Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167993.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_25, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 17943224
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Warning! 94000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 95 of 100
Found at i:16360191 original size:122 final size:122
Alignment explanation
Indices: 16359956--16360179 Score: 261
Period size: 122 Copynumber: 1.8 Consensus size: 122
16359946 AGGAAAAGAT
* * * *
16359956 TTAAAAAATATATGTTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTACTTC
1 TTAAAAAATATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAATTATCTACTTA
* ** *
16360021 AAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTGCAATTCATGTAAGAAA
66 AAATCATTATGACCTTTAATTTTATAATAAAACAATTGCTGCAATTCATGTAAGAAA
* * ** * * *
16360078 TTAAAAAA-ATTTCGTTTACTGAACAAGTTCAAGTAGTTTTAACTATTTGAACAATTGTCTATTT
1 TTAAAAAATATAT-GTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAATTATCTACTT
** * *
16360142 AAAATTGTTATGACCTTTAATTTTATCATAAAATAATT
65 AAAATCATTATGACCTTTAATTTTATAATAAAACAATT
16360180 CTTTCAATTC
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 19, Indels: 2
0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
121 3 0.04
122 79 0.96
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Consensus pattern (122 bp):
TTAAAAAATATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAATTATCTACTTA
AAATCATTATGACCTTTAATTTTATAATAAAACAATTGCTGCAATTCATGTAAGAAA
Found at i:16360290 original size:479 final size:482
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Indices: 16359643--16360540 Score: 1045
Period size: 479 Copynumber: 1.9 Consensus size: 482
16359633 TAAGTAAAAG
** * * * *
16359643 ATTTGAACAATTATCGATTTGGAATCGCTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA
1 ATTTGAACAATTATCGATTTAAAATCGCTATAACCTTTAATTTTATCATAAAATAATTCTTTCAA
16359708 TTCAAACAAACTTATTCCAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTCAAACAATTAAAAAGTAA
66 TTCAAACAAACTTATTCCAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTCAAACAATTAAAAAGTAA
* * *
16359773 AAGATTTAGAAAATAAATCTATTTCTCAAACAAGTTCAAATCATTATGACT-ATTTAAATAATTA
131 AAGATTTAGAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGA-TAATTTAAACAATTA
* * * * **
16359837 TTTATTTCAAATTC-TTA-TGACTTTT-TTTT-T-TATAAAACAATTGTTTCTGT-CCATATGAG
195 TCTATTTCAAA-TCATTATTAAATTTTATTTTGTCAAT-AAACAATTGTTT-TGTACCATACAAG
* * * *
16359896 CTTATTC-GAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGGAAAAGATTTAA
257 CCTATTCGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGGAAAAGAATTAA
* * * * * *
16359960 AAAATATATGT-TTA-CTGAGCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTACTTCAA
320 AAAAGAAATCTATTATC-GAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATCTAAACAATTATCTACTTCAA
* * * *
16360023 ATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTGCAATTCATGTAAGAAATTAAAAAAAT
384 AACACTATGACCTTTTGATTTGTAATAAAACAATTGCTGCAATTCATGTAAGAAATTAAAAAAAT
16360088 TTCGTTTACTGAACAAGTTCAAGTAGTTTTAACT
449 TTCGTTTACTGAACAAGTTCAAGTAGTTTTAACT
* * * * *
16360122 ATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTAATTTTATCATAAAATAATTCTTTCAA
1 ATTTGAACAATTATCGATTTAAAATCGCTATAACCTTTAATTTTATCATAAAATAATTCTTTCAA
* * ** * * * * *
16360187 TTCATAA-AATCTTGTTTGAAATAAAATAATA-ATACTTTATTAATATT-ATACAAATTGATAAG
66 TTCA-AACAAACTTATTCCAAATAAAATAACACA-AATTTATTAATATTCAAAC-AATTAAAAAG
* * * *
16360249 TTAGAGATTTA-AAACATAAAT-TAGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGATAATTTGAAC
128 TAAAAGATTTAGAAA-ATAAATCTA-TTTATC-AAACAAGTTCAAATAATTATGATAATTTAAAC
* *
16360311 AATTATCTATTTCAAATCATTATTAAATTTTATTTTGTCAATAAACAATTGTTTTTTATCATACA
190 AATTATCTATTTCAAATCATTATTAAATTTTATTTTGTCAATAAACAATTGTTTTGTACCATACA
****
16360376 AGCCTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTTGGAGAATTAA
255 AGCCTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGGAAAAGAATTAA
* * * *
16360441 AAAAGAAATCTATTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAA
320 AAAAGAAATCTATTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATCTAAACAATTATCTACTTCAAA
*
16360506 ACACTATGACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTG
385 ACACTATGACCTTTTGATTTGTAATAAAACAATTG
16360541 ATTCTATTCA
Statistics
Matches: 345, Mismatches: 58, Indels: 29
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
478 12 0.03
479 158 0.46
480 11 0.03
481 33 0.10
482 125 0.36
483 6 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (482 bp):
ATTTGAACAATTATCGATTTAAAATCGCTATAACCTTTAATTTTATCATAAAATAATTCTTTCAA
TTCAAACAAACTTATTCCAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTCAAACAATTAAAAAGTAA
AAGATTTAGAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGATAATTTAAACAATTAT
CTATTTCAAATCATTATTAAATTTTATTTTGTCAATAAACAATTGTTTTGTACCATACAAGCCTA
TTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGGAAAAGAATTAAAAAAGA
AATCTATTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATCTAAACAATTATCTACTTCAAAACACTA
TGACCTTTTGATTTGTAATAAAACAATTGCTGCAATTCATGTAAGAAATTAAAAAAATTTCGTTT
ACTGAACAAGTTCAAGTAGTTTTAACT
Found at i:16361683 original size:708 final size:706
Alignment explanation
Indices: 16360070--16363376 Score: 3068
Period size: 716 Copynumber: 4.6 Consensus size: 706
16360060 TGCAATTCAT
* * * *
16360070 GTAAGAAATTAAAAAAATTTC-GTTTACTGAACAAGTTCAAGTAGTTTTAACTATTTGAACAATT
1 GTAAGAAATTAAAAAAA-ATCAATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATT
* ** * * * *
16360134 GTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTAATTTTATCATAAAATAATTCTTTCAATTCATAAAATCT
65 ATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-TATTCATAAAATCT
* * *
16360199 TGTTTGAAATAAAATAATAATACTTTATTAATATTATACAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAC
129 TATTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAC
* * *
16360264 ATAAAT-TAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGAT-AATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
194 ATAAATCT-GTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTCATGATCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * *
16360327 TCATTATTAAATTTTATTTTGT-CAATAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCCTATTCGGAATA
258 TCATTATT-AATTTTGTTTTGTAC-ATAAACAATTGTTTTAT-TCATACAAGCCTATTTGGAATA
* **
16360391 AAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTTGGAGAATTAAAAAAGAAATCT-AT
320 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA----GAGATTTAAAAACTAAATCTCAT
* * *
16360454 TATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACACTATGACCTT
381 TAT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* *
16360519 TTGATT-TGTCATAAAACAATTGATTCTA--TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAA
445 TTG-TTCTATCATAAAAC-ATTTATT-TATGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAA
* * *
16360581 ATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATCAAGCTTTTG---AACA
507 ATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAAT--AG-TTTTGTCAAACA
** * *
16360643 CGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTTAATTTTG
569 CGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAAC----A---ATTTCAAATCATTATGACC-----ATTTTG
* * *
16360708 ATTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCAAAAAATCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
622 ATTAGTCATAAAACAATTGCTTCTATTCAAAAAATCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
*
16360773 TAATATTTCAAAATTAATAA
687 TAACATTTCAAAATTAATAA
* * * *
16360793 GTAAAAGAATT--TAAAAAT--A---AC--AAGCAAGTCCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
1 GTAAGA-AATTAAAAAAAATCAATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAAT
* * * * **
16360849 TATTTATTTTAAATCATTATAATCC-TTTGTTTCGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAA
64 TATCTATTTAAAATCATTATGA-CCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-TATTCATA-AAA
* * * *
16360913 T-TTATTTGGACTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCA-AAAAATTAATAAGTT-GAAGATTT
126 TCTTATTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-ATAAAAATTGATAAGTTAG-AGATTT
* * * *
16360975 AAAAAATTAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATT
189 AAAACATAAATCTGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAGTCATGATCCATTTGAACAATTATCTATT
* * * *** *
16361038 TCAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTAGCA-AAACAATTGTTTCTATTCATAAAAAATTATTTA
253 TCAAATCATTATTA-ATTTTGTTTTGTA-CATAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCCTATTTG
* * *
16361102 GAATAAAATAATGCTAATTTATTACTATTT-AAAGAATTAACAAGAGATTTAAAAACTAAATCTC
315 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTC
* * * * *
16361166 ATTATGAAACTAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATGTCAAATCGTTATGATC
379 ATTATG-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * *
16361231 -ATTGTTCTATCCTAAAACATTTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAATATTCCTAA
443 TTTTGTTCTATCATAAAACATTTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT-ATAA
** * **
16361295 A-TTAATAATATTTTAAACATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAAT-GTTTTCGTCAAAC-CA
507 ATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATAGTTTT-GTCAAACAC-
* * *
16361357 GTTCAAATAGTTAAAATTATTAGAACAATTTCAAATCGTTTTGACC-TTTTGATTAGTCATAAAA
570 GTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTTCAAATCATTATGACCATTTTGATTAGTCATAAAA
* * * * * * * *
16361421 TAATTGCTTCAACTC-ATACATGTTTATTTGAAATAAAATAAAATTAATTTATTAACA-TTCAAA
635 CAATTGCTTCTATTCAAAAAAT-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC--A
16361484 AAATTAATAA
697 AAATTAATAA
* * * *
16361494 TTAAGAAATTAAAAAAAATCAATTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAACAATTG
1 GTAAGAAATTAAAAAAAATCAATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTA
* *
16361559 TCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAATCTT
66 TCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATAAAATCTT
* **
16361624 GTTCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACA
130 ATTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACA
* * *
16361689 TAAATCAGTTTATCAAATCAGTTCAAATAAGT-ATGA-CCATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT
195 TAAATCTGTTTATCGAATCAGTTCAAAT-AGTCATGATCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
*
16361752 CATTATTAACTTTTCTTTTGT-CAATAAACAATTGTCTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATA
259 CATTATTAA-TTTTGTTTTGTAC-ATAAACAATTGT-TTT-ATTCATACAAGCCTATTTGGAATA
* *
16361815 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTGGAGAATTAAAAAAC-AAAT-TTA
320 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA----GAG-ATTTAAAAACTAAATCTCA
* * * * *
16361878 TTTATCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACC
380 -TTAT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * ** * * * *
16361943 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATTCATGCAACCTTATTTCAAATAAAAATAATATAA
443 TTTTGTTCTATCATAAAACATTTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTCAAAT-AAAATAATATAA
* * * * ** *
16362008 ATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATCACTTTT-TTGAACATG
507 ATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAAT-AGTTTTGTCAAACACG
* ** * * *
16362072 TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTTGTTTTA-T
571 TTCAAATAGTTAAAACTA-TT--A-GA--A-CAATTTCAAATCATTATGACCATTTTG-ATTAGT
* * * *
16362136 GATAAACCAATTGTTTCTATTCAAAAAATCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
628 CATAAAACAATTGCTTCTATTCAAAAAATCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
16362201 TTCAAAATTAATAA
693 TTCAAAATTAATAA
* * * * * * *
16362215 GTAA-AAGATTTTAAAAAGAAATCTACTTACTGAGCAAGTTCAAATACTTATGACTGTTTGAATA
1 GTAAGAA-A--TTAAAAA-AAATCAATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACA
* * * * * *
16362279 ATTATTTATTTCAAATCATTA-AATCC-TTTATTTT-GCTGTAAAGCAA-TGATTTCTATTCATA
62 ATTATCTATTTAAAATCATTATGA-CCTTTTATTTTATC-ATAAAACAATTG-TTT-TATTCATA
* ** * * * *
16362340 CAAGGTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAAATTAATAA-TTTGAAGA
123 AAATCTTATTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-ATAAAAATTGATAAGTTAG-AGA
* * * * *
16362403 TTTAAAAAATTAATTTATTTA-CTGAA-CAAGTTCAAATAGTCATG-TCCATTTGAACTATTATC
186 TTTAAAACATAAATCTGTTTATC-GAATC-AGTTCAAATAGTCATGATCCATTTGAACAATTATC
** * * * ***
16362465 TATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGT-CATAAAACCATTGTTTCTATTCATATAAAATTA
249 TATTTCAAATCATTATTA-ATTTTGTTTTGTACAT-AAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCCTA
*** *
16362529 TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATT-ATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAA-
311 TTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAAT
* * * * * * *
16362592 CTCATTACGGAACTAGTTCAAATATTTATGATTATTTGAACAATTATTTATCTCAAATCCTTCTG
376 CTCATTA-TGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
16362657 ATC-TTTGTTCTATCCTAAAACATTTTTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAGTAAAATATTG
440 ACCTTTTGTTCTATCATAAAACATTTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAAT-
* * * ** *
16362720 CTAAA-TTAATAATATTCTAAACATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAAT-GTGTTTGCCAAA
503 ATAAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATAGT-TTTGTCAAA
* * * *
16362783 C-CGGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTTCAAA-CTGTTTTGACC-TTTTGTTTAGTCA
567 CAC-GTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTTCAAATC-ATTATGACCATTTTGATTAGTCA
* * * *
16362845 TAAAATAATTGCTTC-A-GC-ATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-T
630 TAAAACAATTGCTTCTATTCAAAAAAT-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT
16362906 TCAAAAAATTAATAA
694 TC--AAAATTAATAA
* * ** * * *
16362921 GTGAGAAATAAAAAAAAATCTGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGCATAGTT
1 GTAAGAAATTAAAAAAAATCAATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATT
* * *
16362985 ATCCATTTAAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCT
65 ATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATAAAATCT
***
16363050 TATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAC
129 TATTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAC
** * *
16363115 ATAAATCAATTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGA-CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
194 ATAAATCTGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTCATGATCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
16363179 CATTATTAACTTTTGTTTTGTTA-ATAAACAATTGTTTT-TCATCATACAAGCCTATTTGGAATA
259 CATTATTAA-TTTTGTTTTG-TACATAAACAATTGTTTTAT--TCATACAAGCCTATTTGGAATA
* * * * **
16363242 AAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTAGGATAATTAAAAAATAAATATGTT
320 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A-GAT--TTAAAAACTAAATCTCAT
* * ** *
16363307 TATCGAACTAGTTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTT
381 TAT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
16363372 TTGTT
445 TTGTT
16363377 TTGTACTATT
Statistics
Matches: 2095, Mismatches: 358, Indels: 274
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
699 7 0.00
700 62 0.03
701 15 0.01
702 8 0.00
703 60 0.03
704 204 0.10
705 65 0.03
706 38 0.02
707 37 0.02
708 271 0.13
709 31 0.01
710 55 0.03
711 11 0.01
712 70 0.03
713 172 0.08
714 128 0.06
715 78 0.04
716 292 0.14
717 81 0.04
718 10 0.00
720 3 0.00
721 34 0.02
722 92 0.04
723 206 0.10
724 65 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (706 bp):
GTAAGAAATTAAAAAAAATCAATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTA
TCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTATTCATAAAATCTTA
TTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACAT
AAATCTGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTCATGATCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
TTATTAATTTTGTTTTGTACATAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAA
TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTCATTATGAACTAG
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTATCA
TAAAACATTTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTAATAATATTC
CAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATAGTTTTGTCAAACACGTTCAAATAGTTAAAA
CTATTAGAACAATTTCAAATCATTATGACCATTTTGATTAGTCATAAAACAATTGCTTCTATTCA
AAAAATCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAATTAATAA
Found at i:16361997 original size:362 final size:356
Alignment explanation
Indices: 16360098--16363378 Score: 2573
Period size: 362 Copynumber: 9.2 Consensus size: 356
16360088 TTCGTTTACT
* * * * * * ** *
16360098 GAACAAGTTCAAGTAGTTTTAACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTAAT
1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-GT
* * * * * * * * *
16360163 TTTATCATAAAATAATTCTTTCAATTCATAAAATCTTGTTTGAAATAAAATAATAATACTTTATT
65 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATT
* * * *
16360228 AATATTATACAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATTAGTTTATCGAATCAGTTCAAAT
130 AATATTATAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAA-CAGTTCAAAT
* ** * *
16360293 AATTATGATAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAAATTTTATTTTGTCAATAAACA
194 -AGTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTTGTC-ATAAACA
* * * * *
16360358 ATTGTTTTTTATCATACAAGCCTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAAT
257 ATTG-CTTTCATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
*
16360422 TAATAAGTTGGAGAATTAAAAAAGAAATCTA-TTATC
321 TAATAAGTT-GAGAATTAAAAAACAAATCTATTTATC
* * * *
16360458 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACACTATGACCTTTTGA
1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGT
* * *
16360523 TTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATT
65 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATTAATTTATT
* ** * * *
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* *
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* * *
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** * *
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* * * * *
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** ** ** *
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* * *
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* * *
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* ** * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * ** * *
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* * *
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** * * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* *
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* *
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*
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* * * * *
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* * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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** * * * *
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*
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* * * *
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* *
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* * *
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* * *
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* *
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* * * *
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* * * * * *
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* * ** *
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65 TTT
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* ** * * * * *
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1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * *
16362838 TTAGTCATAAAATAATTG-CTTCA-GCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
66 TTTGTCAT-AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* *
16362901 AACA-TTCAAAAAATTAATAAGT-GAGA-AA-TAAAAAA-AAATCTGTTTATC
130 AATATTTC-AAAAATTAATAAGTAG-GATAATTAAAAAATAAATATGTTTATC
* * * * * * * * *
16362949 GAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGCATAGTTATCCATTTAAAATCGTTATGACCTTTTAT
1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * *** * *
16363014 TTTATCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTAT
66 TTTGTCAT-AAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
16363078 TAATATTAT-AAAAATTGATAAGTTAGAGAT--TTAAAACATAAATCA-ATTTATC
129 TAATATT-TCAAAAATTAATAAG-TAG-GATAATTAAAAAATAAAT-ATGTTTATC
* * * *
16363130 GAA-TCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTG
1 GAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * *
16363194 TTTTGTTAATAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATATA
65 TTTTG-TCATAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
*
16363258 TTAATATTTCAAAAATTGATAAGTAGGATAATTAAAAAATAAATATGTTTATC
128 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGATAATTAAAAAATAAATATGTTTATC
* * ** *
16363311 GAACTAGTTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGT
1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
16363376 TTTGT
66 TTTGT
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GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
TTTGTCATAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGATAATTAAAAAATAAATATGTTTATC
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Period size: 49 Copynumber: 2.0 Consensus size: 49
16363322 AATAGTTACG
* * *
16363332 ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGT
1 ACTATTTGAACAATGATATATTTCAAATTGTTATAACCATTCGTTTTGT
* * *
16363381 ACTATTTGAACAATGATTTATTTCAAATTGTTGTGACCATTCGTTTTGT
1 ACTATTTGAACAATGATATATTTCAAATTGTTATAACCATTCGTTTTGT
16363430 TATAAAACAA
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ACTATTTGAACAATGATATATTTCAAATTGTTATAACCATTCGTTTTGT
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16366139 ATACAAGCTC
**
16366149 ATACCAATTGTTATGG
1 ATACCAATTGTTAAAG
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1 ATACCAATTGTTAAAG
* * *
16366181 ATATGCTA-TGATAAAG
1 ATA-CCAATTGTTAAAG
16366197 AATACCAATTGTTA
1 -ATACCAATTGTTA
16366211 TCACAAAACA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATACCAATTGTTAAAG
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16371450 AAAAATTAAA
* * * * * *
16371460 AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGA-TAATTTGAATAGTTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTAT
* * * * * * *
16371524 TTATTTTAAATCA-TTATGA-CTTTTTGTTTTATCATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATGCAAGCT
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* * * * *
16371587 TA-TTCGGATGAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAACAAA-TAATA-AGTGAA
128 TATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA-AAATTAATAGAGT-AG
* * ** * * * * *
16371641 AGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAAGTCCAAATAGTCATAACAATTTGAATAACTATTTGA
1 AGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CCAA--ACAAGT--TCA-AA-TAGTT--ATGACTATTTGA
* * ** * * *
16371706 ATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATCCCCTTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTG-TATTAGTTC
57 ATAATTATCTATTTCAAATAGTTAT--GATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTC
* ** * * *
16371770 ATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAAT-GAGTAAG
119 ATACAAACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGAGT-AG
* * *
16371832 AGATTT-AAAAATGAATATGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
1 AGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * * * *
16371896 TATTTCAAATCGTTTTGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTGTTCGTAGAAACTTA
66 TATTTCAAATAGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAACTTA
* *
16371960 -TTATGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTATTA-AGTAT
130 TTTA-GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGAGTAG
* * * ** *
16372011 AAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * *
16372075 CAATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTTAGACAATCCA
65 CTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTATTCATACAA-ACT
* *
16372139 TATTT-GAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATA-AGTAA
128 TATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAGAGTAG
* * * * *
16372192 ATGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAGCAAGCTCTAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTAT
1 A-GATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * **
16372257 TTATTTCAAATAGTTATTATCTTTTGTTTTGTGATCAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTA
65 CTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAACTTA
* *
16372322 TTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAGA-TAGG
130 TTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGAGTA-G
* * * *
16372374 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT-ATTCATTTGAATAATTGT
1 AGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTAT
* * * ** * *
16372438 CTATTTTAAATCA-TTATGACCCTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTTTTTCATACAAAATT
65 CTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAACTT
* * * * * *
16372502 ATTCAGAATAAAATAATATTTATTTATTAAAATTTTGAAAATTAAT--A--AG
129 ATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGAGTAG
* * *** * * *
16372551 AGTTTTAAAAACTAAATATATTTATTGAACTAGTTCCAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTT-T
1 AGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA-TTAT
* * *
16372615 CTATCTCAAATCA-TTATGATC-TTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTT
65 CTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
16372662 CTTTTACTAT
Statistics
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0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (181 bp):
AGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
TATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAACTTAT
TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGAGTAG
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Alignment explanation
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16372698 AATTTAACAA
* * * * *
16372708 TAAAAAATAAATGTATTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATT
* * * *
16372773 TCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-AATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTT-G
65 TCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAG
* *
16372836 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATT
130 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * *
16372889 TAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTAT
1 T-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
16372953 TTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATTCA
64 TTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTA
* * *
16373018 AAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATT
129 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * * * *
16373071 TAAAAATTAAAGCTGGTTT-TCAAACCAATTCGAATAGTTATA-ACCATCTA-AACAAATAT-TA
1 TAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTAT-TAGAACAATTATCT-
* * * * **
16373132 ATCTCAAAT--TACTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAA-ATTTGTTTTTGA-TCATACAAGCTT
62 ATTTCAAATCGTTCTA--ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTT
* * * *
16373192 ATTCA-ATTAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATT
124 ATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* ** * ** * * * *
16373250 TAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAATTAGTTCAAATGGTTAAGATTACTAGAATAATTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTT
* **
16373315 CAAATCATTCTAAGATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGA
66 CAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGA
*
16373380 AT-AAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
131 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * * *
16373430 TGAAAAAATAAATCTATTTACAAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATAC-AT
1 T-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTAT-CTAT
* * * *
16373494 TTAAAATCG-TCATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATC
64 TTCAAATCGTTC-T-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATT
* * * * *
16373557 CAAAATAAAATAGTACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATT
127 TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * * * * * *
16373612 TAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTTAAATAATTATGTCCT-TT-GAACAATTATATATT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAG-ACTATTAGAACAATTATCTATT
* * * * *
16373675 TCAAATCGTTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTATCAA--CATACAACCTTATTT
65 TCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TT-TCAATTCATACAAGCTTATTT
* *
16373738 -GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTAAGAGATT
128 AG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * * *
16373788 TAATAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTTAAATAGTT-ATACTATTTGAACAATTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * * *
16373852 CAAATTGTTATAAGCTTTTGTTCTATCATAAATTAATTATTT-ATGTTCATACAAGTTTATTT-G
66 CAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTTAG
* * ** * *
16373915 AAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTCATGA-CTAAGAGATT
130 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATT
* * * * * *
16373968 TAAAAATTAAATTTGTTTCCCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGAC-AATATGAACAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATT
16374032 TCAAATCGT
65 TCAAATCGT
16374041 ATTATTTTAG
Statistics
Matches: 930, Mismatches: 173, Indels: 98
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 3 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTT
CAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
Found at i:16374073 original size:154 final size:155
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Indices: 16373898--16374203 Score: 372
Period size: 154 Copynumber: 2.0 Consensus size: 155
16373888 TTATTTATGT
** * *
16373898 TCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTTTGAAAA-TTCATGACTAA
1 TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTAATAATA-TTTCAAAATTTCATAACTAA
* * * * * *
16373962 GAGATTTA-AAAATTAAATT-TGTTTCCCGAATCAGTTCAAATAGTTA-AGACAATATGAACAAT
65 GAGATTTATAAAA-T-AATTCTATTTACCGAACCAATTCAAATAATTATA-ACAATATGAA-AAA
*
16374024 TATCTATTTCAAATCG-TATTA-TTTTAGC
126 TATATATTTCAAATCGTTATTAGTTTTAGC
** * *
16374052 TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTGCTAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAG
1 TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTTCAAAATTTCATAACTAAG
* *
16374117 AGATTTATAAAATAATTCTATTTACTGAACCAATTCAAATAATTATAACAATTTGAAAAATATAT
66 AGATTTATAAAATAATTCTATTTACCGAACCAATTCAAATAATTATAACAATATGAAAAATATAT
16374182 ATTTCAAATCGTTATTAGTTTT
131 ATTTCAAATCGTTATTAGTTTT
16374204 TGTTTTGTCA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 17, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
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154 92 0.71
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ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (155 bp):
TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTAATAATATTTCAAAATTTCATAACTAAG
AGATTTATAAAATAATTCTATTTACCGAACCAATTCAAATAATTATAACAATATGAAAAATATAT
ATTTCAAATCGTTATTAGTTTTAGC
Found at i:16374373 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 16374052--16376105 Score: 1295
Period size: 180 Copynumber: 11.4 Consensus size: 180
16374042 TTATTTTAGC
* * * ** * * *
16374052 TCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTGCTAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAG
1 TCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAATAAG
* * * * ** * * * *
16374117 AGATTTATAAAATAATTCTATTTACTGAACCAA-TTCAAATAATTATAACAATTTGAA-AAATAT
65 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** *
16374180 -ATATTTCAAATCGTTATTAGTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGT
129 CAT-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* *
16374232 TTATATAAGTTTGA-TCGAAATAAAATAATACTAATATATT-ATATTTAGAAAATTAATAAATAA
1 TCATATAAGTTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAATAA
* * * * * *
16374295 GAGAATTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAATAATTTCAAATAGTTTTCACTATTTGAATAATTAT
64 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * ** * *
16374360 CATTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACTATTGGCTCTAT
129 CATTTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * * * * * *
16374412 TCATACTAA-TTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTAATAATATTTCGATACTTAAT-AATCG
1 TCATA-TAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAAT-A
* * * * ** * ** * *
16374475 AGAAAATTAACAAATAAATATAATT-GCAGAATGGGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATT
63 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA-AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * **
16374539 ATC-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTATTGTC-TGAAAACAAAT-TTTTCAT
127 ATCAT-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTTTGT
* * * * * * * *
16374592 TCGTACAAGCTTATT-TAGATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTTAAAAA-TAATAAGTAA
1 TCATATAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAATAA
* * * ** * * * **
16374655 GAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTTTCTGAATCAA-TTCATATGGTTAAGACTATTAAAACAATT
64 GAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCAAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * *
16374719 ATCCA-TTTGAAATTGTTCTTACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTCAGT
127 AT-CATTTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGT
* * * * * *
16374774 TTATACAAGTTTATTTGAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGA-AA
1 TCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA-ATAA
* * * * * * * * * *
16374838 TATATTAAAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTTAAAAATTA
64 GAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * ***
16374903 TC-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAA
128 TCAT-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * * * *
16374955 TCAGTACAAGGTTATTTGAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAA
1 TCA-TATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAATAA
* * * * * * * * * *
16375016 GTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCGAATCATTTCAAATAATT-TGGCCATTTCAACAATTAT
64 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
16375080 CTATTTT-AAATCGTTATTG-CCTTTTGTTTGGACATATAACAAATGTTTTT-T
129 C-ATTTTCAAATCGTTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * * * * * *
16375131 ATCGTTTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAA
1 -TCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAATAA
* ** * * *
16375196 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAGTTGT
64 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
16375261 -ATACTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTTGT
129 CAT-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * * * *
16375313 TCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCGATAATTAATAACTAAG
1 TCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAATAAG
* * * * * * * * *
16375378 AGAATT-AAAAATAAATTTGTTTACTAAACT-GGTGCAAATATTTAAGACTATATGAACGATTAT
65 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * ***
16375441 CCA-TTTCAAAACGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAAT
129 -CATTTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
** * * * * * *
16375492 TTTTACT-AGCTTCTTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
1 TCATA-TAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAATA
* ** * ** * *
16375555 AAAGATTTAAAAAAATATTTATGTTTACCTAACCAA-TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
63 AGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * *
16375619 TATC-TTCTTCAAATCATTATGACGTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT-T
126 TATCATT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * * ** *
16375673 TCATAAAAGTTTATTCGGAATAAAGTAATACTAATCCACTAATATTTCAAAAATTAAT--A-AA-
1 TCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAATAAG
* ** * * *
16375734 ATATTTAAAAAATAAATCTAATTATCAAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGATA-AATTAT
65 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTAT
** * * * * ** * *
16375798 TTTATTTCAAACCATTATGACTTTTTGTCCTAAT-ATAAAATAATTTTTTTTGT
129 CAT-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * * * * *
16375851 TCACACAATTTTATTC-AGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-AGTAA
1 TCATATAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAATAA
* * * * * * * * * * *
16375914 AAAATTT-AAAAAGAAATATGTTTGCTGAACTAAATT-AAATAGTCATAACTATTTGAATAATTA
64 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * ** **
16375977 TCTATTTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAGGAATTGTTTAAGT
128 TC-ATTTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * *
16376030 TCTTATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAG
1 TCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAATAAG
16376095 AGATTTAAAAA
65 AGATTTAAAAA
16376106 TAATCTATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
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184 10 0.01
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Consensus pattern (180 bp):
TCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAATAAGA
GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCA
TTTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
Found at i:16375776 original size:537 final size:539
Alignment explanation
Indices: 16374874--16376105 Score: 1277
Period size: 537 Copynumber: 2.3 Consensus size: 539
16374864 TCGAACAAGT
* * * * *
16374874 TCAAATAGTTATTACTATTTTAAAAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTCATAACTATATGAACAATTATCTATTTAAAA-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
16374939 AAAACAATTGTTTCAATCAGTACAAGGTTATTTGAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTTC
65 AAAACAATTGTTTCAATTATTACTAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTC
* * * *
16375004 AAAAATTAATAAGT---GATTT-AAAAAGTGAATCTGTTTACCGAATCATTTCAAATAATTTGGC
130 AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAAATGAATATGTTTACCGAACCATTTCAAATAATTTGAC
* * *
16375065 CATTTCAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATTGCCTTTTGTTTGGACATATAACAAATGTTTTT
195 CATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTGCCTTTTGTTTGGACATAAAACAAATGTTTTT
* ** * ** * *
16375130 TATCGTTTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTA
260 TATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCCACTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A
* *
16375195 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA-ACAGTT
324 AGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGATA-AATT
*** * * * *
16375259 -GTATACTTCAAATTGTTATAA-TCTTTTGT-TTTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATATAA
388 AGTATACTTCAAACCATTATAACT-TTTTGTCCTAAT-ATAAAATAATTATTTTTGTTCACACAA
* *
16375321 GCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCGATAATTAATAACTAAGAGAA-TT
451 GCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCGAAAATTAAT-ACTAA-AAAATTT
* * **
16375384 AAAAATAAATTTGTTTACTAAACT-GG
513 AAAAAGAAATATGTTTACTAAACTAAA
* * * * * *
16375410 TGCAAATATTTA-AGACTATATGAACGATTATCCATTTCAAAACGTTATGACCTTTTATTTTGTC
1 T-CAAATAGTCATA-ACTATATGAACAATTATCTATTT-AAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * **
16375474 ATAAAACAATT-TTTCAATTTTTACTAGCTTCTTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATT
63 ATAAAACAATTGTTTCAATTATTACTAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATT
* *
16375538 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAT-ATTTATGTTTACCTAACCAATTT-AAATAAT
128 TCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAAATGA-ATATGTTTACCGAACC-ATTTCAAATAAT
* * * * *
16375601 TATGACTATTTGAACAATTATCT-TCTTCAAATCATTA-TGACGTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
190 T-TGACCATTTCAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATTG-CCTTTTGTTTGGACATAAAACAA
* ** *
16375664 ATGTTTTTT-TCATAAAAGTTTATTCGGAATAAAGTAATACTAATCCACTAATATTTCAAAAATT
252 ATGTTTTTTATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCCACTAATATTTCAAAAATT
* * * * *
16375728 AAT-A-AA-ATATTTAAAAAATAAATCTAATTATCAAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGA
317 AATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* * * * *
16375790 TAAATTATTTTATTTCAAACCATTATGACTTTTTGTCCTAATATAAAATAATTTTTTTTGTTCAC
382 TAAATTAGTATACTTCAAACCATTATAACTTTTTGTCCTAATATAAAATAATTATTTTTGTTCAC
** * * * *
16375855 ACAATTTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGTAAAAAATT
447 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCGAAAATTAATACTAAAAAATT
* *
16375920 TAAAAAGAAATATGTTTGCTGAACTAAA
512 TAAAAAGAAATATGTTTACTAAACTAAA
* * * * *
16375948 TTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTAT
1 TCAAATAGTCATAACTATATGAACAATTATCTA-TTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
** * * * * *
16376013 AAAGGAATTGTTT-AAGTTCTTA-TAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATT
65 AAAACAATTGTTTCAA-TTATTACT-AGCTTATTTGAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATT
*
16376076 TCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAA
128 TCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAA
16376106 TAATCTATTT
Statistics
Matches: 570, Mismatches: 100, Indels: 50
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
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542 60 0.11
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (539 bp):
TCAAATAGTCATAACTATATGAACAATTATCTATTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCAATTATTACTAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCA
AAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAAATGAATATGTTTACCGAACCATTTCAAATAATTTGACC
ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTGCCTTTTGTTTGGACATAAAACAAATGTTTTTT
ATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCCACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAG
AGATTTAAAAAATAAATCTAATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGATAAATTAGT
ATACTTCAAACCATTATAACTTTTTGTCCTAATATAAAATAATTATTTTTGTTCACACAAGCTTA
TTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCGAAAATTAATACTAAAAAATTTAAAAAGAA
ATATGTTTACTAAACTAAA
Found at i:16375896 original size:178 final size:176
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Indices: 16374792--16376089 Score: 479
Period size: 181 Copynumber: 7.2 Consensus size: 176
16374782 GTTTATTTGA
* * *
16374792 AATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAATATATTAAAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A-AAAGAT-TT--AAAAAA-AAA
* * * * * * * * * *
16374856 TCTA-TTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTTAAAAATTATCTAT-TTAAAATCAT
59 TCTAGATTACCAAACCAA-TTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT-TCTTCAAACCAT
* * ** * *** * * * *
16374918 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATCAGTACAAGGTTATT-TG
122 TATGACGTTTTGTCTAATCATAAAACAAATGTTTTTTTCA-CAAAAGTTTATTCAG
* * ** **
16374973 AAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCT-G
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAA-AAAATCTAG
* * * * * * * * *
16375037 TTTACCGAATC-ATTTCAAATAATT-TGGCCATTTCAACAATTATCTAT-TTTAAATCGTTATTG
64 ATTACCAAACCAATTT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT-TCTTCAAACCATTA-TG
* * * * **** * *
16375099 -CCTTTTGTTTGGA-CATATAACAAATGTTTTTTATCGTTTAAGCTTATTCAA
126 ACGTTTTGTCT-AATCATAAAACAAATGTTTTTT-TCACAAAAGTTTATTCAG
* *
16375150 AATAAAATAATACTAGTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAA-AAATC
* * * * * * * * * *** *
16375215 TA-TTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAGTTGTATACTTCAAATTGTTATA
61 TAGATTACCAAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTTCTTCAAACCATTATG
* * * * * * * *
16375279 ATC-TTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTC-G
126 A-CGTTTTGTCTAATCATAAAACAAATGTTTTT-TTCACAAAAGTTTATTCAG
* * * * *
16375330 AAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCGATAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAATAAAT-
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAAAAATC
* * * *** ** * * * * * * *
16375394 TTGTTTACTAAACTGGTGCAAATATTTAAGACTATATGAACGATTATCCAT-TTCAAAACGTTAT
61 TAGATTACCAAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT-CTTCTTCAAACCATTAT
* * * ** * * * * * **
16375458 GACCTTTTATTTTGTCATAAAAC-AATTTTTCAATTTTTAC--TAGCTTCTTTGG
125 GACGTTTTGTCTAATCATAAAACAAATGTTT---TTTTCACAAAAGTTTATTCAG
* * *
16375510 AATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATATT
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAAAAAATC
* * *
16375574 TATGTTTACCTAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTTCTTCAAATCATTAT
61 TA-GATTACCAAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTTCTTCAAACCATTAT
* ** * *
16375639 GACGTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTTTCATAAAAGTTTATTCGG
125 GACGTTTTGTCTAATCATAAAACAAATGTTTTTTTCACAAAAGTTTATTCAG
* ** * *
16375691 AATAAAGTAATACTAATCCACTAATATTTCAAAAATTAATAAAATATTTAAAAAATAAATCTA-A
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAA-AAATCTAGA
* * * * * *
16375755 TTATCAAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGATA-AATTATTTTATTTCAAACCATTATGAC
65 TTACCAAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGA-ACAATTATCTT-CTTCAAACCATTATGAC
* * * * * *
16375819 TTTTTGTCCTAAT-ATAAAATAATTTTTTTTGTTCACACAATTTTATTCAG
128 GTTTTGT-CTAATCATAAAACAAATGTTTTT-TTCACAAAAGTTTATTCAG
* ** * * *
16375869 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGTAAAAAATTTAAAAAGAAATAT-
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A-A-TAAAAGATTTAAAAAAAAATCTA
* * ** * * * * * * * *
16375933 GTTTGCTGAACTAAATTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT-TTTAAATCATTATGA
63 GATTACCAAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT-TCTTCAAACCATTATGA
* * ** * ** * ** ** *
16375997 CCTTTTGTTTTGTTATAAAGGAATTGTTTAAGTTCTTATAAGTTTATTC-G
127 CGTTTTGTCTAATCATAAAACAAATGTTT-TTTTCACAAAAGTTTATTCAG
*
16376047 AAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
16376090 TTAAGAGATT
Statistics
Matches: 860, Mismatches: 200, Indels: 118
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
176 140 0.16
177 83 0.10
178 62 0.07
179 143 0.17
180 147 0.17
181 233 0.27
182 48 0.06
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAAAAATCTAGAT
TACCAAACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTTCTTCAAACCATTATGACGTT
TTGTCTAATCATAAAACAAATGTTTTTTTCACAAAAGTTTATTCAG
Found at i:16376138 original size:901 final size:894
Alignment explanation
Indices: 16374148--16376116 Score: 2006
Period size: 901 Copynumber: 2.2 Consensus size: 894
16374138 TTACTGAACC
* * * * **
16374148 AATTCAAATAATTATAACAATTTGAAAAATATATATTTCAAATCGTTATTAGTTTTTGTTTTGTC
1 AATTCAAATAA-TATAACAATTTGAAAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* *
16374213 ATAAAATAATTGTTTTTGTT-TATATAAGTTTGA-TCGAAATAAAATAATACTAATATATT-ATA
65 AT-AAACAATTG-TTTTGTTCT-TATAAGTTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
16374275 TTT-AGAAAATTAATAAATAAGAGAATTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAATAATTTCAAATAGT
126 TTTCA-AAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTACCAACTAATTTCAAATAGT
* * * * * *
16374339 TTTCACTATTTGAATAATTATCATTTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACTATT
189 TATAACTATTTGAACAATTATCATCTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATCAAAATATT
* * * * * *
16374404 GGCTCTATTCATACTAATTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTAATAATATTTCGATACTTAA
254 AGCTCTATTCATACTAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCGATAATTAA
* * *
16374469 TAATCGAGAAAATTAACAAATAAATATAATTGCAGAATGGGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAA
319 TAATCAAGAAAATTAACAAATAAATATAATTACAGAATGGGTGCAAATAGTTAAGACTATATGAA
* * *
16374534 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTATTGTCTGAAAACAAATTTTTCATTCGTACA
384 CAATTATCCATTTCAAAACGTTATGACCTTTTATATTGTCTGAAAACAAATTTTTCATTCGTACA
* * * *
16374599 AGCTTATTTAGATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTTAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAA
449 AGCTTATTTAGAATAAAATAAAACAAATTTAATAATATTTCAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAA
** * * ** *
16374664 AAAATAAATTTTTTTTTCTGAATCAATTCATATGGTTAAGACTATTAAAACAATTATCCATTTGA
514 AAAATAAATTTTTTTACCTGAACCAATTCAAATAATTAAGACTATTAAAACAATTATCCATTTCA
** * * * * * *
16374729 AATTGTTCTTACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTCAGTTTATACAAGTTTATTTGAAA
579 AATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAATGTTTT-A-TTTATAAAAGTTTATTCGAAA
* ** *
16374794 TAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAATATATTAAAAAAAATAAATCT
642 TAAAGTAATACTAATCCACTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAATATATT-AAAAAAATAAATCT
* * * * *
16374859 ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTTAAAAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
706 AATTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTAAAACCATTATGAC
* ** * *
16374924 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATCAGTACAAGGTTATTTGAAATAAAATAACACAA
771 CTTTTGTCTAATCATAAAACAATTGTTTCAATCAGCACAAGGTTATTAGAAATAAAATAACACAA
* * * *
16374989 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCGAATC
836 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCGAATA
* * ** * * * *
16375048 ATTTCAAATAATTTGGCCATTTCAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATTG-CCTTTTGTTTGGA
1 AATTCAAATAATATAACAATTTGAA-AATTATCTATTTTAAATCGTTA-TGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
16375112 CATATAACAAATGTTTTTTATCGTT-TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATC
64 CATA-AACAATTGTTTTGT-TC-TTATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
16375176 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-CAGTTCAAATAGT
126 TTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACC-AACTAATTTCAAATAGT
* * * *
16375240 TATAACTATTTGAACAGTTGT-ATACTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTATCAT-AAAATAA
189 TATAACTATTTGAACAATTATCAT-CTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATCAAAAT-A
** * * *
16375303 TTATTTTTGTTCATA-TAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCGATAAT
252 TTAGCTCTATTCATACTAA-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCGATAAT
* * ** *
16375367 TAATAA-CTAAGAGAATTAA-AAATAAATTTGTTTACTA-AACT-GGTGCAAATATTTAAGACTA
316 TAATAATC-AAGAAAATTAACAAATAAATATAATTAC-AGAA-TGGGTGCAAATAGTTAAGACTA
* *
16375428 TATGAACGATTATCCATTTCAAAACGTTATGACCTTTTATTTTGTCAT-AAAAC-AATTTTTCAA
378 TATGAACAATTATCCATTTCAAAACGTTATGACCTTTTATATTGTC-TGAAAACAAATTTTTC-A
** * * * ** *
16375491 TTTTTACTAGCTTCTTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
441 TTCGTACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAAACAAATTTAATAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAA
* * * **
16375556 AAGATTTAAAAAA-ATATTTATGTTTACCT-AACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAAT
505 AAGATTTAAAAAATAAATTT-T-TTTACCTGAACCAATTCAAATAATTAAGACTATTAAAACAAT
* * *
16375619 TAT-CTTCTTCAAATCATTATGACGTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT-TTTCATAAAAG
568 TATCCAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAATGTTTTATTT-ATAAAAG
* *
16375682 TTTATTCGGAATAAAGTAATACTAATCCACTAATATTTC-AAAAATTAAT-A-AAATAT-TT-AA
631 TTTATTCGAAATAAAGTAATACTAATCCACTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAATATATTAAA
* * * *
16375742 AAAATAAATCTAATTATCAAATC-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGATAAATTATTTTATTTC
695 AAAATAAATCTAATTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTA-TCTATTTA
* * * *** **
16375806 AAACCATTATGACTTTTTGTCCTAAT-ATAAAATAATTTTTTTTGTTCA-CACAATTTTATTCAG
758 AAACCATTATGACCTTTTGT-CTAATCATAAAACAA-TTGTTTCAATCAGCACAAGGTTATT-AG
* * * **
16375869 -ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-AGTAAAAAATTTAAAAAG-AAAT
820 AAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----AATTTAAAAAGTAAAT
* *
16375931 ATGTTTGCTGAACTA
881 ATGTTTACCGAA-TA
* * *
16375946 AATT-AAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AATTCAAATAAT-ATAACAATTTGAA-AATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
16376010 TATAAAGGAATTGTTTAAGTTCTTATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATAT
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*
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TAAACAATTGTTTTGTTCTTATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
AAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCAACTAATTTCAAATAGTTATAACT
ATTTGAACAATTATCATCTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTATCATCAAAATATTAGCTCTA
TTCATACTAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCGATAATTAATAATCAA
GAAAATTAACAAATAAATATAATTACAGAATGGGTGCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTAT
CCATTTCAAAACGTTATGACCTTTTATATTGTCTGAAAACAAATTTTTCATTCGTACAAGCTTAT
TTAGAATAAAATAAAACAAATTTAATAATATTTCAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
ATTTTTTTACCTGAACCAATTCAAATAATTAAGACTATTAAAACAATTATCCATTTCAAATCATT
ATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAATGTTTTATTTATAAAAGTTTATTCGAAATAAAGTAAT
ACTAATCCACTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAATATATTAAAAAAATAAATCTAATTATCAAA
CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTAAAACCATTATGACCTTTTGTCTA
ATCATAAAACAATTGTTTCAATCAGCACAAGGTTATTAGAAATAAAATAACACAAATTTATTAAT
ATTTCAAAAATTAATAAGTAATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCGAATA
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**
16375871 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGTAAAAAATTTAAAAAGAAATATGTT
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* *
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66 TACTGAACTAAATTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * * *
16376001 TTGTTTTGTTATAAAGGAATTGTTTAAGTTCTTATAAGTTTATTCGAAAT-AAAATAATACCAAT
131 TTGTTTTGTAATAAAAGAATTCTTTAAGTTCATACAAGGTTATTCG-AATCAAAATAATACCAAT
* * * * *
16376065 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAAT-AATCTATTTATCGAACAAGCT
195 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGCT
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* * * *
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1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTAGGAAAATTAAT-AGTAAAAAATTT-AAAAAGAAATAT
* * * * *
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* * *
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** * *
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TAAAATAATACTAATTTATTAATATTAGGAAAATTAATAGTAAAAAATTTAAAAAGAAATATGTT
TACTGAACTAAATTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
TTGTTTTGTAATAAAAGAATTCTTTAAGTTCATACAAGGTTATTCGAATCAAAATAATACCAATT
TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGCTT
ATTTCAAA
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* * ** * *
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* * * *
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*
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* * * * *
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** * * * * * * *
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* * * *
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* * * ** * * * *
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* * *** * * ** *
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* * * * ** *
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130 TC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTCTTTCTATCA-T
* * * * * *
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1 ACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * *
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** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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** * **
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ACAAGCTTATTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
TAAAAAATAAATATATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTCTTTCTATCAT
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16376205 ATTGAATAAG
* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *** * *
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* * * * ** * *
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* * *
16376636 CATAAAACAATTGGTTCTATTATTGCAA-GCTTATTTC-GAATAAATTAATA-TAAATTGATTAA
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* * * *
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* *
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* * **
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* *
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* * * * * * * *
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* ** * *
16376998 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAA-ATTTATTCAAAATAAAATAATACAAATT
66 TAAAACAATTGTTTCTATT-ATA-AACGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
16377052 TATAATAAGT
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TTCAAATAGTTATAACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTATTATAAACGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTGATTAAAATTCT
AAAAATTAATAAATACAATATTAAAATAATAAATCTATTTATTGAGCGAA
Found at i:16377222 original size:21 final size:21
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*
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1 TAATAAGCAAGAAAATTAA
16377237 TATGCTTATT
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TAATAAGCAAGAAAATTAAAA
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* * ** *
16377250 AATAAATTAATACTTATTTATTAGCA-TTCGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAA
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* * * * * * *
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* * * * ** *
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* *** *
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** * * * * * * * * *
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*
16377614 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAGATAAATC
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** * *
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* * * *
16377744 TC-TTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTGTA-ATCATAAAAGCTTATTCTGT
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGATCATACAAGCTTATT-TGA
* * * * * *
16377795 TA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGTAATTAAGAGATTTAAACAATAAATG
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * *
16377859 TGCTTGCGAAACTAGTTAAAAAAGTTA-GAACCATTAGAATAATTATCTATTT
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Statistics
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TGTTTACCAAACCAGTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTAAGAC
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16378144 TGAATAATTG
* ** *
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*
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* * * ** *
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* * * *
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66 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---A-ATTTAAAAAA
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127 TAAAT
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Statistics
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Consensus pattern (147 bp):
TCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTT
ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATTTAAAAAATAAA
TATTTACCAAATTGGTA
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16378291 ACCAAATTGG
* ** * * * * * *
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* ** * * * *
16378364 TTGTT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTGATAAGTAAGAGATTTAAAA
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* * * * *
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128 AA-AAATCTATTTATC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAA
* * * ** * * * * *
16378491 ATAATTATTTAAAAAATAAACTTTTGTACTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATATAAGCTTA
190 ATAGTTA--T---GACT----TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA
* * * * *
16378556 TTTGAAATAAAATAATAGTAATCTAATAATATTTTAAAAATTAA-TATGTAAGAGATTT-AAAAT
246 TTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATTA-GTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * *
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308 TAAATCTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAT
** * * * * * * * * *
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* *
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65 CTTATTCAAAATAAAAT-AATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAGATTT-TA
* * * * * * * * *
16378794 AAATAATTTAATTTACCTAACTAGTTCTAATAATTATGACTATTTGAATAATTTTCTATTTTAAA
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *** * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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190 ATAGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATT-AGAAT
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317 TTACCAAATC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAT
* * ** * * *
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1 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGC
* * * * * *
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* * * *
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* * * ** *
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* *
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* * * *
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* * * * * ** * * **
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* * * *
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66 TTATTCAAAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTC-AAA--AATTAA-TAAGAAAAGATTTT
* * * * * * *** *
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126 AAA-A-AAATCTATTTATC-AAACTAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * *
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187 CAAAT-AGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTAGA
* * * * * * *
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251 A-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
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314 TGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAT
* * * * * * * *
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1 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGC
*** * * ** *
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* * * *
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128 AA-AAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * *
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191 T-AGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTAT-TAGAAT
* * * * *
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253 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * *
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317 TTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAT
** * * ** * ***
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1 TATCT-ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTCAGT-TCATACA
* * *
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* * * * *
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126 AAAA-AAATCTATTTATCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * *
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189 AATAGTTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTAGAA-
* * * * * * * *
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252 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * *
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315 GTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAATAAT
* ** * * * *
16381166 TAT-TAGTTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATATAGG
1 TATCTA-TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAG
* * * * * *
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65 CTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTTAA
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128 AA--AAATCTATTTATCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
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190 ATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTAGAATA
* * * * *
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** * *
16381483 TT-CTTGAA-CACGATT-AAATAGTTATGA-TATTTAAATAAT
317 TTAC-CAAATCA-G-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAT
* *** * * ** *
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1 TATCTATTTC-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTC-AGTTCATACA
* * *
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63 AGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTT
* * * * * *
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126 -AAAA-AAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * *
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189 AATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATT-AGAAT
* *
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253 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATTA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * *
16381842 TTTACCGAATAAGTTCAAATCA-TCATGTCCATTTGATTAAT
316 TTTACCAAATCAGTTCAAAT-AGTTAAGACTATTTGAATAAT
* * * *
16381883 TATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATGCAAA
1 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAG
* * * * * *
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* *
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* ** * * *
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* * ** *
16382134 AAATAATACTAATTTAATAA-AATTCCAAA--AATTAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATGTGTT
254 AAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATTAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * *
16382196 TGCCAAA--A-TTAAAATAATT-AGACTA-TTAAATAAT
318 TACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAT
* * *
16382230 TATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTATTT-TATTTGT-ATAAAATAATTTATTTTATTTTCATAC
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* * *
16382293 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAGTAAAGTAAA-ATTT
62 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGAAAAGATTT
* * * * *
16382356 TAAAAATAATC-ATTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGAC--TTTGAACAATTATTTGTTTCA
125 TAAAAA-AATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * *
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*
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252 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATTA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * *
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315 GTTTACCAAATCAGTTCAAAT-AGTTAAGACTATTTGAATAAT
* * * ** *
16382588 TATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATGTAA-A
1 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGC
* *
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66 TTATTCAAAATAAAATAATATA-ATTTATTAATA-TTT-CAAAAATTAATAAGAAAAGATTTTAA
* *
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128 AA-AAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAA
* * * * *
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191 T-AGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTAGAATAA
* *
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255 AATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATTAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTT
* *
16382889 -TCAAA-CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAGAACAAT
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* *
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1 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGC
* *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* *
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256 ATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATTA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * * *
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319 ACCAAATCAGTTCAAAT-AGTTAAGACTATTTGAATAAT
* * * *
16383277 TATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATGCAAA
1 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAG
* * * * * *
16383341 ATTATCCAAAATAAAATAATAATGATATATTAATATTTTAAAAATTAATAAG--ACG--TTTAAA
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* *
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129 AA--AATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* ** * * *
16383466 CA-TTACGA-TCGTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTTGGATTA
192 -AGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATTCATACAAGCTTA-TTAGAATA
* * ** *
16383528 AAATAATACTAATTTAATAA-AATTCCAAA--AATTAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATGTGTT
254 AAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATTAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * *
16383590 TGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAAT
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* * * * *
16383629 TATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTATTTATTTAGTCATAAAATAATTATTTTATTTCATACAAG
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* * *
16383694 CTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAA-ATAAATATTTTAA
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* * * * * * *
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* * * * * *
16383822 TAGTTATGATTTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTATATTCGTACAAGTTTATTCAGAAT-A
191 TAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATT-AGAATAA
* *
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255 AATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATTA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * * * * *
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318 TACCAAATCAGTTCAAAT-AGTTAAGACTATTTGAATAAT
* * * * ** **
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1 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGC
* * * * *
16384052 TTATCCAAAATAAAATAATAATGATATATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---ACA-TTTAAAA
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* *
16384113 ATTAATCTATTTATCAAAATAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATTTATCTT-AAAT
130 A--AATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAAT
* * * * *
16384176 CA-TTACGA-TCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTTGGATTA
192 -AGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATTCATACAAGCTTA-TTAGAATA
* * ** *
16384238 AAATAATACTAATTTAATAA-AATTCCAAA--AATTAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATGTGTT
254 AAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATTAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTT
** * * * *
16384300 TGTCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAAT
318 TACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAT
* * * *
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* *
16384404 CTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAA-ATTTTTA
65 CTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAAGA-TTTT-
* * * * * *
16384468 AAAATAAATC-ATTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGAC--TTTGAACAATTATTTGTTTCAC
126 AAAA-AAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * *
16384530 ATAGTTATGATTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTATATTCGTACAAGTTTATTCAGAAT-
190 ATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATT-AGAATA
* * *
16384594 AAGTAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA-TAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
254 AAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATTA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * *
16384658 TTACCGAATAAGTTCAAATCA-TCATGTCCATTTGATTAAT
317 TTACCAAATCAGTTCAAAT-AGTTAAGACTATTTGAATAAT
* * * * **
16384698 TATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATGCAAAA
1 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGC
* * * * * *
16384763 TTATCCAAAACAAAATAATAATGATATATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---ACA-TTTAAAA
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* * *
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130 A--AATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-
* * * * *
16384888 A-TTACGA-TCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAA
192 AGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATTCATACAAGCTTA-TTAGAATAA
** * * *** *
16384950 AATAATACTAATTTAAAAAAAATCCCAAA--AATTAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATGTGTTT
255 AATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATTAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTT
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16385013 GCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTGGAACAAT
319 ACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAAT
* * * *
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* * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *** * * * * * * ** * * **
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1 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGC
* ** * * *
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Statistics
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * * *
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*** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* *
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* * **
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16386658 NNNNNNNNNN
Statistics
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** * * * * **
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*
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*
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*
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*
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* *
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* * *
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TAAATTAATATAAATAATTTT
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* *
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TAATTATTAATATTTTATAATT
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*
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* *
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ATATATAATTAATTATT
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*
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16402124 ATATATAACA
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**
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AATTATAATATTATAATTTAAT
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*
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* *
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* *
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* * *
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* *
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*
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* * *
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*
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* * * *
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*
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*
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*
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* * *
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*
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*
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*
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*
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*
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* * * *
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* * * *
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1 GTGCTAGTGAGTG
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1 GTGC
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* *
16422189 TGTGCCAGTGGTGGTCGAGGCATA-TGCCCGCACCAAGGGCCAGCA
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* * *
16422234 TGTGCCAATGGTGTTTGAGGCAACTACCTGCACCAAGGGCCA
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16422276 TCTCTTATCG
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*
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* * * * *
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* *
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16472648 CCCTTGGCGT
* *
16472658 GGGTTGTTGCCTTAGTCA-CCTCTTTGGTAGATGCTGGCACTTGGTGC
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* *
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1 GGGTTGTTGCCTCAGACACCCTTTTGGTAGATGCTGGCACTTGGTGC
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GGGTTGTTGCCTCAGACACCCTTTTGGTAGATGCTGGCACTTGGTGC
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* * * *
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*
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1 ACCACCATTGGCACAAGCTACCCCTTGGTATAGGCACTTGCCTCA
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1 ACC
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ACCACCATTGGCACAAGCTACCCCTTGGTATAGGCACTTGCCTCA
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16475101 ACTTGCCTCA
* ** * *
16475111 ACCACCATTGGCACAAGCTACCCCTTGGTATAGGCACTTGCCTTAACCTCTATTTACACATGCCG
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16475176 G
66 G
* * * ** * *
16475177 ACCACTATCGGCACATGTTGGCCAATGGTACAGGCATTTGTCTTAACCTCTATTGACACATGCC
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16475241 TCAATCAGCA
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ACCACCATCGGCACAAGCTACCCAATGGTACAGGCACTTGCCTTAACCTCTATTGACACATGCCG
G
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GCACCATGT
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16497996 ATTTACCAAT
*
16498006 ACCACCATCAAAACAAGTCAGCCTTCGGTACGGGCAATTACCTCAACCACCATTAGCATATGTTG
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16498071 G
66 G
* * * * * * *
16498072 ACCACCATCAACACATACT-AGCCTTTGGTATGGGTAATTGCCTCAACCATCATTGGCATA
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16498132 AGCTAGCCCT
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ACCACCATCAAAACAACTCAGCCTTCGGTACGGGCAATTACCTCAACCACCATTAGCATATGTTG
G
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16509410 CTCAGTACAT
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* *
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* *
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GCTTTAACCACCATTGGCACAC
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16510680 ACATGGTGTG
** **
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* *
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16510779 TCTTGTTTGA
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GGCACATGCCTCAACCACCATCAGCTCAAGCTGGCCCTTGGTATA
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16525058 TACTTTCCTT
* *
16525068 GACCACCATC-AGCATATGTTG
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1 GACCACCATCGAGCATATGCTA
*
16525110 GACCTCCATCG
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GACCACCATCGAGCATATGCTA
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16528591 TCATAGTCTA
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* *
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1 TTTTT
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TTTTTCAACATTTTTGAAAAAT
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16528591 TCATAGTCTA
*
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**
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*
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1 TTTTTCAAAAT
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1 TTTTTCAAAAT
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1 TTTTT
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TTTTTCAAAAT
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16540274 ACATGGTATG
* *
16540284 GGCACATGCCTCGACCA-TCATTAGCATAAGCTGGCCTTTGGTACA
1 GGCACTTGCCTCGACCACTCATTAGCATAAGCTGGCCTTTAGTACA
**
16540329 GGCACTTGCCTCGACCACT-ATTAGCATAA-CTTGGCCTTTAGTATG
1 GGCACTTGCCTCGACCACTCATTAGCATAAGC-TGGCCTTTAGTACA
* *
16540374 GGTACTTGCCTTGACCAC
1 GGCACTTGCCTCGACCAC
16540392 CATCGACACA
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GGCACTTGCCTCGACCACTCATTAGCATAAGCTGGCCTTTAGTACA
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16540376 TACTTGCCTT
*
16540386 GACCACCATCGACACATGCTA
1 GACCACCATCGACACATACTA
*
16540407 GACCACCATCGATACATACTA
1 GACCACCATCGACACATACTA
16540428 G
1 G
16540429 GCCTTAGTAT
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GACCACCATCGACACATACTA
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16562124 AAGATGATTC
* *
16562134 ATTTTTTATATTTCATGATTTTTAAA
1 ATTTTTTATAGTTCAGGATTTTTAAA
* *
16562160 ATTTTTTATGGTTCAGGATTTTTTAA
1 ATTTTTTATAGTTCAGGATTTTTAAA
*
16562186 TTTTTTT
1 ATTTTTT
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ATTTTTTATAGTTCAGGATTTTTAAA
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16572618 TCATCATCAA
* * * * * * *
16572628 CACAAGCTAGCCTTTGGTTTAGGCACTTGCCTTGGCCACTATCAACG
1 CACATGCTAGCCCTTGGTATGGGCACTTACCTTGACCACCATC--CG
* ** **
16572675 CA-A-GCTATCCCTTGGTATGGGCACTTTTCTTGACCACCATTGG
1 CACATGCTAGCCCTTGGTATGGGCACTTACCTTGACCACCATCCG
16572718 CACATGCTAGCCCTTGGTATGGGCACTTACCTTGACCACCATCCG
1 CACATGCTAGCCCTTGGTATGGGCACTTACCTTGACCACCATCCG
* *
16572763 CATATGCTAGCCCATGGTATGGG
1 CACATGCTAGCCCTTGGTATGGG
16572786 ATGTGCTTTG
Statistics
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CACATGCTAGCCCTTGGTATGGGCACTTACCTTGACCACCATCCG
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Indices: 16578208--16578335 Score: 186
Period size: 66 Copynumber: 1.9 Consensus size: 66
16578198 ACCTTGACCA
*
16578208 ACCACCATCGACACAAGCTGGCCCTTAGTATGGGCACTTGCCTCAACCACTATCGACACATGTTG
1 ACCACCATCGACACAAGCTGACCCTTAGTATGGGCACTTGCCTCAACCACTATCGACACATGTTG
16578273 G
66 G
* * * * *
16578274 ACCACCATCGACACATG-TCGACCCTTAGTATGGGCATTTGCCTCAACCTCTATTGGCACATG
1 ACCACCATCGACACAAGCT-GACCCTTAGTATGGGCACTTGCCTCAACCACTATCGACACATG
16578336 CTAGCCCTGG
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 6, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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G
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Indices: 16580726--16580822 Score: 115
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16580716 CAAGTGGGCC
* * * *
16580726 CTTGGTATAGGTTGTTGCCTCAGACACCTCTTTCGAAAATGTTGGCA
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* * *
16580773 CTTGGTATAAGTTGTTGCCTAAGACACC-CTTTTGGTAGATGCTAGCA
1 CTTGGTATAAGTTGTTGCCTAAGACACCTC-TTTCGAAAATGCTAGCA
16580820 CTT
1 CTT
16580823 TGTGTGGCAT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 7, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
46 1 0.02
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CTTGGTATAAGTTGTTGCCTAAGACACCTCTTTCGAAAATGCTAGCA
Found at i:16590958 original size:47 final size:47
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Indices: 16590874--16590965 Score: 114
Period size: 47 Copynumber: 2.0 Consensus size: 47
16590864 CTTGGTGTGA
* * *
16590874 GTTGTTGCCTCAAACACCTTATTGGTATATGCCAGCTCTTAGTGTAG
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* * *
16590921 GTTGTTACCTCAGACACCCTT-TCGGTAGATGCTAGCTCTTGGTGT
1 GTTGTTACCTCAAACA-CCTTATCGGTAGATGCCAGCTCTTAGTGT
16590966 GACATGTGTA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 6, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
47 34 0.89
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GTTGTTACCTCAAACACCTTATCGGTAGATGCCAGCTCTTAGTGTAG
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Indices: 16594220--16594319 Score: 109
Period size: 45 Copynumber: 2.2 Consensus size: 46
16594210 CATATTGTGC
16594220 AGGCACATGCCTT-GACCACCA-TCGGCACAAGCTAGCCCTTGGTAT
1 AGGCACATGCCTTCGACCACCATTC-GCACAAGCTAGCCCTTGGTAT
* * * * *
16594265 AGGCAC-TAG-CTTCGACCATCATTCGTATATGCTGGCCCTTGGTAT
1 AGGCACAT-GCCTTCGACCACCATTCGCACAAGCTAGCCCTTGGTAT
16594310 AGGCACATGC
1 AGGCACATGC
16594320 ATCGATCAGT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 5, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
44 4 0.09
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16598286 AGGGTGAGAT
16598296 CCCCATTGTG
1 CCCCATTGTG
16598306 CCCCATTGTG
1 CCCCATTGTG
16598316 CCCCATTGTG
1 CCCCATTGTG
16598326 CC
1 CC
16598328 TAGACCCTAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 22 1.00
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CCCCATTGTG
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Indices: 16601808--16601900 Score: 111
Period size: 47 Copynumber: 2.0 Consensus size: 47
16601798 CTTTAGCATG
*
16601808 GGTTGTTGCCTTAGACACCTCATTGGTAGATACT-GACACTTGGTATA
1 GGTTGTTGCCTTAGACACCTCATTGGTAAATACTAG-CACTTGGTATA
* *
16601855 GGTTGTTGCCTT-GAACACC-CTTTTGGTAAATGCTAGCACTTGGTAT
1 GGTTGTTGCCTTAG-ACACCTC-ATTGGTAAATACTAGCACTTGGTAT
16601901 GGCATATGTA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 3, Indels: 6
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
46 2 0.05
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ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.24, T:0.35
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GGTTGTTGCCTTAGACACCTCATTGGTAAATACTAGCACTTGGTATA
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Indices: 16621092--16621152 Score: 81
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16621082 AAGATGACTC
** *
16621092 ATTTTTTATTTTTCATGA-TTT-TTAAA
1 ATTTTTTATAGTTCAGGATTTTCTTAAA
16621118 ATTTTTTATAGTTCAGGATTTTCTTAAA
1 ATTTTTTATAGTTCAGGATTTTCTTAAA
16621146 ATTTTTT
1 ATTTTTT
16621153 TAGATGGAGT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 2
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ATTTTTTATAGTTCAGGATTTTCTTAAA
Found at i:16632270 original size:45 final size:45
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Indices: 16632221--16632313 Score: 123
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16632211 GGCATATGGT
* * *
16632221 TCAACCATCATCGGCATAAGCTAGCCCTTAGTATGGGCACTTGCC
1 TCAACCACCATCAGCATAAGCTAGCCCTTAGTATGGGCACATGCC
*** *
16632266 TCAACCACCATCATTGTAAGCTAGCCCTTGGTATGGGCACATGCC
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16632311 TCA
1 TCA
16632314 TCAGTATCAA
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:16634654 original size:7 final size:7
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Indices: 16634642--16634672 Score: 62
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*
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* *
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* * *
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*
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* * * *
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* *
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66 TGT
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TGT
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* * *
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* *
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* *
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*
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1 TT
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*
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*
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* *
16679030 TAAA TAAA TAAA TAAT TTAA TAAA TTAAA TAAA TAAA -AAA TAA
1 TAAA TAAA TAAA TAAA TAAA TAAA -TAAA TAAA TAAA TAAA TAA
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TAAA
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16679020 ATTTACATGT
**
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1 TAAATTAAATAAATAATAAAA
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*
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1 AATTATA
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1 AATT
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AATTATA
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16682758 TGATTAATCA
* *
16682768 ATCGATTATTG-AATTAATTTTG
1 ATCGATTAATGAAAATAATTTTG
16682790 ATCGATTAATGAAAATAATTTT
1 ATCGATTAATGAAAATAATTTT
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16696479 CTGCTAAAGT
** ** ** *
16696489 TCGATTCATTTTAGAAAACAAATTTGACTTTTTGAAAATGATAACTTAACTTGATATCAAGGC
1 TCGATTCATTTTAGAAAACAAATTCAACTTTTTGAAAACAATAACTTAACTCCATACCAAGGC
* * *
16696552 TCGATTCATTTT-GAAAACGAATTCAACTTTTTGAAAGACAATATCTTGACTCCATACCAAGG
1 TCGATTCATTTTAGAAAACAAATTCAACTTTTTGAAA-ACAATAACTTAACTCCATACCAAGG
16696614 TTGGACCGAT
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0.81 0.16 0.03
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63 30 0.59
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TCGATTCATTTTAGAAAACAAATTCAACTTTTTGAAAACAATAACTTAACTCCATACCAAGGC
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16696891 TTGATTAGAA
16696901 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT -AT AAT A
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT A
16696943 TTATTATTAT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 0, Indels: 2
0.95 0.00 0.05
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2 2 0.05
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Consensus pattern (3 bp):
AAT
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Indices: 16696941--16696978 Score: 76
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16696931 AATAATATAA
16696941 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TA
1 TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TAT TA
16696979 AAAGGGAGTC
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 35 1.00
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Consensus pattern (3 bp):
TAT
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Indices: 16699127--16699277 Score: 108
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16699117 GTGCATGATG
*
16699127 TGGGCACATGCCTCAACCATCATTGGCATAAGCTGGCCTTTGGTA
1 TGGGCACATGCCTCAACCACCATTGGCATAAGCTGGCCTTTGGTA
* * ** * * * * * *
16699172 TGGGCACTTACCTTGACCACCATCGACACT-TGTTGGCCTTTCGTG
1 TGGGCACATGCCTCAACCACCATTGGCA-TAAGCTGGCCTTTGGTA
* * * * * *
16699217 TGGGCACATGCTTCGATCAAGCATTGGCATAATCTGGAC-TTGGTA
1 TGGGCACATGCCTC-AACCACCATTGGCATAAGCTGGCCTTTGGTA
*
16699262 TGGGCAAATGCCTCAA
1 TGGGCACATGCCTCAA
16699278 TTAGCATTCG
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 30, Indels: 7
0.66 0.27 0.06
Matches are distributed among these distances:
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45 59 0.81
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TGGGCACATGCCTCAACCACCATTGGCATAAGCTGGCCTTTGGTA
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Indices: 16714925--16715718 Score: 889
Period size: 432 Copynumber: 1.9 Consensus size: 418
16714915 AATTAGGAAA
* * * * *
16714925 TGGGTGGGTTTAGGCACATCTTCATATTTTTGCCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATT
1 TGGGTGGGTTCAAGCACATCTTCATATATCTACCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATT
* * * *
16714990 CATACAAGCGTTCACTCGCACTTGGGCCTAGCTTAATTCTACCCACTGTGCTTGAGCCTCTTGAG
66 CAAACAAGCATTCACTCACACATGGGCCTAGCTTAATTCTACCCACTGTGCTTGAGCCTCTTGAG
* * * *
16715055 TCTTAATCACTACCCATACCATTATTCTAGGCTAGTTCTACATGACCTGGGCCTCCATTAGGACT
131 TCTTAATCACTACCCATACCACTATTCTAAGCTAGTTCCACATGACCTGGGCCTCCAGTAGGACT
* * * * ** * *
16715120 CAAGGCTTGGTCCTCCTGGCTATTAGACCTTGTACTATGAGAACCCTTGGGCAAGGACCAGCTTG
196 CAAGGCTTGGCCCTCCTGGCTATCAAACCTTGTACCATGAGAACCCCAGGGCAAGGACCAACTTA
* * ** * * * *
16715185 TGGACCGTGACACATGTACATGCCTCGACCATTATTGAGACATGTTGGCCTTTGGTCTTGGCTAA
261 TGAACCATGACACATACACATGCCTCGACCACTATCGAGACATGTTGGCCTTTAGTCTCGGCTAA
* * *
16715250 TGCTTTGACCACCATTAGCACATGCTGGCCCTTTGTGTGGTAGGTCCCTTGAACACTATCGGCAC
326 TGCTTTGACCACCATCAACACATGCTAGCCCTTTGTGTGGTAGGTCCCTTGAACACTATCGGCAC
16715315 TTGCACTATGCACACCATGACCGAGTAG
391 TTGCACTATGCACACCATGACCGAGTAG
*
16715343 TGGGTGGGTTCAAGCACATCTTCATATATCTACTATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATT
1 TGGGTGGGTTCAAGCACATCTTCATATATCTACCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATT
* * *
16715408 CAAATAAGCATTGACCAACGTCTATACATGGGCCTGGCTTAATTCTACCGCACATGAACATCGTG
66 CAAACAAGCATT---C-AC-TC-ACACATGGGCCTAGCTTAATTCTA-C-C-C----AC-T-GTG
* * * * *
16715473 CTTGAGCCTCTTGAGT-TCTGATCACTACCTATACCACTGTTCTAAGCTAGTTCCCCAT-ACTTG
116 CTTGAGCCTCTTGAGTCT-TAATCACTACCCATACCACTATTCTAAGCTAGTTCCACATGACCTG
* * *
16715536 GGCCTCTC-GTAGGCCTCAAGGCTTGGCCC-CTCTGGCTGTCAAACCTTGTCCCACT-AGAACCC
180 GGCCTC-CAGTAGGACTCAAGGCTTGGCCCTC-CTGGCTATCAAACCTTGTACCA-TGAGAACCC
* ** * *
16715598 CAGGGCATGGACCAACTTATGAATTATGACACATACACATGCCTTGACCACTATCGGGACATGTT
242 CAGGGCAAGGACCAACTTATGAACCATGACACATACACATGCCTCGACCACTATCGAGACATGTT
* * * *
16715663 GGGCTTTAGTCTCGG-TACATGTTTTGACCGCTATCAACACATGCTAGCCCTTTGTG
307 GGCCTTTAGTCTCGGCTA-ATGCTTTGACCACCATCAACACATGCTAGCCCTTTGTG
16715719 CAGGCAGTTC
Statistics
Matches: 303, Mismatches: 53, Indels: 26
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
418 68 0.22
421 1 0.00
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426 1 0.00
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431 5 0.02
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ACGTcount: A:0.23, C:0.27, G:0.21, T:0.30
Consensus pattern (418 bp):
TGGGTGGGTTCAAGCACATCTTCATATATCTACCATGCCAATGCCATTTTTATGGCTTGTAAATT
CAAACAAGCATTCACTCACACATGGGCCTAGCTTAATTCTACCCACTGTGCTTGAGCCTCTTGAG
TCTTAATCACTACCCATACCACTATTCTAAGCTAGTTCCACATGACCTGGGCCTCCAGTAGGACT
CAAGGCTTGGCCCTCCTGGCTATCAAACCTTGTACCATGAGAACCCCAGGGCAAGGACCAACTTA
TGAACCATGACACATACACATGCCTCGACCACTATCGAGACATGTTGGCCTTTAGTCTCGGCTAA
TGCTTTGACCACCATCAACACATGCTAGCCCTTTGTGTGGTAGGTCCCTTGAACACTATCGGCAC
TTGCACTATGCACACCATGACCGAGTAG
Found at i:16717447 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 16717398--16717552 Score: 125
Period size: 45 Copynumber: 3.4 Consensus size: 45
16717388 CCATTATTAG
16717398 CACAAGTTGGCCTTTGGTGTAGGCACTTGCCTCAACCACCATCGA
1 CACAAGTTGGCCTTTGGTGTAGGCACTTGCCTCAACCACCATCGA
* * * * * * *
16717443 CACAAGCTAGCGTTTGGT-AAGGGCACTTGTCTCAACCACCATTGG
1 CACAAGTTGGCCTTTGGTGTA-GGCACTTGCCTCAACCACCATCGA
* * * * * **
16717488 CACATGTTGG-CTCTTGGTATGGGCACTTACTTTGACCACCATCGA
1 CACAAGTTGGCCT-TTGGTGTAGGCACTTGCCTCAACCACCATCGA
* * *
16717533 TACATGTTGGCCCTTGGTGT
1 CACAAGTTGGCCTTTGGTGT
16717553 GAGCACATGC
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 23, Indels: 8
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
44 2 0.02
45 80 0.96
46 1 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.27, G:0.24, T:0.28
Consensus pattern (45 bp):
CACAAGTTGGCCTTTGGTGTAGGCACTTGCCTCAACCACCATCGA
Found at i:16725145 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 16725080--16725172 Score: 143
Period size: 47 Copynumber: 2.0 Consensus size: 47
16725070 GCCCTTGGCA
*
16725080 TGGGTTGTTACCTTAGACACCTCTTTGGTAGATG-TCGGCACTTGGTG
1 TGGGTTGTTACCTCAGACACCTCTTTGGTAGATGCT-GGCACTTGGTG
* *
16725127 TGGGTTGTTGCCTCAGACACCTCTTTGTTAGATGCTGGCACTTGGT
1 TGGGTTGTTACCTCAGACACCTCTTTGGTAGATGCTGGCACTTGGT
16725173 ACGACATGTG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 3, Indels: 2
0.89 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
47 41 0.98
48 1 0.02
ACGTcount: A:0.14, C:0.20, G:0.29, T:0.37
Consensus pattern (47 bp):
TGGGTTGTTACCTCAGACACCTCTTTGGTAGATGCTGGCACTTGGTG
Found at i:16727091 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 16726957--16727091 Score: 130
Period size: 45 Copynumber: 3.0 Consensus size: 45
16726947 TGGCATAAGC
* * * *
16726957 TGGCCTTTGGTATAGGTACTT-ACTGCAACCACCAACAGCACAAGC
1 TGGCCTTTGGTATAGGTACTTGCCT-CAACCACCATCAGCACATGT
* * * * * *
16727002 TGG-TTTTGGTATGGGCACTTGCCTCAACCACTATTAGCATATGT
1 TGGCCTTTGGTATAGGTACTTGCCTCAACCACCATCAGCACATGT
* * *
16727046 TGGCCTTTGGTACAGGTACTTGCCTTAACCACCATCGGCACATGT
1 TGGCCTTTGGTATAGGTACTTGCCTCAACCACCATCAGCACATGT
16727091 T
1 T
16727092 AGATCACCAT
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 19, Indels: 4
0.75 0.21 0.04
Matches are distributed among these distances:
44 31 0.45
45 38 0.55
ACGTcount: A:0.23, C:0.26, G:0.21, T:0.30
Consensus pattern (45 bp):
TGGCCTTTGGTATAGGTACTTGCCTCAACCACCATCAGCACATGT
Found at i:16733258 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 16733228--16733280 Score: 74
Period size: 27 Copynumber: 1.9 Consensus size: 28
16733218 ATATGCTGCA
*
16733228 GCATCATTTC-CCTTAGAATTA-AGGACT
1 GCATCATATCTCC-TAGAATTATAGGACT
16733255 GCATCATATCTCCTAGAATTATAGGA
1 GCATCATATCTCCTAGAATTATAGGA
16733281 TTTAAACTAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
27 17 0.74
28 6 0.26
ACGTcount: A:0.32, C:0.21, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (28 bp):
GCATCATATCTCCTAGAATTATAGGACT
Done.