genome.fa.s199.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168024.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_278, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39910

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
631--732	26	4.0	25	73	15	68	52	1	0	45	1.12
694--755	13	4.3	15	71	17	51	41	0	1	56	1.09
708--778	29	2.5	28	82	13	85	39	0	1	59	1.06
1035--1097	16	3.9	16	81	4	65	53	0	1	44	1.10
1042--1083	19	2.2	19	86	0	57	54	0	2	42	1.13
1530--1586	22	2.6	22	83	8	71	49	1	0	49	1.11
1527--1583	18	3.5	17	79	15	59	47	1	0	50	1.11
1554--1603	22	2.3	22	82	6	57	44	4	2	50	1.32
1679--1762	28	3.2	26	76	15	77	47	1	1	50	1.16
2023--2092	25	2.6	27	80	8	74	50	1	1	47	1.19
2038--2092	25	2.2	25	87	6	76	49	1	0	49	1.11
2178--2263	30	2.8	30	80	15	81	43	1	1	54	1.15
2606--2696	26	3.2	29	67	23	68	43	1	4	50	1.29
2998--3031	18	1.9	17	88	5	50	41	2	5	50	1.42
3002--3040	18	2.2	18	85	0	51	46	2	5	46	1.38
3449--3490	22	2.0	21	86	13	59	50	2	0	47	1.14
3460--3498	15	2.5	16	88	12	55	48	5	0	46	1.24
4638--4683	18	2.6	18	83	10	60	50	0	2	47	1.13
4632--4693	32	2.0	30	87	6	88	48	0	3	48	1.17
4648--4705	12	5.2	12	76	23	56	48	0	3	48	1.18
5136--5205	22	3.3	22	72	11	65	48	0	0	51	1.00
5177--5245	22	3.0	22	74	15	68	53	1	2	42	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5291--5317	14	1.9	14	100	0	54	48	0	0	51	1.00
5288--5401	36	3.3	34	72	13	99	47	1	1	49	1.22
5355--5387	13	2.8	12	90	9	50	51	0	0	48	1.00
5434--5849	181	2.3	178	81	5	464	41	11	6	40	1.67
5878--5913	16	2.2	17	90	5	56	52	2	0	44	1.15
6489--6542	17	3.4	16	76	21	51	57	1	0	40	1.09
7901--7948	21	2.3	21	85	3	62	45	0	0	54	0.99
7883--7954	21	3.3	21	71	17	58	45	1	0	52	1.09
8067--8123	16	3.5	16	76	11	62	57	0	3	38	1.16
9993--10033	21	1.9	22	90	5	66	41	0	4	53	1.22
10656--10693	14	2.7	14	80	15	51	44	0	2	52	1.14
10741--10812	6	12.0	6	72	16	51	45	5	1	47	1.34
10741--10785	18	2.4	18	88	3	63	46	8	0	44	1.34
11329--11365	17	2.2	17	90	0	56	48	2	2	45	1.30
11402--11445	14	3.1	14	80	9	54	45	2	4	47	1.35
11523--11569	21	2.3	21	78	14	53	46	6	4	42	1.48
11578--11625	16	2.8	17	81	9	53	45	0	0	54	0.99
11593--11664	28	2.6	30	78	14	91	50	2	0	47	1.15
11977--12006	15	1.9	16	93	6	53	36	3	0	60	1.14
12077--12156	21	3.8	21	75	18	78	47	1	0	51	1.08
12089--12145	15	3.5	15	80	17	53	47	1	0	50	1.11
12077--12144	26	3.0	22	83	14	68	47	1	0	51	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12087--12144	26	2.2	25	87	6	80	46	1	0	51	1.11
12087--12150	25	2.5	24	85	7	74	48	1	0	50	1.10
12998--13044	23	2.1	22	84	11	60	51	6	0	42	1.27
13371--13435	22	2.9	21	75	11	58	49	6	0	44	1.27
13899--13933	16	2.3	15	90	5	52	37	5	2	54	1.39
13908--13962	27	2.0	28	82	10	69	45	3	1	49	1.30
14170--14235	15	4.2	15	74	20	55	50	3	0	46	1.16
14295--14356	18	3.6	16	79	12	61	59	3	0	37	1.13
14357--14408	17	3.1	16	78	10	59	50	1	1	46	1.23
14831--14869	15	2.5	15	87	8	51	51	0	2	46	1.14
14796--14872	23	3.4	23	80	10	88	49	1	1	48	1.17
16156--16212	13	4.1	15	78	13	59	47	1	0	50	1.11
16122--16215	13	7.1	13	73	14	52	46	1	1	51	1.15
16159--16238	28	2.8	29	83	9	85	48	2	1	47	1.23
16256--16327	6	11.7	6	72	19	51	51	0	1	47	1.09
16291--16327	19	1.9	19	94	0	65	54	0	2	43	1.14
16259--16331	13	6.3	13	71	27	58	53	0	1	45	1.09
16955--17033	30	2.6	31	80	6	99	50	0	1	48	1.08
17264--17334	31	2.3	31	78	9	74	46	1	1	50	1.18
17941--18005	27	2.4	27	77	20	66	53	0	3	43	1.16
18433--18468	13	2.8	13	91	4	56	47	0	2	50	1.15
18602--18668	24	2.8	23	72	18	57	55	2	1	40	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18737--18772	19	1.9	19	88	5	56	38	11	8	41	1.71
18851--18879	14	2.1	14	93	6	51	44	0	3	51	1.18
19000--19051	19	2.8	19	72	18	56	46	1	0	51	1.12
18993--19043	26	2.0	26	88	7	77	47	1	0	50	1.12
19206--19284	39	2.0	38	83	13	99	50	7	1	40	1.39
19588--19634	17	2.7	18	81	15	55	61	0	0	38	0.96
20307--20367	20	3.0	20	69	21	54	42	3	1	52	1.27
20343--20375	16	2.1	15	94	5	57	42	0	0	57	0.98
21340--21407	33	2.1	31	81	10	75	48	1	5	44	1.36
22613--22653	12	3.3	12	83	6	55	56	0	0	43	0.99
22832--22878	21	2.2	21	84	0	58	51	0	2	46	1.13
22848--22928	14	5.7	14	72	20	62	49	0	1	49	1.08
22884--22928	15	2.8	16	87	12	58	48	0	0	51	1.00
24128--24161	17	2.0	17	88	0	50	55	2	0	41	1.15
24196--24231	18	2.1	17	94	5	63	52	0	0	47	1.00
24196--24241	20	2.4	19	89	7	67	50	0	0	50	1.00
24738--24791	17	3.4	16	76	21	51	57	0	0	42	0.98
26087--26121	16	2.3	15	90	9	54	42	0	5	51	1.25
26125--26203	23	3.5	21	72	16	61	43	1	2	53	1.22
26345--26386	12	3.5	12	81	9	50	59	0	0	40	0.97
26317--26381	17	3.8	18	80	17	59	61	0	1	36	1.05
26309--26374	21	3.1	22	74	12	66	59	0	3	37	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26998--27030	15	2.4	14	90	10	50	42	0	3	54	1.15
28177--28210	10	3.3	10	88	8	50	50	0	0	50	1.00
28152--28238	39	2.2	38	80	13	97	51	2	0	45	1.13
28983--29027	18	2.4	18	92	3	72	48	6	0	44	1.29
30240--30269	15	1.9	16	93	6	53	36	3	0	60	1.14
30350--30407	25	2.2	28	85	11	79	46	1	0	51	1.11
31261--31307	23	2.1	22	84	11	60	51	6	0	42	1.27
31403--31429	14	1.9	14	100	0	54	44	11	7	37	1.68
31649--31713	22	2.9	21	75	11	58	49	6	0	44	1.27
31695--31741	18	2.6	19	76	6	53	44	2	0	53	1.12
31784--31829	24	2.0	23	86	4	65	41	2	4	52	1.33
31791--31847	21	2.5	23	83	13	66	43	0	3	52	1.18
32277--32324	7	6.9	7	83	9	62	47	0	0	52	1.00
32277--32323	14	3.4	14	85	8	69	48	0	0	51	1.00
32425--32454	15	2.0	15	93	0	51	46	3	6	43	1.46
32467--32501	16	2.3	15	90	5	52	37	5	2	54	1.39
32476--32538	27	2.3	27	83	5	74	44	3	3	49	1.34
32582--32648	23	3.1	22	78	14	61	47	2	0	49	1.16
32982--33043	18	3.6	16	79	12	61	59	3	0	37	1.13
33034--33102	20	3.4	20	72	7	68	50	1	1	46	1.19
33498--33567	27	2.6	29	78	13	78	51	1	0	47	1.09
33514--33590	30	2.7	29	82	9	86	49	1	0	49	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33521--33612	17	5.8	17	73	19	74	50	1	1	47	1.15
33537--33616	23	3.5	23	81	10	92	50	1	1	47	1.17
34065--34110	16	2.7	16	86	10	56	56	6	0	36	1.25
34466--34518	18	2.7	19	82	8	54	45	3	5	45	1.45
34821--34876	7	7.6	7	74	18	51	46	0	0	53	1.00
34822--34876	19	3.0	18	75	19	60	45	0	0	54	0.99
34782--34875	24	4.1	22	71	10	73	45	2	1	51	1.20
34882--34977	28	3.3	29	80	11	90	48	3	1	46	1.24
35016--35052	19	1.9	19	94	0	65	54	0	2	43	1.14
35016--35056	13	3.2	13	89	6	57	56	0	2	41	1.13

Tables:   1   2