Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168026.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_28, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 97000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 91
Found at i:107413 original size:540 final size:539
Alignment explanation
Indices: 106276--107519 Score: 1358
Period size: 540 Copynumber: 2.3 Consensus size: 539
106266 GGTTATAGCA
* *
106276 ATTTGAAATAGACAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAAC-AAATTCAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAAATT-AT
* * * *
106340 TTTTTAGACCTCTTACTTATTAATTTTTAGTATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAACA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAACA
* *
106405 AGCTTGTACAAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTAAAAATAGAT
130 AGCTTGTACAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTAGAACAATTAAAAATAGAT
** * * * *
106470 AATTATTCAAACAGTCATAGTTGTTTGCACTGGTTAGGCCAACAAATATATTTTCTAAATCCATT
195 AATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGCAAACAAATATATTTTCTAAATCCATT
* ** * *
106535 ACTTATTAACTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTGAATAAGATTGTATGAATA
260 ACTTATTAACTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTAATCCAAATAAGATAGTATGAAAA
*
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325 GAAACAATTGTTCTATGACAAAATAAATGATCATAAAAATTTGAAAAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
106665 TATAACTAATTGAATTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATATCTTATTAATTTTTAAAA
390 CATAACTAATTGAATTGGTTCGATAAACAGATTTATGTTTTTAAATATCCTATTAATTTTTAAAA
* ** *
106730 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGGACAAAAACATTTATTTTATGA
455 TATTAATAAATCAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATAAACAAAAACAATTATTTTATGA
106795 CAAAACAAAAAGTAATAATG
520 CAAAACAAAAAGTAATAATG
* * ** **
106815 ATTTGACATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACCGGTTCAACAAACAAAATTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAAATTA-T
* * * * *
106880 TTTTTAAATCTCTTGCTTTTTAAATTTTCA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCT-AAA
* * * * * ** **
106943 TATGCTTGTATAAACTA-AAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAGAATGATTTGAAATA
128 CAAGCTTGTACAAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTAGAACAATTAAAAATA
* ** * ** * *
107007 GATAATTGTTTTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTATGCAAACATAATA-ATTTTTTAAATC
192 GATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGCAAACA-AATATATTTTCTAAATC
* * * ***
107071 TC-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTA-CTATTA-TTCTAATCCAAATATTCTAGT
256 -CATTACTTATTAACTTTTAGAATATTAATAAATTAGC-ATTACTT-TAATCCAAATAAGATAGT
** * *
107133 ATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAATAAA-GATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTT
318 ATGAAAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAATAAATGATCATAAAAATTTGA-AAAAATAATTGTT
* * *
107197 CAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAATAGATTTA-GTTTTTAAATCTCCTATTAAT
382 CAAATAGTCATAACTAATTGAATTGGTTCGATAAACAGATTTATGTTTTTAAATATCCTATTAAT
* * ** * * *
107261 TTTCT-AAATATTAATAAGTCAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATAAACATAAATAATT
447 TTT-TAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATAAACAAAAACAATT
* * *
107325 GTTTTATGACAAAACATAAAGTCATAATG
511 ATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATG
* * * * * * ** *
107354 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAATGGACATGACTATTTTAACTTGTTTGGTAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAAATTAT
* * ** * * ** * * *
107419 TTTTTAAATATCCTACCAATTAATTTGCAGAATATTTATAAATTAGTTTTATTTTATTCTGAATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAACA
* ** * *
107484 AACTTGTATGAATAGAAACATTTCTTTTATGACAAA
130 AGCTTGTACAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
107520 CTTACTCGGT
Statistics
Matches: 577, Mismatches: 113, Indels: 30
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
538 9 0.02
539 251 0.44
540 303 0.53
541 14 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (539 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAAATTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAACAA
GCTTGTACAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTAGAACAATTAAAAATAGATA
ATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGCAAACAAATATATTTTCTAAATCCATTA
CTTATTAACTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTAATCCAAATAAGATAGTATGAAAAG
AAACAATTGTTCTATGACAAAATAAATGATCATAAAAATTTGAAAAAATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTAATTGAATTGGTTCGATAAACAGATTTATGTTTTTAAATATCCTATTAATTTTTAAAAT
ATTAATAAATCAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATAAACAAAAACAATTATTTTATGAC
AAAACAAAAAGTAATAATG
Found at i:107484 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 106276--107520 Score: 871
Period size: 181 Copynumber: 6.9 Consensus size: 179
106266 GGTTATAGCA
* * * ** *
106276 ATTTGAAATAGACAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTCATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATT
* ** * * * * * * * *
106341 TTTTAGACCTCTTACTTATTAATTTTTAGTATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAACAA
66 TTTTAAATATCCT-CCTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA
* * * * * * **
106406 GCTTGTACAAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAAGTTATAACA
130 TCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACATAAAGTCATAATG
** * * ** * * * * ** *
106457 ATTAAAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAGTTGTTTGCACTGGTTAGGCCAACAAATATATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATT
* * * *
106522 TTCT-AA-ATCCATTACTTATTAACTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTGAA
66 TTTTAAATATCC--T-CCTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA
** * * **
106584 TAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-ATAAATGATCATAAAA
127 TAATCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAACATAAA-G-TCATAATG
* * * *
106638 ATTTGAAA-AAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAA-TTGGTTTGGTAAACAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAAATTTA-
* * *
106701 TTTTTTAAATAT-CT--TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCGAAT
64 TTTTTTAAATATCCTCCTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAAT
* * ** * * * * *
106762 AAACTTATATGGACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATG
128 AATCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACATAAAGTCATAATG
* * * * ** **** *
106815 ATTTGACATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACCGGTTCAACAAACAAAATTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA-T
* * * * * *
106880 TTTTTAAATCTCTTGCTTTTTAAATTTTCA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAA-
65 TTTTTAAATATCCT-CCTATT-AATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
* * * *
106942 ATATGCTTGTATAAACTA-AAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAGAATG
128 A-AT-CTTGTATAAAC-AGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACATAAAGTCATAATG
** ** * * *
106997 ATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTAT-GCAAACATAA-TAA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGGTAAACA-AATTTA
* * * ** * * * * **
107060 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTACTATTATTCTAATCCAAAT
64 TTTTTTAAATATCCT-CCTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
* * *
107125 ATTCTAGTATGAAA-AGAAACAATTGTTCTATGACAAA-ATAAAGATCATAATG
128 AATCTTGTAT-AAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAACATAAAG-TCATAATG
* * * * * *
107177 ATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGATAAATAGATTTAG
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAAATTTAT
* * * *
107241 TTTTT-AA-AT-CTCCTATTAATTTTCTA-AATATTAATAAGTCAATATTATTTTATTTTGAATA
65 TTTTTAAATATCCTCCTATTAATTTTC-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
* * *
107302 ATTTTGTATAAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACATAAAGTCATAATG
129 ATCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACATAAAGTCATAATG
* * * * *
107354 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAATGGACATGACTATTTTAACTTGTTTGGTAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTAT
* * * *
107419 TTTTTAAATATCCTACCAATTAATTTGCAGAATATTTATAAATTAGTTTTATTTTATTCTGAATA
65 TTTTTAAATATCCT-CCTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
* * * * *
107484 AACTTGTATGAATAGAAACATTTCTTTTATGACAAAC
129 ATCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAC
107521 TTACTCGGTA
Statistics
Matches: 828, Mismatches: 191, Indels: 90
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
176 65 0.08
177 105 0.13
178 98 0.12
179 25 0.03
180 113 0.14
181 213 0.26
182 193 0.23
183 13 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATT
TTTTAAATATCCTCCTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAT
CTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAACATAAAGTCATAATG
Found at i:107753 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 107536--108109 Score: 607
Period size: 180 Copynumber: 3.2 Consensus size: 176
107526 CGGTAAATAG
*
107536 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
107601 CAAAGAAACTTGTATGAACAAAACCAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAACTATTTGAA
66 -AAA-AAACTTATATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * *
107666 GTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATGTGGTCAGAAAACAT
128 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAACT-TGTTCA-AAAACAT
* * *
107717 ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTGTTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTA-TATTATTTTACT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA-AAAATTAGTATTATTTTATT
* * * *
107780 TAGAATAAGCTCATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGGCATAACGATTTGA
65 TA-AA-AAACTTATATGAACA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * *
107845 AATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATCTGAACTTATTCAATAAGCAT
127 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT-TTAACTTGTTCAA-AAACAT
* ** * ***
107897 ATTCATTTTTTTTAAATCTCGTACTCATTAATTTTCAAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATT--TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTA-
** * *
107962 TTTGAATAAAAC-TATATGAATTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACGATTT
63 TTT-AA-AAAACTTATATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * *
108026 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTACTAAACAT
125 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTTGTTCA-AAAACAT
* * *
108080 ATTTA-TTTTAAAATATTTTACTTGTTAATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
108110 GTCAAAAAAT
Statistics
Matches: 324, Mismatches: 54, Indels: 31
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.01
180 147 0.45
181 28 0.09
182 18 0.06
183 121 0.37
184 6 0.02
185 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
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ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTT
AAAAAACTTATATGAACAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAACTTGTTCAAAAACAT
Found at i:108552 original size:21 final size:21
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Indices: 108522--108567 Score: 74
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108512 TTTGAAATGG
*
108522 ATAATAGTTCAAATGGCCATA
1 ATAATAGTTCAAATGGCCACA
*
108543 ATAATGGTTCAAATGGCCACA
1 ATAATAGTTCAAATGGCCACA
108564 ATAA
1 ATAA
108568 ACTAATTTAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 23 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.15, G:0.15, T:0.26
Consensus pattern (21 bp):
ATAATAGTTCAAATGGCCACA
Found at i:108810 original size:181 final size:180
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Indices: 108117--110997 Score: 1678
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108107 ATTGTCAAAA
* * * * * ** *
108117 AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATACCCTTA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * * * *
108182 GCTATTTGAACTCGTTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCATAGTTATTAATTTTTAGAAT
66 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-AATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAAT
* * * * * * * *
108247 AATATTACATTAGTATTATTTTATCTTGAATAAACTTGTATGAACAT-AAAT
130 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAAC
* *** * * *
108298 AATTGTTTTATGATGTAATAAAAGGTTATAACA-ATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCAT
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
108362 AACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATGTCCTACTTATTAA--TTTTGAA
65 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-AATTTCTTACTTATTAATTTTTTG-A
* * * *** *
108425 ATATGAGTAAATTAGA-ATTACTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAAC
128 ATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTG--AAAC
* * * * * * *
108478 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAACGATTTGAAATGGATAATAGTTCAAATGGCCATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * ** ** * * * *
108543 A-TAATGGTTCAAATGGCCACAATAAACTA-ATTTATTTTTGAAATCTCTAACTTATCAA-TTTT
66 ACT-AT--TTGAACTTG-TTCGGTAAA-TAGATTTATTTTT-TAATTTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
108605 TGAAATATTAATAAAGTGATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGCATTGAAAT
125 TG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
* * * * * **
108662 AATTATTTTCTGATAAAATAAAAGGTCATAAAGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTTTA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* *
108727 ACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTATTTTAATTTCTTGAC-TACTAATTTTTTGAA
66 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATT-TTTTAATTTCTT-ACTTATTAATTTTTTGAA
* * * * * * *
108791 TGTTAATAAATTAATATTATTATATTCTGAGTAAGCATGTATGAACTGAAAG
129 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
* * * *
108843 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCA-AAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTT
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAA-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
108907 AACTAGTTAAACTGGTTTGGTAAATACATTTATTTTTTAA-ATC---CCTATTAA-TTTTTGAAA
65 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTTTG-AA
* * ** * ** *
108967 TAGTGATAAATTGGTATTATTTTACTTTGAA-AATTTTTGTATGAATAT-AAAT
129 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA-GCTTGTATGAAT-TGAAAC
* * ** * * *
109019 AATTGTTTTATGGTC-AAACAAAATATCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACAT
1 AATTATTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * ** * *
109083 TACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAACTTTTAGAA
65 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-AATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAA
* * *
109148 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATGGAAAC
129 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
* * * *
109200 -ATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATA-ATTT-AAATAAATAATTTTTCAAATAGTCAT
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
109262 AACTATTTGAACTTGCTCCGTAAACAGAGTTATTTTTTAAATACTCTACTTATTAATTTTTGGAA
65 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAATTTCT-TACTTATTAATTTTTTGAA
* * * * ***
109327 TATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTCTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
129 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
** * * * *
109379 AATTGGTTTATGACAAAACAAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGTCATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * ** * * * **
109444 ACAATTTTAAATGTGTTTAGAAAACAGATTTATTTCTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTGGGAA
66 ACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAATAGATTTATTT-TTTAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAA
* * * *** *
109508 TATTAATAAATTTATATCATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGCATGAGCAGAACC
129 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
* * * * * *
109560 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTTATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * *
109625 ACTATTTGAACTTGTACGGTAAATAGATTTATTTTTTTAA-TTC-T-C--A-T-A----CT---C
66 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAAT
* ** * * *
109676 A-T--TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACTGAAAC
130 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
* * * * * *
109724 AATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTTACGATA-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT--T
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * * * * * * *
109786 ATTTATTTGAACTTATTTGATAAACATATCTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTGTTGA
65 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAT-TTCTTACTTATTAATTTTTTG-
* * ** * *
109849 AATATTAATAAAATAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAG
127 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
* * * * *
109903 ATTTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGTCATAACA-ATTTGAAATAG------G-T-AAATAGTTAT
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * *
109959 AA-TAATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTGTCTT
65 AACT-ATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAT-TTCTTACTTATTAATT-TTTT
** * *** * *
110022 -AATATTAATAAATTTGTATTGTTTTATTCAAAATAAGCTTGTGTGAATTGAAAA
126 GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
* * * * * *
110076 AATCATTTTATGACAAAGCAAAAGGTTATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCACATAGTCATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
** * ** * * * * *
110141 GTTATTT-AAATTGGTTCAATAAGTAGGTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAA
66 ACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-AATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAA
* * * *
110205 TATTAATAAGTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAAT
129 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
* * * * * *
110257 AATTTTTTTATGACAAAAC-AAATGTCATAACA-ATTTGAAATGGATAGTTATTCAAATATTCAT
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* **** *** * * * * * *
110320 GACTATTTGATGAAGTTTAATAAA-CGTATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAA-CTATCGA
65 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAG-ATTTATTTTT-TAATTTCTTACTTATTAATTTTTTG-
* ** * * *** * * *
110383 AATATTATTAAGGTAGTATTATTTTAATCCAAAAAAACTTGTATGAATAGAAAC
127 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
* * * * * * *
110437 TATTATTTTATAACATAACAAAAAGTCATAACA-ATTTGAAATAAACAATTGCTCAAATAGTCA-
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * ** * * *
110500 AACTATTT-AAATTGGTCTAATAAAAAGATTTATTTTTTAGA--GC-T-CTTATT-ATTTTCAT-
65 AACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAATAGATTTATTTTTTA-ATTTCTTACTTATTAATTTT-TTG
* * * * * ** * *
110558 AATATTAATAGAA-TAGTATTAATTGATTCTGAACAAATTTATATGACA--AAAAC
127 AATATTAATA-AATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATTGAAAC
* * *
110611 ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-AAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAT
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAA-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * * * * * *
110675 AGTTATTTGAACTAGTTTGGTAAGA-AAAATTATTTTTTTAATCTCTTACTTTTTAA-TTTTTGA
65 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAA-ATAGATTTA-TTTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTTTG-
* * * * * *
110738 AATATTAATAAATTCATTTTAGTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAA
127 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTG-AAAC
* * * * * * *
110793 AATTAGTTTT-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTATTTATATAATCTT
1 AATTA-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** * * * * * * * *
110857 AACTATTTGAACTAGTTC-AAAAAAAAAATTATCTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAG
65 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTAT-TTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAA
* * * * * *
110921 TATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAACTTG-AAT
129 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAAC
* *
110973 AATTGTTTTATGATAAAACAGAAAG
1 AATTATTTTATGACAAAACA-AAAG
110998 CTTATTTTTT
Statistics
Matches: 2080, Mismatches: 494, Indels: 252
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
161 6 0.00
162 26 0.01
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165 4 0.00
166 1 0.00
167 2 0.00
168 1 0.00
169 1 0.00
171 7 0.00
172 4 0.00
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186 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATA
TTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAAC
Found at i:109090 original size:357 final size:354
Alignment explanation
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Period size: 361 Copynumber: 8.1 Consensus size: 354
108104 TTAATTGTCA
* * * **
108114 AAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATACCC
1 AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCA-ATAGTC
* * ** * *
108179 TTAGCTATTTGAACTCGTTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAAT-CTCATAGTTATTAATTTTT-
65 TTAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATACTC--ACTTATTAATTTTTG
* * * * *
108242 AGAATAATATTACATTAGTATTATTTTATCTTGAATAAAC-TTGTATGAACATAAATAATTGTTT
128 A-AATATTAATAAATTGGTATTATTTTAT-TTGAAT-AACTTTGTATGAATATAAATAATTGTTT
* ** * * *
108306 TATGATGT-AATAAAAGGTTATAACA-ATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
190 TATG--GTCAAAAAAATATCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-CATTACTATT
* * * * * *
108369 TGAAC-TAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATGTCCTACTTATTAATTTTGA-AATATGAG
251 TGAACTTA-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTT-AATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* ** *
108432 TAAATTAGA-ATTACTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-A-TG
314 TAAATTA-ATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * **
108472 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAACGATTTGAAATGGATAA-TAGTTCAAAT
1 --AAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTC-AAT
* * * * * * ** ** *
108536 GGCCATAA-TAATGGTTCAAATGGCCACAATAAACTA-ATTTATTTTTGAAAT-CTCTAACTTAT
61 AGTCTTAACT-AT--TTGAACTTG-TTCGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATACTC--ACTTAT
* * * *
108598 CAATTTTTGAAATATTAATAAAGTGATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTT-TATGCAT-TGAAA
119 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTA-TTTGAATAA-CTTTGTATGAATAT-AAA
* * * * ** * * **
108661 TAATTATTTTCTGATAAAATAAAAGGTCATAAAGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTTT
181 TAATTGTTTTATGGTCAAA-AAAATATCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCATT
* * *
108726 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTATTTTAATTTCTTGAC-TACTAATTTTTTGA
245 -ACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTATT-TTTTAATTTCTT-ACTTATTAATTTTTAGA
* * * *
108790 ATGTTAATAAATTAATATTATTATATTCTGAGTAAGCATGTATGAACTG
307 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * *
108839 AAAGAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGT
1 AAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGT
* * * * *
108904 CTTAACTAGTTAAACTGGTTTGGTAAATACATTTATTTTTTAAAT-C-C-C-TATTAATTTTTGA
64 CTTAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATACTCACTTATTAATTTTTGA
* * *
108965 AATAGTGATAAATTGGTATTATTTTACTTTGAA-AATTTTTGTATGAATATAAATAATTGTTTTA
129 AATATTAATAAATTGGTATTATTTTA-TTTGAATAA-CTTTGTATGAATATAAATAATTGTTTTA
* *
109029 TGGTCAAACAAAATATCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATTACTATTTGAA
192 TGGTCAAA-AAAATATCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-CATTACTATTTGAA
* ** *
109094 CTTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAACTTTTAGAATATTAATAAAT
255 CTTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTT-AATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* *
109159 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TGG
319 TAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACT-G
* * * * *
109196 AAACATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATAATTT-AAATAAATAATTTTTCAAATAGTC
1 AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGTC
* * * * * *
109260 ATAACTATTTGAACTTGCTCCGTAAACAGAGTTATTTTTTAAATACTCTACTTATTAATTTTTGG
65 TTAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATACTC-ACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * *
109325 AATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTCTCAATAAGC-TTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTA
129 AATATTAATAAATTGGTATTATTTTATT-TGAATAA-CTTTGTATGAATATAAATAATTGTTTTA
* * * * * * *
109389 T-GACAAAACAAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGTCATAACAATTTTA
192 TGGTCAAAA-AAAT-ATCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-CATTACTATTTGA
* * * * * * **
109453 AATGTGTTTAGAAAACAGATTTATTTCTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTGGGAATATTAATAA
254 ACT-TATTCAGTAAATAGATTTATTT-TTTAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
* * * * *
109517 ATTTATATCATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAGCAG
317 ATTAATATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAACTG
* * * *
109556 AACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCATATAGT
1 AA-AAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCA-ATAGT
* * * * *
109621 -TATAACTATTTGAACTTGTACGGTAAATAGATTTATTTTTTTAATTCTCA--TACTCA---TT-
64 CT-TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATACTCACTTATTAATTTTTG
* * * * *
109679 -AA-A-T--T--A---GTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTATATTAACT-GAAACAATTGTTT
128 AAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTT-GAATAA-CTTTGTATGAA-TATAAATAATTGTTT
* * * * *
109732 TAT--TACAAAACAAA-AGGTTACGATA-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG--TTATTTA
190 TATGGT-CAAAA-AAATA--TCA-TAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCATTA-CTA
* * * * *
109791 TTTGAACTTATT-TGATAAACATATCTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTGTT-GAAATA
249 TTTGAACTTATTCAG-TAAATAGATTTATTTTTT-AAT-TTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATA
* **
109853 TTAATAAAATAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAA-TAG
310 TTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACT-G
* * * * ** **
109899 AAAGATTTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG----AAATAGGTA---AATAGT-
1 AAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAATAGTC
** * *
109956 TATAA-TAATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTTTTACTTATTAATTGT
65 T-TAACT-ATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATAC--TCACTTATTAATT-T
* * ** * * *
110019 CTT--AATATTAATAAATTTGTATTGTTTTATTCAAAATAAGC-TTGTGTGAAT-TGAAAAAATC
125 -TTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATT-TGAATAA-CTTTGTATGAATAT-AAATAATT
* * ** * * * * *
110080 ATTTTAT-GACAAAGCAAAAGGTTATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCACATAGTCA-TAGT
186 GTTTTATGGTCAAA--AAAATATCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-CATTA-C
* * * * * * * *
110143 TATTT-AAATTGGTTCAATAAGTAGGTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATA
247 TATTTGAACTT-ATTCAGTAAATAGATTTATTTTTT-AATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* *
110207 TTAATAAGTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTG
310 TTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * ** ** * *
110253 AAATAATTTTTTTATGACAAAAC-AAATGTCATAACAATTTGAAATGGATAGTTATTCAAATATT
1 AAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAGT
* * **** *** * * ** * * * *
110317 CATGACTATTTGATGAAGTTTAATAAA-CGTATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAACTATC
64 CTTAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAG-ATTTATTTTTTAAA-TACTCACTTATTAATTTTT
* ** * *** * * *
110381 GAAATATTATTAAGGTAGTATTATTTTAATCCAAAAAAAC-TTGTATGAATAGAAACT-ATTATT
127 GAAATATTAATAAATTGGTATTATTTT-AT-TTGAATAACTTTGTATGAATATAAA-TAATTGTT
** * * * *
110444 TTAT-AACATAACAAAA-AGTCATAACA-ATTTGAAATAAACAATTGCTCAAATAGTCA-AACTA
189 TTATGGTCA-AA-AAAATA-TCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-CATTACTA
* ** * * * * *
110505 TTT-AAATTGGTCTAATAAAAAGATTTATTTTTTAGA--GC-T-CTTATT-ATTTTCATAATATT
249 TTTGAACTTATTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTA-ATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
* * * * ** * *
110564 AATAGAA-TAGTATTAATTGATTCTGAACAAATTTATATG-AC-A
312 AATA-AATTAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * *
110606 AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA
1 AAAA-A-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTC-AATAG
* ** * * * * * *
110671 TCATAGTTATTTGAACTAGTTTGGTAAGA-AAAATTATTTTTTTAAT-CTCTTACTTTTTAATTT
63 TCTTAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA-ATAGATTTATTTTTTAAATACTC--ACTTATTAATTT
** * * * *
110734 TTGAAATATTAATAAATTCATTTTAGTTTATTCTGAATAAGC-TAGTATGAAT-TGAAAAAAATT
125 TTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATT-TGAATAA-CTTTGTATGAATAT--AAATAATT
* * * * * * *
110797 AGTTTT-T-GACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTATTTATATAATC-TTA
186 -GTTTTATGGTCAAAA-AAATA--TCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGCATT-
* * * * * * * * *
110858 ACTATTTGAAC-TAGTTCA-AAAAAAAAATTATCTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAG
245 ACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAATAGATTTAT-TTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * *
110921 TATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAACTTG
308 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAAC-TG
* * *
110970 AATAATTGTTTTATGATAAAACAGAAAG
1 AAAAATTATTTTATGACAAAACA-AAAG
110998 CTTATTTTTT
Statistics
Matches: 1945, Mismatches: 421, Indels: 313
0.73 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
334 2 0.00
335 43 0.02
336 3 0.00
338 4 0.00
339 6 0.00
341 3 0.00
342 21 0.01
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344 5 0.00
345 77 0.04
346 1 0.00
347 1 0.00
348 1 0.00
349 1 0.00
350 1 0.00
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366 3 0.00
367 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAATAGTCT
TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATACTCACTTATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTGAATAACTTTGTATGAATATAAATAATTGTTTTATGGT
CAAAAAAATATCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCATTACTATTTGAACTTATT
CAGTAAATAGATTTATTTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATT
ATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACTG
Found at i:110031 original size:173 final size:175
Alignment explanation
Indices: 109678--110479 Score: 536
Period size: 173 Copynumber: 4.5 Consensus size: 175
109668 TCATACTCAT
* * * * * * *
109678 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACT-GAAACAA-TTGTTTTATTACAAA
1 TAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-AATTTATTTTATGACAAA
* * ** * * * * * *
109741 ACAAAAGGTTACGATAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTTATTTATTTGAACTTATTTG
64 ACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGGTAAATAGTT--AATA--TATATATTTGAACTTGTTTA
* *
109805 ATAAACATATCTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAA
125 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-AAATATTAA
* * * * *
109857 TAAAATAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAGATTTGTTTTATGGCAAAAC
1 TAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAATTTATTTTATGACAAAAC
*
109922 AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGGTAAATAGTT-ATA-ATA-ATTTGAACTTGTTTAGTAAAC
66 AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGGTAAATAGTTAATATATATATTTGAACTTGTTTAATAAAC
*
109984 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAA
131 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT-TAAATATTAA
** * * * * * * * *
110030 TAAATTTGTATTGTTTTATTCAAAATAAGCTTGTGTGAATTGAAAAAATCATTTTATGACAAAGC
1 TAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAATTTATTTTATGACAAAAC
* * ** * * * * *
110095 AAAAGGTTATAATGATTTCAAATAGAT-AATTGTTCACATAGTCATAGTTATTT-AAATTGGTTC
66 AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGGTAAATAGTT-A-ATA-T-ATA--TATTTGAACTT-GTTT
** * * * * *
110158 AATAAGTAGGTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAA
124 AATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-AAATATTAA
* * *** *
110211 TAAGTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAATAATTT-TTTTATGACAAA
1 TAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-AATTTATTTTATGACAAA
* ** ****
110274 AC-AAATGTCATAACAATTTGAAAT-GGATAGTTA-TTCAAATATTCATGACTATTTGATGAAGT
64 ACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGG-TAAATAGTT--AATA-T-AT-A-TATTTGAACTTGT
* * * * * *
110336 TTAATAAAC-GTATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAACTATCGAAATATTAT
122 TTAATAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT-TAAATATTAA
** * * * * * *
110391 TAAGGTAGTATTATTTTAATCCAAAAAAACTTGTATGAATAG-AAACTATTATTTTATAACATAA
1 TAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAT-TTATTTTATGACAAAA
110455 CAAAAAGTCATAACAATTTGAAATA
65 CAAAAAGTCATAACAATTTGAAATA
110480 AACAATTGCT
Statistics
Matches: 484, Mismatches: 110, Indels: 55
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 6 0.01
173 130 0.27
174 3 0.01
175 3 0.01
177 3 0.01
178 7 0.01
179 83 0.17
180 123 0.25
181 122 0.25
182 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (175 bp):
TAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAATTTATTTTATGACAAAAC
AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGGTAAATAGTTAATATATATATTTGAACTTGTTTAATAAAC
AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTAAATATTAA
Found at i:111068 original size:139 final size:140
Alignment explanation
Indices: 110902--111184 Score: 471
Period size: 140 Copynumber: 2.0 Consensus size: 140
110892 TTAAATCTCT
*
110902 TAGTTATTAATTTTTGGAGTATTATTAGATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAA
1 TAGTTATTAATTTTCGGAGTATTATTAGATTAGTATTATTTTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAA
* *
110966 CTTGAATAATTGTTTTATGATAAAACAGAAA-GCTTATTTTTTAAATAATTGATTTAAACTATAC
66 CATGAATAATTGCTTTATGATAAAACA-AAAGGCTTATTTTTTAAATAATTGATTTAAACTATAC
111030 ATTTGTTCAAA
130 ATTTGTTCAAA
* * *
111041 TAGTTATTAATTTTCGGATTATTATTAGATTAGTATTATTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
1 TAGTTATTAATTTTCGGAGTATTATTAGATTAGTATTATTTTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAA
* *
111106 CATGAATAATTGCTTTATGATAGAACAAAAGGTTTATTTTTTAAATAATTGATTTAAACTATACA
66 CATGAATAATTGCTTTATGATAAAACAAAAGGCTTATTTTTTAAATAATTGATTTAAACTATACA
111171 TTTGTTCAAA
131 TTTGTTCAAA
111181 TAGT
1 TAGT
111185 CATAACTATT
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 8, Indels: 3
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
139 39 0.29
140 95 0.71
ACGTcount: A:0.36, C:0.06, G:0.12, T:0.46
Consensus pattern (140 bp):
TAGTTATTAATTTTCGGAGTATTATTAGATTAGTATTATTTTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAA
CATGAATAATTGCTTTATGATAAAACAAAAGGCTTATTTTTTAAATAATTGATTTAAACTATACA
TTTGTTCAAA
Found at i:111890 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 111652--112162 Score: 522
Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 179
111642 TTTTGAAATT
*** * * * *
111652 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTTGCAAATTTAA-ATTATTATATTTGAAATAAGCTTGCATG
1 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATG
* ** * ** ** * * *
111716 AGTGAACCAATTGTTTTATGACAAAACATAAGGTCATAATGTTTTGTGATAGATAATTGTTCAGA
65 AATGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * *
111781 TAGTCATAATTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTCTTTTTTTAATTC
130 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAACTC
* *
111831 TCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATG
1 T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATG
* * * *
111896 AACTAAAATAATTGTTTGAT-ATAAAAGAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAA
65 AA-TGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* * * ** *
111960 ATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTCATTTTTTAACTC
129 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAACTC
* ** * * * *
112011 TTTGACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTACTATTATTTTAATCCAAAAAAACTTGTATG
1 TTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATG
* ** * * * **
112076 AATAGAAATAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAACTTGAAATAAATAGTTGCTCAA
65 AAT-GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAA
*
112141 ATAGTCATAACAATTTGAACTT
129 ATAGTCATAACTATTTGAACTT
112163 GTTCGATAAA
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 57, Indels: 10
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
179 8 0.03
180 194 0.72
181 67 0.25
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGA
ATGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
AGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAACTC
Found at i:112406 original size:265 final size:267
Alignment explanation
Indices: 111923--112424 Score: 582
Period size: 265 Copynumber: 1.9 Consensus size: 267
111913 GATATAAAAG
* * ** * * *
111923 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTTGG
1 AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCAATAACTATTTGAACTAGTTTGA
* * * *
111988 TAAACATATTCATTTTTTAACTCTTTGACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTACTATTAT
66 TAAACAGATTCATATTTTAAATC-TT-ACCTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTACTATTAT
* * * * *
112053 TTTAATCCAAAAAAACTTGTATGAATAGAAATAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACA
129 TTTAATCCAAAAAAACTTATATAAACAAAAACAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACA
* * * *
112118 ACTTGAAATAAATAGTTGCTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTGTTG
194 ACTTAAAATAAATAATGGCTCAAATACTCATAACAATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTGTTG
112183 TAATAGAAC
259 TAATAGAAC
*
112192 AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGCAATAACTATTTGAACTAGTTTG
1 AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT-ATTCAAATAGCAATAACTATTTGAACTAGTTTG
** * * *
112256 ATAAATGGATTTATATTTTAAATC-T-CCTATTAATT-TACAAAATATTATTAGATT-CATATTA
65 ATAAACAGATTCATATTTTAAATCTTACCTATTAATTGT-CAAAATATTAATAAATTAC-TATTA
* * * * ** * *
112317 TTTTATTCTAAACAAACTTATATAAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAT
128 TTTTAATCCAAAAAAACTTATATAAACAAAAACAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAAC
* * **
112382 AATTTAAAATAGATAATGGCTCAAATACTCATAATTATTTGAA
193 AACTTAAAATAAATAATGGCTCAAATACTCATAACAATTTGAA
112425 TTGGTTAGGC
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 38, Indels: 10
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
264 2 0.01
265 116 0.60
267 1 0.01
269 71 0.37
270 2 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (267 bp):
AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCAATAACTATTTGAACTAGTTTGA
TAAACAGATTCATATTTTAAATCTTACCTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTACTATTATTT
TAATCCAAAAAAACTTATATAAACAAAAACAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAAC
TTAAAATAAATAATGGCTCAAATACTCATAACAATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTGTTGTA
ATAGAAC
Found at i:112497 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 112189--113851 Score: 837
Period size: 177 Copynumber: 9.4 Consensus size: 177
112179 GTTGTAATAG
* ** * * *
112189 AACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGC-AATAACTATTTGAACTAG
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATA-CTCATAACTATTTGAACTGG
* ** * * * * *** * * *
112252 TTTGATAAAT-GGATTTATATTTTAAATCTCCTATTAATTTACAAAATATTATTAGATTCATATT
64 TTAG-GCAATCAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATT
* * *
112316 ATTTTATTCTAAACAAACTTATATAAACAAAAACATTTGTTTTATGACAA
128 ATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
112366 AACAAAAGGTTATAATAATTTAAAATAGATAATGGCTCAAATACTCATAATTATTTGAATTGGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTGGTT
* *
112431 AGGCAATCAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATT
66 AGGCAATCAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
* *
112496 TTATTCCAAATAAGC-TAGTATGAATTCAAAAA-AACTTAG-TTTATGACAA
131 TTATTCTAAATAAACTTA-TATGAA--CAAAAACAA-TT-GTTTTATGACAA
* * * * * * * *
112545 AACAAAAAGTCGTAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTGGTT
* * * * * *
112610 TGGCAAACA-AATTTATTTTTTAATTCTTTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAGATTAAT
66 AGGCAATCAGAA-TTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAAT
* * * * * * *
112673 ATTATTTTATT-TCAACAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGATAG
125 ATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * ** * ** * * *
112725 AATAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGCA-TGAGT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTG-GT
* ** * * * *
112789 TTGATAAAT-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAAAATTT
65 TAG-GCAATCAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA
** ** * *
112853 TTTTATTCCGAATAAACTT-TAATGTTCAAAAACAATTGTTCTATGACCA
129 TTTTATTCTAAATAAACTTAT-ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * *
112902 AACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-AACATGGC-CATAATTAGTTAAACTGA
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-AT-ACTCATAACTATTTGAACTG-
* * * *
112965 TTTA-GTAAACAG-ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
63 GTTAGGCAATCAGAATT-ATTTTTTAAAT--C-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * *
113028 GTA-T-TTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAA
123 ATATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * **
113081 AA-AAAAGGTCCTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-ATTAGTCTTAACTATTTGAACTATTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTGGTT
* * * * *
113144 CGACAAAT-AGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAAATATTATTAAATTAAT
66 AGGC-AATCAGAATTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAAT
** * * * *
113208 ATTATTTTATTCCGAAT-AA---A-ATGATCTAAAACAATTATTTTATAACAA
125 ATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * ** **
113256 AATAAAATGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AA-ACT-GGAACTGGTT---C-GG-T
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTGGTT
* * * * *
113313 A---AAT-AGATTTATATTTCAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT
66 AGGCAATCAGAATTATTTTTTAAATCT-CT---TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAT
** * *
113374 TATTTTATTCCT-AATATGCTTATAT-AATTAAAAACAATAGTTTTATGACAA
127 TATTTTATT-CTAAATAAACTTATATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* ** * * * * *
113425 AACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGC-CATAATTATTTGAATTGAT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-ACTCATAACTATTTGAACTGGT
* ** * * ** * * * * *
113489 TTGATAAACTGTCTTATTTTTTAATTCCCAACTTATCT-ATTTTTGAGATATTATTAAAGTAATA
65 TAGGCAATCAGAATTATTTTTTAAAT--C-TCTTAT-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATA
* ** * * ** * *
113553 TTATTTTATTTTGTATAAGCTTTTATGAACTGAAATAATTATTTTATGA-AA
126 TTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* ** * ** * ** **
113604 ACATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATATCTATTTGAGTTTAT
1 A-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTGGT
* * * * * * *
113669 TTGGTAAACGGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAATTTAC
65 TAGGCAATCAGAATTA-TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTA-
* *** * * *
113733 A-ATTATTTTATT-TCGAATAAGA-TCGCATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTA
123 ATATTATTTTATTCT-AAATAA-ACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * * *
113787 AACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGAAAATTATACTAATAGTCTTAACTATTTGAACAGGTT
1 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTGGTT
113852 TAGTAAACAC
Statistics
Matches: 1131, Mismatches: 267, Indels: 171
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.00
164 30 0.03
165 31 0.03
166 1 0.00
168 2 0.00
169 52 0.05
170 2 0.00
171 1 0.00
172 6 0.01
173 1 0.00
174 7 0.01
175 31 0.03
176 87 0.08
177 236 0.21
178 61 0.05
179 140 0.12
180 217 0.19
181 60 0.05
182 115 0.10
183 50 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTGGTT
AGGCAATCAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
TTATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
Found at i:112845 original size:359 final size:357
Alignment explanation
Indices: 112295--113289 Score: 993
Period size: 359 Copynumber: 2.8 Consensus size: 357
112285 TTAATTTACA
* * * *
112295 AAATATTATTAGATTCATATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATAAACAAAAACATTTGTTTTA
1 AAATATTATTAGATTAATATTATTTTATT-TAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTA
* * * * *
112360 TGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTAAAATAGATAATGGCTCAAATACTCATAATTATTTGAA
65 TGACAAAA-AAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
* * * * *
112425 TTG-GTTAGGC-AATCAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTC
129 CTGAGTTTGACAAAT-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* *
112488 ATTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGT-ATGAATTCAAAAA-AACTTAGTT-TATGACAAAACAA
193 ATTTTATTTTATTCCGAATAAACT-GTAATG--TTCAAAAACAA-TT-GTTCTATGACAAAACAA
** * * * * * * * * *
112550 AAAGTCGTAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACT-AGTTTGGC
253 AAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAACATAGCCATAAATAGTTAAACTGA-TTTAGC
* * * ** *
112614 AAACAAATTTATTTTTTAATTCTTTTAGTTATTAATTTTT-
317 AAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTG
* * *
112654 AGAATATTATTAGATTAATATTATTTTATTTCAACAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTA
1 A-AATATTATTAGATTAATATTATTTTATTTAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTA
* * * * ** * *
112719 TGATAGAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGCA
65 TGACA-AAAAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
* *
112784 -TGAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAA
129 CTGAGTTTGACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-A
* * * *
112848 AATTT-TTTTATTCCGAATAAACTTTAATGTTCAAAAACAATTGTTCTATGACCAAACAAAAGGT
193 ATTTTATTTTATTCCGAATAAACTGTAATGTTCAAAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAAGT
* * * *
112912 AATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAACATGGCCATAATTAGTTAAACTGATTTAGTAAACAG
258 AATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAACATAGCCATAAATAGTTAAACTGATTTAGCAAACAA
112977 ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTG
323 ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
113012 AAATATTAATAAATTAGTA-T-TTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACTAAAACAATTATTTTA
1 AAATATTATTAGATTAATATTATTTTA-TTTAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTA
** * * * *
113075 TGACAAAAAAAAGGTCCTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-ATTAGTCTTAACTATTTGAAC
65 TGACAAAAAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
* *
113139 T-A-TTTCGACAAATAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAAATATTATTAA
130 TGAGTTT-GACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTG-AAATATTAATAA
* * * * * * *
113202 ATTAATATTATTTTATTCCGAAT-AA----AATGATCTAAAACAATTATTTTATAACAAAATAAA
189 ATTAATTTTATTTTATTCCGAATAAACTGTAATGTTCAAAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAA
* *
113262 ATGTTATAATGATTTGAAATAGATAATT
254 AAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATT
113290 GTTCAAACTG
Statistics
Matches: 527, Mismatches: 90, Indels: 43
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
353 3 0.01
354 96 0.18
355 35 0.07
356 40 0.08
357 117 0.22
358 26 0.05
359 174 0.33
360 36 0.07
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
AAATATTATTAGATTAATATTATTTTATTTAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTAT
GACAAAAAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACT
GAGTTTGACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATT
TTATTTTATTCCGAATAAACTGTAATGTTCAAAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAAGTAAT
AATGATTTGAAATAGATAATTATTAACATAGCCATAAATAGTTAAACTGATTTAGCAAACAAATT
CACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTG
Found at i:113815 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 113404--113822 Score: 411
Period size: 182 Copynumber: 2.3 Consensus size: 179
113394 TATATAATTA
* *
113404 AAAACAATAGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATG
1 AAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATG
* *
113468 GCCATAATTATTTGAATTGATTTGATAAACTGTCTTATTTTTTAATTCCCAACTTATCTATTTTT
64 GCCATAATTATTTGAATTGATTTGATAAACGGTCTTATTTTTTAAATCCCAACTTATCTATTTTT
* * * * ***
113533 GAGATATTATTAAAGTAATATTATTTTATTTTGTATAAGCTTTTATGAACT
129 GAGATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGATCGCATGAACT
* * * * *
113584 GAAATAATTATTTTATGA-AAACATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATG
1 AAAATAATTGTTTTATGACAAAC--AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATG
* * * * ***
113648 GTCAT-ATCTATTTGAGTTTATTTGGTAAACGGAT-TTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTAT-TAA
64 GCCATAAT-TATTTGAATTGATTTGATAAACGG-TCTTA-TTTTTTAAATC-CCAACTTATCT-A
* **
113710 TTTTTTGA-ATGTTAATAATTTACA-ATTATTTTATTTCGAATAAGATCGCATGAACT
124 -TTTTTGAGATATTAATAAAGTA-ATATTATTTTATTTCGAATAAGATCGCATGAACT
* ** *
113766 AAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGAAAATTAT
1 AAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTAT
113823 ACTAATAGTC
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 35, Indels: 22
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
178 4 0.02
179 2 0.01
180 75 0.39
181 14 0.07
182 85 0.44
183 8 0.04
184 4 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGC
CATAATTATTTGAATTGATTTGATAAACGGTCTTATTTTTTAAATCCCAACTTATCTATTTTTGA
GATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGATCGCATGAACT
Found at i:114988 original size:528 final size:528
Alignment explanation
Indices: 114368--115328 Score: 1190
Period size: 528 Copynumber: 1.8 Consensus size: 528
114358 TGGTAAATAG
*** * * * * * *
114368 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTGGATTATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTCAATC
* * * ** *
114433 CAAATAAGCTTTTATGAATAGAAATAATTGGTTTACAACAAAACAAATGGTCATAACT-ATTTGA
66 CAAATAAGCTTCTATGAACAAAAATAATTGGTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTAA
** * * * * * * *
114497 AATAAATAATTGTTCATGTAGTTATAATTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAAAATATTTATTTTTTA
130 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAGTTAAACT-TATGTAGAAAAAAGATTTATTTTTTA
* *
114561 AAT-TTCTACTTAGTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAAGAAGTTT
194 AATCTTCTACTTAGTAATTGTTT-AAATATCAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAAGAAGCTT
*
114624 GTATGAACAGAAAAAATTGTTTTATGACGAAAGATC-AAA-AT-GATTTGAAATAAATAATTGA-
258 GTATGAACAG-AAAAATTATTTTATGAC-AAA-A-CAAAATATAGATTTGAAATAAATAATT-AT
*
114685 TCAAATAATCATAACGATTTGAACTTGTAT-AGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTATTACTCA
318 TCAAATAATCATAACGATTTGAACTTGT-TCAATAAACATATTCATTTTTTAAATCTATTACTCA
* * *
114749 TT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTGATATGAACTGAT
382 TTAAATTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGAATTATGTTATTATGAATAAGCTGATATGAACTGAT
114812 ATAAGACGAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAATTAGTTATGAATATTT
445 ATAAGACGAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAATTAGTTATGAATATTT
114877 GAACTTGTTCAGTAAACAT
510 GAACTTGTTCAGTAAACAT
* *
114896 ATTTA-TTTTTACAATCTTTTGCTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTCAAT
1 ATTTATTTTTTA-AATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTCAAT
* * * **
114960 CCGACTAAGCTTCTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAA
65 CCAAATAAGCTTCTATGAACAAAAATAATTGGTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAA
* * * *
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1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATA-G-AAACAATTGTTTTAT
* * * * * * ** *
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* * * *
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* * * * *
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1 ATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATG
* ** * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * ** * * * * *
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64 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC
** * * * * **
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* ** ** * *
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* * * * * * * *
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64 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
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* * * * *
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1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
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** * * * * *
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* * * * * * *
120508 ATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCAAACAAGCTTGTATGACTA-AAACAA-TATTTTATGAT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * **
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** * ** * * ** * ***
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* * ** * * * *
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1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
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* ** * * * * **
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* * * * * * *
120868 ATTAATATATTAGTATTATTTTATTTTGAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
120933 CAAAACAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAGAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACT
65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * *
120998 GGTTCAATAAATAGAATTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
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* * * * * * *
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1 ATTAATAAATT-AGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTAT
* * * * *
121113 GACAAAATAAAAGGTCATAAAGATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAATTATTTGAA-
63 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * **
121177 TTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAACCTCTTGGTTATTAATTTTTGGAAT
128 TT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAT
* * * * * * * * *
121232 ATTATTAGATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGAATAGAAATATTTTTTTTATGAT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * * *
121297 AGAATAAAAGGTTATAACGATTT-AAAGTATACAATTATTCAAATAGTTATAACCATTTAAACTA
66 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-
* * * * *
121361 T-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAA--TCTT--TTATTAATTTTTGAAAG
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* * * * *
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* * * ** * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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* ** * *
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* * * * * * * * * **
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65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * * * *
122073 ATTTGATAAACTA-ACTTATTTTTTTTAAATCTCTAATTTATCAACTTTTAAACT
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* * *
122127 ATTAATAAGA-TAATATTATTTTATTTCAAATAAGC-TGTTATGAACTAAAAACAATTGTTTTAT
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* * * * * * *
122190 G-CTAAAACAAAAGATTATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACCATTTGAA
63 GAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
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* * * * *
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1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * *
122372 -AAA-AAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAA-AGTCTTAATTATTTGAACTG
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* * * *
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130 GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAT
* ** * * * * *
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* * ** ** * * *
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*** *
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* ** * * * *
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1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
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* ** * * * **
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* * * * *
122834 ATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTTG-AATAAACTTGTACGAATAGAAACAATTATTTGATGA
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** * * * * * *
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65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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** * * * *
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** * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ***
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* * * * *
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** * ** * ** *
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** * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * **
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* * *
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* * * ** * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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* ** * * * * * * **
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* * * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * *
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* * * * * **
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* * * * * *
124860 ACCAAACAAAA-GTCCATAAT--TTTCAGTAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTG
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* * * **
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Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
ATAACTATTTGAATTGGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTATAG
AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATAAGAACAAAAACATATTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAGTAAAGAATTATCCAAGTAACC
Found at i:120167 original size:541 final size:537
Alignment explanation
Indices: 113873--124846 Score: 2884
Period size: 540 Copynumber: 20.4 Consensus size: 537
113863 TTTATTTTTA
* * * * * *** *
113873 ATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCTGGATAAGCTTATATGAAAAAAAT-ATTTTTTTATGACA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGACTGAAATAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * *
113937 AA-ATAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGT
65 AACA-AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATAGT
* * * * *
114001 TTAGCAAAAAAATTTAGTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATAAGTAA
128 TTAG-TAAATAATTTA-TTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
114063 TATTTTATTTTGAATAA--TTCTAT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTACGATAAAACAAAAGGTC
191 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAT-AA-A-AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTC
** ** * * * *
114125 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCGAAT-G-AATATATCTA-TT-AACTTATTTGA-TAAAT
253 ATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGCCATA-A-CTATTTGAACTT-TTTCAGTAAAC
* * * * * *
114185 AGATTTA-TTTTTTAGATCTTTT-ATCTATTAATTTTC-ATAATATTAATAAAT-TATTG-TTAT
315 AAATTTACTTTTTAAAATCTTTTGAT-TATTAATTTACGA-AACATTAATAAATCCA--GATTAT
* * * * * *
114245 CTTATT-ATGAATAAACTTGTATA-AA-TACAAACAAATG-TTTTATGATAAAACAAAAGATCAT
376 TTTATTCAT--ATAAGCTTGTA-AGAACTA-AAAC-AATGATTTTATGACAAATCAAAAGGTCAA
* * * * * * * * *
114306 AACTATTTGAAATCA-A-TAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAGCTTACTT-GGTAAATAG
436 AACGATTTGAAAT-AGACT-ATTATTCAAATAATAATAACTATTTCAACTT-GTTCGGCAAACAG
* * * * * *
114368 ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTGGATT
498 ATTTATTTTTTTAAATATATTAATTATTAATTTTTAGAAT
* * * * * **
114407 ATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAATAATTGGTTTACAAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGACT-GAAATAATTGTTTTATGAC
* * * * ** * * * *
114472 AAAACAAATGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCATGTAGTTATAATTATTTGAATGT
64 -AAACAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAT-A
* * * *
114536 GTTTAGAAAAAATATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA
126 GTTTAGTAAATA-ATTTA-TTTTTAAATCTT-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTA
*** * * * *
114600 -TATTATTTTATTCAAAAGAAGTTTGTATGA-ACAGAAAA-AATTGTTTTATG-----ACGAAAG
187 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA-A-AAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAG
* * * * ** * *
114657 ATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTGA-TCAAATAATCATAACGATTTGAACTTGTAT-AGTAA
250 GTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TCATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTT-TTTCAGTAA
* * * * * ** * ** *
114720 ACATATTCA-TTTTTTAAATCTATT-ACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATT
313 ACAAATTTACTTTTTAAAATCTTTTGA-TTATTAATTTACGAAACATTAATAAATCCAGATTATT
* * * * * * * *
114783 TTATT-TTGAATAAGC-TG--A-TA-T-GAAC--TGA-TATAAGACGAAA-CAAAAAGTCATAAT
377 TTATTCAT--ATAAGCTTGTAAGAACTAAAACAATGATTTTATGAC-AAATCAAAAGGTCAAAAC
* * * * * * *
114837 GATTTGAAATAGA-TAATTATTCAATTAGTTATGAA-TATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTT
439 GATTTGAAATAGACT-ATTATTCAAATAATAAT-AACTATTTCAACTTGTTCGGCAAACAGATTT
* * ** * * *
114900 A--TTTTTACAATCTTTTGCTTATTAATTGTCAAAAT
502 ATTTTTTTA-AATATATTAATTATTAATTTTTAGAAT
* * * * * **
114935 ATTAATAAATTAATATTATTTCAATCCGACTAAGCTTCTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTCGAATAAGCTTGTATG-ACTGAAATAATTGTTTTATGAC
* * * * *
115000 AAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTAGTTAAACTT
64 -AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGA-TTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA--T
* * * *
115064 A-TGTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTT-TAATATCAATAAATT
125 AGTTTAGTAAATA-ATTTA-TTTTTAAATC-TTTACTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATT
* * *
115127 TGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAA
186 AGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAA
* * ** * * * *
115189 TGTTATAGCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAA
249 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTTTTCAGTAAA
* * * * ** ** *
115254 CATATTCA-TTTTTTAAATCTATT-ACTTATTAAATTTTTG-AATTTTAATAAAT-TAGAATTAT
314 CAAATTTACTTTTTAAAATCTTTTGA-TTATT-AATTTACGAAACATTAATAAATCCAG-ATTAT
* * * * * * ** * *
115315 GTTATT-ATGAATAAACTTGTACA-AACAAAAACAATTG-TTTTGTGATAAAACAAAATATTATA
376 TTTATTCAT--ATAAGCTTGTA-AGAACTAAAACAA-TGATTTTATGACAAATCAAAAGGTCAAA
* * * * * * * * * * * *
115377 ATGATTTGATATAGA-TAATTGTTGAAACAGTCATAACTATTTGC-AC-AGGTCAAGCTAATAGA
437 ACGATTTGAAATAGACT-ATTATTCAAATAATAATAACTATTT-CAACTTGTTC-GGCAAACAGA
* * * * * * * *
115439 TTCA-TTTTTCAAGTCTTTTACTTATTAATTTTCAAAAT
499 TTTATTTTTTTAAATATATTAATTATTAATTTTTAGAAT
* * * * * * * * *
115477 GTTAATAACTTAGCATTAGTTTTTTTCCAAATAAGAC-TGTAAGAATAGAAGTAATTGTGTTATG
1 ATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATT-CGAATAAG-CTTGTATGACT-GAAATAATTGTTTTATG
* * ** * * * * * *
115541 ACAAAACAAATA-GTCACAGCGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTATAACTAATTGAAT
62 AC-AAACAAA-AGGTTATAATGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTAAA
* * * **
115605 TGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTGCAAAATATTAATAAATT
124 TAGTTTAGTAAATA-ATTTA-TTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
* ** * * * * * * * *
115670 AATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATTTGA-ACAAAAACATTTATTTTGTGACAAAATAAAAG
186 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAG
* * * * * ** *
115734 GTCATAACGATTT-AAAGTAGATAATTATTCAAGTAGTCATAATTATTTGAACTAGTTC-GACAA
250 GTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTTTTCAG-TAA
* *** * * * * ** **
115797 ACATAA-TTA-TTTTTTAAATC-TCCAACTGATTAATTTATGAAATATTAATGAATTTATTTTAT
313 ACA-AATTTACTTTTTAAAATCTTTTGA-TTATTAATTTACGAAACATTAATAAATCCAGATTAT
* * * *
115859 TTTATTCCAAATAAG-TTAGTAAGAACT-GAA-AA--ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
376 TTTATT-CATATAAGCTT-GTAAGAACTAAAACAATGATTTTATGACAAATCAAAAGGTCAAAAC
* * ** * * ** *** * * *
115919 AATTTGAAATAAAGAATTGTCCATGTAACCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAAACAAATTTA
439 GATTTGAAATAGACTATTATTCAAATAATAATAACTATTTCAACTT-GTTCGGCAAACAGATTTA
* * * *
115983 -TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTTATTTTTAGAAT
503 TTTTTTTAAATATATTAATTATTAATTTTTAGAAT
* * * * ** * *
116017 ATTATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATACAAATAGAAATAATTATTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGACT-GAAATAATTGTTTTATGAC
* * * * * **
116082 AGAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAATTGCTCAAATAG---T-ACTGGTT---T-G-
64 A-AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATAGT
* * *
116138 --A-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTATTT--AATATTAATAAATTAAT
128 TTAGTAAATA-ATTTA-TTTTTAAATCT-TTACTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTAGT
*** * * * * * * * *
116198 ATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGACAAATAATTATTTTATAACAAAAAAAAAGTTCA
189 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
* * * *
116263 TAATGATTGGAAATAGATAA-C-TGTCCAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTTGA-TAAAC
254 TAATGATTTGAAATAGATAATCAT-T-CAAATAGCCATAACTATTTGAACTT--TTTCAGTAAAC
* * * * * * *
116324 TAATTTA-TATTTT-AAATC-TCTAACTTATCAATCTTTA--AAATATTAATAAAGT-AATATTA
315 AAATTTACT-TTTTAAAATCTTTTGA-TTATTAA--TTTACGAAACATTAATAAA-TCCAGATTA
** * * * * * * *
116383 TTTT-TGT-GGATAACCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAAT-AAAAGGTCATAA
375 TTTTAT-TCATATAAGCTTGTAAGAACTAAAACAATGATTTTATGA-CAAATCAAAAGGTCAAAA
* * * * * ** * *
116445 CGATTTTAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATATATTT
438 CGATTTGAAATAGACT-ATTATTCAAATAATAATAACTATTTCAACTTGTTCGGCAAACAGATTT
* * * * * * **
116509 ATTTATTTTTAATTTCTCACTTATTAGTTTTTTTTAAT
502 ATTT-TTTTAAATATATTAATTATTA-ATTTTTAGAAT
* * * ** * * *
116547 GTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTGCGAACTAAAACAATTATTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATG-ACTGAAATAATTGTTTTATGAC
** * * * * * * *
116612 TAAACAAAAGGCCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAGTAGTCTTAACTATTTGAACTAG
64 -AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATAG
** * * ** * * * *
116677 TTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCCATACCTATTAATTTTTAGAATATTGAA-AATTTAGC
127 TTTAGTAAATA-ATTTA-TTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATT-AATAAATTAGT
* * *** * * * * * *
116741 AATATTTTACTCCAAATAAGCTTGCATGA-ATAGAAACAAATGTTTTAAGATAAAAC-AAAGATC
189 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTC
** * * * * * * * *
116804 ATAACAAATTGAGATAGATAA-CTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAA-TTGATTC-GTTAGAG
253 ATAATGATTTGAAATAGATAATC-ATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTT-TTTCAG-TAAAC
* * * * * * **
116866 AGATTTAGTTTTT-AAATGTCTT-ATTAATT--TTT--GAAATAGTAATAAAT-TTGTATTATTT
315 AAATTTACTTTTTAAAATCTTTTGATT-ATTAATTTACGAAACATTAATAAATCCAG-ATTATTT
* * * * * * *
116924 TATT-ATGAATAATCTTGCATGAA-TAGAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT
378 TATTCAT--ATAAGCTTGTAAGAACTA-AAACAA-TGATTTTATGACAAATCAAAAGGTCAAAAC
* * * * * * *
116986 GATTTAAAATAGA-TAATAGTTCAAAT-ATACATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGA-TT
439 GATTTGAAATAGACTATTA-TTCAAATAATA-ATAACTATTTCAACTTGTTCGGCAAACAGATTT
* * * * *
117048 AATTTTTTAAGTCT-TCAACTTATTTAATTTTTAAAAT
502 ATTTTTTTAAATATATTAA-TTA-TTAATTTTTAGAAT
* * * * *
117085 ATTAATAAATTAGTATTATATTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGACT-GAAATAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
117150 AAAACAAAAGATCATAATGACTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTCG
64 -AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATAG
* * * *
117215 -TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAG
127 TTTAG-TAAATA-ATTTA-TTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * * ** * * *
117278 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTTTGA-ACAGAACAAATTGGTTTATGACAAAATAAATGGT
188 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAC-AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGT
** * * * * * * *
117342 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTGAAATAGTCATAA-TAATTTAAACGTGTTT-AGAAAAT
252 CATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGCCATAACT-ATTTGAAC-TTTTTCAGTAAAC
* * ** * * ** *
117405 AGATTTA-TTTTTTAAAT-TTTT-ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTT
315 AAATTTACTTTTTAAAATCTTTTGA-TTATTAATTTACGAAACATTAATAAATCCAGATTATTTT
* * ** * * * * * * *
117467 ATTCAAAATAAGCTTGCATTAA-TAGAACCAATTG-TTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATGT
379 ATTC-ATATAAGCTTGTAAGAACTA-AAACAA-TGATTTTATGACAAATCAAAAGGTCAAAACGA
* * ** ** * * ***
117530 TTTGAAATAGA-TAATTTTTTAAATGCTTGTAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGAGCCAAT
441 TTTGAAATAGACT-ATTATTCAAATAATAATAACTATTTCAACTTGTTCGGCAAACAGA-TTTA-
* * * *
117594 TTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTTA-AAT
503 TTTTTTTAAATATATTAAT-TATTAA-TTTTTAGAAT
* * * * * * * * *
117629 ATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAAGAGGCTTATATGAACAGGAACAATTGTTTTATTAA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATG-ACTGAAATAATTGTTTTA-TGA
* * * * * * * * *
117694 AAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTG
63 CAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATAG
* * * * ** *
117759 -TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTATTATGCAAATATTAATAAATTAA
127 TTTAG-TAAATA-ATTTA-TTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* *** * * * * * *
117823 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGCATGA-ATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
188 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGT
** * ** * * *
117887 CATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTC-GATAAACA
252 CATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTTTTCAG-TAAACA
** * * ** ** * ** *
117951 GCTTTA-TTTTTTAAATCTTTT-ACTTATTAGTTGT-CTTAATGTTAATATAT-TTGTAATATTT
316 AATTTACTTTTTAAAATCTTTTGA-TTATTAATT-TACGAAACATTAATAAATCCAG-ATTATTT
* * * * * * * * * **
118012 TATTCGAAATAAGCATGTATGAAC-AGAAAAAATTATTTTATGTCAAA--AAAA-TTTATAGTGA
378 TATTC-ATATAAGCTTGTAAGAACTA-AAACAATGATTTTATGACAAATCAAAAGGTCAAAACGA
* * * * * * * * * * *
118073 TTTTAAATTA-A-TAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTAAATTTGTTTGGTAAATAGATTCAT
441 TTTGAAA-TAGACT-ATTATTCAAATAATAATAACTATTTCAACTTGTTCGGCAAACAGATTTAT
* *
118136 TTTTTT--ATCAT-TTAATTATTAATTTTCAGGAAC
504 TTTTTTAAAT-ATATTAATTATTAATTTTTA-GAAT
* * * ** * *
118169 ATTAATAACTT--T-TT-TTTTATCTTGAATAAGCTTATATGAACTG-AATTTTTTTTTTTTGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCGAATAAGCTTGTATG-ACTGAAATAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
118229 AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATGACTATTTAATCTAG
64 -AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA-ATAG
* * * * * *
118294 TTTGGTAAACATAGTTATTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTA
127 TTTAGTAAATA-ATTTATTTTTAAA-TCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * * *
118359 TTATTTTAATTTGAATAAGGTTATATGA-ATAGAAACTATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCA
190 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
* * *
118423 TAATGATTTGAAATAAATAATTACTT-AAATAGCACTTAAATAGTCATACTATTT-AAATTGGTT
254 TAATGATTTGAAATAGATAATCA-TTCAAATAGC-C------A-T-A-ACTATTTGAACTT--TT
* ** * * * **
118486 TGA-TAAA-TGATTTAATTTTT-AAATCTCTT-ATTA--AGTTTTA--AAATGTTAATAGAAT--
306 TCAGTAAACAAATTTACTTTTTAAAATCTTTTGATTATTA-ATTTACGAAACATTAATA-AATCC
* * ** * * * * *
118541 AGTATTATTTTATTCTAAACAAATTTATATGAACAAAAACATTTG-TTTTATGACAAAACAAAAG
369 AG-ATTATTTTATTC-ATATAAGCTTGTAAGAACTAAAACA-ATGATTTTATGACAAATCAAAAG
* * * * * * * * * *
118605 GTCATAACAATTTGAAATA-AATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-AGTTAGGTAAA
431 GTCAAAACGATTTGAAATAGACT-ATTATTCAAATAATAATAACTATTTCAACTTGTTCGGCAAA
* * * * * *
118668 CAAAATTA-TTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAAT
495 CAGATTTATTTTTTTAAATATATTAATTATTAATTTTTAG-AAT
* * * * * *
118710 ATTAATAAAGTTA-TTTTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGATTGAAAAAATTATTTTATGAC
1 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGACTGAAATAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * * * * *
118774 AAAACAAAGGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCATATAATCTTAACTATATGAATTGG
64 -AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATAGT
* * * * ** * * * * *
118839 TTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAAATCACTTGGTTATTAGTTTTTAGAATTTTATTAGATTAG
128 TTAG-TAAA-TAATTTA-TTTTT-AAATC-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * * ** *
118904 TATTATTTTATTTTGAAT-AGACTTGTTTGA-ACAAAAATAATTGTTTTTATGACAGGACAAAAT
188 TATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGATA-AAAAACAATT-ATTTTATGATAAAACAAAAG
* * * * ** * **
118967 GTTATAACGATTTGAATTATATAATTGTTCAAATAG----AACTATTTGAAGTAATTC-GCTAAA
250 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTTTTCAG-TAAA
* * ** * * * *
119027 TAGATTTA-TTTTT--AATCACTT-ACTTATTAACTTT-TGAAAGATTAATAAAT-TAGTGTTAT
314 CAAATTTACTTTTTAAAATCTTTTGA-TTATTAA-TTTACGAAACATTAATAAATCCAG-ATTAT
* * * * *
119086 TTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTG-TTATATGACCAAA-CAAAAGGT-AAT
376 TTTA-TTC-ATATAAGCTTGTAAGAACTAAAACAA-TGATTTTATGA-CAAATCAAAAGGTCAA-
** * * * ** * * ** * * *
119147 AATAATTTGAAATAG-GTAATTACTGAAATGGCT-ATAATTATTTAAACTAATTTGGTAAACAAA
436 AACGATTTGAAATAGACT-ATTATTCAAAT-AATAATAACTATTTCAACTTGTTCGGCAAACAGA
* * * *
119210 TTCA-CTTTTT--A-A-ATCACTTATTAATTTTTAGAAT
499 TTTATTTTTTTAAATATATTAATTATTAATTTTTAGAAT
** *
119244 ATTAATAAATTTTTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGACTGAAATAATTGTTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTAT-GACTGAAATAATTGTTTTATGAC
* * * * * ** *
119309 AAAACAAAAGGTCATAAAGATTTTAAATAGACTATTGTTCAAAGAGTTGTAACTATTTAAATTTG
64 -AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TAG
* * * *
119374 TTTGGTAAACAATTTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
127 TTTAGTAAATAA-TTTA--TTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * *
119438 TATT-TTTTATTTTTG-ATAAGCTT-TAATGA-AATGAAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAG
188 TATTATTTTA-TTTTGAATAAGCTTGT-ATGATAA-AAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAG
* * * * ** * *
119499 GTCATAATGATTTTAGATAAATAGTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCGGTAAAC
250 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTTTTCAGTAAAC
* * * *** *
119564 AAATTTACTTTTTCAAATCTTTTGATTATTAATTTTCTAAACATTAATAAATTTGGATTATTTTG
315 AAATTTACTTTTTAAAATCTTTTGATTATTAATTTACGAAACATTAATAAATCCAGATTATTTTA
119629 TT-ATGAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAAACAAAT-ATTTTATGACTAAA-CAAAAGGTCAAAAC
380 TTCAT--ATAAGCTTGTAAGA-ACT-AAAAC-AATGATTTTATGAC-AAATCAAAAGGTCAAAAC
* * * ** *
119690 GATTTGAAATGGA-TAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTCAA-TTGGTTCGGCAAACATATTT
439 GATTTGAAATAGACT-ATTATTCAAATAATAATAACTATTTCAACTT-GTTCGGCAAACAGATTT
*
119753 A-TTTTTTAAATCTATTAATTATTAATTTTTAGAAT
502 ATTTTTTTAAATATATTAATTATTAATTTTTAGAAT
* * * *
119788 ATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATCGAATAAGCTTCTATGATCAGAAATAATTGTTTTATGAC
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*
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* * * *
119981 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAATAATTATTTTATCACAAAACCAAAGGTCATA
192 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAT-AAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * **
120046 ATGATTTGGAATAGATAATCATTCGAAT-GACCATAATTATTT-TAGTTGATTT-AGTAAATAGG
256 ATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAG-CCATAACTATTTGAACTT--TTTCAGTAAACAAA
* * * * *
120108 TTTATTTTTTAAAAT-TTTTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATCCATATTATTTTATT
318 TTTACTTTTTAAAATCTTTTGA-TTATTAATTTACGAAACATTAATAAATCCAGATTATTTTATT
* ** * * * * *
120172 CCATCTAAGCTTGTATTAACTAAAACAATGGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTAGAATGATTTTA
382 -CATATAAGCTTGTAAGAACTAAAACAATGATTTTATGACAAATCAAAAGGTCAAAACGATTTGA
* * * * *
120237 AATAGACTATTATTCAAATAATAATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTA
446 AATAGACTATTATTCAAATAATAATAACTATTTCAACTTGTTCGGCAAACAGATTTATTTTTTTA
* ** *
120302 AATATCTTTCTTATTAATTTTTTGAAT
511 AATATATTAATTATTAATTTTTAGAAT
* * * * * *
120329 GTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTG-A-AAGCTTGTATGAACTGAAACAAATGCTTTATAAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATG-ACTGAAATAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
120392 TAGACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTA
64 -AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGAT-TATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATA
* * * * * *
120457 ATTCAGTAAATAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTAGTAATTTTTTATATATTATTAAATTAGT
126 GTTTAGTAAAT-AATTTATTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
* ** * *
120522 ATTATTTTAATTCAAACAAGCTTGTATGACT--AAAACAA-TATTTTATGATAAAAGAAAAGGTC
189 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-TAAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTC
* * * *
120584 ATAACGATTTGAAATAGATAATCA--CAAATATAGTC-TAAACTATTTGAA-TTGGTTT-AGCAG
253 ATAATGATTTGAAATAGATAATCATTC-AA-ATAGCCAT-AACTATTTGAACTT--TTTCAGTAA
* * * * * * * * * **
120644 TCAGATTTA-TTTTT-TAATTTTCTTGGTTATTAGGTTT-CAAAATATT-ATTAATTTAGTATTA
313 ACAAATTTACTTTTTAAAATCTT-TTGATTATTA-ATTTACGAAACATTAATAAATCCAG-ATTA
** * * * * * *
120705 TTTTATTTCGA-ATAAAATAGTATGAAC-AAAACCAATTATTTGATGACAAAAT-AAAAGGTTAT
375 TTTTA-TTC-ATATAAGCTTGTAAGAACTAAAA-CAATGATTTTATGAC-AAATCAAAAGGTCAA
** ** * * * * * ** *
120767 AATAATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGCCAA-AACTACTTGAA-ATGTTTTGGTATGCAA
436 AACGATTTGAAATAGACT-ATTATTCAAATA-ATAATAACTATTTCAACTTG-TTCGGCAAACAG
* * ** * * *
120829 ATTTA-CTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTTTCCA-AAT
498 ATTTATTTTTTTAAATATATTAATTATTAATTTT-TAGAAT
* * * * * * ** *
120868 ATTAATATATTAGTATTATTTTATTTTGAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCG-AATAAGCTTGTA-TGACTGAAATAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
120933 CAAAACAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAGAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACT
63 C-AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAG-ATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAAT
* * * * * *
120998 GGTTCAATAAATAGAATTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTCATAAATTC
125 AGTTTAGTAAATA-ATTTATTTTT-AAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-
* * * * ** ** * * *
121063 A-TTTTATTTTATTTTGAGTAAGCTAGTATAAATTGAAAA-TTTTGTTTTATGACAAAATAAAAG
186 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-GATAAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAG
* * ** * * * * *
121126 GTCATAAAGATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTT-GGCAA
250 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTT--TTTCAGTAA
* * * * ** * * * * ** *
121189 ACAAATTTA-TTTTTTAAACCTCTTGGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAATATTATTT
313 ACAAATTTACTTTTTAAAATCTTTTGATTATTAATTTACGAAACATTAATAAATCCAGATTATTT
* * * * * ** * * *
121253 TATTTCAAATAGGCTTGTATGAA-TAGAAATATTTTTTTTATGATAGAAT-AAAAGGTTATAACG
378 TA-TTCATATAAGCTTGTAAGAACTA-AAACAATGATTTTATGACA-AATCAAAAGGTCAAAACG
* * * * * * * ** *
121316 ATTT-AAAGTATACAATTATTCAAATAGTTATAACCATTTAAACTAT-TTTGATAAACAAATTTA
440 ATTTGAAA-TAGACTATTATTCAAATAATAATAACTATTTCAACT-TGTTCGGCAAACAGATTTA
* *
121379 TTTTTTT--A-ATCTT--TTATTAATTTTT-GAAAG
503 TTTTTTTAAATATATTAATTATTAATTTTTAG-AAT
* * ** * * *
121409 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGATCAAAAACAATTGTTATACGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGA-CTGAAATAATTGTTTTATGA-
* * * ** *
121474 CAAACAAAAAGG-AATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATACCCATAATTATTTAAACT
63 CAAAC-AAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-T
* * * * * * *
121537 -GATTCGATAAACAGAGTCACTTTTTAAA---TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATA
125 AGTTTAG-TAAATA-ATTTA-TTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
** * * *
121598 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-AACTAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAG
187 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAA--AAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAG
* * * * * * *
121662 GTCATAGTGATGTGACATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATATGAA-TTTGTT-AGATAA
250 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTT-TTCAG-TAA
* * * ** * * *
121725 ACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTT-ACTTATTAATTTTGGAAATATTAAGAAAT-TAGTATTAT
313 ACAAATTTACTTTTTAAAATCTTTTGA-TTATTAATTTACGAAACATTAATAAATCCAG-ATTAT
* * * * * * * ** *
121787 TGTATT-TTGGATAAGCTTTTATGAACTGAACCAATTG-TTTTATGTCAAAAGAAAAGGTCATAA
376 TTTATTCAT--ATAAGCTTGTAAGAACTAAAACAA-TGATTTTATGACAAATCAAAAGGTCAAAA
* * * * * * * * *** *
121850 TGATTTTAAATA-AATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTT
438 CGATTTGAAATAGACT-ATTATTCAAATAATAATAACTATTTCAACTTGTTCGGCAAACAGATTT
* * * * **
121914 -GTTTTCTAACTCTCCT-A--ATTAATTTTT-GAATT
502 ATTTTTTTAAATATATTAATTATTAATTTTTAGAA-T
* * * *
121946 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAATAGGCTTGTATGA-TGAAAATAATT-TTTTATGAT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGACTG-AAATAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * **
122009 AAA-AGAAAAGTTCATAATGATTTGAGATAGATAATAGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAACCA
64 AAACA-AAAGGTT-ATAATGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATA
* * * * * * *
122073 ATTT-GATAAACTAACTTATTTTTTTTAAATCTCTAATTTATCAACTTTTAAACTATTAATAAGA
126 GTTTAG-TAAA-TAA--T-TTATTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA-A
* ** * *
122137 -TAATATTATTTTATTTCAAATAAGC-TGTTATGA-ACTAAAAACAATTGTTTTATGCTAAAACA
184 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG-TATGATA--AAAAACAATTATTTTATGATAAAACA
* * * * * ** ** * *
122199 AAAGATTATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACCATTTGAACTTGTTC-GA
246 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTTTTCAG-
* * ** ** ** *
122263 TAAATAGATTTA-TTTTTTGAAT-TTGTT-ATTTATTAATGTTTTG-AATGTTAATAAAT-TAGT
310 TAAACAAATTTACTTTTTAAAATCTT-TTGA-TTATTAAT-TTACGAAACATTAATAAATCCAG-
* * * * * * *
122323 ATTA-TTTATTTCAAATAAGCATGTATGAATTGAAA-AATTATTTTATGACAAA--AAAAGGTTA
371 ATTATTTTA-TTCATATAAGCTTGTAAGAACTAAAACAATGATTTTATGACAAATCAAAAGGTCA
* * * * ** * * * *
122384 GAACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCTAAA-AGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAC
435 AAACGATTTGAAATAGACT-ATTATTC-AAATAATAATAACTATTTCAACTTGTTCGGCAAACAG
* * * * *
122447 ATATA-CTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAT
498 ATTTATTTTTTTAAATATATTAATTATTAATTTTTAGAAT
* ** * * * * *
122486 GTT-ATTCATCTAGCAATATTTTACTTCAAATAAGGTTGTATGAATAGTAAA-AATTGTTTTATG
1 ATTAATAAAT-TAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGACT-G-AAATAATTGTTTTATG
* * ** ** * * * * *
122549 ACAAATC-AAAGATCATAACAATTTGGGATAGATAATTGTTTAAATAATCCTAACTATTTGAACT
62 ACAAA-CAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAAT
* * * *
122613 TGTTTAATAAACAGATTTAGTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
125 AGTTTAGTAAATA-ATTTA-TTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
** * * * *
122675 ---TATTTTATTTTGAATAATTTTGTAT--TAATAGAAATAACTATTTTACG-----AC-AAATG
188 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAA-A-AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGG
* * * *
122729 TCATAACGATTT-AAATTAGATAAT-AGTTCAAAT-GAACATGAA-TATTTGAACTTTTTCAATG
251 TCATAATGATTTGAAA-TAGATAATCA-TTCAAATAG-CCAT-AACTATTTGAACTTTTTCAGTA
*** * *
122790 AACAAATTTA-TTTTTAAAATC-TCCAACTTATTAATTTTTA-G-AATATTAATAAAT-TAGTAT
312 AACAAATTTACTTTTTAAAATCTTTTGA-TTATTAA--TTTACGAAACATTAATAAATCCAG-AT
* * * * * * * **
122850 TATTTTGTT-TTGAATAAACTTGTACGAA-TAGAAACAATTATTTGATGACAAAACAAAATATCA
373 TATTTTATTCAT--ATAAGCTTGTAAGAACTA-AAACAATGATTTTATGACAAATCAAAAGGTCA
* * * * * * * * * * *** ** * *
122913 TAATGACTTGAAATA-AATAACTGTTCAAATAGTTATAACTATCTGAACTCACTCGATAAATAAA
435 AAACGATTTGAAATAGACT-ATTATTCAAATAATAATAACTATTTCAACTTGTTCGGCAAACAGA
* * * * *
122977 TATATATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAAT
499 TTTATTTTTTTAAATATATTAATTATTAATTTTTAG-AAT
* * * * *
123016 TTTAATAAATCAGTATTATTGTATTTCGAATGAA-C----A--A---AAACAATTGGTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAT-AAGCTTGTATGACTGAAATAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
123071 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
64 -AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATAG
* * * * * *
123136 TTAAGAAAACATATTTATTTTTTTAATTTTTACTTATTAATTTTT-GAA-ATTAATAAATTTA-T
127 TTTAGTAAATA-ATTTA-TTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGT
*** * * * * **
123198 ATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGCAT-AGAACCAATTGTTTTATGGCAAAA-AAAA--TC
189 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTC
* * ** * * * * *
123259 ATAATGTTTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACATGTTT-GGTAAACAG
253 ATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTGAAC-TTTTTCAGTAAACAA
* * ** * ** * * * *
123323 ATTCA-TTTCTT-AATTCCCTT-ACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTC
317 ATTTACTTT-TTAAAATCTTTTGA-TTATTAATTTACGAAACATTAATAAATCCAG-ATTATTTT
* * * * * * * * * ** **
123384 ATTTAAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTG-TTTCATTAAAAAACAAAAGGTCATGATAAT
379 A-TTCATATAAGCTTGTAAGAACTAAAACAA-TGATTTTATGACAAATCAAAAGGTCAAAACGAT
* * * * ** *
123448 TTGAAATAGA-TAATTATTCACAAT-CT--TGACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTA-T
442 TTGAAATAGACT-ATTATTCA-AATAATAATAACTATTTCAACTTGTTCGGCAAACAGATTTATT
* * * * * *
123508 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAAT
505 TTTTTAAATATATTAATTATTAATTTTTAGAAT
* * * * *
123541 ATTAATAAATTAATATTAATTTAATAT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATT-ATTTTAT-TCGAATAAGCTTGTATG-ACTGAAATAATTGTTTTATGA
* * ** * * ** * * *
123605 CAAAACAAAA-ATTCATTACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTGAATTT
63 C-AAACAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATA
* *
123669 GTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATT
126 GTTTAGTAAATA-ATTTA-TTTTTAAATC-TTTACTTATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAATT
* * * * *
123732 TGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAAAATCATTTTATGACAAGACAAA
186 AGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATG-AT-AAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAA
* * * *** * ** * ** * * * * *
123796 CGATTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTAATAATTATTTAAACTTGTTCGGCAA
248 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTTTTCAGTAA
* * * * * * * * * * * * *
123861 ATAGATTCATTTTTTAAATATC--TTAATTATTCACTTT-TGTAATATTAATAACT-TAGTTTTC
313 ACAAATTTACTTTTTAAA-ATCTTTTGATTATT-AATTTACGAAACATTAATAAATCCAG-ATTA
* * * * * ** * * * *
123922 TTTTATT-TTGAATAAGCTTATATGAAATAAAATAATTTTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAA
375 TTTTATTCAT--ATAAGCTTGTAAGAACTAAAACAATGATTTTATGACAAATCAAAAGGTCAAAA
* * * * * * * * ** *
123986 CAATTTGAAATAGA-TAATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGATAAACATATT
438 CGATTTGAAATAGACT-A-TTATTCAAATAATAATAACTATTTCAACTTGTTCGGCAAACAGATT
* * ** *
124050 TA--TTTTTAAGATTTTTTTCTTATTAATTGTT-GAAAT
501 TATTTTTTTAA-ATATATTAATTATTAATTTTTAG-AAT
* * * * * *
124086 ATTAATAAATTAGTATTATTTCAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAAATGTTTTGTAA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTCGAATAAGCTTGTATG-AC-TGAAATAATTGTTTTATGA
* * * * ** * *
124150 CAAA-AAAA-ATCATAATGATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTC-T-AGTATTTGAACTCA
63 CAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAAT-A
* * * *
124211 -TTT-GATAAAAAGATTTATTTTTTAAA--TTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTGG
126 GTTTAG-TAAATA-ATTTA-TTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* *** * ** * * * * * * *
124271 TATTACTTTATTCCAAACAAATTTATATGAAAAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAGAATGTC
188 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTC
* ** * * * * ** *
124336 ATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTT-AAATAGGTT-AGGTAAATA
253 ATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT-TTTTCA-GTAAACA
* * * * *
124399 AAATTA-TTTTT-AAATCTTACTT-ATTATT--TTT-TGAAATATTAATAAATTCA-TTTCATTT
316 AATTTACTTTTTAAAATCTT--TTGATTATTAATTTACGAAACATTAATAAATCCAGATT-ATTT
* * * * * * * *
124457 TATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTCAAAA-ATACTTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC
378 TATT-CATATAAGCTTGTAAGAACT-AAAACA-A-TGATTTTATGACAAATCAAAAGGTCAAAAC
* * * * * ** * * * * * *
124521 AATTTGAAATAGA-TAAGTATTCATACAGTCTTAAATA-TTCAAACTAGTTCAGTAAATAAATTT
439 GATTTGAAATAGACT-ATTATTCAAATAATAATAACTATTTC-AACTTGTTCGGCAAACAGATTT
* * * *
124584 A-TTTTTTAATTATCTTAGTTATTAATTTTTGGAAT
502 ATTTTTTTAAATATATTAATTATTAATTTTTAGAAT
* * * * * **
124619 ATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGCACAAAAATAATTGTTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATG-ACTGAAATAATTGTTTTATGAC
* * * ** ** ** * * * *
124684 AGATCAAAAGGTTATAATAAGTTGAGGTTTACAATTGTTCACATAGACAT-A-TATTGAACTAGT
64 A-AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATAGT
* * * * * *
124747 TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAACCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTT
128 TTAGTAAATA-ATTTA-TTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
* *
124812 TTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATGATAAAAAA
190 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAA
124847 AAATAGTTAC
Statistics
Matches: 8091, Mismatches: 1746, Indels: 1201
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
519 3 0.00
520 14 0.00
521 75 0.01
522 9 0.00
523 18 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (537 bp):
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGACTGAAATAATTGTTTTATGACAA
ACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATAGTTTA
GTAAATAATTTATTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGAT
TTGAAATAGATAATCATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTTTTCAGTAAACAAATTTACTTT
TTAAAATCTTTTGATTATTAATTTACGAAACATTAATAAATCCAGATTATTTTATTCATATAAGC
TTGTAAGAACTAAAACAATGATTTTATGACAAATCAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGACTAT
TATTCAAATAATAATAACTATTTCAACTTGTTCGGCAAACAGATTTATTTTTTTAAATATATTAA
TTATTAATTTTTAGAAT
Found at i:121201 original size:545 final size:535
Alignment explanation
Indices: 120487--121771 Score: 1291
Period size: 545 Copynumber: 2.4 Consensus size: 535
120477 TTTAAATCTC
* * * * * * * *
120487 TTACTTAGTAATTTTTTATATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCAAACAAGCTTGTATG--
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAA
* * * * * ***
120550 ACTAAAACAA-TATTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCACAAATA
66 ACTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCATA
* ** * *** *
120614 TAGTCTAAACTATTTGAATTGGTTTAGCAGTCAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAGGT
131 TAGTCT-AACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAACCTCTTGGTTATTAAGT
* *
120679 TTCAAAATATTATTA-ATTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAGTATGAACA-AAACCAATT
195 TTCAAAATATTATTAGA-TTAATATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAACAGAAA-CAATT
* * *
120742 ATTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGCCAAAACT
258 ATTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTT-AAAGTAGACAATTATTCAAATAGCCAAAACC
* * ** *
120806 ACTTGAAA-TGTTTTGGTATGCAAATTTACTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTTTCCAAATAT
322 A-TTGAAACTATTTTGATAAACAAATTTACTTTTTAAATCT--T--TAATTAATTTTCCAAAGAT
* * * * *
120870 TAATATATTAGTATTATTTTATTTTGAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
382 TAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTATACGACA
* *** *
120935 AAACAAAAAGTAATAA-TAATTTGAAATAGAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTG
446 AAACAAAAAGGAATAACT-ATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATACCCATAATTATTTAAACTG
* * *
120999 GTTCAATAAATAGAATTA-TTTTTCAAA
509 ATTCAATAAACAGAATCACTTTTT-AAA
* * * ** *
121026 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTCATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAGTAAGCTAGT
1 ----TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAAT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGT
* * * * * *
121090 AT-AAATTGAAAAT-TTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAAGATTTAAAATAGATAATTG
61 ATGAAACT-AAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTA
*
121153 TTCATATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAACCTCTTGGTTA
125 TTCATATAGTC-TAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAACCTCTTGGTTA
* *** *** * * *
121218 TTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGAATAGAAAT
189 TTAAGTTTCAAAATATTATTAGATTAATATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAACAGAAAC
* * * * * * * ** *
121283 ATTTTTTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAACGATTTAAAGTATACAATTATTCAAATAGTTATA
254 AATTATTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTAAAGTAGACAATTATTCAAATAGCCAAA
* * * * **
121348 ACCATTTAAACTATTTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAATCTTTTATTAATTTTTGAAAGATTA
319 ACCATTGAAACTATTTTGATAAACAAATTTACTTTTTAAATCTTTAATTAATTTTCCAAAGATTA
* * * *
121413 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGATCAAAAACAATTGTTATACGACCAAA
384 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTATACGACAAAA
* *
121478 CAAAAAGGAATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATACCCATAATTATTTAAACTGATTCG
449 CAAAAAGGAATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACCCATAATTATTTAAACTGATTCA
*
121543 ATAAACAGAGTCACTTTTTAAA
514 ATAAACAGAATCACTTTTTAAA
*
121565 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAA
* ** * * *
121630 ACTAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTCATAGTGATGTGACATAGATAATTATTCAAA
66 ACTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCATA
* * * ** ** *
121695 TAGTCTTAACTATATGAATTTGTTAGATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAAT
131 TAGTC-TAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTA-TTTTTTAAACCTCTTGGTTATTAAG
**
121759 TTTGGAAATATTA
194 TTTCAAAATATTA
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Statistics
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TGATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTAAAGTAGACAATTATTCAAATAGCCAAAACCATTG
AAACTATTTTGATAAACAAATTTACTTTTTAAATCTTTAATTAATTTTCCAAAGATTAATAAATT
AGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTATACGACAAAACAAAAAG
GAATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACCCATAATTATTTAAACTGATTCAATAAACA
GAATCACTTTTTAAA
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114311 TTTGAAATCA
* * * * * * *
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1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAAATTTA-TTTTT-AA-C-
* * * * * * *
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61 TCTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGA
* ** * * * * * * * *
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* * * ** * * *
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*
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* ** * * * *
114636 AAAATTGTTTTATG---ACGAAAGATCAAAATGATTTGAAATAA
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* * * * * *
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1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TCGATAAACAAATTTA-TTTTT-AA-CT
* * * ** *
114741 ATTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTTGAATAAGC-TGATATG
62 -CTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTG-TATG
* * * * *
114805 AACTGATATAA-----GACG--A-AACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
124 AA-TAAAATAATTTTTTATGATAGAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAGATAGATAA-TATTCAA
* * * * ** * *
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186 ATAGTCAT-AACTATTTGAACTAAT-TTGA-TAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTAT--TTAT
** * * * * * * * * *
114922 TAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTCAATCCGACTAAGCTTCTATGAACAAAAATA
246 TAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAAAACA
* *
114987 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATA-
310 ATTGTTTTATG-CAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
* * * * * *
115029 AGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTAGTTAAACTTATGT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
1 A-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TCGATAAACAAATTTA-TTTTT-AA-C
* * * ** * *
115093 TTTTACTTATTAATTGTTTTAATATCAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATG
61 -TCTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATG
* * ** *
115158 AATAGAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTT-ATAGCGATTTGAAATAGATAATTATTCA
124 AATA-AAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAGATAGATAA-TATTCA
** ** * *
115221 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTCA-TTTTTTAAA-TCTATTACTTATT
185 AATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTA-T--TTATT
* * * * * * ** *
115284 AAATTTTTG-AATTTTAATAAATTAGAATTATGTTATTAT-GAATAAACTTGTACAAACAAAAAC
247 -AA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTTTATGAACTAAAAC
* * ** * * *
115347 AATTGTTTTGTGATAAAACAAAATATTATAATGATTTGATATAG
309 AATTGTTTTATG-CAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
* * * * * * * * *
115391 ATAATTGTTGAAACAGTCATAACTATTTGCAC-AGGTCAAGCT-AATAGATTCATTTTTCAAGTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC--GATAAACAAATTTATTTTT-AA--C
* ** * * ** *
115454 TTTTACTTATTAATTTTCAAAATGTTAATAACTTAGCATTAGTTTT-TTTCCAAATAAGAC-TGT
61 -TCTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTT-CAAAT-AGGCTTGT
* * * * * * ** * * *
115517 AAGAATAGAAGTAATTGTGTTATGACAAAACAAATAG-TCACAGCGATTTGAAATAAATAATTGT
121 ATGAATA-AAATAATT-TTTTATGATAGAACAAA-AGTTCATAATGATTTGAGATAGATAA-TAT
* * * * ** * * *
115581 TTAAATAGTTATAACTAATTGAATTGGTTT-AGTAAACAGATTTA-TTTTTTAATTCTCTTACTT
182 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTTAA-ACTC-TATTT
* * * *
115644 ATTAA-TTTGCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATT-TGAACAAA
244 ATTAATTTTG--AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-TTATGAACTAA
* * * *
115707 AACATTTATTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAACGA-TTTAAAGTAG
306 AACAATTGTTTTATG-CAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTTAAA-TAG
* * * * *
115754 ATAATTATTCAAGTAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGACAAACATAA-TTATTTTTTAAATCT
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* * * * * * * * *
115818 CCAACTGATTAATTTATGAAATATTAATGAATTTATTTTATTTTATTCCAAATAAG-TTAGTAAG
62 -CTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTT-GTATG
* * * * ** * * * *
115882 AACTGAAA-AA--TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAGAAT-TGTCCAT
124 AA-TAAAATAATTTTTTATGATAGAACAAAAGTTCATAATGATTTGAGATAGATAATAT-T-CAA
* ** * *** * * * *
115943 GTAACCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTT
186 ATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTC-TATTTATTA
* * * ** * * * *
116006 ATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATA-CAAATAGAAATAA
248 ATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAA
* * * * * *
116070 TTATTTTATGACAGAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAT
311 TTGTTTTATG-CA-AAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
* * *
116112 ATAATTGCTCAAATAG---T-AC----TG-----GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTT-AA-CT-
*
116164 CTACTTATTAATTATTT-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-A
62 CTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGAA
* * * * * * * *
116227 TGACAAATAATTATTTTATAACAAAAAAAAAGTTCATAATGATTGGAAATAGATAACTGTCCAAA
126 T-A-AAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGTTCATAATGATTTGAGATAGATAA-TATTCAAA
* * * * * * * * *
116292 TGGCCATAATTATTTGAATTGATTTGATAAACTAATTTA-TATTTTAAATCTCTAACTTATCAAT
187 TAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCT-ATTTATTAAT
* * * * ** * * *
116356 CTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT-TGT-GGATAACCTTTTATGAACTGAAACAATTA
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* *
116419 TTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAG
314 TTTTATG-CAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
* * *
116458 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATATATTTATTTATTTTTAATT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA-A---ATTTATTTTTAA-C
* * * * ** * * **
116523 TCTCACTTATTAGTTTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTGC
61 TCT-ACTTATTA--ATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTAT
* ** * *
116588 GAACTAAAACAATTATTTTATGACTA-AACAAAAGGCCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
123 GAA-TAAAATAATT-TTTTATGA-TAGAACAAAAGTTCATAATGATTTGAGATAGATAA-TATTC
* * * * * ** * **
116652 TAGTAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACACATTTA-TTTTTTAAA-TCCATACCTATT
184 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAACT-C-TATTTATT
* * * * * * **
116715 AATTTTTAGAATATTGAA-AATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAAAC
247 AATTTTGA-AATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTA-AAAC
* * * ** * * *
116778 AAATGTTTTAAG-ATAAAACAAAGATCATAACAAATTGAGATAG
309 AATTGTTTTATGCA-AAAA-AAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
* * * * * * * *
116821 ATAACTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAA-TTGATTCGTTAGAGAGATTTAGTTTTTAAATGT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAACTCT
* ** * ** *
116885 -CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTTGTATTATTTTATTAT-GAATAATCTTGCATGAAT
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* * * * *
116948 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-TGTCATAATGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAAT
127 A-AAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAGATAGATAATA-TTCAAAT
* * * * * * * *
117012 A-TACATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGA-TTAATTTTTTAAGTCTTCAACTTATTTAA
188 AGT-CATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAA-AC-TCTATTTA-TTAA
* * ** * * *
117075 TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATATTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAATAAT
249 -TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAAT
* * * * *
117139 TATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGACTTGAAATAA
312 TGTTTTATG-CAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
* * *
117180 ATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTCGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAAATTTA-TTTTT-AA-C-
* * * * * * *
117244 TTTACTTTTTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTTTGAA
61 TCTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGAA
* * * * * * * ** * *
117309 CAGAACA-AATTGGTTTATGACAAAATAAATGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTGAAA
126 TA-AA-ATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGTTCATAATGATTTGAGATAGATAA-TATTCAAA
* * * * * * *
117373 TAGTCATAA-TAATTTAAACGT-GTTTAGA-AAATAGATTTA-TTTTTTAAATTTTTACTTATTA
187 TAGTCATAACT-ATTTGAAC-TAATTT-GATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTATTTATTA
* ** * *
117434 ATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATTAA-TAGAACC
248 A-TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTTTATGAACTA-AAAC
* *
117496 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATG-TTTTGAAATAG
309 AATTGTTTTATG-CAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTT-AAATAG
* * ** * *
117540 ATAATTTTTTAAAT-GCTTGTAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGAGCCAATTT-TTTTTAA
1 ATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC--A---AATTTATTTTTAA
* * * * *
117603 TTCTCTTACTCT-TTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAAGAGGCTTA
60 --CTC-TACT-TATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTG
* * * * * * * * *
117667 TATGAACAGGAACAATTGTTTTATTAAAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTAT
120 TATGAATA-AAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGTTCATAATGATTTGAGATAGATAA-TAT
* * ** * * * *
117732 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTA
182 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-C-TCTATTTA
* * * * * **
117796 TTTATTATGCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAAA
245 TTAATTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTA-AAA
* * ** * *
117860 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAA
308 CAATTGTTTTATG-CAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
* * **
117905 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTCGATAAACAGCTTTATTTTTTAAATCTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTT-AA-C-T
* * * * ** * * *
117970 TTACTTATTAGTTGTCTT-AATGTTAATATATTTGTAATATTTTA-TTCGAAATAAGCATGTATG
62 CTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAGGCTTGTATG
* * * * * * *
118033 AACAGAAAAAATTATTTTATG-TCA-AA-AAAA-TTTATAGTGATTTTAAATTA-ATAATTGTTC
124 AATA-AAATAATT-TTTTATGAT-AGAACAAAAGTTCATAATGATTTGAGA-TAGATAA-TATTC
* * * ** * * * * * * *
118093 AAATAGTCATAAATATTTAAATTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTT-ATCATTTAATTATTA
184 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAAC-TCTATTTATTA
* * * * * * **
118157 ATTTTCAGGAACATTAATAACTT--T-TT-TTTTATCTT-GAATAAGCTTATATGAACT-GAATT
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* * * * *
118216 TTTTTTTTTTGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAG
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* * * * * * * * *
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1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTT-AA--CT
* *** * * *
118323 TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGG-TTATATG
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* * *
118386 AATAGAAACT-ATTGTTTTATAATAGAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTACTT
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* * ** ** *
118449 AAATAGCACTTAAATAGTCAT-ACTATTTAAATTGGTTTGATAAA-TGATTTA-ATTTTTAAA-T
182 ---T----C--AAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAACT
* * * * *
118510 CT-CTTATTAAGTTTTAAAATGTTAATAGAA-TAGTATTATTTTA-TTCTAAACAA-ATTTATAT
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* * ** * *
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* * *
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63 -TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGA
* * * * * * * * * *
118753 TTGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCATA
125 AT-AAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGTTCATAATGATTTGAGATAGATAA-TATTCAAA
* * * * ** * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * * *
118944 TTGTTTTTATGACAGGACAAAATGTTATAACGATTTGAATTAT
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* ** * * * *
118987 ATAATTGTTCAAATAG----AACTATTTGAAGTAATTCGCTAAATAGATTTATTTTTAATCACTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTAA-CTC-T
* * * * * *
119048 ACTTATTAACTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATC
64 ACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGAAT-
* * * * * * * * *
119112 AAAAATAATTGTTATATGACCA-AACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGGTAATTACTGAAAT
127 -AAAATAATT-TTTTATGA-TAGAACAAAAGTTCATAATGATTTGAGATAGATAA-TATTCAAAT
* * * * * * *
119176 -GGCTATAATTATTTAAACTAATTTGGTAAACAAATTCA-CTTTTTAAA-TC-ACTTATTAATTT
188 AGTC-ATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTATTTATTAATTT
* ** ** * * * *
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*
119302 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTTAAATAG
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* ** * * * * *
119339 ACT-ATTGTTCAAAGAGTTGTAACTATTTAAATTTGTTTGGTAAACAATTTTATTTTTTTAAACT
1 A-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA--TTTTT-AACT
* * *** *
119403 CTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTTTTGATAAGCTT-TAATG
62 C-TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGT-ATG
* * * * * * * * *
119466 AAATGAAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAGATAAATAGTTGTTCAA
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* * * * * * *
119657 CAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATGG
308 CAATTGTTTTATG-C-AAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
* * ** * ** *
119702 ATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTCAA-TTGGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAAATTTA-TTTTT-AA-CT
* * * * * * * *
119766 ATTAATTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAATCGAATAAGCTTCTATG
62 -CTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TTCAAATAGGCTTGTATG
* * *
119830 -ATCAGAAATAATTGTTTTATG--ACAAC-AAAGATT-TTAATGATTTGAGATTGAT--TATTGC
124 AAT-A-AAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAG-TTCATAATGATTTGAGATAGATAATATT-C
* * * * *
119888 TGAAATAGTCATAACTATTT-AAATAGTTT-AGTAAATAGATTTA--TTTTTAAATTCTTTATTT
184 --AAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTTAAA--CTCTATTT
* ** * **
119949 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAA
244 ATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGA-ACTAAA
* * **
120014 ATAATTATTTTAT-CACAAAACCAAAGGTCATAATGATTTGGAATAG
307 ACAATTGTTTTATGCA-AAAA--AAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
** * * * * * * * **
120060 ATAATCATTCGAAT-GACCATAATTATTT-TAGTTGATT-TAGTAAATAGGTTTATTTTTTAAAA
1 ATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAACAAATTTA-TTTTT--AA
* * ** ** * ** *
120122 TTTTTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATCCATATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTA
60 --CTCTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTA
* * * * * * * *
120187 TTAACTAAAACAATGGTTTTATGACA-AATCAAAAGGTT-AGAATGATTTTAAATAGACTATTAT
122 TGAA-TAAAATAAT-TTTTTATGATAGAA-CAAAA-GTTCATAATGATTTGAGATAGA-TAATAT
* * * ** * * * * *
120250 TCAAATAATAATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATATCTTTCTTA
182 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTAT-TTA
* * ** * *
120315 TTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTGA-AAGCTTGTATGAACTGAAA
245 TTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAAAA
* * * * * * * *
120377 CAAATGCTTTATAACTAGACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAG
308 CAATTGTTTTAT-GC-AAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
* * * * ** *
120422 ATAAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTC-AGTAAATAAATTTATTTTTAAATCT
1 AT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTT-AA-CT
* * * * * * *
120486 CTTACTTAGTAATTTTTTATATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCAAACAAGCTTGTATGA
62 C-TACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGA
* * * * * * * *
120551 CTAAAACAATATTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCA--CAAATA
125 ATAAAATAATTTTTTATGATAGAACAAAAGTTCATAATGATTTGAGATAGATAAT-ATTC-AA-A
* ** * ** * **
120614 TAGTC-TAAACTATTTGAATTGGTTT-AGCAGTCAGATTTA-TTTTTTAATTTTCT-TGGTTATT
187 TAGTCAT-AACTATTTGAACTAATTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTTAA-ACTCTAT--TTATT
* ** * * * ** **
120675 AGGTTTCAAAATATTATTAATTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAGTATGAAC-AAAACCA
247 A-ATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAAAA-CA
* * * * *
120739 ATTATTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAG
310 ATTGTTTTATG-CAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
* * * * * * * **
120782 ATAATTATTCAAATAGCCAAAACTACTTGAA-ATGTTTTGGTATGCAAATTTACTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTA-TTTTT-AA-CT
* ** * * * * ** * *
120846 CCTACTAATTAATTTTCCAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTTGAAACAAACTTATATT
62 -CTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTCAAATAGGCTTGTATG
* * * * * * * *
120911 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TAATAATAATTTGAAATAGAATAATTGTTC
124 AA-TAAAATAATT-TTTTATGATAGAAC-AAAAGTTCATAATGATTTGAGATAG-ATAA-TATTC
* * ** ** * * *
120975 AAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGAA-TTA-TTTTTCAAATCTCTTACTTAT
184 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACA-AATTTATTTTTTTAAA-CTC-TATTTAT
* * ** * ** * *
121038 TAATTTTTGAAATATTCATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAGTAAGCTAGTATAAATTGAAAA
246 TAA-TTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACT-AAAA
** * *
121102 -TTTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAAGATTTAAAATAG
308 CAATTGTTTTATG-CAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
* * * **
121146 ATAATTGTTCATATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAACCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAAATTTA-TTTTT-AA-CT
** * *
121210 CTTGGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGA
62 C-TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGA
* * * * * *
121275 ATAGAAATATTTTTTTTATGATAGAATAAAAGGTT-ATAACGATTTAAAGTATACA-ATTATTCA
125 ATA-AAATA-ATTTTTTATGATAGAACAAAA-GTTCATAATGATTT-GAG-ATAGATAATATTCA
* * * *
121338 AATAGTTATAACCATTTAAACTATTTTGATAAACAAATTTATTTTTTT-AA-TCT-TTTATTAAT
185 AATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTATTTATTAA-
* * * *
121400 TTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGATCAAAAACAATTG
249 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTG
* * * *
121465 TTATACGACCAAACAAAAAGG-AATAACT-ATTTGAAATAG
314 TTTTATG--CAAA-AAAAAGGTCATAA-TGATTTTAAATAG
* ** * * * * * *
121504 ATAATTGTTGAAATACCCATAATTATTTAAAC-TGATTCGATAAACAGAGTCACTTTTTAAAT-T
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAACTCT
* * *
121567 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAAC
64 ACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATG-AA-
* * * *
121632 TAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTCATAGTGATGTGACATAGATAATTATTCAAATA
126 TAAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGTTCATAATGATTTGAGATAGATAA-TATTCAAATA
* * * ** * *
121697 GTCTTAACTATATGAATTTGTTAGATAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTT
189 GTCATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAACTC-TATTTATTAATTTT
* * *** * *
121762 GGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTGTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAACCAATTGTTT
253 -GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTT
*
121827 TATGTCAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAA
317 TATG-CAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
* * * *
121863 ATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTGTTTTCTAACTCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTT-TAACTCTA
*
121928 CTAATTAATTTTTGAATTATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCAAAATAGGCTTGTATG-ATG
65 CTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAGGCTTGTATGAAT-
* * * * *
121991 AAAATAATTTTTTATGATAAAAGAAAAGTTCATAATGATTTGAGATAGATAATAGTTTAAATGGC
127 AAAATAATTTTTTATGATAGAACAAAAGTTCATAATGATTTGAGATAGATAATA-TTCAAATAGT
* * * * *
122056 CATAATTATTTGAACCAATTTGATAAACTAACTTATTTTTTTTAAATCTCTAATTTATCAACTTT
191 CATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTA-TTTTTTTAAA-CTCT-ATTTATTAA-TTT
* *
122121 T-AAACTATTAATAAGA-TAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTGTTATGAACTAAAAACAATTG
252 TGAAA-TATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACT-AAAACAATTG
* * * *
122184 TTTTATGCTAAAACAAAAGATTATATTTATTTTAAATAG
314 TTTTATGC-AAAA-AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
* * * * *
122223 ATAATTGTTCAAATAATCATAACCATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTGAATTTG
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTT-AA-CT-
* * * * * *
122288 TTATTTATTAATGTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCAAATAAGCATGTATGAA
62 CTACTTATTAAT-TTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGAA
* * * ** * *
122352 TTGAAA-AATTATTTTATGACA-AA-AAAAGGTT-AGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAA
126 -TAAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAGATAGATAA-TATTC-AA
* * ** * ** * * * *
122413 A-AGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATATA-CTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
186 ATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTC-TATTTATTAA
* * ** * * * * *
122476 TTTTTAGAATGTT-ATTCATCTAGCAATATTTTACTTCAAATAAGGTTGTATGAA-TAGTAAA-A
249 TTTTGA-AATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTA--AAACA
** * ** ***
122538 ATTGTTTTATGACAAATCAAAGATCATAACAATTTGGGATAG
310 ATTGTTTTATG-CAAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
* * * ** * *
122580 ATAATTGTTTAAATAATCCTAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCT-
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAACTCTA
* ** *** *
122644 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-T--TAGTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATTAATAG
65 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGAATA-
* * * * * *
122706 AAATAACTATTT-T-A-CG-ACAAATG-TCATAACGATTT-AAATTAGATAATAGTTCAAAT-GA
128 AAATAATTTTTTATGATAGAACAAAAGTTCATAATGATTTGAGA-TAGATAATA-TTCAAATAG-
* * * * * * *
122764 ACATGAA-TATTTGAACT-TTTTCAATGAACAAATTTA-TTTTTAAAATCTCCAACTTATTAATT
190 TCAT-AACTATTTGAACTAATTT-GATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CT-CTATTTATTAATT
* * ** * * * *
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251 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTG
* ** * * *
122890 TTTGATGACAAAACAAAATATCATAATGACTTGAAATAA
314 TTTTATG-CAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
* * * *** *
122929 ATAACTGTTCAAATAGTTATAACTATCTGAACTCACTCGATAAATAAATATATATTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAAT-T-TATTTTT-AA-C-
* * * * * *
122994 TTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATCAGTATTATTGTATTTC-GA-A----TG-A--A
61 TCTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGA
* * * * * * *
123050 CA-AAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
125 -ATAAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGTTCATAATGATTTGAGATAGATAA-TATTCAAA
** * * ** * *
123114 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAAGA-AAACATATTTATTTTTTTAATTTTTACTTATTAATT
187 TAGTCATAACTATTTGAACTAATT-TGATAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTATTTATTAA-T
** * *
123178 TTTG-AA-ATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGCA-TAGAACCAAT
250 TTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAAT
*
123238 TGTTTTATGGCAAAAAAAA--TCATAATG-TTTTGAAATAT
312 TGTTTTAT-GCAAAAAAAAGGTCATAATGATTTT-AAATAG
* * * * * * *
123276 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACATGTTTGGTAAACAGATTCATTTCTTAATTCCC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTT-TTAA--CTC
* * * * * *
123341 TTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATTTAAAATAAGCTTATATGAA
63 -TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGAA
* * * * * * * * * * *
123406 CTGAAACAATTGTTTCATTAAAAAACAAAAGGTCATGATAATTTGAAATAGATAATTATTCACA-
126 -TAAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGTTCATAATGATTTGAGATAGATAA-TATTCAAAT
* * * * * * *
123470 A-TCTTGACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
188 AGTCATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-C-TCTATTTATTAATT
** * * * * *
123533 GTCAAAATATTAATAAATTAATATTAATTTAATAT-GAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATT
251 -TTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATT
* ** * ** * *
123596 ATTTTATGACAAAACAAAAATTCATTACAATTTGAAATAA
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** * * * *
123636 ATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGA-TTGAATTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTT-AA-C-T
* ** * *
123700 TTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA
62 CTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGA
* * * * *** * * *
123764 ATAAAAAAAAAATCATTTTATGACA-AGACAAACGATT-ATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTT
125 AT---AAAATAAT-TTTTTATGATAGA-ACAAAAG-TTCATAATGATTTGAGATAGATAA-TATT
* * * * ** * ** * * * * *
123827 GAAATAGTAATAATTATTTAAACTTGTTCGGCAAATAGATTCA-TTTTTTAAATATCTTAATTAT
183 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTC-TATTTAT
* * * * * ** * * *
123891 TCACTTTTGTAATATTAATAACTTAGTTTTCTTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAATAAAATA
246 T-AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAAAACA
* * * ** *
123956 ATTTTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAG
310 ATTGTTTTAT-GCAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
* * * * * * *
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1 ATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTT-A-A--C
* * * * * * *
124064 TTTTCTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTCAATTCAAATAAGCTTGTATGA
61 TCTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATG-
* * * ** * * *
124129 ACATAAACA-AATGTTTTGT-A-ACAA-AAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTACTCAA
124 A-ATAAA-ATAATTTTTTATGATAGAACAAAAGTTCATAATGATTTGAGATAGATAA-TATTCAA
* *
124190 ATAGTC-T-AGTATTTGAACTCATTTGATAAA-AAGATTTA-TTTTTTAAA-T-T-TCTTATTAA
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* * * * * * ** *
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249 -TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTT-TATGAACTAAAACAAT
* * *
124312 TGTTTTATGACAAAACAGAATGTCATAATGATTTGAAATAG
312 TGTTTTATG-CAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
* * * * * * * * * *
124353 CTAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTT-AAATAGGTTAGGTAAATAAAATTATTTTTAAATCTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTAACTC-T
* * * * *
124417 ACTTATTATTTTTTGAAATATTAATAAATTCAT-TTCATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAAT
64 ACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATT-ATTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGAA-
* * * ** * *
124481 TCAAAAATACTTATTTTATGACAAAACAAAA-TGTCATAACAATTTGAAATAGATAAGTATTCAT
126 T--AAAATAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAGATAGATAA-TATTCAA
* * * ** * * * *
124545 ACAGTCTTAAATATTCAAACT-AGTTCAGTAAATAAATTTA-TTTTTTAATTA-TCTTAGTTATT
186 ATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTTAA--ACTC-TATTTATT
* * * * * * * * *
124607 AATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGCACAAAAATAA
247 AA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAA
** * * * * ** **
124672 TTGTTTTATGACAGATCAAAAGGTTATAATAAGTTGAGGTTT
311 TTGTTTTATG-CA-AAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
* * * * * * *
124714 ACAATTGTTCACATAGACAT-A-TA-TTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAACCTC
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* * *
124776 TTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTTTTATTTTATT
63 -TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
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Statistics
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TAATTTTTTATGATAGAACAAAAGTTCATAATGATTTGAGATAGATAATATTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCTATTTATTAATTTTGAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGCAAAA
AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
Found at i:124381 original size:18 final size:18
Alignment explanation
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124323 AAAACAGAAT
*
124333 GTCATAATGATTTGAAATA
1 GTCATAATTATTT-AAATA
*
124352 G-C-TAATTGTTTAAATA
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1 GTCATAATTATTTAAATA
124386 G
1 G
124387 GTTAGGTAAA
Statistics
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GTCATAATTATTTAAATA
Found at i:124911 original size:715 final size:715
Alignment explanation
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113892 CTTAATCTGG
* * *
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* * * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * * *
114087 TGAATAGAAACAATTGTTTTACGATA-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
192 TGAACA-AAAAAAATG-TTCATGA-ACAAACAAAA-GTCAT-A-ATTTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * *
114151 CGAATGAATAT-ATCTA-TT-AACTTATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAGATCTTTTA-TCTA
251 CAAAT-AGTCTGA-CTATTTGAACTCATTCGATAAAAAGATTTATTTTTTA-A-ATTTTACT-TA
* * * * * ** * * *
114212 TTAATTTTCATAATATTAATAAATTATTGTT-ATCTTATTATGAATAAACTTGTAT-AAATACAA
311 TTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAAT-TTAATACAAACAAACTTATATGAAA-AAAA
* * * * * * *
114275 ACAAATGTTTTATGATAAAACAAAAGA-TCATAACTATTTGAAATCAATAATTGTTCAAACAATC
374 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-ATTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
** * ** * * *
114339 ATAACTATT---TGAGCTTACTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTAT
438 ATAAAGATTAAAT-AGGTT-C--AATAAATAAAATTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTGT
* * * * ** * * *
114401 -TGGATTATTAATAAATT-AGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAAT--AGAAATAATT
498 CT-TAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAAAAAAAAAATC
** ** * * * ** * *
114462 GGTTTACAACAAAAC-AAATGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCATGTAGTTATAATT
561 ATTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAAT
* * * * *
114526 ATTTGAA-TGTGTTTAGAAAA-AATATTTATTTTTTAAATT-TC-TACTTAGTAATTTTTGAAAT
625 ATTTAAACT-TGTTCAGAAAATAA-ATTTATTTTTT-AATTATCTTAATTATTAATTTTTGGAAT
*
114587 ATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAA
687 ATTAAT-AACTTAGTATTATTTTATTCAAA
* * * * * * *
114616 AGAAGTTTGTATG-AACAGAAAA-AATTGTTTTATGAC--GAAAGA-TCAAAATGATTTGAAATA
1 ATAAGCTTATATGCAA-A-AAAATAATTGTTTTATGACAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATA
* * * * * * * * * *
114676 AATAATTGATCAAATAATCATAACGATTTGAACTTGTATAGTAAACATATTCATTTTTTAA-ATC
64 TATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAGACC
* * * * *
114740 TATTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGC-TGATA
129 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTAATTCTAAATAAGCTTGA-A
** * * * * *
114803 TGAACTGATATAA-G---ACGAA-ACA-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAT
192 TGAACAAAAAAAATGTTCATGAACAAACAAAAGTCATAAT--TTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * ** * * *
114862 TAGTTATGAATATTTGAACTTGTTC-AGTAAACATATTTA-TTTTTACAATCTTTTGCTTATTAA
255 TAG-TCTGACTATTTGAACTCATTCGA-TAAAAAGATTTATTTTTTA-AA--TTTTACTTATTAA
** * * * *
114925 TTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT-ATTTCAAT-CCGACTAAGCTTCTATGAACAAAAATAA
315 TTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAATTT-AATACAAAC-AAACTTATATGAAAAAAAACAA
* * ** * *
114988 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAGTAATTGTTCAAATAGTCATAAC
378 TTATTTTATGACAAAACAAAAATTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-
* ** * * *
115053 TAG-TTAAACTTATG-T-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTTAA
442 -AGATTAAA--TAGGTTCAATAAATAAAATTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTGTCTTAA
* ** ** * * *
115115 TATCAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAT---AGAAAAATTATTTTAT
503 TATTAATAAATTCATATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAAAAAAAAAATCATTTTAT
* * * * *
115177 GACAAAACAAAATGTTATAGCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
568 GACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTAAAC
* * * * * * * * *
115242 TTGTTCA-ATAAACATATTCATTTTTTAAATCTATTACTTATTAAATTTTT-GAATTTTAATAAA
633 TTGTTCAGA-AAATAAATTTATTTTTTAATTATCTTAATTATT-AATTTTTGGAATATTAATAAC
* * *
115305 TTAGAATTATGTTATT-ATGA
696 TTAGTATTATTTTATTCA-AA
* * * * * * * *
115325 ATAAACTTGTA--CAAACAAAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAATA-TTATAATGATTTGAT
1 ATAAGCTTATATGC-AA-AAAAATAATTGTTTTATG--ACAACAAAA-AGTCATAATAATTTGAA
* * * * ** * * * *
115387 ATAGATAATTGTTGAAACAGTCATAACTATTTGCAC-AGGTCAAGCT-AATAGATTCATTTTTCA
61 ATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GT-TTGGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * ** * * * ** *
115450 AG-TCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATGTTAATAACTTAGCATTAGTTTTTTTCCAAATAAGAC
124 AGACCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATTCTAAATAAG-C
* ** * * * *
115514 -TGTAA-GAATAGAAGTAATTGTGTTATG-ACAAAACAAATAGTCACAGCGA-TTTGAAATAAAT
187 TTG-AATGAACA-AAAAAAATGT-TCATGAAC-AAACAAA-AGTCATA---ATTTTGAAATAGAT
* * * * * * ** * * *
115575 AATTGTTTAAATAGTTATAACTAATTGAATTGGTT-TAGTAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCT
244 AATTATTCAAATAG-TCTGACTATTTGAACTCATTCGA-TAAAAAGATTTATTTTTTAAAT-T-T
* * * *
115639 TACTTATTAATT-TGCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATTTGAA
305 TACTTATTAATTGT-CAAAATATTAATAAATTAATATTAATTTAATACAAACAAACTTATATGAA
* * * * ** * * * *
115703 CAAAAACATTTATTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTT-AAAGTAGATAATTATTCAAG
369 AAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAATTCATAACAATTTGAAA-TAAATAATTGTTCAAA
** * * * * * ** *
115767 TAGTCATAATTATTTGAACTA-GTTCGACAAACATAATTATTTTTTAAATCTCCAACTGATTAAT
433 TAGTCATAAAGA-TT-AAATAGGTTCAATAAATAAAATTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAAT
* * * * * * * *
115831 T-TATGAAATATTAATGAATTTATTTTATTTTATTCCAAATAAGTTAGTAAGAACT-----GAAA
495 TGTCT-TAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAA-TAAAAAAAAA
* * * * * ** ** *
115890 A--ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTCCATGTAACCTTAA
558 ATCATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * * *
115953 CTATTTGAA-TTGGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTTATTTTTAGAAT
623 ATATTTAAACTT-GTTCAGAAAATAAATTTATTTTTTAATTATCTTAATTATTAATTTTTGGAAT
* ***
116017 ATT-ATTACATTAGTATTATTTTATTTTGA
687 ATTAATAAC-TTAGTATTATTTTATTCAAA
* *
116046 ATAAGCTTATA--CAAATAGAAATAATTATTTTATGACAGA-ATAAAAGGTTATAATAATTTGAA
1 ATAAGCTTATATGCAAA-A-AAATAATTGTTTTATGACA-ACA-AAAA-GTCATAATAATTTGAA
* *
116108 ATATATAATTGCTCAAATAG---T-AC----TG-----GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAA-
61 ATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAG
* * * * * *
116159 ATCTCCTACTTATTAATTATTT--AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTTG
126 ACCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTCTAAATAAGCTTG
* ** * * * *
116222 TATGATGACAAATAATTAT-TTTAT-AACAAAAAAAAAGTTCATAATGATTGGAAATAGATAACT
190 AATGA--ACAAA-AAAAATGTTCATGAAC-AAACAAAAG-TCATAAT--TTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * * * * * *
116285 GTCCAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTTGATAAACTA-ATTTATATTTTAAATCTCTAACT
248 ATTCAAATAGTC-TGACTATTTGAACTCATTCGATAAA-AAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACT
* * * * ** ** * ***
116349 TATCAATCT-TTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTTGTGGATAAC---CTTTTATGAACTG
309 TATTAAT-TGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAATTTAATACA-AACAAACTTATATGAAAAA
* * ** * * *
116410 AAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
372 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAATTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
** * * * * * *
116475 CATAACTATTTAAACT-TGTTCGATAAATATATTTATTTATTTTTAAT-TTCTCACTTATTAGTT
437 CATAAAGA-TTAAA-TAGGTTCAATAAATAAAATTA-TT-TTTTAAATCTT-T-ACTTATTA-AT
* * * *** ** *
116538 TTTTTTAATGTTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-ATGTGCGAACT---AAAAC
495 TGTCTTAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTA-GTATGAA-TAAAAAAAA
* * * * * ** * * *
116598 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGCCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAGTAGTCTTA
557 AATCATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * ** *
116663 ACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAA--ATCCATACCTATTAATTTTTAGAA
622 AATATTTAAACTTGTTCAGAAAATAAATTTATTTTTTAATTAT-CTTAATTATTAATTTTTGGAA
* * * * *
116726 TATTGAA-AATTTAGCAATATTTTACTCCAA
686 TATT-AATAACTTAGTATTATTTTATTCAAA
** * * * * * * * *
116756 ATAAGCTTGCATG-AATAGAAACAAATGTTTTAAGATAA-AACAAAGATCATAACAAATTGAGAT
1 ATAAGCTTATATGCAA-AAAAATAATTGTTTTATGACAACAA-AAAG-TCATAATAATTTGAAAT
* * * * * * * * *
116819 AGATAACTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAA-TTGATTCGTTAGAGAGATTTAGTTTTTAA-A
63 ATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAGA
* * * * * * * *
116882 --T-GT-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTTGTATTATTTTATTATGAATAATCTTGCA
127 CCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTCTAAATAAGCTTGAA
* * * * *
116943 TGAATAGAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATAGATAA-TAGT
192 TGAACA-AAAAAAATG-TTCATGAAC-AAACAAAA-GTCATAAT--TTTGAAATAGATAATTA-T
* * * * * * *
117006 TCAAATA-TACATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTAATTTTTTAAGTCTTCAACTTA
250 TCAAATAGT-C-TGACTATTTGAACTCATTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAAT-TT-TACTTA
* * * * *** * * * *
117070 TTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT-ATATTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAA
311 -TTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAAT-TTAATACAAACAAACTTATATGAAAAAAA
* ** * *
117134 ATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGACTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
374 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-ATTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
** * ** * * * * *
117198 ATAATTATTTGAATTCGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATT-T-TA
438 ATAAAGA-TTAAATAGGTTCAATAAATAAAATTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTGTCT-
* * * * * * * * ***
117261 GAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTTTG-A-ACAGAACAAATTGGT
500 TAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAAAAAAAAAATCATT
* *
117323 TTATGACAAAA-TAAATGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTGAAATAGTCAT-AATAAT
564 TTATGACAAAACAAAAT-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAAT-AT
* * * *
117386 TTAAACGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATT-T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTA
627 TTAAACTTGTTCAGAAAATAAATTTATTTTTT-AATTATCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTA
*
117449 ATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAA
691 AT-AACTTAGTATTATTTTATTCAAA
** * * ** * * **
117474 ATAAGCTTGCAT-TAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATGTTTTGAAAT
1 ATAAGCTTATATGCAA-AAAAATAATTGTTTTATGAC--AACAAAAAGTCATAATAATTTGAAAT
* * * ** * * * *
117538 AGATAATTTTTTAAAT-GCTTGTAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGAGCCAATT-TTTTTT
63 ATATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAC--AG--ATTTATTTTTT
** * * * *
117601 AA-TTCTCTTACTCT-TTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTC-AAAGAGG
123 AAGACCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATTCTAAATAAG
* * * * * * *
117663 CTT-ATATGAACAGGAACAATTGTTTTATTAAAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATA
186 CTTGA-ATGAACA-AAAAAAATG-TTCATGAACAAACAAAA-GTCATAAT--TTTGAAATAGATA
* ** * *
117727 ATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
245 ATTATTCAAATAG-TCTGACTATTTGAACTCATTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAA--TTTTA
* * * * * * ** *
117792 CTTATTTATTATGC-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGCATGAATA
307 CTTATTAATTGT-CAAAATATTAATAAATTAATATTAATTTAATACAAACAAACTTATATGAAAA
* * * *
117856 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
371 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAATTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * *** *
117921 TCATAACGATTTGAACTTA--TTCGATAAACAGCTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTG
436 TCATAAAGA-TT-AA-ATAGGTTCAATAAATAAAATTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTG
* * ** * * * * *
117984 TCTTAATGTTAATATATTTGTAATATTTTATTCGAAATAAGC-ATGTATG-A-ACAGAAAAAATT
497 TCTTAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTCCAAATAAGCTA-GTATGAATAAAAAAAAAATC
* * *** * *
118046 ATTTTATGTC-AAA-AAAAT-TTATAGTGATTTTAAATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAAAT
561 ATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAAAT
* ** * * * * * * *
118107 ATTTAAATTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTTATCAT-TTAATTATTAATTTTCAGGAACAT
625 ATTTAAACTTGTTCAGAAAATAAATTTATTTTTTAATTATCTTAATTATTAATTTT-TGGAATAT
**
118171 TAATAACTT--T-TT-TTTTA-TCTTGA
689 TAATAACTTAGTATTATTTTATTC-AAA
*** ** * * * *
118194 ATAAGCTTATATG-AACTGAATTTTTTTTTTTTGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATA
1 ATAAGCTTATATGCAAAAAAATAATTGTTTTATGACAACA-AAAAG-TCATAATAATTTGAAATA
* * * * * * *
118258 GATAATTATTCAAATAGTAATGACTATTT-AATCTAGTTTGGTAAACATAGTTA-TTTTTAA-AT
64 TATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAGAC
* * * ** * *
118320 TTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGGTT-AT
128 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATTCTAAATAAGCTTGA-
* ** * * * *
118383 ATGAATAGAAACTATTGTTTTAT-AATAGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTAC
191 ATGAACA-AAAAAAATG-TTCATGAACA-AAC-AAAAGTCATAAT--TTTGAAATAGATAATTA-
* * ** * * *
118447 TTAAATAGCACTTAAATAGTCAT-ACTATTTAAATTGGTTTGAT-AAATGATTTAATTTTTAAA-
249 -T---T----C--AAATAGTC-TGACTATTTGAACTCATTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * *
118509 TCT-CTTATTAAGTT-TTAAAATGTTAATAGAA-TAGTATT-ATTTTATTCTAAACAAATTTATA
303 TTTACTTATTAA-TTGTCAAAATATTAATA-AATTAATATTAATTTAATAC-AAACAAACTTATA
* * * ** *
118570 TGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTC
365 TGAAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAATTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
** * * * * *
118635 AAATAGTCATAATTATTTGAACA-GTT-AGGTAAACAAAATTATTTTTAAAATCTCTTACTTATT
430 AAATAGTCATAAAGA-TTAAATAGGTTCA-ATAAATAAAATTATTTTTTAAATCT-TTACTTATT
* * **
118698 AATT-T-TTGAAATATTAATAAAGTT-ATTTTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATG-AT--TGA
492 AATTGTCTT--AATATTAATAAA-TTCATATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAAAAA
* ** ** * * * * *
118757 AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCATATAATC
554 AAAAATCATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * ** *
118822 TTAACTATATGAA-TTGGTTC-GACAAACAAATTTATTTTTTAA-AATCACTTGGTTATTAGTTT
619 ATAAATATTTAAACTT-GTTCAGA-AAATAAATTTATTTTTTAATTAT--CTTAATTATTAATTT
* * * ***
118884 TTAGAATTTTATTAGA-TTAGTATTATTTTATTTTGA
680 TTGGAATATTAATA-ACTTAGTATTATTTTATTCAAA
* * * * **
118920 AT-AGACTTGTTTG-AACAAAAATAATTGTTTTTATGACAGGACAAAATGTTATAACGATTTGAA
1 ATAAG-CTTATATGCAA-AAAAATAATTG-TTTTATGACA--ACAAAAAGTCATAATAATTTGAA
* * * * * *
118983 TTATATAATTGTTCAAATAG----AACTATTTGAAGTAATTCGCTAAATAGATTTA-TTTTT-A-
61 ATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAG
* * * * * * *
119041 ATCACTTACTTATTAACTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTGTTATTTTATT-TCGAATAAGCTTG
126 ACCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTCT-AAATAAGCTTG
* * * * * * * *
119105 TATGATCAAAAATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGGTAATTAC
190 AATGAACAAAAA-AAATGTT-CATGAACAAACAAAA-GTCATAAT--TTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * * * * * * * *
119170 TGAAATGGCTATAATTATTTAAACTAATTTGGTAAACAA-ATTCACTTTTTAAA--TCACTTATT
250 TCAAATAG-TCTGACTATTTGAACTCATTCGATAAA-AAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATT
* * * ** * * *** * * * * *** *
119232 AATTTTTAGAATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGACTGAAATAA
313 AATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAATTTAATACAAACAAACTTATATGAAAAAAAACAA
* ** * * * **
119297 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTTAAATAGACT-ATTGTTCAAAGAGTTGTA
378 TTATTTTATGACAAAACAAAAATTCATAACA-ATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTCATA
** ** *** * ** *
119360 ACTATTTAAATTTGTTTGGTAAACAATTTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATT-T-TTGA
441 AAGA-TTAAATAGGTTCAATAAATAAAATTA-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTGTCTT--
**** * * **
119422 AATATTAATAAATT-AGTATT-TTTTATTTTTGATAAGCT--T-T-AATGAAATGAAACAATTGT
501 AATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAAT-AAA-AAAAAAATCAT
** * ** * * * * * *
119481 TTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAGATAAATAGTTGTTCAAATAGTCATAACTATT
563 TTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATT
* * * * * * * * * * * *
119546 TGAACTTTTTCGGTAAACAAATTTACTTTTTCAAATCTTTTGATTATTAATTTTCT-AAACATTA
628 TAAACTTGTTCAGAAAATAAATTTA-TTTTTTAATTATCTTAATTATTAATTTT-TGGAATATTA
* * * * *
119610 ATAAATTTGGATTATTTTGTT-ATGA
691 ATAACTTAGTATTATTTTATTCA-AA
* * * * * * * * **
119635 ATAAGCTTGTAAG-ATATGAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAA
1 ATAAGCTTATATGCA-A-AAAAATAATTGTTTTATGAC--AACAAAAAGTCATAATAATTTGAAA
** * * ** * * * * * *
119699 TGGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTCAATTGGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAA-A
62 TATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAGA
* * * * *
119763 TCTATTAATTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAA-TC-GAATAAGCTT
127 CCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA--TTTAATTCTAAATAAGCTT
** * * * * ** * * * *
119825 CTATGATCAGAAATAATTGTTTTATG-AC-AAC-AAAGATTTTAATGATTTGAGATTGATTATTG
189 GAATGAACA-AAAAAAATG-TTCATGAACAAACAAAAG-TCATAAT--TTTGAAATAGATAATTA
* * * * * * *
119887 CTGAAATAGTCATAACTATTT-AAAT-AGTT-TAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATTCTTTATT
249 TTCAAATAGTC-TGACTATTTGAACTCA-TTCGA-TAAAAAGATTTATTTTTTAAA-T-TTTACT
* * * * * *** * * *
119948 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAA
309 TATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAATTTAATACAAACAAACTTATATGA-AAAAA
* * * ** ** * * ** * *
120013 AATAATTATTTTATCACAAAACCAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGATAATCATTCGAAT-GAC
373 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAATTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-T
** * * * * * * *** *
120077 CATAATTATTTTAGTTGATTTAGTAAATAGGTTTATTTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATT-TA
437 CATAAAGA-TTAAATAGGTTCAATAAATAAAATTATTTTTT-AAA-TCTTTACTTATTAATTGT-
*** * ** * * * **
120141 GGAAATATTAATAAATCCATATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTAT---TAACTAAAACAATGG
498 CTTAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAA-AAAAAAAATCA
* * * * ** * * * *
120203 TTTTATGACAAATCAAAAGGTTAGAATGATTTTAAATAGACT-ATTATTCAAATAATAATAATTA
562 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAAATA
* ** * * * ** * *
120267 TTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATATCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTT
626 TTTAAACTTGTTCAGAAAATAAATTTA-TTTTTTAATTATCTTAATTATTAATTTTTGGAATATT
* * **
120332 AATAAATTAGTATTAATTTATTC-TG
690 AATAACTTAGTATTATTTTATTCAAA
* ** * * * * * * * *
120357 A-AAGCTTGTATG-AACTGAAACAAATGCTTTATAACTAGACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAAT
1 ATAAGCTTATATGCAA-AAAAATAATTGTTTTATGAC-A-ACAAAAAGTCATAATAATTTGAAAT
* * * * * * ** * *
120420 AGATAAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTCAGTAAATAAATTTA-TTTTTAA-A
63 ATAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAGA
* * * * * * *
120483 TCTCTTACTTAGTAATTTTTTATATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAACAAGCTTGT
127 CCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATTCTAAATAAGCTTGA
* * * * *
120547 ATG-ACTAAAACAATAT-TTTATGATA-AAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCA-
191 ATGAAC-AAAA-AAAATGTTCATGA-ACAAACAAAA-GTCATAA--TTTTGAAATAGATAATTAT
* * ** * * *** * **
120608 -CAAATATAGTCTAAACTATTTGAATTGGTT-TAGCAGTCAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGT
250 TC-AA-ATAGTCT-GACTATTTGAACTCATTCGA-TAAAAAGATTTATTTTTTAA-ATT-TTACT
* * * * * * * * * * *
120671 TATTAGGTT-TCAAAATATTATTAATTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAA-ATAGTATGAACAA
309 TATTA-ATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAATTTAATACAAACAAACTTA-TATGAAAAA
* * * * * * *
120734 AACCAATTATTTGATGACAAAATAAAAGGTT-ATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
372 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-ATTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * *** *** * * * * *
120798 CCA-AAACTACTTGAAAT-GTTTTGGTATGCAAATTTACTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTT
436 TCATAAA-GA-TT-AAATAGGTTCAATAAATAAAATTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTG
** * ** * * * *
120861 TCCAAATATTAATATATT-AGTATTATTTTATTTTGAAACAAACT--TAT-ATTAACAAAAACAA
497 TCTTAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTAGTATGAATAA-AAAAAAAA
** * * * * *
120922 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAGAATAATTGTTCAAATAGTTATAA
559 TCATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAG-ATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * *
120987 TTATTTGAACTGGTTCA-ATAAATAGAA-TTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
623 ATATTTAAACTTGTTCAGA-AAATA-AATTTATTTTTTAATTATCTTAATTATTAATTTTTGGAA
* * * ***
121050 TATTCATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGA
686 TATTAATAACTT-AGTATTATTTTATTCAAA
* * * *
121080 GTAAGC-TAGTAT--AAATTGAAAAT-TTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA-AGATTTA
1 ATAAGCTTA-TATGCAAA---AAAATAATTGTTTTATGACAACA-AAAA-GTCATAATA-ATTTG
* * * * * * *
121140 AAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTA
59 AAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTA
** * * * * * *
121205 A-ACCTCTTGGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAATATTATTTTATT-TCAAATAGGCT
124 AGACCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTCT-AAATAAGCT
* * *** * * * * * * * *
121268 TGTATGAATAGAAATATTTTTTTTATGATAGAATA-AAAGGTTATAACGATTT-AAAGTATACAA
188 TGAATGAACA-AAA-AAAATGTTCATGA-ACAA-ACAAAAGTCATAA--TTTTGAAA-TAGATAA
* * * * * * *
121331 TTATTCAAATAGTTATAACCATTTAAACT-ATTTTGATAAACAA-ATTTATTTTTTTAATCTT--
246 TTATTCAAATAG-TCTGACTATTTGAACTCA-TTCGATAAA-AAGATTTATTTTTTAAATTTTAC
* ** * * * * * * * **
121392 TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGATCAAA
308 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAATTTAATACAAACAAACTTATATGAAAAAA
* * * * *** * * * **
121457 AACAATTGTTATACGACCAAACAAAAAGGAATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATACCC
373 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAATTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
** * * * * * * *
121522 ATAATTATTTAAACT-GATTCGATAAACAGAGTCACTTTTTAAA---TTACTTATTAATT-T-TT
438 ATAAAGA-TTAAA-TAGGTTCAATAAATAAAATTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTGTCTT
* * * ** * **
121581 GAAATATTAATAAAAT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-ACTAAAATAATTGT
501 --AATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAAAAAAAAAATCAT
* * * *** * * * * *
121644 TTTATGATAGAACAAAAGGTCATAGTGATGTGACATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATA
563 TTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATT
* * * *
121709 TGAATTTGTT-AGATAAACAAATTTATTTTTTTAA--ACTCTTACTTATTAA-TTTTGGAAATAT
628 TAAACTTGTTCAGA-AAATAAATTTA-TTTTTTAATTA-TCTTAATTATTAATTTTTGG-AATAT
* * * ****
121770 TAAGAAATTAGTATTATTGTATTTTGG
689 TAATAACTTAGTATTATTTTATTCAAA
* ** ** * * * *
121797 ATAAGCTTTTATG-AACTGAACCAATTGTTTTATGTCAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTTAAAT
1 ATAAGCTTATATGCAA-AAAAATAATTGTTTTATGACAACA-AAAA-GTCATAATAATTTGAAAT
* * * *** * * *
121861 AAATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTGTTTTCT-A-A-
63 ATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAGAC
* * * * * * * *
121923 CTC-TCCTAATTAATTTTTGAATTATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAATAGGCTTGTAT
128 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTCTAAATAAGCTTGAAT
** * * * * * * *
121987 GATGAAAATAATTTTTTATGATA-AAAGAAAAGTTCATAATGATTTGAGATAGATAA-TAGTTTA
193 GAACAAAAAAAATGTTCATGA-ACAAACAAAAG-TCATAAT--TTTGAAATAGATAATTA-TTCA
* * * * * * * * *
122050 AATGGCCATAATTATTTGAAC-CAATTTGATAAACTAA-CTTATTTTTTTTAAATCTCTAATTTA
253 AATAGTC-TGACTATTTGAACTC-ATTCGATAAA--AAGATT-TATTTTTTAAAT-T-TTACTTA
* * * * * * * * *
122113 TCAACTT-TTAAACTATTAATAAGA-TAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTGT-TATGAACTAA
311 TTAA-TTGTCAAAATATTAATAA-ATTAATATTAATTTAATACAAACAAACT-TATATGAA-AAA
* *** * *
122175 AAACAATTGTTTTATG-CTAAAACAAAAGATT-ATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
372 AAACAATTATTTTATGAC-AAAACAAAA-ATTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* ** * * * * * * * *
122238 ATCATAACCATTTGAACT-TGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTGAATTTGTTATTTATTAA-TG
435 GTCATAAAGA-TT-AAATAGGTTCAATAAATAAAATTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTG
* * * **
122301 TTTTGAATGTTAATAAATT-AGTATTA-TTTATTTCAAATAAGC-ATGTATGAAT---TGAAAAA
497 TCTT-AATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTA-GTATGAATAAAAAAAAAA
* * * * * *
122360 TTATTTTATGAC-AAA-AAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAA-AGTCTTAA
559 TCATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAA
* * * * * * * * * * * * * *
122422 TTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATATACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATG
623 ATATTTAAACTTGTTCAGAAAATAAATTTATTTTTTAATTATCTTAATTATTAATTTTTGGAATA
* * * *
122487 TTATTCA-TCTAGCAATATTTTACTTC-AA
688 TTAATAACT-TAGTATTATTTTA-TTCAAA
* * * * * **
122515 ATAAGGTTGTATG-AATAGTAAA-AATTGTTTTATGACAA-ATCAAAGATCATAACAATTTGGGA
1 ATAAGCTTATATGCAA-A-AAAATAATTGTTTTATGACAACA-AAAAG-TCATAATAATTTGAAA
* * * * * ** *
122577 TAGATAATTGTTTAAATAATCCTAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACAGATTTAGTTTTTAA-A
62 TATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAGA
* * ** *
122641 --TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-T-TTT-ATTTTGAATAATTTTGTA
127 CCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTCTAAATAAGCTTGAA
* * * * * * * * *
122699 TTAATAGAAATAACTATT--T-TAC-GACAAATGTCATAACGATTT-AAATTAGATAA-TAGTTC
192 TGAACA-AAAAAAATGTTCATGAACAAACAAAAGTCATAA--TTTTGAAA-TAGATAATTA-TTC
* * ** * * * **
122758 AAAT-GAACATGAATATTTGAACTTTTTCAATGAACAA-ATTTATTTTTAAAATCTCCAACTTAT
252 AAATAG-TC-TGACTATTTGAACTCATTCGAT-AAAAAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTAT
* * * * * ** *** * * * * *
122821 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAACTTGTACGAATAGAAACA
312 TAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAATTTAATACAAACAAACTTATATGAAAAAAAACA
* ** * * *
122886 ATTATTTGATGACAAAAC-AAAATATCATAATGACTTGAAATAAATAACTGTTCAAATAGTTATA
377 ATTATTTTATGACAAAACAAAAAT-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
** * * *
122950 ACTATCTGAACTCA--CTCGATAAAT-AAATATATATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-T
441 AAGAT-T-AAAT-AGGTTCAATAAATAAAAT-TAT-TTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTGTCT
* * * * * **
123010 TGAAATTTTAATAAA-TCAGTATTATTGTATT-----T---C--GAATG-A-ACAAAAACAATTG
500 T--AATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAAAAAAAAAATCA
* * * *
123062 GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
562 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATAT
* * * * *
123127 TTGAACTTGTTAAGAAAACATATTTATTTTTTTAATT-T-TTACTTATTAATTTTT-GAA-ATTA
627 TTAAACTTGTTCAGAAAATAAATTTA-TTTTTTAATTATCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTA
*
123188 ATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAA
691 AT-AACTTAGTATTATTTTATTCAAA
** * * ** * * **
123213 ATAAGCTTGCATGCATAGAACCAATTGTTTTATGGCAA-AAAAAATCATAATGTTTTGAAATATA
1 ATAAGCTTATATGCAAAAAAATAATTGTTTTATGACAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATATA
* * * **
123277 TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-ATGTTTGGTAAACAGATTCATTTCTTAATTCC-
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAGACCT
* * *
123340 CTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATT-TAAAATAAGCTT-ATAT
130 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTCT-AAATAAGCTTGA-AT
* * * * * *
123403 GAACTGAAACAATTGTTTCATTAAAAAACAAAAGGTCATGATAATTTGAAATAGATAATTATTCA
193 GAAC-AAAAAAAATG-TTCATGAACAAACAAAA-GTCAT-A-ATTTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * *
123468 CA-A-TCTTGACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
253 AATAGTC-TGACTATTTGAACTCATTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAA
** * * * * *
123531 TTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAATTTAATATGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
315 TTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAATTTAATACAAACAAACTTATATGAAAAAAAACAATT
*
123596 ATTTTATGACAAAACAAAAATTCATTACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGA
380 ATTTTATGACAAAACAAAAATTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGA
* ** * *
123661 TTGAATTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAA
445 TTAAATAGGTTCAATAAATAAAATTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAA
** ** * *
123726 TAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAAAATCATTTTATGACAAG
509 TAAATTCATATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAAAAAAAAAATCATTTTATGACAAA
* * * * * *
123791 ACAAACGAT-T-ATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTAATAATTATTTAAACTTGT
574 ACAAA--ATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTTGT
* * * * * * * * *
123854 TCGGCAAATAGATTCATTTTTTAAATATCTTAATTATTCACTTTTGTAATATTAATAACTTAGTT
637 TCAGAAAATAAATTTATTTTTTAATTATCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAGTA
* ***
123919 TTCTTTTATTTTGA
702 TTATTTTATTCAAA
* * * *
123933 ATAAGCTTATATG-AAATAAAATAATTTTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAAT
1 ATAAGCTTATATGCAAA-AAAATAATTGTTTTATGAC--AACAAAAAGTCATAATAATTTGAAAT
* * * * * *
123997 AGATAATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGATAAACATATTTA-TTTTTAAGA
63 ATATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAGA
** * * * *
124061 TTTTTTTCTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTCAATTC-AAATAAGCTTGT
127 CCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-AATTCTAAATAAGCTTGA
* * * * *
124125 ATGAACATAAACAAATGTT-TTGTAACAAA-AAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTACTC
191 ATGAACA-AAAAAAATGTTCATG-AACAAACAAAAGTCATAAT--TTTGAAATAGATAATTATTC
* *
124188 AAATAGTCT-AGTATTTGAACTCATTTGATAAAAAGATTTATTTTTTAAA-TTT-CTTATTAATT
252 AAATAGTCTGACTATTTGAACTCATTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATT
* ** * ** * * * * * *
124250 TTTGAAATATTAATAGATTGGTATTACTTTATTCCAAACAAATTTATATGAAAAAAAACATTTGT
317 GTCAAAATATTAATAAATTAATATTAATTTAATACAAACAAACTTATATGAAAAAAAACAATTAT
* ** ** * **
124315 TTTATGACAAAAC-AGAATGTCATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTTAAATAGTCATAATTAT
382 TTTATGACAAAACAAAAAT-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGA-
* *
124379 TTAAATAGGTT-AGGTAAATAAAATTA-TTTTTAAATC-TTACTTATT-ATT-TTTTGAAATATT
445 TTAAATAGGTTCA-ATAAATAAAATTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATT
** * * *
124439 AATAAATTCAT-TTCATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTCAAAAATACTTATTTTATGAC
507 AATAAATTCATATT-ATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAAAAAAAAAATCATTTTATGAC
* * * * * *
124503 AAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAAGTATTCATACAGTCTTAAATATTCAAACTAG
571 AAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTTG
* * *
124568 TTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAATTATCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGA-TTAG
636 TTCAGAAAATAAATTTATTTTTTAATTATCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATA-ACTTAG
*
124632 TATTATTTTATTCCAA
700 TATTATTTTATTCAAA
* * * * * ** *
124648 ATAAACTTATATGCACAAAAATAATTGTTTTATGACAGATCAAAAGGTTATAATAAGTTGAGGTT
1 ATAAGCTTATATGCAAAAAAATAATTGTTTTATGACA-A-CAAAAAGTCATAATAATTTGAAATA
* * *
124713 TACAATTGTTCACATAGACAT-A-TA-TTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA-ACC
64 TATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAGACC
* * * *
124774 TCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCTGAATAAGCTTGAATG
129 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTCTAAATAAGCTTGAATG
* * *
124839 ATA-AAAAAAAATAGTTACATGACCAAACAAAAGTCCATAATTTTCAGTAAACAGATAATTGTTC
194 A-ACAAAAAAAAT-GTT-CATGAACAAACAAAAGT-CATAATTTT--G-AAATAGATAATTATTC
* * * * * * ** ** *
124903 ATATAGTCTTAATTGTTTGGACTGC-TTTGGCAAATTGATTTATTTTTTAAA---T-C-TCTT-A
252 AAATAGTC-TGACTATTTGAACT-CATTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAA
* * ** * ****
124961 ---TCAAGATA-T--T--A-T--T-TT-A--T--TCCAAATTAAGTTATATGAGCTGAAACAATT
315 TTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAATTTAATACAAACAAACTTATATGAAAAAAAACAATT
* * * * *
125009 ATTTTATAATAGATCAAAAATTTATAACAA-TTGAAAATAAATAATTGTTC-AA-AG------AG
380 ATTTTATGACAAAACAAAAATTCATAACAATTTG-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAG
* * * * * * *
125065 --GAACTA-GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATATCATTA-TTATTAATT-TTTTAAATAT
444 ATTAAATAGGTTCAATAAATAAAATTATTTTTT-AA-ATCTTTACTTATTAATTGTCTT-AATAT
* * * * * * * *
125125 TAATAAATTAATATTCTTTTATTCCGAATAGGCTTGTATG-AT-GAAAAACAATTATTTTATGAC
506 TAATAAATTCATATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAAAAAAAAAATCATTTTATGAC
* ** ** * * * * * *
125188 AAAACAAAAAGTTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAA-TT
571 AAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTT
* * * * *
125252 AATTCA-ATAAACT-AACTTATTTTTTAA--ATCTTTAACTTATCAAATTTTGAAATATTAATAA
635 -GTTCAGA-AAA-TAAATTTATTTTTTAATTATC-TTAA-TTATTAATTTTTGGAATATTAATAA
** * * ****
125313 AGTAATATTATTTTCTTTTGG
695 CTTAGTATTATTTTATTCAAA
* * * ** * * * * * *
125334 ATAAACTTTTAT-TAACTGAAACAATTCTTTTATGATAAAAGAAAAGATCATATTTATTCT-AAA
1 ATAAGCTTATATGCAA-AAAAATAATTGTTTTATGACAACA-AAAAG-TCATAATAATT-TGAAA
* * ** *
125397 TAGATAATTGTTCACAA-AGTCATGACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTT--
62 TATATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* ** * ** * * * * *
125458 TATTTTTTGTTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCAT
125 GACCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTCTAAATAAGCTT
* * ** * * * * *
125522 GTATGAACTGAAAATTAT-TTTATG-ACTAAACAAAAAGTCAGAATGATGTGAAATAAATAATTG
189 GAATGAAC-AAAAAAAATGTTCATGAAC-AAAC-AAAAGTCATAAT--TTTGAAATAGATAATTA
* * * * * * *
125585 TTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTT
249 TTCAAATAGTC-TGACTATTTGAACTCA-TTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTT
* * * * * * * * * * * * * *
125649 ATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAACAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAA
310 ATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAATTTAATACAAACAAACTTATATGA-AAAAAA
* ** * * *
125714 A-AATTGTTTTATG--AAAA-AAAAA-TCATAATGATTTTAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
374 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAATTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
** * * * ** * *
125774 TAACTATTTGAATTGGTTCGATAAATTGATTTAATTTTTAAATC--T-CTTATTAATT-T-TTGA
439 TAAAGA-TTAAATAGGTTCAATAAATAAAATTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTGTCTT--
* *** ** * * * **
125834 AATATTAATAAATT-AGTACTATTTTATTATGAATAATTTTTGTATGAAT--AAAAACAGTTGTT
501 AATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTCCAAATAA-GCTAGTATGAATAAAAAAAAAATCATT
* ** ** *
125896 TGACAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGAT-ATGACA-A
564 TTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCAT-AAATA
* * * * *
125958 TTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAA--ATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATAT
626 TTTAAACTTGTTCAGAAAATAAATTTATTTTTTAATTATCT-TAA-TTATTAATTTTTGGAATAT
* * *
126021 TAATAAATTAGTATTATTGTATTCTAA
689 TAATAACTTAGTATTATTTTATTCAAA
** * * * * *
126048 ATAATATTTTAT--AAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAA
1 ATAAGCTTATATGCAAA-A-AAATAATTGTTTTATGACAACA-AAAAG-TCATAATAATTTGAAA
* * ** * * * *
126111 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-ATGTTCAGAAAATAAATTTATTTTTTTA-
62 TATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAG
*
126174 A--T-TT-TTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
126 ACCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
126207 TATATCATTC
Statistics
Matches: 8943, Mismatches: 1946, Indels: 1407
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
684 17 0.00
685 101 0.01
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687 59 0.01
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691 1 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (715 bp):
ATAAGCTTATATGCAAAAAAATAATTGTTTTATGACAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATATA
TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAGACCTC
TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTCTAAATAAGCTTGAATGAA
CAAAAAAAATGTTCATGAACAAACAAAAGTCATAATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT
GACTATTTGAACTCATTCGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTGTCAAAATA
TTAATAAATTAATATTAATTTAATACAAACAAACTTATATGAAAAAAAACAATTATTTTATGACA
AAACAAAAATTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTAAATAGGTT
CAATAAATAAAATTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTCATATT
ATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAAAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAATGTCAT
AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTTGTTCAGAAAATAAATT
TATTTTTTAATTATCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTCAAA
Found at i:125134 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 125079--125136 Score: 62
Period size: 24 Copynumber: 2.5 Consensus size: 23
125069 TAGTTCGATA
* *
125079 AATAGATTTATTTTTTAAATATC
1 AATAAATTAATTTTTTAAATATC
* * *
125102 ATTATTATTAATTTTTTAAATATT
1 AATA-AATTAATTTTTTAAATATC
125126 AATAAATTAAT
1 AATAAATTAAT
125137 ATTCTTTTAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 6, Indels: 2
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
23 9 0.32
24 19 0.68
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.02, T:0.53
Consensus pattern (23 bp):
AATAAATTAATTTTTTAAATATC
Found at i:125640 original size:359 final size:351
Alignment explanation
Indices: 125077--126323 Score: 1113
Period size: 359 Copynumber: 3.5 Consensus size: 351
125067 ACTAGTTCGA
* * * *
125077 TAAATAGATTTATTTTTTAAATATCATTATTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTCT
1 TAAATAGATTTATTTTTTTAAT-T--TT-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * **
125142 TTTATTCCGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTTGTAA
62 TTTATTATGAATAAGCTTGTATGAATG---AA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAG-AA
* * * * * *
125206 TGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATGGCCATAATTATTTGAATTAATTCAATAAACTAACTT
122 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAAC-AATTT
* * * * **
125270 ATTTTTTAAATCTTTAACTTATCAAATTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTCTTTTGG
185 ATTTTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTCTTCTAA
* * * * *
125334 ATAAACTTTTATTAACTGAAACAATTCTTTTATGATAAAAGAAAAGATCATATTTATTCTAAATA
249 ATAAACTTTTATAAACAGAAACAATTATTTTATGA-AAAA-AAAAGATCATAATGATT-TAAATA
* *
125399 GATAATTGTTCACAA-AGTCATGACTATTTGAACTTATTCAG
311 GATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* *
125440 TAAATAGATTTATTTTTTTATTTTTTGTTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTTA--ATTT-TTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
125504 TTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTGAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTCAGAATGAT
62 TTTATTATGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAGAATGAT
* * * *
125569 GTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACACATTTATTTT
126 TTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACA-ATTTATTTT
* * * * * *
125634 TTAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAACAATATTTTAC-TCCAAATAA
190 TTAAATCT-TTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT-CTTCTAAATAA
* * * * * * * *
125697 GCTTGTATGATCAAAAAAAATTGTTTTATG-AAAAAAAA-ATCATAATGATTTTAGATAGATAAT
253 ACTTTTATAAACAGAAACAATTATTTTATGAAAAAAAAAGATCATAATGA-TTTAAATAGATAAT
125760 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTC-G
317 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAG
* * * * * *
125794 ATAAATTGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTACTATTTT
1 -TAAATAGATTTATTTTTTTAATTTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * * * ** * *
125859 ATTATGAATAATTTTTGTATGAATAAAAACAGTTGTTTGACAACAAAACAAAATGTCATAATGAT
65 ATTATGAATAA-GCTTGTATGAAT-GAAA-A-TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAGAATGAT
* * * * * * * *
125924 TTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGAT-ATGACAATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTT
126 TTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG-TCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACA-ATTTATTT
* * * *
125988 TTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTGTATTCTAAATAAT
189 TTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTCTTCTAAATAA-
*
126053 A-TTTTATAAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATA
253 ACTTTTATAAACAGAAACAATTATTTTATGA-AAAA-AAAAGATCATAATGATTT-AAATAGATA
* *
126117 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAG
315 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * * *
126154 AAAATAAATTTATTTTTTTAATTTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATCATTCT
1 TAAATAGATTTATTTTTTTAATTTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT
* * * * * * * * *
126218 ATT-TAAAATAAGCTTGCATAAATAGAACTAATTATTTTCTGACAAAACTATATGTCATAATGGT
65 ATTAT-GAATAAGCTTGTATGAAT-GAA--AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAGAATGAT
* * * *
126282 TTAAAATAGATAATT-TTTTAGATAGTCATAACAATTTAAACT
126 TTGAAATAGATAATTGTTCTA-ATAGTCATAACTATTTGAACT
126324 TAATATTTAT
Statistics
Matches: 715, Mismatches: 132, Indels: 79
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
351 6 0.01
352 41 0.06
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354 7 0.01
355 209 0.29
356 7 0.01
357 12 0.02
358 75 0.10
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361 2 0.00
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365 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (351 bp):
TAAATAGATTTATTTTTTTAATTTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
TTATGAATAAGCTTGTATGAATGAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAGAATGATTTGAA
ATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAATTTATTTTTTAAAT
CTTTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTCTTCTAAATAAACTTTTAT
AAACAGAAACAATTATTTTATGAAAAAAAAAGATCATAATGATTTAAATAGATAATTGTTCAAAT
AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
Found at i:126278 original size:177 final size:175
Alignment explanation
Indices: 125065--126324 Score: 841
Period size: 177 Copynumber: 7.0 Consensus size: 175
125055 GTTCAAAGAG
* *
125065 GAACTAGTTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATATCATTATTATTAATTTTTTAAATATTAAT
1 GAACTTGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAAT-T--TT-TTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* *** *
125129 AAATTAATATTC-TTTTATTCCGAATAGGCTTGTATGATGAA-A-AACAATTATTTTATGACAAA
61 AAATTAGTA-TCATTTTATTTAAAATAAGCTTGTAT-A--AATAGAACAATTATTTTATGACAAA
** * * * *
125191 ACAAAAAGTTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTT
122 AC-AAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
125247 GAA-TTAATTCA-ATAAACTA-ACTTATTTTTTAAATCTTTAACTTATCAAATTTTGAAATATTA
1 GAACTT-GTTCAGA-AAA-TAGATTTATTTTTTAAAT-TTT---TTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * *** * * * * *
125309 ATAAAGTAATATTATTTTCTTTTGGATAAACTTTTATTAACT-GAAACAATTCTTTTATGATAAA
59 ATAAATTAGTATCATTTTATTTAAAATAAGCTTGTA-TAAATAG-AACAATTATTTTATGACAAA
* * * *
125373 AGAAAAGATCATATTTATTCT-AAATAGATAATTGTTCACAA-AGTCATGACTATTT
122 ACAAAAG-TCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTT
* * ** *
125428 GAACTTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTATTTTTTGTTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATA
1 GAACTTGTTCAGAAAATAGATTTA-TTTTTTA-AATTT-TTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATA
* ** * * *
125492 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACT-GAA-AATTATTTTATGACTAAACAA
62 AATTAGTATCATTTTATTTAAAATAAGCTTGTAT-AAATAGAACAATTATTTTATGACAAAAC-A
* * * * *
125555 AAAGTCAGAATGATGTGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTT
125 AAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
125606 GAACTAGTTCA-ACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-AGAATATTAT
1 GAACTTGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAAT-T-TT--TTATTAATTTTTGA-AATATTAA
* ** * ** * *
125669 TAATTTAACAAT-ATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGATCAA-A-AAAAATTGTTTTATGA-AA
60 TAAATT-AGTATCATTTTATTTAAAATAAGCTTGTAT-A--AATAGAACAATTATTTTATGACAA
* *
125730 AA-AAAA-TCATAATGATTTTAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
121 AACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
125783 GAA-TTGGTTC-GATAAATTGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
1 GAACTT-GTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* ** * * * * * **
125846 TTAGTA-CTATTTTA-TTATGAATAATTTTTGTATGAATAAAAACAGTTGTTTGACAACAAAACA
64 TTAGTATC-ATTTTATTTA-AAATAA-GCTTGTATAAAT-AGAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * *
125909 AAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGAT-ATGACAATTT
125 AAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTT
* * *
125961 GAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAAT
1 GAACTTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-T-T--TTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT
* * ** * *
126025 AAATTAGTATTATTGTATTCT-AAATAATATTTTATAAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
61 AAATTAGTATCATTTTATT-TAAAATAAGCTTGTATAAATAG-AACAATTATTTTATGACAAAAC
* *
126089 AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
124 AAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
126142 GAACATGTTCAGAAAATAAATTTATTTTTTTAATTTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
1 GAACTTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-T
* * * * *
126207 TA-TATCATTCTATTTAAAATAAGCTTGCATAAATAGAACTAATTATTTTCTGACAAAACTATAT
65 TAGTATCATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATAAATAGAAC-AATTATTTTATGACAAAAC-AAAA
* * * * * *
126271 GTCATAATGGTTTAAAATAGATAATTTTTTAGATAGTCATAACAATTT
128 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
*
126319 AAACTT
1 GAACTT
126325 AATATTTATA
Statistics
Matches: 850, Mismatches: 160, Indels: 141
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.00
172 3 0.00
173 36 0.04
174 18 0.02
175 5 0.01
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (175 bp):
GAACTTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
AGTATCATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATAAATAGAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTC
ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
Found at i:126977 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 126323--128151 Score: 1080
Period size: 180 Copynumber: 10.2 Consensus size: 178
126313 CAATTTAAAC
* * * * * ** *
126323 TTAATATTTATAAAATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAATTAGTTAAAA
1 TTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAA
* * * *
126388 TAATTATGGCCATTTGAACAATTATATATTTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-GTTATAAA
65 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATATA-TTTCAAATCATTATGA-C-TTTGTTTTAGTCATAAA
* *
126452 ATAATT-TTT-TTATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC-AATTTTA
127 ATAATTGTTTCATATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTTA
* * * * * **
126502 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACAAAATCTATTTATTGAACCAGTTTGA
1 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAA
* * * *
126567 ATAATTATGACTACTTGAACAATTATCA-ATCTCAAATCATTAAGATCTTTGTTTT-GTCATAAA
64 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-ATATTTCAAATCATTATGA-CTTTGTTTTAGTCATAAA
* * ** * *
126630 TTAATTGTTTC-TGATCATAGAAGCTTATTCG-GTTAAAAATAAAATTAATTTA
127 ATAATTGTTTCAT-ATCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTA
* * * * * ** *
126682 ATAATATTCCTAAAATTAACAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCCAAATC-AGTTCG
1 TTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCA
** * * * * ** * *
126746 AATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTACTTCAAATTGTTCTAAACTTT-TTTTAGTCATAAA
63 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAT-GACTTTGTTTTAGTCATAAA
* * * * * *
126810 ATATTTGCTTCATATCATACAAGCTT-TTTGGAATAAAATAATGCTAATATA
127 ATAATTGTTTCATATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
126861 TTAACATTCGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAACAATAAATTTGTTTACTGAACAAGCTT-
1 TTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAA-AATAAATATGTTTACTGAACAAG-TTC
*
126925 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACT-TATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA-TCAT
62 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TATATTTCAAATCATTATGAC--TTTGTTTTAGTCAT
* * * * * *
126988 AAAACAATTGTTTTA-ATTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTA
124 AAAATAATTGTTTCATA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
127043 TTAATATTTTAAAAATTATTAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAATTCA
1 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCA
* * * * *
127108 AAGAGTTATAACTATTTGAAC-TTTGTATATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTA-TCATAA
63 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAC--TTTGTTTTAGTCATAA
* * * * * *
127171 AACAATTTTTTTA-ATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAAATAATTTA
126 AATAATTGTTTCATA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * **
127224 TTAATATTTTAAACATCAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATCTGTTAACCAAATC-AGTTCA
1 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCA
* * * * * * * * * *
127284 AATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTTACATCATTATGAATTTTTATTTTGTCATAGA
63 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACTTTGT-TTTAGTCATAAA
* * * *
127349 ACAATTTGTTTC-T-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
127 ATAA-TTGTTTCATATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
127400 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAACTAGTTC-
1 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCA
* * ** * *
127463 -CTA-TT-T---TA---G--TAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTT-GTTATAA
63 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGA-C-TTTGTTTTAGTCATAA
** * **
127516 AATAATTGTTTTGGT-TCGTACAAGCTTGGTC-AGAATAAAATAATACTAATTTA
126 AATAATTG-TTTCATATCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
127569 ATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GTCGAA-ACAGTTC
1 TTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACT-GAACA-AGTTC
* * * *** * * *
127632 AAACAATTAAGACTGCATGAACAATTATCTATTTCAAATTAATATGACCTTTTGTTTT-GTCATA
62 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGA-C-TTTGTTTTAGTCATA
* **
127696 AAACAATCATTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAAATTTA
125 AAATAATTGTTTCA-TATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTA
* * * * * * *
127750 -TAATATTCTAAAATTTAATAAGTATGCGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTATTGAATC-ATTTCA
1 TTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCA
* * * * * * * * *
127813 TATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTT-TGTTTGGTCATAT
63 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTA-TGACTTTGT-TTTAGTCATAA
* * * * * * * *
127877 AACAAATGTTT-TTGAACATTCAAGCTTATT-TAGAATAAAATGATATTAATTTA
126 AATAATTGTTTCAT-ATCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTA
* * * ** *
127930 TTAATCTTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAGAT-TTTTTACCAAACTAGTTCAA
1 TTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAA
* ** *
127990 ATAGTTATGACTATTTTGAACAAGTACCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTA-TCATAA
64 ATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGA-C-TTTGTTTTAGTCATAA
* * *
128054 AACAATTGTTTC-TATTCATACCAGCTTATTTCG-AATAAAATAATAATAAATTTA
126 AATAATTGTTTCATA-TCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTA
128108 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTATA-A-ATTTAAAAATTAAATA
1 TTAATATT-CAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAA-TAAATA
128152 GTCATATCCA
Statistics
Matches: 1291, Mismatches: 259, Indels: 197
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 35 0.03
169 87 0.07
170 4 0.00
171 1 0.00
172 2 0.00
173 2 0.00
175 10 0.01
176 115 0.09
177 114 0.09
178 63 0.05
179 122 0.09
180 380 0.29
181 250 0.19
182 97 0.08
183 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACTTTGTTTTAGTCATAAAATAA
TTGTTTCATATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
Found at i:127568 original size:526 final size:522
Alignment explanation
Indices: 126947--128151 Score: 1243
Period size: 526 Copynumber: 2.3 Consensus size: 522
126937 CTATTTGAAC
* * *
126947 AATTACTTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAATTCATAAA
1 AATTACCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAATTCATAAA
* ** *
127012 AACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTATTAAGC-AAAAGATTT
66 AACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA-CTAAAAGATTT
* * ** * *
127076 AAAAAAATAAATATGTTT-TCTG-AACAAATTCAAAGAGTTATA-ACTATTTGAAC-TTTGTATA
130 -AAAAAATAAATATGTTTGTC-GAAAC-AATTCAAACAATTA-AGACTACATGAACAATTATATA
* ** * *
127137 TTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTAATTCATATAAGCTTATTC
191 TTTAAAATCAATATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTCAATTCATACAAGCTTATTC
*
127202 GAAATAAAATAAAA-ATAATTTATTAATATTTTAAACA-TCAATAAG-T-GATTTAAAAAGTGAA
256 GAAATAAAATAAAATA-AATTTA-TAATATTCTAAA-ATTCAATAAGATCGATTTAAAAAGTGAA
* * *
127263 TCTGTTAACCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTTACATCATTAT
318 TCTGTTAACCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * *
127328 GAATTTTTATTTTGTCATAGAACAATTTGTTTCTT-CATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATA
383 GAACTTTTATTTGGTCATAGAACAA-ATGTTT-TTACATACAAGCCTATTTAGAATAAAATAATA
127392 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAC
446 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAC
127457 TAGTTCCTATTTTAGT
507 TAGTTCCTATTTTAGT
* * * * ** * *
127473 AATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTTGGTTCGTACA
1 AATTACCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAATTCATAAA
* * * *
127538 AGCTTGGT-CAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
66 AACTT-ATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTT
* * * * *
127602 AAAAAATAAATTTGTTTGTCGAAACAGTTCAAACAATTAAGACTGCATGAACAATTATCTATTTC
130 AAAAAATAAATATGTTTGTCGAAACAATTCAAACAATTAAGACTACATGAACAATTATATATTTA
* * * *
127667 AAATTAATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
195 AAATCAATATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAA
* *
127732 TAAAATAATATAAATTTATAATATTCTAAAATTTAATAAGTATGCGATTTAAAAAGTGAATCTGT
260 TAAAATAAAATAAATTTATAATATTCTAAAATTCAATAAG-AT-CGATTTAAAAAGTGAATCTGT
* *** * * *
127797 TTATTGAATCATTTCATATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACT
323 TAACCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACT
* * * * * *
127862 TTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTGAACATTCAAGCTTATTTAGAATAAAATGATATTAAT
388 TTTATTTGGTCATAGAACAAATGTTTTT--ACATACAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
127927 TTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAGAT-TTTTTACCAAACTAGTTCAAA
451 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTC---
**
127991 TAGTTATGACTATTTTGAAC
513 ---------CTATTTT-AGT
* * * * *
128011 AAGTACCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAC
1 AATTACCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAATTCATAA
* * * * * * * *
128075 CAGCTTATTTC-GAATAAAATAATAATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTATAA-AT
65 AAACTTA-TCCAAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGAT
*
128138 TTAAAAATTAAATA
128 TTAAAAAATAAATA
128152 GTCATATCCA
Statistics
Matches: 561, Mismatches: 86, Indels: 52
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
524 2 0.00
525 70 0.12
526 207 0.37
527 6 0.01
528 5 0.01
529 92 0.16
530 51 0.09
537 7 0.01
538 89 0.16
539 32 0.06
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (522 bp):
AATTACCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAATTCATAAA
AACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTA
AAAAATAAATATGTTTGTCGAAACAATTCAAACAATTAAGACTACATGAACAATTATATATTTAA
AATCAATATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAAT
AAAATAAAATAAATTTATAATATTCTAAAATTCAATAAGATCGATTTAAAAAGTGAATCTGTTAA
CCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTT
ATTTGGTCATAGAACAAATGTTTTTACATACAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTCCTATTTTA
GT
Found at i:127750 original size:707 final size:695
Alignment explanation
Indices: 126840--128233 Score: 1496
Period size: 706 Copynumber: 2.0 Consensus size: 695
126830 AAGCTTTTTG
* * * *
126840 GAATAAAATAATGCTAATATATTAACATTCGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAACAATAAA
1 GAATAAAATAATACTAATATAATAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAA
* * * ** *
126905 TTTGTTTACTGAACAAGCTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACTTATTTAAAATCATTAT
66 TTTGTTTACTGAACAAGCTTAAACAATTAAGACTACATGAACAATTACTTATTTAAAATCAATAT
* ** *
126970 GACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAATTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATA
131 GACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATA
* *
127035 CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTATTAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTT-TCTGA
196 CTAATTTA-TAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTAT-TGA
* * * * *
127099 A-CAAATTCAAAGAGTTATAACTATTTGAAC-TTTGTATATTTAAAATCATTATG-ACATTTTGT
258 ATC-AATTCAAAGAATTATAACCATTTCAACAATTATATATTTAAAATCATTATGAAC-TTTTGT
* *
127161 TTTATCATAAAAC-AAT-TTTTTTAATTCATAT-AAGCTTATTCGA-AATAAAATAAAAATAATT
321 TTGATCATAAAACAAATGTTTTTGAA--CAT-TCAAGCTTATT-GAGAATAAAATAAAAATAATT
* * * *
127222 TATTAATATTTTAAACATCAATAAGTGATTTAAAAAGT-GAATCTGTTAACCAAA-TCAGTTCAA
382 TATTAATATTTCAAAAATCAATAAGAGATTTAAAAAATAG-AT-TGTTAACCAAACT-AGTTCAA
* * * * * * * *
127285 ATAATTATGGCTA-TTTCAACAATTATCTATTTTACATCATTATGAATTTTTATTTTGTCATAGA
444 ATAATTATGACTATTTTCAACAAGTACCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTATCATAAA
* * *
127349 ACAATTTGTTTC-TTCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA
509 ACAA-TTGTTTCATTCATACAAGCCTATTTCGAATAAAATAATAATAAATTTATTAATATTCCAA
* * *
127412 AAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTCCTATTTTAGTAATT
573 AAATTAATAAGTA-GAAATTTAAAAAATAAA--TA---ATC--A-TA--TCC-ATTTGAATAATT
* * *
127477 ACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTTGGTTCGTACAAGCT
626 ACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGCT
127542 TGGTCA
690 TGGTCA
* *
127548 GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTT-AAAAAATAA
1 GAATAAAATAATACTAATATAATAACATTCCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTGAAAAAATAA
* * * *
127611 ATTTGTTT-GTCGAA-ACAG-TTCAAACAATTAAGACTGCATGAACAATTA-TCTATTTCAAATT
65 ATTTGTTTACT-GAACA-AGCTT-AAACAATTAAGACTACATGAACAATTACT-TATTTAAAATC
* * * * * *
127672 AATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
126 AATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAA
* * *** * * *
127737 TAATA-TAAATTTATAATATTCTAAAATTTAATAAGTATGCGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTAT
191 TAATACT-AATTTATAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * ** * * *
127801 TGAATCATTTCATATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTG
255 TGAATCAATTCAAAGAATTATAACCATTTCAACAATTATATATTTAAAATCATTATGAACTTTTG
* * * * * *
127866 TTTGGTCATATAACAAATGTTTTTGAACATTCAAGCTTATTTAGAATAAAATGATATTAATTTAT
320 TTTGATCATAAAACAAATGTTTTTGAACATTCAAGCTTATTGAGAATAAAATAAAAATAATTTAT
* * * * *
127931 TAATCTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAGATTTTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTT
385 TAATATTTCAAAAATCAATAAGAGATTTAAAAAATAGATTGTTAACCAAACTAGTTCAAATAATT
* * * *
127996 ATGACTATTTTGAACAAGTACCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
450 ATGACTATTTTCAACAAGTACCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTATCATAAAACAATT
* *
128061 GTTTCTATTCATACCAGCTTATTTCGAATAAAATAATAATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
515 GTTTC-ATTCATACAAGCCTATTTCGAATAAAATAATAATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* * * **
128126 ATAAGTATAAATTTAAAAATTAAATAGTCATATCCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTA
579 ATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATAATCATATCCATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTA
*
128191 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAA
644 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAA
128234 AATTATTCAA
Statistics
Matches: 571, Mismatches: 95, Indels: 53
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
695 9 0.02
696 56 0.10
697 3 0.01
699 2 0.00
700 1 0.00
702 2 0.00
705 75 0.13
706 173 0.30
707 166 0.29
708 84 0.15
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (695 bp):
GAATAAAATAATACTAATATAATAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAA
TTTGTTTACTGAACAAGCTTAAACAATTAAGACTACATGAACAATTACTTATTTAAAATCAATAT
GACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATA
CTAATTTATAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATC
AATTCAAAGAATTATAACCATTTCAACAATTATATATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTGAT
CATAAAACAAATGTTTTTGAACATTCAAGCTTATTGAGAATAAAATAAAAATAATTTATTAATAT
TTCAAAAATCAATAAGAGATTTAAAAAATAGATTGTTAACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACT
ATTTTCAACAAGTACCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCA
TTCATACAAGCCTATTTCGAATAAAATAATAATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
GAAATTTAAAAAATAAATAATCATATCCATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTT
TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTGGTCA
Found at i:128074 original size:357 final size:362
Alignment explanation
Indices: 127473--128133 Score: 847
Period size: 357 Copynumber: 1.8 Consensus size: 362
127463 CTATTTTAGT
* * * * ** *
127473 AATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTTGGTTCGTACA
1 AATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAAATGTTTTGGAACATACA
*
127538 AGCTTGGTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTA
66 AGCTTAGTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATT-ATAACTAAGAGATTTA
* * * *
127603 AAAAATAAATTTGTTTGTCGAAACAGTTCAAACAATTAAGACTGCATGAACAATTATCTATTTCA
130 AAAAATAAATTTGTTTGACCAAACAGTTCAAACAATTAAGACTGCATGAACAAGTACCTATTTCA
* *
127668 AATTAATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAA
195 AATCAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTCG-AA
* *
127732 TAAAATAAT-ATAAATTTA-TAATATTCTAAAATTTAATAAGTATGCGATTTAAAAAGTGAATCT
259 TAAAATAATAATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTATGCGATTTAAAAAGTGAATCT
127795 GTTTATTGAATCATTTCATATAATTATGGCCATTTCAAC
324 GTTTATTGAATCATTTCATATAATTATGGCCATTTCAAC
* * * *
127834 AATTATCTATTTCAAATCATTATTAA-CTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTGAACATTC
1 AATTACCTATTTCAAATCATTA-TAACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAAATGTTTTGGAACATAC
* * * * * * *
127898 AAGCTTATTTAGAATAAAATGATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTA
65 AAGCTTAGTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTATAACTAAGAGATTTA
* * * * ***
127960 AAAAATAGATTT-TTT-ACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTGAACAAGTACCTATTT
130 AAAAATAAATTTGTTTGACCAAAC-AGTTCAAACAATTAAGACT-GCATGAACAAGTACCTATTT
* * ** *
128023 CAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACCAGCTTATTTCG
193 CAAATCAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTCG
128087 AATAAAATAATAATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAT
257 AATAAAATAATAATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAT
128134 AAATTTAAAA
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 39, Indels: 16
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
355 5 0.02
356 19 0.07
357 98 0.39
358 17 0.07
359 23 0.09
360 1 0.00
361 88 0.35
362 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (362 bp):
AATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAAATGTTTTGGAACATACA
AGCTTAGTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTATAACTAAGAGATTTAA
AAAATAAATTTGTTTGACCAAACAGTTCAAACAATTAAGACTGCATGAACAAGTACCTATTTCAA
ATCAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTCGAATA
AAATAATAATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTATGCGATTTAAAAAGTGAATCTGT
TTATTGAATCATTTCATATAATTATGGCCATTTCAAC
Found at i:128142 original size:887 final size:891
Alignment explanation
Indices: 126334--128150 Score: 1917
Period size: 887 Copynumber: 2.0 Consensus size: 891
126324 TAATATTTAT
* * * * * *
126334 AAAATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCC
1 AAAATTAATAAGTATAA-ATTTAAAAATAAATCTGTTAACCAAATCAGTTAAAATAATTATGGCC
* * * * *
126399 ATTTGAACAATTATATATTTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTTTTTTA
65 ATTTCAACAATTATATATTTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA
*
126464 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
130 TCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACAATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* *
126529 AGATTTAAAAACAAAATCTATTTATTGAACCAGTTTGAATAATTATGACTACTTGAACAATTATC
195 AGATTTAAAAACAAAATCTATTTATCGAACCAGTTTGAATAATTAT-A-TA--TG-ACAATTACC
* * * *
126594 AATCTCAAATCATTAAGATCTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGTTTCTGATCATAGAAGCTTATT
255 AATCTCAAATCATTAAGACCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTAGT
** * * *
126659 CGGTTAAAAATAAAATTAATTTAATAATATTCCTAAAATTAACAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
320 CGAATAAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAACAACTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * ** *
126724 ATATATTTGCCAAATCAGTTCGAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTACTTCAAATTGTTC
385 ATATATTTGCCAAATCAGTTCAAACAATTAAAACTATTAGAACAATTATCTACTTCAAATTAATA
* * ** * * *
126789 TAAACTTTTTTTAGTCATAAAATATTTGCTTCATATCATACAAGCTTTTTGGAATAAAATAATGC
450 TAAACTTTTTTTAGTCATAAAACAATCACTTCATATCATACAAGCTTTTCGAAATAAAATAATGA
*
126854 TAATATATTAACATTCGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAACAATAAATTTGTTTACTGAAC
515 TAATATATTAACATTCGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAACAATAAATCTGTTTACTGAAC
* * * * *
126919 AAGCTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACTTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA
580 AAGCTTAAATAATTATGACCATTTCAACAATTACTTATTTAAAATCATTATAACTTTTTGTTTGA
*
126984 TCATAAAACAATTGTTTTAATTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
645 TCATAAAACAAATGTTTTAA-TCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * **
127049 TTTTAAAAATTATTAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACAAATTCAAAGAGT
709 TTTCAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTTCCAAACAAATTCAAAGAGT
**
127114 TATAACTATTTGAACTTTGTATATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTT
771 TATAACTATTTGAACTAAGTATATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTT
* * **
127179 TTTTAATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAAATAATTTATTAATATTTTA
836 TTCTAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAAATAATTTATTAATATTCCA
* * * * * *
127235 AACATCAATAAG--T-GATTTAAAAAGTGAATCTGTTAACCAAATCAGTTCAAATAATTATGGCT
1 AAAATTAATAAGTATAAATTTAAAAA-TAAATCTGTTAACCAAATCAGTTAAAATAATTATGGCC
* * * *
127297 ATTTCAACAATTATCTATTTT-ACATCATTATGAATTTTTATTTTGTCATAGAACAATTTGTTTC
65 ATTTCAACAATTATATATTTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTT-TTT-
*
127361 T-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
128 TATCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATAC-AATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * ** * *
127424 AGGAGATTTAAAAA-ATAAATCTATTTATCGAACTAG-TT-CCT-ATT-T-TA-G-TAATTACCT
192 AAGAGATTTAAAAACA-AAATCTATTTATCGAACCAGTTTGAATAATTATATATGACAATTACCA
* * * * *
127481 ATTTCAAATCATTATA-ACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTT-TGGTTCGTACAAGCTTG
256 ATCTCAAATCATTA-AGACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-GATCATACAAGCTTA
* *
127544 GTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA
318 GTC-GAATAAAAATAAAACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAACAACTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * *
127608 TAAATTTGTTTGTCGAAA-CAGTTCAAACAATTAAGACTGCA-T-GAACAATTATCTATTTCAAA
382 TAAATATATTTG-CCAAATCAGTTCAAACAATTAAAACT--ATTAGAACAATTATCTACTTCAAA
* * * *
127670 TTAATATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCGAAATA
444 TTAATATAAACTTTT-TTTAGTCATAAAACAATCACTTCA-TATCATACAAGCTT-TTCGAAATA
* * * * * * * *
127734 AAATAAT-ATAA-ATTTATAATATTCTAAAATTTAATAAGTATGCGATTT-AAA-AAGTGAATCT
506 AAATAATGATAATATAT-TAACATTCGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAACAA-TAAATCT
* * * * *
127795 GTTTATTGAATC-A-TTTCATATAATTATGGCCATTTCAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTAT
569 GTTTACTGAA-CAAGCTT-AAATAATTATGACCATTTCAACAATTACT-TATTTAAAATCATTA-
* * ** * ** * *
127857 TAAC-TTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTGAA-CATTCAAGCTTATTTAGAATAAAATGA
630 TAACTTTTTGTTTGATCATAAAACAAATG-TTTT-AATCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAA
* * *
127920 TATTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG-AGATTT-AAAAAATAGAT-T-TTTTACCAAA
693 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTT-CCAAA
* * * * * * *
127981 CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTGAAC-AAGTACCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTT
757 CAAATTCAAAGAGTTATAACTA-TTTGAACTAAGTA--TATTTAAAATCATTATGACATTTTGTT
* *
128045 TTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACCAGCTTATTTCG-AATAAAATAATAATAAATTTA
819 TTATCATAAAACAATT-TTTCTAATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAAAAAT-AATTTA
128108 TTAATATTCCA
881 TTAATATTCCA
128119 AAAATTAATAAGTATAAATTTAAAAATTAAAT
1 AAAATTAATAAGTATAAATTTAAAAA-TAAAT
128151 AGTCATATCC
Statistics
Matches: 757, Mismatches: 126, Indels: 80
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
880 4 0.01
881 25 0.03
882 17 0.02
883 72 0.10
884 33 0.04
886 28 0.04
887 282 0.37
888 75 0.10
889 18 0.02
891 2 0.00
894 1 0.00
895 3 0.00
896 1 0.00
897 43 0.06
898 141 0.19
899 3 0.00
901 9 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (891 bp):
AAAATTAATAAGTATAAATTTAAAAATAAATCTGTTAACCAAATCAGTTAAAATAATTATGGCCA
TTTCAACAATTATATATTTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAT
CATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACAATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
GATTTAAAAACAAAATCTATTTATCGAACCAGTTTGAATAATTATATATGACAATTACCAATCTC
AAATCATTAAGACCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTAGTCGAATA
AAAATAAAACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAACAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATAT
TTGCCAAATCAGTTCAAACAATTAAAACTATTAGAACAATTATCTACTTCAAATTAATATAAACT
TTTTTTAGTCATAAAACAATCACTTCATATCATACAAGCTTTTCGAAATAAAATAATGATAATAT
ATTAACATTCGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAACAATAAATCTGTTTACTGAACAAGCTT
AAATAATTATGACCATTTCAACAATTACTTATTTAAAATCATTATAACTTTTTGTTTGATCATAA
AACAAATGTTTTAATCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
AATTAATAAGAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTTCCAAACAAATTCAAAGAGTTATAACTATT
TGAACTAAGTATATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTCTAATTCA
TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAAATAATTTATTAATATTCCA
Found at i:128504 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 128481--128516 Score: 72
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
128471 GAACTAGTTT
128481 AAATAATTAAGATTATTA
1 AAATAATTAAGATTATTA
128499 AAATAATTAAGATTATTA
1 AAATAATTAAGATTATTA
128517 GAACAATTAT
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 18 1.00
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Consensus pattern (18 bp):
AAATAATTAAGATTATTA
Found at i:128524 original size:18 final size:18
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Indices: 128485--128525 Score: 64
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128475 TAGTTTAAAT
*
128485 AATTAAGATTATTAAAAT
1 AATTAAGATTATTAAAAC
*
128503 AATTAAGATTATTAGAAC
1 AATTAAGATTATTAAAAC
128521 AATTA
1 AATTA
128526 TCTATTTCAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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AATTAAGATTATTAAAAC
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Period size: 181 Copynumber: 5.3 Consensus size: 180
128502 TAATTAAGAT
* * * * * * * *
128512 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTATTTAGTCATTAAACAATTATTTAG
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCAG
* * * * *
128577 TTCATACAAGCTTACTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAGTAAGGAA
66 TTAATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGCAA
* *
128642 GAGATTTAAAAACATAAATTTGTTTATT-GAACAAGTTCAAATAGATATGAC
131 GAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTT-TTCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
128693 TAGTTGAACAATTCTCTATTTAAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCCCA
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TCA
* * * * *
128758 GTTAATAAAAACTTA-TCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTGAAAAATTATTAATC
65 GTTAATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGC
* * ** *
128822 AAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTCGAAGTAGTTCTAATAGTTATGAC
129 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTTCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * ** * * **
128874 TATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT-TT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCAG
* * *
128937 TTATCATACAAGCTGATTC-AGATAAAATTATTACTAATTTAATT-ATATTTTG-AAAATTAATA
66 TTA--ATACAAGCTTATTCGAAATAAAA-TAATACTAATTT-ATTAATA-TTTGAAAAATTAATA
* * * * * * *
128999 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTCTT-GAATC-AGTTCAAACAATTAAGAC
126 AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TTCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * * *
129054 TATTAGAATAATTATCCATTTCAAACTATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCA
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCA
* *
129119 GTTCATACAAGCTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCT-AAAAATTAATAAG
65 GTTAATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATT-TGAAAAATTAATAAG
* **
129182 CAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC-AATAGTTATGAC
128 CAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTTTCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
129235 TATTTGAATAATTATTTATTTAAAATTGTTATGAACTTTTTTTTTGTCAT-AAACAA---TT--G
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCAG
* * * *
129294 TT--T-C-AGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTG-AAAATTAATAAGTA
66 TTAATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAAATTAATAAGCA
** * ** * *
129354 AGAGATTTAAAAAATAAATC-AATTTACTGAATTAGTTCAAATAATGATGAC
130 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTTC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * **
129405 CA--T----AATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTT
1 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
129461 TTTGAACTTA
Statistics
Matches: 617, Mismatches: 120, Indels: 75
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 34 0.06
165 6 0.01
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172 1 0.00
174 3 0.00
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183 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCAG
TTAATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGCAA
GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTTTCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
Found at i:129229 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 128557--129372 Score: 834
Period size: 361 Copynumber: 2.3 Consensus size: 361
128547 CTTTTATTTA
* * *
128557 GTCATTAAACAATTATTTAGTTCATACAAGCTTACTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 GTCATAAAACAATTATTTAGTTCATACAAGCTGACTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
128622 TTTGAAAAATTAGTAAGGAAGAGATTTAAAAACATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGA
66 TTTGAAAAATTAATAAGGAAAAGATTTAAAAACATAAATGTATTTATTGAACAAGTTCAAACAGA
* * * * * * * *
128687 TATGACTAGTTGAACAATTCTCTATTTAAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
131 TAAGACTAGTTGAACAATTATCCATTTAAAACTATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT
* * *
128752 GTCCCAGTTAATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTGAAAAATTAT
196 GTCCCAGTTAATAAAAACTTATCTGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAA
* * * ** **
128817 TAATCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTCGAAGTAGTTCTAATAGTTATGACTATTTGAA
261 TAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTACCGAACAAGTTCTAATAGTTATGACTATTTGAA
128882 CAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTT
326 CAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTT
** * *
128918 GTCATAAAACAATTATTTTTTATCATACAAGCTGATTCAG-ATAAAATTATTACTAATTTAATT-
1 GTCATAAAACAATTATTTAGT-TCATACAAGCTGACTCAGAATAAAA-TAATACTAATTT-ATTA
* *
128981 ATATTTTG-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATGTATTTCTTGAATC-AGTTCAA
63 ATA-TTTGAAAAATTAATAAGGAAAAGATTTAAAAACATAAATGTATTTATTGAA-CAAGTTCAA
* *
129043 ACA-ATTAAGACTA-TTAGAATAATTATCCATTTCAAACTATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAA
126 ACAGA-TAAGACTAGTT-GAACAATTATCCATTTAAAACTATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAA
* ** * * *
129106 AATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TCGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCT
189 AACAATTGTCCCAGTTAATAAAAACTTATCT-GAAAGAAAATAATACTAATTTATTAA-TATT-T
*
129169 -AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTC-AATAGTTAT
251 GAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAAGCTATTTACCGAACAAGTTCTAATAGTTAT
* * ** * * ** * *
129232 GACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATTGTTATGAACTTTTTTTTT
315 GACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTT
* * *
129280 GTCAT-AAAC-A--A-TT-GTT--T-C-AGCTTA-TCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAAT
1 GTCATAAAACAATTATTTAGTTCATACAAGCTGACT-CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* *
129334 ATTTTG-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAAT
65 A-TTTGAAAAATTAATAAGGAAAAGATTTAAAAACATAAAT
129373 CAATTTACTG
Statistics
Matches: 383, Mismatches: 57, Indels: 40
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
350 4 0.01
351 57 0.15
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353 1 0.00
355 1 0.00
356 1 0.00
357 2 0.01
358 1 0.00
360 5 0.01
361 206 0.54
362 91 0.24
363 7 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (361 bp):
GTCATAAAACAATTATTTAGTTCATACAAGCTGACTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTTGAAAAATTAATAAGGAAAAGATTTAAAAACATAAATGTATTTATTGAACAAGTTCAAACAGA
TAAGACTAGTTGAACAATTATCCATTTAAAACTATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT
GTCCCAGTTAATAAAAACTTATCTGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAA
TAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTACCGAACAAGTTCTAATAGTTATGACTATTTGAA
CAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTT
Found at i:129540 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 129421--129557 Score: 202
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
129411 TATCTATTTC
* * * *
129421 AAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGAACTTACAAGCTTATCTGAAA
1 AAATCGTTAGTACCTTTCATTTTGTCAGAAAACAATTATTTTTGAACATACAAGCTTATCTGAAA
129486 TA
66 TA
* * * *
129488 AAATTGTTAGTACCTTTCATTTTGTTAGAAAACAATTATTTTTGAACATACAAGTTTATTTGAAA
1 AAATCGTTAGTACCTTTCATTTTGTCAGAAAACAATTATTTTTGAACATACAAGCTTATCTGAAA
129553 TA
66 TA
129555 AAA
1 AAA
129558 CAATACTAAT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 8, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
67 62 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (67 bp):
AAATCGTTAGTACCTTTCATTTTGTCAGAAAACAATTATTTTTGAACATACAAGCTTATCTGAAA
TA
Found at i:129983 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 129676--129989 Score: 396
Period size: 170 Copynumber: 1.8 Consensus size: 170
129666 AATTGTTATA
* * * * *
129676 ACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAACTTTATTTGGAATAAAATAATAC
1 ACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATACAACTTTATTCGGAATAAAATAAAAC
* * *
129741 TAAATTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTCTTTGTCGAACC
66 TAAATTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACC
129806 AGTTCAAACAATTAAGATTATATGAAGAATTATCTATTTG
131 AGTTCAAACAATTAAGATTATATGAAGAATTATCTATTTG
* * * * * * *
129846 ACCTTTTGTTTTGTTATAAAACATTTATTTTAGCTCATCCAAGTTTATTCGTAATAAACTAAAAC
1 ACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATACAACTTTATTCGGAATAAAATAAAAC
* * * * * * *
129911 TAATTTATTAATATT-TCAAAAATTTATAAGTACGAGATTTAAAAAATAATTTTATTTATTGAAC
66 TAAATTAATAATATTCT-AAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAAC
* *
129975 CGGTTCAAATAATTA
130 CAGTTCAAACAATTA
129990 TAACTGTTTG
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 24, Indels: 2
0.82 0.17 0.01
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 118 0.99
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
ACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATACAACTTTATTCGGAATAAAATAAAAC
TAAATTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACC
AGTTCAAACAATTAAGATTATATGAAGAATTATCTATTTG
Found at i:131182 original size:16 final size:17
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Indices: 131161--131193 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
131151 ATAGCAATAA
131161 CTATTT-AAATAATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
*
131177 CTATTTCAAATCATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
131194 GACCATTTGT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
CTATTTCAAATAATTAT
Found at i:131620 original size:336 final size:336
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Indices: 130964--131621 Score: 837
Period size: 336 Copynumber: 2.0 Consensus size: 336
130954 ATCGAATAGG
* * * *
130964 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTATGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTATATCA
* * * *
131029 TAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTATTTATGTTCATAAAAGCTTATTCATAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTT
** * * *
131094 TGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGCAAT
131 CCAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGCAAT
* * *
131159 AACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAGAAATTGTAT
196 AACTATTGAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTAATAAGAAATTGTAT
* * * * *
131224 CAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCACAAATTAATGAG
261 CAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAACTTATTAAAATTCCAAAAATTAATGAG
131289 TAAGAGATTTT
326 TAAGAGATTTT
* ** *
131300 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTCATTATGATTTTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTATATCA
*
131365 TAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCCA-AATAAAATAATATAAATTTACTAATA-T
66 TAAAACAATTATTTATGTTCATAAAAGCTTATT-CATAATAAAATAATATAAATTTACTAATATT
* * * * *
131428 TCCAAATATTAGTAAATAAAA-ATTT-AAAATATAAATATATTT-TCTGAACACGTTTAAATAGT
130 TCCAAA-ATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAATAAATATATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGC
* *
131490 TATAACTATATGAAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTTTCTTTGTAATAA-ACCA
193 AATAACTAT-TGAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTTGT-TTTGTAATAAGA--A
* *** * *
131552 ATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAACACTAATTTATTAAAATTCCAAAAAA
254 ATTGTATCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAACTTATTAAAATTCC-AAAAA
131617 TTAAT
318 TTAAT
131622 AACTAAAAGA
Statistics
Matches: 275, Mismatches: 39, Indels: 16
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
333 7 0.03
334 72 0.26
335 62 0.23
336 132 0.48
337 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.06, T:0.41
Consensus pattern (336 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTATATCA
TAAAACAATTATTTATGTTCATAAAAGCTTATTCATAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTT
CCAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGCAAT
AACTATTGAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTAATAAGAAATTGTAT
CAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAACTTATTAAAATTCCAAAAATTAATGAG
TAAGAGATTTT
Found at i:131767 original size:182 final size:179
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Indices: 131300--131782 Score: 560
Period size: 182 Copynumber: 2.7 Consensus size: 179
131290 AAGAGATTTT
* * * *
131300 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTCATTATGATTTTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTT-AAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA
* *
131365 TAAAACAATTA-TTTATGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATAT
65 TAAAACAA-TAGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTACTAAAAT
* * * * *
131428 TCCAAATATTAGTAAATAAAAATTTAAAATATAAATATATTTTCTGAACACG
128 TCCAAAAATTAATAAATAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACAGAACACG
* * * * * *
131480 TTTAAATAGTTATAACTATATGAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-TCTTTGTA
1 TTCAAATAGTTATGACTAT-TTAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGT-TTTGTC
* * * * * *
131544 ATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAACACTAATTTATTAAAATT
64 ATAAAACAATAGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAAAATT
* * * *
131609 CCAAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAGAATGA-G
129 CC-AAAAATTAATAAATAAAA-ATTTAAAAAATAAATATATTTACAGAA-CACG
*
131662 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
131727 TAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAGATAATACTAATTTA
65 TAAAACAATAGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
131783 AAAAATTAAT
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 43, Indels: 16
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.01
180 105 0.42
181 21 0.08
182 121 0.48
183 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.06, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTAAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATAGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAAAATTCC
AAAAATTAATAAATAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACAGAACACG
Found at i:132027 original size:516 final size:511
Alignment explanation
Indices: 130943--132129 Score: 1241
Period size: 516 Copynumber: 2.3 Consensus size: 511
130933 AAACTTATTT
* * *
130943 TAAATCTATTTATCGAATAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA
1 TAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
131008 TTATTACCTTTTGTTATGTTATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCATATTAAAAT
66 TTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCA-AATAAAAT
* * *** * *
131073 AATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTAT
130 AATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTAT
131138 CGAACAAGTTCAAATAGCAATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTG
195 CGAACAAGTTCAAATAGCAATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTG
* * * *
131203 TTTTGTCATAAGAAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATT
260 TTTTGTCATAAAAAATAGTATCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAC-TATT
* ** * *
131268 AATATTCCACAAATTAATGAGTAAGAGATTTTTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
324 AATA---CACAAATTAATAAGTAAGAGATTTAATCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCT
* * * * *
131333 ATTTCAATTCATTATGATTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATT
386 ATTTAAATTCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTCATGTTCACACAACCTTATT
* * * * * *
131398 CCAAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTCCAAATATTAGTAAATAAAAATTTAAAATA
451 CCAAATAAAATAATATAAATTTACTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAAAATTTAAAAAA
* * * * * * * * *
131459 TAAATATATTTTCTGAACACGTTTAAATAGTTATAACTATATGAAAAATTATCTATTTCAAATCA
1 TAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
*
131524 TTATAACCTTTT-TCTTTGTAATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAA
66 TTATAACCTTTTGT-TTTGTAATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTC-AAATAAAA
* *
131588 TAACACTAATTTATTAAAATTCCAAAAAATTAATAACTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTT
129 TAATACTAATTTATTAAAATT-CAAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTT
** ** * * * *
131652 A-CAGAATGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTT
193 ATC-GAACAAGTTCAAATAGCAATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCAT
* * * ** *
131716 TTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAGATAATACTAA-T
257 TTGTTTTGTCATAAAA-AATAGTATCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACT
** *
131780 -TT-A-A-A-AAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAAT-AAATATGTTTATCAACTA-TTAATAT
321 ATTAATACACAAATTAATAAGTAAGAGATTT----AATCAAATA-G-TTAT-AACTATTTAA-AC
* * *** * *
131838 AATTATCTATTTGAAATT-GTTTTGATCTTTTG-TTTAGTCATGTTATAATTGTTGCA-GTTCAC
378 AATTATCTATTT-AAATTCATTATGATCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTATT-CATGTTCAC
* * * *
131900 ACAACCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAGAGAT
440 ACAACCTTATTCCAAATAAAATAATATAAATTTACTAACATTCAAAAAATTAATAAACAA-A-AA
131965 TTTAAAAAAA
503 TTT-AAAAAA
* * * *
131975 TAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA
1 TAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
132040 TTATGATCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTCTTAGTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAAT
66 TTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTC-AAATAAAAT
* *
132105 AATACTACTTTATTAATATGTCAAA
130 AATACTAATTTATTAAAAT-TCAAA
132130 TTTAATAAGA
Statistics
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0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
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517 60 0.11
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Consensus pattern (511 bp):
TAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
TTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATC
GAACAAGTTCAAATAGCAATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGT
TTTGTCATAAAAAATAGTATCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTATTAA
TACACAAATTAATAAGTAAGAGATTTAATCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTA
AATTCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTCATGTTCACACAACCTTATTCCAAA
TAAAATAATATAAATTTACTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAAAATTTAAAAAA
Found at i:132668 original size:177 final size:181
Alignment explanation
Indices: 132353--132692 Score: 433
Period size: 177 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
132343 CTATTTGAAA
* *** *
132353 AATTATCTATTTCAAATTGTTTTAACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTTATAC
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTTTAACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAAGTATTTCAACTCATAC
* *
132418 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAAATTTCTAAAAGTTAATAACTAAGAGATTT
66 AAGCTTATTTAGAATAAAATAAAACTAATTTAGTAAATTTCTAAAAGTTAATAACTAACAGATTT
132483 AAAAAATAAATCCA-TT-CAAACCAGTTCAAAAAGCTAAGATTATATAATC
131 AAAAAATAAATCCATTTACAAACCAGTTCAAAAAGCTAAGATTATATAATC
* * * *
132532 AATTATTTATTTCAAATT-TTTATGACC-TTTTGTTTTGTTATAAAACAAGTATTTCAACTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATTGTTT-TAACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAAGTATTTCAACTCATA
* * * *
132595 CAAGCTT-TTTAGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTTTATAAGC-AACAGA
65 CAAGCTTATTTAGAATAAAATAAAACTAATTTAGTAA-ATTTCTAAAAGTTAATAA-CTAACAGA
* * *
132657 TTTAGAAAATAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAA
128 TTTAAAAAATAAATCCATTTA-CAAACCAGTTCAAA
132693 TAATTATAGC
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 18, Indels: 11
0.83 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
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179 21 0.15
180 14 0.10
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.40
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AATTATCTATTTCAAATTGTTTTAACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAAGTATTTCAACTCATAC
AAGCTTATTTAGAATAAAATAAAACTAATTTAGTAAATTTCTAAAAGTTAATAACTAACAGATTT
AAAAAATAAATCCATTTACAAACCAGTTCAAAAAGCTAAGATTATATAATC
Found at i:132858 original size:162 final size:164
Alignment explanation
Indices: 132539--132861 Score: 363
Period size: 162 Copynumber: 2.0 Consensus size: 164
132529 ATCAATTATT
** * *
132539 TATTTCAAATTTTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAAGTATTTCAACTCATACAAGCTTTT
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAAGTATTTCAACTAATACAAGCTTTT
* * * * *
132604 TAGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTTATAAGCAACAGATTTAGAAAATAA
66 TAGAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGCAACAGAATTAGAAAAAAA
* *
132669 TTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAGC
131 ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATAGC
* * *
132703 TATTTCAAATCATTATGACC-TTT-TTTTGTAATAAAACAA-TCTCTTCAATTAATATAAG-TTT
1 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAAGTAT-TTCAACTAATACAAGCTTT
* * * * *
132764 ATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAGAA-TTAATGAGTAAGAGAATTA-AAA
65 -TTAGAA-TAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAA-AATTTAATAAGCAACAGAATTAGAAA
* *
132827 AAAGAAT-TATTTACCAAATAAGTTTAAATAATTAT
127 AAA-AATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTAT
132862 GACTATCTAA
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 21, Indels: 12
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 5 0.04
162 62 0.47
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (164 bp):
TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAAGTATTTCAACTAATACAAGCTTTT
TAGAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGCAACAGAATTAGAAAAAAA
ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATAGC
Found at i:133313 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 132702--134409 Score: 1113
Period size: 181 Copynumber: 9.5 Consensus size: 180
132692 ATAATTATAG
* * * * * *
132702 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTT-TTGTA--ATAAAACAATCTCTTCA-ATTAATATAAGTT
1 CTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTATCATAAAACAAT-TGTTTATATTCATACAAGCT
* * * * *
132763 TATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAGAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAA
64 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
132828 A-AGAA-TTATTTACCAAATAAGTTTAAATAATTATGACTATCTAAATAATTAT
129 ATA-AATTTATTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * * *
132880 TTATTTCAAAACATTATAACCTTTTATTTTGT--T-------TTGATTCTGTTCATGCAAGCTTA
1 CTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTA
* ** * * *
132936 TTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTTGTATTCCAAATATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAA
66 -TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * **** * *
132998 ATAAATCTGTTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT
129 ATAAATTTATTTACCAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * * * *
133051 CTATCCCAAAT-AGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCAT
1 CTATTTCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTT
* * * * * *
133115 ATTTGAAATAAAATAATATTAGTTTATTCATATTCCAAAAATTACTAAGTAAAAGATTTAAAAAA
65 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * *
133180 TAAATTTATTTACCAAGCGAGTTCAAATAAGTTATGATTATTTTAACAATTAT
130 TAAATTTATTTACCAAAC-AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * **
133233 TTATTTCAAATCATTATGA-TTTTTGGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAATTTT
1 CTATTTCAAATCATTATGACTTTTT-GTTTTATCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTT
* ** **
133297 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT--ATAAAATTAAGGAGTTGGAGATTTAAAAA
65 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
133360 ATAAAATTATTTACTAAACAAGTTCAAATAATCATGTCTATTTGAACTATTAT
129 ATAAATTTATTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * **
133413 CTATTTCAAATTATTATGA--TATT-TTTTATCGTAAAACAATTATTTTTATTCAAACAAAATTA
1 CTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTA
* * * *
133475 TTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACT
66 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
133536 AAATCTT-TTTGCCAAACTAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTAT
131 AAAT-TTATTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
133587 CTATCTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTATCAAAAAATAATTGTTTGTTTTCATACAAGCTTA
1 CTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTA
* * * * * * *
133651 TTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAATTTAATAAGTAAGAGGTTTTAAATAT
66 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * *
133716 AAATGTGTTTGCTAAATCAGTTGAATTAGTTAAGACTATTAGAATAATAAT
131 AAATTTATTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
133767 CTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTG-GTTAGTTATAAAATAATTATTT-TAGTTCATACAAGCT
1 CTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTATA-TTCATACAAGCT
* * ** * * **
133830 TATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGTTATTTCAAA
64 TATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAA
* *
133894 AAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATCTTTTT
127 AAATAAATTTATTTACCAAAC-AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAA---TTAT
* * * * * *
133952 GACTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTGTTTCA-ATTCTTAAAAT
1 --CTATTTCAAA-TCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAG
* * * * * *
134015 CTTA-TCTAAAATAAAATAATACTACTATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAATAGATTTAA
62 CTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * *** * * * * *
134079 AAACTAAAACTATTTGTTTTTTGAACCAATTCAAATAGCTATAACTATTTGAACAAATAT
126 AAA--ATAA--ATTT-ATTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
134139 CAATCTCAAATCATTATG----TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATCCAAGCTT
1 CTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTAT-ATTCATACAAGCTT
* * **
134199 ATTCG-GATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA
65 ATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * * *
134259 ATAAATGTGTTTGTCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTAT
129 ATAAATTTATTT-ACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
134312 CTATTTCAAATCATTTTGGCCTTTT-ATATAGTCATATAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCT
1 CTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAGCT
** * *
134375 TATTTAAAATAAACTAATATTAATTTATTAATATT
64 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
134410 TATTTATTTC
Statistics
Matches: 1190, Mismatches: 265, Indels: 151
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 16 0.01
171 106 0.09
172 7 0.01
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174 68 0.06
175 8 0.01
176 66 0.06
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179 12 0.01
180 170 0.14
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182 137 0.12
183 3 0.00
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189 1 0.00
190 27 0.02
191 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
CTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTA
TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
AAATTTATTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
Found at i:134928 original size:181 final size:180
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Indices: 134446--136781 Score: 1529
Period size: 181 Copynumber: 12.9 Consensus size: 180
134436 TTGTAGAAAC
* ** * * ** * *
134446 AATTAAGACTATACGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACA
1 AATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * ** * * *
134511 ATT-ATTTTAGCTCATACAGGCGTATTCAGAATAGAATAAAACTAATTTATCAATATTTC--AAA
66 ATTGGTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAA
* * * * * * * * * *
134573 ATTTATAAATAAGAAATTTAGAAAATAATTCTATTTATCGAACTAGTTCAAAT
129 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACCAATTCAAAT
* * * * * **
134626 AATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATG
1 AATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * * * *
134691 ATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCAAAAAAT
66 ATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAAT
* * * *
134756 TAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTGGTTTACCGAACCATTTCAAAT
131 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-GTTTACCAAACCAATTCAAAT
* * * * * * *
134807 AGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTTATCAAACA
1 AATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
**** * * *
134872 ATTGGTTCTATTCATACTTTTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTGAAACA
66 ATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAAA
* ** * * * * * *
134937 -CAATAACCAACAAAATTAAAAAATAAATCTAATTTGCCAAACCAATTCCAAT
130 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-GTTTACCAAACCAATTCAAAT
* * * * * * * *
134989 AGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCTTTTCTTTTGTCGTAAAAT
1 AATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * * ***
135053 AATT-ATTTTCTTCATACAAGCTTATTTTGATTAAAATAGTACTAATTTAATAATATTTTGAAAA
65 AATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAA
* * * ** * *
135117 TTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAATTTATTTACCGAATTAGTTCAAGT
130 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACCAAACCAATTCAAAT
** * * * * ** * * * * *
135169 GGTTAAGACTATTTGAACAATTGTCTATTTGAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTAGCCATAAAACA
1 AATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * ** * *
135234 ATT-GTTTTAGTTCATACAAGCCTATTTAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAA
66 ATTGGTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAA
* * *** *
135298 TTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGTGAACCAGTTCAAAT
130 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACCAATTCAAAT
* ** * * *
135350 AGTTATTTCTATTTGAA-AATTATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTGATTTGTCATAAAATA
1 AATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * ** * * **
135414 ATT-GTTTTAGTTAATACAAGTTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTTTTAAAATTTC-CTAA
66 ATTGGTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAA
* ** *
135477 A-TAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATTAATTAAAAT
129 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACCAAACCAATTCAAAT
** * ** * * * *
135529 AATTATGGTTATTTAAACGATTATCTATTTCAAATCGTTATATCCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
1 AATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * *
135594 ATTGTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCT-AAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTC-AAA
66 ATTGGTTCTAT-TCATACAAGCTTATT-TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAA
* ** * *
135657 AA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTAATAAACTAGTTCAAAT
128 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACCAATTCAAAT
* * * * * *
135706 AGTTATGACTATTTGAACAATTATC-AGTCTCAAATCATCA-AGATC-TTTGTTTTGTCATAAAA
1 AATTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTAAAATCATTATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * *
135768 TAATTGTTTCTAATCATAGAAGCTT-TGTCGATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC---
64 CAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAA
* * *
135829 AAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATACGTTTACCAAACCAGTTCAAAT
127 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACCAATTCAAAT
** * * * * * *
135884 AATTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCAT-AAA-T
1 AATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * *
135947 ATTTGTTGC-ATATCTTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTTAGAAA
66 ATTGGTT-CTAT-TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA
* * * *
136011 ATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAAATAAATCTGTTTACCTAA-TAATTTCAAAT
129 ATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACCAA-TTCAAAT
* * * *
136066 AATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACA
1 AATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * **** * * ***
136131 ATTGTTTC-AGTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTAAATTCTTAATATTTTGAAAA
66 ATTGGTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAA
* * * * ** *
136195 GTAATAAGCAAGAG-TTTAAGAAAATGAACCTTTTTTACTGAACAAATTCAAAT
130 TTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAAT-AA-ATTGTTTACCAAACCAATTCAAAT
* * * * * *
136248 AATTGTGACTATTTGAACAATTATCTATTGAAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTGACAAAAC
1 AATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACC-TTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * *** *
136313 AATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
65 AATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAA
* ** * *
136378 TTGATAAGTGGGTGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAATTCAAAT
130 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACCAAACCAATTCAAAT
* * * * * * * *
136429 AATTATGACCATGTCAATAATTATCTA-TTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACA
1 AATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * *
136493 ATT-GTTTTTTATCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTCATCTTTAAAAAA
66 ATTGGTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAA
* * * * * * *
136557 TTAATAACTAAGAGATTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTTAAAC
130 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCAAACCAATTCAAAT
* * * * * * * * * * * *
136609 GATTATGATTGTTTGAACAATTGTATACTTCAAACCGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACA
1 AATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * *
136674 ATTGTTTCTATTTATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATGA-TAATATTCCAAAAA
66 ATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTCAAAAAA
* * * *
136738 TTAATAACTAAAAGAGTTAAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAAC
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136782 TAGTTCGAAT
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AATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
ATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAAT
TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACCAAACCAATTCAAAT
Found at i:137334 original size:181 final size:181
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Indices: 136858--140062 Score: 2430
Period size: 181 Copynumber: 17.9 Consensus size: 181
136848 ACTTAATCAA
* * * * * * * *
136858 TAAACAAAATTATTTTTTAAATCTTTTAATTTTTTATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTA-
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* * * * * * * **
136922 TTTATTTCAAATAAGCTCGTATGAACAGAAATAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATT
66 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * *
136987 ATTT-AAAAAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACGTATTCAA
131 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG
* * *
137037 AAAACACATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTTA-TATT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAA-TTAGTATT
* * * * *
137099 ATTTTATT-CAGAACAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTACGATAAAACAAAAAGTCAT
64 ATTTTATTCCA-AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * *
137162 AACAATTTGAAATAGATAATTTTTCGAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTTAG
127 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG
* * * * *
137217 TAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTGTTGT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
*** * * * *
137282 TTTATTTTGAATAAACTTATATGAACTGATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
66 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * ** * * *
137347 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATCGTTGTGACTATTTGAACTTGCTTGG
131 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG
* * * *
137398 TAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTGTTAATTTCTA-AATATTAATAAATTTA-TATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * * * *
137460 TTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATA
65 TTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
137523 GCAATTTTAAATTGGTAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTTG-TTCG
128 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG
* * * * **
137576 ATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAAAATTA
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
137641 TATTATTCCAAATAAGCTTGTGTGAACAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAATGTCATAAC
65 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * ** * * *
137706 GATTTGAAATAAATAATCATTCAAATAATCATAACTATTTGCAC-TGGTTAGG
130 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-G
** * * * *
137758 CCAATAGATTCATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGCATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
137822 CTTTATTCCCAATAAGGTTTTATCAA-TAGAAACAATTATTTTA-CAGCAAAACAAATGGTCATA
65 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
137885 ACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACT-TATTGAACTGGTTTGG
128 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTTGTTTAG
* * **
137939 TAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAAATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * * *
138000 TTTATTCCAAACAAAG-TTACATGAACAGAAACATTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAT
66 TTTATTCCAAA-TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * *** * * * * *
138064 GATTTGAAATAGATAATTTTTTGGATAGCCTTAACTATTTAAATTTGTTCA-
130 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG
* * * * * *
138115 TCAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTA
1 T-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
138179 TTGTATTCCAAATAAGCTTATATTAACAT-AAAGAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAA
65 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
138243 CAATTTGAAATATATAATTGTTCAGATAGTTATAACTATTTAAACTAG-TTCG
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG
* *
138295 TTAAACA-A---A-----T-AATCTCCTACTTATTAA-TTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * * *
138349 ATTTTATTCCATATAGGCTTGTATGATGTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA
64 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * * * *
138414 TTATCTAAAATAGATCATTATTCAAATGGCCATAACTATTTGAA-TTG-ATATG
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-G
* * * * * * *
138466 ATAAACTGATTTATTTTTTAAATCT-TCAACTTCTCAATTTTT-GAAATATTAACAAAGTAATAT
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTAT
* **** * * * * * * *
138529 TGTTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAATAATTATTTTATGATAATACAAAAGGTTATA
63 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
138594 ATAATTTTAAATAGATCATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAAACTTGTTCAA
128 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTGTTTAG
* ** * * * *
138648 TAAACATATTTATTTTAAAAAT-TCCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * *
138712 TTTTATTTCGAATCAGCATGAATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAAC
65 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* ** * * * **
138777 GATTTGAAATTTATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGG
130 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG
* * * * *
138829 CAAACACATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTCAGAATATT-ATCAAATTTGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTA
* * ** * * * *
138893 TTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATAACAAAA-TAAAGATCATACC
65 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * *
138957 AATTT-AAGATAAATGATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTCTGG
130 AATTTGAA-ATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAG
*
139009 TAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTA-TAATT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGT-ATT
* ** ** ** * *
139068 ATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTACAACAAAAAAAAATGTCATAA
64 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * **
139133 CGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGATTATTTAAACTTGTTCGG
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG
* ** ** * *
139186 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-TCATATTATTAAATTAATATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * *
139250 TTTATTTCGAACAAACTTGTATGAA-TAGAAGCAATTGTTTTTTGACAAAATAAAAGATTATAAT
66 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * *** *
139314 GATTTGAAGTAAATAATTATTTAAATAGTAATAACTATTTGAAC-TCACTCG
130 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG
** * * *
139365 ATAAATGGATTT-TTTTTATAAATCTTTTACGTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATT
1 -TAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
139429 ATTTTAGTCCAAATAAACTTTTATGAA-TAGAAATAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA
64 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
139493 ATAATTTGAAATAAAAAATTATTTAAATAGTAATAACTATTTAAACATGTTTAG
128 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG
* * * *
139547 -AGAACAGATTTATTTTTTAAAAT-T-TTGCTTATTAATTGTTGGAATATTAGTAAATTTA-TAT
1 TA-AACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * *
139608 TATTTTATTCAAAATAAGCTTGTAT-AAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCAT
63 TATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** ** * *
139672 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTAAACTTGTTCAG
127 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG
* *** *
139727 TAAACATATATT-TTTTTTAAATCTCTTGGATATTAATTTTT-GAAATATTAATAAGTTAGTATT
1 TAAACAGAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * **
139790 ATTTTATTTCGAATAAGCTTTATATGAACT-AATACAATTGTTTTATCATGAAACAAAAGGTCAT
64 ATTTTATTCCAAATAAGC-TTGTATGAACTGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
139854 AACGACTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTTATTACTATTTGAACTTG-TTCG
127 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG
* * * * * * *
139908 ATAAACATATTTGTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATA-T-
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * *
139971 TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
65 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* *
140036 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
130 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
140063 TTAATAAATA
Statistics
Matches: 2403, Mismatches: 520, Indels: 206
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.00
171 122 0.05
172 2 0.00
175 3 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG
Found at i:138451 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 137963--138454 Score: 398
Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 171
137953 TTTTAAATCT
* * ** * * *
137963 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTCCAAACAAAG-TTACATGAACA
1 CTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTGTATTCCAAA-TAAGCTTATATGAACA
* * * * * ** * * * ***
138027 GAAACATTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTTGGATAG
65 TAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATCTAAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * *
138092 CCTTAACTATTTAAATTTGTTCATCAAACAAATTTATTTTTAATTCTCTTA
130 CCATAACTATTTAAACTAGTTCGTTAAAC-AA---A----TAA-TCTCCTA
* * *
138143 CTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTGTATTCCAAATAAGCTTATATTAACAT
1 CTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTGTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAT
* * * * * * * *
138208 AAAGAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAGATAGT
66 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATCTAAAATAGATAATTATTCAAATAGC
*
138273 TATAACTATTTAAACTAGTTCGTTAAACAAATAATCTCCTA
131 CATAACTATTTAAACTAGTTCGTTAAACAAATAATCTCCTA
* * * * * **
138314 CTTATTAATTTTGGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATATAGGCTTGTATG-ATG
1 CTTATTAATTTT-CATAATATTAATAAATTAGTATTATTGTATTCCAAATAAGCTTATATGAACA
** *
138377 TAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAATTATCTAAAATAGATCATTATTCAAAT
65 T-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTT-ATAACAATCTAAAATAGATAATTATTCAAAT
*
138441 GGCCATAACTATTT
128 AGCCATAACTATTT
138455 GAATTGATAT
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 54, Indels: 17
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.04
171 111 0.44
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176 1 0.00
179 5 0.02
180 124 0.49
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
CTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTGTATTCCAAATAAGCTTATATGAACAT
AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATCTAAAATAGATAATTATTCAAATAGC
CATAACTATTTAAACTAGTTCGTTAAACAAATAATCTCCTA
Found at i:139560 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 136842--141564 Score: 2721
Period size: 361 Copynumber: 13.1 Consensus size: 360
136832 TTGTTTTGTC
** * * * * * * * *
136842 ATTTGAACTTAATCAATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTTTTAATTTTTTATTTTTGGAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
* * * * * *
136907 AATAAATTAATATTA-TTTATTTCAAATAAGCTCGTATGAACAGAAATAATTGGTTTATGACAAA
66 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * ** * * * * * *
136971 ATAAAAGGTTATAATTATTT-AAAAAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACGTATTC
131 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-
* * *
137035 AAAAAACACATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTTATATT
195 TAGAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTATATT
* * *
137099 ATTTTA-TTCAGAACAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTACGATAAAACAAAA-AGTCAT
259 ATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCAT
* * * *
137162 AACAATTTGAAATAGATAATTTTTCGAATAATAATAACT
322 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
* * * *
137201 ATTTGAACTTGTT-TAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATAT
1 ATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
* * *** * * *
137265 TAATAAATTAGTGTTGTTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACT-GATACAATTGTTTTATGACA
65 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * ** * *
137329 AAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATCGTTGTGACTATTTGAACTTGC
129 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * *
137394 TTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTGTTAATTTCTAAATATTAATAAATTTATAT
194 TTAG-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTTATAT
* * *
137458 TATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TTA
258 TATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GATCA
* * *** *
137521 TAGCAATTTTAAATTGGTAATTGTTCAAATAGTAATAATT
321 TAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
* * * *
137561 ATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAGAATTTT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
** * * * * *
137626 AATAAATTAAAATTATATTATTCCAAATAAGCTTGTGTGAACAGAAACAATTGTTTTGTGATAAA
66 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * *
137691 ACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATCATTCAAATAATCATAACTATTTGCAC-TGGTT
131 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
* * * ** **
137755 AGGCCAATAGATTCATTTTTTAAATCCGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGCAT
196 A-G-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTTATAT
* * * * * * * * *
137820 TACTTTATTCCCAATAAGGTTTTATCAATAGAAACAATTATTTTA-CAGCAAAACAAATGGTCAT
258 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGATCAT
* *
137884 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACT
322 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
* * * * *
137923 -TATTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATAT
1 AT-TTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
** * ** * * *
137983 TAATAAATTAAAATTATTTTATTCCAAACAAAG-TTACATGAACAGAAACATTTATTTTATGACA
65 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * *** * * * *
138047 AAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTTGGATAGCCTTAACTATTTAAATTTGT
129 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * * * * *
138112 TCATCAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTCATAATATTATTAGA-TTAGT
194 TTA-GAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTTA-T
* * * * * * * * * *
138175 ATTATTGTATTCCAAATAAGCTTATATTAACATAAAGAATTTTTTTATGACAAAACAAAA-AGTT
256 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TC
* * *
138239 ATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAGATAGTTATAACT
320 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
* * * * *
138280 ATTTAAACTAGTTCGTTAAACA-A---A-----T-AATCTCCTACTTATTAA-TTTTGGAAATAT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATAT
* * * *
138334 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATATAGGCTTGTATGATGTA-AAACAATTATTTTATGACA
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* ** * * * * *
138398 AAACAAAAGTTCATAATTATCTAAAATAGATCATTATTCAAATGGCCATAACTATTTGAA-TTGA
129 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-
* * * ** * * * * *
138462 TATGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAACAAAGTAAT
193 T-TTAGAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTAT
* * * * * * * * * *
138527 ATTGTTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAATAATTATTTTATGATAATACAAAAGGTTA
256 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCA
* * * * *
138592 TAATAATTTTAAATAGATCATTGTTCAAATAGTCATAACT
321 TAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
* * ** * * *
138632 A-TTGAAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTAAAAAT-TCCTTGCTTATTAATTTTTTGAATG
1 ATTTG-AACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * * *
138695 TTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATCAGCATGAATGAACT-GAAACAATTATTTTATGAC
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * ** * * * *
138759 TAAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAAATTTATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG
128 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** * ** * *
138824 TTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTCAGAATATT-ATCAAATTTG
193 TTTAG-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAAT-AAATTTA
* * * * * *
138888 TATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATAACAAAA-TAAAGATC
255 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATC
* * *
138952 ATACCAATTT-AAGATAAATGATTGCTT-AAATAGTCATAACT
320 ATAACAATTTGAA-ATAAATAATTG-TTCAAATAGTAATAACT
* * *
138993 ATTTGAA-TTGGTCTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAAATA
1 ATTTGAACTTGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATA
* ** * **
139052 TTAATAAATTA-TAATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTACAAC
64 TTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
139116 AAAAAAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGATTATTTAAACTT
128 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * *** ** * *
139180 GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTTCATATTATTAAATTAAT
192 GTTTAG-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTTAT
* * * * * * *
139245 ATTATTTTATTTCGAACAAACTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTTTGACAAAATAAAAGATTA
256 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCA
** * * *
139310 TAATGATTTGAAGTAAATAATTATTTAAATAGTAATAACT
321 TAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
*** ** * * *
139350 ATTTGAACTCACTCGATAAATGGATTT-TTTTTATAAATCTTTTACGTATTAATTTTTAGAATTT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
* * * * * *
139414 TAATAAATTAGTATTATTTTAGTCCAAATAAACTTTTATGAATAGAAATAATTGGTTTATGATAA
65 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
** * * * * * *
139479 AACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAAAAATTATTTAAATAGTAATAACTATTTAAACATGTT
130 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * ** *
139544 TAGAGAACAGATTTATTTTTTAAA-ATTTTGCTTATTAATTGTTGGAATATTAGTAAATTTATAT
195 TAGA-AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTTATAT
* * * *
139608 TATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCAT
258 TATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * **
139672 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTGTAACT
322 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
* * ***
139711 ATTTAAACTTGTTC-AGTAAACATATATT-TTTTTTAAATCTCTTGGATATTAATTTTT-GAAAT
1 ATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AAT
* * * * * *
139773 ATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTATATGAACTA-ATACAATTGTTTTATC
63 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
** * * * *
139837 ATGAAACAAAAGGTCATAACGACTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTTATTACTATTTGAACT
126 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * ** *
139902 TGTTCGATAAACATATTTGTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTA
191 TGTT-TAGAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTT
* * * * * *
139967 ATA-T-TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AG
254 ATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-
** * *
140029 TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATATTAATAAAT
318 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
* * * * * * **** *
140072 AAAATTTTTAATCTGAATAAGCTT-GTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATT
1 ---A-TTTGAA-CT---T--G-TTCG-AT-AA-ACAGAT--TTATTTT-T--TAAATCTCTTACT
* * **
140136 TATAACGATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTATT-C-AATAA
47 TATTA--ATTT---TTAGAAT-ATTAAT-AAATTAGT-AT---TA-TT----TTATTCCAAATAA
* * * * * ** ** ** * * * **
140197 AC-AGATTTGAA-ATAAGC--TTGTATGAATAGA-AAAA-ATTATTTTATGACAAAAT-AAA-AG
96 GCTTG-TATGAATAGAAACAATTGT-TTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-
* * * * * * * *
140254 GCTATAGCAAT-TTGAAATAG--ATTA-T-TGTTCAAATAG-TCA-TAAC-----TATTTTTTAA
157 G--ATA--ATTATTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTTGTTTAGAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * *
140307 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTGGA-ATTATGTTA-TTCTGAATAAGCTT
217 ATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT-TATATTATTTTATTTC-GAATAAGCTT
** * * **
140370 GTACAAACTA-AAATAATTATTTTATGACAGAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATT
279 GTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATT
* * * *
140434 ATTGAAATA-AACATAATT
343 GTTCAAATAGTA-ATAACT
* * * *** * ** *
140452 GTTTGCA-TTGGTCAGGCCAATAGATGCA-----TAAATC-CTTTACTTATTAATTTTGAGAATA
1 ATTTGAACTTGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * *
140510 TTAATAAATTAGCATTACTTTATT-CAATTAAAGGTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGAC
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
** * * * * *
140574 AAAACAAATTGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTACAACT-TATTGAA-TT
128 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTT
* * * *
140637 GGTTT-GCTAAACAAATTCATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATGAATT
192 -GTTTAG--AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATT
* * * * * * * * * *
140697 AATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAACAAAAGG
253 TATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA
* ** * * * *
140762 TAATAATGATTTGAAA-AAGATAATTATTTAAATAGTCATAATT
318 TCATAACAATTTGAAATAA-ATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
* * * * * *
140805 ATTTGAACTGGTTTGACAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TCATTGTTT-GAAATA
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAG-AATA
* * * * * *
140868 TTAATAAATTTA-TTTTACTTTATTCCTAATAAG-TTAGTAAGAGCT-GAAA-AGATT-TTTTAC
64 TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-GTATGA-ATAGAAACA-ATTGTTTTAT
* * * * * *
140928 GACAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG-CCTAAACTATTTGAA
125 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAA
* * * * * * * * * *
140992 -GTGCTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTGTCAGAGTATTATTAGA
189 CTTG-TTTAG-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAA
* * * * * * *
141056 -TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATAAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAA
251 TTTA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * ** * * *
141120 AG-GCTATAATAGTTTGAAATGTATAATTGTTTAAATAGTTATAATT
315 AGATC-ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
* * * * * *
141166 ATTTGAACTAGTTTTG-TAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAAGTTTT-GAAATA
1 ATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATA
* *** * * * * * *
141229 TTAATAAATTAGTTTTATTTTATTATGAATAAACTTGGATGAGCT--AAATAATTATTTTATTAC
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
141292 AAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTCTTCATATAGTCATAACTGTTTAAAC-TG
128 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * ** *
141356 GTTCGATAA-ATGAATTTATCTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTCAAAATATT-ATTAATTTA
193 TTTAGA-AACA-G-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTTA
* * * * * * * *
141419 GTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATTGAAATAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAGAT
255 -TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGAT
* * * *
141483 TATAACAATTTGAAATTAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATT
319 CATAACAATTTGAAA-TAAATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
* * * *
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1 ATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
141565 TGTATGTTAG
Statistics
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ATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
AGAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTTATATTAT
TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATAACT
Found at i:140128 original size:106 final size:107
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139932 TTTTACTTAT
*
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*
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** *
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* *
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TAATTGTTCAAATATTAATAAATTAAAATTTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAA
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140481 AAATCCTTTA
* * * * * * * *
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* * * *
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* *
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* * *
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* * * * *
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*
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** * * * * * *
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1 CTTA-TTA--ATT-TTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTA-TAT
* * * * *
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* * * *
140972 TATAGCCTA-AAC-TATTTGAAGTGCTTTGGC-AAACAAATTTATTTTTTAAATCT
123 AATAG-TTATAACTTATTTGAACTGGTTT-GCTAAACAAA-TTATTTTTTAAATCT
* * * * * * * *
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1 C----TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGA
* * * * * *
141090 ATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGCTATAAT-AGTTTGAAAT-GTATAATTGTTTA
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* *
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123 AATAGTTATAACTTATTTGAACT-GGTTTGCTAAACA-AATTATTTTTTAAATCT
* * * **
141206 CTTACTAATTAAGTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTAT-GAATAAACTTGGAT
1 C-T--T-ATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTATAT
* * * *
141269 GAGC-TAAATAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTCTTC
60 GAACAAAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * * *
141332 ATATAGTCATAAC-TGTTTAAACTGGTTCGATAAATGAATTTATCTTTTAAATCT
122 AAATAGTTATAACTTATTTGAACTGGTTTGCTAAA-CAAATTATTTTTTAAATCT
* * * *
141386 CTTAGTTATGAATTTCAAAATATTATTAATTTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAA
1 CTTA-TTA--ATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA
*** * * **
141451 TTGAAATAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAGATTATAACAATTTGAAATTAGATAATTGTTCAAA
63 CAAAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAA
*
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125 TAGTTATAACTTATTTGAACTGGT
141537 CTAGTAAAAA
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AAATAATTTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA
TAACTTATTTGAACTGGTTTGCTAAACAAATTATTTTTTAAATCT
Found at i:140790 original size:17 final size:18
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Indices: 140764--140811 Score: 55
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140754 ACAAAAGGTA
*
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*
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1 ATAATTATTTGAA
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Statistics
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ATAATTATTTGAAAAAGC
Found at i:142364 original size:21 final size:21
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* **
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*
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1 GGATCGATCCCCCCAAGGAAG
*
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1 GGATCGATCCCCCCAAGGAAG
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1 GGATCGATC
142411 GGGTAAGGCT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 6, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
20 17 0.40
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GGATCGATCCCCCCAAGGAAG
Found at i:150113 original size:180 final size:179
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Period size: 181 Copynumber: 78.6 Consensus size: 179
149479 AGCAAAAGTT
* * * *
149489 AATA-ATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTT-GATAAATAGATTTTTTTTTTC
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTT-
** * * * * * * *
149552 AAATCACTTGCTCATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTAGTGTTATTTTCTTCTAAAGAAGCT
64 AAAT--CTCACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * * **
149616 TGTATGAA-ATG-AACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGA
126 TGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * * * * * *
149669 AATAG-TAATTATTCTAATAGTCATAACTATTT-AAATTGATTCGACAAACACATTTATCTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTA
* * * *** *
149732 AATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAAAGTAGTATTATTTT-TATCCAAATCTA-C
65 AAT--CTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAAT-AAGC
* * * *
149795 TTTTATG-ATCATAAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAGATCATAAAA-ATTTGA
125 TTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-AAAACATTTGA
* * * * * * * * ** * ** *
149849 GATTGACATTTGTTCAAATTGTCGTAACTATTTGAA-TTGGATCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * *
149913 AATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAGAA-TAGCATTGTTTTATTTTGTATAAGTTT
65 AATCTC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * *
149977 TTATGAATTGAAATAATTGTTTTATAACAAAATAAAAGGTCAAAAACATTTGA
127 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * *
150030 AATAGATAATTGTTTAAATAGTCATATCGATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTA
* * * * ** *
150095 AATCTCGCTTATTAATTTTTCG-GATGTTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAACAAGCTTGT
65 AATCTCACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * *
150159 ATGAACT-GAAATAATTGTTTGATGACTAAACAAAAGGTC-AAAACAATTTGA
129 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * ** * * *
150210 AATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTAATTGAA-TTGGTTCAACAAACATATCTATTTTTGA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTA
* ** * * **
150274 AATCT--CTTATTAATTTTTGAAA-ATTATTCTATTAGTATTATCTTAATCCGAATACA-CTTGT
65 AATCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA-AGCTTGT
* * * * *
150335 ATGAAAAGAAATAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATC-ATAACGATTTGA
129 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * * * *
150385 GATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAT-TTTGGTAAATAGATTTAGTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTA
* ** * * ** *
150449 AATCT--CTTATTAATATTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTAAATAATTTTGCA
65 AATCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
* * * *
150512 TAAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAA-G--AATATAACTATTTGA
130 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAA-A-AAC-ATTTGA
* * * * * * *
150562 AATAAATAATTATTCAAACAGTAATAACTATTTGAGCTT-TCTTAGTAAATAGATTTATTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TTAGTAAACAAATTTATTTTTT-
* * * * * *
150626 AATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAGCTTA
64 AA-ATCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * *
150691 TATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACTATTTAA
128 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
*
150743 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA--TGTATTCAG-AAAGC--ATTT-TTTTT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TT-AGTAAA-CAAATTTATTTTT
* * *** *
150802 T-ATTTTCACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAGGCT
63 TAAATCTCACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * * * * **
150864 TATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTCTAACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGA
126 TGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * *
150918 AATGGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-AAGATTCATTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAA-ATTTATTTTTTA
* * * * * * *
150982 AATAT--CTTATTAACTTTT-AGAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACCTAT
65 AATCTCACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * * *
151044 ATGACTTGATACAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-TATAACAATTTGA
129 ATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * * * * *
151096 AATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTCTAATAAGCATATTTA-TTTTAAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * ** * * *
151160 ATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGT
66 ATC--TCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * * * *
151225 GTGAAGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTC-ATAACAATTTGA
129 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * * * *
151276 AATAAATAATTGTTTAAATAGTCAGAACTATTTGAACTTATTTTGTAAATAGATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * * *
151341 ATCTTTTATTTATTGATTGTTTG-AATATTAATAAATTTGTATAATTTTA-TTTGAAATAAGTTT
66 ATC--TCACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTT
* * * * * * *
151404 GTATGGATAGAAA-AAGTTGTTTTTTGACAAAATAAAATGT-TATAGCTATTTGA
127 GTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * * *
151457 AAAACATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG-AAAAATAGATTCATTTTTT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACA-A-ATTTATTTTTT
* ** * * *
151520 -AAT-TCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAATAAACTTGT
64 AAATCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * * * * * ** *
151583 AAGAACAAAAACAATTGTTTTTGTGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTAA
129 ATGAATAGAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * * ** *
151635 AATAGAT-ATTGTTAAAATACTCATAACTATTTGCA-TTGGTTAAGCGAACAAATTCATTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * *
151698 AATCCGTTACTTATTAA-TTTT-ATAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTGAGTAAGACT
65 AAT-C-TCACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CT
* * * * *
151761 AG-ATGAATAGAAATAATTATTTTATGATAAAA-AAAA-GTC-ATAACAATTTGA
126 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * * ** * *
151812 AATAAATAATTGTTGAAATAATTATAGCTAAGTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * ** * * * ** *
151876 ATTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATACTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAATTTATA
66 A-TCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
* * * * * * * * * **
151941 TAAACAAAAACATTTATTTTATGACAATACGAATGGTCATAATGATTTGA
130 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * * * * *
151991 AATAGATAATCG-T-AAGTAGTCATAATTATTTGAACTAG-TTCGACAAACAAAATTATTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTA
* * ** * * * *
152053 AATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTTGTAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTA
65 AA--TCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * **
152118 TATG-ATGAAAAACAATTGTTTGT-GGACGAAACAAAAGTTCATAATGATTTGA
128 TATGAAT-AGAAACAATTGTTT-TATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * * * ***
152170 AATAGATAATTATTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAA-TTGATTCGATAAATTGATTTATTTTTT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTT
* * * * *
152233 AAATCACTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAAAAAAATA--ATTATTTTA-TTTCAGATAAGCT
64 AAAT--CTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCT
* * * * * * * *
152295 TTTA-GCATTGAAATAATT-TTTTATAACAAAATAAAAGGTC-ATAACAATTTTA
126 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * *
152347 AATAGATAATTATACAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTTAGCAAACATATTTATTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * **
152411 AA--TC-CTTATTAATTTTAGAAATAGTAATAAATT-GATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGT
65 AATCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * * * * **
152472 TTGAATAGAAATAATTGTTTTACGACAAAACGAAATGTCATAATGATTTGA
129 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * * *
152523 AATAGATAATAGTTCAAATGGACATAACTATTTGAACTTGTTT-GATAAATAGATTTATTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTA
** *** *
152587 AATCTCTAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTACCTTATTCCAAATAAACTT
65 AATCTC--ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * *
152651 GTATGCATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC-ATAACAATTTGA
127 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * * * *
152704 AATAAATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCAATAAATAGATTTA-TTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * * *
152768 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTCTTATTTTATTTAGAATAAGCATGT
66 ATC--TCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * ** ** *
152833 ATAAATAGAAATAATTGATTTATGACAAAACAAATA-GTCATTATGACTTGA
129 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCAAAAACATTTGA
* * * *
152884 AATAGATAGA-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTATTTAGAAAATAAATTTATTTTTA
1 AATAGATA-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT
* * *
152947 AAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTTGAAATAAGCT
64 AAA-TCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCT
** * * * * * * *
153010 TACATGAATAGAACCAATTGTTTTATAACAACACAATAGGTCATAATA-TTTTAA
126 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-AAAACATTTGA
* * ** * * *
153064 AATAGATAATTGTTGAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGGAAATAGATTTATTTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTA
* * * ** *
153129 ATTCTCTTACTCATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA
65 AATCTC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * * **
153194 TATTAACTA-AAACACTTATTTTATTACAAAACAGAAGGTCACAATGATTTGA
128 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * ***
153246 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGATTCGATAAATTGATTTATTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTA
* ** * * * * *
153310 AATCACTAAAATATCAATTTTTGTAATATTAATAAATTAATAATATTTTA-TTTCATATAAGCTT
65 AAT--CTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTT
* * * * * * * ** *
153374 TTATCACT-GAAACAATT-ATTTATGATAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTTA
127 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * * * *
153426 AATAGATAATTGTACAATTAGTTATAACTATTTAAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTT-
* * * * **
153491 AAATTTCCTACTTATTACTTTTCT-ATATGTTAATAAATTAGTATTATTATT-TTTCAAATAAGC
64 AAATCT-C-ACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTTGAATAAGC
* * * * * *
153554 ATGTATGAACTA-AAATAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTC-AGAACGATTTGA
125 TTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * * *
153609 AATAGAGAATTGTT-ATAATAGACATAACTATTTG-AGTTGGTTTGGAAAACACATTTA-TTTTT
1 AATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT
* ** * * ** *
153671 AAATCT---TTATTAA-CTTTGAAATAGCAATAAATTGGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTAT
64 AAATCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
** * * ***
153732 ATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAATGGTTTGA
129 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * * * * * * *
153783 AATAGATAATAGTTCAAATGGCCATGACTATTTAAAGTT-CTTCGATAAACATATTTATTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTA
* **
153847 AATCTCTAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGATTAAATTT
65 AATCTC--ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * *
153911 GTATGCATAGAAACAATTGTTTTATGACAATACAAAAGATC-ATAACGATTTGA
127 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * * ** * *
153964 AATTAG-TAATTATCCAAACAGTCAAAACTAGTTGAACTCACTTT-GTAAACATATTAATTTTTT
1 AA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT
* * * * *
154027 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
64 AAATC--TCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * * * * **** *
154092 TTATAAACAAAAACAATTGGTTTATGACATAACAAATGGTCAACTTGATTTGG
127 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * *
154145 ATTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAACGTGTTTAG-AAACATATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * *** * * *
154209 ATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATATA-AATTATTTTATTCAAAATAGGTTTGCA
66 ATCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
* * ***
154273 TGAACA-AAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGA
130 TGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * * * *
154323 AATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATATGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTA
* * * * *
154388 ATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TATCTTATTTTAAATAAGCTTA
65 AATCTC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * **
154452 TATTAACT-GAAATAATTGTTTTAAT-ACAAAACAAAATGTC-ACCACGATTTGA
128 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * *
154504 AATAGATAATTATTCAAAAAGTCATGACTATTTGAA-TCTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * * * * *
154568 AATCTTTTACTTATTCATTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGATTAAGGTTG
65 AATC--TCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * *
154633 TATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTC-ATAACAATTTGA
128 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * * * **
154685 AATAGATATTTATTCCAACAGTCATAACGATTTAAAC----TTAGTAAACTGATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * *** *
154746 ATCTTTTACTTGTTAATTGTCTT--AATATTAATAAAATT-GTATTATTTTATTCAAAATTAGCT
66 ATC--TCACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * ** * * * * * *
154808 TGTGTGAACATAAGA-AATCATTTTATGATAAAACAAAAGCT-TATAGCGATTTCA
126 TGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * *
154862 AATAGATAATTATTCAAATAGTCACAATTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * * ** * *
154927 ATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATT-ATAACTTTGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCCTAT
66 ATCTC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
** ** ** *
154991 ATGAACT-GAAATGATT-TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATTATGATTTTA
129 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * * * * * * * *
155040 AATAGATAATTATTCAAATAGCCTTGATTATTTGACCTAG-TTCGATAAACATATTT-GTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTA
* * * ** * ***
155103 GAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTT
65 -AA--TCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
** * * * ** * ** *
155168 GTATGAATAGAAATTATTATTTTATAATAGAATGAAAA-GTCATAATGATTTAA
127 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* ** * *
155221 AATAAATAATTGCACAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-GATAAA-AAATTTATATTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * *
155284 AATCT--CTTATTAATTATTGAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATA
65 AATCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
* * * * * * * * *
155347 TGAACAAAAACATTTATTTTATGAGAAAACAAAAGCTCATAATA-GTTTCA
130 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-AAAACATTTGA
* * * * * * *
155397 AATAGGTAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTAAGTAAACAAAATTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * *
155462 ATCTCTTACTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCT-AATAAGCTA
66 ATCTC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TTGAATAAGCTT
* * * * *
155525 GTATGAATTGAAAAAAAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTC-ATAACAATTTGA
127 GTATGAA-T-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * * *
155580 AATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATATGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * **
155645 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
66 ATCTC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * * * * * *
155710 ATGAACATAAATAATTATTTTATGACATAACAAAAGGTTTTTTTTTAAATAATTGATTTCA
129 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-------TCAAA-AA--CATTTGA
* * * * * * * *
155771 AGTATACAACTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-A
* * *
155836 ATATCTTC-CTTATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
65 A-ATC-TCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * *
155900 TATG-ATAAAAAACAATTGTTATATGACTAAAA-AAAAGGT-AATAACAATTTGA
128 TATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * * * * * * *
155952 AATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATCAGTAAATAGATTCACTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * * *
156016 GTCACATACTTATTCATTTTTGGAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGT
66 ATCTC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * * *
156081 ATAAACT-GAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAAGGTC-ATAACAATTTTA
129 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * ** * *
156132 AATAGACAATTATTTAAATAGTTGTAACTATTTGAA-TCTGTTCAGTAAACATATTT-TTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTA
** * ** * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * **
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* * * * *
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* * * * ** * *
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* * ** * * * * *
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTA
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65 AATCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGT
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* * * *
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGT-----C-A--T-AAC--TATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAAT
* *
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* * *
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** * * * * *
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * ** ** ** *
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66 A--TCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * * * * *
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129 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-A-TTTGA
* ** * * * *
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1 AATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTT
* * * * * * *
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64 AAATCTC--ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
*** * * * *
157166 TGTATGAACCTAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGT-TATAACAATTTGA
126 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * *
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1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * *** *
157285 ATCTCCTACTTAGTAAGTTTTT-AAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTG
66 ATCT-C-ACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * **
157349 TATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGA
128 TATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * * **
157401 AATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTT-GATAAACTCATTTATTTTTT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAG-TAAACAAATTTATTTTTT
* * * * *
157464 AAATCTCCAACTTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGGATAAACTT
64 AAATCT-C-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * * * * *
157529 TTTTGAACAGAAACAATTGTTTTATCATAAAATAAAAAAGGTC-ATAACAATTTTA
127 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAA-ACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * * *
157584 AATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCAGTAAACATATTTACTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * * * * *
157649 TTTCTTACTTATTAATTCTCTGAAA-GTTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAAACATGT
66 -ATCTCACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * * * * * ** *
157713 ATGACCT-GAAACAATTATTTTATGACTAAATAAATGGTTAGAATGACTTGA
129 ATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * *
157764 AATGGATAATTGTTCAAATAGTCCTAACTATTTGAAC-TGTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * * *
157828 ATCTCTTACCTATTAATTTTT-AGAATATT-ATTAGTTAGCAATATTTTA-TTTCATATAAGCTT
66 ATCTC--ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTT
** * * * * ** *
157890 GTAAAAATAGGAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAATGAATT-A
127 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * * ** *
157941 AGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTAGGTTCTA
1 A-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * * **
158006 AATCT--CTTATTAAGTTTTAAAATATTAATAAATTTGAAATATTTTATTTTGAATAATTTTGTA
65 AATCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
* * * ** **
158069 TGAATAAAAACAATTGTTTAACT-ACAAAACAAAATGTCCTAATGATTTGA
130 TGAATAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * ** * * *
158119 AATAGATAATAGTTCTAATAGAT-ATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTGTTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * *
158183 AATCTTCAACTTATTAATTTCT-AGAATATTAATAAATTAATATTGTTTTATTTTGAATAAACTT
65 AATC-TC-ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * * **
158247 GTATGAATAGAAATAATTATTTTAAGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGA
127 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * *
158300 AATAAATATTTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTCG-CTAGGTAAACAAATTTATTTTTT
1 AATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAACAAATTTATTTTTT
** * * ** ***
158363 AAATCTTTTGCTAATTAATTTTTGAAATTTTTGTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
64 AAATC--TCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * * * **
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127 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * * *
158480 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * *** *
158545 ATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGC
66 A-TCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * * * ***
158609 ATGAA-CGAAACCAATTGTTTTATGAC-AAA-TAATGATCATAATTTTTTGA
129 ATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * * * * *
158658 AATAGATAATTGTTCAGATAATCATAACTATTTGAATTTATTCAATAAACAAATTCTTTTTTTTT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAA-T-TTATTTTTT
* * * * * *
158723 AATTATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTGACAAATTAGTATTATTTTACTCTGAATAAGCTT
64 AA--ATCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * * * * * * **
158788 ATATGAGCT-TAAATAATTGTTTTATTACGAAAGAAAAGGACATAATGATTTGA
127 GTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * * * *
158841 AATGGATAATTATTCAAATGGTCATGACTATTTTGAACTTGTTCCA-TAAACATATTTA-TTTTT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTGTT-TAGTAAACAAATTTATTTTTT
* * * * * * * *
158904 AAATGTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAGTTAATATTATTTTAATTTGAATAAACTT
64 AAA--TCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * *
158969 GTATGAATAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTC-ATAACAAGTTGA
127 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * *
159021 AATAAATAATTGCTAAAATAGTCATAA-TGATTTGAACTTG-TTCGATGAACAAATTTATTTTTT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTT
* * * * * * ***
159084 AAATCTTTAACTTGTTAATTGTTT-TAATATTAATAATTTTGAATTATTTTATTCAAAATAAGCT
64 AAATC--TCACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * * ** *
159148 TGTATGAACATG-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGTA-ATTTCA
126 TGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-AAAACATTTGA
* * * * * * * * *
159202 AATAGATAATTATTCAAACAGACATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTAATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-A
* * **
159267 ATATCTTTA-TTATTAATTTTT-AGATTATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTTCAAATAAGCTT
65 A-ATC-TCACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
** * * * ** *
159329 ACATGAA-ATGAAATAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGG
127 GTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * * * * ** * *
159381 AATAGATCATTATTCAAATAGTCATGATTGTTTGATCTAATTTGGTAAACATATTTATTTTTTTG
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTT-
* * * * * * * * * * *
159446 AATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATGTTAATGAATTAGAATTATCTTAATCTGAATAAGCTTA
64 AA-ATCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * *
159511 TATGAA-CGAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAA-ATC-ATAACAATTTGA
128 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* ** * *
159561 AATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-GATAAATAAATTTATTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTT-
** * * * * * * *
159625 AAAT-T-TGTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGCT-TTACTTTATTTTGAACAAACATA
64 AAATCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * **
159687 TATGAACAAAAAC-ATCTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAATGATTTGA
128 TATGAATAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * * *
159739 AGTAGATAATTCTTTAATTAGTCAT-ACTTATTTGAA-TTAG-TTAGGTAAACGTAA-TTATTTT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTT-GTTTA-GTAAAC-AAATTTATTTT
* * * ** *
159800 TTAAATCTTTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCCAATTAT
62 TTAAATC--TCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAA-TAA
** * * * * **
159863 GCTAATATGAATTAAAAAAAAAAGTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
123 GCTTGTATGAA-T--AGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * *
159924 AATAGATAATTGTTCATATAGTCTTGAA-TATTTGAACTAGTTT-GCCAAA-AAATTTTATTTTT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAA-TTTATTTTT
* * * *
159986 TAATTCTCTTAGC-TATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAGTATCATTTTATTTTGTAA-AAG
63 TAAATCTC--A-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAG
* * * * * * * * *
160049 CTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGT-TATAACAATTTTA
124 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* ** * ** * * * * * * *
160105 AGTTTACAATAATTCAAATTGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * *** *
160170 ATTTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGA
66 A--TCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * * * *
160235 ATG-TTCAGAAACAATTGTTATGTGACCAAACAAAAGAT-AATAACAATTTGA
129 ATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * * ** * *
160286 AATAGATAATTGTTGACATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTT-GATAAACTGATTCA-CTTTT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAG-TAAACAAATTTATTTTTT
* * *
160348 AAA--TCACTTATTATTTTTTAAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
64 AAATCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * *
160411 ATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTC-ATAACAGTTTGA
129 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACA-TTTGA
* * * * * * * * *
160462 AATAGATAATTATTCACATAGTCTTAACTGTTCGAA-TTGCTTCAGCAAACAGATTTATTTTTCA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTA
* ** ** *
160526 AATCT-ATTTGTCATTAATTTTTGAAATATTTTTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATGAGCTT
65 AATCTCA-CT-T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * *
160590 GTATGAACT-GAAACTATTGTTTCATGACAAAACAAAAAGTC-ATAACAGTTTAA
127 GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACA-TTTGA
* * * * * * * * * * *
160643 AATGGATAATTGTTCATATAGTCTTTATTGTTTGAAC-TGCTTCAGCAAATAGATTTATTTTTCA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACAAATTTATTTTTTA
** ** *
160707 AATCT-ATTCGTCGTTAATTTTTGAAATATTTTTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
65 AATCTCA--C-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * * * * **
160771 ATATAAACTA-AAACAATTATTTTATGATAGAAAAAAAAAGGTTATAATGATTTGA
127 GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG--ACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * * * *
160826 AATAAATAATTATTCAAATAG---GAACTA---G---TTG---GGTAAATAGATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* ** *
160879 ATCTCCCACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTATTGGCTTAT
66 ATCT--CACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * * *
160943 ATG-ATGAAAAAGAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGTTCATAATA-ATTTGA
129 ATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-AAAACATTTGA
* * * * *
160994 AATAGATAATTATTCAAAT-GACCATAATTATTTGAA-TTGATTT-GATAAACTAACTTATTTTT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-TTTAG-TAAACAAATTTA-TTTT
* * * * * *
161056 TTATATCTCAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGTT
62 TTAAATCTC-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * * *** *
161121 TTTATAAAGT-GAAACAATTGTTTTTTGATAAAACAAAAGGTCAAATTTATTTTA
126 TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * * * * *
161175 AATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTGTTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTTC
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTT-
* * * * *
161240 AATTTCTTATTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCAT
64 AA-ATCTCACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* ** * ** * **
161304 GTATGAACTA-AAAAAATTAATTTATGACTAAACAAAATATTAAAATGATTTGA
127 GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * * *
161357 AATAGATAATTGTTC-AATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTT-G-ACAAAAACATTTA-CTTTT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTA-AACAA-ATTTATTTTTT
* * **
161418 AAAT-T-TCTTACTT-A---TT--AA-ATT-AT--A--A-TATT-T--TACTCCGAATAAGCTTG
64 AAATCTCACTTA-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* ** * * * * *
161465 TATGAATAGAAACAATTATTTTACAATAAAAC-AAAGATC-ATATCGATTTTA
128 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * * * * * *
161516 GATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGGA-TTGGTTCAATAAAAAAACTTAGTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTA
* **
161580 AATCTC-C-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAATTTTGTA
65 AATCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
* * * * * * * *
161643 TGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAAGATTTAA
130 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
** * * * * * *
161693 AATAGATAACAGTTTAAAT-GAACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTGAACATATTGTATTTTTT
1 AATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATT-TATTTTTT
* * * *
161757 AAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAA-AAATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAACG
64 AAATCT-C-ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* ***
161820 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAATAA-ATC-ATTGCGATTTGA
126 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * *** * *
161874 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTCACTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* ** * * * * * *
161939 ATCTTTTACTTATTAACATTTAAAATTTTAATAAATTTATTGTTATTTTATTTCGAATAAGCTTT
66 ATC--TCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * *
162004 TATCAATAGAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATATCAATTTGA
128 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * * *
162056 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAACGTGTTCA-TAAAACATATTTATTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT-AAACAAATTTATTTTTTA
* * * *
162120 AATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-GAAATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTT
65 AA-TCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTG-AATAAGCTT
* * * * * ***
162183 GCATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGA
127 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * * * * * *
162236 AATAGATAATTGTTTAGATAATCATAAATATTTGAACTTATTCAGTAACCAGATTCT-TTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATT-TATTTTTTA
* * * **
162300 ATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGCTT
65 AATCTC--ACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * * * **
162364 ATATGAATTGAAACAATTATTTTATTG-CAAAAGAAAATGTCATAATGATTTGA
127 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * ** *
162417 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTA-TTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * ** *
162481 ATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATACTAATAAATTAACATTATTTTAATTTGAATACA-CTTG
66 ATC--TCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA-AGCTTG
* * * * * * * *
162545 TATGAACAAAAACAAATGTTTTATGTC-AAACAAAAAGTC-ATAACAAGTTAA
128 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * * *
162596 AATAAACAATTGCTCAAATAGTCATAA-TGATTTAAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-
* * * *
162660 AATATTTTACTTATTAATTTTCT-TAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGC
64 AA-ATCTCACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGC
* * * * * * * * *
162722 TTGTATGGATAGAAAAAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGT-TATAGCGATTTCA
125 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * * * ** *
162777 AATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTAAATTTGTTCAGTAAA-TGATTCATTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * *
162841 ATCTCTTTCTTATTAATTTTTGGATTATTGATAAATTAGTATTATTTT-GTTTGAAATAAG-TT-
66 ATCTC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTG
* * * * *
162903 TATGTATATTGAAACAATTCTTTTATGATAGAACAAAAGGT-TAAAACAATTTGA
128 TATG-A-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAAC-ATTTGA
* * * * * * *** * * * *
162957 AATAGAAAATTATTCATATAGTCATGATTATTTGATCTAACTCAATAAACATATTTATATTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTAT-TTTTTA
* ** * * * ***
163022 AACTTTTTGCTAATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTG
65 AA--TCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
** * * * * * ** * ** * *
163087 TACAAATAGAAAAAATTGTTTTATAATAGAATAAAAAATCATAATGAATTAA
128 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * * * *
163139 AATAAATAATTACTT-AAATAGTCAAAATTATTTGAACTAGTTT-GATAAATAAATTTATTTTTT
1 AATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTT
* * ** * * * * *
163202 AAATCT--CTTATTAATTTTTGAAATTTTGATTGATTAGTATTACTTTATTTCGAACAAACTTAT
64 AAATCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* * * * * * * ** *
163265 ATAAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGACATAATGATTTTA
129 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * * * * ** **
163316 AATAGATAATTGTTAAAATAGTCACAA-TTTTTTAATTTGGTTAGGTAAATGGAA-TTATTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAA-CAAATTTATTTTTT
* * * ***
163379 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAACATTAATAAATTCATTTTTATTTTATTCCAAATAAGCT
64 AAATCTC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * ** * ** * **
163444 AGCATGAATTCAAAAAAGCTCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
126 TGTATGAATAGAAACAA--TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
* * * * * * ** * * *
163500 AATTGATAATTATTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTCGGCAAATAAATTTAGTTTTTAA
1 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * *
163565 TTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAGATTAGTATTATTTT
66 ATCTC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
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GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAACATTTGA
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* *
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GTCATAACTATTAAAATA
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * **
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* * ** * * *
149754 GAAATATTATTAAAAGTAGTATTATTTT-TATCCAAATCTA-CTTTTATG-ATCATAAACAATTG
130 GAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAT-TTGAAAT-AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTG
* * * * * * * * *
149816 TTTTATAACAAAAC-AAAGATCATAAAAATTTGAGATTGACATTTGTTCAAATTGTCGTAACTAT
191 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
149880 TTGAA-TTGGATCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTA
255 TTGAACTT-GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * * *
149944 ATAGAA-TAGCATTGTTTTATTTTGTATAAGTTTTTATGAATT
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* * * * * ** *
149986 GAAATAATTGTTTTATAACAAAATAAAAGGTCAAAAACATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * **
150051 TCATATCGATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTTAAA-TCTCGCTTATTAATTTT
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* * * * * *
150114 TCG-GATGTTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAACAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTGT
129 T-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGT
* * * * * * *
150177 TTGATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTAAT
192 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
150242 TGAA-TTGGTTCAACAAACATATCTATTTTTGAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAA-ATTAT
256 TGAACTT-GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
** * * * *
150301 TCTATTAGTATTATCTTAATCCGAATACA-CTTGTATGAA-A
320 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTGTATGAACT
* * * * * *
150341 AGAAATAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATA
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
150405 GTCATAACTATTTAAACT-ATTTTGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATATT
65 GTCATAACTATTTGAATTGA-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTT
** * * ** * * * *
150466 CAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTAAATAATTTTGCATAAACAGAAACAATTATTT
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * * * * *
150531 TATAACAAAACAAAAGAAT-ATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTAATAACTATTT
194 TATGACAAAACAAAAG-GTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
150595 GAGCTTTCTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT
257 GAAC-TTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * *
150659 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAGCTTATATGAACA
321 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * *
150699 AAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* *
150763 GTCATAACTATTTGAA-TGTATTC-A-GAA-AGCATTT-TTTTTT--ATTTTCACTTATTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAATTG-ATTCGATAAATAG-ATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAA-TT
** * * *
150821 TTTG-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATT
127 TTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATT
* * * * *
150883 GTTTTCTAACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATGGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
190 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
150948 TTTGAACTTGTTC-AGTAAAAAGATTCATTTTTTAAATATCTTA-TTA--ACTTTTAG-AATATT
254 TTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * *
151008 AATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACCTATATG-ACTT
318 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-T
* * * ** *
151051 GATACAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
1 AAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * *
151116 GTTATGACTATTTGAACTTG--TCTAATAAGCATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATT
65 GTCATAACTATTTGAA-TTGATTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT
* ** * * * * * *
151178 GTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTG-AATAAGCTTGTGTGAAGAAAAACAATTA
127 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * *
151242 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCAGAACTAT
191 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
151307 TTGAACTTATTTTG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTGATTGTTTG-AATATT
255 TTGAACTT-GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATT
* * * *
151370 AATAAATTTGTATAATTTTATTT-GAAATAAGTTTGTATGGA-T
318 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * *
151412 AGAAA-AAGTTGTTTTTTGACAAAATAAAATGTTATAGCT-ATTTGAAAAACATAATTGTTTAAA
1 A-AAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * *
151475 TAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGAAAAATAGATTCATTTTTT-AA-TTCT-CTTATTAATT
63 TAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATT
** * * * * * *
151536 TTCAAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTG-AATAAACTTGTAAGAACAAAAACAATTG
127 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * * *
151600 TTTTTGTGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGAT-ATTGTTAAAATACTCATAACTA
191 -TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * *
151664 TTTGCA-TTGGTTAAGCGA-ACA-A-ATTCATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAA-TTTT-ATA
254 TTTGAACTT-GTT---CGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-A
* * * *
151722 ATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTTGAGTAAGACTAG-ATGAA-T
313 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAACT
* * * ** * *
151769 AGAAATAATTATTTTATGATAAAA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATA
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * * * * *
151832 ATTATAGCTAAGTGAACTGGTT-TAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATTCTTACTTCTTAATTTT
65 GTCATAACTATTTGAATTGATTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTT
** * * * * * * * * *
151895 CAAAATACTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACA-AA-TTTATATAAACAAAAACATTTAT
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * * *
151958 TTTATGACAATACGAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCG-T-AAGTAGTCATAATTATT
192 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * **
152021 TGAACTAGTTCGACAAACAAAATTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTTGT
256 TGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * ***
152086 AAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAGGCTTATATGATGA
321 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * *
152126 AAAACAATTGTTTGT-GGACGAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-
1 AAAACAATTGTTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * *
152189 GGCTATAATTATTTGAATTGATTCGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCACTAACTTATCAATTT
65 GTC-ATAACTATTTGAATTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTT
* * * * * * * *
152254 TTGAAATATTAAAAAAATA--ATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTA-GCATTGAAATAATT-TT
128 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * * *
152315 TTATAACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATACAAATAGTCATAATTATTT
193 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
152380 GAA-TTGGTT-TAGCAAACATATTTATTTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTAGAAATAGTAA
257 GAACTT-GTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* ** *
152438 TAAATT-GATATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTTTGAA-T
320 TAAATTAG-TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * *
152478 AGAAATAATTGTTTTACGACAAAACGAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATG
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
152543 GACATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAA-TTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTT
** ** * * *
152607 TT-AGAATATTAATAAATTAGTATTACCTTATTCCAAATAAACTTGTATGCATAGAAAAAATTGT
128 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * *
152671 TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATT
192 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
152736 TGAACTTGCTCAATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAAT
256 TGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * *
152800 AAATTAGTCTTATTTTATTTAGAATAAGCATGTAT-AAAT
321 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * *
152839 AGAAATAATTGATTTATGACAAAACAAATA-GTCATTATGACTTGAAATAGATAGA-TGTTCAAA
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATA-ATTGTTCAAA
* * *
152902 TAGTCATAACTATTTGAA-TGTATTTAGA-AAATAAATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAAT
63 TAGTCATAACTATTTGAATTG-A-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAAT
* ** *
152965 TTTTGAAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTTGAAATAAGCTTACATGAATAGAACCAATT
126 TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* * * * * *
153029 GTTTTATAACAACACAATAGGTCATAATATTTTAAAATAGATAATTGTTGAGATAGTCATAACTA
190 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
** * * *
153094 TTTGAACTTGTTCGGGAAATAGATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTGGAAATATT
254 TTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * *
153159 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACT
318 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * *
153202 AAAACACTTATTTTATTACAAAACAGAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * ** *
153267 TCATAATTATTTGAATTGATTCGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCACTAAAATATCAATTTTT
66 TCATAACTATTTGAATTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * * *
153332 GTAATATTAATAAATTAATAATATTTTATTTCATATAAGCTTTTATCACT-GAAACAATT-ATTT
130 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
153395 ATGATAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTACAATTAGTTATAACTATTTA
195 ATGACAAAA-CAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * * * *
153460 AACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAAATTTCCTACTTATTACTTTTCT-ATATGTTAA
258 AACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAA
* *
153524 TAAATTAGTATTATTATT-TTTCAAATAAGCATGTATGAACT
320 TAAATTAGTATTATT-TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * *
153565 AAAATAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGAGAATTGTT-ATAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATA
* * * * * * * *
153629 GACATAACTATTTGAGTTGGTTTGGA-AAACACATTTA-TTTTTAAA--TCT--TTATTAA-CTT
65 GTCATAACTATTTGAATT-GATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTT
** * ** *
153687 TGAAATAGCAATAAATTGGTATTATTTTATTCTG-AATAATTTTATATGAATAGAAACAATTGTT
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
** * * * * * *
153751 TTACAACAAAACAAAATGTCATAATGGTTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGCCATGACTATTT
193 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
153816 AAAGTTCTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAAT
257 GAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT
* * ** *
153880 AAATTAGTATTATTTTATTTTGATTAAATTTGTATGCA-T
321 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * *
153919 AGAAACAATTGTTTTATGACAATACAAAAGATCATAACGATTTGAAATTAG-TAATTATCCAAAC
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
153983 AGTCAAAACTAGTTGAACTCACTTTG-TAAACATATTAATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
64 AGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT
* * * * * * *
154047 TTTTAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTTTATAAACAAAAACAATTG
127 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * * * *
154111 GTTTATGACATAACAAATGGTCA-ACTTGATTTGGATTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
191 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-AT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
154175 TTCGAACGTGTT-TAGAAACATATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTA
254 TTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * *
154237 ATAAATATA-AATTATTTTA-TTCAAAATAGGTTTGCATGAAC-
319 ATAAAT-TAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT
* *
154278 AAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATA
1 AAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
154343 GTCATAACTATATGAACTTG-TTCAATAAATAGATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATT
65 GTCATAACTATTTGAA-TTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATT-T-TTACTTATTAATT
* * * * *
154407 TTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TATCTTATTTTAAATAAGCTTATATTAACT-GAAATAATTG
127 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTG
* * ** * * *
154470 TTTTAAT-ACAAAACAAAATGTCACCACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATGACTA
191 TTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
154534 TTTGAA-TCTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTCATTATTGAAATATT
254 TTTGAACT-TGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * *
154598 AATAAATTAATATTATTTTA-ATCTGATTAAGGTTGTATGAA-T
318 AATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT
* * * ** * * * *
154640 AGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATATTTATTCCAACA
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
154705 GTCATAACGATTT-AA---ACTTAG-TAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTGTTAATT
65 GTCATAACTATTTGAATTGA-TTCGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT
** * * * *
154764 GTCTT--AATATTAATAAAATT-GTATTATTTTATTCAAAATTAGCTTGTGTGAACATAAGA-AA
127 -T-TTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAA
** * * * ** * * * *
154825 TCATTTTATGATAAAACAAAAGCTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCACAAT
188 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
154890 TATTTGAACTTGTT-TAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATA
252 TATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * *
154954 TT-ATAACTTTGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACT
316 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* ** * * *
154998 GAAATGATT-TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATTATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** * * * *
155061 CCTTGATTATTTGACCT-AGTTCGATAAACATATTT-GTTTTTAGAATTTTTTACTTATTAATTG
66 TCATAACTATTTGAATTGA-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTA-AA-TTTTTACTTATTAATTT
** * ** ** *
155124 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATTATTATT
128 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * ** * * **
155189 TTATAATAGAATGAAAA-GTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGCACAAATAGTCATAACTATT
193 TTATGACA-AAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
155253 TGAACTAGTTTGATAAA-AAATTTATATTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTATTGAAATATTAAT
256 TGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * *
155313 ATATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACA
321 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * *
155353 AAAACATTTATTTTATGAGAAAACAAAAGCTCATAAT-AGTTTCAAATAGGTAATTATTCAAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * * *
155417 GTTATAATTATTTGAACTGGTT-AAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAATTGATTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTT
* *** * * *
155481 TTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCTAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAAAATT
128 TTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-T-AGAAACAATT
* * * * *
155545 TTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTA
190 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
155610 TATGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTA
254 TTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * *
155675 TTATATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-
319 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * * *
155716 ATAAATAATTATTTTATGACATAACAAAAGGTTTTTTTTTAAATAATTGATTTCAAGTATACAAC
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG--------T-CATAA-TGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * *
155781 TGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATATCTTCC
55 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTAC
* *
155845 TTATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATG-ATAA
118 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAAT-A
* * * * * *
155908 AAAACAATTGTTATATGACTAAAA-AAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATG
181 GAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * *
155972 GCCATAATTATTTGAA-TTGATC-AGTAAATAGATTCACTTTTTAAGTCACATACTTATTCATTT
244 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
156035 TTGGAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATAAACT
308 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * ** * * * *
156088 GAAACAATTTTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTATTTAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * * * * *
156153 TTGTAACTATTTGAATCTG-TTC-AGTAAACATATTT-TTTTTTAAACTCTTGCTTATTAACTTT
66 TCATAACTATTTGAAT-TGATTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTT
** * * * * *
156215 CAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTT
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * * * *
156280 TAT-ATCGAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTTTTT
194 TATGA-CAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** * * *
156344 GAACTTGTTCAATAAACAGATTT-TTTTAAAAAAATCT-TTCGCTTATTAATTTTTTAAATGTTA
257 GAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTT--TTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * *
156407 ATAAATTTGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATA-T
319 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACT
* * * * * * * * * *
156449 GAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTAAGAATGATATAAAATAGATAATTATTCTAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * * * ** * *
156514 TTTTAACTA-TTGAAACTGGTTTTG-CAAGCATATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTT
66 TCATAACTATTTG-AA-TTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTT
* * ** * * *
156574 TGAAATATTATTAAATTAGTAATATTTTTAACTG-AATAAGCTTCTTTG-ATAAAAACAATTGTT
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
** * * * *
156637 TTATGACAAAA-AAAATCTTAGCAAT-TTATG-ATTA-AAAATTGTTCAAATAGTCCAAACTATT
193 TTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-----C-A--
* * * * *
156698 TGAACTTTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
248 T-AAC--TATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* ** *
156763 GAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATA-A
310 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACT
* * ** *
156814 AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
156879 CCATAATTATTTTAACTT-ATT-TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATGTTTTACTTATTAAATT
66 TCATAACTATTTGAA-TTGATTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTT
** * ** * * * *
156942 AGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAGTCTAAACTTGTATTAACT-GAAATAATTA
128 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTG
* * * ** *
157005 TTTTATGACAAATCAAATGG-CTATAACTACTTT-ACATAGCCAA-TGCTTCAAATAGTAATAAC
191 TTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAA-TA-TTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAAC
* * *
157067 TATTTGAACTTGTTCGACAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAAT
252 TATTTGAACTTGTTCGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AAT
* * * *
157130 ATTATTAGATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGGTTGTATGAACCT
315 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-CT
* * * ** *
157177 -AAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * ** *
157241 TCATAACTATTTGAACT-AGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAGTAAGTTT
66 TCATAACTATTTGAATTGA-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA-TTT
* ** * *
157305 TT-AAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGT
128 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGT
* * * * * *
157368 TTTATCACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATT
192 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * ** *
157433 TGAAC-TGATTTGATAAACT-CATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTTAATTTTTGAAATATTA
256 TGAACTTG-TTCGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * * *
157496 ATAAAATAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTTTGAAC-
319 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * ** * *
157537 AGAAACAATTGTTTTATCATAAAATAAAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATAGTTCAAA
1 A-AAACAATTGTTTTATGA-CAAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * *
157602 TAGTCATAACTATTTAAACTT-ATTC-AGTAAACATATTTACTTTTT-AATTTCTTACTTATTAA
63 TAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATTAA
* * * * * * *
157664 TTCTCTGAAA-GTTAATAAAATAATATTATTTTATTTTG-AATAAACATGTATGACCT-GAAACA
125 TT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACA
* * * * * * * * *
157726 ATTATTTTATGACTAAATAAATGGTTAGAATGACTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCCTAA
187 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
157791 CTATTTGAAC-TGTT-TAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTT-AGAA
251 CTATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AA
* * * * * *
157853 TATT-ATTAGTTAGCAATATTTTATTTC-ATATAAGCTTGTA-AAAAT
314 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACT
* * * *
157898 AGGAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAATGAATT-AAGATAGATAATTGTTCAAAT
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * ** * * *
157961 AGTCATAACTATCTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTAGGTTCTAAA--TCT-CTTATTAAGTTT
64 AGTCATAACTATTTGAATTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTT
* * * * ** *
158023 TAAAATATTAATAAATTTGAAATATTTTATTTTG-AATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTGTT
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * *
158087 TAACT-ACAAAACAAAATGTCCTAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCTAATAGAT-ATAATTAT
193 TTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTAT
* * * *
158150 TTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTGTTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTCT-AGAATATT
255 TTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGA-AATATT
* * * *
158213 AATAAATTAATATTGTTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-T
318 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * *
158255 AGAAATAATTATTTTAAGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATATTTGCTT-AAAT
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAAT
* * * * * * * *
158319 AGTCATAACTATTTGAACTCG-CTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTAATTAATT
64 AGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT
* ** ** * * *
158383 TTTGAAATTTTTGTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATTAATAGAAACAATTGG
127 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * *
158448 TTTATAAC-AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
192 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
158512 TGAACGTGTTCAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
256 TGAACTTGTTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * *
158575 TAAATTTA-AATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAACG
320 TAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * ** * *
158616 AAACCAATTGTTTTATGAC-AAA-TAATGATCATAATTTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
158679 TCATAACTATTTGAATTTATTCAATAAACAAATTCTTTTTTTTTAATTATCTTACTTATTAATTT
66 TCATAACTATTTGAATTGATTCGATAAATAGATT-TATTTTTTAAATT-T-TTACTTATTAATTT
* * * * * * * *
158744 TTGGAATATTGACAAATTAGTATTATTTTACTCTG-AATAAGCTTATATGAGCT-TAAATAATTG
128 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTG
* * * * * * * *
158807 TTTTATTACGAAAGAAAAGGACATAATGATTTGAAATGGATAATTATTCAAATGGTCATGACTAT
191 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-
* * * * * * *
158872 TTTGAACTTGTTCCATAAACATATTTA-TTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTA
254 TTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * *
158936 ATAAGTTAATATTATTTTAATTT-GAATAAACTTGTATGAA-T
319 ATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * ** * * * *
158977 AGAAGCAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTAAAATA
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
159041 GTCATAA-TGATTTGAACTTG-TTCGATGAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTAACTTGTTAATT
65 GTCATAACT-ATTTGAA-TTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT
* * * * ** *
159104 GTTT-TAATATTAATAATTTTGAATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACATG-AACAATT
127 -TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATT
* * * * * * * * *
159167 ATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGTAATTTCAAATAGATAATTATTCAAACAGACATAATTA
190 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
159232 TTTAAACTTGTTCAATAAACATATTAATTTTTTAAATATCTTTA-TTATTAATTTTT-AGATTAT
254 TTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATAT
* ** *
159295 TAATAAATTAGTATT-TTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAAAT
317 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * *
159338 GAAATAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGGAATAGATCATTATTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * * *
159402 TCATGATTGTTTG-ATCTAATTTGGTAAACATATTTATTTTTTTGAATTTTTTACTTATTAATTG
66 TCATAACTATTTGAAT-TGATTCGATAAATAGATTTA-TTTTTT-AAATTTTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
159466 TTGAAATGTTAATGAATTAGAATTATCTTAATCTG-AATAAGCTTATATGAA-CGAAACAATTGT
128 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * * * **
159529 TTTATAATAGAACAAAA-ATCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATT
192 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
159593 TGAACTAGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAA-AT-TT-GTTGTTAATTTTTGAAATATTAAT
256 TGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * * *
159655 AGATTAGCT-TTACTTTATTTTGAACAAACATATATGAACA
321 AAATTAG-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * *
159695 AAAAC-ATCTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTCTTTAATTA
1 AAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* *
159759 GTCAT-ACTTATTTGAATT-AGTTAGGTAAACGTA-A-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
65 GTCATAAC-TATTTGAATTGA-TTCGATAAA--TAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA
* * ** * * ** * *
159820 GTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAATTATGCTAATATGAATTAAAAAAAA
125 TTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-T--AGAAAC
* * *
159884 AAGTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTT
186 AA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * ** * *
159949 GAA-TATTTGAACTAGTTTGCCAAA-AAATTTTATTTTTTAATTCTCTTAGC-TATTAATTTTTG
249 -AACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTG
* * * * *
160011 AAATATTATTATATTAGTATCATTTTATTTTGTAA-AAGCTTGTATGAACA
311 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * ** * * ** * ** *
160061 AAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTTAAGTTTACAATAATTCAAATTG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
160126 TCATAACTATTTAAACT-AGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT
66 TCATAACTATTTGAATTGA-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTT
* ** * *
160190 TGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATG-TTCAGAAACAATTGTT
129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTT
* * * * * * * * * * *
160254 ATGTGACCAAACAAAAGATAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGACATGGCCATAATTATTT
193 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
160319 GAAC-TGATTTGATAAACT-GATTCA-CTTTTAAA--TC--ACTTATTATTTTTTAAAATATTAA
257 GAACTTG-TTCGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* *
160377 TAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
320 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * *
160418 AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAA-CAGTTTGAAATAGATAATTATTCACATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * *
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65 GTCATAACTATTTGAATTGATTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTTACTTATTAATT
** * * *
160545 TTTGAAATATTTTTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATGAGCTTGTATGAACT-GAAACTATTG
127 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTG
* * * * * * * * * *
160609 TTTCATGACAAAACAAAAAGTCATAACAGTTTAAAATGGATAATTGTTCATATAGTCTTTATTGT
191 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * **
160674 TTGAAC-TGCTTC-AGCAAATAGATTTATTTTTCAAATCTATT-CGTCGTTAATTTTTGAAATAT
255 TTGAACTTG-TTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAATTTTTGAAATAT
** * *
160736 TTTTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATAAACT
317 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * *
160780 AAAACAATTATTTTATGATAGAAAAAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
1 AAAACAATTGTTTTATG--ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ***
160845 AG---GAACTA---G--TTG----GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCCACTTATTAA-TT
64 AGTCATAACTATTTGAATTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTT
* ** * * *
160897 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-TATTGGCTTATATG-ATGAAAAAGAATTG
128 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTG
* * * * *
160960 TTTTATGGCAAAACAAAAGTTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GACCATAATTA
191 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTA
* * * * *
161024 TTTGAA-TTGATTTGATAAACTA-ACTTATTTTTTTATATCTC-AACTTATCAATTTTTGAAATA
254 TTTGAACTTG-TTCGATAAA-TAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * * *
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316 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * *
161131 GAAACAATTGTTTTTTGATAAAACAAAAGGTCA-AATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
161195 CTCATAACTGTTTAAACTTG-TTCAATAAATAGATTTATTTTTTTCAATTTCTTATTTATTAATT
65 GTCATAACTATTTGAA-TTGATTCGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATTT-TTACTTATTAA-T
* * *
161259 TTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCATGTATGAACTA-AAAAAAT
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** * ** * * *
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* * * * * * * *
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* *
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318 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* ** * * * * *
161472 AGAAACAATTATTTTACAATAAAAC-AAAGATCAT-ATCGATTTTAGATAGGTAATTGTTCAAAT
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * * *
161535 AGTCATAGCTATTTGGATTGGTTCAATAAAAAAACTTAGTTTTTAAA--TCT-CCTATTAATTTT
64 AGTCATAACTATTTGAATTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTT
** * * * *
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129 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * ** * * *
161661 TTATGACAAAACAAAATGTCATAAAGATTTAAAATAGATAACAGTTTAAAT-GAACATGACTATT
193 TTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATT
* * * **
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* * *
161788 AA-AAATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAACGTGTATGAA-T
318 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* *** * *
161829 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAATAA-ATCATTGCGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * **
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* *
162148 TAATAAATT-GAAATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAAC-
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* * * *
162191 ATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATA
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * **
162256 ATCATAAATATTTGAACTT-ATTC-AGTAACCAGATTCT-TTTTTT-AATTCTCTTACTCT-TTA
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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** *
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* * * ** * * * * *
162553 AAAACAAATGTTTTATGTC-AAACAAAAAGTCATAACAAGTTAAAATAAACAATTGCTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
162617 TCATAA-TGATTTAAACTTGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTT
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* * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * * ** * * *
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* * * * * * * * * * *
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* ** ** *
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* * * * ** * * * * * *
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* * * * *
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** * * * * * *
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* * * * *
163272 AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGACATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTAAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * ** *
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* * * ** * * ** * **
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* * * * *
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191 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * * *
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* * * *
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129 AG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
** * * * * * * * * *
163231 TTGATTAGTATTACTTTATTTCGAACAAACTTATATAAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * * *
163296 AAAAAGACATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCA-CAATTTTTTAATTTGGTT-A
66 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTT-GTTCA
** * ** * *
163359 GGTAAATGGAATTATTTTAAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAACATTAA
130 -GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
* * * * * ** * **
163412 TAAATTCATTTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGCATGAATTCAAAAAAGCTCATTTTATGACAA
1 TAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA--TTGTTTTATGACAA
* * * * *
163477 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTATTCATATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTT
63 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTT
* * * * * * *
163542 CGGCAAATAAATTTAGTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAA
128 CAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
* * *
163596 TAGATTAGTATTATTTTGTTCCATAA-AAGCTTGTATGAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAA
163635 CAAAAGGTTA
Statistics
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175 7 0.00
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185 9 0.01
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Consensus pattern (181 bp):
TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGTTCAG
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
Found at i:164043 original size:181 final size:179
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 8.7 Consensus size: 179
163680 TGTTAAATCT
* * * ** **
163690 CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGA-ATGCTCA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-ATATGAACA
* * * * * * *
163754 AAAACAATT-TTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATTGATAATTGTTGACATG
65 GAAACAATTGTTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
163818 GCCATAATTATTTGAGTTGATTCGATAAACAAATTTACTTTTTAAATCAGTTA
128 GTCATAACTATTTGAATTGCTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TTTA
* * *
163871 CTTATTAATTTTTGGAATATAAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATC-
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-CA
* * *
163935 GAAACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
164000 TCTTAACTGTTTGAATTGCTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTA
129 TCATAACTATTTGAATTGCTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTA
* ** * *
164052 CTTATTAATATTTGGAATATTTTTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAG
* ** * * * * * *
164117 AAATAATTACTTTATAATAGAACAAAAGCTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
164181 --GAAC----TG----GC-TCAATAAATACA--T-TTTTTAAAATCTTCTA
130 CATAACTATTTGAATTGCTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TA
* * * * **
164218 C-T-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAATATTATATTTTGAA-AAGACTTATATGATGA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTATATGAACA
* * * * * *
164280 -AAATTAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATG
65 GAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * * ** *
164344 GTCATAATTATTTAAATTAATGCAATAAACTGACCTATTTTTTAAATCTTAA
128 GTCATAACTATTTGAATTGCTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTA
* * * * * *
164396 CTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC-A
* ** ** * *
164461 -AAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATA-AGTAATTATTCAAATA
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-AAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATA
* * * *
164524 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTTTTG
128 GTCATAACTATTTGAA-TTGCTTCAATAAACAGATTTATTTTTT-AAA-TCTTTA
* * * * *
164578 TTTATTAATTTTTTGAATATCAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAG-TATGTATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TATATGAACA
* * * * * * * **
164642 GAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAAATAATTATTTTAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * *
164707 CCTTAACTATTTGAGCTGGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTG
129 TCATAACTATTTGAATTGCTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTA
* ** * * * *
164759 CTTATTAAATTTTGGAATATTTTTAAATTAATAATATTTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACA
* * * * * * *
164824 GAAATAATTGTTTTACGAGAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGATATAGATAACTATTCAAATTA
65 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TA
** * *
164888 -TCATAACTATTTGAATAACCTCAATACAA-AGATTTAGTTTTTAAATC--T-
128 GTCATAACTATTTGAATTGCTTCAATA-AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTA
* ** * * * *
164936 CTTATTAATTTTT---A-A--AATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTTTGCACAA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAG
* *** * * * * *
164995 AAACAAATGTTTTGCAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGA
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
165060 CATGACTATTTGAACTTG-TTCAATGAACAAATTTGTTTTTTAAAT-TTTCAA
130 CATAACTATTTGAA-TTGCTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTT--A
** * * ** * * *
165111 CTTATTAATTTTTATATTATTAATAAATT-ATCTTATTTTATTTCCAATAAACTTGTATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAG
* * * *
165175 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCCTAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
165240 ATTATTTTAT
Statistics
Matches: 1075, Mismatches: 235, Indels: 119
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 6 0.01
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165 2 0.00
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167 3 0.00
169 8 0.01
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172 2 0.00
173 1 0.00
174 3 0.00
175 13 0.01
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183 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAG
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAATTGCTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTA
Found at i:164657 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 164222--165238 Score: 598
Period size: 180 Copynumber: 5.7 Consensus size: 181
164212 CTTCTACTTT
* * * *
164222 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAATATTATATTTTGAA-AAGACTTATATG-A-TGAAAAT
1 AATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAACTGAAAA-
* * * * * ** * * * * *
164284 TAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATGGTCAT
63 -AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCAT
* * * ** * * ** ** ** *
164349 AATTATTTAAATTAATGCAATAAACTGACCTATTTTTTAAATCT-TAACTTA-TC
127 AACTATTTGAACTGGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTA
* * * *
164402 AATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACT-AAAACA
1 AATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAA-A
* * *** * * *
164466 ATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAAGTAATTATTCAAATAGTCATAA
64 ATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAA
* * * * * * * *
164531 CTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTTTTGTTTATTA
129 CTATTTGAACTGGTTCAACAAACACATTTATTTTTT-AAATCTCTTGCTTATTA
* *
164585 ATTTTTTGAATATCAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAG-TATGTATGAACTGAAAAAA
1 AATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGAACTGAAAAAA
* ** *
164649 TTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAAATAATTATTTTAATAGCCTTAAC
65 TTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAAC
*
164714 TATTTGAGCTGGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTA
130 TATTTGAACTGGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTA
* ** * * * * *
164766 AATTTTGGAATATTTTTAAATTAATAATATTTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAA
1 AATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAA
* * ** * * * * * *
164831 TTGTTTTACGAGAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGATATAGATAACTATTCAAATTA-TCATAA
65 TTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAA-TAGCCATAA
*** * * *
164894 CTATTTGAA-TAACCTCAATACAA-AGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATT-
129 CTATTTGAACT-GGTTCAACA-AACACATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTA
* ** * * *
164942 AATTTTT--A-A--AATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTTTGCAC-AAAAACAA
1 AATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAA-AA
* * *** * * * ** * * * *
165001 ATGTTTTGCAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGA
65 TTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGCCATAA
* ** * * *
165065 CTATTTGAACTTGTTCAATGAACAAATTTGTTTTTTAAAT-T-TTCAACTTATT-
129 CTATTTGAACTGGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT--GCTTATTA
* ** * *
165117 AATTTTT-ATATTATTAATAAATT-ATCTTATTTTATTTCCAATAAACTTGTATGAA-TAGAAAC
1 AATTTTTGA-A-TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAAA
* * * ** *
165179 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCCTAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
63 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
165239 TATTATTTTA
Statistics
Matches: 656, Mismatches: 148, Indels: 66
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 41 0.06
171 71 0.11
172 3 0.00
173 1 0.00
174 1 0.00
175 13 0.02
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178 1 0.00
179 3 0.00
180 193 0.29
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183 13 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAAT
TATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACT
ATTTGAACTGGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTA
Found at i:164686 original size:526 final size:525
Alignment explanation
Indices: 163694--164696 Score: 1214
Period size: 526 Copynumber: 1.9 Consensus size: 525
163684 AAATCTCTTA
* * *
163694 TTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATGCTCAAAAAC
1 TTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTAATATTATATTTCAAATAAGCTTGAATGATCAAAAAC
* * * * *
163759 AATTTTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATTGATAATTGTTGACATGGCCATA
66 AATTTTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATGGCCATA
* * * * * ** * *
163824 ATTATTTGAGTTGATTCGATAAACAAATTTACTTTTTAAATCAGTTACTTATTAATTTTTGGAAT
131 ATTATTTAAATTAATGCAATAAACAAACCTACTTTTTAAATCA-TTACTTATCAATTTTTGAAAT
* * * * *
163889 ATAAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATCGAAACAATTGCTTTATAAC
195 ATAAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATAAATCAAAACAATTACTTTATAAC
* * * *
163954 AAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAATTGC
260 AAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGC
*** *
164019 TTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATATTTGGAATATTTTTAAATTAGT
325 TTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATATTTGGAATATCAATAAATTAAT
*
164084 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTACTTTATAATAGAACAAAAGCTTA
390 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAAAAATTACTTTATAATAGAACAAAAGCTTA
*
164149 TAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGGAACTGGCTCAATAAATACATTTTTTAAAATCT
455 GAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGGAACTGGCTCAATAAATACATTTTTTAAAATCT
164214 TCTACT
520 TCTACT
* ** *
164220 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAATATTATATTTTGAA-AAGACTT-ATATGATGAAAA
1 TTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTAATATTATATTTCAAATAAG-CTTGA-ATGATCAAAA
** * * * ** *
164283 TTAGTTGTTT-TATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATGGTC
64 ACAATT-TTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATGGCC
** *
164347 ATAATTATTTAAATTAATGCAATAAACTGACCTATTTTTTAAATC-TTAACTTATCAATTTTTGA
128 ATAATTATTTAAATTAATGCAATAAACAAACCTACTTTTTAAATCATT-ACTTATCAATTTTTGA
* * * * *
164411 AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAA-CTAAAACAATTATTTTA
192 AATATAAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATAAATC-AAAACAATTACTTTA
* ** *** *
164475 TGATTAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATA-AGTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
256 TAACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * ** * *
164539 ACTTG-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTTTTGTTTATTAATTTTTTGAATATCAATA
320 A-TTGCTTCGACAAACAGATTTATTTTTT-AAATTTCTTACTTATTAATATTTGGAATATCAATA
* * *
164603 AATTAATATTATTTTATTTTGAATAAG-TATGTATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACTA-AAC
383 AATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TATATGAACTGAAAAAATTACTTTAT-AATAGAAC
*
164666 AAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAAATAATT
446 AAAAGCTTAGAACAATTTGAAATAAATAATT
164697 ATTTTAATAG
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 70, Indels: 20
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
524 4 0.01
525 144 0.36
526 243 0.61
527 6 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (525 bp):
TTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTAATATTATATTTCAAATAAGCTTGAATGATCAAAAAC
AATTTTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATGGCCATA
ATTATTTAAATTAATGCAATAAACAAACCTACTTTTTAAATCATTACTTATCAATTTTTGAAATA
TAAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATAAATCAAAACAATTACTTTATAACA
AAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGCT
TCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATATTTGGAATATCAATAAATTAATA
TTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAAAAATTACTTTATAATAGAACAAAAGCTTAG
AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGGAACTGGCTCAATAAATACATTTTTTAAAATCTT
CTACT
Found at i:165314 original size:98 final size:98
Alignment explanation
Indices: 165143--165330 Score: 254
Period size: 98 Copynumber: 1.9 Consensus size: 98
165133 ATAAATTATC
* * * *
165143 TTATTTTATTTCCAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCCT
1 TTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAACTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
165208 AAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTA
66 AAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTA
* * * *
165241 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAACTA-AAACAACTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCA
1 TTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA-TAGAAACAACTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
* *
165305 TAATG-ATTTGAAATTATTAATTATTC
65 TAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTC
165331 TAAAAGTTAT
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 10, Indels: 4
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
98 75 0.96
99 3 0.04
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (98 bp):
TTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAACTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
AAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTA
Found at i:165562 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 165236--169414 Score: 2471
Period size: 181 Copynumber: 23.2 Consensus size: 179
165226 ATTATTCAAA
* * * * *
165236 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATTTGAACTA-AAACAACTGTTTTATTACAAAACAAAA
1 TAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
** * * * * *
165300 GGTCATAATGATTTGAAATTA-TTAATTATTCTAAA-AGTTATGACTATTTCAACTTGTTTGATA
64 GGTCATAACAATTTGAAA-TAGATAATTATTC-AAATAGTCAT-AATATTTGAACTTGTTCGATA
* * * * *
165363 AACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAAT
126 AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * *
165417 TAATATTATTTTAATTTGAATAACCTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
1 TAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * *
165482 GTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAATGATTTGAACTTGTTCGATAAAG
65 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAT-ATTTGAACTTGTTCGATAAAC
* * * *
165547 AGATTTATCTTTAAAATCGTTTT-CTTATTACTTGTCTT--AATATTAATAAATT
129 AAATTTATTTTTTAAATC-TTTTACTTATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAA-T
* * * *
165599 TA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGAC-AAA-AAAAG
1 TAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * *
165661 GTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTATTCAAGTACTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAAC
65 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTCGATAAAC
* * * * **
165726 ATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
129 AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * * *
165777 T-GATATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACTGAAACAATTCTTTTATGGCAAAACAAAA
1 TAG-TATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
** * * **
165841 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAATTC-AGTAA
64 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AATATTTGAACTTGTTCGA-TAA
* * * * * ***
165905 AC--A-TAACTGTTT---T-TTTTACTTATTAATTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTT
127 ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TT---TAAA-ATATTAATAAAT
* * ** * * * *
165956 TCA--AATCTTTTGCTT-ATTAA--TT-TTTCAA-ATGCTAATA-AATTTGGACATAATTATGAT
1 T-AGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACA-G--AA-ACAA-TT-G---T-TTTATGA-
* * * * * *
166013 TAAAAGCAATTTAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATGGTCACAATTATTTT
54 CAAAA-C-A---AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTG
* * * * * ***
166078 AA-ATGATT-AAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAAT
113 AACTTG-TTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
166141 AAAT
176 AAAT
* * * * * * *
166145 TAGTATTATTTTATCTCATCTAAGCTTTTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAG
1 TAGTATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * * * * *
166210 GTTATAATGATTTAAAATAAAAAATTATTTAAATAGTAATAACTATTTGTACTTGTTTGGTAAAC
65 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTCGATAAAC
* * **
166275 AAATTTATTTTTTTAAATCTCTTT-TTTATTAATTTTTTTAAA-ATTAATAACC
129 AAATTTA-TTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAAT
* ** * * *
166327 TAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATAACTAAATAAAAG
1 TAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * **
166392 GTCAGAACAATTTGAAATAGATAACTATTCTAATACTCTTAAACCATTTGAAC-TGATTTAATAA
65 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AA-TATTTGAACTTG-TTCGATAA
* * * *
166456 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTATGAAATATTATTAAAT
127 ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * * *
166509 TAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTATATGAACA-AAATAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAG
1 TAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * ** * * *
166573 GTCATAACGATTTCAAATAGTTAATTGTCCATATAGTTTTAATTATTTGAA-TAGGTTCGACAAG
65 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACT-TGTTCGATAAA
* * * * * *
166637 TAAATTAATTTTGT-AAT-TTCTT-CGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAAT
128 CAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTAC-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* ** * * * *
166688 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATAAACAG-AACTAATTGTTTGATGACAAAATAAAA
1 TAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* ** * * * * *
166752 GGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAG
64 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTCGATAAA
* * *
166817 CAAATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTCT-AAGTATTAATAAAT
128 CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTT-TAAAATATTAATAAAT
* * * * * * * * *
166869 TAGTATTCTTTTATTTCGAACAAACATATATTAACAAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAAA
1 TAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
166934 GTAATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGTTATAATTATTT-AACTAGTTTGATAAAT
65 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTCGATAAAC
* * * * *
166998 AAAATTATTTTATAAATCTGTTACTTATAAATTTTTTAAATATTAATAAAT
129 AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * * * * * * *
167049 TAGT-TTCATTCTATTCCGAACAAGCTTTTATGAGCTA-AAATAATTATTCTATGACAAATCAAA
1 TAGTATT-ATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * *
167112 AGGTCACAACAATTTGAAAAAAATAATTGTTCATA-AGACTTAGT-TGTATGAA-TTGGTT-GAG
63 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATAT-T-TGAACTT-GTTCGA-
* *** * * * * *
167173 CAAATGGATTTATTCTTTT-AATCTCTTAGTTATTCATTTTCAAAATATTACTAAAT
124 TAAACAAATTTATT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* ** * *
167229 TAGTAGTA-TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAGTAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAG
1 TAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * *
167293 GT-TTAACAATTTGAAATAGATAATTAATCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAAT
65 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTCGATAAAC
** * *
167357 TGATTTAATTTTTAAATC---T-CTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAAT
129 AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* ** *
167404 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGTTGCA-AAGA-AATTGCTTTATGACAAAACAAA
1 TAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATG-AACAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * * *
167467 AGTTAATTACAATTTGAAATAGGTAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGACTTAG-T
63 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTG--TTCGAT
* * * * * *
167530 -AACTAATTTATTTTTTAAAAATCTATTACTTATTAAATTTTGAAATATTACTAAAG
125 AAACAAATTTATTTTTT--AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* *
167586 TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
1 TAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
** * * * * * *
167650 TGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTATTCGGTAA
64 -GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTCGATAA
** * ** *
167715 ACAAATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAT
127 ACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * ** * ** * * * *
167769 TAGCATTATTTTCTTCCAAATAAGTTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAAGAAAAG
1 TAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * * * * * ** *
167834 GTCAGAATGATTTGAAATTGATAATTATTCTAATGGGCTTAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAAT
65 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTCGATAAAC
* ** *
167899 ACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTGGAAATATTATTAAAT
129 AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * * * *
167946 TAGTATTATTTTTATTTGAATAAACTTGTAT-ATCAAAAATAATTATTTTATGAGAAAAC-AAAG
1 TAGTATTA-TTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
168009 ATTATAACAATTTGAGATTGATATTTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGGA-AAA
65 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTG-TTCGATAAA
* * * * *
168073 CAATTTTAGTTTTTAAAAATCTTGT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAG
128 CAAATTTA-TTTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * *
168125 TGGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
1 TAGTATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * *
168189 GGTCATAACGACTTT-AAATCA-TTAATTATTCAAATAGTCA-AATCTATTTTAATTTGTCCGAT
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* * ** * * * *
168251 AAATAAACTTATTTTTTTAAATCTCATGCTTATTAGTTTTTCAAATGTTAATAAAT
125 AAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * *
168307 TAGTATTAATTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAA
1 TAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * ** * * * * ** *
168371 GGTTAGAACAATCTGAAATAGATAATTATTGTAATATTCTTAACTATTTAAACTAGTTTAACAAA
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* * * *
168436 CACATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTACTAATTTTTAGAATATTATTAAAT
128 CAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * * * * *
168488 TAGTATTATTTTATTATGAATAAACTCGTATAAAAAGAAATAATTGTTTTATAACAAAA-TAAAG
1 TAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * *
168552 ATCATAACAATTTGATATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAA-TTGTTTCGATAAA
65 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTG-TTCGATAAA
** * * * * *
168616 TGAATTTAGTTTTTAAA---TGT-CTTATTAACTTTCAAAATATTAATAGAT
128 CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * ** * * * *
168664 CAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAA-TAAAG
1 TAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
** * ** * *
168728 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACGGACATGACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAA
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* * * ** * * * * *
168792 GAATTTTATTTTTTTAATCTCCTACCTACTAATTTTTAGAGTATTAATCAAT
128 CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * * *
168844 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAGGACAAAACAAAAT
1 TAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * * * *
168909 ATCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACGAATTGAACTAGTTTGGTAAAC
65 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTCGATAAAC
* * * * ** *
168974 ATATTTACTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTTTATTATTAATAAAT
129 AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * *
169025 TATTATTATTTTATTTTGAAT-A-CAAT-TATGAATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAA
1 TAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGC-TTGTATGAACAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAA
* * * * *
169086 GGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAGAGTCATAACTATTTGGA-TGTGTTCAGA-
63 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACT-TGTTC-GAT
* * * ** *
169149 AACCAGATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATT
125 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-T
** * * * *
169204 TA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTCTGACAAAACAAAAT
1 TAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * * * *
169268 GTCATAACGATTTGAAATAGATGA-TAGTTTAAGTGGACATGACTATTTAAACATATTTGATAAA
65 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCAT-AATATTTGAACTTGTTCGATAAA
* *** * * **
169332 CAAA-AT-TTTTTTAAATCTCCAACCTATTAA-TTTTAGAATATTAATTGAT
128 CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* *
169381 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
1 TAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA
169415 TAGGAACATA
Statistics
Matches: 3071, Mismatches: 745, Indels: 367
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 5 0.00
174 15 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
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TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATATTTGAACTTGTTCGATAAACAA
ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
Found at i:168373 original size:538 final size:533
Alignment explanation
Indices: 166117--169286 Score: 1812
Period size: 538 Copynumber: 5.9 Consensus size: 533
166107 AAATTTTTTA
*** * * * * * *
166117 CTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCTCATCTAAGCTTTTATTAACT
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* * ** * * *
166181 GAAACAATTGTTTTATGAC-AAATCAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAAAAAATTATT-TAAAT
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** ** * *** * *
166244 AGTAATAACTATTTGTACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTTTTATTAATT
126 AGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTAACAAATACATTTA-TTTTTTAAATCTC----TTATTAA--
* * ** * * ** *
166309 TTTTTAAA-ATTAATAACCTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATT
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* * * * * * * *
166372 GTTTTATAACTAAATA-AAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAACTATTCT-AATACTCTTAAA
246 GTTTTATGAC-AAA-ACAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCAT-AA
** * ** *
166435 CCATTTGAACTGATTTA-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATT-AATTTATGAA
307 TTATTTGAACTG-TTTAGA-AAAC-AATTTAGTTTTTAAAAATCTTGTCTTATTAAATTT-TGAA
* * * * * * *
166497 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTATATGAAC-AAAATAATTGTTTTAC
368 ATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAG-ATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
* ** * * * ** * *
166560 GACAAAAGAAAAGGTCATAACGA-TTTCAAATAGTTAATTGTCCATATAGTTTTAATTATTTGAA
432 GACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* * ** * * *
166624 --TAGGTTCGACAAGTAAA-TTAATTTTGT--AATTTC-TT
496 CTTA--TCCGATAAACAAACTT-ATTTTTTCAAATCTCATG
* * * * ** * *
166659 CGTTATTAA-GTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAAATAGTATAAA
1 C-TTATTAATTTTTC-AAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTACTTT-GAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * ** *
166722 C-AGAACTAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
62 CTAAAAC-AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGG-TAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAA
** * *** ** * *
166786 TAGTCAAAACTATTTGAAA-TTGTTTGGTAAGCAAATTTACTTTTTAAATCTCTTATTGATTAAT
125 TAGTCTTAACTATTT-AAACTGGTTTAACAAATACATTTATTTTTTAAATCTC---TT-ATTAAT
* * * * * * * * *
166850 TTTCTAAGTATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTTCGAACAAACATATATTAACAAAAACAATTG
185 TTT-AAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAACTTGTA-TATCAAAAATAATTG
* * * * * * *
166915 TTTAATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGTTATAATTAT
247 TTTTATGACAAAACAAAGA-TTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTAT
* * * *
166980 TT-AACTAGTTT-GATAAATAAAATTA--TTTTATAAATC-TGTTACTTA-TAAATTTTTTAAAT
311 TTGAACT-GTTTAGA-AAA-CAATTTAGTTTTTAAAAATCTTG-T-CTTATTAAA-TTTTGAAAT
* * * * * * * * *
167039 ATTAATAAATTAGT-TTCATTCTA-TTCCGAACAAGCTTTTATGAGCTAAAATAATTATTCTATG
370 ATTAATAAAGTAGTATT-ATTTTATTTCAG-ATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * ** * * *
167102 ACAAATCAAAAGGTCACAAC-AATTTGAAAAAAATAATTGTTCATA-AGACTTAGTTGTATGAA-
433 ACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * * *** * *
167164 TTGGT-TGAGCAAATGGATTTATTCTTTT--AATCTCTTAG
497 TT-ATCCGA-TAAACAAACTTATT-TTTTCAAATCTCAT-G
* * * * *
167202 -TTATTCA-TTTTCAAAATATTACTAAATTAGTAGTATTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATG-AGT
1 CTTATTAATTTTTC-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTACTTT-GAATAAGCTTGTATGAACT
** *
167263 AGAAACAATTGTTTTATGA-TAGAACAAAAGGTTTAACAATTTGAAATAGATAATTAATC-AAGT
64 A-AAACAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAA-T
* * * * ** *
167326 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATTGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTAA
126 AGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTAACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT-TTAA
* * * *
167391 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGTTGCAAAGA-AATTGCTTTA
190 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAACTTGTAT-AT-CAAAAATAATTGTTTTA
* * * *
167455 TGACAAAACAAA-AGTTAATTACAATTTGAAATAGGTAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGA
252 TGACAAAACAAAGA-TT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGA
* * * *
167519 ACTGACTTAG-TAACTAATTTATTTTTTAAAAATCTAT-TACTTATTAAATTTTGAAATATTACT
315 ACTG-TTTAGAAAAC-AATTTAGTTTTTAAAAATCT-TGT-CTTATTAAATTTTGAAATATTAAT
** *
167582 AAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
376 AAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * *
167647 AAATGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTATTCGG
441 AAA-GGTCATAACGACTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATCCGA
*
167712 TAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCATG
505 TAAACAAACTTATTTTTTCAAATCTCATG
** * * ** * * *
167741 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGCATTATTTTCTTCCAAATAAGTTTGTATGAATTG
1 CTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTACTT-TGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * ** * * *
167806 AAACAATTATTATATGACTAAAGAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATTGATAATTATTCTAATGGG
65 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGT-AGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
** *
167871 CTTAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTGGAAAT
129 CTTAACTATTTAAACTGGTTTAACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT-AAAAT
* *
167936 ATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTTGAATAAACTTGTATATCAAAAATAATTATTTTATGAGA
193 ATTATTAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAATAAACTTGTATATCAAAAATAATTGTTTTATGACA
* * * *
168001 AAACAAAGATTATAACAATTTGAGATTGATATTTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT
257 AAACAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GTT
* * *
168066 TGGAAAACAATTTTAGTTTTTAAAAATCTTGT-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTGGTA
321 TAGAAAACAA-TTTAGTTTTTAAAAATCTTGTCTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAGTA
168130 TTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
385 TTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
168195 AACGACTTTAAATCATTAATTATTCAAATAGTCA-AATCTATTTTAATTTGTCCGATAAATAAAC
450 AACGACTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTAAACTTATCCGATAAACAAAC
*
168259 TTATTTTTTTAAATCTCATG
514 TTATTTTTTCAAATCTCATG
*
168279 CTTATTAGTTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATT-ATTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * *
168344 AAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATCTGAAATAGATAATTATTGTAATATT
65 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGG-TAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
* * *
168409 CTTAACTATTTAAACTAGTTTAACAAACACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTACTAATTTTTA
129 CTTAACTATTTAAACTGGTTTAACAAATACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTA
* * **
168474 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTCGTATAAAAAGAAATAATTGTTTTA
189 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAACTTGTATATCAA-AAATAATTGTTTTA
* * * * * * * *
168539 TAACAAAATAAAGATCATAACAATTTGATATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAAT
252 TGACAAAACAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAAC
* * * ** *
168604 TGTTTCGATAAATGAATTTAGTTTTT--AAA---TGTCTTATTAACTTTCAAAATATTAATAGA-
317 TGTTTAGA-AAA-CAATTTAGTTTTTAAAAATCTTGTCTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAAG
* * * * *
168663 TCAGTATTATTTTA-TTCTAAATAA-TTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAA-TA
380 T-AGTATTATTTTATTTC-AGATAAGTTTT-TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * ** * * * * *
168725 AAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAACGGACATGACTATTTGAACTTGTTC-AG
442 AAGGTCATAACGACTTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATCCGA-
* ** * * *
168788 TAAAGAATTTTATTTTTT-TAATCTCCTA
505 TAAACAAACTTATTTTTTCAAATCTCATG
* * * * * * *
168816 CCTACTAATTTTT-AGAGTATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-T
1 CTTATTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * ** * ** * *
168879 AGAAACAATTATTTTAGGACAAAACAAAATATCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
64 A-AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGT-AGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
** * * * * *** * * * * *
168944 GTCAAAACGAATTGAACTAGTTTGGTAAACATATTTACTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTT
127 GTCTTAACTATTTAAACTGGTTTAACAAATACATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAA-TTT
** * * * * * *
169009 TTTATTATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATACAA-TTATGA-AT-AGAAACAATTAG-
187 TAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATA-AACTTGT-ATATCAAAAATAATT-GT
* * * * * *
169070 TTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAGAGTCATAACTATT
248 TTTATGACAAAACAAA-GATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATT
* * ** * * * *
169135 TGGA-TGTGTTCAGAAACCAGATTTA-TTTTT-TTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATGTT
312 TGAACTGT-TT-AGAAAACA-ATTTAGTTTTTAAAAATCTTGT-CTTATTAAATTTTGAAATATT
* * * *
169196 AATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTT-TGAA-TAGAAACAATTGTTTTCTGA
373 AATAAA-GTAGTATTATTTTATTTC-AGATAAG-TTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGA
*
169257 CAAAACAAAATGTCATAACGA-TTTGAAATA
434 CAAAACAAAAGGTCATAACGACTTT-AAATA
169287 GATGATAGTT
Statistics
Matches: 2108, Mismatches: 399, Indels: 244
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
534 4 0.00
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544 7 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (533 bp):
CTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAA
AACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCT
TAACTATTTAAACTGGTTTAACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAAAATATT
ATTAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAACTTGTATATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTGTTTAGAA
AACAATTTAGTTTTTAAAAATCTTGTCTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTT
TATTTCAGATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAC
TTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATCCGATAAACAAACTTATTTT
TTCAAATCTCATG
Found at i:169009 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 168977--169020 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.8 Consensus size: 16
168967 GGTAAACATA
*
168977 TTTACTT-TTAAAATTT
1 TTTACTTATT-AATTTT
168993 TTTACTTATTAATTTT
1 TTTACTTATTAATTTT
169009 TTTA-TTATTAAT
1 TTTACTTATTAAT
169021 AAATTATTAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 3
0.87 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
15 8 0.31
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ACGTcount: A:0.30, C:0.05, G:0.00, T:0.66
Consensus pattern (16 bp):
TTTACTTATTAATTTT
Found at i:169027 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 168998--169053 Score: 71
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 26
168988 AATTTTTTAC
*
168998 TTATTAATTTTTTTATTATT-AATA-AA
1 TTATT-ATTATTTTATT-TTGAATACAA
169024 TTATTATTATTTTATTTTGAATACAA
1 TTATTATTATTTTATTTTGAATACAA
169050 TTAT
1 TTAT
169054 GAATAGAAAC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
24 2 0.07
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ACGTcount: A:0.36, C:0.02, G:0.02, T:0.61
Consensus pattern (26 bp):
TTATTATTATTTTATTTTGAATACAA
Found at i:169938 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 169577--170615 Score: 779
Period size: 178 Copynumber: 5.8 Consensus size: 179
169567 AATAAAAATC
* * * ** * * *
169577 TAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAAC-TGTTTTGGTAACCAAATTAAGTTTTTAAA--TC
1 TAATTATTTAAATGGTTATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * ** ** * *
169639 -T-CTTATTAATTTTAAAATATTAATAGATCAATATGATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAAC
65 TTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAT
* * * ** *
169702 A-AAACAATTGCTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA-TGATTTAAAATAGA
130 AGAAACAATTGTTTTAGGAC-AAAGAAAATATCATAACT-ATTTGAAATAGA
* ** * * *
169752 TAATTATTCAAATGGACATGACTATTTTTAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
1 TAATTATTTAAATGGTTATAACTA-TTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * * *
169817 CTACCTACTAATTTTCAAAGTATTAATCAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTCTATGAG
65 TTACTTATTAATTTTTAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
* *
169882 TAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAGCAAAA-ATCGTAACTATTTGAAATAAA
129 TAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAG-AAAATATCATAACTATTTGAAATAGA
* ** * * * * * ** *
169933 TAATTATTCAAACAGTTATAACAATTTGAACTAGCTCAGTAAATAGATTTATTTTAAAAATAT-T
1 TAATTATTTAAATGGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * *
169997 TAACTTATTAAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATACACATGTATGAA
66 T-ACTTATT-AATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
* * * * ***
170062 TAGAAAAAAATGGTTT-GTCACAAAAGAAAGGGTCATAACTATTTGAAATAGA
129 TAGAAACAATTGTTTTAG-GAC-AAAGAAAATATCATAACTATTTGAAATAGA
* * * * * * * * *
170114 TAATTGTTTAAA-GAGTTATAAATATTTGAACGTGTTTAGAAAATAGA-TT-TTTCTTAAAT-TT
1 TAATTATTTAAATG-GTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
170175 TTACATATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTTTGA
65 TTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGA
* * *
170239 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATTATAA-TGATTTGAAATAGA
128 ATAGAAACAATTGTTTTAGGAC-AAAGAAAATATCATAACT-ATTTGAAATAGA
* ** * * *
170292 TAA-TAGTTTTAATGGACATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAATTTTATTTTTTAAATCTC
1 TAATTA-TTTAAATGGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
** **
170356 CAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATTTATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
65 TTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
* * * *
170421 TAGGAAC-ATATGTTTTATGACAAA-AAAATATCATAAC-GTTTGAAATAAA
129 TAGAAACAAT-TGTTTTAGGACAAAGAAAATATCATAACTATTTGAAATAGA
* * * * *
170470 TAATTATTTAATTAGTTATAACTATTGGAACTTGCTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
1 TAATTATTTAAATGGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * ** * *
170534 TTACTTATTATTTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTTTATGCA
65 TTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
*
170599 TAGAAACAATTGGTTTA
129 TAGAAACAATTGTTTTA
170616 TGATAAAACA
Statistics
Matches: 677, Mismatches: 154, Indels: 63
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 20 0.03
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TAATTATTTAAATGGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
TACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATA
GAAACAATTGTTTTAGGACAAAGAAAATATCATAACTATTTGAAATAGA
Found at i:170380 original size:359 final size:359
Alignment explanation
Indices: 169792--170654 Score: 841
Period size: 359 Copynumber: 2.4 Consensus size: 359
169782 ACTTATTCAG
* ** * * * *
169792 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTACTAATTTTCA-AAGTATTAATCAATTAGTATTA
1 TAAACAAATTTATTTCTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * **
169856 TTTTATTCCAAATAAACTT-CTATGAGTAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAGCAAAA-ATCGTAA
65 TTTTATTTCGAAT-AAGTTGTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGATAATAA
* * ** ** ** * * * * * *
169919 CTATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAACAGTTATAACAATTTGAACTAGCTCAGTAAATAGA-TT
129 CGATTTGAAATAGATAA-TAGTTTTAATGGACATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACA-ATTT
** * ** *
169982 TATTTTAAAAATATTTAACTTATTAAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGA
192 TATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAA
* * *
170047 ATACACATGTATGAATAGAAAAAAATGGTTTGTCACAAAAGAAAGGGTCATAACTATTTGAAATA
257 ATAAACATGTATGAATAGAAAAAAATGGTTTATCACAAAA-AAA-GATCATAAC-ATTTGAAATA
* * * *
170112 GATAATTGTTTAAAGAGTTATAAATATTTGAACGTGTTTAGA
319 AATAATTATTTAAAGAGTTATAAATATTGGAACGTG-CTAGA
* * *
170154 -AAATAGA-TT-TTTCTTAAAT-TTTTACATATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTA
1 TAAACAAATTTATTTCTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * *
170214 TTTTATTT-GAAATAAGCTTGTT-TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATTATA
65 TTTTATTTCG-AATAAG-TTGTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGATAATA
*
170277 ATGATTTGAAATAGATAATAGTTTTAATGGACATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAATTTT
128 ACGATTTGAAATAGATAATAGTTTTAATGGACATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAATTTT
* * ** *
170342 ATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATTTATTAGTATTATTTTATTTCAAA
193 ATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAA
* * * * * * * *
170407 TAAACTTGTATGAATAGGAACATATGTTTTATGACAAAAAAATATCATAACGTTTGAAATAAATA
258 TAAACATGTATGAATAGAAAAAAATGGTTTATCACAAAAAAAGATCATAACATTTGAAATAAATA
** * * *
170472 ATTATTTAATTAGTTATAACTATTGGAACTTGCTCGA
323 ATTATTTAAAGAGTTATAAATATTGGAACGTGCTAGA
* * * *
170509 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTCTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
170574 TTTATTTCGAATAAGTTTTTATGCATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACG
66 TTTATTTCGAATAAGTTGTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACG
*
170639 ATTTGAATTAGATAAT
131 ATTTGAAATAGATAAT
170655 TGTTCAAATA
Statistics
Matches: 405, Mismatches: 81, Indels: 33
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
355 3 0.01
356 43 0.11
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358 92 0.23
359 248 0.61
360 3 0.01
361 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
TAAACAAATTTATTTCTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCGAATAAGTTGTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACG
ATTTGAAATAGATAATAGTTTTAATGGACATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAATTTTATT
TTTTAAATCTCCAACTTATTAAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAA
ACATGTATGAATAGAAAAAAATGGTTTATCACAAAAAAAGATCATAACATTTGAAATAAATAATT
ATTTAAAGAGTTATAAATATTGGAACGTGCTAGA
Found at i:170715 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 170583--170742 Score: 250
Period size: 78 Copynumber: 2.1 Consensus size: 78
170573 TTTTATTTCG
* *
170583 AATAAGTTTTTATGCATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACGATTTG-AAT
1 AATAAGTTTTTATGCATAGAAACAATTGGTTTATAATAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGTAA-
*
170647 TAGATAATTGTTCA
65 TAGATAATTATTCA
* *
170661 AATAAGTTTTTATGCATAGAAACAATTGGTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGTAAT
1 AATAAGTTTTTATGCATAGAAACAATTGGTTTATAATAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGTAAT
*
170726 AGATAATTATTTA
66 AGATAATTATTCA
170739 AATA
1 AATA
170743 GGAACTAGTT
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 6, Indels: 2
0.90 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
78 73 0.97
79 2 0.03
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Consensus pattern (78 bp):
AATAAGTTTTTATGCATAGAAACAATTGGTTTATAATAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGTAAT
AGATAATTATTCA
Found at i:170905 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 170880--170926 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 17
170870 CAAAAATTCC
*
170880 TAATGATTTGATATAG-A
1 TAATTATTTGA-ATAGCA
*
170897 TAATTATTTGAATGGCCA
1 TAATTATTTGAATAG-CA
170915 TAATTATTTGAA
1 TAATTATTTGAA
170927 CCGATTTGAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.12
17 10 0.38
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ACGTcount: A:0.38, C:0.04, G:0.15, T:0.43
Consensus pattern (17 bp):
TAATTATTTGAATAGCA
Found at i:171356 original size:182 final size:171
Alignment explanation
Indices: 170999--171672 Score: 529
Period size: 182 Copynumber: 3.8 Consensus size: 171
170989 TTCTTTCTTG
* * * * *
170999 AATAAAATTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAAT
1 AATAAACTTGTAT-AGTTGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAAT
* * * *
171064 AAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATGGATTTATTTTTTAAATC
64 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAA-GAATTTA-TTTTTAAATC
* * * * **
171129 TCTTAATAATTAATTTTTAGAATGTTTACTAAATAAGTATTATTTTA-ATCCA
127 TC-T--T-ATTAATTTTGA-AAT-ATTAATAAAT-AG-ATTATTTTATTTTTA
* * * *
171181 AATAAGCTTGTATAAGTTGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAAT
1 AATAAACTTGTAT-AGTTGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAAT
* * *
171246 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAATTGGTTCAGTAAAGAAATTTATCTTTTAAATC
64 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAAG-AATTTAT-TTTTAAATC
171311 TCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTTA
127 TCTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAA-TAG-ATTATTTTATTTTTA
* *
171358 AATAAACTTGTAT-GTTGAAAAATAAATGTTTTATGACAAAACACAAGG-CAATAACGATTTGAA
1 AATAAACTTGTATAGTTGAAAAAT---TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAA-AACAATTTGAA
* * * * * * * *
171421 ATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTAGCAAATTAATTTATTTTTGAAA
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*
171486 TATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAAGTAGCATTATTTTATTTTGT-
124 -ATC-T-CTTATTAA-TTTTGAAATATTAAT-AAATAG-ATTATTTTATTTT-TA
* ** * * * *
171540 --TAAACTTTTATGAACTAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAA-GATTTTAAA
1 AATAAACTTGTAT-AGTTGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-AAACAATTTGAAA
* * * * *
171602 TAGATAATTGTTCAAAT-GTCATAACTAGTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTCTTCAAA
63 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAAGA-ATTTATTT-TT-AAA
171666 TCTCTTA
125 TCTCTTA
171673 CTTATTATTT
Statistics
Matches: 407, Mismatches: 60, Indels: 56
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
AATAAACTTGTATAGTTGAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAA
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAAGAATTTATTTTTAAATCTCTT
ATTAATTTTGAAATATTAATAAATAGATTATTTTATTTTTA
Found at i:171454 original size:177 final size:174
Alignment explanation
Indices: 170784--171672 Score: 603
Period size: 177 Copynumber: 5.0 Consensus size: 174
170774 AAATCTCCTA
** * * ** *
170784 CTTATTAATTTTTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCTAAATAGGCTTGTATGATGAAA
1 CTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGTTGAAA
* ** * ** * * * ** * *
170849 AATAATTGTTTTATGCCAAAACAAAAATTCCTAATGATTTGATATAGATAATTATTTGAATGGCC
66 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
170914 ATAATTATTTGAACCGATTT-GATAAATG-ACTTATTTTTTAAATCT
131 ATAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAA-GAATTTA-TTTTTAAATCT
* * * * *
170959 CAAACTTATTAATTTTTGAAATA-T-GT---TT--TA-T-TCTT-TCTTGAATAAAATTGTATGA
1 ----CTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTAT--
* * *
171014 GCTG--AAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
59 GTTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* * * *
171077 TATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATGGATTTATTTTTTAAATCT
124 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAA-GAATTTA-TTTTTAAATCT
* * * * * ** *
171130 CTTAATAATTAATTTTTAGAATGTTTACTAAATAAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATA
1 C-T--T-ATTAATTTTGA-AAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTAT-
* * * * *
171195 AGTTG--AAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
59 -GTTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * *
171258 AAATAGTCATAGCTATTTGAATTGGTTCAGTAAAGAAATTTATCTTTTAAATCT
123 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAAG-AATTTAT-TTTTAAATCT
171312 CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGTTGAA
1 CTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGTTGAA
* * * * * *
171377 AAATAAATGTTTTATGACAAAACACAAGG-CAATAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGG
65 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
171441 CCATAATTATTTGAACTGATTTAGCAAATTAATTTATTTTTGAAATATCTT
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* * * ** * ****
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1 -CTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGTTGA
* * *
171556 AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT-
64 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * *
171619 GTCATAACTAGTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTCTTCAAATCT
128 GTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAAGA-ATTTATTT-TT-AAATCT
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1 CTTA
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AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAAGAATTTATTTTTAAATCT
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171538 GTTAAACTTT
* * * *
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* * **** *
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* *
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* ** * *
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ATTTTATTCCAAATAAGCTTG
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*
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TTATTAAATAAGTATTATTT
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171969 TAAAAATGTC
* *
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* * * *
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* * * * *
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129 AATAG
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GAATAAGTTTTAATGATTTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAATAACTTGAAA
TAGTAAAATCTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATG
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172108 ATAGTAAAAT
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* * ** *
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* * * * * * **
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* * * *
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* * * *** * * *
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* * *
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* * *
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* * ** * * *
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* * * * * * * * *
172602 CAAAACAGAAGGGCATAACAATTTGAAATAAAAAATTTTTCAAATGGACATGA
128 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * *
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1 CTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
**
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* * * * * * *
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129 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * ** * * *
172836 CTATCTCAACTTCCTCGTTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTT-GAAAT
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* * * *
172900 ATTAATAATTTTA-TATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT-A
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* *
172963 GCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
128 -CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * * * *
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1 CTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
* * * * **
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* * * * * *
173145 AAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGA
130 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * * * *
173196 CAATTTGAACTT-TTCGGTAAACATACTTATTTTTAAAATCTTTTATTTATTAACTATCAAAATA
1 CTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * * *
173260 TTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTACGACA
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* * * * *
173325 AAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAA
130 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * *
173376 CTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTA-AAT
1 CTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAGAAT
* * ** * * *
173440 ATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCACAGTAAACTTGTACAAATAAAAACTATTGTTTTATA
64 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-A-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
173504 ATAAAACATATGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAA
127 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * *
173558 TTATTTGAACTCACTCCG-TAAATAGATTTATTTTGTAAA-CTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
1 CTATTTGAACTTA-TTCGATAAACAAATTTATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAT
* * * *
173621 TTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTG-TTTAAGAC
64 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
173685 ATAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAA
129 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * ** *
173737 CTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAAAATTATTTTTTAAATAT-TTACTTATTAATCCTTGGAAT
1 CTATTTGAACT-TATTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAT
* ***
173800 ATTAGTAAATT--TAATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTAT-AATAGAAACAATTGTTTTATGA
64 ATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * *
173862 CAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCATAA
128 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
173915 CTATTTGAACATGTTC-AGTAAA-TAATTTTTTTTTAATTCTCTTACTCA-TAATTTTTAGAATA
1 CTATTTGAACTTATTCGA-TAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* ** * * * * * **
173977 TTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATTTGAATTGATACAATTGTTTTATGATG
65 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
174042 AAACATAAAGGTCACAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCCAATAGTTATTA
130 AAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * ** * * *
174094 TTATTTGAACTTGTTAGGCAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCTT-GAAATA
1 CTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATA
* * * ** * * * * * *
174158 TTAATAAATTAATACTATTTTAATCCGAATAAGATTGCATGAACAAAAATAATTGCTTTATGACA
65 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * *
174223 AAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
130 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* *
174274 CTATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTT
1 CTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTT
174303 GAAATCAGCT
Statistics
Matches: 1611, Mismatches: 336, Indels: 115
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
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183 3 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
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TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
Found at i:173300 original size:540 final size:530
Alignment explanation
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172139 ACATGTTTAT
* * * * * * *
172149 TTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
1 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA--CTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATA
* ** * * * * * * *
172214 AGCTTTTATGAATTTAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGAT
64 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAAT
* * ** * * * * *
172279 AATTATTCTAATAGTTTTAATTATTTGAAC-TAGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCT
129 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTT
* * * * ** *
172343 TACTTATTAATTTTAGGAATATTAGTAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAAA
193 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTTATATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAAA
* * **
172408 AGAAGA-AATTGTTTTGT-GACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTAAGATAGATAATTGTTCAAA
256 A-AA-ACAATTGTTTTATAG-CAAAACAAAAGATCATAATGATTTAA-ATAGATAATTGTTCAAA
* *
172470 TAGTCATAACTATTTGAAC-AATTTCGTAAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTTT--TATTAATTT
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* * * ** ** *
172532 TCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATCTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATT-TT
379 TCAAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTT
* * * * * * *
172596 TTAGGACA-AAACAGAAGGGCATAACAATTTGAAATAAAAAATTTTTCAAATGGACATGACTATT
444 TTA-GA-ATAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTTTT-AAATAGTCATGACTATT
*
172660 TGAACTTATTCGATAAACAAATTTA
506 TGAACTTATTCGATAAACAAAATTA
** * * * * * *
172685 TTTCTTAAATCTCCTACCTAGTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
1 TTT-TTAAATCTTTTACTTATTAA--CTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAAT
** *
172750 AAATTTGTATGAATAGAAACAATT-TCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAGCT-ATTTAAAATA
63 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGATCATA-ATGATTTAAAATA
* * * * ** * * *
172813 AATAATTGTTCAATTAGTAATAACTATCTCAACTTCCTCGTTAAACAAATTTATTTTTAAAATTT
126 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
172878 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTTATATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGA
191 TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-TTTATATTATTTTATTTA-AATAAGCTTGTATGA
*
172943 ACAAAAACAATTGTTTTATAGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAA
254 A-AAAAACAATTGTTTTATAGCAAAACAAAAGATCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAA
* * * *
173008 TAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGGTAAATAGATTT-TTTTTAGATCTCTTACTCATTAGTTT
317 TAGTCATAACTATTTGAACTAATTTCGTAAATAGATTTATTTTTA-ATCT-TTACT-ATTAATTT
*
173072 TCAAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGATACAATTGTT
379 TCAAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTT
* * * * *
173137 TTATAATGAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACAATTT
444 TTAGAAT-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTTAAATAGTCATGACTATTT
* * *
173202 GAACTT-TTCGGTAAACATACTTA
507 GAACTTATTCGATAAACAAAATTA
*
173225 TTTTTAAAATCTTTTATTTATTAACTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAAT
1 TTTTT-AAATCTTTTACTTATTAACT-T-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAAT
* * * * *
173290 AAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTACGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTAAAATAA
63 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTAAAATAA
* * *
173354 ATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
127 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * **
173419 TTACTTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCACAGTAAACTTGTACA
192 TTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAATTTA-TATTATTTTATTT-A-AATAAGCTTGTATG
* ** * * * * *
173483 AATAAAAACTATTGTTTTATAATAAAACATATGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAA
253 AA-AAAAACAATTGTTTTATAGCAAAACAAAAGATCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
173548 ATAGTCATAATTATTTGAACTCACTCCGTAAATAGATTTATTTTGTAAACTTTTACTTATTAATT
316 ATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTCGTAAATAGATTTATTTT-TAATC-TTTAC-TATTAATT
*** * *
173613 TTTGGAAT-TTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAACAATT
378 TTCAAAATATTT-ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATT
* * * * * *
173676 GTTTAAGACAT-AACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTA
441 GTTTTAGA-ATAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTTAAATAGTCATGACTA
* * * *
173740 TTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAAAATTA
504 TTTGAACT-TATTCGATAAACAAAATTA
* ** * * **
173767 TTTTTTAAAT-ATTTACTTATTAATCCTTGGAATATTAGTAAATTTA-ATTATTTT-ATTCAAAA
1 -TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA--CTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAA
*
173829 TAAGCTTGTAT-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATA
62 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTAAAATA
* * * * * *
173892 GATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTC-AGTAAA-TAATTT-TTTTTTAATTC
126 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * * *
173954 TCTTACTCA-TAATTTTT-AGAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATTT
190 TTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAATTTA-TATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTAT
** * * * * * *
174017 GAATTGATACAATTGTTTTAT-G-ATGAAACATAAAGGTCACAACGATTTGAAGTAGATAATTAT
252 GAA-AAAAACAATTGTTTTATAGCA--AAACA-AAAGATCATAATGATTT-AAATAGATAATTGT
* * * * ** ** * * *
174080 TCCAATAGTTATTATTATTTGAACTTGTTAGGCAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATT
312 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTCGTAAATAGATTTATTTTT-AATC-TTTAC-TATT
* * * * * ** * ** ** *
174145 AATTCTT-GAAATATTAATAAATTAATACTATTTTAATCCGAATAAGATTGCATGAACAAAAATA
374 AATT-TTCAAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACA
* * * * * *
174209 ATTGCTTTATGACA-AAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
438 ATTGTTTTA-GA-ATAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTTAAATAGTCATG
*
174273 ACTATTTGAACTTATTCAATAAACA
500 ACTATTTGAACTTATTCGATAAACA
174298 GATTTGAAAT
Statistics
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543 13 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (530 bp):
TTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAG
CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAA
TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTATATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAAAAAAAC
AATTGTTTTATAGCAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTAATTTCGTAAATAGATTTATTTTTAATCTTTACTATTAATTTTCAAAATATTTA
TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTAGAATAAACA
AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTTTTAAATAGTCATGACTATTTGAACTTATTCGATA
AACAAAATTA
Found at i:174079 original size:898 final size:892
Alignment explanation
Indices: 172118--174302 Score: 2553
Period size: 898 Copynumber: 2.4 Consensus size: 892
172108 ATAGTAAAAT
*
172118 CTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATG-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTAAAT
1 CTATTTGAACTTGTTTAGTAAATA-GATTT-TTTTTT-AATCTCTTACTCATTAA-TTTTTAAAT
* * * *
172182 GTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-TTATGAATTTAAATAATTGTTTTATGA
62 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATT-TGAATTGATACAATTGTTTTATGA
* * * *
172246 CT-AAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAATTATTTGAACT
126 -TGAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAATTATT-TAATAGTTATAATTATTTGAACT
* ** * * * * *
172310 AGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGGAATATTAGTAAATTA
189 -TTTCGGCAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATATTA-AAATATTAATAAATTA
* * * * *
172375 ATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAA-AAGAAGA-AATTGTTTTGTGACAAAATAAAGA
251 ATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAA-AA-ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * *
172438 -TCATAACAATTTAAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-AATTTCGTAAAA
314 GTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGT-AAA
* * *
172501 CAAATTTAGTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATCTT
377 CAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTT
* ** ** * * *
172566 GAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTTTTTAGGACAAAACAGAAGGGCATAACAATTTGAAAT
442 CAATAAACTTGCACAAACAAAAACAATTTTTTAGAACAAAACAGAAGAGCATAACAATTTGAAAT
* * * *
172631 AAAAAATTTTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTCTTAAATC
507 AAAAAATTTTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTCATCCGATAAACAAATTTATTTCTTAAATC
*
172696 TCCTACCTAGTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATG
572 TCCTACCTAGTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATG
* *
172761 AATAGAAACAATTTCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAGCTATTTAAAATAAATAATTGTTCAA
637 AATAGAAACAATTTCTTTAAGACAAAACAAAAGATCATAGATATTTAAAATAAATAATTGTTCAA
* * *** * *
172826 TTAGTAATAACTATCTCAACTTCCTCGTTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAAT
702 ATAATAATAACTATCTCAACTTCCTCAAAAAACAAAATTATTTTTAAAATTATTTACTTATTAAT
** * * *
172891 TTTTGAAATATTAATAATTTTATATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
767 CCTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
172956 TTTTATAGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
832 TTTTATAGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * *
173017 CTATTTAAACTTATTTGGTAAATAGA-TTTTTTTTAGATCTCTTACTCATTAGTTTTCAAAATAT
1 CTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTTTTTTTA-ATCTCTTACTCATTAATTTT-TAAATAT
* * * *
173081 TTATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGATACAATTGTTTTATAATGA
64 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATTTGAATTGATACAATTGTTTTATGATGA
* * * * **
173146 AATAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACAATTTGAACTTTTC
129 AACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAATTATTT-AATAGTTATAATTATTTGAACTTTTC
* * * *
173211 GGTAAACATACTTATTTTTAAAATCTTTTATTTATTAACTATCAAAATATTAATAAATTAATATT
193 GGCAAACATATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TATTAAAATATTAATAAATTAATATT
** * *
173276 ATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAA
256 ATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
** *
173341 TGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTA
321 CAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-GTAAACAGATTTA
* *
173406 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCACA
385 GTTTTTAAATC--TT--TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTTCA-A
* * * * * * * * **
173470 GTAAACTTGTACAAATAAAAACTATTGTTTTATAATAAAACATATGATCATAATGATTTGAAATA
445 -TAAACTTGCACAAACAAAAACAATT-TTTTAGAACAAAACAGAAGAGCATAACAATTTGAAATA
* * * * *
173535 AATAATTATTT-AAATAGTCATAATTATTTGAACTCACTCCG-TAAATAGATTTATTT-TGTAAA
508 AAAAATT-TTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTCA-TCCGATAAACAAATTTATTTCT-TAAA
** * * * * *
173597 -CTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTT-T
570 TCTCCTACCTAGTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA-ATTTGT
* * * * * *
173660 ATGAATAGAAACAA-TTGTTTAAGACATAACAAATGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGT
634 ATGAATAGAAACAATTTCTTTAAGACAAAACAAAAGATCATAGAT-ATTTAAAATAAATAATTGT
* * * ** * *
173723 TCAAATAATCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAAAATTATTTTTTAAA-TATTTACTTA
698 TCAAATAATAATAACTATCTCAACT-TCCTCAAAAAACAAAATTATTTTTAAAATTATTTACTTA
* * * *
173786 TTAATCCTTGGAATATTAGTAAATTTA-ATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTAT-AATAGAAAC
762 TTAATCCTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * *
173849 AATTGTTTTAT-GACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATTATTGTTCAAATAGTCAT
827 AATTGTTTTATAG-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
173913 AA
891 AA
* *
173915 CTATTTGAACATGTTCAGTAAATA-ATTTTTTTTTAATTCTCTTACTCA-TAATTTTTAGAATAT
1 CTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTTTTTTTAA-TCTCTTACTCATTAATTTTTA-AATAT
* ** *
173978 TAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATTTGAATTGATACAATTGTTTTATGATGA
64 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATTTGAATTGATACAATTGTTTTATGATGA
* * *
174043 AACATAAAGGTCACAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCCAATAGTTATTATTATTTGAACTTGT
129 AACA-AAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAATTATT-TAATAGTTATAATTATTTGAACTT-T
* * * *
174108 TAGGCAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAATAC
191 TCGGCAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TATTAAAATATTAATAAATTAATAT
* * *
174173 TATTTTAATCCGAATAAGATTGCATGAACAAAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
255 TATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
* *
174238 ACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTT
320 ACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-GTAAACAGATTT
174303 GAAATCAGCT
Statistics
Matches: 1084, Mismatches: 169, Indels: 67
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
895 6 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (892 bp):
CTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTTTTTTTAATCTCTTACTCATTAATTTTTAAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATTTGAATTGATACAATTGTTTTATGATGAAA
CAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAATAGTTATAATTATTTGAACTTTTCGGC
AAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATATTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
AATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATT
TAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGTAAACAGATTTAGTTTTT
AAATCTTTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTTCAATAAACTTGCAC
AAACAAAAACAATTTTTTAGAACAAAACAGAAGAGCATAACAATTTGAAATAAAAAATTTTTCAA
ATAGACATAACTATTTGAACTCATCCGATAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCCTACCTAGTAAT
TTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTT
CTTTAAGACAAAACAAAAGATCATAGATATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAATAATAACTAT
CTCAACTTCCTCAAAAAACAAAATTATTTTTAAAATTATTTACTTATTAATCCTTGAAATATTAA
TAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATAGCAAAAC
AAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
Found at i:174567 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 174546--174578 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
174536 TAACAATTTG
174546 AAATAG-ATAACTATTC
1 AAATAGCATAACTATTC
174562 AAATAGTCATAACTATT
1 AAATAG-CATAACTATT
174579 TACACCGGTC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.12, G:0.06, T:0.33
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAACTATTC
Found at i:174744 original size:481 final size:478
Alignment explanation
Indices: 173826--174765 Score: 1048
Period size: 481 Copynumber: 2.0 Consensus size: 478
173816 ATTTTATTCA
* * ** *
173826 AAATAAGCTTGTATAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAAT
1 AAATAAGCTTGTATAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAAT
* * * * * *
173891 AGATTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAATAATTTTTTTTTAATTCTC
66 AGATAAATGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAATAATTATTTTCTAAATCTC
* * ** * * **
173956 TTACTCATAATTTTTAGAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATTTGAAT
131 TTACTCATAATTTTTAGAACATTAATAAATTAAAATTATGTTATTCCAAATAAACTTATACGAAT
* * * * * * *
174021 TGATACAATTGTTTTATGATGAAACATAAAGGTCACAACGATTTGAAGTAGATAATTATTCCAAT
196 AGAAACAATTGTTTTATGATCAAACATAAAGGTCACAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAAT
* * * ** * ** * ** **
174086 AGTTATTATTATTTGAACTTGTTAGGCAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCT
261 AGTCATAACTATTTGAACCGGTCAACCAAACAAATACATTTTTAAATCCGTTACTTATTAATTCT
* * ** ** * * *
174151 TGAAATATTAATAAATTAATACTATTTTAATCCGAATAAGATTGCATGAACAAAAATAATTGCTT
326 TAAAATATTAATAAATTAACACTACATTAATCAAAATAAGACTGCATGAACAAAAACAATTACTT
* *
174216 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
391 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAAATGTTCAAATAGTCATAACTAATTG
174281 AACTTATTCAATAAACAGATTTG
456 AACTTATTCAATAAACAGATTTG
* * *
174304 AAATCAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GATTATAGCAATTTAAA
1 AAATAAGCTTGTAT-AATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACAATTTAAA
* *
174368 ATAGATAAATGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTCTAAA
64 ATAGATAAATGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAATA-ATT-ATTTTCTAAA
* *** *
174433 TCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAACATTAATAAATTAAAATTATGTTATTCCAAATACGTTTGT
127 TCTCTTACTCA-TAATTTTTAG-AACATTAATAAATTAAAATTATGTTATTCCAAATAAACTTAT
* *
174497 ACGAATAGAAACAATTGTTTTGTGA-CAAA-A-AAAGGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACTA
190 ACGAATAGAAACAATTGTTTTATGATCAAACATAAA-GGTCACAACAATTTGAAATAGATAACTA
*
174559 TTCAAATAGTCATAACTATTT-ACACCGGTCAACCCAACAAATACATTTTTGAAATCCGTTACTT
254 TTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACCGGTCAACCAAACAAATACATTTTT-AAATCCGTTACTT
* * * * * *
174623 ATTAATT-TTAAGAATATTAATAAATTAGCATTACATTATTCAAAATAAGACTGTATGAGCATAA
317 ATTAATTCTTAA-AATATTAATAAATTAACACTACATTAATCAAAATAAGACTGCATGAACAAAA
* * * ** * * *
174687 ACAATTATTTTATGATAAAACCAATGGTCATAACGATTTGAAGTAAATAAATGTTCAAATAGTTA
381 ACAATTACTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAAATGTTCAAATAGTCA
174752 TAACTAATTGAACT
446 TAACTAATTGAACT
174766 GGTTTGGCAA
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 77, Indels: 17
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
478 14 0.04
479 89 0.24
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (478 bp):
AAATAAGCTTGTATAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAAT
AGATAAATGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAATAATTATTTTCTAAATCTC
TTACTCATAATTTTTAGAACATTAATAAATTAAAATTATGTTATTCCAAATAAACTTATACGAAT
AGAAACAATTGTTTTATGATCAAACATAAAGGTCACAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAAT
AGTCATAACTATTTGAACCGGTCAACCAAACAAATACATTTTTAAATCCGTTACTTATTAATTCT
TAAAATATTAATAAATTAACACTACATTAATCAAAATAAGACTGCATGAACAAAAACAATTACTT
TATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAAATGTTCAAATAGTCATAACTAATTG
AACTTATTCAATAAACAGATTTG
Found at i:174804 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 174313--177831 Score: 1648
Period size: 181 Copynumber: 19.5 Consensus size: 180
174303 GAAATCAGCT
* * * * * * * * *
174313 TGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATTATAGCAATTTAAAATAGATAAAT
1 TGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
174378 GTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-TAGATTCATTTTCTAAATCTCTTACT
66 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * ** * * **
174442 TATTAATTTT-TGAAACATTAATAAATTAAAATTATGTTATTCCAAATACGTT
130 TATTAATTTTAAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGAC
* * * * * *
174494 TGTACGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAA-AAAGGGTCATAACAATTTGAAATAGATAACT
1 TGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * **** * * ** *
174558 ATTCAAATAGTCATAACTATTT-ACACCGGTCAACCCAACAAATACATTTTTGAAATC-CGTTAC
66 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTGGTTTGGCAAACTAATTTATTTTTTAAATCTC-TTAC
* **
174621 TTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGCATTACATTATTCAAAATAAGAC
129 TTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGAC
* * * * * * * * *
174674 TGTATGAGCATAAACAATTATTTTATGATAAAACCAATGGTCATAACGATTTGAAGTAAATAAAT
1 TGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* *
174739 GTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTTTGGCAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
66 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * *
174804 ATTAATTTTTAA-AAAATTAAAAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAA-AC
131 ATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGAC
* * * * **
174854 T-TACATGAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAAACATAAGGTAATAATGATTTGAAA
1 TGT--ATGAACATAAACAATTGTTTTATG-----AC--AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * *
174918 TAGATAATTGTTCAAA-ATGCCATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAAC-AGAATCATTTTTTAA
57 TAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACTA-ATTTATTTTTTAA
* * * *
174981 ATATCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTTG-ATTTATTTTATTTCAAATAAG-T
120 ATCTCTTACTTATTAATTTTAAG-AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTA-TTCAAATAAGAC
* ** ** * * * *
175042 TAGTAAGAGTTGATAAA-AATTGTTTTACAACAAAATAAAATGTCTTAACATTTTGAAATAGATA
1 T-GTATGA--ACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
* * * * * * * *
175106 ATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGCAGTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTA
63 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * ** *
175171 GTTATTAATTGTCAA-AATACTGTTAGATTAGTATTATTTTATTGCAAATAAG-C
128 CTTATTAATT-TTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGAC
* * * * *
175224 TTGTAAGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT-GTATAA
1 -TGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG-ATAA
* * * * * * ** *
175288 TTATTCAAATAATTATAATTATATGAATTGGTTTGATAAA-TAGAATTATTTTTTAAATCTCTTA
64 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** * *
175352 CTTATAAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTATAAATAA-AC
128 CTTATTAATTTTAAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGAC
* ** * * **
175406 TTGGATG-AGTTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
1 -TGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * * * *
175470 TTCTTCATATAGTCTTAATTGTTTAAACTGGTTTGACAAA-TGGATTTGTTTTTTAAATCTTTTA
64 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACT-AATTTATTTTTTAAATCTCTTA
** * * * * *
175534 GGTATGAATTTTCATAATATTATTAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-AC
128 CTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGAC
* * * * * * *
175587 TATATGAACAGAAATAATTATTGTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATT
1 TGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* ** ** * *
175652 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTGGTTCAGTGAAC-AGATTTAATTTTTGAATCT-TGTAC
66 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCT-TAC
* * * * * * **
175715 TAATTCTTGAAACAATTGTTTTATGAA-A-AAACGAAAGGTAATAACGATTTTATTTCAAATAAG
129 ---TTATT-----AA---TTTTAAGAATATTAA-TAAA-TTAGT-ATTATTTTA-TTCAAATAAG
175778 -C
179 AC
* * ** ** * * * *
175779 TTGTATGTTAAACA-AAAAAATTCTTCCATGACAAAATGAAAGGTAATTACGATTTGAAATAGAA
1 -TGTATG---AACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
* * * * * **
175843 AATTGCTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTGATAAACTAATTTATTTTTTAAA--TC-T
62 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * ***
175905 -CTTATTAATTTTCAA-AATCTTAATAAAGTATTATTATTTTATTTTGGATAA-AC
127 ACTTATTAATTTT-AAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGAC
* * * ** * * *
175958 TTTTATGAAC-TAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGTTTGTAACGATTTTAAATAAATAA
1 -TGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * * *
176022 TTGTTTAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA-TAGATTTATTTTTTCAAATCGCTT
64 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACTA-ATTTATTTTTT-AAATCTCTT
* *
176086 A-TTAATT--TTTT--GAA-AGTTAATAAATTATTATTATTTTCTTTCAAATAAG-C
127 ACTT-ATTAATTTTAAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGAC
* ** * * * * * **
176136 TTGTATGAAC-TAAAACAATTATTTTACAACTAAAGACAAGGTTAGAATTATTTGAAATAGATAA
1 -TGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * ** * * ** *
176200 TTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTCGGCAAA-TGCATTT-TTTTAAAAATATCTTA
64 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACT-AATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * *
176263 -TTA--ATTTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATCA-AC
128 CTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGAC
* * * ** * * *
176312 TTGTATGATCCA-AAACAATTTTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGATAT
1 -TGTATGA-ACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * *
176375 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG-AAAATAATTTTACTTTTTAAATCTCTTG
64 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACTAA-TTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * * *** **
176439 CCTAATAATTTT-TGAAATATTAATAAAGTATTGTTCTTCTATTTTGGATAAGTT
128 CTTATTAATTTTAAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGAC
* * * * * * ** *
176493 TTTATTAA-TTGAAATAATTTTTTTATGA-AAAA-AAAAGGTCAAAATGATTTTAAATAGATAAT
1 TGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* ** * * * *
176555 TATTCAAATAGTCATATTTAATTGAACTTGTTTAGTAAAC-AGATTTATTTTTTTAAATCTC-TA
65 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACTA-ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA
** * * *
176618 GCTTATTAATTTTTTGGATGTTAATAACTTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-C
128 -CTTATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGAC
* * * * *
176672 TTGTATGAAC-TGAAATAATTATTTTATGACTAAAGAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAA
1 -TGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* ** * * * * * *
176736 TTGTTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGATTTAG-AAA-AAAATTATTTTTTAAATTTATTAC
64 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * ** * * * * *
176799 TTATTTATTTTTTAGAATATTATTAAAAAAGTAGTAGTTTAATCCCAATACG-C
129 TTA-TTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCAAATAAGAC
* * * * * * * * * * *
176852 TTGTATAAAAAGAAACAAATGTTGTATGGCAAAATAAAA-ATTATAACGATTTGAGATAGATAAT
1 -TGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * ** *
176916 TGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACGGATTTAGTTTTTAAA--TC--ACT
65 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* ** ***
176977 TATTAATTTTTAA-AATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAATTT
130 TATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGAC
* * * ** * ** * *
177029 TGCATAAACAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTTATAATGATGTGAAATAGATGATT
1 TGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * * * * *
177094 GTTTAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTCCTACCT
66 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * *
177159 ATTAATTTGCAA-AAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-ATT
131 ATTAATTT-TAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGA-C
* * * * * *
177210 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAAAATT
1 TGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * ** * *
177275 ATTCAAACAATCATAACTATTTGAGCTTACTCTAT-G--AA-TAGATTTATTTTTTAAATTTTTT
66 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGT-T-TGGCAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * *
177336 ACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAAAT
127 ACTTATTAATTTTAAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGAC
* * * * *** * *
177391 TTTATGAATAGAAATAATTGGAATAT--C---ACAAAA---CATAACTATTTCAAATAGATAATT
1 TGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * ** * *
177448 GTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACAT-ATTCAGAAAAC-AGATTTATTTTTAAAAT-T-TTCA
66 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTTGGCAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTT-A
* *
177509 CTTATTAAATTCT-AGAATATTAATAAATT--TATTTTTTTATTCGAAATAAG-C
128 CTTATT-AATTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGAC
* * * **
177560 TTGTATGAGCA-AAAGCAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
1 -TGTATGAACATAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * ** * * * * *
177624 TTATTCAGATTA-TCATAACTATTTGAACTTCTATAGTAAA-TAAATTCATTTTTTTAAAATTTC
64 TTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACT-AATTTA-TTTTTT-AAATCTC
* ** *
177687 TTACTAATTAATTTTGAA-AATATTAATAAATTAGTGA-TATTTTATTTTGAATAAGCC
125 TTACTTATTAATTTT-AAGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTA-TTCAAATAAGAC
* * * * * *
177744 TATATGAA-TTGATATAATCG---TATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAA-AGATAAT
1 TGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * *
177804 TATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACT
65 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
177832 TGTTCAGTAA
Statistics
Matches: 2530, Mismatches: 629, Indels: 360
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.00
170 30 0.01
171 4 0.00
172 23 0.01
173 66 0.03
174 4 0.00
175 68 0.03
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177 160 0.06
178 170 0.07
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180 478 0.19
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188 121 0.05
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191 10 0.00
192 19 0.01
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195 84 0.03
196 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGCAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
ATTAATTTTAAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGAC
Found at i:175466 original size:363 final size:362
Alignment explanation
Indices: 174910--175660 Score: 899
Period size: 363 Copynumber: 2.1 Consensus size: 362
174900 GGTAATAATG
* * * *
174910 ATTTGAAATAGATAATTGTTC-AA-AATGCCATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGAATCA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAT--TATAATTATATGAACTGGTTTGATAAACAGAATCA
* *
174973 TTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGATTTATTTTATTTCAAAT
64 TTTTTTAAATATCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGATTTATTTTATTTCAAAT
* * * * *
175038 AAGTTAGTAAGAGTTGATAAAAATTGTTTTACAACAAAATAAAATGTCTTAACATTTTGAAATAG
129 AACTTAGGAAGAGTTGATAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAACATTTTGAAATAG
* ** * *
175103 ATAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGCAGTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTC
194 ATAATTCTTCATATAGCCTTAACTATTTAAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTATAAATCTC
* * * * *
175168 TTAGTTATTAATTGTCAAAATACTGTTAGA-TTAGTATTATTTTATTGCAAATAAGCTTGTAAGA
259 TTAGGTATGAATTGTCAAAATACTATTA-ATTTAGTATTATTTTATTGCAAATAAAC-TATAAGA
* * * *
175232 ACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAACA
322 ACAAAAATAATTATTGTATGACAAAACAAAAAGTTATAACA
* * *
175273 ATTTGAAAT-GTATAATTATTCAAATAATTATAATTATATGAATTGGTTTGATAAATAGAATTAT
1 ATTTGAAATAG-ATAATTATTCAAATAATTATAATTATATGAACTGGTTTGATAAACAGAATCAT
* *
175337 TTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTAT-AAA
65 TTTTTAAATATCTTACTTATAAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGATTTATTTTATT-TCAAA
* * *
175401 TAAACTT-GGATGAGTT-A-AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGA-TTTGAA
128 T-AACTTAGGAAGAGTTGATAAA-AATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAA-CATTTTGAA
* * * * *** * *
175462 ATAGATAATTCTTCATATAGTCTTAATTGTTTAAACTGGTTTGACAAATGGATTTGTTTTTTAAA
190 ATAGATAATTCTTCATATAGCCTTAACTATTTAAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTATAAA
* * * * * *
175527 TCTTTTAGGTATGAATTTTCATAATATTATTAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTATAT
255 TCTCTTAGGTATGAATTGTCAAAATACTATTAATTTAGTATTATTTTATTGCAAATAAACTATAA
*
175592 GAACAGAAATAATTATTGTATGACAAAACAAAAAGTTATAACA
320 GAACAAAAATAATTATTGTATGACAAAACAAAAAGTTATAACA
*
175635 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
175661 GTCATAACTA
Statistics
Matches: 328, Mismatches: 50, Indels: 21
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
362 69 0.21
363 204 0.62
364 47 0.14
365 8 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (362 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATTATAATTATATGAACTGGTTTGATAAACAGAATCATT
TTTTAAATATCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGATTTATTTTATTTCAAATAA
CTTAGGAAGAGTTGATAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAACATTTTGAAATAGAT
AATTCTTCATATAGCCTTAACTATTTAAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTT
AGGTATGAATTGTCAAAATACTATTAATTTAGTATTATTTTATTGCAAATAAACTATAAGAACAA
AAATAATTATTGTATGACAAAACAAAAAGTTATAACA
Found at i:176000 original size:19 final size:21
Alignment explanation
Indices: 175958--176000 Score: 54
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
175948 TTGGATAAAC
**
175958 TTTTATGAACTAAAACAATTG
1 TTTTATGAACTAAAACAAAAG
175979 TTTTATG-ACT-AAACAAAAG
1 TTTTATGAACTAAAACAAAAG
175998 TTT
1 TTT
176001 GTAACGATTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
19 10 0.50
20 3 0.15
21 7 0.35
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
TTTTATGAACTAAAACAAAAG
Found at i:176317 original size:176 final size:175
Alignment explanation
Indices: 176083--177298 Score: 392
Period size: 180 Copynumber: 6.8 Consensus size: 175
176073 TTTCAAATCG
* * ** * *
176083 CTTATTAATTTTTTGAAAGTTAATAAATTATTATTATTTTCTTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTTGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACCA
* * * *
176148 AAACAATTATTTTACAACTAAAGAC-AAGGTTAGAATTATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
66 AAACAATTATTTTACAAC-AAA-ACAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
*
176212 TCTTAACTATTTGAACTAATTCGGCAAATGCATTTTTTTAAAAATAT
129 TCATAACTATTTGAACTAATTCGGCAAATGCATTTTTTTAAAAATAT
* * *
176259 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATCAA-CTTGTATGATC
1 CTTATTAATTTTTTGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAAT-AAGCTTGTATGAAC
* ** * * * * *
176322 CAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAG
64 CAAAACAATTATTTTACAACAAAACAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** ** * * ** *
176387 TCATAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAAT-AATTTTACTTTTTAAATCT
129 TCATAACTATTTGAACTAATTCGGCAAATGCATTTT--TTTAAAAATAT
** * * * * * * **** * * *
176435 CTTGCCTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTATTGTTCTTCTATTTTGGATAAGTTTTTATTA
1 CTT-ATTAAT--TTTTTGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA
*** * * * * * *
176500 ATTGAAATAATTTTTTTATGAA-AAAA-AAAGGTCAAAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAA
62 ACCAAAACAATTATTTTA-CAACAAAACAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
** * ** * * * ** ** *
176563 TAGTCATATTTAATTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTAG
126 TAGTCATAACTATTTGAAC-TAATTCG---GCAAATGCATTTTTTTAAA--AATAT
* ** * * **
176619 CTTATTAATTTTTTGGATGTTAATAACTTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTTGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACCA
* ** * * ** * *
176684 AAATAATTATTTTATGACTAAAGA-AAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG
66 AAACAATTATTTTACAAC-AAA-ACAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** * ** *** **
176748 TTTTAACTATTTGAACTGATTTAG-AAAAAAATTATTTTTTAAATTTATT
129 TCATAACTATTTGAACTAATTCGGCAAATGCA-T-TTTTTTAAAAATA-T
* * * ** * * * * *
176797 ACTTATTTATTTTTTAGAATATTATTAAAAAAGTAGTAGTTTAATCCCAATACGCTTGTAT-AAA
1 -CTTATTAATTTTTT-GAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * *** * * * * * * *
176861 AAGAAACAAATGTTGTATGGCAAAATAAAAATTATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATA
64 CA-AAACAATTATTTTACAACAAAACAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * ** * * *
176926 ATCATAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACGGATTTAGTTTT-TAAATCA-
128 GTCATAACTATTTGAACTAATTCGGCAAATGCATTT--TTTTAAAAAT-AT
* * * *** ** * *
176975 CTTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCAT-AAAC
1 CTTATTAATTTTTTGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACC
* * * * * * * * *
177038 AGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTTATAATGATGTGAAATAGATGATTGTTTAAATG
65 A-AAACAATTATTTTACAACAAAAC-AAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * ** * * *** ** * *
177103 GACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAGTCT
128 GTCATAACTATTTGAACTAATTCGGCAAATGCATTT-TTTTAAAAATAT
**** * * * **
177152 CCTACCTATTAATTTGCAAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAATTTGTATGA
1 -CT---TATTAATTTTTTGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA
* * ** * * *
177217 A-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAAAAATTATTCA
62 ACCA-AAACAATTATTTTACAACAAAAC-AAAGATCAGAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* *
177280 AACAATCATAACTATTTGA
124 AATAGTCATAACTATTTGA
177299 GCTTACTCTA
Statistics
Matches: 772, Mismatches: 225, Indels: 81
0.72 0.21 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 7 0.01
175 67 0.09
176 129 0.17
177 79 0.10
178 6 0.01
179 129 0.17
180 159 0.21
181 120 0.16
182 60 0.08
183 7 0.01
184 9 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
CTTATTAATTTTTTGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACCA
AAACAATTATTTTACAACAAAACAAAGATCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTAATTCGGCAAATGCATTTTTTTAAAAATAT
Found at i:177020 original size:536 final size:533
Alignment explanation
Indices: 175827--177363 Score: 1529
Period size: 536 Copynumber: 2.9 Consensus size: 533
175817 AAAGGTAATT
* * * *** * * * *
175827 ACGATTTGAAATAGAAAATTGCTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATT-TGATAAACTAATT
1 ACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTCAGA-AAA-GAATT
* * *
175891 TATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATCTTAATAAAGTATTATTATTTTATTTTGGATAA
64 TACTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTATTATTATTTTATTTTGGAT-A
* * * * * * * *
175956 ACTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGTTTGTAACGATTTTAAATAAATA
128 ATTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGATA
* * * *
176021 ATTGTTTAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAA--TC--
192 ATTGTTTAAATAGTCAT-ATTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTA
* *
176082 GCTTATTAATTTTTTGAAAGTTAATAAATTATTATTATTTTCTTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
256 GCTTATTAATTTTTTGAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
* ** * * * *
176147 AAAACAATTATTTTACAACTAAAGACAAGGTTAGAATTATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
321 GAAACAATTATTTTATGACTAAAGAAAAGGTCAAAACTATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
** * * **
176212 TCTTAACTATTTGAACTAATTCGGCAAATGCA-T-TTTTTTAAAAATA-T-CTTATTAATTTTTG
386 TCTTAACTATTTGAACTAATTTAG-AAAAGAATTATTTTTTAAATTTATTACTTATTAATTTTTG
** * * * *** * * *
176273 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATCAACTTGTATGATCCAAAACAATTTTTTTA
450 AAATATTATTAAAAAAGTAGTAGTTTAATCCCAATCAACTTGTATGAAAAAAAACAAATGTTGTA
*
176338 TGACAAAACAAAGATCATA
515 TGACAAAACAAAAATCATA
* * * * * *
176357 ATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGAAAATAATTTT
1 ACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTCAGAAAAGAA-TTT
* * * * *
176422 ACTTTTTAAATCTCTTGCCTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTATTGTTCTTCTATTTTGGA
65 ACTTTTTAAATCTC-T---TATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTATTATTATTTTATTTTGGA
* * * * * *
176487 TAAGTTTTTATTAATTGAAATAATTTTTTTATGA-AAAAAAAAGGTCAAAATGATTTTAAATAGA
126 TAA-TTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGA
* * *
176551 TAATTATTCAAATAGTCATATTTAATTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTC
190 TAATTGTTTAAATAGTCATA-TTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTC
* * * *
176616 TAGCTTATTAATTTTTTGGATGTTAATAACTTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA
254 TAGCTTATTAATTTTTTGAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * *
176681 CTGAAATAATTATTTTATGACTAAAGAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAT
319 CTGAAACAATTATTTTATGACTAAAGAAAAGGTCAAAACTATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT
* * * *
176746 AGTTTTAACTATTTGAACTGATTTAGAAAAAAATTATTTTTTAAATTTATTACTTATTTATTTTT
384 AGTCTTAACTATTTGAACTAATTTAGAAAAGAATTATTTTTTAAATTTATTACTTATTAATTTTT
* *
176811 TAGAATATTATTAAAAAAGTAGTAGTTTAATCCCAAT-ACGCTTGTAT-AAAAAGAAACAAATGT
449 GA-AATATTATTAAAAAAGTAGTAGTTTAATCCCAATCA-ACTTGTATGAAAAA-AAACAAATGT
* * *
176874 TGTATGGCAAAATAAAAATTATA
511 TGTATGACAAAACAAAAATCATA
* * * *
176897 ACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACGGATTT
1 ACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGGTTCAG-AAAAGAATTT
* * * * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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* **** * * **
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* * * * * * * * *
177219 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAAAATTATTCAAACA
321 -GAAACAATTATTTTATGACTAAAGAAAAGGTCAAAACTATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
* * * * * * * *
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*
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AACAAAAATCATA
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*
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * ** ** *
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
179072 ACTTATTAATTTTT-GAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAG
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* * * * *
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TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAA
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178262 AAACAAAAGA
*
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*
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177861 GATAGGCTTA
* * * ** *
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* * * ** *
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** * * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** ** *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* * *
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* * * ** * * * * *
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* **
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*
178608 ATT-TGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAGTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
194 ATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAGTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
** * *
178672 ATTATTTGAACTGATT-TGACAAACAGAATT-ATTTTTTTAA-T-TT-CTTATTAATTTTT-GAA
258 ACCATTTGAACTGATTCAG-CAAACAG-ATTCATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTAG-A
* * ** * *
178731 ATATTAATAATTTTGTTTTATTTTATTTCGAATAAG-TTACTAAGAACTA-AAAAAATTG-TTT-
320 ATATTAATAAATTAGAATTATATTATTTCAAATAAGCTTACTAAGAAC-AGAAAAAATTGTTTTG
* * * * * * * *
178792 T-ACAACAACAAAAGGTGATAACTATTTGACATAAAGAATTATTCATATAACCTTAGCTATTTGA
384 TGACAA-AACAAAAGATCATAACGATTTCAAATAAAGAATTATTCAAATAACCATAACTATTTGA
* ** * * * * * *
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* ** * *
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* * * * * * *
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* * *
179012 TTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTGTTTAATAAACAAATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTA
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* *
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CAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
AATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACAAACTTACATGAACAGAATAAAT
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179202 ACACTTATTA
* * * * *
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1 AAATCATTATGAACTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA-TTCATACAAGCTTAT-TC
*
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* * * * * * * *
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* * * * * **
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* * *
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* ** * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * *** * * * *
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126 ATCTGTTTATCGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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*
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* * * * * * *
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* ** * * ** * * *
180949 TTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAAAAATTATCTCTTTC
128 CTGTTTATCGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
181003 AAA-CTGTTTTG-ACCTTTGTTTTGTCATAAAACAA--A-ATTTCAATTCATACTAGCTTTTTTG
1 AAATC-ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCG
* * * * **
181063 GAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAGTTAAAAAAATATT
64 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGA-TTTAAAAAATAAA
* * * * *
181128 TCTGTTCACCTAACAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAAC-A--ATCTATTTC
127 TCTGTTTATCGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * *
181180 AAATTGTTATG-ACATTTTATTTTATCATAAAACACA-TATTTTT-GTTCATATAAGTTTGTTCG
1 AAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTATTTTTCATTCATACAAGCTTATTCG
* * * * *
181242 GAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTATATC
64 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
181304 TATTTCTCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACAATTTG-ACAAATTATTTATTTC
129 TGTTTATCGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTC
* ** ** * * * * * *
181357 AATTTGTTATG-ACTCTTTGTCATATTATAAAACTATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT-TA
1 AAATCATTATGAACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATTCATACAAGCTTATTCGA
* * *
181419 GAGTAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAAT
65 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
181484 ATGTTTA-CTGAACTAGATCAAATAGTCATAACTATATGAATAATTATCTATTTC
128 CTGTTTATC-GAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
181538 AAATCGTTATG-ACATTTTCTTTTGTCATGAAA-GATT-TGTTTTAATTCATATAAGTTTATTCG
1 AAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT-TTTTCATTCATACAAGCTTATTCG
* * * *
181600 AAACAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAA-AGAA
64 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATA-AA
* * * * * * *
181664 TAC-GTTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATAACTATTTCG-ACAGTTATCTATTTG
127 T-CTGTTTATCGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTC
*** * * * *
181719 AAATTGCTAT-AACCTTTTGTTGTGACATAAAATAATT-TTTTTTATTCATACAAGCTTATTTC-
1 AAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATTCATACAAGCTTA-TTCG
* * * *
181781 AAATAGAATAATACAAATTTACTAATA-CT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
64 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAA
* * *
181844 ATATGTTAATCGAACAAGTTCAAAT-GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
126 ATCTGTTTATCGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * *
181899 AAATTGTTATG-ACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCCAGTCATACAAGGTTATTC-A
1 AAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATTCATACAAGCTTATTCGA
* * ** * *
181961 AATTAAAATAATATTAA-TTATGAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAAT-AAT
65 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * ** * *
182024 ATATTTACCAAACAAGTTAAAATAGTCATGGTTATTTGAATAATTAACTATTTC
128 CTGTTTATCGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
182078 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAGCAA--CTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGA
1 AAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * * *
182141 AATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAATATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATA
65 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATC
*
182206 TGTTTATCGAACAAGCT-ATAATAGTTATGACTATTTGAGA-AATTATCTATTTC
129 TGTTTATCGAAC-AGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTC
* * * * * *
182259 AAAACATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGA-TTTT-GTTCATGCAAGCTTATTTT
1 AAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTTCATTCATACAAGCTTA-TTC
* * * *
182322 GAAA-AATATAATA-TAAATTAATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA
63 GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * * *
182385 TCTATTT-TTTAACACTTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCCATTTC
127 TCTGTTTATCGAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
182439 AAATCATTATGATCTTTT-TTTTGTCATTAACCAATTGA-TTTT-GTTCATGCAAGCTTATTTTG
1 AAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTTCATTCATACAAGCTTA-TTCG
* * * * *
182501 -AATAAAATAATA-TAAATTGATTAATATTGCAAAAATTGATAATTAAAAATTTAAAAAATAAAT
64 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
182564 CTGTTT-TCTAAACACATTCAAATAGTTATAACTATTTGATCAATTATCCATTTC
128 CTGTTTATC-GAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
182618 AAATCATTATGATA-ATTTGTTTTCTCATAAACCAATTATTTTT-GTTTATAAAAGCTTATTCGA
1 AAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * *
182681 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAAATAATGAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATA
65 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
182746 TGTTT-CCTAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTC
129 TGTTTATCGAA--CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
182799 AAATCATTGTGATCTTTTATCTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGTTTCTTGGAA
1 AAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAA
* * * * *
182863 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG---AGATTTACAAACTAAATTTG
66 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * *
182925 TTTATCAAACTAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTA
131 TTTATCGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * * * * * *
182976 AAATTGTTACGATC-TTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCT-GTTTATAGAAGTTTATTC-AG
1 AAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATTCATACAAGCTTATTCGA-
* * * * * * *
183038 AGTAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGT
65 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** * *
183102 GTATTT-GCTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATCAGAACAATTAGCCATTTC
128 CTGTTTATC-GAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
183156 AAATC-TTCTGAACTTTTGGTTAGTCATAAAATAATTA-TTTTAATTTATACATGCTTATTTGAA
1 AAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAA
* * * * *
183219 ATAAAATAATGCTATTTTATTAACA-TTGAAAAACTTAATAAG-AAA-TTTTAAAAAAT-AA---
66 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * *
183277 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATTTATTTA
130 GTTTATCGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * * *
183329 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATT-GTTAT-AGTGCATAAAATCTTATCCAA
1 AAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * *
183392 AATAAAATAATAATACTTTATTAAAATTTCAAAAATTGAA-AAGTTAGAGATCTTAAAAAGTAAA
65 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAG-TAAAGAT-TTAAAAAATAAA
* * * * * *
183456 TCAGTTTATTGAATCAATTCAAATAATTAT-AGCCA-TTGAACAATGATCTATTTC
127 TCTGTTTATCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * *
183510 AAAT-AGTTATGGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCGA
1 AAATCA-TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATTCATACAAGCTTATTCGA
* * *
183573 AATATAATAATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAAATTTAAAAAATAAAAT
65 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAAT-AAAT
* * * *
183638 -TATTTATTGAAC----C--A-A-TTCT---TATTTGAA-AATTATCTATTCC
128 CTGTTTATCGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
183678 AAATTATTAT-AACCTTTTGTTCTATTATAAAATAA-T-TGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCG
1 AAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCG
* * * * *
183740 AAATAAAATAATAC-CA---A-T-ATACTTCAAAAATTAATAATTAACATATTTAAAAAATATAT
64 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * * * * * *
183799 CTGTGTGCCAAAGCTGTTTAAACAATTAAGACTATATGAATAATTATCTTTTTC
128 CTGTTTATCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
183853 AAATCATTATG-ACATTTTGT
1 AAATCATTATGAAC-TTTTGT
183873 CATAAAACAA
Statistics
Matches: 3521, Mismatches: 745, Indels: 435
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
161 4 0.00
162 36 0.01
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166 5 0.00
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168 71 0.02
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172 5 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
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ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
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Alignment explanation
Indices: 179212--197249 Score: 4948
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179202 ACACTTATTA
* * * *
179212 AAATCACTATGACCTTTTGTCTTT-TCATAAAACAATTGTTT-CAGTTAATACAAGTTTATATGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCCAG-TCATACAAGCTTAT-TCA
* * *
179275 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATA
* * * * * *
179340 TGTTTACCAAATC-AGTT-AAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATG
127 TGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *** * * *
179403 ACCTTTTATTTCGTTATAAAACAATTGTTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
191 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAAT-TCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * * *
179468 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAA-ATTA-TATTTATCGA
254 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAGAATACTGTTTACCAA
* * ** * ** * * *
179531 ACCAGTTCAAATAGTTAAAAATA-TAAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTT-TT
319 ACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
* * * * * * *
179594 AGTCATAAAAT-ATTTGTTTCATATCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATCCTAATATGTT
383 TGTCATAAAATAATTTTTTTTAT-TCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * *
179657 AACATTCAATAAAATAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATAAGCTCAAA
447 AATATTCAA-AAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAA
* * * * *
179722 TAGTTATGACTATTTTAATAATTAATTATCTA
510 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
* * * * * *
179754 AAACCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGCTTCAATTCATA-AAGGCTTATCCAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCAGTCATACAA-GCTTATTC-AA
* *
179818 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAAAATAAAT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATT--TAAAAAATAAAT
* ** * * * * * * * *
179883 GTGTTTTTTGAACAAATTTAAATAGT--TGCAATTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATCATTA
126 ATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATG--ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
** * * * *
179946 TGATGTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAA-AAACTAATTTGAAATAAAACAA
189 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCA-AATAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * ** * *
180010 TAATAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAA-ATGATTTAAAAAGTGAAT-CTATTTGTC
253 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAAAGAATACTGTTT-AC
* * * * *
180073 GAATC-AGTTCAAAT-ATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTT
316 CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCGACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTT
* * *
180135 GTTTTGTCAAAAAATAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCTA-TTCGAAATAAAAATAATACTAAT
380 G-TTTGTCATAAAATAATT-TTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAAAT-AAAATAATACTAAT
* * * *
180198 TTATTAATATTTGAAAATTTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-C-CA-AAG-
442 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGT
* * * **
180258 -C--A-A--T-T-CCCATTTGAATAATTACCTATTTC
505 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
* * * * * * *
180287 AAATCATTATAACCTTTTGTTCTAGT-ATAAAATAATTGTTTCAATTCATTCAAGCATATTCAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTCCAGTCATACAAGCTTATTC-AA
* * * * *
180351 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATAT
** * ** * * * ** *
180416 GTTTGTTGAAGTAGTTTAAATAG-CTAAGACTATATGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTTTGA
128 GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTC-ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * *
180480 ACTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-T
192 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* ** * *
180543 AAATTTATTAATATTCCAAAAGTTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAAT-CTGTTTACTTAAT
257 -AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAGAATACTGTTTAC-CAAA
* * * * * * *
180603 C--GTTCTAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAACCACTATTACCTTTTGTTTG
320 CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCGACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT-
* * * * * * * *
180666 GTCATATAACAAATGTTTTGA-TCATTCGAGCTTA-TTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
384 GTCATAAAATAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
180729 TCTTTCAAAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAGACCGA-TTCAAATA
449 T-ATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATA
* * * *
180793 ATTATGACTATTT-AAGCAATTGTATACTTC
512 GTTATGACTATTTGAA-CAATTATTTATTTC
* * * * * * * *
180823 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAAGTATTT-CTGTTTATACAAGATTATTCGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCAG-TCATACAAGCTTATTC-AA
* * * * *
180887 ATAAAATAGTACTAATCTAATAATATTAT-GAAGATTAATAAGTAAGATAA--TAAAAAATAAAT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * ** * * * * *
180949 TTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAAAAATTATCTCTTTCAAA-CTGTTTT
126 ATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-ATTAT
** * * * *
181013 GACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAA-AATTTCAATTCATACT-AGCTTTTTTGGAATAAAATAAA
190 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCA-AATAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * * * * *
181075 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAGTTAAAAAAATATTTCTGTTCACCTA
254 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAGAATACTGTTTACCAA
* ** * * *
181140 ACAAATTCAAATAATTATGACTATTT-GA-ACA--ATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATT
319 ACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCGACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-GT
* * * * * * * *
181201 TTATCATAAAACACA-TATTTTTGTTCATATAAG-TT-TGTTCGGAATAAAGTAATACTAATCTA
382 TTGTCATAAAATA-ATTTTTTTTATTCATACAAGCTTAT-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
181263 TTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTATATCTATTTCTCAAACTAGTTCAA
445 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAA
* *
181324 ATAGTTATAACAATTTG-ACAAATTATTTATTTC
509 ATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATTTATTTC
* ** ** * * * * * *
181357 AATTTGTTATGA-CTCTTTGTCATATTATAAAACTATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGA
1 AAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCAGTCATACAAGCTTATTCA-A
* *
181421 GTAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATAT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAA-TTTAAAAAATAAATAT
* * * * * *
181486 GTTTACTGAACTAGATCAAATAGTCATAACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
128 GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * * * *
181551 ATTTTCTTTTGTCATGAAAGATTTGTTTTAATTCATATAAGTTTATTCGAAACAAAATAATACTA
193 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* *
181616 ATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAAGAATAC-GTTTACCAAACAA
258 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAGAATACTGTTTACCAAACAA
* * * * *** *
181680 GTTTAAATAATTATAACTATTTCGACAGTTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTGTGAC
323 GTTCAAATAATTATGACTATTTCGACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TGTC
* * * *
181745 ATAAAATAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAGAATAATACAAATTTACTAATAC
387 ATAAAATAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
181809 T-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTAATCGAACAAGTTCAAAT-GTT
452 TCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT
181872 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
515 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
** * * *
181899 AAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCAGTCATACAAGGTTATTCAAAT
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCAGTCATACAAGCTTATTCAAA-
* * ** * * *
181964 TAAAATAATATTAA-TTATGAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAAT-AATATA
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATG
* * ** *
182027 TTTACCAAACAAGTTAAAATAGTCATGGTTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTATGACC
129 TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
182092 TTTTGTTTTGTAATAAAGCAACTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
194 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
182157 TTTACTAATATTTCAAATATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATA-TGTTTATCGAACAAG
259 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAGAATACTGTTTACCAAACAAG
* * * * *
182221 CT-ATAATAGTTATGACTATTT-GAGAAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTTGTTTTG
324 TTCA-AATAATTATGACTATTTCGA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTTG-TTTG
** * * * * *
182284 TCATAAAATAATTGATTTTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAAA-AATATAATA-TAAATTAATTAA
385 TCATAAAATAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* ** ** *
182347 TATTACAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTT-TTTAACACTTTTAAATAG
449 TATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG
* **
182410 TTATAACTATTTGAACAATTATCCATTTC
513 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
* * * * * **
182439 AAATCATTATGATCTTTT-TTTTGTCATTAACCAATTGATTT--TGTTCATGCAAGCTTATTTTG
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCCAG-TCATACAAGCTTA-TTCA
* * * * *
182501 AATAAAATAATA-TAAATTGATTAATATTGCAAAAATTGATAATTAAAAATTTAAAAAATAAATC
63 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATA
* * * *
182565 TGTTTTCTAAACACA-TTCAAATAGTTATAACTATTTG-ATCAATTATCCATTTCAAATCATTAT
127 TGTTTACTAAACA-AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATCATTAT
*** * * * *** * *
182628 GATAATTTGTTTTCTCATAAACCAATTATTTTTGTTTATAA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
190 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCA-AATAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * *
182692 ACTAATTTATTAAAATTCCAAAAAATAATGAGTTAA-AGATTTAAAAAATA-AATA-TGTTT-CC
254 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAA-AGAATACTGTTTACC
*** * ** * * * * *
182753 TAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTGTGATCTTTTA
317 -AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCGACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* * * * *
182818 TCTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAG-TT-TCTTGGAAATAAAATAATATTAATTT
381 T-TTGTCATAAAATAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTAT-TTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
182881 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAG----AGATTTACAAACTAAATTTGTTTATCAAACTAGTTTA
444 ATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCA
* * * *
182942 AATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTA
508 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
** * * * * * * * *
182976 AAATTGTTACGATC-TTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTT-CTGTTTATAGAAGTTTATTCAGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCAG-TCATACAAGCTTATTCA-A
* * * * * * * * *
183039 GTAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAGTG
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATA
* * * * * ** * * * *
183103 TATTTGCTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATCAGAACAATTAGCCATTTCAAATC-TTCTG
127 TGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * * * * *
183166 AACTTTTGGTTAGTCATAAAATAATTATTTTAATTTATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATGC
191 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * * *
183231 TATTTTATTAACATT-GAAAAACTTAATAAG--A-A-ATTT--TAAAA-AATA-AGTTTACCGAA
256 TAATTTATTAATATTCCAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAGAATACTGTTTACCAAA
* * ** * * * *
183287 CAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
320 CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCGACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTT
* * * * * * * * * *
183352 ATCATAAAATAA-TTGTTATAGTGCATAAAATCTTA-TCCAAAATAAAATAATAATACTTTATTA
384 GTCATAAAATAATTTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
183415 AAATTTCAAAAATTGAA-AAGTTAGAGATCTTAAAAAGTAAATCAGTTTATTGAATCAA-TTCAA
448 ATA-TTCAAAAATT-AATAAGTAAAAGAT-TTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAA
* * * *
183478 ATAATTAT-AGCCA-TTGAACAATGATCTATTTC
509 ATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATTTATTTC
* * *
183510 AAAT-AGTTATGGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCG
1 AAATCA-TTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCCAGTCATACAAGCTTATTC-
* *
183572 AAATATAATAATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAAATTTAAAAAATAAA-
62 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
183636 ATTATTTATTGAAC-----C-AAT--TC-T---TATTTGAA-AATTATCTATTCCAAATTATTAT
126 A-TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * *
183688 AACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
190 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * * * * * *
183753 CCAA--TA-T-A-CTT-CAAAAATTAATAATTAACATATTT-AAAAAA-TATATCTGTGTGCCAA
255 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAGAATA-CTGTTTACCAA
* * * * * * * * *
183810 AGC-TGTTTAAACAATTAAGACTATAT-GAATAATTATCTTTTTCAAATCATTATGA-C--AT-T
319 A-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
* * * * ** *
183869 TTGTCATAAAACAAATATTTCAGCTATTTATTGAATA-AATCGTTA--T-G--ATTATTTAA-GC
382 TTGTCATAAAA-TAAT-TTT----T-TTTATT-CATACAAGC-TTATTTCGAAATAAAATAATAC
* * ** ** *** ** * * * * * **
183927 -AA-TTATTTAT-TTC-AAATTGTTTTGACTTTTTACTTTGTCATAAAACAAATTTTTTTGTTTA
438 TAATTTATTAATATTCAAAAAT-TAAT-AAGTAAAAGATT-T-AAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* ** * * * * * *
183988 TACAAGTTTATTTGGATTA-AAATAATATT--A-ATTTATTAGATTTTT
499 -ACAAGTTCAAATAG-TTATGACT-AT-TTGAACAATTATT-TA-TTTC
* ** ****** *
184033 ACAAT--TAAT-AAGTAAAAAATT-T-A-AAAATAAATATGTTTACCA---A-ACAAG----TTC
1 A-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAAT-TGTTT-CCAGTCATACAAGCTTATTC
* * * * * *****
184084 AAAT--AGTCATGACT-ATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCATT-ATAACCTTTTCTTTTGTA
62 AAATAAAATAAT-ACTAATTT-----ATTA-ATATTTCAAA-AATTAATAA--GTAAAAATT-TA
* * * * ** * *
184145 ATAAAA-CAAT-TGTTTTAGTTCATATAAGCTT-ATTTGAAGTCA--AATAATATT-AATTTATT
116 A-AAAATAAATATG-TTTA-CT-AAACAAG-TTCAAAT--AGTCATGACT-AT-TTGAA-TAATT
* * ** *** * **** * * * * * *
184204 A-ATATTTCAAA-AATTAAT-AAGTAAGAGAATTAAAAAAAAAAAAACCTATTT--ACT-GAAT-
171 ATCTATTTCAAATCATT-ATGACCT-TTTG-TTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCAATTCAAATA
** * *** * * * * *
184262 AG----TTT-AAATAGTTATGACTATCTAAAGAATTATCTCTTTCAAAACATT-ATGACCGTATG
232 AGCTTATTTGAAATA-AAAT-AATA-CTAATTTATTA-ATATTCCAAAA-ATTAAT-A-AGTAAG
** * * * * * * * * * * *
184321 -TTTTGTCATAAAATAATTGGTCTTTTTCATGCAAGCTTATTTCGAATAA-AAT-A--ATTT--A
290 AGATT-TAAAAAAAGAA-T--ACTGTTT-A-CCAAAC-AAGTTCAAATAATTATGACTATTTCGA
* * ** ***** * *
184379 -AATTTAT-TAATATGCCAAA-AATTA-AGAAGTAAAAATT-T-A-AAAATAAATTTGTTTT-CT
348 CAA-TTATCT-AT-T-TCAAATCATTATA-ACCTTTTGTTTGTCATAAAAT-AATTTTTTTTATT
* * ** * ** * * *
184436 GA-ACACG-TTCAAATAGTTATGATTATTAGA-AC-AA-TTATCT-AT-TTCAAATCATT-ATGA
407 CATACAAGCTT-ATTTCGAAAT-A-AAATA-ATACTAATTTAT-TAATATTCAAA-AATTAAT-A
** *** * * * *** * *
184493 CCT-TTTGTTTTGTCATAGACTGATTGTTTCTGTTTAT--AA-AAGCTTAATCAAAATAAAATAA
465 AGTAAAAG-ATT-T-A-A-A--AAATAAATCTGTTTATCGAACAAG--T--TC-AAAT--AGTTA
** *
184554 T-ACTAATTT-ATGAA--A---ATTCC
516 TGACT-ATTTGAACAATTATTTATTTC
* ** *** * * * * * * * *
184574 AAA-AATTAAT-AAGTAAAAG-ATT-TAAAAAAATAAATTTATTTATCGAGTGAGTTCAAATAG-
1 AAATCATT-ATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAA-CAA-TT-GTT-TCCAGTCA--T-ACA-AGC
* * * * * * ***
184634 TTATGAT-TATTTAAATAAT--T-ATTTATT--TA-ATCAAATCATTATGATCATGT--GTTTTG
56 TTAT--TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTA--AT-AAGTAAAAATT-
* * * * * ** * * *
184690 TCATAAAA-CAAT-TGTTT-CTATTCATACAAGTT-TATTTGAAATAAAATAATATT-AATTTAT
114 T-AAAAAATAAATATGTTTACTA---A-ACAAGTTCAAATAGTCAT-GACT-AT-TTGAA-TAAT
* * * * ** * *
184750 TA-ATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAAATTTAAAAAATAAATCTAT-TCATCGAATAAGTTCA
170 TATCTATT-T-CAAA-TCATTA--T-GACCTTT------T--GT-TTTGTCAT--AA-AA---CA
* * * * * * ** *
184813 AATGCTCATGTCCACTT-AAACTATTATC-TATTTCAAATCAATATGACAT-TTTGTTTGTTGTA
214 ATTG-T--T-T-CAATTCAAA-TA--AGCTTATTTGAAAT-AAAAT-A-ATACTAATTT-AT-T-
****** * * * * * ** *
184875 AAATAATTGTTTTTATTCATACA--AA-ATTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTA-TTAA-TA
265 -AAT-ATTCCAAAAATTAATA-AGTAAGA-GATTTA-AA-AAAAGAATACT-GTTTACCAAACAA
* * * * * * * * *
184935 TTTCAAA-AACTAATAAGAC-ATTT-AAAAACTAAATCTGTTTACCAAACCAGTT-TAA---ATA
323 GTTCAAATAA-T--TATGACTATTTCGACAA-T-TATCTATTT--CAAATCA-TTATAACCTTTT
* * * ** * ** * * ** *
184993 GTTATGACTATTTAAACAATTGTCTATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAAT
380 GTT-TGTC-A-TAAAATAATT-T-T-T-TTTATTCA-TACAAGC-TTATTTCGAAATAAAATAA-
** ** * * * ** * *
185058 TGTTTCTGTTCGTACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTA
435 TACTAAT-TT-AT-TAA---TA-TT----CAAAA-ATTAAT-AAGTAA-AAGATT-T-AAAA--A
*** *** * * * * *
185123 ATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAATTCAAATAGTGAAGACTATTAGG
482 ATAA--ATCTG-TTTATCGAA-CAA---G--T-TC--A--------AATAGTTATGACTATTTGA
* *
185188 ATAATTATCTATTTC
527 ACAATTATTTATTTC
* * * * * * * *
185203 AAATCATTGTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTTATACATGCTTATTCGAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCAGTCATACAAGCTTATTC-AAA
* * * * * *
185268 TAAAATAACACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAGTC
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAA-TTTAAAAAATAAATA
* * * * *
185332 TATTTACTGAACAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGA
127 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * ** * *** *
185397 CATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGCTCATAA-AACCTTATCCAAAATAAAATAATAT
192 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCA-AATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * ** *
185461 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATA-AAT--TAGTTTATCGA
256 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AGAATACT-GTTTA-CCA
* * * * ** * * ** * *
185523 ATC-AGTTTAAATAATTATGGCCATTTAAACTATTATCTATTTTAAATTGTTATGAACTTTTTAT
318 AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCGACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTT-G
* * * * * * *
185587 TTTGTCGTAAAATAATTGTTTTTCA-GCATGCAAGCCTATTT-GGAATAAAATAATACTAACTTA
381 TTTGTCATAAAATAATT-TTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* ** * *
185650 ATAATATTTCAAAAATTAATAAGTACGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTCGAACTAA-TTCA
445 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC-AAGTTCA
* * *
185714 AATAGTCATAACTATTTGAACAATTATATATTTC
508 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
* * * * * * * * *
185748 AAATCATTATAATCTTTTGTTTTATCACAAAATAATTATTTATC-TTCATACAAGCTTATTAGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CCAGTCATACAAGCTTATT-CAA
* ** * * * * *
185812 ATAAAATAGTACTAATCAAATAATATTAT-AAAAACTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATA
* ** * * * ** * * *
185876 TATTTACCGAACTAA-TTTAAATAGTTAAGA-TGATAGGGATAATTAGCTATTTCAAATCATTTT
127 TGTTTACTAAAC-AAGTTCAAATAGTCATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* ** * * ** * * * * *
185939 GACCTTTTGTTTTATCGCAAAATAAATGTTTTTATTTATATAAGTTTGTTTGAAATAAAACAATA
190 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * * *
186004 TTAATTTATTAATATT--TAAAA--AATTACTAAGAGATTTAATAAATA-AAT-CTGTTTACCAA
255 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAAAGAATACTGTTTACCAA
* * * * * * *
186063 ACCAA-TTC-AATAAGTTATAACTATTT-GAATAATTATTTATTTCATACCATTATGACAACTTG
319 A-CAAGTTCAAATAA-TTATGACTATTTCG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-A-ACCTTT
* *
186125 T-TTTGTCATAAAATAA-----TTTATTC--AGAA---TA----G-CAT--AAT--T-CTAATTT
379 TGTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * * *
186169 ATTAATATTTCAAAAATTAAGAAATAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTACCAAATAAGTTTA
444 ATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCA
* **
186234 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTC
508 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
*** * * * * * * * *
186268 AAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTTTTTCAAT
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCAGTCATACAAGC-TTATTCAAA
* * * * *
186333 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTCAGATAATTCATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAACTC
65 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * *
186396 TGTTTACTGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTACGA
127 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * *** * * * * *
186461 CTTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTTGTTTATAGAAGCTTATTTGAATTAAAATAATAT
192 C-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
*** * * * *
186526 TAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATA-AATA-TGTTTACCAAA
256 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAAGAATACTGTTTACCAAA
* * * ** * * * * * *
186589 -AAGTTTAAATAGTCAAAAGTATTT-GAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTT
320 CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* * * * * * * * *
186652 CATCATAAAACAA-TTATATTAGTTCATATAGGATTA-TGCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
384 -GTCATAAAATAATTTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
** * * * ** *
186715 AATATTTTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCAATTTA-CTAAACAAGTTCAAA
447 AATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAA
* * * *
186779 TAGTTACGACTATTTAAACAATT-TTTGTATC
510 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
* * * * *
186810 AAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAACATAATTGTTT-CTGTTCATACAAGCTTATTCCAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCAG-TCATACAAGCTTATT-CAA
* * ** *
186874 ATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTCAAAAATACTTTT
64 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * * *
186938 ATTTTCTAAACATGTTAAAATAGTTATGACTTTTTGAACAGTTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA
128 GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA
** * * *
187002 CCTTTTGTTTTGTCA-AAAACCAATTGTTTCTCTTCATACAAG-TGT-TTTCCAAAT-AAATAAT
192 CCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCAATTCAAATAAGCT-TATTT-GAAATAAAATAAT
* * * ** * *
187063 ACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGGTAAGACATTTAAAAAATA-AAT-CTACTTAACG
254 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AGAATACTGTTTACCA
* * * * ***
187126 AGCAAGTTCAAATAGTTATG-CT-TGTTTGAACAAATT-TTTATTTCAAAT-AGTTATAATAATT
318 AACAAGTTCAAATAATTATGACTAT-TTCG-AC-AATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTT
** * * * * *
187187 TGTTTTGTTGTAAAA-CATTTATTTCTATTTATACTAGTTTATTTC-AAATAAAATAATACTAAT
379 TG-TTTGTCATAAAATAATTT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAAT
* ** * ** *
187250 TCATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGCGAACAAGTT
442 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTT
* * * * *
187315 CAAATAGTCATGTCCATGTGAACAATTATCTATTTC
506 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
** * * * * *
187351 AAATTGTTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCCAA-ATTATTCAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCAGTCAT-ACAAGCTTATTC-AA
* ** ** * * *
187415 ATAAAATAATATTTTTTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--AAAGATTTAAAAACTAAATCTG
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATG
* * ** * * * * * *
187477 TTTACCAAA-ATAGTTTAAATAGTTGTGAATATTTGAACAATTAT-TATCTCAAGTCGTTATGAT
129 TTTACTAAACA-AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* ** ** * * * * *
187540 C-TTTATTTCATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATACTA
193 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * **
187604 ATTTA-AATATATTCCAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAAAATATAA-ATGTATTTGCTAAACC
258 ATTTATTA-ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-A-AAGA-ATA-CTG-TTTACC
* * * ** * * **
187663 AATTCAATTAGTTAAGATTATTAGAGTTCGTTGAACTAGCTC-AAATAGTTAAGACTATTAGAAT
317 AA-AC-A--AGTTCA-A--A-TA-A-TT--ATG-ACTATTTCGACA-A-TT-A-TCTATT-TCA-
* * * * * *
187727 AATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAA-TTATTTTAGTTCATTC
363 AATCAT-TA--T--AA-CCTT-T----TGTT---T-GTCATAAAATAATTTTTTTTA-TTCATAC
* * * * * * * *
187791 AAGCTTATTTAG-AATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAACTAATGAGCAAGATATT
412 AAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * *
187855 TAAATAAAACAAATTTGTTTA-CCAAGCAAGTTAAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCT
476 T-AA-AAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATTT
*
187918 ATCTC
537 ATTTC
** * ** * * **
187923 AAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATGATTATATT--TGTTCATACAAGCTTATTTGG
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCCAG-TCATACAAGCTTA-TTCA
** * * * * * * *
187985 AGCAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATT--T-AG-AAGAGTTT-AAAAATAAATG
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATA
* * * * * ** * *
188044 TGTTT-CCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCTTTTTGA
127 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * *
188108 -CATTTATTTAGTCAT--AA-AATT-TTT---TTC-----AG-TT-CTTG-------------C-
192 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
** ** * * * **
188144 -A-TGCTT-AT--T-CAAAAATTAATAAACAATAAATTTTAAAAAATA-AAT-TTGTTTACTGAA
257 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAA-AGAATACTGTTTACCAAA
* * * * * * * * *
188201 CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTT-GAATAATTATCTATTTAAAATAAATATGATCTTTTATTT
320 CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-GTT
* * * * * * * **
188265 TATCATAAAACAA-TTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTA-TCCAAAATAAAATAATATTACGTTATT
383 TGTCATAAAATAATTTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * ** * **
188328 AATACTT-AAAAATTGATATGTTAGAGATTTAAAAAATAAGTCAATTTATTGAATTAGTTCAAAT
447 AATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT
* * * * *
188392 AATTATGTCCATTTGAACCATTATCTATTTC
511 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
** * * * * ** *
188423 AAATCATTACAAAC-TTT-TTTT-TAATAAAATAATTGTTTTTCA--CATACAAGCCCATTTGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCCAGTCATACAAGCTTA-TTCAA
* * * * * * *
188483 ATAAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTACACGTAGGAGATTTAAAAAATAAATC
64 AT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATA
* * * * * *
188548 TATTTACTGAAC-----C----AGT--T-TCTATTTGAATAATGATCTATTTCAAATTATTATAA
127 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * ** **
188601 CCTTTTGTTCTGTTATAAAATAATTATTT-AAGTTCATGTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
192 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAA-TTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * *
188665 TAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA-AAT-CTATTTGCTGAA
256 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AGAATACTGTTTAC-CAA
* * * * * * *
188728 GC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATAT-GAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTT
319 ACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-T
* * * *** * *
188791 TTGTCATAAAAAAAATTCTTTTAGTTCATTGGAGCTT-GTTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
382 TTGTCATAAAATAATTTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
** ** * *
188855 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAGGTGAATCTGTTTATAGAATC-AGTTCAA
446 TAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAA
* * * * *
188919 ATAATTAT-AGCCATGTCAACAATTATCTATTT-
509 ATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATTTATTTC
* * ** * **
188951 ---T-A--A--A----TTG---T-T-AT--TACAATTGTATT-TAAACATTCAAGCTTATGTGGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCCAGTCATACAAGCTTAT-TCAA
* * * *
188996 ATAAAATAATACTTATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAA--AT
* ** *** * * * * ** *
189061 ATTTTTTGTTTTGTC-AGATAACAATCTA-TTATGACTATTTGAATAATTGTAAACTTT-AAATT
126 A-TGTTT-ACTAAACAAG-T-TCAA-ATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATC
* * * * *** * * *
189123 GTTATAACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTTTTGTTTC-TATAAGCTTATTTGGAACAAA
185 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * *
189187 ATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTATAAAAATA-AAT-TTGC
249 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAA-AGAATACTGT
* * * * * * * ** * *
189250 TTGCCAAACCAGTTC-AATATTTAAGACTATAT-GATTAATTACCTATTTCAAATTGTTATGACA
312 TTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCGA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * * * *
189313 TTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTGAATTTATACTAGCTTATTT-GGAATAAAATAA-AA
376 TTTTG-TTTGTCATAAAATAA-TTTTTTT-TATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * *
189376 TGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAAC
438 T-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC
* * * * *
189441 TAGTTCAAATAATTACGATTATTTGAACAATTATCTATTTC
501 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
* * * * ** * * *
189482 AAATCATTATGA-CTGTTTGTTCTGTCATAAAATAAATATTT-TTGTTCATATAAGTTTGTTCAG
1 AAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCAG-TCATACAAGCTTATTCA-
* * * * * *
189545 AATAAATTAATACTAATCTATTAATATTTCAAATATTAATAA-T--ATATTTAAAAAACAAATCT
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * **
189607 ATTTA-TCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
128 GTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
189670 A-CTTTTTTTTCTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATAA-ATA-CTTATTTGGATTAAAATAA
191 ACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCA-AATA-AGCTTATTTGAAATAAAATAA
* ***** * * * **
189732 TACTAATTTATTAAAATTTTGGCAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATA-AATA-TGTTTGTC
253 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAAGAATACTGTTTACC
* * * * * * * ** * *
189795 GAACTAGATC-AATAATCATGA-TTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGG
317 AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* * * * *
189858 CTTTGTCATAAAAGAA-TTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATTCTAATTT
381 -TTTGTCATAAAATAATTTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* *
189921 ATTAGTAATCCAAAAATTAATAA-TAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTT
444 ATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGT-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTT
* * * * * *
189984 TAAATAATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTG
506 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
** * * * * ** * *
190020 AAATCGCTAT-AACTTTTCATTTTGTCATAAAAGAAAT-TTTCTTGTTTATACAATCTTATTTCA
1 AAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCAG-TCATACAAGCTTA-TTCA
* * * *
190083 AATAATATAATTCAAATTCATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAA
* * * ** * * **
190146 TATGCTTT-TTGAACAAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTT
125 TATG-TTTACTAAACAAGTTCAAAT-AGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * *
190209 ATGACTTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTG-TTCTATTCATATGAG-TCTA-TTCAGATTAAAAT
188 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAAATAAGCT-TATTTGA-AATAAAAT
* *** * *
190271 AATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATAAATA-TGTTT
251 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAA-GAATACTGTTT
* * * * * * * * *
190335 ATCAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGGATAATTATGTATTTCAAATCACTATGACCTTT
314 ACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCGACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT
* * * ** * * *
190400 TCTTTTGTAATACAATAATTTTTTCAATTCATATAAGTTTATTT-GAAGTAAAATAATACTAATT
379 T-GTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATT
* ** * * * * *
190464 TATTAATATTCCAAATATTAACGAGTAAGAGAATTAAAAAA-GAATATGTTTA-CTGAATAAGTT
443 TATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTT
* *
190527 CAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTC
506 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
* * * * *
190563 AAAACATTATGA-CTTTTATTTTTGTCACAAAACAATTGGCTTT-C-TTTA-AGCAAGCTTAATT
1 AAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATT-G-TTTCCAGTCATA-CAAGCTT-A-T
* * *
190624 TGAACA-AAAAAAAT-TTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-----------AAAA-AA
60 TCAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAA
* * * * * *
190675 A-ATGTTTTCTAAGCACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAAT-AGTT
124 ATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TT
* * * * * *
190738 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTACTCATAA-AAGCTTA-TTCAAA-ATAA-A
188 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCA-AATAAGCTTATTTGAAATAAAATA
** * * *
190799 A-A-TAA-TTA--AA-ATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA-AAT-CTATTTAA
252 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AGAATACTGTTTAC
* * * * ** * **
190856 CAATCAAGTTCAAATAGTTAT-A--A-----A-ATTTATTTATTTCAAATTGTTATGATATTTTC
316 CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCGACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-
* * * * * * * *
190912 CTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTAGAAATAAAATAATACTAATTTG
380 GTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* *
190976 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGCT-AGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAACAAATTCA
445 TTAATATTC-AAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCA
* * * * *
191039 AATAGTCAAGTCCATTTGAACAATTATCTATTTC
508 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
* * * * **
191073 AAATTATTATGA-CATTT-TTTTGT-AGTAAAACAATTGCTTT-TATTCATACAAAATTATTCAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTG-TTTCCAGTCATACAAGCTTATTCAA
* * * * *
191134 ACTAAAATAATAC----TTATTAATATTTTAAAAATTAGTAAG---ACATTTAAAAACTAAATCT
64 A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * * * *
191192 ATTTACCGAACCAA-TTTATATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CATATCTCAAATCAATATG
128 GTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATCATTATG
* * * ** * * * * *
191255 ATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-AGAGTAAAATATTG
191 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATA
** * * * * *
191318 CTAAACTAATAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AAT-GTGTTTGCCAA
255 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AGAATACTGTTTACCAA
* * * ** * * *
191381 ACTAGTT-ATAATAATTAAGATTA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATCGA-TCTGACCTTTTAT
319 ACAAGTTCA-AATAATTATGACTATTTCGACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATAACCTTTT-G
* * * *
191443 TTTGTCATAAAA-ATTTTTTTTTAGTTCATACAATCTAATTT-GAAATAAAATAATGC-AATTTT
381 TTTGTCATAAAATAATTTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAA-TTT
* * * * * * * *
191505 CTTAACATTCAAAAAAATAGTAAGCAAGAA-ATTTTAAAAAATAAAGCTGTTTATTGAACAAATT
444 ATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTT
* * ** *
191569 CAAATAGTTATGACTGTTTGAACAAATATCAATTTA
506 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
* * * * * * *
191605 AAATCATTATAACCTTTTGTTTTATTATAAAAC-ATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCTAAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCAGTCATACAAGCTTAT-TCAAA
* * ** *
191669 TAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAA-AAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-T
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATAT
** * * * * * * * * *
191732 AGTTTA-TCAAATTAGCTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGTTATCTAATTCAGATCATTATG
128 -GTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
191796 AACTTTTGTTTTGTCTTACAACAATTGTTT---TTCATCATACATGCCTATTT-AGAATAAAATA
191 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCA-AATA-A-GCTTATTTGA-AATAAAATA
* * * * *
191857 ATA-TCAATTTATCAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAACA-AATA-TGCTTA
252 ATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AGAATACTGTTTA
* * * * * * **
191919 TCGAACCAA-TTCAAATAGTTATTACTATTT-GAATAATTATATATTTCAAATTGTTAT-A-CTA
315 -CCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT-
* * * * * ** * * * * * * **
191980 ATTATATAT-ATTAAAATAATACTAATTAATTAATAGGTAAG--AAATT--AAAAAAAATTGTTT
377 TTTGTTTGTCA-TAAAATAAT-TTTTTTTATTCATA--CAAGCTTATTTCGAAATAAAA-T-AAT
* * * * *
192040 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATA-TAAAATTG-TTGT-GACA
436 ACT----AA-TT----TA-TTA--A-TA-TTCAAAAATTA-ATA-AGTAAAA--GATT-TAAAAA
* ** * * * ** *** ** * * * *
192102 TTTTATTTATTCATAAAACAA-TT-GTTTCAGTTCAT-AAAAGCTCGAACAATTATCTACTTC
482 ATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT-AGTT-ATGACTA-TTTGAACAATTATTTATTTC
** * * * * *
192162 AAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAGAACCATTGTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCAGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCAGTCATACAAGCTTATTCA-AA
* * *
192226 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATATA-TAGGAGATTTAAAAAATAAATCT
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTA-AAAATTTAAAAAATAAATAT
** ** * * * ** * *
192289 GTTTACTAAAGTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGTAATTATATATTTCAATTTGTTATAAT
128 GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * * *
192354 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTTATACAAGCATATTTGGAATAAAATTATACTA
193 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * *
192419 ATGTAATAATATTCTAAAAATTAAGAACTAAGAGATTTAAAAAATA-AA-ATTGTTTGCGGAACC
258 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AGAATACTGTTTAC-CAAAC
* * * * * * * * * *
192482 AA-TTCAAATAGTTAAGGCTATATCAACAATTTTGTATTTCAAATCATTATGACATTTTTATTTT
321 AAGTTCAAATAATTATGACTATTTCGACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-CTTTT-GTTT
* * * *
192546 ATCATAAAAT--TTTTTTTTACTTCTTACTAA-CTTATTT-GGAATAAAATAA-AATAAATTTAT
384 GTCATAAAATAATTTTTTTTA-TTCATAC-AAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACT-AATTTAT
* * * * * ** * *
192606 TAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGCCAAACTA-TTGCAA
446 TAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTT-CAA
* * *
192670 ATAATTATGAC--TTTGAGCAATTATCTATTTC
509 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
* * * * * * * *
192701 AAATCATTACGACCATTTTGTTTTGTCAT-AAACAAATGTTTTTC-TTCAAATAAG-TGTGTTTG
1 AAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCCAGTCATACAAGCT-T-ATTC
* * * * **
192763 GAATAAAATAATATTAATTTGTTAGTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TTAAAAAATAAA
62 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * **
192827 TTTGTTTACTAAACGAGTTCAATTAGT-TTAACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTAT
125 TATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * * * *
192891 GACCATTTGTCTTGTTATAAAGCAATTGTTTCTATTCATAT-AGTCTTATTCGGAATAAAGTAAT
190 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAAATAAG-CTTATTTGAAATAAAATAAT
* * ** * ** *
192955 GCTTATTTATTAAT-TTTTAAAAATTAATAAGTAATG-GATATAAAAAAA-AAT-CTGTTGGCCT
254 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAAAGAATACTGTTTACCA
* * * * ** * * * ** ** *
193016 AACTAGTGC-AATAATTATGATTGTTTAAACAATTTTGTACTTCAAATTGTTATAATATTTTTTT
318 AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCGACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CCTTTTGT
* * * * * * * * *
193080 TTATCATAAAAAAATTATTTCTATTTATACAAGCTTA-TTCAAAATAACATAATTCTAACTTATT
382 TTGTCATAAAATAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * * *
193144 GATATTCTGAAACTTAATAAGTAAAAGATTTAAAACATGAATTTGTTTA-CTGAAGAAGTTTAAA
447 AATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAA
* **
193208 TAGTTAAGACTATTTGAACAATTAACTATTTC
510 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
*** * * * * * *
193240 AAATTGCTATAACCCTTTATTTTGTGATAAAACAATTTTTTCTA-TCAATACAAGCTTATTTCAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCAGTC-ATACAAGCTTA-TTCAA
* ** * * *
193304 ATAAAATAGTAAAAATTTATTAATA-TTCAGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATC
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * * * *
193368 TGTTTACCAAATAAGTTTACATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGA
127 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * ** * * * *
193433 CTTTTTGTTTTGACACAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACT
192 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * * * **
193498 AATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAGATTCTGAAAATA-AATA-TGTTTACTGAAC
257 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAAAGAATACTGTTTACCAAAC
* * * * * * *
193561 AAGTTCAGATAGTCATAACTATTT-GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-------T-
321 AAGTTCAAATAATTATGACTATTTCG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTG
* * * *
193617 T--T----TAA-----TTCATT-ATA-AAAC--AATTC-----AAAATAATATTAATTTATTAAT
385 TCATAAAATAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * * *
193662 ATTTTGAGAACTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTCGAACAAGTTCAAATAGT
450 A-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGT
* * *
193727 AAT-ATCTATTTGAATAATTATCTATTTC
514 TATGA-CTATTTGAACAATTATTTATTTC
** * * ** * * *
193755 AAATTGTTATGA-CTATTTG-TTTGATTATAAAACAATTGTATGAATTCATATAGGCTTATTCGA
1 AAATCATTATGACCT-TTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCCAGTCATACAAGCTTATTC-A
* * * * * * *
193818 AATAAAATAATACTAACTTATTACTATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTACAAAATGAATA
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATA
* * * * *
193883 TGTTT-CTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATTATTATG
127 TGTTTAC-TAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* *
193947 ACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTC-AATCAAGCTTATTTCG-AATAAAATAAT
191 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAAAT-AAGCTTATTT-GAAATAAAATAAT
* * * * * ***
194010 A-TAAATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAA-AAATTTAAACAATA-AAT-CTTTTTTTG
254 ACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAAAGAATACTGTTTACC
* * * * *
194071 GAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTT-GAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
317 AAACA-AGTTCAAATAATTATGACTATTTCG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
** * * * *
194134 GTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCACA-AACGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATT
380 G-TTTGTCATAAAATAATTTTTTTTATTCATACAA-GCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATT
* ** * * * * * * *
194197 TATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAGTGGTTTTGAAAAATAAATTTATTTATTGAGCGAGTT
443 TATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTT
* * * *
194262 CAAACAGTTATGAGTATTTAAATAATTATTTATTTC
506 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
* * * * * * * *
194298 AAAT-GTTATGACTTTTTGTTTTG-CACAAACCAATTGTTTCTATTCACAAAAGCTTATTCGAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCAGTCATACAAGCTTATTC-AAA
* * *
194361 TAAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTGAAAAATAAAT
65 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * *
194425 TTGTTTATTGAACGAGTTCAAACAG-CTATGAGTATTTAAATAATTATTTATTTTAAAATCGTTA
126 ATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTC-ATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTA
* * * * *** **
194489 TGATCTTCT-TTTTG-CATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTT-AGAATAAAATAA
189 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAA
* *** * * * *
194551 TAATAATTTATTAATATT--TTGAA--AATCAGTAAGAGATTTAAAAACTA-AAT-CTATTTATC
253 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-AAGAATACTGTTTACC
* * * * * * * * *
194610 GAACCAGTTTAAATAGTTATGATTATTT-GAACAATTATTTATCTCAAATCGA-TATGATC-TTT
317 AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCG-ACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATAACCTTTT
* * * * * * * * **
194672 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTCCATACAAACTTATTTAG-AGTAAAATATTACTAAGCT
380 G-TTTGTCATAAAATAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* ** * * * **
194736 AGTAATATTCTAAAAAATT-ATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAGTGTATTTATTAAATCAA-TT
444 ATTAATATTC--AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTT
** * * * * *
194799 CAAATAGTTAAAATTATTAGAATAATTATCTCTTTC
506 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
* * * * * * * * *
194835 AAGTCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATA-AATGCTTATTTGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCAGTCATACAA-GCTTA-TTCAA
* * *
194899 ATAAAATAATACTATTTTATTAACATTT-AGAAAATTAATAAGCAAAAAAGTTTTAAAAAATAAA
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG-TAAAAA--TTTAAAAAATAAA
* * * * * * **
194963 TCTATTTACCAAACAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTAT
125 TATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * *** * ** ***
195028 AACCTTTTGTTTTATCATAAAGTGATTGTTTCATTTTGTAA-AAGCTTATCCAAAATAAAATAAT
190 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * * ** * * *
195092 ATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGA-TTGAAAAAA-TATATCAAG-TTATC
254 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAGAATA-C-TGTTTA-C
** ** * * * * *
195154 GTATTAA-TTCAAATAGTTATGGCTATTT-GAACAATTATCTACTTCAAATCATTTTGAA-CATT
316 CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTT
* * * * * * *
195216 TGTTTTGACATAAAACAATTGCTTTTCA-TCATACAAACCTATTTAG-AATAAAATAATACTAAT
379 TG-TTTGTCATAAAATAATT-TTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * *
195279 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT-----AT---T-TGTTTACCAAATCAA-T
442 TTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGT
* * * *
195333 TCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTT
505 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
* * * * * *
195370 AAGTCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT--ATGTTCATGCAAGCTTATTCGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCA-G-TCATACAAGCTTATTC-A
* * * * * *
195433 AATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGATATTTGAAAAATAAAT
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * * * *
195497 TTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAATTCATTATG
126 ATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *** * * * * *
195562 TCTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATAT
191 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * *
195627 TAATTTATTAATATTTTC-AAAATTAATAAG---G-GATCTAAAAAATA-AAT-TTGTTTACCAA
256 TAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AGAATACTGTTTACCAA
* * * * * ** * * * *
195685 ACCAA-TTTAATTAATTGTAACAATTTAAACAATTATTTATTTCATATCTTTATGACCTTTT-TT
319 A-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCGACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
* * * * ** *
195748 TGTCATAAAACAATTATTTCTATTGAT-GTAGTCTTA-TTC-AGAATAAAGTAA-AGC-AATTTA
383 TGTCATAAAATAATTTTTTTTATTCATACAAG-CTTATTTCGA-AATAAAATAATA-CTAATTTA
* * * * * *** * *
195808 TTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAGAAAATGAATCTATTGGCCTG-ACCAGTACA
445 TTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCA
*
195872 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
508 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
* * * *
195906 AAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCAGAAAATAATTGTTT-CTGTTCATACAAGCTTATTCAGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCAG-TCATACAAGCTTATTCA-A
* * * * * * * ** * * *
195970 ATAAGATAATTCTAATTTACTACTA-TTCCAAAAGTAATAAATAAGGGATTTACAAACTTAATAT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * **** *
196034 GTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTTTTTGAACAATTACCTATTCCAAATTGCCATAA
128 GTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* ** * * *
196098 CCTTCTGTTTTGTCATCAAATA-AATT-TTT-ATATTCCTACAAGCTTATTTCAATTAAAATAAT
192 CCTTTTGTTTTGTCAT-AAA-ACAATTGTTTCA-ATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * *
196160 ACAAATTTATT-ATCATT-CACACAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAAATAA-ATCTGTTTAT
254 ACTAATTTATTAAT-ATTCCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAGAATA-CTGTTTAC
* * * * * ** * * * * *
196221 CGAATAAATTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAAATATTTATTTCAAAT--TTGATGACTTTTT
316 CAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTCGACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATAACCTTTT
* * * ** * * * * *
196284 ATTTTTTCATAAAACAATTGCTTTTGTTTATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATATTAGTTC
380 -GTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
196348 ATTAATATTCTAATAGTTAATAAGTAGAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACAAGTTC
444 ATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTC
* * * **
196412 AAATAGTCATAACTATTTGAAGAATTATCAATTTC
507 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
** * * * * *
196447 AAATTGTTATGACC-TTT-TTTTATCATAAAACAATTGTAT-CAGTTCATATAGGCTTATTTAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCAG-TCATACAAGCTTA-TTCAA
** * * *
196509 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC------TAACGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATAT
* * * * *
196567 ATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
128 GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
** * ** * * *
196632 CTTTTGTTTTCCCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAACAATA-T
193 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAAATAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT
**
196695 AAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATA-AATA-TGTTTTA-TGA
257 -AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AGAATACTG-TTTACCAA
* * * * * * * *
196756 ACATA-TTCAAATAGTTAGGACTATAT-GAACAATTATCTATTTCAACTAATTATGACATTTGGT
319 ACA-AGTTCAAATAATTATGACTATTTCG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-
* ** * * * * * * *
196819 TTTGTTATAAACCAATTATTTTTGTTCAAACAAGCATA-TTCAAAATAAAATAATACCATTTTAT
381 TTTGTCATAAAATAATTTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * **
196883 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCTAGTAAGTTCAA
446 TAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAA
* *
196948 A-AGTTATAACTGTTTGAACAATTATTTATTTC
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* * * * * * * *
196980 AAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAGCAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATTTAGA
1 AAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCAGTCATACAAGCTTATTCA-A
* * * * *
197044 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTTAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATC
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* * *
197108 TGCTTACCAAACAAGCTT-AAATAGTCAT-ATCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
127 TGTTTACTAAACAAG-TTCAAATAGTCATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * *** ** **
197171 GACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATA
190 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* *
197236 CTGATCTATTAATA
255 CTAATTTATTAATA
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Statistics
Matches: 13121, Mismatches: 3144, Indels: 2462
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
493 27 0.00
494 10 0.00
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* * * * *
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* * * *
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* * ** * * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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*
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** * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * ** * *
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254 AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
185001 TATTTAAACAATTGTCTATCTCAAATCATTATGATCTTTAT
319 TATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTGT
* * * *
185042 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCGTACAAGCTTATTTGGAGTAAAAT-ATTGCTAAA-CTA
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* * * *
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* * * * * *
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125 AATAGTCATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * * *
185234 ATAATTGTTTCAATTTATACATGCTTATTCGAAATAAAATAACACTATTTTATTAACATTCAAAA
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* * * * *
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* *
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320 ATTTAAATAATTATCTATTTCAAAA-CATTATGAC-CTTTGT
* * * * *** *
185405 TTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGCTCATAAAACCTTATCCAAAATAAAATAATATT-ACTTTA
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TTGAATAAAATAAT-TTAAATTTA
* * ** *
185468 TTAATATT-TCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATC-AGTT
63 TTAATATTCT-AAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATAT-GTTT-TCGAA-CAAGTT
* * * * * * * ** * * *
185530 TAAATAATTATGGCCATTTA-AACTATTATCTATTTTAAATTGTTATGAACTTTTTATTTTGTCG
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* * ** * *** * *
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* * * * * * * *
185658 TCAAAAATTAATAAGTACGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTT-TTCGAACTAATTCAAATAGTC
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* * * * * * *
185721 ATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAATCTTTTGT
314 ATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-CCTTTGT
* * * * * * * * * ** *
185768 TTTATCACAAAATAATTATTTATCTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAGTACT-AATCAAA
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAAT-TTAAATTTAT
* * * * * * * *
185832 TAATATTATAAAAACTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACTAA-TTTAA
64 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCGAAC-AAGTTCAA
* * * * * * * * **
185896 ATAGTTAAGA-TGA-TAGGGATAATTAGCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTATCGCAA
126 ATAGTCATGACT-ATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * ** * * **
185959 AATAAATGTTTTTATTTATATAAGTTTGTTTGAAATAAAACAATATTAATTTATTAATATTTAAA
189 AATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * ** * * *
186024 AAATTACTAAG--AG--ATTT-AATAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTC-AATAAGTTATAA
254 AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAAT-AGTTATGA
* * * *
186083 CTATTTGAATAATTATTTATTTCATACCATTATGACAAC-TTGT
318 CTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGAC--CTTTGT
* * * *
186126 TTTGTCATAAAATAA----TT-TATTC--AGAA---TA---GCAT--AAT--TCT-AATTTATTA
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATTTAAATTTATTA
* * * * * * * *
186173 ATATT-TCAAAAATTAAGAAATAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTACCAAATAAGTTTAAAT
66 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCGAACAAGTTCAAAT
* * * * *** *
186237 AGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGCCATAAAATA
128 AGTCATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * * *
186302 ATTTTTTCTATTCATACAAGCTTTTTTC-AATTAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-CAGAT
193 ATTGTTTCTATTCATAAAAGC-TTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCA-AA
* * * * *
186364 AATTCATTAGTAA-AAGATTT-AAAAAATAACTCTGTTTACTGAA-TAAATTCAAATAGTTATGA
255 AATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
186426 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTACGACTTTTTTGT
318 CTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGAC--CTTTGT
* * * * * * *
186470 TTTATCATAAAATAATTATTTTTGTTTATAGAAGCTTATTTGAATTAAAATAATATT-AATTTAT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA-TAAAATAAT-TTAAATTTAT
* * * ** * * * *
186534 TAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAAATATGTTTACCAAAAAGTTTAAAT
64 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCGAACAAGTTCAAAT
** * * * * * * * ** *
186599 AGTCAAAAGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTCATCATAAAACA
128 AGTCATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * * * * ***
186664 ATTATAT-TAGTTCATATAGGATTATGCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA
193 ATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * * * * * *
186728 TTAATGAGTAAGAGATTT-AAAAAATGAATCAATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTACGACTAT
257 TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * *
186792 TTAAACAATT-TTTGTATCAAATCGTTATGACATTTTGT
322 TTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGAC-CTTTGT
* * * ** *
186830 TTTGTCATAACATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATAAATTTATT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATTTAAATTTATT
* * ** * * * * *
186895 AATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTCAAAAATACTTTTATTTTCTAAACATGTTAAAAT
65 AATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTC-GAACAAGTTCAAAT
* * * * *
186959 AGTTATGACTTTTTGAACAGTTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-AAAAC
128 AGTCATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-
* * * * * *
187022 CAATTGTTTCTCTTCATACAAG-TGTTTTCCAAAT-AAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAA
191 TAATTGTTTCTATTCATAAAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * * *
187085 AATTAATAGGTAAGACATTT-AAAAAATAAATCTACTTAAC-GAGCAAGTTCAAATAGTTATG-C
255 AATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTA-TTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * **
187147 TTGTTTGAACA-AATT-TTTATTTCAAATA-GTTATAATAATTTGT
319 -TATTT-AA-ATAATTATCTATTTCAAA-ACATTATGA-CCTTTGT
** * * * * * * * *
187190 TTTGTTGTAAAACATTTATTTCTATTTATACTAGTTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTCAT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAAT-TTAAATTTAT
* * * * * * *
187254 TAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGCGAACAAGTTCAAA
64 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCGAACAAGTTCAAA
* * ** * *
187319 TAGTCATGTCCATGT-GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAA
127 TAGTCATGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * ** ***
187383 CAATTGTTTCTATTCATGCCAAA--TTATTCAAAATAAAATAATATTTTTTTATTAATATTTTGA
191 TAATTGTTTCTATTCAT--AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * ** * * * *
187446 AAATTAATAA--AAG--ATTT-AAAAACTAAATCTGTTTACCAAAATAGTTTAAATAGTTGTGAA
254 AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * ** * * *
187506 TATTTGAACAATTAT-TATCTCAAGTCGTTATGATCTTTAT
319 TATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTGT
** * * * *
187546 TTCATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATACT-AATTTA-
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAAT-TTAAATTTAT
* * * * * * * * *
187609 AATATATTCCAAAAATTTATAAG---AGATTTAAAATATAAATGTATTTGCTAAACCAA-TTCAA
64 TA-ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTC-GAA-CAAGTTCAA
* * * * * * * ** * *
187670 TTAGTTAAGATTATTAGAGTTC-GTTGAACTAGCTCAAAT-AGTTA-AGA-CTATTAGAATAATT
126 ATAGTCATGACTATTAGA--ACAATT-ATCTATTTCAAATCA-TTATA-ACCT-TTTG--T-TTT
* * * * * ** * ** *
187731 ATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-CAATTATT-TTAGTTCATTCAA-
182 GTC-A--TAAAAT-AAT-TG-----TT-TCTATTCATAAAAGC--TTATTCAAAATAAAAT-AAT
* * * * * ** * **
187793 GCTTATTTA-GAATA----AAATAA-TAGTAATTTATTAACATTCAAAAAACTAATGAGCAAGAT
233 ACTAATTTATTAATATTCCAAA-AATTAATAA-GTAAGAA-ATT-TAAAAA--AAT-A--AATCT
* * * * * *
187852 ATTTAAATAAAACAAATTTGTTTACCAAGCA-AGTTA-AAATAGATTTGACTATTTGAACAATTA
289 ATTT-ACT-GAAC----TAG-TT--CAA--ATAGTTATGACT--ATTT-A--AA-T----AATTA
* *** *
187915 TCTATCTCAAATTGTTATGATCTTTGT
333 TCTATTTCAAAACATTATGACCTTTGT
** * * **
187942 TTTGTCATAAAATGATTATATT-TGTTCATACAAGCTTATTTGGAGCAAAAT-ATTGCTAAA-TT
1 TTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATT--TAAATTT
* * * * * * *
188004 AATAATATTCTAAAAATT--T-AG-AAGAGTTT-AAAAATAAATGTGTTTCCAAACTAGTTCAAA
62 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCGAACAAGTTCAAA
* * * * * * * * * * *
188064 TAGTTAAGAATATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCTTTTTGA-CATTTATTTAGTCATAAAAT
127 TAGTCATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * ** * * **
188128 --TTTTTTC-AGTTCTTGCATGCTTATTCAAAA-ATTAATAA-AC-AA--TA--AAT-TTTAAAA
192 AATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* ** ** * * *** * ** *
188182 AATAAATTTGT---TTACTGAACAAGTTTAAA--TAGTTA-TG-ACTA-TTTGAATAATTAT--C
255 AATTAATAAGTAAGAAATTTAA-AAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGAC
* *** * ** **
188237 TATTTAAAATAAATATGATCTTTTATTTTATCA-TAAAACAATTGT
319 TATTT-AAAT-AAT-T-ATCTATT-TCAAAACATTATGACCTTTGT
* **
188282 TTTAGTTCAT--AA-AA--G---C--TT-AT-C---C--A---AAATAAAATAATATT-ACGTTA
1 TTT-G-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTA
* * * * * * **
188326 TTAATACT-TAAAAATTGATATGTTAGAGATTTAAAAAATAAGTCAAT-TTATT-GAATTAGTTC
63 TTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAAT--ATGTT-TTCGAACAAGTTC
* * * * * * * * *
188388 AAATAATTATGTCCATTTGAACCATTATCTATTTCAAATCATTACAAAC-TTT-TTTT-TAATAA
124 AAATAGTCATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** ** * *
188450 AATAATTGTTT-T-TCACATACAAGCCCATTTGAAATAAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC
189 AATAATTGTTTCTAT-TCATAAAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * * * *
188513 AAAAATTTACACGTAGGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTGAAC-----C----AGTT-T-
252 AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATG
* * ** *
188566 -CTATTTGAATAATGATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGT
317 ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACC-TTTGT
* * * * * ** ** *
188609 TCTGTTATAAAATAATTATTT-AAGTTCATGTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTA
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAAT-TTAAATTTA
* * * * * * *
188672 ATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAAGC-AGTTCA
63 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTC-GAA-CAAGTTCA
* * * * *
188736 AATAGTTAAGACTA-TATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
125 AATAGTCATGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-A
* * *** * *
188800 AAAAAATTCTTT-TAGTTCATTGGAGCTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
188 AAATAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
** ** * * *
188864 AAAAATTAATAAGTAAGTGATTT-AAAAGGTGAATCTGTTTA-TAGAA-TCAGTTCAAATAATTA
252 AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACT-AGTTCAAATAGTTA
* * * * *
188926 T-AGCCATGTCAACAATTATCTA-TT-------TTA--A--ATTG-
315 TGA-CTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTGT
* ** * *
188958 --T-T-AT--TACAATTGTATT-TAAACATTCAAGCTTATGTGGAATAAAATAATACTT--ATTT
1 TTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATACAAGCTTAT-TTGAATAAAATAAT--TTAAATTT
* * * *
189014 ATTAATCTT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTTTTGTTTT-G-TC
62 ATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAA----A---TATGTTTTCGAAC
* * * * * * ** **
189076 -AGATAACAATCTA-TTATGACTATTTGAATAATTGTAAACTTT-AAATTGTTATAACCTTTTGT
118 AAG-T-TCAA-ATAGTCATGACTATTAGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
* * * * * * *** * * *
189138 TTTGCCATAAAACAATTATTTTTGTTTC-TATAAGCTTATTTGGAACAAAATAATACTAATCTAA
179 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * ** * ** *
189202 TAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTATAAAAATAAATTTGCTTGCCAAACCAGTTC-A
243 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAA
* * * * * * *** *
189266 ATATTTAAGACTATATGATTAATTACCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGT
308 ATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGAC-CTTTGT
* * * * ** *
189319 TTTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTGAATTTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAAAATGAATTT
1 TTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCT--ATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATTTAAATTT
* * * * * * *
189383 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACTAGTTCA
62 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCGAACAAGTTCA
* * * * * * *
189448 AATAATTACGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTGTTTGTTCTGTCATAA
125 AATAGTCATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT-TTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * * * *
189512 AATAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAATTAATACTAATCTATTAATATTTCAA
189 AATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * *
189577 ATATTAATAA-T---ATATTT-AAAAAACAAATCTATTTA-TCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
254 AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGA
** * *** * *
189636 CTATTTAAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTT
318 CTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTGT
* * * *
189678 TTCTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AATACTTATTTGGATTAAAATAATACT-AATTT
1 TT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTATTT-GAATAAAATAAT-TTAAATTT
* * *** * * *
189741 ATTAAAATTTTGGCAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTGTCGAACTAGATC-
62 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCGAACAAGTTCA
* * * * * ** * * *
189805 AATAATCATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGGCTTTGTCATAAA
125 AATAGTCATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** * * *
189870 AGAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAGTAATCCAA
190 ATAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * *
189934 AAATTAATAA-TAAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGA
254 AAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * ** * * *
189997 TTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACTTTTCAT
318 CTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTT-GT
* * * * * * * * *
190040 TTTGTCATAAAAGAAAT-TTTCTTGTTTATACAATCTTATTTCAAATAATATAATTCAAATTCAT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATTTAAATTTAT
*
190104 TAATA-T-TAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTTTGAACAAGTTCA
64 TAATATTCTAA-A-AATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATATG-TTTTCGAACAAGTTCA
* * *** * * ** * * *
190167 AATCA-TTATGACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTCTCATAA
125 AAT-AGTCATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * * ***
190231 AACAATTG-TTCTATTCATATGAG-TCTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG
189 AATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * * *
190294 ACAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATAAATATGTTTA-TCAAATAAGTTCAAATAGTCAT
253 AAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAAATAAATCTATTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTAT
** * * * *
190358 GACTATTTGGATAATTATGTATTTCAAATCACTATGACCTTTTCT
316 GACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACC-TTTGT
* * * * * * * *
190403 TTTGTAATACAATAATTTTTTCAATTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATAATACT-AATTTAT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA-TAAAATAAT-TTAAATTTAT
* * ** * * *
190467 TAATATTCCAAATATTAACGAGTAAGAGAA-TTAAAAAA-GAATATGTTTACTGAATAAGTTCAA
64 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATATGTTTTC-GAACAAGTTCAA
* * * * *
190530 ATAGTTATGACTATCT-GAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-CTTTTATTTTTGTCACAA
126 ATAGTCATGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-GTTTTGTCATAA
* * * *
190593 AACAATTGGCTTTCT-TT-A-AGCAAGCTTAATTTGAACAA-AAAA-AAT-TTAATTTATTAATA
189 AATAATT-G-TTTCTATTCATA-AAAGCTT-A-TTCAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *
190652 TTTCAAAAA-T--TAA-TAAG--------AAAAA-AAATGT-TTT-CT-AAGC-ACGTTCAAATA
248 TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CTA-GTTCAAATA
* * * *
190700 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATA-GTTATGACCTTTTGT
311 GTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAA-ACATTATGACC-TTTGT
* * * * * *
190750 TTTGTCATAAACCAATTATTTCTACTCATAAAAGCTTA-TT---CAAAATAA---AAA-TAATTA
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATTTAAATTTATTA
* * * * *
190807 AAATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAAC-AATCAAGTTCAAAT
66 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCGAA-CAAGTTCAAAT
* * ** * ** ** * *
190871 AG---T---TA-TA-AA-ATTTATTTATTTCAAATTGTTATGATATTTTCCTTTGCCATAAAACA
128 AGTCATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * *
190927 ATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT-AGAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCTAAAAA
193 ATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * * * * * * *
190991 TTAATAAGCT-AGAGATTT-AAAAAATAAAT-TGTTTA-TCGAACAAATTCAAATAGTCAAGTCC
257 TTAATAAG-TAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** *
191052 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACATTT-T
320 ATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTGT
** ** *
191091 TTTGT-AGTAAAACAATTGCTTT-TATTCATACAAAATTATTCAAACTAAAATAA--T--ACTTA
1 TTTGTCA-TAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA-TAAAATAATTTAAATTTA
* * * * * * * * *
191150 TTAATATTTTAAAAATTAGTAAG---ACATTTAAAAACTAAATCTATTTACCGAACCAA-TTTAT
63 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCGAA-CAAGTTCAA
* * * * * *
191211 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CATATCTCAAATCAATATGATC-TTTGTTTTGTCATAAA
126 ATAGTCATGACTATTAGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * * ** * *
191274 ATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTTCAAA
190 ATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * * * ** * * *
191339 AGTTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTAGTT-ATAATAATTAAGAT
255 AATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTCA-AATAGTTATGAC
* * * *
191402 TA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATCGA-TCTGACCTTTTAT
319 TATTTAAATAATTATCTATTTCAAAAC-ATTATGACC-TTTGT
* * * * * ** * *
191443 TTTGTCATAAAA-ATTTTTTTTTAGTTCATACAATCTAATTTGAAATAAAATAATGCAATTTTCT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATTTAAATTTAT
* * * * * ** * *
191507 TAACATTCAAAAAAATAGTAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAAGCTGTTTATTGAACAAATTCAA
64 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAA-TTTAAAAAATAAATATGTTT-TCGAACAAGTTCAA
* * * * * * * *
191572 ATAGTTATGACTGTTTGAACAAATATCAATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATTATAAAA
126 ATAGTCATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * *
191637 -CATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA-TCTAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAA
191 TAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
** * * * * *
191700 AATTGAA-AAGTTGGAGATTT-AAAAAATAAAT-TAGTTTA-TCAAATTAGCTCAAATAATTATG
255 AATT-AATAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTA-TTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
191761 GCCATTTGAACAGTTATCTAATTCAGATCATTATGAACTTTTGT
317 ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATG-ACCTTTGT
* * * * * * *
191805 TTTGTCTTACAACAATTGTTTTTCA-TCATACATGCCTATTTAGAATAAAATAATATCAATTTAT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATTTAAATTTAT
* * * *
191869 CAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGAA-TTAAAAAACAAATATGCTTATCGAACCAA-TTC
64 TAATATTCT-AAAAATTAATAAGTA--AAAATTTAAAAAATAAATATG-TTTTCGAA-CAAGTTC
* * * * * ** * * * *
191931 AAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTAT-A-CTAATT-ATATAT-ATT
124 AAATAGTCATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT-TTTGTTTTGTCA-T
** * * * ** **
191992 AAAATAATACTAATT-AATTAATAGGTAAG-AAATT-AAAA-AAAATTGTTTACTGAACAAGTTC
187 AAAATAAT--TGTTTCTATTCATA--AAAGCTTATTCAAAATAAAA-T-AATACT----AA-TT-
** * * * *** * * ** * *
192053 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATA-TAA-AATTGTTGTGACATTTTATTTATTCA-
240 ---TA-TTA--A-TATTCCAAAAATTA-ATA-AGTAAGAAAT-TTAAAAAAATAAATCTATTTAC
* * *** ** * ** * * *** *
192115 TAAAAC-AATT-GTTTCAGTTCAT-AAAAGCTCGAACAATTATCTACTTCAAATTGTTATGAACT
295 T-GAACTAGTTCAAAT-AGTT-ATGACTA-TTTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATG-ACC
192177 TTTGT
355 TTTGT
* * * * *
192182 TTTGTCATAGAACCATTGTTT-TCA-TCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTA
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAAT-TTAAATTTA
* * * * * *
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** * ** * * ** * *
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* * * * * *** * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * *
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* * * **
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* * * *** * * *
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*** * * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* ** * * ** * * *
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* * * * * * * ** ** * *
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* * * * * * * * **
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* * * **** * *
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* * * * **
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* * * * * * * *
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* * *
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * * *
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66 AGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
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* * * * *
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* * * *** *
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** * * *
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* * * ** * *
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* *** * * *
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* * * * * * * * *
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** * * * * * ** * *
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* * * ** * * * *
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* * *** * ** *
186681 AGGATTATGCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTT
65 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* ** * * * *
186746 AAAAAATGAATCAATTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTACGACTATTTA-AAC
129 AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTA-TTAGAAT
* * * * * * *
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** *
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* ** * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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** * * * * *
187102 TTTAAAAAATAAATCTACTTAACG-AGCAAGTTCAAATAGTTATG-CTTGTTTGAACA
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* * *** ** * * * *
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* * * * *
187286 AAAAAATAAATCTGTTTAGCGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGTCCATGT-GAAC
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** * * *
187338 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCC
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* ** ** **
187403 AA-ATTATTCAAAATAAAATAATATTTTTTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--AA-AGATTT
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* * * ** * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * *
187578 AGTTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTA-AATATATTCCAAAAATT--T-A-TAAGAGATTT
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*
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177 148 0.05
178 43 0.02
179 292 0.11
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183 132 0.05
184 65 0.02
185 101 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA
AGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
AAAATAAATCTGTTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTAGAAT
Found at i:185407 original size:904 final size:902
Alignment explanation
Indices: 183995--185693 Score: 1968
Period size: 904 Copynumber: 1.9 Consensus size: 902
183985 TTATACAAGT
* * * *
183995 TTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAGATTTTTACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAA
1 TTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAGATATTTACAATAAATAAGTAAAAAATTTAAAAA
*
184060 TAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCA
66 TAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAAAAATTATCTATCTCAAATCA
* * *
184125 TTATAACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAGTCAAAT
131 TTATAACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAAT
* ** * *
184190 AATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAAAAAAAAACCTATTT
196 AATACTAAACTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGAATT-AAAAAAAAAAAACCTATTT
* * * * * * *
184255 ACTGAATAGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAAGAATTATCTCTTTCAAAACATTATGACCGTAT
260 ACTGAACAATTCAAATAGTGAAGACTATCTAAAGAATTATCTATTTCAAAACATTATAACCGTAT
* ** * **
184320 GTTTTGTCATAAAATAATTGGTCTTTTTCATGCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATTTAAATTTA
325 GTTTAGTCATAAAATAATTGGTCAATTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAAACTAAATTTA
* * * * * * * *
184385 TTAATATGCCAAAAATTAAGAAGTAAAAATTTAAAAATAAATTTGTTTTCTGAACACGTTCAAAT
390 TTAACATGCAAAAAATTAAGAAGCAAAAATTTAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAAC
* * * * *
184450 AGTTATGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AGACT
455 AGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAAC-
* * * *
184514 GATTGTTTCT-GTTTATAAAAGCTTAAT-CAAAATAAAATAATACTAATTTATGAAAATTCCAAA
519 AATTGTTT-TAGCTCATAAAACCTT-ATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATGAAAATTCCAAA
* * * * *
184577 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTA-TTTATCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGAT
582 AATTAAGAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAA-TTAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGAC
* * * *
184641 TATTTAAA-TAATTATTTATTTAATCAAATCATTATGATC-ATGTGTTTTGTCATAAAACAATTG
645 CATTTAAACT-ATTATCTATTT--T-AAATCATTATGAACTATGTATTTTGTCATAAAACAATTG
* ** * * *
184704 TTTCT-ATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTA
706 TTTCTCA-GCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTAATAATATTTC-AAAAATTA
**
184767 ATAAGTTGGAAATTTAAAAAATAAATCTATTCATCGAATAAGTTCAAATGCTCATGTCCACTTAA
769 ATAAGTACGAAATTTAAAAAATAAATCTATTCATCGAATAAGTTCAAATGCTCATGTCCACTTAA
184832 ACTATTATCTATTTCAAATCAATATGACATTTTGTTTGTTGTAAAATAATTGTTTTTATTCATAC
834 ACTATTATCTATTTCAAATCAATATGACATTTTGTTTGTTGTAAAATAATTGTTTTTATTCATAC
184897 AAAA
899 AAAA
* *
184901 TTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTA-ATATTT-CAA-AAACTAA-TAAGACATTTAAAA
1 TTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAGATATTTACAATAAA-TAAGTAAAAAATTTAAAA
* * * * *
184962 ACTAAATCTGTTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTT-AAACAATTGTCTATCTCAAA
65 A-TAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAAA-AATTATCTATCTCAAA
* * * * *
185026 TCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCGTACAAGCTTATTTGGAGTA
128 TCATTATAACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAGTA
* * * * **
185089 AAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGCAAGAG-ATT-TAAAAAATAAATGT
192 AAATAATACTAAACTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGAATTAAAAAAAAAAAACCT
* * * * * *
185151 GTTT-GTCGAACCAATTCAAATAGTGAAGACTAT-TAGGATAATTATCTATTTCAAATCATTGTA
256 ATTTACT-GAA-CAATTCAAATAGTGAAGACTATCTA-AAGAATTATCTATTTCAAAACATTATA
* * * *
185214 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTT-ATACATGCTTA-TTCGAAATAAAATAAC
318 ACCGTATGTTTAGTCATAAAATAATTG-GTCAATTTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAA-
* * * *
185277 ACT-ATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAGTCTATTTACTG
380 ACTAAATTTATTAACATGCAAAAAATTAAGAAGCAA-AAA-TTT-AAAAATAAATCTATTTACTG
* *
185341 AACAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTT
442 AACAAGTTCAAACAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTT
* * *
185406 TTATCATAAAACAATTGTTTTAGCTCATAAAACCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTA
507 TTATCATAAAACAATTGTTTTAGCTCATAAAACCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATGA
* * * *** *
185471 ATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAATCAGTTTAAATA
572 AAATTCCAAAAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAATCAGTTCAAATA
* ** * * * *
185536 ATTATGGCCATTTAAACTATTATCTATTTTAAATTGTTATGAACTTTTTATTTTGTCGTAAAATA
637 ATTATGACCATTTAAACTATTATCTATTTTAAATCATTATGAACTATGTATTTTGTCATAAAACA
* * *
185601 ATTGTTTTTCAGCATGCAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAACTTAATAATATTTCAAAAAT
702 ATTGTTTCTCAGCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTAATAATATTTCAAAAAT
*
185666 TAATAAGTACGAGATTTAAAAAATAAAT
767 TAATAAGTACGAAATTTAAAAAATAAAT
185694 ATGTTTTTCG
Statistics
Matches: 656, Mismatches: 115, Indels: 49
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
899 1 0.00
900 33 0.05
901 198 0.30
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903 152 0.23
904 213 0.32
905 8 0.01
906 29 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (902 bp):
TTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAGATATTTACAATAAATAAGTAAAAAATTTAAAAA
TAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAAAAATTATCTATCTCAAATCA
TTATAACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAAAT
AATACTAAACTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGAATTAAAAAAAAAAAACCTATTTA
CTGAACAATTCAAATAGTGAAGACTATCTAAAGAATTATCTATTTCAAAACATTATAACCGTATG
TTTAGTCATAAAATAATTGGTCAATTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAAACTAAATTTAT
TAACATGCAAAAAATTAAGAAGCAAAAATTTAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAACA
GTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAA
TTGTTTTAGCTCATAAAACCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATGAAAATTCCAAAAATT
AAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGACCATTTA
AACTATTATCTATTTTAAATCATTATGAACTATGTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCAGCA
TACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTACGAAA
TTTAAAAAATAAATCTATTCATCGAATAAGTTCAAATGCTCATGTCCACTTAAACTATTATCTAT
TTCAAATCAATATGACATTTTGTTTGTTGTAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAAA
Found at i:186290 original size:162 final size:158
Alignment explanation
Indices: 186005--186305 Score: 356
Period size: 162 Copynumber: 1.9 Consensus size: 158
185995 AAAACAATAT
* *
186005 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTACTAAGAGATTTAATAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATT
1 TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAATAAATAAATATGTTTACCAAACCAATT
* ** * * * *
186070 CAATAAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCATACCATTATGACAACTTGTTTTGTCATA
66 AAATAAGTTATAACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAACCACTATAACAACTTGTTTTGCCATA
186135 AAATAATTTATTCAGAATAGCATAATTC
131 AAATAATTTATTCAGAATAGCATAATTC
*
186163 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAATAAGAGATTTAA-AAACTAAATATGTTTACCAAA-
1 TAATTTATTAATATTTAAAAAATT----AATAAGAGATTTAATAAA-TAAATATGTTTACCAAAC
* * *** ***
186226 TAAGTTTAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTT
61 CAA--TTAAATAAGTTATAACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAACCACTATAACAACTTGTTT
186290 TGCCATAAAATAATTT
124 TGCCATAAAATAATTT
186306 TTTCTATTCA
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 18, Indels: 10
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
158 23 0.19
161 5 0.04
162 85 0.72
163 5 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (158 bp):
TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAATAAATAAATATGTTTACCAAACCAATT
AAATAAGTTATAACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAACCACTATAACAACTTGTTTTGCCATA
AAATAATTTATTCAGAATAGCATAATTC
Found at i:187164 original size:360 final size:357
Alignment explanation
Indices: 186163--197249 Score: 2575
Period size: 361 Copynumber: 31.0 Consensus size: 357
186153 AGCATAATTC
** * * *
186163 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAATAAGAGA-TTTAAAAACTAAATATGTTTACCAAAT
1 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAA-TAAATATGTTTA-CAAAC
* * * * * *
186227 AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTG
62 AAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
186292 CCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCT-TTTTTCAATTAAAATAATA-TAAATTTATTAA
127 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGTTTTCCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * * * *
186355 TATTCAGATAATTCATTA-GTAAAAGATTTAAAAAATAACTCT-GTTTACTGAATAAATTCAAAT
190 TATTCA-AAAATT-AATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * * *
186418 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTACGACTTTTTTGTTTTATCATAAAAT
253 AGTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGAC-ATTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * *
186483 AATTATTTTTGTTTATAGAAGCTTATTTGAATTAAAATAATA
316 AATTATTTCTGTTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
* *
186525 TTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAAATATGTTTACCAAA-
1 -TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT-AAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTA-CAAAC
* ** * * * * * **
186589 AAGTTTAAATAGTCAAAAGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTCA
62 AAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
186654 TCATAAAACAATTATAT-TAGTTCATA-TAG-GATTATGCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
127 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTG-TT-TTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
** * *
186716 ATATTTTGAAAATTAAT-GAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATC-AATTTACTAAACAAGTTCAAA
189 ATA-TTCAAAAATTAATAG-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTTACTGAACAAGTTCAAA
* * * * *
186779 TAGTTACGACTATTTAAACAATTTTTGTATCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAACATA
252 TAGTTATGACTATTTGAACAATTTTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * *
186844 ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA
317 ATTATTTCTGTTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
** ** * * *
186885 TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTCAAAAATACTTTTATTTTCTAAACA
1 T-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAATTTT-AAAAATAAATATGTTTAC-AAACA
* * * * *
186950 TGTTAAAATAGTTATGACTTTTTGAACAGTTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGT
63 AGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* *
187015 CA-AAAACCAATTGTTTCTCTTCATACAAGTGTTTTCCAAAT-AAATAATACTAGTTTATTAATA
128 CATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGTGTTTTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
187078 TTCCAAAAATTAATAGGTAAGACATTTAAAAAATAAATCTACTTAAC-GAGCAAGTTCAAATAGT
192 TT-CAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTTACTGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * ** * *
187142 TATG-CTTGTTTGAACAAATTTTTATTTCAAATAGTTATAATAATTTGTTTTGTTGTAAAACATT
256 TATGAC-TATTTGAAC-AATTTTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* * *
187206 TATTTCTATTTATACTAGTTTATTTCAAATAAAATAATA
319 TATTTCTGTTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
* * * * * *
187245 CTAATTCATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGCGAAC
1 -TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTA--AAATTTTAAAAATAAATATGTTTA-CAAAC
* * * * *
187310 AAGTTCAAATAGTCATGTCCATGTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAGCTTTTGTTTTG
62 AAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * **
187375 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCCAAAT-TATTCAAAATAAAATAATATTTTTTTATTAAT
127 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGTGTTTTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * * *
187439 ATTTTGAAAATTAATA---AA-AGATTTAAAAACTAAATCT-GTTTAC-CAAAATAGTTTAAATA
191 A-TTCAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTTACTGAACA-AGTTCAAATA
* * * * * * ** *
187498 GTTGTGAATATTTGAACAATTATTATCTCAAGTCGTTATG--ATCTTTATTTCATCATAAAACAA
254 GTTATGACTATTTGAACAATTTTTATTTCAAATCGTTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * ** *
187561 TTGTTTCT-TTTCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATA
318 TTATTTCTGTTT-ATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
** * * * * *
187601 CTAATTTA--AATATATTCCAAAAATTTATAAG--AGA-TTTAAAATATAAATGTATTTGCTAAA
1 -TAATTTATTAATAT-TT-TGAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAA-ATAAATATGTTTAC-AAA
* * * * * * * * * ** * * *
187661 CCAA-TTCAATTAGTTAAGATTATTAGAGTTC-GTTGAACTAGCTCAAATAGTTAAGA-CTATTA
61 -CAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGA--ACAATT-ATCTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTT
* * *** * *** *
187723 GAATAATTATC-TATTTCAA----ATC-ATTC-TGACCTTTTGTTTAGT-CATAA-AACAATTAT
121 G--T-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-A-CAAGTGTTT--TCCA-AATAA-AATAAT
** * * * * * * *
187779 TTTAGTTCATTCAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-GTAATTTATTAACATTCAAAAAACTAAT
177 ACTAATTTATT-AA---TA-TT-CAA-AAATTAATAGGT-A---A--GAGATTTAAAAAA-TAA-
* * * *
187843 GAGCAAGATATTTAAATAAAACAAATTTGTTTACCAAGCA-AGTTAAAATAGATTTGACTATTTG
227 -ATC--TA-ATTT-ACT-GAAC-AA---G-TT--CAA--ATAG-T----T--A--TGACTATTTG
* * * * *
187907 AACAATTATCTATCTCAAATTGTTATG--ATCTTTGTTTTGTCATAAAATGATTATATT-TGTTC
268 AACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTAT-TTCTGTTT
** ** * *
187969 ATACAAGCTTATTTGGAGCAAAATATTGC
330 ATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT-A
* * * * * * * * *
187998 TAAATTAATAATATTCTAAAAATT--T-AG-AAGAGTTTAAAAATAAATGTGTTTCCAAACTAGT
1 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACAAACAAGT
* * * * ** * * * * *
188059 TCAAATAGTTAAGAATATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCT-TTTTGA-CATTTATTTAGTCA
66 TAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
188122 T-AAA-ATTTTTTTC-AGTTCTTGC-A-TGCTTATT-CAAA-AATTAATAA-AC-AA--TA--AA
130 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTG-TT-TTCCAAATAA--AATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * * * * *
188174 TTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGT-TATGACT-A-TT--TGAATAA-T
190 TATTCAAAAATTAA-TAG-GTA-AG-A-GA-TTTAAAAAATAAAT--CTAATTTACTGAACAAGT
** * * * * * * * ** *
188233 T-ATCTATTTA-AAATAAATATGATC---TTTTATTT--TATC-ATAAAACA-ATTGTTTTAGTT
247 TCAAATAGTTATGACT--ATTTGAACAATTTTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTT-G-T
** * *** * * * ** * *
188289 CATAAAA-GCTTA-TCCAAAATAAAATAATATTACGTTATTAATACTTAAA-AAT-
308 CATAAAATAATTATTTC-TGTTTATACAAGCTTA--TT-TCAA-A-TAAAATAATA
* * * * * * * *
188341 TGATATGTTAGAGA-TTT-AAAA--AATAAGT-CAA-TTT---ATTGAAT-TAG-TT-CAAATAA
1 TAATTTATTA-ATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAATAAATAT-GTTTACAAACAA
* ** ** * *
188394 -TT---AT-GTC----C-ATTTGAACCATTATCTATTTCAAATCATTACAAAC-TTT-TTTT-TA
64 GTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *** * *
188446 ATAAAATAATTGTTT-T-TCACATACAAGCCCATTT-GAAATAAAAATAATATTAATTTATTAAT
129 ATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAG-TGTTTTCCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
188508 ATTTCAAAAATTTACACGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACTGAAC-----C----AG
191 A-TTCAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTTACTGAACAAGTTCAAATAG
* * * ** * * * *
188563 TT-T--CTATTTGAATAATGATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTGTTATAAAATAAT
255 TTATGACTATTTGAACAAT-TTTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
** * **
188625 TATTTAAGTTCATGTAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATA
319 TATTTCTGTTTATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA
* *** * * * * * *
188664 CTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAAG
1 -TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAATAAATATGTTTAC--AAA
* * * * * ** *
188729 C-AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT
61 CAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
* * *** * *
188793 GTCATAAAAAAAATTCTTT-TAGTTCATTGGAGCT-TGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
126 GTCAT-AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG-TGTTTTCCAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * ** * *
188856 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAGGTGAATCT-GTTTA-TAGAATC-AGTTCA
188 AATA-TTCAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTTACT-GAA-CAAGTTCA
* * * * * * * * *
188918 AATAATTAT-AGCCATGTCAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATTACA------ATTGT-AT--
250 AATAGTTATGA-CTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
* * * **
188973 -TTAA--A---C-----ATTCAAGCTTATGTGGAATAAAATAATA
313 AATAATTATTTCTGTTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
* * ** * * * **
189007 CTTATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTTTTGTTT
1 -TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAATAA----ATATGTT-TAC
*** * * * * ** *
189072 TGTC-AGATAACAATCTA-TTATGACTATTTGAATAATTGTAAACTTT-AAATTGTTATAACCTT
58 AAACAAGTTAA-AA--TAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACCTT
* * * * * ** *
189134 TTGTTTTGCCATAAAACAATTATTTTTGTTTC-TATAAGCT-TATTT-GGAACAAAATAATACTA
119 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAG-TGT-TTTCCAAATAAAATAATACTA
* * ** *** * ** *
189196 ATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTATAAAAATAAAT-TTGCTTGCCAAACC
181 ATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTA-AAAAATAAATCTAATTTACTGAACA
* * * ** ** *
189260 AGTTC-AATATTTAAGACTATATGATTAATTACCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGT
244 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGT
* * ** *
189324 CATAAAATAAGTT-TTTTTGAATTTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAAAA
308 CATAAAATAA-TTATTTCTG--TTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
* * * * *
189376 TGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAAC
1 T-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAATAAATATGTTTA-CAAAC
* * * * * * ** *
189441 TAGTTCAAATAATTACGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTGTTTGTTCT
62 AAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTT
* * * * * * * *
189505 GTCATAAAATAAATATTTTTGTTCATATAAGT-TTGTT-CAGAATAAATTAATACTAATCTATTA
126 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTGTT-TTCCA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
189568 ATATTTCAAATATT-A-A--TAATATATTTAAAAAACAAATCT-ATTTA-TCAAACTAGTTCAAA
189 ATA-TTCAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTTACT-GAACAAGTTCAAA
* * *
189627 TAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTTTTTCTGTTATAAA
252 TAGTTATGACTATTTGAA-CAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTT-TGTCATAAA
* * * * * ** *
189690 ACAATTGTTTCTATTCATA-AATACTTATTTGGATTAAAATAATA
314 ATAATTATTTCTGTTTATACAA-GCTTATTTCAAATAAAATAATA
* ** * *
189734 CTAATTTATTAAAATTTTGGCAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTGTCGAAC
1 -TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT--AAAATTTTAAAAATAAATATGTTT-ACAAAC
* * * * * * * * *
189799 TAGAT-CAATAATCATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGGCTTTG
62 AAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
189863 TCATAAAAGAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCT-TATTT-GAAATAAAATAATTCTAATTTATTA
127 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG-TGT-TTTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
189925 GTAATCCAAAAATTAATA-ATAAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAACAAGTTTAAA
189 AT-ATTCAAAAATTAATAGGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTTACTGAACAAGTTCAAA
* * * * * * * *
189988 TAATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAAC-TTTTCATTTTGTCATAAAA
252 TAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGACATTTT-GTTTTGTCATAAAA
* * * *
190052 GAAAT-TTTCTTGTTTATACAATCTTATTTCAAATAATATAAT-
315 TAATTATTTC-TGTTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
* ** * * ***
190094 TCAAATTCATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTTTTGAA
1 T--AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT--AAAATTTTAAAAATAAATATG-TTTACAAA
* * *** * * *
190159 CAAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTT
61 CAAGTTAAAAT-AGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* ** * * * *
190223 TCTCATAAAACAATTG-TTCTATTCATATGAGTCTATT-CAGATTAAAATAATATTAATTTATTA
125 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTGTTTTCCA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
** * * * * * *
190286 ATATTTTGACAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATAAATAT-GTTTA-TCAAATAAGTTCA
189 ATA-TTCAAAAATTAATAGGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTAATTTACT-GAACAAGTTCA
* * * * ** * * * *
190349 AATAGTCATGACTATTTGGATAATTATGTATTTCAAATCACTATGACCTTTTCTTTTGTAATACA
250 AATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* ** * * * * *
190414 ATAATTTTTTCAATTCATATAAGTTTATTTGAAGTAAAATAATA
314 ATAATTATTTCTGTTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
** ** * *
190458 CTAATTTATTAATA-TTCCAAATATTAACGAGTAAGAGA-ATTAAAAA-AGAATATGTTTACTGA
1 -TAATTTATTAATATTTTGAAA-ATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAATA-AATATGTTTAC-AA
* * * * *** *
190520 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-CTTTTATTT
60 ACAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-GTT
* * * *
190584 TTGTCACAAAACAATTGGCTTTCT-TT-A-AGCAAGCT-TAATTT-GAACA-AAAAAAAT-TTAA
124 TTGTCATAAAACAATT-G-TTTCTATTCATA-CAAG-TGT--TTTCCAA-ATAAAATAATACTAA
* *
190642 TTTATTAATATTTCAAAAATT-A-A--T-A-AG-----AAAAA-AAATGT--TTT-CT-AAGCAC
182 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTTACTGAA-CAA
* * * *
190691 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
245 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTC
** ** * * *
190756 ATAAACCAATTATTTCTACTCATAAAAGCTTA-TTCAAA-ATAA-AA-A
309 ATAAAATAATTATTTCTGTTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
* * * * *
190801 TAA-TTA--AA-ATTCTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACAATCA
1 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT-AAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTT-ACAAACA
* * * ** ** *
190862 AGTTCAAATAGT--T-A-TA----AA-ATTTATTTATTTCAAATTGTTATGATATTTTCCTTTGC
63 AGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** *
190918 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGT-TTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATA
128 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTGTT-TTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
190982 TTCTAAAAATTAATAAGCT-AGAGATTTAAAAAATAAAT-T-GTTTA-TCGAACAAATTCAAATA
192 TTC-AAAAATTAAT-AGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTTACT-GAACAAGTTCAAATA
* * * * * ** *
191043 GTCAAGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACA-TTT-TTTTGT-AGTAAAACA
254 GTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCA-TAAAATA
* * * **
191105 ATTGCTTT-TATTCATACAAAATTA-TTCAAACTAAAAT-A-A
317 ATT-ATTTCTGTTTATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATA
* * * * * * *
191144 T-ACTTATTAATATTTTAAAAATTAGTAAG--ACA-TTTAAAAACTAAATCTATTTACCGAACCA
1 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAA-TAAATATGTTTA-C-AAACA
* * * * *** *
191205 A-TTTATATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CATATCTCAAATCAATATGATC-TTTGTTTTG
63 AGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * ** *
191267 TCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCT-TATTT--AGAGTAAAATATTGCTAAACTAATA
127 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGT-TTTCCA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * ** *
191329 ATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT-GTTTGCCAAACTAGTT-ATAA
189 ATA-TTCAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTTACTGAACAAGTTCA-AA
* * * * * * * * *
191392 TAATTAAGATTA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATCGATCTGACCTTTTATTTTGTCATAAAA-
252 TAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * * * * * *
191455 ATTTTTTTTTAGTTCATACAATCTAATTTGAAATAAAATAATG
316 AATTATTTCT-GTTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
* * * *** * * * ** **
191498 CAATTTTCTTAACATTCAAAAAAATAGTAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAAGCTGTTTATTGAA
1 TAA-TTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-TA-AAATTTT-AAAAATAAATATGTTTA-CAAA
* * * * * * * ** *
191563 CAAATTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAAATATCAATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTT
61 CAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * * * *
191628 ATTATAAAAC-ATTGTTTCAATTCATAAAAG-CTTATCTAAAATAAAATAATATTACTTTATTAA
126 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTGTTTTC-CAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * * *
191691 TATTTCAAAAATTGAA-AAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-TCAA-ATTAGCTCAA
190 TA-TTCAAAAATT-AATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTTACTGAACA--AGTTCAA
* * * * * * * * * *
191752 ATAATTATGGCCATTTGAACAGTTATCTAATTCAGATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGTCTTACA
251 ATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGACA-TTTTGTTTTGTCATAAA
* * * ** * * *
191816 ACAATTGTTTTTCATCATACATGCCTATTT-AGAATAAAATAATA
314 ATAATTATTTCTGTTTATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA
* ** * * *
191860 TCAATTTATCAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGAA-TTAAAAAACAAATATGCTTATCGAA
1 T-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTA--A-AATTTTAAAAATAAATATGTTTA-C-AA
* * * * * * * *
191924 CCAA-TTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTAT-A-CTAATT-AT
60 ACAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTT
* * * * * *** *
191985 ATAT-ATTAAAATAA----TACTAATTAATTA-ATAG-G--TAAGAAATTAAA-AA-A--AA-TT
124 TTGTCA-TAAAACAATTGTTTCT-ATTCA-TACA-AGTGTTTTCCAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * * * *
192036 GTT--TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCT-A--TA-T-AA-AAT
185 ATTAATATTCAA-AAATT--AATAGGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTAATTTACTGAACAA-
* * * * * *
192092 TGTTGTGACAT-TTTAT--TTATTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTCGAACAATTA
245 -G-T-TCAAATAGTTATGACTATT--T-GAACAATT-TTT-A-TT--TCAAA--TCG-----TTA
* * ** * ** * *
192154 TCTACTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAGAACCATTGTTT-TCATCATACAAGCCT
292 T-GA---C--A-T-TT-TG---TTTTG--T---CATAAAATAATTATTTCTGTTTATACAAGCTT
192218 A-TTCAGAATAAAATAATA
340 ATTTCA-AATAAAATAATA
* * * *
192236 CTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATATA-TAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAA
1 -TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA-AGTA--AAATTTTAAAAATAAATATGTTTAC-AAA
** * ** ** * * * *
192299 GTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGTAATTATATATTTCAATTTGTTATAATCTTTTGTTTT
61 CAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * ** ** * * *
192364 ATCATAAAACAATTATTTCTATTTATACAAGCATATTT-GGAATAAAATTATACTAATGTAATAA
126 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTGT-TTTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * * *
192428 TATTCTAAAAATTAAGAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-T-GTTTGCGGAACCAA-TTCAAA
190 TATTC-AAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTAATTTACTGAA-CAAGTTCAAA
* * * * * * *
192490 TAGTTAAGGCTATATCAACAATTTTGTATTTCAAATCATTATGACATTTTTATTTTATCATAAAA
252 TAGTTATGACTATTTGAACAATTTT-TATTTCAAATCGTTATGACA-TTTTGTTTTGTCATAAAA
** * * ** *
192555 TTTTTTTTTACT-TCT-TACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAAAA
315 TAATTATTT-CTGTTTATAC-AAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
** * * * * *
192597 TAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGCCAAAC
1 T-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAATAAATATGTTT-ACAAAC
* * * * * ** *
192662 TA-TTGCAAATAATTATGAC--TTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCATTTTGTTT
62 AAGTT-AAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTTGTTT
* * * * * ** * *
192724 TGTCAT-AAACAAATGTTTTTCTTCAAATAAGTGTGTTT-GGAATAAAATAATATTAATTTGTTA
125 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTGT-TTTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** * * ** * * *
192787 GTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT-TTGTTTACTAAACGAGTTCAATT
189 ATA-TTCAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * * * * **
192851 AGTT-TAACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCA-TTTGTCTTGTTATAAAGC
253 AGTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * * * * *
192914 AATTGTTTCTATTCATA-TAGTCTTA-TTCGGAATAAAGTAATGC
316 AATTATTTCTGTTTATACAAG-CTTATTTC-AAATAAAATAAT-A
* * * * * * ** * *
192957 TTATTTATTAAT-TTTTAAAAATTAATAAGTAATGGA-TATAAAAAAAAATCTGTTGGCCTAACT
1 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA--AATTTTAAAAATAAATATGTT-TACAAACA
** * * * * * * * * * ** * *
193020 AG-TGCAATAATTATGATTGTTTAAACAATTTTGTACTTCAAATTGTTATAATATTTTTTTTTAT
63 AGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * * *
193084 CATAAAAAAATTATTTCTATTTATACAAGCT-TATTCAAAATAACATAATTCTAACTTATTGATA
128 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGTTTTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * ** * *
193148 TTCTGAAACTTAATAAGTAAAAGATTTAAAACATGAAT-TTGTTTACTGAAGAAGTTTAAATAGT
192 TTC-AAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTTACTGAACAAGTTCAAATAGT
* ** * * * ** * * *
193212 TAAGACTATTTGAACAATTAACTATTTCAAATTGCTATAACCCTTTATTTTGTGATAAAACAATT
256 TATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * ** *
193277 TTTTCTATCAATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAGTAA
320 ATTTCTGTTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT-A
* ** * * * * *
193316 AAATTTATTAATATTCAGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATA
1 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT-AAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTA-CAAACA
* * * * * * * *
193381 AGTTTACATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGA
63 AGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * ** *
193446 CACAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCT-TATTT-GGATTAAAATAATACTAATTTATTAAT
128 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGT-TTTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * *
193509 ATTTCAATAATTAATAAGTAAAAGATTCT-GAAAATAAATAT-GTTTACTGAACAAGTTCAGATA
191 A-TTCAAAAATTAATAGGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTAATTTACTGAACAAGTTCAAATA
* * * * * ** ** * *
193572 GTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTAATTCATTATAAAA-CA
254 GTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* *
193636 --A-TTC-----A-A-AA--TAATATT--AAT----TTAT-
318 TTATTTCTGTTTATACAAGCTTAT-TTCAAATAAAATAATA
** * * *
193658 TAA--TA-T--T-TTGAGAACTAA-TAAGT--G-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTCGAA
1 TAATTTATTAATATTTTGAA--AATTAA-TAAGTAAA-ATTTTAAAAATAAATATG-TTTACAAA
* * *
193713 CAAGTTCAAATAGTAAT-ATCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTATTTG-T
61 CAAGTTAAAATAGTCATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTT
* * ** * * *
193775 TTGATTATAAAACAATTGTATGAATTCATA-TAG-GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTA
124 TTG-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTG-TT-TTCCAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
193838 TTACTATTCCAAAAATTAAT-GAGTAAGAGATTTACAAAATGAATAT-GTTT-CTTGAACAAGTT
186 TTAATATT-CAAAAATTAATAG-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTTAC-TGAACAAGTT
* ** * *
193900 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGCCATA
248 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
193965 AAACAATTGTTTCTATTCA-ATCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA
312 AAATAATTATTTCTGTTTATA-CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
* ** * * * ***
194011 TAAATTTACTAATA-TTCCAAAGATTAATAAGTAAAAATTTAAACAATAAATCTTTTTTTGGAAC
1 T-AATTTATTAATATTTTGAAA-ATTAATAAGTAAAATTTTAAA-AATAAAT-ATGTTTACAAAC
* * * * **
194075 ACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
62 A-AGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *
194139 GTCATAAACCAATTATTTCTATTCACA-AACGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
126 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-G-TGTTTTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * * *
194202 AAATTCTAAAAATTAATAAGTAAGTGGTTTTGAAAAATAAAT-TTATTTATTGAGCGAGTTCAAA
189 ATATTC-AAAAATTAATAGGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTAATTTACTGAACAAGTTCAAA
* * * * * * **
194266 CAGTTATGAGTATTTAAATAATTATTTATTTCAAAT-GTTATGACTTTTTGTTTTG-CACAAACC
252 TAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * * *
194329 AATTGTTTCTATTCACAAAAGCTTA-TTCGAAATAAAAATAATA
316 AATTATTTCTGTTTATACAAGCTTATTTC-AAAT-AAAATAATA
* * * * **
194372 CTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTGAAAAATAAATTTGTTTATTGAA
1 -TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTT-AAAAATAAATATGTTTA-CAAA
* * * * * * * * * * *
194437 CGAGTTCAAACAG-CTATGAGTATTTAAATAATTATTTATTTTAAAATCGTTATGATCTTCT-TT
61 CAAGTTAAAATAGTC-ATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
* * * *
194500 TTG-CATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAAT-TATTT--AGAATAAAATAATAATAATTTA
124 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGTGT-TTTCCA-AATAAAATAATACTAATTTA
** * * * *
194561 TTAATATTTTGAAAA-T--CA-GTAAGAGATTTAAAAACTAAATCT-ATTTA-TCGAACCAGTTT
186 TTAATA-TTCAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTTACT-GAACAAGTTC
* * *
194620 AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATCTCAAATCGATATG--ATCTTTGTTTTGTCATA
249 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGACAT-TTTGTTTTGTCATA
* ** * * *
194683 AAATAATTGTTTCTGTCCATACAAACTTATTT-AGAGTAAAATATTA
312 AAATAATTATTTCTGTTTATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA
** * ** * * * * * *
194729 CTAAGCTAGTAATATTCTAAAAAATT-ATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAGTGTATTTATTAAA
1 -TAATTTATTAATATT-TTGAAAATTAATAAGTA--AAATTTTAAAAATAAATATGTTTA-CAAA
* * ** * * * * * ** * * *
194793 TCAA-TTCAAATAGTTAAAATTATTAGAATAATTATCTCTTTCAAGTCATTCTAACCTTTTATTT
61 -CAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * * ** *
194857 AGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATA-AA-TGCTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATT
125 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTG-TT-TTCCAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * ** * * **
194920 AACATTTAGAAAATTAATAAGCAAAAAAGTTTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCAAACAAGTTCA
188 AATATTCA-AAAATTAAT-AG-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTTACTGAACAAGTTCA
* * * * * * * *
194984 AATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAA
250 AATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
195049 GTGATTGTTTCAT-TTTGTAAAAGCTTA-TCCAAAATAAAATAATA
314 ATAATTATTTC-TGTTTATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA
* ** * * * * ** * * *
195093 TTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTGAAAAAATATATCAAG-TTATCGTA
1 -TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-T-AAAATTTTAAAAATAAAT-ATGTTTA-C-AA
** * * * * ** * * *
195157 TTAA-TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATTTTGAACATTTGTTT
60 ACAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* ***
195221 TGACATAAAACAATTGCTTT-TCA-TCATACAAACCTATTT--AGAATAAAATAATACTAATTTA
125 TGTCATAAAACAATTG-TTTCT-ATTCATACAAGTGT-TTTCCA-AATAAAATAATACTAATTTA
* * **
195282 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT-----AT---T-T-GTTTACCAAATCAA-TTC
186 TTAATA-TTCAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTTACTGAA-CAAGTTC
* * * * * *
195335 AAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTTAAGTCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAA
249 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
195400 AACAATTATTTATGTTCATGCAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATA
313 AATAATTATTTCTGTTTATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA
* * * * * * ***
195445 CTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGATATTTGAAAAATAAATTTGTTTGTTGAAC
1 -TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAATAAATATGTTT-ACAAAC
* * * * * * * * * *
195510 CAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTC-AATTCATTATGTCTTTTTGTTTT
62 AAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT-GTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * * *
195574 GTCATAAAAAAAATATTTTTGTTCATATAAGT-TTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
126 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTGTT-TTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * ** ** * *
195638 TATTTTC-AAAATT-A-A--TAAGGGATCTAAAAAATAAAT-TTGTTTACCAAACCAA-TTTAAT
190 TA--TTCAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTTACTGAA-CAAGTTCAAA
* * * * * * * * *
195696 TAATTGTAACAATTTAAACAATTATTTATTTCATATCTTTATGAC-CTTT-TTTTGTCATAAAAC
252 TAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * ** *
195759 AATTATTTCTATTGAT-GTAGTCTTA-TTCAGAATAAAGTAA-A
316 AATTATTTCTGTTTATACAAG-CTTATTTCA-AATAAAATAATA
* * * * * ** **
195800 GCAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAATAGA-TTTAGAAAATGAATCTATTGGCCTGA
1 -TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTA-AAAATAAATATGTT-TACAAA
* * ** *
195864 CCAG-TACAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTT
61 CAAGTTA-AAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * *
195928 TGTCAGAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCT-TATT-CAGAATAAGATAATTCTAATTTACT
125 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGTTTTCCA-AATAAAATAATACTAATTTATT
* * * ** * * * * * * *
195991 ACTATTCCAAAAGTAATAAATAAGGGATTTACAAACTTAATAT-GTTTA-TCAAACAAGTTCAAA
188 AATATTCAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTTACT-GAACAAGTTCAAA
* * ** * * ** * * * *
196054 TAGTTATAACTTTTTGAACAATTACCTATTCCAAATTGCCATAACCTTCTGTTTTGTCATCAAAT
252 TAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * ** *
196119 AAATT-TTTATATTCCTACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATA
316 -AATTATTTCTGTTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
* *** * ** * *
196161 CAAATTTATT-ATCATTCACACAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA
1 -TAATTTATTAAT-ATTTTGAAAATTAATAAGT-AAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTA-CAAA
* * * * * * * * * * *
196225 TAAATTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAAATATTTATTTCAAATT-TGATGACTTTTTATTTT
61 CAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * *
196289 TTCATAAAACAATTGCTTT-TGTTTATACAAGCT-TATTT-GAAATAAAATAATATTAGTTCATT
126 GTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAG-TGT-TTTCCAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
196351 AATATTCTAATAGTTAATAAGT-AGAAGATTTTAAAAATAAATAT-GTTTACTGAACAAGTTCAA
188 AATATTC-AAAAATTAATAGGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTAATTTACTGAACAAGTTCAA
* * * ** * * *
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251 ATAGTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * *
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315 TAATTATTTCTGTTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
* ** * * * * * *
196520 CTAATTTATTAATATTCT---AACGAGTAAG--AGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAA
1 -TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTA-CAAACAA
* * ** **
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* * ** *
196645 ATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCT-TATTT-TGAATAAAACAATA-TAAATTTATTAAT
129 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGT-TTTCCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * **
196707 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTA-TGAACATA-TTCAAATA
191 ATT-CAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTTACTGAACA-AGTTCAAATA
* * * * ** * * **
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254 GTTATGACTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * *
196834 TTATTTTTGTTCAAACAAGCATA-TTCAAAATAAAATAATA
318 TTATTTCTGTTTATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA
* * *** * * * *
196874 CCATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCTAG
1 -TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT-AAA-ATTT-TAAAAATAAATATGTTTA-CAAA
* * * * * * * *
196939 TAAGTTCAAA-AGTTATAACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTT
61 CAAGTTAAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
197003 ATCATAAAGCAATTGTTTCTATTCACACAAGT-TTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
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* * ** **
197066 ATATTCTTAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCT-GCTTACCAAACAAGCTT-AAA
189 ATATTC-AAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAATTTACTGAACAAG-TTCAAA
* * * * * * *
197129 TAGTCAT-ATCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
252 TAGTTATGA-CTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * **
197193 TAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATA
315 TAATTATTTCTGTTTATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA
* *
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1 -TAATTTATTAATA
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* * *
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* * * * *
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*
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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AGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAGAACAAAATAATAGTAAATTAATAA
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* *
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* * * * *
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* *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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Statistics
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TCTGTCATAAAAAAAATTATTTAAGTTCATTGAAGCTTATTCA
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * * *
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*
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188956 TGTTATTACA
Statistics
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ATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTCTGTCATAAAAAAATTATTTAAGTTCATGTAAGCT
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ATAAATCTATTTGATGAAGCAGTTCAAATAATTAAGACCATATCAACAATT
Found at i:189878 original size:180 final size:181
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189078 ATAACAATCT
* ** * * *
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* * * * * * * *** *
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* * * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
189334 GTT-TTTTTGAATTTATACT-AGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTAA
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* * * * * * *
189396 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACTAGTTCAAATA
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* * * ** *
189452 ATTACGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTGTTTGTTCTGTCATAAAATA
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* * * * * ** * *
189516 AATATTTTTGTTCATATAAGT-TTGTTCAGAATAAATTAATACTAATCTATTAATA-TTT--CAA
65 ATTGTTTCTATTCATATAA-TCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAA
* * * * * * * *
189577 ATATTAA-TAATATATTTAAAAAACAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATA
129 TTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGTTCAAATA
* * * * * *
189629 GTTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTCTGTTATAAAAC
1 ATTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAAT
* * *
189692 AATTGTTTCTATTCATA-AATACTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTGGCA
64 AATTGTTTCTATTCATATAAT-CTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACA
* * *
189756 ATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTGTCGAACTAGATC-AATA
128 ATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGTTCAAATA
* * * * * *
189809 ATCATGATTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGGCTTTGTCATAAAAGAA
1 ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * * *** *
189874 TTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAGTAATCCAAAAAT
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* * *
189938 TAATAA-TAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTTAAATA
130 TAATAAGTAAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACTAGTTCAAATA
* * * * * * * * *
189990 ATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTAT-AACTTTTCATTTTGTCATAAAAGA
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* * * * ** * * * * **
190054 AAT-TTTCTTGTTTATACAATCTTATTTCAAATAATATAATTCAAATTCATTAATATTAAGACAA
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* * *
190118 TTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGCTTT-TTGAACAAGTTCAAATC
129 TTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATG-TTTATCGAACTAGTTCAAATA
** * * * * *
190171 ATTATGACTATTTGTGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTCTCATAAAACAA
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* ** * *
190236 TTG-TTCTATTCATATGAGTC-TATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAT
66 TTGTTTCTATTCATAT-AATCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAAT
* * *
190299 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATAAATATGTTTATC-AAATAAGTTCAAATA
130 TAATAAGTAAAAAATTT--AAAAAATAAATATGTTTATCGAACT-AGTTCAAATA
* * * * *** * * *
190353 GTCATGACTATTTGGATAATTATGTATTTCAAATCACTATGACCTTTTCTTTTGTAATACAATAA
1 ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * ** *
190418 TTTTTTCAATTCATATAAGT-TTATTT-GAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAT
66 TTGTTTCTATTCATATAA-TCTTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACA-
** * *
190480 ATTAACGAGTAAGAGAA-TTAAAAAA-GAATATGTTTA-CTGAA-TAAGTTCAAATA
128 ATTAATAAGTAA-AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACT-AGTTCAAATA
* * * *** * * *
190533 GTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-CTTTTATTTTTGTCACAAAACA
1 ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAATA
* * * * * **
190597 ATTGGCTTTCT-TT-A-AGCAAGCTTAATTT-GAACAAAA-AAAATTTAATTTATTAATATTTCA
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* * *** ** * * *
190657 AAAATTAATAAGAAAAAAAATGTT---TTCTAAGCACG--T-TC-AAATAGTT-ATGACT-
125 ACAATTAATAAG-TAAAAAAT-TTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGTTCA--AATA
* * * **
190709 ATT-TGAAC-AATT--AT-C-TA-C---TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCA
1 ATTATG-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * * * * *
190764 ATTATTTCTACTCATAAAAGCTTA-TT-CAA-AATAA-AA-A-TAA-TTA--AA-ATTCTGAAAA
65 ATTGTTTCTATTCATATAATCTTATTTGGAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAA
* * * * *
190819 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAAC-AATCAAGTTCAAATA
129 TTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CTAGTTCAAATA
* * ** ** * *
190872 GTTAT-A--A----AAT--TTATTTATTTCAAATTGTTATGATATTTTCCTTTGCCATAAAACAA
1 ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * * * *
190928 TTGTTTCTATTCATACAAGT-TTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCTAAAAAT
66 TTGTTTCTATTCATATAA-TCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAAT
* * * *
190992 TAATAAGCT-AGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAACAAATTCAAATA
130 TAATAAG-TAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGTTCAAATA
* * * * * * * * *
191043 GTCAAGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA-CATTT-TTTTGT-AGTAAAACA
1 ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAATA
* ** **
191105 ATTGCTTT-TATTCATACAAAATTA-TTCAAACTAAAATAATAC----TTATTAATATTTT-A-A
65 ATTG-TTTCTATTCATATAATCTTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACA
* * * * * * * * * * *
191162 A--AATTAGTAAGACATTTAAAAACTAAATCTATTTACCGAACCAATTTATATA
128 ATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGTTCAAATA
* * * *** *
191214 GTTATGACTATTTGAACAATTA-CATATCTCAAATCAATATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATA
1 ATTATGACTATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * * * * * * ** * * *
191277 ATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTTCAAAAG
65 ATTGTTTCTATTCATATAATCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAA-
* * * ** *
191341 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTAGTT-ATAATA
129 TTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGTTCA-AATA
* * * * * * * * *
191394 ATTAAGATTA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATCGATCTGACCTTTTATTTTGTCATAAAA-AT
1 ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * * * * * *** *
191457 TTTTTTTTAGTTCATACAATCTAATTTGAAATAAAATAATGC-AATTTTCTTAACATTCAAAAAA
66 TTGTTTCTA-TTCATATAATCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTTGACAA
* * * * ** * * *
191521 ATAGTAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAAGCTGTTTATTGAACAAATTCAAATA
129 TTAATAAGTAA-AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGTTCAAATA
* * * * * * ** * * * *
191575 GTTATGACTGTTTGAACAAATATCAATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATTATAAAA-CA
1 ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * ** * * ** *
191639 TTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATT
66 TTGTTTCTATTCATATAATCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATT
*** * * * *
191704 GAA-AAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCAAATTAGCTCAAATA
131 -AATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATAT-GTTTATCGAACTAGTTCAAATA
* * * * * * ** * * * *
191755 ATTATGGCCATTTGAACAGTTATCTAATTCAGATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCTTACAACAA
1 ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * ** *
191820 TTG-TT-T-TTCATCATACATGCCTATTTAGAATAAAATAATA-TCAATTTATCAATATTTCAAA
66 TTGTTTCTATTCAT-ATA-AT-CTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGAC
* * * * * *
191881 AATTAATAAGTAGGAGAA-TTAAAAAACAAATATGCTTATCGAACCAATTCAAATA
127 AATTAATAAGTA-AAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGTTCAAATA
* * * * * * *
191936 GTTATTACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTAT-A-CTAATT-ATATAT-ATTAAAAT
1 ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCA-TAAAAT
** * * ** * * * **
191997 AATACTAATT-AATTAATAGGTAA--GAAATT-AAAAAAAATTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA
64 AAT--TGTTTCTATTCATA--TAATCTTATTTGGAATAAAA-T-AATACT----AA-TT----TA
* * *** * ** * **
192058 GTT-ATGACTATTTGAACAATT-ATCTA-TATAAAATTGTTGTGACAT-TTTATTTATTCATAAA
114 -TTAAT-A-T-TTTG-ACAATTAAT-AAGTA-AAAAAT-TTAAAAAATAAATATGT-TT-ATCGA
* *
192119 ACAATTGTTTC-AGT-
169 AC--TAG-TTCAAATA
* ** * * * * * * **
192133 -TCAT-AAAAGCTCGAACAATTATCTACTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAGAACC
1 ATTATGACTA-TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * ** * *
192196 ATTGTTT-TCA-TCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAA
65 ATTGTTTCT-ATTCATATAATCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAA
** * * * *
192258 TTAATATA-TAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAAGTAGTTCAAATA
129 TTAATA-AGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACTAGTTCAAATA
* * * * * * * * *
192311 GTTTTGACTATTTGAGTAATTATATATTTCAATTTGTTATAATCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
1 ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * * * * * * * *
192376 TTATTTCTATTTATACAAGCATATTTGGAATAAAATTATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATT
66 TTGTTTCTATTCATATAATCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATT
* * * * * * *
192441 AAGAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA-ATTGTTT-GCGGAACCAATTCAAATA
131 AATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATA-TGTTTATC-GAACTAGTTCAAATA
* * * * * * * * ** * * *
192492 GTTAAGGCTATATCAACAATTTTGTATTTCAAATCATTATGACATTTTTATTTTATCATAAAAT-
1 ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * * ** *
192556 -TTTTTTTTACTTCTTACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTAAAA
65 ATTGTTTCTA-TTCATA-TAATCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGAC
* * * * * ** *
192618 AATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGCCAAACTA-TTGCAAATA
127 AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGTT-CAAATA
** ** *
192673 ATTATGAC--TTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTACGACCATTTTGTTTTGTCATAAACA-
1 ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAA-AT
* * * * * * * * *
192735 AA-TGTTTTTCTTCAAATAAGT-GTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTGTTAGTATTTTGAAA
64 AATTGTTTCTATTCATATAA-TCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACA
* * * * *
192798 ATTAATAAGTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACGAGTTCAATTA
128 ATTAATAAGTAA-AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACTAGTTCAAATA
* * * * * * * * **
192852 GTT-TAACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCATTTGTCTTGTTATAAAGCAA
1 ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * * * *
192916 TTGTTTCTATTCATATAGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTTATTTATTAAT-TTTTAAAAATT
66 TTGTTTCTATTCATATAATCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATT
*** * * *** * *
192980 AATAAGTAATGGATATAAAAAA-AAATCTGTTGGCCTAACTAGTGC-AATA
131 AATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGTTCAAATA
* * * * * * * * ** * * *
193029 ATTATGATTGTTTAAACAATTTTGTACTTCAAATTGTTATAATATTTTTTTTTATCATAAAAAAA
1 ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * *** * * * * *
193094 TTATTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAAATAACATAATTCTAACTTATTGATATTCTGA-AACT
66 TTGTTTCTATTCATATAATCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAA-T
* * * * ** *
193158 TAATAAGTAAAAGATTTAAAACATGAATTTGTTTA-CTGAAGAAGTTTAAATA
130 TAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACTAGTTCAAATA
* * * * * * * * * *
193210 GTTAAGACTATTTGAACAATTAACTATTTCAAATTGCTATAACCCTTTATTTTGTGATAAAACAA
1 ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * ** * ** **
193275 TTTTTTCTA-TCAATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAGTAAAAATTTATTAATATTCAGACAAT
66 TTGTTTCTATTC-ATATAATCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAAT
* * * * * * *
193339 TAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAATAAGTTTACATA
130 TAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACT-AGTTCAAATA
* * * * * * * * *
193391 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGACACAAAACAA
1 ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * ** *
193456 TTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATT
66 TTGTTTCTATTCATATAATCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATT
* * * *
193521 AATAAGTAAAAGATTCT-GAAAATAAATATGTTTA-CTGAACAAGTTCAGATA
131 AATAAGTAAAAAATT-TAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACTAGTTCAAATA
* * * *
193572 GTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
1 ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
193620 AATTCATTAT
Statistics
Matches: 3273, Mismatches: 837, Indels: 482
0.71 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
156 2 0.00
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199 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
TTGTTTCTATTCATATAATCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATT
AATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGTTCAAATA
Found at i:193697 original size:153 final size:153
Alignment explanation
Indices: 193487--193791 Score: 427
Period size: 153 Copynumber: 2.0 Consensus size: 153
193477 TATTTGGATT
* * *
193487 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAGATTCTGAAAATAAATATGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAACTAATAAGTAAAAGATTCTAAAAATAAATATGT
* *
193552 TTACT-GAACAAGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
66 TT-CTCGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-C
193616 T-TTTAATTCATTATAAAACAATTC
129 TATTTAATTCATTATAAAACAATTC
* ** *
193640 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAGAACTAATAAGTGAAAGATT-TAAAAAATAAATATG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAACTAATAAGTAAAAGATTCT-AAAAATAAATATG
* * *
193704 TTTTTCGAACAAGTTCAAATAGTAATATCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACT
65 TTTCTCGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACT
** *
193769 ATTTGTTTGATTATAAAACAATT
130 ATTTAATTCATTATAAAACAATT
193792 GTATGAATTC
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 15, Indels: 6
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
152 4 0.03
153 130 0.97
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (153 bp):
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAACTAATAAGTAAAAGATTCTAAAAATAAATATGT
TTCTCGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTA
TTTAATTCATTATAAAACAATTC
Found at i:193831 original size:334 final size:334
Alignment explanation
Indices: 193317--193953 Score: 814
Period size: 334 Copynumber: 1.9 Consensus size: 334
193307 AAATAGTAAA
* * *
193317 AATTTATTAATATTCAGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAA
1 AATTTATTAATATTCAGACAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAA
* * * * * *
193382 GTTTACATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGAC
66 GTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTATTTGTTTTGAC
* ** * * * *
193447 ACAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
131 ACAAAACAATTGTATGAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATT
* * * *
193512 TCAATAATTAATAAGTAAAAGATTCT-GAAAATAAATATGTTTAC-TGAACAAGTTCAGATAGTC
196 CCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TACAAAATAAATATGTTT-CTTGAACAAGTTCAAATAGTC
* *
193575 ATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTAATTCATTATAAAACAATTC
259 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTAATTCATTATAAAACAATTC
193640 AAAATAATATT
324 AAAATAATATT
** * * * ** *
193651 AATTTATTAATATTTTGAGAACTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTTCGAACAA
1 AATTTATTAATATTCAGACAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAA
* *
193716 GTTCAAATAGTAAT-ATCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTATTTG-TTTGA
66 GTTCAAATAGTAATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTATTTGTTTTGA
* * * * *
193779 TTATAAAACAATTGTATGAATTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTACTA
130 -CACAAAACAATTGTATGAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATA
* * * *
193844 TTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTACAAAATGAATATGTTTCTTGAACAAGTTCAAATAGTT
194 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTACAAAATAAATATGTTTCTTGAACAAGTTCAAATAGTC
* * *
193909 ATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATTATTATGACCTTTT
259 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
193954 GTTTTGCCAT
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 44, Indels: 8
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
333 8 0.03
334 247 0.97
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (334 bp):
AATTTATTAATATTCAGACAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAA
GTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTATTTGTTTTGAC
ACAAAACAATTGTATGAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATT
CCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTACAAAATAAATATGTTTCTTGAACAAGTTCAAATAGTCAT
AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTAATTCATTATAAAACAATTCAA
AATAATATT
Found at i:193948 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 193640--197249 Score: 2460
Period size: 181 Copynumber: 20.1 Consensus size: 180
193630 AAAACAATTC
* *** * * *
193640 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAGAACTAATAAGTGAA-AGATTTAAAAAATAAATATG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * *
193704 TTT-TTCGAACAAGTTCAAATAGTAAT-ATCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
65 TTTCTT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA
* * ** * *
193767 -CTATTTGTTTGATTATAAAACAATTGTATGAATTCATATAGGCTTATTCGAAAT
128 CCT-TTTGTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * * * *
193821 AAAATAATACTAACTTATTACTATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTACAAAATGAATATGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
*
193886 TTCTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATTATTATGACCT
66 TTCTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCT
*
193951 TTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-ATCAAGCTTATTTCG-AAT
131 TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTA-TTCGAAAT
* * * *
194002 AAAATAATA-TAAATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAA-AAATTTAAACAATAAATCT-
1 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * *
194064 TTTTTTGGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
65 TTTCTT-GAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA
* * * *
194128 CCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCACA-AACGCTTATTCAAAAT
128 CCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTATTCGAAAT
* * * * * * *
194182 AAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAGTGGTTTTGAAAAATAAATTTA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * * * *
194247 TTTATTGAGCGAGTTCAAACAGTTATGAGTATTTAAATAATTATTTATTTCAAA-TGTTATGACT
65 TTTCTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
* * * *
194311 TTTTGTTT-TGCACAAACCAATTGTTTCTATTCACAAAAGCTTATTCGAAAT
130 TTTTGTTTGT-CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * *
194362 AAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTGAAAAATAAATTT
1 -AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * * **
194427 GTTTATTGAACGAGTTCAAACAGCTATGAGTATTTAAATAATTATTTATTTTAAAATCGTTATGA
64 GTTTCTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTATTATGA
* * * ** *
194492 TCTTCTT-TTTG-CATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATT-TAGAAT
128 CCTT-TTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AAT
* *** * * *
194544 AAAATAATAATAATTTATTAATATT--TTGAA--AATCAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * * *
194605 TTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATCTCAAATCGA-TATGATC
66 TTCTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TATTATGACC
* * * * * *
194669 -TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTCCATACAAACTTATT-TAGAGT
130 TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AAT
* ** * * * * * *
194720 AAAATATTACTAAGCTAGTAATATTCTAAAAAATT-ATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAGTGTA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTC-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * ** * * * * * * * *
194784 TTTATTAAATCAA-TTCAAATAGTTAAAATTATTAGAATAATTATCTCTTTCAAGTCATTCTAAC
65 TTTCTTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC
* * * *
194848 CTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATA-AATGCTTATTTGAAAT
129 CTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTATTCGAAAT
* * * * * *
194901 AAAATAATACTATTTTATTAACATT-TAGAAAATTAATAAGCAAAAAAGTTTTAAAAAATAAATC
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAG--TAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * * * *
194965 TATTTAC-CAAACAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATA
63 TGTTT-CTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* *** ** * * *
195029 ACCTTTTGTTTTATCATAAAGTGATTGTTTC-ATTTTGTAAAAGCTTATCCAAAAT
127 ACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * * * ** * * *
195084 AAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTGAAAAAATATATCAAG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TG
* ** * * * * *
195149 TTATCGT-ATTAA-TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATTTTGAA
65 TT-TCTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC
* * * * *
195212 CATTTGTTTTGACATAAAACAATTGCTTT-TCA-TCATACAAACCTATT-TAGAAT
129 CTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTG-TTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGA-AAT
*
195265 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT-----AT---T-TGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
** * * * * * ** *
195320 TTAC-CAAATCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTTAAGTCGTTATAAC
66 TT-CTTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC
* * * * *
195383 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATGCAAGCTTATTCGAAAT
129 CTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * *** * * * *
195436 AAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGATATTTGAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * *
195501 TTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTC-AATTCATTATGTCT
66 TTCTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT-ATTATGACC
* * * * * * * *
195565 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGAAAT
130 TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * *
195617 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTC-AAAATTAATAAG---G-GATCTAAAAAATAAATTTG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
** * * * * * * * * *
195677 TTTAC-CAAACCAA-TTTAATTAATTGTAACAATTTAAACAATTATTTATTTCATATCT-TTATG
65 TTT-CTTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TATTATG
* * **
195739 ACCTTTT-TTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTGAT-GTAGTCTTATTC-AGAAT
127 ACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCGA-AAT
* ** * * * *
195792 AAAGTAA-AGC-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAGAAAATGAATCTA
1 AAAATAATA-CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * *
195855 TTGGCCTG-ACCAGTACAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
65 TT-TCTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC
* * * *
195919 CTTTTATTTTGTCAGAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-AGAAT
129 CTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AAT
* * * * * * * * * * *
195972 AAGATAATTCTAATTTACTACTATTCC-AAAAGTAATAAATAAGGGATTTACAAACTTAATATGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* ** * * * * *** *
196036 TTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTTTTTGAACAATTACCTATTCCAAATTGCCATAACCT
66 TTCTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCT
* * * *
196101 TCTGTTTTGTCATCAAATA-AATT-TTTATATTCCTACAAGCTTATTTC-AATT
131 TTTG-TTTGTCAT-AAA-ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAAT
* * * *
196152 AAAATAATACAAATTTATT-ATCATT-CACACAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAAATCT
1 AAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * * *
196215 GTTTATCGAATAAATTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAAATATTTATTTCAAATT-TGATGAC
64 GTTTCTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC
* * * * * *
196279 TTTTTATTTTTTCATAAAACAATTGCTTT-TGTTTATACAAGCTTATTTGAAAT
129 CTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * * * * * *
196332 AAAATAATATTAGTTCATTAATATTCTAATAGTTAATAAGT-AGAAGATTTTAAAAATAAATATG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * *
196396 TTTAC-TGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGAATTATCAATTTCAAATTGTTATGAC
65 TTT-CTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC
* * * * **
196460 CTTTT-TTTATCATAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATTTAAAAT
129 CTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAAT
** * *
196511 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-C------TAACGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
** * *
196569 TTAC-CAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
66 TT-CTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
* * *
196633 TTTTGTTT-TCCCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTG-AAT
130 TTTTGTTTGT--CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAAT
* *
196685 AAAACAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAATATG
1 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * *
196748 TTT-TATGAACATA-TTCAAATAGTTAGGACTATATGAACAATTATCTATTTCAACTAATTATGA
65 TTTCT-TGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA
* * * * * * * * * *
196811 CATTTGGTTTTGTTATAAACCAATTATTTTTGTTCAAACAAGCATATTCAAAAT
128 CCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * *
196865 AAAATAATACCATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTG
* ** * * *
196930 TTTACCT-AGTAAGTTCAAA-AGTTATAACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TAGTTATGA
65 TTT-CTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTATGA
* * * * * *
196992 TCTTTTGTTTTATCATAAAGCAATTGTTTCTATTCACACAAGTTTATT-TAGAAT
128 CCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AAT
** * *
197046 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTTAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGC
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-
* ** * * * *
197111 TTAC-CAAACAAGCTT-AAATAGTCAT-ATCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
65 TTTCTTGAACAAG-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA
* * * ** *
197173 CCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAAT
128 CCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* *
197227 AAAATAATACTGATCTATTAATA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATA
197250 AGAGATTTAA
Statistics
Matches: 2709, Mismatches: 565, Indels: 310
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
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170 8 0.00
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173 11 0.00
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184 8 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
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TTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAAT
Found at i:195931 original size:355 final size:352
Alignment explanation
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193888 CTTGAACAAG
* * * * * * * ** * *
193898 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATTATTATGAC-CTTTTGTTTTGCC
1 TTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATATATTTCAAGTCGTTATAACAC-TTTGTTTTGTC
* * * *
193962 ATAAAACAATTGTTTCTATTCAAT-CAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTTACTAAT
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** * * * *** *
194024 ATTCCAAAGATTAATAAGTAA-AAATTT-AAACAATAAATCT-TTTTTTGGAACACA-TTCAAAT
127 ATTATAAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAA-AATAAATCTATTGGCT-GAAC-CAGTACAAAT
* * * **
194085 AGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCA
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* * * * * *
194150 ATTATTTCTATTC--ACAAACGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCTAAA
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* *** * * *
194212 AATTAATAAGTAAGTGGTTTTGAAAAATAAATTTATTTATTGAGCGAG
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* * * ** * * * * **
194260 TTCAAACAGTTATGAGTATTTAAATAATTATTTATTTCAAAT-GTTATGACTTTTTGTTTTG-CA
1 TTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATATATTTCAAGTCGTTATAACACTTTGTTTTGTCA
* * * * *** * * *
194323 CAAACCAATTGTTTCTATTCACAAAAGCTTATTCGAAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATT
66 TAAAACAATTATTTATATTCATGCAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATCTAATAATATT
* * * * *** * * * *
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130 ATAAAAATTAATAACTAAGAGA-TTTGAAAAATAAATCTATTGGCTGAACCAGTACAAATAGTTA
* * * * * * * *
194453 TGAG-TATTTAAATAATTATTTATTTTAAAATCGTTATGATCTTCT-TTTTG-CATAAAATAATT
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* * * ** * * *
194515 GTTTCTATTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTGAAAATCAG
257 GTTTTTGTTCATACAAACCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAA--AT
* * * * * * * *
194580 TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCGAACCAG
319 TAATA-A-GTAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACCAA
* * * ** * * * * * * *
194617 TTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATCTCAAATCGATATGA-TCTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATATATTTCAAGTCGTTATAACACTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * * * * *
194681 TAAAATAATTGTTTCTGTCCATACAAACTTATT-TAGAGTAAAATATTACTAAGCTAGTAATATT
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* * * * * * *** * * * *
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130 AT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAATAAATCTATTGGCTGAACCAGTACAAATAGTTA
**** * * * * * * * * *
194809 AAATTATTAGAATAATTATCTCTTTCAAGTCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGT
194 TGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGT
*** * * * *
194874 TTCAATTCATA-AATGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTT-AGAAAATTA
259 TTTTGTTCATACAA-ACCTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTA
* *
194936 ATAAGCAAAAAAGTTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAA
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* * * * * * * * * *
194979 GTTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATAAC-CTTTTGTTTTAT
1 -TTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATATATTTCAAGTCGTTATAACAC-TTTGTTTTGT
*** * ** ** * * * * * *
195043 CATAAAGTGATTGTTTCAT-TTTGTAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATA
64 CATAAAACAATTATTT-ATATTCATGCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA
* * * ** * * ** * ** * *
195107 TT-TCAAAAATTGAGAAGTTGGAGA-TTGAAAAAATATATCAAGTTATC-GTATTAATTCAAATA
128 TTAT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTG-AAAAATAAATCTA-TTGGCTGAACCAGTACAAATA
* * * * * *
195169 GTTATGGCTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATTTTGAACATTTGTTTTGACATAAAACAA
190 GTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAA
* **
195234 TTGCTTTTCATCATACAAACCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
255 TTGTTTTTGTTCATACAAACCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * *
195299 AATAAGTAAGAGATTATTTGTTTACCAAATCAA
320 AATAAGTAAAAAATAATTTGTTTACCAAACCAA
* * * *
195332 TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTTAAGTCGTTATAACATTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATATATTTCAAGTCGTTATAACACTTTGTTTTGTCA
*
195397 TAAAACAATTATTTATGTTCATGCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTA
66 TAAAACAATTATTTATATTCATGCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTA
* * * * * * * *
195462 TGAAAATTAATAACTAAGATATTTGAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAG
131 TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAATAAATCTATTGGCTGAACCAGTACAAATAGTTATG
* * * * * * *
195527 GCTATATGAATAATTATCTATTTCAATTCATTATGTCTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATATTT
196 GCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTT
* * * * *
195592 TTGTTCATA-TAA-GTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTC-AAAATTAAT
261 TTGTTCATACAAACCTAT-TTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAAT
195654 AAGGGATCTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA
323 AA--G---TAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACCAA
* * * * * *
195690 TTTAATTAATTGTAACAATTTAAACAATTATTTATTTCATA-TCTTTATGAC-CTTT-TTTTGTC
1 TTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATATATTTCA-AGTCGTTATAACACTTTGTTTTGTC
* * * * * *
195752 ATAAAACAATTATTTCTATTGATG-TAGTCTTATTC-AGAATAAAGTAA-AGC-AATTTATTAAT
65 ATAAAACAATTATTTATATTCATGCAAG-CTTATTCGA-AATAAAATAATA-CTAATCTAATAAT
* * * *
195813 ATTTTAAAAATTAATAAGTAATAGATTT-AGAAAATGAATCTATTGGCCTG-ACCAGTACAAATA
127 ATTATAAAAATTAATAACTAAGAGATTTGA-AAAATAAATCTATTGG-CTGAACCAGTACAAATA
* * * *
195876 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCAGAAAATAA
190 GTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAA
* * * * * * * * *
195941 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAGATAATTCTAATTTACTACTATTCCAAAAGTA
255 TTGTTTTTGTTCATACAAACCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAA--A
* ** * *
196006 ATAAATAAGGGATTTACAAACTTAATATGTTTATCAAA-CAA
317 ATTAATAA--G---TA-AAAAATAATTTGTTTACCAAACCAA
* ** * ** * * * **
196047 GTTCAAATAGTTATAACTTTTTGAACAATTACCTATTCCAAATTGCCATAAC-CTTCTGTTTTGT
1 -TTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATATATTTCAAGTCGTTATAACACTT-TGTTTTGT
* * * * * *
196111 CATCAAATA-AATT-TTTATATTCCTACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAAT-TTATTA
64 CAT-AAA-ACAATTATTTATATTCATGCAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAA
* * * * ** * ** ** * **
196172 TCATTCA-CACAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAAATCTGTT-TATCGAATAAATTTAAA
126 T-ATT-ATAAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAATAAATCTATTGGCT-GAACCAGTACAAA
* * * * * * * *
196235 TAGTTATGACTATTTAAATAAATATTTATTTCAAAT--TTGATGACTTTTTATTTTTTCATAAAA
188 TAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * *
196298 CAATTGCTTTTGTTTATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATATTAGTTCATTAATA-TTCTAA
252 AAATTGTTTTTGTTCATACAAACCTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AA
* * * **
196361 TAGTTAATAAGTAGAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAA
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* * * * * * * * *
196408 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGAATTATCA-ATTTCAAATTGTTATGAC-CTTT-TTTTAT
1 -TTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTAT-ATATTTCAAGTCGTTATAACACTTTGTTTTGT
* ** * ** * *
196470 CATAAAACAA-T-TGTATCAGTTCATATAGGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
64 CATAAAACAATTATTTAT-A-TTCATGCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAAT
* ** * * * ** ** * **
196533 A-T-T-----CTAACGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGT
127 ATTATAAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAATAAATCTATTGGCTGAACCAGTACAAATAGT
* ** *
196591 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCCCATAAAATAATT
192 TATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT
* * * * * *
196656 GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAACAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
257 GTTTTTGTTCATACAAACCTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAA-T-
* **
196720 ATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATATGTTTTA-TGAA-CATA
319 -TAA-TAAG----TAAAAAAT-AATTTG-TTTACCAAACCA-A
* ** * * * * * ** * *
196761 TTCAAATAGTTAGGACTATATGAACAATTATCTATTTCAACTAATTATGACA-TTTGGTTTTGTT
1 TTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATATATTTCAAGTCGTTATAACACTTT-GTTTTGTC
* * * ** * * * * * *
196825 ATAAACCAATTATTTTTGTTCAAACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACCATTTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTATTTATATTCATGCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT
** * * * * ** * *
196890 CCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCTAGTA--AGTTCAAA-AGT
130 ATAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-GAAAAATAAATCT-ATTGGCT-GAACCAGTACAAATAGT
** * * * * **
196952 TATAACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAGCAAT
192 TATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAT
* * * *** *
197016 TGTTTCTATTCACACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTTAAAATT
256 TGTTTTTGTTCATACAAACCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT
* *
197080 AATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTACCAAA-CAA
320 -A-A--TA--AG---TAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACCAA
* * * * * * * * * * *
197122 GCTT-AAATAGTCATATCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTA
1 --TTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATATATTTCAAGTCGTTATAACAC-TTTGTTTTG
* * * ** * * *
197185 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTGATCTATTAATA
63 TCATAAAACAATTATTTATATTCATGCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA
197250 AGAGATTTAA
Statistics
Matches: 2324, Mismatches: 508, Indels: 316
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
350 2 0.00
351 9 0.00
352 380 0.16
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354 66 0.03
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367 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (352 bp):
TTCAAATAATTATAACAATTTAAACAATTATATATTTCAAGTCGTTATAACACTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTATTTATATTCATGCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTA
TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAATAAATCTATTGGCTGAACCAGTACAAATAGTTATG
GCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTT
TTGTTCATACAAACCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
TAAAAAATAATTTGTTTACCAAACCAA
Found at i:199390 original size:539 final size:538
Alignment explanation
Indices: 197462--199891 Score: 1279
Period size: 539 Copynumber: 4.5 Consensus size: 538
197452 AGTTATAATA
* * * * ** *
197462 TTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTCTAT-TCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAA-C-AAT
1 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTT-TATATCGTACAAGCTCATTAAAAATAGAATAATCTAAT
* * * * * ** *
197524 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAGTAGATAGGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACA
65 --TTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACA
* * * * * * ** * *
197588 ATTTCAAACAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
128 AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGATTTGA
* ** * * * ** * * * *
197653 CATAAAACAATCGTTTCTGTTCATGCAAAA--TTATTTAGAATAAAATAATATTTACTTATTAAT
193 CAGAAAACAATTATTTCAGCTAAT--AAAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * * *** * *
197716 ATTTTGAAAA-CTAATAAGAGATTTAAAAACTATATCTATTTTTTGAAACAGCTCAAATAGTTAT
256 A-TTTCAAAATTTAATAAGAAAATTAAAAAATAAATCCAATTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * ** ** * * *
197780 GACTATTTAAACAACTATCTATCTCAAATTATTATGATCTTT-ATTTGTTATAAAACAATTGTTG
320 AACTATATGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTAACATCTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTT-
* * * * ** *
197844 CTTT-TCATACAAGCTTATTTGGA-TTAAAGTAAAACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATA
384 TTTTATCATAAAAGCTTATTT-GACTAAAAATAGTACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * * * * * *
197907 -AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCTAACCAATTCAAAAAGTTAAAACTATTTGAAA
448 TA-TAAGAGAGTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAATTCAAATAGCTAAAACTATTAGAAC
* * ** *
197971 AATTATTTATTTCAAATTGTTCAAACC
512 AATTATCTATATCAAATCATTCTAACC
* * * * * * *
197998 TTTTGTTTAATCAGAAAATAATTATTTCA-ATTCATACAAGCTCAATT-AGAATAAAATAATACT
1 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-ATA-TCGTACAAGCTC-ATTAAAAATAGAATAAT-CT
* * * * * ** *
198061 AA-TTAATTAAAATT-TAAAAATTAATGAGCATGAGATTTAAAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
62 AATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAAAGATTT-AAAAAAATAAATCTATTTACTAAA
* * * * * *
198124 TACATTCAAATAGATT-TGACTATTTAAACAATCGATTTGACTATTTAAAGTCATTATAACCTTT
126 CAAATTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAAT---TAT--CTATTTAAAATCATTATGACCTTT
* ** * * * * * * ** *
198188 TGTTTTGTTATAAAACAACTGTTTCAGTTCATAAAAACTTA-ACTAAAATAAAATAATACTACTT
185 TGATTTGACAGAAAACAATTATTTCAGCTAATAAAAGCTTAGA-TGGAATAAAATAATACTAATT
* * ** *** *** * *
198252 TACTAATATTGT-AAAGA-TTAATAAAAAAGAGATTTAAAATCTAAAAT-TGTTTTTTGAGCCAT
249 TATTAATATT-TCAAA-ATTTAAT-AAGAA-A-A-TTAAAAAAT-AAATCCAATTACCGAACCAG
* * * * * * * * *
198314 TTCAAAT-GGT-TGACTATTTGAACAAATATCAATATCAAATCATT---A--TGTGTTTTCTCAT
307 TTCAAATAGTTATAACTATATGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTAACATCTTTCTTTTGTCAT
** * * * ** ** *
198372 AAAATAATTGTTTCATCTCATACAAGAGC--ATTCAGAAT-GGAATAAAACTAATTTATTAATAT
372 AAAATAATTGTTTTTTATCATA-AA-AGCTTATT-TGACTAAAAATAGTACTAATTTAATAATAT
* * * ** * * *
198434 T-TCAAAAATT-ATA-ACTAAAAGA-TCTAAAAAAATAATTCTATTTACCTTACCAGTACAAATT
434 TCT-AAAAATTAATATA-TAAGAGAGT-T-AAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAATTCAAA-T
* * * * * * * *
198495 A-TTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATTA-C
494 AGCTAAAACTATTAGAACAATTATCTATATCAAATCATTCTAACC
* * * * *
198538 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-T-GTTAATAAGTTTGC-TT-GAAATAAAATAATAC
1 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTATATCG-T-ACAAG-CT-CATTAAAAATAGAATAAT-C
* * * * ** * * * *
198598 TAA-TTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTT-AAAAAATGAATCTGTTTACCAAA
61 TAATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAA
** * * * * * * * **
198661 CCATTTTTCAAATAGTTTTGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTAAAACCTTTT-AT
126 -CA-AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGA-
* ** * * * * ** ** **
198725 TTTGTCATCAAACAA-CAGGTT-ATGTTCATACTATTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
188 TTTGACAGAAAACAATTA-TTTCA-GCTAATAAAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTA
* ** * * *
198788 ATAATATTAAAAAACCTATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCCAATTGCTGAACCAGTTCAAA
251 TTAATATTTCAAAA--TTTAA-TAAGAAAATTAAAAAATAAATCCAATTACCGAACCAGTTCAAA
* *** * * * *
198853 TAGTTA-AGATTATATGAGTGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACAT-TTTCTTTTGTCGTAAA
313 TAGTTATA-ACTATATGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTA--ACATCTTTCTTTTGTCATAAA
* * * * * *
198916 ATAATTGTTTTGTT-T-GTACAAGCTTATTTTGATTAAAAA-A-TATTAATTTAATAATATTTTG
375 ATAATTGTTTT-TTATCATAAAAGCTTA-TTTGACTAAAAATAGTACTAATTTAATAATATTCTA
* * * * * *
198977 AAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAAGTTCAAATAGTTAAG
438 AAAATTAATATA-TAAGAGAGTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAA-TTCAAATAGCTAAA
* * ** * *
199041 ACTATTAGAACAATTATCTGTATGAAATTGTTTTGACC
501 ACTATTAGAACAATTATCTATATCAAATCATTCTAACC
*
199079 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTCCGTACAAGCTTATTAAAAATA-AATCAATACT
1 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTATA-T-CGTACAAGCTCATTAAAAATAGAAT-AAT-CT
* *
199142 AA-TTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGA-AAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTGCTAAA
62 AATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAA-ACAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAA
* *
199205 CAAATTCAAATAATTATTACTATTTGAACAATTCTCTATTTAAAATCATTAT-AGCCTTTTGATT
126 CAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA-CCTTTTGATT
* * * * * * *
199269 T-ATCATAAAATATTTGTTTTAGCTAATACAAGCTTAGATGGAATCAAATAATACTAATTTATTA
190 TGA-CAGAAAACAATTATTTCAGCTAATAAAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * **** *
199333 ATATTTCAAAATTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTA
254 ATATTTCAAAATTTAATAAGAAAATTAAAAAATAAATCCAATTACCGAACCAGTTCAAATAGTTA
* * *
199398 TAACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTAAGATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
319 TAACTATATGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTAACATCTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTT
* *
199463 TTTTATCATAAAAGGTTATTTGGCTAAAAATAGTACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAT
384 TTTTATCATAAAAGCTTATTTGACTAAAAATAGTACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAT
* * * *
199528 ATAAGAGAGTTAAAATATAAATGTATTTGCCAAACCAATTCAAATAGCTAAAACTATTAGAATAA
449 ATAAGAGAGTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAATTCAAATAGCTAAAACTATTAGAACAA
*
199593 TTATCTATTTCAAATCATTCTAACC
514 TTATCTATATCAAATCATTCTAACC
* * * *
199618 TTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTACAAGCTCATTCAAAATAGAATAATCTAAT
1 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-ATATCGTACAAGCTCATTAAAAATAGAATAATCTAAT
* * * * * * * *
199683 TTTATTAACATTTAGAAAATTTATAAACAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAG
65 TTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAA
* * * *
199748 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACA
130 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGATTTGACA
* * ***** *
199813 GAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTCATATTT
195 GAAAACAATTATTTCAGCTAATAAAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
*
199878 CAAAAATTAATAAG
260 CAAAATTTAATAAG
199892 CAAGAGTAAA
Statistics
Matches: 1460, Mismatches: 332, Indels: 201
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
532 4 0.00
533 24 0.02
534 79 0.05
535 24 0.02
536 49 0.03
537 59 0.04
538 124 0.08
539 421 0.29
540 164 0.11
541 178 0.12
542 115 0.08
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546 2 0.00
547 25 0.02
548 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (538 bp):
TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTATATCGTACAAGCTCATTAAAAATAGAATAATCTAATT
TTATTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAAT
TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGATTTGACAG
AAAACAATTATTTCAGCTAATAAAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
AAAATTTAATAAGAAAATTAAAAAATAAATCCAATTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTAT
ATGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTAACATCTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTATC
ATAAAAGCTTATTTGACTAAAAATAGTACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATATATAAGAG
AGTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAATTCAAATAGCTAAAACTATTAGAACAATTATCTA
TATCAAATCATTCTAACC
Found at i:200033 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 197462--200253 Score: 1579
Period size: 181 Copynumber: 15.5 Consensus size: 180
197452 AGTTATAATA
* * * ** * *
197462 TTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAACAATAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
197526 TTTATTAATA-TTCTAAAAATTAGT-AG-ATAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACA
66 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCA-A-GAG-TTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACA
* * * * * * * **
197588 ATTTCAAACAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
* * ** * * * *
197642 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTCT-GTTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* ** * * * * ***
197706 ACTTATTAATATTTTGAAAACTAATAAG--AGA-TTTAAAAACTATATCTATTTTTTGAAAC-AG
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAATAAATTTA-TTTGCCAAACAAG
* * * * * * *
197767 CTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAACTATCTATCTCAAATTATTATGATC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
* * *** * * *
197819 -TTT-ATTTGTTATAAAACAATTGTTGCTT--TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAGTAAAACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT--TTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * *
197880 AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCTAACCA
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTATTTGCC-AAACA
* ** * * * ** *
197945 A-TTCAAAAAGTTAAAACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTCA-AACC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATT-ATGACC
** * * * * * * *
197998 TTTTGTTTAATCAGAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTCAATT-AGAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
198062 ATTAATTAAAATTT-AAAAATTAATGAGCATGAGATTTAAAAAAAATAAATCTATTTACCAAATA
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTT--AAAAAATAAATTTATTTGCCAAACA
* * * *
198126 CA-TTCAAATAGATT-TGACTATTTAAACAATCGATTTGACTATTTAAAGTCATTATAACC
127 -AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAAT---TAT--CTATTTAAAATCATTATGACC
* * * * * *
198185 TTTTGTTTTGTTATAAAACAACTGTTTCAGTTCATAAAAACTTA-ACTAAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTA
* * * ** ** * * **** * *
198249 CTTTACTAATATTGT-AAAGATTAATAAAAAAGAGATTTAAAATCTAAAATTGTTTTTTGAGCCA
65 ATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACAA
* * * * * *
198313 TTTCAAAT-GGT-TGACTATTTGAACAAATATCAATATCAAATCATTATG---
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
* * * *** * ** *
198361 ---TGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCA-TCTCATACAAGAGCATTCAGAATGGAATAAAACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * **
198422 ATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAA-CTAAAAGATCTAAAAAA-ATAATTCTATTTACCTTAC
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC-AAGAG-TTTAAAAAATA-AATT-TATTTGCCAAAC
* * * * * *
198484 CAGTACAAATTA-TTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATTA-C
126 AAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
* * * * *
198538 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT-A-ATAAGTTTGCTT-GAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
198600 ATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACCA
65 ATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAA-CA
** * * * * * * **
198664 TTTTTCAAATAGTTTTGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTAAAACC
127 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
* * ** * * ** ***
198719 TTTTATTTTGTCATCAAACAACAG-GTTATGTTCATACTATTTTATTTGGAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * ** ** * ** *
198783 ATTTAATAATA-TTAAAAAACCT-ATAAGTAAGAAAATTAAAAAATAAATCCAATTGCTGAACCA
65 ATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGCAAG-AGTTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACAA
* * * *** * ** *
198846 GTTCAAATAGTTAAGATTATATGAGTGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACA
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
* * * ** *** * *
198899 TTTTCTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTT-GTTTGTACAAGCTTATTTTGATTAAAA-AATATTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* ** * * * *
198962 TTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAAG
66 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAA-CAAG
* * * * * ** *
199027 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTGTATGAAATTGTTTTGACC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
* * * *
199079 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTCCGTACAAGCTTATTAAAAAT-AAATCAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-AATACTA
* * * *
199143 ATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTGCTAAACA
65 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAG-TTT-AAAAAATAAATTTATTTGCCAAACA
* * * *
199207 AATTCAAATAATTATTACTATTTGAACAATTCTCTATTTAAAATCATTAT-AGCC
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA-CC
* * * * * * * ** *
199261 TTTTGATTTATCATAAAATATTTGTTTTAGCTAATACAAGCTTAGAT-GGAATCAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * *
199325 ATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAG--AGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGT
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACAAGT
* * * * * * *
199387 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTAAGATC
130 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
* * * * **** *
199438 -TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-TTATCATAAAAGGTTATT-TGGCTAAAAATAGTACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACT
* * * * *
199500 AATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATATA-TAAGAGAGTTAAAATATAAATGTATTTGCCAAAC
64 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA-AGCAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAA-
* ** * * * * *
199563 CAA-TTCAAATAGCTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACC
125 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
* * * * * * *
199618 TTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCTTACAAGCTCATTCAAAATAGAATAAT-CTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * **
199681 ATTTTATTAACATTT-AGAAAATTTATAAACAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC
65 A-TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGCAAGAG-TTT-AAAAAATAAATTTATTTGCCAAAC
* *
199745 AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACC
126 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
* * * * * *
199800 TTTTGTTTTGACAGAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* ** * * * *
199865 TTTATTCATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTAAAAAAAGATAAATTTTTTTGTCAAAAAAAT
66 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAA-ATAAATTTATTTGCCAAACAAGT
* * * *
199930 TCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTCTATTGAAAATCATTATGACC
130 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
* * * * *
199981 TGTTGTTTTGTTACAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGGTTATTCAAAATAAAATGATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * ** *
200046 TTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTTGAAGC-A
66 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC-AAGAG-TTTAAAAAATAAATTTATTTG-CCAAACAA
* * ** * * *
200109 GTTCAAACAGTTAAGACTACATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
* * * * * ** *
200162 TTTTGTTTTATCATAAAACAATCG-TTTCGATTCGTACAATCTTATTTGAAATAAAATAATACAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
*
200226 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAG
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
200254 AAAGTGATTT
Statistics
Matches: 1993, Mismatches: 513, Indels: 210
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.00
172 20 0.01
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174 3 0.00
175 101 0.05
176 68 0.03
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179 148 0.07
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182 368 0.18
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185 4 0.00
186 22 0.01
187 71 0.04
188 19 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
Found at i:200304 original size:90 final size:89
Alignment explanation
Indices: 200177--200342 Score: 233
Period size: 90 Copynumber: 1.9 Consensus size: 89
200167 TTTTATCATA
* * **
200177 AAACAATCGTTTCGATTCGTACAATCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCA
1 AAACAATCGTTTCGATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCA
*
200242 AAAATTAGTAAGAAAGTGATTTAAT
65 AAAATTAATAAGAAAGTGATTTAAT
* * ** *
200267 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTCCA
1 AAACAATCGTTTCGATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAA
200332 AAATTAATAAG
66 AAATTAATAAG
200343 TAAAAGATTT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 10, Indels: 1
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
89 14 0.21
90 52 0.79
ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (89 bp):
AAACAATCGTTTCGATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAA
AAATTAATAAGAAAGTGATTTAAT
Found at i:200487 original size:269 final size:271
Alignment explanation
Indices: 199996--200517 Score: 696
Period size: 269 Copynumber: 1.9 Consensus size: 271
199986 TTTTGTTACA
* *
199996 AAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGGTTATTCAAAATAAAATGATACTAATTTAATAATATTCCA
1 AAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCA
* ** * * *
200061 AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTTGAAGCAGTTCAAACAGTTAAGAC
66 AAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAGAAGCTCAAACAGTTAAGAC
* *
200126 TACATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATCGTTTCG
131 TACATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTCG
* ** *
200191 ATTCGTACAATCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAGTAAGA
196 ATTCATACAATCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATGAATATTCT-AAAAATTAGTAAGA
200255 AAGTGATTTAAT
260 AAGTGATTTAAT
* *
200267 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTCC
1 AAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
* * * * *
200331 -AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGCTCTAATAGTTATGA
65 AAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAGAAGCTCAAACAGTTAAGA
* *** * * *
200394 TTGTGTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT
130 CTACATGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTT
* *
200458 CTATTCATACATAT-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATGAATATTCTAAAAATTA
194 CGATTCATACA-ATCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATGAATATTCTAAAAATTA
200518 ATAGGTAAGA
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 30, Indels: 10
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
268 1 0.00
269 134 0.62
270 23 0.11
271 57 0.26
272 2 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (271 bp):
AAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCA
AAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAGAAGCTCAAACAGTTAAGAC
TACATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTCG
ATTCATACAATCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATGAATATTCTAAAAATTAGTAAGAA
AGTGATTTAAT
Found at i:200658 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 200267--200822 Score: 610
Period size: 180 Copynumber: 3.1 Consensus size: 180
200257 GTGATTTAAT
** * *
200267 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTC-C
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
* * *
200331 AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGCTCT-AATAGTTATGA
66 AAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGCT-TAAATAGTCATGA
* * * * *
200394 TTGTGTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATA
129 TTATGTGAACAACTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTATCATA
* * * *
200446 AAACAATTATTTCTATTCATACATATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATGAATATTCTA
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
*
200511 AAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAG-TTAAATAGTCATGCT
66 AAAATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGCTTAAATAGTCATGAT
* * *
200575 TAT-TTAGGCAACTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
130 TATGTGA-ACAACTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTATCATA
* * * * * *
200626 AAATAATTGTTTCTAATCACACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTG
1 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
* * * * * * * *
200691 AAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACT
66 AAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGCTTAAATAGTCATGATT
* * * ** * *
200753 ATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCCTTA-AGATC-TTTATTTTATCATA
131 ATGTGAACAACTATCTATTTCAAATAGTTATA-ACCTTTTGTTTTATCATA
* *
200802 GAACAATTGTTTCTTTTCATA
1 AAACAATTGTTTCTATTCATA
200823 TAAGCTTACT
Statistics
Matches: 318, Mismatches: 51, Indels: 19
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 61 0.19
177 36 0.11
178 3 0.01
179 62 0.19
180 131 0.41
181 25 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
AAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGCTTAAATAGTCATGATT
ATGTGAACAACTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTATCATA
Found at i:201008 original size:154 final size:153
Alignment explanation
Indices: 200729--201015 Score: 353
Period size: 154 Copynumber: 1.9 Consensus size: 153
200719 TTTGTTTACC
* * * * *
200729 AAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCCTTAAGATCTTTATT
1 AAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAATCCTTAAGACCTTTATT
* * *** * * *
200794 TTATCATAGAACAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTACTTGGATTAAGATAATACTAATTTAATA
66 TTATCATAAAACAATTATTTCAGCTCATATAAGCTTACTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATA
200859 ATAAAAAATAAATGTGTTTTGCT
131 ATAAAAAATAAATGTGTTTTGCT
* * * * *
200882 AAACCAGTTCAGATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTCA-ACCTTT-T
1 AAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAATC-CTTAAGACCTTTAT
*
200945 GTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
65 -TTTA-TCATAAAACAATTATTTCAGCTCATATAAGCTTACTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
*
201010 TTAATA
128 ATAATA
201016 TTTGAAAAAT
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 20, Indels: 5
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
152 1 0.01
153 52 0.47
154 58 0.52
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (153 bp):
AAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATCTCAAATCCTTAAGACCTTTATT
TTATCATAAAACAATTATTTCAGCTCATATAAGCTTACTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATA
ATAAAAAATAAATGTGTTTTGCT
Found at i:201564 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 200882--201874 Score: 754
Period size: 182 Copynumber: 5.5 Consensus size: 179
200872 GTGTTTTGCT
* * * * *
200882 AAACCAGTTCAGATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTCAACCTTTTGT
1 AAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGT
* * * *
200947 TTAGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
66 TTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* *
201012 AATATTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACC
130 AATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCAT-TTT-CG
* * * * *
201064 AAACAAGCTCAAATAGA-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTG
1 AAACAAGTTCAAATA-ATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTG
* * * * *
201128 TTTTGTCAT-AAACTAATT-TTTTCAATTCAT-CAAAACTGATCT-GAAATAAAATAATACTACT
65 TTTAGTCATAAAAC-AATTGTTTT-AGTTCATAC-AAGCTTAT-TAG-AATAAAATAATACTAAT
* * * *
201189 TTATTAATATTTCAGAAACT-ATGAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGCTATTTTCTG
125 TTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATC-ATTTTC-G
* * * * * * * * *
201246 -TACTAGTTCAAATACTTACA-ACCATTTGAACAAATATCAATCTCAAAT--TGTTACGAAC-TT
1 AAACAAGTTCAAATAATTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTA--ACCTTT
* * * * *
201306 TGTTTTGTCATAAAAAAATTG-TTTATGATT-GTA-AAGCCTTATTTAG-TTAAAAAAATACTAA
63 TGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTA-G-TTCATACAAG-CTTA-TTAGAATAAAATAATACTAA
* *
201367 TTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGCATTTGTCG
124 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CATTT-TCG
* ** * * *
201425 AATC-AGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTTTCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGT
1 AAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGT
* * * * *
201489 TTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTAAGTTGGAATAAATTAATACCAATTTATT
66 TTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * **
201554 AACA-TTCAAAAAAATTAATAGGCAAGAGATTTCAAAAAAATAAATTTGTTTATC-
130 AATATTTC--AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT--AAAAAATAAA-TCATTT-TCG
* * * * * ** * *
201608 AAACAAGTTTAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATAAACTTTTGT
1 AAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGT
* * * * * * *
201673 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCA-AACTAAAATAATACTACTTTGT
66 TTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTAT-TAGAA-TAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
201737 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATATAGAAAATAAATCGTTTACA
129 TAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCATTTTCG
* * * **
201788 AAATC-AGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATT-ACCTTTT
1 AAA-CAAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-TTAACCTTTT
*
201851 GTTTTA-TCATAAAACAATTATTTT
64 G-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTT
201875 TCAACATATA
Statistics
Matches: 636, Mismatches: 128, Indels: 96
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 99 0.16
180 137 0.22
181 113 0.18
182 142 0.22
183 28 0.04
184 112 0.18
185 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
AAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGT
TTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCATTTTCG
Found at i:203458 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 203245--209135 Score: 3683
Period size: 181 Copynumber: 32.9 Consensus size: 180
203235 CTTTCAAATA
* * * * * *
203245 ATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTGCCATAAACCAATTGTTTCTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * *
203310 TTTATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAA
66 TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * *
203375 AAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAGTGAGTTCAAACAGCTATAACT
131 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
203426 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * ** * * **
203491 TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTG
66 TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * *
203556 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCATCGAACA-AGCTAAAATAGTCATGTCC
131 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * * ** * * * *
203607 ATTTTAATTATTATCTATTCCAAATCATTATGATATTCTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * *
203672 TTCATACAAA-ATTATTT-AGAATAAAATAACACTAATTTATTAGTATTTCAAAAA-T--TAA-T
66 TTCATA-AAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * *
203731 AAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTATGT-C-AAACTAGTTCAAATAGTTATGATT
129 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT-T-TACTAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
203784 TTTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * * * * * *
203848 TTTATACAAGCTTATTT-AGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAA-T--TAA-TA
66 TTCATAAAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * *
203908 AGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACT
130 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * ** * *
203960 ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCT-ACGTTTTGCTTAATCATAAAATAATT-TTTTTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-
** * * ** * * *
204023 GTTTGTAGATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TAGAGAATTAATGAA-
65 GTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAAT-AAG
* * * * * * * *
204086 CAACAAATTTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACT
128 TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
204141 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATAACCTTTTG-TTTGATCATAAAACAATTGTTT-T
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * *
204204 AGTTCATAAAAGCTTATTAGAAATAAAATAAT-TTACTTTATTAATGCTT-CAAAAATTGATATG
65 -GTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
204267 TTAGAGATTTAAAAAATAAGT-TAATTTATCGAATTAGTTCAAATAGTTATGGCC
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTA-CTAAATAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * ** * * * *
204321 ATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCAATACAAACTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTC
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * * *
204386 ATCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAG
66 TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
*
204451 GAGATTTAAAAAATAAATC----TACT---TA-TTGAACA-AGTT-T--CT
131 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAGTTCAA-ATAGTTATGACT
* * * * * *
204490 ATTTGAACAATTGTTTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTGTTT-T
1 ATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * * *
204554 AGTTTATATAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTATTAAC
65 -GTTCATAAAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * ** *
204618 TAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGCTGAAGTAGTTCAAACGGTTA-AACT
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAATAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * * * *
204671 ATAAGAATAATTATCTATTTCACATCATTATGACATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
** * * ** * **
204736 ACTCATAGAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-
65 GTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
204800 ---GATAT-AAAACTGAATCTGTTTATTGAATCAGTTCAAATAATTATGGCC
130 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * *
204848 ATGTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCACATAGCAATTGTATT-T
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCT
** * * * * * *
204912 GAACATTAAAGATTA-TTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATCATT-CAAAAAATAATATG
65 GTTCATAAAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCCAAAAATTAATAAG
* *
204975 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACT
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * * * *
205029 ATTTGAACAATTATAAACTTCAAATTATTTTAACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTATTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * * *
205094 TTCATACAAGCTTATTTGAAATTAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAA
66 TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
205159 GATAATTAAAAAATAAA-CTTGTTTGCTGAACTAATTCAAATATTTAAGACT
131 GAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTACT-AAATAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
205210 ATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCT
* * * * * * *
205274 TTTAATTTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
65 GTTCA--TA-A-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * * * ** * *
205339 AGTATGAGATTCAAAAAATAATTCAGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGATT
126 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAATAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
205395 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTCGTTTTGTCATACAACAAATGTTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * * * * * *
205459 TTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATATATCAATATTTC--AAA-TATTAA-TAA
66 TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * *
205520 GAGATTTAAGAAATAAATGTATTTA-TCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
131 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAA-TAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * * *
205571 ATTT-AAGTAATTATTTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCT
1 ATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * * * * * *
205635 ATTCATACATGTTTATTGGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTATTAAGTA
65 GTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
205700 AAAAATTTTAAAAATGAATATTTTTACCAAACTAGATT-AAATAATTATGACT
130 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAA-TAG-TTCAAATAGTTATGACT
* * * * * **
205752 TTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
** * * *
205817 TTCAT-ATGGACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTATTAATCCAAAACTTAATAA-TA
66 TTCATAAAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-
* * *
205880 AAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAATAAGTTTAAATAATTATGACT
129 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * *
205933 GTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTCGTTTTGTCATAAAAGAATAT-TTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCT
* * * * * * * *
205997 ATTTATACAATCTTATTTCAAATAATATAATACAAATTTATTAATATT-AAGAAAATTAATAAGT
65 GTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGT
* * *
206061 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACA-AGTTCAAATCA-TTATGACT
129 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAA-ATAGTTCAAAT-AGTTATGACT
* * * * * * *
206114 ACTTATG--CAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTA
1 A-TT-TGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * *** *
206177 TGTTCATACATGTTTA-TTCATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAG
64 TGTTCATAAAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * * * * * ** **
206241 AAAAATATTTTAAAAAATAAATATATTTACTGAAA-AGTTCAAATGGTCCTGTTT
128 TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAATAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * * *
206295 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGTCATTTTCTTTTATAATAAAACAATTCTTT-TA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-
* * * * *
206359 GTTCATATAAG-TTTTTTTAAAGTAAAATAATACTAATATATTAATATTCCAAAAATTAATGAGT
65 GTTCATAAAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
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129 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAAT-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * *
206475 ATCTGAACAATTATTTATTTCAAAGTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-T
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCT
** * *
206539 GTTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
65 GTTCATAAAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
** * *
206602 --A-A-A---AAAAAAT-CTTCTG---A--ACAT-GTTCAATTAGTTATGACT
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * * *
206641 ATATAAACAATTATCTACTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTATA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
** * * * * * *
206706 TTCATAAAAGCTTATTCAAAAAAAAAAATAATACTACTTTTATTAAAATACTAAAAATTAATAAT
66 TTCATAAAAGCTTATT--TGAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* ** * *
206771 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAAC-AAGCGAATTCAAATAGTTTTGACT
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
206825 ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTGT-T
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCT
* * * * ** * *
206889 TTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTGTAAAAATTAAAAAGTT
65 GTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
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130 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCT
* ** ** * * **
207070 ATTCATACAAA-AATATTCAAAATATAATAATAATAATTTATTAATATT-TTAAAATT--TAAG-
65 GTTCATA-AAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * *
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* * * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* ** * ** * * ** * * * *
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* * * * * *
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131 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCT
* * * ** * *
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* * * * *
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128 TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-
* * *** * * * * * *
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130 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAATAGTTCAAATAGTTATGACT
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1 -ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
** * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *** *
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* * * * * ** * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * * * *
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* * * ** * * * *
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128 TAA-GAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTT-TACTAAATAGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** * * * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * * * * **
208488 TTCGTACAAGCTGACTT-AGAATAACATAACT-CTAATTGATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT
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* * * ** * * * *
208551 AAAAGATTTACAAATTGCATTTATTTA-TCAAACAAGTTGAAATAGTTATGACT
129 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAA-TAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCT
* * * * * *
208668 ATTCATACAAGCTTTTTTGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT-CAAATAACTAATAAGT
65 GTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA-AATTAATAAGT
* * *
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129 AAGA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** * * * * *
208784 ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAGACGATTGTTTTTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * * * * * *
208849 TTCATATAAGCTTA-TTCATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAATA
66 TTCATAAAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
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130 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AA-ATAGTTCAAATAGTTATGACT
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1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCT
* * * ** * *
209029 GTTCTTATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCCCAAAAATTAATGAGTA
65 GTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
209094 AGAGATTTAAAATATGAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
130 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAA-TAGTTCAAAT
209136 TATTATAACC
Statistics
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * *
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* * * * *
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*
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* *
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* *
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125 GTGTTTGCCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATAAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-
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* *** * * * ** *
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253 CTAACTTATTAACA-TTTAGAAAATTAATAAACAAATTATAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAAC
* * * * *
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* * * *
204893 -TCACATAGCAATTGTATTT-GAACATTAAAGATTATTCAG-ATTAAAATAATACTAATTTATTA
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* *
204955 AT-CATTCAAAAAATAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTTAAAT
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* * * ** * *
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506 AGTTATGACCATTTGAACAATTATAAACTTCAAATCAATACAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACA
** * *
205084 ATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATTAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAAT
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* ** *
205149 TAATAACTAAGATAATTAAAAAATAAA-CTTGTT-TGCTGAACTAA--TTCAAATATTTAAGACT
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*
205210 ATATGAATAATTATCTATT
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* * * *
205229 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTCTTTTAATTTATACTAGCTTA
1 TCAAATTGTTATAACC-TTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTGTTTC---T-GTTTATACAAGCTTA
** * * *
205293 TTTGGAATAAAATAAAAC-AAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTATGAGATTCAAAAA
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* ** * * * * * * * **
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119 ATAAATGTGTTTGCCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATAAGAACAATTATCTATTTCAAATC
* *** ** * * **** * * * ***
205420 ATTATGACCTTTCGTTTTGTCATACAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAA
184 ATTAT-ACGTTTTACTTAATCATAAAACAATTGTTTCAACTCATAGAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * * * *
205485 TAATACTAA-TATATCAATATTTCA-AATATTAAT-AAGAGATT-TAAGAAATAAATGTATTTAT
248 TAATACTAACT-TATTAACATTT-AGAAAATTAATAAACAAATTATAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * * * * *
205546 CAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTAAGTAATTATTTATTTCAAATCATTATAACTTTTT
311 CAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATGTCAA-CAATTATCTATTTAAAATAAATATAACCTTTT
* * * ** * * * * * *
205610 GTTCT-ATTATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACATGTTTATTGGGATTAAAATAATACTAATT
375 GTT-TGATCACAAAACAATTGTTT-TAGAACATAAAAGATTATTAGAAATAAAATAAT-CTAATT
** * * * * * * * * * *
205673 TATTAATATTTCAACAATTATTAAGTAAAAAATTTTAAAAATGAATATTTTTACCAAACTAGATT
437 TATTAATGCTTCAAAAAATAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAG-TT
* ** * ** * *** *
205738 -AAATAATTATGACTTTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA-AGACCTTTTGTTTTGTCAT
501 CAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATAAACTTCAAATCAATACA-AACTTTTGTTTTGTCAT
* * ** * * *
205801 AAAAGAA-T-TGTTTCAATTCAT-ATGGACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTATTAA
565 AAAACAATTATTTTTC-A-TCATAAAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * * * * *
205863 TCCAAAACTTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAATAAGTTTAA-ATAAT
627 TCTAAAAATTAATAACT-AAGAGAATTAAAAAATAAATC----TACT---T-A-TTGAACA-AGT
* * *
205926 TATGACTGTTTGAACAATT-ATCTATT
681 T-T--CTATTTGAACAATTGTTTTATT
* *** * * *
205952 TGAAATCACTATAACCTTTCGTTTTGTCATAAAAGAATAT-TTTCTATTTATACAATCTTATTTC
1 TCAAATTGTTATAACCTTT-GTTTTGTCATAAAAAAAT-TGTTTCTGTTTATACAAGCTTA-TTC
* *
206016 A-AATAATATAATAC-AAATTTATTAATATT-AAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
63 AGAATAAAATAATACTAAA-TTAATAATATTCAA-AAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATA
* ** * * * * * * *
206078 AATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATCA-TTATGACTACTTATG--CAATTATTTATTTCAACTT
122 AATGTGTTTGCCAAACTAGTTCAAA-CAGTTAAGACTA--TAAGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * ** * * ** * * * * *
206140 GTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTATGTTCATACATGTTTATTCATATTAAA
184 ATTAT-ACGTTTTACTTAATCATAAAACAATTGTTTCA-ACTCATAGAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * * * *
206204 ATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGAAAAATATTTTAAAAAATAAATATATTT
247 ATAATACTAACTTATTAACATTTAGAAAATTAAT-A-AACAA-ATTATAAAAAATAAATCTATTT
** ** ** *** * * * * * * * ** *
206269 ACTGAA-AAGTTCAAATGGTCCTGTTTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGTCATTT
309 ACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATGTCAACAATTATCTATTTAAAATAAATATAACCTTT
* * * * * ** * * * * *
206333 TCTTTTATAATAAAACAATTCTTTTAGTTCATATAAGTTTTTTTA-AAGTAAAATAATACTAATA
374 TGTTTGATCACAAAACAATTGTTTTAGAACATAAAAG-ATTATTAGAAATAAAATAAT-CTAATT
* * * * ** * * *
206397 TATTAAT-ATTCCAAAAATTAATGA-GTAAGAGAATTAAAAAA-GAATCTGGTTATCGAA-TAAA
437 TATTAATGCTT-CAAAAAATAAT-ATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT-AG
* * ** * * ** *
206458 TTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATTTATTTCAAAGT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTC
499 TTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATAAACTTCAAA-TCAATACAAACTTTTGTTTTGTC
** ** ** * *
206522 ATAAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATA
563 ATAAAACAATTATTTTTCATCATAAAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATA
** * * * **
206585 TTCTAAAAA-T--TAA-TAAGA-AA--AAAAAAT-CTTCTGAACATGTTCAATTAGTTATGACTA
626 TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCT--ACTTATTGAACAAGTT-T--CTA
* * * * *
206642 TATAAACAATT-ATCTACT
686 TTTGAACAATTGTTTTATT
* * ** * * * * *
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1 TCAAATTGTTATAAC-CTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTC--
* * ** * * * * *
206725 AAAAAAAAATAATACTACTTTTATTAAAATACTAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATAA
63 AGAATAAAATAATACTA-AATTAATAATATTC-AAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAA
* ** * * * * ** ** * * **
206790 ATCTGTTTAACAAGCGAATTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTA
123 ATGTGTTTGCCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATAAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
** ** *** * * *
206855 TGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTGT-TTTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATA
188 T-A-CGTTTTACTTAATCATAAAACAATTGTT-TCAACTCATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * *
206918 ATACTAATTTATTAATATTGTA-AAAATTAA-AAAGTTAGAGATT-TAAAAAATAAATCTATTTA
250 ATACTAACTTATTAACATT-TAGAAAATTAATAAA--CA-A-ATTATAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * * * *** *
206980 CCAAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTT
310 CCAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATGTCAACAATTATCTATTTAAAATAAATATAACCTTTT
* ** * ** * * *
207045 ATTTTG-T-AGTTAAACAATTATTTTTA-TTCATACAAA-AATATTCA-AAATATAATAATAATA
375 -GTTTGATCA-CAAAACAATT-GTTTTAGAACATA-AAAGATTATT-AGAAATAAAATAAT-CTA
* ** * * * * * * * *
207105 ATTTATTAAT-ATT-TTAAAAT-TTAAG-AAGAGATTTCATAACTAAATATATTTATCAAACCAG
434 ATTTATTAATGCTTCAAAAAATAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAG
* * * * * ** * * ** *
207166 TTTAAATAATTATGACTATTTTAATAATTATCTA-TCTCAAATTAGT--TGATTTTTGTTTTGTC
499 TTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATAAACT-TCAAATCAATACAAACTTTTGTTTTGTC
* * * ** * ** * * ** *
207228 ATAAAACAATTGTTTCT-ATTTATGCAAGCTTATTCGATGTAAAATATTGCTAAACTAATAAAAT
563 ATAAAACAATTATTTTTCA-TCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * ** * * * *
207292 TCTAAAAGTTAATAAGTAAGAG-ATTTTAAAA-AAATGTA-TT-TTAAAAATTATTAGTTAAGAC
627 TCTAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTACTTATT--GAA-CA--AGTT---TC
** * * *
207353 TATTAAAACAATT-ATCTATC
684 TATTTGAACAATTGTTTTATT
* * * *
207373 TCAAATTGTTCTGACCCTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTCTTT-TGGTTCT-TACAAGCTAATT
1 TCAAATTGTTAT-AACCTTTGTTTTGTCAT-AAAAAAATTGTTTCT-GTT-TATACAAGCTTATT
* * * * *
207436 CAAAATAAAACAATAC--AATTATTAACATTCAAAAAGTTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATA
62 CAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCAAAAAATTAATAAG--AG--A-TTTAAAAAATA
* * * * * * * ** *
207499 AATTTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATT
122 AATGTGTTTGCCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATAAGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * ** * * * *
207564 ATGACCTTCGTT--TT-ATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAAAAAAGATTATCCAAAATAAAAT
187 AT-ACGTT--TTACTTAATCATAAAACAATTGTTTCAACTCATAGAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * *
207626 AATA-TTACTTTATTAATATTTCA-AAAATTGAGAAGTTAGAAATT-TAAAAAATAAATC-AGTT
249 AATACTAAC-TTATTAACATTT-AGAAAATTAATAA---ACAAATTATAAAAAATAAATCTA-TT
** ** *** * * * ***
207687 TATTGAATTAA-TTCAAATAATTATGGTAATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGAA-C
308 TA-CCAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATGTCAACAATTATCTATTTAAAATAAATAT-AACC
* ** * * ** * * *
207750 TTTTTTTTTCTCATAAAACAATTTTTTTTCATCATACAAGACTATTCA-AAATAAAATAATACTA
371 TTTTGTTTGATCACAAAACAATTGTTTTAGAACATAAAAGATTATT-AGAAATAAAATAAT-CTA
** * * * * * ** * *
207814 ATTTATTAATATTTCAAAAAGTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATGCTTACCGAACCAG
434 ATTTATTAATGCTTCAAAAAATAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAG
* * * * * *** * *
207879 TTTAAATAGTTA-GTACTATTTG-ATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTTGTTTTGT
499 TTCAAATAGTTATG-ACCATTTGAACAATTATAAACTTCAAATCAATACAAAC-TTTTGTTTTGT
* * * * * * *
207942 AATGAAACAATTATTTAT-ATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATAAT-ATA
562 CATAAAACAATTATTTTTCA-TCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * *
208005 TTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAAA
626 TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAAA
208039 ATTTTGTTTC
Statistics
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (704 bp):
TCAAATTGTTATAACCTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTCAGA
ATAAAATAATACTAAATTAATAATATTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT
GCCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATAAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATACGTTTT
ACTTAATCATAAAACAATTGTTTCAACTCATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTA
TTAACATTTAGAAAATTAATAAACAAATTATAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAT
AATTATGACCATGTCAACAATTATCTATTTAAAATAAATATAACCTTTTGTTTGATCACAAAACA
ATTGTTTTAGAACATAAAAGATTATTAGAAATAAAATAATCTAATTTATTAATGCTTCAAAAAAT
AATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACCATTTG
AACAATTATAAACTTCAAATCAATACAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATCAT
AAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGAA
TTAAAAAATAAATCTACTTATTGAACAAGTTTCTATTTGAACAATTGTTTTATT
Found at i:209258 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 209225--209257 Score: 50
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209215 TTAATATTCC
*
209225 AAAAA-TTAATAAAT
1 AAAAATTTAAAAAAT
209239 AAAAATTTAAAAAAT
1 AAAAATTTAAAAAAT
209254 AAAA
1 AAAA
209258 TATGTTTTCT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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AAAAATTTAAAAAAT
Found at i:209322 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 209275--209325 Score: 54
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
209265 TCTGAACACA
*
209275 TTCAAATAGTTATGACTAT
1 TTCAAACAGTTATGACTAT
* *
209294 TT-GAACAATTAT-A-TAT
1 TTCAAACAGTTATGACTAT
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1 TTCAAACAGTTATGAC
209326 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 5, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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TTCAAACAGTTATGACTAT
Found at i:209396 original size:327 final size:326
Alignment explanation
Indices: 208819--209432 Score: 814
Period size: 327 Copynumber: 1.9 Consensus size: 326
208809 CGTTATGACT
* * *
208819 TTTTGTTTTGTCATAAGACGATTGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAGAC-ATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCATAATAAAATAATATAAA
* * *
208884 TTTATTAATATTTCAATAATTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGT
65 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGT
* *
208949 TCAAATAGTCATAACTACATGAATAATTATCTATGTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTCATCAT
130 TCAAATAGTCATAACTACATGAACAATTATATATGTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTCATCAT
* * **
209014 AAAACAATTTTATCAGTTCTTATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCCC
195 AAAACAATTTTATCAGTTCATACAGAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCCC
* * * *
209079 AAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAATATGAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATTATTATAA
260 AAAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAAATATGAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATTATTATAA
209144 CC
325 CC
209146 TTTTGTTTTGTCATAAAGTA-ATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATATA
1 TTTTGTTTTGTCAT-AAG-ACATTGTTTCTATTCATATAAGCTTA-TTCATAATAAAATAATATA
*
209209 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAAT-AAAAATTTAAAAAATAAAATATGTTTTCTGAACA
63 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAAATTTAAAAAAT-AAATATGTTTACTGAACA
* * ** * * *
209273 CA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAA-CAGTTATGACCTTTTGTTTT
127 -AGTTCAAATAGTCATAACTACATGAACAATTATATATGTCAAATC-GTTATGACATTTTGTTTC
* *
209336 GTCA-AAAGCCAATTGTT-TCTA-TTCATACA-AATATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
190 ATCATAAA-ACAATT-TTATC-AGTTCATACAGAAT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* *
209397 TAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAAA
251 TAATATCCCAAAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAAA
209433 AGTCAATCTA
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 28, Indels: 20
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (326 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAGACATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCATAATAAAATAATATAAAT
TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTT
CAAATAGTCATAACTACATGAACAATTATATATGTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTCATCATA
AAACAATTTTATCAGTTCATACAGAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCCCA
AAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAAATATGAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATTATTATAAC
C
Found at i:209461 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 209137--211637 Score: 1523
Period size: 181 Copynumber: 14.0 Consensus size: 178
209127 AGTTCAAATT
* ** * *
209137 ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAGTAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTC-AAATAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-ATTA-TTCAAAATAAA
* * * * *
209201 ATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAA-ATTTAAAAAATAAAATATGTT
64 ATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTATT
* *
209264 TTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAC
127 TAC-GAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAC
*
209317 AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-AAAGCCAATTGTTTCTATTCATACAAATATATTCAAAATAA
1 A-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCTATTCATACAAAT-TATTCAAAATAA
* * *
209381 AATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAGTCAATCTATTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * * * *
209446 ACTAAGCAAATTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATATCTAAC
128 ACGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAC
* * * * ***
209498 AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTACTCATACAAGTTTATTTTGGAATAA
1 A-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-ATTA-TTCAAAATAA
* * * * * *
209563 AATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAA-TAA-ATAGGAAGGAGATTTAAAAAGTAAATCTGT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATA-AGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * * * *
209626 TTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCAGTTGAAGAACTATTTATTTCATATC
126 TTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AAC
** * * * * *
209681 ATTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCATGCAAAATTATTCAGAATAAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAATTATTCAAAATAAAA
* * * ** * * * * *
209746 -AGTAATGATCCATTAATATTTTGAAAACT-ATAAG----AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-
* *
209805 CGAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATC
129 CGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-C
* * * * *
209856 ATTATGACC-CTT-TTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-ATTATTCAAAATAAAA
* * * ** * *
209919 TAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTTTAAAA-AAATGTGTTTA
65 TAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * *
209982 AGAAAAACAA-TTCAAATTGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATC
129 CG---AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-C
* * ** * * * **
210035 ATTCTGACATTTTGTTCAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATATAAACTTATTCTGAATAAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAA-TTATTCAAAATAAAA
* * * * * * *
210100 TAATACTAATCTGTTAATATTCAAAAAATTAATTAGTAACAGATTTAAAAAGATAAATCTCTTTA
65 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATCTATTTA
*
210165 CCGAACAAGTTCAAATACATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTC
129 -CGAACAAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA--C
* * * * *
210217 ATTATGACATTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTGATAAAAATTTATCCAAAATAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAA-TTATTCAAAATAAA
* * * * * *
210280 ATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAGTAAG-AAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTA-TT
*** * * * * *
210344 TTTAAACCAGTTCAAATAGTTAT-ACTTATTTGAATAAATATCAATCTCAAATC
127 TACGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-C
* * * * * * *
210397 GTTGTGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAGTCATACAAGCTTATTC-AGATAAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-ATTATTCAAAAT-AAA
* * * * * *
210460 ATAATACTAATTTACTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGTTTTAAAAAATAAATATGTTTG
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-
* * * * * * *
210521 TCGAATCTA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATC-ATTATTTGTTTCAAATT
128 ACGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAA-C
* * * * * * * * ** ***
210573 GTTTTGACCTCTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTCAATTCATACATGCTTATTTGGAATAAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AATTATTCAAAATAAAA
* * * * **
210638 TAATTCTAATTTATTAACATTCAAAAAACTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTA
65 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA
* * * * *
210703 CCGAACAAGTTTAAACAGTTATGACTATTTAAACAATTATCT-TTTAAAAATT
129 -CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAA-C
* * * * *
210755 ATTATGACCATTTGTTTTGTCATCAAACAATTCTTT-TATCTCATA-AAAGCCTATCCAAAATAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAA--TTATTCAAAATAA
* * * *
210818 AATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA-AAAT-TAGTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TT
* * * * * *
210877 TACGGAATTAA-TTCAAATATTTATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTC-AA-
127 TAC-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAC
* * * *** * *
210928 ATTATTACCTATTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-TCA-ACATACATCCTATTTAAAAAAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCT-ATTCATACAAATTATTCAAAATAAA
* * * ** *
210991 ATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAGACTTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAGGTAAATCTACT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAC-TAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * *
211054 TATCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTGGAATAATTATCTATTTCAAATC
127 TA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-C
* * * * **
211108 ATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTCAAAATAAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAATTATTCAAAATAAAA
* * ** * * *
211173 CAATACTAATTTAATAATATTC-CCAAACTTAAT-AGCCAAGAA-AATTAAAAAATAAATCTAAT
65 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAC-TAATAAG-TAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * **
211235 TACTAAACTAGTTCAAATAGCTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATC
127 TAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-C
* * * ** * * ** * * * *
211289 GCTT-TGACCTTTTCTTTTATTGTAAAACAATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTTAGATTAAA
1 -ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-ATTATTCAAAATAAA
* * * * * * * *
211352 ATAATATTAATTTAGTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-TAAAA-AAATTTGTTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * ** *
211411 CCGAATC-AGTTCAAATGGTT-TAAACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATC
129 -CGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-C
* * * * * * *
211463 ATTCTGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA-ATTATTCAAAATAAA
* * * * *
211527 TTAATACTAATTTATTAACATT-TGAAAAA-TTATAAGAAAAAGATTTTAAAAAATAAATTTATT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAACTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATT
* * *
211590 TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTT
127 TAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
211638 AAAATTGTTA
Statistics
Matches: 1817, Mismatches: 385, Indels: 237
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
171 4 0.00
172 34 0.02
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTATTCAAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACG
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAC
Found at i:209996 original size:536 final size:535
Alignment explanation
Indices: 209243--211016 Score: 1364
Period size: 538 Copynumber: 3.3 Consensus size: 535
209233 ATAAATAAAA
* * * *
209243 ATTTAAAAAATAAAATATGTTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATA
1 ATTTAAAAACT-AAATTTGTTTAC-GAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
209307 TATTTCAAA-CAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-AAAGCCAATTGTTTCTATTCATACAA-ATA
63 TATCTCAAATCA-TTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-
* * *
209369 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAAA
124 TATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAAATAATAAGTAAAAAATTTAAAA
** ** * * * * * *
209433 AGTCAATCTATTTACTAAGCAAATTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATATCTAA-
188 A--CAATCTATTTAAGAAAAAAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATATCAAAT
** * * * ** *
209497 CAGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTACTCATACAAGTTTATTTTGGAAT
251 CA-TTATGA-CATTTTGTTCAGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAACTTATTCT-GAAT
* * *
209561 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATGAAAA-TAAATAGGAAGGAGATTTAAAAAG-TAAATC
313 AAAATAATACTAATCTATTAATATTCA-AAAAATTAAATAGGAA-CAGATTTAAAAAGATAAATC
* * * * * *
209623 TGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCA-TGTCCAGTTGAAGAACTATTTATTTCATA-TCATTAT
376 TCTTTACCGAACAAGTTCAAATA--CATTGACCAGTTGAACAACTATCTATTT-AAAGTCATTAT
* * * *** * * * *
209686 GATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCATGCAAAA-TTATTCAGAATAAAA-AGT
438 GACATTTT-GTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT-AAAAATTTATCCAAAATAAAATAAT
*
209749 AATGA-TCCATTAATATTTTGAAAACTA-T-AAGAG
501 AAT-ACTCCATTAATATTTTAAAAACTAGTAAAGAG
*
209782 ATTTAAAAACTAAATTTGTTTACCGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTA
1 ATTTAAAAACTAAATTTGTTTA-CGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * *
209847 TCTCAAATCATTATGACCCTT-TTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCA
65 TCTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
**
209911 AATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTTTAAAAA-AAT
130 AATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAATAATAAGTAA-A-AAATTTAAAAACAAT
* * * * *
209975 GTGTTTAAGAAAAACAATTCAAATTGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTCT
193 CTATTTAAGAAAAA-AATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATATCAAATCATTAT
* *
210040 GACATTTTGTTCAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATATAAACTTATTCTGAATAAAATAATA
257 GACATTTTGTTCAGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAACTTATTCTGAATAAAATAATA
* * *
210105 CTAATCTGTTAATATTCAAAAAATTAATTAGTAACAGATTTAAAAAGATAAATCTCTTTACCGAA
322 CTAATCTATTAATATTCAAAAAATTAAATAGGAACAGATTTAAAAAGATAAATCTCTTTACCGAA
* * *
210170 CAAGTTCAAATACATTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTCATTATGACATTTTGTTTA
387 CAAGTTCAAATACA-TTGACCAGTTGAACAACTATCTATTTAAAGTCATTATGACATTTTGTTTA
* * **
210235 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTGATAAAAATTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATA
451 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAATTTATCCAAAATAAAATAATAATACTCCATTAATA
*
210300 TTTTAAAAATTAGTAAGAAAGAG
516 TTTTAAAAACTAGT---AAAGAG
* * * *
210323 ATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTA--AACCAGTTCAAATAGTTAT-ACTTATTTGAATAAATAT
1 ATTTAAAAACTAAA--T-TTGTTTACGAAACAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTAT
* * * * * *
210385 CAATCTCAAATCGTTGTGATCTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAGTCATACAAGCTTAT
62 CTATCTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * * ** *
210450 TCAGATAAAAATAATACTAATTTACTAATATTT-TAAAAAT--TAA-TAAGAGTTTTAAAAAATA
127 TCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAAATTT-AAAAA-C
* * ** *** * * * **
210511 AATATGTTTGTCG-AATCTATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATC-ATTATTTGTTTCAAATTG
190 AATCTATTT-AAGAAAAAAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAA-CAATTATATATATCAAATCA
* * * * * * * **
210574 TTTTGACCTCTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTCAATTCATACATGCTTATT-TGGAATAAAA
253 TTATGACATTTTGTTCAGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAACTTATTCT-GAATAAAA
* * * * * ** *
210638 TAATTCTAATTTATTAACATTCAAAAAACT-AATAAGCATGAGATTTGAAAAA-ATAAATCTATT
317 TAATACTAATCTATTAATATTCAAAAAATTAAAT-AGGAACAGATTT-AAAAAGATAAATCTCTT
* * ** * * * * * *
210701 TACCGAACAAGTTTAAACAGTTATGACTATTTAAACAATTATCT-TTTAAAAATTATTATGACCA
380 TACCGAACAAGTTCAAATACAT-TGACCAGTTGAACAACTATCTATTT-AAAGTCATTATGA-CA
* * * * *** *
210765 -TTTGTTTTGTCATCAAACAATTCTTTTA-TCTCATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATACTA
442 TTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATAAAAATTTATCCAAAATAAAATAATAATA
** * * *
210828 CTTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-AAGAG
505 CTCCATTAATATTTTAAAAACTAGTAAAGAG
* * ** * * * * * *
210858 ATTTAAAAA-AAAATTAGTTTACGGAATTAATTCAAATATTTATGGCCATTTAAACAACTATCTA
1 ATTTAAAAACTAAATTTGTTTAC-GAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
210922 TTTC-AA--ATTATTACCTATTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-TCA-ACATAC-ATCCTAT
65 TCTCAAATCATTATGACCT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCT-ATTCATACAAGCTTAT
* ** *
210981 TTAAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
127 TCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAA
211017 GACTTAATCA
Statistics
Matches: 1018, Mismatches: 166, Indels: 109
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
531 45 0.04
532 29 0.03
533 6 0.01
534 40 0.04
535 110 0.11
536 247 0.24
537 28 0.03
538 258 0.25
539 105 0.10
540 3 0.00
541 74 0.07
542 66 0.06
543 1 0.00
544 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (535 bp):
ATTTAAAAACTAAATTTGTTTACGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
CTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAAATTTAAAAACAATCTA
TTTAAGAAAAAAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATATCAAATCATTATGACA
TTTTGTTCAGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAACTTATTCTGAATAAAATAATACTAA
TCTATTAATATTCAAAAAATTAAATAGGAACAGATTTAAAAAGATAAATCTCTTTACCGAACAAG
TTCAAATACATTGACCAGTTGAACAACTATCTATTTAAAGTCATTATGACATTTTGTTTATCATA
AAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAATTTATCCAAAATAAAATAATAATACTCCATTAATATTTTA
AAAACTAGTAAAGAG
Found at i:210464 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 209780--210493 Score: 764
Period size: 361 Copynumber: 2.0 Consensus size: 358
209770 AAACTATAAG
* * * *
209780 AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACCGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC
1 AGATTTAAAAAATAAATCTCTTTACCGAAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATC
* * * ** * * *
209845 TATCTCAAATCATTATGACCCTTTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTC
66 TATCTCAAATCATTATGACACTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCC
* * *
209910 AAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTTTAAAAAAAT
131 AAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAATAATAAGAAAGAGA-TTTTAAAAAAAA
* * * *
209975 GTGTTTAAGAAAAACAATTCAAATTGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTCT
195 GTATTTAAGAAAAACAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAAATATATATCTCAAATCATTCT
* * *
210040 GACATTTTGTTCAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATATAAACTTATTCTGAATAAAATAATA
260 GACATTTTGTTCA-TCATAAAACAATTATTTCAAGTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATA
**
210105 CTAATCTGTTAATATTCAAAAAATTAATTAGTAAC
324 CTAATCTACTAATATTCAAAAAATTAATTAGTAAC
*
210140 AGATTTAAAAAGATAAATCTCTTTACCG-AACAAGTTCAAATACATT-TGACTATTTGAACAATT
1 AGATTTAAAAA-ATAAATCTCTTTACCGAAAC-AGTTCAAATA-ATTATGACTATTTAAACAATT
* * * *
210203 ATCTAT-TTAAAGTCATTATGACATTTTGTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTGATAAAAATT
63 ATCTATCTCAAA-TCATTATGACACTTT-TTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACT
* * * * *
210267 TATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAGTAAGAAAGAGA-TTTAAAA
126 TATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAATAATAAGAAAGAGATTTTAAAA
*** * * * * *
210331 ACTAAAGCTATTT-TTTAAACCAGTTCAAATAGTT-ATACTTATTTGAATAAATATCA-ATCTCA
191 A--AAAG-TATTTAAGAAAAACAATTCAAATAGTTAAGAC-TATTAGAACAAATAT-ATATCTCA
* * * * * *
210393 AATCGTTGTGATC-TTTGTTTTC-TCATAAAACAATTGTTTCTAGTCATACAAGCTTATTCAG-A
251 AATCATTCTGA-CATTT-TGTTCATCATAAAACAATTATTTCAAGTCATACAAACTTATTCAGAA
* **
210455 TAAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAAAAATTAAT
314 T-AAAATAATACTAATCTACTAATATTCAAAAAATTAAT
210494 AAGAGTTTTA
Statistics
Matches: 290, Mismatches: 51, Indels: 25
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
360 28 0.10
361 126 0.43
362 126 0.43
363 10 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (358 bp):
AGATTTAAAAAATAAATCTCTTTACCGAAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATC
TATCTCAAATCATTATGACACTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCC
AAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAATAATAAGAAAGAGATTTTAAAAAAAAG
TATTTAAGAAAAACAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAAATATATATCTCAAATCATTCTG
ACATTTTGTTCATCATAAAACAATTATTTCAAGTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACT
AATCTACTAATATTCAAAAAATTAATTAGTAAC
Found at i:210536 original size:717 final size:717
Alignment explanation
Indices: 209151--210672 Score: 1521
Period size: 717 Copynumber: 2.1 Consensus size: 717
209141 TAACCTTTTG
** * *
209151 TTTTGTCATAAAGTAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTAA
* ** *
209216 TAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAATTTAAAAAATAAAATATGTTTTCTGAACACATTCAAA
66 TAATATTCCAAAAAATAATAAATAAAAATTTAAAAAATAAAATATGTTTTAAGAAAACATTCAAA
* * * ** *
209281 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAACAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAGCC
131 TAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAACAGTTATGACATTTTGTTCAGTCAAAAGAC
* * * *
209346 AATTGTTTCTATTCATACAAATATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAA
196 AATTATTTCAATTCATACAAATATATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCAAAAAA
* * * * *
209411 CTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAGTCAATCTATTTACTAAGCAAATTCAAATAGTTATGATTGTT
261 CTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAGTAAATCTATTTACGAAGCAAATTCAAATAATTATGACTATT
* * *
209476 TGAACAATTATTTATATCTAACAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTACTC
326 TGAACAATTATCTATATCTAACAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTACTC
* * **** * * *
209541 ATACAAGTTTATTTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATGAAAATAAATAGGAAGGA
391 ATAAAAATTTATTCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATAAATAAGAAAGA
* * * * * * * **
209606 GATTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCAGTTGAAGAACTATTT
456 GATTTAAAAACTAAAGCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATCTCCAGTTGAAGAAATATCA
* * * * * ** *
209671 ATTTCATATCATTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCATGCAAAATTATT
521 ATCTCAAATCATTATGATACTTTATTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAGTCATACAAAATTATT
* * * * *
209736 CAGAATAAAAAGTAATGATCCATTAATATTTTGAAAACTATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGT
586 CAGAATAAAAAGTAATAATCCACTAATATTTTAAAAACTATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
*
209801 TTACCGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCC
651 TTACCGAAACAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCC
209866 TT
716 TT
* *
209868 TTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACT-AATTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATA-TAAATTT
* * * ** *
209931 AATAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTT-TTAAA-AAAATGTG-TTTAAGAAAAACAAT
64 AATAATATTCCAAAAAATAATAAATAA-AAATTTAAAAAATAAAATATGTTTTAAG-AAAAC-AT
* *
209993 TCAAATTGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCA-TTCTGACATTTTGTTCAGTCA
126 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAA-CAGTTATGACATTTTGTTCAGTCA
* ** *
210057 TAAA-ACAATTATTTCAATTCATATAAACT-TATTCTGAATAAAATAATACTAATCTGTTAATAT
190 -AAAGACAATTATTTCAATTCATACAAA-TATATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATAT
* * * * * *
210120 TCAAAAAATTAATTAGTAACAGATTTAAAAAGATAAATCTCTTTACCGAA-CAAGTTCAAATACA
253 TCAAAAAACTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAG-TAAATCTATTTA-CGAAGCAAATTCAAATA-A
210184 TT-TGACTATTTGAACAATTATCTAT-T-TAA-AGTCATTATGA-CATTTTG-TTTATCATAAAA
315 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATATCTAACAG---TTATGATC-TTTTGTTTTATCATAAAA
* * * *
210243 CAATTGTTTC-AGTTGATAAAAATTTA-TCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAA
376 CAATTGTTTCTA-CTCATAAAAATTTATTCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAA
* * *** * *
210306 AAATTAGTAAGAAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTAAACCAGTTCAAATAGTTATACT-
440 AAATAAATAAGAAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT-CTC
* * * * * *
210370 TATTTGAATAAATATCAATCTCAAATCGTTGTGAT-CTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCT
504 CAGTTGAAGAAATATCAATCTCAAATCATTATGATACTTTATTTTCTCATAAAACAATTGTTTCT
** ** *
210434 AGTCATACAAGCTTATTCAG-ATAAAAA-TAATACTAATTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAG
569 AGTCATACAAAATTATTCAGAATAAAAAGT-A-A-TAATCCACTAATATTTTAAAAACT-ATAAG
* ** *
210497 AGTTTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAATCTA-TTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATC-ATT
630 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAAC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTA-AA-CAATT
* * * ** *
210559 ATTTGTTTCAAATTGTTTTGACCTCTT
692 ATCTATCTCAAATCATTATGACC-CTT
* * * * * * ** *
210586 GTTTAGTCATATAATAATTATTTCAATTCATACATGCTTATTTGGAATAAAATAAT-TCTAATTT
1 -TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAT-AAATTT
* *
210650 ATTAACATT-CAAAAAACTAATAA
64 AATAATATTCCAAAAAA-TAATAA
210673 GCATGAGATT
Statistics
Matches: 653, Mismatches: 122, Indels: 58
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
713 1 0.00
714 8 0.01
715 47 0.07
716 144 0.22
717 310 0.47
718 76 0.12
719 63 0.10
720 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (717 bp):
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTAA
TAATATTCCAAAAAATAATAAATAAAAATTTAAAAAATAAAATATGTTTTAAGAAAACATTCAAA
TAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAACAGTTATGACATTTTGTTCAGTCAAAAGAC
AATTATTTCAATTCATACAAATATATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCAAAAAA
CTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAGTAAATCTATTTACGAAGCAAATTCAAATAATTATGACTATT
TGAACAATTATCTATATCTAACAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTACTC
ATAAAAATTTATTCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATAAATAAGAAAGA
GATTTAAAAACTAAAGCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATCTCCAGTTGAAGAAATATCA
ATCTCAAATCATTATGATACTTTATTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAGTCATACAAAATTATT
CAGAATAAAAAGTAATAATCCACTAATATTTTAAAAACTATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
TTACCGAAACAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCC
TT
Found at i:210662 original size:538 final size:533
Alignment explanation
Indices: 209132--211579 Score: 1503
Period size: 536 Copynumber: 4.6 Consensus size: 533
209122 AAACAAGTTC
* * * ** ** *
209132 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAGTAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTC-AA
1 AAATCATTATGACATTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATA-AAAATTA-TCCAAA
* *** * *
209196 ATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-ATAA-AAATTTAAAAAATAAAA
62 ATAAAATAATACT-ACTTTATTAATATTTTGAAAATT-ATAAGA-AAGAGATTTAAAAACT-AAA
* * * * *
209258 TATGTTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-ATATTTCAAA-CAGT
123 TTTGTTTAC--AA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCA-ATCTCAAATCA-T
* * * * *
209320 TATGACCTTTTGTTTTGTCA-AAAGCCAATTGTTTCTATTCATACAA-ATATATTCAAA-ATAAA
183 TATGACC-CTT-TTTTCTCATAAA-ACAATTGTTTCTAGTCATACAAGCT-TATTCAAATA-AAA
* * * * * * *
209382 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAACTAATAAGTAA-AAAATTTAAAAAGTCAATCTATT
243 ATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAAAT-ATAAGTAAGAGATTTTAAAAA--AAATATGTT
** * * * * * * * * *
209445 TA-CTAAGCAAATTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATATCTAA-CAGTTATGATC
304 TAGAAAAAC-AATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCA-TTCTGA-C
* * * * * *
209508 -TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTACTCATACAAGTTTATTTTGGAATAAAATAATACT
366 ATCTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTA-TTTGGAATAAAATAATACT
* * * * *
209572 AATTTATTAATATT-ATGAAAATAAATAGGAAGGAGATTTAAAAAG-TAAATCTGTTTACCGAAT
430 AATTTATTAATATTCA-AAAAATAATTAGCAA-GAGATTTAAAAAGATAAATCTATTTACCGAAC
* * * * * * *
209635 AAGTTCAAATAGTCA--TGTCCAGTTGAAGAACTATTTATTTC
493 AAGTTCAAATA--CATTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
* * * * * * *
209676 ATATCATTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCATGCAAAATTATTCAGAA
1 AAATCATTATGACATTTT-GTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCAT-AAAAATTATCCAAAA
* * ** *
209741 TAAAA-AGTAATGA-TCCATTAATATTTTGAAAACTAT----AAGAGATTTAAAAACTAAATTTG
63 TAAAATAATACT-ACTTTATTAATATTTTGAAAATTATAAGAAAGAGATTTAAAAACTAAATTTG
* *
209800 TTTACCGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACC
127 TTTA-C-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACC
* * ** *
209865 CTTTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATT
190 CTTTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAGTCATACAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAATT
* *
209930 TAATAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTTTAAAAAAATGTGTTTAAGAAAAACAATTC
255 TAATAATATTTCAAAAAAT-ATAAGTAAGAGATTTTAAAAAAAATATGTTT-AGAAAAACAATTC
* * *
209995 AAATTGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTCTGACATTTTGTTCAGTCATAA
318 AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTCTGACATCTTGTTTAGTCATAA
* * * * *
210060 AACAATTATTTCAATTCATATAAACTTATTCT-GAATAAAATAATACTAATCTGTTAATATTCAA
383 AATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATT-TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA
* * *
210124 AAAATTAATTAGTAACAGATTTAAAAAGATAAATCTCTTTACCGAACAAGTTCAAATACATTTGA
447 AAAA-TAATTAGCAAGAGATTTAAAAAGATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATACATTTGA
210189 CTATTTGAACAATTATCTATTTA
511 CTATTTGAACAATTATCTATTTA
* * * *
210212 AAGTCATTATGACATTTTGTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTGATAAAAATTTATCCAAAAT
1 AAATCATTATGACATTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATAAAAA-TTATCCAAAAT
*
210277 AAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAGTAAGAAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTAT
64 AAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTA-TAAGAAAGAGATTTAAAAACTAAA--T-T
* * * * * * *
210342 TTTTTA-AACCAGTTCAAATAGTTAT-ACTTATTTGAATAAATATCAATCTCAAATCGTTGTGAT
125 TGTTTACAAACAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGAC
* *
210405 CTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAGTCATACAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAA
189 CCTT-TTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAGTCATACAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAA
* * ** * *
210470 TTTACTAATATTT-TAAAAAT-TAA-TAAGAG-TTTTAAAAAATAAATATGTTT-GTCGAATCTA
253 TTTAATAATATTTCAAAAAATATAAGTAAGAGATTTT-AAAAA-AAATATGTTTAG-AAAAACAA
* * ** * *
210530 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATC-ATTATTTGTTTCAAATTGTTTTGACCTCTTGTTTAGTC
315 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAA-CAATTATATATTTCAAATCATTCTGACATCTTGTTTAGTC
* * * *
210594 ATATAATAATTATTTCAATTCATACATGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAACATT
379 ATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
210659 CAAAAAACTAATAAGCATGAGATTTGAAAAA-ATAAATCTATTTACCGAACAAGTT-TAA-ACAG
444 CAAAAAA-TAATTAGCAAGAGATTT-AAAAAGATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATACA-
*
210721 TTATGACTATTTAAACAATTATCT-TTTAA
506 TT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-A
* * * **
210750 AAATTATTATGACCA-TTTGTTTTGTCATCAAACAATTCTTTTATCTCATAAAAGCCTATCCAAA
1 AAATCATTATGA-CATTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TCATAAAA-ATTATCCAAA
* * *
210814 ATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAA-AAAATTAG
62 ATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTATAAGAAAGAGATTTAAAAACTAAATTTG
** * * * * * * * *
210875 TTTACGGAATTAATTCAAATATTTATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTC-AA--ATTATTACC
127 TTTAC--AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACC
* * * * * * *
210937 TATTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-TCA-ACATAC-ATCCTATTTAAAAAAAAATAATACT
190 -CTT-TTTTCTCATAAAACAATTG-TTTCT-AGTCATACAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACT
* * ** * * ** ** *
210999 AATTTATTAATATTTCAAGACTTAATCAA-TAAGAGA-TTTAAAAGGTAAATCTACTTATCAAAC
251 AATTTAATAATATTTCAAAAAAT-AT-AAGTAAGAGATTTTAAAA--AAAATATGTTTAGAAAAA
* ** * * * * * * * * *
211062 CATTTCAAATAGTTTTGACTATTGGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTG
312 CAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTCTGACATCTTGTTTAG
* * ** * * ** *** * *
211127 TCATCAAACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTAATAATA
377 TCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * * * ** *
211192 TTCCCAAACTTAA-TAGCCAAGAAAATTAAAAA-ATAAATCTAATTACTAAACTAGTTCAAATAG
442 TT-CAAAAAATAATTAG-CAAGAGATTTAAAAAGATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATA-
** * ** *
211255 C-TAAGACTATATGAATGATTATCTATTTC
504 CATTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
* * * * ** * * ** ** ** * *
211284 AAATCGCTT-TGACCTTTTCTTTTATTGTAAAACAATTATTTTGTTTGTACAAGCTTATTTAGAT
1 AAATC-ATTATGACATTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATA-AAAATTATCCAAAA
* * * * *
211348 TAAAATAATATTAATTTAGTAATATTTTGAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTTAAAA--AAATTTGT
63 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTATAAGAAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGT
* * * * * * * * * *
211408 TTACCGAATCAGTTCAAATGGTT-TAAACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACA
128 TTA-C-AAACAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACC
* * * * *
211472 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAATTAATACT
190 CTTT-TTT-CTCATAAAACAATTGTTTCTAG-TCATACAAGCTTATTCA-AATAAAAATAATACT
* * * * * *
211535 AATTTATTAACATTTGAAAAATTATAAGAAAAAGATTTTAAAAAA
251 AATTTAATAATATTTCAAAAAATATAAGTAAGAGATTTTAAAAAA
211580 TAAATTTATT
Statistics
Matches: 1518, Mismatches: 295, Indels: 192
0.76 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
531 45 0.03
532 74 0.05
533 69 0.05
534 133 0.09
535 273 0.18
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545 3 0.00
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Consensus pattern (533 bp):
AAATCATTATGACATTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATAAAAATTATCCAAAATAA
AATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTATAAGAAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTA
CAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACCCTTTTT
TCTCATAAAACAATTGTTTCTAGTCATACAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAA
TATTTCAAAAAATATAAGTAAGAGATTTTAAAAAAAATATGTTTAGAAAAACAATTCAAATAGTT
AAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTCTGACATCTTGTTTAGTCATAAAATAATTA
TTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATAATT
AGCAAGAGATTTAAAAAGATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATACATTTGACTATTTGAAC
AATTATCTATTTA
Found at i:211288 original size:892 final size:894
Alignment explanation
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Period size: 892 Copynumber: 2.1 Consensus size: 894
209767 TGAAAACTAT
* *
209777 AAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACCGAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT
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* * * * * * *
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* * **
209905 TATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTTTTAAA
130 TATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAAT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* *
209970 AAAATGTGTTTAAGAAAAACAATTCAAATTGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATC
194 AAAATGTGTTTAAGAAAAACAATTCAAATTGTTAAGACCATTAGAACAACTATATATTTCAAATC
* * * *
210035 ATTCTGACATTTTGTTCAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATATAAACTTATTCTGAATAAAA
259 ATTCTGACATATTGTTCAGTCATAAAACAATTATTTCAA-TCATATAAACCTATTCTAAAAAAAA
* * *
210100 TAATACTAATCTGTTAATATTCAAAAAATTAATTAGTAACAGATTTAAAAAGATAAATCTCTTTA
323 TAATACTAATCTATTAATATTCAAAAAATTAATCAATAACAGATTTAAAAAGATAAATCTCTTTA
* * *
210165 CCGAACAAGTTCAAATACATTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTCATTATGACATTTT
388 CCAAACAAGTTCAAATACATTTGACTATTGGAACAATTATCTATTTAAAGTCATTATAACATTTT
* * * * *
210230 GTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTGATAAAAATTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTAT
453 GTTTATCATAAAACAATTGGTTCAGTTCATAAAAATTTATCCAAAATAAAACAATACTAATTTAA
** * * * * * **
210295 TAATATTTTAAAAATTAGTAAGAAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTAAACCAGTTCAAA
518 TAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAAAATTAAAAAATAAAGCTAATTACTAAACCAGTTCAAA
* * * * * *
210360 TAGTTATACTTATTTGAATAAATATCAATCTCAAATCG-TTGTGATC-TTTGTTTTCTCATAAAA
583 TAGTAAGACTTATATGAATAAATATCAATCTCAAATCGCTT-TGACCTTTTCTTTTATCATAAAA
*
210423 CAATTGTTTCTAG-TCATACAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAAA
647 CAATTATTT-T-GTTCATACAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAAA
**
210487 AATTAATAAGAG-TTTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAATCTA-TTCAAATAG-TTAAGACTAT
710 AATTAATAAGAGATTTT--AAAA-AAATATGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTTAA-ACTAT
* * * * ** * * * *
210549 TAGAATCATTATTTGTTTCAAATTGTTTTGACCTCTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTCAATT
770 TAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACATCTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATT
* * * *
210614 CATACATGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAACATTCAAAAAACTAATAAGC
835 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAA-TAATAAGA
* * * *
210675 ATGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAACAGTTATGACTATTTAAACAAT
1 AAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT
* * *
210740 TATCT-TTTAAAAATTATTATGACCATTTGTTTTGTCATCAAACAATTCTTT-TATCTCATAAAA
65 TATCTATTTAAAAATCATTATGACC-CTT-TTTTGTCATAAAACAATTCTTTCT-TCTCATAAAA
* * **
210803 GCCTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTT-TGAAAAT-TAA-TAAGAGATTTAAA
127 GCCTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAATATAAGTAAGAGATTTAAA
* * ** * * *
210865 AAAAAAT-TAGTTTACG-GAATTAATTCAAATAT-TTATGGCCATTTA-AACAACTATCTATTTC
192 AAAAAATGT-GTTTAAGAAAAACAATTCAAAT-TGTTAAGACCA-TTAGAACAACTATATATTTC
* * ** * * *
210926 AAATTA-T-T-ACCTATTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTTCAA-CATA-CATCCTATT-TAA
254 AAATCATTCTGACATATTGTTCAGTCATAAAACAATT--ATTTCAATCATATAAACCTATTCT-A
* * * * *
210985 AAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAGACTTAATCAATAAGAGATTT-AAAAGGTAAA
316 AAAAAAATAATACTAATCTATTAATA-TTCAAAAAATTAATCAATAACAGATTTAAAAAGATAAA
* * * ** *
211048 TCTAC-TTATCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTGGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATT
380 TCT-CTTTACCAAACAAGTTCAAATACATTTGACTATTGGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATT
* * * * ** * *
211111 ATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTA-TTCATACTATTTTATTCAAAATAAAACA
443 ATAACATTTT-GTTTATCATAAAACAATTGGTTC-AGTTCATAAAAATTTATCCAAAATAAAACA
* * * *
211175 ATACTAATTTAATAATATTCCCAAACTTAAT-AGCCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACT
506 ATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAAGAAAATTAAAAAATAAAGCTAATTACT
* * * * *
211239 AAACTAGTTCAAATAGCTAAGAC-TATATGAATGATTATCTATTTCAAATCGCTTTGACCTTTTC
570 AAACCAGTTCAAATAG-TAAGACTTATATGAATAAATATCAATCTCAAATCGCTTTGACCTTTTC
** ** * * * *
211303 TTTTATTGTAAAACAATTATTTTGTTTGTACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTAGT
634 TTTTATCATAAAACAATTATTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTTACT
* * *
211368 AATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAAAATTTGTTTACCGAATCAGTTCAAATGGTTTA
699 AATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAAAATATGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTTA
*
211433 AACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATT
764 AACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACATCTTGTTTAGTCATAAAACAATTATT
* * * ** *
211498 TTAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTATAAG
829 TCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATAATAAG
211563 A
894 A
* * * * *
211564 AAAAGATTTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAAT
1 AAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT
*
211629 TGTCTATTTAAAA
65 TATCTATTTAAAA
211642 TTGTTATAAC
Statistics
Matches: 797, Mismatches: 143, Indels: 62
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
889 63 0.08
890 136 0.17
891 78 0.10
892 237 0.30
893 61 0.08
894 1 0.00
895 7 0.01
896 37 0.05
897 28 0.04
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899 66 0.08
900 9 0.01
901 61 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (894 bp):
AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATT
ATCTATTTAAAAATCATTATGACCCTTTTTTGTCATAAAACAATTCTTTCTTCTCATAAAAGCCT
ATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAAATATAAGTAAGAGATTTAAAAAAA
AATGTGTTTAAGAAAAACAATTCAAATTGTTAAGACCATTAGAACAACTATATATTTCAAATCAT
TCTGACATATTGTTCAGTCATAAAACAATTATTTCAATCATATAAACCTATTCTAAAAAAAATAA
TACTAATCTATTAATATTCAAAAAATTAATCAATAACAGATTTAAAAAGATAAATCTCTTTACCA
AACAAGTTCAAATACATTTGACTATTGGAACAATTATCTATTTAAAGTCATTATAACATTTTGTT
TATCATAAAACAATTGGTTCAGTTCATAAAAATTTATCCAAAATAAAACAATACTAATTTAATAA
TATTCCAAAAATTAATAAGAAAGAAAATTAAAAAATAAAGCTAATTACTAAACCAGTTCAAATAG
TAAGACTTATATGAATAAATATCAATCTCAAATCGCTTTGACCTTTTCTTTTATCATAAAACAAT
TATTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAAAAATTAA
TAAGAGATTTTAAAAAAATATGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTTAAACTATTAAAATAATTA
TCTATTTCAAATCATTCTGACATCTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTT
ATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATAATAAGA
Done.