Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168026.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_28, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15507587
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Warning! 97000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 91
Found at i:459 original size:176 final size:179
Alignment explanation
Indices: 86--761 Score: 512
Period size: 180 Copynumber: 3.8 Consensus size: 179
76 GCTTAGATGG
* * ** * *
86 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAG-AATTTAAAAGATAAATC
* * * * * * *** * * * *
151 TATTTACC-GACTTAGTTAAAATAATTATGCCCAATTGAATGATTATCTATTTTAAATCGTTATG
64 TGTCTACCAAAC-CAGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * **
215 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATTATACAAGTTTATTCAA
128 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAACTTATTCAA
*
267 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AG-ATTTAAGAA-ATAAATCT
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAATTTAA-AAGATAAATCT
* * ** * *
329 GTCTATCAAACCATTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTAT-TATTCTCAAATCGTTAAGA
65 GTCTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAATAATTATCTATT-TCAAATCGTTATGA
* **
393 -TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATAGAAACTTATT-TG
129 CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAACTTATTCAA
* *
442 ATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAGATAAAT
1 AAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGA-ATTTAAAAGATAAAT
* * * ** *
507 GTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTG
63 CTGTCTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * *
572 ACCTTTTGTTTAGTCA-AAAATATTTGTTTCAT-ATCTTACAAGCTTATTTAG
128 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-TGATCATACAAACTTATTCAA
* * * * * * * * *
623 AATAAAATAATTCAAAATTAATAACATTAT-GAAAATCAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAAAAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAG-AAGA-ATTT-AAAAGATAAA
* ** * * ** * * * *
687 TCT-T-TATCAAATAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTAT
62 TCTGTCTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
*
750 GACCTTTTGTTT
127 GACTTTTTGTTT
762 ATTTAAAATA
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 78, Indels: 32
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 82 0.20
177 54 0.13
178 6 0.01
179 60 0.15
180 127 0.32
181 71 0.18
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAATTTAAAAGATAAATCTG
TCTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACT
TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAACTTATTCAA
Found at i:1394 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 860--1430 Score: 598
Period size: 181 Copynumber: 3.1 Consensus size: 181
850 AGTTATGGCC
* * * *
860 TTTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCC-AAATAAAATAAAACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-AAGATTA-TCCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * *
924 ATTTATTAATATTACAAAAACTAATAACTAAGTGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTATTGAATTAG
64 ATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATTAG
* * *
989 TTCAAATAATCATGTCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACA
129 TTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACA
* * * * *
1041 TTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAA-ATTATTCAAAATAAAAAAATATTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT--AAAGATTATCCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * **
1105 TTTTATTAACA-TTCTAAAAATTAATAAGCAATAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAA
64 ATTTATTAATATTTC-AAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATTA
* ** * *
1169 GTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACATTTATCTATTTAAAATCATTATGAAC-
128 GTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACA
* *
1222 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTGT-A-AAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTAC
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATAAAGATTATCCAAAATAAAATAATACTAA
* * * *
1285 TTTATTAATATTTCAAAAAAGTAATAAGTACGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAATTAG
65 TTTATTAATATTTC-AAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATTAG
* * * * * * * *
1350 ATCAAATAATTATGGCCATCTGGACAATTATATATTTCAAATCATTATTACCT
129 TTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACA
*
1403 TTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 TTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1431 TCCAACATAC
Statistics
Matches: 318, Mismatches: 62, Indels: 19
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 3 0.01
179 29 0.09
180 89 0.28
181 169 0.53
182 27 0.08
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAGATTATCCAAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATTAGTT
CAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACA
Found at i:1494 original size:65 final size:69
Alignment explanation
Indices: 1388--1525 Score: 239
Period size: 65 Copynumber: 2.1 Consensus size: 69
1378 TATATATTTC
1388 AAATCATTATTACCTTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCCAACATACAAGCTTA-TT-A
1 AAATCATTATTACCTTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCCAACATACAAGCTTATTTGA
1451 AATA
66 AATA
*
1455 AAATCATTATTACC-TTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCCAACATACAAGCTTATTTGA
1 AAATCATTATTACCTTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCCAACATACAAGCTTATTTGA
1518 AATA
66 AATA
1522 AAAT
1 AAAT
1526 GATACTAATT
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 1, Indels: 4
0.93 0.01 0.05
Matches are distributed among these distances:
65 39 0.57
66 6 0.09
67 23 0.34
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.06, T:0.41
Consensus pattern (69 bp):
AAATCATTATTACCTTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCCAACATACAAGCTTATTTGA
AATA
Found at i:2824 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 2675--2884 Score: 280
Period size: 106 Copynumber: 2.0 Consensus size: 106
2665 AGCTTATTCA
* ** * * *
2675 AATTAAAATATTACTTATTTATTAATATTTCAAAAAGTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAAGAAAT
* * *
2740 CTGTTTACTAAACT-AGTTCGAATAGTTATGACTATTTGAAC
66 CTATTTACCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* *
2781 AATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAATAATTCATAAGTAAAAGACTTAAAAAAGAAA
1 AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAA-AAGTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAAGAAA
*
2845 TCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGA
65 TCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
2885 GCAGTTATTT
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 12, Indels: 4
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
105 7 0.08
106 83 0.92
ACGTcount: A:0.48, C:0.08, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (106 bp):
AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAAGAAAT
CTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
Found at i:3086 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 2784--5027 Score: 1253
Period size: 181 Copynumber: 12.4 Consensus size: 181
2774 TTTGAACAAT
* * * * *
2784 TAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAATAATTCATAAGTAAAAGACTTAAAAAAGAAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCT
* * * * * * * *
2848 ATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAGCAGTTATTTAATTCAAATCATTATGAC
65 ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* *
2913 TTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTTGGAT
130 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTTGGAA
* * * * *
2965 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAGTAAGTAAAATATTTTAAAAATAAATATA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTA
* * * * * *
3030 TTTATCGAATAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC
66 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT
* * * *** * *
3095 TTTTGTTTCGTCAAAAAATAATTGTATCAGC-TCATA-AAGCCTTATTCGAAA
131 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTTCTTCATACAAG-CTTATTTGGAA
* * * * * * *
3146 TAAAATAATACTAATTGAATAATATTCCAAAAATTATTGAGTAAGAGA-TTTAAAATATGAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAA-ATAAATCT
* * * * *
3210 ATTTAACGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTAATTGAACAATCATCTATGTT-AAATCGTTATGA
65 ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGA
* * * * * * * **
3274 CATTTTGCTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTTATA-AATGCTTA-TTCCAA
129 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAA-GCTTATTTGGAA
* * *
3326 AAGAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAA-ATTTAAAAAACAAAT
1 TA-AAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTTAAAAATAAAT
* * * * * * * *
3388 TTATTTTTTGAACACGTCCAAATAGTTATGACTATTTGGATAATTATCTATTTCAAAT-AGTCAT
63 CTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT
* * * * *
3452 GA-TATTTTGTTTTATCATAAACCTATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
127 GACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTTGGAA
* * *
3507 TAAAATGATACTAATTTATTAATA-TT-AAAAACCTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT-T
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCT
* * * * * * *
3569 GTTTA-CCAAGAAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATG
65 ATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATG
* * * * * *
3632 A-TCTTTTGTTTTGTGATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTTGGAA
128 ACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTTGGAA
* * ** * *
3686 TAAAA-AATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCT
* * * * * *
3749 TTTTATCAAACAAGTTCTAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
65 ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * ** ***
3814 CTTTT-TTTTGTCCTAAAACAATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATTCAAAA
130 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTTGGAA
* * * *
3865 TAAAATAATATTGATATATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGA-TTTAAAAACTAAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-TAAATCT
* * * *
3925 GTTT-GCCAA-AACTGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCGTTAT
65 ATTTATCGAACAA--GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTAT
* ** * * * * *
3987 -AATCATTATTTTATCTTAAAACAATTGTTTCTTC-TCATACAACCTTATTTGGAT
127 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTCTTCATACAAGCTTATTTGGAA
* * * * * * *
4041 TAAAATAATAATAATTTAATAAAATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGA-ATTAAAAACTAAATAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-TAAATCT
* * * * * ** * ** *
4105 GTTTGTTGAATC-ATTTCAAATACTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAATTGTTCTG
65 ATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATG
* * * ** * * **
4169 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTAATATAAGCTTATTCAGAA
128 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTTGGAA
* * * * * *
4223 TAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAGCAACATATTTAAAAAATAAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCT
* * * * * * * *
4287 ATTTACCAAACAAGTTGAAATAGATT-TGACTATTTAAACAATTATCTACTT-AAAGCCCTGAAT
65 ATTTATCGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCAT-TAT
* * * * * * * **
4350 -AATTATCTATTTAAAGCCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAT-ATGTTTTAGTTCATA
127 GACTT-TTTGTTT--TGTCA-TA-AAACAATTGTTTT-TC-T------TCA-----TA---C--A
***
4413 AGACTTATTCAAAA
169 AG-CTTATTTGGAA
*** * *
4427 TAAAATAATACTACCCTATTAACATTTCAAAAATTAATAAG----AGA-TTAAAAAACTAAAGT-
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAA-TAAA-TC
* * * * * * * * * * **
4486 TGTTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTGTAAATATTTGAACAAATAT-TAATCTAAAATTGTTATG
64 TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATG
* * *
4550 A-TCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTT-TATCATACAAGCTTATTTAG-A
128 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCT-TCATACAAGCTTATTTGGAA
* * *
4602 TAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TT-AAAACCATTAATAACT----GATTTAAAAAATAAAT
1 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA--ATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAAT
* * * ** * * * *
4661 GTGTTTA-CTGAAGCAA-TTCAAATAGTTAAGAAAATTAGAAGAATTATTTATTTCAAATCATTC
63 CTATTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * *** * * **
4724 TGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTTCATGCAAGCTTACTCAGAA
126 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTTGGAA
* ** * ** * * *
4780 TAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCATGAGGTTTCAAAAAATAAATGT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAAATAAATCT
* * * * * *
4845 GTCTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGAC
65 ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * ** * * ****
4910 CTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTAATTCA-AGAAAACTTATCCAAAA
130 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTTCATA-CAAGCTTATTTGGAA
* * *
4962 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCAA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTA
5023 TTTAT
66 TTTAT
5028 TTCAACAATT
Statistics
Matches: 1586, Mismatches: 371, Indels: 216
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 6 0.00
175 18 0.01
176 203 0.13
177 98 0.06
178 35 0.02
179 179 0.11
180 277 0.17
181 345 0.22
182 265 0.17
183 9 0.01
184 4 0.00
185 2 0.00
186 10 0.01
187 1 0.00
188 1 0.00
191 1 0.00
193 2 0.00
194 10 0.01
195 2 0.00
196 2 0.00
198 7 0.00
199 14 0.01
200 42 0.03
201 4 0.00
203 3 0.00
204 43 0.03
205 3 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTA
TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTTGGAA
Found at i:4936 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 4345--5019 Score: 646
Period size: 182 Copynumber: 3.8 Consensus size: 179
4335 CTTAAAGCCC
* * **
4345 TGAATAATTATCTATTTAAAGCCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-AATATGTTTTAGTT
1 TGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT-TGTTTTAGTT
*** **
4409 CAT--AAGACTTATTCAAAATAAAATAATACTACCCTATTAACATTTCAAAAATTAATAAG-A-G
65 CATGCAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCATG
** * *
4470 A-TTAAAAAACTAAA-GTTGTTTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTGTAAATATT
129 ATTTAAAAAA-TAAATG-TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAAATATT
* * * ** * * *
4521 TGAACAAATATTAATCTAAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTT-TTAT
1 TGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGT-T
* * * * * **
4584 CATACAAGCTTATT-TAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTAAAACCATTAATAA-C-TG
65 CATGCAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCATG
*
4646 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAAGCAA-TTCAAATAGTTA-AGAAAATT
129 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATA-AATATT
* * ** * * * * *
4697 AGAAGAATTATTTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTG-TTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTT
1 TGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTAGTT
* *
4761 CATGCAAGCTTACTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCATGA
65 CATGCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCATGA
* * *
4826 GGTTTCAAAAAATAAATGTGTCTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
130 --TTT-AAAAAATAAATGTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAAATATT
* *
4879 TGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTAATTC
1 TGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTC
* * * * * * **
4944 AAGAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A-GAT
66 ATGCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCATGAT
5007 TTAAAAAATAAAT
131 TTAAAAAATAAAT
5020 CAATTTATTT
Statistics
Matches: 399, Mismatches: 77, Indels: 45
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 30 0.08
176 117 0.29
177 92 0.23
178 7 0.02
179 3 0.01
180 2 0.01
181 7 0.02
182 135 0.34
183 5 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (179 bp):
TGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTC
ATGCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCATGAT
TTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAAATATT
Found at i:5086 original size:150 final size:153
Alignment explanation
Indices: 4875--5179 Score: 350
Period size: 150 Copynumber: 2.0 Consensus size: 153
4865 TAGTTATAAC
* * *
4875 TATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTA
1 TATTTCAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTGATAATAAAACAATTGTTTTA
*
4940 -ATTCA-AGAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATT-A-A-T
66 TA-TCATA-AAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGT
*
5000 AAGAGATTTAAAAAATAAATCAATT
129 AAGAGATCTAAAAAATAAATCAATT
* * * * * * * * * *
5025 TATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTATCTTTTGTTTGGTAATATAACAGTTGTTTTT
1 TATTTCAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTGATAATAAAACAATTGTTTTA
* ** * * * *
5090 TATCATACAAGTTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAGTAA
66 TATCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAA
*
5155 GAGATCTAAAAAATAAATCCATT
131 GAGATCTAAAAAATAAATCAATT
5178 TA
1 TA
5180 CTGAACCAGT
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 23, Indels: 7
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
150 97 0.76
151 3 0.02
152 1 0.01
153 26 0.20
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.06, T:0.41
Consensus pattern (153 bp):
TATTTCAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTGATAATAAAACAATTGTTTTA
TATCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAA
GAGATCTAAAAAATAAATCAATT
Found at i:5351 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 4702--5329 Score: 732
Period size: 332 Copynumber: 1.9 Consensus size: 331
4692 AAATTAGAAG
* * * * *
4702 AATTATTTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTTCATGCA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTAATATAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * *
4767 AGCTTACTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCATGAGGTTTC
66 AGCTTACTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATCTC
*** *
4832 AAAAAATAAATGTGTCTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCAATTTA
131 AAAAAATAAATCCATCTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT-AATATA
* * * *
4897 AAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTAATTCAAGAAAACTTATCCAAAA
195 AAATCATTATAACCTTTTATTCTATCATAAAAAAATTATTTTAATTCAAGAAAACTTATCCAAAA
* *
4962 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA
260 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA
5027 TTTCAAC
325 TTTCAAC
* * * * * **
5034 AATTATCTATTTCAAATCGTTATTATCTTTTGTTTGGTAATATAACAGTTGTTT-TTTATCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTAATATAACAATTGTTTCAGT-TCATAC
* * * ** *
5098 AAGTTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAATC-TTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATC
65 AAGCTTACTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CATTAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATC
* * * * * * *
5161 T-AAAAAATAAATCCATTTACTGAACCAGTTTAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTGT-ATAT
129 TCAAAAAATAAATCCATCTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATAATAT
* ** * * * *
5224 CAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAAAAATTATTTCT-GTTCATA-CAAGCTTATTCA
194 AAAATCATTATAACCTTTTATTCTATCATAAAAAAATTATTT-TAATTCA-AGAAAACTTATCCA
*
5287 AAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTTC-AAAATTAATAA
257 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTCAAAAATTAATAA
5330 TTACGAGATT
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 46, Indels: 14
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
328 86 0.35
329 6 0.02
330 48 0.20
331 9 0.04
332 95 0.39
333 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (331 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTAATATAACAATTGTTTCAGTTCATACA
AGCTTACTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATCTC
AAAAAATAAATCCATCTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATAATATAA
AATCATTATAACCTTTTATTCTATCATAAAAAAATTATTTTAATTCAAGAAAACTTATCCAAAAT
AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTAT
TTCAAC
Found at i:5530 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 5025--5618 Score: 560
Period size: 178 Copynumber: 3.3 Consensus size: 181
5015 TAAATCAATT
* * ** * * * * * * * *
5025 TATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTATCTTTTGTTTGGTAATATAACAGTTGTTT-T
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACGACCTTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTATTTCA
* * * * * * * *
5089 TTATCATACAAGTTTATTCAGAATAAATTAATACT-AATTTATTAATCTTTCAAAAATTAAT-AG
66 AT-TCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAA-AATGAATTTATAAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * *
5152 TAAGAGATCTAAAAAATAAATCCATTTACTGAACCAGTTTAAGTAGTTATGAC
129 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
* * ** * * * * *
5205 TATTTGAACAA-T-TGTATATCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAAAAATTATTTCT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACGACCTTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTATTTCA
* * * * *
5268 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTA-ATAATATTTTC-AAAATTAATAAT
66 ATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAAAATGAATTTATA-AATA-TTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
5331 TACGAGATTTAGAAAATAAAT-TTTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGAC
129 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
5383 TATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTTTTTTC
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACGACCTTTTGTTTTGTTATAAAA-AAATTATTTC
* * *
5448 AATTCATACTAGCTTAGT-AGGAATTAAATAAAATGAATTTATAAATATTTCAAAAATTAATAAG
65 AATTCATACAAGCTTAGTCA-AAATAAAATAAAATGAATTTATAAATATTTCAAAAATTAATAAG
* *
5512 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCT-AACCAGATCAAATAATTATGAC
129 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
* *
5565 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTACGACCTTTTGTTTGGTTATAAAA
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACGACCTTTTGTTTTGTTATAAAA
5619 CAAAAGTTTT
Statistics
Matches: 334, Mismatches: 67, Indels: 24
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 111 0.33
179 27 0.08
180 47 0.14
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182 74 0.22
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACGACCTTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTATTTCA
ATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAAAATGAATTTATAAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
Found at i:5603 original size:690 final size:674
Alignment explanation
Indices: 4583--6424 Score: 1675
Period size: 690 Copynumber: 2.7 Consensus size: 674
4573 TTGTTTTTTA
* * ** * * *
4583 TCATACAAGCTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TT-AAAACCATTAATAACTG
1 TCATACAAGCTTATTAAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTAATAATTACAG
* * ** * *
4646 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAAGC-AATTCAAATAGTTAAGAAAATTAGAAGAATTATTT
65 ATTT-AAAAATAAAT-TTTTTACTGAA-CTAGTTCAAATAGTTAAGACTATT-GAACAATTATCT
* * * *
4710 ATTTCAAATCATT-CTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTTCATGCAAGCTTAC
126 ATTTCAAATCATTAC-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATGCAAGCTTAC
* * * * * *
4774 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCATGAGGTTTCAAAAAAT
190 T-AGAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT
* * * * * * * *
4839 AAATGTGTCTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCAT
252 AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTAT
* * * ** *
4904 TATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTAATTCAAGAAAACTTATCCAAAATAAAATA
317 TATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAATAAAA-TTATTTAGAATAAAATA
* *
4969 ATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATTTCAAC
380 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA-GT--A-
* * * * * * *
5034 AATTATCTATTTCAAATCGTTATTA-TCTTTTGTT-TGGTAATATAACAGTTGTTT-TTTATCAT
441 AA--A--TAGTTCAAATAGTTATGACT-TTTTGTTAT-GTAATAAAACAATAGTTTCTAT-TCAT
* * * * *
5096 ACAAGTTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGAT
499 ACAAGTATATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGAT
* ** * * * * *
5160 CTAAAAAATAAATCCATTTACTGAACCAGTTTAAGTAGTTATGACTATTTGAACAA-T-TGTATA
564 -TAAAAAATAAATACATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATA
** *
5223 TCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAAAAATTATTTCT-GT
628 TCAAATCATTATAACCTTTTATTCTATAATAAAAAAATTATTT-TAGT
*
5270 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTTCAAAATTAATAATTACG
1 TCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTCAAAATTAATAATTAC-
* *
5335 AGATTTAGAAAATAAATTTTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCT
63 AGATTTA-AAAATAAATTTTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TGAACAATTATCT
** * * * * *
5400 ATTTCAAATTGTTACGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTTTTTTCAATTCATACTAGCTTAG
126 ATTTCAAATCATTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTATTTCAATTCATGCAAGCTTAC
* * *
5465 TAGGAATTAAATAAAATGAATTTATAAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
190 TA-GAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * *
5530 AATCTATTTACCTAACCAGATCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATT
253 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATT
* * * ** * * * *
5595 ACGACCTTTTGTTTGGTTATAAAACAAAAGTTTTTGTTC-ATATAAGTTCGTTTGGAATAAAATA
318 ATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAATA-AAATT-ATTTAGAATAAAATA
* ** * * *
5659 ATACTAATATGCTAATATTTCAAAAATTAATACGAGACTTAAAAAATAAATCTATTTAGTAAAAT
380 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTAGTAAAAT
* * *
5724 AGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTATGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCTTATAAGTATATT
445 AGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTATGTAATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGTATATT
* * * *
5789 CAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAATAAA
510 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTAAAAAATAAA
** * ** * * *
5854 TATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAGTAATTATCTGTTTCAAATCATTTT
575 TACATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATCATTAT
* * * * * * *
5919 GACTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGT
640 AACCTTTTATTCTATAATAAAAAAATTATTTTAGT
* * ** * * * * * *
5954 TCATATAAGCTTATTTGATGTAACATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAA
1 TCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAATTAAT-AATTAC
* * * *
6019 AGCA-TTAAAAA-AGAATTTGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTAGCTAAACAATTA
63 AG-ATTTAAAAATA-AATTT-TTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAACAATTA
* * * * * * * * *
6081 TCAATTTCAAAGCATAATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTACTATTGATGCAAGCTT
123 TCTATTTCAAATCATTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATGCAAGCTT
* * * *
6146 ATTTTA-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
188 A--CTAGAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
6210 ATAAATCTATTCACCAAACGAGTTCAAATAGTTTTGACTATGTGAACAATTATTTATTTCAAATT
250 ATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
* * * ** * *
6275 GTTATGACATTTTTTTTGTCGTAAAATTATTATTTTTATTTATATAAAATTATTTAGAATAAAAT
315 ATTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCA-ATAAAATTATTTAGAATAAAAT
* ** ** *
6340 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTGAAAGCTAAATCTGTTTA-TCAGA
379 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTAGT-AAA
*
6404 TTAGTTCAAATAGTTATGACT
443 ATAGTTCAAATAGTTATGACT
6425 ATTTCAATAA
Statistics
Matches: 933, Mismatches: 188, Indels: 73
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
681 1 0.00
682 231 0.25
683 166 0.18
684 158 0.17
685 8 0.01
686 2 0.00
687 38 0.04
688 3 0.00
689 8 0.01
690 240 0.26
691 78 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (674 bp):
TCATACAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTAATAATTACAGA
TTTAAAAATAAATTTTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTGAACAATTATCTATTTC
AAATCATTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATGCAAGCTTACTAGAAT
AAAATAAAATAATTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
TACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTT
TTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAATAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTAGTAAAATAGTTCAAATAG
TTATGACTTTTTGTTATGTAATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGTATATTCAGAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTAAAAAATAAATACATTTACCA
AACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATCATTATAACCTTTTATT
CTATAATAAAAAAATTATTTTAGT
Found at i:6029 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 5726--6834 Score: 912
Period size: 180 Copynumber: 6.2 Consensus size: 180
5716 AGTAAAATAG
* * * * * *
5726 TTCAAAT-AGTTATGACTTTTTGTTATGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCTTATAAG--TATAT
1 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTAT-T
* * * * * *
5788 TCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAATA
63 TGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * ** *
5852 AATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAGTAATTATCTGT
127 AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
5906 TTCAAATCATTTTGACTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTG
** * * *
5971 ATGTAACATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAGCA-TTAAAAAA-GAA
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAA
* * * * ** * *
6034 TTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAGCTAAACAATTATCAAT
129 TCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * * *
6086 TTCAAAGCATAATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTACTATTGATGCAAGCTTATTTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTTG
6151 AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
65 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
6215 TCTATTCACCAAACGAGTTCAAATAGTTTTGACTATGTGAACAATTATTTAT
129 TCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * ** * * * **
6267 TTCAAATTGTTATGACATTTT-TTTTGTCGTAAAATTATTATTTTTATTTATATAAAATTATTT-
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTTG
* * **
6330 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTGAAAGCTAAA
65 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * ** * *
6391 TCTGTTTATCAGATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATCTAT
129 TCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * *
6443 CTCAAATCATTACAATC-TTTGTTTTGTTATAAAATAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTG
** ** **
6507 AAATAAAAT-ATAGCTAAACTAACAATATTCC-AAAATTAATAAG----AGATTTTGAAAATAAA
65 AAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
6566 TGTATTTGCTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT
129 TCTATTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * ***
6618 TTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATGAAATAATTGTTCTAGTTCATACATGCTTATCCA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTG
* ** *
6683 AAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAATAAGAA-ATTTTAAAAAATAA
65 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAA
* * * * *
6747 ATCTACTTACCAAACAAATTCAAATAGTCAAGTCTATTTGAACAATTATCTAT
128 ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
6800 TTAAAATCATTATGTCCTTTTGTTTTATAATAAAA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
6835 ATAAAAAAAA
Statistics
Matches: 742, Mismatches: 159, Indels: 54
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 85 0.11
176 170 0.23
177 17 0.02
179 5 0.01
180 304 0.41
181 79 0.11
182 82 0.11
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:6641 original size:532 final size:537
Alignment explanation
Indices: 5785--6806 Score: 1172
Period size: 532 Copynumber: 1.9 Consensus size: 537
5775 CTTATAAGTA
* * *
5785 TATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAA
1 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAA
* * * *
5850 TAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAGTAATTATCTGTTTCAAATCA
63 TAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTCAATAATTATCTATCTCAAATCA
** * * * * ** *
5915 TTTTGACTTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGATGTAACAT
128 TTTACAATCTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
** ** * * *
5980 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAGCATTAAAAAAGAATTTGTTTACCG
193 AATACTAAACTAACAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAAAGCATTAAAAAAGAATGTATTTACCG
* *
6045 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTAGCTAAACAATTATCAATTTCAAAGCATAATGACCTTTTGTT
257 AACAAGTTCAAATAGTTAAGACTAGCTAAACAATTATCAATTTCAAAGCATAATGACCTTTTGTT
* * * ***
6110 TTGTCATAAAACAATTAGTACTA-TTGATGCAAGCTTATTTTAAATAAAATAATA-TAAATTTAT
322 TAGTCATAAAACAATT-GTACTAGTTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT-AATTTAT
** * * *
6173 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATCTA-TTCACCAAACGAGTTC
385 TAATATTAAAAAAATTAATAAATAAGAA-ATTTTAAAAAATAAATCTACTT-ACCAAACAAATTC
*** * *
6235 AAATAGTTTTGACTATGTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTTTTTGTCGTAAA
448 AAATAGTCAAGACTATGTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTTTTTTGTCGTAAA
6300 ATTATTATTTTTATTTATATAAAAT
513 ATTATTATTTTTATTTATATAAAAT
* **
6325 TATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTGAAAGCTA
1 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTT-AAAAATA
* * * * *
6389 AATCTGTTTATCAGATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATCTATCTCAAATCA-T
65 AATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTCAATAATTATCTATCTCAAATCATT
* * * *
6453 TACAATCTTTGTTTTGTTATAAAATAATTTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT-
130 TACAATCTTTCTTTTGTAATAAAACAA-TTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATA
* ** * * *
6516 ATAGCTAAACTAACAATATTCC-AAAATTAATAAG-AGA-TTTTGAAAATA-AATGTATTTGCTG
194 ATA-CTAAACTAACAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAAGCATT-AAAAAAGAATGTATTTACCG
** * * * **
6577 AACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGT
257 AA-CAAGTTCAAATAGTTAAGACTAGCTAAACAATTATCAATTTCAAAGCATAATGACCTTTTGT
* * * * *
6641 TTAGTCATGAAATAATTGTTCTAGTTCATACATGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATT
321 TTAGTCATAAAACAATTGTACTAGTTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
6706 AATATTAAAAAAATTAATAAATAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTACTTACCAAACAAATTCAAA
386 AATATTAAAAAAATTAATAAATAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTACTTACCAAACAAATTCAAA
* *
6771 TAGTCAAGTCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT
451 TAGTCAAGACTATGTGAACAATTATCTATTTAAAAT
6807 CATTATGTCC
Statistics
Matches: 399, Mismatches: 73, Indels: 27
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
531 5 0.01
532 131 0.33
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537 66 0.17
540 46 0.12
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (537 bp):
TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAATAA
ATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTCAATAATTATCTATCTCAAATCATTT
ACAATCTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT
ACTAAACTAACAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAAGCATTAAAAAAGAATGTATTTACCGAACA
AGTTCAAATAGTTAAGACTAGCTAAACAATTATCAATTTCAAAGCATAATGACCTTTTGTTTAGT
CATAAAACAATTGTACTAGTTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TAAAAAAATTAATAAATAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTACTTACCAAACAAATTCAAATAGTC
AAGACTATGTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTTTTTTGTCGTAAAATTATTAT
TTTTATTTATATAAAAT
Found at i:7894 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 7709--9385 Score: 537
Period size: 181 Copynumber: 9.4 Consensus size: 181
7699 TTATTTGATG
* * * * *
7709 TAAAATAATACTAATTTTTTAAAATTTTAAAAATTAATGAGTAAAAGAATT-AAAAA-GAATTTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATTTA
* *
7772 TTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAA-ACGTAATGAC
66 TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAACAC-T-ATAAC
* * ** ** *
7836 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTCT-ATTGATGTAAGCTTATTTCGAA
129 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTCTAATTCATACAAAATTATTTAGAA
*
7888 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATTT
* * * * * *
7952 ATTTACCAAACGAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCACTATAAC
65 ATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAA-CACTATAAC
* ** *
8017 ATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTTTTTTTAATTCATACAAAATTATTTAGAA
129 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTCTAATTCATACAAAATTATTTAGAA
* * * * * *
8070 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATATG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATTTA
* * * * ** * * * * * * * * * **
8131 TTTACTAGACCAGTTTGAACAGTTATGAGTATTTGAATAATTATCTA-TCCTAAATAGT-TATGA
66 TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTC-AAACACTATAACA
** ** *** *
8194 TCTTTGTTTTGTCA-ATAAACAATTA-TT-TTTTTCTATACAAGCTTATGCGGAG
130 T-TTTGTTTTGTCATA-AAACAATTAGTTCTAATTC-ATACAAAATTATTTAGAA
* * ** * * *
8246 TAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCT--AAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAACTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATTT
**** * * * * * *** * *
8305 ATTTGTTGAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGA
65 ATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATCTA-AACAATTATCTATTTCAAA-CACTATAA
* * * * * * * *** **
8369 CCTTTTATTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTAGTTCATACATGCTTA-TCCGAAA
128 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTCTAATTCATACAAAATTATTTAG-AA
* * *
8422 TAAAATAATACT-ATTCTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAATAAAAATAAA
1 TAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA-AAGAATT-A-AAAAATAAA
* * *** * ** * * * * *
8485 TCTGTTTATTGAACCAATTCAAATAGCCA-AGTCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTA
62 TTTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATA-ACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAA-CACTA
* * * * * * * * ** *
8549 TGACGTTTTGTTTTATAATAAAACAATCA-TTTTCAGTTCATA-AAAGCTTATGCAAAA
125 TAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTCT-AATTCATACAAA-ATTATTTAGAA
* * * * *** *
8606 TAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAATTTGAA-AAGTTTTAGATTTAAAAAATAAA-TT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATT-AATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATTT
** * * * ** * * * * *
8669 AGTTTATTGAATC-AATTCAAAAAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
65 A-TTTA-CCAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAA-CACTATA
* * * * * * **
8733 A-ATTTTTTATTTATCATAAAACAATT-GTTTCTCATT-GTA-TAAGTCTATTGGGAA
127 ACATTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTAG-TTCTAATTCATACAAAAT-TATTTAGAA
* * * * ** *
8787 TAAAATATTACTAATTT-TTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGAAGGTTTAAAAAATAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATTTA
* * * * * * * * * * *
8851 TTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTATTATAACC
66 TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAA-CACTATAACA
* * * ** *
8916 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTA-TT-TATGTTAATACAATCTTATTCAGAA
130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTCTA-ATTCATACAAAATTATTTAGAA
* * * * * * * *
8967 TAAAATAATACTAATCTAATAATA-TTATGAAAATTAATAACTTAGAGATTTGAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * * * ** *
9031 GTTTGCCAAATC-AGTTCAAATAGTTA-AGGCTATATGAATAACTATCTATTTTAAATCGTTATG
65 ATTTACCAAA-CAAATTCAAATAGTTATA-ACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAA-CACTATA
* * * * * ** * ** ** *
9094 ACCTTTTG-TTTATCGTAAAACAAAT-GTTTTTGTACATTTAAGTTTGTTT-GAAA
127 ACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTCTAATTCATACAAAATTATTTAG-AA
* * * ** * * * *
9147 GAAAATTATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--T-AGTAATAG-ATTTAAAAATAAATCTC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATTTA
* * * * * * * * **
9207 TTTACTAAACCAATTTAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTAGT-TATTTCAAATCATTATTCT
66 TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTA-TCTATTTCAAA-CACTA-TAA
* * * * ***
9271 CA-TTT-TTTTGTCATAAAAAAATT-GTT-TGTATTGATATAGTCTTATTTAGAA
128 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTCT-AATTCATACAAAATTATTTAGAA
* * * * * *
9322 TAAAGTAATCCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATGAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATTT
9386 GTTAGCCTCA
Statistics
Matches: 1136, Mismatches: 288, Indels: 147
0.72 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 184 0.16
176 103 0.09
177 43 0.04
178 60 0.05
179 63 0.06
180 194 0.17
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184 49 0.04
185 5 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATTTA
TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAACACTATAACAT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTCTAATTCATACAAAATTATTTAGAA
Found at i:8970 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 7565--9777 Score: 1286
Period size: 180 Copynumber: 12.3 Consensus size: 181
7555 TTTGACAATC
* * * * * ** * * *
7565 AATAAGTAAAAGATTGAAAAAATGAATATGTTTATCGAATAAATTCAAATAGTCATAACT-GTTG
1 AATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
** * * * * * * *
7629 AGTAATTATCTATTTCATATTATTTTGACCTTTT-TTTTGTAATAAAATAATT-GTTTCAGTTCA
66 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA-TTCA
* * * * *
7692 TGTA-AAT-TTATT-TGATGTAAAATAATACTAATTTTTTAAAATTTTAAAAATT
130 --TACAATCTTATTCAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * * ** * * *
7744 AATGAGTAAAAGAATT-AAAAA-GAATTTATTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATAACTATCTA
1 AATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
7807 AACAATTATCTATTTCAAAACGTAATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTCTATTGAT
66 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCAT
** * *
7872 GTAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTAAAAAATT
131 ACAATCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * *
7923 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACGAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
1 AATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
7988 AACAATTATTTATTTTAAATCACTATAACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTTTTTTTAATTCA
66 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-ATTCA
** * *
8053 TACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATT
130 TACAATCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * ** * *
8105 AAT-A--AG-AGATTTAAAAACTAAATATGTTTA-CTAGACCAGTTTGAACAGTTATGAGTATTT
1 AATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGA-ACCAATTCAAATAGTTATGACTATTT
* * *
8165 GAATAATTATCTA-TCCTAAAT-AGTTATGATC-TTTGTTTTGTCA-ATAAACAATTATTTTT-T
65 GAACAATTATCTATTTC-AAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTATTTTTAT
* * * * * * ** * *
8225 TCTATACAAGCTTATGCGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATT
127 TC-ATACAATCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * ** *
8280 AAT-A--AG-AGATTTAAAAAATAAA-CTTATTTGTTGAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTA
1 AATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATC-TATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTT
* ** * * * *
8340 GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTAGTTC
65 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA-TTC
* * **
8404 ATAC-ATGCTTA-TCCGAAATAAAATAATACT-ATTCTATTAACATTAAAAAAATT
129 ATACAAT-CTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTCAAAAATT
* * ** * *
8457 AATAAGTAAGAA-ATTTAATAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAATTCAAATAGCCAAGTCTAT
1 AATAAGT-AGAAGATTT-A-AAAAATAAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * *
8521 TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACGTTTTGTTTTATAATAAAACAATCATTTTCAGT
63 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA-T
* * * * * * *
8586 TCATAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAATTT
127 TCATACAATCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
*** * * * * * *
8641 GAA-AAGTTTTAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATTGAATCAATTCAAAAAATTATGGCCATT
1 -AATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * *
8704 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ATTTTTTATTTATCATAAAACAATTGTTTCTCAT
64 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTATTT-TTAT
* * ** *
8768 TGTATA-AGTC-TATTGGGAATAAAATATTACTAATTT-TTAATATTTCAAAAATT
127 T-CATACAATCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * *
8821 AATGAGTAGAAGGTTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGATTATTTG
1 AATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
8886 AACAATTATATATTTCAAATTATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTAAT
66 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCAT
* * *
8951 ACAATCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATT
131 ACAATCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATT
* * * * ** * * * * * *
9002 AATAACTTAG-AGATTTGAAAAATAAATTTGTTTGCCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATAT
1 AATAA-GTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * * * * *
9066 GAATAACTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTATCGTAAAACAAATGTTTTTGTACA
65 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCA
** * * * * * **
9130 TTTAAGT-TTGTT-TGAAAGAAAATTATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATT
130 TACAA-TCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * *
9182 AGTAA-T---AGATTT-AAAAATAAATCTCTTTA-CTAAACCAATTTAATTAGTTATAACAATTT
1 AATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * *
9241 GAACAATTAGT-TATTTCAAATCATTAT-TCTCATTT-TTTTGTCATAAAAAAATTGTTTGTATT
65 GAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATT
* * * * * *
9303 GATATAGTCTTATTTAGAATAAAGTAATCCTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATT
128 CATACAATCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT
* * ** * * * *
9357 AATAAGTA-ATAGATTTAAAAAATGAAT-T-TGTTAGCCTCACTAGTGT-AAATAATTATGA-AA
1 AATAAGTAGA-AGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTA-TCGAACCAAT-TCAAATAGTTATGACTA
* * * *** * *
9417 GTTTGAATAATTATCAATTTCAAGTTGCTCTGACCTTTTGTTTTGTCATACAATC--TTATTTTT
62 -TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTATTTTT
* * * * * * *
9480 GTTCATACAAGCTTATTCAAAACAACATAAT-TTGAATTTATTAATATTCCAAAAATT
125 ATTCATACAATCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * *
9537 AATAGGGTA-AATATTTAAAAACTGAATCTATATATCGAA-AAAGGTT-AAATAGTTATGACTAT
1 AATA-AGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAA--TTCAAATAGTTATGACTAT
*** * *
9599 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTAT
63 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TAT
* * * * *
9663 TCATACAACCTTATTTCAG-TTAAAATAAAACAAATTTATCAATA-TTCAAACAATT
127 TCATACAATCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATT
* * * * *
9718 AA-AAATAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-TAAGTTCAAATTGTTATGACT
1 AATAAGTAGAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACT
9778 TATTGTTCTA
Statistics
Matches: 1571, Mismatches: 366, Indels: 192
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.00
175 204 0.13
176 86 0.05
177 75 0.05
178 100 0.06
179 108 0.07
180 390 0.25
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182 146 0.09
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184 53 0.03
185 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCAT
ACAATCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
Found at i:9481 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 9457--9496 Score: 64
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
9447 TGACCTTTTG
*
9457 TTTTG-TCATACAATCTTAT
1 TTTTGTTCATACAAGCTTAT
9476 TTTTGTTCATACAAGCTTAT
1 TTTTGTTCATACAAGCTTAT
9496 T
1 T
9497 CAAAACAACA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 5 0.26
20 14 0.74
ACGTcount: A:0.25, C:0.15, G:0.07, T:0.53
Consensus pattern (20 bp):
TTTTGTTCATACAAGCTTAT
Found at i:10089 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 9902--10299 Score: 446
Period size: 181 Copynumber: 2.2 Consensus size: 180
9892 ATGTTTACCA
* * * *
9902 AACAAGTTCAAGTAGTCATAACTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
1 AACAAGTTCAAGTAGTTATAACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTT
* * * * * *
9967 TCATTATAAAGCAATTCTATCAGTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTA
66 TCATCATAAAACAATTCTATCAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTA
* * * * *
10032 CGATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATGTAAAAAG-TGAATCTATTTGT-TG
131 AGATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAAT-TAAAAAGATAAATCTATTT-TCTG
* * * *
10083 AACAAGTTC-AGATAATTATGAA-TATTTGAACAATTTTATATTTCAAGTTGTTATGACATTTTG
1 AACAAGTTCAAG-TAGTTAT-AACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACATTTTG
** * * **
10146 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTAT
64 TTTCATCATAAAACAATTCTATCAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTAT
* *
10211 TAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAGATAAATCTATTTTCTG
129 TAAGATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAGATAAATCTATTTTCTG
* *
10263 AACACA-TTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTAT
1 AACA-AGTTCAAGTAGTTATAACTATTTGAATAATTAT
10300 TGTTAGCCTT
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 32, Indels: 15
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 9 0.05
180 42 0.24
181 125 0.70
182 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AACAAGTTCAAGTAGTTATAACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTT
TCATCATAAAACAATTCTATCAGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTA
AGATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAGATAAATCTATTTTCTG
Found at i:12415 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 12070--13344 Score: 973
Period size: 181 Copynumber: 7.1 Consensus size: 179
12060 CTATAAAGCT
* * * * *
12070 AACAATTATCTATTTCAAATAGCTATGA-CATTT-TATTTCATCATAAACTAATTATTTTTGTTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTCTTTTTCAT-A-AAAC-AATTATTTCTATTC
* * * * * * * * * *
12133 TTACAAGCATATTCAAAATAAAATCATAATAGTATAATAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAA
63 ATACAAACTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * *
12197 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAGCAAGTTCATATGGTTATGACTATTTG
127 GATTTTAAAAATAAATCTGTTTACGAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
12251 AATAATTTTTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTTCCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTCTTTTT-CATAAAACAATTATTTCTATTCAT
** * * * *
12316 ACAAGTTTATTCATAATAAACTAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAAGAGAT
65 ACAAACTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * *
12381 TTTAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CATGTTCATATAATCATGTCCATTTT
130 TTTAAAAATAAATCTGTTTA-CGAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* *
12432 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTCTTTTGTCATAAAGA-AATTGTTTCTATTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATC-TTTTCTTTT-TCATAAA-ACAATTATTTCTATTC
* * *
12495 ATGA-AAAATTATTCA-AAAAAAATAATACTGATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGA
63 AT-ACAAACTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * *
12554 GA-TTTAAAAACTAAATCTGTTTACTGAAACAATTCACATAGTTGTGACTATTTG
127 GATTTTAAAAA-TAAATCTGTTTAC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * *
12608 AATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATCTTTAT-TTTATCATAGATCAATTGTTTCTTTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTT-TCTTTTTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
* * * * **
12672 ACAAGCTTATT--TGAATTAAAACAATACTAATTTAATAGTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAG
65 ACAAACTTATTCAT-AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * *
12735 A-TTTAAAATATAAATGTGTTTGTCGAACCAGTTCAAATGGTTAAGATTATTAT-
128 ATTTTAAAA-ATAAATCTGTTT-ACGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TG
* * * * * *
12788 AACAATTATATGTTTCAAATCA-TTCTAACCTTTTCTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTC
1 AACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTCTTT-TTCATAAAACAATTATTTCTA-TTC
* * * * * *
12851 ATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATGAGCAAGAG
63 ATACAAACTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * *
12915 ATTTAAAAAAATAAAT-TGATTTACTGAACAAGGTCAAATAGATT-TGACTATTTG
128 ATTT-TAAAAATAAATCTG-TTTAC-GAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTG
* * * * *
12969 AACAATTATCCATTT-AAAGTCA-ATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTC
1 AACAATTATCTATTTCAAA-T-AGTTATGATCTTTTCTTTT-TCATAAAACAATTATTTCTATTC
* * * * * *
13032 ATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG
63 ATACAAACTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* ** *
13097 A-TTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
128 ATTTTAAAAA-TAAATCTG-TTTACGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
13150 AACAAATA-CAATCTCAAACT-GTTATGATCTTTTCTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGA-TCA
1 AACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGATCTTTTCTTTTTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCA
* * *
13212 TACAAATTTATT--TGGATAAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGA
64 TACAAACTTATTCAT-AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * *
13271 GATTTAAAAAATAAATGTATTTGCTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAG
127 GATTTTAAAAATAAATCTGTTTAC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
*
13325 AATAATTATCTATTTCAAAT
1 AACAATTATCTATTTCAAAT
13345 TGTTTAGACA
Statistics
Matches: 873, Mismatches: 167, Indels: 114
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
175 82 0.09
176 112 0.13
177 7 0.01
178 3 0.00
179 64 0.07
180 155 0.18
181 386 0.44
182 52 0.06
183 5 0.01
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTCTTTTTCATAAAACAATTATTTCTATTCATA
CAAACTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
TTAAAAATAAATCTGTTTACGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
Found at i:13272 original size:537 final size:536
Alignment explanation
Indices: 12292--13401 Score: 1300
Period size: 537 Copynumber: 2.1 Consensus size: 536
12282 TTTGTTTTTC
* * * *
12292 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCATAATAAACTAATGCTAATTTATTAATA
1 CATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAACTAATACTAATTTATTAACA
* * * * * *
12356 TTTTAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTATCGAACATGTTCATATAATC
65 TTTCAAAAATTAATAGGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGGTCAAATAATC
* * * ** *
12421 ATGTCCATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAGAAATTG
130 ATGACCATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCAATATGACATTTTCTTTTGTCATAAAGAAATTA
* *
12486 TTTCTATTCATGAAAAATTATTCAAAAAAAATAATACTGATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
195 TTTCAATTCATGAAAAATTATCCAAAAAAAATAATACTGATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
12551 AGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACTGAAACAATTCACATAGTTGTGACTATTTGAATAATTA
260 AGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTACTGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATA
* * * * * ** *
12616 TCTATCTCAAATTGTTATGATCTTTATTTTATCATAGATCAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA
325 TCAATCTCAAACTGTTATGATCTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCTGATCATACAAACTTA
* * * *
12681 TTTGAATTAAAACAATACTAATTTAATAGTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATAT
390 TTTGAATAAAAACAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
12746 AAATGTGTTTG-TCGAACCAGTTCAAATGGTTAAGATTATTATAACAATTATATGTTTCAAATCA
454 AAATGTATTTGCT-GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCA
* *
12810 TTCTA-ACCTTTTCTTTAGT
518 TT-TAGACATATTCTTTAGT
* *
12829 CATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-
1 CATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAACTAATACTAATTTATTAACAT
12893 TTCAAAAATTAAT-GAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAAT-TGATTTA-CTGAACAAGGTCAAATA
66 TTCAAAAATTAATAG-GCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTG-TTTATC-GAACAAGGTCAAATA
* * * *
12955 GAT-TTGACTATTTGAACAATTATCCATTT-AAAGTCAATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-A
127 -ATCATGACCATTTGAACAATTATCCATTTCAAA-TCAATATGACATTTTCTTTTGTCATAAAGA
*
13017 CAATTATTTCAATTCAT-AAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACT-ACTTTCTTAATATTTCAA
190 -AATTATTTCAATTCATGAAAAA-TTATCCAAAA-AAAATAATACTGA-TTTATTAATATTTCAA
** * *
13080 AAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
251 AAATTAAT----AAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTACTGAAACAATTCAAATAGTTATGACT
*
13145 ATTTAAACAAATA-CAATCTCAAACTGTTATGATCTTT-TCTTTGTCATAAAACAATTATTTCTG
312 ATTTAAACAAATATCAATCTCAAACTGTTATGATCTTTAT-TTTATCATAAAACAATTATTTCTG
* * * * *
13208 ATCATACAAATTTATTTGGATAAAAATAATACTAATTTACTAATA-TTTCAAAA-ATTAA-TAAG
376 ATCATACAAACTTATTTGAATAAAAACAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAATAATAAGTAAG
* * *
13270 AGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATC
441 AGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATA
** *
13335 TATTTCAAATTGTTTAGACATATTGTTTAGT
506 TATTTCAAATCATTTAGACATATTCTTTAGT
* * * *
13366 CATATAATATTTGTTTTAGATCATACAAGCTTATTC
1 CATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC
13402 TGTTTACTGA
Statistics
Matches: 484, Mismatches: 71, Indels: 36
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
535 1 0.00
536 38 0.08
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540 8 0.02
541 78 0.16
542 56 0.12
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (536 bp):
CATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAACTAATACTAATTTATTAACAT
TTCAAAAATTAATAGGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGGTCAAATAATCA
TGACCATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCAATATGACATTTTCTTTTGTCATAAAGAAATTAT
TTCAATTCATGAAAAATTATCCAAAAAAAATAATACTGATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
GAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTACTGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATAT
CAATCTCAAACTGTTATGATCTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCTGATCATACAAACTTAT
TTGAATAAAAACAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
ATGTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTT
AGACATATTCTTTAGT
Found at i:13889 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13404--16666 Score: 1737
Period size: 181 Copynumber: 18.3 Consensus size: 180
13394 GCTTATTCTG
* * * * * * * ** *
13404 TTTACTGAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACC
1 TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
13469 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAA--CATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
** * * *
13532 AATTTGCTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATTAAATCTA
129 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-A
* ** * * * *
13581 TTTACCGAATTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTATTAT-ACC
1 TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C
* * * * * *** * * * *
13645 CTTTTGTTCTATCATAACATAAATGTTTCTGCTCATATAAACTTA-TTCGAAAAAAATTAATACT
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAA-TAATACT
* * * * *
13709 AATTTAGTAATATTTTGAAAATTAATAACTGAGAGATTTAAAAAATAAATACG
129 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CA
* * * * * * * **
13762 TTTACTGAACCAGTTTAAACAATTAAGACTATATGAATAATTTTTTATTTCAAATTGTTATGACC
1 TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
13827 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
* * *
13892 TTTATTAATATTTCAAAAAATTTATTAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTA
131 TTTATTAATATTT--TAAAA---ATT--A---ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-A
** * * * * * * * * *
13953 TTTACCAAACTAATTCAAATAATTATAACTATTTGAAAAATTGTTTATTCCAAATCTTTATTG-C
1 TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGAC
* * * ** * * * *
14017 TTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTTTATTAATATAAGTTTATTT-GACTAAAATAATACTA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTA
* * * **
14081 ATTTATTAATATTTAAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTG
130 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCA
* * ** * * *
14133 TTTAC-AAACCATTTTGAATAGTTTTGAATATTTGAATAATTATATATTTC-AA--A--A--ACC
1 TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* ** * * * ** *
14190 TTTTTTTTTGTCACCAAACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTT-GAAATAAAATAATAATA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTA
* * * * ** * * *
14254 ATTTAATAATATTCTAAAACTTAACAACCAAAAAAATTAAAAAATAAAT-A
130 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA
* * * * * * * * *
14304 TAATTGCCT-AACTAGGTCAAATAGCTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTGAAATCATTATC
1 T--TT-ACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * ** ** ** * *
14368 ACTTTTTATTTTGTCGTACAATAATTATTT-TGTTTGTATTAGCTTATTTTGATTAAAATAATAC
63 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
* * *
14432 TAATTTAATAATATTTAAAAAATT-AT---TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
128 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCA
* * * * ** * * * * *
14482 TTTACTAAATCAGTTCAAATGGTTAAGACTATCAGAATAATTATCTATTTGAAATCGTTCTAACT
1 TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * *
14547 TTTTCTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
* ** * **
14612 TTTATGACA-A-TCGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATGTG
131 TTTATTA-ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-CA
* * * * * * * * ** *
14663 TTTAATGAACAAATTCAATTAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACC
1 TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * ** * * *
14728 TTTT-TAATTTGTCATAAGACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAAATGGAATAAAATTATAAT
66 TTTTGT--TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
*** * * * *
14792 AATTTATTAATATTTGCTAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTA
129 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCA
* * * * * * * * *
14845 TTTATTGAATCAATTAAAATAATTATGCCTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACA
1 TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
*** * * * **
14910 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGGTT-ATACAAGCTTATTCAAAATAAGATTGTACTA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTA
*
14974 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
130 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-A
** * * * * *
15026 TTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAAT-AGTTAAGAT
1 TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAC
* ** * * * * * ** *
15090 C-TTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTTGA-CCATAGAAGTTTA-ATCGGTTAAAAATAATAA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATAC
* * *
15152 AAAGTTTA-TAATATTTCAAAAATTAATATA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTA
128 TAA-TTTATTAATATTTTAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CA
** * * ** * * * * *
15206 TTTGTTGAACCAGATCAAATAGGTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCCAATCGTTCTAACC
1 TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * *
15271 TTTTTGTTTAGTCATAAAATAGTTGTTTCATTTCTTACAAGTTTATTTGGAATAAAATAAT-CTA
66 -TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
15335 ATTTTATTAAGA-TTCACAAAATTAAGAAGCAAAATATTTGAAAAAACAAATCTA
130 A-TTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATC-A
* ** * * * * * **
15389 TTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTAAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGGTC
1 TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * ** *
15454 TTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCACAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTA
66 TTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTA
* * * *
15518 ATTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAG-TTAAAAAAATAAAT-A
130 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA
* * * * *
15567 TTTTTACTGAACAAATTC-AATAGCTACGACTATTCG---AA-TA---A--TC---TCATTATGA
1 --TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * *
15619 CCTTTTGCTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAATTTATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
64 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
* * * * *
15684 AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTTAGTGATTTAAAAAATGAATCTG
129 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-A
* * * * * * * * *
15737 TTTACTAAATCTGTTCAAATAATTATGA-TCATTTCAATAATTACCTATTTTAAATTATTATTAC
1 TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * *
15801 CTTTT-ATTTGATCATATAATAATTGTTTTTAA-TCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAACAC
65 CTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
* * *
15864 TAATTTATTAA-ACTTTATAAAATTAATAAG--AGA-A-TTCAAAAATAAATCTG
128 TAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-A
** * * * * *
15914 TTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAC-ACTTCAAATCATTAT-AG
1 TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-CTATTTCAAATCATTATGA-
* * * * * * *
15977 CCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATAC-AGC-----T-CAATAAAATAATAGT
64 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
* * * * * *
16035 AATATAATAATATTCTAAAAATTAACAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T
129 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA
* * * * * * * * * *
16086 TGGTTGCCGAACTAGCTCAAATAATTAAGAGTGTATGAACAATTATCTATTTC-AA--ATTAT--
1 T--TTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* *** * **** * * *
16146 --TTTTGTTTTATCATAAAATTTTTTTTTCAATTCACGTTAGTTTTTTTTTGAATAAAA-AA-A-
64 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAG-CTTATTTAGAATAAAATAATAC
* * **
16206 TGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTG
128 T-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-ATCA
* * * * * *
16261 TTTACCT-AACCATTTCAAATAATTCTGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGTC
1 TTTA-CTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* *** * * * * *
16325 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAAT-AAATAATATTA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTA
* * *
16389 ATCTATTGATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC-
130 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA
* * * * *
16435 TGTCTA-TCAAACTAGTT-AAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATG
1 T-T-TACT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * ** * **
16498 ACTTTTTGTTCTCTTATAAAACAATAGTTTCTATTCATGTAAGCATATACA-AATTAAAATAGA-
63 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATA-AT
* * * * * *
16561 ACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAGTAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT-A
126 ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA
** * * *
16615 TGTTTACAAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
1 --TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
16667 TAGTTCATAC
Statistics
Matches: 2358, Mismatches: 578, Indels: 296
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 120 0.05
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170 31 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA
Found at i:16800 original size:135 final size:138
Alignment explanation
Indices: 16538--16801 Score: 306
Period size: 135 Copynumber: 1.9 Consensus size: 138
16528 CTATTCATGT
* * *
16538 AAGCATATACAAATTAAAATAGAACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAGTAAGTAAAAAATTT
1 AAGCATATACAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTTGACAATTA-TAAGTAAAAAATTT
* * * * *
16603 TAAAAATAAATATGTTTACAAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTT
65 TAAAAATAAATATGTTTACAAAACTAGATCAAATAATCATGACCATGTCAACAATTATCTATTTT
16668 AGTTCATAC
130 AGTTCATAC
* * ***
16677 AAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTTGA-AATT-TAA-TAAGTGA-TTT
1 AAGCATATACAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTTGACAATTATAAGTAAAAAATTTT
* * *
16738 AAAAAGTAAATCTGTTTACTAAA-TCA-ATTCAAATAATTATGACCATGTCAACAATTATCTATT
66 AAAAA-TAAATATGTTTACAAAACT-AGA-TCAAATAATCATGACCATGTCAACAATTATCTATT
16801 T
128 T
16802 CAAATCATTA
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 16, Indels: 10
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
134 10 0.09
135 50 0.47
136 3 0.03
138 4 0.04
139 39 0.37
ACGTcount: A:0.47, C:0.09, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (138 bp):
AAGCATATACAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTTGACAATTATAAGTAAAAAATTTT
AAAAATAAATATGTTTACAAAACTAGATCAAATAATCATGACCATGTCAACAATTATCTATTTTA
GTTCATAC
Found at i:17701 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 17669--17701 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
17659 AACTAGATCA
17669 AATAATTATAACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
17687 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
17702 CAAATCGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:17705 original size:183 final size:175
Alignment explanation
Indices: 16670--20164 Score: 1182
Period size: 180 Copynumber: 19.6 Consensus size: 175
16660 TCTATTTTAG
* * * * * *
16670 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTTGAAAT-TTAA-TAAGT
1 TTCATATAAGCTTATTC-AAAT-AAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAATAATAAGTAAGA
* * * * * * * *
16733 GATTTAAAAAGTAAATCTGTTTA-CTAAA-TCAATTCAAATAATTATGACCATGTCAACAATTAT
63 GATTTAAAAAATAATTCTGTTTATC-AAACT-AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTAT
* * * * *
16796 CTATTTCAAATCATTATTACCTTTTAT-TTTGTCATATAAGAATTGTATT-TGA
126 ATATTTCAAATCATTATGA-CTTTT-TGTTTGTCATAAAACAATAGT-TTCT-A
* ** * *
16848 -ACAT-TCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTCTTAATCATTCAAAAGTTAATAAGTA
1 TTCATAT-AAGCTTA-TTCAAAT-AAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTAAAA--TAATAAGTA
* * * ** * *
16911 AGAGATTTAAAAAAGAAATCTATTTA-CTAAACTAGTTCAAATGGTTATGATTATTTGAATAATT
60 AGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTATC-AAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATT
* * * * * *
16975 GTAAACTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTA-TTTTTG
124 ATATATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTT-TGTCATAAAACAA-TAGTTTCTA
* * * *
17028 TTCATATTAAGCTTATTTGC-AATAAAATAACACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACT
1 TTCATA-TAAGCTTA-TT-CAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTT--AAAA-TAATAAGT
* * ** * * *
17092 AAGAGAATTAAAAAATAAATT-TGTTTGTTGAACCAATTCAAAT-ATT-TAA-TA--TGAACAAT
59 AAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAAT
** * ** * ** **
17151 TACCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTAT-TTTGTCATAAAATACATTTTGTTGAA
123 TATATATTTCAAATCATTATGA-CTTTT-TGTTTGTCATAAAACA-ATAGT-TTCTA
* * ** *
17207 TTTATACT-AGCTTTTTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
1 TTCATA-TAAGC-TTATTCAAAT-AAATAATACT-AATTTATTAATATTT--AAAA-TAATAAGT
* * * * * *
17270 AAGAGACTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATT
59 AAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATT
* * * * * *
17335 ATATATTTTAAATCATTATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-ATGTTTTTG
124 ATATATTTCAAATCATTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATA-GTTTCTA
* * * * * *
17388 TTCTTATAAGTTTGTTCGAAATAAAGTAATACTAATATATTAATATATCAAAA-ATTAA-TAAGA
1 TTCATATAAGCTTATTC-AAATAAA-TAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAATAATAAGTAAGA
* * * *
17451 GATTT-AAAAATAATTCTGTTTATCAAAATAGTTCAAATAGTTATGAA-TATTTAAATAATTATT
63 GATTTAAAAAATAATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAATTAT-AACTATTTGAATAATTATA
* *
17514 TATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTCTA
127 TATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTT-TGTCATAAAACAATAGTTTCTA
**
17564 TTCATGCAAGCTTATTCAAATTGAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGACAACTAATAAGTAA
1 TTCATATAAGCTTATTCAAA-T-AAATAATACTAATTTATTAATATTTA-A-AA-TAATAAGTAA
* * * * *
17629 CAAATTTAAAAAATATATATATGTTTATCGAACTAGATCAAATAATTATAACTATTTGAATAATT
61 GAGATTTAAAAAATA-AT-TCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATT
* * *
17694 ATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTAT-TTTGTCATAAAAGAATTA-TTTC-A
124 ATATATTTCAAATCATTATGA-CTTTT-TGTTTGTCATAAAACAA-TAGTTTCTA
* **
17746 GTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TA
1 -TTCATATAAGCTTATTC-AAAT-AAATAATACTAATTTATTAAT-AT-TTAAAA-TAATAAGT-
* *
17810 AAGAGATTTAAAAAATGAA-TCTATTTAT-----T-G--------A--ACAA--ATTTGAATAAT
59 AAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAAT
* * * * * * **
17856 TATCTATTTGAAAT-AGGTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAAATTTTTCTATTC-A
123 TATATATTTCAAATCA-TTATGACTTTTTG-TTTGTCAT-AAA-ACAA---TAGT-TTCTA
* ** * * * *
17915 TCCAAGCTAA-TTTCAAATAAAAT-AATACA-A-T--TTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGT
1 TTC-ATATAAGCTT--ATTCAAATAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTA-A-AA-TAATAAGT
* * * * * ** **
17974 AAAAGATTTTAAAAA-AA-TCTATTTACCAAA-TAAGTTCAAATCATTATGTCTATTTGTGTAAT
59 AAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTATCAAACT-AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAAT
* * ** * *
18036 TATTTATTTCAACTTGTTAAGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA-TTTCTA
123 TATATATTTCAAATCATTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAA-TAGTTTCTA
* * * * * * *
18090 TTTATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGACAATTAATAAGTAA
1 TTCATATAAGCTTATTCA-AAT-AAATAATACTAATTTATTAATA-TTT-A-AAATAATAAGTAA
* * * * * * * * *
18155 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTA
61 GAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTATCAAACT-AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTA
* * * *** * *
18219 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCT-TTTGTAATAAAATGCTTGTCT-TA
125 TATATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTA
* * * ** *
18269 GTTCATATAAGCTTACTTGAAGTAAGATAATACTAACTTATTAATACTCCAACAATTAATGAGTA
1 -TTCATATAAGCTTA-TTCAAATAA-ATAATACTAATTTATTAATA-TTTAA-AA-TAATAAGTA
* * * * * * * * * * *
18334 AGAGAATTAAAAAA-AGAATATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTAAACAAT
60 AGAGATTTAAAAAATA-ATTCTGTTTATCAAACT-AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAAT
* * * * * * *
18397 TATCTATTTCAAAACATTATGTC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTG
123 TATATATTTCAAATCATTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATAGTTTCTA
** ** *
18450 TTCATGCAAGCTTATTTTGAATATAATAAT-TTAAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGTA
1 TTCATATAAGCTTA-TTCAAATA-AATAATACT-AATTTATTAATATTT-AA-AA-TAATAAGTA
* ** * * * * * * * * *
18514 AAATTTTTAAAAAATAAATATATTT-TCTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATT
60 AGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTATC-AAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATT
* * * * * * * *
18578 ATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGCTTGTCATAAACCAATTGTTTCTG
124 ATATATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTA
* * * * * *
18630 TTCATAAAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAAATAATAAGTAA
1 TTCATATAAGC-TTATTCAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATT---TAAAATAATAAGTAA
* * * * * * * * * * * * *
18695 AAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAGCAAGTTTAAATAGTTATGACTAATGGAAAAATTAT
61 GAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTAT
* * * * *
18760 TTATTTCAAATCGTTATGA-TATTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTATCTA
126 ATATTTCAAATCATTATGACT-TTTT-GTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTA
* * * **
18811 TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCTAAAATTTAATAAGTTT
1 TTCATATAAGCTTATTC-AAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAA--TAATAAGTAA
* * * * * * * * ** *
18876 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCCAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTA
61 GAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAA-TAATTA
* ** * * * *
18940 TCTATTTCAAATTGTAATGA-TATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTA-CTTCTA
125 TATATTTCAAATCATTATGACT-TTTTG-TTTGTCATAAAACAA-TAGTTTCTA
** ** * * **
18992 TTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTT-TGATAATTAA-TAAGA
1 TTCATATAAGCTTATTCA-AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAATAA-TAAGTAAGA
* * * * * *
19055 GATTT-AAAAATGAAATCTATTTACCAAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
63 GATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTATC-AAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * ** *
19118 CTATCTT-AAATCTTTATGA-TCTTTATTTGCCAAAAAACAATTTTTTCGA
126 ATAT-TTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTA
* * * * * * * *
19167 GTCATACAAGCTTAGTT-GATTAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCCAAAAATTAGTAAGTAA
1 TTCATATAAGCTTA-TTCAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATT--TAAAA-TAATAAGTAA
* * * * *
19231 GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCAAACCAGTTCAAAT-AGT-T-A--A---G-ATTATTAT
61 GAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTAT
* * * * *
19287 ATATTTCCAATTAGTT-TAACCTTTTGTTTAGTGATAAAACAATTA-TTTC-A
126 ATATTTCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTT-GTCATAAAACAA-TAGTTTCTA
* * * *
19337 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT--TAATTTATTAACATTTGAACTATTAATGAGTA
1 -TTCATATAAGCTTATTC-AAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTT-AA--AATAATAAGTA
* * * * * * *
19400 ACATATTTAAATAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTGAAATAAATTA-GACTATTTGAATAAT
60 AGAGATTTAAA-AAATAATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAAT-AATTATAACTATTTGAATAAT
* * * *
19464 TATCTATTT-AAAGTCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTC-A
123 TATATATTTCAAA-TCATTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAATAGTTTCTA
* * * * * * *
19517 GTTCAGAAAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCA
1 -TTCATATAAGCTTA-TTCAAA-TAAATAATACTAATTTATTAATATTT--AAAA-TAATAAGTA
* ** ** * * ** * * * ** * *
19582 AAAGATTTAAAAGTTAAAGCTATTTTTTGAACCACTTTAAATAATTACGACTATTTAAACAA--A
60 AGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTA
* * * * *
19645 TATCATTCTCAAATCGTTATGA-TATTTGTTTTCTCATGAAACAATTA-TTTTTGA
125 TAT-ATT-TCAAATCATTATGACTTTTTG-TTTGTCATAAAACAA-TAGTTTCT-A
19699 -TCATATAAGCTTATTCAAATAGAAGTAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAAT--TAA-TAAG
1 TTCATATAAGCTTATTCAAATA-AA-TAATACTAATTTATTAATA-TTT-AAAATAATAAGTAAG
** * * *
19760 AGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTA
62 AGATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAATAATTA
* * * * * *
19823 TCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTA-TTTCAA
125 TATATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTT-GTCATAAAACAA-TAGTTTCTA
* ** * * ** *
19875 TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAT
1 TTCATATAAGCTTA-TTCAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATT--TAAAA-TAATAAGTAA
* * ** * * * ** *
19940 GAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATTGAGCAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTCAATAATTA
61 GAGATTT-AAAAAATAATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTA
** * * * * * * *
20005 CCTATTTAAAACCATCATAACCATTAT-TTTGTCATAAAACAATTGTTT-TA
125 TATATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTA
* * * *
20055 GTTTATAAAAGCTTA-TCAAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC
1 -TTCATATAAGCTTATTC--AAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTT--AAAA-TAATAAGT
* * * *
20119 AAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAA-TCAGTTTAAATAAT
59 AAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTATCAAACT-AGTTCAAATAAT
20165 CATGGTCATT
Statistics
Matches: 2544, Mismatches: 544, Indels: 456
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.00
162 16 0.01
163 39 0.02
164 34 0.01
165 7 0.00
166 2 0.00
167 8 0.00
168 9 0.00
169 28 0.01
170 43 0.02
171 54 0.02
172 11 0.00
173 6 0.00
174 34 0.01
175 41 0.02
176 199 0.08
177 226 0.09
178 147 0.06
179 98 0.04
180 628 0.25
181 530 0.21
182 184 0.07
183 181 0.07
184 16 0.01
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
TTCATATAAGCTTATTCAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAATAATAAGTAAGAGAT
TTAAAAAATAATTCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATATATT
TCAAATCATTATGACTTTTTGTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTA
Found at i:17891 original size:163 final size:161
Alignment explanation
Indices: 17682--17998 Score: 387
Period size: 164 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
17672 AATTATAACT
* * * *
17682 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAAG-AATTATTTC-
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGGTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAAGAAATT-TTTCT
* * *
17745 AGTTCATATAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATTAA-TTTATTAATAATCCAA-A-AATTAAT
65 A-TTCATACAAGCTAATTTC-AAATAAAATAATA-CAATTTTATTAAT-AT-CAAGACAATTAAT
17806 AA-TAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACAA
125 AAGTAAA-AGATTTAAAAAA--AATCTATTTATTGAACAA
* *
17845 ATTTGAATAATTATCTATTTGAAATAGGTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAAATTTTTCT
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGGTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAAG-AAATTTTTCT
* *
17910 ATTCATCCAAGCTAATTTCAAATAAAATAATACAATTTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTA
65 ATTCATACAAGCTAATTTCAAATAAAATAATACAATTTTATTAATATCAAGACAATTAATAAGTA
*
17975 AAAGATTTTAAAAAAATCTATTTA
130 AAAGATTTAAAAAAAATCTATTTA
17999 CCAAATAAGT
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 12, Indels: 17
0.82 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
162 12 0.09
163 53 0.40
164 57 0.43
165 12 0.09
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (161 bp):
ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGGTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAAGAAATTTTTCTA
TTCATACAAGCTAATTTCAAATAAAATAATACAATTTTATTAATATCAAGACAATTAATAAGTAA
AAGATTTAAAAAAAATCTATTTATTGAACAA
Found at i:18225 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 18204--18236 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
18194 ATAGTCATGA
18204 CTATTT-AAATAATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
*
18220 CTATTTCAAATCATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
18237 GACCTTTCTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
CTATTTCAAATAATTAT
Found at i:18872 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 17845--20139 Score: 1534
Period size: 180 Copynumber: 12.8 Consensus size: 179
17835 TATTGAACAA
* * * * * ** *
17845 ATTTGAATAATTATCTATTTGAAATAGGTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAAATT-TTTC
1 ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCAT-AAA-ACAATTGTTTC
* *
17909 TATTCATCCAAGCTAATTTC-AAATAAAATAATAC-AATTTTATTAATA-TTAAGACAATTAATA
64 TATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTAA-A-AATTAATA
* * *
17971 AGTAAAAGATTT-TAAAA-AAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATCA-TTATGTCT
125 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AACAAGTTCAAAT-AGTTATGACT
*** * * * * * *
18025 ATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTAAGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT
1 ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * * * *
18089 ATTTATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGACAATTAATAAGTA
65 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTA
* * * *
18154 AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGACT
129 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * * *** *
18206 ATTT-AAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTCTTTTGTAATAAAATGCTTGTCT-T
1 ATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * ** * *
18268 AGTTCATATAAGCTTACTT-GAAGTAAGATAATACTAACTTATTAATACTCCAACAATTAATGAG
65 A-TTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAG
* * * * * *
18332 TAAGAGAATTAAAAAA-AGAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGATT
127 TAAAAGATTTAAAAAATA-AATCTATTTACC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** *
18386 ATCT-AAACAATTATCTATTTCAAAACATTATG-TCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCT
1 ATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * *** * * *
18449 GTTCATGCAAGCTTATTTTGAATATAATAAT-TTAAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGT
65 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGT
** * * * *
18513 AAAATTTTTAAAAAATAAATATATTTTCTGAACAAATTCAAATAGTTATGACT
128 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** * * *
18566 ATTTGAAGAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTG-CTTGTCATAAACCAATTGTTTCTG
1 ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * ** * * * *
18630 TTCATAAAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAAATAATAAGTAA
66 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA
* *
18695 AAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAGCAAGTTTAAATAGTTATGACT
130 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
18746 AATGGAAAAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATATTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTATCTA
1 ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * **
18811 TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCTAAAATTTAATAAGTTT
66 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
18876 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCCAATAGTCATGTCC
130 AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * * **
18927 ATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTAATGATATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTACTTCTA
1 ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* ** * * * * *
18992 TTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGATAATTAATAAG---
66 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAA
*
19054 -AGATTT-AAAAATGAAATCTATTTACCAAAACAGTTCAAATAGTTATGACT
130 AAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACCAACA-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
19104 ATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCTTTATGAT-CTTT-ATTTGCCAAAAAACAATTTTTTCG
1 ATTTGAAAAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * * *
19166 AGTCATACAAGCTTAGTT--GATTAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCCAAAAATTAGTAAGT
65 ATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
19229 AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTA--A-G
128 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * ** * * *
19279 A-TT-----ATTATATATTTCCAATTAGTT-TAACCTTTTGTTTAGTGATAAAACAATTATTTC-
1 ATTTGAAAAATTATCTATTT-CAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* ** *
19336 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT--TAATTTATTAACATTTGAACTATTAATGAGT
65 A-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGT
* * * * *
19399 AACATATTTAAATAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTGAAATAAATTA-GACT
128 AAAAGATTTAAA-AAATAAATCTATTTACC-AACAAGTTCAAAT-AGTTATGACT
* * * *
19453 ATTTGAATAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTC-
1 ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * ** * * *
19516 AGTTCAGAAAAACTTATTTGAAACAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC
65 A-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGT
** * *** * * * * *
19581 AAAAGATTTAAAAGTTAAAGCTATTTTTTGAACCACTTTAAATAATTACGACT
128 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
19634 ATTT-AAACAAATATC-ATTCTCAAATCGTTATGATA-TTTGTTTTCTCATGAAACAATTATTTT
1 ATTTGAAA-AATTATCTATT-TCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * *
19696 TGA-TCATATAAGCTTATTC-AAATAGAAGTAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA
64 T-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAA
* * * * *
19759 G----AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACT
126 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * ** * * * * *
19810 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTCAA
1 ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
*** * * ** *
19875 TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAT
66 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA
* ** * *
19940 GAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATTGAGCAAGTTCAAATAGTTATGGCT
130 AAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA-CCAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * ** *
19992 ATTTCAATAATTACCTATTTAAAACCATCAT-A-ACCATTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T
1 ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * *
20054 AGTTTATAAAAGCTTA-TCAAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
65 A-TTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG
* *
20118 CAAGAGATTTAAAAAATAAATC
127 TAAAAGATTTAAAAAATAAATC
20140 AGTTTATCGA
Statistics
Matches: 1660, Mismatches: 366, Indels: 178
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 10 0.01
170 45 0.03
171 55 0.03
172 14 0.01
173 3 0.00
174 36 0.02
175 33 0.02
176 73 0.04
177 132 0.08
178 45 0.03
179 84 0.05
180 611 0.37
181 414 0.25
182 103 0.06
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAA
AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
Found at i:19578 original size:707 final size:710
Alignment explanation
Indices: 17226--20139 Score: 1643
Period size: 707 Copynumber: 4.1 Consensus size: 710
17216 GCTTTTTTGG
* * * * * * * *
17226 AATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGACTTAAAAAATAATTC
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * *
17291 TATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATATATTTTAAATCATTATCA
66 TATTTACCAAACAAGTTGAAATAATTATGACTAATGGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * * ** * ** * * * *
17356 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCTTATAAGTTTGTTCGAAATAAAGTAATACT
131 CATTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTATCTATTCAGAAAAACTTATTCAAAACAAAATAATACT
* ** * * *
17421 AATATATTAATATATC-AAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAATAATTCTGTTTATC-AAAA
196 AATTTATTAATAT-TCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTACCGAACA
* * * * ** * * * * * * *
17479 TAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAATAATTATTTATT-TCAAATCATTATGACTTTTTGTTCT
260 -ACTTCAAATAATCACGACCATTTAAACAAATA-TCATTCTCAAATCGTAATGA-TATTTGTTTT
* * * ** * *
17543 ATTATAAAACAA-TAGTTTCT-ATTCATGCAAGCTTATTCAAATTGAAATAATACTAATTTATTA
322 ATCATAAAACAATTA-CTTCTGA-TCATACAAAATTATTCAAATAGAAATAATACTAATCTATTA
* * * * * * * * *
17606 ATATTTAGACAACTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATATATATATGTTTATC-GAACTAGATCAA
385 ATATTTTGA-AA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATA-A-ATCTATTTACCAAAAC-AGTTCAA
* * * * * * * * *
17670 ATAATTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAA
443 ATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTATTTAGCCAAAAA
* * ** * * *
17734 AGAATTATTTC-AGTTCATATAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAA-TCC
507 ACAATTATTTCAAG-TCATACAAGCTTAGTT-GGAATAAAATAATACTAATTTAATAA-AATTCA
* ** *
17796 AAAAATTAATAATA-AAGAGATTT-AAAAAATGAATCTATTTAT---TGAA---CAAAT--TTGA
569 AAAAATTAATAA-ACAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTAA
* * * * * * *
17851 -ATAATTATCTATTT-GAAATAGGTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAAATT-TTTCTA-T
633 GATTATTATATATTTCCAATTA-GTTTAACCTTTTG-CTTGTCAT-AAA-ACAATTATTTC-AGT
** *
17912 TCATCCAAGCTAATTTC-A
693 TCATAAAAGCTTA-TTCAA
* * * *
17930 AATAAAATAATA-CAATTTTATTAATATT--AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAA-AA
1 AATAAAATAATATTAA-TTTATTAAAATTCCAA-A-AAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *** * * **
17990 ATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATCATTATGTCTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTA
63 ATCTATTTACCAAACAAGTTGAAATAATTATGACTAATGGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * * * * ** * **
18055 AGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAAT
128 TGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTATCTATTCAGAAAAACTTATTCAAAACAAAATAAT
* * * * * * ** *
18120 ATTAATTTATAAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA
193 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTACCGAA
* * * * * * * * * ** *
18185 TAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATT-TCAAATCATTATGACCTTTCTTTT
258 CAACTTCAAATAATCACGACCATTTAAACAAATATC-ATTCTCAAATCGTAATGATATTTGTTTT
* * *** * * * * ** * * *
18249 GTAATAAAATGCTTGTCTT-AGTTCATATAAGCTTACTTGAAGTA-AGATAATACTAA-CTTATT
322 ATCATAAAACAATT-ACTTCTGATCATACAAAATTA-TTCAAATAGAAATAATACTAATC-TATT
* ** * * * *
18311 AATA-CTCCAACAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-AGAATATGTTTACCGAATA-AGTTCA
384 AATATTTTGAA-AATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATA-AATCTATTTACC-AAAACAGTTCA
* * * * * * *
18373 AATAGTTATGATTATCTA-AACAATTATCTATTTCAAAACATTATGTCCTTTGT-TTT-GTCATA
442 AATAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTT-TATTTAGCCAAA
** * * * * * * * *
18435 AAACAATTGGTTC-TGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATATAATAAT-TTAAATTTATTAATATTT
505 AAACAATTATTTCAAG-TCATACAAGCTTAGTTGGAATAAAATAATACT-AATTTAATAA-AATT
* ** * * * *
18498 C-AAGAATTAATAAGTAA-A-ATTTTTAAAAAATAAATATATTT-TCTGAACAAATTCAAATAGT
567 CAAAAAATTAATAAACAAGAGA-TTTGAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * *
18559 TATGACTATTTGAAGAATTATCTATTT-TAAATCGTTATGACCTTTTGCTTGTCATAAACCAATT
630 TA--A-GA-TT-----ATTATATATTTCCAATTAGTT-TAACCTTTTGCTTGTCATAAAACAATT
* * * **
18623 GTTTCTGTTCATAAAAGCTTTTTTGA
685 ATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAA
*
18649 AATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATC
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
18714 TATTTACCAAGCAAGTTTAAATAGTTATGACTAATGGAAAAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA
66 TATTTACCAAACAAGTTGAAATAATTATGACTAATGGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * ** *
18779 TATTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTATCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT
131 CATTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTATCTATTCAGAAAAACTTATTCAAAACAAAATAATACT
* * **** *
18844 AATTTATTAGTATTCTAAAATTTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAA
196 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTACCGAACAA
* * * * * * * * *
18909 GTTCCAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATT-TCAAATTGTAATGATATTTTGTTTTAT
261 CTTCAAATAATCACGACCATTTAAACAAATATC-ATTCTCAAATCGTAATGATA-TTTGTTTTAT
* * *
18973 CGTAAAACAATTACTTCT-ATTCATGCAAAATTATTTAGAATA-AAATAATACTAATCTATTAAT
324 CATAAAACAATTACTTCTGA-TCATACAAAATTATTCA-AATAGAAATAATACTAATCTATTAAT
* *
19036 ATTTTGATAATTAATAAGAGATTT-AAAAATGAAATCTATTTACCAAAACAGTTCAAATAGTTAT
387 ATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACCAAAACAGTTCAAATAGTTAA
* * *
19100 GACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATC-TTTATGATC-TTTATTT-GCCAAAAAACAATTT
451 GACTATTAGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTT-TGACCTTTTATTTAGCCAAAAAACAATTA
* * * *
19161 TTTCGAGTCATACAAGCTTAGTT-GATTAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCCAAAAATTAGT
514 TTTCAAGTCATACAAGCTTAGTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCAAAAAATTAAT
** * * *
19225 AAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATGTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGATTATTATAT
579 AAACAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGATTATTATAT
* * *
19289 ATTTCCAATTAGTTTAACCTTTTGTTTAGTGATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATT
644 ATTTCCAATTAGTTTAACCTTTTGCTT-GTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATT
19354 CAA
708 CAA
* ** ** * * * *
19357 AATAAAAT-A-ATTAATTTATTAACATTTGAACTATTAATGAGTAACATATTTAAATAAATAAAT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAA-AAATAAAT
* * * *
19420 CTGTTTACCAAACAAGTTGAAATAAATTA-GACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAGTCATTA
65 CTATTTACCAAACAAGTTGAAAT-AATTATGACTAATGGAAAAATTATCTATTTCAAA-TCATTA
* * * **
19483 TGACATTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTC-AGTTCAGAAAAACTTATTTGAAACAAAATAA
128 TGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTATCTA-TTCAGAAAAACTTATTCAAAACAAAATAA
* ** ***
19547 TACTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAGTTAAAGCTATTTTTTG
192 TACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTACCG
* * * * *
19611 AACCACTTTAAATAATTACGACTATTTAAACAAATATCATTCTCAAATCGTTATGATATTTGTTT
256 AACAACTTCAAATAATCACGACCATTTAAACAAATATCATTCTCAAATCGTAATGATATTTGTTT
* * * * * ** * *
19676 TCTCATGAAACAATTATTTTTGATCATATAAGCTTATTCAAATAGAAGTAATACTAATTTATTAA
321 TATCATAAAACAATTACTTCTGATCATACAAAATTATTCAAATAGAAATAATACTAATCTATTAA
* * * *
19741 TATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAA
386 TATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAACAGTTCAAATAGTTAA
* * * * * *
19806 GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATT
451 GACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTATTTAGCCAAAAAACAATTATT
* * * *
19871 TCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAA
516 TCAAGTCATACAAGCTTAGTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCAAAAAATTAATAA
* ** * * **
19936 ACATGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATTGAGCAAGTTCAAATAGTTATGGCTATT-TCAAT
581 ACAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAT--AT
* * * * * * *
20000 AATTACCTATTTAAAACCATCATAACCATTATT--TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATAA
644 -ATTTCC-AATT---A--GT-TTAACC-TT-TTGCTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAA
20063 AAGCTTA-TCAAA
699 AAGCTTATTC-AA
* * * * * * *
20075 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
20140 AGTTTATCGA
Statistics
Matches: 1742, Mismatches: 358, Indels: 205
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
701 2 0.00
702 137 0.08
703 88 0.05
704 104 0.06
705 13 0.01
706 246 0.14
707 301 0.17
708 83 0.05
709 52 0.03
710 38 0.02
711 4 0.00
712 7 0.00
713 5 0.00
714 1 0.00
715 5 0.00
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720 52 0.03
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722 50 0.03
723 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (710 bp):
AATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
TATTTACCAAACAAGTTGAAATAATTATGACTAATGGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
CATTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTATCTATTCAGAAAAACTTATTCAAAACAAAATAATACT
AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTACCGAACAA
CTTCAAATAATCACGACCATTTAAACAAATATCATTCTCAAATCGTAATGATATTTGTTTTATCA
TAAAACAATTACTTCTGATCATACAAAATTATTCAAATAGAAATAATACTAATCTATTAATATTT
TGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAACAGTTCAAATAGTTAAGACTA
TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTATTTAGCCAAAAAACAATTATTTCAAG
TCATACAAGCTTAGTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCAAAAAATTAATAAACAAG
AGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGATTATTATATATTTCCA
ATTAGTTTAACCTTTTGCTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAA
Found at i:20618 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 20240--21201 Score: 791
Period size: 181 Copynumber: 5.3 Consensus size: 177
20230 TGATCAGAAC
* * * * *
20240 AATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAA-TGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
20303 AAT-TATTTGAACTGGTTTGAAAAATAGCTTTA-GTTTTAAA-TCTTACGCTTATTCATTTTTGA
65 AATCTATTTGAACTTG-TTCATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTA--CTTATTAATTTTTGA
* * ** * *
20365 AATATTAAAAAAATAGTATTGTTTTATTTCA-AATAAGTTTTTATGAACTAAAAC
127 AATATT-AATAAATA-TATTATTTTATTT-AGAATAAACTTGTATGAA-TAAAAA
* *
20419 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA-
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * ** * **
20482 AATCTATTTAAACTTTTTCGGTAGACAGATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAA
65 AATCTATTTGAACTTGTTC-ATAAACAGATTTA-TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGA
* *
20547 AACATTAATAAATAGTATTATTTTAATCTAG-ATAAACTTGTATGAATAGAAAA
127 AATATTAATAAATA-TATTATTTT-ATTTAGAATAAACTTGTATGAATA-AAAA
* * * * * *
20600 AATTGTTTTATAACAAAACAAGAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTGAAACAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** * * * *
20665 AT-GATACGAACTTGCTCAATAAACATATTTAATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAA
66 ATCTATTTGAACTTGTTC-ATAAACAGATTT-ATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * *
20729 TATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATACACTTGTATGAATACAAAT
129 TATTAAT-AAAT-ATATTATTTTATTTAGAATAAACTTGTATGAATA-AAAA
* *
20781 AATTGGTTTATGACAAATCAAAAGGTCATAACTATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* *
20845 A-CTATTTGAA-TGTGTTCAAAAACTAGATTTATTTTTTAAATTTTTGCTTATTAATTTTTGAAA
66 ATCTATTTGAACT-TGTTCATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * *
20908 TATTAATAAATTTATATTATTGTATTTAGAATAAGCTTATATGAACATAAAG
129 TATTAATAAA--TATATTATTTTATTTAGAATAAACTTGTATGAATA-AAAA
* * *
20960 AATTATTTTATGACATAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * *
21025 A-CCATTTGAACCTGTCCAGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAA
66 ATCTATTTGAACTTGTTCA-TAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * *
21089 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACTAATAC
129 TATTAATAAA-TA-TATTATTTTATTTAGAATAAACTTGTATGAA-TAAAAA
* ** ** * * * * *
21141 AGTTGTTTTATGATGAAACGGAAGGTCATAGCAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
21202 TATGAGATTT
Statistics
Matches: 635, Mismatches: 119, Indels: 56
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 3 0.00
179 130 0.20
180 176 0.28
181 290 0.46
182 32 0.05
184 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ATCTATTTGAACTTGTTCATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
TTAATAAATATATTATTTTATTTAGAATAAACTTGTATGAATAAAAA
Found at i:21064 original size:360 final size:362
Alignment explanation
Indices: 20350--21201 Score: 904
Period size: 360 Copynumber: 2.4 Consensus size: 362
20340 AAATCTTACG
* * * * * * *
20350 CTTATTCATTTTTGAAATATTAAAAAAATAGTATTGTTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA
* *
20415 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
66 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** *
20480 CAAATCTATTTAAACTTTTTCGGTAGACAGATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTC
131 CAAATCTATTTAAACTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTC
* * * *
20545 AAAACATTAATAAATAGTATTATTTTAATCTAGATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTA
196 AAAACATTAATAAATAGTATTATTGTAATCTAGATAAACTTATATGAACAGAAAAAATTATTTTA
* * * **
20610 TAACAAAACAAGAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTGAAACAGTCATAATGATACGAA
261 TAACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACCATACGAA
* * * *
20675 CTTGCTCAATAAACATATTTAATTTTTAAAAT-TTTTA
326 CCTGCTCAATAAACAAATTCAATTTTT-AAATCTCTTA
* *
20712 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATACA-CTTGTATGAA-T
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTGTATGAACT
* * * *
20775 ACAAATAATTGGTTTATGACAAATCAAAAGGTCATAACTA-TTTGAATAGATAATTGTTCAAATA
65 A-AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * *
20839 GTCATAA-CTATTTGAA-TGTGTTC-AAAAACTAGATTTA-TTTTTTAAAT-TTTTGCTTATTAA
129 GTCA-AATCTATTTAAACT-TGTTCGAAAAAC-AGATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA
** * * * * *
20899 TTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTGT-ATTTAGAATAAGCTTATATGAACATAAAGAA
191 TTTTCAAAACATTAATAAA--TAGTATTATTGTAATCTAG-ATAAACTTATATGAACAGAAAAAA
* * * * *
20962 TTATTTTATGACATAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
253 TTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAAC
** *
21027 CATTTGAACCTG-TCCAGTAAACAAATTC-ATATTTTAAATCTCTTA
318 CATACGAACCTGCT-CAATAAACAAATTCAAT-TTTTAAATCTCTTA
* * * *
21072 CTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * ** ** * * *
21137 ATACAGTTGTTTTATGATGAAACGGAAGGTCATAGCAA-TTTAAAATAGATAATTATTTAAATAG
66 AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAG
21201 T
130 T
21202 TATGAGATTT
Statistics
Matches: 404, Mismatches: 72, Indels: 29
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
359 38 0.09
360 207 0.51
361 71 0.18
362 87 0.22
363 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (362 bp):
CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTA
AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CAAATCTATTTAAACTTGTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTC
AAAACATTAATAAATAGTATTATTGTAATCTAGATAAACTTATATGAACAGAAAAAATTATTTTA
TAACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACCATACGAA
CCTGCTCAATAAACAAATTCAATTTTTAAATCTCTTA
Found at i:21225 original size:34 final size:35
Alignment explanation
Indices: 21182--21249 Score: 111
Period size: 34 Copynumber: 2.0 Consensus size: 35
21172 CAATTTAAAA
*
21182 TAGATAATTATTTAAATAGTTATGA-GATTTGAAT
1 TAGATAATTATTCAAATAGTTATGATGATTTGAAT
*
21216 TAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAA
1 TAGATAATTATTCAAATAGTTATGATGATTTGAA
21250 CTAGTTCGGT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 1
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
34 24 0.77
35 7 0.23
ACGTcount: A:0.41, C:0.01, G:0.13, T:0.44
Consensus pattern (35 bp):
TAGATAATTATTCAAATAGTTATGATGATTTGAAT
Found at i:22065 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 21640--22347 Score: 540
Period size: 182 Copynumber: 3.9 Consensus size: 178
21630 CTGGTTCGGC
* * * * * * * **
21640 AAACACATTTAATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAAAAT
1 AAACAGATTTATTTTTTTAAATCTC--A-CTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * * * *
21705 TTTACTCCAAATAAGCTTGTATGATCATAAACAATT-ACTTTATGAGAAAATAAAAGATCATAAT
63 TTTATTCTAAATAAATTTGTATGAACA-AAACAATTGA-TTTATAACAAAACAAAAGATCATAAT
* * * * ** * * *
21769 -GATTTTAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGCTT-GAT
126 CGATTTGAAATA-AAAATAGTTCAAATAAACATAACTATTCGAACTCGCTTAG-T
* *
21822 AAACAGATTTA-GTTTTTAAATCTCA-TATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
1 AAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCACTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * *
21884 ATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTACAACAAAACAAAATG-TCAT-ATCGA
66 ATTCTAAATAAATTTGTATGAACA-AAACAATTGATTTATAACAAAACAAAA-GATCATAATCGA
** ** * * * *
21947 TTTGAAATAGCTAATAGTTTGAATAAACTTGACTATTCGAACTTGTTTAGT
129 TTTGAAATA-AAAATAGTTCAAATAAACATAACTATTCGAACTCGCTTAGT
*
21998 GAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTTAAATCT-C-AC-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
22063 TTTATT-TCAAATAAACTTGTATGAACAAAAAAATTTGTTTTATAAGAAAACAAAAGATAATGA-
63 TTTATTCT-AAATAAATTTGTATGAACAAAACAA-TTGATTTATAACAAAACAAAAGATCATAAT
* * ** *
22126 CAATTTGAAATAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTTAGT
126 CGATTTGAAATAAAAATAGTTCAAATAAACATAACTATTCGAACTCGCTTAGT
* * * * * *
22179 AAACAAATTTTATTTTTTAAAATATTTTACCTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTA
1 AAACAGA-TTTATTTTTT-TAA-ATCTCA-CTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
22244 TTTTATGCTGAATAAACTTT-TATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
62 TTTTATTCTAAATAAA-TTTGTATGAAC-AAAACAATTGATTTATAACAAAACAAAAGATCATAA
* * * * *
22308 T-GATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGATATAACTATT
125 TCGATTTGAAA-TAAAAATAGTTCAAATAAACATAACTATT
22348 TATTTTTAAA
Statistics
Matches: 423, Mismatches: 80, Indels: 45
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 114 0.27
177 19 0.04
178 1 0.00
179 2 0.00
181 59 0.14
182 185 0.44
183 38 0.09
184 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCACTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTCTAAATAAATTTGTATGAACAAAACAATTGATTTATAACAAAACAAAAGATCATAATCGATT
TGAAATAAAAATAGTTCAAATAAACATAACTATTCGAACTCGCTTAGT
Found at i:22371 original size:157 final size:159
Alignment explanation
Indices: 22187--23376 Score: 446
Period size: 180 Copynumber: 7.0 Consensus size: 159
22177 GTAAACAAAT
*
22187 TTTATTTTTTAAAATATTTTACCTATTAATTTTTGAAATTTTAAT-AAATTAGTATTATTTTATG
1 TTTATTTTTTAAAATATTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAAATTA-TATTATTTTATG
**
22251 CTG-AATAAACTTTTATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTG
65 C-GAAATAAACTTGCATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTG
**
22315 AAATTGATAATTGTTCAAATAGAT-ATAACTA
129 AAATACATAATTGTTCAAATA-ATCATAACTA
* * * *
22346 TTTA-TTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTATATTATTTTATTC
1 TTTATTTTTTAAAATATTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAAATTATATTATTTTATGC
* * * * * * * *
22409 GAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAATGTTTTGAA
66 GAAATAAACTTGCATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAA
* *
22474 ATACATAATTGTTCAGATAATCATACCTA
131 ATACATAATTGTTCAAATAATCATAACTA
* * * *
22503 TTTGAGCTTGATCGATAAACATATATTTTTTTAATTCTTGTACTCACTAATTTTTGGAATATTAA
1 TTT-A--TT--T--TTTAA-A-ATA---TTTT-A--C-----CT-ATTAATTTTTGAAATATTAA
*** * *** *** * * * * *
22568 T-AAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTTTTTGAATTGAAATAGTTGTTTTCTTACAAAA
45 TCAAATTA-TATTATTTTATGCGAAATAAACTTGCATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAA
* * ** * *
22632 CAGAAGGTCATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATAATCATGACTA
109 CAAAAGATCATAATGATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAATCATAACTA
* * * ** *
22683 TTGCAACTTGTTCGGTGAACATATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATTTTA
1 TT--TA-TT-TT---TTAA-A-A--TA-TTTT---A-C-----C-TATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * * *
22748 AT--AATTAATATTATTTTAAT-CCAAATAACCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAA
44 ATCAAATT-ATATTATTTT-ATGCGAAATAAACTTGCATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAA
* ** * *
22810 AAC-AAAGAGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-A
107 AACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAATCATAACTA
* *
22862 TTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTATTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAAT-A
1 TTT--A-TT-TT---T-TA-AAA--TA----TT-TTACCTATTAATT-T-TTGAAATATTAATCA
* * * ** * * * *
22924 ATTTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTGTGAATAAAAA-AATTTGTTTTATAAGAAAACA
48 A-ATTATATTATTTTATGCGAAATAAACTTGCATGAACAAAAACAA-TTGATTTATGACAAAACA
* * ** * *
22988 AAAGATAATGACAATTTGAAATA-AAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
111 AAAGATCATAATGATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAATCATAAC----T--A
*
23042 CTCGCTTAGTAAACAAATTTTATTTTTTAAAATATTTTACCTATTAATTTTTGAAATTTTAAT-A
1 -T---TTA-T-------TTT------TTAAAATATTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCA
** *
23106 AATTAGTATTATTTTATGCTG-AATAAACTTTTATGAACAAAAACAATCGATTTATGACAAAACA
48 AATTA-TATTATTTTATGC-GAAATAAACTTGCATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACA
* **
23170 AAATATCATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGAT-ATAACTA
111 AAAGATCATAATGATTTGAAATACATAATTGTTCAAATA-ATCATAACTA
* * * *
23219 TTTA-TTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTATATTATTTTATTC
1 TTTATTTTTTAAAATATTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAAATTATATTATTTTATGC
* * * * * * *
23282 GAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTTTGACAAAACAAAAG--CATAATGTTTTGAA
66 GAAATAAACTTGCATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAA
* * *
23345 ATACATAATTTTTCAGATAATCATACCTA
131 ATACATAATTGTTCAAATAATCATAACTA
23374 TTT
1 TTT
23377 GAGCTTGATC
Statistics
Matches: 807, Mismatches: 138, Indels: 176
0.72 0.12 0.16
Matches are distributed among these distances:
154 2 0.00
155 37 0.05
156 4 0.00
157 191 0.24
158 28 0.03
159 4 0.00
161 1 0.00
163 1 0.00
164 3 0.00
165 3 0.00
166 1 0.00
167 2 0.00
171 4 0.00
172 1 0.00
173 45 0.06
174 64 0.08
175 8 0.01
176 1 0.00
177 1 0.00
179 30 0.04
180 212 0.26
181 32 0.04
182 93 0.12
183 26 0.03
184 3 0.00
187 2 0.00
188 2 0.00
189 4 0.00
190 1 0.00
191 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (159 bp):
TTTATTTTTTAAAATATTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAAATTATATTATTTTATGC
GAAATAAACTTGCATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAA
ATACATAATTGTTCAAATAATCATAACTA
Found at i:22566 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 22348--24430 Score: 1401
Period size: 180 Copynumber: 11.8 Consensus size: 178
22338 TATAACTATT
** *
22348 TATTTTTAAAATT-TTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTATATTATTTTATTCGAA
1 TATTTTTTTAATTCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTTATATTATTTTATTCGAA
* ** * *
22412 ATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAATGTTTTGAAATA
65 ATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * *
22477 CATAATTGTTCAGATAATCATACCTATTTGAGCTTGATCGATAAACATA
130 GATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATA
* * * * **
22526 TATTTTTTTAATTCTTGTACTCACTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAA
1 TATTTTTTTAATTCTT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTA-TATTATTTTATTCGA
* * * * * * *
22591 AATAAGCTTTTTTGAATTGAAATAGTTGTTTTCTTACAAAACAGAAGGTCATAATGATTTGAAAT
64 AATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * *
22656 AGTTAATTATTCAAATAATCATGACTA-TTGCAACTTGTTCGGTGAACATA
129 AGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTG-AACTTGTTCGATAAACATA
* * ** * * * *
22706 T-TTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATTTTAATAATTAATATTATTTTAATCC
1 TATT-TTTTT-AATTC-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTATATTATTTTATTCG
* * **
22770 AAATAACCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGAGTTATAACAATTTGAA
63 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAATGATTTGAA
* * *
22834 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-ATTTAAACTTGTTCGATAAACA-A
127 ATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATA
*
22884 -ATTTATTTT--TT-ATTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAATTTTATATTATTTTATTC
1 TATTT-TTTTAATTCTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAA-TTTATATTATTTTATTC
* * * * * * * **
22943 GAAATAAGCTTGTGTGAATA-AAAAAATTTGTTTTATAAGAAAACAAAAGATAATGACAATTTGA
62 GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * *
23007 AATA-AAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTTAG-TAAACAAATTT
126 AATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAAC--A-TA
* * * * *
23062 TATTTTTTAAAATAT-TTTACCTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATGCT
1 TATTTTTT-TAAT-TCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTA-TATTATTTTATTC-
* * * * * * * **
23126 G-AATAAACTTTTATGAACAAAAACAATCGATTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAA
62 GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
*
23190 ATGGATAATTGTTCAAATAGAT-ATAACTATTT--A-TT-TT---T--A-A-A
127 ATAGATAATTGTTCAAATA-ATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATA
* * * *
23231 -A--TTTTT-A--C-TTATTAATTT----TTGTAATATTAATCAATTTATATTATTTTATTCGAA
1 TATTTTTTTAATTCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTTATATTATTTTATTCGAA
* ** * *
23285 ATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTTTGACAAAACAAAA-G-CATAATGTTTTGAAATA
65 ATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * *
23348 CATAATTTTTCAGATAATCATACCTATTTGAGCTTGATCGATAAACATA
130 GATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATA
* * * * * **
23397 TATTTTTTTAATTCTTGTACTCACTAATTTTT-AGAATATCAATAAATTAGTATCATTTTATTTA
1 TATTTTTTTAATTCTT-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAATTTA-TATTATTTTATTCG
* * * * * * *
23461 AAATAAGGTTATTTGAATTGAAATAGTTGTTTTCTTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
63 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * **
23526 TAGTTAATTATTCAAATAATCATGACTA-TTGCAACTTGTTCGATGGACATA
128 TAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTG-AACTTGTTCGATAAACATA
* * ** * *
23577 T-TTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATTTTAATAA-TTATTATTATTTTAATC
1 TATT-TTTTT-AATTC-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTA-TATTATTTTATTC
* * **
23640 CAAATAACCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAGAAA-GTCATAACAATTTGA
62 GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGA
* * * *
23704 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-ATTTAAACTTGTTTGATAAACA-A
126 AATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATA
* *
23755 -ATTTATTTT--TT-ATTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAATTTTATATTATTTTATTT
1 TATTT-TTTTAATTCTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAA-TTTATATTATTTTATTC
* * * * * * * *
23814 GAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAA
62 GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * * *
23879 ACAAATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTTGTTCAGA-AAATAGA
127 ATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACATA
* * * *
23931 TTATTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTC
1 -TATTTTTTTAATTCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTTATATTATTTTA-TTC
* * * * * ** * * *
23996 -AAATAAACTTATATGAACT-GAAACAAATCTTTTATGACAAAGGAAAGGGTCATAACGATTTAA
62 GAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * *
24059 AATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTGATCTAGTTCGATAAGCATA
126 AATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATA
* * * * *
24112 TTTATTTTTTAAAGTT-TTTACTTATTAGTTGTTGAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTA-TC
1 --TATTTTTTTAA-TTCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTA-TATTATTTTATTC
* * * * * ** * * **
24175 TAAATATGCTTG--TG--T-GAAACAAATGTTTTATAACAGGACAAAAAGTCAGAACAATTTGAA
62 GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * *
24235 ATAAATAATT-TGTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGATAAATAGA
127 ATAGATAATTGT-TCAAATAATCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACATA
* * * *
24287 T-TTATATTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCC
1 TATT-T-TTTTAATTCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTA-TATTATTTTATTCG
* * * * * * * * * * **
24348 AAACAAACTTATTTTAACAAAAACATTTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
63 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* *
24413 TAAATAATTGTTTAAATA
128 TAGATAATTGTTCAAATA
24431 GTTATTATTA
Statistics
Matches: 1488, Mismatches: 307, Indels: 221
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
154 2 0.00
155 37 0.02
156 1 0.00
157 60 0.04
158 7 0.00
159 1 0.00
161 6 0.00
162 1 0.00
164 2 0.00
165 1 0.00
166 5 0.00
167 1 0.00
168 1 0.00
169 5 0.00
170 1 0.00
171 38 0.03
172 13 0.01
173 80 0.05
174 175 0.12
175 104 0.07
176 5 0.00
177 63 0.04
178 95 0.06
179 61 0.04
180 377 0.25
181 213 0.14
182 101 0.07
183 31 0.02
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TATTTTTTTAATTCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTATATTATTTTATTCGAAA
TAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
ATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATA
Found at i:23353 original size:155 final size:159
Alignment explanation
Indices: 23060--23376 Score: 369
Period size: 157 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
23050 GTAAACAAAT
*
23060 TTTATTTTTTAAAATATTTTACCTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATGC
1 TTTATTTTTTAAAATATTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATGC
** *
23125 TGAATAAACTTTTATGAACAAAAACAATCGATTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAA
66 TGAATAAACTTGCATGAACAAAAACAATCGATTTATGACAAAACAAAATAGCATAATGATTTGAA
**
23190 ATGGATAATTGTTCAAATAGAT-ATAACTA
131 ATACATAATTGTTCAAATA-ATCATAACTA
* * * *
23219 TTTA-TTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTA-TATTATTTTATT
1 TTTATTTTTTAAAATATTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATG
* * * * * * * *
23281 C-GAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTTTGACAAAAC-AAA-AGCATAATGTTTTG
65 CTG-AATAAACTTGCATGAACAAAAACAATCGATTTATGACAAAACAAAATAGCATAATGATTTG
* * *
23343 AAATACATAATTTTTCAGATAATCATACCTA
129 AAATACATAATTGTTCAAATAATCATAACTA
23374 TTT
1 TTT
23377 GAGCTTGATC
Statistics
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0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
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155 38 0.28
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158 15 0.11
159 4 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (159 bp):
TTTATTTTTTAAAATATTTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATGC
TGAATAAACTTGCATGAACAAAAACAATCGATTTATGACAAAACAAAATAGCATAATGATTTGAA
ATACATAATTGTTCAAATAATCATAACTA
Found at i:23759 original size:871 final size:872
Alignment explanation
Indices: 21751--24091 Score: 3369
Period size: 871 Copynumber: 2.7 Consensus size: 872
21741 ACTTTATGAG
* * * * * * * *
21751 AAAATAAAAGATCATAATGATTTTAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AA-TT
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATAATCATGACTA-TTGCAACTT
* * * * *
21814 GGCTT-GATAAACAGATTTAGTTTTT-AAATC---T-CATATTAATTTTC-AAATATTAATAAAT
65 -G-TTCGATGAACATATTTA-TTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATTTTAAT-AAT
* * * ** * * **
21872 TAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTACAACAAAACAAAAT
126 TAATATTATTTTAATCCAAATAACCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-
* * ** * ** ** * * ** *
21937 GTCATATCGATTTGAAATAGCTAATAGTTTGAATAAACTTGACTATTCGAACTTGTTT-AGTGAA
190 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-ATTTAAACTTGTTTGA-TAAA
* *
22001 CAGATTTATTTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATT-T-TTAAAATATTAATAA-ATTAGTATTAT
253 CAAATTTA-TTTTTT--AT-T---ACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAATTTTA-TATTAT
*
22063 TTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAACAAAAAAATTTGTTTTATAAGAAAACAAAAGATAATGAC
308 TTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTTGTTTTATAAGAAAACAAAAGATAATGAC
22127 AATTTGAAATAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTTAGTAAACAAATTTTAT
372 AATTTGAAATAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTTAGTAAACAAATTTTAT
22192 TTTTTAAAATATTTTACCTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATGCTGAAT
437 TTTTTAAAATATTTTACCTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATGCTGAAT
* *
22257 AAACTTTTATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATTGA
502 AAACTTTTATGAACAAAAACAATCGATTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGA
22322 TAATTGTTCAAATAGATATAACTATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTA
567 TAATTGTTCAAATAGATATAACTATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTA
22387 ATCAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAA
632 ATCAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAA
*
22452 CAAAAGGTCGTAATGTTTTGAAATACATAATTGTTCAGATAATCATACCTATTTGAGCTTGATCG
697 CAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATACATAATTGTTCAGATAATCATACCTATTTGAGCTTGATCG
* * *
22517 ATAAACATATATTTTTTTAATTCTTGTACTCACTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
762 ATAAACATATATTTTTTTAATTCTTGTACTCACTAATTTTTAGAATATCAATAAATTAGTATCAT
*
22582 TTTATTTAAAATAAGCTTTTTTGAATTGAAATAGTTGTTTTCTTAC
827 TTTATTTAAAATAAGCTTATTTGAATTGAAATAGTTGTTTTCTTAC
*
22628 AAAACAGAAGGTCATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATAATCATGACTATTGCAACTTG
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATAATCATGACTATTGCAACTTG
*
22693 TTCGGTGAACATATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATTTTAATAATTAATA
66 TTCGATGAACATATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATTTTAATAATTAATA
*
22758 TTATTTTAATCCAAATAACCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAGTTAT
131 TTATTTTAATCCAAATAACCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCAT
*
22823 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTT
195 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACATTTAAACTTGTTTGATAAACAAATTT
22888 ATTTTTTATTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAATTTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCT
260 ATTTTTTATTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAATTTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCT
* *
22953 TGTGTGAATAAAAAAATTTGTTTTATAAGAAAACAAAAGATAATGACAATTTGAAATAAAAATTG
325 TGTATGAACAAAAAAATTTGTTTTATAAGAAAACAAAAGATAATGACAATTTGAAATAAAAATTG
23018 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTTAGTAAACAAATTTTATTTTTTAAAATATTTTACC
390 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTTAGTAAACAAATTTTATTTTTTAAAATATTTTACC
23083 TATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATGCTGAATAAACTTTTATGAACAAAA
455 TATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATGCTGAATAAACTTTTATGAACAAAA
* *
23148 ACAATCGATTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGATA
520 ACAATCGATTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGATA
23213 TAACTATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTATATTATTTT
585 TAACTATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTATATTATTTT
*
23278 ATTCGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTTTGACAAAACAAAA-G-CATAATGTTT
650 ATTCGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTT
*
23341 TGAAATACATAATTTTTCAGATAATCATACCTATTTGAGCTTGATCGATAAACATATATTTTTTT
715 TGAAATACATAATTGTTCAGATAATCATACCTATTTGAGCTTGATCGATAAACATATATTTTTTT
*
23406 AATTCTTGTACTCACTAATTTTTAGAATATCAATAAATTAGTATCATTTTATTTAAAATAAGGTT
780 AATTCTTGTACTCACTAATTTTTAGAATATCAATAAATTAGTATCATTTTATTTAAAATAAGCTT
23471 ATTTGAATTGAAATAGTTGTTTTCTTAC
845 ATTTGAATTGAAATAGTTGTTTTCTTAC
23499 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATAATCATGACTATTGCAACTTG
1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATAATCATGACTATTGCAACTTG
* *
23564 TTCGATGGACATATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATTTTAATAATTATTA
66 TTCGATGAACATATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATTTTAATAATTAATA
23629 TTATTTTAATCCAAATAACCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAGAAAGTCAT
131 TTATTTTAATCCAAATAACCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGTCAT
23694 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACATTTAAACTTGTTTGATAAACAAATTT
195 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACATTTAAACTTGTTTGATAAACAAATTT
*
23759 ATTTTTTATTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAATTTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCT
260 ATTTTTTATTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAATTTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCT
* * *** * * ** * *
23824 TGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGGTTAT-AGTGATTTCAAACAAATAAT
325 TGTATGAACAAAAAAATTTGTTTTATAAGAAAACAAAAGATAATGA-CAATTTGAAATAAA-AAT
* * * * * * ** * * *
23888 TATTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTTG-TTCAG-AAA-ATAGATTATTTTTTTAAATCTCTT
388 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTT-AGTAAACAAATTTTATTTTTTAAAATATTTT
** * * * * * *
23950 AATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAT-TTCAAATAAACTTATATGAAC
452 ACCTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATGCT-GAATAAACTTTTATGAAC
** * ** * * * * *
24014 TGAAACAAATC-TTTTATGACAAAGGAAAGGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT
516 AAAAAC-AATCGATTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
*
24078 A-ATCATAATTATTT
580 AGAT-ATAACTATTT
24092 GATCTAGTTC
Statistics
Matches: 1334, Mismatches: 108, Indels: 51
0.89 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
869 3 0.00
870 130 0.10
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872 36 0.03
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875 2 0.00
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879 6 0.00
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882 10 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (872 bp):
AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATAATCATGACTATTGCAACTTG
TTCGATGAACATATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATTTTAATAATTAATA
TTATTTTAATCCAAATAACCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATA
ACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACATTTAAACTTGTTTGATAAACAAATTTA
TTTTTTATTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAATTTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTT
GTATGAACAAAAAAATTTGTTTTATAAGAAAACAAAAGATAATGACAATTTGAAATAAAAATTGT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTTAGTAAACAAATTTTATTTTTTAAAATATTTTACCT
ATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATGCTGAATAAACTTTTATGAACAAAAA
CAATCGATTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGATAT
AACTATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTATATTATTTTA
TTCGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTT
GAAATACATAATTGTTCAGATAATCATACCTATTTGAGCTTGATCGATAAACATATATTTTTTTA
ATTCTTGTACTCACTAATTTTTAGAATATCAATAAATTAGTATCATTTTATTTAAAATAAGCTTA
TTTGAATTGAAATAGTTGTTTTCTTAC
Found at i:24075 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 23235--24445 Score: 771
Period size: 181 Copynumber: 6.8 Consensus size: 181
23225 TTTAAAATTT
** * **
23235 TTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATG
1 TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATG
* * * *** * *
23298 AA-TAGAACCAATTGTTTTTTGACAAAACAAAA-G-CATAATGTTTTGAAATACATAATTTTTCA
64 AACT-GAAACAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCA
* * ** * ** * * *
23360 GATAATCATACCTATTTGAGCTTGATC-GATAAA-CATATATTTTTTTAATTCT-
128 AATAGTCATAATTATTTAAATTTGTTCAGATAAATAAT-TATTTTTTTAAATCTC
* * * * * * * *
23412 TGTACTCACTAATTTTTAGAATATCAATAAATTAGTATCATTTTATTTAAAATAAGGTTATTTGA
1 T-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA
* * ** * * ** **
23477 ATTGAAATAGTTGTTTTCTTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCAAA
65 ACTGAAACAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * * ** * * * * *
23542 TAATCATGACTATTGCAACTTGTTC-GATGGACATATTTA-TTTTTCAAATCTT
130 TAGTCATAATTATTTAAATTTGTTCAGAT--AAATAATTATTTTTTTAAATCTC
* * * * * * * *
23594 TTACTTATTAATTGTCAAAATTTTAAT-AATTATTATTATTTTAATCCAAATAACCTTGTATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA
* * *
23658 -TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAGAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
66 CT-GAAACAAATGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* * * * *
23721 ATAGTCATAA-CATTTAAACTTGTT-TGATAAACAA--ATTTATTTT---T-TA
129 ATAGTCATAATTATTTAAATTTGTTCAGATAAATAATTATTT-TTTTAAATCTC
* * *
23767 TTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAATTTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTAT
1 TTACTTATTAATT-T-TTAAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT
* * * * * *** * *
23829 GAAC-AAAAAAAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAACAAATAATTATTC
63 GAACTGAAACAAA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTC
23893 AAATAGTCATAATTATTTAAATTTGTTCAGA-AAATAGATTATTTTTTTAAATCTC
127 AAATAGTCATAATTATTTAAATTTGTTCAGATAAATA-ATTATTTTTTTAAATCTC
* * *
23948 TTAATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA
* ** * * * *
24013 CTGAAACAAATCTTTTATGACAAAGGAAAGGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT
66 CTGAAACAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
* * * * *
24078 AATCATAATTATTT-GATCTAGTTC-GATAAGCATATTTA-TTTTTTAAAGT-TT
131 AGTCATAATTATTTAAAT-TTGTTCAGATAA--ATAATTATTTTTTTAAA-TCTC
* * * * * * *
24129 TTACTTATTAGTTGTTGAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTATCT-AAATATGC-T-TGTG--
1 TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA
* ** * *
24189 -TGAAACAAATGTTTTATAACAGGACAAAAAGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATT-TGTCAAA
66 CTGAAACAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTAT-TCAAA
* * * * *
24252 TAGTCATAACTATTTGAATTAGTT-TGATAAATAGATT-TATATTTTAAA--TC
130 TAGTCATAATTATTTAAATTTGTTCAGATAAATA-ATTAT-TTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
24302 -T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAACAAACTTATTTTAA
1 TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA
** ** * * *
24365 CAAAAACATTTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAAT
66 CTGAAACAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
* *
24430 AGTTATTATTATTTAA
131 AGTCATAATTATTTAA
24446 CAAAAACATT
Statistics
Matches: 811, Mismatches: 170, Indels: 106
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
171 38 0.05
172 6 0.01
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174 84 0.10
175 101 0.12
176 7 0.01
177 79 0.10
178 74 0.09
179 22 0.03
180 147 0.18
181 199 0.25
182 15 0.02
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA
CTGAAACAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
AGTCATAATTATTTAAATTTGTTCAGATAAATAATTATTTTTTTAAATCTC
Found at i:24453 original size:81 final size:80
Alignment explanation
Indices: 24360--24523 Score: 292
Period size: 81 Copynumber: 2.0 Consensus size: 80
24350 ACAAACTTAT
24360 TTTAACAAAAACATTTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTT
1 TTTAACAAAAACATTTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAAATAATTGTT
* *
24425 TAAATAGTTATTATTA
65 CAAATAGTTATAATTA
*
24441 TTTAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTGAAATAAATAATTGTTC
1 TTTAACAAAAACATTTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTGAAATAAATAATTGTTC
24506 AAATAGTTATAATTA
66 AAATAGTTATAATTA
24521 TTT
1 TTT
24524 GAATTGGTTA
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 3, Indels: 1
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
80 37 0.46
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Consensus pattern (80 bp):
TTTAACAAAAACATTTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACATTTGAAATAAATAATTGTTC
AAATAGTTATAATTA
Found at i:25718 original size:529 final size:527
Alignment explanation
Indices: 24887--25923 Score: 1230
Period size: 529 Copynumber: 2.0 Consensus size: 527
24877 TGATAAATAG
* * * * *
24887 ATTTATTTTTTGAATTGTTTACTTGCTAATTTTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTGTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATTGTATACTTACTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTGTATTC
** **
24952 TGAATAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGACCAAAAAAAAGGTAATAACAATTTGAA
66 CAAATAAGCTTGAATGATCAAAAACAACTGTTATATGACCAAAAAAAAGGTAATAACAATTTGAA
*
25017 ATAGATAATTATTGAAACAACTATAATTATTTGAAATGATTCAATAAACAAATTCACTTTTTAAA
131 ATAGATAATTATTGAAACAACCATAATTATTTGAAATGATTCAATAAACAAATTCACTTTTTAAA
*
25082 TCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
196 TCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTATATTTCAAATAAACTTGTATGAA
* * ** * * * *
25147 CTGAAACGATTGTTTTATGACAAAGTAAAATTTCACAACGATTTAAAATA-GATAATTGTTCATA
261 CTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCACAACGATTTAAAATATG-CAATTATTCAAA
* * * *
25211 TAGTCT-TAACTCTTTAAACTACTTCGACAAATAG-ATTTTTTTTTTTAAATCACTT-AGTTATT
325 TAGT-TATAACTATTTAAACTACTTCAAAAAAT-GCA-TTTATTTTTTAAATCACTTGA-TTATT
* * *
25273 AATTTTTGTAATATTATTAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAA
386 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAACCTTGTATGAACTAAAACAA
* * * *
25338 TT-ATTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGGAACTGC
451 TTGATTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAGTAATTATTCAAATAGGAACTGC
25402 TTCGGTAAACAA
516 TTCGGTAAACAA
* * * *
25414 ATTTATTTTTTAAATCTG-ATACTTATTAATTTTTAAAATATTCATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAAT-TGTATACTTACTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTGTATT
* * * * * * * * * *
25478 CCAAATAAGCTTGTATGATGAAAAATAACTGTTTTATGA-C-AAACAATGTTCATAGCGATTTGA
65 CCAAATAAGCTTGAATGATCAAAAACAACTGTTATATGACCAAAAAAAAGGTAATAACAATTTGA
* * * * ** * *
25541 AATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAATTGATTCGGTAAATAGATTCACTTTTTAA
130 AATAGATAATTATTGAAACAACCATAATTATTTGAAATGATTCAATAAACAAATTCACTTTTTAA
*
25606 ATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAT-TATTATTATATTTCAAATAAGCTT-
195 AT--C--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-TGTATTATTATATTTCAAATAAACTTG
* * * *
25669 TAATGAATTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACGATTTTAAATATGCAATTA
255 T-ATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCACAACGATTTAAAATATGCAATTA
* * * ** *
25734 TTCAAATAGTTATAGCTATTTGAATTTGTTCAAAAAATGCATTTATTTTTTAAATCTCTTGATTA
319 TTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTACTTCAAAAAATGCATTTATTTTTTAAATCACTTGATTA
* * * * *
25799 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAACCTTTTATGAACTGAAGC
384 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAACCTTGTATGAACTAAAAC
* * * * * *
25864 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAATTAATTGTTCAAATAG
449 AATTGATTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAGTAATTATTCAAATAG
25924 TCAACTATTT
Statistics
Matches: 424, Mismatches: 74, Indels: 22
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
525 75 0.18
526 1 0.00
527 84 0.20
528 86 0.20
529 176 0.42
530 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (527 bp):
ATTTATTTTTTAAATTGTATACTTACTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTGTATTC
CAAATAAGCTTGAATGATCAAAAACAACTGTTATATGACCAAAAAAAAGGTAATAACAATTTGAA
ATAGATAATTATTGAAACAACCATAATTATTTGAAATGATTCAATAAACAAATTCACTTTTTAAA
TCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTATATTTCAAATAAACTTGTATGAA
CTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCACAACGATTTAAAATATGCAATTATTCAAAT
AGTTATAACTATTTAAACTACTTCAAAAAATGCATTTATTTTTTAAATCACTTGATTATTAATTT
TTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAACCTTGTATGAACTAAAACAATTGAT
TTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAGTAATTATTCAAATAGGAACTGCTTCGG
TAAACAA
Found at i:25816 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 25414--26214 Score: 732
Period size: 181 Copynumber: 4.5 Consensus size: 180
25404 CGGTAAACAA
** * * *
25414 ATTTATTTTTTAAATCTGATACTTATTAATTTTTAAAATATTCATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
25479 CAAATAAGCTTGTATGA-TGAAA-AATAACTGTTTTATGA-CAAAC-AATGTTCATAGCGATTTG
66 CAAATAAGCTTGTATGATTGAAACAAT---TATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * ** *
25540 AAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAA-TTGATTCGGTAAATAG
128 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAATAC
* * * * * *
25593 ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTATATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* *
25658 CAAATAAGCTT-TAATGAATTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACGATTTTA
66 CAAATAAGCTTGT-ATG-ATTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * *
25722 AATATG-CAATTATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAATTTGTTCAAAAAATGC
129 AATA-GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAC
25774 ATTTATTTTTTAAATCTCTTGA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*** * * * * * * * *
25838 TTGGATAACCTTTTATGAACTGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTA
65 TCAAATAAGCTTGTATG-ATTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * *
25903 AATA-ATTAATTGTTCAAATAGTC--AACTATTTGAGCTTATTCAGTAAATAT
129 AATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAC
* * *
25953 ATTTATTTTTTCAAATCTC-TAGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATATATTAGGATTATTTTA
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTA-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * ** * * *
26016 TTTCAAATAAACTTGTATGATATCAAACAAACATTTTATGACT-AAA-AACAGGTTACAACGATT
63 TTTCAAATAAGCTTGTATGAT-TGAAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* ** ** * * ** * *
26079 TGAAATAGAAAATTATTCTTATAGTTTTAACTACTTGAACTGGTTTTACAAACAC
126 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAC
* *
26134 ATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
26199 CAAATAAGCTTGTATG
66 CAAATAAGCTTGTATG
26215 GTAAGACTGC
Statistics
Matches: 501, Mismatches: 98, Indels: 45
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.00
179 145 0.29
180 130 0.26
181 215 0.43
182 9 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (180 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
CAAATAAGCTTGTATGATTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAC
Found at i:25873 original size:360 final size:352
Alignment explanation
Indices: 24450--26214 Score: 1157
Period size: 360 Copynumber: 5.0 Consensus size: 352
24440 ATTTAACAAA
* * * * *
24450 AACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AATGTTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG-T
* * * * * * **
24514 ATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACATAAATATTTTTTAAAT-ATCTTACTTATTAATTTTT-
64 CTAACTATTTGAATT-ATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCA-CTTACTTATTAATTTTTG
* * * ** * * * * *
24577 GAAAATTGATAAATTTGTTTTATTTTATTTCAAATCAGCTAGTATGGATTGAAA-AATTGTTTTA
127 GAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTATTTTA
* * * * * * *
24641 TGACAAAGCAAAAGGTCACAAC-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCT-TAAATATTTG
192 TGATAAAACAAAAGGTTATAACGA-TTTGAAATAGA-AATTATTCAAATAGT-TAT-ACTA-TTG
* * * * ** *
24704 AACTGGTTCATTAAACAA-ATTTA-TTTGTAATTCTCTTTGTTATTAA-TTTT--CA-A--AAT-
252 AA----TTCGTTAAAAAACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* *
24760 --TT--T-TT-TTTT-TTTCAAATAAGCTTGTATGAACAG
313 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTG
* * * * * * * **
24793 AAATAATTGTTTTGTGA-AATAACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAGTATACGATTGTTCAAATA
1 -AACAATTGTTTTATGACAA-AAC--AATGTTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *** **
24856 GTCAAATTATTTGAATTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTGAATTGTTTACTTGCTAATTTTT
62 GTCTAACTATTTGAATT-ATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT
** * * * ** * * * * *
24921 TAAAGATTAATAAATTAGTATTATTGTATTTTGAATAAGCTTGAATG-ATCAAAAACATTTGTTA
126 GGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-TAAAACAATTATTT
* * * * * ** *
24985 TATGACCAAAA-AAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTGAAACAACTATAATTATTT
190 TATGA-TAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA-AATTATTCAAATAGTTAT-ACTA-TT
* * * * *
25049 GAAAT-GATTCAATAAACAAATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT
251 GAATTCG-TT-AA-AAA-ACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
*
25109 AAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTG
312 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTG
* * * *
25150 AAACGATTGTTTTATGACAAAGTAAAAT-TTCACAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAG
1 -AACAATTGTTTTATGACAAA--ACAATGTTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * *
25214 TCTTAACTCTTTAAACTACTTCGACAAATAGATTTTTTTTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTT
63 TC-TAACTATTTGAATTA-TTCGGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTT
* * ** *
25279 TGTAATATTATTAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTA-TT
125 TGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTATTT
* * * * *
25343 TATAATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAG-GA-AC---TG-C
190 TATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA-GAAATTATTCAAATAGTTATACTATTGAA
* * ** * *
25402 TTCGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTGATACTTATTAATTTTTAAAATATTCATAAATTAG
254 TTCGTTAAAAAACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* *
25466 TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-A-TG
319 TATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTG
* * * *
25498 AAAAATAACTGTTTTATGAC-AAACAATGTTCATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAG
1 AACAAT---TGTTTTATGACAAAACAATGTTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
25562 CCATAATTATTTGAATTGATTCGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT
63 TC-TAACTATTTGAATT-ATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT
** * *
25627 GGAATATTAATAAATTATTATTATTATATTTCAAATAAGCTT-TAATGAATTGAAACAATTATTT
126 GGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT-ATGAATTAAAACAATTATTT
* * * *
25691 TATGATAAAACAAAATGTCATAACGATTTTAAATATGCAATTATTCAAATAGTTATAGCTATTTG
190 TATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA-GAAATTATTCAAATAGTTATA-CTA-TTG
*
25756 AATTTGTTCAAAAAATGCATTTATTTTTTAAATCTCTTGA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATA
252 AATTCGTT-AAAAAA--CATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
*** * *
25820 AATTAGTATTATTTTATTTTGGATAACCTTTTATGAACTG
313 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTG
* * * *
25860 AAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTGTTCAAATAG
1 AA-CAATTGTTTTATGACAAAAC-AATGTTCATAACGATTTAAAATAGA-TAATTGTTCAAATAG
* * * *
25924 TC-AACTATTTGAGCTTATTCAGTAAATATATTTATTTTTTCAAATCTC-TAGCTTATTAATTTT
63 TCTAACTATTTGA-ATTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCACTTA-CTTATTAATTTT
* * * * * * **
25987 TTGAATGTTAATATATTAGGATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATG-ATATCAAACAAACATT
125 TGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-TAAAACAATTATT
* * ** *
26051 TTATGACT-AAA-AACAGGTTACAACGATTTGAAATAGAAAATTATTCTTATAGTTTTAACTACT
189 TTATGA-TAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAG-AAATTATTCAAATAGTTAT-ACTA-T
* * * * *
26114 TGAACTGGTTTTACAAACACATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAAT
250 TGAATTCG--TTA-AAAAACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
*
26179 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
312 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATG
26215 GTAAGACTGC
Statistics
Matches: 1119, Mismatches: 219, Indels: 150
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
342 3 0.00
343 11 0.01
344 79 0.07
345 70 0.06
346 72 0.06
347 100 0.09
348 105 0.09
349 10 0.01
350 69 0.06
351 4 0.00
352 2 0.00
354 1 0.00
355 5 0.00
356 10 0.01
357 75 0.07
358 60 0.05
359 77 0.07
360 231 0.21
361 87 0.08
362 45 0.04
363 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (352 bp):
AACAATTGTTTTATGACAAAACAATGTTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
AACTATTTGAATTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAAT
ATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTAAAACAATTATTTTATGAT
AAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAAATTATTCAAATAGTTATACTATTGAATTCGTTA
AAAAACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTG
Found at i:26653 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 26305--26832 Score: 497
Period size: 181 Copynumber: 3.0 Consensus size: 179
26295 AGCTTACTCG
*
26305 AAATAAAATAATAGTAATTTATTAGA-ATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTA-ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAAT
* * * * *
26369 TTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACCTTTCGAACAATTATTTATTTGAAATTATTTTG
65 CTATTTACTCAACAAGTTCAAATAGTTATGACCTTTCGAACAATTATATATTTCAAATCATTTTG
* ** *
26434 ATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCGATTCATACAATTTTATTT
130 ATATTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCGATTCATACAAAATTATCT
* * ***
26484 CAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTCTAAAAATTAATAGGTTGGAGATTTAAAAAATAAA
1 -AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAA
* * **
26549 TCTATTTA-TCAATCAAGTTCAAATA-TTCATG-TCTATTTGAATTATTATATATTTCAAATCAT
64 TCTATTTACTCAA-CAAGTTCAAATAGTT-ATGACCT-TTCGAACAATTATATATTTCAAATCAT
* * *
26611 TATT-ATATTTTGTTTTGTTGTAAAACGATTGTTTCTATTCATACAAAATTATCT
126 T-TTGATATTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCGATTCATACAAAATTATCT
* * * *
26665 AGAATATAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAGAATTAAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAATAAA
* * * * * * * * * *
26726 TCTTTTTATTGAACCAA-TTTAAATACTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATCTCTAATTGA-
64 TCTATTTACTCAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACCT-TTCGAACAATTATATATTTC-AAATCAT
* * * *
26788 TATGAT-TTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAA
126 TTTGATATTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCGATTCATACAA
26833 GTTTTACCGA
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 43, Indels: 30
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 38 0.13
177 51 0.17
178 12 0.04
179 1 0.00
180 54 0.18
181 134 0.46
182 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATC
TATTTACTCAACAAGTTCAAATAGTTATGACCTTTCGAACAATTATATATTTCAAATCATTTTGA
TATTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCGATTCATACAAAATTATCT
Found at i:27280 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 27047--27373 Score: 439
Period size: 181 Copynumber: 1.8 Consensus size: 180
27037 AGTCATAACT
* *
27047 ATTTGAATAATTATCTATTTAGAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-T-TGTCTC
1 ATTTGAATAATTATCTATTTAGAATAAATACGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATGTCTC
* * ** *
27110 AGTTCATAAAAGCTTATAT-GAAATAAAATAATGTTACTTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAG
66 A--TCATAAAAGCCTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAG
27174 TTA-ATGATTTAAAAAATAAGTCAGTTTATTGAATTGATTTAAATAATTATGGTC
128 -TAGA-GATTTAAAAAATAAGTCAGTTTATTGAATTGATTTAAATAATTATGGTC
* * * *
27228 ATTTGAATAATTATCTATTTCA-AATTATTACGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTT
1 ATTTGAATAATTATCTATTT-AGAATAAATACGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATGTCT
* *
27292 CATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
65 CATCATAAAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTA
27357 GGAGATTTAAAAAATAA
130 -GAGATTTAAAAAATAA
27374 TTTTGTTTAT
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 13, Indels: 12
0.84 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
180 3 0.02
181 116 0.91
182 3 0.02
183 5 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
ATTTGAATAATTATCTATTTAGAATAAATACGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATGTCTC
ATCATAAAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAG
AGATTTAAAAAATAAGTCAGTTTATTGAATTGATTTAAATAATTATGGTC
Found at i:28184 original size:363 final size:356
Alignment explanation
Indices: 26846--28242 Score: 998
Period size: 363 Copynumber: 3.9 Consensus size: 356
26836 TTACCGAACC
* * * * * * *
26846 AGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTAT-TTATTTCAAAACATTCTTACCTTTTGTTTA
1 AGTTCAAACAATTAAGACTATAT-GAACAATTATCTGATTACAAAA-ATTATGACCTTTTGTTTG
* * * * *
26909 GTCATAAAATGATTG-TTTTAGTTCATA-CATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTTATT
64 GTCATATAATAATTGTTTTTA-ATCATACCA-GCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTTATT
* * * *
26971 AACATTT-AGAAAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAA
127 AATATTTCA-AAAA-T--T-AATAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGTTCAA
* * *** * *
27035 ATAGTCATAACTATTTGAATAATTATC-TATTT-AGAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAA
186 ATA-T-ATGACTATTTGAACAATTA-CATATTTCA-AATCGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAA
* * ** * * * * ** * * *
27098 AACAATTGTCTCAGTTCATAAAAGCTTATATGAAATAAAATAATGTTACTTTATTAATATTTCAA
247 AATAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TTCAA
* * * * ** **
27163 AAACTAATAAGTTAA--TGATTTAAAAAATAAGTC-AGTTTA-TTGAAT
311 AAATTAATAA--CAAGGAGAATTAAAAAATAAACCTA-TTTACTCAAAT
* * * * * * * * * * *
27208 TGATTTAAATAATTATG-GTCATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATTATTACGAACTTTTGTTT
1 AG-TTCAAACAATTAAGACT-ATATGAACAATTATCTGATTACAAA-AATTATGACCTTTTGTTT
** * * * * * * * *
27271 TATCATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTA
63 GGTCATATAATAATTGTTTTTAATCATACCAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTTATTA
* *
27335 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTA-TCGAACCAGTTC----
128 ATATTTCAAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-GAACCAGTTCAAAT
* * *
27395 ------CTATTTAAACAATTATC-TATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAA
188 ATATGACTATTTGAACAATTA-CATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAA
** * * * * *** *
27453 TTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATATTATTTTGAAATTG
252 TTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCAAAAATTA
* * *
27518 ATAACAAGGAGATTTAAAAAATAAACCTATTTGCTGAAAT
317 ATAACAAGGAGAATTAAAAAATAAACCTATTTACTCAAAT
* *
27558 AGTTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATCTGTTTACCAAAAATTATGGCCTTTTGTTTGG
1 AGTTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATCTGATTA-CAAAAATTATGACCTTTTGTTTGG
* * *
27623 TCATATAATAATTGTTTTTCATCATTCCAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTTATTAAT
65 TCATATAATAATTGTTTTTAATCATACCAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTTATTAAT
* * **
27688 CTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAGTAGTTCAAATATATGAC
130 ATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGTTCAAATATATGAC
** * * *
27753 TATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTTT
195 TATTTGAACAATTACATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTTT
*
27818 GTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTA
260 GTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT-CAAAAATTAATAAC-A
* ** *
27883 A-GAGAATTAAAAAATACATTTGTTTAC-CAAACT
323 AGGAGAATTAAAAAATAAACCTATTTACTCAAA-T
* * *
27916 AGTTCAAATATTTAAAGACTATATGAATAATTATCT-ATT-C-AAAATCGATATGACCTTTTGTT
1 AGTTCAAACAATT-AAGACTATATGAACAATTATCTGATTACAAAAAT---TATGACCTTTTGTT
* * *
27978 TTGTCATA-AATTAAATT-TTTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAA-AATGAA-T
62 TGGTCATATAA-T-AATTGTTTTT-AA-TCATACCAGCTTATTCGAAATAAAATAATAAT-AATT
* * *
28039 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATTTAACAAA-CAATTCTATTTACCT-AACCAGTT
122 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAAATAAATT-TATTTA-CTGAACCAGTT
* * * * * *
28102 CAAATAATTATGATTATTTGAACAATTACATATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCATA
183 CAAAT-A-TATGACTATTTGAACAATTACATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTATCATA
* * * * * *
28167 AAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCA
246 AAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TTCA
28232 AAAATTAATAA
310 AAAATTAATAA
28243 GAGATTTAAA
Statistics
Matches: 835, Mismatches: 147, Indels: 105
0.77 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
347 34 0.04
348 2 0.00
349 53 0.06
350 163 0.20
351 28 0.03
355 5 0.01
356 1 0.00
357 103 0.12
358 70 0.08
359 58 0.07
360 33 0.04
361 28 0.03
362 31 0.04
363 216 0.26
364 10 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
AGTTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATCTGATTACAAAAATTATGACCTTTTGTTTGGT
CATATAATAATTGTTTTTAATCATACCAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTTATTAATA
TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGTTCAAATATATGACT
ATTTGAACAATTACATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTTTG
TTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCAAAAATTAATAACAAGG
AGAATTAAAAAATAAACCTATTTACTCAAAT
Found at i:28516 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 27395--28600 Score: 832
Period size: 181 Copynumber: 6.7 Consensus size: 181
27385 GAACCAGTTC
* * * * * * * * * *
27395 CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTT
* * * * * * *
27460 AGTTTATATAAGCTTATT-TGGAATAAAATAATACTAATTTAATATTATTTT-GAAATTGATAA-
66 TGTTCATATAAGCTTATTCAGG-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * * * * * * * * *
27522 CAAGGAGATTTAAAAAATAAACCTATTTGCTGAAA-TAGTTCAAACAATTAAGA
130 TAA-AAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * ** * * ** * * *
27575 CTATATGAACAATTATCTGTTTACCAAA-AATTATGGCCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTT--CAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATT
** * * * *
27639 TTTCATCAT-TCCAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTTATTAATCTTTCAAAAATTAA
64 TTTGTTCATAT-AAGCTTATTCAG-GATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTTAAAAATTAA
* * ** *
27702 TAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAGTAGTTCAAATA--TATGA
126 TAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * * * * *
27752 CTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTT
* * * * * ** *
27817 TGTTCATACAAGTTTATT-TGGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAAC
66 TGTTCATATAAGCTTATTCAGG-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * * * *
27881 TAAGAGAA-TTAAAAAATACATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATATTTAAAGA
130 TAA-AAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTT-ATGA
* * * *
27934 CTATATGAATAATTATCTA-TTCAAAATCGATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATTA-AATT-T
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAA--ACAATTAT
* * *
27996 TTTTGAATTCATACT-AGCTTATT-TGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTAAAAAT
63 TTTTG--TTCATA-TAAGCTTATTCAG-GATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAAT
* * * * * * * *
28058 TAATAAGT--AAGATTTAACAAACAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGA
123 TAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
28115 TTATTTGAACAATTA-CATATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGTTT
1 CTATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT
* * * * *
28179 TTGTTCATATAAGTTTGTTC-GGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
65 TTGTTCATATAAGCTTATTCAGG-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
* * * ** * *
28243 G----AGATTTAAAAAATAAGTCTTTTTGTCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGA
129 GTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * ** * * *
28292 CTATTTGAGTAGTTATTTATTTCAAATTGTTATGATTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTATTTA
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTT
* * * *
28357 TGTTCATATAAGCTTATTCAGGTTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTGATAAGT
66 TGTTCATATAAGCTTATTCAGGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT
* * * *
28422 AAAAAATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGA
131 AAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * *
28473 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTC
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTT
** ** * * *
28538 AATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATAAATAA
66 TGTTCATATAAGCTTATTCAGGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
28601 TATTATGAAA
Statistics
Matches: 806, Mismatches: 176, Indels: 87
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 26 0.03
176 57 0.07
177 159 0.20
178 5 0.01
179 113 0.14
180 27 0.03
181 256 0.32
182 98 0.12
183 15 0.02
184 50 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTT
TGTTCATATAAGCTTATTCAGGATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT
AAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
Found at i:28546 original size:358 final size:355
Alignment explanation
Indices: 26835--28586 Score: 927
Period size: 358 Copynumber: 4.9 Consensus size: 355
26825 TCATACAAGT
* * * * * * *
26835 TTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATTTATTTCAAAA-C-ATTCTT
1 TTTACCAAACAAGTTCAAATATTTAAGACTATAT-GAATAATTATCTA-TTCAAAATCGA-TATG
* * *
26897 ACCTTTTGTT-TAGTCATAAAATGATTGTTTTA-G-TTCATAC-ATGCTTATTTGAAATAAAATA
63 ACCTTTTGTTCTA-TCAT-AAATAAAT-TTTTATGATTCATACTA-GCTTATTAGAAATAAAATA
* * * * *
26958 ATACT-AATTTATTAACA-TTTAGAAAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTA
124 A-AATGAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGT-A-AAATTT--AAAAATAAATATGTTTA
** * * * *** *
27021 CTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTT-AGAATAAATATGACCTTT
183 CCAAACTAGTTCAAATA-T-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCGTTATGACATTT
* * ** * * * ** * *
27085 TGTTTTATCATAAAACAATTGTCTCAGTTCATAAAAGCTTATAT-GAAATAAAATAATGTTACTT
245 TGTTTTATCATAAAAAAATTAT-TTTGTTCATATAAGTTTAT-TCGGAATAAAATAATACTAATC
* * * * * **
27149 TATTAATATTTCAAAAACTAATAAGTTAA-TGATTTAAAAAATA-AGTCAG
308 TATTAATATTCCAAAAA-TTATAA-CTAAGAGAATTAAAAAATACA-TTTG
*** ** * * * * * * *
27198 TTTATTGAA-TTGATTTAAATAATTATG-GTCATTTGAATAATTATCTATTTC-AAAT-TATTAC
1 TTTACCAAACAAG-TTCAAATATTTAAGACT-ATATGAATAATTATCTA-TTCAAAATCGA-TAT
* * * * * *
27259 GAACTTTTGTTTTATCATAAA-ACAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCA-AAATAAAATA
62 GACCTTTTGTTCTATCATAAATA-AATT-TTTATGATTCATACTAGCTTATT-AGAAATAAAATA
* * * * * *
27321 ATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTATC
124 A-AATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA--AAATTT-AAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * * *
27385 GAACCAGTTC----------CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTC
185 AAACTAGTTCAAATATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTT
* * * * * * * * * *
27440 TATTATAAAATAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAT
250 TATCATAAAAAAATTATTT-TGTTCATATAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATCTATTAA
*** * * ** *
27505 TATT-TTGAAATTGATAAC-AAGGAGATTTAAAAAATAAACCTA
314 TATTCCAAAAATT-ATAACTAA-GAGAATTAAAAAATACATTTG
* * * * * * *
27547 TTTGCTGAAA-TAGTTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATCTGTTTACCAAAA---ATTA
1 TTTAC-CAAACAAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAATAATTATCT-ATT--CAAAATCGA-TA
* * * * * * *
27608 TGGCCTTTTGTT-TGGTCATATAAT-AATTGTTTTTCA-TCATTCCAGCTTATTCGAAATAAAAT
61 TGACCTTTTGTTCT-ATCATA-AATAAATT-TTTATGATTCATACTAGCTTATTAGAAATAAAAT
* * * * * *
27670 AATACT-AATTTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT
123 AA-AATGAA-TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTACC
* * * ** * * * *
27732 GAAGTAGTTCAAATATATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTC
185 AAACTAGTTCAAATATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTT
* * * *
27797 TATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAATAA
250 TATCATAAAAAAATTA-TTTTGTTCATATAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATCTATTAA
27862 TATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATACATTTG
314 TATTCCAAAAATT-ATAACTAAGAGAATTAAAAAATACATTTG
*
27905 TTTACCAAACTAGTTCAAATATTTAAAGACTATATGAATAATTATCTATTCAAAATCGATATGAC
1 TTTACCAAACAAGTTCAAATATTT-AAGACTATATGAATAATTATCTATTCAAAATCGATATGAC
* * * *
27970 CTTTTGTTTTGTCATAAATTAAATTTTTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAAAAT
65 CTTTTGTTCTATCATAAA-TAAATTTTTATG-ATTCATACTAGCTTATTAGAAATAAAATAAAAT
* * * * * * *
28035 GAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGATTTAACAAACAATTCTATTTACCTAACCAG
128 GAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAATTTAA-AAATAAATATGTTTACCAAACTAG
* * *
28100 TTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTA-CATATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTC
192 TTCAAAT-A-TATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATC
* *
28164 ATAAAACAAATGT-TTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATAT
254 ATAAAA-AAAT-TATTTTGTTCATATAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATAT
* *
28228 TTCAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATA-AGTCTT-
317 TCCAAAAATTATAACTAAGAGAATTAAAAAATACA-T-TTG
** * * * * * * *
28264 TTTGTCAAACAAGTTCAAATAGTTT-TGACTATTTGAGTAGTTATTTATTTC-AAATTGTTATGA
1 TTTACCAAACAAGTTCAAATA-TTTAAGACTATATGAATAATTATCTA-TTCAAAATCGATATGA
** * **
28327 TTTTTTGTTCTATTATAAA-ACAATTATTTATG-TTCATA-TAAGCTTATTCAG-GTTAAAATAA
64 CCTTTTGTTCTATCATAAATA-AATT-TTTATGATTCATACT-AGCTTATT-AGAAATAAAATAA
* * * *
28388 TACT-AATTTATTAATATTTTGACAATTGATAAGTAAAAAATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCA
125 -AATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT--AAAATTTAAAAA-TAAATATGTTTACCA
* * *
28452 AACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTT
186 AACTAGTTCAAATA-T-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTT
** * ** *
28517 TTATCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
249 TTATCATAAAAAAATTATTT-TGTTCATATAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATCTATTA
28582 ATATT
313 ATATT
28587 ATGAAAATAA
Statistics
Matches: 1117, Mismatches: 192, Indels: 165
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
347 33 0.03
348 1 0.00
349 54 0.05
350 154 0.14
351 30 0.03
352 3 0.00
355 1 0.00
356 56 0.05
357 120 0.11
358 241 0.22
359 97 0.09
360 37 0.03
361 30 0.03
362 40 0.04
363 209 0.19
364 10 0.01
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
TTTACCAAACAAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTCAAAATCGATATGACC
TTTTGTTCTATCATAAATAAATTTTTATGATTCATACTAGCTTATTAGAAATAAAATAAAATGAA
TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCA
AATATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAAA
AATTATTTTGTTCATATAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAAT
TATAACTAAGAGAATTAAAAAATACATTTG
Found at i:28919 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 28620--42118 Score: 6189
Period size: 181 Copynumber: 75.6 Consensus size: 178
28610 AATCACTAGA
* * * *
28620 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTA-T---T---ATGATACAA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGATAAAATAATACTA
* *
28678 ATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTAACTGAACA
66 ATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
** * ***
28741 ATTTCAAATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGGTATG
128 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * *
28792 A-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATCGTTTCTA-TCATACATGCTTATTCCGATTGACAA-AATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CGA-T-AAAATAATA
* * * * * *
28854 TTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAGAACATTTAAAAACTAAATATGTTTTCTGAAC
63 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
* * *** * * * *
28919 AAGTTCAACTAGCCCTAACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATG
127 AATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
28971 ACC-TTT-TTTTGTAATAAAACAATTCTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG--ATAAAATAATA
* * * ** ** * **
29033 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATGAATGAGAAAGAGAA-TTAAGGAAGGAGTCT-TGTTACCAA
63 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGA-AATTTAAAAAATAAATCTAT-TTACTGA
* * * *
29096 AC-ATATTCAAATATTTATGATTATCT-AAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTG
125 ACAAT-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
29150 ACCTTATGTTTTGT-AAAAAATAATTATTTC-AGTTCATATAAG-TTATTTGAAGTAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG-A-TAAAATAATA
* * * * **
29212 CTAATTTATTAATATTTCATAAATTAATGAGAAAGAGAA-TTAAAAAATGAATCT-TATTACCAA
63 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGA-AATTTAAAAAATAAATCTAT-TTACTGA
* * *
29275 AC-ATGTTCAAATAGTTATGACTATCT-AAACAATTATCTATTTTAAAACATTATG
125 ACAAT-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
29329 ACATTTTGTTTTCG-CATAAAATATTTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTT-GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTC-GATAAAATAATA
** * * * *
29393 GAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAAAATTT-AAAAATAAATATATTT-TTGAACA
63 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
* * *
29456 CTTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
128 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
29507 ACCTTTTGTTTTGTCATAAACA-AATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAGTT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG--ATAAAATAATA
* * *
29571 CTAATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TCATTTGC-GA
63 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACTGA
** * * * * *
29633 AGTGAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATG
125 A-CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
29688 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATATC-AGTTTATTCAAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTATTC--GATAAAATAATA
* * * * * * **
29752 CTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATGAATAAGTTGGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTCACCAAA
63 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA
* ** * * * ** * *
29815 TAAGCTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATTTATATCAAATCGA-TATG
126 CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATC-ATTATG
** ** * *
29868 ATATTTTGTTTAATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAG-TTATTTAGAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTA-TTCG-ATAAAATAATA
* * * * * * *
29932 CTAATTTATTATTATTTGAAAATTTAATAA--A-AGATTTAAAAACTAAATCTGTATA-TCGAAC
63 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAAC
*** * * * * * **
29993 TGGTTCAAATAATTATGATTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATG
127 AATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
** * * * * * * *
30045 A--TATTTGTTTTGTCATAAAGCAACTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGGAGAAAAATATTG
1 ACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGA-TAAAATAAT-
* * * * * * **
30108 A-TAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAG-AG--ATTTAAAAAATAAGTGTGTTCACCAAA
62 ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA
* * ** * * * *
30168 TCAGTTT-AAATAGCTAAAATTATTAGAAAAATTATCTATTTTAAATCATTTTG
126 -CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * *
30221 ACCTTTTG-CTTGTCATAAAATAGTAT-TTTC-AGTTCATACATGCTTATT-GAAAATAAAATAA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT-TGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG---ATAAAATAA
** ** * *
30282 TACTAATTTATTAGCA-TTCAGAAAATTAATAAACAACAAATTTTAAAAAATAAATTTATTTA-T
61 TACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTAGAAA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * * * *
30345 CGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG-AACATTATTTATTTAAAATAAATATG
123 -GAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * ** * *
30401 ACCTTTTGTTTTATCATAAAATTATTATTTAAATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG--ATAAAATAATAC
* * ** * * *
30466 TATTTTATTGTTACTTTATTGATACTTTGAAATTGATATATTAGAGATTTAAAAAAT--A-C-A-
64 TAATTTA---TTA--ATATT--T-C--AAAAATTAATA-AGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTAT
**** * * * * * **
30526 -T-C-GAATTGGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAGTCATTACA
118 TTACTGAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
30584 AGCTTTT-TTTT-T-ATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA-TTCG-ATAAAATAATA
* * **
30645 TTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGGTTTAAAAAATAAAT-T-TGTT--T--A
63 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-GAAATTTAAAAAATAAATCTAT-TTACTGAA
* * * *
30704 C---TT-AACTAG-T-T-CCTATTTGAACAATTATCTATCTT--AATTATTAT-
126 CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT-TTCAAATCATTATG
* * * ** * * * *
30748 AGGCTTTTGTTCTATTGTAAAATAGTTGTTTC-AGTTCATATAAACTTATTTAGAATAAAATAAT
1 A-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCG-ATAAAATAAT
* * * * * * *
30812 ACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA
62 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA
* * * * * **
30877 GC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATG
126 -CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
30930 ACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGGTTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCG--ATAAAATAATA
* * * * * *
30994 CTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---AATTTAAAAAGTGAATATGTTTATTGAATC
63 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-C
* * * * * * ** *
31056 AGTTT-AAATAATTATGACCATGTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATT
127 AATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
31107 ACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTATT-TGA-ACATTCAAGCTTATTCAGAATAAAGTAAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT-TTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-G-ATAAAATAAT
* * * * *
31170 ACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTACGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAA
62 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-GAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GA
* * ** * * * ** * ** *
31234 ACTAGTTCAAATAGCAATGAGTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATA
125 ACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
31288 ACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAG
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG--ATAAAATAATAC
* * * * * * * *
31353 TAATCTAATAATATTCCAAAAATTAACTAAG-AG-AATTAAAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACC
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
* * * * * *
31416 AGTTCAAATATTTAAGATTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
128 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * * * *
31467 ACCTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGTTTTTGTTCATATACGTTTGTTCAGAATAAAGTAGTA
1 ACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-G-ATAAAATAATA
* * * *
31532 CTAATCTATTAATATTTCAAATATTACTAAG-AG--ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAAC
63 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAAC
* * * ** * * *
31593 TAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAAGTATTTATTTCAAATCATTATT
127 AATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
31645 ACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACATGCTTATTTGGATTAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGA-TAAAATAATAC
*** * * * *
31710 TAATTTATTAATATTTCGGTAATTGATAAGTA-AAATTTAAAAAACAAATATATTTACTGAACTA
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAA
** * * ** **
31774 GATCAAA-CG--A--AC--------AAA-TATCAAACTCAAATTGTTATG
129 TTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
31810 ATC-TTTATTTTCTCATAAAACAATT-TTT-TA-TCATACAAACTTATTCAGATAAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAT-AAAATAATAC
* * * * * *
31871 TAATTTAATAATA-TTCTAATAATTGATAA-TAG--ATTTAAAAAATAAAT-GAGTTTGCCGAAT
64 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACTGAA-
* * * * * *
31931 CAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTTTG
126 CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
31983 ACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTC-AGTTCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCG-ATAAAATAATA
* * * * * * *
32047 TTAATTTATTGACA-TTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTAA
63 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA-GAAATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTGA
* * * * *
32111 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAATAATCATCTATTTAAAATCATTATG
125 ACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
32165 ACCATTTGTTTTGCCACT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC--GATAAAATAAT
* ** * *
32228 ACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACTGAA
62 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA
* * * * * * * * *
32293 TCAA-TTCAAATAATCATGGCCATTTGGATAACTATCTATTTTAAATCATTATT
126 -CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * *
32346 ACCTTTTGTTTTCTTATAAAACAATTATTTTTCA-ACAAACAAGTCTT-TTCTAAATAAAATAAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAG-CTTATTC--GATAAAATAAT
* * * *
32409 ACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAG-AG--CTTTAAAAAAGAAATCTA-TTAGTTGAT
62 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGA-
* * ** *
32470 CCAATTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTATA
125 ACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
32522 ACC-TTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATGCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC--GATAAAATAATAC
** * * * *
32586 TAATAATAATAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAATAACTATGAGATTTAAATATTAAAT-TCAT
64 TAAT--T--T-A--T--TAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-GAAATTTAAAAAATAAATCT-AT
* * * * * * ** *
32650 TT-GTCGAACCAA-TTCAAACAGTTAAGACTATATAAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATA
118 TTACT-GAA-CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * * * *
32711 ACCATTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTT-AAGCTCATAGAAGCTTATTCAGAATAGAACAAAA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-G-ATAAAATAATA
* * * * *
32775 TTAATTTATTAATATTTCAAAAACTT-ATAAG-AG--ATTTAGAAAATAATTTTACTTAC-GAAG
63 CTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-
* * * * * * *
32835 CTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGCACAATTATCTATTTC-AATCATTATT
126 CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * * * *
32887 A-TTTTTCATTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATA
1 ACCTTTT-GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG--ATAAAATAATA
* * * * * * * * **
32951 TTAATTTATTAAAATTT-AGAAAAGTAATCAGTAAGAGATTTAAAGAGTAAATCT-TCTTGCCAA
63 CTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTAT-TTACTGA
* * * * * *
33014 ACCATTTGAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATA
125 ACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
33068 ACCTTTT-TATTCTGTCATCAAATAACTGGTTCTATTTATGC-TGCTTTATTTGAAATAAAATAA
1 ACCTTTTGT-TT-TGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGC-TTATTCG--ATAAAATAA
* * * * * ** * * *
33131 TGCAAATTTAATAATA-TTCTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAATAAATCTAATTGCT
61 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-GTAG-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * ** * * *
33195 GAAC-CTATTCGAATAGTTAAAACTA-TAGAAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATG
123 GAACAAT-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * ** *
33251 ACCTTTTCTTTTGTCATAAAAAAATTGTTT-TGTTTGTACAAGCTTATTCATATTAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GA-TAAAATAATAC
* * * * *
33315 TAATTTCA-TAATATTT-AAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAT
64 TAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-
* * * * * * *
33378 C-ATTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATATACTTCAAATCATTCTG
126 CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
33430 ACCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCG-ATAAAATAATAC
* ** * *
33495 TAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
* * * * * *
33560 AGTTCAAATAATTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTT-ATAATCATTAT-
128 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCA-AATCATTATG
** * * * *
33610 AGCCTTTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAAT
1 A-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCG-ATAAAATAAT
** * * * **
33674 ACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTCAAAAATTTTAAAAATAAAAT-TGTTTACCAA
62 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACTGA
* * * * *
33738 AGC-AGTTAAAATAATTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
125 A-CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * **
33792 ACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATATCATACAAGCTTATTAAAAATAAAATAAT
1 ACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATT--CGATAAAATAAT
* * * * *
33857 ACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTA-ACAGATTTAAACAATAAATCTGTTTACTAA
62 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGA-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGA
* * * * * * **
33921 ACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTT-AAATCGTTAAA
125 ACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT-TTCAAATCATTATG
* * * * *
33975 ATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAAAAGCTTATTCAGTTAAAAGTAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GATAAAA-TAATAC
* * * * * * * *
34039 TAATTGAATAATA-TTCTAAAAACTAATAAG-AG--ATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAACT
64 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
* ** * * * *
34100 AGTTCAAATAGTTAAAACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCA-A
128 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATT-ATG
* * * * *
34151 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAAT-ATTTTTTTTCACATCTTACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-A-TTCATACAAGCTTATTC-G-ATAAAATAAT
* * * * ** * * * * * * *
34215 CCAAATTTATGAACATTTGGAAAAGTAATAAGCACAAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTACTAAA
62 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA
* * * * * *
34280 CAAGTTT-AAATAG-TATTGACAATTTGAACAATTATTTATATAAAATCGTTATG
126 CAA-TTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * * * * **
34333 ACATTTTTATTTTGAT-GTAAAACAACTATTTCAATTCATAAAAGCTTA-TCCA-AAATTTTTAA
1 AC-CTTTTGTTTTG-TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGATAAAATAAT-A
** * * * * * ** ** * ** ** *
34395 AAAAATTAATAAGCGGGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA---AAAAAATTTAGATAGTTA-
63 CTAATTTATTAA----TA-TTTCAAAAATTAATAAGTAGA-AATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * *
34456 TG-ACTATTTGAACA-A--T-TGTCTATTT----AA--A---A--T-----CATTATG
122 TGAACAATTTCAA-ATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* *
34493 ACCTTTT-TTTTCGTCATAAAATAATTGGTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
1 ACCTTTTGTTTT-GTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC--GATAAAATAAT
* * ** * * **
34556 TCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTGTTGAA
62 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA
** * * * * * ** *
34621 TTAGTTCAAATAATTATG-GTCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATC
126 CAATTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * *
34674 ACCTTTTATTTTGTCATATAACA-AATT-TTTTTGA-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATA-AA-ATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA-TTCG-ATAAAATAA
* * * * *
34736 CAATAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTA-ATATATTTAAAAAATAAATATGTTTACTG
61 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGA-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG
* * * * * * **
34800 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTCTATACTTCAAATTGTTATG
124 AACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
34855 ACCTTTTGTTATGTCATAAAATAATT-ATTCATGTTCATACAAGATTATTCGAAATAAAACAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-TATTCATACAAGCTTATTCG--ATAAAATAATA
* * * *** * * * **
34919 CTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGGGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAAC
63 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
* * * * * * *
34984 TAGTTAAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTAATTCAAATCATTATG
127 AATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
35036 TCCTTTTGTCTTT-TCATAAAAGAATT-TTCTCAATTCATACTAGCTTATTCGTAATAAAATAA-
1 ACCTTTTGT-TTTGTCATAAAATAATTGTT-TCTATTCATACAAGCTTATTCG--ATAAAATAAT
* * *
35098 AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT-
62 ACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTG
* * * * * * *
35162 AACCAGTTCAAATAATTAT-ACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATT
124 AACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * * *
35216 ACTTTTTGTTTTGTCATCAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGGAATAAAGTAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-G-ATAAAATAATAC
* * * * * *
35281 TAATCTATTAATATTTCAAAAAGTAATAAGT-G--ATTTAAAATATAAATCTATGTA-TCAAACT
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACA
* * * ** * *
35342 AGTTCAATTAGTTATGACTAATTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATG
128 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
35393 ACTTTTTGTTCTATTATAAACA-AA-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGA-TAAAATAATA
** * * * ** * *
35456 CTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAGATGTTTACCT-CA
63 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAA
* ** * * * * **
35520 CTAGATCAAAGAATCATGAC-AGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
126 CAATTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
35573 ACCTTTTGTTTTG-CATAAAAGAATTGTTTCAATTTATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC--GATAAAATAATAC
* * ** * *** * * *
35637 TAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAAATGGCTTTGTTTACTAAACA
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC-
* * * * * * * *
35702 AATTT-AAATAATTAGGACTGTTTGAATAATTATTTATTTGAAAT-AGATATA
127 AATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCA-TTATG
* * ** * * *
35753 AACTTTTATTTTGTCATAAAATTTTTTTTTTTGTTCAT-CTAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTA-TTCG-ATAAAATAATA
* * * * * **
35817 CAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAGATTTGTTTACCAA
63 CTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGA
* * * ** * * **
35880 ATAAGTTCAAATCA-TTATGGCTATTTGAGTAATTATATATTTCAACTTGTTATG
125 ACAATTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * *
35934 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTGCTGTTCATATAAGTTTATTCGGATTCAAATAATAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GA-TAAAATAATAC
* ** ** * * *
35999 TAATTTATAAATATTTTTACTATTAATAAATAAAAGATTT-AAAAATAAATATATTTAC-GAAAC
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG-AAC
* * * * *
36062 AAGTTCAAATAGTCATGAGTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
127 AATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * * * *
36114 ACCTTTTCTTTTGTAATAAAACACTTGTTTC-AGTTTACATAAGCTTCTTTGAAGTACAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG-A-TAAAATAATA
* * * * * ** * *
36178 TTAATTTATTAATATTCCAAAAGTTCATGAGTAAGAGAA-TTAAAAAA-AGAAGATGTTTA-TCA
63 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGA-AATTTAAAAAATA-AATCTATTTACT-G
* * * * *
36240 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATG
124 AACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
36295 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTAATTTCGAATGAAATAAT-
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCG-ATAAAATAATA
* * * * * * * *
36358 TTAAATTTATTAATATTCCAAAATTTAGTAAGTA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAAC
63 CT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
* * **
36422 ACA-TTCAAATAGTTATGACTGTTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
127 A-ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * ** * * * **
36474 ATCTTTTGTTTTGTCATAAACA-AATTGTTTCTGTTTGTAAAATCTTTTTTAAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ATAATTGTTTCTATTCATACAAGC-TTATT-CGATAAAATAATA
* * * * *
36538 CTAATTTATTAA-AATTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTGAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAG
63 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-
* * *
36601 TAAGTTT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATG
126 CAA-TTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCA-TTATG
* * * ** *
36654 ATCTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAATTTTATTTGAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG--ATAAAATAATAC
* * * * * * * * **
36719 TAATTTA-TAGTA-TTCTAGAAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATATATTTGTTTGCCAAAC
64 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
* * * ** *
36782 AAGTTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATAATG
127 AATTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * ** **
36834 ACATTTTATTTT-ACTGTAAAACAATTGTTTCTGTTCATGTAAAATTATTCAGAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-G-ATAAAATAATA
** * ** * * * *
36898 CGGATCTATTAATATTTTGATAATTAATAAG-AG--ATTTAAAAACA-AAATCTATTTGC-CAAA
63 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAA-ATAAATCTATTTACTGAAC
* * * ** *
36958 ATATTTTAAAT-TTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCACAAATCATTGTG
127 A-ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
37010 ATC-TTTATTTTGTCATAAAACAAGTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCGATTAAAGTAATACT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-TAAAATAATACT
* * ** * * * *
37074 AATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAGTAAGTAAGTGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAAC
65 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AGAAATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTGAA-
** * * ** * *
37138 CAA-TTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTA
126 CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
37190 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAA-TGGTTC-AGTTCATGCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC--GATAAAATAATA
* * * * * **
37253 CTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAA
63 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA
* * * * **
37317 TAAATTGAAATAGATT-TGACTATCT-AAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATG
126 CAATTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAA-TCATTATG
* * * * * *
37370 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG--ATAAAATAATA
* * * * * * * *
37434 CCATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGCA-ACAGATTTAAAAACTAAAGCTTTTTTCTGAA
63 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGA-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA
* * * * * * * * *
37498 CCATTTTAAATAGTTATGATTATTTTAACAAGTATCAATCTCAAATCGTTATG
126 CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * ** * *
37551 ATC-TTTGTTTTCTCATAAAGCAATTGTTTTTA-TCATACAATCTTATTCAGATAAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAT-AAAATAATAC
* * * ** * **
37614 TAATTTAATAATA-TTCTAATAATTAATAA--A-AGATTTAAAAAATAAATAGATTTATTGAATT
64 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
* * * * * * *
37675 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCGATTTCAAATCGTTTTG
128 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
37726 ACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCG-ATAAAATAATAC
* * * * * *
37791 TAATTTATTGACA-TTCAAAAAATTAATAAGCATGAGAGTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
64 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA-GA-AATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA
* * * * * *
37855 CAATTTGAAATAGTTATGACTATTTCAACAGTTATCTGTTTAAAATCATTATG
126 CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* ** * * * * * *
37908 ACCATTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTA-ACCA-AAATAAAATAA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGATAAA-ATAATAC
* * ** *
37970 T-ATTTATTAATATTACCAAAATTAATTAACAAGATATTTAAAAAATAAATC-AGTTTAAC-GAA
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTA-TTT-ACTGAA
* * * * *
38032 TCAA-TTCAAATAATTATGGCTATTT-AAACAAGTATCTATTTTAAATCATTATC
126 -CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
38085 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTTTTCTAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC--GATAAAATAATA
* * * ** *
38149 CTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAACAAG-AG--ATTTAAAAAAGAAATCTATTTGTTGATCT
63 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC-
* * * *
38211 AATTT-AAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATA
127 AATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
38262 ACC-TTTGTTCTATCATAAAATAATTGTCTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG--ATAAAATAATAC
* * * *
38326 TAATTTATTAGTA-TTCTGAAAATTAATAA-CATGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAT-A
64 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA-GAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-C-TGA
* * * * * * ** *
38388 TC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAAAAATTATTTGTTTCAAATTGTTATA
125 ACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * ** *
38441 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT-AAGCTCATAAAAGCTTATTCGGAATAGGATAAAA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-G-ATAAAATAATA
* * * **
38505 TTAATTTATTAATATTTCAAAAAATT-ATAAG-AG--ATTT-AGAAATAATTCTATTTACAAAAC
63 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
* * * * * * * *
38565 CAGTTCAAATAATTATAACTATTTGCACAATTATCTATTTCAAATCGTTATT
127 AATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * * * *
38617 A-CTTTTCATTTTATCATAAAACAACTGTTTTTATTAATATAAGTTTTTTGGAAATAAAATAATA
1 ACCTTTT-GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG--ATAAAATAATA
* * ** * * ** **
38681 CTAATTTAGTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGGTTTAAAAAGTAAATTTGCTTACCAAA
63 CTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA
* * * *
38745 CCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
126 CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * ** *
38798 ACATTTTATTTTGTTATCAAATAATT-TGTTCTATTTATACTATTTTATTCGAAATAAAATAATG
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT-TTCTATTCATACAAGCTTATTCG--ATAAAATAATA
* * * * * * *
38862 CAAATTTAATAATATTCCAAAACTTAAT-ATTCCAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGT-C-A
63 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--AGAAATTTAAAAAATAAATCT-ATT-TACTG
* ** * *
38924 AACCAA-GTCAAATAGTTAAAACTATAT-AAATGATTATCTATTTCAAAT-AGTTATG
124 AA-CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCA-TTATG
* * * * * *
38979 ACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTATTTTCT-TT-GTACAAG-TTTTTTGATATTAAAATAAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG--A-TAAAATAAT
* * * * * * *
39041 ACTAATTTCA-TAATATTTAAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCGA
62 ACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGA
* * * * * * * *
39105 ATC-ATTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATATACTTCAAATCGTTTTG
125 A-CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
39159 ACCATTT-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTTATCAACATTCAGAATAAA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAG--CT-T----ATTC-G-ATAAA
* * *
39223 TTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAG-A-AAATGATTAAAAAACTAAATCTATT
57 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAAT--TTAAAAAA-TAAATCTATT
* * * * * * *
39286 TACTAAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTT-AAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATA
119 TACTGAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATG
* ** * * * * *
39346 ATCTTTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACAAGCCTAGATGGAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCG-ATAAAATAATA
** * **
39410 CTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTGACCAAAT
63 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-
* * * * * *
39475 CAA-TTAAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATG
126 CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
39527 ACCTTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTTTAATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
1 ACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG--TTTCTATTCATACAAGCTTATTC--GATAAAATAA
* * ***
39592 TACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTA-ACATATTTATGCAATAAATCTATTTACT-
61 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGA-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG
* * * * * **
39655 AAGCCAA-TTCAAATAATTATGACTTTTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTAAA
124 AA--CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
39711 ATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAGAAG-TCTATTTGGTTAAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TA-TTCGAT-AAAATAATA
* * * * * * * *
39774 CTAATTTAATAATATTTCAAAAGTTAATAAG-AG--ATTCAAAAAATAAATATGTTTGCTAAACT
63 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
* ** * * * * * *
39836 AGTTCAAATAGTTA--AAAAATTAAAATAATTACCCATTTCAAATCGTTCA-A
128 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTATTTCAAATCATT-ATG
* * * * * * *
39886 ACCATTTT-TTTAGTCATAAAATATTTATTT-GATGTCTTACAAACTTATTTGGAATAAAATAAT
1 ACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTA-TTCG-ATAAAATAAT
* * * * ** * * * * **
39949 CCAAATTTATGAACATTTGGAAAATTAATAA-TCAAAAGATTTGGAAAAATAAATTTGTTTACCA
62 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAA-ATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTG
* ** * * * * **
40013 AACAAGTTT-AAATAGTTATGATTATTTGAGTAGTTATTTATATAAAATTGTTATG
124 AACAA-TTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * **
40068 ACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTCAATTGATAAAAGCTTA-TC--TAAAATAAAAAA
1 ACCTTTTGTTTTG-TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGATAAAATAATACT
* * * * * ** ** *
40129 AAATTAATAAGTATGAGTTTAAAAA--AATAAATTTG---TTTACCGAACAAATTCAGATAGTTA
65 AATTTATTAA-TAT---TTCAAAAATTAAT-AAGTAGAAATTTA---AA-AAATAAATCTATTTA
* * * *
40189 -TG-ACTATTTGAACA-A--T-TGTCTATTT----AA--A---A--T----T-GTTATG
121 CTGAACAATTTCAA-ATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* ** * * *
40226 ACC-TTTG-GTTGTCATAAAATAATTGTTTCCGTTTATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATTC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG--ATAAAATAATAC
* * * * * ** **
40289 TAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAAGT-G--ATTTAAAAAGTGAATCGATTTGCCAAATTA
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAA
* * * * * * * *
40348 GTTCAAATAATTATG-GTCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTGTT
129 TTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
40398 ACCTTTTG-TTGGTCAGATAACAATTGTTTGTGA-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCG--ATAAAATAATA
* * * * * *
40461 ATAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACTGAAC
63 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
* * * * * * *
40526 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTCTATACTTCAAATCATTATA
127 AATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
40578 ACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATGCAAGCTTATTCAAAATAAAACAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC--GATAAAATAATAC
* * * * * * * * * * *
40643 TAGTCTAATAATATTACAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACT
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
* * * * * *
40708 AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTAATTCAAATCGTTATG
128 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
** * * *
40759 ACCTTTTGTCATGTCATAAAAGAATT-TTCTCAATTCATACTAA-CTTATTTAGAATAAAATAGA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT-TCTATTCATAC-AAGCTTA-TTCG-ATAAAATA-A
* * *
40822 -A-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--A-AGATTTAAAAAATAATTCTATTTACATA
61 TACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-TG
* * * * *
40882 AACAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAACATTATT
124 AACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * * *
40936 ACTTTTTGTTTTGCCATAAAAGAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGGAATAAAGTAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-G-ATAAAATAATAC
* * *
41001 TAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-G--ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACT
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACA
* * * ** * **
41062 AGTTAAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
128 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
41113 ACTTTTTGTTCTATTATTAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGA-TAAAATAATAC
* ** * * * * * ** *
41178 TAATTTATTAACATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACT
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
** * * *
41243 AGATCAAATAGTCATGACTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
128 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
41294 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT-TAGTTCATATAAGGTTTTTTGAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG--ATAAAATAATA
* * * * * ** *
41358 CTATTTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAA-T--TAA--GAGAAAATGAATCTATTTACCAAAA
63 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
* * * * * ** *** *
41417 AAGTTT-GAATAATTATGGCCATTTGAACAATTAT-TGATTTGGAATTGCTATA
127 AA-TTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCT-ATTTCAAATCATTATG
* * ** * * * * * * *
41469 ACCTTTTGGTTTGTCTTTTAATGATT-TTATTTGTTTATATATGCTCATTTCGAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT-TCTATTCATACAAGCTTA-TTCG-ATAAAATAATA
* * * * * *
41533 CAAATTTATTAATA-TT-AAGACAGTTAATAAGCAAAAGATTTTTAAAAAATAAATATGTTTACT
63 CTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAGAA-A--TTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * *
41596 GAACAAATTCAAATTGTTATG-CTTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATTC-TTATG
123 GAACAATTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAAAAATTATCTATTTCAAA-TCATTATG
* * * * * * * *
41652 A-CTTTTTTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCCATCCATACGATCTTATTCAGATTAAAATAATAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GA-TAAAATAATAC
* * * * * *
41716 TAATCTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTT--TAAA-AAA--TGTTTA-TCAAAC
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAAC
* * * * * *
41775 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTTTA
127 AATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *** *
41827 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAACTCGTGTGAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG--ATAAAATAATAC
* ** *
41892 TAATTTAATAATATACCAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATCTATTTA-TCGA
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGT-AGA-AATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GA
* * * * * *
41955 ACAAATTCAAATAGTTATGACT-TTCTTAATAATTATCTCTTTCAAAACATTA-A
125 ACAATTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
42008 ACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TATTCATTCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTC-GATAAAATAATA
* * * *
42072 -TAGATTTATTAATGA-TCCAAAAATAAATAAGTAAAAATTTTAAAAAT
63 CTA-ATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAAT
42119 TAATGTTCCA
Statistics
Matches: 10238, Mismatches: 2317, Indels: 1537
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
151 7 0.00
152 3 0.00
153 8 0.00
154 1 0.00
155 10 0.00
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157 26 0.00
158 17 0.00
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163 9 0.00
164 24 0.00
165 36 0.00
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167 7 0.00
168 82 0.01
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171 31 0.00
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176 884 0.09
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178 390 0.04
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190 60 0.01
191 11 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAATT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATG
Found at i:33690 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 31797--42118 Score: 5754
Period size: 361 Copynumber: 28.8 Consensus size: 359
31787 AATATCAAAC
* * * * * * **
31797 TCAAATTGTTATGATCTTTATTTTCTCATAAAACAATT-TTTTA--TCATACAAACTTATTCAG-
1 TCAAATCGTTATG-CCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGA
* * * *
31858 ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAATAATTGATAA-T---AGATTTAAAAAATAAATG
65 AT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * *
31919 AGTTTGCCGAATCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTTTGA
128 TGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * * *
31984 CCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAATATT
193 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
* * * * * *
32049 AATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACA
258 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTAAACA
* * *
32114 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAATAATCATCTATT
322 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * ***
32152 TAAAATCATTATGACCATTTGTTTTGCCACT-AAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCA
1 TCAAATCGTTATG-CC-TTTTTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * **
32216 AAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAAAGAGATTTAAAAAATAAAT
63 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
*** * * * * * * * * * *
32281 CAATTTACTGAATCAATTCAAATAATCATGGCCATTTGGATAACTATCTATTTTAAATCATTATT
127 TTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
32346 ACCTTTTGTTTTCTTATAAAACAATTATTTTTCAA--CAAACAAGTCTT-TTCTA-AATAAAATA
192 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTCAATTCATACAAG-CTTATT-TAGAATAAAATA
* * * * *
32407 ATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT----AAGAGCTTTAAAAAAGAAATCTA-TTAGTT
253 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CT
** *
32467 GATCCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
317 -AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * * *
32510 T-AAATTGTTATAACCTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATGCAAGCTTATTCAAA
1 TCAAATCGTTAT-GCCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT----
** * * * * * *
32574 ATAAAATAATAATAATAATAATAATTTAGTAATATTTTGAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAT
61 -T---GGAATAA-AATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* ** ** * * * * * * * *
32639 ATTAAATTCATTTGTCGAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATATAAAAAATTATTTATTTCAAAT
120 AATAAATTTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
** * * * * * * * *
32704 TGTTATAACCATTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTT-AAGCTCATAGAAGCTTATTCAGAATAG
185 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAA
* * * * * * * *
32768 AACAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAACTT-AT----AAGAGATTTAGAAAATAATTTTACT
249 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-TTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * *
32828 TACGAAGCTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGCACAATTATCTATT
313 TACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* *** * ** * * * * * *
32875 TC-AATCATTATTATTTTTCATTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCGA
1 TCAAATCGTTATGCCTTTT--TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGG
* * * * * *
32939 AATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTAGAAAAGTAATCAGTAAGAGATTTAAAGAGTAAATC
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
* * * * * * * * *
33004 TT-CTTGCCAAACCATTTGAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATA
127 TTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * *
33068 ACCTTTT-TATTCTGTCATCAAATAACTGGTTCTATTTATGC-TGCTTTATTT-GAAATAAAATA
192 ACCTTTTGT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGC-TTATTTAG-AATAAAATA
* * * ** * ** * * * *
33130 ATGCAAATTTAATAATATTCTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAATAAATCTAATTGCT
253 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * ** *
33195 GAACCTA-TTCGAATAGTTAAAACTA-TAGAA-ATGATTATCTATT
317 -AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA--ATTATCTATT
* * ** ***
33238 TCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAAAAATTGTTT-TGTTTGTACAAGCTTATTCAT
1 TCAAATCGTTATG-CCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGG
* *
33302 ATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
64 AATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * *
33366 TGTTTACCGAATCATTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATATACTTCAAATCATTCTGA
128 TGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * *
33431 CCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACT
193 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
* ** *
33496 AATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAA
258 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAA
* * * *
33561 GTTCAAATAATTATTATTATTTGAACAATTGTCTATT
323 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * **
33598 T-ATAATCATTATAGCCTTTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGATG
1 TCA-AATCGTTAT-GCCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
** * *
33662 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTCAA-AAATTTTAAAAATAAA
63 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
33726 ATTGTTTACCAAAGCAGTTAAAATAATTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
126 TTTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * ** * *
33791 GACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATATCATACAAGCTTATTAAAAATAAAATAA
191 GACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA
* * * * * * *
33856 TACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAACAGATTTAAACAATAAATCTGTTTACTAA
254 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAA
* * *
33921 ACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCAATCT
319 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-T
*** * * * **
33963 T-AAATCGTTAAAATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-ATCATAAAAGCTTATTCAG
1 TCAAATCGTT-ATGCCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGG
* * * *
34026 -TTAAAAGTAATACTAATTGAATAATATTCT-AAAA--ACTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
64 AATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * ** * *
34086 ATGTTT-GCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCA
127 TTGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-A
* * * * * * *
34150 -AACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTTTTTTCACA-TCTTACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
190 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATA
* * * * *** * * * * *
34213 ATCCAAATTTATGAACATTTGGAAAAGTAATAAGCACA-AGATTTGAAAAATAAATTTGTTTACT
253 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * *
34277 AAACAAGTTTAAATAG-TATTGACAATTTGAACAATTATTTATA
317 AAACAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * **
34320 TAAAATCGTTATGACATTTTTATTTTGAT-GTAAAACAACTATTTCAATTCATAAAAGCTTATCC
1 TCAAATCGTTATG-C-CTTTT-TTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT
** * * ***** *** *
34384 AAAATTTTTAAAA-AA-ATTAA-TAAGCGGGAGTTT-AAAA--AATAA--ATTTG-TTTACCAAA
62 GGAA----TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAA
* * * * * * *
34440 A-AAATTTAGATAGTTA-TGACT-ATTTGAACA-A--T-TGTCTATTTAAAATCATTATGACCT-
121 ATAAATTT-G-T--TTACCGAATCAGTTCAA-ATAGTTATGACTATTT-GAATAATTAT---CTA
*** * * * ** * *
34497 TTT-TTTTCGTCATAAAATAATTG----GT--T-----TA--G------TTCATACAAGCTTATT
177 TTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATT
* * * * * * *
34542 CAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGA
241 TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAA
** * ** * * *
34607 ATCTATTTGTTGAATTAGTTCAAATAATTATG-GTCATTTCAACAATTATCTATT
306 ATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATT
* * * ** * *
34661 TCAAATTGTTATCACCTTTTATTTTGTCATATAACAAATT-TTTTTGATCATACAAGCTTATTTA
1 TCAAATCGTTAT-GCCTTTT-TTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
34725 GAATAAAATAACAATAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAATATATTTAAAAAATAAAT
63 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * **
34790 ATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTCTATACTTCAAATTGTTATG
127 TTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * *
34855 ACCTTTTGTTATGTCATAAAATAATT-ATTCATGTTCATACAAGATTA-TTCGAAATAAAACAAT
192 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAAT
* * * * * * * * *
34918 ACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGGGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAA
255 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAA
* * * * *
34983 CTAGTTAAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTAAT
320 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
35023 TCAAATCATTATGTCCTTTTGTCTTT-TCATAAAAGAATT-TTCTCAATTCATACTAGCTTATTC
1 TCAAATCGTTATG-CCTTTT-T-TTTGTCATAAAACAATTGTT-TCAGTTCATACAAGCTTATTT
* *
35086 GTAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-A
62 GGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
35149 ATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTAT-ACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATT
125 ATT-TGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * *** * * ** *
35213 ATTACTTTTTGTTTTGTCATCAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGGAATAAAGTAA
189 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA
* * * * * *
35278 TACTAATCTATTAATATTTCAAAAAGTAAT----AAGTGATTTAAAATATAAATCTATGTA-TCA
254 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-A
* * * * *
35338 AACTAGTTCAATTAGTTATGACTAATTGAGCAATTATTTATT
318 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * *
35380 TCAAATCGTTATGACTTTTTGTTCT-ATTATAAACAAATGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG
1 TCAAATCGTTATGCCTTTTTTTTGTCA-TA-AAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * *
35443 GATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAG
63 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * **
35508 ATGTTTACCTCA-CTAGATCAAAGAATCATGAC-AGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA
127 TTGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * *
35571 TGACCTTTTGTTTTG-CATAAAAGAATTGTTTCAATTTATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
190 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
* * *** * *
35635 ACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAAATGGCTTTGTTTACTAAA
255 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAA
* * * * * * *
35700 CAAATTTAAATAATTAGGACTGTTTGAATAATTATTTATT
320 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * ** *** * ** *
35740 TGAAATAGATATAAACTTTTATTTTGTCATAAAATTTTTTTTTTTGTTCAT-CTAAGCTTATTTC
1 TCAAATCGTTAT-GCCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC-AAGCTTATTTG
* * *
35804 GAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAGA
63 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * **
35868 TTTGTTTACCAAATAAGTTCAAATCA-TTATGGCTATTTGAGTAATTATATATTTCAACTTGTTA
126 TTTGTTTACCGAATCAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * ** * * ** * *
35932 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTGCTGTTCATATAAGTTTATTCGGATTCAAATAAT
190 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
* * *** ** * * *
35997 ATTAATTTATAAATATTTTTACTATTAATAA-ATAAAAGATTT-AAAAATAAATATATTTACGAA
255 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGA-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAA
* * *
36060 ACAAGTTCAAATAGTCATGAGTATTTGAATAATTATCTATT
319 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * *
36101 TCAAATCATTATAACCTTTTCTTTTGTAATAAAACACTTGTTTCAGTTTACATAAGCTTCTTT-G
1 TCAAATCGTTAT-GCCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGG
* * * * * * *
36165 AAGTACAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAGTTCATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-AGAA
64 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AA
** * * * * * *
36229 GATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTAT
126 TTTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
** * * * *
36294 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTAATTTCGAATGAAATAAT
191 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
* * * * * * * * *
36358 -TTAAATTTATTAATATTCCAAAATTTAGTAAGTAA-A-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGA
255 ACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAA
* *
36420 ACACA-TTCAAATAGTTATGACTGTTTGAAGAATTATCTATT
319 ACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * ** * * * *
36461 TCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAAATTGTTTCTGTTTGTAAAATCTTTTTTA
1 TCAAATCGTTATG-CCTTTT-TTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
36525 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTGAAAAAATAAAT
63 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
36589 CTATTTACC-AAGTAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTA
127 TTGTTTACCGAA-TCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTA
* * * * * **
36652 TGATCTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAATTTTATTT-GAAATAAAATAA
190 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAA
* * * *** * * * * *
36716 TACTAATTTA-TAGTATTCTAGAAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATATATTTGTTTGCCAA
254 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAA
* * *
36780 ACAAGTTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAACTATTATCTATT
319 ACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * ** ** **
36821 TCAAATCATAATGACATTTTATTTT-ACTGTAAAACAATTGTTTCTGTTCATGTAAAATTATTCA
1 TCAAATCGTTATG-CCTTTT-TTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
** * **
36885 GAATAAAATAATACGGATCTATTAATATTT--TGA-TAATTAA-TAAGAGATTTAAAAACA-AAA
63 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAA
* * * * * * * * ** *
36945 TCTATTTGCCAAAAT-ATTTTAAAT-TTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCACAAATCATTG
126 TTTGTTTACC-GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * ** * * *
37008 TGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAAGTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTCGATTAAAGTAAT
190 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
* * * * * * * *
37071 ACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAGTAAGTAAGTGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTGCTAA
255 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTAA
** * *
37136 ACCAA-TTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATT
319 A-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * ***
37177 TCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAA-TGGTTCAGTTCATGCAAGCTTATTCAA
1 TCAAATCGTTAT-GCCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGG
* * * *
37241 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * * **
37306 TGTTTGCCAAATAAATTGAAATAGATT-TGACTATCTAAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTAT
128 TGTTTACCGAATCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTAT
* * * * *
37369 GACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATTT-GAAATAAAATAAT
191 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAAT
* * * * * * * * * * *
37433 ACCATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGCAACAGATTTAAAAACTAAAGCTTTTTTCTGAA
255 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAA
* * * * * * * *
37498 CCATTTTAAATAGTTATGATTATTTTAACAAGTATCAATC
320 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * **
37538 TCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAGCAATTGTTT--TTATCATACAATCTTATTCAG
1 TCAAATCGTTATG-CCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTGG
* *
37601 -ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAATAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAA-
64 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * * *
37660 TAGATTTATTGAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCGATTTCAAATCGTTTT
127 TTG-TTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * *
37725 GACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
191 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
* * * * * * * *
37790 CTAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGAGTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
256 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAA
* * * * *
37855 CAATTTGAAATAGTTATGACTATTTCAACAGTTATCTGTT
320 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * ** * * *****
37895 TAAAATCATTATGACCATTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTAACCAA
1 TCAAATCGTTATG-CC-TTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGG
* *
37960 AATAAAAT-A-A-T-ATTTATTAATA-TTACCAAAATTAATTAA-CAAGATATTTAAAAAATAAA
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA--AAAATTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
** * * * * * * * *
38019 TCAGTTTAACGAATCAATTCAAATAATTATGGCTATTTAAACAAGTATCTATTTTAAATCATTAT
126 TTTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* *
38084 CACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAA--CATACAAGCTTTTTCTA-AATAAAATA
191 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAATTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAAATA
* * * * ** *
38146 ATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAA-CAAGAGATTTAAAAAAGAAATCTATTTGTTG
253 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTA
* * *
38207 ATCTAA-TTTAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATT
318 AAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * * * * *
38249 TCAAATTATTATAACCTTTGTTCTATCATAAAATAATTGTCTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGA
1 TCAAATCGTTAT-GCCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGG
* * * * * *
38313 AATAAAATAATAATAATTTATTAGTATTCTGAAAATTAATAA-CATGAGATTTAAAAAATAAATC
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * ** *
38377 TATTTACC-ATATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAAAAATTATTTGTTTCAAATTGTTATA
128 TGTTTACCGA-ATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * ** ** *
38441 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT-AAGCTCATAAAAGCTTATTCGGAATAGGATAAAA
192 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA
* * * * *
38505 TTAATTTATTAATATTTCAAAAAATT-AT----AAGAGATTT-AGAAATAATTCTATTTACAAAA
256 CTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAA
* * * *
38564 CCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGCACAATTATCTATT
320 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * * * *
38604 TCAAATCGTTATTACTTTTCATTTTATCATAAAACAACTGTTTTTA-TTAATATAAG-TTTTTTG
1 TCAAATCGTTATGCCTTTT--TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
38667 GAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGGTTTAAAAAGTAAA
63 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
38732 TTTGCTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
126 TTTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * * * * ** *
38797 AACATTTTATTTTGTTATCAAATAATT-TGTTCTATTTATACTATTTTA-TTCGAAATAAAATAA
191 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCAATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAA
* * * * **** * *
38860 TGCAAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATATTCCAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGT-C-
254 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATT-TACT
** * * **
38923 AAACCAAG-TCAAATAGTTAAAACTATATAAATGATTATCTATT
317 AAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * ** *
38966 TCAAATAGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTATTTTC--TTTGTACAAG-TT-TTTT
1 TCAAATCGTTATG-CCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* *
39027 GATATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTAAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATA
63 GA-A-TAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
39091 AATTTGTTTACCGAATCATTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATATACTTCAAATCGTT
124 AATTTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * *
39156 TTGACCATTT-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTTATCAACATTCAGAAT
189 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAG-CTTAT-----TT-AGAAT
* * **
39220 AAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAA-ATGA-TTAAAAAACTAAATCT
247 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGA-GATTTAAAAAA-TAAATCT
* * * *
39283 ATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTAAACAATTGTCTATT
310 ATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * ** * * * * **
39333 TAAAATCATTATAATCTTTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCCTAGATGG
1 TCAAATCGTTAT-GCCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGG
** * *
39398 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATC
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * * *
39463 TATTGACCAAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGA
128 TGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * *
39528 CCTTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTTTAA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
193 CC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG---TTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA
* * * * * * ***
39592 TACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAACATATTTATGCAATAAATCTATTTACTAA
254 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAA
* * * * *
39657 GCCAA-TTCAAATAATTATGACTTTTTGAACAATTATCAATC
319 -ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* *** * * *
39698 TCAAATCATTAAAATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-ATCATAGAAG-TCTATTTG
1 TCAAATCGTT-ATGCCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCT-TATTTG
* * * * *
39761 G-TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAGT--TAA-TAAGAGATTCAAAAAATAAAT
63 GAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** ** * * *
39822 ATGTTT-GCTAAACTAGTTCAAATAGTTA-AAAAATTAAAATAATTACCCATTTCAAATCGTTCA
127 TTGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-A
* * * * * * * * *
39885 -AACCATTTT-TTTAGTCATAAAATATTTATTT-GATGTCTTACAAACTTATTTGGAATAAAATA
190 TGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATA
* * * * *** * * * *
39947 ATCCAAATTTATGAACATTTGGAAAATTAATAATCAAA-AGATTTGGAAAAATAAATTTGTTTAC
253 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-GAAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTAC
* * * ** * * *
40011 CAAACAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAGTAGTTATTTATA
316 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
40055 TAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTCAATTGATAAAAGC----TT-
1 TCAAATCGTTATG-CCTTTT-TTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* *
40114 --AT---CT-A-A--AA--TA--AA-A---AAAAATTAATAAGTATGAG-TTTAAAAAAATAAAT
63 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * * **
40161 TTGTTTACCGAA-CAAATTCAGATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTAT
127 TTGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * ** * * *
40225 GACC-TTTG-GTTGTCATAAAATAATTGTTTCCGTTTATACAAACTTA-TTCGAAATAAAATAAT
191 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAAT
* * * * * * *
40287 TCTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--T----AAGTGATTTAAAAAGTGAATCGATTTGCCAAA
255 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAA
** * * *
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* * * * * * ** * *
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1 TCAAATCGTT-ATGCCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGA
* * * * *
40450 ATAAAATAATAATAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTGAATCT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * *
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* * ** * * * *
40580 CTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATGCAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTA
194 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * *
40645 GTCTAATAATATTACAAAAATTAATAACTAAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTA
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* * *
40709 GTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTAAT
323 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * *
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1 TCAAATCGTTATG-CCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCAGTTCATAC-AAGCTTATTT
*
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62 GGAATAAAATA-ATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* ** * * * * * *
40867 AATTCTATTTACATAAACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAACAT
124 AATT-TGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * *** * * ** *
40932 TATTACTTTTTGTTTTGCCATAAAAGAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGGAATAAAGTA
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* * *
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253 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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191 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAAT
* * ** * *
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* ** * * *
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** * * * * * ** ** ** * * * * *
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1 TCAAATCGTTAT-GCCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
41520 GAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTAAGACAGTTAATAAGCAAAAGATTTTTAAAAAATA
63 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAAAATA
* * * * * *
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* * * * * * * *
41647 -TTATGA-CTTTTTTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCCATCCATACGATCTTATTCAGATTAAAA
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* * * * * *
41710 TAATATTAATCTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAA-AGATTT--TAAA-AAA--TGTTTA
251 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * *
41769 -TCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACT
315 CT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * ** * *** *
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1 TCAAATCGTTAT-GCCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGG
* ** *
41879 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATACCAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAA
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATA-AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
41943 TCTATTTATCGAA-CAAATTCAAATAGTTATGACT-TTCTTAATAATTATCTCTTTCAAAACATT
126 TTTGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * *
42006 A-AACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TATTCATTCAAGCTTATTTCA-AATAAAAT
189 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAAT
* *
42068 AATA-TAGATTTATTAATGA-TCCAAAAATAAATAAGTAAA-A-ATTTTAAAAAT
252 AATACTA-ATTTATTAAT-ATTCCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAT
42119 TAATGTTCCA
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TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
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** ** * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
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* ** * * * * *
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* * *
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1 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
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**
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* * *
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1 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTAC-TAAACTAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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1 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
41078 ACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATTAAACAATTGTTT
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * ** ** *
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1 -AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * * * * ** **
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* * * * * *
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128 -TCTGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * *
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* * * * * *
41614 ATG-CTTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATTC-TTATGACTTTTTTTTTGTTATAAAACAATT
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** * * * * * * *
41677 GTTTCCATCCATACGATCTTA-TTCAGATTAAAATAATATTAATCTATTAATATTTC
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* * * *
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* * * * * *
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*** * *** * **
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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** * * * * * *** ** ** **
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* * *** * * * * * * **
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176 AT-T-TC
*** * * * *** * *** * * * *
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1 AAAAATTAATAAG-TAAAAG-ATT-TAAAAAATAAATTTGTTTACTA---AACTAG-TTCAAAT-
* * * *** * ** ** * *
42337 GGTGTA-AAATATTACTA-AATTAATACTATTCTCAACAT--TAAT-A-AGTAAGAATT-T-AAA
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* * * * * ** * * * * * *
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42453 TTC
178 TTC
* * ** **** *
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1 AAA-AATTAAT-AAGTAAAAGATTTA---A-AAAATAAATTTG-TT-TA--C-TA-A-AC-TAGT
* * * * ** * * *
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* * * *** ** ** * * * *
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** * *
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162 -ACT-AATTTATTAATA--TT-TC
* * * * * * * * * ***
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* * ** *
42725 AAATCAATTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATATTCCAAATCGT
54 AAAT--AGTTAT-GACT-A-TTTGAACAA-T-T----A--T---C-----TAT-TT-CAAATCGT
* * ** * ** * *
42790 TATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTTTCATCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATA
96 TATGACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* *
42855 A-AATAAATTTATTAATATTTA
160 ATACT-AATTTATTAATATTTC
** * * * *
42876 AAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCAT-TTTA-TCGAACCAGTTTAAATAGTTAT
1 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTAT
* * ** * * * *
42939 GACTATTTGAACATTTATATATTTCAAATTATTATAACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTAAT
64 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATT-GT
* * * * ** *
43004 TT-TGTTCATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATTCTAATGCAATAATA-TTC
127 TTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * * *
43056 TAAAACTTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAGCCAATTCAAATAGTTAAG
1 -AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * ** *
43121 GCTATATAAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAATGATTTTTT
65 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTT
* ** * * *
43186 CAGTTTTTACTAA-CTTATTTGAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATCTC
129 CTGTTCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * ** * * *
43238 AAAAATTAATTAGTAAGAGATGTAAAAAAT-AATTATGTTTGCCGAACCAATTCAAATAATTATG
1 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATG
** * * * *
43302 ACTATTCAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTGTGTCGTAAAACAAATGTTT
65 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** ** * *
43367 TTGTTCATATAAG-TTCATTCAAAATAAAATAATACTAAACTATTCATATTTA
129 CTGTTCATACAAGCTT-ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * *
43419 AAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAGACCAATTCAAATAGTTATGA
1 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* ** * * * * *
43480 ATA-TTGCGGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTATATGTTATAAAACAATAGTT
66 CTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT-T-TGTCATAAAACAATTG-T
* * * *
43543 TTCTGTTCATACAAGCTTATTT-AGATTAATATGATACTAATTTATTAATATTTT
127 TTCTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * *
43597 GACAACTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGATCAAATAGTCATGA
1 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
43662 CTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTC
66 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** * * * *
43727 ACTTCATATAAGGTTATTTGAAATAAAATAATACT-ATGTTATTATTATTCC
130 TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTC
* * * * * * *
43778 AAAAATTAAT-AGTTAAGAA-ATTT-AAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTAT
1 AAAAATTAATAAG-TAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTAT
** * * ** * * * *
43840 GACCGTTTGAGCAATTATCGATTTGGAATCGCTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAATAATTTTT
64 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * **
43905 TCTGTTCATACAAGCTCATTTTG-AATAACATAATACAAATTTATTAATATTAG
128 TCTGTTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * *
43958 GACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAA-TAAGTTCAAATCA-TTA
1 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACT-AGTTCAAAT-AGTTA
*
44020 TGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
63 TGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAA-TCGTTATGAC-CTTTTG-TTTGTCATAAAACAAT
* * * * *
44083 TGTTTCTATCCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT
124 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * ** * ** * * *
44140 GACATTTAATAAGTAAAAGATTTTTCAAAA-ACA--TGTTTACCCAACAAGTTCAAATAATCATG
1 AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
44202 ACTATTTGAATAATTATTTACTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATTGTTT
65 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTT
**
44267 CAATTCAT-CTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
129 CTGTTCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* ** * * * *
44318 -AAAATTAATAAGTAAAATATTTTTTAAAA-AAATCTGTTTAC-CAAGTATGTTCAAATAATTAT
1 AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTA-GTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
44380 GACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAAACATTATAATCC-TTTGTTTTATCATAAAATAATTGT
64 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
44444 TTCTATTTATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
127 TTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * ** * * *
44497 TAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTTAAAAAATTAATCTGTTTACCGAACAAGTGCAAATAGTCAT
1 -AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTAT
* * * *
44562 -ATCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGT
64 GA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGT
* ** *
44626 TTCTATTCATACAAAATT-TTTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTACA-ATTTC
127 TTCTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTA-ATATTTC
* * * * ** ** *
44680 AAAAATTAATAAG----ATATTTTAAAACTAAATCTCATTACCGAACTAGTTCAAATAGTAATGA
1 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
44741 CTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCATTATGATCATTAT-TTTGTCCTAAAACATTTATTT
66 CTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
44804 ATGTTCATGCAAGCTTATTCGGAACAAAATAATA
129 CTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
44838 AAATACAAGC
Statistics
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0.69 0.18 0.13
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
Found at i:41137 original size:535 final size:530
Alignment explanation
Indices: 40127--41450 Score: 1274
Period size: 535 Copynumber: 2.5 Consensus size: 530
40117 TAAAATAAAA
** * * * *
40127 AAAAATTAATAAGTATGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAATTCAGATAGTTATG
1 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
40191 ACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTGGTTGTCATAAAATAATTGTTTCC
65 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTGTCATAAAAAAATTGTTTCA
* * * * *
40256 GTTTATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAGTGATT
130 ATTCATACAAACTTATTAGAAATAAAATAAATCAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAGTGATT
* * ** * * *
40321 TAAAAAGTGAATCGATTTGCCAAATTAGTTCAAATAATTATGGTCATTTCAACAATTATCTATTT
195 TAAAAAATGAATCGATTTGACAAAACAATTCAAATAATTATGCTCATTTCAACAATTATATATTT
* * * * * * *
40386 CAAATCGTTGTTACCTTTTGTTGGTCAGATAACAATTGTTTGTGATCATACAAGCTTATTTGAAA
260 CAAAACATTATTACCTTTTGTTGGCCAGAAAACAAATGTTTGTGATCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * *
40451 TAAAATAATAATAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTGAATCTG
325 TAAAATAATAATAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---AGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * *
40516 TTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTCTATACTTCAAATCATTATAACC
387 TTTACTAAACCAGTTAAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACC
* * * *
40581 TTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATGCAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAG
452 TTTTGTTATATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAA
*
40646 TCTAATAATATTAC
517 TCTAATAACATTAC
* * * *
40660 AAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGA
1 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * *
40725 CTATATGAACAATTATCTAATTCAAATCGTTATGACCTTTTGTCATGTCATAAAAGAATT-TTCT
66 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT--TGTCATAAAAAAATTGTT-T
* *
40789 CAATTCATACTAACTTATTTAG-AATAAAATAGAAT-AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-T
128 CAATTCATACAAACTTA-TTAGAAATAAAATA-AATCAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAGT
* *
40851 AAAAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTT-ACATAAACAATTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACA
191 ----GATTTAAAAAATGAA-TCGATTTGACA-AAACAATTCAAATAATTATG-CTCATTTCAACA
* * * * * * *
40913 ATTATATATTTCAAAACATTATTACTTTTTGTTTTGCCATAAAAGAAATGTTTTTGTTCATATAA
249 ATTATATATTTCAAAACATTATTACCTTTTG-TTGGCCAGAAAACAAATGTTTGTGATCATACAA
* * * *
40978 GTTTATTCGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-GATTTAAAAA
313 GCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAA
* * * *
41042 ATAAATCTATTTA-TCAAACTAGTTAAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAAT
378 ATAAATCTATTTACT-AAACCAGTTAAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAAT
** * * * * * * *** *
41106 TGTTATGACTTTTTGTTCTATTATTAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAA
442 CATTATAACCTTTTGTTATATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * **
41171 ATAATACTAATTTATTAACATTTT
507 ACAATACTAATCTAATAACATTAC
* * * * * * *
41195 GACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGA
1 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
41260 CTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTT
66 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG--TTGTCATAAAAAAATTGTTTC
* * ** * * * * * *
41325 AGTTCATATAAGGTTTTTTGAAATAAAAT-AATACTATTTTATTAATATTCTAAAAATTAA-TAA
129 AATTCATACAAACTTATTAGAAATAAAATAAAT-CAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAGTGA
* * ** *
41388 TTAAGAGAAAATGAATCTATTT-ACCAAAA-AAGTTTGAATAATTATGGC-CATTTGAACAATTA
193 TTTA-A-AAAATGAATCGATTTGA-CAAAACAA-TTCAAATAATTAT-GCTCATTTCAACAATTA
41450 T
253 T
41451 TGATTTGGAA
Statistics
Matches: 643, Mismatches: 120, Indels: 56
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
531 4 0.01
532 3 0.00
533 133 0.21
534 15 0.02
535 336 0.52
536 7 0.01
537 5 0.01
538 68 0.11
539 72 0.11
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (530 bp):
AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAA
TTCATACAAACTTATTAGAAATAAAATAAATCAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAGTGATTT
AAAAAATGAATCGATTTGACAAAACAATTCAAATAATTATGCTCATTTCAACAATTATATATTTC
AAAACATTATTACCTTTTGTTGGCCAGAAAACAAATGTTTGTGATCATACAAGCTTATTCGAAAT
AAAATAATAATAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
CTAAACCAGTTAAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTTT
GTTATATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATCTA
ATAACATTAC
Found at i:41382 original size:358 final size:358
Alignment explanation
Indices: 40151--42103 Score: 1298
Period size: 358 Copynumber: 5.5 Consensus size: 358
40141 ATGAGTTTAA
* * * * * *
40151 AAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAATTCAGATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAA
1 AAAAATAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCA
** * * * * * *
40216 AATTGTTATGACC-TTTG-GTTGTCATAAAATAATTGTTTCCGTTTATACAAACTTATTCGAAAT
66 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT-TGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * * * * *
40279 AAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAAGTGATTTAAAAAGTGAATCGATTTGC
130 AAAATAATACTAATCTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * *
40341 CAAATTAGTTCAAATAATTATG-GTCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTGTTACCTTTT
195 CAAACTAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
** * * * *
40405 GTT-GGTC-A-GATAACAATTGTT-TGTGA-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAA
259 GTTCTATCTATTA-AACAATT-TTATCT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
** * * *
40465 TTTATTAATC-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT
321 TTTATTAA-CATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTT
* * * * * *
40502 AAAAAGTGAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTCTATACTTC
1 AAAAA-TAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTC
* * * * *
40567 AAATCATTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATGCAAGCTTATTCAAAA
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT-TGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * *
40632 TAAAACAATACTAGTCTAATAATATTAC-AAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
129 TAAAATAATACTAATCTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * *
40696 GTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTAATTCAAATCGTTATGAC
189 ATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * *
40761 CTTTTG-TC-ATGTCATAAAAGAATTTTCTCAATTCATACTAA-CTTATTTAGAATAAAATAGA-
254 CTTTTGTTCTATCT-ATTAAACAATTTTATCTATTCATAC-AAGCTTATTTGGAATAAAATA-AT
* * * *
40822 A-TAAATTTATTAATA-TTT--CAA-AAATTAA-TAAAAGATTTA
316 ACT-AATTTATTAACATTTTGACAATTAA-TAAGTAAAAAATTTT
* * * * *
40861 AAAAATAATTCTATTTACATAAAC-AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTC
1 AAAAATAAATATGTTTAC-TGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTC
* * * * * * *
40925 AAAACATTATTACTTTTTGTTTTGCCATAAAAGAAATGT-TTTTGTTCATATAAGTTTATTCGGA
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAAT-TATTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAA
*
40989 ATAAAGTAATACTAATCTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATT
128 ATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * *
41053 TATCAAACTAGTTAAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTT
192 TACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
*
41118 TTGTTCTAT-TATTAAACAATTGTT-TCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAA
257 TTGTTCTATCTATTAAACAATT-TTATCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
41181 TTTATTAACATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTT
321 TTTATTAACATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTT
** * * * * *
41219 AAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTCAATAATTATCTATTTC
1 AAAAATAAATATGTTTACTGAAC-AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTC
* * * *
41283 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTAGTTCATATAAGGTTTTTTGAAA
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * ** * *
41348 TAAAATAATACTATTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-TTA-AGAGAAAATGAATCTATTTA
129 TAAAATAATACTAATCTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** ** * * ** * * *
41411 CCAAAAAAGTTTGAATAATTATGGCCATTTGAACAATTAT-TGATTTGGAATTGCTATAACCTTT
194 CCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * ** * * * * * * * *
41475 TGGTT-TGTCT-TTTAATGATTTTATTTGTTTATATATGCTCATTTCGAATAAAATAATACAAAT
258 T-GTTCTATCTATTAAACAATTTTATCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAAT
* ** * * *
41538 TTATTAATATTAAGACAGTTAATAAGCAAAAGATTTTT
322 TTATTAACATTTTGACAATTAATAAGTAAAA-AATTTT
* * *
41576 AAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATTGTTATG-CTTATTTGAATAATTATTTATTT
1 -AAAAATAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATATATTT
* * * * * ** * * *
41640 AAAATTC-TTATGA-CTTTTTTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCCATCCATACGATCTTATTC-A
64 CAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT-TGTTCATACAAGCTTATTCGA
* * * *
41702 GATTAAAATAATATTAATCTATTAATATT-TCAACAATTAATAAGTAAAAGATTT--TAAA-AAA
127 -AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * *
41763 --TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTTT
186 TCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * *** *
41826 AACCTTTTGTT-T-TGTAATAAAACAATTGTT-TCAACTCGTGTGAGCTTATTTGAAATAAAATA
251 GACCTTTTGTTCTATCT-ATTAAACAATT-TTATCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATA
* * **** * * **
41888 ATACTAATTTAATAATATACCAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAA
314 ATACTAATTTATTAACATTTTGACAATTAATA-AGTAA-AAAATTTT
* * * * * *
41934 AAAAATAAATCTATTTA-TCGAACAAATTCAAATAGTTATGACT-TTCTTAATAATTATCTCTTT
1 AAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAATTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATATATTT
* * * * * * *
41997 CAAAACATTA-AACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTATTCATTCAAGCTTATTTC-A
64 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-ATTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCGA
* * *
42060 AATAAAATAATA-TAGATTTATTAATGA-TCCAAAAATAAATAAGT
127 AATAAAATAATACTA-ATCTATTAAT-ATTCTAAAAATTAATAAGT
42104 AAAAATTTTA
Statistics
Matches: 1261, Mismatches: 262, Indels: 152
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
351 5 0.00
352 60 0.05
353 7 0.01
354 184 0.15
355 14 0.01
356 146 0.12
357 231 0.18
358 451 0.36
359 30 0.02
360 5 0.00
361 81 0.06
362 43 0.03
363 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
AAAAATAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCA
AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATA
AAATAATACTAATCTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
AAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
TCTATCTATTAAACAATTTTATCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAT
TAACATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTT
Found at i:42676 original size:145 final size:146
Alignment explanation
Indices: 42405--42676 Score: 327
Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
42395 AATAAATGTG
* * * *
42405 TTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACC
1 TTTGCCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
* * * *
42470 TTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGCTTCAACTCATACATACTTATTCAAAATAAAATAATATTA
66 TTTATGTTTAGTCATAAAACAATTGCTTCAACTCATACAAACTTATCCAAAATAAAATAATATTA
42535 ATTAGAAAAAAATCTA
131 ATTAGAAAAAAATCTA
* * ** * **
42551 TTTGCCGAACAAGTTCAAATATTTTTGACTATTTA-AACACTTATCTATTTAAAATTGTTATGAC
1 TTTGCCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
* * *
42615 CTTATAT-TTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAGTAATA
65 CTT-TATGTTTAGTCATAAAACAATTGCTTCAACTCATACAAA-CTTATCCAAAATAAAATAATA
42677 CAACTTTATT
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 18, Indels: 7
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
144 2 0.02
145 42 0.40
146 56 0.53
147 5 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.14, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (146 bp):
TTTGCCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
TTTATGTTTAGTCATAAAACAATTGCTTCAACTCATACAAACTTATCCAAAATAAAATAATATTA
ATTAGAAAAAAATCTA
Found at i:43244 original size:362 final size:361
Alignment explanation
Indices: 42556--44837 Score: 1718
Period size: 362 Copynumber: 6.3 Consensus size: 361
42546 ATCTATTTGC
* * * * * * * * * *
42556 CGAACAAGTTCAAATATTTTTGACTATTTAAACACTTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTATA
1 CGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTG
* * * * *** * *
42621 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAGTAATAC-AACTTTA
66 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TGTA
* * * * *
42685 TTAATATTATAAAAATTGATAAGCT-AGAGATTTAAAACATAAATCAATTTA-TC-GA-ATCAGT
130 TTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTCAGACA--AGT
* * * * * * *
42746 TCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATATTCCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTATCAT
192 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
42811 AAAACAATCATTTTTCA--TCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATT
257 AAAATAAT--TTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-T
* **
42874 TAAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCAT-TTTA
319 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTA
* * * * *
42917 TCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACATTTATATATTTCAAATTATTATAACTTTTT
1 -CGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTT
* * * * * *
42982 GTTTTATCATAAAACAATTAATTT-TGTTCATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATTCTAATGC
65 GTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATGT
* * * * * *
43046 AATAATATTCTAAAACTTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAGCCAA-TTC
129 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTCAGACAAGTTC
* * * * * * *
43110 AAATAGTTAAGGCTATATAAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTTCATAA
194 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** *
43175 AATGATTTTTTCAGTTTTTACTAA-CTTATTTGAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATCTCA
259 AATAATTTTTTCAGTTCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATAT-TCA
* * * * *
43239 AAAATTAATTAGTAAGAGATGTAAAAAATAATTATGTTTGC
322 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-A
* ** *
43280 CGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTCAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTG
1 CGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTG
* * * * * * ** **
43345 TTGTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAG-TTCATTCAAAATAAAATAATACTAAACTA
66 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTT-ATTTGAAATAAAATAATACTAATGTA
* *
43409 TTCATATT-TAAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TTAGACCAA-TT
130 TTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTCAGA-CAAGTT
* * ** ** *
43467 CAAATAGTTATGAATA-TTGCGGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTATATGTT
193 CAAATAATTATGACTATTTG-AACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-T-TGTC
* * * * * * *
43529 ATAAAACAATAGTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-AGATTAATATGATACTAATTTATTAATA
255 ATAAAATAAT-TTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA
** * * *
43593 TTTTGACAACTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTA
318 -TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * * * * * *
43638 CTAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACTTTTT
1 C-GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTT
* *
43703 GTTTTGTCATAAAAAAATTATTTC-ACTTCATATAAGGTTATTTGAAATAAAATAATACT-ATGT
65 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATG-
* * * *
43766 TATTATTATTCCAAAAATTAAT-AGTTAAGAA-ATTT-AAAAATGAATCTATTTAC-CAAACAAG
128 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTCAGACAAG
* ** * ** ** ** * *
43827 TTTAAATAATTATGACCGTTTGAGCAATTATCGATTTGGAATCGCTATAACCTTTTGGTTTGTCA
191 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
43892 TAAAATAATTTTTTCTGTTCATACAAGCTCATTTTG-AATAACATAATACAAATTTATTAATATT
256 TAAAATAATTTTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT
* *
43956 -AGGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
320 CA--AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
** * *
43999 TCGAATAAGTTCAAATCATTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTCAAATTCTTATGACTTTT
1 -CGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTATTATGAC-TTT
* * * * *
44063 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATATTAAT
63 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAAT
* * * * * *** * *
44127 TTATTAATATTTTGACATTTAATAAGTAAAAGATTT-TTCAA-AAA-CATGTTTACCCA-ACAAG
127 GTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-TATTTACTCAGACAAG
* * * * *
44188 TTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATTTACTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAA
191 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
44253 TAAAAAAATTGTTTCAATTCAT-CTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
256 TAAAATAATTTTTTCAGTTCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT
* ** *
44317 C-AAAATTAATAAGTAAAATATTTTTTAAAA-AAATCTGTTTA
320 CAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTA
* ** * * ** * *
44358 CCAAGTATGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAAACATTAT-AATCCTT
1 CGAACCA-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACT-TTT
* * * * * * * *
44422 TGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATGT
* * *
44487 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTTAAAAAATTAATCTGTTTAC-C-GAACAAGT
129 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTCAG-ACAAGT
* * * * * ** * *
44550 GCAAATAGTCAT-ATCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCG
192 TCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * *
44614 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATT-TTTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTACA-A
256 TAAAATAATTTTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACAAATTTATTA-ATA
* * * * **
44676 TTTCAAAAATTAATAAG----ATATTTTAAAACTAAATCTCATTA
318 -TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * * **
44717 CCGAACTAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCATTATGA-TCAT
1 -CGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTATTATGACTTTT
* * * * * ** * * *
44780 TATTTTGTCCTAAAACATTTATTTATGTTCATGCAAGCTTATTCGGAACAAAATAATA
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
44838 AAATACAAGC
Statistics
Matches: 1538, Mismatches: 304, Indels: 160
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
356 2 0.00
357 11 0.01
358 220 0.14
359 317 0.21
360 42 0.03
361 367 0.24
362 536 0.35
363 39 0.03
364 3 0.00
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (361 bp):
CGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTG
TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATGTAT
TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTCAGACAAGTTCAA
ATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
TAATTTTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAAAA
TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
Found at i:43308 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 43287--43339 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 3.0 Consensus size: 18
43277 TGCCGAACCA
43287 ATTCAAATAATTATGACT
1 ATTCAAATAATTATGACT
*
43305 ATTCAAACAATTAT--CT
1 ATTCAAATAATTATGACT
**
43321 ATTTCAAATTGTTATGACT
1 A-TTCAAATAATTATGACT
43340 TTTTGTTGTG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 5
0.76 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.11
17 10 0.36
18 13 0.46
19 2 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (18 bp):
ATTCAAATAATTATGACT
Found at i:44333 original size:720 final size:715
Alignment explanation
Indices: 42555--44556 Score: 1724
Period size: 720 Copynumber: 2.8 Consensus size: 715
42545 AATCTATTTG
* * * * * * * *
42555 CCGAA-CAAGTTCAAATATTTTTGACTATTTAAACACTTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTA
1 CCGAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTCAAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATGACTTTT
* * * * * * * * *
42619 TATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTT-ATCCAAAATAAAGTAATAC--AAC
65 TGTTGTGTCATAAAACAAATGTTTCTATCCATACAAG-TTCATTCAAAATAAAATAATACTAAAC
* * * *
42681 TTTATTAATA-TTATAAAAATTGATAAGCTAGAGATTTAAAACATAAATCAATTTA-T-CGAATC
129 --TATTAATATTTA-AAAAATTAAT-A---AGAGATTTAAAAAATAAATCTATGTATTAC-AA-C
* * * *
42743 -AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATATATTCCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTA
185 AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATT-CAAATCGTTATG-ACTTTTGTTTTG
* * * *
42807 TCATAAAACAATCATT-TTTCA-TCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAA-AATAAATTTATTA
248 TAATAAAA-AA--ATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTA
** * * * *
42869 ATATTTAAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCAT-TTTA-TCGAACCAGTTTAAA
309 ATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACT-AAACTAGTTCAAA
* * *
42932 TAGTTATGACTATTTGAACATTTATATATTTCAAATTATTATAACTTTTTGTTTTATCATAAAAC
371 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAT-ACTTTTTGTTTTATCATAAAAA
** * * * *
42997 AATTAATTTTGTTCATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATTCTAATG-CAATAATATTCTAAAA
435 AATT-ATTTCATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATGTTATTAATATTCTAAAA
* ** * * ** * * *
43061 CTTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAGCCAA-TTCAAATAGTTAAGGCTA
499 ATTAATAGTTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAACAAGTTCAAATAATTAAGACCA
* ** * * * * *
43125 TATAAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAATGATTTTTTCAGT
562 TATAAACAATTATCGATTTCAAATCACTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAGT
** * * *
43190 TTTTACTAACTTATTTGAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATCTCAAAAATTAATTAGTAAG
627 TCATACTAACTCATTTGAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATCTCAAAAATTAATAAGTAAA
*
43255 AGATGTAAAAAATAATTATGTTTG
692 AGATGTAAAAAATAATTATGTTTA
*
43279 CCGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTCAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTT
1 CCGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTCAAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATGACTTTTT
* * * * *
43344 GTTGTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTCATTCAAAATAAAATAATACTAAACTA
66 GTTGTGTCATAAAACAAATGTTTCTATCCATACAAGTTCATTCAAAATAAAATAATACTAAACTA
* * * *
43409 TTCATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAGACCAA-TTCAAATA
131 TTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATGTATTACAACAAGTTCAAATA
* * ** * * *
43473 GTTATGAATA-TTGCGGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTT-TTATATGTTATAAAAC
196 ATTATGACTATTTG-AACAATTATTTA-TTCAAATCGTTATGACTTTTGTT-T-TGTAATAAAAA
* * * * * * *
43536 AATAGTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-AGATTAATATGATACTAATTTATTAATATTTTGAC
257 AATTG-TTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAA
* * *
43600 AACTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGATCAAATAGTCATGACTA
318 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
43665 TTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCACT
383 TTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAT-ACTTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCA-T
* * * *
43730 TCATATAAGGTTATTTGAAATAAAATAATACT-ATGTTATTATTATTCCAAAAATTAATAGTTAA
446 TCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGTTAA
* * * * * * *
43794 GAAATTT-AAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACCGTTTGAGCAATTAT
511 -AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACCATATAAACAATTAT
** * *
43858 CGATTTGGAATCGCTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTGTTCATAC-AAGCTC
575 CGATTTCAAATCACTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAGTTCATACTAA-CTC
* * * *
43922 ATTTTG-AATAACATAATACAAATTTATTAATAT-T-AGGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
639 A-TTTGAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATCTCA--AAAATTAATAAGTAAAAGATGTAAA
43984 AAATAAATT-TGTTTA
701 AAAT-AATTATGTTTA
* * * **
43999 TCGAA-TAAGTTCAAATCATTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTCAAATTCTTATGACTTT
1 CCGAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTCAAACAATTATC-TATTTCAAATTCTTATGAC-TT
* * * *
44062 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTT-ATTCAAATTAAAATAATATTAA
63 TTTGTTGTGTCATAAAACAAATGTTTCTATCCATACAAG-TTCATTCAAAATAAAATAATACTAA
** ** * * ***
44126 TTTATTAATATTTTGACATTTAATAAGTAAAAGATTT-TTCAA-AAA-C-ATGT-TTACCCAACA
127 ACTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATGTATTA--CAACA
* * * *
44186 AGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATTTACTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGT
186 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTA-TTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGT
44251 AATAAAAAAATTGTTTCAATTCAT-CTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
249 AATAAAAAAATTGTTTC-ATTCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * ** * * * *
44315 -TTCAAAATTAATAAGTAAAATATTTTTTAAAA-AAATCTGTTTAC-CAAGTATGTTCAAATAAT
312 TTTAAAAATTAATAAGTAAAA-AATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTA-GTTCAAATAGT
* * * * * *
44377 TATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAAACATTATAATCCTTTGTTTTATCATAAAATAATT
375 TATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATACT-TTTTGTTTTATCATAAAAAAATT
* * * *
44442 GTTTCTATTTATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTCTAAAAATTA
439 ATTTC-ATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATGTTATTAATATTCTAAAAATTA
* * * * *
44506 ATAAGTTAAAGATTTTAAAAAATTAATCTGTTTACCGAACAAGTGCAAATA
503 AT-AGTTAAA-AATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATA
44557 GTCATATCTA
Statistics
Matches: 1033, Mismatches: 191, Indels: 110
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
717 2 0.00
718 3 0.00
719 31 0.03
720 413 0.40
721 300 0.29
722 86 0.08
723 56 0.05
724 125 0.12
725 14 0.01
726 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (715 bp):
CCGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTCAAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATGACTTTTT
GTTGTGTCATAAAACAAATGTTTCTATCCATACAAGTTCATTCAAAATAAAATAATACTAAACTA
TTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATGTATTACAACAAGTTCAAATA
ATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATT
GTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATA
AGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
ATTATATATTTCAAATCATTATACTTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCATTCATATAAGC
TTATTTGGAATAAAATAATACTAATGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGTTAAAAATTTAAAA
AATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACCATATAAACAATTATCGATTTCAAAT
CACTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAGTTCATACTAACTCATTTGAAATAAA
ATAAAACAAATTTATTAATATCTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATGTAAAAAATAATTATGTTTA
Found at i:44658 original size:540 final size:534
Alignment explanation
Indices: 42558--44775 Score: 1878
Period size: 540 Copynumber: 4.1 Consensus size: 534
42548 CTATTTGCCG
* ** * * * * * ** * *
42558 AACAAGTTCAAATATTTTTGACTATTTAAACACTTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTATATT
1 AACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * ** *** *
42623 TTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAGTAATAC-AACTTTATT
66 TTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATCTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTTATT
* * * * ** * *
42687 AATATTATAAAAATTGATAAGCTAGAGA-TTTAAAACATAAATCAATTTATCGAATCAGTTCAAA
130 AATATT-CAAAAATTAAT-AG-TAAAAATTTTAAAA-AT-AATCTGTTTA-CCAAACAGTTCAAA
* * * * *
42751 TAATTATGGCCATTTGAACAATTATATATTCCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAAC
189 TAATTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTGTTTTATCATAAAAC
* *
42816 AATCATTTTTC-A-TCATACAAGC-CTATTCGAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTAA
253 AAT--TGTTTCTATTCATACAAGCTC-ATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAA
* * *
42877 AAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCAT-TTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATGA
314 AAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
42941 CTATTTGAACATTTATATATTTCAAATTATTATAACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTAATTT
377 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTT
* * ** * ** * * *
43006 -TGTTCATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATTCTAATGCAATAATATTCT-AAAACTTAATAA
441 CTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAA-TTAATAA
* *
43069 CTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATTTATTTACTGA
505 GTAAAAGATTTTAAAAAA-AAA--TGTTTACT-A
** * * * * * * *
43102 GCCAA-TTCAAATAGTTAAGGCTATATAAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* ** * * ** * *
43166 TTTTCATAAAATGATTTTTTCAGTTTTTACTAA-CTTATTTGAAATAAAATAAAACAAATTTATT
66 TTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCAT-CTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * *
43230 AATATCTCAAAAATTAATTAGTAAGAGATGTAAAAAATAATTATGTTTGCCGAACCAATTCAAAT
130 AATAT-TCAAAAATTAA-TAGTAA-AAATTTTAAAAATAA-TCTGTTTACC-AAACAGTTCAAAT
* * * * * * * *
43295 AATTATGACTATTCAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTGTGTCGTAAAACA
190 AATTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-CTTTGTTTTATCATAAAACA
* * * * * * ** *
43360 AATGTTTTTGTTCATATAAGTTCATTCAAAATAAAATAATACTAAACTATTCATATTTAAAAAAT
254 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTCATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAAT
* * * *
43425 TAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAGACCAA-TTCAAATAGTTATGAATA-TT
319 TAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
** * * * * *
43485 GCGGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTT-TATATGTTATAAAACAATAGTTTTCTGT
383 G-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTAT
* * * *
43549 TCATACAAGCTTATTTAGATTAATATGATACTAATTTATTAATATTTTGACAACTAATAAGTAAA
445 TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAA
* *
43614 AAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTA
510 AGATTTTAAAAA-AAA-ATGTTTACTA
* * * * *
43641 AACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * *
43706 TTGTCATAAAAAAATTATTTCACTTCATATAAGGTTATTTGAAATAAAATAATACT-ATGTTATT
66 TTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATCTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TTATT
* * *
43770 ATTATTCCAAAAATTAATAGTTAAGAAA-TTTAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAAT
130 AATATT-CAAAAATTAATAG-TAA-AAATTTTAAAAAT-AATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAAT
* * * * ** * * * *
43834 AATTATGACCGTTTGAGCAATTATCGATTTGGAATCGCTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAATA
190 AATTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-TTTGTTTTATCATAAAACA
* * * * * * *
43899 ATTTTTTCTGTTCATACAAGCTCATTTTG-AATAACATAATACAAATTTATTAATA-TTAGGACA
254 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTCA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAA
* *
43962 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATCA-TTATGACTA
317 ATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTA
*
44026 TTTGAACAATTA-CTTATTTCAAATTCTTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
380 TTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * *
44090 ATCCATACAAGCTTATTCA-AATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACATTTAATAAGT
443 ATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGT
** * **
44154 AAAAGATTTTTCAAAAACATGTTTACCC
507 AAAAGATTTTAAAAAAAAATGTTTACTA
* * *
44182 AACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATTTACTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* *
44247 TTGTAATAAAAAAATTGTTTCAATTCATCTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
66 TTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATCTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
**
44312 ATATTC-AAAATTAATAAGTAAAATATTTTTTAAAAA-AATCTGTTTACCAAGTATGTTCAAATA
131 ATATTCAAAAATTAAT-AGTAAAA-A--TTTTAAAAATAATCTGTTTACCAAACA-GTTCAAATA
* * * * *
44375 ATTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAAACATTATAATCCTTTGTTTTATCATAAAATAA
191 ATTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA-CCTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * * * *
44440 TTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAAT
255 TTGTTTCTATTCATACAAGCTCATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAAT
* * * *
44504 TAATAAGTTAAAGATTTTAAAAAATTAATCTGTTTACCGAACAAGTGCAAATAGTCAT-ATCTAT
319 TAATAAG-TAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTAT
* * *
44568 TTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATT
381 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
** * ** *
44633 CATACAAAATTTTTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTACA-ATTTCAAAAATTAATAAG----
446 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA-ATATTTTGACAATTAATAAGTAAA
* ** * **
44693 ATATTTTAAAACTAAATCTCATTACCG
510 AGATTTTAAAAAAAAATGT--TTACTA
* * * *
44720 AACTAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCATTATGA
1 AACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTAT-TTCAAATCATTATGA
44776 TCATTATTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
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AACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
TTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATCTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTCAAAAATTAATAGTAAAAATTTTAAAAATAATCTGTTTACCAAACAGTTCAAATAATTAT
GACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
CTATTCATACAAGCTCATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG
TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
ATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
TATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAA
AAAAATGTTTACTA
Found at i:45415 original size:318 final size:318
Alignment explanation
Indices: 44834--45439 Score: 987
Period size: 318 Copynumber: 1.9 Consensus size: 318
44824 GGAACAAAAT
*
44834 AATAAAATACAAGCTTATGTTCATAAAATCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
1 AATAAAATACAAGCTTATGTTCATAAAACCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
44899 TCAAAATTAATAAAATACAAAGGATTGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAA
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* * *
44964 TTATTTGAACACGCTCGATAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAATATT
131 TTATTTGAACACACTCGATAAACAGATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAACTTTGAATATT
* * * *
45029 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAGTTTTATGAACATAAACTTGTATTTTATTACTTT
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*
45152 AATAAAATACAAGCTTATGTTCATAAAACCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
1 AATAAAATACAAGCTTATGTTCATAAAACCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
45217 TCAAAATTAATAAAATATAAAGGAGTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
66 TCAAAATTAATAAAATACAAAGGAGTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAA
* *
45282 TTATTTGAACACACTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAACTTTGAATATT
131 TTATTTGAACACACTCGATAAACAGATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAACTTTGAATATT
* * *
45347 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGGTTTTATAAACATAAGCTTGTATTTCATTATTTT
196 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAGTTTTATAAACATAAACTTGTATTTCATTACTTT
** * *
45412 ATTCTGAATACGCTTGTATGAACATAAA
261 ATTCCAAATAAGCTGGTATGAACATAAA
45440 CAAATGTTTT
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 25, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (318 bp):
AATAAAATACAAGCTTATGTTCATAAAACCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TCAAAATTAATAAAATACAAAGGAGTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAA
TTATTTGAACACACTCGATAAACAGATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAACTTTGAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAGTTTTATAAACATAAACTTGTATTTCATTACTTT
ATTCCAAATAAGCTGGTATGAACATAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATA
Found at i:45710 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 45676--45747 Score: 126
Period size: 23 Copynumber: 3.1 Consensus size: 23
45666 CGATTATCTA
*
45676 TTTCAAAGCATTATGACCTTTTG
1 TTTCAAAACATTATGACCTTTTG
*
45699 TTTCAAAACATTATGTCCTTTTG
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1 TTTCAAAACATTATGACCTTTTG
45745 TTT
1 TTT
45748 TGTCATAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (23 bp):
TTTCAAAACATTATGACCTTTTG
Found at i:46309 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 45943--46322 Score: 500
Period size: 181 Copynumber: 2.1 Consensus size: 178
45933 CAAAAAAACC
*
45943 TTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAA
1 TTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* ** * *
46007 ATAAATCTATTTACCGAGCGTGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATC
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* **
46072 GTTATAATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGT
130 GTTATAATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTTATACAAAA
46121 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAA
1 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC--AAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAA
* * * *
46185 AAA-ACTAATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTAATGTCTATTTGAACTA-TTATCTATTTC
63 AAATA--AATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATAATGACTATTTGAAC-AGTTATCTATTTC
* * *
46248 AAATTGTTATGACAT-TTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAAA
125 AAATCGTTAT-A-ATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTTATACAAAA
46303 TTATTTAGAATAAAATAATA
1 TTATTTAGAATAAAATAATA
46323 TTTAAAAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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179 2 0.01
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TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
TAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATAATGACTATTTGAACAGTTATCTATTTCAAATCG
TTATAATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTTATACAAAA
Found at i:47894 original size:539 final size:542
Alignment explanation
Indices: 46730--47963 Score: 1230
Period size: 539 Copynumber: 2.3 Consensus size: 542
46720 TTTAAAATTG
** * * * ** * *
46730 TTATGACCTTTAATTTTATCATTAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTGTTCGAAGTAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCAATTCATACTAACTTATTCGAAATAAAAT
* * * * * * *
46795 AAAA-ATTACTTTATTAGTA-T-CATGAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAAT-TAGT
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* * * * * *
46856 TTATCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATTAACT
126 TTACCAAACCAGTTTAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGGTATGAACT
* *
46921 TTTGTTCTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
191 TTTGTTCTGTCATAAAACAAATGTTTTTCATTATA-AAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
** * ** *
46986 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAGGAGATTTAAAACAATAAATCTATATATTGAACCAGT
255 CAATTAATATTTCAAAAATTAAT-AATAGGAGATTTAAAACAATAAATATATATATAAAACCAAT
* * *
47051 TTAAATAGTTATAACTATTTGAAAAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGACAT
319 TCAAATAGTTATAAATATTTGAAAAATTATATATTTCAAAATGTTATAACCTTTTGTTCTGACAT
** * *
47116 AAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTGTATATAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCT
384 AAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATATATAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCT
* * * * * ** * *
47181 AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAGCAATTTTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGG
449 AAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAGCAAATATATTTACCAAACTAAATCAAATAGTCAAGA
* ** *
47246 CTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCG
514 CTATATGAACAATTATCAATTTCAAATCA
* * * * * *
47275 TTTTGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTTTTTCAATTCTTACTAACTTATTTGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCAATTCATACTAACTTATTCGAAATAAAAT
* * *
47340 AAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATCAGTAAGAGGTTTAAAAAAT-AAT-TATGTTTA
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** * * *
47403 CTGAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGGTATGACCTTTT
129 CCAAACCAGTTTAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGGTATGAACTTTT
* ** *
47468 GTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTAGTTCA-TAT-AAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATC
194 GTTCTGTCATAAAACAAATG-TTT--TTCATTATAAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATC
* * * *
47531 AATTAATATTTCATAAATTAAT-A-A-GATATTTAAAA-AATAAATATGTTTATAAAACCAATTC
256 AATTAATATTTCAAAAATTAATAATAGGAGATTTAAAACAATAAATATATATATAAAACCAATTC
* * * * **
47592 AAATAGTTATAAATATTT-AAACAATTATTTATTTCAAAATGTTATGA-CTTTTTTATTTGTTAT
321 AAATAGTTATAAATATTTGAAA-AATTATATATTTCAAAATGTTATAACCTTTTGT-TCTGACAT
* * * * * *
47655 AAAATAA-TAGTTTCAGTTCATACATGCTTAT-TCATATTAATATAATACTAATTTATTAATATT
384 AAAACAATTA-TTTCAGTTCATACAAGCTTATAT-ATAATAAAATAATACTAATGTAATAATATT
* * * * * * *
47718 TTGACAATTAGTAAGTAAAAAATTTTAAAAA-TAAATATGTTTACCAAACTAAATCAAATAGTCA
447 CTAAAAATTAATAACTAAAAAA-TTTAAAAAGCAAATATATTTACCAAACTAAATCAAATAGTCA
* *
47782 CA-ACTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATCA
511 -AGACTATATGAACAATTATCAATTTCAAATCA
* * *
47814 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATA-TAAGGTTATTCGAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCAATTCATACTAA-CTTATTCGAAATAAAA
* * * * *
47878 TAATAC-TATGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTTAAAAATGAATCTATTTA
65 TAAAACAAAT-TTATTAATATTCCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA
*
47942 CCAAACAAGTTTAAATAATTAT
129 CCAAACCAGTTTAAATAATTAT
47964 ATAATACTGT
Statistics
Matches: 563, Mismatches: 109, Indels: 40
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (542 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCAATTCATACTAACTTATTCGAAATAAAAT
AAAACAAATTTATTAATATTCCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACC
AAACCAGTTTAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGGTATGAACTTTTGT
TCTGTCATAAAACAAATGTTTTTCATTATAAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATCAATTA
ATATTTCAAAAATTAATAATAGGAGATTTAAAACAATAAATATATATATAAAACCAATTCAAATA
GTTATAAATATTTGAAAAATTATATATTTCAAAATGTTATAACCTTTTGTTCTGACATAAAACAA
TTATTTCAGTTCATACAAGCTTATATATAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATT
AATAACTAAAAAATTTAAAAAGCAAATATATTTACCAAACTAAATCAAATAGTCAAGACTATATG
AACAATTATCAATTTCAAATCA
Found at i:47930 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 46700--47964 Score: 995
Period size: 181 Copynumber: 7.0 Consensus size: 181
46690 AATTTGTTTG
* * * * * ** * * * *
46700 ACTATTTGACCAATTGTTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTAATTTTATCATTAAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT
* * * * * * * * * *
46765 CAATTCATAAAAACTTGTTCGAAGTAAAATAAAAATTACTTTATTAGTA--TCATGAAAATTGAT
66 CAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCA--AAAATTAAT
* * * * * *
46828 AAGTTAGAGATTTAAAACATAAAT-TAGTTTATCAAATCAGTTCAAATAATTATG
128 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATA-TTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATA
* * * * * * * *
46882 GCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATTAACTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAAT-TAT
* * *
46947 TTCA-TT-ATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
64 TTCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *** *
47010 AATAGGAGATTTAAAACAATAAATCTATATATTGAACCAGTTTAAATAGTTATA
129 AGTAAGAGATTTAAAA-AATAAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATA
* * * * * * *
47064 ACTATTTGAAAAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTGACATAAAACAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT
** * * *
47129 TTGTTCATATAAGCTTGTAT--ATAATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TTCTAAAAATTAAT
66 CAGTTCATATAAGCTTAT-TCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT
* ** * * * *
47191 AACTAAGAGATTTAAAAAGCAATTTTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTA-A
128 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATA
* * * * * * * * *
47244 GGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTTTT
1 -ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATT
* * * * * * *
47309 TCAATTCTTACTAA-CTTATTTGAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATC
65 TCAGTTCATA-TAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * ** * * *
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129 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATA
* **
47426 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGGTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTATT
* * ** *
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65 TCAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * ** *
47552 -TAAGATATTTAAAAAATAAATATGTTTATAAAACCAATTCAAATAGTTATA
130 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATA
* * * * * *
47603 AATATTTAAACAATTATTTATTTCAAAAT-GTTATGA-CTTTTTTATTTGTTATAAAATAA-TAG
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGT-TTTGTCATAAAAAAATTA-
* * * * ** * *
47665 TTTCAGTTCATACATGCTTATTC-ATATTAATATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAG
63 TTTCAGTTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * ** * *
47729 TAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAAATCAAATAGTCACA
127 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATA
* * *
47784 ACTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT
* *
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66 CAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * *
47913 TTAAGAGATTTTAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATA
130 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATA
47965 TAATACTGTA
Statistics
Matches: 849, Mismatches: 201, Indels: 67
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
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183 10 0.01
184 6 0.01
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ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT
CAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATA
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51150 ATACAAGCTC
*
51160 ATACCAATTGTTATAG
1 ATACCAATTGTTAAAG
51176 ATACCAATTGTTAAAG
1 ATACCAATTGTTAAAG
* * *
51192 ATA-TATTATGATAAAG
1 ATACCAAT-TGTTAAAG
51208 CATACCAATTGTTA
1 -ATACCAATTGTTA
51222 TCACAAAACA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 7, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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ATACCAATTGTTAAAG
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54472 TTTTCATTCA
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1 TC
54524 TAAAAATTCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TCAAATCACAAATTTTTTTT
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*** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * *
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1 ATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCCATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * *
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*
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131 CATAAAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAA
** * * * * * *
57116 ATTGTTAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATCCATTTATCAAATCATTTCAAATAATTATGACTAT
1 ATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCCATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTAT
* * *
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66 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-T-TCTTTCA
* * *
57245 --TCATAAAAGCCTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
128 GTTCATAAAAGCTTATT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAA
*
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1 ATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCCA-TTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTA
* ** * ** * * **
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* * *
57426 TCA-AATAAGTTTGTTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAA
130 TCATAA-AAGCTTATTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAA
* * * * ** * * *
57478 ATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAGCCAGTTTGATTACTTA-AACTA
1 ATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCCATTTATC-AAACCAATTCAAATAGTTATGACTA
* * ** * * * *
57541 TTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTCGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-ATG
65 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTCTTTCA-G
* * * ** *
57605 TTCAT-ATAGTCTTATTTAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAACA
129 TTCATAAAAG-CTTATTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAA
* * * * *
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1 ATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCCATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTAT
* * * *
57705 TTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCACAAATA-AATTGTTTCTA-
66 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAA-ACAATTCTTTC-AG
** ** * * * * **
57768 TTTGTTCAACCTTATTCAAAAAAATATAAT-TCTAACTTATTAATATACCAAAA
129 TTCATAAAAGCTTATTGAAATAAA-ATAATAT-TAATTTATTAATAT-TTAAAA
* * * *** * *
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1 ATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATA-AATCCATTTATC-AAACCAA-TTCAAATAGTTATGAC
*** * * * *
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63 TATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTCTTTC
* * * * *
57948 TA-TTTAGACAAGCTTATTTCAAATAAAATAACTCA--AATTTATTAATATTCAAATA
127 -AGTTCATAAAAGCTTA-TTGAAATAAAATAA-T-ATTAATTTATTAATATTTAAA-A
* * * * *** * * * * *
58003 ATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTACCGAA-TAAGTTCAAAAAGTTGTGACTA
1 ATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCCATTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTA
* * ** * * * * * * *
58067 TTTGAACAATTATTTATTTTAAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA
65 TTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-CTTTCA
* * * * *
58132 -TTCATACAAGCTTATTCAGATTTAAATAATATTAATTTATTAATATTTTTACAA
128 GTTCATAAAAGCTTATTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATA--TTTAAAA
* * * * * * * * *
58186 A-TAATAAGTAAAAGATTTTAACAATAAATACGTTTATCAAA-CAAGTCCAAATAGTCATAACTA
1 ATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCCATTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTA
* * * ** * * * * *
58249 TTTGAATAGTTATCTATTTTAAATTGTTATGACCCTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTATT-AG
65 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTCT-TTCAG
* * *
58313 TTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
129 TTCATAAAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAA
* * * * *
58366 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTA
1 ATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCCATTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTA
** * * * * **
58430 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
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58495 TCATACAAA-CTTATT
130 TCATA-AAAGCTTATT
58510 AATATTTCAA
Statistics
Matches: 1261, Mismatches: 235, Indels: 154
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
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165 3 0.00
167 3 0.00
169 2 0.00
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177 2 0.00
178 7 0.01
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TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTCTTTCAGTT
CATAAAAGCTTATTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAA
Found at i:58022 original size:182 final size:177
Alignment explanation
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57688 TTGTTTGTTC
* ** * *
57698 TGACTATTTGAAGAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA-CAAATAAATT
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* * * * * * * *
57761 GTTTCTATT-TGTTCAACCTTATTCAAAAAAATATAATTCTAACTTATTAATATACCAAAAATTA
64 -TTTTTATTCAG-ACAAGCTTATTCAAATAAA-ATAA-TCAAATTTATTAATAT-TCAAAAATTA
* * * * *
57825 ATAAGTTAGAGATTTAAAAAAGAGAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATATTTA
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* * *
57880 TGACTATTTGAACAATTATCATTTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTTT
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* *
57945 TTCTATTTAGACAAGCTTATTTCAAATAAAATAACTCAAATTTATTAATATTCAAATAATTAAAA
66 TT-TATTCAGACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA-TCAAATTTATTAATATTCAAA-AATTAATA
* * * *
58010 AGTAAAAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAAAAGTTG
127 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * *
58061 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTG
1 TGACTATTTGAACAATTA-TCATTTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-
* * * * *
58126 TTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGATTTAAATAAT-ATTAATTTATTAATATTTTTACAAA-TA
64 TTTTTATTCAGACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATCA--AATTTATTAATA--TTCAAAAATTA
* * ** * * * *
58189 ATAAGTAAAAGATTTTAACAATAAATACGTTTATCAAACAAGTCCAAATAGTCA
124 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
58243 TAACTATTTGAATAGTTATCTATTTT-AAATTGTTATGACCCTTTGTTTTGTAATAAAACAATTG
1 TGACTATTTGAACAATTATC-ATTTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTT
* * * * * *
58307 TATTAGTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
65 TTTTA-TTCAGACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAAT-CAAATTTATTAATATTC-AAAAATTAAT
* * * *
58372 AAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
126 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* *
58424 TGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
1 TGACTATTTGAACAATTATCAT-TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-
* * *
58488 TTTTTGTTCATACAAACTTATT
64 TTTTTATTCAGACAAGCTTATT
58510 AATATTTCAA
Statistics
Matches: 512, Mismatches: 95, Indels: 48
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 3 0.01
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183 21 0.04
184 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
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TTTATTCAGACAAGCTTATTCAAATAAAATAATCAAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTA
AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
Found at i:58644 original size:156 final size:156
Alignment explanation
Indices: 58349--58665 Score: 404
Period size: 156 Copynumber: 2.0 Consensus size: 156
58339 TAATACTAAT
* *
58349 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTT
1 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGCT
* ** * *
58414 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCATA
66 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTCTGTCATA
*
58479 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAAC
131 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAAC
* * *
58505 TTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTTAA-TGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAGCAAG
1 TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAG
* * * * * * *
58568 CTCTAATAGTTATGATTGTTTAAATAATTATTTATTTCAAATAATTATGATCTTTTGTTCTGTGA
64 CTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTCTGTCA
* * * *
58633 TCAAACTATTGTTTTTATTCGTACAAAT
129 TAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAC
58661 TTATT
1 TTATT
58666 CAGAATAAAA
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 22, Indels: 4
0.84 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
155 1 0.01
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ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (156 bp):
TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGCT
CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTCTGTCATA
AAACAATTGTTTTTATTCATACAAAC
Found at i:58967 original size:177 final size:173
Alignment explanation
Indices: 58505--59021 Score: 480
Period size: 180 Copynumber: 2.9 Consensus size: 173
58495 TCATACAAAC
* * *
58505 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAATGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAGCAAGCT
1 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---A-GATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAACAAGTT
* * * * * * * * * *
58570 CTAATAGTTATGATTGTTTAAATAATTATTTATTTCAAATAATTATGATCTTTTGTTCTGTGATC
61 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTATTTTGTAATA
* * *
58635 AAACTATTGTTTTTATTCGTACAAATTTATTCAGAATAAAAAATACTAAT
125 AAACAATTGTTTTT-TTCATATAAATTTATTCAGAATAAAAAATACTAAT
* * * * * *
58685 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTGCCAAACAAGTT
1 TTATTAATATTTTAAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACTAACAAGTT
* * * *
58750 CAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTAATA
61 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTATTTTGTAATA
* * *
58815 AAACAATTGTTTTTGTTCATATAGAA-TTATTCAGAATTAAATAATATTGAT
125 AAACAATTGTTTTT-TTCATATA-AATTTATTCAGAA-TAAAAAATACTAAT
* * * *
58866 TTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTACTGAACTAGTTCAAA
1 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AACAAGTTCAAA
* * * * * *
58931 TAATTATGACTATTTGAATAATTATCGATCTCAAATCGTTATGA-TATTTATTTTGTCATAGAAC
65 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTATTTTGTAATAAAAC
* *
58995 AATTGTTTCTTTTCATATTAGTTTATT
129 AATTGTTT-TTTTCATATAAATTTATT
59022 TGACTTAAGA
Statistics
Matches: 274, Mismatches: 52, Indels: 26
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.01
176 36 0.13
177 72 0.26
179 1 0.00
180 125 0.46
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182 1 0.00
184 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (173 bp):
TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAACAAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTATTTTGTAATAAAACAA
TTGTTTTTTTCATATAAATTTATTCAGAATAAAAAATACTAAT
Found at i:59366 original size:182 final size:180
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Period size: 182 Copynumber: 7.1 Consensus size: 180
59040 ATTTAATAAT
* * * * *
59050 AAAAAATAAATGTAT-TTTGCCAAACCATTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATT
1 AAAAAATAAA--TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATGGTT-AGACTATTAGAACAATTATCTATT
* * * * * *
59114 TCAAATCGTTCTAACCTTTTGTGTAGTCATAAAACAATTAGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTCG
63 TCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
*
59178 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTA
127 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
* * * *
59233 AAAAAATAAATATGTTTACCCAACAAGCTCAAATAGGCCT-GACTATTTA-AATAATTATCTATT
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* * * * * *
59296 TAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAACTTATCCAA
63 TCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * *
59361 AATAAAATAATATTACTTTATTAACATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTT-
128 AATAAAATAATACTAATTTATTAAC-TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
* * * * * *
59414 AATAATTAAA-ACTAGTTT-TCAAACCAA-TTCAAATGGTTGAGACCATTAGAACAAATATCAAT
1 AAAAAATAAATA-T-GTTTACCAAA-CAAGTTCAAATGGTT-AGACTATTAGAACAATTATCTAT
* ** ** * * * *
59476 CTCAAAT--TGCTATGATCTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCT-GATCATACAAGCTTATT
62 TTCAAATCATTATAACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATT
** * * *
59538 C-GGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTT-
125 CAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA-CTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
* * ** *
59590 AAAAAAT-AATGTGTTTGCCAAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTC
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATGGTT-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
59654 AAATCATTCTAAGATTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAA
65 AAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
* *
59719 TAAAATAATACTAATTT-TCTACCATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
130 TAAAATAATACTAATTTAT-TAACTTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
* * ** * * * *
59771 AAAAAATAAATCTGTCTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTA
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATGGTTA-GACTATTAGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
59836 AAATCATTATAA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAA
65 AAATCATTATAACA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAA
* *
59900 ATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
129 ATAAAATAATACTAATTTATTAA-CTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
* * ** * * * * *
59953 AAAATATAAATCA-ATTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATAGCCATTTGAATAATTATATATT
1 AAAAAATAAAT-ATGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATGGTTAGA-CTATTAGAACAATTATCTATT
* * ** * *
60016 TCAAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCA--ACATACAAGCTTATT-
63 TCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-T-AGTTCATACAAGCTTATTC
* * * * * *
60078 GAAATAAAATAACACTAATTTAGTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTAAGAGATTT-
126 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
* * * * * * * *
60129 AAATAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTT
1 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATGGTTA-GACTATTAGAACAATTATCTATTTC
* ** * * * * * * **
60194 AATTTGTT-TAAGC-TTTTATTCTATCATAAATCAATT-TTTTACATTCATACAAGTTTATTTGA
65 AAATCATTATAA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTA-GTTCATACAAGCTTATTCAA
* * ** *
60256 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTCATAA-CTAAGAGATTT-
128 AATAAAATAATACTAATTTATTAA-CTTTCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTA
60309 AAAAAATAAAT
1 AAAAAATAAAT
60320 TCATTTCCTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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173 1 0.00
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184 2 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (180 bp):
AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATGGTTAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCA
AATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
Found at i:60315 original size:538 final size:537
Alignment explanation
Indices: 59069--60319 Score: 1470
Period size: 538 Copynumber: 2.3 Consensus size: 537
59059 ATGTATTTTG
* * * * * **
59069 CCAAACCATTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTT
1 CCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAGATTTT
* * * * *
59134 -GTGTAGTCATAAAACAATTAGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
66 ATTCTA-TCATAAAATAATTA-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* *
59197 TATTAACT-TTCAAAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCCAACAAGC
129 TAATAA-TATTCAAAAAATTA-TAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTCTACCCAACAAGC
* * *
59261 TCAAATAGGCCTGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTAAT
192 TCAAATAGGCATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTAAT
* *
59326 AAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAACATTTC
257 AAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTTC
* * * * **
59391 AAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAATAATTAAAACTAGTTTTCAAACCAATTCAAATGGTTGAGA
322 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAACTAATTTCCAAACCAATTCAAATAATTGAGA
** * *
59456 CCATTAGAACAAATATCAATCTCAAATTGCTATGATCTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCT
387 CCATTAGAACAAATATCAATCTCAAATCACTATGACCTTTATTTTATCATAAAAAAATTGTTTCT
* * * *
59521 GATCATACAAGCTTATTCGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGTAAGAG
452 CAACATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAACACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGTAAGAG
* *
59586 ATTTAAAAAATAATGTGTTTG
517 ATTTAAAAAATAATCTGTTTA
* *
59607 CCAAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAGATTTT
1 CCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAGATTTT
* *
59672 ATTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTT
66 ATTCTATCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTT
** ** * ** *
59736 TCTACCATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTCTACTGAACAAGTTC
130 AATAATATTCAAAAAATT-ATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTCTACCCAACAAGCTC
** * * *
59801 AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAA-ACTTTTGTTTTGTCATA
194 AAATAGGCATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACA-TTTTGTTTTGTAATA
* * * * *
59865 AAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCA
258 AAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTTCA
* * * *
59930 AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATATAAATC-AATTTACCAAATCAGTTCAAATAATT-AT
323 AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAT-TAAAACTAATTT-CCAAACCAATTCAAATAATTGAG
* * * * * * * *
59993 AGCCATTTGAATAATTAT-ATATTTCAAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGT
386 A-CCATTAGAACAAATATCA-ATCTCAAATCACTATGACCTTT-ATTTTATCATAAAAAAATTGT
* *
60057 TTCTCAACATACAAGCTTATT-GAA-ATAAAATAACACTAATTTAGTAATATTTCAAGAATTAGT
448 TTCTCAACATACAAGCTTATTCGAATA-AAAATAACACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGT
*
60120 AAGAGATTTAAATAATAAATCTGTTTA
512 AAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTA
* * * * * ** *
60147 CCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAATTTGTT-TAAGCTTTT
1 CCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAGATTTT
* *
60211 ATTCTATCAT-AAATCAATTTTTTACA-TTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
66 ATTCTATCATAAAAT-AATTATTT-CAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
***
60274 TAATAATATTTTGAAAATTCATAA-CTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
129 TAATAATATTCAAAAAATT-ATAAGC-AAGAGATTTAAAAAAATAAAT
60320 TCATTTCCTG
Statistics
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0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
537 5 0.01
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ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (537 bp):
CCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAGATTTT
ATTCTATCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
ATAATATTCAAAAAATTATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTCTACCCAACAAGCTCAA
ATAGGCATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTAATAAAA
CAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTTCAAAA
ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAACTAATTTCCAAACCAATTCAAATAATTGAGACCAT
TAGAACAAATATCAATCTCAAATCACTATGACCTTTATTTTATCATAAAAAAATTGTTTCTCAAC
ATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAACACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGATTT
AAAAAATAATCTGTTTA
Found at i:62229 original size:533 final size:538
Alignment explanation
Indices: 61233--62428 Score: 1381
Period size: 533 Copynumber: 2.2 Consensus size: 538
61223 TTACTATTTG
* * *
61233 AACAATTGTCTATTT-AAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAATTAA
1 AACAATTATCTATTTCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTAATTCA
* * *
61297 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACA-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTT
65 TACTAGCTTATTCAAAATAAAATAA-A-ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
* * * *
61361 AAAAAGTGAATTTGTTTGCTAAATTATTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTC
128 AAAAAATGAATTTGTTTCCTAAACTATTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTC
* * ** * * *
61426 AAATCGTTATTACATTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTTTTTATCATTTAAGCTTATTTA
193 AAATCATTATGACACGTTGTTTGGTCATAAAACAAATG-TTTTTTATATCATATAAGCTTATTTA
* *
61491 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAACAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATC
257 GAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAACAAG-AAGAGTTTAAAAAATAAATC
* *
61556 GATTTACTGAACCAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATATACTTCAAATTGTTATAA
321 GATTTACTAAACCAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATATACTTCAAACTGTTATAA
*
61621 CCTTGTGTTCTATCACAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
386 CCTTGTGTCCTATCACAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * *
61686 AATCTATTAATATTTCAATAATTAAT-AATTAAAAGAATTAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCA
451 AATCTATTAATATTTCAACAATTAATAAATAAAAAGAATTAAAAATAAATATGTTTACCGAACCA
*
61750 -ATCTAAATATTTAAGACTATATA
516 GAT-TAAATAGTTAAGACTATATA
* *
61773 AACAATTATCCATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTCAATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-AATTCA
** *
61836 TACTAGCTTATTTGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTA
65 TACTAGCTTATTCAAAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTA
** *
61901 AAAAAT-ATATTTTTGTTTACCT-AACTAGTTT-AAATAATTATGATTATTTGAACGATTATCTA
129 AAAAATGA-A--TTTGTTT-CCTAAACTA-TTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTA
* *
61963 TTTCAAATCATTATGAC-CGTT-TTTGGTCATAAAATAAATG-TTTTTAT-TCATATAAGTTTAT
189 TTTCAAATCATTATGACACGTTGTTTGGTCATAAAACAAATGTTTTTTATATCATATAAGCTTAT
* * * *
62024 TT-GAAATAAAGTACTACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AATA-TTTAAAAAATAA
254 TTAG-AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAACAAGAAGAGTTTAAAAAATAA
* * * * *
62086 ATCTATTTA-TCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG-ACAAATTATTTATTTCAAACTGT
318 ATCGATTTACT-AAACCAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAAC-AATTATATACTTCAAACTGT
* * * * * * * * **
62149 TATGACTTTTTGTCCTATTATAAAATAATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTC-GGATGAAAAT
381 TATAACCTTGTGTCCTATCACAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTCAAAAT-AAAAT
* ** ** *
62213 AATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAATAAAAAGTTTTAAAAATAAATATGTTTGCC
445 AATACTAATCTATTAATATTTCAACAATTAATAAATAAAAAGAATTAAAAATAAATATGTTTACC
* * * *
62278 GAACTAGATTAAATAGTTATGACTATTTG
510 GAACCAGATTAAATAGTTAAGACTATATA
* * * **
62307 AATATTTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAGGAATTGTTTAAGTTC
1 AACAATTATCTATTTCAAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAA-TTC
* * * **
62371 TTA-TAAGTTTATTCAAAATAAAATAAAACTATTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA
64 ATACT-AGCTTATTCAAAATAAAATAAAA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
62429 TTATGAGATT
Statistics
Matches: 555, Mismatches: 80, Indels: 46
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
532 5 0.01
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542 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (538 bp):
AACAATTATCTATTTCAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAATTCAT
ACTAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
AAATGAATTTGTTTCCTAAACTATTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
TCATTATGACACGTTGTTTGGTCATAAAACAAATGTTTTTTATATCATATAAGCTTATTTAGAAT
AAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAACAAGAAGAGTTTAAAAAATAAATCGATTT
ACTAAACCAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATATACTTCAAACTGTTATAACCTTG
TGTCCTATCACAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCT
ATTAATATTTCAACAATTAATAAATAAAAAGAATTAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGATTA
AATAGTTAAGACTATATA
Found at i:62443 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 60383--62444 Score: 1390
Period size: 181 Copynumber: 11.5 Consensus size: 181
60373 AATTGTACTA
* * * * * * *
60383 TTTTAGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTAT
1 TTTTA-TTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
** * * * * * * * * *
60448 AGGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCTATTTTCTGAACCA-ATTCTAATAATTATAACTATTTGAA
65 AATTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * *
60512 -AAATATATATTTCAAATCCTTATTA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTAT
129 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-G
* * * * * * *
60564 TTTTGTTTATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATGCTAA-TTATTTATATTT-AGAAAATTAAT
1 TTTTATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT
* * * * * * *
60627 TAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTA-CTAAATA-ATTTCAAATAGTTTTCATTATTTGA
65 AATTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACCGAACTAGA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * *
60690 ATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTTTGTTTTGTCATCAAACT-ATTG
128 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCAT-AAAATAATTG
* ** * * * * *
60743 TTTCTGTTCATACT-ATTTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTAATAATATTCCAAAATTTAA
1 TTT-TATTCATA-TAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * ** * * ** *
60807 TAATGAAGAAAATTAAGAAATAAATCTAATTGCTGAA-T-GAGTTCAAATAGTTAAAACTATATG
64 TAATTAAGAGATTTAA-AAATAAATCTGTTTACCGAACTAGA-TTCAAATAGTTATGACTATTTG
** * *
60870 AATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCTTAAAATAATTT
127 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
* ** * * * * * * *
60925 TTTTGTTTGTACAAGCTTATTCATATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAACTAATA
1 TTTTATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * ** * * * **
60990 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGGTTT-TTGAA-TCAG-TTCATATGGTTAAGACTATTAAA
66 ATTAAGAGATTT-AAAAATAAATCT-GTTTACCGAACT-AGATTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * * *
61052 ACAATTATCCATTTGAAATCATTCTTATC-TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG
128 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
* * * * * * *
61105 TTTTAGTTCATACATGTTTATTTGAAATAAATTAATACTAATTTGTTAATATTTAAAAAATTAAT
1 TTTTA-TTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
** * * *** * * *
61170 AAAAAAGATATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTAAACAAG-TTCAGATAGTTATTACTATTTGA
65 AATTAAGAGATTT--AAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGATTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * *
61234 ACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
128 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
* * * * *
61287 TTTTAATTAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--T
1 TTTT-ATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * ** * * * * *
61349 AA-TAAGTGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTGCTAAATTA-TTTCAAATAATTATGGCCATTTGAA
65 AATTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACCGAACTAGATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * *
61412 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATTA-CATTTTGTTTGGTCATATAACA-AATGTTT
129 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATA-AA-ATAA--TTG
* * * * *
61467 TTTTTTATCATTTAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAAC
1 TTTTAT-TCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * *
61532 AAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATC-GATTTACTGAACCAG-TTTAAATAGTTATGACCATTTGA
65 AATTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTG-TTTACCGAACTAGATTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * * * * *
61594 ACAATTATATACTTCAAATTGTTATAACC-TTGTGTTCTATCACAAAACAATTA
128 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
* * *
61647 TTTCTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAATAATTAAT
1 TTT-TATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * * *
61712 AATTAAAAGAATTAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCA-A-TCTAAATATTTAAGACTATATAAA
65 AATTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGATTC-AAATAGTTATGACTATTTGAA
*
61775 CAATTATCCATTTCAAAAT-GTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-
129 CAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
* * * *
61826 TTTCAATTCATACT-AGCTTATTTGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAGTATTTCAAAAA-T-
1 TTT-TATTCATA-TAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * * *
61887 -TAA-TAAGAGATTTAAAAAATATATTTTTGTTTACCTAACTAG-TTTAAATAATTATGATTATT
63 ATAATTAAGAGATTT-AAAAATA-A-ATCTGTTTACCGAACTAGATTCAAATAGTTATGACTATT
* * *
61949 TGAACGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCGTTTTTG----GTCATAAAATAAATG
125 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
* * * * *
62003 TTTTTATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAGTACTACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT
1 -TTTTATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * *
62068 -A--AA-ATATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAG-TTTAAATAGTTATGACTATTTG-A
65 AATTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* ** * *
62127 CAAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATGA-CTTTTTGTCCTATTATAAAATAATTG
129 C-AATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
*** ** *
62180 TTTTTATTCATATAAGCTTA-TTCGGATGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAA
1 -TTTTATTCATATAAGCTTATTTAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * *
62244 TAAATAAAAAGTTTTAAAAATAAATATGTTTGCCGAACTAGATT-AAATAGTTATGACTATTTGA
64 T-AATTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGATTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * **
62308 ATATTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAGGAATTG
128 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
* * * * * * **
62362 TTTAAGTTCTTATAAGTTTATTCAAAATAAAATAAAACTATTTTATTAATATTTTGAAAATTAAT
1 TTTTA-TTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
*
62427 AATTATGAGATTTAAAAA
65 AATTAAGAGATTTAAAAA
62445 AATTTTGGTT
Statistics
Matches: 1487, Mismatches: 311, Indels: 166
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 6 0.00
174 4 0.00
175 61 0.04
176 34 0.02
177 194 0.13
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179 115 0.08
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181 355 0.24
182 236 0.16
183 75 0.05
184 11 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TTTTATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
ATTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAACTAGATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
Found at i:62675 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 62470--63058 Score: 460
Period size: 179 Copynumber: 3.3 Consensus size: 178
62460 ACAAGCTTAT
* * *
62470 TTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAGGCCAATTAGTAAGTATAAGACATAAAAAAAA
1 TTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAGGACAATTAATAAGTAAAAGACATAAAAAAAA
* * * * ** *
62535 AT-TGTTTA-TTGAATAAGTTCAAATCGTTATGAATATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGC-
66 ATATATTTACCT-AATAAGTTCAAATAGTCATGAATATTTGAATAATTAACTATTTC-AACT-CA
* * * *
62597 TATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAAGTTA
128 TATGACCTTTAGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTTAGTTCATACAAAGTTA
* ** * ** *
62648 TTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAATA
1 TTCAAA-TAAAATAATATAAATTTATTAATATTAGGACAATTAATAAGTAAAAGACATAAAAAAA
* * *
62713 AATATATTTACCTAATAAGTTGAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTAACTATTTCAACTCATT
65 AATATATTTACCTAATAAGTTCAAATAGTCATGAATATTTGAATAATTAACTATTTCAACTCATA
*
62778 TGACCTTTAGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTTAGTTCA-A-ATAAGCTTTT
130 TGACCTTTAGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTTAGTTCATACA-AAG--TTA
* * * * * * * *
62828 TTGAAATAAAATAACACT-AATTTATTGATATT-TGAAAATTAATGAGTAAGAGA-ATTAAAAAT
1 TTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTAGGACAATTAATAAGTAAAAGACA-TAAAAAA
* * * * * * * * * * * **
62890 TAATCTTTTTACCAAATATGTTAAAATAGTTATGACTATATGAATAATCATCTATTTCAAAACAT
64 AAATATATTTACCTAATAAGTTCAAATAGTCATGAATATTTGAATAATTAACTATTTCAACTCA-
* * * * * *
62955 TATGACCCTTT-GTTTTGTCATAAAATAATTGGTTTTGTTCTTGC-AAGCTTA
128 TATGA-CCTTTAGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTTAGTTCATACAAAG-TTA
** * ** * *
63006 TTTTGAATAAAATAATATAAATTGATTAATATTACAAAAATTAAGAAGTAAAA
1 -TTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAGGACAATTAATAAGTAAAA
63059 ATTTTAAAAA
Statistics
Matches: 330, Mismatches: 65, Indels: 30
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 89 0.27
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180 70 0.21
181 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAGGACAATTAATAAGTAAAAGACATAAAAAAAA
ATATATTTACCTAATAAGTTCAAATAGTCATGAATATTTGAATAATTAACTATTTCAACTCATAT
GACCTTTAGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTTAGTTCATACAAAGTTA
Found at i:63099 original size:180 final size:175
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 6.0 Consensus size: 175
62450 TGGTTATCGA
** * ** *
62460 ACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAGGCCAATT-AGTAAGTATAAGA
1 ACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATT-TGAAAATTAAG-AAGTA-AAAA
** * * * * *
62524 CATAAAAAAAAAT-TGTTTAT-TGAATAAGTTCAAATCGTTATGAATATTTGAATAATTATTTAT
62 TTTAAAAATAAATCTATTT-TCT-AA-AAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTAT
*** ** *
62587 TTCAAATTGCTATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
124 TTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTTTGTTCAT
** * * *
62639 ACAAAG-TTA-TTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAGGTAAAAG
1 AC-AAGCTTATTTTGAA-TAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTTGAAAATTAAGAAGTAAAA-
* * * * *
62702 ATTTAAAAATAAATATATTTACCTAATAAGTTGAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTAACTAT
61 ATTTAAAAATAAATCTATTT-TCTAA-AAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTAT
* * *
62767 TTCAACTCATT-TGA-CCTTTAGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTTAGTTCAA
124 TTCAAATCATTATGACCCTTT-GTTTTGTAATAAAACAATTGCTTTTGTTCAT
* * *
62818 ATAAGCTT-TTTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTGATATTTGAAAATTAATG-AGTAAGAGA
1 ACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTGAAAATTAA-GAAGTAA-A-A
* * * * * *
62881 A-TTAAAAATTAATCT-TTTTACCAAATATGTTAAAATAGTTATGACTATATGAATAATCATCTA
61 ATTTAAAAATAAATCTATTTT-CTAAA-A-GTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTA
* * * * *
62944 TTTCAAAACATTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTTTGTTCTT
123 TTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTTTGTTCAT
* * **
62997 GCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTGATTAATATTACAAAAATTAAGAAGTAAAAATT
1 ACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATT-TGAAAATTAAGAAGTAAAAA-T
* * * * * *
63062 TTAAAAATAAATCTATTTTCTAAACACATTCAAATAGTTATAATTATTTTAACAATTATCCACTT
63 TTAAAAATAAATCTATTTTCTAAA-A-GTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * *
63127 CAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTG-TTTCTATTCAT
126 CAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTAATAAAAC-AATTGCTTT-TGTTCAT
* *** * * * * * * *
63177 AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACGAATTTTTTAAAATTTCAAAAATTAATAAATAGAAGAT
1 ACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTT-GAAAATTAAGAAGTA-AAAAT
* * * * * ** * * * *
63242 TGAAATAATAAATCTGTTTACTGAATGAGTTTAAATAACTATGACTATTTGAATAGTTGTTTATT
63 TTAAA-AATAAATCTATTTTCT-AA-AAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATT
* *** * ** * * *
63307 TTAAATCATTATGATTTTTTGTCTTGTTGTAAAACAACT-ATTTCTATTCAT
125 TCAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTT-TGTTCAT
* * * ** *
63358 ACAAGTTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA
1 ACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TGAAAATTAAGAAG-TAAAAA
* * ** * * *
63422 TTTAAAAAATAAATATGTTCACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG-TCCATTCGAACT-GTTATCT
62 TTT-AAAAATAAATCTATTTTCT-AA-AAGTTCAAATAGTTATGAT-TATTTGAA-TAATTATCT
** ** * * **
63485 ATTTCAAATCGCTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTT
122 ATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTTTGTT
63536 TAAAATAGTA
Statistics
Matches: 700, Mismatches: 153, Indels: 86
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 7 0.01
178 83 0.12
179 172 0.25
180 212 0.30
181 209 0.30
182 16 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
ACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTGAAAATTAAGAAGTAAAAATTTA
AAAATAAATCTATTTTCTAAAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
CATTATGACCCTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTTTGTTCAT
Found at i:63523 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 62460--64167 Score: 823
Period size: 181 Copynumber: 9.3 Consensus size: 177
62450 TGGTTATCGA
* ** * *
62460 ACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTAGGCCAATTAGTAAGTATAAG
1 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTA--AAAATTAATAAGTAAAAG
** * * * * * ** *
62523 ACATAAAAAAAAAT-TGTTTATTGAATAAGTTCAAATCGTTATGAATATTTGAATAATTATTTAT
63 ATTTAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAATAATTATCTAT
* * * *
62587 TTCAAATTGCTATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
128 TTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCAT
* * * * *
62639 ACAAAG-TTA-TTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAGGTAAAAG
1 AC-AAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * *
62702 ATTTAAAAATAAATATATTTACCT-AATAAGTTGAAATAGTCATGAT-TATTTGAATAATTAACT
63 ATTTAAAAATAAATCTATTTA-CTAAATAAGTTCAAATAGTTATG-TCTATTTGAATAATTATCT
* * * * * *
62765 ATTTCAACTCATT-TGACCTTTAGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTTAGTTCAA
126 ATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCAT
* * * * * * * *
62818 ATAAGCTTTTTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTGATATTTGAAAATTAATGAGTAAGAGAAT
1 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * * * * *
62883 TAAAAATTAATCTTTTTACCAAATATGTTAAAATAGTTATGACTATATGAATAATCATCTATTTC
66 TAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAATAATTATCTATTTC
* * * * * *
62948 AAAACATTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTTTGTTCTT
131 AAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCAT
* * * *
62997 GCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTGATTAATATTACAAAAATTAAGAAGTAAAA-
1 ACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * *
63059 ATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTAAACACA-TTCAAATAGTTATAAT-TATTTTAACAATTATC
63 A-TTTAAAAATAAATCTATTTACTAAATA-AGTTCAAATAGTTAT-GTCTATTTGAATAATTATC
* *
63122 CACTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCAT
125 TATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTT-TATTCAT
* ** * * * * *
63177 AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACGAATTTTTTAAAATTTCAAAAATTAATAAATAGAAGAT
1 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * ** * * * *
63242 TGAAATAATAAATCTGTTTACTGAATGAGTTTAAATAACTATGACTATTTGAATAGTTGTTTATT
65 TTAAA-AATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAATAATTATCTATT
* * * * ** * *
63307 TTAAATCATTATGATTTTTTGTCTTGTTGTAAAACAACTATTTCTATTCAT
129 TCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCAT
* ***
63358 ACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGAT
1 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * * * *
63423 TTAAAAAATAAATATGTTCACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTCGAACT-GTTATCTAT
65 TT-AAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAA-TAATTATCTAT
* * * * *
63487 TTCAAATCGCTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTTA-
128 TTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCAT
* * * * * *
63538 AAATAGTACTATTTTATTAACATTCAAAA-AATTAATAAGCTTATTCAGAATAACTTAATACTAA
1 ACA-AG--CT-TATT-TGAA-A-T-AAAATAA-TACTAA-TTTATT---AAT-ATTTAA-A--AA
* * * ** * * *
63602 TTTATTAGCATTCAAAAAATTAATAAGAAACAAATTTTAAAAAATAAATTTGATTATCAAACAAT
49 -TTAATA--AGT-AAAAGATT--T----AA-AAA---T---AAATCTATTT-A--CT-AAATAAG
* * * * * *
63667 TTTAAATAGTTAT-TACTATTTGAACAACTGTCTA-TTCAAAATCGTTATAACCTTTTGATTTGT
93 TTCAAATAGTTATGT-CTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGT
* * *
63730 CATAAAACAATTATTTCAGTTAAT
155 CATAAAACAATTGTTTTA-TTCAT
** * * **
63754 ACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTTTGAAATTAATAAGTAAGAA-A
1 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAA-AAGA
* * * ** * * * * *
63818 TTTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAAGCAGTT-AATATAATTATGGCCATTTGAATGATTATAT
64 -TTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAA-ATAGTTATGTCTATTTGAATAATTATCT
* * * *
63882 ATTTCAAATCGTTATGATTTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTT-TGATCAT
126 ATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCAT
63936 ACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG----AGAT
1 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * ** * *
63996 TTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCAA
65 TT-AAAAATAAATCTATTTACT-AAA-TAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * * * *
64059 TCTCAAATCATTAAGATTTTTGTTTTATTATAAAACAGTTGTTTCTAATCAT
127 TTTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCAT
* * ** *
64111 AGAAGCTTA-TTCAGTTAAAAATAA-ATCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG
1 ACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATA-CTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG
64168 AGATTTAAAA
Statistics
Matches: 1164, Mismatches: 266, Indels: 201
0.71 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
175 38 0.03
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177 5 0.00
178 90 0.08
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180 217 0.19
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183 5 0.00
184 3 0.00
185 4 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
TAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAATAATTATCTATTTC
AAATCGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCAT
Found at i:64079 original size:176 final size:174
Alignment explanation
Indices: 63593--64184 Score: 516
Period size: 182 Copynumber: 3.3 Consensus size: 174
63583 CAGAATAACT
** * * *
63593 TAATACTAATTTATTAGCATTCAAAAAATTAATAAGAAACAAATTTTAAAAAATAAATTTGATTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG--A-AGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * *
63658 TCAAACAATTTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAACTGTCTATTCAAAATCGTTATA-ACCTTT
63 TCAAACAA--TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTC-AAATCGTTA-AGA-TTTT
* * * * * ** *
63722 TGATTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAA
123 TGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGATCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAA
* *** *
63775 TAATACTAGTTTATTAATATTTTTGAAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG-AAG--ATTTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * * ** *
63840 CTGAAGCAGTTAATATAATTATGGCCATTTGAATGATTAT-ATATTTCAAATCGTTATGATTTTT
63 -TCAAACAATTAA-ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCA-A-TTCAAATCGTTAAGA-TTTT
* *
63904 TGTTTTATCATAAAAAAATTATTTTTGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
123 TGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
63956 TAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG-AGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTATCA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCA
* *
64019 AACCAATTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTAAGATTTTTGTTT
66 AA-CAATT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAAT-TCAAATCGTTAAGATTTTTGTTT
* * * * * * *
64084 TATTATAAAACAGTTGTTTCTAATCATAGAAGCTTATTCAGTTAA-AAA
128 TATCATAAAACAATTATTTCTGATCATACAAGCTTATT-TG-AAATAAA
* *
64132 TAA-ATCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGA-TTTAAAAAATAAAT
1 TAATA-CTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAGATTTTAAAAAATAAAT
64185 GTGATTAGAG
Statistics
Matches: 333, Mismatches: 63, Indels: 34
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 45 0.14
176 110 0.33
177 6 0.02
179 2 0.01
180 1 0.00
181 40 0.12
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ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (174 bp):
TAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAGATTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCA
AACAATTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTCAAATCGTTAAGATTTTTGTTTTAT
CATAAAACAATTATTTCTGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
Found at i:64184 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 64157--64211 Score: 85
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
64147 AATATTTCAA
64157 AAAT-TAATAAGAGATTTAAAAAAT
1 AAATGTAATAAGAGATTTAAAAAAT
* *
64181 AAATGTGATTAGAGATTTAAAAAAT
1 AAATGTAATAAGAGATTTAAAAAAT
64206 AAATGT
1 AAATGT
64212 GCTTATCGAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 1
0.90 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
24 4 0.14
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ACGTcount: A:0.56, C:0.00, G:0.13, T:0.31
Consensus pattern (25 bp):
AAATGTAATAAGAGATTTAAAAAAT
Found at i:65880 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 64439--69725 Score: 3720
Period size: 181 Copynumber: 29.3 Consensus size: 180
64429 TATCCAAAAC
* * * * * *
64439 AAAATAATAGTAGTTTCTTAATATTTCAAAACTTAATTAA-CAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA-TAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTT
* * ** * * * * *
64502 GTTTAAC-GAACAAATTCAAATAGTTACAACTAGTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAA
64 ATTT-ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * *
64566 CTTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTATTTGAAAT
128 C-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AAT
* * * * *
64621 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATT--TAA-TAAGTGATTTAAAAAGTGAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
* ** * * * * * * * * *
64682 TTAC-CAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATCTCAATAATTATCTATTTCGAATCATTATTACCT
66 TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * * *
64746 TTTGTTTAGTCATATAACAATTGTTTTTTTATCATACAAGGTTGTTTGGAAT
131 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTT-GAAT
* * * * * *
64798 AAAATAATACTAATTGATTAATCTTTCAAAAA-AAATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAATCTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
* * * * * * **
64862 TTACTGAACCCA-TTCAGATAGTTATGACTATTTAAACAATTGTATACTTCAAATAATTATTTAA
66 TTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC--A-AA-TCGTT--
* * * * * * *
64926 AAAATAAACATTTTGTTCTGCCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
124 ---AT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AAT
* * * * * * * *
64988 AACATAATACTAATCTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGACATTTAGAAATTAAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
* * * *
65053 TTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAGGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
66 TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* *** * ** * * **
65118 TTTCTTTTGTCATAAAACAAAAATTTCCATAAATACTAGTTTATTCAAAAT
131 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAAT
* *
65169 AAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCT
1 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-T
* * * * * * *
65228 ATTTACCT-AACCAGTTCTAATAATTATGATTATTTAAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGA
64 ATTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * *
65292 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TGTTCATATAAGTTTGTTTGGAAT
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAAT
* * *
65345 AAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTTAAAAATAAATCTT-
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTA
* * ** * *
65405 TTTA-TCAAACCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATCGTTATTA
65 TTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * *
65468 CATTTTGTTATG-CTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATT
128 CCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAAT
* * * **
65522 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT--CAACT-AT--GTGAA-A-AATTAAAAAAGTAAACAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAA-TAAATTT
** * * * *
65579 ATTTACCAAACTAGATCAAATA-TTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
64 ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * *
65643 -CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAAT
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG-AAT
* * *
65696 AAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAACAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
* * * ** * * *
65761 TTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGAAAATTTTAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCT
66 TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* *
65826 TTTGTTTTGTCATAAAA-AGATT-TCTTCTATTTATACAAGTTTATTTTGAAT
131 TTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGT-TTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAT
*
65877 AAAATAATA-TAAATTTATTAATA--TTAAGACAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAAT
1 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAAT
* * ** * *
65938 CTATTTAC-GAAACAAGTTTAAATCA-TTATGGTTAGTTGAAC----A---A---CAAATTGTTA
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* * * **
65991 TGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTCTTTCTATTCA-ACAAGCTTATTCAAATT
125 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA-T
* * * * *
66047 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAA-TAAG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-
* * * * * ** *
66110 TTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCACTGTGACC
65 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * *
66175 TTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTTC-AGTTAATATAAGTTTATTTGAAAT
130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG-AAT
* * * * * *
66227 AACATAATACTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATGTA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATTTA
* * *
66292 TTTA-TCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAACA-CATTATGA
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* * * * ** *
66355 CTTTTTGTTTTATCAGAAAGCAATTGAATCTATTCATGA-AATCTTATTTTGAAT
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTA-TTTGAAT
* * * *
66409 AAAATAACA-TAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAATAATTA-ATTTAAACAATAAATTT
1 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * *
66472 ATTTTTCTGAACACA-TTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATA
64 A-TTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * *
66536 ACCATTTGTTTTATAATAAATCAATTGATTT-TGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
127 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AAT
* * *
66591 AAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
* * * * * *
66655 TTTA--GCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAATAAATATTTATTTTAAATCATTATGA
65 TTTACTG-AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * * *
66718 TCATTTCTTTGGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTTGAAAT
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AAT
* * * * *
66772 AAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGGT-GGAGATTTTAAAAATAAATTTG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
* * * * * * * * **
66836 TTTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAGCTATTATCTATTTTAAATCGTTATGAGA
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** *
66901 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATACCAATTATTTAGAATAATTGGCT-TTCATACAAAATTATTGA
130 TTTTGTTTTGTCAT---A-AA-A-C-A--A-TT-G--T--TT--CTATTCATACAAGCTTATT-T
66965 GAAT
177 GAAT
* * * *
66969 AAAATAATAC-CATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAA-AGATTTAAAAAATAAATGTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
* * ** * * * * * * * *
67028 TTGCTAAACCTGTTCAAATA-TCTAAGACTGTTAGAACATTTATTTTTTTTCAAATCGTTCTTAC
66 TTACTGAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * * * * *
67092 TTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGCTCACATATGCCTATTTGAAAA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG-AAT
* * **** * * *
67145 AAAATAATACTAACTTATTAACATTCGGGAAATTAATAAGTGAGAAATTAAAAAAATAAA-TTAG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-
* * * * *
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* * * * ** *
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130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AAT
* * * * * * * *
67326 AAAATAATA-TTACTTATTAATATTTTAAAAAATGATAAATTAGAGATTTAGAAAGTAAA-TTAG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-
* * * *
67389 TTTA-TCAA-ATCAGTTCAAAATA-TTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
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* *
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* * * *
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1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
* * * * *
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* * * * * * * **
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * *
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1 AAAATAATACTAATT-TATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
* ** * * * * *
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* * * *
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* * *
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1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TA
* ** * ** *
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* * *** * * * *
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* * * * * * *
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1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * **
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1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTA
* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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* ** * * *
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1 AAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * *
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** * * * * * *
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128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAAT
* * * * * ** * * *
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1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
* * * * * * * *
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** * * *
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130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AAT
* ** * * * * *
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1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT
** **
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66 TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * *
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131 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAAT
* * ** * * *
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1 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
* * * *
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* * * * **
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* * * * * ** *
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1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
* * ** * * * * *
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65 TTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * **
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * ** *
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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*** * ** ** * ** * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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** * * * *
65430 TGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATCGTTATTACATTTTG--TTATGCTATAAAACAATA
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* * * * *
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* * * ***
65554 T--GTGAA-A-AATTAAAAAAGTAAACATATT-TACCAAACTAG
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* * *
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1 TTCAAATAATT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
65656 ATAAAAAAATTATTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-ATTAATTTATTAATA-
* * * * * *
65720 TTTAACAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTTAAATAATTA
127 TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA
** * * * * *
65785 TGAAAATTTTAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AGATT-
192 TGACTATTTGAACAATTTTC-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACA-ATTG
* * *
65848 TCTTCTATTTATACAAGTTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA--TTAAGACAA
255 T-TTCTATTCATAGAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAA-A-AA
* * *** *
65909 TTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATCTATT-TACGAAACAAG
315 TTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT-AATCTGTTAT-CTTGACTAG
* * ** * * * *
65954 TTTAAATCATTATGGTTAGTTGAAC----A---A---CAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *
66009 TAAAACAATTCTTTCTATTCA-ACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAA-ATTAATTTATTAATATT
* * * *
66072 TCAACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATA-AGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCA
129 T-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATA-TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * ** * * * *
66135 TGATTATTTGAATAATTATAT-ATTTCAAATCACTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTA
192 TGACTATTTGAACAATT-T-TCATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
* * * * * *
66199 TTTC-AGTTAATATAAGTTTATTTGAAATAACATAATACTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAA
255 TTTCTA-TTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
* * * ** **
66263 TAAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATGTATTTATC-AAAAAAG
319 TAAGTAAGAG-ATTTAAAAAAT-AATCT-GTTATCTTGACTAG
* * * *
66305 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAACA-CATTATGACTTTTTGTTTTATC
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATTATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * *
66369 AGAAAGCAATTGAATCTATTCATGA-AATCTTATTTTG-AATAAAATAACATAAATTTATTAATA
65 ATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAA-ATTAATTTATTAATA
* * * * * *
66432 TTTTAAAAATTAATAAATAATTA-ATTTAAACAATAAATTTATTTTTCTGAACACA-TTTAAATA
127 -TTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATATA-TTTACTGAACA-AGTTCAAATA
* * * * * * *
66495 GTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTTTATAATAAATCAA
188 GTTATGACTATTTGAACAATT-TTCATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * *
66560 TTGATTT-TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTTAAAAAA
252 TTG-TTTCTATTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAAA
* * * ** *
66623 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAGCAAG-CAAG
315 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTG-TTATCTTGACTAG
* * * * * * * * * * *
66668 TTCAAATAGTTATGACTATTTCAATAAATATTTATTTTAAATCATTATGATCATTTCTTTGGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
66733 TAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-ATTAATTTATTAATATT-
* * * * * * *
66798 TAAAAATTAATAAGGT-GGAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTCAT
129 TAAAAATTAATAA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * ** *
66862 GTCCATTTGAGCTATTATCTATTTTAAATCGTTATGAGATTTTGTTTTGTCATAAAATAATACCA
193 GACTATTTGAACAATTTTC-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCAT---A-AA-A-C-
* ** * *
66927 ATTATTTAGAATAATTGGCT-TTCATACAAAATTA-TTGAGAATAAAATAATAC-CATTTATTAC
250 A--A-TT-G--T--TT--CTATTCATAGAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * **
66989 TATTTCAAAAA-T--TAA-TAA-AGATTTAAAAAATAA-ATGTATTTGCTAAACCT-G
304 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATCTGT-TAT-CTTGA-CTAG
* * * * * * ** * * * *
67040 TTCAAAT-ATCTAAGACTGTTAGAACATTTATTTTTTTTCAAATCGTTCTTACTTTTTGTTTAGT
1 TTCAAATAAT-TATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * * * *
67104 CATAAAATAATTGTTTC-AGCTCACATATGCCTATTTGAAAAAAAATAATACTAACTTATTAACA
64 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-ATTAATTTATTAATA
*** * * *
67168 TTCGGGAAATTAATAAGTGAGAAATTAAAAAAATAAAT-TAGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGT
127 TT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATA-TTTACTGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * *
67232 TATGATTATTTGAATAATTATAT-ATTTAAAATCTTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAAT
190 TATGACTATTTGAACAATT-T-TCATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
* * * * * * * *
67296 TGTTTCAATGCATGGAAGCATATTTGAAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTTTAAAAAATG
253 TGTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
* * * * * *
67360 ATAAATTAGAGATTTAGAAAGTAAAT-TAGTTTATC--AAATCAG
318 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCT-G-TTATCTTGACT-AG
* * * *
67402 TTCAAA-ATATTATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
67466 ATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTACTAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT-AAATTAATTTATTAATAT
* * *
67530 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA-ATCTGT--TG-ACCA-TTCAAATAGTTA
128 TT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
67589 TGACTATTTGAACAATTATACATTTCCAATTGTTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAATAATTAT
192 TGACTATTTGAACAATT-TTCATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
* * * * * * *
67654 TTCTGTTCATATAGGTTTA-TTCAAGATAAAATAATACT-ATTGTAATAATATTCTAAAAATTAA
256 TTCTATTCATAGAAGCTTATTTGAA-ATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTTAAAAATTAA
* * * *
67717 TAACTAAGAGATTTAAAAAATAA-AT-TTATCTGCTGAATCAA
319 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATCTGTTATCT--TGACT-AG
* * * * * * * * *
67758 TTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTATATATTTCCAATTGTTATAACCTTTTGTTATGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
67823 TAAAATAATTATTTCTGTTCATAC-AGGTT-TGTTCAAGATAAAATAATACT-ATTGTAATAATA
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTGAA-ATAAAATAA-ATTAATT-TATTAATA
* * * **
67885 TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATCTGTTGAATCAA-TTCAAATAGT
127 TT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGT
* * * * *
67949 TAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
190 TATGACTATTTGAACAATT-TTCATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
* * * * * *
68014 TTTTCAATTCTTAGTAA-CTTATTTGAAATAAAA-AA-A--AAATTATTAATATTTCAAGAATTA
254 GTTTCTATTCATAG-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
* * * * *
68074 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATTCTATT-TGTCGAATTAG
318 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATCTGTTATCTTG-ACTAG
** * *
68115 TTCAAATAATTATGACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *** * * * * *
68180 TAAAATAAACATTTTTATT-ATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTCATATTT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-ATTAATTTATTAATA-TT
* * * * * * * *
68244 TGAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTC-AATCAGATAT
129 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAAT-AGTTAT
* * *
68308 AACTATTTGAACAATTCTTCATTTTAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
193 GACTATTTGAACAATT-TTCATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
* * * * *
68373 TCTATTCATAGAATCTTATTT-AGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAAA
257 TCTATTCATAGAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * *
68437 AATAATG-GATTTAAAAAATGAACCTGTTAGCTTGGCTAG
321 AGTAA-GAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTATCTTGACTAG
* * * * * * *
68476 TGCAAATAATTATGACTGTTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTATCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
68541 CAAGACATTTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAACATAAATCTAATTTATTAATATTC
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAT-TAATTTATTAATATT-
* * *
68606 TTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATATATTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATG
129 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
68671 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTT
194 ACTATTTGAACAATTTTC-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * **
68736 CTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATTATAC-AACTTTATTAATA-TTTAGACTATTAATA
258 CTATTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTTA-AAAATTAATA
* * * *
68799 AGTAAAAGATATAAAAAATAAATCTGTT-TAC-TAAATAAG
321 AGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTAT-CTTGACT-AG
** * **
68838 TTCAAATTGTTATAACTATTTGAACAATTA-CTTATTTCAAA-TAGTTATGATATTTTGTTTTGT
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
68901 CACAAAATAATTGTTTTTCTCCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTTTTAATAT
64 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-ATTAATTTATTAATA-
* * * ** * * * *
68966 TTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAGATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCA
127 TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
69031 TAACTATTT-AAGTAATTATCTATTTAAAATCATTATAATCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTG
192 TGACTATTTGAA-CAATTTTC-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
* * * * ** * *
69095 TATT-AATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTCCAAAAAATAG
255 T-TTCTATTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
* * * *
69159 TGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAGT-TATT-TTTTGAACAAG
319 TAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA-TCTGTTATCTTG-ACTAG
* * *
69200 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTATTGTTTTATCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
69265 TAGAACAATTGTTCCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAGTATAAATTTGTTAATATTC
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA-AATTAATTTATTAATATT-
* * * *
69330 CAAAAATTAATAAGTAA-AAATTAAAAAAATAAATA-AGCTTT-TTGAACACA-TTCAAATAGTT
129 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATA--TTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTT
* * * * *
69391 ATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTATTT-TCATAAACCAATT
191 ATGACTATTTGAACAATTTTC-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT-TTTATCATAAAACAATT
* * * * ** * * * *
69455 GTTTTTGTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAGTACTAGTTTATTAAT-TTTCCAAAAATTG
254 GTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAAATTA
* ** * * *
69519 ATAAGTAAAAGCGTTAAAAAATAAATCTATT-TAC-TAAGCAAG
318 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTAT-CTTGA-CTAG
* ** * * * **
69561 TTCAAATAATTATGATTGCTTGAACAATTATTTATTT-AAAATAGTTCTGATATTTTGATTTT-T
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTATGACCTTTTG-TTTTGT
* * * ** * * *
69624 CATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTTTTATTAT
64 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-ATTAATTTATTAATAT
* * * * * * * *** * *
69689 TATGACAATTAATAGGT-AGAAGATTCAAAAAATAAATAAATTGGACAATTATTTATTTCAAATT
128 T-TAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATATATT-TAC--TGAACAAGTTCAAATA
* * * ** ** **
69753 GTTATGACTTTTTG----TTTTGTCA--TAAAATAATTAT-TTCTATTAATACAAGCTTATTCGC
188 GTTATGACTATTTGAACAATTT-TCATTTCAAATCGTTATGACCT-TT--T----G-TT-TTATC
* * ** * * * * *
69811 ATCAAAATAA-TATTAATA-T-ATA-AA---TATTT-CAA-CAAAT-A-A-TAA-GTA-AAAGA-
243 AT-AAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *** * **
69861 TTT-AAAA--AATAAAT-A-TG-CTTACCGAATAAGTTTAAATATCTTGACT-G
307 TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-TCT-GTTATCTTGACTAG
** * * *
69908 TTTGAATAATTAT--TTATTTG----A--A---A--TC--A-T-TT-TGACTTTTTGTTTTGTAA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * **** *
69955 TAAAATAATTGTTTCAATTCATTTTGGCTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-ATTAATTTATTAATA-TT
* * * * * * *
70020 TAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAACAATTAATCTGTTTACT-AGACATGTTCAAATAGTTAT
129 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGA-ACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * ** *
70084 GACTGTTTGGATAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCTCCTGTTTTATCATAAAACAATTGG
193 GACTATTTGAACAATTTTC-ATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
* *
70148 TTCTATTTAT-GCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
256 TTCTATTCATAG-AAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTA
* * * *
70210 ATAAGTAA-AAATTTAGAAAATAAATATGCTT-GC-TGAACTCA-
318 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTG-TTATCTTG-ACT-AG
* * * * ** ** * *
70251 TTCAAATATTTGTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATATTTAGCTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
70316 TAAACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTTTTAAAATT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAA-ATTAATTTATTAATATT
* * * * ** * * * * *
70380 CCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAGAAAATTAATCCATTTACCGAGCGAGTTCAAATAATTG
129 -TAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
70445 TGATTCTTTGAACAATTATTTATTTCAAACCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
192 TGACTATTTGAACAATT-TTCATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
* ** ** *
70510 TTCTATTCATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
256 TTCTATTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTTAAAAATTAAT
** * **
70574 AAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTCA-C-TGAAAAAG
320 AAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTT-ATCTTG-ACTAG
* * * * * * * ** * *
70614 TTTAAATAGTCATGTCCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATGGTTATAACATTTTGTTTTGGT-
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTT-GTC
* * * ** *
70678 GTAAAACAATTATTTCTATTTATACAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAA-ATTAATTTATTAATAT
* * *
70742 TT-CAAA--AAT---T-A-A-ATCT-----AT---T-TA--T-C-AAACCAA-TTCAAATAGTTA
128 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTA
* * * ** * * * *
70784 TGACTACTTCAACAATTATCTATCCCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATACAACAATTGT
192 TGACTATTTGAACAATTTTC-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
* * * * * * * **
70848 TTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATA
256 TTCTATTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * **
70913 AGTAAGAGATTTAGAAAATAAATGTGTT-TGTCAAAC-AG
321 AGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTATCT-TGACTAG
* * ** ** *
70951 TTCAAATAGTTATGACTAATAAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * *
71016 TAAAATAATTTTTTCAATTCATATATGGTTATTCGAAATAGAAT-AATGCTAATTTATTAACATT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAT--TAATTTATTAATATT
* ** * * * *
71080 CAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTTAAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGT
129 -TAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATATATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGT
* * ** * **
71144 AATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-ATAAGAAG-TATGACCTTTCGTTTTATCATAAAATGA
190 TATGACTATTTGAACAATTTTC-ATTTCA-AA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * * *
71207 TTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAAT
252 TTGTTTCTA-TTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT
* * *
71271 TGAA-AAGATAA-AGATTTAAAAAATAAGTCAGTTTATC--GAATCG
316 T-AATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAA-TCTG-TTATCTTGACTAG
* * * * * * * *
71314 CTTCAAATAATTATGGCTATTTAAATATTTATCTATTTCAAATTGTTACGAACTTTTATTTTGTC
1 -TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
71379 ATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCT-GTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 ATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAA-ATTAATTTATTAATA
* * * *
71442 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAATAAATAAATCTATTTAC-G-A-AA---C-CA-A-TT
127 TTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * *
71498 -T--CTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTG
191 ATGACTATTTGAACAATTTTC-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
* * * * * *
71560 TTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAAAAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTGA
255 TTTCTA-TTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
* * *
71624 TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTC-TGAAGC-AG
319 TAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTATCTTG-A-CTAG
* * * * * *
71665 TTGAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTGTTTATCAAA--AGTTATGGCCTTTTGTTTGG
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATT-TCAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTG
*
71728 TCATATAACAATT
63 TCATAAAACAATT
71741 TTTTTGATCA
Statistics
Matches: 5304, Mismatches: 1152, Indels: 829
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
323 6 0.00
324 9 0.00
325 4 0.00
326 24 0.00
327 2 0.00
328 6 0.00
329 88 0.02
330 12 0.00
331 5 0.00
332 11 0.00
333 8 0.00
334 3 0.00
335 3 0.00
336 6 0.00
337 99 0.02
338 105 0.02
339 47 0.01
340 3 0.00
341 13 0.00
342 5 0.00
343 19 0.00
344 3 0.00
345 12 0.00
346 3 0.00
347 23 0.00
348 7 0.00
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Consensus pattern (358 bp):
TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAATTAATTTATTAATATTTA
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTTTCATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA
TTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
GAGATTTAAAAAATAATCTGTTATCTTGACTAG
Found at i:69427 original size:17 final size:18
Alignment explanation
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Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
69370 TTTGAACACA
69380 TTCAAATAGTTATGGCTAT
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* *
69399 TT-GAATAATTAT-CTAT
1 TTCAAATAGTTATGCTAT
69415 TTCAAATAGTTATG
1 TTCAAATAGTTATG
69429 ACCTTTTGTA
Statistics
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Consensus pattern (18 bp):
TTCAAATAGTTATGCTAT
Found at i:69861 original size:149 final size:149
Alignment explanation
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Period size: 149 Copynumber: 2.0 Consensus size: 149
69574 GATTGCTTGA
* *
69584 ACAATTATTTATTTAAAATAGTTCTGATATTTTGATTTTTCATAAAATAATTATTTCTATTCATA
1 ACAATTATTTATTTAAAATAGTTATGATATTTTGATTTTTCATAAAATAATTATTTCTATTAATA
* * * * * * * * *
69649 CAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTTTTATTATTATGACAATTAATAGGTAGAAGATT
66 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATATATAAATATTATAACAAATAATAAGTAAAAGATT
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131 CAAAAAATAAATAAATTGG
* *
69733 ACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACT-TTTTG-TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTAA
1 ACAATTATTTATTTAAAATAGTTATGA-TATTTTGATTTT-TCATAAAATAATTATTTCTATTAA
** *
69796 TACAAGCTTATTC-GCATCAAAATAATATTAATATATAAATATT-TCAACAAATAATAAGTAAAA
64 TACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATAATAATATATAAATATTAT-AACAAATAATAAGTAAAA
*
69859 GATTTAAAAAATAAATA
127 GATTCAAAAAATAAATA
69876 TGCTTACCGA
Statistics
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ACAATTATTTATTTAAAATAGTTATGATATTTTGATTTTTCATAAAATAATTATTTCTATTAATA
CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATATATAAATATTATAACAAATAATAAGTAAAAGATT
CAAAAAATAAATAAATTGG
Found at i:69950 original size:180 final size:178
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 10.8 Consensus size: 178
69725 TAAATTGGAC
** * *
69735 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTAATACA
1 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA
* * * *
69800 AGCTTATTCGCATCAAAATAATATTAATATATAAATATTTCAACAAA-TAATAAGTAAAAGATTT
66 AGCTTATTCGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAAAAGATTT
*
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129 AAAAAATAAATATG-TTACCGAATAAGTTCAAATAT-TGTGACTGTTTGAAT
* * * * ***
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1 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * * * *
69980 GGCTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTA
66 AGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * *
70045 AACAATTAATCTGTTTACTAGACAT--GTTCAAATAGTTATGACTGTTTGGAT
130 AAAAATAAATATG-TTAC-CGA-ATAAGTTCAAATA-TTGTGACTGTTTGAAT
* * ** * * * * *
70096 AATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCTCCTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTATTTATGC
1 AATTATTTATTTC-AAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAC
*
70160 AAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATT
65 AAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * *
70223 TAGAAAATAAATATGCTTGCTGAACTCA-TTCAAATATTTGTGACTATTTGAAT
128 TAAAAAATAAATATG-TTACCGAA-TAAGTTCAAATA-TTGTGACTGTTTGAAT
* * * ** * *
70276 AATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-TATTTAGCTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATAA
1 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAC
* * *
70340 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTTTTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
65 AAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TT
* * *** * * *
70405 TAGAAAATTAATCCAT-TTACCGAGCGAGTTCAAATAATTGTGATTCTTTGAAC
128 TAAAAAATAAAT--ATGTTACCGAATAAGTTCAAAT-ATTGTGACTGTTTGAAT
*
70458 AATTATTTATTTCAAACCATTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAC
1 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAC
** * ***
70522 AATTTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGAT
65 AAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * ** * ** *
70585 TTAAAAAATAAATATGTTCACTGAAAAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAGCT
127 TTAAAAAATAAATATGTT-ACCGAATAAGTTCAAATA-TTGTGACTGTTTGA-AT
* ** * * * * * *
70640 -ATTATCTATTTCAAATGGTTATAACATTTTGTTTTGGT-GTAAAACAATTATTTCTATTTATAC
1 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTT-GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAC
** * ** *** *
70703 AAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-ATCT-ATTTA-TC
65 AAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * ***
70765 AAACCAATTCAAATA-GTTA-TGACT-ACTTCAACA-ATTAT--CT-ATCCCA-
129 AAA--AAAT-AAATATGTTACCGAATAAGTTCAA-ATATTGTGACTGTTTGAAT
* * ** * * ** * *
70811 AATT-GTTA--T--GATC-TT-TG---TTTTGTCAT-ACA-ACAATTGTTTCTATTC-ATACA-A
1 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATA-AAATAATTGT-TTCTATTCATA
* *** * * * * * * *
70862 GC---TTAT-TCGAAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
64 -CAAGCT-TATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * ** * ** ** *
70923 TTAGAAAATAAATGTGTTTGTC-AA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTAATAAAAC
127 TTAAAAAATAAATATG-TTACCGAATA-AGTTCAAATA-TTGTGACTGTTTGAAT
* * * * * * *
70976 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATATA
1 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * * **
71041 TGGTTATTCGAAATAGAATAATGCTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAACAAGAA-ATT
66 AGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAGA-T
* * * * ** * *
71104 TTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAAC
127 TT-AAAAAATAAATATG-TTACCGAATAAGTTCAAATA-TTGTGACTGTTTGAAT
* ** * * * * *
71159 AATTATCTATTT-ATAAGAAGTATGACCTTTCGTTTTATCATAAAATGATTGTTTC-AGTTCATA
1 AATTATTTATTTCA-AATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATA
* * * *
71222 AAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAA-AAG-ATAAAGA
64 CAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGTA-AAAGA
* * * * * * *
71285 TTTAAAAAATAAGTCA-GTTTATCGAAT-CGCTTCAAATAATTATGGCTATTTAAAT
126 TTTAAAAAATAAAT-ATG-TTACCGAATAAG-TTCAAAT-ATTGTGACTGTTTGAAT
* * ** * * * *
71340 ATTTATCTATTTCAAATTGTTACGAAC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATA
1 AATTATTTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATA
* *
71403 CAAGCCTGTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
64 CAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * *
71468 TAATAAATAAATCTAT-TTA-CG-A-AA---C-CA-ATT-T--CTATTTGAAC
128 TAAAAAATAAA--TATGTTACCGAATAAGTTCAAATATTGTGACTGTTTGAAT
* * * * * * * *
71509 AATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATAT
1 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * * * * *
71573 AAGCTTATTTGGAATAAAAAAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTGATAACTAAGAGATTT
65 AAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
71638 AAAAAATAAATATGTT
129 AAAAAATAAATATGTT
71654 TTCTGAAGCA
Statistics
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0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
157 38 0.03
158 7 0.01
159 7 0.01
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Consensus pattern (178 bp):
AATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA
AGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
AAAATAAATATGTTACCGAATAAGTTCAAATATTGTGACTGTTTGAAT
Found at i:70168 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 69735--70753 Score: 782
Period size: 180 Copynumber: 5.6 Consensus size: 180
69725 TAAATTGGAC
* ** * * * *
69735 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTAATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * * * *
69800 AGCTTATTCG-CATCAAAATAATATTAATATATAAATATTTCAACAAA-TAATAAGTAAAAGATT
66 AGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAAGAGAAT
* * * * *
69863 TAAAAAATAAATATGCTTACCGA-ATAAGTTTAAATA-TCT-TGACTGTTTGAAT
129 TAGAAAATAAATATGTTTACTGACAT--GTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAAT
* * * * * * * ***
69915 AATTATTTATTTGAAATCATTTTGACTTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAATTCATTTT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * *
69980 GGCTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTA
66 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTA
* * * *
70045 -AACAATTAATCTGTTTACTAGACATGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGGAT
131 GAA-AATAAATATGTTTACT-GACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* ** * * * *
70096 AATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCTCCTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTATTTATGC
1 AATTATCTATTTC-AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
70160 AAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-AA
65 AAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAA
* * * * *
70221 TTTAGAAAATAAATATGCTTGCTGA-ACTCATTCAAATATTTGTGACTATTTGAAT
128 -TTAGAAAATAAATATGTTTACTGACA-T-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * * *
70276 AATTATTTATTTCAAATCGTTATGATATTTAGCTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATAAA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * * *
70341 AGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTTTTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
66 AGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-AT
* *** * * * * * *
70405 TAGAAAATTAATCCATTTACCGAGCGA-GTTCAAATAATTGTGATTCTTTGAAC
129 TAGAAAATAAATATGTTTACTGA-C-ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * *
70458 AATTATTTATTTCAAACCATTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
** ** ** *
70522 AATTTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGAT
65 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAA
* * * * * * * * *
70585 TTAAAAAATAAATATGTTCACTGAAAAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAGCT
128 TTAGAAAATAAATATGTTTACTG-ACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-AT
** * * * *
70640 -ATTATCTATTTCAAATGGTTATAACATTTTGTTTTGGT-GTAAAACAATTATTTCTATTTATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
**
70703 AAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
65 AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
70754 ATCTATTTAT
Statistics
Matches: 668, Mismatches: 135, Indels: 71
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 3 0.00
179 14 0.02
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185 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTA
GAAAATAAATATGTTTACTGACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
Found at i:72191 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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72160 GTCATACAAT
72170 TTTAAATAG-ATAATTA
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*
72204 TCTAAAT
1 TTTAAAT
72211 TTGTTCCGTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.41
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ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.05, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
TTTAAATAGCATAATTA
Found at i:72203 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 71863--73912 Score: 1337
Period size: 181 Copynumber: 11.4 Consensus size: 180
71853 TAGTAAATAG
* *
71863 ATTTATTTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * * * * *
71927 TCATAATAAGCTTATATGATA-AAAAAAAATTGTTATATGGCCAAACAAAAGATAATAACGATTT
65 TC-GAATAAGCTTATATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ACGATTT
* * * * * * *
71991 GAAATAGATAATTATTGAAAT-GGCTATAATTATTTGTACTGATTCAACAAACAT
127 GAAATAGATAATTATTTAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAA
* * * * *
72045 ATTCATTTTTTAAATCACCTACTTATTACTTTTTGAAATATTAAATAAATTAGTATTATATTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATT
* * *
72110 TCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATACAATTTTAA
65 TCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACGATTTGAA
* * * *
72175 ATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATCTAAATTTG-TTCCG-TAAACAA
130 ATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATT-CGATAAACAA
* *
72226 ATTTATTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
72290 TGGA-AAGCTTTTATGAACTGAAAAAATTG-TTTATGTCAAAACAAAATGTCATAATGA-TTGTA
66 CGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ACGATTTG-A
* ** *
72352 AATAAATAATTGCTTAAATAGTCATAACTCTTTGAACTTG-TTCGATAAACAA
129 AATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAACAA
* * * * *
72404 ATTTATTTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTTTCTG-AATGTTAATAAATT-TTGGTTATTTTA
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTA
* * * * * * * * * *
72467 -TTCTAAATAAGCATGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGATTAGAACGAT
63 TTTC-GAATAAGCTTATATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TACGAT
** * *
72530 TTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTTTTAACTATTTGAACTGGCTT-GCA-AAA-AC
125 TTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTCG-ATAAACAA
* * *
72585 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT-TTTT-TCA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T
* * * **
72648 CCGAATAAGCTTATATG-A--GAAACAATTGTTTCATGACAAAAC-AAAGATTTTAACGATTTGA
65 TCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ACGATTTGA
* * * * * * * * * * *
72709 TATTGATATTTTTTTCAATTAATCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTGAACAG
129 AATAGATAATTATTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAA
* * * * * *
72762 ATTTATTATTTATATCTGTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATAAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * ** * * *
72827 TGAATAAACTTGTATGATA-AAAAAGAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGA
66 CGAATAAGCTTATATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ACGATTTGA
* * * * * *
72891 AATAGATAATCATTCAAAT-GACCATAATTATTTTAACTAATTCGATAAACAA
129 AATAGATAATTATTTAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAA
* * * ** **
72943 ATCTATTTTTCAAATTTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTA-TT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
73007 CCAACTAAGCTTA-AT--ATTGAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACCATTTTA
66 CGAA-TAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ACGATTTGA
* * * * * * *
73069 AATGGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTTGAACTTATTCGATAAACAA
129 AATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTGATTCGATAAACAA
* * * * *
73122 ATTTATTTTTTAAAATCTGTTTCTTA-TAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTACTAATTTA-
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * * * ** * *
73184 TTCTAAATACGCTTGTCTAAACTAAAATAGTTGTATTATGACTAAACAAAATCTCAAAACCATTT
64 TTC-GAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATACGATTT
* * *
73249 GAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCTTAACGATTTGAACTAATTCGATAAACAA
127 GAAATAGATAATTATT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAA
* ** * * * *
73303 ATTTACTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTATTATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * * * * * *
73364 CAAATAAGCTTGCACGAAC-CAAATAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAA
66 CGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ACGATTTGAA
* * * * * ** *
73428 ATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTCGACAATTAG
130 ATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGATAAACAA
* * * * *
73479 ATTTATTTTTTAATTTTCTTGGC-TATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * * * * * *
73543 TTGAATAA-AATAGTATGAACAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGATTATAGTGATTTG
65 TCGAATAAGCTTA-TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-CGATTTG
* * * * * * * * ****
73607 GAATAGATAATTATTCAAATAATCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAGGGG
128 AAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAA
* * * *
73660 ATTTAATTTTTAAATCCCTTATCCTTTACTGATTAAGTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 ATTTATTTTTTAAAT--C---T-C-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
73725 GTTTTTTTCAAAAAAGCTTGTATG--TTGAAAGGCAATTATTTTATGACAAAACAATAGGTAATA
59 -TTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAA--CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-
* * * * * * * * ***
73788 ACAATTTGAAATAGATAGTTGTTTCAATAGCCGTAATTATTTGAACTGATT-TAGTAAATTG
120 ACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGA-TAAACAA
* * *
73849 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATATAGTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
73913 GTTTTACGAT
Statistics
Matches: 1445, Mismatches: 341, Indels: 165
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 31 0.02
176 132 0.09
177 115 0.08
178 155 0.11
179 112 0.08
180 172 0.12
181 342 0.24
182 237 0.16
183 12 0.01
184 1 0.00
186 1 0.00
187 6 0.00
188 34 0.02
189 92 0.06
190 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
CGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACGATTTGAAA
TAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAA
Found at i:73251 original size:360 final size:354
Alignment explanation
Indices: 71870--73374 Score: 980
Period size: 360 Copynumber: 4.2 Consensus size: 354
71860 TAGATTTATT
** * * * * *
71870 TTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCATAATA
1 TTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTAGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTC-CAATA
* * * * * * *
71935 AGCTTATATGATAAAAAAAAATTGTTAT-ATGGCCAAACAAAAGATAATAACGATTTGAAATAGA
64 AGCTTATATG---AGAAACAATTGTT-TCATGACAAAAC-AAAGATTATAACCATTTGAAATGGA
* * * ** * * * * * *
71999 TA-ATTATTGAAATGGCT-ATAATTATTTGTAC-TGATTCAACAAACATATTCATTTTTT-AAAT
124 CATATTGTTCAAAT-AATAATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAAT
*** * * * * * *
72060 CACCTACTTATT-ACTTTTTGAAATATTAAATAAATTAGTATTATATTATT-TCGAATAAGCTTA
187 CTGTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTT-AATAAATTAGTA-TATTTTATTCT-AAATAAGCTTG
* * * * ** * * *
72123 TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTC-ATACAATTTTAAATAGATAATTAT
248 T-T-AAATAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAATATCAAAACGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * **
72187 T-TAAATAGTCATAATTATCTAAATTTGTTCCG-TAAACAAATTTA
311 TCT-AATAGTCTTAACTATTTGAACTAATT-CGATAAACAAATTTA
* * * ** * ***
72231 TTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGA-
1 -TTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTAGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTA-TTCCAAT
* * * **
72294 AAGCTTTTATGAACTGAAAAAATTGTTT-ATGTCAAAACAAA-ATGTCATAATGA-TTGTAAAT-
63 AAGCTTATATG-A--GAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAGAT-T-ATAACCATTTG-AAATG
* * * *
72355 -AAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTCTTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
122 GACAT-ATTG-TTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * *
72418 ATCT-TTTGCTTATTAATTTTCTGAATGTTAATAAATTTTGGT-TATTTTATTCTAAATAAGCAT
185 ATCTGTTT-CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAA--TTAGTATATTTTATTCTAAATAAGCTT
* * * * *
72481 G-TAAGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGATTAGAACGATTTGAAATAGATAATT
247 GTTAA-ATA--AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAATATCAAAACGATTTGAAATAGATAATT
* ** *
72545 ATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGCTT-GCA-AAA-ACATTTA
309 ATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACT-AATTCG-ATAAACAAATTTA
* * *
72590 TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT-TTTT-TCACCGA
1 -TTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAA-TTTAGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTAT-TCC-A
* * * * *
72652 ATAAGCTTATATGAGAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAGATTTTAACGATTTGATATTGATA
61 ATAAGCTTATATGAGAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAGATTATAACCATTTGAAATGGACA
* * * * * * * * * * *
72717 TTTTTTTCAATTAATCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTGAACAGATTTATTATTT-ATATCTGT
126 TATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTGT
* * * * * * *
72781 TGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATCAATAAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAT
191 TTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTA-TATTTTATTCTAAATAAGCTTGT-T-A-
* * * * * * *
72845 AA-AAAAGAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCAAA
251 AATAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAATATCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAA
* * * * *
72909 T-GACCATAATTATTTTAACTAATTCGATAAACAAATCTA
316 TAG-TCTTAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTA
* *
72948 TTTTTCAAATTTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTCCAACT
1 TTTTT-AAATTTCTTACTTATTAATTTA-GAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCCAA-T
* * * * *
73013 AAGCTTAATAT-TGAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACCATTTTAAATGGACA
63 AAGCTT-ATATGAGAAACAATTGTTTCATGACAAAAC-AAAGATTATAACCATTTGAAATGGACA
*
73077 -ATTGTTCAAATAATAATAACTATTTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTG
126 TATTGTTCAAATAATAATAACTA-TTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTG
* *
73141 TTTCTTA-TAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTACTAATTTATTCTAAATACGCTTGTCTAAA
190 TTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTA-TATTTTATTCTAAATAAGCTTGT-TAAA
* * * * *
73205 CTAAAATAGTTGTATTATGACTAAACAAAATCTCAAAACCATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT
253 -TAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAATATCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT
*
73270 AGTCTTAACGATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTA
317 AGTCTTAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTA
* * *
73308 CTTTTTAAATTTCTTA-TTAATT--TTCA-AAATATTATTAAATTATTATTATTTTAATCCAAAT
1 -TTTTTAAATTTCTTACTT-ATTAATTTAGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCC-AAT
73369 AAGCTT
63 AAGCTT
73375 GCACGAACCA
Statistics
Matches: 906, Mismatches: 172, Indels: 136
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
355 3 0.00
356 45 0.05
357 149 0.16
358 114 0.13
359 189 0.21
360 313 0.35
361 83 0.09
362 10 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (354 bp):
TTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTAGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCCAATAAG
CTTATATGAGAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAGATTATAACCATTTGAAATGGACATATTG
TTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTGTTTCTT
ATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATATTTTATTCTAAATAAGCTTGTTAAATAAAACAA
TTGTTTTATGACTAAACAAAATATCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAAC
TATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTA
Found at i:73394 original size:717 final size:712
Alignment explanation
Indices: 72066--73627 Score: 1631
Period size: 717 Copynumber: 2.2 Consensus size: 712
72056 AAATCACCTA
* * * * * *
72066 CTTATTACTTTTTGAAATATTAAATAAATTAGTATTATATTATTTCGAATAAGCTTATATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACA
* * *
72131 GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCAT-ACAATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * ** * * * **
72195 TCATAATTATCTAAATTTGTTCCGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTTG
129 CCATAATTATCTAAACTAATTCCGTAAACAAATCTATTTTTCAAACTCTTACTTATTAATTTAGG
** *** *
72260 AAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGAAAGCTTTTATGAACTGAAAAAATTGTTTATG
194 AAATATTAAGAAATTAAAATTATTTTATTTCCAAAAGCTTTAAT-AACTGAAAAAATTGTTTATG
* * ** * * *
72325 TCAAAACAAAATGTCATAATGATTGTAAATAAATAATTGCTTAAATAGTCATAACTCTTTGAACT
258 ACAAAACAAAAGGTCATAACCATTGTAAATAAACAATTGCTTAAATAATAATAACTCTTTGAACT
*
72390 TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTTTCTGAATGTTAATAAATT
323 TATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTTTCTGAATGTTAATAAA-T
* * *
72455 TTGGTTATTTTATTCTAAATAAGCATGTAAGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGA
387 TTAGTTAATTTATTCTAAATAAGCATGTAAGATA-GAAACAAATATATTATGACTAAACAAAAGA
* * * * * ** *
72520 TTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGCTTGCAAAAAC
451 TCAAAACCATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACGATTTGAACTGAATTGCAAAAAA
* ** * *
72585 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTTTTTTCACC
516 ATTTACTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAACC
* * * * * * ** * *
72650 GAATAAGCTTATATGAGAAACAATTGTTTCATGACAAAA-CAAAGATTTTAACGATTTGATATTG
579 AAATAAGCTTACACGACAAACAATTGTTTCACGACAAAAGAAAAGATCATAACGATTTGAAATAG
* ** * * **
72714 ATATTTTTTTCA-ATTAATCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTGAA-CAGATTTATTATTT-A-T
644 ATA-ATCATTCATA-TAATCATAACTATTTGAACTAG-TTCGACAATCAGATTTATTATTTAATT
*
72775 ATCTGTTG
706 ATCT-TGG
* *
72783 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATAAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGATA-A
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA-ACA
* * *
72847 AAAAGAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-G
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * *
72911 ACCATAATTATTTTAACTAATT-CGATAAACAAATCTATTTTTCAAATTTCTTACTTATTAATTT
129 -CCATAATTATCTAAACTAATTCCG-TAAACAAATCTATTTTTCAAA-CTCTTACTTATTAATTT
* * *
72975 AGGAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTA-TTCCAACTAAGC-TTAAT-ATTGAAACAATTGTT
191 AGGAAATATTAAGAAATTAAAATTATTTTATTTCCAA--AAGCTTTAATAACTGAAAAAATTG-T
* * * ** *
73037 TTATGACAAATCAAAAGGTTATAACCATTTTAAATGGACAATTG-TTCAAATAATAATAACTATT
253 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACCATTGTAAATAAACAATTGCTT-AAATAATAATAACT-CT
*
73101 TTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTGTTT-CTTA-TAATTTTTTGAATGTT
316 TTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCT-TTTGCTTATTAATTTTCTGAATGTT
* * * ** *
73164 AATAAA-TTAGTACTAATTTATTCTAAATACGCTTGTCTAA-ACTA-AAATAGTTGTATTATGAC
380 AATAAATTTAGT--TAATTTATTCTAAATAAGCATG--TAAGA-TAGAAACAAATATATTATGAC
**
73226 TAAACAAAATCTCAAAACCATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACGATTTGAACT-A
440 TAAACAAAAGATCAAAACCATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACGATTTGAACTGA
*
73290 ATT-CGATAAACAAATTTACTTTTTAAA-TTT-CTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTATT
505 ATTGC-A-AAA-AAATTTACTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGT
* * * * *
73352 ATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGCACGAACCAAATAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGGTCAT
567 ATTATTTTAA-CCAAATAAGCTTACACG-A-CAAACAATTGTTTCACGACAAAAGAAAAGATCAT
* * * *
73417 AATGATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGACAATTAGATT
629 AACGATTTGAAATAGATAATCATTCATATAATCATAACTATTTGAACTAGTTCGACAATCAGATT
* *
73482 TATTTTTTAATTTTCTTGG
694 TATTATTTAATTATCTTGG
* * * *
73501 C-TATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAACAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAG
* * * ** *
73565 AACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGATTATAGTGATTTGGAATAGATAATTATTCAAATA
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
73628 ATCAAAACTA
Statistics
Matches: 695, Mismatches: 120, Indels: 59
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
714 37 0.05
715 21 0.03
716 92 0.13
717 401 0.58
718 128 0.18
719 16 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (712 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAG
AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCC
ATAATTATCTAAACTAATTCCGTAAACAAATCTATTTTTCAAACTCTTACTTATTAATTTAGGAA
ATATTAAGAAATTAAAATTATTTTATTTCCAAAAGCTTTAATAACTGAAAAAATTGTTTATGACA
AAACAAAAGGTCATAACCATTGTAAATAAACAATTGCTTAAATAATAATAACTCTTTGAACTTAT
TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTTTCTGAATGTTAATAAATTTAG
TTAATTTATTCTAAATAAGCATGTAAGATAGAAACAAATATATTATGACTAAACAAAAGATCAAA
ACCATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACGATTTGAACTGAATTGCAAAAAAATTTA
CTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAACCAAATAAG
CTTACACGACAAACAATTGTTTCACGACAAAAGAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATCA
TTCATATAATCATAACTATTTGAACTAGTTCGACAATCAGATTTATTATTTAATTATCTTGG
Found at i:74489 original size:521 final size:521
Alignment explanation
Indices: 73389--74442 Score: 1639
Period size: 521 Copynumber: 2.0 Consensus size: 521
73379 GAACCAAATA
* * * * * * *
73389 ATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAA
1 ATTGTTATAAGATAAAAGAAAAGCTCATAATGATTTGAAACAAAAAATCATACATATAGTCTTAA
73454 CTATTTGAACTAGTTCGACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGCTATTAAGTTTTGAAATA
66 CTATTTGAACTAGTTCGACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGCTATTAAGTTTTGAAATA
73519 TTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAACAGAACCAATTGTTTGATGACA
131 TTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAACAGAACCAATTGTTTGATGACA
*
73584 AAATAAAAGATTATAGTGATTTGGAATAGATAATTATTCAAATAATCAAAACTATTTGAAATGGT
196 AAATAAAAGATTATAGTGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCAAAACTATTTGAAATGGT
73649 TTGGTAAGGGGATTTAATTTTTAAATCCCTTATCCTTTACTGATTAAGTCTTGAAATATTAATAA
261 TTGGTAAGGGGATTTAATTTTTAAATCCCTTATCCTTTACTGATTAAGTCTTGAAATATTAATAA
73714 ATTAGTATTATGTTTTTTTCAAAAAAGCTTGTATGTTGAAAGGCAATTATTTTATGACAAAACAA
326 ATTAGTATTATGTTTTTTTCAAAAAAGCTTGTATGTTGAAAGGCAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * *
73779 TAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTTCAATAGCCGTAATTATTTGAACTGATTTAGTA
391 TAGCTAATAACAATTTGAAAAAGATAGTTGTTACAATAGCCGTAATTATTTGAACTGATTCAGTA
* *
73844 AATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATATAGTAGTATTATTT
456 AATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATATTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTT
73909 T
521 T
* * * * * * *
73910 ATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAA
1 ATTGTTATAAGATAAAAGAAAAGCTCATAATGATTTGAAACAAAAAATCATACATATAGTCTTAA
73975 CTATTTGAACTAGTTC-ACCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGCTATTAAGTTTTGAAAT
66 CTATTTGAACTAGTTCGA-CAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGCTATTAAGTTTTGAAAT
*
74039 ATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGAC
130 ATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAACAGAACCAATTGTTTGATGAC
*
74104 AAAATAAAAGATTATAGTGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGG
195 AAAATAAAAGATTATAGTGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCAAAACTATTTGAAATGG
*
74169 TTTGGTAAGCTGGATTTAATTTTTAAAT-CCTTAT-CTTT-CTGA-TAAGTC-TGAAATA-TAAT
260 TTTGGTAAG-GGGATTTAATTTTTAAATCCCTTATCCTTTACTGATTAAGTCTTGAAATATTAAT
*
74228 AAATTAGTATTATTGTTTTTCTTTC-AAAAAGCTTGTTATGTTCGAAAGGCAATTGTTTTATGAA
324 AAATTAGTATTA-TG-TTTT-TTTCAAAAAAGCTTG-TATGTT-GAAAGGCAATTATTTTATG-A
74292 CTAAAACAATAGACTAATAACAATTTGAAAAAGATAGTTTGTTACAGGATAGCCG-AATTATTTG
383 C-AAAACAATAG-CTAATAACAATTTGAAAAAGATAG-TTGTTACA--ATAGCCGTAATTATTTG
* *
74356 AACTGA-TCGGTAAATTTATTTATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAA-ATTTAAAATATTAATAA
443 AACTGATTCAGTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATATTTAAAATATTAATAA
*
74418 AGTATTATTATTTT
508 AGTAGTATTATTTT
74432 ATT-TTGATAAG
1 ATTGTT-ATAAG
74443 CTTTTATGAA
Statistics
Matches: 503, Mismatches: 16, Indels: 27
0.92 0.03 0.05
Matches are distributed among these distances:
516 16 0.03
517 9 0.02
518 20 0.04
519 14 0.03
520 23 0.05
521 273 0.54
522 61 0.12
523 39 0.08
524 26 0.05
525 15 0.03
526 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.13, T:0.42
Consensus pattern (521 bp):
ATTGTTATAAGATAAAAGAAAAGCTCATAATGATTTGAAACAAAAAATCATACATATAGTCTTAA
CTATTTGAACTAGTTCGACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGCTATTAAGTTTTGAAATA
TTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAACAGAACCAATTGTTTGATGACA
AAATAAAAGATTATAGTGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCAAAACTATTTGAAATGGT
TTGGTAAGGGGATTTAATTTTTAAATCCCTTATCCTTTACTGATTAAGTCTTGAAATATTAATAA
ATTAGTATTATGTTTTTTTCAAAAAAGCTTGTATGTTGAAAGGCAATTATTTTATGACAAAACAA
TAGCTAATAACAATTTGAAAAAGATAGTTGTTACAATAGCCGTAATTATTTGAACTGATTCAGTA
AATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATATTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTT
T
Found at i:75682 original size:357 final size:353
Alignment explanation
Indices: 74543--75753 Score: 1077
Period size: 357 Copynumber: 3.4 Consensus size: 353
74533 TATATTGTTA
* * * * * * *
74543 TAAACAAATTTATTTTTTCAAATTTCATGCTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCATACCTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * *
74608 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTATATGACTAAACAAAAAAGGTCAG
64 TTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGAC--AA-AAAAAAGGTCAT
** * * * * * *
74672 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTATTTTGGCAAACATATT
125 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACT-TTTAGGTAAACAGATT
* * *
74737 TATTTTTTAAAACTCTTACTAATTTTCAAAATATTATTAACTTAGTATTATTTT-TTTTCGAATA
189 TATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAA-TTAGTATTATTTTATTTT-GAATA
* * * * *
74801 AGCTTGTATG-ATAAGAAATAATTCTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATTGA
252 AGTTTGTATGAAT-AGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGA
* *
74864 TATTTATTCAAATAATTATAACTATTTGAATTGGTTTAG
316 TAATTATTCAAATGA-TATAACTATTTGAATTGGTTTAG
* * *
74903 -AAA-ATAACTTTAGTTTTTAAATCTC-TTCCTTATTAATTTTTAACATATTAATAAAGTAATAT
1 TAAACAT-A-TTTATTTTTTAAATCTCATACC-TATTAATTTTTAA-ATATTAATAAATTAATAT
* * * * *
74965 TATTTTATTTTGGATAAACTTCG-ATTAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCA
62 TATTTTATTTCGAATAAACTT-GTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCA
* *
75028 TAA-AGACCTT-AAATAAATAATTATGT-AAATAATCA-AATCTATTTGAACTTATTCA-GTAAA
124 TAACA-A-TTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAATCATAA-CTATTTGAACTT-TT-AGGTAAA
* * ***
75088 GAGATTTATTTTTTAAAATTCGTTACTCATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
183 CAGATTTATTTTTT-AAA-TC--T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTT
* * * *
75153 ATTCTGAATAAGTTTGTATGAATTGAAATAATTATTTTATGACT-AAACAAAAGGTCAAAACAAT
242 ATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGATCATAACAAT
* * * * *
75217 TTGAAATATATAATTATTCTAAT-AGTCTTAACGATTTGAATTGGTTTGG
306 TTGAAATAGATAATTATTCAAATGA-T-ATAACTATTTGAATTGGTTTAG
* * *
75266 CAAACACA-TT-TTTTTTAAATCTCATA-C---TAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCATACCTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * *
75325 TTTGA-TTCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTTTTTTATGAC-AAAAAATGGATCATAAC
65 TTT-ATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGG-TCATAAC
* * * *
75388 AATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTGGAACTGTTTAGGTAAACAGATTTAG
128 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACT-TTTAGGTAAACAGATTTAT
* * * *
75453 TTTTTAAATCTCTTATTAGTTTTCAAAATATTAATAGATCAATATTATTTTATTTTGAATAATTT
192 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTT
* * * * * ** * *
75518 TGCATGAATAGAAACAATTGTTTTAGGATAAAACAAAAGCTCATAATGATATGAAATAGATAGTT
256 TGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * *
75583 GTTCAAATGGATATGACTATTTGAACTT-ATTTAG
321 ATTCAAAT-GATATAACTATTTGAA-TTGGTTTAG
* * * *
75617 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCATAATATTGATAAATTAGTATTAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCATACCTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAATATTAT
* * *
75682 TTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACT
65 TTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACA
75747 ATTTGAA
129 ATTTGAA
75754 CTTGCTTAGT
Statistics
Matches: 683, Mismatches: 115, Indels: 108
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
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351 120 0.18
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365 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (353 bp):
TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCATACCTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATT
TTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACAAT
TTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTTTAGGTAAACAGATTTATTTTT
TAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTAT
GAATAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
AATGATATAACTATTTGAATTGGTTTAG
Found at i:75781 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 75598--75899 Score: 379
Period size: 146 Copynumber: 2.1 Consensus size: 146
75588 AATGGATATG
* * * *
75598 ACTATTTGAACTTATTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCATAAT
1 ACTATTTGAACTTACTTAGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAGAAT
* * * *
75663 ATTGATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
66 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTAGTTTATGAC
* *
75728 AAAATAAAAGATCATA
131 AAAACAAAAGATCACA
* * * ** * * **
75744 ACTATTTGAACTTGCTTAGTAAATAGATTTACTTTTTAAATTTTTTACTTATTACTTTTTGGAAT
1 ACTATTTGAACTTACTTAGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAGAAT
**** *
75809 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATGTGTTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGAC
66 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTAGTTTATGAC
*
75874 AAAACAAAAGGTCACA
131 AAAACAAAAGATCACA
75890 ACTATTTGAA
1 ACTATTTGAA
75900 ATAGATAATT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 25, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
146 131 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (146 bp):
ACTATTTGAACTTACTTAGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAGAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTAGTTTATGAC
AAAACAAAAGATCACA
Found at i:76101 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 75739--83221 Score: 4171
Period size: 181 Copynumber: 41.8 Consensus size: 178
75729 AAATAAAAGA
* * * * *
75739 TCATAACTATTTGAACTTGCTTAGTAAATAGATTTACTTTTTAAATTTTTTACTTATTACTTTTT
1 TCATAACTATTTGAA-TTG-TTTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* ** * * * *
75804 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATGTGTTTGTATGAACAAAAACAATTGGTT
64 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * *
75868 TATGACAAAACAAAAGGTCACAACTATTTGAAATAGATAATTGGTCAAATAG
128 TATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
75920 TCATAACTATTTGAATGTGTTCTGAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTATTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAAT-TGTT-TGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * *
75984 GGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTT
64 GAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * *
76048 TATGACAAAAAAAAAAGGCTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
128 TATGAC-AAAACAAAAGG-TATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
76101 TCATAACTATTTGAACTTGTTGGTAAATAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTG
1 TCATAACTATTTGAA-TTGTTTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
76166 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCCTATA-GAATTGATACAATTGTTTT
65 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
** * * *
76229 ATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAG
129 ATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * * *
76280 TTATGACTATTTGAACTTATTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATT
1 TCATAACTATTTGAA-TTGTT-TGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * ** *
76345 GACATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTT
64 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
** * * *
76410 ATGACAAAACAAAAAATGATAATGATTTGAAATAAATAATTATTC--AT--
129 ATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
76457 T--GAAC---TT--A-T-TTGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCT-
1 TCATAACTATTTGAATTGTTTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTG
* * * * *
76511 AAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTAATTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAAA-AATATATTTT
65 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TGTTTT
*
76575 ATGACAAAACAAAAGGTAATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
129 ATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** *
76626 TCATAACTATTTCAACTTGTTTGATAAACAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAA-TTGTTTG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* ** * *
76691 GAAATATTAATAAATTAGAATTATAGTATTTTG-AGTAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTT
64 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * * * *
76755 TGTAACAAAACAAAAGGTCATAAC-ACTTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAA
128 TATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * *
76807 TTATAACTATTTGTATTGGTCAGGCT-AACAAATTCATTTTTTAAATCTGTTAATTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAATT-GT-TTG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * ** * *
76871 TTAGAATATCT-ATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC-TGTATCAATAGAAACAATTA
63 TGA-AATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * * *
76934 TTTTATGACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTCTTTAAATTG
125 TTTTATGACAAAACAAAAGG-TATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * * *
76989 TTATCGCTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAGATTTATATTTTAAATC---T-CTTGTTAACTTTC
1 TCATAACTATTTGAATT-GTTT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * * * *
77050 AAAATATCAATAAATTAATATTATTTTA-TTCATAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTT
64 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * * * *
77114 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATATATAATTATTCATATAG
128 TATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
77166 CCTTAACTATTTGAATTGGTTTGACAAACA-A-AT-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTT
1 TCATAACTATTTGAATT-GTTTG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * * * *
77227 CATACTGTTATTAGATTAGTA-TGTTTTATTT-AGAATAAACTTGTAGGAATATAAATAATTGTT
64 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * **
77290 TCATGACAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATTACTCAAATAG
127 TTATGACAAAACAAAAGG-TATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * ** *
77343 T-ACTAACTATTTAAATTGGTTTAGCAAGCATATTTATTTTGTAATTCTCCTACTTATTAATTGT
1 TCA-TAACTATTTGAATT-GTTT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
*
77407 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AAT-AGTCTTGTATG-ATGAAAAACAATTG
63 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAG-CTTGTATGAAT-AGAAACAATTG
* * * * *
77469 TTTTATGACAAAACAAAA-ATATACCAATTTGAGATAGATAATTGTTAAAATAG
125 TTTTATGACAAAACAAAAGGTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
77522 TCATAACTATCTAAATTGGTTTGGTAAATATATTTAGTTATTAAATC---T-CTTATCAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAATT-GTTT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* ** * * *
77583 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AAT-ATTTTGGTTTGAATAAAAATAATTGTT
64 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * *
77646 TAACGACAAAACAGAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAA---TTCAAATGG
127 TTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * **
77696 ACATAACTATTTGAACTTGTTTAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAA-TTGTTT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * *
77761 -AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTATATGAATAGAAAAAATTGTT
64 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * *
77824 TTATAACAAAACAAAAGATCATACCGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAG
127 TTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *
77877 T--T-ACTATTTGAACTCGCTTAT-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAA-TTG-TT-TGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * ** * *
77938 TGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGT
63 TGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * *
78003 TTATGACAAAACAAAGGGTCATAACAATTTGAACTAGATAATTGTTTAAATAG
127 TTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *
78056 TCA-AACTATTTGAACAT-ATT-TAGAA-A-A--TA----TT---T-TTTT-CTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAA-TTGTTTGTA-AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * ** * * *
78105 GGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCAAAATAATCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTT
64 GAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTT
* * * * * *
78168 TTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTTTTCATATAG
127 TTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** * *
78221 TCATTACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTCCT-TTTTTTAATTCCCTTGCTCATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAA-TTGTTT-GTAAACAGATT--TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * *
78285 TTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAACTTATATGAACTA-AAACAATTAT
62 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGT
* * * *
78349 TTTA-GTATAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
126 TTTATG-ACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * *
78403 AT-ATGACTATTTGAACTT-TTCAGTAAACTTATTTATTTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTA
1 -TCATAACTATTTGAA-TTGTT-TGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTT
** * * * * * * *
78466 TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATG-AATAAACATGTATGAACATAAACAATTGC
62 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * *
78530 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAACA-ACTAATTGCAT-AAATAG
126 TTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAGA-TAATTG-TTCAAATAG
* *
78584 TCATAA-TGATTTGAAGTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
1 TCATAACT-ATTTGAA-TTGTT-TGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T
* * * * * * *
78648 CTT--AATATTAATAAATTTGTATTATATTGTTTGAAATAAGATTGTACGAATAGAAAAAATTAT
62 -TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * *
78711 TTTAAGACAAAACGAAAAGGT-TATA-GTAGTTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAG
126 TTTATGACAAAAC-AAAAGGTATA-ACG-A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
78766 TC--AATTATTTAAACTTGTTTAGTAAACTA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAA-TTGTTT-GTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTT
* * * * * *
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62 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T----TGAAATAA-GCTTGTATGA-ATAGA-AA
* * *** ** * * *
78891 -AA-GGTCTTA--ACAATTTGAAATA-G-ATAATTA-TTCAAAAAGTCATAATTATT----T-G
119 CAATTGTTTTATGACAA-AACAAA-AGGTATAACGATTTGAAATAG--ATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * **
78943 --AT--CTAGTT-CA--G--TG--AATATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTACTAATTGTCA
1 TCATAACTATTTGAATTGTTTGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * *
78996 AAATTTTAAT-AA-T--T-TTATTTTAATTCG-AATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTGTTT
65 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
79054 TATAATATAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATTG
128 TATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
79106 TCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATATTT
1 TCATAACTATTTGAA-TTGTTTG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * *
79167 GAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCTG--ATCAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTT
64 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * *
79230 TTATAACAAAACAAAAGGTCCTAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA
127 TTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * * * * **
79282 TTATAATTATTCAAACTGGTTAGGTAAAACAAAATTACTTTTTGAATCTCGTACTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAA-TTGTT-TGT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
79347 TAAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTCAAATAAGCTGGTATAAATTCA-AAAAAACTT
63 TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-T-AGAAACAA-TT
* * * * * *
79410 ATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGAAAATTGTTCATATAG
124 GTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
79466 TCTTAAATATTTAAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTT-GTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAA-TTGTTT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
79530 T-AGAATATTATTATATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTAT
63 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * ** *
79594 TTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAG
126 TTTATGACAAAACAAAAGG-TATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
79648 TCATAACTATGTAAACTCGTTCGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATC-TTTAC-T-TTACTATTT
1 TCATAACTATTTGAA-TTGTT-TGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTT
* ** * * *
79709 TGAAAGATTAAT--ATTAGTAATTATTTTTAATCCGAAGAT---CTT-AATG-TTCA-AATACCA
63 TGAAATATTAATAAATTAGT-ATTA-TTTT-ATTTGAA-ATAAGCTTGTATGAAT-AGAA-ACAA
* * * **
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122 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAG
* * * * ** * * **
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1 TC-ATAACTATTTGAATTGTTTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTTACTTATTAATTTTT
* * * *
79882 AAAATATTAATCAATTAGTATTTATTTTATTT-AGAATAAGCTTCTATGAACT-GAAAACAATTA
64 GAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTGA-AATAAGCTTGTATGAA-TAG-AAACAATTG
**
79945 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTTATAG
125 TTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * * * * * * * *
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1 TCATAACTATTTGAATTG-TTT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
80065 -AGAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTATTCT-AAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATT
64 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * ** *
80128 TTATAATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGACGATTGCTCAAATA-
127 TTATGACAAAACAAAAGG-TATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
80180 --AGAAC----TG----GTTTAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTG
1 TCATAACTATTTGAATTGTTT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
** * *
80235 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTT
65 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTT
* * * * *
80299 ATGA-AAAACCAAAAGTTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATGG
129 ATGACAAAA-CAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * * * * *
80350 CCATAATTATTTGAACTAATTTGATAAATTAG-CTTATTTTTTAAATCTCTAACATATCAAATTT
1 TCATAACTATTTGAA-TTGTTTG-TAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
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* *** * *
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126 TTTATGACAAAAC-AAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* **
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1 TCATAACTATTTGAA-TTGTTT-GTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTT-ATTAA-TT
* * * * * * *
80596 TTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTCTATTTCAAATAAGCATGTATAAACTAAAAAAAAATT
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* * * * * * * *
80660 ATTTTATGACTAAACAAAATGTCAAAATGATTTGAAATATATAATTATTCTAATAG
124 GTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
80716 TCTTAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACACATTTACTTTTTAAA---TAT-CTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAATTG-TTT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
80777 -AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTT
64 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * *
80840 TTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTTAAACAA
127 TTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
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1 TCATAACTATTTGAAT-TGTTTGTA-A-ACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * **
80952 TGAAATACTAAGAAATTAGTGTTATTTTATTCTG-AATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
63 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * ** * ** *
81016 TTCTGATAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATGG
127 TTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * ***
81069 ACATGACTATTTGAGCTTGATCGATGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGA-ATTGTTTG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
*
81134 -AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
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* ** * * * *
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127 TTATGAC-AAAACAAAAG-GTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
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1 TCATAACTATTTGAATT-GTT-TGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * ** * * * * * *
81316 GGAAT-TTCAATAAATTAGTATTATCTTATTTCTAATAAGTTTTTATAAACAAAAACAATTGGTT
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*
81380 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
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* *** * * *
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1 TCATAACTATTTG-AATTGTT-TGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * *
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64 GAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * * * * *
81559 TATGATAAAACAAATGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
128 TATGACAAAACAAAAGGTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * * * * *
81610 TCATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAGCACATTGATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAA-TTGTT-TGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
81675 GAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAATTGAAACAATTGTTTT
64 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
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1 TCATAACTATTTG-AATTGTT-TGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* ** * * *
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64 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * *
81920 ATGACTAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAG
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** * * *
81971 TCATAAAGATTTGAGCTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTC
1 TCATAACTATTTGA-ATTGTTT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-
* * * **
82036 TT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAACATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCAT
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* * * *
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126 TTTATGACAAAACAAAAGGTATA-A-CGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAG
* * * * * * *
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1 TCATAACTATTTGAA-TTG-TTTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * * * *
82216 CATACTATT-A-AGA--ACT-TT-TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAGTTGAAATAATTTTTT
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* * * *
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128 TATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * * *
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** * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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1 TCATAACTATTTG----A--A-TTG---T--TT-G-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * *
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* * * * ** * *
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115 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * ***** *
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1 TCATAACTATT----TGAAT--T-GTT-TGT-AAACAGATTTA-T-TTTTTAA-A-TCTTTT--A
* * ** *
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* * * * **
82822 T-TGAATTAAAAAAAAAAACTTCTTTTATGACAAAAC-AAAGGTTATAATGATTAAAAATAGATA
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*
82885 ATTGATT-ATATAG
166 ATTG-TTCAAATAG
* * * * * * * ** *
82898 TCTTTAAATATTTGAACTGATTCGGTAAATAAATTTA-TTTTTAATTCTCATAGTTATTAATTTT
1 TC-ATAACTATTTGAATTG-TT-TGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * ** * * * * * * *
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63 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
** * * * ** *
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128 TATGACAAAACAAAAGGTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
83078 TTAT-A-TATTTAAACTAGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAA-TTGTTT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTT
* * * *
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63 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGT
* *
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126 TTTATGACAAAACAAAAGG
83222 CCATAATTTT
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AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
Found at i:76503 original size:165 final size:166
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*
76311 ATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTAT-TGACATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
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* * * *
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** * *
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* * ** *
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* *
76606 ATAGATAATTGTTCA
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CAAATAAGCTTGCATGAATAAAAAAATATATTTTATGACAAAACAAAAAATAATAACGATTTGAA
ATAAATAATTATTCATTGAACTTATTTGGTAAATAG
Found at i:78208 original size:165 final size:167
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Period size: 165 Copynumber: 1.9 Consensus size: 167
77916 AAATCTTCTA
* * * ** *
77926 CTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATA
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* * *
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*
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* * *** *
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65 AGAAA-CAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTTTTCAAAT
* *
78219 AGTCATTACTATTTGAACTTATTTAG
129 AGTCATAACTATTTGAACATATTTAG
78245 TAAACAAATT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 18, Indels: 8
0.83 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
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167 3 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (167 bp):
CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACA
GAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTTTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACATATTTAGAAAATATTTTTTT
Found at i:78506 original size:707 final size:710
Alignment explanation
Indices: 74572--86604 Score: 4222
Period size: 719 Copynumber: 16.9 Consensus size: 710
74562 AAATTTCATG
** * *
74572 CTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATT-CAAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * ** * * *
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* * * * * * *
74701 AGTCTTAACTATTTGAACTAT-TTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAAACTCTTA--C--TAATT
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** * * * * * * * *
74761 TTCAAAATATTATTAACTTAGTATTATTTTTTTTCGAATAAGCTTGTATG-ATAAGAAATAATTC
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* * * * * * *
74825 TTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATTGATATTTATTCAAATA-ATTATAACTA
253 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGA-TATGACTA
* * * * * * * * *
74888 TTTGAA-TTGGTTTAGAAAATA-ACTTTAGTTTTTAAAT-CTCTTCCTTATTAATTTTTAACATA
317 TTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATATTC-TACTTATTAATTATCAAAATA
* * * * ** * **
74950 TTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTCGATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACA
379 TTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
75015 AAATAAAATG-TCATAAAGACCTT-AAATAAATAATTATGTAAATAATCAAATCTATTTGAACTT
444 AAACAAAA-GATCATAACGA-TTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGT--TA-CTATTTGAACTT
* * * *
75078 -ATTCAGTAAAGAGATTTATTTTTTAAAAT-TCGTTACTCATTAATTTTTTGAATATTAATAAAT
504 GCTT-AGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCT-TTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAAT
* * * * *
75141 TAGTATTA-TTTTATTCTG-AATAAGTTTGTATGAATTGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAA
565 TAGTATTATTTTTA-T-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * *
75204 AGGTCAAAACAATTTGAAATATATAATTATTCTAATAGTCTTAACGATTTGAA-TTGGTTTGGCA
628 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-AAACTATTTGAACAT-GTTT-G-A
* * *
75268 AACACATTTTTTTTA-AATC-T-
689 AA-ACATATTATTTATATTCTTA
* * * * *
75288 CATACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTA-ATATTATTTTGATTCGAATAAGCTTGTATGAAAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAATA
* ** * * *
75352 GAAACAATTTTTTTATGACAAAA-AATGGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAA
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
75416 TCATAACTATTGGAAC-TGTTTAGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAGTTTT
128 TCATAACTATTTGAACTTGGTTA-GTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT
** * * * ** ** ** *
75476 CAAAATATTAATAGATCAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTGTTT
192 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATA-AAACAATTATTT
* * * * * * * *
75541 TAGGATAAAACAAAAGCTCATAATGATATGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGATATGACTATTTG
256 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGATATGACTATTTG
* * * * * * * * *
75606 AACTTATTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCATAATATTGATAA
321 AACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTCTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAA
* * * * * * *
75671 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG-----AC-AA
386 ATTAATATTATTTTAATATGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
*
75730 A-AT-A-AA--A---G---------A-----T-CATA---ACTATTTGAACTTGCTTAGTAAATA
451 AGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTACTATTTGAACTTGCTTAGTAAATA
* * * *
75769 GATTTACTTTTTAAATTTTTTACTTATTACTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
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** * * * * * *
75834 TTG-AATGTGTTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACTATTTG
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* **
75898 AAATAGATAATTGGTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCTGAAAACATATTTATTTTTTA
644 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACATGTT-TGAAAACATA-TTA---TTTA
* *
75963 AATTTTTA
703 TATTCTTA
* * * *
75971 TTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * *
76035 GAAATAATTATTTTATGACAAAAAAAAAAGGCTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA
64 GAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGTC-ATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
76100 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTGGTAAATAGATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT
127 GTCATAACTATTTGAACTTGGTTAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT
* * * * * *
76164 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATA-GAATTGATACAATTGTTT
192 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA-TAAAACAATTATTT
** * * *
76228 TATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTTATGACTATTTG
256 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGATATGACTATTTG
* * * * * * ** *
76293 AACTTATTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATTGACATATTAATAA
321 AACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTCTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAA
*** * * *
76358 ATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
386 ATTAATATTATTTTAATATGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * ** *
76423 AAATGATAATGATTTGAAATAAATAA-----T---TA-TT-C-A-TTGAACTTATTTGGTAAATA
451 AGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTACTATTTGAACTTGCTTAGTAAATA
* * * * *
76476 GATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTAAT
516 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTAT
* * * * *
76540 TGAAATAAGCTTGCATGAATAGAAA-AATATATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAGCGATTTG
580 TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * *
76604 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGATAAACAGATTTAGGTTTTA
644 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACATGTTTGA-AAACATA-TTA---TTTA
*
76669 AATCTCTTA
703 TAT-TCTTA
** ** * *
76678 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATAGTATTTTGAGTAAGCTTGTACGAATAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * *
76743 AAACAATTGTTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAACACTTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAAT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
76808 TATAACTATTTGTA-TTGGTCAGGCT-AACAAATTCATTTTTTAAATCTGTTAATTATTAATTTT
129 CATAACTATTTGAACTTGGTTA-G-TAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT
* * * * * *
76871 TTAGAATATCT-ATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC-TGTATCAATAGAAACAATTA
192 TGA-AATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ACTTATATGAATA-AAACAATTA
* * * * * * * *
76934 TTTTATGACAAAACAAATGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTCTTTAAATTGTTATCG-CTA
253 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGATAT-GACTA
** * *
76998 TTTGAA-TTGGTTTGGTAAACAGATTTATATTTT-AA-A-TCT-CTTGTTAACTT-TCAAAATAT
317 TTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTCTACTTATTAA-TTATCAAAATAT
* * * *
77057 CAATAAATTAATATTATTTTATTCAT-AACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACA
380 TAATAAATTAATATTATTTTAAT-ATGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * *
77121 AAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATATATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAA-TTGG
444 AAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAG--TT-ACTATTTGAACTTGC
* * ** * * * * * *
77185 TTTG-ACAA-ACAAAT-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAT-ACTGTTATTAGATTAG
506 TTAGTA-AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT--TGAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
77246 TA-T-GTTTTATTTAGAATAAACTTGTAGGAATATAAATAATT-GTTTCATGACAGAACAAAAGG
568 TATTATTTTTATTGA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTT-ATGACAAAACAAAAGG
* * * ** * * *
77308 TTATAACGATTTGAAATATATAATTACTCAAATAGTACTAACTATTT-AA-ATTGGTTTAGCAAG
631 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CAAACTATTTGAACA-T-GTTT-GAAAA
*
77371 CATATTTATTTTGTAATTCTCCTA
692 CATA-TTA-TTTAT-ATTCT--TA
* * *
77395 CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AGTCTTGTATG-ATG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTA-TTCAAATAAG-CTTGTATGAAT-
* * * * * *
77458 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAT-ATACCAATTTGAGATAGATAATTGTTAAAATAG
63 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
77522 TCATAACTATCT-AAATTGGTTTGGTAAATATATTTAGTTATTAAATCTCTTA-TC---AATTTT
128 TCATAACTATTTGAACTTGG-TTAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT
* ** ** * * * *
77582 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-ATTTTGGTTTGAATAAAAATAATTGTT
192 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTT-ATATGAAT-AAAACAATTATT
* * * * * * * *
77646 TAACGACAAAACAGAATGTCATAACGATTTGAAAT--A-AATAATTCAAATGGACATAACTATTT
255 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGATATGACTATTT
* * * * * * *
77708 GAACTTGTTTAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
320 GAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTCTACTTATTAATTATCAAAATATTAATA
* * * * *
77773 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATAACAAAACA
385 AATTAATATTATTTTAATATGAATAAACTTATATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * *
77837 AAAGATCATACCGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTACTATTTGAACTCGCTTATTAAA
449 AAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTACTATTTGAACTTGCTTAGTAAA
* * *
77902 CAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTT
514 TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTT
* * * *
77967 ATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACAATT
578 ATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * *
78032 TGAACTAGATAATTGTTTAAATAGTCAAACTATTTGAACATATTT-AGAA-A-A-TA-TT-T-TT
642 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAACTATTTGAACATGTTTGAAAACATATTATTTATATT
78090 -TT-
707 CTTA
* * * *
78092 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCAAAATAATCTTGCATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATA
*** * *
78156 -AAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTTTTCATATA
64 GAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * * * *
78220 GTCATTACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTCCTTTTTTTAATTCCCTTGCTCATTAATTT
127 GTCATAACTATTTGAACTTGGTTAGTAAACAAATT-CATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTT
* *
78285 TTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAACTTATATGAACTAAAACAATTATT
191 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA-TAAAACAATTATT
* * *
78350 TTA-GTATAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGATATGACTATT
255 TTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGATATGACTATT
** *
78414 TGAACTT-TTCAGTAAACTTATTTATTTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAA
319 TGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATATTCTACTTATTAATTATCAAAATATTAA
* * * *
78478 TAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAACATGTATGAACATAAACAATTGCTTTATGACAAAAC
383 TAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * ** * *
78543 AAAA-AGTCATAACAAGTTGAAACAACTAATTGCATAAATAGTCATAATGATTTGAAGTTG-TTC
448 AAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGT--TACT-ATTTGAACTTGCTT-
*
78606 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTAT
508 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
78670 TATATTGT-TTGAAATAAGATTGTACGAATAGAAAAAATTATTTTAAGACAAAACGAAAAGGTTA
571 TAT-TTTTATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCA
** * * * * * * *
78734 TAGTAGTTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAGTC-AATTATTTAAACTTGTTTAGTAAACTAATT
634 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAACTATTTGAACATGTTT-GAAAAC--A-T
* *
78798 CATTTTTTAAATCTCTTTA
695 -ATTATTTATAT-TC-TTA
* * * * *
78817 -TTATTAATTTTTGGATTACTAATAAATTAGTATTA--TT-TT---AT-A---TG-A--ACT-GA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * * *
78867 AACAATTCTTTTATGATATAACAAAAGGTCTTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTC
66 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * * * * *
78932 ATAATTATTTGATC-TAGTTCAGTGAATATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTACTAATTGTC
130 ATAACTATTTGAACTTGGTT-AGTAAACAAATTCATTTTTT-AAATCTCTTACTCATTAATTTTT
* * * * * * * *
78995 AAAATTTTAAT-AA-T--T-TTATTTTAATTCGAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTGTTTT
193 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA-TAAAACAATTATTTT
* * * * * * ** * *
79055 ATAATATAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATTG-TCATAACTATTTG
257 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGAT-ATGACTATTTG
* * * **
79119 AACTAGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTT-AA-A-TCT-CTTATTAA-TATTTGAAATATTAAT
321 AACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATATTCTACTTATTAATTA-TCAAAATATTAAT
* * * * * * *
79178 AGATTAGTATTACTTTATTCTG-ATCAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATAACAAAAC
384 AAATTAATATTATTTTAATATGAAT-AAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * *
79242 AAAAGGTCCTAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTA-TAATTATTCAAAC-TGGTTA
448 AAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTACT-A-T-TT-GAACTTGCTTA
* * * * * ** *
79304 GGTAAAACAAAATTACTTTTTGAATCTCGTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT--TAT
509 -GT-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
79367 TTTATTTTATTTCAAATAAGCTGGTATAAATTCA-AAAAAACTTATTTTATGACAAAATAAAAGG
571 TAT-TTTTA-TTGAAATAAGCTTGTATGAA-T-AGAAACAA-TTAGTTTATGACAAAACAAAAGG
** * * * * *
79431 TCATAATGATTTGAAATTGAAAATTGTTCATATAGTCTTAAA-TATTTAAAC-TGGTTTGGCAAA
631 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC--AAACTATTTGAACAT-GTTT-GAAAA
* * *
79494 CAAATTTATTTTTTAATTCTCTTT
692 CATA-TTA-TTTAT-A-T-TCTTA
* * * * *
79518 GTTATTAATTTTT-AGAATATTATTATATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGAATTA-TTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * * ** *
79582 AAAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATA
63 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
79647 GTCATAACTATGTAAAC-TCGTTCGGTAAAC-AATTTATTTTTTAAATCT-TTACT--TTACTAT
127 GTCATAACTATTTGAACTTGGTT-AGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAT-T
* * * * * * * *
79707 TTTGAAAGATTAAT--ATTAGTAATTATTTTTAATCCGAA-GATCTTA-ATG-TTCAAATACCAT
190 TTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTA-TTTTATTTCAAATAAACTTATATGAAT-AAA-ACAAT
* * * * * * ** * * *
79767 T-GTATGTG-C-AAACAAAAGGTAATAACGAATTTGAAATAGATAATTGTTGACCCTGGCTATAA
251 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGATATGA
* * * * *
79829 TTAGTTGAAC---TTCA-TAAATAGA-TTCTTTTTTAAATCA-ACTTACTTATTAATT-T-AAAA
314 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-ATTC-TACTTATTAATTATCAAAA
* * * * * * *
79886 TATTAATCAATTAGTATTTATTTT-ATTTAGAATAAGCTTCTATGAACTGAAAACAATTATTTTA
377 TATTAATAAATTAATA-TTATTTTAATAT-GAATAAACTTATATGAAC-AAAAACAATTGTTTTA
* * * * *
79950 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCT-TATAGTTTTAACTGTTTAA
439 TGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT-TAAATAG--TT-ACTATTTGA
* * * * * * * * * *
80014 AC-TGTTTTGGCAAACATATTTAGTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTCTAGAATATTATTAA
500 ACTTG-CTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTGAATATTAATAA
* * * * * * *
80078 ATTAGTATT-GTTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATAATAAAACAA
563 ATTAGTATTATTTTTATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAA
* * ** * * **
80142 AAGGTTATAACGATTTGAAATAGACGATTGCTCAAATA---AGAACTGGTTT--A-A---TAAAC
627 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACT-ATTTGAACATGTTTGA-
** * *
80198 AAATTTATTTTTTA-AATCTTCTA
689 AAACATATTATTTATATTC-T-TA
* *
80221 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-ATGA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATT-CAAATAAGCTTGTATGAAT-A
* ** * * * *
80285 AAAACAATTGTTTTATGA-AAAACCAAAAGTTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAG-TCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * * ** * * *
80349 GCCATAATTATTTGAAC-TAATTTGATAAATTAGCTT-ATTTTTTAAATCTCTAACAT-ATCAAA
127 GTCATAACTATTTGAACTTGGTTAG-TAAA-CAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAC-TCATTAAT
* * * *** * * * *
80411 TTTTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGCATAACCTTTTATGAACTGAAACAATTG
189 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA-TAAAACAATTA
* *** * *
80476 TTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACT
253 TTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGAT-ATGACT
** * * ** * *** *
80540 ATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-ATTTTTTGTTCATTAATTTTTTGAATG
316 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATA-TTCTACTT-ATTAATTATCAAAATA
* * * * * * * * * *
80604 TTAATAAATTAGTATTATTCT-ATTTCAAATAAGCATGTATAAACTAAAAAAAAATTATTTTATG
379 TTAATAAATTAATATTATTTTAATAT-GAATAAACTTATATGAAC--AAAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
80668 ACTAAACAAAATG-TCAAAATGATTTGAAATATATAATTATTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAA
441 ACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT-TAAATAG--TT-ACTATTTGAA
* * * * * * * * *
80731 C-TGATTTGGCAAACACATTTACTTTTTAAA---TAT-CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAT
501 CTTG-CTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAA
* * *
80791 TTAGCAATA-TTTTACTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATT-GTTTTATGACAAAAC-
564 TTAGTATTATTTTTA-TT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACA
* * * * * * *
80852 AAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTTAAACAATCATAACTATTTGAATAGGTTTGAC
626 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACATGTTTGA-
** * *
80917 ATGCAAATTTAGTCTT-TAAATC-T-
689 AAACATA-TTA-T-TTAT-ATTCTTA
* * ** * **
80940 CTTATTAATTTTTGAAATACTAAGAAATTAGTGTTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * ** * ** * *
81005 AAACAATTGTTTTCTGATAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATGGA
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * ** *
81070 CATGACTATTTGAGCTT-GATCGATGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT
129 CATAACTATTTGAACTTGGTTAG-TAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTT
** * *
81134 -AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
193 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATA-AAACAATTATTT
* ** * * * *
81198 TATGACAAAAATAAAAGAACATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAG-TCATAACTATT
256 TATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGAT-ATGACTATT
* * * * * * ***
81262 T-AAATTCGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT-TTCA
319 TGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTCTACTTATTAATTATCAAAATATT-A
* * * * ** * * *
81325 ATAAATTAGTATTATCTT-ATTTCTAATAAGTTTTTATAAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAA
382 ATAAATTAATATTATTTTAATAT-GAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * **
81389 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTG-TT
446 ACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGT--T-ACTATTTGAACTTGCTT
** * * *
81453 CAAAAAATATATTTA-TTTTTACAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATT--TAT
508 -AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
81514 ATAATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAAATATTTTATGATAAAAC-AAATGTTA
571 -TATTTTTATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
*** * * * * *
81578 TAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTG-TTCAATAAGCACA
634 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACATGTTTGAA-AA-CATA
*
81642 TTGATTTTTTAATTCTCTTA
696 TT-A-TTTAT-A-T-TCTTA
* * * * * *
81662 CTCATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAATTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * ** * * * *
81727 AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTTAGATAGATAATTATTTAAATAGT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * ** * * * * *
81792 TATGACGAGTTGAAAC-T-GTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTA
129 CATAACTATTTG-AACTTGGTT-AGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCT-TACTCATTAATTT
* * ** * * * * * *
81854 TCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAATGAAATAAGCTTGTATGACTGAAATAATTATTT
191 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAAAACAATTATTT
* * * * * * **
81919 TATGACTAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAG-TCATAAAGATTT
256 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGAT-ATGACTATTT
* * * * * * * **
81983 GAGCTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATA
320 GAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTCTACTTATTAATTATCAAAATATTAATA
** * * * * ** *
82048 AATTTGTATTATTTT-AT-TCAACATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATCATTTTATGACAACA
385 AATTAATATTATTTTAATAT-GA-ATAAACTTATATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * * ** * * * *
82110 GAAAAGGTTACAGCAATTTCAAATAGATAATTGTCGAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTGCTTG
447 CAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGT---TACTATTTGAACTTGCTTA
* * * * * * * *
82175 GTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTT-CATACTATTAAGA--A--CTT-
509 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAA-ATTAGTATTA
* * * * * ** *
82233 TTTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAGTTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA
573 TTTTTA-TTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * **
82298 CAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTT-AATC-TAATTCAATAAACATATT
637 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAA-CAT-GTTTGA-AAACATA-T
* *
82361 TACTTTTTAAATTTTTTA
697 TA---TTTATA-TTCTTA
* * ** * * * *
82379 CTTATTTATTGTCAAAATATTAATAAATTAG-TTTATTTTAACTT-GAATAAGCGTGTATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTT-A-TTCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * *
82442 TAAACAATTGTTTTATAATAGAATA-AAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATA
64 GAAACAATTGTTTTATGACA-AA-ACAAAAGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
82506 GTCATAACTATTTGAATAACTATTTGAACTCGTTCGATAAATACATTTC-TTTTTTAAATCTC-T
127 GTCATAACTATTTG---AAC---TTG-----GTTAG-TAAACA-AATTCATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *
82569 --T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCCGAACAAACTTATATGAACA
179 ACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATA
* * **
82631 AAA-ATATTTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
244 AAACA-A-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC----A
* * * **
82695 ATCATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTGAA-TTAGTTAAGTAAACA-AAATAGTTTTTTAA
303 A--AT-A-GA-T---ATGA-C-----TATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAA
* * * * ** * * * *** *
82758 AT-CTCTTACTTTTTGATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAAGC-TA
352 ATATTC-TACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAACTTA
* * * * * * * ** *
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416 --T--ATGAACAAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATA
* * * * * * * **
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* * * * * *
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536 TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATT-GAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * ** * ** * ** *
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599 TAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
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664 AGTCAAACTATTTGAACAT-GTTT-G--AAAACA--TATTATTTATAT-TCTTA
* * * *
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1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAAT-A
* * * * * * * * * * *
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64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTT--A-AAATAGATAATTGTTCAAA
* * * ** * * * * * * ** ** *
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* * * ** * * * * * *
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* * * * ** *
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* * ** * * * * * *
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312 GACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-C--AGATTTATTTTTTAAATATTCTACTTATTAATTATCA
** * ** * * * * * *
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374 AAATATTAATAAATTAATATTATT-T-T-AATATG-AATAAAC-TTATATGAACAAAAAC-AATT
* * * * * * ** **
83542 GTCATAACGATTTAAAATGGATAATA-AT-ATAAATAGACATG-AATATTTGAACTTGTTCAGTA
433 GT-TTTATGA--CAAAA--CA-AA-AGATCAT-AA-CGATTTGAAATAAAT-AA-TTGTT---TA
* * * ** * * * ** **
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* * ** * * ** * * **
83665 ATT-TTATTTTGAATAAAATTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATA
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* * * * * * * * * * * * *
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* * *
83783 T-AAATAG-A------TTT----A--TTT-------T-TTA--AATCTT-TTA
658 TCAAATAGTCAAACTATTTGAACATGTTTGAAAACATATTATTTATATTCTTA
* * * * *
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1 CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTA-TTCAAATAAGC-TTGTATGAAT
* * * * * **
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63 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
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** * * ** *
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* * * * * *
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250 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGAT-ATGA
* * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * ** * *
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* * * *
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* * * *
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1 CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAAT
* ** * * * * *
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63 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAA-GTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *** * * * *
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* * * * * * **
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* * * * *
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** * ** * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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*** * **
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* * *
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* * ** * * *
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* * * * * * * ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * ** * ** * *
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** * * * * * ***
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* * * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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** * * * * * * * * * *
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* *
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* * *
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* * * * * ** ** * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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254 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGAT-ATGACTAT
* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * *
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* * * ** * * * *
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* * * * *
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TTTTTAAATATTATTAA
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Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
81578 TAATGTTTTG
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81621 TGAACTTGTT
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AAATAGCATAATTATTC
Found at i:81706 original size:359 final size:361
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80171 GCTCAAATAA
* * *
80181 GAACTGGTTTAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
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* * * **
80246 AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAACCA
66 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CA
* * * * * * *
80310 AAAGTTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTG-AACTAATTTGA
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* * * * * * * * *
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194 AAAACATA-TTTATTTTTTAAATCTTC-AACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATT
* * * *
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* * *
80501 ATTTATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
319 AATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
** * *
80544 GAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATT-TTTT-GTTCATTAATTTTTTG-AATGTT
1 GAACTTGTTTAATAAACAAATTTATTTTTT--AATTCTTTTACTT-ATTAA-TTTTTGAAATATT
* ** * * * *
80606 AATAAATTAGTATTATTCTATTTCAAATAAGCATGTATAAACTAAAAAAAAATTATTTTATGACT
62 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAAC--AAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
80671 AAACAAAATGTCAAAATGATTTGAAATATATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTG-AACTGA
125 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACTG-
* ** * * * *
80735 TTTGGCAAACACATTTACTTTTTAAA---T-ATCTTATTAATTTTT-AGAATATT-ATTAATTTA
189 TTCGAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTA
* * * * *
80794 GCAATATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGAT
253 -TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG-T
* * * * * *
80858 CATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTTAAACAATCATAACTATTT
316 CATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * ** * * * * *
80904 GAA-TAGGTTTGACATGCAAATTTAGTCTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATACTAAG
1 GAACT-TGTTTAATAAACAAATTTATTTTTTAATTCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * *
80964 AAATTAGTGTTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTCTGATAAAAC
65 AAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * * * * * *
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129 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAC-TGTTCG
** * *
81092 ATGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAA-TTAGTAT
193 AAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTA-TAT
* * * * *
81155 TATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAATAAAAGAACAT
256 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAG-TCAT
* * *
81220 AATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTT
319 AATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* *** *
81263 -AAATTCGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAAT-TTCA
1 GAACTT-GTTTAATAAACAAATTTATTTTTT-AATTCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-A
* * * * *
81325 ATAAATTAGTATTATCTTATTTCTAATAAGTTTTTATAAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAA
63 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * *
81390 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCA
128 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACTGTTCG
* * ** * *
81455 AAAAATATATTTA-TTTTTACAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTTATATAA
193 AAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTA
* * * * * *
81518 TTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAAATATTTTATGATAAAACAAATGTTATAAT
258 TTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTCATAAT
** *
81582 GTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT
322 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
81622 GAACTTGTTCAATAAGCACATTGATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATACTAATA
1 GAACTTGTTTAATAAACAAATTTATTTTTTAATTCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* *** *
81687 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAA
66 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * * *
81752 AAAGTCACAATGATTTTAGATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACGAGTTGAAACTGTTCAAAA
131 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACTGTTCGAAA
* * *
81817 AACATATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTATCGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
196 AACATATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTT
** * * * *
81882 TAAAT-GAAATAAGCTTGTATGACT-GAAATAATTATTTTATGACT-AAACAAAAAGTCATAACA
261 TATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAAC-AAAAGTCATAATA
* * **
81944 ATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAAAGATTT
323 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
81983 GAGCTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAA
1 GAACTTGTTTAATAAACAAATTTATTTTTTAATTCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAA
* * * ** *
82046 TAAATTTGTATTATTTTA-TTCAACATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATCATTTTATGACAAC
64 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAA-ATAAGTTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * *** * * * *
82109 AGAAAAGGTTACAGCAATTTCAAATAGATAATT-GTCGAAATAGTCAAAATTATTT-AAACTTGC
127 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAAAC-TG-
** * * * * * *
82172 TT-GGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAA-TTATTAA-TTTTCATACTATTAA-GAA---
189 TTCGAAAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTT
* * * * * * * *
82230 CT-TT-TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAGTTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGT
252 ATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GT
* * *
82293 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTT
316 CATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
** * * * * * **
82339 -AATCTAATTCAATAAACATATTTACTTTTTAAATT-TTTTACTTATTTATTGTCAAAATATTAA
1 GAA-CTTGTTTAATAAACAAATTTA-TTTTTTAATTCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * ** * * * *
82402 TAAATTAGT-TTATTTTAACTT-GAATAAGCGTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATAATAGAA
64 TAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * ** * **
82465 TAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAACTATT
128 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-------A--
* * * *
82530 TGAACTCGTTCGATAAATACATTTCTTTTTTAAATC-T---CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
184 --AACT-GTTCGAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * * * * * *
82591 AGA-TTAGTATTACTTTATTCCGAACAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGAAAAAAC
246 AAATTTA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC
* * * *
82655 AAAAGGTCATAGTGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTCAAAT
310 AAAA-GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT----T
* * * * *
82712 -AATCATAATTATTTGAATTAGTTAAGTAAACAAA-ATAGTTTTTTAAATCTCTTACTTTTTGAT
1 GAA-C--------TTG---T--TTAA-TAAACAAATTTA-TTTTTTAATTCTTTTACTTATTAAT
* * * * * *
82775 TTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTTGAATTAAAAAAAAAA
50 TTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAG-T--TTGTATGAACAAAAACA
* * ** * *
82839 ACTTCTTTTATGACAAAAC-AAAGGTTATAATGATTAAAAATAGATAATTGATT-ATATAGTCTT
111 A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTC-A
* ** * * * *
82902 TAAATATTTG-AACTGATTCGGTAAATAAATTTA-TTTTTAATTC-TCATAGTTATTAATTTTTG
173 TAACTATTTGAAACTG-TTCGAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCA-ACTTATTAATTTTTG
* * * * * * * * * * * *
82964 GAATATTATTAGA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTTTATGAACAAAAATAGTTATTTT
236 AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
*** * * ** * * *
83028 ATGACCGAACAAAAGAT-ATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTTAT-A-TATTT
300 ATGATAAAACAAAAG-TCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** * *
83088 AAACTAGTTTGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAA
1 GAACTTGTTTAATAAACAA-ATTTATTTTTTAATTCT-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * ** * * *
83151 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATGATGAAAAACAATTATTATATGACTAAAC
64 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
*
83216 AAAAGGCCATAAT
129 AAAAGGTCATAAT
83229 TTTCGATCAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACTGTTCGAAA
AACATATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTT
TATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTCATAATAATT
TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
Found at i:82524 original size:12 final size:12
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1 ATAACTATTTGA
82533 A
1 A
82534 CTCGTTCGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATAACTATTTGA
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82670 TTTGAAATAG
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Statistics
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83336 ATTAGTGTTA
* * * * * *
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* * * *
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* ** *** * * *
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** * * * * *
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* **
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* ** * *
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* * * * * * ** *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
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* * *
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* * *
83886 ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATAATTCAAATAGTCAT-ACATA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC-TA
* * * *
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* ** ** *
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* * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * **
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* * * *
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66 TTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATT-T-TTAGAATAT
* ** * * * **
84556 TAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATATGCTTGTATGAATA-AAAAAATCA
128 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
84739 ATAATTTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACTATTG
130 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* *** * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
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* * * * * *
84912 TAATAGATTA-TCATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTG
128 TAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* ** ** * *
84966 TCTTATGACAAAATGAAAGGTCATAGTGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
85031 TTGAA-TTGGTT-AGGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACATATTAATTTTT-TAATATG
66 TTGAACTT-GTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
* * *
85093 AATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTGAATAAGC-TATTATGAATTGAAA-ATTTG
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* ** * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * * * *
85202 TTGAACTAGTTTGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTTATTTTT-GAAATATTT
66 TTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTA
* * * * * * *
85266 TTATATTAATATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTG
130 ATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* * * * * * * * * * *
85318 CTTTATGATAGAACCAAAGGTTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTTATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* ** * * * * *
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* * ** * *
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** * * * * *
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66 TTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTA
* * * *
85625 ATAAATTAGTATTTTTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTA
130 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTG
* * * * * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** * * * *
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* * * * * * *
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130 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTG
* * * * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
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66 TTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTAGAATATT
* ** * *
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129 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGA-ATAGAAACAATTG
* * * * ** * * ** * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * *
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66 TTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
** * * *
86166 TAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTA
131 TAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* * * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * * *
86281 TTAAAATAGTTTAGAAAACA-ATTT-TAGTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTAT-GAAATATT
66 TTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATT
* * * *
86343 AATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TGTTTAT-AAAATGAAACAATTG
129 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCT-TATATGAATA-GAAACAATTG
* * ** * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CT
* * ** * * ** *
86459 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTATCGCTCAATAATTTTTTTAATGT
64 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
* * * * *
86524 TAATAAATTACTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATTGAAATAATTG
128 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
*
86578 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAC
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
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TTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
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AAATAGCATAATTATTC
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Alignment explanation
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86661 CATTTCAATG
* * * *
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* ** *
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* * * *
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* * * * * *
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* * ** ** * * *
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* * * * ** * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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*** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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* * * * * ** **
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* * * * *
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** * *
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* * *
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1 ATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-TTTTAGTTCATACA
*** * * *
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* * * *
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** * * **
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* * *
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* *
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320 CTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
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1 AT-TATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTAGTTCATAC
* * * * * *
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* * * * * * * *
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129 AAAA-AGTAAATTAGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
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193 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-CAATTGTTTTTAAC--ATACAAGCTTATTTGA
* * * * *
88360 AATAAAATAAAACTAATTTGTTAATGTTTCAAAATTTTATAAGGAAAAGATTTTTAAAAAA-AAT
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* * *
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* * * * *
88466 ATTATCTATTTCAAA-TGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTTT-GTTCATATA
1 ATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTTAGTTCATACA
** * * * *
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65 AACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * ** *
88593 AAAAAGTAAATCTA-TTTACT-AAACAAGTTTAAATAGTCAA-ATCCATTTGAA-TTTTATATAT
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* * ** *
88654 TTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTT--CAT--AATTTTTTA
191 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATT-GTT-T-TTAACATACAAGCTTAT-
* * * * * * *
88715 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA--TCAAAACTTAAAAACCAAGAAAATTAATAAAT
251 TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA-TT---AA-TAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * *
88778 AAATCTAATTGCCAAACCAGTTCAAATAGTCAAT-ACTATATGAACG
310 -AATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
88824 ATTATCAATTTCACATCACTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTT-GTCCGTACAA
1 ATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAA
* * * * * * *
88888 GCCTA-TTCAAATTAAAATAATACAAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAAGAAGTAAGAGAGTT
66 ACTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * * * *
88951 AAAAAGTAAATTTGTTTACCGAACCAATTCATATGGTTAAGACTACTAGAACAATTATCAATTTC
129 AAAAAGTAAATTAGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * *
89016 AAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAGACAATTG-TTTCAATTCATATAAGCTTATTCGAA
194 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-ACAATTGTTTTTAA--CATACAAGCTTATTTGAA
* * * *
89080 ATAAACTAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAAATATTTTAAAAA-AATCTATTTA
256 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAATCTATTTA
* * *
89144 -TCGAACAAGTTCAAATAGCTA-GTAGTATTTGAACA
320 CT-GAACCAGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACA
* * * * *
89179 ATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TATTGTTTTAGTTAATACAA
1 ATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAA
*** * * * *
89243 GGGTATATGGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAACAA-TAAGAGATTTA
66 ACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * * * *
89306 AAAAATAAATTTA-TTTA-TCGAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTAAATAATGATCTATTT
130 AAAAGTAAA-TTAGTTTACT-GAATCAATTCAAATAGTTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * *
89369 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTAATCGTACAAGCTTACTAGAA
193 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTTAA-CATACAAGCTTATTTGAA
* *
89434 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAGAAATAC-ATT
256 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAA-TAAT-CTATT
* * **
89498 TA-TCAAACCGGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAACA
318 TACT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
89535 ATTA
1 ATTA
89539 AAATAATCCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
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ATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAGTTCATACAA
ACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
AAAGTAAATTAGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTTTAACATACAAGCTTATTTGAAATAAA
ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAATCTATTTACTGAAC
CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
Found at i:88476 original size:16 final size:17
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88434 AACCAGTTCA
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1 AATAATTAT-ACTATTTG
88462 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
88477 CAAATGTTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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86661 CATTTCAATG
* * * *
86671 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG-CATAAAATAGTTGTTTTT-TATCATAAA
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* ** *
86734 AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
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* * * * * * *
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128 A-AAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTA-AATCTATTTGAACA
* * * * * ** *
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* * ** ** * *
86914 AGCTTACTCG-GTTAAAAATAATACTAAGCTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGATATTT
64 AGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * * * *
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** * * * * * *
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1 ATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACA
* * * * * * * *
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64 AGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * *
87154 GAAAAAATAAATCTCTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAA-CTATTTGAACA
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* * * * * *** * *
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*** * * * * *
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* * * * * * * *
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128 AAA-ATAAATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTA-AATCTATTTGAACA
* * * * *
87388 ATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAGTTGTTTTAGTTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
* * *
87453 ACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAA
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* * * * * * ** * *
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129 AAA-TAAATCTATTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTAAATCTATTTGAACA
* * * * * * *
87569 ATTAACAATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTCTATTCATGCAA
1 ATTATCTATTTC-AAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
** ** * * * * * *
87634 AATTATTCAAAATAAAATACTATTGATTTATTAACATTCTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGA
65 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--
* * *
87699 AAAAATAATTCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAT-TATTTGAACA
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* * * ** *
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1 ATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
* *** * *
87815 ACTTATCCAAAATAAAATATTACTATTTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAA
65 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-A
* * * *** *
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* * * ** * ***
87927 ATTATCTATTTCAAATTGTTTTTACCTTTCATTTTGTCATAACACAATTGTTTTTCAACATACAA
1 ATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
* * *
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* * * *
88053 AAATAAGTCTATTTACTGAATC-AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATA
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* * * * * * * *
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1 AT-TATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
** * * * * *
88168 AATTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAGAATTCATAACTAAGAGATTTA
64 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * ** * * * *
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128 AAA-ATAAATCT-ATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAA-ATCTATTTGAACA
* * * * *
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1 ATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG-TTCATACA
* * * * * * * * *
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64 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA--TT
* * * *
88414 TAAAAA-AAATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATAA-CTATTTGAATA
126 TAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTA-AATCTATTTGAACA
* * * *
88466 ATTATCTATTTCAAATGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTTTGTTCATATAA
1 ATTATCTATTTCAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATACAA
* * * * * *
88530 GTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATCTAGAAAATGAATTAGTAAGAGATTTAA
65 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * *
88595 AAAGTAAATCTATTTACTAAACAAGTTTAAATAGTCAAATCCATTTGAA-T
129 AAA-TAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAAATCTATTTGAACA
* * * * * * *
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1 ATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
** * * * * * * ** * *
88708 TTTTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TCAAAACTTAAAAACCAAGAAAATTA
65 GCTTAT-TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * * *
88772 ATAAATAAATCTAATTGCCAAACCAGTTCAAATAG-TCAATACTATATGAACG
128 A-AAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAAAT-CTATTTGAACA
* * * * * *
88824 ATTATCAATTTCACATCACTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTTTTGTCCGTACAA
1 ATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
* * * * * *
88888 GCCTA-TTCAAATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAAGAGAGTTA
65 GCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * * * *
88952 AAAAGTAAATTTGTTTACCGAACCAA-TTCATATGGTTAAGA-CTACTAGAACA
128 AAAA-TAAATCTATTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTAA-ATCTATTTGAACA
* * * * * *** *
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1 ATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
* * * *
89069 GCTTATTCGAAATAAACTAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--AA-ATATTTTA
65 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * *
89130 AAA-AAATCTATTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGCT-AGTAGTATTTGAACA
129 AAATAAATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTAAAT-CTATTTGAACA
* * * * * *
89179 ATTGTCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TATTGTTTTAGTTAATACAA
1 ATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
** * * * * *
89243 GGGTATATGGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCTAAAATTAACAA-TAAGAGATTTAA
65 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-A
* * * * * *** * * *
89307 AAAATAAATTTATTTATCGAATCAA-TTAAAATAATTATGGCCATTTAAATA
128 AAAATAAATCTATTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTAAATCTATTTGAACA
* * * ** *
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1 ATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
* *
89423 GCTTACTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
65 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG
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CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
ATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAAATCTATTTGAACA
Found at i:88818 original size:539 final size:529
Alignment explanation
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** * **
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** * *
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* * * * * * * * * * * *
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* ** * * ** * * * *
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189 AAAT-GTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAA
* * ** * ** * * * * *
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* * * * * * * * * * **
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* * * * * * * * *
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* * * * * ** **** *
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* *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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252 ATAAAATAATATTAATTTATTAA-TATT-AAAAATGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCT
* * ** * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * *
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1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAATTTGTTTCAGTTCATAAAAA
** * *
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* ** * *
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* ** * ***
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** * *
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* * * * * * ** *
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324 TCAGTTCAAATAGTCA-AATCCATTTGAAT-ATTTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * *
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387 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT--AAATTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAAT
* * * ** * *
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* *
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512 AG-TAATACTATATGAACA
*
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1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA--AATT-TGTTTCAG-TTCATA
* ** **** * * * *
88347 TAAGTTTATTTGGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATGTTTCAAAATTTTATAAGGAAAAGATT
62 AAAACTTATCCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-G---AGA-T
* * * *
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122 TTAAAAAAGAAAT-TAGTTTACTAAACCAGATCAAATAATTAGAACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * *
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186 TTCAAATGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTG
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250 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT-TA-AAAATGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
* *
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313 CTATTTACTAATC-AGTTCAAATAGTCAAATCCATTTGAATATTTATATATTTAAAATCATTATG
* * * * *
88668 ACATTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTCATAATTTTTTATTCAGAATAAAATAATAC
377 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAA--ATTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * *
88733 TAATTTAATAATA-TC-AAAACTTAAAAACCAAGAAAATTAATAAATAAATCTAATTGCCAAACC
440 TAATTTAATAATATTCTAAAA-TTAATAACCAAGAGATTTAA-AAATAAATCTAATTGCCAAACC
*
88796 AGTTCAAATAGTCAATACTATATGAACG
503 AGTTCAAATAGT-AATACTATATGAACA
* * * * * *
88824 ATTATCAATTTCACATCACTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTT-TTT--GTCCGTAC
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT--AA-AAATTTGTTTCAGTTCATAA
* * * * * * * *
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* ** * ** * * * *
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124 AAAAAAG-AAATTAGTTTACTAAACCAGA-TCAAATAATTAGA-ACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * *** * *
89013 TTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAGACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCG
186 TTCAAA-TGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTG
* * ** * * * *
89078 AAATAAACTAATACTAATTTATTAATATTTTAAA--AATTAATAAAATATTTTAAAA--AAATCT
250 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTAAAAATGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCT
* * * ** * * * * **
89139 ATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAG-CTAGTAGTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATG
315 ATTTA-CTAATC-AGTTCAAATAGTCAAAT-CCATTTGAATATTTATATATTTAAAATCATTATG
* * ** *
89202 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TATTGTTT-TAGTTAATACAAGGGTATAT-GGAATAAAATAAT
377 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-AA-TTTAT-TCAGAATAAAATAAT
* * * * * * ** *
89264 ACAAATTTATTAATATTTCTAAAATTAACAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAA
438 ACTAATTTAATAATA-TTCTAAAATTAATAACCAAGAGATTT-AAAAATAAATCTAATTGCCAAA
* * * * * * * * * *
89328 TCAATTAAAATAATTATGGCCATTTAAATA
501 CCAGTTCAAATAGTAAT-ACTATATGAACA
* * * * * * * *
89358 ATGATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTA-ATCGTACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-ATTTG-TTTCAGTTCATAAA
* * *
89422 AGCTTA-CTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
64 AACTTATCCA-AAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
89486 AAGAAAT
128 AAGAAAT
89493 ACATTTATCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (529 bp):
ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAATTTGTTTCAGTTCATAAAAA
CTTATCCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAG
AAATTAGTTTACTAAACCAGATCAAATAATTAGAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATGTT
ATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
TATTAATTTATTAATATTAAAAATGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACTAATC
AGTTCAAATAGTCAAATCCATTTGAATATTTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAATTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
TAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAATAAATCTAATTGCCAAACCAGTTCAAATAGTAATACT
ATATGAACA
Found at i:89994 original size:180 final size:181
Alignment explanation
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89745 ACAATTAATA
* *
89755 AGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATA
1 AGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGA
* * * *
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*
89885 GCTTAT-TTGAACTAAAATAATACT-AATTGATTAATATTCCAAAAACTATTG
131 GCTAATGTTGAA-TAAAATAATA-TAAATTGATTAATATTCCAAAAACTATTG
* * * *
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* *** * * **
89999 AATTATCTAGTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACA
65 AATTATCTAGTTCAAATCGTTAAGACCTTTTATTTCAACATAAAACAATTGTATCAGTTCATACA
* * * *
90064 AGCTAATGTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
130 AGCTAATGTTGAATAAAATAATATAAATTGATTAATATTCCAAAAACTATTG
* *
90116 AG-CAAAAATTTTTAAAATAAAT-TGTT
1 AGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTT
90142 ACGATTATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (181 bp):
AGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGA
ATTATCTAGTTCAAATCGTTAAGACCTTTTATTTCAACATAAAACAATTGTATCAGTTCATACAA
GCTAATGTTGAATAAAATAATATAAATTGATTAATATTCCAAAAACTATTG
Found at i:90499 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 89537--93413 Score: 1564
Period size: 181 Copynumber: 21.7 Consensus size: 178
89527 TTTGAACAAT
* * * * * *
89537 TAAAATAATCCAAATTTATTACTATTCAAACAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAAGAAAT-A
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA-AATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCA
* ** * * * * **
89600 TGTTCACCA-AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACGATTATTTATTTCAAATCATTATG
64 -GTTTA-CATAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-G
* * * * ***
89664 A-CTTTT-TGTTGTCATAAAATAATTGGTTTTGTTCATACAATCTTATTCGGGT
126 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAA
** * * * * *
89716 TAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT-AT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-
** * * * * * * *
89780 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTAAGAC
64 GTTTACATAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT-AGAC
* *** * ** * * * *
89845 CTTTTATTTCAACATAAAACAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTTGAAC
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAA
* * * * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATCA
** * ** * * *
89960 GTTTACCGAACAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTAGTTCAAATCGTTATGAC
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* * * **
90025 CTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTAATGTTGAA
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* * * ** *
90077 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAA-AAATTTTTAAAATAAAT-T
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA
* * * *
90139 G-TTACGAT---TATTT-AAACAATTAT-A-T-TTT-TA-AA--AT-TA--TC--A----T-GAC
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* * * * * *
90182 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCTTAGCTCGTAAAAGCTTATCCAAAA
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* * * * * *
90234 TAAAATAATACTACAAGCTTATTCGAA-A-TAAAATAATCCTAATTTA-TTA-ACATTTCAAGAA
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* ** * * * *
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* * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-A
* * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CA
* * * * * * *
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* * * *
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1 -TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TC
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* * * * ** * *
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* * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-A
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCA
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* * *
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1 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-C
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCA
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* * **
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* **
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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** * * * *
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93414 ACATAATAAC
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* * *
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* * * * ** * *
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** * * *
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** * * * *
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* * * *
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** * ** * * * * *
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* * * * *
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* * ** * * ** *
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* ** * * * * * ** *
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184 TCTATGTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTG-TTCAGTTCATATAAGCTT
* * * ** * *
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248 ATTGAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * * *
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** * * * * * * ** * * ** * *
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376 CATTATGACCTTTTGATTTGTCACAAAAAAATTGTTTCAG-TCAATAAAAGCTTAGACAAAATAA
* * * * * * *
93118 AATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTATAAGACTT-AAAAAATAAATATGTC
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* ** * * * * *
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504 TACTAAACAAACTAAAATAATTATGACCATTGG
* * * * * * * *
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* * * * *
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93343 AATTAAAAAAAAAATT-GTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTA-AACAATTGTCT
123 ATTTAAAAAATAAATTCATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTAAAACTAT-TAGAAAAATTATCT
* * * *
93406 ATTTCAAAACATAATAACCTTTTA
187 ATGTCAAATCATTATGACCTTTTA
93430 AAAATATATA
Statistics
Matches: 1426, Mismatches: 302, Indels: 175
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Matches are distributed among these distances:
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TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAACTAAAA
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* * * * *
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* * * * * * * * **
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** * ** * * *
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* * * * *
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1 -TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGATAAG--ATTTAAAAAATA-AAT
** * * * *
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* * * *
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* *
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191 ACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTGTTTATCAAACATG
* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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1 TAAAATAATACT--AA-TTTATT---AAT---AT--T--TCA---A--AA-A-TT-AATAA--GA
* * * ** * *
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* * * * *
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105 ATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA
* * * *
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* ** * * * * *
90489 AAAAAATAAATCTATTTGCCAAAC-TAATTCAAATAGTTAAGATTATATGAACAATTATTTATTT
229 AAAAAATAAAT-TGTTTATCAAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * * * * * *
90553 CAAATTGTTATGACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATACAAGCTTATTCGAA
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90618 A
356 A
* * * * * * *
90619 TAGAACAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTTATAA-ATAAAAGATTTAGAAAGT-AAT-T
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAT--AAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * *
90681 GTATTTA-TCGAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTT-CA-AATTGT-TATTAAT-ATAAGTTT
64 GT-TTGACT-AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT--TCA-AA--TC
* * * *** * * * ** * *
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122 GTTAT-GACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
* * *
90798 AATTATACAAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAATAAGGGATTTAAAAAGTAAATCT-TC
185 AATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AA-AA--GATTTAAAAAATAAAT-TGT-
* * * *
90861 TTACCAAACCAT-TTCAAATAGTTCTAACTATTTG-ACTAATTAAT-TATTTCAAATCATTATAA
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* * * ** * * * ** *
90923 CCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGAATCTGCTCATACTATTTTATTTGAAA
305 CCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTAG-AA
* * * ** * * * *
90976 TAAAATAACACTAATTTAATAATGTTTTGAAACTTAATAACCA-AGAAAATT-AAAAATAAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GATA-AGATTTAAAAAATAAATCT
** * * * * * * ** * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * ** * *
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251 -CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * ** *
91293 AGTTATAAAATAATTG-TTCAGTTCATATAAGCTTATTTAGAA
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* * *
91335 TAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGATA-AGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * *
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* * * ** * * *** *
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* * * **
91528 AATTTATTAATATTTACTAAATTATTAATTAAAA-ATTTTAAAAAATACATCTGTTTATTGACTC
194 AATTTATTAATATTT-C-AAA-AATTAA-TAAAAGA-TTTAAAAAATAAAT-TGTTTA-TCAAAC
* * * ** * *
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252 ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * **
91656 TTATAAGACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGT
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* * *
91696 TAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAACATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATGT
1 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGATAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * ** * * * * * *
91757 ATTTG-CCAAACCAGTTCAAATAATTAAAACTATTAGAATAATTTTTTATTTCGAATCATTATGA
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* * * * * * **
91821 CCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAT-ATCTTGTAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-C
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* * *
91884 TAATTTATTAACA-TTCAAAAAAAATATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGA
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* * * *
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*** * * * * * *
92012 TCACATAAAAAAATTGTTTTAGTCCATAAAAGCTTATCCAAAA
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* * * *
92055 TAAAATAATACTAAATTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TATGAGTTTAAAAAAATAAATTT
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** * * *
92119 GTTT-ACTAAACAAACTCAAATAGTTATGACTATTGGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGA
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* * * *
92183 CCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* ** ** * * * *
92248 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTT---AGGTGAATTGGTTTAGCGAA-TTAGTT
194 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATT-GTTTATCAAACAT-GTT
* * * * * *
92309 CAAATAATTATGGCTATTTTAGC-A--AT-TA--TC--ATCATTATTACCTTTTG-TTTGCTCAT
257 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TTAT
* * *
92365 ATAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTTGGAA
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*
92402 TAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAG-TAAGATATTAAAAAGATAAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGATAAGAT-TTAAAAA-ATAAATCT
* ** ** * * * * *
92466 ATTT-A-TCAAACTCGTTTGAATAATTATGACTATTTGAATAATTATATACTTCTAATCGTTATA
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* * * * * * * * *
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128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* ** * *
92594 TAATCTAACAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAAGAAATT-TGTT-T----GA
193 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAG--ATTTAAAAAATAAATTGT-TTATCAAACA
* * * ** *
92653 -GTTTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGT
253 TGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * * *
92717 TATAAAATAATT-TTTTCAATCCTTACTAGCTTATTAGGAA
318 TATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTA-GAA
* * * * *
92757 TAAAATAA-AATGAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAGAAAATAATTT
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAT-A-AGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
92820 TGTTTGCCT-AACCAGTTCAAATAATTATTACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATTGTTAAG
63 TGTTTGACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * *
92884 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAG
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
** * *
92949 TAATTTACAAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACATGCT
193 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCAAACATGTT
* * * ** * * *
93014 CAAATAGTTATGACTATTTGAGCGATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGATCTGTTATA
257 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATA
* * *
93079 AAACAATAGTTTTTGTTCATACAAGCCTATTCAGAT
322 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-AGAA
* * * *
93115 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTATAAGACTTAAAAAATAAATATG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-ATAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * *
93180 TCT-ACTAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTT-AAGTAATTATCTATTTCAAATCATTCTGC
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* * ** * * * ** *
93243 CCTTTTCTTTTAT-AGTAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTTGATGTTAAATAATAC
129 CCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * *
93307 TAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAAAAATTGTTTACCAAATA
193 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATTGTTTATCAAACA
* * * * * * * *****
93371 AGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTGTCTATTTCAAAACATAATAACC-TTT-TAAAAA
253 TGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
93434 TATATAA-ATTTATTAATTT-TTCA-A-AA-ATTAATA-AG
318 TATAAAACAATTGTT--TTTGTTCATACAAGCTTATTAGAA
** ** * * * ** * *** *
93469 TAAAA-AATTTTAA-AAATAAATATGT------TT-AT-CGA-GCGAGTTCAAATGGT-TATGAC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGATAAGA-TTTAAAAAATAAAT--C
* * ** * * * * **
93522 TATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGCCATAAAACAAT-TATTT-
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** * **** * * * ** * * **
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117 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAAT--TGTT--TTTGTTCATA----CAAGCT
** * * * * * **
93643 TAATAAGAGATTTAAGAACTAA-ATCT-ATTTACTGAATTAGTTGAAAAAGTT-AT-GACTATTT
173 T-ATTCGA-A-ATAA-AA-TAATA-CTAATTTA-TTAA-TATTTCAAAAA-TTAATAAAAGATTT
* * * * * * * * * * ** *
93704 GAATAAT-TA-TCTATCTCAAA-TTGTT---ATGGTT-TTA-T-TTTGTCATAAAACAAT-TGTT
229 AAAAAATAAATTGTTTATCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTG--A-ACAATTATCTATT
* * * * * * * ** *
93759 TCTATTCATACATG--C--TT-ATTTG--A-AGTAA-AA-TG---TTGCT-AAACTAATATT-CT
291 TCAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGTTATA-AAACAATTGTTTTTGTTCATAC-AAGCTTATT
*
93809 AAAA
353 AGAA
* ** * * *
93813 T-TAATAAGTAAGAGATTTGAAAAATAAATGCGTTTGCCAAAATAGTTTAA-ATAGTTAAGACTA
1 TAAAATAA-TACTA-ATTT-----ATTAAT--ATTT--CAAAA-A--TTAATA-AGATAAGA-T-
* * * ** * * ** * *
93876 TTAGAATAAT-TATCTATTT--C-AAATCATTTTGACAT--TT-TGTTTAGTCAT-AA-AATAAT
49 TTA-AAAAATAAATCTGTTTGACTAAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTA-T-TTGAACAATTAT
* * * * ** * * ** *
93932 -TGTTTC--A--G-T-TCACAC--ATGCTTAATCA-AAATA-AAATATTACTATTC-TACTAA-C
110 CTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTTTGTTCATAC-AAGC
** ** ** ***
93984 --ATTC--AA-AAAAT-A-A-TAA-GCAAGAA-ATTT-AACAAA--AA-AATTG-TTTACCGAAT
172 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAAAGATTTAAAAAAT
* * ** * * *
94034 AAA------CTCAAATA-G-TCAAGACTA-TT-TGAAAAATT-ATC---TATTTA----AAATCA
236 AAATTGTTTATCAAACATGTTCAA-A-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *** * * *
94081 TTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAA
299 TTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TAGAA
* * * ** * * * * **
94140 TAAAATAATATTACTTTATTAATACTTCAAAAGGTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAT-AAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * *
94205 TTT-A-TCAAATC-AGATCAGATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCGTTATG
65 TTTGACT-AAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * ** * * * *
94267 AACTTTTGTTTTATCCTAAAACAATT-TTTGTTCATCGTATAAGCCTATTTGAAATAAAATAATA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
*
94331 CTAATTT-TTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA
192 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--A--AAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTATCAAA
* * * *
94394 C-TAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTT
251 CAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
94458 TGTCATAAAATAGTT-TTTTATGTTTATACAAGCTTATTCAAAA
315 TGTTATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATT-AGAA
* * * * * * *
94501 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATTA-CTAAGAGATTT-CAAAATAAATT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGAT-A-AGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * *
94563 TGTTCG-CAAAACTAGTTCAAATAATTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATG
63 TGTTTGACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
** * * * * * * * *
94627 ACCTTTTGTTTTAACGTAAAACAAATCTTTTTATTCATATACA-TTTGTTTGAAATAAAATAATA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA-AGCTTATTCGAAATAAAATAATA
* * ** * * *
94691 TTGATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGACTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAACCAA
192 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATC-AAA-C-A
* * * ** * *
94755 T-TT-AATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTAT
253 TGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
94818 CATAAAACAATTGTTTCTATTGATACAATCTTATTCGAAA
318 TATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTAG-AA
* * * *
94858 TAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAGTAAG-TAATAGATTTAAAAAATGAATC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAT-A-AGATTTAAAAAATAAATC
* * * *** * * * *
94921 TGGTGGCCTGGCCAA-TGCAAGTAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-TG
63 TGTTTGACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
** * * * * ** *
94984 ACCTTTTGTTTTACCAAAAAATAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTATTCAGAGTAATAACATAA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-GA--AATAAAATAA
* * * * * *
95049 TTCTAATTTAATAATACTCCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCGA
190 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAG--ATTTAAAAAATAAA-TTGTTTATCAA
* * * * * *
95114 ACAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTT
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* * * * * **
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* * * * *
95221 TTAAAATAAAACAAATTTATTAATA-TTCAAACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATT
1 -TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAG-ATAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
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193 TAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAAAGA-TTTAAAAAATAAAT-TGTTTATC-AAA
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* * * ** **
95542 TGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATGTAAAATTATTCA-AA
315 TGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-AGAA
* * * * * * * * *
95584 AAAAATAATATTGATCTATTGATATATT-GAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAGTTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGATAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * *
95645 TTT-ACCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATCTCAAATTGTTAAGA
65 TTTGA-CTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * *
95708 TC-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATAC
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * * * *
95771 TAAATTAATAGTATTTAAAAAATTACTAACTAAGAGATTTTAAAAATATATGTATTTA-CAGAAC
193 TAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCA-AAC
* * * * *
95835 -TAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAACTTTTCTTTA
252 AT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
95899 GTAATAAAACAATT-ATTTAGTTCATTCAAACATATTCAGAA
316 GTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-AGAA
* * * * *
95940 TAAATTAATACAAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATGAGCA-AGAGATTTAAAAAAATAAATC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-ATA-AGATTT-AAAAAATAAATC
* * * * *
96004 TATTT-A-TCGAACAAATTCAATTAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTT
63 TGTTTGACT-AAACAAGTTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTT
* * * * * **
96065 ATGACCTTTT-TTTTGTCATAAGACAATTATTTTAGCTCATAAAAAATTA-TCTGAAATAAAATA
125 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATA
* * * * * *
96128 ATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTCTGA
189 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAAAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTATCA
* * * * * * * * *
96193 AGCA-ATTC-AATACTTTTAACTATTTGAACAAATGTCAATCTT-AAATCATTATGATC-TTTGT
249 AACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * * *
96254 TTTATCATAAAATAATTGCTTTGGATCATACAAGCTTATTTGGA
313 TTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTAGAA
* ** *
96298 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATGTG
1 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGATAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * * *
96360 TTTGTC-GAACCAGTTCAAACAGTTAAT-ATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-TGA
65 TTTGACTAAACAAGTTCAAATAATT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * *
96422 CC-TTT-TTTAGT-A-AAAATAATTGATTTAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* ** * * *
96483 AATTTATTAACATTTGGAAAATTTATAAGCAAGATATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
194 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAG--ATTT-AAAAAATAAA-TTGTTTATCAAACA
* * * *
96548 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTATAT-TTTAAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
253 TGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
** * * * * * * *
96612 CAAAAAAATAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTT-TCCAAAA
317 TTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TAGAA
* * ** * **
96652 AAAAATAAAACTCCTTTATTAATATTTCACAAGCTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAT-A-AGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * ** * * *
96716 ATTT-ATTAAATC-A-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACACCTATTTATTTCAAATCATTATT
64 GTTTGACTAAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
** *** *
96778 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTTCAACATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * **
96842 TAATTTACTAGTATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAATTAAATT-TATTCATTGAAC-TAG
193 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTGT-TT-ATCAAACAT-G
* * * * * * *
96905 TTCAACA-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTATTATAACATTTTGTTCTATC
255 TTCAA-ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTT
* * * *
96969 ATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTAGGAA
319 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTA-GAA
* * * *
97008 TAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAA-CTAAGAGACTTAAAAAGTAAAT-
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAT-A-AGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * *
97070 TCATTTG-TTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
63 T-GTTTGACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * **** * * * *
97134 GACCTTTTATTTTAG-CATAAAACAATTCTTTCAACTCATACAAGATTATTCAAAATAGAATAAA
127 GACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* * * * * * *
97198 ACTAATTTATTAATAGTTCAAAAATTTATAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTA-CTGAAC-T
191 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATC-AAACAT
* * * * * * * *
97261 AGTTCAAATAATTATAATTATTTGAA-AATTTGTCTATTCCAAATCTTTATTACTTTTTGTTTT-
254 -GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
97324 TTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTGAAAA
317 TT-ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-AGAA
* * * * *
97366 TAAAATAATACTAATCTATTAATATTTGAAAAATTAATCAG-TAAGTGATTTAAAAAGTAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGATAA--GATTTAAAAAATAAATCT
* ** * * * * * * *
97430 ATTT-A-TCAAACTATTTTCAAATAGTTTTGACAATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTAT
64 GTTTGACT-AAAC-AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* ** * ** * * * ** *
97493 AATATTTTATTTTGTCATCGAACAATTGGTTATGTTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATA
127 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
* * * * * * * ** ** *
97558 ATAATTGAATAATATTTCGAAACTTAATAGCCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGGCTAAC
192 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA---AA-AGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCAAAC
* *** * ** * * *
97623 AAGTTCAAATAGTTATGACTATACAAACGATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACTTTTTCTTTTG
252 ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** * * **
97688 TCACAAGGCAATT-ATTTTGTTCGTACAAGCTTATTCTAA
317 TTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTAGAA
* * *
97727 TTAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 -TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAT-A-AGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
97791 TGTTT-A-TCAAATCAA-TTC-AATCGATTAAGACTATTAGAACAATTATCTACTTCAAATCATT
63 TGTTTGACT-AAA-CAAGTTCAAAT-AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * *
97852 TTGA-CTTTTGGATTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATGCAAGCTTATTCAAAATAAATTA
125 ATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
*
97916 ATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAAAAGGAGATTTAATAAAATAAATTTGTTTA-
189 ATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT--AAA--AGATTTAA-AAAATAAA-TTGTTTAT
** * * * * * ** * * *
97979 CTAAACAAATTTAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAATCATTT
247 C-AAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * ** * ** * *
98044 GATTTGTAATAAAATAATTGTTTCAGTTAATATGAGCTTA-GATGGA
311 GTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTA-GAA
* * **
98090 -AAAATAATATTAATTTACTAATA-TTCCTAAATTAATAAG--AA-ATTTAAAAAATAAATCTGT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGATAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
** * * * * * * *
98150 TT-A-TCAAATTAGTTAAAATAATGATGGCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAT
66 TTGACT-AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* *
98213 CTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * *
98277 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAAATCTATTAACCAAACCA
195 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAAT-AAAT-TGTTTATCAAA-CA
* * * * * *
98342 -GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAATCTCAAATCGTTAAGATC-TATGTTTTA
253 TGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
98404 TTATAAAACAATTATTTCTGATCATAGAAGCTTATTTAG-T
317 TTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTAGAA
** * *
98444 TAAAAATAATACTAATTT-TATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATG
1 T-AAAATAATACTAATTTAT-TAATATTTCAAAAATTAATAAG-ATAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * ** ** * * * *
98508 TGTTTGTC-GAGCCAGTTCCAATAGTTAAAACTATTAAAATAATTATCTATTTCCAATCATTATA
63 TGTTTGACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * ** *
98572 ACCTTTTATTTAGTCATAAGATATTTGTTTCATATG-T--TACAAATTTATT-AAGAATAAAATA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT--T-TGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATA
* * * *
98633 ATCCAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTA-
189 ATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT----AAAAGATTT-AAAAAATAAAT-TGTTTAT
* * *
98696 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TAATTTAAAATCATTATGACCTTT
247 C-AAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTT
** * *
98760 TGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCT-GAAA
310 TGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TAG-AA
* * * * * * * *
98808 TATATTAATTCTAATTTCTCAATATTTCAAAAATTAATAAG-CAAGAGTTAAACGAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGATAAGATTTAAA--AAATAAATCT
* * * ** * *
98872 GTTT-ACTGAACAAATTCAAATAGTTATAAGCAAGAGTTAAACGAAATAAATTTGTTTACTGAAC
64 GTTTGACTAAACAAGTTCAAATAATTAT--G-ACTA-TT---TG-AA-CAA-----TTA-T---C
* * * * ** *
98936 AAATTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTT
111 TATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTG---TTTTGTC-A--TAAAA-C------A-A-TTG----T
* * *
99000 GTCATAAAACAATTGTTCAGTTTATACAAGCTTACTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATA
156 -T--T-------TTGTTC-----ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
99065 TTTCAGAAATTAATAAGTA-ATTT-AAAAGTAAATT-TGTT-T--AA-A---T---A-A-TTATG
206 TTTCAAAAATTAATAA-AAGATTTAAAAAATAAATTGT-TTATCAAACATGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
99115 GCCATTTCAACAATTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTTTTT
269 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT
* * *
99180 TTTTATCATACAAGGTTATATGGAA
334 TTGT-TCATACAAGCTTAT-TAGAA
* * *
99205 TAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG---AG-TTTGAAAAAAGAAATCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGATAAGATTT-AAAAAATAAATCTG
* * * * * * ** * * *
99266 TTT-AC-AGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAAGTATAAACTTCAAATCATTATAA
65 TTTGACTA-AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * * *
99329 CCTTTTATTCTGTCATAAAAAAATTATTTTTGATAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * ** **
99394 AATCTAATT-ATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTGCCGCACA
194 AAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTATCAAACA
* * * * * *
99458 AGTTCAAATACTTAAGACTATATGAAAAATTATCTATTTCAAATC---AT----TTTTGTTTAGT
253 TGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
99516 CATAAAACAATT-TTTTTCAATTCACACTAGCTTAATCAAAA
318 TATAAAACAATTGTTTTT--GTTCATACAAGCTT-ATTAGAA
* * * * *
99557 TAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATACG-TAAGAGATATAAAAAATAATTT
1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAT-A-AGATTTAAAAAATAAATC
* * *
99620 TGTTT-ACCTAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
63 TGTTTGA-CTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * * * *
99683 GTCCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCATATCGA-TTTGTTCAAAATAAAACAAT
127 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
*
99747 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAAC-TA
191 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTATCAAACAT-
* * * * * * *
99811 GTTCAAATAATTATGACTACTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTATGTT
254 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTT
* * *
99876 ATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAGCATATTTAGAT
319 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTAGAA
* * * * * * * *
99915 TAAAATAATACTAATTTATTAATATATT-GACAATTACA-AAGTAAAAAATTTTACAAATCAATA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTA-ATAAG-ATAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * * *
99978 TGTTT-ATTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTG
63 TGTTTGACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * ** * *
100042 GCCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATTATTTCAGTTCAT-CTAAGCTTATTCAAAATAAAATATTA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
* * ** * * * *
100106 CTAATTTAATAATGTTTCAAACTTTAATAATTAAGAGATTTAAAAATTGAATCTATTTACCAAAT
192 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATC-AA-
* * * * * * * *
100171 ACAT-TT-AAATAATTATGATTATTTAAACAATTATCTATTTGAAAGCGTTATAACATTTTGTTT
250 ACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * ** * * *
100234 TCTCATAAAATGA-T-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTTGAT
315 TGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTAGAA
* * *
100275 TAAAATAATACAAATTTAGTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG-ATAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
100338 TGTTT-ATTGAACAAGTTTAAATCA-TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
63 TGTTTGACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * *
100401 A-CTATTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATTAAAATAAT
128 ACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAAT
* * * * *
100464 ATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAA-TAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAACATGTTTACCGA
191 ACTAATTTATTAATA-TTT--CAA-AAATTAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTATC-A
* *
100528 AA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ACTAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-
249 AACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* ** * * *
100590 TTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTGGAAA
313 TTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTAG-AA
* * * * *
100635 TAAAATAATACTAA-TTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAG-TAAGAAAATCAAAAACTGAATC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGATAAG--ATTTAAAAAATAAATC
* * ** * * * * *
100697 T-ATTCACGGAACATA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGATTTTTTTC--AT-G-GA
63 TGTTTGACTAAACA-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * *** * *
100756 AGA----TTATTTTG-AATAAAATAA-----TATAAACTTACTAA---TATTTC--AA-AAATTA
126 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC-AAGCTTA-TTCGAAATAAAATA
* * * * * * * *
100805 AGA--AA--TA--AA-ATTTTAAAAAATAA-ATATGTTTTCGAAACACATTCAAATAG-TTAT--
189 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTT--AAA-A-AAT-AAATTGTTTATCA
* * * * * * **** *
100859 GACTAT-TTGAACA-AG-TAT--CTATTTCAAATCATCATGACCTTTTGTTTTGTCA-TA-AACC
249 AAC-ATGTTCAA-ATAGTTATGACTATTT-GAA-CA--ATTATCTATT-TCAAATCATTATGACC
** * * ** * * * * * * * *
100917 AATTGTTTCTATTCATAAAAGC--TT-ATTCAGAATAAAATAATTCTAATT-TAT
307 TTTTGTTT-TGTT-ATAAAA-CAATTGTTTTTG-TTCATACAA-GCTTATTAGAA
* ** * * *
100968 TAAAAT--T-CCAA-AAATTAATATGT-AAAAGATTTAA-AAAATAAATCTATTTACCAAGCAAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-A-TTAATAAGAT-AA--GATTTA--AA--AA-
* * ** * * * * * *
101027 TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAA-TT-ATTTATTTCA-AATTGTTATG-AC-CTT-T-TG
56 AT-AAATCTGTT-TGACTA----AACAAGTTCAAATAATT-ATGACTATT-TGAACAATTATCTA
* * ** * * *
101084 TTT----T-GTCATAACACAATTGTTTCTATTCAT-AAA-AA-----TTTATTCA-A-AA--TAG
113 TTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTT-T-GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCT-T
* * * * * * * * * ** *
101133 AAT-AAAAGT-AATTCAT--TAATATT-TGAAAAATT-AATAAGT--T-GGAGATTTAAAAAGTA
174 ATTCGAAA-TAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATA
* ** * * * * * * *
101189 AATCTATTTATTGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCTAGTTGAACTATTATATATTTCAAATCATT
237 AAT-TGTTTATCAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* ** * * * ** *
101254 ATAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAA
301 ATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-AGAA
* * * * *
101311 TAAAATAATACTCATTTATTAATATTTGAAAAATTAAT---ATGAGATTTAAAAACTAAATCTAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGATAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * *
101373 TT-ATCGAATC-AGTT----TAA--AT-AGT-TTTGAACAAATATCTATCTT-AAATTGTTATGA
66 TTGA-CTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGA
* * * *
101427 TC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AGAGTAAAATATTCC
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAC
* * * * * *
101490 TAAATTAATAATATTCTTTAAATTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAAC
193 TAATTTATTAATA-T-TTCAAA--AATTAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATC-AAA
* ** * **
101554 CA-GTTCTAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGC-TT-TGACCTTTCATT
251 CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-CATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * *
101616 TAGTTATGAAATAATTATTTTAGTTCATACATGCTTATTCGAAA
314 TTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTAG-AA
*
101660 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAA-ATAAGAAATTTAAAAAAATAATT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGATAAG--ATTT-AAAAAATAAAT
* * * * * * ***
101723 ATGTTT-ACTAAACAAGCTCAAATAGTTATGACAATTTAAACAATTATCTATTTAAAATAAATAT
62 CTGTTTGACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * ** * *
101787 GACCTTTTGTGTTATCATAAAATAATTATTTCAGTTCCTAAAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAAT
127 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAAT
* * * * ** *
101851 -CTTAATTTATTAAAATTTAAAAAATTGATAAATTAGAGATTTAAAAAATAAGTCAATTTATCGA
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTA
* * * * * * * * *
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** * * ** * ** ** *
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* * * * * * * * ** ** * *
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1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACT
*** * ** * * *
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* ** * ** * * *
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* *
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1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACT-
* * * * * * **
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* * ** *
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129 -TCATAAAACAATTTTTTTCA--TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * *
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1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAA-AAAATAAATTTGTTTACCAAA
* * * * * * * ** * *
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* * * * * ** ** * *
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* ** * * *
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1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTA
* * * * * * * *
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* **
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* * * * *
98276 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAAATCTATTAACCAAACC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTTGTTTACCAAACT
* * * * *
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65 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTA
* * * * **
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** * * ** * * *
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1 AATTTAT-TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACT
* ** ** * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * **
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* * ** * * * * * * * *
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64 TAGTTCAAATAGTTAT--G-ACTATTTGAAC--AAT-TATCTATTT-C-AAATCATTA-TGAACT
* * * * ** * * ** * **
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* **
99009 CAATTGTT
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* * ** * *
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*** ** * * * * * * * *
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48 --AATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * ** * * * * *
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174 TAATACT
* * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * ** *
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* * * *
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* * * ** *
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* * * * *
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1 -AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACT
* * * ** ** * *
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* ** * * * ** *
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*
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * * * ***
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* * * * * ** *
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* * * ** *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * * * *
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** * *
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* * * ***
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* * * ** *
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* * * * *
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** * * * ** *
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* *
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* * * *
100595 A--ATAAAACAA-TTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTGGAAATAAAATAATACT
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* * * * * * * * * **
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1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-
*
100710 TA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
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Statistics
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * ** ** *
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* * * * * *
94226 ATTATGGCCATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTATCCTAAAACAA
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* * *
94291 TTTTTGTTCATCGTATAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT-TTAATATTTCAAAAATT
313 TTTTTGTTCATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * *
94355 AATGAGTAGGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTG
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* * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * *
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64 TTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * * * * *
94643 TAAAACAAATCTTTTTATTCATATACA-TTTGTTTGAAATAAAATAATATTGATTTATTAATATT
129 TAAAACAATTGTTTTTATTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
* * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * ** *** * * * * *
94899 TAATAGATTTAAAAAATGAATCTGGTGGCCTGGCCAATGCAAGTAGTTATAACTATTTGAACAAT
384 TAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
** * * * *
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* *
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** * * * * *
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* * * * * *
95182 CATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGATTATTTCAATTAAAATAAAACAAATTTATTAATA
127 CATAAAACAATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * *
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191 TTTGAA-AATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTT-ATTTACTAAACTAA-TTCAAATAG
* * * * * * * *
95309 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTTATAAACCAA-
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* * *
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* * * * * * * *
95437 TAATAAGTAA-AAGACTTAAAAAAATGAATCTATTTA-CTAAGTAAGTTTAAATAGCTATGACTG
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* * * ** ** *
95500 TTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACAGTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTA-
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** ** *
95564 -TTCATGTAAAATTATTCAAAA-AAAATAATATT
503 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
95596 GATCTATTGATATATTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAGTTTGTTTACCGAAACA
1 AATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTG-TTATCAAAACA
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* * * * *
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* *
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* * ** *
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63 GTTCAAATA-ATTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
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* * * * * * *
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* * * * * *
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251 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACATTTGTTTTA-TCATAAAACAATT
* ** * **
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315 --TTT-GTTCATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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504 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
** * ** * *
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1 AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAAT-T-TGTTATCAAAAC
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62 AGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAT
** * * * * *
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* * * * * *
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191 TTTGAA-AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACTAATTCAA-ATAGTTATG
* ** * * *
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* * * *
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* * * * * **** * * *
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* * * * * **
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* * *
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508 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * **
97201 AATTTATTAATAGTTCAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAGAAAAT-AATTCTATT-TACTGAAC
1 AATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAATAAATT-TGTTAT-CAAAAC
* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * * * **
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* ** ** * * *
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* * * * ** ** * *
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371 AAAAATTAATAAG-TAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATG
*** * * * * * * **
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435 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * * *
97704 T-TGTTCGTACAAGCTTATTCTAATTAAAATAATATT
500 TATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* *
97740 AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAATCA
1 AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTG-TTATCAAAACA
* * * * * **
97805 ATTC-AATCGATTAAGACTATTAGAACAATTATCTACTTCAAATCATTTTGA-CTTTTGGATTAG
63 GTTCAAAT-AATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-
* ** * *
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126 TCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * *
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* * * * * * * * *
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** ** * * * **
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313 TT-TTT--GTTCATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * * *
98120 A-T--TAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATTAGTTAAAATAATGATGGCCAT
375 ATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * *
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440 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTATGT
98244 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
505 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * *
98276 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAAATCTATTAACCAAACC
1 AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AT-AAATTTGTT-ATCAAAAC
* * * * * * *
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62 AGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * **
98404 TTATAAAACAATTATTTCTGA-TCATAGAAGCTTATTT-AGTTAAAAATAATACTAATTT-TATA
126 TCATAAAACAATTGTTT-TTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTAT-TA
* * * * * * * *
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** ** * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * *
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* * * * *
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433 TGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * * * *
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* * * * *
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1 AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA--AAATAAATTTG-TTA-TCAA-A
* ** * * * * * * * * **
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* * * * ** * * ** * **
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* ** * * ** * *
99009 CAATTGTTCAGTTTATACAAGCTTACTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAGAAA
172 TAA-TACT-AATTTAT-TAATATT--TGAAAAT----T-A-A-TAAG------AGATTT-A-AAA
** * * ** * * * * *
99074 TTAATAAGTAATTTA-AAAGTAAATTTGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTT
217 --AAT-A--AATTTATTTACTAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * ** * * * * * *
99138 TAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTTTTTTTTTATCATACAAGGTTATATGG
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* *
99203 AATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG--AG---TTTGAAAAAAGAAAT
341 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAAT
* * * * * ** * *
99263 CTATTTA-CAGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAAGTATAAACTTCAAATCATTAT
405 CTGTTTACCA-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * *
99327 AACCTTTTATTCTGTCATAAAAAAATTATTTT-TGATAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
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99391 ACT
534 ACT
* * * * * ***
99394 AATCTAATT-ATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATT-TGCCGCAC
1 AAT-TTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAATAAATTTGTTAT-CAAAAC
* * *
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* * * ** *
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* * * * *
99577 AATATTTCAAAAATTAATACGTAAGAGATATAAAAAATAATTTTGTTTACCT-AACCAATTCAAA
187 AATATTT-GAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-CTAAACTAATTCAAA
* * * ** * * *
99641 TAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGTCCTTTTATTTTGTCATAAAAC
246 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACATTTGTTTTATCATAAAAC
* * * ** *
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* * *
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* * * * * *
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* * * *
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502 TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * * **
99927 AATTTATTAATATATTGACAATTACA-AAGTAAAAAATTTTACAAATCAATATGTTTAT-TGAAC
1 AATTTATTAATAT-TTAAAAATTA-ATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATTTG-TTATCAAAAC
* * * * * * * * *
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62 -AGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * ** * *
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126 TCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * *
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* * * * * * **
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248 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACA-TTTGTTTTATCATAAAACA
* * *
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312 ATTTTTGTTCA-TCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A
*** * *
100305 CAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTTTAAATCA--TATGA
374 -AATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAAT-AGTTATGA
* * * * *
100367 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTATTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTT
436 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
* *
100431 CTA--TTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATT
500 -TATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * ** *
100467 AATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAACATGTTTACCGAAAA-
1 AATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAATAAATTTG-TTATC-AAAAC
* * *
100531 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ACTAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGT
62 AGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-T
* * * *
100595 A--ATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATATAAGTTTATTGGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAA
125 ATCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * * **
100656 TATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAAAATCAAAAACTGAATCTATTCACGGAAC-ATATTCAAATA
189 TATT-TGAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACTA-ATTCAAATA
* * * * * *
100720 GTTATGACTATTTGAATAATTGATTTTTTTC--AT-G----GAAGATTAT-TTTGA--ATAAAAT
248 GTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCGTTATGAACATT-TGTTTTATCATAAAAC
* * * * * * * *
100775 AA----T-ATAAACTTACTAA---TATTT-CAA-AAATTAAGA--AA--TA--AA-ATTT-TAAA
311 AATTTTTGTTCATCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * ** * *
100822 A--AATAAATATG--TTTTCGAAACACATTCAAAT-AG-TTA--TGACTATTTGAACA-AG-TAT
375 ATTAATAAGTAAGAAATTT--AAA-A-AAT-AAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAA-ATAGTTAT
* * **** * * * ** *
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434 GACTATTTGAACAATTATC-T-A--TTTCAAATCGTTAT-GACCTTTTGTTT-T-GTCATAAAA-
* * * * * * * * * *
100938 C--TTA-TTCA-GAATAAAATAATTCTAATT--TATTAAAAT--T-CC
491 CAATTATTTTATG-TTCATACAA-GCTTATTCAAAATAAAATAATACT
** * * * * * *
100977 AA-AAATTAATATGTAAAAGATT--TAA--AA-A-A--T--AAAT--CTAT-TTA-CCAAGCAAT
1 AATTTATTAATATTTAAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTATCAAAAC-AG
* * * ** *
101027 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
64 TTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * * ** ** * * * *
101092 TAACACAATTGTTTCTATTCATAAAAATTTATTCAAAATAGAATAAAAGTAATTCATTAATATTT
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194 G-AAAATTAATAA----GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACTAA-TTCAAATAGTTAT
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** ** * *
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* * * * * *
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380 TAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * *
101400 ACAAATATCTATCTT-AAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCA
444 ACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTATGTTCA
* * * *
101462 TACAAGCTTATTCAGAGTAAAATATTCCT
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* * ** * * * *
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1 AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTG-TTATCAAAACA
* * * * **
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63 GTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-CATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * *
101618 GTTATGAAATAATT-ATTTTAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
126 -TCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * *
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189 TATT-TGAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAATA-AATT-TATTTACTAAACTAA-TTCAAA
* * * *** * * * *
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246 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACATTTGTTTTATCATAAAAC
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311 AATT-TTT--GTTCATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTTCA
* * * * * ** * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * *** *
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* * * **
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** * * ** ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** *
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* * ** * ** ** *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * *
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* ** *
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Statistics
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* * * ** * *
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* * * * * * * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * ** ** * *
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* * * * * * * * **
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* **
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** * * * * * ** * * **
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*** * * * * * * * * * * *
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* * * * ** **
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129 -ACCTTT-TATTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCA---TACAAGTTTATTCAAAATAAAATA
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
94455 TTTTGTCATAAAATAGTT-TTTTATGTTTATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATCT
316 TTTTGTAATAAAATAATTGTTTTA-GTTAATATAAGCTTAGAT--GAA-AAAATAATACTAATTT
* ** * * ** *
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* * * * * * ** *
94580 CAAATAATTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAACGTA
434 CAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-
* * * * * ** * *
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498 AAACAATTGTTTTTGA-TCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * ** * * * *
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561 CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAATCTA-TTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
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* * *
94835 T-ATTGATACAATCTTA-TTCG
688 TGA-TCATACAAGCTTATTTAG
* * * * * * *
94855 -AAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAGTAAGTAATAGATTTAAAAAATGAA
1 TTAA-AAA-TAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * **
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250 TACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-TTTATAA-CT
* * * * * * ** * * *
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312 TTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTT-TAGTTAATATAAGCTTAGATGAA--AAAATAATACTAA
* * *
95236 TTTATTAATA-TTCAAACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGA-TTA-CTAAATA
374 TTTATTAATATTTC-CA-AATTAATAAG---AA-ATTTAAAAAATAAATCT-ATTTATC-AAATT
* * * * * * *
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431 A-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTG
* * * **
95362 TTATAAACCAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
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* * * * * * ** *
95426 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAAATGAATCTATTTA-CTAAGTAAGTTTAAATA
557 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGA-TT-TAAAAATAAATCTA-TTACCGAA-CCAGTTCAAATA
* * * * * * * * **
95490 GCTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGA-CAGTTTGTTTTGTTGTAAAACA
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* ** ** *
95554 ATTGTTTCT-ATTCATGTAAAATTATTCA-
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** * * * * * * * * * *
95582 AAAAAAATAATATTGATCTATTGATATATTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAGTT
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** * * ** * ** *
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* * * * *** *
95708 TCTTTATTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCT-TTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATAC
130 CCTTT-TATTAGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * ** * * ** * * *
95771 TAAATTAATAGTATTTAAAAAATTACTAACTAAGAGATTT-TAAAAATATATGTATTTAC-AGAA
193 TAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTATTTACTA-AA
* * * *
95834 CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTT-GAACTTTTCTTT
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* * * * * * * * *
95898 AGTAATAAAACAATT-ATTTAGTTCAT-TCAAACATA-TTCAGAATAAATTAATACAAATTTATT
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* ** * *
95960 AACATTTAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAACA-AATTCAA
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* * * * **
96024 TTAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAA
437 ATA-ATTATGGCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * ** * *
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* * * * * * * * *
96150 AAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTCTGAAGCAATTC-AATACTTTTAACT
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* * * * * * * * *
96214 ATTTGAACAAATGTCAATCTTAAATCATTATGATCTTTGTTTTATCATAAAATAATTGCTTTGGA
627 ATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTAAGATCTTTGTTTTATCATAAAACAATT-ATTTTGA
*
96279 TCATACAAGCTTATTTGG
691 TCATACAAGCTTATTTAG
* *
96297 ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATG
1 TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
* * * *
96358 TGTTTGTCGAACCAGTTCAAACAGTTAATATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-TGA
66 TGTTTGTCGAACCAGTTC-AATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* *
96422 CCTTTT-TTAGT-A-AAAATAATTGATTTAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTA
130 CCTTTTATTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTA
*** * * * * **
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* * * * *
96549 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTATAT-TTTAAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGC
260 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAAT-TTTAT-AACTTTTGTTTTGT
* * * * ** ** * **
96613 AAAAAAATAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTTCCAAAAAAAAATAAAACTCCTTTATTAATATT
322 AATAAAATAATTGTTTTAGTTAATATAAGC-TTAGATGAAAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
96678 TCACAAGCTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAATCATTCAAATAATTATG
386 TC-CAA---ATTAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATTATTCAAATAATTATG
** *
96743 GCCATTTGAACACCTATTTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ATGATT-TT
446 GCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACA--ATTGTT
* * * * * * *
96806 TTTCAACATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAGTATTTCAAGAATTAAT--
509 TTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* ** *
96869 --AAGAGATTTAAAAATTAAATTTATTCATTGAACTAGTTCAACA-AGTTATGACTATTTGAACA
574 GCAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATT-ACCGAACCAGTTCAA-ATAGTTATGACTATTTGAACA
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96931 ATTATCTATTTTAAATTATTATAACAT-TTTGTTCTATCATAAAAAAATTGTTTCT-ATTCATAC
636 ATTATCTATCTCAAA-TCGT-TAAGATCTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT-TGA-TCATAC
*
96994 AAGTTTA-TTAG
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** * * * * *
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* * * **
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* * ** * *
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* * * *
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190 TACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTGAAAAAATAAATT-TATTTAC
* * * * * * ** *
97255 TGAACTAGTTCAAATAATTATAATTATTTGAA-AATTTGTCTATTCCAAATCTTTATTACTTTTT
253 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTAAAAT-TTTATAAC-TTTT
* * * * * * *
97319 GTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAG-TTTGTTGAAAATAAAATAATACTAATCT
315 GTTTTGTAATAAAATAATTGTTTTAGTTAATATAAGCTTAGATG--AA-AAAATAATACTAATTT
** * * * *
97383 ATTAATATTTGAAAAATTAATCAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAATTTATTTATCAAACTATTTTC
377 ATTAATATTT-CCAAATTAATAAG-AA---ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-T-TATTC
* * * * * * * ** * *
97448 AAATAGTTTTGACAATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAATATTTTATTTTGTCATCG
435 AAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-A
* * * * ** * * * *
97513 AACAATTGGTTATGTTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTGAATAATATTTCGA
499 AACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * ** * *
97578 AACTTAAT-AGCCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGGCTAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
564 AAATTAATAAG-CAAG-AGATTTAAAAATAAATCT-ATTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
*** * * * ** * * * * **
97642 TATACAAACGATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACTTTTTCTTTTGTCACAAGGCAATTATTTTG
626 TATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTAAGA-TCTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTG
* * *
97707 TTCGTACAAGCTTATTCTAA
690 ATCATACAAGCTTATT-TAG
* * *
97727 TT-AAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
* * * * * * *
97791 TGTTTATCAAATCAATTCAATCGATTAAGACTATTAGAACAATTATCTACTTCAAATCATTTTGA
66 TGTTTGTCGAACCAGTTCAATAG-TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * *
97856 -CTTTTGGATTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATGCAAGCTTATTCAAAATAAATTAATAC
130 CCTTTT--ATTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC
*
97920 TAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAA-AAAGGAGATTT-AATAAAATAAATTTGTTTACTAA
193 TAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAA-GAGATTTGAA-AAAATAAATTTATTTACTAA
* * * * * * *
97983 ACAAATTTAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAATCATTTGATT
256 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATT-TTATAA-CTTTTGTTT
* * * * *
98048 TGTAATAAAATAATTGTTTCAGTTAATATGAGCTTAGATGGAAAAATAATATTAATTTACTAATA
319 TGTAATAAAATAATTGTTTTAGTTAATATAAGCTTAGATGAAAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
98113 -TTCCTAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATTAGTTAAAATAATGATGG
384 TTTCC-AAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATTA-TTCAAATAATTATGG
*
98177 CCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTTT
447 CCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTTT
*
98242 GATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
512 GATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCA
*
98307 AGAGATTTAAAATATAAAATCTATTAACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
577 AGAGATTTAAAA-AT-AAATCTATT-ACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * *
98372 AT-TAATCTCAAATCGTTAAGATCTATGTTTTATTATAAAACAATTATTTCTGATCATAGAAGCT
639 ATCT-ATCTCAAATCGTTAAGATCTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT-TGATCATACAAGCT
98436 TATTTAG
702 TATTTAG
* * *
98443 TTAAAAATAATACTAATTTTATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATG
1 TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
* * * * * *
98508 TGTTTGTCGAGCCAGTTCCAATAGTTAAAACTATTAAAATAATTATCTATTTCCAATCATTATAA
66 TGTTTGTCGAACCAGTT-CAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * ** * *
98573 CCTTTTATTTAGTCATAAGATATTTGTTTCA-TATGTTACAAATTTATT-AAGAATAAAATAATC
130 CCTTTTA-TTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGTTTATTCAA-AATAAAATAATA
* *
98636 CAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAA-AGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTAA
192 CTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTATTTACTAA
* * *
98700 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTT
256 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTAAAAT-TTTAT-AACTTTTGTT
* * * ** * * * *
98764 TTG-ACATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCTGAAATATATTAATTCTAATTTCTC
318 TTGTA-ATAAAATAATTGTTTTAGTTAATATAAGCTTAGATGAAA-A-AATAATACTAATTTATT
* * * * * *
98828 AATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTAAACGAAATAAATTTGTTTACTGAACA-AATTCAAA
380 AATATTTC-CAAATTAATAAG-AA-ATTTAAA--AAATAAATCTATTTA-TCAA-ATTATTCAAA
* * * * * * * *
98892 TAGTTATAAGCAAGAGTTAAACGAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTAT-AACT
438 TAATTAT-GGC--CATTTGAAC--AAT-TATTT-ATT--T---CAAA-TC----A-TTATGACCT
** *
98956 ATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTCAG
485 -TTTG---TTTTGTC-A--T-AAA-C------A-ATTGT-TTTTGATCAT---ACAA--G--C--
* *
99020 TTTATACAAGCTTACTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAGAAATTAATAAG---
524 --T-T---A---T--TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAA
* * * * * * *
99082 TA-ATTTAAAAGTAAA--T-TT---------GTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCT
578 GAGATTTAAAAATAAATCTATTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * ** * ** * * * *
99134 ATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTTTTTTTTTATCATACAAGGTTAT
643 ATCTCAAATCGTTAAGATC-TTTGTTTTATCATAAAACAA--TTATTTTGATCATACAAGCTTAT
*
99199 AT-G
705 TTAG
** * * * *
99202 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAG-TTTGAAAAAAGAAA
1 TTA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * * * * * * * ** *
99262 TCTATTT-ACAGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTA-AATAAGTATAAACTTCAAATCATT
64 TGTGTTTGTC-GAACCAG-TTCAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * * *
99325 ATAACCTTTTATTCTGTCATAAAAAAATTATTTTTGATAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
126 ATGACCTTTTATT-AGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAA
* * * ** * * *
99390 TACTAATCTAATT-ATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAAATAAATTTATTTGCC
190 TACTAAT-TTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTATTTACT
** * * * * * *
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254 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTTTATAACTTTTGTTT
* * * * * * * * *
99513 AGTCATAAAACAATTTTTTTCAATTCACACT-AGCTTA-ATCAAAATAA-AATAAAATGAATTTA
319 TGTAATAAAATAATTGTTTT-AGTTAATA-TAAGCTTAGATGAAAA-AATAAT--ACT-AATTTA
* * * * * * * ***
99575 TTAATATTTCAAAAATTAATACGTAAGAGATATAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAATTCAA
378 TTAATATTTC-CAAATT-A-A--TAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAATTATTCAA
* * * * ** * *
99640 ATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGTCCTTTTATTTTGTCATAAAA
437 ATAATTATGGCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA
* * * * * * *
99705 CAAATATTTTTGTTCATATCGA-TTTGTTCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
501 CAATTGTTTTTGATCATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * *
99769 AATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTA
565 AATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAATCT-ATTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * * *
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* *
99894 TTCATACAAGCATATTTAG
690 ATCATACAAGCTTATTTAG
* * * * * * * * *
99913 ATT-AAAATAATACTAATTTATTAATATATTGACAATTACA-AAGTAAAAAATTTTACAAATCAA
1 -TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTA-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * * *
99976 TATGTTTATTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCT
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* * * * * * * * *
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128 GACCTTTT-ATTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAC-AAGTTTATTCAAAATAAAATAAT
* ** ** ** * * * *
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191 ACTAATTTATTAA-CATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTATTTACTA
* * * * * ***
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255 AACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATTTTATAAC-TTTTGT
* * * * * ** * * *
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317 TTTGTAATAAAATAATTGTTTTAGTTAATATAAGCTTA-GATGA-AAAAATAATACTAATTTATT
*** * ** ** *
100295 AATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTTTAAAT
380 AATATTTCCA-AATTAATAAG---AA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATTA-TTCAAAT
* * * ** * *
100360 CA-TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTATTTATTTTGTTATAAAAC
439 AATTATGGCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCAT-AAAC
* * * ** *
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502 AATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * **
100487 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAA-CATGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTA
566 ATTAATAAGCAAGAGATTTAA-AAATAAATC-T-ATTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * *
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* * * *
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** * * *
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Found at i:99768 original size:930 final size:937
Alignment explanation
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97954 AGATTTAATA
* * *
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** * ** * **
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* * **
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* * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * ***
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* * * * * * *
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515 ACTAAAAGAATTAAAAAATAAATGTATTTGCCGAGCAAGTTCAAATACTTAAAACTATTAAAATA
* * * *
98549 ATTATCTATTTCCAATCATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAGATATTTGTTTCATATGTTACAA
580 ATTATCTATTTCCAA-CATCAT-A--TTTTATTTAGTCATAAAAAATTTGTTTCATATGTCACAA
* * ** *
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* * *
98679 AAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTAATTTAA
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* * * *
98744 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCTGAAAT
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* ** * *
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*
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1 AAATAAATTTGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAA
* * * *
98980 TCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCAGTTTATACAAGCTTAC-TCAAAAT
66 TCATTATAATCA-TTTGATTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTACAT--AAA-
* * * *
99042 AAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAGAAATTAATAAGTAATTT-AAAAGTAAATTTG-TT-T
127 AAAATAATACTAAGTTACTAATA-TTCAGAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
* *
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191 AAATAGTAAATATGATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGG
* * * **
99163 TCATATAACAATTTTTTTTTTATCATACAAGGTTATAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
256 TCATA-AACAA-TTGTTTTTGATCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
99227 TCTTTCAAAAA-T-TAA-TAAGAG-TTTGAAAA-A-AGAAATCTATTTA-CAGAACTAGTTTAAA
318 TATTTCAAAAATTATAAGTAAGAGATTT-AAAATATA-AAATCTATTAACCA-AACCAGTTCAAA
* *
99285 TAGTTATGACTATTTAAATAAGTATAAA-CTTCAAATCATTATA-ACCT-T-TTATTCTGTCATA
380 TAGTTATGACTATTTAAACAAGTATAAATC-TCAAATCATTA-AGACCTATGTT-TTAT-T-ATA
* *
99346 AAAAAATTATTTTTGATAATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATCTAATTATATTCC
440 AAAAAATTATTTCTGATAATACAAGCTTATT-AAAATAAAAATAATACTAATCTAATAATATTCC
* * *
99410 AAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTGCCGCA-CAAGTTCAAATACTTAAG
504 AAAAATTAATAACTAAAAGAATTAAAAAATAAATGTATTTGCCG-AGCAAGTTCAAATACTTAAA
* * *
99474 ACTATATGAAA-AATTATCTATTT-CAA-ATCAT-TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTTTTTTCA
568 ACTAT-TAAAATAATTATCTATTTCCAACATCATATTTTATTTAGTCATAAAA-AATTTGTTTCA
* ** *
99535 -AT-TCACACTAGCTTAATCAA-AATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
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* * * * * * *
99596 CGTAAGAGATAT-AAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTAAA
692 AGCAAAAGATATGAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAA
* ** * * *
99659 CAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATGTCCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCAT-
756 CAATTAT-TAATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGACATAAAACAAATATTTTAGTTCATA
** * * * *
99722 ATCGATT-TGTTCAAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTA
820 AAAGCTTAT-CT-AAAATAAAACAATACTAATTTATCAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAGTTA
99786 AAAAATAAATTTGTTTA
883 AAAAATAAATTTGTTTA
99803 TCAAACTAGT
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AAATAAATTTGTTTACTAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAA
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TAATACTAAGTTACTAATATTCAGAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATAAATA
GTAAATATGATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATA
AACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
AAATTATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAAATCTATTAACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
ATTTAAACAAGTATAAATCTCAAATCATTAAGACCTATGTTTTATTATAAAAAAATTATTTCTGA
TAATACAAGCTTATTAAAATAAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAA
AGAATTAAAAAATAAATGTATTTGCCGAGCAAGTTCAAATACTTAAAACTATTAAAATAATTATC
TATTTCCAACATCATATTTTATTTAGTCATAAAAAATTTGTTTCATATGTCACAAATTAATCAAG
AATAAAATAAAACAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATATGAAAAAATAAAT
CTATTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATTAATTTAAAATCATTATG
ACCTTTTATTTTGACATAAAACAAATATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAACAATAC
TAATTTATCAATATTTCAAAAATTAATAAGAGAGTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATT
CAAATAGTTATAAGCAAGAGTTAAACG
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Period size: 494 Copynumber: 1.8 Consensus size: 496
100255 TCATACAAGC
* * * * *
100265 TTATTTTGATTAAAATAATACAAATTTAGTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
1 TTATTTTGAATAAAATAATACAAACTTACTAATATTAAGACAATTAAGAAATAAAAGATTTAAAA
* * * * * *
100330 AATAAATCTGTTTATTGAACAAGTTTAAATCATATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATT
66 AATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATCATATGACTATTTGAACAAGTATCTATTTCAAATC
* * * *
100395 GTTATGACTATTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAA
131 ATCATGACTATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAATTAAAA
* *** * * *
100460 TAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAAA-CATGTTTA
196 TAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-TATTTA
100524 CCGAA-AAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ACTAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTT
260 CC-AAGAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * ** *
100587 TTG-TTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGTTTATTGGAAATAAAATAATACTAAT
323 TTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAATTTATTCAAAATAAAATAAAACTAAT
100650 T-ATTAATATTCT-AAAAATTAATGAGTAAGAAAATCAAAAACTGAATCTATTCACGGAACATAT
387 TCATTAATATT-TGAAAAATTAATGAGTAAGAAAATCAAAAACTGAATCTATTCACGGAACATAT
100713 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGATTTTTTTCATGGAAGA
451 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGATTTTTTTCATGGAAGA
* *
100759 TTATTTTGAATAAAATAATATAAACTTACTAATATTTCAA-A-AATTAAGAAATAAAA-TTTTAA
1 TTATTTTGAATAAAATAATACAAACTTACTAATA-TT-AAGACAATTAAGAAATAAAAGATTTAA
100821 AAAATAAATATGTTT-TCGAAACACA-TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAAGTATCTATTT
64 AAAATAAATATGTTTATCG-AACA-AGTTCAAATCA--TATGACTATTTGAACAAGTATCTATTT
* *
100883 CAAATCATCATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAG
125 CAAATCATCATGA-CTATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCA-
*
100947 AA-TAAAATAAT-TCTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
188 AATTAAAATAATAT-TAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * **
101010 TCTATTTACCAAGCAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
252 TCTATTTACCAAGAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT
* * *
101075 GACCTTTTGTTTTGTCATAACACAATTGTTTCTATTCATAAAAATTTATTCAAAATAGAATAAAA
317 GACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAATTTATTCAAAATAAAATAAAA
*
101140 GTAATTCATTAATATTTGAAAAATTAAT
382 CTAATTCATTAATATTTGAAAAATTAAT
101168 AAGTTGGAGA
Statistics
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (496 bp):
TTATTTTGAATAAAATAATACAAACTTACTAATATTAAGACAATTAAGAAATAAAAGATTTAAAA
AATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATCATATGACTATTTGAACAAGTATCTATTTCAAATC
ATCATGACTATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAATTAAAA
TAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
CAAGAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
TTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAATTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTCAT
TAATATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAAAATCAAAAACTGAATCTATTCACGGAACATATTCAAA
TAGTTATGACTATTTGAATAATTGATTTTTTTCATGGAAGA
Found at i:101033 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 13.7 Consensus size: 181
100756 AGATTATTTT
* * * * *
100766 GAATAAAATAATA-TAAACTTACTAATATTTCAAAAATTAAGAAATAA-A-ATTTTAAAAAATAA
1 GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAA
* * * * * * *
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64 ATCTATTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* *
100892 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCA
128 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
100946 GAATAAAATAATTCTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
101011 CTATTTACCAAGCAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
66 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * **
101076 ACCTTTTGTTTTGTCATAACACAATTGTTTCTATTCATAAAAATTTATTCA
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * ** ** *
101127 AAATAGAATAAAAGTAATTCATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAGTAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
*** * * * * * * * *
101192 CTATTTATTGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCTAGTTGAACTATTATATATTTCAAATCATTATA
66 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
** **
101257 ATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCA
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * ** *
101308 AAATAAAATAATACTCATTTATTAATATTTGAAAAATTAAT-A-T--GAGATTTAAAAACTAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
101369 CTATTTATCGAATC-AGTT-TAA-A--TA-G--T-TTTGAACAAATATCTATCTT-AAATTGTTA
66 CTATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTA
* * *
101424 TGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * ***
101476 GAGTAAAATATTCCTAAATTAATAATATTCTTTAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * ** * *
101541 ATGTTTGTCGAACCAGTTCTAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTT-T
66 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG-TTAT
** * * * * * *
101605 GACCTTTCATTTAGTTATGAAATAATTATTT-TAGTTCATACATGCTTATTC-
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA
* * *
101656 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAAAATAA
1 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAA
* * * * * * * * ***
101721 TTATGTTTACTAAACAAGCTCAAATAGTTATGACAATTTAAACAATTATCTATTTAAAATAAATA
64 ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * *
101786 TGACCTTTTGTGTTATCATAAAATAATTATTTC-AGTTCCTAAAAGCTTA-TCT
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA
* ** * * *
101838 GAAATAAAATAAT-CTTAATTTATTAAAATTTAAAAAATTGATAAATTAGAGATTTAAAAAATAA
1 G-AATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * *** * * * * **
101902 GTCAATTTATCGAATTGGTTCAAATAATTATCACCT-TTTGAGCAATTATGTATTTCAAATTATT
64 ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* *
101966 ATGAACTTTTGTTTTGTCAGAAAACAATTGCTTT-TCATT-ATACAAG-TCTATTCA
128 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCT-ATTCATACAAGCT-TATTCA
* * * *
102020 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGTGATTTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
102085 CTGTTTAGCAAACCAGTTC---T--TT-T--TTTTTTTAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATA
66 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * **
102142 ACCTTTTGGTCTATTATAAAATAATT-TTTC-AGTTCATATAA-CTTATTTG
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
102191 GAATAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAATTCAGAGATTTGAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
102256 CTATTTACTAAAGCAATTTAAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
66 CTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * *
102321 GACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATT-T
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
102372 GAAACAAAATAATACTAATTTATTAATAATT-AAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAA
1 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
102436 ATCTGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGC--CTTGCCAACAATTATCTATTTCAAATTG
64 ATCTATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG--AACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * ** * **
102498 TTATTACCTTTCGTTTGGCCATATAACAATTGTATT-TAAACATTCAAGCTTATTTG
126 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
102554 GAATAAAATAATATTGATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * * ** * *
102619 CTATTTACTGATCCAGTTCAAATTGTT-TGACTATTTGAACAATTGTAAATTTCAAATTGTTATA
66 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * *
102683 ACATTTTGTTCTATCATAAAACAATT-ATTCTTTTCATACAAGCTTATTC-
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * *
102732 GAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG--AGA-A-TTAAAAAATAAA
1 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * *
102793 TTTATTTGCCAAATTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
65 TCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* ** * * * ** * **
102858 GATCTTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAGTGTTTTTTTTTTTAATTCATACTGGTTTATTTG
130 GA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA------TTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCA
* ** * * * *
102918 GTATAAAATAA-AAAAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTACGAGATTTAAAAAATAATT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * **
102982 TTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATCACTATTTTAATAATTATCTATTTCAAATCGTTACA
66 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * * * *
103047 ACATTTTATTTTGTCAAAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTC-
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
** * * * *
103097 GAAATAAGGTAAAACTCATCTATTAATATTTCC-AAAA-T--TAA-TAAGATATTT-AAAAATAA
1 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * ** *
103156 ATCTATTTATCAATCTAGTTCAAATAATT-TGACTATTTGAGTAATTATGTATTTC
64 ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
103211 TATATTATTT
Statistics
Matches: 1776, Mismatches: 405, Indels: 173
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
Found at i:101504 original size:17 final size:18
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Indices: 101482--101518 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
101472 TTCAGAGTAA
101482 AATATTC-CTAAATTAAT
1 AATATTCTCTAAATTAAT
*
101499 AATATTCTTTAAATTAAT
1 AATATTCTCTAAATTAAT
101517 AA
1 AA
101519 GTAAGAGATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (18 bp):
AATATTCTCTAAATTAAT
Found at i:102350 original size:534 final size:533
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Indices: 100767--102872 Score: 1864
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100757 GATTATTTTG
* * * * * *
100767 AATAAAATAATA-TAAACTTACTAATATTTCAAAAATTAAGAAATA-AAATTTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAAAATTTAAAAAATTAA-AATTAGAGA-TTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
100830 ATGTTT-TCGAAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTATCTATTTCAAATCATCAT
63 CTATTTATCGAATCA-GTTCAAATAATTATGACT-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAT
* *
100894 GACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTG-TTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
126 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * * * * * *
100958 TCTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAG
190 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGCAAA
* * * * * *
101023 CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
255 CCAGTTCATAT-G-T-T-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCT
* * * * * * * * * * *
101088 GTCATAACACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAATTTATTCAAAATAGAATAAAAGTAATTCATTAA
316 ATCATAAAACAATTATTTC-AGTTCAT-ACAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAA
** * * * * *
101152 TATTTGAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTATTGAATAAGTTCAAATAG
379 TATTCAAAAAATTAATAA-TTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * ** *
101217 TCATGTCTAGT-TGAACTATTATATATTTCAAATCATTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
443 TTAAGACTA-TATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAA
* * *
101281 TTGTTTCTA-TTCATACAAA-ATTATTCAA
507 TTATTTC-AGTTCATA-AAAGCTTATT-GA
* * * * *
101309 AATAAAATAATACTCATTTATTAATATTTGAAAAATTAATA-T-GAGATTTAAAAACTAAATCTA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTAAAAAATTAAAATTAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * *
101372 TTTATCGAATCAGTT----TAA--AT-AGTTTTGAACAAATATCTATCTT-AAATTGTTATGATC
66 TTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGACTTTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTATTATGACC
** * * *
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130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * ** * * *
101493 ATTAATAATA-TTCTTTAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GTCGAACCA
195 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAG-CAAACCA
* * **
101556 GTTC-TAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTT-TGACCTTTCATT-TA
258 GTTCAT-AT-GTT---ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG-TTATAACCTTTTGTTCTA
* * * * * *
101618 GTTATGAAATAATTATTTTAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
317 -TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACA-ACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * * * *
101683 ATTCAAAAAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAAAATAATTATGTTTACTAAACAAGCTCAAATAG
380 ATTCAAAAAATTAAT-AATTAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
101748 TTATGACAATTTAAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTGTT-ATCATAAAATAA
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*
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* ** * * *
101904 CAATTTATCGAATTGGTTCAAATAATTATCACCTTTTGAGCAATTATGTATTTCAAATTATTATG
63 CTATTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGA-CTTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * *
101969 AACTTTTGTTTTGTCAGAAAACAATTGCTTTTCATT-ATACAAG-TCTATTCAAAATAAAATAAT
127 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCATTCATACAAGCT-TATTCAGAATAAAATAAT
* * *
102032 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGCAAA
190 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGCAAA
* * * * * *
102097 CCAGTTC-T-T-TT-TTTTTTTAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGGTCTATTA
255 CCAGTTCATATGTTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCA
* * * * * *
102158 TAAAATAATT-TTTCAGTTCATATAACTTATTTGGAATAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCC
320 TAAAACAATTATTTCAGTTCATACAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCA
* * *
102222 AAAAATTAATAATTCAGAGATTTGAAAAATAAATCTATTTACTAAAGCAATTTAAAATAGTTAAG
385 AAAAATTAATAATT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTAAG
*
102287 ACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTT
448 ACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTT
*
102352 CAGTTCATACAAGCTTATTTGA
513 CAGTTCATAAAAGCTTA-TTGA
* * *
102374 AACAAAATAATACTAATTTATTAATAA-TTAAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTTAAAAAATT-AAAA-TTAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
102438 CTGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGGC-CTTGCCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
63 CTATTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGACTTTTG--AACAATTATCTATTTCAAATTATTAT
* * * * * ** * **
102502 TACCTTTCGTTTGGCCATATAACAATTGTATTT-AAACATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT
126 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTCATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * * *
102566 ATTGATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGA
190 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGC-AA
* * * ** *
102630 TCCAGTTCAAATTGTTTGACTATTTGAACAATTGTAAATTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTCT
254 ACCAGTTCATA-TG-TT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCT
** *
102695 ATCATAAAACAATTA-TTCTTTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAAT
316 ATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAA-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * * * ** *
102759 ATTCTAAAAATTAAT-A--AGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAATTAGTTCAAATATTT
380 ATTCAAAAAATTAATAATTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT
* *
102821 AAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTTGTTTTG
445 AAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTG
102873 TTGTAAAATA
Statistics
Matches: 1268, Mismatches: 231, Indels: 134
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
528 1 0.00
529 7 0.01
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532 9 0.01
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544 102 0.08
545 10 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (533 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTAAAAAATTAAAATTAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
TTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGACTTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGCAAACCAGTT
CATATGTTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAAC
AATTATTTCAGTTCATACAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAAT
TAATAATTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATG
AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCAGTTCAT
AAAAGCTTATTGA
Found at i:103463 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 103212--106217 Score: 2251
Period size: 180 Copynumber: 16.7 Consensus size: 180
103202 ATGTATTTCT
* * ** * * * *
103212 ATATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATGATAA-AATTGTTTTATGACGAAACAAAAGGT
1 ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * *
103276 CATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT
66 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT
*
103341 ATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTA
131 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTA
*** * *
103392 ATATTATTTTAACCTAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
1 ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * * * * *
103457 CATAATGCTCTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAATTTATTCGGTAAACAT
66 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT
*** *
103522 ATTT-TTTAAAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTG-AATATTAATAAATTT
131 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TGAAATATTAATAAATTA
* * *** * * * * *
103572 GTATTATTTTAATAAAAATAAGTTTGTATGAATAGAAA-ATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
1 ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
** * * * * * * * *
103636 TTTAGCT-CTTTGAAATAGGTAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCAATGAACA
66 CATA-ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA
* * * * * * *
103700 GATTTAGTTTTTAAAACTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATACTAATAACTT-
130 TATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * *
103751 ATAATTATATTATTCTGAATAAGCTTGTAT-AAGCAAAAACAATTATTTTGTGAAAAAACAAAAA
1 AT-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAA
* * * * **
103815 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTCAAATAG-CAATAACTATTTGTACTAG-TCAAGCC
64 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTA
* * * * * * *
103878 CACAGATTCATTTTCTAAATATGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
126 AACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTA
** * * * * * *
103934 GCATTACTATT-TTTTGAATAAGATTGTATCAATC-GAAACAATTATTTTATGAGAAAACAAATA
1 ATATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAA
* * * ** * * * * **
103997 GTCATAAAGGTTTGAAATAAATAATTGGTCAAATTGTTATAATTAATTGAAC-TGATTTGGTAAA
64 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAA
* * * *
104061 TGA-ATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAAGAGATTA
128 -CATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * * * * **
104111 ATATTATTTTATTCTGAACAAACCTATAAGAACAAAAACATTTGTTTTACAACAAAACAAAATA-
1 ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AG
* * * * * * *
104175 TTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTT-TGTAAACA
65 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA
* * * * * * * *
104239 AATTTATTTCTTACATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTA
130 TATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTA
* * * * * * *
104291 GTATT-TTTTTTTTTAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
1 ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
* ** * * * * *
104355 TATAACAAATTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGT-AA-AT
66 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT
* * *
104418 A--GA-TATTT---TC--CTACTTATTAATTTTGAAAATATTAATAAATTA
131 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTG-AAATATTAATAAATTA
* * * * ** ** **
104461 GTATTATTTTATTTTGAATAGGATTGTAAGATGAAAAACAATTATTTTATGATGAAACAAAACTT
1 ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
** * * * * *
104526 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATGGCCATAACTATTTAAACTAAT-TTGA-TAAAT
66 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTCAGTAAAC
* * * * * * *
104589 TTATTTATTTTTTAGATCTCTAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTA
129 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * * * *
104642 ATAGTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT
1 ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * *
104707 C--AACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTAT-GGTAAACA
66 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TCAGTAAACA
* * * *
104769 AATTTATTTTTTAAAT-TCTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAAATA
130 TATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTA
* ** ** *
104821 ATATTATTTTATTTCGAATAAGAATGTATGAATTGAAAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAAAG
1 ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * ** ** * * *
104885 AT-AAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTGTTAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAAC
65 -TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
** * * * * **
104949 GCATTTATTTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGATTATTATTAGTTTA
129 ATATTTATTTT-TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTA
** * * ** * * * *
105003 GCAATATTTT-TCTTCGAATAAATTTGTATGAATAGAAACAACTGTTTTATGA-AAAA-AAACAC
1 ATATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-A-
* * ** * **
105065 AGATC-TTATCGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAAACATAACTATTTGAACTAGTTTGGTA
63 AG-TCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * *
105129 AATAGATTTAGTTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTGTGAAATATTAATAAATTA
126 AACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TGAAATATTAATAAATTA
* ** * * * * *
105181 GTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATATAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGT
1 ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * *
105246 CATAATGATTTGAAGTAGATAA-TAGCTT-AAATGGACATGACAATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
66 CATAATGATTTGAAATAGATAATTA--TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
** ** *
105309 CGA-TTATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
129 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTA
* * * * * *
105361 GTATTATTTTATTTTGAACAAACTTGTCTGAATAGAAACAATTATTTGT-TGACAAAAC-AAAAG
1 ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTT-TATGACAAAACAAAAAG
* ** ***
105424 ATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTTAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCAGTAAAC
65 -TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
* * * *
105489 AAATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAAGTTTTGAAATTTTTATAAATTA
129 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * * * *
105542 CTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATTAATAGAAACAATTAGTTCATGACAAAACAAAAAAG
1 ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAA-
* * * * *
105607 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAATCATAACTATTT-AAATGTGTTTAGAAAA
64 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAA
* * * * * *
105671 CATATTTATTTTTTAAA-CTTTTACTTATTAATTACTGGAATGTTATTCAATTT
128 CATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTA
** *** * ** *
105724 ATATTATTTTCGTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AAAAATTTTATGACAAAACAAAAGG
1 ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * *
105788 TCATAATGATTCT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTGATAGCTATTTGAACTTGTTCGGTGAAC
65 TCATAATGATT-TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC
* * * * * *
105852 AAATTTGTTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAGTTA
129 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * * * * ** * *
105905 GTATAACTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTAATACAATTGTTTTATGATGAGA-AAAATGT
1 ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * *
105969 CATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTATTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT
66 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT
106034 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTA
131 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTA
* * *
106085 ATATTATTTTAATTTGAA-AAGCTTGTATGAGA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAGACAAAAAG
1 ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * * *
106148 TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTGAACTTATTTAGTAAACA
65 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA
*
106213 GATTT
130 TATTT
106218 GAAATAAGCT
Statistics
Matches: 2221, Mismatches: 502, Indels: 206
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 31 0.01
171 89 0.04
172 7 0.00
173 2 0.00
175 5 0.00
176 43 0.02
177 146 0.07
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184 1 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT
ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTA
Found at i:105822 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 105790--105822 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
105780 ACAAAAGGTC
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1 ATAATGATTCTAAATAG
*
105807 ATAATTATTC-AAATAG
1 ATAATGATTCTAAATAG
105823 TGATAGCTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
ATAATGATTCTAAATAG
Done.