Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168021.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_275, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 40375
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.11, T:0.38
Found at i:202 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 181--213 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
171 TATTGATTTC
181 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
197 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
214 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:420 original size:176 final size:181
Alignment explanation
Indices: 159--560 Score: 503
Period size: 180 Copynumber: 2.2 Consensus size: 181
149 TATATGATCG
* * * * *
159 AACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTAATT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTAAACTAATT
* * * * *
224 CAGTAAACAAAATCA-TTTTTTAAA-TC-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAACTATT
66 AAATAAACAAAATAATTTTTTTAAACTCTACTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATAACTATT
286 ATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTTTATGACAA
131 ATTTTATCTTCG-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTTATGACAA
* * * **
336 AACAAAAGATCATAATGATTTTAAACAGATAA-TATTCAAATAGCCATAACTT-TTTAAATTTGT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAA-TTATTTAAACTAAT
* * * *
399 TAAATAAACAAATTAATTTTTTTAAACTCTTGCTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTA
65 TAAATAAACAAAATAATTTTTTTAAACTC-TACTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATAACTA
* * * *
464 TTATTTTATCTTTGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTTTTGTCAA
129 TTATTTTATCTTCGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTTATGACAA
* *
517 AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAG
561 TCACAACTAT
Statistics
Matches: 190, Mismatches: 27, Indels: 11
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 35 0.18
177 38 0.20
178 2 0.01
180 64 0.34
181 41 0.22
182 10 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTAAACTAATT
AAATAAACAAAATAATTTTTTTAAACTCTACTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATAACTATT
ATTTTATCTTCGATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTTATGACAA
Found at i:2016 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1985--2026 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
1975 CACAGTTATT
*
1985 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
2003 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
2020 AACTATT
1 AATTATT
2027 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:2951 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2920--2955 Score: 56
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
2910 CACAATTATT
*
2920 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
2938 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
2955 A
1 A
2956 GCTATTTGTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 12 0.71
18 5 0.29
ACGTcount: A:0.67, C:0.00, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:3046 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 3015--3052 Score: 69
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
3005 CACAATTAAT
3015 AAATCATTAAAAATTAATAG
1 AAATCATTAAAAATTAATAG
3035 AAATCA-TAAAAATTAATA
1 AAATCATTAAAAATTAATA
3053 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.67
20 6 0.33
ACGTcount: A:0.63, C:0.05, G:0.03, T:0.29
Consensus pattern (20 bp):
AAATCATTAAAAATTAATAG
Found at i:3241 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 3201--3250 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
3191 ATCTATACAG
3201 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
3216 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
3230 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
3248 TTA
1 TTA
3251 ATAAAAACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:4154 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 4133--4168 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
4123 TAATATTGAT
4133 TTCAAATAG-ATAATTA
1 TTCAAATAGCATAATTA
4149 TTCAAATAGCCATAATTA
1 TTCAAATAG-CATAATTA
4167 TT
1 TT
4169 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.50
18 9 0.50
ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
TTCAAATAGCATAATTA
Found at i:4439 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 4040--4532 Score: 489
Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 178
4030 ACTTACTAAC
* * * * ***
4040 TTTTGAAATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTA-TTC-AA-AAGCTTGTATGATAAAAAAACAATT
1 TTTTGAAATATTAAGAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATT
* * ** * * * *
4102 ATTAT-ATGACCGAACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAATT
65 GTTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACT
* *** * *
4166 ATTTGAACTAATTCCGCAAACAAAATCATTTTTTAAATCACTTATTAAT
130 ATTTAAACTAATTAAACAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAAT
* * *
4215 TTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTG
1 TTTTGAAATATTAAGAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG
*
4280 -TTTAATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAA-TATTCAAATAGCCATAACTA
66 TTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTA
* ** * * *
4343 TTTAAATTTGTTAAATAAACAAATTAATTTTTTTAAACTCTTGCTCATTAAT
131 TTTAAACTAATTAAACAAACAAAATAA-TTTTTTAAA-TC--ACTCATTAAT
* * * *
4395 TTTTGAAATATTGAGAAATTAGTATTATTTTATCTT-GGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATT
1 TTTTGAAATATTAAGAAATTACTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT
** * * * *
4459 GTTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCACAAC
65 GTTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGA-TAATTATTCAAATAGCCATAAC
*
4523 TATTTGAACT
129 TATTTAAACT
4533 TGATTGGTAA
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 44, Indels: 17
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 29 0.11
176 41 0.16
177 52 0.20
178 14 0.05
180 64 0.24
181 39 0.15
182 23 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TTTTGAAATATTAAGAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG
TTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTA
TTTAAACTAATTAAACAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAAT
Found at i:4631 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 4593--4634 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
4583 GAATGTTAAT
*
4593 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
4615 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
4635 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:6799 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 6778--6813 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
6768 TAATATTGAT
6778 TTCAAATAG-ATAATTA
1 TTCAAATAGCATAATTA
6794 TTCAAATAGCCATAATTA
1 TTCAAATAG-CATAATTA
6812 TT
1 TT
6814 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.50
18 9 0.50
ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
TTCAAATAGCATAATTA
Found at i:7071 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 6685--7177 Score: 512
Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 177
6675 ACTTACTAAC
* * **
6685 TTTTGAAATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTA-TTC-AA-AAGCTTGTATGATAAAAAAACAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-AATGAAACAATT
* ** * * * *
6747 -ATTATATGACCGAACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAATT
65 GTTTA-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACT
* *** * *
6811 ATTTGAACTAATTCCGCAAACAAAATCATTTTTTAAATCACTTATTAAT
129 ATTTAAACTAATTAAACAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAAT
* * *
6860 TTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTG
* *
6925 TTTAATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAA-TATTCAAGTAGCCATAACTAT
66 TTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
* ** * * *
6989 TTAAATTTGTTAAATAAACAAATTAATTTTTTTAAACTCTTGCTCATTAAT
131 TTAAACTAATTAAACAAACAAAATAA-TTTTTTAAA-TC--ACTCATTAAT
* * * *
7040 TTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATCTT-GGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATT
** * * * * *
7104 GTTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCACAACT
65 G-TTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACT
*
7169 ATTTGAACT
129 ATTTAAACT
7178 TGATTGGTAA
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 45, Indels: 15
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 29 0.11
176 38 0.15
177 52 0.20
178 17 0.06
180 64 0.24
181 40 0.15
182 22 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTG
TTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTAT
TTAAACTAATTAAACAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAAT
Found at i:7276 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 7238--7279 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
7228 GAATGTTAAT
*
7238 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
7260 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
7280 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:9867 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 9846--9878 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
9836 TATTGATTTC
9846 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
9862 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
9879 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:10148 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 9824--10241 Score: 475
Period size: 179 Copynumber: 2.3 Consensus size: 177
9814 TATATGACCG
* * * * * * *
9824 AACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTAATT
1 AACAAAA-GTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATACCCATAACTATTTAAACTAATT
* * * * * *
9889 CAGTAAACAAAATCATTTTTTAAATCATTTATTATTTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATT
65 AAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCATTTATTAATTTATGAAATATTAAGAAATTACTATTATT
9954 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTTTACGACAA
130 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTTACGACAA
* **
10001 AACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAA-TATTCAAATACCCATAACTATTTAAATTTGTT
1 AACAAAAG-TCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATACCCATAACTATTTAAACTAATT
* *
10065 AAATAAACAAATTAATTTTTTAAACTC-TTGCTCATTAATTTATGAAATATTAAGAAATTAGTAT
65 AAATAAACAAAATAATTTTTTAAA-TCATT--T-ATTAATTTATGAAATATTAAGAAATTACTAT
* * ** *
10129 TATTTTATCTT-GGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTTTTGTCAA
126 TATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTTACGACAA
* * ** * *
10181 AACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACT
1 AACAAAA-GTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATACCCATAACTATTTAAACT
10242 TGATTGGTAA
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 30, Indels: 14
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 48 0.24
177 29 0.14
178 1 0.00
179 62 0.31
180 39 0.19
181 23 0.11
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AACAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATACCCATAACTATTTAAACTAATTA
AATAAACAAAATAATTTTTTAAATCATTTATTAATTTATGAAATATTAAGAAATTACTATTATTT
TATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTTACGACAA
Found at i:10340 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 10302--10343 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
10292 GAATGTTAAT
*
10302 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
10324 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
10344 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:11696 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11665--11699 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
11655 TATTAATTTT
*
11665 TAATTAAAAATAAATTA
1 TAATAAAAAATAAATTA
*
11682 TAATAAAAAATAATTTA
1 TAATAAAAAATAAATTA
11699 T
1 T
11700 TTGTTATGTG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (17 bp):
TAATAAAAAATAAATTA
Found at i:12626 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 12595--12635 Score: 59
Period size: 16 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
12585 CACAATTATT
12595 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATTAAAAATA
12613 AATTA-TAA-TAAAAATA
1 AATTATTAATTAAAAATA
*
12629 AACTATT
1 AATTATT
12636 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 3
0.84 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 12 0.57
17 4 0.19
18 5 0.24
ACGTcount: A:0.61, C:0.02, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATTAAAAATA
Found at i:12723 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 12696--12747 Score: 59
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 17
12686 CAATAAATTT
*
12696 ATTAATAATTAATAAATA
1 ATTAAAAATTAATAAA-A
12714 ATTAAAAATTAATATAAA
1 ATTAAAAATTAATA-AAA
*
12732 TTATAAAAATTAATAA
1 AT-TAAAAATTAATAA
12748 TTATATTATG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 4
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
18 16 0.53
19 14 0.47
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (17 bp):
ATTAAAAATTAATAAAA
Found at i:13538 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13507--13548 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
13497 CACAATTATT
*
13507 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
13525 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
13542 AACTATT
1 AATTATT
13549 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:13645 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 13620--13659 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
13610 TTCATAATTA
13620 ATAAATAATTAAAAATTAAT
1 ATAAATAA-TAAAAATTAAT
*
13640 ATAAATCATAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAAAATTAAT
13659 A
1 A
13660 ATTATATTAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.63
20 7 0.37
ACGTcount: A:0.65, C:0.03, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAATTAAT
Found at i:13741 original size:912 final size:909
Alignment explanation
Indices: 11079--13835 Score: 4622
Period size: 912 Copynumber: 3.0 Consensus size: 909
11069 CTTTTTGTCA
* *
11079 TAAAACAATTGATTTTAAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
* * * **
11144 CAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAATCGGTTTAAATAATTACGACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
* * * * *
11209 CTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTATTATAAACACAAAAAGGCAT
131 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
* *
11274 ATAGATAATAATTATTATTTAAAACGTCAGA-TTGTGTTTCTGAACAATTTTGGGCTTAAAAACC
196 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTT-TGTTTCTGAACAATTTT-GGCTTAAAAACC
* * *
11338 ATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGTTTTTAGATAC
259 ATTCGCACAATTATTGCGCGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATAC
* *
11403 ATTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTAGAAA
324 ATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAA
*
11468 TTTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTC
389 TTTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTC
* * * *
11533 AAATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAATATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTCAATT
454 AAATAGTTATGAATATTT-AATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATT
* *
11598 AACTACTTAATAAATCAAAT-A-ATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAA
518 AGCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAA
* **
11661 TTTTTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAATTTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACA
583 TTATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACA
* * *
11726 TAATTATATAAATTTATACGCTATCAAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTA
648 TAATTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATT---AA-TAA-AT-AA--TTA
** *
11791 AAAATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAAATTTGT
705 AAAATTAATA--TAAATA----TAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGT
* *
11856 CCTGAGATCTTATATCTATTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATC
764 CCTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATC----GT--A---AA-T-AAATT-AATTATC
* *
11921 TAATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTT
817 TAATAAAATATATATAATAATAATTAAATAAGATTATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTT
11986 ATAATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
882 ATAATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
12014 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
12079 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
12144 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
131 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
* * * *
12209 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAAACCTTGTTTCTAAACAATTCTGAGCTTAAAAACCA
196 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTTTG-GCTTAAAAACCA
* *
12274 TTCGCACAATTATTGCGCGATTTTAATTCTTCATTGTGTTTCATTCTTATTTGCTTTTAGATACA
260 TTCGCACAATTATTGCGCGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
*
12339 TTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTAGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAAT
325 TTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAAT
*
12404 TTCAAATGTTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
390 TTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
12469 AATAGTTATGAATATTTAATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAG
455 AATAGTTATGAATATTTAATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAG
12534 CTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAATT
520 CTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAATT
12599 ATTAATTAAAAATAAATTATAAT-AAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATA
585 ATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATA
*
12663 ATTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTAATAATTAATAAATAATTAAAAATTAATA
650 ATTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAATA
12728 TAAATTATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTATAT
715 TAAA-TATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTATAT
* *
12793 TTACTATTATCTAATTTATAGTAAATAAATTTAATTATCTAATAAAATATATATAATAAATAATT
779 CTACTATTATCTAATTTATCGTAAATAAA-TTAATTATCTAATAAAATATATATAAT-AATAATT
*
12858 AAATAAGATTATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAATTATAATTAATTTAATTAAATAATTTT
842 AAATAAGATTATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAATTTT
12923 AAT
907 AAT
12926 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
12991 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
13056 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
131 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
13121 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTTTAGGCTTAAAAACCA
196 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTTT-GGCTTAAAAACCA
* * *
13186 TTAGCACAATTATTGCGCGATTTTAATTTTTAATTGTGTTTCATGCTTATTTGCTTTTAGATACA
260 TTCGCACAATTATTGCGCGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
* * *
13251 ATTTTAGGTGCACTAAGGATGTTGAGAATAAATAACAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAAT
325 TTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAAT
13316 TTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
390 TTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
* *
13381 AATAGTTATGAATCTTTAATGCATTGACATAACTATATTTATTATTATAAATAATTTTTAATTAG
455 AATAGTTATGAATATTTAATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAG
13446 CTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAATT
520 CTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAATT
13511 ATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATA
585 ATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATA
13576 ATTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAATA
650 ATTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAATA
13641 TAAATCATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTATAT
715 TAAAT-ATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTATAT
13706 CTACTATTATCTAATTTATCGTAAATAAATTAATTATCTAATAAAATATATATAATAATAATTAA
779 CTACTATTATCTAATTTATCGTAAATAAATTAATTATCTAATAAAATATATATAATAATAATTAA
* *
13771 ATAAGATTATTAAATTCTTAGTTATAATCTATATAGTTATAATTATTTTAATTAAATAATTTTAA
844 ATAAGATTATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAATTTTAA
13836 ATCATTAATT
Statistics
Matches: 1740, Mismatches: 72, Indels: 44
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
911 98 0.06
912 695 0.40
913 198 0.11
916 1 0.00
918 1 0.00
922 72 0.04
925 4 0.00
926 2 0.00
927 13 0.01
929 2 0.00
930 2 0.00
931 3 0.00
932 2 0.00
934 62 0.04
935 519 0.30
936 66 0.04
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (909 bp):
TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTTTGGCTTAAAAACCAT
TCGCACAATTATTGCGCGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACAT
TTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAATTTTTTGAAATT
TCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCAA
ATAGTTATGAATATTTAATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAGC
TACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAATTA
TTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATAA
TTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATTAATAAATAATTAAAAATTAATAT
AAATATAAAAATTAATAATTATATTATGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCTGAGATCTTATATCT
ACTATTATCTAATTTATCGTAAATAAATTAATTATCTAATAAAATATATATAATAATAATTAAAT
AAGATTATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
Found at i:13860 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 13843--13867 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 2.1 Consensus size: 12
13833 TAAATCATTA
13843 ATTTTTTAAATC
1 ATTTTTTAAATC
13855 ATTTTTTAAATC
1 ATTTTTTAAATC
13867 A
1 A
13868 CTTATTAATT
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 13 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (12 bp):
ATTTTTTAAATC
Found at i:14259 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 14241--14297 Score: 62
Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
14231 CTTATTAATA
*
14241 TTTTGAATATTAACAATTAAAAG
1 TTTTAAATATTAA-AATTAAAAG
*
14264 TTTTAAATATTTAAATTAAAA-
1 TTTTAAATATTAAAATTAAAAG
*
14285 TATTAAAATATTA
1 T-TTTAAATATTA
14298 TTAGTTAATT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 3
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.03
22 17 0.59
23 11 0.38
ACGTcount: A:0.51, C:0.02, G:0.04, T:0.44
Consensus pattern (22 bp):
TTTTAAATATTAAAATTAAAAG
Found at i:15892 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 15871--15903 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
15861 TATTGATTTC
15871 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
15887 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
15904 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:16158 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 15849--16267 Score: 484
Period size: 180 Copynumber: 2.3 Consensus size: 178
15839 TATATGATCG
* * * * * *
15849 AACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTAATT
1 AACAAAAGGTAATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATT
* * * * *
15914 TAGTAAACAAAATCATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATT
66 AAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTACTATTATT
15979 TTAT-TTCGAATAAGCTTGCATGAACTGAAACAATTG-TTTTATGACAA
131 TTATCTT-GAATAAGCTTGCATGAACTGAAACAATTGTTTTTATGACAA
* * * * **
16026 AACGAAAGATAATAATGATTTTAAATATATAA-TATTCAAATAGCCATAACTATTTAAATTTGTT
1 AACAAAAGGTAATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATT
* * *
16090 AAATAAACAAATTAATTTTTTTAAACTCTTGCTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTAT
66 AAATAAACAAAATAA-TTTTTTAAA-TC--ACTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTACTAT
* ** * ***
16155 TATTTTATCTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTTTTTTTAA
127 TATTTTATCTTGAATAAGCTTGCATGAACTGAAACAATTGTTTTTATGACAA
* * * * *
16207 AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACT
1 AACAAAAGGTAATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACT
16268 TGATTGGTAA
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 35, Indels: 9
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
176 37 0.19
177 36 0.18
178 2 0.01
180 65 0.32
181 37 0.19
182 23 0.12
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AACAAAAGGTAATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATT
AAATAAACAAAATAATTTTTTAAATCACTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTACTATTATT
TTATCTTGAATAAGCTTGCATGAACTGAAACAATTGTTTTTATGACAA
Found at i:16366 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 16328--16369 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
16318 GAATGTTAAT
*
16328 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
16350 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
16370 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:17719 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 17688--17729 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
17678 CACAATTATT
*
17688 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
17706 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
17723 AACTATT
1 AATTATT
17730 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:17824 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 17794--17844 Score: 75
Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 26
17784 AAATTTATTC
*
17794 ATAATTAATAAATAATTAAAAATTAAT
1 ATAAATAATAAA-AATTAAAAATTAAT
*
17821 ATAAATCATAAAAATTAAAAATTA
1 ATAAATAATAAAAATTAAAAATTA
17845 TATCACGAAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
26 12 0.55
27 10 0.45
ACGTcount: A:0.65, C:0.02, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (26 bp):
ATAAATAATAAAAATTAAAAATTAAT
Found at i:17826 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 17801--17838 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
17791 TTCATAATTA
17801 ATAAATAATTAAAAATTAAT
1 ATAAATAA-TAAAAATTAAT
*
17821 ATAAATCATAAAAATTAA
1 ATAAATAATAAAAATTAA
17839 AAATTATATC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 10 0.59
20 7 0.41
ACGTcount: A:0.66, C:0.03, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATAATAAAAATTAAT
Found at i:18029 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 17989--18038 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
17979 ATCTATACAG
17989 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
18004 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
18018 TTATCAATTAATTTATAA
1 TTAT-AATTAATTT-TAA
18036 TTA
1 TTA
18039 ATAAAAACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.10
14 10 0.33
15 3 0.10
16 2 0.07
17 6 0.20
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:18947 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 18926--18958 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
18916 TATTGATTTC
18926 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
18942 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
18959 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:19238 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 18764--19317 Score: 569
Period size: 180 Copynumber: 3.1 Consensus size: 177
18754 CATTCGTTCG
* * * * * * *
18764 AATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTACTAA
1 AATAGCCATAACTATTTAAATTAGTTCAATAAACAAATTAATTTTTTAAATCTCTT-C-TATTAA
* ** * *** *
18829 CTTTTGAAAGGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGA-AGCTTGTATGATAAAAAAACAATTA
64 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGATAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTG
* ** * * * *
18893 TTATATGACCGAACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAATTATTGA
128 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCA
* * * * * * * *
18943 AATAGCCATAATTATTTGAACTAATTCAGTAAACAAAATCATTTTTTAAATCACTT-T-TTAATT
1 AATAGCCATAACTATTTAAATTAGTTCAATAAACAAATTAATTTTTTAAATCTCTTCTATTAATT
* *
19006 TTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
66 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AGAT-AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* *
19071 TTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAA-TATTCA
129 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCA
* *
19119 AATAGCCATAACTATTTAAATTTGTTAAATAAACAAATTAATTTTTTTAAA-CTCTTGCTCATTA
1 AATAGCCATAACTATTTAAATTAGTTCAATAAACAAATTAA-TTTTTTAAATCTCTT-CT-ATTA
* * *
19183 ATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATCTTGGATACGCTTTTATGAACTGAAACAAT
63 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTAGATA-GCTTGTATGAACTGAAACAAT
* * * *
19248 TGTTTTGTTGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCA
126 TGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCA
* *
19301 AATAGTCACAACTATTT
1 AATAGCCATAACTATTT
19318 GAACTTGATT
Statistics
Matches: 307, Mismatches: 56, Indels: 21
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 34 0.11
176 44 0.14
177 53 0.17
178 12 0.04
179 44 0.14
180 64 0.21
181 36 0.12
182 20 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AATAGCCATAACTATTTAAATTAGTTCAATAAACAAATTAATTTTTTAAATCTCTTCTATTAATT
TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGATAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTT
TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCA
Found at i:19421 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19383--19424 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
19373 GAATGTTAAT
*
19383 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
19405 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
19425 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:21003 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 20982--21014 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
20972 TATTGATTTC
20982 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
20998 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
21015 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:21209 original size:175 final size:181
Alignment explanation
Indices: 20960--21378 Score: 483
Period size: 181 Copynumber: 2.3 Consensus size: 181
20950 TATATGACCG
* * * * * * *
20960 AACAAAAGGTAATATTGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGCCATAATTATTTGAACTAATT
1 AACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATT
* * *
21025 CAGTAAAC-AA-AATCATTTTTAAA-TC-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTACTATT
66 AAATAAACAAATAATCATTTTTAAACTCTACTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTACTATT
21086 ATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG-TTTTATAACAA
131 ATTTTATCTT-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTTATAACAA
** * **
21136 AATGAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAA-TATTCAAATAGCCATAACTATTTAAATTTGTT
1 AACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATT
** * *
21200 AAATAAACAAATTAATTTTTTTTAAACTCTTGCTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTA
66 AAATAAACAAA-TAATCATTTTTAAACTC-TACTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTACTA
* * * ** *
21265 TTATTTTATCTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTTTTGTCGA
129 TTATTTTATCTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTTATAACAA
* * * * * *
21318 AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACT
1 AACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACT
21379 TGATTGGTAA
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 34, Indels: 11
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
175 32 0.16
176 28 0.14
178 11 0.05
179 2 0.01
181 67 0.34
182 37 0.19
183 23 0.12
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAATT
AAATAAACAAATAATCATTTTTAAACTCTACTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTACTATT
ATTTTATCTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTTATAACAA
Found at i:22817 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 22786--22827 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
22776 CACAGTTATT
*
22786 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
22804 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
22821 AACTATT
1 AATTATT
22828 TGTTATGTCA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:23736 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 23708--23749 Score: 68
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
23698 CACAGTTATT
23708 AATTATTAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
23726 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
23743 AACTATT
1 AATTATT
23750 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 16 0.73
18 6 0.27
ACGTcount: A:0.64, C:0.02, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:24518 original size:931 final size:933
Alignment explanation
Indices: 22205--24950 Score: 4579
Period size: 922 Copynumber: 3.0 Consensus size: 933
22195 CTTTTTGTCA
*
22205 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
* * * * *
22270 CAAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCGATTTAAATAATTATGACAA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
* * *
22335 CTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATCATCTATTTCAAATTATTATAAAT-AAAAAAGGCAT
131 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
* * * *
22399 ATAGATAATAATTATTATTTAAAACGTCAGATTTTGTTTCTGAACAATTTTGGGCTTAAAAACCA
196 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
*
22464 TTCGCTCAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
261 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
* * * * *
22529 TTTTTAGGTGCTCTAAGAATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATGGAACTTTTAGAATT
326 TTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATTGAATTTTTTGAAAT
* *
22594 TTCAAATATTAGTATCTTATTATTTAAAATTAAACAAATTCAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
391 TTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
* * *
22659 AATAGTTATGAATATTTGAATGCATTAATATAACCATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
456 AATAGTTATGAATATTT-AATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTA
*
22724 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCCACAATTAACACAGTTATTAAT
520 GCTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAAT
*
22789 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTCATATAATTATATTACAT
585 TATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACAT
* *
22854 AATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTAATAATTAAAATTTAATATAAATCTTAA
650 AATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAA
* *
22919 TAATTAATATTTAAATATGTTTACCAATAAATAATTATATTCCGAATAAAAGCTTTAATTTTGTC
715 -AATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTC
22984 CTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCT
779 CTGAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCT
23049 AATAAAATATATATAACAATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAG---
844 AATAAAATATATATAAC-ATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTA
23111 ---TT-A--TAAT---TAA-TTTAAT
908 TAATTAATTTAATAAATAATTTTAAT
23127 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
*
23192 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
* *
23257 GTTTAAATAGCTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
131 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
*
23322 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAAAAATTCTGGGCTTAAAAACCA
196 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
23387 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
261 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
23452 TTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATTGAATTTTTTGAAAT
326 TTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATTGAATTTTTTGAAAT
*
23517 TTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTCAATTAGAATAATATTCA
391 TTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
23582 AATAGTTATGAATATTTAATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAG
456 AATAGTTATGAATATTTAATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAG
* *
23647 CTGCTTAATAAATCAAAAAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATT
521 CTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATT
*
23712 ATTAATAAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATA
586 ATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATA
23777 ATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAAA
651 ATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAAA
23842 ATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCT
716 ATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCT
*
23907 AAGATCTTATATCTACTA-TATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCTAA
781 GAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCTAA
23971 TAAAATATATATAACATAATTAAAT-AGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAA
846 TAAAATATATATAACATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAA
24035 TTAATTTAACTAAATAATTTTAAT
911 TTAATTTAA-TAAATAATTTTAAT
24059 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
1 TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
24124 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
66 CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
24189 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
131 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
24254 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTT-TTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
196 ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
*
24318 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
261 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
*
24383 TTTTTAGGCGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATTGAATTTTTTGAAAT
326 TTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATTGAATTTTTTGAAAT
24448 TTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
391 TTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
*
24513 AATAGTTATGAATATTTAATGAATTGACATAACTATA-TTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAG
456 AATAGTTATGAATATTTAATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAG
* *
24577 CTACTGAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAATTATTAATT
521 CTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATT
24642 ATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATA
586 ATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATA
* *
24707 ATTATATAAATTTATAAGCAATCCAATAAATTTATTCATAATT---AA-TAA-AT-AA--TT--A
651 ATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAAA
*
24762 A--AA-A-TT--A-A----T---AATT-AT-A-T-TA---TGAATAAAAGCTTTAAATTTGTCCT
716 ATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCT
24806 GAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAAT--A---AA-T----TT-AATTATCTAA
781 GAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCTAA
*
24860 TAAAATATATATATA-ATAATTAAATAAGAATATTAAATTCGTAGTTATAATCTATACAGTTATA
846 TAAAATATATATA-ACATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATA
24924 ATTAATTTAATTAAATAATTTTAAT
910 ATTAATTTAA-TAAATAATTTTAAT
24949 TA
1 TA
24951 TCAATTAATT
Statistics
Matches: 1749, Mismatches: 57, Indels: 68
0.93 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
889 33 0.02
890 66 0.04
894 1 0.00
895 2 0.00
898 1 0.00
899 41 0.02
900 19 0.01
902 2 0.00
903 1 0.00
904 1 0.00
905 2 0.00
906 4 0.00
909 1 0.00
913 1 0.00
914 1 0.00
916 2 0.00
917 1 0.00
918 35 0.02
919 10 0.01
920 63 0.04
921 81 0.05
922 407 0.23
923 273 0.16
924 4 0.00
925 3 0.00
926 3 0.00
927 5 0.00
928 1 0.00
930 193 0.11
931 259 0.15
932 233 0.13
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (933 bp):
TAAAACAATTGATTTTCAACTTATAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTTTTAATACTT
CAAGAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAACCGGTTTAAATAATTATAACCA
GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAAATAAAAAAAGCCAT
ATAGATAATAATTATGATTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
TTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGAATAAATAATAATTATCCAATGATTGAATTTTTTGAAAT
TTCAAATATTAGTATCTTGTTATTTAAAATTAAACAAATTGAAACTTAAATTAGAATAATATTCA
AATAGTTATGAATATTTAATGCATTGACATAACTATATTTATTGTTATAAATAATTTTTAATTAG
CTACTTAATAAATCAAATAATATATATATTTAACAAAATAGCTACAATTAACACAGTTATTAATT
ATTAATTAAAAATAAATTATAATAAAAAATAAACTATTTGTTATGTGATATAATTATATTACATA
ATTATATAAATTTATACGCTATCCAATAAATTTATTCATAATTAAAAATTAATATAAATCTTAAA
ATTAATATTTAAATATGTTTACCAATTAATAATTATATTCTGAATAAAAGCTTTAATTTTGTCCT
GAGATCTTATATCTACTATTATCTAATTTATCATAAATAAATTTAATTCAAATTGAATTATCTAA
TAAAATATATATAACATAATTAAATAAGAATATTAAATTCTTAGTTATAATCTATACAGTTATAA
TTAATTTAATAAATAATTTTAAT
Found at i:24669 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 24638--24679 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
24628 CACAATTATT
*
24638 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
24656 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
24673 AACTATT
1 AATTATT
24680 TGTTATGTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:24959 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 24919--24961 Score: 56
Period size: 14 Copynumber: 2.8 Consensus size: 16
24909 ATCTATACAG
24919 TTATAATTAA-TTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
24934 TTA-AA-TAATTTTAA
1 TTATAATTAATTTTAA
24948 TTATCAATTAATTT
1 TTAT-AATTAATTT
24962 ATATTTAATA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 6
0.80 0.00 0.20
Matches are distributed among these distances:
13 3 0.12
14 10 0.42
15 3 0.12
16 2 0.08
17 6 0.25
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAATTTTAA
Found at i:27051 original size:173 final size:176
Alignment explanation
Indices: 26619--27053 Score: 427
Period size: 173 Copynumber: 2.5 Consensus size: 176
26609 CTATTTGACC
* * ** * *
26619 AATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTCG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA--ACATAC
*
26682 AAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGTGATTT
64 AAGCTTATT--AAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAACTAAGAGATTT
* * **** * * * *
26747 AAAAAGTTAATTTTTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAAT
126 AAAAAATAAATCAGCTTACCAAATCAGTTCAAATAATCATGGCCA-TTGAAT
* * * * * ** *
26799 AGTTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTG-TTTCAGTATAAAA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACATACAA
* * *
26863 GCTTATGCCAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAA
66 GCTTAT--TAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAA
* * *
26925 AAATAAATCAGCTTGCCAAATTA-TATCAAATAATTATGGCC-TTGAAT
129 AAATAAATCAGCTTACCAAATCAGT-TCAAATAATCATGGCCATTGAAT
* *
26972 AATTATCTATTTCCAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTCCAACATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-CAACATACA
27037 AGCTTATTAAATAAAAT
65 AGCTTATTAAATAAAAT
27054 TGTTATTACC
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 39, Indels: 21
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 59 0.28
174 4 0.02
175 51 0.24
176 3 0.01
178 1 0.00
179 45 0.22
180 29 0.14
181 17 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACATACAA
GCTTATTAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAA
ATAAATCAGCTTACCAAATCAGTTCAAATAATCATGGCCATTGAAT
Found at i:28466 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 28445--28477 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
28435 TATTGATTTC
28445 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
28461 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
28478 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTG
Found at i:28940 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 28902--28943 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
28892 GAATGTTAAT
*
28902 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
28924 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
28944 ATTAGTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
22 17 0.94
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Found at i:29035 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 28989--29035 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
28979 TATGAAATAA
*
28989 TAAAATAATTTATGAATTTTG
1 TAAAATAATTTATAAATTTTG
*
29010 TTAAATAA-TTATAAATATTT-
1 TAAAATAATTTATAAAT-TTTG
29030 TAAAAT
1 TAAAAT
29036 GTATATTTGA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 3
0.79 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 12 0.55
21 10 0.45
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (21 bp):
TAAAATAATTTATAAATTTTG
Done.