genome.fa.s188.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168013.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_268, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  40984

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122--187	28	2.4	27	80	14	73	56	0	1	42	1.08
133--166	14	2.5	13	90	4	50	55	0	0	44	0.99
133--187	28	2.0	27	86	10	76	56	0	1	41	1.10
174--222	16	3.1	16	85	8	57	44	0	6	48	1.27
189--431	109	2.2	109	95	2	436	46	3	4	45	1.39
446--513	32	2.2	30	79	12	75	51	2	1	44	1.25
661--710	18	2.7	18	77	14	57	50	0	4	46	1.20
2056--2085	13	2.4	13	94	5	53	50	0	0	50	1.00
2081--2165	10	8.5	10	73	18	54	49	2	1	47	1.22
2096--2167	19	3.8	20	77	15	64	52	2	1	43	1.24
2152--2191	19	2.1	19	86	9	55	47	0	0	52	1.00
2988--3053	18	3.7	17	80	11	62	48	3	1	46	1.26
3047--3109	27	2.3	27	81	8	74	47	3	0	49	1.17
3409--3504	38	2.6	36	78	16	92	44	3	3	48	1.34
3467--3500	18	1.9	18	88	5	52	47	2	0	50	1.16
3439--3503	18	3.4	18	72	19	51	46	3	1	49	1.27
3631--3691	31	2.0	30	83	3	77	47	0	3	49	1.18
3721--3763	10	4.4	10	76	5	52	53	0	2	44	1.13
4076--5080	179	5.6	180	74	9	730	41	9	9	39	1.70
4243--5044	359	2.2	359	78	6	793	40	9	9	40	1.71
5376--5422	21	2.2	22	84	3	60	40	2	2	55	1.24
5945--5998	18	2.8	20	75	18	60	57	0	3	38	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6128--6207	23	3.4	23	72	10	72	37	2	2	57	1.26
6309--6376	16	4.1	16	71	17	57	51	1	1	45	1.19
7951--7997	13	3.5	13	82	11	51	40	0	6	53	1.27
7965--8017	7	8.1	7	74	14	51	41	0	3	54	1.18
8365--8431	23	3.0	21	78	16	57	52	1	1	44	1.19
8683--9058	178	2.1	179	81	7	433	41	7	9	41	1.66
9080--9115	14	2.6	13	87	12	54	44	0	0	55	0.99
9086--9115	7	4.4	7	95	4	53	43	0	0	56	0.99
9166--9210	23	2.0	23	82	8	56	46	4	0	48	1.22
9384--9408	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
9590--10082	178	2.7	178	81	7	491	41	7	8	42	1.64
10988--11022	14	2.5	14	100	0	70	57	0	5	37	1.23
11541--11566	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
12054--12117	31	2.1	31	85	11	87	53	0	3	43	1.16
12055--12117	16	4.0	16	80	13	69	53	0	3	42	1.16
13480--13860	181	2.1	183	83	3	484	45	9	7	37	1.66
14853--14916	34	1.9	33	84	9	85	50	1	1	46	1.20
14995--15077	17	4.8	18	70	16	61	48	0	2	49	1.14
15000--15077	25	3.1	24	72	15	68	47	0	2	50	1.15
14994--15053	24	2.5	24	76	13	59	46	0	3	50	1.18
15046--15099	6	8.8	6	76	11	56	48	5	0	46	1.25
16458--16527	23	3.0	22	76	15	68	48	2	0	48	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16666--16718	19	2.7	19	82	8	63	49	0	0	50	1.00
16679--16740	30	2.0	31	84	12	83	48	1	0	50	1.10
17184--17276	17	5.0	17	71	21	53	50	0	1	48	1.07
17177--17228	19	2.7	19	75	16	54	48	1	0	50	1.12
17455--17536	39	2.1	39	88	6	123	52	12	3	31	1.56
17649--17695	22	2.1	22	88	7	69	55	0	0	44	0.99
17691--17725	14	2.4	14	90	9	52	54	0	0	45	0.99
17646--17728	18	4.5	18	71	18	64	54	0	0	45	0.99
18069--18508	177	2.4	177	80	5	481	40	6	9	43	1.63
18720--18744	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
18879--18921	17	2.5	17	80	3	50	48	4	0	46	1.22
19082--19125	15	2.8	16	80	19	56	56	0	4	38	1.20
19080--19128	23	2.2	22	82	10	55	55	0	4	40	1.19
19375--19442	26	2.6	25	75	11	66	45	7	0	47	1.31
19779--19821	22	2.0	22	86	9	61	53	6	0	39	1.28
20194--20242	24	2.0	24	84	7	64	38	2	2	57	1.22
20251--20288	19	2.0	19	89	0	58	52	0	0	47	1.00
20388--20772	180	2.1	179	81	4	445	40	7	9	42	1.66
20686--20983	157	1.9	156	82	7	372	39	8	12	39	1.73
20853--21341	181	2.7	177	78	5	495	43	7	10	38	1.68
21803--21869	22	3.0	21	85	8	80	44	2	0	52	1.16
21826--21905	10	7.6	10	70	19	56	45	2	0	52	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21823--21890	25	2.6	26	81	13	77	44	2	0	52	1.16
21919--22427	180	2.8	176	74	10	447	40	8	8	42	1.65
22732--23073	180	1.9	181	82	1	427	41	8	8	41	1.66
22596--23294	181	3.9	178	78	3	598	41	8	8	41	1.66
23540--23582	20	2.2	20	87	8	61	44	2	0	53	1.13
23535--23580	20	2.4	19	77	19	51	45	2	0	52	1.13
23580--23622	13	3.2	13	81	12	50	41	2	2	53	1.26
24760--24894	65	2.0	67	79	13	147	48	1	2	47	1.23
25468--25536	33	2.1	33	84	10	88	40	4	2	52	1.36
25527--25578	21	2.7	18	80	16	52	46	5	0	48	1.26
25648--25703	29	1.9	29	85	7	78	44	0	1	53	1.11
26733--26800	21	3.3	20	80	10	75	41	1	0	57	1.08
26784--26844	22	2.8	21	85	14	72	47	0	3	49	1.18
26786--26832	4	11.2	4	78	17	51	48	0	2	48	1.13
26947--26999	17	3.0	18	79	17	58	45	1	0	52	1.11
27131--27160	15	2.0	15	100	0	60	40	0	0	60	0.97
27178--27218	19	2.1	20	86	13	59	48	0	0	51	1.00
27215--27241	14	1.9	14	100	0	54	66	3	0	29	1.09
27666--27744	28	2.8	29	79	12	76	43	1	5	50	1.32
27729--27757	12	2.4	12	100	0	58	58	0	0	41	0.98
28084--28184	30	3.7	27	75	12	91	46	1	1	49	1.24
28082--28125	11	3.7	11	77	16	52	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28096--28144	16	3.0	16	82	11	64	44	0	2	53	1.12
28096--28186	30	3.2	30	73	14	93	42	2	2	52	1.25
28383--28429	14	3.4	14	91	5	69	42	6	0	51	1.27
28383--28434	24	2.2	24	86	6	70	42	5	1	50	1.37
29311--29371	17	3.3	19	80	19	67	55	0	4	39	1.21
29402--29501	14	7.3	13	68	20	53	50	1	0	49	1.07
30122--30157	15	2.4	14	90	9	54	55	2	0	41	1.14
30117--30158	13	3.3	13	78	15	52	57	4	0	38	1.20
30178--30217	20	2.1	19	90	4	62	40	0	0	60	0.97
30166--30225	17	3.6	16	75	16	52	41	0	1	56	1.09
31346--31408	16	4.0	16	74	17	51	52	1	1	44	1.20
31406--31438	13	2.4	14	85	10	50	45	3	3	48	1.33
31978--32013	16	2.3	15	90	4	54	41	0	8	50	1.33
33117--33184	21	3.3	20	80	10	75	41	1	0	57	1.08
33115--33211	22	4.6	21	73	16	69	43	1	1	54	1.14
33280--33314	10	3.4	10	88	7	52	54	0	0	45	0.99
33367--33422	18	3.2	17	80	19	62	46	1	0	51	1.11
33473--33555	35	2.3	37	86	12	111	49	1	2	46	1.22
33644--33679	13	2.6	14	91	8	65	22	0	5	72	1.05
33644--33690	13	3.6	13	88	11	62	23	0	4	72	1.02
33638--33695	13	4.5	12	76	20	55	20	0	3	75	0.94
33704--33756	19	2.9	19	78	13	58	22	5	1	69	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33839--33920	21	3.8	22	77	11	89	30	4	4	59	1.39
34843--34881	10	3.7	10	83	12	51	17	5	0	76	0.96
34843--34904	22	2.6	25	82	10	76	17	4	1	75	1.05

Tables:   1

The End!