Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167842.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_113, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 81152
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:6848 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 6589--6879 Score: 385
Period size: 143 Copynumber: 2.0 Consensus size: 143
6579 CTTATTCAAA
* * * *
6589 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCTAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCT
* * *
6654 ATTTACCGTACAAGTTCAAATAGTTATAATTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAAGA
66 ATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCTAAGA
*
6718 CCTTTTGTTTTTGTC
130 CATTTTG-TTTTGTC
* *
6733 ATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTACTAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATC
1 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATC
* * *
6796 TATTTTA-TGAACACA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTAT
65 TA-TTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTAA
6859 GACATTTTGTTTTGTC
128 GACATTTTGTTTTGTC
6875 ATAAA
1 ATAAA
6880 CCAATTGTTT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 13, Indels: 10
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
142 13 0.10
143 75 0.58
144 42 0.32
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (143 bp):
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCT
ATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTAAGAC
ATTTTGTTTTGTC
Found at i:7069 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 7021--7072 Score: 56
Period size: 17 Copynumber: 3.0 Consensus size: 18
7011 TTTGACAAAA
*
7021 CAAA-AGTCATAACGATT
1 CAAATAGTCATAACTATT
*
7038 TAAATTA-T-ATAACTATT
1 CAAA-TAGTCATAACTATT
7055 CAAATAGTCATAACTATT
1 CAAATAGTCATAACTATT
7073 TAAACTTATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 7
0.74 0.08 0.18
Matches are distributed among these distances:
16 2 0.07
17 15 0.54
18 10 0.36
19 1 0.04
ACGTcount: A:0.46, C:0.13, G:0.06, T:0.35
Consensus pattern (18 bp):
CAAATAGTCATAACTATT
Found at i:10062 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 9449--10172 Score: 630
Period size: 181 Copynumber: 4.1 Consensus size: 176
9439 TTGGACTTTC
* * * * * * * * * * *
9449 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTAAAGTAGTTCACCAAACATATTTAAT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGCT-ACAAAATAGATTT-AT
* * * ** * * *
9514 TTTTAAA-TCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTATTATTTTAGCAATATTTTACTCTAAATA
64 TTTTAAATTTTC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA
* * * * * *
9578 AGCTTGTATAAACAGAAACAATTTTTTTATGACAAACAAAAATCATAATG
128 AGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTATGACAAACAATAGTCATAACG
* * * * *
9628 ATTTGAGATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAATAAGCAGATTTAG
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGCTACAA-AA-TAGATTTA-
* * *
9692 TTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATGAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
63 TTTTTAAATTTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA
** * * * *
9753 ATTTTGTATGAATAAAAACAATT-TGTA-AAC-AA-AAT-GTCATAATG
128 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAACAATAGTCATAACG
* * ** * * * *
9797 ATTTGAAATAGATAATAGTTCCAATAGACATGATTATTTGAACTT-ATTCATTAAATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGCTACA--AAATAGATTTA-
* *
9861 TTTTTAAATTTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAAT
63 TTTTTAAATTTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAAT
*
9925 AAACTTGTATGAATAGAAAC-ATATGCTTTATGACAAACAATAGATCATAACG
127 AAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TG-TTTATGACAAACAATAG-TCATAACG
* *
9977 ATTTGAAATAAATAAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTTAACTTGCTAGGAAAATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAAAT-AATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGCTA-CAAAATAGATTTAT
* * *
10042 TTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
64 TTTT-AAATTTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA
* * * * *
10107 AGCTTTTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGATAAAACAAAAGTAATAACA
128 AGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGA-CAAACAATAGTCATAACG
*
10158 ATTTGAAATAGATAA
1 ATTTGAAATAAATAA
10173 AATCATTATA
Statistics
Matches: 445, Mismatches: 73, Indels: 53
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 61 0.14
170 6 0.01
171 3 0.01
172 7 0.02
173 64 0.14
174 2 0.00
175 59 0.13
176 3 0.01
177 6 0.01
178 9 0.02
179 52 0.12
180 26 0.06
181 133 0.30
182 13 0.03
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGCTACAAAATAGATTTATTT
TTAAATTTTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGC
TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAACAATAGTCATAACG
Found at i:11248 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11198--11248 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 17
11188 TGACAAAACA
*
11198 AAATATCATAACTATTTG
1 AAATATCATAACTA-TTC
* *
11216 AAATA-GATAATTATTC
1 AAATATCATAACTATTC
11232 AAATTATCATAACTATT
1 AAA-TATCATAACTATT
11249 TGAATGTGTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 5, Indels: 4
0.74 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.19
17 8 0.31
18 13 0.50
ACGTcount: A:0.47, C:0.10, G:0.04, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATATCATAACTATTC
Found at i:11427 original size:362 final size:361
Alignment explanation
Indices: 10762--12359 Score: 1292
Period size: 362 Copynumber: 4.4 Consensus size: 361
10752 AAATCTTCAA
* * * *
10762 AATATTAATATATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAT-TTTGCATGAATAGAAATAATTGTTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAT-ATGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTT
* ** ** * * * * * *
10825 ATGACAAAATAGGAGGTCATAGTGATTTGAACTAGATAATTGTTCGAATGGACATGACTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * ** * *
10890 ACTTGTTCGTCAAACATATTTAGTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTT-TCAAAATATTTATAA
129 ACTTGTTCGAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCT-AAAATATTAATAA
* * *
10954 ATCAATATTATTTTATTTTGAGTAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTAT-AACAAAACAA
193 ATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGAA-AAAACAA
* * * * * * * *
11018 AAGATAATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTGATAACTATTTAAACTTGCTCAGTA
257 AAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGATCGGTA
11083 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTATTTTTGG
322 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTATTTTT-G
**
11124 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAATAAAAATAATTGGATTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTAT
** *
11189 GACAAAACAAAATATCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTA-TCATAACTATTTGAA
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
11253 -TGTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTCTAGAATATTAATAAA
130 CT-TGTTCGAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTAAAATATTAATAAA
* * * * * *
11316 TTTATATTATTTTATTCAGACTAACCTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAAACTAA
194 TTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGA-AAAAACAAA
* * *
11381 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCGAATAGTAATAACTATTTGAACTTGATCGGAAA
258 AGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGATCGGTAA
* * * * * * *
11446 ATAGAATCAATTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAG
323 ATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTATTTT-TG
** * * * * * *
11486 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACT-GATACAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAA-TAAAAATAATTGTTTTA
* ** * * * **
11550 TTATGAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGTTATGCCTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
11615 CTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTT-CTTATTAATAGTC-AAAATATTAATAAA
130 CTTGTTCGAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTCTAAAATATTAATAAA
* * * * * * *
11678 TTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTAT-AAGCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
194 TTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAA
* * * * *
11742 AAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTT-ATTCGGTA
258 AGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGA-TCGGTA
* * *
11806 AATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTA-TTAGTCATTTG
322 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTA-T-TTTTG
* * * * * ** *
11847 AATATTAATAAATTTGTAATATTTTAATTGAAATAGGCTTGTATGAATAGAAAA-AATAATTTAA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAATA-AAAATAATTGTTTTA
* * ** **
11911 TGACAAAACAAAAGGTTATAGCGA-TTGAAATAGGGAATTATTCAAATAGTCATAACTATTACAA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * ** * *
11975 CTTATTCGATAAACAGATTCAATTTTTAACTCACTTATTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAAT
130 CTTGTTCGAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTCT--A-A--AAT--AT
* * * * * *
12040 TAGAAAAATTAATAAATTAGAGTTATGTTATTTTGAATAAGCTTATA-CAAAAGAAACAATTGTT
187 TA-ATAAATTAAT--ATT--A--T-T-TTATTCTGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTATT
* * * * *
12104 TTGT-AATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGCAATAAATAATGT-TTCAAATAGTCATAACAAT
243 TTATGAA-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAAT-TATTCAAATAGTAATAACTAT
* * ** * * ** * *
12167 TTGTA-TTGGTCAAGCCAAA-AGATTCAATTTTTAAATCCGTTATTTATTAATTTTTAG
306 TTGAACTTGATC--GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTATTTTT-G
* * * * * * * * * * * *
12224 AATATTAATAAATTAGCATTAATTTGTTCCAAATAAGATTGTTTCAATAGAAACAATTATTTTAC
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTAT
* ** * * ** *
12289 GACAAAATAAATTGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATACCCTTAACTATTTGAAC
66 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
*
12354 TGGTTC
131 TTGTTC
12360 AACAATATTT
Statistics
Matches: 980, Mismatches: 208, Indels: 80
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
360 64 0.07
361 236 0.24
362 415 0.42
363 13 0.01
364 1 0.00
365 1 0.00
367 3 0.00
369 4 0.00
370 9 0.01
372 3 0.00
374 1 0.00
376 12 0.01
377 154 0.16
378 64 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (361 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TTGTTCGAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTAAAATATTAATAAATT
AATATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGG
TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGATCGGTAAATA
GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTATTTTTG
Found at i:11701 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 10757--12359 Score: 1106
Period size: 181 Copynumber: 8.8 Consensus size: 180
10747 AAGCTAAATC
* * * * * ** ** *
10757 TTCAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAATAGAAATAATTGT
1 TTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGT
* ** ** * * * * * *
10822 TTTATGACAAAATAGGAGGTCATAGTGATTTGAACTAGATAATTGTTCGAATGGACATGACTATT
66 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
10887 TGAACTTGTTCG-TCAAACATATTTAGTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATT
131 TGAACTTGTTCGAT-AAATAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTTATTAATT
* * * * * *
10938 TTCAAAATATTTATAAATCAATATTATTTTATTTTGAGTAAACTTATATGAATAGAAACAATTAT
1 TTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGT
* * * * * * *
11003 TTTATAACAAAACAAAAGATAATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTGATAACTATT
66 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
11068 TAAACTTGCTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTATT
131 TGAACTTGTTCGA-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTT-CTTATTAATT
** * ** * * * * *
11119 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAATAAAAATAATTGG
1 TTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGT
* ** *
11184 ATTATGACAAAACAAAATATCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTA-TCATAACTAT
66 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTAT
* * *
11248 TTGAA-TGTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA-T
130 TTGAACT-TGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTT-CTTATTAATT
* ** * * * *
11298 TTCTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAGACTAACCTTTTATGAATAGAAACAATTA
1 TTC-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* * * * *
11363 TTTTATGATAAAAACTAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCGAATAGTAATAACTA
65 TTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
11428 TTTGAACTTGATCGGA-AAATAGAA-TCAATTTTTAAATCTCTTACTCATTAATT
129 TTTGAACTTGTTC-GATAAATA-AATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTTATTAATT
* * *
11481 TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACT-GATACAATTG
1 TTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTG
* ** * * * **
11545 TTTTATTATGAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGTTATGCCTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
11610 TTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTCTTATTAATA
130 TTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTCTTATTAATT
* * * * * * *
11661 GTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTAT-AAGCAAAAACAATTG
1 TTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTG
* * * *
11725 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTA
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
11789 TTTGAACTTATTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAGTCAT
129 TTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTT-CTTATTAAT--T
** * * * * * **
11844 TT--GAATATTAATAAATTTGTAATATTTTA-ATTGAAATAGGCTTGTATGAATAGAAAAAATAA
1 TTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* * * **
11906 TTTAATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGA-TTGAAATAGGGAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
** * * * * * * *
11970 TACAACTTATTCGATAAACAGATTCAATTTTTAACTCACTTAT-TTATTAATT
130 TTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAAT--CTTTTCTTATTAATT
**
12022 TTTTGAATATTAATAAATTAGAAAAATTAATAAATTAGAGTTATGTTATTTTGAATAAGCTTATA
1 TTCAGAATA-T--T-AA-T----AAATTAAT--ATT--A--T-T-TTATTTTGAATAAGCTTATA
* * * * * ** * *
12087 -CAAAAGAAACAATTGTTTTGTAATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGCAATAAATAATGT-TT
49 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT-TATT
* * * ** * * * *
12150 CAAATAGTCATAACAATTTGTA-TTGGTCAAGCCAAA-AGATTCAATTTTTAAATCCGTTAT-TT
113 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC--GATAAATAAATTTATTTTTTAAAT-C-TTTTCTT
12212 ATTAATT
174 ATTAATT
* ** * * *** * * * * *
12219 TTTAGAATATTAATAAATTAGCATTAATTTGTTCCAAATAAGATTGTTTCAATAGAAACAATTAT
1 TTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGT
* * ** * * ** *
12284 TTTACGACAAAATAAATTGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATACCCTTAACTATT
66 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
*
12349 TGAACTGGTTC
131 TGAACTTGTTC
12360 AACAATATTT
Statistics
Matches: 1113, Mismatches: 253, Indels: 111
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 3 0.00
179 6 0.01
180 307 0.28
181 554 0.50
182 81 0.07
183 9 0.01
184 3 0.00
185 1 0.00
186 3 0.00
188 6 0.01
189 6 0.01
191 2 0.00
192 1 0.00
193 3 0.00
194 1 0.00
195 1 0.00
196 38 0.03
197 80 0.07
198 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGT
TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
TGAACTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTCTTATTAATT
Found at i:12917 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 12561--14266 Score: 1095
Period size: 181 Copynumber: 9.5 Consensus size: 178
12551 GGCTTGTTTG
* * ** * * * *
12561 ATGACAAAAGAAAAGTTCATAATGATTTGAATTAGATAATTGCTCAAACAGCCATAACTATTTG-
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * * *
12625 AGTTGATTCG-ATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTACAACTTCTAAATTTTTGAAATATTAAT
66 ACTCGTTTGGCA-AAA--AGATTTATTTTTTAAATCT--TACTTATTAATTTTTG-GATTTTAAT
* * * *** * *
12688 AAAGTATTATTATTTAATTTTGGATAAGCTTTTATAAACT-G-AACAATTATTTT
125 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTT
* * * * *
12741 ATGA-TAGACAAAAGGCCATAACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * *
12805 ACTTGTTTGGCAGCAA-ATTT-TTTTTTAAATTCCTTGCTTATTAATTTTTTGGATGTTTAAAAA
66 ACTCGTTTGGCAAAAAGATTTATTTTTTAAA-T-CTTACTTATTAA-TTTTTGGAT-TTTAATAA
* * * *
12868 AATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAATTGAAATAATTATTTT
127 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
* * * * *
12920 AT-ATCTAAAA-AAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTT
1 ATGA-C-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *** * * * * *
12983 AAACTAGTTCATCAAACACATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTA
64 GAACTCGTTTGGCAAAAAGATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTT-GGATTTTAATA
** * * * * * * *
13047 GTTTAGCAATA-TTTACTCCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTC
126 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
* * * * * *
13099 ATGATAAAAC-AAAGCTCATACCAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
13163 A-TCG-GT-CCAATAAATAGATTTAATTTTT-AA----GCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
66 ACTCGTTTGGC-A-AAA-AGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTG-GATTTTAATAA
** * *
13220 ATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTT
127 ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
* ** * * * * * ** * *
13272 ATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATTGGTAATAGTTCAAATGGAAATGATTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * ** * * *
13337 ACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-CTT-CCAACTAATTTTTTGAATTTAATAAATTA
66 ACTCGTTTGGCAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGGATTTTAATAAATTA
* * *
13400 GTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTT
131 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
* * * * *
13448 ATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGG
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * **
13513 ACTCACTTGGTAAATGGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAA
66 ACTCGTTTGGCAAAAAGATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTTGG-ATTTTAATAAA
* * * * * * * **
13578 TTAATATTTTTTTA-TTCTGAGTAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTT
128 TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
* * * *
13629 ATGAC-AAACTAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC-AATAGTCAGAACTATTTC
1 ATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * *
13692 AACGCGTTCAG-AAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTGTTGGATTGTTAGTCA
65 AACTCGTTTGGCAAAA-AGATTTATTTTTTAAA-TCTTACTTATTAATTTTTGGATT-TTAAT-A
**
13756 GTTTA-TATTATTTTATTT-AGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
126 AATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
* * *
13808 ATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * ** * * * * *
13873 ACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATATTTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
66 ACTCGTTTGGCAAAAAGATTTATTTTTT-AA-ATCTTACTTATTAATTTTTGG-ATTTTAATAAA
* * * ** * *
13938 TTAGAATTATATTA-TTCTGAATAAGCTTGTACAAACAGAAACAATTGTTTT
128 TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
** * * * * *
13989 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAACAGTCAAAATTATTTGC
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * ** * * ** ** *** *
14054 ATTGGTCAAGCCAACAA-ATACATTTCCTAAATCCTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAA
66 ACTCGT-TTGGCAAAAAGATTTATTTTTTAAAT-C-TTACTTATTAATTTT-TGGATTTTAATAA
* * * * * *
14118 ATTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGAC-TATATGAATAGAAACAATTGTTTT
127 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
* ** * * * *
14170 ATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAGTTATAACTAATTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** *
14235 ACTAGTTTGATAAACAA-ATTTATTTTTAAAAT
66 ACTCGTTTGGCAAA-AAGATTTATTTTTTAAAT
14267 ATTATAAATT
Statistics
Matches: 1190, Mismatches: 274, Indels: 123
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.00
172 31 0.03
173 43 0.04
174 51 0.04
175 7 0.01
176 130 0.11
177 36 0.03
178 106 0.09
179 202 0.17
180 192 0.16
181 380 0.32
182 11 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
ACTCGTTTGGCAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGGATTTTAATAAATTA
GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
Found at i:14211 original size:541 final size:525
Alignment explanation
Indices: 13011--14216 Score: 1210
Period size: 541 Copynumber: 2.3 Consensus size: 525
13001 CATTTATTTT
* ** * * * *
13011 TAAAT-CTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTACTCCAAATAAGTT
1 TAAATCCT-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTATTCCGAATAAG-C
* * * * * * * *
13075 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTCATGATAAAACAAAGCTCATACCAATTTGAGATAGATAATTG
64 TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTG
* * * * *
13140 TTCAAATAATTATAACTATTTGAATCGGTCCAATAAATAGATTTAATTTTTAAGCTTATTAATTT
129 TTC-AATAATCAGAACTATTTCAATCGGTCCAATAAATAGATTTAATTTTTAAACTTATTAATTG
** * *
13205 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAATAATTGTT
193 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATT
* * * * * * * *
13270 TTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATTGGTAATAGTTCAAATGGAAATGATTATTT
258 TTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGAAATAACTATTT
* * * *
13335 GAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAACTTCCAACTAATTTTTTGAATTTAATAAATTA
323 GAACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAACTTCCAACTAATTTTTGGAATTTAATAAATTA
* * ** * *
13400 GTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGAT
388 GAATTATATTATTTCGAATAAACTTGTACAAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGAT
* * * * ***
13465 CATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGGACTCACTTGGTAAATGG
453 CATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAACAGTCAAAACTATTTGGA--CACTTGGTAAACAA
** **
13530 ATTTATTTTT
516 ATACATTTCC
* * * ** * * *
13540 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAATATTTTTTTATTCTGAGTAAGCT
1 TAAATCCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCA-TTATTTATTCCGAATAAGC-
* * * *
13605 TTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGAC-AAACTAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAAT
64 TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC--AAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAAT
* * *
13669 TGTTCAATAGTCAGAACTATTTCAA-CGCGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACT
127 TGTTCAATAATCAGAACTATTTCAATCG-GTCCA-ATAAATAGATTTAATTTTT-AA-----ACT
* * * * **
13732 TATTAATTGTTGGATTGTTAGTCAGTTTA-TATTATTTTATT-TAGAATAAGCTTGTATGAATAG
184 TATTAATTGTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTA-AATAAGCTTGTATGAATAG
* * *
13795 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
247 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGA
* * *
13860 TATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATATTTTACTC-ATTAATTTTT
312 AATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTT-AA-A-CTT-C-CAACTAATTTTT
* *
13924 GGAATATTAATAAATTAGAATTATATTA-TTCTGAATAAGCTTGTACAAACAGAAACAATTGTTT
372 GGAAT-TTAATAAATTAGAATTATATTATTTC-GAATAAACTTGTACAAACAGAAACAATTATTT
* ** * * *
13988 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAACAGTCAAAATTATTT-
435 TATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAACAGTCAAAACTATTTG
14052 G-CA-TTGGTCAAGCCAACAAATACATTTCC
500 GACACTTGGT--A---AACAAATACATTTCC
* *
14081 TAAATCCTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGAC
1 TAAATCCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTA-TTTATTCCGAATAAG-C
*
14146 TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATT
64 TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT
14211 GTTCAA
128 GTTCAA
14217 AGAGTTATAA
Statistics
Matches: 544, Mismatches: 102, Indels: 50
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
529 40 0.07
530 72 0.13
531 32 0.06
535 2 0.00
536 142 0.26
537 8 0.01
538 2 0.00
539 2 0.00
540 23 0.04
541 216 0.40
542 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (525 bp):
TAAATCCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTATTCCGAATAAGCTA
TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
CAATAATCAGAACTATTTCAATCGGTCCAATAAATAGATTTAATTTTTAAACTTATTAATTGTTG
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
TAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGAAATAACTATTTGAA
CTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAACTTCCAACTAATTTTTGGAATTTAATAAATTAGAA
TTATATTATTTCGAATAAACTTGTACAAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
AACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAACAGTCAAAACTATTTGGACACTTGGTAAACAAATACA
TTTCC
Found at i:14599 original size:336 final size:337
Alignment explanation
Indices: 13976--14601 Score: 716
Period size: 336 Copynumber: 1.9 Consensus size: 337
13966 GTACAAACAG
* *
13976 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAACAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAACAAT
* * * *
14041 CAAAATTATTTGCATTGGTCAAGCCAACAAATACATTTCCTAAATCCTTTACTTATTAATTTTCA
66 CAAAATTATTTGAACTGGTCAAGCAAACAAATACATTTCCTAAATCCTTTACTTAATAATTTTCA
* *
14106 AAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGACTATATGAATAGAAACAATTGTTTTA
131 AAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGACTATAAGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * ** *
14171 TGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAGTTATAACTAATTGAA
196 CGACAAAACAAAAGGCCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTTATAACTAATTGAA
*
14236 CTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTAAAATATTATAAATTAATATTATTTGATTACAAACAAAC
261 CTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTAAAATATTATAAATTAATATTATTTGATTACAAACAAAC
14301 TTATATGAATAA
326 TTATATGAATAA
* * *
14313 AAACATTTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAACAAT
* * * **
14377 CATAATTATTTGAACTGGTTCGA-CAAACATAAT-TATTTTTTAAAT-CTCTTACTTAATAATTT
66 CAAAATTATTTGAACTGG-TCAAGCAAACA-AATACATTTCCTAAATCCT-TTACTTAATAATTT
** * * * ** ** ** *
14439 TTGAAATATTAGTCAATTTGTTTTGTTTTATTCCAAAT-AGGTTAGTAAGCACT-GAAA-AATTG
128 TCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGACTA-TAAG-AATAGAAACAATTG
* * *
14501 TTTTACGAC-AAACTAAAAGGCCATAACAATTTGCAATAGATAATTGTTCATACA-TCCT-TAAC
191 TTTTACGACAAAAC-AAAAGGCCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGT--TATAAC
* * * *
14563 TATTTGAAGTGGTTTGACCAAA-AAATTTATTTTTTAAAT
253 TAATTGAACTAGTTTGA-CAAACAAATTTATTTTTAAAAT
14602 CTCTTAGTTA
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 42, Indels: 20
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
334 5 0.02
335 85 0.36
336 118 0.50
337 30 0.13
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (337 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAACAAT
CAAAATTATTTGAACTGGTCAAGCAAACAAATACATTTCCTAAATCCTTTACTTAATAATTTTCA
AAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGACTATAAGAATAGAAACAATTGTTTTA
CGACAAAACAAAAGGCCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTTATAACTAATTGAA
CTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTAAAATATTATAAATTAATATTATTTGATTACAAACAAAC
TTATATGAATAA
Found at i:14778 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 14263--15243 Score: 510
Period size: 180 Copynumber: 5.5 Consensus size: 180
14253 TTTATTTTTA
* * * * * *
14263 AAATATTA-TAAATTAATATTATTTGATTACAAACAAACTTATATGAATAAAAACAT--TTGTTT
1 AAATATTAGTCAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAGCTTATATGAA-AAAAAAATAATTGTTT
*
14325 TATGACAAAAC-AAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTG
65 TATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAATTATTTG
* * * *
14389 AACTGGTTCGACAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTG
130 AACTGGTTCAAC-AA-ATAATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTGTC
* * * * * * * ***
14442 AAATATTAGTCAATTTGTTTTGTTTTATTCCAAAT-AGGTTAGTAAG-CACTGAAA-AATTGTTT
1 AAATATTAGTCAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAGCTTA-TATGAAAAAAAAATAATTGTTT
* ** ** * *
14504 TACGAC-AAACTAAAAGGCCATAACAATTTGCAATAGATAATTGTTC--ATACATCCT-TAACTA
65 TATGACAAAAC-AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-AT--TATAATTA
* * * * * *
14565 TTTGAAGTGGTTTGACCAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTGTC
126 TTTGAACTGG-TTCAACAAATAATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTGTC
* * * * *
14621 ATAATCTTA-TTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTCATATGAAAAAAAAATAATTATT
1 A-AATATTAGTCA-ATTAGTATTATTTTATTACAAATAAGCTTATATGAAAAAAAAATAATTGTT
** * * *
14685 TTATGACAAAACAAAAGGTTGTAATGATTTGAAATATATAATTGTTGAAATAGTTATAATTATTT
64 TTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAATTATTT
* * *
14750 GAACTGGTTCAACAAATAATTTTTTTTTAAGTCTCTAACTTTTAA-AATTT-TG
129 GAACTGGTTCAACAAATAATTTTTTTTTAAATCTCTTAC--TTAATAATTTGTC
*** * ** * ****
14802 AAATATTAAAAAATTAGTTTTATTTTATTATGAATGAA-CTTAGATG-AGCTGAAATAATT-TCT
1 AAATATTAGTCAATTAGTATTATTTTATTACAAAT-AAGCTTATATGAAAAAAAAATAATTGT-T
** * * * * * *
14864 TTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTCTTCATATAGTTTTAATTGTTT
64 TTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAATTATTT
* * * * * * * *
14929 TAACTTGTTCAGCAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTT-ATGATTT-TT
129 GAACTGGTTCAACAAA-TAATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTGTC
* * ** * *** ** ** *
14981 AGAATATT-TTTAATTTTTTATTACTTTATTTTGAATAAAATTATATG-AACGAAAATAATTATT
1 A-AATATTAGTCAA-TTAGTATTATTTTATTACAAATAAGCTTATATGAAAAAAAAATAATTGTT
* ** * ** * * * * * *
15044 TTATGACAGAACAAAATATTATAACAAATTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTT
64 TTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAATTATTT
* ** * * *
15109 GAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTGAATCTCATAC-TAAT--TCTTG--
129 GAACTGGTTCAACAAA-TAATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTAATAAT-TTGTC
* * * *** *
15159 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATA-AAATAAGCTTGTATG--TTCAAAACAATTGTTT
1 AAATATTAGTCAATTAGTATTATTTTAT-TACAAATAAGCTTATATGAAAAAAAAATAATTGTTT
* *
15221 TATGACAAAACGAAAGGAAATAA
65 TATGACAAAACAAAAGGTAATAA
15244 CGATATTAGT
Statistics
Matches: 605, Mismatches: 159, Indels: 79
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 28 0.05
177 29 0.05
178 18 0.03
179 128 0.21
180 291 0.48
181 45 0.07
182 58 0.10
183 5 0.01
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAATATTAGTCAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAGCTTATATGAAAAAAAAATAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAATTATTTGA
ACTGGTTCAACAAATAATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTGTC
Found at i:14954 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 14274--15195 Score: 797
Period size: 360 Copynumber: 2.6 Consensus size: 359
14264 AATATTATAA
* * *
14274 ATTAATATTATTTGATTACAAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAA
1 ATTAATATTATTTGATTACAAACAAACTCATATGAATAAAAAAATTTATTTTATGACAAAACAAA
*
14339 GGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTCGACAAA
66 GGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTCAACAAA
* *** * *
14404 CATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAGTCAATTTGTTTTGTTTTA
131 CATAATTATTTTTTAAATCTCTAACTTAATAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTTTTATTTTA
* ** * *
14469 TTCCAAATAGGTTAGTAAGCACTGAAAAATTGTTTTACGACAAACTAAAAGGCCATAACAATTTG
196 TTACAAATAACTTAGTAAG-ACTGAAAAATTGTTTTACGACAAACTAAAAGGCAATAACAATTTA
* * * *
14534 CAATAGATAATTGTTCATACATCCTTAACTATTTGAAGTGGTTTGACCAAAAAATTTATTTTTTA
260 AAATAGATAATTCTTCATACATCCTTAACTATTTGAACTGGTTTCACCAAAAAATTTATTTTTTA
14599 AATCTCTTAGTTATTAATTGTCATAATCTTATTAG
325 AATCTCTTAGTTATTAATTGTCATAATCTTATTAG
* * * * *
14634 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTCATATGAA-AAAAAAATAATTATTTTATGACAAAACA
1 ATTAATATTATTTGATTACAAACAAACTCATATGAATAAAAAAAT--TTATTTTATGACAAAAC-
** * * * *
14698 AAAGGTTGTAATGATTTGAAATATATAATTGTTGAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCAAC
63 AAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTCAAC
* *
14763 -AA-ATAATTTTTTTTTAAGTCTCTAACTTTTAA-AA-TTTTGAAATATTAAAAAATTAGTTTTA
128 AAACATAATTATTTTTTAAATCTCTAAC--TTAATAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTTTTA
** * * *
14824 TTTTATTATGAATGAACTTAG-ATGAGCTGAAATAATT-TCTTTATGACAAAAC-AAAAGGTAAT
191 TTTTATTACAAAT-AACTTAGTAAGA-CTGAAA-AATTGT-TTTACGAC-AAACTAAAAGGCAAT
* * * * * * * **
14886 AACAATTTAAAATAGATAATTCTTCATATAGT-TTTAATTGTTTTAACTTG-TTCAGCAAACTGA
251 AACAATTTAAAATAGATAATTCTTCATACA-TCCTTAACTATTTGAACTGGTTTCACCAAA-AAA
* * * * * * *
14949 TTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTA-TGATTTTTAGAATATTTTTA-
314 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTGTCATAATCTTATTAG
** *** * * * * * *
14993 ATTTTTTATTACTTT-ATTTTGAATAAAATTATATGAACGAAAATAA-TTATTTTATGACAGAAC
1 A-TTAATATTA-TTTGATTACAAACAAACTCATATGAA-TAAAAAAATTTATTTTATGACAAAAC
* ** * * * * * *
15056 AAA-ATATTATAACAAATTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGGTTTA
63 AAAGGTA--ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTCA
** * * * * *
15120 GTAAACA-AATTTATTTTTTGAATCTC--A--TACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
126 ACAAACATAA-TTATTTTTTAAATCTCTAACTTAATAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTTTT
15180 ATTTTATATA-AAATAA
190 ATTTTAT-TACAAATAA
15196 GCTTGTATGT
Statistics
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Consensus pattern (359 bp):
ATTAATATTATTTGATTACAAACAAACTCATATGAATAAAAAAATTTATTTTATGACAAAACAAA
GGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTCAACAAA
CATAATTATTTTTTAAATCTCTAACTTAATAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTTTTATTTTA
TTACAAATAACTTAGTAAGACTGAAAAATTGTTTTACGACAAACTAAAAGGCAATAACAATTTAA
AATAGATAATTCTTCATACATCCTTAACTATTTGAACTGGTTTCACCAAAAAATTTATTTTTTAA
ATCTCTTAGTTATTAATTGTCATAATCTTATTAG
Found at i:15339 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
15308 TAATGATTTG
15318 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGTATAATTATTC
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1 AAATAG-TATAATTATT
15351 TGAAGTGATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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AAATAGTATAATTATTC
Found at i:15811 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15276--17493 Score: 1524
Period size: 181 Copynumber: 12.3 Consensus size: 181
15266 GTATGTTGAA
* * * * *
15276 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
* * * * * * *
15341 -TATAATTATTTGAAGTGATTCGATAAATTGTTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTGATCTTT
66 CT-TAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTT
* * ** * ** * *
15405 -AAAATATTAATAAAGTAATATTA-TTTTATTTTGGATAAATTTTTATGAACTA
129 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCCGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * *
15457 AAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAGA
1 AAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
* * * * *
15520 GTCATAATTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCATATTAATT
64 GTCTTAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-T
* * * *
15584 TTTCAAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTTCT-TCCAAATAAGCTTGTTTGAATTG
126 TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TATCCGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * *
15639 AAACAATTATTTTATTACTAAACAAAAGGTTAGACCGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
* *** * * *
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66 CTTAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA
* * * * *
15769 AAATAATATTAAATTAGTATTATTTTTATCCGAATCAGCTTGTATGATCAG
131 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCCGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * * * *
15820 AAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATAATAATC-ATGTGAGATTGATATTTATT-TAAATA
1 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAA-CGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATA
* * * * * *
15882 GT-TATAACTATTTGAACTGGTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTT
64 GTCT-TAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * * * *
15946 TTTAAATATTAATAAAGTACTATTA-TTTTATTTCGGATAAG-TATTTATGAACTA
128 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCCGAATAAGCT-TGTATGAACTG
* * * * * * * * *
16000 AAATAATTGTTTTATGA-TAAAAAAAAAGTCATAGCAATTTTAAATAAATAATTGTT-TAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAG
** * * *
16063 T-TATATTTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATT
65 TCT-TAACTATTTGAAC-TGATTCAATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-T
** * * * *
16126 TTTTGAAA-GTTAATAAGTTAGTATTA-TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAACTG
126 TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCCGAATAAGCTTGTATGAACTG
* ** ** * * * * *
16181 AAATAATTG-TTTATGACTAAATGAAACATCAAAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCTTATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
* * * * * * * * *
16245 CCTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACATATTTA-ATTCTAAAT-TCTTACTTATTTAATTTTT
66 CTTAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TTAATTTTC
** * * * * * **
16308 GGAATATTATTAAATTAATATTATTTTGATCCAAATATGCTTGTATGAAAAG
130 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCCGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * ** * * *
16360 AAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ATAAAGATCATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACTAAACA-AAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
* * * * *
16423 TCATAACTATTTGAACCTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATTTCTTACTTATGAATTT
65 TCTTAACTATTTGAA-CTGATTCAATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TT
* * *
16487 TTCAAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTTCT-TCCAAATAAGCTTTTATGAACTG
127 TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TATCCGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * * *
16541 AAACAATTATTTTATAACTAAATAAAAGGTTAGAGCGAGTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
** * * * * **
16606 CTTAACTATTCAAACTAATTCAGTAAATACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
66 CTTAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA
* * * * *
16671 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCGAATCAGCTTATATGATC-A
131 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCCGAATAAGCTTGTATGAACTG
** * * * * *
16721 AAAGCAATTACTTTATGACAAAACAATTA--TCATAACGATTT-AAGATTGATATTTATT-TAAA
1 AAA-CAATTGTTTTATGACTAAACAA-AAGGTTATAACGATTTGAA-ATAGATAATTATTCT-AA
* * * * *
16782 TAGTCATAACTATTTGAACT-AGTT-AAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATTTCTTACTTCA-TAA
62 TAGTCTTAACTATTTGAACTGA-TTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAA
** * * * * *
16844 TTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTA-TTTTATGTC-AAGTAAGTTTTTATAAACTG
125 TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTAT-CCGAA-TAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * *
16901 AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGGTTTTAAC-AGTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
1 AAACAATTGTTTTATGACTAAAC-AAAAGGTTATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
* * * * ** *
16965 GTCTTATCTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGGTTACTAACTT
64 GTCTTAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TT
* * * * *
17030 TTCGAAA-GTTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCGAATAAACTTATATAAACTG
127 TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TCCGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * *
17084 AAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAA-GTTCAGAACAATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
* * **
17148 TCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGCAAAT-GTATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
65 TCTTAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
*** * * * * * **
17212 TGGAATATTATTAAATCAGTATTATTTTAATCTGAA-ATGCTTGTATGAAAAG
129 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCCGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * *
17264 AAACAATTGTTCTATGAC-AAA-ATAAA-GTTCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATA
1 AAACAATTGTTTTATGACTAAACA-AAAGGTT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
* * * * * * *
17326 ATCATAACTATTTGAGCTGGTT-AGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTA--TA--AATTT
64 GTCTTAACTATTTGAACTGATTCA-ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
17386 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTC-AATAA-TTCTATATGAACAT-
128 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TATCCGAATAAGCT-TGTATGAAC-TG
* * * * *
17440 AAAAAACTT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATT
1 AAACAA-TTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATT
17494 GTTTAAGTGG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
CTTAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCCGAATAAGCTTGTATGAACTG
Found at i:16413 original size:360 final size:359
Alignment explanation
Indices: 15999--17240 Score: 1052
Period size: 360 Copynumber: 3.4 Consensus size: 359
15989 TTTATGAACT
* * * *
15999 AAAATAATTGTTTTATGATAAAAAAAAAGTCATAGCAATTTTAA-ATAAATAATTGTTTAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAA-TCATAACAA-TTTAAGATAGATAATTGTTTAAATAG
* ** *
16063 TTATATTTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTT
64 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATTTCTTACTTATTAATTTT
* * *
16128 TTGAAAGTTAATAAGTTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAACTGAAATAATTGTTT
128 TTGAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATAAACTGAAACAATTGTTT
* * * * * * **
16193 ATGACTAAATGAAACATCAAAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCTTATAGTCC-TAACTATTTG
193 ATAACTAAATAAAACATCAAAACGAGTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG-CCTTAACTATTCA
** * *
16257 AACTGGTTC-GACAAACATATTTA-ATTCTAAAT-TCTTACTTATTTAATTTTTGGAATATTATT
257 AACTAATTCAG-CAAACACATTTATATTCTAAATCTCTTACTTA-TTAATTTTTGAAATATTATT
*
16319 AAATTAATATTATTTTGATCCAAAT-ATGCTTGTATGA-AA
320 AAATTAATATTATTTTGATCCAAATCA-GCTTATATGATAA
* * * *
16358 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAG
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAATCATAACAATTTAAGATAGATAATTGTTTAAATAG
* * *
16423 TCATAACTATTTGAACCTGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTCAAATTTCTTACTTATGAATTT
64 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTT-AAATTTCTTACTTATTAATTT
** * * *
16487 TTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATT
127 TTTGAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATAAACTGAAACAATT-GT
** * * *
16552 TTATAACTAAATAAAAGGTTAGAGCGAGTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGCCTTAACTATTC
191 TTATAACTAAATAAAACATCAAAACGAGTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGCCTTAACTATTC
* * * * *
16617 AAACTAATTCAGTAAATACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTA
256 AAACTAATTCAGCAAACACATTTATATTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTA
* * * *
16682 AATTAGTATTATTTTTATCCGAATCAGCTTATATGATCA
321 AATTAATATTATTTTGATCCAAATCAGCTTATATGATAA
* ** ** * * * *
16721 AAAGCAATTACTTTATGACAAAACAATTATCATAACGATTTAAGATTGATATTTATTTAAATAGT
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAATCATAACAATTTAAGATAGATAATTGTTTAAATAGT
* ** * *
16786 CATAACTATTTGAACTAGTT-AAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATTTCTTACTTCA-TAA-TTTT
65 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTT-ATTAATTTTT
* * * *
16848 TGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATGT-CAAGTAAGTTTTTATAAACTGAAACAATTGTT
129 TGAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTTTATAAACTGAAACAATTG-T
* * * *** * * * * *
16912 TTATTACAAAACAAAA-AGGTTTTAAC-AGTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTATCTA
191 TTATAACTAAATAAAACA--TCAAAACGAG-TTGAAATAGATAATTATTCTAATAGCCTTAACTA
** * * * * * * * ** * * *
16975 TTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTGGTTACTAACTTTTCGAAA-GT
253 TTCAAACTAATTCAGCAAACACATTTATATTCT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATAT
* * * * *
17039 TAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCGAATAAACTTATAT-A-AA
316 TATTAAATTAATATTATTTTGA-TCCAAATCAGCTTATATGATAA
* * ** * * *
17081 CTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGTTCAGAACAATTTAAAATAGATAATTATTCT-AA
1 --AAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAAATCATAACAATTTAAGATAGATAATTGTT-TAAA
* * *
17145 TAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAAAT-GTATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
61 TAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAG-ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA
* * *
17208 TTTTTGGAATA-TTATTAAATCAGTATTATTTTA
124 TTTTTTGAA-AGTTAATAAATTAGTATTATTTTA
17241 ATCTGAAATG
Statistics
Matches: 718, Mismatches: 132, Indels: 61
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
359 13 0.02
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ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (359 bp):
AAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAATCATAACAATTTAAGATAGATAATTGTTTAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTG
AAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTATA
ACTAAATAAAACATCAAAACGAGTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGCCTTAACTATTCAAACT
AATTCAGCAAACACATTTATATTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTA
ATATTATTTTGATCCAAATCAGCTTATATGATAA
Found at i:17612 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 17445--17722 Score: 389
Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
17435 AACATAAAAA
* * * *
17445 ACTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAGTGGACATGA
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* * *
17510 CTAAACCAACTTGCTT-GGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAGAA
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17573 TATGTATGAATAGAAAT
130 TATGTATGAATAGAAAT
* **
17590 ACTTTTTCTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAGTGCATGTG
1 ACTTTTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAGTGCACATG
**** *
17655 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTTCTACCTATTAAATTGCAAAA
65 ACTAAACCAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAAAA
17720 TAT
130 TAT
17723 TACTAAATTA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 15, Indels: 4
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
145 9 0.08
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (146 bp):
ACTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCAAGTGCACATGA
CTAAACCAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAAAAT
ATGTATGAATAGAAAT
Found at i:17851 original size:328 final size:322
Alignment explanation
Indices: 17253--17877 Score: 713
Period size: 328 Copynumber: 1.9 Consensus size: 322
17243 CTGAAATGCT
* * * *
17253 TGTATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAATAAAGTTCATAACAATTTGAGATAGATAATTG
1 TGTATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAATTCATAACAATTTGAAATAGATAATCG
*
17318 TTCAAATAATCATAACTATTTGAGCTGGTTAGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATAAA
66 TTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATAAA
* * ** *
17383 TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAATTCTATATGAACATAAAAAACT
131 TTTGCAAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTCACAATAATTCTATATGAACAGAAAAAACT
* * * * * * *
17448 TTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAGTGGACATGACTA
196 TTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTA
**
17513 AACCAACTTGCTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAGAATA
261 AACCAACTTGCTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAGAATA
* * * *
17575 TGTATGAATAGAAATACTTTTTCTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATC
1 TGTATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAT-TCATAACAATTTGAAATAGATAATC
* * * * * * *
17640 GTTCAAGTGCAT-GTGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTTCTAC
65 GTTCAAAT-AATCATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACAAATTTA-GTTTTTAAATC-TCT--
* * * *
17704 CTATTAAA-TTGCAAAATATTACTAAATTAGTATAATTTTATTCAGAATAAACTTGT-T-TGAAT
125 -TA-TAAATTTGCAAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTCACAAT-AA-TTCTATATGAAC
* * *
17766 AGAAATAA-TTGTTTTATGATAAAACAAAAGAG-CATAACTATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAA
186 AGAAAAAACTT-TTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAA
* **** *
17829 TAGTCATAACTATTTTAACTTGCTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAAT
249 TAGACATAACTAAACCAACTTGCTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
17878 ATTTAACTTA
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 43, Indels: 18
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
322 33 0.13
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (322 bp):
TGTATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAATTCATAACAATTTGAAATAGATAATCG
TTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATAAA
TTTGCAAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTCACAATAATTCTATATGAACAGAAAAAACT
TTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTA
AACCAACTTGCTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAGAATA
Found at i:17965 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 17575--18624 Score: 941
Period size: 182 Copynumber: 5.8 Consensus size: 181
17565 TTGCAGAATA
* * * * * *
17575 TGTATGAATAGAAATACTT-TTTCTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
1 TGTATGAATAGAAACAATTGTTT-TATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAAT
* * * * * *
17639 CGTTCAAGT-G-CATGTGACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTTC
65 TGTTCAAATAGTCA--TAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATATTT
* * ** * * * *
17701 TACCTATTAAATTGCAAAATATTACTAAATTAGTATAATTTTATTCAGAATAAACT
126 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCT
* * *
17757 TGTTTGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGAG-CATAACTATTTGAAAAAAATAAT
1 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG-GTCATAACTATTTGAAATAAATAAT
* * * *
17821 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTGCTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTAACT
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* **
17886 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
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* * * * *
17938 TGTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAGATAGATAGTT
1 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATT
* * * ** * *
18003 GTTTAAATAGATAAATAGTCATAATTATTTGAA-TGGGTTCAAAAAATAGATTAATTTTTT---T
66 G--T---T---CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * *
18064 ATTTTGACTTATTAATTTTTGGAATACTT-ACAAATT--TAATTATTTTATTCGGAATAAGCT
122 ATTTT-ACTTATTAATTTTTAGAATA-TTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCAGAATAAGCT
* * * *
18124 TGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATATATAAT
1 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAAT
* ** * * *
18188 TGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTCAGTAAGTAGATTCATTTTCTTAAATCTCTTAC
65 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTT-TTAAATATTTTAC
** * * * *
18253 TCGTTAAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTAGAATAAGCC
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* * * * * *
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1 TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAAT
* * * * * * *
18370 TATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAAATTTA-TTTTAAAATCTTTTAC
65 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTAC
*** * * *
18433 TTATTAATTGGCAAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTAATCCA-AATAAGTT
129 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTT-ATTCAGAATAAGCT
* * * * *
18486 TGTGTGAAGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT
1 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATT
* * * *
18551 TTTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTTATT-AGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATATTTTACT
66 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACT
18615 TATTAATTTT
130 TATTAATTTT
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Statistics
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Found at i:19110 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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18702 TAATTGTAAC
* * * * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * ** * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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1 TATTTGAACTGGTTTGGTAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAAATA
* * * * * *
19139 TTAATAAATTAGTCTTGTTTTATT-TCAAACAA-ACTTATATGAAAAAAAACATTTGTTTTAAGA
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTT----
** * * * * *
19202 ATGAACAAAACATTTGTTTTATGTCATAACGATCTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGACATAAT
124 ATG-ACAAAACA------AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * * * * *
19267 TATTTGAACTAGCTTGGCAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
1 TATTTGAACTGGTTTGG-TAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATAT
* * * * * **
19332 TAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTTGAATAAG--TTACTAAGAACT-GAAA-AATTGTTCTACA
65 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTA-TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * ** * *
19392 AC-AAACCAAAGGTTCATACCAATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAAACTTAAC
127 ACAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
** * * *
19447 TATTTGAACTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAG-AATA
1 TATTTGAACTGGTTT-GGTAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAAATA
* * * * * *
19511 TTATTACATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-ACTTGTGTGAATAGAAATAATTGTTTTATGAC
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * *
19575 ATAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
129 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * * * *
19628 TATTTGAAATGGTTTGGTAA-ACATACTT-TTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGAAATA
1 TATTTGAACTGGTTTGGTAATAGAT--TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATA
* * * * * *
19691 ATAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGA-ATG-ATCA-AAAGCATTTGTTATAT
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTT-ATATGAAT-AGAAA-CAATTGTTTTAT
* * * * * * *
19752 GACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCCTAAT
126 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * * * * *
19808 TATTTGAAATGATTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATAT
1 TATTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATAT
* *
19869 TAATAAATTTGTATTATTTTATT-TCAAATAAG-CTTATATGAACT-GAAACGATTGTTTTATGA
65 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGACTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
19931 GAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAAA
128 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* ** * * * * *
19985 TGTTTGAACTACTTCGGCAAATAGATTTATTTATTTAAATATCTTAGTTATTAATTTTTGAAATA
1 TATTTGAACTGGTTTGG-TAATAGATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATA
* * * * * *
20050 TTATTAAATTAATATTATTTTATT-TCGAATAA-ACATATGTGAACT-GAAACAATTATTTTAT-
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGACTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * * *
20111 AGTAGAATAAAAGATTATGACGATTTCAAATAGGTAATTATTCAAATAG---GAAT
127 A-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * * * * * *
20164 TAGTT---C-AG--T--AAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATT
1 TATTTGAACTGGTTTGGTAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATT
* ** * * *
20221 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AGGTTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATAACA
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* * ** * * * *
20284 AAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTGAAATGGCCAGAAT
130 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * * * * * * *
20336 TATTTGAACCGATTCGGTAAACAAATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTAGGAATAT
1 TATTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATAT
* * * *
20397 T-ATAAACTATTATTATTTTATT-TCAAATAAG-CTTGTAAGAACTAG-AACAATTGTTTTATGA
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* * *
20458 TAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GACCAAAAT
128 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAAT
* * * * * * *
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1 TATTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATAT
* * * * * * *
20573 TAATAGATTAGTATTATTTTATTCCATATAAG-CTTGTATTAACTA-AAACAATTATTTTATAAC
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* * *
20636 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAAC
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* * ** * * * * *
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1 TATTTGAACTGGTTTGG-TAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAAAT
* * * * * *
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* *
20815 GACTAAAAC--AAGGTCA-AACGATTTGAAATAGATAATTATTC---TA---AT-AG
126 GAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * ** * * *
20862 T-TTT-AACT-ATTCGAAAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATT
1 TATTTGAACTGGTTTGGTAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATT
* * * * * * * *
20920 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTCT-TATCAAAAACAATTGGTTTATAACA
66 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
20983 AAATAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAAT
130 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * ** *
21035 TACTTT-TACTGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTAGAAATA
1 TA-TTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATA
* * ** * * *
21095 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAG-CATGTATTAACT-GAAACAATTGTTTTATGA
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* * * * *
21158 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATGGATAATTGTTCAAATAGTAATGAT
128 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
** ** *
21212 TATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTATTGTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTT-----TA
1 TATTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATA
* * * * * *
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* * * * * *
21331 CTAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACC
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* * * *
21386 TA--TGAACTGGTTTGGTAAATAAATATATTTTTTAAATGTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
1 TATTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATAT
* * * ** * ** * * *** *
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* * * * *
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*** * * * **
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1 TATTTGAACTGGTTTGGTAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAAATA
* ** * * * * * * *
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64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTA-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
21692 CAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAAAAGATAACTATTACAAATAGTCAAAAC
128 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATAAT
* * * * * **
21747 TATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCTTTTACTGATTAATTTTCTAAATAT
1 TATTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATAT
* * * *
21812 TAATAAATTAGTATCATTTTATT-TCAAACAA-ACTTATATGAATAAAAACAATTTTTTTATGAC
65 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
21875 AAAACAAAAAGTAATAACTATTTGAAATAGGTAATTGTTTAAATAGTTATAAT
129 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * * * *
21928 TATTTAAACTGGTTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATAAAATTTT-GAAAGA
1 TATTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTAGAAATA
* * * * * * * **
21992 TTAACAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAGTAA-ACTTATATGAGCT-GAAATAATTGTCTTAAAA
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTATATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * ** *
22055 CAAAACAAAAGGTCATAATGATATGAAATAGATGATTGTTCATATAGTTTTAAC
128 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* **** * * * *
22109 TATTTGAACTAGTTCAACAAACAGATTTTTTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCA-AAATA
1 TATTTGAACTGGTT-TGGTAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAAATA
* * * * * * ** *
22173 TTATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ACTTGTGTGAGCAGAAATAATTGTTTTATG-C
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
22236 AAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAAT
129 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * * * * *
22289 TATTTAAACTAGTTCGGTAAATAGATTTA-ATTTTAAA--TC--AATTACTAATTCTTA-AAATA
1 TATTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAGAAATA
* * * * *
22348 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAG-TTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATGA
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* *
22411 CAAAACAAAAAGT-ATTAAC-------AAT---T--TTGTTCAAAT-GGCTATAAT
128 CAAAACAAAAGGTCA-TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAAT
* * **** * * * *
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1 TATTTGAACTGGTTTGGTAATAGATTTATT--TTTTAAATCTCTTACTTATTAA---TTTTAGAA
* * ** * * *** * * * *** * **
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61 ATATTAATAAATTAG--T----ATTA-TTTTATTCTAAATA-AGACTTATATGAATAGAAACAAT
* * * * * ** * * * * *
22575 TAGTTATTAATAGTCAAAATATTATTAGATTAGT-ATTATTTTATTATAAATAAGCTTCTGT-GA
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**
22638 ATAGAAATAAT
171 ATAGTCATAAT
* *** * * * *** *
22649 TATTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATAACAAATTGAAATATATAATTGTTCAAA-GAGTTA-TAA
1 TA--TT-TG----AAC---TGGTT-T-GGTAA-T-AGAT-T-T-ATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * ** *
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49 TTAATTTTAGAAAT-ATT-AATAAATTAGTATTA--TTTT-ATTCTAAATAAGA-CTT---ATAT
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* *
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* * * ** * * * * * * * **
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** * ** * * * * * * * * *
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* *
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** ** * * * * * * * *
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* * * * ** * **
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** ** ** ** *** * * *
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117 TTGTTTTATGACAAA-ACAA-AAG-GTCAT-AACGA-T-TTGAAATA-GATA-ATTGTTCAAA-T
* * *
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* * * * * * * ** *** ** * *
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1 TATTTGAACT--GGTT---TG--GTAATA-GATTTATTTT-TTA-AATCTCTTACTTATTAA--T
* * * * *
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54 TTTAGAAATATTAATAAATTAGTATT--AT-T---TTATT-CTAAA-TAAG-ACTTATATGA--A
* * * * * * * * *
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108 TAGAAACAATTGTTTTATG-AC-AAAACAA------AAGGTCATAAC--GA-TT--TGAA--A--
* * **
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156 -T--A--GATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* ** * * * *
23432 TATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAA
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* * * * *
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62 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGACTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * *
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* * * * * *
23613 TATTTGAATTGATTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-GAAAATA
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* * * ** *
23677 TTATTAAATTAGTTTTATTTT-TACCCGAATCAG-CTTATATG-ATCAGAAACAATTGTTTTATG
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAGACTTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
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127 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * * * * ** * * * * *
23792 TACTAGAATTGCTTCAGAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTAATAATTTTTGAAATAT
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* ** * * * * *
23857 TAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TTGATAAG-TTTTTATTAATTGAAACAATTGTTTTGTGACA
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* * * *
23920 AAATAAAAGGTTCA-AACAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-AT
130 AAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * * * * * * **
23971 GTAATTGAAATTGTTTAGTAAACAAATTT-TGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAAT
1 -TATTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAAT
* * * *
24035 GTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-CTTGTATGAACTAG-AATAATTGTTTTATG
63 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * ** * * *
24098 ACTAAACAAAAGGTTAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAC
127 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* ** * * *
24153 TATTTGAACTAGTTTGACAAGCATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATA
1 TATTTGAACTGGTTTGGTAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAAATA
* * * * * *
24217 TTATTAAATTAGTATCATTTTAATC-AAAT---ACTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTGTATGAC
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * ** *
24278 AAAA-TAAAGATCATTACAATTTGCGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAT
129 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
** * *
24330 TATTTGAACTGGTTCAGTAAATAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCA-AAATA
1 TATTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAAATA
* * * * * ** * * *
24390 CTAATAAATCAATATTATTTTATTTTGAATAATTC-TGTATGTATAGAAACAATTGTTTTCCT-A
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTT-ATGA
* * *
24453 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GAACATGAC
128 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAAT
** * * * * * *
24507 TATTTGAACTTCTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGCA-AAATC
1 TATTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TAGAAATA
* * *
24571 TTAATAAAATAGAATTATTTTATT-TCAAATAA-ACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* ** * * * * *
24634 CAAAACAAAAGATCACGACTG-TTTGAAATAAAAAATTGCTCAAACAGTCATAAC
128 CAAAACAAAAGGTCATAAC-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* *** ** * *
24688 TATTTGAGCTTACTCAGTAA-ACGGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
1 TATTTGAACTGGTTTGGTAATA--GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATA
* * * * * * **
24752 TTAATAAATTAGTACTATTTTATT-TCGAATAAG-CTTGTATCG-ATAGAAGCAATTGGTCTAAC
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGACTTATAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
24814 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATTATTGTTTAAATAGTTAAAAC
127 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * * * * * *
24869 TATTTGAA-TGTGTTT-GAAAAAAAATTAATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAATTTT-GGAATA
1 TATTTGAACTG-GTTTGGTAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTAGAAATA
* * * * *
24930 TTAATAAATT--TAATTATTTAATT-TGGAATAAG-CTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATG
64 TTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCT-AAATAAGACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
24991 ACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
127 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* ** * *
25046 TATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA-AAA
1 TATTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATT--TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAAA
* * ** * * * *
25110 TATTAATAAATTAATGA-TATTTGATTCCGAATAAG-CCTATATGAATTGATACAAGTGTTTTAT
62 TATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCTAAATAAGACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
25173 GACACAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGAC
126 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * * * * *
25229 TCTTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTTA-AAATA
1 TATTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAAATA
* * * * * * * * *
25292 TTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAAT-AGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGTCATGAC
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
25356 AAAATAAAAAGTCTTAATGATTTGAAATA-ACTAATTATTCAAATAGATCATAAC
129 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAG-TCATAAT
** * * * * **
25410 TATTTGAACTTATTTGATAA-ACAATTT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCTAAATA
1 TATTTGAACTGGTTTGGTAATA-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTAGAAATA
* * **
25472 TTAATAAATT--TATGTAATTTTCTT-TGAAATAAG-CTTTTATGAATAGAATA-TTTTGTTTTA
64 TTAATAAATTAGTAT-T-ATTTTATTCT-AAATAAGACTTATATGAATAGAA-ACAATTGTTTTA
* * * *
25532 TGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAT
125 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * *** * *
25589 TATTTGTACTTGTTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTGATTTTCAG-AATA
1 TATTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAAATA
* * ** * * * *
25653 TTAATAAAATAGAATTACGTTATTC-AAATAAG-CTTATACGAATAGAAACAATTATTTTGTGAT
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
25716 AAAACAAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
129 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * ** * * * * * * *
25769 TATTTGCACTAGTCAGGCCAATAGTTTTCATTCTTTACATTTGTTACTTATTAGTTTT-GAAAAT
1 TATTTGAACTGGTTTGG-TAATAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AAAT
* * * * * *
25833 ATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATTAGAC-TATATGAACAG-AATAATTGTTTTATGA
63 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
25896 CAAAACAAATGGTCGTAATGATTTGAAATAAATGACTGTTCAAATAGTTATAAC
128 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* ** * * * * *
25950 TAATTGAACAAGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCA-AAATA
1 TATTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAAATA
* * * * * * *
26013 TTAATAAATTATTATTATTCTATTCCAAACAA-ACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGAC
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
26077 TAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAAT
129 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * * * * * *
26130 TGTTTGAACTGGTTAGGCAA-ACATAATTGTTTCTTAAATCTCTTA-TTA--AGTTTT-GAAATA
1 TATTTGAACTGGTTTGGTAATAGAT--TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATA
* * * * * * *
26190 TTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCTGAATATG-C-TACTAAGAACTA-AAAAAATTGTTTTATT
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTA-TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* *** * * * ** * * * *
26252 TCAAATA-AACTTGT-AT---GAATAGAAACA-ATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGATCACAAC
127 ACAAA-ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-T-AATTGT-TC---A-AATAG-TCATAAT
* *** * * * ** * ** * ** *
26310 TATTTGAAATAAAAAATTGCTCAAACAGTCATAACTATCTGAGCTT-ACTCAGTAAACAGATTTA
1 TATTTGAACT---GGTTTGGT--AATAG--AT--TTAT-T--TTTTAAATCTCT-TACTTATTAA
** * * * * * * * * * *
26374 TTTTTTAAATCTT--TTACTTATGAATT-TTTGGAATATTAATAAATTAATA-TTATTTTATTTC
53 TTTTAGAAATATTAATAAATTA-GTATTATTT----TATT-CTAAA-TAAGACTTATATGA-ATA
* * * ** * * * * *
26435 G-AATAA--GCTTCTATGGATAGAAACAATTGGTTTACCACAAAACAAAAGGTCATCACTATTTG
110 GAAACAATTG-TTTTAT-GACA-AAACAAAAGG--T----CATAAC----GAT-TTGA--A-AT-
* * * *
26497 AAATAGATGGTTGTTCAAATAGTTAAAAC
157 AGATA-A---TTGTTCAAATAGTCATAAT
* * * * ** * * *
26526 TATTTGAA-T-GTGTTCG-AAAAAAATTAAGTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAAATTT-GGAATA
1 TATTTGAACTGGT-TTGGTAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTAGAAATA
* *
26586 TTAATAAATT--TAATTATTTTATTC-AGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
64 TTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCTA-AATAAGACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
26647 ACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAC
127 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
** ** * * * *
26702 TATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTCATTTTTTTAAATCTCTTCCTCATTAATTTTCA-AAAT
1 TATTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAAAT
* *** * * *
26766 ATTAATAAATTAATGA-TATTTTATTCCGGATAAG-CCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATG
63 ATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCTAAATAAGACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * *
26829 ACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATCTATTTCAAATCG
127 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG---TC-A--T--AA---
26894 TT
181 -T
* * * * *
26896 ATGACTCTTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTTA-
1 -T-A---TTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAG
* * * * * * *
26959 AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATCCAAAT-AGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGT
59 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTATATGAATAGAAACAATTGTTT
** * * * * * *
27022 CCTGACAAAATAAAAAGTCTTAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
123 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
** * * * * **
27081 TATTTGAACTTATTT-G--ATAAATTTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCTAAATAT
1 TATTTGAACTGGTTTGGTAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTAGAAATAT
* **
27142 TAATAAATT--TATGTAATTTTATT-TGAAATAAG-CTTTTATGAATAGAATA-TTTTGTTTTAT
65 TAATAAATTAGTAT-T-ATTTTATTCT-AAATAAGACTTATATGAATAGAA-ACAATTGTTTTAT
* * * * *
27202 GACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAAT
126 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * *** * *
27258 TATTTGTACTTGTTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTGATTTTCAG-AATA
1 TATTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAAATA
* * * * * *
27322 TTAATAAAAATAGAATTACTTTATTC-AAATAAG-CTTATACGAATAG-AACAATTATTTTGTGA
64 TTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
27384 TAAAACAAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
128 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * * * * * * *
27438 TATTTGCACTAGTTAGGCCAATAG-TTTCATTCTTTAAATTTGTTACTTATTAGTTTT-GAAAAT
1 TATTTGAACTGGTTTGG-TAATAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AAAT
* * * * * * *
27501 ATTAATAAATCAGCATTACTTTATTCCAAATTAGAC-TATATGAACAG-AATAATTGTTTTATGA
63 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* ** * * * * *
27564 CAAAACAAATGGTTGTAATGATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAAC
128 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * * * * *
27618 TAATTGAACT-GTTTAGTAAACATATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCA-AAATA
1 TATTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAAATA
* * * * * *
27680 TTAATAAATTATTATTATTTTATTCCAAACAA-ACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGAC
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
27744 TAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAAT
129 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * * * *
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1 TATTTGAACTGGTTTGGTAATAGAT--TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAAAT
* * * * * *
27860 ATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCTAAATATG-C-TACTAAGAACTA-AAAAAATTGTTTTAC
63 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTA-TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * ** * ** * *
27922 GACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA-A-AAAAGTTCATATACCCTTAAC
126 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * * ** * * * *
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1 TATTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAAATA
* ** * * * * * *
28040 TTATTGCATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ACTTGTGTGAATAGAAATAATTGTTTTATGAG
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
28104 ATAACGAAAGGTTATTACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATTAC
129 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* ** * * *
28157 TATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
1 TATTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATAT
* * * * * * * * *
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* * * * *
28284 TAAAAGAAAAGTTCATAACGATTGGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCTATAAT
128 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAAT
** * * *
28338 TATTTGAACTAATTTGATAA-ACTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTATT-GAAAT
1 TATTTGAACTGGTTTGGTAATA--GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAGAAAT
* * * * * * * * * *
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63 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTATATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * * *
28464 ATAAAATAAAATATCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAAC
127 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * * * **
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1 TATTTGAACTGGT-TTGGTAATAGATTTATTTTTT--AAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAAT
* * * * * * * *
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63 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGACT-TATATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * * * * *
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126 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
* * **** *
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1 TATTTGAACTGGTT-TGGTAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAAATA
* * * ** * *
28755 GTAATAAATTGGTGTTATTTTATTCTAAATAA-TTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * * *
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* * * *
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1 TATTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAAATA
* * * * * * *
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* * * * *
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1 TATTTGAACTGGTTTGGT-AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATAT
* * * *
29118 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-CTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACA
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** * * *
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* ** * *
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63 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTATATGAATAGAAA-CAATTGTTTTAT
* * * * * * * * *
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1 TATTTGAACTGGTTTGGTAATAG--ATT-TA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAA
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* * * * * *
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* * ** * * * * *
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* *
29717 AAACAAAAAGTCATAACAATTT
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Statistics
Matches: 8189, Mismatches: 1936, Indels: 1447
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221 1 0.00
222 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TATTTGAACTGGTTTGGTAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
Found at i:20156 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 20135--20170 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
20125 TTATGACGAT
20135 TTCAAATAGGTAATTA-
1 TTCAAATAGG-AATTAG
20151 TTCAAATAGGAATTAG
1 TTCAAATAGGAATTAG
20167 TTCA
1 TTCA
20171 GTAAACATAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
15 5 0.26
16 14 0.74
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (16 bp):
TTCAAATAGGAATTAG
Found at i:20673 original size:704 final size:696
Alignment explanation
Indices: 19465--22206 Score: 2168
Period size: 704 Copynumber: 3.9 Consensus size: 696
19455 CTGGTTTAGC
* * * *
19465 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTACATTAGTATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
19529 TTTATTCTGAATAAACTTGTGTGAATAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATA
65 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATG
* * * * * * * *
19594 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACATACTT-TT
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAACA-AATTATT
* * * * **
19658 TTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGAAATAATAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
193 TTTTAAATC----ACTTATTAATTTTAGAAATATTA-TAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * * * *
19723 GCTTG-AATGATC-AAAAGCATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGA
253 GCTTGTAA-GAACTAGAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * ** * * * * *
19786 TAATTGTTGAAATGGCCCTAATTATTTGAAATGATTCGGT-AAACAGATTCATTTTTTAAATCAC
316 TAATTGTTCAAATGACCAAAATTATTTGAATTGATTCAGTAAAAAAAATT-ATTTTTTAAATCTC
* * * *
19850 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGA
380 TTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAA
* * *
19915 AACGATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATC
444 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTC
* *
19980 TTAAATGTTTGAACTACTTCGGCAAATAGATTTATTTATTTAAATATCTTAGTTATTAATTTTTG
509 TTAAATGTTTGAACTA-TTTGGCAAATAAATTTATTT-TTTAAATATCTTAGTTATTAATTTTTG
* * * *
20045 AAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACATATGTGA-ACTGAAACAATTATTTT
572 AAATATTATTAAATTAAGATTATTTTATTTCAAATAAACATATATGATA-TGAAACAAATATTTT
* * * * *
20109 AT-AGTAGAATAAAAGATTATGACGATTTCAAATAGGTAATTATTCAAATAG-GAATTAGTTCAG
636 ATGACTA-AA-AAAAGATCA-AACGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTGAACTA-TTC-G
*
20172 T
696 A
*
20173 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * *
20238 TTATTCCAAATAGGTTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GTTCATAATG
66 TTATTCTGAATAAGCTTGTATGAT-AAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTT-ATAATG
** * * * *
20302 ATTTGAAATAGATAATCATTGAAATGGCCAGAATTATTTGAACCGATTCGGTAAACAAATTCACT
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATT-ATT
* * *
20367 TTTTAAATCACTTATTAATTTTAGGAATATTATAAACTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
193 TTTTAAATCACTTATTAATTTTAGAAATATTATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
*
20432 TAAGAACTAGAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
258 TAAGAACTAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* *
20497 TCAAATGACCAAAATTATTTTAATTGATTTAGTAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAAT
323 TCAAATGACCAAAATTATTTGAATTGATTCAGTAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAAT
* * * *
20562 TTTAGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCATATAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTA
388 TTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG
* * * * * *
20627 TTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
452 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCATATAGTCTTAAAT-
* * *
20691 G-TTGAGCTTATTTGGCAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTTG-AAT
515 GTTTGAAC-TATTTGGCAAATAAATTTATTTTTT-AAATATCTTAG-TTATTAA-TTTTTGAAAT
* * * * * * *
20753 GTTAATATATTAGGATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATATGAAACAAATATTTTATGAC
576 ATTATTAAATTAAGATTATTTTATTTCAAATAAACATATATGATATGAAACAAATATTTTATGAC
* * * * *
20818 TAAAACAAGGTCAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTCGA
641 TAAAAAAAGATCAAACGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAG--TGAACTATTCGA
*
20876 AAACACATTTATTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
20937 TTATTTTGAATAAGCTTGTCTTATCAAAAACAATTGGTTTATAACAAAATAAAAGGTTAGAACGA
66 TTATTCTGAATAAGCTTGTATGAT-AAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGA
* * *
21002 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTACTTT-TACTGATTCAGTAAATAAATTTATT
130 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTA-TTTGAACTGATTCGGTAAACAAA-TTATT
* * ** *
21066 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCAT
193 TTTTAAATCACTTATTAATTTTAGAAATATT-ATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
** * * *
21131 GTATTAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATGGATAATT
257 GTAAGAACTAG-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
** * * * *
21195 GTTCAAAT-AGTAATGATTATTTGAACTT-ATTCAGTAAATAGATTTATTGTTTTAAATCTCTT-
321 GTTCAAATGACCAA-AATTATTTGAA-TTGATTCAGTAAAAAAAATTATT-TTTTAAATCTCTTA
* * * ** * * * *
21257 TCT--TATT-AATTTTTAA-ATTTTACTATTAATTTATTCCAAACAAACTTGTATGAACTAAAAC
383 T-TAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC
* * *
21318 AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-TAATAGTCTT
447 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAT-ATAGTCTT
** * * * * * *
21382 -AACCTATGAACTGGTTTGGTAAATAAATATATTTTTTAAATGTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
511 AAATGTTTGAACT-ATTTGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATATCTTAGTTATTAATTTTTGAAA
* * *** * * ** * ** **** *
21446 TATTATTAAATT-TGTATTATCTTAAACCAAATAAGCTTGGATGAAAAAAAAGTTTTGTTTTATG
575 TATTATTAAATTAAG-ATTATTTTATTTCAAATAAACATATATGATATGAAACAAATATTTTATG
* * * * *
21510 A-TATAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATTGATAATCGTTCATATAGTCATAATTATTTGAAC
639 ACTA-AA-AAAAGATCA-AACGATTTCAAATAGATAA----T--TAT--TCA-AA-TA-GTGAAC
*
21574 TGGTTC-A
690 T-ATTCGA
** * * * * * ** * * **
21581 TTAATTAGATTAATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAACATTA
1 --AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * * * *
21646 TTTCATTATGAATAAAATAGTATGAATATAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAAT
64 TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAAT
* * * * * * * * * * * *
21711 GATTTAAAAAAGATAACTATTACAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATTTA
128 GATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAACA-AATTA
* * ** * * *
21776 CTTTTTAAATCTTTTACTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCAAAC
191 TTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTAGAAATATT-ATAAATTAATATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * * *
21841 AAACTTATATGAA-TAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACTATTTGAAATAG
251 AAGCTTGTAAGAACT-AGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * ** * * * * ** * *
21905 GTAATTGTTTAAAT-AGTTATAATTATTTAAACTGGTTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCT
315 ATAATTGTTCAAATGA-CCAAAATTATTTGAATTGATTCAGTAAAAAAAATTATTTTTTAAATCT
* * * * * *
21969 CTTAGTTATAAAATTTTGAAAGATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAGTAAACTTATATGA
379 CTTA--T-T--AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * ** * * *
22034 GCTGAAATAATTGTCTTAAAACAAAACAAAAGGTCATAATGATATGAAATAGATGATTGTTCATA
439 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATA
* * * *** * * * * *
22099 TAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACAGATTTTTTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATT
504 TAGTCTTAAATGTTTGAACTA-TTTGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATATCTTAGTTATTAATT
** * **
22164 TTCAAAATATTATTACATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
568 TTTGAAATATTATTAAATTAAG-ATTATTTTATTTCAAATAAAC
22207 TTGTGTGAGC
Statistics
Matches: 1626, Mismatches: 327, Indels: 145
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
693 9 0.01
694 66 0.04
695 33 0.02
696 106 0.07
697 8 0.00
699 171 0.11
700 128 0.08
701 17 0.01
702 30 0.02
703 35 0.02
704 325 0.20
705 56 0.03
706 5 0.00
707 23 0.01
708 149 0.09
709 12 0.01
710 1 0.00
711 98 0.06
712 38 0.02
713 1 0.00
715 15 0.01
716 128 0.08
717 2 0.00
718 2 0.00
722 3 0.00
723 6 0.00
724 86 0.05
725 73 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (696 bp):
AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTCTGAATAAGCTTGTATGATAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATGAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTATTTTT
TAAATCACTTATTAATTTTAGAAATATTATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAA
GAACTAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
AATGACCAAAATTATTTGAATTGATTCAGTAAAAAAAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATGTTTGA
ACTATTTGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATATCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAAT
TAAGATTATTTTATTTCAAATAAACATATATGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAAAAAAGA
TCAAACGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTGAACTATTCGA
Found at i:20909 original size:164 final size:170
Alignment explanation
Indices: 20707--21205 Score: 396
Period size: 177 Copynumber: 2.9 Consensus size: 170
20697 CTTATTTGGC
* *
20707 AAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATATATTAGGATTA
1 AAACAAATTTATTTTTTCAAA-CTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGGATTA
* * * * *
20771 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAT-ATGAAACAAATATTTTATGACTAAA-ACAAGGTCA-AA
64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCA-AAAACAAATAGTTTATAACAAAATAAAAGGTCAGAA
20833 CGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTCGA
128 CGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTCGA
* *
20876 AAACACATTTATTTTTT-AAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTCAAACTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATT
** * * * * *
20937 TTATTTTGAATAAGCTTGTCTTATCAAAAACAATTGGTTTATAACAAAATAAAAGGTTAGAACGA
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAAATAGTTTATAACAAAATAAAAGGTCAGAACGA
* * *
21002 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTACTTTT-ACTGATTCAGT
131 TTTGAAATAGATAA---TT---AT--TC-TAA-TAGTTTTAACT-ATTC-GA
* * **
21053 AAATAAATTTATTTTTT-AAA-TC-T-CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTCAAACTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATT
* ** * * * ** * * * * *
21114 TTATTCCATTTAAGCATGTATTAACTGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAAATAG-TTTATAACAAAATAAAAGGTCAGAACG
* * * *
21178 ATTTTAAATGGATAATTGTTCAAATAGT
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
21206 AATGATTATT
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 46, Indels: 36
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
163 6 0.02
164 65 0.24
165 9 0.03
166 21 0.08
167 3 0.01
168 5 0.02
169 19 0.07
171 1 0.00
172 2 0.01
174 3 0.01
175 6 0.02
176 13 0.05
177 114 0.43
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (170 bp):
AAACAAATTTATTTTTTCAAACTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATT
TTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAAATAGTTTATAACAAAATAAAAGGTCAGAACGA
TTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTCGA
Found at i:21077 original size:523 final size:523
Alignment explanation
Indices: 19285--22434 Score: 2025
Period size: 523 Copynumber: 5.9 Consensus size: 523
19275 CTAGCTTGGC
*
19285 AAACAGAATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTA
1 AAACA-AATTCATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTA
** * * * * ** * *
19348 TTTTATTTTGAATAAG-TTACTAAGAACTGAAA-AATTGTTCTACAAC-AAACCAAAGGTTCATA
60 TTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCAAA
* * * * * * * * * * * * * *
19410 CCAATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAAACTTAACTATTTGAACTGGTTTAGCAAACAAATTT
123 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGACCATAATTATTT-TACTGATTCAGTAAATAAATTT
* * * *
19475 ATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAG-AATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCTGA
187 ATTTTTTAAATCTC----TTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-CA
* * * * * * * * *
19539 ATAAACTTGTGTGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAAT
246 ATAAACATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAAT
* * ** *
19603 ATA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACATACTT-TTTTTTAAAT
310 A-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTAGTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAT
* * * * *** *
19666 CTTTTACATATTAATTTTTGAAATAATAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGAAT
374 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT
* * * * *
19731 GATCAAAAGCATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGA
439 GATCAAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAA---TT--
* * *
19796 AATGGCCCTAATTA-TTTGAAATGATTCGGT
499 -AT---TCTAA-TAGTTTTAACT-ATTCGGT
* *
19826 AAACAGATTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAT
1 AAACAAATTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
19891 TTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACGATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTG
66 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTG
* * * * * * * * * *
19956 AAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAAATGTTTGAACT-ACTTCGGCAAATAGATTTATTTATT
131 AAATAGATAATTGTTCAAATGACCATAATTATTT-TACTGA-TTCAGTAAATAAATTTATTT-TT
* * * *
20020 TAAATATCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACA
193 T-AA-ATC-T-CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCAATAAACA
* * * ** * * * * * * * *
20085 TATGTGAACTGAAACAATTATTTTATAGTAGAATAAAAGATTATGACGATTTCAAATAGGTAATT
253 TGTATGAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAGTAATT
* * * *
20150 ATTCAAATAG---GAATTAGTT---C--A----GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTT
318 GTTCAAATAGTCATAACTAGTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * *
20203 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGTTTGTATGATGAAAAA
383 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAA
* * * * * * **
20268 CAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTGAAATGGCCAG
448 CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT----AG
*
20333 AATTATTTGAACCGATTCGGT
509 ---T-TTT-AA-CTATTCGGT
* * * * *
20354 AAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTAGGAATATT-ATAAACTATTATTATTTTAT
1 AAACAAATTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *
20418 TTCAAATAAGCTTGTAAGAACTAGAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
66 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTG
* * * * *
20483 AAATAGATAATTGTTCAAATGACCAAAATTATTTTAATTGATTTAGTAAAAAAAATTATTTTTTA
131 AAATAGATAATTGTTCAAATGACCATAATTATTTT-ACTGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTA
* * * * *
20548 AATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCATATAAGCTTGTATT
195 AATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCA-ATAAACATGTATG
**
20613 AACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAGTAATTGTTCAA
259 AACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAGTAATTGTTCAA
* * * *
20678 ATAGTCATAACTAGTTGAGCTTATTTGGCAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAA
324 ATAGTCATAACTAGTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA
* * * * *
20743 TTTTTTG-AATGTTAATATATTAGGATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAT-ATGAAACAA
388 -TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATCA-AAAACAA
* * * *
20806 ATATTTTATGACTAAA-ACAAGGTCA-AACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAAC
451 TTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAAC
*
20869 TATTC-GA
516 TATTCGGT
* * *
20876 AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AAACAAATTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * * * * * *
20941 TTTGAATAAGCTTGTCTTATCAAAAACAATTGGTTTATAACAAAATAAAAGGTTAGAACGATTTG
66 TTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTG
*
21006 AAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTACTTTTACTGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTA
131 AAATAGATAATTGTTCAAATGACCATAATTA-TTTTACTGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTA
* * *
21071 AATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCATGTATT
195 AATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCA-ATAAACATGTATG
* * * *
21136 AACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAAT-GGATAATTGTTCA
259 AACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAG-TAATTGTTCA
* * * * ** * * *
21200 AATAGTAATGATTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTATTGTTTTAAATCTCTTTCTTATTA
323 AATAGTCATAACTAGTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * *
21265 ATTTTT--AA-A-T--T---TTACTATTAATTTATTCCAAACAAACTTGTATGAACTAAAACAAT
387 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAAT
*
21321 TGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAA-AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAC
452 TGTTTTATGACTAAACAAAAGG-TAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG--TT---
* *
21385 CTATGAACTGGTTTGGT
511 -T-T-AACT-ATTCGGT
* * *
21402 AAATAAATAT-ATTTTTTAAATGTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTAT
1 AAACAAAT-TCATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *** * ** *** * *
21466 CTTAAACCAAATAAGCTTGGATGAAAAAAAAGTTTTGTTTTATGATATAACAAAAGGTCATAAA-
61 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-AAAC
* * * * * * * * * *
21530 GATTTGAAATTGATAATCGTTCATAT-AGTCATAATTATTTGAACTGGTTCATTAATTAGATTAA
125 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGA-CCATAATTATTT-TACTGATTCAGTAAATAAATTTA
* * * * * **
21594 TTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTT-GAAATATTATTAAATTAACATTATTTCATTATGAA
188 TTTTTTAA--ATC-T-CTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-CCAA
* * * * * ** *
21658 TAAA-ATAGTATGAA-TATAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAATGA-TTTAAAA
247 TAAACAT-GTATGAACTA-AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAAT
* * * * * ** * *
21720 AAGATAACTATTACAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAA
310 AAG-TAATTGTT-CAAATAGTCATAACTAGTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *
21785 TCTTTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCAAACAAACTTAT
373 TCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGT
* * * * * *
21849 ATGAAT-AAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACTATTTGAAATAGGTAATTGT
437 ATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
* *
21913 T-TAAATAGTTATAATTATTTAAACTGGTTTGGT
501 TCT-AATAG-------T-TTT-AACT-ATTCGGT
* * * * * *
21946 AAATAGAATT-ATTTTTTAAATCTCTTAGTTATAAAATTTTGAAAGATTAACAAATTAGTTTTAT
1 AAACA-AATTCATTTTTTAAATCACTTA--T-T-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * ** * *
22010 TTTATTCCAAGTAAACTTATATGAGCTGAAATAATTGTCTTAAAACAAAACAAAAGGTCATAATG
61 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACG
* * * *** * * ** * * *
22075 ATATGAAATAGATGATTGTTCATAT-AGTTTTAACTATTTGAACT-AGTTCAACAAACAGATTTT
126 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGA-CCATAATTATTT-TACTGA-TTCAGTAAATAAATTTA
* * * **
22138 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCA-AAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAA
188 TTTTTTAAATCTCTTA--T-T-AATTTT-AGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCAA
* * * * * * * *
22202 TAAACTTGTGTGAGC-AGAAATAATTGTTTTAT-GCAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT-
247 TAAACATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATA
* * * * * * * *
22264 AGATAATAGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAAC-TAGTTCGGTAAATAGATTTA-ATTTTAAA-
311 AG-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTAGTTGAACTTA-TTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAT
* * * * ** *
22326 -TC--AATTACTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGTTTGTAT
374 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
22388 GTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTATTAACAATTT
439 GATCAAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTT
22435 TGTTCAAATG
Statistics
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0.77 0.15 0.09
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AAACAAATTCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTG
AAATAGATAATTGTTCAAATGACCATAATTATTTTACTGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAA
ATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAATAAACATGTATGAA
CTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAGTAATTGTTCAAAT
AGTCATAACTAGTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTT
TTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTC
GGT
Found at i:23258 original size:67 final size:67
Alignment explanation
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23139 ATTAGTATTG
** ** * *
23149 TTTTATTTCAAATAAACTTGTGTGTTCAAAAATTATTGTTTTATGACACAATGAAAAGTACTAAC
1 TTTTATTTCAAATAAACTTGCATGTTCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAAGTAATAAC
23214 AA
66 AA
* * * *
23216 TTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGTTGAAAAACAATTTTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAAC
1 TTTTATTTCAAATAAACTTGCATGTTCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAAGTAATAAC
*
23281 GA
66 AA
23283 TTT
1 TTT
23286 GAAATAAATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTATTTCAAATAAACTTGCATGTTCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAAGTAATAAC
AA
Found at i:27787 original size:359 final size:355
Alignment explanation
Indices: 22550--29738 Score: 3415
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22540 CAAATAGTTA
* * * ** * *
22550 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATAGTCAAAATATTATTAGATTAGTATTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * * * * *
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66 TTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * * * *
22680 ATTGAAATATATAATTGTTCAAAGAGTTATAATTATTTAAACT-GATT-CGATAAGTAATATTAT
131 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGGA-AA-T-AT-TTAT
* * * * * * *
22743 TTTTTAAA--TC-T-C-TATAAATTTTCAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTACGAGTAA
191 TTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
* * * * * *
22803 ACT-TGGATGAGCTGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTCGAAATA-AT
256 GCTAT--ATGAACAG-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT
* * *
22866 AAAAAATTATTCATATAGTTTTAACTATTTGAACTGTTTCAAG-
318 ----AATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGTTT--AGT
* * * * * * * *
22909 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTAGTTATGAATTTTTAGAATGTTATTAATTTAGTATTAT
1 AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * * * * * * * *
22973 TTTATTTCGAATAAATTTATATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAACA
65 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
23038 ATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGTACTTA-TTCAGTAAACAGATTTAT
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTT-AG-GAA-ATATTTAT
* * * * *
23102 TTTTTGAA--TC-T-CATACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAATA
191 TTTTTAAATTTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * ** * * ** * * **
23163 AACTTGTGTGTTCAAAAATTATTGTTTTATGACACAATGAAAA-G-TACTAACAATTTTATTTCA
255 AGC-TATATGAAC-AGAATAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTTA-TAACGATTTGAAAT-A
* * * ** *** *
23226 AATAA--GCTTGC--AT-GTTGAAAAACAATTTTTTTA-TGACAAAAT
315 GATAATTG-TT-CAAATAGTT--ATAAC--TATTTGAACTG-TTTAGT
** * * ** * *** * * * * * * *
23268 GAAAGGTAATAACGATTTGAAA-TAAATAATTGTTTAAATATCCATA-ATTAATAAAGTAGTATT
1 -AAACATATTTA-TTTTTTAAATTTCTTACTT-ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
**** * * * *
23331 ATTTTATTTTGGATAAACTTTTGTGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
63 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * *
23395 ACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTT
127 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AG-GAA-ATATTT
* * * * *
23460 ATTTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTC
189 A-TTTTTT-AAATTTCTTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * * *
23524 AAAT-AGCTTGTATGAACTAAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAA-GTCAAAATGATTTGAAA
250 AAATAAGC-TATATGAAC-AGAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAA
* * * * * ** *
23587 TAGACAATTATTCTAATAATCT-TAACTATTTGAATTGATTCGGC
313 TAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTG-TTTAGT
* * * * *
23631 AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAAATATTATTAAATTAGTTTTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
23696 TT-TACCCGAATCAGCTTATATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACG
66 TTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * *
23759 ATTTGAGATTG-TATTTGTTCAAATAGTCATAACTACTAGAA-TTGCTTCAGAAAATAGCTTTAG
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TT-AGGAAATA--TTTAT
* * * * ***
23822 TTTTTAAATCTCTTATTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TTGATA
191 TTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * ** * * * * * *
23886 AGTTTTTATTAATTGAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTTCA-AACAATTTTAAATAAA
255 AG-CTATATGAACAG-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACGATTTGAAATAGA
* ** * *
23950 TAATTGTTCAAATAGTCATATGTAATTGAAATTGTTTAGT
317 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTG-AACTGTTTAGT
* * * *
23990 AAACAAATTT-TGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTC-AAATGTTAATAAATTAGTATTA
1 AAACATATTTAT-TTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
24053 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAG-AATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAA
64 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * *
24117 TAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGACAAGCATATTTA
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAG-GAA--ATATTTA
* * * *
24182 TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATCATTTTAAT-CAAAT
190 TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * * * * * **
24246 -A-CTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAA-TAAAGATCATTACAATTTGCGATAGA
254 AAGC-TATATGAACAG-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA
* * * *
24308 TAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAGT
317 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-GTTTAGT
* * * * * *
24348 AAATAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATACTAATAAATCAATATTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
*** * * * *
24409 TTATTTTGAATAA-TTCTGTATGTATAGAAACAATTGTTTTCCT-ACAAAACAAAAGGTCATAAC
66 TTATTCCAAATAAGCT-TGTATGAACAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * ** * *
24472 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GAACATGACTATTTGAACTTCTTTGGTAAACAAATTTA
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAGTTAGG--AA-ATATTTA
* * * * * * *
24536 TTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA-TTTGCAAAATCTTAATAAAATAGAATTATTTTATTTCAAA
190 TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTG--AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * * * * **
24600 TAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCACGACTG-TTTGAAATA
253 TAAGC-TATATGAACAG-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC-GATTTGAAATA
* * * * * * *
24664 AAAAATTGCTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCT-TACTCAGT
315 GATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGT--TTAGT
** ** *
24706 AAACGGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTACTAT
1 AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * **
24770 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATCG-ATAGAAGCAATTGGTCTAACACAAAACAAAAGGTCATAAC
65 TTTATTCCAAATAAGCTTGTAT-GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * * * * *
24834 TATTTGAAATAGATTATTGTTTAAATAGTTAAAACTATTTGAA-TGTGTTTGAAAAAAAATTAAT
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTAG-GAAATATTTATT
* * ***
24898 TTTTAAATTT-TTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATT--TAATTATTTAATTTGGAATA
192 TTTTAAATTTCTTACTTATT-AATTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCCAAATA
* * * *
24960 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAT
255 AGC-TATATGAACAG-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT
* * *
25025 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
318 AATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGTTTAGT
* * * *
25064 AAACAGATTCATTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATGA-T
1 AAACATATT--TATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGT-ATT
* * * * ** * * * * *
25128 ATTTGATTCCGAATAAGCCTATATGAATTGATACAAGTGTTTTATGACACAATAAAAGGTTATAA
63 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
25193 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTCTTTAAACTTGTTTGGTAAATATATT-T
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGG-AAATAT-TTAT
* * * *
25257 ATTTTAAAATCTT-TTACTTATTAACTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAA
191 -TTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * * * * * * * *
25321 TAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGTCATGACAAAATAAAAAGTCT-TAATGATTTGAAATA
253 TAAGC-TATATGAA-CAGAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-TATAACGATTTGAAATA
* * *
25385 -ACTAATTATTCAAATAGATCATAACTATTTGAACT-TATTTGAT
315 GA-TAATTGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACTGT-TTAG-T
* *
25428 AAACA-ATTT-TTTTTTAAATCTT-TTACTTATT-ATGTGTCTAAATATTAATAAATT--TATGT
1 AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAAT-TTTCAAAATATTAATAAATTAGTAT-T
* ** * * ** *
25487 AATTTTCTTTGAAATAAGCTTTTATGAATAGAATA-TTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
63 -ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * **
25551 AGCGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGTACTTGTTCAATAAATAGATT
126 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGGAAAT--ATT
* * * * * * **
25616 CATTTTTTAAATCTCTTACTTATTGATTTTCAGAATATTAATAAAATAGAATTACGTTATT-CAA
188 TATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
* * * * * * * * *
25680 ATAAGCTTATACGAATAGAAACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTGAAATA
252 ATAAGC-TATATGAACAG-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
* * * *
25745 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTAG-TCAGG
315 GATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-GTTTAGT
** * * * * * *
25786 CCA-ATAGTTTTCATTCTTTACATTTGTTACTTATTAGTTTTGAAAATATTAATAAATTAGCATT
1 AAACATA--TTT-ATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
25850 ACTTTATTCCAAATTAGAC-TATATGAACAG-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCGTA
63 ATTTTATTCCAAATAAG-CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
25913 ATGATTTGAAATAAATGACTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACAAGTTTAGTAAACATATTT
127 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAG-GAA-ATATTT
* * * *
25978 A-TTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTCTATTCCAAA
189 ATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * * * *
26042 CAAACTTATATGAACA-AAAACATTTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
253 TAAGC-TATATGAACAGAATA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
* * * * * * *
26106 GATAATTATTCAAATAATCATAATTGTTTGAACTGGTTAGGC
315 GATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGTTTA-GT
* * * * * *
26148 AAACATAATTGTTTCTTAAA--TC-T-CTTATTAAGTTTT-GAAATATTAATAAATTTGTTTTAT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * ** * * ** ***
26208 TTTATTCTGAATATGCTACTAAGAACTA-AAAAAATTGTTTTATTTCAAATA-AACTTGT-AT--
65 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAA
* * * ** * * * * *
26268 -GAATAGAAACA-ATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGATCACAACTATTTGAAATAAAAAATT-GC
128 CGATTTGAAATAGA-T-AATTGT-TC---A-AATAG-TCATAACTATTTGAACT----AGTTAG-
* * * * * * ** * ** * * * * *
26330 TCAAACAGTCATAACTATCTGAGCTTACTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT--TTACTT
180 -GAAATA-T--TTA-TTTTTTAAATT--TC--T-TACTTA-TTAATTTTGAAATATTAATAAATT
* ** ** * * * * **
26393 ATGAATT-TTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTCTATGGATAGA
234 A-GTATTATTT----TATT-CCAAA-TAA-GCTATATGA--ACAGAATAA--TTGT-TTTAT-G-
* * * **
26456 AACAATTGGTTTACCACAAAACAAAAGGTCATCACTATTTGAAATAGATGGTTGTTCAAATAGTT
284 -AC--------------AAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
* *
26521 AAAACTATTTGAA-TGTGTTCG-
334 ATAACTATTTGAACTGT-TTAGT
* * ** * **
26542 AAA-AAAATTAAGTTTTAAATTT-TTACTTATTAAAATTT-GGAATATTAATAAATT--TAATTA
1 AAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATT-AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGT-ATTA
* * *
26602 TTTTATT-CAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
64 TTTTATTCCA-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
26666 CAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAACAGATTC
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTT-AG-GAA-ATATTT
* * * * * *
26730 ATTTTTTTAAATCTCTTCCTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATGA-TATTTTATTCCG
189 A-TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCCA
* ** * * * *
26794 GATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
251 AATAAG-CTATATGAACAGA-ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAAT
* * *
26859 AGATAATTATTCAAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACTCTTTAAACTTGTTTGGT
314 AGATAATTGTTCAAATAG---T-TA--T--AA-C----T-A---TTTGAAC-TGTTTAGT
* *
26919 AAATATATTTA-TTTTAAAATCTT-TTACTTATTAACTTTT-AAAATATTAATAAATTTA-TATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATT
* * * * * ** * * *
26980 ATTTTAATCCAAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGTCCTGACAAAATAAAAAGTCTTAA
63 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
27045 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TT-TGATAA-ATTTTT
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTAGGA-AATATTTAT
**
27107 TTTTTAAATCTT-TTACTTATT-ATGTGTCT-AAATATTAATAAATT--TATGTAATTTTATTTG
191 TTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAAT-T-T-TGAAATATTAATAAATTAGTAT-T-ATTTTATTCC
* * * * *
27167 AAATAAGCTTTTATGAATAGAATATTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTAAAA
250 AAATAAGC-TATATGAACAGAATA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAA
* * * * * * *
27232 TAGATAATTGTTTAAATAATCATAATTATTTGTACTTGTTCAAT
313 TAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGTTTAGT
* * * * * * * * *
27276 AAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTGATTTTCAGAATATTAATAAAAATAGAATTAC
1 AAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAT-AAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
27341 TTTATT-CAAATAAGCTTATACGAATAG-AACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATTATG
65 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* *
27404 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTAGTTAGGCCAATAGTTTCATT
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGG-AAATA-TTT-ATT
* * * * * * *
27469 CTTTAAATTTGTTACTTATTAGTTTTGAAAATATTAATAAATCAGCATTACTTTATTCCAAATTA
192 TTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
* * * * *
27534 GACTATATGAACAGAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTGTAATGATTTGAAATAAATGA
256 G-CTATATGAACAGAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAA
*
27599 TTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGTTTAGT
320 TTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGTTTAGT
* *
27635 AAACATATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
27699 TTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGA
66 TTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * * * *
27764 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTGTTTGAACTGGTTAGGCAAACATAATTGTTT
131 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGG--AA-ATATTTATTT
* * * * *
27829 TTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCTAAATATG
193 TTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
* * * * *
27894 CTACTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA-A-AA
257 CTA-TATGAAC-AGAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAA
** * ** * * *
27957 AAGTTCATATACCCT-TAACCATTTAAACTAGTTCAGT
320 TTGTTCAAATA-GTTATAACTATTTGAACT-GTTTAGT
* * * * * **
27994 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTGCATTAGTATTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
*** * * * * * * * * * *
28059 TTATTTTGAATAAACTTGTGTGAATAGAAATAATTGTTTTATGAGATAACGAAAGGTTATTACAA
66 TTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
* * * * *
28124 TTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTAACTT
131 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGGAAAT--ATTTATTT
* * *** * *
28189 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTCAA-AAATTAATATTATTTTATTTTGAAGAG
193 TTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
* * * *
28253 GCTTGTATGATGAA-A-AATAATTGTTTTACGATAAAAGAAAA-GTTCATAACGATTGGAAATAG
256 GC---TAT-ATGAACAGAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACGATTTGAAATAG
* * * *
28315 ATAATTGTTCAAATGGCTATAATTATTTGAACTAATTT-GAT
316 ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-GTTTAG-T
* * * * * *
28356 AAAC-TGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTATT-GAAATATTAATAAAGTAATATTA
1 AAACAT-ATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATT-TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* *** * * ** * * * * * **
28419 TTTAATTTTGAATAAACTTTTAT-ATATTGAAATAGTTATTTTATGATAAAATAAAATATCATAA
64 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * ** *
28483 CAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAATAATT-T
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTT-AGGAAATATTTAT
** * * * * * *
28546 TTTAAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTAAATTTTAATAAATTAGTATTCTTATATTTCGAATA
191 TTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
** * * * * * * * * * *
28611 AG-TATGTATGAATTGAAACAATTATTTTTTTACTAAACAAAAGATCAAAACAATTTGGAATAGA
255 AGCTA--TATGAACAG-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * **
28675 TAATCGTTCTAACAGTCT-TAACTATTTAAATTGGTTCAAA
317 TAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACT-GTTTAGT
* * * * *
28715 AAATACATTTA-TTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTGGTGTTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * *
28774 TTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGA
66 TTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
** * * * * * * *
28839 TTTGAAATTA-ATAACAGTCCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATT
131 TTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGG--AA-ATATTTATT
* * * * *
28903 TTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTGTTATTTTATTCCAAATAA
192 TTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
* * * * * * * * *
28968 ACTTGTATGAATAGAAATAACTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATA
256 GC-TATATGAACAG-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
29033 ACTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGCTTGGT
319 ATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGTTTAGT
* *
29071 AAACAGATTTATTATTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTT-AGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTCA-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* **
29134 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATTGTCATAAC
64 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * *
29199 AATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACGT-GTTCAGAGAACATATTTA
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTT-AG-GAA-ATATTTA
* * *
29263 TTTTTTAAATTT-TT-CTTATTAATTTTGGAATTTTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCTAAAT
190 TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * * * * *
29325 AAGCT-TGCATGAACAAAACCAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGTTTTAAAATAG
254 AAGCTAT--ATGAACAGAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * *
29389 ATAATTATTTAGATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTTGGC
316 ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGTTTAGT
* * * * * * * ** * *
29430 AAAGAAATTCAATTTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATTTTTAGTATGTTAATAAATTAGAATTA
1 AAACATATT-TATTTTTTAAATT-TCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
29495 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACAGAAACAATTGTTTTAT-ACAAAACAGAAGGTCACAAT
64 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * *
29559 GATTT-AAATAGATAATTATTC-AATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA--TATTT
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGG-AAATATTTATTT
* ** * * *
29620 TTTAAGTCTT-TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAA
193 TTTAAAT-TTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
* * * * * * * *
29684 GCTTGTATGAACAAAAACAATTTTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTT
256 GC-TATATGAAC-AGAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTT
29739 TGTTGGCAGA
Statistics
Matches: 5239, Mismatches: 1206, Indels: 772
0.73 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
352 4 0.00
353 132 0.03
354 183 0.03
355 28 0.01
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376 16 0.00
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390 3 0.00
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397 2 0.00
398 4 0.00
399 8 0.00
400 1 0.00
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Consensus pattern (355 bp):
AAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
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TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGAAATATTTATTTTTT
AAATTTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAT
ATGAACAGAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
AAATAGTTATAACTATTTGAACTGTTTAGT
Found at i:28129 original size:360 final size:355
Alignment explanation
Indices: 26925--29724 Score: 1305
Period size: 359 Copynumber: 7.8 Consensus size: 355
26915 TGGTAAATAT
* * *
26925 ATTTATTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTT-AAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAAT
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* ** * * * ** * * * **
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* * ** *
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128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTAGGCAAATAATTTTTTTTAAA
* * * ** *
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192 TCTCTTACTTATTAAGT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-T-ATTTTATTCCAAATTAGAC-
* * * * ** * ** * * * *
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* * ** * ** * * *
27241 GTTTAAATA-ATCATAATTATTTGTACTTGTTCAATAAATAG
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* * * * * *
27282 ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTGATTTTCAGAATATTAATAAAAATAGAATTACTTTATT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * **
27347 -CAAATAAGCTTATACGAA-TAGAACAATTATTTTGTG-ATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTG
64 CCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAAT-AAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * *
27409 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTAGTTAGGCCAATAGTTTCATTCTTTA
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGCAAATAATTT--TT-TTTA
* * * * *
27474 AATTTGTTACTTATT-AGTTTTGAAAATATTAATAAATCAGCATTACTTTATTCCAAATTAGACT
190 AATCTCTTACTTATTAAGTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATTAGACT
* * * * * * **
27538 ATATGAACAGAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTGTAATGATTTGAAATAAATGATTGT
254 ATAAGAACAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAA-GAAAGT
** * * * *
27603 TCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGTTTAGTAAACAT
318 TCAAATACCTATAACCAATTAAACTGTTCAGTAAACAA
* * *
27641 ATTTATTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTCC
1 ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * **
27706 AAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
66 AAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAATAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * *
27771 TAGATAATTATTCAAATAATCATAATTGTTTGAACTGGTTAGGCAAACATAATTGTTTTTTAAAT
131 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGC-AA-ATAATT-TTTTTTAAAT
* * *
27836 CTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCTAAA-TATG-CTACT
193 CTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATTA-GACTA-T
27899 AAGAACTAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAA-AAAGTTC
256 AAGAAC-AAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAAGAAAGTTC
* *
27963 ATATACCCT-TAACCATTTAAACTAGTTCAGTAAACAA
320 AAATA-CCTATAACCAATTAAACT-GTTCAGTAAACAA
* * * ** *
28000 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTGCATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * * * * * * *
28065 TGAATAAACTTGTGTGAATAGAAATAATTGTTTTATGAGAT-AACGAAAGGTTATTACAATTTGA
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* * * *
28129 AATATATAATTGTTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCA-GTAAATAGATTAACTTTTTA
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGGCAAATA-ATT--TTTTTTA
* * *** * *
28193 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTCAA-AAATTAATATTATTTTATTTTGAA-GAGGCT
190 AATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATTAGAC-
* * ** * * * * * *
28256 TGTATGATGAAAAATAATTGTTTTACGATAAAAGAAAA-GTTCATAACGATTGGAAATAGATAAT
253 TATAAGAACAAAAA-AATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAATAAAGAA-
* ** ** * * * * **
28320 TGTTCAAATGGCTATAATTATTTGAACTAATT-TGATAAACTG
315 AGTTCAAATACCTATAACCAATTAAACT-GTTCAG-TAAACAA
* * * * * *
28362 ATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTATT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTAATT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*** * * *** * * * * **
28426 TTGAATAAACTTTTAT-ATATTGAAATAGTTATTTTATG-ATAAAATAAAATATCATAACAATTT
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* * ** **
28489 AAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCA-ATAAATAATTTTTTAAA
127 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTT-AGGCAAATAATTTTTTTTA
* * * * * * * * *
28552 AATTTCTTACTTATTAATTTTTTAAATTTTAATAAATTAGTATTCTTATATTTCGAATAAGTA-T
190 AATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATTAG-ACT
* * ** * * *** * * * * ** * * * *
28616 GTATGAATTGAAACAATTATTTTTTTACTAAACAAAAGATCAAAACAATTTGGAATAGATAATCG
254 ATAAGAA-CAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAAGAA-AG
* * * * * * ** * *
28681 TTCTAACAGTCT-TAACTATTTAAATTGGTTCAAAAAATAC
317 TTCAAATA-CCTATAACCAATTAAACT-GTTCAGTAAACAA
* * * *
28721 ATTTATTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTGGTGTTATTTTATTCT
1 ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* ** * * * * * *
28781 AAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAATGTCATAACGATTTGAA
66 AAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-ATAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
** * * * * * * * *
28845 ATTA-ATAACAGTCCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
130 A-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGCAAATA-A-TT-TTTTTTAA
* * * * *
28909 ATCTCTAACTTATTAA-TTTTTAGAATAATAATAAATTAGTGTTATTTTATTCCAAA-TAAACTT
191 ATCTCTTACTTATTAAGTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATTAGAC-T
* * * * * * * * * * * * *
28972 GTATGAATAGAAATAACTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAACTA
254 ATAAGAACA-AAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAAGAA--A
* * * * * *
29037 -TTCAAATA-ATCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAACAG
316 GTTCAAATACCT-ATAACCAATTAAAC-TG-TTCAGTAAACAA
*
29077 ATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * ** *
29141 CCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACA-AAACAAATTGTCATAACAATTTA
64 CCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-ATAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* *
29205 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACGT-GTTCAGAG-AACATATTTATTTTT
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTT-AG-GCAA-ATAATT-TTTTT
* * * * *
29268 TAAAT-T-TTTCTTATTAA-TTTTGGAATTTTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCTAAATAAG-
188 TAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATTAGA
* * * * * * * * * * *
29328 CT-TGCATGAACAAAACCAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGTTTTAAAATAGATA
252 CTAT--AAGAACAAAA-AAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAAGA
* * * * * ** * *
29392 ATTA-TTTAGATA-GTCATAACTAATTGAACTTGTTTGGCAAAGAA
314 A--AGTTCAAATACCT-ATAACCAATTAAAC-TGTTCAGTAAACAA
* * * * * ** * *
29436 ATTCAATTTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATTTTTAGTATGTTAATAAATTAGAATTATTTTAT
1 ATT---TATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * **
29501 TTCAAATAAGCTTATATTAACAGAAACAATTGTTTTAT-ACA-AAACAGAAGGTCACAATGATTT
63 TCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-ATAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * * * * * *
29564 -AAATAGATAATTATTC-AATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-CATATTTTTTAAG
127 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGCAAATAATTTTTTTTAAA
* ** * * * * *
29626 TCTTTTACTTATTAA-TTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAG-CTTG
192 TCTCTTACTTATTAAGTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATTAGAC-TA
* * **
29689 TATGAACAAAAACAATTTTTTTATAACAAAACAAAA
255 TAAGAACAAAAA-AATTGTTTTACGACAAAACAAAA
29725 AGTCATAACA
Statistics
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Consensus pattern (355 bp):
ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
AAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAATAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGCAAATAATTTTTTTTAAATCTC
TTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATTAGACTATAAGAA
CAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAAGAAAGTTCAAATAC
CTATAACCAATTAAACTGTTCAGTAAACAA
Found at i:29264 original size:896 final size:883
Alignment explanation
Indices: 26245--29574 Score: 2702
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26235 AAAAAAATTG
* * *
26245 TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGATCACAAC
1 TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * * * * * * * **
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66 GATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTAT
* * * * *
26375 TTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATA
131 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATA
* * * * *
26440 AGCTTCTATGGATAGAAACAATTGGTTTACCACAAAACAAAAGGTCATCACTATTTGAAATAGAT
196 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
** * * * * * * **
26505 GGTTGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAA-TGTGTTCGA-AAAAAATTAAGTTTTAAATTTTTAC
261 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTAGAGAAATATTTATTTTTTAAA-TTTTAC
* * * * *
26568 TTATTAAAATTTGGAATATTAATAAATTTA-ATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGA
324 TTATT-AATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTCAGAATAAACTTATATGAATAGA
* * *
26632 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC
387 AATAATTATTTTATGACAAAA-AAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
26697 ATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTCATTTTTTTAAATCTCTTCCTCATTAATTTTCA
451 ATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGA-T--TTTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCA
* * *
26762 AAATATTAATAAATTAATGATATTTTATTCCGGATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTA
513 AAATATTAATAAATTAAT-AT-TTTTATTCCGAATAAG-TTATATGAATTGAAACAATTGTTTTA
* * *
26827 TGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATCTATTTCAAAT
575 TGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT-A--A-TC-----G-T-TCTA--AC-AAT
* * *** *
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626 C-TTA--ACTATTTAAA-TTGGTTAAAAAATA-ATTTATTTTTAAATC---T-CTTATTAACTTT
* * * ** * *
26957 TAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATCCAAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTGT
682 TAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCTAAATAATCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTT
** * * * ** *
27022 CCTGACAAAATAAAAAGTCTTAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
746 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATTAATAAAAGTTCAAATAGACATAACTATTTG
* * * * * *
27087 AACTTATT-TG-ATA-AATTTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCTAAATATTAATAA
811 AACTTGTTCAGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-T-TTTAAATATTAATAA
*
27148 ATTTA-TGTAA
874 A-TTAGTGTTA
* * * * * * *
27158 TTTTATTTGAAATAAGCTTTTATGAATAG-AATATTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAG
1 TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
* * * * * * * *
27222 CGATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAATTATTTGTACTTGTTCAATAAATAGATTCA
65 CGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA
* * *
27287 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTGATTTTCAG-AATATTAATAAAAATAGA-ATTACTTTA-TTCA
130 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAAATATTAAT-AAATTA-ATATTATTTTATTTCA
* * ** ** * * *
27349 AATAAGCTTATACGAATAG-AACAATTATTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATTATGATTTGAAAT
192 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * *
27413 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTAGTTAG-GCCAATAGTTTCATTCTTTAAAT
257 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGAG-AAATA-TTT-ATTTTTTAAA-
* * ** *
27477 TTGTTACTTATTAGTTTTGAAAATATTAATAAATCAGCATTACTTTATTCCA-AATTAGAC-TAT
318 TT-TTACTTATTAATTTTG-AAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATT-CAGAA-TAAACTTAT
* * * * ** * *
27540 ATGAACAG-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTGTAATGATTTGAAATAAATGATTGTT
378 ATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAAAAAAT-GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * *
27604 CAAATAGTTATAACTAATTGAACTGT-TT-AGTAAACATATTTATTTTTAAATTTCTTACTTCTT
442 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCAGTAAACAGATTT-TTTTTAAATTTCTTACTTATT
* * * * *** *
27667 AATTTTCAAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAT
505 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAATA-T-TTTTATTCCGAA-TAAGTTATATGAATTGAAACAA
** ** * * * *
27732 TTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAAT
567 TTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCTAACAATCTTAAC
* * * * * *
27797 TGTTTGAACTGGTTAGGCAAACATAATTGT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATA
632 TATTTAAATTGGTTA---AAAAATAATT-TATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAACTTTTAAAATA
* ** * * *
27861 TTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCTAAAT-ATGCTACTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTACGAC
689 TTAATAAATTTGTATTATTTTATTCTAAATAAT-CTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGAC
* * * ** * * * *
27925 AAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAA-TAA-AAAAGTTCATATACCCTTAACCATTTAAACTAG
752 AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATTAATAAAAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTG
* * * **
27988 TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTGCATTAGT
817 TTCAGTAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGT
*
28053 ATTA
880 GTTA
** * * * * * * *
28057 TTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAATAGAAATAATTGTTTTATGAGATAACGAAAGGTTATTAC
1 TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * * * * * *
28122 AATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTAAC
66 GATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTAT
* ** *
28187 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTCAA-AAATTAATATTATTTTATTTTGAAG
131 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATT-AATAAATTAATATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * * *
28251 AGGCTTGTATG-ATGAAAAATAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGTTCATAACGATTGGAAATAG
195 AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGGTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * *
28315 ATAATTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAACTAATTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCT
259 ATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAGTTAGAGAAA-T-ATTTATTTTTTAAAT-T
* * * ** *
28379 CTAACTTATCAATTATTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTAATTTTGAATAAACTTTTAT-A
320 -TTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT-ATTCAGAATAAACTTATATGA
* * * * * *
28443 TATTGAAATAGTTATTTTATGATAAAATAAAATATCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAA
382 -ATAGAAATAATTATTTTATGACAAAA-AAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * **
28508 ACAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATA-ATTTTTTAAAAATTTCTTACTTATTAATTT
445 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTT
** * * * * *
28572 TTTAAATTTTAATAAATTAGTATTCTTATATTTCGAATAAGTATGTATGAATTGAAACAATTATT
510 TCAAAATATTAATAAATTAATATT-TT-TATTCCGAATAAGT-TATATGAATTGAAACAATTGTT
* * * * * *
28637 TTTTTACTAAACAAAAGATCAAAACAATTTGGAATAGATAATCGTTCTAACAGTCTTAACTATTT
572 TTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCTAACAATCTTAACTATTT
*
28702 AAATTGGTTCAAAAAATACATTTATTTTTAAATC-CTTATTAA-TTTTCAAAATAGTAATAAATT
637 AAATTGGTT-AAAAAATA-ATTTATTTTTAAATCTCTTATTAACTTTT-AAAATATTAATAAATT
* * * * *
28765 GGTGTTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG
699 TGTATTATTTTATTCTAAATAATCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * * * *
28830 TCATAACGATTTGAAATTAATAACAGTCCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
763 TCATAATGATTTGAAATTAATAAAAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA
* *
28895 GATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTGTTA
828 -ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTGTTA
* * * *
28953 TTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAACTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAAC
1 TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * *
29018 GATTTGAAATATATAACTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAACAGATTTA
66 GATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTA
* * * *
29082 TTATTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
130 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAAT
* * ** * *
29147 AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATTGTCATAACAATTTAAAATAGA
195 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
*
29212 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACGT-GTTCAGAGAACATATTTATTTTTTAAATTTT
260 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTT-AGAGAA-ATATTTATTTTTTAAATTTT
* * * * * ** *
29276 TCTTATTAATTTTGGAATTTTAATAAATTTATATTATTTTATTCTA-AATAAGCTTGCATGAACA
322 ACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTC-AGAATAAACTTATATGAATA
* * * * *** * * * *
29340 -AAACCAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTATTTAGATA
385 GAAA-TAATTATTTTATGACAAAAAAAAT-GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * * * * * *
29404 GTCATAACTAATTGAACTTGTTTGGCAAAGAAATTCAATTTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATT
448 GTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATT---TTTTTTAAATT-TCTTACTTATTAATT
* ** * * * * **
29469 TTTAGTATGTTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACAGAAACAATTG
509 TTCAAAATATTAATAAATTA-ATA-T-TTTTATTCCGAATAAG-TTATATGAATTGAAACAATTG
* * * **
29533 TTTTAT-ACAAAACAGAAGGTCACAATGATTT-AAATAGATAAT
570 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
29575 TATTCAATAG
Statistics
Matches: 1908, Mismatches: 422, Indels: 191
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
892 7 0.00
893 109 0.06
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (883 bp):
TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
GATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTAT
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATA
AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGAGAAATATTTATTTTTTAAATTTTACTT
ATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTATTCAGAATAAACTTATATGAATAGAAATA
ATTATTTTATGACAAAAAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTA
ATAAATTAATATTTTTATTCCGAATAAGTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAA
AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCGTTCTAACAATCTTAACTATTTAAATTGGTTAAAAA
ATAATTTATTTTTAAATCTCTTATTAACTTTTAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCTA
AATAATCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATT
AATAAAAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTC
TTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTGTTA
Found at i:29997 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 29955--30011 Score: 87
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29945 TATAACTATT
* *
29955 TGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
*
29982 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
30009 TGA
1 TGA
30012 CCTTTTGTTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 27 1.00
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Consensus pattern (27 bp):
TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
Found at i:32281 original size:180 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 4.1 Consensus size: 180
31911 TGTTAATACT
* * **
31921 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-CAACATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGC-TCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* *
31985 ATTTATTAATATTTT-AAGAATTAGTAA-T---TGATTTAAAAATTAAATCTATTTACCGAACTA
65 ATTTATTAATATTTTGAA-AATTA-TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTA
* * *
32045 GTTTAAATAATTATGACTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC
128 GTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACC
* *
32098 TTTTGTTTTG-CATAAAACAATTATTTTTGCTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGCTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAA
* * * ***
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66 TTTATTAATATTTTGAAAATT-ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGT
* * * * * * *
32227 TCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATCATCTATTTCATATCAG-TATGACC
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** * ** * * ** *
32278 TTTTGTTTTGTTTTAAGACAATTATTTCAGCTCATATAAGTTTACTTGGAATAAAATAAAACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGCTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
32343 TTTGTTAAT-CTTTCAAAATTTTATAACTAAGAGATTTAAAAAAT-ATTCTATTTACCAAACCAG
66 TTTATTAATATTTTGAAAA--TTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAG
* * * *
32406 TTTAAATAATTATAACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAATAGTTATTACT
129 TTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACC
* * ** * * *
32458 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGCTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
32523 TTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAAAGA-TTAAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAACCA-
66 TTTATTAATATTTTGAAAATT-ATAACTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTATTTACCGAACTAG
* * * * * * *
32586 TTTCAAATAGTTTTGACTATTTGTAATAGTTATCTTTTTTAAATCA-TTATAACC
129 TTT-AAATAATTATAACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACC
*
32640 TTTTTGTTTTGTCATCAAACAATT
1 -TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
32664 GGTTATATTC
Statistics
Matches: 453, Mismatches: 93, Indels: 34
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 65 0.14
177 15 0.03
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Consensus pattern (180 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGCTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTTGAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACTAGTT
TAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACC
Found at i:33282 original size:177 final size:174
Alignment explanation
Indices: 32873--34953 Score: 785
Period size: 177 Copynumber: 11.7 Consensus size: 174
32863 CTATTAGAAT
** * * * *
32873 AATTATCTATTTCAAATTGTT-TGACC-TTGTTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTAT-TAATACA
* * *
32936 AGCTTATTTGAAATAAAATAATCCTAATATATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
64 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT----AAGAGATTT
* * * * *
33000 GAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAAT-AAGCTCAACTAGTTAT-GACTATTTGAAC
124 -TAAAAAT-AATTTGTTTACCAAATCAA-TTCAAATAATTATGGAC-ATTTGAAC
* * * *
33053 AATTA-CTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTAATAC
1 AATTATC-TATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-TTAATAC
* * * *
33117 AAGCTTATATGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATTTTAAA
63 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTTAAA
* * * * *
33182 AATAATTTTTTTTACTAAATCAATTAAAATAATTTTGGTCATTTGAAC
128 AATAA-TTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGACATTTGAAC
* * *
33230 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCTAGTTATTACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-TTAATACA
* * * * *
33295 AGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAGTTTA-TAATATTCCTAAAATTAATAAGTGA-TTTAAAA
64 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTTAAAA
* * * * * * *
33358 GTGAATTTGTTTACCGAATCGATTCAAATAATTCTGGCCATTTCAAT
129 AT-AATTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGACATTTGAAC
* * * * *
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* * * *
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* ** * * * *
33534 AAAATAAATATGTTTACTGAA-CTAATTC--CT-ATT-TGAATAATT--AC
126 AAAAT-AATTTGTTTACCAAATC-AATTCAAATAATTATGGACATTTGAAC
* * ** * * * * * * ** * * *
33578 TATT-T-GAAATC--GTCATAAT--CTTTTATTCTA-CTATAAAATAATTGTTTCAGTTCACATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTATC-ATAAAACAATTGTTT-TATTAATACA
* * * * *
33636 TGTTTATTCAAAT-AAATAATATTAAT-TTAA--TA---ATATTTC-AAAATTAATAACTAAGAT
64 AGCTTATT----TGAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--GAGAT
* * * * * * * * *
33693 ATTTAAATAAATAAATTGTTTGCCGAAGT-AGTTCAAACATTTA-AGATTATATGAAC
122 -TTT-AA-AAATAATTTGTTTACC-AAATCAATTCAAATAATTATGGA-CATTTGAAC
* * * * * * *
33749 AGTTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATCGTTTCAGTTCATATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-TTAATACA
* *
33814 AGCTTATTTGAAATAAAATAATAC-ACATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTCAAA
64 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTTAAA
* * * * * *
33878 AATGAATCTGTTTACCGAATCATTTCAAATAATTAGGGCCATTTCAAC
128 AAT-AATTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGACATTTGAAC
* ** * * * *
33926 AATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGCTTTTGA-TCATTC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTT-ATTAATAC
** * * * * *
33990 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTACTATTATTTCAAAAATTAATATGTAAAGATTTA
63 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA---AGAGATTTT
* * * * *
34055 AAAAAAAAGTATGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAAC
125 AAAAATAA-TTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGAC-ATTTGAAC
* * * * * * * * *
34106 AATTATATATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAGCAATTATTTCTAATTCACAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-T-ATTAATAC
* * * *
34171 AAGTTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TTCTAAAATTAATAACTAAGAGATT
63 AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA--ATTAA-TAAGAGATT
* * * * * * * *** *
34234 TAAAAAATAAATTTG-TT-GCTAACCAGTTCAAATAGTTAAGTTTATATGAAC
123 TTAAAAAT-AATTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGACATTTGAAC
* *** * * ** * * ** *
34285 AATTCT-TATTTCAAATTGGTATGAACCTTTGGTTTGTTGTAGAACAATT-TTTCAGTTCTTAGT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-TTAATA-C
** *
34348 AA-CTTATTCAAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
63 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATT
* * * * *
34411 TAAAAAATAATTCTGTTTGCC-AAGCTAGTTCAAATAATTAT-GTCTATTTGCAAC
123 TTAAAAATAATT-TGTTTACCAAATC-AATTCAAATAATTATGGAC-ATTTG-AAC
* * * * ** * *
34465 AATTATTTATTTTAGATCGTTATGACATAAAACAAATGTTTGTTCATTCTTAAAACAAATGTTTT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGAC------C-TTTG-TT-TT-A-TCATAAAACAATTG-TTT
* * * * * * * **
34530 TTTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAACAAGACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAAAGTA
54 TATTAATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--AA-TA
* * ** * * * * * *
34595 AAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTACTAAA-CAAGTTCAATTACTTAT-AACTATTTGCAC
116 AGAGATTTTAAAAATAATTTGT-TTACCAAATCAA-TTCAAATAATTATGGAC-ATTTGAAC
* * ** *
34655 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTGGTTTTATCAT-AAACAATTGTTTCTATGCATA-T
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TATTAATACA
* * *
34718 AGTCTTATTT-AGAATAAAATAATGCTAATTTATGAATA-TTCTAAAAGTTAATAAGTAATAGAT
64 AG-CTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG----AGAT
* * * * ** ** * * * * * **
34781 TTAAAAAACAAATCTATTGGCCTGACCAGTGCATATAGTTAT-GATTGTTTGAAC
122 TTTAAAAA-TAATTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGA-CATTTGAAC
* ** * * * * * **
34835 AATTATCTATTTTAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTTATCACAAAAATAATTGTTCTGTTTGTACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTATCA-TAAAACAATTGTTTTATTAATACA
* * * * *
34900 AGCATATTCGAAATAATATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAG
64 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
34954 TAAGAGATTT
Statistics
Matches: 1435, Mismatches: 336, Indels: 259
0.71 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.00
163 4 0.00
164 3 0.00
165 23 0.02
166 12 0.01
167 20 0.01
168 12 0.01
169 11 0.01
171 15 0.01
172 8 0.01
173 38 0.03
174 49 0.03
175 87 0.06
176 76 0.05
177 274 0.19
178 101 0.07
179 134 0.09
180 193 0.13
181 133 0.09
182 83 0.06
183 17 0.01
184 5 0.00
186 1 0.00
187 2 0.00
188 1 0.00
189 3 0.00
190 28 0.02
191 56 0.04
192 40 0.03
193 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (174 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTATTAATACAAG
CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAAT
AATTTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGACATTTGAAC
Found at i:33580 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 33551--33585 Score: 54
Period size: 15 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
33541 ATATGTTTAC
*
33551 TGAACTAATTCCTATT
1 TGAACTAATTACTATT
33567 TGAA-TAATTACTATT
1 TGAACTAATTACTATT
33582 TGAA
1 TGAA
33586 ATCGTCATAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
15 14 0.78
16 4 0.22
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (16 bp):
TGAACTAATTACTATT
Found at i:33849 original size:696 final size:701
Alignment explanation
Indices: 32783--34250 Score: 1588
Period size: 696 Copynumber: 2.1 Consensus size: 701
32773 GCTTATTCAA
*
32783 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A-AGAGATTTAAAAAATAAATGTG
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * *
32846 TTTTCGAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTGACCTTGTTTTAGTCA
66 TTTACGAATAATT--AACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTATAACCTTGTTTTACTCA
* * * * *
32911 TAAAATATTTGTTTCATATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATCCTAATATATTAACATTC
129 TAAAATAATTGTTTCATATCACACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATATAATAACATTC
*
32976 AAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAATAAGCTCAACTAGTTAT
194 -AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAATAAGCTCAACTAGTTAA
* * * * *
33041 GACTATTTGAACAATTACTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTT
258 GACTATATGAACAATTACTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATCGTT
* * *
33106 TTAGTTAATACAAGCTTATATGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCTAAAATTAATAA
323 TCAGTTAATACAAGCTTATATGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * ** * *
33171 GAGATTTTAAAAAT-AATTTTTTTTACTAAATCAATTAAAATAATTTTGGTCATTTGAACAATTA
388 GAGATTTCAAAAATGAA-TCTGTTTACCAAATCAATTAAAATAATTAGGGCCATTTCAACAATTA
* * * *
33235 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTCTAG-TTATTACAAGC
452 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGATCATAAAACAAATGCTT-TAGATCATT-CAAGC
** * ***
33298 TTATTTGAAATAAAATAATAATAGTTTA-TAATATTCCTAAAATTAATAAGT-GATTTAAAAGTG
515 TTATTCAAAATAAAATAATAATAGTTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAAAA
* * * * * ** *
33361 AA-TTTGTTTACCGAATCGA-TTCAAATAATTCTGGCCATTTCAATGATTATCTATTTCAAATCA
580 AAGTATGTTTACC-AAACCATTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATATATTTCAAATCA
* * * * * *
33424 TTATGAA-C-TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT-TCA-TCATACAAACCTATTTGG
644 TTAT-AACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTAATTCACACAAACCTATTTAG
33479 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TA-GAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * *
33544 TGTTTACTGAACTAATT-CCTATTTGAATAATTA-CTATTTGAAATCGTCATAATCTTTTATTCT
64 TGTTTAC-GAA-TAATTAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGT-ATAACCTTGT-TT-T
* * * * *
33607 ACT-ATAAAATAATTGTTTCAGT-TCACATATGTTTA-TTCAAAT-AAATAATATTAATTTAATA
124 ACTCATAAAATAATTGTTTCA-TATCACACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATATAATA
* * * *
33668 ATATTTC-AAAATTAATAA-CTAAGATATTT-AAATAAATAAA-TTGTTTGCCGAAGT-AGTTCA
188 ACA-TTCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTGAAA-AAATAAATTTGTTTGCC-AAATAAGCTC-
* * * * *
33728 AAC-ATTTAAGATTATATGAACAGTTA-TCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTCTCATA
248 AACTAGTTAAGACTATATGAACAATTACT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTCATA
* * * *
33791 AAACAATCGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC-ACATTTATTAATATTTC
312 AAACAATCGTTTCAGTTAATACAAGCTTATATGAAATAAAATAATACTA-ATCTATTAATATTTC
* * * *
33855 AAAAATTAATAAGTGATTTCAAAAATGAATCTGTTTACCGAATCATTTCAAATAATTAGGGCCAT
376 AAAAATTAATAAGAGATTTCAAAAATGAATCTGTTTACCAAATCAATTAAAATAATTAGGGCCAT
* * * *
33920 TTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGCTTTTGAT
441 TTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGATCATAAAACAAATGCTTTAGAT
* * * * *
33985 CATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTACTATTATTTCAAAAATTAATATGTAAAG
506 CATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAGTTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGT--AG
* * *
34050 ATTTAAAAAAAAAGTATGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATA
569 ATTTAAAAAAAAAGTATGTTTACCAAACCATTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATATA
* * ***
34115 TTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAGCAATTATTTCTAATTCACACAAGTTTATT
634 TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTAATTCACACAAACCTATT
34180 TAG
699 TAG
* * * *
34183 AATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TTCTAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T-AGAGATTTAAAAAATAAATA
34247 TGTT
64 TGTT
34251 GCTAACCAGT
Statistics
Matches: 639, Mismatches: 102, Indels: 55
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
695 2 0.00
696 291 0.46
697 60 0.09
698 29 0.05
699 30 0.05
700 68 0.11
701 56 0.09
702 26 0.04
703 39 0.06
704 38 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (701 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAGAGATTTAAAAAATAAATATG
TTTACGAATAATTAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTATAACCTTGTTTTACTCATA
AAATAATTGTTTCATATCACACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATATAATAACATTCAA
AAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAATAAGCTCAACTAGTTAAGAC
TATATGAACAATTACTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATCGTTTCA
GTTAATACAAGCTTATATGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAG
ATTTCAAAAATGAATCTGTTTACCAAATCAATTAAAATAATTAGGGCCATTTCAACAATTATCTA
TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGATCATAAAACAAATGCTTTAGATCATTCAAGCTTATTC
AAAATAAAATAATAATAGTTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAAAAAAGTAT
GTTTACCAAACCATTTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATATATTTCAAATCATTATAAC
CTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTAATTCACACAAACCTATTTAG
Found at i:34219 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 33649--35002 Score: 839
Period size: 180 Copynumber: 7.5 Consensus size: 180
33639 TTATTCAAAT
* * * *
33649 AAATAATATTAATTTAATAATATTTC-AAAATTAATAACTAAGATATTTAAATAAATAAAT-TGT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATCTGT
* * ** * * * * * * * * *
33712 TTGCCGAAGTAGTTCAAACATTTAAGATTATATGAACAGTTATCTATTTCAAATCATTTTGACCT
65 TTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCT
* * *
33777 TTTGTTTTCTCATAAAACAATCGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTT-GAAATA
130 TTTG-TTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTAATTCATATAAGCTTATTTAG-AATA
* *
33829 AAATAATAC-ACATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTCAAAAATGAATCTGT
1 AAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * * * *
33889 TTACCGAATCATTTCAAATAATTAGGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCT
65 TTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCT
* * * *
33954 TTTGTTTGGTCATATAACAAATGCTTT-TGA-TCAT-TCAAGCTTATTCAAAATA
130 TTTGTTT-GTCATA-AACAATTG-TTTCTAATTCATAT-AAGCTTATTTAGAATA
* * * * *
34006 AAATAATACTATTTTACTATTATTTCAAAAATTAATATGTAA-AGATTTAAAAAA-AAAGTATGT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGT
* *
34069 TTACCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTATTATAACCT
65 TTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCT
* * * *
34134 TTTGTTATGTCATAAAGCAATTATTTCTAATTCACACAAGTTTATTTAGAATA
130 TTTGTT-TGTCATAAA-CAATTGTTTCTAATTCATATAAGCTTATTTAGAATA
* * * * *
34187 AAATAATACTAATGTAATAATA-TTCTAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-T
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * ** * * **
34250 T-GCTAACCAGTTCAAATAGTTAAGTTTATATGAACAATTCT-TATTTCAAATTGGTATGAACCT
66 TACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAT-AACCT
* ** * * * *
34313 TTGGTTTGTTGTAGAACAATT-TTTC-AGTTCTTAGTAA-CTTATTCAAAATA
130 TTTGTTTGTCATA-AACAATTGTTTCTAATTCATA-TAAGCTTATTTAGAATA
* *
34363 AAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGT
1 AAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * *
34427 TTGCCAAGCTAGTTCAAATAATTATGTCTATTTGCAACAATTATTTATTTTAGATCGTTATGACA
65 TTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCA-A--ATTAT----
* * * * ** * *
34492 TAAAACAAATGTTTGTTCAT-TCTTAAAACAAATGTTT-TTTTTCATATAAGTTTGTTT-GAAAT
122 TATAAC--CT-TTTGTT--TGTCAT-AAACAATTGTTTCTAATTCATATAAGCTTATTTAG-AAT
34554 A
180 A
* * ** * *
34555 AAACAAGACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAA-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCT-A
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGT
* * * * * * * * * *
34618 TTACTAAACAAGTTCAATTACTTATAACTATTTGCACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCA
65 TTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCT
* * *
34683 TTGGTTTTATCATAAACAATTGTTTCT-ATGCATAT-AGTCTTATTTAGAATA
130 TTTG-TTTGTCATAAACAATTGTTTCTAATTCATATAAG-CTTATTTAGAATA
* * * * * *
34734 AAATAATGCTAATTTATGAATA-TTCTAAAAGTTAATAAGTAATAGATTTAAAAAACAAATCTAT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
** ** * * * * * * * *
34798 TGGCCTGACCAGTGCATATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTCTGACCT
65 TTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCT
* * * * ** * * *
34863 TTTGTTTTATCACAAAAATAATTG-TTCT-GTTTGTACAAGCATA-TTCGAAATA
130 TTTG-TTTGT--CATAAACAATTGTTTCTAATTCATATAAGCTTATTTAG-AATA
* * * ** * * *
34915 ATATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTGGAAAGTTAATCTATT
1 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * *
34980 AACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
66 TACCAAACCAGTTCAAATAGTTA
35003 CAATTATCTA
Statistics
Matches: 910, Mismatches: 202, Indels: 123
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 43 0.05
177 166 0.18
178 34 0.04
179 133 0.15
180 218 0.24
181 150 0.16
182 19 0.02
183 4 0.00
184 2 0.00
187 6 0.01
188 2 0.00
189 2 0.00
190 20 0.02
191 56 0.06
192 51 0.06
193 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
TACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTT
TTGTTTGTCATAAACAATTGTTTCTAATTCATATAAGCTTATTTAGAATA
Found at i:35962 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 35696--36122 Score: 488
Period size: 181 Copynumber: 2.4 Consensus size: 181
35686 TATCTATTTA
* * * * * *
35696 AACAACTATCTATCTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAA
* * *
35761 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTTA-AATA
66 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCCAAAAATTAAT-AGGTAGAAGA
* * *
35825 TTT-AAAAAATAAATATGTTTA-CTGAGCAAGTTAAAATAGT-TATGACTATTTG
130 TTTAAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTAAAATAGTACATG-C-ACTTG
* * *
35877 AACAATTATTTTTTTCAAATAGTTATG-CTATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCA
* ** * **** *
35941 AACAAGTTTATTCTGAATAAAATTATACTAATTTAGTAATATTTTGCAATTTAATAGGTAGAAGA
65 AACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCCAAAAATTAATAGGTAGAAGA
* *
36006 TTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCACATGCACTTG
130 TTTAAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTAAAATAGT-ACATGCACTTG
* * *
36059 AACGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAGAAA-AAGTATTTCTATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTATTTCTATTCA
36123 TACATATTCT
Statistics
Matches: 206, Mismatches: 32, Indels: 15
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
180 5 0.02
181 104 0.50
182 88 0.43
183 6 0.03
184 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAA
ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCCAAAAATTAATAGGTAGAAGAT
TTAAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTAAAATAGTACATGCACTTG
Found at i:36270 original size:146 final size:147
Alignment explanation
Indices: 35979--36256 Score: 391
Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 147
35969 TAATTTAGTA
* * *
35979 ATATTTTGCAATTTAATAGGTAGAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT
1 ATATTCTGCAATTTAATAGGTAGAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCCAACAAGTTCAAAT
* * * *
36044 AGTCACATGCACTTGAACGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAGAAAA
66 AGTCACATCCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACATTTTGTTTTGTCATAGAAAA
36109 AGTATTTCTATTCATAC
131 AGTATTTCTATTCATAC
* ****
36126 ATATTCTGCAATTTAATAGGTAGGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAGCAAGTTGGTT
1 ATATTCTGCAATTTAATAGGTAGAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCCAA-CAAGTTCAAA
** *
36189 TAGTCATGTCCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAA
65 TAGTCACATCCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACATTTTGTTTTGTCATAGAAA
36253 AAGT
130 AAGT
36257 TTTTTATGTT
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145 10 0.09
146 77 0.67
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ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (147 bp):
ATATTCTGCAATTTAATAGGTAGAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCCAACAAGTTCAAAT
AGTCACATCCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACATTTTGTTTTGTCATAGAAAA
AGTATTTCTATTCATAC
Found at i:37373 original size:181 final size:179
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Period size: 181 Copynumber: 12.3 Consensus size: 179
36198 CCACTTAAAC
* * * *
36208 AATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAGTT-TTTTATGTTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCAT-TTCATA
* * * ** *
36271 -TAGAATTA-TTGAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATT--T-A-TAAGAGA
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* * * * * * *
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125 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* ** * * * *
36385 AATTATCTATCTCAAATTTTTATGAACTTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTTCATACAA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAA
* * * * *
36450 GC--ATTTCAGATTAAAATAATACTGATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
66 GCTTATTT-GGA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTA
* * * * *
36513 AAAAATAAATAC-ATTTGTTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAT
129 AAAAATAAAT-CTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * *
36564 AATTATCTATTTTAAATTGTTCTGAACTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTT-ATAT
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTTCATAC
* * * * * * **
36628 AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTGAAAAGTTAGTAACCAAGAAATT
64 AAGCTTATTTG-GATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAA-T
** * * * *
36692 TTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAATAAGTTCAAATAGATAAGAGTATTTGAAC
126 TTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* ** * *
36746 AATTATCTATTT-AAAACTGTTAAAACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTT-AT
1 AATTATCTATTTCAAATC-GTTATGA--TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTTCAT
* * * * * *
36809 AAAAACTTACTTGACATAAACTAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAATT-ATGAAGTAAGAAA
62 ACAAGCTTATTTG-GATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAAA
* * ** * *
36873 TTTAAAAACTAAAGCTATTT-TTTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAT
125 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * ** ** *
36927 AAATATCAATCTT-AAATCGTTATGATAATTGTTTTGTCATAAAGTAATTGCTTT--TGATCATA
1 AATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAT-TTCATA
* * * *
36989 TAAGCTGATTCGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGAT
63 CAAGCTTATTTGGAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-AT
* ** ** * * *
37053 TTAAAAAATAAATTTATTTA-CTGAATTAGTTTGAATAGTTAAGGCTATTAGAAT
126 TTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * * *
37107 AATTATCTATTTCAACTCGCTCTGACCTTT-TATTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTGT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAC
* * * *
37171 AAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTGAAAAATTCATAAATAAGAAATT
64 AAGCTTATTTGG-ATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATT
* * *
37235 TGAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-TAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
127 T-AAAAAATAAATCTATTTATCGAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* ** * *
37289 AATTATCTATCTCAAATTATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCTTTCATACAA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAA
* * *
37354 GCATATTTGGATCAAAATAATATTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAAATAAGTAAG-AATTT
66 GCTTATTTGGAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT-AATAAGTAAGAAATTT
* * * * * * **
37417 -AGAATTAAATATGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAGGACTATAAGAAT
128 AAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * *
37468 AATTACCTATTTCAAATCATTTTGATGTTTCATTTAGTCAT-AAACAATTATTTCAGTTT-ATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTTCATAC
* * * *
37531 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTTACTTATTAA-CTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTT
64 AAGCTTATTTGG-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAA-TT
* ** * * *
37595 TAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAACAAGTTCAAATAAATATAACTATTTAAAC
127 TAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * * * *
37648 AATTATTTATTTAAAATTGCTATGA-CTTTTTTTTTATCATAAAACAATTATTTTAGTTCATA-A
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACA
* ** * * * * * *
37711 ATACTTATCCGAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTT
65 A-GCTTATTTG-GATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT
* * * * * *
37776 AAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAAT
128 AAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * *
37828 AAATATCAATCTCACAT-GATTATTATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-TGATCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCG-TTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATAC
* * * * ** * *
37891 AAGCTGATTCGGATAAAAATAATACTAATTTAATATTATTTTGAAAATTAATATGTAAGAGATTT
64 AAGCTTATTTGGAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT
* * * * * * * *
37956 AAAAAATAAATGTGTTTACCAAATCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAAT
128 AAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * * * *
38008 AATTATCTATTTCAAATCGGTCTAACCTTTTGTTTAGTAATAAAATAATTGTTTCAATTCAAACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACA
* * * * *
38073 AGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTGAAAAATTAATATGCAAGAGATTT
65 AGCTTATTTGG-ATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT
* * * *
38137 GAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTCTTTGAAC
128 -AAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * *
38190 AATTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACA
** **** * * * * *
38255 AATTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAGATCAATAAGTAA-AAGATTT
65 AGCTTAT-TTGGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTT
* * * * * * *
38319 TAAAAATAAAACAATTTATCGAATCACTTCAAATAATTATAACTATTTGAAT
128 AAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * *
38371 AATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
38425 TTCAACATAC
Statistics
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0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAA
GCTTATTTGGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAA
AAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
Found at i:37995 original size:901 final size:901
Alignment explanation
Indices: 36287--38420 Score: 2726
Period size: 901 Copynumber: 2.4 Consensus size: 901
36277 TATTGAAAAT
* * *
36287 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG-AAAATT-T-ATAAGAGATTT-AAAAACTAAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAA-CTTTTGAAAAATTATAATAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGT
* * * *
36348 TTATCTAACCAGCTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTTTTATGAACT
65 TTATCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGAACT
* * * *
36413 TTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATTTCAGATTAAAATAATACTGATTT
129 TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCTTTCATACAAGCATTTCAGATCAAAATAATACTAATTT
*
36478 AATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATACATTTGTTGAACCAATTCA
194 AATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATACATTTGTCGAACCAATTCA
* * * ** **
36543 AATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTCTGAACTTTTGTTTAGTCATAAA
259 AATAGTTAAGACTATAAGAATAATTACCTATTTCAAATCATTCTGAACTTTCATTTAGTCATAAA
* * * *
36608 ACAATTATTTCAGTTTATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAA
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* * * * *
36673 AGTTAGTAACCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGATAAGAGT
389 AATTAATAACCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAAATAAGACT
* * * *
36738 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAACTGTTAAAACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCA
454 ATTTAAACAATTATCTATTTAAAACTGCTAAAACCTTTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTTCA
* * * * * *
36803 GTTTATAAAAACTTACTTGACATAAACTAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAATTATGAAGTA
519 GTTCATAAAAACTTACTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATGAAGCA
* *
36868 AGAAATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAAATAT
584 AGAAATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAAATAT
* * *
36933 CAATCTTAAATCGTTATGATAATTGTTTTGTCATAAAGTAATTGCTTTTGATCATATAAGCTGAT
649 CAATCTCAAATCGTTATGATAATTGTTTTGTCATAAAATAATTGCTTTTGATCATACAAGCTGAT
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714 TCGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* ** * * * *
37063 AATTTATTTACTGAATTAGTTTGAATAGTTAAGGCTATTAGAATAATTATCTATTTCAACTCGCT
779 AATGTATTTACCAAATCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGCT
* * *
37128 CTGACCTTTTATTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAA-AAGCTTATTTGGAAG
844 CTAACCTTTTATTTAGTAATAAAATAATTGTTTCAATTCA-AACAAGCTTATTTGGAAG
*
37186 AAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTCATAAATAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTG
1 AAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATT-AT-AATAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTG
* *
37251 TTTATCGAATAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATC
64 TTTATCGAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGAAC
** *
37316 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCTTTCATACAAGCATATTTGGATCAAAATAATATTAAT
128 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCTTTCATACAAGCAT-TTCAGATCAAAATAATACTAAT
* * * ** *
37381 TTAATAATATTCTAAAAATTAAATAAGTAAGA-ATTT-AGAATTAAATATGTTTGTCGAACCAGT
192 TTAATAATATTCCAAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATACATTTGTCGAACCAAT
* * **
37444 TCAAATAGTTAGGACTATAAGAATAATTACCTATTTCAAATCATTTTGATGTTTCATTTAGTCAT
256 TCAAATAGTTAAGACTATAAGAATAATTACCTATTTCAAATCATTCTGAACTTTCATTTAGTCAT
* * *
37509 -AAACAATTATTTCAGTTTATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTTACTTATTAAC-TTTC
321 AAAACAATTATTTCAGTTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTAACTTTTC
*
37572 AAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAAATATA
386 AAAAATTAATAACCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAAATA-A
* * ** *
37637 -ACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATTGCTATGA-CTTTTT-TTTTATCATAAAACAATTAT
450 GACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAACTGCTAAAACCTTTTTGTTTTATAATAAAACAATTAT
* * * *
37699 TTTAGTTCATAAATACTTA-TCCGAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATT
515 TTCAGTTCATAAAAACTTACT-CGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATG
*
37763 AAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAAT
579 AAGCAAGAAATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTT-AACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAAT
* * **
37828 AAATATCAATCTCACAT-GATTATTATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCTGATCATAC
643 AAATATCAATCTCAAATCG-TTATGATAATTGTTTTGTCATAAAATAATTGCTTT-TGATCATAC
* ** * *
37891 AAGCTGATTCGGATAAAAATAATACTAATTTAATATTATTTTGAAAATTAATATGTAAGAGATTT
706 AAGCTGATTCGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
*
37956 AAAAAATAAATGTGTTTACCAAATCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTC
771 AAAAAATAAATGTATTTACCAAATCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTC
* *
38021 AAATCGGTCTAACCTTTTGTTTAGTAATAAAATAATTGTTTCAATTCAAACAAGCTTATTTGGAA
836 AAATCGCTCTAACCTTTTATTTAGTAATAAAATAATTGTTTCAATTCAAACAAGCTTATTTGGAA
38086 G
901 G
38087 AAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTA-ATATGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCT
1 AAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTATA-AT--AAGAGATTTGAAAAAATAAATCT
* * * * * **
38151 ATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTCTTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAA
63 GTTTATCGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGAA
* * *** * *
38216 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-AA-AATTTATCCAAAAT-AAAATAATA
127 C-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCTTTCATACAAGCA-TT-T-C-AGATCAAAATAATA
* * * ** * * * * *
38278 TTACTTTATTAATATTTTAAAGATCAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAA-ACAATTTATCGAA
187 CTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAC-ATTTGTCGAA
* * * ** * * * * **
38342 TCACTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTT
251 CCAATTCAAATAGTTA-AGACTATAAGAATAATTACCTATTTCAAATCATTCTGAACTTTCATTT
*
38406 TGTCATAAAACAATT
315 AGTCATAAAACAATT
38421 GTTTTTCAAC
Statistics
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0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
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899 30 0.03
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (901 bp):
AAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTATAATAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTT
TATCGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGAACTTT
ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCTTTCATACAAGCATTTCAGATCAAAATAATACTAATTTAA
TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATACATTTGTCGAACCAATTCAAA
TAGTTAAGACTATAAGAATAATTACCTATTTCAAATCATTCTGAACTTTCATTTAGTCATAAAAC
AATTATTTCAGTTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTAACTTTTCAAAAA
TTAATAACCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAAATAAGACTAT
TTAAACAATTATCTATTTAAAACTGCTAAAACCTTTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTTCAGT
TCATAAAAACTTACTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATGAAGCAAG
AAATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAAATATCA
ATCTCAAATCGTTATGATAATTGTTTTGTCATAAAATAATTGCTTTTGATCATACAAGCTGATTC
GGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
TGTATTTACCAAATCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGCTCT
AACCTTTTATTTAGTAATAAAATAATTGTTTCAATTCAAACAAGCTTATTTGGAAG
Found at i:38382 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 38350--38382 Score: 50
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38340 AATCACTTCA
38350 AATAATTATAACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
38368 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
38383 CAAATCATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:38492 original size:67 final size:66
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Indices: 38384--38520 Score: 220
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38374 TATCTATTTC
*
38384 AAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTTAAA
1 AAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCAACATACAAGCTTATTTTAAA
38449 TA
65 TA
* * * *
38451 AAATCGTTATTTCCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGAACATACAAGCTTATTTTATAT
1 AAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACATACAAGCTTATTTTAAAT
38516 A
66 A
38517 AAAT
1 AAAT
38521 AATACTAATT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 5, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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AAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACATACAAGCTTATTTTAAAT
A
Found at i:39363 original size:359 final size:358
Alignment explanation
Indices: 38583--40473 Score: 889
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38573 CTGTTTACTA
* * * ** **
38583 AACCAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAATTTGTTATAATATTTTGTT
1 AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
** * * *
38648 CTGTCATAAAATAATTATTTTCGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAGTAATACAAAATTAAAA
66 -TGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAAATTAAAA
* * * * *
38713 ATATTCTAAAAATCATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTGCTGAACAAGTTAAAACAA
130 AGATTATAAAAATAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTGCTAAACAACTTAAAACAA
* ** *
38778 TTAAAACTATATGAAGAATTATCTATTTTAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAGAAAT
195 TTAAAACTATATGAACAATTATCTATTGCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGAAAT
** * * * *** *
38843 TATTTCAGCTCATCTAAGTTCATTCGTAATAAAATAAAACTAATTTTTTAATATTTCAAAATTTA
260 TATTTCAGCTCATCTAACCTCATTCGGAATAAAACAAAACAAATTGACTAATATTTCAAAAATTA
* *
38908 AAAGTTAGAGATTTAAAAAAAAAATTATTTGTTG
325 AAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATTATTTGTCG
* * *
38942 AACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTCAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-T
1 AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
* * ** * *
39006 TGTCATAAAATAATTATTTTTTTTCATACGAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC-TAATCTAATA
66 TGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAAAT-TAAAA
* * * ** * * * *
39070 AGATTATGACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTGGTCAAACCACTTCAAAT
130 AGATTAT-AAAAATAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTGCT-AAACAACTTAAAAC
* * * * *
39134 AGTTAAGGA-TGTATGAACAATTATCTATTGCAAATTGTTATGGCCTTTTAG-TTTGTCGTAAA-
193 AATTAA-AACTATATGAACAATTATCTATTGCAAATTGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAG
* *
39196 ACAATT-TTTCAG-TGCTTACTAACCT-ATTTGGAATAAAACAAAACAAATTGACTAATATTTCA
256 A-AATTATTTCAGCT-CAT-CTAACCTCATTCGGAATAAAACAAAACAAATTGACTAATATTTCA
* *
39258 AAAATTATTAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAATTATGTTTGTCG
318 AAAATTA-AAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATTA--TTTGTCG
* *
39301 AACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTT
1 AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-T
* * * * * * *** * *
39366 TTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTTGTAATCAACTAAT-----ATT----
65 TTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAAATTAAAA
** * * * * **
39422 A-ATT-T----ATAAT-A-T------TTT-AAAAATAAATTTGTTT-ATCAAACTAGTTCAATTA
130 AGATTATAAAAATAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTGCT-AAACAACTTAAAACA
* * * * * * ** *
39471 GTTATAACTCTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAA-ACA
194 ATTAAAACTATATGAACAATTATCTATTGCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGA-A
* * * ** * ** ** * * * **
39535 ATTGTTTCTA-TTCATATAGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAA
258 ATTATTTC-AGCTCATCTAACCTCATTCGGAATAAAACAAAACAAATTGACTAATATTTCAAAAA
** *** *
39599 TTAATAAGTAA-AGGATTTAGGAAATGTATT-TGTTGGCTTG
322 TTAA-AAGTAAGA-GATTTAAAAAAAAAATTAT-TT-G-TCG
* * * * *
39639 -ACCAATGCAAATAATTATGACTGTTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
1 AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-T
* * * * ** * * * * * **
39703 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTGTACAAGCTTATTCAGAATAATATAATTCTAATTTATTA
65 TTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAAATTAAAA
* ** * * * * * * *
39768 ATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTA-TTT-ATCGAACAAGTTCAAA
130 AGATTATAAAAA-TAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTGCT-AAACAACTTAAAA
* * * * * * *
39831 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAA-A
192 CAATTAAAACTATATGAACAATTATCTATTGCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGA
* * * * * * * * * * *
39895 CAATTGTTTCTA-TTCATAC-AAGCTTATTCTGAATAAAATAATATAAACTGACTAATAATCCAA
257 -AATTATTTC-AGCTCAT-CTAACCTCATTCGGAATAAAACAAAACAAATTGACTAATATTTCAA
* * * *
39958 CAATTAATAAGCAA-AAATTT-AAAAATAAATCTATTT-TCTG
319 AAATTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAAT-TATTTGTC-G
* * * * *
39998 AACGC-GTTGAAATAGTTCTGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTAG
1 AAC-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-G
** * * * * * ** * *
40061 TTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTACTCAGAATAAAA-AATATTAATTTATT
64 TTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAAATTA-A
** * * * *** * **
40125 AAA-ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCA-TTTACCAAGTGAGTCCAA
128 AAAGATTATAAAAA-TAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-CAGTTTGCTAAACAACTTAAA
* * ** * * * * * *
40188 ATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAA-
191 ACAATTAAAACTATATGAACAATTATCTATTGCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAG
* ** * * * * * * *
40252 ACAATTATTTCTA-TTCATAC-AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCA
256 A-AATTATTTC-AGCTCAT-CTAACCTCATTCGGAATAAAACAAAACAAATTGACTAATATTTC-
** * * ** *
40314 AAAAATT---AGTTGGA-AGTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
317 AAAAATTAAAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAAAAAT-TATTTGTCG
* * * * * * * * * *
40354 AACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTACCAATTTTAAATCATTATGACATTTTGTT
1 AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-T
* * * ** * *
40419 TTGTCGTAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATAC
65 TTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
40474 TAATTTATTA
Statistics
Matches: 1218, Mismatches: 243, Indels: 143
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
335 3 0.00
336 83 0.07
337 156 0.13
338 10 0.01
342 2 0.00
343 1 0.00
344 1 0.00
345 4 0.00
346 1 0.00
347 3 0.00
350 1 0.00
351 3 0.00
352 2 0.00
353 4 0.00
354 4 0.00
355 5 0.00
356 37 0.03
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362 145 0.12
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
TGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAAATTAAAAA
GATTATAAAAATAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTGCTAAACAACTTAAAACAAT
TAAAACTATATGAACAATTATCTATTGCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGAAATT
ATTTCAGCTCATCTAACCTCATTCGGAATAAAACAAAACAAATTGACTAATATTTCAAAAATTAA
AAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAATTATTTGTCG
Found at i:39434 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 38451--39442 Score: 680
Period size: 180 Copynumber: 5.5 Consensus size: 178
38441 ATTTTAAATA
* * * * * *
38451 AAATCGTTATTTCCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGA-ACATACAAGCTTATTT-TAT
1 AAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTTTCATTCATATAAGCTTATTTGTA-
* * * * *
38514 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T-T-AGTATGAGATTCAAAAAATAAATCTG
64 ATAAAATAATACTAATTTA-TAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATG
* * * *
38576 TTT-ACTAAACCAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTC
128 TTTGTC-GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** * * * * * ***
38627 AATTTGTTATAATATTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTTCGTTCATATAAGTTTATTCAAAA
1 AAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTTTCATTCATATAAGCTTATTTGTAA
* * * * * * * *
38692 TAAAGTAATACAAAATTA-AAAATATTCTAAAAATCATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCA-
65 TAAAATAATACTAATTTATAATAT-TTC-AAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTAT
* * * ** * * *
38755 GTTTG-CTGAACAAGTTAAAACAATTAAAACTATATGAAGAATTATCTATTTT
127 GTTTGTC-GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
38807 AAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAGAAATTATTTCAGCTCATCTAAG-TTCATTCGT
1 AAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTCA-TTCATATAAGCTT-ATTTGT
* * * * * *
38870 AATAAAATAAAACTAATTTTTTAATATTTCAAAATTTAAAAGTTAGAGATTTAAAAAAAAAATTA
63 AATAAAATAATACTAA-TTTATAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAATTA
* * * *
38935 --TTTGTTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTCAACAATTATATATTTC
126 TGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * ** *
38986 AAATCATTATAACCTTTTG--TTGTCATAAAATAATTATTTTT-TTTCATACGAGCTTATTTGAA
1 AAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--ATTTTTCATTCATATAAGCTTATTTGTA
* * * * *
39048 ATAAAATAATACTAATCTAATAAGATTAT-GACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
64 ATAAAATAATACTAAT-TTATAATATT-TCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATT
* * * * * * *
39112 -T-TTTGGTCAAACCACTTCAAATAGTTAAGGA-TGTATGAACAATTATCTATTGC
125 ATGTTT-GTCGAACCAGTTCAAATAATT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* ** * * * * *
39165 AAATTGTTATGGCCTTTTAG-TTTGTCGTAAAAC-AATTTTTCAGTGCTTACTAA-CCTATTTGG
1 AAATCGTTATTACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAAATTTTTCA-TTCATA-TAAGCTTATTTGT
* * * *
39227 AATAAAACAAAACAAATTGACTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTA
63 AATAAAATAATACTAATTTA-TAATATTTCAAAAATTA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTA
*
39292 TGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTC
126 TGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
39345 AAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTTGTAA
1 AAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTTTCATTCATATAAGCTTATTTGTAA
* * * *
39410 TCAACTAATATTAATTTATAATATTTTAAAAAT
65 TAAAATAATACTAATTTATAATATTTCAAAAAT
39443 AAATTTGTTT
Statistics
Matches: 616, Mismatches: 158, Indels: 80
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.01
176 36 0.06
177 81 0.13
178 35 0.06
179 132 0.21
180 267 0.43
181 52 0.08
182 9 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTCATTCATATAAGCTTATTTGTAAT
AAAATAATACTAATTTATAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTT
GTCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
Found at i:39581 original size:156 final size:157
Alignment explanation
Indices: 39276--39599 Score: 411
Period size: 156 Copynumber: 2.1 Consensus size: 157
39266 TAAGTAAGAG
* * * * *
39276 ATTTAAAAAATAATTATGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTA
1 ATTTTAAAAATAATTATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
39341 TTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTT
66 TTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATATAAGTTTATTC
* * *
39406 GTAATCAACTAATATTAATTTA-TAAT
131 GGAATAAACTAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
39432 ATTTTAAAAATAAATT-TGTTTATCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTCTTTGAACAATTATTT
1 ATTTTAAAAAT-AATTATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCT
*
39496 ATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAT-AGTCTTAT
65 ATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATATAAGT-TTAT
* *
39560 TCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAAT
129 TCGGAATAAACTAATACTAATTTATTAAT
*
39589 ATTTTGAAAAT
1 ATTTTAAAAAT
39600 TAATAAGTAA
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 22, Indels: 5
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
155 3 0.02
156 122 0.85
157 18 0.13
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (157 bp):
ATTTTAAAAATAATTATGTTTATCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATATAAGTTTATTC
GGAATAAACTAATACTAATTTATTAAT
Found at i:39895 original size:518 final size:514
Alignment explanation
Indices: 38946--39912 Score: 1167
Period size: 517 Copynumber: 1.9 Consensus size: 514
38936 TTGTTGAACC
38946 AGTTCAAATAATTATAACTATTTCAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTGTCA
1 AGTTCAAATAATTATAACTATTTCAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTGTCA
* * * *
39011 TAAAATAATTATTTTTTTTCATACGAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAAGATTA
66 TAAAACAATTATTTCTATTCATACGAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAAGATTA
* * * * *
39076 TGACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTGGTCAAACCACTTCAAATAGTTAAG
131 TGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTGGTCAAACCAATGCAAATAATTAAG
** * *
39141 GATGTATGAACAATTATCTATTGCAAATTGTTATGGCCTTTTAGTTTGTCGTAAAACAATTTTTC
196 GATGTATGAACAATTATCTATTGCAAATCATTATGACCTTTTAGTTTGTCATAAAACAATTTTTC
** * *
39206 AGTGCTTACTAACCTATTTGGAATAAAACAAAACAAATTGACTAATATTTCAAAAATTATTAAGT
261 AGTGCTTACTAACCTATTCAGAATAAAACAAAACAAATTGACTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
39271 AAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATT
326 AAAAGATTTAAAAAATAATTA-GTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATT
* *
39336 ATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTT
390 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATATAAGTT
39401 TGTTTGTAATCAACTAATATTAATTTATAATATTTTAAAAATAAATTTGTTTATCAAACT
455 TGTTTGTAATCAACTAATATTAATTTATAATATTTTAAAAATAAATTTGTTTATCAAACT
* * * * * * *
39461 AGTTCAATTAGTTATAACTCTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAATTATAACTATTTCAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACC-TTT-TGTTGT
* * * * * * * *
39526 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-TAGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA
64 CATAAAACAATTATTTCTATTCATACGAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAAGA
* * ** ** **
39590 TTTTGAAAATTAATAAGTAA-AGGATTTAGGAAATGTATTTGTTGG-CTTGACCAATGCAAATAA
128 TTATGAAAATTAATAACTAAGA-GATTTAAAAAATAAATTTGTTGGTC-AAACCAATGCAAATAA
* * * *
39653 TT-ATGACTGTTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACA
191 TTAAGGA-TGTATGAACAATTATCTATTGCAAATCATTATGACCTTTTAG-TTTGTCATAAAACA
* * * * * ** * * *
39716 ATTGTTTCTGT-TTGTAC-AAGCTTATTCAGAATAATATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAA
254 ATT-TTTCAGTGCT-TACTAA-CCTATTCAGAATAAAACAAAACAAATTGACTAATATTCCAAAA
* *
39779 ATTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTA-TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
316 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAT-TAGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATAACTA
* * *
39843 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTAT
379 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTAT
39908 TCATA
444 TCATA
39913 CAAGCTTATT
Statistics
Matches: 374, Mismatches: 66, Indels: 21
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
515 48 0.13
516 11 0.03
517 155 0.41
518 155 0.41
519 3 0.01
520 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (514 bp):
AGTTCAAATAATTATAACTATTTCAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTGTCA
TAAAACAATTATTTCTATTCATACGAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAAGATTA
TGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTGGTCAAACCAATGCAAATAATTAAG
GATGTATGAACAATTATCTATTGCAAATCATTATGACCTTTTAGTTTGTCATAAAACAATTTTTC
AGTGCTTACTAACCTATTCAGAATAAAACAAAACAAATTGACTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
AAAAGATTTAAAAAATAATTAGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTA
TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATATAAGTTT
GTTTGTAATCAACTAATATTAATTTATAATATTTTAAAAATAAATTTGTTTATCAAACT
Found at i:40079 original size:178 final size:179
Alignment explanation
Indices: 39461--41143 Score: 1291
Period size: 181 Copynumber: 9.4 Consensus size: 179
39451 TTATCAAACT
* * * * * *
39461 AGTTCAATTAGTTATAACTCTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
39526 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-TAGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCTGAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATA
*** * ** ** * * ** *
39590 TTTTGAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAGGAAATGTATTTGTTGGCTTGACCA
129 TTCCAAAAATTAATAAGTAAA-AATTTAAAAAATAAATCTATTTTC-TGAACA
* * * * *
39643 A-TGCAAATAATTATGACTGTTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * * *
39707 CATAAAACAATTGTTTCTGTTTGTACAAGCTTATTCAGAATAATATAATTCTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAA-TATAATTTATTAATAT
* *
39772 TCCAAAAATTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATC-GAACA
130 TCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTGAACA
*
39823 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
39888 TATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATATAAACTGACTAATAA
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATAT
* * *
39953 TCCAACAATTAATAAGCAAAAATTT-AAAAATAAATCTATTTTCTGAACG
130 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACA
* * *
40002 CGTTGAAATAGTTCTGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTAG-TTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTG
* * * * * * *
40065 TCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTACTCAGAATAAAA-AATATTAATTTATTAAAA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA
* * * **
40129 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCATTTAC-CAAGTG
129 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAA-CA
* * * * * *
40181 AGTCCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* *
40246 CATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATA
* * ** * * * **
40310 TTCAAAAAATTAGT---TGGAAGTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA
129 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACA
* * * * * * * * * *
40358 AGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTACCAATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * **
40423 CGTAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCT-GAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA
* * * * *
40487 TTTCAAAAATTAATAAG------CTTAAAAATTAAATCTATTTAT-TGGACC
129 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTGAACA
* * * * * * * *
40532 GGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGGTATGAGC-TTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * ** *
40596 CATGAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATT-TGGAGT-AAATATTGCTAAACTAATAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCT-GAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATA
* * * * ** *
40659 TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATGTGTTTGATGAACT
129 TTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACA
* * * * * *
40710 AGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGA-CTATTT-TTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTT-
* * * * * *
40773 GTTATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACATGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTATTTTTTTA
64 GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCTG-AATAAAATAATA-TAATTTATTA
* * * * * **
40836 A-ACATCCAAAAAATTAATAAGCAAGGAATTTAAAAAA-AAAT-T-TGCTGCCAAACA
126 ATA-TTCC-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTAT-TTTCTGAACA
* * * * * *
40890 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGGCCTTTTG-TCTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * ** * *
40954 CATAAAATAATTG-TTC-AGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATTAAATAATAATACTTTATTAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATA
* * * ** *
41017 TTTCAAAAATTTAGAAGTTGTAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATC-GAATCA
129 TTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATCTA-TTT-TCTGAA-CA
* * * * * * *
41070 A-CTCAAATAGTTATGGCTGTTTGAACAATTATCTAATTCAAATCATTATGAACTTTTCTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
*
41134 CATCAAACAA
66 CATAAAACAA
41144 GCCTATTTGG
Statistics
Matches: 1195, Mismatches: 251, Indels: 112
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 31 0.03
173 44 0.04
174 56 0.05
177 191 0.16
178 203 0.17
179 172 0.14
180 169 0.14
181 319 0.27
182 10 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATATAATTTATTAATATT
CCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACA
Found at i:40480 original size:358 final size:359
Alignment explanation
Indices: 39432--41143 Score: 1315
Period size: 358 Copynumber: 4.8 Consensus size: 359
39422 AATTTATAAT
* *** * * * * *
39432 ATTTTAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTCTTTGAACAATTATTTA
1 ATTTAAAAAATAAATCCATTTATCCAACAAGTCCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTA
* * *
39497 TTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-TAGTCTTATT
66 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGT-TTATT
* * *** * ** **
39561 CGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAGGAAATGT
130 C-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAG-TTTAAAAAATAA
* ** * * * * *
39626 ATTTGTTGGCTTGACCAA-TGCAAATAATTATGACTGTTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATT
192 ATCTGTTTAC-TGAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
** * *
39690 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTTGTACAAGCTTATTCAGAATAATATAA
256 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAA
* *
39755 TTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAG
321 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * *
39794 ATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCCATTTATCCAACAAGTCCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTA
* *
39859 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
66 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTC
* * * * * * *
39924 TGAATAAAATAATA-TAAACTGACTAATAATCCAACAATTAATAAGCAAAAATTT-AAAAATAAA
131 -GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAGTTTAAAAAATAAA
* * ** * * *
39987 TCTATTTTCTGAACGCGTTGAAATAGTTC-TGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
193 TCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA-ATCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * *
40050 TGACCTTTTAG-TTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATA-AAAGCTTACTCAGAATAAAA-A
257 TGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAA-CTTATTCAGAATAAAATA
* *
40112 ATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG
320 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG
** * * *
40152 ATTTAAAAAATAAATCCATTTA-CCAAGTGAGTCCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTT
1 ATTTAAAAAATAAATCCATTTATCCAA-CAAGTCCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTT
* * *
40216 ATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATT
65 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT
* * *
40281 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAGT-TG-GAAGTTTAAAAAATAAAT
130 CG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAAGTTTAAAAAATAAAT
** * * * * * *
40344 CTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTACCAATTTTAAATCATTATG
194 CTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
40409 ACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATAC
259 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATAC
*
40474 TAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-T--AAG
324 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * *** ** * * *
40504 -CTTAAAAATTAAATCTATTTATTGGACCGGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCCATTTATCCAACAAGTCCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTA
* * * * * * **
40568 TCTCAAATTGGTATGAGC-TTTGTTTTATCATGAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTT
66 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TT
* * * * ** * * *
40632 GGAGT-AAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAA
130 CGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAG-TTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * ** *
40695 TGTGTTTGA-TGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTT
193 TCTGTTT-ACTGAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * ** *
40759 TGA-CTATTT-TTTTAGTTATAAAATAATTATTTCAGTTCATACATGCTTATT-TGAAATAAAAT
257 TGACCT-TTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCAG-AATAAAAT
* * * * *
40821 AATACTATTTTTTTAA-ACATCCAAAAAATTAATAAG-CAAGG
319 AATACTAATTTATTAATA-TTCC-AAAAATTAATAAGTAAAAG
** * *
40862 AATTTAAAAAA-AAAT---TTGCTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
1 -ATTTAAAAAATAAATCCATTTAT-CC-AACAAGTCCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * *
40923 TTATTTAAAATTGTTATGGCCTTTTG-TCTATCATAAAATAATTG-TTC-AGTTTATAAAAGCTT
63 TTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTT
* * * * * * * ***
40985 ATCCAAAATTAAATAATAATACTTTATTAATATTTC-AAAAATTTAGAAGTTGTAGATTTAAAAA
127 ATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAG-AAAAG-TTTAAAAA
* * * * * *
41049 ATAAAT-TAGTTTA-TCGAATCAA-CTCAAATAGTTATGGCTGTTTGAACAATTATCTAATTCAA
188 ATAAATCT-GTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * *
41111 ATCATTATGAACTTTTCTTTTGTCATCAAACAA
250 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
41144 GCCTATTTGG
Statistics
Matches: 1070, Mismatches: 232, Indels: 99
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
349 29 0.03
350 41 0.04
351 72 0.07
352 117 0.11
353 9 0.01
354 2 0.00
355 10 0.01
356 40 0.04
357 91 0.09
358 308 0.29
359 159 0.15
360 37 0.03
361 5 0.00
362 148 0.14
363 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
ATTTAAAAAATAAATCCATTTATCCAACAAGTCCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTA
TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTC
GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAAGTTTAAAAAATAAATCT
GTTTACTGAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG
Found at i:42054 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 41655--42939 Score: 1135
Period size: 181 Copynumber: 7.1 Consensus size: 181
41645 ATTAATTTTT
*** * ** * * * * * * *
41655 CTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAATAAGTGAGTTAAAAATTGAATCTGTTTATCGAAT
1 CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAAC
** * ** * *
41720 AAGTTGTAATAGTTATGACTATTTGAATAATTCCCTATTTC-AA-TCGCTATAACCTTTTGTTTT
66 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC-TTATGACCTTTTGTTTT
* ** * * * *
41783 GTCATTAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTC-AATTAAAATATTA
130 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATA
* * * * * *
41835 CAAATTTATTAATA--TTCAAATGACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGA
1 CTAATTTATTAATATTTTGAAA--ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGA
* * * *
41898 ATAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACTTTTTGTTT
64 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTT
* * ** *
41963 TGTCATAAAACAATTGTTTTTGCTT-ATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATA
129 TGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* ** * * * *
42016 TTAATTTATTAATATTTTGACTATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
1 CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAAC
** * * * * *
42081 AAGTTCAAATAGGCATAACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAA-TCGTTGTGACCTTTTGTTTC
66 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC-TTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
42145 ATAATAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATA
130 GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * * * * ** *
42197 CTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAATTGATTCTATTTTTCGATC
1 CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAAC
* * *
42262 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTTT
66 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATGACCTTTTG-TTTT
* * * * **
42327 ATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAGTCTGAATAAAATAATA
130 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * ***
42379 -TAAATTTATTAATATTCT-AGAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAATAAATCTATTTTTTGA
1 CT-AATTTATTAATATTTTGA-AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGA
* **
42440 ACACA-TTCAAATAGTTATGA-TAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGT
64 ACA-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGT
** * **
42503 TTTGTCATAATCCAATTGTTT-TATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATA
127 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
*** * * * *
42557 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGC
1 CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAAC
* * * ** * *
42622 AAGTTCAAATAGTTATCACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATTATCTTTTGTTTTG
66 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
42687 TTATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA
131 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * ** * * *
42738 TTGATTTATAAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTGCCGAAC
1 CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAAC
* * * * ** *
42803 AAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTAGTTCAAA-TCATTATGACCTCCTATTTT
66 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC-TTATGACCTTTTGTTTT
* * ** * *
42867 GTCATAAAACAATTATTTCTATTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATA
130 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
*
42919 CTAATATATTAATATTTTGAA
1 CTAATTTATTAATATTTTGAA
42940 GATTTAGCTT
Statistics
Matches: 900, Mismatches: 179, Indels: 51
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 60 0.07
179 26 0.03
180 247 0.27
181 483 0.54
182 80 0.09
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
CTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAAC
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTG
TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
Found at i:42492 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 42445--42494 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
42435 TTTGAACACA
42445 TTCAAATAGTTATGATAAT
1 TTCAAATAGTTATGATAAT
* * *
42464 TT-GAATAATTAT-CT-AT
1 TTCAAATAGTTATGATAAT
42480 TTCAAATAGTTATGA
1 TTCAAATAGTTATGA
42495 CCTTTTGTTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 6, Indels: 5
0.68 0.18 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.17
17 9 0.39
18 8 0.35
19 2 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (19 bp):
TTCAAATAGTTATGATAAT
Found at i:42761 original size:541 final size:539
Alignment explanation
Indices: 41655--42934 Score: 1373
Period size: 541 Copynumber: 2.4 Consensus size: 539
41645 ATTAATTTTT
* ** * * *
41655 CTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAATAAGTGAGTTAAAAATTGAATCTGTTTATCGAAT
1 CTAATTTATAAATATTCTGAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAATTGAATCTGTTTATCG-AT
** * ** * * *
41720 -AAGTTGTAATAGTTATGACTATTTGAATAATTCCCTATTTC-AATCGCTATAACCTTTTGTTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTAGTTTT
* * * * * * * *
41783 GTCATTAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTCAATTAAAATATTACAAATTTATTAAT
129 GTCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAA-TAAAATAATATAAATTTATTAAT
* * *
41848 ATTCAAATGACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGC
193 ATTCAAA-GACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGC
* * *
41913 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
257 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATACTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * *** ** *
41978 GTTTTTGCTTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACTATTAA
322 GTTTTT-CTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAA
* *
42043 TAAGCAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGGCATAACTATTTGAA
386 TAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGGCATAACTATTTGAA
* * *
42108 TAATTATCCATTTCAAATCGTTGTGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTATCAGTTCATAT
451 CAATTATCCATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTATCAGTTCATAT
*
42173 AGGCTTATTCAAAATAAAATAATA
516 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * *
42197 CTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAATTGATTCTATTTTTCGATC
1 CTAATTTATAAATATTCTGAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAATTGAATCTGTTTATCGATC
* *
42262 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTTT
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTAG-TTTT
* * *
42327 ATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAGTCTGAATAAAATAATATAAATTTATTAAT
129 GTCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAAT
* * ***
42392 ATTCTAGAA-ATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAATAAATCTATTTTTTGAACACA-TTCAAATA
193 ATTC-A-AAGACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA-AGTTCAAATA
* * * **
42453 GTTATGA-TAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAATCCA
255 GCTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATACTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
*
42517 ATTGTTTTAT-TCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
319 ATTGTTTT-TCTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT
* * * ** * *
42581 AAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAGCAAGTTCAAATAGTTATCACTGTT
383 AAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGGCATAACTATT
** * * ** * * *
42645 TGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATTATCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTA-TT
447 TGAACAATTATCCATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTATC-AGTT
*
42709 CATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA
511 CATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * * * * ** *
42738 TTGATTTATAAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTGCCGAAC
1 CTAATTTATAAATATTCTGAAAATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAATTGAATCTGTTTATCGATC
* * * * * *
42803 AAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATCATTATGACCTCCTA-TTTT
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTAGTTTT
* *
42867 GTCATAAAACAATTATTTCTATTCATGCAAAA--TTATTTAGAATAAAATAATACT-AATATATT
129 GTCATAAAATAATTATTTCTATTCAT--AAAAGCTTATTT-GAATAAAATAATA-TAAATTTATT
42929 AATATT
190 AATATT
42935 TTGAAGATTT
Statistics
Matches: 615, Mismatches: 106, Indels: 36
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
539 2 0.00
540 58 0.09
541 275 0.45
542 183 0.30
543 20 0.03
544 70 0.11
545 5 0.01
546 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (539 bp):
CTAATTTATAAATATTCTGAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAATTGAATCTGTTTATCGATCA
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTAGTTTTGT
CATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT
CAAAGACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGCTATG
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATACTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
TTCTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGC
AAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGGCATAACTATTTGAACAATT
ATCCATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGTATCAGTTCATATAAGCT
TATTCAAAATAAAATAATA
Found at i:43843 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 43528--44355 Score: 684
Period size: 182 Copynumber: 4.6 Consensus size: 180
43518 TATAATAATT
** * * * * *
43528 TTATCTATTTCAAATTGTTATTA-CTTTTTGTTTTATCATAAACTAATTGTTTCTATTCATAAAA
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TATTG-TTTGTCATAAAAT-ATTGTTTCTATTCATACAA
* * * * ** *
43592 GCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAA
63 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAAATTTAA
* *
43657 AAAATAAATCTATTTAACCT-AGCAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
128 AAAATAAATCTATTTAA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
* *
43710 TTTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTATTGTTTGTCATAAAGCATA-TGTTTCTATTCATACAA
1 -TTATCTATTTCAAATCATTATGATCTATTGTTTGTCATAAA--ATATTGTTTCTATTCATACAA
*
43774 GTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAAATTTAA
63 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAAATTTAA
* * * * * ** *
43839 AAAATAAATCTATTTAA-TGAATAAGTTCAAATAATCATGTCTATTGGAACTA
128 AAAATAAATCTATTTAACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
* * * **
43891 TTATCTATTTCAAATCATTATGA-C-A-T-TTTGT-TTACAA-ATTGTTTTTATTCATACAAAAT
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGATCTATTGTTTGTCATAAAATATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * *
43950 TA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTCATATT-TCAAAAATTAATAA---G-AGATTTAAA
66 TATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTGAAAATTTAAA
* ** * *
44009 AACTAAATCTGCTT-ATTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
129 AAATAAATCTATTTAACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
* * * * * *
44060 TTATTTATCTCAAATCATTATGAT-TTTTGTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTTATACAAGC
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGATCTATTGTTTGTCAT-AAAATATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * ** * * *
44124 TTATTT-AGAGTAAAATATTGCTAAAATAATAATATTTTAAAAATTAATAA-CT-AAGAGATTTA
65 TTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAA-A-ATTTA
* * * * * * *
44186 AAAAATAAATATGTTT-GCTAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTTTTGAACAA
127 AAAAATAAATCTATTTAACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA--TTTAAACAA
* * *
44241 TT-TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATA-AT
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGATCTATTGTTT-GTCATAAAAT-ATTGTTTCTA-TTCATACA-
* * *
44303 A-CTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG
62 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
44356 CAAGAAATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTATCTATTTCAAATCATTATGATCTATTGTTTGTCATAAAATATTGTTTCTATTCATACAAGCT
TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAAATTTAAAAA
ATAAATCTATTTAACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
Found at i:46687 original size:318 final size:317
Alignment explanation
Indices: 46076--46705 Score: 706
Period size: 318 Copynumber: 2.0 Consensus size: 317
46066 CTAACACATT
46076 TGAACAATTATCTATTTCAAACCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATGTTTTCATTCA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAACCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATGTTTTCATTCA
*
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66 AGCCAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATA-GTAAGAGATTTA
* * **
46206 AAAAATAAATATGCTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTGTTTAAACAATTATATATTTCA
130 AAAAATAAATAT-CTTACTAAACCAGTTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATATATTTCA
* * * * *
46271 AATAGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
194 AATAGTTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTATGTTCATACAAGCCTATTCGAAAT
* *
46336 AAAGTAATCTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAA-GAGATTTAAAGGCTATG
259 AAAGTAATCTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAAATAATG-GATTTAAAGGCTATG
* * * *
46395 TGAACAATTCTCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAACCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATGTTTTCATTC
**** * * ** *
46460 GTATAAGTTTGTTTATAATAAAATAATA-TGAATTTATTAATATTTTGATAA-TTA-A-TAAGAG
65 ----AAGCCAATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAGTAAGAG
* * * * *
46521 ATTTAAAAAATAAAT-T-TATA-TAAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTT
125 ATTTAAAAAATAAATATCT-TACT-AAACCAGTTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATAT
* * * * *
46583 ATTTCAAACT-GTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTTCTGTTGATATAATCCTAC
188 ATTTCAAA-TAGTTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTATGTTCATACAAGCCTA-
* * * *
46646 TT-GGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAATGGATTTAAA
251 TTCGAAATAAAGTAAT-CTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAAATAATGGATTTAAA
46706 AAATGAATCT
Statistics
Matches: 260, Mismatches: 39, Indels: 25
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (317 bp):
TGAACAATTATCTATTTCAAACCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATGTTTTCATTCA
AGCCAATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAGTAAGAGATTTAA
AAAATAAATATCTTACTAAACCAGTTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATATATTTCAAA
TAGTTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTATGTTCATACAAGCCTATTCGAAATAA
AGTAATCTAATCTAATAATATTATAAAAATTAATAAATAATGGATTTAAAGGCTATG
Found at i:46918 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 46390--47155 Score: 531
Period size: 180 Copynumber: 4.3 Consensus size: 176
46380 GATTTAAAGG
* *
46390 CTATGTGAACAATTCTCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
* * * ** * * ** *
46455 TATTCGTATAAGTTTGTTTA-TAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTTTGATAA-T--TAAT
66 TGTTCATATAA-TCTAATTAGGAAT-AAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAT
* * *
46516 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATATAAAACTAGTTCAATTAGTTATAA
129 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTAT-AAACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * *
46565 CAATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT
* * * **
46628 CTGTTGATATAATCCTACTT-GGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATA
65 TTGTTCATATAAT-CTAATTAGGAATAAA-TAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-
* * * * *
46691 AATAATG-GATTTAAAAAATGAATCTATTGGCATGACCAA-TACAAATAGTTATAA
126 AATAA-GAGATTTAAAAAATAAAT-T-TT--TATAAACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * ** ** *
46745 TTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCGCAAAACAATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
* *
46810 TGTTCATACAA-CTAATTAGGAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
66 TGTTCATATAATCTAATTAGGAATAA-ATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T
* *
46874 AAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
129 AAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TTTAT-AAACAAGTTCAAATAGTTATAA
* *** * * * * *
46925 CTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAA-TATTTTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
* * ** ** ** * * *
46989 TGTATTCATAAAAGCTTGTT-TCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCTGACAACTAAT
66 TG--TTCATATAATCTAATTAGGAA-T-AAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT
* * * * *
47052 AAGTAA-ATGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGA
126 AA-TAAGA-GATTTAAAAAAT-AAATT-TTTA-TAAACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * *
47107 CTATTTGAATAGTTATATAATTT-AAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
1 CTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
47156 AACAGTCATA
Statistics
Matches: 466, Mismatches: 92, Indels: 60
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 6 0.01
174 37 0.08
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
TGTTCATATAATCTAATTAGGAATAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAA
GAGATTTAAAAAATAAATTTTTATAAACAAGTTCAAATAGTTATAA
Found at i:47119 original size:18 final size:18
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Indices: 47096--47147 Score: 56
Period size: 17 Copynumber: 3.0 Consensus size: 18
47086 AATAAGTTTA
47096 AATAGTTATGACTATTTG
1 AATAGTTATGACTATTTG
*
47114 AATAGTTAT-A-TAATTTA
1 AATAGTTATGACT-ATTTG
*
47131 AATCGTTATGACT-TTTG
1 AATAGTTATGACTATTTG
47148 TTTTGTCAAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 7
0.74 0.08 0.18
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (18 bp):
AATAGTTATGACTATTTG
Found at i:47447 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 47288--47578 Score: 392
Period size: 143 Copynumber: 2.0 Consensus size: 143
47278 AAACAATTGG
* * *
47288 TTTATGACAAAACAAAATGTCATAGCT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTAT
* * * * *
47352 TTGAA-TGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTAGTAATTTTTGAAATATTA
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47415 ATAAATTTA-TATTAT
129 ATAAA-TTAGTATTAT
* *
47430 TTTATGACAAAAACAAAAGGTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATTAATTATAACTAT
1 TTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTAT
* * * *
47495 TTGAACTTGTACGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAGGAATATTAA
65 TTGAACTTGTACAGAAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCAGTAATTTTAGAAATATTAA
47560 TAAATTAGTATTAT
130 TAAATTAGTATTAT
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1 TTTAT
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Statistics
Matches: 130, Mismatches: 14, Indels: 8
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
142 9 0.07
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Consensus pattern (143 bp):
TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTATT
TGAACTTGTACAGAAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCAGTAATTTTAGAAATATTAAT
AAATTAGTATTAT
Found at i:54971 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 54945--54986 Score: 59
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54935 TTGGTGGGTA
54945 TGAAGCGA-GAGAGGGATGAAT
1 TGAAGCGACGA-AGGGATGAAT
*
54966 TGAAGCGACGAAGGGCTGAAT
1 TGAAGCGACGAAGGGATGAAT
54987 CTTAGTGGAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 17 0.89
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Consensus pattern (21 bp):
TGAAGCGACGAAGGGATGAAT
Found at i:63506 original size:22 final size:23
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Indices: 63463--63507 Score: 56
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
63453 TTCTTGATAA
*
63463 TTTCAAAAACTCTTTGACTCTTT
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* *
63486 TTTCAAAAATTTTTTCA-TCTTT
1 TTTCAAAAACTCTTTCACTCTTT
63508 CCCTCGTGAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (23 bp):
TTTCAAAAACTCTTTCACTCTTT
Found at i:71674 original size:45 final size:45
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Indices: 71587--71677 Score: 107
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71577 ACCAATGCCT
* *
71587 AGTATATGCCAATGGTGTTCGAAGTAACTGCTATCACTAAGGGCC
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*
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1 AGTATATGCCAATGATGTTCGAA-GTAACT-CCTATCACT-AAGGGCC
71677 A
1 A
71678 TTTTTTATCG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 3, Indels: 6
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.31, C:0.21, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (45 bp):
AGTATATGCCAATGATGTTCGAAGTAACTCCTATCACTAAGGGCC
Done.