Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168015.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_27, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Warning! 118000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 93 of 93
Found at i:15660916 original size:77 final size:78
Alignment explanation
Indices: 15660758--15661039 Score: 286
Period size: 77 Copynumber: 3.6 Consensus size: 78
15660748 TAAAGGAGCC
* * * **
15660758 ATTTAAAGTTCGTTGCCTTTGGTTAGATGAGCCTTTTAACATTTAAAGTATGTTGCCTTTGGTTA
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*
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* * * *
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* * * * **
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1 ATTTAAAGTTTGTTGCCTTTGGTTAGATG-AGCCTTTTGAATTTAAAGTTTGTTGCCTTTGGAGA
**
15660978 AAGGAGCTTTT--A
65 AACAAGCTTTTGGA
* * * * * *
15660990 ACTTAAAGTTTGTTACCTATAGTGAGAGGAGCCTTTTGAATTTAAAGTTT
1 ATTTAAAGTTTGTTGCCTTTGGTTAGATGAGCCTTTTGAATTTAAAGTTT
15661040 TATAGCCTTT
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79 28 0.16
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Consensus pattern (78 bp):
ATTTAAAGTTTGTTGCCTTTGGTTAGATGAGCCTTTTGAATTTAAAGTTTGTTGCCTTTGGAGAA
ACAAGCTTTTGGA
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15660714 TCAGGTCTTT
* * *
15660724 AATTTAAAGTTTGTTGCCTTTGGTTAAAGGAGC----CATTTAAAGTTCGTTGCCTTTGGTTAGA
1 AATTTAAAGTTTGTTGCCTTTGGTTAAAGGAGCTTTTAATTTAAAGTTTGTTGCCTTTGGTGAGA
* * * * *
15660785 TGAGCCTTTTAACATTTAAAGTATGTTGCCTTTGGTTAAAGAAG-CTTTTGG
66 CGAGCCTTTTGA-ATTTAAAGT-TTTTGCCTTTGATTAGAGAAGCCTTTTGG
* * * *
15660836 AATTTAAAGTTTGTTACCTTTGGTTAAATGAGCTTTTGGATTTAAAGTTTGTTGCCTTTGGAGAG
1 AATTTAAAGTTTGTTGCCTTTGGTTAAAGGAGCTTTT-AATTTAAAGTTTGTTGCCTTTGGTGAG
* * *
15660901 ACAAGCCTTTTGAATTTAAAGTTTGTTGCCTCTGATGAGAGAAGCCTTTT-G
65 ACGAGCCTTTTGAATTTAAAGTTT-TTGCCTTTGATTAGAGAAGCCTTTTGG
* * * * *
15660952 AATTTAAAGTTCGTTGCCTTTGGTTAAAGGAGCTTTTAACTTAAAGTTTGTTACCTATAGTGAGA
1 AATTTAAAGTTTGTTGCCTTTGGTTAAAGGAGCTTTTAATTTAAAGTTTGTTGCCTTTGGTGAGA
* * *
15661017 GGAGCCTTTTGAATTTAAAGTTTTATAGCCTTTGTTTAGAGGAGCCTTT
66 CGAGCCTTTTGAATTTAAAGTTTT-T-GCCTTTGATTAGAGAAGCCTTT
15661066 CAAATTTTCT
Statistics
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AATTTAAAGTTTGTTGCCTTTGGTTAAAGGAGCTTTTAATTTAAAGTTTGTTGCCTTTGGTGAGA
CGAGCCTTTTGAATTTAAAGTTTTTGCCTTTGATTAGAGAAGCCTTTTGG
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Alignment explanation
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15661231 ATAATTTTGT
15661241 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TT
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TT
15661279 TAAAACAAAA
Statistics
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3 35 1.00
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Consensus pattern (3 bp):
TTA
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15661712 ATCTGGGAAA
* *
15661722 ATTTGAATTTTCCAACGACT
1 ATTTGAATTTTTCAACGACC
* *
15661742 ATTTGAATTTTTCAGCAACC
1 ATTTGAATTTTTCAACGACC
*
15661762 GTTTGAA-TTTTCTAACGACC
1 ATTTGAATTTTTC-AACGACC
*
15661782 ATTTGAATTTTTCGACGAC
1 ATTTGAATTTTTCAACGAC
15661801 TGAAATCTGG
Statistics
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ATTTGAATTTTTCAACGACC
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15662134 TTTGATTTTG
15662144 ATTTTTTATATT
1 ATTTTTTATATT
*
15662156 ATTTTTTATGTT
1 ATTTTTTATATT
15662168 ATTTTTTATGATGT
1 ATTTTTTAT-AT-T
*
15662182 -TATTATTATTATT
1 AT-TTTTTA-TATT
15662195 ATTATTTTATATT
1 ATT-TTTTATATT
15662208 ATT
1 ATT
15662211 ACTAGTAATA
Statistics
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Consensus pattern (12 bp):
ATTTTTTATATT
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15662757 ATTTCTTTTT
15662767 ATAAAAAAATAATTAAAGAATAA
1 ATAAAAAAATAATTAAA-AATAA
* **
15662790 ATAATAAAATTTTTAAAAATAA
1 ATAAAAAAATAATTAAAAATAA
15662812 A
1 A
15662813 CATAACAACA
Statistics
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23 14 0.70
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ATAAAAAAATAATTAAAAATAA
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15662875 CCAAAATTGA
* **
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* **
15662935 GATAATCTTAAAATTTGTTTAATAAATTTTGGGAACTCACCAAAGAGTCA
1 GATAATCTTAAAACTTGTTTAATAAATTTTAAGAACTCACCAAAGAGTCA
15662985 AGATGTTCCT
Statistics
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GATAATCTTAAAACTTGTTTAATAAATTTTAAGAACTCACCAAAGAGTCAG
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15663680 CAAAGGTCAT
* * * * * * * * *
15663690 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTTATCTTATTTGGTAAATATATTTATT
1 ATTTGAAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATT
* * *
15663754 TTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTATGGATTAATAATAAATTAATATTATTTTATTTT-GTAAA
66 TTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAATATTATTTTATTTTGGTAAA
*
15663818 GCATGTATGAACAGAATAA-ATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATG
130 GCTTGTATGAACA-AA-AACATTATTTTATGACAAAA-AAAATGTCATAATG
* * * *
15663869 ATGTAAAATATAAAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAGCAGATTTATT
1 ATTTGAAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATT
* * ** *
15663934 TTTTAAATCTCTTTCTTATTATTTTTTAGAATACTAATAAATTGGTTTTATTTTATTTTGGATAA
66 TTTTAAATCTC-TTCTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAATATTATTTTATTTTGG-TAA
* * * * * **
15663999 A-CTTGTGT-AGTCAAAAACAATAGCTTTATGACAAAATAAAATATCATAACA
129 AGCTTGTATGA-ACAAAAACATTA-TTTTATGACAAAA-AAAATGTCATAATG
* * * * * * * * * *
15664050 ATTTGAAATATATAATGGTTCAAAAATTTATAACTATTT-AAATTGGTTCGAGAAATGAAATTCT
1 ATTTGAAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAA-CAGATT-T
* ** * *
15664114 -TTTTTTAAATC-C--CTTATTAATTTTTAGAATAATGATAAAGAAATATTATTTTTTTTTGGAA
63 ATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAATATTATTTTATTTTGGTA
* * * *
15664175 TAAGCTTGTATGAATAAAAACATTTGTTTTCTAACAAAAAAAA-GTCATAATG
128 -AAGCTTGTATGAACAAAAACA-TTATTTTATGACAAAAAAAATGTCATAATG
* * * *
15664227 ATTTGAAATAGATAATT-TTTCAAATAGTCCTAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAGATTTAT
1 ATTTGAAATATATAATTGTTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTAT
* * * * ****
15664291 TTTTTAAATCT-TAAACTTATAAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCAAA
65 TTTTTAAATCTCT--TCTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAATATTATTTTATTTTGGTA
* * * * * * *
15664354 TAATCCTGTTTAAACAAAAAGAATTGTTTTATCACAAAATAAAA-GTTCATAACT-
128 -AAGCTTGTATGAACAAAAA-CATTATTTTATGACAAAA-AAAATG-TCATAA-TG
* * * * * **
15664408 ACTTGAAAAAGATAATT-TTCAAACA-TACATAACTATTCAAACTTGTTTCG-TAAACAGATTTA
1 ATTTGAAATATATAATTGTTTAAATAGT-CATAACTATTTGAACTTGTTT-GATAAACAGATTTA
* * * * * *
15664470 TTTTTTAAAATCTTTTACCTATTAATTTTTTA-AATATTATTAAATTAATCTTGTTTTATT
64 TTTTTT-AAATCTCTT-CTTATTAA-TTTTTAGAATAATAATAAATTAATATTATTTTATT
15664530 CCAGATTGCA
Statistics
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0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 17 0.03
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178 48 0.09
179 83 0.16
180 166 0.32
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183 1 0.00
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ATTTGAAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATT
TTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAATATTATTTTATTTTGGTAAAG
CTTGTATGAACAAAAACATTATTTTATGACAAAAAAAATGTCATAATG
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15664737 ATAGATTTAT
15664747 ATTTTAAATCTATTAATA
1 ATTTTAAATCTATTAATA
15664765 ATTTTCAAA-CTATTAATA
1 ATTTT-AAATCTATTAATA
15664783 A
1 A
15664784 ATTAATATTA
Statistics
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ATTTTAAATCTATTAATA
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15664546 AGGCTAGGCC
* * *
15664556 AACAGATTCA-TTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTT
1 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
*** ** * * * * * **
15664620 TATTCCAAATAAAATTGTATCAATAGAAAGAATTGTTTTATAACAAAACAAATA-GTCATAGCGA
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* * * * * * * *
15664684 TTTAAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTG
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* * * *
15664736 AATAGATTTATATTTTAAATC---TA-TTAATAATTTTCAAACTATTAATAAATTAATATTATTT
1 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AAA-TATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * *
15664797 TATTTCGAACGAA-CTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGATGA
64 TATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * * *
15664861 TTTGAAATAGATAGTTGTTCATATAGCCTTTACTATTTGAACTGGTTTGGAA
128 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTA
* * * * * *
15664913 AACAAATTTATTTGTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTGTTT
1 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-A-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * *
15664978 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGCTTATAATGAT
64 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * *
15665043 TTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTAGTTCGCTA
129 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTA
* * * *
15665094 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTGATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
1 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * ** * * * * **
15665159 TATTTCGAATAGGCTTATATGATGAAAAATAATTGTTTTATGACCAAACAAAAGTTCATAACAAT
64 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * *
15665224 TT-AAACTAAATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TG-CTGTATA
129 TTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG-GTA
** ** * * * *
15665274 AATTGATTTATTTTTTAAATCTTCAAATT-TTCAATTTTTAAAAATTAATAAAGTAATATTATTT
1 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AA-TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * *
15665338 TATTTTGGATAAGCTTTTTATGAAC-TGAAATAATTGCTTTATTATAAAACAAAGGGTCATAAAG
64 TATTTTGAATAAGC-TTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *
15665402 ATTTTAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAATTTGTTTGGTA
127 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTA
* * * * * *
15665455 AACATATTTATTTTTTTAAAT-TTCTTGCTTATTAAAATTTTGAATGTTAATAAAATAATATTAT
1 AACAGATTTA-TTTTTTAAATCTT-TTACTTATT--AATTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
15665519 TTTATTTTGAATAAGCATGTTTGAAC-TGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAAC
62 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* ** ** * *
15665583 GATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA-TTTTAACTATTTGAACTAATTCGGCA
126 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTA
* * * * * ** *
15665636 AACACATTTACTTTTTAAATCTATTGCTTATTAATTTTAGAATATTATTAGTTTA-TAAATATTT
1 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTA-AATATTAATAAATTAGT-ATTATTT
* * * * * * *
15665700 TACTCTGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATTATAATGAT
64 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * *
15665764 TTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAAGTAGTCTGGTC
129 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTA
*
15665815 AACAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
1 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* ** * * * * * * **
15665876 TA-TTTGAACAATTTTGTATGAATAAAAATAATTGGTTTTACGACAAAACAAAATGTGATAACAA
64 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * *
15665940 TTTGAAATAGATAATAGTTCAAATTGACATGACTATTTGAACTTGTTTGATA
128 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTA
* * * * * *** * *
15665992 AACAAATTAACTTTATAAGTCTCCAACTCATTAATTTTATTATATTAATAAATTAGTATTATTTT
1 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * * * *
15666057 ATTTCAAATAAACTTGTATGAATATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAATGATT
65 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * *
15666122 TGAAATAAATAACTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTGCTCGGTA
130 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTA
* * *
15666172 AACATATATT-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAAATTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATT
1 AACAGAT-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * * * *
15666236 TTATTACGAATAAGCCTGTATGAATAGAAAGAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCAAAATGA
63 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * ** ** *
15666301 TTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATTTTTGAACAAGTTAAGAA
128 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTA
* *
15666353 AATAGATTTATTTTTTAAAAT-TTTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTAT
1 AACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTT-AAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
*** * * * ** * *
15666416 TTTATTCAAAAATAAGCTTGCATGAATAGAGCCAATTGTTTTAAGATAAAACGAAAA-GTCATAA
62 TTTATT-TTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAA
* * * *
15666480 TGTTTTGACATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTA
125 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGGTA
** * * * *
15666535 AACAGATTCCTTTTTTAATTTTTTTAGTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
1 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* ** * * * * * *
15666600 TACTTCAAATAAG-TTCATATGAAC-TGAAGCAATTATTTTATTATAAAA-AAAATGTCATAATG
64 TATTTTGAATAAGCTT-GTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * ** *
15666662 ATTTGAAATAGCTGATTATTCAAATAGTCATGACTAGTTGAACTTGTTCAGCA
127 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTA
* ** **
15666715 AACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTATCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTT
1 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-T-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * * * * * **
15666780 TAATCCT-AATAAGTTTGTATGAACAGAAA-AATTGTTTTATGATAAAGCAAAAAGTCATAACAA
64 T-ATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
** * * * * *
15666843 GATAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCAGAA-TAATTTGAACTTATTTGGTA
128 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTGGTA
* * *
15666895 AACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTT
1 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * ** *
15666959 TA-TTTGAAATAAGCTTGTATTAAC-TGAAACAATTGTTTTATGACAAGTA-AAAATGTTTTAAA
64 TATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAA-AACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * *
15667021 GCTTCT-AAATTGATAATTGTTCAAATTGTAATAATTATTTAAACTTGTTTAGTA
126 GATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTA
* * * * *
15667075 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATT
1 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA--TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * *
15667140 TATTCTAAATAAGTTTATATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATAACTAAACAAAGGGTCAAAATGA
64 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * *
15667204 TTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAA-TTGATGTGGTA
128 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTA
* * * * * *
15667256 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTTATTTTGAACTCTTATTAAATTAGTATTATTTT
1 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * ** * * * * * **
15667321 AATCTAAATAAGCTTGTACAAACA-AAATAATTATTTTATGGCAAAACAAAATGCCATAACAATT
65 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * *
15667385 TGAAATAAATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTCGTTTGAGT-
130 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG-GTA
** * *
15667435 ATTAGATTTATTTTTT-AAT-TTTCT-CGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTA
1 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTT-TAC--TTATTAA-TTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * * * *
15667497 TTTTATTTTGAATGAA-ATAATATTAACAGAACCAGTTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAA
61 TTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * * *
15667561 CAATTTGGAATAGATAATTATTAAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTA
125 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTA
* *
15667616 AATAGATTTACTTTTTAAAT-TTCTTA-TTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTA
1 AACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTT-ATTAA-TTT-TAAATATTAATAAATTAGTA
15667675 ATAATGATTT
Statistics
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0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
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184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
TTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTA
Found at i:15665466 original size:361 final size:363
Alignment explanation
Indices: 15664566--15667674 Score: 2275
Period size: 360 Copynumber: 8.6 Consensus size: 363
15664556 AACAGATTCA
** *
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** * * * * ** *
15664630 AAAATTGTATCAA-TAGAAAGAATTGTTTTATAACAAAACAAATA-GTCATAGCGATTTAAAATA
64 AAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * *
15664693 AATAATTATTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTGAATAGATTTATATTTTAAA--T
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* * * * *
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192 CTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTAT
* * * * ** *
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255 GAACTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * ** * * *
15664880 CATATAGCCTTTACTATTTGAACTGGTTTGGAAAACAAATTTAT
320 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTAT
* * * * * * * * * *
15664924 TTGTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTGTTTTATTTTGAATA
1 TTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATA
* * * * *
15664989 AGCTTGTATGAACAT-AAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGCTTATAATGATTTGAAATATA
65 AGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAA
* * * * * *
15665053 TAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTAGTTCGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
129 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * *
15665118 TACTCATTGATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTATATG-A-
194 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* * *
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259 TGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCA
* * * *
15665244 AATGGCCATAATTATTTGAAC-TGCTGT-A-TAAATTGATTTAT
322 AATAGTCATAACTATTTGAACTTG-T-TCAGTAAATAGATTTAT
* * * * * **
15665285 TTTTTAAATCTTCAAATT-TTCAATTTTTAAAAATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATA
1 TTTTTAAATCTTTAACTTATT-AATTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATA
* * * * * * * **
15665349 AGCTTTTTATGAACTGAAATAATTGCTTTATTATAAAACAAAGGGTCATAAAGATTTTAAATAGG
65 AGC-TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAA
* * * *
15665414 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAATTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATTTC
129 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTC
* * * * * * * *
15665479 TTGCTTATTAAAATTTTG-AATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTTTGA
193 TTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * *
15665543 ACTG--AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCT
257 ACTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** ** * * * * *
15665606 AATA-TTTTAACTATTTGAACTAATTCGGCAAACACATTTAC
322 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTAT
* * * * * * *
15665647 TTTTTAAATCTATT-GCTTATTAA-TTTTAGAATATT-ATTAGTTTATAAATATTTTACTCTGAA
1 TTTTTAAATCT-TTAACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAAT-ATTATTTTATTCTAAA
* ** * * * * * *
15665709 TAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATTATAATGATTTGAGATAG
63 TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAA
* * * * * *
15665773 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAAGTAGTCTGGTCAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC
128 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* **
15665836 -T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAACAATTTTGTATGAA
193 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * *
15665898 -T-AAAAATAATTGGTTTTACGACAAAACAAAATGTGATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCA
258 CTGAAAAATAATT-GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * *
15665961 AATTGACATGACTATTTGAACTTGTT-TGATAAACAAATTAAC
322 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAGATTTAT
* * ** * * *
15666003 TTTATAAGTCTCCAACTCATTAA-TTTTATTATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAAT
1 TTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-AAAT
* * * * *
15666066 AAACTTGTATGAA-TATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAA
64 AAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAA
* * * * * * *
15666130 ATAACTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTGCTCGGTAAACATATATT-TTTTTAAAATCT
128 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGAT-TTATTTTTTAAATCT
* * * * *
15666194 TTTACTTATTAAATTTT-AGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTACGAATAAGCCTGTATG
192 CTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * * * ** *
15666258 AA-T-AGAAAGAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTGTTC
256 AACTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * ** * *
15666321 AAATAGTCATAAATTTTTGAACAAGTTAAGAAAATAGATTTAT
321 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTAT
* *
15666364 TTTTTAAAAT-TTTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAAA
1 TTTTT-AAATCTTTAACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-TAAA
* ** * * *
15666428 TAAGCTTGCATGAA-TAGAGCCAATTGTTTTAAGATAAAACGAAAA-GTCATAATGTTTTGACAT
63 TAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * ** *
15666491 AGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCT-GTAAACAGATTCCTTTTTTAATT
126 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * * *
15666555 TTTTTAGTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAG-TTCATA
190 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-GTA
** * * * ** * * *
15666619 TGAACTG--AAGCAATTATTTTATTATAAAA-AAAATGTCATAATGATTTGAAATAGCTGATTAT
254 TGAACTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
15666681 TCAAATAGTCATGACTAGTTGAACTTGTTCAGCAAACATATTTAT
319 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTAT
* * ** * *
15666726 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTATCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTAATCCT-AAT
1 TTTTTAAATCTTTAACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCTAAAT
* * * * ** ** *
15666790 AAGTTTGTATGAACAGAAA-AATTGTTTTATGATAAAGCAAAAAGTCATAACAAGATAAAATAAA
64 AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAA
* * * * *
15666854 TAATTGCTCAAATAGTCAGAA-TAATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTT
129 TAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
*
15666917 TTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTAT
193 TTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTAT
* * * ** * *
15666979 TAACTG--AAACAATTGTTTTATGACAAGTA-AAAATGTTTTAA-AGCTTCT-AAATTGATAATT
255 GAACTGAAAAATAATTGTTTTATGACAA-AACAAAATGTCATAACA-ATT-TGAAATAGATAATT
* * * * *
15667039 GTTCAAATTGTAATAATTATTTAAACTTGTTTAGTAAATAGATTTAT
317 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTAT
** * * * *
15667086 TTTTTAAATCTTTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATA
1 TTTTTAAATCTTTAACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATA
* * * * *
15667151 AGTTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATAACT-AAACAAAGGGTCAAAATGATTTGAAATAAA
65 AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAA
* * * * *
15667215 TAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAA-TTGATGTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
129 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * **
15667279 TTACTTATTTA-TTTTGAACTCTTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTACAA
193 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
15667342 AC---AAAATAATTATTTTATGGCAAAACAAAATGCCATAACAATTTGAAATAAATAATCGTTCA
257 ACTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
15667404 TATAGTCTTAACTATTTGAACTCGTTTGAGT-ATTAGATTTAT
322 AATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGATTTAT
** ** * * * *
15667446 TTTTT-AAT-TTTCTCGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
1 TTTTTAAATCTTTAAC--TTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAA
* ** * * * * * * * * ** *
15667509 TGAA-ATAATATTAACAGAACCAGTTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGGAATA
63 T-AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * * *
15667573 GATAATTATTAAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATTT
127 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
15667638 CTTA-TTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTA
192 CTTACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTA
15667675 ATAATGATTT
Statistics
Matches: 2162, Mismatches: 489, Indels: 197
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
353 1 0.00
354 26 0.01
355 79 0.04
356 97 0.04
357 77 0.04
358 154 0.07
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363 197 0.09
364 8 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (363 bp):
TTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAA
GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATA
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTG
AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTAT
Found at i:15667446 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15667072--15667452 Score: 412
Period size: 179 Copynumber: 2.1 Consensus size: 180
15667062 AACTTGTTTA
* * * *
15667072 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATATTTTGAATCTTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * * * * *
15667137 ATTTATTCTAAATAAGTTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATAACTAAACAAAGGGTCAAAAT
65 ATTTAATCTAAATAAGCTTATACAAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGCCAAAAC
* * *
15667202 GATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAATTGATGTG
130 AATTTGAAATAAATAATCGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAATCGATGTG
* * *
15667253 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-TATTTTGAACTCTTATTAAATTAGTATTA
1 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATATTTTGAA-TCTTAATAAATTAGTATTA
* * * ** * *
15667317 TTTTAATCTAAATAAGCTTGTACAAAC-AAAATAATTATTTTATGGCAAAACAAAATGCCATAAC
65 ATTTAATCTAAATAAGCTTATACAAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGCCAAAAC
* *
15667381 AATTTGAAATAAATAATCGTTC-ATATAGTCTTAACTATTTGAACTCG-TTTG
130 AATTTGAAATAAATAATCGTTCTA-ATAGTCTTAACCATTTGAA-TCGATGTG
*
15667432 AGT-ATTAGATTTATTTTTTAA
1 -GTAAATAGATTTATTTTTTAA
15667453 TTTTCTCGGT
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 32, Indels: 10
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.01
179 90 0.55
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ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (180 bp):
GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATATTTTGAATCTTAATAAATTAGTATTAA
TTTAATCTAAATAAGCTTATACAAACTAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGCCAAAACA
ATTTGAAATAAATAATCGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAATCGATGTG
Found at i:15668764 original size:178 final size:175
Alignment explanation
Indices: 15667672--15669263 Score: 1077
Period size: 178 Copynumber: 9.0 Consensus size: 175
15667662 TAATAAATTA
** * * * *
15667672 GTAATAATGATTTGAAATTGATAATTGTT-AAATAGTTATAA-TCATTTGAACTAGTTCAGCAAA
1 GTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAGTTTAGTAAA
** * * * * * *
15667735 TAA-AAATATTTTCTAAATCT-TCTATAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCT-TCT
65 -AAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * *
15667797 -GAATAAGCTTGTATAAGCT-AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
128 CGAATAAGCTTGTAT--GATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * **
15667845 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATACAGTCTTAATTGTTTGAACTAGTTT-GGCAAA
1 GTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAAA
* * * *
15667909 TGTATTTAGTTTTTAAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATGAGTATTATTTT
66 AG-ATTTA-TTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * *
15667974 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAG
124 ATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
15668027 GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCATAACTTTTTGAA-TTGAATTGGTAAA
1 GTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTAGTAAA
* * * * * *
15668091 TAGATGTACTTTTTT-AATCTCTTATTAATTATTGAAATATTAAGAAATTAATTTTATTTTATTT
65 AAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
15668155 TGAATAAACTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAA
128 CGAATAAGCTTGTATGAT-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * ** * * * * *
15668204 GTAATAACGATTTGAAATAGGTTGTTGTTCTAATGGCCAT-ACTTATTTGAACTATTTTGGTAAA
1 GTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTAGTTTAGTAAA
* * * * * *
15668268 CTA-ATTTATTTTTTAAATCCCTTATTACCTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT-TTT
65 -AAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTA-ATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * ** **
15668331 GGGATAAGCTTATATGAGCT-AAATTAATTATTTTATGACAAAGTAAAA-
128 CGAATAAGCTTGTATGA--TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
15668379 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAATCTTAATTGTTTGAACTAGTTT-G-ACAA
1 GTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTA-AA
* * * *
15668442 ACATATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTTTATTATTACTAAATTAGTATTATTTT
65 A-AGATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * ** * * * *
15668506 A-TTCTAAATATGCCTGTATAAATAGAAATGATTGTTTTATGATAGAATAAAAG
124 ATTTC-GAATAAGCTTGTAT-GATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
** * * *
15668559 GTTGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAAA
1 GTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAAA
15668624 AGATTTATTTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
66 AGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * *
15668689 GAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAAA
129 GAATAAGCTTGTATGAT-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
** * * * * *
15668737 GTAATAATGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACT-GTTTTGGTAAA
1 GTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTAGTAAA
* * * * *
15668801 TTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTTTTTTATTT
65 -AAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* ** * ** *
15668865 TTGGGTAAGCTTTTATGA-ACTAAAACAATGGTTTTATAACAAAACAAAAG
127 TCGAATAAGCTTGTATGATA--AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * *
15668915 GTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
1 GTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAAA
* * * *
15668980 AGGTTTATTTTTTCAAATATCTTGGTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA
66 AGATTTATTTTTT--AA-ATC-T-CTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
*
15669045 TTTC-AATTAAGCTTGTAT-A-AACCAAAGCAATTA--TTATGACTAAACAAAAG
125 TTTCGAA-TAAGCTTGTATGATAA--AAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * ** * * * * *
15669095 GTCAA-AACGATTAGAAATAGATAATTATTTTAGTAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAATAAA
1 GT-AATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAA
* * * * * *
15669159 CATA-CT-TTTTTTAAATCTCTTATTATTTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTCA-TT
65 AAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTT
* * * * *
15669221 CAAAAAAGCCTGTATGACTAGAAACAATTATTTTATGAGAAAA
128 CGAATAAGCTTGTATGA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAA
15669264 TAAGGATCAT
Statistics
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0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
172 6 0.01
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182 124 0.11
183 37 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (175 bp):
GTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAAA
AGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
ATAAGCTTGTATGATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
Found at i:15668774 original size:533 final size:533
Alignment explanation
Indices: 15667763--15669255 Score: 1803
Period size: 533 Copynumber: 2.8 Consensus size: 533
15667753 CTTCTATAAA
* * * * * *
15667763 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTTCT-GAATAAGCTTGTATAAGCTAAAATAATTGT
1 TTTTGAAATATTAATAAAGTAGTTTTATTTTTTTGGGATAAGCTTATATGAGCTAAAATAATTGT
*
15667827 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATACAGTCTTAATTGTT
66 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTT
* ** * *
15667892 TGAACTAGTTTGGCAAATGTATTTAGTTTTTAAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAC
131 TGAACTAGTTTGACAAACATATTTAGTTTTTAAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTTGAATATTAC
* * * *
15667957 TAAATGAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAAC
196 TAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATAAATAGAAATGATT-TTTTATGATAGAAC
* * * * ** *
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259 AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG
* * * * *
15668087 TAAATAGATGTACTTTTTT-AATCTCTTATTAATTATTGAAATATTAAGAAATTAATTTTATTTT
324 TAAAAAGAT-TATTTTTTTAAATCTCTTATTAATTATTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * *
15668151 ATTTTGAATAAACTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGTAATAACGATT
388 ATTTCGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAAAGTAATAACGATT
** * *
15668216 TGAAATAGGTTGTTGTTCTAATGGCCATACTTATTTGAACTATTTTGGTAAACTAATTTATTTTT
453 TGAAATAGGTAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTATTTTGGTAAACTAATTTATTTTT
*
15668281 TAAATCCCTTATTACC
518 TAAATCCCTTATTAAC
* * * *
15668297 TTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTTTTGGGATAAGCTTATATGAGCTAAATTAATTAT
1 TTTTGAAATATTAATAAAGTAGTTTTATTTTTTTGGGATAAGCTTATATGAGCTAAAATAATTGT
** *
15668362 TTTATGACAAAGTAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAATCTTAATTGTT
66 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTT
* *
15668426 TGAACTAGTTTGACAAACATATTTA-TTTTT-AAATCTCTTAGTTATTAATTTTTTTATTATTAC
131 TGAACTAGTTTGACAAACATATTTAGTTTTTAAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTTGAATATTAC
* * *
15668489 TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATATGCCTGTATAAATAGAAATGATTGTTTTATGATAGAAT
196 TAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATAAATAGAAATGATT-TTTTATGATAGAAC
* * *
15668554 AAAAGGTTGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTTAG
259 AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG
* *
15668619 TAAAAAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
324 TAAAAAGA-TTATTTTTTTAAATCTCTTATTAATTATTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
*
15668684 ATTTCGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAAAGTAATAATGATT
388 ATTTCGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAAAGTAATAACGATT
* *
15668749 TGAAATAGGTAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGTTTTGGTAAATTAATTTATTTTT
453 TGAAATAGGTAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTATTTTGGTAAACTAATTTATTTTT
*
15668814 TAAATCTCTTATTAAC
518 TAAATCCCTTATTAAC
* * * *
15668830 TTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTTTTTTATTTTTGGG-TAAGCTTTTATGAACTAAAACAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAAGTA--GTTTTATT-TTTTTGGGATAAGCTTATATGAGCTAAAATAAT
* * * * * * *
15668894 GGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
63 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATT
* * * * ** * * * * *
15668959 ATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGGTTTATTTTTTCAAATATCTTGGTTATTAATTTTTTGAATG
128 GTTTGAACTAGTTTGA-CAAACATATTTAGTTTTTAAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTTGAATA
* * ** * *
15669023 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATTAAGCTTGTATAAA-CCAAA-GCAATTATTATGACT
192 TTACTAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATAAATAGAAATG-ATTTTTTATGA-T
* * * * * * *
15669086 A-AACAAAAGGTCAAAACGATTAGAAATAGATAATTATTTTAGTAGTCTTAACTATTTGAACTGG
254 AGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG
* * * * *
15669150 TTCA--ATAAACA-TACTTTTTTTAAATCTCTTATT-ATTTTTTGAAATATTATTAAATTAATAT
319 TTTAGTAAAAAGATTA-TTTTTTTAAATCTCTTATTAATTATTT-AAATATTAATAAATTAATAT
* * * * *
15669211 TATTTTCA-TTCAAAAAAGCCTGTATGACT-AGAAACAATTATTTTA
382 TATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTATTTTA
15669256 TGAGAAAATA
Statistics
Matches: 824, Mismatches: 117, Indels: 37
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
531 2 0.00
532 161 0.20
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537 13 0.02
538 61 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (533 bp):
TTTTGAAATATTAATAAAGTAGTTTTATTTTTTTGGGATAAGCTTATATGAGCTAAAATAATTGT
TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTT
TGAACTAGTTTGACAAACATATTTAGTTTTTAAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTTGAATATTAC
TAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATAAATAGAAATGATTTTTTATGATAGAACAA
AAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTA
AAAAGATTATTTTTTTAAATCTCTTATTAATTATTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
TCGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGA
AATAGGTAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTATTTTGGTAAACTAATTTATTTTTTAA
ATCCCTTATTAAC
Found at i:15670513 original size:356 final size:350
Alignment explanation
Indices: 15669496--15671627 Score: 1420
Period size: 361 Copynumber: 6.0 Consensus size: 350
15669486 CTTGCTCATT
* * * ** * * *
15669496 AATTTTTCAAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGACT-GAAATAA
1 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * ** * * * *
15669560 TTATTTTATGA-ATAAATAAAACATCAAAAAGATTTGAAAT--A-AATTGTTCTAATAGTCTTAA
66 TT-GTTTATGACA-AAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
15669621 CTATTTGAGTTGGTTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGGAATA
129 CTATTTGAATT-GTAC----AACA-AATCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * *
15669686 TTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACA
188 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACA
** * * * * ** * * *
15669751 AAATGAAGATCATAACGATTTGAGATGGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACCATTT
253 AAACAAAAATCACAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACC-TGT
* *
15669816 TC-ATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATT
317 TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATC
* * ** * *
15669849 AATTTTTAAAATATTAATGAATCAGTATTATTTTA-TTCTAAA-AAATTTTTCA-CAATCAGAAA
1 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGT-ATGAAT-AGAAA
* * * * * * *
15669911 CAATTGTTTAATGACAAAAGAAAATGTTATAATGATTTCAAATAGATAAATTGTTCACATGGACA
63 CAATTGTTT-ATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCA
* * * **
15669976 TAACTATTTGAACTTGTTTAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTAAAA
126 TAACTATTTGAA-TTG--T-AC-AACAAA-TCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * * *
15670041 ATATAAATAAGTTAGTATT-TTTTATTCCTAATAAACTTGTTTGAATAGAAATAATTATTTTATG
185 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATG
* * * * *
15670105 ACAAAACAAAATATCATAACTATTTTAAATAAACAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACC
250 ACAAAACAAAA-ATCACAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACC
* * *
15670170 TGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATC
314 TGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATC---T-CTTATC
** * *
15670212 AATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAATAGAAACAA
1 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* *
15670277 TTTGTTTATGGCAAAAAAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGATCAAATAGTCATAA
66 -TTGTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* *
15670341 CTATTTGAATGTGCT-CAGA-AAA-CGTTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
129 CTATTTGAAT-TG-TACA-ACAAATCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * *** * *
15670402 ACAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATATTTTTTTTATGACAAAA
191 ATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAA
* * * * * * *
15670467 CAAAAAGTTACAGCAATTTGATATAGATACTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
256 CAAAAA-TCACAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTCG
*
15670532 ATAATCAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-C
320 ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATC
* * *
15670562 ------T----TATTAATAAATTAGTATTATCTTATTTCAGATAAGATTGTATGAATAGAAACAA
1 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * *
15670617 TTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAAC
66 TTG-TTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** *
15670682 TATTTGCACTTGTCCAACAAATTCATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTTTTTAATGTTAA
130 TATTTG-AATTGTACAACAAA-TCATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * *
15670746 TAAAGTAGCATTACTTTATTCTGAATAAGAC-TGTATGAATAGAAACAA--TTTTTATGACAAAA
192 TAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAA
** * * * *
15670808 CAAATGGTCATC-ACAATTT-AAAGTAAATAATGGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAA-TTAGT
256 CAAA-AATCA-CAACAATTTGAAA-TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCT-GT
* * *
15670870 T-TAGTAAACAAATTTATATTTTAAATCTCTTATTTTTT
317 TCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA----TC
* * * * * * * * *
15670908 TATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAT
1 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
** * * *
15670973 TTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
66 TTG-TTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
15671038 TA-TTGAAACTAGTTTGGTA-AACAAAGTTATTTTTTAAATCCCTTACTTACTAATTTTTGAAAT
130 TATTTG--A--A--TT-GTACAACAAA-TCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * * **
15671101 ATTAATAAATTTGTTTTA-TTTATTCTGAATAAG-TTACTAAGAACTA-AAAAAATTATTTTACA
187 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTTTTTTATG
* * * ** * * * * * *
15671163 ACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAAAGAATTGTTCATATAGTCTTAGCTATTT-AAAC
250 ACAAAACAAAA-ATCACAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACC
* ** * * * *
15671227 TGGTTTGGCAAATACATTTATTTTTTAAACCTCTTAATTATT
314 T-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATC
* * * ** * *
15671269 AATTTTCAGAATATT-ATCACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATA
1 AATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * *
15671333 ATTGTTCTATAACATAACAAAAGATTATAATAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAA
65 ATTGTT-TATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * *
15671398 CTATTTGAACTAGTTTAGTA-AACAAATTTATTTTTTACATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAAT
129 CTATTTG-A--A--TT-GTACAACAAA-TCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * * *
15671462 ATTAGTAAATTAGTATTATAAAATTTTATAT-CGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTATT
187 ATTAATAAATTAGTA-T-T---ATTTTAT-TCCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTTTT
* * *** * * * * * *
15671525 TTATGACAAAACAAAAGTTCATAGTGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATGGCCATAATTTTTT
245 TTATGACAAAACAAAA-ATCACAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
15671590 GAA-CTAATTTGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCT
309 GAACCT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
15671628 AACTTATCAA
Statistics
Matches: 1409, Mismatches: 274, Indels: 182
0.76 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
339 6 0.00
340 120 0.09
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (350 bp):
AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
TTGTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
ATTTGAATTGTACAACAAATCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAA
ATCACAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTGTTCGATAAAC
AAATTTATTTTTTAAATCTCTTATC
Found at i:15670636 original size:166 final size:162
Alignment explanation
Indices: 15670397--15670731 Score: 402
Period size: 166 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
15670387 ATTTTTGAAA
* * * * * * *
15670397 TATTAACAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATATTTTTTTTATGA
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* * * *
15670462 CAAAACAAAAAGTTACAGCAATTTGATATAGATACTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
66 CAAAACAAAAAGTCACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* *
15670527 GTTTGATAATCAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACT
131 G--T-ACAA-CAAATTCATTTTTTAAATC-CGTTACT
* * *
15670563 TATTAATAAATTAGTATTATCTTATTTCAGATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATCTTATTTAAAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * ** * *
15670628 TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGCACTT
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*
15670693 GTCCAACAAATTCATTTTTTAAATCCGTTACT
131 GTACAACAAATTCATTTTTTAAATCCGTTACT
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1 TATTAAT
15670732 TTTTTTAATG
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 24, Indels: 6
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.01
162 30 0.21
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Consensus pattern (162 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATCTTATTTAAAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAAGTCACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTACAACAAATTCATTTTTTAAATCCGTTACT
Found at i:15671028 original size:522 final size:522
Alignment explanation
Indices: 15669641--15671634 Score: 1653
Period size: 522 Copynumber: 3.7 Consensus size: 522
15669631 TGGTTCGGTA
* *
15669641 AACACATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTT
1 AACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * ** *
15669706 TAATCCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAA-TGAAGATCATAACGA
66 TATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTG-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAA
* * * * * *
15669769 TTTGAGATGGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACCATTTTCA-TAAACAAATTTAGT
130 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-AGTAAACAAATTTA-T
* * *
15669833 TTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATGAATCAGTATTATTTTATTCTAAA-AA
193 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-AAATAA
* * * * * * * *
15669893 ATTTTTCA-CAATCAGAAACAATTGTTTAATGACAAAAGAAAATGTTATAATGATTTCAAATAGA
257 ACTTGT-ATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * *
15669957 TAAATTGTTCACATGGACATAACTATTTGAACTTGTTTAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
320 T-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * *
15670022 CTACCTATTAATTTTAAAAATATAAATAAGTTAGTATTTTTTATTCCTA-ATAA-ACTTGTTTGA
384 TTA-C--TT-A--TT----A-AT-AA-AA-TTAGTATTTTTTATTTC-AGATAAGA-TTGTATGA
* ** *
15670085 ATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACT-ATTTTAAATAAACAATTGTTCAA
433 ATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTAAAATAAACAATTGTTCAA
* * *
15670149 ACAGTCATAACTATTTGAACCTGCTCGGTA
497 ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TC---C
* ** * *
15670179 AACAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATT
1 AACAAATTTA-TTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
15670244 TTATT-TCAAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTTGTTTATGGCAAAAAAAAAGGTCATAACT
65 TTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * **
15670308 ATTTGAAATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T-G--T-GCTCAGA-AAACGT-
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-T-AAACAAATTTA
* * * ** *
15670366 TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATA
192 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCAAATA
* * * * * * * * *** *
15670430 AGCTTGTATGAATAGAAATATTTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTTACAGCAATTTGATATAGAT
256 AACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGAT
* * *
15670495 ACTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAATCAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
321 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * *
15670560 ACTTATTAAT-AAATTAGTATTATCTTATTTCAGATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
386 ACTTATTAATAAAATTAGTATT-TTTTATTTCAGATAAGATTGTATGAATAGAAAAAATTATTTT
* * * * * * *
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450 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
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515 ACTTGTCC
* * ** * * * *
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1 AACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * *
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* * * * *
15670824 TTT-AAAGTAAATAATGGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAATTAGTTTAGTAAACAAATTTATA
130 TTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTAT-
* * * *
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193 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCAAATAA
* * ** *
15670953 ACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATA
257 ACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATA
* * * *
15671018 ATTGTTCAAATAGTCATAATTA-TTGAAACTAGTTTGGTAAACAAAGTTATTTTTTAAATCCCTT
322 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
15671082 ACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTATTCTGAATAAG-TTACTAAGAACT
386 ACTTATTAA----T-AAA-ATTAGT--A-TT-TTTTA--T-TTCAG-ATAAGATT-GTATGAA-T
** * * *
15671146 A-AAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAAAGAATTGTTCATATA
435 AGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAACAATTGTTCAAATA
* * * * *
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500 GTCATAACTATTTGAACT--TGT-CC
* ** *
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1 AACA-A-ATTTATTTTTTAAATCC-CTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT-AAATTAGTATT
* * * * * *
15671298 ATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAA-TTGTTCTATAACATAACAAAAGATTATA
62 ATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTGTT-TATGACAAAACAAAAGATCATA
* *
15671362 ATAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTT
126 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTT
* * * *
15671427 ATTTTTTACATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAGTAAATTAGTATTATAAAATTTTATA
191 A-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA--A-TAT--TATTTTAT-
* ** ** * *
15671492 TCGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAGTGATTTG
249 TCAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAATGATTTG
* * * * * * *
15671556 AAATAGATAATTCTTCAAATGGCCATAATTTTTTGAACTAATTTGATAAACTAATTTATTTTTTA
313 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTA
*
15671621 AATCTCTAACTTAT
378 AATCTCTTACTTAT
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TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTT
TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAATAAACTT
GTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTG
TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
TTAATAAAATTAGTATTTTTTATTTCAGATAAGATTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACA
AAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
CC
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* * *
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* *
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* * * **
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* * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * *
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** * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* *
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* ** *
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* * * * * * *
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* * * * ** *
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TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* *
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* * * *
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65 ACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGA
* * * * *
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* *
15672594 AACAATTATCTATTT-AGAATCATTAT-AACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTA
1 AACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGAA-CTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTC
* ** **
15672657 ATAC-TAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAA
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* * * * * *
15672720 -AAATTTTTAAAAATAAATATGT-TTACCGAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTG
125 GAGA-TTTAAAAAATAAAT-T-TATTACCGAATTAATTCAAATAATTATGACTATTTG
* * ** * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGT-TCA
* * *
15672840 TACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
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* * * * * *
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129 TTTAAAAAATAAATTTA-TTACCGAATTAATTCAAATAATTATGACTATTTG
* ** * * * * * *
15672957 AACAATTATCAATCTT-AAATTGTTAAGATCTTTAT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGGTCT
1 AACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGAACTTT-TGTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCA
* * **** *
15673020 TAGAAGCTTATT-TGGTTAAGAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAG
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* * * ** * * * ** *
15673080 ATTTAAAACAT-GATTGTGTTTGTCG-ATCCAGTTCAAATAGTTAAAACT-GTTG
128 ATTTAAAAAATAAATT-T-ATTACCGAAT-TAATTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * * * *
15673132 AAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATC
1 -AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTT-GTCATAAAATAATTGTTTTAGT-TC
* * * * * * * **
15673196 TTACAAGCTTA-TCTAGAATGAAATAATCCCAATTT-TTTAGCTTT-AAAAATTAATAAGTAAA-
63 ATACATGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAG
* ** * *
15673257 AGATTTGAAAAAAATAAATATGT-TTATC-AAGCAAGTT-AAATAGTTATGATTATTTG
126 AGATTT--AAAAAATAAAT-T-TATTACCGAATTAA-TTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * * * **
15673313 AATAATTATTTATTTAAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCGGTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCA
* * * * *
15673377 TAAAAT-CTTATCCAAAATAAAATAAAACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAG
64 T-ACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAG
* * * * * * * * * * *
15673441 TTTTAAACAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAACAGTTTTAAATAAAATTG
128 ATTTAAAAAATAAATTT-ATTACCGAATTAATTCAAATAATTATGACT--ATTTG
** * * *** * * * ** * **
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1 AACAATTATCTATTTC--AAATCATTATGAACTTTTGT-T---TGTCATAAAATAATTGTT-TTA
* ** * * * * *** * * * * *
15673554 ATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAA-TAAGTAAATGATTT-AAAAAGTGAA
59 GT-TCATACATGCTTATTCA-AAATAAAAT-AATACTAATTTA-TTAAT-ATTTCAAAAA-TTAA
* ** ** * * ** ** *
15673616 TATGTTTACTGAATCAGCTCAAAT-AA-TTATGGCC--A-T--TTC-AGTAATTAT--CTATTTC
118 TAAG-AAAGAGATTTA--AAAAATAAATTTATTACCGAATTAATTCAAATAATTATGACTATTT-
*
15673671 A
179 G
* * **** * * * * *
15673672 AATCATTATTAGCTTTTGTTTGGTCA-TAT-AACGATTGTTTTTTATCATACAACTTTAATCGAA
1 AA-CA--ATTATCTATT-TCAAATCATTATGAAC--TT-TTGTTTGTCATA-AA--ATAATTG-T
* * ** * ** *** * * * * * *
15673735 ATAAAATAATACTAAT--TTATT-AATCTTTTAGAA-ATTAA-TAAGTAAGAGATTTTAAAAA--
55 TTTAGTTCATAC--ATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA-TTA-ATATTTCAAAAATT
*** ** ** * *
15673793 AAT-A-AATCTG-TTTACCAAACCAA--T-TT-----A--AA-T--AGT--TT-TGACTATTTA
116 AATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTACCGAATTAATTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * * * ** * * *
15673838 AACAATTGTATACTTGAAATCATTATAACTTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTT-TGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCAT
* * * * * * **
15673903 AC-TAGCTTATTCAAAATAAAGTAATGCTAATCTAATAATATTCCAAAAACTAATAACTAAGAGA
65 ACAT-GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGA
* * ** * * * *
15673967 TTTAAAAAATAAAATTTTTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATG
129 TTTAAAAAAT-AAATTTATTACCGAATTAATTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * * * * *
15674019 ACCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATT-TTTTCAATTTA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTT-AGTTCA
*** * **
15674083 TAC-TAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGA
64 TACAT-GCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGA
* * * * *
15674146 GATTTAAAAAAT-AATTTCGCTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTG
127 GATTTAAAAAATAAATTT--ATTACCGAATTAATTCAAATAATTATGACTATTTG
* ** * * * *
15674200 AACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTGTAT-TTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTT-T-TGTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTC-
* * * * * * *
15674264 TATAAAT-TTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTGAAAATTAATAGGTAAG
63 -ATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAAAG
* ** * * * *
15674327 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGTA-TGTTTG
126 AGATTTAAAAAATAAATTTA-TTACCGAATTAA-TTCAAATAATTATG-ACTATTTG
* * * * * * * *
15674382 AACAATTATCTATTTGAAATCGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAACTG-GTCA-TTCA
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* * * **
15674445 -A-A--ATTACTT-AGAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTTGAAAATTAAT----AAGAG
64 TACATGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAG
* * * * * *
15674501 ATTTAAAAACTAAATATGTT-CAAGAA-AACATTTCAAATAGTTATGACTATTTG
128 ATTTAAAAAATAAATTTATTAC-CGAATTA-A-TTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * * * *
15674554 AATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTAT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-TTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTT-TGTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCA
* * * * * *
15674617 TACATGCTTATTTAGATTAAAACAATACTAATTTAATAATGTTTCAAAAATTAATAAGTAAA-AG
64 TACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAGAG
* * * * *
15674681 ATTTAAAATAATAAATGTGT-TTGA-AGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTAG
128 ATTTAAAA-AATAAAT-T-TATT-ACCGAATTAATTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTT-GTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCAT
* * * * * *
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* * * *
15674865 TTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-GAA--CAAATAGATT-TGAGTATTTG
130 TT-AAAAAATAAATTT-ATTACCGAATTAATTCAAATA-ATTATGACTATTTG
** * * *
15674914 AACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGAACTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCA
* * * * * * *
15674978 TAAAAGCTTATCCGAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGA
64 TACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGA
* * * ** * * * *
15675043 GTTAAAAACTAAATCTATTTACC-AGACCAGTTCAAATAGTTATGACTATCTA
129 TTTAAAAAATAAATTTA-TTACCGA-ATTAATTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * *
15675095 AACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGCTTCTA-TTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTG-TTTTAGTTCA
* * *** * * * ** ** * * *
15675157 TACAAGCATATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAAAAAT-TTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGT
64 TACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGA
** * * * * * *
15675221 TTTAAAAAATAAATATGCTTGCCGAACTAATTCAAATAGTCAAGACTATTAG
129 TTTAAAAAATAAAT-TTATTACCGAATTAATTCAAATAATTATGACTATTTG
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1 AACAATTATCTATTTCAAATC
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AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATA
CATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATT
TAAAAAATAAATTTATTACCGAATTAATTCAAATAATTATGACTATTTG
Found at i:15673624 original size:161 final size:161
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Period size: 161 Copynumber: 1.8 Consensus size: 161
15673325 TTTAAAATCA
* * * ** *
15673335 TTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCGGTTCATAAAATCTTATCCAAAATAAAAT
1 TTATAACCTTTTCTTTGGACATAAAACAATTGTATCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
* * *
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131 AAATAAATTCAAACAGTTTTAAATAAAATTG
* * * * *
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1 TTATAACCTTTTCTTTGGACATAAAACAATTGTATCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
* ** * *
15673561 AATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-ATGATTTAAA-AAGTGAATATGTTTA
66 AAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGA-GATTTAAACAA-TAAATATGTTTA
15673624 C
129 C
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TTATAACCTTTTCTTTGGACATAAAACAATTGTATCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
AAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAACAATAAATATGTTTACC
AAATAAATTCAAACAGTTTTAAATAAAATTG
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15673480 GTTTTAAATA
* * * * * *** * ** * *
15673490 AAATTGTTATGACCTTTTCTTTGGTCATAAAACATTTGTATCAATTCATACAAGCTTATTCAAAA
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* * * *
15673555 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-ATGATTTAAAAAGTGAATAT
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* * * * * **
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* * * * * * * * **
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* *
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65 ATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAAT
** * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-TAAATTTTTTCGAA
* * * * * * *
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65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATC
* * * * * * *
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* ** * ** * *
15674035 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATT-TTTTCAATTTATACTAGCTTATTT-GG
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATA-TAAATTTTTTCGA
* *
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* * * * * *
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127 CT-GTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
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1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAATTTT-TTCGAA
* *
15674281 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * *
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129 GTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** ** *
15674398 AAATCGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAACTG--GTCATTC--A-AAATTACTTAG-A
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATATAAATTTTTTCGAA
* * * *
15674457 ATAAAATAATACTAATATATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATAT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * *
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129 GTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** * *
15674570 AAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACATGCTTATTTAG-
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATATA-AATTTTTTCGA
* * * * *
15674632 ATTAAAACAATACTAATTTAATAATGTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATAATAAAT
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AATAAAT
* * * * * *
15674697 GTGTTTGA-AGAACTAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCAATTTC
127 CTGTTT-ACTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * * *
15674751 AAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGGCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTT-AAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAA-ATTTTTTCGAA
* * * *
15674815 ATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATC
* *
15674880 TGTTTACTGAAGAA---CAAATAGATT-TGAGTATTTGAACAATTATCTATTT-
128 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
15674929 AAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCTCATA-AAAGCTTATCCGA
1 AAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAA-TTTTTTCGA
* * * * *
15674993 AATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGAGTTAAAAACTAAATC
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
15675058 TATTTAC-CAGACCAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATCTC
128 TGTTTACTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
15675111 AAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGCTTCTATTCATACAAGCA-TATTT-GG
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAA--ATTTTTTCGA
* * * ** ** * * *
15675172 AGTAAAATATTGCTAAACTAAAAAT-TTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGTTTTAAAAAATAAATA
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
15675236 TGCTTGCCGAACTAA-TTCAAATAGTCAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTC
128 TGTTTACTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
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1 AAATCGTT
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Statistics
Matches: 1285, Mismatches: 275, Indels: 135
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Matches are distributed among these distances:
170 4 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.39
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AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAATTTTTTCGAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
Found at i:15674809 original size:716 final size:717
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Indices: 15673734--15675140 Score: 1686
Period size: 716 Copynumber: 2.0 Consensus size: 717
15673724 CTTTAATCGA
* *
15673734 AATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTTAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATATATTAATATTTTAGAAA-TAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAAATAAA
* * * * * * *
15673799 TCTGTTTACCAAACCAATTTAAATAGTTTTGACTATTTAAACAATTGTATACTTGAAATCATTAT
65 TATGTTCAACAAAACAATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATACTTCAAATCATTAT
* ** *
15673864 AACTTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAGTAATG
130 AACTTTATGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAACAATA
* * **
15673929 CTAATCTAATAATATTCCAAAAACTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAATTTTTTGCCGAAC
195 CTAATCTAATAATATTCCAAAAACTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTGAAGAAC
* * * * *
15673994 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGACCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
260 CAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAG
* * ** *
15674059 ACATAAAACAATTTTTTCAATTTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAAT
325 ACATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAAT-AATTTATTAAC
** **
15674123 ATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAAAT-AATTTCGCTTACCTAACTAGTTCAAATA
389 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTT-GCTTA-CTAA--AGAACAAATA
*
15674186 -ATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTGTATTTTGTCATAAAACA
450 GATT-TGAGTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTGTATTTTGTCATAAAACA
* * ** * * * *
15674250 AATGTTTTTGTTCATATAAATTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTGAAA
514 AATGTTTTAGCTCATA-AAAGCTTATCCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTC-AAAA
* * * **
15674314 ATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TTGAACAAGTTCAAATAGTCATGTA-T
577 ATTAATAAGCAAGAGAGTTAAAAAATAAATCTATTTACCAG-ACAAGTTCAAATAGTCATG-ACT
* * * * * *
15674377 GTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAACTGGTCAT
640 ATCTAAACAATTATCTATCTCAAATCATCATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAAACTGGTCAT
15674442 TCAAAATTACTTAG
704 TCAAAATTACTTAG
* *
15674456 AATAAAATAATACTAATATATTAATATTTT-GAAA-ATTAA-TAAGAGA-TTT-AAAAACTAAAT
1 AATAAAATAATACTAATATATTAATATTTTAGAAATAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAAATAAAT
* * * * *
15674516 ATGTTCAAGAAAAC-ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TCTCAAATCGTTA
66 ATGTTCAACAAAACAATTT-AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATACT-TCAAATCATTA
* * * * *
15674579 TGATCTTTAT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATAC-ATGCTTATTTAGATTAAAAC
129 T-AACTTTATGTTCTGTCATAAAACAATTATTT-TTGTTCATACTA-GCTTATTCAAAATAAAAC
* * * * *
15674640 AATACTAATTTAATAATGTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATAAT-AAATGTGTTTG
191 AATACTAATCTAATAATATTCCAAAAACTAATAACTAAAAGATTTAAAA-AATAAAAT-TGTTTG
* * *
15674704 AAGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAATAATTATCAATTTCAAATCATTCTGACCTTT
254 AAGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATAT-GAACAATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * *
15674768 TGTTTAGGCATAAAACAATTATTTT-AGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATT
318 TGTTTAGACATAAAACAATT-TTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAATAATT
* * * *
15674832 TATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAGAACAA
382 TATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGCTTACTAAAGAACAA
* * *
15674897 ATAGATTTGAGTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
447 ATAGATTTGAGTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTGTATTTTGTCATAAAA
* *
15674962 CAATTGTTTTAGCTCATAAAAGCTTATCCGAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAA
512 CAAATGTTTTAGCTCATAAAAGCTTATCCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAA
* * *
15675027 ATTAATAAGCAAGAGAGTTAAAAACTAAATCTATTTACCAGACCAGTTCAAATAGTTATGACTAT
577 ATTAATAAGCAAGAGAGTTAAAAAATAAATCTATTTACCAGACAAGTTCAAATAGTCATGACTAT
* *
15675092 CTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAA
642 CTAAACAATTATCTATCTCAAATCATCATGACCTTTGTTTTGTCATAAA
15675141 CAATTGCTTC
Statistics
Matches: 581, Mismatches: 88, Indels: 42
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
712 17 0.03
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (717 bp):
AATAAAATAATACTAATATATTAATATTTTAGAAATAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAAATAAAT
ATGTTCAACAAAACAATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATACTTCAAATCATTATA
ACTTTATGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAACAATAC
TAATCTAATAATATTCCAAAAACTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTGAAGAACC
AATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGA
CATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAATAATTTATTAACAT
TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGCTTACTAAAGAACAAATAGATTTG
AGTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTGTATTTTGTCATAAAACAAATGTTT
TAGCTCATAAAAGCTTATCCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAG
CAAGAGAGTTAAAAAATAAATCTATTTACCAGACAAGTTCAAATAGTCATGACTATCTAAACAAT
TATCTATCTCAAATCATCATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAAACTGGTCATTCAAAATTACTT
AG
Done.