Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168006.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_261, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 41447
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Found at i:660 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 5--1284 Score: 1030
Period size: 181 Copynumber: 7.1 Consensus size: 180
1 GTCA
* * **
5 TAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAATTTATTTGGTAAACAAAT
1 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAAT
* * * * ***
69 TTATTGTTTAAAACTCTTCCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTG
66 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * * * * * *
134 GATAAGATTTTATGAACTGAAAA-AATTGTTTTATGTCTAAACAAAAGGT-T
131 AATAAGCTTGTATG-AC-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCT
* * * * *
184 ATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTT-GCTTGATAAACAT
1 -TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAACAA
* * * ** * *
247 ATTT-TTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTAAA-GCTAATAAATTTGGATTATTTTATT
64 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
310 CTAAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTCA
128 CCAAATAAGCTTGTATGACA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCT
* * * ** * * ** *
364 AAACGATTTGAAATAGATAATTATTCCAATAGTTTTAACTATTTAAATTGGCTTGACAAACAAAG
1 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAAT
* * *
429 TTATGTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACC
66 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCC
* * * * *
489 AAATAAGCTTCTAAGACCAAAAACAATTGTTTTTTTGACAAAAC-AAAGATCT
130 AAATAAGCTTGTATGA-CAAAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCT
* * * * *
541 TAACAATTT-AAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTTGGTAAATAGA
1 TAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAA
*
605 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * *
670 GAATAAACTTGTATGATAAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
130 AAATAAGCTTGTATGA-CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCT
* * * * * * * * * * *
722 TAATGATTTGAAATCGATAATCGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTCGGTAAACATAT
1 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAAT
* * **
787 TTATTTTTAAAAAT-TTTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
66 TTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
** * * ** *
851 ATCTAAGCTAGTATTAACTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGT-T
130 AAATAAGCTTGTA-TGACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCT
* * * * * * *
902 ATAACGATTCT-AAATAGACAATTGTTCACATAGTAATAACCATTTGAATTTGTTCGGTAAACAG
1 -TAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAA
* * *
966 ATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATT
64 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * *
1030 CTGAATAAGCATGTATGACTAAAA-AATTATTTTTTGAC-TAACAAAAGGT-T
128 CCAAATAAGCTTGTATGACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCT
* * * * * * * * *
1080 AAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC-TCAACCATTTGAAACTGATTCGATAATCA
1 -TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTG-AATTGGTTTGGTAAACA
* * *
1144 AATTTATTTTTTAGATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTATTAAATTATTATTATTTTA-T
63 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * * *
1207 CTGAATAAGCTTGTA-CACACATAATAATTGTTTT-T-CCACAAACAAAGGGTCA
128 CCAAATAAGCTTGTATGACA-AAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTCT
*
1259 CAACGATTTTGAAATAGATAATTGTT
1 TAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTT
1285 ATAATAACAA
Statistics
Matches: 880, Mismatches: 183, Indels: 75
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 22 0.03
177 131 0.15
178 106 0.12
179 170 0.19
180 113 0.13
181 324 0.37
182 14 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAAT
TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
AATAAGCTTGTATGACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCT
Found at i:927 original size:362 final size:354
Alignment explanation
Indices: 10--1206 Score: 1175
Period size: 362 Copynumber: 3.3 Consensus size: 354
1 GTCATAACA
* * * * * * *
10 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAACTATTTGAATTTATTTGGTAAACAAATTTATTG
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTAACTATTTAAACTGATTCGATAAACAAATTTATT-
* * * ****
75 TTTAAAACTCTTCCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAG
65 TTTAAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
* * * * * * *
140 ATTTTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGTCTAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAA
130 CTTCTATGAACTGAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAACGATTT-AAATAGATAA
* * * * *
205 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTTGCTTGATAAACATATTT-TTTTTTCAAATCTTTTG
193 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTA
* * * * * *
268 CTTATTAATTTTTTAAA-GCTAATAAATTTGGATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAAGATATG
256 CTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATA--
* *
332 AAACAAA-TATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAACG
319 AAA-AAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCAAAATG
* * * * * * *
369 ATTTGAAATAGATAATTATTCCAATAGTTTTAACTATTTAAATTGGCTT-GACAAACAAAGTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCTAACTATTTAAACT-GATTCGATAAACAAATTTAT
* *
433 GTTTT-AAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAAT
64 -TTTTAAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAAT
* * ** * * * * *
493 AAGCTTCTAAGACCAAAAACAATTGTTTTTTTGACAAA-ACAAAGATCT-TAACAATTTAAGATT
127 AAGCTTCTATGAACTGAAACAATT-ATTTTATGACAAACA-AAAGGT-TATAACGATTTAA-ATA
* *
556 GATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
188 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* *
621 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAACTTGTATG
252 CTTACTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATG
*
685 ATAAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
316 AT-AAAAA-AATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCAAAATG
* * * * * * * *
727 ATTTGAAATCGATAATCGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTCGGTAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-TAACTATTTAAACTGATTCGATAAACAAATTTATT
* ** **
792 TTTAAAAATTTTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAA
65 TTT-AAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
** * *
857 GCTAGTATTAACTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACGATTCTAAATAGACA
129 GCTTCTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAA-CAAAAGGTTATAACGATT-TAAATAGATA
* * * * *
922 ATTGTTCACATAGTAATAACCATTTGAATTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT
192 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* *
987 CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCATGTATGACT-
256 CTTATTAA-TTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA-TA
* * *
1050 AAAAAATTATTTTTTGACTAACAAAAGGTTAAAATG
319 AAAAAATTATTTTATGACAAACAAAAGGTCAAAATG
* * *
1086 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTCAACCATTTGAAACTGATTCGATAATCAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-AACTATTT-AAACTGATTCGATAAACAAATTTAT
* * * *
1151 TTTTTAGATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTATTAAATTATTATTATTTTAT
64 TTTTAAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1207 CTGAATAAGC
Statistics
Matches: 683, Mismatches: 120, Indels: 70
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
355 4 0.01
356 104 0.15
357 61 0.09
358 114 0.17
359 108 0.16
360 79 0.12
361 20 0.03
362 178 0.26
363 15 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (354 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTAACTATTTAAACTGATTCGATAAACAAATTTATTT
TTAAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC
TTCTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAATAGATAATTG
TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
TAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAAT
TATTTTATGACAAACAAAAGGTCAAAATG
Found at i:1676 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1290--1677 Score: 465
Period size: 180 Copynumber: 2.1 Consensus size: 180
1280 TTGTTATAAT
* *
1290 AACAATTGTTATATGACAAAACAAAAAATAATAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCC
1 AACAATTGTTATATGACAAAACAAAAAATAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCC
* * * *
1355 ATAATCATTTGAACTGATTTGGTAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGA
66 ATAAACATTTGAACTGATTCGGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAACTTTTGA
** * * *
1420 AAATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTAA
131 AAATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTCCGAATAAGCATATATAAACTAA
* * * * * **
1470 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAGGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATATTC
1 AACAATTGTTATATGACAAAACAAAAAATAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCC
* *
1535 ATAAACATTTGAACTTG-TTCGGTAAA-TAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTAATAATTTT
66 ATAAACATTTGAAC-TGATTCGGTAAACT-AATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTAATAA-CTT
** * * * * *
1598 TTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCATATATGAATTGA
127 TTGAAAATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTCCGAATAAGCATATATAAACTAA
* *
1652 AACAATTATTATATGACTAAACAAAA
1 AACAATTGTTATATGACAAAACAAAA
1678 GGTCAAAACA
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 30, Indels: 6
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.01
180 88 0.51
181 18 0.10
182 67 0.39
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AACAATTGTTATATGACAAAACAAAAAATAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCC
ATAAACATTTGAACTGATTCGGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAACTTTTGA
AAATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTCCGAATAAGCATATATAAACTAA
Found at i:2322 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 1849--3767 Score: 1644
Period size: 181 Copynumber: 10.7 Consensus size: 181
1839 AACGTATCCA
* * ** * *
1849 AAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATT-TCAAATTTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * * * *
1912 TTAGTTTATCAAATTAGTTCAAAAAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
65 TTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAT
* * * * * *
1977 GAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCG
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
2029 ATATAAAATTTTATAATACTAATTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATGTAAAAAA
1 AAAT-AAA----ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * *
2094 AAAATATGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTA
61 TAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA
* * * * * * * *
2159 TTATAACCTTTTGTTATGTTATAGAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTGG
126 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
2215 AAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGGTTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * ** *
2280 GTATTTGCCAAACCAGTTTAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATCGTTATT
66 TTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATG
** * * * * **
2345 ACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAA-CTTATTCA
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTTG
* * * * *
2396 AAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAGTAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAC
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * *
2460 TTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
65 TTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAT
* ** * * * * * *
2525 TACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTATTTG
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * * *
2577 AAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATAAAAAAATAAGAGATTTAAAATATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
2642 TTGTTTACTAAACCAATTCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAATTGTGAT
66 TTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTATTAT
* * * *
2706 TACCATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTA-TTC
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTG
* * * * *
2757 AGAATAAAGTAATGCTACTTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATGA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAA
* * * *
2821 ATTTGTTGGA-C--A--AGTGT-AAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
64 ATTTGTT-TACCAAACCAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTAT
* * * * *
2880 TATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATCTA
127 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
2935 AAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * ** *
3000 TTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTATCTATATCAAATTGCTATA
66 TTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * *
3065 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTT
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
3116 AAATAAAATAATACAAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-TAAAA-AAA-
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
3177 --GTTTTCTAAGCACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAA-TAGTTA
66 TTGTTTACCAAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTA
* *
3238 TGACCTTTTGTTTTGCCAT-AAACAAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTG
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
3291 AAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * *
3356 CTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAAC-ATTGT-TTTTTTAAAATAGTTAT
66 TTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTAT
* * * *
3419 GATCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGTTTATTTG
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
3471 GAATAAAA-AATACTATTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * ** *
3535 CTGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATA
66 TTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * * ** **
3599 ACATTTTCTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCTGTTTGTGA-AAAATT-TTT-
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTTG
* * *
3648 AGAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAACTAAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
** ** * * * *
3709 TTTGTTTATGGAAA-TGGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATCCATCTCAAAT
65 TTTGTTTA-CCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
3768 CGTTATGATC
Statistics
Matches: 1401, Mismatches: 289, Indels: 102
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.00
175 154 0.11
176 48 0.03
177 141 0.10
178 47 0.03
179 140 0.10
180 90 0.06
181 620 0.44
182 13 0.01
185 9 0.01
186 133 0.09
187 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
TTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATG
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
Found at i:4474 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 4440--4474 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
4430 AAAGCATAAG
**
4440 GTGACATTTGATTTTATT
1 GTGACATTTGACATTATT
4458 GTGACATTTGACATTAT
1 GTGACATTTGACATTAT
4475 CTTACAATAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.17, T:0.49
Consensus pattern (18 bp):
GTGACATTTGACATTATT
Found at i:4927 original size:203 final size:197
Alignment explanation
Indices: 4302--5062 Score: 650
Period size: 200 Copynumber: 3.8 Consensus size: 197
4292 TTAATGATGT
* * *
4302 TAATTGTTTCACTAATACTATGATGATTTATCTTTCATTACT-A-ATA-TA-ATTTTATCATTTA
1 TAATTGTGTCACTAATACTATGATGATTTACCTTTCATCACTAATATATTAGATTTTATCATTTA
* * * * * *
4363 TTTAGTTATGATAA--AT--CATTTAATGACTTTTTTTTTATATATAGCTAATG--AATTTACTG
66 -TT--TTATGACAATTATAGCCTTCAATGAC-TTTTTTTTATAAATAGCTAATGAAAACTAAC-G
* * * *
4422 TCATAAAAAAAGCATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTGACATTTGACATTATCTTACAATAATT
126 TCAAAAAAAAAACATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCA-T
*
4487 TGTGACAA
190 TGTGACGA
* * * ** *
4495 TAATTGTGTCACCAATATTGTGACAATTTATCCTTT-GTCACTAATATATTAGATTTTATCATTT
1 TAATTGTGTCACTAATACTATGATGATTTA-CCTTTCATCACTAATATATTAGATTTTATCATTT
* *** * * **
4559 ATTTTGTGATGGTTATAGCCTTCAATGA-TGTTTTCCTTCATAAATAACTAACAAAAACTAACGT
65 ATTTTATGACAATTATAGCCTTCAATGACT-TTTT--TTTATAAATAGCTAATGAAAACTAACGT
* * * ** * * * *
4623 CATAAAAAAAGCATAAGATGATGTGTAATTTTATTGTCACATTTGACAATATCTTATAATCATTG
127 CAAAAAAAAAACATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCATT-
*
4688 GTGATGA
191 GTGACGA
* * * * * *
4695 TAATTGTGTCACAAATACTGTAATGATTTACCTTTCATCACAAACATATCAGATTTTATCATTTA
1 TAATTGTGTCACTAATACTATGATGATTTACCTTTCATCACTAATATATTAGATTTTATCATTTA
* * * *
4760 TTTTATGACAATTATAGCCTTTAATGACGTTTTTGTTTATAAATAGTTGATGAAAACTAATGTCA
66 TTTTATGACAATTATAGCCTTCAATGAC-TTTTT-TTTATAAATAGCTAATGAAAACTAACGTCA
* * *
4825 CAAAAAATAACACATAAGGTGACGTTTGATTTTATTGTCACAATAGACATTATCTTACAATCATT
129 -AAAAAA-AA-ACATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCATT
4890 GAT-AGCGA
191 G-TGA-CGA
* ** * *
4898 TAATTTTGTCACTAATACTATGATGATTTACCTTTTGTCACTAATATATTAGGTTTTCTCATTT-
1 TAATTGTGTCACTAATACTATGATGATTTACCTTTCATCACTAATATATTAGATTTTATCATTTA
* * * *
4962 TTTTGTGACAAATATAGCCTTCAATGACTTTTTTTTCCATAAATAGCTGATGAAAACTAACATCA
66 TTTTATGACAATTATAGCCTTCAATGACTTTTTTTT--ATAAATAGCTAATGAAAACTAACGT--
* *
5027 CAAAAAAAAAAAACATAGGGTGACATTTTATTTTAT
127 C--AAAAAAAAAACATAAGGTGACATTTGATTTTAT
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Statistics
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TTTTATGACAATTATAGCCTTCAATGACTTTTTTTTATAAATAGCTAATGAAAACTAACGTCAAA
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GA
Found at i:6056 original size:361 final size:355
Alignment explanation
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5237 TGTTGTAGTG
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* * * ** * ** *
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * *
5664 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA
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* * * *
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* ** *
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* * * * * * * *
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* *
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** * * *
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1 CTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAAT
* * *
6026 TAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-AATGAAACAATTGTTTTATGACTAGACAAAA
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* * * * * * * **
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128 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAA
* * *
6155 CAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTT-ATTAGTTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTA
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* * * * * * * *
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255 TTC-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AA-AAGTCATAATGATTT
** * *
6281 GAAATAGATAATCACTT-AT-ATTGTCTTAACTATTTGAA
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* * ** * * * ** * * *
6319 -TTGGTTCGGCAATTAAATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTGTTAAGTTTTGAAATATTATTAAA
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* * * * * * *
6383 TTTGCATTATTTTATTTCT-AATGAA-ATGGTAT-ATATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATA
64 TTAGTATTATTTTA-TTCTAAAT-AAGCTTGTATGATA-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * *
6445 AAA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAAAAACTATTTGAAATTG-TTTGG
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* ** * * * *
6508 CAAGTAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTATTTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
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* * * * * * * * *
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250 TTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGTCATAATGA
* * *
6635 TTTGAAATAGATAATTGTGCA-AATAATCATAATTATTTGAA
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* ** * * * * * *
6676 CTAGTTTTGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCCCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAAC
1 CTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAT
* * * ** * * *
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* * ** * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * * **
6932 TATTCTGAATAAGCTTGTGTGAGA-AGAAA-AATTGTTTTATGATAGAACAAAGGTTATAAAAAT
253 TATTC-GAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAGTCATAATGAT
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* * ** ** * *
7034 ATTGGTTTAACAAATTGATTTGTTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAA
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* * * *
7095 TTAGTATTATTTTATT-TAGAAAAAGCTTGTATGTTGAAAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAA
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* * * * * * * * * * *
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* *
7223 CTA-ATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTACTATTTT
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* * * * * *
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254 A-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAA-AGTCATAATGATT
* * *
7351 TTAAATAGATAATTGTTGA-AATAGTCACAACTATTTGAA
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** * * * * * *
7390 CTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCCTATTAATTTTTTAATGTTAATAAAT
1 CTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAAT
* * *** * * * *
7455 TAGCATTATTTTATTCTGAAT----TTGTATGA-ATTGA-AA-TG-ATTATTATATAACTAATAA
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* * * *
7512 GGTCAAAATGATTTGAAATAGATAACTATTCTAATAGTCGTAACTATTTGAACTGATTTGGTAAA
128 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAA
* * * *
7577 CACATTTATTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATT
193 CAGATTTATTTTTTAAATTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATT
* ** *
7640 TGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTGTTTTATGAGAAAAAGAAAGATCATAATGATTTGA
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* * * *
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* * * ** * * * * * * *
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1 CTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATT
* * * * *
7805 AGTATTATTTTATT-TCAGATAAGTTTTTATGA-ACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA
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* * * *
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* * * *
7930 CAAACAGATTTATTTTTTTAAATATATTGCTCATTACTTTTTCG-AATATTAATAAATTAGTATT
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* * * *
7994 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAAAA
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* * * * * *
8059 CGATTTGAAATAGCTCATTATTC-TAATAGTCTTAACTACTTGAA
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* * * * * * ** * *
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* * * *
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* * * * * * * *
8227 AGATCATAAAGATTTGAGATAGATAAGTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTGTTTTGGTAA
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* * * * ** * * *
8292 ATAGATTT-TGTTTTTAAATCT-CTTTTTAATTATCAAAATCTTAATATATAAGTATTATTTTAT
192 ACAGATTTAT-TTTTTAAATTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
* ** * ** * ** * * *
8355 TTTGAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTACAACAAAACAATGTCATTATGATTTGAA
255 TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAA
* * * * *
8420 CTAGATAATAGTTCA-AATGGACATGACTATTTGAA
320 ATAGATAATTGTTCATAATAGTCATAACTATTTGAA
** ** * *
8455 CTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAATT
1 CTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAAT
* ** * *
8520 TAGTTTTATTTTATT-TCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAA
65 TAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * *
8584 GATCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-CTTGG-CA
128 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGGTAA
* * * *
8647 ACTAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTTGTATTATTT
192 AC-AGATTTATTTTTTAAA---TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * **
8712 TATGTCAAAAAAAGGTTTTA-CAAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAAAAAGTCATAACAAT
253 TAT-TC-GAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGTCATAATGAT
*
8776 TTGAAATAGATAATTCTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAA
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* * * * *
8816 CATGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGATTATTAATAAA
1 CTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAA
* * * *
8879 TTTA-AAATATTTTATT-TGAAATAAGCTTGCATGA-ACAGAACCAATTGTTTTATGA-AAAACA
64 -TTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGATA-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-
* * * * * *
8940 AAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAATCATAACTATTTGAACTTATTCGG
124 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGG
* * * *
9005 TAAACATATATT-TTATTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
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* * * *
9069 TCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAGTGTTTTATTG-CAAAAGAAAAGGTCATAA
250 TTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAA-AAAA-GTCATAA
* *
9133 TGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATGACTATTTGAA
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* * * * * * * *
9177 ATTATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTTACAAAT
1 CTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAAT
* * ** * * ** * *
9242 TAATATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGA-ACTTAAGTAATTGTTCTATAACAAAACAAAA
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** ** * * * * *
9306 AATCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACTT-AAATAGTCATAACAATTTGAACTTATTTAGTAA
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*
9370 ACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAACAAAATTA-TATTAT
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* * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
9897 CTAGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGA
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* * * * * ** * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
10137 TTATTCCAAATAGGCTAGTATGAATTCAAACAAACCTCTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACG
252 TTATT-CGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC-AA-TTGTTTTATGACAAAA-AAAAGTCATAATG
** *
10202 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAT-ATAGTTTTAAATATTTGAA
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* * * * * ** * *
10244 -TTGGCTC-GACAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAACTTTTGGAATATTATTAG
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* * * * * *
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* * ** * * *
10371 AAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGT
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* *
10435 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATT
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* **
10500 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATC-ATTGTTTTATGATAAAACAAATAGTCATAACA
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* *
10564 ATTTGAAATATATAATTGTTC----T-G----AAC------CA
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** * * * * * *
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1 CTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAT
* * * * * * * ***
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* * ** * * * * **
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* * * *
10770 ATATATTTA-TTTTTAAATCTCCTACTTATAAATGTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
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* * * * * **
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* * * *
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* * * * * * * * *
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1 -C-TTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAA
* * * *** * * *
11000 AATAATATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTTTATGAATTGGAATAATTTTTTTATGATAAAACAA
63 ATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * *
11064 ACA-GTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTG-TTCGA
126 A-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGG
* ** * *
11127 TAAACAAATTTATTTTTTTTATTT-CTTATGTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGCATT
189 TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTAC---T-TATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
11190 ATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAA
249 ATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAAGTCATAA
** * *
11255 CAATTTGAAATAGATAATTGTTC-TGATAGTCTTAACTATTTGAA
311 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
11299 -TTGGTT-TGTCAAACACATTTATATTTTAAATCTCTTA-TTA--ACTTTTAAAATATTATTAAT
1 CTT-GTTCAGT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAA
** ** * * * *
11359 TTACCAACATTTTACTT-TGAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAAC-AA
64 TTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * * * *
11422 AGATCATAATAATTT-AAATTGGT--TCAAT-AAATAG--ATTAGTTTTTGAATCT-CTTAT--T
127 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATT-TGGT
* * ** * * * * * *
11478 -AA-A-TTTTGAAATATTAAAAAATTA-GTATT-A-TTTT---ATTTTGAATAATTTTGTATGA-
190 AAACAGATTT---ATTTTTTAAATTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * ***
11533 ATCA-AC-AAT-TG-TTTTATGAA--AAAACAAAATG--TCATAACAATTTGAAA--CA-AATGA
251 TTTATTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC-AATTGTTTTATGACAA-AAAAAAGTCATAATGA
* * * * * *
11587 TAGTTCAAATGGATATGAATAT-TTGA-ACTTATTCGATTAACAGATTT--A
314 T--TTGAAAT--AGAT-AAT-TGTTCATA-ATAGTC-A-TAAC-TATTTGAA
* * *** * * * *
11635 -TTTTTCAATCTCCA-ACTTATTAATTTTTAGAA--TATTAATAAATTAGTATTATTT---TATT
1 CTTGTTCAGTAAACAGA--T-TTATTTTTTA-AATCTCTTACT-TATTA--ATT-TTTAAATATT
* * *
11693 --TCAAA-TA--A-AATTGTA-T-G-----A----GTA-G----AAACAATTGTTTTATGACAAA
58 AAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * ** * * * *
11736 ACAAAAGATTATAACAATTTTAAAATA-TTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-CTT
122 ACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT
* * * * * * *
11799 TCAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTTTTATTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTA
186 T-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAA---TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * ** * * *
11864 TAATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATAAACAAAAATAA-TG-ATT-TG-----AAATAG--ATAA
247 TTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGTCATAA
* *
11919 T--TCTTCAAATAGTCATAATTATT--TGAACGT-GTTCATAAAACATATTT--A
311 TGAT-TTGAAATAG--ATAATTGTTCAT-AA--TAG-TCAT--AAC-TATTTGAA
* ** * * * *
11967 -TT-TT---TTAA-ATTTTTACTTATT-AAT-T-TT--TGAAAT-A---TT-AATA--AAT---T
1 CTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTAAATATTAATAAAT
* * * *
12011 TA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGA-ACATAACCAATTATTTTATAGA-AAAACAAA
65 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATA-A-AAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAA
* * * * * *
12073 AGGTAATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACAT-ATTCGATA
127 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGGTA
* * * * * * *
12137 AATAAATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTTATAAATTAGTATTATTT
191 AACAGATTTATTTTTTAA--AT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * * * * * * * * *
12202 TATTTAAAATAAACATATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTTACAATGGT
253 TA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA-GTCATAATGAT
* * * *
12267 TTGAAATACATAATTATTTCA-AATAGTCATGACTTTTTGAA
315 TTGAAATAGATAATT-GTTCATAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
12308 CTTGTTC-GAAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGCTGAAATATTAATAAA
1 CTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAA
* * * *
12372 TTAATATAATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AA
64 TTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
** * * ** *
12435 AGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTATTTGGTA
127 AG-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTA
* * *
12500 AACATATTTATTTTTTAAAACTTTTGCTTATTAATTGTCTT--AATATTGATAAATTAGTATTAT
191 AACAGATTTATTTTTT-AAA--TTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * ** * * * *
12563 TTTATTCGAAATAAGCTTCTATGAACAGAAAAAATCATTTTACGACAAAACAAACGGTTATAGT-
251 TTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAA-AGTCATAATG
* * * * * *
12627 AGTTTCAAATAGATAAATTCTTGA-AATAGTTATAATTATTTAAA
313 A-TTTGAAATAGAT-AATTGTTCATAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
12671 CTTGTTCAGTAAACA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACT
1 CTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAT
* * * * * *
12735 TAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGA-ACTAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAA
65 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATA--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * ** * ***
12799 GGTCATAACGATTTGAAATAGAT-ATGTA-TCAAATAATCACGACTATTTGATCT-AGTTCAATA
128 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTGGTA
* ** * *
12861 AACATATTTATTTTAAAAAACTTTTAGTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
191 AACAGATTTATTTT-TTAAA--TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * **
12926 TAATCCAAACAAGCTTGTATGAA-TAAAAACTATTATTTTATAACAAAAAAAAGTCATAACAATT
253 T-ATTCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGTCATAATGATT
* * * * *
12990 TGAAAGAAATAATTGCTGA-AATTGTCATAACTATTTGAA
316 TGAAATAGATAATTGTTCATAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
13029 GTGGTTC-GATAAATAGATTTATTTCTTTAAA-C-C-T-CTTATTAATTTTTGAATATTAGTAGA
1 CTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAA
* * * * *
13089 TTAGTA-T-TTTT-TTCCAAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAA
64 TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
** * * * **
13151 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTGAACT-AGTTAAGTAA
128 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTGGTAA
* * * * * *
13215 ACAAAATTATTTTTTAAATCCTTTACATATTAATTTCT-AAAAATTAATAAATTCA-TTTTATTT
192 ACAGATTTATTTTTTAAA---TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTT
* * * * *
13278 TATTATGAATAAGCTAGTATGAA-TTAAAAAATTGTTTTATGATAAAATAAAAG------TGATT
253 TATT-CGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGTCATAATGATT
* *
13336 TGAAATAGATAATTGTTCAT-ATAGTCTTAACTATTGGAA
316 TGAAATAGATAATTGTTCATAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
13375 -TTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTATA
1 CTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAA
* * * * * *
13439 TTAGTATTATTTTATT-TGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACACAA
64 TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * * *
13503 GGTTAGAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAA
128 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAA
* * *
13568 TAGATTTATTTGTTAAATCTTATACTTATTAAATTTTT-AAAGATTAATAAATTAGTATTATTTT
193 CAGATTTATTTTTTAAA--TT-TACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** * ** * * **
13632 ATTCTGAATAAACTTGTATGATA-AAAAATAATTGTTACATGACAAACAAAACGTAATAACAATT
254 ATTC-GAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAAAGTCATAATGA--
* * * * *
13696 TTTGAAATAGGTAATTGTTGA-AATGGCCATAATTATTTGAA
314 TTTGAAATAGATAATTGTTCATAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * *
13737 C-TGATTTGGTAAACGGATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAAT-AA
1 CTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAA
* * * *
13800 TTAGTATTATTTAATTTTGAACAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
64 TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATA--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * * * **
13864 AAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTAAACTGCTTCGACAA
127 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAA
* * * * *
13929 ACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTGTTATGTT
192 ACAGATTTATTTTTTAAA--T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * * *
13994 ATTCTGAATATGCTTATATGAACT-AAAAAATTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTATAACGATT
254 ATTC-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACA-AA-AAAAAGTCATAATGATT
* *
14058 TGAAATAGAT-AGTGTTCA-AATAG---GAAC----T-AA
316 TGAAATAGATAATTGTTCATAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * ** * *
14088 --T-AT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTACTTTTTGAATATTAATAAATT
1 CTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATT
* * * * *
14149 AGTATTATTTTATTTTCAATAGGCTTATATGATGAAAACTAATTGTTTTATGACAAA
66 AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATAAAAAC-AATTGTTTTATGACAAA
14206 CAAGGCAATA
Statistics
Matches: 6613, Mismatches: 1447, Indels: 1098
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
313 2 0.00
314 3 0.00
315 5 0.00
316 4 0.00
318 23 0.00
319 12 0.00
320 4 0.00
321 8 0.00
322 4 0.00
323 12 0.00
324 8 0.00
325 16 0.00
326 11 0.00
327 4 0.00
328 3 0.00
329 10 0.00
330 32 0.00
331 55 0.01
332 230 0.03
333 34 0.01
334 28 0.00
335 30 0.00
336 20 0.00
337 18 0.00
338 16 0.00
339 11 0.00
340 19 0.00
341 13 0.00
342 30 0.00
343 14 0.00
344 18 0.00
345 253 0.04
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351 98 0.01
352 332 0.05
353 394 0.06
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355 207 0.03
356 157 0.02
357 403 0.06
358 360 0.05
359 490 0.07
360 340 0.05
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364 29 0.00
365 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
CTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATT
AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACAG
ATTTATTTTTTAAATTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAA
TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAT
AATTGTTCATAATAGTCATAACTATTTGAA
Found at i:7468 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 5256--10584 Score: 3672
Period size: 181 Copynumber: 29.8 Consensus size: 180
5246 GCTTGTTCAA
* * * * * * * * * *
5256 TAAACAAATTAATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTCCAAATGTTCATAAATTTGGATTAC
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
5321 TTTATTTTGAATAAGCTTCTAAG-ACATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGT-TTGAA
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AA
* * * ** * **
5384 CGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCAG
128 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * *
5437 CAAATACA--T-TTTTTT-AA--TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * **
5494 TTT-TAACTGAATAAACTTCTATG-ATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTTTAA
65 TTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * **
5556 CAATTTGAGATTGATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAG
128 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGG
* * * * *
5609 TAAACAAATTTATTGTTTAAATCTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
5674 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATG
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
5739 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAAC-TGATTTGG
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGG
* ** *
5790 TAAACATATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * * ** * *
5851 TTTA-TTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAAT
65 TTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * ** **
5915 GATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTGAACTTACTCAG
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTC--A-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * *
5970 CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATTAA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
6035 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACTAGACAAAAAGTCAAAATG
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * **
6100 ATTTGAAGTATATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-ATGATTCAG
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGG
* * *
6151 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-A-GTTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAAT-AAATTAGTATTAT
* * * * * * * * *
6213 TTTAATCTGAATAAGCTTATA-CAAATAAAATAATTGTTTTACGACAAAAGAAGAGGTCATAATG
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
** * * * *
6277 ATTTGAAATAGATAATCACTT-ATATTGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGG
130 ATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGG
* ** * * * ** * * * * *
6328 CAATTAAATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTGTTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTTGCATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
6393 TTTATTTCT-AATGAA-ATGGTAT-ATA-TAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAA-GTTAT
65 TTTATTT-TGAAT-AAGCTTGTATGA-ACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * *
6453 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAAAAACTATTTGAAATTGTTTGG
126 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* ** * * *
6508 CAAGTAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTATTTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA-
* * * * * * *
6573 TTTTATTTTGAACAAACTTATATTAAC-AAAAAAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAA--TAATAAC
64 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
6633 GATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTTTG
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * * * *
6685 TAAATAGAATTATTTTCTAAATCCCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAACTAATTTTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * * * * **
6750 TCTATTCCGAATGAGCTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAACA
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
6815 ATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGATCGA
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * *
6866 CAAA-TGAATTTATTTTTTAAATCT-TATAGTTATTAATTTTTAGATATTACTAAATTATTATTA
1 TAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
6929 TTTTATTCTGAATAAGCTTGTGTGAGA--AGAAA-AATTGTTTTATGATAGAAC-AAAGGTTATA
64 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * **
6990 AAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTTAA
127 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGG
* ** * *
7044 CAAATTGATTTGTTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
7105 TTTATTTAGAAAAAGCTTGTATG--TTGAAAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAAT
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * * * * *
7167 GATTTAAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATGATTATTTGAA-TTGATTCGA
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGG
* * *
7219 TAAACTA-ATTTA-TTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTACTA
1 TAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
7282 TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAAT
64 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * *
7347 GATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCACAACTATTTGAACTTGTTTGG
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * * *
7399 TAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCCTATTAATTTTTTAATGTTAATAAATTAGCATTAT
1 TAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * ** * * ** * *
7464 TTTATTCTGAAT----TTGTATGAATTGAAATGATTATTATAT-A-ACTA-ATAAGGTCAAAATG
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *
7522 ATTTGAAATAGATAACTATTCTAATAGTCGTAACTATTTGAAC-TGATTTGG
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGG
* *
7573 TAAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
7633 TTT-TATTTGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTGTTTTATGAGAAAA-AGAAAGATCATA
65 TTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATA
* * * * * * * ***
7695 ATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAGTGGCTCAA
127 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * * * *
7749 AAAACAGCTTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
7814 TTA-TTTCAGATAAGTTTTTATGAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAAC
66 TTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAAT
* *
7878 GACTTT-AAACAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTGTTTGG
129 GA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * * *
7930 CAAACAGATTTATTTTTTTAAATATATTGCTCATTACTTTTTCGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
7995 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAAAAC
64 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * * *
8060 GATTTGAAATAGCTCATTATTCTAATAGTCTTAACTACTTGAACTAGTTTGA
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * ** * *
8112 CAAATACATTTATTTTTTAAA--T-TTACTTACTAACTTTTGGAATATTATTTAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *** *** * * * *
8174 TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAGGAAACAATTGTTTTTTGACAAAA-TAAAGATCATAAAG
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * *
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130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGG
* ** * * *
8289 TAAATAGATTT-TGTTTTTAAATCTC-T--TT-TTAATTATCAAAATCTTAATATATAAGTATTA
1 TAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * ** * *
8349 TTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTACAACAAAAC--AATGTCATTAT
64 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
8412 GATTTGAACTAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGG
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
** * * *
8464 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAATTTAGTTTTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
** ** * * *
8529 TTTATTTCAAATAAAATTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAAC
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * *
8593 GATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTTGG
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * *
8645 -CAACTAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTTGTATTA
1 TAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA
*** * * * * * *
8709 TTTTATGTCAAAAAAAGGTTTTA-CAAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAA-AAAA-GTCATA
64 TTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * **
8771 ACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAG
127 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * *
8825 AAAACATATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTTA-AAAT
1 TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAA-TTAGTATT
* * *
8887 ATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGCATGAAC-AGAACCAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAAGGTTA
63 ATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCA
* * * * * *
8949 TAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAATCATAACTATTTGAACTTATTCGG
125 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * *
9005 TAAACATATATT-TTATTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * * *
9069 TCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAGTGTTTTATTG-CAAAAGAAAAGGTCATAA
64 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * **
9133 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTATTCAG
128 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * * *
9186 TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTTACAAATTAATATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * ** * * ** **
9251 TTTAATCCGAATAAACTTGTATGAACTTAAGTAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAATCATAACA
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
9316 AGTTGAAATAAATAATTACTT-AAATAGTCATAACAATTTGAACTTATTTAG
130 ATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTAA-TAAATTAGTATT
* * * * * * *
9430 ATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGGATGAAC-ATAA-AATTTTTTTTTTACAAAACAAAAGGTTATG
63 ATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * *
9492 CT-ATTTCAAGTAGATAATTATTCAAA-CGATTATAATTATTT-AAATATGTTTAG
127 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACT-TGTTTGG
* * * *
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* * * * * * *
9609 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
64 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * ** * ***
9674 GATATGAAATGGATAATTATTCAAATAGTGATGATTATTTGGTCTAGTTCAA
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * **
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* *** * * * * *
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64 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
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* * * * *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * ** * * *
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65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
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129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * * *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT-AGTATTA
*** * * * * * *
10135 TTTTATTCCAAATAGGCTAGTATGAATTCAAACAAACCTCTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATA
64 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAAC-AA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * ** * * * *
10199 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTGAA-TTGGCTCGA
127 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGG
* * * * ** * * *
10253 CAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAACTTTTGGAATATTATTAGATTAGTGTTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * * *
10318 TTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAACCGAAAGGTTATAATG
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* ** *
10383 ATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGG
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGG
* * *
10434 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
10499 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATC-ATTGTTTTATGATAAAACAAATA-GTCATAA
65 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAA
** *
10562 CAATTTGAAATATATAATTGTTC
128 TGATTTGAAATAGATAATTGTTC
10585 TGAACCACTT
Statistics
Matches: 4039, Mismatches: 902, Indels: 414
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Matches are distributed among these distances:
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171 3 0.00
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Found at i:9691 original size:540 final size:536
Alignment explanation
Indices: 5256--11440 Score: 2704
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5246 GCTTGTTCAA
* * *** * * * *
5256 TAAACAAATTAATTTTTTAAATCT-TTTGCTTATTAATTTTCCAAATGTTCATAAATTTGGATTA
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* ** * * * * * * *
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* ** * * *
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* *** **
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* * * * * ** * *
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* * * * * * * * *
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* * ** *
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* ** * *
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* ** * *
5760 AAATGGCCATAATTATTTTAAC-TGATTTGG
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* * *
5790 TAAACATATTTATTTTTTAAA----TTT-CTTATTAA-TTTAGGAAATATTAATAAATTAATATT
1 TAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTGG-AATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * * ** * *
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* * * * * * * * *
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129 CGATTTGAAATAGATAATTATTC--A-AATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTAGCAAATATAT
* * * * * *
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190 TTATTTTTTAAAT-T-TTTACTTATTAATTTTCAAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTAATCC
* * * * * * **
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* * * * * * * * * *
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* * ** ** *
6172 TCTCTTACTTATT-AGTT-GAAATATTATGAAATTAGTATTATTTTAATCTG-AATAAGCTT--A
382 TCTTTTACTTATTAATTTCTTAATATTAAAAAATTA-TATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGCA
* * * * *
6232 T-ACAAATAAAATAATTGTTTTACGACAAA-AGAAGAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCA
445 TGA-ACA-AAAATTATTTTTTTAC-A-AAACA-AA-AGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTA
** * *
6295 CTT-ATATTG-TCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGG
504 -TTCA-AACGATCATAACTATTTGAACTT-GTTTGG
* ** * * * ** * * * * * *
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1 TAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
6392 TTTTATTTCTAATGAAATG-GTATAT--A-TAGAACCAATTGTTTGATGACAAAA-TAAAAGTTA
65 TTTTATTTCAAAT--AA-GCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
* * * * * *
6452 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAAAAACTATTTGAAATT-GTTTGGCAAGTAGA
126 TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTAG-TTAGCAAATATA
* * * * ** * * *
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189 TTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTTATAAATTAGTATTA-TTTTAATC
** * * * * * *
6581 TGAACAAACTTATATTAACA-A-AAA-AATTGTTTTATGAC---AAAAAAATAATAACGATTTGA
252 CAAATAAACTTGTATGAA-ATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAATCATAACAATTTGA
* * * * ** * * * *
6640 AATAGATAATTGTGCAAATAATCATAATTATTTGAAC-TAGTTTTGTAAATAGAATTATTTTCTA
316 AATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTA-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTA
** * * * * * * *
6704 AATCCCTTACTTATAAATTT-TTGAAATATTAATAAACTAATTTTATTCTATTCCG-AATGAGCT
380 AATCTTTTACTTATTAATTTCTT--AATATTAA-AAAATTATATTATTTTATT-TGAAATAAGCT
* * * * * * ** *
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* * * * * *
6832 GTTCATATA-G-TCTTAACTATTTGAACTAGATCGA
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* * * * * * *
6866 CAAA-TGAATTTATTTTTTAAATCT-TATAGTTATTAATTTTTAG-ATATTACTAAATTATTATT
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* * * * * * * *
6928 ATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTGTGAGA-AGAAA-AATTGTTTTATGATAGAAC-AAAGGTTAT
64 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
** * * * *
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127 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAG-TTAGCAAATAT-AT
* * * **
7053 TTGTTTTTTAAA--TTT-CTTATTAATTCTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTA
190 TTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATT-TTCAAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTAATCCA
* * * ** * ** *
7113 GAA-AAAGCTTGTATG---TTGAAAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTA
254 -AATAAA-CTTGTATGAAATAG-AAACAATTGTTTTATAACAAAA-AAAAAATCATAACAATTTG
* * * * * * * ** *
7173 AAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATGATTATTTGAA-TTGA-TTCGATAAACTA-ATTTA-TTT
315 AAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTT-ATTTAG-TAAAC-AGATTTATTTT
* * * *
7234 TTAAAT-TTCTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAAGTAGTACTATTTTATTTTG-GATA
377 TTAAATCTT-TTACTTATTAATTTCTT--AATATTAAAAAATTA-TATTATTTTA-TTTGAAATA
** * * * * * * *
7296 AGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGAT
437 AGCTTGCATGAAC--AAA-AATTATTTTTTTACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGAT
* * * *
7361 AATTGTTGAAA-TAGTCACAACTATTTGAACTTGTTTGG
499 AATTATTCAAACGA-TCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * * *
7399 TAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTC-ATGCCTATTAATTTTT-TAATGTTAATAAATTAGCATT
1 TAAACAGA-TTATTTT-TTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * ** * * ** * * *
7462 ATTTTA-TTC---TGAA-TTTGTATGAATTGAAATGATTATTATAT-A-ACTA-ATAAGGTCAAA
64 ATTTTATTTCAAAT-AAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
* * * * * * * * * *
7519 ATGATTTGAAATAGATAACTATTCTAATAGTCGTAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACACATTT
128 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTAGCAAATATATTT
* * * ***
7584 ATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTT-AGAATA-TTATTAAATTAGTATTATTTTTATTTGAA
192 ATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTTA-TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAA
* * * * ** *
7644 TAAGCTTGTATGATAA-A-AAACAATTGTTTTATGAGAAAAAGAAAGATCATAATGATTTGAGAT
256 TAAACTTGTATGA-AATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAA-AAAAATCATAACAATTTGAAAT
** * * ** * *** * ** * * *
7707 TGATATTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAGTGGCTCAAAAAACAGCTTCAGTTTTTAAATC
319 AAATAATTCTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * * * * **
7772 TCTTGCTTATTACTTT-TGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATG
384 TTTTACTTATTAATTTCT-TAATATTAAAAAATTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATG
* * * * * * * *
7836 AACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAACGACTTT-AAACAGATAATTGTTC
447 AAC--AAA-AATTATTTTTTTACAAAA-CAAAAGGTTATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTC
* *
7900 AAA-TAGTCA-AATCTATTTCAACTTGTTTGG
507 AAACGA-TCATAA-CTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * * *
7930 CAAACAGATTTATTTTTTTAAATAT-ATTGCTCATTACTTTTTCGAATATTAATAAATTAGTATT
1 TAAACAGA-TTA-TTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * *
7994 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAAAA
64 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * * * * *
8059 CGATTTGAAATAGCTCATTATTCTAATAGTCTTAACTACTTGAACTAGTTTGACAAATACATTTA
129 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTAG-CAAATATATTTA
* ** *
8124 TTTTTTAAA--TTTACTTACTAACTTTT-GGAATA-TTATTTAATTAGTATTATTTTAATCCAAA
193 TTTTTTAAATTTTTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTTA-TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAA
* * * * * * *
8185 TAAGCTTGTATGAAA-GGAAACAATTGTTTTTTGACAAAATAAAGATCATAA-AGATTTGAGATA
256 TAAACTTGTATGAAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAATCATAACA-ATTTGAAATA
* * * * * *
8248 GATAAGTGTTCAAATAGTCATAA-ATATTTGAA-TTGTTTTGGTAAATAGATTT-TGTTTTTAAA
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* ** * * * * **
8310 TC---T-CTTTTTAATTATCAAAATCTTAATATATAAGTATTATTTTATTTTG-AATAATTTTGC
382 TCTTTTACTTATTAATT-TCTTAATATTAAAAAATTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGC
** * * * * *
8370 ATGAACAAAAACAATTATTTTACAACAA-AACAATGTCATTATGATTTGAACTAGATAA-TAGTT
444 ATGAACAAAAATTATTTTTTTACAA-AACAA-AAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TT
* *
8433 CAAATGGA-CATGACTATTTGAACTTGTTTGG
506 CAAA-CGATCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
** * * * *
8464 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-AAACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAATTTAGTTTTA
1 TAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
** * *
8528 TTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAAC-AAAAGATCATA
65 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATA
* * * * * * *
8591 ACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-GCTTGGCAACTAAATT
128 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAG-TTAGCAAATATATT
*** * *
8655 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT-TTTAATAAATTTGTATTATTTT-ATGTC
191 TATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTT-ATAAATTAGTATTATTTTAAT-CC
* * * * * * *
8718 AAAAAAAGGTTTTA-CAAATAGAAACAATTGGTTTATGAC-AAAAAAAAGTCATAACAATTTGAA
253 AAATAAA-CTTGTATGAAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAATCATAACAATTTGAA
* * * * * * *
8781 ATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAA
317 ATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * *
8846 -ATTTTACTTATTAATTT-TTGGATTATTAATAAATTTAAAATATTTTATTTGAAATAAGCTTGC
382 TCTTTTACTTATTAATTTCTT--AATATTAA-AAAATTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGC
* * * *
8909 ATGAACAGAACCAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTAT
444 ATGAACA-AA--AATTATTTTTTTACAAAAC-AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* ** * *
8973 TCAGATAATCATAACTATTTGAACTTATTCGG
505 TCAAACGATCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * *
9005 TAAACATA-TATTTTATTTAAT-TCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 TAAACAGATTATTTT-TTAAATCTCT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
9068 ATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAGTGTTTTATTG-CAAAAGAAAAGGTCATA
64 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAAGTCATA
* * *
9132 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTA-TTCAGTAAATATATT
128 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTAGTT-AGCAAATATATT
* * *
9196 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTTACAAATTAATATTATTTTAATCCGA
191 TATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTAATCCAA
* * ** * *
9261 ATAAACTTGTATGAACT-TAAGTAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAATCATAACAAGTTGAAAT
255 ATAAACTTGTATGAAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAA-AAAAAATCATAACAATTTGAAAT
9325 AAATAATTACTT-AAATAGTCATAACAATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
319 AAATAATT-CTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
*
9389 CTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAACAAAATTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGGAT
383 CTTTTACTTATTAATT-TCTTAATATTAA-AAAATTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCAT
* ** * *
9454 GAACATAAAATTTTTTTTTTACAAAACAAAAGGTTATGCT-ATTTCAAGTAGATAATTATTCAAA
446 GAACA-AAAATTATTTTTTTACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * *
9518 CGATTATAATTATTT-AAATATGTTTAG
510 CGATCATAACTATTTGAACT-TGTTTGG
* *
9545 TAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGCATTA
1 TAAACAGATT-ATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * *
9609 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
65 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
* * * * * * **
9674 GATATGAAATGGATAATTATTCAAATAGTGATGATTATTTG-GTCTAGTTCAATAAATATATTTA
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TAGTT-AGCAAATATATTTA
* * * *
9738 TTTTTAAAATTTTTGACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAAT
193 TTTTTTAAATTTTT-ACTTATTAATTTTCAAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAAT
* * * * **
9803 AAGCATGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATAACAGAATAAAAAGTCATAATGATTT-AAATAA
257 AAACTTGTATGAAATAGAAACAATTGTTTTATAACA-AAAAAAAAATCATAACAATTTGAAATAA
* * *
9866 ATAATTGC-TCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGTTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAAT
321 ATAATT-CTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTA-TTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
9928 C----ACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAGACTATTATTACTTTATTCCG----AA-----C
383 CTTTTACTTATTAATTTCTT--AATATTAAAAAATTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGC
* * * ** ** * * * *
9979 A--AACCAAGATGATTAGGTAAACAAAACCAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTCTTCA
444 ATGAACAAAAATTATT-TTTTTACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * *
10042 AA-TAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGG
508 AACGA-TCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * * *
10071 TAAATAGAATTATTTTTTAAATATC-TTATTTATTATTTTTTGAAATATTAGTAAATTCA-TTTT
1 TAAACAG-ATTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AGTATT
* * * * * *
10134 ATTTTATTCCAAATAGGC-TAGTATGAATTCAAACAAACCTCTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCA
64 ATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAACTGAAAC-AA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
* * ** * * * * * *
10197 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTGAATTGGCTCGACAAACAAAT
126 TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTAG-CAAATATAT
* ** * * *
10262 TTATTTTTT-AATTCTCTTAGTTATTAACTTTT-GGAATA-TTATTAGATTAGTGTTATTTTATT
190 TTATTTTTTAAATT-T-TTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTTA-TAAATTAGTATTATTTTAAT
* * * ** ** * **
10324 TCAAATAAACTTGTATGAACA-A-AAATAATTGTTTTATGACAAACCGAAAGGTTATAATGATTT
251 CCAAATAAACTTGTATGAA-ATAGAAACAATTGTTTTATAACAAA-AAAAAAATCATAACAATTT
* ** * * * * *
10387 GAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTT
314 GAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTA-TTTAGTAAACAGATTTATTTTT
** * *
10451 TAAATCTCCTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCG-AATAAG
378 TAAATCTTTTACTTATTAATTTCTT--AATATTAAAAAATTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAG
* ** * * * ** *
10514 CTTGTATGAACTGAAATCATTGTTTTATGATAAAACAAATA-GTCATAACAATTTGAAATATATA
439 CTTGCATGAACAAAAATTATT-TTTT-T-ACAAAACAAA-AGGTTATAATGATTTGAAATAGATA
* * *
10578 ATTGTTCTGAAC---C---AC---TTCAAC--------
500 ATTATTC-AAACGATCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * *
10599 -AAACATATTTATTTCTTAAATCTC-TTAGTTATTCATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTA
1 TAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *** * * *
10662 TTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAATAGAGTGAAAGGTTAAAAC
65 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
* * * * * *
10727 AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAG---GAAC----TG-----GTTCAGTAAATATATTTA-
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTT-AGCAAATATATTTAT
** * * * * *
10779 TTTTTAAATCTCCTACTTATAAATGTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
194 TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAT-TTTCAAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAAT
** * * **
10843 -AGGTGTGTATG--ATA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTTCATAACAATTTGAAAT
257 AAACT-TGTATGAAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAA-AAAA-AATCATAACAATTTGAAAT
* * * * * ** ** * * * *
10904 AACTAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCAATTT-GACAAACTGACTTATTTTGTAAAT
319 AAATAATTCTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTATTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * **
10968 CTCTAACTTATCAATTT-TTGAAGTATTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTA
383 CTTTTACTTATTAATTTCTT-AA-TATTAA-AAAATTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCA
* * * * * * * * *
11032 TGAATTGGAATAATT-TTTTTATGATAAAACAAACA-GTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGT
445 TGAA---CAAAAATTATTTTT-TTACAAAACAAA-AGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* * *
11095 TCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
505 TCAAACGATCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* ** * * * *
11127 TAAACAAATTTATTTTTTTTATTTC-TTA-TGTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGCAT
1 TAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACT-TATTAATTTT-TGGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
11189 TATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGA
63 TATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
* * ** * * * * *
11254 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTGATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGTCAAACACATTT
128 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTAG-CAAATATATTT
* * * ** ** * ***
11319 ATATTTTAAA--TCT-CTTATTAACTTTT-AAAATA-TTATTAATTTACCAACATTTTACTTTGA
192 ATTTTTTAAATTTTTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTTA-TAAATTAGTATTATTTTAATCCAA
* * * * * * *
11379 ATAAGCTTGTTTG-AATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAGATCATAATAATTT-AAAT
255 ATAAACTTGTATGAAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAATCATAACAATTTGAAAT
11441 TGGTTCAATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (536 bp):
TAAACAGATTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACG
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTAGCAAATATATTTATTT
TTTAAATTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAAC
TTGTATGAAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAAT
TCTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
TATTAATTTCTTAATATTAAAAAATTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAAAAAT
TATTTTTTTACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACGATCATAACT
ATTTGAACTTGTTTGG
Found at i:10730 original size:164 final size:164
Alignment explanation
Indices: 10441--10843 Score: 481
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10431 TGGTAAATAG
*
10441 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTT
1 ATTTA-TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
10506 CGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATCATTGTTTTATGATAAAACAAATAGTCATAACAATTTGAA
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* * *
10571 ATATATAATTGTTCTGAAC-CAC-TTCAACAAACAT
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* * * * *
10605 ATTTATTTCTTAAATCTCTTAGTTATTCATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTT-TTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
*** * *
10670 CGAATAAGCTTATATGAACTGAAA-CAATTATTTTATAATAGAGTGAAA-GGTTAAAACAATTTG
65 CGAATAAGCTTATATGAACTGAAATC-ATTATTTTATAATA-AAACAAATAGTCAAAACAATTTG
** *
10733 AAATAAATAATTGTTCAAACAGGAACTGGTTCAGTAAATAT
128 AAATAAATAATTGTTCAAAC--GAAC--GTTCAACAAACAT
* *
10774 ATTTATTTTTAAATCTCCTACTTATAAATGTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
1 ATTTATTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
*
10839 AAATA
66 GAATA
10844 GGTGTGTATG
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 29, Indels: 14
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTATTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
GAATAAGCTTATATGAACTGAAATCATTATTTTATAATAAAACAAATAGTCAAAACAATTTGAAA
TAAATAATTGTTCAAACGAACGTTCAACAAACAT
Found at i:11818 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 11472--11881 Score: 422
Period size: 180 Copynumber: 2.3 Consensus size: 178
11462 TTTTGAATCT
* * * ** **
11472 CTTATTAAATTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATCA
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATTGTATGAAGAA
* *
11537 ACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAACAAATGATAGTTCAAATGGATA
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* * * * *
11602 TGAATATTTGAACTTATTCGATTAACAGATTTA-TTTTTCAATCTCCAA
130 TGAATATTTAAACTTATTCGATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCCAA
*
11650 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAGTAG
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATTGTATGA--AG
* * * *
11715 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATTATAACAATTTTAAA-ATATTAATTA-TTCAAAT
63 AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAACA-AATAA-TAGTTCAAAT
***
11777 AG-TCAT-AACTATTTAAACTCT-TTC-AGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTTTTA
125 AGAT-ATGAA-TATTTAAACT-TATTCGA-TAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCCAA
* * * *
11831 TTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATAATTTTATTTCGAATAA
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11882 GCTTTTATAA
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 28, Indels: 19
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
CTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATTGTATGAAGAAA
CAATTGTTTTATGAAAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAACAAATAATAGTTCAAATAGATAT
GAATATTTAAACTTATTCGATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCCAA
Found at i:12032 original size:151 final size:152
Alignment explanation
Indices: 11764--12036 Score: 367
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11754 TTTAAAATAT
*
11764 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCTTTCAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTTT
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* * * *
11829 TATTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATAATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATAAAC
66 TACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATAAAC
11894 AAAAATAATGATTTGAAATAGA
131 AAAAATAATGATTTGAAATAGA
* * * * *
11916 TAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACGT-GTTCA-TAAAACATATTTATTTTTTAAAT-T
1 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TCGTTCAGT-AAACAAAATTATTTTTTAAATCT
* *
11978 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTT
64 TTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATAATTTTATTTC-AAATAAGCTT
12037 GCATGAACAT
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 12, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
150 3 0.03
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ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.06, T:0.47
Consensus pattern (152 bp):
TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGTTCAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTTT
TACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATAAAC
AAAAATAATGATTTGAAATAGA
Found at i:13586 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 11898--14205 Score: 1816
Period size: 181 Copynumber: 12.9 Consensus size: 179
11888 ATAAACAAAA
*
11898 ATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACGTG-TTC-ATAAAACA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATTCGAT-AAACA
*
11961 TATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAT
64 TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
** * * * * *
12024 TCAAAATAAGCTTGCATGAACATAACCAATTATTTTATAGA-AAAACAAAAGGTA
127 T-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTC
* * * * *
12078 ATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACAT-ATTCGATAAATAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATTCGATAAACAT
* * * *
12142 ATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * *
12207 AAAATAAACATATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTT
129 -GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
12259 ACAATGGTTTGAAATACATAATTATTTCAAATAGTCATGACTT-TTTGAACTTG-TTCGAAAAAT
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCAT-AATTATTTGAAC-TGATTCGATAAAC
* ** * *
12322 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGCTGAAATATTAATAAATTAATATAATTTTAT
63 ATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* *
12387 TTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGAGTC
127 TT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTC
** * ** * * *
12441 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTATTTGGTAAACATA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACATA
* * * * *
12506 TTTATTTTTTAAAACTTTTGCTTATTAATTGTCTT-AATATTGATAAATTAGTATTATTTTATTC
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * *
12570 GAAATAAGCTTCTATGAACAGAAAA-AATCATTTTACGACAAAACAAACGGTT
129 G-AATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
12622 ATAGT-AGTTTCAAATAGATAAATTCTTGAAATAGTTATAATTATTTAAACTTG-TTC-AGTAAA
1 ATAATGA-TTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATTCGA-TAAA
* * * *
12684 CA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTA
62 CATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
12748 TTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
126 -TTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * ** * * *
12803 ATAACGATTTGAAATAGAT-A-TGTATCAAATAATCACGACTATTTGATCT-AGTTCAATAAACA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTCGATAAACA
** * * * *
12865 TATTTATTTTAAAAAACTTTTAGTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
64 TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT
*** * * * * *
12930 CCAAACAAGCTTGTATGAATAAAAACTATTATTTTATAACAAAA-AAAA-GTC
127 TTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * * * * * * *
12981 ATAACAATTTGAAAGAAATAATTGCTGAAATTGTCATAACTATTTGAAGTGGTTCGATAAATAGA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACATA
* * ***
13046 TTTATTTCTTTAAA-C-C-T-CTTATTAATTTTTGAATATTAGTAGATTAGTATT-TTTT-TCCA
66 TTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG
* * * * *
13105 AACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
130 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * *
13155 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTGAACT-AGTT-AAGTAAACA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTCGA-TAAACA
* * * * * * *
13218 AAATTATTTTTTAAATC-CTTTACATATTAATTTCTAAAAATTAATAAATTCA-TTTTATTTTAT
64 TATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAT
* ** * *
13281 TATGAATAAGCTAGTATGAATTAAAA-AATTGTTTTATGATAAAATAAAA-G--
127 T-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * ** *
13331 ----TGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTGGAA-TTAGTTCGGCAAACAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTCGATAAACAT
* *
13391 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
13456 GAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACACAAGGTT
129 GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * * *
13507 AGAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACATA
* * *
13572 TTTATTTGTTAAATCT-TATACTTATTAAATTTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
66 TTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATT-AATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
* * ** * *
13636 TGAATAAACTTGTATGATA-AAAAATAATTGTTACATGAC-AAACAAAACGTA
128 TGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * * * *
13687 ATAACAATTTTTGAAATAGGTAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACG
1 ATAATGA--TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACA
* * * *
13752 GATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTAATT
64 TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
* * *
13816 TTGAACAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC
127 TTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
13869 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTAAACTGCTTCGACAAACATA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACATA
* * * *
13934 TTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTGTTATGTTATTCT
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T
* * * * * * * * *
13999 GAATATGCTTATATGAACTAAAA-AATTATTTTATAATAGAATAAAAGGTT
129 GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
14049 ATAACGATTTGAAATAGAT-AGTGTTCAAATAG----GA--A-CT-AA-T-A-TAG-TAAATAGA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACATA
* ** * *
14101 TTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTACTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTC
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
* * **
14166 AATAGGCTTATATG-ATGAAAACTAATTGTTTTATGACAAA
130 AATAAGCTTGTATGAACAAAAAC-AATTGTTTTATGACAAA
14206 CAAGGCAATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (179 bp):
ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACATA
TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA
ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
Found at i:16236 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 15841--17027 Score: 970
Period size: 181 Copynumber: 6.6 Consensus size: 181
15831 AAACAATTGG
* * * *
15841 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATCTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
*** * * **
15906 TGAACGCGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT
66 TGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAAT
* ** * ** *
15970 AAATTTA-TATTGTTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAACCAATTGT
131 AAA-TTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTATATGAACGA-AAAAAATTAT
* * * * *
16021 TTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * * * *
16086 TGAACATATTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTCACAATATTAAT
66 TGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAAT
16151 AAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACGAAAAAAATTAT
131 AAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTATATGAACGAAAAAAATTAT
* * * *
16202 TTTATTACAAAACAAAATGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
16267 TGAACTTGTT-TAGTAAACACATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTCATT-ATTTGT-AGAAATAT
66 TGAACTTATTCGA-TAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTT-TCAG-AATAT
* * * * * * * * **
16329 TAATCAAGTAATATTATTTTAATCTG-AATAAGCTTGTTTGAA-TAGAAACAATTGC
127 TAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAAATAAGCTTATATGAACGA-AAAAAATTAT
* * * * * * * **
16384 TTTATGGCAAAATAAAAAGTCAAAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * **
16449 TGAACTTATTCGATAAAAATACTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAAT
66 TGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAAT
* * * *
16514 ATATTTA-TATTATTTTAATCGAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAATCA-
131 A-AATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTATATGAACGAAAAAAATTAT
* * * * * * *
16563 TTTATTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTAT
1 TTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
16628 TTAAACTTGTTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAA
65 TTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAA
** * ** * * *
16693 TAGGTTAGTATTATTTTATTTTG-AATAATTTTATATTAACTG-AAATAATTTT
130 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTATATGAAC-GAAAAAAATTAT
* * * *
16745 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTAAAAAAGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
16810 TGATC-TAGTTTCG-TAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAACTATTGA-AATTTT
66 TGAACTTA--TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTCAGAATATT
* * * * ** *
16872 AATAAATTAGTATAATTTTAATCCAAATGAGCTTATATGAAC-ATAAACTATTGT
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTATATGAACGA-AAAAAATTAT
* * * * * * * * *
16926 TTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATATAAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* ** ** * *
16991 TAAACTGGTTTAATAAACAGATTTAATTTTTAAATCT
66 TGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCT
17028 CATATTAATT
Statistics
Matches: 798, Mismatches: 178, Indels: 61
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
TGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTATATGAACGAAAAAAATTAT
Found at i:17100 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 17067--17100 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
17057 TGACAAAACA
17067 AAATAACATAATGATTTG
1 AAATAACATAATGATTTG
*
17085 AAATAA-ATAATTATTT
1 AAATAACATAATGATTT
17101 ATATAGCCTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (18 bp):
AAATAACATAATGATTTG
Found at i:18523 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17912--21712 Score: 2807
Period size: 181 Copynumber: 21.2 Consensus size: 180
17902 CATTGTTCAA
* * * *
17912 TAAACAGATTTATTTTTTTAAATTTATTGCTTTATTAATTTTTC-AAATGTTAAT--A-TAGTAT
1 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
17973 TA-TTTATT-TCAAATAACCTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTTATGACTAAA-AAAAGGTTA
63 TATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * *
18034 AAACGATTTGAAACAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGA
126 TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-AAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * *
18090 CAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA-ATTATTAAATTAGTATCAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
18154 TTTAATC-GAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACAATTGTTGTATGACAAAA-TAAAGATCATTACG
66 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * **
18217 ATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATATGAA-TTGGTTCAG
131 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTT-GTTTGG
* * *
18268 TAAACAGATTTAGTTTTCAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
18329 TTTATTTTGAATAA-TTCTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAACGGTCATAAT
66 TTTATTCTGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * *
18393 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACAAGACTATGTGAAGTTGTTTGG
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAA-ACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * *
18445 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
18510 TTTATTCTGAATAAACTTGTACGAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
66 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * ** *
18575 TATTTGAAATA-AAACATTGTTTAAACAGT-AATACCTATTTGAGCTTACTTGA
130 GATTTGAAATAGATA-ATTATTCAAATAGTCAA-A-CTATTTGAACTTGTTTGG
* * * ** *
18627 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAGTAATATTT-GGAATTTTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
18691 TTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTGGTTTATCAC-AAACAAAAAGTCATAA
65 TTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * **
18754 CTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAGAACTATTTGAA-TGTGTTCAG
129 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACT-TGTTTGG
* * * * **
18807 AAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTCAATTTT-GGAATATTAATAAATT--TAATT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGT-ATT
* * * *
18868 GTTTTATTC-GAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAACAATTATCTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
64 ATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * ***
18930 GCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
128 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTTGG
* * *
18984 TAAACAGATTCATTTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTGA-T
1 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGT-ATT
* * * * *
19048 ATTTTATT-TCGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
64 ATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * *
19112 ACGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTAG
128 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * *
19166 TAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTATTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
19230 TTTAATTC-GAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
66 TTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * *
19294 TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAACTATTTGAACTTATTTGA
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * *
19345 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTGTT-ATGTGTCTACATATTAATAAATT--TATGT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTCAAAATATTAATAAATTAGTAT-T
* * *
19407 AATTTAATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-ATTTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
64 -ATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACA--ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
19470 ATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGTACTTGTTCGG
125 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-AAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * *
19527 TAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATAGAATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * *
19592 GTTATTC-AAATAAGCTTGTACGAATAGAATCAATTGTTTTGTGATAAAACATAAGGTTATAATG
66 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * ***
19656 ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAACAGTCATAACTATTTGCACTGGTCAAG
131 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTTGG
** * * * ** * *
19707 CCAATAG-TTTCATTCTTCAAATC-CGTTACTTATTAGCTTTCAAAATAATAATAAATTAGCATT
1 TAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
19770 ACTTTATTTCT-AATAAGAC-TATATCAACAGAAATAATTGTTTTATCACAAAACAAATGGTCAT
64 ATTTTA-TTCTGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * *
19833 AATGATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGTTATAACTAATTAAACTGGTTTAG
127 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * *
19888 TAAAAAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTACTAAATATTAATAAATTAATATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * * * *
19953 TTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAG
66 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
20018 ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAGCTGGTTAGG
131 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * *
20069 CAAACATAATTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTGAGA-TTT-GAAATATTAATAAATTA-TTTT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-A-ATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *** * * *
20131 ATTTTATTTTGAATAA-ATTACTAAGAATTGAAAAAAAAATTTTACGATAAAATAAAAGGTCATA
64 ATTTTATTCTGAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * * * * *
20195 ATGATTTGAAATAAAGAAATGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGATTAG
128 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-AAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * * *
20249 CAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTCT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** * * *
20314 TTTATT-TCGAATAAACTTGTGTGAACAGAAATAATCATTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAAC
66 TTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * *
20378 AATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGG
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * ** *
20430 TAAATAGATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
20495 TTTATTCCGAATAAGCCTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTTCTTAAT
66 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * ** *
20559 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTAATTTGA
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * ** * *
20611 TAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * ** *
20676 TTTATATCAG-ATAAACTTTTGTGTACTA-AAATAGTTATTTTATGATAAAATGAAATGTCATAA
66 TTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
20739 TGATTTTAAATAGATAATTATGT-AAATAGTCTTAACTATTTGAACTTATTCGA
129 CGATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTC-AAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * *** *
20792 TAAATA-ATTT-TTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTCTGTTAATGTTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
20851 TATATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATCTTT-TGACTAAACAAAAGATCAAAAC
66 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * * *
20915 AATTTGGAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTATCTATTTGAAATGGTTTCG
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-AAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * *
20967 -AAAGCACATTGA-TTTTTAAATC-C---C-CATTGATTTTCAAAATAGTAATAATATTGGTATT
1 TAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAA-ATTAGTATT
** * * *
21025 ATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGATAA-AATTATTTTACGACAAAACAAAATGTCATA
64 ATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * ** * * *
21089 ACAATTTGAAATAGATAA-CAGTTCAAATAAACATGACTATTTGAACTTGTTAGA
128 ACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * * *
21143 TAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
21208 TTTATTC-CACATAAACTTGTATGAATAGAAACAAATGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAAC
66 TTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * *
21272 GATTTGAAATATATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGA
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * *
21324 TAAATAGATTTATTATTTAAATCTTTTATTTATTAATTTT-AGAAATATTAATAAATTAGCATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA-AAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * ** **
21388 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TGTTTATAACTAAATAAATTGTTTTAA
65 TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * *
21452 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTAG
129 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * *
21505 -AAA-ATGTATTAATGTTTTAAAT-TTTTACTTA--ACTTTT-AGAATTTTAATAAATTTA-TAT
1 TAAACA-G-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * * * *
21563 TATTTTATTC-GAAATAAGCTTGCATGTACA-AAACCAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTTA
63 TATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
** * *** ** *
21626 TATTGTTTTGAAATAGATAATTATTTTGATAGTCATAACTAACTGAACCTT-TTTAG
126 TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAA-CTTGTTTGG
* * *
21682 TAAACAAATTCATTTTTTTAATTCTCTTACT
1 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT
21713 CATGCTTATA
Statistics
Matches: 2864, Mismatches: 632, Indels: 253
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 25 0.01
175 154 0.05
176 178 0.06
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178 183 0.06
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183 7 0.00
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAACTATTTGAACTTGTTTGG
Found at i:20044 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 20018--20058 Score: 59
Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
20008 GGTCATAAAG
20018 ATTTGAAATAG-ATAATT
1 ATTTGAAATAGCATAATT
20035 ATTT-AAATAGTCATAATT
1 ATTTGAAATAG-CATAATT
20053 ATTTGA
1 ATTTGA
20059 GCTGGTTAGG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 4
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.29
17 4 0.19
18 10 0.48
19 1 0.05
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (18 bp):
ATTTGAAATAGCATAATT
Found at i:20235 original size:542 final size:534
Alignment explanation
Indices: 17875--21712 Score: 2454
Period size: 542 Copynumber: 7.1 Consensus size: 534
17865 ATATATAAGC
* * * * * *
17875 TTATTCAAATAGT-ATATATCTAATTGACATTGTTCA-ATAAACAGATTTATTTTTTTAAATTTA
1 TTATTCAAATAGTCATA-AT-TATTTGAC-TTGTT-AGGTAAACAAATTCA-TTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
17938 TTGCTTTATTAATTTTTCAAATGTTAAT--A-TAGTATTA-TTTATTTCAAATAACCTTGTATGA
61 TTAC-TTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATAAGA
* * * * * * * *
17999 ACTGAAATAATTATTTTATGACT-AAA-AAAAGGTTAAAACGATTTGAAA-CAGATAATTATTCT
124 ATTGAAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAGA-AA-TGTTCA
* * *
18061 AATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
186 AATAG-CTTAACTATTTGAACTGGTTAG-C-AA-ATATTTA-TTTTAAAATC-CTTACTTATTAA
* * * * * * *
18126 TTTTCAAAA-ATTATTAAATTAGTATCATTTTA-ATCGAATAAG-CTTATGTGAAAAGAAACAAT
245 TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCGAATAAGACTTGTATGAACAGAAACAAT
* * * * * * * * * *
18188 TGTTGTATGACAAAATAAAGA-TCATTACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGCT
310 TGTTTTATCACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
18252 ATATGAATTGGTTCAGTAAACAGATTTAGTTTTCAAA--TCT-CTTATTAATTT-TCAAAATATT
375 ATTTGAACTGGTTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTCT-GAAATATT
* * *** * * *
18313 AATAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTCTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAA
439 AATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCT-TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* *
18377 AACAAACGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAA
503 AACAAAAGGTCATAGA-AATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * * *
18409 TTATTCAAATGGACA-AGACTATGTGAAGTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA
1 TTATTCAAATAGTCATA-ATTATTTG-ACTTGTTAGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
18473 CCTATTAATTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTACGAAAT
64 CTTATTAATTT-TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATAAG-AAT
* * * *
18537 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAA-AACATTGTTTAAA
126 TGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAAGAA-A-TGTTCAAA
* * * ** ** * * *
18600 CAG-TAATACCTATTTGAGCTTACTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAGTAAT
188 TAGCT--TAACTATTTGAAC-TGGTT-AGCAA-ATATTTA-TTTTAAAATC-CTTACTTATTAAT
** * * * * *
18664 ATTT-GGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGGATAGAAACAAT
246 -TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCGAATAAGACTTGTATGAACAGAAACAAT
* * * *
18727 TGGTTTATCAC-AAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAGAACT
310 TGTTTTATCACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* *
18791 ATTTGAA-TGTGTTCAG-AAAATAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTCAATTT-TGGAATA
375 ATTTGAACTG-GTTCAGTAAAA-AGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATT-AATTTCTGAAATA
* * * * *
18853 TTAATAAATTTA-ATTGTTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAAC--AAACAATTATCTTATGACA
437 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
*
18915 AAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAA
502 AAACAAAAGGTCATAGAAATTTGAAATAGATAA
* * *
18948 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACAGATTCATTTTTTTAAATCTCTT
1 TTATTCAAATAGTCATAATTATTTG-ACTTGTT-AGGTAAACAAATTCA-TTTTTTAAATCTCTT
* * *
19012 ACTAATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTGA-TATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAAT
63 ACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATAAGAAT
* * * *
19076 TGATACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATCATTCAAAT
126 TGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAGA-AAT-GTTCAAAT
* * * *
19140 AG-TTATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTAAAATCTTTTATTTATTAATTT
189 AGCTTA--ACTATTTGAAC-TGGTTAG-CAA-ATATTTATTTTAAAATC-CTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
19204 TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAAT-AGGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGT
248 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCGAATAAGACTTGTATGAACAGAAACAATTGT
* * *
19268 TTCATGACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATT
313 TTTATCACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
** * * * *
19332 TGAACTTATT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTGTT-ATGTGTCT-ACATATT
378 TGAACTGGTTCAG-TAAAAAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAT-T-TCTGAAATATT
* * * * ** * ***
19394 AATAAATTTATGTAATTTAATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAATTTTTGTTTTATGACAA
439 AATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAA
* *
19459 AACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAA
503 AACAAAAGGTCATAGAAATTTGAAATAGATAA
* * *
19491 TTGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGTACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAC
1 TTATTCAAATAGTCATAATTATTTG-ACTTGTTAGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * *
19556 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATAGAATTATGTTA-TTCAAATAAGCTTGTACGAATAGA
65 TTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATAAGAATTGA
* * * * * * *
19620 ATCAATTGTTTTGTGATAAAACATAAGGTTATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTTAAACAGT
129 AACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAGA-AA-TGTTCAAATAG-
* * * * * **
19684 CATAACTATTTGCACTGGTCAAGCCAATAGTTTCATTCTTCAAATCCGTTACTTATTAGCTTTCA
191 CTTAACTATTTGAACTGGT-TAGCAAATA-TTT-ATT-TTAAAATCC-TTACTTATTAATTTTCA
* * * * * *
19749 AAATAATAATAAATTAGCATTACTTTATTTCTAATAAGAC-TATATCAACAGAAATAATTGTTTT
251 AAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCGAATAAGACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT
** * * * * *
19813 ATCACAAAACAAATGGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGTTATAACTAATTA
316 ATCACAAAACAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *
19877 AACTGGTTTAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTACT-AAATATTAATA
380 AACTGGTTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTT-CTGAAATATTAATA
* * * *
19941 AATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAA
443 AATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
20006 AAGGTCATA-AAGATTTGAAATAGATAA
508 AAGGTCATAGAA-ATTTGAAATAGATAA
* * * *
20033 TTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAGCTGGTTAGGCAAACATAATT-GTTTTTTAAATCTCTTA
1 TTATTCAAATAGTCATAATTATTTGA-CTTGTTAGGTAAACA-AATTCATTTTTTAAATCTCTTA
* * * *
20097 CTTATTGAGA-TTTGAAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTTGAATAA-ATTACTAAGAAT
64 CTTATT-A-ATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA-TAAGAAT
* ** * * *
20159 TGAAAAAAAAATTTTACGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAAATGTTCATATA
126 TGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AAGAAATGTTCAAATA
* * * * *
20224 GCCTTAACTATTTGAACTAGATTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTCTTAGTTATTAATTTT
190 G-CTTAACTATTTGAACT-GGTTAGC-AA-ATATTTA-TTTTAAAATC-CTTACTTATTAATTTT
* * * * **
20289 CAAAATATTATTACATTAGTATT-CTTTTATTTCGAATAA-ACTTGTGTGAACAGAAATAATCAT
249 CAAAATATTAATAAATTAGTATTAC-TTTATTTCGAATAAGACTTGTATGAACAGAAACAATTGT
* * * * * * *
20352 TTTATGAGATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
313 TTTATCACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
20417 TGAACTGGTTCGGTAAATAGATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGT
378 TGAACTGGTTCAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTCTGAAATATTAAT
* * * ** *
20482 AAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCCTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAA
442 AAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * *
20547 AAAGTTCTTA-ATGATTTGAAATAGATAA
507 AAAGGTCATAGA-AATTTGAAATAGATAA
* * * ** * * ** * *
20575 TTGTTCAAATGGTCATAATTATTTAAACTAATTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTAAC
1 TTATTCAAATAGTCATAATTATTT-GACTTGTTAGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * ** * * *
20640 TTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATATC-AGATAAACTTTTGTGTACTA
65 TTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTATAAGAATTG
* * ** * * *
20704 AAATAGTTATTTTATGATAAAATGAAATGTCATAATGATTTTAAAT-AGATAAT-TATGTAAATA
128 AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAGA-AATGT-T-CAAATA
** * * * * * ***
20767 GTCTTAACTATTTGAACTTATTCGATAAATAATTTTTTTTTAAAT--TT-CTTATTAATTCTGTT
190 G-CTTAACTATTTGAACTGGTTAG-CAAAT-ATTTATTTTAAAATCCTTACTTATTAATTTTCAA
* * * ** *
20829 AATGTTAATAAATTAGTATTA-TTATATTTTGAATAAG-CATGTATGAATTGAAACAATTATCTT
252 AATATTAATAAATTAGTATTACTT-TATTTCGAATAAGACTTGTATGAACAGAAACAATTGT-TT
* * * * * * * * * *
20892 T-TGACTAAAC-AAAAGATCAAAACAATTTGGAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTATCTATTT
315 TATCACAAAACAAAAAG-TCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * ** * * *
20955 GAAATGGTTTC-G-AAAGCACATTGA-TTTTTAAA----TCCCCATTGATTT-TCAAAATAGTAA
379 GAACTGG-TTCAGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTCT-GAAATATTAA
** ** ** * * * *
21012 TAATATTGGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGATAA-AATTATTTTACGACAAA
441 TAA-ATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAA
*
21076 ACAAAATGTCATA-ACAATTTGAAATAGATAA
504 ACAAAAGGTCATAGA-AATTTGAAATAGATAA
* ** * * * * * * *
21107 -CAGTTCAAATAAACATGACTATTTGAACTTGTTAGATAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTAA
1 TTA-TTCAAATAGTCATAATTATTTG-ACTTGTTAGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * *
21171 CTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCACATAAACTTGTATGAATA
64 CTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTATAAGAATT
* * * * * * *
21235 GAAACAAATGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAACTATTCAAATAG
127 GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-AGAAATGTTCAAATAG
* * * * * *
21300 TCATAACTATTTGAACTTGCTT-GATAAATAGATTTATTATTTAAATCTTTTATTTATTAATTTT
191 -CTTAACTATTTGAAC-TGGTTAG-CAAAT--ATTTATT-TTAAAATC-CTTACTTATTAATTTT
* * * *
21364 -AGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCTAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATT-
249 CA-AAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTC-GAATAAGACTTGTATGAACAGAAACAATTG
* * * ** ** * * *
21425 TGTTTATAACTAAATAAATTGTTTTAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
312 T-TTTATCACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
21490 TTTGAAC-GTGTTTAG-AAAATGTATTAATGTTTTAAATTTTTACTTA--ACTTT-T-AGAATTT
376 TTTGAACTG-GTTCAGTAAAAAG-ATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTCTGA-AATAT
* * * * * *
21549 TAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGTACAAAACCAATTATTTTATGACAA
438 TAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * ****
21614 AACAAATGGTTATATTGTTTTGAAATAGATAA
503 AACAAAAGGTCATAGAAATTTGAAATAGATAA
*** * ** * *
21646 TTATTTTGATAGTCATAACTAACTGAACCTTTTTA-GTAAACAAATTCATTTTTTTAATTCTCTT
1 TTATTCAAATAGTCATAATTATTTG-A-CTTGTTAGGTAAACAAATTCA-TTTTTTAAATCTCTT
21710 ACT
63 ACT
21713 CATGCTTATA
Statistics
Matches: 2620, Mismatches: 534, Indels: 294
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
530 4 0.00
531 36 0.01
532 243 0.09
533 37 0.01
534 35 0.01
535 18 0.01
536 40 0.02
537 206 0.08
538 273 0.10
539 442 0.17
540 127 0.05
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544 11 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (534 bp):
TTATTCAAATAGTCATAATTATTTGACTTGTTAGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACT
TATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATAAGAATTGAAA
CAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAGAAATGTTCAAATAGCTTAA
CTATTTGAACTGGTTAGCAAATATTTATTTTAAAATCCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAT
AAATTAGTATTACTTTATTTCGAATAAGACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATCACAAAAC
AAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAG
TAAAAAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTCTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
TTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGAAA
TTTGAAATAGATAA
Found at i:22416 original size:179 final size:182
Alignment explanation
Indices: 21967--22594 Score: 510
Period size: 177 Copynumber: 3.5 Consensus size: 182
21957 GCAGAACTAT
* * *
21967 TTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCCTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCA
* * * * * *
22032 TAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGT-TTGTTCAGAATAAAATAGTATTAATTTATTAATATT
66 TAAAATAATTGTTTCTGTTCATA-CAGTCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* *
22096 TCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGCCAAAATCAG
130 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGCCAAAACCAG
* * * * * * * * *
22149 TTCAATTAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCATTTGGTTTATCA
1 TTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCA
* * *
22214 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAGTCTTATTCA-AATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTT
66 TAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAGTCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * ** * ***
22278 TGAAAA-TAATAAGTAACG-GATTTAGAAAATGTATCTG-TTGGCTTGACCAG
131 CAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGCCAAAACCAG
* * * * *
22328 TGT-AAATAATTATGATTGTTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCGTAATGACCTTTTGTTTTATT
1 T-TCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATC
* * ** * * * *
22392 GTAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTGGGATAACATTAGT-CGAATTTATTAATA
65 ATAAAATAATTGTTTCTGTTCATAC-AGTCTTATTCAGAATAA-AATAATACTAATTTATTAATA
* * ***** *
22455 -TTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATCT-ATTTATTGAACAAG
128 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGCCAAAACCAG
* ** * * * * * * *
22505 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTTGCTATAACCCTTTGTATTGTCA
1 TTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCA
* * *
22570 TAAAACAATTTTTTCTATTCATACA
66 TAAAATAATTGTTTCTGTTCATACA
22595 AGCTTATCTC
Statistics
Matches: 354, Mismatches: 82, Indels: 26
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.01
177 96 0.27
178 3 0.01
179 86 0.24
180 50 0.14
181 37 0.10
182 79 0.22
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
TTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCA
TAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAGTCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGCCAAAACCAG
Found at i:22699 original size:120 final size:119
Alignment explanation
Indices: 22486--22727 Score: 333
Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 119
22476 TTAAAAAATG
* * *
22486 AATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTTGCT
1 AATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCT
*
22551 ATAACCCTTTGTATTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATCTCA
66 ATAACCCTTTGTATTGTCATAAAACAATTATTTT-TATTCACACAAGCTTAT-TCA
* * * * *
22606 AATCTATTTACTGAATAATTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTT
1 AATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCT
* * * * *
22671 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCACACTAGCTTATTCA
66 ATAACCCTTTGTATTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCACACAAGCTTATTCA
22725 AAT
1 AAT
22728 TAAAATAATA
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120 97 0.91
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AATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCT
ATAACCCTTTGTATTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCACACAAGCTTATTCA
Found at i:23060 original size:180 final size:181
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Period size: 181 Copynumber: 21.2 Consensus size: 181
22595 AGCTTATCTC
* * * * * * **
22605 AAATCTATTTACTGAATAATTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGT
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
22670 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCACACTAGCTTATTC-AAATTAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAAT
* * * * *
22734 AATATTAATTTGTTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAAAAT
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* * * * * *
22788 AAATATGTTTACCGAAA-AAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAGTCA
1 AAATCTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
22852 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * *
22917 AATACTAACTTATTACTATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAT
130 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
*
22969 GAATCTGTTTACTAAACAAGTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* *
23033 TATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAAT
* * * * *
23097 AATA-TGAATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAA-AAATATAAAAAAT
130 AATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * * *
23148 AAATATATTTTTTGAACACGTTGAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTACAAATCAT
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * ** *
23213 GATGACTTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTTTTATTTGTAAAAGCTTA-TC-AGAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAAT
* *
23276 -A-A-TAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAAT
130 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* *** * * * * * * *
23324 AAATTTGTTTACCT-AGTGAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAATAATTATTTGTTTTAAATCG
1 AAATCTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * **
23388 TTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTC-AGAATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAA
* ** *
23452 TAACACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACT
129 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * **
23501 AAATATGTTTACTAGACAA-TTTAAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGG
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCA
* * * * * *
23565 TAATGATC-TTTGTTTTGTCATTAAA-AATTGTTTCTA-TCTATACAAACTTATTCGGAGTAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
** ** * * *
23627 T-ATTGTCAAACTAATAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
129 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
23680 AAATATATTTA-TCAAATCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATT
1 AAATCTGTTTACT-AAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * *
23743 ATTCTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTCCAATTCATACATA-CTTATTCGAAATAAA
64 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTCGAAATAAA
* * * *
23807 ATAATATTATTTTATTAACA-TTCAGAAAATTAATAAGCAAGCA-ATTTAAAAACAT
128 ATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAA-AT
* * * * * * * *
23862 AAATTTGTTAACCAAACAAGTTAAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATC-ATTTTAAAATCG
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCA
* * * * *
23926 TTATGACCTTTTG-TTTATCATAAAATAATTGTTTC-ATTTCATAAAACCTTA-TCCAAATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * * * ** * * *
23988 TAATATTACTTTATTAATATTAC-AAAATTGAA-AATTTGGAAATTTAAAACAG
129 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
** * * * *
24040 AAATCAATTTATTCAATCAA-TTTAAATAGTTAT-AGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
1 AAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
24103 ATTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATT-TAGAATAA
64 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAA
* * * *
24166 AAAAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAGGAGA-TT-----AT
127 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
24215 ---T-TGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTCAT
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * *
24276 TAT-AACTTTTTTTTTGTCATAAAATAATTTTTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
* * * * * * * *
24340 ATATTAATCTAATAATATTAT-GAAAGTTAATAATTATGAGATTT-GAAAAT
131 ATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* ** * * * * * * *
24390 AAATTTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTA-AAGCTATATGAATAATTATCCATTTCAAATAA
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
24454 TTATGTA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTT-TAGAATAAA
65 TTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAA
* **
24517 ATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-T--GAGATTTAAAAAAT
128 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * *
24565 AAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTAAACAATTATTTATTTCATATCGT
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * *
24630 TATGATCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTGATAC-AGTCTTATTTGGAATAAAGT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAAT
* * *
24694 AATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAATAAT
130 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** ** * * * *
24746 GAATTTGTTGGCTTGACCAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTAT-TATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * *
24810 TATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TAGAATAACA
66 TATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAA
* * *
24874 TAATTCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAATT
129 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
24927 GAATTTGTTTA-TCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCG
1 AAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * * * *
24991 CCATAACCTTTTATTTTATCATAAAATAATT-TTTGCTATTCTTATAAGCTTATTTC-AATTAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAA
* * * * *
25054 ATAATAC-AAGGTTATT-ATCA-TTCAGACAATTAAAAAGAAAAAGATTTAAAAAAT
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* * * *
25108 AAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAAT-AT
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
25172 TATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
* * ** * * * *
25237 ATATTAGTTTATTAATATTTTGATAGTTAATAAGTTAAAAGATTTTAAAAAT
131 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * ***
25289 AAATATGTTTACTGAATAAGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAATAATAATCTATTTCAAATTGC
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
** * * * *
25354 TATGACCTTTTGTTTCATCAT-AAACAATTGTATC-ATTTCATATAGGCTTA-TCTAAAATAAAA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAA
* * ** *
25416 TCATACTAATTTATTAATA-CTCTAAAAATTAACGAGAAAGAGATTTAAAAAAT
129 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
25469 GAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAAAATTTATCTATTTCAAATCA
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
25533 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATATTG-AATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAA
* *
25597 TAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAAT
129 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* ** * * * **
25649 AAATCTATTTTTTGAACACA-TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTG
1 AAATCTGTTTACTAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
25713 TCATGACCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * *
25778 AATGCTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAAT
130 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* ***** * * *
25830 AAATCTATTTACCGCGTAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATCATTTATTTCAAAT-AG
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-
* * * * * *
25894 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCACATAAGTTTATTCAAAATAAAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* *
25959 AATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAT
130 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * ** * * * **
26011 AAATTTGCTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGTCCGTTTGAATAATTATTTGTTT-ATAATTG
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCA
* * * ** *
26075 TTATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * ** * *
26140 AATTACTAATCTACTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAACAGATTTAAAAACT
130 AA-TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* *
26189 AAATCTATTTACTGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTT-AAATC
1 AAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATC
* * ** * * *
26252 GTTATG--CTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-TTTGTACCAGCTTATT-TAGATTAA
64 ATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAA
*
26313 AATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
127 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
26368 AAATGTGTTTGCCAAACTAGCTCAAATAGTTAAGACTATTT
1 AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
26409 TGTCATAAAA
Statistics
Matches: 2906, Mismatches: 583, Indels: 268
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 84 0.03
171 48 0.02
172 2 0.00
174 15 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
Found at i:25459 original size:542 final size:531
Alignment explanation
Indices: 22612--26377 Score: 2559
Period size: 542 Copynumber: 7.0 Consensus size: 531
22602 CTCAAATCTA
* * * * * *
22612 TTTACTGAATAATTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACC
1 TTTACTG-ATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAA-TAATTATTTCAAATAGTTATGACC
* * * * * *
22677 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCACACT-AGCTTATTCAAATTAAAATAATATTA
64 TTTTGTTTTGTCAT-AAACAATT-GTTCTATTCATA-TAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
22741 ATTTGTTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAA-AGATATAAAAAAAATAAATATGTTTACCGAAA
125 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AG-AAAGAGAT-T-TAAAAAATGAATTTGTTTA-CGAAC
* * * * *
22805 AAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTG
185 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTG
* ** * *
22870 TCATAAAATAATTGTATCAATTCATATAGGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTACT
250 TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC--AATAAAATAATAC-AA-TTATTA-T
* * * * * *
22934 ATTTCA-AAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACAAGTTC-AATAG
310 A-TTCAGAAAATTAA-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAG
* * * *
22997 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAAT
373 TTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** * *
23062 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TGAATTTACTAATATTCCAAAGATT
438 TGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATT
* *
23126 AATAAGTAAAA-ATATAAAAAATAAATATA
502 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
** * ** * * * *
23155 TTTTTTGA-ACACGTTGAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTACAAATCA-TGATGA
1 TTTACTGATA-A-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATAAT-TATTTCAAAT-AGTTATGA
* * * * ** * * *
23218 CTTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTTTTATTTGTAAAAGCTTATCAGAATAAAAT-A-A-TA
62 CCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATT-GTTCTATTCATATAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTA
* * * ***
23280 ATTTATTAAAATT-TCAAAAATTAATAAGTAAA-AGA-TTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAGTG
125 ATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT-AG-AAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTA-CGAACA
* * * * * * * *
23342 AGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAATAATTATTTGTTTTAAATCGTTATGATCTTTTATTTTGT
186 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * ** *
23407 CATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAACACTAATTTATTAATA
251 CATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC--AATAAAATAATAC-AA-TTATT-ATA
** * * * * * * * *
23471 TTTTGAAAATT--AA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTACTAGACAA-TTTAAATAGTTA
311 TTCAGAAAATTAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
23532 TGAGTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGGTAATGATC-TTTGTTTTGTCATTAAA-AATTG
376 TGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * ** ** * ** *
23595 TTTCT-ATCTATACAAACTTATTCGGAGTAAAAT-ATTGTCAAACTAATAATATTTTAAAAATTT
440 TTTTTGTTC-ATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* *
23658 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATA
503 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
** * * * * *
23687 TTTATCAAATCAA-TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATTA-TTCTG
1 TTTA-CTGAT-AAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATAAT-TATTTCAAA-TAGTTATG
* * * * * *
23749 ACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTCCAATTCATACATA-CTTATTCGAAATAAAATAATA
61 ACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTT-CTATTCATATA-AGCTTATT-AAAATAAAATAATA
* * * * * * *
23813 TTATTTTATTAACATTC-AGAAAATTAATAAGCAAGCA-ATTTAAAAACATAAATTTGTTAACCA
122 CTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAAT-AGAAAG-AGATTTAAAAA-ATGAATTTGTTTA-CG
* * * * * *
23876 AACAAGTTAAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATC-ATTTTAAAATCGTTATGACCTTTTG-
182 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATAACCTTTTGT
* * * * * *
23939 TTTATCATAAAATAATTGTTTCAT-TTCATAAAACCTTA-TCCAAATAAAATAATATTACTTTAT
246 TTTGTCATAAAATAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTTC-AATAAAATAATA-CA-ATTAT
* * ** * * * * *
24002 TAATATT-ACAAAATTGAAAATTTGGAA-ATTTAAAACAGAAATCAATTTATTC-AATCAA-TTT
307 T-ATATTCAGAAAATT-AAAA-GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAAT-AAGTTC
* * * * *
24063 AAATAGTTAT-AGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAACTTTTGTTTTGTCATA
367 AAATAGTTATGA-CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
** * * * * *
24127 AAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTTAGAATAAAAAAATACCAATTTATTAATATTTCA
431 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* **
24192 AAAATTAATATGTAGGAGA-TT-----AT---T-TG
496 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * *
24218 TTTGCT-AAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTCA-TTAT-A
1 TTTACTGATA--AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATAAT-TATTTCAAAT-AGTTATGA
* * * * * * *
24280 ACTTTTTTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT
62 CCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTCTA--TTCATATAAGCTTATT-AAAATAAAATAATAC
* * * * * * * * **
24344 TAATCTAATAATATTATGAAAGTTAATA-ATTATGAGATTT-GAAAATAAATTTGTTTGTTGAAC
123 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGA--AAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTT-ACGAAC
* * * * ** *
24407 CAGTTCAAATAGTTA-AAGCTATATGAATAATTATCCATTTCAAATAATTATGTA-CTTTTGTTT
185 AAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTT
* * * * * * * *
24470 TGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAA
248 TGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-CAATAAAATAATA-CAA-TTATT-A
** * * * *
24535 TATTTTGAAAATT--AA-T--GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACT-AGTTCAATTAG
309 TATTCAGAAAATTAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAAGTTCAAATAG
* * * * * * *
24594 TTATAACAATTTAAACAATTATTTATTTCATATCGTTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAATAAT
373 TTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * *
24659 TATTTCTATTGATAC-AGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
438 TGTTTTTGTTCATACAAG-CTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * * *
24723 AATAAGTAACAGATTTAAATAATGAATTTG
502 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
** ** * * * *
24753 TTGGCTTGACCAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTATTTCAAATCA-TTATGACC
1 TTTAC-TGATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATAATTATTTCAAAT-AGTTATGACC
* * * * * * * *
24817 TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAACATAATTCTA
64 -TTTTGTTTTGTCAT-AAACAATT-GTTCTATTCATATAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTA
* *
24882 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAATTGAATTTGTTTATCGAACAAG
125 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGA-AAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTA-CGAACAAG
* * ** * *
24947 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCGCCATAACCTTTTATTTTATCA
188 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
25012 TAAAATAATT-TTTGCTATTCTTATAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAGGTTATTATCATT
253 TAAAATAATTGTTT-CTGTTCATACAAGCTTATTTCAA-TAAAATAATACAA--TTATTAT-ATT
* * *
25076 CAGACAATTAAAAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTAT
313 CAGAAAATT-AAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
25141 GACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTT
377 GACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *** * *
25205 TTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTTGATAGTTAATAA
442 TTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
*
25270 GTTAAAAGATTTTAAAAATAAATATG
507 G-TAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * *
25296 TTTACTGAATAAGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAATAATAATCTATTTCAAATTGCTATGACC
1 TTTACTG-ATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATAAT-TATTTCAAATAGTTATGACC
** * *
25361 TTTTGTTTCATCATAAACAATTGTATC-ATTTCATATAGGCTTATCTAAAATAAAATCATACTAA
64 TTTTGTTTTGTCATAAACAATTGT-TCTA-TTCATATAAGCTTAT-TAAAATAAAATAATACTAA
* * * *
25425 TTTATTAATACTCTAAAAATTAACGAGAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAGT
126 TTTATTAATATTCTAAAAATTAA-TAGAAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAC-GAACAAGT
* * * *
25490 TCAAATAGTTATGACTATTT-AAAAATTTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCA
189 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA-TTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
25554 TAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATATTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTC
253 TAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT-TTCAATAAAATAATA-CAA-TTATT-ATATT-
**** * *
25619 CA-AAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACACA-TTCAAATAATTA
313 CAGAAAATTAA-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATA-AGTTCAAATAGTTA
* * * *
25681 TGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTCATGACCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGT
376 TGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
25746 TTTTGTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATGCTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
441 TTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * *
25811 AGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTA
506 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * *
25837 TTTACCGCGTAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATCATTTATTTCAAATAGTTATGATC
1 TTTACTG-ATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAAT-AATTATTTCAAATAGTTATGACC
* *
25902 TTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCACATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
64 TTTTGTTTTGTCATAAA-CAATTG-TTCTATTCATATAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAA
* * * *
25967 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGCTTACCGAACAAGT
126 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATA-GAAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTA-CGAACAAGT
* * * ** * * * *
26032 TCAAATAATCATGTCCGTTTGAATAATTATTTGTTT-ATAATTGTTATCACCTTTTGTTTTGTCA
189 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA-AATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** *
26096 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATTACTAATCTACTAATAT
253 TAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC--AATAAAATAA-TAC-AAT-TA-TTATAT
** * * * *
26160 TTTGAAAATT--AA-TAACAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTGAAA-CAGTTCAAATAGTTA
312 TCAGAAAATTAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAATAAGTTCAAATAGTTA
* * *
26221 TGACTATTTGAATAATTATCTATCTT-AAATCGTTATG--CTTTTCATTTTGTCATAAAACAATT
376 TGACTATTTAAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * *
26283 GTTTCTT-TT-GTACCAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTA
439 GTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* *
26346 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG
503 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
26375 TTT
1 TTT
26378 GCCAAACTAG
Statistics
Matches: 2558, Mismatches: 517, Indels: 301
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
524 5 0.00
525 138 0.05
526 5 0.00
527 1 0.00
528 62 0.02
529 39 0.02
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531 110 0.04
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542 551 0.22
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544 18 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (531 bp):
TTTACTGATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATAATTATTTCAAATAGTTATGACCTT
TTGTTTTGTCATAAACAATTGTTCTATTCATATAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTCTAAAAATTAATAGAAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACGAACAAGTTCAAATA
GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAATAAAATAATACAATTATTATATTCAGAAAATTAAAA
GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG
CTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
AAATAAATATG
Found at i:26914 original size:182 final size:177
Alignment explanation
Indices: 26413--27808 Score: 694
Period size: 182 Copynumber: 7.8 Consensus size: 177
26403 CTATTTTGTC
* * * * * * *
26413 ATAAAACACATTCAAATAGTTATTATTAGTTAAACAATTATTTATTTCAAGTGGTTATGACCTTT
1 ATAAAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT
* * * * * * * * * *
26478 TGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCAAACATGTGTATTCAAAAGTAAAATAATGCTAGTT
65 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATT
* * * * * *
26543 TATTTCATATTTCCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTTAAAAAAAAAATCTATTT
129 TA-TTAATATTTCTAAAAA-TAAT-AGTAGAGA-TTT-AAAAATAAATTTGTTT
* * *** * * * * *
26597 ACT-GAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTGGATGAACAAGTATTTTATTTCAAATAGTTGTGATCT
1 A-TAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATTGTTATGACCT
* *
26661 TTTGTTTTGTCATAAAAACAATTA-TTCTA-TCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAGAATACTAA
63 TTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
26724 TTTATTAATATTTCTAAAAATAATAGGTAGGAGATTTACAAAATAAATTTGTTT
127 TTTATTAATATTTCTAAAAATAATA-GTA-GAGATTTA-AAAATAAATTTGTTT
* * * * * *
26778 ATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCGATTTGAACAATTATGTATTTCAAGTTGTTATGACCTTT
1 ATAAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT
* * ** * * *
26843 TGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTTATACAAAATTATTTTAGAATAAAATAATATTTATC
65 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTA-TTTAGAATAAAATAATACTAATT
* * * *
26908 TATTAAT-TTTTTGAAAATTAATA--AGAGATTTAAAACTTAATCTAT-TTT
129 TATTAATATTTCT-AAAAATAATAGTAGAGATTTAAAAATAAAT-T-TGTTT
* * * * * *
26956 TTGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTA
1 ATAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT-
* * * * ** *
27021 T-TTTTTTTATAAAACAATTGTTTCCT-TTAATACAACCTTATTCA-AATTAAAATAATACTAAT
65 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-CTATTCATACAAGTTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAAT
* * * *
27083 TTAATAATATTAC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTT
128 TTATTAATATTTCTAAAAA-TAAT-AGT-AGAGATTT--AAAAATAAATTTGTTT
* ** * *
27137 GCTAAAACAATTCAAATAGTTAACACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTT
1 -ATAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT
** * * * *
27202 TGTTTAATCATAAAGCAATTATTTCAATTCGTACAAGTTTATTTAGAACAAAATAATACTAATTT
65 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
27267 ATTTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAGATAAAATCTATTT
130 A-TTAATATTTCTAAAAA-TAAT-AG-TAGAGATTT-AAAA-AT-AAATTTGTTT
** * * * * **
27321 ATTGAACAAATTTAAATAGATT-GGACTATTTGAACAATCAATCTAACTGTTTAAAGTCATTATG
1 ATAAAAC-AATTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAAT-TATCT-A-T-TTCAAA-TTGTTATG
* *** * * * * * ** ** *
27385 ACC-TTTCTTCCATTATAAAATAA-TGTTTC-AGCTCATAGAAACTTATCCAAAATAAAATAATA
59 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATA
* * ** *
27447 CTACTTTACTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAACTATTT
123 CTAATTTATTAATATTTCTAAAAA-TAAT-AGT-AGAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTT
* * * * * * * ** *
27505 TTCGAATCAATTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAAATATC-ATTCTCAAATCATTATGATC-T
1 AT-AAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATTGTTATGACCTT
* * * * * * *
27568 TTGTTTTCTCTTAAAATAATTGTTTCTGA-TCAT----GCTTATTT-GGATAAAATAATAATAAT
64 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAAT
* * *
27627 TTAAATAATATTT-TAAAATTAA-A--AGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
128 TT-ATTAATATTTCTAAAAATAATAGTAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * * * ** * * * *
27675 ACTGAACCAGTTCGAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAATCATT
1 A-TAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT
** * * * ** *
27740 TGTTTAATCATATAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAACTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAAT
65 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTAG-AATAAAATAATACTAAT
27803 TTATTA
128 TTATTA
27809 GCATTTATTT
Statistics
Matches: 950, Mismatches: 196, Indels: 141
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 61 0.06
171 35 0.04
173 1 0.00
174 2 0.00
175 33 0.03
176 61 0.06
177 87 0.09
178 22 0.02
179 37 0.04
180 61 0.06
181 71 0.07
182 168 0.18
183 53 0.06
184 107 0.11
185 50 0.05
186 35 0.04
187 38 0.04
188 19 0.02
189 8 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
ATAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTTCTAAAAATAATAGTAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTT
Found at i:28804 original size:176 final size:175
Alignment explanation
Indices: 28617--28951 Score: 392
Period size: 175 Copynumber: 1.9 Consensus size: 175
28607 CTTTGTTTTA
* * * *
28617 TCATCAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAAC-TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCACAC-AAACTTATTCAGAAT-AAATAATACTAAATTAATAA-
* *
28681 ATT-TCAAAAATTAATAAGAGA-TTAAAAACA-AAAT-CTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTT
63 ATTCT-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-ATAAATAC-ACTTATAGAACCAATTCAAATAGTT
* * *
28742 ATGAGTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAACATTATGATCTTTCATTTGG
125 AAGACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAAACATTATGATCTTTCATTTGG
* * ** * * *
28793 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACTAGCTTATTTGGAGTAAATATTGCTAAATTAATAAATT
1 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAACTTATTCAGAATAAATAATACTAAATTAATAAATT
* * *
28858 CTAAATATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATACACTTATAGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACT
66 CTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATACACTTATAGAACCAATTCAAATAGTTAAGACT
* *
28923 ATTAGAACAATTATCTATTTCAAACCATT
131 ATTAGAACAATTATCTATCTCAAAACATT
28952 CTAACCTTTT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 21, Indels: 11
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 19 0.14
175 81 0.61
176 33 0.25
ACGTcount: A:0.44, C:0.13, G:0.07, T:0.36
Consensus pattern (175 bp):
TCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAACTTATTCAGAATAAATAATACTAAATTAATAAATT
CTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATACACTTATAGAACCAATTCAAATAGTTAAGACT
ATTAGAACAATTATCTATCTCAAAACATTATGATCTTTCATTTGG
Found at i:29003 original size:175 final size:174
Alignment explanation
Indices: 28690--29005 Score: 388
Period size: 175 Copynumber: 1.8 Consensus size: 174
28680 TATTTCAAAA
* * * * *
28690 ATTAATAAGAGATTAAAAACAAAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGAGTATTTGAA
1 ATTAATAAGAGATTAAAAACAAAATCTACTTATAGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAA
* * * *
28755 CAATTATCTATCTCAAAACATTATGATCTTTCATTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACAC
66 CAATTATCTATCTCAAAACATTATAACCTTTCATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTACTCACAC
28820 TAGCTTATTTGGAGTAAATATTGCTAAATTAATAAATTCTAAAT
131 TAGCTTATTTGGAGTAAATATTGCTAAATTAATAAATTCTAAAT
* *
28864 ATTAATAAGAGATTTAAAAA-ATAAATAC-ACTTATAGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTA
1 ATTAATAAGAGA-TTAAAAACA-AAAT-CTACTTATAGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTA
* * * ** * *
28927 GAACAATTATCTATTTCAAACCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTAGCTC
63 GAACAATTATCTATCTCAAAACATTATAACCTTTCATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTA-CTC
*
28991 ATAC-ATGCTTATTTG
127 ACACTA-GCTTATTTG
29006 AAATAAAATG
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 19, Indels: 9
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 19 0.16
175 98 0.83
176 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (174 bp):
ATTAATAAGAGATTAAAAACAAAATCTACTTATAGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAA
CAATTATCTATCTCAAAACATTATAACCTTTCATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTACTCACAC
TAGCTTATTTGGAGTAAATATTGCTAAATTAATAAATTCTAAAT
Found at i:29186 original size:183 final size:182
Alignment explanation
Indices: 28876--29212 Score: 398
Period size: 183 Copynumber: 1.8 Consensus size: 182
28866 TAATAAGAGA
* *
28876 TTTAAAAAATAAATACACTTATAGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
1 TTTAAAAAATAAATACACTTATAGAACAAGTTTAAATAGTTAAGACGATTAGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
28941 TTCAAACCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTAGCTCATACATGCTTATTTG
66 TTAAAACAAATATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGCTCATAAAAGCTTA-TTG
*
29006 AAATAAAATGATACTAATTTATTAACATGTAGAACATCAAAACACAAGAAATT
130 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATGTAGAACATCAAAACACAAGAAATT
*
29059 TTTAAAAAATAAAT-CTATTTATCA-AACAAGTTTAAATAG-TAATGACGATTTA-AACAATTAT
1 TTTAAAAAATAAATAC-ACTTAT-AGAACAAGTTTAAATAGTTAA-GACGA-TTAGAACAATTAT
* * *
29120 CTATTTAAAATAAATATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTTGA-AAAAGCT
62 CTATTTAAAACAAATATAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAG-CTCATAAAAGCT
* * *
29183 TATTGAGATAAAATAATATTATTTTATTAA
125 TATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
29213 AATTTCAAAA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 19, Indels: 13
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
182 28 0.22
183 91 0.71
184 10 0.08
ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (182 bp):
TTTAAAAAATAAATACACTTATAGAACAAGTTTAAATAGTTAAGACGATTAGAACAATTATCTAT
TTAAAACAAATATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGCTCATAAAAGCTTATTGA
AATAAAATAATACTAATTTATTAACATGTAGAACATCAAAACACAAGAAATT
Found at i:29426 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 28241--30483 Score: 895
Period size: 181 Copynumber: 12.5 Consensus size: 179
28231 CCTTTTATGT
* * * * *
28241 CCTTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTGGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
1 CCTTTTCTTTTGTCATAAAAT-AATT-GTTTTTGATCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
* * *** * ** * ** **
28305 CTAATTTCTTAAAAGACCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAGG
64 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCAGTTTTCAAATT
* * * * * * *
28370 GGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAATAATTATTTATTTCGAATTGTTCTGA
128 GATTCAAATAATTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
** * * * ** * ** ** *
28422 TATTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTG-TTTCCATTA-ATACAATTTATGCAAAATAAAATAAATA
1 CCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATATA-AGCTTATTTAGAATAAAAT-AATA
* ** ** **
28485 CTAATTTATTAATATCT-AAAAATTAATAAGTTGGAGATTTTTAAAAAAGTAAATTTGTTCACAA
64 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAAAA-T-AATCAGTTTTCAA
*** ** * * * * *
28549 AACAAGTTCAAATGGTCATATCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATAGTTATGA
125 ATTGA-TTCAAATAATTATAGCTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
* * * * * * * *
28605 CAC-TTTGTTTTATCATCAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAAAC-TATTCAGAATAAAATAAT
1 C-CTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGA-TCATA-TAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
* *
28667 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGA-TTAAAAACAAAATCTA-TTTATCGA
63 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAATC-AGTTT-TCAA
*** * * * * * *
28726 ACCAATTCAAATAGTTATGAG-TATTTGAACAATTATCTATCTCAAAACATTATGA
125 ATTGATTCAAATAATTAT-AGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
* * * * * * * *
28781 TC-TTTCATTTGGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCACACT-AGCTTATTTGGAGT-AAATATT
1 CCTTTTC-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGA-TCATA-TAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
* * * * * * *
28842 GCTAAATTAATAA-A-TTC-TAAA-TATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATACACTTAT-AGA
63 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAT-CAGTTTTCA-A
** * * * * * * *
28901 A-CCAGTTTAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACCATTCTAA
125 ATTGA-TTCAAATAATTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
* * * * * *
28956 CCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTAGCTCATACATGCTTATTT-GAAATAAAATGATA
1 CCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT-GATCATATAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA
* * * * ** *
29019 CTAATTTATTAACATGT-AGAACATCAA-AACACAAGAAATTTTTAAAAAATAAATCTA-TTTAT
64 CTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAA-GTAAGAGA--TTTAAAAAAT-AATC-AGTTT-T
** * * * * * * * ***
29081 CAAA-CAAGTTTAAATAGTAAT-GACGATTTAAACAATTATCTATTTAAAATAAATATAA
122 CAAATTGA-TTCAAATAATTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
* * * ** * * * * *
29139 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTTGA-AAAAGCTTATTGAG-ATAAAATAATAT
1 CCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTG-ATCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
* * * * * * *
29202 TATTTTATTAAAATTTCAAAAATTGATGAGTTAGATATTTAAAAATTAAGTCAGTTTATCAAATT
65 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-TCAGTTT-TCAAATT
* *
29267 GATTCAAATAATTGTAGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
128 GATTCAAATAATTATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
* * * * * * *
29319 ACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATATAGGCCTATTTGGGATAAAATAATACT
1 CCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
* * * *
29384 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAGGAGATTTAAAAAATAA--A---TTC--ATTTAC
66 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATCAGTTTTCAAATTGAT
* * *
29442 T-AAATCAGTT-T--CTATTTGAATAATTATCTATTTC-AATTGCTATAA
131 TCAAAT-AATTATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
* * * * * * * * * *
29487 CCTGTTGTTATGTTATAAAATAA-TGTTTTAGTTTATATAAGCATATTCAAAATAAAATAATACT
1 CCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
* * * ** * * *
29551 AATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAAGT
66 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCAGTTTTC-AAATT
* * * * * * * *
29615 -AGTTCTAACAGTTA-GGACTATATGAACAATTATCTGTTTCAAATCGTTATGA
128 GA-TTCAAATAATTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
** * * * ** * * *
29667 CCTTTGGTTTTGTCATAGAACAATCGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAAAAC
1 CCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATATAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATAC
* * ** ** *
29731 TAA-TTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAGTGATTTAAAAGGTGAAT-TTTTTGTCGAATC
65 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCAGTTT-TCAAAT-
* * * * ** *
29794 T-ATTCAAATAATTATGGCCATGTCAATAATTATCTA-TTCAAATTATTATTA
127 TGATTCAAATAATTATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
** * * * *
29845 CCTTTTGC-TTCATCATATAA-CATT-TTATTTGA-AAGT-TCAATCTTATTTAGAATAAAATAA
1 CCTTTT-CTTTTGTCATAAAATAATTGTT-TTTGATCA-TAT-AAGCTTATTTAGAATAAAATAA
* * * * **
29905 TACTAATTTACTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA
62 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCAGTTTTCAAA
* * * * ** * * *
29970 TTTAGTTCAAATAGTT-TTGACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCATTATAA
126 TTGA-TTCAAATAATTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
* * * * * * *
30025 CATTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTT-ATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAACAC
1 CCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGA-TCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
* * * * * * * *** * ***
30089 TGATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAAAAATTTCTTTGTCGAACCA
65 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATCAGTTT-TCAAATTG
* * * ** * *
30154 ATTCAAATATTTAAAACTA-TAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
129 ATTCAAATAATTATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
* * * *
30204 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTTTTAATTCATACT-AGATTATTTAGAATAAAATA
1 CCTTTTCTTTTGTCATAAAATAA---TTGTTTTTGA-TCATA-TAAGCTTATTTAGAATAAAATA
* *
30268 A-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAATTATGTTTTAC
61 ATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATCA-GTTTT-C
** *
30331 ATAA-CCAGTTCAAATAATTAT-GACTAATTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAA
123 A-AATTGA-TTCAAATAATTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TAA
* * * * * *
30390 -CTTTTCTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAGTAATACT
1 CCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
*
30454 AATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
66 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
30484 GATTTAAAAA
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
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AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATCAGTTTTCAAATTGAT
TCAAATAATTATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
Found at i:29948 original size:358 final size:360
Alignment explanation
Indices: 29537--30483 Score: 938
Period size: 358 Copynumber: 2.6 Consensus size: 360
29527 GCATATTCAA
* * *
29537 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATTTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * *
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** * * *
29667 CCTTTGGTTTTGTCATAGAACAATCGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACT
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* * * *** * *
29732 AAT-TATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAGTGATTTAAAAGGTGAATTT-TTTGTCGAATCT
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*** ** * *
29795 ATTCAAATAATTATGGCCATGTCAATAATTATCTA-TTCAAATTATTATTACCTTTTGCTTCATC
257 ATTCAAATAATTAAAACCAT-AAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTCATC
* * *
29859 ATATAA-CA-TTTTATTTGAAAGTTCA-A-T-CTTATTTAG
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* *
29895 AATAAAATAATACTAATTTACTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
** * * ** * * *
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* * *
30025 CATTTTATTTTGTCATAAAATAATTAT-TTTTA-TTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAACA
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* * * * *
30088 CTGATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAAAAATTTCTTTGTCGAACC
191 CTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAAAAATTTCTTTGTCGAACC
* * * **
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256 AATTCAAATAATTAAAACCATAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTCATC
* **
30218 ATAAAATAAGTTTTTTTTTTAATTCATACTAGATTATTTAG
321 ATAAAATAAGTTTTATTTGAAATTCATACTA-ATTATTTAG
* *
30259 AATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAT-AAT
1 AATAAAATAATACT-AATTTAATAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * *
30321 TATGTTTTACAT-AACCAGTTCAAATAATTATGACTA-ATTGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
64 T-TG-TTTAC-TGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATA-TGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * *
30384 TATTAA-CTTTTCTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTT-TGTTCAGAATAAAG
125 TA-TAACCTTTTATTTTGTCATAAAA-AAATGTTTTAGTTCATACAAGTTAT-TTGA-AATAAAA
*
30447 TAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
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30484 GATTTAAAAA
Statistics
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
AATAAAATAATACTAATTTAATAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
GTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC
CTTTTATTTTGTCATAAAAAAATGTTTTAGTTCATACAAGTTATTTGAAATAAAATAAAACTAAT
ATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAAAAATTTCTTTGTCGAACCAATTC
AAATAATTAAAACCATAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTCATCATAAA
ATAAGTTTTATTTGAAATTCATACTAATTATTTAG
Found at i:30402 original size:364 final size:357
Alignment explanation
Indices: 27908--35348 Score: 1306
Period size: 361 Copynumber: 20.7 Consensus size: 357
27898 TTATTTCAGC
** * * * *
27908 TCATACAAGCGCATTCGGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAATT--T-TATAAG
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAG
* * * * * * *
27969 TAGATTTAGAAAATAA-TTCTATT-ACCAACCAGTTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTA
65 -AGATTTAAAAAAAAATTTCT-TTGTCGAACCA-ATTCAAAT-ATT-T-ACTA-TTAAATAATTA
* *
28032 TCTATTTCAAATCATTA-ATA-CTTTT-TTTGGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAA-T-ATA-A
123 TCTATTTCAAATCATTATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTTTTAATTCATATA
* * * * * *
28091 GTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTA
186 GATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * ** * * * * * * *
28155 AAAAGTGAATCTGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTAACTATTTGGATAATTATCTATTTCA
250 AAAAAT-AATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTCA
* * *
28220 AATCGTTA-TAACCTTTTATGTCCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGGTTTCTGT
314 AATCGTTATTAA-C--TT-T-T-C-----TTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTAT
* * * *** * *
28275 TCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTCTTAAAAGACCAAAAATTAATAAGTAAT
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAG
* * ** **** * *
28340 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACCTAGGGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATT
65 AGATTTAAAAAA-AAATTTCTTTGTCGAACCAATTCAAATA-TT-T-ACTA-TTAAATAATTATC
* ** * * ** * * *** *
28404 TATTTCGAATTGTTCTGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTCCATTAATACA-AT---T
125 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTTTTAATTCATATAGAT
** * * * **
28465 TATGCAAAATAAAATAAATACTAATTTATTAATATCT-AAAAATTAATAAGTTGGAGATTTTTAA
189 TATTTAGAATAAAAT-AATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA--TTTAA
* ** * * * * * *
28529 AAAAGTAAATTTGTTCACAAAACAAGTTCAAATGGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTC
251 AAAA-T-AATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTAATTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
28593 AAATAGTTATGACAC-TTTGTTTTATCATCAAACAATTGTTTCTAT
313 AAATCGTTATTA-ACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* **
28638 TCATACAAAAC-TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAA
1 TCATAC-AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAA
* * * * * *
28698 GAGA-TTAAAAACAAAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGAGTATTTGAACAATTAT
64 GAGATTTAAAAA-AAAATTTCTTTGTCGAACCAATTCAAATA-TT-T-ACTA-TTAAATAATTAT
* * * * ** * * * * * *
28762 CTATCTCAAAACATTATGATCTTTCATTTGGTCATAAAACAA--TTGTTTCT-ATTCACACTAGC
124 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTTTAATTCATA-TAGA
* * * * * * *
28824 TTATTTGGAGT-AAATATTGCTAAATTAATAA-A-TTC-TAAA-TATTAA-TAAGAGATTTAAAA
188 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
**** * * *
28883 AATAAATACACTTA-TAGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACT-ATTAGAACAATTATCTATTTCAA
253 AAT-AATTTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAATT-GAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * *
28946 ACCATT-CTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTAGC
315 ATCGTTATTAA-CTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-T
* * * * * * * *
28989 TCATACATGCTTATTTGAAATAAAATGATACTAATTTATTAACATGT-AGAACATCAA-AACACA
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCA-AAAATTAATAA-ATA
* * * * * * * * *
29052 AGAAATTTTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTTAAATAGTAATGACGATTTAAACAA
63 AGAGA--TTTAAAAAA-AAATTTCTTTGTCGAACCAA-TTCAAATA-T--TTACTA-TTAAATAA
* * * * * * *** * * *
29116 TTATCTATTTAAAATAAATATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGT--TTGAAAA
120 TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTTTAATTCATAT
* * * * * * * * * *
29179 AGCTTATTGAG-ATAAAATAATATTATTTTATTAAAATTTCAAAAATTGATGAGTTAGATATTTA
185 AGATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* ** * * * * * * * *
29243 AAAATTAAGTCAGTTTA-TCAAATTGATTCAAATAATTGT-AGCCATTTGAATAATTATCTATTT
250 AAAAATAA-TTTGTTTACTGAACTAG-TTCAAATAGTTATGA-CTAATTGAACAATTATCTATTT
*
29306 CAAATCGTTATAAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-
312 CAAATCGTTATTAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-AT
* * * * *
29352 TCATATAGGCCTATTTGGGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAGG
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAG
* * * * *
29417 AGATTTAAAAAATAAA-TTCATT-T---ACTAAATC--A-GTTT-CTATTTGAATAATTATCTAT
65 AGATTTAAAAAA-AAATTTCTTTGTCGAACCAATTCAAATATTTACTA-TTAAATAATTATCTAT
* * * * **
29473 TTCAATTGC--TATAACCTGTTGTTATGTTATAAAATAATGTTTTAGTTT-A-T-ATA-AGCA-T
128 TTCAAAT-CATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT-TTTTTTTTTAATTCATATAG-ATT
* * * *
29531 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAA
190 ATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
29595 ATAAATTTGTTTGCTGAAGTAGTTCTAACAGTTAGGACT-ATATGAACAATTATCTGTTTCAAAT
254 AT-AATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAAT-TGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * ** * * *
29659 CGTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAGAACAATCG-TTTCAGT
317 CGTTATTAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-T
* * * * *
29700 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAGT
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGA
*** * * * * *
29765 GATTTAAAAGGTGAATTT-TTTGTCGAATCTATTCAAATAATTATGGCCATGTCAATAATTATCT
66 GATTTAAAA-AAAAATTTCTTTGTCGAACCAATTCAAAT-ATT-T-ACTAT-TAAATAATTATCT
* * * ** * * * ** *
29829 A-TTCAAATTATTATTACCTTTTGCTTCATCATATAA-CATTTTATTTGAAAGTTCA-AT--CTT
126 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTTTAA-TTCATATAGATT
* *
29889 ATTTAGAATAAAATAATACTAATTTACTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
190 ATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* ** * * ** * * *
29954 TAAATCTGTTTACTGATTTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATAAACTTGAAATCA
255 T-AATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * *
30019 TTA-TAACATTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTTAT
319 TTATTAAC-TTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * * * * *
30058 TCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAACACTGATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAG
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAAT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAG
* *
30123 AGAATTAAAAAAAAATTTCTTTGTCGAACCAATTCAAATATTTAAAACTATAAAATAATTATCTA
65 AGATTTAAAAAAAAATTTCTTTGTCGAACCAATTCAAATATTT---ACTATTAAATAATTATCTA
*
30188 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTTTTAATTCATACTAGATT
127 TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTTTTTTTTTAATTCATA-TAGATT
* *
30253 ATTTAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAA
190 ATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * *
30316 ATAATTATGTTTTACAT-AACCAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAATAATTATCTATTTCAAA
254 ATAATT-TG-TTTAC-TGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * *
30380 TCGTTATTAACTTTTCTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGT
316 TCGTTATTAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * * ** *
30422 TCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAG
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAAT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAG
* * * * * * * * * ** *
30483 TGATTTAAAAATTAAATCTATTTATCAAACTAATTGAAATAGTTTTACCTATTTGAGCAATTATT
65 AGATTTAAAAA-AAAATTTCTTTGTCGAACCAATTCAAATA--TTTA-CTA-TTAAATAATTATC
* * ** ** * *
30548 TATTTC-AA-CA-TACAAGC--TT-TTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-T-ATTTCAA
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* * * * * *
30605 GAATTAATAAGACATTTAAAA-AATAAATCTATTTGCTAA-ACTAGTTCAAATAGTT-AT--G--
186 G-ATTATTTAGA-A--TAAAATAAT--A-CTAATT--TAATAATATTTCAAA-AATTAATAAGTA
** * * * * * * * ** * ** * *
30663 A-CTATTTGAACAATTATCTATTT-C--AAATTGTT-ATAACTCTTTTTTTCT-ATTATAAAAAT
241 AGAGATTTAAAAAATAATTTGTTTACTGAACTAGTTCA-AA-TAGTTATGACTAATT-GAACAAT
* ** * * * * * * ** * *
30722 T-TGT-TGTT--GTTCATGA-AAACTTATTC---AG-AATAAAATAATCCTAATTTAA
303 TATCTAT-TTCAAATCGTTATTAACTT-TTCTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTTAT
* * ** *** * * * * * *
30771 TAATATTCTAG-AAATTAATAACTAAGATTTATGACCT-TTTGTT-TTATCAT-AAAATATTTGA
1 TCATA--CAAGCTTATTTGGAA-TAA-AATAAT-A-CTAATTATTAATAT-TTCAAAA-A-TT--
** * ** * * *
30832 AATAGAATAA-A-A-TTAATTTATTAATATTTCTAAAATT-TATAA-GAGATTTATAAAATAATT
55 AATA-AATAAGAGATTTAA---AAAAAAATTTCT----TTGTCGAACCA-A--T-TCAAATATTT
* * * * * * ** *
30892 -CTATT---TACTGAACTAGTTCAAATGAGTATAA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
108 ACTATTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT-TTTG---TTTTGTC-A--T-AAA---
* * * *
30952 TTATTACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAATT-TGTTTGAAATAAA
162 --A-TA--ATTTT-TTTT-T--T-----AA---------TTCATATAGATTAT-TTAG-AATAAA
** * * ** * ** *
31016 ATTGTACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTT-AAGCA-AATCTACTTG
202 ATAATACTAATTTAATAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTGTTTA
** * * * * *
31078 CCAAACTATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTA-TTCAAATCATTA-TAACCTTT
266 CTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAA-CTTT
* * ** *
31141 TATTTTGTTAGCAAACAATTAG-TTCTAT
330 TCTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTAT
* ** * * * * **
31169 TCATACTATTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAAATAACCAA
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAATAA
* * * ** * * * * * * * **
31234 GAAAATTAAAAAATAAATCTAATCGCCCAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACGATTAT
64 GAGATTTAAAAAA-AAATTTCTTTGTCGAACCAATTCAAATA-TT--TACTAT-TAAATAATTAT
* * * * * * *
31299 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-CTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTGTTT-A-T-ACA-AGC
124 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTTTTAATTCATATAGA
* * * *
31359 TTATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTAAAAAAAATTT-AAAAATTATTAAGTACA-AGATTT-
188 TTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTT-AATAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTA
* * * * * *
31420 AAAAATAAACTTGTTTA-TCGAATTAGTTCAAATGGTTAAGACT-ATTAAAATAATTATCTATTT
250 AAAAAT-AATTTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAATT-GAACAATTATCTATTT
* * * ** *
31483 CAAATCGTT-TGACCTTTTATTGAGTC--AAAACAATTG-TTTCAGT
312 CAAATCGTTATTAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-T
* * * * **
31526 TTATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAAGA-AA
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-ATAA
* * * * * * * *
31590 GTGA-TTAAAAAATAAATCTATTTG-CTGAA-TAAGTTCAAATAATTATTATTATTTTAAGAATC
64 GAGATTTAAAAAA-AAATTTCTTTGTC-GAACCAA-TTCAAAT-A-T-TTACTA-TTAAATAATT
* * * * * * * *
31652 ATCTATTTAAAATCATTATAA-CTTTTGATTAGTCATAAAACAA---TTGTTTCAATTAATACAA
122 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTTTAATTCATA-TA
* *** * ** * *
31713 GCTTAGAAAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGCAAGAAATTTAA
186 GATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
*** * * * * * * * **
31778 AAAATAAACCAGTTTACCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTCAA
251 AAAAT-AATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * *
31843 ATTATTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTAT
315 ATCGTTATTAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTTAT
* *** * *
31887 T-ATACAAGGTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAC
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAG
* * * * * * * * * *
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65 AGATTTAAA-AAAAAATTTCTTTGTCGAACCAATTCAAATA-TT-T-ACTA-TTAAATAATTATC
* * * * * ** * * *
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125 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTTTAATTCAT-ATAGAT
** * *
32077 TATTT-GGTTAAAAATAATACTAATATAATAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
189 TATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * ** * *
32141 AATAAATGTGTTTGCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACT-ATTAGAATAATTATTTATTTCAAA
253 AAT-AATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAATT-GAACAATTATCTATTTCAAA
** * * ** *
32205 TTATT-TTGACCTTTTCTTTAGTCATAAAGTATTTG-TTTTAT
316 TCGTTATT-AACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * * * **
32246 ATCTTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTAAATTTATTGACA-TTCAGAAAATTACTAAGC
1 -TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AA-TTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAAT
* * ** * * *
32309 AAAAG-TTTGAAAAAATAAATCTGC-TTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTAGACA
62 AAGAGATTT-AAAAAA-AAAT-TTCTTTGTCGAACCAA-TTCAAATA-TT-T-ACTA-TTAAATA
* * ** * * * * * **
32371 ATTATTTATTTAAAATTGTTATGA-CATTTGTTTTGACATAAAACAA---TTATTCCAATTCATT
119 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTTTAATTCA-T
* * ** **
32432 AAAGGTTATCCA-AATTAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAGAG-T
183 ATAGATTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * *
32494 TTAAAAAATAAATTTGGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACT-ATTGAACAATTATCTAT
247 TTAAAAAAT-AATTT-GTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCTAT
* * * * *
32558 TTAAAATTGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGT
310 TTCAAATCGTTATTAAC-TTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-T
* * * * *
32607 TCATATATA-CTTACTTGAAATAAAGTAATACTAATTTTATTAATATTCCAAAAA-T--T-AATA
1 TCATACA-AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA--TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATA
* * * ** * * * * * *
32667 AGTGATTGTAAAAAAATGAATCTATTT-TAAAATC-ATTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAAT
63 AGAGATT-TAAAAAAA--AATTTCTTTGTCGAACCAATTCAAAT-ATT-T-ACTA-TTAAATAAT
* ** * * * *
32730 TATCCATTTC-AATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTTTTTT-A-TCATAC
121 TATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTTTTAATTCATA-
* * ** * *
32792 AAGCTTATTCCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTC-AAAATT--TAA-TAAGAGATTT
184 TAGATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * * * * *
32853 AAAAAATAAATATGTTTACCG-ACAAATTCAAATAGTTTATGATTATTTGAATAATTGTATACTT
249 AAAAAAT-AATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAG-TTATGACTAATTGAACAATTATCTATTT
* * * *
32917 CAAATCGTTA-TAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTATAT
312 CAAATCGTTATTAA-CTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
** * *
32963 TCATACAAGCTTA--TACAAT-AAATAATACTAATTTAATAATA-TTCCAAAATT--T---T---
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAG
** * ** ** * * * * * *
33016 ---TTT---ACCAAA--CCCAT-T--AAATAGTT--AAGA-CTA-TA-TGAACAATTATTTATTT
65 AGATTTAAAAAAAAATTTCTTTGTCGAACCAATTCAAATATTTACTATTAAATAATTATCTATTT
** * * * ** * * *
33065 CAAATTGTTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAA--TAATTTTCAATTCATAGTAGCTTATTA
130 CAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTTTAATTCATA-TAGATTATTT
* * * * *
33128 AGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAA
194 AGAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* *
33192 TTCTATTTACCT-AA-TCAGTTCAAATAATTATGAACT-ATGTGAACAATTATTCTATTTTCAAA
258 TT-TGTTTA-CTGAACT-AGTTCAAATAGTTATG-ACTAAT-TGAACAATTA-TCTA-TTTCAAA
* * * ** * *
33254 TTGTTATAAACTTTTGTTTTTGTCATAAAACAAAGGTTTATGT
316 TCGTTATTAACTTTT-CTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * * *** * *
33297 TCA-ATAAGTTTGTTCAAAACAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCATAAA-T--T-AATAAG
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAAT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAG
* * * * * ****
33357 AGATTTCAAAAATAAATCTATTTATCAAAGTTGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTAT-
65 AGATTT-AAAAAAAAATTTCTTTGTCGAACCAATTCAAATA-TT-T-ACTAT-TAAATAATTATC
* ** * ** * *
33421 TAATTTCAAATCATTATGGATTTTTTGTTTTG-C-TATAAACAA-TAGTTTTCT-ATTCATACAA
125 T-ATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATA-AAATAATTTTTTTTTTAATTCATA-TA
* * * * * * * *
33482 GCTTATTCAG-ATTAAATAATATTAATTTATTAAAATTT-TAAAATTAATAAGTAA-AAATCTTA
186 GATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT-TTA
* * ** * * * * *
33544 AAAAATAAATATGTTTACCGAACTACATCAAATTGGTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-T
250 AAAAAT-AATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * *
33608 AA-CATTATGACCTTTTGTTTTGTC---AAA-AATT-ATTTCAGT
314 AATCGTTATTAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-T
* * * * *
33647 TCATATGAA-CTTA-TTGAAATAAGAATAATACTATGTTATT-ATATTAT-GAAAATTAATAATT
1 TCATA-CAAGCTTATTTGGAATAA-AATAATACTA-ATTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAAT
** * * * ** * *
33708 AACGAGATTTCAAAAATGAATATGTTTATCGAA-CAAGTTTTAATAATTATGACTATTTAACAAT
62 AA-GAGATTT-AAAAAAAAATTTCTTTGTCGAACCAA-TTCAAAT-ATT-T-ACTATTAAATAAT
* ** * * * * * * * *
33772 TATTTATTTGGAATCACTATAA-CTGTTTGTTTTGT-TTATAATGACTTTTTTGTTCA-T-ACA-
121 TATCTATTTCAAATCATTATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTTTAATTCATAT
* * * *
33832 AGCTTATTTTA-AATAAAA-AATA-TAAATTATTAATATTT-AAATAATTAATAAGTAAAAGATT
185 AGATTA-TTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATT
* * * ** * *
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248 TAAAAAAT--AATTTGTTTACT-GAACTAGTTCAAAT-AGTTATGACTAATTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
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309 TTTCAAATCGTTATTA-ACTTTT-CTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * * *
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1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAATA-
* * * * * * * *
34069 A-AGATTTAAAAATAAATATGTTTATCGAA-AAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTA
63 AGAGATTTAAAAAAAAATTTCTTTGTCGAACCAA-TTCAAATA-T--TTACTA-TTAAATAATTA
* * * * * * * *
34132 TCGATTTC-AA-CATTTGTGACTTTTTG-TTTGTAATAAAATAA---TTGTTTCAATTCATATAA
123 TCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTTTAATTCATATAG
* * *
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187 A-TTA-TTTAGAATAAAAT-AATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAGAG-AT
* * * * * *
34253 TAAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATCTAAACAATTATCTAT
247 TTAAAAAAT-AATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAAT-TGAACAATTATCTAT
* * * * ** * *
34317 TTCAAAAT-ATTA-TGACATTTTGTCTTGTTGTAAAACAATTGGTTTTGT
310 TTC-AAATCGTTATTAAC-TTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * * * *
34365 TCATCGCAAGCTTATTT-CAATAAAATAAT-TTAAATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATT
1 TCAT-ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AA--TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAT
* *** * * * * *
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62 AAGAGATTTAAAAAA-AAATTTCTTTGTCGAACCAAT-T-CAAAT-ATT-T-ACTA-TTAAATAA
* * * *
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120 TT-ATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTTTT-TTTTTAATTC
* * * * * * *
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181 ATATAGATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * * * * *
34613 CTTTTAAAAATAAATTTGTTTACCG-AGTGAGTTTAAATTGTTATGTCTATTTAAATAATTATTT
246 -TTTAAAAAAT-AATTTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCT
* *** * * *
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* ** * * * * *
34726 TCATACAAGTTTATTCAGAATATAATAATACTAATTTATTAATGTTTTAAAAATTAATAAGT-TG
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAG
* * * * *
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* ** * ** * ** * *
34851 TTATCTATTTGAAATTGTTATGATATTTTATTTTGTTGTAAAACAA--TTATTTTT-ATTCATAC
120 TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTTTAATTCATA-
* * * * * * * * *
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184 TAGATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * * * *
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249 AAAAAAT-AATTTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * * * * *
35038 AAAATTGGTATGATC-TTTGTTTTATCCTAAAACATTTATTTCTAT
312 CAAATCGTTATTAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
* * * *** * *
35083 TCATAGATGCTTGTTCAAAATAAAATACTACTAAATTAATAATA-TTCTAAAAA-T--T-AATAA
1 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAATAA
* * * * *
35143 G-GATTTAAAAAAAAGATGTGTTTGCCGAA-CAGTTCAAATAGTTTAAGACTATTAGAACAATTA
64 GAGATTTAAAAAAAA-ATTTCTTTGTCGAACCAATTCAAATA-TTT---ACTATTA-AATAATTA
* * * * * * * *
35206 TCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAA---TTATTTCAGTTCATTATGG
123 TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTTTAATTCA-TATAG
* * * * * * * *
35268 CTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAA-ACATTCAAAAATTAATAAAGTAAGAAATTAA
187 ATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTA
*
35332 AAAAATAAATGTGTTTA
250 AAAAAT-AATTTGTTTA
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GTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAA
CTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT
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* * * * *
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* *
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*
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66 TGCTAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
30689 ATTGTTATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TGCTAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAACATACAAGCTTTTT
TGA
Found at i:31340 original size:181 final size:177
Alignment explanation
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30821 AAAATATTTG
* * * * * * * * *
30831 AAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCTAAAATTTATAAG--AG--ATTTATAAAATAATT
1 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAAATTAAAAAATAAAT
* * * * *
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* * * * ** * **
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** * * * * * **
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* * * *
31070 TCTACTTGCCAAACTATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTA-TTCAAATCATTAT
65 TCTATTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * ** * ** *
31134 AACCTTTTATTTTGTTAGCAAACAATTAGTTCTATTCATACTATTTTATTCG
130 GACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATT-GTTCTATT-ATACAAGCTTATTCA
* *
31186 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT-AATAAGCAAGAAAATTAAAAAATAAA
* * * * * **
31251 TCTAATCGCCCAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACGATTATCTATTTCAAATCATTAT
65 TCTATTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * *
31316 GACCTTTTCTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTGTTTATACAAGCTTATTCA
130 GACCTTTT-TTTGTCATAAAACAATTGTTCT-ATTATACAAGCTTATTCA
* * * * * * * *
31366 AATTAAAATAATACTAATTTAAAAAAAATTT-AAAAATTATTAAG-TACAAGATTTAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTT-AATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAAATTAAAAAATAAA
* ** * * * ** *
31429 -CTTGTTTATCGAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-
65 TC-TATTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* *
31492 TGACCTTTTATTG--AGTCAAAACAATTGTT-TCAGTTTATACAAGCTTATTTA
129 TGACCTTTTTTTGTCA-T-AAAACAATTGTTCT-A--TTATACAAGCTTATTCA
* * * * ** * **
31543 GAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAAGAAAG-TGATTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAAATTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
31607 CTATTTGCTGAA-TAAGTTCAAATAATTATTATTATTTTAAGAATCATCTATTTAAAATCATTAT
66 CTATTTGCCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * **
31671 -AACTTTTGATTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTA-GAA
130 GACCTTTT--TTTGTCATAAAACAATTG-TTCTATT-ATACAAGCTTATTCA
* ** *
31721 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAAATTAAAAAATAAA
* * * * * * * * *
31786 -CCAGTTTACCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATTATTA
65 TCTA-TTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* *
31850 TGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATTATACAAGGTTATTCA
129 TGACCTTTT-T-TTGTCATAAAACAATTG--TTCTATTATACAAGCTTATTCA
* * * * * * *
31903 AAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAACAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAAATTAAAAAATAAAT
** * * * * * * * **
31968 CTATTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTGTCAATCTCAAATCATTAAA
66 CTATTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
32033 ACCTTTATTTTGTCATAAAATAGTTGGTTCTAATTATAAAAGTTTATT-T
131 ACCTTT-TTTTGTCATAAAACAATT-GTTCT-ATTATACAAGCTTATTCA
*** * * * * *
32082 GGTTAAAAATAATACTAATATAATAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAAATTAAAAAATAAA
* * * ** * * * *
32147 TGTGTTTGCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATTATTTT
65 TCTATTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
** * * * **
32212 GACCTTTTCTTTAGTCATAAAGTATTTGTTTTATATCTTACAAGCTTATTTG
130 GACCTTTT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTCTAT-T-ATACAAGCTTATTCA
* * * * * **
32264 GAATAAAATAAT-CTAAATTTATTGACA-TTCAGAAAATTACTAAGCAA-AAGTTTGAAAAAATA
1 AAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCA-AAAATTAATAAGCAAGAAAATT-AAAAAATA
** * * * * * **
32326 AATCTGCTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTACTT-AGACAATTATTTATTTAAAATTG
63 AATCTATTTGCCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
32389 TTATGACATTTGTTTTGACATAAAACAATTATTCCAATTCATTA-AAGGTTATCCA
126 TTATGACCTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTT-CTATT-A-TACAAGCTTATTCA
* ** * **
32444 AATTAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAG-AGTTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAAATTAAAAAATAAAT
* * * * * * * **
32507 TTGGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAT
66 CT-ATTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * *
32571 GACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATATA-CTTACTT-G
130 GACC--TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTCTA-TT-ATACA-AGCTTA-TTCA
* * * * *** * *
32624 AAATAAAGTAATACTAATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG--TGATTGTAAAAAAATGAA
1 AAATAAAATAATACTAA-TTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAAATTAAAAAATAAA
** * * * * * * * * **
32687 TCTATTT--TAAAATCA-TTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCCATTTC-AATTGTTA
65 TCTATTTGCCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * *
32748 TTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCC
129 TGACCTTTT-TTT-GTCATAAAAC-A--A-TTGTTCTATTATACAAGCTTATTCA
* * * * *
32803 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAATTTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAAATTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * *
32864 ATGTTTACCG-ACAAATTCAAATAGTTTATGATTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATCGTTAT
66 CTATTTGCCGAACTAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * *
32928 AACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTA-T-A
130 GACCTTTT-TT-TGTCATAAAACAATT-GTTCTATT-ATACAAGCTTATTCA
* *
32978 CAAT-AAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAA
33012 TTTTTTTACC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAAATTAAAAAATAAAT
CTATTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
ACCTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTCTATTATACAAGCTTATTCA
Found at i:31740 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 31187--33011 Score: 763
Period size: 180 Copynumber: 10.2 Consensus size: 180
31177 TTTTATTCGA
* * ** * *
31187 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * * * * * *
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* * * * *** *
31316 GACCTTTTCT-TTGTCGTAAAACAATTGTTTTGTTTATACAAGCTTATTCAA-
129 GAACTTTTGTCTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTATACAAGCTTA-TAAAG
* ** * * *
31367 ATTAAAATAATACTAATTTAAAAAAAATTT-AAAAATTATTAAGTACA-AGATTT-AAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * ** * * ** * * * *
31429 -CTTGTTTATCGAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-
64 TC-TATTTACCGAATAAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAATGATCATCTATTTAAAATCATTA
* * * **
31492 TGACCTTTTAT-TGAGTC--AAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTAG
128 TGAACTTTTGTCT-AGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTATACAAGCTTATAAAG
* * ** *
31544 AATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAAGAAAGTGA-TTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * ** *
31608 TATTTGCTGAATAAGTTCAAATAATTATTATTATTTTAA-GAATCATCTATTTAAAATCATTAT-
66 TATTTACCGAATAAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAATG-ATCATCTATTTAAAATCATTATG
*
31671 AACTTTTGAT-TAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAGAAAG
130 AACTTTTG-TCTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATT-ATACAAGCTTATAAAG
** * *
31723 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAA-C
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
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66 TA-TTTACCGAATAAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAATGATCATCTATTTAAAATCATTATG
* * ** * *
31852 ACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATTATACAAGGTTATTCAA-
130 AACTTTTGTCTAGTCATAAAACAATTG-TTTCAATTATACAAGCTTA-TAAAG
* * * *
31904 AATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAACAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * ** ** * * * *
31969 TATTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTGTCAATCTCAAATCATTA-AA
66 TATTTACCGAATAAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAATGATCATCTATTTAAAATCATTATGA
* * * * * * * * * **
32033 ACCTTTATTTTGTCATAAAATAGTTGGTTCTAATTATAAAAGTTTAT-TTG
131 ACTTTTGTCTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AATTATACAAGCTTATAAAG
** * * * *
32083 GTTAAAAATAATACTAATATAATAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * ** * * * * * * * *
32148 GTGTTTGCTGAACT-AGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATTATTTT
65 CTATTTACCGAA-TAAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAATGATCATCTATTTAAAATCATTAT
* * * ** * * ***
32212 GACCTTTTCTTTAGTCATAAAGTATTTGTTTTATATCT-TACAAGCTTATTTGG
129 GAACTTTTGTCTAGTCATAAAACAATTGTTTCA-AT-TATACAAGCTTATAAAG
* * *
32265 AATAAAATAAT-CTAAATTTATTGACA-TTCAGAAAATTACTAAGCAAA-AG-TTTGAAAAAATA
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG-AAAGAGATTT-AAAAAATA
** * * * * * * **
32326 AATCTGCTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTAGACA--ATTATTTATTTAAAATTG
62 AATCTATTTACCGAATAAGTTAAAATAATTATGACCA-TTTGA-ATGATCATCTATTTAAAATCA
* * * * * * * *
32389 TTATG-ACATTTGTTTTGACATAAAACAATTATTCCAATTCATTA-AAGGTTATCCAA-
125 TTATGAACTTTTGTCTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATT-A-TACAAGCTTAT-AAAG
* * * *
32445 ATTAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * ** * **
32508 TGGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATG
66 T-ATTTACCGAATAAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAATGATCATCTATTTAAAATCATTATG
* * * * * * * **
32572 ACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATATA-CTTACTTGA-
130 AAC-TTTTGTCTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATT-ATACA-AGCTTA-TAAAG
* * * *
32625 AATAAAGTAATACTAATTTTATTAATATTCCAAAAATTAAT----AAGTGATTGTAAAAAAATGA
1 AATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATT-T-AAAAAATAA
* * * * * ** * * * **
32686 ATCTATTTTA--AAATCA-TTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCCATTT-CAATTGTT
63 ATCTA-TTTACCGAATAAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAATGATCATCTATTTAAAATCATT
* * * * * * ** * ***
32747 ATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCCG
127 ATGAACTTTTGTCTAGTCATAAAAC-A--ATTGTTTCAATTATACAAGCTTATAAAG
* * *
32804 AATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTC-AAAATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * ** * ** * * * *
32865 TGTTTACCGACA-AA-TTCAAATAGTTTATGATTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATCGTTAT
66 TATTTACCGA-ATAAGTTAAAATA-ATTATGACCATTTGAATGATCATCTATTTAAAATCATTAT
* *
32928 -AACCTTTTGTTCT-GTCATAAAACAATTATTT-ATATTCATACAAGCTTAT--AC
129 GAA-CTTTTG-TCTAGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATT-ATACAAGCTTATAAAG
* *
32979 AAT-AAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
33012 TTTTTTTACC
Statistics
Matches: 1287, Mismatches: 278, Indels: 165
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 23 0.02
175 11 0.01
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177 167 0.13
178 176 0.14
179 196 0.15
180 334 0.26
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183 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATC
TATTTACCGAATAAGTTAAAATAATTATGACCATTTGAATGATCATCTATTTAAAATCATTATGA
ACTTTTGTCTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTATACAAGCTTATAAAG
Found at i:33431 original size:510 final size:505
Alignment explanation
Indices: 32527--33510 Score: 1072
Period size: 510 Copynumber: 1.9 Consensus size: 505
32517 GAACAAATTC
* *
32527 AAATAGTTATGACTATTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAA
1 AAATAGTTAAGACTATTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTTATCTTGTCATAA
** * * * * *
32592 AACAATTGTTTTAGTTCATATATACTTACTTGAAATAAAGTAATACTAATTTTATTAATATTCCA
66 AACAATAATTTTAATTCATATATACTTACTTAAAATAAAATAATAATAATTTTATTAATATTCAA
* ** * * *
32657 AAAATTAATAAGTGATTGTAAAAAAATGAATCTATTTTAAAATCATTTAAATAATTATGGCCATT
131 AAAATTAATAAGTAAAAGTAAAAAAATGAATCTATTTTAAAATCATTCAAATAATTATGACCATG
* * * * * *
32722 TCAACAATTATCCATTTCAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTTTTTTAT
196 TCAACAATTATCCATTTCAATTGTTATAAACTTTTGTTTGGTCATAAAACAA-TAGTTTATGTAT
** * * *
32787 CATACAAGCTTATTCCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAATTTAATAAGAGATT
260 CATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAGATT
* * * *
32852 TAAAAAATAAATATGTTTACCGACAAATTCAAATAGTTTATGATTATTTGAATAATTGTATACTT
325 TAAAAAATAAATATATTTACCGACAAATTCAAATAGTTTATGACTATCTAAATAATTGTATACTT
*
32917 CAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTCTG-TCATAAAACAATTA-TTTATATTCATACAAGCTTATAC
390 CAAATCATTATGAACCTTTTGTTCTGCT-AT-AAACAA-TAGTTTATATTCATACAAGCTTATAC
32979 A-A-TAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAATTTTTTTACCAAACCCATT
452 AGATTAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAATTTTTTTACCAAACCCATT
* * *
33031 AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTTGTCTTGTCATA
1 AAATAGTTAAGACTAT-TGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTTATCTTGTCATA
*
33095 AAACAATAATTTTCAATTCATAGTA-GCTTA-TTAAGAATAAAATAA-AATGAA-TTTATTAATA
65 AAACAATAATTTT-AATTCATA-TATACTTACTTAA-AATAAAATAATAAT-AATTTTATTAATA
* *
33156 TTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAAT-AATTCTA-TTTACCTAATCAGTTCAAATAA
126 TTCAAAAAATTAATAAGTAAAAG--TAAAAAAATGAA-TCTATTTTA--AAATCA-TTCAAATAA
* * * *
33219 TTATGAACTATGTGAACAATTATTCTATTTTCAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTTGTCATAAAA
185 TTATG-ACCATGTCAACAATTA-TCCA-TTTC-AATTGTTATAAACTTTTG-TTTGGTCATAAAA
* * *
33284 CAA-AGGTTTATGT-TCA-ATAAGTTTGTTCAAAACAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAT
245 CAATA-GTTTATGTATCATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCA-
* * * *
33346 AAA-TTAATAAGAGATTTCAAAAATAAATCTATTTATC-A-AAGTTGTTCAAATAG-TTATGACT
308 AAATTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCGACAA---ATTCAAATAGTTTATGACT
* * * ** * *
33407 ATCTAAATAATTAT-TAATTTCAAATCATTATGGATTTTTTGTTTTGCTATAAACAATAGTTTTC
370 ATCTAAATAATTGTAT-ACTTCAAATCATTATGAACCTTTTGTTCTGCTATAAACAATAG-TTTA
* *
33471 TATTCATACAAGCTTATTCAGATTAAATAATATTAATTTA
433 TATTCATACAAGCTTATACAGATTAAATAATACTAATTTA
33511 TTAAAATTTT
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 57, Indels: 47
0.79 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
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510 107 0.27
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512 23 0.06
513 30 0.08
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (505 bp):
AAATAGTTAAGACTATTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTTATCTTGTCATAA
AACAATAATTTTAATTCATATATACTTACTTAAAATAAAATAATAATAATTTTATTAATATTCAA
AAAATTAATAAGTAAAAGTAAAAAAATGAATCTATTTTAAAATCATTCAAATAATTATGACCATG
TCAACAATTATCCATTTCAATTGTTATAAACTTTTGTTTGGTCATAAAACAATAGTTTATGTATC
ATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAGATTT
AAAAAATAAATATATTTACCGACAAATTCAAATAGTTTATGACTATCTAAATAATTGTATACTTC
AAATCATTATGAACCTTTTGTTCTGCTATAAACAATAGTTTATATTCATACAAGCTTATACAGAT
TAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAATTTTTTTACCAAACCCATT
Found at i:33550 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 33031--35363 Score: 1214
Period size: 180 Copynumber: 13.0 Consensus size: 178
33021 CAAACCCATT
* * ** *
33031 AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTCTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-A
* * ** * *
33096 AACAATAATTTTCAATTCATAGTAGCTTATTAAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTA
65 AACAATAGTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-
* * * *
33160 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAATTCTATTTACCTAA-TCAGTTC
127 AAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAGT-AGTTC
* * ** * *
33213 AAATAATTATGAACTATGTGAACAATTATTCTATTTTCAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTTGTC
1 AAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATT-TA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTC
* * * * * * * * *
33278 ATAAAACAA-AGGTTTATGTTCA-ATAAGTTTGTTCAAAACAAAATAATACTAATCTATTAATAT
62 AT-AAACAATAGTTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AGATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
33341 TTCATAAATTAATAAG---AGATTTCAAAAATAAATCTATTTATCAAAGTTGTTC
125 TT-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAGTAGTTC
* * * * **
33393 AAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATTAATTTCAAATCATTATGGATTTTTTGTTTTG-CTAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT-GACCTTTTGTTTTGTC-AT
* * * *
33457 AAACAATAGTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGATTAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTA
64 AAACAATAGTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA
* * * * * **
33522 AAATTAATAAGTAAAAATCTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTACATC
129 AAATTAATAAGTAAAAAT-TTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAGTAGTTC
* * * * *
33573 AAATTGGTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-TAA-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-AA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
33635 A-ATTA--TTTC-AGTTCATATGAA-CTTATTGAAATAAGAATAATACT-ATGTTATT-ATATTA
66 ACAATAGTTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTCAGATAA-AATAATACTAAT-TTATTAATATT-
* * * * * * * * ** *
33693 TGAAAATTAATAATTAACGAGATTTCAAAAATGAATATGTTTATCGAACAAGTTT
126 TAAAAATTAATAAGTAA--AAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAGTAGTTC
* * ** * *
33748 TAATAATTATGACTATTT-AACAATTATTTATTTGGAATCACTAT-AACTGTTTGTTTTGT--T-
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * *
33808 TATAATGACTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAA-AATA-TAAATTATTAATATTTA
65 AACAAT-AGTTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
33871 AATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTATCGACAAGT--TT-
128 AA-AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAAT-AAATCTATTTATC-A-AAGTAGTTC
* ** * **
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1 AAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTT-GTTTTGTCA
* * * *
33988 T-AA-AATAATTATTTTATTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT
63 TAAACAATAGTT-TTCTATTCATACAAGCTTATTCAGA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
34051 TCAACAAA-TAATAAGTACAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATCGAAA-AAGTTC
126 T-AA-AAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAAGTAGTTC
* * * ** * * *
34105 AAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATCGATTTC-AA-CATTTGTGACTTTTTG-TTTGTAATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-
* * * * * * *
34167 AAATAATTG-TTTCAATTCATATAAACTTATTTTAAAT-AAATAAATACTAATTTATTAATATTC
64 AAACAATAGTTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATT-
* * * * **
34230 CAAAAATCAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATCTATTTA-CTAAACAAGTTC
126 TAAAAATTAATA-AGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAAGTAGTTC
* * * * * **
34285 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACATTTTGTCTTGTTGTA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-
* * * * *
34349 AAACAATTGGTTT-TGTTCATCGCAAGCTTATTTCA-ATAAAATAAT-TTAAATTTTATTAATAT
64 AAACAATAGTTTTCTATTCAT-ACAAGCTTA-TTCAGATAAAATAATACT-AA-TTTATTAATAT
* * * * *
34411 TCCAAAAATTAATAATTAAAAATTTAAAAAATAAATCAATTTTTTGAACA-T-GTGT-
125 T-TAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAA-AGTAGT-TC
* * *
34466 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTAATCTATTTCAAATCATTTATGACCATTTGTTTTGTCAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATTTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCA-
** * * **
34531 TAATGAAT--TTTTCTTTTCA-AAACAGCTTATTTTGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
63 TAAACAATAGTTTTCTATTCATACA-AGCTTATTCAGATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
** * * * ** *
34593 CCAAAATTAATAAGTAAAAACTTTTAAAAATAAATTTGTTTA-CCGAGTGAGTTT
126 TAAAAATTAATAAGTAAAAA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAGT-AGTTC
* * * * *
34647 AAATTGTTATGTCTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATG-CTCTTTTGTTTTATCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
34711 AACAATTG-TTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATATAATAATACTAATTTATTAATGTTTTA
65 AACAATAGTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-ATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTA
* * * **
34775 AAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTA-CAGAACAAGTTC
128 AAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA-AAGTAGTTC
* * * * * ** ** * **
34827 AAATAGTCATGTCTATTTGAACTATTATCTATTTGAAATTGTTATGATATTTTATTTTGTTGTAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-A
** * * * * * *
34892 AACAATTA-TTTT-TATTCATACAAAATTATTCACAAAAAAATAATATTAATCTATTACTATTTC
65 AACAA-TAGTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-GATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
* * * * *
34955 AAAATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTCTTTACCGAA-TCAGTTC
128 AAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAGT-AGTTC
* * * * *** * * *
35004 AAATAGTTATAACTATTTGAAGAATTATTTATCTAAAATTGGTATGATC-TTTGTTTTATCCTAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * *
35068 A-ACAT-TTATTTCTATTCATAGATGCTTGTTCAAAATAAAATACTACTAAATTAATAATATTCT
66 ACA-ATAGT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AGATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T
* * * ** * *
35131 AAAAATTAATAAG----GATTTAAAAAA-AAGATGTGTTTGCCGAA-CAGTTC
127 AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAA-ATCTATTTATCAAAGTAGTTC
* * * * * *
35178 AAATAGTTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCAT-
1 AAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* ** * * *
35242 AA-AATAATTATT-TCAGTTCATTA-TGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAAACA
65 AACAATAGTT-TTCT-A-TTCA-TACAAGCTTATTC-AGATAAAATAATACTAATTTATT-AATA
* * * * **
35304 TTCAAAAATTAATAAAGTAAGAAATTAAAAAAATAAATGTGTTTATCAAACAAGTTC
124 TTTAAAAATTAAT-AAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAGTAGTTC
35361 AAA
1 AAA
35364 ACTGTTATGA
Statistics
Matches: 1674, Mismatches: 336, Indels: 281
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172 1 0.00
173 26 0.02
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Consensus pattern (178 bp):
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ACAATAGTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAA
ATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAGTAGTTC
Found at i:34530 original size:542 final size:528
Alignment explanation
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Period size: 542 Copynumber: 8.9 Consensus size: 528
33038 TAAGACTATA
* * *
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1 TGAATAATTATCTATTTCAACA-T-TTATGACTTTTTGT-TT-T-ATAAAA-AAT--TGTTTCAA
* *
33111 TTCATAGT-AGCTTATTAAGAATAAAATAAA-A-TGAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAA
58 TTCATA-TAAACTTATTCA-AAT-AAATAAATACT-AATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAA
* * * * *
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118 GTAAGAGAATTTAAAAAATGAA-TCTATTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATG-ACTAT-TAA
* * * ** * *
33234 ACAATTATTCTATTTTCAAATTGTTAT-AAACTTTTGTTTTTGTCATAAAACAAAGGTTTATGTT
179 ACAATTA-TCTA-TTT-AAAATATTATGACA-TTTTG-TTTTGTTGTAAAAC-AA-TTTTTTGTT
* * * ** * *
33298 CA-ATAAGTTTGTTCAAAACAAAATAATACT-AATCTATTAATATTTCATA-AATTAATAAG---
237 CATACAAGCTTATTTTAAATAAAA-AATA-TAAAT-TATTAATA-TTCAAATAATTAATAAGTAA
* * * * * *
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298 AAGATTTAAAAAATAAAATCAATTTATCGACAAG-TG-T-AAATAATTATGACTATTTGAACAAT
** * * *
33418 TAT-TAATTTCAAATCATTATGGA-TTTTTTGTTTTG-CTATAAA-CAATAGTTTTCTATTCATA
360 TATCT-ATTTCAAATTGTTAT-GACATTTTGGTTTTGTC-ATAAATGAAT--TTTTCTATTCATA
* * *
33479 CAAGCTTATTCAGATT-AAATAATATTAATTTATTAAAATTTTAAAATTAATAAGTAAAAATCTT
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** ** * *
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* * * * * * *
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1 TGAATAATTATCTATTTCAACATTTATGACTTTTTGTTTTATAAAAAATTGTTTCAATTCATATA
* * *
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66 AACTTATTCAAATAA-ATA-AATACTAAT-TTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAA-GAGAA
* * * * ** * * *
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127 TTTAAAAAATGAATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAAACAATTATCTAT
** * * ** *
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*
33842 AAATAAAAAATATAAATTATTAATATTTAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATC
253 AAATAAAAAATATAAATTATTAATATTCAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATC
* * * * * * *
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* * *
34035 TTAATTTATTAATATTTCAACAAATAATAAGTACAAGATTTAAAAATAAATATGTTTATCGAAAA
445 TTAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAATAAATATGTTTACCGAAAA
34100 AGTTCAAATAGTCATGATTATT
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* *
34122 TGAATAATTATCGATTTCAACATTTGTGACTTTTTGTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAATTCAT
1 TGAATAATTATCTATTTCAACATTTATGACTTTTTGTTT-T-ATAAAA-AATTGTTTCAATTCAT
* ** *
34187 ATAAACTTATTTTAAATAAATAAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATCAA-AGAGTAAGAGA
63 ATAAACTTA-TTCAAATAAATAAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATA-AGTAAGAGA
*
34251 ATTAAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTA
126 ATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TAAACAATTATCTA
* *
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* * *
34380 TTCAATAAAATAATTTAAATTTTATTAATATTCCAAA-AATTAATAATTAAAA-ATTTAAAAAAT
251 TTAAATAAAA-AATATAAA--TTATTAATATT-CAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * *
34443 -AAATCAATTTTTTGAACATGTGTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAATCTATTTCAAATC
312 AAAATCAATTTATCG-ACAAGTGTAAATAATTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAAT-
* * * *
34507 AT-TTATGACCA-TTT-GTTTTGTCATTAATGAATTTTTCTTTTCA-AAACAGCTTATTTTGA-T
374 -TGTTATGA-CATTTTGGTTTTGTCATAAATGAATTTTTCTATTCATACA-AGCTTATTTAGATT
* * *
34567 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCCAAAATTAATAAGTAAAAACTTTTAAAAATAAATTTGT
436 AAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAAAAA--TTTAAAAATAAATATGT
*** * *
34632 TTACCGAGTGAGTTTAAATTGTTATG-TCTATT
498 TTACCGAAAAAGTTCAAATAG-TATGAT-TATT
* * *
34664 TAAATAATTATTTATTTCAA-ATCATTATG-CTCTTTTGTTTTATCATAAACAATTGTTTCTATT
1 TGAATAATTATCTATTTCAACAT--TTATGACT-TTTTGTTTTAT-A-AAA-AATTGTTTCAATT
* ** * * *
34727 CATACAAGTTTATTCAGAATATAAT-AATACTAATTTATTAATGTTTTAAAAATTAATAAGT-TG
60 CATATAAACTTATTCA-AATA-AATAAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * *
34790 A-AGATTTAAAAAATTAATCTATTTAC-AGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACTATT
123 AGA-ATTTAAAAAATGAATCTATTTACTA-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAAACAATT
* * * * * **
34853 ATCTATTTGAAATTGTTATGATATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTATTTTTATTCATACAAAAT
185 ATCTATTT-AAAATATTATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAACAA-T-TTTTTGTTCATACAAGCT
* * * * *
34918 TA-TTCACAAAAAAATAATATTAATCTATTACTATTTC-AA-AATT--TAA-TAAGAGATTTAAA
247 TATTTTA-AATAAAA-AATATAAAT-TATTAATA-TTCAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* ** * * * * * * *
34977 AACT-AAATCTCTTTACCGA-ATCAGT-TCAAATAGTTATAACTATTTGAAGAATTATTTATCTA
308 AAATAAAATCAATTTATCGACA--AGTGT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** * * * * * *
35039 AAATTGGTATG--ATCTTT-GTTTTATCCTAAAACATTTATTTCTATTCATAGATGCTTGTTCAA
370 AAATTGTTATGACAT-TTTGGTTTTGTCATAAATGAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG
* * * * * * * * *
35101 AATAAAATACTACTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG----GATTTAAAAAAAAGATGT
433 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAATAA-ATAT
* * * *
35162 GTTTGCCG-AACAGTTCAAATAGTTTAAGACTATT
496 GTTTACCGAAAAAGTTCAAATAG--TATGATTATT
* * * * * *
35196 AGAACAATTATCTATTTCAA-ATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTT
1 TGAATAATTATCTATTTCAACAT--TTATGACTTTTTGTTT--T-ATAAAA-AATTGTTTCAATT
** * * *
35260 CAT-TATGGCTTATTCAAAATAAA-ATAATACTATTTTATTAAACATT-CAAAAATTAATAAAGT
60 CATATA-AACTTATTC-AAATAAATA-AATACTAATTTATT-AATATTATAAAAATTAAT-AAGT
* * * * * * *
35322 AAGA-AATTAAAAAAATAAATGTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAA-A---CTG-TTA-T-GAC-AT
120 AAGAGAATTTAAAAAATGAATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAAACAAT
*
35377 T-T-TA--T----T-TTAT--CA-------------TAAAACAATTCTTTTAGCTT-ATAAAAGC
184 TATCTATTTAAAATATTATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATT-TTTT-G-TTCATACAAGC
*** ** * * ***
35417 TTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAA-AATTGATAAGTTGGAGATTTAAA
246 TTATTTTAAATAAAA-AATA-TAAATTATTAATA-TTCAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * * *
35481 AAAT-AAATCAATTTATCGA-ATCAGT-TCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTT
308 AAATAAAATCAATTTATCGACA--AGTGT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
35543 AAAATGTTATGA-ACTTTT-GTTTTGGTCACAAAAT-AATTTTT-TCA-TCATACAAACCTATTT
370 AAATTGTTATGACA-TTTTGGTTTT-GTCA-TAAATGAATTTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTT
* * * * * *
35603 AAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAATAAAT
431 AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAATAAAT
* **
35668 TTGTTTACCGAATTAGTTCAAA-AGGTTATGATTATT
494 ATGTTTACCGAAAAAGTTCAAATA-G-TATGATTATT
** * * * * * *
35704 TGAGCAATTATATATTTCAA-ATTGTTATAACCTTGTGTTCTGTCCATAAAATAATTATTTCTAT
1 TGAATAATTATCTATTTCAACA-T-TTATGACTTTTTGTT-T-T--ATAAAA-AATTGTTTC-AA
* * * * * * *
35768 TTC-TACAAGCTTATTTAGAATAAA-ATAATACTAATGTAATAATATTATGAAAATTAATAACTA
58 TTCATATAAACTTATTCA-AATAAATA-AATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
35831 AGAG-ATTCCAATAAAT---T-TA-TT--TGAACCAGTTCAAATAGTTAAG-CTATATGAACAAT
121 AGAGAATT-TAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TAAACAAT
* * * * * * * * * *
35887 TCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCGCAAAACAATTTTTTTAGTTCTTAGTAAA
184 TATCTATTTAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAACAA-TTTTTT-GTTCATA-CAAG
** * * * * *
35952 CTTATTCGAAATAAAATAAAACAAATCTATTAATATTTCAAA-AA-TAATCAGCAAGAGATTTAA
245 CTTATTTTAAATAAAA-AATATAAAT-TATTAATA-TTCAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* *** * * *
36015 AAAAT-AATTTTGTTTGTCGAACGAGCAGT-TCAAAAAATTATGACTATTT--A-AATATATCGA
307 AAAATAAAATCAATTTATCG-AC-A--AGTGT-AAATAATTATGACTATTTGAACAAT-TATCTA
* * * * * ** * * * **
36075 TTTCATATCGTTATAACCTTTTGTTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTCT-TTCAAATAAGTTTGC
366 TTTCAAATTGTTATGACATTTTGGTTTTGTCAT-AAATGAAT-TTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * ** * *
36139 TCA-AAT-AAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAATTAAATAAGTAAGAGAGTTAAAAAATA
429 TTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAATT-AATAAGTAA-A-AATTTAAAAATA
* ** * * * * *
36202 AATTTGTTTA-TTAAACCAGTTCAATTAGTTTAACTATT
491 AATATGTTTACCGAAA-AAGTTCAAATAGTATGATTATT
* * ** * * *
36240 TGAACAATTATTTATTTCAA-ATTGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATGTTTCTAGTC
1 TGAATAATTATCTATTTCAACA-T-TTATGACTTTTTGTTTTAT-A-AAAA-ATTGTTTCAATTC
* * * * * *
36304 ATA-CAGCATTATTCAAAATAAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAA-
61 ATATAAAC-TTATTC-AAATAAATA-AATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAG
* * * *** * * * * * *
36367 TGAATTTCAAAAATGAAT-TTTGTTAGCTTGCCTAGTGGCAAATA-TTATGATTGTTTGAATAAT
123 AGAATTTAAAAAATGAATCTAT-TTA-CTAAACAAGT-TCAAATAGTTATGACT-ATTAAACAAT
* * ** * *** * *
36430 TATCTATTTCAAATTGGTTAT-ATC-TTTTGTGCTATCACAAATCAATTATTTCTATTCATACAA
184 TATCTATTT-AAAAT-ATTATGA-CATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATT-TTT-TGTTCATACAA
* * * * ** *
36493 GTTTATTTGAAATAACATAATTCTAGTTTATTAATATTCCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTA
244 GCTTATTTTAAATAA-A-AAATATAAATTATTAATATT-CAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * *
36557 AAAAAT-AAATCTATTTGTTGAACAAGT-TAAAATAGTTATGACTAATTT-ATCAATTATCAATT
306 AAAAATAAAATCAATTTATCG-ACAAGTGT-AAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATT
* * * ** *
36619 TCAAATCGCTATAT-ACCTTTT-GTTTTGTCTTAAAACAATTTTTGCTATTCATACAATCTTATT
368 TCAAATTG-T-TATGACATTTTGGTTTTGTCATAAATGAATTTTT-CTATTCATACAAGCTTATT
* * ** * * *
36682 TCA-AATAAAATAACACAAATTTATTAATATTTAAACAATTAAAAAAATAAAAGATTTAAAAAAT
430 T-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA-AATT-AATAAGTAAAA-ATTT-AAAAAT
* * * * *
36746 AAATCTGTTTATCGAATAAGTTTAAAATAGTTATGATTA-C
490 AAATATGTTTACCGAAAAAG-TTCAAATAG-TATGATTATT
* * ***
36786 TGAATAATTATTTATTTTAAACCA-TTATGAC-TTTT-TTTTAT-AAAAATTGTTTTTGTTCATA
1 TGAATAATTATCTA-TTTCAA-CATTTATGACTTTTTGTTTTATAAAAAATTGTTTCAATTCATA
* * * * * * * * *
36847 CAACCTTATTTAGATTAAA-ATAATATTAATTTATTATTATT-TCCTAAAA-T-ATAAGTAAAAA
64 TAAACTTATTCA-AATAAATA-AATACTAATTTATTAATATTAT--AAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * ** * * *
36908 AATTTTAAAAATAAAATATGTTTACCCAAA-AAGTCCAAATAGCCATAACTATTTGAATAATTAT
125 AATTTAAAAAAT-GAATCTATTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAAACAATTAT
* * * * * * ** * *
36972 CTATTTCAAATTGTTATGGCCTTTTG-TTTGATTTTAAAATAATTGTATCAGTTCATAGAGGCTT
187 CTATTT-AAAATATTATGACATTTTGTTTTG-TTGTAAAACAATT-T-TTTGTTCATACAAGCTT
* * * * * *
37036 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCCTAA-AATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAA
248 ATTTTAAATAAAA-AATA-TAAATTATTAATATT-CAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* * * * * * * * * *
37100 AT-GAATTAGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTCTTACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
310 ATAAAATCAATTTATC-GACAAGTGTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * ** * * * * * *
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** * * * ** * *
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437 AAATAATATTAATTTATTAATATTT-CAAAATTAATAAGTAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTT
* * * *
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* * * *
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1 TGAATAATTATCTATTTCAACAT--TTATGACTTTTTG-TTT-T-ATAAA-AAATTGTTTCAATT
* * * **
37385 CA-ATACAAGCTTATTTGAAACAAA-ATAATACTAATTTATTAGTATTCCAAAAATTAATAAGTA
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* * * * * * * * * *
37448 AAAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGCAAACTT-AAATAGTTATGATTGTTTGAAA-AA
121 AGAGAATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACT-ATT-AAACAA
* * * * ** * *
37510 TTATTTATTTCAAATCGTTTATGATATTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA
183 TTATCTATTTAAAAT--ATTATGACATTTTG-TTTTGTTGTAAAACAATT-TTT-TGTTCATACA
** * * ***
37575 ATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA-AATT-AT-AGTTGGAGATTT
243 AGCTTATTTTAAATAAAA-AATA-TAAATTATTAATATTC-AAATAATTAATAAGTAAAAGA-TT
* * * * * * *
37637 TAAAAAAT-AAATCTATTTACCAAACAAGT-TCAAATAGTTATGTC-CTTTGAATAATTATCTAT
304 TAAAAAATAAAATCAATTTATC-GACAAGTGT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * **
37699 TTC-AATCATTATGAGAATTTT--TTTTGTCATAAA-CAATTGTTTCTCTTCATACAAAATTATT
367 TTCAAATTGTTATGA-CATTTTGGTTTTGTCATAAATGAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * *
37760 TAGAATAAAATAATACTACTTTATTAATGTTTTAAAAATTAAT
430 TAGATTAAAATAATATTAATTTATTAAT-ATTTCAAAATTAAT
37803 TAGAGATTTA
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Consensus pattern (528 bp):
TGAATAATTATCTATTTCAACATTTATGACTTTTTGTTTTATAAAAAATTGTTTCAATTCATATA
AACTTATTCAAATAAATAAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTTA
AAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAAACAATTATCTATTTAAA
ATATTATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAA
AATATAAATTATTAATATTCAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCAATTTATC
GACAAGTGTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGGT
TTTGTCATAAATGAATTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTA
ATATTTCAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTA
TGATTATT
Found at i:35038 original size:181 final size:179
Alignment explanation
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33849 AAATATAAAT
*
33859 TATTAATATTT-AAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTATC-G-ACAAG
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** * * * * * * *
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61 TTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTATTATCTATTTGAAATTGTTATGATA-TTTT-ATTTTG
** * ** * * ** * *
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123 TTGTAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCACAAAAAAATAATACTAATC
* * * *
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1 TATTAATATTTCAA-AAATTAATAA-T-GAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAGAACAAGT
* * * * * *
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62 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTATCTATTTGAA-ATTGTTATGA-TATTTTATTTTGT
** * * * * * ** * *
34163 AATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAACTTATT-TTAAATAAATAAATACTAATT
124 TGTAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCACAAAAAAAT-AATACTAATC
* * * * *
34219 TATTAATATTCCAAAAATCAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATCTATTTACTA-AACAAG
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATA-A-TGA-AG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-AGAACAAG
* * * * * * * * * * *
34282 TTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACATTTTGTCTTGTTG
61 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTATCTATTTGAAATTGTTATGATATTTTATTTTGTTG
* * * ** * * * *
34347 TAAAACAATTGGTTT-TGTTCATCGCAAGCTTATT-TCAATAAAATAAT-TTAAATTT
126 TAAAACAATT-ATTTCTATTCAT-ACAAAATTATTCACAAAAAAATAATACT-AA-TC
* * * * *** *
34402 TATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAAAATTTAAAAAATAAATCAATTTTTTGAACATGTGT-
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAGAACAAGT-TC
* * * * * * * *
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* * ** * * *** * *
34529 ATTAATGAATT-TTTCTTTTCA-A-AACAGCTTATT-TTGATAAAATAATACTAATT
125 GTAAAACAATTATTTCTATTCATACAA-A-ATTATTCACAAAAAAATAATACTAATC
* * * * * * * * *** *
34582 TATTAATATTCCCAAAATTAATAAGTAAAAACTTTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTGAGTTT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TGAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACAGAACAAGTTC
* * ** * * * ** * * * * **
34647 AAATTGTTATGTCTATTT-AAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGCTCTTTTGTTTTATCAT-
64 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTATCTATTTGAAATTGTTATGATATTTTATTTTGTTGTA
* ** * * * *
34710 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATATAATAATACTAATT
128 AAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCACAAAAAAATAATACTAATC
* * *
34762 TATTAATGTTTTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACAGAACAAGTTC
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAA--TGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAGAACAAGTTC
**
34827 AAATAGTCATGTCTATTTGAACTATTATCTATTTGAAATTGTTATGATATTTTATTTTGTTGTAA
64 AAATAGTCATAACTATTTGAACTATTATCTATTTGAAATTGTTATGATATTTTATTTTGTTGTAA
* *
34892 AACAATTATTTTTATTCATACAAAATTATTCACAAAAAAATAATATTAATC
129 AACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCACAAAAAAATAATACTAATC
* * * * *
34943 TATTACTATTTCAAAATTTAATAA-G-AGATTTAAAAACTAAATCTCTTTACCGAATC-AGTTCA
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAATGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAGAA-CAAGTTCA
* ** * * * * * * * **
35005 AATAGTTATAACTATTTGAAGAATTATTTATCTAAAATTGGTATGAT-CTTTGTTTTATCCTAAA
65 AATAGTCATAACTATTTGAACTATTATCTATTTGAAATTGTTATGATATTTTATTTTGTTGTAAA
* * *** * *
35069 ACATTTATTTCTATTCATAGATGCTTGTTCA-AAATAAAATACTACTAAAT-
130 ACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCACAAA-AAAATAATACT-AATC
* * * * *
35119 TAATAATA-TTCTAAAAATTAATAA-G--GATTTAAAAAA-AAGATGTGTTTGCCGAAC-AGTTC
1 TATTAATATTTC-AAAAATTAATAATGAAGATTTAAAAAATAA-ATCTATTTACAGAACAAGTTC
* * * * * * ** * * **
35178 AAATAGT-TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCAT
64 AAATAGTCAT-A-ACTATTTGAACTATTATCTATTTGAAATTGTTATGATATTTTATTTTGTTGT
* **** * *
35242 AAAATAATTATTTC-AGTTCATTA-TGGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTATTT
127 AAAACAATTATTTCTA-TTCA-TACAAAATTATTCACAAA-AAAATAATACTAATC
* * * * *
35295 TATTAA-ACATTCAAAAATTAATAAAGTAAGAAATTAAAAAAATAAATGTGTTTATCA-AACAAG
1 TATTAATA-TTTCAAAAATTAATAATG-AAG--ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAGAACAAG
35358 TTCAAA
61 TTCAAA
35364 ACTGTTATGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TATTAATATTTCAAAAATTAATAATGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAGAACAAGTTCAA
ATAGTCATAACTATTTGAACTATTATCTATTTGAAATTGTTATGATATTTTATTTTGTTGTAAAA
CAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCACAAAAAAATAATACTAATC
Found at i:35151 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 35115--35153 Score: 53
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35105 AAATACTACT
*
35115 AAATTAATAATATTCTAA
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35133 AAATTAATAAGGATT-TAA
1 AAATTAATAA-GATTCTAA
35151 AAA
1 AAA
35154 AAAGATGTGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.59, C:0.03, G:0.05, T:0.33
Consensus pattern (18 bp):
AAATTAATAAGATTCTAA
Found at i:36707 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 35358--37940 Score: 1733
Period size: 182 Copynumber: 14.4 Consensus size: 180
35348 ATCAAACAAG
* * * * * *
35358 TTCAAAACTGTTATGACATTTTATTTTATCATAAAACAATTCTTT-TAGCTT-ATAAAAGCTTA-
1 TTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TTCATACAAGCTTAT
* * * * * **
35420 TCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTGGAGATTTAAAAAAT
63 TTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
** * * * *
35485 AAATCAATTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATT
127 AAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATAATTATTTA-T
* * * * * * *
35541 TTAAAAT-GTTATGAACTTTTGTTTTGGTCACAAAATAATTTTTTC-A-TCATACAAACCTATTT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * *
35603 AAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAATAAA
65 CAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * *
35667 TTTGTTTACCGAATTAGTTCAAA-AGGTTATGATTATTTGAGCAATTATATAT
130 TCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTGA-TAATTATTTAT
* * * * * *
35719 TTCAAATTGTTATAACCTTGTGTTCTGTCCATAAAATAATTATTTCTATTTC-TACAAGCTTATT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* * * * * **
35783 T-AGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGA-TT--CCAATA
64 TCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * *
35844 AAT-T-TATT-T-GAACCAGTTCAAATAGTTAAG-CTATATGAACAATTCTTTAT
128 AATCTGT-TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATAATTATTTAT
* * ** * * * *
35894 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCGCAAAACAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAAACTTA-T
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATT
* * * * *
35957 TCGAAATAAAATAAAACAAATCTATTAATATT-TCAAAAA-TAATCAGCAAGAGATTTAAAAAAT
64 TC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * **
36020 AATTTTGTTTGTCGAACGAGCAGTTCAAAAAATTATGACTATTT-A-AATATATCGAT
127 AAATCTGTTTATCGAAC-A--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATAAT-TATTTAT
* * * * *
36076 TTCATATCGTTATAACCTTTTGTTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTCT-TTCAAATAAG-TT-TG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTAT-
* * ** *
36138 CTCAAAT-AAATAATATTAATTTATTAATATT-TTGAAATTAAATAAGTAAGAGAGTTAAAAAAT
63 TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* ** * * * *
36201 AAATTTGTTTATTAAACCAGTTCAATTAGTT-TAACTATTTGAACAATTATTTAT
127 AAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATAATTATTTAT
* * * *
36255 TTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAA-TGTTTCTAGTCATAC-AGCATTA-TT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC-TTATTT
* * *
36317 CAAAATAAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAATGA-ATTTCAAAAAT
65 C-AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * *
36381 GAAT-TTTGTTAGCTTG-CCTAGTGGCAAATA-TTATGATTGTTTGAATAATTATCTAT
127 AAATCTGT-TTA--TCGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTG-ATAATTATTTAT
* * ** * * * * *
36437 TTCAAATTGGTTAT-ATCTTTTGTGCTATCACAAATCAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTT
1 TTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * * *
36501 GAAATAACATAATTCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
65 CAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * **
36566 TCTATTTGTTGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTAATTT-ATCAATTATCAAT
130 TCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAT-AATTATTTAT
* *
36618 TTCAAATCGCTATAT-ACCTTTTGTTTTGTCTTAAAACAATT-TTTGCTATTCATACAATCTTAT
1 TTCAAATCG-T-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATTCATACAAGCTTAT
* * * * *
36681 TTCAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATT-TAAACAATTAAAAAAATAAAAGATTTAAAAAA
63 TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA-AATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * *
36745 TAAATCTGTTTATCGAATAAGTTTAAAATAGTTATGATTA-CTGAATAATTATTTAT
126 TAAATCTGTTTATCGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATAATTATTTAT
* * * * * *
36801 TTTAAACCATTATGA-C-TTT-TTTT-T-AT-AAA-AATTGTTTTTGTTCATACAACCTTATTT-
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
* * * * * *
36858 AGATTAAAATAATATTAATTTATTATTATTTCCT-AAAA-T-ATAAGTAAAAAAATTTTAAAAAT
66 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-CTAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * ** * *
36920 AAAATATGTTTACCCAAAAAGTCCAAATAGCCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
127 -AAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATAATTATTTAT
* * ** * * * *
36976 TTCAAATTGTTATGGCCTTTTG-TTTGATTTTAAAATAATTGTATC-AGTTCATAGAGGCTTATT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* * * *
37039 TGAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCCT-AAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATG
64 TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * *
37103 AAT-TAGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTCTTACTATTTGAACAATTATTTAT
128 AATCT-GTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATAATTATTTAT
* * * * * * *
37157 TTCAAATTGTTTTGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATACGGTTATTCC
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
** * * *
37221 AAATAATTTAATA-TAAACTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGT-GGAAATTTAAAAAATAA
66 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * *
37283 ATCTATTT-TCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTAT
129 ATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATAATTATTTAT
* *
37336 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCAATACAAGCTTATTT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATACAAGCTTATTT
* * * * *
37401 GAAACAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
65 CAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
37466 TTTGTTTATTGAGCAAACTT-AAATAGTTATGATTGTTTGAAAAATTATTTAT
130 TCTGTTTATCGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATAATTATTTAT
** * **
37518 TTCAAATCGTTTATGATATTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATT
1 TTCAAATCG-TTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* **
37583 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT-AT-AGTTGGAGATTTTAAAAAATA
64 TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATA
* * * * * *
37646 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGTC-CTTTGAATAATTATCTAT
128 AATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATAATTATTTAT
* ** * **
37699 TTC-AATCATTATGAGAATTTT-TTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTCTTCATACAAAATTATTT
1 TTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * *
37761 -AGAATAAAATAATACTACTTTATTAATGTTTTAAAAATTAAT---T-AGAGATTT-AAAATTAA
65 CA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
** * * * *
37820 ATCTGTTTACTAAAATCAA-TTCAAATAGTTTATGGCTACTTGAACAATTATCTAT
129 ATCTGTTTA-TCGAA-CAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTG-ATAATTATTTAT
* * * * * *
37875 CTCAAATCGTTATGATCTTTAT-TTTGGTCATAAAAAAAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTATT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
37939 TC
64 TC
37941 GATTAACATA
Statistics
Matches: 1904, Mismatches: 369, Indels: 257
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATAATTATTTAT
Found at i:36998 original size:539 final size:539
Alignment explanation
Indices: 35953--37801 Score: 1403
Period size: 539 Copynumber: 3.4 Consensus size: 539
35943 CTTAGTAAAC
* * * * * *
35953 TTATTCGAAATAAAATAAAACAAATCTATTAATATTTCAAAAA-TAATCAGCAAGAGATTTAAAA
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* * * ** * * *
36017 AATAATTTTGTTTGTCGAACGAGCAGTTCAAAA-AATTATGACTATTT--A-AATATATCGATTT
65 AATAAATCTATTTACCAAAC-A--AGTT-AAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCAATTT
* * * * * *
36078 CATATCGTTATAACCTTTTGTTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTCT-TTCAAATAAG-TT-TGCT
125 CAAATCGTTATGACC-TTT-TTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTC-
* ** * ** * * *
36140 CAAAT-AAATAATATTAATTTATTAATATTT-TGAAATTAAATAAGTAAGAGAGTTAAAAAATAA
186 CAAATAAAATAACACAAACTTATTAATATTTAAAAAATTAAA-AAATAA-AAATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * **
36203 ATTTGTTTAT-TAAAC-CAGTTCAATTAGTT-TAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGT
249 ATCTATTT-TCGAAACAC-GTTAAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATTTATTTCAAACAGT
* * * * * ** *
36265 TATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAA-TGTTTCTAGTC-ATACAGCATTATTCAAAATAAAAA
312 TATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCAATACAACCTTATTTGAAA-CAAAA
* * * * ** * * *
36328 TAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAATGAATTTCAAAAATGAAT-TTTGTTA
375 TAATACTAATTTATTAGTATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGT-TTA
* ** *** * ** * * *
36392 GCTTGCCTAGTGGCAAATA-TTATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGGTTAT-ATCT
439 CCCAGAAAACT--CAAATAGCCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATT-GTTATGATCT
* *
36455 TTTG-TGCTATCACAAATCAATTATTTCTATTCATACAAGT
501 TTTGTTGATATCA-AAAT-AATTGTTTCTATTCATACAAGT
* * *
36495 TTATTTGAAATAACATAATTCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
1 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAA
**** *
36560 AATAAATCTATTTGTTGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTAATTT-ATCAATTATCAATTTCAAA
65 AATAAATCTATTTACCAAACAAGTTAAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCAATTTCAAA
* * *
36624 TCGCTATAT-ACCTTTTGTTTTGTCTTAAAACAATT-TTTGCTATTCATACAATCTTATTTCAAA
129 TCG-T-TATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATTCATACAAGCTTATTCCAAA
* *
36687 TAAAATAACACAAATTTATTAATATTTAAACAATTAAAAAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
190 TAAAATAACACAAACTTATTAATATTTAAAAAATT-AAAAAATAAAA-ATTTAAAAAATAAATCT
* * *
36752 GTTTATCGAATA-A-GTTTAAAATAGTTATGATTA-CTGAATAATTATTTATTTTAAACCA-TTA
253 ATTT-TCGAA-ACACG-TTAAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATTTATTTCAAA-CAGTTA
* * **
36813 TGA-C-TTT-TTTT-T-ATAAA-AATTGTTTTTGTTC-ATACAACCTTATTT-AGATTAAAATAA
314 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTCTATTCAATACAACCTTATTTGA-AACAAAATAA
* * * *
36870 TATTAATTTATTATTATTTCCTAAAA-T-ATAAGTAAAAAAATTTTAAAAATAAAATATGTTTAC
378 TACTAATTTATTAGTA-TTCCAAAAATTAATAAGT-AAAAAATTTAAAAAAT-AAATATGTTTAC
* **
36933 CCA-AAAAGTCCAAATAGCCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGGCCTTTT
440 CCAGAAAACT-CAAATAGCCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTT
* * * * * *
36997 GTTTGATTTTAAAATAATTGTATC-AGTTCATAGAGGC
504 G-TTGATATCAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGT
* *
37034 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCCTAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAA
1 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAA
* * * * **
37099 AATGAAT-TAGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTCTTACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA
65 AATAAATCTA-TTTACCAAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAA
* * * * * * *
37163 TTGTTTTGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATACGGTTATTCCAAATAAT
129 TCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCAAATAAA
* * * * * **
37228 TTAATATAAACTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTGGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTC
194 ATAACACAAACTTATTAATATTTAAAAAATTAAAAAATAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTC
* * * *
37293 TAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTG
259 GAAACACGTTAAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATTTATTTCAAACAGTTATGACCTTTTG
*
37358 TTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCAATACAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTA
324 TTTTGTCATAAA-CAATTGTTTCTATTCAATACAACCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTA
* * *** * *
37423 TTAGTATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGCAAACTTAA
388 TTAGTATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCCAGAAAACTCAA
** * * * * * * * ** *
37488 ATAGTTATGATTGTTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCGTTTATGATATTTTGTTTTTGTCATAA
453 ATAGCCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG-TTATGATCTTTTGTTGATATC--AA
*
37553 AATAATTGTTTCTATTCATACAATT
515 AATAATTGTTTCTATTCATACAAGT
* **
37578 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT-ATAGTTGGAGATTTTAAAA
1 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGTAAGAGA-TTTAAAA
* * * * *
37642 AATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGTC-CTTTGAATAATTATCTATTTC-AAT
65 AATAAATCTATTTACCAAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAAT
* ** * ** *
37705 CATTATGAGAATTTTTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTCTTCATACAAAATTATT-TAGAATAA
130 CGTTATGA-CCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCA-AATAA
* * * *
37768 AATAATAC-TACTTTATTAATGTTTTAAAAATTAA
193 AATAACACAAAC-TTATTAATATTTAAAAAATTAA
37802 TTAGAGATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (539 bp):
TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAA
ATAAATCTATTTACCAAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATC
GTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAAT
AACACAAACTTATTAATATTTAAAAAATTAAAAAATAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCGA
AACACGTTAAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATTTATTTCAAACAGTTATGACCTTTTGTT
TTGTCATAAACAATTGTTTCTATTCAATACAACCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTATTA
GTATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCCAGAAAACTCAAATA
GCCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTGATATCAAAATAAT
TGTTTCTATTCATACAAGT
Found at i:37456 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 35358--37938 Score: 1819
Period size: 361 Copynumber: 7.2 Consensus size: 358
35348 ATCAAACAAG
* * * * *
35358 TTCAAAACTGTTATGACATTTTATTTTATCATAAAACAATTCTTT-TAGCTT-ATAAAAGCTTAT
1 TTCAAATC-GTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TTCATACAAGCTTAT
* * * **
35421 CCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTGGAGATTTAAAAAATA
62 TC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
35486 AATCAATTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAA-ATG
125 AATCTATTT-TCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATA-G
* * * * * * *
35549 TTATGAACTTTTGTTTTGGTCACAAAATAATTTTTTC-A-TCATACAAACCTATTTAAAATAAAA
188 TTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * *
35612 TAATAGTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTAC
252 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTAC
** * *
35676 CGAATTAGTTCAAA-AGGTTATGATTATTTGAGCAATTATATAT
316 CGAACAAGTTCAAATA-GTTATGATTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
35719 TTCAAATTGTTATAACCTTGTGTTCTGTCCATAAAATAATTATTTCTATTTC-TACAAGCTTATT
1 TTCAAATCGTTATGACCTT-TTTTTTGT-CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* * * * * * **
35783 TAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGA-TT--CCAATAA
63 CA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * *
35845 AT-T-TATT-TGAACCAGTTCAAATAGTTAAG-CTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCA-TT
126 ATCTATTTTCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTT
* ** * * * * *
35905 ATGACCTTTTGTTTTATCGCAAAACAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAAACTTATTCGAAATAAAAT
190 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * **
35969 AAAACAAATCTATTAATATT-TCAAAAA-TAATCAGCAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGT
253 AATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-ATTGTTTAC
* * * *
36032 CGAACGAGCAGTTCAAAAAATTATGACTATTT--A-AATATATCGAT
316 CGAAC-A--AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAAT-TATCTAT
* * * * * * **
36076 TTCATATCGTTATAACCTTTTGTTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTCT-TTCAAATAAGTTTGCT
1 TTCAAATCGTTATGACC-TTT-TTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATT
** *
36140 CAAAT-AAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAATTAAATAAGTAAGAGAGTTAAAAAATAAA
63 CAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
36204 TTTGTTTAT-TAAACCAGTTCAATTAGTT-TAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTA
127 TCTATTT-TCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTA
* * * **
36267 TGACCATTTGTTTTATCATAAAACAA-TGTTTCTAGTCATAC-AGCATTATTCAAAATAAAAATA
191 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC-TTATTTGAAAT-AAAATA
* * * * *
36330 ATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAATGA-ATTTCAAAAATGAATTTTGTTAGC
254 ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTGT-TTA-C
* * * * * *
36394 TTG-CCTAGTGGCAAATA-TTATGATTGTTTGAATAATTATCTAT
316 -CGAACAAGT-TCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * * * * *
36437 TTCAAATTGGTTAT-ATCTTTTGTGCTATCACAAATCAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTT
1 TTCAAA-TCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TT
* * * *
36501 GAAATAACATAAT-TCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
63 CAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
36565 ATCTATTTGT-TGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTAATTT--ATCAATTATCAATTTCAAATCG
126 ATCTATTT-TCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATAG
* * *
36627 CTATAT-ACCTTTTGTTTTGTCTTAAAACAATT-TTTGCTATTCATACAATCTTATTTCAAATAA
188 -T-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * * *
36690 AATAACACAAATTTATTAATATT-TAAACAATTAAAAAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
250 AATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA-AATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGT
* * * * * *
36754 TTATCGAATAAGTTTAAAATAGTTATGATTA-CTGAATAATTATTTAT
312 TTACCGAACAAG-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
36801 TTTAAACCATTATGA-C-TTTTTTT-T-AT-AAA-AATTGTTTTTGTTCATACAACCTTATTTAG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-
* * * * * *
36860 ATTAAAATAATATTAATTTATTATTATTTCCTAAAA-T-ATAAGTAAAAAAATTTTAAAAATAAA
65 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT--AAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * ** * *
36923 -ATATGTTTACCCAAA-AAGTCCAAATAGCCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
127 TCTAT-TTT--CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGT
* ** * * * *
36986 TATGGCCTTTTG-TTTGATTTTAAAATAATTGTATC-AGTTCATAGAGGCTTATTTGAAATAAAA
189 TATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * *
37049 TAATACTAATTTGTTAATATTCCT-AAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTAGTTTA
252 TAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-GTTTA
* * * * * *
37113 CCAAACAAGTTTAAATAGTTCTTACTATTTGAACAATTATTTAT
315 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
37157 TTCAAATTGTTTTGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATACGGTTATTCCA
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CA
** * * * *
37222 AATAATTTAATATAAACTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGT-GGAAATTTAAAAAATAAATC
65 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* *
37286 TATTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGA
129 TATTTTCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA
* *
37351 CCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCAATACAAGCTTATTTGAAACAAAATAATAC
194 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * ** *
37416 TAATTTATTAGTATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGCA
258 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACCGAAC-
* * * *
37481 AACTT-AAATAGTTATGATTGTTTGAAAAATTATTTAT
321 AAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTAT
** * **
37518 TTCAAATCGTTTATGATATTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATT
1 TTCAAATCG-TTATGA-CCTTT-TTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-T
* * **
37583 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT-AT-AGTTGGAGATTTTAAAAAATA
62 TCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATA
* * * *
37646 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGTC-CTTTGAATAATTATCTATTTC-AATCA-T
125 AATCTATTTTCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGT
** * **
37708 TATGAGAATTTT-TTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTCTTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAA
189 TATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA
* * * *
37770 TAATACTACTTTATTAATGTTTTAAAAATTAAT---T-AGAGATTT-AAAATTAAATCTGTTTAC
252 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTAC
** ** *
37830 TAAAATCAA-TTCAAATAGTTTATGGCTACTTGAACAATTATCTAT
316 -CGAA-CAAGTTCAAATAG-TTATGATTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
37875 CTCAAATCGTTATGATCTTTATTTTGGTCATAAAAAAAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTATT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTT-TTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
37939 TCGATTAACA
Statistics
Matches: 1745, Mismatches: 353, Indels: 250
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
352 3 0.00
353 12 0.01
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355 112 0.06
356 195 0.11
357 199 0.11
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359 61 0.03
360 204 0.12
361 344 0.20
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363 76 0.04
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365 57 0.03
366 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
TTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
TTTTCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACCGAACAAGTT
CAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:38970 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 38407--40437 Score: 916
Period size: 181 Copynumber: 11.4 Consensus size: 178
38397 TTTATCATAC
** * * *
38407 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTAAGAGATTT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * * ** * ** *** * *
38472 AAAAAATAAATGTGCTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTACAAGAATAATTATCTATTTT
66 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATT-TATATTTA
** * * * * *
38537 AAATTGTTCTAGCCTA--TT-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCA-TA
129 AAATCATTAT-G-ATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TCATTA
* * * * * * *
38586 CAAGCTTATTT-AGAACAAAATGATCCTAATATATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCAGGAGAT
1 -AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGAT
* ** * *
38650 TTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGCTCAAGTAGTTATGACTATTTGAAATATTAATATT
64 TT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-ATTTATATT
* * * *
38715 TAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCAGTTCATAA
127 TAAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATTA
* *** * * *
38768 AAGGTTATCCAAAATAAAATAATACCAATTTTTTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * * *
38833 AAAAAAATAAATGTGTTTTCTGAATAAATTCAAATAGCTGTGACTATTTGAACAATTGTATATTT
66 -AAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATT-TATATTT
* *
38898 AAAATCACTATGATATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATTA
128 AAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATTA
* * * * *
38950 AAGTTTATTTGAAATAAAATAACAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * * * * * * *
39015 AAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTC
66 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATT-TATATTTA
*
39080 AAATCATTATGAACATTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT--TTCATCATA
129 AAATCATTATG-ATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCAT--TA
* * * * *
39130 CAAGCCTATTTGGAAT--AATAAT-CTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTTATAAGTAAAAGATT
1 -AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * *
39191 TAAAAAATAAATCTATTTATCG----AA-GC----AGTTCT---TATTTGAATAA-TTACCTATT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATTTA--TATT
* * * *
39243 TCAAATCATCAT-A-ACTTTTATTCTAT-TC-T-AAATAATTGTTTCAGTTCA-TA
127 TAAAATCATTATGATA-TTTTGTT-T-TGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATTA
* ** * *
39293 CAAGATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAAAAATATTAT-GAAAATTAATAA-CTAAGGGA
1 -AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGC-AAGAGA
* ** ** * * * * * ** *
39356 TTTAAAAAATAAAATTTGTTTGTCGAAGCAGTTTAAATTGTTAAGACAATACGAATAATTATCTA
63 TTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATT-TATA
* ** * *
39421 TTTCAAATTGTTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCA-TA
125 TTTAAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATTA
* * * *
39475 GAAGCTTATTTGAAATAAAATAACACAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAAT----AAGTGAT
1 -AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGAT
* * * * * * * * *** * *
39535 TTAAAAAGTGAATCTATTTA-TGAATCATTTCAAATA-TTATGGCCATTT--TCCTTTATTTTTC
64 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAATTTATATTTA
* * ** * * * * * *
39596 AAACCATTATTACCTTTTGTATGGTCATATAACAAGTGTTT-TTGATCATTC
129 AAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT--TCATTA
* * * * * *
39647 AAGCTTA-CTCAGAAT-CAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATT
1 AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * * * *
39710 TAAAAAATAAATATGTTCATCAAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTGTATACT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-TAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATT-TATATT
* ** * * * *
39774 TCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTC---ACA-AATTATTTCTATTCA-TA
127 TAAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATTA
* * * * * *
39822 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACAAATATAATAATATTT-AAAAATTAATAA-CTAGAGAAT
1 -AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * ** * * * * * * *
39885 T-AAAAATAAATTTGTTTGA-CAAACCAGTTTAAATATTTAAGACTATATAAACAATTATCTATT
65 TAAAAAATAAATCTGTTT-ACCGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATT-TATATT
* ** * * *
39948 TCAAAAT-GTTATGACCTTTTGCTTTGTCATTAAACAAAT-TTTCAATTCA-TA
127 T-AAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATTA
* * * * * *
39999 CTAGCTGATTTGAAATAAAATAA-AATGAATTGTATTAATATTGCAAAAATTAATAAGTAAGATA
1 -AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGA
** * * * * * * * *
40063 TTTAAAAAAATATTTTTGGTTTACCTAACCAATTTTAAATAATTATGACTATTAGAACAATTATC
63 TTT-AAAAAATAAATCT-GTTTACCGAA-TAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AATT-TA
* * ** * **
40128 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAAACAAATGTTTTTGTTCA-TA
123 TATTTAAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTG-TTTCATTCATTA
* * *
40185 TAAG-TT-TGTTCATAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGA
1 -AAGCTTAT-TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGA
* *** * *
40244 TTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATAAATTATTTA
63 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-TAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGA-AAATT-TATA
* * * * * * *
40308 TTTCAAATCATTCTGA-CTTTT-TTCTGATTATAAAACATTTGTTTC-TT-TTTA
125 TTTAAAATCATTATGATATTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCATTCATTA
* * * * *
40359 TATATGCTTA-TTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAGA-
1 -A-A-GCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG
40422 ATTTTAAAAAATAAAT
62 A-TTTAAAAAATAAAT
40438 ATATAAAAAT
Statistics
Matches: 1427, Mismatches: 315, Indels: 218
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.00
163 32 0.02
164 4 0.00
165 34 0.02
166 16 0.01
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169 1 0.00
170 29 0.02
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185 34 0.02
186 20 0.01
187 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
AAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAATTTATATTTAAA
ATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATTA
Found at i:39078 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 39046--39081 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
39036 AATCAATTCA
39046 AATAATTATGGCTATTTC
1 AATAATTAT-GCTATTTC
39064 AATAATTAT-CTATTTC
1 AATAATTATGCTATTTC
39080 AA
1 AA
39082 ATCATTATGA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.50
18 9 0.50
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATGCTATTTC
Found at i:39976 original size:174 final size:176
Alignment explanation
Indices: 39663--40293 Score: 476
Period size: 174 Copynumber: 3.5 Consensus size: 176
39653 ACTCAGAATC
* * * * * * *
39663 AATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAATAAATATGTTC
1 AATAATACAAATATATTAATATTT-AAAAATTAATAAGT-AGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * * * *
39728 ATCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACATTT
63 ACCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTA-TTAAACAATTATCTATTTCAAAATGTTATAACCTTT
** * * *
39793 TGTTTTGTCA-CAAA-TTA-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAA
127 TGTTTTGTCATCAAACAAATTTTCAATTCATACAAGCTGATTTGAAATAA
* *
39840 AATAATACAAATATAATAATATTTAAAAATTAATAACTAGAGAATTAAAAATAAATTTGTTTGA-
1 AATAATACAAATATATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAGAGAATTAAAAATAAATTTGTTT-AC
* * *
39904 CAAACCAGTTTAAATATTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTG
65 CAAACCAGTTTAAATAATTATGACTAT-TAAACAATTATCTATTTCAAAATGTTATAACCTTTTG
* * *
39969 CTTTGTCATTAAACAAATTTTCAATTCATACTAGCTGATTTGAAATAA
129 TTTTGTCATCAAACAAATTTTCAATTCATACAAGCTGATTTGAAATAA
* * * * *
40017 AATAAAATGAATTGTATTAATATTGCAAAAATTAATAAGTA-AGATATTTAAAAA-AATATTTTT
1 AATAATA-CAAATATATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAGAGA-A-TTAAAAATAA-A--TTT
* * *
40080 GGTTTACCTAACCAATTTTAAATAATTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTAT
59 -GTTTACCAAACC-AGTTTAAATAATTATGACTATTA-AACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTAT
* *** * * *
40144 AACCTTTTGTTTTGTCATTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAG-T-TTGTTCATAATAA
120 AACCTTTTGTTTTGTCA-TCAAACAAAT-TTTCAATTCATACAAGCTGAT-TTGA-AATAA
* * * * * *
40203 AGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
1 AATAATACAAATATATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTA
** * * *
40265 TTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT
64 CCAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATT
40294 TGATAAATTA
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 67, Indels: 49
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 73 0.20
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185 35 0.10
186 21 0.06
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AATAATACAAATATATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAGAGAATTAAAAATAAATTTGTTTACC
AAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTAAACAATTATCTATTTCAAAATGTTATAACCTTTTGTT
TTGTCATCAAACAAATTTTCAATTCATACAAGCTGATTTGAAATAA
Found at i:40413 original size:176 final size:181
Alignment explanation
Indices: 39412--40437 Score: 578
Period size: 176 Copynumber: 5.8 Consensus size: 181
39402 CAATACGAAT
** * * * *
39412 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-ATTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTTAGTTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTCTGTCATTAAAACAAATGTTTTTGTTCATA
* * * * * * *
39475 GAAGCTTATT-TGAAATAAAATAACACAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAG-TG-A-T
65 TAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAAGAATT
* * * * * * * **
39535 TTAAAAAGTGAATCTATTTATGAATC-ATTTCAAAT-ATTATGGCCATT--TTC
128 TTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTAGAAC
** * * * * * *
39585 CTTTAT-T-TTTCAAACCATTATTACCTTTTGTAT-GGTCA-TATAACAAGTGTTTTTGATCAT-
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT-TCTGTCATTAAAACAAATGTTTTTGTTCATA
* * * * *
39645 TCAAGCTTACTCAGAAT-CAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGA-
65 T-AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAG-AAT
* * * * *
39708 TTTAAAAAATAAATATGTTCATCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
127 TTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTAGAAC
* * * ** * * *
39763 AATTGTATACTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTC------ACAAAT-TATTTCTATTCAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTCATTAAAACAAATGT-TTT-TGTTCAT
* ** * * * *
39821 ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACAAATATAATAATATTT-AAAAATTAATAACTAGAGAA-
64 ATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GA-AGAAT
* * * * * * *
39884 -TT-AAAAATAAATTTGTTTGA-CAAACCAGTTTAAATATTTAAGACTATATA-AAC
127 TTTAAAAAATAAATCTATTT-ATTAAACTAGTTCAAATAATTATGACTAT-TAGAAC
* * ***
39937 AATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGCTT-TGTCATT-AAACAAAT-TTTCAATTCAT
1 AATTATCTATTTC-AAATCATTATAACCTTTTG-TTCTGTCATTAAAACAAATGTTTTTGTTCAT
* * * * *
39998 ACT-AGCTGATT-TGAAATAAAATAA-AATGAATTGTATTAATATTGCAAAAATTAATAAGTAAG
64 A-TAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACT-AA-TCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAG
* ** * * * * * * *
40060 ATATTTAAAAAAATATTTTTGGTTTACCTAACCAATTTTAAATAATTATGACTATTAGAAC
124 A-ATTTTAAAAAATAAATCT-ATTTA-TTAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTAGAAC
*
40121 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAAACAAATGTTTTTGTTCATAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTCATTAAAACAAATGTTTTTGTTCATAT
* * * *
40186 AAGTTTGTTCATAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AG-A-TTTA
66 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAATTTTA
* *
40248 AAAAATAAATCTATTTATTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATA-
131 AAAAATAAATCTATTTATTAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTAGA-AC
* * * * ** *
40299 AATTATTTATTTCAAATCATTCTGA-CTTTT-TTCTGATTA-TAAAACATTTGTTTCTT-TTTAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTG-TCATTAAAACAAATGTTT-TTGTTCAT
* * * * *
40360 ATATGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAGAATT
64 ATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAATT
40425 TTAAAAAATAAAT
128 TTAAAAAATAAAT
40438 ATATAAAAAT
Statistics
Matches: 662, Mismatches: 132, Indels: 111
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
170 31 0.05
171 53 0.08
172 4 0.01
173 4 0.01
174 88 0.13
175 26 0.04
176 111 0.17
177 57 0.09
178 68 0.10
179 29 0.04
180 47 0.07
181 2 0.00
182 11 0.02
183 14 0.02
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185 34 0.05
186 25 0.04
187 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTCATTAAAACAAATGTTTTTGTTCATAT
AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAATTTTA
AAAAATAAATCTATTTATTAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTAGAAC
Found at i:40601 original size:205 final size:205
Alignment explanation
Indices: 40244--40638 Score: 483
Period size: 205 Copynumber: 1.9 Consensus size: 205
40234 TAATAAGAGA
* * * * *
40244 TTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATAAATTATTTAT
1 TTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGATAAATTATCTAT
* * *** * * *
40309 TTCAAATCATTCTGACTTTTTTCTGATTATAAAACATTTGTTTCTTTTTATATATGCTTATTCAG
66 TTCAAATCATTATGACTTTTTTCTGATCATAAAACATTTGTTTCGGATCATATAAGCTTATTCAA
* ** * *
40374 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAGA-ATTTTAAAAAATAAAT
131 AATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAAT
40438 ATATAAAAAT
196 ATATAAAAAT
* * * *
40448 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGATCAAATGGTCATGATTATTTGA-ACAATTATCTA
1 TTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGATA-AATTATCTA
* * *
40512 TTTCAAATCGTTATGACCCTTTCTTT-TG-TCATAAAAGATTTGTTTCGGATCATATAAGTTTAT
65 TTTCAAATCATTATGA--CTTT-TTTCTGATCATAAAACATTTGTTTCGGATCATATAAGCTTAT
* *
40575 TCAAAATAAAATAATACCAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAA
127 TCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAA
40639 GAATCTGTTT
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 27, Indels: 8
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
203 1 0.01
204 67 0.42
205 72 0.45
206 16 0.10
207 3 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (205 bp):
TTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGATAAATTATCTAT
TTCAAATCATTATGACTTTTTTCTGATCATAAAACATTTGTTTCGGATCATATAAGCTTATTCAA
AATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAAT
ATATAAAAAT
Found at i:40779 original size:382 final size:382
Alignment explanation
Indices: 40107--40821 Score: 837
Period size: 382 Copynumber: 1.9 Consensus size: 382
40097 TTAAATAATT
* *
40107 ATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAAACAAAT
1 ATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCCTTTCTTTTGTCATTAAAACAAAT
** * * * * *
40172 GTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCATAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAA
66 GTTTCGGATCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACCAATCTATTAATATTTCAAAAATTAA
* *
40237 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATAAAT
131 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGATAAAT
* * * * ** * * * * * *
40302 TATTTATTTCAAATCATTCTGACTTTTTTCTGATTATAAAACATTTGTTTCTTTTTATATATGCT
196 TATTTATTTCAAATCAGTATAAATTTTTTCTGAGCATAAAAAATATGTTTCTGTTCATACAAGCT
* ** * * *
40367 TATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA-ACAATTAATAAGTAAGAA-TTTTAAA
261 TATTCAGAATAAAATAATACAAAATTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAA
40430 AAATAAATATATAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGATCAAATGGTC
324 AAATAAATATATAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGATCAAATGGTC
* * * * * **
40489 ATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTCTTTTGTCA-TAAAAGATTT
1 ATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCCTTTCTTTTGTCATTAAAACAAAT
* *
40553 GTTTCGGATCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACCAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAA
66 GTTTCGGATCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACCAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--
* *
40618 TAATTAAGAGATTTAAAAAA-AGAATCTGTTTATCAAA-TAAGTTTAAAAT-GATTATGTCTATT
128 TAA-TAAGAGATTTAAAAAATA-AATCTATTTATCAAACT-AG-TTAAAATAG-TTATGACTATT
*
40680 TGA-ACAATTA-TTATTTGAAATC-GTATAAATTTGTTT-TG-GCATAAAATAATAT-TTTCTGT
188 TGATA-AATTATTTATTTCAAATCAGTATAAATTT-TTTCTGAGCATAAAA-AATATGTTTCTGT
40739 TCATACAAGCTTATTTC-GAAT-AAATAATACAAAATTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAA
250 TCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACAAAATTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAA
40802 AAGATTTAAAAAATAAATAT
314 AAGATTTAAAAAATAAATAT
40822 GTTTATCAAA
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 41, Indels: 28
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
381 64 0.23
382 99 0.36
383 25 0.09
384 19 0.07
385 47 0.17
386 24 0.09
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (382 bp):
ATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCCTTTCTTTTGTCATTAAAACAAAT
GTTTCGGATCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACCAATCTATTAATATTTCAAAAATTAA
TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGATAAAT
TATTTATTTCAAATCAGTATAAATTTTTTCTGAGCATAAAAAATATGTTTCTGTTCATACAAGCT
TATTCAGAATAAAATAATACAAAATTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
ATAAATATATAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGATCAAATGGTC
Found at i:41286 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 40448--41354 Score: 657
Period size: 181 Copynumber: 5.1 Consensus size: 179
40438 ATATAAAAAT
* * * * * *
40448 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGATCAAAT-GGTCATGATTATTTGAACAATTATCTA
1 TTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAA-AAGTTCAAATAGAT-ATGACTATTTGAATAATTATATA
* * * * * * * * * * * *
40512 TTTCAAATCGTTATGACCCTTTCTTTTGTCATAAAAGATTTGTTTCGGATCATATAAGTTTA-TT
63 TTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGGTTCTGTTCATACAAGCTTATTT
* * * *
40576 CAAAATAAAATAATACCAGTTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAATTAAGAGA
128 C-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-AATACAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * *
40629 TTTAAAAAA-AGAATCTGTTTATCAAATAAGTTTAAA-ATGATTATGTCTATTTGAACAATTAT-
1 TTTAAAAAATA-AATATGTTTA-CGAA-AAGTTCAAATA-GA-TATGACTATTTGAATAATTATA
* * * ** * *
40691 TATTTGAAATC-GTAT-AA-ATTTGTTTTGGCATAAAATAATAT-TTTCTGTTCATACAAGCTTA
61 TATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTAATAAAACAAT-TGGTTCTGTTCATACAAGCTTA
* * * *
40752 TTTCGAAT-AAATAATACAAAATTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGA
125 TTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAATACAATTAATAAGTAAAAGA
* * *
40806 TTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACAGTTCAAAT-GTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
1 TTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAAA-AGTTCAAATAGATATGACTATTTGAATAATTATATAT
** * * * * *
40869 TTCAAATTGTTATG-ACTCTTTGTTTTGTCAT--AA-AATTGTTTATGTTCATTCAAGGTTA-TT
64 TTCAAATCATTATGAACT-TTTGTTTTGTAATAAAACAATTGGTTCTGTTCATACAAGCTTATTT
* *
40929 CAGATTAAAATAATACTAA-TTATTAATATT-TTGACAATTAATAAGTAAAAGA
128 CA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAT-ACAATTAATAAGTAAAAGA
* * * *
40981 TTTAAAAAAATAAATATGTTTACGAACAAATTGAAATA-ATCATGATTATTTGAATAATTAAATA
1 TTT-AAAAAATAAATATGTTTACGAA-AAGTTCAAATAGAT-ATGACTATTTGAATAATTATATA
* * *** * *
41045 TTTCAAATCATT-TGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAA-CGGTTTCAAATCAAATAAGCTTATT
63 TTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGG-TTCTGTTCATACAAGCTTATT
* * *
41108 TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACTTA-AATTAATGAGTAAGAGA
127 TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTA-ATACAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * * * * *
41161 CTTAAAAAATAAATTTTTTTACCGAATAAGGTT-AAATAGCTATGACTATCTAAATAGTTATCTA
1 TTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAA-AA-GTTCAAATAGATATGACTATTTGAATAATTATATA
* * * *
41225 TTTTAAAACATTATGAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTT
63 TTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGGTTCTGTTCATACAAGCTTATTT
* * *
41290 CAAATAAAATAATA-TAAATTGATTAATATTACA-AAAATTAATAAGTAAAA-T
128 CAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTA-ATACAATTAATAAGTAAAAGA
41341 TTTAAAAAATAAAT
1 TTTAAAAAATAAAT
41355 CTATTTTCTA
Statistics
Matches: 588, Mismatches: 97, Indels: 83
0.77 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
174 24 0.04
175 69 0.12
176 71 0.12
177 86 0.15
178 52 0.09
179 49 0.08
180 89 0.15
181 124 0.21
182 23 0.04
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TTTAAAAAATAAATATGTTTACGAAAAGTTCAAATAGATATGACTATTTGAATAATTATATATTT
CAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGGTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAATACAATTAATAAGTAAAAGA
Done.