genome.fa.s195.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168020.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_274, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  40382

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132--178	16	2.8	16	83	9	58	36	0	8	55	1.31
196--280	13	6.2	13	72	20	50	44	5	2	47	1.40
624--708	22	3.9	23	79	11	90	47	1	1	50	1.16
628--710	17	5.1	17	73	11	59	46	1	1	50	1.16
911--998	10	9.7	9	68	23	51	47	0	3	48	1.18
1108--1163	17	3.2	17	75	10	60	46	1	1	50	1.22
1164--1224	17	3.6	16	82	8	68	37	0	3	59	1.14
1284--1343	15	3.8	16	77	18	63	48	0	3	48	1.18
1285--1355	15	4.8	14	74	17	54	47	0	2	49	1.16
1570--1624	23	2.5	22	77	13	60	47	0	3	49	1.19
1668--1730	27	2.3	26	83	5	72	49	3	3	44	1.34
1886--1910	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1872--1928	29	2.0	29	83	6	73	52	0	0	47	1.00
1898--1942	23	1.9	24	81	4	56	48	4	0	46	1.22
2362--2425	24	2.8	23	81	6	69	51	3	1	43	1.26
2468--2514	18	2.6	19	76	6	53	53	0	2	44	1.12
2494--2560	22	3.0	21	78	6	62	44	0	5	49	1.27
2779--2805	14	1.9	14	100	0	54	37	7	11	44	1.68
2901--2947	23	2.1	22	84	11	60	42	0	6	51	1.27
3802--3860	25	2.2	25	85	8	73	50	0	1	47	1.11
3941--3970	15	1.9	16	93	6	53	60	0	3	36	1.14
4582--4618	17	2.2	17	90	0	56	45	2	2	48	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5899--5963	23	2.7	24	81	13	80	47	3	1	47	1.27
5911--5972	23	3.0	20	82	15	72	50	3	0	46	1.17
5919--6020	42	2.4	43	80	11	113	49	1	2	46	1.28
6892--6952	21	3.0	21	77	22	69	54	3	0	42	1.17
7781--7854	17	4.3	16	76	19	60	40	1	0	58	1.07
7783--7824	12	3.5	12	81	9	50	42	0	0	57	0.99
7795--7861	21	3.1	22	77	12	68	37	2	0	59	1.13
8000--8044	16	2.7	18	80	16	60	48	0	2	48	1.13
8038--8079	17	2.5	17	88	0	66	54	4	0	40	1.21
8739--8804	28	2.4	28	82	5	80	45	3	0	51	1.16
8758--8813	28	2.0	28	82	6	69	44	1	1	51	1.22
9355--9408	17	3.4	16	76	21	51	40	0	1	57	1.09
9926--9971	19	2.2	23	85	14	64	50	0	0	50	1.00
9929--10023	17	5.6	17	67	20	56	46	0	1	52	1.07
9977--10054	30	2.6	30	78	15	72	46	1	1	51	1.17
10052--10497	179	2.5	181	80	7	437	39	7	10	42	1.67
10515--10547	13	2.8	12	90	9	50	48	0	0	51	1.00
10677--10741	32	2.0	33	85	8	89	49	0	4	46	1.22
10683--10753	32	2.2	31	82	9	81	50	0	4	45	1.21
11187--11274	34	2.7	32	80	15	101	45	0	0	54	0.99
11189--11281	27	3.5	27	78	20	106	45	0	0	54	0.99
11192--11333	22	6.2	22	70	21	71	49	0	0	49	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11187--11287	37	2.8	35	78	11	107	46	0	0	53	1.00
11185--11312	42	3.2	40	75	17	106	46	0	0	51	1.11
11377--11403	14	1.9	14	100	0	54	48	0	0	51	1.00
11442--11474	13	2.8	12	90	9	50	51	0	0	48	1.00
11485--11937	179	2.5	181	80	8	453	41	10	7	40	1.67
11935--12004	30	2.3	29	77	17	72	50	1	1	47	1.19
11966--11999	17	2.0	17	88	0	50	55	2	0	41	1.15
12594--12637	16	2.9	16	86	6	56	61	2	0	36	1.09
13034--13082	21	2.3	22	79	13	57	51	0	0	48	1.00
13020--13084	26	2.4	27	73	14	64	50	0	0	49	1.00
13924--14015	12	7.2	14	71	19	67	44	1	1	53	1.15
13941--13986	16	3.1	15	84	12	60	45	2	0	52	1.13
13962--14020	20	3.0	20	75	5	57	45	0	0	54	0.99
13948--14022	16	4.6	17	76	18	63	45	1	0	53	1.08
13947--14021	23	3.2	22	74	10	60	44	1	0	54	1.08
14163--14206	12	3.8	12	85	11	56	56	2	0	40	1.11
16004--16074	20	3.5	20	70	19	56	47	7	1	43	1.39
16609--16639	16	1.9	16	93	0	53	48	3	0	48	1.17
16779--16821	14	3.1	14	80	12	52	46	0	2	51	1.13
16875--16919	18	2.4	18	92	3	72	48	6	0	44	1.29
17468--17504	17	2.2	17	90	0	56	48	2	2	45	1.30
17663--17709	21	2.3	21	78	14	53	46	6	4	42	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17955--18044	35	2.5	34	75	12	83	44	2	3	50	1.31
18128--18318	15	13.2	14	65	25	62	46	2	1	50	1.20
19167--19213	23	2.1	22	84	11	60	51	6	0	42	1.27
19309--19335	14	1.9	14	100	0	54	44	11	7	37	1.68
19554--19618	22	2.9	21	75	11	58	49	6	0	44	1.27
19600--19646	18	2.6	19	76	6	53	44	2	0	53	1.12
20177--20220	14	3.1	14	81	12	54	54	0	0	45	0.99
20177--20234	28	2.0	29	83	9	75	48	0	0	51	1.00
20351--20385	16	2.3	15	90	5	52	37	5	2	54	1.39
20360--20414	27	2.0	28	82	10	69	45	3	1	49	1.30
20621--20686	15	4.2	15	74	20	55	50	3	0	46	1.16
20746--20807	18	3.6	16	79	12	61	59	3	0	37	1.13
20808--20859	17	3.1	16	78	10	59	50	1	1	46	1.23
21045--21110	20	3.4	19	72	10	53	54	1	0	43	1.09
21028--21129	18	6.0	17	66	29	58	50	1	0	47	1.12
21293--21373	21	3.7	22	75	20	71	51	1	1	45	1.16
21319--21375	21	2.8	21	86	7	73	50	0	1	47	1.11
21572--21652	26	3.0	26	75	20	78	50	2	1	45	1.22
22197--22230	13	2.7	13	90	4	52	41	5	5	47	1.52
22565--22620	7	7.6	7	74	18	51	46	0	0	53	1.00
22566--22620	19	3.0	18	75	19	60	45	0	0	54	0.99
22626--22682	28	2.0	28	89	0	87	49	1	0	49	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22693--22793	6	16.8	6	68	17	50	49	1	2	45	1.28
22757--22797	13	3.2	13	89	6	57	56	0	2	41	1.13
22757--22793	19	1.9	19	94	0	65	54	0	2	43	1.14
22723--22781	24	2.4	25	72	13	61	50	1	0	47	1.11
23803--23865	28	2.2	29	80	8	67	46	3	1	49	1.27
23895--23957	24	3.0	21	84	11	67	49	1	0	49	1.10
24032--24114	19	4.3	18	70	21	62	50	0	2	46	1.14
24392--24456	27	2.4	28	80	19	75	52	0	3	44	1.16
24812--24844	15	2.2	15	89	10	50	60	3	3	33	1.27
24887--24924	14	2.6	15	84	16	53	50	0	2	47	1.15
25056--25122	24	2.8	23	72	18	57	55	2	1	40	1.24
25191--25226	19	1.9	19	88	5	56	38	11	8	41	1.71
25288--25365	26	3.0	25	72	10	68	50	0	2	47	1.15
25288--25341	23	2.4	22	76	11	56	50	0	1	48	1.11
25445--25499	26	2.2	25	87	9	76	47	1	0	50	1.11
25643--25739	39	2.3	44	77	16	116	50	7	1	41	1.37
25694--25753	32	1.9	33	83	12	83	50	6	3	40	1.45
25643--25754	41	2.7	38	72	16	91	49	6	1	42	1.38
26058--26104	17	2.7	18	81	15	55	61	0	0	38	0.96
26746--26794	20	2.4	22	80	13	59	42	4	2	51	1.32
27293--27330	18	2.1	19	85	5	51	50	0	0	50	1.00
27435--27480	14	3.2	14	78	6	56	45	2	2	50	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27662--27707	8	5.9	8	78	14	51	50	2	0	47	1.13
27786--27854	33	2.2	31	82	10	77	47	1	7	43	1.39
28886--28913	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
29091--29131	12	3.3	12	83	6	55	56	0	0	43	0.99
29310--29356	21	2.2	21	84	0	58	51	0	2	46	1.13
29326--29406	14	5.7	14	72	20	62	49	0	1	49	1.08
29362--29406	15	2.8	16	87	12	58	48	0	0	51	1.00
30580--30649	30	2.3	29	77	17	72	50	1	1	47	1.19
30611--30644	17	2.0	17	88	0	50	55	2	0	41	1.15
30842--30893	27	2.0	24	85	10	68	48	1	1	48	1.24

Tables:   1   2