Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167993.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_25, whole genome shotgun sequence
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Warning! 94000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 92 of 100
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* * * *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* *
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* * * * * * *
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** * *
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* ** *
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* * *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTT
* * * * * * *
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** * * **
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*
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGATCTTT-TGTTT
* ** * * ** ** *
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64 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATTTATTAA
* * * * * ***
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* * * * ** * * *
15896115 CAG-TCAAATAGTTGA-GACTGTTAGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTTGTTT
1 AAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTT
* * ** * * * * *
15896178 AGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCGCACATACTTAATT-GAAATAAAATAATAATATTTTACT
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* * * * * *
15896241 AACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGGAA-ATTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-
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** * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * **
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTG
* ***
15896541 TCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATTTATTAAT
** **
15896605 ATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TT-----AT---T-TGTTTATTGAACC
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* * ** * * * *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTG
* * * * * ** * * *
15896712 TCATAAAATAATTATTTATGTTCACACAAGCGTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATA
* * * * *
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* * * * * * * *
15896828 TAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATAAATAATTATCTAATTCAAATCATTATG-TCTTTTTTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTG
15896892 TCATA
66 TCATA
15896897 GTCTGTTAAT
Statistics
Matches: 1490, Mismatches: 284, Indels: 178
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 54 0.04
170 4 0.00
171 75 0.05
172 2 0.00
173 2 0.00
175 4 0.00
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* * ** ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * **
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* *** * *
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* * * **
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* *
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* * * *
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* * * ** * * *
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* *
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* ** * * * *
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128 AAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
15899296 ATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTAGTTATATAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGC
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* * ** * * * *
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** * * * * * *
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* **
15899484 TTGTCATAAAACA
171 TTG--A-ACAATT
* ** * * * ** * * *
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** * ** * * *
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* * * * * * * * * *
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*
15899668 -ATAA
177 AAT-T
* * * ** * * **** *** * *
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* ** * * ** **
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** *** * * * * * *
15899797 GACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTGTTATAATCT-TTTATTTTGTCATCAA--ACCAT
109 -A--A--T-AAGTAA--A-AGATTT-AAA-AAATA-AATATATTTA--TCG--AACAAGTTCAAA
**
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158 TAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * ** * * *
15899881 TTTTATTTTAAATTATTATGACCCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTCTTTTTGATT-ATGA-AA
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* * * * *
15899944 GCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAATAAGTAAAAGATTT-
63 GCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * *
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126 AAAAATAAATATATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * ** * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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128 AAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * **
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*
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* * * *
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* * * * *
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* * *
15900488 TTA-TTCGGGATAAAATAATACTAATTTACTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
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128 AAATAAAT-ATATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
15900605 ATTTATTTCAAATCATTATGA-TTTTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA--T
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* * *
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* * * * *
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127 AAAATAAATATATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATT
** ** * **
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
15897688 AAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTCTCCA-TTCATATAAGTTTATTTGAA
65 -AATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGT-TTCAGTTCATACAAGCTTATTTG-A
* * * * * * * ** *
15897752 ATAAAACAATACTAA-TTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAGGAATTT
127 ATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
** * * * ** * * * *
15897816 ATTTACCGAATATGTTCAAATAG-TTATGTCTACCTGAGCAATT--ATCTATTTGAAAACAATAT
192 ATTTACTAAAAAAGTTCAAA-AGATTATGACTATTTGAAC-ATTCAAT-TATTTCAAATCATTAT
** **** * ** * *
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254 GAC-TTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCAT-AATAAAATAAT
* * *
15897942 A-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAA-T-AAA-TATGTTTTCT
317 ACT-AATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAG---AAA-TTTAAAAACTAAAACTAT-TTTTCG
* * * * * * *
15898003 AAACATGTTCAAATACTTAT-AACTATTTCAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCT-TT
376 AAACA-GGTCAAATAGTTATGAA-TATTTGAACAAATATCAATCTTAAAAT-ATTATGA--TATT
* * * ** * *** * * *
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436 TATTTTCTCATAAAAC-AATTGTCCCTAATCATCCAAGCTTATTC-AGATAAAATAATACTAATT
* * * * * *
15898129 TATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATT
499 TAATAACATTCCAAAAATTAATAAG-AGAGAGTT
* * * ** **** * * *
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1 -AAAAATAAATATGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * **
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65 AA-TCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTG-A
* *
15898291 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
127 ATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* *** * * * * *
15898356 ATTTACTGAGTGAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAACATTTATTTATTTCAAATCGTTATGAC
192 ATTTACTAAAAAAGTTCAAAAGATTATGACTATTTGAACATTCAATTATTTCAAATCATTATGAC
** * *
15898421 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTTATACAAAATTATTCATAATAAAATAATATTAA
257 TTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCATAATAAAATAATACTAA
* * * *
15898486 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAACTAAATCTATTTTTCGAAATAGTTCAA
322 TTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGAAATTTAAAAACTAAAACTATTTTTCGAAACAGGTCAA
* * * * *
15898551 ATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATCTTAAAATGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAAC
387 ATAGTTATGAATATTTGAACAAATATCAATCTTAAAATATTATGATATTTATTTTCTCATAAAAC
** * * *
15898616 AATTGTCCCTTTTCTTGCAAGCTTATTCAGATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAT
452 AATTGTCCCTAATCATCCAAGCTTATTCAGATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCCAAAAAT
*
15898681 TAATAAGTAAGAGATTT
517 TAATAAG--AGAGAGTT
* *
15898698 AAAAATAAATATGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAGGACTATTAGAACAATTATCTATTTTC
1 AAAAATAAATATGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTA-TTTC
* * *
15898763 AATCATTTTGACCTTATGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAAT
65 AATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-GAAT
* *
15898828 AAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAATCT
129 AAAATAATACTAATTTATTAAAATTC-AAAAAATTAATAAGCAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCT
* *
15898893 ATTTA-TCAAAAAAGTTCAAAAAGATT-TGACTTTTTGAATAGTCATTCCAATTATTT-ATAGTC
192 ATTTACT-AAAAAAGTTC-AAAAGATTATGACTATTTG-A-A--CATT-CAATTATTTCA-AATC
*
15898955 ATTATGAGCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATA-AAAACTTATTTGA-AATA
249 ATTATGA-CTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAAA-TTA-TTCATAATA
* *
15899017 AAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAACTGTT
310 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAG--A-A-ATTTAAAAACTAAAACTATT
* * * *
15899082 TTTTGAACCAGGTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATC-TCAAATCATTATGATAT
371 TTTCGAAACAGGTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAAATATCAATCTTAAAAT-ATTATGATAT
* ** **
15899146 TTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATCCAAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATT
435 TTATTTTCTCATAAAACAATTGTCCCTAATCATCCAAGCTTATTCAGAT-AAAATAATACTAATT
15899211 TAATAACATTCCAAAAA-TAAT-AG-GAGAGTT
499 TAATAACATTCCAAAAATTAATAAGAGAGAGTT
* ** *
15899241 AAAAATAAATGTGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCA
1 AAAAATAAATATGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTC-
* * * * *
15899306 AATCATTATGACTTTTTGTTTAGTTATATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGGAAT
65 AATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-TGAAT
15899371 AAAATAATACTAATTTATTAA
129 AAAATAATACTAATTTATTAA
15899392 CATTTATTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAAATAAATATGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCA
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AATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
ACTAAAAAAGTTCAAAAGATTATGACTATTTGAACATTCAATTATTTCAAATCATTATGACTTTC
ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTCATAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTTCAAAAACTAATAAGAAATTTAAAAACTAAAACTATTTTTCGAAACAGGTCAAATAG
TTATGAATATTTGAACAAATATCAATCTTAAAATATTATGATATTTATTTTCTCATAAAACAATT
GTCCCTAATCATCCAAGCTTATTCAGATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCCAAAAATTAAT
AAGAGAGAGTT
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15897521 TTTTGTTTCA
* **** * * *
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1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCAGAAAAACTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * * * **
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* * * * * * * * *
15897658 GTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAA
128 GTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTCTCATAAAACAA
* * * * ** * * * *
15897723 TTGTCTCCATTCATATAAGTTTATTTGA-AATAAAACAATACTAA-TTATTAATATTCCAAAAAT
192 TTGTTTCTAATCATACAAAATTA-TTCATAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCCAAAAAT
* *** * * * **
15897786 TAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAGGAATTTATTTAC-CGAATA-TGTTCAAATAGTTATGTCTAC
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* * * * * * *
15897849 CT-GAGCAATTATCTAT-TTGAAAACAATATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGAACCT
314 TTAGAACAATTATCTATCTT-AAAATATTATGATC--TTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TCCC
** * *
15897911 A-TTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAACAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
375 AGTTCATGCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * *
15897974 TAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACATGTTCAAATACTTATAACTATTTCAACAATT
439 TAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTGCCAAACATGTTCAAATACTTAGAACTATTACAACAATT
* * * * *
15898039 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTTTTTCTATTCAAAAAATCT
504 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTATGTTTAGTCATAAACTAATTATTTCTATTCAAAAAAGCT
* *
15898104 TATTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAA
569 TATTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTAAAAAA
**** * * *
15898169 AAAATCTATTTATCGGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTCGT
634 AAAATCTATTTATCAAAAAGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAACAATTAATTATTTCAAGTCAT
* **
15898234 TATAATCTTTTGTTTTG
699 TATAAGCTTTCATTTTG
* * **
15898251 TCATAAAACAATTGTTTCTATTTAGACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCAGAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *** * *
15898316 TTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGTGAGTTCAAATGGTT
66 TTCAAAAAACTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAAACTATTTACTGAACCAGGTCAAATAGTT
** ** * * *
15898381 ATGACTATTTGAACATTTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
131 ATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGT
* * * * * * *
15898446 TTTTATTTATACAAAATTATTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
196 TTCTAATCATACAAAATTATTCATAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCCAAAAATTAATA
* * * * *
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261 AGAAAGTTAAAAACTAAATCTATTTCTCGAAACAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTA
* ** *
15898576 TCTATCTTAAAATGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTCCCTTTTCTTGCAAGCTTA
326 TCTATCTTAAAATATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTCCCAGTTCATGCAAGCTTA
*
15898641 TTCAG-ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAT
391 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAT
* * *
15898704 AAATATGTTTGCCAAAC-TAGTTCAAATAGTTAGGACTATTAGAACAATTATCTATTTTC-AATC
455 AAATATGTTTGCCAAACAT-GTTCAAATACTTAGAACTATTACAACAATTATCTA-TTTCAAATC
* * * * *
15898767 ATTTTGACCTTATGTTTAGTCATAAAAC-AATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAA
518 ATTATGACCTTATGTTTAGTCAT-AAACTAATTATTTCTA-TTCAAAAAAGCTTATTCAAAATAA
* * ** *
15898830 AATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTAT
581 AATAATACTAATATATTAAAATTC-AAAAAATTAATAAGCAA-A-AAATTAAAAAAAAAATCTAT
* *
15898895 TTATCAAAAAAGTTCAAAAAGATT-TGACTTTTTGAATAGTCATTCCAATTATTT-ATAGTCATT
643 TTATC-AAAAAGTTCAAAAAG-TTATGACTATTTGAACA---ATT--AATTATTTCA-AGTCATT
*
15898958 ATGAGCTTTCATTTTG
700 ATAAGCTTTCATTTTG
* *
15898974 TCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAGAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * **
15899038 ATTTC-AAAAACTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAACTGTTTTTTGAACCAGGTCAAATAG
65 A-TTCAAAAAACTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAAACTATTTACTGAACCAGGTCAAATAG
15899102 TTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA-TATTTGTTTTCTCATAAAACAAT
129 TTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACT-TTTGTTTTCTCATAAAACAAT
* ** *
15899166 TGTTTCTAATCATCCAAGCTTATT--TGGATAAAAATAATACTAATTTAATAACATTCCAAAAA-
193 TGTTTCTAATCATACAAAATTATTCAT-AAT-AAAATAATACTAATTTAATAACATTCCAAAAAT
* * * * * *
15899228 TAATAGGAGAGTTAAAAA-TAAATGTGTTTGCT-GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAA
256 TAATAAGAAAGTTAAAAACTAAATCTATTT-CTCGAAACAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAA
* * * * * * **
15899291 TAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTAGTTATATAATAATTGTTTCAGTTCAT
320 CAATTATCTATCTTAAAAT-ATTATGATCTTTAT-TTT-GTCATAAAACAATTGTCCCAGTTCAT
* *
15899354 ACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTA
382 GCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
15899388 TTAACATTTA
Statistics
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0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
713 2 0.00
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Consensus pattern (715 bp):
TCATAAAACAATTGTTTCTATTCAGAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTCAAAAAACTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAAACTATTTACTGAACCAGGTCAAATAGTT
ATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGT
TTCTAATCATACAAAATTATTCATAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCCAAAAATTAATA
AGAAAGTTAAAAACTAAATCTATTTCTCGAAACAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTA
TCTATCTTAAAATATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTCCCAGTTCATGCAAGCTTA
TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATA
AATATGTTTGCCAAACATGTTCAAATACTTAGAACTATTACAACAATTATCTATTTCAAATCATT
ATGACCTTATGTTTAGTCATAAACTAATTATTTCTATTCAAAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
TACTAATATATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTAAAAAAAAAATCTATTTATCAAA
AAGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAACAATTAATTATTTCAAGTCATTATAAGCTTTCATTTTG
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15899600 AACCAGTTCA
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15899643 CAAATCATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATAATTATACTATTTG
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15899428 AAACAGTTAA
*
15899438 GACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTACTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
1 GACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTACTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATT
* **
15899503 TTAGCTCATATAAGCATATTTGGAATAGGATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTTAAAA
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* * * * *
15899568 GTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAA
129 GTAAAAGATTTAGAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATAA
* ** * *
15899633 TTATCTATTTCAAATCATTATTATTATTTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTGTTAAGATAAGTT
194 TTATCTATTTCAAATCATTATAATTATTTTTAATAATAAAACAATTGCTTTTGTTAAGAAAAGTT
* * * * *
15899698 GTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAG
259 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA
* *
15899763 TAAATTTGTTTACCAAACTATTTCAAATAGTATTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
324 TAAATCTGTTTACCAAACTATTTCAAATAGTATTGACTATCTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
15899828 TTATAATCTTTTATTTTGTCATCAAACCATTTTTTAT
389 TTATAATCTTTTATTTTGTCATCAAACCATTTTTTAT
* * * * *
15899865 GACTATTTGAACAATTTTTTATTTTAAATTATTATGACCCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTCT
1 GACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTACTATGA-CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTAT
* * * * * * *
15899930 TTTTGATTATGA-AAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAA
65 TTTAGATCAT-ATAAGCATATTTGGAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTTCA-AAATTAA
* * *
15899993 TAAGTAAAAGATTTA-AAAATAAATATATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAA
127 -AAGTAAAAGATTTAGAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
* * * *
15900057 TAATTATCTATTTTAAATCATTGTAACCTT-TTGTTTAATAATAAAACAATTG-TTTTAGTTTAT
191 TAATTATCTATTTCAAATCATTATAA--TTATT-TTTAATAATAAAACAATTGCTTTT-GTTAAG
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252 AAAAG-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATGAGTAAGAGA
*
15900184 ATTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAAC-ATGTTCAAATAGT-TATGACTATCTGAATAATTATCT
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Statistics
Matches: 332, Mismatches: 41, Indels: 23
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
427 101 0.30
428 83 0.25
429 34 0.10
430 113 0.34
431 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (425 bp):
GACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTACTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATT
TTAGATCATATAAGCATATTTGGAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAAAAGT
AAAAGATTTAGAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATAATT
ATCTATTTCAAATCATTATAATTATTTTTAATAATAAAACAATTGCTTTTGTTAAGAAAAGTTAT
TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATA
AATCTGTTTACCAAACTATTTCAAATAGTATTGACTATCTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
ATAATCTTTTATTTTGTCATCAAACCATTTTTTAT
Found at i:15900820 original size:362 final size:356
Alignment explanation
Indices: 15899861--15900900 Score: 1108
Period size: 362 Copynumber: 2.9 Consensus size: 356
15899851 AAACCATTTT
* * * *
15899861 TTATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTTAAATTATTATGACCCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGA--TTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * * * * *
15899926 TTCTTTTTGATT-ATGAAAGCTTATTT-GGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAA
64 TT-GTTTT-ATTCAT-AAA--TTTTTTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-AAAA
* * *
15899989 A-TAATAAGTAAAAGATTT--AAAAATAAATATATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTCATGACTA
122 ATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAAATAAAT-TATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTA
* * ** *
15900051 TTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTAACCTTTTGTTTAATAATAAAACAATTGTTT-TAG
186 TTTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-
* * *
15900115 TTTATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAA
249 TTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * **
15900180 GAGAATTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACATGTTCAAATAG
314 AAGAATTAAAAAATAAATCAATTTACCAAACATGTTCAAATAG
* * * * * *
15900223 TTATGACTATCTGAATAATTATCTATTTAAAAACATT-TCAATCTTTTGTTTTATGATAAAACAA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTAT-GAT-TTTTGTTTTATCATAAAACAA
* *
15900287 TTAGTTTTATTCATGTAAGCTTATTTC-AAATGAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAA
64 TT-GTTTTATTCA--TAA-ATTTTTTCGAAAT-AAAATAATAT-AATTTATTAATATTCTAAAAA
* * * *
15900351 TT-ATAAG-TAAAAATCTTAAAAATAAATAAGTT-TTT--GAAACACGTTCAAATAG-CTATGAC
123 TTAATAAGTTAAAGAT-TT-AAAA-AAATAAATTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTC-ATGAC
* * *
15900410 TATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGCTTTTGTCATAAATCATTTGTTTC
184 TATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * *
15900475 TATTCATAAAAGCTTATTCGGGATAAAATAATACTAATTTACTAAAATTTCAAAAATTAATAAGT
247 TATTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * *
15900540 AAAAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACTAAGCGA-GTTTAAATAG
312 AAAAGAATTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAC-ATGTTCAAATAG
* *
15900585 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATTTTTTTTTTATCATAAAACAATT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGATTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
15900650 GTTTCTATTCATACAATTTTCTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
66 GTTT-TATTCATA-AATTTT-TTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
*
15900715 TAAGTTAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTA-TATTTG
127 TAAGTTAAAGATTTAAAAAAATAAAT-TATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATG-ACTATTTG
* * * **
15900779 AACTATCATCTATTTCAAATTATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
190 AA-TATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-
** *
15900844 TCAAAA--TTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCACAAATTAATAAG
253 T-AAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
15900901 AGATTTCAAA
Statistics
Matches: 566, Mismatches: 76, Indels: 72
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
359 12 0.02
360 54 0.10
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363 61 0.11
364 9 0.02
365 7 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGATTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
GTTTTATTCATAAATTTTTTCGAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
TTAAAGATTTAAAAAAATAAATTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATATT
ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCT
TATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAA
ATAAATCAATTTACCAAACATGTTCAAATAG
Found at i:15902115 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 15902047--15902119 Score: 69
Period size: 20 Copynumber: 3.6 Consensus size: 20
15902037 TTGAACAACC
*
15902047 GATCGATCCCTTTAAG-AGGG
1 GATCGATCCC-TTATGTAGGG
* *
15902067 GATCAATCCCTTACAT-TAGGT
1 GATCGATCCCTT--ATGTAGGG
*
15902088 GATAGATCCCTTATGTAGGG
1 GATCGATCCCTTATGTAGGG
15902108 GATCGATCCCTT
1 GATCGATCCCTT
15902120 TTCTAAAAAA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 7, Indels: 8
0.74 0.12 0.14
Matches are distributed among these distances:
19 4 0.10
20 24 0.57
21 14 0.33
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.23, T:0.30
Consensus pattern (20 bp):
GATCGATCCCTTATGTAGGG
Found at i:15910635 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 15910552--15910641 Score: 76
Period size: 20 Copynumber: 4.5 Consensus size: 20
15910542 TTGAACAACC
* *
15910552 GATCGATCCCTTTAAG-AGGG
1 GATCGATCCC-TTATGTAAGG
** *
15910572 GATCGATCCCTTACCTTAGG
1 GATCGATCCCTTATGTAAGG
* *
15910592 TGATCAATCCTTTATGT-AGAG
1 -GATCGATCCCTTATGTAAG-G
15910613 GATCGATCCCTTATGTAAGG
1 GATCGATCCCTTATGTAAGG
15910633 GATCGATCC
1 GATCGATCC
15910642 GTTTTTTGGA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 10, Indels: 8
0.76 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
19 3 0.05
20 38 0.68
21 15 0.27
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.23, T:0.30
Consensus pattern (20 bp):
GATCGATCCCTTATGTAAGG
Found at i:15912222 original size:168 final size:169
Alignment explanation
Indices: 15911935--15912796 Score: 441
Period size: 180 Copynumber: 4.9 Consensus size: 169
15911925 AATAATTATG
*
15911935 ATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC
1 ATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAC
* * * *
15912000 ATCGTACATGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATCAATTTTTCAAAAATTAAT-ACGTA
66 ATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAC-TA
* *
15912064 GGA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAGGCAAGTTCCT
130 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAGGCAAGTTCCT
* *
15912103 ATTTGAACAATTATCTATTTT-AAATCGTTAT-AACTTTT-TATTCTGTTATAAAATAATTGTTT
1 ATTTGAACAATTATCT-TTTTCAAATCGTTATGAACTTTTGT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTT
** * ** *
15912165 TAGTTCATATAAGTTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTAAT-AATATTCCAAAAATTAATAA
63 TACATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT-ATCAATATTCCAAAAATTAATAA
** **
15912229 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTCGAAAC-AGTTTAAACAGTTAAGAGT
127 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TT-T----ACTAG---GCA-AGTT---CCT
* * * * *
15912284 ATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCA
1 ATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
* ** * * * *
15912348 -ATTCATAGAAGATTATT-TGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
65 CA-TCATACAAGCCTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAC
* * * ** *
15912410 TAAGTGATTTAAAAAGTGAATCCATTTACCAAATTAGCTCAAATGATTATGGCC-
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-C----TAG-GC-AA-G--T-T--CCT
* * * * * *
15912464 ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-TACATTTTG-TTTGTCATATAACAATTAATTTT
1 ATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTT
* ** ** * * * *
15912527 -TATCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTACTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGC
64 ACATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAA-C
* * ** * *
15912591 -ATGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTTAAATAATTATGACT
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTT-T---ACTAG-----GCAAGT-T-CCT
* * * ** * * *
15912644 ATTTGAATAATTGTATACTTCAAATCGTTAT-AACTTTTTGATTTGTCATAAAACAATTATTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
** * ** ***
15912708 GTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATACAAT-AATATTTTGAAAATTAATAAC
65 CATCATACAAGCCTATTCAG-AATAAAATAATACTAAT-TTATCAATATTCCAAAAATTAATAAC
*
15912771 TAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTT
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
15912797 GCCGAATTAA
Statistics
Matches: 546, Mismatches: 90, Indels: 106
0.74 0.12 0.14
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 9 0.02
168 95 0.17
169 25 0.05
170 2 0.00
171 1 0.00
174 3 0.01
175 3 0.01
177 1 0.00
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180 183 0.34
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184 1 0.00
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (169 bp):
ATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAC
ATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAACTAA
GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAGGCAAGTTCCT
Found at i:15912668 original size:360 final size:337
Alignment explanation
Indices: 15911823--15913452 Score: 1070
Period size: 360 Copynumber: 4.8 Consensus size: 337
15911813 TAGTTTTAGT
* * * * * * **
15911823 TCATAAAAGTTTA-TCCGATATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTAAAAAATTGATAAGTTA
1 TCATACAAGTTTATTCAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-CAA
* * * * * *
15911887 GAGATTTAAAAAAGAAGTC-AGTTTATCGAATCAATTCAAATAATTATG---ATTTGAACAATTA
64 GAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAA-CAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-
* * * * *
15911948 TCTTTTTCAAATCGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCGTACATG
126 TATATTTCAAATCATTATG-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAG
* * * * * * *
15912010 CCTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATCAATTTTTCAAAAATTAATACGTAGGA-ATTTAA
188 CTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-A
* * * * * *
15912073 AAAATAAATTTGTTTACTAGGCAAGTTCCTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATAACT
251 AAAATAAA----TTTATTAGCCAAATT--AATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACT
*
15912138 TTTTATTCTGT-TATAAAA-TAATTGTTTTA
310 TTTTGTT-TGTATATAAAATTAA-T-TTTTA
* * * *
15912167 GTTCATATAAGTTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTA
1 --TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAC-A
* * * * * * *
15912232 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTCGAAACAGTTTAAACAGTTAAGAGTATATGAACAATTA
63 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCG-AACAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-
* * * * *
15912297 TCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAGAAGATT
126 TATATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTT
*
15912362 ATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAG
191 ATTTGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-
*
15912426 TGAATCCATTTACCAAATTAGCTCAAATGATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCA
255 T-AA---ATTT-----ATTAGC-C-AA--ATTA-----ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCG
* *
15912491 TTATTACATTTTGTTTGTCATATAACAATTAATTTTTA
302 TTATAACTTTTTGTTTGT-ATATAA-AATTAATTTTTA
** * * *
15912529 TCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTACTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGCATG
1 TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-CAAG
*
15912594 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTGTA
65 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAC-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-TA
* * * * * **
15912659 TACTTCAAATCGTTATAACTTTTTGATTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTAT
128 TATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT
* * * ** *
15912724 TCGAAATAAAATAATACTAATACAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATAA
193 TTGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAA
* * * * * * *
15912789 ATTTGTTTGCCGAATTAA-GTC--CAA-TATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTAGTA-
258 ATTTATTAGCCAAATTAATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTT-GTAT
*
15912849 ATAAAA-TAATTTTTTTTGT
322 ATAAAATTAA---TTTTT-A
* * * ** * * *
15912868 TCATACAAGGTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAATAAA
1 TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AACAAG
* * * * * * * *
15912933 ATATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTAAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTAAC
65 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAC-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTTA-
* * * * *
15912998 TATTTTAAATCATT-TGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCAAATAAGCTTAT
128 TATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT
* *
15913062 TTGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGACTTAAAAAT--
193 TTGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAA
* * *
15913125 -TTTA-T-G--------A---C--CTATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCTTTTAT-TTTGT
258 ATTTATTAGCCAAATTAATTTCAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTAT-AACTTTT-TGTTTGT
* * *
15913172 CATAAAACAATTGA-TTCTA
320 -ATATAA-AATTAATTTTTA
** * * * * *
15913191 TTCATGTAAGCTTATTTC-GAATAAAATAACA-TAAATTGATTAATATTACAAAAATTAATAAGT
1 -TCATACAAGTTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-C
** * * * * * *
15913254 AA-A-ATTTAAAAAGGAAATATGTTT-TCTGAACACATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT
62 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACA-GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* ** * *
15913316 TATCTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTTTGTTTATAAAA
125 T-TATATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCAGTTCATACAA
* * * * * *
15913379 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAA
187 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
15913444 ATAATAAAT
252 A-AATAAAT
15913453 CTGTTTATTA
Statistics
Matches: 1033, Mismatches: 184, Indels: 153
0.75 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
321 2 0.00
322 62 0.06
323 96 0.09
324 66 0.06
325 17 0.02
326 4 0.00
327 3 0.00
328 2 0.00
333 1 0.00
334 1 0.00
335 6 0.01
336 2 0.00
337 4 0.00
338 130 0.13
339 118 0.11
340 2 0.00
341 2 0.00
342 1 0.00
346 83 0.08
347 14 0.01
348 32 0.03
349 86 0.08
350 6 0.01
351 4 0.00
353 1 0.00
354 4 0.00
355 1 0.00
356 6 0.01
358 2 0.00
359 5 0.00
360 183 0.18
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362 10 0.01
363 3 0.00
364 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (337 bp):
TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACAAGA
GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTTATAT
TTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
AAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATT
TATTAGCCAAATTAATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTGTATATAA
AATTAATTTTTA
Found at i:15912765 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15912101--15912790 Score: 741
Period size: 180 Copynumber: 3.8 Consensus size: 181
15912091 AGGCAAGTTC
* * * * *
15912101 CTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATAACTTTTT-ATTCTGTTATAAAATAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGATT-TGTCATAAAACAATTATTT
* *
15912165 TAGTTCATATAAGTTTATTC-ATAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
65 TAGTTCATACAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * *
15912229 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTCGAAAC-AGTTTAAACAGTTAAGA
129 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCG-AACTAGTTTAAATAATTATGA
* * * * * * *
15912282 GTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGATTTGTCATAAAACAATTATTTT
* * * * * *
15912347 AATTCATAGAAGATTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
66 AGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACT
* * * * * * * * * * *
15912411 AAGTGATTTAAAAAGTGAATCCATTTACCAAATTAGCTCAAATGATTATGG
131 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTTAAATAATTATGA
* * * * *
15912462 CCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACATTTTG-TTTGTCATATAACAATTAATTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGATTTGTCATAAAACAATT-ATTT
* * * * *
15912526 T--TATCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTACTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAA
65 TAGT-TCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
*
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* * * * *
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* * ** **
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* * * * *
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* *
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* * * *
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** * * *
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*
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*** * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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* ** ** * ** *
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* * * * * ** * *
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* * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * *
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* ** * * *
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* * ** * *
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* ** *
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* * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * *
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* * *
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* * * *
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* * ** * *
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* * * *
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** * * ** * * *
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** ** * * * *
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* ** * ** * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* ** *
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* * * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * *
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* * * ** *
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* * ***
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* * * *
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* * * * * * **
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* * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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*
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1 CAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * ** * *
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* * * * *
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** * * ** ** * ** * * * ** * * * * *
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* * * * * * * * * * ** *
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* *
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** * * ** ** * * * *
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* * * * ** *** *
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* ** * * * * *
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* * * *
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* * * * * * **** **
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* * * * * * * * *
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** * * *
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* ** *
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* * **
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* * *
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* * ** * * * ** *
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1 CAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
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* * * * ** *
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* * * * * *
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* ** *
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* * * * * * * **
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* * * ** * * *
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* * * *
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* * *
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* **
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * * *
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** ** * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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*
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* * * ** ** *
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* ** * * *
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* ** * ** * * * *
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** * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *** * * ** * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * * ** * * * * *
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* * * *
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* * * **
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* * * * * *
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312 T-TGTC-AT-AAACAATTA-TTT-TAGTTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTT
* * ** *
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* * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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610 TGACCATTTGAACAAATATCAATTTGAAATAGTTATGACCTTATGTTTTATCATAAAACA-A---
* * * **
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* * * * *
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* * * * * *
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123 CCTTTTT-TTTAGTCAAAAAACAATTGTTTCAATTC-ATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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315 TCAT-AAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAA-TACTAATTTATTAAT
* * * *
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* * * * * * * * * *
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** * * * * *
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* ** * * * * * * *
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554 -ATTAAT-ACTAAGGAGTTAAAAAATAAA--TATGTTTACAGAACA-AGTTCAAAAAGTCATGAC
* * * * * * * * * * *
15916725 TATTTAAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGA-CTATTTGTTTTGTGATAAATCAATTGTTTC
614 CATTTGAACAAATATCAATTTGAAATAGTTATGACCT-TATGTTTTATCATAAAACAA-----TC
* ** *
15916789 TATTCATACAAGCTTATTCAGAA
673 TATTCATGCAAAATTATTCACAA
* * * * * *
15916812 TAAAATAATA-TGAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTT
1 TAAAATAATACT-AATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACAAATCTA
** * * * * * * *
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* * * * * *
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124 CTTTTTTTTAGTCAAAAAACAATTGTTTCAATTCATATAA-GCTTATTCAG-AATAAAA-TAATA
* * ** * * *
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186 CTAATTTATTAATATTCTAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * * * * *
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251 AAGTTCAAATAGTTATGAT-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC--CTT-TTTT
* ** *
15917131 GTTGTAAAATAATACCAATGATTCAGAATAATTGGTA-TTCATACAAAATTATTCAAAATAAAAT
312 -TTGT--CATAA-A-C-A--ATT----AT--TT--TAGTTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAAT
* * * * *
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360 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--A-TT--AAAAT-AA--TGTTTACTGAACA
* * * * * * * * * * * * *
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* * * *** ** * *
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* * * *
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543 AAATTCT-AAAAATTAAT-A-CTAAGGAGTT-AAAAA-ATAAAT-ATGTTTACAGAACAAGTTCA
* * * * * * * *
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** *
15917508 -TTCAATGC-A-T-A---AAAGCTTATTCGA-AA
665 AAACAAT-CTATTCATGCAAA-ATTATTC-ACAA
* * * * *
15917534 TAAAATAATA-TTA-CTTATAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TA
1 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAACAAATCTA
* * *
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61 -TTTA-CGAAAACAGTTCAAATAATTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTA-TTT-AAATCATTAT
* * * * * * * ** *
15917659 GAACTTCTATTTCA-TCATAAAAGAATTTTTTTC-A-TCATACAAGCCCATTCAGATTAAAATAA
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* * * * * *
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184 TACTAATTTATTAATATTCT-AAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
* * * * * * * * ** * *
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* *
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311 TTTGTCATAA-ACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTT-ATT-TAAATAAAATAATACTAATT-T
** * * * * * *
15917912 AACAATA-TTCTAAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAATAAGTTG
371 ATTAATATTTC-AAAA---ATTAA-T-A-A-A-TT--AAAAT-AA--TGTTTACTGAACATGTTC
* * * * * * * **
15917976 AAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTCTTTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCGTA
422 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAAT-ATTTATGACCTTTTATTTTGTAATA
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15918040 AAACAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAACTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATT-T
486 AAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAACATATACGAAATAAAATAATACTAATTTACTAAAATTCT
* * * * *** * * *
15918103 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGTTGAACCACTTCAAATAA-TTAT
550 -AAAAATTAAT-ACTAAG-GAGTTAAAAAATAAATATGTTTACAGAACAAGTTCAAA-AAGTCAT
* * * * * * * *
15918167 GACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGT
611 GACCATTTGAACAAATATCAATTTGAAAT-AGTTATGACCTTATGTTTTATCATAAAAC-AATCT
* ** * * *
15918231 TTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAA
674 ATTCATGCA-A-AA--TTATTCACAA
* * * * *** * * * *
15918257 TAAAATAATATTAATTTATTCATATTTTGAAAATTAAGAAGCAAGAGATTTACAAAATAAATTTT
1 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATT---AA-TAAGAGATTTA-AAAACAAATCTA
* * * * * * *
15918322 TTTAC-TAAACTAGTTCAATTAGTTATA-ACTATTTGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGA
61 TTTACGAAAAC-AGTTCAAATAATTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATGA
* * * * * * * ** * * * *
15918385 CCATTTGTTTT-GCCATAAAATAATTGTTT-ATGTTCACACATTCCTATTCGGAATAAAGTAATG
123 CC-TTTTTTTTAGTCAAAAAACAATTGTTTCA-ATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * * *
15918448 CTAATGTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAACGA-ATTTAAAAAATAAATCTG-TTAGCCTG
186 CTAATTTATTAATATTCTAAAAAATAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CC-G
* * * * *
15918511 ACCAA-TGCAAATTGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
248 AACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TT
* * * * * *
15918575 TTATCACAAAGCAATT-GTTTATGTTCGTAAAAGCTTATTTGAAATAACATAA-ATCTAATTTAT
312 TTGTCATAAA-CAATTATTTTA-GTTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATA-CTAATTTAT
* * * * *
15918638 TAATATTCTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAA
373 TAATATT-TCAAAA--ATTAA-T-A-A-A-TT--AAAAT-AA--TGTTTACTGAACATGTTCAAA
* * * *** * * *
15918703 TAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAA
425 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATATTTATGACCTTTTATTTTGTAAT-AAAA
* * * * * * ** * * *
15918768 AAATT-TTTCTATTCATAAAAGCTTATTTC-AAATAAAATTATACAAATAGA-TTAATTTTTAGA
489 CAATTGTTTCTATTCATAAAAACATA-TACGAAATAAAATAATACTAATTTACTAAAATTCTA-A
* * * * * * * * * *
15918830 CAATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA-AATAAGTTCAAATAGTTATAAG
552 AAATTAA-TACT-AAGGAGTTAAAAAATAAATATGTTTA-CAGAACAAGTTCAAAAAGTCATGAC
* * ** * ** * * * ** * *
15918894 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAACCGTTATGACATTTTGTTTTGTTTTAAAACAATTGTTTTT
614 CATTTGAACAAATATCAATTTGAAATAGTTATGACCTTATGTTTTATCATAAAACAA-T-CTATT
* ** *
15918959 CCCATACAAGCTTATTC-CGAT
677 --CATGCAAAATTATTCAC-AA
* * ** *** * * * *
15918980 TAAAATAATATTAATTTTTTAATATTTTGAGAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATG
1 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG----AGA-TTTAAAAACAAATCTA
* * * * * * * * *
15919045 TTTATCGAATA-AGTTTAAATAGTCAAAACTATTTGAGTAATTATCTATTTAAAATCATTTTAAC
61 TTTA-CGAAAACAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATGAC
* * *
15919109 CTTTTGTTTTCA-TCATAAAAACAATTGTATT-AATTCATATAGGCTTATTCAAAAAAAAATAAT
124 CTTTT-TTTT-AGTCA-AAAAACAATTGT-TTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * * * ** *
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185 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCGA
* *
15919236 AGAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTT
249 ACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTT
* *
15919301 GTCATAAACAATTATTCTT-GCTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
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* ** *
15919364 TATTTCAAAAATTAATGAGTAAAATTTACAAAATGAATTTTTTTTTAACATGTTCAAATAGTTAT
376 TATTTCAAAAATT-A--A-T-AAA-TT--AAAAT-AATGTTTACTGAACATGTTCAAATAGTTAT
* * * * ***
15919429 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATATTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAGGTCAATTGTT
432 GACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATATTTATGACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTT
* * ** * * * * *
15919494 TCTATTCATACAAGCATATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAG
497 TCTATTCATAAAAACATATACGAAATAAAATAATACTAATTTACTAAAATTCTAAAAATTAATAC
* * * * * *
15919559 TTAGGAGTTAAAAAATAAATATGTTTATAGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATT
562 TAAGGAGTTAAAAAATAAATATGTTTACAGAACAAGTTCAAAAAGTCATGACCATTTGAACAAAT
* * *
15919624 ATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTATGTTTTATCATAAAACAATCTATTCATGCAAAATTGTTC
627 ATCAATTTGAAATAGTTATGACCTTATGTTTTATCATAAAACAATCTATTCATGCAAAATTATTC
15919689 ACAA
692 ACAA
* ***
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1 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAC-AAATCTATTTA
* * * * * * *
15919758 CGAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTTAATTCGTTATGATCTTTT
65 CGAAAACAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTAT-TTAAATCATTATGACCTTTT
** ** * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* *
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*
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* * * *
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* * * *
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* * *
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*
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692 ACAA
* *
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1 T-AAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACAAATCTATTT-
* * *
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* * *
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* * * *
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* *
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256 CAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCAT-
* * * ** * * *
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319 AAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTAT-TTAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* **
15920781 AAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAATCA-GTTCAAAT-GATTAT
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* * * * * ** * * *
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432 GACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATATTTATGACCTTTTATTTTGT-A-ATAA-AA-CAAT
* * * * ** * *
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* * * ** * * ** * ** ****
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* * ** ** * *
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593 ACAAG-T-TCAAAAAGTCATGACCATTTGA--ACAAATATCAATTTGAAATAGTTATGAC-CTTA
* * * *
15921090 -GAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAGATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTC
653 TG--T-TTTATC-A--T-AAA--A----CA-A-----TCTATTCAT---------G---CA----
*
15921154 ATATATGCCTATTCAGAA
683 A-A-AT---TATTCACAA
* * * * * * * *
15921172 TAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTGCAAAAAATAAATAT
1 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAAT----AAGAGATT--TAAAAACAAATCT
* * * * ** * * * *
15921237 GTTTACCGAATA-AGTTTAAATAGTTATTACTATGT-GAATAATTGTCTATCTAGAATCGTTATA
60 ATTTA-CGAAAACAGTTCAAATAATTAAGACTAT-TAGAATAATTATCTATTTA-AATCATTATG
* * * * * * * * * * ** *
15921300 ATCTTTTGATTT-GTCATAAAATAATTATTTTACTTAATACAAGCCTAGACGGAATAAAATAATA
122 ACCTTTT-TTTTAGTCAAAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * * **
15921364 CTAATTTATTAATATTTCCT--AAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATTG
186 CTAATTTATTAATA-TT-CTAAAAAATAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
** * * *** ** * *
15921427 AATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCGATTTCAAATCATTATGACATTTTGTT
248 AACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TT
* * *
15921492 TTATCATAAAACAATTATTTT-TTATCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
312 TTGTCAT-AAACAATTATTTTAGT-TCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATT
* * **
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374 AATATTTCAAAAATTAAT-A-A-A-TT--AAAAT-AA--TGTTTACTGAACAT-GTTCAAATAGT
* * * * * * *
15921620 TATGACTATTTGAACAATTATCAATCTT-AAATCA-TTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAA
429 TATGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTAAAAT-ATTTATGACCTTTTATTTTGTAATAAAACAA
* * * * * * * ** * *
15921682 TTTTTTTTA-TCGTAGAAGCTTATTCG-GTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAA
492 TTGTTTCTATTCATAAAAACATATACGAAAT-AAAATAATACTAATTTACTAAAATTCT-AAAAA
* * * * * * * * ** *
15921744 TT-A-A-TAAGAGATTTAAAACATAAATGTATTTGTC-GAACTAA-TTTAAATAGTTAAAACTAT
555 TTAATACTAAG-GAGTTAAAAAATAAATATGTTT-ACAGAAC-AAGTTCAAAAAGTCATGACCAT
* * * * * * * * * * * *
15921804 TAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTG-TTCAGTCATCAAA-TATTTATTTCAT
617 TTGAACAAATATCAATTTGAAATAGTTATGACCTTATGTTTTA-TCATAAAACAATCTA-TTCAT
* * * *
15921867 ATCTTACAAGCTTATTTAGAA
680 -GC--A-AA-ATTATTCACAA
* * ** * *
15921888 TAAAATAAT-CTAAAT-TTATTAGCTT-CATAAAATTAATATGCAAAAGATTTAAAAAAAAAAAT
1 TAAAATAATACT-AATCTAATAATATTCCA-AAAATT-A-AT--AAGAGATTT--AAAAACAAAT
* * ** * * * * * *
15921950 ATGTTTATCGAGCA-AGTT-AAATAGTTATGATTATTTA-AACAATTATTTATTTAAAATCGTTA
58 CTATTTA-CGAAAACAGTTCAAATAATTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTATTT-AAATCATTA
* * * * * * *
15922012 CGACCTTTTGTTTTA-ACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAATCTTATCCAAAATAAAATAA
120 TGACCTTTT-TTTTAGTCAAAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * * *
15922076 TACTAATTTCTAAAT-TTTTCAAAAATTAATAAGGAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACC
184 TACTAATTTATTAATATTCT-AAAAAATAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * * * **
15922139 AAATAAATCCAAATAGTT-TAATTATTTGAATAATTATCTA-TTCAAAATTGTTATGACCTTTTA
247 GAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTT-
* * * * *
15922202 TTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTAT
310 TTTTGTCAT-AAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * **
15922267 TAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAGTTAATATGTTTACCAAATCA-GCTT-A
373 TAATA-TTTCAAAA--ATTAA-T-AA--A-TT-AAAA--T-A-ATGTTTACTGAA-CATG-TTCA
* * * * * ** * ** * * *
15922330 AATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGCTTGGTCATATA
423 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATATTTATGACCTTTTATTTTGTAATAAA
* ** ** * * * **
15922395 ACAATTGTTTTTGA-TCATGCATGCTTA-ATCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT-TA
488 ACAATTGTTTCT-ATTCATAAAAACATATA-CGAAATAAAATAATACTAATTTACTAAAATTCT-
** * * * * * **
15922457 AAAAATTAATAAGAA--ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCA-AACCACTTTAAATAGTTTTGAC
550 AAAAATTAATACTAAGGAGTTAAAAAATAAATATGTTTA-CAGAACAAGTTCAAAAAGTCATGAC
* * * * * * * * * ** *
15922519 TATTTAAACAATTGT-ACACTTGAAATTGTTATAACATTTTGTTTCGTCATAAAACAAT-TATTT
614 CATTTGAACAAATATCA-ATTTGAAATAGTTATGACCTTATGTTTTATCATAAAACAATCTATTC
* *
15922582 TTGTTAATACAAGCTTATTCGA-AA
678 ATG--CA-A-AA--TTATTC-ACAA
* * * * * *
15922606 TAAAATAATACTAATCTAACAACATTTCAAAAATTAATAGCTAAAAGATTTAAAAA-ATAATTTT
1 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAACA-AATCTA
* * * ** * * **
15922670 TTTACCG--AACTAGCTGAAATAGTTAAGACTA-TATGACCAATTA--T-TTCAATTTGTTATGA
61 TTTA-CGAAAAC-AGTTCAAATAATTAAGACTATTA-GAATAATTATCTATTTAAATCATTATGA
* * * **
15922729 CCTTTTGTTTT-GACATAAAACAATTTTTTCAATTCATACT-AGCTTATTTGGAATAAAATAA-A
123 CCTTTT-TTTTAGTCAAAAAACAATTGTTTCAATTCATA-TAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * * * * * *
15922791 ATGAATTTATTAGTATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGGTTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTA
186 CT-AATTTATTAATATTCT-AAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * * ** *
15922855 ACCAA-TTCAAATAATTATGGTTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGA-CATTTTTT
249 A-CAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTT
* * * * * *
15922918 TGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
313 TGTCAT-AAACAATTATTTTAGTTCATACAAG-CTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * *
15922983 ATATTAT-GAAAATTAATAGGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAAT
375 ATATT-TCAAAAATT-A-A--T--AA-A-TT--AAAAT-AA--TGTTTACTGAACATGTTCAAAT
* * * * * ** * *
15923047 AGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGA-CTTTCTGTTTTGTCATAAAAC
426 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATATTTATGACCTTT-TATTTTGTAATAAAAC
** * * * * * *
15923111 AAATTG-TTC-ATTC--AAAATTATTTA-G-AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAA
490 -AATTGTTTCTATTCATAAAAACATATACGAAATAAAATAATACTAATTTACTAAAATTCTAAAA
* * * * * * * * * *
15923170 ATT-A-A-TAAGAGATTTTAAAACTAAATCTGTTCA-AGAAAACATTTTAAATAGTTATGACTC-
554 ATTAATACTAAG-GAGTTAAAAAATAAATATGTTTACAGAACA-AGTTCAAAAAGTCATGAC-CA
* * * * * * * * *
15923230 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTT-TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTT
616 TTTGAACAAATATCAATTTGAAATAGTTATGACCTTATGTTTTATCATAAAACAA-----TCTAT
* *** * * *
15923294 TCATACATGCTTATTTAGAT
676 TCATGCAAAATTATTCACAA
* * * *
15923314 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGAGATTTAAAATAATAAATG
1 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-T-AAGAGATTT-AAA-AACAAATC
* * * * * * *
15923379 TGTTTGCCG--AACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTCA-AATTATTATCTATTTCAAATTATTC
59 TATTT-ACGAAAAC-AGTTCAAATAATTAAGACTATT-AGAATAATTATCTATTT-AAATCATTA
* * * * * * * * *
15923441 TAACCATTTGTTTAGGCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAAT
120 TGACCTTTTTTTTAGTCAAAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * * * * **
15923506 ACTAATTTATTAACATT-TGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACTA
185 ACTAATTTATTAATATTCT-AAAAAATAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCG
* * **
15923570 AACAAGTTCAAATAG-AATTGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTG
248 AACAAGTTCAAATAGTTA-TGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTT-
* * ** ** * *
15923633 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAAATTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTAC
310 TTTTGTCAT-AAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTAT-TTAAATAAAATAATACTAATTTAT
15923698 TAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTAGAACA-GTTCAA
373 TAATATTTCAAAAATTAAT-----A-A-A-TT-AAAA-T-AA--TGTTTACT-GAACATGTTCAA
* * * * *
15923761 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCA-TTATGATCC--TTGTTTTGTCAT-A
424 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAAT-ATTTATGA-CCTTTTATTTTGTAATAA
* * * * ** * * * * ** * *
15923822 AACAATTGCTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTC-AA
487 AACAATTGTTTCTATTCATAAAAACATATACGAAATAAAATAATACTAATTTACTAAAATTCTAA
* * * * * * ** * * *
15923886 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAACAATAAATGTGTTTGCCA-AACTAGACCAAATAGTTAAGAC
552 AAATTAAT-ACTAAG-GAGTTAAAAAATAAATATGTTT-ACAGAACAAGTTCAAAAAGTCATGAC
* * * * * * * * * * *
15923950 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTTTTTT
614 CATTTGAACAAATATCAATTTGAAATAGTTATGACCTTATGTTTTA-TCATAAAACAA----TCT
* * * *
15924014 AGTTCATACATACTTATTTGA-AA
674 A-TTCATGCAAAATTA-TTCACAA
* * * * *
15924037 TAAAATAATACTATTTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCT
1 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG--AG--A-TTT-AAAAACAAATCT
* * * *
15924102 ATTTACTGAACAA-A-TTCAAATAGTTAGGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
60 ATTTAC-GAA-AACAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATG
* * * *
15924165 ACCTTTTGTTTTA-T-AATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCA-AAGTAAAATAA
122 ACCTTTT-TTTTAGTCAA-AAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAA
* * * ** * ** * *
15924227 TATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTGAAAAAATAAATCAATTTATCA
184 TACTAATTTATTAATATTCT-AAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
* *** * ** *
15924291 AATC-AGTTCAAATAATTATGGCAATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGAACATTTTT
248 AA-CAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTT
*** * *** ** * * *
15924355 TTTGAGGTAAAACAATTGTTTTTCATCATATTAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATT
311 TTTGTCAT-AAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * **
15924420 AATATTTCAGAAATTATTGAGTAGGATATTTAAAAAATAAATCTGCTTA-TCAA-ACTAAATCAA
374 AATATTTCA-AAA--ATT-AATA--A-A-TT--AAAAT-AA--TGTTTACTGAACA-T-GTTCAA
* * ** * * * * * *
15924483 ATAGTTATGATTATTTGAACAATTATAGATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTCTTATCATAAA
424 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAAT-ATTTATGACCTTTTATTTTGTAATAAA
* * * * * * * * * * *
15924547 ACAATTATTTATGTTCATACAAGCATATTC-AGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-G
488 ACAATTGTTTCTATTCATAAAAACATATACGA-AATAAAATAATACTAATTTACTAAAATTCTAA
* * * * * * * ** * * *
15924610 AAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAGTAAATTTATTTGTCA-AACTAGTTCAATTAGTTAAGTC
552 AAATTAAT-ACTAAG-GAGTTAAAAAATAAATATGTTT-ACAGAACAAGTTCAAAAAGTCATGAC
* * * * * * * * * *
15924674 TATATGAATAATTACCTATTTCAAATGGTTATGACCTTTTTGTTTTGA--GTAAAACAAATGTTT
614 CATTTGAACAAATATCAATTTGAAATAGTTATGACC-TTATGTTTT-ATCATAAAAC-AA----T
* * ** * * *
15924737 TTGTTCATATAAATTTGTTCAGAA
672 CTATTCATGCAAAATTATTCACAA
* * * *** *
15924761 TAAAATAATATTAATTTATTAAT-TTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
1 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAACAAATCTATTTA
* * * * * * * * * * **
15924825 CCAAACCAGTTTAATTAGTTATA-ACAATTTGAACAACTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATT
65 CGAAAACAGTTCAAATAATTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATGACC-TT
* * * * * * ** * * **
15924889 TGTGTT-GTCATAAAACAATTTTTTTCTATTGAT-GCAGTCTTATTCAAAATAAAGTAATGTTAA
127 TTTTTTAGTCAAAAAACAA-TTGTTTCAATTCATATAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
15924952 TTTATTTATATTCTCAAAATTAATAAGTAACGAG-TTTAAAAAATGAATCT-ATTAGCCTGACCA
190 TTTATTAATATTCTAAAAAATAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CC-GAACA
* * * * * *
15925015 A-TGT-AAATAGTTTTGACTGTTTGAACAACTACCTGTTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
252 AGT-TCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTG
* * * * ** * *
15925078 TCACAAAACAATTATTTTTGTTCCTACAAGCTTATTTGGAATAACTTAATTCTAGTTTATTAATA
315 TCA-TAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
15925143 TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTGAATCTGTTTA-TCAA-ATAAATTCAAATAG
378 TTTCAAAAA-T--TAA-T-A-A-A-TT-AAAA-T-AA--TGTTTACTGAACAT--GTTCAAATAG
* ** * * * * ** * *
15925206 TTATGACAATTTGAGCAATTA-CGTATTTCAAAT-TGCTATAACCTTTCATTTACTCATAAAATA
428 TTATGACTATTTGAATAATTATC-TATTTAAAATAT-TTATGACCTTTTATTTTGTAATAAAACA
* * * * * * * * * *
15925269 ATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTC-AGACA
491 ATTGTTTCTATTCATAAAAACATA-TACGAAATAAAATAATACTAATTTACTAAAATTCTA-AAA
* * * * * * * * *
15925332 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-ACAACTCTATTTACCA-AATAAATTCAAATAGTTATGAC
554 ATTAAT-ACT-AAGGAGTTAAAAAATA-AA-TATGTTTA-CAGAACAAGTTCAAAAAGTCATGAC
* * * ** * * *
15925395 TATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCA-TTATAACTCTT-TGTTTTATCATAAAATAAT-TATT
614 CATTTGAACAAATATCAATTTGAAAT-AGTTATGAC-CTTATGTTTTATCATAAAACAATCTATT
** *** *
15925457 TTTGTTCATAAAAGCTT-TTTGGAT
677 CATG--C--AAAA--TTATTCACAA
* * * * * ** * * * * *
15925481 TAAAGTAATATTAATTTATTAGTATTTTAACAATTAATAATTAAAAGATTTCAAAAATAAATATG
1 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAA-AA--ATTAA-TAAGAGATTT-AAAAACAAATCTA
* * * * *
15925546 TTTACCTAATA-AGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGA
61 TTTA-CGAAAACAGTTCAAATAATTA-AGACTATTAGAATAATTATCTA-TTTAAATCATTATGA
* * * * * *
15925609 CATTTTGTTTCA-TCATAAAACAATTGTATT-AGTTCATATAGGCTTATT-TGAAATAAAATAAT
123 CCTTTT-TTTTAGTCAAAAAACAATTGT-TTCAATTCATATAAGCTTATTCAG-AATAAAATAAT
* * * * * * * *
15925671 ACTAATTTATTAATATTCCAGAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAA
185 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
** * * * *
15925736 CAAGTTGGAATTGTTATGACTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAAT-AGTTATGACATTTTGTTT
250 CAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT-TTT
* * * * *
15925800 T-TCATAAAATAATT-GTTTACGTTCAT-CAAGCTTATTCCAAATAAAATATTATTAATTTATTA
313 TGTCAT-AAACAATTATTTTA-GTTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* **
15925862 ATA-TTCAAAAAAATTAATAAGAAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTA-TGAACACATTCAA
375 ATATTTC--AAAAATTAAT-------AAA--TT-AAAAT-AA--T-GTTTACTGAACATGTTCAA
* * * * * * *
15925925 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATGTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTTTTTTCTCATAAAC
424 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATATTTATGACCTTTTATTTTGTAATAAAA
* ** * * ** * * *
15925990 CAATTATTTCTATTCATGCAAGCGTATTTGAAA-AAAATAATACTAGTTTA-TTAATTTCTAAAA
489 CAATTGTTTCTATTCATAAAAACATATACGAAATAAAATAATACTAATTTACTAAAATTCTAAAA
* * * * ** * * * *
15926053 ATT-A-A--AA-GATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGTAAGTTTAAATAGTTATTATGCCT
554 ATTAATACTAAGGA-GTTAAAAAATAAATATGTTTACAGAACAAGTTCAAAAAGTCATGA--CC-
* * ** ** * * *
15926113 GTTTGAACAATTATTTATTTTTAATAGTTATGATCTTTTG-TTTAGTCGTAAAACAATTGTTCTT
615 ATTTGAACAAATATCAATTTGAAATAGTTATGACCTTATGTTTTA-TCATAAAACAA----TC-T
* ** *
15926177 ATTCATACAAGTTTATTTC-GAA
674 ATTCATGCAAAATTA-TTCACAA
* * * * * *
15926199 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAATAAATTTGT
1 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATA---A-GAGATTTAAAAACAAATCTAT
* * * * * * * ** * ** * *
15926264 TTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGACCAATTATTTATTTCAAATTGTCATGTCC
62 TTACGAAAAC-AGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATGACC
* * ** ** ** * *
15926328 TTTTGTTTT--TTAATAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTTAAAATAAAATAATACT
125 TTTT-TTTTAGTCAA-AAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * ** * * **
15926391 GATATATTAATATT-TTGAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATAGAA-AC
188 AATTTATTAATATTCTAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA-
* * * * * * * * **
15926451 AGTTTAAAATAGCTT-TGACTATGTGAAGAATTATCCATCTCAAATCATTATGAGCTTTATTTCA
252 AG-TTCAAATAG-TTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTG
* * * * * *
15926515 TCATAAAACAATTGTTTCT-TTTCATAGAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAAT
315 TCAT-AAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * *
15926579 ATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAGATAAATATGTTTGCCGAACCA-ATTCCAGTAGTTAA
377 ATTTCAAAAATTAAT-A-A-A-TT-AAA-AT--A-ATGTTTACTGAA-CATGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * * ** *
15926643 GACTATTAGAACAATTATATGTTTCAAATCATTT-TAACCTTTTGTTTAGTAATAAAGTAATTAT
432 GACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAAT-ATTTATGACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGT
* * * * * * *
15926707 TT-TGATTCATACAAGCTTATTTA-G-AATAAAGTAATACTAATTTATTAACATT-GAAAAATTT
496 TTCT-ATTCATAAAAAC--ATATACGAAATAAAATAATACTAATTTACTAAAATTCTAAAAA-TT
* * * * * *
15926768 AATGAGC-AA-GAGATCT-AAAAA-AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGAT-TTGACTAT
557 AAT-A-CTAAGGAG-T-TAAAAAATAAATATGTTTACAGAACAAGTTCAAAAAG-TCATGACCAT
** ** * * * * *
15926828 TTGAACAGTTATTTATTT-AAAGTCGTTA-GACCATCTGTTTTGAT-ATAAAATAAT-TGTTTCA
617 TTGAACAAATATCAATTTGAAA-TAGTTATGACCTTATGTTTT-ATCATAAAACAATCT-ATTCA
** *
15926889 GTTTATAAAAACTTATCTGA-AA
679 ---T-GCAAAA-TTAT-TCACAA
* * * * * * * * ** * **
15926911 CAAAATAATAATACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTA-AGTT-ATGAC-TA-CT-TGAA
1 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAACAAATCTATTTA
* * * *
15926971 C-AAATATCAATCTCAAATCATTATGATCT-TT-G--T--TT-TCTCA--TAAAACA--AT----
65 CGAAA-A-CAGT-TCAAATAATTAAGA-CTATTAGAATAATTATCT-ATTTAAATCATTATGACC
* * * * * * ** * * * * * **
15927020 TATTTCTGA-TCATACAAGC--TT-ATTCGAATAAAAATAATACTAATT--TAATAATATTCTA-
125 TTTTTTTTAGTCA-AAAAACAATTGTTTC-AATTCATATAA-GCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * * * * * * * **
15927078 AAAGTTAGTAAGAGATT-TAAAAAATAA-ATGTATTTGCCAAACTAGTTTAGATAGTTAAGA-CT
187 TAATTTA-TTA-ATATTCTAAAAAATAATAAGTA------AGA-GA-TTTA-AAAAATAA-ATCT
* * * ** * * * *
15927140 -ATTA--GAATAATTTTTAAT--TTCA-AATCATTTTG-AC-ATTTTGT-TTAGTCAAAT-A--A
240 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT-ATGATTA-TTTGAACAATTATCTATT--TCAAATCATTA
* ** * * ** * * *
15927193 T-A-ATTGTTTCAAT-TCAT--ACAAGCTTATTCATAATAAAATA-AAACTAATTT-AATAACAT
301 TGACCTT-TTT-TTTGTCATAAACAA--TTATT-TTAGT-TCATACAAGCTTATTTAAATAAAAT
** ** * * * * *
15927251 --T--TGAA-AAATTAATA-AGCAATAGATTTGCAA-AAA-T-AACT-TTGTTTACTAAACAAGT
360 AATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATT--AATAAATTAAAATAATGTTTACTGAACATGT
* * * * **
15927306 TCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGCCA
420 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATAT-TTATGACCTTTTATTTTGTAA
* * * * * * *
15927370 T-AAACAATTGCTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT-ATTGTATTAATAT
484 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAACATATACGAAATAAAATAATACTAATT-TACTAAAAT
* * * * *
15927432 T-TCAAAAGTTAATGAATAAGAGATTTAAAAAATTAAT-TAGTTTACTGTAACAA-TTCAAATAA
547 TCT-AAAAATTAAT-ACTAAG-GAGTTAAAAAATAAATAT-GTTTACAG-AACAAGTTCAAA-AA
* * * * * * * * * *
15927494 -TTATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTTTTACCTTTTGTTTTCTCATAAAACA
606 GTCATGACCATTTGAACAAATATCAATTTGAAA-TAGTTATGACCTTATGTTTTATCATAAAACA
* ** *
15927557 ATTGCTTTTCAATATAAAAGCATATTCGA-AA
670 A-T-CTATTC-ATGCAAAA--TTATTC-ACAA
* * * * * *
15927588 TAAAAATAATGCTAATTTACTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
1 T-AAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAACAAATCTATTT
* * * * * * ** *
15927653 AAC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCATATTGTTATAACCTT
64 -ACGAAAACAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTT
* * * * * * * * *
15927717 GTGTTCTA-TCATAAGACAATTTTTTCTATTCATATATGCTTTTTCAAAATAAAATAATACTAAT
127 -TTTTTTAGTCAAAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * ** * *
15927781 TTAGTAATATTTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATATGTTTACTAAACCATT
191 TTATTAATATTCTA-AAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGT
* * * * ** * *
15927846 TCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATCGCTATAACTTTTTATTTTGTCAT
255 TCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCAT
* * ** * * *
15927911 CAAATAATTGGTCGTA-TTCATACTA-CTT-TGTTCAAAATAAAATAACACTAATTTAATAATAT
319 -AAACAATT-ATTTTAGTTCATACAAGCTTAT-TT--AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
15927973 TTCAAAACTTAATAACAAAGAAAATTAAAAAAAAAATCTAATT-GTCGAACCA-GTTCAAATAGT
379 TTCAAAAATTAAT--------AAATT---AAAATAATGT--TTACT-GAA-CATGTTCAAATAGT
* * * * ** *** * **
15928036 TCA-GACTATATGAATGATTATTTGTTCCAAACCGTTATGACCTTTTTCTTTTGTCGTAAAACAA
429 T-ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATATTTATGACC-TTTTATTTTGTAATAAAACAA
* * * ** * * * *
15928100 TTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTTG--ATTAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAAT
492 TTGTTTCTATTCATAAAAACATA-TACGAAATAAAATAATACTAATTTACTAAAATTCTAAAAAT
* * * * ** * * **
15928162 TAATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATTTGTTTATC-GAATC-AGTTCAAATGGTTAAGATTAT
556 TAAT-ACTAAG-GAGTTAAAAAATAAATATGTTTA-CAGAA-CAAGTTCAAAAAGTCATGACCAT
* * ** * * * * * *
15928225 TAGAATAGTTATCTATTTGAAATTGTTCTAACCTTTTG-TTTACTCATAAAACAATTGTTTTAGT
617 TTGAACAAATATCAATTTGAAATAGTTATGACCTTATGTTTTA-TCATAAAACAA----TCTA-T
* ** *
15928289 TCATACAAGCTTATTCAGAA
676 TCATGCAAAATTATTCACAA
* * * * * *** * *
15928309 CAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAGGAAAGAGATCTAAAAA-AAATCTGT
1 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAACAAATCTAT
* * ** * * * *
15928373 TTAC-TAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTTTTTA-AACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAAC
62 TTACGAAAAC-AGTTCAAATAATTAAGAC-TATTAGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATGAC
* * * * * *
15928436 CTTTTGATTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATATAAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATAC
124 CTTTT-TTTTAGTCAAAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATAC
* * * * *
15928499 TAATTTATTAATACTTACT--GAAATAATAAG--A-A-ACTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAA
187 TAATTTATTAATA-TT-CTAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
** * * ** * * * *
15928558 TTAGTTAAAATAATTAT-AGCCATTTGAACGATTATCTATTTCAATTCGTTATGGCCTTTTGTTT
250 CAAGTTCAAATAGTTATGA-TTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTT
* * * * * * *
15928622 GGTCATAAAACAATT-TTTT-TTATCATAGAAGCATATTCAAAGTAATATAATACAAATTTATTA
313 TGTCAT-AAACAATTATTTTAGT-TCATACAAGCTTATTTAAA-TAAAATAATACTAATTTATTA
** **
15928685 ATATTT-AAAAAGTTTTTAAAAAATAAAT-ATGTTTA-TCGAAC-TAGTTCAAATAGTTATGACT
375 ATATTTCAAAAA-TTAATAAATTA-AAATAATGTTTACT-GAACAT-GTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** * * * * *
15928746 GTTTGAATAATTAT-TAATCTCAAATCGTTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT
436 ATTTGAATAATTATCT-ATTTAAAATATTTATGACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCT
* * * ** * *
15928809 GA-TCATAAAAGCTTATTCG-GTTAAAAAAATTACTAATTTA-AAAATATTCTAAAAATTAATAA
500 -ATTCATAAAAACATATACGAAATAAAATAA-TACTAATTTACTAAA-ATTCTAAAAATTAAT-A
* * * * * * * * ** * * *
15928871 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAGTCAA-TTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATA
561 CTAAG-GAGTTAAAAAATAAATATGTTTACAGA-ACAAGTTCAAAAAGTCATGACCATTTGAACA
* * * * * * *** * * *
15928935 ATTATCTATTTCAAATTA-TTTTGACCTT-T-TATTTAGTTATAACATTTTTTTTTCATATCTTA
624 AATATCAATTTGAAA-TAGTTATGACCTTATGT-TTTA-TCATAAAACAATCTATTCAT-GC--A
* * *
15928997 GAAGCTTATTTAGAA
683 -AA-ATTATTCACAA
* * * ** *
15929012 TAAAATAAT-CTAAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGGAGATGATTTGAAAAAATAAATC
1 TAAAATAATACT-AATCTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A--AGA-GATTT--AAAAACAAATC
* * * * * * * *
15929076 TGTTTACCGAATA-AGTTCAAATAGTGATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATG
59 TATTTA-CGAAAACAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATG
* ** * * * * *
15929140 ACCTTTTGTTTT-GACATGAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAACAAAATAATA
122 ACCTTTT-TTTTAGTCAAAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * * ** * * *
15929204 TTAATTTCTTAATAATTC-AAAAATTAAAAACCAAGAG-TTT--AAAATAAATTTGTTTATCAAA
186 CTAATTTATTAAT-ATTCTAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* * ** *
15929265 CAAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTT
250 CAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTT
* * * * ** * *
15929330 GTCGTAAAACAATTGTTTGAATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAGT
314 GTCAT-AAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
15929395 ATTTCAAAAATTAAAACATGATTTAAAAAGCGAATTTGTTTAC-CAAGTCA-ATTCAAATAATTA
377 ATTTCAAAAATTAATA-A--A-TT-AAAA--TAA--TGTTTACTGAA--CATGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * * *
15929458 T-AGCCATTTCAACACTTATCTATTTCAAAT-TGTTATTACCTTTT-GTTTGCTCATATAACAAT
431 TGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATAT-TTATGACCTTTTATTTTG-TAATAAAACAAT
* * **** * * * **
15929520 TGATTTTTA-TCATATATGTTTATTCGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTT-TCAAAAAT
493 TG-TTTCTATTCATAAAAACATATACGAAATAAAATAATACTAATTTACTAAAATTCT-AAAAAT
* * ** * * * * * *
15929583 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-ATGT-TTTTTACCAAAAC-A-TTTAAATAGTTATGACTATT
556 TAAT-ACTAAG-GAGTTAAAAAATAAATATGTTTA-CAGAACAAGTTCAAAAAGTCATGACCATT
* * * * * * * * *
15929644 TAAACAATTGT-ATACTTCAAATCA-TTATAACCTTTTATTTTACCATAAAACAAT-TATTTC-T
618 TGAACAAATATCA-ATTTGAAAT-AGTTATGACCTTATGTTTTATCATAAAACAATCTA-TTCAT
*
15929705 GTTCATATAAGCTTATTCAAAA
680 G--CA-A-AA--TTATTCACAA
* * * ** *
15929727 TAAAATAATACTAATATTAA-AATATTCCTAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAATATTAATTT
1 TAAAATAATACTAAT-CTAATAATATTCC-AAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAA-ACAAATCT
* * * * * *
15929791 ATTTGC-CAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATA-AACAATCATGTA-TT---TCA--A--A
60 ATTTACGAAAAC-AGTTCAAATAATTAAGACTAT-TAGAATAATTATCTATTTAAATCATTATGA
* * * * ** **
15929846 CGTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTTATTCATACT-AGCTTATTTGGAATAAAATAA-
123 CCTTTTT-TTTAGTCAAAAAACAA-TTGTTTCAATTCATA-TAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * * *
15929909 AATGAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATGTTGTTTACC
185 ACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CTGTTTACC
* * * * ***
15929972 TAACCAA-TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTA
247 GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-
* * * * * * * * * * *
15930036 TTTTGTTAGAAAACAAATGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATATAT
310 TTTTGTCA-TAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTAT
* *
15930101 TAATATTTTAAAAATTAATAATAGATTTAAAAAAAATAAATATGTTTA-TCAAACCA-GTTCAAA
373 TAATATTTCAAAAATTAAT-A-A-A-TT----AAAAT--A-ATGTTTACT-GAA-CATGTTCAAA
* * * * ** * * * * *
15930164 AAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAAT-TGTTATGATTTTTTGTTCTATTACAAA
425 TAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTAAAATAT-TTATGACCTTTTATTTTGTAATAAA
** * * * * * * * *
15930227 ACAATAATTTCTACTCATAAAAGCTTATTC-AGATTAGAATAATACTAATTTATTAATATT-TCA
488 ACAATTGTTTCTATTCATAAAAACATATACGA-AATAAAATAATACTAATTTACTAAAATTCT-A
* * ** * * ** *
15930290 ACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAAATCAAATAGTCATGA
551 AAAATTAAT-ACT-AAGGAGTTAAAAAATAAATATGTTTA-CAGAACAAGTTCAAAAAGTCATGA
** * * * ** * * * * *
15930354 TAATTTAAATAAGTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAT-TATTT
613 CCATTTGAACAAATATCAATTTGAAATAGTTATGACCTTATGTTTTATCATAAAACAATCTA--T
* * ** *
15930417 TCTTTCGTATTAGCTTATTTGA-AA
676 TC-AT-GCA--AAATTA-TTCACAA
* * ** * *
15930441 TAAAATATTACTAAGT-TATTAATATTATGAAAATTAATAATGAAGAGATTTAAAAA-ATGAATA
1 TAAAATAATACTAA-TCTAATAATATT-CCAAAA--ATTAAT-AAGAGATTTAAAAACA--AATC
* * * * * *** *
15930504 TGTTTATCGAACA-AGTT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATA
59 TATTTA-CGAAAACAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATG
* * * *** * **
15930567 ACC-TTTTTTT-GTCACCAAAA-GATTTTTTCTGGTCAAATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA
122 ACCTTTTTTTTAGTCA-AAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * * *
15930629 C-AATTTATTAATA--CTAAGACAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA
186 CTAATTTATTAATATTCTAA-A-AAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
** * * * * ** *
15930691 ACAAGTTCAAATCTTTATGACTAATTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTCTAGT
249 ACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-T-TT
* * * * *
15930755 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATA
312 TTGTCAT-AAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATT
* ** *
15930819 AATATTTCAAGAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTACCAAACAAGTTCAAATA
374 AATATTTCAA-AAAT--TAA-T--AA-A-TT--AAAAT-AATGT-TTACTGAACATGTTCAAATA
* * * * * * *
15930884 ATCT-TGACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCA-TTGTGACCTTTTGTTTTATAATAAAAA
427 GT-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAAT-ATTTATGACCTTTTATTTTGTAATAAAAC
* * * * *** * * * * * * *
15930947 AATTATTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAGAATAATATTAATTTATTAATACTATGAAA
490 AATTGTTTCTA-TTCATAAAAACATATACGAAATAAAATAATACTAATTTACTAAAATTCTAAAA
* * * * * * * * *
15931011 ATTAATGAGTAAGAGAAG-TAAAAAATTAATCTGTTTACCA-CACATGTTTAAATAGTTATGACT
554 ATTAAT-ACTAAG-G-AGTTAAAAAATAAATATGTTTA-CAGAACAAGTTCAAAAAGTCATGACC
* * * * * * * *
15931074 ATCTGAACAATTATCTATTTCAAAATA-TTATGACCTTTTTTTTTGTTATAAAACAATTGGTTCT
615 ATTTGAACAAATATCAATTT-GAAATAGTTATGACCTTATGTTTTATCATAAAACAA-----TCT
* ** * *
15931138 ATTCAAGCAAGCTTATTTAGAA
674 ATTCATGCAAAATTATTCACAA
* ** ** * * * *
15931160 TAAAATAATA-TAAATTTGTTAATATTTGAAAATTTAATAAATAAAAATTTTAAAAATAAATACG
1 TAAAATAATACT-AATCTAATAATATTCCAAAAATTAAT--A-AGAGA-TTTAAAAACAAAT-C-
* * * * * ** * *
15931224 T-TTT-CTGAACACAG-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTGTT
59 TATTTAC-GAAAACAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTA-TTTAAATCATTATG
* * ** * * *
15931286 ACCTTTTATTTT-GTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA
122 ACCTTTT-TTTTAGTCAAAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * * * * * * *
15931350 CTAAATTATTAAAATTCCAAAAATTAATAGGTAAAAGATTGAAGAAAAGTAAATCTATCTACCGA
186 CTAATTTATTAATATTCTAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAA-TAAATCTGTTTACCGA
** * * * *
15931415 GTAAGTTCAAATAGTTATGACTCTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTT
249 ACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTT
* * * ** *
15931480 TGTCATAAAACAAGTGTTTCTA-TTGATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTA
313 TGTCAT-AAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * *
15931544 ATATTGT-AAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTCACCGAACAAGTTCAAAT
375 ATATT-TCAAAAATTAAT-A-----A-A-TT--AAAAT--A-ATGTTTACTGAACATGTTCAAAT
* * * * * * * * * ** *
15931608 AGTCATGTCCATTTGAGCT-ATTATCTATTTCAAATAGTTATAACATTTTGTTTTGTTGTAAAAT
426 AGTTATGACTATTTGA-ATAATTATCTATTTAAAATATTTATGACCTTTTATTTTGTAATAAAAC
* * * * * * *
15931672 AATTATTTCTATTTATAAAAA-ATTATTC-AGAGAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAA
490 AATTGTTTCTATTCATAAAAACA-TATACGAAATAAAATAATACTAATTTACTAAAATTCT-AAA
* * *** * * * *
15931734 AATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCCATTTATCA-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
553 AATTAATACTAAG-GAGTTAAAAAATAAATATGTTTA-CAGAACAAGTTCAAAAAGTCATGACCA
* * * ** * * * * * *
15931795 TTTCAATAATTATCTGTCTCAAATCA-TTATAATCTT-TGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTA
616 TTTGAACAAATATCAATTTGAAAT-AGTTATGACCTTATGTTTTATCATAAAACAA-----TCTA
* ** *
15931858 TTCATACAAGCTTATTCGA-AG
675 TTCATGCAAAATTATTC-ACAA
* * * * * *
15931879 TAAAATATTGCTAAAT-TAATAATATGCTAAAAATTAACACGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT
1 TAAAATAATACT-AATCTAATAATATTCCAAAAATT-A-A--TAAGAGATTT-AAAAACAAATCT
* * * * * * * * *
15931943 GTTTGTCG-AACCAGTTAAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAAGT-GTTCT-
60 ATTT-ACGAAAACAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTT-AAA-TCATTATG
* * * * * * * * * *
15932005 ACCCTTTTGTTTGGTCATAAAATAATTTTTTCAGTTCATACATGCTTATT-TGAAAGAAAATAAT
122 A-CCTTTTTTTTAGTCAAAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAG-AATAAAATAAT
* * * * **
15932069 ACTAATTTATTAACATTC-AAAAAATTAATAAAG-AAGAAATTAAAAAAATAAATTTGTTTATTG
185 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAAA-TAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
* * * ** *
15932132 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAGTTATCTATTT-ATAAGAAGTATGACCTTTTGT
248 AACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTT-T
* * * * * * ** * *
15932196 TTTATCATAAA-ATGATTGTTTCAATTCATAAAAGTTTATCCGAAATAAAATAATATTACTTTAT
311 TTTGTCATAAACA--ATTATTTTAGTTCATACAAGCTTAT-TTAAATAAAATAATACTAATTTAT
15932260 TAATATTTCAAAAATT
373 TAATATTTCAAAAATT
15932276 GAAAAGTTAA
Statistics
Matches: 12848, Mismatches: 2784, Indels: 2543
0.71 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
672 2 0.00
673 5 0.00
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AATATTCTAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
AGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTGTCATAAACAAT
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TAAATTAAAATAATGTTTACTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
AAAATATTTATGACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAACATATACGAA
ATAAAATAATACTAATTTACTAAAATTCTAAAAATTAATACTAAGGAGTTAAAAAATAAATATGT
TTACAGAACAAGTTCAAAAAGTCATGACCATTTGAACAAATATCAATTTGAAATAGTTATGACCT
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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66 AGCTTATCCAAAATAAAAATAATAATAATTTAATGATATTTCAAAAGACAATAAGTAAGAGATAT
** ** * * *
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*
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* * * * *
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* ** * ** *
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* ** * * * * * *
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* * *
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* * *
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* ** *
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* * * ** * ** * *
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* ** *
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* * * ** * *
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127 TT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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129 AAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
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1 AATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC
* * ** *
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* * * * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * * ** *
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1 AATTAT-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC
* ** *
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* * * * *
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* * * * * * *
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** * * *
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* * * * ** *
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128 TAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * ** *
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* **
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* * * * * * *
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*
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* * **
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* * * * * * * * * *
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* * **
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* * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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** * *
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* * *
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** * * * * *
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* * *
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* * *
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** * * * ** * *
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* * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * *** *
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*** * * * * * *
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** * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * ** * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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*** * * * * *
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* * * * * *
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**
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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188 CTAATTTA-TAA-ATTATTCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAA
* * * * * * * *
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* * * * * *
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*** * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * * * *
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*** * * * * * *
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*
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * *
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* ** * *
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* ** * * ** * * * ** * *
15916698 TTCTGAACACATTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGA-CTA
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* * ** *
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308 TTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTT-TAGTTCATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACT-A
* ** * * ** *
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* * * * * * * ** *
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* * * ***
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* * * * * * ** * * * *
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* ** * * *
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* * * * *
15917211 TATTTCAAAAATT-AT---TAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACTAGTTTAAATTG
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* * * * * * * * *
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* ** * **
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * *
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126 CATTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACT
* * * ** *
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* * * * * * * * *
15917607 CAGTTCAAATA-ATTACGACCATTTAAATAATTATCTATTTTC-AAATCATTATGAA-CTTCTAT
253 AAATCCAAATAGTTTA--ACTATTTGAACAATTATCTA--TTCAAAATCGTTAT-AACCTTTTAT
** * * ** * * *
15917669 TTCATCATAAAAGAATTTTTTTCA--TCATACAAGCCCATTCAGATTAAAATAAAACTAATTTAT
313 TTTGTCATAAAAAAATTGTTTT-AGTTCATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
** * * ** * **
15917732 TAATATTTCAAAAACTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCCGTCT-AC-TGTACTAGTTCA
376 TAATATTTTGAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAACAAAT-C-AGTT-A
* * * * * * * *
15917795 AATAATTATGACTATTTGACCT-ATTATATATTTTAAAATTGTTATAACCATTTGTTATGTCATA
437 AATAATTATGGCCATTTGA-ATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TGTCATA
* * * * * **
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499 AAACAATTGTTTTTA-TCATACATGCTT-ATTTAAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTT
* * * * *** *
15917921 CTAAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAA-TAAGTTGAAATAGTTA
561 C-AAAA---ATTAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAA-TTCAAATAGTTA
* * * * * * ** * * * * * *
15917985 AGGCTATATGAATAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATT-T
620 TGACTATTTAAACAATTATCAACTT-AAATTATT-TAACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTAT
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* * *** * * * *
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** * *
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* * * * *
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* ** * * *
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125 ACATTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT--TCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
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* * * * * * *
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375 TTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-ACAAATC-AGTT-A
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437 AATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAA
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501 ACAATTGTTTTTAT-CATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
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565 AATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTA
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630 AACAATTATC-AACTTAAATTATTTAACAT-TTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TTTTCAT
* *
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692 ACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAACATTTCAAAAATTAAT-AGCTAAGAG
* * * * * *
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755 ATTT-AAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATT-GAACAA-TATCT
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817 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATACAAGCTTAT
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881 TTAGAA
* *
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1 -TAAAATAA-ACTAATTTATTAGTATTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * *
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* * * * * * *
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252 -TAAATCCAAATAGTT-TAACTATTTGAACAATTATCTATTC-AAAATCGTTATAACCTTTTATT
* * * * *
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314 TTGTCATAAAAAAATTGTTT-TAGTTCATACAA-CTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTAT
*** * * **
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376 TAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAAC-AAATCAGTT-AAA
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439 TAATTATGGCCATTTGAATAAT-TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-GTCATAAAA
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502 CAATTGTTTTTA-TCATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAA
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565 AA-T--TAA-TAAGAAATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAA-TTCAAATAGTTATGAC
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686 TTTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAACATTTCAAAAATTAAT-AGC
* * * * *
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862 -TC-AATTCATA-CA--A-G---C-TTATTTAG-AA
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15920957 TAAAA-CAATTATTTTGTGCGTACAAGCTTATTCAGATTACAATAATAATAATTTAATA-ATTTC
1 TAAAATAAACTAATTTAT---T---AG--TATTCA-A--A-AAT--TAATAA-GCAAAAGATTT-
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** * * *
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* * * * * *
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216 AAGGAAGAGATT-TAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAATCCAAATAGTT-TAACTATTTGAA
* * * * * * * *
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342 ACAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT-AAAGA-
*** * * *
15921403 TTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCGAT
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* * * * * * *
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468 TTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTATCATACATGCTTATTTA
* * * *
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531 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATGT
* * * *
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* * * * **
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659 TTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTTT-TCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAA
* * * ** *
15921725 TTTAATAATATTTCAAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAACATAAATGTATTTGTCGAACTAAT
722 TTTAATAACATTTCAAAAATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGT
* * * * * **
15921786 TTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTCAGTCAT
787 TCAAATAGTTAAGACTATT-GAACAA-TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * *
15921851 CAAA-TATTTATTTC-ATATCTTACAAGCTTATTTAGAA
850 AAAACAATTT-TTTCAAT-TCATACAAGCTTATTTAGAA
* * * * *
15921888 TAAAATAATCTAAATTTATTAG-CTTCATAAAATTAATATGCAAAAGATTTAAAAAAAAAAATAT
1 TAAAATAAACT-AATTTATTAGTATTCA-AAAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAATAAATTT
* * * * * *
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* * * * *
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126 CATTTTGTTTGT--CATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * *
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189 TAATTTATAAATTATTCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAAT
* * * *
15922143 AAATCCAAATAGTTTAATTATTTGAATAATTATCTATTCAAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGT
253 AAATCCAAATAGTTTAACTATTTGAACAATTATCTATTCAAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGT
* *
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318 CATAAAAAAATTGTTTTAGTTCATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
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382 TTTGAAAATTAATAAGTAAA-GATTTAAAAAATAAATATGTTTAACAAATCAG-TTAAATAATTA
* * * *
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445 TGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * *
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509 TTTT-ATCATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
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573 AGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTA
* * *
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638 TCA-ACTT-AAATTATT-TAACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTT-TTCATACAAGCT
* * *
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699 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTTCAAAAATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
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764 ATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TGAACAATATCTATTTCAAATTG
* * *
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828 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * * *
15922782 TAAAATAAAATGAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGGTTTAAAAAATAATTTTG
1 TAAAATAAACT-AATTTATTAGTA-TTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
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64 TTTA-CTAAACAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACA
* *** *
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128 TTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * ** *
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192 TTTA-TAA-ATTATTCAAAAATTAATAAGGAAG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATA
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15923038 AGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGA-CTTTCTGTTTTG
254 AATCCAAATAGT-TTAACTATTTGAACAATTATCTATTCAAAATCGTTATAACCTTT-TATTTTG
* * * *
15923102 TCATAAAACAAATTG-TTCA-TTCA-A-AA-TTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATA
317 TCATAAAA-AAATTGTTTTAGTTCATACAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
15923162 TTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTTAAAACTAAATCTGTTCAAGAAAACATTTTAAATAGTTA
381 TTTTGAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAACAAATCA-GTTAAATAATTA
* *
15923224 TGACTC-TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTAT-TTTGTCATAAAACAATTG
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* * * *
15923287 TTTCTTTTCATACATGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT
508 TTT-TTATCATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * *
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572 AAG---A-A-ATTTAAAA-AATAAATATGTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTAA
** * * * **
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** * *
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* ** *
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756 TTT-AAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAA--GACTA-TTGAACAA-TATC
* * * **
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128 TTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
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193 TTATA-AATTATTCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-TAAA
* * * * * *
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319 ATAAAAAAATTGTTTTAGTTCATACA-ACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*** * * * * * * *
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* * * * * * *
15924126 TA-GGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAATAAT
443 TATGG-CCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAAT
* * * ** * *
15924190 TG-TTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
506 TGTTTTTA--TCATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * * * *
15924254 AAGAAGTTGGAGATTGAAAAAATAAATCA-ATTTATCAAA-TCAGTTCAAATAATTATGGCAATT
569 AATAA----GAAATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCAAACT-AATTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * *
15924317 TGAACAATTAT-ATATTTCAAATTGTTATGAACATTTTTTTTGAG--GTAAAACAATTGTTTTTC
628 TAAACAATTATCA-ACTT-AAATTATT-T-AACATTTTGTTT-AGTCATAAAACAATTATTTTT-
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15924379 ATCATATTAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTTCAGAAATTATTGAG-TA
687 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTTCAAAAATTAAT-AGCTA
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15924443 GGATATTTAAAAAATAAATCTGCTTATCAAACTAAATCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTA
751 AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAACAA-TA
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15924508 TAGATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTCTTATCATAAAACAATTATTT-ATGTTCATACAAGCA
814 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCA-ATTCATACAAGCT
*
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878 TATTTAGAA
* * * * * * *
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1 TAAAATAA-ACTAATTTATTAGTATTCA-AAAATTAATAAGC-AAAAGATTTAAAAAATAAATTT
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* * * *** ** *
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125 A-CATTTTGTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * ** * * *
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188 CTAATTTATAAATTATTCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAT
* * ** * * * * * * * * *
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253 AAATCCAAATAGTT-TAACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAAATCGTTATAACCTTTTATTTT
* * * * * * ** *
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316 GTCATAAAA-AAATTGTTT-TAGTTCATACA-ACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * ** * *
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378 ATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTA-ACAAATCAGT-TAAAT
* * * ** * * * * * *
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440 AATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACA
* * * * ** ** * * *
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504 ATTGTTTTT-ATCATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * *
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568 TAATAAG--A-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACT-AATTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * * ** * *
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628 TAAACAATTATC-AACTT-AAATT-ATTTAACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTT-T-T
* * * * *
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688 TCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTTCA-AAAATTAAT-AGCT
* * * * * *
15925342 AAAAGATTTAAAAAA-ACAACTCTATTTACC-AAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
750 AAGAGATTTAAAAAATA-AA-TTTATTTACCGAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAACA
* ** * * * ** *
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811 A-TATCTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATAC
* *
15925468 AAGCTT-TTTGGAT
873 AAGCTTATTTAGAA
* * * * ** * *
15925481 TAAAGTAATATTAATTTATTAGTATTTTAACAATTAATAATTAAAAGATTTCAAAAATAAATATG
1 TAAAATAA-ACTAATTTATTAGTA-TTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * *
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64 TTTA-CTAA-ACAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
* * * *
15925610 ATTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATT-AGTTCATATAGGCTTATT-TGAAATAAAATAATAC
127 ATTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGT-TTCAATTCATATAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATAC
* * * * * * * ** *
15925673 TAATTTATTAA-TATTCCAGAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAAC
189 TAATTTATAAATTATT-CAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAT
* *** * * * * * * *
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253 AAATCCAAATAGTT-TAACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAAATCGTTATAACCTTTTATTTT
* * * *
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316 GTCATAAAAAAATTGTTTTA-GTTCATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
*** * * * **
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379 TATT-TTGAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTTAACAA-ATCAGTT-AA
* * * * * * * *
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438 ATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTGTCATAAAA
* * * * * * *
15925990 CAATTATTTCTATTCATGCAAGCGTATTTGAAA-AAAATAATACTAGTTTATT-A-ATTTCTAAA
502 CAATTGTTTTTA-TCATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAA
* * * ** * * * *
15926052 AATTAA-AAG-ATTTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAGTAAGTTTAAATAGTTATTATGCCTG
565 AATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAA-TTCAAATAG---TTATGACTA
* * ** * * * *
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626 TTTAAACAATTA-TCA-ACTTAA-A-TTATTTAACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATT-TT
* * * * *
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686 TTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTTC-AAAAATTAATAGC
* * * * * * * * *
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749 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAACAA-
* * * * * * * ** * **
15926304 TATTTATTTCAAATTGTCATGTCCTTTTGTTTTTTAATAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCAAAA
812 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGC
*
15926369 TTATTTAAAA
877 TTATTTAGAA
* * * ** *
15926379 TAAAATAATACTGATATATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATTTG
1 TAAAATAA-ACTAATTTATTAGTA-TTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * * *
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64 TTTACT--AAACA-ATTCAAATAG-TTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
** ** * ** *
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125 A-CATTT-TGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* *
15926566 CTAATTTA-ATAA-TATTCCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAGATAAATATGTTTGCCGA
188 CTAATTTATA-AATTATT-CAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC-A
** * * * * * * * * *
15926625 ACCAATTCC-AGTAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATGTTTC-AAATCATTTTAACCTTTTGT
250 AATAAATCCAAATAGTTTA-ACTATTTGAACAATTATCT-ATTCAAAATCGTTATAACCTTTTAT
* * ** * * * *
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313 TTTGTCATAAAAAAATTGTTTTAG-TTCATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
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376 TAATATTTTG-AAAA-TTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTAAC-AAATC-AGTT
* * * * * * *
15926811 CAAATAGATT-TGACTATTTGAACAGTTATTTATTT-AAAGTCGTTA-GACCATCTGTTTTGAT-
436 -AAATA-ATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTG-TTTG-TC
* * ** * * * * *
15926872 ATAAAATAATTGTTTCAGTT-T-ATAAAAACTTATCTGAAACAAAATAATAATACTTTATTAATA
496 ATAAAACAATTGTTT---TTATCATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * *
15926935 TTTCAAAAATTAAAAAGTAAGTT-----ATGACTA-CTTGAACAAATATCAATCTCAAATCA-TT
558 TTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-CT-AAT-TCAAAT-AGTT
*** * * * *** * *
15926993 ATGATCT-TTGTTTTC--TCAT-AA--AACAATTATTTCTGATCATACAAGCTTATTCGAATAAA
619 ATGA-CTATT-TAAACAATTATCAACTTA-AATTA-TT-T-AACAT-TTTGTTTAGTC--ATAAA
* * ** * * ** * ** *
15927052 A-ATAATACTAATTT-A-ATAA---TATTC-TAA-AAGTTAGTAAGAGATTTAA-AA-A----AT
675 ACA-ATTATTTTTTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA-ATTTAATAACATTTCAA
* * * * * ** * * **
15927103 AAATGTATTTGCCAA-ACTAGTTTAGATAGTTAAGA-CTA-TTA--GAA-TAATTTTTAAT--TT
738 AAAT-TAATAGCTAAGA-GA-TTTA-AAAAATAA-ATTTATTTACCGAACT-AGTTCAAATAGTT
* * * * * *
15927160 CAA-ATCATTTTG-ACATTTTGT-TTAGTCAAA---TAAT-A---ATTGTTTCAAT-TCAT---A
797 -AAGA-C-TATTGAACAATATCTATT--TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT---TGTCATAAAA
* * * * ** *
15927211 CAAGCTTATTC-A-TAATA-AA--ATA-AAACTAA
854 CAA-TTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTTA-GAA
** * * *
15927240 TTTAAT-AAC--A--T-TT-G-----AAAAATTAATAAGCAATAGATTTGCAAAAATAACTTTGT
1 TAAAATAAACTAATTTATTAGTATTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTGT
* * * ** *
15927293 TTACTAAACAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATTGTTATGACCT
65 TTACTAAACAA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACAT
* * * * *
15927358 TTTGTTTTGCCAT-AAACAATTGCTTT-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT-A
129 TTTG-TTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * **
15927420 TTGTATTAA-TATTTCAAAAGTTAATGAA-TAAGAGATTTAAAAAATTAAT-TAGTTTACTGTAA
192 TT-TATAAATTA-TTCAAAAATTAAT-AAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTAC-CAAA
* * * ** * * ** * * *
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252 TAAATCCAAATAGTT-TAACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAAATCGTTATAACCTTTTATTT
* * * * * * * *
15927545 TCTCATAAAACAATTGCTTTTCA-AT-ATAAAAGCATATTCGAAATAAAAATAATGCTAATTTAC
315 TGTCATAAAAAAATTG-TTTT-AGTTCATACAA-CTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTAT
* * * *
15927608 TAATA-TTTCAAGAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACAAACCAGTTCAAA
376 TAATATTTTGAA-AATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAACAAATCAGTT-AAA
* * * * * * * * * *
15927669 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCATATTGTTATAACCTTGTGTTCTATCATAAGAC
439 TAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TGTCATAAAAC
* * *
15927734 AATT-TTTTCTATTCATATATGCTT-TTTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTAGA
503 AATTGTTTT-TA-TCATACATGCTTATTT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-A
* * * * * *
15927797 AAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATATGTTTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTGACT
564 AAATT-A--A-TAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACT
* * * ** * * * * * * * ** *
15927862 ATTTGAATAATTATCAATTTCAAATCGCTATAACTTTTTATTTTGTCATCAAATAATTGGTCGTA
625 ATTTAAACAATTATCAACTT-AAAT-TATTTAACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-ATTTTT
* * * * * * * *
15927927 TTCATACTA-CTTTGTTCAAAATAAAATAACACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACAA
687 TTCATACAAGC-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTTCAAAAATTAATAGCTA
* * * * * ** * * * *
15927991 AGAAAATTAAAAAAAAAATCTAATTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTCAGACTATATGAATGATTA
751 AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TGAA-CAATA
* * * ** * *
15928056 TTTGTTCCAAACCGTTATGACCTTTTTCTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTT--ATTCATACAAGC
814 TCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATACAAGC
*
15928119 TTATTTTG-A
877 TTATTTAGAA
* * * * * * *
15928128 TTAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATTTG
1 TAAAATAA-ACTAATTTATTAGTA-TTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * * * * ** * * *
15928193 TTTATCGAATCAGTTCAAATGGTTAAGATTATTAGAATAGTTATCTATTTGAAATTGTTCTAACC
64 TTTA-CTAAACAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACA
* * * * * *
15928258 TTTTGTTTACTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAACAAATTAATACTAA
128 TTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
** * * * *
15928323 TTTATTAACA-T-TTGGAAAATTAAT-AGGAAAGAGATCT-AAAAA-AAATCTGTTTACTAAACA
192 TTTA-TAA-ATTATTCAAAAATTAATAAGG-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATA
* * * * * * * *
15928383 AGTTCAAATAGTTATTACTTTTTAAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGA-TTTG
254 AATCCAAATAGTT-TAACTATTTGAACAATTATCTATTCAAAATCGTTATAACCTTTT-ATTTTG
* * * * * **
15928447 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATATAAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
317 TCATAAAAAAATTGTTTTAGTTCATACAA-CTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
15928511 ACTTACTG-AAA-TAATAAG--AA-ACTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATTAGTTAAAATAA
380 A-TT-TTGAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAACAAATCAGTT-AAATAA
* ** * *
15928571 TTATAGCCATTTGAACGATTATCTATTTCAATTCGTTATGGCCTTTTGTTTGGTCATAAAACAAT
442 TTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAAT
* * * * * * * * *
15928636 TTTTTTTATCATAGAAGCATATTCAAAGTAATATAATACAAATTTATTAATATTT-AAAAAGT--
506 TGTTTTTATCATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * *
15928698 T------TTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAAT
571 TAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT
* * ** * * ** *
15928757 TATTAATCTCAAA-TCGTTAAGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGATCATAAAAGC
636 TATCAA-CTTAAATTATTTAACAT-TTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TTTTCATACAAGC
** *
15928821 TTATTCG-GTTAAAAAAATTACTAATTTAA-AA-ATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTT
698 TTATTCGAAATAAAATAA-TACTAATTTAATAACAT-TTC-AAAAATTAAT-AGCTAAGAGATTT
* * * * * * * *
15928882 AAAAAATAAATGTGTTTGCTG-AGTCAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTT
759 AAAAAATAAATTTATTTACCGAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATT-GAACAA-TATCTATTT
* * * * * * *** * *
15928946 CAAATTATTTTGACCTTTTATTTAGTTATAACATTTTTTTTTC-ATATCTTAGAAGCTTATTTAG
821 CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTTAG
15929010 AA
885 AA
* ** * * * * *
15929012 TAAAATAATCTAAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGGAGATGATTTGAAAAAATAAATCT
1 TAAAATAAACT-AATTTATTAGTATT-CAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAATAAATTT
** * * * * * *
15929077 GTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTGATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGAC
63 GTTTACTAAACAA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
* * * * * * * * *
15929142 CTTTTGTTTTGACATGAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAACAAAATAATATTA
127 ATTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * * ** * * *
15929207 ATTTCTTAATAATTCAAAAATTAAAAACCAAGAG-TTT--AAAATAAATTTGTTTATCAAACAAA
191 ATTTATAAATTATTCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAA
* * * * * * * * *
15929269 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCG
256 TCCAAATAGTT-TAACTATTTGAACAATTATCTATTCAAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCA
* * * * * *
15929334 TAAAACAATTGTTTGAATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAGTATTT
320 TAAAAAAATTGTTTTAGTTCATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * *** * * * * *
15929399 CAAAAATTAA-AA--CATGATTTAAAAAGCGAATTTGTTTACCAAGTCAATTCAAATAATTATAG
384 TGAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAACAAATCAGTT-AAATAATTATGG
* * * * * *
15929461 CCATTTCAACACTTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGCTCATATAACAATTGATTT
448 CCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTG-TCATAAAACAATTG-TTT
* * ** * *
15929526 TTATCATATATGTTTATTCGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGT
511 TTATCATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-
** * *
15929591 AAGAGATTTAAAAAA-ATGT-TTTTTACCAAA--ACATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT
575 -A-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT
* * * * * * *
15929652 TGT-ATACTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTA-CCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAA
636 TATCA-ACTT-AAATTATT-TAACATTTT-GTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TTTTCATACAA
* * * * * *
15929715 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATTAA-AATATTCCTAAAATTAATAACTAAGATATTTA
696 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT-TTAATAACATTTCAAAAATTAATAGCTAAGAGATTTA
* * * * * *
15929779 AAATATTAATTTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATCATGTATTTCA
760 AAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TGAACAAT-ATCTATTTCA
* ** * *
15929844 AA-CG---T----TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTTATTCATACTAGCTTATTTGGAA
823 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * * * *
15929901 TAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATGTT
1 TAAAATAAACT-AATTTATTAGTA-TTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TT
* * * * * ***
15929965 GTTTACCTAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGAC
63 GTTTA-CTAAACAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
* * * * * *** * * *
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127 ATTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * *
15930095 ATATATTAATATT-TT-AAAAATTAAT----AATAGATTTAAAAAAAATAAATATGTTTATCAAA
191 ATTTA-TAA-ATTATTCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTT--AAAAAATAAATATGTTTACCAAA
** * * * * * * * ** *
15930154 CCAGTTCAAAAAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTC-AAATTGTTATGATTTTTTGTT
252 TAAATCCAAATAGTT-TAACTATTTGAA-CAATTATCTA-TTCAAAATCGTTATAACCTTTTATT
* * * * * ** * * * * *
15930217 CTATTACAAAACAATAATTTCTA-CTCATAAAAGCTTATTCAGATTAGAATAATACTAATTTATT
314 TTGTCATAAAAAAATTGTTT-TAGTTCATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * *
15930281 AATA-TTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACA-AAATCAA
377 AATATTTTGAA-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAAC-AA-ATCAGTTAA
* * *** * * * * *
15930344 ATAGTCATGATAATTTAAATAAGTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
438 ATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAA
* * * * * * * *
15930409 -AATTATTTTCTTTCGTA-TTAGCTTATTTGAAATAAAATATTACTAAGTTATTAATATTAT-GA
502 CAATTGTTTT-TATCATACAT-GCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAA
* * * *
15930471 AAATTAATAATGAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTATCGAAC-AAGTT-AAATAATTATGAC
564 AAATTAATAA-G-A-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAA-TTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * *
15930534 TATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTT-TTT-GTCACCAAAA-GATT-TTTT
624 TATTTAAACAATTATCAACTT-AAATT-ATTTAACATTTTGTTTAGTCA-TAAAACAATTATTTT
* * * * * * *
15930595 CTGGTCAAATAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATAC-AATTTATTAATA-CT-AAGACAATTAAT
686 -T-TTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTTCAA-A-AATTAAT
* * * * * ** * *
15930656 AGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTAATTGAAT
746 AGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACT-ATTGAAC
* * *
15930721 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTCTAG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
810 AA-TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT-T-GTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATA
* *
15930784 CAAGCTTATTTGGAT
872 CAAGCTTATTTAGAA
* * * * *
15930799 TAAAATAATATTAATTTATAAATATTTCAAGAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
1 TAAAATAA-ACTAATTTATTAGTA-TTCAA-AAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * *
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63 GTTTACTAAACAA-TTCAAATAGT-TATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA
* * * * * * * * * * *
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126 CATTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * * ** * * * *
15930991 AATTTATTAA-TACTAT-GAAAATTAATGAGTAAGAGAAGTAAAAAATTAATCTGTTTACCACAC
190 AATTTATAAATTA-T-TCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAT
** ** * * * * *
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253 AAATCCAAATAGTT-TAACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAAATCGTTATAACCTTTTATTTT
* * * * * *
15931118 GTTATAAAACAATTGGTTCTA-TTCA-AGCAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAAATTTGTT
316 GTCATAAAAAAATT-GTTTTAGTTCATA-CAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATT
* * * * * *
15931180 AATA-TTTGAAAATTTAATAAATAAAAATTTTAAAAATAAATACGTTT-TCTGAACA-CAGTCAA
377 AATATTTTGAAAA-TTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAAC--AA-ATCAGTTAA
* * * * * * * * * *
15931242 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTGTTACCTTTTATTTTGTCATAAAC
438 ATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTGTCATAAAA
* * * * * * *
15931307 CAATTGTTTCTGT-TCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAAAATTCCAAA
502 CAATTGTTT-T-TATCATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * *
15931371 AATTAATAGGTAAAAGATTGAAGAAAAGTAAATCTATCTACC-GAGTAAGTTCAAATAGTTATGA
565 AATTAATA---AGAA-ATTTAA-AAAA-TAAATATGTTTACCAAACTAA-TTCAAATAGTTATGA
* * ** * * * * * *
15931435 CTCTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAAGTGTTT
623 CTATTTAAACAATTATCAACTT-AAATTATT-T-AACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT
* * ** * * * *
15931499 CTATTGATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTGT-AAAAATTAATAA
685 -TTTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATT-TCAAAAATTAAT-A
** * * * * * * * * *
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747 GCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAAC-
* * * * ** * * * * *
15931627 ATTATCTATTTCAAATAGTTATAACATTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTATTTCTATTTATAAAA
810 AATATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAA
** *
15931692 AATTATTCAG-A
875 GCTTATTTAGAA
* * * ***
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1 TAAAATAA-ACTAATTTATTAGTA-TTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * *
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64 TTTACT-AAAC-AATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
* * * * *
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127 AT-TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATAC
* * * * * * ** *
15931890 TAAATTA-ATAA-TATGCTAAAAATTAACACGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAA
189 TAATTTATA-AATTATTC-AAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA
** * ** * ** * * * *
15931953 CCAGTTAAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAAGT-GTTCTACCCTTTTGTTT
252 TAAATCCAAATAGTTTA-ACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAAATCGTTATAACCTTTTATTT
* * * ** *
15932017 GGTCATAAAATAATT-TTTTCAGTTCATACATGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAATTTATTA
315 TGTCATAAAAAAATTGTTTT-AGTTCATACA-ACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* *** * * * ***
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378 ATATTTTGAAAATTAAT-AAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTAACAAATC-AGTT-AAA
* ** * * * ** *
15932144 TAGTTATAACTATTTGAACAGTTATCTATTT-ATAAGAAG-TATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
439 TAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCA-AA-TCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAA
** ** * * * *** * *
15932207 ATGATTGTTTCAATTCATAAAAGTTTATCCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAA
501 ACAATTGTTTTTA-TCATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * ** * *
15932272 AATTGAA-AAGTTAAAGATTTAAAAAATAAGTCA-GTTTATCGAATTGCTTCAAATAATTAT-AG
565 AATT-AATAAG---AA-ATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
15932334 TCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTACAAACTTTT-TTTA-TCATAAAACAATTGTTT
624 T-ATTTAAACAATTATCAACTT-AAATTATTTA-ACA-TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT
* * * * * *
15932396 TTCATCATACAAGCCTATT-TAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
685 TT-TTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTAATAACATTTCAAAAATTAAT-A
* * *
15932460 G-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTT----T--CT---A-T-TTGAACAA
747 GCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTGAACAA
** * * * * * * *
15932513 TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATA-TAG
812 -TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAG
*
15932577 CTTATTTGGTAA
876 CTTATTTAG-AA
* * ** * * ** * * *
15932589 -AAGATTTAAA-AAATAAATCT-GT-TTGCTGAAGCAGTTCAAATAA--TTAAGACTATGAATAA
1 TAA-A-ATAAACTAATTTAT-TAGTATT-C--AA-AAATT--AATAAGCAAAAGA-TTTAAAAAA
* * * * *** * * * * * **
15932648 T-TATCTATTTA-TAAAAAATTATGGCTTTTTGTT-TGGTCATAT-AACAATTGT-T-TTT-TTA
56 TAAATTTGTTTACTAAACAA-T-T--CAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
* * * **** * ** * *
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117 TCATT-ATGACATTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAA
** * ** * ** * * ** *
15932759 TTAATAAGTAAGAAATTTA-AAA--AAT-AAATCTGT-TTACCGAACA-AGTTCAAATGTATAAC
181 --AATAA-T-ACTAATTTATAAATTATTCAAAAAT-TAATAAGGAAGAGA-TTTAAA-AAATAAA
* * * ** * * **
15932818 TAT-TTGAACAACTGTAAACTTTAAATCGTTATAAC--CTTGTTC---TATC-A-T-AAAA-C--
239 TATGTTTACCAA--ATAAA-TCCAAATAGTT-TAACTATTTGAACAATTATCTATTCAAAATCGT
* * * * * *
15932871 ---AA----TTATTTT-TCTTCATAAAA--G-CTTA-TT--TAGAA--TA---AAAT---AAT--
300 TATAACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTAGTTCATACAACTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * * *
15932912 T-CTAATATAATAATATTTTGAAAACTAATAACTAAGAGCA-TTAAAAAATAATTTTGTTT-ACC
365 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-AG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTAACA
* * * *** * * * *
15932974 GATCCAGTTCAAATATTTAAGATTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTCTTGT
428 AAT-CAGTT-AAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-
* * * ** *
15933039 TTTATCATAAAATAAGTT-TTTTTGAATTCATAC-TAACTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAAT
490 TTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTT--A-TCATACAT-GCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AAT
* * *
15933101 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAT-TCATTTACCTAACCAAT
549 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACCAAACTAAT
* * * ** * * * * *
15933164 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATCATTATGATCCTTTTGTTTTGTCA
609 TCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCAACTT-AAATTATT-T-AACATTTTGTTTAGTCA
* * * * * * * * * * *
15933229 TAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTT
671 TAAAACAATTATTTTT-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTT
* * * * *
15933294 CAAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
735 CAAAAATTAATAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAAG
** * ** * *
15933355 ACTATTTGGGCAATTATTTATTTCAAATAATTATGA-CTTGTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTT
800 ACTA-TTGAACAA-TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTTTT
* ** *
15933419 TCTATTCATACAAGCTTATTCGGAT
862 TCAATTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * * * * *
15933444 TAAAATAATACCAAGTTATTTA-TATTTCAACAATTAATAAGTGAAAA-ATTTTAAAAATAAATA
1 TAAAATAA-ACTAATTTA-TTAGTA-TTCAAAAATTAATAAG-CAAAAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * *
15933507 TGTTTACTAAACTAGA-TCAAATAGTCATGAGTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCCTTATG
62 TGTTTACTAAAC-A-ATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
* * * *
15933571 ACCTTTTATTTTGTCATAAAA-AATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
125 ACATTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * * * * *****
15933635 TAAGTTATTAA-TATTACAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATGAATCTGTTGGTTGAA
189 TAATTTATAAATTATT-CAAAAATTAATAAGGAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA
* ** * * * * * * ** * * * *
15933699 TAAGTTTAAATAATTATGATTATTTCAATAATTATCTTTTTGAAATTGCTATAACTTTTTGTTTT
252 TAAATCCAAATAGTT-TAACTATTTGAACAATTATCTATTCAAAATCGTTATAACCTTTTATTTT
* * * *
15933764 ATCA-AAAAATGATTTTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTT
316 GTCATAAAAA--A-ATTGTTT-TAGTTCATACAA-CTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTT
* ** * * * *
15933825 ATTAACATAATGACAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAACATGTTT-ACTGAA-CAAGTT
374 ATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAAC-AAATC-AGTT
* * * * * * * *
15933888 CAAAT-CTTCTGACCATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTC-TTATAACTTTTTGTTTTGTTA
436 -AAATAATTATGGCCATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCA
* * * * * *
15933950 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTACAATAATATTAATTTATTAATATTT
497 TAAAACAATTGTTTTTA-TCATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * **** *
15934015 TGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAATATGTTTTTTGAAC-AAGTTCAAATAATCT-
561 CAAAAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAA-TTCAAATAGT-TA
* * * ** * * * *
15934078 TGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTATTGTGACCTTTTGTTTTG-CAATAAAACAATTG
620 TGACTATTTAAACAATTATC-AACTTAAATTATT-TAACATTTTGTTTAGTC-ATAAAACAATTA
** * * * *
15934142 TTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
682 TTT-TTTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTTCAAAAATTAAT
* **
15934207 GAGC-AAGAGAATTAAAAAA-AGAATCAATTTACCGAAC-ATGTTCAAATAGTTATA-ACTATCT
746 -AGCTAAGAGATTTAAAAAATA-AATTTATTTACCGAACTA-GTTCAAATAGTTA-AGACTAT-T
** * * * ** *
15934268 GAACAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACATTTTGTTTTGTCATACAATAATTGGTTCTATTCA
806 GAACAA-TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCA
* **
15934333 TGCAAGCTTATTTTTAA
870 TACAAGCTTATTTAGAA
* * * * *
15934350 TAAAATAATA-TAAGTTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAATTAAATAT
1 TAAAATAA-ACTAA-TTTATTAGTA-TTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * *
15934413 GTTTTCTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAGTTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
63 GTTTACTAAACA-ATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
* * * * * * *
15934478 CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATT-TGGATAAACTAATACTA
127 ATTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * * * ***
15934542 ATTTATTAAA--ATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAGCG
191 ATTTA-TAAATTATTC-AAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATA
* * * * * * *
15934605 AGTTCAAATA-TTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTC-AAATCGCTATGA-CTTTTGTTTT
254 AATCCAAATAGTTTA--ACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAAATCGTTATAACCTTTTATTTT
* * * *
15934667 GTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATATAAATTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
316 GTCATAAAAAAATTGTTT-TAGTTCATA-CAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * ** * * * *
15934731 TATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCATCGAA-CAAGTTTAAATA
379 TATTTTGAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAACAAATC-AG-TTAAATA
* * ** * * ** *
15934795 GTCATATCTACTTGCGCT-ATTATCTATTTCAAA-CTGTTATGACAC-TTTGTTTTGTCGTAAAA
441 ATTATGGCCATTTG-AATAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGAC-CTTTTG-TTTGTCATAAAA
* * * *** * * * **
15934857 TAATTGTTTCTATTCATAAAAAATTATTCAAAATCAAATAATACCAATTTATTAATATTTTGAAA
502 CAATTGTTTTTA-TCATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * * * * * * * *
15934922 ATTAAAAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCGAACCAATTCTAGTGGTTATGATTATTTGA
566 ATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTAA
* * * * * * * *
15934987 ACAATTATCTATCTCAAACT-GTTATA-ATCTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTATATTCAT
631 ACAATTATC-AACTTAAATTATTTA-ACAT-TTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TTTTCAT
* * * **
15935050 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATATTGCTAAATTAATAGTA-TTCTAAAAATT-A-A--TAAGAGA
692 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTTC-AAAAATTAATAGCTAAGAGA
* * ** * * *
15935110 TTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTAACTAT
756 TTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATT-GAACAA-TATCTAT
* * ** * * * * * *
15935175 TTCAAATCGTTCT-ATCCTTTTGTTTACTTATAAAATAATTTTTTCAGTTCATACATGTTTATTC
819 TTCAAATTGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTT
*
15935239 AAAA
883 AGAA
* * * *
15935243 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAACAACAA-ATTAAAAAAATAAATAT
1 TAAAATAA-ACTAATTTATTAGTATTC-AAAAATTAATAAGCAA-AAGATTTAAAAAATAAATTT
* * ** * * * *
15935307 ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACTATTATCTATTTTAAATAAATATGAC
63 GTTTACTAAACAA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
* * * * * * * * *
15935372 CTTTTGTTTTATCATAAAAAAAATTGTTTGAGTTCATAAAAGTTTATT-TGAAATAAAATAATAT
127 ATTTTG-TTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATAC
* ** * ***
15935436 TAATTTATTAATATT-TT-AAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGT-TAGTTTATTGA
189 TAATTTA-TAA-ATTATTCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACCAA
*** * * * * * * * *
15935498 ATTGGTTCAAATAATTATGA-TCATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCATTACAAACTTTTCT
251 ATAAATCCAAATAGTT-TAACT-ATTTGAACAATTATCTA-TTCAAAATCGTTATAACCTTTTAT
* * * * * *
15935561 TTTGTTATACAACAAATTTTTTTCA--TCCTACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTT
313 TTTGTCATA-AAAAAATTGTTTT-AGTTCATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTT
*
15935624 ATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAAATAAATCTATG-TT-CCAAA-CT
374 ATTAATATTT-TGAAAATTAATAAGTAA-AGA-TTT-AAAAAATAAA--TATGTTTAACAAATC-
* * *
15935685 AG-T---T--CT-T----ATTTGAATAATTATCTATTTC--AT--TT-TG-----TTCTAT-T-A
432 AGTTAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGTCA
* * ** ** *
15935727 TAAAATAATTG-TTTTAGTTCATATAAACTTATTTGGAAT-AAATAATACTAATTTAATAATATT
497 TAAAACAATTGTTTTTA--TCATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
15935790 TCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTAG-TTGCCAAAGC-AATTCAAACAGTT
560 TCAAAAA-T--TAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACCAAA-CTAATTCAAATAGTT
* * * * * ** * * * *
15935853 ACGA-TGATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTT-GTCTTAAAGCAATT
619 ATGACT-ATTTAAACAATTATCAACTT-AAATTATT-TAACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATT
* ** * * * *
15935915 GTTTCAGTTCATACATGTTTATTCGAAATAAAATAATAATAATAATAATTTATTA-ATATTCCAA
681 ATTT-TTTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT-TTAA--TA--ACAT-TT-CAA
* * * * * * * * *
15935979 AAATTAATAAGCAAATA-ATTTAAAAAGTTAATCTATTTACCGAATTAGTTCAAATAATTATG-G
738 AAATTAAT-AGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGAC
* * * * * ** * * *
15936042 TCATGTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTGTTACCTTATCCTTGGTCATATAATAATTGTATT
802 T-AT-TGAACAA-TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-T-TT
* * * *
15936107 TGAA--CATTCAAGCTTATTCAAAA
862 TCAATTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * * * * * * * *
15936130 TAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAACTGATAAGTAAGAGATTTAAAAAATACATCTA
1 TAAAATAA-ACTAATTTATTAGT-ATTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * ** * * ** *
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* * *** * *
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127 ATTTTGT-TTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* ** * * ** * **
15936324 ATCCTAT-AA-TATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACC
191 AT-TTATAAATTATT-CAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATA
* * * * * * * *
15936387 ACTTCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGATCTTTTATTTTG
254 AATCCAAATAGTTTA-ACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAAATCGTTATAACCTTTTATTTTG
* * * * * * *
15936451 TCATAAAACAAA-TGTTTTTA-TTCATATAAGTTTGTTTAGAATACAATAATACTAATCTATTAA
317 TCATAAAA-AAATTG-TTTTAGTTCATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
15936514 TATTTTGAATATTAATAA-T--AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-CTAGTTTGAATAG
379 TATTTTGAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAACAAATC-AG-TTAAATAA
* * *** *
15936575 TTATGACTATTTGGGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTT-TTT-T-ATAAAACAATT
442 TTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATT
* * * ** * * *
15936636 GTTTCTATTCATACAAGCTTATGTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAACAATTAA
507 GTTTTTA-TCATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * *
15936701 TAAG-----T---AAA-AAA-AT-TTGA--AAA-TAA---ATAT-GTT-T-AC----TGAACTA-
571 TAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT
* * * * * * * * * ** * *
15936741 GATCAA-AT-AATCA--TGACCTTTTATTTTA-TCATAAAAGAACTGTTTCAGTTCATATAAACT
636 TATCAACTTAAATTATTTAACATTTT-GTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TTTTCATACAAGCT
* * * * * * *
15936801 TATTGCG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-ATCTGAAAATTAATA-ATAAAGAAATTTAA
699 TATT-CGAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTTC-AAAAATTAATAGCT-AAGAGATTTAA
* * * * * * * *
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761 AAAATAAATTTATTTACCGAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAACAA-TATCTATTTCA
* * * **
15936927 AATTGCTATAACCTTTTGTTTTG-CTATAAAAGAATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCA-A
823 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTT-AGA
15936990 A
886 A
* * * * * *
15936991 TAAAATACTACAAATTTATTA-AATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAATAAATAT
1 TAAAATA-AACTAATTTATTAGTATTCAA-A-AATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * *** * * * **
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* * * * *
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127 ATTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACT
* * * * ** *
15937183 AATTTATTAA-TATTTCAATAACTAATAAGTAGAAGA-TTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAC
190 AATTTATAAATTA-TTCAAAAATTAATAAG--GAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA
* * * * * * * * * * *
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252 TAAATCCAAATAGT-TTAACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAAATCGTTATAACCTTTT-ATT
* * * * * ** * *
15937310 TT-TAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGTTTGTTTGAACTAAAATAATACTAATTTACTA
314 TTGTCATAAAAAAATTGTTTTAGTTCATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * * *
15937374 ATATTCTAAAAATTAATGAGTAAAAGAATTAAAAAA-AGAATCTCTTTACCGAATAAGTTCAAAT
378 ATATTTTGAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATA-AATATGTTTAACAAATCAGTT-AAAT
* *** * * * * * * * *
15937438 AGTTATGATTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATAACCTTTTGTTTTATGATAAAAAA
440 AATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACA
* * * ** * *
15937503 ATTGGTTATGT-TCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT--TAAATTTATTAATATTCCAAGA
504 ATT-GTT-TTTATCATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * *** *
15937565 ATTAATATGTAAAAATTTTAAAAACAAATCTATTTTTTAAAC-ACATTCAAATAATTATGACTAT
566 ATTAATA---AGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTA-ATTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * * * * * * * *
15937629 TTGAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCCATTGTTTCTATT
627 TTAAACAATTATCAACTT-AAATTATT-TAACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TTTT
* * * * * * * *
15937694 CATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATACTACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAG-TAAA
689 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTTCAAAAATTAAT-AGCTAAG
* * * * * * * *
15937758 AAATTTTAAAAATAAATCTATTTACC-AAGCGACTTCAAGA-AGTTATGACTATTTAAACTATTA
753 AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAA-CTAGTTCAA-ATAGTTAAGACTA-TTGAAC-AATA
* * ** * * *
15937821 TTTATTTCAAATTGTTATAATGTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTT
814 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTT
15937886 ATTT-GAAA
879 ATTTAG-AA
* * ***** * *
15937894 TAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTCTAAAAATTACTAAATTGGAGATTTAAAAAATAAATCTA
1 TAAAATAA-ACTAATTTATTAGTATTC-AAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * * * *
15937958 TTTACTGAATAAGTTTAAACAGTTATG-TCCATTTGAGCTATTATGTATTTCAAATCATTATGAC
64 TTTACTAAACAA-TTCAAATAGTTATGAT-TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
** ** ** ** *
15938022 ATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTA
127 ATTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * * *
15938087 ATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACAAAATTA
191 ATTTATAAATTA-TTCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAA
* * * * ** * * **
15938147 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TCTTAAATTATTATGATC-TCCATTTTGT
255 ATCCAAATAGTT-TAACTATTTGAACAATTATCTATTC-AAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGT
* * * ** * ** * *
15938210 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAGTAAAATTTTGCTAAACTAATAACA
318 CATAAAAAAATTGTTT-TAGTTCATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *** * *
15938274 TTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATCAATGTGTTTATTGAACCAATTTAAATAATT
381 TTTTGAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAACAAATC-AGTTAAATAATT
* * * * ** * ** * * *
15938339 AAGACTATTAGAGCAATTATCTATTTTCAGATCACTCTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATT
444 ATGGCCATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATT
** ** *
15938404 G-TTTTAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTCTTTTATTAACATTT-AGAAAATT
507 GTTTTTA--TCATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATT
* * * *
15938467 AATAAGCAAAAAGTTTAAAAGAATAAATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGATTATTT
569 AATAAG---AAA-TTTAAAA-AATAAATATGTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * * * * *
15938532 GAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTA-TTATAAAACAATTGTTTTAGTTC
629 AAACAATTATCAACTT-AAATTATT-TAACATTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTT-TTTC
* * * ** * * **
15938596 ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATTTTACTTTATTAACATTTCAAAAATTGAGAT-G-TTGG
690 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTTCAAAAATT-A-ATAGCTAAG
* ** * ** *
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753 AGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTACCGAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAACAA-TA
*
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814 TCTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTTTTCAATTCATACAAG
* *
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876 CTTATTTAGAA
*
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TGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
TAAATTATTCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAATCCAA
ATAGTTTAACTATTTGAACAATTATCTATTCAAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAAA
AATTGTTTTAGTTCATACAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAAT
TAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAACAAATCAGTTAAATAATTATGGCCATTTGA
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TGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAA
ATAAATATGTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCAACTTAAATTA
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* *
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TTCAAATAGTTATGATAT
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15926472 TGTGAAGAAT
* * ** *
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* * * *
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* * *
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* ** * * *
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* * *
15926742 ACTAATTTATTAACATTGAAAAATTTAATGAGCAAGAGATCTAAAAAAAATCTATTTACTGAACA
261 ACTAATTTAATAACATTGAAAAATTTAATAAGCAAGAGATCTAAAAAAAATCTATTTACTAAACA
* * ** * *
15926807 AGTTCAAATAGATTTGACTATTTGAACAGTTATTTATTTAAAGTCGTTAGACCATCTGTTTTGAT
326 AGTTCAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCGTTAGACCATCTGTTTTGAC
* * *
15926872 ATAAAATAATTGTTTCAGTTTATAAAAACTTATCTGAAACAAAATAATAATAC-TT-TATTAATA
391 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCTCAAACAAAATAATAATACATTGTATTAATA
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456 TTTCAAAAATTAAAAAGTAAGTTATGACTACTTGAACAAA
* *
15926975 TATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTC-TCATAAAACAATTATTTCTGATCATACAAGC
1 TATCAATCTCAAATCATTATGAGCTTT-ATTTCATCATAAAACAATTATTTCTGATCATACAAGC
* * *
15927039 TTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAGTTAGTAAGAGATTTAAAAAATA
65 TTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * *
15927104 AATGTATTTGCCAAACTAGTT-TAGATAGTTAAGACTATTAGAATAATT-TTTAATTTCAAATCA
130 AATATATTTGCCAAACCAATTCCAG-TAGTTAAGACTATTAGAACAATTATAT-ATTTCAAATCA
* * *
15927167 TTTTGACATTTTGTTTAGTCAA-ATAA-TAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCATAATAAA
193 TTTTAACATTTTGTTTAGT-AATA-AAGTAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAA
* * * * *
15927230 ATAAAACTAATTTAATAACATTTGAAAAA-TTAATAAGCAATAGATTTGCAAAAATAACTTTGTT
256 ATAAAACTAATTTAATAACA-TTGAAAAATTTAATAAGCAAGAGATCT--AAAAA-AAATCTATT
* * *
15927294 TACTAAACAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATTGTTATGACCTT
317 TACTAAACAAGTTCAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCGTTA-GACCAT
* * * *
15927359 TTGTTTTGCCAT-AAACAATTGCTTT-AGTTCATAAAAGCTTATC-CAAA-ATAA-AATAATACT
381 CTGTTTTGACATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATAAAAACTTATCTCAAACAAAATAATAATAC-
*
15927419 ATTGTATTAATATTTCAAAAGTTAA
444 ATTGTATTAATATTTCAAAAATTAA
15927444 TGAATAAGAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (495 bp):
TATCAATCTCAAATCATTATGAGCTTTATTTCATCATAAAACAATTATTTCTGATCATACAAGCT
TATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
ATATATTTGCCAAACCAATTCCAGTAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTT
TAACATTTTGTTTAGTAATAAAGTAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAA
ACTAATTTAATAACATTGAAAAATTTAATAAGCAAGAGATCTAAAAAAAATCTATTTACTAAACA
AGTTCAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCGTTAGACCATCTGTTTTGAC
ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCTCAAACAAAATAATAATACATTGTATTAATA
TTTCAAAAATTAAAAAGTAAGTTATGACTACTTGAACAAA
Found at i:15927513 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15926954--15932582 Score: 3206
Period size: 181 Copynumber: 31.5 Consensus size: 179
15926944 TTAAAAAGTA
* * * * ** * *
15926954 AGTTATGACTACTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * *
15927018 ATTATTTCTGA-TCATACAAGCTTATTC-GAATAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAA
66 ATTGTTT-T-ATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * * * *
15927080 AGT--TAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTA-TTTGC-CAAACTAGTTTAGAT
128 ATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATTAAT-TAGTTTACTGAAAC-AATTCAAAT
* * * * ** * * *
15927130 AGTTAAGACTATTAGAATAATT-TTTAATTTCAAATCATTTTGACATTTTGTTTAGTCA-AATAA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AA
* * * * * * *
15927193 TAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCATAATAAAATAAAACTAATTTAATAACATTTGAAAA
64 CAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * *
15927258 ATTAATAAGCAATAGATTTGCAAAAA-TAACTTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAAT
128 ATTAATAA-TAAGAGATTT-AAAAAATTAA-TTAGTTTACTGAAACAA-TTCAAAT
* * * *
15927312 AGCTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCAT-AAACA
1 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * *
15927376 ATTGCTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT-ATTGTATTAATATTTCAAAAG
66 ATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTCAAAAA
*
15927440 TTAATGAATAAGAGATTTAAAAAATTAATTAGTTTACTGTAACAATTCAAAT
129 TTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATTAATTAGTTTACTGAAACAATTCAAAT
* * * * * * * *
15927492 AATTATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTTTTACCTTTTGTTTTCTCATAAAACA
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* * * * * * *
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* * * *
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* ****
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* *
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Statistics
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323 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAA-AAGA
*** * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * * * *
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* ** *
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** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * *
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* * *
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1 TTT--AAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAA-TTATGACTATTTGAA-CAATTAT
* * * ** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * * *
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190 TAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
* * * ** **
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254 GTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * *
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317 ATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATAATAAGT-AAAAGA
* *
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*** * * * *
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* ** * * *
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*** *
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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** * *
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* *** * * *
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* * *
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317 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T-AATAAGTAAAAGA
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* **
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* * * *
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Statistics
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* * * *
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* *
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** * * **
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505 TACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAA
* * * * * ***
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* * * * * ** * ** *
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*
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695 AATA-TTTAAAAATTAATAA
* * * * * * * * * **
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1 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATA
* * * * * * * *
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65 ATTATCTA-TTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACA
* * ** *
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128 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGCAAGAGAA--
* ** * * *
15938481 TTAAAAGAATAAATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTAT
190 TTAAAA-AA-AAAT-AGTTTACCGAACATGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
15938546 TT-AAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATAAAAGCTTATC
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* * ** * * * * * * * **
15938609 CAAAATAAAATAATTTTACTTTATTAACATTTCAAAAATTGAGATGTTGGAGATTTAAAAAATAA
314 TAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
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379 ATCT-GTT--TTCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * *
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AAAAATAGTTTACCGAACATGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACG
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ATACTAATTTAATAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCGA
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ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAACAAGTTCAAATAATTAT
GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
TTATTCATATAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAA
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* * * *** *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** * *
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1 ATAAAACAATTGT-TTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
15936156 TCAAAAACTGATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TACATCTATTTATCGAACTAGTTCAAATAATTA
65 CCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATTA-ATCTAGTTACCGAAC-AGTTCAAATAATTA
* * ** * * *
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* *
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1 ATAAAACAATT-GTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATAT
* * * ** * *
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64 TCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTAG-TTACCGAA-CAGTTCAAATAATT
* * *
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127 ATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTATTTTGTC
* * * * * * * * *
15936453 ATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTTAGAATACAATAATACTAATCTATTAATATT
1 ATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*** * * * * * ** *
15936518 TTGAATATTAATAA-T---AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTTGAATAGTTAT
65 CCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTAGTTACCGAAC-AGTTCAAATAATTAT
* ** *
15936579 GACTATTTGGGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTT-TTTT-T-
129 GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTATTTTGTC
* ** * *
15936625 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATGT-GGATTAAAATAATACTAATTTATTAACAT
1 ATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
15936689 TTCAACAATTAATAA
64 TCCAAAAATTAATAA
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ATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
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CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTATTTTGTC
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15936882 AATAAGTTTA
15936892 AATAATTATGACTATTTG
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1 AATAATTATACTATTTG
15936926 AA
1 AA
15936928 ATTGCTATAA
Statistics
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AATAATTATACTATTTG
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* * * * * * * * **
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* * * * *
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* * * *
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* ** * * * * *
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* * * *
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* * * * *** *
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* * * * * *
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* * * *
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* ** * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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** * * * * * * * *
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1 TCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG
* * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * *
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1 TCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG
* * * * *
15937711 AATAAAATACTACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATC
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* * ** *
15937827 TCAAATTGTTATAATGTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTTG
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* * ***
15937891 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTCTAAAAATTACTAAATTGGAGATTTAAAAAATAAAT
66 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AAAT
* * * * * * * *
15937955 CTATTTACTGAATAAGTTTAAACAGTTATGTCCATTTGAGCTATTATGTATT
128 CTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * ** * * ** ***
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1 TCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG
* *
15938072 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATT
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-AAAATC
** *
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129 TGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-T
* *** **
15938185 T-AAATTATTATGATC-TCCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG
1 TCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG
* ** * ** * * * ** *
15938248 AGTAAAATTTTGCTAAACTAATAACATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATCAATG
66 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAAAAATC
* * * * * * *
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* * * * * * * * *
15938365 TCAGATCACTCTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTA-TTC
1 TCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTT
** * *
15938428 GAAATAAAATAATACTCTTTTATTAACATTTAGAAAATTAATAAGCAAAA-AGTTTAAAAGAATA
65 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAA-AA-A
* * * * *
15938492 AATCTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATT
125 AATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * ***
15938547 TAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCA
1 TCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTT
* ** * * * * * ***
15938611 AAATAAAATAATTTTACTTTATTAACATTTCAAAAATTGAGATGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT
65 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-AAAT
* * * * * *
15938676 -TAGTTCATTGAATCAGTTCAAATAATTATCACCATTTGAACAATTATCTATT
128 CT-GTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * *
15938728 TCAAATCT-TTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCTATTT
1 TCAAAT-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTT
15938790 TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
64 TGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAA
15938831 AATAATACTA
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
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AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATCTG
TTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
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15938784 CTATTTTGAA
15938794 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
15938828 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
15938862 TAA
1 TAA
15938865 TAAACTAGTA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 37 1.00
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Consensus pattern (34 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
Found at i:15940308 original size:182 final size:181
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Indices: 15938882--15940641 Score: 1181
Period size: 181 Copynumber: 9.8 Consensus size: 181
15938872 GTATGAATTG
* * * * * *
15938882 AAAA-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAG
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
15938946 TCTTAACTATTTGAACT-AGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATATT
66 TCATAACTATTTGAACTGA-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
15939010 TGAAAT-TTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACA
130 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATATAAGCTTGTATGATCA
* * * * * * * * * * *
15939061 GAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAATG-TTACAATGATTTGAAGTATACAAATGCTCAAATA
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * **
15939125 GTCATTACTTTTTGAATTG-GTTCGATAAACTGATTT-TTTTTT-AAT-TC-T-CTTATTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAACTGATTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * ** * *
15939184 TTAAAAGATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTATATGATAA
129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATATAAGCTTGTATGATCA
* * * * * * * *
15939237 AAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTAAAATGG
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * ** * *
15939302 CCATAATTATTTGAATTGATTTCTTAAACAAATTAATTTTAAAAATAAT-TTACTTACTAATTTT
66 TCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-CTCTTACTTATTAATTTT
* * ** * * *
15939366 TGGAATATTAATAAATTAGTAATATTTTATTTGGA-ATAAACTTGTGTGAAT-T
130 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATATAAGCTTGTATG-ATCA
* * * * ** * *
15939418 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-AGTCATAAAAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATA
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * **** * ** *
15939482 ATTGTAATTAACAAAATTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATT
65 GTCATAACTATTTGAA-CTGATTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* *** *
15939545 TTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTT-TT-TGGATAAGCCTT-TATGAAT-T
128 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATATAAG-CTTGTATG-ATCA
* * ** * * * *
15939597 GAAACAATT-GTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
15939661 TCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTACTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTT
66 TCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * * ** *
15939726 CCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTTGA-AT-AGACTTGTA-AAGT-A
130 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATATAAG-CTTGTATGA-TCA
* * * * * * *
15939777 TGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGATTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
1 -AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * * * * * *
15939842 GTTTTAACTATTTGAATTGGTTTGGGAAACACATTTATTTTTTAGATCTCTTACTTATTAAATTT
65 GTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
15939907 TGAAATAGTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGC-T-TAT-ATGA
130 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCATATAAGCTTGTATGATCA
* * * * * *
15939956 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-ATTTTAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAATTAG
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
15940020 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTT
66 TCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* **
15940085 GAAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGATCA
131 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATATAAGCTTGTATGATCA
* * * * * *
15940136 AAAAGAATTATTTTATGGCAAAACAAAAGCTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATGG
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * **
15940201 TCATAATTATTTTAACTAATTTAGTAAACAAATCTATTTTTTAAATTTCTTACTTAATAATTTAG
66 TCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * *
15940266 GAAATATTAATAAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTAGCT
131 GAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCATATAAGCTTGTATGATCA
* ** * * * * * ** *
15940318 TAAACAATTATTTTATGATGAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACAACTACTCAAATAA
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
15940383 TAATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTA-TAATTT
66 TCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TT
* * * * * *
15940446 TTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT
128 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATATAAGCTTGTATGATCA
* * * * * * * * **
15940499 TAAACAATTGTTTTATTACTAAACAAAA-AGTTAGAACGATTTGAGATAGATAATTATTTTAATA
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * **
15940563 GTCTTAACCATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTT
65 GTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
*
15940624 TGAAATATTATTAAATTA
130 TGAAATATTAATAAATTA
15940642 ATAATATTGC
Statistics
Matches: 1238, Mismatches: 293, Indels: 102
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
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180 116 0.09
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATATAAGCTTGTATGATCA
Found at i:15940332 original size:540 final size:537
Alignment explanation
Indices: 15939502--15940641 Score: 1242
Period size: 540 Copynumber: 2.1 Consensus size: 537
15939492 ACAAAATTTG
*
15939502 TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGT
1 TTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAACT-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* ** ** *
15939567 ATTATTTTTTTGGATAAGCCTTTATGAATTGAAACAATTGTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAA
63 ATTATTTTTTTGAATAAGCCTTTATGAATAAAAACAATTGTTTATGGCAAAACAAAAGCTCATAA
* * * *
15939632 TGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTA
128 TGATTTGAAATAAATAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATCTA
* * * * * * *
15939697 CTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTCCAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTTGAA
193 CTTTTTCAAATCTTTTACTTAATAATTTACCAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTATCAA
15939762 TAGACTTGTAAAGTATGAAACAAATATTTTATGACT-AAACAAAAGATTAGAACGATTTGAAATA
258 TAGACTTGTAAAGTATGAAACAAATATTTTATGA-TGAAACAAAAGATTAGAACGATTTGAAATA
* * * * * ** ** *
15939826 GATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGGAAACACATTTATTTTTT-AGAT
322 GACAACTACTCAAATAATAATAACTATTTGAACTT-GTTCAGGAAACACATTTATTTTTTAAAAT
*
15939889 CTCTTACTTATTAA-ATTTTGAAATAG-TATTAAATTAGTATT-ATTT-TTAACCAAATAAGCTT
386 CTCTTACTTA-TAATATTTTG-AAT-GTTAATAAATTAGTATTAATTTATT--CCAAATAAGCTT
** * *
15939950 ATATG-A-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAA-TTTTAATGATTTGAGATTGAT-ATT-T
446 ATATGAACGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTAGAACGATTTGAGATAGATAATTAT
* *
15940010 GTTCAATTAGTCATAACTATTTGAACTGG
511 -TTCAA-TAGTCATAACCATTTGAACTGA
* * * *
15940039 TTTGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAGT
1 TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-CT-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* *
15940104 ATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATG-ATCAAAAAGAATTATTTTATGGCAAAACAAAAGCT
63 ATTA-TTT-TTTTGAATAAGCCTT-TATGAAT-AAAAACAATT-GTTTATGGCAAAACAAAAGCT
* * * * *
15940167 CATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATGGTCATAATTATTTTAACTAATTTAGTAAACAA
123 CATAATGATTTGAAATAAATAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACAA
* ** *
15940232 ATCTA-TTTTTTAAAT-TTCTTACTTAATAATTTAGGAAATATTAATAAAATTAGTATTATTTTA
188 ATCTACTTTTTCAAATCTT-TTACTTAATAATTTACCAAATATTAAT-AAATTAGGATTATTTTA
* * * * * * *
15940295 TTCCATCTA-AG-CTTGTATTAGCT-T-AAACAATTATTTTATGATGAATCAAAAGGTTATAATG
251 TT--ATCAATAGACTTGTA-AAG-TATGAAACAAATATTTTATGATGAAACAAAAGATTAGAACG
* * * *
15940356 ATTTTAAATAGACAACTACTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATT
312 ATTTGAAATAGACAACTACTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTCAGGAAACACATTTATT
* * *
15940421 TTTTAAAATCTCTTTCTTATAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAA
377 TTTTAAAATCTCTTACTTATAATATTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCCAAATAA
* * * * *
15940486 GCTTGTATGAACTTAAACAATTGTTTTATTACTAAACAAAAAGTTAGAACGATTTGAGATAGATA
442 GCTTATATGAAC-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTAGAACGATTTGAGATAGATA
* *
15940551 ATTATTTTAATAGTCTTAACCATTTGAACTGA
506 ATTATTTCAATAGTCATAACCATTTGAACTGA
*
15940583 TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-TTTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTA
1 TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
15940642 ATAATATTGC
Statistics
Matches: 500, Mismatches: 78, Indels: 47
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
536 8 0.02
537 53 0.11
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546 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (537 bp):
TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTTTTGAATAAGCCTTTATGAATAAAAACAATTGTTTATGGCAAAACAAAAGCTCATAATGA
TTTGAAATAAATAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATCTACTT
TTTCAAATCTTTTACTTAATAATTTACCAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTATCAATAG
ACTTGTAAAGTATGAAACAAATATTTTATGATGAAACAAAAGATTAGAACGATTTGAAATAGACA
ACTACTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTCAGGAAACACATTTATTTTTTAAAATCTCTT
ACTTATAATATTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACGA
AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTAGAACGATTTGAGATAGATAATTATTTCAATAGTC
ATAACCATTTGAACTGA
Found at i:15941122 original size:92 final size:92
Alignment explanation
Indices: 15941004--15941177 Score: 260
Period size: 92 Copynumber: 1.9 Consensus size: 92
15940994 GGTAAATTGA
* * * *
15941004 TTTATTTTTTAAATGTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTATTATTATTTTATTTT
1 TTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC
15941069 GGATAAGCTTT-TATGAATGTTATTAAT
66 GGATAAG-TTTCTATGAATGTTATTAAT
* * * *
15941096 TTTAGTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTGTTTTATTTC
1 TTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC
15941161 GGATAAGTTTCTATGAA
66 GGATAAGTTTCTATGAA
15941178 CTGAAACAAT
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 8, Indels: 2
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
91 3 0.04
92 70 0.96
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.10, T:0.53
Consensus pattern (92 bp):
TTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC
GGATAAGTTTCTATGAATGTTATTAAT
Found at i:15941533 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15941096--15942160 Score: 912
Period size: 179 Copynumber: 5.9 Consensus size: 180
15941086 TGTTATTAAT
* * * *
15941096 TTTAGTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-GAAATATTAGTAAAGTAGTATTGTTTTATTT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
15941160 CGGATAAGTTTCTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTTAA
65 CGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGA
* * * *
15941225 ATAGTCAGATCAACTATTCAAATAGTCA-AATTTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAGA
128 A-A-T-AGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAA-TTGATTCGGTAAACAGA
* * * *
15941282 TTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT
* * * *** * * *
15941347 TGAATAAGCTTATATCAATTTAAATAAAT-TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAA
65 CGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * *
15941411 ATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGATTTGGCAAACACA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAACAGA
* *
15941463 TTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTTTT-GAATATTATTAAAGTAGTATTATTTTAATT
1 TTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
15941526 CGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAGCAATTATTTTATAACAAA-ATAAAGATCATAATGATTTGAG
65 CGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * *
15941590 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTTGGGAAATAGA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCGGTAAACAGA
* * * *
15941642 TTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAAATATTATTCTATCT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAGT-AGTATTATTTTAT-T
** * * * **
15941702 T-GAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATT-GTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
64 TCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * ** *
15941765 AATAGATAATTTTTCAAATGGACATGACTATTTGAATTTATTCAATAAACATA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAACAGA
* * * * *
15941818 TTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAA-ATTAATGAATTTGTATT-TTTTATTTC
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC
* * ** * * * *
15941881 AAATAAACTTGTATG-ATGGAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGATGATAACT-ATTTAAA
66 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAA-CAAAAGGTCATAA-TGATTTGAA
* * *
15941944 ATAAATAATTGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTG-CTCGGTAAACAGA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCGGTAAACAGA
* * * * * *
15941996 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATGAATATACTTGTATTATTTTATTTT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * *
15942061 GAATACGCATGTATGAATAGAAGCAATTAGTTTATGACAAGATAAAAGGTCATAACT-ATTTTAA
66 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAA-ACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAA
* * * * * * *
15942125 ATAAAGAATAGTTTAAATAGACATAATTATTCGAAT
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
15942161 GTGTTTTATG
Statistics
Matches: 714, Mismatches: 136, Indels: 64
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 22 0.03
176 116 0.16
177 19 0.03
178 116 0.16
179 150 0.21
180 73 0.10
181 101 0.14
182 7 0.01
183 1 0.00
184 1 0.00
185 5 0.01
186 31 0.04
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188 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC
GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAACAGA
Found at i:15941765 original size:355 final size:353
Alignment explanation
Indices: 15941096--15942040 Score: 959
Period size: 355 Copynumber: 2.6 Consensus size: 353
15941086 TGTTATTAAT
* * *
15941096 TTTAGTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTGTTTTATTTC
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAAGTAGTATT-TTTTATTTC
* * * ** *
15941161 GGATAAGTTTCTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTTAAA
64 GAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGAC-AAA-AAAAGATCATAATGA-TTTAAA
* * *
15941226 TAGTCAGATCAACTATTCAAATAGTCA-AATTTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTT
126 -A-T-AGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTA-TTT
* * * * * *
15941290 TTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
185 TTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATAAATATTATTCTATCTTGAATAAG
* *** * * **
15941355 CTTATATCAATTTAAATAAATTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAAT
246 CTTACATCAACAGAAATAAATTTTTATAACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * ***
15941420 TGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGATTTGGCAAACACA
311 TGTTCAAATAGACATAACTATTTGAATTGATTCAACAAACACA
* *
15941463 TTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTTTTGAATATTATTAAAGTAGTATTATTTTAATTC
1 TTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAAGTAGTATT-TTTTATTTC
* * * *
15941527 GAATAAGCTTGTATGAAAAGAAGCAATTATTTTATAACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAGAT
64 GAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAGATCATAATGATTTAAAAT
* * *
15941592 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT-TTTGGGAAATAGATTTAGTTTTTAAAT
128 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* ** * *
15941656 CTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATAAATATTATTCTATCTTGAATAATTTTGCATGAAC
192 CTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATAAATATTATTCTATCTTGAATAAGCTTACATCAAC
* * * *
15941721 AGAAA-CAATTGTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATG
257 AGAAATAAATT-TTTATAACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
15941785 GACATGACTATTTGAATTTATTCAATAAACATA
321 GACATAACTATTTGAATTGATTCAACAAACACA
* * * * * *
15941818 TTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAA-ATTAATGAATTTGTATTTTTTATTTCA
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAAGTAGTATTTTTTATTTCG
* ** * *
15941882 AATAAACTTGTATG-ATGGAAACAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGATGATAACT-ATTTAAAA
65 AATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAA--AAAAGATCATAA-TGATTTAAAA
* * * *
15941945 TAAATAATTGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
127 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
*
15942010 CTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATGAATA
192 C---T-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
15942041 TACTTGTATT
Statistics
Matches: 483, Mismatches: 80, Indels: 39
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
353 21 0.04
354 99 0.20
355 163 0.34
356 4 0.01
357 1 0.00
358 24 0.05
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360 40 0.08
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363 1 0.00
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367 30 0.06
368 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (353 bp):
TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAAGTAGTATTTTTTATTTCGA
ATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGA
TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATAAATATTATTCTATCTTGAATAAGCTTACATCAACAGAA
ATAAATTTTTATAACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACAT
AACTATTTGAATTGATTCAACAAACACA
Found at i:15943396 original size:26 final size:25
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15943331 NNNNNNNNNN
* *
15943341 AAAAAAGAAAATGAAAAAAAATTGCA
1 AAAAAAGAAAAAGAAAAAAAAATG-A
15943367 AAAAAAGAAAAAGAAAAAAATGAATGA
1 AAAAAAGAAAAAGAAAAAAA--AATGA
15943394 AAAA
1 AAAA
15943398 GGAAGACTCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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27 5 0.19
28 3 0.11
ACGTcount: A:0.77, C:0.02, G:0.12, T:0.09
Consensus pattern (25 bp):
AAAAAAGAAAAAGAAAAAAAAATGA
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15944391 CCAAGGAGCA
* * *
15944401 ATTTATTTTTCAAAGTTG-TGATGTCTCTGATTAGAGGAGC--A
1 ATTTA-TTTTCAAAGTCGTTGA-GCCTCTGATTAGAGGAGCTTT
* *
15944442 ATTTATTTTTCAAAGTCGTTAAGCCTCTTATTAGAGGAGCTTT
1 ATTTA-TTTTCAAAGTCGTTGAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTT
15944485 ATTTATTTTCAAAGTCGTTGAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTGTTT
1 ATTTATTTTCAAAGTCGTTGAGCCTCTGATTAGAGGAGC----TTT
*
15944531 ATTTATTTTCAAAGTTGTTGAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTT
1 ATTTATTTTCAAAGTCGTTGAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTT
15944573 ATTTATCTTTCAAAGTCGTTGAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTT
1 ATTTAT-TTTCAAAGTCGTTGAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTT
*
15944616 GTTTAT
1 ATTTAT
15944622 GTTGTTAAAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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42 43 0.27
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ACGTcount: A:0.24, C:0.13, G:0.20, T:0.43
Consensus pattern (42 bp):
ATTTATTTTCAAAGTCGTTGAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTT
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15944432 TAGAGGAGCA
*
15944442 ATTTATTTTTCAAAGTCGTTAAGCCTCTTATTAGAGGAGCTTTATTTATTTTCAAAGTCGTTGAG
1 ATTTATTTTTCAAAGTCGTTAAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTATTTATTTTCAAAGTCGTTGAG
15944507 CCTCTGATTAGAGGAGCTTTGTTT
66 CCTCTGATTAGAGGAGCTTTGTTT
* *
15944531 ATTTA-TTTTCAAAGTTGTTGAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTATTTATCTTTCAAAGTCGTTGA
1 ATTTATTTTTCAAAGTCGTTAAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTATTTAT-TTTCAAAGTCGTTGA
15944595 GCCTCTGATTAGAGGAGCTTTGTTT
65 GCCTCTGATTAGAGGAGCTTTGTTT
15944620 AT
1 AT
15944622 GTTGTTAAAC
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 3, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
88 40 0.46
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ATTTATTTTTCAAAGTCGTTAAGCCTCTGATTAGAGGAGCTTTATTTATTTTCAAAGTCGTTGAG
CCTCTGATTAGAGGAGCTTTGTTT
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15944694 GGTCATAACA
*
15944704 ATTTTTGGGAAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGAAAATAAACCTTCCAAAAAAT
1 ATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGAAAATAAA-CTTCCAAAAAAT
* ** ***
15944762 ATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAGTTTTCCAAAATGG
1 ATTTTTGGGGAAAAGTTG-AAAGTATCAATTTTCCTTGAAAATAA-ACTTCCAAAAAAT
* * * * **
15944821 ATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTCGAAATTAAAGTTTAAAAAAAT
1 ATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGAAAATAAACTTCCAAAAAAT
*
15944878 ATTTTTTTGGGTAAAAGTTGAAAGTATCAATTTT
1 A--TTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTT
15944912 TCCTGCACAA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 20, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGAAAATAAACTTCCAAAAAAT
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Period size: 181 Copynumber: 11.2 Consensus size: 180
15945379 TATGACACTT
* ** * * * **
15945389 TTACTTACTAATTTTTGGAATATTAGTAAAATAATATTATTTTATTACGAATACA-CTTGTATGA
1 TTACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA-AGCTTGTATGA
* ** * ** *
15945453 ACAAAAACAATTGGCTTATAACAAAACAAAAATTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAA
64 ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
15945517 ATAATCATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAACAAATTTA-TTTTTAAAT-TT
128 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
** * * *
15945568 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTGTTTAGTATAAGCTTGTATGA
1 TTACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
15945632 ATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAA
64 ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * *
15945697 TAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAAC-AATTCATTTTTTAAATCTC
129 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * *
15945748 TTACTCATTAATTTTCAAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAA
1 TTACTTATTAATTTTCAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * ** ** *
15945813 CCGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
65 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
15945878 AGTTATGACTTTTTGAACTTGCTCGATAAATATATTTATTTTTAAAATCT-
130 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * * *
15945928 TCCACTTATTAACTATCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTA-ATCGAACAAGCTTGTATGA
1 T-TACTTATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * *
15945992 TA-AAAAATAATTG-TTTATAACAAAATAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATATTTGTTCAA
64 -ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * *
15946055 ATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
128 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * *
15946108 TTACTTATTAATTGTCTGAATGA-TAATAAGTTGGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTAGG
1 TTACTTATTAATTTTC-AAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATG
* * * * * * **** * * *
15946171 AATAGAAA-ATTTTATTTTATGACAAAATAAATGGTTATGGCAATTTGAAATGGGTAATTGTTTA
63 AACAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* ** * * *
15946235 AATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTCAATTTTTAAATATC
127 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * ** *** *
15946289 TTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTGTGCTATTCCCAATAAGCTCGTATGAA
1 TTACTTATTAATTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* ** *
15946354 CAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAATAAAATATCATAACT-ATTTGAAATAGATTATTGTTCAAA
65 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** * * *
15946417 TAGTCATAACTATTTGTAA--TGGTCAGGCCAACAGATTCATTTTTCAAAT-TC
129 TAGTCATAACTATTTG-AACTTGTTC-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
15946468 GTTACTTATTAGTTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGAC--ATATC
1 -TTACTTATTAATTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATG
* * * * *
15946531 AATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGGTTATAATGATATT-AAATAAATAATTGTT-A
63 AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * **
15946594 AATTGTTATAATTAATTGAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
127 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
15946648 --A--TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAA
1 TTACTTATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * *
15946709 CAAAAACATTTGTTTTACGACAAAACAAAAGAAT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATA
65 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *** *
15946773 TGGCCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTCAAATCTC
129 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
15946825 TTAATTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTACTATTATTTTCTTTCGAATAAGCTTTTATGAA
1 TTACTTATTAATTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * *
15946890 CATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTTAAAT
65 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** *
15946955 AGTCATAAGTATTTGAACTAATTCAGTAAAC-AA---A-----T-AATCTC
130 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
15946996 CTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AATTAGGCTTGTATGAT
1 TTACTTATTAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAA
* * * * *
15947060 GAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
65 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
15947125 GGCCATAACTATTTGAAC-TGATTTGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTC
130 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
** * * * * * *
15947176 CAACTTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTTG-ATAAGGTTTTATGA
1 TTACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTTGAATAAGCTTGTATGA
* * * *
15947240 A-ATGAAACAATTGTTTTATGATACAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAAATA-ATAATTGTTCA
64 ACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * *
15947303 AGTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAATTTTATTTTTTAAAAT-TCC
127 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCT-C
* ** * *
15947358 TTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTAT
1 TTACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
15947403 GACTAAATAA
Statistics
Matches: 1453, Mismatches: 318, Indels: 126
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 112 0.08
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174 2 0.00
175 43 0.03
176 53 0.04
177 46 0.03
178 9 0.01
179 332 0.23
180 329 0.23
181 445 0.31
182 58 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTACTTATTAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC
AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
Found at i:15946240 original size:360 final size:361
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Indices: 15945468--15947326 Score: 981
Period size: 360 Copynumber: 5.2 Consensus size: 361
15945458 AACAATTGGC
* ** * * *
15945468 TTATAACAAAACAAAAATTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTT
1 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT
* * * * * * ***
15945533 GAACATGTTCAGA-AAACAAATT-TATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT
66 GAACTTGCTCA-ATAAACAAATTCAATTTTTAAATATCTTACTTATTAACTATCAAAATATTAAT
* * ** ** **** * * * *
15945595 AAATTTA-TATTATTTTGTTTAGTATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA-T-TTTATGATAAA
130 AAA-CTAGAATTATGCTAATCCCAACAAGCTTGTATG-ATACAAA-AATAATTGTTTATGACAAA
* * * * * * *
15945657 ACAAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTT
192 ATAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTC
15945722 GGTAAACAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAGTATTAATAAATTAGTATTA
257 GGTAAACAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAGTATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
15945787 TTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACCGATACAATTGTT
322 TTTTATATTGAATAAGCCTATAGGAACAGATACAATTATT
** * *
15945827 TTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTT-TT
1 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AATTATT
* * * *
15945891 TGAACTTGCTCGATAAATATATT-TATTTTTAAA-ATCTTCCACTTATTAACTATCAAAATATTA
65 TGAACTTGCTCAATAAACAAATTCAATTTTTAAATATCTT--ACTTATTAACTATCAAAATATTA
** * *
15945954 ATAAACTA-ATATTATTTTAAT-CGAACAAGCTTGTATGATA-AAAAATAATTGTTTATAACAAA
128 ATAAACTAGA-ATTATGCTAATCCCAACAAGCTTGTATGATACAAAAATAATTGTTTATGACAAA
*
15946016 ATAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTC
192 ATAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTC
* * * * * * *
15946081 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTGAA-TGA-TAATAAGTTGGTA
257 GGTAAAC-AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTC-AAAGT-ATTAATAAATTAGTA
* * *
15946144 TTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTAGGAATAGA-A-AATTTTATT
319 TTATTTTATATTG-AATAAGCCTATAGGAACAGATACAA--TTATT
* * * ** * * * *
15946187 TTATGACAAAATAAATGGTTATGGCAATTTGAAATGGGTAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTT
1 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT
* * * * * *
15946252 GAACTTGTTCAATAAACAAATTCAATTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
66 GAACTTGCTCAATAAACAAATTCAATTTTTAAATATCTTACTTATTAACTATCAAAATATTAATA
* * * * * * *
15946317 AATTAGAATTGTGCTATTCCCAATAAGCTCGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAATA
131 AACTAGAATTATGCTAATCCCAACAAGCTTGTATGATACAAAAATAATTG-TTTATGACAAAATA
* **
15946380 AAATA-TCATAACT-ATTTGAAATAGAT-TATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGTAA--TGGT
195 AAA-AGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAT-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTTATT
** * * * *
15946440 CAGGCCAACAGATTCATTTTTCAAAT-TCGTTACTTATTAGTTTTTAGAA-TATTAATAAATTAG
256 C-GGTAAACA-ATTCATTTTTTAAATCTC-TTACTCATTAATTTTCA-AAGTATTAATAAATTAG
* * * ** * * * *
15946503 CATTACTTTAT-TTCGAATAAGAC-ATATCAATAGAAATAATTGTT
317 TATTATTTTATATT-GAATAAGCCTATAGGAACAGATACAATTATT
* * ** * * * * *
15946547 TTATGACAAAACAAAGGGTTATAATGATATT-AAATAAATAATTGTT-AAATTGTTATAATTAAT
1 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATT
* * * * * * * * *
15946610 TGAACTGGTTTAGTAAACAAATT-TATTTTTTAA-ATC-T-CATATTAATTTTCAAAATATTAAT
65 TGAACTTGCTCAATAAACAAATTCAATTTTTAAATATCTTACTTATTAACTATCAAAATATTAAT
* * ** * *** * * * * * * *
15946671 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTA-ACAAAAACATTTGTTTTACGACAAAAC
130 AAACTAGAATTATGCTAATCCCAACAAGCTTGTATGATACAAAAATAATTG-TTTATGACAAAAT
* * * * * * * *
15946735 AAAAGAAT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATGGCCTTAACTATTTGAAC-TAGTTC
194 AAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTA-TTC
*** * * * * * * *
15946798 AACAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAA-TATTATTAGATTACTAT
257 GGTAAAC-AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCA-AAGTATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
15946862 TATTTTCT-TTCGAATAAGCTTTTATGAACATAAATAATTGTT
320 TATTTTATATT-GAATAAGCCTATAGGAACAGATACAATTATT
* ** * * * * *
15946904 TTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAAGTATTT
1 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT
*** * * * * **
15946969 GAACTAATTCAGTAAAC--A---AA----T-AATCTCCTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATA
66 GAACTTGCTCAATAAACAAATTCAATTTTTAAATATCTTACTTATTAACTATCAAAATATTAATA
* * * * * * * * * * *
15947023 AATTAGTATTAT-TTTATTCTAATTAGGCTTGTATGAT-GAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAA-
131 AACTAGAATTATGCTAATCCCAA-CAAGCTTGTATGATACAAAAATAATTG-TTTATGACAAAAT
* * * * * * * *
15947085 CAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTTGAACTGATTTG
194 AAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCG
* * ** * * *
15947150 ATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTC-TTAATTTTTGAAA-TATTAATAAAGTAATAT
258 GTAAAC-AATTCATTTTTTAAATCTCTTAC-TCATTAA-TTTTCAAAGTATTAATAAATTAGTAT
* ** * * * *
15947213 TATTTTATTTTTG-ATAAGGTTTTATGAA-ATGAAACAATTGTT
320 TATTTTA-TATTGAATAAGCCTATAGGAACA-GATACAATTATT
* * * * * * *
15947255 TTATGATACAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAAATA-ATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATT
1 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATT
15947319 TGAACTTG
65 TGAACTTG
15947327 TTTGGTAAAC
Statistics
Matches: 1198, Mismatches: 242, Indels: 128
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
349 3 0.00
350 14 0.01
351 228 0.19
352 23 0.02
353 2 0.00
354 1 0.00
355 67 0.06
356 112 0.09
357 70 0.06
358 43 0.04
359 197 0.16
360 239 0.20
361 180 0.15
362 19 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT
GAACTTGCTCAATAAACAAATTCAATTTTTAAATATCTTACTTATTAACTATCAAAATATTAATA
AACTAGAATTATGCTAATCCCAACAAGCTTGTATGATACAAAAATAATTGTTTATGACAAAATAA
AAAGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGGTA
AACAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATATTGAATAAGCCTATAGGAACAGATACAATTATT
Found at i:15946321 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 15946269--15946321 Score: 54
Period size: 23 Copynumber: 2.3 Consensus size: 23
15946259 TTCAATAAAC
*
15946269 AAATTCAATTTTTAAATATCTTAT
1 AAATT-AATTTTTAAATATCTAAT
**
15946293 TTATTAATTTTTAGAATAT-TAAT
1 AAATTAATTTTTA-AATATCTAAT
15946316 AAATTA
1 AAATTA
15946322 GAATTGTGCT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 5, Indels: 3
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
23 15 0.65
24 8 0.35
ACGTcount: A:0.43, C:0.04, G:0.02, T:0.51
Consensus pattern (23 bp):
AAATTAATTTTTAAATATCTAAT
Found at i:15946344 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15945481--15946502 Score: 472
Period size: 180 Copynumber: 5.7 Consensus size: 180
15945471 TAACAAAACA
* * * * *
15945481 AAAAT-TCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACATGTTCAG
1 AAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGTA-ATGGTCAG
* * * *
15945545 A-AAACAAATTTATTTTT-AAATT-TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTA
65 ACAAACAAATTCATTTTTCAAATTCGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGA--A
* *** * * * * *
15945607 TTTTG-T-TT-AGTATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAAC
127 TTGTGCTATTCCCAATAAGCTCGTAGGAACAGAAACAATTATTTTATGA-CAAAT
** * ** * * **
15945659 AAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTTGTTTG
1 AAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGTAA-TGGTCAG
** * * * *
15945723 GTAAAC-AATTCATTTTTTAAATCTC-TTACTCATTAATTTTCA-AAGTATTAATAAATTAGTAT
65 ACAAACAAATTCATTTTTCAAAT-TCGTTACTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGAAT
* ** *** * * * * * * *
15945785 TATTTTATTTTGAATAAGC-CTATATGAACCGATACAATTGTTTTATGATGAAAC
128 TGTGCTATTCCCAATAAGCTC-GTAGGAACAGAAACAATTATTTTATGA-CAAAT
** * * * * *
15945839 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTTTTTG-AACTTGCTC-
1 AAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGTAA--TGGTCA
* * * * * * * * * *
15945902 GATAAATATATTTATTTTT-AAAATC-TTCCACTTATTAACTATCAAAATATTAATAAACTA-AT
64 GACAAACAAATTCATTTTTCAAATTCGTT--ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGA-
* ** * * * * * * * * *
15945964 ATTATTTTAAT-CGAACAAGCTTGTATGATA-AAAAATAATT-GTTTATAACAAAAT
126 ATTGTGCTATTCCCAATAAGCTCGTAGGA-ACAGAAACAATTATTTTATGAC-AAAT
** * * * **
15946018 AAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTTATTC
1 AAAATA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGTAA--TGGTC
** * * * * * *
15946081 -GGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTGTCT-GAATGA-TAATAAGTTGG
63 AGACAAACAAATTCATTTTTCAAATTC-GTTACTTATTAATT-TTTAGAAT-ATTAATAAATTAG
* * ** ** * * *
15946142 TATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAA-ATTTTATTTTATGACAAA-
125 AATTGTGCT-ATTCCCAATAAGCTCGTAGGAACAGAAACA-ATTATTTTATGACAAAT
* * ** * * * * *
15946197 ATAAATGGTTATGGCAATTTGAAATGGGTAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTG-AACTTGTT
1 A-AAAT-ATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGTAA--TGGT
* *
15946261 CA-ATAAACAAATTCAATTTTT-AAATATC-TTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
62 CAGACAAACAAATTC-ATTTTTCAAAT-TCGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
* *
15946323 AATTGTGCTATTCCCAATAAGCTCGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAT
125 AATTGTGCTATTCCCAATAAGCTCGTAGGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAT
* * *
15946379 AAAATATCATAACTATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGTAATGGTCAGG
1 AAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGTAATGGTCAGA
* * *
15946444 CCAACAGATTCATTTTTCAAATTCGTTACTTATTAGTTTTTAGAATATTAATAAATTAG
66 CAAACAAATTCATTTTTCAAATTCGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
15946503 CATTACTTTA
Statistics
Matches: 653, Mismatches: 142, Indels: 96
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
177 5 0.01
178 19 0.03
179 182 0.28
180 253 0.39
181 182 0.28
182 10 0.02
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGTAATGGTCAGA
CAAACAAATTCATTTTTCAAATTCGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTGT
GCTATTCCCAATAAGCTCGTAGGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAT
Found at i:15946477 original size:540 final size:538
Alignment explanation
Indices: 15945407--15947328 Score: 1208
Period size: 540 Copynumber: 3.6 Consensus size: 538
15945397 TAATTTTTGG
* * *
15945407 AATATTAGTAAAATAATATTATTTTATTACGAATACACTTGTATGAACAAAAACAATTGGCTTAT
1 AATATTAATAAAATAATATTATTTTAATACGAACACACTTGTATGAACAAAAACAATTGGCTTAT
* * *
15945472 AACAAAACAAAAATTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
66 AACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAAC
* * *
15945537 ATGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA
131 ATATTCAGAAAACAAATTTATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTCTGGAATATTAATAAATTGA
* * * * *
15945602 TATTATTTTGTTTAGTATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTC
196 TATTATTTTATTGAGAATAAGCTTGTAGGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * ***
15945667 ATTATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAAT
261 ATGACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAT
* * * ** ***
15945732 TCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
326 TCAATTTTTAAATATCTTACTCATTAATTTTCAAAGTATTAATAAATTAGAATTATGCTATTCCC
* * * *
15945797 AATAAGCCTATATGAACCGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
391 AATAAGCCTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATCAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * *
15945862 AGATAATTATTCAAATAGTTATGACTTTTTGAACTTGCTCGATAAATATATTTATTTTTAAAATC
456 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGCTCGACAAACAGATTCATTTTTAAAATC
15945927 TTCCACTTATTAACTATCAA
520 TT-CACTTATTAACTATCAA
* * *
15945947 AATATTAATAAACTAATATTATTTTAAT-CGAACA-AGCTTGTATGATA-AAAAATAATT-GTTT
1 AATATTAATAAAATAATATTATTTTAATACGAACACA-CTTGTATGA-ACAAAAACAATTGGCTT
* * * *
15946008 ATAACAAAATAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA
64 ATAACAAAACAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTA
* * *
15946072 AACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-GAATGA-TAAT
128 AACATATTCAGAAAACAAATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT-TCTGGAAT-ATTAAT
* * *
15946135 AAGTTGGTATTATTTTAATTGA-AATAAGCTTGTAGGAATAGAAA-ATTTTATTTTATGACAAAA
189 AAATTGATATTATTTT-ATTGAGAATAAGCTTGTAGGAATAGAAACA-ATTATTTTATGACAAAA
* * * * * * * *
15946198 TAAATGGTTATGGCAATTTGAAATGGGTAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCA
252 CAAAAGGTCATGACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * *
15946263 ATAAACAAATTCAATTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGAATT
317 ATAAAC-AATTCAATTTTTAAATATCTTACTCATTAATTTTCA-AAGTATTAATAAATTAGAATT
* * * *
15946327 GTGCTATTCCCAATAAG-CTCGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAATAAAATATCATA
380 ATGCTATTCCCAATAAGCCT-ATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATCAAACAAAAGATCATA
* * * * * *
15946390 ACTATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGTAA-TGGTCAGGCCAACAGATT
444 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTGCTC-GACAAACAGATT
* ** * * *
15946454 CATTTTTCAAATTCGTT-ACTTATTAGTTTTTAG
507 CATTTTT-AAAATC-TTCACTTATTAACTATCAA
* ** * * * * * * * * * * **
15946487 AATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGAC--ATATCAATAGAAATAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAAATAATATTATTTTAATACGAA-CACACTTGTATGAACAAAAACAATTGGCTTA
* ** * * ** * * * *
15946550 TGACAAAACAAAGGGTTATAA-TGATATT-AAATAAATAATTGTT-AAATTGTTATAATTAATTG
65 TAACAAAACAAAAAGTCATAACT-AT-TTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTA
* * * * * **
15946612 AAC-TGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCT-CATATTAATTT-TCAAAATATTAATA
128 AACAT-ATTCAGAAAACAAATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTCT-GGAATATTAATA
** * * * ** * * * * *
15946672 AATT-AGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAACATTTGTTTTACGACAAAACA
190 AATTGA-TATTATTTTATTGAGAATAAGCTTGTAGGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * ** * * * * * *
15946736 AAAGAAT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATGGCCTTAACTATTTGAACTAGTTCAA
254 AAAG-GTCATGACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
* * * * * * * **
15946800 CAAACAAATT-TATTTTTCAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAA-TATTATTAGATTACTATT
318 TAAAC-AATTCAATTTTT-AAATATCTTACTCATTAATTTTCA-AAGTATTAATAAATTAGAATT
** * * * * * * * * *
15946863 ATTTTCTTTCGAATAAGCTTTTATGAACATAAATAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTTATA
380 ATGCTATTCCCAATAAGCCTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATC-AAACAAAAGATCATA
** * * * * * ** *
15946927 ATGACTTGAAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAAGTATTTGAACTAATTC-AGTAAACA-A--
444 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GCTCGA-CAAACAGATT
* * **
15946988 -A----T--AATCTCCTACTTATTAA-TTTTGA
507 CATTTTTAAAATCTTC-ACTTATTAACTATCAA
* * * * * ** ** **
15947013 AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAATTAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAAATAATATTATTTTAATACGAA-CACACTTGTATGAACAAAAACAATTGGCTTA
* * * ***
15947077 -AGACAAAAC-AAAAGTTCA-AAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTT
65 TA-ACAAAACAAAAAG-TCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTT
* * * *** * * *
15947139 GAAC-TGATT-TGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTTAATTTTTGAAATATTAA
127 AAACAT-ATTCAGA-AAACAAATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTCTGGAATATTAA
* * ** * * * * * *
15947202 TAAAGTAATATTATTTTATTTTTG-ATAAGGTTTTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGATACA
188 TAAATTGATATTATTTTA-TTGAGAATAAGCTTGTAGGAATA-GAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * *
15947265 ACAAAAGGTCATAACGATTTTAAAATA-ATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
251 ACAAAAGGTCATGAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
15947329 TGGTAAACAA
Statistics
Matches: 1093, Mismatches: 233, Indels: 120
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
525 10 0.01
526 37 0.03
527 54 0.05
528 40 0.04
529 1 0.00
531 3 0.00
532 101 0.09
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534 1 0.00
535 11 0.01
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542 8 0.01
543 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (538 bp):
AATATTAATAAAATAATATTATTTTAATACGAACACACTTGTATGAACAAAAACAATTGGCTTAT
AACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAAC
ATATTCAGAAAACAAATTTATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTCTGGAATATTAATAAATTGA
TATTATTTTATTGAGAATAAGCTTGTAGGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
ATGACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAT
TCAATTTTTAAATATCTTACTCATTAATTTTCAAAGTATTAATAAATTAGAATTATGCTATTCCC
AATAAGCCTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATCAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAAT
AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGCTCGACAAACAGATTCATTTTTAAAATCT
TCACTTATTAACTATCAA
Found at i:15948001 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 15947397--15948540 Score: 898
Period size: 181 Copynumber: 6.4 Consensus size: 177
15947387 AATAGTATTA
* * * * *
15947397 TTTTATGACTAAATAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCT-TAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TATAACTA
* * * * * *
15947461 TTTGAAC-TAGTTTAGTAAATACATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATAAATTTTTAGAATATT
65 TTTGAACTTA--TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTGA-AATATT
* ** ** * * * * * *
15947525 ATTAGTTTAGCAATATTTTACTGT-GAATAAGTTTGA-ATGGACATAAACAATTG
126 AATAAATTAATATTATTTT--TTTCGAATAAGCTT-ATATGAATAGAAACAATTG
* * **** * * *
15947578 TCTTATAACAAAAC-AAA-GATCATGCCAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTA
* * * ** * *
15947641 TTTGAACTGGT-TCGGTAAATAGATTTAGCTCTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTAAAATATTA
65 TTTGAACT--TATCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTA
* ** *
15947702 ATAAATTAAT-TTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTG
127 ATAAATTAATATTATTTTTTTC-GAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* * * * *
15947753 CTTTACT-AC-AAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTA
1 TTTTA-TGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTA
* *
15947816 TTTGAACTCACTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATACTTTACTTATTAATTTATGAAAT-TTA
65 TTTGAACTTA-TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-CTTTACTTATTAATTT-TGAAATATTA
* * *
15947880 ATAAATTAGTATTATTCTTTTTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGG
127 ATAAATTAATATTATT-TTTTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATT-G
* * *
15947933 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTTATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTAT
* * * * * * * * *
15947998 TTGAATTTGTTCAGAAAATAAATTTATTTTATATATTTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGT
66 TTGAACTT-ATCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAAT-TTTGAAATATTAAT
* * * *
15948063 AAATTTATATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
129 AAATTAATATTATTTT-TTTCG-AATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* * * * * *
15948113 TTTTATGGCAAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATACTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTAT
* * ** * * *
15948178 TTGAATTTGTTTGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAGTTTTGGAATATTAA
66 TTGAACTTATCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAA
* * * * * * * * *
15948243 TAAGTTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATATAGTTG
128 TAAATTAATATTATTTT-TTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* * * *
15948294 TTTTAT-AGCAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTTATTACTA
1 TTTTATGA-CAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTA
** * *
15948358 TTTGAACTTGATTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTA
65 TTTGAACTT-ATCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATT-TTGAAATATTA
** * * * *
15948423 ATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTAATATGAACAAAAATAATTG
127 ATAAATTAATATTATTTTTTTC-GAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* * * * * *
15948475 TTTTATGACAACATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTAT
15948540 T
66 T
15948541 CAAAATTATT
Statistics
Matches: 772, Mismatches: 152, Indels: 78
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 4 0.01
175 102 0.13
176 21 0.03
177 6 0.01
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183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTAT
TTGAACTTATCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAA
ATTAATATTATTTTTTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
Found at i:15948508 original size:362 final size:355
Alignment explanation
Indices: 15947397--15948540 Score: 1091
Period size: 361 Copynumber: 3.2 Consensus size: 355
15947387 AATAGTATTA
* * * *
15947397 TTTTATGACTAAATAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTAT
1 TTTTATGAC-AAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
15947462 TTGAACTAGTTTAGTAAATACATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATAAATTTTTAGAATATT-A
65 TTGAA-TTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAA
* * * * * * * *
15947526 TTAGTTTAGCAATATTTTACTGTGAATAAG-TT-TGAATGGACATAAACAATTGTCTTATAACAA
128 TAAG-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATGAAT--AGAT--ACAATTGTTTTATAGCAA
* ** * * * * *
15947589 AACAAA-GATCATGCCAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTT
188 AAAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTT
* ** * *
15947653 CGGTAAATAGATTTAGCTCTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAT-T
252 CGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATAT
* ** * *
15947713 TATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTG
316 TATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
* ** * *
15947753 CTTTACT-ACAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTA-TGACAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
*** * * *
15947817 TTGAACTCACTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATACT-TTACTTATTAATTTATGAAAT-TTA
65 TTGAA-TTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-CTCTTACTTATTAATTT-TGGAATATTA
* ** *
15947880 ATAAATTAGTATTATTCTT-TTTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTTAT-GACA
127 ATAAGTTAGTATTATT-TTATTTTGAATAAGC--TTATGAATAGATACAATT-GTTTTATAG-CA
* * * * *
15947943 AAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTTATAATTATTTGAATTTGT
187 AAA-AAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGT
* * * * * * *
15948008 TCAGAAAATAAATTTATTTTATATAT-TTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTATA
251 TCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTGAAATATTAATAAATTAATA
*
15948072 TTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
315 TTATTTTAATCTG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
* * * *
15948113 TTTTATGGCAAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATACTCATAACTAT
1 TTTTATGAC-AAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* *
15948178 TTGAATTTGTTT-GATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAGTTTTGGAATATTA
65 TTGAA-TTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTA
* * * *
15948242 ATAAGTTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATATAGTTGTTTTATAGCAAAA
127 ATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CT-TATGAATAGATACAATTGTTTTATAGCAAAA
* *
15948307 TAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTGATT-
190 -AAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG-TTC
* * *
15948371 GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATT
253 GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAATATT
** *
15948436 ATTTTAATCTGAATAAGCTAATATGAACAAAAATAATTG
317 ATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
* * * * *
15948475 TTTTATGACAACATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTATAACTAT
1 TTTTATGACAA-ACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
15948540 T
65 T
15948541 CAAAATTATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
TTTTATGACAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
TGAATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAA
GTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATGAATAGATACAATTGTTTTATAGCAAAAAAAATG
TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATA
AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATC
TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
Found at i:15948558 original size:362 final size:360
Alignment explanation
Indices: 15947605--15948559 Score: 1049
Period size: 362 Copynumber: 2.7 Consensus size: 360
15947595 GATCATGCCA
* * * * * **
15947605 ATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTAGC
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATT
* * *
15947670 TCTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAT-TTATTTTATTCTGAATAA
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAA
** * * * **
15947730 TTTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTACT-ACAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATA
130 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA-TGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATA
* * * * *
15947794 ATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATACTTT
194 ATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTCGA-TAAACAAATTCATTTTTTAAATACTTT
* * *
15947858 ACTTATTAATTTATGAAATTTAATAAATTAGTATTATTCTTTTTCAAATAAGCTTTTATGAATAG
258 ACATATTAATTTATGAAATTTAATAAATTAGTATTATTCTTTTTCAAATAAGCCTATATGAATAG
*
15947923 AAACAATTGGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATG
323 AAACAATTGGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACG
* * * * * *
15947961 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTTATAATTATTTGAATTTGTTCAGAAAATAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATT
* * * * * *
15948026 TTATATAT-TTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTATATTATTTT-ATTTGAAATA
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTG-AATA
* * * *
15948089 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGAT
129 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAT
* * * * *
15948154 AATTATTCAAATACTCATAACTATTTGAATTTGTTTGATAAACAAATTCATTTTTTAAAT-CTCT
193 AATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTCGATAAACAAATTCATTTTTTAAATACT-T
* * * **
15948218 TACATATTAAGTTT-TGGAATATTAATAAGTTAGTATTGTT-TTATTTTGAATAAGCCTATATGA
257 TACATATTAA-TTTATGAAAT-TTAATAAATTAGTATTATTCTT-TTTCAAATAAGCCTATATGA
* * * * *
15948281 ATTGATATAGTT-GTTTTAT-AGCAAAATAAAATGTCATAACG
319 ATAGAAACAATTGGTTTTATGA-CAAAACAAAATGTCATAACG
* * * *
15948322 ATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTGATT-GGTAAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAAATTTAT
*
15948386 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATA
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATA
** * * *
15948451 AGCTAATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAACATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAT
129 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAT
* **
15948516 AATTATTTAAATAGTTATAACTATTCAAAATTATTCGATAAACA
193 AATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTCGATAAACA
15948560 GATTTGAAAT
Statistics
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0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
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363 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATT
TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAG
CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAAT
TATTTAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTCGATAAACAAATTCATTTTTTAAATACTTTACA
TATTAATTTATGAAATTTAATAAATTAGTATTATTCTTTTTCAAATAAGCCTATATGAATAGAAA
CAATTGGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACG
Found at i:15948894 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15948566--15949207 Score: 653
Period size: 181 Copynumber: 3.6 Consensus size: 179
15948556 AACAGATTTG
* * * * *
15948566 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATT-ATTTATTGACAATACAAAAGGTTATAGCAATTTGA
1 AAATAAGCTTATATGAACA-AAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGA
* * * * * *
15948629 AATAGATAATTGTTCAAATAGCCACAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAA
64 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGAA-TTGGTCGGCAAACAAATTCATTTTTTAA
* *
15948694 ATCTCTCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCT
128 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTAT-TTATTCC
* * * * * * **
15948747 AAATAAGCTTGTATGAGCAAAAATAGTTGTGTTATGACAAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAA
1 AAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
* * * * * *
15948812 TAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTGTTTGCATTGGTCAAGCCAACAAATACATTTTCTAAAT
66 TAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGAATTGGTC-GGCAAACAAATTCATTTTTTAAAT
* * *
15948877 -TCATTACTTACTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCC
130 CTC-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTATTCC
* * * * * * * * *
15948928 GAATAAGATTATATAAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAGATGATCATAACAATTTGAAA
1 AAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
* * * * * * * *
15948993 TAAATAATTGGTCAAATAGTTATAACTAATTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAAT
66 TAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGAATTGG-TCGGCAAACAAATTCATTTTTTAAAT
* *
15949058 CTCTTACGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTCC
130 CTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGA-ATTA-TTTATTCC
* * * * *
15949109 AAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAACACAAAAGGTAATAACAATTTGAAA
1 AAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
* * *
15949174 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAGTTATTTGAA
66 TAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGAA
15949208 ATAGTTTTGT
Statistics
Matches: 369, Mismatches: 84, Indels: 16
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Matches are distributed among these distances:
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181 351 0.95
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (179 bp):
AAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
TAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGAATTGGTCGGCAAACAAATTCATTTTTTAAATC
TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTATTCC
Found at i:15948991 original size:482 final size:482
Alignment explanation
Indices: 15948079--15949020 Score: 1061
Period size: 482 Copynumber: 2.0 Consensus size: 482
15948069 ATATTATTTT
* * **
15948079 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTAGAATGATT
1 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAGAACAATT
* * *
15948144 TGAAATAGATAATTATTCAAATACTCATAACTATTTGAATTTGTTTGATAAACAAATTCATTTTT
66 TGAAATAGATAATTATTCAAATACTCACAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTCATTTTT
* * * * * * *
15948209 TAAATCTCTTACATATTAAGTTTTGGAATATTAATAAGTTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCC
131 TAAATCTCTCACATATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAATAAGCC
*** * * * * * *
15948274 TATATGAATTGATATAGTTGTTTTATAGCAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGGTAATT
196 TATATGAACAAAAATAGTTGTGTTATAGCAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAATT
* ** ** * * ** * *
15948339 ATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTGATTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
261 ATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGATAAGCAAACAAATACATTTTCTAAATCTATTACTT
* * * * * * *
15948404 ATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTAATATGAACAAAAA
326 ACTAATTGTAGAAATATTAATAAATTAACATTACTTTAATCCGAATAAGATAATATAAACAAAAA
* * * * * * *
15948469 TAATTGTTTTATGACAACATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTAT
391 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTAGTCAAATAGTTAT
15948534 AACTATTCAAAATTATTCGATAAACAG
456 AACTATTCAAAATTATTCGATAAACAG
* * * *
15948561 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTA-TTTATTGACAATACAAAAGGTTATAGCAA
1 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTTAGAACAA
* * * * *
15948624 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGC-CACAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATT
64 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-CTCACAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTCATT
* *
15948688 TTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAATAA
128 TTTTAAATCTCTCACATATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAATAA
* * * * *
15948753 GCTTGTATGAGCAAAAATAGTTGTGTTAT-GACAAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATAGAT
193 GCCTATATGAACAAAAATAGTTGTGTTATAG-CAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * *
15948817 AATTGTTCAAATAGTCAAAATTGTTTGCA-TTGGTCAAGCCAACAAATACATTTTCTAAAT-TCA
257 AATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGAT-AAGCAAACAAATACATTTTCTAAATCT-A
* * * *
15948880 TTACTTACTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGATTATATAA
320 TTACTTACTAA-TTGTAGAAATATTAATAAATTAACATTACTTTAATCCGAATAAGATAATATAA
* * * * *
15948944 ACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAGATGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGGTCAAA
384 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTAGTCAAA
15949009 TAGTTATAACTA
449 TAGTTATAACTA
15949021 ATTGAATTGG
Statistics
Matches: 374, Mismatches: 79, Indels: 14
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
481 10 0.03
482 355 0.95
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (482 bp):
ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAGAACAATT
TGAAATAGATAATTATTCAAATACTCACAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTCATTTTT
TAAATCTCTCACATATTAAGTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAATAAGCC
TATATGAACAAAAATAGTTGTGTTATAGCAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAATT
ATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGATAAGCAAACAAATACATTTTCTAAATCTATTACTT
ACTAATTGTAGAAATATTAATAAATTAACATTACTTTAATCCGAATAAGATAATATAAACAAAAA
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTAGTCAAATAGTTAT
AACTATTCAAAATTATTCGATAAACAG
Found at i:15949172 original size:663 final size:663
Alignment explanation
Indices: 15947903--15949193 Score: 1603
Period size: 663 Copynumber: 1.9 Consensus size: 663
15947893 ATTCTTTTTC
* * * * **
15947903 AAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
1 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* ** * * * *
15947968 ATAGATAATTGTTCAAATGGTTATAATTATTTGAATTTGTTCAGAAAATAAATTTATTTTATATA
66 ATAGATAATTGTTCAAATAGCCACAATTATTTGAACTTGTTCAGAAAATAAATTCATTTTATAAA
* * * * *
15948033 TTTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTAT
131 TTCTCACTTATTAATCTTTGGAATATTAATAAATTTAAATTATGTTATTTGAAATAAGCTTGTAT
* * *
15948098 GAACAAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
196 GAACAAAAACAATTGTGTTATGACAAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * ** * * * *
15948163 AATACTCATAACTATTTGAATTTGTTTGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACATATTAA
261 AATACTCAAAACTATTTGAATTGGTAAGACAAACAAATACATTTTCTAAATCTCTTACATACTAA
* * * ** ** * * ** * * *
15948228 GTTTTGGAATATTAATAAGTTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATATAGTT
326 GTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGACTATATAAACAGAAACAATT
* ** * *
15948293 GTTTTATAGCAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTTATTACTA
391 GTTTTATAGCAAAATAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTAGTCAAATAGTTATAACTA
* * * * *
15948358 TTTGAACTTGATTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTA
456 ATTGAACTTGATTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTGTCGAAATATTA
** * * *
15948423 ATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTAATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAACA
521 ATAAATTAATATTATTTTAATCCAAACAAACTAATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAACA
* * * *
15948488 TAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTATAACTATTCAAAATTATTCG
586 CAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTCAAAATTATTCG
15948553 ATAAACAGATTTG
651 ATAAACAGATTTG
* * *
15948566 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATT-A-TTTATTGACAATACAAAAGGTTATAGCAATTTGA
1 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * *
15948629 AATAGATAATTGTTCAAATAGCCACAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAA
65 AATAGATAATTGTTCAAATAGCCACAATTATTTGAACTTGTTCAGAAAATAAATTCATTTTATAA
*
15948694 ATCTCTCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGAATTATGTTATTCT-AAATAAGCTT
130 AT-TCTCACTTATTAATCTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATGTTATT-TGAAATAAGCTT
* * * *
15948757 GTATGAGCAAAAATAGTTGTGTTATGACAAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATAGATAATTG
192 GTATGAACAAAAACAATTGTGTTATGACAAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * *
15948822 TTCAAATAGTCAAAATTGTTTGCATTGGTCAAG-CCAACAAATACATTTTCTAAAT-TCATTACT
257 TTCAAATACTCAAAACTATTTGAATTGGT-AAGACAAACAAATACATTTTCTAAATCTC-TTACA
* *
15948885 TACTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGATTATATAAACAGAA
320 TACTAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGACTATATAAACAGAA
* *
15948950 ACAATTGTTTTAT-G-ATAAA-ACAGATGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGGTCAAATAG
385 ACAATTGTTTTATAGCA-AAATA-AAATG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTAGTCAAATAG
* *
15949012 TTATAACTAATTGAA-TTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTTT
447 TTATAACTAATTGAACTT-GATTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTGT
* * * *
15949076 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTT
511 CGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAACAAACTAATATGAACAAAAACAATTGTTT
*
15949141 TATGACAACACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
576 TATGACAACACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
15949194 CATAGTTATT
Statistics
Matches: 527, Mismatches: 91, Indels: 20
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
661 6 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (663 bp):
AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGCCACAATTATTTGAACTTGTTCAGAAAATAAATTCATTTTATAAA
TTCTCACTTATTAATCTTTGGAATATTAATAAATTTAAATTATGTTATTTGAAATAAGCTTGTAT
GAACAAAAACAATTGTGTTATGACAAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
AATACTCAAAACTATTTGAATTGGTAAGACAAACAAATACATTTTCTAAATCTCTTACATACTAA
GTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGACTATATAAACAGAAACAATT
GTTTTATAGCAAAATAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTAGTCAAATAGTTATAACTA
ATTGAACTTGATTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAATTGTCGAAATATTA
ATAAATTAATATTATTTTAATCCAAACAAACTAATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAACA
CAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTCAAAATTATTCG
ATAAACAGATTTG
Found at i:15949211 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 15949166--15949212 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
15949156 GGTAATAACA
15949166 ATTTGAAATAG-ATAATT
1 ATTTGAAATAGTATAATT
* *
15949183 A-TTCAAATAGTCATAGTT
1 ATTTGAAATAGT-ATAATT
15949201 ATTTGAAATAGT
1 ATTTGAAATAGT
15949213 TTTGTAAACA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 4
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.33
17 1 0.04
18 6 0.25
19 9 0.38
ACGTcount: A:0.43, C:0.04, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
ATTTGAAATAGTATAATT
Found at i:15949490 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15949238--15952217 Score: 1320
Period size: 181 Copynumber: 16.3 Consensus size: 180
15949228 GTTATTACTT
* * * * * * *
15949238 TTTTGTTTCGTAATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-CTCAGATTAAAATAATATTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTA
* * *
15949302 ATTTATTAATATTTCAATAATTAGTAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAAAAG
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * ****
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** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * * * *
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* * **
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* * * * **
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* * * *
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* *
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* ** * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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T
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* *
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** *
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* * * * * *
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* ** * ** * *
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*
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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Statistics
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TTTATTAATATTTCAAAATTTATAAGAGATTTAAAAATAATTTTTTTATTGAACCAATTCAAATA
ATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
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ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGA
ATAATTATCTATTTTAAAATAGTTATGACA
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* * * *
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** * * * ** *
15950854 GTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTT-TGGCTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA
64 G-TTATTGAACCAA-TTCAAACAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA
* *
15950917 TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTT-GAAATGAAATAATAC
127 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTTAG-AATAAAATAATAC
* * * * * ** *
15950981 TAAATTAATAATATTCTAAAAATTTATAACTGAA-AGATTTAAAAAATAAGTTTATTTATCGAAC
191 TAATTTAATAATATT-TGAAAATTAATAACT-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAAC
* * *
15951045 CAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTT
254 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTA-TTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTT
* * * * *
15951110 GTTATAAAACAATTATTTC-AGCTCATCCA-AGCTTATTTG
318 ATTATAAAATATTTTTTTCTA-CTCAT--ATAGCTTATTAG
* *
15951149 TAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCCAAAATTTATAAGAGATTTAGAAAATAATTTTAT
1 -AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCCAAAATTTATAAGAGATTTAAAAAATAATTTTAG
* * * * *
15951214 TTATTGAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGTACAATTATATATTTCAATTTGTTATAACTT
65 TTATTGAACCAATTCAAACAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACAT
* * * * ** * **
15951279 TTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCTACTCATA-CAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAAT
130 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTTAGAATAAAATAATACTAAT
** * * *
15951343 CAAATAATATTTTGACAATGAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCACTT
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* * *
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259 CAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTA-TTATGACATTTTGTTTTATTAT
* * * * *
15951472 AAAATATTTTTTTTTGCTCTTACTAACTTATTTGG
323 AAAATATTTTTTTCTACTCATA-TAGCTTA-TTAG
*
15951507 AATAAAAT-AAATTGAATTTATTAATATTT-CAAAATTTAAAAAATAAGAGA-TTAAAAACATAA
1 AATAAAATAAAACT-AATTTATTAATATTTCCAAAATTT-----ATAAGAGATTTAAAAA-ATAA
**
15951569 TTTT-GTTAGTTGAACCAATTCAAACAATTATGAA-TATTTGAACAATTATCTAGTTT-AAATCA
59 TTTTAGTTA-TTGAACCAATTCAAACAATTAT-AACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTG
* * * * * *
15951631 TTATTACCTTTTGTTTTGTCTTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAATTTGTTTAGAATAAAAT
121 TTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTTAGAATAAAAT
* * * * *
15951696 AATATTAATTTATTAATATCTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAGATAAATCTGTTTGCC
186 AATACTAATTTAATAATAT-TTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCC
* * * * *
15951761 AAACCAGTTCAATTAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTAAGACCA-TTT
250 AAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGA-CATTTT
* * *
15951824 GCTTTATCATAAAATATTTTTTTCTATTCATATAGTCTTATTCAG
313 GTTTTATTATAAAATATTTTTTTCTACTCATATAG-CTTATT-AG
* ** * * * *
15951869 AATAAAGTAATGCTAATTTA--AA-A-TT--AATAA---GTAACAGATTTAGAAAATGTATCTAT
1 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCCAA-AATTTATAAGAGATTTAAAAAAT-AAT-T-T
** * * * * * * * * *
15951925 TAG--CCT-AATCAGTGCAAATAATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
62 TAGTTATTGAACCAATTCAAACAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA
** * * * * ** * ** * *
15951987 CCCTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTATTT-GAAATAACATAATTC
127 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTTAG-AATAAAATAATAC
* *** * * * * *
15952051 TAATTTATTAATAATCCAAAAATT--T-AC-AAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACA
191 TAATTTAATAAT-ATTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACC
* * * * * * * * *
15952112 AGTTTAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGT
255 AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTAT
* * * *
15952177 CATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATT
320 TATAAAATATTTTTTTCTACTCATA-TAGCTTATT
15952212 TCAAATTTGT
Statistics
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AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCCAAAATTTATAAGAGATTTAAAAAATAATTTTAGT
TATTGAACCAATTCAAACAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATT
TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTTAGAATAAAATAATACTAATT
TAATAATATTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCA
AATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTTTGTTTTATTATAAA
ATATTTTTTTCTACTCATATAGCTTATTAG
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Alignment explanation
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15951709 TAATATCTTG
* * * * *
15951719 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAGATAAATCTGTTTGCCAAACCAGTTCAATTAGTTATAAC
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* * * * * *
15951784 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTAAGACCATTTGCTTTATCATAAAATATTTTTTTCT
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*
15951849 ATTCATA-TAGTCTTATTCAG-AATAA-AGTAATGCTAA-T-TT
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* * * * * *
15951888 AAAATTAATAAGTAACAGATTTAGAAAATGTATCTATTAGCCTAATCAGTGCAAATAATTATGAT
1 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAATGAATCTATTAGCC-AAACAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
15951953 TGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCT
64 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCT
** * *
15952018 ATTTGTACAAGCTTATTTGAAATAACATAATTCTAATTTATT
129 ATTCATACAAGCTTATTAGAAATAACATAATGCTAA-TTATT
* * * *
15952060 AATAATCCAAAAATTTACAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-CCAAACAAGTTTAAATAGT
1 AA-AAT-TAATAA-GT--AAGAGATTT-AAAAATGAATCTA-TTAGCCAAAC-AGTTCAAATAGT
* * *
15952124 TATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
58 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATT
15952189 TTTTCTATTCATACAAGCTTATT
123 TTTTCTATTCATACAAGCTTATT
15952212 TCAAATTTGT
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 46, Indels: 24
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (169 bp):
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATGAATCTATTAGCCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTA
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTAT
TCATACAAGCTTATTAGAAATAACATAATGCTAATTATT
Found at i:15952320 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 15952101--15952332 Score: 331
Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 120
15952091 AATGAATCTA
* * * * * **
15952101 TTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC
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* *
15952166 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATTTG
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATTTG
* * *
15952221 TTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATTTAATTCAAATCATTATGACC
1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCTAATTCAAATCATTATAACC
*
15952286 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TGTTCATAAAAGCTTATTT
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATAAAAGCTTATTT
15952333 AGATTAAAAT
Statistics
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TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCTAATTCAAATCATTATAACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATTTG
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Alignment explanation
Indices: 15952214--15954270 Score: 1533
Period size: 181 Copynumber: 11.5 Consensus size: 179
15952204 AGCTTATTTC
* * * * * * *
15952214 AAATTTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATTTAATTCAAATCAT
1 AAATTTGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * *
15952279 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTAGATTAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAA-CTTATTCAAAATAAAATA
* * * * * * *
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129 ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTT-AAAAAAT
* ** * * * * *
15952396 AAATATGTTTATCAAACAAATTTGAATAGTAATAACTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCAT
1 AAATTTGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* ** * ** * * * *
15952461 TTTGATATTTTGTTTCGTCATAAAA-AATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCCAAATAAAACA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTATTCATACA-ACTTATTCAAAATAAAATA
* * *
15952525 ATAC----TTATTAATATTCAAAAAATTAATCAATAAGAGATTTTAAAAAT
129 ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
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1 AAATTTGTTTATC-AAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
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* * * * * *
15952700 AAATA-TAAATTTACTAATATTCTAAAGATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAT
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* * * *
15952752 AAATCTAT-TTTGT-AAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATC
1 AAAT-T-TGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *
15952815 GTTATGATC-TTT-TTTTGTCATAGACCAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTATTTAGAAT-AAA
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* * ** *
15952877 -AATATTAATTTATTAAAATTAAAAAAATTAATAACTTAA-AGATTTAAAAAAT
127 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-ATAAGAGATTTAAAAAAT
** * * * * * *
15952929 AAATTTGTTTATCATGCAAATTCAAATAATTATGACTACTTAAATAATTATTTATTTCAAATTAT
1 AAATTTGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * *
15952994 TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTGTATTCATACAACTTTATTCAAAATAAGATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAC-TTATTCAAAATAAAATA
** *
15953059 ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATTGGAGATTTAAATAAT
129 ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
15953110 AAATATGTTTA-CTAAACGAGTTCAAATAGTGAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATC
1 AAATTTGTTTATC-AAACAAATTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
15953173 ATTAGGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTTTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAA
64 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATAC-AACTTATTCAAAATAAAA
* * * * *
15953238 T-ATACTATTTTATTAATATTTTGAAAA-T--T-AATAAGAGATTCAAAAACT
127 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
15953286 AAATATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAA
1 AAATTTGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * *
15953351 AATGATC-TTTGTTTTGTCATAACATAATTGTTTCTATTCATATAAACTTATTCGAAGTAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATA-CAACTTATTCAAAATAAAATA
* * ** * *
15953415 TTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
129 ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT
* ** * * * * *
15953466 AAATGTTTTTTGCCGAAC-CAGTCAAATAGTTAAGA-T-TGTTGAACAATTGTCTATTTCAAATC
1 AAAT-TTGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * **
15953528 ATTTTAACCTATTGTTTAGTTA-AGAAATAATTGTTTCAGCTCATACATACTTATTTGAAATAAA
64 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTTA-TTCATACA-ACTTATTCAAAATAAA
* * * * *
15953592 ATAATAATATTTTATTAACATT-TAAAAAATTAATAAGT-AGGGAATTTAAAAAAAT
126 ATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAATAAGAG-ATTT-AAAAAAT
* * * * * * * *
15953647 AAATCTCTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTAT
1 AAATTTGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
15953712 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAGTATATCCAAAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAACT-TATTCAAAATAAAATA
* * * * * **
15953777 ATATTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAAT
129 ATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * ** *
15953828 AAATTAGTTTATCGAATC-AGTTCAAATATTTATGGTTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
1 AAATTTGTTTATC-AAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* **
15953892 TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCATCATACAAACCAATTCAAAATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATAC-AACTTATTCAAAATAAAA
*
15953956 TAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGT-AG-GA--T-----AT
127 TAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * **
15954000 -TATTTGTTTATCGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTTGT
1 AAATTTGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * *
15954064 TAT-AGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTATGTTAATTCAAGCTTATTCGAAATAAAAT
66 TATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAA-CTTATTCAAAATAAAAT
* * *
15954128 AATACTAA-TAATCTAATAATATCATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT
128 AATACTAATTTAT-TAAT-AT-TC-TAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT
* ** * * * * * * * *
15954183 AAATTTGTTTTTTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGGCTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCAT
1 AAATTTGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* *
15954248 TATGTCCTTTTGTTTTATCATAA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
15954271 TTTATTAATA
Statistics
Matches: 1488, Mismatches: 306, Indels: 160
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.01
171 107 0.07
172 7 0.00
173 2 0.00
174 16 0.01
175 49 0.03
176 204 0.14
177 134 0.09
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179 81 0.05
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183 6 0.00
184 69 0.05
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Consensus pattern (179 bp):
AAATTTGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAACTTATTCAAAATAAAATAAT
ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT
Found at i:15953831 original size:718 final size:708
Alignment explanation
Indices: 15952221--15954250 Score: 1828
Period size: 718 Copynumber: 2.8 Consensus size: 708
15952211 TTCAAATTTG
* * * *
15952221 TTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATTTAATTCAAATCATTATGACC
1 TTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACC
* * * * * *
15952286 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTAGATTAAAATAATATTAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATAAAAG-TTATTCAAAATAAAATAATATTAA
* ** * ***
15952351 TTTATTAGTATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTA-TCAAACAA
130 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTGGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACT-AAAC-A
* ** * * * * *
15952415 ATTTGAATAGTAATAACTATTT-AAATAATTATCTATTTTAAATCATTTTGATATTTTGTTTCGT
192 GTTCAAATAGTAATATCTATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ATTTTGTTTTGT
** * ** * * *
15952479 CATAAAAAATT-GTATCAATTCATATAGGCTTATTCCAAATAAAACA-A-TACTTATTAATATTC
255 CATAAAAAATTGGT-TTTATTCATACAAACTTATT-CAAATAAAATATACTATTTATTAATATTT
* * * ** *
15952541 AAAAAATTAATCAATAAGAGATTTTAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
318 AAAAAA-T--T-AATAAGAGATTTCAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGCTATG
* **
15952606 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
379 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAAAATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * * * * *
15952671 ATGTTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAAAAATATAAATTTACTAATATTCTAAAGATTAATAAG
444 ATATTCATACAAACTTATTTCAAATAAAAAAATATAAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * *
15952736 TAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTGTAAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
509 TAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTGCAAACACAGTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
15952801 ATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTTTTGTCATAGACCAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTA
574 ATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTTTAGTCATAGAACAATTGTTTTCACTCATAAAAGCTTA
* *
15952866 TTTAGAATAAAAATATTAATTTATTAAAATTAAAAAAATTAATAACTTAAAGATTTAAAAAATAA
639 TTTAGAATAAAAATAATAATTTATTAAAATTAAAAAAATTAATAACGTAAAGATTTAAAAAATAA
* *
15952931 ATTTG
704 ATCTC
* *** * * * *
15952936 TTTATCATGCAAATTCAAATAATTATGACTACTTAAATAATTATTTATTTCAAATTATTATGATC
1 TTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACC
* * ** * *
15953001 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTGTATTCATACAACTTTATTCAAAATAAGATAATACTAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATA-AAAGTTATTCAAAATAAAATAATATTAA
* *
15953066 TTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATTGGAGATTTAAATAATAAATATGTTTACTAAACGAG
130 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAAC-AG
* * *
15953130 TTCAAATAGTGATATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTAGGACATTTTGTTTTGTCA
193 TTCAAATAGTAATATCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ATTTTGTTTTGTCA
* *
15953195 TAAAATAATTGGTTTTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATATACTATTTTATTAATATTTT
257 TAAAA-AATTGGTTTTATTCATACAAACTTATTCA-AATAAAATATACTA-TTTATTAATATTTA
* *
15953260 GAAAATTAATAAGAGA-TTCAAAAACTAAATATGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGCTATGACTA
319 AAAAATTAATAAGAGATTTCAAAAA-TAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGCTATGACTA
* * *
15953324 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAAAATGATC-TTTGTTTTGTCATAACATAATTGTTTCTAT
383 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAAAATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATAT
* * * * *
15953388 TCATATAAACTTA-TTCGAAGTAAAATATTGCTAAA-CTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
448 TCATACAAACTTATTTC-AAATAAAAAAAT-ATAAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* * * *
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511 A-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTTG-CAAACACAGTCAAATAGTTAAGACTAT-TTGAACAAT
* * * * * *
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573 TATCTATTTAAAATCATTATAACCT-TT-TTTAGTCATAG-AACAATTGTTTTCA-CTCATA-AA
* * * **
15953576 A-CTTATTT-GAAATAAAATAATAATATTTTATTAACATTTAAAAAATTAATAA-GTAGGGAATT
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15953638 TAAAAAAATAAATCTC
694 T-AAAAAATAAATCTC
* * *
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* *
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66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATATTCATAAAAGT-TATTCAAAATAAAATAATATTA
* * * * *
15953783 CTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATCA
129 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTA-CTAAACA
* * * * *
15953847 GTTCAAATATTTATGGT-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGT
192 GTTCAAATAGTAAT-ATCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-TTTTGTTTTGT
* **
15953911 CATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAACCAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
255 CATAAAA-AATTGGTTTT-ATTCATACAAACTTATTC-AAATAAAAT-ATACT-ATTTATTAATA
* * * **
15953975 TTTCAAAAATTAATAAGTAGGATATT-----AT---T-TGTTTATCGAACCAA-TTCAAATAATT
315 TTTAAAAAATTAATAAG-A-GAT-TTCAAAAATAAATATGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGCT
* * **** * *
15954030 ATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTTGTTAT-AGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
376 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAAAATGA-CCATTTGTTTTGTCATAAAATAATT
** * * * * * *
15954094 ACTTATGTTAATTCAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATAATCTAATAATA-TCATGAAA
440 GTTTATATTCATACAAACTTATTTC-AAATAAAAAAATA-T-A-AATCTAATAATATTC-TAAAA
* * * * *** * *
15954157 ATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTTTTGAAC-CAGTTTAAATAGTTAAGGCTA
500 ATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTTGCAAACACAG-TCAAATAGTTAAGACTA
* * * *
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15954251 GTCCTTTTGT
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TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAGTTC
AAATAGTAATATCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGAATTTTGTTTTGTCATAAA
AAATTGGTTTTATTCATACAAACTTATTCAAATAAAATATACTATTTATTAATATTTAAAAAATT
AATAAGAGATTTCAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACA
ATTATCTATTTCAAATCAAAATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATATTCATACAA
ACTTATTTCAAATAAAAAAATATAAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAA
AAATAAATCTATTTTGCAAACACAGTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
TCATTATAACCTTTTTTAGTCATAGAACAATTGTTTTCACTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAA
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * ** *
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* * * * * * * * ** *
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183 TATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTATTATAG-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * * *
15952489 T--GTATCAATTCATATAGGCTTATTCCAAATAAAACAATACT--TATTAAT-AT-TCAAAAAAT
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* * * * *
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* * *
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** * * * * *
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438 TAAAAG-TTA-TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT-A-AAGTTAGA
* *
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* * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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309 TAATAAATAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATT
* * * *
15953150 TGAACTATTATCTATTTCAAATCATTAGGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTT-TATT
373 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATT-GTTTAT-TT
* * * * ** *
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* * *
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* ***
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* * * * * * * ** *
15953369 ATAACATAATTGTTTCTATTCATATAAACTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-T
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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** * * * * * *
15953558 TTGTTTCA-GCTCATACATACTTATTTGAAATAAAATAATAAT-ATTTTATTAACATTTAAAAAA
246 TTACTT-ATGTTCATACA-ACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATTATTAATATCT-AAAAA
* * * * *
15953621 TTAATAAGTAGG-GAATTTAAAAAAATAAATCTCTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTA
308 TTAATAAATAGGAG-ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * *
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371 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT-ATT
* * *
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435 TCATAAAAGT-TATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-AAGTTAG
*
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* ** *
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**
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* * *
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* * * * *
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258 ATACAA-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT-AT-TATTAATATC-TAAAAATTAATAAATAG
* ** * * * * * * * *
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319 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * **
15954234 CTATTTCAAATCATTATGTCCTTTTGTTTTATCAT-AATTTATT-AATATTTC--AAAA-TTAAT
384 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTATTTCATAAAAGTT-AT
* ** * * * *
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* **
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505 AAAATAAATTAGTTTATCGAAAC
* * * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGT
* * *** * * * * * **
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** * * * * *
15954470 AAGTAAAAAATTTTAA-AAAT-A--A-A-TA-TT-TTTATCGAACTAGA-TCAAATAGTCATGAC
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* * * * ** *
15954526 TATTCGAATAAATATCTATTTCAAATCGTTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTC
189 TATTTGAACAATTATATATTTCAAATTATTATAG-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTT-
* * ** * * *
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252 -ATGT--TCATACAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATTATTAATA-TCTAAAAATTAAT
* * * * * * *
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313 AAATAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT--AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * *** * * * *
15954713 ACAATTGTCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTTTTCATAC
376 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTATTTCATA-
* *** * * * *
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440 -AAAGTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATT-A-AAGTTAGAGA
*
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500 TTTAAAAAATAAATTA-GTTTATCGAAAC
* * * * * *
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1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTG
* * ** * * **
15954931 TAATAAAACAATTATTTTCGTTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
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* ** * *
15954996 TTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGA-ATTAGAAAATGATCTGTTTA-CTG-AGTATGTTCAAATAG
128 TTTCAAAAATTAATAAGTAAG-GATATT-----AT--T-TGTTTATC-GAACCA-ATTCAAATAA
* * * * * ** **
15955058 TTAGGATTATCTAAATAATTATCA-ATTTCAAAACATTAT-GATATTTTGTTTTGTCATAAAACA
182 TTATGACTATTTGAACAATTAT-ATATTTCAAATTATTATAG-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * ** *
15955121 ATTGGCTCTA-G-TCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAAAAAT-TTATTAATATTTCAA
245 ATT-ACT-TATGTTCATACAA-CTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATATTATTAATATCT-AA
* * * * * * * *
15955182 AAATTAATAAGTA-AAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAATCATGTTCAAATAGTTATGACT
305 AAATTAATAAATAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** *
15955246 ATTTGAACAATTATCTATTTTAGATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTTGTTTTT
370 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAA-TTGTTTAT
* * * **
15955311 GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGCA
434 -TTCATAAAAG-TTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-AAGTT
* *
15955376 AAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATC-AAGC
495 AGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAAAC
* * *
15955408 GAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-CATTATGATCTTT
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTT
15955465 TGCGTTGGCC
Statistics
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AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTTTATTCATAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAAGTAAGGATATTATTTGTTTATCGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGA
ACAATTATATATTTCAAATTATTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTATGTTCATA
CAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATTATTAATATCTAAAAATTAATAAATAGGAGATTT
AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTATTTCATAAAAGTTATTCAAAATA
AAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTA
TCGAAAC
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*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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*
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* * * * * *
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66 CATAAAACAATAGTTTCATTTCATAAAAGTATATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATAAAAAA
* *** * * * *
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131 TTCAAAAATTAAGAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAATCAGATCAAATAGTCA
** * * *
15953860 TGGTTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
196 TGACTATTCGAACAAATATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* ** * *
15953925 TTTTCATCATACAAACCAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
261 TTTTAATCATACAAACCAATTCAAAATAAAATAATACTAAGCTATTAATATTCCAAAAATTAACA
*
15953990 AGTAGGATATTATTTGTTTATCGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATT
326 AGTAGGATATTATTTGTTTATCGAACAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATT
* * * * *
15954055 TCAAGTTGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTATGTTAATTCAAGCTTATTCGA
391 TCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTATGTTAATACAAGATTATTCGA
* * *
15954120 AATAAAATAATACTAATAATCTAATAATATCATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAA
455 AATAAAATAATACTAATAATCTAATAATATCAAGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAA
* ** * * * *
15954185 ATTTGTTTTTTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGGCTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
520 ATATGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTCAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* ***
15954250 TGTCCTTTTGTTTTATCATAATTTATTAATATTTCAAAATTAATATGACATTTAAAAATTAAATC
585 TGTCCTTTTGTTTTATAATAAACAATTAATATTTC--AATTAATATGACATTTAAAAATTAAATC
15954315 TAATTATTAAACC
648 TAATTATTAAACC
* * * * * * *
15954328 AGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTGC
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTT-TGA
* * * *
15954392 T-ATAAAACAATAGTTT-TTGTTCATACAAGCT-TATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATAAA
65 TCATAAAACAATAGTTTCAT-TTCATAAAAG-TATATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATAAA
* * * *
15954454 AAATTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAA-TATTTTTATCGAA-CTAGATCAAAT
128 AAATTCAAAAATTAAGAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTA-GTTTATCGAATC-AGATCAAAT
* *
15954517 AGTCATGACTATTCGAATAAATATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-A
191 AGTCATGACTATTCGAACAAATATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACA
** ** *
15954581 ATTATTTCAATTAATC-TA-AAA-TTATTTGAAATAAAATAATACTAAGCTATTCATATTCCAAA
256 ATTATTT---TTAATCATACAAACCAATTCAAAATAAAATAATACTAAGCTATTAATATTCCAAA
* * * *
15954643 AATTAACAATTAAGAGAT-TTAAAAAATGAATATGTTTATGGAA-AAAGTTTAAATAATTATGAT
318 AATTAACAAGT-AG-GATATT-----AT---T-TGTTTATCGAACAAA-TTCAAATAATTATGAC
* * * ** * *
15954706 TATTTGAACAATTGTCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTT
371 TATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTATG
* * * * * * * *
15954770 TTCATACTATATTATTTTG-AATAAAATAATA-T-A-AATTTATTAATATTAAGATAATTAATAA
436 TTAATACAAGATTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATAATCTAATAATATCAAGAAAATTAATAA
* *
15954831 ATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTCATGACTA-ATTGAATA
500 ATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTCAAGACTATA-TAAATA
* *
15954895 ATTATCTATTTCAAATCATTGTGAT-CTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTA
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15954945 TTTTCGTTAA
Statistics
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CATAAAACAATAGTTTCATTTCATAAAAGTATATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATAAAAAA
TTCAAAAATTAAGAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAATCAGATCAAATAGTCA
TGACTATTCGAACAAATATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
TTTTAATCATACAAACCAATTCAAAATAAAATAATACTAAGCTATTAATATTCCAAAAATTAACA
AGTAGGATATTATTTGTTTATCGAACAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATT
TCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTATGTTAATACAAGATTATTCGAA
ATAAAATAATACTAATAATCTAATAATATCAAGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAA
TATGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTCAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
GTCCTTTTGTTTTATAATAAACAATTAATATTTCAATTAATATGACATTTAAAAATTAAATCTAA
TTATTAAACC
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* * * *** *
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* * * * * ** *
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* * * * * * *
15954454 AAATTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATTTTTA-TCGAACTAGATCAAATA
127 TATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATA
* *
15954518 GTCATGACT-ATTCGAATAAATATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-A
190 GTCATGACTAATT-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * ** ** *
15954581 ATTA-TTTCAATTAATCTAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTAAGCTATTCATATTCCAAAAA
254 ATTATTTTC-GTTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * * * *
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318 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATG-ATCTGTTTATCG-AGA
* * * * **** * *
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** * * ** * * ** *
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* * *
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* * *
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193 ATGACTAATTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
*
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* * *
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* * * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGATCTTTTGTTTTGT
* *
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66 CATAAAACAATT-GCTCTAGTCATACAAGATTATTTCAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATAT
* * * *
15955177 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAATCATGTTCAAATAGTTAT
130 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
15955242 GACTATTTGAACAATTATCTATTTTAGATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTTGT
195 GACTAATTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTAT
* * * ** *
15955307 TTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATA
259 TTTCGTTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * * * * *
15955372 AGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAGCG
324 AGTAAGAGATTTAAAAAAT-GATCTGTTTATCGAG-A
*
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1 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGATCTTTTG
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AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGATCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGCTCTAGTCATACAAGATTATTTCAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATT
TCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATG
ACTAATTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
TCGTTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
TAAGAGATTTAAAAAATGATCTGTTTATCGAGA
Found at i:15955458 original size:181 final size:179
Alignment explanation
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15954318 TTATTAAACC
* * ** * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTTTTGT
* *** * ** ** ** *
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* * * * ** *
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129 TT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAACA
* * * * * * *
15954688 AGTTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTGTCTATTTGAAA-TTGCTATAACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACAT--TATGACCTTTTGTTTTG
** * ** ***
15954752 TCATAAAATGATT-TTTTT-TTCATACTATATTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT
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*
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128 ATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCT-AACA
* * * * * *
15954867 AGTTTAAATAGTCATGACTAATTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGATCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * **
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* * * * * * **
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129 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCT-AACA
* * * * * * * **
15955047 TGTTCAAATAGTTAGGATTATCTAAATAATTATCAATTTCAAAACATTATGATATTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAACATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * **
15955112 CATAAAACAATTGGCTCTAG-TCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAAAAATTTATTAAT
65 CATAAAACAATT-GTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*
15955175 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTT-TCTAATCA
128 A-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAA-CA
* * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AACATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
15955292 CATAAACCAATTTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAA
65 CATAAAACAA-TTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
15955357 TTCCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAGCG
129 TT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAA-CA
* * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACATTATGACCTTTTG
15955467 CGTTGGCCTT
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (179 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAACA
Found at i:15955896 original size:21 final size:21
Alignment explanation
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Period size: 21 Copynumber: 3.1 Consensus size: 21
15955851 GTGTAATTTT
*
15955861 TCAGAAAATGGATCGATCCCC
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* * *
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*
15955903 TAAGAAAAGGGATCGATCCCC
1 TCAGAAAAGGGATCGATCCCC
15955924 TC
1 TC
15955926 TTAAAAAGGA
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Matches are distributed among these distances:
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TCAGAAAAGGGATCGATCCCC
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Alignment explanation
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15955855 AATTTTTCAG
*
15955865 AAAATGGATCGATCCCCTCAT
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* * * *
15955886 -ATAGAGGATCGATCACCTAAG
1 AAAAG-GGATCGATCCCCTCAT
*
15955907 AAAAGGGATCGATCCCCTCTT
1 AAAAGGGATCGATCCCCTCAT
*
15955928 AAAAAGGATC
1 AAAAGGGATC
15955938 AATTGATTGC
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 11, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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AAAAGGGATCGATCCCCTCAT
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15963739 GAAATATTGG
**
15963749 AATGAATGATTGCTTGCTTTGAATGGT
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15963776 -ATGAATGATTGCTTGCTTTG-ATCCT
1 AATGAATGATTGCTTGCTTTGAATCCT
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1 AATGA
15963806 TATTGGTTTG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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AATGAATGATTGCTTGCTTTGAATCCT
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Indices: 15966262--15966546 Score: 360
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15966252 TGCTAAACTA
* * *
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* * * * * *
15966327 ATATAATAATTTTTTCAGTTCATACAAACTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
66 ATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAACATATTCGA-AATAAAATAAAACTAATTTATTAATAT
15966391 TTATTTATTTCAAATTGTTTGACCTTTT
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* * * * **
15966419 GTTCAAACAGCTAAGACTA-TATGAGCT-ATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
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* **
15966482 TCATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAGCATATTCGAAATAGGATAAAACTAATTTATTAATA
64 TCATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAACATATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
15966547 CTTCAAAAAA
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 18, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (157 bp):
GTTCAAACAGCTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTATAATC
ATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAACATATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT
TATTTATTTCAAATTGTTTGACCTTTT
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Indices: 15966446--15967314 Score: 668
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15966436 TATATGAGCT
* ** * * ** * * *
15966446 ATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAA
* ** * * *
15966511 GCATATTCGAAATAGGATAAAACTAATTTATTAATACTTCAAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTA
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* * * * *
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* * * * * *
15966627 ATTATTTATTTCAAATCATAATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAAGATAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAA
* * * *
15966692 GTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAA
66 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * *
15966757 AAAGTAAATTTGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTCTTTGAATA
131 AAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTGTTTAAACA
* * * * * * * * * *
15966808 ATTATCAATTTCAGATCGTTATAACCATTTATTTTTTCATCAAACAATTGGTTCTGTTCATGCT-
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAAT-ATA
** * * ** * *
15966872 ATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCGAAAACTTAATAACCAAGAAAATT
65 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTT
* ** * * * * ** * *
15966936 AAAAAATAAATCTAATTATCGAACCAATTAAAATAGTTACGA-TGATATGAACA
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* * * ** * * *
15966989 ATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTTGTAAAACAATT-ATTTTGTTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAA
* *
15967053 GCTTATTCTG-ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTA-AAAATTAATAA-T---AGATTT
66 GCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
** * * *
15967112 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAATTAGTTCAAATGGTTA-AGACT-ATTAGAATA
129 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTGTTTA-AACA
* * * * * * * *
15967165 ATTATCTATTTAAAATCGTTCTAACCATTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTCTAGTTTATATAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAA
* * * ** * * *
15967230 GCTTATTCAAAATAAATTAATAATAATTTATTAGCATTCAGAAAATTAATGAGAAAGAGATTTTA
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ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAA
GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
AAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTGTTTAAACA
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*
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TTAATAATAGATTTAAAAA
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*
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1 TTAATAAT--ATTTAAAAAA
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1 T
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TTAATAATATTTAAAAAA
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA
*
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66 GTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* *
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131 AGAGA-TTT-AAAAAATAAATATGTTTATCAAATCAATTCAAATAGTTATGACT
* ** * * *
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1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-T
* * ** *
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* * * * * * **
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* * *** * * * *
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* * ** * * *
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* * * *** **
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128 GTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCAAATC-AATTCAAATAGTTATGACT
** * *
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1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA
* * * * **
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* *
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* * ** * * * * * * *
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1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA
* * * *
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66 GTTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * * *
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130 AAGAGATTTAAAAAAT-AAATATGTTTATCAAATCAATTCAAATAGTTATGACT
* ** * * * * *
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1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA
* * * * * *
15968456 -ATCATACAAGTTTATTTGAAATAAAACAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATATGTA
66 GTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
15968520 AGAGATTTAGAAAATAAATTTGTTTACCGAATTC-ATTTACATAGTTATGACT
131 AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAATCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * ** * *
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1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TT
* * * * *
15968626 A-AT-ATA-AA-CTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATATAATACTATTTCAAAAATTAATAAC
65 AGTTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
15968686 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATCTACCAAA-CTAGTTCAAATAGTTAAGACT
129 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATC-AATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
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1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT-
* * * * *
15968797 AATTCACACTAGCTTATTA-AGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAT
65 AGTTCATACAAGCTTATTAGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * * * * *
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128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATCAATTCAAATAGTTATGACT
* *
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15968955 GTTAAAAAAT
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ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA
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15967388 GCTTAGATGG
* * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAAATTAATAA--AA-AGATTTAAAAA--AAAT
* * * * * *
15967462 ATGTTTATCAAATCAACTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTGTTTCAAATCATTATG
60 AT-TTTATCAAATCAATTAAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * *
15967527 ACATTTTGTTTTGTCATAAAATATTTGTTTTTAGTTACACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATAC
124 ACATTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTATACTTACACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATAC
* * **
15967592 TAATTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
189 TAATTTTTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAAATAAATACATTTATCGAAC
* ** * * *
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* * * ** *
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** * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAAGATTTAAAAAA-AATA--TT
* * * * ** * * *** *
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* * * *
15967889 TTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTGC-C-TGCTT-TTTGGAATAAAATAAT-CTA
128 TTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTT-ATA-CTTACACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACT-
* * *
15967950 AATTTATTAACA-TTCAAAAATTTAATAAGCAA-A-ATATTTGAAAAAATAAATCCATTTATTGA
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* * * *
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252 ACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAAAGATCTCAAATCATTAAGACC-TTTGTTT
* *
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*
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAA-AAGA-TTTAAAAAAAATATTT
* * * * * ** * *
15968182 TATCGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTCCATTGAAAATCGTTATGACCTT
64 TATCAAATCAATTAAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATT
* * * * * * * *
15968247 TTGTTTTA-TCACAAAACAATTGCTT-CAGTTCATACAAGTTTATTCA-AAATAAAATAATACTA
129 TTG-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTATACTT-ACACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACT-
* * * ** *
15968309 AATTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGTGA-TTTAAAAAA
190 AATTTTTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAA
15968353 TGAAGTTGTT
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TCAAATCAATTAAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTT
GTTTAGTCATAAAATATTTGTTTATACTTACACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTT
TAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAAATAAATACATTTATCGAACAAATTCA
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTAAAGATCTCAAATCATTAAGACCTTTGTTTTGACATAAAA
TAATTATTTCTGTTCATAAAAACATATCCAA
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15968276 TCATACAAGT
* * *
15968286 TTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGTGATTTAAAA
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* * * * * * * * *
15968351 AATGAAGTTGTTTACCATATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCACCAATTATCTATTTCAAAT
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* * * * * *
15968416 CATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTT-AA-TCATACAAGTTTATT-TGAAAT
131 C---A--A--TTTTGTTTGGCCACAAAACAATT-TTTTTCAATTCACACAAGCTTATTAAG-AAT
* * * *
15968478 AAAACAATACT-AATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAGAAAATAAATTTG
187 AAAACAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * *
15968542 TTTACCGAATTCA-TTTACATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCATATCGTTATAAC
251 TTTACCGAA-CCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCATATCGTTATAAC
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315 CTTTAACAATTATTTTTGTTAATATAAAC
* *
15968635 TTATTCAAAATAAAATAATACT-AATATAATACTATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAAAT-TAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAA
* * * * *
15968699 AAATAAATTTATCTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAA
65 AAATAAAGTTATCTACCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACCATATCAACAATTATCTATTTCAAA
* * *
15968764 TCAATTTTGTTTTGCCACAAAACAATTTTTTTCAATTCACACTAGCTTATTAAGAATAAAATAAA
130 TCAATTTTGTTTGGCCACAAAACAATTTTTTTCAATTCACACAAGCTTATTAAGAATAAAACAAA
* *
15968829 ATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAA
195 ATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA
*
15968894 CCAGTTTAAATAATTTTGACTATTTGAACAATT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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348 3 0.01
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Consensus pattern (343 bp):
TTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAA
AATAAAGTTATCTACCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACCATATCAACAATTATCTATTTCAAAT
CAATTTTGTTTGGCCACAAAACAATTTTTTTCAATTCACACAAGCTTATTAAGAATAAAACAAAA
TGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC
CAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCATATCGTTATAACCTTTAACAATT
ATTTTTGTTAATATAAAC
Found at i:15969707 original size:180 final size:179
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15969244 TTCGGCGAAC
** * * * *
15969254 ATCTCTTACTTATTAAAGTTTGAAAGATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCCT-AATAAACTTG
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTGAATAAGCTTG
* * * * *
15969318 TATGATCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAAG-CAATAATGATTTGAAATAGATAATTA
65 TATGA--AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * * *
15969382 TTGAAATCGCCATAATTATTTG-AACTGATTTGGTAAACAGATTCA-CTTTTTAA
127 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-TTCGGTAAAAAAATT-ATTTTTTTAA
* *
15969435 A--TC--ACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * * * **
15969495 TTGAACTGAAACAATTGTTTTGTAATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTTAATAGATAATTGTT
66 ATGAA--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* *
15969560 CAAATAGTCGTAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAAAAAATTATTTTTTTAA
129 CAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCGGTAAAAAAATTATTTTTTTAA
* * * *
15969611 A-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTT
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * * * *
15969675 ATGAAATGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTTAAATACATAACTGTT
66 ATGAAA--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** * *
15969740 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAAT-AAATAATT-TTTTTTCAA
129 CAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCGGTAAAAAAATTATTTTTTTAA
* * *** * * *
15969789 ATCTTTTGCTTATTAATTTTTTTTATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCCTTG--TAA-C--
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT--TTGAATAAGCTT
** * * * * *
15969849 --AT-ACGAAACAAATATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATATATAATTATT
64 GTATGAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* ** * * * *
15969910 CTAATAGTTTTAACTATTTG-AATTGGTTTGGTAAACACATT-TGTATTTTAA
129 CAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-GTTCGGTAAAAAAATTAT-TTTTTTAA
* * **
15969961 ATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAATATTATCTTTA-ACTGAATAA-CAT
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTTGAATAAGC-T
* * * ** * *
15970023 TCTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGAT-ATTAATAATTTGAGATTGATAAT
63 TGTATGA--AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
15970086 TGTTCAAATAGTAAT-A-TCTTT-AAACTGGTTCGGTAAACAGATT-TATTTTTTAA
125 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TTGTTCGGTAAAAAAATTAT-TTTTTTAA
* *
15970139 ATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGTTTGT
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * **
15970203 ATGATCACAAAA-AATTGTTTTATGAC--AATAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCAT
66 ATGA--A-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * ** * * *
15970265 TCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTCGGTAAATAGATT-TACTTTTTAA
128 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCGGTAAAAAAATTAT-TTTTTTAA
* * * ** *
15970317 ATTTCTTACTTATT-ATTTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTA-TTCCATCTAAGCTT
1 ATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTT
* * * * * * *
15970380 GTATTAACTAAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAAACAATTG
64 GTATGAA--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * *
15970445 TTCAAATAGTAATAACTATTT-AAACTTATTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAA
127 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TTGTTCGGTAAA-AAAATTATTTTTTTAA
* * * * * *
15970499 ATCTCTTTCCTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTG
1 ATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * *
15970563 TATGAACTAAAACACTTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTCAAATAGATAATTGT
65 TATGAA--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* ** *
15970628 TCTAATAGTC-TAACTATTT-AAACTAATTCGGTAAATAAATT-TATTTTTTAA
128 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TTGTTCGGTAAAAAAATTAT-TTTTTTAA
* *** * * * * * *** *
15970679 ATCTCTTATTTATTAATTTCCAAAAGATTATTAAATTAATATTATTTAAATCAAAATAAGATTGT
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * ** * * * *
15970744 ACGAACAAAACAATTCTTTTACAACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATGATCGTTC
66 ATGAA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * *
15970809 ATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGG-AATTAGATTTATTTTTTTAA
130 AAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCGGTAA-AAAAATTATTTTTTTAA
* * ** * ** * * **
15970859 TTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAG-A--A--TTATGTTGCAAATAAAATT
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG--AATAAGCTT
* * * * * *
15970919 GTATGAACAAAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTA
64 GTATGAA-AAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * *
15970984 TTCAAATAGTCAAAACTA-TTGAAAATGTTTTGGTAAACAAATTCA-CTTTTTAA
127 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-TTCGGTAAAAAAATT-ATTTTTTTAA
** * **
15971037 ATCTCTTA-TTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAATTT
1 ATCTCTTACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * *
15971100 ATATTAACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAA-AGAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATT
64 GTA-TGA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * **
15971163 GTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGTATTA-TTTTTTAA
126 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCGGTAAA-AAAATTATTTTTTTAA
* * * * * **
15971217 ATCTCTTACTTCTAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTTCGAATGCGCTTGT
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
15971282 AT
66 AT
15971284 AAGCTGAAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (179 bp):
ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
ATGAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
AATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCGGTAAAAAAATTATTTTTTTAA
Found at i:15971863 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 15971377--15971936 Score: 480
Period size: 181 Copynumber: 3.1 Consensus size: 176
15971367 TGAAATAAAT
* * * * *
15971377 AAATGTTAATAAATTAGTCTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATA
1 AAATGTTTATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTATA
* *
15971442 TGACTAAACAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAAC-TATTGAA
66 TGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGTCTTAACAT-TTGAA
** ** * * * *
15971506 CTAGTTCAAAAAATAGTTTTAGTGTTTAAA-TCTCTTATTAATTTTCA
130 CTAGTT-TGAAAATAAATTTATTTTTTAAATTCTCTCAATAATTTTCA
* * * * * *
15971553 AAAT-ATTAGTAAAG-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTCTATGAACTAAAACAATTATTC
1 AAATGTTTA-T-AAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTA
* * * *
15971616 TATGAC-AGAAGAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGTTAGATCGATTGTT-TAAATAGT-TT-
64 TATGACTA-AACAAAAGGTCAAAATGA-TTTGAAATAG--A-A--AATTATTCT-AATAGTCTTA
* ** * **
15971676 --ATTTGAACTTGTTTGGTAATCAAATTTATTTTTTAAATTTTTTGCTCAATAATTTTTT
121 ACATTTGAACTAGTTTGAAAAT-AAATTTATTTTTTAAA--TTCT-CTCAATAATTTTCA
* ** *
15971734 GAATGTTTATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTA
1 AAATGTTTATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTATA
* *
15971799 TGACTAAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGTCTTAACGATTTGAA
66 TGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGTCTTAAC-ATTTGAA
* * *
15971864 CTAGTTTGACAAATACATTTATTTTTTAAA-TCTCTTATTAATTTTCA
130 CTAGTTTGA-AAATAAATTTATTTTTTAAATTCTCTCAATAATTTTCA
* *
15971911 AAAT-ATTATTAAATTAGTATTATTTT
1 AAATGTTTA-TAAGTTAGTATTATTTT
15971937 TATCCGAATA
Statistics
Matches: 299, Mismatches: 57, Indels: 55
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Matches are distributed among these distances:
175 3 0.01
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179 1 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (176 bp):
AAATGTTTATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTATA
TGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGTCTTAACATTTGAAC
TAGTTTGAAAATAAATTTATTTTTTAAATTCTCTCAATAATTTTCA
Found at i:15972069 original size:357 final size:357
Alignment explanation
Indices: 15971378--15972070 Score: 803
Period size: 357 Copynumber: 1.9 Consensus size: 357
15971368 GAAATAAATA
* ** * *
15971378 AATGTTAATAAATTAGTCTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATAT
1 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTATAT
* * * *
15971443 GACTAAACAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTGAACT
66 GACTAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGTCTTAACGATTGAACT
**
15971508 AGTTCAAAAAATAGTTTTAGTGTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAAAGTAGTAT
131 AGTTCAAAAAATACATTTAGTGTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAAAGTAGTAT
** * * * * * *
15971573 TATTTTATTTTGGATAAGTTTCTATGAACTAAAACAATTATTCTATGACAGAAGAAAAGGTCATA
196 TATTTTATTCCGAATAAGCTTCGACGAACTAAAACAATTATTCTATGACAAAAGAAAAGATCATA
* * * * * *
15971638 ATGACTTTAAATAGTTAGATCGATTGTTTAAATAGTTTATTTGAACTTGTTTGGTAATCAAATTT
261 ATGACTTTAAAGAGTTAGATCGATTGTTCAAATAATTTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTT
**
15971703 ATTTTTTAAATTTTTTGCTCAATAATTTTTTG
326 AGCTTTTAAATTTTTTGCTCAATAATTTTTTG
* * *
15971735 AATGTTTATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTAT
1 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTATAT
*
15971800 GACTAAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGTCTTAACGATTTGAAC
66 GACTAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGTCTTAACGA-TTGAAC
** * * * * *
15971865 TAGTTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTA
130 TAGTTCAAAAAATACATTTAGTGTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAAAGTAGTA
* ** * * * *
15971930 TTATTTT-TATCCGAATAAGCTTGGACG-GTTAGAAATAATTATTTTATGAGAAAAG-AAAGATT
195 TTATTTTAT-TCCGAATAAGCTTCGACGAACTA-AAACAATTATTCTATGACAAAAGAAAAGATC
*
15971992 ATAATGA-TTT-GAGA-TT-GA-C-ATTTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAA-TTGGTTTAGA
258 ATAATGACTTTAAAGAGTTAGATCGA-TTGTTCAAATAAT--T---TATTTGAACTT-GTTTAGA
*
15972050 AAACAATTTTAGCTTTTAAAT
316 AAACAAATTTAGCTTTTAAAT
15972071 CTCTTATTAA
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 47, Indels: 20
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
351 1 0.00
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355 2 0.01
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357 155 0.56
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTATAT
GACTAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGTCTTAACGATTGAACT
AGTTCAAAAAATACATTTAGTGTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAAAGTAGTAT
TATTTTATTCCGAATAAGCTTCGACGAACTAAAACAATTATTCTATGACAAAAGAAAAGATCATA
ATGACTTTAAAGAGTTAGATCGATTGTTCAAATAATTTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTT
AGCTTTTAAATTTTTTGCTCAATAATTTTTTG
Found at i:15972709 original size:515 final size:506
Alignment explanation
Indices: 15971727--15972762 Score: 1251
Period size: 515 Copynumber: 2.0 Consensus size: 506
15971717 TTGCTCAATA
* *
15971727 ATTTTTTGAATGTTTATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAT
1 ATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAT
15971792 TATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGTCTTAACG
66 TATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGTCTTAACG
15971857 ATTTGAACTAGTTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTA
131 ATTTGAACTAGTTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTA
* * *** * * *
15971922 AATTAGTATTATTTTTATCCGAATAAGCTTGGACGGTTAGAAATAATTATTTTATGAGAAAAGAA
196 AATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGAACGAAAAGAAACAATTATTTTATAACAAAAGAA
* * * * * * *
15971987 AGATTATAATGATTTGAGATTGACATTTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAATTGGTTTAGAAA
261 AAATCATAATAATTTGAGATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTGATTTAGAAA
* * ** * * *
15972052 ACAATTTTAGCTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTATAGTATTATTTTATTTCAG
326 ACAAATTTAGCTTTTAAATCTCTTACTAATTTTCAAAATATTAATATAATATTATTTTATTTCAA
* * * *
15972117 ATAAGTTTTTGTGAACTAAAACAACTATCTATGACAGAAGAAAAGTCATAACGACTTTAAATAGT
391 ATAAG-TTTTGTGAACAAAAACAACTATCTATGACAAAACAAAAGTCATAACGAATTTAAATAG-
* * * * *
15972182 CAAATCAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGATTT
454 --AATCAATTGTTCAAATAGACATAA-CTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTT
* * *
15972237 ATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAA
1 ATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACTGAAACAA
* * * *
15972301 TTATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAC
65 TTATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGTCTTAAC
* * ** ***
15972366 TATTTGAACTGGTTTGACAAATATGTTTACTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
130 GATTTGAACTAGTTTGACAAATACATTTA-TTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATA
* * * *
15972431 TTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGGTTGAATGAAAAGAAACAATTGTTTTATAACA
190 TTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGAACGAAAAGAAACAATTATTTTATAACA
* * * * *
15972496 AAATAAAAATCATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAATTAGTCATAACTATTTGAACT-ATT
255 AAAGAAAAATCATAATAATTTGAGATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTGATT
*
15972560 TAAGAAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATTAT
320 T-AGAAAACAAATTTAGCTTTTAAATCTCTTACTAATTTTCAAAATATTAAT--AT-AATATTAT
* * * * *
15972625 TTTA-TTCTAAATAA-TTTTGCATGAACAAAAACAAATTTTTTATGAGAAAACAAAAGGTTATAA
381 TTTATTTC-AAATAAGTTTTG--TGAACAAAAAC-AACTATCTATGACAAAACAAAA-GTCATAA
* *
15972688 C-AATTTGAAATAG-AT-AATTGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAGCAGAT
441 CGAATTT-AAATAGAATCAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGAT
15972750 TT
505 TT
15972752 ATTTTTTGAAT
1 ATTTTTTGAAT
15972763 CTCCTACCTA
Statistics
Matches: 445, Mismatches: 64, Indels: 29
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
509 3 0.01
510 141 0.32
511 11 0.02
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515 214 0.48
516 8 0.02
517 5 0.01
518 26 0.06
519 20 0.04
520 13 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (506 bp):
ATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAT
TATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAGTCTTAACG
ATTTGAACTAGTTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTA
AATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGAACGAAAAGAAACAATTATTTTATAACAAAAGAA
AAATCATAATAATTTGAGATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTGATTTAGAAA
ACAAATTTAGCTTTTAAATCTCTTACTAATTTTCAAAATATTAATATAATATTATTTTATTTCAA
ATAAGTTTTGTGAACAAAAACAACTATCTATGACAAAACAAAAGTCATAACGAATTTAAATAGAA
TCAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTT
Found at i:15972808 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 15972244--15973090 Score: 641
Period size: 181 Copynumber: 4.7 Consensus size: 179
15972234 TTTATTTTTT
* ** *
15972244 GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAA-TAATTATTTT
1 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAAATTATTTT
* * * ** * *
15972308 ATGACTAAACAAAA-AGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTG
66 ATAACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * **
15972372 AACTGGTTTGACAAATATG-TTTACTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
130 AACTTGTTAGA-AAACA-GATTTA-TTTTTTAAATC-TCTAC-TATTAATTTTCA
* * * * *
15972426 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTC-GAATAAGGTTGAATGAA-AAGAAAC-AATTGTT
1 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAA-AAACAAATTATT
* * * *
15972488 TTATAACAAAATAAAA-ATCATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAATTAGTCATAACTATTT
64 TTATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
15972552 GAACTAT-TTAAGAAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCT--TACTAATTTTCA
129 GAACT-TGTT-AGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTATTAATTTTCA
* * * * ** * *
15972602 AAATATTAATAGATAAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAACAAAAACAAATT-TTTT
1 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAAATTATTTT
* * * * * *
15972666 ATGAGAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATGACTATTTGA
66 ATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
15972731 ACTTGTTCGATAAGCAGATTTATTTTTTGAATCTCCTACCTATTAATTTTCA
131 ACTTGTTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTA-CTATTAATTTTCA
* * * *
15972783 GAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TAAAATAAACTTGTATGAATAGAAAC-AATTTTTT
1 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAAATTATTT
* * * * ** * *
15972846 TATAACTAAACAAAAGATCATAACTATTTAAAATAAATAATTGTTCAACCAGTCATAACCATTTA
65 TATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * *
15972911 AACTTGCTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAAATTTT-G
130 AACTTG-TTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTAC-TATT-AATTTTCA
* * * * * * * * **
15972964 GAATATGAGTAAACTAGTATTGTTTTATT-TCGAATATA-CATGCATGAATAGAAAC-AATTGGT
1 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATA-AGCTTGTATGAATAAAAACAAATTATT
* * * * ** * *
15973026 TTCTGACAAAACAAAAGGTTATAACTCTTTAAAATTA-ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATT
64 TTATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
15973090 T
128 T
15973091 AAATGTATTT
Statistics
Matches: 536, Mismatches: 105, Indels: 49
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.01
176 65 0.12
177 73 0.14
178 2 0.00
179 2 0.00
180 16 0.03
181 294 0.55
182 76 0.14
183 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAAATTATTTT
ATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
ACTTGTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTATTAATTTTCA
Found at i:15972943 original size:358 final size:358
Alignment explanation
Indices: 15972261--15972914 Score: 812
Period size: 358 Copynumber: 1.8 Consensus size: 358
15972251 AATAAATTAG
* *** * *
15972261 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTC
1 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGCATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTC
** * * * * *
15972326 AGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAATATG
66 AGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACATG
** * ** *
15972391 TTTACTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT
131 TTTACTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT
** ** * * *
15972456 CGAATAAGGTTGAATGAAAAGAAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAAATCATAATAATTTGAGA
196 AAAATAAACTTGAATGAAAAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAATCATAATAATTTAAAA
* ** * *
15972521 TAGATAATTGTTCAATTAGTCATAACTATTTGAACTATTTAAGAAAACAAATTTAGTTTTTAAAT
261 TAAATAATTGTTCAACCAGTCATAACCATTTAAACTATTTAAGAAAACAAATTTAGTTTTTAAAT
15972586 CTCTTACTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAA
326 CTCTTACTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAA
** * *
15972619 TATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAACAAAAACAAATT-TTTTATGAGAAAACAAAAGGT
1 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGCATGAACAAAAA-AAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * * *
15972683 TATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAGCA-
65 CAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACAT
* * *
15972747 GATTTA-TTTTTTGAATCTCCTACCTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAT
130 G-TTTACTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
* * * *
15972811 TTAAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATAACTAAACAAAAGATCATAACT-ATTT
194 TTAAAATAAACTTGAATGAAAAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-ATCATAA-TAATTT
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TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGCATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTC
AGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACATG
TTTACTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT
AAAATAAACTTGAATGAAAAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAATCATAATAATTTAAAA
TAAATAATTGTTCAACCAGTCATAACCATTTAAACTATTTAAGAAAACAAATTTAGTTTTTAAAT
CTCTTACTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAA
Found at i:15973930 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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15973633 CTGAATAAGG
* * * *
15973643 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCAT
1 TCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCAT
* * * *
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66 AAAACAATTATTTTC-ACTCATACAAGTTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATT
* *
15973771 AT-AAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTCAAACCAAT
129 -TCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCAAT
* * * * * * *
15973824 TCAAACAGTTAAGACTATATGAATAACTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTAT
1 TCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCAT
* * * * * *
15973889 AAAACAATTATTTTCACTCATCCAAGTTTATTC-GTAATAAAATAAAATTAAGTTATTAATGTTT
66 AAAACAATTATTTTCACTCATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAAATTAATAATATTT
** * * * **
15973953 CAAAAATTTGTAATTAAGAGATTGAAAAAATAATTTTATTTATCAAACCAAT
130 CAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCAAT
* * * * * * *
15974005 TCAAATAATTAAAACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCAT
1 TCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCAT
** *
15974070 AAAACAATTATTTAT-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATCTAATAATATT
66 AAAACAATTATTT-TCACTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAAAT-TAATAATATT
** * * *
15974133 TTGACAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAAA-AAATTTGTTTGCCAAACCACT
129 TCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCAAT
* * * * * **
15974186 TCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTATTTTATTGT
1 TCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCAT
* * *
15974251 AAAATAATT-TTTTCAGCTCTTACTAA-TTTATTCAGAATAAAATAA-A-TCAAATTTATTAATA
66 AAAACAATTATTTTCA-CTCATAC-AAGTTTATTCAGAATAAAATAATACT-AAA-TTAATAATA
* * * * *
15974312 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTAGCCGAACCAAT
127 TTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCAAT
* * * * * *
15974367 TCAAATAATTATGAATATATGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCAT
* * * *** * * * * * * *
15974432 AAAATAAATGTTTTTGTTCCTATAAATTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATATTATTAATATCT
66 AAAACAATTATTTTCACTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAA-ATTAATAATAT-T
* * * * * *
15974497 T-GAACATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTAAACCAGT
129 TCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCAAT
* * * * * * ** ** *
15974549 TTAATTAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTGTTTTAAATTTTTAT-GGCTATTTGTTTTACC
1 TCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCT-TTTGTTTTATC
* * * * * **
15974612 ATAAAAATAATT-GTTTCTATTCATA-TAGTCTTATTC-----AAAATAA-AGT-AA-TGCT-A-
64 AT-AAAACAATTATTTTC-ACTCATACAAGT-TTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAAT
* * * ** * * *
15974665 ATTT--AAAATTAATAAGTAACAGATTTAGAAAATGTA-TTAGTTGGCCTAACCAGT
126 ATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTGCCAAACCAAT
* * * * * *
15974719 GCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCA
1 TCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCA
* * * * ** ** * * * *
15974783 CAAAACAATTGTTTTCTATTCATGCAAACTTATTTGGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATT
65 TAAAACAATTATTTTC-ACTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATT
* * * * * * * *
15974848 CCAAAAATTAACAAGTAAGAGATTT-AAAACTAAATCTATTTACCGAA-CATGT
129 TCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCA-AT
* * * * *
15974900 TCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCAT
* * * *
15974965 AAAACAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATT
66 AAAACAATTATTTTCACTCATACAAGTTTATT
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Statistics
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AAAACAATTATTTTCACTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTC
AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCAAT
Found at i:15974309 original size:362 final size:361
Alignment explanation
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15973633 CTGAATAAGG
* *
15973643 TCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCA
1 TCAAATAATTATAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCA
* * *
15973707 TAAAACAATTATTTCTATTCATATAAATTTAGTTGA-AATAAAATAATACTAAATTAATAATATT
66 TAAAACAATTATTTATGTTCATATAAATTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTAATAATATT
** * * *
15973771 ATAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTCAAACCAATTCAAACAGTTAA
129 -TTGAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAA
* * * * *
15973836 GACTATATGAATAACTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATT
193 GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTATTATAAAACAATTATT
* * **
15973901 TTCACTCATCCAAGTTTATTCGTAATAAAATAAAATTAAGTTATTAATGTTTCAAAAATTTGTAA
258 TTCACTCATCCAAGTTTATTCGTAATAAAATAAAATAAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * *
15973966 TTAAGAGATTGAAAAAATAATTTTATTTA-TCAAACCAAT
323 GTAAGAGATTGAAAAAATAATTTT-GTTAGCCAAACCAAT
* *
15974005 TCAAATAATTA-AAACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCA
1 TCAAATAATTATAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCA
* **
15974069 TAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTT
66 TAAAACAATTATTTATGTTCATATAAATTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT-TAATAATATTT
* *
15974134 TGACAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAAA-AAATTTGTTTGCCAAACCACTTCAAATAGTTAA
130 TGA-AATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAA
* * *
15974198 GGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACATTTTATTTTATTGTAAAATAATT-T
193 GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACATTTTATTTTATTATAAAACAATTAT
* * *
15974261 TTTCAGCTCTTACTAA-TTTATTCAG-AATAAAAT-AAATCAAATTTATTAATATTTCAAAAATT
257 TTTCA-CTCAT-CCAAGTTTATTC-GTAATAAAATAAAAT-AAAGTTATTAATATTTCAAAAATT
* *
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318 AATAAGTAAGAGATTGAAAAAATAATTTTGTTAGCCAAACCAAT
* * * * * * *
15974367 TCAAATAATTATGAA-TATATGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCA
1 TCAAATAATTATAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCA
* * * * * * * * * *
15974431 TAAAATAAATGTTTTTGTTCCTATAAATTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATATTATTAATATC
66 TAAAACAATTATTTATGTTCATATAAATTTATTCAGAATAAAATAATACT-A-ATTAATAATATT
* * * * * *
15974496 TTGAACATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTAAACCAGTTTAATTAGTTAT
129 TTGAA-ATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTA-
*
15974561 A-ACTATTTGAACAATTAT
192 AGACTATATGAACAATTAT
15974579 TTGTTTTAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (361 bp):
TCAAATAATTATAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCA
TAAAACAATTATTTATGTTCATATAAATTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTAATAATATTTT
GAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGAC
TATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTATTATAAAACAATTATTTTC
ACTCATCCAAGTTTATTCGTAATAAAATAAAATAAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
AGAGATTGAAAAAATAATTTTGTTAGCCAAACCAAT
Found at i:15974838 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 15974502--15975003 Score: 444
Period size: 170 Copynumber: 2.9 Consensus size: 170
15974492 TATCTTGAAC
* *
15974502 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTG-CTAAACCAGTTTAATTAGTTATAACTA
1 ATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTGCCT-AACCAGTTCAAATAGTTATAACTA
* * * * * ** *
15974566 TTTGAACAATTATTTGTTTTAAATTTTTATGGCTATTTGTTTTACCATAAAAATAATTG-TTTCT
64 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACT-TTTGTTTTGTCA-AAAAACAATTGTTTTCT
* ** *
15974630 ATTCATATAGTCTTATTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTA-AA-
127 ATTCATACAAACTTATTTAAAATAAAGTAATGCTAATTTATAAT
* ** * *
15974672 ATTAATAAGTAACAGATTTAGAAAATGTAT-TAGTTGGCCTAACCAGTGCAAATAGTTATAACTA
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAATAAATCTA-TTTGCCTAACCAGTTCAAATAGTTATAACTA
* *
15974736 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTCTA
64 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC-TTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTTCTA
* ** *
15974801 TTCATGCAAACTTATTTGGAATAACA-TAATTCTAATTTATTAAT
128 TTCATACAAACTTATTTAAAATAA-AGTAATGCTAATTTA-TAAT
* * *
15974845 ATTCCAAAAATTAACAAGTAAGAGATTTAAAACTAAATCTATTTACCGAA-CATGTTCAAATAGT
1 ATT-----AA-T---AAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTGCCTAACCA-GTTCAAATAGT
** * * *
15974909 TATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
56 TATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA-CTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATT
* * *
15974974 -TTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATA
120 GTTTTCTATTCATACAAACTTATTTAAAATA
15975004 TGTTCACCAA
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 44, Indels: 32
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.04
170 121 0.45
171 4 0.01
172 2 0.01
173 3 0.01
178 2 0.01
179 1 0.00
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Consensus pattern (170 bp):
ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTGCCTAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATT
TGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTTCTATTC
ATACAAACTTATTTAAAATAAAGTAATGCTAATTTATAAT
Found at i:15975123 original size:122 final size:120
Alignment explanation
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Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 120
15974888 TACCGAACAT
* ** *
15974898 GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTC
* *
15974963 ATAAAACAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATATGTTCACCAAATAA
66 ATAAAACAATTATTTTTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATATGTTCACCAAATAA
* * * *
15975018 GTTCAAATAGTTATGATTTTTTGAACAATTATTTATTATCAAATCATTATGACATTTTGGTTTTG
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTATAACATTTT-GTTTTG
*
15975083 TCA-ATAAACAATTATTTTTCTTCAATAAAAGCTTA-TTCAAAT
64 TCATA-AAACAATTATTTTTATTC-ATAAAAGCTTATTTCAAAT
15975125 TAAAACAATT
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 11, Indels: 6
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
120 33 0.36
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ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (120 bp):
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTATTTTTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATATGTTCACCAAATAA
Found at i:15975493 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15974999--15978741 Score: 1727
Period size: 181 Copynumber: 20.4 Consensus size: 180
15974989 AGCTTATTTC
* * * * * *
15974999 AAATATGTTCACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTTTTTGAACAATTATTTATTATCAAATCA
1 AAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCA
* * * * **
15975064 TTATGACATTTTGGTTTTGTCA-ATAAACAATTATTTTTCTTCAATA-AAAGCTTATTCAAATTA
65 TTATGACCTTTT-GTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTATATTC-ATACAAA-CTTATTTGAA-TA
* * * * *
15975127 AAACAAT--TAATTTATTAATTATTTCGACAATTAATAA-TAAAAGATTTAAAAAAAT
125 AAATAATACTAATTTATTAA-TATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT
* ** * ** * * *
15975182 AAATATGTTTAATTGAACCAAAGTTCAAATAG-TAAAATTATTTGAATAGATTATCAATTTCAAA
1 AAATTTGTTT-A-CCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAA
** * * * * * * **
15975246 TGGTTTTGA-CATTTGTTTCGTCAT-AAA-AATTG--TATCAATCTTATAGGCTTAATTTGAAAT
62 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAT-ATTCATACAAACTT-ATTTG-AAT
** *
15975306 AAAATAATACTAACCTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAT
124 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* *
15975363 GAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCAT
1 AAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * *
15975428 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTATGTTCATACAAACCTATTTCGAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAACTTATTT-GAATAAAATA
* * * *
15975493 ATA-TAACTTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAA-ACATTTAATAAAT
130 ATACTAA-TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
15975543 AAATATGTTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
1 AAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
15975608 TATGACCCTTT-TTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCACA-AAAGGCTTACTTGGAATAAAA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAA--CTTA-TTTGAATAAAA
* * *
15975671 TAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAAT
128 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
** ** * * * * *
15975724 AAATTTGTTTACTGAATGAGTTCAAATAGCTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCTAATCAT
1 AAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * ** *
15975789 TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTTTATCCATACAAGTTTATTTGAATTAAGATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAACTTATTTGAA-TAAAATA
* * * *
15975854 ACACTAATTTATTAATATTCTACAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAAAAAT
130 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAAT
* * * * *
15975905 AAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAAAAGTCATGTCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCAT
1 AAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
** * * * **
15975970 TATGATATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAACTTATT-TGAATAAAATA
* *** ** *
15976035 ATACTATTTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTCGAAAACT
130 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
** * ** * * * * * * **
15976082 AAAGCTATTTACCGGACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAAAAATTATTTATTTTAAATCGG
1 AAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
15976147 TATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTCTATTCATATAAACTTATTTGGAGTAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAACTTATTT-GAATAAAATA
* * ** * **
15976211 TTGCTAAACTAATAATATTGTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
130 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * **
15976258 AAATGTATTTGCTGAACCAA--TCAAATAGTTAAGACTGTTAGAATAATTATCTATTTCAAATGG
1 AAATTTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
15976321 TTCTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCA-ATTCATACATACTTATTTGAAATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAACTTATTTG-AATAAAA
* * * * *
15976385 TAATAATATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAG-GAATTTAAAGAAAT
128 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAA-AAAT
* * ** * * * * *
15976439 AAATCTATTTACTGAATAATTTCGAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCAT
1 AAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * ***
15976504 TATGACCTTTTTGTTTTAT-ATAAAACAATTGTTTCAT-TTTATA-AAAGTTTATCCAAAATAAA
66 TATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAA-CTTAT-TTGAATAAA
* ** * ** * **
15976566 ATAATATTACGTTATTAATATTTCAAAAATTGTTGAGTTGGAGATTTAAAAAAT
127 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * ** *
15976620 AAATTAGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAGTCATGGCCATTTGAACAATTATCAATTTTAAGCCG
1 AAATTTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * **
15976684 TTATGAACTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCAATTTGGAATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAT-ATTCATACAAACTTATTT-GAATAAAA
*
15976748 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA--T------T
128 TAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
15976794 --ATTTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTCAT
1 AAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * **
15976857 TATAACCTTTT-TTTTTTCATAAAACAA-TATTTATGTTCATACAAGCTTAGCTGAAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAACTTATTTG-AATAAAATA
* * * *** * *
15976920 ACACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAAT
130 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* *** * * * * * ** * *
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1 AAATTTGTTTACCAA-ACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAA--CAAT-TAT-CTATT-TC
** * ** * ** * * *
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59 AAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAAT-T--G-TTT--ATATTCATA-CAAACTT
** * * * * * * * * *
15977089 ATTAAACCAGTTCAAATAGTTATGGCT-ATTTGAGCAATTATTTATTTC-AAATTGTTATGACTT
116 ATTTGA--A--T-AAA-A-TAAT-ACTAATTT-----ATTA-ATATTCCAAAAAT-TAATAAGTA
* * *
15977152 TGTGTTTTATTATAAAAT
166 AGAGATTTA--A-AAAAT
* * * * * ** **
15977170 AATAATTTATGTTCATGCAAGCTTATTCGAA-TTAAAATAATACCAATTTATTAAAATTTCTACA
1 -A-AA-TT-TGTTTA-CCAA----A--C-AAGTT--CA-AAT----AGTTATGACTATTTGAACA
* ** * ** * * ** ** * * * * *
15977234 ATTA-ATAAGTAAAAAAATTTTAAAAATAAATATTTTATCGAACTAGATCAAATAGTTATGACTA
47 ATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACCT-TTTGTTTTGTC--A-TAAAAC-AATTGTT-T-A-TA
* * ** ** * *
15977298 TT--T-CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTCAAAATAAAAATAATACT
103 TTCATACAAA-C-TTA-----------TTTG-AATAAAATAA-TACT-AATTTATTAAT-ATTCC
** * * *
15977359 AAGCTATTAAT-ATTCCAA-AAATAAATAAATAAAAGATTT
151 AA-AAATTAATAAGT--AAGAGAT---T---TAAAA-A-AT
* * * * * * * * *
15977398 AAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTTAAATAATTATGTCTATTTGAACAATTATCCATTTG
1 ---AAAT---T-TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
*** * * ** * * * *
15977463 AAATTGCTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTGTTCATACAAACTTTTTTTGAA
59 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAAC-TTATTTGAA
*
15977528 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT--AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
123 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * **
15977586 AAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATCCTTATGACTATTTGAATAATTAT-TTTTTTAAATTGT
1 AAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
15977650 TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTCATACAAGCTTTTTTGAATTAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAACTTATTTGAA-TAAAATA
* ** * * * *
15977715 ATATTAATTTATTAATATTTTGATAAA-TAATATGCAAAAGATTTAAAAAAT
130 ATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
15977766 AAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTCTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
1 AAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * *
15977831 TGTGACCCTTTTGTTTTAT-AGTAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAA
66 TATGA-CCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTATATTCATACAAACTTATTTG-AATAAAA
* * *
15977895 TAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAT
128 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * *
15977948 GAATTTGTTTACCGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACACTTATCTATCTCAAAACAT
1 AAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
15978013 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTTTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAACTTA-TTTGAATAAAATA
* * * *
15978078 ATA-TAAATTGATTAAAATTCCAAAAATTACTAAGT-AGAAATTTAAAAAAT
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* * * * * **
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1 AAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
15978193 TATGACATTTTG--TTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATA-AAAGCTTATTCGAAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAA-CTTATTTG-AATAAAAT
* * * * *
15978255 AATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAAAT
129 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * **** * *
15978307 AAATCTATTTACCATGTGAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCAT
1 AAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * **
15978372 TGTGACCTTTTG-TTTGTTCATAAAACAATTGATTCTATTCATA-AAATTTTATTCAAAATAAAA
66 TATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAA-CTTATT-TGAATAAAA
* **
15978435 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAAT
128 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * **
15978488 AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAAGTATTATCTATTTCAAATCAT
1 AAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * *
15978553 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCAAAGTTATTCAGATTAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAACTTATT-TGAATAAAATA
* * * ** * *
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130 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * *
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1 AAATTTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
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65 TTATGA-CCTTTT
15978742 TTAGACAAGC
Statistics
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TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAACTTATTTGAATAAAATAA
TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
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* * * ** * * *
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* * * * * * * *
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66 CATAAAACAATAGTTTCTATCCATACAAACTTATTT-GAAGTAAAATAACACTAAAC--TAATAA
* * * * * * * * * *
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* * * * * **
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* ** * * *
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* * ** * ** * * * **
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* *
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1 AGTTCAAATAGCTATGACTATTTAAAAAATTATTTATTTCTAATCAGTATGATCTTTTGTTTTGT
* ** * * ** *
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66 CATAAAACAATAGTTTCTATCCATACAAACTTATTTGAAGTAAAATAACACTAAACTAATAATAT
* *
15975872 TCTACAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAAAAGTCA
131 TCTAAAAATTAATAA--TGAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAG-TCAAAAAGTCA
* * * * *
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193 AGACTATTAGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTGT
* * * ***
15976002 TTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
258 TTCAATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATAATATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATA
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323 AGAGATTCGAAAACTAAAGCTATTTACCGGACC
* * *
15976100 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAAAAATTATTTATTT-TAAATCGGTATGATC-TTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGCTATGACTATTTAAAAAATTATTTATTTCT-AATCAGTATGATCTTTTGTTTTG
* * * * * ***
15976163 TCATAAAACAGTTGTTTCTATTCATATAAACTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA
65 TCATAAAACAATAGTTTCTATCCATACAAACTTATTTGAAGTAAAATAACACTAAACTAATAATA
* * * * * * *
15976228 TTGTAAAAATTAATAA-G-AGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCTGAACCAA-TCAAATAGTTAA
130 TTCTAAAAATTAATAATGAAGATTTAAAAAATAAATATATTTAC-CAAACAAGTCAAAAAGTCAA
* ** * * * *
15976290 GACTGTTAGAA-TAATTATCTATTTCAAATGGTTCTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGT
194 GACTATTAGAACT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTGT
* * **
15976354 TTCAATTCATACATACTTATTTGAAATAAAATAATAATATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATA
258 TTCAATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATAATATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATA
15976419 AG
323 AG
15976421 CAAGGAATTT
Statistics
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365 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
AGTTCAAATAGCTATGACTATTTAAAAAATTATTTATTTCTAATCAGTATGATCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATAGTTTCTATCCATACAAACTTATTTGAAGTAAAATAACACTAAACTAATAATAT
TCTAAAAATTAATAATGAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTCAAAAAGTCAAGA
CTATTAGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTGTTTC
AATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATAATATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGA
GATTCGAAAACTAAAGCTATTTACCGGACC
Found at i:15976554 original size:715 final size:715
Alignment explanation
Indices: 15975381--15976784 Score: 1546
Period size: 715 Copynumber: 2.0 Consensus size: 715
15975371 TTACCAAACA
* * *
15975381 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAAAATTATCCATTTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
15975446 CATAAAAGAATTGTTTATGTTCATACAAACCTATTTCGAATAAAATAATATAACTTTACTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAACCTATTTCGAATAAAATAATATAAC-TTAATAATAT
* * * * * *
15975511 TCCAAAGATTAATAAGTAAACATTTAATAAATAAATATGTTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTAC
130 TCCAAAAATTAATAAG--AACATTTAAAAAATAAATATATTTGCTAAACA-GATCAAATAGTTAA
* *
15975576 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTTTTTGTCATAAACCAATTGTTT
192 GACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
15975641 CTATTCACAAAAGGCTTACTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAA
257 CAATTCACAAAA-GCTTACTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAA
* * * * *
15975706 CTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATGAGTTCAAATAGCTATGACTATTTAAATAA
321 CTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAACTATGACTATTTAAACAA
* ** * * *
15975771 TTATTTATTTCTAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTTTATCCATACAAG
386 TTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATAGTTTTTATCCATAAAAG
*** * * * *
15975836 TTTATTTGAATTAAGATAACACTAATTTATTAATA-TTCTACAAATTAATAAGTTGAAGATTTAA
451 TTTATCCAAAATAAAATAACACTAAGTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAA
* * * *
15975900 AAAATAAA-TATGTTTA-CCAAACAAGTTCAAAAAGTCATGTCTATTTGAACTATTATCTATTTC
515 AAAATAAATTA-GTTTATCCAAAC-AGTTCAAAAAGTCATGGCCATTTGAACAATTATCAATTTC
* * **
15975963 AAATCATTATGATA-TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCT-ATTCATACAAAATTATTCAA
578 AAACCATTATGA-ACTTTTGTTTTGCCATAAAAAAATTGTTTCTCA-TCATACAAAACAATTCAA
* **
15976026 AATAAAATAATACTATTTTATTAATATTT-TGAAAATTAATAAGAGATTCGAAAACTAAAGCTAT
641 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGAGATTCGAAAACTAAAGCTAT
15976090 TTACCGGACC
706 TTACCGGACC
* ** * * *
15976100 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAAAAATTATTTATTTTAAATCGGTATGATC-TTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAAAATTATCCATTTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
15976164 CATAAAACAGTTGTTTCTATTCATATAAACTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAAC-TAATAATA
66 CATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAACCTATTTCGAATAAAATAAT-AT-AACTTAATAATA
** * * *
15976228 TTGTAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCTGAACCA-ATCAAATAGTTAAG
129 TTCCAAAAATTAATAAGAACATTTAAAAAATAAATATATTTGCT-AAACAGATCAAATAGTTAAG
* * ** * * *
15976291 ACTGTTAGAATAATTATCTATTTCAAATGGTTCTGA-CCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTT
193 ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTT-TTT-GTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
15976355 TCAATTCATACATA-CTTATTTGAAATAAAATAATAATATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATA
256 TCAATTCACA-AAAGCTTACTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATA
* * * * *
15976419 AGC--AAGGAATTTAAAGAAATAAATCTATTTACTGAATAATTTCGAATAATTATGACTATTTGA
320 A-CTAAAAG-ATTTAAA-AAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAACTATGACTATTTAA
* *
15976482 ACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTAT-ATAAAACAATTGTTTCATT-T-T
382 ACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATAGTTT--TTATCC
* * * ** * *
15976544 ATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATATTACGTTATTAATATTTCAAAAATTGTTGAGTTGGAG
444 ATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAACACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTGAAG
* * *
15976609 ATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTCATGGCCATTTGAACAATTATCAA
509 ATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCCAAACAGTTCAAAAAGTCATGGCCATTTGAACAATTATCAA
* * * * * ** *
15976674 TTTTAAGCCGTTATGAACTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCAATTT
574 TTTCAAACCATTATGAACTTTTGTTTTGCCATAAAAAAATTGTTTCTCATCATACAAAACAATTC
**
15976739 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAG
639 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAG
15976785 TAAGAGATTA
Statistics
Matches: 562, Mismatches: 105, Indels: 39
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
713 9 0.02
714 98 0.17
715 294 0.52
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718 71 0.13
719 46 0.08
720 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (715 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAAAATTATCCATTTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAACCTATTTCGAATAAAATAATATAACTTAATAATATT
CCAAAAATTAATAAGAACATTTAAAAAATAAATATATTTGCTAAACAGATCAAATAGTTAAGACT
ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT
TCACAAAAGCTTACTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAACTAAA
AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAACTATGACTATTTAAACAATTATC
TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATAGTTTTTATCCATAAAAGTTTAT
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AATTAGTTTATCCAAACAGTTCAAAAAGTCATGGCCATTTGAACAATTATCAATTTCAAACCATT
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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* *
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*
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* *
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*
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** * * *
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* * * ** * *
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* ** * * *
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* * * ** * * *
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* *
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* * ** * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * * * * ** * *
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* * ** * * * * *
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** * ** *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * ** *
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* * * * ** * * * * ** ***
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* *
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* * * * * * **
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* * *
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*
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* * *
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* * * * * *
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** * * * *
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* * * ** * * ** * *
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* * * * * * *
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* *** * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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* * * *
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* * * * * **
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** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTGTTTATGTTCATACA
* * * * ** * *
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* * ** * * *
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129 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * *
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* ** * * *
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65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * ** * * *
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130 AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
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1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATACA
** * *
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65 AGCTTATTCAAAATAAAA-TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * *
15982808 TAAAAAATAATTCTATTTACCT-AACTAGA-TCAAATAATTATGACTATTTAAATA
128 TAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAAC-AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
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* * * * *
15982927 GTTTGTTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T---AGATTT-A
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* * * * **
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131 AAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * ** * * *
15983036 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGA--TTTT-TTTTCTACTACAAAACAATAATTTCTATTCATAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT-C-ATAAAACAATTGTTTATGTTCATAC
* * * * * *
15983098 AAACTTATTCAGAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAG-AAAAAATTT
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** * * *
15983162 TAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGAATA
128 TAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
15983215 AGTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAAAAAATTATTT-TAGTTCATAT
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* * *
15983279 C-AGGTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGAT
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127 TTAAAAAAT
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GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
AAAATAAATCTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
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* * * *
15980559 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGCTTTT-GA-TCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATAC
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* * *
15980621 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACC
63 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCTAACT
* *
15980686 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-AGTTTCAAATAGTTAAGA-TTTTTGTTTTG
128 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATAGTTAAGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
15980749 TCATAAAACAATTATTTCTGA-TCATAGAAGCTTATTCAGTTAAAAATAATAGTACTTTAATAAT
192 TCATAAAACAAATGTTT-TGATTCATATAAGCTTATTCAATAAAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * ** *
15980813 A-TTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAGAAATTTATTTGTTGAACCAATTCAAATAATTAA
256 ATTTC-AAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAAGAAATTTGTTTATCAAACCAATTCAAATAATTAT
* * * * * *
15980877 AACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTT-TAGTCATAA-AATATTTG
319 AACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCTAGTCAAAACAACAATTG
* * * * * * *
15980940 TTTCATATCTTACATGCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTATTAAAATTTGAAAAATTAAT
384 TTT-ATATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * * *
15981005 AAGCAAAAGATTTGATAAAATAAATCCGTTTACTGATC-AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGA
448 AAGTAAAAAATTTTAAAAAATAAATCCGTTTACCGAACTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGA
*
15981069 ACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGATCTT-TCATAAAATAATTATTTATGTTCAT
512 ACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCAT
15981133 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAT
576 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAT
* * * *
15981198 TTAAAAAATAAATTTGTCTATCGAACTAGTTTAAATAGTTAAGATTATATGAATAATTATCTATT
641 TTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGA-TATATGAACAATTATCTATT
*
15981263 TTATATCAT
705 TTAAATCAT
* * * *
15981272 TTTTGTTTGGCCATAAAACAGTTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATAA-AATGA
1 TTTTGTTTTGACATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAAT-A
* * * *
15981336 ATTTATTAATATTTAAAAAATAAATATGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATACTGTTTACCTAATTA
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA-TGTTTACCTAACTA
* * * * * *
15981400 GTTTAAATAATTATGGCTATTCGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTT
129 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAAGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
15981465 GTAAAATAAATGTTTTG-TTCATATAAGTTTGTTCAA-AATAAAA-AATTAATAATCTATTAATA
194 ATAAAACAAATGTTTTGATTCATATAAGCTTATTCAATAA-AAAATAA-TACTAATTTAATAATA
*
15981527 TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAATTCAAATAATTATAA
257 TTTCAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAAGAAATTTGTTTATCAAACCAATTCAAATAATTATAA
** * * * ** * * *
15981592 CTATTTGAGGAATTATTTAGTTCAAGTTGTTATGAGTTTTTGTTCTA-TTATAA-AACAATAGTT
321 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCTAGTCAAAACAACAATTGTT
* * *
15981655 TCTATTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAA
386 TATA-TCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* *
15981720 ATAAAAAATTTT-AAAAATAAATATC-TTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAAT
450 GTAAAAAATTTTAAAAAATAAAT-CCGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAA-
* * ** * * * * * *
15981783 AAATATCTATTTCAAATCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAT-AT
513 CAAT-TGTA--T-ACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-ATGTT
* * * * * **
15981847 CTTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-CTAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGGAA-
573 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAG
* * * * * *
15981910 ATATTTGAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTTGAACAATTAT
637 AGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGA-TATATGAACAATTAT
* *
15981975 TTATTTAAAATCATT
700 CTATTTTAAATCA-T
* * * * *
15981990 ATGACCATTTGTTTTGACATTAAACAATTTGTTTCAGTTCATAAAAGCATA-TCAAAAGTAAAAT
1 -T-----TTTGTTTTGACATAAAACAATTT-TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAAT
* * * * * *
15982054 AATAATAATTTCTTAATAATTCAAAGATTAATAAGAAAAAG-TTT--AAAATAAATTTGTTTACC
58 AATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * * * *
15982116 AAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTGTCTATCTAAAATCA--TAATGACCTTTT
123 TAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTAA-GACCTTTT
* *
15982179 GTTTTGTCATAAAAC-AAT-TCTTTGAATTCATACAAGCTTAGTT-AA-AATAAAACAATACTAA
186 GTTTTGTCATAAAACAAATGT-TTTG-ATTCATATAAGCTTA-TTCAATAA-AAAATAATACTAA
** * * ** * *
15982240 TTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTT-TTTATTGAATCAG
247 TTTAATAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAG-AAAT-TTGTTTATCAAACCAA
** * * * * * * *
15982304 TTCAAATAATTATGGCAATTT-CATCAATTATCTATTTTAAATCGTTATTACCTTTTATT-TGGT
306 TTCAAATAATTATAACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCTAGT
* * * * * ** * ** *
15982367 CAAAATAACAATTGTTTTTGATCATATATGTTTATTCCAAATAAAACAATGGTAATTTATTAATC
370 CAAAACAACAATTGTTTAT-ATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * *
15982432 TTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCG-GCTAGCTTAAATAAT
434 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAAATAAATCCGTTTACCGAACTAGATCAAATAGT
* * * * * * *
15982496 TATAACTATTTTAACAATTGTATTCTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATACTT
499 CATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * * * *
15982561 ATTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAATATTAA
564 ATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAA
* ** *
15982626 TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAG--A-CT-AAC
629 TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGATATATGAAC
*
15982687 AGTTATCTATTTTAAATCAT
694 AATTATCTATTTTAAATCAT
* * * * * * *
15982707 TTTTGTTTTGTCATAAAATATTTTTTTCACTTCATACTAGCTTATTCGGAATAAAATTA-AATGA
1 TTTTGTTTTGACATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAAT-A
* * * * *
15982771 AATTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACTAG
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCTAACTAG
* * * * * *
15982836 ATCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACCTTTTGTTTTGTCA
130 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAAGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
15982901 TAAAACAAATGTTTTTATTTATATAAGTTTGTTTAGA-ATAAAATAATACTAATCTATTAATATT
195 TAAAACAAATGTTTTGATTCATATAAGCTTATTCA-ATAAAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* * * *
15982965 TCAAAAATTAATAATAGATTTAAAAA-AAA-TTGTTTATCAAACTAATTCAAA-AAGTTTTGACT
259 TCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAGAAATTTGTTTATCAAACCAATTCAAATAA-TTATAACT
* * * * * * *
15983027 ATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-TTTTTTTTCTACTACAAAACAATAATT-TCT
323 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCTAGT-CAAAACAACAATTGTTT
* * * * *
15983090 AT-TCATAAAAACTTATTCAGAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAG-
387 ATATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * *
15983153 AAAAAATTTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAG
452 AAAAAATTTTAAAAAATAAATCCGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
15983217 TATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAAAAAATTATTT-TAGTTCATATC-
517 TGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAATAATTATTTAT-GTTCATA-CA
* * * *
15983280 AGGTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-ATTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTT
579 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATA-TAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
15983344 AAAAAAT
643 AAAAAAT
15983351 GAACAATTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (713 bp):
TTTTGTTTTGACATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAA
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCTAACTAGT
TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAAGACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAAATGTTTTGATTCATATAAGCTTATTCAATAAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC
AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAGAAATTTGTTTATCAAACCAATTCAAATAATTATAACTATT
TGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTCTAGTCAAAACAACAATTGTTTATAT
CATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA
AATTTTAAAAAATAAATCCGTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTGTA
TACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTAT
TCAAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
AATTTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGATATATGAACAATTATCTATTTTAAATCAT
Found at i:15982872 original size:16 final size:18
Alignment explanation
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Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
15982827 CCTAACTAGA
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1 TCAAATAATTAT-ACTATT
15982856 T-AAATAATTAT-CTATT
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15982872 TCAAAT
1 TCAAAT
15982878 CGCTATGACC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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TCAAATAATTATACTATT
Found at i:15983665 original size:319 final size:320
Alignment explanation
Indices: 15983085--15983666 Score: 723
Period size: 319 Copynumber: 1.8 Consensus size: 320
15983075 AAAACAATAA
* *
15983085 TTTCTATTCATAAAAACTTATTCAGAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAAT
1 TTTCTATTCATAAAAACTTATTCAGAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT
* * * *
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**
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131 AGTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAAAAAATTATTTTAGTTCATATC
* * * * *
15983280 AGGTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTA
196 AGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAAATTATAAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
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261 AAAAATGAACAATTATGTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTTCACCAAATGATTT
* * ** *
15983405 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTAAGAAAATTAA
1 TTTCTATTCATAAAAACTTATTCAGAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA-AAAATTAA
** * * *
15983468 T-AGGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCCTTATGACTAATTGA
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* ** * * *
15983532 ACAATTA-TTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTTGTTTTGCCAT-AAAATAATTGTTTCTA-TTC
128 ACAAGTATTTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGCCATAAAAAAAATTATTT-TAGTTC
* * * * *
15983594 ATA-CAAGCTTATTCAGATTGAAACAATATTAATTTATAAATATT-TCAACAAA-TAATAAGTAA
191 ATATC-AGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAAATTATAAATATTCT-AA-AAATTAATAAGTAA
15983656 AAGATTTAAAA
253 AAGATTTAAAA
15983667 GATAAATATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (320 bp):
TTTCTATTCATAAAAACTTATTCAGAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT
AAGAAAAAATTTTAAAAAATAAATTGTTTACCAAACAAGATCAAATACTCATGACTAATTGAACA
AGTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAAAAAATTATTTTAGTTCATATC
AGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAAATTATAAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
AAAAATGAACAATTATGTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTTCACCAAATGATTT
Found at i:15983688 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 15983350--15984204 Score: 698
Period size: 181 Copynumber: 4.8 Consensus size: 178
15983340 ATTTAAAAAA
* * * * * * ** ** *
15983350 TGAACAATTATGTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTT-TCACCAAATGATTTTTTCTATTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
** * * *
15983414 ATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTAAGAAAATTAATAGGTAAAA
66 ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATAAATATTTCA-AAAA-TAATAAGTAAAA
* * *
15983477 TATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCCTTATGACTAAT
129 GATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CAAACAAGTTCAAAT-CTTATGACTATT
* * * * *
15983529 TGAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTATGACTTTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTATT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC-CTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * *
15983593 CATACAAGCTTATTCAGATTGAAACAATATTAATTTATAAATATTTCAACAAATAATAAGTAAAA
65 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATAAATATTTCAA-AAATAATAAGTAAAA
* * **
15983658 GATTTAAAAGATAAATATGTTTAGCAAACAAGTTTAAATAGTATTGACTATT
129 GATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CAAACAAGTTCAAATCTTA-TGACTATT
* * ** * * * *
15983710 TGAATAATTATCTACTTCATGTTATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAA-AATTGTTTCAATTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * * * * * * *
15983774 ATATAAGCTTGTT-TGAAAGAAAATAACACTAATTTATGAATA-ATCTAAAAT--TAA-TAAGAG
66 ATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATAAATATTTCAAAAATAATAAGTAAAAG
* * * * ** * * *
15983834 AATTAAAAAGTCAATATGTTTACTGAACACTTTCAAATAGTTATAACTAGT
130 ATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-AAACAAGTTCAAAT-CTTATGACTATT
** * **
15983885 TGAACAATTATCTATTTCAAAACATTAAGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGGCTCTATTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * *
15983950 ATGCAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAAATTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
66 ATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATAAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAA
* * *
15984013 A-ATTTAAAAAATAAAATATGTTTTTCGAACACGTTCAAATAGC-TATGACTATT
128 AGATTTAAAAAAT-AAATATG-TTTACAAACAAGTTCAAAT--CTTATGACTATT
* * * * * *
15984066 TGAATAATTATCTAGTTCAAATTGTTATGACCTTTCATTTTATCATAAACCAATTGTTTCTATTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* **
15984131 ATAAAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAAA-ATTTCAAATTTTAATAAGTAAA
66 ATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTA-TAAATATTTCAAA-AATAATAAGTAAA
15984194 AGATTTAAAAA
128 AGATTTAAAAA
15984205 GAACAGTTAT
Statistics
Matches: 534, Mismatches: 114, Indels: 53
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Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 80 0.15
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
TGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC
ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATAAATATTTCAAAAATAATAAGTAAAAGA
TTTAAAAAATAAATATGTTTACAAACAAGTTCAAATCTTATGACTATT
Found at i:15984064 original size:356 final size:357
Alignment explanation
Indices: 15983509--15984167 Score: 835
Period size: 356 Copynumber: 1.8 Consensus size: 357
15983499 ACCAAACAAG
* * *** * * *
15983509 TTCAAATCCTTATGACTAATTGAACAATTATTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTTGTTTTGCCA
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* ** * * * * *
15983574 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGATTGAAACAATATTAATTTATAAATATTT
66 TAAAACAATTGGCTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAACAATATAAAATTATAAATATTC
* *
15983639 CAACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATATGTTTAGCAAACAAGTTTAAATAGTATTG
131 CAACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAGCAAACAAGTTCAAATAGTATTG
** * ** *
15983704 ACTATTTGAATAATTATCTACTTCATGTTATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAA-AAATTGTTT
196 ACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATTATTATGACCTTTCATTTTATAATAAACAAATTGTTT
* * *
15983768 CAATTCATATAAGCTTGTTTGAAAGAAAATAACACTAATTTATGAATAATCTAAAATTAATAAGA
261 CAATTCATAAAAGCTTATTCGAAAGAAAATAACACTAATTTATGAATAATCTAAAATTAATAAGA
15983833 GAATTAAAAAGTCAATATGTTTACTGAACACT
326 GAATTAAAAAGTCAATATGTTTACTGAACACT
* * *
15983865 TTCAAATAGTTATAACTAGTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTAAGAC-CTTTCGTTTTGTC
1 TTCAAATACTTATAACTAATTGAACAATTAT-TATTTCAAAACATTAAGACTCTTTCGTTTTGCC
* * *
15983929 ATAAAACAATTGGCTCTATTCATGCAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATATAAAATTATTAATAT
65 ATAAAACAATTGGCTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAACAATATAAAATTATAAATAT
** * *
15983993 TCCAA-AAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAAATATGTTTTTCGAACACGTTCAAATAGC
129 TCCAACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATATGTTTAGCAAACAAGTTCAAATAG-
* * * *
15984056 TA-TGACTATTTGAATAATTATCTAGTTCAAATTGTTATGACCTTTCATTTTATCATAAACCAAT
191 TATTGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATTATTATGACCTTTCATTTTATAATAAACAAAT
* * *
15984120 TGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
256 TGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCGAAAGAAAATAACACTAATTTAT
15984168 TAAAATTTCA
Statistics
Matches: 253, Mismatches: 44, Indels: 11
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (357 bp):
TTCAAATACTTATAACTAATTGAACAATTATTATTTCAAAACATTAAGACTCTTTCGTTTTGCCA
TAAAACAATTGGCTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAACAATATAAAATTATAAATATTC
CAACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAGCAAACAAGTTCAAATAGTATTG
ACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATTATTATGACCTTTCATTTTATAATAAACAAATTGTTT
CAATTCATAAAAGCTTATTCGAAAGAAAATAACACTAATTTATGAATAATCTAAAATTAATAAGA
GAATTAAAAAGTCAATATGTTTACTGAACACT
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* * * * * * **
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* ** * **
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* * ** * * * * *
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* * ** ** * * * * **
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** * * *
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15984204 A
319 A
* *
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1 GAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
*
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66 TACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA
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131 TTTAAAAAATAAATTTGTTCACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAGCTATTATCTAT
*
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*
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*
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66 TACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA
*
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131 TTTAAAAAATAAATTTGTTCACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAGCTATTATCTAT
* *
15984719 TTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTATTTCTATTTATACAAAATTATTAT
196 TTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTTATAAAAAATTATTAT
*
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261 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAA
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GAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
TACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA
TTTAAAAAATAAATTTGTTCACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAGCTATTATCTAT
TTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTTATAAAAAATTATTAT
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGCAAAAGATTTAAAAA
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15984381 CATTTGAGCT
* * *
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* *
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* * * *
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**
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ATTATCTATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAA
AATTATTATAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAA
AAAGAACA
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** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * ** *
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* * * * * * * * * *
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* *** * *
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* * * * ** * *
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* * * * *
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64 CATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAGAG
* * * * * * *
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128 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * *
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* * ** *
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* * *
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TACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAGAGATT
TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
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* * * * **
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* * *
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*
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AATTTAATAATATTTCAAAAATTGATAACTGA
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* * ** *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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GAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
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* *
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1 TTATGACTTTTA
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Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 5
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* * * *
15985846 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTCAATTCATATA
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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128 TAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGCTAATTTAAAC
* * * * * *
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*
15986090 AAGC-TATTTC-AAATAAAATAATATAAATCTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAATATT
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* **
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* * * *
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* *
15986270 AAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTGATTAATATTTCA-ACAATTAATAAGTAATAAATT
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* *
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Matches are distributed among these distances:
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AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATA
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AAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGCTAATTTAAAC
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*
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1 T
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Statistics
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* * ** * ** * *
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1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-ACA
* * * * * * * * *
15988165 AACCAA-TTTAAATAATTAAGACCATATG-ACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGT
64 AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGT
* * * * **
15988228 TTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATACAAGGTTATTCAAAATAGCATAA
128 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * *
15988281 AACTAATTTATAAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAAT-AATTCTATTTACCA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTA-CA
* * * * * * *
15988345 AACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTGTTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTT
64 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTT
* * * *
15988410 TTGTCATAAAACAATTGCTTTTA-TTAATATAAG-TATGTTCAAAATAAAATAA
129 TTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAA
* * * **
15988462 TACTAATTTATTAACATTT-ACGAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAGGTAAA-TTATTTACC
1 TACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-C
* * * * * * * * *
15988524 AAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTAAAAAATTACCTCTTTCAAATCATTATAACCTTTTAT
63 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGT
* * * * * ** *
15988589 TTTGCCATCAAACATTTGGTTT-TGTTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAC
128 TTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
** ** * * * * *
15988642 TACTAATTTAACAATATTTCAAAACGTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATTTGA-TTGCTG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-ATTTAC-A
* * * * * * * * * * *
15988706 AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGTACGATTATCTATTTAAAACCATTATGACCTGTTCTT
64 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTT
* * * * *** *
15988771 TTGTCGTAAAACAATTATTT-TGTTCGTACAAGCTTATTTTGATTAAAATAA
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* *
15988822 TATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
15988854 CTGGTTCAGT
Statistics
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184 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACAAA
CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTT
GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
Found at i:15988586 original size:361 final size:356
Alignment explanation
Indices: 15987034--15988665 Score: 1159
Period size: 361 Copynumber: 4.6 Consensus size: 356
15987024 TTAGTTTTAG
* * * * ** *
15987034 AATAAAATAATACTACTTTATTAACATTT-GAAAAATTAGTGAGCAAGAGATTTAAAAAAATTAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCG--AAATTAATCAATAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * * * * * *
15987098 TCTATTTACCAAA-C---TCAAATAAATT-TGACTACTTGAACAATTATCTATAT-AAAGTCGTT
63 TC-ATTTACCAAACCATTTCAAAT-AGTTAAGACCATTTAAACAATTACCTATTTCAAA-TCGTT
* * ** * *
15987157 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-AAAATTTTTC-----CAAAT--
125 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * ** * **
15987214 TACT-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGATATTTA-AAAACTAAAGCTATTTTTCA
190 TACTAATTTATAAATATTTCAAAAATTTATGAGTAAGAGATTTAGAAAA-TAATTCTGTTTACCA
* * * * * * ** *
15987277 AACAAATTCAAATAGT-TGACTATTTGAATAAATATCAATCTCAAATCATTATGA-TATTTT-TT
254 AACAAGTTCAAATATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACT-TTTTGTT
* * **
15987339 TTCTCAAAAAACAATTGTTTT-TTATTATACAAGCTTATT-TG
318 TTGTCATAAAACAATTGTTTTATTA--ATA-AAG-TTATTCAA
* * *
15987380 GATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAA--AATCAATAAGAGATTTAAAAAAGAAAAA
1 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAATTAATCAATAAGAGATTT-AAAAA-ATAAA
* * ** * * *
15987442 GCATTTGCCAAACCCA-TTCAAATAGTTAAGATTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTC
63 TCATTTACCAAA-CCATTTCAAATAGTTAAGACCATTTA-AACAATTACCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * * *
15987505 TAACCTTTTGGTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
126 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * * * * * *
15987570 ACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATT-TGTTTATCG
191 ACTAATTTATAAATATTTCAAAAATTTATGAGTAAGAGATTT-AGAAAAT-AATTCTGTTTACCA
* * * ** * *
15987634 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTT
254 AACAAGTTCAAATA-TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTT
* * *
15987699 TTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTTATGAAAGCTTATCCAA
318 TTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTAAT-AAAG-TTATTCAA
* * * *
15987741 AATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTGAAAGTTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAA-TTAATCAATAAGAGATTTAAAAAAT-AAAT
* * * * * * *
15987806 CAGTTTACTAAATCAATTCAAATAGTTACGACCATTTGAACAACTATCC-ATTTCAAATTGTTAT
64 CA-TTTACCAAACCATTTCAAATAGTTAAGACCATTTAAACAATTA-CCTATTTCAAATCGTTAT
* * *
15987870 TACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA-AT-ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATTA
127 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * *
15987933 TACTAATCTTCT-AATATTTCAAGAA--T-TGA-TAAGAGATTTAGAAAATAAATCTGTTTACTA
190 TACTAAT-TTATAAATATTTCAAAAATTTATGAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTGTTTACCA
* * * *
15987993 TACTAGTTC-------A-AACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA-TAATCTTTTATT
254 AACAAGTTCAAATATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACT-TTTTGTT
* * * * * **
15988049 TTATCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCGG
318 TTGTCATAAAACAATTGTTT-TATT-A-ATAAAGTTATTCAA
* *
15988091 AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAAT-AACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCG-AAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA-
** * * * ** * *
15988155 TCATTTGTCAAACCAATTT-AAATAATTAAGACCATAT-GACAATTATTTATTTTAAATTGTTAT
63 TCATTTACCAAACC-ATTTCAAATAGTTAAGACCATTTAAACAATTACCTATTTCAAATCGTTAT
* * * ** *
15988218 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATACAAGGTTATTCAAAATAGCATAAAA
127 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* *
15988283 CTAATTTATAAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACCAAAC
192 CTAATTTATAAATATTTCAAAAATTTATGAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTGTTTACCAAAC
* * *
15988348 CAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTGTTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTG
257 AAGTTCAAAT-ATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTG
*
15988413 TCATAAAACAATTGCTTTTATTAATATAAGTATGTTCAA
321 TCATAAAACAATTG-TTTTATTAATA-AAGT-TATTCAA
* ** *
15988452 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTACGAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAGGTAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CGAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAATAAATC
** * * * *
15988517 ATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTAAAAAATTACCTCTTTCAAATCATTATAAC
65 ATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTAAGACCATTTAAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAAC
* * * * * * ** *
15988582 CTTTTATTTTGCCATCAAACATTTGGTTTT-GTTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATACTACT
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
15988646 AATTTA-ACAATATTTCAAAA
194 AATTTATA-AATATTTCAAAA
15988666 CGTAATAACC
Statistics
Matches: 1016, Mismatches: 192, Indels: 141
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
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345 4 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (356 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCA
TTTACCAAACCATTTCAAATAGTTAAGACCATTTAAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
TTTATAAATATTTCAAAAATTTATGAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTGTTTACCAAACAAGT
TCAAATATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTTATTAATAAAGTTATTCAA
Found at i:15988840 original size:541 final size:528
Alignment explanation
Indices: 15987474--15988853 Score: 1370
Period size: 541 Copynumber: 2.6 Consensus size: 528
15987464 TAGTTAAGAT
* * * * ** * * * *
15987474 TATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTT-GGTTAGTCATATAATAATTGTTTC
1 TATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTA-CCACAAAACAATTGTTTC
** * * * * *
15987538 AATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGC
65 TGTTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTG-AAAATTAATAACC
* * * * * * *
15987603 AAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAAT
129 AAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGATTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATG-ACAAT
*
15987668 TATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTTATGA-AAG
192 TATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCAT-ACAAG
* * * ** *
15987732 CTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTGAAAGTTAATAAATAAGAGATTTAAA
256 CTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAA
* * * *
15987797 AAATAAAATCAGTTTACTAAATCAATTCAAATAGTTACGACCATTTGAACAACTATCCATTTCAA
321 AAATAAAATCAGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTACAACCATTTGAACAACTATCCATTTCAA
15987862 ATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAATATACAAGCTTATTCAAAATA
386 ATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAATATA-AAGCTTATTCAAAATA
* * ** * *
15987927 AAATTATACTAATCTTCTAATATTTCAAGAATTGATAAGAGATTTAGAAAATAAATCTGTTTACT
450 AAATAATACTAATCTTCTAACATTTCAAGAATCAATAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATTTACC
* *
15987992 ATACTAGTTCAAAC
515 AAACCAGTTCAAAC
* ** * *
15988006 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTATTTTATCACAAAACAATTGTTTCT
1 TATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTACCACAAAACAATTGTTTCT
* * *
15988071 GTTCATACAAACTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAATAACTA
66 GTTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTGAAAATTAATAACCA
* * * * * *
15988136 AGAGATTTAAAAAATAAA-TTCATTTGTCAAACCAATTTAAATAATTAAGACCATATGACAATTA
130 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGA-TTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGACAATTA
* * ** * *
15988200 TTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATACAAGGTT
194 TCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTT
** * * * * *
15988265 ATTCAAAATAGCATAAAACTAATTT-ATAAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAA
259 ATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAAT-AATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAA
* * * * * **
15988329 AT-AATTCTA-TTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTGTTTCAAA
323 ATAAAATC-AGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTACAACCATTTGAACAACTATCCATTTCAAA
* * * *
15988392 TTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTATTAATAT-AAG-TATGTTCAAAAT
387 TTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTT-TCAATATAAAGCT-TATTCAAAAT
* * *
15988455 AAAATAATACTAAT-TTATTAACATTTACGAAATTAATCAATAAGAGATTTA-AAAGGTAAAT-T
449 AAAATAATACTAATCTT-CTAACATTT-C--AA-GAATCAATAAGAGATTTAGAAA-ATAAATCT
*
15988517 ATTTACCAAACCATTTCAAA-
508 ATTTACCAAACCAGTTCAAAC
* *
15988537 TAGTTTTGACTATTTAAAAAATTACCTCTTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGCCATC-AAA
1 TA--TTTGA--A--T----AATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTACCA-CAAAA
* * ** * * * *
15988601 CATTTGGTTT-TGTTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATACTACTAATTTAACAATATTTCAAA
55 CAATT-GTTTCTGTTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTGAAA
* * *
15988665 ACGTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATTTGATTG-CTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACT
119 A-TTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGATTGTC-GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACT
* * * * *
15988729 ATATGTACGATTATCTATTTAAAACCATTATGACCTGTTCTTTTGTCGTAAAACAATTATTTT-G
182 ATATG-ACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAG
* *** *
15988793 TTCGTACAAGCTTATTTTGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
246 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
15988854 CTGGTTCAGT
Statistics
Matches: 690, Mismatches: 126, Indels: 55
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
528 3 0.00
529 115 0.17
530 121 0.18
531 42 0.06
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537 1 0.00
540 8 0.01
541 177 0.26
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (528 bp):
TATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTACCACAAAACAATTGTTTCT
GTTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTGAAAATTAATAACCAA
GAGATTTAAAAAATAAATTTGATTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGACAATTATC
TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTAT
TCAAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATA
AAATCAGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTACAACCATTTGAACAACTATCCATTTCAAATTGT
TATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAATATAAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
TACTAATCTTCTAACATTTCAAGAATCAATAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATTTACCAAACCA
GTTCAAAC
Found at i:15989528 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15988887--15994331 Score: 3478
Period size: 181 Copynumber: 30.4 Consensus size: 181
15988877 TTTTAAATCT
* * **
15988887 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTGGTATTATTTTATTTTG-AATAATTTTGTATGAAT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * *
15988950 AGAAACAATTGTTTTATCACAAAATAAAATGTCATAATAATTTAAAATAGATAA-TAGCTAAAAT
65 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAAT
* * * * * * ***
15989014 GGAT-ATGACTATTTGAACTTATTCAGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAA
129 AG-TCATAACTATTTGAAC-TGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * **
15989068 CTTATTAA-TTTT-AAGATTATTAAT-AAGTTACTATTATTTTATTTTG-AATAAAG-TTAAATG
1 CTTATTAATTTTTGAA-A-TATTAATAAATTTAGTATTATTTTA-TTTGAAAT-AAGCTTGTATG
* * *
15989128 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAGTGATTTGAAATAAATAATTATTCAA
62 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* ** * *
15989193 ATAGTCATAATTATTTGAACTCGCTT-GGTAAATAAATTTATTTTTTTAAATCTTTTA
127 ATAGTCATAACTATTTGAACT-G-TTCAATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTA
* * ** *
15989250 CTTATTAA-TTTTGGAATTTTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATA
* * *
15989313 GAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAG
66 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * *
15989378 TCATAGCTATTTAAACATGTTTAAAAAACATATTTATTTTTTTAAT-TTTTA
131 TCATAACTATTTGAAC-TGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * *
15989429 CCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TAGTATTTTATTTGAAATGAGCTTGCATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * *
15989493 GAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCATATAA
66 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** * * * * * * *
15989558 TTGTAACTATTTAAACATGTTCAGTAAACAGATTCACTTTTTAATTCTCTTA
131 TCATAACTATTTGAAC-TGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
15989610 CTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTGA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATG-ATC
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAT-
* * * * * * *
15989673 TGAAACAATTATTTTGTTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTAATCAAATA
65 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * *
15989738 GTCA-AACTATTTGAACTTGTTTAAAAAACATATTTATTTCTTAAATCTTTTA
130 GTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * * * *
15989790 CTTATTGATTGTCGAAATATTAACAAA-TAAATATTATTGTAATTTG-GATAAGCTTGTATGAAC
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATT-TTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAT
* * *
15989853 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAGAAA-GTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
65 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * *** *
15989916 TAGTCATAA-GACTTGAACTTGTTTAGTAAATGGATTTATTTTTTAAATGTTTTA
128 TAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * *
15989970 CTTATTAAGTGACTTT---ATATTAATAAATTT-TTATTATTTTATTTGAAATAAACTTGTATGA
1 CTTATTAA-T--TTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA
* ** * *** * * * *
15990031 ATAGAAAAAATCATTTTATTACAAAACAAAAGG-CTATAGCAATTTCAAAAAGAAAATTATTGAA
63 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * * * ** *
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* * * *
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** *
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* * * *
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* * * * * **
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* ** *
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* * ** * * *
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* * * *
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* * * * *
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** * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * *
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** * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * ** * *
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65 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * *
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* * * *
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* * ** * ** * *
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* * * ** * *
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* * * * *
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* ** * * * ** *
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* * * * * *
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* * *
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** * *** * *
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** * * **
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* * * * ** * * *
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* * * * * * * ***
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* * * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
15990691 CA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAT-TATAAATTCAAAAAACCTTATTTTATGACAAAGCAA
129 -AGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT-TGTATGAA-TCAAAAAA--TTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * *
15990754 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAAATATGTGAACTGGTTCGGTA
189 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGATA
* * * * *
15990819 AATAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTACTAATTTTTGAAATATTATTACATTAGTATTATTT
254 AATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* *
15990884 TATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTT
319 TATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * ** * * *
15990922 TATGATAAAA-ACAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTTAT-A-TGTTT
1 TATGACAAAACA-AAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * **
15990984 GAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGCTTAATA
64 GAACTGGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * *
15991049 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTGAATG-ATCAAAACAATTGTTATATGACCAAACAA
125 AATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATCAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAA
** * * * * * *
15991113 AAGG-CTATAATTTTTTATAAATAGATAATTTTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGCTACGA
189 AAGGTC-ATAATGATTT-GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGA
* * * * * * * *
15991177 CAAATAGATTTGTTTTTTAAATTTCTTAGTTATCAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
252 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
15991242 TTTATTCCAAATAAGCTTGTACGAACTAAAATAATTATTT
317 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * ** *
15991282 TATAATAGAACAAAAGGTTTTAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAG--------A----
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *
15991335 AACTGGTTCA-GTAAATAGATTTATTTGTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
65 AACTGGTT-AGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * *
15991399 AATTAGTTTTTTTTTTTATTCCGAATAGGCTTGTATG-ATTAAAATTTTAATTGTTTTATGACAA
125 AATTAG--TATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATCAAAA----AATTGTTTTATGACAA
** * ** * * * * **
15991463 ATTAAAAGTTTGTAATGATTTAAAATAGATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTGAAGC-AAT
184 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-CTGGT
** * * *
15991527 TTAATAAACT-AACTTATTTTTTAAATCT-TTATCTT-TTCAATTTTTGAAATACTAATAAAGTA
248 TCGATAAA-TAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * **
15991589 ATATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAAAA-AATCATTT
310 GTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAC--AAAAACAATTGTTT
* * * * * *
15991637 TATGATAAAAGAAAAGGTCATACT-TCTTATAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTT
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATAT-TT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * ** * *
15991701 AAACTTGTTCA-GTAAACATATTTATTTTCTTAGTTTCTTGTTTATTAATTTTTTG-AATGTTAA
64 GAACTGGTT-AGGTAAACAGATTTATTTT-TTA-AATC-T-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAA
* * * * *
15991764 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAACTAAAAAAAAATTATTTTATGACTAA
123 TAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-T--CAAAAAATTGTTTTATGACAAA
* * ** * ** * *
15991829 ACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-TTGTTC
185 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTC
** ** * * * * * *
15991893 GGCAACCACATTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTGATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCA
250 GATAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTA
* * *
15991957 ATATTTTACTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
313 TTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * * *
15992001 TATGA-AAAAAATAAAGATCAT-A-ATGTGAGATAGATAATTGTTGAAGTAGTCATAACTATTTG
1 TATGACAAAACA-AAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * **
15992063 AACTAGTTTGATAAATAGATTTAAATTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
65 AACTGGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* ** ** * * *
15992128 GAATTATTTTATTCTAAAATAAAATTGTATAAAT-AGAAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAAT
130 GTATTATTTTATTC-CGAATAAGCTTGTATGAATCA-AAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * * * *
15992192 GTTATAACCATTTGAAATAGATAA-CAGCTCAAACAGACATTATTATTTGAACTTGTTCGATGAA
192 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGATAAA
* * ** *
15992256 GAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATATATTAGTATTATTTT
256 TAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * *
15992320 A-TCTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
320 ATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * * *
15992357 TATGACAAAACAAAAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTCCAAAGAATCATAACTATTT
1 TATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
15992422 AAACTCGCTCA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAAT
64 GAACT-GGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* *
15992486 AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTCT-TATG-A-CAGAAACAATTGGTTTATGACAAAA
124 AAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT-TGTATGAATCA-AAA-AATTGTTTTATGACAAAA
** * * * *
15992548 CAAAAAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCACAAATATTTTAAC-GTGTTC
186 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTG-GTTC
* * * * * ** **
15992612 AGA-AAACATATTTATTTTATAAAT-TTTTACTTGTTAATTTTTGGGATATTAATAAATTTTTAT
250 -GATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
15992675 TATTTTATT-TGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTT
314 TATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * *
15992718 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCA-AGAATATTT
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTT
* * * * *
15992782 GAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTATTATTTGTTGAAATATTTAT
64 GAACTGGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTA-TTA--ATTT-TTGAAATATTAAT
* * * * * * * * *
15992846 ATATTAATATTATTTTAATCTGGATAAGCTTGTATGAATGGAAACAATTGTTTTATGAAAAAATA
124 AAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAT-CAAAAAATTGTTTTATGACAAAACA
** ** * * ** * * *
15992911 AAAAATCATAACAATTTGAAAT-GAATAATTGTTCAATTAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGG
188 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGA
* * * *
15992975 TAAAAAAAATTATTTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATT-GTAT
252 TAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * **
15993037 TATTTTATTCAAAATAAGCTTATATGAATAGAAAA-AATCATTT
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** * * * * *
15993080 GGTAACAAAACCAAAGGTTATAGCA-ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATA--ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
15993144 AAACTTGTTCA-GTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAA
64 GAACTGGTT-AGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGA-AATATTAA
* * *
15993207 TAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TGATATGAA-CTAAAATAATT-TTTTATGACAAA
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* * * * * *
15993269 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATACTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTC
185 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTC
** * * * * ** ** *
15993334 GATAACCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATGGTCCAAATATTAATAAATTAATATT
250 GATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * **
15993399 ATTTTAATT-TGAATAAGCTTTTATGAACAAAAATTATTGTTT
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* * ** ** * * * * * *
15993441 TATAACAGATGAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAATTTTTTG
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * *
15993506 AACTGATTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTA
65 AACTGGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* ** * * * *
15993571 TTATTACTTTTATTTTGAACAAACTTATATGAA-CAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACTAAAG
130 GTATTA-TTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAG
*** * * * * * *
15993635 GTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTGGTTAGGTAAAA
192 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGATAAAT
* * * *
15993700 AAAATTATTTTTTATATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA
257 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* * *** * *
15993764 TTCCAAATAAGCTAGTATGAGTTGACAA-ATTTGTTT
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* * * *
15993800 TATGACAAAAC--AA----A-AAGATTTGAAAAAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGA
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * ** *
15993858 ACTAGTTTGGCAAACAAATTTGTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATA
66 ACTGGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * *
15993923 TTAGTATTGTTTTACTT-CGAATAAGCTTATATGAA-CAAAAATAATTATTTTATGATAGAACAA
127 TTAGTATTATTTTA-TTCCGAATAAGCTTGTATGAATC-AAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * *
15993986 AAGGTTATAATGATTT-AAAGTATG-CAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGA
189 AAGGTCATAATGATTTGAAA-TA-GATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGA
* * * *
15994049 TAAATAAATTTAGTATTTT-AA-GTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTA
252 TAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *** * *
15994112 TTTTATT-TCGAATAAACACATATGATCAAAAACAATTGTTA
316 TTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
15994153 TATGACCAAAA-AAAAGGTAATAACATTTGAAACT-GATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTT
1 TATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** * * * *
15994216 GAACTAATTTGGTAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAAT
64 GAACTGGTTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT--C-T-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT
** * *
15994280 AAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCTTGTATGAATTCAAACAATTGTT
124 AAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-TCAAAAAATTGTT
15994332 CAAATAGTCA
Statistics
Matches: 2954, Mismatches: 631, Indels: 367
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
348 2 0.00
350 58 0.02
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Consensus pattern (356 bp):
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TATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
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TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
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Alignment explanation
Indices: 15994408--15996694 Score: 1573
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15994398 TTTGAATAAT
* ** *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* ** * * * *
15994653 ACAAATATTTTTATGATTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATTA-ATAATTATTCTAATAGT
63 ACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * *
15994717 TTTAACTATTTGAA-TTAGCTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
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* ** * **
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1 TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGA-ACTAAA
* * ** *
15994836 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATGTGAAATAGATAATCATTCAAAT-GGCT
63 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-
* * ** ** * *
15994900 ATAATTATTTTAACTAATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTA
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* * ** * *
15994954 TT-ATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTAACTGAAA
1 TTAATTTTTG-AA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAA
* * * ** * * *
15995018 CAATTGTTTTATGACAAATA-AAAATGTTATAACAATTTTAAATAGA-CATGTGTTCAAATAGTA
64 CAATTATTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTC
* * * *
15995081 ATAACTATTTGAACTTGTTCGTTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTA
127 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * * *
15995136 TTAATTTCTAAATGTTAATAAATTAGCATTAATTTA-TTCTGAATAGGCCTGTATGAACTAAAAC
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* * * * *
15995200 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCCAATAATCTTA
65 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
15995265 ACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAAAAAAATTATTTTTTGAATCTCTTACTTA
130 ACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
** * * * ** *
15995316 TTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGCATTGTTTTATTAAAAAAAAGCTTGTATGAA-TAAAAC
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* * * * *
15995380 AATTGTTTTATGACAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCATATAGTCTT
65 AATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
15995445 AACTATTTGAACTGGTTTGGCAATTAGATTTATTTTTTTATTTTCTTAGTTA
129 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
*** * * ** *
15995497 TTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAAATAGTATGAA--AAGG
1 TTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTAA--
* * * * * * *
15995559 ACCAATTGTTTGATGACAAAATAAGAA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAGTTATTCAAATAGT
62 AACAATTATTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** * * *
15995623 CAAAACTATTTGAAATGGTTTAGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGA
126 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
15995678 TTAATTTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAAC-AAAG
1 TTAATTTT-T-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAA-
* * ** * ** * *
15995742 ACAATTATTTTATGAGAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATGTAGACT
63 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * * * *
15995807 TAACTATTTAAACTAATTCAGCAAAT-GAATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTA
128 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * *
15995860 TTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAATAGGCTTATATGAACAAAAAC
1 TTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
* * * * ** *
15995924 AATTGTTTCATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAA
65 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
15995989 AGTATTTAAACTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAA--TCTT--TTA
130 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
** * * * *
15996037 TTAATTCTTAAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCATCTATATTGAA--AG
1 TTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-T-TGTA-TGAACTAA
* * * * ** * * * * *
15996100 GA-AATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGTAATAGATAGTTGTTTAAATGGCC
62 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* *
15996164 AT-A--A-TT--A--T-TT--G-AACT--ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTT
127 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *** *
15996204 TTAACTTTTGAAAAATTAATACAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAAC
1 TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
* * * ** * * *
15996269 AATT-GTTTATGACAAAGCAAAAGCTCATAACAATTTTAAATTGATAATTGTTTAAATAGTCATA
65 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
15996333 ACTATTCGAATTTGTCCAGTAAACAAATTTATTTTTTTCAAATCTCTTGCTTA
130 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTA
* ** *
15996386 TTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
1 TTAA-TTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAA
* * ** * * * * * * *
15996450 CAGTTATTCTATGACAAAACAAAAAATTAGAATGATTTGAAATTA-AAAATTATTCTAATAATCT
64 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
15996514 TAAC-ATTTGAACTGGTTCAGCAAATACATTTATTTTTTAAA-ATCTT--TTA
128 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
** ** * * * * * *
15996563 CCAATTTTCAAGATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAAGTTTGTATGATCAAAAA
1 TTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAA
* * * * * ** *
15996627 TAATTATTTTATGAGAAAAC-AAAGATCACAATGATTTGAGATTTATATTTGTTCAAATAGTCAT
64 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
15996691 AACT
129 AACT
15996695 TGCTTTTTAA
Statistics
Matches: 1666, Mismatches: 355, Indels: 173
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 9 0.01
164 9 0.01
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181 510 0.31
182 480 0.29
183 150 0.09
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACA
ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
Found at i:15997130 original size:491 final size:497
Alignment explanation
Indices: 15996200--15997145 Score: 1191
Period size: 491 Copynumber: 1.9 Consensus size: 497
15996190 AAATCTCTTA
* *
15996200 CTTTTTAACTTTTGAAAAATTAATACAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA
1 CTTTTTAACTTTTGAAAAATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGATAAGCTTTTATGAACTA
* * ** * *
15996265 AAACAATTGTTTATGACAAAGCAAAAGCTCATAACAATTTTAAATTGATAATTGTTTAAATAGTC
66 AAACAATTGTTTATGAAAAAACAAAAGCTCATAACAACATTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
15996330 ATAACTATTCGAATTTGTCCAGTAAACAAATTTATTTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
131 ATAACTATTCGAACTTGTCCAGTAAACAAATTTATTTTTTTCAAATCTCTTGCTCAATAAGTTTT
* * * *
15996395 TGAATGTTAATAAATTTATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAGTTATTCT
196 CGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTCT
* * *
15996460 ATGACAAAACAAAAAATTAGAATGATTTGAAATTAAAAATTATTCTAATAATCTTAACATTTGAA
261 ATGACAAAACAAAAAATCAAAATGATTTGAAAGTAAAAATTATTCTAATAATCTTAACATTTGAA
* * *
15996525 CTGGTTCAGCAAATACATTTATTTTTTAAAATCTTTTACCAATTTTCAAGATATTATTAAATTAG
326 CTGATTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAAATCTCTTACCAATTTTCAAGATATTATTAAATTAG
* ** * * *
15996590 TATTATTTTTATCTGAATAAGTTTGTATGATCAAAAATAATTATTTTATGA-GAAAACAAAGATC
391 TATTATTTTCATCCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTATGATG-AAACAAAGATC
15996654 ACAATGATTTGAGATTTATATTTGTTCAAATAGTCATAACTTG
455 ACAATGATTTGAGATTTATATTTGTTCAAATAGTCATAACTTG
* * *
15996697 CTTTTTAATTTTTGAAAAATTAATAAAGTAGTATT-TTTTATTTCGGATAAGTTTTTATGAACTG
1 CTTTTTAACTTTTGAAAAATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGATAAGCTTTTATGAACTA
* ** *
15996761 AAAGAATTGTTTTATGAAAAAATGAAAGGTC-TAACAACATTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
66 AAACAATTG-TTTATGAAAAAACAAAAGCTCATAACAACATTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* **
15996825 CA-AATCTATTTGAACTTGT-TTGATAAAC-AATTT-TTTTTTT-AAATCTCTTGCTCAAT-AGT
130 CATAA-CTATTCGAACTTGTCCAG-TAAACAAATTTATTTTTTTCAAATCTCTTGCTCAATAAGT
* * * * * *
15996884 TTTCGTATGTTGATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTTTGAATTAAAATAATTGT
193 TTTCGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTAT
* * * * * *
15996949 T-TATGACTAAACAAAAGATCAAAATGATTTG-AAGTAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTAT
258 TCTATGACAAAACAAAAAATCAAAATGATTTGAAAGTA-AAAATTATTCTAATAATCTTAA-CAT
** * ** **
15997012 TTGAACTGATTTGGTAAACACATTTATTTTTT-AAATCTCTTATTAATTTT-TGGAATATTATTA
321 TTGAACTGATTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAAATCTCTTACCAATTTTCAAG-ATATTATTA
* *
15997075 AATTAGTATTATTTTCATCCAAATAAGCTTGTATGA-AAAGAAACAATTGTTTTATGATGAAATA
385 AATTAGTATTATTTTCATCCAAATAAGCTTGTATGATAAA-AAACAATTATTTTATGATGAAACA
15997139 AAGATCA
449 AAGATCA
15997146 TAACAGCTTG
Statistics
Matches: 382, Mismatches: 59, Indels: 22
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
490 7 0.02
491 127 0.33
492 88 0.23
493 14 0.04
494 7 0.02
495 8 0.02
496 82 0.21
497 49 0.13
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (497 bp):
CTTTTTAACTTTTGAAAAATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGATAAGCTTTTATGAACTA
AAACAATTGTTTATGAAAAAACAAAAGCTCATAACAACATTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTCGAACTTGTCCAGTAAACAAATTTATTTTTTTCAAATCTCTTGCTCAATAAGTTTT
CGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTCT
ATGACAAAACAAAAAATCAAAATGATTTGAAAGTAAAAATTATTCTAATAATCTTAACATTTGAA
CTGATTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAAATCTCTTACCAATTTTCAAGATATTATTAAATTAG
TATTATTTTCATCCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTATGATGAAACAAAGATCA
CAATGATTTGAGATTTATATTTGTTCAAATAGTCATAACTTG
Done.