Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167993.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_25, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 94000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 91 of 100
Found at i:15792900 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15792391--15797869 Score: 3224
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* * * * * * ** * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
15792753 AAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * ** * * *
15792818 TGCCAAACCGGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATATGACCTTT
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* * ** * **
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* * * *
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* *
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* * *** * * * **
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127 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA
* *
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1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
** * *
15793171 TA-TCAAATGAGTCTC-AATAGTTATGA--A---G--CAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT
66 TACT-AAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TATGACC
* * * * *** *
15793227 TTTTATTTTATTATAAAATAATTGTTTCCATTCATACAAGCCTATTC-GAATTA
128 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TA
* * * * * *
15793280 AAATAATACTAATTTACTAA-ATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAATAAATATGCT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * * * * **
15793343 TATTGAACTAGGTCAAATGGTCATGATTATTTGAATTATTATCT-TTTCAAATCACTATGACCTT
66 TACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TATGACCTT
* * *** * *
15793407 TTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATA
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* * * * *
15793458 AAATAATACTAAGTTATTAATATTACAGAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
** * * * * * *
15793523 TGTTGAACAAGTTTAAATAATTAT-ACTATTTCAACAATTATC-ATTTTGAAATTGC-TATAACC
66 TACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAA-T-CATATGACC
* * * ** *
15793585 TTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGTATA
128 TTTTGTTTTGTCATAAAA-CA-ATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA
* * * *
15793640 AAATAATACAAATTTATTAATA--TAAAGACAATTAATAAGTAAAATATTT-AAAAATAAATTTG
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * *
15793702 TTTACCAAACAAGTTCAAAT-TTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACT
64 TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATATGACC
* * *
15793766 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTTTTCA-AATTA
128 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TA
** ** ** * * * * *
15793819 TGATAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAATATGTT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
** * * * * * *
15793884 TTTTGAACAAGTTCAAATAGCCT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGATCT
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* ** * * *
15793948 TTTGTTTTGTAATAAAA-AATTGTTTCAGTTCATATAAACTTATT-TGAAATA
129 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATA
* * * * *
15793999 AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTGTT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * * *
15794064 TACTAAACATGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATT
66 TACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TATGACCTT
* * * * **
15794129 TTGTTTTGTCATAAAATAATTAG-TTCTGTTAATGCAAGCTTATTTTGAATA
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* * * * **
15794180 AAATAAT-CTAAATTTATTTATATTTGAAAAATTAATAAGTAA-ATATTTTAAAAATAAATACGT
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* * * * * *
15794243 TTTCTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCT
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* * * **
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* * * * * * * *
15794360 AAATAATACTAACTTATTAAAATTCCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAATAAATCTATT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * * * *
15794424 TACTAAGCAAGTTCAAATAGTTGTGACTGTTTGAATAATTATTTATTCCAAATTGC-TATGATCT
66 TACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-CATATGACCT
* * * * * * *
15794488 TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATA
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* * **
15794540 AAATAGTACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTTATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
** ** * * * * * *
15794604 TCCCTGTACAAGTTTAAATAGTCAT-ATCCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATCATTATGACA
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* * * * ** *
15794668 TTATATTTTATCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATA
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* *
15794721 AAATAATACCAATTTATTAATATTTCAACAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACA-AAATCTG
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATTTG
* * * * * * * *
15794781 TTTA-TCGAACCAGTTCTATTAGTTATGATTATTTGAAC-A-T-T-TATTT-ATATCGTTATGAT
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* * * * * * * *
15794840 C-TTTGTTTTATCAT-AGA-AATTGTTTATATTCATGCAAGCTTGTTCGGAGTA
127 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA
* * * * * * *
15794891 AAATATTGCTAAATTAATAGTA-TTCTAAAAA-T--TAAG-AAGAGATTTAAAAAATACATGTGT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * *
15794951 TTTCCAAACTAGTTTAAATA---AT---TA---GAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCT
65 TTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TATGACCT
* * * * * *
15795007 TTTGTTTAGTCATAAAA-TATT-TTTTCAGTTCATACATGGTTATTC-GAAAAA
129 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATA
* ** * * *
15795058 AAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAGAAAATTAATAAACAACAAATTTTAAAAAATAAATCTA
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAAT-TT
* * * * *
15795122 G-TTA-TAGAACAAGATCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTACCTATTTAAAATAAATATGA
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* * ** * * * *
15795185 CATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATA
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* * * *
15795240 AAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAAT-AATTTAAT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-GT
*** * * * * * *
15795304 TTA-TCAAATTGGTTCAAATAATTTTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC
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* * * *
15795368 ATTTGTTTTGTTAT-AAACAATTGTTTTT-TCATCATACAAGCCTATTCAAAATA
128 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT--TCATACAAGCTTATTCAGAATA
* * * * * * *
15795421 AAATAGTATTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGTT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * ** *
15795486 TACTAAAC-----C--A-A--T-T-CCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTT
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* * * * * *
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1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA-ATAAGTAAGAGAT--TTA-AAAAATAAAT-
* ** ** ** * *
15795650 TTG-TCA-TAAAACAA-TT-ATTTCAGTTTAT-TTTATTTGAA-ATAAAATACTAATAATT-TAT
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* * ***** * * *
15795708 TAATAT-TCC-AAAAATTT-T-ATGAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATA
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* * * *
15795767 AAATAATACAAATTTATCAATA-TT-AAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTT
* * * * * ** * * **
15795830 GTTTACTGAATAAGTTTAAATCA-TTGTGATTATTTGTGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGA
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* * * * * ** *
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* * * * * *
15795948 AAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTGATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGT
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* * * * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * * * *
15796195 TTA-TCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCAAGTTCAAAACATTATGGCT
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* * * * **
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* * * * *
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** * * * ** * *
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* * * *
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* * ** * * *
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* * * ** *
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* * **
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* * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * *** * *
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** * *
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* * * **
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** * * * ** **
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* * ** *
15797337 CTTTTGTTTTGTGATAAAACAAATGTTTTTCATCATACAAGCTTGTTTCA-AATA
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* * * * * *
15797391 AAATAGTATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATGAATATGCT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
** * ** * * * *
15797456 TACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCAT
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* * **
15797521 TTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTTAGGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA
130 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA
* * * * * * *
15797572 CAATAATACTAATATAATAATATTAT-AAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAATTTTTT
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* * * * * * * * * * *
15797636 TTGCCAAACTAA-TTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTACCTATTTTAAACCGTTATAACC
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* * * * * **
15797700 TTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATA
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* * ** * * *
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1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * *
15797814 TACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAAC-AATTGAAACAATTATTTATTTCAAATCAT
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15797870 TATAACTATT
Statistics
Matches: 4073, Mismatches: 983, Indels: 488
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Consensus pattern (180 bp):
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TACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATATGACCTTT
TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA
Found at i:15794103 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 15793200--15797872 Score: 2799
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15793190 GTTATGAAGC
* * * * * *
15793200 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTATTATAAAATAATTGTTTCCATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CATTCATACA
* * * * * * *
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* * * * * * * * * **
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* * * * * * *
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* * ** * * * * *
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** * * * *
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* *** * * * * **
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* * *
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* * * * * * *
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* *
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** * * * * *
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** *
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* * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACA
* * *
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65 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTA
* * * * *
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130 AAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * **
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195 AATTC-TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTT-TTTCAA
* * * * * * *
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* *
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* * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCAT-AC
* * * * * *
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** * * * * * * *
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* * *
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* * * * ***
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* ** * * * * *
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320 ATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGT-TTGA-CTATTTGA-AT
* * * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACA
** ** * *
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* * * * *
15794767 AAAAACA-AAATCTGTTTA-TCGAACCAGTTCTATTAGTTATGATTATTTGAAC-A-T-T-TATT
129 AAAAA-ATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * *
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192 TCAAATTC-TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTTTTC-
* * * ** * * * * * *
15794886 GAGTAAAATATTGCTAAATTAATAGTATTCTAAAAA-T--TAAG-AAGAGATTTAAAAAATACAT
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* * ** * * * *
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * *
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* *** * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* ** * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * ** ** * ***
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** * * ** *
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* * * *
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* * * * * * **
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* * * * *
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** * ** * *
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* * *
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** * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * ** *
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* * **
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* ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * ** * *
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* * ** * * * * * *
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** * *
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* ** * *
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* ** * *
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* *** ** * * * ** *
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** * * * *
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* * *
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* * ** *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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** * * *
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*
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* * * *** * ** ** * *
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* * * *
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** * * *
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** * * * * * ** * **
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* * * * * *
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* **
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* ** * * * * * **
15793435 TTCATATAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTACAGAAATTAATAATTA
1 TTCATACAAGCTTCATT-TGAATAAAATAAT--TTATTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAGCA
* * * **** * *
15793499 AGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTGTTGAACAAGTTTAAATAA-TTAT-ACTATTTCAACAATT
63 A-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAA-AAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * * *
15793562 ATC-ATTTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTTTGTTCATACAA
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* *** * * * ** *
15793626 GCTTATTTTGTATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TAAAGACAATTAATAAGTAAAATATTT-
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* * *** * * ** ** *
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251 AAAAATAAATCTATTTATTGAATAAGTTTAAACAATTATG-TCCATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * ** *
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315 AAATAGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATGCAAAATTATTCAAA-
** * * * *
15793817 TATGATAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAACTAA-TAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAATAT
378 TAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTT--CAA-AAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
*** * * * *
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* * * * * * * *
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502 CCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAATTCATA-AAAGTTTATTCAG-AATAAAATAATA
* * ** * * * *
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565 CTAA-ATAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAT-T-TTTATTGAAC
* * * *
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626 TA-GTTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAATAATTATCTATTTTAAAACATTATGACCA-TTTGTT
* * * * *
15794134 TTGTCATAAAATAATTAGTTCTG
688 TAGTCATAAAACAATTCGTTATA
* * * * * * *
15794157 TTAATGCAAGCTT-ATTTTGAATAAAATAATCTAAATTTATTTATATTTGAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTCA-TTTGAATAAAATAAT-T-TATTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAGCA
* * * ** * * *
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63 AAAATTTAAAAAATAAAT-CTGTTTACCAAACAAGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * *
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** * * * * * ** *
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* * * * * * * ** * * *
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254 AATAAATCTATTTATTGAA-TAAGTTTAAACAATTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * ** **
15794476 TTGCTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAA
318 TAGTTATGAT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATGCAAAATTATTC-AAATAA
* * * *
15794541 AATAGTACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTTATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
381 AATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA----GAGATTTAAAAAATAAATATGTT
** * * * * * * *
15794605 CCCTGTACAAGTTTAAATAGTCAT-ATCCATTTGAGCT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C
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* * * * *
15794667 ATTATATTTTATCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATAC
504 ATT-TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-AATTCATA-AAAGTTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * * * *
15794730 CAATTTATTAATATT-TCAACAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACAAAATCTGTTTATCGAA
566 TAA-ATAATAATATTAT-AA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAT-T-TTTATTGAA
* * * * * * * * * * *
15794790 CCAGTTCTATTAGTTATGATTATTTGAA-CA-T-T-TA-TTTATATCGTTATGATC-TTTGTTTT
625 CTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAAACATTATGACCATTTG-TTT
*
15794849 A-TCAT-AGA-AATT-GTTTATA
689 AGTCATAAAACAATTCG-TTATA
* * * * ** **
15794868 TTCATGCAAGCTT-GTTCGGAGTAAAAT-ATTGCTAAATTAATAGTATTCTAAAAAT---TAAG-
1 TTCATACAAGCTTCATT-TGAATAAAATAATTTATTTATTAATA-T-TTC-AAAAATCAATAAGC
* * * * * * *
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62 AA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * *
15794983 ATCTATTTCAAATCAT-TT-TGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAA-TATTTTTTC-AGTTCATACA
126 ATCTATTT-AAAAC-TGTTATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA
* * * * * * *** *
15795043 TGGTTATTCGAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAACATTCAGAAAATTAATAA-ACAACAAATT
187 AGTTTATT-TAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTTGA-AGA-T
* * * * * * * * * *
15795106 TTAAAAAATAAATCTAGTTATAGAACAAGATCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTACCTATT
248 TTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAGTTTAAACAATTATGTCCATTTGAACAATTATCTATT
* ** * * * * *
15795171 TAAAATAAATATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCAT-AAAAACTTATCC
313 TCAAATAGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATGCAAAA-TTATTC
*
15795234 AAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAAT-AA
375 -AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A---AGAGATTTAAAAAATAAA
* * *** * * * * * **
15795298 TTTAATTTATCA-AATTGGTTCAAATAATTTTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
435 TAT-GTTTA-CAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCACT
* * * ** *
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* * * * * * * * * *
15795424 TAGTATTAATTTATTAATATT-TCAATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTGT-TT
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** * * * * *** * *
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* * * *
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* * * * ** ** * **
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1 -TTCATACAAGCTTCATTT-GAATAAAATAAT-TTA-TTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAGC
* ***** * * *** **
15795629 AAATCATTATGACTTTTTATAT-TGTCATA--AAACAA-TT-ATTTCAGTTTAT-TTTATTTG-A
62 AAA-AATT-T-AAAAAATAAATCTGT-TTACCAAACAAGTTCA-AAAAG-TTATGACTATTTGAA
* ** * ** **** * * *
15795687 -AATAAAATA-CTAATAA-T-TTATTAATATTCCAAAAATTT-T-ATGAAATAATTTTTTCTATT
121 CAATTATCTATTTAA-AACTGTTA-TAACCTT---TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * * * **
15795746 CATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATCAATA-TTAAGATAATTAATAAGTAAA
181 CATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTTGA
* * * * **
15795810 AGATTTAAAAAATAAAATCTGTTTACTGAATAAGTTTAAATC-ATTGTGAT-TATTTGTGCAATT
244 AGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTATTGAATAAGTTTAAA-CAATTATG-TCCATTTGAACAATT
* * * * *
15795873 ATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGC-AATT
306 ATCTATTTCAAATAGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATGCAAAAT
** * * * *
15795937 TATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGACAATTGATAAGTAAAAGATTTTAAAA
370 TA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAAT--TAA-TAAGAGA-TTTAAAA
** * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* **** * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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** * *
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* * *
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* * * * * * *
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*
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* * *** * *
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*
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*
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* *
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* * *
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** * * * *
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* * * *
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* * * * ** *
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316 AATAGTTATGAT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATGCAAAATT-ATTCAAA
* *
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* * * * * ** *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* ** * ** *
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1 TTCATACAAGCTTCATTT-GAATAAAATAAT-TT-ATTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAGCA
* * * * * * *
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*
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AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCATTTGTTTTGTCATAAA
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ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAG
AATAATTATCTATTTTAAAACATTATGACCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTCGTTATA
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* *
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TTTTA
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* * *
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15798492 CCAAACCAAT
Statistics
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AGATTTAAAAATGAATCTGTTTATCGAACAAGTTTAATTAAAATAATTATGGCCA
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** ** * *
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* * ** * *
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** * *
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* * *
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* ** * * *
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* *
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AAAGAAATATGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTAAAACAATTAGAAC
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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*
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* *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * ** * * * ** * *
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255 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAAGT-GTTAAAATCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
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* * * * * ** * * * * ** **
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1 -GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTTAAAAATTAA-TAAGAGA-TT-T-AAAAAAT--
* * * * *** * * * * *
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** * * * * ** * * *
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* * * * ** ** * ** *
15799126 -AAA-AAT--TAA-TAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTACTGAATTAGTTCAAATAATT
180 AAAATAATACTAATTTATTAA-T-ATTTAAAAA-TTAAT-AAGAAAAGATTTA--AAAAATAAAT
* * * * * * * * * * *** *
15799186 ATGGTCACTTC-AACAA-TT--ATTTATT-TCA-AATTCTTATCACATTTTGTTTGGTC--A-T-
239 CTGTTGAC--CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATT-TGAACA-ATTATCAAT-CTCAAAGTG
* * ** * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * ** *
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* * ** * * *
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* *
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* * * * ** * * * ** * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * ** * * * *
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* * * * *
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* ** * * * * * * * *
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* * * * * * * * ** * *
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*
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* * * * ** * ** * * **
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** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * ** *
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246 CCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAAGT-GTTAAAATCTTT
* * * ** * *
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* * * *
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* * * ** * * ** *
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * **
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** * * * ** *
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* * *
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* * * *** ** ** * *
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* ** * * ** *
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* *** * * *
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* * * * * ** *
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** * * *
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* * * * *
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1 -GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT
* * * * ** ** * * *
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* * * * * * *
15801567 TC-TTTATTTTGTCATAAAACAAGTGTTTCTTTTCTTACAAGCTCATTC-GATTAAAATAATACT
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC--TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * * *
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* * **
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* * *
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ATTAATATTTAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTGACCAAACAAGTTCAAA
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AAATGTTTCTATCAGTAAAAGATGACTTC
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * **
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* *
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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442 GCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * ***
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* * * *
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* * * ** * *
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** * * * * * * **
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130 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTATTTACCTAATCAA-TTCAAATAATTATACT
* ** *
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193 -ATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTT
* * * ** * * ** *
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255 TTATTCATATAAGCTTTTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
15801611 ATTCG-ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAATATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
446 ATTTGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAA
* * *
15801675 ATAAATGTGTTTGCCGAACCAGTTTAA
510 ATAAATATGTTTACC-AACCAGTTCAA
* * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTTTATTC
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TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAATTCAAATATTATGACTATTTGAGCAATTATTCATTTCA
AATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATTA
AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
TACCAACCAGTTCAA
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* * * ** ** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * *
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* *
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702 TACCAAACAAGTTCAA
* * * * ** * *
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* * * * *
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*
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* *
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* * * *
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255 TCATAAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-
* * * *
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* *
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* *
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* * * * *
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* * * * ** * *
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* *
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* * **
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*
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* * * * * *
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* * * ** * *
15801359 CATTTGAAATATTATCTATTTCAAATCATAATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTGTTTCT
190 -ATTTGAAA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGCTTCT
* * ** * * *
15801424 GTTCATGTAAA-ATTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGATAATTAATAAG-
253 ATTCA--TAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT
* * ** * * ** * *
15801487 ---AGATTTCAAAAGA-AAACCTATTTACCGAAATAG-TTTAA-A-TTATGATTATTTGAACAAT
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* * * * * ** *
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380 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGC
* * * * * * *
15801609 TCATTC-GATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAATATTAATAAGTAA-GAGATTTAAA
445 TTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGGAGATTT-AA
* * * * * * *
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509 AAAATAAATATGTTT-CTGAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * * * * * *
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573 ATAATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAAGATTTTTTTCTA-TTCAT-CTAAGCTTATTTCGA
* * * * * *
15801798 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC
635 AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
* *
15801863 TATTTATCAAACAAGTTGAA
698 TATTTACCAAACAAGTTCAA
15801883 ATAG
1 ATAG
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Statistics
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Consensus pattern (717 bp):
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CAATTTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAGTAATACTAATTTATAAATATTTTAAAAA
TTAATAAGTAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAATTAGTTATGACTATTTGA
AAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGCTTCTATTCATAA
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AAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
AAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGGAGATTTAAAAAATAAATATG
TTTCTGAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACTT
TTTGTTTTGTCATAAAAGATTTTTTTCTATTCATCTAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATATAAT
TTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTC
AA
Found at i:15802603 original size:358 final size:358
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* * *** * * * * *
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* * * * * * * ** * *
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* * *
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*
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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*
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* * * * *
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194 GTATTACTTTATTCCAAATAAGCTAGAGTGTTCAAAAACAATTTCTATATGACAAAACAAAAGGT
** * *
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* *
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* *
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* *** * ** *** * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * *
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* ** * * * * ** *
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* ** * * * *
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* * * **** ** ** * * *
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* * *** * * * * * * *
15803403 A-AAAAAGTCATATTTATTTTAAACAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTG-T
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* ** *
15803465 TCGGTAAACATAATT-ATTTTTTAAAAT-TTTTTGTTTATTAAATTTTTG
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * ** *
15803577 TAACTAAACAAAAGGTCAGAATAATTTCAA-ATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAGTTTG-CAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGA
* * * *** * * * * * * *
15803641 ACTGGCTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTCTCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAT
130 GCTAGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAA----TCTCTTACTAATTTTTGAAAGATTAATAAA
* * * * * * * * *
15803706 TTAGGAATATTTTACTCTAAATAAGCTTGTA-TGAAT-AGAAACAATTGT-TTTATGACAAAAC-
191 TTAGTATTACTTTATTCCAAATAAGCTAG-AGTG-TTCAAAAACAATT-TCTATATGACAAAACA
* * * * ** * * * * ** **
15803767 TAAGATTATAATGATTTAGGATAAATAATTGTTTAAATATTCATAACT-ATTTGAACT-AGTTTA
253 AAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTGATAGAGCCATAA-TGATTTGAACTGA-TTCG
* * * *
15803830 ATAAGCAAATTTAGTTTTTAAAT--CTT--TTATTAATTTTTG
316 GTAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTTTG
* * ** ** * * * * *
15803869 AAAGATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTA-AAAATAGAAACAATCATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAAAAATTATTTT
* * * * * * * *
15803933 ATGACAAAACAAAAATGTCATAACAATTTGAA-ATAGATAATAGTTTAAATGGA-CATGACTATT
65 ATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAGTTTG-CAATTGTTCAAAT-AACCATAACTATT
* * * * * * * * *
15803996 TGAACTTA-TTCAGTAAACAGATTTATATTTTAAAACTCCAACTTATTAATTTTTAAAATAGTAA
127 TGAGC-TAGTTCAATAAATAGATTTAT-TTTTTAAA-T-C-TCTTACTAATTTTTGAAAGATTAA
* * * * * * * * *
15804060 TAGATTAGTATTATTTTATTTTC-AATAAACTTGTA-TGAAT-AGAAACAATTGT-TTTATGATA
187 TAAATTAGTATTACTTTA-TTCCAAATAAGCTAG-AGTG-TTCAAAAACAATT-TCTATATGACA
** * * * * * * * ** *
15804121 AAACAAAAAATCATAACGGTTTAAAATAAATAACTGTTCAAATAGTTATAACT-ATCTGAACTTG
248 AAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTGATAGAGCCATAA-TGATTTGAAC-TG
* * * * ** *
15804185 -CTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
311 ATTCGGTAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTTTG
* * * ** * * **
15804232 AAATTTTCATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAACAATTGGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAAAAATTATTTT
*** * * * * * * * **
15804296 ATGATGTAACAAAAGATCATAATAATTCGAA-ATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTG
65 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAGTTTG-CAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTG
* * * * * * * * * * *
15804360 AAC-ATGTTTAGA-AAACATATTTATATTTCAAATTTATATTTATTAATTTTTGAAATATTAGTA
129 AGCTA-GTTCA-ATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTACTAATTTTTGAAAGATTAATA
* ** ** ** * *
15804423 AATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTCCA-TGAACAAAACCAATTAT-TTTATGACAAAA
189 AA-TTAGTATTACTTTATTCCAAATAAGC-TAGAGTGTTCAAAAACAATT-TCTATATGACAAAA
* * * * * * * * * *
15804485 CAAAATGTTATAATG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCAAAACT-ATTTGAATATG-TT
251 CAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTGATAGAGCCATAA-TGATTTGAA-CTGATT
** * * * * * * * **
15804547 CCATTAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTCA
314 CGGTAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTTTG
* * * * *
15804592 AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGACCTGAAACAATTATTCTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAAAAATTATTTTA
*
15804657 TTACAAAACAAAAGGTCA
66 TGACAAAACAAAAGGTCA
15804675 CAATGATTTA
Statistics
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CTAGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGT
ATTACTTTATTCCAAATAAGCTAGAGTGTTCAAAAACAATTTCTATATGACAAAACAAAAGGTAA
TAACGATTTAAAATAGATAATTGTTGATAGAGCCATAATGATTTGAACTGATTCGGTAAACAAAT
TCACTTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTTTG
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* *
15802254 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T-TTACTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTCAAAA
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* * * * * * ** *
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60 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC--ATAGGGC
* * * ** * * * * * * * * *
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123 CATAACTATTTGAACTACTTCGGCAAACAGATTCATTGTTCAAATCACTAAGTTAT
* * * * *
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1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGC-T-TA-TGAACAAAAAC
* * * * * * * * ***
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* * *** * * * * *
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* **
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* * *
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* * * * * *
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*
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* * * * *
15802857 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATGGTCTTA
62 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAGGGCCATA
* *
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* * * * *
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1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGC--TTATGAACAAAAACA
* * * *
15803039 ATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAA---TT-AT----TCA-AA
63 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAGGGCCATAA
* ** * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * ***
15803207 ATTATGTTT-TGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATACATAA-TGCTCAAATTTCCATA
63 ATTAT-TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAGGGCCATA
* * ** ** * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * *** * * * * ** *
15803387 ATTGTTTTATGATAAAA-AAAAAGTCATATTTATTTTAAACAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
63 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAGGGCCATAA
** * * * * ** **
15803451 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATAATT-ATTTTTTAAAAT-TTTTTGTTTAT
128 CTATTTGAACTACTTCGGCAAACA-GATTCA-TTGTTCAAATCACTAAG-TTAT
* * ** *
15803503 TAAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACTGAAAT
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* * * * * ** * * *
15803567 AATTATTTCATAACTAAACAAAAGGTCAGAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATA--GTCT
62 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC--ATAGGGCCA
* * * * * * ***
15803630 TAACTATTTGAACTGGC-TCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTCTCTTAT
125 TAACTATTTGAACT-ACTTCGGCAAACAGATTCATTGTTCAAATCACTAAGTTAT
* * * * * * * *
15803684 TAATTTTTAAAATATTATTAATTTAGGAATATTTTACTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
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* * * * * * * * * ****
15803749 ATTGTTTTATGACAAAAC-TAAGATTATAATGATTT-AGGATAAATAATTGTTTAAATATTCATA
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* **** * * * * *
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127 ACTATTTGAACTACTTCGGCAAACAGATTCA-TTGTTCAAATCACTAAGTTAT
* * * ** * * *
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* * * * * * * * * *
15803925 ATCATTTTATGACAAAACAAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTTAAATGGACATG
63 ATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAGGGCCATA
* * * * * *
15803990 ACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAGATTTATATTTTAAAACTC-C-AACTTAT
127 ACTATTTGAAC-TACTTCGGCAAACAGATTCAT-TGTTCAAA-TCACTAAGTTAT
* * * * * * *
15804042 TAATTTTTAAAATAGTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAACTTGTATGAATAGAAACA
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* * ** * * * * * * ** **
15804107 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAAATCATAACGGTTTAAAATAAATAACTGTTCAAATAGTTATAA
63 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAGGGCCATAA
* * * * * * * ** * *
15804172 CTATCTGAACTTGC-TCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
128 CTATTTGAAC-TACTTCGGCAAACAGATTCATTGTTCAAATCACTAAGTTAT
* * * * * *
15804223 TAATTTTTGAAATTTTCATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACA
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** *** * * ** * * * ** *
15804288 ATTGGTTTATGATGTAACAAAAGATCATAATAATTCGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAA
63 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAGGGCCATAA
* ** * * * * *
15804353 CTATTTGAAC-ATGTTTAGAAAACATATTTATAT-TTCAAAT--TTATATTTAT
128 CTATTTGAACTA-CTTCGGCAAACAGATTCAT-TGTTCAAATCACTA-AGTTAT
* *
15804403 TAATTTTTGAAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTCCATGAACAAAACC
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTT--ATGAACAAAAAC
* * * * ** * *
15804467 AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCAAA
62 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAGGGCCATA
* * * * * * * *
15804531 ACTATTTGAA-TATGTTC--CATTAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCAT
127 ACTATTTGAACTA-CTTCGGCA--AACAGATTCATTGTTCAAATCACTAAGTTAT
** * * **
15804583 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGACCTGAAACA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGC-T-TATGAACAAAAACA
* * * * * * * * ** * *
15804648 ATTATTCTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAAATAATTAG-TCAAATAGTCATG
63 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCATAGGGCCATA
** * * * * * ** * *
15804712 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATAATT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
127 ACTATTTGAACTACTTCGGCAAACA-GATTCATTGTTCAAATCACTAAGTTAT
* ** * * * *
15804764 TAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATCTTATTGTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTAAATAAGC-T-TATGAACAAAAACA
* * * * * *
15804829 ATTGTTTTATGATAAAATAAATA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
63 ATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
15804883 AATAGTCATA
Statistics
Matches: 1921, Mismatches: 405, Indels: 242
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
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171 5 0.00
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173 2 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTATGAACAAAAACAATT
ATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAGGGCCATAACTA
TTTGAACTACTTCGGCAAACAGATTCATTGTTCAAATCACTAAGTTAT
Found at i:15803060 original size:539 final size:531
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Indices: 15801907--15810018 Score: 3268
Period size: 542 Copynumber: 15.0 Consensus size: 531
15801897 TAATTAATCA
* * * * *
15801907 TTGAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTCA-TCCGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGT
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* * * * * *
15801971 TTTAAAATAGAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAATCATAACTAT
64 TTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG-AATTAGTAATTG-TTCAAATAATCATAACTAT
* * * * ** *
15802035 TTGAACTAGATTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAACTTTCCAAATATTAATAGA
127 TTGAACTAGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* *** * * * * * * *
15802100 TTAGTTTTGCCTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAT
192 TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTT-GATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* ** * * * * *
15802165 G-TTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTAGATAAA
255 GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTGATTTGATAAA
* * * * *
15802229 CGTAATTATTTTTTAAAT-C-T-CTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAT-TTACTTTAT
319 CATATTTATTTTTTAAATCCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTAT
* * *
15802290 TCCAAATAAGC-TAGTATGAATTCAAAAAACTTATCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
383 TTCAAATAAGCTTA-TATGAACT-AAAAAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * * *
15802354 TAAAATAGATACTTGTTCATATATAGTCTTAAATATTTGAATTGGTTCGGTAAATAAATTTATTT
445 TGAAATAGATAATTGTTCA-A-ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTT
*
15802419 TTTAATTCTCTTAGTTATTAATTT
508 TTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT
* * * *
15802443 TTGGAATATTATTAGATTAGTATT-TTTT-TTTCAAATAAGCTTGTATTG-ATAAAAATAATTAT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA-TGAAT-AAAACAATTAT
* * * * * * *
15802505 TTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTTTGCAATTGTTCAAATAACCATAACTATT
64 TTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAA-TTAGTAATTGTTCAAATAATCATAACTATT
* * ** * *
15802570 TGAGCTAGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAAT
128 TGAACTAGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* *
15802635 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGAGTGTTCAAAAACAATT-TTTATATGACCAAACAAAA
193 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGA-TGAT-AAAAACAATTGTTT-TATGACAAAACAAAA
* * * * * * ** * * *
15802699 GGTAATAACGATTTGGAATAGATAATTGTTGATAGGGCCATAATGATTTGAACTGATTCGGTAAA
255 GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT-ATTTGAACTGATTTGATAAA
* * *
15802764 CATATTCACTTTTTAAATCACTTATTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
319 CATATTTATTTTTTAAATC-CTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA
* *
15802829 TTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
382 TTTCAAATAAGCTTATATGAACT-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * *
15802894 GAAATAGATAATTGTTCATATGGTCTTAACTATTTGAACTACTTCGGCAAACAGATTTATTGTTC
446 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT
*
15802959 AAATCTCTAAGTTATTAATTT
511 AAATCTCTTAGTTATTAATTT
* ** * * *
15802980 TTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATAAACTAAAACAATTATT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATT
* * *
15803045 TTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAA---TT---AT--TCA-AA-TA--G
65 TTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAATTAG-TAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT
* *
15803098 GAACTAGATCGGTAAACATATTTATTTTTTAAACCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-
129 GAACTAGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * * * *
15803162 AATTAGTACTATTTTTTTTTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAGCAATTATGTTT-TGACAAAACA
190 AATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTG-ATGAT-AAAAACAATTGT-TTTATGACAAAACA
* * * *
15803226 AAAGTTCATAATGATTTGAAATACATAA-TGCTCAAAT-TTCCATAATTATTTGAACTGATTTGA
252 AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAA-TATTTGAACTGATTTGA
* * * * * *
15803289 TAAA-TTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTA
315 TAAACAT-ATTTATTTTTTAAATC-CTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATATTA
*** * * * * *
15803353 TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAA-AAAAAGTCATATT
377 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * *
15803417 TATTTTAAACAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATAATTAT
441 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTAT
* *
15803482 TTTTTAAAAT-TTTTTGTTTATTAAATTT
506 TTTTT-AAATCTCTTAG-TTATT-AATTT
* * * * *
15803510 TTG-AATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACTGAAATAATTATT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATT
* * * * ** * * * * *
15803574 TCATAACTAAACAAAAGGTCAGAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTT
65 TTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAATTAG-TAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT
* * * * *
15803639 GAACTGGCTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTCTCTTATTAATTTTTAAAATATTATTA
129 GAACTAGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA----TCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * * *
15803704 ATTTAGGAATATTTTACTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-T
190 AATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTG-ATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * *
15803768 AAGATTATAATGATTT-AGGATAAATAATTGTTTAAATATTCATAACTATTTGAACT-AGTTTAA
253 AAGATCATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTGA-TTTGA
* * * * *
15803831 TAAGCAAATTTAGTTTTTAAAT-C-T-TTTATTAATTTTTGAAAGATTATTAAATTAGTATTATT
315 TAAACATATTTATTTTTTAAATCCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATT
** ** * * * * * *
15803893 TTATTTTGAATAATTTTGTA-AAAATAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAATGTCATAAC
379 TTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAA-AATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAT
* * * * * * *
15803957 AATTTGAAATAGATAATAGTTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAGATTTA
441 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACAGATTTA
* * ** *
15804021 TATTTTAAAACTCCAACTTATTAATTT
505 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT
* * * * *
15804048 TTAAAATAGTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTC-AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTAT
* * ** * * * * * * * * *
15804112 TTTATGATAAAACAAAAAATCATAACGGTTTAAAATAAATAACTGTTCAAATAGTTATAACTATC
64 TTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTT-GAATTAGTAATTGTTCAAATAATCATAACTATT
* * * *
15804177 TGAACTTGCTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTCAT
128 TGAACTAGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * ***
15804242 AAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGATGTAACA
189 AAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGC-TTGATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * *
15804307 AAAGATCATAATAATTCGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTTAG
252 AAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAAC-TGATTT-G
* * * *
15804371 A-AAACATATTTATATTTCAAAT-TTATATTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTTATATTA
314 ATAAACATATTTATTTTTTAAATCCT-TATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATATTA
* ** * *
15804434 TTTTATTTGAAATAAGCTTCCATGAAC-AAAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAA
377 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAA--AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * ** * *
15804498 TG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCAAAACTATTTGAA-TATGTTCCATTAACAGATTC
440 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTCGGTAAACAGATTT
* * *
15804561 ATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTT
504 ATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT
** * * * *
15804589 TCAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGACCTGAAACAATTATT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATTATT
* * * * * * * * * *
15804654 CTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAAATAATTAG-TCAAATAGTCATGACTATT
65 TTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTT-GAATTAGTAATT-GTTCAAATAATCATAACTATT
* * * * * * **
15804718 TGAACTTGTTTGGTAAACATAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT
128 TGAACTAGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * *
15804783 AAATTAATCTTATTGTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAT
189 AAATTAGTATTATT-TTATTCTAAATAAGCTTG-ATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * * *
15804847 AAATAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTAAACTTG-TTC
251 AAA-AGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AATATTTGAAC-TGATT-
* * * ** * * *
15804910 TG-CAAGCAAATTTATTTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTACTAAATTTGT
312 TGATAAACATATTTATTTTTTAAAT-CCTTATTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAT
* * * * * *
15804972 TTTATTTTAATTGAACTAAGCTTGTATGAA-TAAAAAAATCATTTTAT-A-ATAAA-AAAA-G--
373 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-AAAAAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTC
* ** *
15805030 -----G--TT---ATAG-CAA-T-TTCAAATAG--AT-AC----T----T-GTTCAATAAATAGA
436 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGA
* * * *
15805070 TTCAGTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAATT
501 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT
* * ** * * *
15805101 TTGAAATTTTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGGATGAACTGAAATAACTT-T
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAA-TTAT
* * * * * * * * * * *
15805165 ATTATGACAAAGCTAAAGGTTATAAC--TTATTAATT-GTCAAAATATTGATA-AATTAGT-ATT
64 TTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGATT-TGAATTAGT--AATTGTTCAAATAATCA-TAACT
* ** * * * ****
15805225 ATTTTAATCTAAATTTGCT-TATATGAACAAAAACTATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATA
125 ATTTGAA-CT--A---GCTCGGTA--AAC--AGA-T-TTATTTT-T--TAAATCTCTTA-T--TA
** * * * ** * *
15805289 ACGATTTGAAATA--AAT-AATT-GCTCAAGTA-GTTATAACTATTTGAA-CTTGTTTGATAAAC
172 A-TTTTTGAAATATTAATAAATTAG-T--ATTATTTTAT-TCTAAAT-AAGCTTG-ATGATAAAA
** * **** * * *
15805348 A-AATT-TATTT-T-TTAAATC-TCTTAT--TAAT--TTGTGAAATA-TTAATAGATT--AGTA-
230 ACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATT-TGAAATAGATAATTG-TTCAAATAG
* ** * * * * * * *
15805400 TTATTTTATTTCGAACAAACTGATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGATAT
292 TCATAATATTT-G----AACTGATTTG-ATAAACATATTTATTTT-T--TAAATC------CT-T
* * * * *
15805465 AATAATCAGAAATAGATAATTATTTGAACTAGTTAGATAAA-CACAATTA-TTT-TTT-AAAT-C
341 -AT--T------TA-TTAATT-TTTGAAATA-TTA-ATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * * ** * ** ** *
15805525 TCTTACATATTAATTTTTGAAATATTTATTTTATTCCGATTAAGCTAGTGTGAGTTGGAAAAATT
392 GCTT--ATATGAA---CT-AAAAAATTATTTTA-T--GACAAAAC-A---AAAG--GTCATAA-T
* * * * *
15805590 GTTTTATGACAAAACAAAAATGACTTGAAATAGATAACTACTATTCATATAGTCTTAAATATTTG
441 G-ATT-TG-------AAATA-GA--T--AATTG-T---T-C-A---A-ATAGTCATAACTATTTG
* * * *
15805655 AATTAG-TCGGTAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTATTTATTAATTT
482 AACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT
* * * * * * * *
15805704 TTGGAATATTATTAGATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAAAAATAATTCTT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATTATT
* * * * *
15805769 TTATGAA-AAAACAAAAGGTTTTAATGATTTGAAGTTTA-CAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
65 TTAT-AACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAA--TTAGTAATTGTTCAAATAATCATAACTAT
* * * *
15805832 TTGAACTAG-TTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTATTAAA
127 TTGAACTAGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * *
15805896 TTAGTATTATTTTATTC-ATTATAAACTTGTATGATAAAAAGCAATTGTTATATGACCAAACAAA
192 TTAGTATTATTTTATTCTA-AATAAGCTTG-ATGATAAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * * * **
15805960 AGGTAATAGTGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAAT-GGCTAGAATTATTTAAATTGATTCAATA
254 AGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAA-TATTTGAACTGATTTGATA
* * * * ** * **
15806024 AACAGATTCACTTCTTAAATTATTTAGTTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTA
317 AACATATTTATTTTTTAAA-TCCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATT-
** * * * * * * *
15806088 TT-TTTTGAATAAGTTTGTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGA
379 TTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * ** * * * ** *
15806152 TTTTAAATAGACAATTGTTTAAATAGTTGTAACTCTTTGAATTTGTTTAGTAAACAAATTTATTT
443 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTT
*
15806217 CTTTTAA-CTCTT-GCTTATTAATTT
508 -TTTAAATCTCTTAG-TTATTAATTT
* * * ** * * *
15806241 TTGAAATATTAAGAAATTAGTACTAATTTATTT-AGGGTAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTAT
** * * * * * *
15806305 TTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
64 TTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGA-TTTGAATTAGTAATTGTTCAAATAATCATAACTATT
* * * * * *
15806370 TGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTTCAAGTCTTTTGCTTATTAATTTTTCAAATATTA
128 TGAACTAGCTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * * * * * * * *
15806435 ATAAATTTGGATTATTTTATTTTGAATAAACTCGTAAGATATGAAGCAAATATTTTATGACTAAA
187 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTG-ATGATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * ** ** * * **
15806500 CAAAAGGTCAGAGTGATTGGAAATAGATAATTATTTTAATAGTTTTAACTATTTGAATTGGTTCA
250 CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTGATTTG
* * * * *
15806565 ACAAACACATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATT-ATAAAATTAGTATT
314 ATAAACATATTTATTTTTTAAATC-CTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTA-TATT
** * * * * * *
15806629 ATTTT-TAGCCGAATAAGCTTCTATG-ATTAGAAACAATTATTTTGTGACAAAAC-AAAGATCTT
376 ATTTTAT-TTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
15806691 AATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATT
438 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATT
** *
15806756 TATTTTTTAAATCTGGTACTTATTAATTT
503 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT
* * *** *
15806785 TTTAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTATAAGCTTGTATG-ATCAGAAACAATTGT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-A-AAACAATTAT
* ** * * * ** ** *
15806849 TTTATGACAAAACAAAAGGCCAAAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-GGCTATAATTAT
64 TTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAATTAG-TAATTGTTCAAATAATC-ATAACTAT
* * * * *
15806913 TTTAA-TTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTT-ATTAATTTAAGAAATATT
127 TTGAACTAG-CTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATT--TTT--GAAATATT
* * ** * *
15806976 AATAAATTAGTATTGTTTTATTCCATCTAAGC-TCAT-ATTAACTGAAACAATTGTTTTATGATA
186 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGATGA-TAA---AAACAATTGTTTTATGACA
* * ** * * ** * *
15807039 AATCAAAATGCT-ATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGAAACAACTATTTGAATTTG
247 AAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAA-CTG
** * *
15807103 -TTCAATAAACA-A-ATATTTTTTAAAAATCTCTT-TGTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA
309 ATTTGATAAACATATTTATTTTTT--AAATC-CTTAT-TTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA
* ** * * * * ****
15807163 TTAGTATTAATTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAGCAATTGTTTTATGACTACTTTAAA
369 TTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAA-AAATTATTTTATGAC-AAAACAAA
* ** * * * * * * **
15807228 A-GTCAGAACCATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCAATTGAA-TTGATTCAATA
431 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTA
* *
15807291 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
495 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT
* * * * * * ***
15807328 TTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTATACGAACAAAACACTTGCC
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTATT
* * ** * * ** * * * * *
15807392 TTACAACAAAAGAAAAAATCAAAATAATTTGACATT-GATAATTGCTCATATAGTCTTAGCTATT
65 TTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGA-ATTAG-TAATTGTTCAAATAATCATAACTATT
* * * ** * * * ** *
15807456 TGAACTAGTTAGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATT
128 TGAACTAGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA--ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* ** * * * * ** * *
15807521 AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATGA-ACATAACCAACTATTCGATGATAAAAT
189 AAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTG-ATGATA-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * * *
15807585 AAAAGGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCACATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGG
251 AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTGATTTGA
* * ** * * *
15807650 TAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTGCTGATTAATTTTCT-AAACATTAAGAAATTAGTATTA
315 TAAACATATTTATTTTTTAAATC-CTTATTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTA-TATTA
** * * * * * * *
15807714 TTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAA
377 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * * *
15807779 GATTTGGAATAGACAAAAT-TTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCGCTAAATAGAATTA
441 GATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGATTTA
*
15807843 TTTTCTAAATCTCTTA--TA--AATTT
505 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT
* * * * * * *
15807866 TTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATTAT
* * * * * * * * * * * *
15807930 TTTATGATAAACCAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCCTAACTGTT
64 TTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG-AATTAGTAATTGTTCAAATAATCATAACTATT
* * *
15807995 TGAATTAGTTCGATAAAC-GAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTA
128 TGAACTAGCTCGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGA-AATATTA
* * * * * * *
15808058 CTAAATTAGTATTACTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAGAA
187 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTG-ATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * ** * * *
15808123 TAAAAG-GCTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC
250 CAAAAGATC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTGATTT
* * * * * * * *
15808187 AATAAATAGATTTAATTTTTAAA-AC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTA
313 GATAAACATATTTATTTTTTAAATCCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTA
* * * * *
15808249 TTTTATTTCAAATAAGTATGTATGTTGAA--AAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATA
377 TTTTATTTCAAATAAG-CT-TAT-ATGAACTAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* ** * * * * * * *** *
15808312 GTGATTTGAAATAGATTGTTATTCAAATGGCCACAATTATTTGAA-TTGATTCAACAAATAGATT
439 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAGATT
* *
15808376 TGTTTTTTAAA--TCTT--TTATTAACTT
503 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT
** * * ** * * *
15808401 TCAAAATATTAGT--A-GAGTATTAGTTTT-TTTGGAA-AAGCTTTTATGAATTAAAATAATTTT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTAT
* * * * * *
15808461 TTTATAACAAAA-TAAAGGTTATAATGATTTTAAAATA-TAACTGTTCAAATAGTCATAACTATT
64 TTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGA-TTTGAATTAGTAATTGTTCAAATAATCATAACTATT
* * * * * * * *
15808524 TAAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTATTTTTTTTG-AATGTT
128 TGAACTAGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAA--TC-T-CTTATTA--ATTTTTGAAATATT
* * * * * *
15808588 AATAAATTACTGTTATTTTATT-TCAAACAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTATTATATGACT
186 AATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTG-ATGATA--AAAACAATTGTTTTATGAC-
* * ** * * * * *
15808651 AAAA-AAAAG-TTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGG
246 AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTGA
** * * *
15808714 TTTGGCAAACATATTTATTTTTTTAAAT-C-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGT
310 TTTGATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-T
* * * * * * *
15808776 ATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATGATCCAAAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAGATC
373 ATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * ***
15808839 ATAATGATTTGGGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAATTGGTT-TAAAAACAGA
436 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAGA
*
15808902 TTTAGTTTTTAAATCTCTT-GCTTATTAATTT
501 TTTATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAATTT
* * *** * * * * *
15808933 TTGAAATATTAGTAAACTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGAAATAATTGTT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATT
* * * * *
15808998 TTATGACAAAACAAAAGGGTATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACCTAT
65 TTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGA-TTTGAATTAG-TAATTGTTCAAATAATCATAA-CTAT
* * * * * *
15809061 TTGAATTTA-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTCATCAATTTTTTG-AATGT
127 TTGAA-CTAGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTC-T--T-ATTAA-TTTTTGAAATAT
* * * *
15809124 TAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTT-AT-ATGAACTGAAATAATTTTTTTATGAC
185 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGATGAT-AA---AAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
15809187 TAAAGAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACT-A
246 AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTGA
** * * * ** * * * *
15809251 GTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACAAATTTTTGGAATACTATTAAATGAG
310 -TTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATC-CTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-
* * * * * * * *
15809316 TATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAA-A
372 TATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACTA-AAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * ** * *
15809378 TTATAACGATTTGAGATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTCGATAATC
434 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAAC
* * *
15809442 AAATTCAGTTTTTT-AA--TC--AATTATTAATTT
498 AGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT
** * ** ** * ** *
15809472 TCAAAATATTAATAGATCGGTATTA-TTT-TTTCTAAATAATTTTGCATGAGCAGAAACAATTGT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTAT
* * * * * * * *
15809535 TTTATGAA-ACAACAAAAGGTCATAATGATTTGAACTAGATAATTATTCAAATGGAT-GTGACTA
64 TTTAT-AACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAATTAG-TAATTGTTCAAAT-AATCATAACTA
* * *
15809598 TATGAACTTGCTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT-AGAATATT
126 TTTGAACTAGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CT---TATTAATTTTTGA-AATATT
* * * * * * * **
15809662 AATAAATTAGTATTATCTTATTCTGAATAAACTTGTGTGAATAGAAATAACTGTTTTACAACAAA
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* * * * *
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*** * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * ** *
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* * * *
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** *
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* * * * * *
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** * * * * * * * *
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** * * * ** * * *
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* * * * * ** *** * *
15805157 ATAACTTTATTATGACA-AAGCTAAAGGTTAT-AACT-TATTAATTGTCAAAAT-ATTGATA-AA
243 ATTATTTTATTTTGA-ATAAGCT---TG-TATGAACTAAAACAATTGT-TTTATGA-TAAAACAA
** * * * * * * *
15805217 TTAGT-AT---TATTTTAATCTAAAT--TTGCTT-ATAT-GAACAAAAACTA-TT--A-TTTT
301 AAAGTCATAACGATTTGAA-ATAAATAATTG-TTCAAATAG-TC-ATAACTATTTGAACTTGT
**** ** ** ** * * * ** *
15805268 ATAACAAAACAAA--AAGTCATAACGA-TTTGAAATAAATAATTGCTCAAGTAGTT-ATAACTAT
1 -TCGGTAAACAAATTATTTTTTAA--ATTTTTTACTTATTAATTTTTGAA-TA-TTAATAA--AT
* * * * * * *** * ** * *** *
15805329 TTGAACTTGTTTGA--T-AAACAA-ATT-TATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATTTGTGAAATATT
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* * * * ** * * * * * * * *
15805388 AATAGATTAGT-ATTATTTTATTTCGAACAAACTG---ATAT-GAACAAAAATATTTG---TTTT
119 AA-AGGTCA-TAATAATTTCAAATAG-A-TAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGT
* ** * *** * ** ** * * * *
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* * ** * * * * * * * *
15805506 CACA-ATTA--TT-TTTTAAAT-CTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTTATTTTATTCCGATT
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* *** * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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1 --TCGGTAAACAAA-TTATTTTTTAAATT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTA
* * ** * * * *
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** * * * ** * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * **
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* * * * * * *
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** * * * * * ***
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** * * * * * * *
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* * * * ** * * * *
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* ** * * * * * *
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** * * * * * *
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** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * * * ** * *
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*** ** * * * * ** * *
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** ** * ** * * * * ** * * * *
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* * * * ** * *
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** * * * * * *
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* * ** * ** *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * **
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* * * * * *
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* * ** * * *
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* * *
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* ** * ** * * * *
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* * * ** * *
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** * * ** *
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* * * * * ****
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* ** * * * * *
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** * * * *
15807285 TCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTA
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* * * * * *** ** * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * ** * *
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65 ATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAA-GTC
** * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* *** * * *
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* * *
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* * * * * *
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** * **
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* * * * * **
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* * * * **
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* * **
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* * *
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* * *
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1 TCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
15810013 GGAATAAACT
Statistics
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
15806157 AATAGACAATTGTTTAAATAGTTGTAACTCTTTGAATTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTCTTTT
192 AATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAAATTTATTT-TTTA
* * * ** *
15806222 AA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTACTAATTTATTTAGGGTAAGCTTT
255 AATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCTTA
* *
15806286 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCAT
320 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * *
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* * * * *
15806393 TATTTTTTTCAAGTCT-TTTGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTTGGATTATTTTATTT
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* * * * * * * * * *
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** * **** * *
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* * ***
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* * * * * *
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* * * * *
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** *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * * ** *
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* * * *
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** * * ** * * * *
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* * **** * **
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* * * ***
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* * * ** ** * ** *
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319 ATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * * ** **
15807414 AATAATTTGACATTGATAATTGCTCATATAGTCTTAGCTATTTGAACTAGTTAGGCAATTAGATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
* * * * * * *
15807479 TATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
66 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
** * * * * * ** * * * *
15807544 ATAAAATAGTATGAACAT-AACCAACTATTCGATGATAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAAT
131 ATAAGCTTGTATGAA-TTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
15807737 TAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAAT
323 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * * *
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1 AATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGAT
* * * * *
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* * * * * **
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* * * ** * * * *
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195 AGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * *
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259 TCTT-GCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGCTTAT
* * * *
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** * * * *
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1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
* * * * * **
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* * * *
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** * ** * * **** * * *
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* ** * * * *
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* * * * *
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321 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * *
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1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
* ** * * *
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** * * * * * * **
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* * * * *
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* * **
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* * *
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** * * * *
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1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGAT
* * * *
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* * * * *
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* * *
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192 AATAGATAATTATTCAAATAGTTATAA-CTATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-
* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
* ** ** * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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196 GATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGTTT-GGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATC
** ** * ** ** **
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**
15809519 GAGCAGAAACAATTGTTTTATGA-AACAACAAAAGGTCAT
323 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA-AACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * *
15809558 AATGATTTGAACTAGATAATTATTCAAATGGAT-GTGACTATATGAACTTGCTCGGTAAATAGAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGAT
* ** * * *
15809622 TTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTATTCTG
65 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * * * * ** * * *
15809687 AATAAACTTGTGTGAATAGAAATAACTGTTTTACAACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTAGAAT
130 AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAA
* * * ** * * *
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194 TAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
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* * * *
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* * * *
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1 AA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAGA
* *
15809981 TTTATTTTTTAAAT-TATTACTTATTAATTTTT
64 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT
15810013 GGAATAAACT
Statistics
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* * * ** * ** * *
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* * * * *
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* * **
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* * * *
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* * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** ***
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** * ** * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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250 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TAT
* * * *
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* * * * ** * *
15806245 AATATTAAGAAATTAGTACTAATTTATTTAGGGTAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTAT
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*
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* * * **
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* * * * * * * *
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*** * * * * * *
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* *
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692 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * **
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* * * * * *
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* * ** * *
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* *
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** * * * * *
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* * *
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* * * *
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389 TTAGTATTATTTTATTCGA-CTAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAA-CAAAA
* ** * ** * * *
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* *
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* *** *
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* * *
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706 TTAAATCTCTT
* * *
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15807381 -AAACACTTGCCTTACAACAAAAGAAAAAATCAAAATAATTTGACATTGATAATTGCTCATATAG
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* * * ** ** * * * *
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195 GAAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGATCAGAAACAATTGTTT
* * * * * * *
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323 AATTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAA
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* * * ** * * * * * *
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* * * * *
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514 AAACACAA-TATTTTTTAAATCTCTTTGTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
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* * * * *
15807956 AATTTGAAATAAATAATTGTTC-ATATAGTCCTAACTGTTTGAATT-AGTTCGATAAACGAATTT
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701 ATTTTTTAAATCTCTT
* * * * ** *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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**** * * * * *
15808355 AATTGATTCAACAAATAGATTTGTTTTTTAAA--TCTT--TTATTAACTTTCA-AAATATTAGT-
323 AATTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATA
* * * * * * * * * * *
15808414 -A-GAGTATTAGTTTTTTTGGA-AAAGCTTTTATGAATTAAAATAATTTTTTTATAACAAA-ATA
387 AATTAGTATTA-TTTTATTCGACTAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAACA-A
* * * * * *
15808475 AAGGTTATAATGATTTTAAA-ATATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTA
450 AAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATA
* * * * *
15808539 AATA-AATTTATTTTTTCAAATCTC-TTGCTTATTATTTTTTTTGAATGTTAATAAATTACTGTT
515 AACACAA--TATTTTTT-AAATCTCTTTG-TTATTA-ATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * *
15808602 ATTTTATTTCAAACAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATATGACTAAAAAAAAGTTAGAAC
575 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-T-AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGTCAGAAC
* * * * ** *
15808667 AATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAACATATTTAT
638 AATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGATTCGATAAACAAATTTA-
15808732 TTTTTTAAA--TC-T
702 TTTTTTAAATCTCTT
* * *
15808744 -CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCAAATAAGCTTGTATGATCC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA-AC
* * * *
15808808 A-AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAGATCATAATGATTTGGGATTGATATTTGTTCAAATAG
65 AGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAATCATAATAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
15808872 TCATAACTA-TTGAATTGGTT-TAAAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
130 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
* * * * * * * *
15808935 GAAATATTAGTAAACTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGAAATAATTGTTTT
195 GAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTT
* *
15809000 ATGACAAAACAAAAGGGTATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACCTATTT
260 ATGACAAAACAAAAGGTTATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATAA-CTATTT
* * * * *
15809063 GAATTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTCATCAATTTTTTG-AATGTTAA
322 GAATTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTAGAAATATTAA
* * * * *
15809127 TAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTTTTTTATGACTAAAG
385 TAAATTAGTATTATTTTATTC-GACTAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAC
* * * * * *
15809192 AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAA
448 AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * ** ** * * * *
15809257 CAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACAAATTTTTGGAATACTATTAAATGAGTATTAT
513 TAAACACA-ATATTTTTTAAATCTCTTTGTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
15809322 TTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAATAAAAATTATAACG
577 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATG--AATAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGTCAGAACA
* * * * * * * *
15809386 ATTTGAGATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCGATAATCAAATTCAGT
639 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGATTCGATAAACAAATTTA-T
15809451 TTTTT-AA--TC--
703 TTTTTAAATCTCTT
* ** * * ** * * ** * *
15809460 AATTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCGGTATTATTTT-TTCTAAATAATTTTGCATGAGCA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * *
15809524 GAAACAATTGTTTTATGAA-ACAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-ACTAGATAATTATTCAAAT
66 GAAACAATTGTTTTAT-AACAAAACAAAA-ATCATAATAATTTGAGA-TTGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * * * *
15809587 GGAT-GTGACTATATGAACTTGCTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATT
128 AG-TCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATT
* * * ** * * *
15809651 TTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTATTCTGAATAAACTTGTGTGAAT-AGAAATAACT
192 TTTGA-AAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATG-ATCAGAAACAATT
** * * * * * *
15809714 GTTTTACAACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTAGAATTAAATAATTATTCAAACAGTCATAACT
255 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATAACT
* * * * * * * * *
15809778 ATTTGAACTT-ACTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTTTTAATTTTTGGAATAT
318 ATTTGAA-TTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTAGAAATAT
* * * * * *
15809842 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-A-CTTGTATGAACAGAAGCAATTGGTTTATGATAA
382 TAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGACTAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAT-A
* * *
15809905 AACAAAAGGTCATAACT-CTTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGT
445 AACAAAAGGTCATAA-TGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* *
15809969 TC-AGAAA-AC-ATA---TTT--A--T-TTT-TTA--AA-----T---TA-T--T--ACT--TAT
509 TCGATAAACACAATATTTTTTAAATCTCTTTGTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * *
15810005 TA-ATT-TTTGGAATAAACTTGCATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTTATA
574 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT--AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAA-GTCAGA
* * * * * * *
15810068 ACAATTTAAAATATAAAATTATTCAAATAGTCATT-ACTATATGAATTTG-TTC-AGTAAATAGA
636 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTC-TTAACTATTTGAA-TTGATTCGA-TAAACAAA
*
15810130 TTCA-TTTTTAAATCTCTT
698 TTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * * ** *
15810148 ACTTATTAA--TTTGAAATATAAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACCTACATGAACT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * ** * * * *
15810211 GATATAATTGCTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTG-GAATAGATAATTATTCAAATA
66 GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-ATCATAATAATTTGAG-ATTGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
15810275 GTTATGACTATTTGAACTTA-TTCGATTAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TT
129 GTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTT
* * * * * * *
15810338 GTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTG
193 TTGAAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATG-ATCAGAAACAATTG
** * ** * *
15810402 TTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
256 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-ATAACTAT
* * * *
15810467 TTAAATAT-ATTTGGTAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTG-AATATT
320 TTGAAT-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATT-TTAGAAATATT
* * * * * *
15810529 AATAAATTTGTTTTATTTTAATT-GA-TAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAA
383 AATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGACTAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGA-TA
* * *** * * * **
15810591 AACAAAATGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTTGTT
445 AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
** * * * * * **
15810656 CGATAAGTAGATTCAATTTTTAAATATC----TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAAAT
510 CGATAAACACAAT-ATTTTTTAAATCTCTTTGTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTAT
* ** * * * * * *
15810717 TATGTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTCTGACAAAACAAAAGTTTATA
574 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT--AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG-TCAGA
* * * * * * *
15810782 ATAATTTGAAATAGATAATTGTTC-ATACAGTCATAACTATTTGCACTG-GT-GA-AGCCAACAA
636 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCTA-ATAGTCTTAACTATTTGAATTGATTCGATA---AACAA
15810843 ATTTATTTTTTAAAT-TCATT
697 ATTTATTTTTTAAATCTC-TT
* * * * * * ** * *
15810863 ACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCAAATAAAATTGTATCAATA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACA
* * ** * * * *
15810927 GAAACAATTGTTTTCTGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATTAATAATTTGTTCAAATT
66 GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAA-AATCATAATAATTTGAGATTGATAA-TTGTTCAAATA
* * * * * ** * *
15810992 GTTATAACTAGTTGAATTTGTT-TAGTAAATTGATTTATTTCTT--ATATC-T-CTTATTAATTT
129 GTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTT
* * * ** * * *
15811052 TT-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAAAC-ATT-T
193 TTGAAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGATCAGAAACAATTGT
* * * *
15811114 TTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGCCT-TAACTAT
257 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG--TATAACTAT
* * * * ** *
15811178 TTGAACT-AGTTTGGCATACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAG-TTATTTTTTTTA-TAATATT
320 TTGAATTGA-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTAGAAATATT
* * * * * * * * *
15811240 ATTAGATTAGTATTATATTATTCTAAATAAGCTTGTATAAACAT-AAATAATTGTTTTATGAAAA
383 AATAAATTAGTATTATTTTATTC-GACTAAGCTTATATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATG-ATA
* * ** ** * * *
15811304 AACAAAAAGTTATAACAATTTGCAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAACTGTTTGAA-TTGGT
445 AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GT
* * * **
15811368 TCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATTTCCTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAA-AAATTAG
509 TCGATAAACACAA--TATTTTTTAAATCTCTTTGTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAG
** * * * * *
15811430 TATTATTTTATTTCAAATAGGCTTATATG-ATGAACAACAATTGTTTTGTGACAAAAAAAAAGTT
571 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT--A-AACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAG-T
* ** * * * * * * * * * * *
15811494 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTAATTCAATAAACTA
632 CAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGATTCGATAAACAA
*
15811559 ATTTATTTTTTAAATCT-TCA
697 ATTTATTTTTTAAATCTCT-T
* * * * * *
15811579 ACTTCTCAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA
15811621 TTTTGGATAA
Statistics
Matches: 4479, Mismatches: 981, Indels: 547
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (716 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACA
GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAATCATAATAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTG
AAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTATAACTATTTGAAT
TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATT
AGTATTATTTTATTCGACTAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAACAAAAGGTC
ATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACACA
ATATTTTTTAAATCTCTTTGTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
AATAAGCTTGTATGAATAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGTCAGAACAATTTGAAATAGA
TAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
T
Found at i:15810287 original size:327 final size:328
Alignment explanation
Indices: 15809686--15810337 Score: 789
Period size: 327 Copynumber: 2.0 Consensus size: 328
15809676 ATCTTATTCT
** * *
15809686 GAATAAACTTGTGTGAATAGAAATAACTGTTTTACAACAAAACAAAAGATCATAACTATTAGAAT
1 GAATAAACTTGCATGAATAGAAATAACTGTTTTACAACAAAACAAAAGATCATAACAATTAAAAT
* * * *
15809751 TAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTACTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAGT
66 TAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATATGAACTTACTCAGTAAATAAATTCATTTTTTAAAT
* * * * * **
15809816 CTTTTACTTTTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATACTTGTATGA
131 CTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATAAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATACCTACATGA
* ** *
15809881 ACAGAAGCAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTCTTTCAAATAGATAATTGTTCAAA
195 ACAGAAGCAATTGCTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAA
* *
15809946 TAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAT-TATTACTTATTAAT
260 TAGTCATAACTATTTGAACATATTC-GATAAACATATTTATTTTTAAAATCTATTACTTATTAAT
15810009 TTTTG
324 TTTTG
* ** * *
15810014 GAATAAACTTGCATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAATG-TTATAACAATTTAAA
1 GAATAAACTTGCATGAATAGAAATAACTGTTTTACAACAAAACAAAA-GATCATAACAA-TTAAA
* * * ** *
15810078 A-TATAA-AATTATTCAAATAGTCATTACTATATGAATTTGTTCAGTAAATAGATTCA-TTTTTA
64 ATTA-AATAATTATTCAAACAGTCATAACTATATGAACTTACTCAGTAAATAAATTCATTTTTTA
*
15810140 AATCTCTTACTTATTAA-TTTGAAATATAAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACCTAC
128 AATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATAAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT--ACCTAC
* * * **
15810204 ATGAACTGATA-TAATTGCTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGGAATAGATAATTAT
191 ATGAACAGA-AGCAATTGCTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTAT
* * * * *
15810268 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTATTCGATTAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTAT
255 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACATATTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTATTACTTAT
15810333 TAATT
320 TAATT
15810338 GTCAAAATAT
Statistics
Matches: 273, Mismatches: 43, Indels: 16
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
325 36 0.13
326 2 0.01
327 121 0.44
328 106 0.39
329 8 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (328 bp):
GAATAAACTTGCATGAATAGAAATAACTGTTTTACAACAAAACAAAAGATCATAACAATTAAAAT
TAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATATGAACTTACTCAGTAAATAAATTCATTTTTTAAAT
CTCTTACTTATTAATTTTGAAATATAAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATACCTACATGAA
CAGAAGCAATTGCTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAAT
AGTCATAACTATTTGAACATATTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTATTACTTATTAATTT
TTG
Found at i:15810317 original size:178 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15810015--15811655 Score: 1212
Period size: 180 Copynumber: 9.2 Consensus size: 179
15810005 TAATTTTTGG
* * * * * *
15810015 AATAAACTTGCATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTTATAACAATTTAAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * *
15810080 ATAAAATTATTCAAATAGTCATTACTATATGAATTTGTTC-AGTAA-ATAGATTCA-TTTTTAAA
66 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATTAACA-A-ATTTATTTTTTAAA
* *
15810142 TCTCTTACTTATTAATTTGAAATATAAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCA
129 TCTCTTACTTATTAATTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * ** * * ** *
15810193 AATAAACCTACATGAACT-GATATAATTGCTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGGAA
1 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * *
15810257 TAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTATTCGATTAACATATTTATTTTTAAAAT
65 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATTAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
15810322 CTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTG
130 CTCTTACTTATTAATT-T-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-A
* * **
15810374 AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * *
15810439 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATATATTTGGTAAAC-AATTTATTTTTTAAAT
66 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGATTAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * *
15810502 CTTTTACTTATTAATTGTTTG-AATATTAATAAATTTGTTTTATTTTAATT--
130 CTCTTACTTATTAA---TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * *
15810552 GATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAGCAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* ** * * * *
15810617 AGGTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTTGTTCGA-TAAGTAGATTCAATTTTTAAAT
66 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATTAA-CAAATTTATTTTTTAAAT
* * ** *
15810681 ATCTTA-TTAATT--TTTGGAATATTAATAAATTAAAATTATGTTA-TTCA
130 CTCTTACTT-ATTAATTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * *
15810728 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTCTGACAAAACAAAAGTTTATAATAATTTGAAA
1 -AATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * **
15810793 TAGATAATTGTTCATACAGTCATAACTATTTGCAC-TGGT-GAAGCCAACAAATTTATTTTTTAA
65 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG-A-TTAACAAATTTATTTTTTAA
* * *
15810856 AT-TCATTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCA
128 ATCTC-TTACTTATTAA-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
** * * * * **
15810909 AATAAAATTGTATCAATAGAAACAATTGTTTTCTGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA-
* * * * * * * * *
15810974 TA-ATAATTTGTTCAAATTGTTATAACTAGTTGAATTTGTT-TAGTAA-ATTGATTTATTTCTTA
65 TAGATAA-TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATTAACA--AATTTATTTTTTA
* * * *
15811036 TATCTCTTA-TTAATT--TTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG
127 AATCTCTTACTT-ATTAATTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * ** *
15811087 AACAAACTTATATGAACA-AAA-ACATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAATA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * *
15811149 TAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCA-T-ACAAATTTATTTTTTAA
65 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG-ATTAACAAATTTATTTTTTAA
* * ** * * * *
15811212 ATCTTTTAGTTATTTTTTTTATAATATTATTAGATTAGTATTATATTA-TTCTA
128 ATCTCTTACTTATTAATTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-A
* * * * * * *
15811265 AATAAGCTTGTATAAACATAAATAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGCAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * *
15811330 ATATAATTGTTTAAATAGTCATAACTGTTTGAA-TTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
66 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATTAACAAATTTATTTTTTAAAT
* *
15811394 TTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTATTTCA
130 CTCTTACTTATTAA--TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * * **
15811445 AATAGGCTTATATG-AT-GAACAACAATTGTTTTGTGACAAAAAAAAAGTTCATAATGATTTGAA
1 AATAAGCTTGTATGAATAG-A-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * ** * * *
15811508 ATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTAATTCAATAAACTAATTTATTTTTTAAA
64 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATTAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * **
15811573 TCT-TCAACTTCTCAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTG
129 TCTCT-TACTTAT-TAA-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* *
15811626 GATAAGCTTTTATGAACT-GAAATAATTGTT
1 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTT
15811656 CAAATAGTCT
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
AATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATTAACAAATTTATTTTTTAAATC
TCTTACTTATTAATTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
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15810016 ATAAACTTGC
* * * * * * * * *
15810026 ATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTTATAACAATTTAAAATATAAAATTATT
1 ATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATTATT
* * * * * * *
15810091 CAAATAGTCATTACTATAT-GAATTTGTTC-AGTAAATAGATTC-ATTTTTAAATCTCTTACTT-
66 CAAATAGCCATAACTAT-TCAAACTAGTTCGA-T-AAGAGATTCAATTTTTAAATATCTTA-TTA
* * ** * * * ** * * *
15810152 ATTAATTT-GAAATATAAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAACCTACATGAACTGATA
127 ATT--TTTAG-AATATTAATAAATTAAAATTATATTA-TTCAGAATAAGCTTGTATAAACAGAAA
** ** * * * * * *
15810215 TAATTGCTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGGAATAGATAATTATTCAAATAGTTAT
188 TAATTATTTTATGAAAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCAT
* ** * * * *
15810280 GACTATTTGAACT--T-ATTCGATTAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCA
253 AACTATTTGAACTGGTGAAGC-A--AACAAATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATT-TTA
* * * *
15810342 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTT
313 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTAT-AATAGAAACAATTGTTTT
* ** * *
15810406 ATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
376 ATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATTAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAGTTAA
* * *
15810471 ATATATTTGGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTGAATATTAATAAAT
441 ATATATTTAGTAAACAATTTATTTCTTAAATC--TTACTTATTAATTGTTTAAATATTAATAAAT
** * * * *
15810536 TTGTTTTATTTTAATTGATAAGCTTGT
504 TAATATTATTTTAATTGACAAACTTAT
* * * * * * *
15810563 ATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTATT
1 ATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATTATT
* *
15810628 CAAATAGTCATAACTATTCAAACTTGTTCGATAAGTAGATTCAATTTTTAAATATCTTATTAATT
66 CAAATAGCCATAACTATTCAAACTAGTTCGATAAG-AGATTCAATTTTTAAATATCTTATTAATT
* * * *
15810693 TTTGGAATATTAATAAATTAAAATTATGTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTAT
130 TTTAGAATATTAATAAATTAAAATTATATTATTCAGAATAAGCTTGTATAAACAGAAATAATTAT
* * * *
15810758 TTTCTGACAAAAC-AAAAGTTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATACAGTCATAACTAT
195 TTTATGAAAAAACAAAAAG-TTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTAT
* *
15810822 TTGCACTGGTGAAGCCAACAAATTTATTTTTTAAATTCATTACTTATTAATTTTAAAATATTAAT
259 TTGAACTGGTGAAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATTC-TTACTTATTAATTTTAAAATATTAAT
* * ** *
15810887 AAATTAGCATTACTTTATTTCAAATAAAATTGTATCAATAGAAACAATTGTTTTCTGACAAAACA
323 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
15810952 AATGGTCATAATGATTTGAAATTAATAATTTGTTCAAATTGTTATAACTAGTTGAATTTGTTTAG
387 AAAGATCATAATGATTTGAAATTAATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTAGTTAAATATATTTAG
** *
15811017 TAAATTGATTTATTTCTTATATC-T-CTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTAATATTATT
451 TAAA-CAATTTATTTCTTAAATCTTACTTATTAATTGTTT-AAATATTAATAAATTAATATTATT
*
15811079 TTATTTCGAACAAACTTAT
514 TTAATT-G-ACAAACTTAT
* **
15811098 ATGAACA-AAAACATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTATT
1 ATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATTATT
* * ** * * * * *
15811161 CATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCATACA-A-ATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTA
66 CAAATAGCCATAACTATTCAAACTAG-TTCG-ATA-AGAGATTCAATTTTTAAATATCTTA-TTA
* * * * ** *
15811224 TTTTTTTTATAATATTATTAGATTAGTATTATATTATTCTA-AATAAGCTTGTATAAACATAAAT
127 --ATTTTTAGAATATTAATAAATTAAAATTATATTATTC-AGAATAAGCTTGTATAAACAGAAAT
* * * * *
15811288 AATTGTTTTATGAAAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGCAATATATAATTGTTTAAATAGTCATA
189 AATTATTTTATGAAAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATA
* * *** * * *
15811353 ACTGTTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCCTACTTATTAATTTTTGAAAT
254 ACTATTTGAACTGGTGAAGCAAACAAATTTATTTTTTAAA-TTCTTACTTATTAA-TTTTAAAAT
* * * *
15811418 ATTAA-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTATATGAT-GAACAACAATTGTTTTGTGA
317 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAATAG-A-AACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
15811481 CAAAAAAAAAGTTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACT
380 CAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAGTTAAA-T
* * * * * * *
15811545 A-ATTCAATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTCTCAAATT-TTGAAATATTAATAAAG
443 ATATTTAGTAAAC-AATTTATTTCTTAAATCTT--ACTTAT-TAATTGTTTAAATATTAATAAAT
15811608 TAATATTATTTTA
504 TAATATTATTTTA
15811621 TTTTGGATAA
Statistics
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0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (530 bp):
ATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATTATT
CAAATAGCCATAACTATTCAAACTAGTTCGATAAGAGATTCAATTTTTAAATATCTTATTAATTT
TTAGAATATTAATAAATTAAAATTATATTATTCAGAATAAGCTTGTATAAACAGAAATAATTATT
TTATGAAAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTT
GAACTGGTGAAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAA
TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
ATCATAATGATTTGAAATTAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAGTTAAATATATTTAGTAAAC
AATTTATTTCTTAAATCTTACTTATTAATTGTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTG
ACAAACTTAT
Found at i:15811952 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 17.0 Consensus size: 181
15811637 ATGAACTGAA
* ** * * * *
15811647 ATAATTGTTCAAATAGTCTTGTCTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAGA-TT-TTTTTT-AATTTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
15811709 TTACTTATTAAATTTTT--AATGTTAATAGAA-TAATATTATTTTATTTTCAATAAGCATGTATG
66 TTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG
* * * *
15811771 AACTAAAACAATTATTTTATGAATAAACAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAG
129 AACTAAAACAATTGTTTTATGAATAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * ** * *
15811824 ATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACAGGTTTGGTAAACACATTTATTTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCT
* * ** ** * *
15811889 CTTACTTATTAATTTTAG-AATATTATTAGTTTACCAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGA
65 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
15811953 AC-AGAAACATTTGTTTTATGACA-AAACAAAA-ATCATAACCATTTCAGATAG
130 ACTA-AAACAATTGTTTTATGA-ATAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * **** * * *
15812004 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTGGTCCAATAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * **
15812067 TT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTATGAATAATTTTGTAT-AA
66 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA
* * ** *
15812129 ATAAAAACAATTTTTTTATG-ATAAAACAAAACATCATAACGATTTGAAATAA
131 CT-AAAACAATTGTTTTATGAAT-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
*** * *
15812181 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* ** *
15812246 TTACTTCTTAATTTTTAGAAA-ATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATG
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* * * *
15812309 AAC-ATAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAAGTCATTA-TATTTTGAAATAG
129 AACTA-AAACAATTGTTTTATGA-ATAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAG
* * * * *
15812362 ATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTCT-TTTTTTAATTCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT-TATTTTTTAAATCT
* * * * * *
15812426 CTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTACATC-AAATAAGCTTATATG
65 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATG
* * * * **
15812490 AATTGAAACAATTGTTTTA-GTACA-AAAGAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAG
129 AACTAAAACAATTGTTTTATG-A-ATAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
** * * * * * *
15812543 ATAATTACT-AGAATAGTGATGACTATTTGAGCTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * *
15812607 TTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATCAATATTATTTTAATTC-GATTATGCTTGTATG
65 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
15812671 AAC-AAAACTATTATTTTGT-AATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAA
129 AACTAAAACAATTGTTTTATGAATA-AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * *
15812723 ATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTTGTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTAAA--TC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* ** * * * * *
15812785 -T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAGCTTAGTATT-TTTT-TTC-AAACAAACTTATACGAA
66 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA
* * *
15812845 C-AAAATCATTTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACAATATGAAATAG
131 CTAAAA-CAATTGTTTTATGA-ATAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * *
15812896 ATAATTGTTCATATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTAGGTAAAT-GAAATTATTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
15812960 CTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAGATTCA-TTTTATTTTATTCCT-AATAAGCTAGTGT
65 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-CTGAATAAGCTTGTAT
* * * *
15813023 GAATTGAAAA-AATTGTTTTATGACA-AGATAAAAGGTCTTAAC-ATTTTGAAATAG
128 GAACT-AAAACAATTGTTTTATGA-ATAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAG
* * * * * *
15813077 ATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
15813142 TTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATT-TCAATTAAGCTTGTATGA
66 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAGCTTGTATGA
* * * * * *
15813206 A-TAGAAATAATTTTTTTATGACA-GAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTAT
130 ACTA-AAACAATTGTTTTATGA-ATAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * ** * *** *
15813258 ACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTCAAACTGGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
15813323 TTACTTATTAATTTTTGAAAAATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAT
66 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * ** * *
15813388 CAAAAATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAG
131 CTAAAACAATTGTTTTATGAATAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * ** * * * *
15813439 ATAATTGCTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTAATTTGCTAAATTGATTCACTTTTTAAA--TC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
*
15813502 --ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
66 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
15813565 TTGAAACAATTGTTTTATG-ATAAAATAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAG
131 CTAAAACAATTGTTTTATGAAT-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * * * *
15813615 ACAATTGTTCTACTAATTGA-AATTATTTGAA-TCTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAAC
1 ATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * ** * * * * * *
15813678 TCTTGCTTAGTAATTTTCAAAATATTGAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATGAGCTTTTATG
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* * * * * *
15813743 AATTGAAATATTTGTTTTAT--ATCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAA
129 AACTAAAACAATTGTTTTATGAAT--AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * *
15813796 ATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTTAGATAAATAAATTTATTTTTTCAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCT
* * * * * * * * *
15813861 TTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTTGGATAAGCTTGAAAG
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* * * * * *
15813925 ATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAATCAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
129 A-ACTAAAACAATTGTTTTATGAATAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* ** * * * * * *
15813978 ATAGTCATTCAAATGGTCATAATTATTTTAA-TTGAGTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATC
* * * ** * ** * *
15814042 TTTTATTTAATAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCCT-TCTAAACTTGAAT
64 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTGAATAAGCTTGTAT
* * * * * * *
15814106 TAACTGAAACAATTGTTTTATGACA-AATCAATAGGTTATAATGACTTT-AAATGG
128 GAACTAAAACAATTGTTTTATGA-ATAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAG
* *
15814160 ATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCT
* * * * *
15814225 CTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGAATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATG
65 CTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG
* *
15814289 AACTAAAACAATTATTTTAT-AACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAGATAG
129 AACTAAAACAATTGTTTTATGAA-TAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * ** * **
15814342 ATAATTTTTCTAATAG-CTTAACCT-TTTGAACTAATTCGGT-AAGCGAATTTATTTTTTAAATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAG-ATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
15814404 TCTTAC----TAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTGAATCCGAATAAGCTTGTATA
64 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG
* *
15814465 AAC-AAAACAATTGTTTTA-CAATAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
129 AACTAAAACAATTGTTTTATGAAT-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * ** * * ** * * * *
15814517 ATTATTGTTCATATAGTTTTAACTATTTGACCTAGTTCCGCAATTAGATTTATTTTTTTTCTATT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA--TTTTTT-AAAT
* ** * ** * * ** *
15814582 TTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATT-TCGAATAAAATAGTA
63 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTA
* * * * *
15814646 TGAAC-AAAATCAATTGTTTGATG-ATAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAA
127 TGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGAAT-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
15814698 CAGTTNNNNN
Statistics
Matches: 2300, Mismatches: 461, Indels: 219
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA
CTAAAACAATTGTTTTATGAATAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
Found at i:15813017 original size:715 final size:710
Alignment explanation
Indices: 15811647--15814347 Score: 2212
Period size: 715 Copynumber: 3.8 Consensus size: 710
15811637 ATGAACTGAA
* * ** * * *
15811647 ATAATTGTTCAAATAGTCTTGTCTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAGA-TTTTTTTTAATT-TTT
1 ATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTTTTTTTAATTCTCT
* * *
15811710 TACTTATTAAATTTTT-AATGTTAATAGAA-TAATATTATTTTATTTTC-AATAAGCATGTATGA
66 TACTTATT-AATTTTTGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * *
15811772 ACTAAAACAATTATTTTATGA-ATAAACAAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTA
128 ATTGAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-AA
* * *
15811836 ATAGTCTTAACTATTTGAACAGGTTTGGTAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
191 ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACACATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
** ** * *
15811901 TTTT-AGAATATTATTAGTTTACCAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC-ATT
255 TTTTGA-AATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACTA-T
* * * * * *
15811964 TGTTTTATGACAAAACAAAAA-TCATAACCATTTCAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
317 TGTTTTGTAAC-AAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACT
* * *** * * * *
15812028 ATTTGAGCTGGTCCAATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
381 ATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
** *
15812093 AATTAGTAGTATTTTATTATGAATAATTTTGTATAAATAAAAACAATTT-TTTTATGATAAAACA
446 AATTAGTAGTATTTTATT-TGAATAAACTTGTATGAAT-AAAAC-ATTTGTTTTATGATAAAACA
** * * * * *** *
15812157 AAACATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCGGT
508 AAAGGTCATAAC-AATTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTAGGT
* * * *
15812222 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTCTTAATTTTTAGAAAATTAATAAATTTATATTATT
572 AAATA-AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAAATTAATAAATTCATATTATT
* * *
15812287 TTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAT-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATT-AT
636 TTATTCAAAATAAGCTAGCATGAA-ATGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTC-TTAAC
15812350 ATTTTGAAATAG
699 ATTTTGAAATAG
*
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1 ATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATT-TTTTTTTAATTCTC
* * ** *
15812427 TTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTACATCAAATAAGCTTATATGAA
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* * * **
15812492 TTGAAACAATTGTTTTA-GTACAAAAGAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTACTAGAA
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* * * * * *
15812556 TAGTGATGACTATTTGAGCTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
192 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * *
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* *
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320 TTTGTAACA-AACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATT
* * * **
15812750 AGAACTTGTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAGCT
384 TGAACTAGTTTGATAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * *
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512 GTCATAACAAT-TGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTAGGTAAAT
* * *
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576 -AAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAA-ATTAATAAATTCATATTATTTTA
** ** * * * * *
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704 GAAATAG
* * * * * * *
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1 ATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAGATTT-TTTTTTAATTCT
* * * *
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* * * * * * * * * *
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128 ATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-AAA
* ** ** * * *
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192 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-T
* * * * *
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256 TTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAACT-ATTGT
* * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * *
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448 TTAGTAGTATTTTA-TTTGAATAAACTTGTATGAA-TAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAA
* * * * *
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511 GGTCATAACAATTGAAATAGATAATTGTTCATA-T-AGTCATAATTATTTGAACT-TGTTAGGTA
* * * * * * *
15813657 AACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTGCTTAGTAATTTTCA-AAATATTGAGAAATT-AGTATTAT
573 AATAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAA-ATTAATAAATTCA-TATTAT
**** * *** * * * * * *
15813720 TTTATTTTGGATGAGCTTTTATGAATTGAAATATTTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAAC
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*
15813784 GATTTT-AAATAA
699 -ATTTTGAAATAG
* * * * * * * * * *
15813796 ATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTGTTAGATAAATAAATTTATTTTTTCAAATCT
1 ATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTT-TTTTTT-AATTCT
* * * * * *** * *
15813861 TTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTTGGATAAGCTTGAAAG-
64 CTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * ** * **
15813925 ATATGAAACAAATATTTTATGACTAATCAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAGTCATTCAA
128 AT-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-AA
* * * * * * * * * *
15813990 ATGGTCATAATTATTTTAATTGAG-TCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTTTTATTTAATA
191 ATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTCGGTAAACACATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTA
* * * * ** * * * * *
15814054 ATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCCT-TCTAAACTTGAATTAACTGAAACAA
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* * * * * * * * * * *
15814118 TTGTTTTATGACAAATCAATAGGTTATAATGACTTT-AAATGGATAATTGTTCAAATAATAATAA
316 TTGTTTTGTAACAAA-CAAAAAGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAA
* * *
15814182 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AA
379 CTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTA-CTTTTTAAA--TC--TCTTATTAA-TTTTTGAAA
* * * * * * * * *
15814246 TGTTAATAAATTAGAATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATAA
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* *
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501 -TAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTGAAATAGATAATT
15814348 TTTCTAATAG
Statistics
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* * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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** * ** * * * * *
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* * ** * * * *
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***
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** * * * * *
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* * * * *** ** * *
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* * *
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* * * * **
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* * **
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*
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
15817814 TTTTTAAATC-TTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTAATATGAAT
64 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-T-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * * **
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127 AAGCTTGTATGAATCGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * ** * * *
15817929 ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTC-GATAAATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAACATATTTAT
* * * *
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* * ** **
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* * * * *
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* * * * *
15818423 GCTTGTATGAA-C-AAAAATTATTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATA
129 GCTTGTATGAATCGAAACA--ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
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* * * * * * * ** * ** **
15818595 AAAATAAAAAGTAACAATTATTTGAAAT--AGATAATTATTTAAATAGTTATAATTAATTGT-AC
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1 ATT-TG-AAATAG-ATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATA--
* * * ** **
15818721 TTTACTCTATTTCGAATGAGCTTCTATAAGTTTAAATAATTATT-TTATGA-TAA-AACAAAAGG
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* * ** * * **** * ******
15818783 TCATAACAATTTGA-GATAAATAA--TTGT-TCATATAGTCTTAATTGTTTGAACTGGTTTGGC-
109 T-AT---TATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATCGAAACAATTGTTT-TA-TGACAAAACA
* *
15818843 -AAGCG-AATTTAT-
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* * * * * * * * * * *
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1 ATTTGAAA-----TAG--A-TAATTGTTCA-AATAGTCA-TAACTATTTGAACTAGTTCAGT-AA
* ** * * *** * * *
15818916 A-ATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGT--TTATTATAGAATAAAATGTT-ATAACAATTTGA
55 ACAT-A--TT-TAT--TTTTAAAT-CTTTTACTTATTA-ATTTTGAAATATTAAT-A-AATTAG-
* * * * * ** * *
15818977 AATAGATAATTGTTCAAATAATCATAA-CTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTG
109 TAT-TAT-TTTATTC---TAA--ATAAGC---TTGTA-TGAATC-G-AAACA-A-TTGTTTTATG
* ** * *
15819041 A-AAAACAATTATTTTATAACAG
159 ACAAAACAA-AAGGTCATAA-TG
* * * * * * * *
15819063 AAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAAACAGTTATTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTTA-TTC
1 ----A--T-TTGA-AA--T-AGAT--A-A-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTC
* * * * *
15819127 AGTAAA-TTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAACTTTTGAAAATAATAATAAAGTAGTA
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* * ** * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * *
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** * * *
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*
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * ** *
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* * * * *
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** * *
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* * * *
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** * * * * *
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*** * * * *
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* * * * * *
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* *
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* ** * ** **
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* * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * **
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* * * *
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* * * **
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* * * * *
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** * * * * **
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATATTTAT-
* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * **
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**** * * * * * * * **
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* * ** * * *
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* * * * **
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* * ** * * *
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* * * *
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** * * *
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*
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* * * * * * *
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* *** * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * **
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* * ** * * *
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** * * * * * * * * *
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* *
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15824775 ATAATGATTT
Statistics
Matches: 6556, Mismatches: 1434, Indels: 937
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATATTTATT
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Found at i:15818448 original size:722 final size:716
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Indices: 15816138--15824611 Score: 3334
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15816128 GGTTAGAATT
* * ** * ** ** ** *
15816138 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACCGGTTCGACAAATTCATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTAAT
* * * * * *
15816203 TTTTAAATC-TTT-C--ACTAATTTTGAAATACTATTAAATTAATATTATTTT-TATCTGAATAA
66 TTTTAAAACTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAA
* * * * * **
15816263 GCTTGTATG-ATCAGAAACAATTATTTTA-TGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGA
130 GCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTACTAACAAAACAAAAG-TCATAATAATTTGAAATAAA
* * * * * * *
15816325 TATTTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAGA-AAGCA-ACTTTA-GTTTTAAATCT
193 TAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTT-TGATAAACATA-TTTATTTTTTAAATCT
** * * * * ** ** **
15816387 -CTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATG
256 AC-AACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATATCAAATAAAATTACATG
* * * *
15816451 AA-ATGAAA-ATTTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTT
319 AATA-GAAACA-ATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTGAAATAAATAATTGTT
* * * **
15816513 CAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTAATTTTTTAAAATCTCTTGCAC
380 CAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTT-ATTTTTT-AAATCTTTTACTT
* * * * *
15816577 AATAATTTTTTGAATGTTTATAAATTACTATTATTTCATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT--AA
442 ATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAA
* * * * *
15816640 AATAATTATATTATGACTAAACAAAAGGTAAG-AACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
505 AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT-AGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
15816704 CTTAACTATTTGAACTGGTTCAATTAACACATTTATTTTTTCAAA-GCTT-TTATTAATTTTTGG
569 CATAACTATTTGAACTTGTTC-ATTAACACATTTATTTTTT-AAATTCTTATTATTAATTTTTGG
* * * * *
15816767 AATATTAATAATTTAGTAATATTTTACTTTGAATAAGTTTGCATGAAT-AAAAGCAATTATTTTA
632 AATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATCAAATG--ATTATTTTA
* * *
15816831 TTACAAAACAAAGATCTTAATG
695 TGACAAAAAAAAGATCATAATG
* * * * *
15816853 ATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTGTTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTAAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTAAT
* * * *
15816918 TCTT-AAA--TCT-CTTATTAAGTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA
66 TTTTAAAACTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
** ** ** * *
15816979 TTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTT-CTGGCAAATA-AAATGTCATAATAATTTGAAATAAAC
130 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACTAACAAA-ACAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAAT
* * * *
15817042 AATAATTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTAC
194 AATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTAC
* * * *
15817106 AACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGCATGAATA
258 AACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATATCAAATAAAATTACATGAATA
* * ** * * * ***
15817171 GAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAGTAAATAATTATTCGACGGG
323 GAAACAATTGTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * *
15817236 TCATAACTA-TTCAAATTCATTC-AGTAAGCATA-TTTTATTTTTTAAAT-TCTTTACTTATTAA
387 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAA--ATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAA
* * * *
15817297 TTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAA-CAAAAACAAT
447 TTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAAAT
** * *
15817361 TGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCA-TAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
511 TATTTTATGACAAAACAAAAGGT-AGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** * * *
15817425 TATTTGAA-TGTGTTCACAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTGGGAATAT
575 TATTTGAACT-TGTTCA-TTAACACATTTATTTTTTAAATTCTTA-TTATTAATTTTTGGAATAT
* * * *
15817489 TAATAAATTTA-TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAATCAATTGTTTTATGAC
637 TAAT-AATTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATC-AAAT-GATTATTTTATGAC
15817552 AAAACAAAATG-TCATAATG
699 AAAA-AAAA-GATCATAATG
* ** *
15817571 TTTTGAAATAGATAATTGTT-TGATAGTCATAACTATTT-AAC-ATGTTCAGTAAATAGATTTAA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTCGGTAAATAGATTTAA
** * * * *
15817633 TTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAA
65 --TTTTTAAAACTTTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA
* * * * *
15817698 TAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTACT-ACAAAACGAAAGGTCACAAT-GTTTGAAATA
127 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACTAACAAAAC-AAAAGTCATAATAATTTGAAATA
* * *
15817761 ATTAATTATTCAAATACTCATGACCATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTA-TTTTTAAATCT
191 AATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCT
** * ** *
15817825 -TTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTAATAT-GAATAAGCTTATAT
256 ACAACTTATTAATTT-T-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATATCAAATAAAATTACAT
* *
15817886 GTATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTA
318 GAATAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
** * *
15817951 AATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTGTTAGATCTTTTACTTATTAA
382 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* **
15818016 TTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAA
447 TT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAAAAAA
* * ** * *
15818080 ATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTGTAATGATTTCAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
509 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * *
15818145 TTATTTAAACTTGTTCATTACACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATA
574 CTATTTGAACTTGTTCATTA-ACACATTTATTTTTTAAAT-TCTT-ATTATTAATTTTTGGAATA
* * * *
15818210 TTGATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATCGAAATGATTTTTTTATGACA
636 TTAATAATTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATC-AAATGATTATTTTATGACA
*
15818275 AAATAAAAGATCAAAATG
700 AAA-AAAAGATCATAATG
* * ** * * ** *
15818293 ATTTGAAATAGATAAATATTCAAATAAACATGACTATTTGATCTAGTTCGGTAAGCATATTT-AT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTAAT
* * * *
15818357 TTTTAAAAACTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTAATTTAATCAAAATA
66 TTTT-AAAACTTTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA
* * ** *
15818422 AGCTTGTATGAACAAAAATTATTGTTTTA-TAATAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAA
129 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACTAACAAAAC-AAAAGTCATAATAATTTGAAATAAA
** * * * *
15818486 TAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGAT-AA-ATA-TTA----ATAAAT-TAG
193 TAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTAC
* * ** * *
15818543 TA-TTATTTTATTTTGAACAA-ACTTATATTAACAAACAATATTGTTTTAT-T---ACAAAA-TA
258 AACTTA-TTAATTTT-AA-AATA-TTA-A-T-A-AATTAATATTATTTTATATCAAATAAAATTA
* * * * * * * * ** *
15818601 -A--AA-AGTAACAATT-ATT-TGA-AATAGATAA--TTATTTA-AA-TAGTTATAATTAATTG-
315 CATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACAATTTGAAATAAATAATTGT
* * * *** ** *
15818654 T--ACTAGTTCAGTAA--A-TAGAA-TTATTTTTTAAAT-CTTTTATAAATTTTTGAAATATTAA
379 TCAAATAG-TCA-TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAT---TTTTT-AAATCTT--
* * * * * * ***
15818712 TAAATTAGTTTTACTCTATTTCGAATGAGCTTCTATAAGTTTAAATAATTATTTTATGATAAAAC
436 TTACTTA---TTAAT-T-TTT-GAAT-A--TT-AATAA-ATT-AGT-ATTATTTTAT--TCTGA-
* * ** ** ** * * * * ** * ** * **
15818777 AAAAGGTCATAACAATTTGAGATAAATAATTGTTCAT-A-TAGTCTTAATTGT-TTGAACTGGTT
485 ATAAGCTTGTATGAA-TAAAAAAAAATTATT-TT-ATGACAAAAC-AAAAGGTAGT-AAC-AATT
* ** * * * * * * * *
15818839 TGGCAAGCGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTTAGAA--TATT-ACTAA-ATT
544 T-GAAATAG-A-TAATTGTTCAAA-----TAGTCA-TAACTATTT-GAACTTGTTCATTAACA-C
* * ** ** * ** * *
15818899 AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATT-GTTTATTATAGAATAAAATG
598 A-T-TTATTTT-TT--AAAT--TCTTAT-T--AT--TAATTTTTGGAATATTA-ATAATTTAGTA
*** * ** * * * * * ***
15818963 TTATAACAATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAAT-AATCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA
650 TTATTTTATTTTG-AATA-A-GCTTGTAT-GAATCAA--ATGATTATTT-TA-T-G-ACAAAAAA
* * *
15819026 CAGAT--TTATT
705 AAGATCATAATG
* * * * * * * *
15819036 TTTTGAAAAACAATTATTTTATAACAGAAAAAGGTAATAA-TAATTTGAAATAAACAGTTATTCA
1 ATTTGAAATA-GATAATTGT-T--C--AAATA-GTCATAACT-ATTTGAACT----AG---TTC-
* * *
15819100 AATGGCCATAATTATTTAAACTTATTCAGTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA
50 ---GG---TAA--A--T--A--GATT---T-AATT--TTTA------AAA-CTTTTACTTATTAA
* * * * ** *
15819165 CTTTTGAAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAA
88 -TTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA
* * * ** * *
15819229 TTGTTTTA-TGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
150 TTGTTTTACTAACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGA
* * * * * ** *
15819293 CTCTTTGAACTTGTGTGGTAAACACATTTATCTTTTCAAATCT-CTGGCTTATTAATTTTTGAAA
214 CTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTAT-TTTTTAAATCTAC-AACTTATTAA-TTTTAAAA
* * * * ** * *
15819357 TGTTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTATGT--ATGAACT-GAAACAATTATTATA
276 TATTAATAAATTAATATTATTTTATATCAAATAA-AAT-TACATGAA-TAGAAACAATTGTT-TA
* * * * * * * * *
15819419 GGACTAAACAAAAGATTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA
337 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
15819484 CTGGTTC-AGTAAATACATTTATTTTTTTAAATC-TTT-C--ACTAATTTTTGGAATATTATTAA
402 CTTGTTCGA-TAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAA
** * ** * *
15819544 ATTAGTATTATTTT-TGTCCAAAGAAGCTTGTATG-ATAAAAAAGCGATTGTTTTATGAGAAAAC
464 ATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAA-AAATTATTTTATGACAAAAC
* ** * * * * *
15819607 -AAAGATCA-TAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCA
527 AAAAGGT-AGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * * * **
15819670 -GAAAACAACTTTA-GTTTTAAATCTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATT
591 TTAACAC-A-TTTATTTTTTAAAT-TCTT-ATTATTAATTTTTGGAATATTAATAATTTAGTATT
* * ** * *
15819733 ATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
652 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-AATCAAATGATTATTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAA
15819798 TG
715 TG
* * * * *
15819800 ACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGGCA-AATCTGTTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTA
1 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTA
* * *
15819863 TATTTTTAAAATCTTTT-GTTGATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTCT
64 -ATTTTTAAAA-CTTTTACTT-ATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * **
15819926 AAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTA-TGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
124 AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTACTAACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGA
* * * * * * * ** * * *
15819989 AATAGATAATTGTT-ATAATCA-TCTTAACTATTTAAACTGGCTCAACAAACACATTTATTTTTC
187 AATAAATAATTATTCA-AAT-AGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTT
* ** * ** **
15820052 AAAGCT----CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTA-ATTTGAATAAGCT
250 AAATCTACAACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATA-TCAAATAAAAT
** * * * * * *
15820112 TGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAATA--TCATAACGATTTTAGATAGATAAT
313 TACATGAATAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAAATAAT
* * * * * * * *
15820175 TATTCAAATAGTAATAACTATTTAAAC-TGTTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA-
376 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
** * ** * *
15820238 TTA--AATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAAT-AGA
440 TTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAA
* * * * * * *
15820300 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-ACATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGA
505 AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTA-GTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * ** * **
15820364 CATGACTATTTGAAATTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCCACCTATTAATTTTCA
569 CATAACTATTTGAACTTGTTC-ATTAACACATTTATTTTTTAAAT-TCTTA-TTATTAATTTTTG
* * * * * ** *
15820429 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTA
631 GAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-CAAATGATTATTTTA
* *
15820494 CGATAAAACAAAAGATCATAACT-
695 TGACAAAA-AAAAGATCATAA-TG
* * * * * * *
15820517 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAAG-CATAAATATTTAAACTTGCTT-AGTAAACAGATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAATAGATTTA
* * * * * * *
15820580 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAATATTA-TTTATTTTGAAT
64 ATTTTTAAAACTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
* * * *
15820644 ATGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTA--AGACAAAAAAAAAGGTCATAATTATTTGAAATA
128 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACTA-ACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATA
* * * * * *
15820707 TATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTAGA-AAACATATTTATTTCTTAAAAT
191 AATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTT-GATAAACATATTTATTT-TTTAAAT
** ** * * * ** *
15820771 -T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATAT
254 CTACAACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATATCAAATAAAATTACAT
* * ** * * *
15820834 GAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGAA-CATTATTT
318 GAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-AATAATTGTTC
* * * * *
15820898 ACATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTA
381 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * *
15820963 ATTTTTGGAATATTAATATATTAGTATTATTTTTATT-TCGAATAAGCCTATATGAACT--AATA
446 ATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAAA
* * * * * * *
15821025 TAATTGTTTTATGACGAAACAAAAAGGTCA-TAATACTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
507 AAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGT-AGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * * ***
15821089 ATGATTATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTGTTACCTATTAATTGTCAA
570 ATAACTATTTGAACTTGTTC-ATTAACACATTTATTTTTTAAAT-TCTTA-TTATTAATTTTTGG
* * * * * * **
15821154 AATGTTAATAAATCAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTATTTTA
632 AATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATC--AAATGATTATTTTA
**
15821218 TGACAAAATAAAA-AGTCATAACA
695 TGACAAAA-AAAAGA-TCATAATG
* * * * * * * *
15821241 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAATTTA-TTTGGTAAACATAGTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTCGGTAAATAGATTTAA
* * * * *
15821305 TTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTGTCTG-AATATTAATAAATTTGAATTATTTTAATT-GAAA
65 TTTTTAAAACTTTTACTTATTAATT-T-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAA
* * * * * *
15821368 TAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGATTATAGTGATTTGAAATA
127 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACTAACAAAACAAAAG-TCATAATAATTTGAAATA
** * * * * * ** * * *
15821432 GGTAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT
191 AATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCT
* * * * ** ** **
15821497 ----CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAAAATCATACTAT-TCCAAATAAGCTTGTATG
256 ACAACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATAT-CAAATAAAATTACATG
* * * *
15821557 AATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
319 AATAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * * *
15821622 ACAGTTATAACTATTTGCA-TTGGTCAAGCTAACAT--ATTCATTTTTTAAAT-TCATTACTTAT
383 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC--GATAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTAT
* * ** ** * * * *
15821683 TAATTTTTAGAATAATAATAAA-TAGCATTATTTTATTCCAAATAAAATTGAATCAAT-AGAAAC
444 TAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAA
* * * * * * *
15821746 AATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCA-TAACAATTTGAAATAAATAATTCTTCAATTTGTTAT
508 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT-AGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * ** * * * *
15821810 AACTAACTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATATTTTAAATCTCTTA--A-TAATTTTT-AATA
572 AACTATTTGAACTTG-TTCATTAACACATTTATTTTTTAAAT-TCTTATTATTAATTTTTGGA-A
* * * ** * * * * *
15821871 TATTAAAAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAA-CAAAAAT-ATTTGTTTTAC
634 TATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATC--AAATGA-TTATTTTAT
* * * *
15821934 GATAAAACAAAAGGTTATAACG
696 GACAAAA-AAAAGATCATAATG
* * * * ** * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTAAT
* * * * * *
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* * * * * * *
15822084 AGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATA
129 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACTAACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAAA
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258 -AACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATATCAAATAAAATTACATGAA
* * * * *
15822275 TGAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
321 T--AGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * * * **** * *
15822340 ATGGCCATAATTATTTGAA-TTAATTCGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCACCAACTTCTCAA
383 ATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * * * * *
15822404 TTTTTTAAAATATTCATAAAGTAATATTA-TTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT--AAAACA
447 -TTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAAAAA
* * * * ** *
15822466 ATCATTTTATTATAAAATAAAAGGTCA-TAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
509 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT-AGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * ** * * **
15822530 ACTATTTAAATTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTAAAAAAAATTTTTGCTTATTAATTTTTTTA
573 ACTATTTGAACTTG-TTCATTAACACATTTATTTT---TTAAATTCTT-ATTATTAATTTTTGGA
* ** * ** * * **
15822595 ATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATG
633 ATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TCAAATGATTATTTTATG
* * *
15822660 ACTAAACAAAAGGTCAGAATG
697 AC-AAAAAAAAGATCATAATG
* * * * * * * * * * * **
15822681 ATTCGAAATAGATAATTGTTCTAATATTCTTAACCATTTGAATTGGTTTGGCAAACACATTTACC
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTAAT
* * * * * ** * * *
15822746 TTTTAAATCTATTGCTTATTAATTTT-AGAATATCATTAGTTTAGCAATATTTTACTT-TGAATA
66 TTTTAAAACTTTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATA
** * * * * *
15822809 AATTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTA-TGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGA
129 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACTAACAAAACAAAAG-TCATAATAATTTGAAATAAA
* * * * * * *
15822872 TAATT-TTCAAATAGTCATAACAATTTGAA-TTAGTCTGGTCAACAGATTTAGTTTTTAAATCT-
193 TAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTA
* * *** *
15822934 ---CTTATTAATTTTTGAAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTAT-TTTGA-AAAATTATGTATG
257 CAACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATATCAAATAAAATTA--CATG
* * * *
15822993 AATA-AGAACAATTGTTATACGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAA-AAGATAATAATAG
319 AATAGA-AACAATTGTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAA-ATAAT--T-G
* * * * ** * * * *** *
15823056 TTTAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGCAAACAGATTAATTTTTTAAGTCTCCAACTCA
378 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * *
15823121 TTAA-TTTTAATATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCCT-AATAAACTTGAATGAAT-AGAA
443 TTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAA
* * * * ** * * * *
15823183 ACAACTATTTTATGACAAAAATAAAAGTTTA-TAATGATTTGAAATAAATAACTCTTCAAATTG-
506 AAAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAG-GTAGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
15823246 CTATAACTATTTAAACTCGCTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTT
569 C-ATAACTATTTGAACTTG-TTCATTAACACATTTATTTTTTAAAT-TCTTA-TTATTAATTTTT
* * *** * ** *
15823311 GGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTT
630 GGAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-CAAATGATTATTTT
* *
15823376 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
694 ATGACAAAA-AAAAGATCATAATG
* * * * * * * ** *
15823400 ATTTGAATTATATCATTGTTTAAATAGTCATAAATTTTTGAACAAGTTAAGAAAATAGATTT-AT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTAAT
** * *
15823464 TTTTTCAA-TTTTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTGTATT-TGTAA
66 TTTTAAAACTTTT-ACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT-AAA
** * * * **
15823526 TAAGCTTACATGAACAGAACCAATTGTTTTA--AGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAAT
127 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACTA-ACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAAT
* * * * * * * * * ** *
15823589 AGATAATTATTTAGATAGTCATAATTATGTTAAACTTATTCGGTAAACATA-TTCCTTTTTCAAT
190 AAATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT-TTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * ** * *
15823653 TTTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACT-TCAAATAAGCTCAT
254 CTAC-AACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TATCAAATAAAATTAC
* * * * ** * *
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316 ATGAATAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTT
* * ** * *
15823781 CAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
380 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * ** * * * * * *
15823846 GATTGTTGAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTAATCTGAATAAGTTTTTATAAAT-AGAAACA
445 AATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAA
* * * * **
15823910 ATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCA-TAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTTGT
509 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT-AGTAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
15823973 AA-TGATTTGAAATTATTCCGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTCACTATCTT-
572 AACT-ATTTGAACTTGTT-CATTAACACATTTATTTTTTAAAT-TCTTA-TTATT-AAT-TTTTG
** *** * * * *
15824036 -AATATTAATAAAAGT-GTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATTAACTGAAATAATTGTTTT
631 GAATATTAAT-AATTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TCAAATGATTATTTT
* ** * ** *
15824099 ATAACAAGTCAAAAGGTTTTAAAG
694 ATGACAA-AAAAAAGATCATAATG
* ** * * * * **
15824123 CTTCAAAATAGACAATTGTTCAAATTGTAATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGA-TTAAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTAA-
* * * * *
15824187 TTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTCATTTTTTG-AATGA-TAATAAATTAGTATTAATTTATCCTG
65 -TTTTTAAAACT-TTTACTTATT-A-ATTTTGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* * * **
15824249 AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTA-TGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAA
125 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTACTAACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAA
* * * * * * * * * *
15824312 ATAGATAATTGCTT-TAATAGTCTTAACCATTTGAAC-TGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTG
188 ATAAATAATT-ATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACATATTTATTTTTTA
* * * * * * *
15824375 AATCT----CTTATTTATTTTTGAACTATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCCGAATAAACTT
251 AATCTACAACTTA-TTAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATAT-CAAATAAAATT
** * * * * *
15824435 GTATGAACA-AAACAATCAT-TTTACGAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATC
314 ACATGAATAGAAACAAT--TGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
* * * * * *
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377 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTAC
*** * *
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TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATCAAATGATTATTTTATGACAAAAAAAAGATCATAAT
G
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* ** * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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*
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AATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAGCGAAT
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15818516 CTAGTTTGAT
* * * *
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* * ** * * * * *
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * *
15818833 CTGGTTTGGCAAGC-GAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-
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* * * *
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* * * * *
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15819013 CTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT
129 CTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT
15819040 GAAAAACAAT
Statistics
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AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATAATAAAAATAATTGTTTATT
ATAAAATAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
GGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATAAATTTTTG
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* * * * * * *
15819136 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAACTTTTGAAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTCTT
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* * * * * *
15819201 TTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-ATGTCATAATGATTT
61 TCGAATAAACTTATATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA--TCATAACGATTT
* * * * * * *
15819264 TAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAACTTGTGTGGTAAACACATTTA-TCTTT
123 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGTTTGGTAAACAGATTTAGT-TTT
* * * * * *
15819328 TCAAATCTCTGGCTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGT
186 T-AAA--TCT--CTTATTAAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAAAACT
* * * * * * * * * *
15819393 ATGTATGAAC-TGAAACAATTATTATAGGACTAAACAAAAGATTAGAACAATTTGAAATAGATAA
246 -TGTATGAACAAG-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAAAGATAA
* * * * * * * * * * *
15819457 TTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATACATTTATTTTTTTAAATCT--T-
309 TTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAAATTGTTCGGCAAACAGA-TTAATTTTTTAAATCTCCTA
* * * * *
15819519 -TCACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TGTCCAA-AGAAGCTTGTATG-AT
373 CTCATTAA-TTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAATA-AA-CTTGAATGAAT
* * * * * ** *
15819580 AAAAAAGCGATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAA
433 -AGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * * * **
15819644 CAG-TCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGA-AAACA-ACTTTA-GTTTTAAATCTCTTGTTTATT
496 TAGCT-ATAACTATTTAAACTTGCTTC-GATAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* *
15819704 AATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAA-ATGAAACA
558 AATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACA
*
15819768 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGGCA-A
622 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
15819831 ATCTGTTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATATTTTTAAAATCTTTT-GTTGATTAATTTTTT
686 A-CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATA-TT-TATTTTTAAAAT-TTTTACTT-ATTAATTTTTT
* * * * * *
15819895 GAATGTTAATAAATTACTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTT
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* * *
15819958 TATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTATAATCA-TCTTAACTATTT
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* * **
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* *
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* * * * * * * *
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*
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** * *
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* * * * *
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258 -AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGA
* ** * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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576 AAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * *
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* * *
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* * * * **
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * ***
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * ** * *
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* * * ** **
15821385 AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAGTGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAAT
435 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGC
* *
15821450 TATAACTATTTAAACTTG-TTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT
500 TATAACTATTTAAACTTGCTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * ** ***
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* * ** * * *
15821574 TGTGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTTATAACTATTTG
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* ** * * * * * *
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694 AACTT-GT-TTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATT-TTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAAT
** * * * * *
15821702 -AAATAGCATTATTTTATTCCAAATAA-AATTGAATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
756 AAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCA-TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * ** *
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* *
15821828 GGTAAACAG
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* * * ** *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGA-ATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCGA
* * * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * * * *
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* * ** *
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* * * * ** * * *
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* * ** * * ** * * *
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* * * **
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* * * * *
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* * * * *
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*
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* ** * * * *
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** * * ** ** *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * ***
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* * * * * * * **
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** * * * ** * * *
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* ** * ** * * * * *
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*** * * * * * ** * *
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** * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * ** * * ** * * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * * * * * * *
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751 TTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACA
* * * * *
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* *** *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
15832042 ATTTGAA-TTGGTTCGGTAAAGAAAATTATTTTTTAAAACCCTTACTTATAAATTTGTGAAATAT
1 ATTTGAACTT-GTTCAGTAAA-CAAATTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATAT
** * ** * * *
15832106 TAATAAATTAGTTTTATTCTA-TTCCGAATAAGCTTGTAT-AAGCTGAAATAATTATTTTATGAC
63 TAATAAATT-GAATTATTTTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAA--TAAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * * *
15832169 AAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAGTTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAG
124 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * *
15832234 TTCGACAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTAGTTATTAACTTTTAGAATACTACTAAATTAG
189 TTC-A-GAA-A-ACTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * *
15832299 TATTATTTTA-TGCTAAAGAAGCCTGTATGAACA-AAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAGGG
249 TATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* *
15832362 TTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
312 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** * * * *
15832405 ATTTGAACTAGTTTGGTAAAACATATTTACTTTTAAAATCTC---TTATTAATTCTTGAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCAGT-AAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * * *
15832467 AATAAATTTATTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-TTGAAAACAAATTGTTTTAAGATAA
64 AATAAATTGA-ATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAAT-AAAAC-AATTGTTTTATGACAA
* * ** * * * *
15832531 AACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATGGCCAT-ACTTATTTAAACTAT-
126 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACT-TG
* * * * *
15832594 TTC-GATAAACTAATTTATTTTTTAAATC-C---CTTGTTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAA
189 TTCAGA-AAAC----TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
*** * * * * * *
15832654 TATTATTTT-TTTGGGATAAGCTTATATGAGCTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAGAGGT
249 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
** * * * * *
15832717 CATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAACT
313 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** ** * * *
15832759 ATTTAAACTAATTTGGCAAACAGATT-TATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAACTTTTGAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTAT-TTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * *
15832823 AATAAAGTAGTATTATTTTATTTT-GTATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATGGTTTTATGGCAA
64 AATAAA-TTGAATTATTTTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAA
* *
15832887 AACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
126 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * * ** * *
15832952 TAGTAAACATATTTAATTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGGA
191 CAG--AA-A-ACTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
* * * ** * *
15833017 TTATTTTATTCCAATTAAGCTTGTATAAACT-GAAGCAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCA
251 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * *
15833081 AAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAGTAGTCTTAACT
315 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
** * * *
15833121 ATTTGAA-TTGGTTCAACAAACATAA-T-CTTTTTAAAACTC---TTATTAATTTTTGGAATATT
1 ATTTGAACTT-GTTCAGTAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * * *
15833180 ATTAAATTAATATTATTTT-TATCTAAAAAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGAGAA
64 AATAAATTGA-ATTATTTTAT-TTTAGATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
15833244 AATAAGAA--TCATAACT-ATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG
126 AACAA-AAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * ** *
15833306 TTCAAAAAACAGCTTTAGTTTTTAAATATCTTGTTTATTAATTTTTAAAATATTAGA-AAAGTAG
189 TTC-AGAAA-A-C-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA-ATAAATTAG
* * * * *
15833370 TATTATTTTATTTCGAATAAGTTTTTATGAATTGAAACAAA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
249 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * *
15833434 CATAACGACTTT-ATATAGATAATTATTTAAATAGTCA-AATCT
313 CATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CT
* * * * *
15833476 ATTTGAACTTGTTCAGTAAAC-AA-T-TTTTCT-AATCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTA
1 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTATTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * **
15833537 ATAAATTGCTATTATTTTATTTT-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTATTTTATGATTAA
65 ATAAATTG-AATTATTTTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * ** * * * * *
15833601 ACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAAATAAATGTTCTAATAGTCTTAACTACTTGAA-TTGGTT
127 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT
* * * *
15833665 CGGCAATCACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTAT
191 CAG-AA--A-ACTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
15833730 TATTTTAATTT-GATTAAGCATGTATAAAAAGAAACAATTCTTTTATGA-AAAA-ATAAAGATCA
252 TATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACA-AAAGGTCA
* * *
15833792 TAACGATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACT
315 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * *
15833832 GTTTGAAC-TGTTTCCA-TAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTC---TTATTAATTTTTAAAATAT
1 ATTTGAACTTG-TT-CAGTAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * ** * ** * *
15833892 TAATAGATTAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCACAAACAAAAACAATTGTTTTATGAGAA
63 TAATAAATTGA-ATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
15833957 AACAAAAGGTCATAACGATTTCAAGTAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTT
126 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
*
15834022 CA-ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
191 CAGA-AAAC----TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * *
15834086 TTTTTTTTATTCCCAATAAACTTGTATGAATAG-AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCA
251 -TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * *
15834150 TAACT-ATTTTAAATAAACAATTGTTCAAACAGTCATAACT
315 TAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * *
15834190 ATTTGAACTTACTTGA-TAAATAGATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATCAATTTTTGGAATA
1 ATTTGAACTT-GTTCAGTAAACA-A-ATTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * *
15834254 TTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATAAACATAAAA-AATTGGTTTATGAC
62 TTAATAAA-TTGAATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGTAT-GA-ATAAAACAATTGTTTTATGAC
* * **
15834318 AAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGATCAAATAATCATAACTATTTGAGTTT
124 AAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* *** * *
15834382 GTTCAGAAAACTTATTTTATTAACAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGTATATTAACAAATTTG
188 GTTCAGAAAACTTATTTT-TT---AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * *
15834446 TATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGT
249 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
15834511 TATAGTAATTTGATATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACT
313 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* *
15834553 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTCTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTA
1 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * *
15834618 ATAAATTTGAATTATCTTATTTTAGATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAA
65 ATAAA-TTGAATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * *
15834683 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTGCAC-TGGTCA
128 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * * *
15834747 GGCTAACAAATTCATTTCTTAAATC-CATTACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGCAT
193 -G--AA-AACTT-ATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
15834811 TACTTTATTCCGAATAAGGTTATATGAATAGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAATGGTCATA
252 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * *
15834876 ATGATTTGAAGTAAATAATGGTTCAAATAGTTATAACT
317 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * **
15834914 AATTGAAC-GGCTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATAT
1 ATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATAT
* ** * * * * *
15834977 TAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAGCATTTGTTTTATGACAA
63 TAATAAATTGA-ATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAATAAAA-CAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
15835042 AACAAATGGTAATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAATTATTGGAA-TTGGT
126 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G-
* * * *
15835106 TTGGCA-AACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGT
189 TT--CAGAA-A-ACTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
* * * ** * * *
15835170 TTTACTTTA-TTCTAAATAAGATACTAAGAATTGAAAAAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTC
250 ATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
15835234 CTAATGATTTAAAATA-A-AGACTATTTATATAGTCTTAACT
314 ATAATGATTTGAAATAGATA-ATTGTTCAAATAGTCATAACT
** * * * *
15835274 ATTTGAA-TTGGTTTGGTAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTTATTATTAA-CTTTCAGAATA
1 ATTTGAACTT-GTTCAGTAAACA-AATTATTTTTTAAATCTC-TTATTATTAATTTTTGA-AATA
* * * * ** * * *
15835337 TTATTACATTAGTATTATTTT-TTTTTGAATAAAATTTTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC
62 TTAATAAATT-GAATTATTTTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * *
15835401 ATAACAAAAGGTTATAACAAATTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG
124 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-
* * * * * *
15835465 GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTACATCTCCTAAC-TATTAATTTTGAAAATATTAGTAAATTA
188 GTTCAG---A-AAACTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
* * *
15835529 GTATTATTTTA-TACTGAATAGGCTTGTATG-AT-GAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
248 GTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * *
15835591 GTTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATT
310 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * ** *
15835636 ATTTGGACTTATTC-GATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTA-TCATATTTTGAAATA
1 ATTTGAACTTGTTCAG-TAAAC-AAATTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAAT-TTTTGAAATA
* * * * * * * * ** *
15835699 TTAAT-AAGTAATATTATCTTATTTTGGATAAGCTTTTATGTACTGAAACAATTATTTTACAATA
62 TTAATAAATTGA-ATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGTATG-AATAAAACAATTGTTTTATGA-C
* ** * *
15835763 AAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAGAACTATTTGAACTTG
124 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *
15835828 TTCAGTAAACTGATTTATTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAG
189 TTCAG-AAA---ACTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAAATATTAATAAATTAG
* * * *
15835892 TATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAACTATTTTATGACTAAACAAAAGGT
249 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * ** * *
15835956 TAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTCATAGGCTTAACT
313 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* *
15835998 ATTTGAACTGGTTCAGTAAACATATT-TATTTTTAAATC-C---TTATTAATTTTTGAAAT-TGT
1 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTAT-TTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATAT-T
* * **
15836057 AATAAATTGGTATTATTTTATTTT-GAACAATTTTGTATGAATACCAATTATTCTGAATAATTGG
64 AATAAATT-GAATTATTTTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAATA--AA--A--C-----AATT-G
* ** * * * * * **
15836121 TATTATTTTATAACAAAACAAAATATCATAA-CAGTTCGCAATAGATGATAGTTCAAATAGAAAT
115 -----TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
15836185 GACTATTTAAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAACCTCTAACTTATTAATTTTTAACT
174 AACTATTTGAACTTGTTC---AGA-AAACTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-A--
* * * * * *
15836250 TATTAATTTTTAGAATATTAGATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAATGGAAATA
232 -A--AA-TATT--AATA--A-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAA
* * * *
15836315 ATTTTTTTATGACAAAACAAAAGATC-T--TG---T--AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA
288 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
15836372 CT
353 CT
* *
15836374 ATTTGAACTTGCTT--GTTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCT-TTAA-TTTTGGAA
1 ATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACAA-A-TTATTTTTTAAATCTCTTA-T-TATTAATTTTTGAAA
* * ** * * * *
15836434 TTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAACCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGA
60 TATTAATAAATT-GAATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGA
* ** *
15836499 CAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAA-AGATAATTGTTCAAAT-GTCATAACTATTTGAACGT
123 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * * ** *
15836562 GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTCAAGT-TTTTGCTTATTAACTTTTGGAATATTAATTAATTTA
188 GTTCAG---A-AAACTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA-TAAATTA
* * * * ** * * *
15836626 -TATTATTTTATTTGAAATAACCTTGGATGAACA-AACCAATTGTTTTTTGAC-AAAGAAAAGGT
248 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * *
15836688 CATAATGTTTTGAAATGGATAATTATTTAGATAGTCATAACT
313 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * ** * *
15836730 CTTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTCTAGTTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATAT
1 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATT-ATTTTT-TAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * *
15836795 TAATAAATT-ATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATGTTAACTGAAACAATTGTTTTATTACA
63 TAATAAATTGA--ATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
15836859 AAACAAATGGTCACAATGATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAAATTGT
125 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * * *
15836924 TCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTGTCAAAATATTAATAAATTAATA
190 TCAG--AA-A-ACTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * *
15836989 TTATTTTA-ATCTAAATAAGGTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTC
251 TTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTC
* * * *
15837053 ATAAT-AATT----T-G----TTGTTCAAATAATCAAAACG
314 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
15837084 ATTT-AAGCTTCTAT-GGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTGATTGTCTT--AA
1 ATTTGAA-CTTGT-TCAGTAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATT-T-TTGAAA
* *** * * * *
15837145 TATTAATAAATTTGTATTATTTTATCAGAAATAGGCTTGTACGAACAAATGA-AATCT-TTTTAT
60 TATTAATAAA-TTGAATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAATAAA--ACAAT-TGTTTTAT
* * * * ** * * * * *
15837208 AACAAAACAAATGGTTATAGTGATTCCAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCCTAATTATTTAAAC
121 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * ** * * * *
15837273 TTGTTTGGTAAATAGTTTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTTGAGTATTTACAACTT
186 TTGTTCAG-AAA-A-CTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
* ** * * * *
15837338 ATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTA-AAATAATTTTTTTATG--AAAAGAAAA-
247 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
** * *
15837399 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACT
311 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * * ** *
15837443 ATTTGATCTAGTT-TGATAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATAA
1 ATTTGAACTTGTTCAG-TAAACA-AATTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATAT
* **** * * *
15837507 TAATAAAAT-AATATCATTTTA-AACCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATAAT
63 TAATAAATTGAAT-T-ATTTTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
15837570 AGAATAAAAAGTCAAAACGATTTCAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
124 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* *** * * * *
15837634 GTT-TGATAAAAAGATTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATAAATAGATTTGTA
188 GTTCAGA-AAACTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * *
15837694 TTATTTTATTATGAACA-AA-CTTATATGAACA-AAAACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAAGT
251 TTATTTTATT-TCAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* ** *
15837756 TATAACAATTTGAAATA-ACTAATTATTCAAATAGTCATAA-T
313 CATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* *
15837797 CATTAGAACTGGTT-AGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATA
1 -ATTTGAACTTGTTCA-GTAAAC-AAATTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATA
* * * * *
15837861 TTAATAAATTCATTTTATTTTATTTT-GAATAAGCTAGTATGAATTAAAAAAATTGTTTTATAAC
62 TTAATAAATTGA-ATTATTTTATTTTAG-ATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * * * *
15837925 AAAACAAAAGGTCGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTATATGGTCTTAA-TAAATTGAACTA
124 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTT
* * * * * *
15837989 GTTTGACAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTAGC-TATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTA
188 G-TT--CAGA-AAACTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
15838053 GTATTATTTTATTTCAAAAAAGCATGTATGAACATAAATAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGT
248 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA-G-
* * * * *
15838118 TTATTTTGTAAATAATTGATTTGAAGTATACAATTCTTCAAATAGTCATAACT
311 -------GT-CATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
15838171 ATTTAAACTGGTTTAGAAAACAAA-T-TTTTTAAAATCTC---TTATTAATTTTTGAAAGATTAA
1 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * ** * * * * *
15838231 GAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATATGCTTGTGTGATATAAAACAATTGTTATATGACCAAAC
66 TAAATT-GAATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * ** * * * *
15838296 AAAAGGTAACAACAATTTGAAATAGATAATTATTAAAAT-GATGATAA-TAATTTAAAC-TGATT
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** * * **
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * * * * ** *
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* * * * *
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* * **** * * * * *
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* * * * * * *
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** * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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** ** ** * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** ** *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * ** * * * * * *
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** * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * **
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** * * *
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* * * ***
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* * * *
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61 ATTAATAAATT-GAATTATTTTATTT-TAG-ATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATG
* * * * ** * *
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** ** * *
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*** * * * *
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248 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * *
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* * * * * *
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1 ATTTGAACTTGTTCAGTAAAC-AAATTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * **
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64 AATAAA-TTGAATTATTTTATTTTAGATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAA-TTGTTTTATGACAA
* * * * *
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15840872 CA
191 CA
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Statistics
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* * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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128 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTA
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* * ** * *
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** ** * * ** * *
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* * *
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** * * ** * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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*** * * * *
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128 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-A
* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* ** *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * ** * * * * *
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65 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA--CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * *
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1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* ** ** * * * *
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* * *
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* * *
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1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * *
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* * *
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** * * * *
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1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
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* ** * * *
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* *
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1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT-TAATAAATTAGTATT
** * ** * *
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65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-A-A-C-A--A-----AACAATT-G-----TTTTATGACA
** * * * * ** * * *
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*
15836200 TTCG
177 TT-A
* *
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1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA---A-T-A---TT--AATA-
* * * ** * *
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55 -A-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * *
15836333 AAAA-G--AT--C---TTGTAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-
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* * *
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1 G-TAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * *
15836450 TTATTTTATTCCAAATAACCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCAT
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* *
15836515 AACAATTTGAAA-AGATAATTGTTCAAAT-GTCATAACTATTTGAACGTGTTTA
127 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTA
* * * * * * *
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1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAAATTAGTATT
* * * * * * *
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65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
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130 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-A
* * * ** * * *
15836745 GTAAATAGATTCATTTTTCTAGTTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATTATT
1 GTAAACAAATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
15836810 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATGTTAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATGGTCACAA
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* * * * * *
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129 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-A
* * * * ** *
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1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
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66 TTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATA
** * * * * *
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* * * *
15837099 GTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTGATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTAT
1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTAT
*** * * * * *
15837162 TATTTTATCAGAAATAGGCTTGTACGAACAAATGA-AATCT-TTTTATAACAAAACAAATGGTTA
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** ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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1 GTAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * *
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1 -GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTAT
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64 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
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128 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTA
* * * *
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1 G-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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1 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
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* * * * * *
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130 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACT-ATTTGAACTTG--TTA
* * * *
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1 GTAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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*** * * * * *
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* * * * * *
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1 GTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
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* * * * ** * *
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* * *
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*** * * *
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* * * * * *
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Statistics
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15836220 TTTAAACCTC
15836230 TAACTTATTAATTTT
1 TAACTTATTAATTTT
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1 TA
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TAACTTATTAATTTT
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15840841 GTTTAAATAG
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1 TC
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TCACAACTATTTGAACTTGT
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15841288 GTATTATTAT
* * *
15841298 TATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATT
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTA-TTTGAAATAGATAATT
* * * * **
15841361 GTTCAAATAATCA-AATCTATTTAAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTCAAC
64 GTTCAAATAGTCATAA--TATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTAC
* * * * *
15841425 TTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAAATAGTATAATTTT-TATCTAAATAAACTTG
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* *
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* * *
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* *
15841608 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATATTATTATTTTATTTC-AAATACACTTG
129 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCTAAATA-ACTTG
* * * * * *
15841661 TATGAATAGAAACGATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTTA-AAATATTTGAAATAGATAATTAT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
15841725 TCAAATAATCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTT-TAAT-TTTTGCTT
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* * *
15841787 ATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTA-TATTGTTTTA-TTCGAAATAAGCTTG
129 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-ATAGTATTATTTTATTTCTAAATAA-CTTG
* * * * *
15841839 TATGAACATAAACAATTATTATATGACACAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTG
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTG
* * * * *
15841903 TTTAAATAGTCATAACCATTTGAACTTG-TCTGGTAAATAGATTCATATTTT-AAATCTCTTACT
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* * * * *
15841966 CATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCATA
128 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCTAAATAA-CTTG
* * * * ** * * * * *
15842020 TATG-A-A-ATACAAGTATTTTATAATGAAACAAAAGGTAATAGCAATTTGAAATAGATAATTAT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
15842082 TCAAATTGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGGT-AATCATATTTA-TTTTGAAAATCTTTTACTT
66 TCAAATAGTCAT-AATATTTGAACTTGTTCGGTAAAT-AGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTT
* * * * * * * *
15842145 TTTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAACTTG
129 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCTAAAT-AACTTG
* * * * * *
15842198 TGTGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA-AGTCATAA-TGACTTGGAATAAATAATT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACT-ATTTGAAATAGATAATT
15842261 GTTCAAATAGTCATAA
64 GTTCAAATAGTCATAA
15842277 CTGATTCAAG
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TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTGT
TCAAATAGTCATAATATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTAT
TAATTTTTAGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCTAAATAACTTG
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15841288 GTATTATTAT
* * *
15841298 TATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATT
1 TATGAA-TAGAAACGATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGT--TAACAAATTTGAAATAGATAATT
* * * * **
15841361 GTTCAAATAATCA-AATCTATTTAAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTCAAC
62 ATTCAAATAATCATAA-CTATTTGAACTTGTTC-GAAAATATATTTATTTTTT-AAATCTTTTAC
* * * *
15841425 TTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAAATAGTATAATTTTTATCTAAATAAACTTGTATG-AATAG
124 TTATTAATTTT-AAAATATTAAT-AAAT-TTATATTTTTTATCGAAATAAACTTGTATGAAATA-
*
15841489 AACATTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
185 AACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* ** * * * *
15841553 TTATAATGATATGAACTTGCTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTT
248 TCATAACCATATGAACTTGCTCGGTAAATAGATTCATATTTT-AAATCTCTTACTCATTAATTTT
* * *
15841617 TGGAATATTAATAAAATATTATTATTTTATTTCAAATACA-CTTG
312 TGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATA-AGCATA
15841661 TATGAATAGAAACGATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTTAA-AATATTTGAAATAGATAATTAT
1 TATGAATAGAAACGATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTTAACAA-ATTTGAAATAGATAATTAT
* * *
15841725 TCAAATAATCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTTAAT-TTTTGCTTA
64 TCAAATAATCATAACTATTTGAACT-TGTTC-GAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
** *
15841788 TTAATTTTTGAATATTAATAAATTTATATTGTTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACATAAACA
127 TTAATTTTAAAATATTAATAAATTTATATT-TTTTA-TCGAAATAAACTTGTATGAA-ATAAACA
* * * * *
15841853 ATTATTATATGACACAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAA
189 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
*
15841918 CCATTTGAACTTG-TCTGGTAAATAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAAT
254 CCATATGAACTTGCTC-GGTAAATAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAAT
*
15841982 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATA
318 ATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATA
* * ** *
15842020 TATGAAATA-CAA-G-TAT-TTTATAATGAAACAAAAGG-TAATAGCAATTTGAAATAGATAATT
1 TATG-AATAGAAACGAT-TGTTTATGACAAAACAAAAGGTTAACA--AATTTGAAATAGATAATT
** * * ** **
15842080 ATTCAAATTGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAATCATATTTATTTTGAAAATCTTTTACTT
62 ATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAT-ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * *
15842145 TTTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTG-AATAAACTTGTGTGAATAAAA
126 ATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTTATATT-TTTT-ATC-GAAATAAACTTGTATGAA-ATAA
* * *
15842209 ACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA-AGTCATAATGACTTGGAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
186 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
** * * * *
15842273 ATAA-C---TG-A-TT-C-AAG-AAACT-GATTTATGCTTTTAAATCTC-CAGCTTC-TCAATTT
250 ATAACCATATGAACTTGCTCGGTAAA-TAGATTCAT-ATTTTAAATCTCTTA-C-TCATTAATTT
* * * * * *
15842326 TTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTAGA-AAG-ATTT
311 TTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCA-TA
* * * *
15842370 TATGAACT-GAAACAATTATTTTAT-ATTAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTTAAATAGATAAT
1 TATGAA-TAGAAACGATT-GTTTATGA-CAAAACAAAAGGT--TAACAAATTTGAAATAGATAAT
* * * * *** * * * * *
15842432 TGTAT-AAATTGAA--ACAATTATTTTATGAC-TAAAC-AAAAGGTTAGAATAATTTGAAATAAC
61 TAT-TCAAA-T-AATCATAACTATTTGA--ACTTGTTCGAAAA---TATATTTATTT---TTTA-
* * * * * * * * * * *
15842492 TAATTTTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAA--CACATTTATT-TCTTAAAT-
114 -AATCTTT-TACT--TATTAA-T-TTTAAAAT-ATT-AATAAATTTATATTTTTTATC-GAAATA
** * * * * ** * **** *
15842553 CTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTA-G-CAATATTTTA-CTC-TGAATGAGCTT
170 AACTT--GTATGAA---ATA-AACA--ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-AATGA---T
* * * * * * * ** * * * * ** *
15842614 GTATAAACAGAAACAATTACTT--TATGAG-AAAAAAAAAAAGATCATAATGAT-TTTAGATAGA
223 -T-TGAA-ATAAATAATT-GTTCAAAT-AGTCATAACCATATGAAC-T--TGCTCGGTAAATAGA
* * * * * *
15842675 -T-A-ATTCTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAATTGGTTCGATAAATAGATTTCATTTTTAAAT
280 TTCATATT-TT-AAAT-CTC-TTACTCA-TT-AATT--TTTG--GAAT--A-TT-A--ATAAAAT
* * *
15842736 CACTTATTTATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTA
329 -A-GTA-TTA-TTTT---AT-TT--CAAATAAGCA-TA
* *
15842774 TTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC
1 ---TA---TG---AA-----TA-GA-----AACGATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGT--TAAC
* * * * * * ** * *
15842839 -GATTTCAAATAGCTAA-TAGTTCAAATAGA-CTTGACTATTTGAACTTGTTTAGTGAACAGATT
43 AAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATA-ATCATAACTATTTGAACTTG-TTCGAAAATATATT
*** * * * * *
15842901 TATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAGTTAATATTATTTTATTTTG-
105 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTTATATT-TTTTA--TCGA
* * * *
15842965 AATAAACTTGTAT-AAGTAGAAACAATTGTTTTATAAGAAGACAAAAGATCATAATGATTTGAAA
166 AATAAACTTGTATGAA--ATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAA
* * * ** * * * *
15843029 TAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCAGTAAACAGATTTTATTTTTTAAA
229 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATATGAACTTGCTCGGTAAATAGA-TTCATATTTT-AA
* * * * * * ** * *
15843094 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATACCAAATAAGCTTT
292 ATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATA
* * * * *
15843158 TATGAATAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC-AATTTGAAATGGATAATTG
1 TATGAATAGAAACGATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGT--TAACAAATTTGAAATAGATAATTA
* * * * *
15843222 TTCAAATAGAT-ATAACTATTTGAACATGTTTAC-AAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTAAT
63 TTCAAATA-ATCATAACTATTTGAACTTG-TT-CGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
** * ** * * *
15843284 TATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTATAGAATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAA
125 TATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTTATA-TTTTTTA-TCGAAATAAACTTGTATGAA-ATAA
* * * * * * * * *
15843349 CCAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATGATGTTTTGGAATAGATAACTGTTCAAATAGTGA
186 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * * *
15843414 TAA--ATTTGAGCTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAGTCTCTTACTCATTAATTTTTGAA
251 TAACCATATGAACTTGCTCGGTAAATAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGA
* * *
15843477 ATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA
316 ATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATA
* * * * ** *
15843517 TTTGAATTGAAA-AAGTTGTTTTTATTACAAAACAAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGTTAA
1 TATGAATAGAAACGA-TTG--TTTATGACAAAAC-AAAAGGT--TAACAAATTTGAAATAGATAA
* * *
15843580 TTATTCAAATAATCATGACTATTTCAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTCTTAAATCTTTTA
60 TTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-AAATATATTTATTTT-TTAAATCTTTTA
* * * *
15843645 CTTATTAATTGTCAAAATATTAAT-AATTAATATGATTTTAATTCG-AATAATCTTGTATGAACA
123 CTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTTATAT--TTTTTA-TCGAAATAAACTTGTATGAA-A
* * ** *
15843708 AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
183 TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
15843772 GTCATAA-CATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTAT
247 GTCATAACCATATGAACTTGCTCGGTAAATAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATT-T
** ** *
15843836 TT--AATATTAATAATTTTTTATTATTTGA-TTCGAAAT-AG----
311 TTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCATA
** * * * * * * * * * *
15843874 TATGAATAGAAAAAATTATTTTATGTCAAAACAAAATGTTATAGAGATTTCAAATAAACATTTGT
1 TATGAATAGAAACGATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTTA-ACAAATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * * * *
15843939 TCAAATAGTCATAATTATTTAAATTTGTTCGGTAAACAAATTT-TTTTTTAAATCTCTTAAC-TA
64 TCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTC-GAAAATATATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTA
* * * * **
15844002 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTATATGAACCGAAA
127 TTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTTATATT-TTTTA--TCGAAATAAACTTGTATGAA-ATAAA
* * ** * * * * * *
15844066 CAAATCTTTTATGAC-AAACGAAGTGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCA
187 CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * * * * * *
15844130 TGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATA-T-AT-TTTTAAAAAT-TTTTACTTATTAA-TTATG
251 TAACCATATGAACTTGCTCGGTAAATAGATTCATATTTT--AAATCTCTTACTCATTAATTTTTG
* * * *
15844190 AAAATATTAAT-AAAT--TATTATTTTA-ATCTGAATAAGCATG
314 -GAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCATA
* * * * ** * * *
15844230 TATGAATAGAAACAAATGTTTTATAATAGGACAAAAAGTTAGA-ACGATTTGAAATAAATAATT-
1 TATGAATAGAAACGATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTTA-ACA-AATTTGAAATAGATAATTA
* *
15844293 TGTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGATT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CT
63 T-TCAAATAATCATAACTATTTGAACTTG-TTCGA-AAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * * *
15844353 TATTAATTTTGAAATATTAATAGA-TTAGTATTACTTTATTTCG-AACAAACTTATATGAACAAA
125 TATTAATTTTAAAATATTAATAAATTTA-TATT--TTT-TATCGAAATAAACTTGTATGAA-ATA
* * * * *
15844416 AACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
185 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
** * * * * * * * * *
15844481 ATAATTATTTGAA-TTGGTTAGGTAAACAAAAAT-ATTTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTT
250 ATAACCATATGAACTT-GCTCGGTAAA-TAGATTCA-TATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT
** * * * * *
15844544 TAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTGAATCAGC-TGG
312 TGGAATATTAATAAAAT-AGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCAT-A
* * * * *
15844588 TATGAATTGAAA--ATTTGTTTTATGACAAAGCATAAGGTCATAAC-ATTTTGAAATAGAAAATT
1 TATGAATAGAAACGA-TTG-TTTATGACAAAACAAAAGGT--TAACAAATTTGAAATAGATAATT
* *** * * * * * * *
15844650 GTTTGTATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTCGTTAAAATA-ATTT-TTTTTTAATTCTCTTAGT
62 ATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCG--AAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * *
15844713 TATTAATTTTCAAAATATTATTATA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACATA
125 TATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTTA-TATT-TTTTA-TCGAAATAAACTTGTATGAA-ATA
* * * * ** * * * *
15844777 AATAATTGTTTTGTGGCAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTTAAATAGTC
185 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
** * * * * * ** * * *
15844842 ATAATTATTTGAA-TTGGTTTGATAAACAGATTTTTTTTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTT
250 ATAACCATATGAACTT-GCTCGGTAAATAGA--TTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT
* * * ** * *
15844906 TGAAAAATTAAT-AAAT--TATTATTGTATTTTGAATAAACTTGA
312 TGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCAT-A
* * * * *
15844948 -ATG-ATCAAAAAC-ATTTGTTATATGACCAAACAAAAGATAATAAC-GATTTGAAATAGATAAA
1 TATGAAT-AGAAACGA-TTGTT-TATGACAAAACAAAAGGT--TAACAAATTTGAAATAGATAAT
* * *** * * * * * * * *
15845009 TGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAATGGTTCAATAAACAGATTCACTTTTTAAATC----ACT
61 TATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-AAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
** * * *
15845070 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTTA
125 TATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTTATATT-TTTTA--TCGAAATAAACTTGTATGAA-ATA
* ** * * **
15845134 AACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACGTAGTC
185 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* *** * * * * * * * * * * **
15845199 TTAATTGTTTAAAC-TACTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTCA
250 ATAACCATATGAACTTGC-TCGGTAAATAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTG
* * * * * * *
15845263 TAATATTATTAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
314 GAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATA
* * * * * *
15845305 TATGAACT-GAGAC-ATT-TAATTATAATAGAACAAAATGTTATA-ATGATTTGAAATAGATAAT
1 TATGAA-TAGAAACGATTGT--TTATGACAAAACAAAAGGTTA-ACA-AATTTGAAATAGATAAT
15845366 TATTCAAATA
61 TATTCAAATA
15845376 GGAACTGCTT
Statistics
Matches: 2820, Mismatches: 613, Indels: 570
0.70 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
349 3 0.00
350 21 0.01
351 72 0.03
352 123 0.04
353 116 0.04
354 115 0.04
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356 142 0.05
357 300 0.11
358 122 0.04
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362 208 0.07
363 226 0.08
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365 14 0.00
366 14 0.00
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TTTTAAAATATTAATAAATTTATATTTTTTATCGAAATAAACTTGTATGAAATAAACAATTGTTT
TATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATATG
AACTTGCTCGGTAAATAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAA
AATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATA
Found at i:15842968 original size:181 final size:181
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* * * * * * * **
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* * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * * *
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1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * *
15842677 ATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGATAAATAGATTTCA-TTTTTAAA--TC-
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* * * **
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* *
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1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * ** *
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* * * *
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* * * * *
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1 TTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATA
* *** * *
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* * ** *
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127 TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
* * * *
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1 TTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATA
* ** * * *
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64 ATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * ** *
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* * * * * *
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1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * *
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* * *
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130 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
* * * * * * *
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1 TTGTATGAATAGAAACAA-TTG-TTTTATGACAAAAC-AAAATGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * * *
15843578 AATTATTCAAATAATCATGACTATTTCAACTTG-TTCGATAAACATATTTATTTTCTTAAATCTT
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* * * * * * *
15843642 TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT-AATTAATATGATTTTAATTCGAATAATC
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* * * * * *
15843697 TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * *
15843762 TATTCAAATAGTCATAAC-ATTTGAACTTGTTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
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* ** *
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130 TTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
* * * * * * * * *
15843871 TAGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGTCAAAACAAAATGTTATAGA-GATTTCAAATAAACAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATA-ACGATTTGAAATAGATAA
* * * ** *
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65 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-A
* * *
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* ** * * * * *
15844051 TTATATGAACCGAAACAAATCTTTTATGAC-AAACGAAGTGGTCATAACGATTTTAAATAGATAA
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * * *
15844115 TTATTCAAATAATCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAAC--ATATATTTTTAAAAAT-TTTTA
65 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTA
* * * *
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129 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGC
* * * * ** * * * *
15844227 ATGTATGAATAGAAACAAATGTTTTATAATAGGACAAAAAGTTAGAACGATTTGAAATAAATAAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * *
15844292 T-TGTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGATT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-
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* * * * *
15844351 CTTATTAATTTTGA-AATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTCGAACAAAC
129 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
* * * * * *
15844403 TTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * ** *
15844468 TGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTAGGTAAACAAAAATATTTTTTTAAATATCTTA
66 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA
* * *
15844532 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTGAATCAGC
129 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGC
* * * * * * *
15844585 TGGTATGAATTGAAA-ATTTGTTTTATGACAAAGCATAAGGTCATAAC-ATTTTGAAATAGAAAA
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAA
*** * * * * * *
15844648 TTGTTTGTATAGTCTTAAATATTTGAACTAG-TTCGTTAAA-ATAATTT-TTTTTTAATTCTCTT
65 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACA-GATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * *
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128 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
* * * * * * * * * *
15844764 TTGTATGAACATAAATAATTGTTTTGTGGCAAAACAAAA-GATTATAACAATTTGAAGTATACAA
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * *
15844828 TTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTT-GATAAACAGATTTTTTTTTTTTAAATCGC
65 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAG-TAAACAGA--TTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
15844891 TTACTTATTAATTTTT-GAAAAATTAATAAA-T--TATTATTGTATTTTGAATAAAC
126 TTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
* * * * * *
15844944 TTGAATG-ATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAA-GATAATAACGATTTGAAATAGATA
1 TTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * * * * *
15845007 AATGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAATGGTTCAATAAACAGATTCACTTTTTAAA--TC--A
64 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * *
15845068 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
129 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
* * * * *
15845121 TTGTATGAACT-TAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCGTAATGATTTGAAATAGATAA
1 TTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
** * * * * ** * *
15845185 TTGTTCACGTAGTCTTAATTGTTTAAACTACTTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCCCTTA
65 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
15845249 GTTATTAATTTTCATAATATTATTAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGC
129 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
* * * * * * *
15845302 TTGTATGAACT-GAGAC-ATT-TAATTATAATAGAACAAAATGTTATAATGATTTGAAATAGATA
1 TTGTATGAA-TAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATA
*
15845364 ATTATTCAAATAG
64 ATTGTTCAAATAG
15845377 GAACTGCTTC
Statistics
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* * * ** * * *
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* * * * * ** * * *
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* *** * *** * ***
15843050 ATAACTATTTGAACTCACTCAG-TAAACAGATTTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTT
129 ATAATTATTTGAA-TTGGTTAGATAAACA-AAAATATTTTTTTAAATAGCTTACTTATTAATTTT
* * * * * ** * *** *
15843114 TGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATACCAAATAAGCTTTTATGAATAAAAACAATTAGTT
192 TAAAATATTAATAAATTCAT-TTATTGTATTCTGAATAAACTGGAATGAAT-AAAA-AATTTGTT
* * * * * ** ** *
15843179 -TATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGATATAACTATTT
254 ATATGACAAAGCAAAAGATAATAACATTTTGAAATAGAAAATTGTTTGAATAGCCATAAATATTT
* * *
15843243 GAACAT-GTTTACAA-AACAA-ATTTA-TTTTTAAAATTTTTAAT
319 GAA-ATAG-TT-CAATAA-AATAATTACTTTTT-AAA---TCACT
* * ** *
15843284 TATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTA-TAGAATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACAG
1 TATTAA-TTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAT
* * * * * * *** * * *
15843347 AACCAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATGATGTTTTGGAATAGATAACTGTTCAAATAGT
63 AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGT
* * * ** * ** *
15843412 GATAA--ATTTGAGCTT-GTTCAG-TAAATAAATTTA-TTTTTTAAGTCTCTTACTCATTAATTT
128 CATAATTATTTGA-ATTGGTT-AGATAAACAAAAATATTTTTTTAAATAGCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * * *
15843472 TTGAAATAATAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCT-TATTTGAATTGAAAAAGTT
191 TTAAAATATTAATAAATTCA-T-TTATTGTATTCT-GAATAAACTGGA-ATGAA-TAAAAAATTT
* * * * * * ** * ** ** *
15843534 GTTTTTATTACAAAACAAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGTTAATTATTCAAATAATCATGA
251 G-TTATATGACAAAGC-AAAAGATAATAA-CATTTTGAAATAGAAAATTGTTTGAATAGCCATAA
* * * * * * *
15843598 CTATTTCAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTCTTAAATCTTTTACT
313 ATATTTGAAATAGTTCAATAAA-ATAATTACTTT-TTAAATC----ACT
** * * * * * *
15843647 TATTAATTGTCAAAATATTAAT-AATTAATATGATTTTAATTCGAATAATCTTGTATGAACAAAA
1 TATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAA
* * * * * *
15843711 ACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
65 ACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TTATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTC
* * * * ** ***
15843775 ATAA-CATTTGAACTT-GTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATT
129 ATAATTATTTGAA-TTGGTTAGATAAACAAAAATATTTTTTTAAATAGCTTACTTATTAATT-TT
* * * * * *
15843837 T--AATATTAAT-AATT-TTTTA-T-TATT-TGATTCGAAA-TAGTATGAATAGAAAAAATTATT
192 TAAAATATTAATAAATTCATTTATTGTATTCTGAAT--AAACTGGAATGAATA-AAAAATTTGTT
* * * * * * * ** * *
15843894 TTATGTCAAAACAAAATG-TTATAGAGA-TTTCAAATA-AACATTTGTTCAAATAGTCATAATTA
254 ATATGACAAAGCAAAA-GATAATA-ACATTTTGAAATAGAA-AATTGTTTGAATAGCCATAAATA
* ** ** *
15843956 TTT-AAATTTGTTCGGTAAACA-AATTTTTTTTTAAATCTCTT
316 TTTGAAA-TAGTTCAATAAA-ATAATTACTTTTTAAATCAC-T
* ** * * *
15843997 AACTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACC
1 ---TATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA
* ** * ** * * * * * *
15844062 GAAACAAATCTTTTATGAC-AAACGAAGTGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATA
62 TAAACATTTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATTATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATA
* * * * * * * ** **
15844126 ATCATGACTATTTG-ATCTAGTTTGGTAAAC--ATATATTTTTAAAAAT-TTTTACTTATTAATT
126 GTCATAATTATTTGAAT-TGGTTAGATAAACAAAAATATTTTTTTAAATAGCTTACTTATTAATT
* * * * * * *
15844187 ATGAAAATATTAATAAATT-A-TTATTTTAATCTGAATAAGCAT-GTATGAATAGAAACAA-ATG
190 TTTAAAATATTAATAAATTCATTTATTGTATTCTGAATAAAC-TGGAATGAATA-AAA-AATTTG
* * * * ** **
15844248 TTTTAT-A-ATAGGACAAAA-AGTTAGAACGA-TTTGAAATA-AATAATT-TGTCAAATAATCAT
252 TTATATGACA-AAG-CAAAAGA-TAATAAC-ATTTTGAAATAGAA-AATTGT-TTGAATAGCCAT
* * * * *
15844307 AACTATTTGAACTAGATT-GAT-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
311 AAATATTTGAAATAG-TTCAATAAAATA-A-TTACTTTTTAAATCACT
* * * * * * *
15844353 TATTAATTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAAA
1 TATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAA
* * *
15844418 CATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
66 CATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCAT
* *
15844483 AATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACAAAAATATTTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAA
131 AATTATTTGAATTGGTTAGATAAACAAAAATATTTTTTTAAATAGCTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * ** *
15844548 ATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCTGAATCAGCTGGTATGAATTGAAAATTTGTTTTATGA
196 ATATTAATAAATTCA-TTTATTGTATTCTGAATAAACTGGAATGAATAAAAAATTTGTTATATGA
* * * * * * *
15844613 CAAAGCATAAGGTCATAACATTTTGAAATAGAAAATTGTTTGTATAGTCTTAAATATTTGAACTA
260 CAAAGCAAAAGATAATAACATTTTGAAATAGAAAATTGTTTGAATAGCCATAAATATTTGAAATA
** ** * *
15844678 GTTCGTTAAAATAATTTTTTTTTAATTCTCTTAGT
325 GTTCAATAAAATAATTACTTTTTAA--ATC--ACT
* * * *
15844713 TATTAATTTTCAAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAA
1 TATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAA
* * * * * * *
15844778 ATAATTGTTTTGTGGCAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTTAAATAGTCA
65 ACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCA
* *** * *
15844843 TAATTATTTGAATTGGTTTGATAAACAGATTTTTTTTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTTG
130 TAATTATTTGAATTGGTTAGATAAACA-AAAATATTTTTTTAAATAGCTTACTTATTAATTTTT-
* *
15844908 AAAA-ATTAATAAATT-A-TTATTGTATTTTGAATAAACTTGAATG-ATCAAAAACATTTGTTAT
193 AAAATATTAATAAATTCATTTATTGTATTCTGAATAAACTGGAATGAAT-AAAAA-ATTTGTTAT
* *
15844969 ATGACCAAA-CAAAAGATAATAACGA-TTTGAAATAGATAAA-TG-TTGAAATGGCCATAATTAT
256 ATGA-CAAAGCAAAAGATAATAAC-ATTTTGAAATAGA-AAATTGTTTG-AATAGCCATAAATAT
* *
15845030 TTGAAATGGTTCAATAAACA-GATTCACTTTTTAAATCACT
317 TTGAAATAGTTCAATAAA-ATAATT-ACTTTTTAAATCACT
* * *
15845070 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTTAA
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* * * *
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* * * * * * *
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* **** * * * *
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* * ** ** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
15852184 CCG-CAAAC-GAAATTATTTTTGAAATCTCTT-GTTGATT-ATTTTTGAAATATTAA
128 -TGATAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTTTAAAATATTAA
* * * * * * * * * *
15852237 TAGATTTGTTTTATTTTA-TTCTGAATCAA--TTACTAAGAACT-GAAAAAATTATTTTATCATA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAT-AAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * ** * *
15852298 AAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATA-AAAATTGTTCATATACCCTTAACTATTTGAA-TTGG
62 AAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * * * *
15852361 TTCA-AATA-A-ATTTACTGTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTAG
127 TTGATAA-ACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* *
15852414 TACATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
15852479 ACAAGGTTATAACAATTTGACATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAA-TTGGTTCG
66 AAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTG
* * *
15852543 ATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
130 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * * * * * *
15852594 TAAATTACTATTATTTTATTCCAAATAGGATTGTATG-ATGAAAAATAATTCTTTTATGACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * *
15852658 CAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAAC-TGATTC
65 CAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTT
* *** *** *
15852722 AATAAATTTATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTAAAATATTAA
129 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * * * *
15852775 TAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTCATGATAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * *
15852839 TAAAAAGTCATAA-TAGTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
65 CAAAAGGTCATAACTA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
* * ** *
15852903 GGTAAACAGATTTATTTTTTTTAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAA
129 GATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
* * ** * * * * *
15852957 TAAAATAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAGAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
15853022 AAAAGGTTAAAACGATTTGAACTAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGTTTG
66 AAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
15853085 GCAGGCACGT
Statistics
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Consensus pattern (181 bp):
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AAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
Found at i:15852716 original size:718 final size:714
Alignment explanation
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15850259 TAGTATTAAA
* * * * * *
15850269 TTAGTATTATCTTAATTCCAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTGTTTTATGACAAAA-TAAA
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* * * * ** ** *
15850333 GATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAGTAGTCATAA-CATTTGAACTAATT-TAGTAA
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* * * ** * *
15850396 ATAGATTTAGTTTTTAAA-T-TT-CTGATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTA
130 ACAGATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTA
** * ** *
15850458 TTTTAAATAATG-TTGTATGAAC--AAAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACGA
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
15850584 TTTTAAATCTC-CATCCTATTATTTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTC-CAAA-
322 TTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTCAAAT
* * * *
15850646 AAACTAGTAT-AAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACTATTTGAAATAA
386 AAACTTGTATGAAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-TATTTGAAATAA
* ** *
15850710 ATAAATGTTCAAACGGTCATAACTATTTG-AGCTTGCTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATC
449 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAG--TGATTCGATAAACAAA-TTATTTTTTAAATC
* *
15850773 TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATATTATTTCGAATAAGCTTGTATG
511 TTTTA-TTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTT-GAATAA-CTTGTATG
* * ** *
15850838 GATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAA-AGTTATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCA
572 AATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TTATAACAATTTGAAATAAA-AATTGTTCA
* * * *
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635 AA-TATCATAACTATTTGAACTTGTTTA-AAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTA-TTATTAA
15850967 TTTTTGAAATATTAATAATT
696 TTTTTGAAATATTAATAA-T
* * * * *
15850987 TTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAGCAATTATTTTATGATAAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * *
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66 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACCATTTGAACTGGTTCGATAAA
* * * * * *
15851116 CATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTTAGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
131 CAGATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTA
*** * * * ** * *
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195 TTCCAAATAAGCCTGTATG-ACTGAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * *
15851243 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATTATAACTATTTGGACTT-TTTGGTAAACATATTTATTT
258 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTT
* * * *
15851307 TTAAAATCTTTTACTTATTATTTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-AAATAA
323 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTCAAATAA
* * * * * *
15851371 GCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT-A-AAAA-GAAA-GTCGTAATGATTTAAAATAAATA
388 ACTTGTATGAAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT-ATTTGAAATAAATA
* * * *
15851432 ATTGTTCAAATAGTCA-AATTATTTGAACTAATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
452 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTGATTCGATAAACA-AATTATTTTTTAAATCTTTTA
* * *
15851496 TTTTTTAATTGTTTGAATAGTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAG
516 -TTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTG-AATAA-CTTGTATGAATAG
* * * * *
15851561 CAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
577 AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATA-AAAATTGTTCAAATA-T
* * * * *
15851626 CATAACTATTTTAACTTGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTC--TTATTAATTTTTGGA
640 CATAACTATTTGAACTTGTTTA-AAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTATTATTAATTTTTGAA
* *
15851689 ATGTTAATAAG
704 ATATTAATAAT
* * * * * * * * *
15851700 CTAGAATTATGTTATTTCAAATAAACTTGTATGACTAGAAACAATTGATTTGTGATAACACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * ** * * *
15851765 GGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAACAATCATAAATATTTGCACTGG-GC-ATGCT
66 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACCATTTGAACTGGTTCGAT--A
* * * * * *
15851828 AACTGATTCATTTTTTAAATTCATTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTAATAAATTAGC-GTTAC
129 AACAGATTTATTTTTTAAATTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-CTATTAT
* * * *
15851891 TTTATTCCAAATAAGCCTGTATAACT-AGAAACCATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAAC
191 TTTATTCCAAATAAGCCTGTATGACTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * *
15851955 AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA-AACTAATTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTAT
256 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTAT
* * *
15852019 TTTTTAACTCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATACTATTTTATTCTGAAA-
321 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTCAAAT
* **
15852083 AAACTTAGT-TGAAAAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATCG
386 AAACTT-GTATGAAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT-ATTTGAAATAA
* * * * *
15852147 ATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAAGTGGTTCCG-CAAACGAAATTATTTTTGAAATCT
449 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTGATT-CGATAAAC-AAATTATTTTTTAAATCT
* * * * * *
15852211 CTTGTTGATT-ATTTTTGAAATATTAATAGATTTGTTTTATTTTATTCTGAATCAA-TTACTAAG
512 TTTATT-ATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TGAAT-AACTT-GTATG
* * *
15852274 AACT-GAAAAAATTATTTTATCATAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAAAAATTGTTCAT
572 AA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAAAAATTGTTCAA
* * * * * * *
15852338 ATACCCTTAACTATTTGAA-TTGGTT-CAAATAAATTTACTGTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT
636 ATA-TCATAACTATTTGAACTTGTTTAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TA-TTATTAATT
** *
15852401 TTCAAAATATTAGTACA-
698 TTTGAAATATTAATA-AT
* *
15852418 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACACAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * *
15852483 GGTTATAACAATTTGACATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAATTGGTTCGATAAA
66 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACCATTTGAACTGGTTCGATAAA
*
15852548 CAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTA
131 CAGATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTA
* ** * * *
15852612 TTCCAAATAGGATTGTATGA-TGAAAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATT
195 TTCCAAATAAGCCTGTATGACTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * **
15852676 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCAATAAATTTATTTATTTT
260 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACATATTTATTTT
** * * * *
15852740 TTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT-TCAAATAAG
324 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTCAAATAAA
* *** * * * * * *
15852804 CTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTCATGATAAAATAAAAAGTCATAATAGTTTTAAATAGATAA
389 CTTGTATGAAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATA-TTTGAAATAAATAA
* * * * *
15852869 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTTAAT-TTCT
453 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-GTGATTCGATAAACA-AATTA-TTTTTTAAATCTT-T
* * * * *
15852932 TACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAAT
514 TA-TTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTTGAATAA-CTTGTATGAAT
* * * * * * * * * *
15852997 TGAAACAATTATTTTATGACTAGACAAAAGGTTAAAACGATTTGAACTAGATAATTGTTCTAATA
575 AGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATA-AAAATTGTTCAAATA
*
15853062 GTCTTAACTATTTGAAC-TGTTT
639 -TCATAACTATTTGAACTTGTTT
15853084 GGCAGGCACG
Statistics
Matches: 1696, Mismatches: 321, Indels: 157
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
712 2 0.00
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715 6 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (714 bp):
TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACCATTTGAACTGGTTCGATAAA
CAGATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTAT
TCCAAATAAGCCTGTATGACTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTT
AAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTCAAATAAACT
TGTATGAAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATATTTGAAATAAATAATTG
TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTGATTCGATAAACAAATTATTTTTTAAATCTTTTATTATT
AATTTTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAATAACTTGTATGAATAGAAAAAATTA
TTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAAAAATTGTTCAAATATCATAACTATTT
GAACTTGTTTAAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAT
Found at i:15853456 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15853117--15856392 Score: 2416
Period size: 181 Copynumber: 18.3 Consensus size: 180
15853107 TCCTTAATTG
* *
15853117 TAATTTATTAA-ACTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAC
1 TAATTTATTAATA--TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC
* * * * * * * * *
15853181 CAATTTAAATAG-TATGACTATTTAAACAATTATATACTTGAAATCATTATAACCTTTTATTTTG
64 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
15853245 TCGTAAAACAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
129 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * * * *
15853297 TTATCTAATAATATTCACAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTTTTTGCTGAACC
1 TAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACC
* * **
15853362 AGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTAA
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * * *
15853427 CATAAAACAACTT-TTTCAATTCATACTAGCCTATT-TAGAATAAAATAA-AA
130 CATAAAACAA-TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAC
* * * * * *
15853477 TGAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAACATAATTTTATTTACCTAAC
1 T-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC
* * * *
15853542 TAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
64 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* ** * * * * *
15853607 TTATAAAACAAACGTTTTTGCTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATAC
129 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * *
15853659 TAA-TTATTTATATTCTAAAAATCAAT-AGCTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
1 TAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC
* * * * * * * *
15853722 AAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGACCAATTATCTATTTGAAATTGTTATGTCCTCTTGTTTTG
64 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
15853787 TTATAAAATAATCT-ATTC-ATTCA-A-AA--TTATT-TAGAATAAAAGAATAC
129 TCATAAAACAAT-TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAC
* ** ** * * * * * *
15853834 TGAGCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---G-GATTTCAAAACTAAATCTGTTCA-TGAAAA
1 TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG-AAC
* * * * * * * *
15853894 TAGTTGAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTG
64 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * *
15853958 TCATAAAACAATTTTTTCTTTTCATACAAGCTTATTC-ATATTAAAATAATAC
129 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAC
* ** * * *
15854010 TAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAA-AATAAGTGTTTGCCAAAT
1 TAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-ATTTGTTTACCGAAC
* * ** ** ** * * *
15854073 TAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAAAACAATTATC-ATTTCAAATCACTCTAACCTTTT-TTTAG
64 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * **
15854136 TCATAAAAAAATTATTT-TAGTTCATGCAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAC
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* * * * ** *
15854188 TAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCCGTTTACTGAAC
1 TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC
* * * * * * *
15854253 AAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTTTCTATTT-AAAGACTTTACGAACTTTGGTTT
64 CAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * ** * * *
15854316 TGTCAAAAAATAATTGTTTCAGCACATAAAAACTTGTTCGAAATAAAATAATAC
127 TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * * * *
15854370 TACTTTACTAATATTTCAAAAATTAGTAAGCAAGAAATTTAAAAACTAAATATGTTTATC-AGAC
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* * * *
15854434 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATCTCAAATCGTTGTGATC-TTTGTTTTG
64 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
15854498 TCATAAAACAATTGGTTT-TGTCCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGC
129 TCATAAAACAATT-GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
** * * * * * *
15854550 TAAACTAATAATATTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAATCA
1 TAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCA
* * * * * **
15854615 ATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTATTTAATC
66 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
15854680 ATAAAATAATTATTTCAGTTCATACATGCTTATTTGAACTAAAATAATAC
131 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * *** *
15854730 TATTTTAGTAACATTTAGAAAATTAATAA-TCAAGAAATTTTTTTAAA-AAA-TTGTTTACCAAA
1 TAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGT-AAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA
* * * * * * *
15854792 CAAATTAAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
63 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * ** * * * * *
15854857 ATAATAAAACAATTGTTTCAGTTTTTAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATAT
128 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* ** * * ** *** ** *
15854910 TACTTTATTAATATTTTTAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATTGAATC
1 TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACC
* * * * * * * *
15854975 AGTTTAAATAATTATG-GTAATTTGAACAATTATCTATTTCCAATCATTATGAACATTTATTTTG
65 AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* ** * * *
15855039 CCATAAAACAATTGCTTT-TCATCATATAAACCTATTCGAAATAAAATAATAC
129 TCATAAAACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * *
15855091 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACT
1 TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACC
* * * * * *
15855156 AGTTCAAATAGTTATCACTATTTAAACTATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
15855221 CATAAAACAATTATTTATGTTAATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATAC
130 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAC
** ** * * * * *
15855272 TAACCTAACAATATT-ATGAAAATTAAAAACTAAGAGTTTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAAC
1 TAATTTATTAATATTCA--AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC
* * * * * * *
15855336 CAGTTCAAATTGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTTG
64 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
15855401 TCATAAAACAGA-TGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTC-AGAATAAAATAATAT
129 TCATAAAACA-ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAC
* ** * * * *
15855453 TAATTTATTAATGTTTTGAAAATTAAT--G--AGAGATTTAAAAAA-ATATATATTTACCAAACC
1 TAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACC
* * * * * *
15855513 AGTTCAATTAGTTAT-AATAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAACATTT-TTTTG
65 AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
15855576 TCATAAAACAGTT-TTTCTATTGATAC-AGTCTTATTCGAAATGAAGTAATGC
129 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * * *** *
15855627 TAATTAATTAATATCCTAAAAATCAATAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTGTCGGCCTAACC
1 TAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACC
* * * * ** *
15855692 AGTGCAAATAGTTTTGACTGTTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTATTTTG
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTG
* * * * *
15855757 TCACAAAACAATTGTTTCTGTTCCTACAAGCTTATTTGAAATAACATAATTC
129 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * **
15855809 TAATTTATTAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGAATA
1 TAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACC
* * * *** * * * * *
15855870 AGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAGTGATTACCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTGGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
15855935 CATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATAA
130 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * * * **
15855986 AAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAACAACTTTATTTACTGAATA
1 TAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACC
* * *
15856051 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-GTTATGACTTTTTGTTTTGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * * *
15856115 CAAAAAATAATTGTTTTTGGTCATAGAAGCTT-TTTGGATTAAAATAATAT
130 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * * *
15856165 TAATTTATTAGTATTTCGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACA
1 TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACC
* * * * * *
15856230 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTTT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
15856295 CATAAAACAATTATATCTGTTAATATAGGCTTATTCAAAATAAAACAATAC
130 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
** * *
15856346 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAT
1 TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
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GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
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15853107 TCCTTAATTG
* * *
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* * * * * * * * * *
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* *** * ** * *
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* * *
15853307 ATA-TTCACAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAAT-AAT-TTTTTTTGCTGAACCAGTTCA
184 ATATTTCA-AAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT-CAGAACCAGTTCA
* * * * **
15853368 AATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTAACATAAA
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* * * * * *
15853433 ACAACT-TTTTCAATTCATACTAGCCTATTTAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCA
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* * * * * * * * *
15853496 ATAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAACATAATTTTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGAC
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** * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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** * * * * * ** *
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* * *
15853906 TTATAACTATTTGAATAATTATTTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAAT
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* * * *
15853970 T-TTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATT
316 TGTTTTC-TTTCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT
* * * * *
15854034 AATAAGTAAGAGA-TTAAAAAA-AATAAGTGTTTGCCAAATTAGTTTAAATAGTTAAAACTATTA
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* *
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* *
15854160 TGCAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAC
509 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* *
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1 TAATTTATTAACATTT-AAAAATTAAT-AGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* *
15854253 AAGTTCAAATAGATTTGACTATTTGAACAATTTTCTATTTAAAGACTTTACGAACTTTGGTTTTG
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* * *
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* * *
15854383 TTTCAAAAATTAGTAAGCAAGAAATTTAAAAACTAAATATGTTTATCAG-ACCAGTTCAAATAGT
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* * *
15854447 TATGACTATTTGAAGAATTATCTATCTCAAATCGTTGTGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT
252 TATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * * ** * * * ** *
15854511 GGTTTT-GTCCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTA
317 -GTTTTCTTTCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTA
* * *
15854574 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAA-TCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAG
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* * * * * * *
15854638 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTATTTAATCATAAAATAATTATTTCAGTTCAT
445 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTATTTTAGTTCAT
* ** *
15854703 ACATGCTTATTTGAACTAAAATAATAC
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* * * * *** *
15854730 TATTTTAGTAACATTTAGAAAATTAATAATCAAGAAATTTTTTTAAA-AAAT-TGTTTACCAAAC
1 TAATTTATTAACATTTA-AAAATTAAT-AGCAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * * * *
15854793 AAATTAAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATT-TATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
63 AAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATT-TTCTATTTAAAA-CTTTATGACC-TTTGTTTT
* * ** * * * *
15854857 ATAATAAAACAATTGTTTCAGTTTTTAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAAT
124 GTAA-AAAATAATTGTTTCAG-CATTAAAA-ATTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAAT
** * * *** * * * *
15854922 ATTTTTAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTAT-TGAATCAGTTTAAATA
186 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCAGAACCAGTTCAAATA
* * * * * * *
15854985 ATTATG-GTAATTTGAACAATTATCTATTTCCAATCATTATGAACATTTATTTTGCCATAAAACA
250 GTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACA
* * * *
15855049 ATTGCTTTTC-ATCATATAAACCTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
314 ATTG-TTTTCTTTCATACAAGCCTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAA
* * * * * **
15855112 ATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATCACTAT
377 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTAT
* * * * *
15855177 TTAAACTATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTATGT
442 TAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTATTTTA-GT
* *
15855241 TAATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
506 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
** ** * * * * * * * * *
15855272 TAACCTAACAATATTATGAAAATTAAAAACTAAGAGTTTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACC
1 TAATTTATTAACATT-TAAAAATTAATAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
* * * * * * * * *
15855337 AGTTCAAATTGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTTGT
64 AGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTTTCTATTT-AAAACTTTATGACC-TTTGTTTTGT
* * ** ** * * *
15855402 CATAAAACAGA-TGTTTTTGTTCA-TATAAGTTTGTTC-AGAATAAAATAATATTAATTTATTAA
126 -AAAAAATA-ATTGTTTCAG--CATTA-AAAATTATTCGA-AATAAAATAATACTACTTTATTAA
* ** * * * *
15855464 TGTTTTGAAAATTAAT--G--AGAGATTTAAAAAA-ATATATATTTACCA-AACCAGTTCAATTA
185 TATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAGAACCAGTTCAAATA
* * * * *
15855523 GTTAT-AATAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAACATTT-TTTTGTCATAAAAC-
250 GTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACA
* * * * * * *
15855585 AGT-TTTTCTATTGATAC-AGTCTTATTC-GAAATGAAGTAATGCTAA-TTAATTAATA-TCCTA
314 ATTGTTTTCT-TTCATACAAG-CCTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAA-TAATATTTC-A
* * * * *** * * * **
15855645 AAAATCAATAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTGTCGGCCTAACCAGTGCAAATAGTTTTGAC
374 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGAC
* * * * * * * * *
15855710 TGTTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTC
439 TATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTATTT-
* ** * *
15855775 T-GTTCCTACAAGCTTATTTGAAATAACATAATTC
502 TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * *
15855809 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT---AAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGAATAA
1 TAATTTATTAACATT-TAAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAA
* * * *** ** * * *
15855871 GTTTAAATAGTTATAATTATTTGAGTGATTACCTATTTCAAA-TTGCTATAACCTTTTGTTTGGT
65 GTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTTTCTATTTAAAACTT--TATGACC-TTTGTTTTGT
* * * ** * ** *
15855935 CATAAAATAATTTTTTCTATTCA-TACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATAAAAATTTATTAAT
126 -AAAAAATAATTGTTTC-A-GCATTA-AAAATTA-TTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAAT
** * * * * * * ** *
15855998 A-TTCAAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAACAACTTTATTTA-CTGAATAAATTCAAATA
186 ATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAGAACCAGTTCAAATA
* * * * * *
15856061 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-GTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCAAAAAATA
250 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-ATTTATTTTGTCATAAAACA
* * * ** * * * * * *
15856124 ATTGTTTT-TGGTCATAGAAG-CTTTTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAGTATTTCGATAA
314 ATTGTTTTCT-TTCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA
* * * * * *
15856187 TTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATA-ACTAT
378 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTAT
** * * * ** * *
15856251 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTTTCATAAAACAATTATATCT-GT
442 TAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTAT-TTTAGT
* * * *
15856315 TAATATAGGCTTATTCAAAATAAAACAATAC
506 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* *
15856346 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAT
1 TAATTTATTAACA-TTTAAAAATTAAT-AGCAAGAGATTTAAAAAAT
15856393 GATTGAATAA
Statistics
Matches: 2154, Mismatches: 459, Indels: 243
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (536 bp):
TAATTTATTAACATTTAAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG
TTCAAATAGTTTGACTATTTGAACAATTTTCTATTTAAAACTTTATGACCTTTGTTTTGTAAAAA
ATAATTGTTTCAGCATTAAAAATTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAA
TTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTAT
TTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCTTT
CATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
GATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCT
ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATT
CAAAATAAAATAATAC
Found at i:15854635 original size:360 final size:361
Alignment explanation
Indices: 15853135--15856392 Score: 2117
Period size: 360 Copynumber: 9.1 Consensus size: 361
15853125 TAAACTTTCA
* * * *
15853135 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAATTTAAATAG-TATGAC
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* * * * * * * * * *
15853199 TATTTAAACAATTATATACTTGAAATCATTAT-AACCTTTTATTTTGTCGTAAAACAATTATTTT
66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACTTTATGAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
15853263 TGTTCATACTAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTTATCTAATAATA-TTCACAAAATTAATAAC
131 AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAA-
* * * * * * * *
15853327 TAAGAGATTTAAAAA-ATAAT-TTTTTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACA
194 GAAGAAATTTAAAAATA-AATATGTTTAT-CAGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACA
* * ** ** *
15853390 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTAACATAAAACAACTT-TTTCAATTCATACT
257 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTGTTCATACA
* * * * * *
15853454 AGCCTATTTAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATT-T
321 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AAATTAATAATATTCT
* * * * * * * *
15853494 CAATAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAACATAATTTTATTTACCTAA-CTAGTTCAAATAATTAT
1 -AA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATC-AATTCAAATAGTTAT
* * * * **
15853558 GACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATTGTTATG-ACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAAACG
63 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACT-TTATGAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
** * * * * * *
15853621 TTTTTGCTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAA-TTATTTATA-TTCTAAAAATCAA
127 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
* * * * * * **
15853684 T-AGCTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTG
191 TAAG--AAGAAATTT-AAAAATAAATATGTTTATCAGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * ** * * * * * *
15853747 ACCAATTATCTATTTGAAATTGTTATGTCCTCTTGTTTTGTTATAAAATAATCT-ATTC-ATTCA
253 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTGTTCA
* * * * ** * *
15853810 -A-AA--TTATTTAGAATAAAAGAATACTGAGCTATTAATATTTT
317 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCT
* * * * * *
15853851 GAAAATTAATAAG---G-GATTTCAAAACTAAATCTGTTCA-TGAAAAT-AGTTGAAATAGTTAT
1 -AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG--AATCAATTCAAATAGTTAT
* * * * * * * *
15853910 AACTATTTGAATAATTATTTATCTCAAATCGTTATG-A-TCTTTATTTTGTCATAAAACAATTTT
63 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACTTTATGAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
** * * *
15853973 TTCTTTTCATACAAGCTTATTC-ATATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT
128 TTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* ** ** * * **
15854037 AAGTAAGAGA-TTAAAAA-AAATAAGTGTTTGCCA-AATTAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAAA
192 AAG-AAGAAATTTAAAAATAAAT-A-TGTTTATCAGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* * * * * *
15854099 ACAATTATC-ATTTCAAATCACTCTAACCTTTT-TTTAGTCATAAAAAAATTATTT-TAGTTCAT
254 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCAT
* * * * *
15854161 GCAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-T
318 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCT
* * * *
15854204 GAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCCGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGATT
1 --AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAA-TTCAAATAG-TT
* * ** * *
15854268 -TGACTATTTGAACAATTTTCTATTT-AAAGACTTTACGAAC-TTTGGTTTTGTCAAAAAATAAT
61 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-ACTTTATGAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
** * * * * *
15854330 TGTTTCAGCACATAAAAACTTGTTCGAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTA
125 TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * *
15854395 GTAAGCAAGAAATTTAAAAACTAAATATGTTTATCAG-ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
190 ATAAG-AAGAAATTTAAAAA-TAAATATGTTTATCAGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * * *
15854459 AAGAATTATCTATCTCAAATCGTTGTGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTCCA
253 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTGTTCA
*** * * * *
15854522 TACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCT
317 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCT
* * * *
15854567 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAATCAATTCAAATAGTTAAGAC
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATGAC
* * * * * ** * *
15854632 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTG-ACCTTTTATTTAATCATAAAATAATTATTTC
66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACTTTATGAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
15854696 AGTTCATACATGCTTATTTGAACTAAAATAATACTATTTTAGTAACATTT-AGAAAATTAATAAT
131 AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAA-
* ** * * * *
15854760 CAAGAAATTTTTTTAAA-AAAT-TGTTTACCA-AACAAATTAAAATAGTTA-AGACTATTTAAAC
194 GAAGAAA--TTTAAAAATAAATATGTTTATCAGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAAC
* * * * * * ** *
15854821 AATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAGTTTTTAAA
256 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
* * * ** * *
15854886 AGTTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTT
321 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTAATAATA-TTCT
* * ** ** ** * * * *
15854928 AAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATTGAATCAGTTTAAATAATTATG-G
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
15854992 TAATTTGAACAATTATCTATTTCCAATCATTATGAAC-ATTTATTTTGCCATAAAACAATTGCTT
66 T-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACTTTATGAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG--T
* * * *
15855056 TTCA--TCATATAAACCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATG
128 TTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
15855119 AGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACTAGTTCAAATAGTTATCACTATTTAAAC
193 AG-AAGAAATTT-AAAAATAAATATGTTTATCAGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
* * * * * *
15855183 TATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTAATACA
256 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
* ** * *
15855248 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAACCTAACAATATTAT
321 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCT
* * * * * * * * * * *
15855289 GAAAATTAAAAACTAAGAGTTTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATTGTTAAGG
1 -AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATGA
* * * * * **
15855354 CTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAGA-TGTT
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** * * * * * **
15855417 TTTGTTCATATAAGTTTGTTC-AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATGTTTTGAAAATTAAT-
129 TCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
15855480 -G-AGAGATTTAAAAA-AATATATATTTACCA-AACCAGTTCAATTAGTTATAA-TAATTTGAAC
193 AGAAGAAATTTAAAAATAA-ATATGTTTATCAGAACAAGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAAC
* * * * * *
15855540 AATTATTTATTTCAAATCATTATGAACATTT-TTTTGTCATAAAACAGTT-TTTCTATTGATAC-
256 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
* * * * *
15855602 AGTCTTATTCGAAATGAAGTAATGCT-AATTAATTAATATCCT
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* * * *** * * * * *
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1 -AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATGA
* * * * *
15855709 CTGTTTAAACAATTATCTATTTC-AAATTATTATGACCTTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTT
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* * * * *
15855773 TCTGTTCCTACAAGCTTATTTGAAATAACATAATTCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATA
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* * * * ***
15855837 AG-AG--ATTTAAAAACTAAATCTGTTTATC-GAATAAGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAGTG
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* *** * * * * *
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257 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAA
* * * *
15855963 GCTTATTTC-AATTAAAATAATA-AAAATTTATTAATATTCAA
322 GCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAAA-TTAATAATATTC-T
* * * * * * * *
15856004 AAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAACAACTTTATTTACTGAATAAATTCAAATAGTTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATGAC
* * * *
15856069 TATTTGAACAATTATTTATTTC-AAA-TGTTATG-ACTTTTTGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTT
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** * * * * * * * * *
15856131 TTGGTCATAGAAGCTT-TTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAGTATTTCGATAATTAATAAG
130 CAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * *
15856195 TAA-AAGATTTTAAAAATAAATATGTTTA-CCGAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATA
195 -AAGAA-A-TTTAAAAATAAATATGTTTATCAGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACA
* * * * * * *
15856258 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTTTCATAAAACAATTATATCTGTTAATATAG
257 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAA
* * * *
15856323 GCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTT
322 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCT
* *
15856363 GAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAT
1 -AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
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Statistics
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AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACTTTATGAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
AGAAATTTAAAAATAAATATGTTTATCAGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT
ATTCAAAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCT
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15856269 CAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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AATAATTATACTATTTG
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* *
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* * ***
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131 GATTTAAAAAATGA
* ** * *
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* * *
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AATATAAGCTTATTCAAAATAAAACAACACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGCAAGA
GATTTAAAAAATGA
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15856241 TTATAACTAT
* *
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* * *** *
15856316 AATATAGGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGAGCAAGA
66 AATATAAGCTTATTCAAAATAAAACAACACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGA
*
15856381 GATTTAAAAAATGA
131 AATTTAAAAAATGA
* ** * *
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1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATATCTATT
* * * *
15856459 CATATAAGCTTATTCCAAATAAAATAACA-TAAGTTTATTAATATTCCAAAAAATTAATAAGTAA
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*
15856523 -AAATTTTAAAAAT
129 GAAATTTAAAAAAT
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Statistics
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142 3 0.03
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TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATATCTATT
AATATAAGCTTATTCAAAATAAAACAACACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGA
AATTTAAAAAATGA
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* * * *
15856072 TTGAACAATTATTTATTTCAAATGTTATGACTTTTTGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTTTGGTC
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*** * * * * * *
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* *
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131 TTTTAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
15856267 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTTTCATAAAACAATTATATCTGTTAATATAGGCTTATTCA
196 TCCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATATCTCTTAATACAAGCATATTCA
15856332 AAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATGA
261 AAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATGA
* * * *
15856395 TTGAATAATT-TTCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTC-ATAAATTATTGTTTCTAT
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*
15856458 TCATATAAGCTTATTCCAAATAAAATAACA-TAAGTTTATTAATATTCCAAAAAATTAATAAGTA
64 TCATAGAAGCTT-TTCCAAATAAAATAACATTAA-TTTATTAATATTCC-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
15856522 AAA-ATTTTAAAAATAAAATCTATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAAT
126 AAAGATTTTAAAAAT-AAATATATTTACCGAACA-AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAAT
* * * * *
15856585 TATCTATTCCAAAT-AGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTCTTCATACAAG
189 TATCTATTCCAAATCA-TTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATATCTCTTAATACAAG
* * *
15856649 CATATTTAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATT
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15856686 CCAAAAATTA
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 41, Indels: 14
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (323 bp):
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ATAGAAGCTTTTCCAAATAAAATAACATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
TTTTAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
TCCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATATCTCTTAATACAAGCATATTCA
AAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATGA
Found at i:15856815 original size:180 final size:177
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Indices: 15856395--15857588 Score: 932
Period size: 180 Copynumber: 6.7 Consensus size: 177
15856385 TAAAAAATGA
* * * *
15856395 TTGAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAATTATTGTTTCTATT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATT
* * * *
15856459 CATATAAGCTTATTCCAAATAAAATAACA-TAAGTTTATTAATATTCCAAAAAATTAATAAGTAA
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* * * * * *
15856523 AAATTTTAAAAATAAAATCTATTTTCTGAACACATTCAAATAG--TTATGATTAT
126 AGA-TTTAAAAAT-AAATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTATTATG-CTAT
* * ** *
15856576 TTGAACAATTATCTATTCCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTCTT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATT
* * * * *
15856641 CATACAAGCATATTTAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-AA-TT
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* *
15856704 TTAAAAAATTAAATCTGTTTACCGAGCAAATTTAAATAGTTATTATGCCTAT
130 TT-AAAAA-TAAATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAG-TATTATG-CTAT
* * *
15856756 TTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATT
* * * * *
15856821 CATACAAGTTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTGAAGATTAATAGGTAGG
65 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA---AGA
* * * * *
15856885 AGATTTAAAAGTAAATCTATTTACCAAATAAATTCAAATAG--TCATGCTCAT
126 AGATTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTATTATGCT-AT
* * *
15856936 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTT-TCAATAAAACAAATT-TTT-TG
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* ** * * **
15856998 TTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-AG
63 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAG
* * ** * * * *
15857062 ATTTAAAAACTAATTTTGTTTATTGAA-TAGTTTAAATAG--TTATGATTAT
128 ATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTATTATG-CTAT
* * * * * **
15857111 GTG-ACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTCATCATAAAACT-ATTGTTTCT-T
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTGTTTCTAT
* * *
15857172 TCCATACAAGTTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
64 T-CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A
* * * *
15857237 GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAGTTCAAATAG--TTATGACTAT
126 -AGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTATTATG-CTAT
** * ** * ** * *
15857290 AAGAATAATTATCTGCTTCAAATCATTTTGACCCATTGTTTAGTCATAAAATAATTATTT-TAAT
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* * * * * *
15857354 TTACACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAG
64 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-
* * *
15857419 AGATTTAAAAA-AAATTTGTTTACCGAACAAGTTCACATA-TATT-TGACTAT
126 AGATTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTATTATG-CTAT
* * * *
15857469 TTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTA-GATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCAAT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT
* * * * * *
15857532 TCATAAAAACTTATCCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATTTTTCAAAAATTAA
64 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
15857589 AAAGCAAGTT
Statistics
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185 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTC
ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATT
TAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTATTATGCTAT
Found at i:15856852 original size:505 final size:503
Alignment explanation
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Period size: 505 Copynumber: 1.9 Consensus size: 503
15855914 TGCTATAACC
* * * *
15855924 TTTTGTTTGGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATAAAAA
1 TTTTGTTTGGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAACAAAAA
* * * *
15855989 TTTATTAATATTCAAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAACAACTTTATTTACTGAATAAAT
66 TTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACTGAACAAAT
* * * *
15856054 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATGTTATGACTTTTTGTTTTGTCAAA
131 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATGTTATGACCTTTTATTTTGTCAAA
* * * * * ** * * * *
15856119 AAATAATTGTTTTTGGTCATAGAAGCTTTTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAGTATTTCGA
196 AAACAATTGTTTCTCGTCATACAAGCTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCA
*
15856184 TAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATAACT
261 TAA-TAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAATTATAACT
* *
15856249 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTTTCATAAAACAATTATATCTG
325 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATATCTA
* * * *
15856314 TTAATATAGGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-GAGCA
390 TTAATACAAGCTTATTCAAAACAAAACAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAG-GCA
15856378 AGAGATTTAAAAAATGATTGAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGACA
454 AGAGATTTAAAAAATGATTGAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGACA
* * * * *
15856428 TTTTGTTTTGTCAT-AAATTATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCCAAATAAAATAACATAAG
1 TTTTGTTTGGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAACAAAAA
*
15856492 TTTATTAATATTCCAAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATA-AAATCTATTTTCTGAACA
66 TTTATTAATATT-CAAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAA-ACAAATCTATTTACTGAACA
* *
15856555 CATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGT
128 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCCAAAT-GTTATGACCTTTTATTTTGT
* * * *
15856620 CATAAACCAATTGTTTCTCTTCATACAAGCATATTTAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATA-
192 CAAAAAACAATTGTTTCTCGTCATACAAGC-TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
15856684 TTCCA-AA-AATTAA-T-AAA-ATTTTAAAAAATTAAATCTGTTTACCGAGCAAATTTAAATAGT
256 TTCCATAATAA-TAAGTAAAAGATTTT-AAAAA-TAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATA--
** *
15856744 TATTATGCCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAA
316 -ATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * *
15856807 TAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAG
378 CAATTATATCTATTAATACAAGCTTATTCAAAACAAAACAATACTAATTTATTAATATTCTGAAA
* *
15856872 ATTAATAGGTAGGAGATTTAAAA
443 ATTAATAGGCAAGAGATTTAAAA
15856895 GTAAATCTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (503 bp):
TTTTGTTTGGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAACAAAAA
TTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACTGAACAAAT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATGTTATGACCTTTTATTTTGTCAAA
AAACAATTGTTTCTCGTCATACAAGCTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCA
TAATAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAATTATAACTA
TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATATCTAT
TAATACAAGCTTATTCAAAACAAAACAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGCAAG
AGATTTAAAAAATGATTGAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGACA
Found at i:15856940 original size:685 final size:675
Alignment explanation
Indices: 15855719--15857070 Score: 1525
Period size: 685 Copynumber: 2.0 Consensus size: 675
15855709 CTGTTTAAAC
* * * *
15855719 AATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCCTAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
** * * *
15855784 AAGCTTATTTGAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
66 AAGCTTATTCCAAATAAAATAA-TCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAATTTAAAA
* * * *** *
15855849 ACTAAATCTGTTTATCGAATAAGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAGTGATTACCTATTTCAAAT
130 ACTAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTACCTATTCCAAAT
* * * * * * *
15855914 TGCTATAACCTTTTGTTTGGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAA
195 AGCTATAACCTTTTATTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTAAAATAAA
* *
15855979 ATAATAAAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAACAACTTTATTTA
260 ATAATAAAAATTTATTAATATTCAAAAAATT-ATAATTAAAAGATTTAAAAAACAAATCTATTTA
* *
15856044 CTGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATGTTATGACTTTTTG
324 CCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATGTTATGACTTTTTG
* * * ** ** *
15856109 TTTTGTCAAAAAATAATTGTTTTTGGTCATAGAAGCTTTTTGGATTAAAATAATATTAATTTATT
389 TTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCTAGTCATACAAGCTTTTTAAAACAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
15856174 AGTATTTCGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
454 AATATTTCGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATATTTACCAAACAAATTCAAAT
* *
15856239 AATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTTTC-ATAAAAC
519 AATCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTG-TTTTTCAATAAAAC
* *** *
15856303 -AATTATATCTGTTAATATAGGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTTGAAA
583 AAATT-T-TCTGTTAATACAAAATTATTCAAAATAAAACAATACTAATCTATTAATATTTTGAAA
15856367 ATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATGATTGAAT
646 ATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATGATTGAAT
* * * ** *
15856401 AATTTTCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCA-TAAATTATTGTTTCTATTCATAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
15856464 AAGCTTATTCCAAATAAAATAA-CATAAGTTTATTAATATTCCAAAAAATTAATAAGTAAAAATT
66 AAGCTTATTCCAAATAAAATAATC-TAA-TTTATTAATATT-CAAAAAATTAATAAG---AAA-T
* *
15856528 TTAAAAA-TAAAATCTATTT-TCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCT
124 TTAAAAACT-AAATCTATTTATC-GAACA-AGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTACCT
* * * * *
15856590 ATTCCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTCTTCATACAAGCATATT
186 ATTCCAAATAGCTATAACCTTTTATTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATT
** * * * *
15856655 TAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAA-T-TAA-TAAAA-TTTTAAAAAATTAA
251 TAAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCAAAAAATTATAATTAAAAGATTTAAAAAA-CAA
* * * * *
15856716 ATCTGTTTACCGAGCAAATTTAAATAGTTATTATGCCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAG
315 ATCTATTTACCGAACAAATTCAAATAG---TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-G
* *
15856781 TTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTTATTCAAAACAAA
376 TTATGACT-TTTTGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCTAGTCATACAAGCTTT-TT-AAAACAAA
* ** * *
15856844 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCTGA-AGATTAATAGGTAGGAGA-TTTAAAAGTAAATCTATT
438 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-GATA-ATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATATT
* * * * *
15856906 TACCAAATAAATTCAAATAGTCAT-GCTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCT
501 TACCAAACAAATTCAAATAATCATAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT
* * * * *
15856970 TTTGTTTTTCAATAAAACAAATTTTTTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTGATC
565 TTTGTTTTTCAATAAAACAAATTTTCTGTTAATACAAAATTATTCAAAATAAAACAATACTAATC
15857035 TATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
630 TATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
15857071 CTAATTTTGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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679 3 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (675 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
AAGCTTATTCCAAATAAAATAATCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAA
CTAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTACCTATTCCAAATA
GCTATAACCTTTTATTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTAAAATAAAA
TAATAAAAATTTATTAATATTCAAAAAATTATAATTAAAAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACC
GAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATGTTATGACTTTTTGTT
TTGTCAAAAAATAATTGTTTCTAGTCATACAAGCTTTTTAAAACAAAATAATACTAATTTATTAA
TATTTCGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATATTTACCAAACAAATTCAAATAA
TCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTTCAATAAAACAAA
TTTTCTGTTAATACAAAATTATTCAAAATAAAACAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAATTAA
TAAGAGATTTAAAAAATGATTGAAT
Found at i:15857231 original size:353 final size:356
Alignment explanation
Indices: 15856438--15857253 Score: 881
Period size: 353 Copynumber: 2.3 Consensus size: 356
15856428 TTTTGTTTTG
* * * *
15856438 TCATAAATTATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCCAAATAAAATAACA-TAAGTTTATTAATA
1 TCATAAAATATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT-CAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATA
* * * * ** *
15856502 TTCCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAAATCTATTTTCTGAACACATTCAAATAGT
64 TTTCAAAAAATTAATAAGTAGAGA-TTTAAAAATAAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGT
* * *
15856567 TATGATTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATT
128 CATGATCATTTGAACAATTATCTATTCCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACAAATT
* * *
15856632 GTTTCTCTTCATACAAGCATATTTAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAA
193 GTTTCTCTTCATACAAGAATATTCAAAATAAAATAATACTAGTCTATTAATATTCCAAAAATTAA
* * * *
15856697 TAAAATTTTAAAAAATTAAATCTGTTTACCGAGCAAATTTAAATAGTTATTATGCCTATTTGAAT
258 TAAAATTTTAAAAAACTAAATCTGTTTACCGA-CAAATTTAAATAGTTATGAT--CTATGTGAAC
* * * **
15856762 AATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTG
320 AATTATCTATCTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTCA
*
15856799 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 TCATAAAAT-ATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * *
15856864 -TTCTGAAGATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAGT-AAATCTATTTACCAAATAAATTCAAATAGT
64 TTTCAAAAAATTAATAAGTA-GAGATTTAAAAATAAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGT
* * ** *
15856927 CATGCTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTT-TCAATAAAACAAA
128 CATGATCATTTGAACAATTATCTATTCCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTC-AT-AAACAAA
* * ***
15856991 TT-TTT-TGTTCATGCAA-AATTATTCAAAATAAAATAATACT-GATCTATTAATATTTTGAAAA
191 TTGTTTCTCTTCATACAAGAA-TATTCAAAATAAAATAATACTAG-TCTATTAATATTCCAAAAA
* * ** *
15857052 TTAATAAGAGA-TTT-AAAAACTAATTTTGTTTATTGA-ATAGTTTAAATAGTTATGAT-TATGT
254 TTAATAA-A-ATTTTAAAAAACTAAATCTGTTTACCGACA-AATTTAAATAGTTATGATCTATGT
*
15857113 G-ACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTCA
316 GAACAATTATCTATCTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTCA
*
15857152 TCATAAAACTATTGTTTCT-TTCCATACAAGTTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAAT
1 TCATAAAA-TATTGTTTCTATT-CATACAAGTTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAAT
15857216 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
63 ATTTCAAAAAATTAATAAGT-AGAGATTT-AAAAATAAA
15857254 TGTGTTTGCC
Statistics
Matches: 382, Mismatches: 55, Indels: 42
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
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353 78 0.20
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355 7 0.02
357 1 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
TCATAAAATATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TCAAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAATAAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTCAT
GATCATTTGAACAATTATCTATTCCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACAAATTGTT
TCTCTTCATACAAGAATATTCAAAATAAAATAATACTAGTCTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
AATTTTAAAAAACTAAATCTGTTTACCGACAAATTTAAATAGTTATGATCTATGTGAACAATTAT
CTATCTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTCA
Found at i:15857484 original size:533 final size:532
Alignment explanation
Indices: 15856560--15857521 Score: 1182
Period size: 534 Copynumber: 1.8 Consensus size: 532
15856550 GAACACATTC
* **
15856560 AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGATTATGTGAACAATTATCTATTCCAAATAGTTATGACCTTTTATTTCATCATAA
* * * *
15856625 ACCAATTGTTTCTCTTCATACAAGCATATTTAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAA
66 AACAATTGTTTCTCTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA
* * * *
15856690 AAATTAATAAAATTTTAAAAAATTAAATCTGTTTACCGAGCAAATTTAAATAGTTATTATGCCTA
131 AAATTAATAAAAATTTAAAAAATTAAATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAG-T-TTATGACTA
** * * * ** * *
15856755 TTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT
194 TAAGAATAATTATCTACTTCAAATAGTTATGACCCATTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCTAT
* * * * * *
15856820 TCATACAAGTTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAGATTAATAGGTAGG
259 TCACACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTGAAAATTAATAGGCAAG
* *
15856885 AGATTTAAAAGTAAATCTATTTACCAAATAAATTCAAATAGTCATGCTCATTTGAACAATTATCT
324 AGATTTAAAAGAAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTCATGCTCATTTGAACAATTATCT
*
15856950 ATTTCAAA-TCTTTATGACCTTTTGTTTT-TCAATAAAACAAATTTTTTGTTCATGCAAAATTAT
389 ATTT-AAAGTCATTA-GACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAAATTTTTTGTTCATGCAAAATTAT
15857013 TCAAAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAATTT
451 TCAAAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAATTT
15857078 TGTTTATTGAATAGTTT
516 TGTTTATTGAATAGTTT
* *
15857095 AAATAGTTATGATTATGTG-ACAATTATCTA-TCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTCATCATA
1 AAATAGTTATGATTATGTGAACAATTATCTATTC-CAAATAGTTATGACCTTTTATTTCATCATA
* ** * *
15857157 AAACTATTGTTTCT-TTCCATACAAGTTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC
65 AAACAATTGTTTCTCTT-CATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
* * * *
15857221 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATGTGTTTGCCGAACCAGTTCAAATAG-TTAT
129 AAAAATTAAT-A--AA-A-ATTTAAAAAATTAAATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTTAT
* *
15857284 GACTATAAGAATAATTATCTGCTTCAAATCA-TTTTGACCCATTGTTTAGTCATAAAATAATTAT
189 GACTATAAGAATAATTATCTACTTCAAAT-AGTTATGACCCATTGTTTAGTCATAAAATAATTAT
* * *
15857348 TT-TAATTTACACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TGAAAAATTAA
253 TTCT-ATTCACACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTG-AAAATTAA
* * * * *
15857411 T-GAGCAAGAGATTTAAAA-AAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCACATATA-T-TTGACT-ATTT
316 TAG-GCAAGAGATTTAAAAGAAAATCTATTTACCAAACAAATTCA-A-ATAGTCATG-CTCATTT
*
15857471 GAACAATTATCTATTTAAAGTCATTAGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
377 GAACAATTATCTATTTAAAGTCATTAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
15857522 TTGATTCAAT
Statistics
Matches: 360, Mismatches: 51, Indels: 35
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
532 26 0.07
533 128 0.36
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (532 bp):
AAATAGTTATGATTATGTGAACAATTATCTATTCCAAATAGTTATGACCTTTTATTTCATCATAA
AACAATTGTTTCTCTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA
AAATTAATAAAAATTTAAAAAATTAAATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTTATGACTATA
AGAATAATTATCTACTTCAAATAGTTATGACCCATTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCTATTC
ACACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTGAAAATTAATAGGCAAGAG
ATTTAAAAGAAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTCATGCTCATTTGAACAATTATCTAT
TTAAAGTCATTAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTTGTTCATGCAAAATTATTCAAA
ATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAATTTTGTTT
ATTGAATAGTTT
Found at i:15857558 original size:359 final size:352
Alignment explanation
Indices: 15856395--15857588 Score: 1095
Period size: 359 Copynumber: 3.3 Consensus size: 352
15856385 TAAAAAATGA
* * **
15856395 TTGAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCAT-AAATTATTGTTTCTAT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * *
15856458 TCATATAAGCTTATTCCAAATAAAATAACA-TAAGTTTATTAATATTCCAAAAAATTAATAAGTA
65 TCATACAAGCTTA-TCCAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTA
* * * *
15856522 A-AAATTTTAAAAATAAAATCTATTTTCTGAACACATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATT
128 AGAGA-TTTAAAAAT-AAATCTATTTACCGAAC-CATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * ** *
15856586 ATCTATTCCAAAT-AGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTCTTCATACAAGC
190 ATCTATT-CAAATCA-TTTTGACCTTTT-GTTTGTCATAAAAAAATT-TTT-TATTCATACAAGC
* * ** *
15856650 ATATTTAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAA-A-TTTTAAAAAAT
250 TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAAGAGATTT-AAAAA-
* * * *
15856713 TAAATCTGTTTACCGAGCAAATTTAAATAGTTATTATGCCTAT
313 TAAATTTGTTTACCGAACAAGTTT-AATA--TATTATGACTAT
* * *
15856756 TTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * ** * * *
15856820 TCATACAAGTTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTGAAGATTAATAGGTAG
65 TCATACAAGCTTA-TCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAA
* * ** *
15856884 GAGATTTAAAAGTAAATCTATTTACCAAATAAATTCAAATAGTCATG-CTCATTTGAACAATTAT
129 GAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CCATTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTAT
* * * **
15856948 CTATTTCAAATC-TTTATGACCTTTTGTTTTTCAATAAAACAAATTTTTTGTTCATGCAAAATTA
192 CTA-TTCAAATCATTT-TGACCTTTTGTTTGTC-ATAAAA-AAATTTTTTATTCATACAAGCTTA
* * *
15857012 TTCAAAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTG-AAAATTAAT-AAGAGATTTAAAAACTAA
253 TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAA-TAA
* ** * *
15857075 TTTTGTTTATTGAA-TAGTTTAA-ATAGTTATGATTAT
316 ATTTGTTTACCGAACAAGTTTAATATA-TTATGACTAT
* * * * ** *
15857111 GTG-ACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTCATCATAAAACTATTGTTTCT-TT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * *
15857173 CCATACAAGTTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
66 -CATACAAGCTTATCCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAA
* * * ** *
15857237 GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATAAGAATAATTAT
129 GAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCGAACCA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * * *
15857302 CTGCTTCAAATCATTTTGACCCATTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAATTTACACAAGCTTA
192 CT-ATTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTT-GTCATAAAAAAATT-TTTT-ATTCATACAAGCTTA
*
15857367 TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAA-A
253 TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAAT-A--AAGAGATTTAAAAATA
*
15857431 AATTTGTTTACCGAACAAGTTCACATATATT-TGACTAT
315 AATTTGTTTACCGAACAAGTTTA-ATATATTATGACTAT
* *
15857469 TTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTA-GATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCAAT
1 TTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * *
15857532 TCATAAAAACTTATCCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATTTTTC-AAAAATTAA
65 TCATACAAGCTTATCC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAA
15857589 AAAGCAAGTT
Statistics
Matches: 676, Mismatches: 116, Indels: 84
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
352 6 0.01
353 81 0.12
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363 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (352 bp):
TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
CATACAAGCTTATCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAGA
GATTTAAAAATAAATCTATTTACCGAACCATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
TCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTGTCATAAAAAAATTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTAC
CGAACAAGTTTAATATATTATGACTAT
Found at i:15857587 original size:533 final size:533
Alignment explanation
Indices: 15856560--15857588 Score: 1173
Period size: 533 Copynumber: 1.9 Consensus size: 533
15856550 GAACACATTC
* **
15856560 AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTCCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGATTATGTGAACAATTATCTATTCCAAATAGTTATGACCTTTTATTTCATCATAA
* * * *
15856625 ACCAATTGTTTCTCTTCATACAAGCATATTTAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAA
66 AACAATTGTTTCTCTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA
* * * *
15856690 AAATTAATAAAATTTTAAAAAATTAAATCTGTTTACCGAGCAAATTTAAATAGTTATTATGCCTA
131 AAATTAATAAAAATTTAAAAAATTAAATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAG-T-TTATGACTA
** * * * ** * *
15856755 TTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT
194 TAAGAATAATTATCTACTTCAAATAGTTATGACCCATTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCTAT
* * * * * *
15856820 TCATACAAGTTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAGATTAATAGGTAGG
259 TCACACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTGAAAATTAATAGGCAAG
* *
15856885 AGATTTAAAAGTAAATCTATTTACCAAATAAATTCAAATAGTCATGCTCATTTGAACAATTATCT
324 AGATTTAAAAGAAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTCATGCTCATTTGAACAATTATCT
* *** * *
15856950 ATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTTCAATAAAACAAATTTTTTGTTCATGCAAAATTATTC
389 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTCAATAAAACAAATTTTCAATTCATGAAAAATTATCC
*
15857015 AAAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAATTTTG
454 AAAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAATTTTG
15857080 TTTATTGAATAGTTT
519 TTTATTGAATAGTTT
* *
15857095 AAATAGTTATGATTATGTG-ACAATTATCTA-TCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTCATCATA
1 AAATAGTTATGATTATGTGAACAATTATCTATTC-CAAATAGTTATGACCTTTTATTTCATCATA
* ** * *
15857157 AAACTATTGTTTCT-TTCCATACAAGTTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC
65 AAACAATTGTTTCTCTT-CATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
* * * *
15857221 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATGTGTTTGCCGAACCAGTTCAAATAG-TTAT
129 AAAAATTAAT-A--AA-A-ATTTAAAAAATTAAATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTTAT
* *
15857284 GACTATAAGAATAATTATCTGCTTCAAATCA-TTTTGACCCATTGTTTAGTCATAAAATAATTAT
189 GACTATAAGAATAATTATCTACTTCAAAT-AGTTATGACCCATTGTTTAGTCATAAAATAATTAT
* * *
15857348 TT-TAATTTACACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TGAAAAATTAA
253 TTCT-ATTCACACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTG-AAAATTAA
* * * * *
15857411 T-GAGCAAGAGATTTAAAA-AAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCACATATA-T-TTGACT-ATTT
316 TAG-GCAAGAGATTTAAAAGAAAATCTATTTACCAAACAAATTCA-A-ATAGTCATG-CTCATTT
*
15857471 GAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTA-GATCTTTTGTTTTGTC-ATAAAAC-AATTGATTCAAT
377 GAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTT-TCAATAAAACAAATT--TTCAAT
* *
15857532 TCAT-AAAAACTTATCCGAAATAAAATAATACT-ACTTTATTAAT-TTTTCAAAAATTAA
438 TCATGAAAAA-TTATCCAAAATAAAATAATACTGA-TCTATTAATATTTT-AAAAATTAA
15857589 AAAGCAAGTT
Statistics
Matches: 414, Mismatches: 59, Indels: 44
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
531 4 0.01
532 33 0.08
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536 2 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (533 bp):
AAATAGTTATGATTATGTGAACAATTATCTATTCCAAATAGTTATGACCTTTTATTTCATCATAA
AACAATTGTTTCTCTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA
AAATTAATAAAAATTTAAAAAATTAAATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTTATGACTATA
AGAATAATTATCTACTTCAAATAGTTATGACCCATTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCTATTC
ACACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTGAAAATTAATAGGCAAGAG
ATTTAAAAGAAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTCATGCTCATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTCAATAAAACAAATTTTCAATTCATGAAAAATTATCCAA
AATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAATTTTGTT
TATTGAATAGTTT
Found at i:15857722 original size:138 final size:138
Alignment explanation
Indices: 15857462--15857725 Score: 295
Period size: 138 Copynumber: 1.9 Consensus size: 138
15857452 CACATATATT
* * * *
15857462 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTCATTAGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGAT
1 TGACTATTTGAACAAATATCAATTCAAAGTCATTAGATCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGAT
* * * *
15857527 TCAATTCATAAAAACTTATCCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATTTTTCAAAAATTAAAAA
66 TCAATTCATAAAAACTTATCCGAAATAAAATAAAACTAATTTAATAATTTCTCAAAAATTAAAAA
15857592 GCAAGTTA
131 GCAAGTTA
*
15857600 TGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAA-TCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAATAATT-
1 TGACTATTTGAACAAATATCAAT-TCAAAGTCATTA-GATCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTG
*** * ** * *
15857662 ATTTTTTATCATACAAGTTTATTCG-GATAAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATT
64 ATTCAAT-TCATAAAAACTTATCCGAAAT-AAAATAAAACTAATTTAATAAT-TTCTCAAAAATT
15857725 A
126 A
15857726 GTAAGAGATT
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 17, Indels: 10
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
137 6 0.06
138 87 0.84
139 11 0.11
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (138 bp):
TGACTATTTGAACAAATATCAATTCAAAGTCATTAGATCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGAT
TCAATTCATAAAAACTTATCCGAAATAAAATAAAACTAATTTAATAATTTCTCAAAAATTAAAAA
GCAAGTTA
Found at i:15858630 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15858050--15859023 Score: 712
Period size: 181 Copynumber: 5.4 Consensus size: 179
15858040 GTATGGATAG
* * *** * *
15858050 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATT
1 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
** * * ** * *
15858114 CATAACTATTTGAACCGGTTTAGAAAACATATGTAGCTTTT-AA-A--TCACTTATTAATTTTCA
66 CATAACTATTTGAACTTGTTAAAAAAACA-AT-TATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATCTTCA
* * ** ** * * * *
15858175 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTATG-AATAATTTTTTTTAAATAG
129 GAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-CGAAATAAGCTGGTATGAACAA
* ** * * * *
15858226 AAACAATTGTTTTATGATGAAACAAATGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGT
1 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
** * * * * * * * * **
15858291 CATAACTATTTGAACTCACTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-TAATATTTTTTG
66 CATAACTATTTGAACT-TGTTAA-AAAAACAATTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATCTTCA
* * * ** * *
15858355 GAATTTTAATGAA-TTAGTATTATTTTA-TCCAAATAAGCTTTTATGAATAG
129 GAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGCTGGTATGAACAA
* * *
15858405 AAACAATTGGCTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
15858470 TATAGCTATTTGAACATGTTAAAAAAACAAATATTTTTAAAAAATTTTTTACTTATTAATCTTCA
66 CATAACTATTTGAACTTGTTAAAAAAACAATTATTTTT--TAAATATTTTACTTATTAATCTTCA
* *
15858535 GAATATTAGTAAATTTATATTATTTTATTCGAAAGAAGCTGGTATGAACAA
129 GAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTGGTATGAACAA
* * * *
15858586 AAACAATCGGTTTATGGCAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* ** * * * *
15858651 CATAACTATTTGACCTTGTTCGGTAAAAA-GATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-CTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTT--AAAAAAACAATT-ATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATC-TT
* * ***
15858714 CAGAATAGTAAT-AATTTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCCT-ATATGAATTG
127 CAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAG-CTGGTATGAACAA
* ** * * *
15858767 ATACAATTATTTTATGACGAAA-AAAAGCTCATAA--CTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGA
1 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-
* ** * * *
15858829 T-ATTACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTATTTATTAATTGTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTAAAAAAACA-A-TTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAA-TCTT
* * * *
15858893 GA-AATATTAATAAATTAACATTATTTTAATCTG-AATAAGCTGGTATGAACAA
127 CAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTC-GAAATAAGCTGGTATGAACAA
* * * * **
15858945 AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAGCAGT
1 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
15859010 CATAACTATTTGAA
66 CATAACTATTTGAA
15859024 ATTATTCGGT
Statistics
Matches: 630, Mismatches: 134, Indels: 63
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 25 0.04
177 70 0.11
178 118 0.19
179 122 0.19
180 78 0.12
181 199 0.32
182 7 0.01
183 11 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTAAAAAAACAATTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATCTTCAGA
ATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTGGTATGAACAA
Found at i:15858936 original size:359 final size:358
Alignment explanation
Indices: 15858245--15859042 Score: 935
Period size: 359 Copynumber: 2.2 Consensus size: 358
15858235 TTTTATGATG
* * * *
15858245 AAACAAATGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCAC
1 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT
** * * ** ** **
15858310 TCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATATTTTTTGGAATTTTAATGAATTAGTAT
66 TCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTAATAACTTTCAGAATAGTAATGAATTAGTAT
* * * * *
15858375 TATTTTATCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGCTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA
131 TATTTTATCCAAATAAGCCTATATGAATAGAAACAATTAGCTTATGACAAAACAAAAGCTCATAA
* *
15858440 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAGCTATTTGAACATGTTAAAAAAACAAATATT
196 -GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGATATAGCTATTTGAACATGTTAAAAAAACAAATATT
* * * * *
15858505 TTTAAAAAATTTTTTACTTATTAATCTTCAGAATATTAGTAAATTTATATTATTTTATTCGAAAG
260 TTT-AAAAATATTTTACTTATTAATCTTCAGAATATTAATAAATTAACATTATTTTAATCGAAAG
**
15858570 AAGCTGGTATGAACAAAAACAATCGGTTTATGGCA
324 AAGCTGGTATGAACAAAAACAATCGGTTTATAACA
* * * *
15858605 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGACCTTGT
1 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT
* *
15858670 TCGGTAAAAAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAACTTTCAGAATAGTAAT-AATTTAGT
66 TCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACT-AATAACTTTCAGAATAGTAATGAA-TTAGT
* * * ** *
15858734 ATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTATTTTATGACGAAA-AAAAGCTCA
129 ATTATTTTA-TCCAAATAAGCCTATATGAATAGAAACAATTAGCTTATGACAAAACAAAAGCTCA
* * ** *
15858798 TAA-CTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGATATTA-CTATTTGAACTTGTTTGATAAACATAT
193 TAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGATA-TAGCTATTTGAACATGTTAAAAAAACA-A-
* * * * *
15858861 TTATTTTT-TAAATATTTTATTTATTAATTGTTGA-AATATTAATAAATTAACATTATTTTAATC
255 ATATTTTTAAAAATATTTTACTTATTAA-TCTTCAGAATATTAATAAATTAACATTATTTTAATC
* * * *
15858924 TG-AATAAGCTGGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACA
319 -GAAAGAAGCTGGTATGAACAAAAACAATCGGTTTATAACA
* ** *
15858964 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAGCAGTCATAACTATTTGAAATTAT
1 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT
15859029 TCGGTAAATAGATT
66 TCGGTAAATAGATT
15859043 TGAAATAAGC
Statistics
Matches: 367, Mismatches: 63, Indels: 17
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
359 190 0.52
360 96 0.26
361 46 0.13
362 35 0.10
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (358 bp):
AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT
TCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTAATAACTTTCAGAATAGTAATGAATTAGTAT
TATTTTATCCAAATAAGCCTATATGAATAGAAACAATTAGCTTATGACAAAACAAAAGCTCATAA
GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGATATAGCTATTTGAACATGTTAAAAAAACAAATATTT
TTAAAAATATTTTACTTATTAATCTTCAGAATATTAATAAATTAACATTATTTTAATCGAAAGAA
GCTGGTATGAACAAAAACAATCGGTTTATAACA
Found at i:15859093 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 15858926--15859143 Score: 276
Period size: 120 Copynumber: 1.8 Consensus size: 120
15858916 TTTTAATCTG
* * **
15858926 AATAAGCTGGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTGGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* *
15858991 AAATAATTATTCAAGCAGTCATAACTATTTGAAATTATTCGGTAAATAGATTTGA
66 AAATAATTATTCAAACAGCCATAACTATTTGAAATTATTCGGTAAATAGATTTGA
* * * * * *
15859046 AATAAGCTTGTATGAA-AAGAAAAAATTATTTTATGACAATACCAAAGGTTATAGCAATTTGAAA
1 AATAAGCTGGTATGAACAA-AAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * **
15859110 TAGATAATTGTTCAAATTGCCATAACTATTTGAA
65 TAAATAATTATTCAAACAGCCATAACTATTTGAA
15859144 CTTGTTTAGT
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 16, Indels: 2
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
119 2 0.02
120 79 0.98
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (120 bp):
AATAAGCTGGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
AAATAATTATTCAAACAGCCATAACTATTTGAAATTATTCGGTAAATAGATTTGA
Found at i:15859545 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15859045--15859679 Score: 511
Period size: 180 Copynumber: 3.6 Consensus size: 179
15859035 AATAGATTTG
* * * * * * * * ***
15859045 AAATAAGCTTGTATGAAAAGAAAAAATTATTTTATGACAATACCAAAGGTTATAGCAATTTGAAA
1 AAATAAGATTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* ** * * * ** *
15859110 TAGATAATTGTTCAAATTGCCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAATC-GATTCATTTT-TAA
66 TAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAAC-TGGTCAGGCCAA-CAGATACATTTTCTAA
* * *
15859172 AT-C--T-GTTATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTATAATT-ATGTTATTCC
129 ATCCATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAAATTAAT-TT-TT-C
* * * * *
15859221 AAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
1 AAATAAGATTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * *
15859286 TAGATAATTATTCAAATAATAATAATTGTTTGCACTGGTCAGGCCAATAGATACATTTTCTAAAT
66 TAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTGGTCAGGCCAACAGATACATTTTCTAAAT
* **
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**
15859401 AAATAAGATTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAATGGGTCATAATGATTTGAAA
1 AAATAAGATTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * ** * * ** *
15859466 TAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAATTGGTTTGGCGAACATATTTATTTTTTAAAT
66 TAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTGGTCAGGCCAACAGATACATTTTCTAAAT
* *
15859531 CTC-TTA-TGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
131 C-CATTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAAATTAATTT-TTC
* * * * * * * * * * **
15859581 GAACAA-ACTTATGTGATCAAAAATATTTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAGCGATTTGAA
1 AAATAAGA-TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
*
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CCATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAAATTAATTTTTC
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* *
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ATTTGAAATAGTATAATT
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*
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1 TT
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TTCAAATTGTTATGTCAT
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** *
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*
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* * * *
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* * * * * * * **
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* * * * ** *
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* * * * * **
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * *
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* * * * *** **
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* * ** * * *
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1 -TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * ** * * *
15860847 ATTTACTAACATTT-AGAAAA-TAATAAGAAATTTTTAAAAAAGT-AATATATTTA-CTGAA-TA
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* ** *
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* * * ** * * * *
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1 -TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATAC
* * ** * **
15861024 TACTTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCAAATT
63 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACC
* * * *
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* * * *
15861142 TTTTGTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
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65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAATT
* * * ** *
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130 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-C
* * * * * * *
15861319 TTTTGTTATCTTATAAAACAATTATTTCTATTCACACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
** * * * * *
15861384 TGCAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTT-GCTAAACT
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* * * *
15861446 AGTTCAAATAGTTAATG-CTATATGAACAATTCTTTATTTCAAAT-AGTTATG-AC
126 AATTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAAC
* * * * ** *
15861499 ATTTTGTTTTGTTATAAAACAATT-TTTTCAGTTCTTA-ATAACTTATTTGGAATAAAATAA-AA
1 -TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACA-AGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * * * * * **
15861561 TAAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTTTGTTTACCTAGG
63 T-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC
* * * * * *
15861626 TAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACAC
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* * * * * * *
15861682 -TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAACATTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* ** * *
15861746 CTTA-TAATATTTTGAAAATTAAGAAGA-A-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACCAATT
66 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACCAATT
* * * *
15861807 CAATTAGTTATAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACC
130 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-C
* * * * * *
15861857 ATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATCCAGAACAAAGTAAT-CTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * * * * * *
15861920 ATTTATTAATA-GTCTAAAAATTAATATGTAATAGATTTAAAAAATGAGTCTGTATACCTG-GCC
65 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG--AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACC
* * * * **
15861983 AGTGCAAATAGTTATTACTCTTTGAACTTTTATCTATTTCAAATCATTAT-AAC
126 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC
* * * * * * * *
15862036 ATTTTGTTTTATCACAAAACAATTATTTTTGTTTCGTACAAGCTTATT-TGAAATAATATAATTC
1 -TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATAC
* *
15862100 TATTTTATTAATA-TTCTAAAAATTAAT-A-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCA
63 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCA
* * * * * *
15862162 GTTC-AATTGATTAAGACTATTAGAACAATTATCCATTTCAAATCATT-TGATC
127 ATTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC
** ** * * *
15862214 TTTTGTTTACTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATGCAAGCTTATTCAGAATAAATTACTACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
15862279 TTTATTAAAATTTGAATAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAAT
66 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAAT
15862344 T
129 T
15862345 TCAACTCATT
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TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAATTC
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC
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15859699 CGTTATGGCT
* * * *
15859709 TTTTGTTTTGTC---AAACAATTGTTTTT-GTACATACAAGATTTTTCA-AATTAAAATAATATT
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* * * * * * *
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* * * ** * * * * * *
15859833 GTTCAAATAGTAATGATTATTTGAGTAATTCTCTATTTCAAATCATTGTGAC-CTTT-ATTAGTA
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* * * * * *
15859896 ATAAAGCAATTGTTTC-AGTTAATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATA
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* * * * * * *
15859959 TACTGAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAAATGAATATGTTTA-CTAAA-CAAGTTTAAAT
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* * * * * *
15860022 AGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTTAAAACATTATGACC
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* * * * * * **
15860067 ATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTCT-ATTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATACATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * * * *
15860130 ATTTTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTTATCAC
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* * *
15860194 -A-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTTG
123 TAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* * * *
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* * * * ** **
15860322 TTTTCT-AAAATTAATTAGTAAAAGATTTAAATAATAAATTTGTTTA-CCGAGTAAGTTCAAATA
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* * * * ** *
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313 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC
* * * * * **
15860429 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAAT-CATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATACATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * * *
15860493 ATTTATTATTA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGAATTAAAAATAAATATGTTTAGC-GAACAA
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* * * *** **
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125 GTTCAAATAGTTAT-TACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGT
* ** * * * *
15860619 CATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCATAATAAAATAAGACAAATTTATTACTAT
189 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
15860684 TTTGAAAATTAAT-A-AG-GATTT-AAAAATAAATGTGTTTTTCGAACCAATTCGAATAGTTAAG
254 TCTAAAAATTAATAAGAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATG
* * * * *
15860745 ACTATTAGAACAATTTTCTATTCCAAATCATTCTGATC
319 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC
* * * * * * *
15860783 TTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTG--TTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAATATAATAATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TACATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * *
15860846 AATTTACTAACATTT-AGAAAA-TAATAAGAAATTTTTAAAAA-AGTAATATATTTACTGAA-TA
65 AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGAGA--TTTAAAAATA--AATCTATTTACTGAACT-
* * ** * * *
15860907 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTTATTTTA
124 AGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTG
** * * * *
15860972 TCATAAAACAACTT-TTT-TAGTAAATAAAAGTTTA-TCCGAAATAAAATAATATTACTTTATTA
188 TCATAAAACAA-TTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** **
15861034 ATATT-TTAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCAAATTAATTCAAATA
250 ATATTCTAAAAATTAATAAG--AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAATTCAAATA
* * * *
15861098 ATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC
313 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC
* * *
15861142 TTTTGTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATACATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * *
15861206 ATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTTAATCTATTTATTGAACTAGTTCA
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* * ** ** * * * *
15861271 AATAGTTATTATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTACAACCTTTTGTTATCTTATAAA
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* * ** *
15861336 ACAATTATTTCTATTCACACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATGCAATAATATTCTAAA
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* * * *
15861401 AATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTT-GCTAAACTAGTTCAAATAGTTAATG-
260 AATTAATAA--GAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATC-AAACCAATTCAAATAGTT-ATGA
* * *
15861463 CTATATGAACAATTCTTTATTTCAAAT-AGTTATG-AC
320 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAAC
* * * * **
15861499 ATTTTGTTTTGTTATAAAACAA-T-TTTTTCAGTTCTTA-ATAACTTATTTGGAATAAAATAA-A
1 -TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TACATACA-AGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * *
15861560 ATAAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ACAATTTTGTTTACCT-
63 CT-AATTTATTAATATTTCAAAA---ATTAA-TAAGAGATTTAAAAATA-AA-TCTATTTA-CTG
** * * * * *
15861623 AGGTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACACTTTGTT
120 AACTAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTT
* * * * * * * *
15861688 TTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAACATTAACTTA-TA
185 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
15861752 ATATTTTGAAAATTAAGAAGA-A-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACCAATTCAATTAG
250 ATATTCTAAAAATTAATAAGAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACCAATTCAAATAG
* * *
15861814 TTATAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACC
314 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-C
* * * * * * *
15861857 ATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAC-AGTCTTATCCAGAACAAAGTAAT-CT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATACATACAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * * * * *
15861919 AATTTATTAATA-GTCTAAAAATTAATATGTAATAGATTTAAAAAATGAGTCTGTATACCTG-GC
65 AATTTATTAATATTTC-AAAAATT-A-A--TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTA-CTGAAC
* * * ** * *
15861982 CAGTGCAAATAGTTATTACTCTTTGAACTTTTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTA
123 TAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
* * * * * * * * * *
15862047 TCACAAAACAATTATTTTTGTTTCGTACAAGCTTATT-TGAAATAATATAATTCTATTTTATTAA
188 TCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
15862111 TATTCTAAAAATTAAT-A-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCAGTTC-AATTGAT
251 TATTCTAAAAATTAATAAGAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAATTCAAATAG-T
* * * *
15862173 TAAGACTATTAGAACAATTATCCATTTCAAATCATT-TGATC
315 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC
** * * * *
15862214 TTTTGTTTACTCATAAAACAATTG--TTTCAATTCATGCAAGCTTATTCAGAATAAATTACTACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-ATACATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * *
15862277 AATTTATTAAAATTTGAATAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAC
65 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTGAAC
15862340 AAATTTCAAC
Statistics
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Consensus pattern (356 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATACATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAA
ATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA
CAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
ATTAATAAGAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC
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Period size: 895 Copynumber: 2.9 Consensus size: 885
15859685 TCTACAAACA
* * * * * * * *
15859695 AAATCGTTATGGCTTTTTGTTTTGTC---AAACAATTGTTTTTGTACATACAAGATTTTTCA-AA
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* ** * * *
15859756 TTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAACAATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
66 -TAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTT--CAA--AATTAAT-AAGGATTT-AAAAATAAATGT
* * * * ** * * *
15859821 GTTTA-C-AAACAAGTTCAAAT-AGTAATGATTATTTGAGTAATTCTCTATTTCAAATCATTGTG
124 GTTTACCGAACCAA-TTCAAATAATTAA-GACTATTAGAACAATTTTCTATTCCAAATCATTATG
* * * * * ** **
15859883 A-CCTTT-ATTAGT-AATAAAGCAATTGTTTCAGTTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATT
187 ATCCTTTGTTTAGTCAA-AAAACAAATGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACA
* * * * **
15859945 CTAATTTATTAATATACT-GAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAAATGAATATGTTTACTA
251 CTAACTTACTAACAT-TTAGAAAA-T-A--AG-AAGA-AATTTTAAAAAAT-AATATGTTTACTA
* * * *
15860009 AACAAGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTTAAAA-CATTATGACCATTTGT
308 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTAAAATCATTATGACCATTTAT
* * * **
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372 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTA-TCCGAATAAAATAATATAA-TTTAT
* * * * *
15860137 TAAAATTCAAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTTCTTATCACATTCAA
434 TAATA-TCTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCAT-TTATCTAATCA-ATTCAA
* * *
15860200 ATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACAATTTGTTTTGTCATAAA
496 ATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACATTTTGTTTTGTCCTAAA
* *
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561 ACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATA-TTTCT-
* * * * * *
15860329 AAATTAATTAGTAAAAGATTTAAATAATAAATTTGTTTACCGAGTAAGTTCAAATATTTATGACT
623 AAA--AATTAATAAGAGATTTAAA-AATAAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
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685 ATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGATCTTTTG-TTTCTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * ** * *
15860459 ATCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTCTAAAAATTAATAAGTTA
749 TTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * ***
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814 GAGATTTAAAAAATAAATTATGTTTAGCAAACAAGTTCAAATAGTAATGTCATATAAACAATTAT
15860587 CTATTTC
879 CTATTTC
* * *
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1 AAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAA
* * * **
15860659 TAAAATAAGACAAATTTATTACTATTTTGAAAATTAATAAGGATTTAAAAATAAATGTGTTTTTC
66 TAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTTCAAAATTAATAAGGATTTAAAAATAAATGTGTTTACC
* * * *
15860724 GAACCAATTCGAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTTTCTATTCCAAATCATTCTGATCTTTTGT
131 GAACCAATTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTTTCTATTCCAAATCATTATGATCCTTTGT
* * * * * *
15860789 TTAGTCAAAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAATATAATAATACTAATTTACT
196 TTAGTCAAAAAACAAATGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAACTTACT
* * * *
15860854 AACATTTAGAAAATAATAAGAAATTTTTAAAAAAGTAATATATTTACTGAATAAGTTCAAATAGT
261 AACATTTAGAAAATAAGAAGAAA-TTTTAAAAAA-TAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGT
* ** * *
15860919 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTTATTTTATCATAAAACAAC
324 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC-ATTTATTTTGTCATAAAACAA-
** * * * *
15860984 TT-TTT-TAGTAAATAAAAGT-TTATCCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAT
387 TTGTTTCTA-TTCAT-ACAGTCTTATCCG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATCTAAAAAT
* * * *
15861046 TAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCAAATTAATTCAAATAATTATGGCCATTT
448 TAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATC-ATTTATCTAATCAATTCAAATAATTATGACCATTT
* *
15861111 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTTTCAAC
512 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACATTTTGTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTTT-ATC
*
15861175 ATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAGATT
576 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCTAAAAATTAATAAGAGATT
* * * * *
15861239 TAAAAAGTTAATCTATTTATTGAACT-AGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTATATATT
641 TAAAAA-TAAATCTGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATT
** * * * *
15861303 TCAAATTGTTACAACCTTTTGTTATCTTATAAAACAATTATTTCTATTCACACAAGTTTATTCAG
704 TCAAATTGTTATGATCTTTTGTT-TCTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAG
** * *
15861368 AATAAAATAATACTAATGCAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
768 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * *
15861433 A-GTTT-GCTAAACTAGTTCAAATAGTTAATG-CTATATGAACAATTCTTTATTTC
833 ATGTTTAGC-AAACAAGTTCAAATAG-TAATGTC-ATATAAACAATTATCTATTTC
* * * * **
15861486 AAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTC-AGTTCTTA-ATAACTTATTTGG
1 AAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA-AAATTATTCAG
*
15861549 AATAAAATAAAATAAATTTATTAATA-TTTCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ACAAT
64 AATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTTCAAAA--T--TAA-TAAG-GATTTAAAAATA-AA-
* * *** * * **
15861612 TTTGTTTACCTAGGTAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATT-TATTTTAAATCATT
121 TGTGTTTACCGAACCAATTCAAATAATTA-AGACTATTAGAACAATT-TTCTATTCCAAATCATT
* * ** * * * *
15861675 ATGA-CACTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAATA
184 ATGATC-CTTTGTTTAGTCAAAAAACAAATGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * *
15861739 ACATTAACTTA-TAATATTTTGAAAATTAAGAAGAAA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAAC
248 ACACTAACTTACTAACATTTAGAAAA-TAAGAAGAAATTTTAAAAAAT-AATATGTTTACTAAA-
* * * * *
15861802 CAA-TTCAATTAGTTATAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTTATTTT
310 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTATTTT
* * *
15861866 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAGTCTTATCCAGAACAAAGTAATCTAATTTATTAATA
375 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAGTCTTATCC-GAATAAAATAATATAATTTATTAATA
* * * * *** * * *
15861931 GTCTAAAAATTAATATG-TAATAGATTTAAAAAATGAGTC-TGTATACCTGGCCAGTGCAAATAG
439 -TCTAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATCAT-T-TATCTAATCAATTCAAATAA
* ** *
15861994 TTATTACTC-TTTGAACTTTTATCTATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTATCAC-AAAAC
500 TTATGAC-CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACATTTTGTTTTGTC-CTAAAAC
* * * ** * * * *
15862056 AATTATTTTTGTTTCGTACAAGCTTATTTGAAATAATATAATTCTATTTTATTAATA-TTCTAAA
563 AATT-GTTTT-TATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCTAAA
* * * *
15862120 AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATCAGTTC-AATTGATTAAGACTATTA
626 AATTAATAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTT
** ** *
15862184 GAACAATTATCCATTTCAAATCATT-TGATCTTTTGTTTACTCATAAAACAATTGTTTCAATTCA
689 GAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTT-CTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * * * * *
15862248 TGCAAGCTTATTCAGAATAAATTACTACTAATTTATTAAAATT-TGAATAATTAATAAGAAAGAG
753 TACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAG
15862312 ATTTAAAAAATAAAT
817 ATTTAAAAAATAAAT
15862327 CTATTTATTG
Statistics
Matches: 1406, Mismatches: 258, Indels: 142
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
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903 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (885 bp):
AAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAA
TAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTTCAAAATTAATAAGGATTTAAAAATAAATGTGTTTACC
GAACCAATTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTTTCTATTCCAAATCATTATGATCCTTTGT
TTAGTCAAAAAACAAATGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAACTTACT
AACATTTAGAAAATAAGAAGAAATTTTAAAAAATAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTA
TGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
TTCTATTCATACAGTCTTATCCGAATAAAATAATATAATTTATTAATATCTAAAAATTAATAAGT
TAAAGATTTAAAAAATAAATCATTTATCTAATCAATTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTA
TCTATTTCAAATCATTATGAACATTTTGTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTTTATCATACAAGCTT
ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAA
TCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTAT
GATCTTTTGTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTATGTTTAGCAAAC
AAGTTCAAATAGTAATGTCATATAAACAATTATCTATTTC
Found at i:15862467 original size:147 final size:146
Alignment explanation
Indices: 15862196--15862472 Score: 362
Period size: 147 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
15862186 ACAATTATCC
* *
15862196 ATTTCAAATCATTTGATCTTTTGTTTACTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATGCAAGCTTATTC
1 ATTTCAAATCATTTGACCTTTTGTTTACTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTC
* * * * * * * *
15862261 AGAATAAATTACTACTAATTTATTAAAATTTGAATAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAA
66 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAAATAATAAGAAAGAAATTAAAAAAATAAA
15862326 TCTATTTATTGAACAA
131 TCTATTTATTGAACAA
* * * *
15862342 ATTTCAACTCATTCTGACCTTTTGTTTAGC-CATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTAT
1 ATTTCAAATCATT-TGACCTTTTGTTTA-CTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAT
* * *
15862406 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATAATATGCAAGAAATTAAAAAAA-A
64 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAAATAATAAGAAAGAAATTAAAAAAATA
15862469 AATC
129 AATC
15862473 AATATACCGA
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 17, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.44, C:0.12, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (146 bp):
ATTTCAAATCATTTGACCTTTTGTTTACTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTC
AAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAAATAATAAGAAAGAAATTAAAAAAATAAA
TCTATTTATTGAACAA
Found at i:15862737 original size:181 final size:178
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Indices: 15862360--15863012 Score: 593
Period size: 181 Copynumber: 3.6 Consensus size: 178
15862350 TCATTCTGAC
* * * * *
15862360 CTTTTGTTTAGCCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
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* * * * * * * * *
15862425 ATTTATTAACATTCAAAAAA-TAATATGCA-AGAAATTAAAAAAAAAATCAATATACCGAACAAG
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** * *
15862488 TTCAAATAGTTATGACTATTCAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG-A
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTA-GAA
* * * * *
15862538 CTTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTA-TCAAAAATAAAATAATAT
1 C-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATAC
* * * **
15862602 TACTTTATTAATATTAAAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATTGAATT
64 TAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAG-TAGAGATTTAAAAAATAAATTA-TTTACTGAACA
* * * *
15862667 AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGA-TGTCTATTTCAAATTATTAGGAA
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATTATTA-GAA
* *
15862720 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTC-A-TCATACAAGCATATTCAAAAT-AAATAATAC
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA--TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
** * * *
15862782 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGAAGATCTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACC
64 TAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGTAG-AGATTTAAAAAATAAA-TTATTTACTGAACA
* * * * *
15862847 AGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAA
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAGAA
* * * * * *
15862899 CCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTCTATCCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
1 -CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * **** * *
15862964 AATGTAATAATATGCTGAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAA
65 AATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAA
15863013 CTTGTGTTAG
Statistics
Matches: 384, Mismatches: 72, Indels: 35
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Matches are distributed among these distances:
178 7 0.02
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ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (178 bp):
CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATTATTTACTGAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAGAA
Found at i:15862872 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15862392--15863012 Score: 550
Period size: 180 Copynumber: 3.5 Consensus size: 180
15862382 TTGTTTCAGT
* * * * * *
15862392 TCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATAATATGCAAG
1 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCTAG
* ** * * **
15862456 AA-ATTAAAAAAAAAATCAATATACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAACAATTATC
66 AAGATTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
15862520 TATTTAAAATCATTATG-ACTTTTTATTTTATCATAAAAAAATTA--TTTCAA
131 TATTTCAAATTATTA-GAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTC-A
* * * ** * *
15862570 TTCATAAAAGCTTA-TCAAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTAAAAAAATTGATAAGTT
1 -TCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCT
* ** * * *
15862634 AG-AGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTATTGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGA
64 AGAAGA-TTAAAAAATAAATTTA-TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-A
* *
15862697 -TGTCTATTTCAAATTATTAGGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA
126 TTATCTATTTCAAATTATTA-GAACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTCA
*
15862752 TCATACAAGCATATTCAAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TAG
1 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCTAG
* * * *
15862815 AAGATCTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACCAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTAT
66 AAGAT-TAAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
15862880 ATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTCT-A
130 CTATTTCAAATTATTAGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTCA
* * * * * ** *
15862931 TCCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATGCTGAAAATTAATAA-CTA
1 T-CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCT-
*
15862995 AGATA-TTTAAAAAATAAA
64 AGA-AGATTAAAAAATAAA
15863013 CTTGTGTTAG
Statistics
Matches: 357, Mismatches: 65, Indels: 38
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Matches are distributed among these distances:
178 2 0.01
179 46 0.13
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183 5 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.09, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (180 bp):
TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCTAG
AAGATTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATTATTAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTCA
Found at i:15865250 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15864670--15865457 Score: 790
Period size: 179 Copynumber: 4.3 Consensus size: 181
15864660 CAACTACTTT
* * * * * * * *
15864670 AAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
15864735 AACAAAAT-TTTC-AGTTCTTACTAAGTTATTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTT
66 AAC-AAATGTTTCTAGTTCATAC-AAGTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT
* * * * *
15864797 CAAAAATTGATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAATTCTATTTGCCAAACCAA-TTC
128 CAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTC
* * *
15864850 AAATAATTATCACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCACA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
15864914 AAACAAGTTTTTTTGTTCATAGTTCATATAGGCTTATTTGAAATGAAATAATACTAATTTATTAA
65 AAACAA----ATGT-TTC-TAGTTCATACAAG-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * **
15864979 TATTTTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTATTTATTGAACAAGTTC
123 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
* * *
15865038 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAA-ATGTTATAACATTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* *
15865102 AAACAAATGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTC
65 AAACAAATGTTTCTAGTTCATACAAG-TTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT
* * * ** *
15865165 CAAAAATCAATAAGTAA-AAATTAAAAAAATAAATCTGTTT-TTGAACAGGTTC
128 CAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
** *
15865217 AAATAGTTATGACTATTTGATTAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
15865282 ACCAATTGTTTAT-GTTCATACAAGTGTATTCGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCA
66 AACAAATGTTTCTAGTTCATACAAGT-TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * *
15865346 AAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAGTATGTTTACCGAGCAAGTTC
130 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
* * * **
15865398 AAATATTTATGACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATAGTTATGATGTTTTGTTTTGT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGT
15865458 TTATTCATAA
Statistics
Matches: 506, Mismatches: 80, Indels: 43
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 138 0.27
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181 113 0.22
182 2 0.00
183 4 0.01
184 3 0.01
185 3 0.01
186 3 0.01
187 61 0.12
188 82 0.16
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAAATGTTTCTAGTTCATACAAGTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC
Found at i:15865434 original size:360 final size:364
Alignment explanation
Indices: 15864670--15865457 Score: 875
Period size: 368 Copynumber: 2.2 Consensus size: 364
15864660 CAACTACTTT
* * * * * * * * *
15864670 AAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAAATGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
* *** *
15864735 AACAAAATTTTCAGTTCTTACTAAGTTATTTGGAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAA
66 AACAAAATTTTCAGTTCATACTAAGTTATTCCAAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTCCAA
** * * *
15864800 AAATTGATAAGTAAGAGATTTAAAAATAATTCTATTTGCCAAACCAATTCAAATAATTATCACTA
131 AAATCAATAAGTAAGAAATTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACCAATTCAAATAATTATCACTA
*
15864865 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAAGTTTTTTTGT
196 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAAGTTTTTATGT
* * **
15864930 TCATAGTTCATATAGGCTTATTTGAAATGAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT
261 TCATA--TCATATA-GC-TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * **
15864995 GAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTATTTATTGAACAAGTTC
322 AAGTAAAAAATTTAAAAAATTAATATATTTACCGAACAAGTTC
* *
15865038 AAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTTTCTATTTCAAAATGTTATAACATTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATT-TATTTCAAAATGTTATGACATTTTGTTTTGTCATA
*
15865102 AAAC-AAATGTTTCTA-TTCATAC-AAGCTTATTCCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT
65 AAACAAAAT-TTTC-AGTTCATACTAAG-TTATTCCAAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATT
* *** * *
15865164 CCAAAAATCAATAAGTAA-AAATTAAAAAAATAAATCTGTTT-TTGAA-CAGGTTCAAATAGTTA
127 CCAAAAATCAATAAGTAAGAAATT-AAAAAATAAATCTATTTGCCAAACCA-ATTCAAATAATTA
* ** ** * *
15865226 TGACTATTTGATTAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAA-TTG
190 TCACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAAGTT-
*
15865290 TTTATGTTCATA-CA-AGT-G-TATTCGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAAAT
254 TTTATGTTCATATCATA-TAGCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * *
15865351 TAATAAGTAAAAAATTTTAAAAA-TAAGTATGTTTACCGAGCAAGTTC
318 TAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATTAA-TATATTTACCGAACAAGTTC
* **
15865398 AAATATTTATGACTATTTGAACAAATATTTATTTC-AAATAGTTATGATGTTTTGTTTTGT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAAAT-GTTATGACATTTTGTTTTGT
15865458 TTATTCATAA
Statistics
Matches: 355, Mismatches: 54, Indels: 30
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
359 7 0.02
360 116 0.33
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362 1 0.00
363 1 0.00
364 3 0.01
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369 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (364 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAAATGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
AACAAAATTTTCAGTTCATACTAAGTTATTCCAAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTCCAA
AAATCAATAAGTAAGAAATTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACCAATTCAAATAATTATCACTA
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAAGTTTTTATGT
TCATATCATATAGCTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
AAAAAATTTAAAAAATTAATATATTTACCGAACAAGTTC
Found at i:15865478 original size:151 final size:151
Alignment explanation
Indices: 15865315--15865594 Score: 357
Period size: 151 Copynumber: 1.9 Consensus size: 151
15865305 GTGTATTCGA
* * *
15865315 AATAAAATAATACT-AGTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAG
1 AATAAAATAATACTAAG-TTATTAACATTAT-AAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
15865378 TATGTTTACCGAGCAAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATAGTTAT
64 TATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATGACCATTTGAACAAATATCTATTTCAAATAATTAT
15865443 GATGTTTTGTTTTGTTTATTCAT
129 GATGTTTTGTTTTGTTTATTCAT
* * * ** * *
15865466 AATAAAATAATACTAAGTTATTAGCATTATGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAAGTTATTAACATTATAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATA
* *
15865531 TGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATG
66 TGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATGACCATTTGAACAAATATCTATTTCAAATAATTATG
15865595 TCCTTTTGTT
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 19, Indels: 4
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
151 105 0.97
152 3 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (151 bp):
AATAAAATAATACTAAGTTATTAACATTATAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATA
TGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATGACCATTTGAACAAATATCTATTTCAAATAATTATGA
TGTTTTGTTTTGTTTATTCAT
Found at i:15866000 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15865466--15867015 Score: 977
Period size: 181 Copynumber: 8.7 Consensus size: 181
15865456 GTTTATTCAT
* ** *** * * * *
15865466 AATAAAATAATACTAAGTTATTAGCATTATGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATG
* * * * * * * * *
15865531 TGTTTACCGAA-CAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATG
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* ** * * **
15865595 TCCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTCCT-GTTCATGCAAAA--TTATTCAG
130 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATT-TTAGTTCAT--AAAAGCTTATTTGG
* * * * *** * *
15865647 AATAAAATAATATTGATCTATTACTATTTTGAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAACTAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATG
** * * * * * * *
15865708 TGTTTACCAAAATAA-TTTAAATA-ATATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATG
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** * * *
15865771 GTCTTTAT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCT-TTTCATACAAGCTTATTTGG
130 ACCTTT-TGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTTGG
* * * * * *
15865822 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATCAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATG
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATG
* * * **
15865887 TGTTTGCCAAACCAAG-TCAAAAAGCTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTG
66 TGTTTACCAAACCAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTT-AAATCATTTTG
* * * **
15865951 ACCTTTTGTTTAGGCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAACCTTATTTAC
130 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATTTGG
* * *
15866003 AAT-AAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTTTAAAAAAT-AA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGA--TTTAAAAAATAAA
* * * * *
15866066 TTTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGATT-TGAGTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTC-TT
64 TGTGTTTACCAAACCAAGTTCAAATAG-TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAA-TCATT
* * * * * * *
15866128 TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATAAAAAG-TTATCTGA
127 T-TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCAT-AAAAGCTTATTTGG
* * * * **
15866184 AATAAAATAATTCTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAAC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATG
* * * * *
15866249 TGATTT-CCAAACC-AGTTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAAATATCAATCTTAAATCATTAT
66 TG-TTTACCAAACCAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT-TTAAATCATTTT
** * * * *
15866312 GACC-TTTGTTTTCTTATAAAACAATTATTTCT-GATCATACAAGCTTATTCGG
129 GACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTTGG
* * * * **
15866364 -ATAAAAATAATATTGATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTTGAAAATAAAT
1 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** * **
15866424 GTGTTTACTGAACC-AGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGATTAATTATCTATTTCAAATCATTTT
65 GTGTTTACCAAACCAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTT-AAATCATTTT
* * * * * * *
15866488 GAACTTTTG-TTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGGTTATTTGG
129 GACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATTTGG
** * *
15866540 AATAAAATAATACTAATTTATTAACGTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAATAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * * ** *
15866605 TTGTTTACC-GAGCAAGATCAAATAGTTATGACTACTT-GAACAATTATCTATTTAAAATCGGTA
65 GTGTTTACCAAACCAAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTT-AAATCATTT
* ****
15866668 TGACCTTTTGTTCTA-TTATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAA
128 TGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATTTGG
* * * * * * * * * *
15866722 AATAAAATAATACTACTTTAGTAATTTTTCGAAAGTTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATG
** ** * * * * * ** * *
15866787 AATTTACTGAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAACTATCTATTTCAAATCATTATT
66 TGTTTACCAAACCAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTT-AAATCATT-TT
* * **** * * ***
15866851 -ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACACACAAGCTTATTCAA
129 GACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATTTGG
** * * * *
15866903 AATAAAATAATACTAATTTACAAATATTTCAAGAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAGTAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATG
** * * * * *
15866964 TGTTTACTGAA-CTAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTT
66 TGTTTACCAAACCAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTT
15867016 CAATTTGTTA
Statistics
Matches: 1077, Mismatches: 240, Indels: 108
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.00
175 64 0.06
176 165 0.15
177 100 0.09
178 4 0.00
179 42 0.04
180 178 0.17
181 376 0.35
182 143 0.13
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (181 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATG
TGTTTACCAAACCAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAATCATTTTGA
CCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATTTGG
Found at i:15866585 original size:356 final size:354
Alignment explanation
Indices: 15865466--15868118 Score: 1423
Period size: 362 Copynumber: 7.3 Consensus size: 354
15865456 GTTTATTCAT
* * * * * *
15865466 AATAAAATAATACTAAGTTATTAGCATT-ATGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCA-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
15865530 CTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATG
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* * * * **
15865595 TCCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTCCT-GTTCATGCAAAATTATTCAGAATAAAATAATA
130 ACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATT-TTAGTTCATACAAGCTTATTC-GAA-AAAATAATA
* * ** *
15865659 TTGATCTATTACTATTTTGAAAATTAATAAGAGA-TTTAAAAACTAAATCTGTTTACC-AAAATA
192 TTGATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAA-TAAATCTGTTTACCGAACA-A
* * * * * *
15865722 ATTTAAATA-ATATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGGTCTTTAT-TTTGTC
255 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-TTGACTTT-TGTTTGTC
** * *
15865785 ATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGG
318 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGGTTATTTGG
* * * * * * * * *
15865822 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATCAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATG
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * ** *
15865887 TGTTTGCCAAACCAAG-TCAAAAAGCTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTG
66 TGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
*** * * * *
15865951 ACCTTTTGTTTAGGCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAACCTTATTTAC-AATAAATAATAC
130 ACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTA-TT-CGAAAAAATAATAT
* * *
15866015 TAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTTTAAAAA-ATAATTTGTTTACCGA
193 TGATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT----AAGAGA-TTTTAAAAATA-AATCTGTTTACCGA
* *
15866078 ACAAGTTCAAATAGATT-TGAGTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTC-TTTATGACTTTTTG
251 ACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTT-TGAC-TTTTG
* * * * *
15866140 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATAAAAAGTTATCTGA
312 -TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGGTTATTTGG
* * * * *
15866184 AATAAAATAATTCTACTTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
15866248 CTGATTT-CCAAACCAGTTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAAATATCAATCTT-AAATCATTA
65 CTG-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTA
* *
15866311 TGACC-TTTGTTTTCTTATAAAACAATTATTTCT-GATCATACAAGCTTATTCGGATAAAAATAA
128 TGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTC-GA-AAAAATAA
* * * * *
15866374 TATTGATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTTGAAAATAAATGTGTTTACTGAACCA
190 TATTGATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAA
* * * * *
15866439 GTTCAAATAGTTAAGATTATTAGATTAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAACTTTTGTTAGTCA
255 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTG-ACTTTTGTTTGTCA
* *
15866504 TATAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGGTTATTTGG
319 TAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGGTTATTTGG
* *
15866540 AATAAAATAATACTAATTTATTAACGTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAATAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * * * **
15866605 TTGTTTACCGAGCAAGATCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGGTATG
65 CTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
15866670 ACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAC
130 ACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-GAA-AAAATAATAT
* * * * * ** *
15866735 T-ACTTTAGTAATTTTTCGAAAGTTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACTGAAT
193 TGA-TTTATTAATATTTC-AAA---AATTAATAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-
* * * * *
15866799 CAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAACTATCTATTTCAAATCATTATT-ACCTTTTGTTT
252 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-TTGA-CTTTTG-TT
* * * ***
15866862 TGTCATAAAACAATTGTTTTTCAA--CACACAAGCTTATTCAA
314 TGTCATAAAACAATTG--TTTCAATTCATAAAAGGTTATTTGG
** * * *
15866903 AATAAAATAATACTAATTTACAAATATTTC-AAGAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAGTAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** * * *
15866963 CTGTTTACTGAACTAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAATTTGTTATA
65 CTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA------AT-
** * * *
15867028 ACAATTATCTAGTTGAAATAGTTATGACTATTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGC
123 -C----AT-TA--TGACCT--TT-TG--T-TTTCTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGC
* * * * * *
15867093 TTTTTTGGAATAAAATAATACTAATTTATGAATA-TTCTAAAAATTAGTAACTAAGAGATTTAAA
174 -TTATTCGAA-AAAATAATATTGATTTATTAATATTTC-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTTAA
* * * * * * *
15867157 AAATAAAT-TCATTTGCCGAACCAGTTCAAACAGTTAAT-ACTATATAAACT-ATTATTTATTTC
232 AAATAAATCT-GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTC
** * * * * * * * * *
15867219 AAATTGTTATGACCTTTTTTTTTGTTACAAAACAATTATTTCAACTT-ATACAAGCTTATTCGA
294 AAATCATTTTGA-C-TTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAA-TTCATAAAAGGTTATTTGG
* * * * * * * * * *
15867282 AATAGAACAAAACTAATTGATTAATATTTC-AAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAGAATAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
15867346 CTATTTACCGAACTAGTTCAAATAAG-TATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTAT
65 CTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-
* * * *
15867410 TG-CTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGCTATAAAACAATTGTTTTTTGTTAATATA
128 TGAC-CTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTA---TT--T-T------A---------GTTCATACA
* * * * * * * *
15867474 AGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-ACCAAATTAATCAGTAAGAGATTT
171 AGCTTATTCG-AA-AAAATAATATTGATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG--AGA-TTTT
* * * * * * *
15867538 AAAAAGTAAATTTATTTACCAAACCATTTCAAATAATTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
230 AAAAA-TAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * * ** * ** **
15867603 AAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAATAGTTAG-TTCTTTTCATAATATTTTATTCAG
294 AAATCATTTTGA-CTTTT-GTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAATTCATAAAAGGTTATTTGG
* * * * * * * *
15867666 AATAAAATAATATTAATTTAATAATATTCTAAAATTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC
** * * * ** **
15867731 TAATTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTACATGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGA
66 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * * *
15867796 CCTTTTCTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGTTTATTCTTATTAAAATAATACT
131 CCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-GA-AAAAATAATATT
* * * * *
15867860 AATTTAATAATATTTTAAAAAATAATAAGTA-ATAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATC
194 GATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGAT---TTT-AAAAATAAATCTGTTTACCGAA-C
* * * *** * * * * *
15867924 AA-TTTAAATGGTTAAGAC-CCCTAAACCAATTATCTATTTGAAATCATTTTAACCTTTTTTTTA
253 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTTTGA-CTTTTGTTT-
* * * * * **
15867987 GTCATAAAACAATCGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCAG
315 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGGTTATTTGG
* * * * *
15868027 AATAAATTAATACTAATTTATTAAGATTCAAAAGATTAACT-AGAAAGAGGTTTAAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAA-TAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * * * *
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15868119 TTTACAATTA
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Consensus pattern (354 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC
TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
CCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAAAAATAATATTGA
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAA
ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACTTTTGTTTGTCATAAAACA
ATTGTTTCAATTCATAAAAGGTTATTTGG
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15865456 GTTTATTCAT
* * * * * *
15865466 AATAAAATAATACTAAGTTATTAGCATT-ATGAAAATTAATAGGTAGGAGA-TTTAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCA-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAA
* * * * * *
15865529 TCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTAT
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* * * * *
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* * *
15865657 TAT-TGA-TCTATTACTATTTTGAAAATTAAT--AAGAGATTTAAAAACTAAATCTG-TTTACCA
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* * * * * ** *
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** * *
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* * * * ** *
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* * ** *
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443 TTAAGACTATTAGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAACTTTTGTTTAGGCATAAAACAAT
* * *
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*
15866003 AAT-AAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTTTAAAAAAT-AA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGA-TTTTAAAAAATAAA
* *
15866066 TTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGATTTGAGTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTCTTTAT
65 TTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG-TTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA-TCATTAT
* * * *
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128 GACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT-AAAAGTTATCTAAAATAAAATAATT
* *
15866196 CTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAACTGATTT-CCAAA
192 CTACTTTATTAATATTTCGAAAATTAAT-AG-AAGAGATTTAAAAACTAAATCTGATTTACCAAA
* * * * * *
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255 ACAATTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAAATATCTATCTTAAATCATTATGACCTTTGTTTTG
* * * * *
15866325 TTATAAAACAATTATTTCTGATCATACAAGCTTATTCGGATAAAAATAATATTGATTTAATAATA
319 TCATAAAACAATTGTTTCTCATCATACAAGCTTATTCGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATA
* *
15866390 TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTTGAAAATAAATGTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGA
384 TTTCAAAAATTAATAAAAGATTTTAAAAATAAATGTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGA
* ** * * * *
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** **
15866519 AATTCATAAAAGGTTATTTGG
514 AATTCATAAAACCTTATTTAC
* * *
15866540 AATAAAATAATACTAATTTATTAACGTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAATAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAAT
* * * **
15866605 TTGTTTACCGAGCAAGATCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGGTATG
66 TTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATG
* * * * * *
15866670 ACCTTTTGTTCTATTATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAC
129 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAG-TTATCTAAAATAAAATAATTC
* * * * * * ** *
15866735 TACTTTAGTAATTTTTCGAAAGTTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-AATTTACTGAAT
193 TACTTTATTAATATTTCGAAAATTAA-TAG-AAGAGATTTAAAAACTAAATCTGATTTACCAAAA
* * * * *
15866799 CAATTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAACTATCTAT-TTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTT
256 CAATTCAAAT-ATTATGACTATTTGAATAAATATCTATCTT-AAATCATTATGACC-TTTGTTTT
* * * * *
15866863 GTCATAAAACAATTGTTTTTCAACACACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTACA-A
318 GTCATAAAACAATTGTTTCTCATCATACAAGCTTATTCGGATA-AAAATAATACTAATTTA-ATA
* * * *
15866926 ATATTTCAAGAATTAATAAAAGA-TTTAAAAAGTAAATCTGTTTACTGAACTAGTTGAAATAGTT
381 ATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTTAAAAA-TAAATGTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTT
* *
15866990 ATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAA
445 AAGACTATTAGAAAAATTATCTATTTCAA
15867019 TTTGTTATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (534 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAAT
TTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCATTATGAC
CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGTTATCTAAAATAAAATAATTCTAC
TTTATTAATATTTCGAAAATTAATAGAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGATTTACCAAAACAATT
CAAATATTATGACTATTTGAATAAATATCTATCTTAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCTCATCATACAAGCTTATTCGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAA
AATTAATAAAAGATTTTAAAAATAAATGTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAG
AAAAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAACTTTTGTTTAGGCATAAAACAATTATTTCAATTCAT
AAAACCTTATTTAC
Found at i:15867693 original size:384 final size:377
Alignment explanation
Indices: 15866685--15868117 Score: 933
Period size: 384 Copynumber: 3.8 Consensus size: 377
15866675 TTGTTCTATT
* * * * * *** * *
15866685 ATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTAGTAAT-TT
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* * * * * * *
15866749 TTCGAAAGTTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACTGAATCAATTCAAATAATTA
66 TAC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCGAACCAATTCAAATAATTA
* * * * * * *
15866814 TGGCCATTTCAATAACTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-G
130 TGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTAG
* * * *
15866878 TT-TTTCAACACACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACA-AATATTTCAAGAA--T
195 TTCTTT--TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA-ATAATATTTCAAAAATTT
* * * * *
15866939 -TAATAAAAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACTGAACTAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAA
257 ATAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAA
* * ** ** * * ** ** ** * *
15867003 AAATTATCTATTTCAATTTGTTATAACAATTATCTAGTTGAAATAGTTATGACTATTTATC
320 TAATTATCTATTTCAAATCATTATTGC-ATTTTCT-TTTGTCATA-AAACAATTATTTTTC
* * *
15867064 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATACTAATTTATGAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTTTGTTAATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
15867129 CTA-AAAATTAGTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTGCCGAACCAGTTCAAACAGTTA
66 -TACAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCGAACCAATTCAAATAATT-
* * ** * * *
15867193 AT-ACTATATAAACT-ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTTTGTTA-CAAAACAAT
129 ATGACTATTTAAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATC-AAACAAT
* ** * * * * *
15867255 TATTTCAACTT-ATACAAGCTTATTC-GAAATAGAACAAAACTAATTGATTAATATTTCAAAAAT
192 TAGTTC-TTTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAT
* *
15867318 TTATAAGTAAGAGATTTAGAGAATAATTCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAAGTATAACTATTT
255 TTATAA-TAAGAGATTTA-AAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAAT-AGTATAACTATTT
* * *
15867383 GAATAATTATCTATTTAAAATCATTATTGCTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGC
317 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTGC-ATTTTCTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-C
*
15867446 TATAAAACAATTGTTTTTTGTTAATATAAG-TTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
1 -ATAAAACAATTG-TTTTTGTTAATACAAGCTTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
15867510 ATTTACCAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTATTTACCAAACCATTTCAAATAAT
63 ATTTACAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCGAACCAATTCAAATAAT
* * * *
15867575 TTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAATAGTT
128 TATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATT
** * *
15867640 AGTTCTTTTCATA-ATATTTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTAATAATA-TTCTAAAATTT
193 AGTTCTTTTCATACA-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTT
* * * * * * * **
15867703 AATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAACCAGTTCAAATAGT-TAAGACTACAT
257 -ATAA-TAAG-AGATTTAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTAT-A-ACTATTT
* * *
15867767 GAATGATTATCTATTTCAAATCATTA-TG-A----C-CTT-T--T----C---T-TTTGTC
317 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTGCATTTTCTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTC
* * * * *
15867810 GTAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAG-TTTATTCT-TATTAAAATAATACTAATTTAATAATA
1 ATAAAACAATTGTTTTTGTTAATACAAGCTTT-TT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** * * **
15867872 TTTTA-AAAAATAATAAGTAATAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAATTTAAATGGT
64 -TTTACAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCGAACCAATTCAAATAAT
* *** * * * *
15867936 TAAGAC-CCCTAAACCAATTATCTATTTGAAATCATTTTAACCTTTT-TTTTAGTCATAAAACAA
128 TATGACTATTTAAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTT-GTCATCAAACAA
* * * * *
15867999 -TCGTT-TTAGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAAGA-TTCAAAAG
191 TTAGTTCTT--TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAA-
* * * *
15868061 ATTAACTAGA-AAGAGGTTTAAAAAAATAAATTTATTTGCCGAA-TAAGTTCAAATAGT
253 ATTTA-TA-ATAAGAGATTT--AAAAATAAATCTATTTACCGAACT-AGTTCAAATAGT
15868118 TTTTACAATT
Statistics
Matches: 831, Mismatches: 179, Indels: 105
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
359 2 0.00
360 14 0.02
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (377 bp):
ATAAAACAATTGTTTTTGTTAATACAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TACAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCGAACCAATTCAAATAATTAT
GACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTAGT
TCTTTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTTATAA
TAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTATAACTATTTGAATAATTA
TCTATTTCAAATCATTATTGCATTTTCTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTC
Found at i:15867940 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 15867439--15868097 Score: 596
Period size: 181 Copynumber: 3.6 Consensus size: 178
15867429 AAAACAATTA
* * * *
15867439 TTTTTG-CTATAAAACAATTGTTTTTTGTTAATATAAGTTTGTT-TGAAATAAAATAATACTAAT
1 TTTTTGTC-ATAAAACAATTG--TTTTGTTCATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
15867502 TTATTAATA-TTTACCAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTATTTACCAAACCATT
62 TTAATAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAATT
* ** **
15867566 TCAAATAATTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT
126 T-AAATAGTTAAGACTACATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT
* * * * *
15867620 TATTTTGTCATCAAATAGTTAGTTCTT-TTCATA-ATATTTTATTCAGAATAAAATAATATTAAT
1 T-TTTTGTCATAAAACAATT-GTT-TTGTTCATACA-AGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * ** * * * * *
15867683 TTAATAATATTCTAAAATTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCAAACCAGTT
62 TTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAA-CAATT
* * *
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* ** *
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* * * *
15867866 ATAATATTTTAAAAAATAATAAGTAATAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAATTTAA
65 ATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACC-AAACAATTTAA
* * * * * * *
15867931 ATGGTTAAGAC-CCCTAAACCAATTATCTATTTGAAATCATTTTAACCTTT
129 ATAGTTAAGACTACATGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT
* *
15867981 TTTTTAGTCATAAAACAATCGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTT
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* * * * **
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TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAATTTAAAT
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* * * * **
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** * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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* ***** * * * *
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* * * *
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* * * *
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65 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** ** * * *
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** ** * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * *
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* * *
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* *** *** *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * *** * * * *
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130 TCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
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* * * * * * **
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* * * *
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* * ** * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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1 C-TTATTAA-TTTTTAA-AATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATG
** * * * ** *
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* * * * * *
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124 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** * * * *
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* * ** * * * * *
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66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAG
* * *
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* * *
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* * ** * * * * *
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63 CTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
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** * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * ** *
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* * * * ** * *
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* * * *
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** * * ** * * *
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* * * * *
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* * *** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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64 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * *
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66 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** *
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* * * ** * * ****
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* ** * * *
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* * * * * **
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* * *** *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * ** *
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* ** * * * *
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* * * * * *** *
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* ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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** * * *
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* * * *
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* * * * *
15869422 GAAACAATTGATTTATGACAAAACAAATGGTGATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG
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** ** * * * **
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* * *
15869552 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTAAAACAATTATTT
191 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTT
* * * *
15869617 TATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG
256 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
*
15869682 AACTTGTTCAATAAACATATATTTTTTAAAAATATTTTTT
321 AACTTGTTCAATAAACATATATTTTTT--AAAT-TTTTTA
* * * * * *
15869722 CTTGTAAATTGTCAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAGCAG
1 CTTAT-AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAG
* * ** * ** *
15869787 AAAAAATTATTTTATGATGAAACAAAAAGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * *
15869852 CATAACAATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACATATTAATTGTCT
130 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-T
* * * * ***
15869917 T--AATATTAATAAATTTGTATTATTTT-CTTCGAAATAAGCTTGTATGAA-TATAAAAAAGCAT
191 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGT
*** * *
15869978 TTTATGACAAAACAAAAGG-CTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATTA-TCATAATTA
254 TTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTA
* * ** ***
15870041 TTTAAATTTGTTCGGTAAA-ATGATTCATTTTTTAAATCCCTTA
317 TTTGAACTTGTTCAATAAACAT-A-T-ATTTTTTAAATTTTTTA
* * * * * * *
15870084 ATTATTAATTTTCATAATATT-TTGAACTTGGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT
1 CTTA-TAATTTTCAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * **
15870148 GAAATAGTTTTTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATAAAAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * *** * * *
15870213 TTATGACTATTTG-ATTTAGCTCACTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAA-TTG
129 TCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACA-ATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
15870276 TAAATATATTAATAAATTAGCATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTT
191 TGAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTT
* * * * * * **
15870341 CTGATAAACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTTAAAATAAATAATTCCT-AAATA-TCATAACTA
255 -TTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * ** * * *
15870404 TTTCAAAACTGGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTA
317 TTT--GAACT-TGTTCAATAAAC--ATATATTTTTTAAATTTTTTA
** * *
15870450 -TTAGT--TTTTCAAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC-TATATGAACCA
1 CTTA-TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-C-
* * *
15870510 AAAAACATTTGTTTTATGCATTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTGAAATAAAGTAATTCGTTC
63 AGAAACAATTGTTTTATG-A-CAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAAA-TAATT-GTTC
* *
15870575 AAATAGTCATAATTATTTTGAAAACTGGTTTTGGTAATACGAA-TTATTTTTCAAATCTCTTTAC
123 AAATAGTCATAACTA-TTTG--AACTTG-TTTGGTAA-AC-AATTTATTTTT-AAATCTC-TTAC
* * * *
15870639 TTTATTAATTTTTTAACAATATTAATAAATCTA-TTTTATTTTATTCCAAAT-AGC-TAGGCATG
180 -TTATTAA-TTTTTGA-AATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA--TATG
** * * * ** *
15870701 ATTTGAAAAGAATTATTTTAAT-ACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGGTAATTGTTC
239 AACT-AAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * * *
15870765 ATATAGTCTTAACAATTTGAA-TTAGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
302 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G-TTCA-ATAAACATATATTTTTTAAATTTTTTA
* *** * * * *
15870823 ATTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA
1 CTTA-TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAG
* * ** * * * * *
15870888 AAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAAATTATAATGATTTGAAGTATACAATTGCTT-AAATAC
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAG
* * * *
15870952 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAAC-ATATT-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATGTTTT
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAT-TTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTT
* *
15871015 GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTCTGTATGAT-AA--AAAACAATTGT
192 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CT-TAT-ATGAACTAAAACAATTGT
* ** * * * * * * * *
15871077 TATAAAACCAAACAAAATGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATT
254 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
*** * * ***
15871142 TGAAC-TGATTTGGTAAACAAAGTCACTTTTTAAATCACTTA
319 TGAACTTG-TTCAATAAACATA-T-ATTTTTTAAATTTTTTA
*** * * *
15871183 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAACTG
1 CTTA-TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAG
* * ** * * * *
15871247 AAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTC-TAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAA
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
** * * * * * * * *
15871311 TTGTAACTATTCGAATTTGTTTGGCATAGAAATAATTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTG
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
** *** * * *
15871375 AAATATTAAGGAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTTTTTTA
193 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * *
15871440 TGACAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTCCAAATAATAATAACTATTTGAA
258 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * *
15871505 CCTT-TTCGGTAAACAAATTTTTTTTTTAAAATCTCTTT-
323 -CTTGTTCAATAAAC--ATATATTTTTT-AAAT-TTTTTA
* * * * *
15871543 CTCATTAATTTTCCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACT
1 CTTA-TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * * *
15871607 GAAACAATTGTTTTAAGACTAAAC-GAAGATCAGTACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * ** *
15871670 GTCTTAACCATTTGAAC-TGATTTGATAAACAA--T-TTTTTAAAAATCTT--TTATTAATTGTT
128 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
15871729 GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCAACTAAGCTTGTGTGAAC-AAAATAATTGTTTT
192 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
15871792 ATGATAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCACATAATCTTAACTATTTGA
257 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
15871857 A-TTGGTTTGGCAAT-TAGATTTATTTTTTAATTTTTTTA
322 ACTT-G-TT--CAATAAACATATATTTTTTAAATTTTTTA
* * * * ** *
15871895 GTTATTAAGTTTT-AGAATATTATTAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAACA
1 CTTA-TAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * ** *
15871959 GAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * **
15872024 TCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACGGATTAATTTTC
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-
* * ** * * *
15872089 T-AAATATTAATAAGTTAGTATTTTTTTATTT-TGATCAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTT
191 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTT
* * * * * *
15872152 TTATGATAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TTATAATTATTT
255 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
15872216 -AAGCTTGTTCAATAAATAGA-ATTATTCTCTAAATCTCTTA
320 GAA-CTTGTTCAATAAACATATATT-TT-T-TAAATTTTTTA
* * * * *
15872256 --TA-AAGTTTT-GAAATATTAATGAATTAGTTTTATTCTA-TTCTGAATAAGCTTGTAT-AAGC
1 CTTATAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-C
* * * * * *
15872315 TA-AAATAATTGTTCTAT-TC----C--AA----ATGA-G-CTTGAAATAAATAATTGTTCATAT
63 -AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
** * * * * * *
15872366 AGTTTTAACTGTTTGAACTGGTTCGGCAAACGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAA-TT
127 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC-AATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
15872430 TTCATAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATG-ACCAGAAACAATTG
190 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTG
* * * ** * *
15872494 TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAAATGGTCAAATAGTCATAACTAT
253 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
15872559 TTGAAC-TGATTCAGTAAAGAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
318 TTGAACTTG-TTCAAT-AA-ACATATATTTTTTAAATTTTTTA
* ** * * ***
15872601 --T-TAATTCTTC-AAATATTAATAAATTAGTGTTGCTTTATATT-GAATGAGCTTGTATGTTGA
1 CTTATAATT-TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAACA
* * ** * * * *
15872661 AAAACAATTGTTTTGTGATGAAA-AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * **
15872725 CCATAATTATTTGAA-TCGATTCGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
129 TCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAA-CAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *** * *
15872789 TAAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTTTTT
191 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTT
* * * * *
15872854 TATGACAAAACAAATGATCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTG
256 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * ** *
15872919 AACTTTTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCATG
321 AACTTGTTCAATAAAC--ATATATTTTTT-AAATTTTTTA
* ** * * *
15872959 CTTGTTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTAGTATTGTTTT-TTTCCAAATAAGCTTGTATGAAT
1 CTT-ATAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-CAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * * * * * *
15873022 TGAAATAGTTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
63 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* **** * *
15873087 GTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAACAAATACATTTA-TTTT-AAT-TC-T-CTTATGAATTTT
128 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACA-ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
15873146 TGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCATGTATGATC-AGAAACAATTGT
191 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGT
* * * * * *** *
15873209 TTCATGAGAAAAC-AAAGATTATAATGATTTGAGATTCTTATTTGTTCAAATAGTCATAACTATT
254 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
15873273 TGAA-TTGGTTCGAA-AAACAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTA
319 TGAACTT-GTTC-AATAAACA--TATATTTTTTAAATTTTTTA
** * * * * *
15873314 CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGATTTTATGAACTA
1 CTTA-TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-A
* * * * *
15873378 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTATAACGAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAACA
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
15873441 ATC--AA--ATCT--A--T-TTTAGCAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCACTATTTT
128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-ATTTA--TTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATT
* * * * * * * *
15873497 TTTG-AATGTTAAGAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTTTATAAACTTAAATAATTA
189 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTG
* * * * * * * * * *
15873560 TTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAATGATTTCAATTAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTAT
253 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* **** * *
15873625 TTGAACTAGTTTGGCAAACATAT-TTTAATCTAAATAAGCTTGTATCGAAA
318 TTGAACTTGTTCAATAAACATATATTT--TTTAAAT----TT-T-T---TA
*** * * ** * * * * ** * *
15873675 GAAACAATTGTTTTATGATA-AAATAAAGATCGTAACTATTTTAGAT-AGATAA--TTGT-TCAA
1 CTTATAA-T-TTTCAAAATATTAATAAA-TTAGT-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * ** ** * *
15873735 -ATAATTATAACTATTTAAAATGTTTCGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT
62 CAGAA--ACAATTGTTT--TATG--AC--AAAACAAA---AGGTCAT-AAT-GATT-TGAA---A
** * ** * *
15873799 TAAA-AATTAAT-AGATCAGTTTTAATTTATTCTG-ACTAAT-TTTGCATGAACAAAAACAATTT
110 TAAATAATTGTTCAAAT-AGTCATAA-CTATT-TGAACT--TGTTTG---G----TAAACAATTT
**** * * * * *
15873860 -TTTTATGACAA--AAAAAGGTTA-TAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAA-TAGACATGAC
163 ATTTT-T-A-AATCTCTTA-CTTATTAAT-TTTTGAAATA-TTAA----T-AAATTAG-TATTA-
* * * * ** * **
15873920 TGTTTGAACTTATGCGGTAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTTTTAGTTTT-TAGA-A
215 T-TTT--A-TT-T-C---AAATAAG-CTTA---TATGAA-CT-AAAACAATT-GTTTTAT-GACA
** * * * * * * ** * *
15873982 TATTAGTAAATGAGT-ATTATTTTATTT-CAATA-A-ACTTGTAT-GAATAGAAACAATTATTT-
263 -A--AACAAAAG-GTCA-TA-ATGATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * *
15874041 TA--TGATAAAATAAAAGATTATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
321 AACTTG-TTCAAT-AAACA-TAT-A-T-TTT---TTAAAT--TT-TT----TA
* * ** * * * * * * *
15874092 GC-CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTT-TTACTTATTAA--
1 -CTTATAA-T-TTTCAA--AATAT--T-AATAAA-TTA-GTATT--ATTTTATTTC-AAATAAGC
* * * * *** ** * * * *
15874153 TT-TTTGAA-ATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTCTGAATATG-C-T--TG-TATGAACAA
53 TTGTATGAACAGA--AA-CAATT-GTTTTATGACAAAAC--AAAAGGTCATAATGATTTGAA-AT
* * * * **** *
15874210 AAACAATTAGCTTATAACAAAACGAAAGGTCATGACTATTT-AATTTGTTAAAAAAATAGATTTA
111 AAATAATT-G--T-T--C--AA--ATA-GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-ATTTA
* * *
15874274 TTTTTTAAAT-T-TGTACTTATTAATTTTGGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAA
164 -TTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * *
15874336 ATAAGCTTGTATGAGC-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAAT
226 ATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * *** * * * *
15874400 AAAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTCTAAATC
290 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATA-T-ATTTTTTAAATT
*
15874465 TCTTA
353 TTTTA
* * * * * * **
15874470 CTTATTAATTTTTACAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCCTATATGAGCTT
1 CTTA-TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAG
* ** * * * * * *
15874535 ATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAAGTATTAAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
15874600 TATGACTACTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTG
130 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-ATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * * * *
15874665 AAATATTAATAACTTAATATTATTTTAATTCGAATAAGGTTGTATGAACAAAAAAAAATGTTTTA
193 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTA
** * * * * * **
15874730 TGACAAATGAAAAAGTCAAAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAGTTAGTCATAACTATTTGAA
258 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
15874795 CTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA---TTTA
323 CTTGTTCAATAAAC--ATATATTTTTTAAATTTTTTA
* * * *
15874829 CTTTTTAATTGTCAAAATATTAATAAATT-GTATTATTTT-TATTGAAATAAGCTTGTATGAATA
1 C-TTATAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * **
15874892 GAAAAAATTATTTTATGACGAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * *
15874957 CCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTT
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC-AATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* ** * * * * * *
15875022 GGAATATTAATAAATTAAAATTATGTTATTAT-GATTAAGCTTGTA-CAAATAGAAACAATTGTT
192 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTT
* * * *
15875085 TTCTAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAATTAGTCATAACTATTT
255 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *** * **
15875150 GCACTGGTT-AGGCCAACAGATTCATTTTTTAAATTCGTTA
320 GAACTTGTTCA-ATAAACATA-T-ATTTTTTAAATTTTTTA
* * * * ** *
15875190 CTTATTAATTTTCATATTATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAG
1 CTTA-TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * ** * * **
15875255 AAACAATTCTTTTATGAC--AATAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAACAATTGTTGAAATTCT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
15875318 TATAACTGA-TTGAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTC
130 CATAACT-ATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * ** * * *
15875378 AAAATGTTAACAACTTAAG-ATTATTTTATTTCAAACAAATTTGTATGAACAAAAACATTTGTTT
192 GAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTT
** * * *
15875442 TACAACAAAACAAAAGGTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATAATAGTCTTAACTATTT
256 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTT
* * * * * * **
15875507 GAACTATTTTGGAA-AATAGATTTAATTTTTAAATCTCCTA
320 GAACT-TGTT-CAATAA-ACATATATTTTTTAAATTTTTTA
* * * ** * *
15875547 --T-TAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGCATGAATAG
1 CTTATAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAG
* * ** * * **
15875608 AAACAATTGTTTTGTGACAACACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAAA
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
15875673 CAT-A-TATTTGAACTTATTTGGTAAGCAGATTTATTTTTCAAATCTCCTACCTATTAATTTTT-
130 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-ATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
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* * * **
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** *
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*** * * ** * * * *
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1 CTTA-TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * ** * *
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* * * * ** * ** ** *
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* * * * * * * *
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348 A-A-A--T--TTTTT--A
* * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * ** * *
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** ** * *
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** ** *
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* * * *
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* * ** * * * *
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* * * *
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* * *
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** * * * *
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* * * * * *
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* ** ** * *
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* * *
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* ** * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * ***
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* * * * *
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* * *
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* ** * * * ** *
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* **
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* * * *
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* * * *
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* * *
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*
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* *
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*
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* * ** * *
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** * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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** * * *
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* ** * *
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* * * * **
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* * * ** *
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* ** * * * **
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* * ** * * * *
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* * ** * * * ** *
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* * * * *
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* * *
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** * * * **
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* * ** * *
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* * *
15875764 TTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTT
66 TTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTT
* ** *
15875828 GAAACAAATAATTGTTCAACCAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAAC
130 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* * *** * * *
15875880 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
** * * * * *
15875945 TTTTAATATGCATGTACGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACT-ATTT
66 TTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTT
* * * * *
15876009 GAAATAAATAATTGTTTAAATTGTCATAACTATTT-AAATGTGTTTTGT-GAC
130 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAAC
** * * * ** ** * *** *
15876060 A-AAATA-GTTTTAACTAT-TTGAGC-TGGT--TTAGCAAACATATTTATTTTTTGAATCTCTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTT-A-CTTATTAATTTTCAAA-ATATTAATAAATT-AA--TATTA
** * * ** * * *
15876119 CTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATTGGTATTATTTTAATCCTAATAAGTTTGTATGAAAAG
60 -TT-TT-A--TTT-GAA-A-TA--AGCTT-GTATGAATAGAA-AC-AAT-TGTTT-TATG-ACA-
* ** * * ** ** * * * * * * *
15876184 AAACAATTATTTTATGACAAAATAAAGATCATAACAA-T-TTGAGATAG--ATAATTGTTT-AAA
108 AAACAA-AAGGTCATAATGATTTGAA-AT-A-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* **
15876244 TAG--TCAT-AAC
169 TTGTTTGGTAAAC
* * * * * *
15876254 -TATTTGAACTGTTTTAGTAAATAGAT-TTAGTTTTTAAATCTCTT-ATTAATTTTAAAAATATT
1 AGATTT--A-T-TTTT--TAAAT--CTCTTACTTATT-AAT-T-TTCA-AAATATT---AATA--
* ** ** * *
15876316 AATAGATCAGTATTATTTTATTCAAAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATCGTTTTATGACAAA
49 AAT---T-AATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * * *
15876381 ACAGAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTT
110 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
* *
15876446 -GAAAAGT
175 GGTAAA-C
* * * * *
15876453 AGATTTATTTTTTAAATCGCCTACCTATTACTTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * *
15876518 TCTG-AATAAACTTGTGTGAATTGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATT
66 T-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATT
* * ** * * ** * *
15876581 TTACATAAATAATTGTTCAAGCACTTATAACTATTTGAACTTACTCGGTGAAC
129 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* * * ** *
15876634 ATATTTA-TTTTGAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATT-GTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTA
* * * *
15876697 TTTTG-AATATGCTTGTATGAACA-AAAAAATTGGTTTT-TGACAAAAGAAAAGGTCATAACT-A
65 -TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGA
* * * * ** * *
15876758 TTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAAT
127 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* * *** *
15876813 AAATTTATTTTTT-AAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * *
15876875 TTCAATATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAA-AAAAGGTAATAATGATTT
66 TTGAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * *
15876939 GAAATAGATAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAT
130 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* * * * * *
15876991 AGATTCATTTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTT
1 AGATT--TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
** * * * * ** **
15877056 ATTTTCAATAAGCTTATATGAGTCGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATT
64 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * *
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* * * * **
15877174 ATATTTATTTTTAAAATCT-TCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAA-CAATAGCATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-
* *
15877237 ATCTG-AATAAGCTTGTATGAA-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGT--TACA--AT
64 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGAT
* * * * * *
15877294 TTGCAATAAATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTTAACTT-TTCTAGTAAAT
128 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGGTAAAC
* * * ** * ***
15877348 AGATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTGAATGA-TAACAAATTTGCATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT-ATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * * * * * *
15877412 ATTAAAAAAAGCTTATAGGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATGGA-GATT
65 TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATT
*** * * * * *
15877476 TGAAATAGGCAATTGTACAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAA
129 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* * * * *
15877529 AAATTTAGTTTTTAAATCTTCTTATTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGA-A-TATGT
1 AGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTCA-AAATATTAATAAATTA-ATATTATTT
*** * * *
15877592 TA-TCCCAATAAGC-TGTGATGAACAGAAACAATTG-TTT-TGA-AAAATAAAATGTCATAATGA
63 TATTTGAAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * **
15877652 TTTGAAATAGAA-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTTAGTCATGTGCCAAC
127 TTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GT-TTG-GTAAAC
* * * ** *
15877710 -GAATTCA--TTTTAAATC-CATACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTA
1 AG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * *
15877771 TTCT-AAATAAGAC-TGCATCAA-AGAAAATTAATTGTTTTTCATGACAAAA-ACAAATGTACAT
65 TT-TGAAATAAG-CTTGTATGAATAG-AAA-CAATTG-TTTT-ATGACAAAACA-AAAGGT-CAT
* * ** * * *
15877832 AATGATATGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTGTAACCAATTGAACTAGTTTGGTAAAC
122 AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
* ** * * *
15877892 AAATTT-GCTTTTAAA-ATC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
15877953 TT
66 TT
15877955 TTTAAGAAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
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TTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
Found at i:15876822 original size:360 final size:361
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15876088 TAGCAAACAT
* ** * *
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* ** * * * * **
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* * * * * * * ** * * *
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* * * * *** **
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** * * * * * *
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* * * *
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** * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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254 CTTATATGAGACAAAAAAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
* * * *
15876771 ATTGTTGAAATAGCCATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAATAA
318 ATTATTCAAATAGCCATGACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATAA
* ***
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1 ATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTC
* * *
15876878 --AATATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAAAAAAGGTAATAATGATTTGA
65 TGAATA-AA-CTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATAATAATGATTTGA
* * * ** * *
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127 AATAAATAACTGTTCAAACACTCATAACTATTTGAACTTACTCGGTAAATACATTCATTTTTTTG
*
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192 AAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAGCTT
* * * * **
15877071 ATATGAGTCGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA
257 ATATGAGACAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA
* * * * *
15877136 TTCAAATAGCTATGACTATTTAAACTTGTTCAGGAAACAT
322 TTCAAATAGCCATGACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATAA
* * ** ** *
15877176 ATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAACAATAGCATTTTAATCT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTCT
* * *
15877241 GAATAAGCTTGTATGAA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAA-AGT--TACA--ATTTGCAA
66 GAATAAACTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGA-TAATA-ATGATTTGAAA
** * * * * * * * * *
15877300 TAAATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTTAACTT-TTCTAGTAAATAGATTTA-TATTTT-A
129 TAAATAACTGTTCAAACACTCATAACTATTTGAACTTACTC-GGTAAATACATTCATTTTTTTGA
* * * * * * * ** *
15877362 AATCTTTTACTTATTAATTGTCT-GAATGA-TAACAAATTTGCATTATTTTAATTAAAAAAAGCT
193 AATCTCTTACTCATTAATT-TTTAGAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAGCT
* * * * * * **
15877425 TATAGGA-ATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATGGA-GATTTGAAATAGGCAA
256 TATATGAGACA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AACAATTTGAAATAGATAA
* * ** * *
15877488 TTGTACAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAAAAA
319 TTATTCAAATAGCCATGACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAATAA
* * * * * *
15877531 ATTTAGTTTTTAAATCTTCTTATTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGAATATGTTA-T
1 ATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTCA-AAATATTAATAAATTATATTATTTTATT
** * * *
15877595 CCCAATAAGC-TGTGATGAACAGAAACAATTG-TTT-TGA-AAAATAAAATG-TCATAATGATTT
64 CTGAATAAACTTGT-ATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA-GATAATAATGATTT
* * * *
15877655 GAAATAGAA-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTTA
125 GAAATA-AATAACTGTTCAAACACTCATAACTATTTGAACTTA
15877697 GTCATGTGCC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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364 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTCT
GAATAAACTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATAATAATGATTTGAAATA
AATAACTGTTCAAACACTCATAACTATTTGAACTTACTCGGTAAATACATTCATTTTTTTGAAAT
CTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAGCTTATAT
GAGACAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
AATAGCCATGACTATTTGAACTTGTTCAGAAAATAA
Found at i:15878775 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15877991--15879001 Score: 895
Period size: 179 Copynumber: 5.7 Consensus size: 179
15877981 TTTAGCTCGC
* * * * *
15877991 TAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGCATTAT
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* * * * * **
15878056 TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAGTCATAACA
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* **
15878121 ATTTGAAATAAATAATTCCTT-AAATAGTCATAACTATTCAAACTGGTTTGA
129 ATTTGAAATAAATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * * * *
15878172 TAAACAGATTTATTTTTTAAA--ATAT-CTTATTAGTTTTCAAAATATTAAT-AATTAGTATTAT
1 TAAAC--ATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * *
15878233 TTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATG
64 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * *
15878298 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCCTAATTATTTGAACTGGTTTGG
129 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * * * *
15878349 TAAATAGAATTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCTA-TTTTA
1 TAAACA-TA-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT-TAGTATTA
* * * **** * * * *
15878413 TTTTATTCCAAATAAGCTAGCATGATTTGAAA-AATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAC
63 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
* ** * * * *
15878477 AATTTGAAATAGGTAATTGTTCATATAGTCTTAACAATTTGAA-TAGTTTGA
128 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * * * ** * * *
15878528 TAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTACTATTATT
1 T-AAACATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* *
15878593 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAAGTTATAATGA
65 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA
* * * *
15878658 TTTGAAGTATACAATTGCTT-AAATACTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
130 TTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * *
15878708 TAAACATAT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATATTTTGAAAGATTAGTAAATTAGTATTATT
1 TAAACATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * ** * * *
15878772 TTATTTCGAATAAGTTTGTATGATA-AAAAACAATTGTTATAAAACCAAACAAAATGTAATAATG
65 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * * * *
15878836 ATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTGG
129 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * **
15878887 TAAACAAAGTCACTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-
1 TAAACATA-T-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *** *
15878947 TTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-AGATTGAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAA
64 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
15879002 GGTTTGTATT
Statistics
Matches: 669, Mismatches: 139, Indels: 49
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
176 44 0.07
177 144 0.22
178 126 0.19
179 194 0.29
180 101 0.15
181 43 0.06
182 12 0.02
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TAAACATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGAT
TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
Found at i:15879819 original size:354 final size:358
Alignment explanation
Indices: 15879041--15880152 Score: 891
Period size: 354 Copynumber: 3.1 Consensus size: 358
15879031 TGTATGAACA
** * * * * * ** *
15879041 AAAAAATTGCTTTCTGACAAAAGAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGC
1 AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTATACAAATAGT
* * * * * * * *
15879106 CATAACTATTTGAACATGTTC-AGAAAATAAATTTA-TTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTAAACTTGTTCAAG-AAACAAATTCAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTC
** * * ** * * * * *
15879168 GGAATATTAATAAATTTA-TATTAT-TTTATTCAATATAATCTTGTATGAACAGAAACAATTATT
130 AAAATATTAATAAA-CTAGAAGCATGTTAATCCCA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTT
*
15879231 TTATAACAAAAAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
193 TTATGACAAAAAAAA-GT--TAA-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
15879296 AACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAGAGTATTAAT
254 AACTTGTTCAGTAAATAGATT-ATATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTGTCAGAATATTAAT
* * ** * * * *
15879361 AAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAGCCTATATGAGTCG
318 AAATTAGCATTATTTTAATTAAAAAAAGCCTATAGGAATAG
* * * ** * *
15879402 ATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-
1 AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTATACAAATAGT
* * *
15879466 CTATGACTATTTAAACTTGTTCAAGAAACATATTTA-TTTTTAAAATCT-TCTACTTATTAATTG
66 C-ATAACTATTTAAACTTGTTCAAGAAACAAATTCAGTTTTT-AAATCTCT-TACTTATTAATTG
* * **
15879529 TCAAAATATTAATAACCTA-ATAGCATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA-A-AAACAATTGT
128 TCAAAATATTAATAAACTAGA-AGCATGTTAATCCCAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGT
* * * *
15879591 TTTATGACAAAAAAAAGTTACA-ATTTGAAATAAATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTTAA
192 TTTATGACAAAAAAAAGTTA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* *
15879655 CTT-TTCTAGTAAATAGATT-TATATTTTAAATCT-TTACTTATTAATTGTCTGAATGA-TAATA
256 CTTGTTC-AGTAAATAGATTATATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTGTCAGAAT-ATTAATA
* *
15879716 AATTTGCATTATTTTAATTAAAAAAAGCTTATAGGAATAG
319 AATTAGCATTATTTTAATTAAAAAAAGCCTATAGGAATAG
* * * * *
15879756 AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATGGA-GATTTGAAATAGGCAATTGTACAAATAG
1 AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AACAATTTGAAATAGACAATTATACAAATAG
* * * * * *
15879820 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTCAGTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTT
65 TCATAACTATTTAAACTTGTTCAAGAAACAAATTCAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTC
* * ** * *
15879885 AGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCCAATAAGCTTGTATGAAGAGAAACAATTGTTTT
130 AAAATATTAATAAACTAGAAGCATGTTAATCCCAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT
* * * *
15879950 GTGACAAAATAAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGC
195 ATGACAAAA-AAAAG-T--TAA-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * * * * * *
15880015 ACTAG-TCAAGCCAA-CGAATT-TATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
255 ACTTGTTC-AGTAAATAG-ATTATATATTTTAAATCTC-TTACTCATTAATTGTCAGAATATTAA
* * * * ** **
15880076 TAAATTAGCATTACTTT-ATTCTAAATAAGACTGCATCAATAG
317 TAAATTAGCATTATTTTAATT-AAAAAAAGCCTATAGGAATAG
* * *
15880118 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAA
1 AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
15880153 TGATATGAAA
Statistics
Matches: 606, Mismatches: 116, Indels: 58
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
354 186 0.31
355 23 0.04
356 24 0.04
357 56 0.09
358 3 0.00
359 2 0.00
360 6 0.01
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363 42 0.07
364 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (358 bp):
AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATTATACAAATAGT
CATAACTATTTAAACTTGTTCAAGAAACAAATTCAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCA
AAATATTAATAAACTAGAAGCATGTTAATCCCAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAAAAAAGTTAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
TCAGTAAATAGATTATATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTGTCAGAATATTAATAAATTAGC
ATTATTTTAATTAAAAAAAGCCTATAGGAATAG
Found at i:15879982 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15879009--15880272 Score: 1060
Period size: 181 Copynumber: 7.1 Consensus size: 179
15878999 AAAGGTTTGT
* * * * * *
15879009 ATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAACA-AAAAAATTGCTTTCTGACAAAAGAAAAGGTCA
1 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCA
* * * *
15879073 TAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAACTATTTGAACATGTTCAGA-AAATAA
65 TAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAA
* * * *
15879136 ATTTATTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-T
128 ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGA
* * * *
15879187 ATTATTTTATTC-AATATAATCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAAAAAAGGTAA
1 ATTATTTTATTCTAA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCA
* *
15879251 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGAT
65 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA-A-
* * * *
15879316 TCATTT-TTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAGAGTATTAATAAATTAGT
128 --ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGA
* * * * * * * *
15879369 ATTATTTTATTTTCAATAAGCCTATATGAGTC-GATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTC
1 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAAAAAGGTC
** * * * * * *
15879433 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-CTATGACTATTTAAACTTGTTCAAGAAACAT
64 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAA
* * * **
15879497 ATTTATTTTTAAAATCT-TCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAACCTA-A
128 ATTTATTTTT-AAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGA
** * *
15879549 TAGCATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAA-GT--
1 -ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCA
* * * * * * *
15879609 TACA--ATTTGAAATAAATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTTAACTT-TTCTAGTAAATAG
65 TA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAA
* * *
15879671 ATTTATATTTTAAATCT-TTACTTATTAATTGTCT-GAATGA-TAATAAATTTGC
128 ATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAGAAT-ATTAATAAATTAGA
* * * * * * * *
15879723 ATTATTTTAATT-AAAAAAAGCTTATAGGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
1 ATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTC
* ** *
15879787 ATGGA-GATTTGAAATAGGCAATTGTACAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAA
64 AT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAA
* *
15879851 ATTCAGTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGA
128 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGA
* ** * * * *
15879904 ATTATGTTATTCCCAATAAGCTTGTATGAAGAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAATGTTCA
1 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCA
* * * * ** *
15879969 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGCACTAG-TCAAGCCAACGAA
65 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAA
* *
15880033 TTTATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGC
129 TTTA-TTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGA
* * * * * *
15880085 ATTACTTTATTCTAAATAAGAC-TGCATCAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTC
1 ATTATTTTATTCTAAATAAG-CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTC
* * * ** * * * * *
15880149 ATAATGATATGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTGTAACCAATTGAACTAGTTTGGTAAACAAA
64 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAA
* * *
15880214 TTTGTTTTTAAA-ATC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-A
129 TTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGA
15880261 CATTATTTTATT
1 -ATTATTTTATT
15880273 TTTTAAGAAA
Statistics
Matches: 874, Mismatches: 164, Indels: 97
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 45 0.05
174 58 0.07
175 27 0.03
176 5 0.01
177 47 0.05
178 96 0.11
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180 83 0.09
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182 72 0.08
183 64 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCAT
AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATT
TATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGA
Found at i:15880520 original size:285 final size:284
Alignment explanation
Indices: 15880032--15880558 Score: 664
Period size: 285 Copynumber: 1.9 Consensus size: 284
15880022 AAGCCAACGA
* * * *
15880032 ATTTATTTTTTAAATCCGTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTC
1 ATTTATTTTTAAAATCCGTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTAATC
* * * * * * ** ** *
15880097 TAAATAAGACTGCATCAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATATGAA
66 CAAATAAGACTGCATCAACAAAAACAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATATCAA
* * ** * *
15880162 ATAAATAATTGTTCAAATTGTTGTAACCAATTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTGTTTTTAAAA
131 ATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACCAATTAAACTAGTTTGATAAACAAATTTGTTTTTAAAA
* *
15880227 TCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTTTTTAAGAAATACTTATGA
196 TATCTTATTAATTTTCAAAATATTAAT-AATTAACATTATTTTATTTTTTAAGAAATACTTATGA
15880292 CTATTTGATTTAGCTCGCTAAACAT
260 CTATTTGATTTAGCTCGCTAAACAT
*** *
15880317 ATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTAAAATCCGTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTAATC
* * *
15880382 CAAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTCA
66 CAAATAAGAC-TGCATCAACAAAAACAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATATCA
* * * *
15880446 AATAAATAATTCTT-AAATAGTCATAA-CTATTCAAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTA
130 AATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACCAATT-AAACTAGTTTGATAAACAAATTT-GTTTTTA
* **
15880509 AAATATCTTATTAGTTTTCAAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTT
193 AAATATCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAATTAACATTATTTTATTTT
15880559 GAATAAACTT
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 37, Indels: 7
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
283 4 0.02
284 47 0.23
285 151 0.75
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (284 bp):
ATTTATTTTTAAAATCCGTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTAATC
CAAATAAGACTGCATCAACAAAAACAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATATCAA
ATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACCAATTAAACTAGTTTGATAAACAAATTTGTTTTTAAAA
TATCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAATTAACATTATTTTATTTTTTAAGAAATACTTATGAC
TATTTGATTTAGCTCGCTAAACAT
Found at i:15880780 original size:823 final size:820
Alignment explanation
Indices: 15879491--15880984 Score: 1818
Period size: 823 Copynumber: 1.8 Consensus size: 820
15879481 CTTGTTCAAG
* *
15879491 AAACATATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAACCTAATAGCATT
1 AAACATATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAACTAACAGCATT
** * * *
15879556 TTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGTTACAATTTGAAA
66 TTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAAACAATTGTTCTATAACAAAAAAAAGTTACAATTTCAAA
* * ** * *
15879621 TAAATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTTAACTTTTCTAGTAAATAGATTTATATTTTAAAT
131 TAAATAATTGCTTAAATAGTCATAACTATTCAAACTTTTCGAGTAAACAGATTTATATTTTAAAT
* * ** *
15879686 CTTTACTTATTAATTGTCTGAATGATAATAAATTTGCATTATTTTAATTAAAAAAAGCTTATAGG
196 ATATACTTATTAATTGTCAAAATGATAATAAATTAGCATTATTTTAATTAAAAAAAGCTTATAGG
* * * **
15879751 AATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATGGAGATTTGAAATAGGCAATTGTACAA
261 AACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGAAGATTTGAAATAAACAATTGTACAA
* * *
15879816 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTCAGTTTTTAAATCTCTTATTTATTAAT
326 ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTCAGTTTTTAAATATCTTACTTATTAAT
* * * * * *
15879881 TTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCCAATAAGCTTGTATGAAGAGAAACAATTG
391 TTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGCTAGCATGAAGAGAAAAAATTA
* * * ** *
15879946 TTTTGTGACAAAATAAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTAT
456 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACAAT
* * ** *
15880011 TTGCACTAGTCAAG-CCAACGAATTTATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
521 TTGAACTAGT-AAGACAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTAATTATTAATTTTTAAAATATT
* *
15880074 AATAAATTAGC-ATTACTTTA-TTCTAAATAAGAC-TGCATCAATAGAAATAATTGTTTTATGAC
584 AATAAATTA-CTATTACTTTATTTC-AAATAAG-CTTGCATCAACAAAAATAATTGTTTTATGAC
**
15880136 AAAACAAATGGTCATAATGATATGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTGTAACCAATTGAACTAG
646 AAAACAAAAAGTCATAATGATATGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTGTAACCAATTGAACTAG
15880201 TTTGGTAAACAAATTTGTTTTTAAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAACATTA
711 TTTGGTAAACAAATTTGTTTTTAAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAACATTA
15880266 TTTTATTTTTTAAGAAATACTTATGACTATTTGATTTAGCTCGCT
776 TTTTATTTTTTAAGAAATACTTATGACTATTTGATTTAGCTCGCT
* * * * **
15880311 AAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGCATTATT
1 AAACATATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAACTAACAGCATT
15880376 TTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAA
66 TTAATCCAAATAAGCTTGTATG-A-AAAAACAATTGTTCTATAAC-AAA-AAAAAGT--T-ACAA
15880441 TTTCAAATAAATAATT-CTTAAATAGTCATAACTATTCAAACTGGTTT-GA-TAAACAGATTTAT
124 TTTCAAATAAATAATTGCTTAAATAGTCATAACTATTCAAACT--TTTCGAGTAAACAGATTTAT
* * * * * * *
15880503 TTTTTAAA-ATAT-CTTATTAGTTTTCAAAAT-ATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
187 ATTTTAAATATATACTTATTAATTGTCAAAATGA-TAATAAATTAGCATTATTTTA-ATTAAAAA
* * * *
15880564 AA-CTTATATGAACA-AAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATA
250 AAGCTTATAGGAACAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGAA-GATTTGAAATA
* * * * * * *
15880626 AATAATTGTTCAAATAGTCCTAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGAATT-A-TTTTTCAAAT
313 AACAATTGTACAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACA-AATTCAGTTTTT-AAAT
** *
15880689 ATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCTA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGCA
376 ATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT-TAGAATTATGTTATTCCAAATAAGCTAGCA
*** *
15880753 TGATTTGAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGGTAATTGTTC
440 TGAAGAGAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* ** * ** *
15880818 ATATAGTCTTAACAATTTGAATTAGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTA
505 AAATAGTCAAAACAATTTGAACTAGTAAGACAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTA
** * * * * *
15880883 ATTTTTGGAATATTATTAGATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAAT
570 ATTTTTAAAATATTAATAAATTACTATTACTTTATTTCAAATAAGCTTGCATCAACAAAAATAAT
* * *
15880948 TGTTTTATGACAGAACAAAAAGTTATAATGATTTGAA
635 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATATGAA
15880985 GTATACAATT
Statistics
Matches: 558, Mismatches: 95, Indels: 39
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
820 77 0.14
821 1 0.00
822 31 0.06
823 340 0.61
824 42 0.08
825 2 0.00
826 43 0.08
827 19 0.03
828 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (820 bp):
AAACATATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAACTAACAGCATT
TTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAAACAATTGTTCTATAACAAAAAAAAGTTACAATTTCAAA
TAAATAATTGCTTAAATAGTCATAACTATTCAAACTTTTCGAGTAAACAGATTTATATTTTAAAT
ATATACTTATTAATTGTCAAAATGATAATAAATTAGCATTATTTTAATTAAAAAAAGCTTATAGG
AACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGAAGATTTGAAATAAACAATTGTACAA
ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTCAGTTTTTAAATATCTTACTTATTAAT
TTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGCTAGCATGAAGAGAAAAAATTA
TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACAAT
TTGAACTAGTAAGACAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTAA
TAAATTACTATTACTTTATTTCAAATAAGCTTGCATCAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAAAGTCATAATGATATGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTGTAACCAATTGAACTAGTTTGG
TAAACAAATTTGTTTTTAAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTA
TTTTTTAAGAAATACTTATGACTATTTGATTTAGCTCGCT
Found at i:15880803 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 15880310--15881325 Score: 888
Period size: 181 Copynumber: 5.7 Consensus size: 178
15880300 TTTAGCTCGC
* * * * * *
15880310 TAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGCATTAT
1 TAAACA-AATTATTTTT-AAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * **
15880375 TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAGTCATAACA
64 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * **
15880440 ATTTCAAATAAATAATTCTTAAATAGTCATAACTATTCAAACTGGTTTGA
129 ATTTGAAATAAATAATTGTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * * *
15880490 TAAACAGATTTATTTTTTAAA-AT-AT-CTTATTAGTTTTCAAAATATTAAT-AATTAGTATTAT
1 TAAACA-AATTA-TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * *
15880551 TTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATG
64 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * *
15880616 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCCTAATTATTTGAACTGGTTTGG
129 ATTTGAAATAAATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* *
15880667 TAAATAGAATTATTTTTCAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCTA-TTTTA
1 TAAACA-AATTATTTTT-AAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT-TAGTATTA
* * * *** * *
15880731 TTTTATTCCAAATAAGCTAGCATGATTTGAAAA-AATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA
63 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-AAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** ** * * * * *
15880795 CAATTTGAAATAGGTAATTGTTCATATAGTCTTAACAATTTGAATTAGTTTGA
127 TGATTTGAAATAAATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * * ** * * *
15880848 TAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTACTATTAT
1 TAAACAAA-TTA-TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
15880913 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAAGTTATAATG
64 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *
15880978 ATTTGAAGTATACAATTGCTTAAATACTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
129 ATTTGAAATAAATAATTG-TTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * * * * *
15881029 TAAACATATT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATATTTTGAAAGATTAGTAAATTAGTATTATT
1 TAAACAAATTATTTTTAAATATCTTACTTATTAAT-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * ** * * *
15881093 TTATTTCGAATAAGTTTGTATGATAAAAAACAATTGTTATAAAACCAAACAAAATGTAATAATGA
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* * * * * * *
15881158 TTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTGG
130 TTTGAAATAAATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* **
15881208 TAAACAAAGTCACTTTTT-AA-ATC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-
1 TAAACAAA-TTA-TTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *** * *
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64 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-AAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
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Statistics
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TAAACAAATTATTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTCAAATAAGCTTGTATGAAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
TTGAAATAAATAATTGTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
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15881252 TAATAAATTA
* * *
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15881327 T
66 T
* * * *
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1 GTATTA-TTTATTTCGAATAAGCTTGTATAG-ACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
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64 T
15881392 CATAACTATT
Statistics
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GTATTATTTATTTCGAATAAGCTTGTATAGACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
T
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* * *
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1 ATTTTTAAAATATCTAATAA
15881584 ATT
1 ATT
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Statistics
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ATTTTTAAAATATCTAATAA
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* * * *
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* *
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* * ** *
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* ** * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
15882190 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTACTATTATTTTATTTCAAATA
192 TTTTTAAATATC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * * *
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252 AGCTTGTATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAC
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317 AATTGCTTAAATACTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * * *
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1 TAAACAAATTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * **
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65 TTATTCCAAATAAGCT-TGTATGAT-AAAAAAAATTGTTATATAACAAAACAAAAAGTCATAACA
* * * * * * * * **
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* ** *
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256 TGTATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAG
15882651 ATTTGTATTA
Statistics
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TAAACAAATTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTCCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAAAATTGTTATATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATT
TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTT
TAAATATCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
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AATACTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
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* * * * *
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* * * * * * *
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* **
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* * * * *
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** * * * * *
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* * *
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* *
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* * *** * * *
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* ** * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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1 TAAACAAATTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * ** * * *
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* * * * * * *
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128 ATTTGAAATAAATAATTGTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * *
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1 TAAACAAA-TTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
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64 TTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAAA--AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
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Statistics
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TATTTCAAATAAGCTAGTATGAAAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATT
TGAAATAAATAATTGTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
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15882579 TAATAAATTA
* * * *
15882589 GTATTATTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAACTGAAATATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGATT
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15882654 T
66 T
* * * * * *
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15882717 GTCATAACTA
Statistics
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GTATTATTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAACTAAAAAAATTGCTTTATAACAAAACAAAAGATT
T
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15882646 AAAAGATTTG
* * * * * *
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* * * * * *
15882721 TAACTATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAATAAAT
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* * * ** *
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* * * * *
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1 TATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAA-GT
***
15882897 AATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAATA
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* * * * *
15882961 GATTCATTTTTTTTAAATC-TCTTACTCATTAATTTTCAGAGTATTAATAAATTAG
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* * * * * * * * * **
15883016 TATTATTTTTATTTTCAATAAGCCTATATGAGTCGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAATGGT
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* * * *
15883081 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-CTATGACTATTTAAACTTGTTCAGGAAACA
63 -ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCAGGAAATA
* * *
15883145 TATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAACTAA
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** *
15883198 TAGCATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGT-T-
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* * * * *
15883260 ACAATTTGAAATAAATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTTAACTT-TTCTAGTAAATAGATT
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* * **
15883324 TATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTGAATGGTAATAAATT
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Statistics
Matches: 427, Mismatches: 89, Indels: 45
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (177 bp):
TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTATA
ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGGAAATAGATTT
ATTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAGAATATTAATAAATTAA
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Indices: 15882651--15883660 Score: 678
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15882641 AAAACAAAAG
* * * * *
15882651 ATTTGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAACAAAAAAATTGCTTTCTGACAAAAGAAAA
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* * * * * *
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* * * **
15882781 TAAATTTATTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA
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* * * * * *
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*** *
15882892 AAGGTAATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA
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* * * * *
15882957 AATAGATTCATTTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAGAGTATTAATAA
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* * * * * * * * * *
15883011 ATTAGTATTATTTTTATTTTCAATAAGCCTATATGAGTCGATACAATTGTTTTATGATGAAACAA
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** * * * *
15883076 ATGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-CTATGACTATTTAAACTTGTTCAGG
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* * * *
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* ** ** *
15883193 ACTAATAGCATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAA
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* * * *
15883257 GT-T-ACAATTTGAAATAAATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTTAACTT-TTCTAGTAAAT
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* **
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* * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * *
15883492 GTTCA-TAAACAAAACTCAGTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTCTAG-ATATTAAT-A
119 GTTCAGTAAA-TAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTC-AGAATATTAATAA
* * * ** * *
15883551 ATTAGAATTATGTTATTC-CCAT-AGCTTGTCA-GAACAGAAACAATTG-TTTGTGACAAAATAA
1 ATTTGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGT-ATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAA
* ** *
15883612 ATGTTTATAATGATTTGAAATAG-TAATTGTTCAACTAGTTCATAACTAT
64 AAG--TATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTAT
15883661 ATTGCACTAG
Statistics
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ATTTGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAA
GTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATA
GATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAGAATATTAATAA
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15883851 AAACAAATTT
* * *
15883861 ATTTTTAAAATCTCTTATTA
1 ATTTTTAAAATATCTAATAA
15883881 ATTTTTAAAATAT-TAATAA
1 ATTTTTAAAATATCTAATAA
15883900 ATT
1 ATT
15883903 AACATTATTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.05, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (20 bp):
ATTTTTAAAATATCTAATAA
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15883944 TTTAGCTCGC
* * * *
15883954 TAAACATATTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT-AATTGGTATTA-T
1 TAAACATA-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * **
15884016 TTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTCTATAACAAAAC-AAAAGTCATAACAA
65 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGA
* **
15884080 TTTGAAATAAATAATTCTT-AAATAGTCATAACTATTCAAACT-GTTTGA
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* * * *
15884128 TAAACAGATTTATTTTTTAAA---TAT-CTTATT-AGTTTCAAAATATTAAT-AATTAGTATTAT
1 TAAAC--ATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
15884187 TTTATTT-GAATAAACTTATATGAACAAAAATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGAT
64 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGAT
* * *
15884251 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCCTAATTATTTGAACTGGTTTGG
129 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * * * * *
15884300 TAAATAGAATTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATGAATAAATCTA-TTTTA
1 TAAACA-TA-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT-TAGTATTA
* * * ** * * * * * * *
15884364 TTTTATTCCAAATAAGCTAGCATGATTTGAAAAAATTATTTGAAGACAAAATAAAAGGTCATAAC
63 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA--AAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAT
* ** * * * * *
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126 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * * * * ** * * *
15884481 TAAAAAAATTTATTTTTTAAATATCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTACTATTAT
1 T--AAACATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *
15884546 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAAGTTATAATG
64 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATG
* * * *
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127 ATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * *
15884662 TAAACATAT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATATTTTGAAAGATTAGTAAATTAGTATTATT
1 TAAACATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * ** * * *
15884726 TTATTTCGAATAAGTTTGTATGATAAAAAACAATTGTTATAAAACCAAACGAAATGTAATAATGA
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* * * * * * * *
15884791 TTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTGG
128 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * **
15884841 TAAACAAAGTCACTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-
1 TAAACATA-T-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
15884901 TTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-AAACTGAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAA
64 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAA---AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
15884956 GGTTTGTATT
Statistics
Matches: 653, Mismatches: 142, Indels: 64
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 15 0.02
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174 7 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TAAACATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTCAAATAAGCTTGTATGAAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTT
GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
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Indices: 15883954--15884955 Score: 1041
Period size: 360 Copynumber: 2.8 Consensus size: 353
15883944 TTTAGCTCGC
* * *
15883954 TAAACATATTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAT-AATTGGTATTA-T
1 TAAACATATTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* *
15884016 TTAATCCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTCTATAACAAAACAAAAGTCATAACAA
66 TTATTCCAAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTGTT-TAAAACAAAACAAAAGTCATAACAA
* * ** *
15884080 TTTGAAATAAATAATTCTTAAATAGTCATAACTATTCAAACTG-TTTGATAAACAGATTTATTTT
129 TTTGAAATAGATAATTATTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTT
* *** * *
15884144 TTAAATATC-TTATT-AGTTTCAAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAACTTAT
194 TTAAATATCATTATTAATTTTTGGAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
* * *
15884206 ATGAACAAAAAT-TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTC
259 ATGAACAAAAATATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAACAATTGTTC
* * * *
15884270 AAATAGTCCTAATTATTTGAACTGGTTTGG
324 AAATACTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * * * * *
15884300 TAAATAGAATTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATGAATAAATCTA-TTTTA
1 TAAACA-TATTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT-TAGTATTA
* * ** * * *
15884364 TTTTATTCCAAATAAGCTAGCATGATTTGAAAA-AATTATTTGAAGACAAAATAAAAGGTCATAA
64 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-TAAAAAACAATTGTTT-AAAACAAAACAAAA-GTCATAA
* * * * * * *
15884428 CAATTTGAAATAGGTAATTGTTCATATAGTCTTAACAATTTGAA-TTAGTTTGATAAAAAAATTT
126 CAATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTGATAAACAAATTT
* * *
15884492 ATTTTTTAAATATCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTACTATTATTTTATTTCAAA
189 ATTTTTTAAATATC---ATTATTAATTTTTGGAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * *
15884557 TAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAGTAT
250 TAAGCTTGTATGAACAAAAAT-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAA
15884622 ACAATTGCTT-AAATACTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
314 ACAATTG-TTCAAATACTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
* * *
15884662 TAAACATATT-TTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATATTTTGAAAGATTAGTAAATTAGTATTAT
1 TAAACATATTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * **
15884725 TTTATTTCGAATAAGTTTGTATGATAAAAAACAATTGTTATAAAACCAAACGAAATGTAATAATG
65 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTT-TAAAACAAAAC-AAAAGTCATAACA
* * * * * * *
15884790 ATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACAAAGTCACT
128 ATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATT
15884855 TTTT-AA-ATCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAGC
192 TTTTAAATATCA-TTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
* **
15884917 TTGTATAAACTGAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAA
255 TTGTATGAACAAAAATA-TTGTTTTATGACAAAACAAAA
15884956 GGTTTGTATT
Statistics
Matches: 531, Mismatches: 94, Indels: 53
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
346 5 0.01
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363 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (353 bp):
TAAACATATTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTCCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTAAAACAAAACAAAAGTCATAACAATT
TGAAATAGATAATTATTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATTTATTTTTT
AAATATCATTATTAATTTTTGGAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
GAACAAAAATATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAACAATTGTTCAA
ATACTCATAACTATTTGAACTGGTTTGA
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Indices: 15884963--15888113 Score: 2183
Period size: 181 Copynumber: 17.6 Consensus size: 178
15884953 AAAGGTTTGT
* * * * * * *
15884963 ATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTCTGAACA-AAAAAATTGGTTTCTGACAAAAGAAAAGGTCA
1 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * *
15885027 TAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAACTATTTGAAC-ATGTTCAGAAAATAA
66 TAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-G-TCAG-AAACAA
** ** * *
15885090 ATTTATTTTTT-AATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGT
127 ATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGA
** * * * *
15885141 ATTATTTTA-TTCAATATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAA-AAAAGGTA
1 ATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * *
15885204 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGA
65 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TCAG-AAACAAA
* * * * *
15885269 TTCATTTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAGAGTATTAATAAATTA-A
128 TT--TATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGA
* * * * * * **
15885322 TATTATTTTATTTTCAATAAGCCTATATGAGTCGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTC
1 -ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * *
15885387 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-CTATGACTATTTAAACTTGTTCAAGAAACAT
65 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAG-TC-AGAAACAA
* * * * *
15885451 ATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAACTA-A
127 ATTTATTTTTTAAATCCT-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGA
** * * * *
15885503 TAGCATTTTAATCTGAATAAGCTTGTAT-AA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGT-
1 -ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * ** * *
15885564 -TACA--ATTTGAAATAAATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTTAACTTTTCTAGTAAATAG
65 ATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTC-AG-AAACAA
* * ** * * * *
15885626 ATTTATATTTTAAATCTTTTAGGTATTAATTGTCT-GAATGA-TAATAAATTTGC
127 ATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATT-TTTAAAAT-ATTAATAAATTAGA
* * * * * * * *
15885679 ATTATTTTA-ATTAAAAAAGGCTTATAGGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
1 ATTATTTTATTTTGAATAA-GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * *
15885743 ATGGA-GATTTGAAATAGGCAATTGTACAAATAGTCAT-ACTATTTGAACTTGTCCGATAAACAA
65 AT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-C-AGAAACAA
* * * * * *
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127 ATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGA
* *** * * * * *
15885859 ATTATGTTATTCCCAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGTCAAAATAAATGTTCA
1 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * *
15885924 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTAGTCAGGCCAACGAAT
66 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCA-G-AAACAAAT
*
15885989 TTATTTTTTAAATCCGTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGC
129 TTATTTTTTAAATCC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGA
* * * * * * *
15886040 ATTACTTTATTCTAAATAAGAC-TGCATCAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTC
1 ATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * ** * * * **
15886104 ATACTGATATGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTGTAACCAATTGAACTGGTTTGGTAAACAAA
65 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TCAG-AAACAAA
* *
15886169 TTTATTTTTAAAAT-C-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA-A
128 TTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGA
* * * * * * * * * * *
15886216 CATTATTTTATTTTGAACAAACTTTTATCAACAAAAACATTTGTTTTACGACAAAACGAAATGAC
1 -ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * * * *
15886281 ATAACGATTTGAAATAGATAATTAATCATATAGCCTTAACTATTTGTACTAGTTCAACAAACAAA
65 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TC-AGAAACAAA
* * * * * * * *
15886346 TTTATTTTTCAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTGGT
128 TTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGA
* * * * ** *
15886398 ATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-CGTAAATAATTTTTTTATGACAAAATAAAAAATT
1 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *
15886461 ATAATGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTGGTTCAG---TAAA-
65 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TCAGAAACAAAT
** * *
15886522 -TA---GAT-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGC
129 TTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGA
* * *
15886568 ATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCA
1 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* ** * * * * * * **
15886632 AAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGCCATAACCATTTGAATTGATTCGATAAACTGAT
66 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTC-AGAAACAAAT
** * * * *
15886697 TTATGTTTTT-AATCTCCAACTTCTCAAATTTTTGAAATATTAATAAAGTA-A
129 TTAT-TTTTTAAATC-CTTACTTAT-TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGA
* * **
15886748 TATTATTTTATTTTGGATAAGCATT-TATGAA-ATGAAACAACTGTTTTATGATTAAACAAAAGG
1 -ATTATTTTATTTTGAATAAGC-TTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * ** *
15886811 TCATAATGATTTTTAAAT-GATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAATC
63 TCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TCAG-AAAC
* * * * *
15886875 AAATTTATTTTTTTAAATTCCTTGCTTATTAATTTTCT-GAATGTTAATAAAATAGT
125 AAATTTA-TTTTTTAAA-TCCTTACTTATTAATTTT-TAAAATATTAATAAATTAGA
* ** * * * *
15886931 ATAATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTC
1 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
15886995 AAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACGAGTTTAGGAAATACA
65 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TCA-GAAACAAA
* **
15887060 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAGTTTAGTA
128 TTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG-A
** *** * * *
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1 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *
15887175 AT-ATCGATTTGATATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTCCAATAAACAA
65 ATAAT-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-C-AGAAACAA
* * * * *
15887239 ATTTAGTTTTTACAT-C-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATTAGT
127 ATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGA
** * *
15887288 ATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
1 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * * * * *
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** ** *
15887418 TTATTTTTTAAATATTTACTTATTAATTTTGGAAATTTTAATAAATTA-A
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*** *
15887467 TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGT
1 -ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* *
15887531 CATATTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GTCATAACTATTTGAA-AATGTTCA-AAA-AA
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** * ** * *
15887592 TTGATTT-TTTTTT-AATTTTTACTTATTAATCTTTGGAAT-TTAGTAAATTTA-T
127 ---ATTTATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGA
*** *** *
15887644 ATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAACCCTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCA
1 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * *
15887709 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTTAACTTGTTCGGTAAGCACAT
66 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TCAG-AAACAAAT
* * * * * *
15887774 TCATTTTTTAAATCTCTTAC-TAGTTAATTTTTAGAATAGTAAGAAGTTAGT
129 TTATTTTTTAAATC-CTTACTTA-TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGA
* * * * * * **
15887825 ATTATTTTTATTTCGAATAAGCTAGTACGAATTGATACAATTGTTTAATGATGAAACAAAAGGTC
1 ATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * ** *
15887890 ATAACGATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTTTCGGTAAAC--AT
65 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCAG-AAACAAAT
* * * * **
15887953 AT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTGTCGAAATATTAATAAATTA-A
129 TTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGA
* * * * *
15888002 TATTATTTTAATTTGAATAAGCTAGTATGAACA-AATATAATTGTTTTATGACAAAA-AAATGGT
1 -ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * *
15888065 CATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
64 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
15888114 ATTATTTGGT
Statistics
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0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 110 0.05
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184 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCAGAAACAAATTT
ATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGA
Found at i:15886860 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15886535--15888133 Score: 857
Period size: 182 Copynumber: 8.9 Consensus size: 180
15886525 ATAATCTCTT
* * * *
15886535 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAGGC-TTGTATGATA
1 ACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATT-TATGA-A
* * * * *
15886599 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAGATA
64 ATAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAA-GATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA
* * **
15886663 GCCATAACCATTTGAA-TTGATTCGATAAACTGATTTATGTTTTT-AATCTCC-A
128 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATGTTTTTAAAT-TCCTA
* * * *
15886715 ACTTCTCAAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCATTTATGAAA
1 ACTTAT-AAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATTTATGAAA
* * * *
15886780 TGAAACAACTGTTTTATGATTAAACAAAAGGTCATAATGATTTTTAAAT-GATAATTGTTTAAAT
65 T-AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA-AAAGA-TTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
* * * * *
15886844 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAATCAAATTTATTTTTTTAAATTCCTT
127 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATGTTTTTAAATTCCTA
* * * * ** * *
15886898 GCTTATTAATTTTCTG-AATGTTAATAAAATAGTATAATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAAC
1 ACTTATAAATTTT-TGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATTTATGAAA
*
15886962 TAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AAT
65 T-AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAA-GATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAAT
* ** * * * * *
15887026 AGTCTTAACTATTTGAACGAGTT-TAGGAAATACATTTAT-TTTTTAAA-TCTCTT
127 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATGTTTTTAAATTC-CTA
* * * *** * ** *** * *
15887079 ACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAGTTTAGTAATATTTTGCTCCAAATAAG-TTTGTATAGAT
1 ACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATT-TAT-GAA
* * * * ** * * *
15887143 AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATATCGATTTGATATATATAATTGTTCAAATA
64 ATAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA-AAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA
* * * * *
15887207 ATCATAACTATTTGAACTGGTCCAATAAACAAATTTA-GTTTTTACA-T-CT-
128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATGTTTTTAAATTCCTA
* ** * * **
15887256 -CTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTTTGTATGAAT
1 ACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATT-TATGAA-
* * * * * * * *
15887319 AGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAAGAAATAATTATTTAAATA
64 ATAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA-AAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA
* * * *** * * * *
15887384 ATCAAAACTTTTTGAACTCAATCAATAAATAGATTTAT-TTTTTAAATAT--TT
128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATGTTTTTAAAT-TCCTA
* * * * * *** *
15887435 ACTTATTAATTTTGGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATA
1 ACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATTTATGAA-A
* * ** *
15887500 GAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATATTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-
65 TAAACAATT-GTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA-AAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA
** * * * * *
15887563 GTCATAACTATTTGAAAATGTTC---AAA-AAATTGATTTTTTTTTAATT-TTT
128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TGTTTTTAAATTCCTA
* * * * * ***
15887612 ACTTATTAATCTTTGGAAT-TTAGTAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGC-TTGTATGAA
1 ACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAA-ATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATT-TATGAA
* *** * * * *
15887674 TAGAAACAACCCTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
64 -ATAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA-AAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
* * * * * * *
15887739 AGTCATAACTGTTTTAACTTGTTCGGTAAGCACATTCAT-TTTTTAAA-TCTCTT
127 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATGTTTTTAAATTC-CTA
* * * ** * * *
15887792 AC-TAGTTAATTTTT-AGAATAGTAAGAAGTTAGTATTATTTTTATTTCGAATAAGC-TAGTACG
1 ACTTA-TAAATTTTTGA-AATATTAATAAAATAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCAT-TTATG
* * * * * * *
15887854 AATTGATACAATTGTTTAATGA-TGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATCGATAATTATTCA
62 AAAT-AAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCA-AAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTA
* * * * * *
15887918 AATAGTTATTACTATTTGAACTT-TTCGGTAAAC--A--TATTTTTTTAAA-TCTTTT
124 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATGTTTTTAAATTC-CTA
* * * * * * * *
15887970 ACTTATTAACTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGC-TAGTATGAAC
1 ACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCAT-TTATGAA-
* * *
15888034 A-AATATAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAATGGTCATAATA-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
64 ATAA-ACAATTGTTTTATGACTAAACAAAA-GGTCA-AA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTTAA
* * * * *
15888095 ATAGTTATAACTATTTGAAATTATTTGGTAAACAAATTT
125 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTT
15888134 GAAATAAGCT
Statistics
Matches: 1140, Mismatches: 213, Indels: 131
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 13 0.01
176 220 0.19
177 164 0.14
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179 30 0.03
180 200 0.18
181 161 0.14
182 288 0.25
183 22 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATTTATGAAAT
AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATGTTTTTAAATTCCTA
Found at i:15887217 original size:714 final size:703
Alignment explanation
Indices: 15885009--15888113 Score: 2265
Period size: 714 Copynumber: 4.3 Consensus size: 703
15884999 AATTGGTTTC
* * * * * * *
15885009 TGACAAAAGAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAACTATTTGAA
1 TGACAAAA-CAAAGATCATATCGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
15885074 CAT-GTTCAGAAAATAAATTTATTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
65 C-TGGTTCAGTAAAT-AA---A-----TAATCTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAAT
* ** * * * *
15885137 TTGTATTATTTTA-TTCAATATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAA-AAAA
120 TAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * ** * **
15885200 GGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAA
184 GTTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAATCGA-TAA
* * * *
15885264 A-TAGATTCATTTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTCAGAGTATTAATAAATTAATATTA
247 ACT-GATT--TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTA
* * * * * * * ** *
15885327 TTTTATTTTCAATAAGCCTATATGAGTCGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAAC
308 TTTTATTCTAAATAAGCATTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * ** * *
15885392 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-CTATGACTATTTAAACTTGTTCAAGAAACATATTTA
373 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GTC-ATAACTATTTGAACTTGTT-TGGTAACAAATTTA
* * * * * ** * *
15885456 -TTTTTAAAATCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAACTAATAGCATTTTA-ATCTGA
435 TTTTTTTAAA--TTCTTCTTATTAATTTTCAGAAT-TTAATAAA-TTATATTATTTTATTTC-AA
* * * * *
15885519 ATAAGCTTGTAT-AA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGT--T-ACAATTTGAAATA
495 ATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * * * *
15885578 AATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTTAACT-TTTCTAGTAAATAGATTTATATTTTAAATC
560 GATAATTG-TTCAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTT-TAGGAAACACATTTATTTTTTAAATC
* ** * * * * * * * * * *
15885642 TTTTAGGTATTAATTGTCT-GAATGATAATAAATTTGCATTATTTTAATT-AAAAAAGGCTTATA
623 TCTTACTTATTAATT-TTTAAAAT-ATTATTAGTTAGTATTATTTT-ATTCGAATAA-GCTTGTA
* *
15885705 GGAATAGAAAAAATTATTTTA
684 TG-ATAGAAACAATTATTTTA
* * *** *** *
15885726 TGACAAAACAAAAGGTTATGGAGATTTGAAATAGGCAATTGTACAAATAGTCAT-ACTATTTGAA
1 TGACAAAAC-AAAGATCATATCGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
15885790 CTTG-TCCGATAAACAAACTCAGTTTTTAAGTCTCTTATTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAA
65 CTGGTTCAG-TAAA-TAA---A-----TAA-TCTCTTACTTATTAATTTTCGA-AATATTAATAA
* * *** * * * *
15885853 ATTAGAATTATGTTATTCCCAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGTCAAAATAAA
118 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* ** * * * ***
15885918 TGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTAGTCAGGCCA
183 AGTTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATC-GATAA
* ** *
15885983 AC-GAATTTATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACT
247 ACTG-ATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
** * * * *
15886046 TTATTCTAAATAAG-ACTGCATCAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATACTG
310 TTATTCTAAATAAGCA-TTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * ** * * *
15886110 ATATGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTGTAACCAATTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTA--
374 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT-AACAAATTTATT
* * * ** * *
15886173 TTTTTAAAATC-TCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTTTGAACAAA
437 TTTTTAAATTCTTCTTATTAATTTTCAGAAT-TTAATAAATT-ATATTATTTTATTTCAAATAAG
* * * * * * * * *
15886237 CTTTTATCAACAAAAACATTTGTTTTACGACAAAACGAAATGACATAACGATTTGAAATAGATAA
500 CTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
** * * * ** * * *
15886302 TTAATCATATAGCCTTAACTATTTGTACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAA
565 TTGTTCA-ATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGGAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * *
15886367 TTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTGGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGA-ACGTA
629 TTATTAATTTTTAAAATATTATTAG-TTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGATA-G-A
* *
15886431 AATAATTTTTTTA
691 AACAATTATTTTA
* * * * *
15886444 TGACAAAATAAAAAATTATAAT-GACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTA
1 TGACAAAA-CAAAGATCAT-ATCGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
15886508 ACTGGTTCAGTAAATAGATAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTAT
64 ACTGGTTCAGTAAATAAATAATCTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *
15886573 TTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAACA
129 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACA
* * * * * *
15886637 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGCCATAACCATTTGAATTGATTCGATAAACTGATTTATG
194 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AATCGATAAACTGATTTAT-
** * * * * **
15886702 TTTTT-AATCTCCAACTTCTCAAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGAT
257 TTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAAT
* ** *
15886766 AAGCATTTATGAA-ATGAAACAACTGTTTTATGATTAAACAAAAGGTCATAATGATTTTTAAAT-
321 AAGCATTTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATA
*
15886829 GATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAATCAAATTTATTTTTTTAAATT
384 GATAATTGTTCAAAT-GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAA-CAAATTTATTTTTTTAAATT
* * * *
15886894 CCTTGCTTATTAATTTTCTGAATGTTAATAAAATAGTATAATTTTATTTCAAATAAGCATATATG
447 -CTT-CTTATTAATTTTCAGAAT-TTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATG
* *
15886959 AACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTA
508 AACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-A
* *
15887024 ATAGTCTTAACTATTTGAACGAGTTTAGGAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
572 ATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGGAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * *
15887089 TTTTAAAATATTATTAGTTTAGTAATATTTTGCTCCAAATAAGTTTGTATAGATAGAAACAATTA
637 TTTTAAAATATTATTAG-TTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTGTAT-GATAGAAACAATTA
15887154 TTTTA
699 TTTTA
* *
15887159 TGACAAAACAAAGATCATATCGATTTGATATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
1 TGACAAAACAAAGATCATATCGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
15887224 TGGTCCAATAAACAAATTTAGT-TTTTACATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATTAGT
66 TGGTTCAGTAAATAAA--TAATCTCTT--A---CTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGT
** * * *
15887288 ATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
124 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCA
* * * * * * * *
15887353 TAACGATTTGAAAGAAATAATTATTTAAATAATCAAAACTTTTTGAACTCAATCAATAAA-TAGA
189 TAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AATCGATAAACT-GA
* * * *
15887417 TTTATTTTTTAAATAT-TTACTTATTAATTTTGGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCC
252 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT
* *
15887481 AAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATATTGATTTGAA
317 AAATAAGCATTTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
** * * * *
15887545 ATAGATAATTGTTCAAATGTCATAACTATTTGAAAATG-TT--CAAAAAATTGATTTTTTTTTAA
381 ATAGATAATTGTTCAAATGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAACAAATTTA-TTTTTTTAAA
* * * *
15887607 TTTTTACTTATTAATCTTT-GGAATTTAGTAAATTTATATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTA
445 TTCTT-CTTATTAAT-TTTCAGAATTTAATAAA-TTATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATA
*** * *
15887670 TGAA-TAGAAACAACCCTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
506 TGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
15887734 CAAATAGTCATAACTGTTTTAACTTG-TTCGGTAAGCACATTCATTTTTTAAATCTCTTAC-TAG
570 C-AATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGG-AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-
* * ** * * * *
15887797 TTAATTTTTAGAATAGTAAGAAGTTAGTATTATTTTTATTTCGAATAAGCTAGTACGAATTGATA
632 TTAATTTTTAAAATA-TTATTAGTTAGTATTA-TTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATG-ATAGAAA
* *
15887862 CAATTGTTTAA
693 CAATTATTTTA
** * * ** * * *
15887873 TGATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAA
1 TGACAAAAC-AAAGATCATATCGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * ** * * * *
15887938 CT-TTTCGGTAAACATATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTGTCGAAATATTAATAAATTAA
65 CTGGTTCAGT-AA-ATA----AAT-AATCTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
15888002 TATTATTTTAATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAATATAATTGTTTTATGACAAAA-AAATGGTC
123 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTC
* *
15888066 ATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
188 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
15888114 ATTATTTGGT
Statistics
Matches: 1902, Mismatches: 393, Indels: 189
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
708 95 0.05
709 184 0.10
710 11 0.01
711 9 0.00
712 13 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (703 bp):
TGACAAAACAAAGATCATATCGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TGGTTCAGTAAATAAATAATCTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAAT
TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATCGATAAACTGATTTATTTTT
TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCA
TTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
GTTCAAATGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAACAAATTTATTTTTTTAAATTCTTCTTATT
AATTTTCAGAATTTAATAAATTATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATT
ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTCTTAACTAT
TTGAACTAGTTTAGGAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAT
TAGTTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGATAGAAACAATTATTTTA
Found at i:15887977 original size:358 final size:356
Alignment explanation
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** * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** *
15885090 ATTTATTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTC-
130 ATTT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCT
* * * * * *
15885153 AATATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAA-AAAAGGTAATAATGATTTGAA
192 GA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* *
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* *
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* * * * **
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1 GTATTATTTTA-TTTCAAATAAG-CTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * *
15885384 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-CTATGACTATTTAAACTTGTTCAAG-AA
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* * * **
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* * * *
15885512 AATCTGAATAAGCTTGTAT-AA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGT--T-ACAATT
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
15885677 GCATTATTTTAATT-AAAAAAGGCTTA-TAGGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
1 GTATTATTTTATTTCAAATAA-GC-TAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * ** * * *
15885740 GTTATGGA-GATTTGAAATAGGCAATTGTACAAATAGTCAT-ACTATTTGAACTTGTCCGATAAA
64 GTCAT-AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTCAG-TAAA
* ** * * * * * *
15885803 CAAACTCAGTTTTTAAGTCTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTA
127 CATA-T-TTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA
** * * * * * *
15885868 TTCCCAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGTCAAAATAAATGTTCATAATGATTT
188 TTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * **
15885933 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTAG-TCAGGCCAAC-GAATTTATTTT
253 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAG-ATTTATTTT
*
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316 TTAAATCTC-TTAC-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
* * * * * *
15886038 GCATTACTTTA-TTCTAAATAAGACT-GCATCAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATG
1 GTATTATTTTATTTC-AAATAAG-CTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * ** * * *
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* *
15886164 ACAAATTTATTTTTAAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAACATTATTTT
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* * * * * * * * * * * *
15886225 ATTTTGAACAAACTTTTATCAACAAAAACATTTGTTTTACGACAAAACGAAATGACATAACGATT
187 ATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
** * * * * * ** *
15886290 TGAAATAGATAATTAATCATATAGCCTTAACTATTTGTACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTT
252 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT
* * * * * * *
15886355 CAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTG
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* * * * * * **
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1 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * *
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** * * * *
15886522 TA-----GAT-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTT
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* * * * *
15886581 GAATAGGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAACAATTTGAAA
192 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * *
15886645 TAGATAATTGTTCAGATAGCCATAACCATTTGAA-TTGATTC-GATAAACTGATTTATGTTTTT-
257 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACAGATTTAT-TTTTTA
** *
15886707 AATCTCCAACT-TCTCAAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTA
319 AATCTCTTACTAT-T--AATTTTTAG-AATATTAATAAATTA
* *** * * **
15886747 ATATTATTTTATTTTGGATAAGC-ATTTATGAA-ATGAAACAACTGTTTTATGATTAAACAAAAG
1 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTA-GTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * **
15886810 GTCATAATGATTTTTAAAT-GATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAT
64 GTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTCAGTAA-
* * * * ** * * *
15886874 CAAATTTATTTTTTTAAAT-TCCTTGCTTATTAATTTTCTGAATGTTAATAAAATAGTATAATTT
126 -ACATAT-TTTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTA-TATTATTT
* * * * * *
15886938 TATT-TCAAATAAGCATATATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACG
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* * ** * * * *
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* * **
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* ** * * * * *
15887110 GTAATATTTTGCTCCAAATAAGTTTGTAT-AGATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGA
1 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * *
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* * *
15887238 AATTTAGTTTTTACATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATT
129 TATTT--TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT
* ** * *
15887299 TTGAATAATTTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGA
190 CTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * * *** * *
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* * *
15887429 ATAT-TTACTTATTAA-TTTTGGAAATTTTAATAAATTA
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* * **
15887466 ATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGG
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** * * *
15887530 TCATATTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GTCATAACTATTTGAAAATGTTCA--AAAAA
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* ** *
15887592 TTGATTTTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATCTTTGGAAT-TTAGTAAATTTATATTATTTTATT
129 -T-ATTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTAAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATT
** *** * *
15887655 CAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAACCCTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
190 CTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * *
15887720 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTTAACTTGTTCGGTAAGCACATTCATTTTTTAA
255 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * *
15887785 ATCTCTTACTAGTTAATTTTTAGAATAGTAAGAAGTTA
320 ATCTCTTACTA-TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
* * * * * **
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1 GTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * *
15887888 TCATAACGATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTTTCGGTAAACAT
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* **
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130 ATTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATT-ATATTATTTT-ATTCT
* * * * **
15888016 GAATAAGCTAGTATGAACA-AATATAATTGTTTTATGACAAAA-AAATGGTCATAATAATTTGAA
192 GAATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* *
15888079 ATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
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15888114 ATTATTTGGT
Statistics
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
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TTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTCTGAAT
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TACTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
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15888001 ATATTATTTT
* *
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**
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* *
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*
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Statistics
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* * * * ** *
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* * * * * *
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*
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* * *
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* * * * *
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* *
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** * * * *
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* * * * ** * * * * ** *
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* * * ** **
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129 TCTCTTACT-TATTATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTACGTTATTCTG
* * * * * * **
15888671 AACAAACTTATATGAGCAAAAACATTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TAATAATGATTTGAA
1 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAA-AACAATTTGAA
* * * *
15888735 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
64 ATAGATAATTGTTCAAACAGCCATAACTATTTGAACT
15888772 AGTTTTGCAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAAT
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TCTTACTTATTATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTACGTTATTCTG
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15888766 TGAACTAGTT
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Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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* *
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15888781 AAAATAATTG
* * *
15888791 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCT-GATTAAAA
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* * * *
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* * * *
15888919 TTAACAAGTTCAAATAGTCATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
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* * * * * * * *
15888971 TTATGACCTTCTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAATTAATATAATCTTATTTGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * * * *
15889036 AATTCTAATTTATTAATATATCAAAAATTAATGAG--AGA-ATTTAAAAAATGAATCTGTTTACC
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* * * * * * *
15889098 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTTTCTATTTTAAAACA
130 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * ** * *
15889149 TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGAATCTATTCATGCAAGCTTATTTCGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * * *
15889214 AATATGAATTTATAAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATTTTTTCT
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* * * * * *
15889278 AAACACGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCAATTCCAAATCG
130 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
*** * * * *
15889329 TTATGATAATTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATACAAGCCTATTCGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
** * *
15889394 AATATGAATTTATTAATATTTTTGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAATCTGTTTAAT
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * * * *
15889575 AATACTAATTTATTATTATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACC
66 AATA-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT
* * * * *** **
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130 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ** *
15889691 TTATGACATTTTATTTTGTCACAAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * * * * *
15889756 TAATACCAGTTCATTACTATTTCAAAAATTAATAAG-----GATTT-AAAAATAAATGTGTTT-T
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *** *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* ** * *
15889931 TAATA-ACAGTTTATTAACATTCAAAAAATCAATAAGTAAGAA-A-TT--AAAA-AAATCTATTT
65 TAATATA-A-TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * *
15889990 ACCAAAGAAGTTTAAATAGTCATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA
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* * ** * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* ** * * * * * *
15890108 TACTATTTCTTTATTAAAATTTAAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAATATAAAT-TAG-TTA
65 TAATA-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTA
* ** ** * *
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* * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * * * * *
15890289 TAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTATTTA-
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* * * * * * * **
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* * * * * * * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * * * * *
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66 AATA-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT
* * * * * * *
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* ** * * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTTGGAATAA
* * * * * * * *
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63 AATAATA-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * *
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* * * * * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* * *
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66 AATA-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * *
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129 TAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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128 --CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * **
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* * * * * *
15891196 TAATTCTATTTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTA-
65 TAA-TATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
** * * * *
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* * * **
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* * * ** * *
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* * **
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** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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* *
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* * * * ** * **
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* * * *
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** * *
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* * ** * * * *
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** * * *
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* * ** * * * *
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* * * * *
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129 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * ** ***
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* * * *
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66 AATA-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT
* * * **
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* * * * * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * ** * * **
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* * * * * *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGC----T-----T--A-
* * * ** * **
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** * * * * * * ** * *
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**
15892930 TG
179 CA
* * * * * **
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* * * * * * *
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** ** * ** * * * * * **
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128 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
15893113 TTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGA-TCATACTAGATGATTTGG-ATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAA
* * * *
15893175 ATAATACTAATTTCA-TAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTACAAAATAAATGTGTTT
64 ATAATA-TAATTT-ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * * *
15893239 -GTGAATAAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA
127 ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *** *
15893292 TTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTTATACAAACTTATTCAAAAGAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
* ** * * * *
15893357 AATACTAATTTATTAA-CTTTCGAAAATGTAATAAGCAAGAGATTCAAAAAAATAAATCTATTTA
66 AATA-TAATTTATTAATATTTTAAAAAT-TAATAAGTAAAAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * *
15893421 CCAAGCAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTCTACATCG
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* * * * * * ****
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1 TTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
* * ** * *
15893539 TAATACTATTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGGGATTAAAAAAATAAAT-TAATTTA
65 TAATA-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTA
* * * *
15893603 CTTAATC-AGTTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
128 C-TAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
*
15893656 TTATTACCTTT
1 TTATGACCTTT
15893667 GAACCAGTTC
Statistics
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AATATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTA
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Found at i:15890675 original size:896 final size:886
Alignment explanation
Indices: 15888786--15893666 Score: 3125
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15888776 TTGCAAAAAT
* **
15888786 AATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA-TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCT-GA
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* *** *
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* * *
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* * *
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* * *
15889041 TAATTTATTAATATATCAAAAATTAATGAG--AGAATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAA
252 -AATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAA--AATCTGTTTACCAAACAA
* * * * * *
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** * * * *
15889168 CATAAAATAATTGAATCTATTCATGCAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATATGAATTTATAAAAA
376 CATAAAATAATTGTTTCTATTCAT-AAAGTTTATTT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAA
* **
15889232 TTTCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAA-TATTTTTTCTAAACACGTTCAAATAAT
439 TTT-AAAAATTAATAAGTTAAAGATTT-AAAAATAAATTA-TTAATC-AAACA-GTTCAAATAAT
* * * *
15889295 TATGACTATTTAAACAATTATCAATTCCAAATCGTTATGATA-ATTTGTTTTGTCATAAACCAAT
499 TATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * ***
15889359 TATTTCTATTCATACAAGCCTATTCGGAATAAAATAATA-TGAATTTATTAATATTTTTGAAATT
563 TGTTTCTA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * *
15889423 AATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAATCTGTTTAAT-GAACAAGTTCT-AATAGTTATGACTGTT
626 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ATCAAACAAGTT-TAAATAGTTATGACTATT
* * * * * *
15889486 TAAACAATTATATATTTCCAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTATTTCTATTC
689 TGAACAATTATATATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTC
* * * * * * *
15889551 TTTCAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAG
754 ATACAAGTTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * *** *
15889616 ATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGCTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATTGTTATCTA
819 ATTTAAAAAATAAATTTGTTT--CAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
15889681 TTTCA
882 TTTCA
* *
15889686 AATTGTTATGACATTTTATTTTGTCACAAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAA
1 AATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCACAAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAA
* * * *
15889751 TAAAATAATACCAGTTCATTACTATTTCAAAAATTAATAAG-GATTTAAAAATAAATGTGTTTTT
66 TAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTTT
* * * * * *
15889815 CGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATGTCAAATCATTTTGATCTTTTA
131 C-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * *
15889880 TTTAGTAAAAAAATAATTGTTTTAGTTTATACATGCTTATTCAAAATATAATAATAACAGTTTAT
195 TTTTGTAATAAAATAATTGTTTTAATTTATA-ATGCTTATTTAAAATAAAATAATATCAATTTAT
* * * * *
15889945 TAACATTCAAAAAATCAATAAGTAAGAAATT-AAAAAAATCTATTTACCAAAGAAGTTTAAATAG
259 TAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * *
15890009 TCATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAAC
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* * * **
15890074 CGTTTC-AGTGCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATACTATTTCTTTATTAAAATTTAAAAAATT
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* * * ** *
15890138 GATAAGTTAGAGATTTAAAATATAAATTAGTTAATCAAATTAGTTTGAATAATTAT-AGCCATTT
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* * * *
15890202 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTCATCA
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* *
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* * * * * *
15890332 TTTAAAAAATTAATCTATTTATCAAACCAGTTTAAATAGTTCTAACTATTTGAATAGTTATATAT
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** * * * * *
15890397 TTCAAATTGCTATAACCATTTGTTATCTCATAAAATAATTATTTCTATTCACACAAGTTTTTTTG
704 TTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTTTTTG
* * *
15890462 AAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
769 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
15890527 TTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCA
834 TTGTTT-C-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCA
* *** * * * * ** * *
15890582 AATCGTTATGACTTTTTGTTTTGT-TGTAAAATAGTTTTTTTTTAGTTCTTAGTAACTTATTTGG
1 AATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCACAAAAATA-ATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTATTTAG
* *
15890646 AATAAAATAA-AGCAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ACAATT
64 AATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAA---ATTAA-TAAGAGATTTAAAAATA-AA-T
* ** * * * *
15890709 ATGTCTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
123 ATGTTTTTC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* ** * * ** * * *
15890773 GACCATTTGTTTTGCCATAAAACAAATGTTTTTCTTCATATAA-GTTTGTTTAGAATAAAATAAT
186 GACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTTAATT--TATAATGCTTATTTAAAATAAAATAAT
* ** * * *
15890837 ATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA
249 ATCAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAA-TT-AAAAA-AAATCTGTTTACCAAA
* * * *
15890902 CCAA-TTCAATTAGTTAT-AGCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCATTTGTT
310 -CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC-TTT-TT
* * * * * *
15890965 TTTTTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAGTCTATTCGAAATAAAGTAATACTAATTTATTA
371 TTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTA
* * ** * *
15891030 ATATTCTAAAAATTAATAAG-TAATAGATTTAAAAAGTGAATCTATTAGCCTAACCAGTGCAAAT
436 AAATT-TAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAA-TAAAT-TATTAATC-AAACAGTTCAAAT
* * * * * *
15891094 AGTTATGATTGTTTTAAGCAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTATCACAAAA
496 AATTATGACT-ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * ** * ** * *
15891158 CAATTGTTTCTGTTCATGCCAA-TTTATTTGAAATAGCATAATTCTATTTTATTAATA-TTCTAA
559 CAATTGTTTCT-ATCAT-ACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AA
* ** * * *
15891221 AAACTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCAAATGACTATAAATAATTATGACT
621 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACT
** * *
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686 ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA
* * * **
15891350 TTCATACAAGCTTATTTT-AAATAAAATTATACAAATTTATTAATATTC-AAACAACGAATAAGT
751 TTCATACAAG-TTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA-AATTAATAAGT
* *
15891413 AAAAGATTAAAAAAATAAATCTGTCTATCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
814 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGT-T-TCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
15891477 TATTTATTTCA
876 TATTTATTTCA
* ** * * * *** * *
15891488 AATTGTTATGATTTTTTGTTTTGTCA-TGACACAATTGTTT-TCTTCATACAAGCCTATTTGGAT
1 AATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCACAAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAA
** * * * *
15891551 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAAAAATTTTAAAATAAATATGT
66 TAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAATAAATATGT
** * * * * *
15891616 TTACCGAACAAGTTTAAATAGTGATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
127 TTTTC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * * * * * *
15891681 ATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAAT-ATCA-CTA
191 TTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTTAATTTATA-ATGCTTATTTAAAATAAAATAAT-ATC-A
* * * * *
15891744 ATTTCTTAATATTCTAGAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACAAG
253 ATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGA-AATTAAAAAA--AATCTGTTTACCAAACAAG
* * * *
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314 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTTTTATCAT
* * * * * * *
15891861 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAACAAT-TAAATATATTCATATTT
379 AAAATAATTGTTTCTATTCATA-AAGTTTATTT-GAAATAAAATAATATTAATTTATT-AAAATT
* * ** * * ** * * *
15891924 TGAAATTTGTTAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTCT
441 TAAAAATTAATAAGTTAAAGATTT-AAAAATAAA-TT-ATTAATCAA-ACAGTTCAAATAATTAT
* * * ** * * * *
15891987 AACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATATTTATGACCTTTTGTTTTGTGAT-AATCTAATTTT
502 GACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGT
* * * * *
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* * * * ** * * * *
15892115 AGTAAAAGATTTAAAAAAATAATTTTGTTT-TCCAAGTAAGGTTAAATAATTATGATTGTTTGAA
630 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTAT-CAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * ** * * *
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693 C-AATTATATATTTCAAATCA-CTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
* * * ** * * *
15892242 ACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACT-CTTTATTAATATTCTGCAAATTGATTAGTAGAAGAT
756 ACAAGTTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * * *
15892306 TTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAATCATGTCTATTTGAACAATTTTTTATT
821 TTAAAAAATAAATTTGTTT-C-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT
15892371 TCA
884 TCA
** * * * * * * * * * *
15892374 AATCATTATAACCTTTCGTTTTGTCA-TAATACAATTGTTTTTTTTCATACAAAATTATTCAAAA
1 AATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCACAAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAA
** * * * *
15892438 TAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTA
66 TAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTT
* * * * ** * *
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130 TC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * ** * * * * * * *
15892566 TATTTTGTAATACAATCGTTGTTTCT-TTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAATGATA-CTAGT
193 TGTTTTGTAATAAAATAATTGTTT-TAATTTATA-ATGCTTATTTAAAATAAAATAATATC-AAT
* * * * * * *
15892629 TTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACCAA-T
255 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGA-AATT-AAAAA-AAATCTGTTTAC-CAAACAAGT
* * ** * * * ** * * * *
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* * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * **
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** * * * * *** * * *
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* * * * ** * * *
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* * * ** * *
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* * *
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** * * * * * * * * *
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* * * * * *
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66 TAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAAT-TAAT----AAGAGATT--TAAAAATAAATA
* ** * * * *
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* ** * * * * * * **
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187 AC-CTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTT-TAATTTA-TAATGCTTATTTAAAATAAAATAAT
* * ** * *
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249 ATC-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATT--AAAAA-AAATCT-GTTTAC-C
* * * * * *
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CAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
TTTGTAATAAAATAATTGTTTTAATTTATAATGCTTATTTAAAATAAAATAATATCAATTTATTA
ATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTTTTATCATAAAATAATTGTT
TCTATTCATAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTAAAAATTAATAAGT
TAAAGATTTAAAAATAAATTATTAATCAAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATC
TATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATCATACAAGCCTATT
TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
ATCTATTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCACTA
TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTTTTTGAAATAAAATAAT
ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTCAAACT
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** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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**
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* * * *
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** * * *
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* * * * *
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* * *
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Consensus pattern (181 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGGCA
TAAAACAATTGTTTCAATTCACACAAACTTATCCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
AAAAAATTAATAAGCAAGAGATTAAAAAAATAAATTAATTTACTCAAGCAA
Found at i:15893644 original size:182 final size:182
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Indices: 15892810--15893666 Score: 523
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * **
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* * * * * * * *** *
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128 ACCTTTTGTTTAGGCATAAAACAATTGTTTCAAT--TCACAC-AAACTTA-TCCAAAAG
* * * * * *
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1 AAAATAATACT-ATTTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATCTA
* * * * * *
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* * * * *
15893299 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTTATACAAACTTATTCAAAAG
130 CTTTTGTTTAGGCATAAAACAATTGTTTCAATTCACACAAACTTATCCAAAAG
* * * *
15893352 AAAATAATACTAATTTATTAA-CTTTCGAAAATGTAATAAGCAAGAGATTCAAAAAAATAAATCT
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* * * *
15893416 ATTTAC-CAAGCAAATTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAATAATTATCTA-TTCTACATCGTTAT
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* * ** * *
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127 GAC-CTTTTGTTTAGGCATAAAACAATTGTTTCAATTCACACAAA-CTTATCCAAAAG
* *
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* * * *
15893599 TTTACTTAATCAGTTCAAATAATTATAG-CCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTAC
65 TTTACTCAATCAGTTCAAATAGTTATAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
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130 CTTT
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Statistics
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0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
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179 64 0.12
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Consensus pattern (182 bp):
AAAATAATACTATTTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATCTAT
TTACTCAATCAGTTCAAATAGTTATAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
TTTTGTTTAGGCATAAAACAATTGTTTCAATTCACACAAACTTATCCAAAAG
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15893599 TTTACTTAAT
* * *
15893609 CAGTTCAAATAATTATAGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTGAAC
1 CAGTTCAAATAATTATAGCCATATGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTGAAC
* *
15893671 CAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTT
1 CAGTTCAAATAATTATAG-CCATATGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTT
15893729 TGTTTTGTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CAGTTCAAATAATTATAGCCATATGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTGAAC
Found at i:15893864 original size:243 final size:244
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15893420 ACCAAGCAAA
* * * * * *
15893430 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTCTACATCGTTATGACATTTTTGTTTTGGC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATATATTCTAAATCATTATGACACTTTTGTTTTGGC
* * *** * *
15893495 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATT
66 ATAAAACAATTATCTCAACTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT
* * * * *
15893560 TAAAAAATTAATAAGTAAGGGATTAAAAAAATAAATTAATTTACTTAATCAGTTCAAATAATTAT
131 TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATTAATTTACTGAACCACTTCAAATAATTAC
* * *
15893625 AGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTGAACCAG
196 AACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTACCTTTGAACCAG
*
15893674 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATATATT-TCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGT
1 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATATATTCT-AAATCATTATGACACTTTTGTTTTGG
* * * *
15893737 TATAAAACAATTATCTCAACTCATC-CAAGTTTATTCATAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
65 CATAAAACAATTATCTCAACTCA-CAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
* * * *
15893801 TTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-TAGAACCAACTT-AAATAA
129 TTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATTAATTTACT-GAACC-ACTTCAAATAA
*
15893864 TTACAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
192 TTACAACCATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
15893897 TGTTATAACC
Statistics
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TTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATATATTCTAAATCATTATGACACTTTTGTTTTGGC
ATAAAACAATTATCTCAACTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT
TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATTAATTTACTGAACCACTTCAAATAATTAC
AACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTACCTTTGAACCAG
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15893664 TTTGAACCAG
* * ** *
15893674 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTA
1 TTCAAATAATTAA-ACTATATGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
15893739 TAAAACAATTATCTCAACTCATCCAAGTTTATTCATAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTT
65 TAAAACAATTATTTCAACTCATACAA-TTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* *
15893804 CAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATAGAACCAAC
129 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-TAGAA-CTAC
* *
15893856 TT-AAATAATTACAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTT-TTTTGTCA
1 TTCAAATAATTA-AACTATATGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *** * *
15893919 TAAAATAATTATTTCTGTTCATACAATCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTT
65 TAAAACAATTATTTCAACTCATACAAT-TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * ** *
15893984 TGACAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCA-AACTAC
129 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT--TAGAACTAC
* * * * ** ** * **
15894035 TTCAAATAATTAAGACTAAATGAACAATTATCTATTTCAAATAGGTATGATATTTCATTTTATTG
1 TTCAAATAATTAA-ACTATATGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
15894100 TAAAACAATTTTTTCAACTCTTACTAACTTATTT-GAAATAAAATAA-ATTGAATTTATTAATAT
65 TAAAACAATTATTTCAACTCATAC-AATTTATTTAG-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* *
15894163 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTT-TGTTAGCCAAACTAG
127 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTTAG---AACTAC
* * ** * *
15894216 TTCAAATAATTATGAA-TATTTGAACAATTATCTATTTTTAATTGTTTTTACCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAATTA--AACTATATGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* **** * *
15894280 ATAAAACAA-AAGTTTTTGTTCATATAAATTTGTTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATAT
64 ATAAAACAATTA-TTTCAACTCATA-CAATTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*
15894343 CTT-GAAAATTAATAAG
127 -TTCAAAAATTAATAAG
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Statistics
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TTCAAATAATTAAACTATATGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTATTTCAACTCATACAATTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTTAGAACTAC
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Indices: 15893674--15894357 Score: 850
Period size: 361 Copynumber: 1.9 Consensus size: 361
15893664 TTTGAACCAG
* * * * * ** *
15893674 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTA
1 TTCAAATAATTAAGACTAAATGAACAATTATATATTTCAAATCAGTATGACATTTCATTTTATTA
*
15893739 TAAAACAATTATCTCAACTCATCCAAGTTTATTCATAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTATCTCAACTCATCCAACTTTATTCATAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTT
* * *
15893804 CAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATAGAACCAACTTAAATAATTACA
131 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATGTATAGAAACAACTTAAATAATTACA
* *
15893869 ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTTTTTGTCATAAAATAATTATTTC
196 ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATAATTTC
* * *
15893934 TGTTCATACAATCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTTGACAATTAATAACA
261 TGTTCATAAAATCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATCTTGAAAATTAATAACA
15893999 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACTAC
326 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACTAC
* *
15894035 TTCAAATAATTAAGACTAAATGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGGTATGATATTTCATTTTATT
1 TTCAAATAATTAAGACTAAATGAACAATTATATATTTCAAATCA-GTATGACATTTCATTTTATT
* * * * * * *
15894099 GTAAAACAATTTTTTCAACTCTTACTAAC-TTATTTGA-AATAAAAT-AAATTGAATTTATTAAT
65 ATAAAACAATTATCTCAACTCAT-CCAACTTTA-TTCATAATAAAATAAAACT-AATTTATTAAT
* *
15894161 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTT-TGT-TAGCCAAACTAGTTCAAAT
127 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATGTATAG--AAACAACTT-AAAT
* * ** * *
15894223 AATTATGAA-TATTTGAACAATTATCTATTTTTAATTGTTTTTACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
189 AATTA-CAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTT-TTTTGTCATAAAAC
* * * *
15894287 AA-AAGTTTTTGTTCATATAAAT-TTGTTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATCTTGAA
252 AATAA-TTTCTGTTCATA-AAATCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATCTTGAA
15894349 AATTAATAA
315 AATTAATAA
15894358 GAGATTGAAA
Statistics
Matches: 274, Mismatches: 38, Indels: 22
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (361 bp):
TTCAAATAATTAAGACTAAATGAACAATTATATATTTCAAATCAGTATGACATTTCATTTTATTA
TAAAACAATTATCTCAACTCATCCAACTTTATTCATAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATGTATAGAAACAACTTAAATAATTACA
ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATAATTTC
TGTTCATAAAATCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATCTTGAAAATTAATAACA
AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACTAC
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Indices: 15894557--15895124 Score: 682
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15894547 CTACCCAGAA
* * ** *
15894557 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTTAATTTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCACA
1 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACA
* * *
15894622 AAGCAATTGTTCTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCA
66 AAACAATTATTCTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCA
** * * * **
15894687 AAAGTTAACAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGGC
131 AAAGTTAACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAAC
* ** *
15894752 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTATCT
196 TATTTGAACAATCATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTATCA
15894817 ATTCATACAAGCATATTTCAAATCTATTTACTGAATAAGTT
261 ATTCATACAAGCATATTTCAAATCTATTTACTGAATAAGTT
* * * *
15894858 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACA
* * * *
15894923 AAATAATTATTTTTGTTCATA-AA-TACTTATTCAGATTAAAATAATAT-TAATTTATTAATATT
66 AAACAATTATTCTTGTTCATACAAGT--TTATTCAAAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATA-T
** * * * * * *
15894985 TTGACAA-TTAATTAA-TAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAGTTTAAATAGT
127 TCCAAAAGTTAA-CAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
* * *
15895048 AATAACTATTTGAATAATCATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATT
190 AATAACTATTTGAACAATCATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
15895112 GTT-TCAATTCATA
255 -TTATCAATTCATA
15895125 TAGGCTTATT
Statistics
Matches: 222, Mismatches: 38, Indels: 14
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Matches are distributed among these distances:
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CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACA
AAACAATTATTCTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCA
AAAGTTAACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAAC
TATTTGAACAATCATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTATCA
ATTCATACAAGCATATTTCAAATCTATTTACTGAATAAGTT
Done.