Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167827.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_10, whole genome shotgun sequence
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Warning! 47000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 91 of 131
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** * * *
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* * *** * * * *
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*** * * * * * *
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1 CTTATTAATTTAAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCGAATAAGCTTCTATGA-AT
* * * * ** * * * * * *
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* *** * * ** * *
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* **** * * * *
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* * * * * * * * ***
16387398 AAAAACAATTGTTTAATGACAAAAC-AAAGATCTTAACAATTTGAGATTGAAAATTACCCAAATA
65 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACAATTTCAAATAGACAATTGTTCAAATA
* * * ** * * * *
16387462 GTC-GTAACTAT-TTAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTA
130 G-CAATAACTATGTTAACTGATTCAATAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTCTTT
*** * * * *
16387514 CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTATTATTATTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATTA
1 CTTATTAATTTAAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCGAATAAGCTTCTATGAATA
* * *
16387579 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGG
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* * * * *
16387644 CCATAATTATGTTAACTGATTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTT
131 CAATAACTATGTTAACTGATTCAATAAATAGATTTATTTTTAAAATTTCTTT
**
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1 CTTATTAATTTAAAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCGAATAAGCTTCTA-TGAAT
* * * * * * *
16387759 AGAAACAATTATTTTATGATAAATCAAATGGTTATAACGAGTTT-AAATAGACAATTGATT-AAA
65 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAAC-AATTTCAAATAGACAATTG-TTCAAA
* * *
16387822 TAGTAATAACTAT-TTGAACTTGA-TCAATAAATGGATTT-TTTTTAAAATCTGTTTTT
128 TAGCAATAACTATGTT-AAC-TGATTCAATAAATAGATTTATTTTTAAAAT-T-TCTTT
*
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* * * * *
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* * *
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66 TCTTAACCATTTGAACTTATTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAGTTTT
*
16388043 AAAACATTATTGAATTAGTATTATTTAAATCCAAATATGCTTGTACAAAC
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* * * * *
16388093 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAGTTTGAAATAGATAATCGTTC-ATATA
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* * * ** * * **
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* *
16388220 TTTGAAATATTATTAAATTAGTTTATTT
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16388248 TATTCTAATA
Statistics
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* *
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1 ATTTGAAATAGATAATT
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* * * *
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* *
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16390749 TCTAATAGTT
Statistics
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16391910 TAATATTATT
* * * * * * * *
16391920 TTGTATGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAA-CAAAGAGTTATAACAACTTGAAATAAATAA
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** * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *** ** * * **
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** * * * * ** * * *
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* * * * * * **
16392359 CTATTTGATCTAGTTTAAT-AAACATATTTATTTTTTAAAAT-T-TTTACTTA-TAATTGTCAAA
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** * * * ** * * *
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1 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATAAAAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAAT
* * * *
16392522 T-TATCAAGTAGTCATAAGTATTTGAACTGGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATC-C-CTT
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* ** * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* **
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* * * * * * * ***
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1 TTGTATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATAAAAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAA
* * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * * ***
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* * * **
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* *
16393314 TGGAATATTAATAAATT-TGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTT-T
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** * * * *
16393377 TTTATGACAAAACAAAATTTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-TTCATATAGTCTTCACTGTT
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* * * * * *
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447 TGAACTAGTTTGTCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTT-GTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* *
16393505 TAAATTAGTATTATTTTAGTTTGAAAAAGC
511 TAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGC
* * * * * * * **
16393535 TTGTATGAACTGAAACAATT-ATTTATAATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGGTAAT
1 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATAAAAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAAT
* * * *
16393599 TATTCAAATAG---GAAC----T--ACT--TTAG-TACACAAATTTATTTTTTAAATC-C-CTTA
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* ** * *
16393650 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-ATAAAAAC
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* * * **
16393714 AATTGTTTTATGACAAAAC-AATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATA
195 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATA
* * *
16393778 ATTATTTGAATT-GATTCA-GTAAATC-GAT-TCACTTTTTAAATCA-CTTACTTATTAATTTTT
260 ATTATTTGAATTCG-TT-AGGTAAA-CAAATATTATTTTTTAAAT-ATCTTACTTATTAATTTTT
* * *
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* * * * * *
16393902 TATGATAAAATAAAATGTCATAATGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
384 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
16393967 AATTTGTTTAG-AAAACACATTTATTTTTTTAAATCT-CTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAA
449 AACTAGTTT-GTCAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCCTTG-TTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * *
16394030 TAAATTAGTATTATATTATTTTGTATAACC
511 TAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGC
* ** * * * *
16394060 TTTTATGAACTGAGGCAATTGTTTTATAAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAACAATTAAT
1 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATAAAAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAAT
* *
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** * * * * *
16394189 CTTATTAATTTTTTTAATGTTAATATATTAGGATTATTTAATTTTGAATAAGCTTGTATGATA-T
127 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGA-ACA
* * * * * * * ** * **
16394253 GAAACAAATATTTTATAACTAAA-AATAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTTATA-
190 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** * *
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255 TTATAATTATTTGAATTCGTTAGGTAAACAAATATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTT
* ** * *
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* * * * * *
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* * ** *
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* * * * *
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66 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAAATTTATTTT-TTAAATCTC--T
* * * * * **
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** * * **
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* * * * * * *
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256 TA-TAATTATTTGAATTCGTTAGGTAAACAAATATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTT
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383 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AG--T-CAT-AAC
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443 TATTTGAACTAG--TT-TGTC-AAACAAAT--T--T-AT--TTT----T-TA-AATC--TCCT-T
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16395111 AG-TCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAATTAG-ATTTATCTTTTAATTTTCTTGGTTATTAA-
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16395173 C
540 C
* * * * * * * ** *
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* * * * *
16395237 TGTTTGATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCAAAACT
49 -GATT--TGA-AATA-AATAA--T-T---G--TTCAAATAG--------TCATA-A--C--T---
* * * * * * *
16395302 ATTTAGAA-TGGTTTCATAAACAGATTTACTTTTTAAATCTTTTCCTGATTAACTTTCT-AAATA
85 ATTT-GAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCT-CTTATTAA-TTTTTGAAATA
* * * * *
16395365 TTAATAAATTAGCATTATTTTATT-TCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
146 TTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
** * * * *
16395429 AAAACAAAAAATAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATATTTATTTTATAATT
209 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTA--TT-TGA--
* * * * * * * *
16395494 ATTTGAACGGGTTCGGTAAATAGA-ATTATTTTTTAAATCTTTTACCTATAAAATTTTGAAATAT
269 A-TT---C--GTTAGGTAAACAAATATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * *
16395558 TAACAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAATTAA-CTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTCTATGACA
328 TAATAAATTA-TTTTATTTTATTTCAAA-TAAGCTTGTATGAACTGAAACATTTATTTTATGACA
* * * * *
16395622 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGACTTAACTATTTGAATTGGT
391 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
* ** * * *
16395687 TCAGT--AATGAATTTATTTTTTAAGTCT-CTTAGTTATGAATTTTT-AGAATATTATTAAATTA
456 T-TGTCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTT-GTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
* *
16395748 GTATTATTTT-ATTCTAAATAAAC
518 GTATTATTTTAATT-TGAATAAGC
* * * * * * * ** * *
16395771 TTGTATGAA-TAGAAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATAATTTGAATTAGATAA
1 TTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATAAAAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAA
* * * * * *
16395835 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTA-TTTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTAGA--TCTCT
65 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTCT
* * * ***
16395896 TACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGTTGAAA
129 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAAA
* * * ** * ** * * * **
16395960 AAGAATTGTTGTATGATAAAATGAAAGGTAATAACAATTTGAAATATATAAATGTTCAAATGGCC
192 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
* * * * * *
16396025 ATAATTATTTGAATT-GATTCGATAAACTAAT-TTATTTTTTAAGTCTCTTACTTATTAATTTTC
257 ATAATTATTTGAATTCG-TTAGGTAAACAAATATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTT
* * * ** * * *
16396088 AAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-GGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATT-TTTT
321 GAAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACATTTATTTT
* * * * * * *
16396151 ATGACAAAATAGAAGTTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGA
385 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * *
16396216 GCTTGTTTGGT-AAATATACTTATTTTTTCAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTTG-AATGTTAA
450 ACTAGTTT-GTCAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCCTT-GTTATTAA-TTTTTGAAATATTAA
* *
16396278 TAAATTATTTTTATTTT-ATTCTGAATAAGC
511 TAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGC
* * * * ** * * * * * *
16396308 TTGTATGAATTGAAACAATTATTTCATGACTAAACAAAAAGTTAGAATGATTTGAAATAGATAAT
1 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATAAAAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAAT
* * * * * * * *
16396373 TATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAAATAATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
66 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-T-CT
* * ** *
16396438 TATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGATA-AGA
129 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA-ACAAA
* *** * * *
16396502 AACAATT-TTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAGCAATTTGATATTGA-AATTTGTTCAAATGGT
192 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGT
* * * * * * ** * * * * *
16396564 TGTAACTATTTGAACTAGTTCA-GAAAATAGCT-TTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAACATT
256 TATAATTATTTGAATTCGTT-AGGTAAACAAATATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAA-TTT
* * * * *** ** *
16396627 TT-AAATAGTAATGAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGAACTGAAACAATTT-T
319 TTGAAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC-ATTTAT
* * *
16396690 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATT
382 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
16396755 TGAAGTTGTTAGGT-AAACATATTAATTTTTTTATATCT-CTTGCTTATTAATTTTTTG-AATAT
447 TGAACTAGTT-TGTCAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCCTTG-TTATTAA-TTTTTGAAATAT
*
16396817 TAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGC
508 TAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGC
* * ** * * ** *
16396850 TTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAGATAAT
1 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATAAAAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAAT
** * * *
16396915 TGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTA-TTTG--ACACACATTTATTTTTTAAA--TC-CTTA
66 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTCTTA
* * * * ** * * * * *
16396974 TTAATTTTT-AGAATACTATTAATTTAGCAAAATTT-TTCTCCAAATAAGCTTCTATAAATAGAA
131 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTATTCT--GAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * * * *** *** **
16397037 ATAAATGTTTTAGGATAAAA-TAAAGATCATACCAATTTTTGATAGATAATTGTTCAAATAGTCC
193 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA
* * * * *
16397101 TAACTATTTAAACT-GATTTA-GTGAAA-AGAT-TTAGTTTTT-AA-ATC-T-CTTATTAATTTT
258 TAATTATTTGAATTCG--TTAGGT-AAACAAATATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTT
* * * ** * * *
16397158 TGAAAAAGTAATAAATTAGTATTATTTT-TTT-ATGAATAATTTTGTATGAA-TAGAAATAATTG
320 TGAAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTCA--AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACATTTA
* ** ** * * * * * *
16397220 TTTTATGACAAAAGAAAATATCATAACAAATTGAAATAGATAATAGTTTAAATGGACATGACTAT
381 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * *** *
16397285 TTGTACTTGTTCAGT-AAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAACT-TT
446 TTGAACTAGTT-TGTCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTTGTTATTAATTTTT-GAAATATT
* * *
16397348 AATAAA-TAATATTATTAT-ATTCTGAATAAAC
509 AATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGC
* ** * * * * *
16397379 TTGTGTGAA-TAGAAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAA
1 TTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATAAAAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAA
* * * * * * *
16397443 TTGTTAAAATAGTCATAACAATTTAAACTCA-CTTGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTA
65 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCT-
* * ** * *
16397506 GTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTCCAAATCAGCTTGTTTGAA-AA
127 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * *
16397568 GAAACTATTGGTTTATGACAGAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAG
191 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
16397633 TCATAACTATTTGAA--CG-T-GTTCAAA-AAATAGATT-TTTTCCTAAAT-TTTTACTTATTAA
255 TTATAATTATTTGAATTCGTTAGGT-AAACAAAT--ATTATTTT-TTAAATATCTTACTTATTAA
* * * * * * *
16397691 TTTTTGGAGTATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATCAGCTTGCATGAAC-AAAACCATT
316 TTTTTGAAATATTAATAAA-TTATTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CATT
* * * * * * *
16397755 TCTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCAAAATT
379 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * ** *
16397820 ATTTGAACTAGTTTGGT-AAACATATTAATTTTTTTAAT-TCTCTT-ACACTTTAATTTTTGGAA
444 ATTTGAACTAGTTT-GTCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-CTTGTTA--TTAATTTTTGAAA
* *
16397882 TATTAATAAATTGGTATTATTTT-ATTTAAAATAAGC
505 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGC
* * * * * * * *
16397918 TTATATGAACTGAAACAATTTTTTTATTACAAAACAAAAAGTC-TCAATGATTTGAAATAGATAA
1 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATAAAAAAATAAAAGGTCAT-AACGATTTGAAATAAATAA
* * * * * * ** * ** *
16397982 TTATTTAAATAATCATGATTATTTGAATTTCTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACT
65 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-CT
* ** * * *
16398047 TATTAATTGTCAAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTAAGAACAGA
129 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGAACA-A
* ** *
16398111 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
191 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
16398176 -TATAATGATTTGAACTT-ATTCA-GCAAATAGAT-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
255 TTATAATTATTTGAA-TTCGTT-AGGTAAACAAATATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATT
* * * * * *
16398237 ATCT-CAATATTAATAAATT-TGTATTATTTTGTTCCAAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAG
318 -TTTGAAATATTAATAAATTAT-T-TTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAT
* * * * * * ** ** * * *
16398299 TCATTTTATAACATAATAAAATGTTATAGCGATTCCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCGTAAT
378 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * ** **
16398364 TATTTAAACTTGTTCAG-CAAATAGATTCATTTTTTAAATCT-TTTAACTATTAATTTTCAAAAT
443 TATTTGAACTAGTT-TGTCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTT-GTTATTAATTTTTGAAAT
* *
16398427 ATTAATAACA-CAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGT
506 ATTAATAA-ATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGC
* * * * * * * * *
16398462 TTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
1 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATAAAAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAAT
* * * ** * * * * *
16398527 TATTCAAATAGTTATGACTATTTGATGTAG-TTCAGTAAAC----CT-TTTTTAAAATTTTTTAC
66 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCTCT-C
* * * * ** * *
16398586 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
128 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAA
* * * * *
16398651 AACTATTGTTTTAT-AGCAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAGATAGT
192 AACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
16398715 TATAACTATTTGAATTGGTTTGATAAAC--ATATTCATTTTTT-AA-ATC-T-CTTATTAATTTT
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* * * * * * ** * *
16398774 TGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTT-GTTCTAAAGAAACTTATATGAACAAAAACCTTTGTT
320 TGAAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACATTTATT
* * * ** *
16398838 TTATGACAAAACAAAAGTTTACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACCTAGTCATAATTATTT
383 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * **
16398903 GAACT-GATTAGGT-AAATAGAA-TTATTTTTT-AATCT-CTTACTTAATAATTTTTTCAATATT
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* *
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509 AATAAATT-AGTATTATTTTAATT-TGAATAAGC
** * * * * * * * *
16398995 CAGTATGAATTAAAAAAAATTGTTTTATGATAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAA
1 TTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATAAAAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAA
* * * ** * *
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* * * * * * * *
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129 ---TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * * * * *
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190 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
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255 TTATAATTATTTGAATTCGTTAGGTAAACAAATATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTT
* * * * ** * *
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* * * * ** * * * *
16399377 TATATGACCAAATAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATT
382 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
16399442 TGAACT-GATTCTAT-AAATAGATTCACTTTTTAAATC-AC---TTATTAATTTTTGGAATATTA
447 TGAACTAG-TT-TGTCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTTGTTATTAATTTTTGAAATATTA
* *
16399501 ATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGC
510 ATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGC
* * * * * * *
16399532 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAAT
1 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATAAAAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAAT
* * * *
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66 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTC-T-
* * * * *
16399660 ATTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAATATTATTTTAATT-TGGATAAGCTT-TAATGAAT
127 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT-ATTCTGAATAAGCTTGT-ATGAAC
** ** * * * *
16399723 TGAAACAATTG-TTTATGTTAGAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATA
189 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * * * * * * * *
16399787 GTCATAGCTATTTGAACTT-ATTCA-ATAAGCATAT-TTAGTTTTTCAA-ATCTTTGCTTAGTAA
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*** * ** * * * **
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316 TTTTTGAAATATTAATAAA-TTATTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACATT
* ** * ** * * * **
16399912 TATTTTATAATTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGACAATTATTCTAATAGTTTTAACT
379 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* *** * * *
16399977 ATTTGAACTTGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATAC
444 ATTTGAACTAGTTTGTCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTT-GTTATTAATTTTTGAAATAT
*
16400041 TATTAAATTAGTATTATTTTTAA-TTGAATAAGC
508 TAATAAATTAGTATTA-TTTTAATTTGAATAAGC
* * * * * * ** * * **
16400074 TTCTATG-ATTAGAAACAACTGTTTTATGACAACAT-AAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGATAA
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* * * ** * * * *
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* *
16400202 TTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGATCAA
128 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAA
** *
16400266 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGG
191 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * ** * ** * *
16400331 CCATAATTATTTTAACTAATTTGGTAAACAGGT-TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTA
255 TTATAATTATTTGAATTCGTTAGGTAAACAAATATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTT
* ** *** * * *
16400395 GGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTGT-GTCTAAGCTTGTATTAACTTAAACAATTATT
320 TGAAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACATTTATT
* * * * * * *
16400459 TTATGACAAATCAAAAGATTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTAAAATAATAATAACTATTT
383 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* *** ** * * * * * * *
16400524 GAACTTGTTCAACAAGTAGATTTATTTTTTAATTCTCTTTCTTATTAAGTTTTCAAATGTTAATA
448 GAACTAGTTTGTCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTTGTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* *
16400589 AATTAGTATTAATTT-ATTCTAAATAAGC
513 AATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGC
*
16400617 TTGTATGTACTGAAACAATTGTTTTAT
1 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTAT
16400644 GACTTAACAA
Statistics
Matches: 6410, Mismatches: 1343, Indels: 862
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
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** * *
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66 TAAAATAGA
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * **
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* * * * * ** * *
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * ** * * * * **
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* * *
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* **
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* * * * * * * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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193 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
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* ** *
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* *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* ** * * * * * *
16394060 TTTTATGAACTGAGGCAATTGTTTTATAAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAACA-ATTAA
1 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAA
* *
16394124 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTA-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTT
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** * * * * * *
16394188 ACTTATTAATTTTTTTAATGTTAATATATTAGGATTATTTAATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATA
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* * * * * * * **
16394252 TGAAACAAATATTTTATAACTAAAA-ATAGGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTTAT
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* * * * *
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* *
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** * * ** *
16394421 TTGTATGATA-AAAAACAGTTGTTTTATAACAAAACAAATGGTCATAGTGATTTGAAATAGATAA
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* * * * * *
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* ** * *
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* * ** * *** * *
16394612 GAAACAATTGTTTTATAAAAAAATGAAAGGTCATAGCGATTTTAAGTAGATAATTGTTCAAATAG
193 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** *
16394677 TTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTCTTAAATCTCTTTGTTCTTAATTTT
258 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
16394742 TTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGC
322 TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
** * * *
16394783 TTGTATGAACTGAAACAATTACTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAAT
1 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
** * * * * *
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66 TGTTCAAATAGTCA-TAACT-ATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * ** *
16394911 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTACAAACA-
129 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * * * * *
16394975 AAAAAAATGTTTTGTGGCAAAATAAATGGTCATAATGATTTAAAATAGATAA---TCCAAATAAG
194 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AG
* * ** * * * *
16395037 CTTGTATGAACAAAAT-AA-TTGTTTTATGACAAAATAAATGGTCATAATGATTTAAAATAGATA
258 --T-CAT-AACTATTTGAACTTG-TTCA-G--TAAATAGAT--T--T-AT--TTT----T-TA-A
* * * * * ****
16395100 ATCATTCATATA-GTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGGCAATTAG-ATTTATCTTTTAATTTTCT
302 ATC--TC-T-TACTTATTAATTTTTTGAA-T-ATTAATAAATTAGTA-TTA--TTTT-A--TTC-
*
16395163 TGGTTATTAA-C
354 T-G--AATAAGC
* * * * * ** * *
16395174 TTTCAAAATATTAA-T-AAATTAGTATTATTTTCTTCCAAATA-AAATAGT-ATGAACAGAACCA
1 -TT----GTATGAACTGAAA-CA--ATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAAGTCAT-AA-TG----A
* * * * ***** * * * * ***
16395235 ATTG--TTTGATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCAA
51 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-T--TCGGT-A-A-A--C--
* * *
16395298 AACTATTTAGAATGGTTTCATAAA-CAGAT-TTACTTTTTAAATCTTTTCCTGATTAACTTTCTA
106 AA--ATTT---AT--TTT-TTAAATC---TCTTACTTATT-AA--TTTT--TGA--AA-TAT-TA
* * ** * ** * ** * *
16395361 A-ATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAAC--AAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
151 ATAAATTAGT--ATTA-TTTTATTCTAAAT-AAGCTTGTA-TGA-AT--AGAAA--CAATTGTTT
** * * * *
16395423 TATGACAAAACAAAAAATAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATATTTATTTT
206 TATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-----------TC
* ** * * * * **
16395488 ATAATTATTTGAACGGGTTCGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTTTTACCTA-TAAAATTTTG
260 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG
* * **
16395552 AAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAATTAA-C
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* * * *
16395591 TTGTATGAGCTGAAATAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
1 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * ** * *
16395656 TGTTCATATAGACTTAACTATTTGAATTGGTTCAGT-AATGAATTTATTTTTTAAGTCTCTTAGT
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* * *
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* * * *
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* * * *
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*
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* * * * ** * * ** *
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* * * * * * * *
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64 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
** * ** * *
16396074 ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TGGATAAGCTTTTATGAATT
128 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * *
16396138 GAAACAATT-TTTTATGACAAAATAGAAGTTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAA
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* * ** * *
16396202 TAATAACTATTTGAGCTTGTTTGGTAAATATACTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTT
258 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* ** * * *
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** * * * * * * **
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* * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * **
16396861 -GAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATA
192 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
16396925 GTCTTAACTATTTGAACTAT-TT--G-ACACACATTTATTTTTTAAA--TC---CTTATTAATTT
257 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * ** **
16396981 TTAGAATACTATTAATTTAGCAAAATTTT-TCTCCAAATAAGC
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* * * * * * * * *** ***
16397023 TTCTAT-AAATAGAAATAAATGTTTTAGGATAAAATAAAGA-TCATACCAATTTTTGATAGATAA
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* * ** * *
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* * * * * **
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* * * * * * *
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193 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGT-TCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
16397274 GACATGACTATTTGTACTTGTTCAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTT
257 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTT
* * * *
16397338 TTAGAACT-TTAATAAA-TAATATTATTATATTCTGAATAAAC
321 TTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
* ** *
16397379 TTGTGTGAA-TAGAAATGATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATA
1 TTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * *
16397442 ATTGTTAAAATAGTCATAACAATTTAAACTCACTT-GATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTT
64 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *
16397505 AGTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTCCAAATCAGCTTGTTTGAAAA
128 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * *
16397568 GAAACTATTGGTTTATGACAGAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAG
193 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** ** *
16397633 TCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAATAGATTT-TTTCCTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT
258 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * *
16397696 GGAGTATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATCAGC
323 TGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGC
* * * * * *
16397736 TTGCATGAAC-AAAACCATTTCTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAA
1 TTGTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * *
16397800 TTGTTTAGATAGTCAAAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATATTAATTTTTTTAATTCTCTTA
65 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA
* * * *
16397865 CACT-TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATT-TAAAATAAGCTTATATGAAC
129 C-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-
* * * * *
16397928 T-GAAACAATTTTTTTATTACAAAACAAAAAG-TC-TCAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAA
191 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCAT-AATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * * * *
16397990 ATAATCATGATTATTTGAATTTCTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAAT
254 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* *** * *
16398054 TGTCAAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGC
319 TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGC
* * ** *
16398098 TTGTAAGAACAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATA
1 TTGTATGAACTG-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * *
16398163 ATTGTTCAAATAGT-ATAA-TGATTTGAACTTA-TTCAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTT
64 ATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAAC-TAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * *
16398225 TACTTATTAATTATCT-CAATATTAATAAATTTGTATTATTTTGTTCCAAAATAAGCTTGTATGA
127 TACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTAAATAAGCTTGTATGA
** * * * *** ** *
16398289 ATAGAAA-AAGTCATTTTATAACATAATAAAATGTT-ATAGCGATTCCAAATAGATAATTGTTTA
190 ATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * *
16398352 AATAGTCGTAATTATTTAAACTTGTTCAGCAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTAAC-TATTA
253 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTA
*** * *
16398416 ATTTTCAAAATATTAATAACA-CAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGT
317 ATTTTTTGAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGC
* * * * *
16398462 TTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
1 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * ** * * * * *
16398527 TATTCAAATAGTTATGACTATTTGATGTAGTTCAGTAAAC----CT-TTTTTAAAATTTTTTACT
66 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * *
16398587 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATAAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
131 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * *
16398652 ACTATTGTTTTAT-AGCAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAGATAGT
196 ACAATTGTTTTATGA-CAAAAC-AAAAGTTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
16398715 TATAACTATTTGAA-TTGGTT-TGATAAACATATTCATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTT
259 CATAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
16398773 TTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTGTTCTAAAGAAAC
322 TTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
* ** ** * *
16398815 TTATATGAACAAAAACCTTTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTTACAATGATTTGAAATAGATAA
1 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAA
** * * *
16398879 TTGTTCACCTAGTCATAATTATTTGAACT-GATTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTT-AATCTCTT
65 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTT
* ** * * * **
16398941 ACTTAATAATTTTTTCAATATTACTAAATTCA-TTTTATTTTATTCTGAATAAGCCAGTATGAAT
128 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-
* * * * * * * * *
16399005 TAAAAAAAATTGTTTTATGATAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATAT
191 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** * * * * **
16399070 AGTCTTAACTATTTGTGCTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGATATTAATTT
256 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * *
16399135 TGGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGTATAAGC
321 TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
* * ** * * * * * * * *
16399177 TTATATAAACAAAAATAATTATTTTATGATAGAAC-AAAAGCTTATAATGATTTGAAGTATACAA
1 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * *
16399241 TTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAAC--ATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
65 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *
16399304 TTATTAA-ATTTGAAAGATCAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGCATG-ATAAA
130 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AG
* * * * * * * * *
16399367 AAACAATTGTTATATGACCAAATAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGC
194 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
16399432 CATAATTATTTGAAC-TGATTCTA-TAAATAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTT
259 CATAACTATTTGAACTTG-TTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * *
16399491 TGGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGC
322 TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
* ** * *
16399532 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAAT
1 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * **
16399597 AGTTCAAATAGTCATAACTATCTGAATTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGA
66 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTT-A
* * **
16399661 -TTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAATATTATTTTAATT-TGGATAAGCTT-TAATGAAT
129 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGT-ATGAAT
* ** * * ** * *
16399723 TGAAACAATTG-TTTATGTTAGAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATA
192 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * * *
16399787 GTCATAGCTATTTGAACTTATTCAATAAGCATATTTAGTTTTTCAAATCT-TTGCTTAGTAATTT
257 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
**** * *
16399851 CCCAAATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTC-CAGATAAGC
321 TTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGC
* * * * ** * * ** *
16399893 TTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATAATTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGACAA
1 TTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * ** * *** *
16399957 TTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTTGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
65 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * *
16400022 TTATTAATTTTTGAAATACTATTAAATTAGTATTATTTTTAAT-TGAATAAGCTTCTATGATTAG
130 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * * *
16400086 AAACAACTGTTTTATGACAACATAAAGGTT-TTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGT
194 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
16400150 CATAACTATTT-AAATTGGTTCAATAAATAGATTTATTGTTTAAATCTATTACTTATTAA-TTTT
259 CATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
*
16400213 TGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGC
323 TG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGC
* **
16400254 TTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
1 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAA
** * * * * * * ** *
16400319 TCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTTGGTAAACAGGTTTATTTTTTAAATTTCTTAC
65 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
** * * *** * *
16400384 TTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTGTGTCTAAGCTTGTATTAACT-T
130 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * * * * *
16400448 AAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGATT-ATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTAAAATAA
194 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * * *
16400512 TAATAACTATTTGAACTTGTTCAACAAGTAGATTTATTTTTTAATTCTCTTTCTTATTAAGTTTT
258 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
** * * *
16400577 CAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGC
323 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
* ** *
16400617 TTGTATGTACTGAAACAATTGTTTTATGACTTAACAAAAGGTCATAATG
1 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
16400666 TCAAAATTTA
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TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
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TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
Found at i:16400903 original size:181 final size:182
Alignment explanation
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * *
16401034 TTATGACTATTTGAACAATTATCT-TGTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
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* * * *
16401098 TTTTTTTTATTGATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTTCAAAAA
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* * * * * * *
16401161 TTAATAAGTAGAA-ATTCAAAAAATAAATTTATTTTCTAACCACA-TTCAAATAG
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* * * * * * * *
16401214 TTATAACTATTTAAACAATTTTCTATTTGAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAAT
1 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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1 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * *
16401459 TTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAAT
65 TTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAAAT
* ** * * *
16401523 TAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAACATGTTTACCAAAAAAGTTCAAATAC
130 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* ** * * * **
16401576 TCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAATTCATTATGACTTTTTGTTTTGTTGTAAAACAAT
1 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
16401641 TGTTTTTGTTCATACATA-ATTATTTAGAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTG--AAAT
66 TGTTTTTATTCATACA-AGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAAAT
** * * * * * **
16401703 TAATAAG----AGATTTAAAATCTAAATCTATTTACTAAACTAGTTCAATTTT
130 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * * * * *
16401752 TTATAACTTTTTGAACAACTATCTATCTCAAATCATTGT-AATCTTTATTTTGTCATAGAACAAT
1 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
** * * * *
16401816 TGTTTCTT-TTCATATTAGCTTATTTGGATTAAGATAATATTAATTTAATAATA
66 TGTTT-TTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
16401869 AAAAATAAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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175 58 0.07
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
TGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAAATT
AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
Found at i:16401705 original size:541 final size:541
Alignment explanation
Indices: 16400673--16401709 Score: 1337
Period size: 541 Copynumber: 1.9 Consensus size: 541
16400663 ATGTCAAAAT
* * * * * * * * *
16400673 TTATGACTATTTGAACTATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCGTAAAGCAAT
1 TTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTGAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAAT
* * * * * * * *
16400738 TGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAATA
66 TATTTCTATTCATACAAACTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTCAAAAATA
*
16400803 ATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTGA
131 ATAAGTAAAAGATATTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTGA
*
16400868 ATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTATTAGTTCATA
196 ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTATTAGTTCATA
* * *
16400933 TAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATGAGTAAAGGATT
261 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAAGGATT
* * * * *
16400998 TAAAAAATGAATCATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTTGTTC
326 TAAAAAATGAAACATTTACCAAAAAAGTTCAAATACTCATGACCATTTGAACAATTATCTTGTTC
* * * *
16401063 AAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTATTGATACAAGCTTATTTCAAA
391 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGATTATTTCAAA
16401128 TAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTCAAAAAATAAATTTAT
456 TAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTCAAAAAATAAATTTAT
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521 TTTCTAACCACATTCAAATAG
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1 TTATAACTATTTAAACAATTATT-TATTTGAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAA
*
16401278 TTATTTCTATTCATACAAACTTATTCGGAATAAAATAATATTGATTTATTAATA-TTTCAAAAAT
65 TTATTTCTATTCATACAAACTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTCAAAAA-
* * * * * *
16401342 TAATAAGTAAAAGA-ATTAAAAATTAAATCTGTTTACTAAGCAAG-CTCTAATAGTTATGACTAT
129 TAATAAGTAAAAGATATTAAAAA-TAAATATGTTTACCAAACAAGTC-CAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
16401405 TTGAATAATTATTTATTTCAAATGGTTATGA-TCTTTTGTTTTGTGATCAAACAATTGTTTCTA-
192 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACT-TTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTAT-TAG
* *
16401468 TTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGGT-
255 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGA-GTA
* * *
16401531 AGGAGATTTAAAAAAT-AAACATGTTTACCAAAAAAGTTCAAATACTCATGTCCATTTGAATAAT
319 AAG-GATTTAAAAAATGAAACA--TTTACCAAAAAAGTTCAAATACTCATGACCATTTGAACAAT
* * ** *
16401595 TATCTAT-TTCAATTCATTATGACTTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTTGTTCATACATA
381 TATCT-TGTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACA-A
* **
16401659 -ATTATTT-AGAATAAAATAATACT-GATTTATTAATATTT-TGAAATTAATAAG
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16401710 AGATTTAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTGAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAAT
TATTTCTATTCATACAAACTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTCAAAAATA
ATAAGTAAAAGATATTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTCCAAATAGTCATAACTATTTGA
ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTATTAGTTCATA
CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAAGGATT
TAAAAAATGAAACATTTACCAAAAAAGTTCAAATACTCATGACCATTTGAACAATTATCTTGTTC
AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGATTATTTCAAA
TAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTCAAAAAATAAATTTAT
TTTCTAACCACATTCAAATAG
Found at i:16402517 original size:131 final size:131
Alignment explanation
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16402195 TTTATTAATA
16402205 TTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGCTATTTTTCGAACCAATTTAAATAGTT
1 TTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGCTATTTTTCGAACCAATTTAAATAGTT
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16402333 T
131 T
* *
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1 TTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGCTATTTTTCGAACCAATTTAAATAGTT
* * *
16402399 ATGATAATTTGATCAAATATCAATCTCAAATCGCTATGACCTTTATTTTATCATAAAAAAACTGT
66 ATGATCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGCTATGACCTTTATTTTATCATAAAAAAATTGT
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131 T
* * * *
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1 TTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGCTATTTTTCGAACCAATTTAAATAGTT
* * *
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66 ATGATCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGCTATGACCTTTATTTTATCATAAAAAAATTGT
16402595 T
131 T
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16402597 ATGATCATAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGCTATTTTTCGAACCAATTTAAATAGTT
ATGATCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGCTATGACCTTTATTTTATCATAAAAAAATTGT
T
Found at i:16402909 original size:182 final size:182
Alignment explanation
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16402455 AAAAACTGTT
* * *
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* * * * * ** * * * *
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* ** * *
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* * * **
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* * * *
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65 -TTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAGATTTTGTTTTATCATAAAATAA
* * *
16402769 TTGTTTCAATTCATACAAGCTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAACA
129 TTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAGTAATA
* * *
16402823 -TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATGTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTTAAATA
1 TTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGAT-TTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAAGTTTAAATA
* * * * *
16402886 GTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAATTACGAA-ATTTTGTTTTGTCATAAAACA
64 GTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-CTAAGATTTTGTTTTATCATAAAATA
* * ** * *
16402950 ATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTACCCAAAATAAAATAATATTATTTTATTAATA
128 ATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAGTAATA
* * * * * *
16403005 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATTGAATC-AGTTCAAATAA
1 TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACTAAACCAAGTTTAAATAG
* * * ** * *
16403068 TTATG-TCCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTACT-AGCTTTCATTTTGTCATAAAACA
65 TTATGAT-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-CTAAGATTTTGTTTTATCATAAAATA
* * * *
16403131 ATTGTTTCTCAA--CATACAAGCTTATTTAAAATAAAATGATACTAATTT-GTGACTA
128 ATTG-TT-TCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAGT-AATA
* *
16403186 TTTCAAGAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACCAA-TTTAAAT-G
1 TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACCAAGTTTAAATAG
** ** * ** *
16403244 TTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCAT-AAATCAA
65 TTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAGATTTTGTTTTATCATAAAAT-AA
* *** * * *
16403308 TTATTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTAGTAATA
129 TTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAGTAATA
* * * * *
16403362 TTAT-AAAAATTCATAA-CTAAGAGAATTAAAAAATAAATCCATTTCCTAAACCAAG-TCAAATA
1 TT-TCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAAGTTTAAATA
* * * * * ** *
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64 GTTAT-GATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAGATTTTGTTTTATCATAAAATA
* ** *
16403487 ATTATTTCAGCTCATACAAGTTTAT
128 ATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAT
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Statistics
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175 6 0.01
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Consensus pattern (182 bp):
TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAAGTTTAAATAGT
TATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAGATTTTGTTTTATCATAAAATAATT
GTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAGTAATA
Found at i:16403423 original size:357 final size:355
Alignment explanation
Indices: 16402469--16403457 Score: 924
Period size: 357 Copynumber: 2.8 Consensus size: 355
16402459 ACTGTTTTTC
*
16402469 AAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGT-TGTTTATCAAACCAATTTAAATAGTTATG
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* * * * * * * *
16402533 ATCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATTGCTCTGACCTTTAT-TTTATTATAAAAAAATTGTTT
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* * *
16402597 ATGATCATATAAGCTTATTCG-GATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T-T-AG
127 ATGTTCATATAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTATAAG
* * ** * *
16402658 TAAGAGATTTAAAAAAATAAATGTA-TTCACTAAATTAGTTTAAATGTTTAAGACTATTAGAATA
191 TAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TATTTC-CTAAA-CAGTTCAAATAATTAAGACCATTAGAACA
* ** *
16402722 ATTATCTATTTCAAATCATTCTAAGATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAA
252 ATTATATATTTCAAATCATTCTAAGATTTCATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAA-TCATACAA
* * *
16402787 GCTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCA
316 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAACATTCA
* *
16402827 AAAAATTAATAAGCAAGAGATGTGAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAA-CAAGTTTAAATAGTTA
1 AAAAATT-ATAAGCAAGAGAT-TTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACCAA-TTTAAATAGTTA
* * ** * * *
16402890 TGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAATTACGAA-ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
62 TGA-CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-TAACCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTG
* ** * * *
16402954 TTTCA-GTTCATAAAAGCTTACCCAAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAA
124 TTT-ATGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATT-A
** * * * *
16403018 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATTGAATCAGTTCAAATAATTATGTCCATTTGAA
187 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-TTTCCT-AAACAGTTCAAATAATTAAGACCATTAGAA
* *
16403083 CAATTATATATTTCAAATCATTACT-AGCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCAA-CAT
250 CAATTATATATTTCAAATCATT-CTAAGATTTCATTTTATCATAAAACAATTG-TT-TCAATCAT
* * *
16403146 ACAAGCTTATTTAAAATAAAATGATACTAATTT-GTGACTATTTC-
312 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAAC-A-TTCA
* * *
16403190 AAGAA-T-T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAATTTAAAT-GTTATGAC
1 AAAAATTATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAATTTAAATAGTTATGAC
* * *
16403251 AATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAATCAATTATTTTT
66 -ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT-TATCATAAAACAATTGTTTAT
* * *
16403316 GTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTAGTAATATTAT-AAAAATTCATAACT
129 GTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATT-TCAAAAATT-ATAAGT
* * * * * *
16403380 AAGAGAATTAAAAAATAAATCCATTTCCTAAACCAAG-TCAAATAGTTTAGA-TAATAGAACAAT
192 AAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTCCTAAA-C-AGTTCAAATAATTAAGACCATTAGAACAAT
*
16403443 TATCTATTTCAAATC
254 TATATATTTCAAATC
16403458 GTTATGACCT
Statistics
Matches: 511, Mismatches: 88, Indels: 66
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (355 bp):
AAAAATTATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAATTTAAATAGTTATGAC
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTATCATAAAACAATTGTTTATGT
TCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGA
GATTTAAAAAATAAATTATTTCCTAAACAGTTCAAATAATTAAGACCATTAGAACAATTATATAT
TTCAAATCATTCTAAGATTTCATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATCATACAAGCTTATTCAA
AATAAAATAATACTAATTTAGTAACATTCA
Found at i:16403442 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 16402699--16403550 Score: 475
Period size: 181 Copynumber: 4.7 Consensus size: 178
16402689 AAATTAGTTT
* * * * * ** *
16402699 AAATGTTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAGATTTTGTTTTATCATAA
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* ** * * * * * * *
16402764 AATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTGT-TCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCAA
65 AATAATTATTTCAGCTCATACAAGTTTATGT-GAAATAAAATAA-ACTAATTTGTTAATATT-TA
* ** * *
16402828 AAAATTAATAAGC-AAGAG-ATGTGAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAA-CAAGTTT
127 AAAATTCATAA-CTAAGAGAAT-T-AAAAAATAAATCCATTTATC-AAACCAAG-TC
** * * ** * * * *
16402881 AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAATTACGAA-ATTTTGTTTTGTCATA
1 AAAT-GTTATGACAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TAACCTTTTGTTCTATCATA
* * * * * **** * * *
16402945 AAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTACCCAAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCA
64 AAATAATTATTTCAGCTCATACAAGTTTATGTGAAATAAAATAA-ACTAATTTGTTAATATTT-A
* * * * ** *
16403010 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATTGAATC-AGTTC
127 AAAATTCATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCCA-TTTATCAAACCAAG-TC
* * * * * * * ** * *
16403062 AAATAATTATGTCCATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTACT-AGCTTTCATTTTGTCATA
1 AAAT-GTTATGACAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TAACCTTTTGTTCTATCATA
* * * * * * * * * *
16403126 AAACAATTGTTTC-TCAACATACAAGCTTATTTAAAATAAAATGATACTAATTTGTGACTATTTC
64 AAATAATTATTTCAGC-TCATACAAGTTTATGTGAAATAAAAT-AAACTAATTTGTTAATATTT-
* * * * * *
16403190 AAGAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAATTT
126 AAAAATTCATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCCATTTATCAAACCAAGTC
* *
16403239 AAATGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCAT-AA
1 AAATGTTATGACAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAA
** * * *
16403303 ATCAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTAT-TCGAAATAAAATAATATTAATTTAG-TAATATTAT
66 AT-AATTATTTCAGCTCATACAAGTTTATGT-GAAATAAAATAA-ACTAATTT-GTTAATATT-T
*
16403366 AAAAATTCATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCCATTT-CCTAAACCAAGTC
126 AAAAATTCATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCCATTTATC-AAACCAAGTC
* * * *
16403419 AAATAGTT-TAGATAA-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AAAT-GTTAT-GACAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTATCATA
**
16403482 AAATAATTATTTCAGCTCATACAAGTTTATGTGGTATAAAATAAACTAATTTGTTAATATTTAAA
64 AAATAATTATTTCAGCTCATACAAGTTTATGTGAAATAAAATAAACTAATTTGTTAATATTTAAA
16403547 AATT
129 AATT
16403551 TTATAAGAGG
Statistics
Matches: 542, Mismatches: 97, Indels: 66
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 6 0.01
176 88 0.16
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179 16 0.03
180 116 0.21
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182 123 0.23
183 4 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
AAATGTTATGACAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAA
ATAATTATTTCAGCTCATACAAGTTTATGTGAAATAAAATAAACTAATTTGTTAATATTTAAAAA
TTCATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCCATTTATCAAACCAAGTC
Found at i:16403960 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 16403642--16406053 Score: 714
Period size: 181 Copynumber: 13.3 Consensus size: 180
16403632 ATTAAAAATT
* * * *
16403642 ATAATGATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATGT-AGTAAACAG
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* * ** * *
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** * *
16403770 T-GAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAAAAATT-ATTTGATGACAAAACAAAAGGTT
127 TCCTAATAAGCTTGTAGGAACAGAAAAAATTGATTTG-TGACAAAACAAAAGGTC
*** ** *
16403823 ATGGGGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAA
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* * * **
16403888 TTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTGGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCC
66 TTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGAATTAT-TTATTCC
* * * **
16403953 TAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAATTAAAGGTC
130 TAATAAGCTTGTAGGAACAGAAAAAATTGATTTGTGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
16404004 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTGATAATTATTTGCACTAGTTAGGCT-AACAG
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* *
16404068 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTC
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* * ** * * * * *
16404133 TTAATAAGAC-TATATCAATAGAAATAATTG-TTT-TAAAATAAAGCAAATGGTC
129 CTAATAAG-CTTGTAGGAACAGAAAAAATTGATTTGTGACA-AAA-CAAAAGGTC
* * * * * * * * * *
16404185 ATAA-AATATATAAAATAAATAATTGTTTAAATTGTTATAACCAATTAAACTGGTTTGGTAAACA
1 ATAACGAT-T-TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACA
*
16404249 AATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAA-AATATTAATAAATTA-ATACTGT-TTT
64 GATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAATTAGA-A-T-TATTT
* * * * * * * *** *
16404307 ATT-TTGAACAA-ATTATATGAACA-AAAACATTTGTTTTACAACAAAACAAAAGGAC
125 ATTCCT-AATAAGCTTGTAGGAACAGAAAA-AATTGATTTGTGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * ** * *
16404362 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAAC-TGATTCAACAAACAA
1 ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAG
* * * * * * * * *
16404426 ATTTATTTTTCAAATCTCTTAATTATTAATTATAATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTATTC
* * * * * * * * * *
16404491 CAAAGAAGCTTGTATGAATATAAATAATTGTTTTATGACCAAACAAAAGGTT
129 CTAATAAGCTTGTAGGAACAGAAAAAATTGATTTGTGACAAAACAAAAGGTC
** * * * *
16404543 ATAATAACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGT-ATAATTATTTGAACTAGTTT-AGTAAACAG
1 ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAG
** * * *
16404606 ----A-----T-AATCTCCTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTAAG-AATATTAATAAATTAGAATTA-TTTATT
* * * ** * *
16404660 -TTGAATAGGCTTGTATGATGA-AAAACAATTG-TTTGATGACAAAAAAAAAGTTC
128 CCT-AATAAGCTTGTAGGAACAGAAAA-AATTGATTTG-TGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * * * *
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1 ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAA-CA
*** * * * * *
16404777 -ATTTATGTTTTT-AATCTCCAACTTCTCAATTTT-TGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTT-T
64 GATTTAT-TTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTAAG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTAT
* * * * * * * **** ****
16404838 T-C-AAT----TT-TTGGAATATTAATAAAGTAATAT-T-ATTTTA-TTTTGG--
127 TCCTAATAAGCTTGTAGGAACA-GAAAAAATTGATTTGTGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * **
16404881 ATAAGCTTTTATGAAATGAAACAATTGGTTTATCATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAAAT
1 ATAA-CGATT-TGAAAT-AAATAATT-G--T-TC-----A-AATA-GTCATAACTATTTGAACTT
* * ** * *
16404946 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATT
52 G-T--TTGAT--AA-A--C---A-GATTT--A-TT-TTT--TAAATCTA-TTA-CTTATT-AATT
* * ** * * * * * *
16405011 CCT-GGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATT-TTGATAAGCATGTAT
96 -TTAAGAATATTAA-----TAAAT----------TAGAATTA-TTTATTCCTAATAAGCTTGTAG
* * **
16405074 GAACTA-AAACAATT-ATTTTATGATTAAACAAAAGGTC
144 GAAC-AGAAAAAATTGA-TTTGTGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * ** * * * * *
16405111 AGAACGATTTGAAATAGATAACTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAG-TTCAGCAAATAC
1 ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAG
* * * * **
16405175 ATTTATCTTTTAAATC---T-CTTATAAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAA-TATTTTACT
65 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAG-AATTA-TTTA-T
* * * * * * * * *
16405235 T-CAAATTAGTTTGTA-TAGACAGAAACAATTGTTTTCTGATAAAAC-AAAGATC
127 TCCTAATAAGCTTGTAGGA-ACAGAAAAAATTGATTTGTGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * **
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1 ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAACAG
* *
16405351 ATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAA-AATACTAATAAATTA-ATATTATTTTAT
65 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAATTAGA-ATTA-TTTAT
** * * * * *
16405410 T-CTGAATAATTTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC
127 TCCT-AATAAGCTTGTAGGAACAGAAAA-AATTGATTTGTGACAAAACAAAAGGTC
* * * *** * *
16405464 ATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCGATAAATAGA
1 ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGA
* * * *
16405529 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATATTT-GGAAT-TTGAATAAATTAGTATTATTTTATT
66 TTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAAT-TTTAAGAATATT-AATAAATTAGAATTA-TTTATT
* * * * ** * *
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128 CCT-AATAAGCTTGTAGGAACAGAAAAAATTGATTTGTGACAAAACAAAAGGTC
* * * * ** * * *
16405645 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTGTTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAT
1 ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGATAAACAG
* * * * *
16405709 TTTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATCTTT-GGAATATTAGTAAATTTA-CATTATTCTAT
65 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAAT-TTTAAGAATATTAATAAA-TTAGAATTATT-TAT
** * * * *
16405771 TCAAAATAAGCTTGTATGAATC-GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
127 TCCTAATAAGCTTGTAGGAA-CAGAAAAAATTGATTTGTGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
16405825 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACATG
1 ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACA-G
* * *
16405890 -TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAA-AATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAA
65 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATT-TTAAGAATATTAATAAATTAGA-ATTA-TTTAT
* * * * *
16405952 TCCGAATAAGCTAGTATGAACA-AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
127 TCCTAATAAGCTTGTAGGAACAGAAAA-AATTGATTTGTGACAAAACAAAAGGTC
* * *
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1 ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
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Statistics
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TTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGAATTATTTATTCCT
AATAAGCTTGTAGGAACAGAAAAAATTGATTTGTGACAAAACAAAAGGTC
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16404792 CTCCAACTTC
*
16404802 TCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTT
1 TCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT
*
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1 TCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT
16404874 ATTTTGGATA
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16404613 CCTACTTATT
* *
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* * * * *
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*
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*
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* * *
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* * * * *
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* * * ** *
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*
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189 TGAATATTAATAAAATAGTATTATTTT
16405056 ATTTTGATAA
Statistics
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AATTTTTGAAATATTAATAAGTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATGAAAACAAT
TGTTTGATCACAAAAAAAAAGGTCAAAAGAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACT
ATTTGAACTGATTCGATAAATTAATTTATGTTTTTAAATTCCTAACTTATCAATTTTTTGAATAT
TAATAAAATAGTATTATTTTTC
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16404833 ATTTTTCAAT
* * * * *
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* * *
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*** ** * *
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* ** * * *
16405036 TAATAAA-ATAGTATTATTTTATT-TTGATAAGCATGTATGAA-CTAAAACAATTATTTTATGAT
190 TAATAAATTTA-TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATC-AAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
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* * * *
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* ** ** * * * *
16405200 TTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTC-AAATTAGTTTGTAT-AGACAGAAACAA
1 -TTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAA
* * * * * * * *
16405263 TTGTTTTCTGATAAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAAC
63 TTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
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128 TATTTGAATTGTT-CAATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTCTTATTAATTTTTAGAATATTA
* * ** *
16405390 ATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
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* * * * *
16405455 CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCG
257 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAACTATTTGAACT-ATTCG
16405520 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAA
321 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TAA
* * * * * *
16405557 TATTTGGAAT-TTGAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTTTATGAATAGAAGCAAT
1 T-TTTAGAATATT-AATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT
* *
16405621 TGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATT
64 TGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * ** * *
16405686 GTTTGAATGTGTTCAAAAAATATTTTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTA
129 ATTTGAAT-TGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTT-CTTATTAATTTTTAGAATATTA
* * * * * *
16405751 GTAAATTTACATTATTCTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATCGAAATAATTGTTTTATGACAAAA
192 ATAAATTTATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * *
16405816 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTAAACTTGTTCG
257 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TATTCG
* *
16405881 GTAAACATG-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
321 ATAAATA-GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TAA
* * * * * * *
16405918 TTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATT
1 TT-TTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
* * * * *
16405983 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATATCGA
65 GGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
16406048 TTTGAA
130 TTTGAA
16406054 ATTATTCAGT
Statistics
Matches: 693, Mismatches: 132, Indels: 53
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Matches are distributed among these distances:
352 37 0.05
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355 2 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
TTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTG
GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAATTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
ATTTATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTATTCGATAAA
TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAA
Found at i:16405934 original size:534 final size:533
Alignment explanation
Indices: 16404862--16406053 Score: 1241
Period size: 534 Copynumber: 2.2 Consensus size: 533
16404852 ATTAATAAAG
* * * * * *
16404862 TAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT-TATGAAATGAAACAATTGGTTTATCATAAAACAAAA
1 TAATATTATTTTATTCTGAATAA-CTTTGTATGAAA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * *** * *
16404926 GGTCATAACGATTTTAAA-ATGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAA
64 GGTCATAACGATTTGAAATA-AATAATT-TTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCGATAA
* * * *
16404990 ATAGATTTATTTTTTTAAATTCCTGGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTATTATTT
127 ATAGATTTATTTTTTTAAATTCCTGACTTACTAATATTTGGAATGTTAATAAAATAGTATTATTT
* * **
16405055 TATTTTGATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCAGAACGATT
192 TATTCTGATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACGATT
* ** **
16405120 TGAAATAGATAACTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAATACATTTATCTTT
257 TGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAATACATTTATCTTT
* * * * * *
16405185 TAAATCTCTTATAAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTCAAATTAGTTTGTA
322 TAAATCTCTTATAAATCTTTAGAATATTATAAATTTAGCAATATTCTACTTCAAATAAGCTTGTA
* * * * *
16405250 TAGACAGAAACAATTGTTTTCTGATAAAACAAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTGTTCA
387 TAGACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
* *
16405315 AACAGTCATAACTATTTGAATTGTTCCAATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT
452 AACAGTCATAACTATTTAAATTGTTCCAATAAACAGATTTAGTTTTTAAA-CTCTTATTAATTAT
*
16405380 TAAAATACTA-AT-AAAT
516 TAAAATACAATATAAAAT
*
16405396 TAATATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
1 TAATATTATTTTATTCTGAATAACTTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* *
16405461 ATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCGATAAAT
65 GTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-TTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCGATAAAT
* * *
16405526 AGATTTA-TTTTTTAAA-TCTTTTACTTACTAATATTTGGAAT-TTGAATAAATTAGTATTATTT
129 AGATTTATTTTTTTAAATTC-CTGACTTACTAATATTTGGAATGTT-AATAAAATAGTATTATTT
** * * * *
16405588 TATTCTGAATAAGTTTTTATGAA-TAGAAGCAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
192 TATTCTG-ATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACGA
* * * * ** *
16405652 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTGTTTGAA-TGTGTTCAAAAAATATTTTTATT
255 TTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCAAAAAATACATTTATC
* * * *
16405716 TTTTAAATTTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTA-CATTATTCTA-TTCAAAATA
319 TTTTAAA--TCT-CTTATAAATCTTTAGAATATTA-TAAATTTAGCAATATTCTACTTC-AAATA
* * *
16405779 AGCTTGTAT-GA-ATCGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
379 AGCTTGTATAGACA--GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAATAG
* * * ** *
16405842 ATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTAAACTTGTT-CGGTAAACATG-TTTATTTTTTAAA-T
441 ATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTAAA-TTGTTCCAATAAACA-GATTTAGTTTTTAAACT
* ** *
16405904 CTT-TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAAT
504 CTTATTAATTATTAA-AAT-ACAATA-T-A-AAAT
* * * *
16405938 TAATATTATTTTAATCCGAATAAGC-TAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
1 TAATATTATTTTATTCTGAATAA-CTTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* *
16406002 GGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATATCGATTTGAA
64 GGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTTTT-AAATAGTCATAACTATTTGAA
16406054 ATTATTCAGT
Statistics
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541 3 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (533 bp):
TAATATTATTTTATTCTGAATAACTTTGTATGAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
TCATAACGATTTGAAATAAATAATTTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCGATAAATAG
ATTTATTTTTTTAAATTCCTGACTTACTAATATTTGGAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATT
CTGATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAA
ATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAATACATTTATCTTTTAAA
TCTCTTATAAATCTTTAGAATATTATAAATTTAGCAATATTCTACTTCAAATAAGCTTGTATAGA
CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAACA
GTCATAACTATTTAAATTGTTCCAATAAACAGATTTAGTTTTTAAACTCTTATTAATTATTAAAA
TACAATATAAAAT
Found at i:16406068 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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16404830 ATTATTTTTC
* * * * *
16404840 AATTTTTGGAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA-ATGAAACA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACA
* * * * *
16404904 ATTGGTTTATCATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAA-ATGATAATTGTTCAAATAGTCATA
65 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTATTCAAATAGTCATA
* ** * **
16404968 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAT-TCCTGGCTTATT
129 ACTATTTGAAATTGTTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTTACTTATT
* * * * * *
16405022 AATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTG-ATAAGCATGTATGAACTA-AAACA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACA
* ** * * * **
16405085 ATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAACTATTCTAATAGTTTTAA
65 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
16405150 CTATTTGAACTAGTTCAGCAAATACATTTATCTTTTAAATC---T-CTTATA
130 CTATTTGAAATTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* ** ** * * * *
16405198 AATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTTC-AAATTAGTTTGTAT-AGACAGAAAC
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAAC
* * * * * * * *
16405261 AATTGTTTTCTGATAAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAACAGTCATA
64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * *
16405325 ACTATTTG-AATTGTTCCAATAAACAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATT
129 ACTATTTGAAATTGTT-CAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * ** * *
16405374 AATTTTTAAAATACTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAAAAACAA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA
* * * *
16405439 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAAC
66 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* *** *
16405504 TATTTGAACTCACTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACT
131 TATTTGAAATTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * * * *
16405555 AATATTTGGAAT-TTGAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTTTATGAATAGAAGCA
1 AATTTTTAGAATATT-AATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
*
16405619 ATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
65 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * ** **
16405684 TTGTTTG-AATGTGTTCAAAAAATATTTTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATT
130 CTATTTGAAAT-TGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * * * ** *
16405735 AATCTTTGGAATATTAGTAAATTTACATTATTCTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATC-GAAATA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACA
* *
16405799 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTA
65 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* *
16405864 CTATTT-AAACTTGTTCGGTAAACATG-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
130 CTATTTGAAA-TTGTTCAGTAAATA-GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * * * * *
16405916 AATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA
* * *
16405981 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATATC
66 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* *
16406046 GATTTGAAATTATTCAGTAAA
131 TATTTGAAATTGTTCAGTAAA
16406067 CAAATTTGAA
Statistics
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0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
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180 162 0.19
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAAATTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
Found at i:16406623 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 16406126--16406709 Score: 520
Period size: 181 Copynumber: 3.2 Consensus size: 176
16406116 ACAAAAGGTT
* * *
16406126 ATAGATAATTGTTTAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCTGTAAACAGATTCATTTTTTAAA
1 ATAGATAAATGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-TGTAAACAGATTCA-TTTTTAAA
* **
16406191 TCTCTTACTAATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATATTATTT-TGAATAGGCTTGT
64 TCTCTTACT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-AATTAT-TTATTTCTGAA-AAACTTGT
* * * *
16406255 ATGAACAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAAGGTCATAAAGATTTGAA
125 ATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTAATAATGATTTGAA
* * * * ** ** * *
16406308 ATAGA-AAAT-TATTCAAATAGTCATAATTGTTTGCAGTAGTCAAGCCAATAGATACATTTTCTA
1 ATAGATAAATGT-TT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TTGTAAACAGATTCATTTT-TA
* * *
16406371 AATC-CATTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTA-TTCTGAATAAGT
62 AATCTC-TTAC-TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-AATTA-TTTATTTCTGAAAAACT
* * * *
16406433 TGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAATA-GTTAGAATGATTTGAA
122 TGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTAATAATGATTTGAA
* * * * * *
16406488 ATAAATAAATGTTTAAATAGTTATAACTAATTGAACTAATTTGGTAAAGAGATTTATTTTTAAAT
1 ATAGATAAATGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-GTAAACAGATTCATTTTTAAAT
*
16406553 CTCTTACGTATTAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTCATTTCT-AACAAACTTAT
65 CTCTTAC-TATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAA-ATTATTT-ATTTCTGAA-AAACTTGT
*
16406617 ATGAACA-AAAAAATTTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAA
125 ATGAACAGAAAAAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAA
* * * * * *
16406669 ATAGATAATTATTCAAATTGTCATAATTATTTGAAATAGTT
1 ATAGATAAATGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
16406710 CTACAAATAG
Statistics
Matches: 320, Mismatches: 60, Indels: 45
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
179 17 0.05
180 88 0.28
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183 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (176 bp):
ATAGATAAATGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGTAAACAGATTCATTTTTAAATC
TCTTACTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAATTATTTATTTCTGAAAAACTTGTATGAAC
AGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAA
Found at i:16407273 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 16406725--16408950 Score: 1471
Period size: 181 Copynumber: 12.4 Consensus size: 177
16406715 AATAGAATTG
* * * * * *
16406725 TTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAATAACTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAT
* * * * * *
16406790 AACATTTATTTATTAATATTTCAACAATTAAT-A-TAAAAAGATTTAGAAAATAAATATATTTAC
65 AATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAA-ATTTA-AAAATAAATCTGTTTTC
* * *
16406853 TAAACAAGTTCAAATAATCT-TAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCA
126 TAAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * ** * *
16406905 CTGTGACCTTCTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATGAATATAAGCTTA-TTTGAAACAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAA
* ** * * * *
16406969 TAATTCTAATTTATTAATATACCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAACAATTGAATCTATTT
64 TAA-TATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAA-AA-TAAATCTGTTT
* * * * * *
16407034 ATC-AAATAAGTTCATATAGTTATGAATATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACA
124 -TCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * ** *
16407088 TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTAGTTTTGCTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAT
* * * *
16407153 AATAATAAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTTCT
65 AAT-AT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAA-TTTAAAAATAAATCTGTTTTCT
* * * * *
16407218 GAACACGTTCCAATAGTTATGACTATTTGAATAATTTTTTATTTCAAATCA
127 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * *
16407269 TTATGACAATTTGTTTTGCCATAAACCAATAT-TTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTATTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAA
* * * *
16407332 TAATATTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAGTAAATCTGCTTAC
64 TAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAA-AATAAATCTGTTTTC
** * * *
16407397 CGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATATATTTCAAATCA
126 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
16407449 TTCTAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATTCAAGTTTATTTTGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAT
* * * * *
16407514 AATACTAATTTATTATTA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
65 AATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAAAATTT-AAAAATAAATCTGTTTTC
* * * * * *
16407578 CAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCA
126 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * ** *
16407630 TTATGACATTTTATATTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATAAAAAATTATTTAGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAT
* * * * * *
16407695 AATACCAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG----GATTTAAAAATAAATGTGTTTTTTGA
65 AATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAATAAATCTGTTTTCTAA
* * * * * *
16407756 ATAAGTT--GA-A---A-GACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATCG
129 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * * * * * *** *
16407798 TTATGATCTTTTGTTTACTCAAAAAATAATTATTTCAGTTCATACATGATTATTCAAAATATAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAT
* * * * * *
16407863 AATACAAATTTATTAACA-TTGAGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAACAAAGTTTATTTAT
65 AATA-TAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAATAAA-TCTGTTT-T
* * * * * * **
16407927 C-GAATAAGTTCAAATATTTATGTCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTG
125 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
16407979 TTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAACTATTTTAGTACATA-AA-CATT-TATCTGAAATAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGC-TTAT-TTTG-AATAA
* * * * * *
16408041 AATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAACTTAGAGATTTAAAAACTAAATCAGTTT
62 AATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GTAAAAATTTAAAAA-TAAATCTGTTT
** * * * * **
16408106 ATC-AAATTAGTTCGAGTAATTAT-AGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
124 -TCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
16408160 TTATGAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAAATGTTTT-TCATCATACAAGCCTATTTGGAACAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATACAAGCTTATTTTGAATAAAA
* * * **
16408224 TAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTAATCTGTTCAC
64 TAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAA-TAAATCTGTTTTC
* * * *
16408289 CAAACCAGTTCACATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTC-
126 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCA
* * * * * * * *
16408341 TTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAACAATTATTTTTGTTCACACAAGTTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAT
* * ** * *
16408406 AATACTAATATAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGT-
65 AATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAATAAATCTGTTT-TC
* * ** * ** * * *
16408470 TAAACTAGTTCAAATAGTTAAGGTTATATGACCAATTCTTTGTTTCAAATCA
126 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * ***
16408522 TTATGATCTTTTGTCTTGTCGTAAAATAATT-TTTTCAATTCTTAGGAA-CTTATTCAAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT--ATTCATA-CAAGCTTATTTTGAATAAA
* * * * * * *
16408585 ATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAACAATTCTATTTG
63 ATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAATAAATCTGTTT-
* * * * * * *
16408650 CCT-AACTAGTTTAAACAATTATGAGTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
124 TCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
16408703 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAG-TT-TGTTTGAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTAT-TTTG-AATAAA
** * *
16408766 ATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTG
63 ATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAATAAATCTGTTTT
* * * * * *
16408831 CTAAACCAGTTC-ATTAGTTATAACTATTTGAAAAACTATTTATTTCAAATCA
125 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
16408883 TTATGACCATTTGTTTTATCATAAAGCAATTATTTCTATTCATATAATCTTATTTAGAATAAAGT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAT
16408948 AAT
65 AAT
16408951 GGATTTAAAA
Statistics
Matches: 1609, Mismatches: 357, Indels: 160
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 99 0.06
169 1 0.00
172 1 0.00
173 13 0.01
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177 1 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATA
ATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAATAAATCTGTTTTCTAAAC
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:16407669 original size:23 final size:20
Alignment explanation
Indices: 16407638--16407685 Score: 51
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
16407628 CATTATGACA
16407638 TTTTATATTGTCATAAAATAATT
1 TTTTATA-T-TCATAAAA-AATT
*
16407661 TTTTCTATTCATAAAAAATT
1 TTTTATATTCATAAAAAATT
*
16407681 ATTTA
1 TTTTA
16407686 GAATAAAATA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 3
0.79 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 7 0.32
21 8 0.36
22 1 0.05
23 6 0.27
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (20 bp):
TTTTATATTCATAAAAAATT
Found at i:16409244 original size:323 final size:323
Alignment explanation
Indices: 16408668--16409268 Score: 794
Period size: 323 Copynumber: 1.9 Consensus size: 323
16408658 GTTTAAACAA
* * *
16408668 TTATGAGTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAAAAAACAAA
* * * * * * *
16408733 TGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTA
66 TATTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
* * * * * *
16408798 AGAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTAAACCAGTTCATTAGTTATAACTATTTGAA
131 AGAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTACAATAATTATAACTATTTGAA
* * * * * * *
16408863 AAACTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAGCAATTATTTCTATTCATAT
196 AAACTATCTATTTCAAATCACTATAACCATTTATTTTATCATAAAACAAATATTTCTATTCATAC
*
16408928 AATCTTATTTAGAATAAAGTAATGGATTTAAAATGAATCTGTTTGCCTGACTAGTAAAAATAG
261 AAGCTTATTTAGAATAAAGTAATGGATTTAAAATGAATCTGTTTGCCTGACTAGTAAAAATAG
* * * *
16408991 TTATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTCAAATCGTTATGACATTTT-TTTTGTCAAAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAAAAAACAAA
* * *
16409055 TATTTTTATTCGTACAAGCTTATTTGAAATAACATAAT-TCTATTTTATTAATATTCTAAAAATT
66 TATTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTCTAAAAATT
* * * *
16409119 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAAGTACAAATAATTATGACTATTTG
130 AAGAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTAC-AATAATTATAACTATTTG
* * * *
16409184 AACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAA-ATTTTCTATTCA
194 AAAAACTATCTATTTCAAATCACTATAACCATTTATTTTATCATAAAACAAATA-TTTCTATTCA
*
16409248 TACAAGCTTATTTCGAATAAA
258 TACAAGCTTATTTAGAATAAA
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TATTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
AGAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTACAATAATTATAACTATTTGAA
AAACTATCTATTTCAAATCACTATAACCATTTATTTTATCATAAAACAAATATTTCTATTCATAC
AAGCTTATTTAGAATAAAGTAATGGATTTAAAATGAATCTGTTTGCCTGACTAGTAAAAATAG
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16408947 TAATGGATTT
* ** * * * *
16408957 AAAATGAATCTGTTTGCCTGACTAGTAAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTCAA
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** * * *
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* * * * * * *
16409087 CATAATTCTATTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
131 AATAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAAAGATTAAA
*
16409137 AAAATGAATCTGTTTACCAAACAAGTACAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
1 AAAATGAATCTGTTTACCAAACAAGTACAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* *
16409202 ATCACTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA-AATTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCG-AA
66 ATCACTATAACATTTT-TTTTGTCAAAAAACAATAATTTT-TATTCATACAAGCTTATTT-GAAA
* *
16409265 TAAAATTATACAAATTTATTAATATTC-AGACAACTAATAAGTAAAAGATTAAA
128 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTA-AAAACTAATAAGTAAAAGATTAAA
* * * * * *
16409318 AAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
1 AAAATGAATCTGTTTACCAAACAAGTACAAATAGTTATGACT
16409360 TTGTTTTGTC
Statistics
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AAAATGAATCTGTTTACCAAACAAGTACAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATCACTATAACATTTTTTTTGTCAAAAAACAATAATTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
AATAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAAAGATTAAA
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Period size: 324 Copynumber: 2.0 Consensus size: 327
16409007 AATTTTTTAT
* * * * *
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* * * * * *
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66 AATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* *
16409147 TGTTTACCAAACAAGTACAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAA
131 TGTTTACCAAACAAGTACAAATAATCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAA
* * *
16409212 CCTTTTATTTTGTCATAAAACAAAATT-T-TCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAAT-T
196 CCTATTACTTTGTCATAAAAC--AATTGTATC-ACTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAT
* *
16409272 ATACAAATTTATTAATATTC-AGACAACTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAAAT-AAATCTATTTA
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*
16409334 -TCGAATAAG
319 CT-GAACAAG
** * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACATTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCCTATT-AG
* * * *
16409407 -ATTAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAAATATTT-TAAAATAAA
65 AAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAA
*** * * * * **
16409469 TATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATGTATTTCAAATCGTTAT
129 TATGTTTACCAAACAAGTACAAATAATCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTAT
* * * *
16409534 GACCTATTGCTTTGTCATAAAACAATTGTATCACTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATATAA
194 AACCTATTACTTTGTCATAAAACAATTGTATCACTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATATAA
* * * *
16409599 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAAACTACTTACTGAA
259 CAAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATGAAACTACTTACTGAA
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324 CAAG
*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
322 4 0.01
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TTCAAATAGTTATGACATTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCCTATTAGA
AATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATA
TGTTTACCAAACAAGTACAAATAATCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAA
CCTATTACTTTGTCATAAAACAATTGTATCACTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATATAACA
AATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATGAAACTACTTACTGAACA
AG
Found at i:16410002 original size:359 final size:355
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Indices: 16409343--16411522 Score: 1481
Period size: 359 Copynumber: 6.1 Consensus size: 355
16409333 ATCGAATAAG
* * * * * *
16409343 TTCAAATAGTTATGA-CTTTGTTTTGTCATGACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTATTCAG
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* * ** * *
16409407 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAA-AATATTT-TAAAATAAAT
66 AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAAT
** * * *
16409470 ATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATGTATTTCAAATCGTTATG
130 AT-TTT-TACAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
* * * * *
16409535 ACCTATTGCTTTGTCATAAAACAATTGTATC-ACTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAAT-ATA
193 ACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTTTTTCTA-TTCATATAAGCTTATT-AAAATAAAATAAT-
* * *
16409598 ACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAAA-CTACTTACT
254 ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AATAAGAGATTT-AAAAAAT-AAATTTATTTACT
* * *
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* * * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* *
16409767 GAATAAAATAAT-TAAATTTATTCATATTCCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAAT
65 GAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
16409830 TTCTTTTACAACATGTTCAAATAATTC-TAACTATTTGAATAAATATCTATTTGAAGTAGTTATA
130 AT-TTTTACAACAAGTTCAAATAA-TCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
* * *
16409894 ACCTTTTGTTTTGTGATGAACCAATTTTTTCTATCCATATAAGCTTATTAAAAATAAAATAATAC
193 ACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTTTTTCTATTCATATAAGCTTATT-AAAATAAAATAATAC
* * * **
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256 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACA
* * * *
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320 AGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTA
* * * *
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* * * *** * * *
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* ** * *
16410187 TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAGTAATTATCTATTTCAAATCA-TTA
129 TATTTTTA-C-AACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTA
* * * * *
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191 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATT-TTTTCTATTCATATAAG-CTTATTAAAATAAAATAAT
* ** * *
16410314 ACTGATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTAAAC
254 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAAC
* ** *
16410376 TAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCCA
319 AAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTA
* * * *
16410413 TCTCAAATCA-TAATGATCTTTATTTCGTCATACAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTC
1 T-TCAAAT-AGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
16410477 AGATTAAAATGATACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-A
64 AGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAA
* * * * * *
16410540 A-A-----AC--CAA-TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCT
128 ATATTTTTACAACAAGTTCAAATAATCATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTAT
* * * * * * ** *
16410595 AACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTAATTCTGAATAAAATAAC
192 GACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTTTTTCTA-TTCATATAAGCTTATT-AAAATAAAATAAT
* ** ** * * *
16410659 ACTAATTTATTAACATTGAAAAAATTAATAGGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTGA
254 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-ATAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACTAA
* * * *
16410724 ACAATTTCAAATAGATATGACTATTTGAATAATTATCTA
317 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * * * * *
16410763 TTTAAAATTGTTTTAAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC-AGTTAAAAAAAACTTA-T
1 -TTCAAATAGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* * * * * * * * *
16410826 CATAATAAAATAACACT-ACTGT-TTAGTAGTT-CAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTGAAAAAT
63 CAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * *
16410888 AAAGT-TGTTTTCCAA-AGCAGTTCTAATAGTTATGATTATTTAAACAAATT-TCAATCTCAAAT
126 AAA-TAT-TTTTACAACA--AGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * **
16410950 CA-TCATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTGATTTGAATAA
186 -AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTTTTTCT-ATTCATATAAGCTTATTAAAATAA
* ** ** *
16411012 AATTAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACGTGTT
248 AA-TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATT
* * * * * * *
16411077 TA-TGAATC-AGTTCAAAAAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTA
311 TACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
16411121 TTTCAAATCA-TTCTGACCATTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATT
1 -TTCAAAT-AGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * *
16411185 CAAAAGAAAATAATA-ATAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGCAA-AAGATTTGAAAAA
63 CAGAATAAAATAATATA-AATTTATTAA-TATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTT-AAAAA
** * * * *
16411247 ATAAAT-TTGTTTACCGAACAAGTTCAAATCGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAAT
124 ATAAATATT-TTTA-C-AACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * * * ** *
16411311 TGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCGCAAAAG--T-TT-AAATAAA
186 AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTTTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTAAAATAAA
* * **
16411371 ATAATATTACTTTATTAAT-TTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTT
249 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTT
* * * **
16411434 ATTAAATC-AGTTCAAATAATTATGGCAATTTGAACAATTATCTA
312 ACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTA
* * *
16411478 TTTCAAATTGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 -TTCAAATAGTTATGATCTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
16411523 TTCAACATGC
Statistics
Matches: 1443, Mismatches: 292, Indels: 174
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
343 55 0.04
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346 1 0.00
347 1 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
TTCAAATAGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG
AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATA
TTTTTACAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAACAATTTTTTCTATTCATATAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTAATT
TATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACAAGTTCA
AATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTA
Found at i:16410107 original size:180 final size:180
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Indices: 16409343--16411522 Score: 1751
Period size: 180 Copynumber: 12.2 Consensus size: 180
16409333 ATCGAATAAG
* * * * *
16409343 TTCAAATAGTTATGA-C-TTTGTTTTGTCATGACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTATTCA
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * * *
16409406 GATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAAAATATTT-TAAAATAAAT
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* ** * * * *
16409470 ATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATGTAT
131 TTGTTTA-CCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
16409521 TTCAAATCGTTATGACCTATTGCTTTGTCATAAAACAATTGTATC-ACTTCATATAGGCTTATTC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* *
16409585 AAAATAAAAT-ATAACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAAT
65 AGAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT
* ** * * * *
16409648 GAAA-CTACTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTA-
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* * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
16409767 GAATAAAATAAT--TAAATTTATTCATATTCCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAA
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* * * * * * *
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130 TTT-GTTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * * *
16409880 TTGAAGTAGTTATAACCTTTTGTTTTGTGATGAACCAATTTTTTCTATCCATATAAGCTTATTAA
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* *
16409945 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAA
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
16410009 TTTTTTTACCAAGTAAGCTCAAATAGTTATGACTGTTTTAA-AATTTTTTAT
130 TTTGTTTACCAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * **
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1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * ** * *
16410125 GAATAAAATAATATTACTTTATTAATA-TTCTTTAAATTACT-GGTAAGAGA-TTAAAAAATAAA
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * **
16410187 TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAGTAATTATCTAT
130 TTTGTTTACC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
16410239 TTCAAATCA-TTATGACCTTTAGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTTGTTCATAC-AGAATTATT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATT
* ** *
16410301 CA-AATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAA
64 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
16410361 ATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCCAT
129 ATTTGTTTAC-CAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
16410414 CTCAAATCA-TAATGATC-TTTATTTCGTCATACAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTC
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * *
16410477 AGATTAAAATGATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* *
16410542 -------A-C--CAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
130 TTTGTTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
16410582 TTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTAATTC
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* * * ** * *
16410646 TGAATAAAATAACACTAATTTATTAACATTGAAAAAATTAATAGGCAAGAGATTTAAAAAAATAA
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* * * * *
16410711 ATATGTTTACTGAACAATTTCAAATAGATATGACTATTTGAATAATTATCTAT
129 ATTTGTTTAC-CAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * * *
16410764 TTAAAATTGTTTTAAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC-AGTTAAAAAAAACTTA-TC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
16410943 CTCAAATCA-TCATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTGATT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT
* * **
16411005 -TGAATAAAATTAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
64 CAGAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
** ** * * * * *
16411069 AACGTGTTTATGAATC-AGTTCAAAAAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTAT
128 AATTTGTTTACCAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
16411122 TTCAAATCA-TTCTGACCATTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTC
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * * *
16411186 AAAAGAAAATAATAATAATTTATTAA-CTTTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATA
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATA
* * *
16411250 AATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATCGTTATGATTATTTGAATAATTATCTAT
128 AATTTGTTTACC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * ** *
16411304 TTAAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCGCAAAAG--T-TT-
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * **
16411364 A-AATAAAATAATATTACTTTATTAAT-TTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
65 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * *
16411427 TTAGTTTATTAA-ATCAGTTCAAATAATTATGGCAATTTGAACAATTATCTAT
130 TTTGTTTACCAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * **
16411479 TTCAAATTGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
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TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
TTGTTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
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Alignment explanation
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16411675 TTACCAAGTA
* * * * *
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*
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* * *
16411814 TTTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTGTC-AAACTAGTTCAAACAGTT
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* * * * * * * * * *
16411878 AAGACTACATGAATAATTATCTATTTCTAATCA-CTATGACCTTTTGTTTTGTTATACAACAATT
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* * * *
16411942 CTTTCAGCTCATCTAAGTTTATTTGTAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTA
256 CTTTCAGCTCATCTAAGCTTATTTGTAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAA
* *
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321 TAAGTAGATTTAAAAAATAATTTTATTAGCCGAACC
* *
16412039 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATAGTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTAT
1 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTAT
* * ** * *
16412104 CATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TCTAGAATAAAATAATACTAA-TCTAATAAT
66 CATAAAAAAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTATAAT-AT
** *
16412167 TTTGACCATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTGCAAAACCA-TTACAAATAGTT
129 TTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTGTTTGCAAAACTAGTT-CAAATAGTT
* *
16412231 AAGGCTATATGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATGACATTTTATTTTATTGCAAAACAATT-
192 AAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATGACATTTTATTTTATTACAAAACAATTC
**
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*
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* * ** * * * *
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1 AGTTCAAATAATTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA
* * * *
16412464 TCATAAAAAAATGT-TTT-TGTTCATATAAATTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTTTAATA
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* * * * * *
16412527 TCTTGAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTGCAAAACTAGCTCAATTAGTT
128 TTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTGCAAAACTAGTTCAAATAGTT
* * *
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16412637 GTTTATCATA
Statistics
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AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTAT
CATAAAAAAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTATAATATTT
TGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTGCAAAACTAGTTCAAATAGTTAAGA
CTATATGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATGACATTTTATTTTATTACAAAACAATTCTTTC
AGCTCATCTAAGCTTATTTGTAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGT
AGATTTAAAAAATAATTTTATTAGCCGAACC
Found at i:16412556 original size:361 final size:351
Alignment explanation
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Period size: 361 Copynumber: 2.7 Consensus size: 351
16411675 TTACCAAGTA
* * * * *
16411685 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTCTAT
1 AGTTCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTAT
* * * * *
16411750 CATAAAAAAATTATTTCATTTATATAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTATCAATATT
66 CATAAAAAAATTATTTTATTCATATAAATTT-TTCAAAATAAAATAATA-TTAATTTTTAATATT
* * *
16411815 TTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTGTC-AAACTAGTTCAAACAGTTA
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* * * * * * * * * *
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192 AGACTATATGAACAATTATATATTTCAAAT-AGTTATGACATTTTATTTTATTACAAAACAATTC
* * * *
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256 TTTCAGCTCATCTAAGCTTATTTGTAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT
* *
16412008 AAGTGATTTAAAAATAATTTTTTATCGAATC
321 AAGTGATTTAAAAATAATTTTTTACCGAACC
* *
16412039 AGTTCAAATAATTAT-AACTATTTGAACAATTATATAGTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA
1 AGTTCAAATAATTATGAA-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA
* * ** * * * *
16412103 TCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATCTAGAATAAAATAATACTAA--TCTAATAA
65 TCATAAAAAAATTATTT-TATTCATATAAATTTTTC-AAAATAAAATAATATTAATTTTTAAT-A
** *
16412166 TTTTGACCATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTGCAAAACCA-TTACAAATAGT
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* *
16412230 TAAGGCTATATGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATGACATTTTATTTTATTGCAAAACAATT
190 TAAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATGACATTTTATTTTATTACAAAACAATT
**
16412295 -TGTTCAGCTTTTACTAA-CTTATTTAG-AATAAAATAAATA-AAATTTATTAATATTTAAAAAA
255 CT-TTCAGCTCAT-CTAAGCTTATTT-GTAATAAAATAAA-ACAAATTTATTAATATTTAAAAAA
*
16412356 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAATTTTATTAGCCGAGCC
316 TTAATAAGT----GATTT--AAAAATAATTTT-TTA-CCGAACC
* * ** * * * *
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1 AGTTCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTAT
* *
16412465 CATAAAAAAATGT-TTTTGTTCATATAAATTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTTTAATATC
66 CATAAAAAAAT-TATTTTATTCATATAAATTT-TTCAAAATAAAATAATATTAATTTTTAATATT
* * * * *
16412529 TTGAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTGCAAAACTAGCTCAATTAGTTAT
129 TTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTGCAAAACTAGTTCAAATAGTTA-
* * *
16412594 A-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTT
192 AGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATGA-CATTT
16412637 GTTTATCATA
Statistics
Matches: 490, Mismatches: 79, Indels: 50
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
352 8 0.02
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (351 bp):
AGTTCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTAT
CATAAAAAAATTATTTTATTCATATAAATTTTTCAAAATAAAATAATATTAATTTTTAATATTTT
GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTGCAAAACTAGTTCAAATAGTTAAGAC
TATATGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATGACATTTTATTTTATTACAAAACAATTCTTTCA
GCTCATCTAAGCTTATTTGTAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTG
ATTTAAAAATAATTTTTTACCGAACC
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Indices: 16411648--16412665 Score: 640
Period size: 179 Copynumber: 5.7 Consensus size: 176
16411638 TTTAAGAACT
* * * * * * * *
16411648 AGTATGAGATTCAAAAAATAAATCTATTTACCAAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTGCAAACT-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACA
* *
16411713 ATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTCTATCATAAAAAAATTATTTCAT-TT-ATATA
64 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTC-TGTTCATATA
* * * *
16411776 AATTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTATCAATATTTTAAAAATTCATA
128 AATTT-TTCAAAATAAAATAATA-TTAATTTTTAATA-TTTAAAAATTAATA
* * * ** *
16411828 ACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTGTCAAACTAGTTCAAACAGTTA-AGACTACATGAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-ATTTG-CAAACTAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAAC
* *** * * * * * * * * *
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* *** * *
16411957 AGTTTATTTGTAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-
128 AATTT-TTCAAAATAAAATAATATTAATTT-TTAATATTT-AAAAATTAATA
* * * * *
16412006 A-TAAGTGATTT-AAAAAT-AATTTTTTATCGAA-TCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTATTT-GCAAACT-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACA
* * * * * * * *
16412067 ATTATATAGTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAA
64 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCTGTTCATATAA
** * * * ** * **
16412132 GCTTATCTAGAATAAAATAATACTAATCTAATAAT-TTTGACCATTAATA
129 ATTTTTC-AAAATAAAATAATATTAAT-TTTTAATATTTAAAAATTAATA
* * * * *
16412181 ACTAAGAGATTTAAAAAATAAAATTGTTTGCAAAACCA-TTACAAATAGTTA-AGGCTATATGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTATTTGC-AAACTAGTT-CAAATAGTTATA-ACTATTTGAA
* * * *** * * *
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62 CAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCA-TTTGTTTTATCATAAAAAAATTAT-TTCTG-TTCA
* * *
16412306 TACTAACTTATTT-AGAATAAAATAA-ATAAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATA
124 TA-TAAATT-TTTCAAAATAAAATAATAT-TAATTT-TTAATATTT-AAAAATTAATA
* * * * * * *
16412362 AGTAAAAGATTTAAAAAAATAATTTTATTAGCCGAGCCAGTTCAAATAATTATGAA-TATTTGAA
1 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAA-ATTATTTG-CAAACTAGTTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAA
* * ** * * * *
16412426 CGATTATCTATTTTAAATCATTTTTACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATGT-TTT-TGTTCATA
62 CAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAAAAAT-TATTTCTGTTCATA
*
16412489 TAAATTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTTTAATATCTTGAAAATTAATA
126 TAAATTT-TTCAAAATAAAATAATATTAATTTTTAATAT-TTAAAAATTAATA
* * *
16412542 AGTAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTGCAAAACTAGCTCAATTAGTTATAACTATTTGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTGC-AAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACA
* * *
16412607 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
64 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCTGTTCA
16412666 CACAACCTTA
Statistics
Matches: 634, Mismatches: 154, Indels: 101
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTATTTGCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT
TATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCTGTTCATATAAAT
TTTTCAAAATAAAATAATATTAATTTTTAATATTTAAAAATTAATA
Found at i:16413334 original size:180 final size:181
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* * * * * **
16413009 AAATCTGTTTATTGAATAAGTTCAAACAGTTATCAA-TATTTGAACAATTATTTATATCAAATTG
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* * ** * *** *
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* * * *
16413137 TAATATTAATTTATTAATACTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTCAAAAAAT
129 TAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * *
16413190 AAATATGTTTATGGAATAAGTTCAAATAGTAATAACTATTGGAATAA-TAGTCTATTTCAAATCA
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* * * *
16413254 TTATGATCGTTTGTTTCGTCATAAAA-AATT-TCATCAATTCATACATGCTTATTCGAAATAAAA
65 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * * * *
16413317 TAATAATAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGACATTTAAAAAAT
129 TAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * *
16413370 AAA-ATTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATAACAATTTGAATAGTTATCCATTTTAAATCG
1 AAATA-TGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
16413434 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAA
65 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAA
* * *
16413497 ATAAT-ATAAATTTACTAATATTTCAAAGATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAATT
128 ATAATAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * *
16413550 AAATTTGTTT-TCTAA-ACATGTTCAAGTAG-TATGACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATC
1 AAATATGTTTATCGAATA-A-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
16413612 ATTATGACCTTTT-TTCTTATCATAAACCAATTGTTTCTATTCATA-AAGGCTTATT-TAGAATA
64 ATTATGATCTTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAA-GCTTATTCGA-AATA
* * * *
16413674 AAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAGAT
126 AAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* ** * * *
16413730 AAATCTAG-TTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAA-CA
1 AAATAT-GTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
16413793 TTATGATCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTATTCACACAAGTTTACTCAAAATAAGAT
65 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * ***
16413858 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATTGGAGATTTAAAAAAT
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* ** *
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1 AAATATGTTTATCG-AATAAGTTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * ** * *
16413973 GTTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAGAA
64 ATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * ** *
16414038 CAATAATATTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACT
129 TAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * *
16414087 AAATCTGATTA-CTGAACT-AGCTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-
1 AAATATGTTTATC-GAA-TAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * *
16414149 TTGTATGATC-TTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAACTTATTCGAAGTAAA
64 AT-TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* ** * * * *
16414213 ATATTTCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAT
128 ATAATAATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * ** * * **
16414267 AAATGTATTTGCCGAACT-AG-TCAAACAGTTAAAACTATTAAAACAATTATCTA-TTCAAATCA
1 AAATATGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
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65 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAA-TTCATACA-AGCTTATTCGAAATAAA
* * *
16414392 ATAATAA-AATTTTATTAACA-TTCAAAAAAGTAATAAGTAAGGAA-TTTTAAAAAAT
128 ATAATAATAA-TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA--AAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * *
16414447 AAATCTGTTTACCAAATAAGTTTAAACAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCAT
1 AAATATGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * *
16414512 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAAAAG-TTTTTCCAAAATAAGAT
66 TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATT-CGAAATAAAAT
* * * * * ** *
16414576 AATATTACTTTATTAATATTTCAAAATTTGAGAAGTTGAAGATTTAAAAAAG
130 AATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * ** * *
16414628 AAA-ATCAATTTATCGAATCAGTTGAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCGATTTCAAATC
1 AAATAT--GTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* **
16414692 ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCCAATTCGAAATAA
64 ATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
* * *
16414755 AATAGTACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGA-TT-----AT
127 AATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
16414804 ---T-TGTTTATTGAACTAA-TTCAAATAATTGTGACTATTTGAACAATTATATATTTGAAGTCA
1 AAATATGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
16414864 TTATAATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAGTTATTT-ATGTTCATACATGCTTGTTCGAAATAAAA
65 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
16414928 TAAT
129 TAAT
16414932 GTTATCTAAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
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184 4 0.00
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AAATATGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
ATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
Found at i:16413417 original size:18 final size:19
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16413374 TTGTTTACCA
16413384 AACAAGTTTAAATAGTTAT
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*
16413403 AACAA-TTTGAATAGTTAT
1 AACAAGTTTAAATAGTTAT
16413421 CCATTTTAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (19 bp):
AACAAGTTTAAATAGTTAT
Found at i:16413905 original size:360 final size:359
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16413016 TTTATTGAAT
* * * *** **
16413026 AAGTTCAAACAGTTATCAA-TATTTGAACAATTATTTATATCAAATTGCTATGACCTTTTGTTCA
1 AAGTTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
16413090 GTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATA-AAGGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
16413154 TACTT-CAACAATTAATAAGTAAAAGATTCAAAAAATAAATATGTTTATGGAATA-A-GTTCAAA
129 TA-TTCCAAAAATTAATAA-TTAAAGATTTAAAAAATAAATATATTT-TCGAA-ACATGTTCAAA
* * * * *
16413216 TAGTAATAACTATTGGAATAA-TAGTCTATTTCAAATCATTATGATCGTTTGTTTCGTCATAAAA
190 TAGT-ATGACTATTGGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTTTTTGTCATAAAA
* * * * * *
16413280 -AATT-TCATCAATTCATACATGCTTA-TTCGAAATAAAATAATAATAACTTATTAATATTCCAA
252 CAATTGT-TTCTATTCATA-AAGCTTATTTAGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAA
* * *
16413342 AAATTAATGAGTAAGACATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTACCAAAC
315 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCAAAC
* * * * * * *
16413387 AAGTTTAAATAGTTATAACAATTTGAATAGTTATCCATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * *** *
16413452 TCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTACTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * * * * * *
16413516 ATTTCAAAGATTAATAAGTAAAAATTTAAAAATTAAATTTGTTTTCTAAACATGTTCAAGTAGTA
130 ATTCCAAAAATTAATAATTAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTTCGAAACATGTTCAAATAGTA
* *
16413581 TGACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTCTTATCATAAACCAATTGT
195 TGACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTT-TTGTCATAAAACAATTGT
* *
16413646 TTCTATTCATAAAGGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAAT
259 TTCTATTCATAAA-GCTTATTTAGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * *
16413710 AACTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTAG-TTATCGAGC
323 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAAC
* * * * *
16413747 AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAA-CATTATGATCTTTTGCTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
16413811 TCATAAAACAATAGTTTCTATTCACACAAGTTTACTCAAAATAAGATAATACTAATTTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * *
16413876 TTCCAAAAATTAATAAATTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAAATAAGTTCAAATAGTC
131 TTCCAAAAATTAAT-AATTAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTTCGAAACATGTTCAAATAGT-
* * * * **
16413941 ATGTCCT-TTTGAACTATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATT
194 ATG-ACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATT
** * * * * **
16414005 GTTTCTATTCATACAAAATTATTCA-AAATAGAACAATAATATTTTATTAATATTTTGAAAATTA
257 GTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTAGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * **
16414069 ATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTGATTACTGAAC
321 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* * * * * *
16414104 TAGCTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TTGTATGATC-TTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * * * *
16414167 TTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAACTTATTCGAAGTAAAATATTTCTAAATTAATAAT
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
16414232 ATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCG-AAC-TAG-TCAAACA
130 ATTCCAAAAATTAATAATTAA-AGATTTAAAAAATAAATATATTT-TCGAAACAT-GTTCAAATA
** ** * * * *
16414294 GTTAAAACTATTAAAACAATTATCTA-TTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAA
192 G-TATGACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAA
* *
16414358 TTGTTT-AAGTTCATACATA-CTTATTT-GAAATAAAATAATAA-AATTTTATTAACA-TTCAAA
255 TTGTTTCTA-TTCATA-A-AGCTTATTTAGAAATAAAATAATAATAA-TTTATTAATATTTC-AA
* * *
16414418 AAAGTAATAAGTAAGGAA-TTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAT
315 AAATTAATAAGTAA--AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* * * * * * *
16414464 AAGTTTAAACAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
1 AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
16414529 TCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAG-TTTTTCCAAAATAAGATAATATTACTTTATTAA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * *
16414592 TATTTCAAAATTTGAGAAGTTGAAGATTTAAAAAAGAAA-ATCAATTTATCGAATCA-GTTGAAA
129 TATTCCAAAAATTAATAA-TTAAAGATTTAAAAAATAAATAT--ATTT-TCGAAACATGTTCAAA
* * * * *
16414655 TAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCGATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC
190 TAG-TATGACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAAC
* * * * * *
16414720 AATTGTTTTTCA-TCATACAAGC-CAATTCGAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTCAAA
253 AATTGTTTCT-ATTCATA-AAGCTTATTTAGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAA
* ***
16414783 AATTAATAAGTAGAAGA-TT-----AT---T-TGTTTATTGAAC
316 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* * * * * * * *
16414817 TAA-TTCAAATAATTGTGACTATTTGAACAATTATATATTTGAAGTCATTATAATCTTTTGTTTT
1 -AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * * *
16414881 GTTATAAAACAGTTATTTATGTTCATACATGCTTGTTCGAAATAAAATAAT
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
16414932 GTTATCTAAC
Statistics
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0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (359 bp):
AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTCCAAAAATTAATAATTAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTTCGAAACATGTTCAAATAGTAT
GACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
CTATTCATAAAGCTTATTTAGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
Found at i:16414071 original size:540 final size:535
Alignment explanation
Indices: 16413028--16414801 Score: 1732
Period size: 540 Copynumber: 3.3 Consensus size: 535
16413018 TATTGAATAA
* * * * * *** *
16413028 GTTCAAACAGTTATCAATATTTGAACAATTATTTATATCAAATTGCTATGACCTTTTG-TTCAGT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-T
* * * * *
16413092 CATAAAACAATTATTTTTGTTCATA-AAGGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATA
65 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTATTCGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
16413156 CTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTCAAAAAATAAATAT-GTTTATGGAATAAGTTCAAATAGT
129 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATAG-TTATCGAACAAGTTCAAATAGT
* ** * *
16413220 AATAACTATTGGAATAA-TAGTCTATTTCAAATCATTATGATCGTTTGTTTCGTCATAAAAAAT-
193 TATAACTATTAAAATAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTAGTCATAAAAAATG
* *
16413283 TTCATCAATTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAACTTATTAATATTCCAAAAATTA
257 TT--TCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* * * * *
16413348 ATGAGTAAGACATTTAAAAAATAAA-ATTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATAACAATTTG
319 ATAAGTAGGA-ATTTAAAAAATAAATA-TGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACCATTTG
* * * *
16413412 AA-TAGTTATCCATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCA
382 AACTA-TTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
** *** * *
16413476 TACAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-ATAAATTTACTAATATTTCAAAGATTAATAAGTAAAAA
446 TACAAAATTATTCAAAAT-AAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCAAA-ATTAATAAGT-AAGA
* *
16413540 TTTAAAAATTAAATTTGTTTTCTAAACAT
507 TTTAAAAACTAAATCTGTTTTCTAAACAT
* *
16413569 GTTCAAGTAG-TATGACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTCTTAT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TTAT
* * *
16413632 CATAAACCAATTGTTTCTATTCATA-AAGGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAAA
65 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTA-TTCGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
16413695 ATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTAGTTATCGAGCAAGTTCAAATAGT
128 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATAGTTATCGAACAAGTTCAAATAGT
* *
16413760 TATAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAA-CATTATGATCTTTTGCTTT-GTCATAAAACAAT
193 TATAACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTG-TTTAGTCATAAAA-AAT
* * * * * *
16413823 AGTTTCTATTCACACAAGTTTACTCAAAATAAGATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
256 -GTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* * * * * * *
16413888 ATAAATTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCTTTTGA
319 ATAAGTAGGA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGA
* ** *
16413953 ACTATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
383 ACTATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* * *
16414018 CAAAATTATTCAAAATAGAACAATAATATTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--AGATTTA
448 CAAAATTATTCAAAATA-AATAATAATAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGATTTA
* * *
16414081 AAAACTAAATCTGATTACTGAAC-T
511 AAAACTAAATCTGTTTTCTAAACAT
* * * * *
16414105 AGCTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TTGTATGATC-TTTGTTTTT
1 -GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * *
16414168 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAACTTATTCGAAGTAAAATATTTCTAAATTAATAATA
64 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * ** * *
16414233 -TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCGAACTAG-TCAAACAGT
129 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATAGTTATCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * *
16414296 TAAAACTATTAAAACAATTATCTA-TTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT
193 TATAACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTAGTCATAAAA-AA-T
* * * * *
16414360 GTTT-AAGTTCATACATA-CTTATTTGAAATAAAATAATAAAATTTTATTAACATTCAAAAAAGT
256 GTTTCAA-TTCATACA-AGCTTATTCGAAATAAAATAATATAA-TTTATTAATATTCCAAAAATT
* * *
16414423 AATAAGTAAGGAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTTAAACAATTATGACCATTT
318 AATAAGT-AGGAA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACCATTT
* * *
16414488 GAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTTC
381 GAACTATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC
* * * * * *
16414552 ATA-AAAGTTTTTCCAAAATAAGATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAATTTGAGAAGTTGAA
445 ATACAAAATTATT-CAAAATAA-ATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAG-T-AA
** ** * *
16414616 GATTTAAAAAAGAAAATCAATTTATCGAATCA-
505 GATTT-AAAAACTAAATCTGTTT-TCTAAACAT
* * * * * *
16414648 GTTGAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCGATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATC
* ** * *
16414713 ATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCAATTCGAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATAT
66 ATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*
16414777 TTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATT
130 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
16414802 ATTTGTTTAT
Statistics
Matches: 1013, Mismatches: 175, Indels: 88
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
535 12 0.01
536 128 0.13
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538 40 0.04
539 25 0.02
540 365 0.36
541 35 0.03
542 57 0.06
543 84 0.08
544 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (535 bp):
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATC
ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATAGTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
AACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTAGTCATAAAAAATGTTTC
AATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
GGAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAACTATTAT
CTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTA
TTCAAAATAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAACTAAAT
CTGTTTTCTAAACAT
Found at i:16414193 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 16414160--16414198 Score: 53
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16414150 TGTATGATCT
16414160 TTGTTTTTTCATA-AAACAA
1 TTGTTTTTTCATATAAACAA
16414179 TTGTTTCTATTCATATAAAC
1 TTGTTT-T-TTCATATAAAC
16414199 TTATTCGAAG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 3
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
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22 4 0.24
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.05, T:0.49
Consensus pattern (20 bp):
TTGTTTTTTCATATAAACAA
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Indices: 16414212--16414249 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
16414202 TTCGAAGTAA
16414212 AATATTTCT-AAATTAAT
1 AATATTTCTAAAATTAAT
16414229 AATA-TTCTAAAAATTAAT
1 AATATTTCT-AAAATTAAT
16414247 AAT
1 AAT
16414250 TAAGAGATTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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AATATTTCTAAAATTAAT
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Indices: 16415212--16415255 Score: 61
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
16415202 TACTAATTTA
* *
16415212 TTAAAATTTCAACAATTAATAAG
1 TTAAAATTTCAAAAATAAATAAG
*
16415235 TTAAAATTTTAAAAATAAATA
1 TTAAAATTTCAAAAATAAATA
16415256 TGTTTACCAA
Statistics
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0.86 0.14 0.00
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Consensus pattern (23 bp):
TTAAAATTTCAAAAATAAATAAG
Found at i:16415557 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 16415126--16417329 Score: 1414
Period size: 180 Copynumber: 12.2 Consensus size: 180
16415116 ATTAAACTAG
* * * ** * *
16415126 TTTAAA-TAGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGAATATCTTCATACAAGCTTA-TT
1 TTTAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTT
* * * * *
16415189 CAAATTAAAATAATACTAATTTATTAAAATT-TCAACAATTAATAAGTTAAAATTTTAAAAATAA
65 CAAA-TAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAA
* * * *
16415253 ATATGTTTACCAAA-ATAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTAT
128 ATATGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *** * **
16415306 TTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTAAT-CTAAAATTA-TT
1 TTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC-AAGCTTATTT
** * * * *
16415369 CAAAATAAAATAATTCTAAGCTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAAATTTATAAAATGA
65 C-AAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAA
* * ** * *
16415434 ATCTGTTTACCGAACAAGTTTTAATAATTATGACTATTTGAAC-ATTAGCTAT
128 ATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * ** *
16415486 TTGAAATTGCTATAACCTGTTGTCTTGTCATAAAATGATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC
1 TTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC
* * * * *
16415551 AAATAAAATAA-TATAGATTAATTAATA-T-GAAGATGATTAATAAGTAAAAGATTTAACAAATA
66 AAATAAAATAATTCTA-ATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATA
* ** *
16415613 AATATGCTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
127 AATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
16415667 TTTAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTG
1 TTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC
* * * * * *
16415732 GATTAAAATAACAT-TAATTTCTTAATATTTCTACAAA-TAATAAGTAAAAAATTAAAAAAT--A
66 AAATAAAATAA-TTCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA
* * *
16415793 TATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTAT
129 TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * ** * * *
16415845 TTTAAATCACTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAACAGTTTTCGTTCATATAAGCTTATTTG
1 TTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC
* * * * *
16415910 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGAGTAAGAGAA-TTAAAAAATGAA
66 AAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAA
* * *
16415974 TCTGTTTACCGAATATA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
129 TATGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
16416026 TTCTAAA-CATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACGATTGGTTTTGTTCA-AGCAAGCTTATT
1 TT-TAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-CAAGCTTATT
* * * *
16416089 TCAAATAAAATAATT-AAATTAATTAATATTCAAAAAATTAATAACTAAAAATTTAAAAAATAAA
64 TCAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA
* * * *
16416153 TATGTTTTCTAAACACGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
129 TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * * * * * *
16416205 TTCAGTTTATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAACCAGTTGTTTCTATTCGTAAAAGCTTATTTG
1 TTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC
* * * ** * *
16416270 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTGTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTTAAAAA-AAAT
66 AAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * * * *
16416334 TTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCT-TGTCCATTTTAGCTATTGTCTAT
130 ATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * * **
16416385 TTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAAAACTGTTTCTATTCATGA-AAAATTA-TT
1 TTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT-ACAAGCTTATTT
* * ** * * *
16416448 CAGATTAAAATAATAT-TGACGTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAA
65 CA-AATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * **
16416509 ATCTTTTTTCTGAAA-TAGTTTAACTAGTTTTGACTATTTGAAGGATTATCTAT
128 ATATGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * **
16416562 CTTAAAATGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTCCTT-TTCATATGAGCTTATTT
1 TTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTTGTTCATACAAGCTTATTT
* * * * * * *
16416625 GAATTAAAACAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
65 CAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAA
* * ** * * ** * *
16416690 TGTGTTTGCTGAACTAGTTCGAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTAT
129 TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * ** *
16416742 TTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAATTCATAGAAGCTTA-TTC
1 TTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC
* * * * * *
16416806 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAGTAA
66 -AAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAA-TAA
* * ** * * * * ** *
16416871 ATCTATTTATTGAAA-AAGTTTAAAAAGATT-TGACTTTTTAAATGATCATTCTAACT
128 ATATGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTA-TCT-A-T
* * * ** * *
16416927 ATTTAAAGTTGTTATGAGCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAATCTTATT
1 -TTTAAA-TTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
* * * * * * * * *
16416992 TGAATTAAAATAATGCTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAAAGATTCAAAAACTAA
64 TCAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAAT-A
*** * * * *
16417057 AACTAT-TTTTTGAACCAA-TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAAATATCAAT
127 AA-TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * * *
16417110 CTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTCTCATATAACAATTATTTCTGATCAT-CTAAGCTTA-TT
1 TTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC-AAGCTTATTT
** * * * * *
16417172 CGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAAT-AG--GAGATTTAAAAAATAAA
65 CAAAT-AAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
16417234 TGTGCTTGCTAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATGTAT
129 TATGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * *
16417286 TTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTT
1 TTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
16417330 ATTTGAAATA
Statistics
Matches: 1566, Mismatches: 387, Indels: 145
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 8 0.01
176 129 0.08
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178 138 0.09
179 139 0.09
180 523 0.33
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188 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTTAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC
AAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATA
TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:16417857 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 16417488--16418189 Score: 545
Period size: 181 Copynumber: 3.9 Consensus size: 178
16417478 CATACAAGCA
** * * * * *
16417488 TATTTGAAATAGGATAAAACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAA
1 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATATA-AAA
* * * * * *
16417553 ATAATTATATTTACCGAA-CTGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACC
64 ATAAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * *
16417617 ATTATTACATTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTAAGA-TAAGTT
129 GTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAA-CAATTGGTTTTATTCATACT-AGTT
* * * *
16417668 TGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATTAGTAAGAGACATAAAAA
1 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATATAAAAA
* * * *
16417733 GTAAATATGTTTACCAAACCATTTCAAATAATTTTTACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
65 -TAAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
* *
16417798 GTTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATACTATTT
129 GTTATAACCTTTTATTTTGTCAT-AAACAATTGGTTTTATTCATACTAGTT
* * ** *
16417849 TATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTCTAAAACTTAATAACCAAGA-AAATTAAAA
1 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATA-TAAAA
* * * ** * * * * ** *
16417913 ACTAAATCTAATTGCTGAATCAGTTCAAATAGTTA-AGAATATATGAATGGTTATCTATTTTAAA
64 A-TAAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * ** * *
16417977 TCGTTATGACCTTTTCTTTTGTTGTAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCT
127 TCGTTATAACCTTTTATTTTGTCAT-AAACAATTGGTTTTATTCATACTAGTT
* * * *
16418029 TATTCCG-ATTAAAATAATAGTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
1 TATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATAT-AAA
* * * ** * * * *
16418093 AATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATGGTTA-AGACCATTTGAACAATCATCTATTTGAAA
63 AATAAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * * * * *
16418157 TTGTTTTGACATTTTATTTAGTTATGAAACAAT
127 TCGTTATAACCTTTTATTTTGTCAT-AAACAAT
16418190 AGCTTAAGTT
Statistics
Matches: 417, Mismatches: 94, Indels: 22
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 4 0.01
180 199 0.48
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182 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATATAAAAAT
AAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
TATAACCTTTTATTTTGTCATAAACAATTGGTTTTATTCATACTAGTT
Found at i:16418093 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 16417477--16418284 Score: 527
Period size: 181 Copynumber: 4.5 Consensus size: 181
16417467 TTATTTCAGC
* * ** * *
16417477 TCATACAAGCATATTTGAAATAGGATAA-AACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTTATAAGTA
1 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAA-TAATTTAATAATATTT-TAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * * *
16417540 AGAGATTTAGAAAATAATTATATTTACCGAA-CTGTTTAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATT
64 AGAGAATTAAAAAATAAATATAATTACCAAACCAGTTCAAATAATTA-AGAATATATGAATAATT
* * * * * * * * *
16417603 ATCTATTTCAAACCATTATTACATTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGT
128 ATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTAT
* * * * * * * * * *
16417657 TAAGATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATTAGTAAG
1 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG
* ** * *** * *
16417722 AGACA-TAAAAAGTAAATATGTTTACCAAACCATTTCAAATAATTTTTACTATTTGAATAATTAT
66 AGA-ATTAAAAAATAAATATAATTACCAAACCAGTTCAAATAATTAAGAATATATGAATAATTAT
*
16417786 CTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTAT
130 CTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTAT
* ** * * * **
16417838 TCATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTCTAAAACTTAATAACCAAG
1 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * ** * * **
16417903 AAAATTAAAAACTAAATCTAATTGCTGAATCAGTTCAAATAGTTAAGAATATATGAATGGTTATC
66 AGAATTAAAAAATAAATATAATTACCAAACCAGTTCAAATAATTAAGAATATATGAATAATTATC
* * * ** *
16417968 TATTTTAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTTGTAAAACAATT-GTTTTAT
131 TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTAT
* *
16418018 TCATACAAGCTTATTCCG-ATTAAAATAATAGTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
1 TCATACAAGCTTATT-CGAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
* * ** * ** ** * * *
16418082 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATGGTTAAGACCATTTGAACAATCAT
65 GAGAATTAAAAAATAAATATAATTACCAAACCAGTTCAAATAATTAAGAATATATGAATAATTAT
* * * * * * * * * * *
16418147 CTATTTGAAATTGTTTTGACATTTTATTTAGTTATGAAACAATAGCTT-AAGT
130 CTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA-T
* * * * *** * * *
16418199 TCACACAAGCTTATT-TAGAATAAATTAATAATAATTTATTTGCATTCTAAAAATTAATGAGAAA
1 TCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
*
16418263 GAGATTTAAAAAAAATAAATAT
65 GAGAATT--AAAAAATAAATAT
16418285 GTTTACCATT
Statistics
Matches: 491, Mismatches: 124, Indels: 23
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 215 0.44
181 264 0.54
183 12 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG
AGAATTAAAAAATAAATATAATTACCAAACCAGTTCAAATAATTAAGAATATATGAATAATTATC
TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTAT
Found at i:16418429 original size:159 final size:158
Alignment explanation
Indices: 16418130--16418434 Score: 355
Period size: 159 Copynumber: 1.9 Consensus size: 158
16418120 AATGGTTAAG
* * * * *
16418130 ACCATTTGAACAATCATCTATTTGAAATTGTTTTGACATTTTATTTAGTTATGAAACAATAGCTT
1 ACCATTTGAACAATCATCTATTTAAAATTGTTATAACATTTTATTTAGTCATAAAACAATAGCTT
** * ** **
16418195 AAGTTCACACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATAATAATTTATTTGCATTCTAAAAATTAATGAG
66 AAGTTCACACAAGCTTAGATAGAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTCT-AAAATTAACAAG
*
16418260 AAAGAGATTTAAAAAAAATAAATATGTTT
130 AAAGAAATTTAAAAAAAATAAATATGTTT
* * * *
16418289 ACCATTTGAACAA-CTGTCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTT-GTCATAAAACAATTGT
1 ACCATTTGAACAATC-ATCTATTTAAAATTGTTATAACATTTT-ATTTAGTCATAAAACAATAGC
* * *
16418352 TTAAGTTCATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCCT-AAATTAAC
64 TTAAGTTCACACAAGCTTAGATAGAATAAAATAATAATAATTTATTAACA-TT-CTAAAATTAAC
*
16418416 AAGCAAGAAATTTAAAAAA
127 AAGAAAGAAATTTAAAAAA
16418435 TAAATTTATT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 21, Indels: 8
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
158 1 0.01
159 112 0.93
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161 2 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (158 bp):
ACCATTTGAACAATCATCTATTTAAAATTGTTATAACATTTTATTTAGTCATAAAACAATAGCTT
AAGTTCACACAAGCTTAGATAGAATAAAATAATAATAATTTATTAACATTCTAAAATTAACAAGA
AAGAAATTTAAAAAAAATAAATATGTTT
Found at i:16418595 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 16418292--16419997 Score: 982
Period size: 181 Copynumber: 9.5 Consensus size: 179
16418282 TATGTTTACC
* * ** * * **
16418292 ATTTGAACAACT-GTCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTAA
1 ATTTGAACAATTAG-CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTTT
* ** * ** *
16418356 GTTCATACAAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCCTAAATTAACAAGC
64 GTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC
* * * * * * *
16418420 AAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAATCAACTAAAATAATTTTGGCC
128 AAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAATCAATTCAAATAGTTATGACT
** * *
16418473 ATTTGAATGATTAGCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTATTGTCATAAAATAATTATTTTTG
1 ATTTGAACAATTAGCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TTGTCATAAAACAATTATTTTTG
* * * *
16418538 TTCATACAAGCTTATTCATAATAAAAGAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
65 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA
* * * **
16418603 GAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCGGTTCAAATAGTTATGACT
130 GAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAATCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * *
16418654 ATTTGAACAATTATC-GTTTCAAATCGTTAAGATCTTCGTTTTATTGT--T-AAACAATTATTTC
1 ATTTGAACAATTAGCTATTTCAAATCATTATGACCTT--TTGT-TTGTCATAAAACAATTATTTT
* * *** *
16418715 TGATCATAGAAGCTTATTC-GGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-
63 TGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * **
16418778 -TAG--ATTTAAAAAATAATTTTATTTGCTAAACCTATTCAAATAGTTAAAACT
127 CAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-AAATCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
16418829 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-TATT-TGTTT
1 ATTTGAACAATTAGCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTAT-TTT
** * ** **** *
16418891 CATATCTTACATTCTTATTTGGCATAAAATAAT-CTAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATA
63 TGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* ** *
16418954 AGCAA-AAGATTTGAACAAATAAATCCGTTTACTAAA-CAAATTCAAATAGTTAT-AAT
125 AGCAAGAA-ATTT-AAAAAATAAATCTATTTAC-AAATC-AATTCAAATAGTTATGACT
** * *
16419010 AATTTGAACAATTAATTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTTA
1 -ATTTGAACAATTAGCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTT-
* * * * *
16419075 T-TTCATAAAAGCTTATCCAAAATAATATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAAC
63 TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC
* * * ** *
16419139 AAG-AGTTTAAAAAAAATAAATTTTTTTACTGATCAAATTCAAATAGTTAAGACT
128 AAGAAATTT--AAAAAATAAATCTATTTACAAATC-AATTCAAATAGTTATGACT
* ** * * * **
16419193 ATTTGAACAATT-GTTTATTGAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCA
1 ATTTGAACAATTAG-CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTTT
* * * **
16419257 ATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAAA-TAATAATT
64 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGC
** * * * * * * * *
16419321 AAGTGATTTAAAAAGTGAACCTGTTTACCAAATTAATTCAAATAATTATGGCC
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* * * * *** * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * **
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* * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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*** **
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* * * * * * * *
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*
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* * * * * *
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* * * **
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** * * * *
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* * * * * *
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* *
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*
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* ** ** * * * *
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** *
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*
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* * *
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*
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** *
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* ** * *
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* * * * * *
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* ** * **
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* * ** **
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* * * *
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* * * * ** *
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*
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* * * * *
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** ** * * *
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* * *
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** * **
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* * * *** ** *
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* *
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* *
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* * *
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* * * *
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* ** * *
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* * *
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AATGATTGGGACAACACCA
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* * **
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* * * * *
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* ** * * * ** * * *
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* *
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* * * * ** **
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* * *
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** * ** * * * **
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* * * *
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* * **
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* *
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* ** **
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* * * ***
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*
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* *
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* **
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** * * ** *
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* * *
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* * * *
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** ** * * * *
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* *
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* * * * *
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* *
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* *
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* * *
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* *
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*
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* ** * *
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*
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* *
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1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT AT
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* * * *
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*
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* * *
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1 TTT
16506311 CTTTAAACAA
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*
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*
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*
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*
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* *
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* *
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*
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*
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*
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* *
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* * *
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* * * *
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** * *
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* * * * *
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* * *
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*
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* * * *
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*
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*
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* * * * *
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* *
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* * *
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*
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AAAAAAAC
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16518340 TAAAAAATTA
*
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*
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* * *
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* *
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1 CCTCTGATTAGAGGAGCTTTG
16518502 ATCAAATCTT
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Found at i:16518713 original size:11 final size:11
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Indices: 16518675--16518724 Score: 55
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*
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1 TT
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TTTTATTTTTA
Done.