Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167997.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_253, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 42229
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.11, T:0.41
Found at i:322 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1--576 Score: 583
Period size: 181 Copynumber: 3.2 Consensus size: 180
* * * * ** * * *
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTA-TTCGTACAAGCTTATTCATATTAAAATAAT
1 TGACTTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
* ** * *
65 ACTAATTTAATAATAGTTC-AAAAATTTCTAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG
65 ACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
* * * * *
129 AATCAA-TTCAAATGGTTAAAAATATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTT
128 AA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* * * * *
182 TGACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCAA-CCTAGCTTGTTTAGAATAAATTAA
1 TGACTTTTTGTTT-GTCATAAAATAATTGTTTCAGTT-AATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA
* * * * *
246 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAAAAATCTATTTACTGA
64 TACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
* * * *
311 ACAAGTTCAAATAGTTGTTACTATTTGAACAATTATCAATTT-AGAATTGTTA
129 ACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTAGAACAATTATCTATTTCA-AATTGTTA
* * * *
363 TAACTTTTTGATTTGTCATAAAATAACTGTTTTAGTTAATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT
1 TGACTTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
* * *
428 ACAAATTTATTAATA-TGAAGACAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
65 ACTAATTTATTAATATTCAA-AAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
* * * *
491 AACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTA-AACAATTATTTATTTCAACTTGTTA
128 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
*
544 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
1 TGACTTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTC
577 TATTTATTAG
Statistics
Matches: 324, Mismatches: 59, Indels: 24
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
180 12 0.04
181 253 0.78
182 59 0.18
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TGACTTTTTGTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
CTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC
AAGTTCAAATAGTTATAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
Found at i:6307 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 6290--6315 Score: 52
Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12
6280 TAAGGGGGAG
6290 TTTTTCAAAATC
1 TTTTTCAAAATC
6302 TTTTTCAAAATC
1 TTTTTCAAAATC
6314 TT
1 TT
6316 ACATGTCTTA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 14 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (12 bp):
TTTTTCAAAATC
Found at i:6588 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 6556--6613 Score: 107
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
6546 TCTTGGTTTT
*
6556 ATATTTCTAAAATCAAAGCTATCTTTAAA
1 ATATTTCTAAAATCAAAACTATCTTTAAA
6585 ATATTTCTAAAATCAAAACTATCTTTAAA
1 ATATTTCTAAAATCAAAACTATCTTTAAA
6614 GATTATTTAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 28 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.14, G:0.02, T:0.38
Consensus pattern (29 bp):
ATATTTCTAAAATCAAAACTATCTTTAAA
Found at i:8340 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 8045--10036 Score: 1420
Period size: 180 Copynumber: 11.1 Consensus size: 179
8035 AAAATGATTT
** * * *
8045 TAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATAAGTTT-GTCGAG
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-AGTTTACT-GAA
* * *
8108 CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTT
63 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * ** * * *
8173 GTAATAAAATAATTGTTTCAATTCATATGAGCTAATTTGAAGTAAAATAAAAC
128 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATAC
* * * * *
8226 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATAGTTTAGTGAACAA
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAGTTTACTGAACAA
* * * * *
8291 GTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGGA-CTTCTATTTTGT
66 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
8355 CTTAAAACAATTGGTTT-TGTTTATGCAAGCTTATTTCGAGTAAAATAATAA
130 CATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATAC
* * * * * * * *
8406 AAATTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGCAA-AAATTTTAAAAATAAATTTGTTTTCTTAACA
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TAGTTTACTGAACA
* * * *
8470 TGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT
65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
8535 CAT-AAACTAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGTAATAAAATAATAT
130 CATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATAC
* * * * *
8586 TAATTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAGC
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-AGTTTACTGAA-C
* * * * * * *
8650 AAGTTCAACTATTTATGATTATTT-AAAAAGTTATTTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTT
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
8714 ATCATAAAACAATTGTTTCTACTCATACTAGTTTATTCGAAATAAAATAATTC
128 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATAC
* * * * * *
8767 TAATTTATTAATA--TAATAAAATTAATGAGTTGAA-A-ACTTAAAAAATTAGTCTGTTTA-TCG
1 TAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG-T-AAGAGATTTAAAAAATAAAT-AGTTTACT-G
* * * * ** ** *
8827 AACAAGTTCAAAAAGTCATGTCCATTTGAACTGTTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTT
61 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * ** * *
8892 TTATCATAAAACAATTGTTTTTACTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATAT
126 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATAC
*
8947 TAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTA-TTTACT-AGA
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TAGTTTACTGA-A
* * * * * * *
9006 CTAGTTCAAATTGTCATGACTATTTGAACCATTATCCATCTCAAATTC-TTATGATC-TTTGTTT
63 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * * *
9069 TATCATAAAACAATTGTTTCTATTGACACAAACTTATTCGGAGTGAAATATTGC
127 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATAC
** * * * * ** **
9123 TAAACTAATAATA-TTCTAAATTTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATTGATATGTTTACCAAACC
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA-GTTTACTGAA-C
* * * * * *
9187 AA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAGCAATTATCCATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAG
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
9251 TCAT-AAATAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTA-TCCAAAAAAATAATAC
129 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATAC
* * * * *
9300 TACTTTATTATTATTTC-AAAAGT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATTGAATA
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TAGTTTACTGAACA
* * * * ** *
9361 AGTTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAACAACTATCTATTTAAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTG
65 AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
9425 TCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTCAAAATAGAATAATAC
129 TCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATAC
* * * * * *
9477 TAATTTACTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGACTTAAAAATTAAATCTGTTTACTAAACC
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-AGTTTACTGAA-C
* * * ** * * * *
9538 AA-TTTAATTAGTTATGACTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTCTA
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
9602 TAATAAAATAATTGTTTCTATTTATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAC
129 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATAC
* * *
9654 TAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCA-TTT-GTCGA
1 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT--AGTTTACT-GA
* * * * * * * **
9716 ACCAA-TTTAAACAGTTAAGACTATATGAATAGTTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
62 A-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *** *
9780 TTGTCATAGAACAATTATTT-TAGCTCTTACAAGCTTATTCAGAATAGTGTAAAAC
126 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATAC
* * *
9835 TAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-A-TAAGAGATGTAGAAAATAATTTTA-TTTA-TCGAA
1 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA--ATAGTTTACT-GAA
* * * * * * * *
9894 CCAA-TTCAAATAATTATAACTGTTGGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTATTT
63 -CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * * *
9958 TGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAAAATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATAC
127 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATAC
*
10012 TAATTTAGTAATATTT-AGAAAATTA
1 TAATTTATTAATATTTCA-AAAATTA
10037 TCTATTTCAA
Statistics
Matches: 1434, Mismatches: 305, Indels: 147
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.00
174 75 0.05
175 35 0.02
176 73 0.05
177 372 0.26
178 25 0.02
179 113 0.08
180 406 0.28
181 320 0.22
182 12 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAGTTTACTGAACAA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATAC
Found at i:8901 original size:361 final size:354
Alignment explanation
Indices: 8014--10036 Score: 1184
Period size: 361 Copynumber: 5.7 Consensus size: 354
8004 CTAACACTAT
** * * * * ** *
8014 TCATACAAAATTATTTAGATTAAAATGATTTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTTAA
1 TCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATTATAATTTATTAATATAAT-AAAATTAATAAGTTAA
* *
8079 AGATTTAAAAAATAAATAAGTTTGTCGAGCAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-TAATTAT
65 A-ATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACT-ATTAT
* * * * ** * *
8143 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAATTCATATGAGCTAA
127 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGATTA
* * * * *
8208 TTTGAAGTAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAT
192 TTTGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAAT
* * * * * *
8273 GAAT-AGTTTAGTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACA
255 AAATCTGTTTA--CAAGCAAGTTC-AATATTTATGACTATTTAAA-AATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * **
8336 TTATGGACTTCTATTTTGTCTTAAAACAATTGGTTT-TGT
316 TTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTCTAC
* * * * * **
8375 TTATGCAAGCTTATTTCGAGTAAAATAATAAAAATTTATTAATATTACA-AAAATTAATAAGCAA
1 TCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATTATAATTTATTAATA-TA-ATAAAATTAATAAGTTA
* * * * * * * *
8439 AAATTTTAAAAATAAATTTGTTTTCTTAACATGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
64 AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTC-GAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTATTATC
* *
8504 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTAT
128 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGATTAT
* *
8569 TTGTAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
193 TTG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATA
* *
8634 AATCTGTTTACCAAGCAAGTTCAACTATTTATGATTATTTAAAAAGTTATTTATTTCAAATCATT
256 AATCTGTTTA-CAAGCAAGTTCAA-TATTTATGACTATTTAAAAA-TTATCTATTTCAAATCATT
*
8699 ATAAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAC
318 ATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAC
* * * *
8736 TCATACTAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATAATAAAATTAATGAGTTGA
1 TCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATTATAATTTATTAATATAATAAAATTAATAAGTT-A
* * * * * * * *
8800 AAACTTAAAAAATTAGTCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAAAGTCATGTCCATTTGAACTGTTATC
64 AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTATTATC
** * * * * * *
8865 TATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAAC-AATTGTTTTTACTCATACAAAATTA
128 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGATTA
** *
8929 TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTA
192 TT-TGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATA
* * * ** * *
8991 AATCTATTTACTAGACTAGTTCAA-ATTGTCATGACTATTTGAACCATTATCCATCTCAAATTC-
256 AATCTGTTTACAAG-CAAGTTCAATATT-T-ATGACTATTT-AAAAATTATCTATTTCAAA-TCA
* *
9054 TTATGATC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
316 TTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAC
* * * * * * ** * ** *
9092 TGACACAAACTTA-TTCGGAGTGAAAT-ATTGCTAAACTAATAATATTCTAAATTTAATAAG-TA
1 TCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATT-ATAATTTATTAATATAATAAAATTAATAAGTTA
** * * * * * * *
9154 ATAGATTTAAAAAATTGATATGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAGCAATT
64 A-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTATT
* * * * * *
9218 ATCCATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAA-TAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGC
125 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTA-TTCATACAAGA
** * * * * *
9281 TTA-TCCAAAAAAATAATACTACTTTATTATTATTTCAAAAGTTAATAAG---AGATTTAAAAAA
189 TTATTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAA
* * * * * * *
9342 TAAAT-TAGTTTATTGAA-TAAGTTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAACAACTATCTATTTAAAA
254 TAAATCT-GTTTA--CAAGCAAGTTC-AATATTTATGA-CTATTT-AAAAATTATCTATTTCAAA
** * * * *
9404 TTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTC
313 TCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAC
* * * * *
9445 AACATACAAGCTTA-TTCAAAATAGAATAA-TACTAATTTACTAATAT-TTCAAGAATTAATAAG
1 -TCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATTA-TAATTTATTAATATAAT-AA-AATTAATAAG
* * * * * * * * * *
9507 ---AGACTTAAAAATTAAATCTGTTTACTAAACCAA-TTTAATTAGTTATGACTATTTGAACAAT
61 TTAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTC-GAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAT
* ** * * * * * * * * * *
9568 TTTCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTCTATAATAAAATAATTGTTTCTATTTATATAAGC
124 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGA
* * * *
9633 TTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAA
189 TTATT-TGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAA
** * * * * * * * * * * *
9697 AAATAAATCCATTTGTCGAACCAATTTAAACAGTTAAGACTATATGAATAGTTATTTATTTCAAA
251 AAATAAATCTGTTT-AC-AAGCAAGTTCAATATTTATGACTAT-TTAAAAATTATCTATTTCAAA
** * * * *
9762 TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAGAACAATTATTT-TAGC
313 TCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-C
* *** * * *
9804 TCTTACAAGCTTA-TTCAGAATAGTGTAA-AACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTTATAAG-
1 TCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATTA-TAATTTATTAATATAAT--AAAATTAATAAGT
* * * * * * * * * * *
9865 --AGATGTAGAAAATAATTTTATTTATCGAACCAA-TTCAAATAATTATAACTGTTGGAA-TAAT
62 TAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACT-AT
* * * * * * * * *
9926 TATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAAAATAAGT
124 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGA
* *
9991 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTT-AGAAAATTA
189 TTATTTG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTA
10037 TCTATTTCAA
Statistics
Matches: 1311, Mismatches: 286, Indels: 133
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
350 1 0.00
351 76 0.06
352 24 0.02
353 100 0.08
354 97 0.07
355 42 0.03
356 144 0.11
357 62 0.05
358 266 0.20
359 15 0.01
360 186 0.14
361 291 0.22
362 7 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
TCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATTATAATTTATTAATATAATAAAATTAATAAGTTAAA
ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTATTATCTAT
TTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTG
AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCT
GTTTACAAGCAAGTTCAATATTTATGACTATTTAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTT
TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAC
Found at i:9137 original size:176 final size:175
Alignment explanation
Indices: 8706--9710 Score: 438
Period size: 177 Copynumber: 5.6 Consensus size: 175
8696 ATTATAAACT
* * ** * * *
8706 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTACTCATACTAGTTTATTCGAAATAAAATAATTCTAAT
1 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTACTCACACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAA
* * * * * * * * * * * *
8771 TTATTAATA-TAATAAAATTAATGAGTTGAAAACTTAAAAAATTAGTCTGTTTA-TCGAACAAGT
66 CTAATAATATTCA-AAAATTAAT-A--AG-AGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTAG-ACTAGT
* ** * * *
8834 TCAAAAAGTCATGTCCATTTGAACTGTTATCTATTTCAAATTGTTATGACA
125 TCAAAAAGTCATGACCATTTGAACCATTATCCATCTCAAATTCTTATGACA
* * *
8885 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTACTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAA
1 -TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTACTCACACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAA
** *
8950 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTAGACTAGTTCAA
65 ACTAATAATA-TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTAGACTAGTTCAA
** *
9015 ATTGTCATGACTATTTGAACCATTATCCATCTCAAATTCTTATGATC-
129 AAAGTCATGACCATTTGAACCATTATCCATCTCAAATTCTTATGA-CA
* * * ** * * * *
9062 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTGACACAAACTTATTCGGAGTGAAATATTGCTAAA
1 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTACTCACACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAA
* * * ** * * * * * *
9127 CTAATAATATTCTAAATTTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATTGATATGTTTACCAAACCAATTC
66 CTAATAATATTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTAGACTAGTTC
* * * * * * * * * *
9192 AAATAGTTAAGACTATTAGAGCAATTATCCATTTCAAA-TCATTCTGACC
127 AAAAAGTCATGACCATTTGAACCATTATCCATCTCAAATTC-TTATGACA
* * * * *
9241 TTT-TGTTTAGTCAT-AAATAATTGTTT-TAGTTCATA-AAAGCTTA-TCCAAA-AAAATAATAC
1 TTTGT-TTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-CTCACACAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATAC
*** * * * * * *
9300 TACTTTATTATTATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-TTGAATAAG
62 TAAACTAATAATA-TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTA-TTTACTAGACT-AG
* * * * * * * * *
9363 TTCAAATAA-TTAT-AGCCATTTGAACAACTATCTATTTAAAATTGTTATTACCT
124 TTCAAA-AAGTCATGA-CCATTTGAACCATTATCCATCTCAAATTCTTATGA-CA
* * * * ** *
9416 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTCAACATACAAGCTTATTCAAAATAGAATAATACTAA
1 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAC-TCACACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAA
** * * * * * * * * *
9480 TTTACTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGACTTAAAAATTAAATCTGTTTACTAAACCAATTTAA
65 ACTAATAATA-TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTAGACTAGTTCAA
** * * * * * * * *
9545 TTAGTTATGACTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATTGTTATAACA
129 AAAGTCATGACCATTTGAACCATTATCCATCTCAAATTCTTATGACA
* * * * * * * ** **
9592 TTTTGTTCTATAATAAAATAATTGTTTCTATTTATATAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAA
1 -TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTACTCACACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAA
** * * *
9657 TTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTT
65 ACTAATAATATTC-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTT
9711 GTCGAACCAA
Statistics
Matches: 642, Mismatches: 145, Indels: 75
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.00
174 57 0.09
175 43 0.07
176 72 0.11
177 233 0.36
178 36 0.06
179 89 0.14
180 75 0.12
181 32 0.05
182 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTACTCACACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAA
CTAATAATATTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTAGACTAGTTCAAAA
AGTCATGACCATTTGAACCATTATCCATCTCAAATTCTTATGACA
Found at i:10036 original size:109 final size:109
Alignment explanation
Indices: 9923--10135 Score: 279
Period size: 109 Copynumber: 2.0 Consensus size: 109
9913 CTGTTGGAAT
* * * * *
9923 AATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTATTTTGTCATA-AAATAAT-TGTT-TTTGTTAAA
1 AATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTATTTTGTCA-ACAAATAATCGGTTCTAT-TTAAA
** *
9985 ATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTAGAA
64 AT-AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAGAA
* *
10032 AATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTATTTTGTCAACAAATAATCGGTTCTATTTATACT
1 AATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTATTTTGTCAACAAATAATCGGTTCTATTTAAAAT
*
10097 ATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
66 AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
10136 CCAAAACTTC
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 11, Indels: 6
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
108 1 0.01
109 79 0.88
110 8 0.09
111 2 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.05, T:0.46
Consensus pattern (109 bp):
AATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTATTTTGTCAACAAATAATCGGTTCTATTTAAAAT
AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAGAA
Found at i:10623 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 10181--12737 Score: 1706
Period size: 181 Copynumber: 14.2 Consensus size: 179
10171 TTGTTGAACT
* * * ** * *
10181 AGTTCAAATATTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTGTAACCTTTTTTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
** * * * * *
10246 CATAAAACAATTGTTT-TGTTCGTACAAGCTTATTTTG-ATTAAAACAATACTAATTTAATAATA
65 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * *
10309 TTTTGAAAATTAGTAAGTGAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATC-
129 -TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CA
* * * *
10361 AGTTCAAATGGTTAAGACAATTAGAATAATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTCTAACATT
1 AGTTCAAATAGTTATGAC---T---AT--TT-GAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATAACCTT
** * * * *
10426 TTGTTTACTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAATTAATA-TCAAT
56 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AAT
* * * * *
10490 TTATTAACATCCAAAAAATTAATAAGAAAGGGATTAAAAACAATAAATTTGTTTACCAAACA
120 TTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AATAAATTTGTTTACCAAACA
* * *
10552 AGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* ** * * * *
10617 CATAAAATAATTGTTTTC-GCTAATACAAGCTTAGAT-GGAATAAATTAATACTAATTTATT-AT
65 CATAAAACAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
10679 ATTTCATAAAA-TAATATA-TAAGAAATTCAAAAAATAAATTTATTTACCAAATC-
128 A-TTCA-AAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CA
* * * * ** * * * *
10732 AGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTTTCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
10797 CAT-AAACAATTATTTTCGA-TCATACAAGCTTATTGGAAATAAAATAATATTAATTTTTTAATA
65 CATAAAACAATT-GTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *
10860 CTTTAAAAATTAATAAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCA
129 -TTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AAACA
* * *
10913 A-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTAT-TAATCTTAAATCATTA-AGATC-TTTGTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-AT-TTAAATCGTTATA-ACCTTTTGTTTT
* * * * ** *
10974 GTCATAAAACAATTATTT--A-TGATCACAGGAACTTATTTG-GTTAAAAATAATACTAATTTAA
63 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT-ACA--AGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTAT
* * *
11035 TAATATTTC-AAAATT--TAA-TAAGTGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCAAACCA
124 TAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CA
** * * * * * * *
11089 A-TTCAAATAGTTAAAACTATTCGAATAGTTATATATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * * * * * * *
11153 TAGAAAATATTTGTTGC-ATATCTTACAATCTTATTTGGAATTAAATAATCCAAATTTATTAACA
65 CATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
11217 TTTAAAAAATTAATAAGGAAAATATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCGAACA
129 -TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
* * *
11270 AGTTCAAATAGTGATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
11335 TATAAAACAATTGTTTCAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAT
65 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
** *
11400 TTTGAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTCAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
129 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
* * * * *
11451 AATTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATCGCTATGAA-CTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTG
* * * * **
11515 TCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGTTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
64 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
11580 TTCTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAAGCA
129 TTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CA
* * * ** * * * **
11633 A-TTCAAATAATTATGGCCATTTCCACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTATTTCAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* * ** ** * * *
11697 CATATAATAATTGTTTTTTATT-ATACAAATTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATC
65 CATAAAACAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-
* * *
11761 TTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT
128 ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
* * * * ** * * *
11809 AGTTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTGTAAACTTTGAATCGTTA-AACCTTTTGTTCTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* * *** * **
11873 CATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAAAAATAT
65 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* * *
11938 TTCAAAAATAAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-CCAAACT
129 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
* * * *** * * *
11988 AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGGATTGTCATCTATTTCAAT--TTGT----TTTTGTTTTGTC
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * * * *
12047 ATAAAACAATTTTTTCGATTCATATTAGCTTATTCAAAATATAATAA-AATGAATTTATTCATAT
66 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * *
12111 TAAAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTACCTAACCA
130 T-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACC-AAACA
* * * * *
12163 A-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTCGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* *** * * * * **
12227 CATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATATGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATCCATTAATAT
65 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* * * ** *
12292 TTCAAAAATTAAT-A--AA-ATA-TT--AAAA-AAATCTATTTATTAAACC
129 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
* * * * * * * *
12335 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* ** * * * *
12400 TATAAAACAATAATTTCTATTTATACAAGCTTATTC-AGATTAAAATGATACTAATTTATTAATA
65 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
12464 TTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTACCAAACT
129 -TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
* * * *
12516 AGATCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* ** * * * * * *
12581 CATAAAAAAAATCATTTCAGTCCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAAGTTATTAATA
65 CAT-AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** ***
12646 TTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA-AGAACCTGTTTAATGAACA
129 -TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATTTGTTTACCAAACA
* * * *
12694 AGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAGTTATCTATTTGAAAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAT
12738 AAAATAATGC
Statistics
Matches: 1867, Mismatches: 406, Indels: 210
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 13 0.01
173 203 0.11
174 42 0.02
175 16 0.01
176 140 0.07
177 127 0.07
178 88 0.05
179 110 0.06
180 241 0.13
181 442 0.24
182 290 0.16
183 11 0.01
185 2 0.00
186 2 0.00
188 2 0.00
189 53 0.03
190 52 0.03
191 33 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACA
Found at i:12156 original size:530 final size:532
Alignment explanation
Indices: 10032--12737 Score: 1850
Period size: 530 Copynumber: 5.0 Consensus size: 532
10022 ATATTTAGAA
* * * * *
10032 AATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTATTTTGTCA-ACAAATAATCG-GTTCTATTTATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTA-TTTATCATA-AAATAATTGTTTTTTA-TTATA
* * *** * * * * *
10095 CTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTCAAGAA-AA-TTAAA
63 CAAATTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGAATTTAAA
* * **** * * * * ** * *
10158 AAATAAAATCCAATTGTTGAACTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAA
127 AAAT-AAATCTATTTACCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAA
* * * * * * * * *
10223 ATCGTTGTAACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCGTACAAGCTTATTTTG-ATT
191 ATCGTTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAAT
* * ** * * *
10286 AAAACAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAGTAAGTGAGATATTTAAAAAATAAATTTGT
255 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * * * *
10351 TTACTAAA-TCAGTTCAAATGGTTAAGACAATTAGAATAATTAGAACAATTATCTATTTGAAATC
320 TTACCAAACT-AATTCAAATAGTTATGACTATTTG-A-GATT-G------TATCTATTT-CAA--
* * * ** * * *
10415 GTTCTAACATTTTGTTTACTCATAAAATAATT-GTTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATA-A
372 -TTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTCGATTCATATAAGCTTATTCAAAATATA
* * * * * *
10478 ATTAATATCAATTTATTAACATCCAAAAAATTAATAAGAAAGGGATTAAAAACAATAAATT-TGT
435 A-TAAAAT-AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-GTATTTAAAA-AATAAATTCTGT
* * *
10542 TTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAAC
496 TTACCAAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTCAAC
* ** * *** *
10579 AATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTTCGCTAATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-ATTTATCATAAAATAATTGTTTTTTATTATACA
** ** * * *
10644 AGCTTAGATGGAATAAATTAATACTAATTTATT-ATATTTCATAAAATAATATATAAGAAATTCA
65 AATTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCA-AAAAT--TA-ATAAG-AATTTA
* * * * **
10708 AAAAATAAATTTATTTACCAAA-TCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATT-TTCTATTT
125 AAAAATAAATCTATTTACCAAACT-AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATT-TATTT
* * * *
10771 TAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAT-AAACAATTATTT-TCGATCATACAAGCTTATTGGA
188 TAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCGA
* *
10834 AATAAAATAATATTAATTTTTTAATACTTT-AAAAATTAATAAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAA
252 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * **
10897 TTTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTAATCTTAAATC-ATTA
315 TTTGTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAG--ATT-GT-ATC-TATTTCAATTA
* * * * *
10961 AGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAT-GA-TCACAGGAA-CTTATTTGGTTAAAA-AT
375 TGATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TCGATTCATA-TAAGCTTA--T--TCAAAATAT
* * * *
11022 AAT--ACTAATTTAATAATATTTC-AAAATTTAATAAGT--G-ATTTAAAAAATAAA-TGTGTTT
434 AATAAAATAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGTATTTAAAAAATAAATTCTGTTT
* * ** *
11080 ATCAAACCAATTCAAATAGTTAAAACTA-TTCGAAT
498 ACCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTC-AAC
* * * * * * * * ***
11115 AGTTATATATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTTAGAAAATATTTGTTGCATATCT-TAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTA-TCATAAAATAATTGTTTTTTAT-TATAC
* * * *
11179 -AATCTTATTTGGAATTAAATAATCCA-AATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGGAAAATAT
64 AAAT-TTATTTGGAATAAAATAAT-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-G---A-AT
* * * * * *
11242 TTGAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTTGAACAATTATTTAT
122 TT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
* * * * * * * * * *
11307 TTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTTATAAAAGCTTATCCA
186 TTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCG
* **
11372 AAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTCAAAAAATAAA
251 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * * * *
11436 TTTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTGT-T-TATTTAAAATCGCT
315 TTTGTTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTG-A-GATTGTATCTATTT-CAAT---T
* * * * * *
11499 ATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAG-TTCATACAAGTTTATTAAAAATAAAATA
374 ATG-ATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTCGATTCATATAAGCTTATTCAAAATATAATA
* * * *
11563 ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAA-TCTGTTTACC
438 A-AATAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGT-ATTTAAAAAATAAATTCTGTTTACC
* * * *
11627 AAAGCAATTCAAATAATTATGGCCATTTCCAC
501 AAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTCAAC
* *
11659 AATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTATTTCATCATATAATAATTGTTTTTTATTATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTT-ATCATAAAATAATTGTTTTTTATTATACA
*
11724 AATTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
65 AATTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA-ATTTAAAAA
* * * ** * *
11789 ATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTGTAAACTTTGAATC
129 ATAAATCTATTTACCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATC
* * *
11854 GTTA-AACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
194 GTTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* ** * *
11918 TAATACTAATATAAAAATATTTCAAAAATAAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-C
259 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * *
11982 CAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATG-GATTGTCATCTATTTCAATT-TG-TTTTTGTTTT
324 CAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAGATTGT-ATCTATTTCAATTATGATTTTTGTTTT
* *
12044 GTCATAAAACAATT-TTTTCGATTCATATTAGCTTATTCAAAATATAATAAAATGAATTTATTCA
388 GTCATAAAACAATTATTTTCGATTCATATAAGCTTATTCAAAATATAATAAAAT-AATTTATTAA
* *
12108 TATTAAAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTACCTAACCAATTCAAATA
452 TATTCAAAAAATTAATAAGTAAG-TATTTAAAAAATAAATTCTGTTTACCAAACCAATTCAAATA
*
12172 ATTATGACTATTTGAAC
516 ATTATGACTATTTCAAC
*** * * * * *
12189 AATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTCGT-TTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGT-TCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT--TATTTATCATAAAATAATTGTTTTT-TATTATA
* ** * * * * **
12252 TATGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATCCATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AATATT--A
63 CAAATTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAT-TTAAA
** * * *
12314 AAA-AAATCTATTTATTAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAA
127 AAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAA
* * * * * * *
12378 TTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAATTTCTATTTATACAAGCTTATTC-AGATTA
192 TCGTTATGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATA
* * * * * * *
12442 AAATGATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGCT
256 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
12507 TACCAAACTAGA-TCAAATAGTTATGACTATTTGA-ATAAT-TATCTATTTCAAATCGTTATGAC
321 TACCAAACTA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAGAT--TGTATCTATTTC-AA---TTATGA-
* * * * * ** * *
12569 CTTTTCTTTTGTCATAAAAAAAATCA-TTTC-AGTCCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATG
378 TTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTATTTTCGA-TTCATATAAGCTTATTCAAAATATAATAA-A
* * ** * ***
12632 CTAAGTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG--AG-ATTTAAAAAA-AGAA-CCTGTTTAATGAA
440 ATAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGTATTTAAAAAATA-AATTCTGTTTACCAAA
* * *
12692 -CAAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAAC
504 CCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTCAAC
* *
12721 AGTTATCTATTTGAAAT
1 AATTATCTATTTCAAAT
12738 AAAATAATGC
Statistics
Matches: 1715, Mismatches: 336, Indels: 231
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
526 55 0.03
527 104 0.06
528 40 0.02
529 15 0.01
530 215 0.13
531 8 0.00
532 62 0.04
533 9 0.01
534 13 0.01
535 21 0.01
536 178 0.10
537 54 0.03
538 185 0.11
539 187 0.11
540 68 0.04
541 49 0.03
542 12 0.01
543 5 0.00
544 132 0.08
545 16 0.01
546 10 0.01
547 78 0.05
548 6 0.00
549 4 0.00
550 18 0.01
551 157 0.09
552 14 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (532 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTATCATAAAATAATTGTTTTTTATTATACAA
ATTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAATTTAAAAAAT
AAATCTATTTACCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGT
TATGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
AACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAGATTGTATCTATTTCAATTATGATTTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTATTTTCGATTCATATAAGCTTATTCAAAATATAATAAAATAATTTATTAATATT
CAAAAAATTAATAAGTAAGTATTTAAAAAATAAATTCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTAT
GACTATTTCAAC
Found at i:12394 original size:354 final size:354
Alignment explanation
Indices: 10100--12675 Score: 1435
Period size: 354 Copynumber: 7.2 Consensus size: 354
10090 TTATACTATT
* * * * * **
10100 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTCAAGAA-AATTAAAAAATAA
1 TTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGAA-TATTAAA-AA
* * * ** * * * * *** *
10164 AATCCAATTGTTGAACTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATCGTT
62 AATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTTAAATCGTT
* * * * * * ** *** * *
10229 GTAACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCGTACAAGCTTATTTTGATTAAAACAA
127 ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * ** * * * *
10293 TACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAGTAAGTGAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAA
192 TAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
* * * * * * * *
10358 ATCAGTTCAAATGGTTAAGACAATTA-GAATAATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTCTAA
257 A-C---T--AAT--TCAA-ATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGA
* * ** * * * * * *
10422 CATTTTGTTTACTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGC
312 CCTTTCGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTAGTTCATACAAGC
* * * * *
10465 TTATTCAAAATAAATTAATA-TCAATTTATTAACA-TCCAAAAAATTAATAAGAAAGGGATTAAA
1 TTATTCGAAATAAAATAATACT-AA-TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-AA--TATT---
* * * * * * *
10528 AACAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
57 AA-AA-AAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTTA
* * * * * ** * * **
10593 AATTGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTTC-GCTAATACAAGCTTAGAT-GGA
120 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTCTATTTATACAAGCTTA-TTCAAA
* * * *
10656 ATAAATTAATACTAATTTATT-ATATTTCATAAAA-TAATATA-TAAGAAATTCAAAAAATAAAT
183 ATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATA-AGTAAGATATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * ** * * **
10718 TTATTTACCAAA-TCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTTTCTATTTTAAATCATTAT
246 CTGTTTACCAAACT-AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTAT
* * * * *
10782 GACCTTTTGTTTTATCAT-AAACAATTATTTTCGATCATACAAGC
310 GACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTAGTTCATACAAGC
* * * *
10826 TTATTGGAAATAAAATAATATTAATTTTTTAATACTTT-AAAAATTAATAAAGAAGAGATTTAAA
1 TTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATA-TTTCAAAAATTAAT-AAG-A-ATA-TT--A
* * * * * *
10890 AAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTAT-TAATCTTAA
58 AAA-AAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCT-ATTTTAA
* * * * * * * ***
10954 ATCATTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTATT-TA-TGATCACAGGAACTTATT-TGG
121 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCTATTTAT-ACA--AGCTTATTCAAA
* * * * *
11014 TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTTAATAAGT--G--ATTTAAAAAATAAATG
183 AT-AAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATC
* * * ** * * * * * ** * *
11075 TGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATTCGAATAGTTATATATTTTAAATCATTCTAA
247 TGTTTACCAAACTAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGA
* * * * * *
11140 CCTTTTGTTTAGT--T-AGA-AAATATTTGTTGCATATCTTACAATC
312 CCTTTCGTTTTGTCATAAAACAAATATTT-TAG--T-TCATACAAGC
* * * * * * *
11183 TTATTTGGAATTAAATAATCCAAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGGAAAATATTTGAAA
1 TTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-G--AATA-TT---A
* * * * * *
11248 AAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAA
58 AAA-AAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTTAAA
* * * * *
11313 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC-AGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATA
122 TCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCTA-TTTATACAAGCTTATTCAAAATA
* * ** * *
11377 AAATAATACTAATTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGT-TTCAAAAAATAAATTTGT
186 AAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-TATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * *
11441 TTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATCGCTATGAACT
250 TTACCAAACTAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACCT
* * *
11506 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGT
315 TTCGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTAGTTCATACAAGC
**
11546 TTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAA
1 TTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-AA-T-A-TTAAA
* * * * * * * * *
11610 AAGTGAATCTGTTTACCAAAGCAATTCAAATAATTATGGCCATTTCCA-CAATTATCTATTTCAA
60 AA---AATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAGCAATTATCTATTTTAA
* * * * * * * ** ***
11674 ATCATTATTACCTTTTATTTCATCATATAATAATTGTTTTTTA-TTATACAAATTTATTTGGAAT
121 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAAAT
*
11738 AAAATAATAATAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATCTGT
185 AAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * ** * * *
11799 TTACCAAACTAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTGTAAACTTT-GAATCGTTA-AACC
250 TTACCAAACTAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGCTATGACC
* * * * * *
11862 TTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGC
314 TTTCGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTAGTTCATACAAGC
**
11903 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTTCAAAAATAAATAACTAAGAGAT-TTAAA
1 TTATTCGAAATAAAATAATACTAAT-TATTAATATTTCAAAAAT---TAA-TAAGA-ATATT--A
* * * * * * * *
11967 AAATAAATTTGTTT-CCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATG-G-ATTGTCATCTA-TTTC
58 AAA-AAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAAT-T-ATCTATTTTA
* * * * **
12028 AA---TT-TG--TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCGATTCATATTAGCTTATTCAAAAT
120 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAAAT
* * ** *
12087 ATAATAA-AATGAATTTATTCATATTAAAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAATTCTG
185 AAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATCTG
* * *
12151 TTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACC
249 TTTACCAAACTAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACC
* * * * *
12216 TTTCGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATATGT
314 TTTCGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTAGTTCATACAAGC
* *
12257 TTGTTCGAAATAAAATAATACTAATCCATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AATATTAAAAAAAT
1 TTATTCGAAATAAAATAATACTAAT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAATATTAAAAAAAT
* * * *
12321 CTATTTATTAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAATTGTTATG
65 CTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTTAAATCGTTATG
* * * ** * * * *
12386 ACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAATTTCTATTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAATGATAC
130 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAA
* * * * * *
12451 TAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGCTTACCAAACT
195 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT
* * *
12516 AGA-TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTC-TTTT
260 A-ATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACC-TTTCGTTTT
* * * *
12579 GTCATAAAAAAAATCATTTCAGTCCATATAAGC
323 GTCATAAAACAAAT-ATTTTAGTTCATACAAGC
* * *
12612 TTATTTGAAATAAAATAATGCTAAGTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGAT-TTAAAAAAA
1 TTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA-ATATTAAAAAAA
12676 GAACCTGTTT
Statistics
Matches: 1728, Mismatches: 377, Indels: 221
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
346 8 0.00
347 33 0.02
348 17 0.01
349 67 0.04
350 3 0.00
351 8 0.00
352 7 0.00
353 69 0.04
354 245 0.14
355 67 0.04
356 119 0.07
357 140 0.08
358 135 0.08
359 115 0.07
360 92 0.05
361 72 0.04
362 179 0.10
363 133 0.08
364 10 0.01
365 38 0.02
366 7 0.00
367 8 0.00
370 3 0.00
371 113 0.07
372 39 0.02
373 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAATATTAAAAAAATC
TATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTTAAATCGTTATGA
CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAAT
AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTA
ATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACCTTTCGTTTTGTC
ATAAAACAAATATTTTAGTTCATACAAGC
Found at i:12749 original size:115 final size:115
Alignment explanation
Indices: 12613--12852 Score: 444
Period size: 115 Copynumber: 2.1 Consensus size: 115
12603 CATATAAGCT
12613 TATTTGAAATAAAATAATGCTAAGTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAGA
1 TATTTGAAATAAAATAATGCTAAGTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAGA
12678 ACCTGTTTAATGAACAAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAGTTATC
66 ACCTGTTTAATGAACAAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAGTTATC
*
12728 TATTTGAAATAAAATAATGCTAAGTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAGAGA
1 TATTTGAAATAAAATAATGCTAAGTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAGA
* *
12793 ATCTGTTTAATGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAGTTATC
66 ACCTGTTTAATGAACAAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAGTTATC
*
12843 TATTTAAAAT
1 TATTTGAAAT
12853 CACTATATCC
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 4, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
115 121 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.05, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (115 bp):
TATTTGAAATAAAATAATGCTAAGTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAAGA
ACCTGTTTAATGAACAAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAGTTATC
Found at i:13985 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 12734--21010 Score: 5621
Period size: 181 Copynumber: 46.2 Consensus size: 180
12724 TATCTATTTG
* * *
12734 AAATAAAATAATGCTAAGTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAGA-GAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAA
* * * * *
12794 TCTGTTTAAT-GAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAGTTATCTATTTAAAATCACTA
64 TCTGTTT-ATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * **
12858 T-ATCCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATGCAAGCTTATTTT
128 TGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * *
12911 GAATAAAATAATAC-AACTTTATTAATA-TTAAGACAATTAATTAGTACAAGATTTAAAAAA-AA
1 AAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * ** * * * **
12973 TTCTATGTA-CTAAACAAGTTCAAATTTTTATGACTATTTTAATAGA-TATTTATTTCAAATTTT
63 ATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCAT
* **
13036 TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGAATATTCA
126 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
13091 AATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAATAAGTAAAATATTTATAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
13155 TATGTTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTAAG-CGTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTG
64 TCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * ** **
13219 TGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTATTTC-AGTTCACATAAAATTATTTG
128 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
13272 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAACAAAATTAAAAAAATTAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
13337 TCTGTTTA-CTGAACATA-TTCAAATAATTATGAATATCTAAATAATTATTTATTTCAAAACATT
64 TCTGTTTATC-GAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * **
13400 ATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTT
127 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
*
13454 GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAAATAA
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAA
* * * * * * * * *
13517 ATATATTTTTTGAACACA-TTCAAATAGCTATAACTATTTAAAGAATTATCTATTTCAAATTATT
63 ATCTGTTTATCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * *
13581 ATGACCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTA
127 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* *
13635 GAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * ** * * *
13699 TTGTTTATTGAGCGAGTTCAAATAGTTATGA-TGCCTCGAACAATTATTTTTTTCAAATCATTAT
65 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
** * * **
13763 GATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATCCATACAATTTTATTCA
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
**
13815 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * ** *
13880 ATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAACTCATTATG
65 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* ** ** * *
13945 ACATTTT-TTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTCATACAAAATTACTGA
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * **
13995 AAATAAAATACTACTAATTTATTAATATTCGAAAAA-T-A-AA-TTAGAGATTTAAAAGTTAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * *
14056 CTGTTTATCAAACCAGCTCAAATAATTTTGATTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATC
65 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
14121 ATC-TTTGTTTTCT-ATAAGACAATTGCTTCTATTCATATAAGTTTATTC-
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
** * * * * * * *
14169 -GGTAAAATATTGCTAAATTAATAGTATTCTAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
14233 GTGTTTATTGAACCAA-TGCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
65 CTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * ** **
14297 AACATTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATGCGTGCTTATTTG
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA
* * *
14349 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAATAAGAA-ATTTTAAAAAATAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAA
* * * * * * * * * * * *
14413 ATATGTTTGTTGAATAAGTTTAAATAGTCATGCCTATTTGAATAACTATTTATTT-AGAATAAAT
63 ATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATT
* * * * *
14477 GTGACC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTTATTA-AAGCTTGTTCG
127 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA-TACAAGCTTATTCA
* * *
14530 AAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATCAAT-AGCTTAAAA-ATTT-AAAAATAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAG--TAAAAGATTTAAAAAATAA
** * * * *
14592 GCCAGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
63 ATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
14655 TGCA-AACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTTCA-TGATACAAG-TCTATTCG
126 T--ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCT-TATTCA
* **
14710 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATACGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
14775 CTGTTTATTG---AA--TC--A-A--T-T-CCTGTTTGAACAATTATGTATTTCAAATCGTTATA
65 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
14828 ACATTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTC-AGTTCGTATAAGCTTATTCA
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
14879 TAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTGACAA-CAAAGAGATTTAAAAAATATA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * *
14943 CCTATTTA-CTGAA-TAGTTTAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATC-AGTTTACCAAA-AA
64 TCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTT--CAAATCA
* * * * * * **
15004 TTATGACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTTTTTTTA-CCATTCAAGCTTATTTG
125 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
15059 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTTAAAAA-AAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAA
* * * * ** *
15123 TCTATTTA-CCAAGCTAGTTCAAATA--TATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTA
64 TCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * * * *
15185 TTACCTTTTGTTCTGCCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATT-T
128 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * ** * ** *
15237 GAATAAAATAATACTAATCTAACAATATTTCAAAAATTAATAACTAGGAGAATTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** * * * *
15302 TTATTTATCAAACCAGTTCAAATATTTAAAAATTATATGAACAATTATATATTTCATATCATTAT
65 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * **
15367 GACCTTTTGTTTTGTCATGAAACAAGTT-TTTTTGAATTCATACTAGCTTATTTG
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCT--ATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
15421 GAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAAT
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * *** * * *
15485 TTTGTTTACCTAACCTTTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
64 TCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * * *
15550 GAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCG
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
15602 AAATAAAGTAATATTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----ATATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
15663 CTATTTATCAAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATG
65 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * * *
15728 ACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTATGTTTATATAAGCTTATTCA
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
** * * * * *
15779 AGTTAAAATAATGCTAATTTATTAATATGTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAACTAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * *
15844 ATGTTTA-CTGAACTAAAATCAAATAGTCATGATTATATGAATAATTATCTATTTCAAAATCGTT
65 CTGTTTATC-GAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATT
*** * * * * * *
15908 ATGGTATTTTATTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCTTATAAGCTTATTCA
127 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
15962 AAATAAAATAATACTAAGTTATTAAT-TATGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATC
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * *** *
16026 GGTTTATCGAACAAGTTTAAATAATTTTGACTATTTTG-ACAACTATTTATTTGAAATTGCTATA
66 TGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * ** * * * * * **
16090 ACCTTCTGTTATGTCGTAAAATGATTTTTTTTGTTCATAGAAACTTATTTT
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
16141 GAGTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAGACGATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTT---AAA-AAA
* * *
16205 TAAATCTATTTA-CTGAACAAGTTCAAACT--TTATTGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAA
60 TAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAA-TAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * *
16267 TTGA-TATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TT-T-GTCATACATGCTTATTTC-
122 -TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCA
* * * * ** * *
16323 GACTAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTGACCATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
16388 ATGTTT-TGCAAACAAGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGT
65 CTGTTTAT-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * **
16452 GACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTG
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * *
16504 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
16569 TTGTTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAAATATCTATTTCAAAACATTATG
65 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * *
16634 ACATTTTGTTTTATCATAAAATATTTGGTTCTCTTCATGCAAGCTTATTCC
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
*
16685 AAATAAAATAATA-TAAAATTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAA-A-TTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * ** * * * *
16747 TATATTTTTTGAACACTTTCAAACAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTAT
64 TCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * *
16812 GACCTTTTGATTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCATATTCA
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * *
16864 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
16928 TTGTTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATG
65 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
** * * * *
16993 ATATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCG
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
***
17044 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
17109 TTGTTCATCGAACAAGCTCAAATAATCAAG-TTCATTTGAACTATTATCTATTTCGAATCATTAT
65 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
** * **
17173 GATATTTTG-TTTGTTGA-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTAGTT-A
129 GACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCA
* * * *
17224 GAATAAAGTAATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * **
17285 TTGTATGTCAAACCAA-TTCAAATAGTTATAATTTTTTTAACAATTATCTATCTCAAATTGTTAT
65 CTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* ** * * * * *
17349 GATC-TTTGTTTCATCACAAAACAATTGTTTTTATTCTTATAACCTTATTCA
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
17400 GAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTTTAAATATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * **
17461 CTATTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTA-CTTATTTCAAATTGTTAT
65 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTAT
* * * * * * **
17525 GA-CTTTTGGTTATATTATAAAATAGTTGTTTCTATTCATACATGCTTATTTG
129 GACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
17577 GATTAAAATAATACTAATTTATTAATAATTTGACAATTAATAAGTAAAAAAATTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * *
17642 ATATTTACCGAACTAGATCAAATAATTTTGACTTTTTGAATAATTAACTATTTCAGATCATTATG
65 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
17707 ACATTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTC-AGTTTATATAAACTTATTCG
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA
* * ** *
17758 AAATAAAATAATGCTAATTTATTAGTAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATGAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * ***
17822 TTTGTTTA-CTAAACAAGTTGAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTA
64 TCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * *
17886 TAACCTTTCGTTTTGTCATAAAAGAATTTTTTCTATTCATACAATCTTATTTC-
128 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCA
* * * * *
17939 AAATAATATAATACAAAGTTATTAATATTAAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * **
18004 ATGTTTGTCGAACAAGTTCAAATCA--T-TGAACTATTTGTGCAATTATTTATTTTAACTTTTTA
65 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * *
18066 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACATGTTTTTTCA
128 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * * * *
18119 TATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTTATAGTTAATAAATAAAAGATTTTAAAAAATAAG
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
18184 TATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTAT
64 TCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * *
18249 GACCTCTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTGTGTATA-AA-TTTATAT-G
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T-T-CATACAAGCTTAT-TCA
* * * * * *
18301 AAGTAAAATAATACTAATTTATTCATATTCCAAAAATTAATGAGT--AAG------AGAA-GAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
18357 CTGCTTATCGAATAAGTTTAAATAGTTATGGCTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATG
65 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
** * * **
18422 ACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTT
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
18473 GAGTAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCCACAAATTAAT--G----AGA---AAAAAAT--G
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
18526 T-T-TTT-TTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-GTAAT
64 TCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * **
18587 GACCTTTTGTTTTATCATAAACCAATAGTTTCTATTCATAGAAGGTTATTTG
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * ** * *
18639 GAATAAAAATACTGTTAATTTATTAAAATACTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
18704 TTTGTTTAAC-AAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTA
64 TCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * *
18768 TGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTACTATTCATACAAGTTTATTCA
128 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
*** *
18821 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAACT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
18886 CTGCTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTCTCTATTTTAAATCATTATG
65 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * **
18951 ACATTTTGTTTTGTCGTTAAACAATTATTTTTATTCATACAAAATTATTCA
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
19002 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAATAAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAA
* * * * * * * * * * *
19062 TCTATTTATCAAACCAA-TTTAAATAGTTTTAACTAGTTCAATAATTATCTATCTCAAATTAATA
64 TCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * *
19126 TGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCG
128 TGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * ** * *
19179 GAGTAAAATATTGCCAAAGTAATAAAATTCTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * *** ** * * * * *
19240 GTATTTGCCAAACTTTTTTTAATATTTAAGAAT-TTTAGAACAATTATCTATTTTAAATCATTCT
65 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* ** * * *
19304 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAA-TTTTTTTTTTAGTTCATACAAGCTAATTCA
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
19356 AAATACAATAATACAAATTTATTAACATTCATAAAGTTAATAAGCAAGAA-ATTTAAAAAAATAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAA-AAGATTT-AAAAAATAA
* * * * *
19420 ATCTATTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGGACAACTATTTATTT-AAATTCAT
63 ATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCAT
* * * * * * *
19483 TATGACCATTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTC-ATTTCAAAAAAGCTTATCCA
126 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA
* * * ***
19538 AAATAAAATAACA-TTATGTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * **
19602 T-TAGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
64 TCT-GTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * *
19665 ATGAACTTTTGTTTTGTCATAATACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGACTT-TTCA
127 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAG-CTTATTCA
* * ** * *
19719 AAATAAAATAATCCAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTGAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
19784 ATGCTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTA-GTACTATTTGAATAATTATATATTTTAAATCATTAT
65 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * *
19848 AACCTTTTGTTTTGTTATGAAAA-AATTATTTATATTCTTTCAAGTTTATTCA
129 GACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
19900 AAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * *
19965 TTATTT-GCTGAACCAA-TTTAAATAGGTAAGGCTATATGAATAATTATTTATTTGAAAT-AGTT
65 CTGTTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TT
* * * * * * ** **
20027 ATGACATTTTGTTATGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATGTAAGTCTT-TTTT
127 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCA
* ** *
20081 AAATAAAATTATTTTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTGAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
20142 CTGTTTACCAAACTAA-TTCAAATAGTTATAACAATTTGAACAATT-TTTAATTTCAAATCATTA
65 CTGTTTATCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTA
* * *
20205 TGACCATTTGTATTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATAC-AGCCTTATTCA
128 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCA
* * ** * * * * *
20258 GAATAAAGTAACGCTAATTTAATGATATTCTAAAAATTAGTAAGTAATAGATTTAAAAAATGAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * * *
20323 CT-ATAAGCCTG-ACTAGTACTAATAATTATAATTGTTTGAACAATTATATATTTCAAAGCATTA
65 CTGTTTA-TC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * *
20386 T---CTTTTGTTTTGTTACAAAATAATTGTTTTTGTTCGTACAAG-TTGAATCA
128 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCA
* ** * ** * *
20436 AAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTTAAAAA--ATTAA-T--AAGATTTAAAATCTGAATT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * *** *
20496 TGTTTATCAAACAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAA
66 TGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * *
20561 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATATATT-TTTATATTCATACAAGCTCATTTC-
131 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCA
* * * * * *
20611 -AATCAAAATAATACAAATTTATTAATATTCATACAACTAATAACTAAAAGATTT-AAAAGTAAA
1 AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
20674 TCTATTTA-CTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAATAATTATTTATTT----T-A-TA
64 TCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * *
20732 --ACCTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTGTTTA
128 TGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * * *
20784 GATTAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * * * * * * * *
20849 AAGTTTACCAAACATGTTCCAATAGTCATAAGTACTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATG
65 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * ** * * * *
20914 ACCATTTATTTCATCATAAAACAATTGTAT-TAGTTCATATAGGCTTATTCG
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA
* * *
20965 AAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTCCAAAAATTAATGAGTA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTA
21011 GGTCAAATTT
Statistics
Matches: 6356, Mismatches: 1421, Indels: 642
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 4 0.00
166 43 0.01
167 73 0.01
168 10 0.00
169 120 0.02
170 6 0.00
171 10 0.00
172 185 0.03
173 117 0.02
174 58 0.01
175 107 0.02
176 326 0.05
177 672 0.11
178 275 0.04
179 354 0.06
180 965 0.15
181 2092 0.33
182 614 0.10
183 163 0.03
184 92 0.01
185 68 0.01
186 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
TGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
Found at i:18236 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 18215--18248 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
18205 AATAGTCATG
18215 TCTA-TTTAAATAATTA
1 TCTATTTTAAATAATTA
*
18231 TCTATTTTAAATCATTA
1 TCTATTTTAAATAATTA
18248 T
1 T
18249 GACCTCTTCT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.25
17 12 0.75
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (17 bp):
TCTATTTTAAATAATTA
Found at i:18480 original size:172 final size:165
Alignment explanation
Indices: 18193--18580 Score: 426
Period size: 172 Copynumber: 2.3 Consensus size: 165
18183 GTATGTTTAC
* * * *
18193 CGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTCTTC
1 CGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTCTTC
*
18258 TTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTGTGTATAAATTTATATGAAGTAAAATAATACT-AATTTA
66 TTTTGTAATAAAACAATTGTTT-A-TGTGTATAAACTTATATGAAGTAAAATAAT-CTAAATTTA
*
18322 TTCATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAAGAATCTGCTTAT
128 TTAATATTCCAAAAATTAATGAG-AA-A-AA-AATCT-CTTAT
* * *
18365 CGAATAAGTTTAAATAGTTATGGCTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCT-TTC
1 CGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTCTTC
* * * *
18429 ATTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGT-TCATGCAAGCTTATTTTG-AGTAAAATAATTTAAAT
66 -TTTTGTAATAAAACAATT-GTTTATGTGT-AT--AAACTTA-TATGAAGTAAAATAATCTAAAT
* * * *
18491 TTATTAATATTCCACAAATTAATGAGAAAAAAATGTTTTTT
125 TTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAAAAATCTCTTAT
* * * *
18532 TGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
1 CGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAA
18581 TGTAATGACC
Statistics
Matches: 186, Mismatches: 23, Indels: 19
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 45 0.24
168 4 0.02
169 3 0.02
170 6 0.03
171 6 0.03
172 115 0.62
173 7 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (165 bp):
CGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTCTTC
TTTTGTAATAAAACAATTGTTTATGTGTATAAACTTATATGAAGTAAAATAATCTAAATTTATTA
ATATTCCAAAAATTAATGAGAAAAAAATCTCTTAT
Found at i:19707 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 19673--19709 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
19663 TTATGAACTT
19673 TTGTTTTGTCATAATACAA
1 TTGTTTTGTCATAATACAA
*
19692 TTGTTTT-TCATCATACAA
1 TTGTTTTGTCATAATACAA
19710 GACTTTTCAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 10 0.59
19 7 0.41
ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.08, T:0.49
Consensus pattern (19 bp):
TTGTTTTGTCATAATACAA
Found at i:22190 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 22119--22215 Score: 176
Period size: 48 Copynumber: 2.0 Consensus size: 48
22109 CTTAAGTGAA
*
22119 GGATTTTCTTATGATGGTTATGTTTGTCTTAAATTATTGTTGATTATG
1 GGATTTTCTTATGATGGTTATGTTTGTCTTAAATCATTGTTGATTATG
*
22167 GGATTTTCTTATGATGGTTATGTTTGTCTTAAGTCATTGTTGATTATG
1 GGATTTTCTTATGATGGTTATGTTTGTCTTAAATCATTGTTGATTATG
22215 G
1 G
22216 CCTATAATTT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
48 47 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.05, G:0.23, T:0.53
Consensus pattern (48 bp):
GGATTTTCTTATGATGGTTATGTTTGTCTTAAATCATTGTTGATTATG
Found at i:26688 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 26136--31145 Score: 3275
Period size: 180 Copynumber: 27.6 Consensus size: 180
26126 AAAGCTAACA
** * * ** * *
26136 TATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTT-GAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATTTTG
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * * * * * * * *
26200 GATAAGCTTTTATGAGCT-GAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAA
65 AATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAACGATTTGAAA
* * * *** * *
26264 TCGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACAAACT
128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATT
* * * * * *
26317 TATTTCTTGAAATTTCATACTTATTAA-TTTTATGAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTC
1 TATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * ** * * *
26381 GAATAAGCATATATAAATTGAAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAA
64 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * * *
26446 TAGATAATTATTCTAATAGTCTTTACTATTT-AAATTGATTTGGCAAACGTATT
128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACATATT
* ** * ** * ***
26499 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAACATTTTACTCCGA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * * *
26564 ATAAGCTTGTATGAATATAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAGATAG
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATAG
* *
26629 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-AAGCTAGTTCGGTAAACAGATT
131 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTCGGTAAACATATT
* * * * *
26679 TAGTTTTTAAATGTCTTA-TTAGT--TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
** * * * *
26740 ATAATTTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTAAGACAAAACAAA-ATGTCATAACAATTTGAAAT
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA--TCATAACGATTTGAAAT
* * * * * *
26804 AGATAATAGTTCAAATGGAT-GTGACAATTTAAACTTA-TTCGGTAAACATATT
129 AGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACATATT
* * * * *
26856 TAGTTTTTAAATGTCTTA-TTAGT--TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
** * * *
26917 ATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAA-ATGTCATAACGATTTGAAAT
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA--TCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * *
26981 AGATAATAGTTCAAATGGAT-GTGACAATTTAAACTTA-TTCGGTAAACAGA-T
129 AGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACATATT
** * *
27032 TATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATCAATTTTATTTCA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATTTTA
* * * * * *
27097 AATAAACTTATATGAATAAAAATAATTATTTTACGACAAAACAAA-ATCATAATGATTTGAAATA
65 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * **
27161 AATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACTCA-TTTGATAAACAGACA
130 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCGGTAAACATATT
* * * * * *
27212 TATATTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTCATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * * * *
27277 ATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAGATCATAACGATTTGAAATA
* * * * ** * *
27342 AATAATTATTCAAATAGTCGTTACTATTTGAAC-ATGTTTAGAAAACAAATT
130 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTCGGTAAACATATT
* * * * **
27393 AATTTTTTAAAT-T-TGTACTTCTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTT-TTCA
1 TATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTT
* * * * ** *
27454 AAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTTTTTTATGACAAAATAAAATGATCATATTGTTTTGA
64 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAA-CAAA-GATCATAACGATTTGA
* * * * * *
27518 AAGAGATAATTGTTTAGATGGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAGATT
126 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACATATT
* * * * * * *
27573 CT-TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCA
1 -TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * * * * *
27637 AATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
65 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAGATCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
27701 TAGATAATTATTCAAATAGTCATGACAATTTGAACTTGTTCAGTAAACCTATT
128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATT
* * * * * * * * * **
27754 TATTTTTTAAGTCTTTTACTTAATAATTGTCAAAATATTAACAAATTAATATTATTTTAATCCAA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * * * *
27819 ATAAACTTGTATGAATAGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAGTAAAAAG-TCAAAACAATTTGAAA
66 ATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTATTTTATGACAAA--ACAAAGATCATAACGATTTGAAA
* * ** * ** *
27883 TA-AGTAATTGCTT-AAATAGTCATAACGATTTAAAAAAAGATAAT-TGTTCATATAGTCT
128 TAGA-TAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACTAG-T--TCGGTAAACATA-T-T
* * * * * *
27941 TAACTGTTTAAA-CAACTTCAGCAAATTGATTTATTTTTTA-AATCTCT--T-AATTATTAATT-
1 T-ATTTTTTAAATC-TCTT-A-C---TT-A-TTAATTTTTAGAATAT-TAATAAATTAGT-ATTA
* * * * * * ** * ** * **
28000 TTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-GCTTATATGAACTAAAACAATTA
55 TTT----TATT-TTAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG-AC-AAAACAAAGA
** * * * * * * *** ** *
28064 TTTTATA--A-TAGAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAAT-AACAATTG
112 TCATA-ACGATTTG-A-AATA-GATA-ATTG--TTCAAATA-GTCATAACT-ATTTGAAC---TA
**
28125 GTTCAATAAACAGT-TT
165 GTTCGGTAAACA-TATT
* * *
28141 TGTTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTT
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * * *
28205 AATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAA
65 AATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAAA
* * * * *
28269 AAGATAATTATTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAACT-GATTCGATAAAC-TGATT
128 TAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAT-ATT
** * * *
28322 TATTTTTTTTAAATCTCCAACTT-TTCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTT
1 TA--TTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * *
28386 TGGATAAGATTTTAAGAAATTGAAACAATTATTTTTATGATAAAACAAA-ATGTCATAACAATTA
63 TAAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAGA--TCATAACGATT-
* * * *
28450 T-AAATAGATAATTGTTCGAATAATCATAACTATTTGAACATA-TTTGGTAAGCATATT
123 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACATATT
* * * *
28507 TATTTTTTAAA-AT-TT-CTTATTAATTTTTTGAATTTTAATCAAA-TAGTATTTTTTTTTTAAT
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTA---TTATTTT-AT
* * * * * * * * *
28568 TTTGAATAAGCATGTATAAATTA-AAGCAATTATTTTATGACTAACCAAAAGGTTAGAA-GATTT
61 TTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTT
* *** * * * ** * *
28631 GAAATAGCTAATTGTTTTGATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTAGTAAATACATT
124 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATT
* * * * ** *
28688 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACATTGA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * * * *
28753 ATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAATATCATAACGATTTTAGATAG
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATAG
* * * ** * *
28818 ATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAGA-TCGTTCAATAAATAAATT
131 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTAGTTCGGTAAACATATT
* * * *
28868 TAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
** * * *
28929 ATAATTTTGTATGGAT-GAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACGATTT-AAAG
66 ATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAAA-
* * ** * * * * ** * *
28992 TAGCTAATAGTTTGAATAGACTTGACTATTTGAACTTGTTCAATGAATA-ATT
128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATT
* *
29044 TATTTTTTAAATCTAC-AACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
1 TATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * * *
29108 AATAAACTTGTATGAATGGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCACAATGATTTGAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAAAT
* * * * * *
29173 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTT-AGTAAATAGATT
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCGGTAAACATATT
* * * * *
29225 TATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTATTTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
1 TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * ** *
29289 AATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGATCATAACAATTTGAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-GATCATAACGATTTGAAAT
* * * *
29354 GGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGT-GTTCAGAAAACATATT
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACATATT
* * *
29406 TATTTTTTAAAT-TTTTA-TATATTAATTTTT-GCAGTATTAATCAATTTA-TATTATTTTATTT
1 TATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTAG-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * *
29467 GAAATAAGCTTGCATGAACATAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAACATCATAATGTTTTGAA
63 TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAA
* * * *
29532 ATAGATAATTGTTCGAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTCAGTAAACA-AGTT
127 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATA-TT
* * * *
29586 TATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATGTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * * * * * **
29650 AATAAGCTTATTTGAATTGAAACAGTTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * * *
29715 AGTTAACTATTCAAATAATCATGACTATTTCAACTTGTTTGGTAAATATATT
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATT
* * * * * * * * **
29767 TATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTCAT-AATTAATATTATTTTAATCCAA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * * * *
29831 ATAACCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATA
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAAATA
* * * *
29896 -AGTAATTGCTCAAATAGTCATAAC-ATTTGAACTTGTTTGATAAACATATT
130 GA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATT
* * * *
29946 TATTTTCTAAATCT-TGTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTGTTTTATTC
1 TATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
30008 GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTTTATTTTATGTCAAAACAAAAAGTTACAGCGATTTT
63 TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA--TTATTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAACGA-TTT
* * * * * *
30072 G-AATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTCCGGTAAATATATT
124 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATT
* *
30128 CT-TTTTTTAAATATCTTAATTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATT-GTTATTATTTTATTT
1 -TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTT
* * * * * * * *
30190 CAAATAAACTTATATGAATTGAAACAAATCTTTTATGACAAGAA-AAAGGTCATAACAATTTGAA
63 TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAA-AACAAAGATCATAACGATTTGAA
* *** * * * *
30254 ATAGATAATTATTTTTATAGTCTTAACTATTTGAACT-GACTCGATAAACACATT
127 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACATATT
* * * * * * * * *
30308 TATTTTTTAAATCTCTTACTCATTATTTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTGA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * * * *
30373 ATAAGCTTGTATGAACA-AAAGCAATTGTCTTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAGATA
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATA
* * *
30437 GATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATTAGTTCGATAAACATATT
130 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATT
* * * *
30488 TAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
** * * * * * * * *
30549 ATAATTTTATATGAATAGAAATAATCT-TTTTAAGATAAAATAAA-ATGTCACAATGATTTAAAA
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TATTTTATGACAAAACAAAGA--TCATAACGATTTGAAA
** * * * * * * *
30612 TAGATAATAATTTAAATAGACATAGCTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATT
128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATT
** *
30665 TATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
** * * * *
30730 ATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTCTTTTATGACAAAATAAAAAATCATAATGATTTGAAATA
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAGATCATAACGATTTGAAATA
* ** * * *
30795 AATAATTGTTCAAAGGGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGATAAACTTATT
130 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATT
* * *
30846 TATTTTTTAAATATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
1 TATTTTTT-AA-ATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * *** *
30911 AAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGATTATGACAAAACAAA-ATGTCATAACAATTTGAA
64 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA--TCATAACGATTTGAA
* * * ** *
30975 ATAGATAATTGTTCAAATACTTATGACTATTTGAAC-ATGTTTAGAAAACATATT
127 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTCGGTAAACATATT
* **
31029 TATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * *
31091 AAAGAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAA
64 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAA
31146 TGTTTTTTAA
Statistics
Matches: 3821, Mismatches: 796, Indels: 425
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
176 231 0.06
177 354 0.09
178 16 0.00
179 232 0.06
180 1042 0.27
181 975 0.26
182 355 0.09
183 263 0.07
184 60 0.02
185 78 0.02
186 6 0.00
187 5 0.00
188 19 0.00
189 21 0.01
190 15 0.00
191 6 0.00
192 18 0.00
193 10 0.00
194 11 0.00
195 18 0.00
196 14 0.00
197 18 0.00
198 13 0.00
199 12 0.00
200 5 0.00
201 9 0.00
202 7 0.00
203 4 0.00
204 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATAG
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACATATT
Found at i:27403 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 26136--34002 Score: 4005
Period size: 181 Copynumber: 43.3 Consensus size: 180
26126 AAAGCTAACA
*** * * ** * *
26136 TATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTT-GAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATTTTG
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * * * * * * *
26200 GATAAGCTTTTATGAGCT-GAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAA
65 AATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * *
26264 TCGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-ATAAACAAACT
128 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATT
* * * *
26317 TATTTCTTGAAAT-TTCATACTTATTAA-TTTTATGAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTT
1 TATTT-TTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTA-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * ** * *
26380 CGAATAAGCATATATAAATTGAAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAA
63 TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * **
26445 ATAGATAATTATTCTAATAGTCTTTACTATTT-AAATTGATTTGGCAAACGTATT
127 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGAAAACAAATT
* * ** * ** * ***
26499 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAACATTTTACTCCGA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * * * * *
26564 ATAAGCTTGTATGAATATAAAAAATTATTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATA
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * ** * *
26628 GATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-AAGCTAGTTCGGTAAACAGATT
130 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTTAGAAAACAAATT
* * * *
26679 TAGTTTTTAAA---TGT-CTTATTAGTTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
** * * * * * *
26739 AATAATTTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTAAGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * ** * *
26804 AGATAA-TAGTTCAAATGGAT-GTGACAATTTAAACTTATTCGGTAAACATATT
129 AGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATT
* * * *
26856 TAGTTTTTAAA---TGT-CTTATTAGTTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
** * * *
26916 AATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * ** * *
26981 AGATAA-TAGTTCAAATGGAT-GTGACAATTTAAACTTATTCGGTAAACAGA-T
129 AGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATT
*** * *
27032 TATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATCAATTTTATTTCA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATTTTA
* * * * * * *
27097 AATAAACTTATATGAATAAAAATAATTATTTTACGACAAAACAAAA--TCATAATGATTTGAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * ** * **
27160 AAATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACTCATTT-GATAAACAGACA
129 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATT
* * * * *
27212 TATATTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTCATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * *
27277 ATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * *
27342 AATAATTATTCAAATAGTCGTTACTATTTGAACATGTTTAGAAAACAAATT
130 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATT
* * * * * **
27393 AATTTTTTAAAT-TTGTACTTCTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTT-TTCAA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTA
* * * * * ** *
27455 AATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTTTTTTATGACAAAATAAAATGATCATATTGTTTTGAA
65 AATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAA-TTGTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * * * *
27519 AGAGATAATTGTTTAGATGGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATT
127 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATT
* * * * * * * *
27573 CT-TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCA
1 -TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * * *
27637 AATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
65 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * **
27701 TAGATAATTATTCAAATAGTCATGACAATTTGAACTTGTTCAGTAAACCTATT
128 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATT
* * * * * * * * **
27754 TATTTTTTAAGTCTTTTACTTAATAATTGTCAAAATATTAACAAATTAATATTATTTTAATCCAA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * ** * * *
27819 ATAAACTTGTATGAATAGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAGTAAAAAGTCAAAACAATTTGAAAT
66 ATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * *** *** * *
27884 A-AGTAATTGCTT-AAATAGTCATAACGATTTAAAAAAAGATAATT-GTTCATATAGTCT
129 AGA-TAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACTTG-T--TTAGAAAACA-AAT-T
* * * * * * *
27941 TAACTGTTTAAA-CAACTTCAGCAAATTGATTTATTTTTTA-AATCTCT--T-AATTATTAATT-
1 T-ATTTTTTAAATC--TTTTA-C---TT-A-TTAATTTTTAGAATAT-TAATAAATTAGT-ATTA
* * * * * * ** * *
28000 TTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA--GCTTATATGAACTAAAACAATT
55 TTT----TATT-TTAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTG-TT-TATG-AC-AAAACAA-A
** * * ** * * * * *** **
28063 ATTTTATAATAGA--ACAAA-AGGTTACAATGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAAT-AACAATT
109 AGGTCATAA-CGATTTGAAATA-G--ATAATTA-TTCAAATA-GTCATAACT-ATTTGAAC--TT
* **
28124 GGTTCA-ATAAACAGTTT
165 -GTTTAGA-AAACAAATT
* ** *
28141 TGTTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTT
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * *
28205 AATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAA
65 AATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * **
28269 AAGATAATTATTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAAC-TGATTCGATAAACTGATT
128 TAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATT
*** * * *
28322 TATTTTTTTTAAATCTCCAACTT-TTCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTT
1 TA--TTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * * * *
28386 TGGATAAGATTTTAAGAAATTGAAACAATTATTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTAT
63 TAAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAA-T-TGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT-T
* * * * * * * * *
28451 -AAATAGATAATTGTTCGAATAATCATAACTATTTGAACATATTTGGTAAGCATATT
124 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATT
* * * *
28507 TATTTTTTAAA--ATTT-CTTATTAATTTTTTGAATTTTAATCAAA-TAGTATTTTTTTTTTAAT
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTA---TTATTTT-AT
* * * * * * * * *
28568 TTTGAATAAGCATGTATAAATTA-AAGCAATTATTTTATGACTAACCAAAAGGTTAGAA-GATTT
61 TTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * *** * * * *
28631 GAAATAGCTAATTGTTTTGATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTAGTAAATACATT
124 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGAAAACAAATT
* * * * * ** *
28688 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACATTGA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * * * *
28753 ATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAATA--TCATAACGATTTTAGAT
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * *
28816 AGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAGA-TCGTTCA-ATAAATAAATT
129 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTTAGA-AAACAAATT
* * * *
28868 TAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
** * **
28929 ATAATTTTGTATGGAT-GAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACGATTT-AAAG
66 ATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-
* ** * * * * * *
28992 TAGCTAA-TAGTTTGAATAGACTTGACTATTTGAACTTGTTCA-ATGAA-TAATT
128 TAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATT
*** *
29044 TATTTTTTAAATCTACAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * * * *
29109 ATAAACTTGTATGAATGGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCACAATGATTTGAAATA
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* *** * * *
29174 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTAGTAAATAGATT
130 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATT
* * * *
29225 TATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTATTTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
1 TATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * * * *
29289 AATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGATCATAACAATTTGAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * *
29354 GGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAACATATT
129 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATT
* *
29406 TATTTTTTAAAT-TTTTA-TATATTAATTTTT-GCAGTATTAATCAATTTA-TATTATTTTATTT
1 TATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTAG-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * ** * *
29467 GAAATAAGCTTGCATGAACATAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAACATCATAATGTTTTGAA
63 TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * *
29532 ATAGATAATTGTTCGAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTCAGTAAACAAGTT
127 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATT
* * * * *
29586 TATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATGTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * * * * * **
29650 AATAAGCTTATTTGAATTGAAACAGTTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * * *
29715 AGTTAACTATTCAAATAATCATGACTATTTCAACTTGTTTGGTAAATATATT
129 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATT
* * * * * * * **
29767 TATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTCAT-AATTAATATTATTTTAATCCAA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * ** *
29831 ATAACCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATA
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
** *
29896 -AGTAATTGCTCAAATAGTCATAAC-ATTTGAACTTGTTT-GATAAACATATT
130 GA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATT
* * * * **
29946 TATTTTCTAAATCTTGTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTGTTTTATTCG
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * *
30009 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTTTATTTTATGTCAAAACAAAAAGTTACAGCGATTTTG
64 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA--TT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTG
* * * * *** * * *
30073 -AATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTCCGGTAAATATATT
125 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATT
* * *
30128 CT-TTTTTTAAATATCTTAATTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATT-GTTATTATTTTATTT
1 -TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTT
* * * * * *
30190 CAAATAAACTTATATGAATTGAAACAAATCT-TTTATGACAAGA-AAAAGGTCATAACAATTTGA
63 TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AAT-TGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
*** * ** * *
30253 AATAGATAATTATTTTTATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGACTCGATAAACACATT
126 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATT
* * * * * * * * * *
30308 TATTTTTTAAATCTCTTACTCATTATTTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTGA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * * *
30373 ATAAGCTTGTATGAACA-AAAGCAATTGTCTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGAT
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * *
30436 AGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-TTAG-TTCGATAAACATATT
129 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGA-AAACAAATT
* * * *
30488 TAATTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
** * * * * * * * * * *
30549 ATAATTTTATATGAATAGAAATAATCTTTTTAAGATAAAATAAAATGTCACAATGATTTAAAATA
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * *
30614 GATAATAATTTAAATAGACATAGCTATTTGAACTTGTTT-GATAAACAAATT
130 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATT
*** *
30665 TATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
** * * ** *
30730 ATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTCTTTTATGACAAAATAAAAAATCATAATGATTTGAAATA
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * ** * * **
30795 AATAATTGTTCAAAGGGTCATAACTATTTGAACTCG-TTCGATAAACTTATT
130 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATT
* *
30846 TATTTTTTAAATATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
1 TATTTTTT-AA-ATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * *
30911 AAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGATTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAA
64 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
30976 TAGATAATTGTTCAAATACTTATGACTATTTGAACATGTTTAGAAAACATATT
128 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATT
**
31029 TATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * **
31091 AAAGAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTTTA
64 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * *** * * * * *** ** *
31155 A-ACAT-GTTCGGCAAATA--AATGAA-TTTTTTAA-TTCTCTTACTCATTAATTTT
127 ATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGT-TTAGAAAACAA-ATT
** ** * * *
31206 TAGAATATTAATAAAT-TAGTA-TTATT--TTATTTCA-AATAAGCTTATATGAATCGAAATAAT
1 T---AT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTT-AGAAT-A--TTA-ATAAAT--TAGT-AT
* ** * * * * * * ** * ** * *
31266 TTTTTTATTACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTAT-TCAAATACTTATGAC
53 TATTTTATT-TTAAAT--AAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAA-ACAAAAG-G
* * * * * ** * * * **
31330 TCTTTGAACTTG-TTCGATAA-ACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTGTCAAAAT
112 TC-AT-AAC--GATTTGA-AATAGATA---ATTATTCAAAT-AGTCA-TAACTATTTG--AACTT
* ** *
31393 -ATTA-ATAAATGAACT
165 GTTTAGA-AAACAAATT
* ** * * ** * *
31408 TATTCAGTAAACAGATTCTTTTTTAATTCTCCTACTCATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAG
1 TATT--TTTTA-A-A-TC--TTTT-A--CT--TATTAATTTTT----AGAATATTAATAAATTAG
**** * * * * * *
31473 TATTATTTTACAACAAATAAGCTTATATAAACT-GAAAGAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGT
50 TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGT
* * ** * * * * *
31537 TAGAATAATTTAAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAT
113 CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAA
31602 ATT
178 ATT
* * * * * *
31605 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * * * * * * *
31670 ATATA-CATATATGAATAGAAACTATTATTTTATAACATAACAAAAAGTTATAACGGTTTGAAAT
66 ATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* ** ** *
31734 AAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTAAAACTAT-TTT-GATAAACAGATT
129 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGA-AAACAAATT
* * **
31786 TATTTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTTT-GAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTCCA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * * * ** *
31846 AACAAACTTATATGAACCA-AAACTTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGG---TAATGATTTGAAA
65 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * *
31907 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTG-ATTTGGTTAGGTAAACAAAATTAT
128 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GAAAAC-AAA-T-T
* * * * *
31963 TTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTCA-TTTTGTTTTATTCC
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-T
* * * *
32026 T-AATAAG-TTAGTATGAATTGAAAAAATTTATTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
63 TAAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAA-TTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * **
32089 AATAGATAATTGA-TCACACAATCTTAACTATTTGAACTAGTTT-GACATACAACCT
126 AATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATT
* * * * **
32144 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCG
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * * * * ** * *
32208 AATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAATTTTTTATGATAGAATGAATGGTTATAACGATTTG--AT
65 AATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * * *
32271 ATACAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTT-AAATTGGTTCGATAAACAGATT
129 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATT
* * * * * *
32323 TATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTT-GAAAGATTAATAAAATATTATTATTTTATTCTG
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * * * *
32386 AATAAGCATATA-G-ATCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAA
65 AATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * ** * *
32449 TAGATAATTGTTGAAATGGTCATAATTATTTGAAC-CGATCCGATAAATAGATT
128 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATT
* * *
32502 CACTTTTTAAAT-TTCATACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
1 TATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * * *
32565 GAATAAGCTTGTATGAACT-GTAACAATTGTTTTATAACAAAACCAAAGGTAATAACAATTTTAA
64 AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * ** * *
32629 ATAGACAATTGTTCTAATAGT-AGTAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACATATT
127 ATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATT
** * * * **
32683 TATTTTTTAAA-CTCATGCTTATTAATTTTTAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGG
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * * * * * *
32747 ATAAGATTTTATAAACTA-AAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGTCATGACAATTTTAAAT
66 ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* *
32811 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTTGTTT-GTAAACAAATT
129 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATT
* * * *
32861 TATTTTTTCAATC-TTTAGCTTATTAAGTTTTTTA-AATGTTAATTAAATTTGGATTA-TTTATT
1 TATTTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAA--TTTTTAGAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * *
32923 CCAAATAAGCTTGTAAG-ATATGAGACAAATATG-TTATGACTAAACAAAAGGTCACAAAGATTT
62 TTAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAAC-AAT-TGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * ** * * ** * *
32986 GAAACAAAAAATTATTCTAATAGTTTTTACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACACATT
124 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATT
* * * ***
33043 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGTATTATTTT-TAACCA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTA
* * * *
33107 AATAAGCTTTTGTG-ATCATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
65 AATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * ** * *
33171 TAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAA-TTGAGTCGGTAAACAACTT
128 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGAAAACAAATT
* * * * *
33224 TATTTTTAAAAT-TTTTAACTTAATAA--TTTAGGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAATC
1 TATTTTTTAAATCTTTT-ACTTATTAATTTTTA-G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * ** * *
33286 TATCTAAGCTTGTA-GTAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAATTAAAAGGTTATAACGATTTT
63 TAAATAAGCTTGTATG-AA-TAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * * * * *
33349 ATATAGACAATTGTTCAAATAATAATAATTATTTAAACTTGTTT-GATAAATAGATT
125 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATT
* * * *
33405 TATTTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTTGAATGTCAATAAATTAGTATTCA-TTTATTC
1 TA-TTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTT
* * * * *
33468 TGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGA
63 TAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * ** * *
33532 AATAGATAATT-TTTATAATTGTCTTAACCATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATT
126 AATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATT
* * * **
33587 TATTTTTAAAATC---T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * *
33647 AATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAAAGATTTGAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * ** * *
33711 AGATTATCATTCATATAGTCTTAATTATTTGAA-TTGATTT-GACAATTAGACT
129 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGA-AAACAAATT
* * * * * * * * *
33763 TATTTTTTAATTTTTTTTAGTTATTTAGTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTATTTCA
1 TATTTTTTAA-ATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
** ** * * * * * *
33828 AATAAAATAATATGAATAGAACCAATTTTTTGATGACAAAATAAAAGCTTATAACAATTTGAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * * * *
33893 AGTTAAGTATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAAATGGTTTGGCAAGCAGATT
129 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATT
* * *
33945 TACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
34003 GTGACAAAAC
Statistics
Matches: 5925, Mismatches: 1377, Indels: 768
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 4 0.00
174 41 0.01
175 10 0.00
176 342 0.06
177 513 0.09
178 102 0.02
179 354 0.06
180 1345 0.23
181 1708 0.29
182 617 0.10
183 269 0.05
184 107 0.02
185 90 0.02
186 26 0.00
187 17 0.00
188 23 0.00
189 27 0.00
190 26 0.00
191 11 0.00
192 22 0.00
193 13 0.00
194 19 0.00
195 21 0.00
196 10 0.00
197 26 0.00
198 30 0.01
199 16 0.00
200 19 0.00
201 13 0.00
202 16 0.00
203 17 0.00
204 5 0.00
205 1 0.00
206 13 0.00
207 15 0.00
208 4 0.00
209 4 0.00
210 9 0.00
211 2 0.00
212 3 0.00
213 6 0.00
214 5 0.00
217 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATT
Found at i:27643 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 26136--34002 Score: 3821
Period size: 361 Copynumber: 21.7 Consensus size: 360
26126 AAAGCTAACA
** * * * ** * ***
26136 TATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATTTTGG
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * * *
26201 ATAAGCTTTTATGAGCT-GAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAAT
66 ATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * *
26265 CGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-ATAAACAAACTTATTTCTTGAAA
130 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATTTATTT-TTTAAA
* * * * *
26329 TTTCATACTTATTAATTTTATG-AATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCATA
193 TTTC-TACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTG
* * * ** * * * *
26392 TATAAATTGAAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTAT
255 TATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * *
26457 TCTAATAGTCTTTACTATTT-AAATTGATTTGGCAAACGTATT
319 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAACATATT
* * ** * ** * * *
26499 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAACATTTTACTCCGA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * *
26564 ATAAGCTTGTATGAATATAAAAAATTATTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATA
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * ** * * *
26628 GATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-AAGCTAGTTCGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--
131 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATT
* * * **
26690 TGT-CTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGA
195 TCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
26754 ATAAAAATAATTATTTTAAGACAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAA
260 AT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
26818 ATGGAT-GTGACAATTTAAACTTATTCGGTAAACATATT
323 ATAG-TCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATT
* * * *
26856 TAGTTTTTAAA--T-GT-CTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-A
** * * * *
26916 AATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * ** * *
26981 AGATAA-TAGTTCAAATGGAT-GTGACAATTTAAACTTATTCGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAA
130 AGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * *
27043 TCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATCAATTTTATTTC-AAATAAACTT
193 T-TTCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTA-TTCAAAATAAGCTT
* * * * * *
27106 ATATGAATAAAAATAATTATTTTACGACAAAAC-AAA-ATCATAATGATTTGAAATAAATAATTG
254 GTATGAAT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * **
27169 TTTAAATAATCATAACTATTTGAACTCATTTGATAAACAGACA
318 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATT
* * * * * * **
27212 TATATTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTCATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * *
27277 ATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * *
27342 AATAATTATTCAAATAGTCGTTACTATTTGAACATGTTTAGAAAACAAATTAATTTTTTAAATTT
131 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTT
* * * * *
27407 GTACTTCTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTT-TTCAAAATAAGCTTGCATGA
196 CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGA
* * * ** * * * *
27470 ACAAAACCAATTTTTTTATGACAAAATAAAATGATCATATTGTTTTGAAAGAGATAATTGTTTAG
260 ATAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * *
27535 ATGGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATT
323 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATT
* * * ** * *
27573 CT-TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCA
1 -TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * *
27637 AATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
65 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * ** *
27701 TAGATAATTATTCAAATAGTCATGACAATTTGAACTTGTTCAGTAAACCTATTTATTTTTTAAGT
129 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * ** * * * * *
27766 CTTTTACTTAATAATTGTCAAAATATTAACAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTAT
194 -TTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTAT
* * *
27831 GAATAGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAGTA-AAAAG-TCAAAACAATTTGAAATA-AGTAATTG
258 GAAT--AAAACAATTGTTTTATGACAAA--ACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTG
* * * * ** *
27893 CTT-AAATAGTCATAACGATTTAAAAAAAGATAATT--GTTCATATAGTCT
318 -TTCAAATAGTCATAACTATTT----GAA-CTTATTCGGTAAACATA-T-T
** * *
27941 TAACTGTTTAAACAACTTCAGCAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAA
1 T-A-T-TTTTTA-AA--TC-TC---TT-ACTTA----TT-AA-----T--TT-TT-A------AA
* * *
28006 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTAT
35 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTAT
* * * * * * * * *
28070 AATAGAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATAGGTAATTGTTC--A-A---ATAAC-AATTG---
99 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * *
28125 --GTTCA-ATAAACAGTTTTGTTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
164 TTGTTTAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
*** *
28187 TAGTATTATTTTATTTTTAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
227 TAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAAT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * *
28251 GTTCATAACGATTTGAAAAAGATAATTATTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAACTGATTCGATAA
290 GATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTATTCGGTAA
28315 AC-TGATT
354 ACAT-ATT
** * *
28322 TATTTTTTTTAAATCTCCAACTT-TTCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTT
1 TA--TTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
*** * * * * * * *
28386 TGGATAAGATTTTAAGAAATTGAAACAATTATTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACAATTAT
63 CAAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT-T
* * * * * * * * *
28451 -AAATAGATAATTGTTCGAATAATCATAACTATTTGAACATATTTGGTAAGCATATTTATTTTTT
125 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTT
* * * *
28515 AAAATT-T-CTTATTAATTTTTTG-AATTTTAATCAAA-TAGTATT-TTTTTTTTAATTTTGAAT
190 AAATTTCTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCAA-----AAT
* * * * * * * * * *
28575 AAGCATGTATAAATTAAAGCAATTATTTTATGACTAACCAAAAGGTTAGAA-GATTTGAAATAGC
248 AAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGA
*** * * ** * *
28639 TAATTGTTTTGATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTAGTAAATACATT
312 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAACATATT
* * * * * * *
28688 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACATT-G
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCA
* * * * *
28752 AATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAATA--TCATAACGATTTTAGA
65 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * *
28815 TAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAGA-TCGTTCA-ATAAATAAATTTAGTTTTTAA
129 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTTAGA-AAACAAATTTATTTTTTAA
* * *** **
28878 A--TCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTA
192 ATTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTA
* * * *
28940 TGGATGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACGATTT-AAAGTAGCTAATAGTT
257 TGAAT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTT
** * * * * ** * *
29004 TGAATAGACTTGACTATTTGAACTTGTTCAATGAATA-ATT
320 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATT
* * **
29044 TATTTTTTAAATCTAC-AACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
1 TATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * *
29108 AATAAACTTGTATGAATGGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCACAATGATTTGAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* *** * * *
29173 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAAT
130 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTT-AAAT
* * * * *
29238 TTTTACTTATTATTTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTTTAT
194 TTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTAT
* * * * *
29302 GAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGATCATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCA
258 GAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
29367 AATAGTTATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAACATATT
322 AATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATT
* ** * * *
29406 TATTTTTTAAAT-TTTTA-TATATTAATTTTTGCAGTATTAATCAATTTA-TATTATTTTATTTG
1 TATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * ** * *
29468 AAATAAGCTTGCATGAACATAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAACATCATAATGTTTTGAAA
64 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
29533 TAGATAATTGTTCGAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTCAGTAAACAAGTTTATTTTTT-AAT
129 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
29597 TCTCTTACTCATTAATGTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTATT
194 T-TC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTA
* * * * * ** * * *
29662 TGAATTGAAACAGTTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGTTAACTATTC
257 TGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *
29727 AAATAATCATGACTATTTCAACTTGTTTGGTAAATATATT
321 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATT
* * * * * * * *
29767 TATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTCAT-AATTAATATTATTTTAATCCAA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * ** *
29831 ATAACCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATA
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
** * *
29896 -AGTAATTGCTCAAATAGTCATAAC-ATTTGAACTTGTTT-GATAAACATATTTATTTTCTAAAT
131 GA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * *
29958 CTTGTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTGTTTTATTCGAAATAAGCTTGT
194 -TTCTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGT
* * * * *
30021 ATGAATAGAAA-AATTTTATTTTATGTCAAAACAAAA-AGTTACAGCGATTTTG-AATAGATAAT
256 ATGAATA-AAACAA--TTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGA-TTTGAAATAGATAAT
* * * * * *
30083 TGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTCCGGTAAATATATT
316 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATT
* * *
30128 CT-TTTTTTAAATATCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-GTTATTATTTTATTTC
1 -TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTC
* * * * * * *
30191 AAATAAACTTATATGAATTGAAACAAATCTTTTATGACAAGA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAA
64 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
*** * ** * *
30255 TAGATAATTATTTTTATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGACTCGATAAACACATTTATTTTTTAAA
129 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * * * * **
30319 TCTCTTACTCATT-ATTTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGT
193 TTTC-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGT
* * * * *
30383 ATGAACAAAAGCAATTGTCTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTT
256 ATGAATAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* *
30447 CAAATAGTCAAAACTATTTGAA-TTAGTTCGATAAACATATT
320 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAACATATT
* * **
30488 TAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
** * * * * * * * * *
30549 ATAATTTTATATGAATAGAAATAATCT-TTTTAAGATAAAATAAAATGTCACAATGATTTAAAAT
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * *
30613 AGATAATAATTTAAATAGACATAGCTATTTGAACTTGTTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAAT
130 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * **
30677 CTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAAATTGT
194 -TTCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGT
* * * * *
30740 ATGAATAGAAACAATTCTTTTATGACAAAATAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
256 ATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
** ** * *
30805 CAAAGGGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGATAAACTTATT
320 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATT
* * *
30846 TATTTTTTAAATATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC
1 TATTTTTT-AA-ATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * *** * *
30910 TAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGATTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAA
64 -AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * *
30975 ATAGATAATTGTTCAAATACTTATGACTATTTGAACATGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAA
128 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * *
31040 TTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAAGAAGCTTGCA
193 TTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTA
* * * * **
31104 TGAACAAAACCAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-TTT--TTTA-A-ACA-TGTT
257 TGAATAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATA-ATTGTT
* ** * * *
31163 C-----GGCA-AA-TAAATGAA-TT-TT--TTAATTC-T-CT
320 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAA-ACATATT
* ** * * *
31192 TACTCATT-AA--T-TT--TTA-GAA-TATTAATAA-A-T--TAG-----TATTATTTTATTTCA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * * * *
31240 AATAAGCTTATATGAATCGAAATAATTTTTTTATTACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT
65 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * *
31305 AAATAATTATTCAAATACTTATGACTCTTTGAACTTG-TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAT
130 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAAT
* ** *
31369 CTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATGAACTTATTCAGTAAACAGATTCTTTTTTA
194 -TTCTACTTATTAATTT-TTGAAATA-T--T-AAT-AA---ATT-AGT------A-T-TATTTT-
* * * * * *** * ** *
31433 ATTCTCCTACTCATTAA--TT-TTTGGAATTTTAATA-AATTAGTATTATTTTACAACAAATAAG
239 A-T-T-C-A--AAATAAGCTTGTAT-GAA---TAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGAT
* ** ** * ** * * * *
31494 CTTATATAAACTGAAAGA-ATTGTTTTATTACAAA-AG--A-AA-AAGTTAGAA-TAATT---TA
293 CATA-ACGATTTGAAATAGA-T-AATTGTT-CAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTATTCGGTA
*
31549 AA-ATAGAT
353 AACATA-TT
* ** * * * * *** * *
31557 AATTACTCAAATAGTCATGAC-TATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTA--AATCT
1 TATTTTTTAAAT-CTC-TTACTTA-TT-AA--T-TTT--TAAA-ATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *** ****
31619 TTTACTT--ATTAA--TTATCA-AAATATTAATA-AATTAATATTAT-TTTAATTTGAA--T-AT
56 TTTATTTCAAATAAGCTTGT-ATGAATA-GAA-ACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* ** * * *
31674 -AC-ATATATG-AATAGAAACTATTATT-TTATA-ACATAACAAAAAGTTAT-AAC-GGTTT-G-
117 AACGAT-T-TGAAATAGATA--ATTATTCAAATAGTCATAAC---TA-TT-TGAACTTGTTTAGA
* * ** * * **
31730 AAATAAA-TAATTGCTCAAATAGTCATAAC-TATTAAAACTATTTTGATAAACAGATTTATTTTT
173 AAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTC-T-ACTTATT--AA-T-TTTTG----A-A-A--TA-TTAA
** * * * *
31793 TAAATCTTTTATTAATTT-TTGAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACTTAT
222 TAAAT-TAGTATTATTTTATTCAAA-A-TA--AGCTT-G--------TA-T------GAA--TA-
* * *
31857 ATGAACCAAAACTTTTGTTTTATGACAAAACAAAAG---GTAATGATTTGAAATAGATAATTATT
263 A--AA-C--AA---TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * *
31919 CAAATAGTCATAATTATTTG-ATTTGGTTAGGTAAACAAAATTATT
320 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAAC---A-TATT
* * * * *
31964 T-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTGTTTTATTCCT
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCA
* * *
32027 AATAAG-TTAGTATGAATTGAAAAAATT-TATTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
65 AATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTAT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * **
32090 ATAGATAATTGA-TCACACAATCTTAACTATTTGAACTAGTTT-GACATACAACCTTATTTTTTA
128 ATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATTTATTTTTTA
* * * * *
32153 AATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTT
191 AATTTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTT
* * * * ** * * * * *
32217 GTATGAACAGAAATAAATT-TTTTATGATAGAATGAATGGTTATAACGATTTG--ATATACAATT
254 GTATGAATA-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
32279 GTTTAAATAGTTATAACTATTT-AAATTGGTTCGATAAACAGATT
317 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAACATATT
* * * * *
32323 TATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTGAAAGATTAATAAAATATTATTATTTTA-TTCTG
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-A
* * * * * * *
32386 AATAAGCATATA-G-ATCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAA
65 AATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * ** * * * *
32449 TAGATAATTGTTGAAATGGTCATAATTATTTGAAC-CGATCCGATAAATAGATTCACTTTTTAAA
129 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAA
***
32513 TTTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
193 TTTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTA
** * * * * * * *
32578 TGAACTGTAACAATTGTTTTATAACAAAACCAAAGGTAATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTC
257 TGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * *
32643 TAATAGT-AGTAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACATATT
321 AAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATT
* * * ***
32683 TATTTTTTAAA-CTCATGCTTATTAATTTTTAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGG
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * * * *
32747 ATAAGATTTTATAAACTA-AAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGTCATGACAATTTTAAAT
66 ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * *
32811 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTTGTTT-GTAAACAAATTTATTTTTTCAATC
130 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAAT-
* * * * *
32874 TT-TAGCTTATTAAGTTTTTTAAATGTTAATTAAATTTGGATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTGT
194 TTCTA-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGT
* * * * * * * * * * * * * *
32937 AAGATATGAGACAAATATGTTATGACTAAACAAAAGGTCACAAAGATTTGAAACAAAAAATTATT
256 ATGA-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* ** * * *
33002 CTAATAGTTTTTACTATTTGAAC-TAGTTCGGCAAACACATT
320 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAACATATT
* * * **
33043 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGTATTATTTT-TAACCA
1 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCA
* * * * *
33107 AATAAGCTTTTGTG-ATCATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
65 AATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * ** * * *
33171 TAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAA-TTGAGTCGGTAAACAACTTTATTTTTAAAA
129 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * ** * * * **
33235 TTTTTAACTTAATAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAATCTATCTAAGCTTGTA
193 TTTCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTA
* * ** * * * * *
33300 -GTAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAATTAAAAGGTTATAACGATTTTATATAGACAATTGTT
257 TG-AA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * *
33364 CAAATAATAATAATTATTTAAACTTGTTTGATAAATAGATT
320 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATT
* ** * *
33405 TATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTCAATAAATTAGTATTCA-TTTA-TTC
1 TA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTC
* * * * * *
33468 TGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGA
64 -AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * ** * *
33532 AATAGATAATT-TTTATAATTGTCTTAACCATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTA
127 AATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTA
* * * *
33595 AA-ATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGT
191 AATTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGT
* * * * * **
33658 ATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAAAGATTTGAAATAGATTATCATTC
256 ATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * ** ** * *
33723 ATATAGTCTTAATTATTTGAA-TTGATTTGACAATTAGACT
321 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAACATATT
* * * * * * * * * *
33763 TATTTTTTAATTTTTTTTAGTTATTTAGTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTATTTCA
1 TATTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
** ** * * * * *
33828 AATAAAATAATATGAATAGAACCAATT-TTTTGATGACAAAATAAAAGCTTATAACAATTTGAAA
65 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * * * * *
33892 TAGTTAAGTATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAAATGGTTTGGCAAGCAGATTTACTTTTTAAAT
129 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* *
33957 CTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
194 TTC-TACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
34003 GTGACAAAAC
Statistics
Matches: 5743, Mismatches: 1292, Indels: 939
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
327 4 0.00
328 121 0.02
329 20 0.00
330 1 0.00
332 1 0.00
333 5 0.00
334 2 0.00
335 1 0.00
336 6 0.00
337 6 0.00
338 4 0.00
340 2 0.00
341 1 0.00
343 1 0.00
344 2 0.00
345 1 0.00
346 11 0.00
347 5 0.00
348 2 0.00
349 3 0.00
350 3 0.00
351 12 0.00
352 45 0.01
353 111 0.02
354 98 0.02
355 11 0.00
356 278 0.05
357 436 0.08
358 552 0.10
359 190 0.03
360 585 0.10
361 1190 0.21
362 481 0.08
363 464 0.08
364 237 0.04
365 33 0.01
366 70 0.01
367 50 0.01
368 8 0.00
369 2 0.00
370 3 0.00
371 6 0.00
372 8 0.00
373 3 0.00
374 2 0.00
375 5 0.00
376 2 0.00
377 4 0.00
378 3 0.00
379 13 0.00
380 9 0.00
381 34 0.01
382 22 0.00
383 15 0.00
384 12 0.00
385 30 0.01
386 68 0.01
387 81 0.01
388 15 0.00
390 5 0.00
391 14 0.00
392 19 0.00
393 11 0.00
394 4 0.00
395 6 0.00
396 9 0.00
397 21 0.00
398 9 0.00
399 109 0.02
400 7 0.00
401 29 0.01
402 22 0.00
403 18 0.00
404 11 0.00
405 22 0.00
406 31 0.01
407 4 0.00
408 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTT
CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAA
TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
GTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATT
Found at i:28266 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 27974--28285 Score: 428
Period size: 169 Copynumber: 1.8 Consensus size: 169
27964 AATTGATTTA
* *
27974 TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
1 TTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * *
28039 AAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATAGG
66 AAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTACAACGATTTGAAAAAGA
*
28104 TAATTGTTCAAATAACAATTGGTTCAATAAACAGTTTTG
131 TAATTATTCAAATAACAATTGGTTCAATAAACAGTTTTG
* ***
28143 TTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTAAT
1 TTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * ** * * *
28208 AGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAAAAAG
66 AAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTT-ACAACGATTTGAAAAAG
28272 ATAATTATTCAAAT
130 ATAATTATTCAAAT
28286 GGCTATAATT
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 20, Indels: 2
0.85 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.02
169 119 0.98
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (169 bp):
TTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
AAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTACAACGATTTGAAAAAGA
TAATTATTCAAATAACAATTGGTTCAATAAACAGTTTTG
Found at i:31255 original size:148 final size:147
Alignment explanation
Indices: 31030--31295 Score: 344
Period size: 148 Copynumber: 1.8 Consensus size: 147
31020 AAACATATTT
*
31030 ATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAAG
1 ATTTTTTAAATTTTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAAG
*
31095 AAGCTTGCATGAA-CAAAACCAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTTTAAACA
66 AAGCTTACATGAATCAAAA-CAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTTTAAACA
31159 TGTTCGGCAAATAAATGA
130 TGTTCGGCAAATAAATGA
31177 ATTTTTT-AATTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC
1 ATTTTTTAAATT-T-TTACTCATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTC
* * * * * * * * *
31239 -AAATAAGCTTATATGAATCGAAATAATTTTTTTATTACAAAATAAAAGGTTATAATG
61 AAAAGAAGCTTACATGAATCAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
31296 ATTTGAAATA
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 11, Indels: 11
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
146 4 0.04
147 12 0.12
148 79 0.77
149 7 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (147 bp):
ATTTTTTAAATTTTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAAG
AAGCTTACATGAATCAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTTTAAACAT
GTTCGGCAAATAAATGA
Found at i:31616 original size:248 final size:248
Alignment explanation
Indices: 31178--31650 Score: 716
Period size: 248 Copynumber: 1.9 Consensus size: 248
31168 AATAAATGAA
* ***
31178 TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
1 TTTTTTAATTCTCCTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACAACAAAT
* * * * * * * *
31243 AAGCTTATATGAATCGAAATAATTTTTTTATTACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAA
66 AAGCTTATATAAATCGAAAGAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGTTAGAATAATTTAAAATAAA
* * * *
31308 TAATTATTCAAATACTTATGACTCTTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTT
131 TAATTACTCAAATACTCATGACTATTTGAACTTGTTAGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTT
* *
31373 TACTTATTATTTGTCAAAATATTAATAAATGAACTTATTCAGTAAACAGATTC
196 TACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATGAACTTATTCAGTAAACAGATTC
* *
31426 TTTTTTAATTCTCCTACTCATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTACAACAAAT
1 TTTTTTAATTCTCCTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACAACAAAT
*
31491 AAGCTTATATAAA-CTGAAAGAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGTTAGAATAATTTAAAATAG
66 AAGCTTATATAAATC-GAAAGAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGTTAGAATAATTTAAAATAA
*
31555 ATAATTACTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCT
130 ATAATTACTCAAATACTCATGACTATTTGAACTTG-TTAGATAAACATATTTATTTTTTAAATCT
31619 TTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAAT
194 TTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAAT
31651 TAATATTATT
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 22, Indels: 4
0.89 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
247 1 0.00
248 197 0.98
249 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (248 bp):
TTTTTTAATTCTCCTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACAACAAAT
AAGCTTATATAAATCGAAAGAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGTTAGAATAATTTAAAATAAA
TAATTACTCAAATACTCATGACTATTTGAACTTGTTAGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTT
TACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATGAACTTATTCAGTAAACAGATTC
Found at i:31925 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 31904--31936 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
31894 TAATGATTTG
31904 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
31920 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
31937 TGATTTGGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:32481 original size:358 final size:357
Alignment explanation
Indices: 31426--34002 Score: 1742
Period size: 358 Copynumber: 7.2 Consensus size: 357
31416 AAACAGATTC
* * * * * * ***
31426 TTTTTTAATTCTCCTACTCATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTACAACAAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * * * * ** *
31491 AAGCTTATATAAACTGAAAGAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGTTAGAATAATTTAAAATAGA
65 AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTT--GATAGA
* ** * * * ** * *
31556 TAATTACTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT
128 CAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* ** *
31620 TTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATATA-CATATATG
192 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATA-AGCATATATG
* * * * * * * * * *
31683 AAT-AGAAACTATTATTTTATAACATAACAAAAAGTTATAACGGTTTGAAATAAATAATTGCTCA
255 -ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** * *
31747 AATAGTCATAACTATTAAAACTATTTTGATAAACAGATTTA
319 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTG--AAACAAATTTA
* * *
31788 TTTTTTAAA--TCTT-TTATTAATTTTTGAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAACA
1 TTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * ** *
31850 AACTTATATGAACCA-AAACTTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGG---TAATGATTTGAAATAGA
66 AGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG--ATAGA
* * * * * * * * *
31911 TAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGATTTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTTTTAAATC
128 CAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAAC-AGA-T-TTATTTTTTAAATC
* * *
31976 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTGTTTTATTCCT-AATAAG-TTAGT
190 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-CTGAATAAGCATA-T
** *
32038 ATGAATTGAAAA-AATT-TATTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
252 ATG-ATCAAAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * **
32101 ATCACACAATCTTAACTATTTGAACTAGTTTGACATACAACCTTA
315 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-A-ACAAATTTA
* * *
32146 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * ** * *
32211 AAGCTTGTATGAACAGAAATAAATT-TTTTATGATAGAATGAATGGTTATAACGATTTGATATAC
65 AAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGATAGAC
* *
32275 AATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAATTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
129 AATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * *
32340 AC-TATTAATTTTTGAAAGATTAATAAAATATTATTATTTTATTCTGAATAAGCATATA-GATCA
194 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCATATATGATCA
* * * * *
32403 AAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGG
259 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** *
32468 TCATAATTATTTGAAC-CGATCCGATAA-ATAGATTCA
324 TCATAACTATTTGAACTAG-TTTGA-AACA-A-ATTTA
* * * * ***
32504 CTTTTTAAATTTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * * *
32569 AAGCTTGTATGAACTGTAACAATTGTTTTATAACAAAACCAAAGGTAATAACAATTTTAAATAGA
65 AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA-TTT-GATAGA
* *
32634 CAATTGTTCT-AATAG-TAGTAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAA-CT
128 CAATTGTT-TAAATAGTTA-TAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * * *
32696 CATGCTTATTAATTTTTAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAG-ATTTTATA
191 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCA-TATATG
* * * * * * * * *
32760 AACTAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGTCATGACAATTTTAAATAAATAATTATTCAA
255 ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
*
32825 ATAGTCATAACTATTT-AACTTGTTTGTAAACAAATTTA
320 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTG-AAACAAATTTA
* * * * *
32863 TTTTTTCAATCT-TTAGCTTATTAAGTTTTTTAAATGTTAATTAAATTTGGATTA-TTTATTCCA
1 TTTTTTAAATCTCTTA--TTATTAA-TTTTTGAAATATT-ATTAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * * * * * * * * *
32926 AATAAGCTTGTAAGATA-TGAGACAAATATGTTATGACTAAACAAAAGGTCACAAAGATTTGAAA
62 AATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG--A
* * * * * * * * * *
32990 CAAAAAATTATTCT-AATAGTTTTTACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAA
124 TAGACAATTGTT-TAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * ** * *
33054 TCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTT
188 TCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCATA
* * *
33117 TGTGATCATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
251 TATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * ** *
33182 TCAAATGGCCATAATTATTTTAATTGAGTCGGTAAACAACTTTA
316 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTG-AAACAAATTTA
* * * ** * * * * **
33226 TTTTTAAAAT-TTTTAACTTAATAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAATCTATC
1 TTTTTTAAATCTCTT-A-TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * ** *
33290 TAAGCTTGTA-GTAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAATTAAAAGGTTATAACGATTTTATATA
64 TAAGCTTGTATG-AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA-TTT-GATA
* * * * * * * *
33354 GACAATTGTTCAAATAATAATAATTATTTAAACTT-GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTTAAAT
126 GACAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAAT
* * * * *
33418 CTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTCAATAAATTAGTATTCA-TTTATTCTGAATAAGCTTGT
189 CTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTCTGAATAAGCATAT
* ** * * * *
33481 ATGAACTGAAACAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATT-TT
252 ATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *
33545 TATAATTGTCTTAACCATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTA
317 CA-AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-G-AAACAAATTTA
* *
33589 TTTTTAAAATCTC---TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATA
1 TTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * *
33651 AGCTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAAAGATTTGAAATAGAT
66 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG--ATAGAC
* ** * * * * * ** ** * * * *
33715 TATCATTCATATAGTCT-TAATTATTTGAATTGATTTGACAATTAGACTTATTTTTTAATTTTTT
129 AATTGTTTAAATAGT-TATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA-ATCTC
* * * * * * * *
33779 TTAGTTATTTA-GTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTATT-TCAAATAA-AATAATAT
192 TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCAT-ATAT
* * * * * * * * *
33841 GAAT-AGAACCAATT-TTTTGATGACAAAATAAAAGCTTATAACAATTTGAAATAGTTAAGTATT
254 G-ATCAAAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
33904 CAAATAGTTAAAACTATTTGAAATGGTTTGGCAAGCAGATTTA
317 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-G-AAACAAATTTA
* * *
33947 CTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
1 TTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTT-TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT
34003 GTGACAAAAC
Statistics
Matches: 1746, Mismatches: 376, Indels: 186
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
354 2 0.00
355 47 0.03
356 7 0.00
357 41 0.02
358 584 0.33
359 140 0.08
360 252 0.14
361 216 0.12
362 219 0.13
363 220 0.13
364 9 0.01
365 9 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
TTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
AGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGATAGACAA
TTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCATATATGATCAAA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTAGTTTGAAACAAATTTA
Found at i:32581 original size:539 final size:536
Alignment explanation
Indices: 31409--34002 Score: 1883
Period size: 539 Copynumber: 4.8 Consensus size: 536
31399 AAATGAACTT
* * * * * * * *
31409 ATTCAGTAAACAGA-TTCTTTTTTAATTCTCCTACTCATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAG
1 ATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
*** * * * * * * * *
31473 TATTATTTTACAACAAATAAGCTTATATAAACTGAAAGAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGTT
66 TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TTAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * *
31538 AGAATAATTTAAAATAGATAATT-ACTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTT-GTTTAGTA-A-A
130 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGA-TC-AATAGTCTTAACTATTTGAA-TTAGTTT-G-ACATA
* * * * ** *
31599 CATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
190 CA-ACTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-
* * * * * * * * * **
31664 ATTT-GAATATACA-TATATGAATAGAAACTATTATTTTATAACATAACAAAAAGTTATAACGGT
253 ATTTCGAATA-AGATTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAAT
* * *
31727 TTGAAATA-AATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTAAAACTAT-TTTGATAAACAGATTTATT
317 TTGATATACAATTA-T--TCAAATAGTCATAACTATTTAAA-T-TGTTTGATAAACAGATTTATT
* * * * *
31790 TTTTAAATCT-TT--TATTAATTTTTGAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAA
377 TTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
* ** *
31852 CTTATATGAACCAAAACTTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAAT---GATTTGAAATAGATAA
442 CTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAA
* ***
31914 TTATTCAAATAGTCATAATTATTTGATTTG
507 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCG
* * *
31944 GTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
1 ATTCGGTAAAC-AAA-T-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * *
32009 TCA-TTTTGTTTTATTCCTAATAAG-TTAGTATGAATTGAAAAAATT-TATTTATGACTAAACAA
63 T-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-GTATGAATT-AAAAAATTGT-TTTATGACAAAACAA
* * *
32071 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGATCACACAATCTTAACTATTTGAACTAGTTTGACA
124 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGATCA-ATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTTGACA
* *
32136 TACAACCTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTT
188 TACAA-CTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * *
32201 TATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAAATT-TTTTATGATAGAATGAATGGTTATAACGA
252 TATTTCGAATAAGATTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAA
* * * *
32265 TTTGATATACAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAATTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTT
316 TTTGATATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT-GTTTGATAAACAGATTTATTTTT
* * ** *
32330 TAAATCTCTTACTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAAATATTATTATTTTATTCTGAATAAGCAT
380 TAAATCTCTTACTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
* * * *
32395 ATA-GATCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTG
445 ATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * *
32459 TTGAAATGGTCATAATTATTTGAACCG
510 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCG
* * * * * * * *
32486 ATCCGATAAATAGATTCACTTTTTAAATTTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
1 ATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
*** * * *
32551 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGT-AACAATTGTTTTATAACAAAACCAAAGGT
66 TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-T-TAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * ** * * ** *
32615 AATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCTAATAGTAGTAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAT
129 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGATC-AATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTTGACATACA-
* * * *
32680 ATTTATTTTTTAAA-CTCAT-GCTTATTAATTTTTAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATT
192 ACTTATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * *
32743 TTGGATAAGATTTTATAAACTA-AAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGTCATGACAATTTT
256 TCGAATAAGATTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAA-TTT
* * * * * *
32807 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAACTTGTTTG-TAAACAAATTTATTTTTTCA
319 -GATATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAA
* * *
32871 ATCT-TTAGCTTATTAAGTTTTTTAAATG-TTAATTAAATTTGGATTA-TTTATTCCAAATAAGC
383 ATCTCTTA-C-TATTAA-TTTTTGAAA-GATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC
* * ** * * * * * * * * * *
32933 TTGTAAGATA-TGAGACAAATATGTTATGACTAAACAAAAGGTCACAAAGATTTGAAACAAAAAA
443 TTATATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAA
* ** * *
32997 TTATTCTAATAGTTTTTACTATTTGAA-CT
507 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCG
* * * *
33026 AGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTT
1 A-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATT
* * * *
33090 AGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTTTGTG-ATCATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
64 AGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGAAT--TAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * **
33153 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAATTGAGTCGGTA-A
126 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGATC-AATAGTCTTAACTATTTGAATT-AGTTTG-ACA
* * * * ** *
33217 -ACAACTTTATTTTTAAAAT-TTTTAACTTAATAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGAATTATT
188 TACAAC-TTATTTTTTAAATCTCTT-AGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
33280 TTA-ATCTATCTAAGCTTGTA-GTAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAATTAAAAGGTTATAAC
251 TTATTTCGA-ATAAGATTGTATG-AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAAC
* * * * * * *
33343 GATTTTATATAGACAATTGTTCAAATAATAATAATTATTTAAACTTGTTTGATAAATAGATTTAT
314 AATTTGATAT--ACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTGTTTGATAAACAGATTTA-
* * * **
33408 TTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATG-TCAATAAATTAGTATTCA-TTTATTCTGA
375 TTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAA-TTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTCCAA
* ** * *
33471 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTCAA-AACAATTTGAAAT
437 ATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGT-AATAACGATTTGAAAT
* * * * **
33535 AGATAATT-TTTATAATTGTCTTAACCATTTGAACTA
501 AGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACCG
* * *
33571 ATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAA-ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAG
1 ATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * *
33632 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTT
66 TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * *
33696 ATAAAGATTTGAAATAGATTA-TCATTCATATAGTCTTAATTATTTGAATT-GATTTGACAATTA
130 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGA-TCA-ATAGTCTTAACTATTTGAATTAG-TTTGAC-A-TA
* * * * * * * * *
33759 -GACTTATTTTTTAATTTTTTTTAGTTATTTA-GTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTGTTTT
190 CAACTTATTTTTTAA-ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * ** * * *
33822 ATTTCAAATAAAATAATATGAATAGAACCAATT-TTTTGATGACAAAATAAAAGCTTATAACAAT
253 ATTTCGAATAAGATTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAATAAAAGGTTATAACAAT
* * * * * * ** * *
33886 TTGAAATAGTTAAGTATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAAATGGTTTGGCAAGCAGATTTACTTT
317 TTGATATA--CAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTT
*
33951 TTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
379 TTAAATCTCTTACT-ATTAATTTT-TGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTT
34003 GTGACAAAAC
Statistics
Matches: 1607, Mismatches: 358, Indels: 184
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
535 9 0.01
536 3 0.00
537 59 0.04
538 136 0.08
539 541 0.34
540 293 0.18
541 247 0.15
542 152 0.09
543 28 0.02
544 109 0.07
545 28 0.02
546 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (536 bp):
ATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
TAACGATTTGAAATAGATAATTGATCAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTTGACATACAACTT
ATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
TAAGATTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGATATAC
AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
CTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAAA
AACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACCG
Found at i:34800 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 34257--35911 Score: 850
Period size: 177 Copynumber: 9.4 Consensus size: 177
34247 GGCAAATGGT
* * * * *
34257 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAATTTTAGAATTTTACTAAATTAGTATTATTTTATTAT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * * **
34322 GAATAAGCTTGTATAAACAGAAAAAATTATTTTGTGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
65 GAATAAGCTTATATGAAC-GAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAA
* * * * **
34387 TAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTTGTAATGGTTCAGTAAATAAA
129 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGTTCAAT-AAGCAA
* * *
34438 TTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTC
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* *
34499 AAATAAGCTTATACGTTGAA--AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGA
65 GAATAAGCTTATA---TGAACGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGA
* * * * *** *
34562 AATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATTTTTACTTGAATTGATTCAATAAGCTAA
127 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTCAATAAGC-AA
* *
34615 TTTATTTTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTG
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* ** * * * ** * *
34680 GATAAATTTTTATGGAACCGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATATCATAATGATTTTAAA
66 AATAAGCTTATAT-GAA-CGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAA
*
34745 T-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAGGCACA
129 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAATAAGCA-A
* * * * * *
34795 TTTATTTTTCAAATCT-ATGCTTATTAATTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * * ** * * *
34859 AGTAAGCTTGGTATAAAC-AAACTGATTATTATATGACTAAACCAACTAGGT-ATAATGAATTTG
66 AATAAGCTT-ATATGAACGAAA-AAATTATTTTATGAC-AAAACAA-AAGGTAATAATG-ATTTG
* * * * * ** *
34922 AAATAGATAATTATTCTAATATTC-TAACTCATTTGAACTGGTTTAGGCAAACATA
126 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA-TTGTTCA-ATAAGCA-A
** * * *
34977 TTTA--TTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTGGAATATTATTAATATTACTATTA-TTTA-TCT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * *
35034 GAATAAAGCCTTGGTTATGATCAGAAATAATT-GTTTATTGAGAAAAC-AAA-GTCATAACT-AT
65 GAAT-AAG-CTT--ATATGAAC-GAAAAAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTAATAA-TGAT
* * * * * * *
35095 TTGATGATTGAT-ATTGTTCTAATATTTATAACTATTTGAATTGGTTTGAAAAATAGC--
123 TTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-G-TT-CAATA-AGCAA
**
35152 TTTAGTTTTTT-AA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATA-T--T-AA-TAG-GGTATTTTATTT
1 TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * * * ** *
35206 CGAATAAGTTTTTATGAATTGAAATAGTTGTTTTATGACAAAAAAAAACGTCATAACAATTTTAA
64 TGAATAAGCTTATATGAA-CGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAA
* * * *** **
35271 ATACATAATTGTTCAAATTGTCA-AATCTATTTCAACTTGTTTGGTAAATAGA
128 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAA-TTGTTCAATAAGCA-A
* * * * *
35323 TTTATATTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTAAATGTTAAT-AATTAGTATTATTTTATTC
1 TTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
35387 TAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATT-TTTTATGAC-TAACTAAAAGGTCAA-AATGATTTG
64 TGAATAAGCTTATATGAAC-GAAAAAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGT-AATAATGATTTG
* * * * * ** * *
35449 AAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAAGTATTTGAAATAGTTTGACAAACACA
126 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGTTCAATAAGCA-A
* * * * * **
35503 CTTATTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTTTTGGAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCC
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * * * * * * *
35564 AAATAAGCTTGTATAAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGA
65 GAATAAGCTTATAT-GAACGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAA
* * * * *** * *
35628 TAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTGTTTGAACTATTTTGTAAACAGC
129 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCAATAAGCA-A
* * * **
35678 TTCAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATATATCGGTATTATTTTATTTT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
** * * * * * *
35739 GAATAATTTTACATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
65 GAATAAGCTTATATGAA-CGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAA
* * * * *
35804 TAGATAATTATTCAAATGGACATAACTATTTGAACTT-AT-AA-AAG-TA
129 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCAATAAGCAA
*
35850 TTTATTTTTTAAATCTCCTAAC-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATT
1 TTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
35912 AATAAATTAT
Statistics
Matches: 1131, Mismatches: 249, Indels: 194
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 22 0.02
170 16 0.01
171 47 0.04
172 25 0.02
173 8 0.01
174 12 0.01
175 109 0.10
176 208 0.18
177 210 0.19
178 48 0.04
179 97 0.09
180 186 0.16
181 134 0.12
182 8 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (177 bp):
TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
AATAAGCTTATATGAACGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCAATAAGCAA
Found at i:35485 original size:527 final size:530
Alignment explanation
Indices: 34635--35911 Score: 1254
Period size: 527 Copynumber: 2.4 Consensus size: 530
34625 AAGTCTCTTA
* * * *
34635 CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAGTA-GTATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGGAAC
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAAT--A-TACGGAGTATTTTATTTTGAAT-AATTTTTAT-GAAT
* * * ** *
34698 CGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAATATCATAATGATTTTAAAT-GATAATTGTTCAAATA
61 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAACGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** *
34762 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAGGCACATTTATTTTTCAAATCTATGCTTATTAATTTTT
126 GTCATAACTATTTCAACTTGTTCAATAAACACATTTATTTTTCAAATCTATGCTCATTAATTTTT
* * * *
34827 GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAGTAAGCTTGGTATAAACAAACTGATTATTATA
191 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGGTATAAACAAACTAATTATTATA
* * * *
34892 TGACTAAACCAACTAGGTATAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATATTCTAACTCATTTG
256 TGACTAAACCAACAAGGTAAAATGAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTAACTCATTTG
* * * * *
34957 AACTGGTTTAGGCAAACATA-TT-TATTTTAAATCACTTATTAA-TTTTGGAATATTATTAATAT
321 AAATAGTTT-GACAAACACACTTATATTTTAAATCACTTACTAATTTTTGGAATATTATTAA-AT
** ** * *
35019 TACTATTA-TTT-ATCTGAATAAAGCCTTGGT-TATGATCAGAAATAATTG-TTTATTGAGAAAA
384 TACTATTATTTTAATCCAAAT-AAG-CTT-GTATAAAAT--GAAACAATTGTTTTA-TGACAAAA
* * ** * * * *
35080 CAAAG-TCATAACTATTTGATGATTGAT-ATTGTTCTAATATTTATAACTATTTGAATTGGTTTG
443 CAAAGATCATAACGATTTGA-GATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTG
* * *
35143 AAAAATAGCTTTAGTTTTTTAATCT
507 -AAAACAGCTTCAGTTTTTAAATCT
* * *
35168 CTTATTAATTTTTGAAATATT-A-ATA-GG-GTATTTTATTTCGAATAAGTTTTTATGAATTGAA
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATATACGGAGTATTTTATTTTGAATAA-TTTTTATGAATAGAA
* * * * *
35229 ATAGTTGTTTTATGACAAAAAAAAACGTCATAACAATTTTAAATACATAATTGTTCAAATTGTCA
65 ACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAACGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
*** * * * *
35294 -AATCTATTTCAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATATTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTT
130 TAA-CTATTTCAACTTGTTCAATAAACACATTTAT-TTTTCAAATC-TATGCTCATTAA-TTTTT
*
35358 AAATGTTAAT-AATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTT-GTATGAACTGAAA-TAATT-TT
191 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGGTATAAAC--AAACTAATTATT
* * * *
35418 TTATGACT-AACTAA-AAGGTCAAAATG-ATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAAGT-
253 ATATGACTAAACCAACAAGGT-AAAATGAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTC-TAACTC
* * *
35479 ATTTGAAATAGTTTGACAAACACACTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGGAATTTTATTA
316 ATTTGAAATAGTTTGACAAACACACTTATATTTTAAATCACTTACTAATTTTTGGAATATTATTA
* *
35544 AATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
381 AATTACTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * *
35609 AGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTGTTTGAACTATTTTGTAAA
446 AGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGAAAA
35674 CAGCTTCAGTTTTTAAATCT
511 CAGCTTCAGTTTTTAAATCT
* *
35694 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATATATCGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTACATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATATA-CGG-AGTATTTTATTTTGAATAATTTT-TATGAATAG
* * * * * *
35759 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGA
63 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAACGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
35824 CATAACTATTTGAAC---TT--ATAAA-AGTATTTATTTTTTAAATCTCCTAACT-ATTAATTTT
128 CATAACTATTTCAACTTGTTCAATAAACA-CATTTATTTTTCAAATCT-AT-GCTCATTAATTTT
*
35882 TAGAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATT
190 TA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
35912 AATAAATTAT
Statistics
Matches: 618, Mismatches: 91, Indels: 76
0.79 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
525 7 0.01
526 104 0.17
527 161 0.26
528 111 0.18
529 55 0.09
530 47 0.08
531 21 0.03
532 89 0.14
533 16 0.03
534 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (530 bp):
CTTATTAATTTTTAAAATATTAATATACGGAGTATTTTATTTTGAATAATTTTTATGAATAGAAA
CAATTGTTTTATGACAAAAAAAAACGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
AACTATTTCAACTTGTTCAATAAACACATTTATTTTTCAAATCTATGCTCATTAATTTTTAAATG
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGGTATAAACAAACTAATTATTATATGACT
AAACCAACAAGGTAAAATGAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTAACTCATTTGAAATA
GTTTGACAAACACACTTATATTTTAAATCACTTACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTACTATT
ATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAAC
GATTTGAGATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGAAAACAGCTTCAGT
TTTTAAATCT
Found at i:35559 original size:176 final size:175
Alignment explanation
Indices: 34286--35837 Score: 665
Period size: 176 Copynumber: 8.8 Consensus size: 175
34276 AGTTATTAAA
* * * * * * * * *
34286 TTTTAGAATTTTACTAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATAAACAGAAAAAATTA
1 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTG
* * * * * * *
34351 TTTTGTGATAGAAC-AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAACTA
65 TTTTATGACA-AACTAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * * *
34415 TTTGTAATGGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAT
129 TTTGAAATAGTT-TGCAAACAACTTCAGTTTTTAAATCTCTTACTAAT
* * * * *
34463 TCTTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATACGTTGAA--AAATAA
1 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTA---TGAATGAAACAA
* * * * * * * **
34525 TTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATTT
62 TTGTTTTATGAC-AAACTAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAA
* * * * * * *
34589 TTACTTG-AATTGATT-CAATAAGCTAA-TTTATTTTTTAAGTCTCTTACTTATTAAT
126 CTATTTGAAATAGTTTGC-A-AA-C-AACTTCAGTTTTTAAATCTCTTAC----TAAT
* * ** ** * *
34644 TTTT-AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGGAACCGAAACAATT
1 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAT-GAA-TGAAACAATT
* * ** * * *
34708 ATTTTATGACAAAATAAAATATCATAATGATTTTAAAT-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
64 GTTTTATGACAAACTAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTA
* * * *
34772 TTTGAACTTG-TT-CAATAGGC-ACATTTA-TTTTTCAAATCTATGCTTATTAAT
129 TTTGAAATAGTTTGCAA-A--CAAC-TTCAGTTTTT-AAATC--T-CTTACTAAT
* * * * ** *
34823 TTTT-GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAGTAAGCTTGGTAT-AAACAAACTGAT
1 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTT-GTATGAATGAAAC-AAT
* * * * * * ** *
34885 TATTATATGACTAAACCAACTAGGT-ATAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATATTC-TA
63 TGTTTTATGAC-AAACTAA-AAGGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATA
* * * * *
34948 ACTCATTTGAACTGGTTTAGGCAAACATA-TTTA--TTTTAAATCACTTATTAA-
125 ACT-ATTTGAAATAGTTT--GCAAACA-ACTTCAGTTTTTAAATCTCTTACTAAT
** * * *
34999 TTTTGGAATATTATTAATATTACTATTA-TTTA-TCTGAATAAAGCCTTGGTTATG-ATCAGAAA
1 TTTTAAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCTAAAT-AAG-CTT-G-TATGAAT--GAAA
* * * * * ** *
35061 TAATTG-TTTATTGAGAAA--ACAAA-GTCATAACTATTTGATGATTGAT-ATTGTTCTAATATT
59 CAATTGTTTTA-TGACAAACTA-AAAGGTCATAACGATTTGA-AATAGATAATTGTTAAAATAGT
* * * * * * *
35121 TATAACTATTTGAATTGGTTTG-AAAAATAGCTTTAGTTTTTTAATCTCTTATTAAT
121 CATAACTATTTGAAATAGTTTGCAAACA-A-CTTCAGTTTTTAAATCTCTTACTAAT
* ** * * * * * *
35177 TTTTGAAATATTAAT--A-GGGTATT-TTAT-TTC-GAATAAGTTTTTATGAATTGAAATAGTTG
1 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTG
** * * * * * *
35236 TTTTATGACAAAAAAAAACGTCATAACAATTTTAAATACATAATTGTTCAAATTGTCA-AATCTA
65 TTTTATGACAAACTAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAA-CTA
* * * * * * * * *
35300 TTTCAACTTGTTTGGTAAATAGA-TTTATATTTTTAAATCTTTTGCTCATTAAT
129 TTTGAAATAGTTT-GCAAACA-ACTTCA-GTTTTTAAATC---T-CTTACTAAT
* * *
35353 TTTTTAAATGTTAAT-AATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATT-
1 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTG
* * * * ** * *
35416 TTTTATGACTAACTAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAAGTAT
65 TTTTATGACAAACTAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTAT
*
35481 TTGAAATAGTTTGACAAACACACTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTAAT
130 TTGAAATAGTTTG-CAAACA-ACTTCAGTTTTTAAATCTCTTACTAAT
** * * * * *
35528 TTTTGGAATTTTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAAATGAAACAATTG
1 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAT-GAATGAAACAATTG
* * * *
35593 TTTTATGACAAAAT-AAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTGT
65 TTTTATGACAAACTAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
35657 TTGAACTATTTTGTAAACAGCTTCAGTTTTTAAATCTCTTATTAAT
130 TTGAAATAGTTTGCAAACAACTTCAGTTTTTAAATCTCTTACTAAT
* ** * * ** **
35703 TTTTAAAATATTAATATATCGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTACATGAATAGAAACAATTG
1 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTG
* * * *
35768 TTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACATAACTA
65 TTTTATGAC-AAACTAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTA
35832 TTTGAA
129 TTTGAA
35838 CTTATAAAAG
Statistics
Matches: 1071, Mismatches: 211, Indels: 187
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
169 19 0.02
170 14 0.01
171 46 0.04
172 13 0.01
173 15 0.01
174 15 0.01
175 104 0.10
176 215 0.20
177 195 0.18
178 56 0.05
179 82 0.08
180 172 0.16
181 108 0.10
182 8 0.01
183 4 0.00
184 2 0.00
185 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (175 bp):
TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTGT
TTTATGACAAACTAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATT
TGAAATAGTTTGCAAACAACTTCAGTTTTTAAATCTCTTACTAAT
Found at i:35878 original size:176 final size:171
Alignment explanation
Indices: 35583--35911 Score: 410
Period size: 176 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
35573 TGTATAAAAT
* * * *
35583 GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTAAAATAGT
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGA
* * *
35648 CATAACTGTTTGAACTATTTTGTAAACAGCTTCAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATA
66 CATAACTATTTGAAC---TTTATAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATA
* *
35713 TTAATATATCGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTACATGAATA
128 TTAATAAATCAGTATT-TTTTATTTTGAATAATTTTACATGAATA
* * *
35758 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAG
* * *
35823 ACATAACTATTTGAAC-TTATAAA-AGTATTTATTTTTTAAATCTCCTAACTATTAATTTTTAGA
65 ACATAACTATTTGAACTTTATAAACAG-ATTCAGTTTTTAAATCT-CT---TATTAATTTTTAAA
*
35886 ATATTAATAAATTAGTATTTTTTATT
125 ATATTAATAAATCAGTATTTTTTATT
35912 AATAAATTAT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 16, Indels: 12
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.02
172 20 0.15
173 2 0.02
175 30 0.23
176 78 0.59
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (171 bp):
GAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGA
CATAACTATTTGAACTTTATAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTA
ATAAATCAGTATTTTTTATTTTGAATAATTTTACATGAATA
Found at i:35936 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 35909--35941 Score: 50
Period size: 8 Copynumber: 4.1 Consensus size: 8
35899 AGTATTTTTT
35909 ATTAATAA
1 ATTAATAA
35917 ATT-ATAA
1 ATTAATAA
35924 TATTAATAA
1 -ATTAATAA
35933 ATTAATAA
1 ATTAATAA
35941 A
1 A
35942 AATATTTATA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
7 4 0.17
8 15 0.65
9 4 0.17
ACGTcount: A:0.61, C:0.00, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (8 bp):
ATTAATAA
Found at i:36252 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 36055--36390 Score: 446
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
36045 TTGGTAAATG
* *
36055 ATTTATTTTTTAAA-TTTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
1 ATTTATTTTTAAAATTTTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTGT-A
* * * * **
36118 TTT-GAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGAGTATTT
63 TTTAGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* *
36182 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGATTATGTTCAGAAAACAA
128 GAAATAGATAATTCTTCAAATAATCATAACTATTTGATTATGTTCAGAAAACAA
* * *
36236 ATTTA-TTTTAAAATTTTTTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTATATTATTGTCTTT
1 ATTTATTTTTAAAATTTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTGTATTT
* * * * *
36300 AGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAC
66 AGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
*
36365 ATAGATGATTCTTCAAATAATCATAA
131 ATAGATAATTCTTCAAATAATCATAA
36391 TTGTTTAACT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 19, Indels: 7
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 3 0.02
180 97 0.73
181 33 0.25
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
ATTTATTTTTAAAATTTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTGTATTT
AGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
ATAGATAATTCTTCAAATAATCATAACTATTTGATTATGTTCAGAAAACAA
Found at i:37276 original size:181 final size:175
Alignment explanation
Indices: 36972--37604 Score: 551
Period size: 182 Copynumber: 3.5 Consensus size: 175
36962 ATGGCTATAA
* * * * * * *
36972 TATTTTATTCTGAATAAAATAGTATGAATAGAACTAATTGTTTAATGAGAAAACAAAAGGTTAA-
1 TATTTTATT-TAAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TAAT
* ** *
37036 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGATTTGGTAAATAGATT
64 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TTTAAACTATTT-AAATGGTTTGGTAAATAGATT
* * *
37101 TACTTTTAAAGTCTCTTACTGATTAGTTTTCTAAATATTAAAAAATTAGTAT
127 TA-TTTTAAA-TCTCTTACTTATAAATTTT-TAAATATTAAAAAATTAGTAT
* * * * *
37153 TATTTTATTTAAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATA
1 TATTTTATTT-AAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATA
* * *
37218 ATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATATTTATAATTATTTAAAGTGGTTCGGTAAATAGAATT
65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATTTA-AACTATTTAAA-TGGTTTGGTAAATAG-ATT
** * * * * *
37283 T-TTAAAAAAAATCTCTTCCTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAATTT
127 TATT---TTAAATCTCTTACTTAT-AAATTTTTAAATATTAAAAAATTAGTAT
* * * * *
37335 TATTTTATTCCAAATAAACTTGCATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
1 TATTTTATT-TAAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATA
* * * * * *
37400 ACGATTTGGAATAGATAATTGTTCATATAGTCTAAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAATGGATTT
65 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TTTAAACTATTTAAA-TGGTTTGGTAAATAGATTT
* * * **
37465 ATTTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTAGACTATTATTAAATTAGTA-
128 A---TTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTA-AATATTAAAAAATTAGTAT
* * * * * *
37516 T-TTTT-TTT-AATAAATTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAGAAGGTTATAA
1 TATTTTATTTAAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAA
*
37578 TAATTTGAAATAGAT-ATTGTTCAAATA
66 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
37605 GTAATAACTA
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 74, Indels: 37
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 11 0.03
177 57 0.16
179 2 0.01
180 15 0.04
181 106 0.29
182 158 0.44
183 11 0.03
185 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
TATTTTATTTAAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAA
TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATTTAAACTATTTAAATGGTTTGGTAAATAGATTTATT
TTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAATATTAAAAAATTAGTAT
Found at i:37797 original size:65 final size:66
Alignment explanation
Indices: 37708--37843 Score: 202
Period size: 65 Copynumber: 2.1 Consensus size: 66
37698 AATTAGTATT
* *
37708 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAATAATTATTTTATGAAAAAATGAAAGGTAATAA
1 ATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTATTTTATGAAAAAACGAAAGGTAATAA
*
37773 CG
65 CA
* * *
37775 ATTTTATTT-AATAAGCTTGTATGTTGGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTAATAAC
1 ATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTATTTTATGAAAAAACGAAAGGTAATAAC
37839 A
66 A
37840 ATTT
1 ATTT
37844 GAAATAGATA
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 6, Indels: 2
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
65 54 0.86
67 9 0.14
ACGTcount: A:0.43, C:0.06, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (66 bp):
ATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTATTTTATGAAAAAACGAAAGGTAATAAC
A
Found at i:38222 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 37803--39667 Score: 1400
Period size: 181 Copynumber: 10.4 Consensus size: 180
37793 GTATGTTGGA
* * * * *
37803 AAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATCGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *** * *
37868 CATAATTATTTGATCTGATTTAGTAAATTGATTTATTTGTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
66 CATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG
* * *
37933 AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT-TAT--ACTG
131 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTTGTATGAACAG
* * * * *
37982 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAGGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
**
38046 TCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTCGCTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
38111 AAGAATGTTAATAAATCAATATT-TTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAG
129 -AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACAG
* * * *
38163 GAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * * * * *
38228 CATGACTATTTAAACTGA-CTCGATAAAGAAATTAACTTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTTATTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTA
* * *
38292 GAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG
130 G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACAG
* * * *
38344 GAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
38409 TATAACTATTTTAAATTTTTTCATTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTTTTACTCATTAATTTT
66 CATAACTATTTGAACTTATTT-AGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * **
38473 GGAATATTAAGAAAATTAGTATTATTTTATTCT-AGATATGCTT-TATAAATTG
129 AGAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGTTTGTATGAACAG
* ** *
38525 AAACAATTCTTTTATTTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATA-ATTAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
38589 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCGACAAAGAGATTTATTTTTTCAAATTTTTTACTTATTAATTT
65 TCATAACTATTTGAACTTATTTAG-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TT
* * * * * * *
38653 TTTGAATGTTAATAAATTTGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATA-TG
127 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGA-ACAG
* * * * * * *** * *
38707 AAACAAATATTTT-TGACTAAAGAAAAGGTTAGATTGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** ** ** *
38771 TTTAACTATTTGAACTGGTTTAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT--
66 CATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG
* * * **
38834 --TA--AA-ATATTAGTATTATTTT-TAATTGAATAAGTTTCTATGATTAG
131 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGTTTGTATGAACAG
* * ** * * *
38879 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAATGATGTGAGATTG-TAATAT-TTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAG
* *
38941 TC-TAACTATTTGAA--TAGGTTTTGATAAACAGAATTTATTTCTTAAATCT-TTACTTATT--T
65 TCATAACTATTTGAACTTA--TTTAG-TAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * ** ** * *
39000 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTTCAAATAA-ACTGTATGATCAA
126 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACAG
* * *
39053 AAACAATTGTTTTATGACAATACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATGGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
39117 CATAATTATTTTAACTAACTAGTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTT
66 CATAACTATTTGAACTTA-T-TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * *** * * * *
39181 AGGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTCTCTCTAAGCTTGCATTAACTG
129 A-G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACAG
* * * * * * * * *
39235 AAA-AATTATTTTATGACAAATCAAAAGTTTATAA-AGATTTTAAATAAACAATTGTTAAAATAC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
39298 TAATAACTATTTGAA-TTCATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTT
65 TCATAACTATTTGAACTT-ATTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA--T
* * * *
39362 TTTA-AATATT-ATTAATTAGTATTAATGTATTTTGAATAAGTTTGTAGGAACTA-
126 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAAC-AG
* * ** * *
39415 AAA-AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAGTAGATAATTGTTCTAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
39479 CTTAA-TCATTTAAAC-TAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT
66 CATAACT-ATTTGAACTTATTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * ** * *
39538 TGAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTAATTAAAATAAGCTTT-TATGGATA-
129 AG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTTGTATGAACAG
* ** * * * *
39589 AAACAATTATTTTACAACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
*
39654 CATAATTATTTGAA
66 CATAACTATTTGAA
39668 TTGGTTCAGA
Statistics
Matches: 1327, Mismatches: 287, Indels: 148
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 15 0.01
171 28 0.02
172 75 0.06
173 13 0.01
174 41 0.03
175 135 0.10
176 43 0.03
177 18 0.01
178 9 0.01
179 125 0.09
180 225 0.17
181 462 0.35
182 122 0.09
183 9 0.01
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAACAG
Found at i:40732 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 40472--41625 Score: 1025
Period size: 181 Copynumber: 6.4 Consensus size: 182
40462 AACTATGGTC
* * * * ** *
40472 ATTTCAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACATTTTGTTTGGTCATTTAACAATTGCTTT-T
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCT
* * * *
40536 GA-CCATACGAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAGTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGT
65 -ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
*
40600 AAGAGATTTAAAAAA-AATATATGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT
129 AAGAGATTTAAAAAATAATATATGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT
** * * * * * * *
40653 ATTTGAGCAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTCTA
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA
* * ** * * *
40718 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAA
66 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
40783 GAGA-TTAAAAATATAAAAT-TATTTGTCGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACT
131 GAGATTTAAAAA-ATAATATATGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT
* **
40834 ATATGAATAATTATCTATTTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TATTTTC
1 ATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTC
* * * *
40898 AATTCATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAAAAAT-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
64 TATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * *
40962 AAAAGATTTAAAAAATAAT-TCTATTTATCTAACTAGTTCAAATAATTATAACT
129 AAGAGATTTAAAAAATAATATATGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT
* * *
41015 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTG
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA
* * * * * * *
41080 TTCATATAAGTTTGA-TTGGAATAAAATAATAGTAATCTAGTAATATTTC--AAA-T-ATTAGTA
66 TTCATACAAGCTT-ATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * ** *
41140 AGATATTTTGAAAAATAA-ATATGTTTATCAAACCGGTTC-AA-A-TTAAGACT
130 AGAGA-TTTAAAAAATAATATATGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
41190 ATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAACAA-TAGTTTC
1 ATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTC
* * * * * ** *
41253 TGTTCATACAAGTTTATTCA-AATTAAAATAATACAAATTTATTTATATTTTGACAATTAATAAG
64 TATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
41317 TAAAAAATGTAAAAAAATAA-ATATGTTTA-CTAAACTAGA-TCAAACAGTCATAACT
128 TAAGAGAT-TTAAAAAATAATATATGTTTATC-AAACCA-ATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * *
41372 ATTTTAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTATCGTAAAAAAATCATTTCAA
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA
* * * * *
41437 TTCATATAAGCTTATTT-GAAATAAAAAAATATTAAATTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATT
66 TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
*
41500 AAGAGATTTAAAAAATGAATATA--TTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT
129 AAGAGATTTAAAAAAT-AATATATGTTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
41553 ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA
41617 TTCATACAA
66 TTCATACAA
41626 TTTATAAGTA
Statistics
Matches: 776, Mismatches: 160, Indels: 75
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 6 0.01
175 95 0.12
176 1 0.00
177 13 0.02
178 30 0.04
179 37 0.05
180 111 0.14
181 294 0.38
182 181 0.23
183 8 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA
TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
GAGATTTAAAAAATAATATATGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT
Found at i:41034 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 41002--41034 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
40992 AACTAGTTCA
41002 AATAATTATAACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
41020 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
41035 CAAATTGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:41745 original size:135 final size:135
Alignment explanation
Indices: 41489--41757 Score: 360
Period size: 135 Copynumber: 2.0 Consensus size: 135
41479 ATATTCTAAA
* * * * * *
41489 AATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTA
* ** * * **
41554 TTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
66 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTT
41619 CATAC
131 CATAC
* * *
41624 AATTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTA
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTA
* *
41689 TTTGAATAATTATCTA-TTCAAATCATTGTGAACTTTTATTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAGT
66 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGT
41753 TCATA
130 TCATA
41758 TAAGCCTATT
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 18, Indels: 2
0.85 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
134 11 0.10
135 104 0.90
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (135 bp):
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTA
TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTT
CATAC
Found at i:41902 original size:316 final size:318
Alignment explanation
Indices: 41305--41935 Score: 806
Period size: 316 Copynumber: 2.0 Consensus size: 318
41295 TTATATTTTG
*
41305 ACAATTAATAAGTAAAAAATGTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGATCAAACAGTCATAA
1 ACAATTAATAAGTAAAAAATGTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAACAGTCATAA
* ** * * **
41370 CTATTTTAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTATCGTAAAAAAATCATTTC
66 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTATAATAAAAAAATCATTTC
* * *
41435 AATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAAAAATATTAAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAATT
131 AATTCATATAAGCCTATTTGAAATAAAAAAATATTAAATTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
41500 AAGAGATTTAAAAAATGAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
196 AAGAGAATTAAAAAATGAATATACTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATT
* *** ** *
41565 ATTTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
261 ATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGGTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTGTTCAT
* * * * * *
41622 ACAATTTATAAGTAAAAGAT-TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-TAAGTTCAAATAGTCATG
1 ACAATTAATAAGTAAAAAATGTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACT-AGATCAAACAGTCATA
* * * **
41685 ACTATTTGAATAATTATCTA-TTCAAATCATTGTGAACTTTTATTTTGTAATAAAATAATTGTTT
65 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTATAATAAAAAAATCATTT
* *
41749 CAGTTCATATAAGCCTATTTGAAATAAAATAATATT-AATTGATTAATATTCCAAAAATTAA-AG
130 CAATTCATATAAGCCTATTTGAAATAAAAAAATATTAAATT-ATTAATATTCCAAAAATTAATA-
* * ** *
41812 AGTAAGAGAATTAGAAAAATGAATTTGCTTATCGATTAAGTTGAAATAGTTATGACTATCTAAAC
193 AGTAAGAGAATTA-AAAAATGAATATACTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAAC
*
41877 AATTATCTCTTTCAAAACATTATGACATTTTGGTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTGTT
257 AATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGGTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTGTT
41936 TATGCAAACG
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 42, Indels: 10
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
314 5 0.02
315 97 0.36
316 118 0.44
317 47 0.18
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (318 bp):
ACAATTAATAAGTAAAAAATGTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAACAGTCATAA
CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTATAATAAAAAAATCATTTC
AATTCATATAAGCCTATTTGAAATAAAAAAATATTAAATTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
AAGAGAATTAAAAAATGAATATACTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATT
ATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGGTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTGTTCAT
Found at i:42081 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 41670--42183 Score: 449
Period size: 180 Copynumber: 2.9 Consensus size: 180
41660 TACCAAATAA
* * * * * * * *
41670 GTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTCAAATCATTGTGAAC-TTTTATTTTGT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCATTTT-GTTTGT
* * * * * * * * *
41733 AATAAAATAATT-GTTTCAGTTCATATAAGCCTATTT-GAAATAAAATAATATTAATTGATTAAT
65 CATAAAACAATTGGTTT-TGTTCAAACAAACGTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
41796 ATTCCAAAAATTAA-AGAGTAAGAGA-ATTAG-AAA-AATG-AATTTGCTTATCGATT
128 ATTCC-AAAATTAATA-AGTAA-AGATTTTAGAAAATAAAGCTATTTTCTAAAC-A-T
* *
41849 AAGTTGAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTCTTTCAAAACATTATGA-CATTTTGGTTT
1 --GTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCATTTT-GTTT
* ** *
41913 GTCATAAAACAATTGGTTTTGTTTATGCAAACGTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
63 GTCATAAAACAATTGGTTTTGTTCAAACAAACGTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
*
41977 TATTTCAGAAATTAATAAGTAAA-ATTTTAGAAAATAAAGCTATTTTCTAAACAT
127 TATTCCA-AAATTAATAAGTAAAGATTTTAGAAAATAAAGCTATTTTCTAAACAT
* * * * ** *
42031 GTTCAAATAGTTGTGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCATTTTTTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCATTTTGTTTGTC
* * ***
42096 ATAAACCAATTGTTTTTGTTCAAACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
66 ATAAAACAATTGGTTTTGTTCAAACAAACGTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
42161 CCAAAATTAATAAGTAAAGATTT
131 CCAAAATTAATAAGTAAAGATTT
42184 AAAAAAAAAA
Statistics
Matches: 274, Mismatches: 45, Indels: 29
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
179 15 0.05
180 110 0.40
181 44 0.16
182 87 0.32
183 10 0.04
184 8 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
GTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCATTTTGTTTGTC
ATAAAACAATTGGTTTTGTTCAAACAAACGTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
CCAAAATTAATAAGTAAAGATTTTAGAAAATAAAGCTATTTTCTAAACAT
Done.