAATAGTATCATTTT-TTTCAGATAATTTTTTATGAA 129 TAC-TATTAAT-TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTAT-AA * * ** * * * 15736183 CTA-AAACAATTGTGTTATGACAAAAAAAAAAAGGTCATAACAACTTTAAAATAGATAATTATTT 191 ATAGAAACAATTGTTTTATG---ATGAAAAAAAGGTCATAATAA-TTTGAAATAGATAATTATTC * * * * * * 15736247 AAACA---ATCGAATCTATTTAAACTTGTTCAGTAAAAAGATTCATTTTTTTCAAATCTCTTGCT 252 AAATAGTTAT-G-A-CTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATT--TATTTTT-AAA--TCTTACT * *** * * * * 15736309 CATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAA 309 TATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAACTTGTATGAACAAAA * * * * * * * ** ** * 15736374 ATAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATAATTTTAATAGTCT 372 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAG-CA * * * * * * 15736439 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15736836 CCTACATATTAATTTTCCAAATATTAATAAAATACTATTATTTTA-TTCTGAATAA-ACTTGTAT 127 CTTAC-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGA-TTGTAT * * * * * * 15736899 GAATAGAGATAATTGTTTAATGAT-AAAACGAAAGATCATAACT-ATTTGAAATCA-ATAATTGT 189 AAATAGAAACAATTGTTTTATGATGAAAA--AAAGGTCATAA-TAATTTGAAAT-AGATAATTAT * ** * * * * * * * * 15736961 TCAAACAGTCGTAACGATATGAACTTGCTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAAAATTTTTACTTAT 250 TCAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTT--AAA-TCTTACTTAT *** * * * * * * 15737026 TAATTTTTGGAATCTAAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATATACTTGTATGAACATAAACA 312 TAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACA * * * * * * * 15737091 ATT-TATTTATAACAAAAC-AAAAGTTCATAACTATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAT 375 ATTGT-TTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAG-CAT * * 15737154 AACTATTTGAA--CA-T--GT--A-T-A-GA------AAA-C----A--TATTAA----T-AAAT 437 AACTATTTGAATTGATTCGGTAAACTAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT * *** * * * 15737191 -GT-AT--A-T--TA-T-TTTATTCAAAATAATCTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGACA 502 ATTAATAAACTAGTATTATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTATTTTATGACA * ** * * * * **** 15737247 CAAA-AAATGGTCT-TAATGATTTGAAATAGATA-ATTATTCAAATAGTC-ATAA-CCATTTGAA 566 -AAACAAAAGGT-TATAACAATTTG--A-A-ATAGATAATT---GT--TCAAAAAGTCATAACTA * * * * * * * 15737307 CTTG---T-TT-GATAAACATATTCATATTTTAAATCTAT-TACTTATTAATTTTGGGAGTATTA 620 TTTGAACTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-CT-TCTACTTATTAATTTTTGAAATATTA * 15737366 ATAAA-CTATTATTATTTTATTTTGAAT 683 ATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAT * * ** * * ** 15737393 AAGCCTATATGAACTAACACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA 1 AAGCTTGTATGAAAGAA-ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGA * * * * * ** * 15737458 TAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTGAAAATCTTT 65 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT * * * * * * * * * 15737523 TACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGTTTGTATGAAC 129 TAC-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTATAAAT * * * * * 15737588 AAAAAAAATTGTTTTATGAT-AAAACAAATAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT 193 AGAAACAATTGTTTTATGATGAAAA-AAA-GGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT * * * * * * * * * * * 15737652 AGTCATAACTATTTGAATTTATTCAGTAAATAGA-TT-TTTTTATATCTTTTATTTATTAGTTTC 256 AGTTATGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTC ** * * * * ** * 15737715 TGAATAGTAATATAATT-GTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATGAAAA-AATATATT 319 AAAATATTAATA-AATTAATATTATTTTATTTG-AATAAACTTGTATGAACAAAAACAAT-TGTT * * * *** * * * 15737778 CTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAACTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT 381 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAG-CATAACTATTT * ** * 15737843 GAACTTG-TTCGATAAAAAAAATTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA 445 GAA-TTGATTCGGT-AAACTAA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA * * *** ** * * ** 15737907 TAAATTAGAATTATGTTATTCCCAACT-AGCTTGTACAAACAGAAACAATTGTTTTGGGACAAAA 507 TAAACTAGTATTAT-TTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTATTTTATGACAAAA * * * * * * * 15737971 CAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAA-TTATAACTATTTGTATTGGTTA 569 CAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-AAGTCATAACTATTTGAACT-GTTC *** * * * 15738035 GGCCAACAAATTCT-TTTTTTAAA-TTGTTACTTACTAGTTTTT-AGAATATTAATAAA-TTAGT 632 GATAAACAAATT-TATTTTTTAAACTT-CTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTA-T * * 15738096 GTTACTTTATTCTGAAT 693 ATTATTTTATT-TGAAT * * * * ** * * 15738113 AAGATTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATAGCCATAATGACTTGAAATAA 1 AAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATA-TCATAACAATTTGAAATAG ** * * * * * * 15738177 ATAATTGTTCAAATTTTTATAACTAATTAAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTATTAAATCTC 64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC * * * * ** * * * 15738242 TT--T-TGAATTTTTAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTTTGAACAA-ACTTATATGAA 128 TTACTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGA-TTGTATAAA * * * ** * * * * 15738303 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* * * * 15739084 ATAGTCATAATTATTTGAACACGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTTTTAATT 254 ATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTTAAA-TCTTACTTATTAATT *** * * * * ** * 15739149 ATTGGAATATTAATAAGTTTATACTATTTTATTCAGAATAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTAT 317 -TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGT * * * * * * 15739214 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TAAACCT- 380 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAG-CAT-AA-CTA * * * * * * * 15739277 TTTGAATTTG-TTCGGTAAACAAACTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATATTTGGAATATT 442 TTTGAA-TTGATTCGGTAAACTAA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT * * ** * * * * * ** 15739341 AATAAATTAGCATTATTTTATTTCCAATAAGCCTATATAAACTA-ATACAATTGTTTTATGATGA 505 AATAAACTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGA-AAAATTATTTTATGACAA * * * ** * * 15739405 AAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTGTGATTATTTGAACATGTT 567 AACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAAC-TGTT * ** ** * * * ** * 15739469 CTATAAACGTATTTATTTTAAAAATATTTTACATATTAATTTATCAAAATATTAATAAATTAATA 631 CGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTTCTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTTATA * 15739534 TTATTTTAATTCGAAT 694 TTATTTT-ATTTGAAT * * ** * * 15739550 AAGCTTGTATGAACA-AAACTAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAA 1 AAGCTTGTATGAA-AGAAAC-AATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAG * * * * 15739614 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAGACT-TATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT 64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGT-TTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCT * * * *** * * * * * * 15739678 TTTACTTTTTAGTTTTTTGAATATTAATACAGTT-GTATTGTTTTAATTGAAATAAGCTTGTATG 127 CTTAC-TATTAATTTTCAAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTATA * * ** ** * * 15739742 AATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTGTAGCT-ATTTGAAATA-AGTAATTGTTC 190 AATAGAAACAATTGTTTTATGATGAAA-AAAAGGTCATA-ATAATTTGAAATAGA-TAATTATTC * * * * * * * * * * 15739805 AAATAATCATAACTATTTGAACTT-ATTCGATAAATAGATTCAATTTTTAAATC--CCTTATTAA 252 AAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTTAG-TAAACATATT-TATTTTTAAATCTTACTTATTAA *** * * * *** * * 15739867 TTTTTGGAATATTAATAAATTGAA-ATTATGTTATTCTGAATCAGCTTGTGCAAATAGAAACAAT 315 -TTTCAAAATATTAATAAATT-AATATTATTTTATT-TGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAAT * * * * * * * * * 15739931 TGTTTTGTAACAAAA-TAAAAGATCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTAGAAC 377 TGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAG-CATAAC * * ** * * * * * * 15739995 TATTT-ATACT-AGTTAGGCCAACAAATTCTTTTTTTAAATCTGTTATTTACTAACTTTT-AGAA 440 TATTTGA-ATTGA-TTCGGTAAACTAATT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AA * * ** * * * * 15740057 TATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCGATTAAGATTGTATTAATAGAAATAATTGTTTTATGA 501 TATTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTATTTTATGA * * ** * * ** * * 15740122 CAAACCAAATGGCCATAAC-ACTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTG 564 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACT- * * * * * 15740186 GTT-TAGTAAACAGATTTATTTATTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAA 628 GTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAACTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA * 15740247 TATTATTTTATTTCGAAC 692 TATTATTTTATTT-GAAT * * * * ** * 15740265 AAACTTATATGAACA-AAAGCATTTGTTTTA-AATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAG 1 AAGCTTGTATGAA-AGAAA-CAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAG * * * * * * * * 15740328 ATAATTATTCATATACTCCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCT 64 ATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTAAACT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT * * * * * * * * * 15740393 TTTAGTTATTAATTTTCATAATTTTATTATATTAGTATTTTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA 127 CTTA-CTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTATAA * * * * * * ** * * ** 15740458 AGATAAATAATTGTTTTATGGTAAAAGAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTTGAA 191 ATAGAAACAATTGTTTTATGATGAAA-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA * * * * ** * * 15740523 TAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAGTATATTTATTTTTTAGATCTCTTATTTATTAATT 255 TAGTTATGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTTA-A-ATCTTACTTATTAA-T ** * * * ** 15740588 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCTGAATAGACTTGTATGATGAAAAACAATTGT 316 TTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGT * * * * * * 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15741053 AGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTCAAACTAG-TTAGGCAAATACATTTATTTTTTAAAT 62 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GTTTA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAAT * * * * * 15741117 CT-TT-C-ACTAATTTTCATAATATT-TTAAATTAGTATTATTTT-TATTCGAATAAGTTTGTAT 125 CTCTTACTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGATTGTAT * * * * * * * * 15741177 -GATCAGAAACAATTGTTTTATGA-GAAAACCAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTC 189 AAAT-AGAAACAATTGTTTTATGATGAAAA-AAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTC * * * * * * 15741240 AAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTAGGAAAACA-ACTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTAT 252 AAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTTA-GTAAACATA-TTTA-TTTTTAAA--TCTTACTTAT ** * * * ** * * * 15741303 TAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTGTGAA-ATGAAAC 312 TAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAACTTGTATGAACA-AAAAC * * * * * * * 15741367 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAACCTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAG-TTA 374 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGA-TTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAGCAT- * * * * * 15741430 AATCTATTTGAACTT-ATTTGGTAAACAAATTAATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTT 437 AA-CTATTTGAA-TTGATTCGGTAAACTAATT-A-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTT * * * * * ** * 15741494 G-AATGTTAATAAATTACTATTATTTTACTTTGAATAAGATTGTATGAATTCAAATAATTTTTTT 497 GAAATATTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTATTTT * * * ** * * * * 15741558 ATGACTAAACAAAATGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGA 560 ATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGA * * * * * * * 15741623 ATTGGTTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAA--TCT-CGTATAAATTTTTGGAATATTATTAAA- 625 ACT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAACTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT * 15741684 TTAGTATTATTTTAATATGAAT 689 TTA-TATTATTTT-ATTTGAAT * * * * * * * ** * 15741706 AAACTTGTACGAAAAAAAACAATTTTTTTATAACAAAA-TAAAGGTCATAACAATTTGAGATAGA 1 AAGCTTGTATG-AAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGA * * * 15741770 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTGTTTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTC- 65 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTG-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT ** ** * * 15741834 T--TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATA 129 TACTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTATAAATA * * *** * * * * 15741897 GAAACCATTTGTTTGATGGCAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATATTTATTCAAAC 194 GAAA-CAATTGTTTTATGATGAAA-AAAAGGTCATAA-TAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT ** * * * * * * * * * 15741961 AGCCATAACTATTTGAATTTGCTCAATAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTT 256 AGTTATGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTT-AAA--TCTTACTTATTAA-TT *** * * ** * * * 15742026 TTGGAATATTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTTGAATATGCTTGTATGGACAGAAACAATTGGT 317 TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTT * * ** * * * * 15742090 GTATGAC-AAACATAGGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTT 381 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAG-CATAACTATTT * ** * * * * * 15742154 GAACATG-TTTAG-AAAATAGATTTATTTTTTTAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTTA 445 GAA-TTGATTCGGTAAACTA-A-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA * * * * * 15742217 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* * * * * 15742618 CAAAAATAATTTTTTTTATGATAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAA 192 TAGAAACAA-TTGTTTTATGATGAAA-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA * * * * * * * * * 15742683 TAGTCATAACTATTTGAATTTATTTCGTAAACAAAGTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATT 255 TAGTTATGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTT-AAA--TCTTACTTATTAATT * ** * * * 15742748 GTCTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAACTTGTATCAATAGAATAA-AATT 317 -TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTG-AATAAACTTGTATGAACA-AA-AACAATT * * * * ** * * 15742812 ATTTTATGACAAAAC-AAAAGATTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTATTTAAATAGTCATAACT 378 GTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAG-CATAACT * ** * * * * 15742876 ATTTAAACTTG-TTCAATAAAC-AGATTCAGTTTCTAAATCTCTTACTTATTAATCTTTGAAATA 441 ATTTGAA-TTGATTCGGTAAACTA-ATT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA * * * * * 15742939 TTAATAAAATAGAATTACGTTATTATGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTAGTGAC 503 TTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTATTTTA-TGAC ** * * * * 15743003 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15743402 ATCA-TCT-TAACTATTTAAA-TTGGTTCGGTAAATGA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGATAT 254 AT-AGT-TATGACTATTTAAACTT-GTTTAGTAAA-CATATTTA-TTTTTAAA--TCTTACTTAT * * * * * * * * * * * * 15743463 TAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAGCGTGTATTAAGATAAATA 312 TAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAACTTGTATGAACAAAAACA ** * * * * * * 15743528 ATCATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAA 375 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAAT-AGCATAA * * ** * * * 15743593 CTATTTGAACTGGTTTAGTAACCATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA 439 CTATTTGAATTGATTCGGTAAAC-TAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA * * * * * * 15743658 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGTTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAC 503 TTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAA-AATTATTTTATGAC * ** ** * * 15743722 AAAA-AAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTA 565 AAAACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACT- * * * * * * * * * 15743786 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* * * 15744188 TTTTAGAATATGATTAGTTTAGCA-ATT-TTTTCTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-ATTT 315 TTTCAAAATATTAATAAATTA--ATATTATTTTATTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATT * * * * * * 15744250 GTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAGATTAAA-AATTATTCAAATAGTCA-AATT 378 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGA-AATAAATAATTGTTAAAATAG-CATAACT * * * * * * * * 15744312 ATTTAAACTGGTTTGGTAAAC-AGATTTAGTTTTTCAA---TGT-CTTATTAATTGTTGAAATAT 441 ATTTGAATTGATTCGGTAAACTA-A-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT * ** * 15744372 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAA 504 TAATAAACTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTATTTTATGACAA ** * * * * * * * * 15744437 AACAAAATATCATATCAATTTGAAAGAGATAATAGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTATT 567 AACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAAC-TGTT * * * * * ** 15744502 CGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATGTTT-AGAATATTAATAAATTGGTA 631 CGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTTCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTATA 15744566 TTATTTTATTTTGAAT 694 TTATTTTA-TTTGAAT * * * * * * ** * * 15744582 AAGTTTGTATGATAGAAACAATTATTTT-TGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAAT 1 AAGCTTGTATGAAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGAT * * * * ** * * 15744646 AATTATTTAAATAGTCATAATTATTTAATTCTCCTT-GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTT 66 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA-ACTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT * * ** * * * * 15744710 ACTTATTAATTTT-AGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAGTAAGCTTTTATGAAT 130 AC-TATTAATTTTCA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTATAAAT * ** ** * * * 15744774 AGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAAGAGATAATTGTTCAAATA 193 AGAAACAATTGTTTTATGATGAAA-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA * * * * 15744839 GTCATAACTATTTGAAAC-TGTTTAG---A-AT-TAT-TTTTTAAATCTCTCACTAATTAATTTT 257 GTTATGACTATTT-AAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAATCT-T-ACTTATTAA-TTT ** * * * * ** * * 15744897 TGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTTTTTCCAAATAGGCTAGTATGAATTCAAAAAAAACTT 318 CAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT--GAATAAACTTGTATGAA--CAAAAACAA-TT * * * * * * * * * 15744962 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATA 378 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAG-CATAACTA * * * ** * * * 15745027 TTTGAACT-AGTTTGGCAAAGAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATT 442 TTTGAATTGA-TTCGGTAAACTAA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT * * * * *** * * * * * * 15745091 ATTAGATTAGTGTTATTTCATTCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTTTTTTATGATAGA 505 AATAAACTAGTATTATTT-ATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTATTTTATGACAAA * * ** * * * * 15745156 ACAAAAGGTTATAACAATTTCAAGTTTATAATGGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGAACTAGTTC 568 ACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACT-GTTC * * 15745221 GATAAACAAATTTTTTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAA-TTAGTATT 632 GATAAACAAATTTATTTTTTAAACTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATT * * 15745282 ATGTTATTCCGAAT 696 ATTTTATT-TGAAT * * * * * * * *** * ** 15745296 AAGTTTGAATGTTCAA-ATACAATTGTTATATGATGAAGCAAAGGGTAATAATGATTTGAAATAG 1 AAGCTTGTATG--AAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAG * * * * * * * * * * 15745360 ATAATTGTTCACATGGCCATAATTATTTGAACCGATTTGGTAAACATATTCATTTTTTAAATCAC 64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTG-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC * ** * * ** * * 15745425 TTATTTATTAAATTTT-GGAATATTAATAAACTAGTTTTATTTTATTTTGAATGAGCTTGTATGA 128 TTA-CTATT-AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTAT-A * * * * * * ** * * * 15745489 ACT-GAAATAATTGTTCTCTGATAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAACTGTTCAT 190 AATAGAAACAATTGTTTTATGATGAAA-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAA ** * * * * ** * * 15745553 ATAGTGGTAACTATTTGAA-TTGCCTTGGCGAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAA 254 ATAGTTATGACTATTTAAACTTG-TTTAGTAAACATATTTA-TTTTTAAA--TCTTACTTATTAA ** * * * * * ** 15745617 TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATT 315 -TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATT * * * * * 15745682 ATTTTATAACAGAAC---AA-T-ATAACAATTTGAAATAGATAATTG-T----T--CA-AAC-A- 378 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAGCATAACTAT * * * * * * * * 15745732 -GGAATTGGTTTGGTAAA-TGGATTTATTTTTAAAATATTCTACCTATTAATTTTTGAAATATTA 443 TTGAATTGATTCGGTAAACT--AATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA * * * * * * 15745795 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTTATATGTAA-A-AAACAATTGTTCTATGACAAA 506 ATAAACTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-AATAGAAA-AATTATTTTATGACAAA * * * * * 15745858 AGAAAA-ATTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATGACCATAATTATTTGAA-TCGA 568 ACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAG-TCATAACTATTTGAACT-G- * ** * * * * 15745920 TTAGATAAACTGACTTATTTTTTAAA-TCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAA 629 TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAACT-TCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA * * 15745984 CATTATTTTATTTCAAAT 692 TATTATTTTATTT-GAAT * * * * ** *** * 15746002 AAGCTTTTATGAACTGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGA 1 AAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGA * * * * * * * * * 15746067 AAATTGCTT-AAATCGTCATAATTATTTGAACTTTTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTTAATTTC 65 TAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGTTTA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC ** *** * 15746131 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* * * * * * 15750351 GATAATTGTTCTAATAGTCTTAGCTATTTGAATTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTT 63 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTG-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT * ** * * * * * * * 15750416 TTTGTTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTTGTAATATTTTAATT-AGAATATGCTTGTATG 127 CTT-ACTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGATTGTATA * * ** ** ** * 15750480 AACA-AAACAATTCTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCGTTCAT 190 AATAGAAACAATTGTTTTATGATGAAA-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAA * * * * * * * ** 15750544 ATAGTCT-TAATTGTTTGAACTGGTTT-G-ACAATTAGATTTATTTTTAAATTTTCTTGGTTATT 254 ATAGT-TATGACTATTTAAACTTGTTTAGTA-AA-CATATTTATTTTTAAA---TCTTACTTATT *** * * * * * * * * 15750606 AAGTTTTGGAATACTT-TTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAAGAGAACCA 313 AA-TTTCAAAATA-TTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAACTTGTATGAACAAAAACA * * * * * ** * * * 15750670 ATTGTTTGATGATAAAATAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAGTCAAA 375 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAG-CATA * * * * * * 15750735 ATTATTTGAAATGGTTTGGTAAA-TAGATTCACTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTCT-A 438 ACTATTTGAATTGATTCGGTAAACTA-ATT-ATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTT-TGA * ** * * * * * * * 15750797 AATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTTCAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTAT 499 AATATTAATAAACTAGTATTATTT-ATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTATTTTAT * ** * * ** * * 15750862 GAC--AA-AAAA-GTAATAATGATTTGAAATAAAATAATTGTTCGAATGGTTATAATTATTTGAA 562 GACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAA * * * 15750923 CTAGTTC-AGTAAATAGAA-TTATTTTCTAAA--TCT-CTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAA 626 CT-GTTCGA-TAAACA-AATTTATTTTTTAAACTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA * * 15750983 -TTAGTTTTATTCTATTTTGAAT 688 TTTA-TATTATTTTA-TTTGAAT * * * * * * 15751005 GCA-CTTGTATG--AG---C----------TGA-AATA-AAAA-GTCATAATACTTTGAAATAAA 1 -AAGCTTGTATGAAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGA * * * ** * 15751051 TAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTCAAC---------AA-AAGGTTA----TAACAAT-T-T 65 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTA-AATCTCT * * * * ** * * * 15751100 GA--AATAA--AT--AAATGTTAATAAATTAGTATTATAATATTTCGAATAAGTTTGTATGAACT 129 TACTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTAT-AAAT * * * * * * * ** 15751159 A-AAACAATTATTATATGGCT-AAACAAAATGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTTTAAT 193 AGAAACAATTGTTTTAT-GATGAAA-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT * * * * * ** 15751222 AGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACGTTTACTTTTTAAATC-T-CTTATTAATTTT 256 AGT-TATGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTACTTATTAA-TTT ** * * * * * * ** * * 15751284 TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAGTCGAATAAGCTTGGATGATTAGAAACAATTATTT 318 CAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT * * * * * * ** * * * * 15751349 TTTTAGAAAA-AAATA-TCATAA-TATTTGAGATTGATATTTGTTCAAACAGTCATAATTATTTG 382 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAG-CATAACTATTTG * * * * * 15751411 AACT-AGTTTGGAAAAC-AATTTTAGTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAG 446 AATTGA-TTCGGTAAACTAA--TTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA ** * * * * * * ** * * * 15751473 TAAGGTAGTATTGTTTTATTTCGAATAAGTTTCTATGAATTGAAGCAATTGCTTTATGATAGAAT 507 TAAACTAGTATT-ATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA-AAATTATTTTATGACAAAAC * * * * * 15751538 AAAAGGTCATAACGACTTT-AAATAGTTAGATCGACTATTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACT 570 AAAAGGTTATAAC-AATTTGAAATAGATA-AT----TGTTCAAAAAGTCATAA-CTATTTGAAC- * ** * * * * 15751601 TGTTAGGCAAACAGATTTATTTTTTTAAA-TCTCTTGCTCATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA 627 TGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAACT-TC-TACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA 15751664 -TTAGTATTATTTTATTTTGAAT 688 TTTA-TATTATTTTA-TTTGAAT ** * * * * * * * ** * 15751686 AAGCTTGTATGGATTGAAATAATTGCTTTATAACTAAAA-ACATTTTGCAGAATGATTTAAAATA 1 AAGCTTGTAT-GAAAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAATAT-CATAACAATTTGAAATA * * * * * 15751750 GATAATTGTTCTAATAGTC-TCAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATC 63 GATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTAAACT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC * * *** * * * * 15751814 TTTTACTTATTCATTTTTGGAATATTATTAAAGTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATG 126 TCTTAC-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTAT- ** ** * * * * * 15751879 AAA-AGAAGTAATTGTTTTAT-AACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAGATAAATAATTGTTCA 189 AAATAGAAACAATTGTTTTATGATGAAAA-AAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCA * * * * * ** * * 15751942 AATAGTCATAACTATTTGAGCTAT-TTCAAAAAATATATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATAT 253 AATAGTTATGACTATTTAAACT-TGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTTAAA--TCTTACT--TAT * * * ** * * 15752006 TAGTTTTCAAACTATTAATAAATTAATATTATTTTGTTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACA 312 TA-ATTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACA * * * * * * 15752071 ATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GAATAA- 375 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAGCATAAC * * * ** * * 15752134 -ACTTG--TT-A---AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCATACCTATTAA-TTTTCAGAATA 440 TATTTGAATTGATTCGGTAAAC-TAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATA * * ** * * * * 15752191 TTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATTAATAGAAATAATTGTTTTATGATA 503 TTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTATTTTATGACA * * * * * * ** * 15752256 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AAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAT-TTCAGT 219 AAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACT-TGTTTAGT * * * * * * * * 15752717 AAATAGATTTAGATTTTAAATC-T-GTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTT 283 AAACATATTTA-TTTTTAAATCTTACTTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT ** * * * * * * * * * ** 15752780 ATTTTGAATAATTTTGCAAGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAGAAGGTTATAATAATT 346 A-TTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATT * * * * * * 15752845 TGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTG-TTCGATAAGC-AGATTTATTT 410 TGAAATAAATAATTGTTAAAATAG-CATAACTATTTGAA-TTGATTCGGTAAACTA-A-TTATTT ** * * * 15752908 TTT-AATCTCCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTATGAATAA 471 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAACTAGTATTA-TTTATTTTGAATAA * * * * * * * * 15752970 ACTTGTGTGAATAGAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTAAAATAAATA 534 GCTTGTATGAATAGAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATA * * * * * * * * 15753035 ATT-TTCAAACAGTTATAACTATTTGAGCTTATTTGGTATAC--A--TATTTTTTAAATCTTTTA 598 ATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTTCTA * * 15753095 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATTATATTATTTTATTTCGAAT 661 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT-GAAT * * * ** * * ** * * 15753144 ACGCTTGTATGAATA-AGAACTATCAG-CCTATAACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTAAAATA 1 AAGCTTGTATGAA-AGA-AACAAT-TGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATA * * * * * * * * 15753207 GATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAACATGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTAAAATTT 63 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT * * * * * * 15753272 TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATATTA-TTCAGTATAAGCTTGTAT 127 CTTAC-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGATTGTAT * * ** * * * 15753335 GAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTCA 189 AAATAGAAACAATTGTTTTATGATGAAA-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCA * * * * * * * 15753400 AATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTTTGTAAA-TTGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTA 253 AATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAT-ATTTA-TTTTTAAA--TCTTACTTATTA * * * * * ** * 15753463 ATTTTCAAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACCGATACAAT 314 A-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAAT * ** * * * * * * * * 15753528 TGTTTTATTATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACT 377 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAG-CATAACT * * * * * * ** 15753593 TTTTGAACTTG-TTTGGTAAA-TATATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTAACTGTCAAAATA 441 ATTTGAA-TTGATTCGGTAAACTA-A-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA * * * * * * * 15753656 TTAATAAACTAATATTATTT-TAATTGAACAAGCATGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACA 503 TTAATAAACTAGTATTATTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTATTTTATGACA * * * * ** * 15753720 AAA-ATAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTTAT 566 AAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAAC-TGT * * * * 15753783 TC-AGTAAACAAACTTATTTTTTAAATCTTTTTACTTATTAATTGTCT-AAATGA-TAATAAGTT 630 TCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAA-C-TTCTACTTATTAATT-TTTGAAAT-ATTAATAAATT ** * 15753845 GGTATTATTTTAATTGAAAT 690 TATATTATTTTATTTG-AAT * * * * * ** * ** 15753865 AAGCTTGTAGGAATAGAAA-ATTTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATGGCAATTTGAAATAG 1 AAGCTTGTATGAA-AGAAACA-ATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAG * * * * * * * * * 15753929 GTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTCAATTTTTAAATATT 64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC * * * * * * * * * 15753994 TTATTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCTAATAGGCTTGTATGAA 128 TTA-CTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTATAAA * * * * 15754059 TAGAAACAATTGTTTCATGATAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT 192 TAGAAACAATTGTTTTATGATGAAA-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT * * * * * ** * * * 15754124 AGTCATAACTATTTGCAA--TGGTCAGGCCAATAGATTCATTTTTTAAATTCGTTACTTATTAAT 256 AGTTATGACTATTT-AAACTTGTTTA-GTAAACATATTTA-TTTTTAAA-TC-TTACTTATTAAT * * ** * * * * * 15754187 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15754573 AAGCTTGTATGAACATAAATAACTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGACTTGAAATATA 1 AAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGA * * * * ** * 15754638 TAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAAC--A--GA-----T-AATCTCT 65 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT ** * * * * 15754693 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAATTAGGCTTGTAT-GA 129 TAC-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGATTGTATAAA ** * * * ** 15754756 T-GAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAA 192 TAG-AAA-CAATTGTTTTATGATGAAA-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAA * * ** * * * * 15754820 GTGGCCATAACTATTTGAAC-CGATTT-GATAAAC-TGATTTATGTTTTAAAT-TTCCAACTTCT 254 ATAGTTATGACTATTTAAACTTG-TTTAG-TAAACAT-ATTTAT-TTTTAAATCTT---ACTTAT ** * * * * * * * * 15754881 TAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTGTTTTGGATTAGCTTTTATGAAATAAAAAA 312 TAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTGAATAAACTTGTATG-AACAAAAAC * * * * * * 15754946 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* * *** * * * 15755348 ATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTCCGGTAAATAGATTTAGTTTTT-AATCTC 64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC ** * 15755412 -T--TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAA 128 TTACTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGATTGTATAAA * * 15755473 CAAAAACAATTGTTTTAT 192 TAGAAACAATTGTTTTAT 15755491 TACAAAACAA Statistics Matches: 18733, Mismatches: 4194, Indels: 3076 0.72 0.16 0.12 Matches are distributed among these distances: 667 3 0.00 668 116 0.01 669 12 0.00 670 3 0.00 671 32 0.00 672 117 0.01 673 68 0.00 674 124 0.01 675 237 0.01 676 106 0.01 677 41 0.00 678 109 0.01 679 16 0.00 680 11 0.00 681 178 0.01 682 60 0.00 683 13 0.00 684 17 0.00 685 147 0.01 686 185 0.01 687 8 0.00 688 61 0.00 689 9 0.00 690 42 0.00 691 68 0.00 692 234 0.01 693 123 0.01 694 18 0.00 695 98 0.01 696 122 0.01 697 213 0.01 698 287 0.02 699 111 0.01 700 75 0.00 701 94 0.01 702 164 0.01 703 163 0.01 704 253 0.01 705 223 0.01 706 553 0.03 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AAGCTTGTATGAAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGAT AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA CTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGATTGTATAAATAGA AACAATTGTTTTATGATGAAAAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA TGACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAATCTTACTTATTAATTTCAAAATAT TAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAA ACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTAAAATAGCATAACTATTTGAATTGATTCG GTAAACTAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTAT TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAAT TTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTGTTCGATAAACAAATTTATTTTT TAAACTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAT Found at i:15733024 original size:344 final size:344 Alignment explanation

Indices: 15732395--15733029 Score: 750 Period size: 344 Copynumber: 1.8 Consensus size: 344 15732385 ACAGATTTAT * 15732395 TTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTCATATTATTTTGTTTTGAATA 1 TTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTCATATTATTTTATTTTGAATA * * * * * 15732460 GGCTTATATAATGAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCACAACAATTTGAAATAGAT 66 AGCGTATATAATGAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAGAT * * * * * 15732525 AATTGTTTAGATGGCCATAATTATTTAAACTGATTTGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCCTCA 131 AATTGTTTACAT-GCCATAAATATTTAAACTGATTAGACAAACTAATTTAATTTTTAAATCCTCA * * * * * 15732590 ACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGTAAT 195 ACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAAAT * * * * 15732655 GAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAAATGATCATAATTATTAGAA 260 GAAACAATTATTCTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAAATGATCATAATTATTAGAA 15732720 CTGGTTAGTAAACATAATTA 325 CTGGTTAGTAAACATAATTA * * * * * 15732740 TTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTTCT-AAT 1 TTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTCATATTATTTTATTT-TGAAT * * * 15732804 AAGCAAGTATGTATTG-AAAA-AA-TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA 65 AAGC--GTATATAATGAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATA * * * 15732866 GATAATTGTTCATACAT-TCTTAACAT-TTTGAACT-AGTTAGACAAA-TAAATTTAATTTTTAA 128 GATAATTGTT--TACATGCCATAA-ATATTTAAACTGA-TTAGACAAACT-AATTTAATTTTTAA * * * * * * * 15732927 AT-CTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA 188 ATCCTC-AACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA * 15732991 TATGAACAT-AAATAATTATTCTATAACAAAACAAAAGGT 252 TATGAA-ATGAAACAATTATTCTATAACAAAACAAAAGGT 15733030 TTTATTTTGT Statistics Matches: 241, Mismatches: 39, Indels: 21 0.80 0.13 0.07 Matches are distributed among these distances: 343 5 0.02 344 156 0.65 345 64 0.27 346 9 0.04 347 7 0.03 ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.43 Consensus pattern (344 bp): TTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTCATATTATTTTATTTTGAATA AGCGTATATAATGAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAGAT AATTGTTTACATGCCATAAATATTTAAACTGATTAGACAAACTAATTTAATTTTTAAATCCTCAA CTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAAATG AAACAATTATTCTATAACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAAATGATCATAATTATTAGAAC TGGTTAGTAAACATAATTA Found at i:15733658 original size:134 final size:135 Alignment explanation

Indices: 15733415--15733659 Score: 341 Period size: 134 Copynumber: 1.8 Consensus size: 135 15733405 TTTTAAATAG * * * * * 15733415 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAACTC 1 ATAATTGTTCAAATAATCACAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAACTC * * 15733480 TTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATATGCGTTTATAAA 66 TTGCTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGGATATGCGTTTATAAA 15733545 TTGAA 131 TTGAA * * 15733550 ATAATTGTTCAAATAATTACAACTATTTGAACTTATTTGATAAACATA-TT-TTTTTTTAAATCT 1 ATAATTGTTCAAATAATCACAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CT * * * * * 15733613 TTTGCTCATTAATTTTCCAAATGTTAATACATTTGAATTATTTTATT 65 CTTGCTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATT 15733660 CCAAATAAGC Statistics Matches: 95, Mismatches: 14, Indels: 3 0.85 0.12 0.03 Matches are distributed among these distances: 133 10 0.11 134 44 0.46 135 41 0.43 ACGTcount: A:0.35, C:0.08, G:0.08, T:0.49 Consensus pattern (135 bp): ATAATTGTTCAAATAATCACAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAACTC TTGCTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGGATATGCGTTTATAAA TTGAA Found at i:15734172 original size:181 final size:179 Alignment explanation

Indices: 15733550--15737165 Score: 2180 Period size: 181 Copynumber: 20.2 Consensus size: 179 15733540 ATAAATTGAA * * * * * * 15733550 ATAATTGTTCAAATAATTACAACTATTTGAACTTATTTGATAAACATATTTTTTTTTAAATCTTT 1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTTT * * * * * * * * * * 15733615 TGCTCATTAATTTTCCAAATGTTAATACATTTGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAGATA 66 TACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-A * * * * * * 15733680 TGAAATA-AA-TATTTTAGGACTAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAG 129 -CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAG * * ** ** * * * * 15733730 ATAATTATTCTAAGGGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCT-ACAAGCACATTTATTTTTTAAAAT- 1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT-TGATAAACAAATTTA-TTTTT-AAATC * * * * ** ** * * 15733793 TTTCACTTACTAATTTTGTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCGGGTAAACTTTTAT 63 TTTTACTTATTAATTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTAT * * * * * * * 15733857 GATCATAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCTTAACGATTTGAGATTG 126 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAG * * * * 15733910 AAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGAT-AACAAATTTATTTTTTAAATC-T 1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTT * * 15733973 ATACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAT 65 TTACTTATT-AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA- * * * 15734038 AAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTCAAATAG 128 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAG ** * * * * * 15734090 ATAATCATTCAAAT-GGCAATAATTATTTTAACTGATTTAATAAACAAATTTATTTTTAAAATTT 1 ATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTT-AAATCT * *** * * 15734154 TTTACTTATTAATTTTGAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTGTCCAAGTTTGCACT 64 TTTACTTATTAATTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTA-T * * * * * * * * * 15734218 -AACTAAAACAATTGTTTTATGATAAATCGAATGGTTATAATGATTTTAAACAG 126 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAG * * * * ** ** * 15734271 ACAATTGTTCATATAGTAATAACTGTTTGAACTTG-TTCAATAGGCAGATTTATTTTTTAAAATC 1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGATAAACAAATTTA-TTTTT-AAATC * * * * ** 15734335 TCTTTTCATTATTACTTTTTCG-AATGTT-ATAAATTAGTATTAATTTATTTTAAATAAGCTTGT 63 T-TTTAC-TTATTA-ATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT * * * * * * * * 15734398 ATGACCTAAAACAATTGTTTGATAACTAAATAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAG 124 ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAG ** * * * * * 15734454 ATAATCATTCTAATAGTCTTAACCATTTAAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC 1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTT * * * 15734519 TTA-TTATT--TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTACGAAC 65 TTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC ** * 15734581 -AAAACAATTGTTTTACAATAAAACAAAAGATCATAAT-AGTTTGAAATAG 130 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA-TTTGAAATAG * * * * * ** ** * * * 15734630 ATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTCAACTGGTTTGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTT 1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTTT ** ** * * ** ** 15734695 TGGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAAATAATATGA 66 T-ACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA * * * * * * * 15734759 ATAGAACCAATTATTTTATGACAAAATTAAATG-TTATAATGATTTGAAATAG 128 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAG * * * * * ** * * 15734811 ATGATTATTCAAATAGTCAGAACTATTTGAATTGATTTGGTAAGTAGATTTACTTTTTAAATCTC 1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTT * * * * * * * * 15734876 TTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTTGAACAAACTTATATTAA 65 TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA * * ** * 15734941 CAAAAATAATTATTTTATGACAAAACATAAAG-T-AGTAACAATTTGAAATCG 129 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGATCA-TAATGATTTGAAATAG * ** * * ** 15734992 ATAGTTGTTCAAATAGTTTTAATTATTTGAACT-AGTTTGGTAATTAGAA-TTATTTTCTAAATC 1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTGATAAACA-AATTTATTTT-TAAATC * * * * * 15735055 TCTTA--TA-AAATTTTGAAATATTAA-AAATTAGTTTTATTCTA-TTCTAAATAAGCTTGTATG 63 TTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATG * ** * * * ** * 15735115 AGCTGAAATAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAA 127 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAT-AG * * * * ** * ** 15735169 ATAATTGTTCATATAATCTTAACTATTTGAAC-CAGTTCAACAAACGGATTTATTTTTTAAATCT 1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCT * * * * 15735233 CTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATG 64 TTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATG * * * * * * *** 15735297 AATAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAG 127 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAG * * * * * * 15735350 ATAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACT-AGTTCGATAAACAGATATATTTTTTAAT-TT 1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTT * * ** 15735413 TT--TTATTACTTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGTT 65 TTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA * * * * 15735476 GAAAAACAATTGTTTTATGACACAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAG 129 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAG * * * * * * * 15735527 ATAGTTGTTCAAAT-GACCATAATTATTTGAACTAATTTGAAAAACTAATTTATTTTTAAATCTC 1 ATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTT * * * * 15735591 TTACTTATTAGATTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-GGATAAGATTTTATGAA 65 TTACTTATTA-ATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA * * * * 15735655 CTAAAAC-ATTTTTTTATGACAAAACAAATGGTC------A--T-AAATAG 129 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAG * * * * * 15735696 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGA-AAATAGATTTATTTTTTCAAAAC 1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGATAAACAAATTTA-TTTTT-AAATC * * * * 15735760 TTGTGCTTATTAATTTTTCG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTA 63 TTTTACTTATTAA-TTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTA ** * * * * * ** 15735823 TGAACTGAAACAATTATTGTATGA-ATAAACAAAAGGTTAGAGCGATTTGAAATAG 125 TGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAG * * * * * * * 15735878 ATAGTTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTG-GTTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATC- 1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGA-TAAACAAATTTA-TTTTTAAATCT * * * * * 15735941 --T-CTTATTAATTTTTGGAATATT-ATCAAGTTAGTAATATTTT-TATCTGAATAAGCTTATAT 64 TTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTAT ** * * * * 15736001 GTTCAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTG 126 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAG * * * * * ** 15736054 ACATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTGGTTTGGA-AAATAGCTTTAGTTTTTAAATCT 1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTT-GATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCT * * * * * ** * 15736118 CTTGCTTATTAATCTTTGAAATATTAAAAAAATAGTATCATTTT-TTTC-AGATAATTTTTTATG 64 TTTACTTATTAAT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATG * * * * ** * 15736181 AACTAAAACAATTGTGTTATGACAAAAAAAAAAAGGTCATAACAACTTTAAAATAG 127 AACAAAAACAATTGTTTTATGAC--AAAACAAAAGATCATAATGA-TTTGAAATAG * * * * * * * * 15736237 ATAATTATTTAAACAATCGA-ATCTATTTAAACT--TGTTCAGTAAA-AAGATTCATTTTTTTCA 1 ATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGAT-TTGA-TAAACAA-ATT--TATTTTT-A * * * * * 15736298 AATCTCTTGCTCATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT 59 AATCTTTTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT * * * * * * 15736362 GTATGAACTAAAATAATTATTTTATAACTAAACAAAA-AGTCAGAATGATTTGAAATAG 122 GTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAG ** ** * * * * ** * * * 15736420 ATAATAATTTTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGACAATTACATTT-TTTTAAAATCTCT 1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTTT * * * * * 15736484 TAC-TA--ATTTTTGGAATATTATTGAATTAGTATTATCTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAA- 66 TACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC * * * 15736544 AGGAAACAATTGTTTTATGAC--AACATAAAGATCATAATAATTTGAGATAG 130 A-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGATCATAATGATTTGAAATAG * * * 15736594 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACT-ATTTTGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATC- 1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCT * * * * * * ** * 15736657 --T-CTTATTAATTTTCAAAACATTAACAGATCAATATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGCATG 64 TTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATG * * * * * 15736718 AACATAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-AGTCATAACGATTTCAAATAT 127 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAG * * * * * * * 15736771 ATAATTGTTCAAATGGACATAACTATTTAAACTTG-TTCGGTAAATAGATTTATCTTTTTAAATC 1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGATAAACAAATTTA--TTTTTAAATC ** * * * * * 15736835 TCCTACATATTAATTTTCCAAATATTAATAAAATACTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTAT 63 TTTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTAT * * * * * * * 15736899 GAATAGAGATAATTGTTTAATGATAAAACGAAAGATCATAACT-ATTTGAAATCA- 126 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAAT-AG * * * * * * 15736953 ATAATTGTTCAAACAGTCGTAACGATATGAACTTG-CTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAAAAT- 1 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* * * 15745102 GTTATTTCATTCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTTTTTTATGATAGAACAAAAGGTTA 1 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAA-TTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCA * * ** * * ** * * * 15745167 TAACAATTTCAAGTTTATAATGGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAAT 65 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGAT * * * * ** 15745232 TTTTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATGTTATTCCG 130 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG * ** * * * ** * * * ** 15745293 AATAAGTTTGA-ATGTTCAAATACAATTGTTATATGATGAAGCAAAGGGTAATAATGATTTGAAA 195 AATAAGCTT-ATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGTAGTAACAATTTGAAA * * * * * * * * 15745357 TAGATAATTGTTCACATGGCCATAATTATTTGAAC-CGATTTGGTAAACA-TATTCATTTTTTAA 258 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGAAAATAGAATT-A-TTTTTAA * * * 15745420 ATCACTTATTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAACTAGT 320 AT--C-T-CTTA-TAAATTTTGAAATATTAA-AAATTAGT * * * * * * * * 15745460 TTTATTTTATTTTGAATGAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTCTCTGATAAAACAAAATGTCA 1 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ATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTC ** * * ** * * * 15750874 ATAATGATTTGAAATAAAATAATTGTTCGAATGGT-TATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATA 64 ATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAATCT-TAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACA * * * * * 15750938 GAATTATTTTCTAAATCTCTTA--TA--AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATT 127 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT * * * * * * 15750999 TTGAATGCA-CTTGTATG------AGC----------TGA-AATA-AAAAGTCA-TAATACTTTG 192 TTGAAT-AAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGT-AGTAACAATTTG * * * * * * 15751044 AAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTCAAC---------AAA-AG-GTTA---TAAC 255 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAATAGAATTATTTTTA- * *** * 15751095 AATTTGAAATAAA---T-AAATGTTAATAAATTAGT 319 AATCTCTTATAAATTTTGAAATATTAA-AAATTAGT ** * * * * * * * 15751127 ATTATAATATT-TCGAATAAGTTTGTATGAACTAAAACAATTATTATATGGCTAAACAAAATGTC 1 ATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT-TATGACAAAACAAAAGGTC * ** * * ** * **** 15751191 AAAATGATTTAAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACG 64 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACA-G * * * * 15751256 -TTTACTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAG 128 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T * ** ** * * * * * 15751315 TCGAATAAGCTTGGATGATTAGAAACAATTATTTTTTTAGAAAA-AAATA-TCA-TAA-TATTTG 192 TTGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGT-AGTAACAATTTG * * * * * * * 15751376 AGATTGATATTTGTTCAAACAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGGAAAACA-ATTTTAGTTTTT 255 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAATAGA-ATTA-TTTTT * * ** 15751440 AAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAGGTAGT 318 AAA--TC-T-CTTA-TAAATTTTGAAATATTA-AAAATTAGT * * * * * * * * * 15751482 ATTGTTTTATT-TCGAATAAGTTTCTATGAATTGAAGCAATTGCTTTATGATAGAATAAAAGGTC 1 ATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTC * * * * * * * 15751546 ATAACGACTTT-AAATAGTTAGATCGACTATTCAAATAGTC-AAATCTATTTGAACTTGTT-AGG 64 ATAAC-AATTTGAAATAGATA-AT----TGTTCAAATAATCTTAA-CTATTTGAACTAGTTCA-A * * * * * 15751608 CAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTA 121 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA * * *** * ** * *** * 15751673 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGATTGAAATAATTGCTTTATAACTAAAAACATTTTGCAG-A 185 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGAC--AAAACA-AAAGTAGTA ** * * * ** * * * * 15751737 ATGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC-TCAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAACACATT 247 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTAGTTTGGAAAATAGAAT * * * * * 15751801 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTCATTTTTGGAATATTATTAAAGTAGT 311 TA-TTTTTAAATC---T-CTTA-TAAATTTTGAAATATTA-AAAATTAGT ** ** * * * 15751851 ATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTATGAAAAGAAGTAATTGTTTTATAACAAAA-TAAAGATC 1 ATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTC ** * * * * * * * * * 15751914 ATAATGATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTATTTCAAAAAATATA 64 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGA * * * * 15751979 TTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TTAAT-ATTAGTTTTCAAACTATTAATAAATTAATATTATTTTG 129 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT--TTTT-AAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTA ** ** * * * 15752042 TTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCA-TAACAATT 190 TTTTGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GT-AGTAACAATT * ** * * * * 15752106 TGAAATAGATAATTGTTCAAAT-G----AA-TA----AACTTGTTAAGTAAACATATTTATTTTT 253 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAATAGAATTA-TTTT * * 15752161 TAAATCTCATACCTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGT 317 TAAATCTC-T---TATAAATTTTGA-AATATTAA-AAATTAGT * * * * * * * 15752204 ACTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTATTAA-TAGAAATAATTGTTTTATGATAAAGCAAAAGAT 1 ATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGT * * * * * * * * ** * 15752267 CATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAATTAGTCATAATTATTTGAACTTGCTT-GGTAAATA 63 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCTTAACTATTTGAACTAG-TTCAATAAACA * ** * * ** 15752331 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATATACTT-GTATTATTTTGC 127 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTAT * * * * ** * * 15752395 TTTGAAT-A-CTTATGTACGAATAGAAACATTTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTTA-TAACTA- 191 TTTGAATAAGCTTA--TATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-G-TAGTAACAAT * * * * * * 15752456 TTGAAATAAATAATAGTTTAAATAGTCATACCTATTTGAA-TGTGTTTTATGAAAAAATAGTCTT 252 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AG--TT-TG-GAAAATAG---- * * * * * 15752520 AACTATTTGAGCTGATTTGGCAAA-CACAATTATTTTTTAAATATCTT-ATTAATTTTTGGAATA 308 -A--A-TT-A--T--TTT--TAAATCTC--TTA-----TAAAT-T-TTGA--AA-TATT-AAAAA * 15752583 TTATT 349 TTAGT * * * * * ** * * * * * 15752588 AAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAAAAGCAATAATTATTTTATAACAAAA-T 1 --ATTA-TTTTATTCTAA-ATAAG----CTTGTATGAACTGAAACAATT-GTTTATGACAAAACA * * * * * * * * 15752652 AAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTATTTCAGT 57 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTCAAT * ** * * * * 15752717 AAATAGATTTAGATTTTAAA--TC-T-GTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATCAGTATTATT 122 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT ** ** * * * * * * 15752778 TTATTTTGAATAATTTTGCAAGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAGAAGGTTA-TAATA 187 TTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACA-AAAG-TAGTAACA * * * * * ** * 15752842 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTG-TTCGATAAGCAGATTTAT 250 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGA-AAATAGAATTAT * * * * 15752906 TTTTTAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTAGT 314 TTTTAAATCT-CT---TATAAATTTTGA-AATATTAAAAATTAGT * * * * * * 15752951 ATTATTTTATTATGAATAAACTTGTGTGAA-TAGAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAGATC 1 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTC * * * * * * *** * 15753015 ATAACTATTTAAAATAAATAATT-TTCAAACAGT-TATAACTATTTGAGCTTA-TTTGGTATAC- 64 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCT-TAACTATTTGAAC-TAGTTCAATAAACA * ** 15753076 -A--TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATTA-TATTATTTTAT 127 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAT * * * * * * * *** * * 15753137 TTCGAATACGCTTGTATGAATAAGAACTATCAGCCTATAACAAAACAAAAGGTCA-TAACTATTT 191 TTTGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GT-AGTAACAATTT * * * * ** * 15753201 AAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAAC-ATGTTCAGAAAACA-AATTTATTTT 254 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTTGGAAAATAGAA-TTATTTT * * * 15753264 TAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-T 317 T-AAA---TCT-CTTATAAATTTTGA-AATATTAA-AAA-TTAGT * * * 15753308 ATTATATTATTC-AGTATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT 1 ATTATTTTATTCTA-AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGT ** * * * * *** ** 15753371 CATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTC-AAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAATTG 63 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCTTAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAG * * * 15753435 ATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTCAAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATT 128 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT * ** * * * ** * 15753499 TTGAATAAGCCTATATGAACCGATACAATTGTTTTATTATGAAACAAAAGGTCA-TAACAATTTA 192 TTGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GT-AGTAACAATTTG * * * * * * * * 15753563 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTTTTTGAACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTAA 255 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAATAGAATTATTTTT-A * * ** * * 15753628 AATCTTCTACTTATTAACTGTCAAAATATTAATAAACTAAT 319 AA---TCT-CTTA-TAAATTTTGAAATATTAA-AAATTAGT * * * * ** * * * 15753669 ATTATTTTAAT-TGAACAAGCATGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAA-ATAA-GTCA 1 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCA * * ** * * * 15753731 TAACAATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAAA 65 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCTTAACTATTTGAAC-TAGTTCAATAAACAGA * * * * * * * 15753795 CTTATTTTTTAAATCTTTTTACTTATTAATTGTCTAAATGA-TAATAAGTTGGTATTATTTTA-A 129 TTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTTAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT * * * ** * ** 15753858 TTGAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAAA-TTTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTA-TGGCAATT 192 TTG-AATAAGCTTATATGAACA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-G-TAGTAACAATT * * * ** * 15753921 TGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACA-AATTCAATT 253 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGA-AAATAGAATT--ATT * * * * 15753984 TTTAAATATTTTATTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGA 315 TTTAAATCTCTTA--TA--AATTTTGA-AATATTAA-AAATTAGT * * * * 15754029 ATTATGTTATTCCT-AATAGGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTCATGATAAAATAAAAGGT 1 ATTATTTTATT-CTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTT-ATGACAAAACAAAAGGT * * * *** * 15754092 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCAA-T-GGTCAGGCCAAT 63 CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCTTAACTATTTG-AACTAGTTCA-ATAAAC * * 15754155 AGATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAA--TTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTT 126 AGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT * * * * * * * * 15754217 ATTTCGAATAAGAC-TATATCAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGGTCA-TAACGA 189 ATTTTGAATAAG-CTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGT-AGTAACAA * * * * * * * * 15754280 TATGAAATAAATAATTGTT-AAATTA-TTATAACTAATTAAACTGGTTTGGTAAACA-AATTTAT 251 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* * * 15755093 ATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTAAA-TAAAGGTCA 1 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCA * * * * * * ** * * 15755157 GAACGATTT-AAGATAGATAATTATTCTAGTAGTCTTAACTATTTGAACT-GATTCAGCAAATAC 65 TAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAATCTTAACTATTTGAACTAG-TTCAATAAACAG * ** * * * 15755220 ATTTATTTTTT-AATCTCTTA--TA--AA-TTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACT 128 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT ** * * * ** * * * * 15755279 CCGAATAAGTTTGTATGGACAAAAACAATTGCTTTGTGATAAAAC-AAAGATCA-TACCGATTTG 192 TTGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-T-AGTAACAATTTG * * * * * ** * * 15755342 AGATTGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTCCGGTAAATAGATTTAGTTTTT- 255 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAATAGAATTA-TTTTTA * * 15755406 AATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGT 319 AATCTCTTATAAATTTT-GAAATATTAA-AAATTAGT ** ** * * 15755443 ATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGATCA 1 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCA 15755508 TAA 65 TAA 15755511 TGTTTATTTA Statistics Matches: 16195, Mismatches: 3828, Indels: 2968 0.70 0.17 0.13 Matches are distributed among these distances: 307 3 0.00 308 11 0.00 309 11 0.00 310 1 0.00 311 2 0.00 312 11 0.00 313 68 0.00 314 8 0.00 315 18 0.00 316 105 0.01 317 26 0.00 318 12 0.00 319 9 0.00 320 10 0.00 321 9 0.00 322 16 0.00 323 9 0.00 324 21 0.00 325 12 0.00 326 8 0.00 327 11 0.00 328 10 0.00 329 36 0.00 330 14 0.00 331 154 0.01 332 37 0.00 333 23 0.00 334 5 0.00 335 68 0.00 336 71 0.00 337 119 0.01 338 7 0.00 339 21 0.00 340 84 0.01 341 85 0.01 342 80 0.00 343 148 0.01 344 340 0.02 345 83 0.01 346 72 0.00 347 140 0.01 348 81 0.01 349 205 0.01 350 256 0.02 351 315 0.02 352 256 0.02 353 298 0.02 354 322 0.02 355 565 0.03 356 723 0.04 357 1377 0.09 358 1657 0.10 359 1129 0.07 360 1020 0.06 361 1211 0.07 362 1654 0.10 363 1225 0.08 364 452 0.03 365 310 0.02 366 182 0.01 367 68 0.00 368 53 0.00 369 146 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Indices: 15737179--15747584 Score: 7516 Period size: 181 Copynumber: 58.1 Consensus size: 181 15737169 TATAGAAAAC ** * * * 15737179 ATATTAATAAATGTA-TATTATTTTATTCAAAATAATCTTGTATGAACATAAACAATTATTTTAT 1 ATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT * * * * 15737243 GACACAAA-AAATGGTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGAA 65 GACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA * * * * * * 15737307 CTTGTTTGATAAACATATTCATATTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTGGGA 129 CTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA * * * * * * * * 15737360 GTATTAATAAACTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTA-ACACAATTGTTTTGT 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTAT ** * * * 15737424 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC 65 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC * ** * * * 15737489 TTGTTT-AGTAAACATATTTATTTTGAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAA 130 TTGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA * * * 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AACTTATTTGGTAAACAAATTAATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTG-A 127 AACTTGTTTGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAA * * * *** * * 15741496 ATGTTAATAAATTACTATTATTTTACTT-TGAATAAGATTGTATGAATTCAAATAATTTTTTTAT 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT * * * * * * * 15741560 GACTAAACAAAATGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA- 65 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC * * * * * 15741624 TTGGTTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCGTA--TA--AATTTTTGGA 130 TT-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA * * * * * * * * * 15741673 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAACTTGTACGAAAAAAAACAATTTTTTTATA 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG * ** * * * 15741738 ACAAAA-TAAAGGTCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAAC- 66 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT * * * ** 15741801 TGTTTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAA 131 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Indices: 15737179--15755512 Score: 9991 Period size: 539 Copynumber: 34.2 Consensus size: 536 15737169 TATAGAAAAC ** * * * 15737179 ATATTAATAAATGTA-TATTATTTTATTCAAAATAATCTTGTATGAACAT-AAACAATTATTTTA 1 ATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATG-A-ATGAAAAAATTGTTTTA * * * * * 15737242 TGACACAAA-AAATGGTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGA 62 TGACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGA * * * * * * * * 15737306 ACTTGTTTGATAAACATATTCATATTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTGGGAGTATTAATAAA 126 ACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA * * * * * * 15737371 CTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTA-ACACAATTGTTTTGTGACAAAACAAA 191 TTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA * * * * * 15737435 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTA-GTA 254 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTAGGTA * ** * * * * 15737499 AACATATTTATTTTGAAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATT 318 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127 CTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA * * * 15742221 TTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA 191 -TTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA * * * * * ** * 15742285 ATGTCATAATGATTTGAAATAGAAAATTGCTCAAGTAGTTGTAACTATTTGAACTTGTTTA-GTA 254 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTAGGTA ** * * * ** * 15742349 AATTAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTCCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT 318 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT * * * * * ** 15742414 TATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATATAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATGAT 383 TA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT * * * * * * * * * 15742479 TTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTTGTTTT 447 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAATAGATTT-TTTT * * * * * 15742544 TAAAATCTTTTACCTATTGATTGTCGAA 511 T-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-A * * ** * * ** * 15742572 ATATTAATACATTAATATTATTTTAATTCAAATAAACTTTTATGAACAAAAATAATTTTTTTTAT 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATGAAAA-AA-TTGTTTTAT * * * * * * * 15742637 GATAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT 63 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC * * * * * 15742702 TTATTTCG-TAAACAAAGTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAA 128 TT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAA * * * * * * * 15742765 TTTGTATTATTTTAATTGAAATAAACTTGTATCAATAGAATAAAATTATTTTATGACAAAACAAA 191 TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAA * * * * * * * * * 15742830 AGATTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-GTTCA-AT 254 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTT-AGGT * * * * * * * * 15742893 AAACAGATTCAGTTTCTAAATCTCTTACTTATTAATCTTT-GAAATATTAATAAAATAGAATTAC 317 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT * * 15742957 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* * * * * * * 15743366 AAAGGCCATAATGATTTGAAATAAATAATTATCCATATCA-TCTTAACTATTTAAATTGGTTCGG 252 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAATTGGTTAGG ** ** * * * * * 15743430 TAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGATATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTACTAT 316 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT * * * * * * ** * * * 15743495 TTTATTTCAAATAAGCGTGTATTAAGATAAATAATCATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACG 381 TTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG * * * * * * 15743560 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAACCATA-TTTAT 445 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGTAA--ATAGATT-T 15743624 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA 507 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-A * * 15743655 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGTTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTAT 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATG-AAAA-AATTGTTTTAT * * * * * * 15743719 GACAAAAAAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC 63 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GATTTTAAATTAATAATTGTTCTAGCAGTCATAACTATTTAAAATTGTTC-GACAAATAGATTTA 444 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAG-TAAATAGATTT- * * * 15748388 TGTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTATAGA 507 T-TTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGA * * * * * * 15748421 ATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATATTATACAAATAT-TTTTA 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGA-ATGA-AAAAAT-TGTTTTA * * * * ** 15748485 TGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTTTTAACTATTTGA 62 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGA * * * * * * * * * 15748549 AATGGTTTGGTAAACACATTTATATTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTT-AGAATATTATTAA 126 ACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAA * ** * * * * * 15748613 ATTAGTATAATATTTAACTGAATAACCTTTTATGATA-AAAAACAGTTATTTTATGACAAAAC-A 190 ATTAGTATTAT-TTTATTTGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA * * * * * * * * 15748676 AAGATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTA 253 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTAGGTA * * * * * 15748741 AATAGATTTATTTTTTAAATCTC---C-TATTAATTTTT-GAAATATTAATAGATTAGAATTTTT 318 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTA-TTAT * * * * * * * 15748801 TTTATTCCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG 381 TTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG * * * * * * * * * 15748866 ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAAGTAAAAAAATTATTT 445 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAATAGATTTTTT * * 15748931 TTAAAT-TTTTACATATTAATTTTTGAA 510 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-A * * ** * 15748958 ATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAATTTTATTTTAT 1 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAAATTGTTTTAT * * * * * * * 15749022 GATAGAACAAAA----A-CA--ATTTGAAATAGATAATTG-TTAATATAGTCTTTATTATTAGAA 63 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAA-ATAGTCATAACTATTTGAA * * * * ** * * * * 15749079 ATAGTTCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATAT 127 CTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT * * * * 15749144 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTAT---AAAATAAAAG 192 TAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG * * * * * * 15749206 GTTATAATGATTTGAAGT-GTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAA 256 GTCATAACGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTAGGTAAA * 15749270 C---------------ATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTT 320 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT ** * * * * * * 15749319 ATTCCAAATAAACTTATATG-ATCAAAAACAATTGTTATATGA-ACAAACAAAAGGTAATAACGA 384 ATT-TGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATGA * * * * * ** * 15749382 TTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTTGGTAAATAGATTCACT 446 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTG-TTCAGTAAATAGATT--TT * 15749446 TTTTAAA--TC--ATTTATTAATTTTTGGA 508 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GA * * * * 15749472 ATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACT-AAAATAATTGTCTTGT 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAA-AATTGTTTTAT * * ** * * * * * * 15749536 AACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTCAATAAGCTTGTAAGATATTATACAAATATTTTTATGA 63 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AG---ATAA-TTGTT-T--AAATA--GTCATAA *** ** * * * *** ** * * 15749601 CTA-AACAA-AAGGTC-A-AAAC-GATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTT-TTAACTATTT 118 CTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTT--ATTTTTTAA--A-TCTTTTACTTATTAA-TTTTT * ** * * * * ** * * * 15749660 GAAATGGTTTGGTAAA-CACATTTATATTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTA-GAATATTAT 177 GAAAT--ATTAATAAATTA-GTAT-TATTTT--AT-T-TGA-ATA--AGCTTGTATGAACA-GA- * * * *** ** * * * ** * ** ** 15749723 TA-AATTAGTATAAT-ATTTAACTGAATAACCT-TTTATGATCAGAAACAGTTATTTTATGATAA 229 AACAATT-GTTTTATGACAAAAC--AA-AAGGTCATAACGATTTGAAATAG--ATAAT-TG-TTC * * * * 15749785 AACAAAGATCTTAACAATTT-AAGGTTGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-AATTTAAACTGGT 286 AA-ATAG-TCATAACTATTTGAA--TTG------GTT---A-GGT-A-AACAAATTT--A-T--T ** * * * 15749848 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ATACTT-TTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAA-GAGAACCAATTGTTTGA 1 ATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATGA-AA-AAATTGTTTTA * * * * * * * * 15750679 TGATAAAATAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAGTCAAAATTATTTGA 62 TGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGA * * * * * * * * * 15750744 AATGGTTTGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTCT-AAATATTAATA 126 ACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATA * * * * * * * 15750807 AATTAGTATTATTTAATTTCAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGAC--AA-AA 189 AATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA * * * * * * * * * 15750869 AA-GTAATAATGATTTGAAATAAAATAATTGTTCGAATGGTTATAATTATTTGAACTAGTTCA-G 253 AAGGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTT-AGG * * * 15750932 TAAATAGAA-TTATTTTCTAAATCTCTTA--TA--AATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTTTT 316 TAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT * * * 15750991 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* ** * 15752886 TGTTCGATAAGCAGATTTATTTTTT-AATCTCCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAAT-AATT 129 TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATT * * * ** * 15752948 AGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTGTGAATAGAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAGA 193 AGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG * * * * * * * * * 15753013 TCATAACTATTTAAAATAAATAATT-TTCAAACAGTTATAACTATTTGAGCTT-ATTTGGTATAC 257 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ATTGGTTAGGTAAAC * * 15753076 --A--TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATTA-TATTATTTTA 321 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTA * * * ** * 15753136 TTTCGAATACGCTTGTATGAATA-AGAACTATCAG-CCTATAACAAAACAAAAGGTCATAACT-A 385 TTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGA-AACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGA * * * * * ** * * * 15753198 TTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAACATGTTCAGAAAACAAATTTATTT 446 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAATAGATTT-TTT * * 15753263 TTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAGA 510 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TAATTGAACAAGCATGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAA-ATAA-GTCATAACAATT 383 TATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT * * * * * * 15753739 TGAAATAAATATTTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAACTTATTTTT 448 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAATAGA-TT-TTTTT * * * 15753804 TAAATCTTTTTACTTATTAATTGTCTAA 511 TAAATC-TCTTACTTATTAATT-TTTGA * * * * ** * 15753832 ATGA-TAATAAGTTGGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAAATTTTATTTTAT 1 AT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAAT-GAAAAAATTGTTTTAT * * **** * * * 15753896 GACAAAATAAAAGGTTATGGCAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC 63 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC * * * * * * 15753961 TTGTTCAATAAACAAATTCAATTTTTAAATATTTTATTTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAAT 128 TTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAT * * * * * * * 15754025 TAGAATTATGTTATTCCT-AATAGGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTCATGATAAAATAAAA 192 TAGTATTATTTTATT--TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA * * ** 15754089 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCAA-TGGTCAGGCCA 255 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGGTTAGGTAA * * * * 15754153 ATAGATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTT 319 ACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT * * * * * 15754216 TATTTCGAATAAGAC-TATATCAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACGA 383 TATTT-GAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA * * * * * * ** * * 15754280 TATGAAATAAATAATTGTT-AAATTA-TTATAACTAATTAAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATT 446 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAATAGA-TT-TT * ** 15754343 TTTTAAATCTTTTA-TTA--AATTTTAAA 508 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA * * * * * * * 15754369 ATATTAAGAAATTCA-TATTGTTTTATTTTGAACAAACTTATATTAA-CAAAAACATTTGTTTTA 1 ATATTAATAAATT-AGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATGAAAAA-A-TTGTTTTA * * ** * * * * * 15754432 -GTACAAAACAAAAAGAAT-GTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTT 62 TG-ACAAAAC-AAAAG-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT * * * * * * * 15754495 GAACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAATTATTAA-TTTT----CA-TAAT- 124 GAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA * * * * 15754553 -A-T--TATTATTTTCTTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAACTGTTTTATGACAAAACAA 189 AATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA * * * * * * * ** * 15754614 AAGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTAATTCGGTA 253 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTAGGTA * 15754679 AAC--A--GA-----T-AATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATT 318 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATT * * * 15754733 TTATTCT-AATTAGGCTTGTATG-AT-GAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAA 382 TTATT-TGAA-TAAGCTTGTATGAATAG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA * * * * * ** * 15754795 TGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAGTGGCCATAACTATTTGAA-CCGATT-TGATAAACT-GAT 443 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTG-TTCAG-TAAA-TAGAT * ** * 15754857 TTATGTTTTAAATTTCCAACTTCTTAATTTTTGAA 505 TT-T-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-A * * * * * * * 15754892 ATATTAATAAAGTAATATTATTTTGTTTTGGATTAGCTTTTATGAAATAAAAAAAATTGTTTTAT 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATG-AAT-GAAAAAATTGTTTTAT * * * * 15754957 GATAAAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAA-ATGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG 63 G--ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTG * * * * * 15755021 AACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTGGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTGA 125 AACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTT-ACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAA * * * * * * 15755084 TAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTAAA- 187 TAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC * * * * * * * * 15755148 TAAAGGTCAGAACGATTT-AAGATAGATAATTATTCTAGTAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCA 251 AAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTT-A * * * * ** * * 15755212 -GCAAATACATTTATTTTTT-AATCTCTTA--TA--AATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAAT 314 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Indices: 15737179--15755509 Score: 10495 Period size: 362 Copynumber: 51.2 Consensus size: 362 15737169 TATAGAAAAC *** * * * 15737179 ATATTAATAAATGTA-TATTATTTTATTCAAAATAATCTTGTATGAACATAAACAATTAT-TTTA 1 ATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TGTTTA * * * * 15737242 TGACACAAA-AAATGGTCTTAAT-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTG 64 TGACA-AAACAAAAGGTCAT-ATCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG * * * * * ** * 15737305 AACTTGTT-TGATAAACATATTCATATTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTGGGAGTATTAATA 127 AACTTGTTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA * * * * * * * 15737369 AACTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTA-ACACAATTGTTTTGTGACAAAACA 191 AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA * * * * 15737433 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTAGT 255 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT * ** * * 15737498 AAACATATTTATTTTGAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAA 320 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15740245 AATATTATTTTATT-TCGAACAAACTTATATGAACA-AAAGCATTTGTTTTA-AATAAAACAAAA 195 AGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA * * * * * * * * 15740307 GGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCATATACTCCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCA 258 GGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTA * * * 15740371 AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAA-TTTTCATA 321 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-A * * * * ** * * * 15740413 ATTTTATTATATTAGTATTTTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAGATAAATAA-TTGTTTTAT 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTG-TTTAT ** * * * * ** * 15740477 GGTAAAAGAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTTGAATAGTCATAACTATTTAAAC 65 GACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC * ** * ** * * * 15740542 TAGTTTGGTAAGTATATTTATTTTTTAGATCTCTTATTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAAT 130 TTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAAT * * 15740606 TAGTATTATTTTCTTCTGAAT-AGACTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA 194 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ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTTGTTTAT * * * * * 15742637 GATAAAACAAAAAGTCAAAAT-GATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA 65 GACAAAACAAAAGGTC-ATATCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA * * * * * * * * * 15742701 TTTATTTC-GTAAACAAAGTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCTA-AATATTAATAA 129 CTT-GTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAA * * * * * * 15742764 ATTTGTATTATTTTAAT-TGAAATAAACTTGTATCAATAGAATAAAATTATTTTATGACAAAACA 192 ATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACA * * * * * * * * * * 15742828 AAAGATTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAAT 255 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT * * * * * 15742893 AAACAGATTCAGTTTCTAAATCTCTTACTTATTAATCTTTGAA 320 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA * * ** * 15742936 ATATTAATAAAATAGAATTACGTTATTATGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTAGT 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTGTTTA-T * * * * * * 15743000 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* 15745338 GGGTAATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATGGCCATAATTATTTGAAC-CGATTTGGT 257 AGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGT * * ** * * * 15745401 AAACATATTCATTTTTTAAATCACTTATTTATTAAATTTTGGA 320 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA * * * * * 15745444 ATATTAATAAACTAGTTTTATTTTATTTTGAATGAGCTTGTATGAACT-GAAATAA-TTGTTCTC 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTTGTT-TA * * * * * ** 15745507 TGATAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAACTGTTCATATAGTGGTAACTATTTGAA 64 TGACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA * ** * * * * 15745572 -TTGCCTT-GGCGAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTT-GAAATATTATTA 129 CTTG--TTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATA * * * * * 15745634 AATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTATTTTATAACAGAAC- 191 AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA * ** * 15745697 -AA--T-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AA-A--CAGGA--A-TTG-----GTTTGGT 255 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AGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAT-TTCTT-GTGTATTAATGTTTTG-T 317 A-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACT-TATTAAT-TTTTGAA ** * * * 15746150 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCATGTATGAACT-GAAAAAATTAT-TTTA 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATT-TGTTTA * * * * * * * 15746213 AGACTACACAAAAGGTCAAAAT-GATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGA 64 TGACAAAACAAAAGGTC-ATATCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA * * * * 15746277 ACTAGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTTAAA-ATC-T-C---TTAA----T----TATTAAT--- 128 ACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA * * * * * * 15746324 TTAGCAATATTTTACTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAA 193 TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA * * * * * 15746388 GATCATAA-TGATTTGAGATAGATAAATGTTCAAATACTCATAACTATTTGAA-TTGATTTAATA 258 GGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTA * * 15746451 AATAGA-TT-TTTTTTAAATC---T-CTTTTTAATTTTTGAA 321 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA * * * 15746487 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-TGTTTTGTATAAATAGAAACAATTAT-TTTA 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATT-TGTTTA ** * * * * * * * 15746550 TG-GTAAA-AAAATGTCATAACTATTTGAAATCGATAATAGTTCAAATGGAT-ATGACTATTTGA 64 TGACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGA ** * ** 15746612 ACTTGTTCAGTGAACAGATTTATTTGTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA 128 ACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA * * * * 15746677 TT-GATATTATTTTATTTTGAACAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA 193 TTAG-TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA * ** 15746741 AGATCATAA-TGATTTGAAATA-ATTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TCCTTAGT 257 AGGTCATAACT-ATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT ** * ** 15746803 AAATGGATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTGGT 320 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA * *** * * * * 15746846 ATTTTAATAAATT-GATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATATAAACAAATGGTTTAT 1 ATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTGTTTAT * * 15746910 GACAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC 65 GACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC * * * * * * * 15746974 GTATTCATAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT 130 TTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT ** * * * * * 15747038 TTTATTATTTTATT-TAAAATAA-CTTGCATGAACAGAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAG 195 AGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG * * * * * * * * 15747101 GCCATAA-TGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAATAAA 259 GTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA * * * * * * 15747165 CAAATTCATTTTTTAATTCTTTAACTCATTAATTTTAG-A 323 CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA * * * * * * 15747204 ATATTAATAAATCAGTATTATTTTA-TTTCAGATAAGTTTATATGAATTGAAACAA-CTGTTTTA 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTG-TTTA * * * * * * * *** 15747267 TTATAAAACAAAATGTCACAAT-AATTTGAAATAGATAATTATTCAATTAGTCATGGGTATTTGA 64 TGACAAAACAAAAGGTCA-TATCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA * ** * * * 15747331 ACTTATTTGGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTA-AATATTAATAA 128 ACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAA * * ** * * * * 15747395 ATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAACAGAAAGAATTATTTTATGACAAAACAAA 192 ATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA * * * * * ** * * 15747460 AAGCCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAAAGATTTGAACTTGTTCAGTGA 257 AGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAA 15747525 ACAGATTT-TTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--A 322 ACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAA * * * * 15747566 ATATTAAT--A--A--A-T-TTGTA--TT---TAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCAT-TTTAT 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TTGTTTAT * * ** 15747617 GACAAAATAAAAGGT--TAT--A---G---T-G---A-T-TTCAAATA-TTAT-TTTATTTGAAC 65 GACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC * * * * * * * * 15747664 TAGTT-TGACAAACATATTTATTTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAGTATAT 130 TTGTTCAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT * * * * * * 15747728 TAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTGGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAATAAAAG 194 TAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG * * * * * * * * 15747793 GTTATAACGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAAC-TG----GT--TC 259 GTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAAC * * 15747851 -GA--TA------AACATCTATTATTTATTAATTTTTGAA 324 AGATTTATTTTTTAA-ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA * *** * * * 15747882 AGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAACTTATATG-ATCAAAAACAA-TTGTTATA 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTTGTT-TA * * * * * * * * 15747945 TGA-ACAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGA 64 TGACA-AAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA ** * * * * * 15748009 A-TTGATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAA--TC--ATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA 128 ACTTG-TTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA * * * * 15748069 ATTAGTATCATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAAGAATTGTTTTGTAACAAAAAC 192 ATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAC * ** ** * * * 15748132 AAAAGGTCATAACGATTTTCAATAGGCAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTT-G 254 AAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG * * * * 15748196 -AAA-AAATTTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTCATTAATTTTTGAA 319 TAAACAGA-TTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA * * * * * 15748239 ATATTGAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAA-TTGTTTTAT 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTG-TTTAT * * * * ** * 15748303 -ATCAAAATAAAAGGTAATAAT-GATTTTAAATTA-ATAATTGTTCTAGCAGTCATAACTATTTA 65 GA-CAAAACAAAAGGTCAT-ATCGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG * * * * * * * 15748365 AAATTGTTC-GACAAATAGATTTATGTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTATAGAATGTTAAT 127 AACTTGTTCAGA-AAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT * * * * * * * 15748429 AAATTTGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAG-ATATTATACAAATAT-TTTTATGACTAA 190 AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAAC-AAT-TGTTTTATGACAAA * * * * ** * * 15748492 ACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAAATGGTTT 252 ACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT * * * * * 15748557 GGTAAACACATTTATATTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTT-AGA 317 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-A * * ** * * * * 15748603 ATATTATTAAATTAGTATAATATTTA-ACTGAATAACCTTTTATG-ATAAAAAACAGTTAT-TTT 1 ATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATT-TGTTT * * * * * * 15748665 ATGACAAAAC-AAAGATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA 63 ATGACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA * ** * * * 15748729 ACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC---C-TATTAATTTTT-GAAATATTAATAG 128 ACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAA * * * * * * * * * 15748789 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ATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA * * * * * 15749204 AGGTTATAA-TGATTTGAAGT-GTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTTGG 257 AGGTCATAACT-ATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAG * 15749266 TAAAC---------------ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA 319 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA * *** * * * 15749295 AGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATG-ATCAAAAACAA-TTGTTATA 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTTGTT-TA * * * * * * 15749358 TGA-ACAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGA 64 TGACA-AAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA ** * * * * * * 15749422 A-TTGATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTAAA--TC--ATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA 128 ACTTG-TTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA * * * * * * 15749482 ATTAGTATCATTTTATT-TCGAATAAGTTTGTATGAACTA-AAATAATTGTCTTGTAACAAAACA 192 ATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA * ** ** * * * 15749545 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AAAACA-ATTTTAGTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTGAA 319 TAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAA * ** * * * * * * 15751466 ATATTAGTAAGGTAGTATTGTTTTATTTCGAATAAGTTTCTATGAATTGAAGCAA-TTGCTTTAT 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTG-TTTAT * * * * * * 15751530 GATAGAATAAAAGGTCATAACGACTTT-AAATAGTTAGATCGACTATTCAAATAGTCA-AATCTA 65 GACAAAACAAAAGGTCATATCGA-TTTGAAATAGATA-AT----TGTTCAAATAGTCATAA-CTA * * * * * 15751593 TTTGAACTTGTT-AGGCAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATGT 123 TTTGAACTTGTTCA-GAAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATAT * * * * * * 15751657 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGATTGAAATAATTGCTTTATAACTA 186 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-A * *** * * * 15751722 AAA-ACATTTTGCAGAA-TGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC-TCAACTATTTGAACT 250 AAACAAAAGGT-CATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACT * * * * * * 15751784 GGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTCATTTTTGGA 312 TGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA * * * ** * ** 15751835 ATATTATTAAAGTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAGTAA-TTGTTTTAT 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTG-TTTAT * * * * * * 15751899 AACAAAA-TAAAGATCATAAT-GATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAG 65 GACAAAACAAAAGGTCAT-ATCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA * * * * * * * 15751962 CTAT-TTCAAAAAATATATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATATTAGTTTTCA-AACTATTAAT 129 CT-TGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT--TATTAATTTTTAGAA-TATTAAT * * * ** * * * 15752025 AAATTAATATTATTTTGTTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACA 190 AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA * * 15752090 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-G----AA-TA----AACTTGTTAAGT 255 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT * ** * * 15752145 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCATACCTATTAA-TTTTCAGA 320 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-A * ** * * * 15752188 ATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATTAATAGAAATAA-TTGTTTTAT 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTG-TTTAT * * * * * * * * * 15752252 GATAAAGCAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAATTAGTCATAATTATTTGAAC 65 GACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC * * * * * * * 15752317 TTGCTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATATAC 130 TTG-TTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA-AA * * * * * 15752381 TT-GTATTATTTTGCTT-TGAAT-A-CTTATGTACGAATAGAAACATTTGGTTTATGACAAAATA 193 TTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGC-T-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA * * * * * 15752442 AAAGGTTATAACTA-TTGAAATAAATAATAGTTTAAATAGTCATACCTATTTGAA-TGTGTTTTA 255 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TG-TTTA * * * * ** 15752505 TGAAAAAATAGTCTTAACTATTTGAGCTGATTTGGCAAACACAATTATTTTTTAAATATCTTATT 318 -G--TAAACAG-ATT---TA-TT----T--TTT---------AA--ATCTTTTACTT-----ATT * 15752570 AATTTTTGGA 353 AATTTTTGAA * * * * * 15752580 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAAAAGCAATAATTAT-TTTAT 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TGTTTAT * * * * * * * * 15752644 AACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAAC 65 GACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC * * ** * * * 15752708 TAT-TTCAGTAAATAGATTTAGATTTTAAA--TC-T-GTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGAT 130 T-TGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT * * ** * * * * * 15752768 CAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCAAGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAGAAG 194 TAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG * * * * * 15752833 GTTATAA-TAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTG-TTCGATAA 259 GTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAA * ** * 15752896 GCAGATTTATTTTTT-AATCTCCTACCTATTAATTTTT-AGA 322 ACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-A * * * ** 15752936 ATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTGTGAATAGAAACAATTACTTTATG 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTGTTTATG * * * * * * * * 15753000 ACAAAACAAAAGATCATAACTATTTAAAATAAATAATT-TTCAAACAGTTATAACTATTTGAGCT 66 ACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT * ** * * * * 15753064 TATTTGGTATAC--A--TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATT 131 TGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATT * * * ** * 15753125 A-TATTATTTTATT-TCGAATACGCTTGTATGAATA-AGAACTATCAG-CCTATAACAAAACAAA 195 AGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGA-AACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAA * * * * * * * 15753186 AGGTCATAACTATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAACATGTTCAGAAA 257 AGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAA * * * 15753251 ACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTT-AGA 322 ACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-A * ** * 15753292 ATATTAATAAATTTA-TATTATATTATTCAGTATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAT-TTTA 1 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TGTTTA * 15753355 TGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGA 64 TGACAAAACAAAAGGTCAT-ATCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA ** * ** * * * 15753418 ACTTGTTTTGTAAATTGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCA-AAGTATTAATAA 128 ACTTGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAA * * * ** * * ** 15753482 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACCGATACAATTGTTTTATTATGAAACAAA 192 ATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA * * * * * * * 15753547 AGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTTTTTGAACTTGTTTGGTAA 257 AGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAA * * * * * * ** 15753612 ATATATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTAACTGTCAAA 322 ACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA * * * * * * * 15753653 ATATTAATAAACTAATATTATTTTA-ATTGAACAAGCATGTATGAACAAAAACAATTAT-TTTAT 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TGTTTAT * * * * * * * 15753716 AACAAAA-ATAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATTGTCATAACTATTTGAAC 65 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A--TGGTCAGGCCAATAGATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATA 128 ACTTGTTCA-GAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA * * * * 15754202 AATTAGCATTATTTTATT-TCGAATAAGAC-TATATCAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC 191 AATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC * * * * * * * * * 15754265 AAAGGGTCATAACGATATGAAATAAATAATTGTT-AAATTA-TTATAACTAATTAAACTGGTTTG 254 AAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA * * 15754328 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA-TTA--AA-TTTTAAA 318 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA * * * * * * * * 15754369 ATATTAAGAAATTCA-TATTGTTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAAC-ATTTGTTT-T 1 ATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTGTTTAT * * * * * * * * 15754431 AGTACAAAACAAAAAGAAT-GTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTT 65 -G-ACAAAAC-AAAAG-GTCATATCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT * * * * * 15754495 GAACTGGTTCA-ACAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAATTATTAA-TTTT----CA-TAAT 126 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ATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA * * * * * * * * *** 15755326 AGATCATACCGATTTGAGATTGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTCCGGTAA 257 AGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAA * * ** 15755391 ATAGATTTAGTTTTT-AATC---T-CTTATTAATTTTCAAA 322 ACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA * * ** * * 15755427 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAACAAAAACAA-TTGTTTTAT 1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTG-TTTAT * * 15755491 TACAAAACAAAAGATCATA 65 GACAAAACAAAAGGTCATA 15755510 ATGTTTATTT Statistics Matches: 13931, Mismatches: 3025, Indels: 2037 0.73 0.16 0.11 Matches are distributed among these distances: 313 52 0.00 314 8 0.00 315 7 0.00 316 113 0.01 317 23 0.00 318 2 0.00 319 2 0.00 320 7 0.00 321 2 0.00 322 2 0.00 323 3 0.00 324 5 0.00 325 2 0.00 326 4 0.00 327 4 0.00 328 4 0.00 329 32 0.00 330 6 0.00 331 154 0.01 332 38 0.00 333 22 0.00 334 4 0.00 335 60 0.00 336 68 0.00 337 130 0.01 338 15 0.00 339 16 0.00 340 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Indices: 15747867--15749561 Score: 1155 Period size: 177 Copynumber: 9.6 Consensus size: 177 15747857 CATCTATTAT * * * * 15747867 TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTATATGATCAA 1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAACAA * * * * * * 15747931 AAACAATTGTTATATGA-ACAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGG 65 AAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG * * * * * * 15747995 CCATAATTATTTG-AATTGATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCAT- 129 TCATAACTATTTGAAATAG-TTTGGTAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTTC * * * ** 15748044 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGA 1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAA * * * ** ** * 15748109 AAGAATTGTTTTGTAACAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTCAATAGGCAACTGTTCAAATAGT 66 AACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT * * 15748174 CATAACTATTTGAATTTA-TTT-G-AAAAAATTTTATTTTTTTAAACTCTTGC 130 CATAACTATTTGAA-ATAGTTTGGTAAAAGA-TTTA-TTTTTTAAA-TCTT-C * * * * * * *** 15748224 TCATTAATTTTTGAAATATTGAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGA 1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAA * * * * * ** 15748289 AACAATTGTTTTAT-ATCAAAATAAAAGGTAATAATGATTTTAAATTA-ATAATTGTTCTAGCAG 66 AACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAG * * * ** * 15748352 TCATAACTATTTAAAATTGTTCGACAAATAGATTTATGTTTTCAAATCTTTTGC 129 TCATAACTATTTGAAATAGTTTGGTAAA-AGATTTAT-TTTTTAAATC--TT-C * * * * * * * * 15748406 TTATTAATTTAT-AGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATA-T 1 TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGA-ACA * * * * * * 15748469 TATACAAATAT-TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT 64 AAAAC-AAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT ** * * * 15748533 AGTTTTAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACACATTTATATTTTAAATCTCTTAC 127 AGTCATAACTATTTGAAATAGTTTGGTAAA-AGATTTATTTTTTAAA--TCTT-C * * * ** * * 15748588 ATATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATAATATTTAACT-GAATAACCTTTTATGATA- 1 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GAAAA-TTTTATTTTATGATAGAAC--AA----A-AACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AATAT 63 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-AT * * * * * ** * * 15749062 AGTCTTTATTATTAGAAATAGTTCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCACTTAG 127 AGTCATAACTATTTGAAATAGTTTGGTAAA-AGATTTATTTTTTAAAT--CTT-C * * * * * * * 15749117 TTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA 1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAA * * * * * * * 15749182 AATAATTATTTTAT---AAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAGT-GTACAATTGTTCAAATAGT 66 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGT * * * * 15749243 CATAACTATTT-AAATTGGTTTGGT--AA-A--CATCTCTT--A----C 130 CATAACTATTTGAAA-TAGTTTGGTAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTC * * * * * 15749280 TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGATCAAA 1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAA * * * * * 15749345 AACAATTGTTATATGA-ACAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGC 66 AACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT * * * * * 15749409 CATAATTATTTG-AATTGATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCAT- 130 CATAACTATTTGAAATAG-TTTGGTAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTTC * * * * * 15749457 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACTAA 1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAA * * * * 15749522 AATAATTGTCTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT 66 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT 15749562 TCAATAAGCT Statistics Matches: 1186, Mismatches: 255, Indels: 154 0.74 0.16 0.10 Matches are distributed among these distances: 163 64 0.05 165 3 0.00 166 54 0.05 167 1 0.00 168 1 0.00 169 1 0.00 170 4 0.00 171 47 0.04 172 17 0.01 173 17 0.01 174 62 0.05 175 4 0.00 176 49 0.04 177 213 0.18 178 189 0.16 179 83 0.07 180 149 0.13 181 30 0.03 182 116 0.10 183 78 0.07 184 4 0.00 ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.11, T:0.42 Consensus pattern (177 bp): TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAA 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Indices: 15751976--15752293 Score: 408 Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 172 15751966 TTCAAAAAAT * * 15751976 ATATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATATTAGTTTTCAAACTATTAATAAATTAATATTATTTT 1 ATATTTAGTTTTTAAATCTC-TATTAATATTAATTTTCAAACTATTAATAAATTAATACTATTTT * ** ** * 15752041 GTTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATT 65 ATTTCAAATAAACTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAATT * 15752106 TGAAATAGATAATTGTTCAAATGAATAAACTTGTTAAGTAAAC 130 TGAAATAAATAATTGTTCAAATGAATAAACTTGTTAAGTAAAC * * * 15752149 ATATTTATTTTTTAAATCTC-A-TACCTATTAATTTTCAGAA-TATTAATAAATTAGTACTATTT 1 ATATTTAGTTTTTAAATCTCTATTA-ATATTAATTTTCA-AACTATTAATAAATTAATACTATTT * * * * * * * * 15752211 TATTTCAAATAAACTTGTATTAATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAGCAAAAGATCATAACTAT 64 TATTTCAAATAAACTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAAT 15752276 TTGAAATAAATAATTGTT 129 TTGAAATAAATAATTGTT 15752294 TAATTAGTCA Statistics Matches: 123, Mismatches: 20, Indels: 6 0.83 0.13 0.04 Matches are distributed among these distances: 170 2 0.02 171 100 0.81 172 2 0.02 173 19 0.15 ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42 Consensus pattern (172 bp): ATATTTAGTTTTTAAATCTCTATTAATATTAATTTTCAAACTATTAATAAATTAATACTATTTTA TTTCAAATAAACTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTT GAAATAAATAATTGTTCAAATGAATAAACTTGTTAAGTAAAC Found at i:15753231 original size:18 final size:19 Alignment explanation

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15752920 CCTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTGTGAATAG 1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAG * * * * * * 15752984 AAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTAAAATAAATAATT-TTCAAACAGT 65 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT * * * ** * 15753048 TATAACTATTTGAGCTTATTTGGTATAC--A--TATTTTTTAAATCTTTTA 130 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA * * 15753095 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATTA-TATTATTTTATTTCGAATACGCTTGTATGAATA 1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATA * * *** * * * * 15753159 -AGAACTATCAGCCTATAACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTAAAATAGATAATTATTTAAATA 64 GA-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA * * * * * * 15753223 GTCATAATTATTTGAACATGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTA 128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA * * * 15753276 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATATTATTCAGTATAAGCTTGTATGAATA 1 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AACAATTATTTTATAACAAAA-ATAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATTGTC 66 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC * * * 15753765 ATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAACTTATTTTTTAAATCTTTTTA 131 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTTA * * * * * 15753816 CTTATTAATTGTCTA-AATGA-TAATAAGTTGGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTAGGAAT 1 CTTATTAATT-TTTAGAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAAT * * * ** * 15753879 AGAAA-ATTTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATGGCAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAAT 63 AGAAACA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT * * * * * 15753943 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTCAATTTTTAAATATTTTA 127 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA * * * * * 15753997 TTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCT-AATAGGCTTGTATGAATA 1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT--TGAATAAGCTTGTATGAATA * * * * * 15754061 GAAACAATTGTTTCATGATAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG 64 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TAGCCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTA 126 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA * * * * * 15754535 ATTATTAA-TTTT----CA-TAAT--A-T--TATTATTTTCTTTCGAATAAGCTTGTATGAACAT 1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAG * * * * ** * * * * 15754589 AAATAACTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTTAAATAGT 65 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT * ** * * 15754654 CATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAACAG----A-----T-AATCTCTTA 130 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA * 15754695 CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AATTAGGCTTGTATG-AT 1 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAA-TAAGCTTGTATGAAT * * * ** ** * 15754757 -GAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAG 63 AG-AAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA * * * * * * ** 15754821 TGGCCATAACTATTTGAAC-CGATT-TGATAAACTGATTTATGTTTTAAAT-TTCCAA 126 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Indices: 15751114--15755510 Score: 2525 Period size: 721 Copynumber: 6.1 Consensus size: 709 15751104 TAAATAAATG ** * * * * 15751114 TTAATAAATTAGTATTATAATATTTC-GAATAAGTTTGTATGAACTA-AAACAATTATTATATGG 1 TTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAGTATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGA * * * ** * * ** * * 15751177 CTAAACAAAATGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTA 64 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT * * * * * * * * 15751242 GTTTGGCAAACACG-TTTACTTTTTAAATCTCTTATTAATT--TTTGAAATATTATTAAATTAGT 129 GTTTTGTAAATA-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAAATATTAATAAATTAGT * * * ** * * * * * 15751304 ATTATTTT-TAGTCGAATAAGCTTGGATGATTAGAAACAATTATTTTTTTAGAAAA-AAATA--T 193 ATTATTTTAT-TTTGAATAAGCCTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGT * * * * * * * * * 15751365 CATAA-TATTTGAGATTGATATTTGTTCAAACAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGGAAAACAA 256 CATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA * * * ** * * 15751429 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TAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTCCGGTAAATAGATTTAGTTTTT--A-A-TC 625 TAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAACA-AATTAATTTTTAAATATTT * * 15755410 T-CTTATTAATTTTCAAAATA 689 TACTTATTAATTTTTAGAATA * ** * * * * 15755430 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-AATAATTTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATTAC 1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AGTATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC * 15755494 AAAACAAAAGATCATAA 65 AAAACAAAAGGTCATAA 15755511 TGTTTATTTA Statistics Matches: 2922, Mismatches: 563, Indels: 384 0.76 0.15 0.10 Matches are distributed among these distances: 696 1 0.00 697 10 0.00 698 142 0.05 699 43 0.01 700 21 0.01 701 6 0.00 702 32 0.01 703 42 0.01 704 10 0.00 705 8 0.00 706 65 0.02 707 11 0.00 708 157 0.05 709 3 0.00 710 1 0.00 711 57 0.02 712 156 0.05 713 50 0.02 714 38 0.01 715 43 0.01 716 340 0.12 717 144 0.05 718 31 0.01 719 25 0.01 720 134 0.05 721 354 0.12 722 164 0.06 723 77 0.03 724 50 0.02 725 4 0.00 726 2 0.00 727 9 0.00 728 3 0.00 729 60 0.02 730 4 0.00 731 7 0.00 732 21 0.01 733 1 0.00 735 1 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Indices: 15755160--15755509 Score: 434 Period size: 175 Copynumber: 2.0 Consensus size: 176 15755150 AAGGTCAGAA * * * 15755160 CGATTTAAGATAGATAATTATTCTAGTAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCAGCAAATACATTTA 1 CGATTTAAGATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATCCAGCAAATACATTTA * * * * ** * 15755225 TTTTTTAATCTCTTATAAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGTT 66 GTTTTTAATCTCTTATAAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGTT * * * 15755290 TGTATGGACAAAAACAATTGCTTTGTGATAAAAC-AAAGATCATAC 131 TGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAC * * * * * * 15755335 CGATTTGAGATTGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTCCGGTAAATAGATTT 1 CGATTTAAGATAGATAATTATTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGATCCAGCAAATACATTT * * * * * * 15755399 AGTTTTTAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATT 65 AGTTTTTAATCTCTTATAAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGT * * 15755464 TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGATCATA 130 TTGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATA 15755510 ATGTTTATTT Statistics Matches: 146, Mismatches: 27, Indels: 3 0.83 0.15 0.02 Matches are distributed among these distances: 174 1 0.01 175 135 0.92 176 10 0.07 ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.11, T:0.41 Consensus pattern (176 bp): CGATTTAAGATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATCCAGCAAATACATTTA GTTTTTAATCTCTTATAAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGTT TGTATGAACAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAC Found at i:15755784 original size:16 final size:17 Alignment explanation

Indices: 15755763--15755795 Score: 50 Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17 15755753 TAACAATTTG 15755763 AAATAG-ATAATTATTC 1 AAATAGCATAATTATTC 15755779 AAATAGTCATAATTATT 1 AAATAG-CATAATTATT 15755796 TGAAATAGTT Statistics Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 16 6 0.40 18 9 0.60 ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.39 Consensus pattern (17 bp): AAATAGCATAATTATTC Found at i:15755803 original size:19 final size:18 Alignment explanation

Indices: 15755758--15755804 Score: 62 Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18 15755748 GGTAATAACA 15755758 ATTTGAAATAG-ATAATT 1 ATTTGAAATAGTATAATT * 15755775 A-TTCAAATAGTCATAATT 1 ATTTGAAATAGT-ATAATT 15755793 ATTTGAAATAGT 1 ATTTGAAATAGT 15755805 TTTGCAAGTA Statistics Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 4 0.81 0.06 0.13 Matches are distributed among these distances: 16 8 0.32 17 1 0.04 18 7 0.28 19 9 0.36 ACGTcount: A:0.45, C:0.04, G:0.11, T:0.40 Consensus pattern (18 bp): ATTTGAAATAGTATAATT Found at i:15756163 original size:181 final size:181 Alignment explanation

Indices: 15755821--15756765 Score: 841 Period size: 181 Copynumber: 5.3 Consensus size: 181 15755811 AGTAGAATTG * * * 15755821 TTATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAAT 1 TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT * * * * * * * * 15755886 AATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAATGAAAGATTTCAAAAATAAATATGTTTA-- 66 AATACTAACTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT * * 15755949 GCAAGCAAGTTCAAATTA-TCCA-GACTATTTGAATAATGATCTATTTTAAATAA 131 G-AA-CAAGTTCAAA-TAGT-CATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAA * * 15756002 TTATGACCTTCTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAC 1 TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT * ** * * 15756067 AAAACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTGACT 66 AATACTAACTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT ** * * * * * * * 15756132 GAGTAAGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTTTTTATTTAAAATAG 131 GAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAA * * * * * * 15756183 TTATGATCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTATACATACAAGTTTATTCAGAATAAAAT 1 TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT * * * * 15756248 AATAC-CACTTAATTAATATTTTACAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA- 66 AATACTAACTT-ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC * * ** 15756311 TCGAACAAGTTCAAATAG-CATGTCAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG 130 T-GAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAA * * * * 15756363 TTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTATTTCTATTCATAC-AGAATTATTCAAAATAAAA 1 TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAA * * * * * * 15756427 TAATATTGATTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTATTTAC 65 TAATACTAACTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC * * * * ** * 15756488 TGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCCCAAATCA 130 TGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAA * * * * ** * * * * 15756540 TAATGATC-TTTATTTTGTCATGCAACAAATGTTTCTTTTCATACAAGCTTATT-AGGATTAAAA 1 TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAA * ** * * * * 15756603 TGATACTAGTTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATAT-ATTAG 65 TAATACTAACTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA- ** * * * * * 15756663 CCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA 129 CTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAA * * * * * * 15756716 TTCTAACCTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATATAAGC 1 TTATGACC-TTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGC 15756766 AAGAGATTTA Statistics Matches: 625, Mismatches: 123, Indels: 35 0.80 0.16 0.04 Matches are distributed among these distances: 175 4 0.01 176 172 0.28 177 34 0.05 178 31 0.05 179 2 0.00 180 113 0.18 181 267 0.43 182 1 0.00 183 1 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.39 Consensus pattern (181 bp): TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT AATACTAACTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT GAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAA Found at i:15756784 original size:130 final size:129 Alignment explanation

Indices: 15756636--15756885 Score: 333 Period size: 130 Copynumber: 1.9 Consensus size: 129 15756626 GAAAATTAAT * * 15756636 AAGAGATTTAAAAAATAAATAT-ATTAGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATAA 1 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGATTA-CCAAACAAGTTCAAATAGATAAGACTACTT-GAATAA * * 15756699 TTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAA 64 TTATCTATTTAAAATCATTCTAA-CATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAA 15756764 GC 128 GC * * * * * 15756766 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAATTTCAAATAGATATGACTACTTGAATAATT 1 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGATTACCAAACAAGTTCAAATAGATAAGACTACTTGAATAATT * * * * * 15756831 ATCTATTTAAAATTATTTTGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT 66 ATCTATTTAAAATCATTCTAACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTT 15756886 TATAAAAACT Statistics Matches: 104, Mismatches: 14, Indels: 5 0.85 0.11 0.04 Matches are distributed among these distances: 129 31 0.30 130 68 0.65 131 5 0.05 ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.39 Consensus pattern (129 bp): AAGAGATTTAAAAAATAAATATGATTACCAAACAAGTTCAAATAGATAAGACTACTTGAATAATT ATCTATTTAAAATCATTCTAACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAGC Found at i:15757298 original size:181 final size:179 Alignment explanation

Indices: 15756760--15757455 Score: 690 Period size: 181 Copynumber: 3.9 Consensus size: 179 15756750 TTCAGTTCAT * * 15756760 ATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAATTTCAAATAGATATGACTACTTG 1 ATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAAACAATTT-AAATAGTTATGACTA-TTG * * * * 15756824 AATAATTATCTATTTAAAATTATTTTGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTAT 64 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTAT * * * * 15756889 AAAAACTTATTTCAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAATTA 129 AAAAGCTTA-TTCAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTA * * * * * 15756941 TTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAA-GCTATTT-TTCGAAGCAATTCT-AATAGTTATGACTATT 1 ATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATG-TGTTTACT-GAAACAATT-TAAATAGTTATGACTATT * ** ** * * * * 15757003 GAACAAATATAAATCTT-AAATTGTTATGATC-TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATC 63 GAACAATTATCTAT-TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTT * * * * 15757065 ATATAAGCTGATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTA 127 ATAAAAGCTTATTCAAA-AAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTA * * ** * * * 15757119 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAATTAGTTTAAATAGTTAAGATTATTAGA 1 ATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAAACAATTTAAATAGTTATGACTATT-GA * * * * * * * * 15757184 ATAATTGTCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTTATA 65 ACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATA * * 15757249 CAAGCTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTAAAAAATTA 130 AAAGCTTATTC-AAAAAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTAAAAAATTA * * * * 15757300 ATAAGCAAGATATTTGAAAAAATAAATTTGCTTACTG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT 1 ATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATGTGTTTACTGAAACAA-TTTAAATAGTTATGACTA-TT * * * * 15757364 GAACAATTATCTATTTAAAATCATTGTAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA 63 GAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTA * * * 15757429 CAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATA 128 TAAAAGCTTATTCAAAA-AAAATAATA 15757456 ATTACTTTTG Statistics Matches: 415, Mismatches: 81, Indels: 37 0.78 0.15 0.07 Matches are distributed among these distances: 177 7 0.02 178 112 0.27 179 26 0.06 180 27 0.07 181 124 0.30 182 116 0.28 183 3 0.01 ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.39 Consensus pattern (179 bp): ATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAAACAATTTAAATAGTTATGACTATTGAA CAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATAA AAGCTTATTCAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTA Found at i:15757596 original size:358 final size:355 Alignment explanation

Indices: 15756759--15757598 Score: 764 Period size: 359 Copynumber: 2.3 Consensus size: 355 15756749 TTTCAGTTCA * ** * * * 15756759 TATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CT-AAACAATTTCAAATAGA-TATGACTAC 1 TATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCAG-TTACCTGAATTAGTTT-AAATA-ATTAAGACCA- * * ** * * ** * 15756821 TT-GAATAATTATCTATTTAAAATTATTTTGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT 61 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT * * * * 15756885 TTATAAAAACTTATTTCAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAG 126 TTATAAAAACTTATTTCAAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAG * * * 15756950 AGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTCGAAGCAATTCTAATAGTTATGACTATTGAACAAATATAA 191 AGATTTAAAAAATAAA-CTATTTTACGAAGCAATTCAAATAGTTATGACTATTGAACAAATATAA ** * * * * * * 15757015 ATCTTAAATTGTTATGATCTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATATAAGCTGATTCA 255 ATCTTAAATCATTATAAACTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATCACAAAAGCTGATCCA 15757080 AATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAAT 320 AATAAAAATAATACT-ATTTAATAATATTTTAAAAAT ** ** * ** 15757117 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAATTAGTTTAAATAGTTAAGATTATTA 1 T-ATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTACCTGAATTAGTTTAAATAATTAAGACCATTA * * * ** * * 15757182 GAATAATTGTCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTTA 64 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTA * * 15757247 TACAAGCTTA-TTCGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTAAAAAATTAATAAGCAAGA 129 TAAAAACTTATTTC-AAAGAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTAAAAAATTAATAAGCAAGA * * 15757310 TATTTGAAAAAATAAA-T-TTGCTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT 192 GATTT-AAAAAATAAACTATT--TTAC-GAAGCAA-TTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAAAT ** * * * 15757372 ATCTAT-TTAAAATCATTGTAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCACAAAAGT 251 ATAAATCTT-AAATCATTATAAAC-TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATCACAAAAGC * ** * * 15757436 TTATCCAAAATAAAATAATAATTACT-TTTGTTAGTATTTTGAAAA- 313 TGATCC-AAAT-AAA-AATAA-TACTATTTAATAATATTTTAAAAAT * * 15757481 T-T-A-AA-AGATTTAAAAAATAAATCAGTCTACCT-ACTTAGTTTAAATAATTATAG-CCATTT 1 TATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGT-TACCTGAATTAGTTTAAATAATTA-AGACCATTA 15757540 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAAT-ACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTT 64 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-ATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTT 15757599 TCAAAATACA Statistics Matches: 396, Mismatches: 63, Indels: 46 0.78 0.12 0.09 Matches are distributed among these distances: 357 2 0.01 358 97 0.24 359 165 0.42 360 38 0.10 361 23 0.06 362 5 0.01 363 34 0.09 364 5 0.01 365 18 0.05 366 5 0.01 367 4 0.01 ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40 Consensus pattern (355 bp): TATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTACCTGAATTAGTTTAAATAATTAAGACCATTAGA ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATA AAAACTTATTTCAAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT TAAAAAATAAACTATTTTACGAAGCAATTCAAATAGTTATGACTATTGAACAAATATAAATCTTA AATCATTATAAACTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATCACAAAAGCTGATCCAAATAAA AATAATACTATTTAATAATATTTTAAAAAT Found at i:15757654 original size:67 final size:67 Alignment explanation

Indices: 15757567--15757694 Score: 202 Period size: 67 Copynumber: 1.9 Consensus size: 67 15757557 AAATCGTTAA * 15757567 TACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAAAATACAAGCTTATTTGAAATAAAATTGTC 1 TACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAAAATACAAGCTTATTTGAAATAAAATTGTC 15757632 AG 66 AG ** * * * 15757634 TACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGAACATACAAGTTTATTTGAAATAAAAT 1 TACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAAAATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT 15757695 AATACTAATT Statistics Matches: 55, Mismatches: 6, Indels: 0 0.90 0.10 0.00 Matches are distributed among these distances: 67 55 1.00 ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.09, T:0.42 Consensus pattern (67 bp): TACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAAAATACAAGCTTATTTGAAATAAAATTGTC AG Found at i:15758021 original size:181 final size:180 Alignment explanation

Indices: 15757635--15759100 Score: 763 Period size: 181 Copynumber: 8.3 Consensus size: 180 15757625 AATTGTCAGT * * * 15757635 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TGAACATACAAGTTTATTTGA-AATAAAATAAT 1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAT--TCATACAAGCTTATTCGAGAATAAAATAAT * * * * * * 15757698 ACTAATTTATTACTATTTCAAGAATTAGT-AC--A-AGATTCAAAAAATAAATTTGTTTACAGAA 64 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAA ** * * ** 15757759 TAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TAGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATA 129 CCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAT-GAATAATTA-TTATTTCAAATCGTTATA ** * * ** 15757812 ATATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTCGA-AATAAAATAATA 1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TATTCATACAAGCTTATTCGAGAATAAAATAATA * * * * * * 15757876 CTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTCATAACTAAGTGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTTAA 65 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAA * * * 15757940 CCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAGTAATTATCTATTTTAAATCGTTATG 129 CCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATA * * * * * * * 15757993 ACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTCAGCTCATCCAAGCTTATTC-ATAATAAAATAAAA 1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAGAATAAAATAATA * * * * * ** 15758057 CTAATTTATTAATATTTCAAATATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATTTATTG--- 65 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAAC * * * 15758119 -AGTT-ATAACTATTTAA-AC-A-AT---T-A-TA-TATTTCAATTTGTTATA 130 CAGTTCA-AA-TAGTTAAGACTATATGAATAATTATTATTTCAAATCGTTATA * * * * * * * 15758161 ACTTTTTATTCTATCATCAAACAATAATTTTACTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATAC 1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTATTCATACAAGCTTATTCGAGAATAAAATAATAC ** * ** * ** 15758225 TAATCAAATAATATTTTGACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAAC 66 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTGCTGAAC * * * * * 15758290 CACTTAAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATTCATTTCAAATAGTTATG 130 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATT-ATTTCAAATCGTTATA * * * ** * * * 15758342 ACATTTTATTTTATTGTAAAATAATT-TTTTATCTCTTACTAA-CTTATTTG-GAATAAAATAA- 1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAT-TCATAC-AAGCTTATTCGAGAATAAAATAAT * * * * * * 15758403 ATTGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-AATTAAAAACAGAATTTTGTTAGCTG 64 ACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTGCTG * ** * * * * * 15758467 AACCAGTTCAAATAATTATTAATATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATT 127 AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTA-TTATTTCAAATCGTTATA * * * * * ** * * * 15758522 ACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAAATGTTGTTGTTCATATAATTTTGTT-TAGAATAAAATAGTA 1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT-TTATTCATACAAGCTTATTCGAGAATAAAATAATA * * * * 15758586 TTAATTTATTAATATCTT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAA 65 CTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAA * * * * * * * * * * 15758650 CAAATTCAATTAATTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTACAAATTGTAATG 129 CCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAATAATTA-TTATTTCAAATCGTTATA * * ** * * * * * * * 15758703 ACCATTTGCTTTACCGTAAAATAATTTTTTCTATTCATA-TAGTCCTATT-TAGAATAAAGTAAT 1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TATTCATACAAG-CTTATTCGAGAATAAAATAAT * * ** * * * 15758766 ACTAATTTA--GA-A--T---AAA-TAAGTAA-T--GA-ATTTAGAAAATGTATCTGCTAGTCTG 64 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTG-CTG ** * * * * * * * * 15758818 -ATTAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG 127 AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATA * * * * * * * 15758872 ACCTTTTGTTTTGTTACAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TAAAATAACATAATT 1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTATTCATACAAGCTTATTCGAGAATAAAATAATA * * * * * * * * 15758936 CTAATTTATCAATATTCCAAAAGTT--T-AC-AAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAAC 65 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAAC * * * * * *** 15758997 AAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTACTATA 130 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTAT-TATTTCAAATCGTTATA * * * 15759049 ACCTTTTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATCCATACAAGCTTATT 1 ACC---TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TATTCATACAAGCTTATT 15759101 TCAAATCTGT Statistics Matches: 987, Mismatches: 232, Indels: 137 0.73 0.17 0.10 Matches are distributed among these distances: 167 60 0.06 168 52 0.05 169 103 0.10 170 11 0.01 171 8 0.01 172 12 0.01 173 8 0.01 174 3 0.00 175 4 0.00 176 9 0.01 177 146 0.15 178 12 0.01 179 12 0.01 180 125 0.13 181 400 0.41 182 22 0.02 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.42 Consensus pattern (180 bp): ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTATTCATACAAGCTTATTCGAGAATAAAATAATAC TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACC AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATTATTTCAAATCGTTATA Found at i:15758437 original size:348 final size:349 Alignment explanation

Indices: 15757770--15758458 Score: 822 Period size: 349 Copynumber: 2.0 Consensus size: 349 15757760 AAGTTCAAAT * * * * * 15757770 AGTTATGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAAAA 1 AGTTATAACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATTATTATAATATTTTATTCTATCATAAAAAA * * * * * 15757835 ATTATTTCTATTCATATAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTAAAAAT 66 ATAATTTCTACTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAAATAAATAATATTCTAAAAAT * * *** * * 15757900 TCATAACTAAGTGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTTAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAT 131 TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCACTTAAAATAGTTAAGACTATAT * * * * * * 15757965 GAGTAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTCAGCTCA 196 GAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTATTTTATTATAAAATAATTATTTCAGCTCA * * * 15758030 TCCAAGCTTATTCATAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAATATTTATAAGTAAGAGA 261 TCCAAGCTTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-A * * 15758095 TTTAAAAA-ATAATTTTATTTATTG 325 ATTAAAAACAGAATTTTATTTATTG * * * 15758119 AGTTATAACTATTTA-AACAATTATATATTTCAATTTGTTATAACT-TTTTATTCTATCATCAAA 1 AGTTATAACTA-TTAGAACAATTATATATTTCAAATTATTATAA-TATTTTATTCTATCATAAAA * * * * 15758182 CAATAATTT-TACTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACT-AATCAAATAATATTTTGA 64 AAATAATTTCTACTCATACAAACTTATTCGA-AATAAAATAATACTAAAT-AAATAATATTCTAA * * 15758244 CAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCACTTAAAATAGTTAAGGC 127 AAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCACTTAAAATAGTTAAGAC * * 15758309 TATATGAATAATTAT-TCATTTCAAATAGTTATGACATTTTATTTTATTGTAAAATAATT-TTTT 191 TATATGAATAATTATCT-ATTTCAAATAGTTATGACATTTTATTTTATTATAAAATAATTATTTC * * * ** * 15758372 ATCTCTTACTAA-CTTATTTGGAATAAAAT-AAATTGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA 255 AGCTCAT-CCAAGCTTATTCAGAATAAAATAAAACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA 15758435 GTAAGAAATTAAAAACAGAATTTT 318 GTAAGAAATTAAAAACAGAATTTT 15758459 GTTAGCTGAA Statistics Matches: 286, Mismatches: 45, Indels: 19 0.82 0.13 0.05 Matches are distributed among these distances: 347 16 0.06 348 120 0.42 349 146 0.51 350 4 0.01 ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.42 Consensus pattern (349 bp): AGTTATAACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATTATTATAATATTTTATTCTATCATAAAAAA ATAATTTCTACTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAAATAAATAATATTCTAAAAAT TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCACTTAAAATAGTTAAGACTATAT GAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTATTTTATTATAAAATAATTATTTCAGCTCA TCCAAGCTTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAA TTAAAAACAGAATTTTATTTATTG Found at i:15758773 original size:21 final size:22 Alignment explanation

Indices: 15758749--15758799 Score: 70 Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 22 15758739 ATATAGTCCT * 15758749 ATTTAGAATAAAGTAA-TACT-A 1 ATTTAGAATAAA-TAAGTAATGA 15758770 ATTTAGAATAAATAAGTAATGA 1 ATTTAGAATAAATAAGTAATGA 15758792 ATTTAGAA 1 ATTTAGAA 15758800 AATGTATCTG Statistics Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 3 0.87 0.03 0.10 Matches are distributed among these distances: 20 3 0.11 21 15 0.56 22 9 0.33 ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.12, T:0.33 Consensus pattern (22 bp): ATTTAGAATAAATAAGTAATGA Found at i:15759796 original size:23 final size:25 Alignment explanation

Indices: 15759770--15759831 Score: 76 Period size: 23 Copynumber: 2.6 Consensus size: 25 15759760 TTATTTAGAA 15759770 TAAAAAAATTAATTTA-TTAAA-AT 1 TAAAAAAATTAATTTACTTAAAGAT * 15759793 TAAAAAAATTAA-TAACTTAAAGAT 1 TAAAAAAATTAATTTACTTAAAGAT * * 15759817 TTAAAAAATAAATTT 1 TAAAAAAATTAATTT 15759832 GTTTATCGAG Statistics Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 4 0.80 0.10 0.10 Matches are distributed among these distances: 22 2 0.06 23 17 0.53 24 12 0.38 25 1 0.03 ACGTcount: A:0.61, C:0.02, G:0.02, T:0.35 Consensus pattern (25 bp): TAAAAAAATTAATTTACTTAAAGAT Found at i:15760010 original size:181 final size:181 Alignment explanation

Indices: 15759123--15761164 Score: 1443 Period size: 182 Copynumber: 11.4 Consensus size: 181 15759113 ACTTAATAAG * * * * 15759123 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA * * * * * * * * 15759188 TAATACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTA-TCTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT 66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT * * * * * * 15759252 TTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTAT-TAAATAAA 130 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCGAAA-CAA * * * * * * 15759305 TTCAAATAGTAATAACTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTTTGATCTTTTGTTTCGTCA 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA * * * * * * * 15759370 TAAAA-AATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAAACAATACTAACTTATTAATATT 66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT * * * * * 15759434 CAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCTGTTTA-CCAAACAA 130 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCGAAACAA * * * 15759486 GTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTATTTTGC 1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGT * * *** * 15759550 CATAAAACAATTGTTTAC-GTTCATTCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTACTAAT 64 CATAAAACAATTGTTT-CTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT * * * * * 15759613 ATTCTAAAGATTAATAAGTAA-AAATTTAAAACATAAATATATTT-TCTAAACACA 127 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAACA-A * * * * * 15759667 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAGCATTATGACCCTTTT-TTTTGTC 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTTGTTTTGTC * * * * * * 15759731 ATAAACCAATTGTTTTTATTCATA-AAGGCTTATTTAGAATAAAA-AA-ATTAATTTATTAAAAT 65 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT ** * * *** 15759793 TAAAAAAATTAATAACTTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGTGAA 129 TCTAAAAATTAATAA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAACAA * * * * ** * 15759846 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ATAACCCAATTGTTTC-ATTTCATAAAAG-TATATCCAAAATAAAATAATATTACTTCATTAATA 65 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA * * ** * 15760691 TT-TCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATC-AAATCAG 128 TTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCGAAA-CAA ** * ** * * * 15760745 TTCAAATAGTTATGGTTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTATTGTTTTATCA 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA * * ** * * * * 15760810 TAAACCAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCAATTTAGAATAAATTAATATTAATTTATTAATATT 66 TAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT * * * 15760874 TTAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TT-----AT---T-TGTTTATC-AAACCAG 130 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAA-CAA * * * * * * * * * 15760916 CTCAAATAATTATGA-TAATTTGAACAATTATATATTGT-AAGTCATTATAACCTTATGTTTTAT 1 TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATT-TCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGT * ** * * * ** * * 15760979 CATAAAATAATTACTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAAAAAAATAATACTGCTCTAATAATA- 64 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT * * * * * * * * * * 15761043 TCATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAGAAAATTAATTTATTTGTCAAAATAG 129 TC-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAACAA * * * * * * ** * * 15761097 TTTAAATAGTTAAGGCTATATAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATG-TCCTTTTGCTTTATC 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT-CTTTTGTTTTGTC 15761161 ATAA 65 ATAA 15761165 TCTATTAATA Statistics Matches: 1469, Mismatches: 314, Indels: 155 0.76 0.16 0.08 Matches are distributed among these distances: 170 2 0.00 171 125 0.09 172 4 0.00 175 5 0.00 176 114 0.08 177 23 0.02 178 30 0.02 179 160 0.11 180 305 0.21 181 335 0.23 182 339 0.23 183 26 0.02 184 1 0.00 ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41 Consensus pattern (181 bp): TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAACAA Found at i:15760358 original size:356 final size:354 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Indices: 15759118--15763695 Score: 1331 Period size: 359 Copynumber: 12.9 Consensus size: 354 15759108 TGTTTACTTA * * * * * 15759118 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT 1 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTATTT * * * ** * * ** 15759183 TATCATAATACAATTATTTTTGTTCATA-AAAGCTTA-TCTAGATTAAAATAATATTAATTTATT 66 TGTCATAAAACAATT-GTTTCATTCATATAAA-CTTATTC-AAAATAAAATAATA-TAAACTATT * * * * * * ** * * 15759246 AATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATTAAATAAATTCAAA 127 AATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAACATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAA * * * * * * * * 15759311 TAGTAAT-AACTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTTTGATCTTTTGTTTCGTCATAAAA 191 TAGTTATGTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ATTTTGTTTTGTCATAAAA * * * ** * * * ** 15759375 -AATTGTATCAATTCATATAGGCTTA-TTCGAAATAAAAACAATACTAACTTATTAATATTCAAA 255 CAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAG-AAT-AAAATAATA-TAATTTATTAATATTTTAA * * * * * 15759438 AAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCTGTTTACCAA 317 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* * * * 15760262 TGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAACTTATTCAAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAA 66 TGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAAT-ATAAACTATTAA * * * * ** * 15760327 TATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAGATAAATGTATTTGCTGAACCAG-TCAAATAG 129 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAACATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAG * * * * * * 15760391 TTAAG-ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCT-AATGTCTTGTTTAGTCATGAAATA 194 TTATGTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAT-T-TTGTTTTGTCATAAAACA * * * * 15760454 ATTGTTTCAATTCATACATACTTATTT-GAAATAAAATAATAATATTTTATTAAGA-TTTATAAA 257 ATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAG-AATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTTA-AAA * * * 15760517 ATTAATAAGTAAGGAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA 319 ATTAATAAG--A-G-A-TTTAAAAAATAAATTTATTTATC-G * * * * * * 15760559 ATAACTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAGCTTTTGTTT 1 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTATTT * ** * * * 15760624 TATCATAACCCAATTGTTTCATTTCATA-AAAGTATATCCAAAATAAAATAATAT-TACTTCATT 66 TGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATATAAACT-TATTCAAAATAAAATAATATAAAC-T-ATT * * ** * * * 15760687 AATATT-TCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCAAATC-AGTTCA 127 AATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAACATAAAT-ATATTTACCAAA-CAAGTTCA ** * * 15760749 AATAGTTATGGT--TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTATTGTTTTATCATA 189 AATAGTTAT-GTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-TTTTGTTTTGTCATA * * * ** * 15760812 AACCAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCAATTTAGAATAAATTAATATTAATTTATTAATATTTT 252 AAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTT ** * * * 15760876 AAAAATTAAT-A-AG---TAGGAGAT-TATTTGTTTATC- 315 AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCG * * * * * * * * * * 15760909 AAACCAGCTCAAATAATTATGA-TAATTTGAACAATTATATATTGT-AAGTCATTATAACCTTAT 1 ATA--AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATT-TCAAATCGTTATGATCTTTT * * * * * * * * *** 15760972 GTTTTATCATAAAATAATTACTTAT-GTTCATACAAGCTTATTCAAAAAAAAATAATACTGCTCT 62 ATTTTGTCATAAAACAATT-GTT-TCATTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAACT * * * * * ** 15761036 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TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-AGAACTTATCTAAAATAAAATAATAATACTTTATTAAT 247 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AACTTATTTAGAATAAAATAAT-ATAATTTATTAAT * * ** * * 15763337 ATTTCAAAAGTTAATAAGCAAGAGATTTAAAACCTAAA-ATAGCTT-TC- 310 ATTTTAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTATCG * * * * * * * * 15763384 ATAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGAT-ATTTG 1 AT-A--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTA * * ** ** * * ** 15763448 TTTTCTCATAAAACAATTATTTTTTATCATCCAAGCTTATTC-AGATAAAAATAATACTAATTTA 63 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TCATATAAACTTATTCAAAAT-AAAATAATA-TAAACTA * * * * * * 15763512 ATAATATT-TCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAGA-ATAAA-AGTGTTTGCTAAACCAGCT 125 TTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-ACATAAATA-TATTTACCAAACAAGTT * * * ** * ** 15763570 CAAATAGTTAAG-ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGA-TCCGACCTTTTGTTTAATCA 187 CAAATAGTTATGTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGA-ATTTTGTTTTGTCA * * * * * 15763633 TATAATAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATGAA-AGTAATTTATTAATAT 250 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Indices: 15765772--15771223 Score: 1044 Period size: 181 Copynumber: 30.7 Consensus size: 172 15765762 CATTATTACC * * * * * 15765772 TTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTTA-TCATACAAGTTTATTCAA-AATAAAATAATACT 1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACTAGCTTATT-AAGAATAAAATAATACT * * * * * 15765835 AATTTATTAATCTTTGAAAAATTAATATGTAAGAGATTTATAAAATAAATCTATTTACCAAATTA 64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTA * * * * 15765900 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCATTAT 129 GTTTAAATA-TTAAGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATC---AT * * * * 15765949 AACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATA-TAAGCTTATT-CGAAATAAAATAA 1 ----TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACT-AGCTTATTAAG-AATAAAATAA * * * ** * 15766012 TACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATCTACCAA 60 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAA ** 15766077 ACTAGTTTAAATATTAAGACTATACGAACAATTATCTATTTTAAATCAT 125 ACTAGTTTAAATATTAAGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCAT * * * 15766126 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TTCAAA-CATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTCTA-TTCATGCAAGCTTATTT 1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTAGTTCATACAAGCTTA--T * * * * 15770608 TG-AATAAAATAACA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTCAAAAATAA 63 TGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAGATTTAAAAAATAA * * * * 15770671 ATATGTTTTC-GAAACACA-TTC-AATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTCT 126 ATCTGTTTACTG-AACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT * * * 15770723 CTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTGTTTCT-GTTCATAAAAGCTTATT 1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATT-TTTTTAGTTCATACAAGCTTA-T * * * * 15770786 TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA 63 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT--AAGATTTAAAAAATAA * * * * * * * 15770851 ATCTATTTATTGAGA-GAGTTTAAATTGTTATGACTATTTAAACAATTAT-TTT 126 ATCTGTTTACTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT * * * * * ** 15770903 TTTAAATCATTATGA--TTTTTTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCTA-CTCATACAATTTTATTC 1 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Indices: 15772497--15774262 Score: 1460 Period size: 363 Copynumber: 4.9 Consensus size: 362 15772487 TTGTTCTGTC * * * * * * 15772497 ATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACT-AAGAGAATTAAAAAATAAATT 1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAGAGATTTAAAAAATAAATA * * * * * * * 15772561 TGTTTGCTGAACCAA-TTCAAATATTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATA 66 TATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG * * * * * * ** 15772625 ACCTCTTGTTTTGTTATAAAATAGGTTTGTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA- 130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA--ATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT * * * * 15772689 AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAAT-AATTATGTTCA-CA 193 ACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCA * * * * * * 15772752 TAACTAGTTT-AAATAATTATTACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACTTTCTA 255 -AAC-AATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTG * * * * * * 15772816 TTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAA 318 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ATGTTTTTTGAACACGTTCAAATGGTTATAACTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATTGTTATG 65 ATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG * * * * 15774070 ACCTATTGTTTTGTCA-AAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTT-TTTCAAAATAAAATAAT 130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAAT * * * * * * 15774133 ACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAG 193 ACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA * * * ** 15774198 CAAGTTT-AAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-TCTTTTGTT 257 CAA-TTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTT 15774261 TT 320 TT 15774263 CTCAACTATT Statistics Matches: 1115, Mismatches: 240, Indels: 97 0.77 0.17 0.07 Matches are distributed among these distances: 355 2 0.00 356 114 0.10 357 15 0.01 358 66 0.06 359 12 0.01 360 168 0.15 361 136 0.12 362 211 0.19 363 342 0.31 364 49 0.04 ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41 Consensus pattern (362 bp): 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ATAAAATAATACTAATTTATTAAGAATCCAAAAATTAAT-AGTAAAGAGATTTAGAAAATGAATC 1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATA * * * * * * ** * * 15773281 TATTTACTAAACAAATTTAAATAATTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTGAAAAAGCTATAA 65 TATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA * * * * * 15773346 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTCTTT-TATGTTCATCCAAGCTTATTTCAA 130 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TTCATACAAGCTTATTTGAA 15773399 ATAAAATAATAC-AATTTTATTAATA-TT-AAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA 1 ATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA * * * * * * * * 15773461 TTTGTTTACCAAACAATTTCAAATCGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTT-AAACTTGTTA 63 TATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTA ** * * * * 15773525 TGACTTTTTGTTGCGTCATAAAACAATTATTTCTATTTATACAAGTTTATTTGGA 127 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA * * ** * * 15773580 TTAAAATAATACTAATTTATAAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATAT 1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT * * * * 15773645 ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA- 66 ATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC * * * * * 15773709 TCTTTTCTTTTGTAATAAAATACTTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGAA 131 T-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAA * * * * ** * 15773761 GTAAGATAGTGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAA-TAAGTGAATTAACAAAA-AGA 1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAA-AAAATA-A * * * * * * * * 15773823 ATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTAAGATTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTA 62 ATATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA * * * * * * * 15773888 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGGTTCTGTTCGTACAAGCTTTTTTCG-A 127 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAA * * * * * * 15773943 ATAAAATAAT-TTAAACTTATTACTATTCCAAAAACTAATAAGTAAAA-TTTTAAAAAATAAATA 1 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA * ** * * * * * * * 15774006 TGTTTTTTGAACACGTTCAAATGGTTATAACTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA 65 TATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA * * * * * * 15774071 CCTATTGTTTTGTCA-AAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTT-TTTCAAA 130 CTTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAA * * * 15774123 ATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCT 1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT * * * * * * 15774188 ATTTACTAAGCAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA- 66 ATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC 15774252 TCTTTTGTTTT 131 T-TTTTGTTTT 15774263 CTCAACTATT Statistics Matches: 1261, Mismatches: 278, Indels: 90 0.77 0.17 0.06 Matches are distributed among these distances: 177 141 0.11 178 7 0.01 179 137 0.11 180 156 0.12 181 416 0.33 182 277 0.22 183 127 0.10 ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41 Consensus pattern (181 bp): ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT 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Indices: 15774873--15776280 Score: 1066 Period size: 181 Copynumber: 7.9 Consensus size: 181 15774863 AAGATATGAG * * * ** ** * 15774873 ACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATATG-TAATTATTTTAATAGTT 1 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATAGTC * ** * * * 15774937 TTGGCTATTTGAAC-TAGTTTAGTAAACACATTTATATTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTC 65 ATAACTATTTGAACTTA-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG * * * * * * * * 15775000 ATATTATTATTAAATTAATATTATATTTA-ATTGAATAACCTTCTAT-AATCAAAA 129 A-AATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-CACAA * * * * * * 15775054 ACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGAT-ATTAACGATATGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTC 1 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC ** * * * 15775117 ATAAC--TTTGAACTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCA 65 ATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA * * * * 15775180 AATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGATCACAA 130 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACACAA * * * * * * 15775232 ATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCA 1 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA * * * * * * 15775297 TAATTATTTTAACTTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATT-ATTTTAGGA 66 TAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGA ** ** * ** 15775361 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTACATCTAAGCTTGTATTAACTGAA 130 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACACAA * * * * * * 15775413 ACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGG-CTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTA 1 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC * * * * 15775477 ATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTT 65 ATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTG * * * * 15775542 TAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AA 129 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC-ACAA * * * * * * 15775595 ACAATTCTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAGTC- 1 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA * * * * * 15775659 TAACTATTTGAACTAATTT-GATAGACAAATTTATTTTTTAAATCT-TGTATTTATTAATTTCT- 66 TAACTATTTGAACTTATTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTG * * * ** * 15775721 AGAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATAAAAATAAGCTTGTA-CAA-AC-A 129 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACACAA * ** * * * * * 15775772 A-AATTCTTTTACAACATAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCC 1 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA * ** * * ** * * ** * ** 15775836 TATCTATTTGAACTGGTTTGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAA 66 TAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA * * ** ** * * * 15775901 ATATTATTAAATTAG---CATTTTATTGCAAATAAAATAGTATGAATAGAA 131 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACACAA * * * * * * * 15775949 CCAATTGTTTGATGACAAAA-AAAATGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATGCAAATAGTCA 1 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA * * * * * * 15776013 AAACTATTGGAAATGT-TTTAGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT- 66 TAACTATTTGAACT-TATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TG * * * * * * 15776076 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAA 129 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACACAA * * * * * * 15776129 ACAATTATTTAATGACAAAA-AGAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATT 1 ACAATTATTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC * * * * * * 15776192 ATAATTATCTAAAC-TAGTTTAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTA--TA--AATTTTTG 65 ATAACTATTTGAACTTA-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG * * 15776252 AAATATTAATAAATT-GTTTTATTCTATTT 129 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT 15776281 CGAATGCACT Statistics Matches: 968, Mismatches: 222, Indels: 80 0.76 0.17 0.06 Matches are distributed among these distances: 174 17 0.02 175 15 0.02 176 73 0.08 177 162 0.17 178 116 0.12 179 47 0.05 180 199 0.21 181 225 0.23 182 109 0.11 183 5 0.01 ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42 Consensus pattern (181 bp): ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA TAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACACAA Found at i:15776775 original size:175 final size:175 Alignment explanation

Indices: 15776389--15777316 Score: 744 Period size: 176 Copynumber: 5.3 Consensus size: 175 15776379 TGAAATAAAT * * * * 15776389 AAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGACCT-GAAACAATTATTAT 1 AAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-TTAGAAACAATTATTAT ** * * * * * 15776453 ATGACTAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGA 65 ATGAGAAAACAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAG-TTTAACTATTTGA * ** ** * 15776518 GCTGGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCA 128 ACTGGTTCAAAAAACAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCA * * * 15776566 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TCTTCAAATAAGCTTGAATGATTAGAAACAATTATTTT 1 AAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTAT * * * * 15776630 ATGAGAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATTGTTATTTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAA 65 ATGAGAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTT-TAACTATTTGAA ** 15776695 CTGGTTCAAAAAACAGTTTTAGCGTTTAAA-CTCTTATTAATTTTCA 129 CTGGTTCAAAAAACAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCA * * * * * 15776741 AAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTCTATGAACT-GAAACAATTATTCT 1 AAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTATTAT * * * 15776805 ATGATAGAAGA-AAAGGTCATAACGACTTT-AAATAGTCAGATCGATTATTCAAATAG-TT---T 65 ATG--AGAAAACAAAGATCATAACGA-TTTGAAATAG--ATAT---TTATTCAAATAGTTTAACT * ** * * * * * 15776864 ATTTGAACTTGTTTGATAGACAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTCAATAATTTTTC- 122 ATTTGAACTGGTTCAAAAAACAGTTTTAGTTTTT-AAATCTC-T--T-ATTAA-TTTTCA * * * 15776923 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAATTA-AAACAATTATTAT 1 AAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GATTAGAAACAATTATTAT * * * * * * * * * 15776987 ATGACTAAATA-AAAG-TTAAAATGATTTAAAATAGA-AATTAGTCTAATAGTCTTAACAATTTG 65 ATGA-GAAA-ACAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGT-TTAACTATTTG **** * 15777049 AACTGGTTTTGCAAACA-TATATT--TTTTTAAATCTCTTATTAAATTTCA 127 AACTGGTTCAAAAAACAGT-T-TTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCA * * * * * * * 15777097 TAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTT-GAATAAGCTTGGATGATCAAAAACAATTATTTT 1 AAATATTAGTAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTAT * * * * * * * 15777161 ATAAGAAAACAAAGATCATAAGGATTTGAGATTGATATTTCTTCAAATAATAATAACTATTTGAA 65 ATGAGAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGT-TTAACTATTTGAA * * * 15777226 CTGGTTCAGAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTCCA 129 CTGGTTCAAAAAACAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCA * * * 15777273 AAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTACGTT-AAATAAGTTTGTA 1 AAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTA 15777317 CGAACTGAAA Statistics Matches: 598, Mismatches: 111, Indels: 85 0.75 0.14 0.11 Matches are distributed among these distances: 172 1 0.00 173 14 0.02 174 66 0.11 175 130 0.22 176 163 0.27 177 80 0.13 178 13 0.02 179 8 0.01 180 23 0.04 181 29 0.05 182 66 0.11 183 5 0.01 ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41 Consensus pattern (175 bp): AAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTATTATA TGAGAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTTTAACTATTTGAACT GGTTCAAAAAACAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCA Found at i:15777154 original size:531 final size:537 Alignment explanation

Indices: 15776389--15777434 Score: 1557 Period size: 531 Copynumber: 2.0 Consensus size: 537 15776379 TGAAATAAAT * * * 15776389 AAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGACCTGAAACAATTATTATA 1 AAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTATTATA * * * * * 15776454 TGACTAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAG 66 TGACTAAACAAAAAGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATTAGTCTAATAGTCTTAACAATTTGAA * * * 15776519 CTGGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGT 131 CTGGTTCAGCAAACACATATATTTTTTAAATCTCTTATTAAATTTCAAAATATTATTAAATTAGT * * * * 15776584 ATTATTTTTCTTCAAATAAGCTTGAATGATTAGAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAAGATCAT 196 ATTATTTTTATTCAAATAAGCTTGAATGATCAAAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAGATCAT * * * * 15776649 AATGATTTGAGATTGTTATTTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTCAAAAAACAGTTT 261 AAGGATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACTGGTTCAAAAAACAGTTT * * 15776714 TAGCGTTTAAA-CTCTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTA-TTTCAAATA 326 TAGCGTTTAAATCTCTTATTAATTTCCAAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTACGTT-AAATA * * * 15776777 AGTTTCTATGAACTGAAACAATTATTCTATGATAGAAGAAAAGGTCATAACGACTTTAAATAGTC 390 AGTTTCTACGAACTGAAACAACTATTCTATGATAGAAGAAAAGGTCATAACAACTTTAAATAGTC * * * 15776842 AGATCGATTATTCAAATAGT-T-TATTTGAACTTGTTTGATAGACAGATTTATTTTTTAAAATCT 455 AGATCAATTATTCAAATAGTATCTATTCGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCT 15776905 CTTGCTCAATAATTTTTC 520 CTTGCTCAATAATTTTTC * * 15776923 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAATTAAAACAATTATTATA 1 AAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTATTATA * * ** 15776988 TGACTAAA-TAAAAGTTAAAATGATTTAAAATAGA-AATTAGTCTAATAGTCTTAACAATTTGAA 66 TGACTAAACAAAAAGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATTAGTCTAATAGTCTTAACAATTTGAA ** * * 15777051 CTGGTTTTGCAAACATATAT-TTTTTTAAATCTCTTATTAAATTTCATAATATTATTAAATTAGT 131 CTGGTTCAGCAAACACATATATTTTTTAAATCTCTTATTAAATTTCAAAATATTATTAAATTAGT ** * 15777115 ATTATTTTTATTTGAATAAGCTTGGATGATCAAAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAGATCAT 196 ATTATTTTTATTCAAATAAGCTTGAATGATCAAAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAGATCAT * * * 15777180 AAGGATTTGAGATTGATATTTCTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAATAGTTT 261 AAGGATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACTGGTTCAAAAAACAGTTT ** 15777245 TAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTCCAAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTACGTTAAATAA 326 TAGCGTTTAAATCTCTTATTAATTTCCAAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTACGTTAAATAA * 15777310 GTTTGTACGAACTGAAACAACTATTCTATGATAGAAGAAAAGGTCATAACAACTTTAAATAGTCA 391 GTTTCTACGAACTGAAACAACTATTCTATGATAGAAGAAAAGGTCATAACAACTTTAAATAGTCA * * * * 15777375 TATCAATTGTTCAAATAGTCAAATCTATTCGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT 456 GATCAATTATTCAAATAGT---ATCTATTCGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTT 15777435 GAATATTAAT Statistics Matches: 455, Mismatches: 50, Indels: 11 0.88 0.10 0.02 Matches are distributed among these distances: 531 167 0.37 532 165 0.36 533 23 0.05 534 68 0.15 536 1 0.00 537 31 0.07 ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.41 Consensus pattern (537 bp): AAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTATTATA TGACTAAACAAAAAGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATTAGTCTAATAGTCTTAACAATTTGAA CTGGTTCAGCAAACACATATATTTTTTAAATCTCTTATTAAATTTCAAAATATTATTAAATTAGT ATTATTTTTATTCAAATAAGCTTGAATGATCAAAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAGATCAT AAGGATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACTGGTTCAAAAAACAGTTT TAGCGTTTAAATCTCTTATTAATTTCCAAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTACGTTAAATAA GTTTCTACGAACTGAAACAACTATTCTATGATAGAAGAAAAGGTCATAACAACTTTAAATAGTCA GATCAATTATTCAAATAGTATCTATTCGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTC TTGCTCAATAATTTTTC Found at i:15777376 original size:19 final size:21 Alignment explanation

Indices: 15777352--15777395 Score: 56 Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21 15777342 AGAAGAAAAG 15777352 GTCATAACAACT-TT-AAATA 1 GTCATAACAACTGTTCAAATA * * 15777371 GTCATATCAATTGTTCAAATA 1 GTCATAACAACTGTTCAAATA 15777392 GTCA 1 GTCA 15777396 AATCTATTCG Statistics Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2 0.84 0.08 0.08 Matches are distributed among these distances: 19 10 0.48 20 2 0.10 21 9 0.43 ACGTcount: A:0.41, C:0.16, G:0.09, T:0.34 Consensus pattern (21 bp): GTCATAACAACTGTTCAAATA Found at i:15777751 original size:16 final size:16 Alignment explanation

Indices: 15777730--15777762 Score: 66 Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16 15777720 GTTCAAATAG 15777730 TCATAACTATTTGAAC 1 TCATAACTATTTGAAC 15777746 TCATAACTATTTGAAC 1 TCATAACTATTTGAAC 15777762 T 1 T 15777763 ATTTAAGAAA Statistics Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 16 17 1.00 ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.06, T:0.39 Consensus pattern (16 bp): TCATAACTATTTGAAC Found at i:15778051 original size:181 final size:181 Alignment explanation

Indices: 15777746--15778297 Score: 549 Period size: 181 Copynumber: 3.1 Consensus size: 181 15777736 CTATTTGAAC * ** * 15777746 TCATAACTATTTGAACTAT--TTAAGAAAACAAATTTCGTTTTTAAAT---CT-CTTATTAATTT 1 TCATAACTATTTGAACT-TGCTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATACCCTACCTATTAATTT * * * * ** * 15777805 TCAAAATATTAATAGA-TAAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTGT 64 TTAGAATATTAATA-ACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGT * * 15777869 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGA 128 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGA * * * * * 15777923 ACATGACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCCCCTACCTATTAATTTT 1 TCATAACTATTTGAACTTGCTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATACCCTACCTATTAATTTT ** 15777987 TAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTAAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT 65 TAGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT * ** * 15778052 TATAACT-AAGTAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAACCA-G- 130 TATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAA--ATGA * * *** * 15778104 TCATAATTGTTTGAACTTGCTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTT 1 TCATAACTATTTGAACTTGCTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATACCCTACCTATTAATTTTT * * * ** * * * * 15778169 GGAATATGAATAAAC-TAGTATTCTTTTATTTTGAATATGCATATATGAACAGAAACAATTGGTT 66 AGAATATTAAT-AACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT * * 15778233 TATG--ACAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAAAT-A 130 TATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGA 15778282 GTCATAACTATTTGAA 1 -TCATAACTATTTGAA 15778298 ATAAATGATT Statistics Matches: 306, Mismatches: 53, Indels: 30 0.79 0.14 0.08 Matches are distributed among these distances: 176 2 0.01 177 36 0.12 179 49 0.16 180 3 0.01 181 207 0.68 182 8 0.03 183 1 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41 Consensus pattern (181 bp): TCATAACTATTTGAACTTGCTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATACCCTACCTATTAATTTTT AGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT ATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGA Found at i:15778293 original size:35 final size:35 Alignment explanation

Indices: 15778247--15778332 Score: 163 Period size: 35 Copynumber: 2.5 Consensus size: 35 15778237 ACAACAAAAG 15778247 GTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATA 1 GTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATA * 15778282 GTCATAACTATTTGAAATAAATGATTGTTTAAATA 1 GTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATA 15778317 GTCATAACTATTTGAA 1 GTCATAACTATTTGAA 15778333 TGTATTTTAC Statistics Matches: 50, Mismatches: 1, Indels: 0 0.98 0.02 0.00 Matches are distributed among these distances: 35 50 1.00 ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.10, T:0.40 Consensus pattern (35 bp): GTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATA Found at i:15778695 original size:176 final size:177 Alignment explanation

Indices: 15778347--15778803 Score: 444 Period size: 176 Copynumber: 2.6 Consensus size: 177 15778337 TTTTACGACA * * * * * * * * 15778347 AAATAGTCTTAACTATTTGAGCTGGTTCA-ATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT 1 AAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAGCAAATTTAGTTTTTAAATCTCCTA--TATT ** * * *** ** * * 15778411 AATTTTTGGAAT-ATGATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAAC 63 AATTTTAAGAATAAT-AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATGAATA-GAAAT * * * * 15778474 AATTGTTTTATGACAAAATAAATATCATAACTATTTGAGATAGATAATTATTC 126 AA-TGTTTTATGACAAAAAAAAAATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC * * * 15778527 AAATAGTCATAACTATTTGAA-TTATTTCAGTAAA-TAAATTTAGTTTTTAAATCT-CT-TATTA 1 AAATAGACATAACTATTTGAACTT-GTTCAG-AAAGCAAATTTAGTTTTTAAATCTCCTATATTA * 15778588 ATTTTCAA-AATAATAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATGAATAGAAATAA 64 ATTTT-AAGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATGAATAGAAATAA * 15778652 TGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAGCGATTTGAAATAGATAATTATTC 128 TGTTTTATGACAAAA-AAAAAATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC * * * * * 15778703 AAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGAAAGCAGATTTATTTTTTAATTCTCCTACATATTA 1 AAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAGCAAATTTAGTTTTTAAATCTCCT--ATATTA * 15778768 ATTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT 64 ATTTTAAGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATT 15778804 CTAAATAGTA Statistics Matches: 228, Mismatches: 35, Indels: 28 0.78 0.12 0.10 Matches are distributed among these distances: 175 18 0.08 176 120 0.53 177 7 0.03 179 4 0.02 180 76 0.33 181 2 0.01 182 1 0.00 ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42 Consensus pattern (177 bp): AAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAGCAAATTTAGTTTTTAAATCTCCTATATTAAT TTTAAGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATGAATAGAAATAATGT TTTATGACAAAAAAAAAATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC Found at i:15778817 original size:31 final size:31 Alignment explanation

Indices: 15778776--15778834 Score: 100 Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31 15778766 TAATTTTAAG * 15778776 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA 1 AATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA * 15778807 AATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATT 1 AATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATT 15778835 TCAAAACAAT Statistics Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 0 0.93 0.07 0.00 Matches are distributed among these distances: 31 26 1.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.02, G:0.07, T:0.51 Consensus pattern (31 bp): AATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA Found at i:15779275 original size:161 final size:163 Alignment explanation

Indices: 15779090--15779393 Score: 371 Period size: 162 Copynumber: 1.9 Consensus size: 163 15779080 TAAGACTATA * * * * * * ** 15779090 CAAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGCTTTGTTAT-AAGTAATTATTTC-AGCT 1 CAAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGCTCTATCATAAAACAATTATTTCTA-CT * * * * * * 15779153 CATCCAAGTTAATTCATAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGA 65 CATACAAGTTAATTCAGAATAAAATAAAACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGA 15779218 G-TTTAAAAAATAATTTTATTTATCGAACTAATT 130 GATTTAAAAAATAATTTTATTTATCGAACTAATT * * 15779251 CAAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGCTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTC 1 CAAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGCTCTATCATAAAACAATTATTTCTACTC * * * * ** * 15779316 GTACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAGGAG 66 ATACAAGTTAATTCAGAATAAAATAAAACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAG 15779381 ATTTAAAAAATAA 131 ATTTAAAAAATAA 15779394 ATTAAACAAT Statistics Matches: 117, Mismatches: 23, Indels: 4 0.81 0.16 0.03 Matches are distributed among these distances: 161 39 0.33 162 65 0.56 163 13 0.11 ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41 Consensus pattern (163 bp): CAAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGCTCTATCATAAAACAATTATTTCTACTC ATACAAGTTAATTCAGAATAAAATAAAACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAG ATTTAAAAAATAATTTTATTTATCGAACTAATT Found at i:15780224 original size:120 final size:120 Alignment explanation

Indices: 15780008--15780229 Score: 347 Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 120 15779998 TTTACTGAAC * * * * 15780008 AAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAAAAATTATCTATTTCGAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG 1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTG * * 15780073 TCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATATGTTCACCGAAT 66 TCATAAAACAATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATATGTTCACCGAAT * * 15780128 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTG 1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTG * 15780193 TCATAAAACAATTATTTT-TGTTCATAAAAGCTTATTT 66 TCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATAAAAGCTTATTT 15780230 GAATTAAAAT Statistics Matches: 92, Mismatches: 9, Indels: 2 0.89 0.09 0.02 Matches are distributed among these distances: 120 88 0.96 121 4 0.04 ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.10, T:0.45 Consensus pattern (120 bp): AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTG TCATAAAACAATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATATGTTCACCGAAT Found at i:15780648 original size:180 final size:180 Alignment explanation

Indices: 15780128--15781819 Score: 1209 Period size: 180 Copynumber: 9.4 Consensus size: 180 15780118 TTCACCGAAT * * 15780128 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATG-ACATTTTGTTTT 1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTT * * * * * * * 15780192 GTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGAATTAAAATAATATTAATTTATTAAT 65 ATCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAAT * * * ** *** 15780257 ATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATAAGTTTATTGAAC 130 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC * * * * * * * * * 15780310 AAGTTCAAATAATAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGATCATTTGTTTCA 1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTA * * * * ** 15780375 TCAT-AAA-AATT-TTTATCAATTCTTATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AACCTATTA 66 TCATAAAACAATTGTTTAT--ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTA * * * 15780436 ATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAAC 128 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC * * 15780490 AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGAACTTTTGTTTTA 1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTA * ** * * 15780555 TCTTAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATAAATTTACTATTA 66 TCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATA * * * * 15780620 TTCTAAAGATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAAC 131 TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC * * * * * 15780670 ACA-TTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTACAAAT-TTTATGACCTTTTTTTTT 1 A-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTT * * * 15780733 GTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTA 65 ATCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAA-GCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTA * * * * * 15780795 AAATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTACCAAGC 128 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC * * * 15780849 ACGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTATCTATTTCAAATCATTATG-ACAT 1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTT---GAA-CA---A-TTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-T * * * * * 15780913 TTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACCAA-ATTA-TTCAGAATAAAATAATACT- 57 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATATTCATA-CAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATA-TA * * * * * * ** * ** 15780975 ATTTTATTAATATTTTGAAAACTAATAAG---AGATTCAAAATCTAAATCTATTTACCTGAC 119 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC * * * * * * * 15781034 TAGTTCAAATACTTATGACTATTTAAAAAATTATCTATTTCAAATCAGTATGATC-TTTGTTTTG 1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTA * * * * * * * * * * 15781098 TCATAAAACAACTGTTTTTATTCATATAAACTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAA-CTAATAAT 66 TCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAAT * * * *** * 15781162 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTTGAACC 130 ATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACCAAAC * * * * * 15781215 AA--TCAAATAGTTAAGACTGTTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTG-TTTA 1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTA ** * * * * * * * * * 15781277 GTCATAAAACAGCTGTTTTTATTCATATAAACTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAA-CTAATAA 66 -TCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAA * * * ** * 15781341 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTATTGAACC 129 TATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAAC * * * * * * 15781395 AA--TCAAATAGTTAAGACTGTTAGAACAATTGTCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTG-TTTA 1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTA * * * * * * 15781457 GTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCCTACATA-CTCATTTGAAATAAACTAATA-ATACTTTATT 66 -TCATAAAACAATTGTTTATA-TTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATATA-AATTTATT * * ** * * ** * 15781519 AACATTCAAAAAATTAATAACCAAGGAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAAT 127 AATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC * * * * * ** 15781575 AACTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTCATTTTA 1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTA * * * * *** * * 15781640 TCATAAAATAATTGTTTCAT-TTTATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAAT 66 TCATAAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAAT * * ** * * ** ** * 15781704 ATT-TCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAACAAATAAGTTTATTGAATC 130 ATTCT-AAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAAC * * * 15781757 -AGTTCAAATAGTTAAGGCTATTTGAACAATTATCTACTTT-AAATCATTATGAACTTTTTTTTT 1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTT 15781820 GTCAACCAAT Statistics Matches: 1225, Mismatches: 229, Indels: 113 0.78 0.15 0.07 Matches are distributed among these distances: 175 2 0.00 176 66 0.05 177 26 0.02 178 70 0.06 179 115 0.09 180 408 0.33 181 207 0.17 182 179 0.15 183 11 0.01 184 1 0.00 185 42 0.03 186 2 0.00 187 15 0.01 188 19 0.02 189 60 0.05 191 2 0.00 ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (180 bp): AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTA TCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATA TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC Found at i:15781706 original size:362 final size:355 Alignment explanation

Indices: 15780131--15781823 Score: 1371 Period size: 362 Copynumber: 4.7 Consensus size: 355 15780121 ACCGAATAAG * * * * 15780131 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCA 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA * ** * 15780196 TAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT 66 TAAAACAATTGTTTTT-TT-ATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TT * * * * * * 15780261 TGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATAAGTTTATTGAACAAGTTCAAATA-ATAA 128 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTA-TTTATTGAACCA-TTCAAATAGTTAA * * * * * ** 15780325 TAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGATCATTTGTTTCATCATAAA-AATTTTT 190 -GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTTTT * * * * * 15780389 ATCAATTCTTATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACCTATTAATATTCCAAAAATTAATG 254 AT--ATTCATATAGACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATA * * * ** * 15780454 AGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAAG 317 ACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAC * * * * 15780493 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGAACTTTTGTTTTATCT 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA * * * * * * 15780558 TAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATAAATTTACTATTATTC 66 TAAAACAATTGTTT-T-TTTATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT- * * * * * * 15780623 TAAAGATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAA-TATGTTTTCTAAACACATTCAAATTGTTAT 128 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAT-TTAT-TGAAC-CATTCAAATAGTTAA * * 15780686 GACTATTTGAACAATTATCTATTACAAAT--TTTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAACAATTGTT 190 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTT-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATT-TT * * * * * * 15780749 TCTATTCATAAAGGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAA 253 TATATTCATATAGACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAA * * * 15780814 CTAAAAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTAC-CAAGC-AC 318 CTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAC * * * 15780851 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTT 1 -TTCAAATAGTTATGACTATTT---GAA-CA---A-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT * * * * * * 15780916 GTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACCAAA--TTATTCAGAATAAAATAATACTATTT 57 GTTTTATCATAAAACAATTGTTT-T-TTTATA--AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATT ** * * ** * * 15780979 TATTAATATTTTGAAA--ACTAA-TAAGAGATTCAAAATCTAAATCTATTTACCTG-ACTAGTTC 118 TATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTA-TTGAACCA-TTC * * * * * * * 15781040 AAATACTTATGACTATTTAAAAAATTATCTATTTCAAATCAGTATGATC-TTTGTTTTGTCATAA 180 AAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCAT-A * * * * * * * * 15781104 AACAACTGTTTT-TATTCATATAAACTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCTA 244 AACAA-T-TTTTATATTCATATAGACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCA * * * ** 15781168 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTTGAACCAA- 307 AAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAC * * * * 15781217 -TCAAATAGTTAAGACTGTTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTG-TTTAGTC 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TC ** *** * * ** ** * 15781280 ATAAAACAGCTGTTTTTATTCATATAAA-CTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATAT 65 ATAAAACAATTGTTTTT-TT-ATA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT * 15781344 TCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTATTGAACCAATCAAATAGTTAA 127 T-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTATTGAACCATTCAAATAGTTAA * * * * * 15781409 GACTGTTAGAACAATTGTCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATT 190 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATT-TT * * * * * * * * * * 15781474 T-TAGTTCCTACATACTCATTTGAAATAAACTAATAATACTTTATTAACATTCAAAAAATTAATA 253 TATA-TTCATATAGACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATA * * * 15781538 AC-CAAGGAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAC 317 ACTAAAAG-ATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAC * * * ** 15781578 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTCATTTTATCA 1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA * * * * 15781643 TAAAATAATTGTTTCATTTTATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTT 66 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Indices: 15782198--15784824 Score: 1635 Period size: 361 Copynumber: 7.3 Consensus size: 359 15782188 AAACCGGTTC * * * * * 15782198 AAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTTATAA 1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA * ** * * * * * * * * 15782263 AATAATAATTTATGTTCGTACAAGCTTA-GTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCA 66 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTAA * * * * * * 15782327 ACAATTAATAAGTAAAAAAATTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGA 129 ACAATTAATAAGT-AAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATC-AACAAGTTCAAATAGTTATGA * * * 15782392 TTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATCATTTA-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-ATT 192 CTATTTGACTAATTATCTATTTCAAAT--TTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGATT * * * * ** * * ** 15782455 TCAGCTAATATAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAAGCTATTAATATTCCTA-AAATAAATA 255 TTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCTATAAAT-AATA * * * * * 15782519 ATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTATC-AAATAAATTT 318 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CAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATGTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATAATTAA 127 -AAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATC-AACAAGTTCAAATAGTTAT * * ** * * * * * 15784167 GATTATTAGAAGAATGATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-A 190 GACTATTTGACTAATTATCTATTTCAAATT-TTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGA * * * * * * * * 15784231 TTTCAGTTCATATAAGCTTATATAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-CAAAAAATTAA 253 TTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCTATAAA-TAA * * * * * ** 15784295 TGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAACTTTATTTATAGAAA-AA-TTT 316 TAAGTAA-AGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCTAAACAAGTTT * * * * ** * 15784339 CCAAA-AGATT-TGACTTTTTGAACAATCATTCTAACTATTTAGAGTCATTATGAGCTTTTGTTT 1 --AAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTA-TCT-A-T-TTCA-AATTGTTATGACCTTTTGTTT * * * * * * 15784402 TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAA 58 TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAA * * * * 15784467 TATTTCAAA-AATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAACTAAA-ACTGTTT-TCCGAACCAGTTCAAA 123 TA-TT-AAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA-TATTTAT-C-AACAAGTTCAAA * * * * * * * 15784529 TAGTTATGACTATTTGAAC-AAATATCAATGTCAAATCATTACGATC-TTTGTTTTCTCAATAAA 183 TAGTTATGACTATTTG-ACTAATTATCTATTTCAAAT-TTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAA * * * * * * * 15784592 ACAATTG--TTTATGATCATCCAAGCTTATTTAG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAACATTTC 245 AAAATTGATTTTAT--TCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTCC * * * * 15784654 -A-AAA-ATTAA-TAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGT-TGAAA-TAGTTT 307 TATAAATAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCT-AAACAAGTTT * * * ** * * * * * ** 15784703 AAACAATTAAGAGTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTTATGT 1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA * * * 15784768 AATAATTGTTT-TAGGTCATACAAGTTTA-TTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAA 66 AACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA 15784825 CATTTATTTA Statistics Matches: 1791, Mismatches: 356, Indels: 239 0.75 0.15 0.10 Matches are distributed among these distances: 338 4 0.00 339 68 0.04 340 193 0.11 341 4 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Indices: 15783323--15783638 Score: 517 Period size: 159 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160 15783313 ATTTCAGATT * * * 15783323 GTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGGTTATTTGGAATAAAA 1 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAAGTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAA * * * * 15783388 TAATACTAATTTATTAAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT 66 TAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC 15783453 CATACAAGTGCAAATAGTTATGACTATATC 131 CATACAAGTGCAAATAGTTATGACTATATC 15783483 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACC-AGTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAA 1 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAAGTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAA * 15783547 TAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTAC 66 TAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC * * * * 15783612 CTTGCGAGTTCAAATAGTTATGACTAT 131 CATACAAGTGCAAATAGTTATGACTAT 15783639 TTGAACAATT Statistics Matches: 144, Mismatches: 12, Indels: 1 0.92 0.08 0.01 Matches are distributed among these distances: 159 117 0.81 160 27 0.19 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.10, T:0.40 Consensus pattern (160 bp): GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAAGTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAA TAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC CATACAAGTGCAAATAGTTATGACTATATC Found at i:15783810 original size:181 final size:181 Alignment explanation

Indices: 15783484--15784824 Score: 965 Period size: 181 Copynumber: 7.4 Consensus size: 181 15783474 GACTATATCG * * * * *** 15783484 TTATGACCTTTTGTTT-TGTCAT-AAACCAGTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAA 1 TTATGATCTTTTGTTTGT-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA * * * * 15783547 TAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTAC 65 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC *** * * * 15783612 CTTGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCG 130 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA * * ** 15783664 TTGTGATCTTTTGTTTGTTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTCAAAATAAAAT 1 TTATGATCTTTTGTTTGTTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT * * * * 15783729 AATACTAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAGGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACC 66 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC * * * * ** * 15783794 AAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAAGTACTATCTATTTCAAATCA 131 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA * * * ** * 15783845 TTATGAAT-TTTTG-TTG-TCATAAAATAATTATTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAATTAAAA 1 TTATG-ATCTTTTGTTTGTTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA * * * * 15783907 TAATACTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAACTAAATCTATTT-C 65 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC * * 15783967 CAAA-AGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACGATTATCTATATTAAAAT-A 130 CAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCA * * * * * * * 15784019 TTATGATATTTAT-TTTG-TCATCAAACAATTGATTCTTTTCATACAATCTTATTCAGATTAAAA 1 TTATGATCTTT-TGTTTGTTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA * * * * * * 15784082 TAATACTAATTTAATAATTTTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATGTGTTTGC 65 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC * * * * * * * * * ** 15784146 CGAACTAGTTCAAATAATTAAGATTATTAGAAGAATGATTTATTTCAAATTG 130 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA * * * * * 15784198 TTTTGACCTTTTTGTTTAG-TCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATATAAGCTTATAT-AGAATA 1 TTATGATC-TTTTGTTT-GTTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TCAAAATA * * * * * * 15784260 AAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAACTTTAT 62 AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTAT * * * * * * * 15784325 TTA-TAGAAAAATTTCCAAA-AGATT-TGACTTTTTGAACAATCATTCTAACTATTTAGAGTCA 126 TTACCA-AACAAGTT-CAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTA-TCT-A-T-TTCA-AATCA * * * * 15784386 TTATGAGCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAACTTA-TCTGAAATAA 1 TTATGATCTTTTGTTTGT-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAAATAA * * * * * * 15784448 AATAATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAACTAAAACTGTT 63 AATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT * * * * * * 15784512 TTCCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATGTCAAATCA 127 TACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA * * * * * 15784567 TTACGATC-TTTGTTT-TCTCAATAAAACAATTGTTTATGA-TCATCCAAGCTTATT-TAGATAA 1 TTATGATCTTTTGTTTGT-TC-ATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-A * * * * 15784628 AAATAATACTAATTTAATAACATT-TCAAAAATTAAT-AG---GAGATTTAAAAAATAAATATGT 62 AAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT *** * * * * * * ** * * 15784688 TTGTTGAAA-TAGTTTAAACAATTAAGAGTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCG 126 TT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA * * ** * * * * 15784744 TTCTGACCTTTTGTTTAGTT-ATGTAATAATTGTTT-TAGGTCATACAAGTTTATTCATAATAAA 1 TTATGATCTTTTGTTT-GTTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA 15784807 ATAATACTAATTTATTAA 64 ATAATACTAATTTATTAA 15784825 CATTTATTTA Statistics Matches: 914, Mismatches: 197, Indels: 103 0.75 0.16 0.08 Matches are distributed among these distances: 173 3 0.00 174 44 0.05 175 96 0.11 176 3 0.00 177 104 0.11 178 27 0.03 179 120 0.13 180 42 0.05 181 285 0.31 182 13 0.01 183 26 0.03 184 9 0.01 185 10 0.01 186 35 0.04 187 89 0.10 188 8 0.01 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40 Consensus pattern (181 bp): TTATGATCTTTTGTTTGTTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA Found at i:15784081 original size:175 final size:174 Alignment explanation

Indices: 15783497--15785754 Score: 717 Period size: 181 Copynumber: 12.6 Consensus size: 174 15783487 TGACCTTTTG * * * * * *** 15783497 TTTTGTCAT-AAACCAGTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAT 1 TTTTGTCATCAAACAATTGATTCTATTCATACAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT * **** 15783561 TAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTACCTTGCGAGTTCAAA 66 TAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAAAGA-TTTAAAAATAAATCTATTTACCAAAAGAGTTCAAA * * * * * 15783626 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTGTGATCTTT 126 TAGTTATGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTT * * 15783675 TGTTTGTTCA-CAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT 1 T-TTTG-TCATC-AAACAATTGATTCTATTCATACAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT * * * * 15783739 TATTAATATTCTAGAAATTAATAGGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACA-AGTT 63 TATTAATATTCCAAAAATTAATA----AAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAA-AGAGTT * * * * * 15783803 TAAATAGTCATGTCCATTTGAA-GTACTATCTATTTCAAATCATTATGA-ATTT 122 CAAATAGTTATGACTATTTGAACG-ATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTT * * * ** * * * 15783855 TTGTTGTCATAAAATAATT-ATTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAATTAAAATAATACTGATCT 1 TT-TTGTCATCAAACAATTGA-TTCTATTCATACAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT ** 15783919 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAACTAAATCTATTT-CCAAAAGAGTTCAAATA 64 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTACCAAAAGAGTTCAAATA * 15783983 GTTATGACTATTTGAACGATTATCTATATTAAAAT-ATTATGATATTT 128 GTTATGACTATTTGAACGATTATCTAT-TTCAAATCATTATGATATTT * * * 15784030 ATTTTGTCATCAAACAATTGATTCTTTTCATACAATCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTA 1 -TTTTGTCATCAAACAATTGATTCTATTCATACAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA * * * * * * ** 15784095 ATAATTTTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAATGTGTTTGCCGAACTAGTTCAA 65 TTAATATTCCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAATA-AATCTATTTACCAAAAGAGTTCAA * * * * * * ** * 15784159 ATAATTAAGATTATTAGAA-GAATGATTTATTTCAAATTGTTTTGACCT-TTT 125 ATAGTTATGACTATTTGAACG-ATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TATTT * * * * 15784210 TGTTTAGTCATAAAACAATT-ATT-TCAGTTCATATAAGCTTATAT-AGAATAAAATAATACTAA 1 T-TTT-GTCATCAAACAATTGATTCT-A-TTCATACAATCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAA * * * * * * 15784272 TTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAACTTTATTTA-TAGAAAAA 61 TTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTT--AAAAATAAATCTATTTACCA-AAAGA * * * * * * 15784336 TTTCCAAA-AGATT-TGACTTTTTGAACAATCATTCTAACTATTTAGAGTCATTATGAGCT-TTT 119 GTT-CAAATAG-TTATGACTATTTGAACGATTA-TCT-A-T-TTCA-AATCATTATGA--TATTT * * * * * * 15784398 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAACTTA-TCTGAAATAAAATAATACTACTT 1 -TTTTGTCATCAAACAATTGATTCTA-TTCATACAATCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATT * * * * * ** 15784461 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAACTAAAACTGTTTTCCGAACCAGTTC 63 TATTAATATTCCAAAAATTAAT----AAAAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTACCAAAAGAGTTC * * * * * * 15784526 AAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATGTCAAATCATTACGATCTTT 123 AAATAGTTATGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTT * * * * * * 15784578 GTTTTCTCAATAAAACAATTG-TT-TATGATCATCCAAGCTTATT-TAGATAAAAATAATACTAA 1 -TTTTGTC-ATCAAACAATTGATTCTAT--TCATACAATCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAA * * * ** * * **** * * 15784640 TTTAATAACATTTCAAAAATTAATAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTTGAAATAGTTTAA 61 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAAAGAGTTCAA * * * * ** ** * * ** 15784705 ACAATTAAGAGTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTT 125 ATAGTTATGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTT * ** * * * * 15784755 TGTTTAGTTATGTAATAATTG-TTTTAGGTCATACAAGT-TTATTCATAATAAAATAATACTAAT 1 T-TTT-GTCATCAAACAATTGATTCTA-TTCATACAA-TCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT * * * ** * **** ** 15784818 TTATTAACATT-----TATT--T-----ATTT-CAAAT-TGT-TA-TGACC--TTTTGTTCAAGC 62 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAAAGAGTTCAAAT * * * * * * * ** 15784865 AGTTAAGACTGTATGAACAATTTTTTATTTTAAATTGTTATGACCT-TTT 127 AGTTATGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TATTT * * * * ** ** * 15784914 CTTTTGTCATAAAATAATT-ATT-TCAGCTT-ATACAAGCATATTTGAAATAGGATAACACT-AT 1 -TTTTGTCATCAAACAATTGATTCT-A--TTCATACAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT * * * *** ** 15784975 TTATTAATATTTCAAAAATTTACAATTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTATTGAACCAGTT 62 TTATTAATATTCCAAAAA-TT--AA-TAAAAGATTTA-AAAATAAATCTATTTACCAAAAGAGTT * * * * * * * 15785040 CAAACAATTATAACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACTTTTT 122 CAAATAGTTATGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TATTT * * * * * * * * ** 15785094 GTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTTAAGATAAGT-TTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTT 1 -TTTTGTCATCAAACAATTGATTCTATTCATACAA-TCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT ** * ** * 15785157 ATTAATATTTAAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTACCAAACCATTTC 64 ATTAATATTCCAAAAATTAA-TA--AA-AGATTT-AAAAAT-AAATCTATTTACCAAAAGAGTTC * * * ** * 15785221 AAATAGTTTTAACTATCTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT-TTT 123 AAATAGTTATGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TATTT * * * * 15785274 ATTTTGTCATTAAACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA 1 -TTTTGTCATCAAACAATTGATTCTATTCATACAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA * *** * * * ** ** * 15785339 ATAATATTTTGAAACTTAATAACCAATAAAATTAAAAATTAAATCTAATTGT-GGAAGTG-GTTT 65 TTAATATTCCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAA-TAAATCT-ATT-TACCAAAAGAGTTC * * * * * 15785402 AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCT-TTT 123 AAATAGTTATGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TATTT * * * * * * * ** * 15785455 CTTTTGTCGTAAAATAATTG-TTTTGTTCATGCAAGCTTATTCTGATTAAAATAACT-CTAATTT 1 -TTTTGTCATCAAACAATTGATTCTATTCATACAATCTTATTCAAAATAAAATAA-TACTAATTT * *** * * ** 15785518 AATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTTTTTACCAAATCAGTTCA 64 ATTAATATTCCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAA-TAAATCTATTTACCAAAAGAGTTCA * * * * * * * ** * ** 15785583 AATTGTGAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTCTGACCTTT 124 AATAGTTATGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTT * * * * * * * 15785634 TGTTTAGTTATAAAACAATTG-TTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATAATAAAT 1 T-TTT-GTCATCAAACAATTGATTCTA-TTCATACAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT ** ** 15785698 TATTAGCATTTGAAAAATTAATGAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCA 63 TATTAATATTCCAAAAATTAAT---AAA-AGATTT--AAAAATAAATCTATTTACCA 15785755 TTTGAATAAT Statistics Matches: 1582, Mismatches: 364, Indels: 264 0.72 0.16 0.12 Matches are distributed among these distances: 157 13 0.01 158 73 0.05 159 7 0.00 160 2 0.00 161 1 0.00 162 2 0.00 163 6 0.00 165 4 0.00 168 1 0.00 170 1 0.00 172 3 0.00 173 5 0.00 174 47 0.03 175 99 0.06 176 6 0.00 177 121 0.08 178 36 0.02 179 162 0.10 180 342 0.22 181 445 0.28 182 21 0.01 183 36 0.02 184 10 0.01 185 15 0.01 186 30 0.02 187 73 0.05 188 19 0.01 189 1 0.00 190 1 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40 Consensus pattern (174 bp): TTTTGTCATCAAACAATTGATTCTATTCATACAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT TAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAAAGAGTTCAAATAGTT ATGACTATTTGAACGATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTT Found at i:15785556 original size:180 final size:177 Alignment explanation

Indices: 15784865--15789658 Score: 1832 Period size: 180 Copynumber: 26.8 Consensus size: 177 15784855 TTGTTCAAGC * * * * ** * 15784865 AGTTAAGACTGTATGAACAATTTTTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAATA 1 AGTTAA-ACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACA * * * ** * * * 15784930 ATTATTTCAGCTTATACAAGCATATTTGAAATAGGATAACACT-ATTTATTAATATTTCAAAAAT 65 ATTGTTT-TG-TTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAAT * * * * * * * * * 15784994 TTACAATTAAGAGATTTAGAAAA-TAATTCTATTTATTGAACCAGTTCAAAC 128 TAATAAGTAAGAGATTTA-AAAATTAAATCTAATT-TCGAAACAGTTTAAAT * * * * 15785045 AATTATAACTAT-TCGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC 1 AGTTA-AACTATAT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAAC * * * * * * * 15785109 AATTTTTTTGTTAAGATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAAT 64 AATTGTTTTGTT-ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAAT * * * * 15785174 TAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-T-GTTTACCAAACCA-TTTCAAAT 128 TAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATTAAATCTAATTT-CGAAA-CAGTTT-AAAT * * * * * * 15785225 AGTTTTAACTATCTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATTAAACA 1 AG-TTAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACA * * * ** ** * * 15785290 ATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACT 65 ATT-GTTTTGTT-ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAAT ** * * * * *** 15785355 TAATAACCAATAAAATTAAAAATTAAATCTAATTGTGGAAGTGGTTTAAAT 128 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTAAATCTAATT-TCGAAACAGTTTAAAT * * * * 15785406 AGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTCGTAAAATA 1 AGTTAA-ACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACA * * * 15785471 ATTGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTCTG-ATTAAAATAACT-CTAATTTAATAATATTTTGAAAA 65 ATTGTTTTGTT-ATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAA-TACTAATTTAATAATATTTTAAAAA * ** * * 15785534 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAT-TTTTTTACCAAATCAGTTCAAAT 127 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTAAATCTAATTT-CGAAA-CAGTTTAAAT * * * * ** * * * * 15785586 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Indices: 15785059--15789642 Score: 1237 Period size: 359 Copynumber: 12.8 Consensus size: 362 15785049 ATAACTATTC * * * 15785059 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTGTTAAG 1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTAAG * * * * * 15785124 ATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATTAGTAAGAGAT 66 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGAT * ** * * 15785189 TTAAAAAATAAAATTGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTAACTATCTGAATAATTATCTATT 131 TTAAAAAATAAAATTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTGAAACCATCTGAACAATTATCTATT * * * ** 15785254 TCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATTAAACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTCAA 196 TCAAATCATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA * * * * * * * 15785319 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAATAAAATT-AAAAATTAAAT 261 AATAAAATAATAATAAATTAATAACATTTTGAAAATTAATAACAAAGAAAATTAAAAAAATAAAT 15785383 CTAATTGTGGAAGTGGTTTAAATAGTTAAGACTATAT 326 CTAATTGTGGAAGTGGTTTAAATAGTTAAGACTATAT * * * * * * 15785420 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* * ** * ** 15786177 TCATAGAAGCTTA-TTCAGTTAAAAATAATACTACTTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A--AA 62 TAAGACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA * * * ** * * * * 15786238 -AGATTTAAAAAAGAAAATTTATTTGCCAAATTAGCTCAAATAGTTAAAACTAT-TAGAATAATT 126 GAGATTTAAAAAATAAAA-TTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTGAAACCATCT-GAACAATT ** * * * * * * * * 15786301 ATCTATTTCAAATTGTTCTAACTTTTTGTTTAATCATAAAACTATTTGTT-TCATATCTTACATG 189 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGGTTCT-AT-TCATACAAG *** * * * * * 15786365 CTTATTTGGAATAAAATAATCCA-AATTTATTGAA-A-TTTGAAAAATTAATAAACAAA-ATATT 252 CTTATTCAAAATAAAATAAT-AATAAATTAAT-AACATTTTG-AAAATTAAT-AACAAAGAAAAT * * * ** * ***** * * * 15786426 TGATAAAATAAATTTGTTTACT-GATCAAATTCAAATAGTTATGACTATTT 313 TAAAAAAATAAATCTAATT-GTGGAAGTGGTTTAAATAGTTAAGACTATAT * * * * * * * 15786476 GAACAATTGTATACTTT-AAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTC 1 GAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATCACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTA * * ** * * 15786540 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTATGAG 64 AGACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAG * * * * * * 15786605 ATTTAAAAAATAAATTTGTCTACCAAACTAGTTTAAATAGTT-AAGACTATATGAACAATTATCT 129 ATTTAAAAAATAAAATTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTGAA-ACCATCTGAACAATTATCT * * * * * ** * * 15786669 ATTTTAAATCATT-T----TTGT-TTT-GCCATAAAATAGTTTTTTCAATTCATACTAGCTTATT 193 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATT * * * ** *** * * 15786727 CAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAG-AGATTTAAAAAAT 258 CAAAATAAAATAATAAT-AAATTAATAACATTTTGAAAATTAATAACAAAGAAAATTAAAAAAAT * **** * * * * * 15786790 -AATACTATTTACCTAA-TCAGTTCAAATAATTATGACTATTT 322 AAAT-CTAATTGTGGAAGT-GGTTTAAATAGTTAAGACTATAT * * * * * ** * * * 15786831 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAGCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAAATGTTTTGTTCAT 1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTAAG * * * * * * * 15786896 ATAAGTTTGTTCGAAATAAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTAAAAAA-T--TAA-TAAGAGA 66 ACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGA * * * * * ** * 15786957 TTTAAAAAA-AAAATT-TATTATCAAACTAGTTCAAATAGCT-ATAACTATTTGAGGAATTATTT 130 TTTAAAAAATAAAATTGT-TTACCAAACCAGTTCAAATAGTTGA-AACCATCTGAACAATTATCT ** * * * * * * * * * 15787019 ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTA-TTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTCAT 193 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTATT-TAGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTAT * * * * * * * * ** 15787083 TTAGATTTAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AACAATTAATAAGTAA-AAAATTAAAAAAA 257 TCAAAATAAAATAATAATAAATTAATAACATTTTGAA-AATTAATAACAAAGAAAATTAAAAAAA * ** **** * * * * * * * 15787146 TAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTT 321 TAAATCTAATTGTGGAAGTGGTTTAAATAGTTAAGACTATAT * * * * * * * ** 15787188 GAATAAATATCTATTTCAAATCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA 1 GAACAATTATCTATTTCAAATC--ATTA-TC--ACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTG *** * * * * * * 15787253 TATCTTATAAGTTTATTTGAAATAAAATAAT-CTAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGG 61 T-TAAGACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGT * *** * * * * 15787317 AA-ATGATTTGAAAAAAT-AAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAG-TGATGACTATTTGAAC 124 AAGA-GATTT-AAAAAATAAAAT-TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTGA-AACCATCTGAAC * * * * * * * * * 15787379 AATTATTTATTTAAAATCAATATGACCATTTGTTTTGACATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATA- 185 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATAC * * * ** * * ** * 15787442 AAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAATTCAAAAATTAATAAGC--A-AAAGT 249 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAAATTAATAACATTTTGAAAATTAATAA-CAAAGAAAAT * * ** **** **** * * * * 15787504 T--TAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAATTATGACTATTT 313 TAAAAAAATAAATCTAATTGTGGAAGTGGTTTAAATAGTTAAGACTATAT * * * * * 15787552 GAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-CTTTGAATTC 1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTG--TTA * * * * 15787616 ATACAAGCTT-TGTTAAAATAAAATAATACTAATTT-TTGAATATTTCAAAAATTAATAAGT--- 64 AGACAAGCTTAT-TTGAAATAAAATAATACTAATTTAAT-AATATTTAAAAAATTAATAAGTAAG * * * ** * *** * * 15787676 A-ATTT-AAAAGT-GAATCTATTTACCAAATTAGTTCAAATAATT-ATGGTCATTTTAACAATTA 127 AGATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTGA-AACCATCTGAACAATTA * ** * * * * * * * * 15787737 CCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTATTTGGTCA-AATAACAATTGTTTTTTTATCATATATGT 190 TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTAGTCATAA-AACAATTGGTTCTAT-TCATACAAGC ** * * * ** ** * * 15787801 TTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATC-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA 253 TTATTCAAAATAAAATAATAATAAATTAATAA-CATTTTGAAAATTAATAACAAAGAAAATTAAA * **** * * * * * 15787865 AAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTTAAGTAGTTATGACTATTT 317 AAAATAAATCTAATTGTGGAAGTGGTTTAAATAGTTAAGACTATAT * * * * * * * 15787911 GAACAATTGTAT-TCTTCAAATTATTAT-ATCCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATT 1 GAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATCA-CCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTT * * * * * * * ** * * 15787974 CATACAAACTTATTGGAAAGAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAATATTAATAACTAAGA 63 AAGACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGA * * * * ** * 15788039 GATTTAAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATT-AAGAATATATGAACAATTAT 128 GATTT-AAAAAATAAAATTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTGAA-ACCATCTGAACAATTAT * * ** * 15788103 CTATTTCAAATCATT-T----TTGT-TTT-GTCATAAAATAATTTTTTC-ACTTCATACTAGCTT 191 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATACAAGCTT * * * * ** * *** * * 15788160 ATTCGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATATGTAAG-AAGTTTAAAA 255 ATTCAAAATAAAATAATAAT-AAATTAATAACATTTTGAAAATTAATAACAAAGAAAATTAAAAA * * **** * * * * * 15788223 AATAATTCTATTTACCTAATTAGTTCAAATAATTATGACTAT-T 319 AATAAATCTAATTGTGGAAGTGGTTTAAATAGTTAAGACTATAT * * * * * * * 15788266 GAACAATTATCTATTTCAAAACACTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCA 1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTAA * * * * * * * 15788331 TATAAGTTTGTTT-AGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T---AG 65 GACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAG * * * * * * * * ** * 15788391 ATTTAAAAAAT-AAATCTATTTATCAAACCAATTTAAAAAGTT-ATGACTATTTGAGTAATTATT 129 ATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTGA-AACCATCTGAACAATTATC ** **** * * *** * 15788454 TATTTCAAATTGTTATGGTTTTTTGTTCTATTGC--AAAACAATAATTTCTATTCATAAAAGCTT 192 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTATT-TAGT-CATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTT * * * * * * * * 15788517 ATTC-AAATGAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAACAATTAATAAGAAA-AAATTTTAAA 255 ATTCAAAAT-AAAATAATAATAAATTAATAACATTTTGAA-AATTAATAACAAAGAAAATTAAAA * ** **** * * * * * ** * * 15788579 AATTAAAT-TGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATCACCATTT 318 AAATAAATCTAATTGTGGAAGTGGTTTAAATAGTTAAGACTATAT * * * * * * * 15788623 GAATAAGTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTTAGTTCA 1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTT-A * ** * * * * * 15788687 TG-TTAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAAGTTATTAATATTCT-AAAAATTAGTAATTAAGA 64 AGACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGA * * * * * * 15788749 GATTTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAATT-ATGACTATTTGAACAATTA 128 GA-TTTAAAAAATAAAAT-TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTGA-AACCATCTGAACAATTA * * * * ** ** ** * * 15788812 TCTATTTGAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCACCAAATGATTTTTTCTGTTCATAAAAGCTT 190 TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTT ** * * * ** * *** * * 15788877 ATTTGAAATAAAA-AAT-ATAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAGGTAA-AAGATT-TAAAA 255 ATTCAAAATAAAATAATAATAAATTAATAACATTTTGAAAATTAATAACAAAGAAAATTAAAAAA * ** **** *** * ** * 15788938 ATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCCTTATGACTA-ATT 320 ATAAATCTAATTGTGGAAGTGGTTTAAATAGTTAAGACTATA-T * * ** * * ** * * * * 15788981 GAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTCTTCAGTCATAAAATAAGTGTTTCTATTCA 1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTAA * * * * * * * * 15789046 TACAAGCTTA-TTCATATTAAAATAATATTAACTT-ATAAATATTTCAACAAA-TAATAAGCAAA 65 GACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTAAT-AATATTT-AAAAAATTAATAAGTAAG * * * * * * 15789108 AGATTTAAAAAAT-AAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCTTG--ACTATTTGAATAATT 127 AGATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAG--TTGAAACCATCTGAACAATT * * * * * * * * 15789170 ATCTACTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGC 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* * ** 15789595 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAA 255 ATTCAAAATAAAATAATAATAAATTAATAACATTTTGAAAATTAATAA 15789643 GTAAAAGATT Statistics Matches: 3270, Mismatches: 727, Indels: 453 0.73 0.16 0.10 Matches are distributed among these distances: 334 16 0.00 335 128 0.04 336 10 0.00 337 2 0.00 338 49 0.01 339 43 0.01 340 4 0.00 342 2 0.00 343 1 0.00 346 3 0.00 348 4 0.00 349 4 0.00 350 104 0.03 351 24 0.01 352 5 0.00 353 75 0.02 354 41 0.01 355 285 0.09 356 167 0.05 357 399 0.12 358 219 0.07 359 543 0.17 360 313 0.10 361 396 0.12 362 76 0.02 363 26 0.01 364 108 0.03 365 73 0.02 366 15 0.00 367 58 0.02 368 76 0.02 369 1 0.00 ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (362 bp): GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTAAG ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGAT TTAAAAAATAAAATTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTGAAACCATCTGAACAATTATCTATT TCAAATCATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA 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Indices: 15786814--15786846 Score: 50 Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17 15786804 AATCAGTTCA 15786814 AATAATTATGACTATTTG 1 AATAATTAT-ACTATTTG 15786832 AATAATTAT-CTATTT 1 AATAATTATACTATTT 15786847 CAAATCGTTA Statistics Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2 0.88 0.00 0.12 Matches are distributed among these distances: 16 6 0.40 18 9 0.60 ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48 Consensus pattern (17 bp): AATAATTATACTATTTG Found at i:15787671 original size:359 final size:354 Alignment explanation

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15786112 ATTTGAAC-ATATATC-AGTTTCAAAT-AGTTAAGATC-TTTGTTTTGTTATAAAATAATTCTTT 1 ATTTGAACAAT-TATCTA-TTTAAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT * * * ** * * * 15786173 CTG-A-TCATAGAAGCTTATTCAGTTAAAAATAATACTACTTTAATAATATTCCAAAAATTAAT- 62 -TGAATTCATACAAGCTTTTTGAAAT-AAAATAATACTAATTT-TTAATATTTCAAAAATTAATA * * * ** ** * ** * * 15786235 A-AAAGATTTAAAAAAGAAAATTTATTTGCCAAATTAGCTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAA 124 AGAAAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA * * * * ** * * * * 15786299 TTATCTATTTCAAATTGTTCTAACTTTTTGTTTAATCATAAAACTATTTGTTTCATATCTTACAT 188 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTAT-TCATACAA * * * * * ** * 15786364 GCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTATTGAA-ATTTGAAAAATTAATAAACAAAATATTTG 251 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT-AATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAA-AGTT- ** * * 15786428 ATAAAATAAATTTGTTTACTGATCAAATTCAAATAGTTATGACT 312 -TAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT * * * * * 15786472 ATTTGAACAATTGTATACTTT-AAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT-A 1 ATTTGAACAATTATCTA-TTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTGA * ** * * 15786535 TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACT 65 -ATTCATACAAGCTT-TTTGAAATAAAATAATACTAAT-TTTTAATATTTCAAAAATTAATAA-G * * * * * * * * 15786600 ATGAGATTTAAAAAATAAATTTGTCTACCAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATT 126 A-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT * * * * * 15786665 ATCTATTTTAAATC---AT----TTTTGTTTTGCCATAAAATAGTT-TTTTCAATTCATACTAGC 190 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT--ATTCATACAAGC * * * * 15786722 TTATTCAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAA 253 TTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG-TTTAAA * * * * * 15786786 AAATAATACTATTTACCTAATC-AGTTCAAATAATTATGACT 316 ATA-AAT-TTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACT * * * * ** * 15786827 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAGCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAAATGTTTTG- 1 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTGA * * * * 15786891 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TTGAAT-TCATACAAGCTT-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTT-TTAATATTTC-AAAAATTA * ** * 15787311 ATAAGGAAATGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTTG 121 ATAA-GAAA-GATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG * * ** * * 15787376 AACAATTATTTATTTAAAATCAATATGACCATTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT 183 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCAT * * * * * 15787441 A-AAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAATTCAAAAATTAATAAGCAAAAGTT 247 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGTT * * 15787505 TAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAATTATGACT 312 TAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT * 15787548 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTCTTTGAA 1 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTGAA * * 15787613 TTCATACAAGCTTTGTTAAAATAAAATAATACTAATTTTTGAATATTTCAAAAATTAATAAG-TA 66 TTCATACAAGCTTT-TTGAAATAAAATAATACTAATTTTT-AATATTTCAAAAATTAATAAGAAA * * * * ** * * * * 15787677 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15789658 AGAATAATTA Statistics Matches: 2797, Mismatches: 568, Indels: 361 0.75 0.15 0.10 Matches are distributed among these distances: 349 1 0.00 350 96 0.03 351 24 0.01 352 5 0.00 353 91 0.03 354 43 0.02 355 276 0.10 356 172 0.06 357 379 0.14 358 243 0.09 359 585 0.21 360 293 0.10 361 164 0.06 362 78 0.03 363 20 0.01 364 110 0.04 365 69 0.02 366 12 0.00 367 58 0.02 368 77 0.03 369 1 0.00 ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (354 bp): ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTGAA TTCATACAAGCTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGA TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCGA AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGTTTAAAATAAATTTGT TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT Found at i:15789351 original size:18 final size:18 Alignment explanation

Indices: 15789325--15789376 Score: 54 Period size: 16 Copynumber: 3.0 Consensus size: 18 15789315 AACCTTTTCA * 15789325 AATAGTTATGACTATTTG 1 AATAATTATGACTATTTG * 15789343 AATAATTAT--CTATTTC 1 AATAATTATGACTATTTG * * 15789359 AAAAATTATGACTTTTTG 1 AATAATTATGACTATTTG 15789377 TTTTGTCATA Statistics Matches: 27, Mismatches: 5, Indels: 4 0.75 0.14 0.11 Matches are distributed among these distances: 16 14 0.52 18 13 0.48 ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.10, T:0.46 Consensus pattern (18 bp): AATAATTATGACTATTTG Found at i:15789775 original size:139 final size:138 Alignment explanation

Indices: 15789525--15789797 Score: 368 Period size: 139 Copynumber: 2.0 Consensus size: 138 15789515 CTATTTGAAC * * * 15789525 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCATTTGTTTCTATTCATAAA 1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTTATTTCTATTCATAAA * 15789590 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA 66 AGCTTACTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA 15789655 AAAAGAAT 131 AAAAGAAT * * * * * 15789663 AATTATTTATTTCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTATTTCTATTTATAC 1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTTATTTCTATTCATAA ** * * * *** 15789728 AATTTTACTCAAAATATAATAATACTAGTTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATT 65 AAGCTTACTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATT 15789792 TAAAAA 129 TAAAAA 15789798 ATAAATATGT Statistics Matches: 116, Mismatches: 17, Indels: 3 0.85 0.12 0.02 Matches are distributed among these distances: 138 40 0.34 139 76 0.66 ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.06, T:0.43 Consensus pattern (138 bp): AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTTATTTCTATTCATAAA AGCTTACTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA AAAAGAAT Found at i:15790408 original size:181 final size:176 Alignment explanation

Indices: 15789682--15790691 Score: 523 Period size: 181 Copynumber: 5.7 Consensus size: 176 15789672 TTTCAAATTA * * * *** * * 15789682 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTATTTCTA-TTTATACAATTTTACTCAAAATATA 1 TTATGAACTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTT-TTTC-AGTCTATACAAGCCTATTCGAAATA-A * ** * * * 15789746 ATAATACTAGTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTC 63 ATAATACTAATTTATT-ATATTC-AAAAATTAATAA--AAGAAATTTAAAAAAATAAATTTGTTT * * * * * 15789810 ACCGAATA-AGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTAAGCT-ATTATATATTTCA-AATA-G 124 ATC-AA-ACAGTTCAAATAGTTATGAT-TATTTAA-ATAATTATCTATTT-ATAA-ACG * * * * *** ** 15789864 TTATGATA-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTTATACAAAATTATTTTAAATAAA 1 TTATGA-ACTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTTTTTC-AGTCTATACAAGCCTATTCGAAAT-AA * * * * 15789927 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TAAT--AAGAGATTT-TAAAAA-AAATCTATTTAT 63 ATAATACTAATTTATT-ATA-TTCAAAAATTAATAAAAGAAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTAT * * * * * * * ** 15789987 CAAACCAATTCAAATGGTTATGACTGTTTCAACAATTATCTATCTCA-AATTG 126 CAAA-CAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATCTAT-TTATAAACG * * * * 15790039 TTATGATC-TTTGTTT-GTCGTAAAACAACTGGTTTT--GT-TCATACAAGCTTATTC-AAAGTA 1 TTATGAACTTTTGTTTAGTCATAAAACAA-T-TTTTTCAGTCT-ATACAAGCCTATTCGAAA-T- * * * ** * * 15790098 AAATATTACAAAATTAAAAATATTCTAAAAATTAAT--AAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTT 61 AAATAATAC-TAATTTATTATATTC-AAAAATTAATAAAAGAAATTTAAAAAAATAAATTTGTTT * * * * 15790161 GTCAAATAGTTCAAATAGTTAAGATTA-TTAGAATAATTATCTATTTCA-AATCG 124 ATCAAACAGTTCAAATAGTTATGATTATTTA-AATAATTATCTATTT-ATAAACG * * * * * * 15790214 TTCTTACCTTTTGTTTAGTCGTAAAATAATTTTTTCAGTCTATACATGCCTATTCGAAATAACAT 1 TTATGAACTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTTTTTCAGTCTATACAAGCCTATTCGAAATAA-AT * * 15790279 AATACTAATTTATTATCATTCAAAAAATTAATAAACAGAAATTAAAAAAAATAAATTTGTTTACC 65 AATACTAATTTATTAT-ATTC-AAAAATTAATAAA-AGAAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATC * 15790344 AAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATCTATTTATAAGAAG 127 AAAC-AGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATCTATTTATAA-ACG * * * * 15790396 -TATGAACTTTTGTTTTA-TCATAAAACGATTGTTTCAGT-TCATAAAAGCTTA-TCTGAAATAT 1 TTATGAACTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTTTTTCAGTCT-ATACAAGCCTATTC-GAAATA- * * * * * * 15790457 AATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AAGTTAA-AGATTTTAAAAAA-AAGTTAGT 62 AATAATACTAATTTATT-ATA-TTCAAAAATTAATAA---AAGAAATTTAAAAAAATAAATTTGT * *** * * 15790519 TTATCAAATC-GCTTCAAATAATTATGGCCATTTACACAATTATCTATTT-TAAATCG 122 TTATCAAA-CAG-TTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATCTATTTATAAA-CG * 15790575 TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TC-ATACAAGCCTATTCGAAATAAA 1 TTATGAACTTTTGTTTAGTCATAAAACAA-T-TTTTTCAGTCTATACAAGCCTATTCGAAAT-AA * * 15790638 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGT--AAGAGATTT-AAAAAATAAAT 63 ATAATACTAATTTATT-ATA-TTCAAAAATTAATAAAAGAAATTTAAAAAAATAAAT 15790692 CTATTTACCG Statistics Matches: 658, Mismatches: 111, Indels: 123 0.74 0.12 0.14 Matches are distributed among these distances: 172 7 0.01 173 41 0.06 174 31 0.05 175 92 0.14 176 52 0.08 177 55 0.08 178 5 0.01 179 9 0.01 180 148 0.22 181 164 0.25 182 53 0.08 183 1 0.00 ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40 Consensus pattern (176 bp): TTATGAACTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTTTTTCAGTCTATACAAGCCTATTCGAAATAAATA ATACTAATTTATTATATTCAAAAATTAATAAAAGAAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCAAAC AGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATCTATTTATAAACG Done.