genome.fa.s186.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168011.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_266, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41047

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
338--471	46	3.0	47	82	5	161	41	11	12	34	1.80
349--478	22	5.9	22	79	7	129	39	11	14	34	1.82
499--660	44	3.7	44	76	16	156	37	13	17	32	1.89
2870--2942	20	3.5	20	73	21	69	50	0	1	47	1.09
2872--2955	22	3.8	22	72	19	68	51	0	1	47	1.08
3003--3069	36	1.9	34	82	11	82	47	1	4	46	1.31
3265--3306	15	2.9	14	77	22	50	52	0	2	45	1.13
3397--3430	15	2.2	16	89	5	52	50	0	0	50	1.00
5242--5299	9	6.8	9	76	13	52	46	1	0	51	1.11
5248--5300	13	3.9	13	82	12	54	49	0	0	50	1.00
5554--5598	15	2.9	16	80	9	58	44	0	0	55	0.99
5916--5977	25	2.5	24	75	17	63	53	4	4	37	1.44
6544--6589	21	2.2	20	88	3	65	50	2	0	47	1.13
7509--8510	180	5.6	180	75	9	746	42	9	8	39	1.69
9741--9842	42	2.5	40	78	15	102	51	2	1	43	1.27
11272--11321	22	2.3	20	80	12	55	50	0	4	46	1.20
11252--11316	34	1.9	34	84	12	89	47	1	4	46	1.32
11512--11553	15	2.9	14	77	22	50	52	0	2	45	1.13
11644--11677	15	2.2	16	89	5	52	50	0	0	50	1.00
11695--11766	15	5.0	15	73	13	62	43	4	0	52	1.20
11696--11766	19	3.5	19	69	14	52	43	4	0	52	1.20
12637--12678	17	2.4	18	84	8	59	61	2	0	35	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12686--12755	20	3.4	19	71	13	59	48	5	2	42	1.41
12972--13014	14	2.9	15	80	13	54	48	2	0	48	1.14
13425--13790	192	1.9	188	80	5	405	39	9	9	42	1.69
14672--14758	9	9.7	9	70	21	58	47	1	0	51	1.08
16528--16560	14	2.4	14	90	5	50	45	0	0	54	0.99
16582--16619	19	2.0	19	85	10	51	44	5	0	50	1.24
16937--16978	21	2.0	21	86	9	59	57	0	2	40	1.12
17320--17372	21	2.5	21	82	11	72	47	1	1	49	1.23
17320--17371	10	5.0	11	77	9	56	46	1	1	50	1.23
17331--17378	21	2.4	21	89	6	73	47	2	2	47	1.25
17664--17730	23	2.8	25	82	6	77	44	4	2	47	1.38
17693--17745	23	2.4	22	81	9	54	52	0	3	43	1.19
18059--18105	23	2.2	22	85	11	62	59	0	0	40	0.97
18450--18515	31	2.3	31	82	10	77	50	0	1	48	1.10
18774--18827	29	1.9	29	85	7	76	40	0	1	57	1.09
19554--19608	22	2.5	22	85	5	67	49	3	0	47	1.19
19551--19608	26	2.5	22	81	16	55	50	3	0	46	1.18
19701--19755	25	2.2	26	84	15	73	47	0	0	52	1.00
19718--19841	13	9.8	13	67	18	57	45	3	3	48	1.34
20040--20087	20	2.4	20	79	6	53	45	0	0	54	0.99
20971--21062	36	2.6	37	78	11	97	46	2	2	48	1.26
21492--21533	22	2.0	21	86	13	59	50	2	0	47	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21503--21541	15	2.5	16	88	12	55	48	5	0	46	1.24
21574--21621	25	1.9	25	83	8	62	47	4	2	45	1.33
21768--21825	23	2.5	22	72	8	62	44	1	1	51	1.21
22634--22733	6	16.2	6	71	18	64	50	2	2	46	1.24
23126--23231	22	4.6	23	77	15	71	46	0	0	51	1.13
23322--23354	13	2.8	12	90	9	50	51	0	0	48	1.00
23373--23817	181	2.5	180	78	7	456	42	11	7	39	1.68
25107--25140	17	2.1	17	88	5	52	29	17	5	47	1.71
25679--25760	43	1.9	43	82	5	103	46	2	1	50	1.22
25882--25951	18	3.9	18	72	20	58	42	0	1	55	1.08
25887--25951	19	3.5	19	82	12	82	43	0	1	55	1.09
25882--25962	16	4.8	16	75	19	58	44	1	1	53	1.16
25887--25962	37	2.1	37	83	9	95	44	1	1	52	1.17
26929--26974	24	1.9	24	86	8	67	54	4	2	39	1.32
27011--27048	12	3.1	13	81	11	53	47	0	0	52	1.00
27005--27051	13	3.6	13	78	18	53	48	0	0	51	1.00
27240--27308	21	3.2	23	82	9	76	50	1	0	47	1.09
27378--27415	14	2.7	14	84	8	51	39	2	0	57	1.12
28242--28310	36	1.9	36	82	11	88	40	2	1	55	1.24
28338--28435	46	2.2	44	80	14	110	47	0	2	50	1.12
28503--28573	29	2.5	29	80	8	76	53	0	4	42	1.20
28566--28701	17	7.3	18	68	20	68	55	0	1	43	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28541--28640	30	3.2	32	79	10	93	54	0	3	43	1.16
28962--29016	21	2.8	19	77	20	60	45	1	5	47	1.36
29077--29121	17	2.7	18	83	10	60	44	4	0	51	1.21
29113--29163	21	2.4	21	86	3	66	45	1	5	47	1.38
29170--29194	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
29185--29238	21	2.6	21	77	13	58	46	0	0	53	1.00
29153--29229	7	11.0	7	69	9	50	48	0	0	51	1.00
29286--29334	13	3.6	14	77	17	50	48	2	0	48	1.12
29318--29378	29	2.0	30	87	6	88	49	0	3	47	1.18
29294--29394	29	3.5	30	68	26	76	49	0	1	47	1.19
29783--29847	24	2.6	26	76	14	73	52	4	3	40	1.38
30088--30143	22	2.6	20	81	16	51	48	0	0	51	1.00
30170--30936	180	4.3	178	85	5	812	38	10	9	42	1.72
30478--30510	18	1.9	17	88	11	50	39	12	6	42	1.67
30635--31175	300	1.8	299	86	1	778	38	10	8	42	1.71
31498--31930	182	2.4	180	80	1	465	39	8	9	42	1.67
33106--33146	20	2.0	21	86	9	59	51	0	2	46	1.14
33365--33491	11	11.5	11	68	14	64	41	3	0	54	1.22
33418--33496	25	3.0	26	75	12	81	44	1	1	53	1.16
33430--33474	16	2.8	16	80	13	56	48	2	0	48	1.13
33809--33847	19	2.1	18	90	4	60	43	0	0	56	0.99
33812--33850	18	2.1	19	85	4	53	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34874--34911	20	1.9	20	94	0	67	44	7	0	47	1.32
35029--35099	19	3.8	17	75	15	61	49	0	4	46	1.21
36445--36477	12	2.7	13	86	13	52	69	0	0	30	0.88
37437--37462	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
37477--37603	52	2.4	54	88	4	195	44	10	17	27	1.81
37901--37925	9	2.8	9	100	0	50	44	8	0	48	1.32
38430--38481	26	2.0	25	81	3	59	48	0	0	51	1.00
38469--38516	25	1.9	25	82	0	60	50	4	0	45	1.21
38425--38539	47	2.4	47	80	15	119	49	1	0	47	1.17
38528--38595	36	1.9	34	82	11	84	45	1	4	48	1.31
38905--38946	18	2.6	16	75	17	50	50	2	0	47	1.14
39681--39738	30	1.9	31	82	10	75	48	0	1	50	1.11
40419--40483	25	2.5	25	82	9	69	50	1	3	44	1.26
40671--40718	22	2.2	23	81	7	55	41	0	6	52	1.27
40625--40747	50	2.4	52	74	19	116	40	0	5	53	1.25
40819--40874	24	2.4	22	85	14	69	39	1	0	58	1.08
40834--40880	12	3.8	12	78	13	51	38	0	0	61	0.96
40830--40890	24	2.5	23	82	12	68	44	0	0	55	0.99

Tables:   1

The End!