Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168004.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_26, whole genome shotgun sequence
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Warning! 97000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 63 of 77
Found at i:12604790 original size:162 final size:161
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* * * *
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* * * * * *
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*
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* *
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* * **
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64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
*
12604859 TCATAACTATTTAAA
129 CCATAACTATTTAAA
12604874 TTTGTTTGGT
Statistics
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ATAACTATTTAAACTTGAACAAATTTAATTT
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12604720 AATTTAATTT
* * * * * *
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* * ** * * * *** * **
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* **
12604858 GTCATAACTATTTAAAT-TTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTAC
126 GTCATAACTA-TTAAATCTTGTTTAGTAAACGGATTTA-TTTTTAAATATTTTAC
** *
12604912 TTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAA-TATTGTTTTATTTCAAAGAAACTTGTTTGAACAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTA-T-TTTTA-TTCAAAGAAACTTGCATAAACAA
* * *
12604975 AATGAATTTTTTTATC-CCAAAA-CAAAGGTTCATAAC-AGTT-AAAAAAAGAAAATGTTTGAAT
63 AATCAATTATTTTA-CGACAAAACCAAAGGTT-ATAACAAGTTGAAAAAAA-AAAATGTTTGAAT
* * * *
12605036 AGGCATAACTATTCAATCTTGTTTTGTAAACGGATTTATTTTTAAAT-TTTTTC
125 AGTCATAACTATTAAATCTTGTTTAGTAAACGGATTTATTTTTAAATATTTTAC
* * * * *
12605089 TTGTTAATTTTTGAAGTATTAACAAATTAACTTATTTTTATTCAGAATAAGCTTGCATAAACAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAA-TTATTTTTATTCA-AAGAAACTTGCATAAACAAA
* * * * * * *
12605154 ATCAATTATTTTACGATAAAACCAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTTAATATTC
64 ATCAATTATTTTACGACAAAACCAAAGGTTATAACAAGTTGAAAAAAAAAAATGTTTGAATAGTC
* * * *
12605219 ATAACTATTTAAA-CTGGTTCAGTAAACGGATTTATTTATTAAATCTCTTAC
129 ATAACTA-TTAAATCTTGTTTAGTAAACGGATTTATTT-TTAAATATTTTAC
* * * *
12605270 ATATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAA-TATTATTTTATTCTGAAAG-AATTTGTATGAAA-
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTA-T-TTTTATTC--AAAGAAACTTGCAT-AAAC
* * * * * *** * **
12605332 AGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACGAAAAGTCATAACAA-TTTAAAATAGTTAATTGTTCAAA
61 A-AAATCAATTATTTTACGACAAAACCAAAGGTTATAACAAGTTGAAAA-AAAAAAATGTTTGAA
* * * * * ** ** * **
12605395 TAGTCACAAATATTTGAA-CTT-ATTCGATAAACAAATTTATTTTTAGTTGTACTAC
124 TAGTCATAACTA-TTAAATCTTGTTTAG-TAAACGGATTTATTTTTAAATATTTTAC
* * * * * *
12605450 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTATATTA-TTTTATTGCAAA-TAAGTTTCTTTGAACAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATTATTTTTATT-CAAAGAAACTTGC-ATAAACAA
* * * * * *
12605513 AAACAATTATTTTACAACAAAA-CAATAGGTGAT--CATGGTTTG-AAAAAAATAAT-TTTCAAA
63 AATCAATTATTTTACGACAAAACCAA-AGGTTATAACA-AG-TTGAAAAAAAAAAATGTTT-GAA
* * * *** *
12605573 TAGTAATATCTATTTCAAT-TTGTTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
124 TAGTCATAACTA-TTAAATCTTGTTTAGTAAACGGATTTA-TTTTTAAATATTTTAC
** * * * * **
12605629 TTATACTAATTTTTGGTATATTAGTAAATTAATT-TTACTTTATTCCGAATAAGCTTTTATAAAC
1 TTAT--TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTATT--TTTATT-CAAAGAAACTTGCATAAAC
* * ** ** * * * * * * * **
12605693 AGAAA-CAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGGCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
61 A-AAATCAATTATTTTACGACAAAACCAAAGGTTATAACAAGTTGAAAAAAAAAAATGTTTGAAT
* * * ** * *
12605757 AGTCAAAACTATTTAAA-GTTG-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGC
125 AGTCATAACTA-TTAAATCTTGTTTAG-TAAACGGATTTA-TTTTTAAATATTTTAC
* * * *
12605812 TTATTAATTTTTTG-AATATTAA-AAATTAGTATTA-TTTTATTTTAAATAAACTTACATGAACA
1 TTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTA--ATTATTTTTA-TTCAAAGAAACTTGCATAAACA
*
12605874 GAAA-AAATTATTTTA
62 -AAATCAATTATTTTA
12605889 TTAAAAAAAG
Statistics
Matches: 753, Mismatches: 163, Indels: 124
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
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181 153 0.20
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184 3 0.00
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TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTATTTTTATTCAAAGAAACTTGCATAAACAAAAT
CAATTATTTTACGACAAAACCAAAGGTTATAACAAGTTGAAAAAAAAAAATGTTTGAATAGTCAT
AACTATTAAATCTTGTTTAGTAAACGGATTTATTTTTAAATATTTTAC
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* * * * * *
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* * * * * **
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63 -AAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
12604859 TCATAACTATTTAAATTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTG
127 TAATAACTATTTGAACTTGTTT-GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
12604924 A-AATATTAATAAATTAATATTGTTTTATT-TCAA-AGAAACTTGTT-TGAACA-AAATGAATTT
191 AGAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTCTGAATA-AGA-TT-TTATGAACAGAAA-CAATTA
*** * * * * * * * *
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252 TTTTATGATAAAACAAAAG-TCATAACAATTTAAAATAGATAAT-TATTCAAATAGTCATAAATA
* * * * * *
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* * * *
12605089 TTGTTAATTTTT-GAAGTATTAACAAATTA--ACTTATTTTTATTCAGAATAAGCTTGC-ATAAA
1 TTATTAATTTTTGGAA-TATTAATAAATTAGTA-TTA-TTTTATTCA-AATAAG-TTTCTATGAA
* ** * * * * **
12605150 CAAAATCAATTATTTTACGATAAAACCAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTTAAT
61 CAAAA-AAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * ** * * *
12605215 ATTCATAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAACGGATTTATTTATTAAATCTCTTACATATTAATTT
125 AGTAATAACTATTTGAACTTGTT-TGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * *
12605280 TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTG-A-AAGAATTTGTATGAAAAGAAACAATTA
189 TTAGAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTCTGAATAAG-ATTT-TATGAACAGAAACAATTA
* * * *
12605343 TTTTATGACAAAACGAAAAGTCATAACAATTTAAAATAGTTAATTGTTCAAATAGTCACAAATAT
252 TTTTATGATAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATAT
* ** * *
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** *
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1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGTTTCTATGAACAAA
* * * * * * *
12605514 AACAATTATTTTACAACAAAACAATAGGTGATCATGGTTTGAAAAAAATAATT-TTCAAATAGTA
65 AA-AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTA
* * * *
12605578 ATATCTATTTCAATTTGTTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATACTAATTTTT
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* * * * * * *
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191 AGAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTCTGAATAAGATTTTATGAACAGAAACAATTATTTT
* * * * *
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* * * * *
12605772 AAGTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGC
319 AACTTATTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTCTAC
* * * *
12605812 TTATTAATTTTTTGAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTAC-ATGAACAG
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAT-AAGTTTCTATGAACA-
** * * *
12605875 AAAAAATTATTTTATTAA-AAAA-AGCAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAGTA-
63 AAAAAATTATTTTA-TAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
12605937 TATATAACTATTTGAACATATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTTT
127 TA-ATAACTATTTGAACTTGTT-TGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * *
12606002 TAGAATATTAATAAATTCTAA--TTA-TTTAATCTTAAATAA-ATTTGTATGAACAAAAACAATT
190 TAGAATATTAATAAA-T-TAATTTTATTTTATTC-TGAATAAGATTT-TATGAACAGAAACAATT
* * * ** * * * *
12606063 ATTTTATTATAAAAGGAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTATTTAAATTA-TCATAACT
251 ATTTTATGATAAAA-CAAAAGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAAAT
* * * *
12606127 GTTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATATTTTAAATCTTTTAC
314 ATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTTAT-TTTTAAATCTTCTAC
* * * * * *
12606172 TTTTTAATTTTCGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG-TTGTATGAATAAT
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGTTTCTATGAACAA-
* ** * * * * * *
12606236 AGAAATTATTTTATAGTAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAATTAGATAATTGTTCTACTAGTG
64 AAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTA
* * * * * *
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129 ATAACTATTTGAACTTGTTTG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * * ** * ** *
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193 AATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTCTGAATAAGATTTTATGAACAGAAACAATTATTTTAT
* * *
12606431 GACT-AAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
258 GA-TAAAACAAAA-GTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAA
*
12606495 CTTATTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATC-TCTTAC
321 CTTATTCGATAAACAGATTTATTTTTAAATCTTC-TAC
* * * * *
12606532 TTATCAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAG-ATTATTTCAATCCGAATAA-TATTGTATGAACA
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AGTATTATTT-TATTCAAATAAGT-TTCTATGAACA
* * * * * * * * *
12606595 GAAACATTTATTTTATGACAAAATAAAAGTTTGA-AACGATTTGATATAAATAATTGTTTAAACA
63 -AAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* *
12606659 GCAATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTTT
126 GTAATAACTATTTGAACTTGTTTG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
12606724 TATAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATT-TGGATAAAAGTTGTATGAATAGAAACAATTATT
190 TAGAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTCTGAATAAGA-TTTTATGAACAGAAACAATTATT
* * * * * * *
12606788 TTATGATAAAACAAAAGGTTATAA-TAGTTAAACTAGATAATTACTCAAATAGTTATAATTATTT
254 TTATGATAAAACAAAA-GTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTT
* * * * * *
12606852 TAA-TTGATTTGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAAT-TTGTTAG
318 GAACTT-ATTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTT-CTAC
* * *
12606893 ATATTAA--TTT----T-TT--TAAA-CAG----A---T-TTCAAATGAGCTTT-TA-GAA-ATA
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* * * * * * *
12606937 GAAACAA-TGTTTCATAGCAAATA-AAAA-ATTATAACGATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATA
64 -AAA-AATTATTTTATAACAAA-ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * *
12606999 TTCATAATTATTTGAA-ATGTTTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTGCATATTAATTT
126 GTAATAACTATTTGAACTTG-TTT-GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * ** **
12607063 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTATATGAATGGATGCAATTAT
189 TTAGAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTCT-GAATAAGATTTTATGAACAGAAACAATTAT
* ** * * * * *
12607127 TTTATGATAATAAAAAAAGGTCATAA-TGTTTAGAAAAAGATAATTATTCAAGTAGTTACAACTA
253 TTTATGATAA-AACAAAA-GTCATAACAATTTA-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATA
* * * *
12607191 TTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATGTATTAAATC-CCTAAC
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* * * * * ** * *
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* * ** * * * * * *
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65 -AAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTA
** * * * *
12607365 ATAACTATTTGAA-TTGGTTTTGTAAACA-AAGTAATTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTCA
129 ATAACTATTTGAACTT-G-TTTGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * * * * * * *
12607427 AAATATTAATAATTTAGTATTATTTTTTTTTTGAGTAAGCTTGTATAAATA-AGAACAATTGTTT
192 GAATATTAATAAATTAATTTTA-TTTTATTCTGAATAAGATTTTATGAACAGA-AACAATTATTT
* * * * * * * *
12607491 TATTATAAAACAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATATTTATAACTATTT-
255 TATGATAAAACAAAA-GTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTG
* * ** *
12607555 AAATTGGTTTAATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTTAC
319 AACTT-ATTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTC-TAC
* * ** * *
12607596 TTTTTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAGAAGCTTGCT-TGAACAT
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAG-TTTCTATGAACA-
* * * * ** * * * *
12607660 AAACAATTATTTTACAACAAAATAAAAGATCATAAATATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAAT
63 AAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** * * * * *
12607725 CATAACTATTTAAATTTGTTCAATAAATAAATTTATATTTTAAATTTTTTACTGATTAATTTTT-
128 AATAACTATTTGAACTTGTT-TGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
* *** * *** * ** *
12607789 GAAATATTGATAAATTAGCATTATTTTATTCTAAATAAGCAAAATATTGATAAATTAA-TATTAT
192 G-AATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTCTGAATAAG-ATTTTA-TGA-ACAGAAACAATTAT
** * ** * * * *
12607853 TTTAT--TCTAA-ATAAGCTTTTATA-AA--TAGAAACA-ATTATTTTATGCAAA-A-ACA-AAA
253 TTTATGATAAAACAAAAG-TCATA-ACAATTTA-AAATAGA-TA-ATTATTCAAATAGTCATAAA
* * * * * * *
12607908 TGTCAT-AAC-GATTTGA-AATAC--A-TAATTTTGAAAT-TGCCATAAC
313 TAT-TTGAACTTATTCGATAA-ACAGATTTATTTTTAAATCT-TC-T-AC
* * * * *
12607951 -TACTTAAAGTTGTTCGGTAA-A--AA-AATTTAGT-TT-TTTAATCTTTC-ATTAA-TTTTTA-
1 TTA-TT-AA-TT-TTTGG-AATATTAATAAATTAGTATTATTT--T-ATTCAAATAAGTTTCTAT
* * * *** *** * ** *
12608006 GAATATTAATAAATTAATCTTATTTTACTTCGAATATGTTTGT-ATAA--A-TAAAAATAATTTT
58 GAACA--AAAAAATT-ATTTTATAACAAAAC-AA-AAG---GTCATAACGATTTGAAATAA--AT
** * * * *
12608067 TTTTATTACAAAACAAATGGTAATAACGATTTGAAAAGGATAGTTGTTCAAATAGTCATAAC-TA
113 AATTGTT------CAAATAGTAATAACTATTT------GA-ACTTGTT----T-GT-A-AACATA
** ** * * *
12608131 TTTAGCTTGTTCGACAAATGAATTTATTTTATAAAATTTTTATTTATTTATTTTTAAAATTTTAA
158 TTTA--TT-TT--TTAAAT-CTTTTA-CTTAT-TAATTTTTA--GA---A----T---A--TTAA
* * * *** *
12608196 TAAATTAGTGTTATTTTATT-TCGTATAAG-TTTGTATGAGTGGAAACAATTGTTTTATGATAAA
201 TAAATTAATTTTATTTTATTCT-GAATAAGATTT-TATGAACAGAAACAATTATTTTATGATAAA
* * * * * * *
12608259 ATAAAAGGTTATAATATTTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTTGAACTTATT
264 ACAAAA-GTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATA-TTTGAACTTATT
* * *
12608324 -TAGTAAACA-AATTATTTTGTAAATCTTTTAC
327 CGA-TAAACAGATTTATTTT-TAAATCTTCTAC
* * ** * * * * * * *
12608355 TTATTAATTTTTGAAATAATAATAAGGTAATACTATTTTATTCCAAATTAGCTTGTTTAAACAGA
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGTTTCTATGAACA-A
** * ** ** * * * *
12608420 ATTAATTGTTTTATCTCAAAACAAAATTTCATAATGGTTTGAAA-AAGAAAATT-TTCAAACAAG
64 AAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAA-ATAATTGTTCAAA-TAG
* ** ** * * * * *
12608483 -CATAACTATACGAACTTGTTTTGTAAGTAGATTTATTTTTAAAATTTTTTGCCTATTAATTTTT
127 TAATAACTATTTGAACTTG-TTTGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
12608547 -GAAATATTAACAAATTAATCTTATTTTATT-TCGAATAA-ACTTTTATAAATAGAAATAATTAT
191 AG-AATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTCT-GAATAAGA-TTTTATGAACAGAAACAATTAT
* * * * * * *
12608609 TTTATGATAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATATTTATAACTATT
253 TTTATGATAAAACAAAA-GTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATT
* * * * * *
12608674 TGAAC-TAGTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAGTCCAT-TAC
317 TGAACTTATTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAAAT-CTTCTAC
* * * ** *
12608715 ATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTT-TAAGAA-AA
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAG-TTTCTATGAACAA
* * * * * * * * * *
12608778 GAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAAGCCTTAATGATTT-AAAGTAGACAATTATTCAAATA
64 -AAA-AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAAATAATTGTTCAAATA
* * * * ** * *
12608842 GTCATAAATATTTGTA-TATGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTAGCTATATTACTTATTAATTT
126 GTAATAACTATTTGAACT-TGTTT-GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * *
12608905 TTAAAATATTAATAAATT-ATTATTATTTTATT-TCAAATAAG-TTTATTTGAA-TGAAAACAAT
189 TTAGAATATTAATAAATTAATT-TTATTTTATTCT-GAATAAGATTT-TATGAACAG-AAACAAT
* * ** * * * *
12608966 TATTTTATGGTAAAATAGTAGATCATAATAGTTTGAAAA-ATATAATT-TTCAAATAGTCATAAC
250 TATTTTATGATAAAACAAAAG-TCATAACAATTT-AAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAA
* * * * * * * *
12609029 TGTTTCAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTAT
313 TATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTTA-TTTTT-AAATCTTCTAC
* * * * * * * * *
12609075 TTATTAATTTTTGGTATATTAGTAAATTAATCTTATTTTATTTCGAATAAATTTTTATAAATAGA
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGTTTCTATGAACA-A
* * * * * * * * *
12609140 AATAATTGTTTTATAACGAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATGGTC
64 AAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTA
** ** * * *
12609205 ATAACTATTTGATGTTGTTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCT-
129 ATAACTATTTGAACTTGTT-TGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TA
* * * * * *
12609269 -AATA-T-ATAAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAA-ACTTGTATGAATAGAAATAATTGTT
192 GAATATTAAT-AAATTAATTTTATTTTATTCTG-AATAAGA-TTTTATGAACAGAAACAATTATT
* * * * ** * * * *
12609329 TTGTTACAAAA-AATAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTTATAATTATTT
254 TTATGATAAAACAAAAG-TCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTT
* * * *
12609393 GAACATGTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTAC
318 GAACTTATTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTCTAC
* ** ** * *
12609433 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA-TAATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAT
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTA-TTCAAATAAGTTTCTATGAACA-
* * * * ** * * * *
12609497 AAACAATTGTTTTATTACAAGAGTAAAGGGCATAATGAATTGAAATAGATAATTGTTCAAACTA-
63 AAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA-TAG
* * ** * * *
12609561 TCATAACTGTTCAAACTTGTTGGTTAAACAAATTT-TTATTTTAAATCTTTTACTTGTTAATTTT
127 TAATAACTATTTGAACTTGTTTG-TAAACATATTTATT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * * * *
12609625 CATAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATTAATAAGCTTGTGTGAACA-ATAATAATTATT
190 TAGAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTCTGAATAAGATTTTATGAACAGA-AACAATTATT
* ** * * * * *
12609689 TTGTGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCTACTAGTTATAATTATTT
254 TTATGATAAAACAAAA-GTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTT
* * *
12609754 GAACTTATTTGATAAAAAAATTTATTTTCTAAA---TCT-C
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** * * * * * ** * *
12609791 TTATTAAGCTTCGAAATACTAATAAATAAATATCT-TTTTATATTGAAT-AGCCTTGTATGAACA
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTAT-TCAAATAAG-TTTCTATGAACA
* * * ** * * *
12609854 AAAATTATTGTTTTATGATTAAACAAAAGGTAATAACGATCTAAAATAAATAATTGTTCAAATAA
63 AAAA-AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT-A
* * * * * *
12609919 CT-ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTCTTAAGTC--TT--TTATTAATTTT
126 GTAATAACTATTTGAACTTGTT-TGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * ** * * *
12609979 TAAAATTTTTATAAATTAGTGTTATTTAATTTTAAATAATCTTATATGAATAGAGAC-ATT-TGT
190 TAGAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTCTGAATAAGATTTTATGAACAGAAACAATTAT-T
* * * * * * *
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254 TTATGATAAAACAAAAG-TCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTT
* * * *
12610107 GAACTGATT-TAGTAAACAAATTTATTTTTTAA---TCT-C
318 GAACTTATTCGA-TAAACAGATTTATTTTTAAATCTTCTAC
* ** * * * * *
12610143 TTATTATTTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATATACTTGTGTGTTG-A-
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATA-AGTT-TCT-ATGAAC
* * * * ** * *
12610206 AAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGGTATTTGTTCAAATGG
62 AAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
** * * ** * * **
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127 TAATAACTATTTGAACTTGTTTG-TAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * ** * *
12610334 T-GAAATATTAATAAAGTAGTATTGTTTTATTTTGGATAAGCCTTTATGAACAAAAACAATTGTT
190 TAG-AATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTCTGAATAAGATTTTATGAACAGAAACAATTATT
* * * ** * * * *
12610398 TTATAACAAAACAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAACTAGTTATAACTATTTG
254 TTATGATAAAACAAAAGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTG
* * * * * *
12610463 AACGTGTTC-AGTAAATATATTTATTTTTTCAAATCTTTTGC
319 AACTTATTCGA-TAAACAGATTTA-TTTTT-AAATCTTCTAC
* ** * * * * **
12610504 TTATTAATTTTTTGAACGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAACATGCTTGTATGAATTGA
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGTTTCTATGAA-CAA
* * * * * * * * ** *
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64 AAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTA
* * * * * *
12610634 TTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACACATTTATTTCTTAAATC---T-CTTTTTAATTTTTAG
129 ATAACTATTTGAACTTGTTTG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * * *
12610695 AATATTATTAAATTAGTATTT-TTTTA-TCCGAATAAGTTTTTATGATCAGAAACAATTGTTTTA
193 AATATTAATAAATTAAT-TTTATTTTATTCTGAATAAGATTTTATGAACAGAAACAATTATTTTA
* ** * * * * * * *
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257 TGATAAAACAAAAGTCATAACAATTT-AAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAA
* * * * * * *
12610822 CGGGT-TTGGA-AAACA-ACATTAATTTTAAATTTTTTGC
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* * * * * * *
12610859 TTATTAA-TTTTGAAATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGACAAGTTTTTTATGAACTG
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAG-TTTCTATGAAC-A
* * * * * * * * ** *
12610923 AAACAATTGTGTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACAACTTT-AAGTATTTAATTATTCAAATA-
63 AAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
12610986 TCAA-ATCTATTTAAACTTTTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATATCTTGCTCATTAATTT
127 T-AATAACTATTTGAACTTGTTT-GTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * *
12611050 TTA-AATGTTAATAAACT-ATTATTATTATATTCT-AATTAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATT
189 TTAGAATATTAATAAATTAATT-TTATTTTATTCTGAA-TAAGATTTTATGAAC-AGAAACAATT
* * ** * * *
12611111 ATTTTATGACT-AAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAAA-AGATAATTATTCTAATAGTCTTAAC
251 ATTTTATGA-TAAAACAAAA-GTCATAACAATTT-AAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAA
* * * * * *
12611174 TATTTGAAGTGATTC-AGCAAACACATTTATTTTTTAAATTTTTTAC
313 TATTTGAACTTATTCGA-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTCTAC
* * * * * *
12611220 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTTTTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-AAG
1 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGTTTCTATGAACAA-
* * * * * * * * * *
12611284 AAACAATTTTTTTATGATAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATCCAAATTGT
64 AAA-AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
*
12611348 CATAACTATTT
128 AATAACTATTT
12611359 AAATAATTTT
Statistics
Matches: 4771, Mismatches: 1113, Indels: 770
0.72 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.00
340 134 0.03
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344 4 0.00
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348 1 0.00
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AAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAAT
AACTATTTGAACTTGTTTGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAT
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AAAACAAAAGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTAT
TCGATAAACAGATTTATTTTTAAATCTTCTAC
Found at i:12605946 original size:721 final size:719
Alignment explanation
Indices: 12604730--12607786 Score: 1814
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* * ** * * * * **
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* * * *
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* * * ** * * * * ** * ** *
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190 TATAG-AATACTAATAAATCAATGTTACTTTATTCCGAATAAGCTTGAATAAACAAAAACAATTA
** * * * * * * * * *
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254 TTTTATGACTAAACAAAAGG-GCATAACAATTTAAAATAGATAAT-TATTCAAATAGTCAAAACT
* * * * ** * * * *
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317 ATTTAAACTT-ATTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTGGAA-TAT
* * ** * ** * * * * *
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* * * *
12605171 AAAACCAAAGGT-T-ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTTAATAT-TCATAACTATTTAAAC
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* * * *
12605233 TGGTTCAGTAAACGGATTTATTTATTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
504 T-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
*
12605298 AATATTATTTTATTCTGAAAGAATTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAAG
568 AATATTATTTTATTCTGAAA-AATTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGATAAAACGAAAAG
* * * *
12605363 TCATAACAATTTAAAATAGTTAATTGTTCAAA-TAGTCACAAATATTTGAACTTATTCGATAAAC
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** *
12605427 AAATTTAT-TTTTAGTTGTACTAC
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* *
12605450 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTGC-AAATAAGTTTCTTTGAACAA
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* * * ***
12605513 -AAACAATTATTTTACAACAAAACAATAGGTGATCATGGTTTGAAAAAAATAATT-TTCAAATAG
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* * * * *
12605576 TAATATCTATTTCAATTTGTTTAGTAAAT-ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATACTAATT
128 TAATAACTATTTAAACTTGTTT-GTAAATCAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT--TAATT
* * * * * * * ** *
12605640 TTTGGTATATTAGTAAATTAATTTTACTTTATTCCGAATAAGCTTTTATAAACAGAAACAATTAT
190 TATAGAATACTAATAAATCAATGTTACTTTATTCCGAATAAGCTTGAATAAACAAAAACAATTAT
* * *
12605705 TTTATGA-TAAAATAAAAGGGCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTAT
255 TTTATGACT-AAACAAAAGGGCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTAT
* * * * * *
12605769 TTAAAGTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATATTAA
319 TTAAACTTATTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAA
* * ** *
12605834 -AAATT-AGTATTATTTTATTTTAAATAA-ACTTACATGAACAGAAAAAATTATTTTATTA-AAA
383 TAAATTAAG-ATTATTTCAATCCAAATAATA-TTACATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAA
* * * *
12605895 A-AAGCAG-ATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAGTATATATAACTATTTGAACATAT
446 ATAA-AAGTATCA-AACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAA-TATATATAACTATTTGAAC-TGT
* * * *
12605958 TCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTTTTAGAATATTAATAAATT-CTA
507 TCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAT-
* * * * *
12606022 ATTA-TTTAATCTTAAATAAATTTGTATGAACAA-AAACAATTATTTTATTATAAAAGGAAAGGT
571 ATTATTTTATTC-TGAA-AAATTTGTATGAA-AAGAAACAATTATTTTATGATAAAACGAAAAGT
** * * * * * * *
12606085 CATAATGACTTGAAATAGATAATTATTTAAATTATCATAACTGTTTGAACTTGTTCAATAAACAG
633 CATAACAACTTAAAATAGATAATTATTCAAATTATCACAAATATTTGAACTTATTCAATAAACAA
**
12606150 ATTTATATTTTAAATCTTTTAC
698 ATTTATATTTTAAATCTACTAC
* ** * * *
12606172 TTTTTAATTTTCGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTGTATGAATAATA
1 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTCTATGAACAATA
* * ** ** * * * *
12606237 GAAATTATTTTATAGTAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAATTAGATAATTGTTCTACTAGTGA
66 AAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATAGTAA
**
12606302 TAACTATTTAAACTTGTTTGTTGATCAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTATAGA
131 TAACTATTTAAACTTGTTTGTAAATCAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTATAGA
* * * * ** *
12606367 ATACTAATAAATCAATGTTATTTTATTCTGAATAGGCTTGAATGAACAAAAATTATTGTTTTATG
196 ATACTAATAAATCAATGTTACTTTATTCCGAATAAGCTTGAATAAACAAAAACAATTATTTTATG
** * * *
12606432 ACTAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT
261 ACTAAACAAAAGGGCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACT
12606497 TATTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAATTAA
326 TATTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAATTAA
* ** * * *
12606562 GATTATTTCAATCCGAATAATATTGTATGAACAGAAACATTTATTTTATGACAAAATAAAAGTTT
391 GATTATTTCAATCCAAATAATATTACATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGTAT
* * * * *
12606627 GAAACGATTTGATATAAATAATTGTTTAA-ACAGCAATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAACA
456 CAAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAATATA--TATAACTATTTGAAC-TGTTCAG-TAAACA
* * * * *
12606690 TATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATT
517 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * * * *
12606755 -TGGATAAAAGTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAAC-AAAAGGTTATAA-TAGTT
582 CT-GA-AAAATTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGATAAAACGAAAA-GTCATAACAACTT
* * * * * * ***
12606817 AAACTAGATAATTACTCAAA-TAGTTATAATTATTTTAA-TTGATTTGGTAAACAAATTTAGT-T
644 AAAATAGATAATTATTCAAATTA-TCACAAATATTTGAACTT-ATTCAATAAACAAATTTA-TAT
* ** *
12606879 TTTAAATTTGTTAG
706 TTTAAATCTACTAC
* * * *
12606893 ATATTAA-TTT-----T-TT--TAAA-CAG----A---T-TTC-AAATGAGCTTTTA-G-A-AAT
1 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-TTCTATGAACAAT
* ** * * * ** *
12606936 AGAAACAATGTTT-CATAGCAAATA-AAAA-ATTATAACGATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAAT
65 AAAAATTAT-TTTACA-A-CAAA-ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * *
12606998 ATTCATAATTATTTGAAA--TGTTTTGGTAAA-CAGATTTATTTTTAAAATTTTTTGCATATTAA
126 AGTAATAACTATTT-AAACTTG-TTT-GTAAATCAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * * * * * *** **
12607060 TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-ATATGAATGGATGCAAT
188 TTTATAGAATACTAATAAATCAATGTTACTTTATTCCGAATAAGCTTGA-ATAAACAAAAACAAT
* * ** * * * *
12607124 TATTTTATGA-TAATAAAAAAAGGTCATAA-TGTTTAGAAAAAGATAATTATTCAAGTAGTTACA
252 TATTTTATGACT-A-AACAAAAGGGCATAACAATTTA-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAA
* * * * * * * * * *
12607187 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATGTATTAAATCCCTAACATATTAATTTTTGAAAT
314 ACTATTTAAACTTATTCGATAAATAGATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTGGAAT
* * ** ** * *
12607252 ATTAATAAATT-AGTATTACTAT-ATTCTTAATAA-ACTTGTATGAATA-AAGACAATTATTTTA
378 ATTAATAAATTAAG-ATTA-TTTCAATCCAAATAATA-TTACATGAACAGAA-AAAATTATTTTA
* * * * *
12607313 TGACAAAATGAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAGATAAGTGTTTAA-ATAATCATAACTATTTG
439 TGACAAAATAAAAGTATCA-AACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAATAT-AT-ATAACTATTTG
* ** ** * * * *
12607376 AATTGGTTTTGTAAACA-AAGTAATTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTCAAAATATTAATAA
501 AACT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * * * * ** * * *
12607439 TTTAGTATTATTTTTTTTTTGAGTAAGCTTGTATAAATAAG-AACAATTGTTTTATTATAAAAC-
565 ATTAATATTA-TTTTATTCTGA-AAAATTTGTATGAA-AAGAAACAATTATTTTATGATAAAACG
* * * * * * * * * * *
12607502 AAAATGTTATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAA-TATTTATAACTATTT-AAATTGGTTT
627 AAAA-GTCATAACAACTTAAAATAGATAATTATTCAAATTA-TCACAAATATTTGAACTT-ATTC
*
12607565 AATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTAC
689 AATAAACAAATTTATATTTTAAATCTAC-TAC
* *** * * *
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* * * *
12607659 TAAACAATTATTTTACAACAAAATAAAAGATCATAA-ATATTT-AAAATAGATAATTGTTCAAAC
64 TAAA-AATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAAA-AAATAATTGTTCAAAT
* * * ** * * * *
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190 T
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TAACTATTTAAACTTGTTTGTAAATCAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTATAGA
ATACTAATAAATCAATGTTACTTTATTCCGAATAAGCTTGAATAAACAAAAACAATTATTTTATG
ACTAAACAAAAGGGCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACT
TATTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAATTAA
GATTATTTCAATCCAAATAATATTACATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGTAT
CAAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAATATATATAACTATTTGAACTGTTCAGTAAACAGATT
TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGA
AAAATTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTATGATAAAACGAAAAGTCATAACAACTTAAAATAG
ATAATTATTCAAATTATCACAAATATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTTATATTTTAAATCTA
CTAC
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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*** * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ** * **
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* * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
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* *
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* * * *
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* * * * **
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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1 AAACAATTATTTTATTA-AAAA--AAGAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAT
* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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1 -AAACAATTATTTTAT--TAAAA-AAAGAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
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* * * * * *** *
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** * * * * * *
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1 AAACAATTATTTTAT---TAAAAAAAGAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-
* * * *
12606480 T-TATAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTT
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* * ** *
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127 TAGAATATTAATAAATTTA-ATTATTT-AATCTTAAATAAAT-TTGTATGAACAA
* * * * * * * * *
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1 AAACAATTATTTTATTA-AAAA-AAGAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-
* * * *
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* * * ** * * *
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127 TAGAATATTAATAAATTTA--ATTATTTAATCTTAAAT-AAATTTGTATGAACAA
* * * **
12606777 AAACAATTATTTTATGATAAAACAAA-AGGTTATAA-TAGTT-AAACTAGATAATTACTCAAATA
1 AAACAATTATTTTAT--TAAAA-AAAGAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * **
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124 TTTT
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Statistics
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ATATTAATAAATTTAATTATTTAATCTTAAATAAATTTGTATGAACAA
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* * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * ** * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * ** * *
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* *** * *
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* * * * * * * ** *
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129 TGAATATA-AACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAATATTTAAAA
* * * *
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1 TAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATTGGTTTAATAAACAAATTTATTTTTTAAAT
*
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* ** *
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* * * * *
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* * * * *
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Statistics
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TAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATTGGTTTAATAAACAAATTTATTTTTTAAAT
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AATATAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAATATTTAAAA
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*
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*
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1 AAATATTGATAAATTAACATTATTTTATTCTAAATAAGC
12607869 TTTTATAAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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12607819 CTAAATAAGC
* * * * * *
12607829 AAAATATTGATAAATTAATATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTATTT
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* * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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* * ** * * * * * * * * **
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* ** * * * * **
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* ** * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * * *
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* ** * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * *
12609034 CAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTATTTATTAATTTTT
129 GAACTTGTTTAGTAAACAGATTTA-TTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT
*** * * * ** * * *
12609087 GGTATATTAGTAAATTAATCTTATTTTATTTCGAATAAATTTTTATAAATAGAAATAATTGTTTT
1 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* ** * ** *
12609152 ATAACGAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATGGTCATAACTATTTGA
66 ATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * * * *
12609217 TGTTGTTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCT
131 ACTTGTTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-T
* * *
12609269 AATATA-T-A-AAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTT
1 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * * * * * * * * *
12609330 TGTTACAAAA-AATAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTTATAATTATTTG
65 TATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * *
12609394 AACATG-TTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT
130 AACTTGTTTAG-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * *
12609445 AGAATATTAATAAATTA-TAATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATATAAACAATTGTTT
1 AAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * * ** * * * * *
12609509 TATTACAAGAGTAAAGGGCATAATGAATTGAAATAGATAATTGTTCAAACTA-TCATAACTGTTC
65 TATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTT
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * **
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1 AAAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTAT-TTCGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * * * * *
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63 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTAT
* * *
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127 TTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTT-TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * ** * * * *
12609980 AAAATTTTTATAAATTAGTGTTATTTAATTTTAAATAATCTTATATGAATAGAGACATTTG-TTT
1 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * ** * *
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* * *
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* ** * * * *
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1 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTT
* * * * * * * * *
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* ** * * * **
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* * * * * * *
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1 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * * * *
12610399 TATAACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAACTAGTTATAACTATTTG
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* * * * *
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130 AACTTGTTTAGTAAACAGATTTA-TTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT
** ** * * *
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1 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-A-GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * ** *
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64 TTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
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127 TTGAACTTGTTTAG-TAAACAGATTTATTT-TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
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1 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTT
* ** * * * * *
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65 TATGATAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
** * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
12611114 TTATGACT-AAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAAAAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATT
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* * * * *
12611178 TGAA-GTGATTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTT
128 TGAACTTG-TTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * *
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1 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * *
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Statistics
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ATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
ACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
Found at i:12610103 original size:176 final size:175
Alignment explanation
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Period size: 176 Copynumber: 4.7 Consensus size: 175
12609864 TTTTATGATT
*
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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65 TTCAGTAAACAAATTTATTTCTTAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * * *
12610179 TTTATTTTAAAT-ATACTTGTGTG--TTGAAAAATAATTGTTTTATAACA
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** * * ** * ** * * * *
12610226 AAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGGTATTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGTA-TAAT
1 AAACAAAAGGTAATAACAATCTAAAATAAATAATTGTTCAAATAACTATAACTATTTGAACTGAT
** * * * * *
12610290 TC-GATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGCTTTTGAAATATTAATAAAGTAGT
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* * ** * * * * *
12610354 ATTGTTTTATTTTGGATAAGCCTT-TATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACA
125 ATTATTTAATTTTAAATAA-TCTTATATGAATAGAGACATTTG-TTTATAACA
* ** * * * * * **
12610406 AAAC-AAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAACTAGTTATAACTATTTGAACGTG-
1 AAACAAAAGGTAATAACAATCTAAAATAAATAATTGTTCAAATAACTATAACTATTTGAAC-TGA
* * * ** ** *
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* * * * * * * * * *
12610534 TATTATTTTATTCTAAA-CATGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTCTATGACT
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** * * * * ** *
12610587 AAACAAAAGGTCAA-AATGATTTGAAATAATTAATTATTTTAATAGTCT-TAACTATTTGAACTG
1 AAACAAAAGGT-AATAACAATCTAAAATAAATAATTGTTCAAATA-ACTATAACTATTTGAACTG
* * * * * * * *
12610650 GTT-TGACAAACACATTTATTTCTTAAATCTCTTTTTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTAT
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127 T
12610715 TTTTTATCCG
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Consensus pattern (175 bp):
AAACAAAAGGTAATAACAATCTAAAATAAATAATTGTTCAAATAACTATAACTATTTGAACTGAT
TCAGTAAACAAATTTATTTCTTAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATT
TAATTTTAAATAATCTTATATGAATAGAGACATTTGTTTATAACA
Found at i:12611724 original size:180 final size:180
Alignment explanation
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12611368 TCGTAAATAG
* * * ** * *
12611378 TAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATCA-AAAA
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* * * *
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* * * * *
12611506 ACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGACTTATTTTTTAAAT-TTTCTAGC-CAT
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** *
12611558 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGACTCA
1 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGA-ACA
* * ** *
12611623 ATTGTTTTATAACAAAAAAAAAGGTCATAACTTTTTG-AATTAAATAATTGTTCAAATAGCCATA
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* * *
12611687 ACAATTCGAACTTGCTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTAT
129 ACAATTCAAACTTGCTTAGTAAACAAACTTATTTTTTAAATCTTTTACTCAT
* * * * * * ** * *
12611738 TAGTTTTTTGAATATGAATAAACTAGTATTCTCTTATTTCAAATATACTTGTATGAACAGAAACA
1 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAG-AACA
* * *
12611803 ATTGGTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACTATTT
65 ATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACTATTT
12611839 ATAGATTTAT
Statistics
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TTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACTATTTGCAATAAATAATTGAGCAAATAGACATAAC
AATTCAAACTTGCTTAGTAAACAAACTTATTTTTTAAATCTTTTACTCAT
Found at i:12611952 original size:131 final size:130
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Period size: 131 Copynumber: 1.9 Consensus size: 130
12611703 TAGTAAACAA
* * *
12611713 ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTTTTGAATATGAATAAACTAGTATTCTCTTATTTC
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* * *
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* * *
12611843 ATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATCACT-TTT
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** * * *
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62 TTTCAAATATA-CTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAA
12611964 TGATTTGAAA
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 14, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
130 6 0.06
131 88 0.86
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ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (130 bp):
ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTAGTATACTCTTATTTC
AAATATACTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAACTATTTATAG
Found at i:12612159 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 12611929--12614724 Score: 791
Period size: 181 Copynumber: 15.4 Consensus size: 178
12611919 GTATGGATAG
*
12611929 AAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
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* * *
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* * * * * *
12612056 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACTA
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* * * ** * * * **
12612111 ATATAGTTATTTTATAATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTACTCAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
12612176 GATGACTATTTGAACTTGTTGGTAAACATATATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTAAAA
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* * * *
12612241 TATTATTAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTTTATGGACAA
131 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCCTATATGAACAA
* ** *
12612289 AAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAA-ATCCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGAT-CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
12612353 TCATAACTATTTAAACTTATTTGGTAAACCAATTTATTTTTGTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
65 TCATAACTATTTGAACTT-GTTAGTAAA-C-ATATATATTT-TAAATCTCTTACTCATTAATTGT
*** * * ** * * **
12612418 CCGAATTTTAGTAAATTTGTATTATTTTAAT-TGATATAAGCTTGTATGAATGGA
126 TAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGA-ATAAGCCTATATGAA-CAA
* * ** *
12612472 AAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TTATAGCGATTTGAAATAGGA-AATTGTTCAAATG
1 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATA
* * * *
12612534 GTCATAATTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAAT-TCAGTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTT
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTAG-TAAACATATAT-A--TTTTAAATCTCTTACTCATTAATTG
* * * * * * ** * *
12612594 TTAAAATTTTAATAAATTAGA-ATTATGTTATTATGAATAAG-GTGGTACAAATAG
125 TTAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATCTGAATAAGCCT-ATATGAACAA
** * * * * * ** * *
12612648 AAGTAATTGTTTTGTGA-AAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAACAGT
1 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** * * * * * *
12612712 CATAACTATTTGCA-TTAATCAGGCCAACATATTCATTTTTTAAATATGTTATTTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTT-GTTA-GTAAACATA-T-ATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTGTT
* * * * * * * * * *
12612776 AGAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTGAATATGACTGTTTGAATAG
127 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCCTATATGAACAA
* * * * * * *
12612828 AAACAATTATTTTATGATAAAATAAATGGTCATAACGATTTGAAAT--A-AA-TATTCAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
12612889 TATAAGTAATTGAA-TTGGTTTAGTAAACATATTTATTTTTGAAATCTCTTGCTTATTTA-T-TT
66 CATAACTATTTGAACTT-G-TTAGTAAACATATATA-TTTT-AAATCTCTTACTCATTAATTGTT
* ** * * * ** * **
12612951 AAATATCTTGCT-TATTAAT-TT-TCTAAATGCT-AATAA-ATTAGTGTTGTTTTTATTTGAA
127 AAA-ATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT-CTGAATAAGCCTA-T-ATG-----A--ACAA
* ** * * * * * *
12613009 TAAGC-ATGTA-TGAACGGAAACAATTACTTTATAACTAAACAAAAAGTCAAAATAATTTAAAAT
1 -AAACAAT-TATTTTA---TAACAA--A----A-CA------AAAGA-TCATAATGATTTGAAAT
* * * * * ** * *
12613072 AGATAATTATTCTAATAGTCTTAAATATTT-AAATTGATTCAACAAACACATTTATTTTTTAAAT
47 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TT--AGTAA-ACATATATATTTTAAAT
* * * * * ** ** * * * * * *
12613136 C-CTTATTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATGTTTTACTCCGAATAAGCTTGTAT
108 CTCTTACTCATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCCTATAT
*
12613200 GAATAA
173 GAACAA
* * * * * *
12613206 AAACAAATATTTTAAAACAAAAC-AAA-ATTATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * * * * * *
12613269 TTTGATTATTTGAACTGGTTCAATAAAGAGAT-TAAGTTTGTAAATCTC-T--T-ATTAGTTTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTT-AGTAAACATATAT-A-TTT-TAAATCTCTTACTCATTAATTGTT
** * * * *** * * * *
12613329 GCAATAGTAATAAATTAGA-ACTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATTAATAT
127 AAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATCTGAATAAGCCTATATGAACAA
** * * * * * * * *
12613381 AAACAATTATTTTACGATAAAACAAAATG-TAATCACGATTTGAAATAGTTAGTTCTTCAAATGG
1 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * * * * *
12613445 ACATGACTATTTAAACTCAT-TTGGTAAATCAAATTTTTTTTTTAATTTCTAACTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACT--TGTTAGTAAA-CATA-TATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTGT
* * * * * * * * *
12613509 TAATATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATAAATAA
126 TAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCCTATATGAACAA
* * * * * * *
12613562 AAATAATTGTTTTATAACAAAATAAAAGATTATAATGATTTGAAATAAATTATTGTTCAAATAGA
1 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * * * *
12613627 CATAACTATTTGAATTTGCTGGATGAACATAATTATGTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTAG-TAAACAT-A-TATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTGTTA
* * * * * * *
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128 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCCTATATGAACAA
** * * * * *
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1 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
12613807 TTATAACTATTTGAACGTGTTCA-AAAAAATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTT-AGTAAACATATATA-TTTT-AAATCTCTTACTCATTAATTGTT
* * * ** * **
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* * * * * * ***
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1 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
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65 TCATAACTATTTGAACTTGTTAGTAAACATA-T-ATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTGTT-
** * * ** * ***
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127 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTG-AATAAGCCTATATGAACAA
* * * * * *
12614100 AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAA-AGTCACAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAG
1 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * * * * *
12614164 TCATGACTATTTGGATTTATTCATTAAACATATTTCTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTTATTATT
65 TCATAACTATTTGAACTTGTT-AGTAAACATA--TATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTGTT
* * * *
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127 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCCTATATGAACAA
* * ** * *
12614281 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAATAAG-TCATAACAATTTGAAAT-GAATAATTGCTCAAAAA
1 AAACAATTATTTTATAACAAAACAA-AAGATCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATA
* * * * * **
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* * ** * * * *
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* * * * ** * * ** * ** *
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1 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * * *
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* * ** ** * * * * *
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* * ** * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * ** *
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* * *
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* *
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* **
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** *
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* * * * * * * *
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* * * *
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** * * *
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* * * * * *
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* * *** * * ** * * * **
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* * * ** * ** *
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* * * * * * ** * * * *
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* * * * *
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254 ATGAACTA-ATAA-AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * *
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* * *
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* * ** * * * * ** ** *
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* * * * * * * * **
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* * * * * * * ** * * *
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* * * * * * * *
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* ** * ** * * * ** * *
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12613303 A
361 A
* * * ** * *
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** ** * * * * * * * *
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** * * * * * * ** * **
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* * * * * * * * * *
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189 TCTCTTACTCATTAATTGTCAGA-ATATTAATAAATTAGTATTTATTTTAATTCGAATAAGCCTA
* * * * * * * * * *
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253 TATGAACTAATAA-AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * *
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317 CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATA-TA
* * * ** * * *
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** * * * * * * * *
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63 TAAGCTTGTATGGACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAA
* * * * * * * * *
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* * ** * * * * **
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* * * *
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* *** * * * *
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** ** * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * *
12614267 GCTTATATGAAC-AGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAATAA-GTCATAACAATTTGAAAT-G
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* * * * * *
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310 -ATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACATATATA
* * * ** * * *
12614381 TTTTTAAAATTTTTTTACTTGTTAATTGTCT-CAATATTAATAATTTTGTATTATTTTATTC-GA
1 -TTTTAAAA--TTTTTACTTATTAATTGT-TAAAATATTAATAAATTAATATCACTTT-TTCTGG
* ** * * ** * * ** *
12614444 AATAAGCTTGTATGAATAGA-AAAAAAAATCATTCTATGACAAAATGAAAGGTTATAGCGATTTC
61 AATAAGCTTGTATG----GACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTTG
** * * * * * ** * * *
12614508 AGGTAGATAATTTTTCAAATAGTCTTAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATATATT-TATTTTTT
122 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCAGTAAACAGATTCAATTTTTT
* * * ** ** * * * *
12614572 AAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAA-ACTTAATAGCTTTGT-GTTATTTTATTTTGAATAAGC
187 -AATCTCTTACTCATTAATTGTCAGAATA-TTAATAAATTAGTATTTATTTTAATTCGAATAAGC
* * * * * * *
12614635 TTATATGAAGTAAAATAAATT-TTTTATGACAAAGCAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGGA-A
250 CTATATGAACTAATA-AAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATA
* * * *
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Consensus pattern (361 bp):
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GCTTGTATGGACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATA
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCAGTAAACAGATTCAATTTTTTAATCTCTTA
CTCATTAATTGTCAGAATATTAATAAATTAGTATTTATTTTAATTCGAATAAGCCTATATGAACT
AATAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATATA
Found at i:12612950 original size:24 final size:23
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*
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*
12612963 TATTAATTTTCTAAAT
1 TATTTATTTT-TAAAT
12612979 GCTAATAAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (23 bp):
TATTTATTTTTAAATATCTTGCT
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Indices: 12613482--12614724 Score: 1277
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12613472 ATCAAATTTT
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* * * * * *
12613547 AACTTGTATAAATAAAAATAATTGTTTTATAACAAAATAAAAGATTATAATGATTTGAAATAAAT
66 AACTTATATAAATAAAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAGATCACAATAATTTGAAATAAAT
* * * * *
12613612 TATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAATTTGCTGGA-TGAACATAATTATGTTTTAAATCTTT
131 AATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAATTT-ATGCATTAAACATAATTATGTTTTAAATCTTT
* * * * * *
12613676 TATTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATCAA
195 TACTTATTAA-TTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTATATCAA
* * * *
12613740 CAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAA-ATGGTCATAACGAGTTGAAATTAATAATTGTTCAAA
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* * *
12613804 TAGTTATAACTATTTGAACGTGT-TCA-AAAAAATATTTATTTTTAAAA-TTTTTACTTATTAAT
323 AAGTCATAACGATTTGAACGTGTGT-AGAAAAAATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAAT
* *
12613866 T-TTTGAAATATTAGTAAATTTATATTATTTTATCCAAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATT
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451 ATTTATGACAAAACAAATGGTTATAATGTTTCGAAATAGATAATTATTTGGATAGTTATAACCAT
12613995 TTGAACTTGTTTTAAATAGATTCA
516 TTGAACTTGTTTTAAATAGATTCA
* *
12614019 TTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAA-TTTTCATCATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGA
1 TTTTTTAATT-TCTAACT-TATTAATTTTTAAT-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-
** * * ** *
12614081 AATAAGTTTATGTGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAG-TCACAATAATTTGAAA
62 AATAAACTTATATAAATAAAAACAATTGTTTTATAACAAAA-AAAAAGATCACAATAATTTGAAA
* * * * * * * * *
12614145 TAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGGATTTATTCATTAAACATATTTCTTTTTTAAAT
126 TAAATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAATTTATGCATTAAACATAATTATGTTTTAAAT
* *
12614210 CTTTTGCTTATTTATTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTATAT
191 CTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTATAT
* * *
12614275 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAATAAGTCATAACAATTTGAAATGAATAATTGCTCA
256 CAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAATAAGTCATAACAAGTTGAAATGAATAATTGCTCA
* * *
12614340 AAAAGTCATAACGATTTGAACTTGTGTAGTAAAAATATTTATTTTTAAAATTTTTTTACTTGTTA
321 AAAAGTCATAACGATTTGAACGTGTGTAGAAAAAATATTTATTTTTAAAA-TTTTTTACTTATTA
* * * * * * * **
12614405 ATTGTCTCAATATTAATAATTTTGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAA
385 ATTGTCTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATCCAAAATAAGCTTGCATG-A-A-CAAAACC
* * ** ** **
12614470 AATCATTCTATGACAAAATGAAA-GGTTATAGCGATTTC-AGGTAGATAATT-TTTCAAATAGTC
447 AATTATT-TATGACAAAA-CAAATGGTTATAATG-TTTCGAAATAGATAATTATTT-GGATAGT-
** * * *
12614532 T-TAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTTA
507 TATAACCATTTGAACTTGTTT--TAAATAGATTCA
* * ** * *
12614566 TTTTTTAAATCTCTTAA-TTATTAATTTTTGGAA-A-CTTAATAGCTTTGTGTTATTTTATTTTG
1 TTTTTT-AATTTC-TAACTTATTAATTTTT--AATATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * * ** * *
12614628 AATAAGCTTATATGAAGTAAAATA-AATT-TTTTATGACAAAGCAAAAGATCATAACAATTTGAA
62 AATAAACTTATAT-AAATAAAA-ACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAGATCACAATAATTTGAA
* * *
12614691 ATAGGA-AGTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
125 ATA-AATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGA
12614725 TCTAGTTTGG
Statistics
Matches: 575, Mismatches: 97, Indels: 58
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
537 27 0.05
538 257 0.45
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550 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (539 bp):
TTTTTTAATTTCTAACTTATTAATTTTTAATATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
AACTTATATAAATAAAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAGATCACAATAATTTGAAATAAAT
AATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAATTTATGCATTAAACATAATTATGTTTTAAATCTTTT
ACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTATATCAACA
GAAACAATTGGTTTATGACAAAACAATAAGTCATAACAAGTTGAAATGAATAATTGCTCAAAAAG
TCATAACGATTTGAACGTGTGTAGAAAAAATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTC
TAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATCCAAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTATTTA
TGACAAAACAAATGGTTATAATGTTTCGAAATAGATAATTATTTGGATAGTTATAACCATTTGAA
CTTGTTTTAAATAGATTCA
Found at i:12615791 original size:179 final size:182
Alignment explanation
Indices: 12615462--12615919 Score: 434
Period size: 179 Copynumber: 2.5 Consensus size: 182
12615452 TGTCTTAATG
* * * * * * * **
12615462 ATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATGATTATAATTATTTGAGC-TGATTCGGTAAA-TAAATTTA
1 ATTTGAAAGAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATATGAACTTG-TTCGACAAAGT-AATTTA
* * *
12615525 CTTTTT-AAATCTCTTAG-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGA
64 TTTTTTAAAATCT-TTTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAAGAAAGTAATATTATTTTATTTTGA
* * * * *
12615588 ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTGATGACAAAATAAAA-ATTCACAATA
128 ATAAGATTGTATAAACTCAAACAATTCTTTGATGACAAAATAAAAGATT-ACAACA
* * * * ** *
12615643 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATATGAA-TATGTTCGATAAA-TAATTT-T
1 ATTTGAAAGAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATATGAACT-TGTTCGACAAAGTAATTTAT
* * * *
12615705 TTTTTTAAA-CTTTTGCTTATTAATTTTT-GAAATATTTAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGA
65 TTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTAG-AATATTAAGAAAGTAATATTATTTTATTTT-GA
* * * * * *
12615768 TTAA-ATTTTATAAACTCAAACAATTCTTTTATGTCAAAATAAAAGATTATACCA
128 ATAAGATTGTATAAACTCAAACAATTCTTTGATGACAAAATAAAAGATTACAACA
* * *
12615822 ATTTGAAAGAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGGCAAAGTGATTTATT
1 ATTTGAAAGAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATATGAACTTGTTCGACAAAGTAATTTATT
*
12615887 TTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAAT
66 TTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTAGAAT
12615920 GATAATAAAT
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 38, Indels: 23
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 4 0.02
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182 24 0.11
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (182 bp):
ATTTGAAAGAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATATGAACTTGTTCGACAAAGTAATTTATT
TTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAAGAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATA
AGATTGTATAAACTCAAACAATTCTTTGATGACAAAATAAAAGATTACAACA
Found at i:12617075 original size:177 final size:180
Alignment explanation
Indices: 12616838--12617290 Score: 486
Period size: 183 Copynumber: 2.5 Consensus size: 180
12616828 TTATTTTAAA
** * * * *
12616838 ACAAAA-AAAAAGTCCTAATGATTTGAAATAGGTAATCGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAATT
1 ACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATT
* * * *
12616902 GGTTTGGTAATTAGATTTATTTCTT-AATTTTCT-TGGTTATTAAGTTTGATATTATTAAATTAG
66 GGTTTGGTAAATAGATTTATTT-TTAAATTTTCTATGATTATTAAGTTTGAAATTAATAAATTAG
* *
12616965 TATTATTTTATTCTAAATAAAA-TAGTATGAACATAACA-AATTGTTTGATG
130 TATTATTTTATTCTAAACAAAACTAGTATGAACA-AAAAGAATTGTTTGATG
* * * * * * * *
12617015 A-AAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAAAGTCAAAATTATTTGAAAT
1 ACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATT
* * *** *
12617079 GGTTTGGTAAAAAGATTTACTTTTTAAATTTTTTACTGATTATTTTTTTTTAAATTAATAAATTA
66 GGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATTTTCTA-TGATTATTAAGTTTGAAATTAATAAATTA
* * * * *
12617144 GTATTATTTTATTTTGAACAAAACTATTATTAACAAAAAGAATTGTTTTATG
129 GTATTATTTTATTCTAAACAAAACTAGTATGAACAAAAAGAATTGTTTGATG
* * *
12617196 ATCAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAAT
1 A-CAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAT
* *
12617261 TGATTTGGTAAATAGAATTATTTTCTAAAT
65 TGGTTTGGTAAATAGATTTATTTT-TAAAT
12617291 CTCTTATAAA
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 43, Indels: 14
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 4 0.02
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181 21 0.09
182 4 0.02
183 73 0.33
ACGTcount: A:0.41, C:0.05, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
ACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATT
GGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAATTTTCTATGATTATTAAGTTTGAAATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTCTAAACAAAACTAGTATGAACAAAAAGAATTGTTTGATG
Found at i:12617928 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 12617409--12618501 Score: 567
Period size: 177 Copynumber: 6.1 Consensus size: 176
12617399 ATTACAATTC
* * * * * * *
12617409 GAAATAAATAA-TAGTTCATATAGTCT-TAACTGTTTGAACTGATTCGACAAACAGATTTATTTT
1 GAAATAAATAATTA-TTCAAATAGT-TATAACTATTTGAATTGTTTAG-TAAACTGATTTATTTT
* * ** * *
12617472 TTAAATATCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTACGAAATTAGTA-TATTTTATTCTG-AATAAG
63 TT-AA-ATC-T-CTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATT-TGAAATAAG
* * * ** * **
12617535 CTT-T-T-ATAAACAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAAATTATAATAATTT
123 CTTGTATGATAAA-AG--ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTT
* * * *
12617589 AAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAA-TAAATTTA-TTTT
1 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTAAACT-GATTTATTTTT
* * * *
12617652 TAAATATCTTATTAATTCTTAAAATATTGATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTA
64 TAAATCTCTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTA
* *
12617717 TGCTAAAAGATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTT
129 TGATAAAAGACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTT
* * *
12617765 GAGATAAATAATTATTCAAAT-GATTATAATTATATGAATTGATTTAGTAAACTGATTTATTTTT
1 GAAATAAATAATTATTCAAATAG-TTATAACTATTTGAATTG-TTTAGTAAACTGATTTATTTTT
* * * * *
12617829 TAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTTG-GATAAGCTTTT
64 TAAATCTCTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGT
* * * * * *
12617893 ATGAATGAAA-ACAATTGTTTTGTGGCAATACAAAAGGTCATAATGATTT
128 ATG-ATAAAAGACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTT
* * * *
12617942 TAAATATATAA-TAGATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTATGTAAACTGATTTAGTTT
1 GAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TTGTTTA-GTAAACTGATTTA-TTT
* * * ** * * * *
12618005 TTGAAATCTCTTATTTATTAATTTATCGGATATTGATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATATG
62 TTTAAATCTCTTATTAATT--CTTA--AAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTGAAATAAG
* * * * * * * *
12618070 CTTGCATGA-ACTGAA-ATAATTATTATATAACTAAACAAAAGGTCAA-AACAATTT
123 CTTGTATGATA--AAAGACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-AATAACGATTT
* * ** * * * *
12618124 GAAATAGATAATTTTTTTAATAATCT-TAACTATTTAAACTGGTTT-GACAAAC--ATTTA-TTT
1 GAAATAAATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAA-TTGTTTAG-TAAACTGATTTATTTT
* * *
12618184 TTAAATCTCTTATTAAATT-TTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTT--AATAAGCT
63 TTAAATCTCTTATT-AATTCTTAAAATATTAATAAAATAATATTA-TTTTAT-TTGAAATAAGCT
* * * ** * * *
12618246 TATATGATCAGAA-ACAATTTTTTTAAAACAAAAC-AAAGATCATAACAATTT
125 TGTATGAT-AAAAGACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTT
* ** * * * * * * * **
12618297 GATATTGATATTTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCT-GAAAATTGCTTTCGTTTT
1 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTG-TT-TAGTAAACTGATTTATTTTT
* * * * * * *
12618361 TAAATCTCTTAATTATTAGTTTTTGAAATATTACTAAAGTAGTATTATTTTATTTCG-ATTAAGT
64 TAAATCTCTT-ATTA--A-TTCTTAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTT-GAAATAAGC
* * * *
12618425 TTTTATGA-ACTAAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATGACTTT
124 TTGTATGATA--AAAGACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGA-TTT
* *
12618479 -AAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 GAAATAAATAATTATTCAAATAGT
12618502 CAAATGCATT
Statistics
Matches: 713, Mismatches: 145, Indels: 109
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
172 2 0.00
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178 57 0.08
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180 99 0.14
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182 96 0.13
183 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (176 bp):
GAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGTTTAGTAAACTGATTTATTTTTTA
AATCTCTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATG
ATAAAAGACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTT
Found at i:12618550 original size:536 final size:534
Alignment explanation
Indices: 12617584--12618565 Score: 1195
Period size: 536 Copynumber: 1.8 Consensus size: 534
12617574 AAATTATAAT
* *
12617584 AATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAAATTTAT
1 AATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAATTATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAATAAATTTAT
12617649 TTTTAAATATCTTATTAATTCTTAAAATATTGATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTT
66 TTTTAAATATCTTATTAATTCTTAAAATATTGATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTT
* * * ** * *
12617714 GTATGCTAAAAGATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAGATAAATAATTA
130 ATATGATAAAAGACAATTGTTTTAAAACAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAGATAAATAATTA
* * * *
12617779 TTCAAATGATTATAATTATATGAATTGATTTAGTAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA
195 TTCAAATGATCATAATTATATGAACTGATTTAGAAAACTGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAA
* *
12617844 TTTTTGAAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATGAAAACAATT
260 TTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTCGATAAGCTTTTATGAATGAAAACAATT
* * * * *
12617909 GTTTTGTGGCAATACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATATATAATAGATCAAATAGTCATAACTA
325 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAATAGATCAAATAGTCATAACTA
* * ** *
12617974 TTTGAACTTGTTATGTAAACTGATTTAGTTTTTGAAATCTCTT-ATTTATTAATTTATCGGATAT
390 TTTGAAATTGTTAGGTAAACAAATTTAGTTTTTGAAATCTCTTGA-TCATTAATTTATCGGATAT
12618038 TGATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATATGCTTGCATGAACTGAAATAATTATTATATAACTA
454 TGATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATATGCTTGCATGAACTGAAATAATTATTATATAACTA
12618103 AACAAAAGGTCAAAAC
519 AACAAAAGGTCAAAAC
* * ** *
12618119 AATTTGAAATAGATAATTTTTTTAATAATCT-TAACTATTTAAACTGGTTT-G-ACAA-ACATTT
1 AATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAAT-TATAACTATTTAAACTGGTTTAGTA-AATAAATTT
*
12618180 ATTTTTAAATCTCTTATTAAATT-TTAAAATATT-ATTAAATTAGTATTATTTTTATCTT-AATA
64 ATTTTTAAATATCTTATT-AATTCTTAAAATATTGA-TAAATTAGTATTA-TTTTAT-TTAAATA
* * * * **
12618242 AGCTTATATGATCAGAA-ACAATTTTTTTAAAACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGATATTGA
125 AGCTTATATGAT-AAAAGACAATTGTTTTAAAACAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAGATAAA
* * * * *
12618305 TATTTATTCAAAT-AGTCATAATTATTTGAACTGATTCT-GAAAATTGCTTTCGTTTTTAAATCT
189 TAATTATTCAAATGA-TCATAATTATATGAACTGATT-TAGAAAACTGATTTAGTTTTTAAATCT
* * * *
12618368 CTTAATTATTAGTTTTTGAAATATTACTAAAGTAGTATTATTTTA-TTTCGATTAAGTTTTTATG
252 CTT-ATTA--A-TTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTCGA-TAAGCTTTTATG
* * * *
12618432 AACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCA
312 AA-TGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAATAGATCA
* * * *
12618496 AATAGTCA-AA-TGCATTTTAAATTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTGATCAT
376 AATAGTCATAACT--ATTTGAAATTGTTAGGTAAACAAATTTAGTTTTTGAAATCTCTTGATCAT
12618559 TAATTTA
439 TAATTTA
12618566 ATAAGTTTGT
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 54, Indels: 35
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
531 1 0.00
532 73 0.19
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535 52 0.14
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ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (534 bp):
AATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAATTATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAATAAATTTAT
TTTTAAATATCTTATTAATTCTTAAAATATTGATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTA
TATGATAAAAGACAATTGTTTTAAAACAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAGATAAATAATTAT
TCAAATGATCATAATTATATGAACTGATTTAGAAAACTGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAAT
TTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTCGATAAGCTTTTATGAATGAAAACAATTG
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAATAGATCAAATAGTCATAACTAT
TTGAAATTGTTAGGTAAACAAATTTAGTTTTTGAAATCTCTTGATCATTAATTTATCGGATATTG
ATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATATGCTTGCATGAACTGAAATAATTATTATATAACTAAA
CAAAAGGTCAAAAC
Found at i:12619139 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 12618561--12622131 Score: 2560
Period size: 181 Copynumber: 19.9 Consensus size: 179
12618551 TTGATCATTA
* * * * * * * * * *
12618561 ATTT-AATAAGTTTGTCTAAATTGAAATAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTT
1 ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * * *
12618625 GAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAA-TTGACTTGGCAAATACATTTATTTTT
66 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACATATTTA-TTTT
* * * *
12618689 TTAAAATATCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTGTA
129 TT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT-TT
** * ** * * *
12618743 ATTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTACCACAAAA-TAAAGATCATAAGGATTT
1 ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * ** * * **
12618807 GACAA-AGATAATTGTTCAAATAGTCAGAACTATTTGATCTAATTCGTTAAACATATTTAGATTT
66 GA-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTT
* * * *
12618871 TAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAGTCAATATTATTTT
130 TAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * * * *
12618918 ATTTTGAATAATTTTGCATGAACA-ATAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAAT
1 A-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * * *
12618982 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTAATTT
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* *
12619047 TTAAATCTCATA-TTGATTAATGTTTAGAATATTAATAAATTAGTGTTATTTT
129 TTAAATCTCTTACTT-ATTAAT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * *
12619099 ATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACTATT
1 ATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * ** * *
12619164 TGAAATATATAATTATTCAACTAGTCATAACTATTCAAACTTGTTCGGTAAACATAATTATTTTT
65 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTT
* *
12619229 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
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* * * *
12619280 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGCAATAATTGGTTTATGACAAAACGAAAAGGTCATAACTAT
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* * * ** * *
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* * * * * * * * *
12621528 TCGTAATTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATACTCATTACTTTTT
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
12621593 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTTGTATG-ATTAAAACAATTATTTT
130 AAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
12621657 ATGATAAAACAAAAGTTGATAACGATTTAAAATATATAATTATTCGAAT-GGCTATAATTATTTG
195 ATGACAAAA-AAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTG
* * * * * * *
12621721 AA-TTGATT-TGATAAAC---TGATCTTTAAAATCTATAACTT-TTCAATTTT-TGAAATATTAA
257 AACTTG-TTCAG-TAAACATATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTCAG-AATATTAA
* * * * * **
12621779 TAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATT
318 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAGA
* * * * * * * * * *
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1 GAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * **
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66 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAA--ATAAATTTA--TTTTTAAATTTCTTACTTATTAATT
** * * * * *
12621949 TTTTGAATGTTAATAAAATA-ATATTATTTTATT-TCGAATAAGCATGTATAAACTAAATCAATT
127 TTTAAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATT
* * * * * * *
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190 GTTTTATGACAAA-AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
12622077 TTGAACTGGTT-TGACAAACACATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAAATTT----ATATG
254 TTGAACTTGTTCAG-TAAACATA-TTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTCAGAATATT
* ** ** * **
12622136 AACAGAA--ACAATTCA-TTTATGAC-AA-AA---TG-AAGATCA
316 AATA-AATTAGTATT-ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAGA
* * * * ** * *** * ** * * * * *
12622172 TAACAATTTGTGGTAGGTA-ATTGTTCGAATA-GTCCTAACTATTTGAACTGGTTCA--G-T-AA
1 GAAAAAATTATTTTATG-ACA-AAAT--AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *** ** *
12622231 ATAGAT-TTAA-TTTTTAAATCTT-TTATTACTTTTTGAAA--TATTAATAAATTAGTATTA-TT
62 ATAG-TCATAACTATTTGAA-CTTGTT-TGA-TAAAT-AAATTTATTTTTAAATT--TCTTACTT
* * * * * * * * * * *** *
12622290 -TTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAAAATAATTCTT-TTATGACA-AAAC-AAAATG-TC-
120 ATTAATTTTTAA-AATATT-AATAAATTAGAATTATT-TTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAACT
* ** ** * * * * * * * * **
12622349 ATAATGATT-TTAAATAGATAATAGTTCAAATGACCATAACTATTTGAACTTGTTCAA-TAAACA
181 AAAACAATTGTTTTAT-GACAA-A---AAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGAT-AATTATTCA
* * * * ** * *** * ** **
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239 AATAGTCATAACTATTTGAA-CT--TGTTCAGTAAACATATTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * ** * * * ** *
12622470 T-TTATTTCA-AATAAACTTATATACA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAACAAAAGATCATAAC
300 TAAT-TTTCAGAAT--A-TTA-ATAAATTAG---T-ATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGT-AT
***
12622532 GATTT
354 GAAGA
* * * * * ** * *
12622537 GAAATAAA-TA-ATTAT-TCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTCGTTCAGTAAATAGATTTATT
1 GAAA-AAATTATTTTATGACAAA-A-T-AAAAGGT-TAT-AAC-AATT-TG-AAATAGA-TAATT
* * * * * * *
12622598 TTTTAAATA-T-TTTACT-TATT-AA-TT-TTTGGAATAAATAAA-TTAGTTTT-ATTTTATT-C
56 GTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTTGTTT-G-ATAAATAAATTTATTTTTAAATTTCTTAC
** * * * * * * * *** *** * * * * *
12622654 CGAATAAGGTTGTATGAATA-GAA-ACGATT-GATTTATGACAAAAT-AAAAAGGTCGTAACGAT
118 TTATTAA-TTTTTA-AAATATTAATA-AATTAGAATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGT-ATGAA
* * * ** * ** * ***
12622715 TTGAAATAGATAATTGTT-T-AC----ATAA-TTGTAACTATTTG-AAT-G-TAA-TAAGAAAAT
179 CTAAAACA-ATTGTT-TTATGACAAAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * *
12622769 AG--ATTTA-TTTTTAAAATT-TT---T--ACTTATTAATTTTTAAA------A--TATTAA---
242 AGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * *
12622814 T-A-AAT-TAAT---------ATTATTTTA-TTCGAAATAAGTTTGCATG-AGTA
306 TCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAAG-A
** * * *** * * * *
12622855 GAACCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAAATAATTAATT-AGATA
1 GAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATA
* * * * * * *
12622919 GTTATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTCT-TTTTTTAATTCTCTTACTAATTAATTC
65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATT-TATTTTTAAATT-TCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * *
12622983 TTAGAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTTACTTC-AAATAAGCTTATATGAATTGAAACGATTA
128 TTA-AAATATTAATAAATTAGAATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG
* * * * * * * *
12623046 TTTTATTACAAAAGAAAAGATTATAA-TAGCTTGAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGT-TTGG
191 TTTTATGACAAAA-AAAAG-TCATAACGA-TTTGAAATAG--ATAATTA-TTCAAATAGTCAT--
* * * * * * * * *
12623109 TAC-A-TAGAATTATTTTC--TAAATC-TCTTATAAATTTTTGAAA--GTTTAATAGATTAGTTT
248 AACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAA-CATATTAT---TTTTT-AAATCTTTTACT-TATTAATTT
*** *** * * * * * * * *
12623167 T-ATTCTA-TACCGAATAAG-CTTGTATGAGTT-GAAATAATTG-TTTTAT-AACA
306 TCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAA--GCTTGTATGAAGA
** * ** ** * * * * * * **
12623217 -AAATAAA--AAATCAAAAC-ATTTGAAA---TA-AATAATTATTCATATAGTTGAACTGTTTGA
1 GAAA-AAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAA-T-TTGAAATAGAT-AATTGTTCAA
* * * * * * *
12623274 AT--T-AT---T-TTGGCAAATAGATTT-AT---T-TATTTAATCTCTT--AGTTATT-CATT-T
62 ATAGTCATAACTATTTG-AACTTG-TTTGATAAATAAATTT-AT-TTTTAAATTTCTTAC-TTAT
* * * *
12623323 TCAAAATTTTACTAA-ATTAAT--ATT---A-T-TTTT-TT-TGAATAAACTTGTATGAACAAAA
122 T--AATTTTTA-AAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAA
* * * * * * *
12623378 ATAATTATTTTATGATATAACAAAAAGTTATAACAATTTGATATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
184 ACAATTGTTTTATGACA-AA-AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * *
12623443 TAACTATTTGAA-TTGATT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTCTTG
247 TAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACATA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTC
* **
12623502 A-AATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAAG-TTGTATGTTGA
308 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAAGA
* * * * * **
12623552 -AAAACAATTGTTTAATAACAAAATAAAATGTAATAATC-ATTTGAAATAGATCGTTGTTCAAAT
1 GAAAA-AATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * *
12623615 -G-CTATAATTATTTGAAC-TGATTT-AGTAAATTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
64 AGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTTGA-TAAATAAATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTATTAA
* * * * * * *
12623676 TTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCT-CAT--TCTTTTATGAAATAAAAGAAA
125 TTTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAA
* * * * *
12623738 TT-TTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATATTCAT-AC
188 TTGTTTTATGACAAAA-AAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * *
12623801 TATTTGACCCTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCA-AATG
251 TATTTGAACTTGTTCAGTAAACATA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTCAGAATA
* * **
12623865 TTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATT
314 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAGA
* * * * * * ** * * *
12623910 GAAATAATTATTGTATGACTAAACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAG
1 GAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
12623975 -CTTTAACTATTTGAA-TTGATTT-ATCAAACACATTTATTTTTTAAA--T-TT-GTTATTAATT
66 TC-ATAACTATTTGAACTTG-TTTGAT-AAATAAATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTATTAATT
* * * ** *
12624033 TTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATCTTTA-TCCAAATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATT
127 TTTAAAATATTAATAAATTAGAATTAT-TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATT
* * * * * * *
12624096 G-TTTATGAGAAAAGAAAGATCATAATGATTTGATATTGATATTTGTTCAAATAGGT-ATAACTA
190 GTTTTATGACAAAAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-GTCATAACTA
* ** ** * *
12624159 TTTGAA-TTGGTTTAAAAAACA-ACAAAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAAGTTTTGA-AATAT
253 TTTGAACTT-GTTCAGTAAACATA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTCAGAATAT
* * * * **
12624217 CAATGAAA-TAGTATTATTTGT-TTT-GGATAA-ATTTTAATGAACT
315 TAAT-AAATTAGTATTATTT-TATTTCGAATAAGCTTGT-ATGAAGA
* * * * * * * *
12624260 GAAATAATTGTTATATAACAAAACAAAGGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAA-TGATTTAAAT
1 GAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAA-TTTGAAATAGATAATTG-TTCAAAT
* * * * *
12624323 AGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTT-TTTTAAAAAATATCTTACTCATTAAT
64 AGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTATTTT--TAAATTTCTTACTTATTAAT
** * * * *
12624386 TTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATT-TTTTATTCTGAATAAGC-----T----TAAAATAATTA
126 TTTTAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG
** * * * * *
12624441 TTTTATGACTAGTCAAAATGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATT-GT--AATACTCTTAACTAT
191 TTTTATGAC-A-AAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * * *
12624503 TTGAACTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATTTTTTACTCATTAATTTT-TGAAATATTA
254 TTGAACTTGTTCAGTAAACATA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAG-AATATTA
* * * * * *
12624567 TTAAATTAGTTTTATTTTAATCCGAATAAGTTTATATGAA-A
317 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAGA
* * * * * ** *
12624608 GAAACAATCATTTTATGATAAAAT-AAAGATCATAAGGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAG
1 GAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
12624672 TCATAACTATTT-AAGC-TGTTTTGGTAAATAGATTTAGTTTTTGAA--T-AT-CTTATTAATTT
66 TCATAACTATTTGAA-CTTG-TTTGATAAATAAATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTT
* * ** *
12624731 TTAAATTATTAAT-AATTCA-ATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAA-TAGAAACAATT
128 TTAAAATATTAATAAATT-AGA-ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATT
* * * ** ** * * * * *
12624793 ATTTTATGA-AAAAATAGAAGGTCATAACAAATCAAAATAGATAATTGGTAAAATGGACGT---G
190 GTTTTATGACAAAAA-A-AA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
** * * *
12624854 A--TGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-TTCTACTTATTAAATTTCA-AATTA
252 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACATA-TTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAA-TA
* *
12624915 TTAATAAATTAGTATTATCTTA-TTCTGAATAAACTTGTATGAATG-
314 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-GA
* * * * * * *
12624960 GAAACAATTGTTTTATAAGAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATCA-ATAATTGTTCAAAT-
1 GAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
12625023 -T-TTGAAGTA---G--CTCG---G-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTACTAATT
65 GTCAT-AACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTA-TTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATT
* * * * * * *
12625076 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTTGAATACGCTTATATGAGC-AGAAACATTT
127 TTTAAAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATT
* * * * *
12625140 GGTTTATGACAAAAAAAAAATTTATAGCTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
190 GTTTTATGAC--AAAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
** * *
12625205 TTTGAA-TATGTTCAAAAAACATATTTACTTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATTCTT-AGAATAT
253 TTTGAACT-TGTTCAGTAAACATA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTCAGAATAT
* * * * * *
12625267 TAAAAAATTTA-TATTACTTTATTTAGAATAAACTTATATGAATA
315 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAGA
* * * *
12625311 GAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 GAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
12625376 TCATAACTATTTGAACTTGTTCT-ATAAATAGATTCATTTTTGAAATCTCATACTTATTAACTTT
66 TCATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAATAAATTTATTTTT-AAATTTCTTACTTATTAA-TTT
* * * *
12625440 CT-GAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTGAATATA-CTTG--TGCAAATAGAAACAATT
128 TTAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTGAATA-AGCTTGTATG-AACTA-AAACAATT
* * * * *
12625501 G-TTTGTGACAAAACAAAATATCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTG
190 GTTTTATGACAAAA-AAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * ** *
12625565 TTTGCAC-TGATCAAGCT-AACATATACATTTTCTATATCCGTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
253 TTTGAACTTGTTC-AG-TAAACATAT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATAT
* ** * * * *
12625628 TATTAAATTAACATTACTTTATTTTGAATAAGATTGCATG-AGTA
315 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAG-A
* * * * * * * * *
12625672 GAAACAATTATTTTATGGCAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTG
1 GAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
12625737 TTAGAACTAATTAAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTAAA--T-TT-CTTATTAGTTTGTA
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTATTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * *
12625798 AAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATT-TCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTT
131 AAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTT
* * * * * * * * * * *
12625861 TA--A-ATAGATAA-T--T---G--TTCAAACAGTCATAATTATTTAAACTAGT-TTAGCAAATA
194 TATGACAAAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAG--ATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTT
* *** * ** * * *
12625914 GAA-TTATTTTTTAAATC-TTTTGCTTATT-AA--TTTT--TGA--AATATT---AATA--AAT-
256 GAACTTGTTCAGTAAA-CATATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATA
* * * *
12625964 --TTA-TTTTATTTTATTTC-AACTAAG-TT-AATAAGAGCT
320 AATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGA-AG-A
* ** * * * *
12626000 GAAAAAATTGTTTTACAATAAAATAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGCTCATATAG
1 GAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * ** * *
12626065 CCTTAACTAATTGAAGTGGTTTGGCAAATAAA--TA----T--ATTT-TTAATTATTAATTATTA
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTATTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * ** * * *
12626121 GAATATTATTAGATTATTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAGTTATTTT
131 AAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
12626185 ATGACAGAACAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA
195 ATGACA-AAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
12626250 CTAAT-TTGA-TAAATAGAATTATTTTTTAAATCTTTTA--TA--AATTTT-TGAAATATTAATG
259 CT--TGTTCAGTAAACA-TATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATA
* * * *
12626308 AATTAGCT-TTATTTTAGTAT-GAATAAACTTGGATG-AGTT
320 AATTAG-TATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAAG-A
** * * * ** * * *
12626347 GAAATGATTGTTTTATAACAAAATAAAATGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGG
1 GAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * * *
12626412 ACATGACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATATATTTTTTAAGTCTCATACTTATTAATTTA
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAATAAATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
12626476 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGGA-TAGAAACAATTATT
129 TAAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTT
* *
12626540 TTATGACAAAACAAAAGATCATAACTACTTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
193 TTATGACAAAA-AAAAG-TCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * * *
12626604 TGAACTTGTTC-GATAAATAGATTTATATTTTTAATTATTTAATTTATTAATTTTTAAAATGTTA
255 TGAACTTGTTCAG-TAAACATA-TTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATATTA
* * * * *
12626668 ATTAATTAGTGTTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATAAATA
317 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAGA
* *** ** * * * *
12626710 -AAAACAACTGGCTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAACTATTTAAAATAGATAATTATTCAAATA
1 GAAAA-AATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
12626774 GTCATAACTATTTGAA--TGTGTTAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTACTAATGT
65 GTCATAACTATTTGAACTTGT-TTGATAAATAAATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTT
** * * * *
12626836 TTGGAATATTAACAACTTTA-TATTATTTTATT-TGGAATAAGCTTGTAT-TACTAAAACCAATT
128 TTAAAATATTAATAA-ATTAGAATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATT
* * ** * *
12626898 ATTTTATAACAAAACAAAAAGTTGTAACGATCTGAAATAG-------TTCAAATAGTTATAACTA
190 GTTTTATGAC-AAA-AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * * *
12626956 TTTGGACTTCTTCGGTAAATAGATTTCTTTTTTAAAATCTTTTAGTCATTAATTTT-TGAAATAT
253 TTTGAACTTGTTCAGTAAACATA-TTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTCAG-AATAT
* *
12627020 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTT-TATGAACTA
315 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAA-GA
* * * *** ** *
12627065 -ATACAATTGTTTTATGGTGAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
1 GAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
12627129 TTATGACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAACATATTTATTTTAAAATCTT-TTTCTTA-TAGATTA
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAATAAATTTATTTTTAAAT-TTCTTACTTATTA-ATTT
** * * ** *
12627191 TCGAAATATTAATAAATTA-ATATTAATTTAATCTGAATAAAG-TTGTATGAAGAAAAACAATTC
128 TTAAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTCTGAAT-AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG
* * * * * * *
12627254 TTTTTTGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATTGTTATAACTAT
191 TTTTATGAC-AAA-AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
12627319 TTGAACTTATTCAGTAATCAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-TGTAATTTTCTGAATATTA
254 TTGAACTTGTTCAGTAAACATA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT-TAATTTTCAGAATATTA
* * * *
12627383 ATAAATTTGTATAATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTAGGAATA
317 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAAGA
* * * * * * * *
12627425 GAAAAAATTGTTTGATGATAAAACAAAAAGTTATAACGATTTAAAATAGATAATT-ATCTAAATA
1 GAAAAAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATA
* ** *
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65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTATTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT
** * * * * *
12627542 TGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAACAAAAATAATTGTTTT
130 AAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTT
* * * * *
12627607 ATAATAAAACAAACAGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
195 ATGACAAAA-AAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
12627655 CAATCATTAT
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TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTTATTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTA
AAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
TGACAAAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
TGTTCAGTAAACATATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAGA
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* ** * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * *
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* *
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** * *
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1 AATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA
** * * * *
12622620 TTTTTGGAATA--AATAAATTAGTTTTATTTTATTCCG-AATAAGGTTGTATGAATAGAAACGAT
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* * * * *
12622682 TGA-TTTATGACAAAATAAAAAGGTCGTAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTTA
130 T-ATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTAATTCA
* * ** * * * * * *
12622735 CATAATTGTAACTATTTGAA-TGTAATAAGAAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAA
1 AATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAA
* * * * *
12622799 TTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCGAAATAAGTTTGCATGAGTAGAACCAAT
65 TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * *
12622863 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAAATAATTAATT-A
130 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTAATTCA
* * ** *
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1 AATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATT-TATTTTTTAAATT-T-TTACTTATT
* * * * *
12622978 AATTCTTAGAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTTACTTC-AAATAAGCTTATATGAATTGAAAC
63 AATTTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * *
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
AATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAAT
TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTAATTCA
Found at i:12623706 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 12623349--12625828 Score: 1123
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12623339 TTAATATTAT
* ** * * * * *
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* *
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* * *
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* * * * *
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1 TTTTATTTCGAATAAAGTTGTATGATT-AAAAACAATTATTTAATGACAAAACAAAAAGTCATAA
** *
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*
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** ** * * * *
12623704 TTTTATTTCTCAT--TCTTTTATGAAATAAAAGA-AATT-TTTTATGATAAAAC-AAAAGATCAT
1 TTTTATTTCGAATAAAGTTGTATG-ATTAAAA-ACAATTATTTAATGACAAAACAAAAAG-TCAT
* * * *
12623764 AATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA-TTCAT-ACTATTTGACCCTG-TTTAGTAAATAGA
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* * * *
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127 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
12623882 TTTTA-TTCTAA-ATAAGCTTGTATGAATT-GAAATAATTATTGT-ATGACTAAACAAAAAGTCA
1 TTTTATTTCGAATA-AAG-TTGTATG-ATTAAAAACAATTATT-TAATGACAAAACAAAAAGTCA
* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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1 T-TTTATTTCGAATAAAG-TTGTATGATTAAAAACAATTATTTAATGACAAAACAAAAAGTCATA
* * * * * * * ** * **
12624120 ATGATTTGATATTGATATTTGTTCAAATAGGT-ATAACTATTTGAATTGGTTTAAAAAACA-ACA
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* * * * *
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* * * * * * * **
12624233 TTTGT-TTT-GGATAAA-TTTTAATGAACT-GAAATAATT-GTTATATAACAAAACAAAGGGTCA
1 TTT-TATTTCGAATAAAGTTGT-ATG-ATTAAAAACAATTATTTA-ATGACAAAACAAAAAGTCA
* *
12624293 TAA-CAACTTT-AAATAGATAA-TGATTTAAATAG-TCA-AATCTATTTGAACTTG-TTTGGTAA
62 TAATC-A-TTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGCTCATAA-CTATTTGAAC-TGATTTAGTAA
** * * ** *
12624352 ATAGATTT-TTTTAAAAAATATCTTACTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATT-
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* * * * ** *
12624412 TTTTA-TTCTGAAT--A-----A-GCTT-AAAATAATTATTTTATGACTAGTCAAAATGTCA-AA
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* * * * * * *
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* * * * * *
12624527 TATTTTTTAAATTTTTTACTCATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTTTTA
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
12624581 TTTTAATCCGAAT-AAGTT-TAT-ATGAAAGAAACAATCATTTTATGATAAAATAAAGA-TCATA
1 TTTTATTTCGAATAAAGTTGTATGAT-TAA-AAACAATTATTTAATGACAAAACAAAAAGTCATA
** * * *
12624642 AGGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTT-AAGCTGTTTTGGTAAATAGAT
64 ATCATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTCATAACTATTTGAA-CTGATTTAGTAAATAGAT
* * * * *
12624705 TTAGTTTTTGAA--T-AT-CTTATTAATTTTTAAATTATTAAT-AATTCAATATTA
128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-AGTATTA
* ** * * * * * * * *
12624756 TTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATGAAAAAATAGAAGGTCATAA-
1 TTTTATTTCGAATAAAGTTGTATGATTAAAAACAATTATTTAATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
* ** * * ** * * * *
12624820 CAAATCAAAATAGATAATTGGTAAAAT-GGACGT---GA--TGAACTTG-TTTGGTAAACAGATT
66 C-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTCATAACTATTTGAAC-TGATTTAGTAAATAGATT
* * * *
12624878 TATTTTTTAAAATTTC-TACTTATTAAATTTCAAATTATTAATAAATTAGTATTA
129 TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * ** * * * * *
12624932 TCTTA-TTCTGAATAAACTTGTATGAATGGAAACAATTGTTTTATAAGAAAA-TAAAAGATCATA
1 TTTTATTTC-GAATAAAGTTGTATGATTAAAAACAATTATTTAATGACAAAACAAAAAG-TCATA
* * *
12624995 A-CTATTTGAAATCA-ATAATTGTTCAAAT---T-TTGAAGTA---G--CTCG-----GTAAACA
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* * *
12625044 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
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* * * ** * * * * * *
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1 -TTTTATTTCGAATAAAG-TTGTATGATTAAAAACAATT-ATTTAATGACAAAACAAAAAGTCAT
* * ** *
12625165 -AGCTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-T-ATGTTCAAAAAACA
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* * * * *
12625226 TATTTACTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTCTTAGAATATTAAAAAATTTA-TATTA
125 GATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * * * * * * * * * *
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1 TTTTATTTCGAATAAAGTTGTATGATTAAAAACAATTATTTAATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
*
12625348 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-TTCTA-TAAATAGATT
66 CATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTCATAACTATTTGAAC-TGATT-TAGTAAATAGATT
* * * * * *
12625410 CATTTTTGAAATCTCATACTTATTAACTTTCT-GAATATTAATAAATTAGAATTA
129 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *** * * * *
12625464 TGTTA-TTCTGAATATACTTGTGCAAATAGAAACAATTGTTT-GTGACAAAACAAAATA-TCATA
1 TTTTATTTC-GAATAAAGTTGTATGATTAAAAACAATTATTTAATGACAAAACAAAA-AGTCATA
* * * * **
12625526 A-CAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTGTTTGCACTGATCAAGCTAACAT--
64 ATC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTCATAACTATTTGAACTGATTTAG-TAA-ATAG
** * * * * **
12625587 ATACATTTTCTATATC-CGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAACATTA
126 ATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * **
12625644 CTTTATTTTGAAT-AAGATTGCATGAGTAGAAACAATTATTTTATGGCAAAACAAATGGTCATAA
1 TTTTATTTCGAATAAAG-TTGTATGATTAAAAACAATTATTTAATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * * * * *
12625708 -CGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTG-TTAGAACTAATTAAACTGGTTT-GATAAATAGAT
65 TC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTCATAACTATTTGAACTGATTTAG-TAAATAGAT
* * *
12625770 TTA-TTTTTAAA--T-TT-CTTATTAGTTTGTAAAATATTAATAAATTAATATTA
128 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
12625820 TTTTATTTC
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Statistics
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0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
TTTTATTTCGAATAAAGTTGTATGATTAAAAACAATTATTTAATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
CATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTCATAACTATTTGAACTGATTTAGTAAATAGATTTA
TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
Found at i:12623746 original size:355 final size:351
Alignment explanation
Indices: 12623079--12627654 Score: 1139
Period size: 355 Copynumber: 13.0 Consensus size: 351
12623069 TAATAGCTTG
* * * * * * *
12623079 AAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTGGTACATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAATTT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTT
* * * * *
12623144 TTGAAAGTTTAATAGATTAGTTTTATTCTATACCGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTT
65 TTGAAA-TTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAT-AGTTGAAACAATTGTT
* * *
12623209 TTATAACAAAATAAAAAATCAAAACATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTTGAACTGTTTGA
128 TAATAACAAAATAAAAAATCAAAACATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTGAACTATTTGA
* * * * * *
12623274 ATTATTTTGGCAAATAGATTTATTTATTTAATCTCTTAGTTATTCATTTTCAAAATTTTACTAAA
193 ATGATTTTAGCAAATAGATTTATTTATTTAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA
* * *
12623339 TTAATATTATTTTTTTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGATATAACAAAA-
258 GTAATATTATTTTTTTTGAAT-AACTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAG
* *
12623403 AGTTATAACAATTTGATATAGATAATTGTTC
322 A-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* *
12623434 AAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTC
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTT
* *
12623499 TTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAAG-TTGTAT-GTTGAAAAACAATTG
65 TTGAAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAAT-AAGCTTGTATAGTTG--AAACAATTG
** * ** * *
12623562 TTTAATAACAAAATAAAATGT-AATAATCATTTGAAATAGATCGTTGTTCAAAT-GCTAT-AATT
126 TTTAATAACAAAATAAAAAATCAA-AA-CATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-T-TGAACT
* *
12623624 ATTTGAACTGA-TTTAGTAAATTA-ATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT
187 ATTTGAA-TGATTTTAGCAAA-TAGATTTATTTATTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT
* * * *
12623686 ATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCT-CAT-TCTTTTATGAA-ATAAAAGAAATT-TTTTATG
249 ATTAATAAAGTAATATTATTTT-TTT-TGAATAACTTGTATGAACA-AAAA-AAATTATTTTATG
** *
12623747 ATAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTC
310 ATAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * *
12623789 AAATATTCAT-ACTATTTGACCCTGTTT-AGTAAATAGATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGA-ACTGTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATT
* * ** * *
12623852 AATTTTTCAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAA
60 AATTTTTGAAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAT-AGTTGAAACAA
* * * * * ** * * * *
12623917 TTATTGT-ATGACTAAACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAGCTTTAA
123 TTGTT-TAATAACAAAATAAAAAATCA-AAACATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-TTGAA
* * * * * **
12623981 CTATTTGAATTGA-TTTATCAAACACATTTATTT-TTTAA-AT-TT-GTTATTAATTTTTGAAAT
185 CTATTTGAA-TGATTTTAGCAAATAGATTTATTTATTTAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAT
* * * * *** ** * * * *
12624041 ATTATTAAATTAGTATTATCTTTATCCAAATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATT-GTTTATGAG
249 ATTAATAAAGTAATATTAT-TTTTTTTGAATAA-CTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGAT
* ** * * *
12624105 AAAA-GAAAGATCATAATGATTTGATATTGATATTTGTTC
312 AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *** * *
12624144 AAATAGGT-ATAACTATTTGAATTGGTTTAAAAAACA-ACAAAGTTTTTAAATCTCTTATTAAGT
1 AAATA-GTCATAACTATTTGAACT-GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT
* * * * * ** *
12624207 TTTGAAATATCAATGAAA-TAGTATTATTTGT-TT-TGGATAA-ATTTTAATGAACTGAAATAAT
64 TTTGAAAT-TTAAT-AAATTAGTATTATTT-TATTCCGAATAAGCTTGT-AT-AGTTGAAACAAT
* *** * * * * **
12624268 TG-TTATATAACAAAACAAAGGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATGATTTAAATAGTCAAAT
124 TGTTTA-ATAACAAAATAAAAAATCAAAAC-A-TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTGAA-
* * * *** * * ***
12624331 CTATTTGAACT--TGTTTGGTAAATAGATTTTTTTAAAAAATATCTTACTCATTAATTTTTTGAA
185 CTATTTGAA-TGAT-TTTAGCAAATAGATTTATTTATTTAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA
* * * * *
12624394 TGTTAATAAATTAGTATT-TTTTATTCTGAATAA---GCT-T-----AAAATAATTATTTTATGA
248 TATTAATAAAGTAATATTATTTT-TTTTGAATAACTTG-TATGAACAAAAAAAATTATTTTATGA
** * *
12624449 CT-AGTCAAAATG-TCAAAACGATTTGAAATAGATAATTG-T-
311 -TAAAACAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * ** * * * *
12624488 -AATACTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATTTTTTACTCATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTA
* * * **
12624552 ATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTTTTATTTTAATCCGAATAAG-TT-TATATGAAAGAAACAA
61 ATTTTTGAAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATA-G-TTGAAACAA
** * * * * ** * * *
12624615 TCATTTTATGATAAAAT-AAAGATCATAAGGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AA
123 TTGTTTAATAACAAAATAAAAAATCA-AAACATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT--TGAA
* * * * *
12624678 CTATTT-AAGCTG-TTTTGGTAAATAGATTTAGTTT-TTGAA--T-AT-CTTATTAATTTTTAAA
185 CTATTTGAA--TGATTTTAGCAAATAGATTTA-TTTATTTAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAA
* * * * * * *
12624736 TTATTAAT-AATTCAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTAT
247 ATATTAATAAAGT-AATATTATTTT-TTTTGAATAA-CTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTAT
* * * * * ** * *
12624800 GAAAAAATAGAAGGTCATAACAAATCAAAATAGATAATTGGTA
309 GATAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *
12624843 AAATGGACGT---GA--TGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTCTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGATAAATAGATTTATTTTTT-AAA--TCT-CTTATTA
* * * * * * *
12624903 A-ATTTCAAATTATTAATAAATTAGTATTATCTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATGGAAACAA
61 ATTTTTGAAA-T-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAT-AGTTGAAACAA
* * * * * * * *
12624967 TTGTTTTATAAGAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATCAATAATTGTTCAAAT-TTTGAAGT
123 TTGTTTAATAACAAAATAAAAAATCAAAAC-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTGAACT
* * * * * **
12625031 A---G-CTCG------GTAAACAGATTTATTT-TTTAAATCTTTTACTTACTAATTTTTGAAATA
187 ATTTGAAT-GATTTTAGCAAATAGATTTATTTATTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATA
* * * * * * * * ** *
12625085 TTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTTGAATACGCTTATATGAGCAGAAACATTTGGTTTATGAC
250 TTAATAAAGTAATATTA-TTTT-TTTTGAATA-ACTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGAT
* * * * *
12625150 AAAA-AAAAAATTTATAGCTATTTGAAATAGATAATTATTC
312 AAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* ** * * * * *
12625190 AAATAGTCATAACTATTTGAATATGTTCAAAAAACATATTTACTTTTTAAAATTTTACTTATTAA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAA-TCT-CTTATTAA
* * * ** * * * * *
12625255 TTCTT-AGAATATTAAAAAATTTA-TATTACTTTATTTAGAATAAACTTATATGAATAGAAATAA
62 TTTTTGA-AAT-TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAT-AGTTGAAACAA
* * ** * *
12625318 TTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-A
123 TTGTTTAATAACAAAATAAAAAATCA-AA-ACATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT--TGA
* * * * * * **
12625381 ACTATTTGAACTTG-TTCTA-TAAATAGATTCATTT-TTGAAATCTCATACTTATTAACTTTCTG
184 ACTATTTGAA--TGATTTTAGCAAATAGATTTATTTATT-TAATCTCTTACTTATTAATTTTCAA
* * * *** * * * * *
12625443 AATATTAATAAATTAGA-ATTATGTTATTCTGAATATACTTGTGCAAATAGAAACAATT-GTTTG
246 AATATTAATAAAGTA-ATATTAT-TTTTTTTGAATA-ACTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTA
* * * *
12625506 TGACAAAACAAAATATCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTC
308 TGATAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * ** * ** * *
12625550 AAATAGTCATAACTGTTTGCACTGATCAAGCTAACAT--ATACATTTTCTATATCCGTTACTTAT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTG-T-TTGATAA-ATAGATTTATTTTTTAAAT-C--T-CTTAT
* ** * ** * * *
12625613 TAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAACATTACTTTATTTTGAATAAGATTGCATGAGTAGAAAC
59 TAATTTTTGA-AAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAT-AGTTGAAAC
* * ** * *** * *
12625677 AATTATTTTATGGCAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTAGA
121 AATTGTTTAATAACAAAATAAAAAATCAAAAC-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTT-GA
* * * * * * *
12625742 ACTAATTAAACTGGTTTGA-TAAATAGATTTA-TT-TTTAA-AT-TT-CTTATTAGTTTGT-AAA
184 ACTATTTGAA-TGATTTTAGCAAATAGATTTATTTATTTAATCTCTTACTTATTAATTT-TCAAA
* ** * * * * * *
12625800 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTA-A
247 ATATTAATAAAGTAATATTATTTT-TTTTGAA-TAACTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATG
* * ** * * * *
12625864 AT-AGATAATTGTTCA-AAC-A---G---T-CATAATTATTT
310 ATAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * * * *
12625896 AAACTAGT-TTAGCAAATAGAATTATTT--T--TTA-A---A-TCTTT---T-GCTTATTAATTT
1 AAA-TAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTT
* * * * * *
12625947 TTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTC-AACTAAG-TTAATAAGAGCTGAAAAAATT
65 TTGAAAT-TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCGAA-TAAGCTT-GT-ATAGTTGAAACAATT
* * * ** * * * * ** *
12626009 GTTTTACAATAAAATAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGCTCATATAGCCTT-AACT
125 GTTTAATAACAAAATAAAAAATCAAAAC-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG--TTGAACT
* * * * * * *
12626073 AATTGAAGTG-GTTTGGCAAATAAATATA-TT-TTTAAT-TATTA---ATT-A--TT-AGAATAT
187 ATTTGAA-TGATTTTAGCAAATAGATTTATTTATTTAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAT
* * * * * * * * * * *
12626127 TATTAGATTATTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAGTTATTTTATGACAG
251 TAATAAAGTAATATTATTTT-TTTTGAATAA-CTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGATAA
* * ** *
12626192 AAC-AAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTC
314 AACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *
12626229 AAATAGTTATAATTATTTGAACTAATTTGATAAATAGAATTATTTTTTAAATCTTTTATAAATTT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTT
* * ** * * **
12626294 TTGAAATATTAATGAATTAGCT-TTATTTTAGTATGAATAAACTTGGATGAGTTGAAATGATTGT
65 TTGAAAT-TTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAT-AGTTGAAACAATTGT
* ** * ** * * **
12626358 TTTATAACAAAATAAAATGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGACATG-ACTAT
127 TTAATAACAAAATAAAAAATCA-AAACATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT--AGTTGAACTAT
* * * * * *
12626422 TTGAACT--TGTTCAGTAAACAGATATATTT-TTTAAGTCTCATACTTATTAATTTAT-AGAATA
189 TTGAA-TGAT-TTTAGCAAATAGATTTATTTATTTAA-TCTCTTACTTATTAATTT-TCAAAATA
* * * * * * *
12626483 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGGATAGAAACAATTATTTTATGACA
250 TTAATAAAGTAATATTATTTT-TTTTGAAT-AACTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGATA
* * *
12626548 AAACAAAAGATCATAACTACTTT-AAATAAATAATTATTC
313 AAACAAAAGATCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * *
12626587 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATATTTTTAATTATTTAATTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTGATAAATAGATTTAT-TTTTTAA--ATCT--CTTATT
* * * * * * **
12626652 AATTTTTAAAATGTTAATTAATTAGTGTTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATAAATAAAAACAA
60 AATTTTTGAAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAT-AGTTGAAACAA
* * * ** ** * * *
12626717 CTGGCTT-ATGACAAAGCAAAAGGTCATAACTATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-A
123 -TTGTTTAATAACAAAATAAAAAATCAAAAC-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT--TGA
* ** * * **
12626780 ACTATTTGAATG-TGTTAAAAAATAGATTTATTT-TTTAAAT-TTTTACTTACTAATGTTT-GGA
184 ACTATTTGAATGATTTTAGCAAATAGATTTATTTATTT-AATCTCTTACTTATTAAT-TTTCAAA
* ** * * * **
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247 ATATTAATAAAGTAATATTATTTT-TTTTGAATAA-CTTGTATGAAC-AAAAAAAATTATTTTAT
* * ** * *
12626905 AACAAAACAAAA-AGTTGTAACGATCTG--A-A-AT-A--GTTC
309 GATAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *
12626941 AAATAGTTATAACTATTTGGACT-TCTTCGGTAAATAGATTTCTTTTTTAAAATCTTTTAGTCAT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TT-GATAAATAGATTTATTTTTT-AAATC-TCT--T-AT
** **
12627005 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTT-TATGAACT-AATA
59 TAATTTTTGAAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG-CTTGTAT-AGTTGAA-A
* **** ** * ** *
12627068 CAATTGTTTTATGGTGAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT-A
120 CAATTGTTTAATAACAAAATAAAAAATCA-AAACATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTGA
* * * ** * * *
12627132 TGACTATTTGAACT--TGTTTAGTAAACATATTTATTT-TAAAATCTTTTTCTTA-TAGATTATC
184 --ACTATTTGAA-TGAT-TTTAGCAAATAGATTTATTTATTTAATCTCTTACTTATTA-ATTTTC
* * ** * * * * *
12627193 GAAATATTAATAAATTAATATTAATTTAATCTGAATAAAGTTGTATGAAGAAAAACAATTCTTTT
244 AAAATATTAATAAAGTAATATT-ATTTTTTTTGAAT-AACTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTT
* * ** * *
12627258 TTGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAAATAACTGTTC
307 ATGATAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *
12627303 AAATTGTTATAACTATTTGAACT-TATTCAGT-AATCAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTTG
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTGA-TAAAT-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTA---T-
* * * * * *
12627366 TAATTTTCTG-AATATTAATAAATTTGTATAATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAA
59 TAATTTT-TGAAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGCTTGTA-TAGTTGAAA
* * * * * * * * * *
12627429 AAATTGTTTGATGATAAAACAAAAAGTTATAACGATTTAAAATAGATAATTA-TCTAAATAG-T-
120 CAATTGTTTAATAACAAAATAAAAAATCAAAAC-ATTTGAAATAAATAATTATTC-AAATAGTTG
* * * **
12627491 --C-A--T-AACT-A-TTTA--AACAT--ATTCATTT-TTTAAATTTCTTACATATTAATTTTTT
183 AACTATTTGAA-TGATTTTAGCAA-ATAGATTTATTTATTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTCA
* * * * * *
12627543 GAATATTAATAAATTAGA-ATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAACAAAAATAATTGTTTT
245 AAATATTAATAAAGTA-ATATTAT-TTTTTTTGAATAA-CTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTT
* * * *
12627607 ATAATAAAACAAACAG-TTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTC
307 ATGATAAAACAAA-AGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
12627652 AAA
1 AAA
12627655 CAATCATTAT
Statistics
Matches: 3207, Mismatches: 717, Indels: 600
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Matches are distributed among these distances:
322 2 0.00
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364 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (351 bp):
AAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT
TGAAATTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATAGTTGAAACAATTGTTTAA
TAACAAAATAAAAAATCAAAACATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTGAACTATTTGAATG
ATTTTAGCAAATAGATTTATTTATTTAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTA
ATATTATTTTTTTTGAATAACTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGATCA
TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
Found at i:12624216 original size:174 final size:176
Alignment explanation
Indices: 12623121--12624235 Score: 508
Period size: 178 Copynumber: 6.3 Consensus size: 176
12623111 CATAGAATTA
* * * * * * *
12623121 TTTTCTAAATCTCTTATAAATTTTTGAAAGT-TTAATAGATTAGTTTTATTCTATACCGAATAAG
1 TTTT-TAAATCTCTTATTAATTTTTGAAA-TATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
* * * * * * * * ** * *
12623185 CTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTATAACAAAATAAAAAATCA-AAACATTTGAAATAAATAA
64 CTTGTATGAATTGAAACAATTATTGTATGACGAAACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAA
* * *** * * *
12623249 TTATTCATATAG-T-TGAACTGTTTGAATT-ATTTTGGCAAATAGATTTA-
129 TTATTCAAATAGCTAT-AACTATTTGAATTGA-TTTAAAAAACACA-TAAG
* ** * * * ***
12623296 TTTATTTAATCTCTTAGTTATTCATTTTCAAAATTTTACTAAATTAATATTATTTT-TTTTGAAT
1 TTT-TTAAATCTCTTA-TTA---ATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* *** * * * * ** * *
12623360 AAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGA-TATAACAAAAAGTTATAACAATTTGATATAG
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* * * * * * *
12623424 ATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAATTGATTTGATAAATAGATTTAT
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* * * * *
12623477 TTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAAG-
1 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AAGC
* * * * * * * *
12623541 TTGTATG--TTGAAAAACAATTGTT-TAATAACAAAATAAAATGTAATAATCATTTGAAATAGAT
65 TTGTATGAATTG--AAACAATTATTGT-ATGACGAAACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGAT
** * * * * ** * *
12623603 CGTTGTTCAAAT-GCTATAATTATTTGAACTGATTTAGTAAATTA-ATTTAT
127 AATTATTCAAATAGCTATAACTATTTGAATTGATTTA-AAAAACACA-TAAG
* * * * **
12623653 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCTCAT-
1 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * * * * ** *
12623717 -TCTTTTATGAAATAAAAGAAATT-TTTTATGATAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTTAAATAG
62 AGCTTGTATGAATTGAAA-CAATTATTGTATGACGAAACAAAAAG-TCATAATGATTTCAAATAG
* * ** ** * * *
12623779 ATAATTGTTCAAATA-TTCAT-ACTATTTGACCCTG-TTTAGTAAATAGATTTA-
125 ATAATTATTCAAATAGCT-ATAACTATTTGA-ATTGATTTAAAAAACACA-TAAG
* * * * *
12623830 TTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAAT
1 TTTTT-AAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* *
12623895 AAGCTTGTATGAATTGAAATAATTATTGTATGACTAAACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGA
61 AAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTGTATGACGAAACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGA
* * ** * *
12623960 TAATTATTCTAATAGCTTTAACTATTTGAATTGATTTATCAAACACATTTAT
126 TAATTATTCAAATAGCTATAACTATTTGAATTGATTTAAAAAACACA-TAAG
* *
12624012 TTTTTAAATTTGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATCTTTA-TCCAAATAAGC
1 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAT-TTTATTCCAAATAAGC
* * * * *
12624076 TTGTATG-ATTAGAAACAATTGTT-TATGA-GAAA-AGAAAGATCATAATGATTTGATATTGATA
65 TTGTATGAATT-GAAACAATTATTGTATGACGAAACAAAAAG-TCATAATGATTTCAAATAGATA
* * * *
12624137 TTTGTTCAAATAGGTATAACTATTTGAATTGGTTTAAAAAACAACA-AAG
128 ATTATTCAAATAGCTATAACTATTTGAATTGATTTAAAAAAC-ACATAAG
* * *
12624186 TTTTTAAATCTCTTATTAAGTTTTGAAATATCAATGAAA-TAGTATTATTT
1 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATAT-TATTAAATTAGTATTATTT
12624236 GTTTTGGATA
Statistics
Matches: 747, Mismatches: 145, Indels: 98
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 43 0.06
175 74 0.10
176 74 0.10
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182 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (176 bp):
TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT
TGTATGAATTGAAACAATTATTGTATGACGAAACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATT
ATTCAAATAGCTATAACTATTTGAATTGATTTAAAAAACACATAAG
Found at i:12626583 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 12626102--12627654 Score: 1156
Period size: 181 Copynumber: 8.7 Consensus size: 180
12626092 ATAAATATAT
* * * * * *
12626102 TTTTAATTATTAATTATTAGAATATTATTAGATTATTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG
1 TTTTACTTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATG
* * * * * * *
12626167 AATAGAAATAGTTATTTTATGACAGAAC-AAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAA
65 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* * *
12626231 ATAGTTATAATTATTTGAACTAAT-TTGA-TAAATAGAATTATTTTTTAAATC
130 ATAGTTATAACTATTTGAACT--TGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
12626282 TTTTA--TA--AATTTTTGAAATATTAATGAATTAGCT-TTATTTTAGTATGAATAAACTTGGAT
1 TTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTAT
* * ** * * * *
12626342 GAGTTGAAATGATTGTTTTATAACAAAATAAAATG-TTATAATGATTTAAAATAGATAATTATTC
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* ** * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* *
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* * * ** * * * * ** *
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* *
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* * * * * * *
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* * * *
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129 TATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
** * * * * ** * * * *
12631302 TTTTATTTGAATAGAAACAATTGTTTTACAATAAAACAAAATGTCATAATC-ATTTGAAATCGAT
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* * * * * * *
12631366 AA-TAGTTCAAATCAA-CATGAGTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAGCTC
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** *
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12631727 ACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTAAAC-GTATTCAGAAAATAGATT
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* * * * **
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* * * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * ** ** * *
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* * * * ** ** * * *
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* * *** *
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* * *
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* * *
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* * * * * * * **
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* * *
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* * * ** * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * * * * * * * ** * * *
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* * *
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* * * * * * *** *
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*
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * ** *
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* *
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196 A
* * * *
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* * * *
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A
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* *
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* * * *
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AT
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* * *
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* * * * * *
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A
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* * *
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* * * * *
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* ** *
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* * *
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* * *
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* * *
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*
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**
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* *
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* * *
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*
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* * *
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* * * *
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* * * *
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*
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* *
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* *
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64 TGA
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65 GA
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A
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TGATTACTATTAATTTATAA
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* *
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* *
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*
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*
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* *
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** *
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* * * * * *
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*
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* *
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*
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* *
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*
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* *
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*
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* *
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1 ATAAAATCTAA
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* ** * * *
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* *
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*
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* * * * * *
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AT
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* *
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* *
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*
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*
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* *
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*
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* * *
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* *
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AT
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*
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* *
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*
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1 AATTA
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GTTAAAGTTAAAGATTCATTGTTTAT
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* **
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*
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*
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* * * *
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**
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*
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* ** * * * * * * * *
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* * * * *
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**
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* *
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* ** * * * ***
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* ** * * * *
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* * * * *
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* * ** * *
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* ** *
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* * * ** *
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* * *
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* *
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* *
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12802607 CATATAAACT
*
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*
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1 TAGTTTTATATATACTAGTTTGATATTAATTAGTA
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1 TA
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AT
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12807349 ACCAATGTAC
12807359 TA TA TA TA TA TA TA TA TA T- TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
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TA
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12807351 CAATGTACTA
12807361 TATATATATATATATAT
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12807378 TATATATATATATATAT
1 TATATATATATATATAT
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AT
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*
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* *
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1 AAAAAATCAATATACTCTA
12819768 AA
1 AA
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* * *
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*
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1 CACTAAAAAGTTACAAAAT-A-AGTAACAAAAAATGGCATCAATT
12820237 ATAGGTAACT
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*
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*
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* *
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1 TTTTGGAATT
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* *
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1 AA
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12823359 AAGAAAATTC
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1 AAGAAAAAAAATGAAA
12823401 AA
1 AA
12823403 AAATGATTCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (16 bp):
AAGAAAAAAAATGAAA
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Indices: 12823121--12823574 Score: 813
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12823111 CTATCGTCGG
* *
12823121 ATTATTTATCATTAAAGAAAATTCAAGAAACAAAAAGAAAAAGAAATAAAATGAAAAAAAAAATT
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12823186 ATTCAGCTTTAGATATAAATCCTTTTCTTTTAAAAACTCATTGCTTTTGTACAAGAAAAATTAAT
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12823251 ACTTTTAACTTTTTTTCAAAATATTTTTTTGAGACTTTAATTTTGAGAAAAATTGATACTTTCAA
130 ACTTTTAACTTTTTTTCAAAATATTTTTTTGAGACTTTAATTTTGAGAAAAATTGATACTTTCAA
12823316 CTTTTTTAAAAAAAAACCTTTTTTAAAAA
195 CTTTTTTAAAAAAAAACCTTTTTTAAAAA
12823345 ATTATTTATCATTAAAGAAAATTCAAGAAACAAAAAGAAAAAGAAAAAAAATG-AAAAAAAATGA
1 ATTATTTATCATTAAAGAAAATTCAAGAAACAAAAAGAAAAAGAAAAAAAATGAAAAAAAAATGA
*
12823409 TTCAGCTTTAGATATAAATCTTTTTCTTTTAAAAAACTCATTGCTTTTGTACAAGAAAAATTAAT
66 TTCAGCTTTAGATATAAATCCTTTTCTTTT-AAAAACTCATTGCTTTTGTACAAGAAAAATTAAT
*
12823474 ACTTTTAAC-TTTTTTCTAAAATATTTTTTTGAGATTTTAATTTTGAGAAAAATTGATACTTTCA
130 ACTTTTAACTTTTTTTC-AAAATATTTTTTTGAGACTTTAATTTTGAGAAAAATTGATACTTTCA
* *
12823538 ACTTTTTTTAAAAAAAATCTTTTTTAAAAA
194 ACTTTTTTAAAAAAAAACCTTTTTTAAAAA
12823568 ATTATTT
1 ATTATTT
12823575 CCAAAAAAAA
Statistics
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ATTATTTATCATTAAAGAAAATTCAAGAAACAAAAAGAAAAAGAAAAAAAATGAAAAAAAAATGA
TTCAGCTTTAGATATAAATCCTTTTCTTTTAAAAACTCATTGCTTTTGTACAAGAAAAATTAATA
CTTTTAACTTTTTTTCAAAATATTTTTTTGAGACTTTAATTTTGAGAAAAATTGATACTTTCAAC
TTTTTTAAAAAAAAACCTTTTTTAAAAA
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Indices: 12823460--12823737 Score: 308
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12823450 TGCTTTTGTA
* * * * **
12823460 CAAGAAAAATTAATACTTTTAACTTTTT-TCTAAAATATTTTTTTGAGATTTTAATTTT
1 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCTCAAAAATATTTTTTTGAAAACTT-ATTTT
* * * * * * *
12823518 -GAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTTTTAAAAAAAATCTTTTTTAAAAAATTATTTC
1 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCTCAAAAATAT-TTTTTTGAAAACTTATTTT
* * ** *
12823576 CAAAAAAAATTGATACTTTCAATTTTTTCTTGAAAATATTTTTTAGAAAACTTATTTT
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* *
12823634 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCTCGAAAATATTTTTTAGAAAACTTATTTT
1 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCTCAAAAATATTTTTTTGAAAACTTATTTT
* * * *
12823692 CAAGGAAAATTGATACTTTTAACTTCTCCTCAAAAATATTTTTTTG
1 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCTCAAAAATATTTTTTTG
12823738 GAATTTTATT
Statistics
Matches: 186, Mismatches: 31, Indels: 6
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Found at i:12824604 original size:26 final size:25
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12824565 AAACCAACCA
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* * *
12824601 AAAAAATATAAAAAAAATTAATAGAT
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* *
12824627 AAATAAAAATAAAAATAATAGATAAAT
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*
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* *
12824704 -AAAAATGTAATATCTTAATAGATAAAT
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*
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1 AAAAAATA-TAATA-AT-AATAATAAAT
12824758 AAAAATATATATTTATAAATAGATAA-AAAT
1 AAAAA-ATATA---AT-AATA-ATAATAAAT
12824788 AAAAAATA-AA-AATAA
1 AAAAAATATAATAATAA
12824803 ACAAATGGGC
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 16, Indels: 56
0.69 0.07 0.24
Matches are distributed among these distances:
21 10 0.06
22 4 0.03
23 7 0.04
24 2 0.01
25 10 0.06
26 28 0.17
27 41 0.26
28 25 0.16
29 16 0.10
30 16 0.10
31 1 0.01
ACGTcount: A:0.68, C:0.01, G:0.04, T:0.27
Consensus pattern (25 bp):
AAAAAATATAATAATAATAATAAAT
Done.