Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167993.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_25, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 17943224
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Warning! 94000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 94 of 100
Found at i:16136323 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 16136015--16138315 Score: 1834
Period size: 180 Copynumber: 12.8 Consensus size: 180
16136005 GGTACTAATA
* * *** * * *
16136015 ATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGTTGA-AAACAAATGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAA
* * * ** * **
16136079 C-ATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT-GTCCATAATTATTTGAAC-TAATTCAGTAAATTGATT
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* * * *
16136141 TATTTTTTGAATCTCTTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAATAGTATT
128 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
16136194 ATTTTATTTTGGATAAACTTTTGTGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGTTCATAAC
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAAC
* * * * * **
16136259 AATTTTAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGATAATTAGATTTAT
66 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTA-
* * * * **
16136324 TTTTTTTGAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCGAAA-GTTCTTAAATTAGTATT
130 -TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * * * *
16136376 ATTTTCTTTCAAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTATTTCATGACTAAACAAAAGGTCAAAA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCATAA
* * * * ** * * *
16136441 CGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAA-TTACTTCACAAACACATTTA
65 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTA
* * *
16136505 TTTTTTGAATCTCTTATTTATTAATTTTCAAAATATT-ATGAAATTAGTATT
130 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAGTATT
*** * ** * * * *
16136556 ATTTT-TATCCAAATCAA-CTTGTGTGATTAGAAACAGTTGTTTTCTGACAAAACAAAGATCATA
1 ATTTTAT-TTTGAAT-AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATA
* * * * * * *
16136619 ATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTAGTAGAAC-TGCTTCAGA-AAACA-AC
64 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TT-TGATAAACAGA-
* * * * * *
16136681 TTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTATT
126 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * * ** * *
16136736 ATTTTA-TTTCAAAAATTTTTTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAAAGGTCAAAA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAAAAAGGTCATAA
* * * * * * * *
16136800 CAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATATCTATTTGAAATTATTTAATAAATAGATTTA
65 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTA
* * ** *
16136865 TTTTTCAAAAACTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATT
130 TTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * * * *
16136917 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGATTGAACAAAATGTTAGAA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAAAAAGGTCATAA
* * * ** * *
16136982 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTT-AA-TTGGTTCAACAAACATATTT
65 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACAGATTT
* * *
16137045 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATC
129 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * *
16137097 ATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAACTGTTGTATGACAAAATAGAGATCATTAC
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAAC
* * * * *
16137162 GATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAGCAAATTTA
66 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACAGATTTA
* * * *
16137226 GTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTCATAAATCAATATT
130 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * *
16137273 ATTTTATTTTGAATAATTTTGTAAGAACAAAAACAATTGTATTATGACAAAATAAAAGGTCACAA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAA
* * * * * * *
16137338 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACATGACTATTCGAACTCGTTTGGTAAACAGATTTA
65 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTA
* * * ** *
16137403 TTTTTTAAATCTCCTACCTATCAATTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATT
130 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * **
16137454 ATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAA
* * * * * * * ** * *
16137519 CTATTTGAATTTA-AAAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTAGAGCTT-ACTCAGTAAATAGATT
65 CGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAGATT
* * * *
16137582 TATTTTTTAAAATATTTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
128 TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * * *
16137636 ATTTTGTTTCAAATAAGCCT-TATGGACAAAAACAATTAG-TTTATCATAAAACAAAAGGTCATA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATA
* * * *
16137699 ACTATTTGGAAA-AGATAATTGTTCAAATAGTCAGAACTATTTGAACATGTTTAGA-AAACAAAT
64 ACGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GATAAACAGAT
* * * * ** *
16137762 TTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAAATTATGGAATATGAATAAATT--TAATT
127 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-ATT
* ** *
16137814 ATTTAATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAA
* * *
16137879 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAATAGATTC
65 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAGATT-
* * *
16137943 ATTTTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATATTTAGAATATTAATAAATTAGTGA-T
128 -TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-ATT
* * * * * * * *
16137998 ATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAGCTGATACAATTGTTTTATGTCAAAACAATAGGTCATAA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAA
* * * * * * *
16138063 TGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATAGTTA-AGACTATTTGAACTT-ATTCAGTAAACATATT
65 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAGATT
* * **
16138126 TA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAACATT
128 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
16138178 ATTTTAATTTGAATAGGCTTGTATGAAGA-AAACAATTGTGTCATGACAAAACAAAAAGTCATAA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAA
* * * *
16138242 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT---TATTTGAACTTATTTGATAAATAGATTTA
65 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTA
*
16138304 TTTTTTTAATCT
130 TTTTTTAAATCT
16138316 TTATTTGAAA
Statistics
Matches: 1680, Mismatches: 383, Indels: 120
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 92 0.05
177 83 0.05
178 27 0.02
179 329 0.20
180 428 0.25
181 298 0.18
182 230 0.14
183 85 0.05
184 106 0.06
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAAC
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTAT
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
Found at i:16137059 original size:541 final size:536
Alignment explanation
Indices: 16136087--16138274 Score: 1988
Period size: 541 Copynumber: 4.0 Consensus size: 536
16136077 AACATTTAAA
* * * * *** * *
16136087 ATAGATAATTATTCAAAT-GTCCATAATTATTTGAACTAATTCAGTAAATTGATTTATTTTTTGA
1 ATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACT-GTTCAGAAAACAAATTTAGTTTTTAA
* ** * * * *
16136151 ATCTCTTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAACTTTT
64 AT-TCTT-CTTATTAATTTTTGAAATAATAAT-AAATAATATTATTTTA-TTT-CA-AAAATTTT
* * *
16136216 G--TGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGTTCATAACAATTTTAAATAGATAATTA
123 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * ** *
16136278 TTCAAATGGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGATAATTAGATTTATTTTTTTTGAATCTCTTGCT
188 TTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTTGTTTAATAAATAGATTTA-TTTTTTAAAATCTCTTACT
* ** * * * *
16136343 TATTAATTTTTCGAA-AGTTCTTAAATTAGTATTATTTTCTTTCAAATAAGCTTGTATAAACTGA
252 TATTAATTTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACTGA
* * * * * *
16136407 AACAATTATTTCATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATC
316 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * *
16136472 TTAACTATTTGAA-TTACTTC-ACAAACACATTTATTTTTTGAATCTCTTATTTATTAATTTTCA
381 TTAACTATTTGAACTTA-TTCAACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * *
16136535 AAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTTATCCAAATCAA-CTTGTGTGATTAGAAACAGTTGTTT
445 AAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAATTCAAAT-AAGCTTGTATGA--AGAAACAATTGTTG
16136598 TCTGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAG
506 TCTGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAG
* * * * *
16136629 ATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTAGTAGAACTGCTTCAGAAAACAACTTTAGTTTTTAAA
1 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCAGAAAACAAATTTAGTTTTTAAA
* * *
16136694 TCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAAAATTTTTTAT
65 T-TCTT-CTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAA-TAATATTATTTTATTTCAAAAATTTTGTAT
* * * * *
16136759 TAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAAAGGTCAAAACAATTTTAAATAGATAATTATTCA
127 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * *
16136824 AATAGTCATATCTATTTGAAATTATTTAATAAATAGATTTATTTTTCAAAAACTCTTACTTATTA
192 AATAGTCATATCTATTTGAACTTGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTA
* * * * *
16136889 ATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAAT
257 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAT
*** * * * * * *
16136954 TGTTTTATGATTGAACAAAATGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACT
322 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACT
* *
16137019 ATTT-AA-TTGGTTCAACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
387 ATTTGAACTT-ATTCAACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * * *
16137082 TATTAAATTAGTATCATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAACTGTTGTATGACAA
451 TAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATG--AAGAAACAATTGTTGTCTGACAA
* * * *
16137147 AATAGAGATCATTACGATTTGAG
514 AACAAAGATCATAATGATTTGAG
* * * *
16137170 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAGCAAATTTAGTTTTTAAA
1 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGAAAACAAATTTAGTTTTTAAA
* * * * * *
16137235 -TC-TCTTATTAATTTTTAAAATATTCATAAATCAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTAAG
65 TTCTTCTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAAT-AATATTATTTTA-TTTCAAAAATTTTGTATG
* * * * * ** * *
16137298 AACAAAAACAATTGTATTATGACAAAATAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
128 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * ** * * * *
16137363 ATAGACATGA-CTATTCGAACTCGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCCTACCTATCA
193 ATAGTCAT-ATCTATTTGAACTTGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTA
** * * * * *
16137426 ATTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAA-TAGAAACAA
257 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAA
** * * * * * *
16137490 TTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACTATTTGAATTTA-AAAATTGTTCAAACAGTCATAA
321 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAA
* * * * ** * * * * * *
16137554 TTATTAGAGCTTACTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATATTTTTCTTATTAATTTTTGAAAT
385 CTATTTGAACTTATTCAACAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
** * * * *
16137619 ATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCCT-TATGGACAAAAACAATTAGTT-TATCA
449 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTAT-GA-AGAAACAATT-GTTGTCTGA
* *
16137682 TAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTG-G
511 CAAAAC-AAAGATCATAA-TGATTTGAG
* * *
16137708 AAAAGATAATTGTTCAAATAGTCAGAACTATTTGAACATGTTTAGAAAACAAATTTA-TTTTTAA
1 -ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGAAAACAAATTTAGTTTTT-A
* * * * * * **
16137772 AATTTTTACTTATTAAATTATGGAAT-ATGAATAAAT-TTAATTA-TTTAATTCAGAATAAGCTT
63 AATTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATAAT-AATAAATAAT-ATTATTTTATTTCA-AA-AATTTT
* ** *
16137834 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
123 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA
* *
16137899 TTCAAATAGTCAT-TACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTCATTTTTTTTAAAATCTCTTA
188 TTCAAATAGTCATAT-CTATTTGAACTTGTTTAATAAATAGATT--TATTTTTTAAAATCTCTTA
* * *
16137963 CTTATTAATATTTAGAATATTAATAAATTAGTGA-TATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAGCT
250 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACT
* * * * *
16138027 GATACAATTGTTTTATGTCAAAACAATAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATAG
314 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* ** * *
16138092 T-TAAGACTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTT
379 TCTTA-ACTATTTGAACTTATTCAACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** ** *
16138155 TAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTAATTTGAATAGGCTTGTATGAAGAAAACAATTG-TGT
443 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAAG-AAACAATTGTTGT
* *
16138219 CATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAA
507 C-TGACAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAG
*
16138251 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
1 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
16138275 TATTTGAACT
Statistics
Matches: 1333, Mismatches: 260, Indels: 106
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
536 2 0.00
537 153 0.11
538 148 0.11
539 138 0.10
540 19 0.01
541 435 0.33
542 283 0.21
543 20 0.02
544 133 0.10
545 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (536 bp):
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCAGAAAACAAATTTAGTTTTTAAAT
TCTTCTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAATAATATTATTTTATTTCAAAAATTTTGTATGAAT
AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
GTCATATCTATTTGAACTTGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTT
TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTT
TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTT
GAACTTATTCAACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
AATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAAGAAACAATTGTTGTCTGACAAAACAAAG
ATCATAATGATTTGAG
Found at i:16138804 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 16138314--16138865 Score: 565
Period size: 181 Copynumber: 3.0 Consensus size: 179
16138304 TTTTTTTAAT
* ** * * * *
16138314 CTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATCGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAG
1 CTTTATTTCAAATAAAATTGTATAAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * ** * * * *
16138378 TGATTTTAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAATTTTTTGTACTCGTTCGGTAAATAGATTTA
65 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GTTCAGTAAATATATTTA
* * *
16138443 TTTTCTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATAGAATTA
129 TTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * *
16138495 -TGTTATTTCAAAT-AAGTTGGTATAAGCAAAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGATCATA
1 CT-TTATTTCAAATAAAATT-GTATAAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * **
16138558 AAGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAACAGTCATAATTATTTGCACTGGTCAGGCCAATATATTT
64 ATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGTTCA-GTAAATATATTT
*
16138623 ACTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
128 A-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
*
16138676 CTTTA-TTCTAAATAAAATTGTATAAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAA
1 CTTTATTTC-AAATAAAATTGTATAAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
16138740 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-CTATAACTAATTGAACTAGTTTAGTAAACATATTT
65 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAATTATTTGAACT-GTTCAGTAAATATATTT
* * * * *
16138804 ATTTTTTAAAATTTCTTACTTTTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTA
128 A-TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
*
16138858 TTTTATTT
1 CTTTATTT
16138866 TGAACAAACT
Statistics
Matches: 301, Mismatches: 58, Indels: 22
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
180 15 0.05
181 228 0.76
182 56 0.19
183 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
CTTTATTTCAAATAAAATTGTATAAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGTTCAGTAAATATATTTATT
TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
Found at i:16138886 original size:37 final size:35
Alignment explanation
Indices: 16138834--16138934 Score: 127
Period size: 33 Copynumber: 2.9 Consensus size: 35
16138824 TTTTAATTTT
*
16138834 CAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAA
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* * *
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* * * ** * * *
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* * * *
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** *
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* * * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * * *
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* *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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** * **
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* * * * * * * *
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* ** ***
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* * * *
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* * * * * * * *
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* ** * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* * ** * * *
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*
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* ** * * * *
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* * *
16143580 T-TTTCAATTCATACCAGCTTA-TTC----AAAAGAA-A--AA-TTATTAATA-TTCAAAAA-T-
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * * *
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* * ** * * ** *
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** * * * * * * *
16139189 A-TTGA--A--TC--A-A-TTATGATTATTTAAACAATTATTTGTTTCACATCGTTATGACTTTT
258 ACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * ** * * *
16139245 TATTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTGTTCACACAAGTTTATTCGGATTAAAA-AATATTTATTT
323 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
** * ** * * * * *
16139309 ATTAATATTTTGACAATTAAAAAGTAAAAGATTTTCAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTTA
388 ATTAATATTTCAAAAATT---AA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCA
* * * **
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* *
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512 ACAATTGT-TTCA-TTCATACAAGC
* * ** *
16139463 TTATT-TGAAATGAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAA
1 TTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * * *
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65 AAATAAATCTATTTATCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
* * * * *
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129 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATA-AAAGCTTA-TCCAAA
* * * * *
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191 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TA
** * * * *
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255 TTTACTAAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA
*
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* * * * * * *
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380 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAA---AAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * * * * *
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440 AC-AGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTT
* * * *
16139972 TGTCATAAAACAAAAT-TTTCTATTCATGCAAGT
503 GGTCATAAAAC-AATTGTTTC-ATTCATACAAGC
* * * * *
16140005 TTATTTAGATTAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGT-AGAAGATTTAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAA
* * * * * *
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65 AAATAAATCTA-TTTATCGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
* ** * * * *
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128 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT-AAAAGCTTATC-CAAA
* * * *
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191 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTA
* * * * * * * *
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255 TTTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * ** *
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319 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACT
* * * *
16140384 AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATTAATGTGTTTACCAAATCAGTTC
383 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAGTTC
* * * * * * *
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447 AAAT-AGTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTGGTCATAA
*
16140514 AATAATTGTTTCAGTTCATACAAGC
511 AACAATTGTTTCA-TTCATACAAGC
** * ** * *
16140539 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAA
* * *
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65 AAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
* * ** * * *
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130 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAATAAA
* * * *
16140734 ATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTA
195 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-TTTA
* * * * * * ** *
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259 CTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* ** * * * *
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324 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAA-ATAATACTAATTT
* * * *
16140928 ATTAATATTTCTAGAATTAATAAAAGATTTAAAAAATATATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATA
388 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATA
* *
16140993 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCT-ATCATAAAACA
452 G-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT-TGGTCATAAAACA
16141057 ATTGTTTCTATTCATACAAGC
515 ATTGTTTC-ATTCATACAAGC
* * * * *
16141078 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * * * * * *
16141143 AAGAAATTTGTTTGTCGAACCAGTTCAAACAGCTAAGATTATATGAACAATTATTTATTTCAAAT
66 AATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT
*** * * * * * *** *
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131 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATAAAAGCTTA-TCCAAATAA
* * * *
16141272 AATAAAACTAATTT-TTAATATTTCAAAAATT--TAA--AGGAGATTTAGAAAATAATTCTATTT
194 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTT
* ** * * * *
16141332 ACCAAACCAGTTTGAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTA-CTTT
258 ACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * * * * *
16141396 ATGTTATGTCATAAAATAATTATTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAAGAAAATAATACTAATT
323 -TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * ** * *
16141461 TATCAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTACTTATCAAACCATTT
387 TATTAATATTTCA-AAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAGTT
* * * ** * ** * *
16141525 CAAATAGTTTTACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATAACATTTT-TTTTCTCGTCA
446 CAAATAGTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTGGTCATAA
* * * **
16141589 AACAGTTGGTTCTATTCATACTATT
511 AACAATTGTTTC-ATTCATACAAGC
* * * * * *
16141614 TTATTCAGAATAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTTCAAACTTAATAA-TCAAGAAAATTAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAA
** * * * * * ** *
16141678 AAATAAATCTAACTACCGAAC-TGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAA
65 AAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
* * * * * * * *
16141742 -CTATTATAATCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTT-GATCATACAAGCTTATTCAGATTT
130 TC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCA-AATA
* * * *
16141805 AAATAATACTAATTCAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
193 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTATT
* * * * * *
16141870 TATCTAATA--AGTTCAAATGGTTAAGACT-TTTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTGAC
257 TA-CTAA-ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * *
16141932 CTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTTCAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTA
319 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * *
16141997 ATTTTTTAATA-TTCGAACAATTAATAACAAAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
384 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-----AAA-AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAA
* ** * * * * *
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441 C-AGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTG
*
16142126 GTCATAAAACAATTGTTTCAGTT-AGTTCAAGC
504 GTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCA-TACAAGC
** ** *
16142158 TTAGACAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTTTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * * *
16142223 AATAAATCTATTTA-CTAA-ATCGATTAAAATAATTATGGCCATTTGAACGATTTTCTATTTGAA
66 AATAAATCTATTTATCGAACA-AG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
* * ** *
16142286 ATCATTATGAGCTTTTG---T-T--TACAACAATTGTTCTT--TATCATATGAGCTTATTCAAAA
129 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTAGT-TCATAAAAGCTTA-TCCAAA
* * * *
16142343 TAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGATATTTTAAAAATAAATCTA
191 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TA
* * * * * *
16142408 -TTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TCAATCTCAAATCATTAAGA-T
255 TTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * ** *
16142470 TTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTTTGATCATAGAAGCTTATT-TAGTTAAAAATAATATTA
320 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTA
* * * *
16142534 ATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGCTTACCGAACCAG
384 ATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAG
* * ** * * * * ** * * ** *
16142599 TTTAAATAACTAAAACCATTAGAGTAATTATCTATTTCATATCATTTTGATATTTTGTTTAGTCA
444 TTCAAAT-AGTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTGGTCA
* * * * *
16142664 AAAAATATTTATTTCATATCTTACAAGC
508 TAAAACAATTGTTTCAT-TCATACAAGC
** * * * * *
16142692 TTATTC-GAAATAAAATAACCCAAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAG-AAAATATTTGAA
1 TTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AA
* * * * *
16142755 AAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATTTAAA
64 AAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
* ** * * * *
16142820 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGAAATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCATATCCAAAAAA
129 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAATAA
* * * * *
16142885 AATATTATTAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGCT-AGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGT
194 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTT-AAAAAATAAA-TTAT
* ** * * * *
16142948 TTACCAAAAAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCCTTATGACCT
256 TTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * *
16143013 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGCTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
321 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
** * *
16143078 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATCAGTTCAAA
386 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAGTTCAAA
* * * * * * * * *
16143143 TAATTATCACCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTTACCTTTTGTCTGGTCAGATAAC
450 T-AGTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTGGTCATAAAAC
*
16143208 AATTGTTTTATATCATACAAGC
514 AATTGTTTCAT-TCATACAAGC
* * * * * *
16143230 TTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTCTTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
16143293 AA-AAATCTGTTTGTCGAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAAGAATTGTATACTTCAAA
66 AATAAATCTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TT-TAA
* * * * * * * * * *
16143356 TCAATTATTTACAAAATAAACCTTTTCTTCTATTATAAAA-TATT-ATTTATGTTCATACATGCT
128 --AATCA-TT-----AT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATAAAAGCT
* * * * * *
16143419 TATTCGAAATAAAACAGTGCTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAA
183 TA-TCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* ** * * * * * * ** *
16143484 TTAAATT-TGTTTGTCGAACTAGTTTAATTTGTTAAGACTACATAAACAATTATCTATTTCAAAT
247 ATAAATTAT-TTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * * *
16143548 TGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATT-TTTC-AATTCATACCAGCTTATTC-----AA
310 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAA
* * * * *
16143606 AAGAA-A--AA-TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAACAATTCTATTTACCT
374 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-
* * * * * * *
16143666 AACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAGATTGTTATGATCTTTTGTT
438 AAACAGTTCAAAT-AGTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
* * * * * *
16143731 TTGTCATAAAAAAAAATGTTTTTATTCATATAAGT
502 TGGTCAT-AAAACAATTG-TTTCATTCATACAAGC
* * * * * * * *
16143766 TTGTTCAAAATAAAATAACACAAATCTATTAATATTTCAAAAGCTTATTCATATTAGAATAATAT
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA----ATT-A-A-TA-AGTAAGA-
* ** *** *
16143831 TAATTTATTAATATTTTGATAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACA
57 -GA--T-TTAA-A-----A-AA-T-A-AA-T---CTATTT-ATCGA-ACA-A-G--T-T----CA
* * * * * *
16143896 ATTTCAAATAGTCATGAGTATTTGAATAATTAATC-ATTTCAAATCATTGTGACCGTTTGTTTTG
93 A------ATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * ** *
16143960 TAAAAAAACAATTGTTTTAGTTAACATAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATG
151 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTA-TCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-
* * * * ** * * * *
16144025 ATAT-GAAAATTAATGAGTAAGAAAACTAGAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAAGAG
214 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAATAAAT-TATTTACTAAACCAGTTCAAATAG
* * * * * *
16144089 TTATGACTATCTGAATAATTACCTATTTCAAAACATTATAACCTTTTGTTTTGTCAGAAAACAAT
277 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * * *
16144154 TGGTTCT-ATTCATCCAAGCTTATTTC-GAACAAAATAATA-TAAAGTAATTAATATTCCAAAAG
342 TGTTTCTGA-TCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAA
* *** * *
16144216 TTAATGGGCAAAA-ATTTGAAAAATAAAAT-TGTTTTTGGAGCACA-TTCAAATAGTTAAGACTA
404 TTAAT----AAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTG-TTTACCA-AACAGTTCAAATAG-TATGACTA
* * * * * * ** *
16144278 TTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGA-C---TATTTGG-AATAAAATAA-T-ACTAATT
461 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCATT
*
16144336 TATTA-AA--
526 CA-TACAAGC
* * * * * * * *** *
16144343 --ATTC--CA-AAAAT--TAATAA-GTA-AAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCGAGCAAGT
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA--TAAGTA-AGAG--A-T
* * * * *** * * * **
16144399 TCAAATAGT-TATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCT-TTTG---TTTT
60 TTAAAAAATAAAT--CTATTTATCGAA-CA---AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATT
* * * * * ** *
16144459 GTC-A--TAAAA-CAAT-TG----TTT-CTAT-TCA-AAAA-AGTT-TATTT-G-AAATAAAA-T
118 ATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTAGTTCATAAAAGC
* * * * *** * * *
16144507 TGTAT-TAATTTATTAAT-ATTC-AAAAAATTAATAAGTT-ACAGATT--T-A--AA-A-A---A
182 T-TATCCAA-ATA-AAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * * * *
16144558 ATAAAT---CTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAAC-ATCATCTATTTCG
243 AAAAATAAATTATTTA-CTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * *
16144618 AACCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATACCAATTATTTAGAATAATTGGTATTCATA
307 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT---A-AA-A-CAATT-GTT----T--CT-G-A-TCATA
** * * * *
16144683 CAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTCATTACTATTTCAAAAATTAAT-AAGGATTTAAA
356 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAA
* ** * * * ** *
16144747 AAATAAATGTGTTTACTGAACTAGCTCAAATAGTTAAGCCTATAAGAACAATTATCTATTTCAAA
421 AAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
** * * *
16144812 TTGTTCCAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATA-C
484 TTGTTATAACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACA-AGC
* * ** * *
16144864 TTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAA
1 TTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * *
16144928 AAATAAATCTATTTATCAAATAATTTCTAATAGTTATGACTATTTGAACCATTATCTATTTAAAA
65 AAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
** * *
16144993 TTGTTATGACC-------TT-T--T------A-T-TTTTA-TT-GT-AAAGCTTATCTAAAATAA
130 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATC-CAAATAA
* * * * * * *
16145037 AATGATA-TTACTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTCAAAAAATAAATTATTTT
194 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-TTT
* * * * * * * * * * *
16145101 ATTGAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCTAATCGTTATGAACTTT
258 ACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * **
16145166 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTCATCATACAAGCCTATTCAGTATAAAATAATACTAATTT
323 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * ** *
16145231 ACTAATATTT-TAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAGAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTCA
388 ATTAATATTTCAAAAATTAATAA--A--AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAGTTCA
* *
16145295 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTAT-GTCATAA
448 AATAG-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT-TGGTCATAA
* * *
16145359 AACAATTATTTCTGTTCATACAAGT
511 AACAATTGTTTC-ATTCATACAAGC
* * * * * * * *
16145384 TTATT-TGAAATAAAATAATATTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAATTCAAATATT
1 TTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA--GAGAT-TT
* * * * ** * * * * *
16145448 AATGTTAATATTAATGTTTTTGCCAAACTAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTCTTT
62 AA----AAAATAAATCTATTTATCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATC
* ** * * * *
16145512 TATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTAGTTCTTAGCAA-CTTA
121 TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-AAAGCTTA
* * *
16145575 TTCAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAA
185 TCCA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * *
16145639 TAATTCTATTT-GTCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATC
248 TAAAT-TATTTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *** *
16145703 GTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAGTTTATTTGGACT-AA
311 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * * *
16145766 A-AATATTAATTTATTAATATTTTGAAAACTATGAAGTGAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTGA
375 ATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAA--ATTAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * ** * * * * *
16145830 CTAAACTAGTTCAATTAGTTAT-AGCTATTTGAACCATTATTTACTTCAAATTGTGATGACCATT
436 CCAAAC-AGTTCAAATAG-TATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT
* * * * *
16145894 TGTTTTGTCACAAAAGAATTGTTTCTATTAATACAATC
498 TGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGC
* * * * **
16145932 TTATTCAGAATAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAAATATTAATCTCAAATAGTT-ATGA-TCTT
1 TTATTCAGAATAAA-A-TAAT-ACTAATTT--ATTAATATT--T-T-AAA-AATTAATAAGT-AA
* ** * * * * * *** *
16145994 TATTTTCTCACAAAACAATTGT-TTCTAATC-ATACAAGCTTTTTCATATAAAAAT-AATA-TT-
55 GAGATT-T-AAAAAATAAATCTATT-T-ATCGA-ACAAG----TTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * ** * * ***
16146054 -A-ATTTAATAGTATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAATAAATTTTTTCGAATCAGTTCAAA
111 AACAATT-AT-CTATT--TAAAATCATTATGACCTTT----T--GTTTTGTC--AT-AAAAC-AA
* * * * * ** ** * ** * * * *
16146117 TAG-TTAAGAAT-ATTAGAATA-ATTATCTACTTCCAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAT
162 TTGTTTTAG-TTCA-TA-AA-AGCTTATCCAAATAAAATAATACT-A--ATTT-ATTAAT-ATTT
* ** * * * * * ****
16146179 -AATAATTGCTTTAGTTTATACAAGCTTAACTGAAATAAAATAATACTAATTTATTATTAATTTT
218 CAAAAATT-AATAAG--TA-A-GAGATT---T--AA-AAAATAA-ATTA-TTTACTA--AACCAG
* * * * *
16146243 TTGAATATTAATTTTTGAAAAATAGTATTAATATTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTCA
268 TTCAA-A-T-AGTTATG---ACTA-T-TTGA-A--C-AAT--T-AT--C----T-A---T-TTC-
** * * * * * *
16146308 ATAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAA
306 A-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAA
* * * * * *
16146373 ATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTCT
370 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* *
16146438 ACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT
435 ACCAAA-CAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT
** * * *
16146503 TGTTCCGTCAGAAAACAATTATCTCTATTCATACAAGC
498 TGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGC
* * * * * * *
16146541 CTCTTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAACAACTAAAAGATTTTAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAA
* * * * * * * * * *
16146606 CAATAAATTTATTT-GCTGAACTAGTAT-AAACAATTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCA
65 AAATAAATCTATTTATC-GAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
** * * * **
16146669 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTT-ATACAGGCTTATTTGAAA
128 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG-TTCATAAAAGCTTA-TCCAAA
* * * *
16146733 TAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAGAAAATAATTCTA
191 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TA
** * * * * * *
16146794 TTTACCGAATCAGTTCACAT-GATTATAACCATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATTA-
255 TTTACTAAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * ** * **
16146857 TTAATTTATTAATAT-TTAGAA-AATT-AATC--A--ATA-AGAG---ATTTAAAAT-GTA-AAT
319 CT--TTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAAT
** * * ** ** * * * * *
16146909 -CT-ATTTACCAAACCATTTCAAATAGTT--TTGACTATTTGAATAAT-TATCT-ATT-CCAAAT
380 ACTAATTTA-TTAA-TATTTCAAA-AATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* ** *** * * * * * * *
16146967 TGTT-ATAA-CCT-TTTTTATTT-TATCATCAAAC-AATT-AGATCTATTGAT-A-CTATTT-TA
442 AGTTCA-AATAGTATGACTATTTGAATAAT-TATCTATTTCAAAT-TGTT-ATAACCT-TTTGT-
* * * * * ** *
16147023 TT-CTAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT-ATTTTGAAAC
501 TTGGT-CATAAAACAAT--T-GTTTCAT--TCA--TACAAGC
* * * * * ** *** *
16147063 TTAATAACCAAGAAAATTAA-A-AAATAAATCTAATA-GCCAAACAAGTTCAA-ATAGTTA-AGA
1 TTATTCA-GAATAAAA-TAATACTAATTTAT-TAATATTTTAAA-AA-TT-AATA-AGTAAGAGA
* ** * * * * * * *
16147123 -CTATATGAAT-GAT-TATTTATTTCAAACCA-TT---ATGACCTTTTG-TTTTGTTGTAA-AAT
59 TTTA-AAAAATAAATCTATTTA--TCGAACAAGTTCAAAT-A-GTTATGACTAT-TTG-AACAAT
* * * * * ** * ** *** * * ** *
16147179 AAT-TGTTT--TATTAGTACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATATAATAATAGTTCAAA
117 TATCTATTTAAAATCATTATGACCTT-TT-GTTTTGTCATAAAAC-AAT-T-GTTTTAGTTCATA
** * * * * *
16147241 AATAAATAAGT-AAGAGATTTAAAA-AATA--AATTTGTT--TA--TCAAATTAGTTCAA-ATGG
177 AA-AGCTTA-TCCA-A-A--TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA--AATT-AATA-AG
* * * * * * ** ** *
16147297 TTAAGA-CTATTAGAACAAT-TATCTATTT-C-AAATCAATCTGACCT--TT-TGTTTAGTCATA
232 -TAAGAGAT-TTA-AAAAATAAAT-TATTTACTAAACCAGT-TCAAATAGTTATGACTA-T--TT
* * * * * * ** * *
16147355 AAACAATTGTTTTAGTTCATA-CA--AT---C-----TTAT-TCA-AAATA-AATTAATACTAAT
289 GAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCTGAT
* * * * *
16147406 -TTATTAA-C--ATTC-AAA-AAATTAATA--AGA---A-TGAGATTTC-AAAA--AAT-----A
352 CATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGA
* * * * * * *
16147451 --T-----AT---T-TGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATTACAATTTGAACAATTGTCAAT
415 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * ** * * *
16147505 TT-AGAAGCT-TTAAAACCTTTTAACTT-GTTATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAAC
478 TTCA-AA-TTGTTATAACCTTTT-GTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGC
* * * *
16147563 TTATTTC-GAATAAAATAATACAAATTTACTAATA--TTAAGACAATTACTAAGTAAAAGATTTA
1 TTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * *
16147625 AAAAACAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATCA-TTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTT
63 AAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTT
* * ** * * * *
16147688 CAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAA-CTTATTCG
126 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATA-AAAGCTTA-TCC
* * ** * *
16147751 GATTAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
188 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * *
16147816 ATGTTTGCCGAACAAGTTTAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-
253 -TATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * ** ** *
16147880 AACTTTTTTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATGAGCTTATTTGAAGTAAAATAATAC
317 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * ** * ***
16147945 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAAAAAATTCAAAAAGGAATCTGTCTAGTGAACA
382 TAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A--A-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-
* * * * * * **
16148010 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGAA-CTTTTATTTTA
442 AGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTTGG
* * * *
16148074 TCTTAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAACC
505 TCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGC
** * * *
16148105 TTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATCTATTAATA-TTTCAAAATTAATGAGTTAA-A-ATTTAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAA
* * * * * * *
16148166 AAAATAAATCTGTTT-TCTCACCTTA-TTCAAAAATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
64 AAAATAAATCTATTTATC-GAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
* * * * * * **
16148229 AAATCGTTATGACC-TTTGTTTTATCATAAACCAGTTG-TTTCGTTCATACAAGCTTATTCGTAA
127 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTA-TCCAAA
* * * *
16148292 TAAAATAATACTAATTTATTAAGATTCCAAAAGTTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTG
191 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTA
* * * * * * * * * *
16148356 TTTA-TCGAGCAAATTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCACTATAAA
255 TTTACT-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
16148420 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAA-CTTTATTCAAAATAAAATAATAC
319 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGC-TTATTCAAAATAAAATAATAC
* ** * * * *
16148483 TAATTTATTAATA--TAATAAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATTTATTTACCAAAC
382 TAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-A---AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* * * * * *
16148546 AAGTTCAAATAGTCATGTCTGTTTGAACT-ATTATATATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTT
442 -AGTTCAAATAGT-ATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTG
* * **
16148610 GTCGTAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAA
504 GTCATAAAACAATTG-TTTCATTCATACAAGC
* * *
16148642 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * * * * *
16148703 ACTAAATCTGTTGA-CCAGACTAGTTCAAATTGTTGTGATTATTTGAATAATTATCTATCTCAAA
66 AATAAATCTATTTATCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
* * * * * **
16148767 TTATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATA
130 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCA-AATA
* ** * * * * * *
16148830 AAATATTACTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAATAGATTTAGAAAGTAAATCTGTT
193 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATT
* ** * * * * * * *
16148894 TGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTTTGACCTT
257 TACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * ** * * *
16148959 TTGTTTAGTCAT-AAATAATTGTTTC-AATTCATACCTGCTTATTCAAAATAAAAAAAATATTAT
322 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAA
* * * * ***
16149022 TTTATTAACA-ATCAAAAAATTAATAAGTGAGAAATTTAAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAA
385 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA---A-AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-A
* * * * ** * ** *
16149086 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATG
443 GTTCAAATAG-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTGGTC
* * * *
16149151 ATAAAATAGTTGTTTCAATTCATAAAAAC
507 ATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGC
* * * * * * **
16149180 TTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * *
16149245 AATAAATCAATTTAAC-ATATCAA-TTCAAATAATTGT-AGCCATTTGAACAATTATCTATTTCA
66 AATAAATCTATTTATCGA-A-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTAA
** * *** * * **
16149307 AATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATATAAGCCTATTCGGAAT
128 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTA-TCCAAAT
* * *
16149372 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTATAAAATAAATATGT
192 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAT
* * * * * *
16149437 TTAATGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATAACCT
256 TTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * **
16149502 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATATTGAAATAAAATAATACTAA
321 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
16149567 TCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAATCAG
385 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACAG
** * * * * * *
16149631 TTCAAATAGTAAAAGCTATATGAATAATCATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCA
444 TTCAAATAGTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTGGTCA
* ** *
16149696 TAAAACAAATGTTTTTGTTCAT-CTAAGT
508 TAAAACAATTG-TTTCATTCATAC-AAGC
* ** *
16149724 TTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATT-AT---TAAGAGATTTAAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * * * * * *
16149785 TATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAATTAATTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT
66 AATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT
* * * * * * * ** ***
16149850 CGTTATGACCATTTGATTTGTCATAAAATAGTTGTTTCTA-TTGATACAATTTTATTTGGAATAA
131 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTA-TCCAAATAA
* * * * *
16149914 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAATAAATGAATCTGTTG
194 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATT-
** * * * * * * * *
16149979 GGCT-GACCAATGCAAATGGTTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTCTAATCATTATAACCTT
257 TACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * ** **
16150043 TTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCT-ATTCGTACAAGCTTATTCGAAATAGCATAATTTTAAT
322 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* *
16150107 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTA-TAGAACAAGT
386 TTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA-AAC-AGT
* * * * * ** *
16150171 TCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTATAAT
445 TCAAATAG-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTGGTCAT
*
16150236 AAAATAATT-TTTCCATTCATACAAGC
509 AAAACAATTGTTT-CATTCATACAAGC
* * * * *
16150262 TTATTTCA-ATTAAAATAA-ACAAATTTATTAATA-TTTAGACAATTAATAAATAAAAGATTTAA
1 TTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * * * * * * * *
16150324 AAAATAATTATGTTTACCAAATAAATTTAAATAGTTGTAACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAA
64 AAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
* * * *
16150389 ATC-GT-TGA-CTTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATT
129 ATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAA-T
* * ** * * * *
16150451 AAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGATAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGT
192 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAT
* * * * * * * **
16150516 TTATTACACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
256 TTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
** * * * * * * *
16150581 TTTGTTTCATCATAAAACAATTATATCAGTTCATATAGGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAAT
321 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
16150646 TTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAATA-AGT
386 TTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAA-ACAGT
* * * * * * * *
16150710 TCAAATAGTTATGTCTATATAAACAATTTTTTATTTCAAATTGTTATGA--TGTTTGTTTTGTCA
445 TCAAATAG-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCT-TTTGTTTGGTCA
* ** *
16150773 TAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGC
508 TAAAACAATTG-TTTCATTCATACAAGC
* * **
16150801 TTTTTTCA-AATAAAACAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTA
1 -TTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTA
* *
16150862 AAAAATAAATATGTTT-TCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
63 AAAAATAAATCTATTTATC-GAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * *
16150925 CAAATAATTATGACTTTTTGCTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCGTATTCAA
126 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAA
* * * *
16150989 A-ATAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
190 ATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* * * * * * * * *
16151053 TGTTTACTGAGCAAGTTCAAATGGTTATGCCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAATTATGA
253 TATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
** * * * * * * * *
16151118 TTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGATTCT-ATTTATGCAAGCTTATTCAGAACAACATAATAC
318 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * *
16151182 TAATTTATTAATGCTTT-GAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAT
382 TAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATA---A-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AA-
* * * * * * * *
16151246 A-AGTTCAAATAGCAATGTCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTAACAACCTTTTATTTT
440 ACAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTG
* *
16151310 GTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATGCAA--
504 GTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGC
* *
16151340 --ACTCA-AAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAA
1 TTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * * * *
16151398 AACTAAATCTATTTA-CCAAAACAGTTTAAATAGTTAAT-AGTAATTGAATAATTATCTATCTCA
65 AAATAAATCTATTTATCGAACA-AGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
* * * ***
16151461 AATCATTATGA--TATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-TTTCATACAAGCTTATTTGGA
128 AATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTA-TCCAA
* * * ** *
16151523 TTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGATCTTTGAAAAATAAATGT
190 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T
* ** * * * *
16151584 GTTTGTTGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
254 ATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * *
16151648 CCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAG
318 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * *
16151712 TAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATCTATTTATCAA
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* * *
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* * *
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* * * *
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*
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* * * * ** *
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** * * *
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* * * *
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* * * * ** *
16142899 CTTAATATTTTAAAAATTAATAAGCT-AGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAAAAATT
385 ATTAATATTTT-AAAATTAATAAG-TAAAAGATTT-AAAAAATAAATTAGTTTACTAAATCAGTT
* * * * *
16142962 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
447 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATA
* * *
16143027 AAATAATTG-CTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
512 AAACAATTGTTTTTA--TCATACAAGCTTATTCAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
** * * * * * * *
16143091 AAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAA-TCAGTTCAAATAATTATCACCA
574 AAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTA
* ** * * * * * * *
16143155 TTTCAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTTACCTTTTGTCTGGTCAGATAACAATTGTTTTATA
638 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GA
16143220 TCATACAAGC
702 TCATACAAGC
* * ** *
16143230 TTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTCTTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AA
1 TTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * ** * * * * *
16143293 AA-AAATCTGTTTGTCGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAAGAATTGTATACTTCAAAT
66 AATAAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGCTAAGACTA-TTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * *
16143357 CAATTATTTACAAAATAAACCTTTTCTTCTA-TTATAAAA-TATTATTT-ATGTTCATACATGCT
130 C-----GTT-----AT-GACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTATTTCA--TTCATACAAGCT
* * * *
16143419 TATTCGAAATAAAACAGTGCTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAA
181 TATTCGAAATAAAATAATACTAAT-TTTTAATATTTCAAAAATT-ATAA--AAGAGATTTGAAAA
* * * * * * * * ** * * *
16143483 ATTAAATTTGTTTGTCGAACTAGTTTAATTTGTTA-AGACTACATAAACAATTATCTATTTCAAA
242 AATAAATCTATTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAA
** * * * * * ** *
16143547 TTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATT-TTTCAATTCATACCAGCTTATTC-----AA
306 TCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAA
* ** * *
16143606 AAGAA-A--AA-TTATTAATATTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAACAATTCTA-TTT
371 AATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTT
* * * * * ** *
16143662 ACCT-AACCAGTTCTAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAGATTGTTATGATCTT
435 A-CTAAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * * * * *
16143726 TTGTTTTGTCATAAAAAAAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAACACAAAT
499 TTGTTTTGCCAT-AAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTCAAAA-AAAATAATACTAAT
*
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TTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
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GTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
AATACTAATTTTTAATATTTCAAAAATTATAAAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCAAA
CAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTT
GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
ATTTTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTAAATCAGTTCAAATAATT
ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTG
TTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGATCATACAAGC
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16142770 ATCAAACAAG
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* *
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*
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TTTAAATAGTTATGATTA
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AATAATTATACTATTTA
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16144164 CATCCAAGCT
* * ** *
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** *
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*
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128 ATCGTTATGAC
* * * * *
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* * *
16144375 AATAAATCTTTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAAT
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130 CGTTATGA
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TATTTCGAACAAAATAATATAAAGTAATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAA
ATAAATCTTTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATC
GTTATGAC
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16144301 TTGTTATGAC
* *
16144311 TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
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* * * * * * *
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** * * * *
16144492 TATTTGAAATAAAATTGTATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTTACAGATTTAAAAA
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* * * * *
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*
16144621 CGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATACCAATTATTTAGAATAATTGGTATTCATACAA
130 CGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT---A-AA-A-C-A--A-TT-G--T--TT-CTATTCA-A-AA
16144686 AA--T
177 AAGTT
** * * * *
16144689 TATTCAAAATAAAATAATACCAATTCATTACTATTTC-AAAAATTAATAAG-----GATTTAAAA
1 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA-AAATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* ** * * * * * * * *
16144748 AATAAATGTGTTTACTGAACTAGCTCAAATAGTTAAGCCTA-TAAGAACAATTATCTATTTCAAA
65 AATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTA-AATAATCATCTATTTCAAA
** *** * * * * * * *
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* *
16144865 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTTAAAA
1 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAA
* * * * * *
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16144973 GAACCATTAT
Statistics
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TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
ATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATCATCTATTTCAAACC
GTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAAAAAGTT
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16145022 GCTTATCTAA
* * * * *
16145032 AATAAAATGATATT-ACTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTA-GAGATTCAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG-TAGGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
16145095 -TATTTTATTGAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCTAATCGTTAT
64 CT-GTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* *
16145159 GAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTCATCATACAAGCCTATTCAG
128 -AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACAAGCTTATTCAG
* * * * * *
16145212 TATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAGAATAAATCT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCT
*
16145277 GTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAAC
66 GTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAC
* * * * *
16145342 CTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATT-TG
131 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATACAAGCTTATTCAG
* * * ** *
16145391 AAATAAAATAATATTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAATTCAAATATTAATGTTAA
1 -AATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGT-A-GGAGAT-TTAA----AA
* * * * * * * * *
16145456 TATTAA--TGTTT-TTGCCAAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTCTTTTATTTT
57 AATAAATCTGTTTATTG---AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTC
* *
16145518 AAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTT-TAGTTCTTAGCAA-CTTATTCAG
118 AAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TCATA-CAAGCTTATTCAG
* * * * *
16145580 AATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTC
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * *
16145645 TATTTGTCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTA
65 TGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA
* * * * **
16145710 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAGTTTATTTGG
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCT-ATCATACAAGCTTATTCAG
* * *
16145761 ACT-AAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGAAAACT-ATGAAGT-GAGAGATTTAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAAT-AAGTAG-GAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * *
16145822 TTTGTTGACTAAACTAGTTCAATTAGTTAT-AGCTATTTGAACCATTATTTACTTCAAATTGTGA
63 TCTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* * * * * *
16145886 TGACCATTTGTTTTGTCACAAAAGAATTGTTTCTATTAATACAATCTTATTCAG
127 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TCATACAAGCTTATTCAG
16145940 AATAAA
1 AATAAA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCT
GTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATCATACAAGCTTATTCAG
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Indices: 16145660--16145701 Score: 61
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16145650 GTCGAACCAG
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16145679 TT-AAATAATTAT-CTAT
1 TTCAAATAATTATACTAT
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1 TTCAAAT
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Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (18 bp):
TTCAAATAATTATACTAT
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Indices: 16146310--16146848 Score: 505
Period size: 182 Copynumber: 3.0 Consensus size: 176
16146300 CTTGTTCAAT
* ** ** * * * **
16146310 AATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAAAT
1 AATTGTTATAACCTTTTGTTCCGTCAGAAAACAATTATTCTACTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * *
16146375 AAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTCTAC
66 AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTAC
* *
16146440 CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCA
130 CGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* *
16146487 AATTGTTATAACCTTTTGTTCCGTCAGAAAACAATTATCTCTA-TTCATACAAGCCTCTTC-AGA
1 AATTGTTATAACCTTTTGTTCCGTCAGAAAACAATTAT-TCTACTTCATACAAGCTTATTCGA-A
* * *
16146550 ATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAACAACTAAAAGATTTTAAACAATAAAT
64 ATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT---AA-TAAGAGA-TTTAAA-AATAAAT
* * * * * * * * *
16146614 TTATTTGCTGAACTAGTAT-AAACAATTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCA
122 CTATTTACCGAACCAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* ** * * * *
16146669 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTT-ATACAGGCTTATTTGAAA
1 AATTGTTATAACCTTTTGTTCCGTCAGAAAACAATTATTCTA-CTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * *
16146733 TAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTTATAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTA
65 TAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTA-AAAATAAATCTATTTA
* * * * *
16146798 CCGAATCAGTTCACAT-GATTATAACCATTTGAACAATTATCAATTTCA
129 CCGAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
16146846 AAT
1 AAT
16146849 CATTATTATT
Statistics
Matches: 286, Mismatches: 59, Indels: 34
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (176 bp):
AATTGTTATAACCTTTTGTTCCGTCAGAAAACAATTATTCTACTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACC
GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
Found at i:16146948 original size:118 final size:114
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Indices: 16146744--16146966 Score: 261
Period size: 118 Copynumber: 1.9 Consensus size: 114
16146734 AAAATAAAAC
* * *
16146744 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTTATAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACCGAATCAGTT
1 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTTATAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTT
* *
16146809 CACATGATTATAACCATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATTAT
66 CAAATGATTATAACCATTTGAACAATTATCAATTCCAAATCATTATTAT
* *
16146858 TAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAATAAGAGATTTA-AAATGTAAATCTATTTACCAAAC
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* * * * * *
16146922 CATTTCAAAT-AGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTCCAAAT
61 CAGTTCAAATGA-TTATAACCATTTGAACAATTATCAATTCCAAAT
16146967 TGTTATAACC
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 13, Indels: 8
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
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*** * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* ** ** *
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* *** * * * *
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** * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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** * * *
16151840 TCATCATAAAACAATTGTTT-AGTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATAC
126 TTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATAC
* ** * * * *
16151894 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGATTT-AAAACTAAAGT-TGTTTTCTGCAC
1 TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCGAAC
* * * * * *
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* * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * * *
16152381 TCATAAAACAATTGTTTAAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATAC
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* ** * * * ** * *
16152433 TACA-TTATTATTATTTTGAAAGTTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACTGAAT
1 TA-ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * * * * * * * * *
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64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
*** * *
16152561 TCATAAAACAATTGTTTTTCAAAAAATA-AATCTGT-TTACCGAATGGTTCAAATAGTTATGAC
129 TCATAAAACAATTG--TTTC-ATTCATACAAGCT-TATT--CGAA----T-AAA-A-TAAT-AC
* ** * * ** ** * *
16152623 T-ATTTGAACAATTATCTATT-TTAAATT-ATTA-TAACATTTTGTTCTATAATAAAACAGTTGT
1 TAATTT-----ATTA-ATATTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GAT-TTAAAAAATAAATC---TG-
* ** * * *
16152684 TTCTATTC-ATACAAGCTTATTCGAAATA-AAAT-AATA-CT--A-ATTTAGTC-ATATTCTAAA
54 TT-TA-CCGA-ACAAG----TTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTAT-TTC-AAA
* * *** **** * * * *
16152741 -AATTAAT-AACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTTGAACCAATTCAAAC-AG-TTA--
108 TCATT-ATGACCT-TTTG-TTT-TGTCATAAAAC-AATTGTT---TC-ATTCATACAAGCTTATT
* * * *
16152800 AGACT-ATATGA-AC
164 CGAATAAAATAATAC
* * ** * * ** *** ** * * *
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** * * ** * * * * *
16152874 TAGAAGCTTA-TTCAAAATAGAGTAAAACTA-AT--A-TATTA-ATATTTTAAA-AATT-T-A--
58 CCGAA-C-AAGTTC-AAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
*** * * * * * * *
16152928 TAAAAG-ATT-T-AGAAAATAA-T-TTT-ATT--TACCAAAC-CAGTTCAAATAATTATAACTAT
119 T-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATA-CAAGCTTA-TTCGAATAA-AATAA-TA-
*
16152984 T
178 C
* * ** *** ** * * * **
16152985 TGAACATTTATCT-AT-TTCAAATCATTATTACTTTTTATTTTGTAATAAAA-CAATTTTTTTGT
1 T--A-ATTTAT-TAATATTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATT-TAA-AAAATAAATCTGTTTAC
** * * * * * * *
16153047 TAATATAAGTTTGTTCAAAATTAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTATCAAACCATTTCAAAT
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** * * * * * ** *
16153111 TGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAA
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * ** * * * **
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** * * * * *
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** * * ** *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* **
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* *** * *** * *
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* * * * *** * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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Statistics
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* * ** ** * *** *
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* * ** * *
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* * * * * * * *
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* ** ** *
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* * * * *** * * * *
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* * * * * *
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* * ** **
16150073 CGTA-CAAGCTTA-TTCGAAATAGCATAATTT
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* ** * *
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** * * * * * * *
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* * *
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*
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* *
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** * *
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* * * * *
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442 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCA
16152223 TA-CAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATAC
507 TATC-AGCTTATTTAG-AATAAAATAATAC
* * * * * * *
16152251 TAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAGATAAATGTGTTTATTGAAC
1 TAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCGAAC
* * * * * ** *
16152316 AAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTAAATAATTATCAATTTAAAATCATAATGACCTTTTGTTTTG
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
16152381 TCATAAAACAATTGTTTAAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACA-TTATTATT
130 TCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAAT
* * * ** * *
16152445 ATTTTGAAAGTTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACTGAA-TAAGTTTAAATAA
194 ATTTTCAAAATTAATAA-T-AGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAG
* * * * * * *
16152509 TTATGGCTGTTTGAACAACTATTTATTTCAAATTATTATTACCTTT-TATCTGTCATAAAACAAT
255 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTGT-TTTGTCATAAAACAAT
* *** * * * * *
16152573 TGTTTTTCAAAAAATA-AATCTGT-TTACCGAATGGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAAT
319 TG--TTTCTATTCATACAAGCT-TATT--C--A--GAT-AAA-AATAAT-ACTAATTT-AATAAT
* * * ** ** * * *
16152635 -TATCTATTTTAAATTATTATAACATTTTGTTCTATAATAAAACAGTTGTTTCTATTCATACAAG
371 AT-TCCA---AAAATTA--AGAA-A-AAT-TTAAAAAAT-AAATA--TG-TT-TATTGA-ACAAG
* * * * ** * * * * ***
16152699 CTT--ATTCG-AAATAAAATAATACTAATTTAGTC-ATATTCTAAA-AATTAATAA-CTAAGAGA
421 -TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAA-TTA-TCTAT-TTC-AAATCATT-ATAACCT-TTTG-
*** * * * * * * *
16152758 TTTAAAAAATAAATCTATT-TGTTGAACCAATTCA-AACAG-TTA---AGACT-ATATGA-AC
478 TTT-AGTCATAAAACAATTAT-TT----CAGTTCATATCAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
* * **** * ** ** * *
16152813 -AA-TTATTCAT-CTCAAGTTGTT-ATGACATTTTG-TTTTGTCATAAAA-CAAT-TATTTCAGC
1 TAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT-A-AGTAAGAGATT-T-AAAAAATAAATCTATTT-A--
* * ** * * * *** **
16152871 TC-ATAGAAGCTTATTCAAAATAGAGTAAAACTAATATATTAATATTTTAAAAATTT-ATAAAAG
59 TCGA-ACAAG----TTC-AAATAG-TTATGACT-AT-T-TGAACA-ATTATCTATTTCA-AATTG
** * ** * ** * * * *
16152934 ATT-TAGAAAATAATTT-TATT-T-ACCAAACCA--G-TTCAAATAATTATAACTAT-TTGAACA
112 -TTAT-G-ACCT--TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAACT-TATTCAA-A
* * ** * * * * *** * * * *
16152991 TTTATCTATTTCAAATCATTATTACT-TTTT-ATTTTGTAATAAAACA-ATTTTTTTGTTAATAT
170 ATAAAATAATACTAAT--TTATTAATATTTTCAAAAT-TAATAATAGAGA-----TT-TAAAAAT
* * * * * * * * * * * * ** *
16153053 AAGTTTGTTCAAAATTAAATAATACTAAT--TTATTAATATTT-ATCAA--A-CCATTTCAAATT
226 AAATCTGTT--TACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
* * * * * * * * * *
16153112 GTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAA
289 ATTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGATAAAAA
* * * * * * * *
16153177 TAATACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAGAAAATTTAAAACATAAATACGCTTAC
353 TAATACTAATTTAATAATATTCCAA-AA--ATTAAG-A-AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * * ** * *
16153242 CGAACTAGATCAAATAGTCAGGACAATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTA
413 TGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* * ** * * * * **
16153307 TTTTGTCATGAAA-AATTCATTTTGGTTCATATAAGCCTATTCAAAATAAAATAACGC
478 TTTAGTCATAAAACAATT-ATTTCAGTTCATATCAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
** * * * * *
16153364 TAAGCTATCAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAACGAACA
1 TAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACA
* * * * *
16153429 AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGC
66 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * * * *** * *
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131 CATAAAACA-ATTGTTTCAT-TTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * * * * * **
16153558 ATTAACACAATTAATGAGCA-AAAGATCTAACAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTGCAAATCT
194 ATTTTCAAAATTAAT-A--ATAGAGATTTAA-AAATAAATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAG
* * ** *
16153622 TTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
255 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** * * *
16153687 TGTTTCTACTCATACAAGATTATTTGGATTAAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGACAAAA
319 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGA-TAAAAATAATACTAATTTAATAATA--TT-CCAAAA
* * * * * ** * *
16153751 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATGGTCATTAGTATTTG
380 ATTAAG-AAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAG
* * * * * * *
16153816 AATAGTTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCCTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTGAGTTCA
443 AATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCA
*
16153880 TATAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATAC
507 TATCAGCTTATTTAG-AATAAAATAATAC
* * * * * * *
16153908 TAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATGAGGAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCGAACA
1 TAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACA
* * * *** *
16153973 TGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGATCTTTTGTTTTGT
66 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** * ***
16154038 CCTAAAACAATTGGTT-ACGTTCATGCAATCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAATTTTATTAAT
131 CATAAAACAATTGTTTCA-TTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAAT
* * * * * *
16154101 A-TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAGAAAATAAATATGTTTTCTGAAC-ACATTCAAATAG
194 ATTTTC-AAAATTAATAA-TAGAGATTTA-AAAATAAATCTGTTTACTGAACTA-GTTCAAATAG
* * ** * *
16154164 TTATGACTATTTGAACAATTTGTTTATTTGAAATTGTTATGACCTTT-TCTTTTTCAT-AAACTA
255 TTATGACTATTTGAACAA-TTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTGT-TTTGTCATAAAAC-A
* * * * * * *
16154227 ACTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAA
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* * * * ** * * *
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381 -T--TAAG-AAAAA-TTTAAAAAATAAA-TATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTAAG-ACTA
* * * * * *
16154353 TTCA-AATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
439 TT-AGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-A
**
16154417 -TTCATA-CAATTTTATTT-GAAATAAAATAATAC
502 GTTCATATC-AGCTTATTTAG-AATAAAATAATAC
* * * ** ** * *
16154449 TAATTTACTAATGTTC-TAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTA-CTAAGT
1 TAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-C
* * * * ** ** *
16154512 AAATTCAAATAGTAATGTCTATTTTAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
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* ** * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
16154830 AGAAAAACTTTGAAAAATAAATATGTTTATTGAACCAGTTCAAATATTTAAGAATATTAGAACAA
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* * *
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*
16154960 CTTATTTAGAATAAAATAATAG
513 CTTATTTAGAATAAAATAATAC
* * * * *
16154982 TAATTTATTAATATTCGAAAAATTATTGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAA
1 TAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AA-AAAATAAATCTATTTATCGAA
*
16155047 CAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGGACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTT-TT
64 CAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATGACCTTTTGTT
* * * * *
16155109 TTGCCATAAAACAATTGTTTTCATTTCATAAAAACTTATTCAAAACAAAATAATGCTACTTTACT
127 TTGTCATAAAACAATTG-TTTCATTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* ** *
16155174 AATATTTCCAAAATTAATAAACTAGAGATTTAAAGCTAAAGT-TGTTTTCTGAACTAGTTCAAAT
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* ** * *
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253 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAA
*
16155303 TTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTCAGATAAAAAT-ATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATT
318 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATT
* * * * * * * * *
16155367 AGTGAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGATTGTTAGAATA
383 A-AGAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATA
* *
16155432 ATTATCTATTTCAAATCATTCTAA-CTTTTTTTTA
447 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTA
16155466 ATATTTAAAA
Statistics
Matches: 6231, Mismatches: 1392, Indels: 889
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Matches are distributed among these distances:
529 8 0.00
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ATTCATACAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAGAAAAA
TTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTAT
TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATATCAGCTTATTTA
GAATAAAATAATAC
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16155702 TTTCGATTAG
* * * * * * *
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* *
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* * ***** * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * *** *
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64 -AT-TGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAAA
* * * * **
16156195 AATTAATAAGGAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATCGTGATGAC
126 AATTAATAAGGAAAAGATTT-AAAAAATAAA-CTATTTACCAAATC-AGTTCAAATAATGATGAC
* *
16156259 TATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTCGTTTTG-ATATAAAACAATTATTT
188 TATTTCAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTA-ATAAAACAATTATTT
*
16156323 TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAACAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAG
251 TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
*
16156388 CAAGAG-TTTAAAAAAATAAAT-TAGTTTACC-AAACAAATTCAAATAGT
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* * * * * *
16156435 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATGATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATTAAACAAT
1 TAAGACTATTAGAACAATTATATATTTAAAATGATTATAACCTTTTTGTTTAGTCATGAAACAAT
* * *
16156500 TGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCATAAATTA
66 TGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAAAAATTA
* ** * * *
16156565 ATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAACTATTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAA
131 ATAAGGAAAAGATTTAAAAAATAAACTATTTACCAAATCAGTTCAAATAATGATGACTATTTCAA
* ** * * * *
16156630 TAATTATCTATTTCAAATTGTTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAT
196 TAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTAGTTCATAA
** * * *
16156695 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATT
261 AAGCTTATCCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT
** * * *** *
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* * * * ** * *
16156860 TTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATA-TAATTTATCAATATTTTAGAAGT
65 TTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAAAAAT
* * * * * * *
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129 TAATAAGGAAA-AGATTTAAAAAAT-AAACTAT-TTACCAAATCA-GTTCAAATAATGATGACTA
* * * * * * *
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** * *** ** ** *
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251 TAGTTCATAAAAGCTTA-TCCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * ***
16157111 GTAAA-A-ATTT--AAAAATAAATATTTTTTCTGAATA-TTTTCAAATAGT
315 G-AAAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTACCGAA-ACAAATCAAATAGT
* * * * *
16157157 TATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCG-TTATGACC-TTTTGTTTTGTCAT-AAACC
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* * * *
16157218 AATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTC-AAAA
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* * * * * * *
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127 ATTAATAAGGAAAAGATTTAAAAAATAAA-CTATTTACCAAATCAGTTCAAATAATGATGACTAT
* * * * * ** * * *
16157347 TTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T
191 TTCAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTT-TAGT
* * * * * **
16157411 TCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA--T-TT--TA--T-AAAAATTAATAAGTTAG
255 TCATAAAAGCTTATCCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAG
* * * *
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320 AGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTACCGAAACAA-ATCAAATAGT
* * * * * * * * * * * *
16157511 CATGTCCATTTA-AACTATTATCTATATCAAATCG-TTATGA--TATTTTATTT-GTCGTAAAAC
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16157571 AGTTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATACAATAACACTAATTTATTAGTATTTC-AAAA
63 AATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAAAA
* * * ** * * ** * * *
16157635 ATTAAT----AAAAGATTTAAAAACTAAATCTGTATATTGAACTC-GTTCAAACAATTCTTATTT
127 ATTAATAAGGAAAAGATTTAAAAAATAAA-CTATTTA-CCAAATCAGTTCAAATAATGATGACTA
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16157695 TTTGAACAATTATCTCTCTCAAATCATTATG--GTATTTGTTTTGTCATAAAGCAAATGT-TTTT
190 TTTCAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTAATAAAAC-AAT-TATTTT
* * * * * *
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* *
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* * * * * * * * * * * *
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* * ** **
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* ** * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * ** * *
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* *** ** * **
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* * ** * * ** **
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* ** * * ** * * *
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* * **** * * * * **
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* **
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* * * * * * * * *
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* *** * * * * *
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** * * * * * * ** * * * ** *
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* ** **** * *
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* * * * * * * * ** *
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* * * * * * * * * * *
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*** * * * * * * *
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* * * * **
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* * * * *
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* * * *
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* **
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* * * * * *
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* *
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* *
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* * * *
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* *
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***
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* *
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* *
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*
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* * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * ** * *
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** **
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* * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * ** * * * ** * * *
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* * * * * * **
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** ** *
16158630 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
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* * * ** * * * *
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* * * * * **
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* * * * ** * ** * ** * *
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384 CAG-ATTAAAAAAATAAA-TTAGTTTACCAAACAAATTCAAATA-GTTATGACTATATGAACAAT
* * * * *
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* *** * *
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* * * * ** * * *
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* * * ** *
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* * * * * * *
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* * * *
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** * * * *
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* * * * *
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*
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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*
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *** ** *
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* * * * * *
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*
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* *
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* * * ** *
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* ** *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * ** * *
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* * * **
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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** * * * *
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* **
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* ** * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * *** *
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* * * *
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* **
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*** * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * *
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ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAACTAGTTCAAATAATAATGA
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * ***** * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * ** * * ** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* *
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* * *
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Statistics
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * * * * * ** * ****
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* * * * ** * * *
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* * * ** * *
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATTAAT
* * * * * *
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* * * * * * ** * * *
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATTAAT
* * *
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* * * * * **
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** * * * * * ** * *
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAAAATTAA
** * * * *
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* * * * * *
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125 TTCAAATAATAATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-T
* * * *** * * * *
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATTAA
* * * * *
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* ** * * * *
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126 TCAAATAATAATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACT
* * * * * *
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1 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGCTCAT-ACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAAAAT
* * * *** * *
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* ** *
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* * * * * ** * *
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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* * ** * **
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1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATTAAT
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* *** *
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* * * * * * * *
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* * **
16162844 ACTTT-TTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTACAAACAATATTATGTT-TTATACCT
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * *
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* ** * ** **
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* * ** *** * *
16163135 TTT-TACTATTGTTAT-AAACAGATTATTTCTATTTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAAT
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* * * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* *
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16163428 GACTTTGTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACGAAACTAATTCAAA
TAATAATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACT
Found at i:16160923 original size:18 final size:19
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Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
16160873 ATTTTTTTGA
*
16160883 AATAAAATTATGCAAATTT
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*
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1 AATAAAATTATGCAAACTT
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Consensus pattern (19 bp):
AATAAAATTATGCAAACTT
Found at i:16161297 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 16159927--16162131 Score: 1352
Period size: 181 Copynumber: 12.3 Consensus size: 181
16159917 TTTTTTAAAA
* * * * * ** *
16159927 AAATTATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCAAAAA
1 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * * **
16159992 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAG
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * *
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* * * * *
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1 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAATTCATACAAGCTTATT-TA
** *
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* *** * * * * *
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* * * * * *
16160284 AAATTGTTATAACC-TTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAA
1 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * * * *
16160348 TAAAATAATAATAATAATTTAGTAATA-TTCTGAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAAA
66 T--AA-AATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
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* * * * * * *
16160467 AAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-AAGCTCATAGAAGCTTATTCAAA
1 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAA-TTCATACAAGCTTATTTAGA
* * * * *
16160531 ATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A-TAAAAGATTTAAAAAATAATTTT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
** * * * * * *
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130 GTTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTAA-GACTATTAGAATAATTATCTATTTC
* * ** * * ** * * *
16160644 AAATCATTATTATTTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTTTATTAATATAAG-TT-TGTTCGA
1 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAT-TTAG-
* * * *
16160707 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTT---AAA-AAATC
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * ** * * *
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* * * * * * * * * * * *
16160821 AAATCATTATAACCTTTTATTCTGTCATCAAATAGTTGGTTCTATTTATACTA--TTTTTTTGAA
1 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAG-A
* * * * * * ** * * *
16160884 ATAAAATTATGCAAATTTAATAATATTAT-GAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAATAAAC
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * *
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128 TTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAATAATTATCTATTTC
** * * ** * ** ** * * *
16161002 AAATCGTTATGACATTTT-TTTAATCATAAAATAATTGTTT-TGTTTGTATAAGCTTATTTATAT
1 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * * *
16161065 TAAAATAATACTAA-TCA-TAATATTTAAAAAACTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * *
16161128 TTTACCGAATCATTTCAAA-AGGTTAAGACTATTAGAATAATTATATACTTC
131 TTTACCGAATCAGTTCAAATA-GTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTC
* * * * *
16161179 AAATTGTTTTGACCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAA
1 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAA
* * * * * * * *
16161244 TAAATTAGTATTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* ** * * *
16161309 TTTACCGAA-CAAGTTCAAATAATTATTATTATTTGAATAA-TAGTCTATTTA
131 TTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTA-TCTATTTC
* ** * * * ** *
16161360 AAATTGTTATAACCTTTTAATTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGATGGAA
1 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAA
** *
16161425 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAAA-AAA-TT
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTT
* * * * * *
16161488 GTTTACCAAATTAGTTAAAATAATTATAG-CCATTTGAATAATTATCTATTTC
130 GTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTC
* * * * *** * *
16161540 AAATTATTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTTTTATCATACAAACTTA-TTCGA
1 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTTAG-
* * * * *
16161604 AATAAAATAATACTAATTGATGAATATTTCAAAAATTAATAGGTAACAGATTTAAACAATAAATT
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * *
16161669 TGTTTACC-AAACTAATTCAAATAATTACGACTATTTGAATAATTATCAATCTC
129 TGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTC
* * * * *
16161722 AAATCATTAAAATC-TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTAA-TCATGA-AAGCTTA-TTCG
1 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AATTCAT-ACAAGCTTATTTAG
* *
16161783 ATTAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA
64 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * **** * * ** *
16161843 TGTATTTGTTAAACCAGTTCAAATAGTTAAAAAAATTATAATAATTATCTATTTC
127 TTTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTC
* * * * * **
16161898 AAATCATTCA-AACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC-ATGTCTTACAAGCTTATTCGG
1 AAATTATT-ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTTAG
* * * * * ** * * * *
16161961 AATAAAAATAATCCAAATTAATGAACATTTGGAAAATTAATATGCAAAAGATTTGAAAAATTAAA
64 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * * *
16162026 TTTGTTTACC-AAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACT-A-TA--TA----
127 TTTGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAA-TAATTATCTATTTC
* * * * *
16162074 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA
1 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA
16162132 AGCAAAATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
TTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTC
Found at i:16162328 original size:156 final size:149
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16161983 GAACATTTGG
* * * *
16161993 AAAATTAATATGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATTTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGA
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*
16162058 CTATTTGAACTATATAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
64 CTATTTGAACTATATAAAATCATTATGACATTTTATTTTGACATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
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*
16162144 AAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACGAA-TTTAGATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGCAAGAG-TTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-AAGTTTAAATAGTTATGA
* *
16162208 CTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGAC-TTTTATTTT-ATCATAAAATAATTGTTT
64 CTATTTG---AA----CTATATAAAATCATTATGACATTTTATTTTGA-CATAAAACAATTGTTT
*
16162271 CAATTCATACAAGCTTA
121 CAATTCATAAAAGCTTA
16162288 TTCGAAATAA
Statistics
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ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (149 bp):
AAAATTAATAAGCAAGAGTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACT
ATTTGAACTATATAAAATCATTATGACATTTTATTTTGACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAA
AAGCTTAAGCAAAATAAAA
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16162133 GCAAAATAAA
* * * * * * * *
16162143 AAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACGAATTTAGATAGTTATG
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATG
* * * ** * * *
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* * * *
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* ** * ** *
16162323 AAAAATTAATAAGTAA-ATGATTTAAAAAGTGTATCTATTTGCTGAATTAGTTCAAATAATTATG
1 AAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATG
** * * * * *
16162387 GTTATTTCAACAATTA-CTATTTCAAATTGTTATCACATTTTG-TTTGATCATATAACAATTGTT
65 ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTT
* * * * *
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* * * *
16162503 AAAAATTAAAAAGTACGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGA
* * * * *
16162568 CTATTTGAACAATTCTATAATTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTA
66 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA
* * * * *
16162633 TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAACAATACTAATCTAATAATATTCC
131 TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * ** * ** * * **
16162684 AAAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGCTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAAA
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGA
* * * * * * * *
16162749 CTATATGAACAGTTATCTAATTC-AATTGTTATTGACCTTTT-CTTTATCA-AAAGAAAATT-CT
66 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTT
* * * * *
16162810 CA-ATTCATACTAA-CTTATT--AGAT-AAATAA-AATGAACTTT-TTAATATTTT
129 TATGTTCATAC-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AA-TTTATTAATATTTC
* * * * *
16162859 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTACAAACAATATTATGTTTTATACCTAACCAGTTCAAATAATT
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAA-AATA-AATCTATT-TACCAAACTAGTTCAAATAATT
* ** * *
16162924 AT-ACTATTTGAATAATTATATATTTTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAAACAA
62 ATGACTATTTGAACAATTATATA--TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAA
* * * * *
16162988 ATGTTT-TGTTCATATAAGTTTATTCG-AA-AAAGT-ATACTAA-TCATTAATATTTC
124 TTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* *
16163041 AAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATAAATCTATGTATCAAACTAGTTC-AAT-ATTATG-
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGA
* * *
16163099 TTATTTCGAGCAATTAT-T-TTTCAAATTGTTATG-CCTTTT-TACTATTGTTAT-AAACAGATT
66 CTATTT-GAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT--T-TTGTCATAAAACA-ATT
* * * * * *
16163159 ATTTCTATTTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
126 -GTT-TATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * ** * * * * * *
16163217 GACAATTAATAAGTAAAATATTTTTAAAATAAATATGTTTACCACACTAGATCAAATAATCAAGA
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGA
* * ** *
16163282 CAATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTC
66 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
* * * * *
16163347 A-GTTTATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-ATC
130 ATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
16163397 AAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAAT
1 -AAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAAT
16163428 GACTTTGTTT
Statistics
Matches: 846, Mismatches: 196, Indels: 125
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 10 0.01
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171 1 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGA
CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA
TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
Found at i:16162939 original size:17 final size:16
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Indices: 16162917--16162948 Score: 55
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
16162907 AACCAGTTCA
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1 AATAATTATA-TATTTG
16162934 AATAATTATATATTT
1 AATAATTATATATTT
16162949 TTCAAATCAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.33
17 10 0.67
ACGTcount: A:0.44, C:0.03, G:0.03, T:0.50
Consensus pattern (16 bp):
AATAATTATATATTTG
Found at i:16171539 original size:357 final size:354
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Indices: 16170316--16174778 Score: 5598
Period size: 357 Copynumber: 12.5 Consensus size: 354
16170306 TATAACAATT
* ** *
16170316 TATTAAAGGCGGTTTATAATAAAAGACACCTTTAATAATCCGTAAAAATTTTTTGAGGGAAATTA
1 TATTGAAGGCGGTTTATAATAAAAGAGGCCTTTAATAATCCGTAAAAATTTTTTGAGAGAAATTA
* ** * **
16170381 TTGAAGGCGTTATTTTCTACAATTGCCTTCAATTATTATCTACAAACTACGATAGGAATTATTAA
66 TTGAAGGCG-TGTTTTCTACAACCGCCTTCAGTTATTATCTACAAACTGTGATAGGAATTATTAA
* * * * *
16170446 AGGCATCTTTCTTCGATGTACTCCTTTAATAACAATGTTAGAATTTGTGTGGCAGTATATAGAAG
130 AGGCATCTTTCTTGGATGTACACCTTCAATAACAGTGTTAGAATTTGTGTGGCGGTATATAGAAG
* * * *
16170511 CCATTTTATAATAGAAGACGCCTTTAATAATTCTCAAAATATTAAGTGAGAAAATTTTGAAGGCG
195 GCATTTTACAGTAGAAGACGCCTTTAATAATTCTCAAAATATGAAGTGAGAAAATTTTGAAGGCG
* *
16170576 TCTGCTATTAACAAATGCCTTCAGTAATGGATTACTAAGTTTAAAGGTATATTGAAGGCACATTT
260 TCTGTTATTAACAAACGCCTTCAGTAATGGATTACTAAGTTTAAAGGTATATTGAAGGCAC-TTT
*
16170641 TCTAATAAATGCCTTCTATTACCATCGTGGTA
324 TCTAATAAACGCCTTC-ATTACCATCGTGGTA
* * *
16170673 TATTGAAGGCGATTTATAATAAAAGACGCCTTTAATAATCCGTGAAAATTTTTTGAGAGAAATTA
1 TATTGAAGGCGGTTTATAATAAAAGAGGCCTTTAATAATCCGTAAAAATTTTTTGAGAGAAATTA
*
16170738 TTGAAGGCGT-TTTT-TACAACCGCCTTCAGTTATTATCTACAAACTGTGATAAGAATTATTAAA
66 TTGAAGGCGTGTTTTCTACAACCGCCTTCAGTTATTATCTACAAACTGTGATAGGAATTATTAAA
* * * * * *
16170801 GGCATTTTTCTTAGATGTACATCTTCAATAACAGTGTTAGAATTTGTGTAGTGGTATACAGAAGG
131 GGCATCTTTCTTGGATGTACACCTTCAATAACAGTGTTAGAATTTGTGTGGCGGTATATAGAAGG
* * * * *
16170866 TAATTTACAGTAGAGGACGCATTTAATAATTCTCAAATTATGAAGTGAGAAAATTTTGAAGGCGT
196 CATTTTACAGTAGAAGACGCCTTTAATAATTCTCAAAATATGAAGTGAGAAAATTTTGAAGGCGT
* *
16170931 CTGGTATTAACAAATGCCTTCAGTAATGGATTACTAAGTTTAAAGGTATATTGAAGG-AGCCTTT
261 CTGTTATTAACAAACGCCTTCAGTAATGGATTACTAAGTTTAAAGGTATATTGAAGGCA--C-TT
* *
16170995 TTCTAATAAATGCCTTCCATTACCATCATGGTA
323 TTCTAATAAACGCCTT-CATTACCATCGTGGTA
* *
16171028 TATTGAAGGCGGTTTTATAATAAAAGAGGCCTTTAATAATCCATAAAAATTTTTTGAGGGAAATT
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* *
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** * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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*
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** *
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* *
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** *
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** * *
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* * * *
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* *
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* * *** *
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* * *
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* * * ** **
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* * * * *
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* * **
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* *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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*
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*
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* * * * *
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* *
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* * *
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* *
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*
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* *
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16184030 TATAAAATTG
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1 A
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AATGATGAGATTA
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16184502 ATTGAATCTC
* * * *
16184512 TATTTAAATGAGCCTATTAAATTTTCAAAAGTCGTTGAGCCTTT
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* *
16184556 TATTTAAAAGAACTTGTTAAATTTTCAAAAGTCATTGAG-TTTT
1 TATTTAAAAGAACTTATTAAATTTTCAAAAGTCATTGAGCCTTT
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TATTTAAAAGAACTTATTAAATTTTCAAAAGTCATTGAGCCTTT
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*
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1 TTTTCATAAAAAATATAATATA
16184813 TATGTAGTAA
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TTTTCATAAAAAATATAATATAAT
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16192326 TATTTAAATT
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1 AAAATTTTATA
16192357 AAAATTTT-TA
1 AAAATTTTATA
16192367 AA
1 AA
16192369 TGATAAACAT
Statistics
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AAAATTTTATA
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16233381 TCTTGAACCC
* * * * *
16233391 AGGCCATACTCTATGTGCACCATGACCAGGCAGTTGGTGGGTTTAGGCACATTTTCATATTTTTG
1 AGGCCATACACCATGTGCACCACGGCCAGGCAGTTGGTGGGTTCAGGCACATTTTCATATTTTTG
* * *
16233456 CCACGCCAATACCATTTTTATGGCATGTAAATTCATATAATGGTTCCTTAATCCTTCATTTAAAG
66 CCACGCCAATGCCATTTTTATGGCATGTAAATTCATATAATGGTCCCTTAAGCCTTCATTTAAAG
16233521 TTTCATGGCAAGATGACTCATTTTCTTTATTCATGATTTTTCAAATTTTTTATGGTTTGAGATTT
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*
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* **
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326 -ATTTCAATCACTTGAATGGCTATTGGCTGTGAACCTATAAAAGTTCTTATGCTCTTTAAAGGGG
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*
16233830 AGGCCATACACCATGTGCACCACGGCTAGGCAGTTGGTGGGTTCAGGCACATTTTCATATTTTTG
1 AGGCCATACACCATGTGCACCACGGCCAGGCAGTTGGTGGGTTCAGGCACATTTTCATATTTTTG
* * *
16233895 CCATGCCAATGCCATTTTTATGGCATGTAAATTCATATAATGGTTCCTTAATCCTTCATTTAAAG
66 CCACGCCAATGCCATTTTTATGGCATGTAAATTCATATAATGGTCCCTTAAGCCTTCATTTAAAG
16233960 TTTCATGGCAAGATGACTCATTTT-TTTATTCATGATTTTTCAAATTTTTTATGGTTTGAGATTT
131 TTTCATGGCAAGATGACTCATTTTCTTTATTCATGATTTTTCAAATTTTTTATGGTTTGAGATTT
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196 TTTAATAGTTTTTAAAAGTTTTGGCCCTAAATTTGGTACACATGTCCTTTTATATTTTTAGCATC
* *
16234089 CATAAAAAAATTCAGCTTAAAATTCGATGTGTAGAAAATTTTGTGACCATTTAAAAAAAATGTCC
261 CATAAAAAAATTCAGCTTAAAATTCGATGTGTAGAAAATTTTGTGGCCATTTAAAAAAAGTGTCC
* **
16234154 TATTTCAATCACTTAAATGGCTATTGGCTGTGAACCTATAGTAGTTCTTATGCTCTTTAAAGGGG
326 -ATTTCAATCACTTGAATGGCTATTGGCTGTGAACCTATAAAAGTTCTTATGCTCTTTAAAGGGG
16234219 TGTGAGTTGTTGAGGTTTCCTTGGGGGATAAGAGGCTAATATAAGGGCCA
390 TGTGAGTTGTTGAGGTTT-CTTGGGGGATAAGAGGCTAATATAAGGGCCA
*
16234269 AGGCCATACACCATGTGCACCACGGCTAGGCAGTTGGTGGGTTCAGGCACATTTTCATATTTTTG
1 AGGCCATACACCATGTGCACCACGGCCAGGCAGTTGGTGGGTTCAGGCACATTTTCATATTTTTG
16234334 CCACGCCAATGCCATTTTTATGGCATGTAAATTCATATAATGGTCCCTTAAGCCTTCATTTAAAG
66 CCACGCCAATGCCATTTTTATGGCATGTAAATTCATATAATGGTCCCTTAAGCCTTCATTTAAAG
16234399 TTTCATGGCAAGATGACTCATTTTCTTTATTCATGATTTTTCAAATTTTTTATGGTTTGAG-TTT
131 TTTCATGGCAAGATGACTCATTTTCTTTATTCATGATTTTTCAAATTTTTTATGGTTTGAGATTT
* * * *
16234463 TTTAATAATTTTTAAAAGTTGTGGCCCCAAATTTGGTACACATATCCTTTTATATTTTTAGCATC
196 TTTAATAGTTTTTAAAAGTTTTGGCCCTAAATTTGGTACACATGTCCTTTTATATTTTTAGCATC
*
16234528 CATAAAAAAATTCAGCTTAAAATTCGATGTGTAAAAAATTTTGTGGCCATTTAAAAAAAGTGTCC
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*
16234593 ATTTCAATCACTTGAATGGCTATTGGCTGTGAACCTATAAAAGTTCTTATGCTCTTTAAGGGGGT
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16234658 GTGAGTTGTTGAGGTTTCTTGGGGGATAAGAGGCTAATATAAGGGCCA
391 GTGAGTTGTTGAGGTTTCTTGGGGGATAAGAGGCTAATATAAGGGCCA
* * *
16234706 ATGCCATACACCATGTGCACCACGGCCAGCCAGTTAGTGGGTTCAGGCACATTTTCATATTTTTG
1 AGGCCATACACCATGTGCACCACGGCCAGGCAGTTGGTGGGTTCAGGCACATTTTCATATTTTTG
* * *
16234771 TCATGCAAATGCCATTTTTATGGCATGTAAATTCATATAATGGTCCCTTAAGCCTTCATTTAAAG
66 CCACGCCAATGCCATTTTTATGGCATGTAAATTCATATAATGGTCCCTTAAGCCTTCATTTAAAG
* * *
16234836 TTTCATGGTAAGATGACTCGTTTTCTTTATTCATGATTTTT-AAA-TTTTTATGGTTTAAGATTT
131 TTTCATGGCAAGATGACTCATTTTCTTTATTCATGATTTTTCAAATTTTTTATGGTTTGAGATTT
* *
16234899 TTTAATATTTTTTAAAAGTTTTGGCCCCAAATTTGGTACACATGTCCTTTTATATTTTTAGCATC
196 TTTAATAGTTTTTAAAAGTTTTGGCCCTAAATTTGGTACACATGTCCTTTTATATTTTTAGCATC
* *
16234964 CATAAAAAAATTCAGCTTAAAATTCAATGTGTAGAAAATTTTATGGCCATTTAAAAAAAGTGTCT
261 CATAAAAAAATTCAGCTTAAAATTCGATGTGTAGAAAATTTTGTGGCCATTTAAAAAAAGTGTC-
16235029 CATTTCAATCACTTGAATGGCTATTGGCTGTGAACCTATAAAAGTTCTTATGCTCTTTAAAGGGG
325 CATTTCAATCACTTGAATGGCTATTGGCTGTGAACCTATAAAAGTTCTTATGCTCTTTAAAGGGG
*
16235094 TGTGAGTTGTTGAGGTTTCTTAGGGGATAAGAGGCTAATATAAGGGCCA
390 TGTGAGTTGTTGAGGTTTCTTGGGGGATAAGAGGCTAATATAAGGGCCA
* * *
16235143 AAGCCATACACCATGTGCACCACGGCCAGGCAGTTAGTAGGTTCAGGCACATTTTCATATTTTTG
1 AGGCCATACACCATGTGCACCACGGCCAGGCAGTTGGTGGGTTCAGGCACATTTTCATATTTTTG
16235208 CCACGCCAATGCCATTTTTATGGCATGTAAATTCATATAATGGTCCCTTAAGCCTTCATTTAAAG
66 CCACGCCAATGCCATTTTTATGGCATGTAAATTCATATAATGGTCCCTTAAGCCTTCATTTAAAG
* *
16235273 TTTCATGGCAAGATGACTCATTTGCTTTATTCATGATTTTTTAAATTTTTTATGGTTTGAGATTT
131 TTTCATGGCAAGATGACTCATTTTCTTTATTCATGATTTTTCAAATTTTTTATGGTTTGAGATTT
*
16235338 TTTAATATTTTTTAAAAGTTTTGGCCCTAAATTTGGTACACATGTCCTTTTATATTTTTAGCATC
196 TTTAATAGTTTTTAAAAGTTTTGGCCCTAAATTTGGTACACATGTCCTTTTATATTTTTAGCATC
* * *
16235403 CATAAAAAAATTCAGCTTAAAATTCAATGTCTAGAAAATTTTATGGCCATTTAAAAAAAGTGTCT
261 CATAAAAAAATTCAGCTTAAAATTCGATGTGTAGAAAATTTTGTGGCCATTTAAAAAAAGTGTC-
* *
16235468 CATTTCAATCACTTGAATGGCTATTGGCTGTGAACCTATAAAAGTTTTTATGCTCTTTAAGGGGG
325 CATTTCAATCACTTGAATGGCTATTGGCTGTGAACCTATAAAAGTTCTTATGCTCTTTAAAGGGG
* * * *
16235533 TGTGAGTTGTTCAGGTTTCTTGAGGGATAAAAGGCTAATAGAAGGGCCA
390 TGTGAGTTGTTGAGGTTTCTTGGGGGATAAGAGGCTAATATAAGGGCCA
16235582 A
1 A
16235583 TGACCAGCAC
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AGGCCATACACCATGTGCACCACGGCCAGGCAGTTGGTGGGTTCAGGCACATTTTCATATTTTTG
CCACGCCAATGCCATTTTTATGGCATGTAAATTCATATAATGGTCCCTTAAGCCTTCATTTAAAG
TTTCATGGCAAGATGACTCATTTTCTTTATTCATGATTTTTCAAATTTTTTATGGTTTGAGATTT
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GTGAGTTGTTGAGGTTTCTTGGGGGATAAGAGGCTAATATAAGGGCCA
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16247197 TAGTGGTCAC
* ** * * *
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* * * * * * * * *
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1 GACAAGTGCCCATACTAAAAGCCAGCTTGTGCCGATGATGGTCGA
* *
16247296 GGCAAGTGCCCATACTAAAAGCCAGCTTGTGCCGATAATGGTCGA
1 GACAAGTGCCCATACTAAAAGCCAGCTTGTGCCGATGATGGTCGA
*
16247341 GACATGTGCC
1 GACAAGTGCC
16247351 TGCACCATGC
Statistics
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GACAAGTGCCCATACTAAAAGCCAGCTTGTGCCGATGATGGTCGA
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16247770 AAACTCTTTC
*
16247780 TAAAAGAATTTTAAAAAATCTCAAACTA
1 TAAAA-AATTTTAAAAAATCTCAAACAA
*
16247808 TAAAAAATTTT-AAAAATCATGAAA-AA
1 TAAAAAATTTTAAAAAATC-TCAAACAA
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1 TAAAAAA
16247841 CAAGTCATCT
Statistics
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16252576 TGTAGGCATA
* * * * * *
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* * *
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16252676 T
1 T
16252677 ATCTTGACCA
Statistics
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TGCCTCAACCACTATCAACACCAGCTGACCTTAGGTACAAGCACT
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1 GCACATGTTAGCACTTGGTGCA
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Statistics
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GCACATGTTAGCACTTGGTGCAA
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16270328 CTTAACCTGG
*
16270338 TATAAGCACATGCC-TCAATCACCATCGGCACATGTTGGCCCTTGC
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** * * *
16270383 TATAAGCAGTTGCCTTGAATACCATTGGCATATGCTGGCCCTTGC
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1 TAT
16270431 GGGCACTTAC
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16270348 TGCCTCAATC
* * *
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* * **
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16270445 CCCTTGCTGT
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*
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*
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GCCCTTGCTATGAGCACTTACCTT
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*
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1 AATT
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AATTGACAATAATA
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*
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* *
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* *
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*
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* * * * *
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* * *
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* * *
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*
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16292725 CAGAAAACGT
* * * * * * *
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* *
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* * ***
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* *
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* **
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* *
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* * * * *
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* *
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* *
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66 CCCAAGAA
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* * *
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* *
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* * * * *
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* *
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*
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* * * * * * * *
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* *
16304521 GGATTATTGAAGGTATTTTTTGCC-AAAAATACCTTCAATAATCCTTTA
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* * *
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* ** * * * *
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*
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* * ** *
16304460 GATTATTCAAGGTATTTATGACAAAAAACACCTTGAATAATCTCATTTAATTTTTATGATAGGAT
1 GATTATTCAAGATATTTATAACAAAAAACACCTTGAATAATCTCATAAAAATTTTATGATAGGAT
*
16304525 TATTGAAGGTATTTTTTGCCAAAAATACCTTCAATAATCCTTTATTTTTTTGAGGG
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*
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* * * * *
16304642 AAATTATTGATGGCGTTTTTTGCTAAAAATGCCTTTAATAATC
64 --ATTATTGAAGGCATTTTTTGCCAAAAATACCTTCAATAATC
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*
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* *
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*
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**
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16312511 TTAAAAAATG
*
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*
16312531 AATTCTT-TAA
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16312551 AATTTTAAAA
1 AATTTTAAAA
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1 AATT
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Indices: 16312545--16312580 Score: 54
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16312535 CTTTAAAATT
* *
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1 TTAAAAAATGTAAAAAAA
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*
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16316586 TTGGCTAGGTACGATTGGCCACCTATTAAAACATATCCTTTTAATGAAATCTTAAAATTAATTAA
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* * ** *
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* *
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* *
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* * *
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**
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*
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*
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*
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* *
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*
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*
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*
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*
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* *
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*
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*
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* *
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*
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*
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TTTTTTTTGTATTTCATA
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* * *
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* * * * **
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*
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*
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* * * *
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* *
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** * * * *
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*
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* * * * *
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GAGGCTCAACAACTTTAAAAATCTCATTTGAAAAAGCTCCTTTCAGCA
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* * * * *
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* * *
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* *
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* * * * * *
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* * *
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*
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* *
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AAATTCTCTT
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* *
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*
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16337485 ATTCAAGGCC
* * * * * * *
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* *** * * *
16337560 ATAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCT-AAAATTAATAATTAAGAGA
66 ACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATA-TAAATTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * * * * * *
16337624 TTT-TAAAA-AAATATGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTA
129 TTTAAAAAATAAATATATTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTCATGATCTATTTGAATAATTAACCA
* ** * * * * * *
16337686 TTTGAAATCCCTAT-AACATTTTGTTTTGACATAAAATAACTT-TTTCT-GTCCATAA---TATT
193 TTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCAAAAAGCTTATT
* ** *
16337745 TCAAATAAAATAATAAAAAATTATTAATA-T-TAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
256 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
*
16337808 AAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAAT-GTTATGACTATTTG
319 AAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * ** * *
16337849 AACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
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* * *** * * * *
16337913 TACAAGGTTATTCGGATTAAAACGTTATTAATTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGAT
65 TACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATATAAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * *
16337978 TTAAAAAAATAAATTTATTTATTGAACAAGTTGAGATAGTCATGAT-TATTTGAATAATTAACCA
130 TT-AAAAAATAAATATATTTACT-AACAAGTTCAAATAGTCATGATCTATTTGAATAATTAACCA
* * * * * *
16338042 -TTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTAATAAAACAACTATTTCAATTCAAATAAGCTTATTT
193 TTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAA-AAGCTTATTT
* * * *
16338106 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAATATTAATGAGTAAGAGACTTAAAAAATAAA
257 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* *
16338171 TCTGTTTATCAAAGAAGCTT-AAATAGTCATGACT-TTTG
322 TCTGTTTATCAAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * *
16338209 AATAAGTATCTATTTCAAAACATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCAT
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* * *
16338274 GCAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATATAAATTAATTAAGATTAC-AAAAATTAAT-AGTAAAA-
66 ACAAGTTTA-TTCGGAATAAAATAATATAAATT-ATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * *
16338335 ATTTTAAAAATAAATATGTTT-CTAATTACGTTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAATAATTATCC
128 ATTTAAAAAATAAATATATTTACTAA-CAAGTTCAAATAGTCATGATCTATTTGAATAATTAACC
** * * * *
16338398 ATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATT
192 ATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-AAAAGCTTATT
* ** * *
16338463 CGGTATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATA
256 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAAT-
* * * *
16338528 AAATCTGTTTA-CTGAGCGAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
319 AAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * **
16338570 AATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTCTTCTCATAAAACAATTGTTTCTACTT-A
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCA
* * ***
16338634 TACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA
65 TACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATA-TAAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * * * *
16338699 TTTAAAAAATAAATCTATTCACTAAACAAGTTCAAATAATCAAG-TCTGTTTGAACT-ATTAGCT
129 TTTAAAAAATAAATATATTTACT-AACAAGTTCAAATAGTCATGATCTATTTGAA-TAATTAACC
* *
16338762 ATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAA-ATTAT
192 ATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-A-AAAGCTTAT
* * * * *
16338826 GT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T-A-AA-TAAGAGATTTAAAAACT
255 TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * *
16338886 AAATCTATTTATCGAACTAGTTCAAATTGTTATGACTATTTG
319 AAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * *
16338928 AACAATTACCTATCTAAAATCGTTATGATC-TTTTTTTTCTCATAAAGTC-ATTGTTTATGTTTA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTCTCATAAA-ACAATTGTTTTTGTTCA
** * * * *
16338991 TACAAGTTTATTTAGAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
65 TACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATA-TAAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * ** * * * * ** * * *
16339056 TTTAAAAAATAAATGT-GTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGA-CTATGAGAACAATTAGCTAT
129 TTTAAAAAATAAATATATTTACTAACAAGTTCAAATAGTCATGATCTATTTGAATAATTAACCAT
* * ** * * * * *
16339119 TTCAAATCGTTCA--AACTTTT-TATTTAACCATAAAATAAATGTTTCAATTTATATAATTATC-
194 TTCAAATCATT-ATGATCTTTTGT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-A-AA--AGCT
*** * * * * ** *
16339180 TATTT-AAA-ATCGTTATGACCT--TTGGTTTTAACA-T-AAAATAATTTTTTTAGTTCATAAA-
252 TATTTGAAATAAAATAAT-A-CTAATT--TATTAATATTCTAAA-AA-TTAATAAG-T-A-AAAG
* * * *
16339238 ATCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAA-AA-TTGAAA-AGTCGAAGA-
308 A--TT-T----AA-AAAATAA-A-T-C--TGTT--TA--TCAAACAAGTTCAAATAGT-TATGAC
**
16339299 T-TTAAA
355 TATT-TG
* * * *
16339305 AAAAATAAATC-AGTTTATCGAATCAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATT-T-ATTCCAAATCG
1 AACAAT-TATCTA--TT-TCAAATCA-TTATGATC-ATTTG-----TT-TTCTCA-T--AAAAC-
* * * * * * * * * ** *
16339366 TTATGACTTTTTATTTTGTCGTAAAACAA-TTATTTTTGTTAACACAAGT-TTATTCGGATTA-A
50 --A--A--TTGT-TTTTGT--TCATACAAGTT-TATTCG-GAATA-AAATAATA-T-AAATTATT
** ** * * *
16339428 AATAATAT-TAATTTATTAATATTTTGACA-A-TTAAAAAGTAAAAGATTTTCAAAATAAATATG
101 AAT-AT-TCTAA-AAATTAATA-AGTAAAAGATTTAAAAA--ATAA-A---------T--ATA--
* * * * * *
16339490 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-TCAT-AA
146 TTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTCATGATCTATTTGAATAATTAACCATTTCAAATCATTATGAT
* * *** * *
16339552 CTATTTGAATAATTAT-ATATTTCAAATTGCTATGACCTTTTATTTCATTATAAAACAATTGTAT
210 CT-TTTG--T-TTTGTCATAAAAC-AATTG---T----TTCTA-TTCA--A-AAAGC---T-TA-
* * *** * * * ** * * * * *
16339616 TCGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATGAG
254 T--TTGAAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATA-T--TCTA--AA-AATT-AATAAGT-A--A-
* * * ** * *
16339681 TAAGTAATTTAAAATATGAATCTGTTTACCGGACAAGTTCAAATGGTTATGACTATTTA
305 -AAG--ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * *
16339740 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATCACCTTTTGTTGTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
* ** *
16339805 ACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGCAAAA-A
66 ACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATATAAA-TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * * * * * *
16339868 TTAAAAAAATAAGTATGTTTTCTGAACACA-TTCAAATAGCCCTGA-CTATTTAAATAATTATCT
129 TTTAAAAAATAAATATATTTACT-AACA-AGTTCAAATAGTCATGATCTATTTGAATAATTAACC
* * * *
16339931 ATTTCAAAT-AGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTAGTGATACAAG-TGT
192 ATTTCAAATCA-TTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-AAAAGCT-T
* * *
16339993 ATTTGAAATAAAATAATAAT-ATTTATTAATATTCCAAAAATTAACAAGTAAAA-ATTTTAAAAA
253 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAA
* * * * * *
16340056 ATAAATTTGCTTACCAAGCAAGTTCATATCGTTATGACTATTTG
317 ATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * ** * * * *
16340100 AATAATTATTTATTTCAAATGGTTATAAT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCA
** * * ** * **
16340163 TACAAGTTTATTCATATTAAAATAGTAATATTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGA
65 TACAAGTTTATTCGGAATAAAATAAT-ATAAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * * * * *
16340228 TTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCGAGCAAGGTT-AAATAGAT-TTGA-CTATTTCAACAATTAT
129 TTT-AAAAAATAAATATATTTA-CTAACAA-GTTCAAATAG-TCATGATCTATTTGAATAATTAA
** ** * ** *
16340290 TTATTT-AAAGTTGTTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAGTAATTGTTT-TAGTTCATAAAAACT
190 CCATTTCAAA-TCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA-AAAAGCT
** * * * * **
16340352 TATCCGAAATAAAATAATAATACTTTTTTAATATT-TCAAAACTTAATAAGTATGAGATTTAAAA
252 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * *
16340416 ACTAAAGCT-TTTTTCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
316 AATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * ** *
16340460 AACAAATATCAATCTCAAA-CATTATGATC-TTCGTTTTCTCATAAAACAATTATTTCAGATCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
* * * * * *
16340523 ATAA-CTTATTCAG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTC-AAAAGGTTAATAAG----AG
66 ACAAGTTTATTCGGAAT-AAAATAATA-TAAATTATTAATATTCTAAAA-ATTAATAAGTAAAAG
* * * * * **
16340581 ATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACTAGACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTAAACAATT-TT
128 ATTT-AAAAAATAAATATATTTACTA-ACAAGTTCAAATAGTCATGATCTATTTGAATAATTAAC
* * * * * *
16340644 TATTTAAAATCATT-TGACCATTTGTTTTGTCATAAAA-AAGTTGTTT-TAGTTCATAAATCTTA
191 CATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTA-TTCAAAAAGCTTA
** * *
16340706 -TCCAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
254 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* ** * * *
16340769 TAAAT-TAGTTTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGACCATTTA
318 TAAATCT-GTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * ***
16340812 AACTACTATCTATTTTAAATCATTATTG-CCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGATCATTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
* * * * * * *
16340876 TATAAGTTCATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAGAATTAATAAG----AGA
65 TACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATA-TAAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * * * * *
16340937 TTTAAAAAATATATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTA
129 TTTAAAAAATAAATATATTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTCATGATCTATTTGAATAATTAACCA
* ** * * * * * * *
16341001 TTTCGAATTGTCATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTA-TT
193 TTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-AAAAGCTTATTT
* * * * * * * *
16341065 CAGAGTAAAATAATACTAATATAGTAATATTCTAAAAATTAATGACTAAGATATTTAAAAAATAA
257 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
** * * * *
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* * ** * * * * **
16341170 AATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTGTTTGTTTTGTCATGAAACAATTATTTTACCTT-
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-ATTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTC
* * * * * * *
16341233 GTACAAGCTTATTTGGAATAGAAT-ATAGCT-AATTTTTAATATT-TCAAAAATTTATAAGTAAG
64 ATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATA--TAAATTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * ** * * * * *
16341295 AGATTTAGAAAATAATTCTATTTATCAAACCAGTTTTAATAATTA-CAACTATTTGAATAATTAT
126 AGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTCATGATCTATTTGAATAATTAA
** * * * * *
16341359 TTATTTCAAATCATTATTA-CTTTATATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAAAATAAG-TT
190 CCATTTCAAATCATTATGATCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAA-AAGCTT
* * * * *
16341422 TTTTCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAA
253 ATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * *
16341486 AGTAAATTTGGTTATCAAATC-ATTTCAAATAGTTTTGACTATTTG
316 AATAAATCTGTTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * * * * *
16341531 AATAATTATCTATTTC-AATTGTTAT-AACATTTTATTTTATCATCAAACAATTAG-TTCTATTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCA-TTTGTTTTCTCATAAAACAATT-GTTTTTGTTC
* * * ** * * * * **
16341593 GTACTATTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAAT-TTTTCAAAACTTAATAACCAAGA
64 ATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATA-TAAATTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA-A
* * * ** * * * * * *
16341657 A-AATT-AAAAATAAATCTAATTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGA-CTATATGAATGATTAT
126 AGATTTAAAAAATAAATATATTTACT-AACAAGTTCAAATAGTCATGATCTATTTGAATAATTAA
* * * * ** * * * *
16341719 CTATTTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTT-TGTTCGTATAAGATTA
190 CCATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC-AAAAAGCTTA
* * * * *
16341783 TTT-AGATTTAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
254 TTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAA
* * * *
16341847 AATAAATTTATTTATCAAATAAGTTCAAAT-GATTAAGACTATTAT-
316 AATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATT-TG
* *
16341892 AATAATGATCTATTT
1 AACAATTATCTATTT
16341907 TGTTAGCTTT
Statistics
Matches: 3066, Mismatches: 705, Indels: 567
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
350 1 0.00
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Consensus pattern (360 bp):
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ACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATATAAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
TAAAAAATAAATATATTTACTAACAAGTTCAAATAGTCATGATCTATTTGAATAATTAACCATTT
CAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAAAAGCTTATTTGAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
Found at i:16338809 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 16337499--16341889 Score: 1294
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16337489 AAGGCCAACA
* * * * * * * *
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** *
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* * ** * * *
16337626 T-TAAAA-AAATATGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACA
129 TAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACT
* ** * * * * *
16337678 ATTATCTATTTGAAATCCCTATAACATTTTGTTTTGACATAAAATAACTT-TTTCT-GTCCAT--
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTAGTTCATAC
* ** * *
16337739 AA-TAT-TTC-AAATAAAATAATAAAAAATTATTAATA-T-TAAGACAATTAATAAGTAAAAGAT
65 AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGAT
* *
16337799 TTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAAT-GTTATGACTATTTGAACA
128 TTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACT
* * ** * * *
16337853 ATTATTTATTTTAAATTGTTATGACT-CTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATAC
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATAC
* * * *** * * * * *
16337916 AAGGTTATTCGGATTAAAACGTTATTAA-TTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTT
65 AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * * *
16337980 AAAAAAATAAATTTATTTATTGAACAAGTTGAGATAGTCATGATTATTTGAA-T
130 -AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACT
* * ** * * * * * * *
16338033 AATTAACCA-TTCAAATCATTATGACCTTTCGTTTTGTAATAAAACAACTATTTC-AATTCAAAT
1 -ATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATAC
* * * * *
16338096 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAATATTAATGAGTAAGAGACTT
65 AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* *
16338161 AAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAAGAAGCTT-AAATAGTCATGACT-TTTGAA-T
130 AAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACT
* * * ** * *
16338212 AAGTATCTATTTCAAAACATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCT-GTTCATGC
1 -ATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATAC
* * * *
16338276 AAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTAATTAAGATTAC-AAAAATTAAT-AGTAA-AAA
65 AAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * ** *
16338336 TTTTAAAAATAAATATGTTT-CTAATTACGTTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAA-T
127 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACT
* ** * * * * *
16338390 AATTATCCATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTT-TTGTTCATAA
1 -ATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATAC
* ** * * *
16338454 AAGCTTATTCGGTATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
65 AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT
* * * *
16338519 TAAAAAATAAAATCTGTTTACTGAGCGAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA-T
129 TAAAAAAT-AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACT
* * * *
16338573 AATTATTTATTTCAAATCATTATGATCA-TTTGTCTTCTCATAAAACAATTGTTTCTACTT-ATA
1 -ATTATCTATTTCAAATCATTATGAT-ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATA
* **
16338636 CAAGTTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATT
64 CAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * *
16338701 TAAAAAATAAATCTATTCACTAAACAAGTTCAAATAATCAAGTCTGTTTGAACT
129 TAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACT
*
16338755 ATTAGCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACA
** * * *
16338819 AAATTATGTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T-A-AA-TAAGAGATTT
66 AGTTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * *
16338879 AAAAACTAAATCTATTTA-TCGAACTAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACA
130 AAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACT
* * * * * * * * *
16338932 ATTACCTATCTAAAATCGTTATGATCTTTT-TTTTCTCATAAAGTC-ATTGTTTAT-GTTTATAC
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCTAGTTCATAC
* * * * *
16338994 AAGTTTATT-TAGAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
65 AAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * ** *
16339058 TAAAAAATAAA--TGTGTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATGAGAACA
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* * * * *** * * * *
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** * ** * *
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* * * *
16341342 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCA-TTATTAC-TTTATATTTTGTCATAAAACAATTGT
1 ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACATTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * * * * *
16341405 TT-TTGTTAAAATAAGTTTTTTCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAA
64 TTCTAGTTCATACAAGTTATTT-GAAATAAAATAATAATACTTTATTAATATTCCA-AAAATTAA
* * * * * * * * *
16341468 TCAGTAAGAGATTT-AAAAAGTAAATTTGGTTATCAAATC-ATTTCAAATAGTTTTG
127 TAAGTAA-AAATTTAAAAAAATAAATAT-GTTTTCGAA-CAAGTTCAAATAGATATG
* * * * * *
16341523 ACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AATTGTTATAACATTTTATTTTATCATCAAACAATTAG-T
1 ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT
* ** * * * * * *
16341586 TCTA-TTCGTACTATTTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATTTTTCAAAACTTAAT
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** * * * * * *
16341649 AACCAAGAAAATT--AAAAATAAATCTAATTGTT-GAACTAGTTCAAATAGTTAAG
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* * * * * **
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1 ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * **
16341766 T-T-GTTCGTATAAGATTATTT-AGATTTAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAAT
65 TCTAGTTCATACAAG-TTATTTGA-AATAAAATAATAATACTTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * * * *
16341828 AAGTAAGAGATTTAAAAAAAATAAATTTATTTATCAAATAAGTTCAAAT-GATTAAG
128 AAGTAA-AAATTT-AAAAAAATAAATATGTTT-TCGAACAAGTTCAAATAGA-TATG
*
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TAAAAATTTAAAAAAATAAATATGTTTTCGAACAAGTTCAAATAGATATG
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* * * * *
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* * *
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* *
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* * *
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* ** * *
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* * * * ***
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* * * ** *
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* * * * *
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* * **** * * * ** *
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* * * * * ** *
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* * *
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CTAATATAGTAATATTCTAAAAATTAATCACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCAGTTACCAAAC
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CATCAAACAATTATTTTACCTTGTACAAGCTT
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * ** ** **
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* * * * * * *
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** * * * *
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66 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAA
* * * * * * * *
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* ** * **
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* *
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* * * * * ** * *
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* * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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1 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGC
* * * * *
16344787 TTA-TTAGAGTAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATAAATAAGCAAGAGATTTTAAA
66 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGA-TTTAAA
* * * *
16344851 TAAATAAATTTGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT
129 -AAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
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1 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACA-AG
* * * ** * *
16344968 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATACA-CAAGAAATTTTA
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* * * *
16345032 AAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
127 AAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* *** * * * * * *
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1 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGC
** * * ** * * *
16345151 TTATCCAAAATAAAATAATATTGCTTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAA
66 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAA
* * * * * * * *
16345216 AATAAGTTAGTTTATCGAAA-T-GATTTAAATAATTATGGCCATTTAAATAAT
130 AATAAATTTGTTTA-CCAAACTAG-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* ** *
16345267 TATCTATTTCAAATTGTTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTCTTTA--TCATACACG
1 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT-TTTAGTTCATACAAG
* * * * * * *
16345330 CCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAACATTTAGAAGTAGGAGATTTAAA
65 CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAA
* * **
16345395 AAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTC------------CTATTTGAACAAT
129 AAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * * * *
16345435 TATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAATAAATGTTTCAGTTCGTATAAGC
1 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGC
* * * *
16345500 TTATTTGGAATAAAAT-ATACTAATTTAATAATA-TTCATAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAA
66 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAA
* * * ** * * * * * ** *
16345563 AAATAAATATATTTGCTGAAGTAGTCCAAACATTTAAGACCGTATGAACAAT
129 AAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* ** * *
16345615 TATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTACTTTGTCATAAAATAATCGTTTCAGTTCATACAAGC
1 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGC
* * * * *
16345680 TTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAGTA-TTCTAAAATTTAATAAGT-AAGTAATTTAA
66 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAG--ATTTAA
* * * * * ** * * *
16345743 AAAGTGAATTTGTTTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGGTTGTGTCAACAAT
128 AAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * * * ** *
16345796 TATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTCGTCATATAAA-AATT-TTATTTGAACATTCAA
1 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAATAATTGTT-TTAGTTCATACAA
* * * * * *
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* * * **
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** * * * * *
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* * * * * * *
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64 GCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAA
* * * * * * ** * *
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* * * * * **
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1 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA--ATTGTTTTAGTTCATACAA
* * * * *
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64 GCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAA
* * * * *
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128 AAAATAAATT-TGTTTACC-AAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * * * **
16346340 TATATATTTCAAATCATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAATT
1 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGC
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * *
16346646 AAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAATCATGACAACTTGAATAAT
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * * * **
16346828 AAGTGAATCTGTTTACTGAACAAATTTAAACAATTAGGACTATTTGAGTAAT
129 AAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
* * * ** *
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1 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTGTTT-TAGTTCATAC-A
* * * * * *
16346943 AGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTGAGACAATTAACAAGTATATGATTT
63 AGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTA-AAGATTT
* * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * *** * *
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* * * *
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*
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** * **
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Statistics
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* * ** * ** ** ** *
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* * **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *** *
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222 CAATTGTTTTAGTTCAT---ACAA--GTTT-A-TTC--A-AA----A--T---A-A-AATAATAC
* * * * *
16349707 TAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A-TAAAAGATTTAGAAAATAATTCTATTTA-TGAA-A
266 TAATTTATTTATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
** * *
16349766 TTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGCACAAT
331 --AGTTCAAATAATTAGGATTATTTGAACAAT
** * * * *
16349798 TATCTATTTCAAATTGTTATTA-CTTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTTGTTAATATAA
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAAC-ATT-TATTTTATTCATCTAA
* * * *
16349861 G-TT-TGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAA-TA-AGATAT
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* ** * * * * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * * ** * **
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* * ** * * * ** **
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1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACATTTATTTTATTCATCTAAGC
* * * * * *
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* * * ** ** * * *
16350285 AAAAATAATTTTGTTTACTAAA-TCATTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTC
126 AAAAATAAATATGTTTACCAAACT-AGATCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTC
* * * * * *
16350349 AAATCGTTTTGACCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTATT-AAGA
190 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCAA-A
* * * * ** * * *
16350413 ATAAATTAATACTAACTTATTAACATTTGAAAATTTAATAAGAAAGAGATTTAAATAATAAATCT
254 ATAAAATAATACTAATTTATTTATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * **
16350478 GTTTACTGAACAAATTTAAATAGTTATTATTATTTGAACAAT
319 ATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTAGGATTATTTGAACAAT
* * * * ** * * * *
16350520 TGTCTATTTAAAATCATTATAACATTTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAC-AAG
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTATTTTA-TTCAT-CTAAG
** * * ****
16350584 CTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCCTAAATTAATAA--A-AA-ATTTAAA
64 CTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTGAGAAAATTAATAAGTATAAGATTT-AA
* * * * * **
16350644 AAATAAATCTGTTTACCAAA-TCAGTTAAAATAATTATG-GTCATTTGAATAATTATCGATTTCA
128 AAATAAATATGTTTACCAAACT-AGATCAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATATATTTCA
** * * * * * *
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191 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGTTTATTCAAAA
* * * * * * * *
16350770 TAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAACTGATAGGTAACAGATTTAAACAATAAAAT-T
255 TAAAATAATACTAATTTATTTATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCT
* * * * * * *
16350834 TTTTATTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAAT
319 ATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTAGGATTATTTGAACAAT
* ** * * * * * **
16350876 TATCAATCTT-AAATCATTAAAATCTTTAT-TTTT-TCATAAAACAATTGTTTCTAATGATAGAA
1 TATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACATTTATTT-TATTCATCTAA
** * ** * *
16350938 GCTTATTCAG-TTAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCTA-AAAATTAATAAG----AGATTT
63 GCTTATTTTGAAT-AAAATAATACAAATTTATTAATATT-GAGAAAATTAATAAGTATAAGA-TT
* * *** * * * * * *
16350997 TAAACATAAATGTGTTTGTTAAACCA-ATTCAAATAGTTGA-AACTATTAGAATAATTATTTATT
125 TAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGA-TCAAATAATT-ATGACTATTTGAACAATTATATATT
** * * * * * * * *
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188 TCAAATTGTT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGTTTATTC
** * * * ** * *** *
16351123 GGAATAAAATAAT-CAAAATCTGTGAACATTTGGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAAATA
251 AAAATAAAATAATAC-TAATTTATTTATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATA
* * * *
16351187 AATTTGTTTA-TAGAACAAGCTT-AAATAGTTATGATTATTTGAACAAT
314 AATCTATTTACT-GAACAAG-TTCAAATAATTAGGATTATTTGAACAAT
* * * * * * * **
16351234 TAAT-TATATGAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAG
1 T-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTATTT-TATTCATCTAAG
**** * ** * *
16351298 CTTATCCAAAAT-AAA-AA-A-AAA---A--AA-ATT--GATAAGCAA-GAGT-TTA-A---AAA
64 CTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTGAGAAAATTAATAAGTATAAGATTTAAA
* * * *** * * * *
16351345 AATAAATTTGTTTACAAAAC-AAATTTTGATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAA
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* * * *
16351409 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
193 TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAA
* * * * * *
16351474 CATAATTCTAATTTATTAATATTCC-CAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATCTATTT
258 AATAATACTAATTTATTTATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* ** ** * * * *
16351534 GCCAAATTAGTTTAAATAATT-GTGGTCATTTCAACAAT
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* * * * * *
16351572 TATCTATTTCAAATCGTTATCACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTT-TTTATCATACAA
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* * *
16351636 GCTTA-TTCGAAATAAAATAAT---AATTTATTAATCTTTCA-AAAATTAATAAGTA-AGAGATT
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* * * * * * * * *
16351695 TAAAAAATGAAT-TATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTCTTTACTT
125 T-AAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTT
* * * * * *
16351759 CAAATCGTTATAACCTTTT-TTTATGTCATAAACCAATTATTTCTA-CTCATACAAGCTTATTC-
189 CAAATTGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGTTTATTCA
* * * * * * *
16351821 AAATAAAACAATACTAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAAAATAAAT
252 AAATAAAATAATACTAATTTATTTATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * *
16351886 TTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATAT-AACCAAT
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* * * * * * ** *
16351930 TATCTAATTCAAATCGTTATGACCTTTTATGTCGTCATAAAAGAATTT-TCTCAATTAATACT-A
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CATTTAT-TTTATTCAT-CTAA
* * ** *
16351993 GTTTATTTTGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTA-AGAGA-TT
63 GCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTGAGAAAATTAATAAGTATA-AGATTT
* * * * *
16352055 -AAAA-AAAT-TCTATTACCTAAA-TCA-TTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATT
126 AAAAATAAATATGT-TTACC-AAACT-AGATCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATT
** ** * * ** * * * **
16352115 TCAAATCATTATGACCTTTCCTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTCGCCCATATAAATTTGTTCTG
188 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCAA
* * *
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* * * *
16352241 TATTTA-TCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGAATATTT-AAGCAAT
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* * * * * * ** *
16352284 TATTTATTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTCTATTATAAAACA-AAAGTTTTTATTCATAC-GA
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTA--TTTTATTCAT-CTAA
** * * ** * * *
16352347 GCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTA
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* * *
16352412 AAAATAAATATGTTTGCCAAACTAGATCAAAT-ATTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * ** *
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** * * * * * *
16352647 TAT-TGATTTGGAATCACTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAATGATTT-TATTTGTTCATATAA
1 TATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CATTTAT-TTTATTCATCTAA
** * * * *
16352710 GCTTATTTCAAATAAAACAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
63 GCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTGAGAAAATTAATAAGTATAAGATTT-A
* * *** * * ** * *
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127 AAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAA
* * * * * * * * *
16352840 ATTCTTATGACTTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTCTTTTTGTCCAT-CTAAGCTTATTCATAT
192 ATTGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAC-AAGTTTATTCAAAA
* * * * * * *
16352904 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACATTTAATAAGTAAAAGATTTTAGAAAAT--AT-T
255 TAAAATAATACTAATTTATTTATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCT
* * * ** *
16352966 -TTTA-TCGAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTAAAATAAT
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* * * * * * * *
16353007 TATCTATTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTTATGTAAGC
1 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTATTT-TATTCATCTAAGC
* * * *
16353072 TTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAAAAAGTA-AGAGAATTA
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* * * * *
16353134 AAGAAATAAATTTATTTATCAAA-TAAGCTCAAATAGTTATGACTATCTT-AACAATTATATATT
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*** * * * * * * **
16353197 TCAAAACATTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATACTTGGTTCTA-TGCATTCAACCTTATTTC
188 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGTTTA-TTC
* * * * * *
16353261 -AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATGTTCAAAAAATTAATAATTAA-AAATTTTAAAAATAA
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*
16353323 ATTTATTTA
315 ATCTATTTA
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Statistics
Matches: 6997, Mismatches: 1744, Indels: 1160
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* * * * *
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* * * * * **
16343639 GTCTATTTAAATATCTATTTCAAATCGTTATTACTTTTTGTTTTGTCA-ACAAACAATTATTTTT
121 --C-----AATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTATTTTGTCATA-AAACAATTGTTTCA
* * **
16343703 GTTCATATAAG-TCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCTG
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* * * * * * * *
16343766 TAAGAGA-TTAAAAAAGTAAATCTGTTTACAAAACCATTTGAAATAGTTTTGGCTATTTGAATAA
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* * * * * * * * * ** * * * *
16343830 TTATCTATTTCAAATCGTCATAATATTTTGTTTTGTCATCAAATAGTTGGTTTTGTCCATACTAT
304 TTAT-TATCTCAAATTGTTATGAT-CTTT-TTTTATCATAAAACAATTTTTTTTTTTCATACAAA
* *** * * **
16343895 TTTATTTTGAA-TAAAATAATACTAA-TTAATAATATTATGAAACTTAATAACCAAGAAAGTAAA
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* * * * * * * *
16343958 AAATAAATTTAATTGCTGAA-CTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TATGAATTATTACCAATTTCA
427 AAATAAATATATTTAC-AAACCAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAATAATTATCTATTTCA
** * * *
16344021 AATTGTTATGACCTATTGTTTTGTCATAGAACAATT-TTTTTGT
490 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* * * * * * * *
16344064 TTATACAAGTTTA-TTCATATTATAATAATAC-AGATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAATTA
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* * * * ** * **
16344127 AAAGAGATCTGAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAA-TTCTTATGGTTAAAACTATTAT-AACA
61 CAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACA
* * * * * * * * * * *
16344190 ATTATCTATTTCATATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATCGTTTAACTTCATACAA
123 ATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAA
* * * * * * *
16344255 GCTTATTGGGAACAAATTAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAA-AAACTTTA
187 GCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTA
* * ** ** * * * * * * *
16344319 AAAAATAAATTTATTTACCGAATTAGTTAAAACAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCA
251 AAAAATAAATCTATTTTCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATCTCA
* * ** * * *
16344384 AATTGTTATGACCTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTTTTATCATACAAGCTTATTTGAAAT
315 AATTGTTATGATCTTT-TTTTATCATAAAACAATT-TTTTTTTTTCATACAAACTTATTTGAATT
* * * * * * *
16344449 AAAATAATATTAATTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTAT
378 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-
* ** ** * * * *
16344514 CAAACC-ATTTTGAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATC-A-ATC--ATCGTTATGA--TATT
442 CAAACCAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TT
*
16344572 TGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCT-GAT
506 TGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAG-T
* * * * * *
16344601 T-ATACAACCTTATTCG-GATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATCAAT----AA
1 TCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGCAA
* ** * * * * * *
16344660 GAGATTTAAAAAAGAAAAGTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTAT
64 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * ** * *
16344725 CTATTTCAAATCGTTCTGACTTTT-TGGTTAGTCATATATTAATTATTTCAGTTCATACAAGCTT
128 CTATTTCAAATCATTATGACTTTTAT--TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTT
* * * * * * *
16344789 ATTAG-AGTAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATAAATAAGCAAGAGATTTTAAATA
191 ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAA-A
* * * * * * *
16344853 AATAAATTTGTTTACCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAA
254 AATAAATCTATTT-TCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATCTCAAA
** * * ** * * ** *
16344917 TCATTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTT-ATGCATACTTATTCAAAATA
317 TTGTTATGATCTTTT--TTTATCATAAAACAATT-TTTTTTTTTCATACAAACTTATTTGAATTA
* * ** * * *
16344981 AAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATACACAAGAAATTTTAAAAAATAAATTTGT
379 AAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT----AAGAGA-TTTAAAAAATAAATATAT
* * * * * * * * *
16345046 TTACTAAA-CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATTAAC
439 TTAC-AAACCAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
16345110 TTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGT
503 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* * *** * ** * * **
16345141 TCGTAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTGCTTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAG
1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAG
* * * * * * * * *
16345206 AGATTTAAAAAATAAGT-TAGTTTATCGAA-ATGATTTAAATAATTATGGCCATTTAAATAATTA
65 AGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTA-CTAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
** * * * * * * *
16345269 TCTATTTCAAATTGTTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTCTTTA--TCATACACGCC
127 TCTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCAGTTCATAAAAGCT
* * * * * * *
16345332 TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAACATTTAGAAGTAGGAGATTTAAAAA
190 TATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
16345397 ATAAATCTA--TT-T--A-C---TGAACTAG-T-T-CCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
255 ATAAATCTATTTTCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATCTCAAATT
* * * * * * *** * * *
16345450 ATTAT-AACTTTTTGTTCTATTATAAAATAAATGTTTCAGTTCGTATAAGCTTATTTGGAA-TAA
319 GTTATGATC-TTTT-TT-TATCATAAAACAATTTTTTTTTTTCATACAAACTTATTT-GAATTAA
*
16345513 AAT-ATACTAATTTAATAATATT-CATAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATATATT
380 AATAATACTAATTTAATAATATTCCA-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATT
* * ** * * * *
16345576 TGCTGAA-GTAGTCCAAACATTTAAGACCGTA-T-GAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA
440 TAC-AAACCAAGTTCAAATAGTTAAGA-C-TATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA
** * * *
16345637 CCTTTTACTTTGTCATAAAATAATCGTTTCAGT
501 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
** * * * *
16345670 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAGTATTCTAAAATTTAATAAGTAAG
1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGCAAG
* * * * ** * ** * * *
16345735 TA-ATTTAAAAAGTGAATTTGTTTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGGTTGTGTCAACAATTAT
65 -AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * * ** ** **
16345799 CTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTCGTCATATAAA-AATT-TTATTTGAACATTCAAGCT
128 CTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTATTTTGTCATA-AAACAATTGTT-TCAGTTCATAAAAGCT
* * * * *
16345862 TTTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAA-ACTTTAAAAAATTAATAGGTATGAGATTTAAAA
190 TATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
16345926 AATAAATCTGTTTATC-AAACTAATTCAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATAAACTTTAAA
254 AATAAATCTATTT-TCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTATC-TCAAA
* * * * **
16345990 TTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTTTTTTTATTCATACAAGTTTATTTAGAA-TA
317 TTGTTATGATCTTTT-TT-TATCATAAAACAATTTTTTTTTTTCATACAAACTTATTT-GAATTA
* * * * * * *
16346054 AAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAACAATTTTTTT
379 AAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATT
* * * * * *
16346119 TGCCAAACC-AG-TCAAATATTTAAAATTA-TATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC
440 T-ACAAACCAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
16346181 TTTTGTTTTGTCATAAAATAGGTTTGTTTGAAT
503 TTTTGTTTTGTCATAAAACA--ATTGTTTTAGT
** * * * * *
16346214 TCATAGTAGCTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAG
1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAG
* * * ** * * * * *
16346279 AGATTTGAAAAATAATTCTATTTACCTAACCTGTTTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATA
65 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * ** * **
16346344 TATTTCAAATCATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAATTTTA-
129 TATTTCAAATCATTATGAC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTAT
* * * * * *
16346408 TTCAGAATAAAGTAATAGTAATCTATTAGTATTTCAAAAATTAATACGT----GATTTAAAAAAT
193 TTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * **
16346469 AAATCTATTTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCA
257 AAATCTATTT-TCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TTATCTCAAATTG
* * * * * * *
16346533 TTTTGA-CTTTTTGGTTCTATTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCATATTT-AGATTAA
320 TTATGATC-TTTT--TT-TATCATAAAACAATTTTTTTTTTTCATACAAACTTATTTGA-ATTAA
* * * * * * *
16346596 AATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAACTAA-TAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTT
380 AATAATACTAATTTAATAATA--TT-CCAA-AAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATT
* * * * * * * **
16346660 TACCAAA-CTAGATCAAATAATCATGACAACTT-GAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACC
440 TA-CAAACCAAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* *
16346723 TTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAGT
503 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* ** * * * **
16346754 TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTTATAATCCAAAAATTAATAATAAAG
1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGCAAG
* * * * * * * **
16346819 AGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACTGAACAAATTTAAACAATTAGGACTATTTGAGTAATTATC
65 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *** * **
16346884 TATTTGAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATTTTTTTTTTCTA-TTCATCTAAGCT
129 TATTTCAAATCA-TTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCT
** * * * *
16346947 TATTTTG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTGAGACAATTAACAAGTATA-TGATTTAA
190 TA-TTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAA
* * * * * * * * * *
16347009 AAATTAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATCGTTATGGCTATTTGAGCAATTATTTATTTCAA
252 AAAATAAATCTATTTTCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TTATCTCAA
* * * * * * * * *
16347074 CTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCACAC-AAGTTTTATTCATAT
316 ATTGTTATGA-TCTTT-TTTTATCATAAAACAATTTTTTTTTTTCATACAAACTTAT-TTGA-AT
* *** *
16347138 TAAAATAATATTAATTT-ATAAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
377 TAAAATAATACTAATTTAAT-AATATTCCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATAT
* * * *
16347202 ATTTACAGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
437 ATTTACA-AACCAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * *
16347266 CCATTTCTTTTGTAATAAAACACTTGTTTTAGT
501 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* * * * *
16347299 TCATATAAGCTTATTTGAAGTAAGATAATAATAATTTATTAATATTGCAAAAATTAATGAGCAAG
1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGCAAG
* * * * * *
16347364 A-ATATTAAAAAA-AGAATATGTTTACTGAATAAATTCAAATAGTTATGATTATCTAAACAATTA
65 AGAT-TTAAAAAATA-AATCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * **
16347427 TATACTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTT-TGTTCATGCAAGCT
127 TCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATAAAAGCT
** *
16347491 TATTTTG-AATATTATAAT-TTAAATTTATTAATA-TTCGAAATATTAATAAGTAA-A-ATTTTA
190 TA-TTTGAAATAAAATAATATT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTA
* * * * * *
16347551 AAAAATATATATGTTTTTTAAA-CACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTC
251 AAAAATAAATCTATTTTCTAAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATCTC
** * * * * * * *
16347615 AAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCGTAAACCAATTATTTCTGTTT-A-AAAAACTTTTTTGAA
314 AAATTGTTATGA-TCTTT-TTTTATCATAAAACAATT-TTTTTTTTTCATACAAACTTATTTGAA
* * * * *
16347678 ATAAAATAATACTAA-TTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATCT
376 TTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG---AGA-TTTAAAAAATAAATAT
* * * * * *
16347742 ATTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGAT
437 ATTTACAAACCAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
*
16347807 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTCTTTCTA-T
502 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGT
** * ***
16347839 TCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATAAGTTTG
1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGCAAG
* * * * *
16347904 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAA-ATATTAT
65 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTAT
* * * **
16347968 CTATTTCAAATCATAATGACATTTTA-TTTGACATAAAACAATTGTTTGTA-TTCATAAAAATTT
128 CTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CAGTTCATAAAAGCTT
* * * * ** *
16348031 A-TTCAGACTAAAATAATATTGATCTATTAATATTTTGATAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA
191 ATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* ** * * * *
16348091 CA-AAATTTATTCACTGAAA-CAGTTTAAATATTTATGACCATTTGAAC-A--ATTATCTAAAAT
255 -ATAAATCTATTTTCT-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTATCTCAAAT
* * * * * * *
16348151 CT-TTATGATCTTTATTTTGTCATAAAAAAAGTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAA
318 -TGTTATGATCTTT-TTTTATCATAAAACAATTTTTTTTTTTCATACAAACTTATTTGAATTAAA
** * * * *
16348215 ATAATACTAACATAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTTTTTGTCAA
381 ATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTT-ACAA
* * * * * *
16348280 ACC-GGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAACCTTTTGTT
445 ACCAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* *
16348344 TAGTCATAAAACAATTATTTTAGT
510 TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* ** * **
16348368 TCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAATTAATGGGCAAGA
1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGCAAGA
*
16348433 GATTTAAAAAGATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTGAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTAT
66 GATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTACT-AACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTAT
* * *
16348497 CTATTT-AAAGTCATTATGATCTTTCATTTTGCCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAACCTT
128 CTATTTCAAA-TCATTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTT
* * * * *
16348561 ATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGCAAGAGATTTAAAAAC
191 ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * *
16348626 TAAAGCTATTTTCTGAACCACTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATTG
256 TAAATCTATTTTCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATCTCAAATTG
* *
16348691 TTATGATCTTTATTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTTTTATCATACAAACTTATTTGAATAAAAA
320 TTATGATCTTT-TTTTATCATAAAACAATT-TTTTTTTT-TCATACAAACTTATTTGAATTAAAA
*** * * * *
16348756 TAATACTAATTTAATAATATTTTGATAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAA
382 TAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTAC-AAA
* * * *
16348821 TC-AGTTTAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACC-TTTGTTT
446 CCAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
16348884 AGTCATATAATAACTATTTAAGT
511 TGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* * **
16348907 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCCTG
1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGCAAG
* * * *
16348972 AGATTTGAAAAAATAAATATTTTTACTAAGCATGTTCAAATAGTTACGACTATTT---C-A-TAT
65 AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * ** *
16349032 C----T---AT--TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTATGACCATGTTCA-AATA
128 CTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT-T---CA-GTTCATAAAA
* ** ** ** * *** *** * * *
16349087 --TATATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCA-TAAAA
187 GCT-TATTTGAAAT-AAAAT-AATATTAATTTAT-TAATATTTCAA--AAATTA-ATAAGTAAGA
* * * * * * * **
16349148 GCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAA-CATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTT
245 GATT-T--AAAA-AATA-AAT-CTATTTTCTAAACCAGTTCAAATAGTT-AT--G--A-CTATTT
* * ** * ** * **
16349211 AAAAAATAAATTAGTTTAATGAATCAATTCAAATAATCATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTT
298 ---GAA-CAATTA---T--T--ATC---TCAAATTGTTATGATC-TTT-------T-TTTATCAT
* * * * * **
16349276 AGATCATTATTATCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTT---TTCAACATACAAACTTTTTT
340 AAAACA--A-T-T-TTTT-TTTT-TCATACAAAC--TTATTTGAATT-AAAATA-ATAC-TAATT
* * * * * * * **
16349337 TAAATAA-AAT--AATATAATTTATTA-ATATTTCAAGAATTAATAAGAGAT-TTAAAAAAGAAA
393 T-AATAATATTCCAA-A-AATTAATAAGAGATTT-AA-AA--AATAA-ATATATTTACAAACCAA
* * * * * **
16349397 TCTGTTTGTTGATACAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATTGTTA
450 -------GTTCAAATAGTTAAGACTA-TTA-GA--A--T----AATTATCTATTTCAAATCATTA
* * ***
16349461 T-AACTCTTGTTCAATCATAAAACAATTGTTTCTA-T
498 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGT
* * * * *
16349496 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAGTTTAGTAATATTCCAAAAATTAATAA-CTAT
1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGC-AA
* * * * * * * *
16349560 GAGACTT-GAAAATAAAT-TCATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAAAAATTA
64 GAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * * *
16349623 TTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAAGCTCATAGAAGCTG
127 TCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTT
* * * * *
16349688 ATTTGGAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A-TAAAAGATTTAGAAAA
191 ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * ** * * * *
16349749 TAATTCTATTTAT-GAAATTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGCACAATTATCTATTTCAAATT
256 TAAATCTATTT-TCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATCTCAAATT
* * * * * * ** * * *
16349813 GTTATTA-CTTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCGAAATAAA
319 GTTATGATC-TTT--TTTTATCATAAAACAATTTTTTTTTTTCATACAAACTTATTTGAATTAAA
* * * * *
16349877 ATAATACTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATCAATAAGATATTTAAAAAGTAAATCTACTT
381 ATAATACTAATTTAATAATATTCCA-AAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATATA-TT
** ** * * *
16349941 GCCAAACC--GTTTCAAATAGTTTTGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
440 TACAAACCAAG-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * *
16350004 TTTATTTTGTCATCATACAATTGGTTCTA-T
504 TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGT
* * ** ** * * * * *
16350034 TTATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATGCAAATTTAATAATATATCAAAACTTAATAACCAAG
1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGCAAG
* ** * ** * * ** **
16350099 AAAACT-AAAAATAAATCTAATTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTACAT-ATATGATTA
65 AGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTA
* ** * * ** *
16350161 TCTATTTCAAATTATTATGACCTTTGCTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGTTTGTAGAAGCTT
127 TCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTT
* * * * *
16350225 A-TTCATATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTAAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
191 ATTTGA-AATAAAATAATATTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * * * * *
16350288 AATAATTTTGTTTACTAAATCATTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAAT
254 AATAAATCTATTTTCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATCTCAAAT
* * * * * *** ** *
16350353 CGTTTTGACCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTATTAAGAA-TAA
318 TGTTATGATC-TTTTTTTA-TCATAAAACAATTTTTTTTTTTCATACAAACTTATT-TGAATTAA
* * * * ** * * * *
16350417 ATTAATACTAACTTATTAACATTTGAAAATTTAATAAGAAAGAGATTTAAATAATAAATCTGTTT
380 AATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATATATTT
* * * ** * * * * * * *
16350482 ACTGAA-CAAATTTAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACATT
441 AC-AAACCAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
** *
16350546 TTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT
505 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* ** * * **
16350575 TAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCCTAAATTAATAA--AA-A
1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGCAAGA
* * * * *
16350637 -ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA-ATCAGTTAAAATAATTATG-GTCATTTGAATAATTAT
66 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAACA--AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTAT
* * * *
16350699 CGATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTT--TTATCATAAAAGCTT
128 CTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATAAAAGCTT
** * * * * * * *
16350762 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAACTGATAGGTAACAGATTTAAACAA
191 ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * *
16350827 TAAAAT-T-TTTTATTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCAATCTTAAAT
256 T-AAATCTATTTT-CTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATCTCAAAT
** ** * * * ** * * * * *
16350890 CATTAAAATCTTTATTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTAATGATAGAAGCTTA-TTCAGTTAAAA
318 TGTTATGATCTTT-TTTTATCATAAAACAATTTTTTTTTTTCATACAAACTTATTTGAATT-AAA
* * * * * * **
16350954 ATAATATTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTTAAACATAAATGTGTTTGTTAA
381 ATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTT-ACAA
* *
16351019 ACCAA-TTCAAATAGTTGAA-ACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCA-AACCTTTTG
445 ACCAAGTTCAAATAGTT-AAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTG
* * * *
16351081 TTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-T
508 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* * * * * * * ** *
16351106 GTCTTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CAAAATCTGTGAACATTTGGAAAATTAATAAGTA
1 -TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCA
* * *
16351170 AAAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTA-TAGAACAAGCTT-AAATAGTTATGATTATTTGAACAA
63 AGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACT--AACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * *
16351233 TTAAT-TATATGAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAA
124 TT-ATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAA
** * *
16351297 GCTTA--T---CCAAAAT-A-A--AA---A--AA-A----AAAAATTGATAAGCAAGAG-TTTAA
187 GCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-A
* * * * * * *** * * *
16351342 AAAAATAAATTTGTTTACAAAACAAATTTTGATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAA
251 AAAAATAAATCTATTTTCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATCTCA
* * * * * *** * ** *
16351407 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
315 AATTGTTATGATC-TTT-TTTTATCATAAAACAATTTTTTTTTTTCATACAAACTTATTTGAATT
* * * * * * * * *
16351472 AACATAATTCTAATTTATTAATATTCC-CAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTGC
378 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTT-A
** * * ** * ** * * *
16351536 CAAA-TTAGTTTAAATAATTGTG-GTCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATCACCTTT
442 CAAACCAAGTTCAAATAGTTAAGACT-ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * **
16351599 TGTTTGGTCATATAACAATTATTTTTTT
506 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* * *
16351627 ATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT-A-A-TAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAA
1 -TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGCAA
* * * * *
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64 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
16351753 TTACTTCAAATCGTTATAACCTTTT-TTTATGTCATAAACCAATTATTTCTA-CTCATACAAGCT
128 CTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTATTT-TGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCT
* * * * * * *
16351816 TA-TTCAAATAAAACAATACTAATCTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAA
190 TATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
16351879 AATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATAT-AACCAATTATCTAAT-TCAA
254 AATAAATCTATTTTCTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTAT-T-ATCTCAA
* * ** * * *** * * **
16351942 ATCGTTATGACCTTTTATGTCGTCATAAAAGAATTTTCTCAATTAATACTAGTTTATTTTGAA-T
316 ATTGTTATGATCTTTT-T-TTATCATAAAACAATTTTTTTTTTTCATACAAACTTA-TTTGAATT
* * * * * *
16352006 AAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-AAAAA-AATTCTA-
378 AAAATAATACT-AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAAATAAATATAT
* * *
16352067 TTACCTAAATC-A-TTCAAATAATTATGACTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
439 TTA-C-AAACCAAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
** * * *
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501 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* * ** * *
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* * *
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64 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATT
* * * * ** * **
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126 ATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTAT-TT-TGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATAAAAG
* * * ** * * * *
16352348 CTTA-TTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTA
188 CTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * * *
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252 AAAATAAATCTATTTTCTAAACCAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTAT-TATCTCA
* * * * *** * ** * *
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315 AATTGTTATGATC-TTT-TTTTATCAT-AAAACAATTTTTTTTTTTCATACAAACTTATTTGAAT
* * * *
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* * * * * ** ** *
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* * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * **
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* * * * * *
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* * * * ** * *
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** * * * * * *** ** * *
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* * *
16353083 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAAAAGTAAGAGAATTAAAGAAATAAATTTA
378 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATT---AA-TAAGAGATTTAAA-AAATAAATATA
* * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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CAATTGTTTTAGT
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** * * **
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* * * * *
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* * *
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* * * **
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* * * **
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* * *
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AATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAAAAAA
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*
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* * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * ** *
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** ** * * * * **
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* * * * * *
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*
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* * *
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* * * * * ** *
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*
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * **
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* * * ** * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* ** * * * * * ** * *
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* *** *
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* * * * * **
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* * * * * * **
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* * * * * * *
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** * * * * * *
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16355059 ACCAAACAAG
Statistics
Matches: 1045, Mismatches: 226, Indels: 100
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Matches are distributed among these distances:
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353 3 0.00
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363 13 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (353 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATAATAATAAGATATTTAAAAAATAAATCTC
TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
TTTTGTTTTATCATAAAACAATTAATTATGTTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACAAAT
TAATAATATTCTAAAAATTATAATAAAGATTTAAAACATAAATTTATTTGTTGACCAGTTCAAAT
AGTTAAGGCTATTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
TTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCGA
Found at i:16355050 original size:180 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 9.3 Consensus size: 180
16353372 AATTATTTAG
* * * * * * *
16353382 AATAAAATAATAATAATTTATTACTATTTTGAAA--ATTAA-TAAGATATTTAAAAACTAAATCT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * ** * * * * * * **
16353444 CTTTACTAAACCAG-TTCAAATTGTTATGATTGTCTAAACAATTATCTATCTCCAATCATTATGA
66 GTTTACT-GACCAGATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * *
16353508 -TTTTTGTTTTGTCCTAAAACATTTA-TTTATGTTCA-ACAAGCTTATTC-A
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTA-GTTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * * * *
16353556 AAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCT-AAA-CATTAA-TAAG-GATTTAAAAACTAAATA
1 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
* ** * * * * ** *
16353617 TATTTGTTGACCAG-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGA
65 TGTTTACTGACCAGATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * **
16353681 CCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGA-TTCAACTCATACAAGCTTATTCGA
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * * *
16353732 AAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTC--AAA-AAATTATTAAGA-AATTAGAAAA-AAATCT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * **
16353792 GTTTACCGA--AGAAGTTGAAATAGTTTTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
66 GTTTACTGACCAG-A-TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * * * *
16353855 ACCTTATATTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGTTTATCCGA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * * * *
16353907 AATAAAATAATATTACTTTGTTAATATTATAAAAATTGATAAGTT-AGAGATTTAAAACATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-GAAATTAATAA-TTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * *
16353971 CA-GTTTATTGAATTAG-TTCAAATAATTATGGCCATGTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA
64 -ATGTTTACTG-ACCAGATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* * * **** *
16354034 TGAACTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCCTATTCGA
127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * * * *
16354088 AATAAAATAATACTAATTTATTTATATT-TAAAAAATAATAAGTAGGATATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-GAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
* * * *
16354152 TCTTTATTGAACCAG-TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATA
65 TGTTTACTG-ACCAGATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * *
16354216 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTA-ATTATGCTCATACAAGCTTATTAGG
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTA-GTTCATACAAGCTTATTCGA
* ** * * * * * *
16354268 AATAAAATAATACAAATGCAATAATATTCTAAATATTAATAACTAAAAGATTTAAAACATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAA-ATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * * * *
16354333 TATTTGCTGAGCCA-AATCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATG
65 TGTTTACTGA-CCAGATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * *
16354397 ACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGCTCTTACTAA-CTTATTCAA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAC-AAGCTTATTCGA
* * * * *
16354449 AATACAATAAAACAAATTCATTAATATT-TGAAAACTTAATGAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTG-AAA-TTAAT-AATTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * *
16354512 TTTGTTTACTGAACCAG-TTCAAATAATTATAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTA
63 TATGTTTACTG-ACCAGATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* * * * *
16354576 TGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATGT-TTTTA-TTCATATAAGTTTGTTCAA
127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGA
* * *
16354630 AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAAATAAATA
* ** ** * **
16354692 TATTTATCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGAATATTTAGGCAATTATT-T-TATTTCAAATCATT
65 TGTTTA-CTGACCAGATTCAAATAGTTATGGCTATTT--G-AATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* ** * * * *
16354754 GTGATTTTTTATTTTGTTATAAAACAA-TAGTTTTTGTTCGTACAAGCTTATTC-A
126 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * **
16354808 AATTAATATAATACTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAA-AAATTTTTTAAAATAAA
1 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGA-AATTAATAATTAAGAGA-TTTAAAAAATAAA
* * * * *
16354872 TATGTTTACTGACTAGATT-AAATAGTAATGACTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATTGTTAT
63 TATGTTTACTGACCAGATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * *
16354936 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGTTTATTCGA
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGA
* *
16354989 AATAAAATGATACT-ATGTTATTAATATTCTGAAAGTCAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTCTGAAA-TTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
16355053 CTATTTACCA
Statistics
Matches: 1180, Mismatches: 253, Indels: 122
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 2 0.00
173 45 0.04
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175 183 0.16
176 4 0.00
177 12 0.01
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179 87 0.07
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183 7 0.01
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
GTTTACTGACCAGATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGA
Found at i:16355361 original size:226 final size:225
Alignment explanation
Indices: 16354958--16355413 Score: 680
Period size: 226 Copynumber: 2.0 Consensus size: 225
16354948 TGTCATAAAA
* * *
16354958 AAATTATTTCAGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATGATACTATGTTATTAATATTCTGAAA
1 AAATTATTTCAGTTCATATAAGGTTATTCGAAATAAAATAATACTATGTTATTAATATTCCGAAA
* *
16355023 GTCAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGGTTAAATAACTATGACCAT
66 GTCAATAATCAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGGTTAAATAACTATGACCAT
* * *
16355088 TTGAACAATTATTGATTTGGAATTGCTATAACCTTTTGGTGTGTCATAAAATGATTTTTTTTTGT
131 TTGAACAATTATCGATTTGGAATAGCTATAACCTTGTGGTGTGTCATAAAATGA-TTTTTTTTGT
* *
16355153 TTATACAAGCTTGTTTCAAATAACATAATAC
195 TCATACAAGCTTATTTCAAATAACATAATAC
16355184 AAATTATTTCAGTTCATATAAGGTTATTTC-AAATAAAATAATACTATGTTATTAATATTCCGAA
1 AAATTATTTCAGTTCATATAAGGTTA-TTCGAAATAAAATAATACTATGTTATTAATATTCCGAA
* *** * *
16355248 AGTCAATAATCAAGAGATTTAAAAAATGAATATATTTATTGAACAAGTTTAAATAATTATGACCA
65 AGTCAATAATCAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGGTTAAATAACTATGACCA
* * * *
16355313 TTTGGACAATTGTCGATTTGGAATAGTTATAACCTTGTGGTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTGT
130 TTTGAACAATTATCGATTTGGAATAGCTATAACCTTGTGGTGTGTCATAAAATGATTTTTTTTGT
** *
16355378 TCATACAAGCTTATTTTGAATAACATCATAC
195 TCATACAAGCTTATTTCAAATAACATAATAC
16355409 AAATT
1 AAATT
16355414 TATTAATATT
Statistics
Matches: 206, Mismatches: 23, Indels: 3
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
225 41 0.20
226 162 0.79
227 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (225 bp):
AAATTATTTCAGTTCATATAAGGTTATTCGAAATAAAATAATACTATGTTATTAATATTCCGAAA
GTCAATAATCAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGGTTAAATAACTATGACCAT
TTGAACAATTATCGATTTGGAATAGCTATAACCTTGTGGTGTGTCATAAAATGATTTTTTTTGTT
CATACAAGCTTATTTCAAATAACATAATAC
Found at i:16355655 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 16355197--16355994 Score: 600
Period size: 181 Copynumber: 4.4 Consensus size: 178
16355187 TTATTTCAGT
* * * * * * *
16355197 TCATATAAGGTTATTTCAAATAAAATAATAC-TATGTTATTAATATTCCGAAAGTCAATAA-TCA
1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAAT-TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-A
* *** * * * * *
16355260 AGAGATTTAAAAAATGAATATATTTATTGAACAAGTTTAAATAATTATGACCATTTGGACAATTG
64 A-AGATTTAAAAAA--AATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
** ** * * * * * * **
16355325 TCGATTTGGAAT-AGTTATAACCTTGTGGTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTGT
126 TTTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTCC
* * *
16355378 TCATACAAGCTTATTTTG-AATAACATCATACAAATTTATTAATATT--AAGACAATTAGTAAGT
1 TCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAGT
* * *
16355440 AAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTA-TAGAACAAGTTCAAATCA-TTATGACAATTTGAACAAT
63 -AAAGATTTAAAAA-AAATATGTTTACCA-AACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAAT
* *
16355503 TGTTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGCC
124 TATTTATTTCAAA-TCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-CC
* *** * *
16355560 T-ATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATATTTATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAA
1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * *
16355624 GATTTAAAAAAATATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATTTA
66 GATTTAAAAAAA-ATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
** * ** * * ***
16355689 AATCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTTTCAAT
130 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTCC
** *
16355738 TCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTCCAAAAAATTAA-AGAGTA
1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCC-AAAAATTAATA-AGTA
* * * *
16355801 AGAGAATTAAAAAACAA-ATCAGTTTATCGAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTCTCTGAACAAT
64 A-AGATTTAAAAAA-AATAT--GTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * *
16355864 TATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTC-CAT
124 TATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTC-C
* ** * * *
16355919 TCACACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATAAATTTATAAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAAA
1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
*
16355984 AATTTAAAAAA
66 GATTTAAAAAA
16355995 TAAATCAATT
Statistics
Matches: 494, Mismatches: 93, Indels: 61
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
178 5 0.01
179 82 0.17
180 143 0.29
181 243 0.49
182 19 0.04
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (178 bp):
TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
GATTTAAAAAAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTCC
Found at i:16356432 original size:490 final size:486
Alignment explanation
Indices: 16355539--16356487 Score: 1086
Period size: 490 Copynumber: 1.9 Consensus size: 486
16355529 TTTGTTTTGT
* * * * *
16355539 CATAAAATAATTGTTTCTGCCTATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATATTTATTTATTAATAT
1 CATAAAATAATTATTTCTGCCTATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATGTAATAATAT
* * * * *
16355604 TTCAACAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAAATATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATA
66 TTCAAAAATTAATAACTAAAGATTTAAAAAAAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATA
* * * *
16355669 ACTATTTGAATAATTATTTAAATCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTTT
131 ACTATATGAACAATTATTTAAATCAAATCATTATGACCTTTTATTTCATAATAAAACAATTGTTT
* ** * * * *
16355734 CAATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTCCAAAAAATTAAAGAG
196 CAATTCATCTAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATCTATTAATTTCCAAAAAATTAAACAG
* * *
16355799 TAAGAGAATTAAAAAACAAATCAGTTTATCGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTCTCTGAACAAT
261 TAAGAGAATTAAAAAACAAATCAGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAAT
* * *
16355864 TATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTCCATTCACACAAGC
326 TATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATAGTTCCATTCACACAAGC
* *
16355929 TTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATAAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAA
391 TTATTCCAAATAAAATAATACT-AATCTATAAATATTCCAAAAATTAATAAG---AAATTTAAAA
16355993 AATAAATCAATTTTTGTTATAACTTTTTGTTCTAA
452 AATAAATCAATTTTTGTTATAACTTTTTGTTCTAA
* *
16356028 CATAAAATAATTATTTTTG-TTCATACAAGCTTATTCAT-AA-TAAAATAATACTAATGTAATAA
1 CATAAAATAATTATTTCTGCCT-ATACAAGCTTATT--TGAATTAAAATAATACTAATGTAATAA
* * * *
16356090 TA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGCGATTTAAAAAAAAAT-TATTTGCTAAACCAGTTCAAATAG
63 TATTTC-AAAAATTAATAACTAA-AGATTTAAAAAAAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * ** * ** **
16356153 TTA-AAGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTTTCGTAAAACAA
126 TCATAA-CTATATGAACAATTATTTAAATCAAATCATTATGACCTTTTATTTCATAATAAAACAA
* * * *
16356217 TTTTTTCAATTCTTACTAA-CTTATTCAAAATTAAATAAAACAAATCTATTAATATTTCAAAAAA
190 TTGTTTCAATTCAT-CTAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATCTATTAAT-TTCCAAAAAA
* ** * * * * ** *
16356281 TTAATCAGTAAGAGGTTTAAAAAATAATTCTGTTTGCCGAATGAGTTCAAATAATTATGACTATT
253 TTAAACAGTAAGAGAATTAAAAAACAAATCAGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAATTATGACTATC
* * * ***
16356346 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTC
318 TGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATAGTTCCATTC
** * * * * * *
16356411 TTATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATCTATAAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
383 ACACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATACTAATCTATAAATATTCCAAAAATTAATAAGAAATTT
16356476 AAAAAATAAATC
448 AAAAAATAAATC
16356488 TGTTTATCAA
Statistics
Matches: 379, Mismatches: 72, Indels: 20
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
487 17 0.04
488 6 0.02
489 171 0.45
490 183 0.48
491 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (486 bp):
CATAAAATAATTATTTCTGCCTATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACTAATGTAATAATAT
TTCAAAAATTAATAACTAAAGATTTAAAAAAAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATA
ACTATATGAACAATTATTTAAATCAAATCATTATGACCTTTTATTTCATAATAAAACAATTGTTT
CAATTCATCTAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATCTATTAATTTCCAAAAAATTAAACAG
TAAGAGAATTAAAAAACAAATCAGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAAT
TATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATAGTTCCATTCACACAAGC
TTATTCCAAATAAAATAATACTAATCTATAAATATTCCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATA
AATCAATTTTTGTTATAACTTTTTGTTCTAA
Found at i:16356738 original size:357 final size:358
Alignment explanation
Indices: 16356168--16356825 Score: 824
Period size: 357 Copynumber: 1.8 Consensus size: 358
16356158 GCTATATGAA
* * * *
16356168 CAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTTTCGTAAAACAATTTTTTCAATTCTTAC
1 CAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTTTCATAAAACAATATTTTCAATTCATAC
* * * **
16356233 TAACTTATTCAAAATTAAATAAAACAAATCTATTAATATTTCAAAAAATTAATCAGTAAGAGGTT
66 CAACTTATTCAAAATTAAATAAAACAAATCTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAAATT
* * * * * * * *
16356298 TAAAAAATAATTCTGTTTGCCGAATGAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
131 TAAAAAACAAATATGTTTACCGAATGAGATCAAATAATCATAACTATTTGAACAATTATCAATTT
* *** * * * *
16356363 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAA-TATTTTTGTTCTTATAAGTTTGTTCGA
196 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTATTTCAATTCATATAAGGTTATTCAA
*
16356427 AATAAAATAATACTAAT-CTATAAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
260 AATAAAATAATACT-ATGCTATAAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
16356491 TTATCAAAGTTGTTCAAATAGTTATGAATATCTAG
324 TTATCAAAGTTGTTCAAATAGTTATGAATATCTAG
* * *
16356526 CAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTT-ATAAAACAATATTTTCTATTCATA
1 CAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTT-TTCATAAAACAATATTTTCAATTCATA
* * * * * ** *
16356590 CCAGCTTGTTC-AAATTAATATAATACTAATTTATTAATATTT-TGACAATTAATAAGTAAAAAA
65 CCAACTTATTCAAAATTAA-ATAAAACAAATCTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAAA
* * * * * *
16356653 TTTTAAAAACAAATATGTTTATCGAACT-AGATCTAATAGTCATAACTTTTTGAATAATTATCAA
129 TTTAAAAAACAAATATGTTTACCGAA-TGAGATCAAATAATCATAACTATTTGAACAATTATCAA
16356717 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGGTTATTC
193 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGGTTATTC
* *
16356782 AAAATAAAATAATACTATGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
258 AAAATAAAATAATACTATGCTATAAATATTCCAAAAATTAATAA
16356826 TTAAGAGATT
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 45, Indels: 11
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
356 5 0.02
357 160 0.64
358 83 0.33
359 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
CAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTTTCATAAAACAATATTTTCAATTCATAC
CAACTTATTCAAAATTAAATAAAACAAATCTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAAATT
TAAAAAACAAATATGTTTACCGAATGAGATCAAATAATCATAACTATTTGAACAATTATCAATTT
CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGGTTATTCAAA
ATAAAATAATACTATGCTATAAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
ATCAAAGTTGTTCAAATAGTTATGAATATCTAG
Found at i:16356770 original size:181 final size:179
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Indices: 16356047--16356871 Score: 658
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16356037 ATTATTTTTG
* * * *
16356047 TTCATACAAGCTTATTCATAA-TAAAATAATACTAATGTAATAATATTCT-AAAAATTAATAACT
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATTAAAATAATACTAATCTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
16356110 AAGCGATTTAAAAAA-AAAT-TATTT-GCTAAACCAGTTCAAATAGTTA-AAGCTATATGAACAA
65 AA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAA-TAGTTCAAATAGTTATAA-CTATTTGAACAA
* * * * * * * *
16356171 TTCTTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTTTCGTAAAACAATTTTTTCAA
126 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATATTTCAA
* * * *
16356226 TTCTTACTAA-CTTATTCAAAATT-AAATAAAACAAATCTATTAATATTTCAAAAAATTAATCAG
1 TTCATAC-AAGCTTATTCAAAATTAAAATAATACTAATCTATTAATATTT-AAAAAATTAATAAG
* * ** * *
16356289 TAAGAGGTTTAAAAAATAATTCTGTTTGCCGAATGAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
64 TAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAT-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT
* ***
16356354 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTG
127 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATATTTCAA
* * * * * * *
16356408 TTCTTATAAGTTTGTTCGAAA-TAAAATAATACTAATCTATAAATATTTCAAAAATTAATAAG--
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATTAAAATAATACTAATCTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTA
* * * *
16356470 -AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAGTTGTTCAAATAGTTATGAA-TATCT-AGCAATTA
66 AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-TAGTTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTA
* * * * * *
16356532 TTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATATTTTCTA
129 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATA-TTTCAA
* * * * ** *
16356584 TTCATACCAGCTTGTTC-AAATTAATATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATTAAAATAATACTAATCTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGT-
* * * * * * * * *
16356648 AAAAATTTTAAAAACAAATATGTTTATCGAACTAGATCTAATAGTCATAACTTTTTGAATAATTA
65 AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-TAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
*
16356713 TCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAA
129 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAA-TATTTCAA
* * * ** *
16356765 TTCATATAAGGTTATTCAAAA-TAAAATAATACT-ATGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATT
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATTAAAATAATACTAAT-CTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGT
* * * * *
16356828 AAGAGATTTGAAAAATGAATCTATTTACCGAATAAGTTTAAATA
65 AA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAT-AGTTCAAATA
16356872 ATTTATAATA
Statistics
Matches: 514, Mismatches: 106, Indels: 50
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Matches are distributed among these distances:
175 7 0.01
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178 3 0.01
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183 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TTCATACAAGCTTATTCAAAATTAAAATAATACTAATCTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTA
AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATATTTCAA
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Period size: 86 Copynumber: 2.0 Consensus size: 86
16356780 TCAAAATAAA
16356790 ATAATACTATGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGA-GATTTGAAAAATGAATCTATTT
1 ATAATACTATGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAA-ATGATTTGAAAAATGAATCTATTT
*
16356854 ACCGAATAAGTTTAAATAATTT
65 ACCGAACAAGTTTAAATAATTT
*** * **
16356876 ATAATACTATGTTATTAATATTTTGAAAATTTATAATTAAATGATTTTTAAAATGAATCTATTTA
1 ATAATACTATGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAATGATTTGAAAAATGAATCTATTTA
16356941 CCGAACAAGTTTAAATAATT
66 CCGAACAAGTTTAAATAATT
16356961 ATGACCATTT
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 7, Indels: 2
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
85 1 0.01
86 76 0.99
ACGTcount: A:0.45, C:0.06, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (86 bp):
ATAATACTATGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAATGATTTGAAAAATGAATCTATTTA
CCGAACAAGTTTAAATAATTT
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16356866 TAAATAATTT
* * * * * * * *
16356876 ATAATACT-ATGTTATTAATATTTTGAAAATTTATAATTAAATGATTTT-TAAAATGAATCTATT
1 ATAATACTAAT-TTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * * * * ** ** * *
16356939 TACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACCATTTGAACAATAATCGATTTGGAA-TCGCTATAATCT
65 TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAACT-ATTATGACCT
* ** * * ** *
16357003 TTTGGTTTATCATAAAATTATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTTCAAATAAA
129 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATCCG-A-AAGCTTATTTGAAATAAA
* * * *
16357056 ATAATACAAATTTATTAAT-TTTAAGACAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATTTATT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTT-CGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * *
16357119 TACTGAACAAGTTTAAATCGTTATGACTATTTGAATAATTATTTCTTTCAAACTCTTATGACCTT
65 TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAACTATTATGACC-T
* * * * *
16357184 TTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATCCG-GAGCTTATTTGGATTAAT
129 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATCCGAAAGCTTATTTGAAATAAA
* * *
16357235 ATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAT--A--TGTTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTT
** * * * * *
16357296 ACCAAACAAGTTCAAATAGTCACGACTATTTGAATAATTATCAACTTCAAAAC-ATTGTGACCTT
66 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAACTATTATGACCTT
* * * * *
16357360 GTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAA
130 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TC-CGAAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * *
16357413 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATAA-ACAGTCAAACA-ATTAAAAAATTAAATTTGT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATA-AGTAAAAGATTTTAAAAAA-TAAATTTGT
* * * * *
16357475 TTGCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAAC-ATTACGACC
64 TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAACTATTATGACC
* ** * ** *
16357539 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGCTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAA
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* * * * *
16357594 ATAATA-TAAAGTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTT-AAAAATAAATTTATT
1 ATAATACT-AATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * **
16357656 TTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCAC
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* * * * * * *
16357721 TTGTTTTGA-CCTAAACCAATTGTTTATGTTCGAAAAACATTATTTGGAATAAA
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* * * * * * *
16357774 ATAATACTCACTTATTAATA-TTCCAAAATGAAAAAGTCAAAGATTTT-AAAAATAAATCTGTTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * *
16357837 A-TCGAACGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAA-TCATTATGATCC
66 ACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAACT-ATTATGA-CC
** * * *
16357900 -TTTG-----TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTGTTTAAAATAAA
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* * ** * * * * *
16357949 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAACAAGTTGAACA-TTTAAAACATTAATCTATT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-GAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATTTGTT
* ** * * * *
16358012 TTCCAAACAAGTTCAAATAAG-CATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAA-TCATTTTGAC
65 TACTGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAACT-ATTATGAC
* * ** * * * * **
16358074 ATTTTGTTTCATTGTAAAATAATTATTTCTATTCATGCAAA-ATTATTCAAAATAAA
127 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TC-CG-AAAGCTTATTTGAAATAAA
* * **
16358130 ATAATACTAATTTATTACTA-TTCAAAAATTAATAAG----AGA-TTTAAAACCTAAATCTT-TT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAAT-TTGTT
** * * * * * *
16358188 TACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATGATCTATCTCAAA-TCATTATTATC-
65 TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAACT-ATTATGACCT
* * * * * ** * *
16358251 TTTGTTTTGTCCTAAAACATTTATTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAA
129 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TCCGA-AAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * * * * *
16358305 TTATTACTAAATTAATAATA-TTCTAAACATTAATAAGT-AAGGA-TTAAAAAAATAAATGTGTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAA-ATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATTTGTT
** * * * ** * * * * *
16358367 TGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTT
65 TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAACTATTATGACCTT
* * *
16358432 TTG-TTTAGTCATAAAATAATTGCTTC-AGCTC-ATACATGCTTATTCT-AAATAAA
130 TTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATC-CGA-A-A-GCTTATT-TGAAATAAA
* *
16358485 ATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAA-A--TT-AAAAA-AAATTTGT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-GAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTTAAAAAATAAATTTGT
** * * * * * *
16358544 TTACCAAAAAAATTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCCATTT-AAAATCATTATGACC
64 TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAACT-ATTATGACC
* ** ***
16358608 TTTTATTTT-TCCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAA
128 TTTTGTTTTAT-CATAAAACAATTGTTTCTA--TC-CGAAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * * * * * **
16358663 ATAATATTACTTCATTAATATTAT-AAAAATTGATAAGTTAGAGA-TTTAAAACATAAATTAATT
1 ATAATACTAATTTATTAATATT-TCGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * * * * * *
16358726 TATTCAATC-CGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTC-AAGTCATTATTAGC
65 TACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAACT-ATTATGACC
* * ** * * * *
16358789 TTTTGTTTTGTCA-ACAAACAATTGTTTTTCATCATACATGCCTATTTGGAATAGA
128 TTTTGTTTTATCATA-AAACAATTGTTTCT-ATCCGA-AAGCTTATTTGAAATAAA
* ** * *
16358844 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-ATTAAAAAATAAATATGTTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * * * *
16358908 ATTAAACTAGTTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTT
66 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAACTATTATGACCTTT
* ** * * * * * **
16358973 TGTTCTATACTATTTGAACAATTATTTAT-TTCAAATTGTTATGACTATTCGTTTTGTCATAAA
131 TGTTTTAT-C-A-TAAAACAATTGTTTCTATCCGAA-----A-G-C--TT--ATTTGAAATAAA
* ** * * * * *
16359036 ACAATTGTTTATGTTCATAAAGTCTTATTCG-AAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTTTGA
1 ATAA-TACTAAT-TT-ATTAA-T-AT-TTCGAAAATTAA-TAA-G-T-A---A--AAGATTTT-A
***** * * * *** * * *
16359100 AAATTAATAAGCAACACATT-C-AAAAAATGAATCTGTTGGTTTTGACTATTTGAATAATTTTCT
50 AAA--AATAA--ATTTGTTTACTGAACAA-G-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * *
16359163 ATTTCAAA-TCATTATAACCTTTTGTTTTATCACAAATCAATTTTTTCTAAT-CGTACAACCTTA
109 ATTTCAAACT-ATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATCCG-A-AAGCTTA
* ** *
16359226 TTCGAAACGAT
170 TTTGAAATAAA
* ** * * * * *
16359237 ATAATTCTAACATATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAGAGA-TTTAAAAAATGAATTTATTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * ** * *
16359301 ATTGAATAAGTTTAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCT-TTTCAAA-TCGCTATAACTTT
66 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAACT-ATTATGACCTT
* * * * **
16359364 TTGCTTTGTCATAAAACAATAT-TTTCTATTCAGACAAACTTATTCCAAATAAA
130 TTGTTTTATCATAAAACAAT-TGTTTCTA-TCCGA-AAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * * *
16359417 ATAACACAAATTTATTAATA-TTCAGACAATCAAAAAGTAAAAGATTTTAAAAAAATAAATTTAT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-GAAAATTAATAAGTAAAAGATTTT-AAAAAATAAATTTGT
* * * * * *
16359481 TTA-TCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATTTATTTTAAA-TCGTTATGAC
64 TTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAACT-ATTATGAC
* * * * ** *
16359544 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAA
127 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATCCGA-AAGCTTATTTGAAA-TAAA
* *
16359600 ATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAAA-TAATAAGTAAAAGATTT
1 ATAATACTAATTTATTAATATTTCGA-AAATTAATAAGTAAAAGATTT
16359647 GAACAATTAT
Statistics
Matches: 1963, Mismatches: 477, Indels: 299
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 2 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
ATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTT
ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAACTATTATGACCTTT
TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATCCGAAAGCTTATTTGAAATAAA
Found at i:16357528 original size:181 final size:179
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Indices: 16356944--16363378 Score: 2222
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16356934 CTATTTACCG
* * * * * ** ** * * *
16356944 AACAAGTTTAAATAATTATGACCATTTGAACAATAATCGATTTGGAATCGCTATAATCTTTTGGT
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** * * ** * *
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* * *
16357073 AT-TT-TAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTG
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* * * * *
16357124 AACAAGTTTAAATCGTTATGACTATTTGAATAATTATTTCTTTCAAACTC-TTATGACCTTTTTG
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* * * * * *
16357188 TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTA-TC---CGGAGCTTATTTGGATTAATATAATATTAATTTA
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* * * * *
16357249 TTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAT--A--TGTTTACCA
128 TTAATATTCT-AAAAATAATAAGT-AAAGA-ATTAAAAAATAAATTTGTTTACTA
* * * * * * * *
16357300 AACAAGTTCAAATAGTCACGACTATTTGAATAATTATCAACTTCAAAACATTGTGACCTTGTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * **
16357365 TTATAATAAAACAATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
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* * *
16357430 ATATTCTAAAAATAA-ACAGTCAAACAATTAAAAAATTAAATTTGTTTGCTG
131 ATATTCTAAAAATAATA-AGT-AAAGAATTAAAAAA-TAAATTTGTTTACTA
* * * *
16357481 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTACGACCTTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* ** * * *
16357546 TTGTCATAAAACAATTGGCTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAAGTTATT
66 TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATT
* * * * * *
16357610 AATGTTCCAAAAATTAATAAGTAAA-AATTTTAAAAATAAATTTATTTTCTG
130 AATATTCTAAAAA-TAATAAGTAAAGAA-TTAAAAAATAAATTTGTTTACTA
* * * * **
16357661 AACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCACTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * *
16357726 TTGA-CCTAAACCAATTGTTTATGTTCGA-A-AAACATTATTTGGAATAAAATAATACTCACTTA
66 TT-ATCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATACAAGC-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
16357788 TTAATATTC-CAAAATGAAAAAGTCAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTA-TCG
128 TTAATATTCTAAAAAT-AATAAGT-AAAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTACT-A
* * * *
16357841 AACGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCC-TTTG-
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGT
* * *
16357904 ----TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTGTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATT
65 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * * * * *
16357965 AATATTCTAAAAATTAACAAGTTGAACATTTAAAACATTAATCTATTTTCCA
130 AATATTCTAAAAA-TAATAAG-TAAAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTACTA
* * * * * *
16358017 AACAAGTTCAAATAAG-CATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTTTGACATTTTGT
1 AACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* ** * * * ** **
16358081 TTCATTGTAAAATAATTATTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
65 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * ** *
16358146 ACTATTC-AAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAACCTAAATCTT-TTTACCA
130 AATATTCTAAAAATAATAAGTAA-AGAATTAAAAAATAAAT-TTGTTTACTA
* * * * *
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* * *
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* * *
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* *
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* * *
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* * * * * * * * ** *
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*
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* * * ** * *
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* * * ** * *** *
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* * * * * * * * * * ** ***
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* * * * * * * * * * * **
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16356927 AATGAATCTA
* * * * * * ** * ** * *
16356937 TTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACCATTTGAACAATAATCGATTTGGAATCGCTATAATC
1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACC
* ** * ** *
16357002 TTTTGGTTTATCATAAAATTATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAA
66 TTTT-GTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATA-TA
* * *
16357065 ATTTATTAAT-TTTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACAA
128 ATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAACATAAATTTATTTACTGAACAC
* * * * *
16357129 GTTTAAATCGTTATGACTATTTGAATAATTATTTCTTTCAAACTC-TTATGACCTTTTTGTTTT-
190 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACC-TTTTGTTTTG
* * *** * * * *
16357192 ATCATAAAATAATTGTTTCTA-TC-CGGAGCTTATTTGGATTAATATAATATTAATTTATTAATA
253 A-CCTAAAACAATTGTTT-TATTCATAAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * *
16357255 TTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTT--TAAA-AAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTC
316 TTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTT
** * * * * * *
16357317 ACGACTATTTGAATAATTATCAACTTCAAAACATTGTGACCTTGTGTTTTATAATAAAACAATTG
380 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TG-----TCATAAAACAATTG
** *
16357382 TTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATAAAC
439 TTTC-ATTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAC
16357447 -AGTCA-AACAATTAAAAAATTAAATTTG
502 AAGT-AGAAC-ATT-AAAAATT-AATTTG
* ** * * *
16357474 TTTGCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTACGACC
1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACC
**
16357539 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGCTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATATAA
66 TTTTGTTTT-TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATAT-A
* * *
16357603 AGTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAA-ATAAATTTATTTTCTGAACACG
128 ATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAA-TTTAAAACATAAATTTATTTACTGAACACG
* * * **
16357667 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCACTTGTTTTGACC
191 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACC
* * * *
16357732 TAAACCAATTGTTTATGTTCGA-AAAACATTATTTGGAATAAAATAATACTCACTTATTAATA-T
256 TAAAACAATTGTTT-TATTC-ATAAAAC-TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
16357795 TCCAAAATGAAAAAGTCAAAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTATCGAACGAGTTCAAATAGTTAT
318 TCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* *
16357860 AACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCCTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
382 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AT
* * *
16357925 TCATACAAGTTTGTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAACAAGTTGA
445 TCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAACAAGTAGA
* *
16357990 ACATTTAAAACATTAATCTA
509 ACA-TTAAAA-ATTAATTTG
* * * * * * *
16358010 TTTTCCAAACAAGTTCAAATAAG-CATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTTTGAC
1 TTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGAC
* * * * * * **
16358074 ATTTTGTTTCATT-GTAAAATAATTATTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACT
65 CTTTTGTTT--TTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-T
* * * **
16358138 AATTTATTACTATTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAACCTAAATCTT-TTTACCAAACTA-
127 AATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAACATAAAT-TTATTTACTGAAC-AC
* * * * *
16358198 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATGATCTATCTCAAATCATTATTATC-TTTGTTTTGTC
190 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGAC
* * * * * * * *
16358262 CTAAAACATTTATTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAATTATTACTAAATTAATAATA-T
255 CTAAAACAATT-GTTTTATTCATA-AAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * ** *
16358326 TCTAAACATTAATAAGTAAGGATTAAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTA-
318 TC-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* ** ** * * * *
16358390 AGAATATTAAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGC
382 A-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-----TTT-GTCATAAAACAATTGT
* * * * *
16358455 TTCAGCTCATACATGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATA
440 TTCA-TTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAACA
*
16358520 AGTAAGAA-ATTAAAAA-AAATTTG
503 AGT-AGAACATTAAAAATTAATTTG
* * * *
16358543 TTTACCAAAAAAATTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCCATTT-AAAATCATTATGAC
1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAA-CATTATGAC
* * * *
16358607 CTTTTATTTTTCCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTA
65 CTTTTGTTTTT-CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TA
* * * * * * * * *
16358672 CTTCATTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATTAATTTATTCAATC-C
128 ATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAACATAAATTTATTTACTGAA-CAC
* * * * * *
16358736 GTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAGTCATTATTAGCTTTTGTTTTG-T
190 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGAC
* ** * *
16358800 CAACAAACAATTGTTTT-TCATCATACATGCCTATTTGGAATAGAATAATACTAATTTATTAATA
255 CTA-AAACAATTGTTTTAT--TCATA-AAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
16358864 TTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATGTTTATTAAACTAGTTCAAATAGTT
316 TTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * *
16358929 GTGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
380 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
16358960 TGTTATAACC
Statistics
Matches: 1194, Mismatches: 231, Indels: 119
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
530 4 0.00
531 130 0.11
532 81 0.07
533 111 0.09
534 13 0.01
535 27 0.02
536 282 0.24
537 153 0.13
538 161 0.13
539 99 0.08
540 69 0.06
541 60 0.05
542 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (526 bp):
TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACC
TTTTGTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAATT
TATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAACATAAATTTATTTACTGAACACGTTCAA
ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACCTAAAA
CAATTGTTTTATTCATAAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
TAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCT
TATTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAACAAGTAGAACATTAAAAATT
AATTTG
Found at i:16359722 original size:133 final size:133
Alignment explanation
Indices: 16359510--16359754 Score: 323
Period size: 133 Copynumber: 1.8 Consensus size: 133
16359500 AGTTATGACA
** * * * * * *
16359510 ATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCGATTTGAAATCGCTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
* * * **
16359575 TTCATACAAGCTTATT-CAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAAATAATAAGTA
66 TTCAAACAAACTTATTCCAAA-TAAAATAACACAAATTTATTAATATTTTGATAAATAATAAGTA
16359639 AAAG
130 AAAG
* *
16359643 ATTTGAACAATTATCGATTTGGAATCGCTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCT
1 ATTTGAACAATTATCGATTTGAAATCGCTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-T
16359707 ATTCAAACAAACTTATTCCAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATT
65 ATTCAAACAAACTTATTCCAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATT
16359755 CAAACAATTA
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 15, Indels: 4
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
132 4 0.04
133 87 0.92
134 4 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (133 bp):
ATTTGAACAATTATCGATTTGAAATCGCTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA
TTCAAACAAACTTATTCCAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTTTGATAAATAATAAGTAA
AAG
Found at i:16360011 original size:311 final size:315
Alignment explanation
Indices: 16359374--16359964 Score: 827
Period size: 311 Copynumber: 1.9 Consensus size: 315
16359364 TTGCTTTGTC
* * *
16359374 ATAAAACAATATTTTCTATTCAGACAAACTTATTCCAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATT
1 ATAAAATAATTTTTTCTATTCAAACAAACTTATTCCAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATT
* * * *
16359439 CAGACAATCAAAAAGTAAAAGATTTTAAAAAAATAAATTTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTT
66 CAAACAATCAAAAAGTAAAAGATTTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTT
* *
16359504 ATGACAATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
131 ATGACAATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * **
16359569 TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAAATAAT
196 TTTCTGTCCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAAATAAT
* * * ** * * * *
16359634 AAGTAAAAGATTTGAACAATTATCGATTTGGAATCGCTATAACCTTTTATTTTGT
261 AAGGAAAAGATTTAAAAAATTATCGATTTGGAATCGAAATAACCTATGACTATGT
16359689 CATAAAATAATTTTTTCTATTCAAACAAACTTATTCCAAATAAAATAACACAAATTTATTAATAT
1 -ATAAAATAATTTTTTCTATTCAAACAAACTTATTCCAAATAAAATAACACAAATTTATTAATAT
* * *
16359754 TCAAACAATTAAAAAGTAAAAGA-TTT-AGAAAATAAATCTATTTCTCAAACAAGTTCAAATCA-
65 TCAAACAATCAAAAAGTAAAAGATTTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAAT-AG
* *
16359816 TTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTTT-TTTT-T-ATAAAACAA
129 TTATGACAATTTAAACAATTATTTATTTCAAA-TCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
** * *
16359877 TTGTTTCTGTCCATATGAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAATT
193 TTGTTTCTGTCCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAAAT
16359942 AATAAGGAAAAGATTTAAAAAAT
258 AATAAGGAAAAGATTTAAAAAAT
16359965 ATATGTTTAC
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 25, Indels: 9
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
311 86 0.35
312 1 0.00
313 4 0.02
314 69 0.28
315 6 0.02
316 82 0.33
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (315 bp):
ATAAAATAATTTTTTCTATTCAAACAAACTTATTCCAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATT
CAAACAATCAAAAAGTAAAAGATTTTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTT
ATGACAATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
TTTCTGTCCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAAATAAT
AAGGAAAAGATTTAAAAAATTATCGATTTGGAATCGAAATAACCTATGACTATGT
Done.