Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168015.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_27, whole genome shotgun sequence
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Warning! 118000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 30 of 93
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* * ** *
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* * *
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* * **
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TTTTTATTTTCTGACTCATGATTTAATCTCGGTCATTTTTCATTTTTGACTCATCGTTTAATCTC
GATTGCTTTC
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* **
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* * * *
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*
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63 TCCTGGTC
* * * * *
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* * * * * * * *
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1 GTTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAAT-CCTCATCG-TTTTATTTTTCTGACTCGTGGTTTAAT
***
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64 CCTGGTC
* ** * * *
3383420 GTTTTCATTTTCTGACTCAT-GTTGTGATTTTGATCATTATTATTTCTCTGACTCGTGGTTTAAT
1 GTTTTCATTTTCTGACTCATGGTT-TAATCCTCATCGTT-TTATTTTTCTGACTCGTGGTTTAAT
*
3383484 CCCT-GTT
64 -CCTGGTC
* * * * * *
3383491 GTCTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAAT-CTCGATTGTTTTTAATTTTT-TGACTGGTGGTTT-C
1 GTTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCTC-ATCG-TTTT-ATTTTTCTGACTCGTGGTTTAA
* *
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* * *
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65 CTGGTC
* * * * * ** ** * * *
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1 GTTTTC-ATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCTCATC-GTTTTATTTTTCTGACTCGTGGTTTAA-
*
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* * ** * * * * *
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*
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63 TCCTGGTC
* * * * * * * **
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* *
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* * * * * * * **
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1 GTTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCTCATC-GTTTTATTTTTCTGACTCGTGGTTTAATC
* *
3383908 CTTGTT
65 CTGGTC
* ** * * * * *
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*
3383977 TTTCT-GTC
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* * * * * * *
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* *
3384048 TCTTGATC
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*
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GTTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCTCATCGTTTTATTTTTCTGACTCGTGGTTTAATCC
TGGTC
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* * * * * *
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* *
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* * *
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*
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TCATCA
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* ** *
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* *
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*
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1 ATCACTTTTCATTTT
3384103 CTGACTAGCG
Statistics
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* * *
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* *
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** *
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* *
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*
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*
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Statistics
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* *
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64 GTCA
* ** * * * * **
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1 TTTTTATTTTTGACCT-CAGTTTAATCTCAATCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-CTG
*
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64 GTCA
* * * *
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1 TTTTTATTTT-TGACCTCA-G-TTTAATCT-CAATCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAA-T
*
3384658 TTGGTCA
61 CTGGTCA
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1 TTTTTATTTTT
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CA
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* * * * * *
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* *
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*
3385005 TAATGCC
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* * * * *
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1 G-TCATTTTTCATTTTTTGACTCGTGATTTAATTTTGGTCATTTT
3385056 GACTTGCTGA
Statistics
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AATGCC
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*
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* * ** ***
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* * * *
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** **
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* * * * *
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* * * **
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * **
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* * * ** *
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* * * * *
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* *
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* * **
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* * *
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* * * * * * *
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* * * **
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*
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* * **
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* * **
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* * * * *
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* * *
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* ** * * *
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* * * **
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* ** * *
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* * ** *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* *
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* * * ** **
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* * **
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* **
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* * * *** **
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** *
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* *
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** * *** **
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* * * * *
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*
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* ** ** **
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * ** *
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* * *
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* * * **
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * ** *
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* * * *
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* ** * * **
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* ** **
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* * * *
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* *** *
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* * * * *
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*
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* * *
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*
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* * * * *
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*
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* *** * * * *
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*
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* * * * *
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TTCA
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* ** ** **
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*** *
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* * * *
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* *
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* *
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ATGAG
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3385497 GATTTGTGGT
* * *
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* * ***
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* * ** *
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** * * **
3385709 CTCGTGATTTAAT-CTCGATTGTTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAAT-TGCCACCATTTTTAT
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CGTGATTTAATACCGATCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATCTCCACCATTTACATTTTC
TAACCCATGG
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* * ** *
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* * * *
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* * * * * * *
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ACCATTG
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3385926 GGTTTAATCC
* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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CAGTTGTCTTAATTTTTTGACTAGTGGTCTAAGCTTGATCATTTTCAGTTTTAGACTCATGATTT
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* * *
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* * **
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* * * * * * *
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* * * *
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3386661 TAGCTTATGA
* * * * * ** * * *
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* * * *
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* *
3386799 TCTGACTCGTTG
129 TCTGACTCATGG
* * **
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1 TTTAATGTCGATCGTTTTTATTTTCTGACTCATGATTTAATCTTAGTCA-TTTCATTTTCTAACT
* * * * * * **
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128 TTCTGACTCATGG
* * * ** * *
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* * * *
3387017 CAAGGTTTAATCCTCATCGTTTTAATTTTTCTGACTCATGGTTTAAT-CCTGGTCATTTTCAATT
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* * *
3387081 TT-AGGCTCATGA
128 TTCTGACTCATGG
* * * * * *
3387093 TTTAATTTTGGTCATTTTTATTTTCTAACACATGATT
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Statistics
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TGACTCATGG
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3387080 TTTAGGCTCA
* * * * * *
3387090 TGATTTAATTTTGGTCATTTTTATTTTCTAACACATGATTCAATTCCAGTCATTTTCGTTTCTTG
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66 ACTAG
* * * ** * *
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1 TGATTTAATCTTGGTCATTTTCATTTTCTAACTCATCATTTAATTCCAGTCATTTTCATTTC-TT
* *
3387225 GATTCG
65 GACTAG
* * * *
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1 TGATTTAATCTTGGTCATTTTCATTTTCTAACTCATCATTTAATTCCAGTCATTTTCATTT
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ACTAG
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3386705 ACTTAATCTT
* * * * * * * *
3386715 AGTCGTTTTCATTTTC-TAACCCA-TGGTTTAATCCTGGTCGTTTTTATTTTTTGACTCATGATT
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* * * * * ** * * *
3386778 TAATCCTAGTCATTTT-TATTTTCTGACTCGTTG-TTTAATGTCGGTTGTTTTTATTTTCTGACT
65 TAATCCTGGTCGTTTTATATTTTCTGACTTG-TGATTTAATCTTGGTCATTTTCATTTTTTGACA
* *
3386841 CATGATTTAATCCC
129 CATCATTTAATTCC
* * *
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* * * * ** * * *
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61 GATTTAAT-CCTGGTCGTTTTATATTTTCTGACTTGTGATTTAATCTT-GGTC-ATTTTCATTTT
* * * ** ** *
3386977 CTGACTCGTGGTTT-CGTCTT
123 TTGACACATCATTTAATTC-C
* * * * * * *
3386997 AGTCA-TTTCATTCTC-TGACTCAAG-G-TTTAATCCTCATCGTTTTAATTTTTCTGACTCATGG
1 AGTCATTTTCATTTTCTTAACT--AGTGATTTAATCCTCGTCATTTTCA-TTTTCTAACTCATGA
* * * ** * * * *
3387058 TTTAATCCTGGTCATTTTCA-ATTTT-AGGCTCATGATTTAATTTTGGTCATTTTTATTTTCTAA
63 TTTAATCCTGGTCGTTTT-ATATTTTCTGACTTGTGATTTAATCTTGGTCATTTTCATTTTTTGA
* *
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127 CACATCATTTAATTCC
* * * *
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1 AGTCATTTTCATTTTCTTAACTAGTGATTTAATCCTCGTCATTTTCATTTTCTAACTCATGATTT
* * * * * *
3387201 GATTCTGGTCGTTTT-TATTTCTTTGA-TTCGTGATTTAATGTTGGTAATTTTCATTTTTTGACT
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3387264 CATCATTTAATTCC
129 CATCATTTAATTCC
* * *
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1 AGTCATTTTCATTTTCTTAACT--AGTGATTTAATCCTCGTCATTTTCA-TTTTCTAACTCATGA
* * * *
3387339 TTTAATCCCT-GTTGTTTTATATTTTCTGACTTGTGCTTTAATCCCT-ATCATTTTCATTTTTTG
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*
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*
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AGTCATTTTCATTTTCTTAACTAGTGATTTAATCCTCGTCATTTTCATTTTCTAACTCATGATTT
AATCCTGGTCGTTTTATATTTTCTGACTTGTGATTTAATCTTGGTCATTTTCATTTTTTGACACA
TCATTTAATTCC
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*
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* **
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* * * * *
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* * * * *
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TTTAATCCCTATCATTTTCATTTTGTGACACATCA
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3387237 AATGTTGGTA
* * * * * *
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1 ATTTTCATTTTTTGACACATCATTTAATCCCTGTCATTTTCTATTTTCTGACTTAAGATTTAAT-
*
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65 TCCTATC
* ** ** * ** * ** * *
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66 CCTATC
* *
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66 CCTATC
* * *
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ATTTTCATTTTTTGACACATCATTTAATCCCTGTCATTTTCTATTTTCTGACTTAAGATTTAATT
CCTATC
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* * * *
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* * **
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* *
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* * ** *
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* * * *
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* * *
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* * * * ** *
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* * * ** * *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * ****
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* * ** * **
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* * * *
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* * * ****
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* ** * **
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* * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * **
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* *
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* * *
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TTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCCAGTCA
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* * *
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* * * *
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65 AATGCCCA
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GTCATTTTTATTTTTTGACTTATGATTTAATTTCGATCATTTTTATTTCTTTGACTCATGATTCA
ATGCCCA
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* * ** * * *
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* * *
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*
3388823 GGTCAT
64 AGTCAT
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TTTCATTTTCTAACTCATGCTTTAATCCTACTAGTTTTCATTTTTCAACAGGACTTTAATCCCAG
TCAT
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* * * * **
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* *
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* * * *
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** * *
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* * * * * *
3389072 TTTAGTTTTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCGTGA
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** * * *
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1 TTTAAT
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Statistics
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TTTAATCTTGATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGA
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3388881 TTTTTTGATT
* * *
3388891 TTGTGGTTTAATCTTGATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTTCGAGCATTTTTATTTC
1 TTGTGATTTAATCTCGATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATTTCGAGCATTTTTATTTC
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* * * *
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***
3389026 TCTAACCC
64 TCT-TGGC
* * * * * *
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1 TTGTGATTTAATCTCGATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATTTCGAGCAT-TTTT-ATT
* *
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64 TCTTGGC
* * * * * *
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*
3389165 CCTGGC
65 CTTGGC
* * * * *
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3389219 CCCCACTGTC
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TTGTGATTTAATCTCGATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATTTCGAGCATTTTTATTTC
TTGGC
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Indices: 3388976--3389071 Score: 117
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3388966 GATTTAATAT
* *
3388976 CGATCGTTTTCATTTTCTGACTCAT-GATTTAATCT
1 CGATCGTTTTCATTTTCTGACCCATGGA-TTAATCC
* *
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1 CGA-TCGTTTTCATTTTCTGACCCATGGATTAATCC
3389045 CGATCGTTTTCATTTTCTGACCCATGG
1 CGATCGTTTTCATTTTCTGACCCATGG
3389072 TTTAGTTTTG
Statistics
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CGATCGTTTTCATTTTCTGACCCATGGATTAATCC
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Period size: 139 Copynumber: 1.9 Consensus size: 140
3388896 GTTTAATCTT
* * *
3388906 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTTCGAGCATTTTTATTTCATTGGCTTGTGATTT
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* * *
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* * * * *
3389046 GATCGTTTTCATTTTCTGACCCATGGTTTAGTTTTG-G-TTGTTTTCATTT-TTTGACTCGTGAT
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* * * * *
3389108 TTAATCTCAATCGTTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATTCCCACT-ATTTTTATTT
64 TTAATATCAATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAA-TCCCACTCATTTTCATTT
3389165 CCTGGCTTGT
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Matches: 100, Mismatches: 16, Indels: 7
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GGATAATCCC
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3389078 TTTGGTTGTT
* * * *
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*
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* * * * * * * *
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*
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65 ACTATC
* * * * ** * * **
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*
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65 ACT-A-TC
* * * * * * *
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Matches: 153, Mismatches: 47, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
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TTCATTTTCTGACTCGTGATTTAATCTCAATCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCCA
CTATC
Found at i:3389508 original size:36 final size:35
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3388901 ATCTTGATCG
* * *
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* * ** * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** **
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* * ** *
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* * * **
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** * ** * *
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* * * * ** **
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* * *
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* * * * *
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** * **
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* * * *
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*
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* *
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* * *
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*
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ATCTT
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* *
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Statistics
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Consensus pattern (35 bp):
TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCGTCAT
Found at i:3391101 original size:35 final size:35
Alignment explanation
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3391027 TTTGATTTTG
* * **
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* * **
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1 GTCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGCCA
** ** *
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* *
3391143 GTCATTTTTATTTTCTGACTCATTG-TTTATTGCCAA
1 GTCATTTTCATTTTCTGACTCA-TGATTTAATGCC-A
** ** * * * * * **
3391179 TTGTTTTTATTTTTTTTTTGACTTATGTTTTGATTCTG
1 --GTCATT-TTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGCCA
* * * * *
3391217 GTCATTATT-ATTTCTTTGACTCGTGGTTTAATTCCT
1 GTCATT-TTCATTT-TCTGACTCATGATTTAATGCCA
** * * * *
3391253 GTTGTCTTCATTTTCTAACTTATGGTTTAAT-CTC-
1 GTCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGC-CA
* * * **
3391287 GATCATTTTTTATTTTCTTGACTCGTGGTTTCGT-CTCA
1 G-TCA-TTTTCATTTTC-TGACTCATGATTTAATGC-CA
* * * **
3391325 GTCGTTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATTCTT
1 GTCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGCCA
* * * * *
3391360 GTCATTTTAATTTTTTGACTCGTGGTTTAAT-CCTG
1 GTCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGCC-A
* * * * **
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1 GTCATTTTC-ATTTTCTGACTCATGATTTAA-TGCCA
* * * *
3391431 -TCATTTTTATTTTCTAACTCGTGATTTAATTCCA
1 GTCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGCCA
* *
3391465 GTCATTGTT--GTTTCTTGACT-AGTGCTTTAAT-CCA
1 GTCATT-TTCATTTTC-TGACTCA-TGATTTAATGCCA
* * * * *
3391499 GGTCATTTTCATTTTCTAACTC-TTA-TTGATTCTA
1 -GTCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGCCA
** * *
3391533 GTTGTTTTCATTTTTTGAC-CTGTGATTTAAT-CTC-
1 GTCATTTTCATTTTCTGACTC-ATGATTTAATGC-CA
* * * *
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1 G-TCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGCCA
* * * ** ***
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1 GTCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGCCA
* * * *
3391636 GATCATTTTTATTTTTTTGACTCATGGTTTAATTCCCA
1 G-TCATTTTCA-TTTTCTGACTCATGATTTAA-TGCCA
* ** * * * *
3391674 TTTGTCTTCCTTTTCTGACTCATGGTTTAAT-CCC
1 GTCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGCCA
* * ** * *
3391708 GATCGTTTTTCATTTTCTGATTGGTGGTTTCAT-CTCA
1 G-TC-ATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGC-CA
* * * *
3391745 GTCATTTTCATTCTCTAACTCCTGATTTAATCCCTA
1 GTCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGCC-A
** * * * **
3391781 -TGGTTTTAATTTTCTGACTCGTGGTTTAAT-CTT
1 GTCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGCCA
* * * ****
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1 G-TCATTTTCA-TTTTCTGACTCATGATTTAATGCCA
* * *
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1 GTC-ATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGCCA
** * * * *
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* * * * ****
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1 GTCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGCCA
* * * *
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1 GTCATTTTCATTT-TCTGACTCATGATTTAATGCCA
* * * ***
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1 G-TCATTTTCATTTTCTGACTCA-TGATTTAATGCCA
* * *
3392025 GATCATTTTCTTTTTCTAACTCATGGTTTAAT-CTCA
1 G-TCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGC-CA
* * * *
3392061 GTCATTTTCACTTTT-TGACTTATGGTTTAGTCCCCCA
1 GTCATTTTCA-TTTTCTGACTCATGATTTAAT--GCCA
** * * * *
3392098 -TTGTTTTACATTTTTTGACTCCTGCTTTAATCCCTA
1 GTCATTTT-CATTTTCTGACTCATGATTTAATGCC-A
* * * * *
3392134 -TCCTTTTTATTTTTTGACGCATTG-TTTAATCCCTA
1 GTCATTTTCATTTTCTGACTCA-TGATTTAATGCC-A
* * * *
3392169 -TCATTTTTTATTTTTTGACTCGTCATTTAAT-CTC-
1 GTCA-TTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGC-CA
** * * * *
3392203 GATCGCTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAAT-CCTT
1 G-TCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGCC-A
** * * * **
3392239 GTGGTTTTAATTTTTTGACTCATGGTTTAAT-CTT
1 GTCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGCCA
****
3392273 GATCATTTTCAATTTTAC--ACTCATGATTTAATTTTG
1 G-TCATTTTC-ATTTT-CTGACTCATGATTTAATGCCA
* * **
3392309 GTCAATTTT-ATTTTCTGACTCGTGATTTAGTTTCA
1 GTC-ATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGCCA
** * * * **
3392344 GTTGTTTTCATTTTTTGACT-AGTGGTCTAAT-CTT
1 GTCATTTTCATTTTCTGACTCA-TGATTTAATGCCA
* * * ****
3392378 GATCTTTTTCATTTT-TCGACTCGTGATTTGATTTTG
1 G-TCATTTTCATTTTCT-GACTCATGATTTAATGCCA
* * * *
3392414 GTCATTTTTATTTCTTTGACTCGTTATTTAATGCC-
1 GTCATTTTCATTT-TCTGACTCATGATTTAATGCCA
* * ***
3392449 GATCATTTTCATTTTTTGACTCGTTG-TTTAAT-TTT
1 G-TCATTTTCATTTTCTGACTC-ATGATTTAATGCCA
* *
3392484 GATCATTTTCTTTTTCTGACTCATTG-TTTAA--CCTC
1 G-TCATTTTCATTTTCTGACTCA-TGATTTAATGCC-A
* ** * *
3392519 GATCATTTTCACTTTT-TAACTTGTGGTTTAATCCCCTA
1 G-TCATTTTCA-TTTTCTGACTCATGATTTAAT-GCC-A
** * * *
3392557 -TTGTTTTACATTTTCTGACTCATGCTTTAATCCCT
1 GTCATTTT-CATTTTCTGACTCATGATTTAATGCCA
* * * * *
3392592 GTCGTTTTTATTTTTTGA-TGCATTG-TTTAATCCCT
1 GTCATTTTCATTTTCTGACT-CA-TGATTTAATGCCA
* *
3392627 GTCATTTTTATTTTCTGACTCGTGATTTAAT-CTC-
1 GTCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGC-CA
*
3392661 GATCATTTTTCATTTTTTGACTCATCG-TTTAAT-CTCA
1 G-TCA-TTTTCATTTTCTGACTCAT-GATTTAATGC-CA
* *
3392698 ATCCA-TTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAAT-CCTA
1 GT-CATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGCC-A
** * * * * * *
3392733 GTGGTTTTCGTTTTCTCACTCAGGGTTTAGTCCCA
1 GTCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGCCA
* ** * *
3392768 GTCATTTTCATTTTTTGACTTGTGCTTTAATACCA
1 GTCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGCCA
* *
3392803 ATCATTTACATTT
1 GTCATTTTCATTT
3392816 CTTAACTCGC
Statistics
Matches: 1281, Mismatches: 340, Indels: 245
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Matches are distributed among these distances:
32 1 0.00
33 20 0.02
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ACGTcount: A:0.18, C:0.17, G:0.12, T:0.53
Consensus pattern (35 bp):
GTCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATGCCA
Found at i:3391313 original size:72 final size:70
Alignment explanation
Indices: 3391211--3391394 Score: 196
Period size: 72 Copynumber: 2.6 Consensus size: 70
3391201 TTATGTTTTG
* * *
3391211 ATTCTGGTCATTATT-A-TTTCTTTGACTCGTGGTTTAATTCCTGTTGTCTTCATTTTCTAACTT
1 ATTCTCGTCATT-TTAATTTTC-TTGACTCGTGGTTTAA-TCCTGTCGTCTTCATTTTCTAACTC
3391274 ATGGTTTA
63 ATGGTTTA
* ** * * *
3391282 A-TCTCGATCATTTTTTATTTTCTTGACTCGTGGTTTCGTCTCAGTCGTTTTCATTTTCTGACTC
1 ATTCTCG-TCA-TTTTAATTTTCTTGACTCGTGGTTTAATC-CTGTCGTCTTCATTTTCTAACTC
3391346 ATGGTTTA
63 ATGGTTTA
*
3391354 ATTCTTGTCATTTTAATTTT-TTGACTCGTGGTTTAATCCTG
1 ATTCTCGTCATTTTAATTTTCTTGACTCGTGGTTTAATCCTG
3391395 GCCATTTTCA
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 13, Indels: 14
0.78 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
69 2 0.02
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Consensus pattern (70 bp):
ATTCTCGTCATTTTAATTTTCTTGACTCGTGGTTTAATCCTGTCGTCTTCATTTTCTAACTCATG
GTTTA
Found at i:3392562 original size:459 final size:459
Alignment explanation
Indices: 3391770--3392729 Score: 1494
Period size: 459 Copynumber: 2.1 Consensus size: 459
3391760 TAACTCCTGA
* * *
3391770 TTTAATCCCTATGGTTTTAATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCTTGATCACTTGCAGTTTTAGACT
1 TTTAATCCCTATGGTTTTAATTTTCTGACTCATGGTTTAATCTTGATCACTTGCAATTTTACACT
3391835 CATGATTTAATTTTGGTCAATTTTATTTTCTGACTCGTGATTTAGTTCCAGTTGTTTTAGTTTTT
66 CATGATTTAATTTTGGTCAATTTTATTTTCTGACTCGTGATTTAGTTCCAGTTGTTTTAGTTTTT
*
3391900 TAACTAGTGGTCTAATCTCAATCTTTTTCATTTTTTGACTCATGATTTGATTTTGGTCATTTTTA
131 TAACTAGTGGTCTAATCTCAATCTTTTTCATTTTTCGACTCATGATTTGATTTTGGTCATTTTTA
3391965 TTTCTTTGACTCGTTATTTAATGCCGATAATTTTCATTTTTTCACTCATTGTTTAATTTTGATCA
196 TTTCTTTGACTCGTTATTTAATGCCGATAATTTTCATTTTTTCACTCATTGTTTAATTTTGATCA
* * *
3392030 TTTTCTTTTTCTAACTCATGGTTTAATCTCAGTCATTTTCACTTTTTGACTTATGGTTTAGTCCC
261 TTTTCTTTTTCTAACTCATGGTTTAACCTCAGTCATTTTCACTTTTTAACTTATGGTTTAATCCC
* *
3392095 CCATTGTTTTACATTTTTTGACTCCTGCTTTAATCCCTATCCTTTTTATTTTTTGACGCATTGTT
326 CCATTGTTTTACATTTTCTGACTCATGCTTTAATCCCTATCCTTTTTATTTTTTGACGCATTGTT
*
3392160 TAATCCCTATCATTTTTTATTTTTTGACTCGTCATTTAATCTCGATC-GCTTTCATTTTTTGACT
391 TAATCCCTATCA-TTTTTATTTTCTGACTCGTCATTTAATCTCGATCAGCTTTCATTTTTTGACT
* *
3392224 CGTGG
455 CATCG
* * * * *
3392229 TTTAATCCTTGTGGTTTTAATTTTTTGACTCATGGTTTAATCTTGATCATTTTCAATTTTACACT
1 TTTAATCCCTATGGTTTTAATTTTCTGACTCATGGTTTAATCTTGATCACTTGCAATTTTACACT
*
3392294 CATGATTTAATTTTGGTCAATTTTATTTTCTGACTCGTGATTTAGTTTCAGTTGTTTTCA-TTTT
66 CATGATTTAATTTTGGTCAATTTTATTTTCTGACTCGTGATTTAGTTCCAGTTGTTTT-AGTTTT
* ** *
3392358 TTGACTAGTGGTCTAATCTTGATCTTTTTCATTTTTCGACTCGTGATTTGATTTTGGTCATTTTT
130 TTAACTAGTGGTCTAATCTCAATCTTTTTCATTTTTCGACTCATGATTTGATTTTGGTCATTTTT
* * *
3392423 ATTTCTTTGACTCGTTATTTAATGCCGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTTGTTTAATTTTGATC
195 ATTTCTTTGACTCGTTATTTAATGCCGATAATTTTCATTTTTTCACTCATTGTTTAATTTTGATC
* * *
3392488 ATTTTCTTTTTCTGACTCATTGTTTAACCTC-GATCATTTTCACTTTTTAACTTGTGGTTTAATC
260 ATTTTCTTTTTCTAACTCATGGTTTAACCTCAG-TCATTTTCACTTTTTAACTTATGGTTTAATC
* * * *
3392552 CCCTATTGTTTTACATTTTCTGACTCATGCTTTAATCCCTGTCGTTTTTATTTTTTGATGCATTG
324 CCCCATTGTTTTACATTTTCTGACTCATGCTTTAATCCCTATCCTTTTTATTTTTTGACGCATTG
* * **
3392617 TTTAATCCCTGTCATTTTTATTTTCTGACTCGTGATTTAATCTCGATCATTTTTCATTTTTTGAC
389 TTTAATCCCTATCATTTTTATTTTCTGACTCGTCATTTAATCTCGATCAGCTTTCATTTTTTGAC
3392682 TCATCG
454 TCATCG
* * *** *
3392688 TTTAATCTCAATCCATTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATC
1 TTTAATCCCTATGGTTTTAATTTTCTGACTCATGGTTTAATC
3392730 CTAGTGGTTT
Statistics
Matches: 453, Mismatches: 45, Indels: 6
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
458 33 0.07
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ACGTcount: A:0.19, C:0.17, G:0.12, T:0.53
Consensus pattern (459 bp):
TTTAATCCCTATGGTTTTAATTTTCTGACTCATGGTTTAATCTTGATCACTTGCAATTTTACACT
CATGATTTAATTTTGGTCAATTTTATTTTCTGACTCGTGATTTAGTTCCAGTTGTTTTAGTTTTT
TAACTAGTGGTCTAATCTCAATCTTTTTCATTTTTCGACTCATGATTTGATTTTGGTCATTTTTA
TTTCTTTGACTCGTTATTTAATGCCGATAATTTTCATTTTTTCACTCATTGTTTAATTTTGATCA
TTTTCTTTTTCTAACTCATGGTTTAACCTCAGTCATTTTCACTTTTTAACTTATGGTTTAATCCC
CCATTGTTTTACATTTTCTGACTCATGCTTTAATCCCTATCCTTTTTATTTTTTGACGCATTGTT
TAATCCCTATCATTTTTATTTTCTGACTCGTCATTTAATCTCGATCAGCTTTCATTTTTTGACTC
ATCG
Found at i:3392618 original size:142 final size:141
Alignment explanation
Indices: 3392454--3392797 Score: 322
Period size: 141 Copynumber: 2.4 Consensus size: 141
3392444 ATGCCGATCA
* ** *
3392454 TTTTCATTTTTTGACTCGTTGTTTAAT-TTTGATCATTTTCT-TTTTCTGACTCATTG-TTTAAC
1 TTTTCATTTTTTGACTCATTGTTTAATCCCTG-TCATTTT-TATTTTCTGACTC-GTGATTTAAC
** * * ***
3392516 CTCGATCA-TTTTCACTTTTTAACTTGTGGTTTAATCCCCTATTGTTTTACATTTTCTGACTCAT
63 CTCGATCATTTTTCACTTTTTAACTCATCGTTTAAT-CCCAATCCATTT-CATTTTCTGACTCAT
3392580 GCTTTAATCCCTGTCG
126 GCTTTAATCCCTGTCG
* *
3392596 TTTTTATTTTTTGA-TGCATTGTTTAATCCCTGTCATTTTTATTTTCTGACTCGTGATTTAATCT
1 TTTTCATTTTTTGACT-CATTGTTTAATCCCTGTCATTTTTATTTTCTGACTCGTGATTTAACCT
* * * *
3392660 CGATCATTTTTCATTTTTTGACTCATCGTTTAATCTCAATCCATTTCATTTTCTGACTCATGGTT
65 CGATCATTTTTCACTTTTTAACTCATCGTTTAATCCCAATCCATTTCATTTTCTGACTCATGCTT
*
3392725 TAAT-CCTAGTGG
130 TAATCCCT-GTCG
* * * ** * * * * * *
3392737 TTTTCGTTTTCTCACTCAGGGTTTAGTCCCAGTCATTTTCATTTTTTGACTTGTGCTTTAA
1 TTTTCATTTTTTGACTCATTGTTTAATCCCTGTCATTTTTATTTTCTGACTCGTGATTTAA
3392798 TACCAATCAT
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 30, Indels: 15
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Matches are distributed among these distances:
140 3 0.02
141 76 0.46
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ACGTcount: A:0.17, C:0.19, G:0.12, T:0.52
Consensus pattern (141 bp):
TTTTCATTTTTTGACTCATTGTTTAATCCCTGTCATTTTTATTTTCTGACTCGTGATTTAACCTC
GATCATTTTTCACTTTTTAACTCATCGTTTAATCCCAATCCATTTCATTTTCTGACTCATGCTTT
AATCCCTGTCG
Found at i:3392935 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 3392889--3393039 Score: 126
Period size: 35 Copynumber: 4.3 Consensus size: 35
3392879 TTTGTTTTTT
*
3392889 TTTTCATTTTCTAACTTATGGTTTAATCTCAATCA
1 TTTTCATTTTCTAACTTATGATTTAATCTCAATCA
* * *
3392924 TTTTCATTTTCTGA-TTCTTGATTTAATTTCAATCA
1 TTTTCATTTTCTAACTT-ATGATTTAATCTCAATCA
* * * * ** **
3392959 TTTTTATTTCTCTAGCTTGTGATTTAATGTTGATTG
1 TTTTCATTT-TCTAACTTATGATTTAATCTCAATCA
* ** *
3392995 TTTTCCTTTTCTAACTCGTGATTTAATCTC-ATCG
1 TTTTCATTTTCTAACTTATGATTTAATCTCAATCA
3393029 TTTTCATTTTC
1 TTTTCATTTTC
3393040 CAACCCATGG
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 21, Indels: 7
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
34 15 0.16
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TTTTCATTTTCTAACTTATGATTTAATCTCAATCA
Found at i:3393090 original size:35 final size:34
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Indices: 3393051--3393162 Score: 116
Period size: 35 Copynumber: 3.2 Consensus size: 34
3393041 AACCCATGGT
* *
3393051 TTTAATCTAGATTGTTTTCACTTTCTGACTCGTCA
1 TTTAATCT-GATTGTTTTTATTTTCTGACTCGTCA
* **
3393086 TTTAATCCTGGTTGTTTTTATTTTCTGACTCGTTG
1 TTTAAT-CTGATTGTTTTTATTTTCTGACTCGTCA
* * * *
3393121 TTTAATGTTGATTGTTTTTATTTTTTGACTCATGA
1 TTTAAT-CTGATTGTTTTTATTTTCTGACTCGTCA
3393156 TTTAATC
1 TTTAATC
3393163 CTAATCATTT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 13, Indels: 3
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
35 61 0.97
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ACGTcount: A:0.18, C:0.13, G:0.13, T:0.55
Consensus pattern (34 bp):
TTTAATCTGATTGTTTTTATTTTCTGACTCGTCA
Found at i:3393179 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 3393135--3452629 Score: 7632
Period size: 35 Copynumber: 1678.8 Consensus size: 35
3393125 ATGTTGATTG
* **
3393135 TTTTTATTTTTTGACTCATGATTTAATCCTAATCA
1 TTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCCTGGTCA
** * * **
3393170 TTTTCATTTTCCGACTCATGTTTTGATGTTGGTCA
1 TTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCCTGGTCA
* * * **
3393205 TTATT-ATTTCTTTGACTCGTGGTTTAATCCTTGTTG
1 TT-TTCATTT-TTTGACTCATGATTTAATCCTGGTCA
* * ** * * *
3393241 TCTTCATTTTCTGACTTGTGGTTTAATCCCGATCA
1 TTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCCTGGTCA
* * * * *
3393276 TTTATCATTTTTTGACTCGTGGTTTCATCTTAGTCA
1 TTT-TCATTTTTTGACTCATGATTTAATCCTGGTCA
* * * *
3393312 TTTTCATTCTCTGACTCATGGTTTAATCCTTGTCA
1 TTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCCTGGTCA
* * * * **
3393347 TTTTCAATTTTAGGCTCATGATTTCATTTTGGTCA
1 TTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCCTGGTCA
* * * * *
3393382 TTTTTATTTTCTAACTCGTGATTTAATTCC-AGTCA
1 TTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAA-TCCTGGTCA
* * *
3393417 TTTTCGTTTCTTGACT-AGTGGTTTAATCCTGGTCA
1 TTTTCATTTTTTGACTCA-TGATTTAATCCTGGTCA
* * * * *
3393452 TTTTCATTTTCTAACTCATGATTTGATTCTAGTCA
1 TTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCCTGGTCA
* * * * *
3393487 TTTTTATTTCTTTGACTCATCATTTAATTCTAGTCG
1 TTTTCATTT-TTTGACTCATGATTTAATCCTGGTCA
*** * * * **
3393523 TTTTCATTTTCCAACTCAAGGTTTAATCTTCTTCA
1 TTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCCTGGTCA
* * * * **
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* * * ** *
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* *
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1 TTTTCATTTTTTGACTC-ATGATTTAAT-CCTGGTCA
* *
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* * * *
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* * *
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1 -TTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATC-C--TGGTCA
* * * * * *
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1 TTTTCATTTTTTGACTCAT-GATTT-A--ATC---CTGGTCA
* * * ** ** *
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* *** * ** *
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* * ***
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* *** *
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* * * **
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* * * * *
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* * * * **
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* * *
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1 TTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCCTGGTCA
* ** **
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1 T-TTTCATTT-TTTGACTCATGATTTAATCCTGGTCA
* * * * * * *
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* * ** * * ** *
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* * *
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* * *
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1 TTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCCTGGTCA
* * * * * *
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* *
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* *
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* * ** * * * * **
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** * * * * **
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* * * ** *
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* * * * **
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* * * * *
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* * * * * *
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* **
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* * * **
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* *
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* * * * **
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* *** * * *
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* * **
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* * * **
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1 TTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCCTGGTCA
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* * * *
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1 TTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCCTGGTCA
* ** * * *
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1 TTTTC-ATTTTTTGACTCATGATTTAATCCTGGTCA
* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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**
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* * * *** **
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* * **
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* ** *** **
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** * * *
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1 TTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAAT-CCTGGTCA
* *
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * *
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* * * *** *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * ** *
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* * *
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1 TTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCCTGGTCA
* * * * *** **
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* * * * **
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* ** * *
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* ** **
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* * *
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* * ** ** *
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* * * * *
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* * *
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** * ** * *
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* * *
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* * **
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* **
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* ** * *
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* *
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* * * * **
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* * * * * * *
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** *
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* *
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** ** * * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * **
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* ** * **
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* * * *
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* * *
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* *
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* * * *** *
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* **
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* * * ** *
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* * *
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* * * *
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* * * ** * * **
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* * ** *
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*** * * *
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* * * ***
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* ** * *
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* * * ** *
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* * *
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* *
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* * * * *
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1 TTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCCT-GGTCA
* * * * **
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1 -TTTTCATTTTTTGACTCAT-GATTTAATCCTGGTCA
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* * ** ** * ** *
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* * * *
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* ***
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*** * *
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*
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* * * *
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*** * * ***
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* * * * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * ***
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* ** * * **
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* *
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* * * * * **
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1 -TTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCCTGGTCA
* * * *
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1 TTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCCT-GGTCA
* * ** *
3432832 TTTTTATTTTTTGACTCGTGATTTAATCCAAGTCT
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1 TTTAATCCCAGTTGTTTTCATTTTTTGACTCACGCTTTAATCCTTGTAGTTTTCATTTTC-CAAC
* * **
3394735 TC-GGGGTTTAGTCTC-AGTCATTTTCATTTTCTAACTCGTGC
65 ACAGGGGTTTA-TCCCTA-TCATTTTCATTTT-TAACTCGTAA
* *
3394776 TTTAATTCTAGTTGTTTTCATTTTT
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CAGGGGTTTATCCCTATCATTTTCATTTTTAACTCGTAA
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* * * * * *
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* * * * * * ** * * * * **
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* *
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* ** * * *
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**
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131 AATCCTGGTCA
* * *
3395154 TTTTTATTTTTTTGACTCATGGTTTAATCCTT-ATTC-TCTTC-ATTTTTTGACTAGTGGTTTAA
1 TTTCTA-TTTTTTGACTCATGGTTTAAT--TTCAATCAT-TTCTATTTTTTGACTAGTGATTTAA
* **
3395216 TCTCGATCGTTTTTCA-TTTTTTGACTAGTGGTTTTA-TCTCGGTCAATTTCATTCTCTAACTCA
62 TCTCGATCG-TTTTCATTTTTTTGACTAGTGGTTTAATTC-CCATCAATTTCATTCTCTAACTCA
* *
3395279 TGGTTTAATCCCT-GT-T
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* *
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GATCGTTTTCATTTTTTTGACTAGTGGTTTAATTCCCATCAATTTCATTCTCTAACTCATGATTT
AATCCTGGTCA
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* * * * *
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* *
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* * * ** *
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* *
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TTTTTTGAATAGTGGTTTAATCTCAATCATTTTCATTTTCTGACTCACGATTTAATCTCTGTCAT
TTTCACTTTTTGACTCGTGATTTAATGCTGATCATT
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3395932 TTCATTATTG
* * * * *
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* ** * * * *
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* * * * ** *
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* ** *
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*
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* * * * **
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* * * * *
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* * * * * * **
3396381 TAGTTTAATCCTGATCATTTTTATTTTCTAACTCATGATTTGATTCTAGTTGT
195 TAGTTTAATCCTGATCATCTTCATTGTCTAACTCATGATTTAATCCGAGTCAT
* * * * * **
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TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCGGTCATTTTCATTCTCTGACTCATGGTTTAATCTT
AGTCGTTTTCATTTTTAGACTCATGGTTTAATCCCGGTCGTTTTCAATTTTAGAATCATGATTTA
ATCTCGATCATTTTCATTTTCTAACTCATGATTTAATTCCAGTAATTTTTATTTCTTAGACTCAT
AGTTTAATCCTGATCATCTTCATTGTCTAACTCATGATTTAATCCGAGTCAT
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* * * * *
3396503 GTTTTCATTTTCTAACTCATGGTTTAATCTTCT-TCATTTTCA-TGTTTCA-ACTTATGGTTTAA
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*
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*
3396637 TCCCCTGT
65 TCCCCCGT
** * * * *
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GTTTTCATTTTCTAACTCATGATTTAATCCCTATCATTTTCATTTTTTGACACGTATGGTTTAAT
CCCCCGT
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3396565 TCCCCCGTTG
* * * * * *
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* * * **
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*
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* *
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TTTTTCATTTTTTAACTCATGATTTAATCCCTATCATATTCATTTTTTGACACGTAGTATAATCC
CTGTCA
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3397291 TACTTGTGGT
* * * *
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* *
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**
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AATGGA
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*
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1 TTTAATTTTAGACTCGTGA
* **
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1 TTTAATTTT
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Statistics
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TTTAATTTTAGACTCGTGA
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* * * * *
3398051 TTAATCTCGATCGTTTTTATTTTCTCACTAATGATTTAATTTCAATCATTTTTATTTCATTGGCT
1 TTAATCTCGATCGTTTTTATTTTCTAACCAATGATTTAATCTCAATCATTTTCATTTCATTGACT
* *
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131 TAACCCATGG
* * ** *
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* * * * * * * *
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65 TTGTGATTTAATAC-CGACCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATCTCGGTCATTTTCATTT
3398318 T
129 T
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TGTGATTTAATACCGACCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATCTCGGTCATTTTCATTTTC
TAACCCATGG
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*
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*
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3400887 T
1 T
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* *
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* * ** * * *
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**
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** * *
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1 AGTCATTTTT-ATTTCTGACTCGTGATTTAATTTTGATCATTTTTA-TTTTTGAC-TATGATTTA
*
3401016 ATTTC
63 ATTTT
* * * * * *
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TT
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** * * * *
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** **
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* *
3400952 AGTCATTTTTCATTTTGACTCGTGATTTAATGCTGATCATTTTCATTTTTTGACTTATCATTTAA
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*
3401017 TTTCAATCATTTTCATTTGCTGACTCATGGTTTAATCTCT
65 TTTCAATCATTTTCATTTGCTGACTCATGGTTCAATCTCT
*
3401057 ATCATTTTCTCTTTTTGACT
1 ATCATTTT-TCATTTTGACT
3401077 TGTGGTTCAA
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 14, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
103 1 0.01
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ATCATTTTTCATTTTGACTCATGATTTAATGCTGATCATTTTCATTTTCTGACTTATCATTTAAT
TTCAATCATTTTCATTTGCTGACTCATGGTTCAATCTCT
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* * * * ** * *
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*** * * ** * *
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* ** * *
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* *
3401011 ATTTAATTTCAATCATTTTCATTTGCTGACTCATGGTTTAATCTCTATCATTTTCT-CTTTTTGA
65 ATTTAATTTCAATCATTTTCATTTGCTGACTCATGATTTAATCTCAATCATTTT-TGCTTTTTGA
*
3401075 CTTGTGGTTC
129 CTAGTGGTTC
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1 AATCCC
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Statistics
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TTTAATTTCAATCATTTTCATTTGCTGACTCATGATTTAATCTCAATCATTTTTGCTTTTTGACT
AGTGGTTC
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Alignment explanation
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* *
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*
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Statistics
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* * * * * * *
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* * * *
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*
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* * * * *
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* * *
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* * * **
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* * *
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TGGTA
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*
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* *
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AATTTT
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*
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*
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* **
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* * *
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64 AC
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TTGTGA
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* * * * * * *
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*
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** * * * *
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65 CTAACC
* * * * * * * * *
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* *
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64 TCTAAC-C
* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * ** *
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* *
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TAACC
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* * *
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***
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* * *
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65 CCATCT
* * * *
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64 CCCAT
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CATCT
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* * ** *
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66 CCATT
* *
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CCATT
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** **
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* *
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**
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CATTGTTTTACATTTTTTGACTCATCTTTTAATTTGATCA
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3406015 ATCTTGGTCG
** * *
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* * * *
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* *
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* * *
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*
3406291 TTTAATCTTGATCA
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1 TTTTCATTTT-TGACTTGT
3406324 CGTGTATCCC
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TAGATCA
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* *
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* *
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3407785 TT
1 TT
3407787 CGATCATTTT
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* ** * *
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** * * *
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* *
3407745 TTTAATCCCGATCATTTTCATTTTTTGACTCATGCTTTAA-TTCGATCATTTTTACTT-TTTGAC
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** * * * * * *
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66 CCGTGACTTAATATCGATCGTTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCATGATCCTTTTCATTTT
*
3407873 TTGACTCATGGTTTAAT
131 TTGACCCATGGTTTAAT
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* * * * * * *
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**
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* * *
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* *
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* * * *
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66 ATCATT
* *
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1 TTTTATTTTTTGACTAG-TGATTTAATCTCAG-TCGCTTTCATTTTCTGACTCGTGGTATAAT
3408592 CCTGGTGGTT
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 6, Indels: 4
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ATCATT
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3408748 AACTTTTTTG
* * *
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* * * * * *
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* **
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * **
3409101 TCTTCATTTTCTAACTCGAGGTTTAATCTC-GATCTTTTTTCATTTTCT
64 TCTTCATTTTCTAACTCGTGATTTAATCTCAGATC-AGTTTCATTTTCT
3409149 GACTGGTGGT
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139 129 0.64
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142 15 0.07
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TTTTTTGACTCATGATTTAATTTTGATCATTTTTTTCTTTGACTCATGGTTTAATTCCAGTCGTC
TTCATTTTCTAACTCGTGATTTAATCTCAGATCAGTTTCATTTTCTAACCCATGGTTTAATTCCC
ATCATTTTCA
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3409607 CTAACCCCCA
* * *
3409617 ATTTAATCT-TAGTCATTTTTAT-TTCTGACCCATGGTTTAATCCTGGTCGTTGTCATTTTTTGA
1 ATTTAATCTCGAGTCATTTTTATATTCTAACCCATGGTTTAATCCTAGTCGTTGTCA-TTTTTGA
3409680 CTCATG
65 CTCATG
* * *** * *
3409686 CTTTAAT-TCGAGTCATTTTTATATTTTAACTTGTGGTTTAATCTTAGTCGTTTTCATTTTTGAC
1 ATTTAATCTCGAGTCATTTTTATATTCTAACCCATGGTTTAATCCTAGTCGTTGTCATTTTTGAC
3409750 TCATG
66 TCATG
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1 ATTTAATC
3409763 CCGATTGTTT
Statistics
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ATTTAATCTCGAGTCATTTTTATATTCTAACCCATGGTTTAATCCTAGTCGTTGTCATTTTTGAC
TCATG
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3409903 ATTATGGTTG
** ** * * *
3409913 TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCTTGGTCATTTTCACATTTTGACTTGTGGTTTAATCCC
1 TTTTCATTTTTTGACTCATAATTTAATCACGATCATTTTCACATTTTGACTCGTGGTATAATCCC
** * * **
3409978 TG-TTGTTTTACATTTTTTGACTCATGC-TTTAATCCCTATCGTTTTCATTTTTTGATGCATTGT
66 -GATCATTTTACATTTTCTGACTCAT-CTTTTAATCCCAATCACTTTCATTTTTTGATGCATTGT
3410041 TTAATCCTTGTCA
129 TTAATCCTTGTCA
* * ** *
3410054 TTTTTATTTTTTGACTCATAATTTAATCACGATTATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTATAATCTC
1 TTTTCATTTTTTGACTCATAATTTAATCACGATCATTTTCACATTTTGACTCGTGGTATAATCCC
*
3410119 GATCATTTTTCATTTTCTGACTCATCTTTTAATCCCAATCACTTTCATTTT
66 GATCATTTTACATTTTCTGACTCATCTTTTAATCCCAATCACTTTCATTTT
3410170 CTGACTTATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTTCATTTTTTGACTCATAATTTAATCACGATCATTTTCACATTTTGACTCGTGGTATAATCCC
GATCATTTTACATTTTCTGACTCATCTTTTAATCCCAATCACTTTCATTTTTTGATGCATTGTTT
AATCCTTGTCA
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3409902 AATTATGGTT
** ** * * *
3409912 GTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCTTGGTCATTTTCACATTTTGACTTGTGGTTTAATCC
1 GTTTTCATTTTTTGACTCATAATTTAATCACGATCATTTTCACATTTTGACTCGTGGTATAATCC
** * * ** * *
3409977 CTGTTGTTTTACATTTTTTGACTCATGCTTTAATCCCTATCGTTTTCATTTTTTGATGCATTGTT
66 CTGTCATTTTACATTTTCTGACTCATGCTTTAATCCCAATCACTTTCATTTTCTGATGCATGGTT
*
3410042 TAATCCTTGTCA
131 TAATCCTAGTCA
* * ** *
3410054 -TTTTTATTTTTTGACTCATAATTTAATCACGATTATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTATAATCT
1 GTTTTCATTTTTTGACTCATAATTTAATCACGATCATTTTCACATTTTGACTCGTGGTATAATCC
* *
3410118 C-GATCATTTTTCATTTTCTGACTCAT-CTTTTAATCCCAATCACTTTCATTTTCTGACT-TATG
66 CTG-TCATTTTACATTTTCTGACTCATGC-TTTAATCCCAATCACTTTCATTTTCTGA-TGCATG
3410180 GTTTAA-CACTAGT-A
128 GTTTAATC-CTAGTCA
3410194 GTTTTCATTTT
1 GTTTTCATTTT
3410205 CTCACTAAGG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
140 4 0.03
141 117 0.96
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ACGTcount: A:0.20, C:0.17, G:0.11, T:0.52
Consensus pattern (142 bp):
GTTTTCATTTTTTGACTCATAATTTAATCACGATCATTTTCACATTTTGACTCGTGGTATAATCC
CTGTCATTTTACATTTTCTGACTCATGCTTTAATCCCAATCACTTTCATTTTCTGATGCATGGTT
TAATCCTAGTCA
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3410732 TCTTTATTTC
* * **
3410742 TTTGACTCATGGTTTAATCCCCGTTGTCTTCATTTTTTAACTCGTGGTTTAATCCCGATCGTTTT
1 TTTGACTCGTGGTTTAATCCCCGTCGTCTTCATTTTTTAACTAATGGTTTAATCCCG-TCG-TTT
*
3410807 TTAGTT
64 TAAGTT
* * **** * * *
3410813 TTTGACTGGTGGTTTCATTTTGGTCGTTTTCATTTTTTGACTAATGGTTTAATCCTGTCGTTTTA
1 TTTGACTCGTGGTTTAATCCCCGTCGTCTTCATTTTTTAACTAATGGTTTAATCCCGTCGTTTTA
*
3410878 ATTT
66 AGTT
3410882 TTTGACTCGTGGTTTAATCC
1 TTTGACTCGTGGTTTAATCC
3410902 TGGTCATTTT
Statistics
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Consensus pattern (69 bp):
TTTGACTCGTGGTTTAATCCCCGTCGTCTTCATTTTTTAACTAATGGTTTAATCCCGTCGTTTTA
AGTT
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3410694 TTGTTTTCAT
* * * **
3410704 TTTTTCACT-CATGATTTAATTCTAGTCATCTTTATTTCTTTGACTCATGGTTTAATCCCCGTTG
1 TTTTTGACTGCATGATTTAATTCTAGTCATTTTTATTTCTTTGACTCATGGTTTAAT-CCTGTCA
* * * * *
3410768 TCTTCATTTTTTAACTCGTGGTTTAATCCCGATCGTTTTTTAG
65 TTTTTATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCCTGATC-ATTTTTAG
* * * * * * * * *
3410811 TTTTTGACTG-GTGGTTTCATTTTGGTCGTTTTCATTT-TTTGACTAATGGTTTAATCCTGTCGT
1 TTTTTGACTGCATGATTTAATTCTAGTCATTTTTATTTCTTTGACTCATGGTTTAATCCTGTCAT
* *
3410874 TTTAATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCCTGGTCATTTTTAG
66 TTTTATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCCTGATCATTTTTAG
* * * * *
3410915 TTTTAG-GTGCATGATTTAATT-TTGTCATTTTTATTT-TTCTGACTCAT-GATTAATTCCAGTC
1 TTTTTGACTGCATGATTTAATTCTAGTCATTTTTATTTCTT-TGACTCATGGTTTAA-TCCTGTC
* * * * * *
3410976 ATTTTTGTTTGTTGTCTAGTGGTTTAATCCTGATCATTTTAAT
64 ATTTTTATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCCTGATCATTTTTAG
* * *
3411019 TTTTTGACT-CATGATTTGATTCTAGT-AGTTTTTATTTCTTTGACTCATGATTTAATGCTGGTC
1 TTTTTGACTGCATGATTTAATTCTAGTCA-TTTTTATTTCTTTGACTCATGGTTTAATCCT-GTC
3411082 ATTTTTATTTTTTGACTC
64 ATTTTTATTTTTTGACTC
3411100 ATCGTTTTTC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (106 bp):
TTTTTGACTGCATGATTTAATTCTAGTCATTTTTATTTCTTTGACTCATGGTTTAATCCTGTCAT
TTTTATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCCTGATCATTTTTAG
Found at i:3411113 original size:22 final size:21
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3411073 ATGCTGGTCA
* *
3411083 TTTTTATTTTTTGACTCATCG
1 TTTTTATTTTCTAACTCATCG
3411104 TTTTTCATTTTCTAACTCATC
1 TTTTT-ATTTTCTAACTCATC
3411125 ATTTAATCCC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (21 bp):
TTTTTATTTTCTAACTCATCG
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Period size: 981 Copynumber: 2.1 Consensus size: 973
3410110 TATAATCTCG
* * * * *
3410120 ATCATTTTTCATTTTCTGACTCATCTTTTAATCCCAATCACTTTCATTTTCTGACTTATGGTTTA
1 ATCATTTTTCATTTTCTAACTCATCATTTAATCCCAATCGCTTTCATTTTCTGACTTGTGATTTA
* * * *
3410185 A-CACTAGTAGTTTTCATTTTCTCACTAAGGGTTTAGTCCTGGTCATTTTCATTTTTTGACTCGT
66 ATC-CTAGTGGTTTTCATTTTCTCAATCAGGGTTTAGTCC-GATCATTTTCATTTTTTGACTCGT
* * *
3410249 GTTTAAATTTTGATAGTTTTCATTTTTAACTCACATTTTAATCCCGATCATTTTTATTTTTTGAC
129 GTTTAAATTTTGATAGTTTTCATTTTTAACTCACATTTTAATCCAGATCATTTTCATTTTCTGAC
* ** * *
3410314 TTGTAATTTAATTCCTGTAATTTTCATTATCATTTTCATTTCCTGAATCATGGTTTAGTCTCGAT
194 TCGTAATTTAATTCAGGTAATTTTCATTATCATTTTCATTTCCTGAATCATGATTTAATCTCGAT
* * * *
3410379 TGTTTTCATATTTTGATTCGTGATTTAATTTTGATCATTTTTATTTCTTTGACTTGTGATTTAAT
259 TGTTTTCATATTTTGACTCCTGATTTAATTTTGATCATTTTTATTTCTCTAACTTGTGATTTAAT
* * * * ** * * *
3410444 ACCGATTGTTTTCATTTTATGACTCGTGATTTAATCTTGGTTGTTTTCATTTTCTAACCCATGGT
324 ACCAATCGTTTTCATTTTATAACTCATGATTTAATCACGATCGTTTTCATTTTCTAACCCATAGT
* * ** *
3410509 TTAATCCCAATCATT-TCATTTTCCTGACTAAAGGTTTAATCTGGTCGTTTTTAATTTTCTGACT
389 TTAATCCCAATCATTATCATTTT-CTGACCAAAGGTTTAATCTGGACCATTTTAATTTTCTAACT
* * * **
3410573 TAGGATTCCATCCAAGTTGTTTTTATTTTCTAACTCA-TGGTTTAATCCTAGTCGTTTCTATTTT
453 CAAGATTCAATCCAAGTCATTTTTATTTTCTAACT-AGTGGTTTAATCCTAGTCGTTTCTATTTT
* * ** * **
3410637 CTGACTCGTGATTTAATCCTGATTGTTTTCATTCT-TAGACTCGTAGTTTAATTCCCATTGTTTT
517 CTAACTCATGATTTAATCCTGATCATTTTCATTCTCTA-ACTCATAGTTTAATTCCCATCATTTT
* * * * *
3410701 CATTTTTTCACTCATGATTTAATTCTAGTCATCTTTATTTCTTTGACTCATGGTTTAATCCCCGT
581 CATTTTTGCACTCATGATTTAATTATAGTCATCTTTACTTCTCTGACTCATGGTTTAATCCACGT
* * * * * *
3410766 TGTCTTCATTTTTTAACTCGTGGTTTAATCCCGATCGTTTTTTAGTT-TTTGACTGGTGGTTTCA
646 TGTCTTCATTTTCTAACTCGTGATTTAATCCCGATCATTTTTCA-TTCTCTAACTGGTGGTTTCA
* * * * * * * * *
3410830 TTTTGGTCGTTTTCATTTTTTGACTAATGGTTTAAT-CCTGTCGTTTTAATTTTTTGACTCGTGG
710 TCTCGATCATTTTCAATTTCTAACTAATGGTTTAATCCCTGTCATTTTAATTTTTTGACTCATGG
* * *
3410894 TTTAATCCTGGTCATTTTTAGTTTTAG-GTGCATGATTTAATTTTG-TCATTTTTATTTTTCTGA
775 TTTAATCCTAGTCA-TTTCAGTTTTAGACT-CATGATTTAATTTTGATCATTTTTA-TTTTCTGA
* ** * *
3410957 CTCATGA-TTAATTCCAG-TCATTTTTGTTTGTTGTCTAGTGGTTTAAT-CCTGATCATTTTAAT
837 CTCATAATTTAATT-CAGATCATTTTCATTT-TTGACTAGTGGTTTAATCCCAG-TCATTTTAAT
*
3411019 TTTTTGACTCATGATTTGATTCTAGT-AGTTTTTATTTCTTTGACTCATGATTTAATGCTGGTCA
899 TTTTTGACTCATGATTTGATTCTAGTCA-TTTTTATTTCTTTGACTCATGATTTAATGC-CG--A
* *
3411083 TTTTTATTTTTTGACTC
960 ---TCATTTTTTGACTA
* * *
3411100 ATCGTTTTTCATTTTCTAACTCATCATTTAATCCCGATCGCTTTCATTTTTTGACTTGTGATTTA
1 ATCATTTTTCATTTTCTAACTCATCATTTAATCCCAATCGCTTTCATTTTCTGACTTGTGATTTA
* * *
3411165 ATCCTAGTGG-TTTCTATTTTCTCAATCACGGTTTAGACTCGATCATTTTCTTTTTTTGACTCGT
66 ATCCTAGTGGTTTTC-ATTTTCTCAATCAGGGTTTAGTC-CGATCATTTTCATTTTTTGACTCGT
* * **
3411229 GATTT-AATTTTGGTCA-TTTTCATTTTTTCACTTGCATTTTAATCCTAG-TCATTTTCATTTTC
129 G-TTTAAATTTTGAT-AGTTTTCA-TTTTTAACTCACATTTTAATCC-AGATCATTTTCATTTTC
* ** * * * *
3411291 TGACTCGTAATTTAATTTAGGTAATTTTCATTATTGTTTTCATTTCTTGACTCGTGATTTAATGT
190 TGACTCGTAATTTAATTCAGGTAATTTTCATTATCATTTTCATTTCCTGAATCATGATTTAATCT
*
3411356 CGATTGCTTTT-GT-TTTTGGACTCCTGATTTAATTTTGATCATTTTTATTTCTCTAACTTGTGA
255 CGATTG-TTTTCATATTTT-GACTCCTGATTTAATTTTGATCATTTTTATTTCTCTAACTTGTGA
*
3411419 TTTAATACCAATCGTTTTCATTTTCTAACTCATGATTTAATCACGATCGTTTTCATTTTCTAACC
318 TTTAATACCAATCGTTTTCATTTTATAACTCATGATTTAATCACGATCGTTTTCATTTTCTAACC
* ** * * * * *
3411484 CATAGTTTAATCTCGGTCATTATCGTTTTCTGACCCATGGTTTAATCTTGACCATTTTCATTTTC
383 CATAGTTTAATCCCAATCATTATCATTTTCTGACCAAAGGTTTAATCTGGACCATTTTAATTTTC
* *** * * *
3411549 TAACTCAAGATTTAATCTGGGTCATTTTTATTTTCTGACTAGTGGTTTAATCCTGGTCGTTTTTA
448 TAACTCAAGATTCAATCCAAGTCATTTTTATTTTCTAACTAGTGGTTTAATCCTAGTCGTTTCTA
* * * *
3411614 TTTTCTAACTCATGATTTAATCCTGGTCATTTTTATTTTCTAACTCATGGTTTAATTCCCATCAT
513 TTTTCTAACTCATGATTTAATCCTGATCATTTTCATTCTCTAACTCATAGTTTAATTCCCATCAT
* * * * *
3411679 TTTCATTTTTGGACTCGTGATTTAATTATTGTTATTTTTACTTCTCTGACTCATGGTTTAATCCA
578 TTTCATTTTTGCACTCATGATTTAATTATAGTCATCTTTACTTCTCTGACTCATGGTTTAATCCA
*
3411744 TGTTGTCTTCATTTTCTAACTCGTGATTTAATCCCGATCATTTTTCATTCTCTAACTGGTGGTTT
643 CGTTGTCTTCATTTTCTAACTCGTGATTTAATCCCGATCATTTTTCATTCTCTAACTGGTGGTTT
* * *
3411809 TATCTCGATCATTTTCAATTTCTAATTCATGGTTTAATCCCTGTCATTTTAATTTTTTGACTCAT
708 CATCTCGATCATTTTCAATTTCTAACTAATGGTTTAATCCCTGTCATTTTAATTTTTTGACTCAT
*
3411874 GGTTTAATCGTAGTCATTTCAGTTTTAGACTCATGATTTAATTTTGATCATTTTTATTTTCTGAC
773 GGTTTAATCCTAGTCATTTCAGTTTTAGACTCATGATTTAATTTTGATCATTTTTATTTTCTGAC
* *
3411939 TCGTAATTTAATTCTGATCATTTTCATTTTTGACTAGTGGTTTAATCCCAGTCATTTTAATTTTT
838 TCATAATTTAATTCAGATCATTTTCATTTTTGACTAGTGGTTTAATCCCAGTCATTTTAATTTTT
* * * *
3412004 TGACTCGTGATTTGATTTTGGTCATTTTTATTTCTTTGACTCGTGATTTAATGCCGATCATTTTT
903 TGACTCATGATTTGATTCTAGTCATTTTTATTTCTTTGACTCATGATTTAATGCCGATCATTTTT
3412069 TGACTA
968 TGACTA
* * *
3412075 ATCATTTTTCATTTTCTAACTCGTCATTTAATCCCAAACGCTTTCGTTTTCTGACTTGTGATTTA
1 ATCATTTTTCATTTTCTAACTCATCATTTAATCCCAATCGCTTTCATTTTCTGACTTGTGATTTA
* *
3412140 ATCATAGTGGTTTTCATTTTCTCAATCAGGGTTTAGTCCCGACCATTTTCATTTT
66 ATCCTAGTGGTTTTCATTTTCTCAATCAGGGTTTAGT-CCGATCATTTTCATTTT
3412195 ATTTCTCTAA
Statistics
Matches: 930, Mismatches: 143, Indels: 49
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
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979 4 0.00
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ACGTcount: A:0.20, C:0.16, G:0.12, T:0.51
Consensus pattern (973 bp):
ATCATTTTTCATTTTCTAACTCATCATTTAATCCCAATCGCTTTCATTTTCTGACTTGTGATTTA
ATCCTAGTGGTTTTCATTTTCTCAATCAGGGTTTAGTCCGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGT
TTAAATTTTGATAGTTTTCATTTTTAACTCACATTTTAATCCAGATCATTTTCATTTTCTGACTC
GTAATTTAATTCAGGTAATTTTCATTATCATTTTCATTTCCTGAATCATGATTTAATCTCGATTG
TTTTCATATTTTGACTCCTGATTTAATTTTGATCATTTTTATTTCTCTAACTTGTGATTTAATAC
CAATCGTTTTCATTTTATAACTCATGATTTAATCACGATCGTTTTCATTTTCTAACCCATAGTTT
AATCCCAATCATTATCATTTTCTGACCAAAGGTTTAATCTGGACCATTTTAATTTTCTAACTCAA
GATTCAATCCAAGTCATTTTTATTTTCTAACTAGTGGTTTAATCCTAGTCGTTTCTATTTTCTAA
CTCATGATTTAATCCTGATCATTTTCATTCTCTAACTCATAGTTTAATTCCCATCATTTTCATTT
TTGCACTCATGATTTAATTATAGTCATCTTTACTTCTCTGACTCATGGTTTAATCCACGTTGTCT
TCATTTTCTAACTCGTGATTTAATCCCGATCATTTTTCATTCTCTAACTGGTGGTTTCATCTCGA
TCATTTTCAATTTCTAACTAATGGTTTAATCCCTGTCATTTTAATTTTTTGACTCATGGTTTAAT
CCTAGTCATTTCAGTTTTAGACTCATGATTTAATTTTGATCATTTTTATTTTCTGACTCATAATT
TAATTCAGATCATTTTCATTTTTGACTAGTGGTTTAATCCCAGTCATTTTAATTTTTTGACTCAT
GATTTGATTCTAGTCATTTTTATTTCTTTGACTCATGATTTAATGCCGATCATTTTTTGACTA
Found at i:3412010 original size:69 final size:70
Alignment explanation
Indices: 3411841--3412055 Score: 199
Period size: 69 Copynumber: 3.1 Consensus size: 70
3411831 TAATTCATGG
* * *
3411841 TTTAATCCCTGTCATTTTAATTTTTTGACTCATGGTTTAA-TC-GTAGTCA-TTTCAGTTTTAGA
1 TTTAATCCCTGTCATTTTAATTTTTTGACTCGTGATTTAATTCTG-A-TCATTTTCAGTTTTTGA
3411903 CTCA-TGA
64 CT-AGTGA
** * * *
3411910 TTTAAT-TTTGATCATTTTTATTTTCTGACTCGTAATTTAATTCTGATCATTTTCA-TTTTTGAC
1 TTTAATCCCTG-TCATTTTAATTTTTTGACTCGTGATTTAATTCTGATCATTTTCAGTTTTTGAC
*
3411973 TAGTGG
65 TAGTGA
* * * * * *
3411979 TTTAATCCCAGTCATTTTAATTTTTTGACTCGTGATTTGATTTTGGTCATTTTTATTTCTTTGAC
1 TTTAATCCCTGTCATTTTAATTTTTTGACTCGTGATTTAATTCTGATCATTTTCAGTT-TTTGAC
*
3412044 TCGTGA
65 TAGTGA
3412050 TTTAAT
1 TTTAAT
3412056 GCCGATCATT
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 21, Indels: 14
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
68 3 0.03
69 86 0.74
70 11 0.09
71 17 0.15
ACGTcount: A:0.21, C:0.13, G:0.13, T:0.53
Consensus pattern (70 bp):
TTTAATCCCTGTCATTTTAATTTTTTGACTCGTGATTTAATTCTGATCATTTTCAGTTTTTGACT
AGTGA
Found at i:3414393 original size:211 final size:210
Alignment explanation
Indices: 3414120--3414524 Score: 535
Period size: 211 Copynumber: 1.9 Consensus size: 210
3414110 TTTTCGTTTC
* * *
3414120 CTGACTCGGGGTTTAATCCTATCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTTTGATCATTTTTA
1 CTGACTCGGGGTTTAATCCTATCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATCTAGATCATTTTCA
* ***
3414185 TTTCTCTGACTTCTGATTTAATACTGATCATTTTTATTT-TTTTACTCATGATTTAATCTTGGTG
66 TTT-TCTGACTTCTGATTTAATACTGATCATTTTTATTTCTTTGACTCATGATTTAATCCCCGTG
* * * * *
3414249 GTTTTCATTTTCTAACCCATGGTTTAATCCCAGTTGTTTTTATTTTTTGACTCGTGATTTAATCC
130 GTCTTCATTTTCTAACCCATGGTTTAATCCCAGTTGTTTTAATTTTCTAACTCATGATTTAATCC
3414314 AGGTCGTTTGTATTTT
195 AGGTCGTTTGTATTTT
* ** * **
3414330 CTGACTCGTGGTTTAATCCTGATTGTTTTTATTTTCTGACTTGTGATTTAATCCTAG-TCATTTT
1 CTGACTCGGGGTTTAATCCT-ATCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-CTAGATCATTTT
* * * *
3414394 CATTTTCTGACTTGTGATTTAATTCTGGTCATTTTTATTTCTTTGACTCATGGTTTAATCCCCGT
64 CATTTTCTGACTTCTGATTTAATACTGATCATTTTTATTTCTTTGACTCATGATTTAATCCCCGT
* * * *
3414459 TGTCTTCATTTTCTAACTCATGGTTTAATCCCTGTTGTTTTAATTTTCTAACTCATGGTTTAATC
129 GGTCTTCATTTTCTAACCCATGGTTTAATCCCAGTTGTTTTAATTTTCTAACTCATGATTTAATC
3414524 C
194 C
3414525 CTGTTGTTTT
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 26, Indels: 5
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
210 51 0.31
211 113 0.68
212 2 0.01
ACGTcount: A:0.19, C:0.17, G:0.13, T:0.51
Consensus pattern (210 bp):
CTGACTCGGGGTTTAATCCTATCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATCTAGATCATTTTCA
TTTTCTGACTTCTGATTTAATACTGATCATTTTTATTTCTTTGACTCATGATTTAATCCCCGTGG
TCTTCATTTTCTAACCCATGGTTTAATCCCAGTTGTTTTAATTTTCTAACTCATGATTTAATCCA
GGTCGTTTGTATTTT
Found at i:3414505 original size:141 final size:140
Alignment explanation
Indices: 3414285--3414592 Score: 347
Period size: 141 Copynumber: 2.2 Consensus size: 140
3414275 ATCCCAGTTG
* * * * *
3414285 TTTTTATTTTTTGACTCGTGATTTAATCCAGGTCGTTTGTATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCT
1 TTTTTATTTTTTGACTCATGATTTAATCCACGTCGTTTGCATTTTCTAACTCATGGTTTAATCCT
* * ** * **
3414350 GATTGTTTTTATTTTCTGACTTGTGATTTAAT-CCTAGTCATTTTCA-TTTTCTGACTTGTGATT
66 GATTGTTTTAATTTTCTAACTCATGATTTAATCCCT-GTCATTTTCAGTTTT-AGACTCATGATT
*
3414413 T-AATTCTGGTCA
129 TCAATTCT-GTAA
* * *
3414425 TTTTTATTTCTTTGACTCATGGTTTAATCCCCGTTGTCTT-CATTTTCTAACTCATGGTTTAATC
1 TTTTTATTT-TTTGACTCATGATTTAATCCACGTCGT-TTGCATTTTCTAACTCATGGTTTAAT-
* **
3414489 CCTG-TTGTTTTAATTTTCTAACTCATGGTTTAATCCCTGTTGTTTTCAGTTTTAGACTCATGAT
63 CCTGATTGTTTTAATTTTCTAACTCATGATTTAATCCCTGTCATTTTCAGTTTTAGACTCATGAT
*
3414553 TTCATTTCTGTAA
128 TTCAATTCTGTAA
3414566 TTTTTATTTTTTGACTCATGATTTAAT
1 TTTTTATTTTTTGACTCATGATTTAAT
3414593 TTCAATTGTT
Statistics
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0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
140 26 0.18
141 97 0.69
142 18 0.13
ACGTcount: A:0.18, C:0.16, G:0.13, T:0.53
Consensus pattern (140 bp):
TTTTTATTTTTTGACTCATGATTTAATCCACGTCGTTTGCATTTTCTAACTCATGGTTTAATCCT
GATTGTTTTAATTTTCTAACTCATGATTTAATCCCTGTCATTTTCAGTTTTAGACTCATGATTTC
AATTCTGTAA
Found at i:3414590 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 3414214--3414593 Score: 403
Period size: 176 Copynumber: 2.2 Consensus size: 176
3414204 AATACTGATC
* **
3414214 ATTTTTATTTTTTTACTCATGATTTAA-TCTTGGTGGTTTTCATTTTCTAACCCATGGTTTAATC
1 ATTTTTATTTTTTGACTCATGATTTAATTCTTGGTCATTTTCATTTTCTAACCCATGGTTTAATC
* * * * * * *
3414278 CCAGTTGTTTTTATTTTTTGACTCGTGATTTAATCCAGGTCGTTTGTATTTTCTGACTCGTGGTT
66 CCAGTTGTCTTCATTTTCTAACTCATGATTTAATCCAGGTCGTTTGTATTTTCTAACTCATGGTT
* * ** *
3414343 TAATCCTGATTGTTTTTATTTTCTGACTTGTGATTTAATCCTAGTC
131 TAATCCTGATTGTTTTCATTTTCAGACTCATGATTTAATCCTAGTA
* * ** * * * *
3414389 ATTTTCATTTTCTGACTTGTGATTTAATTC-TGGTCATTTTTATTTCTTTGACTCATGGTTTAAT
1 ATTTTTATTTTTTGACTCATGATTTAATTCTTGGTCATTTTCATTT-TCTAACCCATGGTTTAAT
* * ** *
3414453 CCCCGTTGTCTTCATTTTCTAACTCATGGTTTAATCCCTGTTGTTT-TAATTTTCTAACTCATGG
65 CCCAGTTGTCTTCATTTTCTAACTCATGATTTAATCCAGGTCGTTTGT-ATTTTCTAACTCATGG
* *
3414517 TTTAATCCCTG-TTGTTTTCAGTTTT-AGACTCATGATTTCATTTCT-GTA
129 TTTAAT-CCTGATTGTTTTCA-TTTTCAGACTCATGATTT-AATCCTAGTA
3414565 ATTTTTATTTTTTGACTCATGATTTAATT
1 ATTTTTATTTTTTGACTCATGATTTAATT
3414594 TCAATTGTTT
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 34, Indels: 11
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 35 0.21
176 118 0.72
177 12 0.07
ACGTcount: A:0.18, C:0.16, G:0.13, T:0.53
Consensus pattern (176 bp):
ATTTTTATTTTTTGACTCATGATTTAATTCTTGGTCATTTTCATTTTCTAACCCATGGTTTAATC
CCAGTTGTCTTCATTTTCTAACTCATGATTTAATCCAGGTCGTTTGTATTTTCTAACTCATGGTT
TAATCCTGATTGTTTTCATTTTCAGACTCATGATTTAATCCTAGTA
Found at i:3414603 original size:246 final size:246
Alignment explanation
Indices: 3414131--3414722 Score: 599
Period size: 246 Copynumber: 2.4 Consensus size: 246
3414121 TGACTCGGGG
** * *
3414131 TTTAATCCTA-TCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTTTGATCATTTTTATTTCTCTGAC
1 TTTAATCCTAGTCATTTTCATTTTCTGACTTGTGATTTAATTTTGGTCATTTTTATTTCTTTGAC
* * * * * * *
3414195 TTC-TGATTTAATACTGATCATTTTTATTTTTTTACTCATGATTTAATCTTGGTGGTTTTCATTT
66 -TCATGATTTAATACCGATCATCTTCATTTTCTAACTCATGATTTAATCCTGGTGGTTTTAATTT
* * * * **
3414259 TCTAACCCATGGTTTAATCCCAGTTGTTTTTATTTTTTGACTCGTGATTTAATCCAGGTCGTTTG
130 TCTAACCCATGGTTTAATCCCAGTTGTTTTCAGTTTTAGACTCATGATTTAATCCAGGTAATTTG
* * * * *
3414324 TATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCTGATTGTTTTTATTTTCTGACTTGTGA
195 TATTTTCTGACTCATGATTTAATCCTAATTGTTTTCATTTTCTGACTAGTGA
*
3414376 TTTAATCCTAGTCATTTTCATTTTCTGACTTGTGATTTAATTCTGGTCATTTTTATTTCTTTGAC
1 TTTAATCCTAGTCATTTTCATTTTCTGACTTGTGATTTAATTTTGGTCATTTTTATTTCTTTGAC
* * ** * *
3414441 TCATGGTTTAATCCCCG-TTGTCTTCATTTTCTAACTCATGGTTTAATCCCT-GTTGTTTTAATT
66 TCATGATTTAAT-ACCGATCATCTTCATTTTCTAACTCATGATTTAAT-CCTGGTGGTTTTAATT
* * * * *
3414504 TTCTAACTCATGGTTTAATCCCTGTTGTTTTCAGTTTTAGACTCATGATTTCATTTC-TGTAATT
129 TTCTAACCCATGGTTTAATCCCAGTTGTTTTCAGTTTTAGACTCATGATTT-AATCCAGGTAATT
* * * * *
3414568 TTTATTTTTTGACTCATGATTTAAT-TTCAATTGTTTTCATTTTTTGACTAGTGG
193 TGTATTTTCTGACTCATGATTTAATCCT-AATTGTTTTCATTTTCTGACTAGTGA
* * * * * ** *
3414622 TTTAAT-CTCGATCACTTTCAGTTTT-TGACTTGTTATTCAATTTTAGTCATTGCTATTTCTTTC
1 TTTAATCCTAG-TCATTTTCA-TTTTCTGACTTGTGATTTAATTTTGGTCATTTTTATTTCTTTG
* * *
3414685 ACTCATGATTTAATGCC-AGTCATTTTCATTTTTTAACT
64 ACTCATGATTTAATACCGA-TCATCTTCATTTTCTAACT
3414723 TCTTGTTTAA
Statistics
Matches: 283, Mismatches: 54, Indels: 19
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
245 18 0.06
246 254 0.90
247 11 0.04
ACGTcount: A:0.20, C:0.16, G:0.12, T:0.53
Consensus pattern (246 bp):
TTTAATCCTAGTCATTTTCATTTTCTGACTTGTGATTTAATTTTGGTCATTTTTATTTCTTTGAC
TCATGATTTAATACCGATCATCTTCATTTTCTAACTCATGATTTAATCCTGGTGGTTTTAATTTT
CTAACCCATGGTTTAATCCCAGTTGTTTTCAGTTTTAGACTCATGATTTAATCCAGGTAATTTGT
ATTTTCTGACTCATGATTTAATCCTAATTGTTTTCATTTTCTGACTAGTGA
Found at i:3414830 original size:141 final size:140
Alignment explanation
Indices: 3414516--3414857 Score: 332
Period size: 141 Copynumber: 2.4 Consensus size: 140
3414506 CTAACTCATG
* * * * ** * * *
3414516 GTTTAATCCCTGTTGTTTTCAGTTTTAGACTCATGATTTCATTTCTGTAATTTTTATTTTTTGAC
1 GTTTAATCCC-ATTGTTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCCCTGTCATTTTCATTTTTTAAC
* *
3414581 TCATGATTTAATTTCAATTGTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATCTCGATCACTTTCAGTTT
65 TCATGATTTAATTTCAATTGTTTTCATTTTTTGACTAGTGATTTAATCTCGATCACTTTCACTTT
3414646 TTGACTTGTTA
130 TTGACTTGTTA
* *** * ** * * * *
3414657 -TTCAATTTTAGTCATTGCTATTTCTTTCACTCATGATTTAATGCCAGTCATTTTCATTTTTTAA
1 GTTTAATCCCATTGTTTTC-ATTT-TTTGACTCATGATTTAATCCCTGTCATTTTCATTTTTTAA
* * * * *
3414721 CTTCTTG-TTTAATTTTAGTTGTTTTCATTTTTTGACTTA-TGATTTAGTCTCGATCATTTTCAC
64 C-TCATGATTTAATTTCAATTGTTTTCATTTTTTGAC-TAGTGATTTAATCTCGATCACTTTCAC
3414784 TTTTTGACTTG-TA
127 TTTTTGACTTGTTA
* *
3414797 GTTTAATCCCCATTGTTTTACATTTTTTGACTCACGCTTTAATCCCTGTCATTTTCATTTT
1 GTTTAAT-CCCATTGTTTT-CATTTTTTGACTCATGATTTAATCCCTGTCATTTTCATTTT
3414858 CACTATTGTT
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 39, Indels: 14
0.75 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
139 4 0.03
140 10 0.06
141 126 0.81
142 14 0.09
143 1 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.16, G:0.11, T:0.54
Consensus pattern (140 bp):
GTTTAATCCCATTGTTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCCCTGTCATTTTCATTTTTTAACT
CATGATTTAATTTCAATTGTTTTCATTTTTTGACTAGTGATTTAATCTCGATCACTTTCACTTTT
TGACTTGTTA
Found at i:3415157 original size:141 final size:140
Alignment explanation
Indices: 3414884--3415231 Score: 351
Period size: 141 Copynumber: 2.5 Consensus size: 140
3414874 TCTTGACTCG
* * * * * * * *
3414884 TGGTTTAATCTCAATCATTTTCATTTTCTAAGTCGTGATTTAATTTCAATCATTTTTATTTCTCT
1 TGGTTTAATCCCAGTCATTTTCATTTTCTAACTCATGGTTTAATCTCAATCGTTTTCATTT-TCT
* * *
3414949 AACCTGTGATTTAATACTGATCATTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCTCGATCGTTTTCAT
65 AACCTATGATTTAATACTAATCATTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCTCGATCATTTTCAT
3415014 TTTCTAACCCA
130 TTTCTAACCCA
* *
3415025 TGGTTTAATCCCAGTCATTTTCATTTTCTAAC-CTATGGTTTAATCTCGATCGTTTTCATTTTTT
1 TGGTTTAATCCCAGTCATTTTCATTTTCTAACTC-ATGGTTTAATCTCAATCGTTTTCATTTTCT
* * * * * * * *
3415089 GACCTATGATTTAAT-CTAAGTCATCTTTCTTTTTTTGACTCATGGTTTAATTTTGGTTATTTTT
65 AACCTATGATTTAATACTAA-TCAT-TTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCTCGATCATTTTC
* * *
3415153 ATTTTTTGACTCA
128 ATTTTCTAACCCA
** * * * * * *
3415166 TTATTTAATCCTAGTCATTTTCATTTTTTGACTCATCGTTTAATC-CCATCGCTTTCATTTTCTA
1 TGGTTTAATCCCAGTCATTTTCATTTTCTAACTCATGGTTTAATCTCAATCGTTTTCATTTTCTA
3415230 AC
66 AC
3415232 TTGTGGTTTA
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 34, Indels: 9
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
139 3 0.02
140 37 0.22
141 128 0.76
142 1 0.01
ACGTcount: A:0.22, C:0.18, G:0.09, T:0.51
Consensus pattern (140 bp):
TGGTTTAATCCCAGTCATTTTCATTTTCTAACTCATGGTTTAATCTCAATCGTTTTCATTTTCTA
ACCTATGATTTAATACTAATCATTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCTCGATCATTTTCATT
TTCTAACCCA
Found at i:3416042 original size:104 final size:105
Alignment explanation
Indices: 3415400--3416015 Score: 400
Period size: 104 Copynumber: 5.9 Consensus size: 105
3415390 AATTTTCATT
* * * * ** * *
3415400 ATCATTTT-TGTTTCTTGACTCATGGTTTAATCTCAATTGTTTTTGTTTT-TTGACTCATGATTT
1 ATCATTTTCAGTTT-TTGACTCATGATTTAATTTCGATCATTTTTATTTTCTTGACTCGTGATTT
* * * * * ***
3415463 AATTTTGATCATTTTTATTTCTCTAACTTATGATTTAATATTG
65 AA-TTTGATCATTTTCATTT-TTTGACTCATGGTTTAATCCCG
* ** * * * * *
3415506 ATCATTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCTT-GATTGTTTTCATTTTC-TAACCCATGGTTT
1 ATCATTTTCAGTTTTTGACTCATGATTTAAT-TTCGATCATTTTTATTTTCTTGACTCGTGATTT
* * * * *
3415569 AATCCT-AGT-ATTTTTA-TTTCTGACCCATGGTTTAATCCTG
65 AAT-TTGA-TCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCG
* * * * * * * ** * **
3415609 GTCCTTTTCATTTTTTGACTCGTGATCTAATTTTGTTTGTTTTTATTTT-TTGAC-CAATGGCTT
1 ATCATTTTCAGTTTTTGACTCATGATTTAATTTCGATCATTTTTATTTTCTTGACTC-GTGATTT
* * * * ** * *
3415672 AATCCTGGTCATTTTTATTTTTTTACTTGTGATTTAATCTC-
65 AAT-TTGATCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCG
* * * * * * * *
3415713 AGTCACTTTCATTTTTTGA-TTATGGTTTAATTCCTATCATTTTCATTTTC-TGACTCATGATTT
1 A-TCATTTTCAGTTTTTGACTCATGATTTAATTTCGATCATTTTTATTTTCTTGACTCGTGATTT
* *
3415776 AATTTTGTTCATTTTTATTTCTTTGACTCATGGTTTAATCCCG
65 AA-TTTGATCATTTTCATTT-TTTGACTCATGGTTTAATCCCG
* *
3415819 ATCATTTTCAGTTTTAGACTCATGATTTAATTTCGATCATTTTTATTTTCTTG-CTTGTGATTTA
1 ATCATTTTCAGTTTTTGACTCATGATTTAATTTCGATCATTTTTATTTTCTTGACTCGTGATTTA
**
3415883 ATTACATCATTTTCATTTTTTGACT-AGTGGTTTAATCCCG
66 ATTTGATCATTTTCATTTTTTGACTCA-TGGTTTAATCCCG
* * *
3415923 ATCATTTTCATTTTTTGACTCATGATTTGATTTCGATCGTTTTTA-TTTCTTTGACTCGTGATTT
1 ATCATTTTCAGTTTTTGACTCATGATTTAATTTCGATCATTTTTATTTTC-TTGACTCGTGATTT
3415987 AATGTTGATCATTTTCA-TTTTTGACTCAT
65 AAT-TTGATCATTTTCATTTTTTGACTCAT
3416016 CATTTAATTC
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 78, Indels: 49
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
102 3 0.01
103 77 0.19
104 117 0.29
105 106 0.26
106 99 0.24
107 6 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.15, G:0.11, T:0.54
Consensus pattern (105 bp):
ATCATTTTCAGTTTTTGACTCATGATTTAATTTCGATCATTTTTATTTTCTTGACTCGTGATTTA
ATTTGATCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCG
Found at i:3417801 original size:69 final size:70
Alignment explanation
Indices: 3417637--3417809 Score: 186
Period size: 69 Copynumber: 2.5 Consensus size: 70
3417627 ATTTAGTACC
* * * **
3417637 GATCATTTTCATTTTTTGACTTATGATTTAATCTCGATCATTTTCATTTTCTAACTTATGATTTA
1 GATCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCTCGATCATTTTCATTTTCTAACTCACAATTTA
*
3417702 ATCCT
66 ATCCA
** * * * * * * *
3417707 GATTGTTTTCCTTTTCTGACCCATGGTCTAATC-CGATCGTTTTCATTTTTTGACTCACAATTTA
1 GATCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCTCGATCATTTTCATTTTCTAACTCACAATTTA
3417771 ATCCA
66 ATCCA
* *
3417776 GGTCATTTTTATTTTTTGACTCATGGTTTAATCT
1 GATCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCT
3417810 GGGTACTTTT
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 23, Indels: 2
0.76 0.22 0.02
Matches are distributed among these distances:
69 54 0.68
70 25 0.32
ACGTcount: A:0.21, C:0.18, G:0.10, T:0.50
Consensus pattern (70 bp):
GATCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCTCGATCATTTTCATTTTCTAACTCACAATTTA
ATCCA
Found at i:3418074 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 3418021--3418077 Score: 70
Period size: 20 Copynumber: 3.1 Consensus size: 20
3418011 GTCATTTTCA
3418021 TTCTGACTCATGGTTTAATC
1 TTCTGACTCATGGTTTAATC
*
3418041 -CCT-A-TCAT--TTTAATC
1 TTCTGACTCATGGTTTAATC
3418056 TTCTGACTCATGGTTTAATC
1 TTCTGACTCATGGTTTAATC
3418076 TT
1 TT
3418078 GGTTGTTTTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 10
0.71 0.05 0.24
Matches are distributed among these distances:
15 7 0.23
16 2 0.07
17 5 0.17
18 5 0.17
19 2 0.07
20 9 0.30
ACGTcount: A:0.21, C:0.21, G:0.11, T:0.47
Consensus pattern (20 bp):
TTCTGACTCATGGTTTAATC
Found at i:3419190 original size:243 final size:243
Alignment explanation
Indices: 3418783--3419335 Score: 862
Period size: 243 Copynumber: 2.3 Consensus size: 243
3418773 ATCTTTATCG
* * * * * * *
3418783 TTTTAGTTTTCTAACTCGTGATTTAATTTTGATCATTTTTATTT-T-TGACTTGTGATTTAATAC
1 TTTTA-TTTTCTGACTCATGAGTTAATTCTAATCATTTTTATTTCTCTGACTTGTGGTTTAATCC
* * *
3418846 CAATCATTTTCATTTTCTGACTTATGATTTAATCTCAGTTGTTTTCATTTTCTAACCCATGGTTA
65 CAACCATTTTCATTTTCTG---TATGATTTAATCTCAGTCGTTTGCATTTTCTAACCCATGGTTA
3418911 ATCCGAGTCATTTTTATTTTTTTGACTCATAGTTTAATCTTGATCTTTTTTATTTTCTAACTTGT
127 ATCCGAGTCATTTTTATTTTTTTGACTCATAGTTTAATCTTGATCTTTTTTATTTTCTAACTTGT
3418976 GATTTAAACTTAATCATTTTCATTTTTTGAGTCATGGTTTAATTCCCCTCGT
192 GATTTAAACTTAATCATTTTCATTTTTTGAGTCATGGTTTAATTCCCCTCGT
3419028 TTTTATTTTCTGACTCATGAGTTAATTCTAATCATTTTTATTTCTCTGACTTGTGGTTTAATCCC
1 TTTTATTTTCTGACTCATGAGTTAATTCTAATCATTTTTATTTCTCTGACTTGTGGTTTAATCCC
* * * * * * * *
3419093 AGCCATTTTCATTTTCTG-ATGGTTTAATC-CTGGTCGTTTGCATTTTTTGACTCGTGATTTAAT
66 AACCATTTTCATTTTCTGTATGATTTAATCTC-AGTCGTTTGCATTTTCTAACCCATG-GTTAAT
3419156 CCGAGTCATTTTTATTTTTTTGACTCATAGTTTAATCTTGATCTTTTTTATTTTCTAACTTGTGA
129 CCGAGTCATTTTTATTTTTTTGACTCATAGTTTAATCTTGATCTTTTTTATTTTCTAACTTGTGA
3419221 TTTAAACTTAATCATTTTCATTTTTTGAGTCATGGTTTAATTCCCCTCGT
194 TTTAAACTTAATCATTTTCATTTTTTGAGTCATGGTTTAATTCCCCTCGT
3419271 TTTTATTTTCTGACTCATGAGTTAATTCTAATCATTTTTATTTCTCTGACTTGTGGTTTAATCCC
1 TTTTATTTTCTGACTCATGAGTTAATTCTAATCATTTTTATTTCTCTGACTTGTGGTTTAATCCC
3419336 TGTTGTCTTC
Statistics
Matches: 286, Mismatches: 18, Indels: 10
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
241 1 0.00
242 28 0.10
243 185 0.65
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245 6 0.02
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ACGTcount: A:0.21, C:0.16, G:0.11, T:0.52
Consensus pattern (243 bp):
TTTTATTTTCTGACTCATGAGTTAATTCTAATCATTTTTATTTCTCTGACTTGTGGTTTAATCCC
AACCATTTTCATTTTCTGTATGATTTAATCTCAGTCGTTTGCATTTTCTAACCCATGGTTAATCC
GAGTCATTTTTATTTTTTTGACTCATAGTTTAATCTTGATCTTTTTTATTTTCTAACTTGTGATT
TAAACTTAATCATTTTCATTTTTTGAGTCATGGTTTAATTCCCCTCGT
Found at i:3420725 original size:103 final size:103
Alignment explanation
Indices: 3420603--3420788 Score: 228
Period size: 103 Copynumber: 1.8 Consensus size: 103
3420593 TTTAGTCCTA
* * ** * *
3420603 ATCATTTTCATTTTTTGACTCATGCTTTAATTTCGGTCATTTTCATTTTTTAACTCACGTTTTAA
1 ATCATTTTCATTTCTTGACTCATGCTTTAATCTCACTCATATTCATTTTTTAACTCACGATTTAA
3420668 TCCTGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGATATTCATT
66 TCCTGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGATATTCATT
** * * * **
3420706 ATCATTTTTGTTTCTTGACTCTTGGTTTAATCTCACTCATATTCATTTTTTGACTCGTGATTTAA
1 ATCATTTTCATTTCTTGACTCATGCTTTAATCTCACTCATATTCATTTTTTAACTCACGATTTAA
** *
3420771 TTTTGATCATTTTTATTT
66 TCCTGATCATTTTCATTT
3420789 CTCTGACTTG
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 16, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
103 67 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.16, G:0.09, T:0.55
Consensus pattern (103 bp):
ATCATTTTCATTTCTTGACTCATGCTTTAATCTCACTCATATTCATTTTTTAACTCACGATTTAA
TCCTGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGATATTCATT
Found at i:3421770 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 3421483--3421888 Score: 401
Period size: 176 Copynumber: 2.3 Consensus size: 176
3421473 ATTCCAATCA
* * *
3421483 TTTTCATTTTCTAACTTGTGGTTTAATCTC-AGTCATTTTCACTTTTC-GACTCATGGTTTAATC
1 TTTTCATTTTTTAACTTGTGGTTTAATCTCGA-TCATTTTCA-TTTTCTGACTCGTCGTTTAATC
* * * * **
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* * * * * * * *
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1 GA-TCGTTTTC-ATTTTCTGACTCATGATTTAA-TTTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTT
* ** * * *
3429659 TAAT-TTCGGTCATTTTTATTTTTTGACT-AGTGGTTTAATCCC-GATCATTCTCATTTTTTGAC
63 TAATCCT-GGTTGTTTTCATTTTTTGACTCA-TGGTTTAATCCCAG-TCATTTTTATTTTTTGAC
* * * *
3429721 TCGTGATTTGATTCT
125 TCATGATTTAATCCC
* * * ** * * * **
3429736 GGTCATTTTTATTGCTT-TGACTTGTGATTTAATGTTGGTCATTTTCATTTTTTGATTCATCATT
1 GATCGTTTTCATT--TTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCAT-GGT
* * * * ** * *
3429800 TTAAT-TTATGTTGTTTTCATTTTTTTACAT-GTGGTTTAAT-CTTGATCATTTTCACTTTTTGA
62 TTAATCCT-GGTTGTTTTCATTTTTTGAC-TCATGGTTTAATCCCAG-TCATTTTTATTTTTTGA
* ** *
3429862 GTTGTGGTTTAATCCC
124 CTCATGATTTAATCCC
* * * * * ** * * *
3429878 TATTGTTTTACATTTTTTGACTCGTGCTTTAATCCTT-GTTGTTTTCATTTTTTGA-TGCATTGT
1 GATCGTTTT-CATTTTCTGACTCATGATTTAAT--TTGGTCATTTTTATTTTCTGACT-CATGGT
* ** * * *
3429941 TTAATCCTTG-TCATTT--TTTTTT-A--CATGTAATTTAATCTCAGTCATTTTTATTTTTTAAC
62 TTAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATG--GTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGAC
*
3430000 TCATGGTATT-ATCCC
125 TCATGAT-TTAATCCC
* * * * * * *
3430015 -AGTTGTTTTTCAATTTT-TGACTCGTCG-TTTAATCTCGATCACTTTAATTTTCTGACTCGTGG
1 GA-TCG-TTTTC-ATTTTCTGACTCAT-GATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGG
* * * * *
3430077 -TTAATCTTGGTGGTTTTCATTTTCTT--CCCAAGGTTTAGTCCCAGTCATTTTTATTTTTTGAC
61 TTTAATCCTGGTTGTTTTCATTTT-TTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGAC
* * **
3430139 TCGTGCTTTAATTTC
125 TCATGATTTAATCCC
* * ** * * **
3430154 GATCATTTTCA-TTT-TGAACTCA-CATTTTAATCCAGG-CAATTTTCATTTTTTGACTCATAAT
1 GATCGTTTTCATTTTCTG-ACTCATGA-TTTAAT-TTGGTC-ATTTTTATTTTCTGACTCATGGT
* * ** *
3430215 TTTAT-TTCGGTAATTTTCATTATCGTTTTTGTTTCTTAACTCATGGTTTAATCTC-GAT-AGTT
62 TTAATCCT-GGTTGTTTTC---AT--TTTTTG-------ACTCATGGTTTAATCCCAG-TCA-TT
* *** * *
3430277 TTCATTTTCCAACCCATGGTTTAATCCC
112 TTTATTTTTTGACTCATGATTTAATCCC
* * ** * * * *** * * * *
3430305 AATCATTTTCATTTTCCCACCCATGGTTAAATCCCAGTCATTTTCATTTTTTAACTCATGATTTA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
** ** * * * * *
3430370 ATCC-GAGTCATTTAAATTTTCTAACTCGTGGTTTAATCCTAGTCATTTTTATTTTTTGACTTAT
65 ATCCTG-GTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCAT
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129 GATTTAATCCC
* * * ** * * * * *
3430445 GATCATTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATTTCCATCCTTTTCATTTTTTGACTTATGATTTA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTT-GGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
* ** * * ** * * * * * * *
3430510 ATTCTGGTCATTTTTATTTCTCTGACTTGTGGTTTAATCTTCAAT-GTCTTCATTTTCTGACTCG
65 ATCCTGGTTGTTTTCATTT-TTTGACTCATGGTTTAATC-CCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCA
* *
3430574 TGGTTTAATCCT
128 TGATTTAATCCC
* * * ** * * * * * *
3430586 GATCTTTTTTCATTTTTTAACTGGTGGTTTCATCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTT
1 GATC-GTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
* * * * * * * * * *
3430651 AATCCCT-GTTGTTTTAATTTTCTGATTCGTGGTTTAATCTCAGTCATTTTCAGTTTTAGTCTTA
64 AAT-CCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCA
* **
3430715 TGATTTAGTTTC
128 TGATTTAATCCC
* * * * * * * * * * *
3430727 GATCATTTTTATTTTCAGCCTCGTGATTTAAGTCCT-ATCATTTTCATTTTTTGAC-AAGTTGTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAA-T-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCA-TGGTT
** ** ** * * * * ** * * *
3430790 TAATCCCAGTCATTTTTGTTTTCTGGCTCGTGATTTAATTTCAATTATTTTTAGTTTTTTAACTC
63 TAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTA-TTTTTTGACTC
***
3430855 ATGATTTAATGTT
127 ATGATTTAATCCC
* * * * * *
3430868 GATCATTTTTAATTTTTTAACTCATCG-TTTAATTTTGGTCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTT
1 GATC-GTTTTCATTTTCTGACTCAT-GATTTAA-TTTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTT
* ** * * ** * *
3430932 TAATCTTGGTCATTTTCACTTTTTCACTTGTGGTTTAATCCCTG-C-TGTTTTACATTTTCTGAC
63 TAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCAT-TTTT--ATTTTTTGAC
*
3430995 TCATGCTTTAATCCC
125 TCATGATTTAATCCC
* * * * * * * *
3431010 TATCATTTTCATTTTCT-AATGCTTTG-TTTAA--TGATCATTTTCATTTTTTTGACTCATCGTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACT-C-ATGATTTAATTTGGTCATTTTTA-TTTTCTGACTCATGGTT
** * * *** * * * **
3431071 TAATTTTGGTCGTTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTTGGTCATTTTCACTTTTTCACTTG
63 TAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCA
* *
3431136 TGGTTTAATCTCT
128 TGATTTAATC-CC
* * * * * * *
3431149 G-TTGTTTTACATTTTCTGACTCATGCTTTAATCCCT-ATCATTTTCATTTTCT-AATGCATTGT
1 GATCGTTTT-CATTTTCTGACTCATGATTTAAT--TTGGTCATTTTTATTTTCTGACT-CATGGT
** * ** ** * *
3431211 TTAATCCCT-GTCATTTTTATTTTTTGACTTGTGGTTTAATTTCAGTCGTTTTCATTTTTTGACT
62 TTAAT-CCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACT
* * *
3431275 CGTGGTATAAT-CC
126 CATGATTTAATCCC
* * * * * ** *
3431288 TAGTCATTTTTCATTTTCTGACT-AGTTG-TTTAGTCCTGATCGCTTTCATTTTCTGACTCATGG
1 GA-TC-GTTTTCATTTTCTGACTCA--TGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGG
* * * * * * * * *
3431351 TTTAATCCTGGTGGTTTTCATTTTCTCACTTAGGGTTTAGT-CCAGTCGTTTTCATTTTCTGACT
61 TTTAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACT
* *
3431415 CATGCTTTAAT-TC
126 CATGATTTAATCCC
* * * * ** * * * **
3431428 TAGTCGTTTTCATTTTTTAACT--TGCTTTGTAA--T-CCCATTTTCATTTTTTGACTCCTAATT
1 GA-TCGTTTTCATTTTCTGACTCATG-ATT-TAATTTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTT
** * ** * * ** ** ** * *
3431488 TAATTTTGATAATTTTCATTTCTTAACTTGTGGTTTAAT-CTTGATCATTTTCGTTTTCTGACCC
63 TAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAG-TCATTTTTATTTTTTGACTC
* **
3431552 ATGATTGAATTTC
127 ATGATTTAATCCC
* ** * * ** * * * * * *
3431565 AATTATTTTTATTTCTCTAACTTGTGATTTAATATCGATCGTTTTCATTTTCTAACTCATGATTT
1 GATCGTTTTCATTT-TCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
* * * * * * * * *
3431630 AAT-CTCAGTCGTTTTCATTTTCTAACCCATTGTTTAATCCC-GATCGTTTTTGTTTTTTGACCC
64 AATCCT-GGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAG-TCATTTTTATTTTTTGACTC
* * **
3431693 ATGGTTCAATCTT
127 ATGATTTAATCCC
* * * * * * *
3431706 GGTCATTTTCATTTTCTGACACGTGATTTAATCTGAGTCATTTTTGTTTTCTAACTCATGGTTTA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTTG-GTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
* ** * * *
3431771 ATCCTAG-TCATTT--TTTTTTGACTCATGATTTAAT-TCTGATC-TTTTTCATTTTTTGACTCA
65 ATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAG-TCATTTTT-ATTTTTTGACTCA
* *
3431831 TGGTTTAATTGCC
128 TGATTTAA-TCCC
* * * *
3431844 -ATCCTTTTCATTTTCTGACTTATGATTTAATTTTGGTCATTTTTATTTTTGTGACTCGTGGTTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAA-TTTGGTCATTTTTA-TTTTCTGACTCATGGTTT
** * ** * * *
3431908 AATCCCCGTTGTCTTCATTTTTTGACTTGTGGTTTAATCCCCTGT--TGTTTTA-ATTTTGACTT
64 AATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAAT-CCCAGTCAT-TTTTATTTTTTGACTC
* * *
3431970 GTGGTTTAATCTC
127 ATGATTTAATCCC
* * * * * *
3431983 AATCATTTTCAATTTT-AGACTCATGATTTAATTTCGATCATTTTTATTTTTTGACTCAT-GATT
1 GATCGTTTTC-ATTTTCTGACTCATGATTTAATTT-GGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
* * ** * *
3432046 AATTCTGATCATTTT-GTTTTTTGGCT-AGTGGTTTAAT-CCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCA
64 AATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCA-TGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCA
* **
3432108 TGATTTGATTTC
128 TGATTTAATCCC
* * * ** *** * * * * **
3432120 -AGTCATTTTTATTTCTTTGACTTGTGATTTAATACCAGCCATTTTCATTTTTTGACTTATCATT
1 GA-TCGTTTTCATTT-TCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTT
** * * * * * * * * *
3432184 TAATTTTGGTCT-CTTTCATTTTCTAACTCGTGGTTTAATCTCAGTCATTTTCACTTTTTGGCTT
63 TAATCCTGGT-TGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTC
*
3432248 ATGGTTTAATCCC
127 ATGATTTAATCCC
* * * ** * * * *
3432261 TG-TTGTTTTACATTTTCTGACTCATGTTTTAATCTTTGTTGTTTTCATTTTTTGACACATTGTT
1 -GATCGTTTT-CATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTT
** * * * * *
3432325 TAATTCCT-G-T-CATT--TTTTTT-ACTCATGATTTAAT-CCTGATCGTTTTCATGTTTTGACT
63 TAA-TCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAG-TCATTTTTATTTTTTGACT
* * * *
3432383 CATGGTATATTCTC
126 CATGATTTAATCCC
* * * * * * * *
3432397 AATTGTTTTTCATTTTCTGACTCGTCG-TTT-ATTCTCGATCACTTTCACTTTCTAACTCATGGT
1 GATCG-TTTTCATTTTCTGACTCAT-GATTTAATT-T-GGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGT
* * * * * * * * * * * *
3432460 TTAATCTTGGTGGTTTTCATTTTCTCACTCAAGGTTTAGTCGCAATCGTTTTCATTTTCTAACTC
62 TTAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTC
* *
3432525 ATGCTTTAAT-TC
127 ATGATTTAATCCC
* * * * * **** ** *
3432537 TAGTC-ATTT--TTTT-TAACTCGT-ATTTTCATCCCCATCATTTCCATTTTTTGACTCATAATT
1 GA-TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGA-TTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTC---A--
** ** ** ** * * *
3432597 TAATTTTGGTAATTTCCATTATTGTTTTCATTTCCTGACTTGTGGTTTAATCTC-GATCAGTTTC
58 T--GGTT--TAA--TCC-TGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAG-TCATTTTT
* ***
3432661 ATTTTTTTACTCATGATTTAATTTT
115 ATTTTTTGACTCATGATTTAATCCC
* * * ** * * ** * * * *
3432686 GATCATTTTTATTTCTTTGACTTGTGATTTAATATCGATTGTTTTCATTTTTTGACACATGATTT
1 GATCGTTTTCATTT-TCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
* * * * * * *** * *
3432751 AATCTTGGTAGTTTTCATTTTCTAACCCATGGTTTAATCCTAGTTGGTTTCATTTTTTGACCCAT
64 AATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCAT
* *
3432816 GATTTATTCTC
129 GATTTAATCCC
* * * * *** * *
3432827 GATCATTTTTATTTTTTGACTCGTGATTTAATCCAAGTCTTTTTTATTTTTTGACTCATGGTTTA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
* ** * * * *** *
3432892 ATCTTGGTCACTTTT-ATTTTCTAACTCATGATTTAATCTTGGTCATTTTCATTTTTTGACTCAT
65 ATCCTGGT-TGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCAT
* *
3432956 GGTTTAACTCTC
129 GATTTAA-TCCC
* ** * * * *
3432968 -ATCCTTTTCATTTTCTGACTTGTGATTTAATTCTAGTCATTTTTATTTCTTTCACTCGTGGTTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATT-TGGTCATTTTTATTT-TCTGACTCATGGTTT
* * ** *
3433032 AATCCCT-GTTGTCTTT-ATTTTCTGACT-AGTGGTTTAATCTC-GATTGTTTTTCATTTTCTGA
64 AAT-CCTGGTTGT-TTTCATTTTTTGACTCA-TGGTTTAATCCCAG-TCATTTTT-ATTTTTTGA
* * *
3433093 CT-AGTGGTTTCATCTTC
124 CTCA-TGATTTAATC-CC
* * * * * * * * *
3433110 -ATCATTTTCATTTTCTAACTCATGGTATAATCCTAGTCATTTTAATTTTCTAAC-CATGCTTTA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
* * ** * * * * * *** * *
3433173 ATCCCGATCATTTTTAGTTTTAGACTCGTGATTTAATTTTAGTTATTTTTATTTTCTGACTCATG
65 ATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCATG
***
3433238 ATTTAATTTA
130 ATTTAATCCC
* * * * ***
3433248 GATCATTTTTATTTTGTGACT-AGTGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTT-TGACT--T-G--T
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCA-TGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
* * * * ** * ** * * * * ** *
3433306 GAT-TTGATTATGATCATTTTTT-ATTGGTGATTTAATGCCAATCATCTTCCTTTTTTGACTCGT
64 AATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCAT
*
3433369 CG-TTTAAT-TC
129 -GATTTAATCCC
* * * * * *** * * **
3433379 TAGTCATTTTCATTTTTTGACTC-TTAGTTTTATCTCAATCATTTTCACTTTT-TGAGTTGTGGT
1 GA-TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGA-TTTAAT-TTGGTCATTTTTA-TTTTCTGACTCATGGT
* * * ** ** * ** * *
3433442 TTAATCCCT-ATTGTTTTACATTTTTTCATTTGTTCTTTAATCCTTA-TTGTTTTCATTTTTCGA
62 TTAAT-CCTGGTTGTTTT-CATTTTTTGACTCATGGTTTAATCC-CAGTCATTTTTATTTTTTGA
3433505 CAT-ATTG-TTTAATCCC
124 C-TCA-TGATTTAATCCC
* * * ** * * * ** * *
3433521 TG-TCATTTT-ATTTTTTGACTCCTGATTTAATCCCGGCCATTTTCATTTAT-TAACTTGTGATA
1 -GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTT-TCTGACTCATGGTT
* * ** * ** ** * * *
3433583 TAAT-CTCGATCGTTATTCATTTTTTGACTTGTTGTTTAATTTC-GATCGCTTTCATTTTCTAAC
63 TAATCCT-GGTTGTT-TTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAG-TCATTTTTATTTTTTGAC
** * **
3433646 TTGTGGTTTAATCTT
125 TCATGATTTAATCCC
* * * * * * * * * * *
3433661 GGTGGTTTTCATTTTCTCACTCAGGGTTTAGTCCTAGTCATTTTCATTTTCTGACTCGTGCTTTA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
** * ** * * * * * *
3433726 ATTTTGATCATTTTCATTTTTTAACTCGTGTTTTAATCCTAGTCATTTTCATTTTTTGACTCATA
65 ATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCATG
*
3433791 ATTTAATTCCTAAT
130 ATTTAA-TCC---C
* * * * ** * * *
3433805 AATCTTTCATTATCATTTTTTGTTTCTTGACTCATGGTTT-ATTCTCGATTGTTTTTCTTTTTTA
1 GATC-GT--TT-TCA-----T-TTTC-TGACTCATGATTTAATT-T-GGTCATTTTTATTTTCTG
* * * * * * * ** ** * *
3433869 ACT-ATGATTTAAT-TTCGATCAT-TTTTTATTTCTCTAATTTGTCATTTAATACCAATCATTTT
53 ACTCATGGTTTAATCCT-GGT--TGTTTTCATTT-TTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTT
* * * ** * *
3433931 TAATTTCTAACTTGTGATTTATTCTC
114 TATTTTTTGACTCATGATTTAATCCC
* * * * * * * * * *
3433957 GATTGTTTTCATTTTTTAACCCAAGCTTTAATCTCGGTCATTTTCATTTTCTGACCCATAGTTTA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
* * * * ** * * * * *
3434022 GTCCTAGTTGTTTTCATTTTCTAACTTGTGCTTTAAT-TCAGGTCATTTTTACTTTTTAACTCGT
65 ATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCA-GTCATTTTTATTTTTTGACTCAT
* **
3434086 GGTTTAATCTT
129 GATTTAATCCC
* * * * *
3434097 GGTCATTTTTATTTTCTGACTCGTGATTTAATCCTT-ATC-TTTTTCATTTTCTGACTCATGGTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT--TTGGTCATTTTT-ATTTTCTGACTCATGGTT
** ** * * **** *
3434160 TAATTCC-CATCCTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTATGGTCATTTTTATTTCTCTGACT
63 TAA-TCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTT-TTTGACT
* * *
3434224 CGTGGTTTAATCCAT
126 CATGATTTAATCC-C
* * * * *
3434239 G-TTGTCTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATCCTGATCATTTTTCATTTTTTGACT-AGTGGTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTT-ATTTTCTGACTCA-TGGTT
* * * * * * *
3434302 TCAT-CTCGATTGTTTTCATTTTCTAACTCGTCGTTTAATCCCCA-TCATTTTAATTTTTTGACT
63 TAATCCT-GGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAAT-CCCAGTCATTTTTATTTTTTGACT
* *
3434365 CATGGTTTAATCCT
126 CATGATTTAATCCC
* * * * * ** *
3434379 GGTCATTTTGAGTTTT-AGACTCATGATTTAATTTTGGTAATTTTTATTTTCTGACTTGTGATTT
1 GATCGTTTTCA-TTTTCTGACTCATGATTTAA-TTTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
* * ** * * * **
3434443 AATTCTAGTCATTTTTA-TTTTTGACT-A-GTGTTT-ATCCCTGTCA--TTTCTTTTTTGACTTG
64 AATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATG-GTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCA
* *
3434502 TGATTTGAT-CT
128 TGATTTAATCCC
* ** * * * * * * *
3434513 GGTAATTTT--TTTTCAATGACTCATGATTTAATGCTAGCCATTTTCATTTTTTGACTCGTCGTT
1 GATCGTTTTCATTTTC--TGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTT
* * * * * * * *
3434576 TAATTCTGATCGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTCAATCTC-GATCATTTTCACTTTTTGACTT
63 TAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAG-TCATTTTTATTTTTTGACTC
* *
3434640 ATGGTTTATTCCTC
127 ATGATTTAATCC-C
* * * * ** * * ** * * * * *
3434654 -CTTGTTTTTAATTTTTTGACTTGTGCTTTAATCCTT-ATTGTTTTCATTGTCTG-GTGCGTTGT
1 GATCG-TTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT--TTGGTCATTTTTATTTTCTGACT-CATGGT
** * * ** *
3434716 TTAATCTCT-GTCATTTTTATTTTTTGACTCATGATTTAATCTAAATCATTTTTA-TTTTTGACT
62 TTAATC-CTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACT
* * * *
3434779 -GTGGTATAATCCT
126 CATGATTTAATCCC
* * * * * ** * ** * * * *
3434792 GGTTGTTTTCATTTTTTGACTCGTCATTTAATCCCGATCGCTTTCATTTTTTGACTTATGGTCTA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
* * * * * * * *
3434857 ATCCTAGTGGTTTTCATTTTCTCACTCAGGGTTTAGT-CCAGTCGTTTTCATTTTTTGACTCATG
65 ATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCATG
* *
3434921 CTTTAATTCC
130 ATTTAATCCC
* * * ** * *** * * **
3434931 -AGTTGTTTTCATTTTTTTAACTCGCGTTTTAATCTCAATCATTTTCATTTTCTGACTCTTAATT
1 GA-TCGTTTTCA-TTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTT
* * * * ** * *
3434995 TAATTCTAGTAATTTTCATTATCGTTTTCATTTCTTGACTCGTGGTTTAAT-CTTGATCACTTTC
63 TAATCCT-G---------GT-T-GTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAG-TCATTTTT
* * ***
3435059 ATTTTCTAACTCATGATTTAATTTG
115 ATTTTTTGACTCATGATTTAATCCC
* * * * * * * ** * * * *
3435084 GATCATTTTTATTTCCTTGACTTATTATTTAATATCGATTGTTTTCATTTTTTAACTCATGATTT
1 GATCGTTTTCATTTTC-TGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
* ** * * * * * *
3435149 AAT-ATCGGTCATTTTCATTTTCTT-ACCCAAGGTTTAATCTCGGTC--GTTGA-------AC-C
64 AATCCT-GGTTGTTTTCATTTT-TTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTC
* **
3435202 ATGGTTTAATCTT
127 ATGATTTAATCCC
* * * *
3435215 GATCGTTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATTCGGGTCATTTTTATTTTTTTACTCAT-GTTTA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATT-TGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
* * * * * * * * * *
3435279 ATCTTGGTCGTTTTTAATTTCTGACTCGTGATTTAATCCC-GATCATTTTCATTTTTAGACTCGT
65 ATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAG-TCATTTTTATTTTTTGACTCAT
*
3435343 GGTTTAATTCCC
129 GATTTAA-TCCC
* *
3435355 -ATCTTTTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATTCTGGTCATTTTTATTTTCTCTGACTCATGGT
1 GATC-GTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATT-TGGTCATTTTTA-TTT-TCTGACTCATGGT
** * * * *
3435419 TTAAT-CTCCATTGTCTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAA-CCCTAATCGTTTTTCATTTTTTGA
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* * * **
3435482 CTGATGGTTTCAT-TT
124 CTCATGATTTAATCCC
* * * * * * * ** *
3435497 GATCATTTTCAGTTTT-TGACTCGTGGTTTAATCCCT-ATCATTTTAATTTTTTGACTTGTGCTT
1 GATCGTTTTCA-TTTTCTGACTCATGATTTAAT--TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTT
* * * * * * * * * * **** * ** **
3435560 TCATCCCGATCGTTTTTAGTTTTAGACTCGTGATTCAATTTTGGTCATTTTTGTTTTTCAACTTG
63 TAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCA
**
3435625 TGATTTAAT-TT
128 TGATTTAATCCC
* * * * * * ** *
3435636 TAGTCATTTTCATTTTTTTGACT-AGTGGTTTAATCCTT-GTCATTTTCATTTTTTGACTTGTGA
1 GA-TCGTTTTCA-TTTTCTGACTCA-TGATTTAAT--TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGG
* * **** ** ** *
3435699 TTTGAT-TTCGACCAATTTT-ATTTCTTTGACTCATTATTTAATGTCAGTC-TTTTACATTTTTT
61 TTTAATCCT-G-GTTGTTTTCATTT-TTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTT-TATTTTTT
* *
3435761 GACTCATCG-TTTAATTCT
122 GACTCAT-GATTTAATCCC
* * * * * * * *
3435779 GGTCATTTTCATTTTCTGACTCGTGCTTTAATCCTT-ATCATTTTCATTTTTTGA-TGCATTGTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT--TTGGTCATTTTTATTTTCTGACT-CATGGTT
** * * * *
3435842 TAATCCTTATCATG-TTT-ATTTTTTGACTAAT-GATTAATCCCGGTCATTTTCATTTTTTGACT
63 TAATCCTGGT--TGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACT
* * *
3435904 CGTGGTATAATCCC
126 CATGATTTAATCCC
* * * * ** * * *
3435918 GGTCGTTTTTTATTTTTTGACTCATCATTTAATCCCGATCACTTTTATTTTCTAACTCGA-GGTT
1 GATCG-TTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTC-ATGGTT
* * * * *** * * * * * * **
3435982 TAATCCTAGTGGTTTTCATTTTCTCACTTGGGGTTTAGTCCCAATC-GTTTCATTTTCTAACTTG
63 TAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCA
* *
3436046 TGCTTTAATTCC
128 TGATTTAATCCC
* * * * **** * **
3436058 -AGTCGTTTTCGTTTTTTAACTCA-CATTTTAATCCCAATCATTTTCATTTTCTGACTCATAATT
1 GA-TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGA-TTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTT
* * * * * *
3436121 TAAT-TTCAGTAATTTCATTATCATTTTTGTTTCCTAACTCATGGTTTAATCTC-GATCATTTTC
63 TAATCCT-GGT--TGT--TT-TCA---TT-TTT--TGACTCATGGTTTAATCCCAG-TCATTTTT
* * * ***
3436184 GTTTTCTGACTCGTGATTTAATTTT
115 ATTTTTTGACTCATGATTTAATCCC
* * * ** ** * * * *
3436209 GATCATTTTTATTTCTTTGACTTGTGATTTAATACCGATCATTTTCATTTTTTGACTCATGATTT
1 GATCGTTTTCATTT-TCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
** ** * * * * * * * *
3436274 AAT-CTCAATCATTTTCATTTTCTAACCCATGGTTTAATCCC-GATCGTTTTCATTTTCTAACCC
64 AATCCT-GGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAG-TCATTTTTATTTTTTGACTC
* *
3436337 ATGGTTTAATCCT
127 ATGATTTAATCCC
* * * * * * * *
3436350 GGTCATTTTCATTTTCTGACTCCTGATTTAATCTAGGTAAATTTTATTTTTTGACTCGTGGTTTA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
** * * ** ** * * * *
3436415 ATCCTGGTCATTTTTATTTTTTGACTCGTAATTTAATCTTAGTCGTTTTCATTTTCTAACTCATG
65 ATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCATG
*
3436480 GTTTAATTCCC
130 ATTTAA-TCCC
* * * * *
3436491 -ATCCTTTTCATTTTCTGACACGTGATTTAATTTTGATCATTTTTATTTCTTTGACTCATGGTAT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAA-TTTGGTCATTTTTATTT-TCTGACTCATGGT-T
** * ** * * ** * ** *
3436555 TTCTCTTATTTGTGATTTAATACTGATTATT--TTCATTTTTTGA-CTTA-TAATTTAATCTCGA
63 TAATCCTGGTTGT--TTTCAT--T--TT-TTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTT--T-T--A
** *
3436616 TCATTT---TCAT-TTTCTAA-CCC
116 TTTTTTGACTCATGATT-TAATCCC
* * * *** *
3436636 ATGGTTTAATTCCAGTCTTTTTCATTTTTTGACAT-ACGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTT
1 ---G----A-T-C-G---TTTTCATTTTCTGAC-TCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTC
* * * * **** *
3436700 TGACTCATGATTTAATCC-GAGTCG-TTTCAATTTTTTAACTCGTGGTTTAATTTTGGTCGTTTT
51 TGACTCATGGTTTAATCCTG-GTTGTTTTC-ATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTT
* * *
3436763 TATTTTCTAACTCATGATTTAATCCT
114 TATTTTTTGACTCATGATTTAATCCC
* * * * * ** * *** * * * *
3436789 GGTCGTTGTCATTTTTTTAATTGTGGTTTAATTCCCATCCTTTTGT-TTTTTTGACTCGTGATTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATT-TGGTCATTTT-TATTTTCTGACTCATGGTTT
* ** * * ** *
3436853 AATTCTGGTAATTTTTATTTCTCT-AGCTTGTGGTTTAATTCCCA-TC-TTTTTCTTTTTTTGAC
64 AATCCTGGTTGTTTTCATTT-TTTGA-CTCATGGTTTAA-TCCCAGTCATTTTT-ATTTTTTGAC
* *
3436915 TCATGATTTAATTCT
125 TCATGATTTAATCCC
* * * ** * ***
3436930 GGTAC-TTTTTATTTCTCTGGCTTGTGGTTTAA--TCCCCATTATCTTCATTTTTCTGACTCATG
1 GAT-CGTTTTCATTT-TCTGACTCATGATTTAATTTGGTCATT-T-TT-A-TTTTCTGACTCATG
* * * * * * * * * * *
3436992 GCTTAATCCCGATCGTTTTTCATTTTTTAACT-AGTGGTTTCATCTCGGTCATTTTCATTTTCTA
60 GTTTAATCCTGGTTG-TTTTCATTTTTTGACTCA-TGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTG
*
3437056 ACTCATGCTTTAATCCC
123 ACTCATGATTTAATCCC
* * * * * * * * * * *
3437073 TG-TTGTTTTAATTTTTTGATTCATGGTTTAATTCCGATCGTTTTCAATTTT-AGACTCATGATT
1 -GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATT-TGGTCATTTT-TATTTTCTGACTCATGGTT
* * ** * * * * *
3437136 TAAT-TTCGATCATTTTTATTTTTTGACTCGTGATTTAATTCCTA-TCATTTTCATTTTTTGAC-
63 TAATCCT-GGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAA-TCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACT
*
3437198 CAGTGGTTTAATCCC
126 CA-TGATTTAATCCC
* * * * * ** * * *
3437213 -AGTCATTCTCATTTTTTGACTTATGATTTGATTTCAATCGTTTTTATTTGTTTGACTCATGATT
1 GA-TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTT-GGTCATTTTTATTT-TCTGACTCATGGTT
* * ** * **** *
3437277 TAAT-GTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCATCGTTTAATTTTGGTCATTTTCATTTTTTGACTC
63 TAATCCT-GGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTC
* * **
3437341 GTGGTTTAATCTT
127 ATGATTTAATCCC
* * * * * ** * * *
3437354 GGTCATTTTCACTTTT-TGACTTATGGTTTAATCCCT-GTTGTTTTACATTTTCTAACTCGT-GT
1 GATCGTTTTCA-TTTTCTGACTCATGATTTAAT--TTGGTCATTTT-TATTTTCTGACTCATGGT
* ** *** * * *
3437416 TTAATCCCT-ATCATTTTCATTTTCAAACGCATTGTTTAATCCCTGTCATTTTTATTTTTTGACT
62 TTAAT-CCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACT
** **
3437480 TGTGATTTAATTTC
126 CATGATTTAATCCC
* * * * ** *
3437494 GATCGTTTTCA-TTT-TGACTCGTGGTATAATCCTGGTTGTTTTTCA-TTTCTGACTCATCGTTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTT-ATTTTCTGACTCATGGTTT
* * * ** ** * * *
3437556 AATCCCGATCGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCTGGTGGTTTTCATTTTCTCG-CTTA
64 AATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTT-TTGACTCA
* * *
3437620 AGGTTTAGTCCC
128 TGATTTAATCCC
* * * * * * *
3437632 -AGTCATTTTTCATTTTCTAACTCATGCTTTAATTCTAGTCATTTTCATTTT-TAACT--TGCCT
1 GA-TC-GTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATT-TGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATG--G
* ** ** ** * *
3437693 TTTAATCCTGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTATTTAATTTCGATAATTTTCATTATCATTTTC
61 TTTAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTC--A--T-GGTT---TAA-TCCCA--GTCATTTTT
* * * * * *
3437758 ATTTCTTAACTCGTGGTTTTATCTC
115 ATTTTTTGACTCATGATTTAATCCC
* * * * * * ** *
3437783 GATCGTTTTCATTTTTTGACTCGTGATTGAATTTTGATTATTTTTATTTCTCTTACTTGTGATTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAA-TTTGGTCATTTTTATTT-TCTGACTCATGGTTT
* * ** * * * * * * * * * *
3437848 AAT-GTCGATCATTTTCATTTTCTAACTCATGATTTTATCTC-GATCGTTTTCATTTTCTAACCC
64 AATCCT-GGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAG-TCATTTTTATTTTTTGACTC
* *
3437911 ACGATTTAATCCT
127 ATGATTTAATCCC
* * * * * * * * * * *
3437924 AATCATTTTTATTTTTTGACCCATGGTTCAATCCTGGTCATTTTCATTTTCTGACTCGTGATTTA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
** * * *** * * *
3437989 AT-CTGGGTCATTTTTATTTTCTT-ACT-AGTTGTTTAATCTTGGTCGTTTTTGTTATTTGACTC
65 ATCCT-GGTTGTTTTCATTTT-TTGACTCA-TGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTC
**
3438051 ATGATTTAATCTT
127 ATGATTTAATCCC
* ** * *** * * * *
3438064 GATCTTTTTCATTTTCTGACTTGTGCTTTAATTCCCATCCTTTTCATTTTCTGACTTATGATTTA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATT-TGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
** ** * * * * * ** * * *
3438129 ATTTTGGTCATTTTTATTTCTGTGAGTCATGGTTTAAGCCCCGTTGTCTTCATTTTTTGACTCGT
65 ATCCTGGTTGTTTTCATTT-TTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCAT
*
3438194 GGTTTAATCCC
129 GATTTAATCCC
* * * * * * * * * * * *
3438205 TG-TCATTTTAATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCGATCGTTTTCAATTTT-AGACTCGTGATT
1 -GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTT-TATTTTCTGACTCATGGTT
** ** * * ** * * * * * * **
3438268 TAATTTTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATTATTTAATTCTAATTATTTTTGTTTTTTGGCTTG
63 TAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCA
*
3438333 TGGTTTAATCCC
128 TGATTTAATCCC
* * * * * * *
3438345 GGTCATTTTTATTTTCTGACTCGTGATTTGATTTCGATCATTTTT-TTTTCTTTGACTCATGATT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTT-GGTCATTTTTATTTTC--TGACTCATGGTT
* * ** * * ** **** ** * *
3438409 TAGT-GTAGGTCATTTTTATTTTTTAACTCATCATTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTGACTC
63 TAATCCT-GGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTC
*
3438473 ATGATTTAATCTC
127 ATGATTTAATCCC
* * * ** * *** *
3438486 AACCATTTTCACTTTT-TGACTTGTGGTTTAA--TACCCATTGTTTTACATTTTCTGACTCATGC
1 GATCGTTTTCA-TTTTCTGACTCATGATTTAATTTGGTCA-T-TTTT--ATTTTCTGACTCATGG
* * ** * ** *
3438548 TCTAATCCTTGTCATTTTCATTTTTTGACACATTATTTAATCCCTGTCATTTTTATTTTTTGACT
61 TTTAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACT
3438613 CATGATTTAATCCC
126 CATGATTTAATCCC
* * * * * ** * **
3438627 GATCATTTTCAATTTT-TGACTCGTGGTAT-ATTCTCAGTTGTTTTTCATTTTTTGACTCATCAT
1 GATCGTTTTC-ATTTTCTGACTCATGATTTAATT-T-GGTCATTTTT-ATTTTCTGACTCATGGT
** * * * * * * *** ** * * *
3438690 TTAAT-CTCAATCGCTTTCACTTTCTAACTCGTGGTTTAATCTTGGTGGTTTTCATTTTCTCACT
62 TTAATCCT-GGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACT
* * * *
3438754 CAAGGTTTAGTCAC
126 CATGATTTAATCCC
* * * * * * *
3438768 AATCATTTTCATTTTTTGACT--TGTACTTTAATTCTAGTCGTTTTCA-TTTCTTAACTAGCAT-
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATG-A-TTTAATT-TGGTCATTTTTATTTTC-TGACT--CATG
*** * ** ** * *
3438829 -TTTAATCCCCATTATTTTCATTTTTTGACTCATAATTTAATTTCGGTAATTTTCATTATCATTT
60 GTTTAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCA-TTT--TTAT--TTT
* **
3438893 TT-ATTTCCTGACTTGAGGTTTAATCTT
120 TTGA----CT--CATGA--TTTAATCCC
* * * ** * * * *
3438920 GATCATTTTTATTTCTCTAACTTGTGATTTAATATTGATCATTTTCATTTTTTGA--GATGTGAT
1 GATCGTTTTCATTT-TCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATG-G-T
* * * * ** * *
3438983 TTAAT-CTCAGTAGTTTTCATTTTCT-AGCCCATGGTTTAATCCTGGTCAGTTTCATTTTTTGAC
62 TTAATCCT-GGTTGTTTTCATTTTTTGA-CTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGAC
* *
3439046 CCATGGTTTAATCCC
125 TCATGATTTAATCCC
* * * * * ** *
3439061 -AGTCATTTTTATTTTTTGACTCATGATCTAATCTAGGTTGTTTTTATTTTTTGACTCATGGTTT
1 GA-TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
** * * * *** ** * * *
3439125 AATCCTGGTCATTTTTATTTTTT-AGCTCGTGATTTAATCTTGGTTGTTTTCATTTTCTGAATCA
64 AATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGA-CTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCA
*
3439189 TGGTTTAATTCCC
128 TGATTTAA-TCCC
* * ** * *
3439202 -ATCCTTTTCATTTTTTGACTTGTGATCTAATTCTAGTCATTTTTATTTCTCTGACTCATGGTTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATT-TGGTCATTTTTATTT-TCTGACTCATGGTTT
** * * *
3439266 AATCCCCGTTGTCTTT-ATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAATTGC-TTTTCATTTTCTGACT
64 AATCCTGGTTGT-TTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCC-AGT-CATTTTTATTTTTTGACT
* * **
3439329 -AGTGGTTTCATCTTT
126 CA-TGATTTAATC-CC
* * * * *
3439344 G-TCATTTTCA-TTTCTGACTCGTGGTTTAATCCTT-GTCATTTTAATTTTCTAACTCATGGTTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT--TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
** * * * ** * **** *
3439406 AATCCTGGTCATTTTTAGTTTTAGACTTGTGATTTAATTTTGGTCATTTTGATTTTTTGACTCAT
64 AATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCAT
* *
3439471 GATTTAATTCT
129 GATTTAATCCC
* * * * * ** * * * *
3439482 AATCG-TTTAATTTTGTAAGT-A-GTAGTTTAATCTCAGTCAATTTTATTTTTTGACTCGTGATT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATG-A-TTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTT
* ** ** * * * * *
3439544 TGATTCC-AATCATTTT--TTTCTTTGACTCATGATTTAATGCCAATCATTTTCATTTTTAGACT
63 T-AATCCTGGTTGTTTTCATTT-TTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACT
** *
3439606 TGTCG-TTTAAT-TC
126 CAT-GATTTAATCCC
* * * * * ** * **
3439619 TAGTCATTTTCATTTTCTAACTCTTGGTTTAATCTCAGTC-TTTTTCACTTTT-TGAGTTGTGGT
1 GA-TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTT-A-TTTTCTGACTCATGGT
* * * * * *
3439682 TTAACCCCT-ATTGTTTTACATTTTTTGACTCGTGCTTTAATCCCTA-TTATTTTCATTTTTTGA
62 TTAA-TCCTGGTTGTTTT-CATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCC-AGTCATTTTTATTTTTTGA
3439745 -TGCATTG-TTTAATCCC
124 CT-CA-TGATTTAATCCC
* * * * * * ** * * *
3439761 TACCATTTT-ATTTTTTGACTCGTGATTTAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTATA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
* * * * ** * ** * *
3439825 AT-CTCGATCGTTTTTCATTTTTTGACTCATTGTTAAATTTCAATCGCTTTCATTTTCTGACTCA
65 ATCCT-GGTTG-TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCA
* **
3439889 TGGTTTAATCTT
128 TGATTTAATCCC
* * * * * * * * * * *
3439901 GGTGGTTTTCATTTTCTCACTCAGGGTTTAGTCCTAGTCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
** * ** * * * *
3439966 ATTTTGATCATTTTCATTTTTTAACTCATGTTTTAAT-CTAGGTCATTTTCATTTTTTGACTCAT
65 ATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCA-GTCATTTTTATTTTTTGACTCAT
* *
3440030 AATTTAATTCC
129 GATTTAATCCC
* * * * *
3440041 GATAATTTTCATTATCATTTTTGTTTCTTGACTCATGGTTTAATCTCGATTGC-TTTCTT-TTTT
1 G---A---TCGTTTTCA----T-TTTC-TGACTCATGATTTAAT-TTG-GT-CATTT-TTATTTT
* * * ** * * * ** * *
3440104 C-GACTCATGATTTAAT-TTCGATCATTTTTATTTCTCTAACTTGTGATTTAATACC-GATCATT
50 CTGACTCATGGTTTAATCCT-GGTTGTTTTCATTT-TTTGACTCATGGTTTAATCCCAG-TCATT
* * * * *
3440166 TTCATTTTCTAACTCATGATTTATTCTC
112 TTTATTTTTTGACTCATGATTTAATCCC
* * * * * ** *
3440194 -AGTTGTTTTCATTTTTTAACCCATGGTTTAATCTCAGTCATTTTTATTTTTTGA--C--GGTTT
1 GA-TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
* * * ** * * *
3440254 AGTCCTGGTTGTTTTCATTTTCTAACTTGTGAG-TTAATCCTAGTCATTTTTATTTTCTGACTCG
64 AATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATG-GTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCA
* *
3440318 TGGTTTAAT-CT
128 TGATTTAATCCC
* * * * * * * *
3440329 TAGTCGTTTTTATTTTCTAACTCGTGATTTAATCCTAGTCATTTTCATTTTCTGACTCATAGTTT
1 GA-TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
** ** * ** * * *
3440394 AATTCC-CATCCTTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATTACAATCATTTTTATTTCTCTAACTC
64 AA-TCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTT-TTTGACTC
* **
3440458 GTGATTTAATTAC
127 ATGATTTAATCCC
* * * * * ** * ** *
3440471 GGTCATTTT-ATTTCTCTAACTCATGGTTTAATCGTAATCATTTTTAGTTTT-AGACTTGTGATT
1 GATCGTTTTCATTT-TCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTA-TTTTCTGACTCATGGTT
** ** * * ** * * * *
3440534 TAATTTTGGTAATTTTTATTTTATGACTTGTGATTTAATTCTAGTCATTTTCATTTTTTGACT-A
63 TAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCA
**
3440598 GTTG-TTTAATCTT
128 --TGATTTAATCCC
* * * * * * * * *
3440611 GGTCATTTTCTTTTTTTGATTCGTGATTTGATTTTGGTCA-TTTTATTTCTTTGACTCATGATTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTT-AATTTGGTCATTTTTATTT-TCTGACTCATGGTTT
* ** * * * *** * * *
3440675 AATGCC-AGTCATTTTCATTTTTTAACTCGTCGTTTAATTGTAATCGTTTTCATTTTCTT-ACTC
64 AAT-CCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTT-TTGACTC
* *
3440738 ATGGTTTAATCTC
127 ATGATTTAATCCC
* * * ** * * ** * * *
3440751 GGTCATTTTCACTTTT-TAACTTGTGGTTTTA-TTCCTCCTTGTTTTAAATTTTCTGACTCGTGC
1 GATCGTTTTCA-TTTTCTGACTCATGATTTAATTTGGT-CAT-TTTT--ATTTTCTGACTCATGG
*** * *
3440814 TTTAATCCAT-GCCATTTTCATTTTCTT-ACGCATTGTTTAATCCCTA-TCATTTTTATTTTTTG
61 TTTAATCC-TGGTTGTTTTCATTTT-TTGACTCATGGTTTAATCCC-AGTCATTTTTATTTTTTG
*
3440876 ACTCGTGATTTAATCCC
123 ACTCATGATTTAATCCC
* * * * * * * ** * * * * * **
3440893 -AGTCATTTTTA-TTTATGAGTCGTGGTATAATCCCGATCGTTTTCATTTTTTGACTCGTCATTT
1 GA-TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
* * * * * * * * *
3440956 AATCCCGATCGCTTTT-ATTTTCTGACTCATGATTTAATCCTAG-CAGTTTTCATTTTCTCACTC
64 AATCCTGGTTG-TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCA-TTTTTATTTTTTGACTC
* * *
3441019 ATGGTTTAGTTCC
127 ATGATTTAATCCC
* ** * * * * *
3441032 -AGTCATTTTCATTTTCT-AAAC-TGTACTTTAATTTCAGTCGTTTTCATTTTTTTAACTCGCAT
1 GA-TCGTTTTCATTTTCTGACTCATG-A-TTTAATTT-GGTCATTTTTA-TTTTCTGACT--CAT
* * ** * * * * *** *
3441094 --TTTGAT-CTCAGTCATTTTCATTTTCTAACCCATGATTTAAT-TTGGATCATTTTTATTTCTC
59 GGTTTAATCCT-GGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAG-TCATTTTTATTT-TT
* * ***
3441155 TGGCTTATGATTTAATATT
121 TGACTCATGATTTAATCCC
** * * *** * * * * *
3441174 GAGTTTTTTTCATTTTCTAACTCGTGATTTAATCTCAATCATTTTCACTTTCTTACCCAAGGTTT
1 GA-TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
** ** * * * * *
3441239 AAT-CTCAATCATTTTCATTTTATGACCCATGGTTTAATCTCGGTCATTTTCATTTTTTGACTCA
64 AATCCT-GGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCA
**
3441303 TGATTTAAT-TT
128 TGATTTAATCCC
* * * * * * * *
3441314 GTGTCATTTTTATTTTTTGACTCATG-TTTAATCTTGGTCATTTCTAATTTCTAACTCATGATTT
1 G-ATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
* ** ** * * *
3441378 AATCTTGGTCATTTTCATTTTCAGACTCTTGGTCATGATCTAATTCCCA-TCCTTTTCATTTTTC
64 AATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGG---T--T-TAA-TCCCAGTCATTTTTATTTTT-
* * *
3441442 TGACTCATGGTTTAATTCT
121 TGACTCATGATTTAATCCC
* * * * * * * ** *
3441461 GGTCATTTTTATTTCTCTGACTCATGGTTTAATCT--CCATTGTCTTCATTTTTTGACTTGTGGC
1 GATCGTTTTCATTT-TCTGACTCATGATTTAATTTGGTCATT-T-TT-ATTTTCTGACTCATGGT
* * * * * * * ** * * *
3441524 TTAACCCCGATCAT-TTTTCATTTTCTGACTGATGGTTTCATCTC-GATTGTTTTCATTTTCTAA
62 TTAATCCTGGT--TGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAG-TCATTTTTATTTTTTGA
* *
3441587 CTCGTGCTTTAATCCC
124 CTCATGATTTAATCCC
* * * * * * ** * * *
3441603 TATTGTTTTTAATTTTTTGACTCGTGTTTTAATCCCGATCGTTTTTAGTTTTAC--ACTCATGAT
1 GATCG-TTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTA-TTTT-CTGACTCATGGT
* ** * * * ** * *
3441666 TTAAT-TTCGGTCATTTTTATTTTTTAACTCATGATTTAATTTCGGTCATTTTCATTTTTTGAC-
62 TTAATCCT-GGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACT
* * *
3441729 AAGTGGTTTAATCCT
126 CA-TGATTTAATCCC
* * * * ** * *
3441744 GGTCATTTTCATTTTTTGACTCATGATTTGATTCCAGTCATTTTTATTTCTTTGACTCATGATTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATT-TGGTCATTTTTATTT-TCTGACTCATGGTTT
* * * * ** **** * * *
3441809 AATGCC-GATTTTTTTCTTTTTTTAACTCATCATTTAATTATGGTCATTTTCATTTTCTAACTCA
64 AAT-CCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCA
* *
3441873 TGGTTTAATCTC
128 TGATTTAATCCC
* * * ** * * * *
3441885 GGTCATTTTCACTTT-TGACTTGTGGTTTAATCCTT-GTTATTTTACATTTTCTGACTCATGCTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT--TTGGTCATTTT-TATTTTCTGACTCATGGTT
* ** * * * * *
3441948 TAATCCCT-ATCATTTTCATTTTCCT-A-TGCGTTGTTTAATCCCTA-TCATGTTTATGTTTTGA
63 TAAT-CCTGGTTGTTTTCATTTT-TTGACT-CATGGTTTAATCCC-AGTCATTTTTATTTTTTGA
3442009 CTCATGATTTAATCCC
124 CTCATGATTTAATCCC
* * * * * * * * ** *
3442025 -AGTCATTTTCGTTTTCTGACTCGTGGTATAATCCCT-ATCGTTTGACATTTTCTGACTCATTGT
1 GA-TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT--TTGGTCATTT-TTATTTTCTGACTCATGGT
* *** * * * * ** * ** * * *
3442088 TTAATCCAT-ATCACTTTCATTTTCTAAGTCGTCATTTAAT-CCTGTTGGTTTTCATTTTCTCAC
62 TTAATCC-TGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAG-TCATTTTTATTTTTTGAC
* * *
3442151 TCAAGGTTTAGTCCC
125 TCATGATTTAATCCC
* * * ** * * * * *
3442166 AATCATTTTCATTTTCTAACTCATCCTTTAATTCTAGTCGTTTTCATTTTTTAACTTGCAT--TT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATT-TGGTCATTTTTATTTTCTGAC-T-CATGGTT
* * ** *** *
3442229 TAAT-CTCGGTTATTTTTATTTTTTGACTCATAATTTAATTTTAGTAATTTTCACTATCATTTTT
63 TAATCCT-GGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCA-TTT---T-T-A---TT
* * **
3442293 ATTTCCTGACTCGTGGTTTAATCTT
118 -TTT--TGACTCATGATTTAATCCC
* * * * * ** *
3442318 GATCGTTTTCATTTTTTGACTCGTGATTTAATTGTGATCATTTTTATTTCTTTAACTTGTGATTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATT-TGGTCATTTTTATTT-TCTGACTCATGGTTT
* ** * * * * * * * * *
3442383 AATACC-GATCATTTTCATTTTTTTACTCATGATTTAATCTCGGTCGTTTTCATTTTCTAACCCA
64 AAT-CCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCA
* * **
3442447 TGGTCTAATCTT
128 TGATTTAATCCC
* * * * * * * * * * *
3442459 GATCTTTTTCATTCTCTAACCCATGGTTTAATCCTGGTCATTTTCATTTTTTGAATCGTCGTTTA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
** * * ** * ** * * * *
3442524 ATCCTGGTCATTTTTATTTTCTGACTTGTGATTTAATCTTAGTCGTTTTCATTTTCTAACTCATC
65 ATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCAT-
*
3442589 G-TTTAATTCC
129 GATTTAATCCC
* * * * * *
3442599 TATCCTTTTAATTTTCTGACAT-GTGATTTAATTCTGTTCATTTTTATTTCTCTAACTCATGGTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGAC-TCATGATTTAATT-TGGTCATTTTTATTT-TCTGACTCATGGTT
* * *
3442663 TAATCACT-GTTGTCTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTC-GATCATTTTTTATTTTCTT-A
63 TAATC-CTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAG-TCA-TTTTTATTTT-TTGA
* ***
3442725 CT-AGTG-TCTTCATGTA
124 CTCA-TGAT-TTAATCCC
* * * * * * * ** *
3442741 GGTCATTTTCAGTTCCAGACTCATGATTTAATTTTGGCCATTTTTATTTTTTGACTTGTGATTTA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAA-TTTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
* * ** * * * *
3442806 AT-TTCGATCATTTTCACTTTTTGACT-AGTGGTTTAATCTC-GATCATTTTCATTTTTTGACTT
65 ATCCT-GGTTGTTTTCATTTTTTGACTCA-TGGTTTAATCCCAG-TCATTTTTATTTTTTGACTC
* * ***
3442868 GTGATTTGATTTT
127 ATGATTTAATCCC
* * * * * * **** * * ** **
3442881 GGTCATTTTTATTTCTTTGA-TACGTGATATAATGCCAATCATTTTCATTTTTTGACTTTTCATT
1 GATCGTTTTCATTT-TCTGACT-CATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTT
** * ** * * * * **
3442945 TAATTTTGATCATTTTCATTTTCTAACAT-ATGGTTTAATCTCAGTCATTTTCACCTTTTGACT-
63 TAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGAC-TCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTC
*
3443008 -TGTAGTTTAATTCTC
127 ATG-A-TTTAA-TCCC
* * * * * *
3443023 G-TTGTTTTACATTTTTTGACT--TGTACTTTAATCCCT-ATCGTTTTCAGTTTT-TGA--CAT-
1 GATCGTTTT-CATTTTCTGACTCATG-A-TTTAAT--TTGGTCATTTTTA-TTTTCTGACTCATG
** ** * * * * * * *
3443080 GTTTAATCCTTATCATTTTTATTTTTTGACTTATGATTTAATCACAGTCCTTTTCATTTTTTGAT
60 GTTTAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGAC
* * *
3443145 TCA-CAGTATAATCTC
125 TCATGA-TTTAATCCC
* * ** * *
3443160 GGTCGTTTTTCATTTTCTGACTCGTTG-TTTAA--TCCTAATTGCTTTCATTTTCTCACTCATGG
1 GATCG-TTTTCATTTTCTGACTC-ATGATTTAATTTGGTCATT--TTT-ATTTTCTGACTCATGG
* * * * * * * *
3443222 TTTAATCTTGGTGGTTTTCATTTTCTCA-TGAGGGTTTAGTCCCAGTCATTTTCATTTTTTGACT
61 TTTAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACT
** * * *
3443286 TGTGCTTTAATTCT
126 CATGATTTAATCCC
* * * * * * **** * * ** *
3443300 GGTTGTTTTCATTTTTTAACTCATGTTTTACTCCCAATCATTTTCATTTTCTGACTCGTAATTCA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
** * ** * *
3443365 ATTCCAATAATTTTCATTATCATTTTCATTTCCTGACTCATGGTTTAAT-CTTGATCGTTTTCAT
65 A-TCC--TGGTTGT--TT-TCA--TT--TTT--TGACTCATGGTTTAATCCCAG-TCATTTTTAT
** ***
3443429 TTTTTGACTTGTGATTTAATTTT
117 TTTTTGACTCATGATTTAATCCC
* * * * ** * * * * *
3443452 TATCATTTTTATTTCTTTGACTTGTGATTTAATATTGATCATTTTCATTTTATGACTCGTGATTT
1 GATCGTTTTCATTT-TCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
* ** * * * * ** * *
3443517 AATCTTGGTCATTTTCATTTTCTAACCCATTGTTTAATCCCAGTTGTTTTCATTTTCTGAC-CAT
64 AATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCAT
* **
3443581 GGTTTAATCTT
129 GATTTAATCCC
* * *** * *
3443592 GATCATTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCCCAGTCGTTTTTATTTTCTGACTCGTGGTTTA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
* * * ** * **** * *
3443657 ATTCCT-ATTGATTTCATTTTCTGACTTTTGATTTAATTATGGTCATTTTTATTTCTCTAACTCA
65 A-TCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTT-TTTGACTCA
*
3443721 TGGTTTAATCCC
128 TGATTTAATCCC
* * * * * * * * * **
3443733 CATTGTCTTCATTTTCTAACTCGT-AGTTTAATCCTGATCGTTTTTCATTTTCTAACTGGTGGTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGA-TTTAAT-TTGGTCATTTTT-ATTTTCTGACTCATGGTT
* * ** * * * *
3443797 TCATCTTGGTCATTTTCATTTTCTAACCCATGGTTTAATCCC--T-ATTGTTGTGATTTTCTGAC
63 TAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATT-TT-T-ATTTTTTGAC
* *
3443859 ACATGGTTTAATCCC
125 TCATGATTTAATCCC
* * * * ** ** *
3443874 -AGTCGTTTTTAGTTTT-AGATTCGTGATTTAATTTCCATCATTTTTATATTT-TGACTTGTGAT
1 GA-TCGTTTTCA-TTTTCTGACTCATGATTTAATTT-GGTCATTTTTAT-TTTCTGACTCATGGT
* ** * * * *
3443936 TTAATTCC-AGTCATTTTCATTTTTTTACT-AGTGGTTTAATCTCGGTCATTTTTATTTTCTGAC
62 TTAA-TCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCA-TGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGAC
* * *
3443999 TCATAATTTGATTCC
125 TCATGATTTAATCCC
* * * * * * *** ** * **
3444014 GATCATTTTTATTTCTTTGGCTCGTAATTTAATGCCAGTCATTTCCATTTTTTGACTCAT-CATT
1 GATCGTTTTCATTT-TCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
** * ** ** * * * * *
3444078 AATTTTAGTCATTTTCATTTTTTGACTTGTGGTTTAATCTCAATCATTTTCACTTTTTGACTTAT
64 AATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCAT
*
3444143 GGTTTAATCCCC
129 GATTTAAT-CCC
* ** * * * * * * *
3444155 G-TTGTTTTACATTTTCTGTGTCATGCTTTAATCCCT-GTCGTTTTCATTTTTTGACACATTGTT
1 GATCGTTTT-CATTTTCTGACTCATGATTTAAT--TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTT
* ** * ** *** ** **
3444218 TAATCCTTGTCATTTTGATTTTTTGACTCATGAATTAATCTTGGTTGTTTTCGTTTTTTGACTCA
63 TAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCA
* * *
3444283 TGGTATAATCCTA
128 TGATTTAATCC-C
* ** * ** * * * * * *
3444296 GTTTTTTTTCATTTTTTGACTTGTCG-TTTAATCTCGATCACTTTCATTTTTCTAACTCGTGGTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCAT-GATTTAAT-TTGGTCATTTTTA-TTTTCTGACTCATGGTT
* * * * * * * *
3444360 TAATCTTGGTGGTTTTCATTTTCTT-ACTCAAGGTTTAGTCCTAGTCATTTTCATTTTCTCACTC
63 TAATCCTGGTTGTTTTCATTTT-TTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTC
*
3444424 ATGCA-TTAATTCC
127 ATG-ATTTAATCCC
* * * * * * * **
3444437 AATCGTTTTCATTTTTTAACTCGAT-TTTTAATCTTGATCATTTTCATTTTCTAACTCATAATTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTC-ATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
** * * * **
3444501 AATTTTGATAAT-TTTCATCATTTTCATTTCCTAACTCATGGTTTAATCTCAAACATTTTTCATT
64 AATCCTGGT--TGTTT--TCA--TT--TTT--TGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTT-ATT
** **
3444565 TTTTGACTTGTGATTTAATTTC
118 TTTTGACTCATGATTTAATCCC
* * * * ** ** * * * * * *
3444587 AATTGTTTTTATTTCTCTGAGTTGTGATTTAAAACTGATCGTTTTCATTTTCTAAGTCATGATTT
1 GATCGTTTTCATTT-TCTGACTCATGATTT-AATTTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
* * * * * * * * *
3444652 AAT-CTCAGTCGCTTTCATTTTCTAACCCAAGGTTTAATCCC-GATCGTTTTCATTTTTTGAC-C
64 AATCCT-GGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAG-TCATTTTTATTTTTTGACTC
* **
3444714 TATTATTTAATCTA
127 -ATGATTTAATCCC
* *** *
3444728 G-TCGTTTTCATTTTCTGACTCGTGATTTAATCCAAGTCATTTTTATTTTTTGACTCAT-GTTTA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
* *** * * *** * * ***
3444791 ATCCTAGACATTTTTATTTTTTGA-TCATGATTTAATCTTGGTCGTTTTCATTTTCAAACTCATG
65 ATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCATG
*
3444855 GTTTAATTCCC
130 ATTTAA-TCCC
* * * * * *
3444866 -ATCATTTTCATATTCTAACTCTTGATTTAATTTTGGTCATTTTTATTTCTCTAACTCAAGGTTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAA-TTTGGTCATTTTTATTT-TCTGACTCATGG-TT
** * ** **
3444930 TAATCCCCGTTGTCTTCATTTTTTGACT-AGTGGTTTAAT-CTTGATTGTTTTTCATTTTTTGAC
63 TAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCA-TGGTTTAATCCCAG-TCATTTTT-ATTTTTTGAC
** * * *
3444993 TGGTGGTTTCATCTC
125 TCATGATTTAATCCC
* * * * * * * * * * *
3445008 AATTGTTTTCATTTTATAACTCATGGTTTAATCCTAGTAATTTTCAGTTTT-AGACTCATGATTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTA-TTTTCTGACTCATGGTTT
* * ** ** * *** *
3445072 AAT-TTCGATAATTATT-ATTTTTCAACTCATGATTTAATTTGA-TCATTTTCATTTTTTGACT-
64 AATCCT-GGTTGTT-TTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTC
* *
3445133 AGTGGTTTAATCCT
127 A-TGATTTAATCCC
* * * * * * * * **
3445147 GACCATTTTCATTTTTTGACTCATGATTTGACTATGGCCATTGTTA-TTTCATTGACTCGTGACT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTT-AATTTGGTCATTTTTATTTTC--TGACTCATGGTT
* ** ** * * * **** ** * *
3445211 TAAT-GTCAATCATTTTCATTTTTTAACTCGTCGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTT
63 TAATCCT-GGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTC
* * *
3445275 GTGGTTTAAT-CT
127 ATGATTTAATCCC
* * * ** *
3445287 TAGTCATTTTCACTTTT-TGACTCGTGGCTTAATCCCCATTGTTTTACATTTTTTGACTTGTGCT
1 GA-TCGTTTTCA-TTTTCTGACTCATGATTTAAT-----TTG--GT-CA-TTTTT-A-TT-T--T
* * * * * * * * **** *
3445351 TTAATCCCTATTGTTT--TCTCTCGATAGTTTTTATTTTTTGACTCATGGTATAATATTGGTCGT
50 CTGA-CTC-ATGGTTTAATC-CT-GGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCAT
* * *
3445414 TTTTCATTTTCTGACTCATCATTTAATCTC
111 TTTT-ATTTTTTGACTCATGATTTAATCCC
* * * * * * ** * * *
3445444 AATCGCTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCTAGTGGTTTTCATTTTCTCACTCAGGGTTTA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
* *** ** * * * * * * * *
3445509 GTCCCAATCATTTTCATTTTCTGACTCATGCTTTAATTCTAGTCGTTTTAATTTTTTAACTCACG
65 ATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCATG
* *
3445574 TTTTACTCCC
130 ATTTAATCCC
* * * * ** *
3445584 -AGTCATTTTCATTTGCTGACTTGTAATTTAATTCCAATAATTTTCATTATTGTTTTCATTTAT-
1 GA-TCGTTTTCATTTTCTGAC---TCA--TGATT----TAA-TTTGGTCA-T-TTTT-ATTT-TC
* * ** * * * * ** *
3445647 TGACTCATGGTTTAATCTTGATCATTTTCATTTTCTGACTCGTGATTTAATCTC-GATTGTTTTC
51 TGACTCATGGTTTAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAG-TCATTTTT
* * * *
3445711 ATTTTCTGACCCATGGTTT-ATACCTT
115 ATTTTTTGACTCATGATTTAAT-CC-C
* * * ** * * *
3445737 G-TCATTTTCATTTTCTGACTTATGATTTAATTCGGGTTGTTTTTATTTTTTGACTCGTGATTTA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATT-TGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
* * * * * *** *
3445801 AT-CTCGATCGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATTACCA-ACCTTTTCT-TTGACTGACTT
65 ATCCT-GGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAA-TCCCAGTCATTTT-TATTTTTTGACTC
* ***
3445863 GTGATTTAATTTT
127 ATGATTTAATCCC
* * ** * * *** * * **
3445876 GGT-GATTTTTATTTCTCCAACTCGTGGTTTAA-TCCAT-TTTTCTTCATTTTCTAACTTGTGGT
1 GATCG-TTTTCATTT-TCTGACTCATGATTTAATTTGGTCATTT-TT-ATTTTCTGACTCATGGT
* * * ** * *
3445938 TTAATCCTGGTCATTTTTTCATTTTCTGACT-AGTGATTTAATCCTTGTCGTTTTAATTTTTTGA
62 TTAATCCTGGT--TGTTTTCATTTTTTGACTCA-TGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGA
* *
3446002 CTCGTGATTTAATCTC
124 CTCATGATTTAATCCC
* ** * * * *
3446018 GATCATTTTCAGTTTT-AAACTCATGATTTAATTTCTGTCA-TTTTATTTTCTAACTTATGATTT
1 GATCGTTTTCA-TTTTCTGACTCATGATTTAATTT-GGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
* ** * * * *
3446081 AATTCTGGTCATTTTCATTTTTTGACTAAAGGTTTAATCCCAGTCATTTTCATTTTTTGACTCGT
64 AATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCAT
* **
3446146 GATTTGATTTC
129 GATTTAATCCC
* * * * * * * * **
3446157 GGTTGTTTTTATTTCTTTGACTCATGATTTGATACTGGTCACTTTCATTTTCTGACTTGTGGTTT
1 GATCGTTTTCATTT-TCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
* ** * ** * ** ** *
3446222 AATCAC-GATCATTTTCACTTTTTGACTTGTGGTGTAATCCTTGTTGTTTTACATTTTTTTGACT
64 AATC-CTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTT-TA-TTTTTTGACT
**
3446286 CATCCTTTAATCCC
126 CATGATTTAATCCC
* * * ** * * * *
3446300 TG-TCATTTTCATTTTCTAATGTGTTG-TTTAATCCCT-GTCATTTTTATTTTTTGACTCGTGAT
1 -GATCGTTTTCATTTTCTGA-CTCATGATTTAAT--TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGT
** * ** * *
3446362 ACAACCCTGGTCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTATAATCCCAGTCATTTTTCATTTTCTGACT
62 TTAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTT-ATTTTTTGACT
* *
3446427 CATCACTTAATCCC
126 CATGATTTAATCCC
* * * * * * ** ** * * *
3446441 AATTGTTTTTATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCTAATGGTTTTCATTTTCTCACTCAGGGTTTA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
* ** ** ** * ** * *
3446506 GTCCCAGTCATTTTCATTTTTTGA-TCATACTTTAATTCTGGTCATTTTCATTTTTTAACTCATG
65 ATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCATG
* **
3446570 TTTTAATCTA
130 ATTTAATCCC
* * * * * *
3446580 GGTC-ATTT--TTTT-T-ACTCGTAATTTAATTTCGATAATTTTCATTCTCATTTTCTTTTCTTG
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTT-G------GTCA---T--TTTTATTTTC-TG
* * * * * * * * * **
3446640 ACTCATGGTTTCAT-CTCGATCGTTTCCAATTTCTGACTCGTGATGTAATTTC-GATCATTTTTA
53 ACTCATGGTTTAATCCT-GGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAG-TCATTTTTA
* * *
3446703 TTTCTTTGACTTATGATTTAATACT
116 TTT-TTTGACTCATGATTTAATCCC
* * * ** * *
3446728 GATCATTTTCATTTTATGACTCATGATTTAATTTCGGTCGTTTACATTTTCTAACCCATGGTTTA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTT-GGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
* * ** * ** *
3446793 ATCCCGATCATTTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCCGGGTCATTTTTATTTTTTGACTCGTG
65 ATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCATG
* **
3446858 GTTTAATCTT
130 ATTTAATCCC
* * ** * * * * * *
3446868 GATCATTTTTATTTTCTGACTTTTGATTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTTGATTCGTGGTTTA
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
* ** * * * * * * * *
3446933 ATTCCT-ATCCTTTTCATTTTCTAACTCGTGATTTAATTCTAGTCATTTTTATTTCTCTGACTCG
65 A-TCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTT-TTTGACTCA
*
3446997 TGGTTTAATCCTC
128 TGATTTAATCC-C
* * * * ** *
3447010 G-TTGTTTTCATTTTTTGACTTATAATTTAATCCCGATCATTTTTCATTTTCTGACT-AGTGGTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTT-ATTTTCTGACTCA-TGGTT
* * ** * * * * *
3447073 TCAT-CTCGATCATTTTCATTTTCTGAC-CTGTGGTTTAATACCTA-TCGTTTTAATTTTTTGA-
63 TAATCCT-GGTTGTTTTCATTTTTTGACTC-ATGGTTTAAT-CCCAGTCATTTTTATTTTTTGAC
* * *
3447134 TGCGTGGTTTAAT-CT
125 T-CATGATTTAATCCC
* * * * **
3447149 TAGTCGTTTTCATTTT-TAGAATCATGATTTAATTTTGATCA-TTTTATTTTTTGACTTGTGAG-
1 GA-TCGTTTTCATTTTCT-GACTCATGATTTAA-TTTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATG-GT
** * * * *
3447211 TTAATTCC-AATCGTTTTCATTTTTTGAC-CAGTGGTTTAATCCCAATCGTTTTTATTTTCTGAC
62 TTAA-TCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCA-TGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGAC
* * *
3447274 TCATGATTTGATTCT
125 TCATGATTTAATCCC
* * * * * ** * ** * * **
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1 GATCGTTTTCATTT-TCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCT-GACTCATGGTT
* ** * * * * *
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*
3447418 TGGTTTAATGCCC
128 TGATTTAAT-CCC
* ** ** * * * * *
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1 GATCGTTTT-CATT-TTCTGACTCATGATTTAAT--TTGGTCATTTTTATTTTCT-GACT-CATG
* ** * * * * *
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* * * **
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* * ** * * *
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* * ** * * * * * *
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* * **
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127 ATGATTTAATCCC
* * * * * **
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** * ** * * *
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* ** ***
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* * * * * * * * * * *
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1 GATCGTTTTCATTT-TCTGACTCA-TGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTT
** * * * * * * *** * *
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* *
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127 ATGATTTAATCCC
* * * * * * ** * * *
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1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
* * * * * * *
3448069 ATCCTGGTCGTTTTCA-TTTTTCATTCATGGTTTAATTCCC-TTCCTTTTCATTTTCTGACTCAT
65 ATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAA-TCCCAGTCATTTTTATTTTTTGACTCAT
* *
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129 GATTTAATCCC
* * * * * * *** ** * * * *
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1 GATCGTTTTCATTT-TCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
*** ** * * * *
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126 CATGA-TTTAATCCC
* * * * * **** * * **
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1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTA-TTTTCTGACTCATGGTTT
** ** * * * **** * * **
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** *
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129 GATTTAATCCC
* * * * * * * *
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1 GA-TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATT-TGGTCATTTTT-ATT-TTCTGACTCATGGT
** ** ** **** * * *
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62 TTAAT-CC-TGGTTGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAGTCATTTTTATTTTTTGAC
*
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125 -TCATGA-TTTAATCCC
* * **
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1 GA-TCGTTTTCA-TTTTCTGACTCATGATTTAATTTGGTCA-T-TTTT--ATTTTCTGACTCATG
* ** * *
3448621 GCTTTAATCTCT-GTCGTTTTCATTTTCAGA-TGCGAT-GTTTAATCTCTGTCATTTTTATTTTT
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* *
3448683 TGACTCATGGTATAATCCC
121 TGACTCATGATTTAATCCC
* ** * * ** * * *
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1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCAT-GATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
* * * * * * ** * * **
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* **
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129 GATTTAATCCC
* * * * ** * ** **
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1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATG-A-TTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTT
** * * * * * * *
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* **
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* * ** * * * * * **
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** * * * ** * *
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* *
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* * ** * ** * * * *
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* * * ** * * *
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*
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128 TGATTTAATCCC
* * * * * * **
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** * ** * * * ** * * ** * *
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* * **
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127 ATGATTTAATCCC
* * * ** * * ** * * *
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1 GATC-GTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
* ** * * * * ** * * *
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* * **
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* * * * * * * * * * *
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** ** * * * * ** * *
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*
3449687 GATTTAATGCC
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* * * * * * *
3449698 -AGTCATTTTCATTTTTTGATTCATCATTTAATTTTGGTCATTTTCATTTTCGGACTCGTGGTTT
1 GA-TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAA-TTTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
* ** * * * ** * *
3449762 AATCTCT-ATCATTTTCACTTTTTGACTTATGGTTTAATCCCCGTTGTTTTACATTTTTT-AGTC
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*
3449825 ATGCTTTAATCCC
127 ATGATTTAATCCC
* * * * * * * * * *
3449838 TATCATTTTAATTTTTTGA-TACGTTG-TTTAATCCTT-ATCTTTTTTATTTTTTAACTCGTGGT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACT-C-ATGATTTAAT--TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGT
* * * * ** ** * ** *
3449900 ATAAT-CTCGATCAT-TTTTCCTTTTTAGACTTGTCATTTAAT-CCTGATCGCTTTCATTTTTTG
62 TTAATCCT-GGT--TGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAG-TCATTTTTATTTTTTG
** * *
3449962 ACTGGTGAGTTAATCCT
123 ACTCATGATTTAATCCC
* * * * * * **** ** * ** *
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1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
* * * * * * * *
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* * ***
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* * * * * *** ** ** * *
3450120 GTAATTTTCATTATCATTTTTGTTTCCTAACTCGTGGTTTAATCTCAATTGTTTTCGTTTTTTAA
1 G--A---TCGTTTTCA----T-TTT-CTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGA
** * ** * ** * * * * * * * *
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* * * * * * ** * *
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1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
* * * ** ** * * ** *
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* **
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129 GATTTAATC-CC
* * * * * * *
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1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT--TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
** * * * **
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** *
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* * ** * **
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1 GATCGT-TTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTT-ATTTTCTGACTCATGGTT
* ** ** * * * * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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1 GATCGTTTTCA-TTTTCTGACTCATGATTTAATTT-GGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
** * ** * ** * *
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* * **
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127 ATGATTTAATCCC
** * * * * * * *
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1 GATCGTTTTCATTT-TCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTT
** ** * * * * * * **
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*
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129 GATTTAATC-CC
* * ** * * * * * **
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* ** * * * * * * *
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* * *
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127 ATGATTTAATCCC
* * * * ** * * *
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1 GATCG-TTTTCATTTTCTGACTCAT-GATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTT
* * * * * * * *
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* * *
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127 ATGATTTAATCCC
* * * * * * * * * **
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1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTTTA
** * * * ** *
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* * * ***
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117 TTTTTGACTCATGATTTAATCCC
* * * ** * ** * * *
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1 GATCGTTTTCATTT-TCTGAC-TCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTATTTTCTGACTCATGGTT
* ** ** ** * * *
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* * *
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127 ATGATTTAATCCC
* * * * * * *
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** * * * ** * * ***
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**
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** * * * * * *
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1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTGGTCATTTTTA-TTTTCTGACTCATGGTTT
* * ** * * * * * * ** ** * * * *
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*
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* * * * * * * *
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* * ** * * * * * * * * *
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* *
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* * * * *** ** * * * *
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* * * * *
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**
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126 CATGATTTAATCCC
* * * * * * * ** *
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* * *** * *
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* *
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127 ATGATTTAATCCC
* * * * * * * * * *
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** * * * * *
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* *
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* * * * * * ** * * *
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* * * * * * *
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** * *
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* * * *
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1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT
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Statistics
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*
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*
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* * **
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* * * *
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* * * ** * *
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* * *
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*
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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** * ** *
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*
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* * * *
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*** *
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*
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* *
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*
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* * *
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*
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*
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*
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* *
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** * ** *
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* * * * * * *
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*
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* * * * *
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*
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* * *
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* * *
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* * ** * * * * * *
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** *
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* ** * * * *
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*
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*
3431251 TTCAGTCG
62 TCCAGTCG
* * * * * *
3431259 TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTATAATCCTAGTCATTTTTCATTTTCTGACTAGTTGTTTAGTCC
1 TTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCTAGT-AGTTTTCATTTTCTCACTAGTGGTTTAGTCC
*
3431324 TGATCG
65 AG-TCG
* * *
3431330 CTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCTGGTGGTTTTCATTTTCTCACTTAG-GGTTTAGTCC
1 TTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCTAGTAGTTTTCATTTTCTCAC-TAGTGGTTTAGTCC
3431394 AGTCG
65 AGTCG
* * *
3431399 TTTTCATTTTCTGACTCATGCTTTAATTCTAGTCGTTTTCATTTT
1 TTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCTAGTAGTTTTCATTTT
3431444 TTAACTTGCT
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 72, Indels: 63
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Matches are distributed among these distances:
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72 4 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.18, G:0.13, T:0.53
Consensus pattern (69 bp):
TTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCTAGTAGTTTTCATTTTCTCACTAGTGGTTTAGTCCA
GTCG
Found at i:3431997 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 3431927--3432026 Score: 85
Period size: 34 Copynumber: 2.9 Consensus size: 34
3431917 TGTCTTCATT
** ** *
3431927 TTTTGACTTGTGGTTTAATC-CCCTGTTGTTTTAA
1 TTTTGACTTGTGGTTTAATCTCAATCAT-TTTCAA
3431961 TTTTGACTTGTGGTTTAATCTCAATCATTTTCAA
1 TTTTGACTTGTGGTTTAATCTCAATCATTTTCAA
** * * *
3431995 TTTTAGACTCATGATTTAATTTCGATCATTTT
1 TTTT-GACTTGTGGTTTAATCTCAATCATTTT
3432027 TATTTTTTGA
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 10, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.21, C:0.14, G:0.13, T:0.52
Consensus pattern (34 bp):
TTTTGACTTGTGGTTTAATCTCAATCATTTTCAA
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Alignment explanation
Indices: 3433113--3433310 Score: 240
Period size: 104 Copynumber: 1.9 Consensus size: 104
3433103 CATCTTCATC
*
3433113 ATTTTCATTTTCTAACTCATGGTATAATCCTAGTCATTTTAATTTTCTAACCA-TGCTTTAATCC
1 ATTTTCATTTTCTAACTCATGATATAATCCTAGTCATTTTAATTTTCTAACCAGTGCTTTAATCC
3433177 C-GATCATTTTTAGTTTTAGACTCGTGATTTAATTTTAGTT
66 CAG-TCATTTTTA-TTTTAGACTCGTGATTTAATTTTAGTT
* * * * * * * * *
3433217 ATTTTTATTTTCTGACTCATGATTTAAT-TTAGATCATTTTTATTTTGTGACTAGTGGTTTAATC
1 ATTTTCATTTTCTAACTCATGATATAATCCTAG-TCATTTTAATTTTCTAACCAGTGCTTTAATC
* *
3433281 CCAGTCATTTTTATTTTTGACTTGTGATTT
65 CCAGTCATTTTTATTTTAGACTCGTGATTT
3433311 GATTATGATC
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 12, Indels: 6
0.81 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
103 3 0.04
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105 20 0.25
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ACGTcount: A:0.23, C:0.14, G:0.11, T:0.52
Consensus pattern (104 bp):
ATTTTCATTTTCTAACTCATGATATAATCCTAGTCATTTTAATTTTCTAACCAGTGCTTTAATCC
CAGTCATTTTTATTTTAGACTCGTGATTTAATTTTAGTT
Found at i:3434525 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 3434413--3434525 Score: 81
Period size: 31 Copynumber: 3.5 Consensus size: 31
3434403 GATTTAATTT
3434413 TGGTAATTTTTATTTTCTGACTTGTGATTTAATTC
1 TGGTAA-TTTTATTTT-TGACTTGTGATTT-A-TC
* * *
3434448 TAGTCATTTTTATTTTTGACTAGTG-TTTATCCC
1 TGGT-AATTTTATTTTTGACTTGTGATTTAT--C
*
3434481 T-GTCATTTCT-TTTTTGACTTGTGATTTGATC
1 TGGTAATTT-TATTTTTGACTTGTGATTT-ATC
3434512 TGGTAATTTT-TTTT
1 TGGTAATTTTATTTT
3434526 CAATGACTCA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 7, Indels: 18
0.72 0.08 0.20
Matches are distributed among these distances:
31 23 0.36
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36 1 0.02
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Consensus pattern (31 bp):
TGGTAATTTTATTTTTGACTTGTGATTTATC
Found at i:3434909 original size:34 final size:35
Alignment explanation
Indices: 3434866--3434945 Score: 99
Period size: 34 Copynumber: 2.3 Consensus size: 35
3434856 AATCCTAGTG
*
3434866 GTTTTCATTTTCTCACTCAGGGTTT-AGTCCAGTC
1 GTTTTCATTTTCTCACTCAGGCTTTAAGTCCAGTC
* * * * *
3434900 GTTTTCATTTTTTGACTCATGCTTTAATTCCAGTT
1 GTTTTCATTTTCTCACTCAGGCTTTAAGTCCAGTC
3434935 GTTTTCATTTT
1 GTTTTCATTTT
3434946 TTTAACTCGC
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 6, Indels: 1
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 21 0.54
35 18 0.46
ACGTcount: A:0.15, C:0.19, G:0.14, T:0.53
Consensus pattern (35 bp):
GTTTTCATTTTCTCACTCAGGCTTTAAGTCCAGTC
Done.