Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168026.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_28, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15507587
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Warning! 97000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 3 of 91
Found at i:212140 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 211852--212253 Score: 399
Period size: 182 Copynumber: 2.2 Consensus size: 182
211842 TAATAAATTA
* *
211852 TTTTTTTTATTTTGAATAAGCTTGCATGAATTGAAATAATTGTTCTAGAATAAAACAAAATATCA
1 TTTTTTTTATTTTGAATAAGCTTGCATGAATTGAAACAATTGTTCTAG-ATAAAACAAAAGATCA
* * * ** * * * *
211917 TAATGATTTTAAATATATAATTGTTCTAATAATTGTAACTATTTGAATTTATTTAGAAAATATAT
65 TAATGATTTTAAATATATAATTATACAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTCAGAAAACAGAT
* * *
211982 TTACTTTTTT-AAATTTATTGGTTATTAATTTTGGAATATTAATAACTTAGCAT
130 TTA-TTTTTTCAAATCTATTGCTTATGAATTTTGGAATATTAATAACTTAGCAT
* ** * * * *
212035 TTTTTTTTA-TTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACATTTGTTTTATG-TCAAAATAAAAGGTC
1 TTTTTTTTATTTTGAATAAGCTTGCATGAATTGAAACAATTGTTCTA-GAT-AAAACAAAAGATC
* *
212098 ATAATGATTTTAAATA-AGTAATTATACAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAG
64 ATAATGATTTTAAATATA-TAATTATACAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTCAGAAAACAG
* ** * *
212162 ATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATGAATTTTTTTAATGTTAATATA-TTAGGA-
128 ATTTATTTTTTCAAATCTATTGCTTATGAA-TTTTGGAATATTAATA-ACTTAGCAT
* *
212217 -TTATTTTATTTTGAATAA-CTTGTATG-ATATGAAACAA
1 TTTTTTTTATTTTGAATAAGCTTGCATGAAT-TGAAACAA
212254 ATATTTTATG
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 32, Indels: 18
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
180 2 0.01
181 29 0.16
182 119 0.66
183 28 0.16
184 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.06, G:0.10, T:0.46
Consensus pattern (182 bp):
TTTTTTTTATTTTGAATAAGCTTGCATGAATTGAAACAATTGTTCTAGATAAAACAAAAGATCAT
AATGATTTTAAATATATAATTATACAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTCAGAAAACAGATT
TATTTTTTCAAATCTATTGCTTATGAATTTTGGAATATTAATAACTTAGCAT
Found at i:212749 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 211681--213877 Score: 1276
Period size: 180 Copynumber: 12.4 Consensus size: 180
211671 ATTTTTTCAG
* ** * * *
211681 TTATTTCAAATAGGCTTGTATGATAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGTTCATAATG
1 TTATTTCGAATAAACTTGTATGA-ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
211746 ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GACCATAATTATTTGAGCTGATTC-AGCAAACAAATTCA
65 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAACAAATTTA
* * ** * *
211809 CTTTTT-AA---CGTACTTATTAATTTTTTTGAATAATAATAAATTA-T-TTTTT
128 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA--TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * *** * * * * **
211858 TTATTTTGAATAAGCTTGCATGAATTGAAATAATTGTTCTA-GAATAAAACAAAATATCATAATG
1 TTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * ** * ** * * *
211922 ATTTTAAATATATAATTGTTCTAATAATTGTAACTATTTGAATTTATTTAGA-AAATATATTTAC
65 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGGTTCGATAAACAAATTTA-
* * ** ** * * *
211986 TTTTTTAAATTTATTGGTTATTAATTTTGGAATATTAATAACTTAGCATTTTTTT
128 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAG--TATTATT
* * * *** * * * *
212041 TTATTT-GGATAAGCTTTTATGAATTGAAACATTTGTTTTATGTCAAAATAAAAGGTCATAATGA
1 TTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * ** *
212105 TTTTAAATA-AGTAATTATACAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-AGTAAACAGATTTAT
66 TTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAACAAATTTAT
* * ** * * *
212168 TTTTTCAAATCTCTTGCTTATGAATTTTTTTAATGTTAATATATTAGGATTATT
129 TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * *
212222 TTATTTTGAAT-AACTTGTATGATA-TGAAACAAATATTTTATG-----AC--TA-GTCATAATG
1 TTATTTCGAATAAACTTGTATGA-ACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* ** * ** * * * * * **
212277 ATTTAAAATAGATAATTAATCTAATAGTTTTAACTATTTGAATTAGTTAGACAAATACTTTTATT
65 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATT
* *
212342 TTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATT
130 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * * * * * * * *
212390 TT-TAACCACATAAGCTTCTA-CAATTAGAAACAATTGTTATATGACAAAA-TAAAGATCATAAC
1 TTATTTCGA-ATAAACTTGTATGAA-CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * ***
212452 GATTTGAGATTGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTCGAACCGGTTCGATAAATGGATTTAT
64 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTAT
* * * *
212517 TTTTTAGATCACTTACTTATTAATTGTCAAAATAATAATAAATTAGTATTATT
129 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
212570 TTATTTCAAATAAACTTGTATGATCAAAAACAGTTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCAAAATGA
1 TTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * **
212635 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGCCATAATTATTTTAACTAATTCGATAAACAAATTTA-TT
66 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTT
* *
212699 TTTAAATCTCTTACTTGTTAATTTTAGAAATATTAATAAATTATTATTATT
131 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * * *
212750 TTATTTTGTATATACTTGTATTG-ACTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCAAAACG
1 TTATTTCGAATAAACTTGTA-TGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * ** * * * * * * * *
212814 ATTTTAAATAGACAATTGTTTGAATAGTAACAACTATTTGTATTTGTT-TAGTAAATAGA-TT-T
65 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAACAAATTTAT
** * * * *
212876 TTTAAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTAAT
129 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * *
212929 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTATACAAAAGGTCATAACGA
1 TTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * ** * * * * **
212994 TTTGAAGTAGAAAATTATTCTAATAGTTTTGACCATTTGAACTTGTTTGATAAATGAATTTATTT
66 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTA-TT
* * *
213059 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAATATTATTAAATTTGTATTATT
130 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * *
213110 TTAATCCGAATAAGCTTGTGTAAAC-AAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAA
1 TTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* ** * * * *
213174 TTTGAAATTGATAATCATTCATATAGTCTTAACT-TTTGAACTGGTTTG-T---C-AA-TTA--G
66 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTT
* * ** * *
213230 ATT-CAT-T-TT--TT-TT-ATTTT--CTTGGTTATTAAATTAGTATTATT
131 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * * * * *
213272 TTATTTCGAATAAAATAATATGAATAGAACCAATTATTTGATGATAAAACAAAAGGTTATAATGA
1 TTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * ** * *
213337 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTTATCAACAAATTTAATT
66 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTT
* * * *
213402 TTTAAATCTTTTACTGAGTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
131 TTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
213453 TTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAATAGAAA-GTAATAGTG
1 TTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAATG
** * * * * *
213517 ACCTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCCATAAA-AAGAATTA
65 ATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAA-ATTTA
* * * *
213580 TTTTTTAAATCCCTTACATATAAATTTTTATAATATTAATAAATTAGT-TTATT
128 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * ** * * **
213633 TTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAATAATAATTGCTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAACAA
1 TTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * **
213698 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTAAACTAATTCGATAAACAAATTTATTT
66 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTT
** *
213763 TTTAAA--T-TT-CTTGCTAATTCTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
131 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * *** * * *
213810 TTATTTCAAATAAGTTTGTAAGTTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTAATAACGA
1 TTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
213875 TTT
66 TTT
213878 TATTTTAAAG
Statistics
Matches: 1541, Mismatches: 398, Indels: 162
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.00
162 34 0.02
163 64 0.04
164 13 0.01
165 3 0.00
167 5 0.00
168 30 0.02
169 25 0.02
170 5 0.00
171 3 0.00
172 11 0.01
173 65 0.04
174 7 0.00
175 8 0.01
176 156 0.10
177 91 0.06
178 7 0.00
179 175 0.11
180 364 0.24
181 312 0.20
182 133 0.09
183 29 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTT
TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
Found at i:214793 original size:361 final size:362
Alignment explanation
Indices: 214002--214847 Score: 773
Period size: 361 Copynumber: 2.3 Consensus size: 362
213992 AAACTAATTT
* * **
214002 ATTTTTTT-AACCT-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGCTATT-TTATTT-
1 ATTTTTTTAAAACTGTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAA-T-GAAC-ATTATT-TTTA
* * * * * ** * *
214063 T--GGATAAGCTTTTATTAACT-AAAACAATTATTTTTTCAAAAAACAAAAGTTCATAATGATTT
62 TCCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCAAAATGA-TT
* * ** * *
214125 TAA--ATAGATAA-TTGTTCAAATAATCATAACTATTTTAACTTGTTCAGTAAACATTTTAATTT
125 TAAGCTTA-A-AATTTGTTCAAATAATCATAACTATTTTAACTGGTTCAAAAAACACTTTAATGT
* * * * *
214187 TTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATACATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
188 TTTTAAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTTAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATA
* *
214252 AGCTCATATGAATTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGAA
253 AGCTCATATGAACTGAAACAAGTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGAA
* * *
214317 AATTACTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTGGCAATCAC
318 AATTACTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCGGAAATCAC
* * **
214362 ATTTTTTTAAAACTTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATGAGTATTATTTTTATCCG
1 ATTTTTTTAAAACTGTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATGAACATTATTTTTATCCG
* * * *
214427 AATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGTC-AAACCAAAGATCATAATGATTTAAGC
66 AATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCAAAATGATTTAAGC
* * *
214490 TTAAAATTTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTTAACTGGTTCAAAAAATAGCTTT-A-GTTTTT-A
130 TTAAAATTTGTTCAAATAATCATAACTATTTTAACTGGTTCAAAAAACA-CTTTAATGTTTTTAA
* * **
214552 AATCTCTTGCTTAATAA-TTTTTAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTT
194 AATCTCTTGCTTAATAATTTTTTAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTCA
* * * * * *
214616 TATGAACTGAAACAAGTGTTTTATGAC-AAGACAAATGGTCAAAATGATTTTAAATAGATAATT-
259 TATGAACTGAAACAAGTATTTTATAACTAA-ACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGAAAATTA
* * * * * *
214679 GT-TAAATATTCATATCTATTTGAACTTATTCGATAAAT-AG
323 CTCT-AATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCG-GAAATCAC
* * * * *
214719 ATTTTTTTTTTCAAA-TCGTTTCCTTATTAATTTTTTTGAATGTTAATAAATTAACATTA-TTTT
1 A---TTTTTTTAAAACT-GTTTACTTATTAA-TTTTTTAAATATTAATAAATGAACATTATTTTT
* * * * *
214782 ATTCTGAATAAGTTTGTATGAATTAAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAATATCAAAATGATT
61 A-TCCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCAAAATGATT
214847 T
125 T
214848 GAAATATATA
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 68, Indels: 44
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
356 1 0.00
357 28 0.07
358 94 0.24
359 24 0.06
360 52 0.13
361 115 0.29
362 81 0.21
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (362 bp):
ATTTTTTTAAAACTGTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATGAACATTATTTTTATCCG
AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCAAAATGATTTAAGCT
TAAAATTTGTTCAAATAATCATAACTATTTTAACTGGTTCAAAAAACACTTTAATGTTTTTAAAA
TCTCTTGCTTAATAATTTTTTAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTCATA
TGAACTGAAACAAGTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGAAAATTACTC
TAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCGGAAATCAC
Found at i:216664 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 213874--218457 Score: 2318
Period size: 179 Copynumber: 25.6 Consensus size: 176
213864 TGTAATAACG
* * * * *
213874 ATTTTATTTTAAAGAAGTTTGTATGCTA-AAAAACAGTTGTTTTATGACAAAA-ATAAAGT-AGT
1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATG-AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAGGTCA-T
* * * * * * * *
213936 TATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAATGGCCATAATTAGTTGAA-TTGATTT-AGTAAACTA-
63 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGA-TAAAC-AG
* * * * **
213998 ATTTATTTTTTTAACCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGCT
125 ATTTA-TTTTTTAA--ATTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAATATT
** * * * * * * * *
214054 ATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATTAACTAAAACAATTATTTTTTCAAAAAACAAAAGTTCATAA
1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAA
* * * * * * *
214119 TGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTTAACTTG-TTCAGTAAACA-TTTT
65 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAGATTT
* * * * *
214182 AATTTTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATACATTAGTATT
129 -A-TTTTTT-AAA--T-TTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAATATT
* ** *** * * * *
214237 ATTTTATTTCAAATAAGCTCATATGAATTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAA
1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAA
* * * * * * ** * *
214302 CGATTTGAAATAGAAAATTACTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTGGCAATCACA-TT-
65 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTA
* * * *
214365 TTTTTAAAACTTTTTACTTATTAATTTTTTA-AATATTATTAAATGAGTATT
130 TTTTTTAAA---TTTACTTATTAA--TTTTAGAATATTAATAAATTAATATT
*** * * * *
214416 ATTTT-TATCCGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGTCAAACCAAAGATCATAA
1 ATTTTAT-TTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAA
* * * * * ** * * *
214480 TGATTT-AAGCTTA-A-AATTTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTTAACTGGTTCAAAAAATAGCT
65 TGATTTGAA--ATAGATAA-TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGAT
* * * * *
214542 TTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTA-AATATTAATAAAATAGTATT
127 TTATTTTTTAAA--T-TTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAATATT
* * * * ** * * *
214595 ATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAAGTGTTTTATGACAAGACAAATGGTCAAAA
1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGTCATAA
* * * * * *
214660 TGATTTTAAATAGATAATTGTT-AAATATTCATATCTATTTGAACTTA-TTCGATAAATAGATTT
65 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGATAAACAGATTT
* * * * *
214723 TTTTTTTCAAATCGTTTCCTTATTAATTTTTTTGAATGTTAATAAATTAACATT
129 ATTTTTT-AAA---TTTACTTATTAA--TTTTAGAATATTAATAAATTAATATT
* * * ** * * * ** *
214777 ATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAATTAAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAATATCAAAA
1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAA
* * ** * * * * * *
214842 TGATTTGAAATATATAATTGTTTTATTAGTCTTAACTATTTGAACT-GATTGGGTGAACACATTT
65 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAACAGATTT
* * * * *
214906 ATTTTTTAAATCTCTTA-TGAATTGATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATT
129 ATTTTTTAAA--T-TTACT-TATT-AATTTTAGAATATTAATAAATTAATATT
* * * * * * * * *
214958 ATTTTAATCTAAATAAGCTTGCATGAA-AAGAAACAATTGTTCTATGAAAAAATAAAGATTAAAA
1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAA
* * * * * * * * * * *
215022 CGATTTGAGATA-ATAACTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAGCTGGCTCGGTAAACAAATTTA
65 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTA
* * * * *
215086 GTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTCAAAAATATTAATAAATCAATATT
130 TTTTTTAAATTTACTTATTAATTT-TAGAATATTAATAAATTAATATT
* ** * * * * *
215133 ATTTTAATTTTGAATAATTTTGGATGAACAAAAATAATTGTTTTACGACAAAATAAAAGGTTATA
1 ATTTT-ATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATA
* * * * * * * * *
215198 TTCATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCAGATTT
64 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTT
* * * * *
215263 A-TTTTTAAATCTCCTACCTATTAATATTTTGAATATTAATAAACTAGTACT
129 ATTTTTTAAAT-T--TACTTATTAAT-TTTAGAATATTAATAAATTAATATT
* * * * * * *
215314 ATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAATATAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGACTATAA
1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTC-ATAA
* * * * * * * * *
215379 CT-ATTTGAACTAAACAATTATTCAAATGGTCATAACTATTT-AAGCTTGCTCGGTAAACAAATT
65 -TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTTGATAAACAGATT
* * *
215442 TACTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTAAT
128 TATTTTTTAAA---TTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAATATT
* * *
215494 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ACTAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTC-TA
1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATA
* * * * *
215557 ACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGATC-ATGTTTTATAGACAAAT
64 A-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTTGATAAACAGAT
* * *
215620 TTATTTTTTAACTTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTTATATT
127 TTATTTTTTAA--ATTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAATATT
** * ** * *
215672 ATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGGAACAATAGTTTTATGACAAAA-AAAAGTCATAAT
1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAAT
* * * * * * *
215736 GATTTGAAATAGATAAATGTTAAAATAATCATAATTATTTGAACTA-TTT-AGTAAATAGATTCA
66 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAGATTTA
* * *
215799 TTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTATTTGAATATTAATAAATTTATATT
130 TTTTTTAAA---TTTACTTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAATATT
* * *
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1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGG-TCAT
*** * * *
215913 AGCAATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAGAT
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* * *
215977 TCATTTTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGA-ATT
127 T--TATTTTTTAAA---TTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTA-ATATT
* ** * * * *
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1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAAT
* * ** *
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* * * * ** *
216162 AAAATTTATTTTTGAAATCTTTTACTAATTAAGTGTTT-GAATATTAATAAATTTCTATA
122 CAGATTTATTTTTTAAA---TTTACTTATTAA-T-TTTAGAATATTAATAAATTAATATT
* * * *
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1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATA
* * * * * * * ** *
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64 A-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAGAT
* * * **
216349 TCATTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGGATT
127 TTATTTTTTAAAT---TTACTTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAATATT
* * * ** * * * * *
216403 ACTTTATTCTGAATAAGAATGTATCAATAGAAACAATTGTCTTATGACAAAATAAATGGTCATAA
1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGTCATAA
* * * * *
216468 TGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTAATTAAACTAGTTTGATAAACAGATTTA
65 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTA
* * *
216533 TTTTTTAAATGT-CTTATTAATGTTCAAAATATTAATAAATTAATATT
130 TTTTTTAAATTTACTTATTAAT-TTTAGAATATTAATAAATTAATATT
** * ** * *
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1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GGTCATAA
* * * * *
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65 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAGATTT
* * *
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** * ** * * *
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1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA-TGACAAAAC-AAA-GGTCAT
* * ** * *
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63 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAGA
* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * ** * *
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1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAAT
* * * * * * * *
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66 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAACAGATTTA
* * * * *
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* * *
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1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACA-AAGGTCATA
* * * * * * * *
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* * ** ** * * * *
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* * * * * * *
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1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAAGGTCATA
* * * * ** * *
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* * ** ** *
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* * ** * * ** * * *
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1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAAT
* * * * * * * * * *
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* * *
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* * * ** * * **
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * ** * * * * *
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1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAA
* * * * ***
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** * * **
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* * * * * * *
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1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAAT
* * * *
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66 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TT--GATAAACAGATT
* * * *
218295 TATCTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTATATT
128 TATTTTTTAAA--TTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAATATT
** * * * * * * *
218347 ATTTTATTCGAAATAAACTTGCACGAATAGAATA-AATTATTTTATGACAAAATGAAAGGTCATA
1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATA
*
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218458 TATTCAATAA
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TTTTTAAATTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAATATT
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* *
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*
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* * ** * *
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* * * * * * * *
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** * *
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* *
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218379 TAAATTATTT
Statistics
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Found at i:218393 original size:172 final size:170
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217973 TTATAATATT
* * * *
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* *
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* * * ** * * *
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* * * * * * *
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* ** * *
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*
218333 AATAAATTTATATTATTTTAT-TCGAAATAAACTTGCACGAATAGAATA-AATTATTTTATGACA
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* * *
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63 --A--AAA--T-ATAATGA-TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGAACT
218458 TATTCAATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:219140 original size:75 final size:75
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* *
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* **
219078 CTAAAAAAGG
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* * *
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65 CCCAAAAAAAA
* *
219163 GGATTGATCCCCTCTTAAAGGGATCAATCG
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219193 GGTAAGGCAA
Statistics
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CCAAAAAAAA
Found at i:221490 original size:175 final size:176
Alignment explanation
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221131 TCCGTTACAC
* * *** * * * *
221141 ATTAATTTTTAAAATATTAGTAAATTGACATTATTTTTATTTTGAATAAGAC-TATATCAATACA
1 ATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAACATTA-TTTTATTCCAAACAA-ACTTATATGAACAAA
* * * * * * *
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* * * * * * *
221269 A-A-AATTAATTGAACTA-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATATCTT
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*
221318 ATTGATTTTCAAAATATTAAT-AATTAACATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAAC-AAAA
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* * * * *
221381 TATTTGCTTTACGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCA
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*
221445 TAACTATTTAAACAGGATCAATAAACATATTTAGATTTT-AAATATCTT
129 TAACTATTTAAACAGGATCAATAAACAAATTTA-ATTTTCAAATATCTT
* ** *** * ** *
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* * * * * * *
221558 AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAGTAGATAATAGTTCAAATGGACATG
66 AATTACTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATAGTTCAAATAGACATA
221623 ACTATTTAA
131 ACTATTTAA
221632 CTTATTCAGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (176 bp):
ATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAAC
AATTACTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATAGTTCAAATAGACATA
ACTATTTAAACAGGATCAATAAACAAATTTAATTTTCAAATATCTT
Found at i:221777 original size:162 final size:163
Alignment explanation
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221483 TAAATATCTT
* * **
221493 ATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAACAAAAAC
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* *
221558 AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAGTAGATAATAGTTCAAATGGACATG
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* *
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* ** ** *
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65 CAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTT-AAAGTAGA-TAATAGTTCAAATAGA
221781 CATAACTATTTGAACT
127 CATAACTATTTGAACT
221797 CGCTAATTAA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 14, Indels: 9
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 3 0.02
162 113 0.92
163 7 0.06
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (163 bp):
ATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAAC
AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAGTAGATAATAGTTCAAATAGACATA
ACTATTTGAACTTATTCAGTAAATCTTTAATTC
Found at i:221869 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 221666--224104 Score: 825
Period size: 179 Copynumber: 13.7 Consensus size: 178
221656 TTAATTTTAT
221666 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
1 AATA-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
*** *
221731 GACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATA-ATTTTTTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
65 GACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGA-TAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * * ** *
221795 C-TCGCTAATTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT-TAATTTTTGG
128 CAT-GCTAAGAAAACAGATTTATCTTTTAAAT-TTTAACTT-TCTAATTGCTGA
* ** * * *
221847 AATA-AATAAATCAGTATTATTTTATTCCGAATAAGA-TTGTTTGAACAGAAACAATTGGTTTAT
1 AATATAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-ACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* *
221910 GACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAAC
65 GACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* *
221975 ATGTTTAGAAAACAGATTTATCTTTTAAATTTTAACTTTCTAATTGCTGA
129 ATGCTAAGAAAACAGATTTATCTTTTAAATTTTAACTTTCTAATTGCTGA
* * * * *
222025 AATATTAATAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGCATG-ATCAGAACCAATTATTTT
1 AATA-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTT
* * * * ***
222087 ATGACAAAATAAATTGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAAC-AAAAG
63 ATGACAAAACAAA-AGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** ** ** * * * *
222150 ATTC-TTTTTTG-TGATAGATTCT-TATTTT-AATTCTCTTACTCATT-T-ATTG-TCA
126 A-ACATGCTAAGAAAACAGATT-TATCTTTTAAATT-T-TAACT--TTCTAATTGCTGA
* ** * ** *
222202 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-GCTCAAATAAGTTTATACAAACT-GAAACGATTGTTT
1 -AATA-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTT
* * * **
222265 TTTGACAAAAGAAAAGGTCCTAATGATTCAAAATAG-T---TA-T---A-A-T--T---T-TTTG
62 TATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * ** * * * * ** *
222314 AA-TTGATTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATAAAATT-TTGA
126 AACATG-CTAAGAAAACAGATTTATCTTTTAAAT-T-TTAACTT-TCTAATTGCTGA
* * * * *
222368 AATATTAATAAATTAGCT-TTATTCTT-TCCTAAATAAACTTTTATTAGCTA-AAATAATTGTTT
1 AATA-TAATAAATTAG-TATTATT-TTATTCTAAATAAACTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTT
** * * * * * *
222430 TATGAC-AAACAAAAGCTCATAACAATTTGAAATAAACAATTGTTCATATAGTCATAACTATTCG
62 TATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * * * *
222494 AAC-TAGTTTGGTAAAC-GAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTAT-TAAATT--TTA
126 AACAT-GCTAAGAAAACAG-ATTTATCTTTTAAAT-TTTAACTT-TCT-AATTGCTGA
* * * * * * * *
222547 GAATGTTACTAAATTCGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAACTA-AAACAAGTGTTTT
1 -AAT-ATAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
* ** * * ** * * *
222611 ATGATATGACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAATTATTTGA
63 ATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * *
222676 A-TTAGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTT---TAT-TAATT-CTTGA
127 ACAT-GCTAAGAAAACAGATTTATCTTTTAAAT-TTTAACTTTCTAATTGC-TGA
* * * *
222725 AATATTAAT-AATTAGCATTATTTTATT-TCAAATAAACCTGTATG--TTGAAAACAAATGTTTT
1 AATA-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTT
** * * ** * * * *
222786 ATGATGAAACATAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGA
63 ATGACAAAACA-AAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * ** * ** **
222851 A-ATGATTTAGCAAATTGATTTATTTTTTAAATATCTT-ACTTAT-TCGTTTTTGA
127 ACATG-CTAAGAAAACAGATTTATCTTTTAAAT-T-TTAACTT-TCTAATTGCTGA
* * ** * * * *
222904 AATATTAATAAAGTAGTATTATTTAATT-TCGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAATAATTATTTT
1 AATA-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
** * * * * * *
222967 ATGACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-AGTTTTGTG
63 ATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATT-TG
* ** ** * * * **
223031 AACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTT-ACTTAT-TAATTTTTTGA
126 AACATGCTAAGAAAACAGATTTATCTTTT-AAAT-T-TTAACTT-TCTAA-TTGCTGA
* ** * * **
223087 AAGT-TAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTACA
1 AA-TATAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
223150 TGACCAAACAAAAGATCAAAATGATTTTAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA
64 TGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * **
223215 C-TAG-TTCGATAAACACA-TT-T-TTTTAAA-TCT--CTTAT-TAATTTTTGA
128 CAT-GCTAAGA-AAACAGATTTATCTTTTAAATTTTAACTT-TCTAATTGCTGA
* * * *
223260 AATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAAA----TATGATTAAAAACAATTGTTTTA
1 AATA-TAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
223320 TGACTAAACATATAA-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTAATAACTATTTGA
64 TGACAAAACA-A-AAGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * ** *
223384 AC-TCACTCA-ATAACTAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT-TAATTTTTAA
127 ACAT-GCTAAGAAAAC-AGATTTATCTTTTAAAT-TTTAACTT-TCTAATTGCTGA
* * * * *
223437 AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTTTGTGAACAGAAACAATTG-TTTA
1 AA-TATAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
223500 TGACAAAATAAAAAGCCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAGTACTTGAA
64 TGACAAAA-CAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
223565 CGTGTTCAGAAAATAGATTTAT-TTTTAAAATTTTTACTTAT-TAA-TCCTTGG
128 CATGCTAAGAAAACAGATTTATCTTTT-AAATTTTAACTT-TCTAATTGC-TGA
** * * *
223616 AATATTAGCAATTTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTG-TTT
1 AATA-TAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * *
223678 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGA
63 ATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * * ** * * * *
223743 ACATGTTTGGTAAACAAATTCCTTTTTTAAATCTCTT-ACTCAT-TAATT-TTTA
127 ACATGCTAAGAAAACAGATTTATCTTTTAAAT-T-TTAACT-TTCTAATTGCTGA
* * * * * * *
223795 AAAATTAATAAGTTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACCTATATGAATTGATACAATTATTTTA
1 AATA-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * *
223859 T-AGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTATTATTTGA
64 TGA-CAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
223923 ACTTGTTAGGTAAACATATTTAT-TTTTAAATCTTTTACTTAT-TAATTG-TCGA
127 ACATGCTAAGAAAACAGATTTATCTTTTAAAT-TTTAACTT-TCTAATTGCT-GA
* * * * ** * * *
223975 AATATTAATAAATTAATATTATCTTAATCCAAATAAGGTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT
1 AATA-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
** * * * *
224040 GACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAAC
65 GACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
224105 TTATTTGGTA
Statistics
Matches: 1752, Mismatches: 359, Indels: 295
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
163 3 0.00
164 28 0.02
165 62 0.04
166 14 0.01
167 4 0.00
168 1 0.00
169 6 0.00
170 73 0.04
171 5 0.00
172 5 0.00
173 19 0.01
174 37 0.02
175 93 0.05
176 41 0.02
177 64 0.04
178 72 0.04
179 503 0.29
180 399 0.23
181 189 0.11
182 119 0.07
183 14 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AATATAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT
GCTAAGAAAACAGATTTATCTTTTAAATTTTAACTTTCTAATTGCTGA
Found at i:221929 original size:341 final size:335
Alignment explanation
Indices: 221330--221956 Score: 785
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 335
221320 TGATTTTCAA
* *
221330 AATATTAATAATTAACATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAATATTTGCTTTACGA
1 AATATTAATAATTAACATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAACAATTGCTTTACGA
* * *
221395 CAAAATAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAG
66 CAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAC
* *
221460 GATCAATAAACATATTTAGATTTTAAATATCTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
131 GATCAATAAACAGATTTAGATTTTAAATATCTTATTAATTTTGAAATA-TAATAAATCAGTATTA
** ** * * *
221525 TTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT
195 TTTTATTCCGAATAAGATTGTATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAA
221590 GATTT-AAAGTAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTAACTTATTCAGTAAATCTTTAAT
260 GATTTGAAA-TAGATAACTA-TTCAAATGGACATGACTATTTAACTTATTCAGTAAATCTTTAAT
221653 TCATTAATTTTAT
323 TCATTAATTTTAT
** * * * * * *
221666 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAAT-AATTAACATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACA-AAACAATTGCTTTAC
* * ** * *
221731 GACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAATTTTTTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
64 GACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * * ** * *
221796 TCGCT-AATTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA-AATAAATC
129 ACGATCAA-TAAACAGATTTAGATTTTAAA---TAT-CTTATTAA-TTTTGAAATATAATAAATC
* * *
221859 AGTATTATTTTATTCCGAATAAGATTGTTTGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGG
188 AGTATTATTTTATTCCGAATAAGATTGTATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGG
221924 TCATAAAGATTTGAAATAGATAACTATTCAAAT
253 TCATAAAGATTTGAAATAGATAACTATTCAAAT
221957 AGTCATAAGT
Statistics
Matches: 243, Mismatches: 38, Indels: 15
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
336 9 0.04
337 35 0.14
338 87 0.36
341 90 0.37
342 13 0.05
343 9 0.04
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (335 bp):
AATATTAATAATTAACATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAACAATTGCTTTACGA
CAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAC
GATCAATAAACAGATTTAGATTTTAAATATCTTATTAATTTTGAAATATAATAAATCAGTATTAT
TTTATTCCGAATAAGATTGTATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAG
ATTTGAAATAGATAACTATTCAAATGGACATGACTATTTAACTTATTCAGTAAATCTTTAATTCA
TTAATTTTAT
Found at i:223474 original size:889 final size:889
Alignment explanation
Indices: 222337--224105 Score: 1957
Period size: 889 Copynumber: 2.0 Consensus size: 889
222327 AATAGAATTA
222337 TTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGCTTTATTCTTTCCTAAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTAC-TATAAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGCTTTATTCTTTCCTAAAT
* * *
222402 AAACTTTTATTAGCTAAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAGCTCATAACAATTTGAAATAAAC
65 AAACTATGATTA-C-AAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAA-CTCATAACAATTTGAAATAAAC
* * * * ***
222467 AATTGTTCATATAGTCATAACTATTCGAACTAGTTTGGTAAACGAATTTATTTTTTAAATCTTTT
127 AATTATTCAAATAGTAATAACTATTCGAACTAGCTCAATAAACGAATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * * *
222532 AGTTATTAAATTTTAGAATGTTACTAAATTCGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAACT
192 ACTTATTAAATTTTAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATAAAC-
* ** * ** *
222597 A-AAACAAGTGTTTTATGATATGACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
256 AGAAACAAGTG-TTTATGACAAAACAAAAAGCCAAAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * * *
222661 TTCATAATTATTTGAA-TTAGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAA-TCTT-TTATTAATTCTT
320 GTCAAAAGTACTTGAACGT-GTTCAGAAAATAAATTTATTTTTAAAATTCTTATTATTAATCCTT
* *
222723 GAAATATTAATAA-TTAGCATTATTTTATTTCAAATAAACCTGTATG-TTGAAAACAAATGTTTT
384 GAAATATTAACAATTTA-CATTATTTTATTTCAAATAAACCTGTATGATAGAAAA-AAATG-TTT
** * * * * *
222786 ATGATGAAACATAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGA
446 ATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTAGA
*** * * ** *
222851 A-ATGATTTAGCAAATTGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTCGTTTTTGAAATATTAATAA
511 ACATG-TTTAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATATCTTACTCATTAATTTTT-AAAAATTAAT-A
** * * * *
222915 AG-TAGTATTATTTAATTTCGGATAAGCTTTTATGAACTAAAATAATTATTTTAT-GACAAAACA
573 AGTTAGTATTATTTAATTTCAAATAAACCTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAG-CAAAACA
* * *
222978 AAAGGTCATAAAAATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-TAGTT-TTGTGAACTTATTCG
637 AAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATTA-TTATT-TGAACTTATTAG
* * * *
223041 GTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTAATAT
700 GTAAACAGATTTA-TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTGTCGAAATATTAATAAATTAATAT
* * * ** *
223105 TATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTACATGACCAAAC-AAAAGATCAA
762 TATCTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTACATGACAAAACAAAAAG-TCAA
** * * * * *
223169 AATGATTTTAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACACAT
826 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATACTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACACAT
* * * *
223233 TTTTTTAAATCTCTTA-T-T-AATTTTTGAAATATTATTAAATTAG-TATTATT-TTTATCTGAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTATAAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGCT-TTATTCTTT-CCTAAA
*
223293 TAAA-TATGATTA-AAAACAATTGTTTTATGACTAAACATATAA-TCATAACGATTTGAAATAAA
64 TAAACTATGATTACAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACA-A-AACTCATAACAATTTGAAATAAA
* * * *
223355 TAATTATTTAAATAGTAATAACTATTTGAACTCA-CTCAAT-AACTAGATTTATTTTTTAAATCT
126 CAATTATTCAAATAGTAATAACTATTCGAACT-AGCTCAATAAACGA-ATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * *
223418 TTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTTTGTG
189 TTTACTTATTAAATTTTAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATA
* * * **
223482 AACAGAAACAATTGTTTATGACAAAATAAAAAGCCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAA
253 AACAGAAACAAGTGTTTATGACAAAACAAAAAGCCAAAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAA
* *
223547 TAGTCAAAAGTACTTGAACGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATCC
318 TAGTCAAAAGTACTTGAACGTGTTCAGAAAATAAATTTATTTTTAAAATTCTTA-TTATTAATCC
* * * * * * *
223612 TTGGAATATTAGCAATTTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTT
382 TTGAAATATTAACAA-TTTACATTATTTTATTTCAAATAAACCTGTATG-ATAGAAAAAAATGTT
* *
223677 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAG
445 TATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTAG
* * * *
223742 AACATGTTTGGTAAACAAATTCCTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAAAAATTAATAAG
510 AACATGTTTAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATATCTTACTCATTAATTTTTAAAAATTAATAAG
* * * *
223807 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACCTATATGAATTGATACAATTATTTTATAGCAAAACAAAA
575 TTAGTATTATTTAATTTCAAATAAACCTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAGCAAAACAAAA
** * * *
223872 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTATTATTTGAACTTGTTAGGTAAA
640 GGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATTATTATTTGAACTTATTAGGTAAA
* *
223937 CATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATCTTAA
705 CAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATCTTAA
* * * ** *
224002 TCCAAATAAGGTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
770 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTACATGACAAAACAAAAAGTCAAAACAATTTG
*
224067 AAATAAATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACT
835 AAATAAATAATTATTCAAATACTCATAACTATTTGAACT
224106 TATTTGGTAA
Statistics
Matches: 723, Mismatches: 126, Indels: 55
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
888 111 0.15
889 251 0.35
890 15 0.02
891 151 0.21
892 161 0.22
893 11 0.02
894 7 0.01
896 16 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (889 bp):
TTTTTTAAATCTCTTACTATAAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGCTTTATTCTTTCCTAAATA
AACTATGATTACAAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAACTCATAACAATTTGAAATAAACAATT
ATTCAAATAGTAATAACTATTCGAACTAGCTCAATAAACGAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
ATTAAATTTTAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATAAACAGAAA
CAAGTGTTTATGACAAAACAAAAAGCCAAAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAA
AGTACTTGAACGTGTTCAGAAAATAAATTTATTTTTAAAATTCTTATTATTAATCCTTGAAATAT
TAACAATTTACATTATTTTATTTCAAATAAACCTGTATGATAGAAAAAAATGTTTATGACAAAAC
AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTAGAACATGTTTAG
CAAACAAATTCATTTTTTAAATATCTTACTCATTAATTTTTAAAAATTAATAAGTTAGTATTATT
TAATTTCAAATAAACCTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAGCAAAACAAAAGGTCATAAAAA
TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATTATTATTTGAACTTATTAGGTAAACAGATTTATTT
TTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATCTTAATCCAAATAAGC
TTGTATGAACAAAAACAATTATTACATGACAAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAAATAAT
TATTCAAATACTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACACAT
Found at i:223584 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 222324--224105 Score: 1415
Period size: 180 Copynumber: 10.0 Consensus size: 179
222314 AATTGATTTG
* * *
222324 GTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGCT-TT
1 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATT
* * * * * * *
222388 ATTCT-TTCCTAAATAAACTTTTATTAGCTAAAATAATTGTTTTATGAC-AAAC-AAAAGCTCAT
65 ATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCAT
** * * * * * **
222450 AACAATTTGAAATAAACAATTGTTCATATAGTCATAACTATTCGAACTAGTTTG
127 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCA
* * * * * * *
222504 GTAAA-CGAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAAATTTT-AGAATGTTACTAAATTCGTAT
1 GTAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * ** * * *
222567 TATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAAGTGTTTTATGATATGACAAAAGGTTAA
64 TATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
** * * *
222631 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATAATTATTTGAATTAGTTCA
127 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCA
* * *
222685 GTAAATAAATTTATTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTCTTGAAATATTAAT-AATTAGCATTA
1 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *** * ** * * *
222745 TTTTATTTCAAATAAACCTGTATGTTGAAAACAAATGTTTTATGATGAAACATAAGGTAATAATG
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * * *
222810 ATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAATGATTTA
131 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCA
* * * ** *
222860 GCAAATTGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTCGTTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTA
1 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * *
222925 TTTAATTTCGGATAAGCTTTTATGAACTAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAA
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
* * * * * * * *
222990 AATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-AGTTTTGTGAACTTATTCG
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT-TGAAC-TGTTCA
* *
223041 GTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTAATAT
1 GTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * ** * *
223105 TATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTACATGACCAAAC-AAAAGATCAA
64 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCAT
* * *
223169 AATGATTTTAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTC-
127 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCA
* * *
223222 GATAAACACA--T-TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT
1 G-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
223280 ATTTT-TATCTGAATAA-ATATG-AT-TA-AAAACAATTGTTTTATGACTAAACATATAA-TCAT
65 ATTTTATTTC-AAATAAGCT-TGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAAGTCAT
* * * * **
223339 AACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTAATAACTATTTGAACTCACTCA
127 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCA
* * * * *
223393 ATAACTAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
223458 TTTTATTTCAAATAAGCTTTTGTGAACAGAAACAATTG-TTTATGACAAAATAAAAAGCCATAAT
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
* * * *
223522 GATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAGTACTTGAACGTGTTCA
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCA
* * * ** * ** *
223573 GAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATCCTTGGAATATTAGCAATTTTA-TATT
1 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATT
* * * *
223636 ATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* * **
223700 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAACATGTTTG
129 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCA
* * ** * * *
223752 GTAAACAAATTCCTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTT-AAAAATTAATAAGTTAGTATTA
1 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * ** * * *
223816 TTTTATTTCAAATAAACCTATATGAATTGATACAATTATTTTAT-AGCAAAACAAAAGGTCATAA
66 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAA
* * *
223880 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTATTATTTGAACTTGTT-A
129 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCA
* * * * * *
223931 GGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATT
1 -GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
223995 ATCTTAATCCAAATAAGGTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
65 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
** * * *
224060 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACT
129 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
224106 TATTTGGTAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (179 bp):
GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCA
Found at i:223790 original size:359 final size:355
Alignment explanation
Indices: 222295--224123 Score: 1378
Period size: 356 Copynumber: 5.1 Consensus size: 355
222285 TAATGATTCA
* * * * *
222295 AAATAGTTATAATTTTTTGAA-TTGATTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-
* * * * * * * * * * *
222359 AAATTTTGAAATATTAATAAATTAGCT-TTATTCT-TTCCTAAATAAACTTTTATTAGCTAAAAT
64 TAATTTTTAAAAATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACTGAAAC
* * ** * * * * *
222422 AATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGCTCATAACAATTTGAAATAAACAATTGTTCATATAGTCATA
127 AATT-ATTTATGACAAAAAAAAAG-TCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* ** * *
222486 ACTATTCGAACTAGTTTGGTAAACGA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAAATT-TT-AG
190 ACTATTTGAACT-GTTCAGAAAAC-ACATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATT-AATTCTTGA-
* * ** * * *
222548 AATGTTACTAAATTCGTATTATTTTAATCTG-AATAAGCTTGTATAAACT-AAAACAAGTGTTTT
249 AATATTAAT-AATTTATATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTT
* ** * * * *
222611 ATGATATGACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
311 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * ** * *
222656 AAATATTCATAATTATTTGAA-TTAGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAA--TCTT--TTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * *
222716 AATTCTTGAAATATTAAT-AATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAACCTGTATG--TTGAAAACA
65 AATT-TTTAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTG-AAAC-
* * * * * * * * * *
222778 AATGT-TTTATGATGAAACATAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATA
127 AAT-TATTTATGA-CAAAAAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *** * ** *
222842 ATTATTTGAAATGATTTAGCAAATTGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTCGTTTTTGAAAT
190 ACTATTTGAACTG-TTCAGAAAACACATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTCTTGAAAT
** * * * * *
222907 ATTAATAAAGTAGTATTATTTAATTTCG-GATAAGCTTTTATGAACT-AAAATAATTATTTTATG
252 ATTAATAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATG
* *
222970 ACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTTAAATAAATAATTGTTC
314 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * *
223012 AAATAGTCAT-AGTTTTGTGAACTTATTCGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTAT
1 AAATAGTCATAACTATT-TGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
223076 TAATTTTTTGAAAGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
64 TAA-TTTTTAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACA
* * * * * * *
223141 ATTATTACATGACCAAACAAAAGATCAAAATGATTTTAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAA
128 ATTATT-TATGACAAAAAAAAAG-TCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* *
223206 CTATTTGAACTAGTTC-GATAAACACA-TT-TTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATAT
191 CTATTTGAACT-GTTCAGA-AAACACATTTATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTCTTGAAATAT
* * * * * *
223265 TATTAAATTAGTATTATTTTTATCTG-AATAA----ATATGATTAAAAACAATTGTTTTATGACT
254 TAATAATTTA-TATTA-TTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACA
* * *
223325 AAACATATAA--TCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTT
317 AAACA-A-AAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * *** *
223364 AAATAGTAATAACTATTTGAACTCACTCAAT-AACTAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * *
223428 AATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTGTGAACAGAAACAA
65 AATTTTTAAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAA
* * * *
223493 TTGTTTATGACAAAATAAAAAGCCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAGT
129 TTATTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
223558 ACTTGAACGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATCCTTGGAATATTA
193 ATTTGAAC-TGTTCAGAAAACACATTTATTTTT-AAATTTTTACTTATTAATTCTTGAAATATTA
**
223623 GCAATTTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTG-TTTATGACAAA
256 ATAA-TTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAA
** *
223686 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
319 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * * ** *
223723 AAATAGTCATAACTATTAGAACATGTTTGGTAAACAAATTCCTTTTTTAAATCTCTTACTCATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * *
223788 ATTTTTAAAAATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACCTATATGAATTGATACAATT
66 ATTTTTAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATT
* * * * *
223853 ATTTTAT-AGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTATT
131 A-TTTATGA-CAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * *
223917 ATTTGAACTTGTT-AGGTAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATT
193 ATTTGAAC-TGTTCA-GAAAACACATTTATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTCTTGAAATATT
* * * ** * * *
223981 AATAAATTAATATTATCTTAATCCAAATAAGGTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAA
255 AAT-AATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
*
224046 ACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
319 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
*
224083 AAATACTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTT
224124 GAAATAAGTT
Statistics
Matches: 1174, Mismatches: 230, Indels: 129
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
350 68 0.06
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364 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
ATTTTTAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATT
ATTTATGACAAAAAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
TGAACTGTTCAGAAAACACATTTATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAT
TTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
Found at i:224220 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 224005--224242 Score: 345
Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 120
223995 ATCTTAATCC
*
224005 AAATAAGGTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
1 AAATAAGGTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAA
*
224070 TAAATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTG
66 TAAATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTG
* * * * * *
224125 AAATAAGTTTGTATGAATAGAAAAT-TTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTAAA
1 AAATAAGGTTGTATGAACA-AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAA
* * *
224189 ATAGATAATTGTTCAAATAGC-CATAATTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATT
65 ATAAATAATTGTTCAAATA-CTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATT
224243 CATTCTTTAA
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 11, Indels: 4
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
120 99 0.94
121 6 0.06
ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (120 bp):
AAATAAGGTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAA
TAAATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTG
Found at i:224379 original size:300 final size:300
Alignment explanation
Indices: 223854--224396 Score: 709
Period size: 300 Copynumber: 1.8 Consensus size: 300
223844 GATACAATTA
** * ** *
223854 TTTTATAGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTATTAT
1 TTTTATAGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTAT
* * *
223919 TTGAACTTGTTAGGTAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAAT
66 TTGAACTTATTAGGTAAACAGATTCATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAAT
* * *
223984 AAATTAATATTATCTTAATCCAAATAAGGTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACA
131 AAATTAATATTATCTTAATCCAAATAAGGTTATACGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACA
*
224049 AAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAACTTATTTGGT
196 AAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACACTCATAACTATTTGAACTTATTTGGT
224114 AAACAGATTTGAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAATTTTG
261 AAACAGATTTGAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAATTTTG
* * *
224154 TTTTAT-GACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTA
1 TTTTATAG-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTA
* * ***
224218 TTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTCATTCTTTAAATCTTTTACTTATTAAATT-TTTTAATATT
65 TTTGAACTTATTAGGTAAACAGATTCATT-TTTAAATCTTTTACTTATT-AATTGTCGAAATATT
* * * * * *
224282 AATAAATTAGA-ATTATGTT-ATCCCATATAAGTTTATACGAATAGAAATAATTATTTTGTGAC-
128 AATAAATTA-ATATTATCTTAAT-CCAAATAAGGTTATACGAACAAAAATAATTATTTTATGACA
*** * * *
224344 AAACAATGGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACT
191 AAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACACTCATAACT
224397 GTTTTCACTA
Statistics
Matches: 205, Mismatches: 33, Indels: 10
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
299 1 0.00
300 125 0.61
301 74 0.36
302 5 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (300 bp):
TTTTATAGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTAT
TTGAACTTATTAGGTAAACAGATTCATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAAT
AAATTAATATTATCTTAATCCAAATAAGGTTATACGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACA
AAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACACTCATAACTATTTGAACTTATTTGGT
AAACAGATTTGAAATAAGTTTGTATGAATAGAAAATTTTG
Found at i:224850 original size:370 final size:362
Alignment explanation
Indices: 224424--225503 Score: 829
Period size: 362 Copynumber: 3.0 Consensus size: 362
224414 CAACAGATAT
* *
224424 ATTTTCTAAATC-CATTACTTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCA
1 ATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCA
* * ** * **
224487 AATAAGACT-GTATGAGCACAAACAATTATTTTATGATAAAA-CCAATGGTCATAACGATTTGAA
64 AATAAG-CTAGTAAGAGCACAAAAAATTATTTTACAACAAAATAAAAT-GTCATAACGATTTGAA
* * *
224550 ATAAATAAATGTTCAAATAG-TTATAATTAATTG-AGTTGGTTTAGCAAAACATATTTATCTTTT
127 ATAAATAAATGTTCAAATAGCCT-TAACTAATTGTAG-TGGTTTAGC-AAACAAATTTATCTTTT
* * * *
224613 AAATATCTTTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCGAACAAACTT
189 AAATATCTTACTTACTAATTGTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTT
* * *
224678 ATATA-AACAAAAACATTTGTTTTATAATAAAACAACTAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATA
254 ATA-AGAAAAAAAACAATTGTTTTATAAT---ACAAC--A-AAAA-GTAATAACGATTTGAAATA
*
224742 GATAACTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAATAAAATC
311 GATAACTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTGGTTTGACAAATAAAATC
* * * *
224794 ATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTTG-ATTTATTTTATTCTAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCA-TTATTTTATTCCAA
* *** *
224858 ATAAGTTAGTAAGAGTTGAAAAAATTGTTTTACAACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATA
65 ATAAGCTAGTAAGAGCACAAAAAATTATTTTACAACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * * * *
224923 GATAATTGTTGACATAGCCTTAACTATTTGTAGTGGTTTGGCAAACAAATTTGTTTTTTGAATCT
130 AATAAATGTTCAAATAGCCTTAACTAATTGTAGTGGTTTAGCAAACAAATTTATCTTTTAAATAT
* * * * * * *
224988 CTTAGTTACTAATTGTCAAAATATTGTTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAAGA
195 CTTACTTACTAATTGTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATAAGA
* * * * * *
225053 AAAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAA
260 AAAAAAACAATTGTTTTATAATACAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAA
* * * * *
225118 TAGTTATAATTATTTGAATTGGTTTGATAAATAGAATT
325 TAGTAATAATTATTTGAACTGGTTTGACAAATAAAATC
* * *** * ***
225156 ATTTTTTAAAATCTCTCACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTACTTTATTGTGA
1 ATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCAA
* * * * * * * * * *
225221 ATAAAG-TTGGATGAGTTA-AAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
65 AT-AAGCTAGTAAGAG-CACAAAAAATTATTTTACAACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * * *** * * * *
225284 -AGATAATTCTTCATATTA-TCTTAACTATTTGAACTAACTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAA
128 TAAATAAATGTTCA-AATAGCCTTAACTAATTGTAGTGGTTTAG-CAAACAAATTTATCTTTTAA
* * * * * * * * *
225346 ATCTTTTAATTA-TGAATTTTTAGAATATTATTAATTTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTA
191 ATATCTTACTTACT-AATTGTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTA
** * * * * * * * * *
225410 TATCAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
255 TAAGAAAAAAAACAATTGTTTTATAATACAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAACTGT
* * * *
225475 TGAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTT
320 TCAAATAGTAATAATTATTTGAACTGGTT
225504 CGATAAACAT
Statistics
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0.79 0.15 0.05
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362 244 0.42
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368 1 0.00
369 90 0.15
370 124 0.21
371 12 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (362 bp):
ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCAAA
TAAGCTAGTAAGAGCACAAAAAATTATTTTACAACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATAA
ATAAATGTTCAAATAGCCTTAACTAATTGTAGTGGTTTAGCAAACAAATTTATCTTTTAAATATC
TTACTTACTAATTGTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATAAGAA
AAAAAACAATTGTTTTATAATACAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAAT
AGTAATAATTATTTGAACTGGTTTGACAAATAAAATC
Found at i:225807 original size:372 final size:360
Alignment explanation
Indices: 224624--226173 Score: 1056
Period size: 362 Copynumber: 4.2 Consensus size: 360
224614 AATATCTTTC
* * * *
224624 TTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATAAACAAA
1 TTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAATAAA
* * * * ** * *
224689 A-ACATTTGTTTTATAATAAAACAACTAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTC
66 ATA-A-TTGTTTTATGAT------A-GAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTA
* * * * ** * * * * * *
224753 AAATAGTAATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAATAAAATCATTTTTT-AAATCTCTTAGTTATT
122 AAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACAGAATTATTTTTTAAAATCTCTCACTTATA
* ** * * * * * * *
224817 AATTTTTGAAATATTAATAACTTTGAT-TTATTTTATTCTAAAT-AAGTTAGTAAGAGTTGAAAA
187 AATTTTTGAAATA-TAAGAA-AGTAATATGACTTTATTGTGAATAAAGTT-GGATGAGTT-AAAA
* * * * * * * * *
224880 -AATTGTTTTACAACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCTT
248 CAATTCTTCTATAACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCTT
* * ** * * * *
224944 AACTATTTGTAGTGGTTTGGCAAACAAATTTGTTTTTTGAATCTCTTAG
313 AACTATTTGAACTAATTTGGTAAACTAATTTATTTTTT-AATCTCTTAA
* * * * * * * * *
224993 TTACTAATTGTCAAAATATTGTTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAAGAAAAAA
1 TTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATG-AATAA
* * * * *
225058 AATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTT
65 AATAATTGTTTTATGATAGAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTC
* * *
225123 ATAATTATTTGAATTGGTTTGATAAATAGAATTATTTTTTAAAATCTCTCACTTATAAATTTTTG
130 ATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACAGAATTATTTTTTAAAATCTCTCACTTATAAATTTTTG
* * * * * * *
225188 AAATATTAATAAATTAATTTTACTTTATTGTGAATAAAGTTGGATGAGTTAAAATAATTGTTTTA
195 AAATA-TAAGAAAGTAATATGACTTTATTGTGAATAAAGTTGGATGAGTTAAAACAATTCTTCTA
* * * *
225253 TAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-AGATAATTCTTCATATTA-TCTTAACTATTTGA
259 TAACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGCCTTAACTATTTGA
* * *
225316 ACTAACTTGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAA
323 ACTAATTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTT-AATCTCTTAA
* * * * * *
225355 TTATGAATTTTTAGAATATTATTAATTTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATCAATAGA
1 TTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAATA-A
*
225420 AATAATTGTTTTATGATAGAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTC
65 AATAATTGTTTTATGATAGAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTC
* * *
225485 ATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACATATTTATTTTTT-GAATCTCATACTAATTCTTGAAAT
130 ATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACAGAATTATTTTTTAAAATCTC-T-C--A--CTT---AT
* * *
225549 AATTATTTTATGACAA-A-AGGAAAGGTACTAATGATTTTATT-TCGAAT-AAGCTT-G-T-ACG
186 AA--ATTTT-TGA-AATATAAGAAA-GTAAT-ATGACTTTATTGT-GAATAAAG-TTGGATGA-G
* *
225607 TTGAAAACAATTCTTCTATGACATAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
242 TT-AAAACAATTCTTCTATAACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * *
225672 TGGCCAT-ACTTATTTGAACT-ATTTGGTAAACTAATTTATTTTTTAATTCTCTTAC
306 TAGCCTTAAC-TATTTGAACTAATTTGGTAAACTAATTTATTTTTTAA-TCTCTTAA
* * * * *
225727 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTAA
1 TTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAA-TAA
* * * *
225792 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAT-TCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTAAAATAGT
65 AATAATTGTTTTATGATAGAAC-AAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGT
* * * * *** * * * *
225856 CATAACTATTTGAGCTT-ATTCGGTAAATATTTTTATTTGTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTT
129 CATAACTATTTGA-ATTGGTTCGATAAACAGAATTATTTTTTAAAATCTCTCACTTA-TAAATTT
* * * * * * * * * * *
225920 TTGAAAGT-TAATAAATTAGTATCATTTTCTT-TCAA-ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTA
192 TTGAAA-TATAAGAAAGTAATATGACTTTATTGTGAATA-AAG-TTGGATGAGTTAAAACAATTC
* * * * * * * *
225982 TTTTATAACTAAACAAAAGTTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTAT
254 TTCTATAACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCTTAACTAT
* * **
226047 TTAAACTAATTTGGCAAAC-ATATTT-TTTTAAAATCTC----
319 TTGAACTAATTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTAATCTCTTAA
** * * * *
226084 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATTCGAATCAGCTTGTATG-GTCA
1 TTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAACTTATATGAAT--
* *
226147 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA
63 AAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAA
226174 GATCATAATA
Statistics
Matches: 963, Mismatches: 166, Indels: 117
0.77 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
355 1 0.00
356 4 0.00
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360 2 0.00
361 32 0.03
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365 4 0.00
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371 11 0.01
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374 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
TTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAATAAA
ATAATTGTTTTATGATAGAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCA
TAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACAGAATTATTTTTTAAAATCTCTCACTTATAAATTTTTGA
AATATAAGAAAGTAATATGACTTTATTGTGAATAAAGTTGGATGAGTTAAAACAATTCTTCTATA
ACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCTTAACTATTTGAACT
AATTTGGTAAACTAATTTATTTTTTAATCTCTTAA
Found at i:226446 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 224126--226470 Score: 1169
Period size: 180 Copynumber: 12.9 Consensus size: 180
224116 ACAGATTTGA
* * * *** *
224126 AATAAGTTTGTATGAA-TAGAAA-ATTTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTAAA
1 AATAAGCTTGTATGAACTA-AAATA-ATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * *
224189 ATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTCA-TTCTTTAA
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAA
* * * * * * *
224253 ATCTTTTACTTATTAAATTTTT-TAATATTAATAAATTAGAATTATGTTA-TCCC
127 ATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * ** *
224306 ATATAAGTTTATACGAA-TAGAAATAATTATTTTGTGACAAACAATGGGTCATAACGATTTGAAA
1 A-ATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * ** * * * * *
224370 TAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTGTTTTCAC-TAGTCAGGTCAACAGATATA-TTTTCTAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAACTTATTC-GGTAAACATATTTATTTTTTTAA
* * * * *
224433 ATC-CATTACTTATTAA-TTTTAAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCA
127 ATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * * *
224487 AATAAGAC-TGTATGAGC-ACAAACAATTATTTTATGATAAAACCAATGGTCATAACGATTTGAA
1 AATAAG-CTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * * ** *
224550 ATAAATAAATGTTCAAATAGTTATAATTAATTG-AGTTGGTTTAGCAAAACATATTTA-TCTTTT
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAACTT--ATTCGGTAAACATATTTATTTTTTT
* * ** * * *
224613 AAATATCTTTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCG
125 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * * * * *
224669 AACAAACTTATATAAACAAAAACATTTGTTTTATAATAAAACAACTAACAAAAGGTAATAATGAT
1 AATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTG-TTT-T-AT--GAC-A--AACAAAAGGTCATAATGAT
* * * ** * * * * * *
224734 TTGAAATAGATAACTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAATAAAATCA-TTT
58 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTATTTT
* ** * *
224798 TTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTTG-ATTTATTTTA-TTCTA
122 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTA-TTATTTTATTTC-G
* ** ** * * *
224857 AATAAG-TTAGTAAGAGTTGAAAA-AATTGTTTTACAACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAA
1 AATAAGCTT-GTATGAACT-AAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * ** * * * * *
224920 ATAGATAATTGTTGACATAGCCTTAACTATTTGTAGTGGTTTGGCAAACAAATTT-GTTTTTTGA
63 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAA
* * * ** ** * * *
224984 ATCTCTTAGTTACTAATTGTCAAAATATTGTTAGATTAGTATTATTTTATTTCA
127 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCG
* ** * * * *
225038 AATAAGCTTGTAAGAAAAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * * * *
225103 ATATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA-TTGGTTTGATAAATAGAATTATTTTTTAAAA
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAA
* * * * * *
225167 TCTCTCACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTACTTTATTGT-G
128 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TCG
* ** *
225220 AATAAAG-TTGGATGAGTTAAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
1 AAT-AAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * *
225284 -AGATAATTCTTCATATTA-TCTTAACTATTTGAACTAACTT-GATAAATAGATTTA-TTTTTTA
64 TAGATAATTGTTCA-AATAGTCAT-ACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAACATATTTATTTTTTTA
* * * * ** *
225345 AATCTTTTAATTATGAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAATATTATTTTATTTCG
126 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * * **
225400 AATAAACTTATATCAA-TAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAATGTTATAACAATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * *
225464 TAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGATAAACATATTTA-TTTTTTGA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAACTT-ATTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAA
* * * * * * * *
225527 ATCTCATACTAATTCTTGAAATAATTATTTTATGACA-AAAGGAAAGGTACTAATGATTTTATTT
127 ATCTC-T--T-A--CTT--ATTAATT-TTTGA-AATATTAA-TAAA-GTAGT-ATTATTTTATTT
225591 CG
179 CG
* * * * * *
225593 AATAAGCTTGTACG--TTGAAAACAATTCTTCTATGACATAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAACT-AAAATAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * *
225656 TAGATAATTGTTCAAATGGCCATACTTATTTGAAC-TATTTGGTAAAC-TAATTTA-TTTTTTAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAC-TATTTGAACTTATTCGGTAAACAT-ATTTATTTTTTTAA
* ** *
225718 TTCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTG
127 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCG
* * * ** ** *
225772 GATAAACTTTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATTCATAACAATTTTAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * *
225837 AGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTATTCGGTAAATATTTTTATTTGTTCAAAT
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAAT
* * * * *
225902 CTCTTACTTATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAATTAGTATCATTTTCTTTCA
129 CTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * * * *
225954 AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGTTTAGAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * *
226019 AGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAATTTGGCAAAC--A--TATTTTTTTAAA-
65 AGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAAT
* * *
226079 ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATTCG
129 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT-TTCG
* ** * * * *
226129 AATCAGCTTGTATGGTCAAAAATAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAGATCATAATAATTTGAGAT
1 AATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * ** *** * ** * * *
226193 TGATATTTGTTTAAATAGTTGCA-ACTATTTAAACTGGTTCAAAAAAAAGCTTTA-GTTTTGAGA
65 AGATAATTGTTCAAATAG-T-CATACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAA
* * * * *
226256 TCTTTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTGTTTTATTTTG
128 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * *
226309 GATTAGTTTTTATGAACTAAAATAGTTGTTTTATGCCGAAA-AAAAGGTCA-AATGATTCT-AAA
1 AATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAA
* * **
226371 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTAATTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTTAAA
64 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-CTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAA
* * *
226436 ACTCTTGCTTATTAATTTTTCG-AATGTTAATAAAG
128 TCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAAG
226471 AATATTGTTC
Statistics
Matches: 1660, Mismatches: 406, Indels: 198
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 60 0.04
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176 2 0.00
177 10 0.01
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181 387 0.23
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185 7 0.00
186 1 0.00
187 14 0.01
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Consensus pattern (180 bp):
AATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCT
CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCG
Found at i:226573 original size:97 final size:97
Alignment explanation
Indices: 226377--226565 Score: 258
Period size: 97 Copynumber: 2.0 Consensus size: 97
226367 TAAATAGATA
*
226377 ATTGTTCAAATAGTCATATCTAATTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTTAAAACTCTT
1 ATTGTTCAAATAGTCATATCTAATTGAACTTATTCAATAAACATATTTATTTTTTTAAAACTCTT
* * *
226442 GCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAAGAAT
66 ACTTATTAATTGTTCGAATATTAATAAAGAAT
* * * * *
226474 ATTGTTCAATTAGTTATGA-CTATTTGAACTTATTCAATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTT
1 ATTGTTCAAATAGTCAT-ATCTAATTGAACTTATTCAATAAACATATTTATTTTTTTAAAACTCT
226537 TACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAA
65 TACTTATTAATTGTTCG-AATATTAATAAA
226566 TTAATATTAT
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 9, Indels: 5
0.85 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
95 1 0.01
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98 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (97 bp):
ATTGTTCAAATAGTCATATCTAATTGAACTTATTCAATAAACATATTTATTTTTTTAAAACTCTT
ACTTATTAATTGTTCGAATATTAATAAAGAAT
Found at i:226642 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 226622--226653 Score: 64
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226612 GTTTTTTTAC
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226637 AAAACAAAAAGTCAT
1 AAAACAAAAAGTCAT
226652 AA
1 AA
226654 TGATTTAAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 17 1.00
ACGTcount: A:0.69, C:0.12, G:0.06, T:0.12
Consensus pattern (15 bp):
AAAACAAAAAGTCAT
Found at i:226810 original size:196 final size:196
Alignment explanation
Indices: 226474--226826 Score: 487
Period size: 196 Copynumber: 1.8 Consensus size: 196
226464 AATAAAGAAT
* * *
226474 ATTGTTCAATTAGTTATGACTATTTGAACTTATTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
1 ATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCGTTTA
* *
226539 CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTCAATCTGAATAAGCTTGTATAAACAA
66 CTTATTAATTGTTGAAATATCAATAAATTAATATTATTTCAATCTGAATAAGCTTGTACAAACAA
* *
226604 AAATAATTGTTTTTTTACAAAACAAAAAGTCATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAAT
131 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAAT
226669 A
196 A
* ** *
226670 ATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTTATGT-GGTAAATATATTTATTTTTTAAATCGTTT
1 ATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTAT-TCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCGTTT
* ** ** * * *
226734 ACTTTTTAATTGTTTTAATATCAATAAATTTGTATTATTT-TATTTGAAATAAGCTTGTACAAAT
65 ACTTATTAATTGTTGAAATATCAATAAATTAATATTATTTCAATCTG-AATAAGCTTGTACAAAC
226798 AGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAA
129 A-AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
226827 GGTTATAGTG
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 19, Indels: 6
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
195 4 0.03
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A
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* * * *
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** * * * *
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* * * * *
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1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
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* * * * *
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1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
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* * * * *
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1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
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* * * *
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* * ** * *
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1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
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* * * * *
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1 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * * * *
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** * * *
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* * * * * ** *
232969 TGCTCAATAAACAGATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAACTA
64 TGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
** * * * * * *
233034 GTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTGTGAACAGAAGCAATTGGTTTATGAT
129 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
233087 AAAATAAAAGGTCATGACT-ATTTGAGATAGATAATT
1 AAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATT
233123 AAGACTATTT
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ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
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226987 GTGATTAGGC
* * * *
226997 AAAAGGTTATAATGATTTGATATAGATAATTGTTGAAACAGTCATAACTATTTGCATTGGTCAAG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGATATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAATAGGTCAAG
* * * ** *
227062 CTAACAAATTTATTTGTTAAGTCTGTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTAC
66 CAAACAAAATTATTTGTTAAATCTCCTACTAATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTAC
* * * * * ** *
227127 TTTATTTCAAATAAGATTCTATGAATAGAAACAATTGTGTTATGACAAAACAAATAGTCATAGCA
131 TTTATTCCAAATAAGATTCTAAGAACAGAAAAAATTATGTTACAACAAAACAAATAGTCATAACA
* * * * * *
227192 ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAATTATAACTAATTGAACTGGTTTAGTAAACATATTTATT
196 ATTTGAAATAAAGAATTGTATAAATAACTATAACTAATTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATT
** * *
227257 TTTTAGTTCTCTTACTTATTAATTTGCAAAATATTTATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAA
261 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTGCAAAATATTTATAAATTAATACTATTTTATTCCAAACAA
227322 ACTTATTTTGAACAAAAAAATAAAAG
326 ACTTATTTTGAACAAAAAAATAAAAG
* * *
227348 AAAAGGTCATAATGATTTGA-AGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTC-
1 AAAAGGTCATAATGATTTGATA-TAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAA-TAGGTCA
* * * **
227411 GGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTGTTT
64 AGCAAACAAAATTATTTGTTAAATCTCCTACTAATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGCAT
* * *
227475 TATTTTATTCCAAATAAG-TTAGTAAGAACCA-AAAAAATTATTTTACAACAAAACAAA-AGGTC
128 TACTTTATTCCAAATAAGATT-CTAAGAA-CAGAAAAAATTATGTTACAACAAAACAAATA-GTC
* * * * * *
227537 ATAACGATTTGAAATAGAGAATTGTCCATAAA-ACCT-TAACTATTTGAAGTAGTTTGGCAAACA
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* * * ** * * *
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253 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTGCAAAATATTTA-TAAATTAATACTATTTTAT
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317 TCCAAA
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Statistics
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AAAAGGTCATAATGATTTGATATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAATAGGTCAAG
CAAACAAAATTATTTGTTAAATCTCCTACTAATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTAC
TTTATTCCAAATAAGATTCTAAGAACAGAAAAAATTATGTTACAACAAAACAAATAGTCATAACA
ATTTGAAATAAAGAATTGTATAAATAACTATAACTAATTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTGCAAAATATTTATAAATTAATACTATTTTATTCCAAACAA
ACTTATTTTGAACAAAAAAATAAAAG
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Indices: 227349--233058 Score: 3510
Period size: 537 Copynumber: 10.6 Consensus size: 537
227339 AAATAAAAGA
* * * * * *
227349 AAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-AGTTCGG
1 AAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTGA
* * * * * *
227413 CAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCCTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTAT
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*** * * * * ** * *
227478 TTTATTCCAAATAAGTTAGTAAGAACCA-AAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAAC
127 TTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT
* * * ** * * * * * *
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191 GATTTTAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTAT
* * * * * * *
227604 TATTTTTTAAATCTT-TTAGTTGTTAATTTTT-AGAATATTATTACATTAGTACTATTTTATTCC
255 TATTTTTT-AAT-TTCTCACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * * * * ** *
227667 AAATGAA-ATTGTATGAGTAGAAATAATTGTTTTGTGGTAGAATA-AAAAGGTTATAACAATTTA
317 GAAT-AAGCTT-TAGGAAT-GAAACAATTATTTTAT-G-ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * **
227730 AAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTA-TTCAATAAACAAAGATATTTTTT
377 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT
* * *
227794 AAATCTCCTACTTATTAATTATTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTT
441 AAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
* *
227859 GTATGATGAAAAACAATTGCTTTATGACAAAAC
505 GTATGAAGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * *
227892 AAAAGTTCATAATGATTAGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATTCGA
1 -AAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGA
* *
227957 TAAACTA-ATTGATATTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAAT-AA--AGTA--A
65 TAAAC-AGATTTAT-TTTTAAAT-TCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
228016 -TTT-TTTTGTATAAGCTTT-TATGAACT-TAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATA
126 TTTTATTTTGAATAAG-TTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATA
* * *
228077 ATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTT
189 ATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TT
* * * *
228142 ATCTATTTACTTTTATTTTCTCTCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
253 AT-TA-TT--TTTTAATTTCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
228207 TTTGAATAAGCATTTAGGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAATGCCAGAATGACTCG
314 TTCGAATAAGC-TTTAGGAA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
228272 AAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAGTTCGACAAATACATTTATTTTTTA
377 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * * * * *
228337 AATC-CATACTTGTTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTTG
442 AATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
* * * *
228401 TTTGAAGATAAACAAATGTTTTAAGACAAAAC
506 TATGAAGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * **
228433 AAAGATGATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGATTCAAT
1 AAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGAT
* * *
228498 AAAGAGATTTAGTTTTTAAA-TGT-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTT
66 AAACAGATTTA-TTTTTAAATTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * *
228561 ATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATT
130 ATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATT
* * * * * *
228626 TAAAATAGATAATAGTTCAAAT-GTACATGACTGTTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTA--ATT
195 TTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTATTATT
* *
228688 TTTTAAATCTTC-AACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTAT-GAA
259 TTTT-AAT-TTCTCACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAA
* * * * * * * *
228750 TAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTTATAATGACTTGAATTAA
320 TAAGCTT-TAGGAAT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAA
* * * * * * *
228815 ATAACTATTCGAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAGATAGATTTATTTTTTTAAATCT
383 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT
* ** *** *
228880 TTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTTTGAA
447 CTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
228945 -TAGAACAAATTGGTTTATGACAAAGC
512 GAAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAAC
* * * *
228971 AAAATGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATATTCATAACTATTTGAACCT-ATTT
1 -AAA-GATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTT
* * * *
229035 AGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAGATTTA-TAT
63 -GATAAACAGATTTA-TTTTTAAA-TTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTAT
*** * * * * * *
229098 TATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATCAATAGTACCAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCGTA
124 TATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATA
* * * * * ** *
229163 ATG-TTTTAAAATAGATTATTTTTCAAATACTCATAACTATTTAAATTTGTTCAATAAATAGAGT
189 ATGATTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-T
* * *
229227 CA-T-TTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATT
252 TATTATTTTTTAATT-TCTCACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
229289 TCAAAGAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGA
315 TCGAATAAGCTT-TAGGAA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * *
229354 AATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAA
378 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAA
* ** * * * *
229419 ATCTTTTACTTATTAATTATCCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGC
443 ATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGT
* * * *
229484 ATGAATAGAAACAATTATTTTGTGACAAAAC
507 ATGAAGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
229515 AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTG-TTTG
1 AAAGA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTG
* * * * * *
229579 ATTAACAGCTTTATTTTTTAAATCTTTTACTAACTAATTGTCTT--AATGTTAATAAATTTA-TA
64 ATAAACAGATTTA-TTTTTAAA--TTCTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTA
* * ** * * *
229641 ATATTTT-TATTCGAAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGTC--AA-AAAAT-TT
123 TTATTTTAT-TTTG-AATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTC
* * * * * * *
229701 AGAGTGATTTCAAATTA-ATAATTGTTCATATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAACAG
186 ATAATGATTTTAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG
* * * * *
229765 A-T-TCATTTTTTATATCATT-T-AATTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAACTTGGTATTATTT
250 ATTATTATTTTTTA-AT--TTCTCACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * *
229825 TATTTCAAATAAGC-TTA--TAT-CAAC--TTATTTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAATGGTT
311 TATTTCGAATAAGCTTTAGGAATGAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * *
229884 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAACATATTTA-TTTT
375 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTT
** *
229948 TAAAT-TCTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGC
440 TAAATCTC-TTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC
* * * * **
230012 TTATATGAACAGAAAACTATTGTTTTATAACTGAAC
503 TTGTATGAAGA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
230048 AAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTACTT-AAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTG
1 AAAGA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTG
* *
230112 ATAAA-TGATTTATTTTCTAAA-TCT-CTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAGAA-TAGTATTAT
64 ATAAACAGATTTATTTT-TAAATTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTAT
* * * * * * * * * * * **
230173 TTTATTTTGAACAAATTTATATGAACAAAAACATTTGTTTCATAACAAAACAAAAAGTTATAACA
127 TTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATG
* * * * *
230238 ATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGATTAGGTAAACA-A-AATT
192 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTATT
* * * ** *
230300 ATTTTTTAAATCTCTGACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTCCTTTTATTTTATTTCGAA
256 ATTTTTT-AATTTCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * * * * *
230365 T-AGGTTAGTATGATTGAAAAAAAT-TTTTAAGACAAAACAAAAAGTGATAATGATTTGAAATAA
320 TAAGCTT--TAGGAATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAA
* * * * *
230428 ATAATTGTTCAATATAGTCTTAACTATTTGAAATGGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTTAAATC
383 ATAATTATTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATC
* * * * * *
230493 TCTTAGTTATTAATTTTTACAATTTTATTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGAG-TTGTAT
446 TCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA-AGCTTGTAT
* * * * *
230557 GAATAAAAATAATTGTTTGATGATAGAAC
509 GAAGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
230586 AAAAGGTTATAACGATTTGAAGTATATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGC
1 -AAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGA
* * * *
230651 TAAACAGATTTACTTTTT-AATCACTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATATATTAATATTAT
65 TAAACAGATTTA-TTTTTAAAT-TC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * *
230715 TTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-AATAAAAAACAACTATTATA-CATCCAAACAAAAGGTAATAA
127 TTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAATGTCATAA
* * * * * * * * *
230778 TGATCTCAAATAGATAATTATTAAAATGGTCATAATTTTTTGAGC-TGATTTGGTAAAC------
190 TGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTA
*
230836 --A------AA--T-TCACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GA
254 TTATTTTTTAATTTCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-
* * *
230889 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT-TATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAA
318 AATAAGCTT-TAGGAA-TGAAACAATTAT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * * *
230953 TAGACT-ATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAATTTTATTTTTTTAA
380 TA-AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAA
* * * *
231017 A-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTC-AATGAGCTT-
443 ATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTG
* ** * * **
231079 TAATGTACTAAAATAATTATTTTATGTTAAAAC
506 T-ATGAAGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
231112 AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG
1 -AAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTG
* * * * * *
231176 ATAAACAAATTTATTTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGA
64 ATAAACAGATTTA--TTTTT-AAA--TTCTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
** * * * * * *
231240 TTATTTTATTACGAATAAGCTTGTAAG-ATATGAAGCAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
123 TTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATA-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCA
* ** * * * ** * *
231304 AAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-TTCGTTCGATGAAC--A
187 TAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGA
* * * *
231366 -TATT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAATTTTA-
251 TTATTATTTTTT-AATTTCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTAT
** * * * * * ** **
231428 ACCGAATAAACTTCTA-TAATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATTTTAACAATTT
314 TTCGAATAAGCTT-TAGGAAT--GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * *
231491 GAGAT-GATAATTGA-TCAAATAGTCATAGCTATTT-AAATAGTT-TAGTAAACAGATTTA-TTT
376 GAAATAAATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACAAATTTATTTT
* * * * * * **
231551 TTAAATATGTCACTTATTACTTTTTGAAATATTAATATATAAGTATTATTTTATTTTAAATAAGC
439 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC
** * *
231616 TTGTATGATCAAAAAGAATTATTTTATGACAAAAC
503 TTGTATGAAGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * ** * * * * * *
231651 AAA-ATGTCATAACAATTTGAAACAAATAGTCATTCGAATGGTCATAATTATTTTAATTGATTCG
1 AAAGA--TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTG
* * ** * * *
231715 GTAAACA-AGTTTATTTTGTAAATTTTTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATCAATAAT
64 ATAAACAGA-TTTATTTT-TAAA--TTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * * * *
231779 ATTTTATTTTGTCTAGGCTTGTATTAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAATA-AAAAGGTTAT
125 ATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAA-ACAAAATGTCAT
* * * * *
231842 AATGATTTTAATTAGACT-ATTATTCAAATA---ATAACTATTTCAACTTGTTTGGTAAATAGAT
188 AATGATTTTAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-
* * ** * *
231903 TTATT-TTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATT
251 TTATTATTTTTTAATTTCTCACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * ** * * * * *
231966 TTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTACAACTAGACAAAAGGTTAGAACGATTTGA
315 TCGAATAAGCTT-TAGGAA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
232031 AATAAAAAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATT-TAGTAAACAAATTTATTTTTTA
378 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTA
* *
232095 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATACA-CTT
442 AATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA-AGCTT
** * *
232159 GTATG-ACCAAAACAATTGTTTTACGACAAAAG
505 GTATGAAGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * ** ** * * * * *
232191 AGAAGGTCATAATGATTTAAAATAGAAAATCATAGATATAGTCTTAACTATTTGAATTG-GTTCA
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* ** * ** ** * *
232255 GCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAGGTTTTGAAATATTATTAATTTAGTATTA
65 -TAAACAGATTTA-TTTTTAA-ATTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * ** * * * * *
232320 TGTTATTTCGAATAAAATAGTATGAACGGAACCAATTATTTGATGACAAAATAAAATGTTATAAC
126 TTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT
* * * ** * *
232385 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTT-AAAATGATTTGGTAAGCAGA-T-T
191 GATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTAT
* * * *
232447 TACTTTTTAA-ATCTC-CTATTGACTAATTTTCT-AAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTT
255 TATTTTTTAATTTCTCAC--TT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * ** ** * * * * **
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316 CGAATAAGCTT-TAGGAA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* ** * * *
232573 ATAGATAATGGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCTG-TAAACAGATTTAGTTTTTA
379 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTC-GATAAACAAATTTATTTTTTA
* * * ** **
232636 AA--TC-T-CTTATTAATTTTCAGAATATTCACAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTG
442 AATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
* *
232697 CATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
506 TATGAAGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
232729 AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATGGAT-GTGATTATTTGAACT--TGTT
1 AAAGA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGAT-TT
* * * *** *
232791 CAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTCCAAAATTTTAATAAATTAGTAT
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** ** * * ** *
232856 TATTTTATTTCAAATAAACTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAA-GATTAT
124 TATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCAT
* * * * **
232920 AACT-ATTTTGAAATAAATAATTGTTCAAACATTCATAACTATTTGAACTTGCTCAATAAACAGA
188 AA-TGATTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA
* ** *
232984 -TA-TATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAACTAGTATTATTTTAT
251 TTATTATTTTTT-AAT-TTCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* *
233046 TTTGAATATGCTT
314 TTCGAATAAGCTT
233059 GTGTGAACAG
Statistics
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TAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTATTATTTT
TTAATTTCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
TTAGGAATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTAT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
TAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAGAAAAACAA
TTGTTTTATGACAAAAC
Found at i:228964 original size:362 final size:361
Alignment explanation
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227333 ACAAAAAAAT
* * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * ** * * * * ** *
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* * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * * * *
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1 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** * ** * *
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* * * * * *
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130 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * *
227899 CATAATGATTAGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTCGATAAACT
194 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAA-T
* * *
227963 A-ATTGATATTTTAAATC-TCTAACTTATCAATTTTT-GAAATATTAAT-AA--AGTA--ATTTT
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* * * *
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* * * * *
228061 AAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAACTATTTGAACTTG
1 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * *
228126 TTTGGTAAACATATTTATCTATTTACTTTTATTTTCTCT-CTTATTAATTTTTTAAATGTTAATA
66 TTTGATAAACAGA--T-T-TATTT--TTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * *
228190 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATT-TAGGAACT-GAAACAATTATTTTATGACTAAAC
124 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC-TTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
228318 CAAATACATTTATTTTTTAAATC--CATACTTGTTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATA
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** * * * * * *
228381 TTTTACTCCGAATAAGCTTGTTTGAAGATAAACAAATGTTTTAAGAC
316 TTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * *
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1 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** * * * *
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* ** *
228552 TATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTC
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* * * * * * *
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* * *
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* *
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323 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * * * * * *
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1 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * *
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* * * *
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130 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GG
** * * *
228978 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATATTCATAACTATTTGAACCTAT-TTAGA-AAA
193 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CT-TGTTCGATAAA
* * *
229041 TAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAGATTTA-TATTATTTT
256 TAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTT
** * * * *
229104 ATTCAAAATAAGCTTGCATCAATAGTACCAATTATTTTATGAC
320 ATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * * * * * * *
229147 AAAACAAAATGTCGTAATGTTTTAAAATAGATTATTTTTCAAATACTCATAACTATTTAAATTTG
1 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** * * * * *
229212 TTCAATAAATAGAGTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAACTA
66 TTTGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * *
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* * * * *
229340 TCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA
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* * ** *
229405 TATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCCA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
258 GATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A
* * * *
229469 TCTAAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTGTGAC
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* * * * *
229510 AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTG
1 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
229575 TTTGATTAACAGCTTTATTTTTTAAATCTTTTACTAACTAATTGTCTT--AATGTTAATAAATTT
66 TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TT
* * * * *
229638 A-TAATATTTT-TATTCGAAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGTC--AA-AAAA
128 AGTATTATTTTAT-TTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * *
229698 -TTTAGAGTGATTTCAAATTA-ATAATTGTTCATATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAA
191 GGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAA
* * * * * * *
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* * *
229825 TATTTCAAATAAGC-T-TAT--AT--CAAC--TTATTTTTTTGAC
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* * * * *
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1 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** * * **
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* * * * * * * ** *
229990 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAAACTATTGTTTTATAACTGAACAAAAAGT
130 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
230055 CATAATGATTTAAAATAAATAATTACTT-AAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAAT-
194 CATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATA
* *
230118 GATTTATTTTCTAAA---TCT-CTTATTAAGTTTT-GAAATATTAATAGAA-TAGTATTATTTTA
258 GATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATA-AATTAGTATTATTTTA
* ** * * * * * * *
230177 TTTTGAACAAATTTATATGAACAAAAACATTTGTTTCATAAC
321 -TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * * *
230219 AAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TG
1 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * **
230283 ATTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTGACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTCC
66 -TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
230348 TTTTATTTTATTTCGAAT-AGGTTAGTATG-ATTGAAAAAAAT-TTTTAAGACAAAACAAAAAGT
130 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
230410 GATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAATATAGTCTTAACTATTTGAAATGGTTCGACAAACA
194 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATA
* * * * * *
230475 AATTTATTTTTTTAAATC-TCTTAGTTATTAATTTTTACAATTTTATTATATTAGTATTATTTTA
258 GATTTA-TTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * *
230539 TTTCGAATAGAG-TTGTATGAATAAAAATAATTGTTTGATGAT
321 TTT-GAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * * * *
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1 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
230646 TTTGCTAAACAGATTTACTTTTT-AATCACTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATATATTAAT
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* * * * * *
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131 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGT
* * * * * * * * * **
230773 AATAATGATCTCAAATAGATAATTATTAAAATGGTCATAATTTTTTGAGC-TGATT---T-GGTA
194 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAATA
* *
230833 -A---A-----CAAA--TTC-ACTTTTTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
258 GATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
230885 TTGAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATT-TATTTATGAC
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** * * * *
230926 AAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGACT-ATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAATTT
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* * * *
230990 GTTTGGTAAATA-ATTTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATT
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* * * * **
231053 AGTATTATTTTATTTTC-AATGAGCTT-TAATGTACTA-AAATAATTATTTTATGTTAAAACAAA
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * ** * * *
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* * * *
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**
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* ** ** * * *
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257 AGATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * ** * *
232324 ATTTCGAATAAAATAGTATGAACGGAACCAATTATTTGATGAC
320 ATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * **
232367 AAAATAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTT-AAAATG
1 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
232431 ATTTGGTAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCCTA-TTGACTAATTTTCT-AAATATTAATATATT
66 -TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATT
* * * * * * * * * *
232494 AGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAATGA
128 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
** *
232558 TCATAATGATTTGCGATAGATAATGGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCTG-TAAA
193 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTC-GATAAA
* * * * *
232621 CAGATTTAGTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTCAGAATATTCACAAATTAGTATTATTTTA
256 TAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * *
232682 TTCTGAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
321 TT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * * * * *
232724 AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATGGAT-GTGATTATTTGAACTT
1 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTT
* * * *** *
232788 G-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTCCAAAATTTTAATAAATTA
65 GTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * ** *
232852 GTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGAT
129 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
232917 TATAACT-ATTTTGAAATAAATAATTGTTCAAACATTCATAACTATTTGAACTTGCTCAATAAAC
194 CATAA-TGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAT
* * ** *
232981 AGATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAACTAGTATTATTTTAT
257 AGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
* * * * ** *
233046 TTTGAATATGCTTGTGTGAACAGAAGCAATTGGTTTATGAT
321 TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * *
233087 AAAATAAAAGGTCATGACTATTTGAGATAGATAATTA
1 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
233124 AGACTATTTT
Statistics
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0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
344 5 0.00
345 130 0.03
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348 5 0.00
349 3 0.00
350 58 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGAT
TTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA
ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
Found at i:230977 original size:165 final size:162
Alignment explanation
Indices: 230677--230977 Score: 367
Period size: 165 Copynumber: 1.8 Consensus size: 162
230667 TTAATCACTT
*
230677 ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATATATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAATAA
1 ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAAT-A
* *
230742 AAAACAACTATTATACATCCAAACAAAAGGTAATAATGATCTCAAATAGATAATTATTAAAATGG
65 AAAACAACTATTATACA--CAAACAAAAGGTAATAATAATCTCAAATAGATAATTATTAAAATAG
230807 TCATAATTTTTTGAGCTGATTTGGTAAACAAATTC
128 TCATAATTTTTTGAGCTGATTTGGTAAACAAATTC
* * *
230842 ACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAAC
1 ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTAT-AA-
* * * * * * *
230906 T-GAAACAATTTATTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGACT-ATTGTTCAA
63 TAAAAACAA-CTA-TTAT-ACACAAACAAAAGGTAATAATAATCTCAAATAGA-TAATTATTAAA
230968 ATAGTCATAA
124 ATAGTCATAA
230978 GTATTTGAAT
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 13, Indels: 14
0.81 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
164 1 0.01
165 102 0.88
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167 5 0.04
168 3 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (162 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATAATAA
AAACAACTATTATACACAAACAAAAGGTAATAATAATCTCAAATAGATAATTATTAAAATAGTCA
TAATTTTTTGAGCTGATTTGGTAAACAAATTC
Found at i:231730 original size:720 final size:717
Alignment explanation
Indices: 229230--233111 Score: 1783
Period size: 720 Copynumber: 5.4 Consensus size: 717
229220 ATAGAGTCAT
* * * * *
229230 TTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAA
* * * * ** * *** ** *
229294 GAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAG
65 TAAACTTCTAT-AACAAAAACAATTGTTTTACGACAAAA-AAAAGATTTTAACAATTTGAGAT-G
* * * * *
229359 ATAATT-ATTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAT
127 ATAATTGA-TCAAATAGTCATAG-CTATTT-AAATAGTTTAG-TAAACAGATTTA-TTTTTAAAT
* * * * ** * *
229421 CTTTTACTTATTAATTATCCAAATATTAATAAATTAA-TATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGC
187 ATGTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TAAGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGT
* * * * *
229484 ATGAATAGAAACAA-TTATTTTGTGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATA-AATAATTC
250 ATGAACAAAAACAATTTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAACAGAAT-A-TC
* * * * * *
229547 -TTCAAATAGTCATAACG-ATTTGAACTTGTTTGATTAAC-AGCTTTATTTTTTAAATCTTTTAC
312 ATTCAAATAGTCATAA-GTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAG-TTTATTTTGTAAATCTCTTAC
* * *** * * ** * ** * * *
229609 TAACTAATTGT-CTTAATGTTAATAAATTTATAATATTTT-TATTCGAAATAAGCATGTATGAA-
375 TTATTAATT-TAGGAAATATTAAGAAATCAATAATATTTTAT-TTTGTCA-AGGCTTGTATTAAC
* * * * * * * * **
229671 TAGAAAAAATTATTTTATGTC--A-AAAAA-TTTAGAGTGATTTCAAAT-TAATAATTGTTCATA
437 TA-AAATAATTATTTTATGACAAATAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGAAT-ATTACTCA-A
* * * * * * **
229731 TAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTCA-TTTTTTATATCAT-TTAATTATTAA
499 -A-TAATAACTATTTCAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATC-TCTTTCTTATTAA
** * * * * * * ** * *
229794 TTTTCAGAATATTAATAACTT-GGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATCAACT-----TAT
561 TTTTTTGAATGTTAATAAATTAGG-ATTAATTTATTACGAATAAGCTTGTAAGAACTGAAACAAA
* * *** * * * * *
229853 TTTTTTGAC-A--AAACAAAAGGTCATAATGGTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAC
625 TATTTT-ACAACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAAAAATTATTCTAATAGTCTTAAC
* * * * * *
229915 TATTTGATCTAGTTCAATAAACATATTTA
689 CATTTGAACTAATTGAGTAAACAAATTTA
* ** *
229944 -TTTTTAAAT-TCTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAA
1 TTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAA
* * * ** * ** ** * *
230007 TAAGCTTATATGAACAGAAAACTATTGTTTTATAACTGAACAAAAAG-TCATAATGATTTAAAAT
65 TAAACTTCTAT-AACA-AAAACAATTGTTTTACGAC--AAAAAAAAGATTTTAACAATTTGAGAT
* * * * *
230071 AAATAATT-ACTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTT-GATAAA-TGATTTATTTTCT-AA
126 -GATAATTGA-TCAAATAGTCATAGCTATTTAAA-TAGTTTAG-TAAACAGATTTATTTT-TAAA
* * *
230132 -A--TCTCTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAGAAT-AGTATTATTTTATTTTGAACA-AA-TTT
186 TATGTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATAAGTATTATTTTA-TTTGAA-ATAAGCTT
* * * * * *
230191 ATATGAACAAAAAC-ATTTGTTTCATAACAAAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAAGAG-ATAAT
248 GTATGAACAAAAACAATTTATTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAACAGAAT-AT
** * * * ** * *
230254 TGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-CTGATTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTGAC
311 CATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAATTTG-TTCGGTAAACAAGTTTATTTTGTAAATCTCTTAC
** * * ** * * * *
230318 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTC-CTTTTATTTTATTTCG-AATAGG-TTAGTA-TGAT
375 TTATTAATTTAGGAAATATTAAGAAA-TCAATAATATTTTATTTTGTCA-AGGCTT-GTATTAAC
* * * * * **
230379 TGAAAA-AAAT-TTTTAAGACAAA-ACAAAAAGTGATAATGATTTGAAATA-AATAATTGTTCAA
437 T-AAAATAATTATTTTATGACAAATA-AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGAAT-ATTACTCAA
* * * * * **
230440 TATAGTCTTAACTATTTGAAATGGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTA
499 -ATA---ATAACTATTTCAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTA
** * * * * * * * *
230505 ATTTTTACAATTTTATTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAGAG-TTGTATGAA-T-AAAAAT
560 ATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGGATTAATTTATTACGAATA-AGCTTGTAAGAACTGAAACA-
** * * * * * * *
230567 AAT-TGTTTGATGA-TAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTATATAATTGTTC-AGATAGTC
623 AATAT-TTT-ACAACTA-AACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAAAAATTATTCTA-ATAGTC
* * ** * *
230629 ATAACTATTTGAACTGGTTTG-CTAAACAGATTTA
684 TTAACCATTTGAACT-AATTGAGTAAACAAATTTA
* * * * * * * * *
230663 CTTTTT-AATCACTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATATATTAATATTATTTTATTTCGAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAAT
* * * * * * * * ** ** * * *
230727 AAGCTTGTATAATAAAAAACAACTATTATAC-ATCCAAACAAAAGGTAATAATGATCTCAAATAG
66 AAACTTCTATAA-CAAAAACAATTGTTTTACGA--CAAAAAAAAGATTTTAACAATTTGAGAT-G
* * * * ** * *
230791 ATAATT-ATTAAAATGGTCATA---A-TT---T--TTT-G--AGCTGA-TT-TGGTAAACAAAT-
127 ATAATTGA-TCAAATAGTCATAGCTATTTAAATAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTAA-ATATG
* *
230840 TCACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA
190 TCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA
** * * * * **
230905 CTGAAACAATTTATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGACTATTGTTCAAAT
255 CAAAAACAATTTATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAACAGAATATCATTCAAAT
* * * * *
230970 AGTCATAAGTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAATTTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATT
320 AGTCATAAGTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAGTTTA-TTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATT
** * * *
231034 TTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTA-TTT-TCAATGAGCTT-TAATGT-ACTAAAATAA
384 TAGGAAATATTAAGAAATCAATAATATTTTATTTTGTCAA-G-GCTTGT-AT-TAACTAAAATAA
** *
231095 TTATTTTATGTTAAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-AATAATTGCTCAAATAGTCATA
445 TTATTTTATGACAAATA-AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGAAT-ATTACTCAAATA---ATA
*
231158 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTCAAATCT-TTTGCTTATTAATTTTTTG
505 ACTATTTCAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTT-AAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTTG
* * *
231222 AATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTACGAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAGCAAATATTTTA
568 AATGTTAATAAATTAGGATTAATTTATTACGAATAAGCTTGTAAGA-ACTGAAACAAATATTTTA
** * * * *
231286 TGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA
632 CAACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAAAAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAA
* ** * *
231351 TTCGTTCGA-TGAACATA-TT-
697 CTAATT-GAGTAAACAAATTTA
* *
231370 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAATTTTAA-CCGAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT-ATTTTAATCCAAA
*
231434 TAAACTTCTATAATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATTTTAACAATTTGAGATGAT
65 TAAACTTCTATAA-CAAAAACAATTGTTTTACGACAAAAAAAAGATTTTAACAATTTGAGATGAT
231499 AATTGATCAAATAGTCATAGCTATTTAAATAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAATATGTCAC
129 AATTGATCAAATAGTCATAGCTATTTAAATAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAATATGTCAC
* * * *
231564 TTATTACTTTTTGAAATATTAATATATAAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATCAAA
194 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAA
* * * *
231629 AAGAA-TTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAACA-AATAGTCATTCGAATGG
259 AACAATTTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAACAGAATA-TCATTCAAATAG
* * * *
231692 TCATAATTATTTTAA-TTGATTCGGTAAACAAGTTTATTTTGTAAATTTTTTACTTATTAATTTA
322 TCATAAGTATTTGAATTTG-TTCGGTAAACAAGTTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTA
* * *
231756 GGAAATATTAATAAATCAATAATATTTTATTTTGTCTAGGCTTGTATTAACTAAAATAATTGTTT
386 GGAAATATTAAGAAATCAATAATATTTTATTTTGTCAAGGCTTGTATTAACTAAAATAATTATTT
* * * *
231821 TATGACAAATAAAAAGGTTATAATGATTTTAATTAGACTATTATTCAAATAATAACTATTTCAAC
451 TATGACAAATAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGAATATTACTCAAATAATAACTATTTCAAC
* * * *
231886 TTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAT
516 TTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAT
* ** * * *
231951 TAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTACAACTAGACAAAAG
581 TAGGATTAATTTATTACGAATAAGCTTGTAAGAACTGAAACAAATATTTTACAACTAAACAAAAG
* * * *
232016 GTTAGAACGATTTGAAATAAAAAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTTAGTAAAC
646 GTCAAAACAATTTGAAATAAAAAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTGAGTAAAC
232081 AAATTTA
711 AAATTTA
232088 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAAT
* * * * * * ** ** * *
232153 ACACTTGTATGACCAAAACAATTGTTTTACGACAAAAGAGAAGGTCATAATGATTTAAAATAGA-
66 AAACTTCTATAACAAAAACAATTGTTTTACGACAAAA-AAAAGATTTTAACAATTTGAGAT-GAT
* * * * * * * * ** * *
232217 AAATCAT-AGATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGCAATTAGATTTATTTTTTAAT-TTT
129 AATTGATCA-A-ATAGTCATAGCTATTT-AAATAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAATATGT
** ** * * * * ** *
232280 CTTGGTTATTAGGTTTTGAAATATTATTAATTTAGTATTATGTTATTTCG-AATAAAATAGTATG
191 C--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATG
** * * * * * * *
232344 AACGGAACCAA-TTATTTGATGACAAAATAAAATGTTATAACGATTTGAAATAG-ATAATTATTC
253 AACAAAAACAATTTATTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAACAGAAT-ATCATTC
* * ** * * *
232407 AAATAGTCAAAACTATTT-AAAATGATTTGGTAAGC-AGATTTACTTTT-TAAATCTCCTA-TTG
316 AAATAGTCATAAGTATTTGAATTTG-TTCGGTAAACAAG-TTTA-TTTTGTAAATCTCTTACTT-
* *** * * * * * *** * * *
232468 ACTAATTTTCTAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAACAA-ACTTATATTAACAAAA
377 ATTAATTTAGGAAATATTAAGAAATCAATAATATTTTATTT-TGTCAAGGCTTGTATTAACTAAA
* * * * * *** ***
232532 ACAATTGTTTTATGACAAA-ATAATGATCATAATGATTTGCGATAG-ATAATGGTTCAAATAGTC
441 ATAATTATTTTATGACAAATAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGAAT-ATTACTCAAATA---
* * *
232595 ATAACTATTTGAA-TTGTTTCTG-TAAACAGATTTA-GTTTTTAAA--TC--TCTTATTAATTTT
502 ATAACTATTTCAACTTG-TTC-GATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTT
** * * * * * ** * * ** * *
232653 CAGAATATTCACAAATTAGTATTATTTTATT-CTGAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGTT
565 TTGAATGTTAATAAATTAGGATTAATTTATTAC-GAATAAGCTTGTAAGAACTGAAACAAATATT
** * * * ** * * * * * * **
232717 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATGGAT-GTGATTATT
629 TTACAACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAAAAATTATTCTAATAG-TCTTAACCATT
** * *
232781 TGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA
693 TGAACTAATTGAGTAAACAAATTTA
* * *** * * * *
232806 TTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTCCAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAAT
* * * * * * * * * * *
232871 AAACTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGATTATAACTATTTTGAAATAA
66 AAACTTCTAT-AACAAAAACAATTGTTTTACGA-CAAAAAAAAGATTTTAAC-AATTTGAGAT-G
* * * * * * * * * * * *
232936 ATAATTGTTCAAACATTCATAACTATTTGAACTTGCTCAATAAACAGATATATTTTTTAAATCTT
127 ATAATTGATCAAATAGTCATAGCTATTT-AAATAGTTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATATG
* ** * *
233001 TTACTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAACT-AGTATTATTTTATTTTG-AATATGCTTGTGTG
190 TCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TAAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATG
* * ** * * * *
233064 AACAGAAGCAATTGGTTTATGATAAAATAAAAGGTCATGACTATTTGA
253 AACAAAAACAATTTATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
233112 GATAGATAAT
Statistics
Matches: 2510, Mismatches: 501, Indels: 308
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
704 3 0.00
705 6 0.00
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708 173 0.07
709 334 0.13
710 48 0.02
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715 14 0.01
716 150 0.06
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722 25 0.01
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724 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (717 bp):
TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAAT
AAACTTCTATAACAAAAACAATTGTTTTACGACAAAAAAAAGATTTTAACAATTTGAGATGATAA
TTGATCAAATAGTCATAGCTATTTAAATAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAATATGTCACTT
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
CAATTTATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAACAGAATATCATTCAAATAGTCAT
AAGTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAGTTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTAGGAAA
TATTAAGAAATCAATAATATTTTATTTTGTCAAGGCTTGTATTAACTAAAATAATTATTTTATGA
CAAATAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGAATATTACTCAAATAATAACTATTTCAACTTGTT
CGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGGA
TTAATTTATTACGAATAAGCTTGTAAGAACTGAAACAAATATTTTACAACTAAACAAAAGGTCAA
AACAATTTGAAATAAAAAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTGAGTAAACAAATT
TA
Found at i:232081 original size:360 final size:354
Alignment explanation
Indices: 230847--233076 Score: 1358
Period size: 361 Copynumber: 6.2 Consensus size: 354
230837 AATTCACTTT
230847 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACTGAA
1 TTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTGAA
** * * * * * *
230910 ACAATT-TATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGACT-ATTGTTCAAATAGT
65 ACAATTAT-TTTACAACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-AATAATTATTCTAATAGT
* * * * *
230973 CATAAGTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAATTTTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTT
128 CATAACTATTTGAATTTATTTGGTAAACAA-TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTG
* * *
231037 GAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTT-TCAATGAGCTTTAATGT-ACTAAAATAATTATT
191 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGTCTA-G-GCTTT-AT-TAACTAAAATAATTGTT
** * * *
231100 TTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTT
252 TTATGACAAAA-AAAAGGTTATAATGATTTT-AATAGATAATT-ATCAAATA--CATAACTATTT
* * *
231165 GAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTCAAATCTTTTGCTTA
312 -AACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTT-AAATCTTTT-CTTA
* * * ** *
231211 TTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTACGAATAAGCTTGTAAGATA-TGAA
1 TTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAA
* * ** * * **
231274 GCAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTT
65 ACAATTATTTTACAACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCA
** * * *
231339 TAACTATTTGAATTCGTTCGATGAAC-ATATT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGG-
130 TAACTATTTGAATTTATTTGGTAAACAAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGGA
* *** ** ** * *
231401 AATATTATTAAATTAGTATTAATTTTAACCGAATAAACTTCTA-TAATCAAAAACAATTGTTTTA
193 AATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTGTCTAGGCTT-TATTAA-CTAAAATAATTGTTTTA
* * ** * * *
231465 TGACAAAAAAAAGATTTTAACAATTTGAGAT-GATAATTGATCAAATAGTCATAGCTATTTAAAT
255 TGACAAAAAAAAGGTTATAATGATTTTA-ATAGATAATT-ATCAAATA--CATAACTATTTAACT
* * * **
231529 AGTTTAGTAAACAGATTTA--TTTTTAAATATGTCACTTA
316 TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCT-TTTCTTA
* * * * * **
231567 TT-ACTTTTTGAAATATTAATATATAAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATCAAAAA
1 TTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* ** * * * * * * *
231631 GAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAACAAATAGTCATTCGAATGGTCAT
66 CAATTATTTTACAACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCAT
* * * * * * * *
231696 AATTATTTTAATTGATTCGGTAAACAAGTTTATTTTGTAAATTTTTTACTTATTAATTTAGGAAA
131 AACTATTTGAATTTATTTGGTAAACAA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAAA
* * *
231761 TATTAATAAATCAATAATATTTTATTTTGTCTAGGCTTGTATTAACTAAAATAATTGTTTTATGA
195 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGTCTAGGCTT-TATTAACTAAAATAATTGTTTTATGA
231826 CAAATAAAAAGGTTATAATGATTTTAATTAGACT-ATTATTCAAATA-ATAACTATTTCAACTTG
258 CAAA-AAAAAGGTTATAATGATTTTAA-TAGA-TAATTA-TCAAATACATAACTATTT-AACTTG
*
231889 TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTA
318 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCT-TTTCTTA
* *
231927 TTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
1 TTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * * * * *
231991 CAATTATTTTACAACTAGACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAAAAAATTATTCTAATAGTCTT
66 CAATTATTTTACAACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCAT
* * * * *
232056 AACCATTTGAACTAATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
131 AACTATTTGAATTTATTTGGTAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAAA
* ***** ** * * * *
232121 TATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATACACTTGTA-TGACCAAAACAATTGTTTTACGA
195 TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGTCTAGGCTT-TATTAACTAAAATAATTGTTTTATGA
* * * * * *
232185 CAAAAGAGAAGGTCATAATGATTTAAAATAGAAAATCAT-AGATATAGTCTTAACTATTTGAA-T
258 CAAAA-AAAAGGTTATAATGATTT-TAATAGATAATTATCA-A-ATA--CATAACTATTT-AACT
** * ** * *
232248 TGGTTCAGCAATTAGATTTA-TTTTTT-AATTTTCTTGGTTA
316 T-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTT-TT-CTTA
** * * * * ** * * *
232288 TT-AGGTTTTGAAATATTATTAATTTAGTATTATGTTATTTCGAATAAAATAGTATGAACGGAAC
1 TTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* ** * * * * * * * *
232352 CAATTATTTGATGACAAAATAAAATGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAA
66 CAATTATTTTACAACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCAT
* * * * * * * **
232417 AACTATTTAAAATGATTTGGTAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCCTA-TTGACTAATTTTCTAA
131 AACTATTTGAATTTATTTGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTGGAA
* ** ** * *
232481 ATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAAC-AAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTAT
194 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT--GTCTAGGCTT-TATTAACTAAAATAATTGTTTTAT
* * * * **
232545 GACAAAATAATGATCATAATGATTTGCGATAGATAATGGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
256 GACAAAAAAAAGGTTATAATGATTT-TAATAGATAAT--TATCAAATA--CATAACTATTT-AAC
* *
232608 TTGTTTCTGTAAACAGATTTA-GTTTTTAAATC---TCTTA
315 TTGTTT-GGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTCTTA
** * * * ** * **
232645 TTAATTTTCAG-AATATTCACAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAACAAAAA
1 TTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* ** * * ** * * *
232709 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAA-AATTGTTCAAATGGAT-
66 CAATTATTTTACAACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-AATAATTATTCTAATAG-TC
* * * * * ** * * ***
232772 GTGATTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTCCAA
129 ATAACTATTTGAATTTATTTGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGA
* *** ** *
232837 AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGT-TTGAA-TAGAAACAATTGTTTT
193 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GTCTAGGCTT-TATT-AACTA-AAATAATTGTTTT
* * * * * *
232900 ATGATGAAACAAAAGATTATAACT-ATTTTGAAATAAATAATTGTTCAAACATTCATAACTATTT
254 ATGA-CAAAAAAAAGGTTATAA-TGATTTT--AATAGATAATT-ATC-AA-ATACATAACTATTT
* *** *
232964 GAACTTGCTCAATAAACAGATATA-TTTTTTAAATCTTTTACTTA
312 -AACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTTTT-CTTA
* * * * * *
233008 TTAATTTTTT-TAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTGTGAACAGAAG
1 TTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
233072 CAATT
66 CAATT
233077 GGTTTATGAT
Statistics
Matches: 1456, Mismatches: 333, Indels: 155
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
355 7 0.00
356 126 0.09
357 223 0.15
358 115 0.08
359 134 0.09
360 257 0.18
361 279 0.19
362 114 0.08
363 76 0.05
364 115 0.08
365 10 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (354 bp):
TTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
CAATTATTTTACAACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCAT
AACTATTTGAATTTATTTGGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGTCTAGGCTTTATTAACTAAAATAATTGTTTTATGACAA
AAAAAAGGTTATAATGATTTTAATAGATAATTATCAAATACATAACTATTTAACTTGTTTGGTAA
ACAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTCTTA
Found at i:233482 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 233137--239193 Score: 2235
Period size: 177 Copynumber: 33.8 Consensus size: 178
233127 CTATTTTGTC
* * * * * * *
233137 ATAAAACACA-TTAAAATAGTTATGACTATATAAACAATTATTTATTCCAAATAGTTATGACATT
1 ATAAAACA-AGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACA-T
* * * * ** * * *
233201 TTGTTTTGTCAT-AAACTAATTATTTCTGTTCATACATGCATATTTGAAATAAAATAATATTGAT
64 TTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
233265 TCATTCATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACTAAATCTGTTT
128 TTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGT-AGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTT
** * * * * * * *
233318 ATTGAGCAAGTT-AAACAATTATGATTGGTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCAAT
1 ATAAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CATT
*
233382 TGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
65 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * *
233447 ATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
130 ATTAATATTCCAAAAATTAATA-GTA-GAGATTTAAAAACTAAATTTGTTT
** * * * * *
233498 ACCAAACAAGTTCAAATAGTCATG-TCGTTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT
1 ATAAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTT
* * ** * * ** * *
233562 GGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATGCAAAATTAGTCAAAATAAAATAATGTTTATCT
66 -GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* ***
233627 GTTAATATTTTGAAAATTAATA--AGAGATTTAAAAACTAAATTTGCTTT
130 ATTAATATTCCAAAAATTAATAGTAGAGATTTAAAAACTAAATTTG-TTT
* * * * * * *
233675 -TCAAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTAAAATTGTTATGGTC-T
1 AT-AAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAT-GACAT
* * * *
233738 TTATTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGTTTATTGGAATTAAAATAATACTAAT
64 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * * **
233802 TTAATAATATTCCAAAAGTTAATA--AGAGATTTAAAATA-TAAATATCCTT
128 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAGTAGAGATTTAAAA-ACTAAATTTGTTT
* ** * * * ** * * * * * *
233851 GTCGAACTAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTGTGTATTTCAAATCGTTCTAAACTT
1 ATAAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAT-GACAT
* * * ** * * *
233915 TTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATGCAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATACTAAT
64 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAAT
* ** * *
233979 TCATTAATATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTTAAAAAAT-AA-------
128 TTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AG-TAGAGA-TTTAAAAACTAAATTTGTTT
* * * * * * * *
234025 ATCAAATAAGTTCAAATAGATATGACTATTTAAACAATCGATCTGACTATCTAAAGTCA-TTATG
1 ATAAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAAT-TATCT-A-TTTC-AAA-T-AGTTATG
* * * ** * *
234089 ACTTTTTTGTTTTGTTACAAAACAATTG-TTTTAGTTCATACAAGTTTATTTAAAATCAAATGAT
60 AC--ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAAT
* * * * *
234153 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA--AGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTT
122 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGTAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTT
*** * **** * * * *
234208 ACT-AAGTTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCACATAGTTATTAACTT
1 A-TAAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTA-TGACAT
* * * *
234272 TTGTTTGGATCATATAATATTTGTTTTTGA-TCATACAAGTTTATTC-ATAATAAAATAATACTA
64 TTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTA
* * *
234335 ATTTATTAATCCTT-CAAAAATT-A-A-TA-AG---T---AA-GAGA--TGTTT
126 ATTTATTAAT-ATTCCAAAAATTAATAGTAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTT
* * * * * * * * * * * *
234375 ATCAATCTAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGGACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAATCTT
1 ATAAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CAT
* * * * *
234439 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATA
64 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * *
234504 TAATAATATTACAAAAATTAATAACTAAAAAATTTAAAAAAC-AAATTTGTTT
129 TATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGT-AGAGATTT-AAAAACTAAATTTGTTT
* * * * * * * * *
234556 GTCAAACTAGTTCTAATAATTAAGACTATATT-AACAATTATCTATTTCAAATTG-T-T----TT
1 ATAAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATT
** * * ** * * * *
234614 TGTTTTGTTGT-AAACAATT-TTTTCAATTCATACTAGCATATTCAAAATCAAGTAA-AATGAAT
65 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACT-AAT
* * *
234676 TTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTT
128 TTATTAATATTCCAAAAATTAATA-GT-AGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTT
** * * * * * * *
234729 ATCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTGC
1 ATAAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGT-T-A--TG-
* * * * * * * *
234794 AAAACAAAAGTTTTTGTTCTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAA
60 ---AC---A---TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAAT-A
* * *
234859 AAAAAATACT-ATTCTATTAATATTTCAAAACTTAATA--AGAGATTTAAAAAGC-AAATTTGTT
115 AAATAATACTAATT-TATTAATATTCCAAAAATTAATAGTAGAGATTTAAAAA-CTAAATTTGTT
234920 T
178 T
* * * * * * * *
234921 ACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTGTGACTTT
1 A-TAAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-AT
* * * * * * * *
234985 TTGTTATGTTATAAAATAATAGTTTATGTTCATACAAGCTTATTC-AGATTAAAATAATACTAAT
64 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAAT
* * * * * * *
235049 TTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAATTTTTAAAAGTAAATATGTTT
128 TTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGTAGAGA-TTTAAAAACTAAATTTGTTT
* * * * * * * * *
235102 ATCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTT
1 ATAAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA-C-A
* * * * * * * * *
235166 TTTGTTTTATTATAAAAAAATT-ATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAA
63 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
235230 GTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTT
127 TTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGT-AGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTT
*** * * * * * * * * * *
235284 ACCGAATAAGTTTAAATAATTATGACTATTTTAA-TATTATCTATTTGAAATCGTTATAACATTT
1 ATAAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTT
** * * *
235348 -TGTTTGTCATAAAATGATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-TAATAAAATAATACAAAT
66 GT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAAT
* ** * * * * * *
235410 TTATTAGTA-TAAAGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTC
128 TTATTAATATTCCA-AAAATTAAT-AGT-AGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTT
* ** * * * * * * *
235463 ACT-GAACAAGTTCAAATCTTTATCACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGCTATGACTTT
1 A-TAAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-AT
** * * * * * * *
235527 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTACTGTTTATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATT
64 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* *** * * * *
235592 TACTAATATTTTGACAATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATAT-TTT
129 TATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGT-AGAGATTTAAAAACTAAAT-T-TGTTT
* ** * * * * * * * * *
235645 TTCGAACAAGTTCCAATAATCATGATTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCA-TTGTGACCTT
1 ATAAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA-CAT
* * * * * ** * * *
235709 TTATTTTGTAATAAAAGAATTG-TTTCAGTTCATATAAACTTA-TCTAAAATAAAATAATATTAT
64 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAA
* * *
235772 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAA-TGAATTTGATT
127 TTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGT-AGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTT
** * * * * * * *
235825 ACCAAACATGTTCAAATAGTCATGATTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTTTGGCCTT
1 ATAAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTAT-GACAT
* * * * * * *
235889 TTGTATTGTTACAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAA
64 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AA
* * * *
235952 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT
127 TTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AG-TAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTT
* * * * * * * * *
236005 -TCTAAACATGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGTCCTT
1 AT-AAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG-ACAT
* * * * * * *
236069 TTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATT-TAGATAAAAATAATACAAAT
64 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAAT
* * * * * * *
236133 TTATTAAAATTTCAAAAATTAAAAAGTAAAAAATTAAAAAAAATAAATTTGTTT
128 TTATTAATATTCCAAAAATT-AATAGT-AGAGATT-TAAAAACTAAATTTGTTT
* * * *
236187 ACTGAATAAGTTCAAATATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCA-
1 A-T-AA-AA---C--A-A-GTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AG
* *
236251 TTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAT
55 TTATGA-CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAAT
* * * **
236316 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGACATTTAAAAAATAAATTTGTGC
119 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AG-TAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTT
*** * ** *
236378 ACCGAACAAGCTCAAATAGTTATG-TCCATTTGAA-ATATTATCTATTTTAAATAGTTATGACAA
1 ATAAAACAAGTTCAAATAGTTATGAT-TGTTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-A
* * * * *** *
236441 TTTGTTATATCTTAAAATAATTGTTTCTT-TTCATACAAAACTATTCAAAATAAAATAATACTAA
63 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
*** * * *
236505 TTTATTAATATTTTGAAAATTAATA--AGAGATTTAAAAACAAAATCTATTT
127 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGTAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTT
* * * * * * *
236555 ATCGAACCTA-TTCAAAT-GATTATGAGTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-
1 AT-AAAACAAGTTCAAATAG-TTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CA
* * * * *
236617 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTC--AA-AGAA-AA-A-T-A-
63 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
236674 TTACTAA-ATT-----AA-T-A-AGTAAGACATTTAAAAAATAAATGTGTTT
128 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAGT-AGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTT
*** * * * * * * * * *
236717 GCCGAACCTA-TTCAAATAGCTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTA-TTCTGACCT
1 -ATAAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGA-C-
* * ** ** * *
236780 TTTTGTTTAGTCATAAATTAATT-TTTTTAGTTCATACGTGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
62 ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * ** * * *
236844 ATTTAGTAACATTCAAAAAATTAATACACAAGAAATTTAAAAATATAAATCTGTTT
126 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT--AGTAGAGATTTAAAAA-CTAAATTTGTTT
* * * * ** *
236900 ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-TGATTTAAACAATTATTTATTTAAAATAAATATGACCTT
1 ATAAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTG-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-C-A
* ** * * * * *
236964 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCGATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTACT
63 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * * ***
237029 TTATTAATATTTCAAAAATTAAAATGTTAGAGATTTAAAAAATAAGA-CAATTT
128 TTATTAATATTCCAAAAATTAATA-G-TAGAGATTTAAAAACTAA-ATTTGTTT
* * * ** **** * * *
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1 AT-AAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATG-ACA
* * * * *
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63 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * *
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* ** * *
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1 ATAAAACAAGTTCAAAT-AGTT-ATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACAT
* * * * * * * * *
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* * * * *
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126 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGT-AGAGATTT-AAAAACTAAATTTGTTT
** * ** * * * * * *
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1 -ATAAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACAT-
* * * ** *
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** * * *
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128 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAGTAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTT
* ** * **** * * * * *
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1 A-TAAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGAC-A
* ** * * * * * *
237672 TTTGCTTCATCATATAACAATTGTATTTGA-GCATTCAAGCTTATTC-AGAATAAAATTATACTA
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* * * * * * *
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126 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGTAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTT
*** ** * * * ** * * **
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1 ATAAAACAAG-TTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACAT
* * * * * * *
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* * * * * **
237912 ATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTCATT
126 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGT-AGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTT
*** * * * * * * *
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1 ATAAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGAC-AT
* * * * * * * * *
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* * * *
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*** * * * * *
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1 ATAAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACA-T
* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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1 ATAAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-ATT
* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * * *
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1 -ATAAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGA-CA
* * * * * * *
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* * * * *
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*** * * * * * * **
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1 ATAAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CAT
* * * * * * * *
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** * * * *
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** * * * * * * * *
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1 ATAAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACATT
* * * * * * * * * * * *
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65 -TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* * *
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TTAATATTCCAAAAATTAATAGTAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTT
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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*
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * ** * * * *
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**
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* * * *
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1 TTTTGTTATAAAACAATT-GTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAA
* * * * * ** * * *
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* *
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126 TAATTAAGACCATTA-AAACAATTATCTATTTCAAAT
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Consensus pattern (343 bp):
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AATATTACAAAAATTAATAAGAGATTTAAAATATAAATATCCTTGTCGAACTAATTCAAATAATT
AAGACCATTAAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAAACTTTTGTTTAGATCATAAAATAATT
GATTTCAATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTCATTAATACTTCAAAAATTAA
TAAGCAAGAGATGTTTATAAATCTAATTCAAATAGATATGACTATTTAAACAATCGTATACTTCA
AATCATTATAATCTTTTG
Found at i:234775 original size:16 final size:17
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1 AATAATTATACTATTT
234776 TAAATCATTA
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Matches are distributed among these distances:
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AATAATTATACTATTTG
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233140 AAACACATTA
* * * * * *
233150 AAATAGTTATGACTATATAAACAATTATTTATTCCAAAT-AGTTATGACATTTTGTTTTGTCAT-
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* * * * * ** * * *
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* * * * * *
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* ** * * ** *
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* * * * *
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* ** * * * * * * * *
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** * * * *
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** ** * ** * * * * *
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* * * *
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512 TTAAAAAATAAATTTG-TTTACCAAACAAGTTC
* * ** *** *
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* * * *
233752 AACAATTGTTTCTTTTCATACAAGTTTA-TT-GGAATTAAAATAATACT-AATTTAATAATA-TT
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* * * * * * * *
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128 CAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-ATT-TACTGAACCAAGTTCAAATAATT
* ** * * ** * * * *
233872 AAGACTATTAAAACAATTGTGTATTTCAAATCGTTCTAAAC-TTTTGTTTAGTCATAAAATAATT
191 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAT-GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* ** * * * *
233936 ATTTCAATTCATGCAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTGAAAAATTAA
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* * * * *
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320 TAAGTAA-AGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACT-AGATCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ***
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* * * * *
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* * * * * * *
234284 TATAATATTTGTTTTTGA-TCATACAAGTTTA-TTCATAATAAAATAATACT-AATTTATTAATC
62 TAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA
* * * * * *
234346 CTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATGTT------T--ATC-A---A-T---CTAA-TTTAAATAG
125 TTTCAAAAATTAATAAATAAAAGAT-TTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAAGTTCAAATAA
* * * * * *
234394 TTATGACTATTTGGACAATTGTATACTTCAAATTGTTAT-AATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
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* * * * * *
234458 TTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTACAAAAAT
253 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG-ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * * * * *
234522 TAATAACTAAAAAATTTAAAAAACAAATTTGTTTGTCAAACTAGTTCTAATAATTAAGACTATAT
317 TAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGATCAAATAGTTATGACTAT-T
* * * * *
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* * * * *
234642 CATACT-AGCATATTCAAAATCAAGTAA-AATGAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATATGTA
445 CATA-TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA-ATA
* * * *
234704 AGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTATCTAACTAGTTC
506 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTC
* * *
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* * * * * * * * * *
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52 TTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAGAATAAAATAATATA-AA
* * ** * * **
234870 TTCTATTAATATTTC-AAAACT--T-AATAAGAGATTTAAAAAGCAAATTTGTTTACCAAACCAA
115 TT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAA
* * * * * * * *
234931 -TTCAAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTGTGACTTTTTGTTATGTT
179 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * * *
234995 ATAAAATAATAGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
244 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
235060 TCAACAATTAATAAGTAAAAATTTTTAAAAGTAAATATGTTTATCAAACTAGATCAAATAGTCAT
309 TCAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGATCAAATAGTTAT
* * * *
235125 GACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTATTATAAAAAAATTAT
373 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTATTATAAAATAATTGT
* *
235190 TTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAAGTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
438 TTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * *
235255 ATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTACCGAATAAGTTT
503 A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTC
* * * * * *
235297 AAATAATTATGACTATTTTAA-TATTATCTATTTGAAATCGTTATAACATTTTGTTTGTCATAAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTGTCATAAA
** * * * * **
235361 ATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-TAATAAAATAATACAAATTTATTAGTA-TAAAG
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCA-
* ** *
235424 AAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACTGAA-CAAGTTCAAATCTTTATCA
130 AAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAAGTTCAAATAATTATGA
* ** *
235488 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGCTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTAC
195 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * ** * *
235553 TGTTTATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTACTAATATTTTGACAATCAATAAGT
260 TGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * * * * * *
235618 AAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTTTTCGAACAAGTTCCAATAATCATGATTATTTAAATAAT
325 -AAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATCAAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * *
235683 TATCTATCTCAAATCATTGTGACC-TTTTATTTTGTAATAAAAGAATTGTTTCAGTTCATATAAA
388 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTATTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAG
* * * * *
235747 CTTA-TCTAAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATT-A
453 CTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAA
* * *
235810 AAAATGAATTTGATTACCAAACATGTTC
516 AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTC
* * * * * ** * *
235838 AAATAGTCATGATTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTTTGGCCTTTTGTATTGTTACAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT-TTGTCATAA
* *
235903 AACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCA
65 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * * * *
235967 AAAATTAATAAGTTAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCT-AAACATGTTCAAATAGTTATAA
130 AAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAAGTTCAAATAATTATGA
* * * * *
236030 CTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGTCCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTC
195 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
236095 TATTCATAAAAGCTTATTTAGATAAAAATAATACAAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAAAAAGT
260 TGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
236160 AAAAAATTAAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATAAGTTCAAATATGTTCAAATAGTTATGACTA
325 -AAAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTA-T-CA-AA---C---TA-GATCAAATAGTTATGACTA
* * * * * *
236225 TTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGATC-ATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA
378 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTATTATAAAATAATTGTTTC-A
* * * *
236289 -TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTT
442 GTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-TA
* ** * *
236353 AGACATTTAAAAAATAAATTTGTGCACCGAACAAGCTC
506 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTC
* * * * ** * *
236391 AAATAGTTATGTCCATTTGAA-ATATTATCTATTTTAAAT-AGTTATGACAATTTGTTATATCTT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTT-TGTCAT
* * * *
236454 AAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAAAC-TA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
63 AAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTTCAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATAT
** * * *
236516 TTTGAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAACA-AAATCTATTTA-TCGAACCTA-TTCAAATGA
126 TTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAA-ATAAATCTATTTACT-GAACCAAGTTCAAATAA
* * ** * *
236574 TTATGAGTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-TCTTTATTTTGTCATAAAACAAT
189 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * *
236638 TGGTTCTATTCATACAAGC----TT--ATTCAAAGAA-A--AA--TA-T--TA---C-TAAATTA
254 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * ** * * * * *
236685 ATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCTA-TTCAAATAGCTAAGACTATTAG
319 ATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
236749 AATAATTATCTATTTCAAATTATTCTGACCTTTTTG-TTTAGTCATAAATTAATTTTTTTAGTTC
382 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTA-TTATAAAATAATTGTTTCAGTTC
*** ** * * * * *
236813 ATACGTGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAACATTCAAAAAATTAATACACAAGAA
446 ATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA-ATAAGAG
* *
236878 ATTTAAAAATATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTC
510 ATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTC
* * * * * * *
236913 AAATAGTTATGA-TGATTTAAACAATTATTTATTTAAAATAAATATGACCTTTTTGTTTTATCAT
1 AAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTTG-TTTGTCAT
* * * * *
236977 AAAACAATTGTTTCGATTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTT
63 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
237041 CAAAAATTAA-AATGTTAGAGATTTAAAAAATAAGA-CAATTTA-TCGAATC-GGTTCAAATAAC
128 CAAAAATTAATAA-ATAAAAGATTTAAAAAATAA-ATCTATTTACT-GAACCAAGTTCAAATAAT
* * * *
237102 TATGGCCATTTGAATAACTATCTATTTCAAATTATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
190 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATG-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** * ** *
237166 CGTTTTTCATCATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
254 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * * *
237231 ATAAGTAGGAGATTTTAAAAAGAAATCTATTTA-C---C-AAATC----AG-T-T-CCTATTTGA
319 ATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * *
237284 ACAATTATCTATTTCAAATTC-TTATAACC-TATTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCAGTTCA
383 ACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTTGTTTTATTATAAAATAATTGTTTCAGTTCA
* * * * * * *
237347 TATAAGCTTATTCAGAATAAAACAATGCTAATTTAATAATATTCCAAAAATTGATAACTAAAAGA
447 TATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-TAAGAGA
*
237412 TTTAAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAAGC-AGTTC
511 TTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAGTTC
** * * * *
237446 AAATAGTTAAAACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTGTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT-TTG-TTTGTCATA
* * * *
237510 GAACAATTGTTTC-AGTTTATACAAACTTA-TTC-GAAATAAAATAAAACT-AATTTATTAATA-
64 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATAT
** ** * * * **
237570 TTCTGAAATT--T-AATAAGTGATTT-AAAACTAAATCTGTTTATTGAATTAA-TTCAAATAATT
126 TTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAAGTTCAAATAATT
* * * * * * * * ** *
237630 ATGGCCATGTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGCTTCATCATATAACAATTG
191 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
** * * * * * * *
237695 TATT-TGAGCATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATTATACTAATTTATTAGTCTTTCAAAAATGAA
256 T-TTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * *
237759 TAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTGCTTACCGAATTAGCTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC
320 TAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * * * * * * * * * * * **
237821 AATTGTAAACTTAAAATCATTA-CAACATTTTATTCTGTAACAAAACAATTATTT-TTTATCATA
385 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTATTATAAAATAATTGTTTCAGT-TCATA
* * *** * * * * * *
237884 CAAGTTTATTTGGAATAAAATAACATTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAAT
449 TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-TAAGAGATT
** ** *
237949 TAAAAAATAAATTTCATTGGCAAACCAGTTC
513 TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTC
* * * * * *
237980 AAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCATAA
* * * * * * * *
238045 AATAAGTT-TTTTTGAATTTATGCTAGCTTATTT-GGAATAAAATAAAATAAATTTATTACTATT
65 AACAA-TTGTTTCT--ATTCATACAAGCTTATTTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT
* * *
238108 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAATTC-AGTTTACCT-AACC-AGTTCAAATAA
127 TCAAAAATTAATAAATAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTA-TTTA-CTGAACCAAGTTCAAATAA
* * * * * *
238170 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTATCATAAAATAAA
189 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * * *
238235 TGTTTCTGTTCATATAGGTTTATTTAGAATAAAGTAATAGTAATCTATTAATATTTCAAAATTTA
254 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * *
238300 ATAAGT---GATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACTAGCTCAAATAATTATGACTATTTGAG
319 ATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * *
238362 CAATTATTTATTTTAAATCGTTATGA-CTTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTT---TTCAAC
384 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTATTATAAAATAATTGTTTCAGTTC-AT
* * * * * *
238423 ATGCAAGCTAATTCGAAATAAAATAATATTAACTTATTAATATT-TAAAGAA-T--TAACAAGAC
448 AT--AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA-AATTAATAATAAGAG
* * * *
238484 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTAAACCAA-TTT
510 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAGTTC
* * *
238518 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCCTTTTGTTCTATCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CCTTTTGTT-TGTCATA
* * *
238583 AAA-AATCGTTTCTATTCATACAAGC-T-TTTCAGAATTAAATAATATAAATTTAGTAATA-TTC
64 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC
* * * * * ** * *
238644 TAAAAATTAATAACT--AAGATTTAAAAAATGAGTCTGTTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAA
129 -AAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAAGTTCAAATAATTAT
* * * * *
238706 GACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATT
193 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
238771 TCAGTTCATACTAGCTTATTT-GAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTTAT
258 TCTGTTCATACAAGCTTATTTAG-ATTAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
** * * * * * * *
238834 AAGTAAGAGATTTTGAAAATAATTTTATTTACCGAACTA-ATTCAAATAATTATAACTATTTGAA
321 AAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGA-TCAAATAGTTATGACTATTTGAA
** * * * * * *
238898 CAATTATCTATTTCAAATTGTTATTA-TTTTTTGTTTTATGACAAAACAA-T-TTT--GTTAATA
384 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTATTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATA
* * * *
238958 TAAGTTTGTTCAAAATAAAATACTACTAATTTATTAATATT-TAAAAAAATTAATCGATAAGAGA
449 TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT--AAAAATTAAT-AATAAGAGA
* ** * * * *
239022 TTTAGAAAGCAAATATGCTTACCAAACTATTTC
511 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTC
* * *
239055 AAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTCTAT-TTTGTCATC
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT-T-TGTTTGTCATA
* * * * ** * * * * *
239119 AAACAATTGGTTCTGTTAATACTATTTTATTT-GGAATATAATAATATTAATTTAATAATATTCC
64 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC
* * * * * * *
239183 AGAACTTAATAAACAAGAAAATTAAAAAAATAAATCTAATTGTCCT--ACC-AGTTCAAAATAGT
129 AAAAATTAATAAATAA-AAGATTTAAAAAATAAATCT-ATT-TACTGAACCAAGTTC-AAATAAT
* * * * * * * *
239245 TA-AACTATATGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCGTAAAATAATT
190 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * *
239309 GTTT-TGTTCGTACAAACTTATTTAGATTAAAGTAATACTAATTCAATAATATTTCAAAAATTAA
255 GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
239373 TAAGTAAGAGATT
320 TAAGTAA-AGATT
239386 GTTTTTGGCC
Statistics
Matches: 4475, Mismatches: 927, Indels: 590
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
516 2 0.00
517 55 0.01
518 14 0.00
520 54 0.01
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523 98 0.02
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526 7 0.00
527 220 0.05
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535 238 0.05
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544 2 0.00
545 13 0.00
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548 1 0.00
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555 112 0.03
556 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (543 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAA
AAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAAGTTCAAATAATTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
GTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTATTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTT
ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAAT
AAATTTGTTTACCAAACAAGTTC
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Alignment explanation
Indices: 234804--239385 Score: 2746
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234794 AAAACAAAAG
* * * * * * * * ** *
234804 TTTTTGTTCTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAAAAAATACT
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAAT-AAAATAATACT
* ** * **
234869 -ATTCTATTAATATTTCAAAACTTAATAAG----AGATTTAAAAAGCAAATTTGTTTACCAAACC
65 AATT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAA-C
* * * * *
234929 AA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTGTGAC
128 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * * * * *
234982 TTTTTGTTATGTTATAAAATAATAGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTA
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
235047 ATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAA-ATTTTTAAAAGTAAATATGTTTA-TCAAACT
66 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATTTATTTACT-GAACA
* * * * *
235110 AGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATCATTATGACC
129 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-C
* * * * * * *
235164 TTTTTGTTTTATTATAAAAAAATTATTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCT
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
* * * * * *
235228 AAGTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTACCGAATA
65 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACA
* * * * * *
235292 AGTTTAAATAATTATGACTATTTTAA-TATTATCTATTTGAAATCGTTATAAC
129 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* ** * ** *
235344 ATTTTG-TTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCTAATAAAATAATACAA
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* ** * * *
235408 ATTTATTAGTA-TAAAGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTCACTGAACAA
66 ATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACAA
** * * * *
235472 GTTCAAATCTTTATCACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGCTATGAC
130 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * ** * *
235524 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTACTGTTTATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTA
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* ** * * * **
235589 ATTTACTAATATTTTGACAATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTTTTCGAACAA
66 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACT-GAACAA
* * * * * * * * *
235654 GTTCCAATAATCATGATTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCATTGTGAC
130 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * * * *
235706 CTTTTATTTTGTAATAAAAGAATTGTTTC-AGTTCATATAAACTTATCTAAAATAAAATAATATT
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
* * * * * * **
235770 ATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATT-AAAAATGAATTTGA-TTACCAAACA
65 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT-ATTTACTGAACA
* * * * ** * *
235833 TGTTCAAATAGTCATGATTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTTTGGC
129 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * * **
235886 CTTTTGTATTGTTACAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TA
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-
* * * * * *
235950 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACAT
65 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACAA
* * * *
236014 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGTC
130 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * *
236066 CTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTT-AGATAAAAATAATACA
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAAT-AAAATAATACT
* * * * *
236130 AATTTATTAAAATTTCAAAAATTAAAAAGTAAAAAATTAAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATA
65 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAAATAAATTTATTTACTG---A
* * *
236195 AGTTCAAATATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGA-
126 A---C--A-A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * **
236257 TCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACT
1 T-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
* * * * ** *
236322 AATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGACATTTAAAAAATAAATTTGTGCACCGAACA
65 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACA
* * * * *
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** * * * * * * *
236439 AATTTGTTATATCTTAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAAAC-TATTCAAAATAAAATAATACT
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
** *
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65 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATTTATTTACT-GAA-
* * *
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* * * * *
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1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * *
236671 A--TA-T--TA---C-TAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCTA
66 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAA-CAA
* * * * ** *
236727 -TTCAAATAGCTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTCTGACC
130 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-C
* ** * ** *
236779 TTTTTGTTTAGTCATAAATTAATT-TTTTTAGTTCATACGTGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
* * * * * *
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65 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA-AGTAA-AAGATTTAAAAA-ATAAATTTATTTACT-G
* * * ***
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125 AACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-C
* * * * *
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1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* * * **
237027 CTTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AATGTTAGAGATTTAAAAAATAAGA-CAATTTA-TCGAAT
66 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GTAAAAGATTTAAAAAATAA-ATTTATTTACT-GAA-
* ** * * * * **
237089 C-GGTTCAAATAACTATGGCCATTTGAATAACTATCTATTTCAAATTATTATGAAC
127 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-AC
* * * ***
237144 -TTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTTTCA-TCATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATACT
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
** * * *
237207 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTTAAAAAGAAATCTATTTAC----CAA
65 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACAA
* * *
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130 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGAC
* * * * * * * * * * *
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1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
* * * * * * **
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65 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACTGAA-C
** * *
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* * * * ** *
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1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
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65 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAA-C
* * * * * * * *
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* ** * * * * * *
237670 TTTTTGCTTCATCATATAACAATTGTATT-TGA-GCATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATTATAC
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAC
* * * * ** * **
237733 TAATTTATTAGTCTTTCAAAAATGAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGCTTACCGAATT
64 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACA
* ** * * * **
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* * * * * * * * ** * *
237847 ATTTTATTCTGTAACAAAACAATTATTT-TTTATCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAACATT
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
* * * * * * ** * *
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* * * *
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* * * * * * **
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1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCT--ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA
* * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * *
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1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * ** *
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1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
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* * ** *
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* * * * * * *
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1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-
* * * * * * * **
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65 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAA-C
* * * **
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* * * * * *
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1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
* * ** * *
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* * * * *
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128 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * * * *
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1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
* * * * ** * ** **
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* * * * * *
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* * * * * * * * ** ** * *
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1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* * * * ** * * * *
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66 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAAT-TTATT-TACTGAAC
* * * * *
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* * * * * * * * * *
239285 CTTTTCTTTTGTCGTAAAATAATTGTTT-TGTTCGTACAAACTTATTTAGATTAAAGTAATACTA
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* * *
239349 ATTCAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
66 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
239386 GTTTTTGGCC
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Found at i:235982 original size:23 final size:23
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* * *
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TTAAAATTTAAAAAATAAATAAG
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237266 AAATCAGTTC
* * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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383 AATCATTATGACTTTTTG-TTCTATCATAAAACAATTGTATTTCAACATGCAAGCTAATTCGA-A
* * * * * *
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* ** * *
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* * * * ** *
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* * *
237913 TCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTCATTGGCAAACCAGT
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*
237978 TCAAATATTTAAGA
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* *
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1 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAA--TTATT
* * * * *
238057 TGAATTTATGCTAGCTTATTTGGAATAAAATAAAATAAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAA
64 TCAATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* *
238122 GTAAGAGATTTAAAAAAATAATTCAGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
129 GTAAGAGATTTAAAAAAATAATT-AGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACA
* * * * *
238187 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTATCATAAAATAAATGTTTCTGTTCATATAG
193 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTCAGTTCATACAA
** * * * *
238252 GTTTATTTAGAATAAAGTAATAGTAATCTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTGATTTAAAAAA
258 ACTTATTGAGAATAAAATAAAACTAATCTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTGATTTAAAAAA
* * * * * * * *
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* * *
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388 TTATGACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTATTTCAACATGCAAGCTAATTCGAAATAAAAT
* * * * *
238447 AATATTAACTTATTAATATTTAAAGAATTAACAAGACATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTAAAC
453 AATACTAACTTATTAATATTTAAAGAATGAACAAGACATTTAAAAAATAAATCTGCTTACCAAAC
* * ** * * * * * *
238512 CAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCCTTTTGTTCT
518 CAACTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAAACTTAAAATCATTACAACCATTTTATTCT
* * * * * * *
238577 ATCATAAAAAATCGTTTCTATTCATACAAGCTTTTCAGAATTAAATAATATAAATTTAGTAATAT
583 ATAACAAAAAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTTTCAGAATAAAATAACATAAATCTAATAATAT
* * * * **
238642 TCTAAAAATTAATAACTAAGATTTAAAAAATGAGTCTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAG
648 TCCAAAAATTAATAACTAAGAATTAAAAAATAAATCTCATTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAG
238707 A
713 A
* * *
238708 CTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC
1 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTATTTC
* *
238773 AGTTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGT
66 AATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
238838 AAGAGATTTTGAAAATAAT-TTTA-TTTACCGAACTAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAA
131 AAGAGA-TTT-AAAAAAATAATTAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAA
* * ** * *
238901 TTATCTATTTCAAATTGTTATTATTTTTTGTTTTATGACAAAACAA
194 TTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAA
238947 TTTTGTTAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (713 bp):
CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTATTTC
AATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
AAGAGATTTAAAAAAATAATTAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATT
ATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTCAGTTCATACAAACT
TATTGAGAATAAAATAAAACTAATCTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTGATTTAAAAAATAA
ATCTATTTATTAAACTAACTCAAATAATTATGACCATGTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
TGACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTATTTCAACATGCAAGCTAATTCGAAATAAAATAAT
ACTAACTTATTAATATTTAAAGAATGAACAAGACATTTAAAAAATAAATCTGCTTACCAAACCAA
CTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAAACTTAAAATCATTACAACCATTTTATTCTATA
ACAAAAAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTTTCAGAATAAAATAACATAAATCTAATAATATTCC
AAAAATTAATAACTAAGAATTAAAAAATAAATCTCATTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGA
Found at i:247374 original size:181 final size:178
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246637 TTATTTTCAG
* * * **
246647 AATAATAATAAATTAATATTATTTAATTTTGAATAAGTTTGCATGAATAGAAACAATTGTTCAAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTT-AATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
246712 AACAAAACAAAAGGGTT-ATGATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTAAT-ACTAACGATTTG
65 GACAAAACAAAA---TTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTG
* ** *
246775 AACTTATTCAGT-AAATAGATTTA-TTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGA
126 AACTTGTTTGGTAAAAT-GATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * *
246827 AATATTAAT--ATT-AT-TT-TATT-TTGT-ATAAGTTTGTATGAATAAAAAAAATTGTTCTATG
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
246885 ACAAAACAAAATGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTAATCAAATAGTCATCACTATTTAAATT
66 ACAAAACAAAAT-TCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
246950 TGTTTGGT-AAATAGAATTTTATTTTTAAATCTTTTACATT-TTAATTTTTGA
130 TGTTTGGTAAAAT-G-A-TTTATTTTTAAATCTTTTAC-TTATTAATTTTTGA
** * * * * *
247001 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTCTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TTAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * *
247066 AACAAAAAAAAATGTCAAAATTATTTCAAATATG-TAATTTTTTAATTTAGTCATCATCGTA--T
65 GACAAAACAAAAT-TCATAATTATTTGAAATA-GATAATTATTCAA-ATAGTCAT-AAC-TATTT
* *
247128 GAACTTATTTAGTAAACAT-ATTTATGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
125 GAACTTGTTTGGTAAA-ATGATTTA--TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * *
247184 AACATTAATAAATTAATAATATTTTGTTCTTAATAAGCTTGCATGAACAGAATCAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TTAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
247249 TACAAAATAAAAGTTCATAATTATTTGAAATATATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTAAAC
65 GACAAAACAAAA-TTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* *
247314 TTGTTTGGTAAAATGATGTATCATTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
129 TTGTTTGGTAAAATGATTTAT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * *
247365 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGCAAGAATTGAAACAATTGTTTGAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-TAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* ** * * *
247430 GACGAAAC---A-T--T-ATTAGCTGAAATATATAATTATTCAAATAAAT-ATAACTATTTCAAC
65 GACAAAACAAAATTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
247487 --CTAT--TAATA-GATTTATCTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
129 TTGTTTGGTAAAATGATTTAT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * *
247533 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGCATCAACAGAAACAATTGTTATAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTT-AATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* ** * * *
247598 GATAAAACAAAAAACCATTATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTACTTGAAC
65 GACAAAAC-AAAATTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
*
247663 ATGTTTGGTAAACAT-ATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-A
129 TTGTTTGGTAAA-ATGATTTAT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* ** * * * *
247713 GAATATTAATAAATTGATATTATTTTATTACAAAAATCTTGCATGAATGGAAATAATTGTTTTAT
1 -AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
247778 GACAAAA-AAAAATCATAATTATTTGGAATAAATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTT-AGAC
65 GACAAAACAAAATTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-AC
* * * * * * * *
247841 TTCTATGATAAACA-AATTTATATTTTAATTTTTTTATTTATTAATTTTTAA
129 TTGTTTGGTAAA-ATGATTTAT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * *
247892 AATATTACTAAATTAATATTACTTTATTCTAAATAAGCTTGCATGAACAAAAATAATTATTTTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TTAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
** *
247957 GACAAAACAAAATATTGTAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAT-ACTTATTTGAA
65 GACAAAACAAAAT-TCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAA
* * * *
248021 CTAGTTTGGTAAAATGATTTATCATTTAAATCTTTTACTTATAAAGTTTTGA
128 CTTGTTTGGTAAAATGATTTAT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * * * *
248073 AACATTAAT-AATTAATATTGTTTTGTTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTGTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-TAATAAGCTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * ** ** * * * *
248137 GACAAAATAAAATGTCTTTGTTAGCTAAAATAGATAATTGA-TCGAATAGTTATAATTATTTGAA
65 GACAAAACAAAAT-TCATAATTATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * *
248201 CTTGTTTAAT-AAATAGACTTATTTATTAAATCTTTTACTTATTCATTTTT-A
128 CTTGTTTGGTAAAAT-GATTTATTT-TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
**
248252 GAATATTAATAAATTAATATTATTGAATTTTTAATAAG
1 -AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTTAATAAG
248290 TTTGTTCTAT
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185 4 0.00
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Consensus pattern (178 bp):
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ACAAAACAAAATTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTTTGGTAAAATGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
Found at i:247992 original size:359 final size:358
Alignment explanation
Indices: 246647--248275 Score: 1410
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246637 TTATTTTCAG
* * ** * **
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* * * * * * * * * *
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65 TGACAAAA-AAAA--ATCATAATTATTTGAAATATATAATTATTAAAATAGTCA-TAACTATTT-
* * * * *
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125 AACTTCTAT-A-TAAACAAATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
* * * * * * *
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* * * * * *
246894 AATGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTAATCAAATAGTCATCACTATTTAAATTTGTTTGGT-
253 AATATCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTA
*
246958 AAATAGAATTTTAT-TTTTAAATCTTTTACATT-TTAATTTTTGA
318 AAAT-G-A-TTTATCATTTAAATCTTTTAC-TTATTAATTTTTGA
* * * * * *
247001 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTCTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAATCTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* * * * * ** * *
247066 AACAAAAAAAAATGTCAAAATTATTTCAAATATGTAATTTTTTAATTTAGTCATCATCGTA-TGA
66 GACAAAAAAAAA--TCATAATTATTTGAAATATATAA-TTATTAAAATAGTCAT-AAC-TATTTA
* * * * * *
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126 ACTTCTATA-TAAACAAATTTAT-ATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * * * * *
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*
247259 AAGT-TCATAATTATTTGAAATATATAATTATT-AAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGG
253 AA-TATCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAA-AGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGG
*
247322 TAAAATGATGTATCATTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
316 TAAAATGATTTATCATTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * *
247365 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGT-TTGCAAGAATTGAAACAATTGTTTGA
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAA-TCTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * ** * *
247429 TGAC-----GAAA-CATTATTAGCTGAAATATATAATTATTCAAATAAAT-ATAACTATTTCAAC
65 TGACAAAAAAAAATCATAATTATTTGAAATATATAATTATTAAAAT-AGTCATAACTATTT-AAC
* * * *
247487 --CTAT-T-AATAGATTTATCTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
128 TTCTATATAAACAAATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
* * * * * * * *
247548 ATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGCATCAACAGAAACAATTGTTATATGATAAAACAAAAAAC
193 ATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGCATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATAT
* * * *
247613 CATTATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTACTTGAACATGTTTGGTAAACAT
258 CATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAA-AT
*
247678 -ATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-A
322 GATTTATCATTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * *
247713 GAATATTAATAAATTGATATTATTTTATTACAAA-AATCTTGCATGAATGGAAATAATTGTTTTA
1 -AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAATCTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTA
* *
247777 TGACAAAAAAAAATCATAATTATTTGGAATAAATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTAGACT
65 TGACAAAAAAAAATCATAATTATTTGAAATATATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTA-ACT
* * * *
247842 TCTATGATAAACAAATTTATATTTTAATTTTTTTATTTATTAATTTTTAAAATATTACTAAATTA
129 TCTAT-ATAAACAAATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
* *
247907 ATATTACTTTATTCTAAATAAGCTTGCATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATAT
193 ATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGCATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATAT
** * * * *
247972 TGTAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAT-ACTTATTTGAACTAGTTTGGTAAAAT
258 CATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAAC-TATTTAAACTTGTTTGGTAAAAT
* *
248036 GATTTATCATTTAAATCTTTTACTTATAAAGTTTTGA
322 GATTTATCATTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * *
248073 AACATTAAT-AATTAATATTGTTTTGTTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTGTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAATCTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* * ** ** * * ** * *
248137 GACAAAATAAAATGTCTTTGTTAGCTAAAATAGATAATTGA-TCGAATAGTTATAATTATTTGAA
66 GACAAAA-AAAA-ATCATAATTATTTGAAATATATAATT-ATTAAAATAGTCATAACTATTT-AA
* * * * * * *
248201 CTTGTTTAATAAATAGACTTAT-TTATTAAATCTTTTACTTATTCATTTTTAGAATATTAATAAA
127 CTTCTAT-ATAAACAAATTTATATT-TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
248265 TTAATATTATT
190 TTAATATTATT
248276 GAATTTTTAA
Statistics
Matches: 1035, Mismatches: 183, Indels: 107
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
347 1 0.00
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351 1 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (358 bp):
AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAATCTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTAT
GACAAAAAAAAATCATAATTATTTGAAATATATAATTATTAAAATAGTCATAACTATTTAACTTC
TATATAAACAAATTTATATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATA
TTATTTTATTCTAAATAAGCTTGCATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCAT
AATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAAATGATT
TATCATTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
Found at i:247996 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 247974--248025 Score: 54
Period size: 16 Copynumber: 2.9 Consensus size: 18
247964 CAAAATATTG
247974 TAATTATTTGAAATAG-A
1 TAATTATTTGAAATAGTA
*
247991 TAATTA-TTCAAATAGTTA
1 TAATTATTTGAAATAG-TA
* *
248009 TACTTATTTGAACTAGT
1 TAATTATTTGAAATAGT
248026 TTGGTAAAAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (18 bp):
TAATTATTTGAAATAGTA
Found at i:249999 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 249308--250292 Score: 856
Period size: 180 Copynumber: 5.4 Consensus size: 179
249298 AAAAGTTAAG
* * * * * * *
249308 AATTATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAATCATAA-TGATTTAAACTTA-TCTGATAAACAGA
1 AATTATTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACT-ATTTGAACTTATTC-GGTAAACAAA
* * *
249371 TTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTACTATTATTTTGTTT
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* * * * * *
249435 TGTATAAGATTGCATGAATAAAAACAATTGTTCTAT-GTCAAATC-AAAAGGTTAT
128 T-AATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATAG--AAAACGAAAA-GTCAT
* * * * * *** *
249489 AATTATTTGAATTAAATAATTAATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTAATAAACACATT
1 AATTATTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATT
* * * * *
249554 TATATTTTTAAATCTTTTACATATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTCATTTTG
66 TAT-CTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-
* * * * * *
249619 AATAAGCCTACATGAACAAAAACAATAGTTCTAT-GACAAAAGAAAATATCAT
129 AATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATAGA-AAACGAAAA-GTCAT
* * *
249671 AATTATTTGAAATAGATAATTATTC-GATTAGTCATATATAGCTATTTGAACTTTTTCGATAAAT
1 AATTATTTGAAATAGATAATTATTCAGA-TAGTC--ATA-A-CTATTTGAACTTATTCGGTAAAC
* ** * * * * *
249735 AAATTTAT-ATTTAAATAATTTACTAATTAATTTTTTAAACATTAATAAATTAATACTATCTTAT
61 AAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-
* * * *
249799 TTCGAATAAACTTACATGAACATAAACAATTGTTTTATAGAAAACGAAAAGTCAT
125 TTCTAATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATAGAAAACGAAAAGTCAT
* * * * * * *
249854 AATTATGTGAAATAGATAATTGTTTAGTTAGTCATAACTAGTTCAACATATTCGGTAAACAAATT
1 AATTATTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATT
* * *
249919 TATCTTTTAAATTTTTTTCTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCTA
66 TATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-CTA
** * * * *
249984 ATAAGCTTGCATGAACTGAAATAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAAGTCAT
130 ATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTAT-AGAAAACGAAAAGTCAT
* * * * * * *
250035 AATTTTTTTAATTAGATAATTGTTCA-AGTAATCATAACT-TTTGAACTTGTTCAGTAAACAAAT
1 AATTATTTGAAATAGATAATTATTCAGA-TAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAAT
* * * * *
250098 TTATTTTTTAAATTTTTTTCTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCA
65 TTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCT
* ** * * * * * * *
250163 AACAAGCGCGTATGAATAGAAACAATTATTTTTTGACAAAATGAAAAGTCAT
129 AATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTAT-AGAAAACGAAAAGTCAT
* * * * *
250215 AATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGGTAAACATATT
1 AATTATTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATT
250280 TATCTTTTAAATC
66 TATCTTTTAAATC
250293 CAAATGAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
AATTATTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATT
TATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAA
TAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATAGAAAACGAAAAGTCAT
Found at i:250053 original size:364 final size:361
Alignment explanation
Indices: 249504--250292 Score: 843
Period size: 364 Copynumber: 2.2 Consensus size: 361
249494 TTTGAATTAA
* * * * * *** * *
249504 ATAATTAATCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTAATAAACACATTTATATTTTTAAATCT
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTAGTTAAACATATTCGGTAAACAAATTTAT-CTTTTAAATCT
*
249569 TTTACATATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTCATTTTGAATAAGCCTACATGA
65 TTTACATATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTCATTCTGAATAAGCCTACATGA
*
249634 ACAAAAACAATAGTTCTATGACAAAAGAAAATATCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCGAT
130 ACAAAAACAATAGTTCTATGACAAAACAAAATATCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTC-A-
* * *
249699 TAGTCATAT-ATAGCTATTTGAACTTTTTC-GATAAATAAATTTA-TATTTAAATAATTTACTAA
193 -AGT-A-ATCATAACT-TTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTATTTAAATAATTTACTAA
* * * * ** *
249761 TTAATTTTTTAAACATTAATAAATTAATACTATCTTATTTCGAATAAACTTACATGAACATAAAC
253 CTAATTTTTGAAACATTAATAAATTAATACTATCTTATTTCAAACAAACGCACATGAACAGAAAC
* * *
249826 AATTGTTTTAT-AGAAAACGAAAAGTCATAATTATGTGAAATAG
318 AATTATTTTATGACAAAACGAAAAGTCATAATAATGTGAAATAG
* * ** * *
249869 ATAATTGTTTAGTTAGTCATAACTAGTTCAACATATTCGGTAAACAAATTTATCTTTTAAATTTT
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTAGTTAAACATATTCGGTAAACAAATTTATCTTTTAAATCTT
* * * * * * *
249934 TTTCTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCT-AATAAGCTTGCATGA
66 TTACATATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTCATT-CTGAATAAGCCTACATGA
** * * * * * * * *
249998 ACTGAAATAATTGTTTTGTGACAAAACAAAA-AGTCATAATTTTTTTAATTAGATAATTGTTCAA
130 ACAAAAACAATAGTTCTATGACAAAACAAAATA-TCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* ** * *
250062 GTAATCATAACTTTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTTTCTTACTAATT
194 GTAATCATAACTTTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTATTTAAATAATTTACTAACTAATT
* * * * ** *
250127 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAGCGCGTATGAATAGAAACAATTAT
259 TTTGAAACATTAATAAATTAATACTATCTTATTTCAAACAAACGCACATGAACAGAAACAATTAT
* * *
250192 TTTTTGACAAAATGAAAAGTCATAATAATTTGAAATAG
324 TTTATGACAAAACGAAAAGTCATAATAATGTGAAATAG
* * * *
250230 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGGTAAACATATTTATCTTTTAAATC
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTAGTTAAACATATTCGGTAAACAAATTTATCTTTTAAATC
250293 CAAATGAATT
Statistics
Matches: 346, Mismatches: 72, Indels: 16
0.80 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
359 25 0.07
360 81 0.23
361 84 0.24
363 2 0.01
364 113 0.33
365 41 0.12
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
ATAATTATTCAAATAGTCATAACTAGTTAAACATATTCGGTAAACAAATTTATCTTTTAAATCTT
TTACATATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTCATTCTGAATAAGCCTACATGAA
CAAAAACAATAGTTCTATGACAAAACAAAATATCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAGT
AATCATAACTTTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTATTTAAATAATTTACTAACTAATTTT
TGAAACATTAATAAATTAATACTATCTTATTTCAAACAAACGCACATGAACAGAAACAATTATTT
TATGACAAAACGAAAAGTCATAATAATGTGAAATAG
Found at i:251043 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 250343--252497 Score: 1358
Period size: 181 Copynumber: 12.1 Consensus size: 178
250333 GAATAAAATA
** * * ** *
250343 TCATAATTATTCAAAATAGATAATTGTTTAATTAGAT-ATAACTATTTGAACTTACTTGATAACA
1 TCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTCATAA-A
* * *
250407 -A-ATTTAT-TATTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGACTATTAATAAATTAATATTATTTT
64 TAGATTTATCT-TTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* ** * * * * * *
250469 ATTTTGAACAAATTTGTATGAATAAAAACAATTATTCTATAATAAAATTAAAA-C
127 A-TTTGAATAAGCTTGCATGAATGAAAACAATTGTTTTATAA-AAAA-CAAAAGG
* * * * * *
250523 TCACAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATATA-TATTTAAAATTG-TTCAGTAAA
1 TCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTTTCA-TAAA
* ** * *
250586 CAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTA-TAACTTTGTGGAATGGTAGTAAATTAATAATATTTT
64 TAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTT-TGGAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * * * ** * * * *
250650 A-CTGAAAATATGTTTGAATGAACAAAAACAATTGTTCTATGACAAAACTAAATG
127 ATTTG--AATAAGCTTGCATGAATGAAAACAATTGTTTTAT-AAAAAACAAAAGG
* * * * * * * * *
250704 TCATAACTATTTGAAATTGATCATTTTTCAAATAGTCATAATTATTTGATCTT-ATTCGAAAAAG
1 TCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTC-ATAAAT
* * * * * * *
250768 AGATATATATTTCAAATCCTTTAATTATT--TATT---ATATTAATAAAATAATATTATTTTATT
65 AGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* ** * * *
250828 CTAAATAATTTTGTATTAA-CAGAAACAATTGTTTTATAAAGAAACAAAAGG
130 -TGAATAAGCTTGCATGAATGA-AAACAATTGTTTTATAAA-AAACAAAAGG
* * * * * * *
250879 TAATAATTATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAATAATAATTATTTGTACTTGTTTGATAAATA
1 TCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCATAAATA
* * * * *
250944 GATTTATCTTTTAAATCTTTTGCTTATTAAATTTTGGAATAATAATAAAATAAAATTAGTTTATT
66 GATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* *** *
251009 CTGAATAAGCTTGCATGAATGAAAATAATTGTTTTATTACGTAACAAAATG
130 -TGAATAAGCTTGCATGAATGAAAACAATTGTTTTA-TAAAAAACAAAAGG
* * * * **
251060 TCATAATTATTTGAAATTA-ATAATTGTTTAAATAGTAATAACTATTT-ATACTTATCTGGTAAA
1 TCATAATTATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTTCATAAA
** * * *
251123 TAGATTTATCTTTTATGTCATTT-GTTA--ATTTTTGGAATATTAAT-AATTAATATTATTTTAT
64 TAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * ** * * *
251184 TCTAAATAAACTTGTC-TAAATTG-AGGCAATTGTTCTATCACAAAACAAAATG
129 T-TGAATAAGCTTG-CATGAA-TGAAAACAATTGTTTTAT-AAAAAACAAAAGG
* * * * **
251236 TCCTAGTTATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG-TTCATTGCAT
1 TCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCA-TAAAT
* * *
251300 AAATTTATCTTTTAAATCATTT-CTTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAA-AGTTA-TTTA
65 AGATTTATCTTTTAAATCTTTTAC-TTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAATA-TTATTTTA
* * * * * *
251362 TTCCGAATAAGCTTGTATG-A-CAAAATAATTGTTTTATCATAAAACAAAATG
128 TT-TGAATAAGCTTGCATGAATGAAAACAATTGTTTTAT-AAAAAACAAAAGG
* * * * * *
251413 TCATAAATATTTGAAATA-ATTAATTGTTGAAATAGTTATAAATATTTGAACTT-ATTCCTCAAA
1 TCATAATTATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCAT-AAA
* * * * *
251476 TA-AGTTTATCTTTTAAATATTTTCCTTACTAATTTTTTGAAATATTAATATATTAATATTATTT
64 TAGA-TTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAA--TTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * *
251540 TATTTCGAATAA-CTTTGTATGTAT-AGAAATAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGG
126 TATTT-GAATAAGC-TTGCATGAATGA-AAACAATTGTTTTATAA-AAAACAAAAGG
* * * * * * * ** * *
251595 TCTTACTTATTT--CA-A-ATAATTGTTCAAATAGTTACAATTATTTGAACTTATTTGGTTAACA
1 TCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCATAAATA
* * * *
251656 AATTTATCTTTTAAATATTTTAGTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
66 GATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-GGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-T
* * * * * * * *
251721 TTGAAAAAGCATGTATG-ATCCAAAAAAATAGTTCTATAACAAAACAATAGG
129 TTGAATAAGCTTGCATGAAT-GAAAACAATTGTTTTATAA-AAAACAAAAGG
* * * * * * *
251772 TTATAATTATTAGAAATAGATAA-TGATTCAAATAATCATAACTTTTTAAACCT-ATTCAGTAAA
1 TCATAATTATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCA-TAAA
* * * * *
251835 TAGATTTATCTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAATGTTGATAAATT-ATATAATTTTAT
64 TAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * *
251899 TTCAAATAAGCTTGCATGAA-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
129 TT-GAATAAGCTTGCATGAATGAAAACAATTGTTTTAT-AAAAAACAAAAGG
* * * *
251950 TCATATATTATTAGAAATAAATAATTTTTCAAAT-GTTCATAACTATTTAAACTTGTTT-AGTAA
1 TCATA-ATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTCA-TAA
252013 ATAGATTTATCTTTTAAATCTTTTAC----------T----TATTAATAAATTAATATTATTTTA
63 ATAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* *
252064 TTTCGAATAAACTTGCATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
128 TTT-GAATAAGCTTGCATGAA-TGAAAACAATTGTTTTAT-AAAAAACAAAAGG
* * *
252117 TCCTAATTATTAGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAAT
1 TCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCA-TAAAT
* * * * * *
252181 AGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATCTTGGGAATGCTT-GTAAATTAATATTTTTTTT
65 AGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTGGAAT-ATTAATAAATTAATA-TTATTTT
* * ** * * ** **
252245 ATTTCAAATAAGCTTGTAAAAATGAAAAAAAATGTTTTATGAGGAAACAAAAAA
127 ATTT-GAATAAGCTTGCATGAATGAAAACAATTGTTTTAT-AAAAAACAAAAGG
** * * ** * *
252299 TGTTAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACATGTTTGGTCAACA
1 TCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCATAAATA
* * * * ***
252364 AATTTATATTTTAAATCTTATAATTATTAATTATAAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
66 GATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-T
* * * * * * **
252429 TTGAATAAACTTACATGAATGTAAACAATTGTTTTATGGAGAAATAAAAAA
129 TTGAATAAGCTTGCATGAATGAAAACAATTGTTTTAT-AAAAAACAAAAGG
252480 TCATAATTATTTGAAATA
1 TCATAATTATTTGAAATA
252498 TTTTATCATA
Statistics
Matches: 1572, Mismatches: 298, Indels: 209
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
165 12 0.01
166 102 0.06
167 34 0.02
169 1 0.00
174 3 0.00
175 128 0.08
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
TCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCATAAATA
GATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
GAATAAGCTTGCATGAATGAAAACAATTGTTTTATAAAAAACAAAAGG
Found at i:251780 original size:712 final size:701
Alignment explanation
Indices: 250428--252433 Score: 1575
Period size: 712 Copynumber: 2.8 Consensus size: 701
250418 TAAATCTCTT
* * ** * * *
250428 ACTTATTAATTTTTAGACTATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAATTTGTATGAATA
1 ACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATT-ATATAATTTTATTTCAAATAAACTTGCATGAA-A
* * * * * * * * *
250493 AAAACAATTATTCTATAATAAAATTAAAA-CTCACA-ATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
63 AAAACAATTGTTCTATCACAAAA-CAAAAGGTCATATATTATTAGAAATAAATAATTGTTAAAAT
* * *
250556 AGTT-ATATA-TATTTAAAATTGTTCAGTAAACAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATAACT
127 -GTTCATA-ACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATCTTTTAAATC----A-TT-T-AC-
* * * *** *** * *
250619 TTGTGGAATGGTAGTAAATTAATAATATTTTACTGAAAATATGTTTGAATGAACAAAAACAATTG
182 -T-T---AT--TAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAACTTGCATGAACTAAAACAATTG
* * * * * * * * * *
250684 TTCTATGACAAAACTAAATGTCATAACTATTTGAAATTGATCATTTTTCAAATAGTCATAATTAT
240 TTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAAATATTAGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATAT
* * * * * * ** * * *
250749 TTGATCTTATTCGA-AAAAGAGATATATATTTCAAATCCTTTAATTA-T-TTATT----ATATTA
305 TTGAACTTATTC-ACTAAATAGATTTATCTTTTAAATATTTTACTTACTAATCTTGGAAATATTA
* * * *
250807 ATAAAATAATATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATTAACAGAAACAATTGTTTTATAAAGAA
369 ATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAACTTTGTATT-ATAGAAAAAATTGTTTTATAAA-AA
* * *
250871 ACAAAAGGTAATAATTATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAATAATAATTATTTGTACTTGTTT
431 ACAAAAGGTATTAATTATTT--AAAAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTTGTTT
* * * * * * *
250936 GATAAATAGATTTATCTTTTAAATCTTTT-GCTTATTAAATTTT-GGAATAATAATAAAATAAAA
494 GGTAAACAAATTTATCTTTTAAATCTTTTAG-TTATT-AATTTTAGAAATATTAATAAATTAATA
* * * * * * * * * ** *
250999 TTAGTTTATTCTGAATAAGCTTGCATGAATGAAAATAATTGTTTTATTACGTAACAAAATGTCAT
557 TTATTTTATTTTGAAAAAGCATGCATGAATCAAAAAAATAGTTCTATAACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
251064 AATTATTTGAAATTA-ATAATTG-TTTAAATAGTAATAACTATTTATACTTA-TCTGGTAAATAG
622 AATTATTAGAAA-TAGATAA-TGATTCAAATAATAATAACTATTTAAACCTATTC-AGTAAATAG
251126 ATTTATC-TTT-TATGTC
684 ATTTATCTTTTATATGTC
* * *
251142 ATTTGTTAATTTTTGGAATATTAAT-AATTAATATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTC-T-AA
1 ACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATT-ATATAATTTTATTTC-AAATAAACTTG-CATGAA
* ** * * * * *
251203 ATTGAGGCAATTGTTCTATCACAAAACAAAATGTCCTA-GTTATTTGAAATAGATAATTGTTAAA
62 A--AAAACAATTGTTCTATCACAAAACAAAAGGTCATATATTATTAGAAATAAATAATTGTTAAA
* * **
251267 ATAGTT-ATAACTATTTGAACTTGTTCATTGCATAAATTTATCTTTTAAATCATTT-CTTTATTA
125 AT-GTTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATCTTTTAAATCATTTAC-TTATTA
* * *
251330 ATTTTAGAATATTAATAAATTAAAGTTATTTATTCCGAATAAGCTTGTATG-AC-AAAATAATTG
188 A---T--AA-ATTAAT--ATT--A--T-TTTATTCCGAATAAACTTGCATGAACTAAAACAATTG
* * * * * *
251393 TTTTATCATAAAACAAAATGTCATAAATATTTGAAATA-ATTAATTGTTGAAATAGTTATAAATA
240 TTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAAATATTAGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAAATA
* * *
251457 TTTGAACTTATTC-CTCAAATA-AGTTTATCTTTTAAATATTTTCCTTACTAATTTTTTGAAATA
304 TTTGAACTTATTCACT-AAATAGA-TTTATCTTTTAAATATTTTACTTACTAA-TCTTGGAAATA
* * * *
251520 TTAATATATTAATATTATTTTATTTCGAATAACTTTGTATGTATAGAAATAATTGTTTTACAACA
366 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAACTTTGTAT-TATAGAAAAAATTGTTTTATAA-A
* * * * * *
251585 AAACAAAAGGTCTTACTTATTT-CAA-ATAATTGTTCAAATAGTTACAATTATTTGAACTTATTT
429 AAACAAAAGGTATTAATTATTTAAAAGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTTGTTT
* *
251648 GGTTAACAAATTTATCTTTTAAATATTTTAGTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATT
494 GGTAAACAAATTTATCTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATT
* * *
251713 ATTTTATTTTGAAAAAGCATGTATG-ATCCAAAAAAATAGTTCTATAACAAAACAATAGGTTATA
559 ATTTTATTTTGAAAAAGCATGCATGAAT-CAAAAAAATAGTTCTATAACAAAACAAAAGGTCATA
* *
251777 ATTATTAGAAATAGATAATGATTCAAATAATCATAACTTTTTAAACCTATTCAGTAAATAGATTT
623 ATTATTAGAAATAGATAATGATTCAAATAATAATAACTATTTAAACCTATTCAGTAAATAGATTT
* *
251842 ATCTTTTAAATATTTT
688 ATCTTTT--ATATGTC
* * *
251858 ACTTATTAATTTTTGAATGTTGATAAATTATATAATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAAAAAA
1 ACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTATATAATTTTATTTCAAATAAACTTGCATGAAAAAA
* * * * *
251923 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATATTATTAGAAATAAATAATTTTTCAAATGTTC
66 ACAATTGTTCTATCACAAAACAAAAGGTCATATATTATTAGAAATAAATAATTGTTAAAATGTTC
* * *
251988 ATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATAAATTA
131 ATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATCTTTTAAATCATTTACTTATTAATAAATTA
* *
252053 ATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGCATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
196 ATATTATTTTATTCCGAATAAACTTGCATGAACTAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGT
* * * * *
252118 CCTAATTATTAGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAG
261 CATAAATATTAGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTATTCACTAAATAG
* * * * * * *
252183 ATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATCTTGGGAATGCTT-GTAAATTAATATTTTTTTTAT
326 ATTTATCTTTTAAATATTTTACTTACTAATCTTGGAAAT-ATTAATAAATTAATA-TTATTTTAT
* * * ** ** *
252247 TTCAAATAAGC-TTGTA-AAAATGAAAAAAAATGTTTTATGAGGAAACAAAAAATGTTAATTATT
389 TTCAAATAA-CTTTGTATTATA-G-AAAAAATTGTTTTAT-AAAAAACAAAAGGTATTAATTATT
* * * * * *
252310 TGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACATGTTTGGTCAACAAATTTATATTT
450 T-AAA-AGATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATCTTT
* * * *
252375 TAAATCTTATAATTATTAATTATAAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAA
513 TAAATCTTTTAGTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAA
252434 TAAACTTACA
Statistics
Matches: 1035, Mismatches: 192, Indels: 136
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
698 2 0.00
700 2 0.00
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702 22 0.02
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704 163 0.16
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708 108 0.10
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717 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (701 bp):
ACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTATATAATTTTATTTCAAATAAACTTGCATGAAAAAA
ACAATTGTTCTATCACAAAACAAAAGGTCATATATTATTAGAAATAAATAATTGTTAAAATGTTC
ATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATCTTTTAAATCATTTACTTATTAATAAATTA
ATATTATTTTATTCCGAATAAACTTGCATGAACTAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGT
CATAAATATTAGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTATTCACTAAATAG
ATTTATCTTTTAAATATTTTACTTACTAATCTTGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
CAAATAACTTTGTATTATAGAAAAAATTGTTTTATAAAAAACAAAAGGTATTAATTATTTAAAAG
ATAATTGTTCAAATAGTAATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATCTTTTAAATCTT
TTAGTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAAAAAGCATGCATGAA
TCAAAAAAATAGTTCTATAACAAAACAAAAGGTCATAATTATTAGAAATAGATAATGATTCAAAT
AATAATAACTATTTAAACCTATTCAGTAAATAGATTTATCTTTTATATGTC
Found at i:252171 original size:166 final size:165
Alignment explanation
Indices: 251880--252212 Score: 517
Period size: 166 Copynumber: 2.0 Consensus size: 165
251870 TTGAATGTTG
* *
251880 ATAAATTATATAATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACA
1 ATAAATTATATAATTTTATTTCAAATAAACTTGCATGAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* *
251945 AAAGGTCATATATTATTAGAAATAAATAATTTTTCAAATGTTCATAACTATTTAAACTTGTTTAG
66 AAAGGTCATATATTATTAGAAATAAATAATTATTCAAATGTTCATAACTATTTAAACTTGTTCAG
252010 TAAATAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTA
131 TAAATAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * *
252045 ATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGCATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
1 ATAAATT-ATATAATTTTATTTCAAATAAACTTGCATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * *
252110 CAAAAGGTCCTA-ATTATTAGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTT
64 CAAAAGGTCATATATTATTAGAAATAAATAATTATTCAAAT-GTTCATAACTATTTAAACTTGTT
* *
252173 CAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTA
128 CAGTAAATAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTA
252211 AT
1 AT
252213 CTTGGGAATG
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 12, Indels: 5
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
165 7 0.05
166 112 0.73
167 34 0.22
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (165 bp):
ATAAATTATATAATTTTATTTCAAATAAACTTGCATGAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
AAAGGTCATATATTATTAGAAATAAATAATTATTCAAATGTTCATAACTATTTAAACTTGTTCAG
TAAATAGATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTA
Found at i:252415 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 252040--252497 Score: 492
Period size: 182 Copynumber: 2.5 Consensus size: 181
252030 ATCTTTTACT
* *
252040 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGCATGAACT-AAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGCA-AAAATGAAAACAATTGTTTTATG
** ** * * * *
252104 ACAAAACAAAAGGTCCTAATTATTAGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
65 AGGAAACAAAAAATCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACA
* * * * * * ***
252169 TGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATCTTGGGAA
130 TGTTCAGTAAACAAATTTATATTTTAAATCTTATAATTATTAATCTTAAAAA
* * * * * * * *
252221 TGCTT-GTAAATTAATATTTTTTTTATTTCAAATAAGCTTGTAAAAATGAAAAAAAATGTTTTAT
1 T-ATTAATAAATTAATA-TTATTTTATTTCGAATAAACTTGCAAAAATGAAAACAATTGTTTTAT
** *
252285 GAGGAAACAAAAAATGTTAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAAC
64 GAGGAAACAAAAAATCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTGAAC
** *
252350 ATGTTTGGTCAACAAATTTATATTTTAAATCTTATAATTATTAAT-TATAAAAA
129 ATGTTCAGTAAACAAATTTATATTTTAAATCTTATAATTATTAATCT-TAAAAA
* * ** *
252403 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTACATGAATGTAAACAATTGTTTTATG-
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGCAAAAATGAAAACAATTGTTTTATGA
*
252467 GAGAAATAAAAAATCATAATTATTTGAAATA
66 G-GAAACAAAAAATCATAATTATTTGAAATA
252498 TTTTATCATA
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 48, Indels: 12
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 1 0.00
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * ** *
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1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAAT
* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* **
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* ** * * * * **
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* * * *
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1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAAT
* * * * *
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* * * * * * **
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* * * *
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1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAGATAAA
* * * * * * ** * **
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** ** * * * *
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* *
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1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAAT
* * * * * *
254398 CTGTTTA-CTAAATAAGTTCAAATGGTTATGACTAGTTGAACCAAATAAT-TATTTCAAATAATT
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** * * * *
254461 AT-AAATTTT-TGTT-T--T--AAC-A---TTT-TATTCATGCAAGCTTCTTCA
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * * ** * * * *
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* *
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* * * * *
254748 TCCACTTA-CTAAAAAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACAATTTATCTATTTCAAATAATT
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAAT
* * * * * * * * *
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66 CTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATG
** * * * * * ** *
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* * * ** **
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* * * * * *
255656 TCTGTTTACCGAACAAATTAAAATAGTTATAACTATTTGAACATTTATCTATTTCAAATAATTAT
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* * * * * * * *
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* *
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1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAAT
* * * * * * * * *
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* * * * *
255952 AAACAAAATAATATTAATTTATTTATACTTT-GAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAGACAAA
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAA
* * * * * *
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* * **
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1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAAT
* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * *
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* * * ** * * *
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* * * *
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* * * * * * * ***
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* * * * * *
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** * * * * * ** *
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** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** **
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* * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA---AGATA
* * * ** * * * *
258178 -ATGT-TTTGT-AAACAAAATCAAAATGGTTATAATTATTGGAACAATTATC-ATTTTCAAATAA
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* * * ** **
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* * *
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* * *
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* ** *
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Statistics
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252833 CTATAATCCA
* * * * * *
252843 TTTGTTTTCTTATAAAATATTTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTC-ACAATAAAATAATATTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGA-AATAAAATAATATTAA
* * * * * * *
252907 TTTATGAATATTCCAAAAATTAATAAGTGAAATATTTAAAAGACAAATATATTTACCAAACTAGT
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACCAAACAAGT
* * *
252972 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAATTATGACCATTTGTTTTGTCAT
130 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCATTTATTTTGTCAT
* * * *
253037 AGAATAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC
195 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC
* * * **
253102 AAAAATTAATAAGTAAAATATTCAAAAGATAAATCCATTTATCGATTAAGTTCAAATAGTTATGA
260 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
*
253167 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATAACAT
325 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACAT
* * * * * *
253205 TTTATTTTTTCACAAAACAATTATCTCTATTCATACAAACCTATTCGAAATAAAATAATATTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATATTAAT
* * * * *
253270 TTATTAATATTTAAAAAATTAAGAAGTTAAAGATTTAAAAGATAAATCTAATTACCTAACAAGTT
66 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACCAAACAAGTT
* * * * * * *
253335 CAAATGGGTT-TAATTATTTAAAAAATTACCTATTTCAAATAATTATGA-CATTTTATTTTGCCA
131 CAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCA-TTTATTTTGTCA
* * * * * * * *
253398 TAGAAA-AATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATACTATTAACTTATTAATATT
194 TA-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
* * ** * *
253462 TCAAAAATCAGTTGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTATC-ATACAAGTTCAAA-AGGTT
258 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTATCGA-ACAAGTTCAAATA-GTT
* * *
253525 ATGACTGTTTGATCAATTATCTATTTAAAATAATTATGATC-T
321 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGA-CAT
* * * * * * *
253567 TTTATTTTGTCATAATACATTTATTTCTATTCATGCAAGA-TTATTCAAAAT-AAATAAT-CTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-ACTTATTCGAAATAAAATAATATTAA
* * * * * * * *
253629 TTTATTAATA-TTCTTAAAATTTATAAATAAAAAATTTAAAAGATAAATTTGTTTACTAAATAAG
65 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACCAAACAAG
* * * * * * *
253693 TTTAATTAGTGATGATTATTTAAACAATTATCTATTTTC-AATAATTATGACCTTTTGTTTTGTC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATAATTATGACCATTTATTTTGTC
* * * * ** * *
253757 ATAGAATAATTATTTCTATTCGTTTAAGCTTCTTCAAAATAAAATAA-AGTTAATTTACTAATAT
193 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TTAATTTATTAATAT
** ** * * * ** *
253821 TTCAAAAATTAGCAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAAT-TGGCTTACCAAATAAGTTCACTTGGTT
257 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCT-ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * *
253885 ATGATTA-TTAAAAAATTTAACTAATTCAAATAATTATAATAT
321 ATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATAATTATGACAT
* * * * *
253927 TTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTTATAC-AACTTTATTTGAAAT-AAATAATATTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAC-TTATTCGAAATAAAATAATATTAA
* * * * *
253990 TTTATTATTATTTCGAAACTTAATAAGTAAAATATTTAAAAGAT-AATCTATTTA-CAGAAAAAG
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACCA-AACAAG
* * * * * *
254053 TAT-AATTAGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCTAATAATTATGATCTTTTATTTTG-C
129 T-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCATTTATTTTGTC
* * * ** ** * *
254116 AATAGAATAATTGTTTCTATTCTTACAAATTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATAAATAC
193 -ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * * * * *
254181 TTCGAAAATTAATAAGTTAAAA-TTTTAAAAGATAAACCTATTTTTTGAGCAAGTTCACATGGTT
257 TTCAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT
** * ** *
254245 AAAACTATTTGAACAATTAT-TTTTTTGAATAATTATGACCT
321 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACAT
** ** * * * * *
254286 TTTGTTTCATTGTAAAACAATTGTTTATGTTCATA-TAAGTATATTCAAAATAAAATAATATTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACT-TATTCGAAATAAAATAATATTAA
* * * * *
254350 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAAGAGATAAATCTGTTTACTAAATAAGT
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACCAAACAAGT
* * * *
254415 TCAAATGGTTATGACTAGTTGAACCAAATAAT-TATTTCAAATAATTAT-A-AATTT-TTGTT-T
130 TCAAATAGTTATGACTATTTGAA-C-AATTATCTATTTCAAATAATTATGACCATTTATT-TTGT
* * *
254475 --T--AAC-A---TTT-TATTCATGCAAGCTTCTTCAAAATAAAATAATGTTAATTTATTAATAT
192 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * *
254531 TTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAGATAAATTTATTTA-CTTAACAAGTTTAAATAGTT
257 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTT
* * * *
254595 ATGACTAATTGAATAATTACCTATTTCAAATGATTATGACAT
321 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACAT
* * * * * ** * * *
254637 CTTGTTTTATCATAGAATAATTGTTTCTGTTTGTATAAGCATATAT-GAAATAAAATAATATTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTAT-TCGAAATAAAATAATATTAA
* * * * * *
254701 TTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAA-ATAAATCCACTTACTAAAAAAG
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAGATAAATCTATTTACCAAACAAG
* * * * *
254765 TTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACAATTTATCTATTTCAAATAATTATAACCTTTTGTTTTATC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATAATTATGACCATTTATTTTGTC
* * **
254830 ATAAAACAATTGTTTCTATTAATGCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
193 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
* ** * * * * *
254895 TCAAAAAATAATTTGTAAAATATTTAAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTAAAATATTT
258 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAGATAAATCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * *
254959 ATGTCTATTTGAACAGTTAACTATTTTAAATAACTATGACAT
321 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACAT
* * * * * *
255001 TTTGTTTTGTCTTAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAGTATTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGA-AATAAAATAATATTAA
* * *
255065 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAGATAAATATATTTACCGAAA-AAG
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACC-AAACAAG
* * * * * *
255129 TTCAAATAGTTATGTCTATTTGAATAATTATATGCTTT-AAATAATTATGACC-TTCTGTTTTAT
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATAATTATGACCATT-TATTTTGT
* *** *
255192 CATAAAA-AACTAGTGTTTCTGTTCATGA-AAGCTTATTTGGAAT-AAATAATATTAACTTATTA
192 CATAAAACAA-T--TGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTA
* * * * * * *
255254 ATATTCCAAAAACTT-ATAAGTAAAAGATTTAAAAGATACATCTGTTTACCGAATAA-TCTTAAT
253 ATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTATCGAACAAGT-TCAAA
* * **
255317 TAGTTATAACTATTTTAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGAGTT
316 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACAT
* * * * * * *
255364 TTTGTTTTGTTATAGAACAATTCTTTATGTTCATTA-AAGCTTATTC-ATAATAAAATAATTTTA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-TACAAACTTATTCGA-AATAAAATAATATTA
* * * * * * * * * *
255427 ATTTATTAATATTTCCACAATTAATAAATAAAAGGTTTAAAAAATAAATATCTTTAACGAACAAT
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACCAAACAAG
* * * * * *** *
255492 TTTAATTAGTTATAACTATTTTAACAATTATCTGTTTCAAATAATTATGAGTTTTTATTTTGTTA
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCATTTATTTTGTCA
* * * ** * * *
255557 TAGAATAATTGTTTCTGTTTGTTA-AAGCTTATTCATAATAAAATAATTTTAATTTATTGATATT
194 TAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
** ** * * * *
255621 CTC-AAAATTAATAAACAAAAGGCTTAAAAGATAAATCTGTTTACCGAACAAATTAAAATAGTTA
258 -TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * *
255685 TAACTATTTGAACATTTATCTATTTCAAATAATTATAACAT
322 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACAT
* * * * * * *
255726 TTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCTGTTTATAAAAACTTATACAAAATAAAATAATATTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATATTAAT
* * * * * * *
255791 TTATCAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATATGTTTACCGAATAAATT
66 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACCAAACAAGTT
* * * * ** * *
255856 CTATTAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATAATTATGACTTTTTGTTTTCTCATA
131 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCATTTATTTTGTCATA
* * * * * *
255921 ATA-AATGTTTTTCT-TT-ATACAATCTTATTCGAAACAAAATAATATTAATTTATTTATACTTT
196 AAACAAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTT
* * * * * *
255983 -GAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAGACAAATCTATTT-TCCAAACAAGTTCAAATGGTTTT
259 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTAT-CGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * *
256046 CACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATAATTATGATC-T
323 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGA-CAT
* * * * * * * * ** *
256086 TTTGTTTTCTAATAATACAATTTTTTTTGTTGATTCAAGTTTCTTCGAAAT-AAATAATATTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATATTAAT
* * ** * **
256150 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATCAAAAGATAGTTCCATTTGTCAAACAAGTT
66 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACCAAACAAGTT
* * * * * *
256215 CTAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTTAAATATTTATGA-CATTTTGTTTTGTTAT
131 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCA-TTTATTTTGTCAT
* * * * * * * * *
256279 AAAACAATTGTTTATGTTTATACAAACTCATTCATAATAAAATAATAATAATTTACTAATATTTT
195 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC
* ** * * * *
256344 GAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAATTATAAATCTATTTTTTTGAAAAAAATTCAAA-AGGTT
260 AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAGATAAATCTA-TTTATCG-AACAAGTTCAAATA-GTT
* * * * * * *
256407 ATAATTATTTCAATAATTATCTTTTTCAAGTAATTATGACCT
321 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACAT
** * *
256449 TTTGTTTTAACAAAAAAGAATTG-TT-TATGTC-TCACAAACTTATTCGAAATAAAATAATATTA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCAT-ACAAACTTATTCGAAATAAAATAATATTA
* * * * ** * *
256511 ATTTATTAATACTACAAAAAATAATAAGTAAAAAATTTAAAA-ATTAAAAATATTTATCAAATAA
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGA-TAAATCTATTTACCAAACAA
* * * * * *
256575 GTTCAAAT-GATCATAACTATTTGAACAATTATATATATT-AAACAATTATGACCTTTTGTTTTG
128 GTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATAATTATGACCATTTATTTTG
* * ** * * * *
256638 TCATAATACAATTATTTCTATTCCCACAAGCTTCTTTAGAATAAAATAATGTTAATTTATTAATA
191 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* ** *
256703 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGTTTTAAAAGATAAAGT-TGCTTA-CTGAACAAGTTCAAATAA
256 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAA-TCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAG
* * * * *
256766 TTATGATTAATTGAATAATTATCTATTTAAAATAAATATGACAT
319 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACAT
* * * * *
256810 TTTGTTTTGTCATAAAAAAACTGTTTCTATTCATACAAAGTTATGT-AAAATAAACTAATATTAA
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTAT-TCGAAATAAAATAATATTAA
* * ** * *
256874 TTTATTAATACTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTCAAAAGATAGTTCTATCTACTC-AATAAG
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* *
256938 TTCAAATAGCTAT-ACGTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTATGA-CATTTTATTTTGT
129 TTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCA-TTTATTTTGT
* * * * ** *
257001 CAGAAAAAAATTGTTTCTGTTAATGTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTATTAT
192 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * *
257066 TTCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTC-AA-A-TTA
257 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * *
257128 TTGTCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTATG-CTCT
322 -TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGAC-AT
* * * * * *
257170 TTTATTTTATCTCTAAAA-AATTGTTTCTATTCATATAAACTTATTC-AGAATAAAATAACACTA
1 TTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGA-AATAAAATAATATTA
* * * *
257233 ATTTATTAATATTAT-GAAAATTCATACA-TAAAAGATTTAAAAGATAAAT-TGCTTTACCAAAA
64 ATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATA-AGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCT-ATTTACCAAAC
* * * * * * *
257295 AAATTTAAATAGTTATGGCTACTAGAATAATTATTTATTTCAAATAATTATGA-CATTTTATTTT
126 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCA-TTTATTTT
* ** * * *
257359 GACATAAAACAATTGTTT-TCATTTGTTCAAGCTTATAT-GAAAT-AAATAATATTAATTCATTA
190 GTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATATTAATTTATTA
* * * * * *
257421 ATATTTTAAAAATTATTAAGTAAAAAATTTAAAAGATAAATCTATTTGTCAAACAATTTCAAATA
253 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATA
* * * * *** *
257486 GTTATAACAATTTGAATAATTATCTATTTCAATTAACCGTGACCT
318 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACAT
* * * *
257531 TTTGTTTTGTCATAAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAACTAACATTAA
1 TTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATATTAA
* * * * *
257596 TTTATTAATATTTCAAAAA--AAT--G-AAAAGATTTAAGATATAAATTTTTTTACC-GACTAAG
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACCAAAC-AAG
* * * *
257655 TTCAAATGGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAACTATGA-TATTTTATTTTGTC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCA-TTTATTTTGTC
* * * * **
257719 AAAAAACTATTATTTCTGTTCATGGAAGCTTATTCAAAAT-AAATAATATTAATTTATTAATATT
193 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
** * * * * * * * * * *
257783 TTGAAAACTAATAAGAAAAATATTTCAAAGATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTTAATTAGTTAT
258 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* *
257848 GACTAGTTT-AATAATTACCTATATT-AAATAATTATGA-ACT
323 GACTA-TTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATAATTATGACA-T
* * * ** * * *
257888 TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAAAATAAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATATTAAT
* ** * * * *
257953 TTATCAATATTTTTAAAATTAATAAGTATAAA-ATTTAAAAGATGAATTTGTTTTCCAAACAAGT
66 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACCAAACAAGT
* * * * * * *
258017 TTAAATAGTTATAACTATATGAACAATTATC--TTTCAAAAAATTATGACCTTTTATTTTATCCT
130 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCATTTATTTTGTCAT
* * * * *
258080 AAAACATTTGTTT-AAGTTCATACAA-CTTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTGATTAATATT
195 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGC-TTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
* * * * * ** *
258143 TCAAAAATTTATAAGTAAAAAATTTAAATCTAGAT--ATGT-TTTGT-AAACAAAATCAAAATGG
258 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA---AGATAAATCTATTTATCGAACAAGTTC-AAATAG
* * * *
258204 TTATAATTATTGGAACAATTATC-ATTTTCAAATAATTATGACCT
319 TTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATAATTATGACAT
* * * ** *
258248 TTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCT-GTCATAC-AACCAATTTGAAATAAAATAATATTAAT
1 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATATTAAT
* * * * *
258311 TGT-TT-ATATTTCAAAAATTATTAAGTAAAAAATTTAAGAGATAAATC-AGTTTATCGAACAAG
66 T-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTA-TTTACCAAACAAG
* * * * *
258373 TTCAAATAGCTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAAAATTATAACCATTTTACTTTGTC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCA-TTTATTTTGTC
*
258438 ATAATACAATTGTTTCTATT
193 ATAAAACAATTGTTTCTATT
258458 TATGCAAGTT
Statistics
Matches: 4214, Mismatches: 857, Indels: 366
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
349 6 0.00
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Consensus pattern (362 bp):
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATATTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACCAAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCATTTATTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA
AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACAT
Found at i:254907 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 254880--254929 Score: 66
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* *
254880 TAATTTAT-TAATATTTCAAAAAA
1 TAATTTATAAAATATTTAAAAAAA
*
254903 TAATTTGTAAAATATTTAAAAAAA
1 TAATTTATAAAATATTTAAAAAAA
254927 TAA
1 TAA
254930 ATCTGTTTAC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (24 bp):
TAATTTATAAAATATTTAAAAAAA
Found at i:257161 original size:17 final size:17
Alignment explanation
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257109 ATCAAACAAG
* *
257119 TTCAAATTATTGTCTAT
1 TTCAAATAATTATCTAT
*
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1 TTCAAATAATTATCTAT
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1 TTCAAATAATTAT
257165 GCTCTTTTAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 2
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
16 13 0.54
17 11 0.46
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.04, T:0.50
Consensus pattern (17 bp):
TTCAAATAATTATCTAT
Found at i:258409 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 258388--258420 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
258378 ATAGCTATGA
*
258388 CTATTT-AAACAATTAT
1 CTATTTCAAAAAATTAT
258404 CTATTTCAAAAAATTAT
1 CTATTTCAAAAAATTAT
258421 AACCATTTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.45, C:0.12, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
CTATTTCAAAAAATTAT
Found at i:258851 original size:180 final size:180
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Indices: 258525--259602 Score: 782
Period size: 180 Copynumber: 6.0 Consensus size: 180
258515 TAATTGAATA
* * * * * * * **
258525 AATTATCTATTTTAAATAATTATGA-TATTTTATTTTGTCATAGAATAATTGTTTATATTTGTAC
1 AATTATTTATTTCAAATAATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
* * *
258589 AAGCCTACTTA-AAATAAAATAATATTAATTTATCAATATTTTAAAAATTAACAAGTAAAAGA-T
65 AAGCTTA-TTAGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATT
* ** * * * * *
258652 TCAAAAATAGTTTCATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATACCTAATTAAAT
128 TAAAAAATAAATCCATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATACCTATTTGAAC
* * * * * *
258705 AATTATTTATTTCGAATGATTATGACTTTTTGTTTTGTCTTAGAATAATTGTTTCTGTTCATATA
1 AATTATTTATTTCAAATAATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
* * * *
258770 TA-CATATTCGAAATAAAATAATATTAATTTGTTAATATTTTAATAATTAAT-AGTAAGAAATTT
66 -AGCTTATTAGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT
* * * * * ** *
258833 GAAAGACAAATCCATTTACCGAAA-AAGTTTAAATTGTTATGTCTATTTGAGC
129 AAAAAATAAATCCATTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATACCTATTTGAAC
* * * * * *
258885 AAATATCTATTTCTAATAATTATGACTTTTTGTTTT-ACTATAAAAAAAAATTGTTTCTATTCAT
1 AATTATTTATTTCAAATAATTATGACTTTTTGTTTTGTC-AT--AAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* * * * * *
258949 GCAAACTTATTTGAAATAAAATAATATTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAATAT
63 ACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAA-AT
* * ** ** ** *
259014 TCAAAAAATAAATCCGTCAATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAAT
127 TTAAAAAATAAATCCATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATACCTATTTGAAC
* * * * * * * * *
259068 AATTATCTAGTTCAAATAATTATGACCTTTTATTTTGGCATAGAACAATTTTTTATGTTCGTACA
1 AATTATTTATTTCAAATAATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
* * * * * * * *
259133 AGCTTATTTGGAATAAAATAATATTACTTTATTATTATTTCAAAAAATAATAAATAAAAAATGTA
66 AGCTTATTAGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTA
* *** * * * *
259198 AAAGATAAATTTGTTTATCACACAAGTTTAAATGGTTATAACC-ATTTGAAC
130 AAAAATAAATCCATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-ACCTATTTGAAC
* * * * * * * * *
259249 ATTTATTTATTCCAAA-AATTTTGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTGTTTATAAA
1 AATTATTTATTTCAAATAATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
* * * * * * *
259313 AGTTTAGTAAAAATAAAATAATGTTAATTTGTTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATCTA
66 AGCTTATTAGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTA
* * * * **
259378 AAACAA-AAATCTATTTACCGAACAAGTACAATTAGTTATGA-CTATTCAAAC
130 AAA-AATAAATCCATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-ACCTATTTGAAC
* ** * * *
259429 AATTATTTATTTCAAATAATTATGA-TATTTTGTTTTATCATATCACAATTGTTTTTGCTCGTAC
1 AATTATTTATTTCAAATAATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
* * * *
259493 AAGCATACTTAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAGTAATAAGT-AAACTTT
65 AAGCTTA-TTAGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAATTT
* * ** * * *
259556 ACAAGATAAATTAACTTT-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATT
129 AAAAAATAAATCCA-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATACCTATT
259603 AAAATAATTA
Statistics
Matches: 703, Mismatches: 171, Indels: 49
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.00
179 47 0.07
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181 202 0.29
182 74 0.11
183 76 0.11
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AATTATTTATTTCAAATAATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
AGCTTATTAGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAA
AAAATAAATCCATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATACCTATTTGAAC
Found at i:259934 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 259631--261502 Score: 679
Period size: 180 Copynumber: 10.5 Consensus size: 179
259621 AAATAATTGT
* ** * * *
259631 TTCTATTCATACAAGTTTCTTCAAAATAAAATAATATTAATTTTTTAATTTTTTAAAAATTAATA
1 TTCTATTTATACAAACTTCTTCAAAATAAAATAATATTAA-TTTATAATATTTCAAAAATTAATA
* * * ** * *
259696 AGTAAAAAATTTAACAGATAAATCTATTTATTGAA-CAAGTTTAAATGATTTTGATTATTTAAAC
65 AGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTGTTTA-CCAAGTAAGTTTAAATGATTATGATTATTTAAAC
* * * * * **
259760 AAATATCTATTTCAAATAATTATGACATTTTGTTTTATTATAATACAATTGT
129 AAATATCTATTTCAAATAATTATAACATTTT-ATTTATCATAAAACAAATCA
* * * *
259812 TTTTGTTTATGA-AAACTTCTTCATAATAAAATAATATTAATTTATAAGTATTCCAAAAATTAAT
1 TTCTATTTAT-ACAAACTTCTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATAA-TATTTCAAAAATTAAT
* * * *
259876 AAGTGAAAGATTTAAAAGATAAATTTGTTTACCAAGTAAGTTTAACT-AGTTATGATTATTTATA
64 AAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTGTTTACCAAGTAAGTTTAAATGA-TTATGATTATTTAAA
* * * *
259940 TAATTATCTATTTCAAATATTTATAACATTTTATTTGTCATAAAACAAATCA
128 CAAATATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTATTTATCATAAAACAAATCA
* * * *
259992 TTCTATTTGTACAAGCTTATTCAAAATACAAA-GATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
1 TTCTATTTATACAAACTTCTTCAAAATA-AAATAATATTAATTTA-TAATATTTCAAAAATTAAT
* * * *
260056 AAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTGTTTGACC----AAGTTCAAAT-AGTTTTGACTATTTGA
64 AAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTGTTT-ACCAAGTAAGTTTAAATGA-TTATGATTATTTAA
* * *
260116 AC--A-A--T-TTTC------TT-TGAC-TGTTTATTTTATCATAAAA-TAATTA
127 ACAAATATCTATTTCAAATAATTATAACAT-TTTA-TTTATCATAAAACAAATCA
* * ** * *
260156 TTTCAATTTATACAAACTTATTTGAGATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAAT
1 -TTCTATTTATACAAACTTCTTCAAAATAAAATAATATTAATTTA-TAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * ** ** * * * *
260221 AAGTAAAGGATTTAAGAGATAAGTCTGTTTACTAAAAAAACTCAAATGGTTATAACTATTTGAAA
64 AAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTGTTTACCAAGTAAGTTTAAATGATTATGATTATTT-AAA
* * * * * * * * **
260286 -AATTATC-AGTTTTAAACAATTGTGATCTATTGT-TTTGTCATAATAC-AATTG
128 CAAATATCTA-TTTCAAATAATTAT-AAC-ATTTTATTTATCATAAAACAAATCA
** * * * *
260337 TT-TATGTTCATGTAAGCCTATT-AGAAATAAAATATTATTAATTTATTAATATTTTC-AAAATT
1 TTCTAT-TT-ATACAAACTTCTTCA-AAATAAAATAATATTAATTTA-TAATA-TTTCAAAAATT
* * * * * * * * * *
260399 AATAAATAAAATATTTAAAAGATAAATCTATTTATCAAATAAG-TTCAATTAGTT-TAACTATAT
61 AATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTGTTTACCAAGTAAGTTTAAATGA-TTATGATTATTT
* ** * * * * * **
260462 GAGTAATTGTCTATTTCAAATAATTATGATATTTTATTTTCTCATAAAAC-AATTG
125 AAACAAATATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTA-TTTATCATAAAACAAATCA
* * * * * **
260517 TTATTATTTGTACAAGCTTAC-TCAAAAGAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTGAAAATT-A
1 TT-CTATTTATACAAACTT-CTTCAAAATAAAATAATATTAATTTA-TAATATTTCAAAAATTAA
* ** * * * * *
260580 -AAGTAAAAGATTTAAAATATAAATAAGTCTACCGAA-TAAATTTAAAT-AGCTATGACTATTTG
63 TAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTGTTTACC-AAGTAAGTTTAAATGA-TTATGATTATTTA
* * * * * * * * * * * * **
260642 AATAATTATATATTTTAATTATTTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGT
126 AACAAATATCTATTTCAAATAATTATAACATTTT-ATTTATCATAAAACAAATCA
* * *
260697 TTCCATTTATA-AAA-TT-TTAATTGAAATAAAATAA-ATTTTATTTAATAATATTTCAAAAATT
1 TTCTATTTATACAAACTTCTTCA---AAATAAAATAATA-TTAATTT-ATAATATTTCAAAAATT
* * * * * *
260758 AATAAGTATAAAG-TTTAAGAGATAAATCTATTTACCTAA--AAGCTCT-AAT-AGCTATGACTG
61 AATAAGTA-AAAGATTTAAAAGATAAATCTGTTTACC-AAGTAAG-TTTAAATGA-TTATGATTA
* * ** * * * * * * **
260818 TTTGAATAGTTATATATTCCAAATAATTATATCCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGT
122 TTTAAACAAATATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTA-TTTATCATAAAACAAATCA
* * ** * * * *
260877 TTCTGTTTACACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATATTAACTTATTAATATTTCAAAAAATAATA
1 TTCTATTTATACAAACTTCTTCAAAATAAAATAATATTAATTTA-TAATATTTCAAAAATTAATA
* * ** * * * **
260942 AGTAAAATATTTAAAAGATAAATATGTTTAATGAAATAAGTTCAAAT-AGTTATAACCATTTAAA
65 AGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTGTTT-ACCAAGTAAGTTTAAATGA-TTATGATTATTTAAA
* * * * **
261006 CAATTATCTACTTT-AAATATTTATGACATTTT-TTTGTCATAAAAC-AATTG
128 CAAATATCTA-TTTCAAATAATTATAACATTTTATTTATCATAAAACAAATCA
* * * *
261056 TTTTAGTTCATA-AAAGCTTATT-AAGAATAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTA
1 TTCTA-TTTATACAAA-CTTCTTCAA-AATAAAATAATATTAATTTA-TAATATTTCAAAAATTA
* * * * * * * * *
261119 ATAAGTAAAATATGTAAAAGATAAATCCGTTTACCTAA-CAAATTCAAATGGAGT-TGATTGTCT
62 ATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTGTTTACC-AAGTAAGTTTAAAT-GATTATGATTATTT
* * * * * * * **
261182 GAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTATCATAATA-AAATTG
125 AAACAAATATCTATTTCAAATAATTATAACATTTT-ATTTATCATAAAACAAATCA
* * ** * **
261237 TT-TTTGTTGATGCAAGTTTTTTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
1 TTCTAT-TT-ATACAA-ACTTCTTCAAAATAAAATAATATTAATTTA-TAATATTTCAAAAATTA
* * * ** * ** * * * * * * * *
261301 ATAAATACAATATTCGAAAGACATTTTTGTTTACAAAATAAGTTCAAAT-AGTTATCACTACTTG
62 ATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTGTTTACCAAGTAAGTTTAAATGA-TTATGATTATTTA
* * * * * * *
261365 AACAATTATCTATTTTAAATAATTAT--C----TCTTTATCATAGACCAATTAA
126 AACAAATATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTATTTATCATAAAACAAATCA
* * * * ** **
261413 ATCTATTCATACAAACATATTTGAAATAAAATTCTATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
1 TTCTATTTATACAAACTTCTTCAAAATAAAATAATATTAATTTA-TAATATTTCAAAAATTAATA
* *
261478 AGTAAAAAATTTAAAAGATACATCT
65 AGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCT
261503 ATTATCTATT
Statistics
Matches: 1291, Mismatches: 303, Indels: 201
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.00
164 16 0.01
165 92 0.07
168 18 0.01
169 2 0.00
171 5 0.00
172 1 0.00
174 65 0.05
175 14 0.01
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178 41 0.03
179 149 0.12
180 410 0.32
181 277 0.21
182 159 0.12
183 7 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTCTATTTATACAAACTTCTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATAATATTTCAAAAATTAATAA
GTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTGTTTACCAAGTAAGTTTAAATGATTATGATTATTTAAACAA
ATATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTATTTATCATAAAACAAATCA
Found at i:260331 original size:526 final size:529
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Indices: 259654--265453 Score: 2039
Period size: 542 Copynumber: 10.9 Consensus size: 529
259644 AGTTTCTTCA
* * * * *
259654 AAATAAAATAATATTAATTTTTTAATTTTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAACAGATAAAT
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAGATAAAT
* * * * * * * *
259719 CTATTTATTGAACAAGTTTAAATGATTTTGATTATTT-AAACAAATATCTATTTCAAATAATTAT
66 CTATTTACT-AAAAAGCTCAAATGGTTATGACTATTTGAAA-AATTATC-ATTTCAAATAATTAT
* * * *
259783 GA-CATTTTGTTTTATTATAATACAATTGTTTTTGTTTATGAAAACTTCTTCATAATAAAATAAT
128 GATC-TTTTGTTTTATCATAATACAATTGTTTATGTTTATGAAAGCTTATTCA-AATAAAATAAT
* * * * *
259847 ATTAATTTA-TAAGTATTCCAAAAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAGATAAATTTGTTTACCAA
191 ATTAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAGATAAATATGTTTATCAA
* * * * * *
259911 GTAAGTTTAACTAGTTATGATTATTTATATAATTATCTATTTCAAATATTTATAACATTTTATTT
255 ATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTATATAATTATCTATTTCAAATATTTATGACATTTTATTT
** * *
259976 GTCATAAAACAAATCATTCTATTTGTACAAGCTTATTCAAAATACAAA-GATATTAATTTATTAA
320 GTCATAAAAC-AATTGTTTTATTTGTACAAGCTTATTCAAAATA-AAATAATATTAATTTATTAA
* * *
260040 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTGTTTGACC-AAGTTCAAATAGTT
383 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCAGTTT-ACCAAAATTCAAATAGCT
*
260104 TTGACTATTTG-A-ACA-A-TT-TT-CTT-TGAC-TGTTTATTTTATCATAAAATAATTATTTCA
447 ATGACTATTTGAATACATATTTATTACTTATGACAT-TTTATTTTATCATAAAATAATTATTTCA
*
260161 ATTTATACAAA-CTTATTTG
511 ATTTATA-AAATCTTAATTG
* * * *
260180 AGATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAAGAGATAAGT
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAGATAAAT
* * * * * *
260245 CTGTTTACTAAAAAAACTCAAATGGTTATAACTATTTGAAAAATTATCAGTTTTAAACAATTGTG
66 CTATTTACT-AAAAAGCTCAAATGGTTATGACTATTTGAAAAATTATCA-TTTCAAATAATTATG
* * * * * * *
260310 ATCTATTGTTTTGTCATAATACAATTGTTTATGTTCATGTAAGCCTATTAGAAATAAAATATTAT
129 ATCTTTTGTTTTATCATAATACAATTGTTTATGTTTATGAAAGCTTATT-CAAATAAAATAATAT
* * *
260375 TAATTTATTAATATTTTC-AAAATTAATAAATAAAATATTTAAAAGATAAATCTATTTATCAAAT
193 TAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAGATAAATATGTTTATCAAAT
* * * *
260439 AAGTTCAATTAGTT-TAACTA--TATGAGTAATTGTCTATTTCAAATAATTATGATATTTTATTT
257 AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAT-A-TAATTATCTATTTCAAATATTTATGACATTTTA-TT
* * * * *
260501 TCTCATAAAACAATTGTTATTATTTGTACAAGCTTACTCAAAAGAAAATAATACTAATTTACTAA
319 TGTCATAAAACAATTGTT-TTATTTGTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
** * * * *
260566 TATTTTGAAAATT-A-AAGTAAAAGATTTAAAATATAAATAAGTCTACCGAATAAATTTAAATAG
383 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCAGTTTACC--A-AAATTCAAATAG
* * * * *
260629 CTATGACTATTTGAATAATTATATATTTTAATTATTTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAATAAT
445 CTATGACTATTTG---AA-TACATA-TTT-ATTACTTATGACATTTTATTTTATCATAAAATAAT
* * *
260694 TGTTTCCATTTATAAAATTTTAATTG
504 TATTTCAATTTATAAAATCTTAATTG
* *
260720 AAATAAAATAA-ATTTTATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTATAAAG-TTTAAGAGATAA
1 AAATAAAATAATA-TTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAGAGATAA
* * * * * *
260783 ATCTATTTACCT-AAAAGCTCTAATAGCTATGACTGTTTGAATAGTTAT-ATATTCCAAATAATT
64 ATCTATTTA-CTAAAAAGCTCAAATGGTTATGACTATTTGAAAAATTATCAT-TT-CAAATAATT
* * * * * *
260846 AT-ATCCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTTA-CACAAGTTTATTCGAAATAAAAT
126 ATGAT-CTTTTGTTTTATCATAATACAATTGTTTATGTTTATGA-AAGCTTATTC-AAATAAAAT
* *
260909 AATATTAACTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAATATTTAAAAGATAAATATGTTTAAT
188 AATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAGATAAATATGTTT-AT
* * * *
260974 GAAATAAGTTCAAATAGTTATAACCATTTAAACAATTATCTACTTT-AAATATTTATGACATTTT
252 CAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTATATAATTATCTA-TTTCAAATATTTATGACATTTT
** * *
261038 -TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATT-AAGAATAAAATAATATTAGTTTA
316 ATTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTTGTACAAGCTTATTCAA-AATAAAATAATATTAATTTA
* * *
261101 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATGTAAAAGATAAATCCGTTTACCTAACAAATTCAA
379 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCAGTTTACC--A-AAATTCAA
* * * * *
261166 ATGGAG-T-TGATTGTCTGAACAATTATC-TATTTCAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTATCAT
441 AT--AGCTATGACTATTTG---AA-TA-CATATTT---ATTACTTATGACATTTTATTTTATCAT
* *** * * * * **
261227 AATAA-AATTGTTTTTGTTGATGCAAGTTTTTTTTG
496 AA-AATAATTATTTCAATTTAT-AAAATCTTAATTG
* * * * * **
261262 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATACAATATTCGAA-AGACATT
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAGAGATAAA
* * * * * * * * *
261326 TTTGTTTACAAAATAAGTTCAAATAGTTATCACTACTTGAACAATTATCTATTTTAAATAA-T-T
65 TCTATTTACTAAA-AAGCTCAAATGGTTATGACTATTTGAAAAATTATC-ATTTCAAATAATTAT
* * *** * * * * * * **
261389 -ATC---T-CTTTATCATAGA-CCAATTAAATCTATTCAT-ACAAACATATTTGAAATAAAATTC
128 GATCTTTTGTTTTATCATA-ATACAATTGTTTATGTTTATGA-AAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * *
261447 TATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAGATACATCT-ATTATC--
190 TATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAGATAAATATGTTTATCAA
* * * * * * *** ** * *
261509 -T-ATTTCAAATAATTATGAC-ATTT-TGT--TTTTATAGAACACTTTTTTCTGTACATACAAGT
255 ATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTATATAATTATCTATTTCAAATATTTATG-ACAT-----T
* ** * * * * * ** * *
261568 TCATTTGGAATAAAATAA-T-ATTAATTTAT-TAA---TATT--TTA-AAAATTA-ATGAA--TA
314 TTATTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTTGTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTA
* * * * * * * * *
261621 -AAATA-TTCAAAAGA-TAGTTCTATTTACAGA---ACAAA-TTCAAAT-AGTTATGCC-TAATT
379 TTAATATTTCAAAA-ATTA-AT-AAGTAAAAGATTTA-AAAGAT-AAATCAGTT-TACCAAAATT
* ** * * * ** * **
261677 -AAACAATTAT--CTATTT-AA-A-ATTATTGTGA-T-CTTTTG--TTTTGTCTTAGAACA-ATT
438 CAAATAGCTATGACTATTTGAATACA-TATT-T-ATTACTTATGACATTT-TATTTTATCATAAA
*** * * * *
261731 ATTTCT-GTTC---GTAT-AAA-CATATTTG
499 ATAATTATTTCAATTTATAAAATCTTAATTG
* * ** *
261756 GAAT-AAATAATATTAATTTTTTTGTTTTTC-AAAATTAATAAG-AAAGAGATTTGAA-AGATAA
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTT-AAGAGATAA
* * ** ** * * *
261817 ATCTGTTTATCAAAAAATTTCAAATACTTATGTCTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTA
64 ATCTATTTA-CTAAAAAGCTCAAATGGTTATGACTATTTGAAAAATTATC-ATTTCAAATAATTA
* ** * ** * * * ** *
261882 TGATATTTTGTTTTGCCATAAAACAAGCGCTTCTATTCGTGTAAA-CTTATTTGAAATAAAATAA
127 TGATCTTTTGTTTTATCATAATACAATTGTTTATGTTTATG-AAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * * * * * *
261946 CATTAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAA-AATAAAAAAATAAATCTTTTTACCAA
190 TATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAGATAAATATGTTTATCAA
* *** * * * *
262010 ATAAGTTCAAGTAGTTATTTTTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATAATTATAACCTTTTATT
255 ATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT-ATATAATTATCTATTTCAAATATTTATGACATTTTATT
* * *
262074 TAG-C-TAAGGAACAATTGTTTATACTCGTACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTAT
319 T-GTCATAA--AACAATTGTTT-TATTTGTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTAT
* ** * * ** *
262137 TAATATTTCAAAAATTACTAAACAAAAAATGTAAAAGATAAATTTGTTTTCTACGC-AAGTTCAA
380 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCAG--TT-TAC-CAAAATTCAA
* * * * * * * * * *
262201 CTAGTTATAACTATTTGAACAATTATATTTCTCAAATAATTATGACTTTTTATTTTGTCATACAA
441 ATAGCTATGACTATTTGAA-TA-CATA-TT-T--ATTACTTATGACATTTTATTTTATCATAAAA
* * * * * *
262266 CAATTGTTTCTATTCATACAAGC-TAATTTG
500 TAATTATTTCAATTTATAAAATCTTAA-TTG
* *
262296 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAGATAAAT
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAGATAAAT
* * ** * * *
262361 CTGTTTACCAAACAAATTTAAATGATTTTGACTATTTGAAAATCATT-T-ATTTCAAAT-ATGTA
66 CTATTTACTAAA-AAGCTCAAATGGTTATGACTATTTGAAAA--ATTATCATTTCAAATAAT-TA
* * * * * * **
262423 TGACCTTTT-TTATTATCATATTACAATTTTTTCTATTTATGCAAA-CTTCTTTGGAATAAAATA
127 TGATCTTTTGTT-TTATCATAATACAATTGTTTATGTTTATG-AAAGCTT-ATTCAAATAAAATA
* * * * * * * **
262486 ATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTCAGAAGAT-AGTCTCGTTTGCC
189 ATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAGATAAATAT-GTTTATC
* * * * * *
262550 TAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGA-ATAATTATCTATTTCGAATAATTATGACTCTTTT
253 AAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT-ATATAATTATCTATTTCAAATATTTATGAC-ATTTT
* * * * * *
262614 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATATTTGTATAAACTTATTCGAAATAAAATAATATTAATATA
316 -ATTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTTGTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTA
* * * * ***
262679 TTACTATTTTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAAATAAATTTA-TTTTTGAATAAGTTCA
379 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAGATAAA-TCAGTTTACCAA-AA-TTCA
* * * * * * * *
262742 AAT-GATTATAACTATTTGGACAATTATC-TTTTTCAAATAATTACGACATTTTGTTTCATCATA
440 AATAG-CTATGACTATTT-G--AA-TA-CATATTT--ATTACTTATGACATTTTATTTTATCATA
* * ** ** * *
262805 AAACAATTATTTCTA-CCATTGAAGCAT-ATTCG
497 AAATAATTATTTCAATTTATAAAATCTTAATT-G
* * * * * * * **
262837 AAATAAAATAATATGAATTTACTAATGTTAT-GAAAATCAACAAG-AAATATATTTAAGAGATTG
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAGAGATAA
* * * *
262900 ATTTATTTACTAAACAAGTTCAAATGATTATAACTATTT-AAAGAATTATCTATTTCAAATAATT
64 ATCTATTTACTAAA-AAGCTCAAATGGTTATGACTATTTGAAA-AATTATC-ATTTCAAATAATT
* * * * * * *** * *
262964 AT-AGCTTTT-TACTTTGTCATAGTTCAAATGTTTTTGCACATGCAAGCTTCTTCAAAATAAAAA
126 ATGATCTTTTGT--TTTATCATAATACAATTGTTTATGTTTATGAAAGCTTATTC-AAAT-AAAA
* * * * * * * *
263027 GAATACTAATTTATTAATA-TCCAAAAATTAGTAAGTGAAAGATTTAAAAGATAAATCTGTTTAC
187 TAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAGATAAATATGTTTAT
* * * * * * * * *
263091 CAAGTAAGTTCAAATATTTATGACTGATTCA-ACAATTATTTATTTTAAATAATTATGATATTTT
252 CAAATAAGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTATATAATTATCTATTTCAAATATTTATGACATTTT
* * *
263155 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TGTTCATACATA-CTTATTCAAAATAAAATAATATTAATT
316 -ATTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TT-GTACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATT
* * * * * * *
263218 TATTAA-ATTTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAATGATAAATCTGCTTTTCGAAAAAGTT
377 TATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCAG-TTTAC-CAAAA-TT
** * * * * *
263282 CAAATA-CTTATGTTTATTTGAACA-ATTATCTATTTTAAACAATTATAACCTTTTGTTTTATCA
438 CAAATAGC-TATGACTATTTGAATACA-TAT-T-TATT--AC--TTATGACATTTTATTTTATCA
* ** * ** * * *
263345 TAAAATAATTTTTTTTATTCATGCAAGCCTATTTG
495 TAAAATAATTATTTCAATTTATAAAATCTTAATTG
* ** * * * *
263380 AAGTAAAATTCTATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATATGTAAAAGATTCAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAGATAAA
* * * * * ** * * *
263444 T-TCATTTACTGAACAAA-ATTATATAGTTATGTCTATTTGATCAATTCTTTATTTCAAATAAAT
65 TCT-ATTTACT-AA-AAAGCTCAAATGGTTATGACTATTTGAAAAATT-ATCATTTCAAATAATT
* * * * * * ** *
263507 ATGA-CATTTT-TTTTATCTTAAAACAATTATTTCTATTCAT-ACAAATTTATTTGAAATAAAAT
126 ATGATC-TTTTGTTTTATCATAATACAATTGTTTATGTTTATGA-AAGCTTA-TTCAAATAAAAT
* * ** * * * *
263569 AATATTAACTTATCAATATTTTGAAAATTAATAAGTACAAGATCTAAAAGATAATTATGTTTA-C
188 AATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAGATAAATATGTTTATC
* * * * * * * * * *
263633 TGAA-AATTTCAAATAGCTATATCTATTTGAATATTTATTTATTTATTTCTAATAATTATAACCT
253 -AAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT--ATA--TAATTATCTATTTCAAATATTTATGACAT
* * * * * *
263697 TTTGTTTTTACTATAAAAAAAATT-TTCTACTCATGTA-AA-CTTATTCAGAAT-AAATAATATT
313 TTTATTTGT-C-AT-AAAACAATTGTTTTA-T-TTGTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATT
* * * * * * ***
263758 CATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGAAAAAAATTTAAAAGATAAATCTATTTTTTGAATAA
373 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATC-AGTTTACCAA-AA
** * * * * * * * * * * *
263823 GTTCAAACGGTTATAACAATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGCCCTTCTATTTTGTT
436 -TTCAAATAGCTATGACTATTTGAAT-A-CA--TA-TTT-ATTACTTATGACATTTTATTTTATC
* *** * * *
263888 ATAAAACAATTATTTTTCTTCATACAAGT-TT-ATTT
494 ATAAAATAATTATTTCAATTTATA-AAATCTTAATTG
** * * *
263923 AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAATTTAATAAATAAAAGATTTAAAAGATAAA
1 A-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAGATAAA
* * * * *
263988 TCTGTTTCCTGAACAAGTTCAAATGGTTGTGACTA-TTGAAAAAAAAATTATCCATTTCAAATAA
65 TCTATTTACT-AAAAAGCTCAAATGGTTATGACTATTTG----AAAAATTAT-CATTTCAAATAA
* * * * ** *
264052 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAATACAATTGTTTATCTTCGTGCAAA-CTTATTCAGAA-CAAA
124 TTATGATCTTTTGTTTTATCATAATACAATTGTTTATGTTTATG-AAAGCTTATTCA-AATAAAA
* * * *
264115 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAGATAAATCTATTTA-
187 TAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAGATAAATATGTTTAT
* * * * * * * * * *
264179 CTGAACAAGTTTAATTACTTATGACTATTTGAT-CAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTT
252 C-AAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT-ATATAATTATCTATTTCAAATATTTATGACATTT
* * * * *
264243 TATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTCTTTGTACAA-TTTATTCATAATAAAATAATAATAATTT
315 TA-TTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTTGTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTT
* *
264307 TTTATTA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAGATAAATCTA-TTTACCGAACAAGT
378 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAGATAAATC-AGTTTACC-AA-AA-T
* * * * * ** * * * *
264369 TAAAATGGTTTTGATTATTTGAACATTTATTTATTTCAAATAATTACGACATTTTATTTTGTCAT
437 TCAAATAGCTATGACTATTTG-A-A--TACATATTT--ATTACTTATGACATTTTATTTTATCAT
** * *
264434 AAAATAATTATTTTTATTTATAAAAGCTT-ATCCG
496 AAAATAATTATTTCAATTTATAAAATCTTAAT-TG
* * * * *
264468 AGA-CAAATAATATTAATTTGTTTATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAA-A-AAAG
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAGAGATA-
* * * * * * * ** * * *
264529 AAT-TATTTATCGAACAAGTTCCATTAGCTATGGGTATTTGAACAATTATCCATTTTAAATAGTT
63 AATCTATTTA-CTAAAAAGCTCAAATGGTTATGACTATTTGAAAAATTAT-CATTTCAAATAATT
* * * * *
264593 AT-AACTTTT-TGTT-TCATTATATAATATGATTA--TTTAT-ACAA--TTATT----T-AAATA
126 ATGATCTTTTGTTTTATCATAATACAAT-TGTTTATGTTTATGA-AAGCTTATTCAAATAAAATA
* ** * * * *
264645 ATATTAATTTTATCAATATTTTGAAAAGTAATAAGCAAAAAAATTTAACATATATATAATATATA
189 ATATTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAATATTT---A-A-A-A-GATA-A-A
* * * * *
264710 TATGTTT-TCCAAATAAGTTTAAAT-GATTATAACTATTTGA-ACAATTATCTATTTTAAACAAT
243 TATGTTTAT-CAAATAAGTTCAAATAG-TTATAACTATTT-ATATAATTATCTATTTCAAATATT
* * * * * * **
264772 TATGACTTTTTGTTTGTTATAAAATAATTGTTTCT-TTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATA
305 TATGACATTTTATTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTT-GTACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * * * *
264836 ATATTAATTTATCAATATTCCAAAAGTCAATAAGTAAAAGATTTAACAGATAAATCTA-TTTATT
368 ATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATC-AGTTTA-C
* * * * * * * *
264900 GAATAAGTTTAAAT-GATTTTGATTATTTGAATAATTACCTATTTCAATT-CATTACGACATTTC
431 CAA-AA-TTCAAATAG-CTATGACTATTTG---AA-TACATATTT--ATTAC-TTATGACATTTT
* * * * * *
264963 GTTTTATCATAATACAATTATTTCTAA-TTATAAGAGT-TT-TTTC
486 ATTTTATCATAAAATAATTATTTC-AATTTATAA-AATCTTAATTG
* * * * * * *
265006 ATAATAAAATAATATTTATATATTAATATTTCAAAATTTAATTAGCAAAAAATTTAAAAGATAAA
1 A-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAGATAAA
* * * * * * *
265071 T-T-TCTTACTGAAGAAGTTTAATTAGTTATGACTATTTAAAAAAATTATTTATTTCAAATAATT
65 TCTAT-TTACT-AAAAAGCTCAAATGGTTATGACTATTT-GAAAAATTA-TCATTTCAAATAATT
* * * * * * * * * * * * *
265134 ATAACCTTTT-ATCTATCCTAAAACAAATGTTTCTATTTGT-ACAAACTTCTTCAGAATATAATA
126 ATGATCTTTTGTTTTATCATAATACAATTGTTTATGTTTATGA-AAGCTTATTCA-AATAAAATA
* * * * * * *
265197 ATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAACTAAAATATTAAAAAAAT-AA-ATCTAT-TCG
189 ATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAGATAAATATGTTTATCA
* * * * * * * *
265259 AACAAGTTTAAATAGTTCTGATCAATTGA-ACAATTATCT-TTGTC----CTTT-T--C----T-
254 AATAAGTTCAAATAGTTAT-AACTATTTATATAATTATCTATT-TCAAATATTTATGACATTTTA
* * * * * *
265310 TTTGTCACAAAATAATTGTTTCTGTTTATACAAACTTATTCAAAATAAAATCATATTAATTTATT
317 TTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTTGTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATT
* * *
265375 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGACATAAATCTA-TTTATCGAACAAATTCAAA
381 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATC-AGTTTA-C-CA-AAATTCAAA
*
265439 TAGTTATGACTATTT
442 TAGCTATGACTATTT
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Consensus pattern (529 bp):
AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAGATAAAT
CTATTTACTAAAAAGCTCAAATGGTTATGACTATTTGAAAAATTATCATTTCAAATAATTATGAT
CTTTTGTTTTATCATAATACAATTGTTTATGTTTATGAAAGCTTATTCAAATAAAATAATATTAA
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAGATAAATATGTTTATCAAATAAGT
TCAAATAGTTATAACTATTTATATAATTATCTATTTCAAATATTTATGACATTTTATTTGTCATA
AAACAATTGTTTTATTTGTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCAGTTTACCAAAATTCAAATAGCTATGACTATT
TGAATACATATTTATTACTTATGACATTTTATTTTATCATAAAATAATTATTTCAATTTATAAAA
TCTTAATTG
Found at i:260725 original size:359 final size:359
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* * * * * * ** * * * *
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* * * * * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* ** *
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* * *
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* * * * *
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* **
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1 TTTATTTTATCATAAAACAATTGTT-TCTATTTACACAAGCTTACTCAAAAGAAAATAATACTAA
* ** * * *
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* * * * * * * *
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130 TTCAAATAGCTATAACCATTTAAACAATTATATACTTTAAATATTTATGACA-TTT-TTTTGTCA
* * ** *
260685 TAAAATAATTGTTTCCA-TTTATAAAATTTTAATTGAAATAAAATAAATT-TT-ATTTAATAATA
193 TAAAACAATTGTTT-CAGTTCATAAAAGCTT-ATTGAAATAAAAT--ATTATTAATTTATTAATA
* * *
260747 TTTCAAAAATTAATAAGTATAAA-GTTTAAGAGATAAATCTATTTACCTAAAAGCTCTAATAGCT
254 TTTCAAAAATTAATAAGTA-AAATATTTAAAAGATAAATCTATTTACCAAAAAGCTCTAATAGCT
* * * * *
260811 ATGACTGTTTGAATAGTTATATATTCCAAATAATTATATCCT
318 ATAACTATATGAATAATTATATATTCCAAATAATTATATCAT
* * * * * * *
260853 TTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTTACACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATATTAAC
1 TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTACACAAGCTTACTCAAAAGAAAATAATACTAAC
* * * * * *
260918 TTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAATATTTAAAAGATAAATATGTTTAATGAAATAAGT
66 TTACTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATAAGTCTAACGAAATAAAT
* *
260983 TCAAATAGTTATAACCATTTAAACAATTATCTACTTTAAATATTTATGACATTTTTTTGTCATAA
131 TCAAATAGCTATAACCATTTAAACAATTATATACTTTAAATATTTATGACATTTTTTTGTCATAA
* * * *
261048 AACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTAAGAATAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTCAA
196 AACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTGA-AATAAAATATTATTAATTTATTAATATTTCAA
*
261113 AAATTAATAAGTAAAATATGTAAAAGATAAATC
260 AAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAGATAAATC
261146 CGTTTACCTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTACACAAGCTTACTCAAAAGAAAATAATACTAAC
TTACTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATAAGTCTAACGAAATAAAT
TCAAATAGCTATAACCATTTAAACAATTATATACTTTAAATATTTATGACATTTTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTGAAATAAAATATTATTAATTTATTAATATTTCAAA
AATTAATAAGTAAAATATTTAAAAGATAAATCTATTTACCAAAAAGCTCTAATAGCTATAACTAT
ATGAATAATTATATATTCCAAATAATTATATCAT
Found at i:260835 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 260137--261502 Score: 826
Period size: 180 Copynumber: 7.6 Consensus size: 178
260127 TGACTGTTTA
* * * *
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1 TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTTATA-AAAGTTTA-TTGAAATAAAATAATATTAATTTA
* * * * **
260201 TTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAAGAGATAAGTCTGTTTA-CTAAAAAAACTCA
64 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA--ATTTAAAAGATAAATCTGTTTACCT-AACAAGTTCA
* * * * * * * * *
260265 AATGGTTATAACTATTTGAAAAATTATCA-GTTTTAAACAATTGTGATC-TATTG
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* * * * * * ** ** *
260318 TTTTGTCATAATACAATTGTTTATGTTCATGTAAGCCTATTAGAAATAAAATATTATTAATTTAT
1 TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTTATAAAAGTTTATT-GAAATAAAATAATATTAATTTAT
* * * * *
260383 TAATATTTTC-AAAATTAATAAATAAAATATTTAAAAGATAAATCTATTTATCAAATAAGTTCAA
65 TAATA-TTTCAAAAATTAATAAGT-AAA-ATTTAAAAGATAAATCTGTTTACCTAACAAGTTCAA
* * * * ** * * * * * *
260447 TTAG-TTTAACTATATGAGTAATTGTCTATTTCAAATAATTATGATATTTTA
127 ATAGCTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATATTTATGACATTTTG
* * * * * ** * *
260498 TTTTCTCATAAAACAATTGTTAT-TATTTGTACAAGCTTACTCAAAAGAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTATCATAAAATAATTGTT-TCTATTTATAAAAGTTTA-TTGAAATAAAATAATATTAATTTA
* ** * ** * * * * *
260562 CTAATATTTTGAAAATT-A-AAGTAAAAGATTTAAAATATAAATAAGTCTACCGAATAAATTTAA
64 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAA-ATTTAAAAGATAAATCTGTTTACCTAACAAGTTCAA
* *
260625 ATAGCTATGACTATTTGAATAATTATATATTTTAATTATTTATGACATTTTG
127 ATAGCTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATATTTATGACATTTTG
* * * * *
260677 TTTTGTTATAAAATAATTGTTTCCATTTATAAAATTTTAATTGAAATAAAATAA-ATTTTATTTA
1 TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTTATAAAAGTTT-ATTGAAATAAAATAATA-TTAATTTA
* * * * *
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64 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAA-TTTAAAAGATAAATCTGTTTACCTAACAAGTTCAA
* * * ** * * *
260805 ATAGCTATGACTGTTTGAATAGTTATATATTCCAAATAATTAT-ATCCTTTTA
127 ATAGCTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATATTTATGA-CATTTTG
* * * *
260857 TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTTACACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATATTAACTTAT
1 TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTTATAAAAGTTTATT-GAAATAAAATAATATTAATTTAT
* * * *
260922 TAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAATATTTAAAAGATAAATATGTTTA-ATGAAATAAGTTCA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAA-ATTTAAAAGATAAATCTGTTTACCT--AACAAGTTCA
* * * * * *
260986 AATAGTTATAACCATTTAAACAATTATCTACTTTAAATATTTATGACA-TTT-
126 AATAGCTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATATTTATGACATTTTG
* * * * * *
261037 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATTAAGAATAAAATAATATTAGTTTA
1 TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTA-TTTATAAAAGTTTATTGA-AATAAAATAATATTAATTTA
* *
261101 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATGTAAAAGATAAATCCGTTTACCTAACAAATTCAA
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* * * * * *
261166 ATGGAG-T-TGATTGTCTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TATTATGACCTTTTG
127 AT--AGCTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATAT-TTATGACATTTTG
* * * ** *
261218 TTTTATCATAATAA-AATTGTTTTTGTTGATGCAAGTTTTTTTTGAAATAAAATAATATTAATTT
1 TTTTATCATAA-AATAATTGTTTCTATTTATAAAAG--TTTATTGAAATAAAATAATATTAATTT
* ** * ** * ** *
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* * * * *
261347 AATAGTTATCACTACTTGAACAATTATCTATTTTAAATAATTAT--C----T-
126 AATAGCTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATATTTATGACATTTTG
* * ** *** * ** **
261393 CTTTATCATAGACCAATTAAATCTATTCATACAAA-CATATTTGAAATAAAATTCTATTAATTTA
1 TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTTATA-AAAGTTTA-TTGAAATAAAATAATATTAATTTA
*
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* * * * * *
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* * * * * *
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** * ** * * **
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* * * * * * * *
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* * * * ***
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* * * * ** * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* * ** * *
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* * * * ** * * *
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* * * ** *
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* * *
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* * ** * * *
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* * * ** * * **
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* * * * * * * * * * *
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* ** * * * *
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* *** * * *** *
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1 ATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGT--TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * ** * * ** * *
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* ** * *
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* * ** * * * *
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1 ATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
** * *
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* * * * * **
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* * * * * * * *
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1 ATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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1 ATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * * * * * *
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* * * * * * *
263616 AAGATAATTATGTTTACTGAA-AATTTCAAATAGCTAT-ATCTATTTGAATA
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* * * * * *
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1 ---A-TTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGT-C-ATAAAACAATTGTTTCTATTC
** * * * * *
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*** * ** * * *
263793 ATTTAAAAGATAAATCTATTTTTTGAATAAGTTCAAACGGTTATAACAATTTGAATA
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* * * * * * * *
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1 ATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
** ** * * *
263915 GTTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAATTTAATAAATAAAAGATTTAA
66 ACTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * * * *
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* * * * * * *
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1 ATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * *
264099 ACTTATTCAGAA-CAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAA
66 ACTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * * *
264163 AAGATAAATCTATTTACTGAACAAGTTTAATTACTTATGACTATTTGATCA
131 AAGATAAATCTATTTACAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * **
264214 ATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTCTTTGTAC-A
1 ATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* ** * * * *
264278 ATTTATTCATAATAAAATAATAATAATTTTTTATTATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTA
66 ACTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTA
* * * * *
264342 AAAGATAAATCTATTTACCGAACAAGTTAAAATGGTTTTGATTATTTGAACA
130 AAAGATAAATCTATTTACAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * *
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1 ATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * * *
264458 AGCTTA-TCCGAGA-CAAATAATATTAATTTGTTTATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
66 A-CTTATTCGGA-ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TT
* * * **
264521 TAAAA-A-AGAAT-TATTTATC-GAACAAGTTCCATTAGCTATGGGTATTTGAACA
128 TAAAAGATA-AATCTATTTA-CAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * * *
264573 ATTATCCATTTTAAATAGTTAT-AACTTTT-TGTT-TCATTATATAATATG-AT-TATTTATAC-
1 ATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATACA
* * * * *
264632 AA-TTATT-----T-AAATAATATTAATTTTATCAATATTTTGAAAAGTAATAAGCAAAAAAATT
65 AACTTATTCGGAATAAAATAATATTAA-TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TAAAAGATT
* * * * * *
264690 TAACATATATATAATATATATATGTTTTCCA-AATAAGTTTAAAT-GATTATAACTATTTGAACA
128 T-A-A-A-AGAT-A-A-ATCTA---TTTACAGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
264753 ATTATCTATTTTAAACAATTATGACTTTTTG-TTTGTTATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
** * * * ** * *
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66 ACTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* ** * * * * *
264882 CAGATAAATCTATTTATTGAATAAGTTTAAAT-GATTTTGATTATTTGAATA
131 AAGATAAATCTATTTACAGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * *
264933 ATTACCTATTTCAATTCATTACGACATTTCGTTTTATCATAATACAATTATTTCTAATT-ATA-A
1 ATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACA
** * ** * * * * * * *
264996 GAGTTTTTTCATAATAAAATAATATTTATATATTAATATTTCAAAATTTAATTAGCAAAAAATTT
65 -AACTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * *
265061 AAAAGATAAAT-T-TCTTACTGAAGAAGTTTAATTAGTTATGACTATTTAAAAAA
129 AAAAGATAAATCTAT-TTACAGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACA
* * * * * * * **
265114 ATTATTTATTTCAAATAATTATAACCTTTT-ATCTATCCTAAAACAAATGTTTCTATTTGTACAA
1 ATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 ATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
** * *
265343 ACTTATTCAAAATAAAATCATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
66 ACTTATTCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * *
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** *
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* * *
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* ** * **
261747 ACATATTTGGAAT-AAATAATATTAATTTTTTTGT-TTTTCAAAATTAATAAGAAAGAGATTTGA
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* * ** *
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* * * * **** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *** * *
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* * ** * * * * * ** *
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* * * * * * * *
262105 AGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTACTAA-ACAAAAAATGT
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* * *** * * * ** * *
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128 CAAAAGATAAATCTATTTATC-AAAAAATTTCAAATACTTATGCCTAATTAAACA
* * * * * * * * *
262222 ATTATAT-TTCTCAAATAATTATGACT-TTTTATTTTGTCATACAACAATTGTTTCTATTCATAC
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*
262285 AAGC-TAATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAA-AGAT
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* * * * * * * *
262348 TTAAGAGATAAATCTGTTTACCAAACAAATTT-AAATGA-TTTTGACTATTTGAA-A
127 TCAAAAGATAAATCTATTTATCAAA-AAATTTCAAAT-ACTTATGCCTAATTAAACA
* * * ** * * ** * *
262402 ATCATTTATTTCAAAT-ATGTATGACCTTTT-TTATTATCATATTACAATTTTTTCTATT--TAT
1 ATTATCTATTTAAAATAAT-TATGATATTTTGTT-TTGTCTTAGAACAATTATTTCTGTTCGTAT
* * ** *
262463 GCAAACTTCTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAGAAGA
64 --AAACATATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAAG-AGA
* * * ** * * * * ** * * *
262527 TTCAGAAGAT-AGTCTCGTTTGCCTAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATA
126 TTCAAAAGATAAATCT-ATTTATCAAAAAATTTCAAATACTTATGCCTAATTAAACA
** * * * * * * * *
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1 ATTATCTATTTAAAATAATTATGA-TATTTTGTTTTGTCTTAGAACAATTATTTCTGTTCGTATA
* * * * *
262648 AACTTATTCGAAATAAAATAATATTAATATATTACTATTTTAAAAATTAATAAGTAAA-A-ATTT
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* * * ** * * ** * **
262711 TAAAAAATAAATTTATTT-TTGAATAAGTTCAAATGA-TTATAACTATTTGGACA
128 CAAAAGATAAATCTATTTATCAAAAAATTTCAAAT-ACTTATGCCTAATTAAACA
* * * * ** * * ** *
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1 ATTATCTATTTAAAATAATTATGATATTTTGTTTTGTCTTAGAACAATTATTTCTGTTCGTAT-A
* * * * * * * * * * * * *
262827 AGCATATTCGAAATAAAATAATATGAATTTACTAATGTTATGAAAATCAACAAGAAATATATTTA
65 AACATATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAAGAGATTCA
* ** * * * ** * *
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* * ** * ** * * * ** * **
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1 ATTATCTATTTAAAATAATTAT-GATATTTTGTTTTGTCTTAGAACAATTATTTCTGTTCGTATA
* * * *** * * ** * *
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* * * ** * * * * *
263071 TAAAAGATAAATCTGTTTACCAAGTAAGTTCAAATATTTATGACTGATTCAACA
128 CAAAAGATAAATCTATTTATCAAAAAATTTCAAATACTTATGCCTAATTAAACA
* * * * * * * *
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1 ATTATCTATTTAAAATAATTATGATATTTTGTTTTGTCTTAGAACAATTATTTCTGTTCGTATAA
* *** * **
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* * * * ** * *
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130 AAAGATAAATCT-ATTTATCAAAAAATTTCAAATACTTATGCCTAATTAAACA
* * * ** * * * * * * * * **
263306 ATTATCTATTTTAAACAATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTTTATTCATGCAA
1 ATTATCTATTTAAAATAATTATGATATTTTGTTTTGTCTTAGAACAATTATTTCTGTTCGTATAA
* * ** * *
263371 GCCTATTT-GAAGTAAAATTCTATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATATGTAAA-AGATTC
66 ACATATTTGGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTC
* * * * * * * *
263434 AAAAAATAAAT-TCATTTACTGAACAAAA-TT-ATATAGTTATGTCTATTTGATCA
129 AAAAGATAAATCT-ATTTA-TCAA-AAAATTTCAAATACTTATGCCTAATTAAACA
* * * * * * * * * *
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1 ATTATCTATTTAAAATAATTATGATATTTTGTTTTGTCTTAGAACAATTATTTCTGTTCGTATAA
** * * * * *
263551 ATTTATTTGAAATAAAATAATATTAACTTATCAATATTTTGAAAATTAATAAGTACA-AGA-TCT
66 ACATATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTC-
* * * ** * *
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129 AAAAGATAAATCTATTTATCAAAAAATTTCAAATA-CT-TATGCCTAATT-AA-A--CA
* * ** * ** * * * ** * *
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1 ATTATCTATTTAAAATAATTATGATATTTTGTTTTGT-CT-TAGAACAATTATTTCTGTTCGTAT
* ** * * * * *
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* ** * * *** ** * *
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129 AAAAGATAAATCTATTTATCAAAAAATTTCAAATACTTATGCCTAA-TTAAACA
* *** * * * * * * *
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1 ATTATCTATTTAAAATAATTATGATATTTTGTTTTGTCT-TAGAACAATTATTTCTGTTCGTATA
*** * * * * *
263914 AGTTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAATTTAATAA-ATAAAAGATTT
65 AACATATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGA-AAGAGATTC
* * * * * ** * * *
263978 AAAAGATAAATCTGTTT-CCTGAACAAGTTCAAATGGTTGTGACT-ATTGAAAAAAAA
129 AAAAGATAAATCTATTTATC-AAAAAATTTCAAATACTTATGCCTAATT----AAACA
* * ** * * * * * **
264034 ATTATCCATTTCAAATAATTATGACCTTTTATTTTGTCATA-ATACAATTGTTTATCTTCGTGCA
1 ATTATCTATTTAAAATAATTATGATATTTTGTTTTGTCTTAGA-ACAATTATTTCTGTTCGTATA
* ** * * *
264098 AACTTATTCAGAA-CAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAA-AAATTT
65 AACATATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTC
* * * * * * * *
264161 AAAAGATAAATCTATTTACTGAACAAGTTT-AATTACTTATGACTATTTGATCA
129 AAAAGATAAATCTATTTA-TCAAAAAATTTCAAATACTTATGCCTAATTAAACA
* ** * * * * * *
264214 ATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTCTTTGTA-CA
1 ATTATCTATTTAAAATAATTATGATATTTTGTTTTGTCTTAGAACAATTATTTCTGTTCGTATAA
** *** * * * * *
264278 ATTTATTCATAATAAAATAATAATAATTTTTTATTATTCTAAAAATTAATAAGTAAA-A-ATTTT
66 ACATATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AAAGAGA-TTC
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129 AAAAGATAAATCTATTTA
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Statistics
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Found at i:262303 original size:361 final size:357
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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*
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* * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * ** ** *
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* * * *
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* *** * *
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* * * * ** * *
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* * * * * * * * * ** * *
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* * *
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** *** * * *** *
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** * * ** * *
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* * * * * * *
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** * * * ** * *
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191 TTATGACCTTTTATTTAG-C-TAAAACAATTATTTCTACTCATACAAACTTATTCGAAATAAAAT
* * * * * *
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* * * ***
263272 CGAAAAAGTTCAAATACTTATGTTTATTTGAACAATTATCTAT
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* * * * * * * *
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* ** * * * *
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* * * ** * * *
263443 AT-TCATTTACTGAACA-AAATT-ATATAGTTATGTCTATTTGATCAATTCTTTATTTCAAATAA
129 ATCT-ATTTAC-CAA-ATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAA
* * * * * * *
263505 ATATGACATTTTTTTTATCTTAAAACAATTATTTCTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATA
191 TTATGACCTTTTATTTAGC-TAAAACAATTATTTCTACTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATA
* * ** * * * * *
263570 ATATTAACTTATCAATATTTTGAAAATTAATAAGTACAAGATCTAAAAGATAATTATGTTTACTG
255 ATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAGATAAATCTGTTTACT-
* * * * *
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319 AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACA---A-TTATAT
* * * * * * * *
263677 ATTTCTAATAATTATAACCTTTTGTTTT-TACTATAAAAAAAAT-TTTCTACTCATGTAAACTTA
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* * * *
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**** ** * * *
263804 AAATCTATTTTTTGAATAAGTTCAAACGGTTATAACAATTTGAATAATTATCTATTTTAAATAAT
127 AAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAAT
* * * * * ** *
263869 TATGCCCTTCTATTTTGTTATAAAACAATTATTT-TTCTTCATACAAGTTTATT-TAGAATAAAA
192 TATGACCTTTTATTTAG--CTAAAACAATTATTTCTAC-TCATACAAACTTATTCGA-AATAAAA
** * *
263932 TAATATTAATTTATTAATATTTTGAAATTTAATAAATAAAAGATTTAAAAGATAAATCTGTTTCC
253 TAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAGATAAATCTGTTTAC
* * * *
263997 TGAACAAGTTCAAATGGTTGTGACTA-TTGAAAAAAAAATTATCCA-
318 T-AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG----AACAATTAT--AT
* * * * * * *
264042 TTTCAAATAATTATGACCTTTTATTTTGTCATAATACAATTGTTTATCTTCGTGCAAACTTATTC
1 TTTCAAATAATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTC
* *
264107 AGAA-CAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAGATAAA
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** * * * * * * *
264171 TCTATTTACTGAACAAGTTTAATTACTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTTAAATAATTAT
130 TCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTAT
* * * ** *
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* * * * *
264298 TAATAATTTTTTATTA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAGATAAATCTATTTACC
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* * * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * *
264465 CCGAGA-CAAATAATATTAATTTGTTTATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAA-A-
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* * * * * * *** * * *
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127 A-AATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAA
* * * * * * * * *
264591 TTATAACTTTTTGTTT--CATTATATAA-TATGAT-TATTTATAC-AA-TTATT-----T-AAAT
191 TTATGACCTTTTATTTAGC-TAAAACAATTAT-TTCTACTCATACAAACTTATTCGAAATAAAAT
* ** * * *
264644 AATATTAATTTTATCAATATTTTGAAAAGTAATAAGCA-AAAAAATTTAACATATATATAATATA
254 AATATTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--ATAAAAGATTT---A-A-A-A-GATA-A
* * * * *
264708 TATATGTTTTCCAAATAAGTTTAAAT-GATTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
308 -ATCTG-TTTACTAACAAGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACAATTA--TAT
* * * * * * *
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1 TTTCAAATAATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTC
* * ** * * *
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66 GGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAGATAAA
*** * * * * * * * *
264890 TCTATTTATTGAATAAGTTTAAAT-GATTTTGATTATTTGAATAATTACCTATTTCAATTCATTA
130 TCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTA
* * * * * * ** *
264954 CGACATTTCGT-TTTATCATAATACAATTATTTCTAATTATA-AGAGTTTTTTC-ATAATAAAAT
194 TGACCTTT--TATTTAGC-TAAAACAATTATTTCTACTCATACA-AACTTATTCGA-AATAAAAT
* * * * ** *
265016 AATATTTATATATTAATATTTCAAAATTTAATTAGCAAAAAATTTAAAAGATAAAT-T-TCTTAC
254 AATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAGATAAATCTGT-TTAC
* * * * * * *
265079 TGAAGAAGTTTAATTAGTTATGACTATTTAAAAAAATTATTT
318 T-AACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTT-GAACAATTATAT
* * * * * * * ** * * *
265121 ATTTCAAATAATTATAACCTTTT-ATCTATCCTAAAACAAATGTTTCTATTTGTACAAACTTCTT
1 -TTTCAAATAATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATT
* * * * *
265185 CAGAATATAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAACTAAAATATTAAAAAAATAA
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* * * * * * *
265250 ATCTA-TT--CGAACAAGTTTAAATAGTTCTGA-TCAATTGAACAATTATCT-TTGTC--CT--T
129 ATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATAAT
* * * * ** * * *
265306 T-T---CTTTT-GTCA-C-AAAATAATTGTTTCTGTTTATACAAACTTATTCAAAATAAAATCAT
192 TATGACCTTTTATTTAGCTAAAACAATTATTTCTACTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAAT
* * * * *
265364 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGACATAAATCTATTTATCGAA
257 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAGATAAATCTGTTTA-CTAA
* *
265429 CAAATTCAAATAGTTATGACTATTT
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265454 AAACTGTTAG
Statistics
Matches: 2779, Mismatches: 651, Indels: 322
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Matches are distributed among these distances:
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353 1 0.00
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Consensus pattern (357 bp):
TTTCAAATAATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTC
GGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAGATAAAT
CTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATG
ACCTTTTATTTAGCTAAAACAATTATTTCTACTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATATTA
ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAGATAAATCTGTTTACTAACAAGT
TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATAT
Found at i:262600 original size:17 final size:17
Alignment explanation
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262551 AACAAGTTCA
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AATAATTATACTATTTG
Found at i:262965 original size:17 final size:18
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Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
262908 ACTAAACAAG
*
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*
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1 TTCAAATAATTATACTAT
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1 TTCAAATAATTATA
262967 GCTTTTTACT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
16 6 0.24
17 9 0.36
18 8 0.32
19 2 0.08
ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.04, T:0.43
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TTCAAATAATTATACTAT
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Period size: 181 Copynumber: 11.6 Consensus size: 177
266123 GCTAACATAA
* * * ** * * * *
266133 ACAATTATCTATTTTAAACAATTATGACCTTTTGTTATATCATAACACAACTGTTT-ATGTTTAT
1 ACAATTATCTATTTCAAATAATTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA--TTTAT
* * * * * * *
266197 GCAAACTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTCAAAGTTAATAAATAAAATAT
64 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT-TTTTCAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * *
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128 TTAAAAGATAAATCTGTTTA-CGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* *
266313 ACTAATTATCTATTTCAAATAATTATAATATTTTGTTTTGTCATAACACAATTGTTTTCATTTGT
1 AC-AATTATCTATTTCAAATAATTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCATTTAT
* * * * *
266378 ACAAGTTTATTCGAAAGAAAATAATGTTAATTTACTACATTTTTCAAAATAAACT-AGTAAAAGA
64 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTA-ATTTTTCAAAATTAA-TAAGTAAAAGA
* * * * *
266442 TTTAAAAGATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATGGTTATTACTATTTCA
127 TTTAAAAGATAAATCTGTTTA-CGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-G
* * * *
266495 ATAATTATAT-TTTCAAATAATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCTTTATTTAT-
1 ACAATTATCTATTTCAAATAATTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCATTTATA
* ** * * *
266558 TAATATTAATT-GGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-AG
65 CAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATTTTTC-AAAATTAATAAGTAAAAGA-
* * * *
266621 TTTAAGAGATATATTTATTTACCGAA-TAAGTTC-AA-A-TTAT---TA--T-
127 TTTAAAAGATAAATCTGTTTA-CGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
** * * * *
266664 --AATTATAC-ATTTCAAATAATTATGCCT-TTTTG-TTCGTTCATTAAATAATTGTTTCTGTTT
1 ACAATTAT-CTATTTCAAATAATTAT-AATATTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTC-ATTT
* * * *
266724 ATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAT
62 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT-TTTTCAAAATTAATAAGTAAAAG
*
266789 ATTTAAAAGATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
126 ATTTAAAAGATAAATCTGTTTA-CGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * ** * *
266842 AACAATTAT-TAATTCTAAATATTTTTGACT-TTTTGTTTCATCATAAAATAATTGTTTCTATTC
1 -ACAATTATCTATTTC-AAATAATTAT-AATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTT
* * * *
266905 ATACAAACTTATTTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAA-TATTCTAAAAGTTAAGAAGTAAC
62 ATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATTTTTC-AAAA-TTAATAAGTAAA
* * *
266968 TGATTTAAAAGATAAATCTATTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTG
124 AGATTTAAAAGATAAATCTGTTTAC-GAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* **
267023 AACAATTATCT-TTTCAAATAATTATGACAT-TTTTATTTCATCATAAAACAATTGTTTC-TGTT
1 -ACAATTATCTATTTCAAATAATTAT-A-ATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TT
* * * *
267085 CATGCAAGCTTATT-TAGAATAAGATAATATTAATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAGTAAA
62 -ATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATTTTTCAAA-ATTAATAAGTAAA
* * * * * *
267149 AG-TTTAAAA-AAATAAT-TAGTTTATCAAACAAATTCAAATACTTATGA-TAATTGG
124 AGATTTAAAAGATA-AATCT-GTTTA-CGAACTAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTG
* * * * * * * ** *
267203 AACAGTTA-CATATTTCAAATAATTACAATCTTTTATTTTATCATGAAACAATTATTATTGTTCA
1 -ACAATTATC-TATTTCAAATAATTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCATTTA
* * * * * * * * *
267267 TGCAATCATATCCAAAATGAAATAATATTAATTTAGTAA-TATTCTAAATATTAATATGTAAAAG
63 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATTTTTC-AAA-ATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * *
267331 GTTTAAAAGTTAAATCTGTTTACTAAATAAATTCAAATAATTATGACTATTTAA
126 ATTTAAAAGATAAATCTGTTTACGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTT-G
* * * * *
267385 ACAATTATATGTTTCAAATAATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA-AAGTTATTTC-TGTTCA
1 ACAATTATCTATTTCAAATAATTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCAT-TT-A
* ** *
267448 TACAAGATTATTTAAAAT-AAATAATATT-A---A--AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
63 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATTTTTC-AAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * * * * *
267506 TTTAAATGATAAATCTATTTACCAAGCAATTTTAAATA-TTTTCGA-TCATTTAA
127 TTTAAAAGATAAATCTGTTTACGAA-CTAGTTCAAATAGTTAT-GACT-ATTT-G
** * * * * *
267559 ACAATTATCTATTTCAAATAATTATAA-CCTTTGTTTTGTCATTAAACAATTATTTTAATTCATG
1 ACAATTATCTATTTCAAATAATTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCATTTATA
* * * * * *
267623 CAAGCTTATTTGGAATAAAGA-AATATTAATTTATTAATATTTTGAAAGTTAATATGTAAACGAT
65 CAAGCTTATTCGAAATAAA-ATAATATTAATTTATTAAT-TTTTCAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * *
267687 TTGAAAA-ATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAATTTTGA-TCATTTG
128 TT-AAAAGATAAATCTGTTTACGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTG
* * * * ** * *
267738 AATAATTATCTATTTCAAATAATTATGATCTTCTGTTTAATCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
1 -ACAATTATCTATTTCAAATAATTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTAT
* * * * *
267803 GCAAGTTTATTCGCAATAAAATAATATTAATATATTAATTTTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
64 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAA-TTTTTCAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * *
267868 TTAAAAGTTAAATTTGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATTACCATTTG
128 TTAAAAGATAAATCTGTTTA-CGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * ** *
267919 AAGAATTATCTATTTCAAATAATTATGATATTTTGTTTTGTTGTAAAAGAATTGTTTC-TGTTAA
1 -ACAATTATCTATTTCAAATAATTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TT-A
** * * * *
267983 TGTAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATT-ATTATTCCAAAAATTAATAGGTAAAAG
63 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATT-TTTC-AAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * *
268047 ATTTAAATGATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATG-GTCATTTG
126 ATTTAAAAGATAAATCTGTTTA-CGAACTAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTG
* * * * *
268100 AACAATTATCTATTTTAAATAATTATGACATTTTGTTTTGTCATATAA-TATTGTTTC-TGTTCA
1 -ACAATTATCTATTTCAAATAATTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TT-A
* * * *
268163 TATAAGCTGATTCTAAAATAAAATCATATTAA-TTATTAATT
63 TACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATT
268204 ATCATAGTGT
Statistics
Matches: 1521, Mismatches: 263, Indels: 213
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
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171 2 0.00
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183 1 0.00
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Consensus pattern (177 bp):
ACAATTATCTATTTCAAATAATTATAATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTATAC
AAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATTTTTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
AAAGATAAATCTGTTTACGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
Found at i:267309 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 266132--268202 Score: 1690
Period size: 361 Copynumber: 5.8 Consensus size: 361
266122 GGCTAACATA
* * * * * * * * * *
266132 AACAATTATCTATTTTAAACAATTATGACCTTTTGTTATATCATAACACAACTGTTTATGTTTAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATAATTAT-AACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
* * * * * ** *
266197 GCAAACTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTCAAAGTTAATAAATAAAATAT
65 GCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATATGTAAAAGAT
* * * * * * *
266262 TTAAAAGATAAATTTGTTTATCGAACT-AGTTCAATTAGTTATGACT-GTTTG-ACTAATTATCT
130 TTAAAAGATAAATCTATTTA-CTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTCATTTGAAC-AATTATCT
* * * * * *
266324 ATTTCAAATAATTATAATATTTTGTTTTGTCATAACACAATTGTTTTCAT-TT-GTACAAGTTTA
193 ATTTCAAATAATTATGACATTTT-TTTTATCATAA-AAAATTG-TTTC-TGTTCATACAAGCTTA
** * * * * *
266387 TTCGAAAGAAAATAATGTTAATTTACTACATTTTTC-AAAATAAACT-AGTAAAAGATTTAAAAG
254 TTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTA-ATATTTCAAAAATTAA-TAAGTAAAAGATTTAAAAG
* * * * *
266450 ATAAATCTA-TTTATCGAACAAGTTCAAATGGTTATTA-CTATTTC
317 ATAAATCTAGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTG
* * * * *
266494 AATAATTATAT-TTTCAAATAATTATGATA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCTT-TATTT
1 AACAATTATCTATTTCAAATAATTAT-A-ACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTAT-TTCTATTC
* ** * * * *
266556 AT-TAATATTAATT-GGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA
63 ATGCAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATATGTAAAA
* * * ** *
266619 -AGTTTAAGAGATATATTTATTTACCGAATAAGTTCAAATTATTAT-A---A-TT-----A-TA-
127 GA-TTTAAAAGATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTCATTTGAACAATTAT
* * * *
266671 C-ATTTCAAATAATTATG-CCTTTTTGTTCGT-TCATTAAATAATTGTTTCTGTTTATACAAACT
191 CTATTTCAAATAATTATGACATTTTT-TT--TATCA-TAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAGCT
* * *
266733 TATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAG
252 TATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAG
*
266798 ATAAATCT-GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTG
317 ATAAATCTAGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTG
* * * * * * *
266842 AACAATTAT-TAATTCTAAATATTTTTGACTTTTTGTTTCATCATAAAATAATTGTTTCTATTCA
1 AACAATTATCTATTTC-AAATAATTATAAC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCA
* * * * **
266906 TACAAACTTATTTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAAGAAGTAACTG
64 TGCAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATATGTAAAAG
* * *
266970 ATTTAAAAGATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTTTGACT-ATTTGAACAATTATCT
128 ATTTAAAAGATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTCATTTGAACAATTATCT
*
267034 -TTTCAAATAATTATGACATTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAGCTTAT
193 ATTTCAAATAATTATGACATTTTT-TTT-ATCATAAAA-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
* * * *
267098 TTAGAATAAGATAATATTAATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAA-AAA
255 TTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATA
* * * * *
267161 TAAT-TAGTTTATCAAACAAATTCAAATACTTATGATAATTGG
320 -AATCTAGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATCATTTG
* * * * *
267203 AACAGTTA-CATATTTCAAATAATTACAATCTTTTATTTTATCATGAAACAATTATTAT-TGTTC
1 AACAATTATC-TATTTCAAATAATTATAA-CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATT-TCTATTC
* * * * * *
267266 ATGCAATCATATCCAAAATGAAATAATATTAATTTAGTAATATTCTAAATA-TTAATATGTAAAA
63 ATGCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAA-AGTTAATATGTAAAA
* * * * * *
267330 GGTTTAAAAGTTAAATCTGTTTACTAAATAAATTCAAATAATTATGACT-ATTTAAACAATTATA
127 GATTTAAAAGATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTCATTTGAACAATTATC
* * * *
267394 TGTTTCAAATAATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAAGTTATTTCTGTTCATACAAGATTAT
192 TATTTCAAATAATTATGACATTTT-TTTTATCATAAAAAA-TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
*
267459 TTAAAAT-AAATAATATT-A---A--AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATGATA
255 TTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATA
* * * * *
267517 AATCTA-TTTACCAAGCAATTTTAAATA-TTTTCGATCATTTA
320 AATCTAGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-GATCATTTG
* * *
267558 AACAATTATCTATTTCAAATAATTATAACCTTTGTTTTGTCATTAAACAATTATTT-TAATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATAATTATAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCT-ATTCAT
* * * * *
267622 GCAAGCTTATTTGGAATAAAGA-AATATTAATTTATTAATATTTTGAAAGTTAATATGTAAACGA
65 GCAAGCTTATTCGAAATAAA-ATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATATGTAAAAGA
* * * *
267686 TTTGAAAA-ATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAATTTTGA-TCATTTGAATAATTATCT
129 TTT-AAAAGATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTCATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
267749 ATTTCAAATAATTATGATC-TTCTGTTTAATCATAAAACAATTATTTCTATTCATGCAAGTTTAT
193 ATTTCAAATAATTATGA-CATT-TTTTTTATCATAAAA-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
*** * * * *
267813 TCGCAATAAAATAATATTAATATATTAATTTTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGTTA
255 TTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATA
* * * * * *
267878 AAT-TTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATTACCATTTG
320 AATCTAGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATCATTTG
* * ** * * * *
267919 AAGAATTATCTATTTCAAATAATTATGATA-TTTTGTTTTGTTGTAAAAGAATTGTTTCTGTTAA
1 AACAATTATCTATTTCAAATAATTAT-A-ACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCA
* * * * * * *
267983 TGTAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTATTATTCCAAAAATTAATAGGTAAAAGA
64 TGCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATATGTAAAAGA
* * * * * *
268048 TTTAAATGATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATG-GTCATTTGAACAATTATCTA
129 TTTAAAAGATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTCATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
268112 TTTTAAATAATTATGACATTTTGTTTTGTCATATAATATTGTTTCTGTTCATATAAGCTGATTCT
194 TTTCAAATAATTATGACATTTT-TTTTATCATAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-T
*
268177 AAAATAAAATCATATTAA-TTATTAAT
257 AAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
268203 TATCATAGTG
Statistics
Matches: 1394, Mismatches: 233, Indels: 165
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
346 2 0.00
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353 5 0.00
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363 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATAATTATAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATG
CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATATGTAAAAGATT
TAAAAGATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAATTATGACTCATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATAATTATGACATTTTTTTTATCATAAAAAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAA
TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTA
GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATCATTTG
Found at i:267409 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 267362--267416 Score: 64
Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 19
267352 ACTAAATAAA
267362 TTCAAATAATTATGACTAT
1 TTCAAATAATTATGACTAT
* *
267381 TT-AAACAATTAT-A-TGT
1 TTCAAATAATTATGACTAT
267397 TTCAAATAATTATGAC-AT
1 TTCAAATAATTATGACTAT
267415 TT
1 TT
267417 TGTTTTGTCA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (19 bp):
TTCAAATAATTATGACTAT
Found at i:269133 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 269110--269176 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 3.3 Consensus size: 20
269100 AAAAAAAGGA
269110 AAAAAAAACAAATAAGCAAT
1 AAAAAAAACAAATAAGCAAT
* * * *
269130 AAAAATAAGAAATAGGAAAAT
1 AAAAAAAACAAATAAG-CAAT
* *
269151 AAAATAAAATAAATAACCAA-
1 AAAA-AAAACAAATAAGCAAT
269171 AAAAAA
1 AAAAAA
269177 TAAAAACATA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 9, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.76, C:0.06, G:0.06, T:0.12
Consensus pattern (20 bp):
AAAAAAAACAAATAAGCAAT
Found at i:270208 original size:18 final size:18
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270169 AATTAATCCT
270179 AAAATCAAATCAAA-TAA
1 AAAATCAAATCAAATTAA
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1 AAAATC-AAATCAAATTAA
270215 AA
1 AA
270217 TTAAAAAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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18 8 0.42
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AAAATCAAATCAAATTAA
Found at i:270217 original size:17 final size:18
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270168 AAATTAATCC
270178 TAAAATC-AAATCAAATA
1 TAAAATCAAAATCAAATA
*
270195 AAAAATCAAAATCAAAT-
1 TAAAATCAAAATCAAATA
*
270212 TAAAATTAAAA
1 TAAAATCAAAA
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Statistics
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TAAAATCAAAATCAAATA
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270175 TCCTAAAATC
*
270185 AAATCAAATAAAAAATCA
1 AAATCAAATAAAAAATAA
* *
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1 AAATCAAATAAAAAATAA
270221 AAA
1 AAA
270224 ATTTTGGGTT
Statistics
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AAATCAAATAAAAAATAA
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270636 TATTTATTAT
** * * *
270646 AAATCAATTGTTTCGGTTCATGCAAGTTTA-TTAGTAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC
1 AAAT-AATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTA-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * * * *
270710 TAAAAATTTATAATTCAAAGATTTAAAAGAAAAATTTGTTTACCAAATAAGCTCTAATAGTGATG
64 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
270775 A-AATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAATTAGAACCTTTTGTTTTCTCAAA
129 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTATTTTGTCATA
* * * *
270827 AAATAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTTATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTA
1 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTA
* * * *
270892 AAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACCGAGA-AAGTTTAAATATTTTTGA
66 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACCGA-ATAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
270956 CTATTTTAACAATTATCTATTTCAATTAATTATAATATTTTATTTTGTTATA
130 CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTATTTTGTCATA
* ** **
271008 AAATAATTGTTTCTATTCATGCAAACTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTA
1 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTA
* * * * *
271073 AAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAA-ATAAATCTCTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTTTAA
66 AAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAGATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
271137 CTTTTTATAGAATTATCTATTTCAAATAATTATAACTTTTTATTTTGTAATA
130 CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTATTTTGTCATA
* * * * * * *
271189 AAACAATTATTTTTGTTCATATAA-TATTA-TTAGAAATAAAAAAATATTAATTTATTAATATTC
1 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGT-TTATTTA-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
* ** * * *
271252 TAAAAATTAATATGTAAATTATTTAAAAGATAAATCTATTTTCTGAATATA-TTCAAATAATTAT
64 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACCGAATA-AGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
271316 GACTAATTAAAAAATTATATATTTCAAAAAATTATGAAC-TTTTATTTTCTCATG
128 GACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAATTAT-AACATTTTATTTTGTCATA
* * * * * *
271370 GAATAAATGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAACAATATTAATTTATTAATATTTCA
1 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTA
* * * * * * ** *
271435 AAAATTATTAAGTGAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGCACAT-A-TTCAAATAGTTATA
66 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACCG-A-ATAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
271498 ACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATAATTATGACATTTTATTTTGTCATA
129 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTATTTTGTCATA
* * * * *
271551 AAATAAATGTTTTTATTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG
1 AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTA
* ** * * * * *
271616 AAAGTTAATAAGTAACTGATTTAAAAGATAAATCTATTTACTGAATAAATTTAAATAATTATGAT
66 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGAC
* *
271681 TATTTAAATAATTATTTATTTCAAA
131 TATTTAAACAATTATCTATTTCAAA
271706 ATCCCAAAAT
Statistics
Matches: 734, Mismatches: 128, Indels: 34
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.00
180 114 0.16
181 601 0.82
182 15 0.02
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.06, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTA
AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTATTTTGTCATA
Found at i:271283 original size:362 final size:357
Alignment explanation
Indices: 270511--271704 Score: 1216
Period size: 362 Copynumber: 3.3 Consensus size: 357
270501 ACTTTTTTAG
* * *
270511 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAGATAAATT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATC
* * * * *
270576 TGTTTACCAAACAAATTTAAATAGTTATGACCATTTAAAAAATTATCTATTTCAATT-A--AT--
66 TATTTACCGAATAAATTTAAATAATTATGACTATTTAAAAAATTATCTATTTCAATTAATTATAA
** *
270636 TA-TTTA----TTATAAATCAATTGTTTCGGTTCATGCAAGTTTATTAGTAATAAAATAATATTA
131 TATTTTATTTTTTATAAAT-AATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTAGAAATAAAATAATATTA
* * * * * * * *
270696 ATTTATTAATATTCTAAAAATTTATAATTCAAAGA-TTTAAAAGAAAAATTTGTTTACCAAATAA
195 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAA-ATAAATTTGTTTACCGAACAA
* * * * * * * * * *
270760 GCTCTAATAGTGATGAA-ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAATTAGAACCTTTTGTTTTCTC
259 GTTCAAATAGT-TTTAACTTTTTAACAATTATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTATTTTGT-
* * ** *
270824 AA-AAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTTAT
322 AATAAAATAATTGTTTTTATTCAT-AAAATTTA-TTAA
* *
270861 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATC
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATC
* * * * *
270926 TATTTACCGAGA-AAGTTTAAATATTTTTGACTATTTTAACAATTATCTATTTCAATTAATTATA
66 TATTTACCGA-ATAAATTTAAATAATTATGACTATTTAAAAAATTATCTATTTCAATTAATTATA
** * *
270990 ATATTTTATTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAACTTATTTGGAATAAAATAATAT
130 ATATTTTATTTT-TTAT-AAATAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTAGAAATAAAATAATAT
* *
271055 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTCTTTACCGAACA
193 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
* *
271120 AGTTCAAATAGTTTTAACTTTTTATAGAATTATCTATTTCAAATAATTATAACTTTTTATTTTGT
258 AGTTCAAATAGTTTTAACTTTTTA-ACAATTATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTATTTTGT
* * * *
271185 AATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAATATTATTAGA
322 AATAAAATAATTGTTTTTATTCATAAAAT-TTATTA-A
* * * **
271223 AATAAAAAAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATATGTAAATTATTTAAAAGATAAATC
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATC
* * * * * * **
271288 TATTTTCTGAATATATTCAAATAATTATGACTAATTAAAAAATTATATATTTCAAAAAATTATGA
66 TATTTACCGAATAAATTTAAATAATTATGACTATTTAAAAAATTATCTATTTCAATTAATTAT-A
* * * * * * *
271353 A-CTTTTATTTTCTCATGGAATAAATGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCA-AAATAAAACAATA
130 ATATTTTATTTT-TTAT-AAATAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATT-AGAAATAAAATAATA
* * * * * ** *
271416 TTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTGAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGCAC
192 TTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC
* * * * * *
271481 ATA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATAATTATGACATTTTATTTT
257 A-AGTTCAAATAGTTTTAACT-TTTTAACAATTATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTATTTT
* *
271545 GTCATAAAATAAATGTTTTTATTCATAAAAGTTTATTCAA
320 GTAATAAAATAATTGTTTTTATTCATAAAA-TTTATT-AA
* * **
271585 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAGTTAATAAGTAACTGATTTAAAAGATAAATC
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATC
* * * *
271650 TATTTACTGAATAAATTTAAATAATTATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCAA
66 TATTTACCGAATAAATTTAAATAATTATGACTATTTAAAAAATTATCTATTTCAA
271705 AATCCCAAAA
Statistics
Matches: 699, Mismatches: 119, Indels: 40
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
350 107 0.15
351 2 0.00
353 2 0.00
355 2 0.00
356 4 0.01
360 3 0.00
361 109 0.16
362 461 0.66
363 9 0.01
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.06, T:0.43
Consensus pattern (357 bp):
AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATC
TATTTACCGAATAAATTTAAATAATTATGACTATTTAAAAAATTATCTATTTCAATTAATTATAA
TATTTTATTTTTTATAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTAGAAATAAAATAATATTAA
TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGT
TCAAATAGTTTTAACTTTTTAACAATTATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTATTTTGTAATA
AAATAATTGTTTTTATTCATAAAATTTATTAA
Found at i:271333 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 271302--271352 Score: 61
Period size: 17 Copynumber: 2.9 Consensus size: 18
271292 TTCTGAATAT
*
271302 ATTCAAATAATTATGACTA
1 ATTCAAAAAATTATGA-TA
271321 ATT-AAAAAATTAT-ATA
1 ATTCAAAAAATTATGATA
*
271337 TTTCAAAAAATTATGA
1 ATTCAAAAAATTATGA
271353 ACTTTTATTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 5
0.80 0.06 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.14
17 11 0.39
18 10 0.36
19 3 0.11
ACGTcount: A:0.53, C:0.06, G:0.04, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
ATTCAAAAAATTATGATA
Found at i:271570 original size:543 final size:531
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Indices: 270485--271705 Score: 1308
Period size: 543 Copynumber: 2.3 Consensus size: 531
270475 TGTTCATGTA
* *
270485 TTTTCTATTCATGCAAACTTTTTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
1 TTTT-TATTCATGCAAACTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
* * * * *
270550 TAAGCAAAAGATTTAAAAGATAAATTTGTTTACCAAACAAATTTAAATAGTTATGACCATTTAAA
65 TAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATAACCATTTAAA
* * * *
270615 AAATTATCTATTTCAATTAATTATTTATTATAAATCAATTGTTTCGGTTCATGCAAGTTTATTAG
130 AAATTATCTATTTCAAATAATTATTTATTATAAAACAATTATTTCGGTTCATACAAGTTTATTAG
* * *
270680 TAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTTATAATTCAAAGATTTAAAAGAAAAAT
195 AAATAAAAAAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTCAAAGATTTAAAAGAAAAAT
* * * * * * *
270745 TTGTTTACCAAATAAGCTCTAATAGTGATGAAATTTAAACAATTATCTATTTCAAATAATTAGAA
260 CTATTTACCAAATAAGCTCAAATAATGATGAAATTTAAAAAATTATATATTTCAAAAAATTAGAA
* * * * * * *
270810 CCTTTTGTTTTCTCAAAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTTATATTAAAATAATATT
325 CCTTTTATTTTCTCAAAAAATAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATATT
* * *
270875 AATTTATTAATATTTTAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACCGAGAAA
390 AATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGACAAA
* * * * * * * *
270940 GTTTAAATATTTTTGACTATTTTAACAATTATCTATTTCAATTAATTATAATATTTTATTTTGTT
455 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTATTTTGTC
*
271005 ATAAAATAATTG
520 ATAAAATAAATG
* *
271017 TTTCTATTCATGCAAACTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
1 TTTTTATTCATGCAAACTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
* * * * * ** *
271082 AAGTAAAAAATTTTAAAA-ATAAATCTCTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTTTAACTTTTTATA
66 AAGTAAAAGA-TTTAAAAGATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATAACCATTTAAA
* ** *
271146 GAATTATCTATTTCAAATAATTATAACTTTTTATTTTGTAATAAAACAATTATTTTTGTTCATAT
130 AAATTATCTATTTCAAATAA-T-T-A---TTTA---T-T-ATAAAACAATTATTTCGGTTCATAC
*
271211 AA-TATTATTAGAAATAAAAAAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-ATGT-AAATTA
184 AAGT-TTATTAGAAATAAAAAAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAT-TCAAA-GA
* * ** * *
271273 TTTAAAAGATAAATCTATTTTCTGAATATA-TTCAAATAATTATGACTAA-TTAAAAAATTATAT
246 TTTAAAAGAAAAATCTATTTACCAAATA-AGCTCAAATAATGATGA--AATTTAAAAAATTATAT
*** * *
271336 ATTTCAAAAAATTATGAA-CTTTTATTTTCTCATGGAATAAATGTTTTTATTCATACAAGTTTAT
308 ATTTCAAAAAATTA-GAACCTTTTATTTTCTCAAAAAATAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * *
271400 TCAAAATAAAACAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTGAAATATTTAAAAAATA
372 TCAAAATAAAACAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * ** * * * *
271465 AATTTGTTTATTGCACATA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATAAT
437 AATCTATTTACCG-ACAAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAAT
*
271529 TATGACATTTTATTTTGTCATAAAATAAATG
501 TATAACATTTTATTTTGTCATAAAATAAATG
* * * * * *
271560 TTTTTATTCAT-AAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAGTTAA
1 TTTTTATTCATGCAAA-CTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
** ** * * * * **
271624 TAAGTAACTGATTTAAAAGATAAATCTATTTACTGAATAAATTTAAATAATTATGATTATTTAAA
65 TAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATAACCATTTAAA
* *
271689 TAATTATTTATTTCAAA
130 AAATTATCTATTTCAAA
271706 ATCCCAAAAT
Statistics
Matches: 565, Mismatches: 102, Indels: 33
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
531 120 0.21
532 11 0.02
533 1 0.00
534 1 0.00
537 4 0.01
540 1 0.00
541 7 0.01
542 111 0.20
543 301 0.53
544 8 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.06, T:0.43
Consensus pattern (531 bp):
TTTTTATTCATGCAAACTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
AAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATAACCATTTAAAA
AATTATCTATTTCAAATAATTATTTATTATAAAACAATTATTTCGGTTCATACAAGTTTATTAGA
AATAAAAAAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTCAAAGATTTAAAAGAAAAATC
TATTTACCAAATAAGCTCAAATAATGATGAAATTTAAAAAATTATATATTTCAAAAAATTAGAAC
CTTTTATTTTCTCAAAAAATAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATATTA
ATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGACAAAG
TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTATTTTGTCA
TAAAATAAATG
Found at i:271707 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 271664--271701 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
271654 TACTGAATAA
271664 ATTTAAATAATTATGATT
1 ATTTAAATAATTAT-ATT
271682 ATTTAAATAATTAT-TT
1 ATTTAAATAATTATATT
271698 ATTT
1 ATTT
271702 CAAAATCCCA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 2
0.91 0.00 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.30
18 14 0.70
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.03, T:0.55
Consensus pattern (17 bp):
ATTTAAATAATTATATT
Found at i:274471 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 274434--274490 Score: 71
Period size: 26 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
274424 AATTAATCCA
* *
274434 TTATTATTATATTTAA-ATTTATTAGT
1 TTATTATAATATATAATATTT-TTA-T
274460 TTATTATAATATATAATATTTTTAT
1 TTATTATAATATATAATATTTTTAT
274485 TTATTA
1 TTATTA
274491 ATTAGGACAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 3
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
25 7 0.25
26 17 0.61
27 4 0.14
ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.02, T:0.61
Consensus pattern (25 bp):
TTATTATAATATATAATATTTTTAT
Found at i:274869 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 274862--274890 Score: 58
Period size: 2 Copynumber: 14.5 Consensus size: 2
274852 TCAAATGCAC
274862 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
274891 GTTGGATCCA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 27 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:280720 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 280655--281168 Score: 570
Period size: 59 Copynumber: 8.7 Consensus size: 58
280645 GTTTTTATGC
* * * **
280655 AGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTTTCAAAAAATATTCTTTTGAAACTTTAATTTCG
1 AGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTTTCAAAAAATATTTTTTTGAAAATTTATTTTTA
* * *
280713 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTTTTCAAAAATTTATTTTTTTGAAAAATTATTTTTA
1 AGAAAAATTGATACTTTCAAC-TTTTTTCAAAAA-ATATTTTTTTGAAAATTTATTTTTA
* ** * * *
280773 AGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTTGGAAACTTTTATTTTCA
1 AGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTTTCAAAAAATATTTTTTT-GAAA-ATTTATTTTTA
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Statistics
Matches: 59, Mismatches: 9, Indels: 1
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
52 40 0.68
53 19 0.32
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (53 bp):
CTCTTAGAATTCTTCTCCTGCAAGTCAAACTTACCTATTAAGAATCATCTTTT
Found at i:359764 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 359748--359800 Score: 97
Period size: 11 Copynumber: 4.8 Consensus size: 11
359738 GCAATATCTG
359748 ACAAATCTCAA
1 ACAAATCTCAA
*
359759 ACAAATCTCTA
1 ACAAATCTCAA
359770 ACAAATCTCAA
1 ACAAATCTCAA
359781 ACAAATCTCAA
1 ACAAATCTCAA
359792 ACAAATCTC
1 ACAAATCTC
359801 TTATGAGATT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 40 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.28, G:0.00, T:0.21
Consensus pattern (11 bp):
ACAAATCTCAA
Found at i:360078 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 360050--360127 Score: 86
Period size: 24 Copynumber: 3.2 Consensus size: 24
360040 CACTTCCCAT
*
360050 ATCTTAAACCTTT-AGCTCTTCTCAC
1 ATCTCAAA-CTTTCAGCTCTTC-CAC
*
360075 ATCTCGAACTTTCAGCTCTTCCAC
1 ATCTCAAACTTTCAGCTCTTCCAC
* *
360099 ATCTCGAACTTTCAGCTCTTTCCAT
1 ATCTCAAACTTTCAGCTC-TTCCAC
360124 ATCT
1 ATCT
360128 TGAATCTTCA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 3, Indels: 4
0.87 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
24 25 0.52
25 23 0.48
ACGTcount: A:0.22, C:0.33, G:0.06, T:0.38
Consensus pattern (24 bp):
ATCTCAAACTTTCAGCTCTTCCAC
Done.