Tandem Repeats Finder Program written by: Gary Benson Program in Bioinformatics Boston University Version 4.09 Sequence: NW_019168026.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_28, whole genome shotgun sequence Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000 Pmatch=0.80,Pindel=0.10 tuple sizes 0,4,5,7 tuple distances 0, 29, 159, 1000 Length: 15507587 ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35 Warning! 97000 characters in sequence are not A, C, G, or T File 41 of 91 Found at i:7066928 original size:22 final size:23 Alignment explanation
Indices: 7066886--7066945 Score: 61 Period size: 24 Copynumber: 2.6 Consensus size: 23 7066876 AAGCATATAC * 7066886 CTTTTTTTTTATTCTAGCTTTC-T 1 CTTTTTTTTT-TTCGAGCTTTCTT 7066909 CTTTTTTTTTTT-GAGCCTTTCTTT 1 CTTTTTTTTTTTCGAG-CTTTC-TT * 7066933 CCTTTTTTTTTTC 1 CTTTTTTTTTTTC 7066946 ACCACCCCCC Statistics Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 6 0.79 0.05 0.15 Matches are distributed among these distances: 21 2 0.06 22 7 0.23 23 10 0.32 24 12 0.39 ACGTcount: A:0.05, C:0.18, G:0.05, T:0.72 Consensus pattern (23 bp): CTTTTTTTTTTTCGAGCTTTCTT Found at i:7067567 original size:144 final size:143 Alignment explanation
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Indices: 7078744--7078836 Score: 82 Period size: 27 Copynumber: 3.5 Consensus size: 25 7078734 TGGATGAAGG 7078744 AAAAAA-GACAAAAGTGGAAAAGTGGAA 1 AAAAAATGA-AAAAGT-GAAAAGT-GAA 7078771 AAAAAATGAAATAAGTGAAAAAGTGAA 1 AAAAAATGAAA-AAGTG-AAAAGTGAA * * * 7078798 AAAATATGAAAAAATGAAAAAAATG-A 1 AAAAAATGAAAAAGTG--AAAAGTGAA 7078824 AAAAAATGAAAAA 1 AAAAAATGAAAAA 7078837 AATGAAAAAA Statistics Matches: 58, Mismatches: 4, Indels: 9 0.82 0.06 0.13 Matches are distributed among these distances: 26 17 0.29 27 29 0.50 28 12 0.21 ACGTcount: A:0.70, C:0.01, G:0.17, T:0.12 Consensus pattern (25 bp): AAAAAATGAAAAAGTGAAAAGTGAA Found at i:7078869 original size:9 final size:9 Alignment explanation
Indices: 7078770--7078856 Score: 124 Period size: 9 Copynumber: 9.8 Consensus size: 9 7078760 GAAAAGTGGA 7078770 AAAAAAATG 1 AAAAAAATG * * 7078779 AAATAAGTG 1 AAAAAAATG * 7078788 -AAAAAGTG 1 AAAAAAATG 7078796 AAAAAATATG 1 AAAAAA-ATG 7078806 -AAAAAATG 1 AAAAAAATG 7078814 AAAAAAATG 1 AAAAAAATG 7078823 AAAAAAATG 1 AAAAAAATG 7078832 AAAAAAATG 1 AAAAAAATG 7078841 AAAAAAATG 1 AAAAAAATG 7078850 AAAAAAA 1 AAAAAAA 7078857 AATGAGAAAA Statistics Matches: 71, Mismatches: 4, Indels: 6 0.88 0.05 0.07 Matches are distributed among these distances: 8 10 0.14 9 59 0.83 10 2 0.03 ACGTcount: A:0.75, C:0.00, G:0.13, T:0.13 Consensus pattern (9 bp): AAAAAAATG Found at i:7078874 original size:9 final size:9 Alignment explanation
Indices: 7078787--7078884 Score: 74 Period size: 9 Copynumber: 10.6 Consensus size: 9 7078777 TGAAATAAGT 7078787 GAAAAAGTGA 1 GAAAAA-TGA * 7078797 AAAAATATGA 1 GAAAA-ATGA 7078807 -AAAAATGA 1 GAAAAATGA * 7078815 AAAAAATGA 1 GAAAAATGA * 7078824 AAAAAATGA 1 GAAAAATGA * 7078833 AAAAAATGA 1 GAAAAATGA * 7078842 AAAAAATGAAA 1 GAAAAATG--A * 7078853 AAAAAATGA 1 GAAAAATGA * 7078862 GAAAAATGT 1 GAAAAATGA 7078871 GAAATAA-GA 1 GAAA-AATGA 7078880 GAAAA 1 GAAAA 7078885 TGAAGACTCA Statistics Matches: 79, Mismatches: 4, Indels: 12 0.83 0.04 0.13 Matches are distributed among these distances: 8 5 0.06 9 55 0.70 10 9 0.11 11 10 0.13 ACGTcount: A:0.72, C:0.00, G:0.15, T:0.12 Consensus pattern (9 bp): GAAAAATGA Found at i:7080030 original size:14 final size:14 Alignment explanation
Indices: 7080011--7080038 Score: 56 Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 14 7080001 AGTTAAAAAT 7080011 AATGAGAATCTTTG 1 AATGAGAATCTTTG 7080025 AATGAGAATCTTTG 1 AATGAGAATCTTTG 7080039 TCTTTAAGTT Statistics Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 14 14 1.00 ACGTcount: A:0.36, C:0.07, G:0.21, T:0.36 Consensus pattern (14 bp): AATGAGAATCTTTG Found at i:7080085 original size:24 final size:24 Alignment explanation
Indices: 7080044--7080112 Score: 86 Period size: 24 Copynumber: 2.9 Consensus size: 24 7080034 CTTTGTCTTT * 7080044 AAGTTTTAAATGTA-AATCTTTAAG 1 AAGTTTTAAAT-AAGAATCTTTAAG * * 7080068 GAGTTTTGAATAAGAATCTTTAAG 1 AAGTTTTAAATAAGAATCTTTAAG * 7080092 AAGTTTTAAATGAGAATCTTT 1 AAGTTTTAAATAAGAATCTTT 7080113 CAGTTTAAAT Statistics Matches: 38, Mismatches: 6, Indels: 2 0.83 0.13 0.04 Matches are distributed among these distances: 23 1 0.03 24 37 0.97 ACGTcount: A:0.39, C:0.04, G:0.16, T:0.41 Consensus pattern (24 bp): AAGTTTTAAATAAGAATCTTTAAG Found at i:7080139 original size:20 final size:20 Alignment explanation
Indices: 7080096--7080139 Score: 61 Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 7080086 TTTAAGAAGT * 7080096 TTTAAATGAGAATCTTTCAG 1 TTTAAATGAGAATCTTTCAA * * 7080116 TTTAAATGGGAATCTTTGAA 1 TTTAAATGAGAATCTTTCAA 7080136 TTTA 1 TTTA 7080140 GATGTTAAAC Statistics Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 0 0.88 0.12 0.00 Matches are distributed among these distances: 20 21 1.00 ACGTcount: A:0.34, C:0.07, G:0.16, T:0.43 Consensus pattern (20 bp): TTTAAATGAGAATCTTTCAA Found at i:7080176 original size:24 final size:22 Alignment explanation
Indices: 7080149--7080218 Score: 68 Period size: 24 Copynumber: 2.9 Consensus size: 22 7080139 AGATGTTAAA 7080149 CTTTAAAATTTATCAAATGTGACT 1 CTTTAAAATTT-T-AAATGTGACT * * 7080173 CTTTAAGGAGTTTTGAATGTGACT 1 CTTTAA--AATTTTAAATGTGACT 7080197 CTTTAAAGAGTTTTAAATGTGA 1 CTTTAAA-A-TTTTAAATGTGA 7080219 GCCTTTGAAT Statistics Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 8 0.76 0.08 0.16 Matches are distributed among these distances: 22 1 0.03 24 32 0.84 25 1 0.03 26 4 0.11 ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.17, T:0.41 Consensus pattern (22 bp): CTTTAAAATTTTAAATGTGACT Found at i:7080185 original size:88 final size:88 Alignment explanation
Indices: 7080081--7080358 Score: 367 Period size: 88 Copynumber: 3.1 Consensus size: 88 7080071 TTTTGAATAA * * * * * 7080081 GAATCTTTAAGAAGTTTTAAATGAGAATCTTTCAGTTTAAATGGGAATCTTTGAATTTAGATGTT 1 GAATCTTTAAGGAGTTTTAAATGAGAATCTTTAAGTTTAAATGAGAACCTTTGAATTTAGATGTG * 7080146 AAACTTTAAAATTTATCAAATGT 66 AAACTATAAAATTTATCAAATGT * * * * * * 7080169 GACTCTTTAAGGAGTTTTGAATGTGACTCTTTAAAGAGTTTTAAATGTGAGCCTTTGAATTTAGA 1 GAATCTTTAAGGAGTTTTAAATGAGAATCTTT--A-AG-TTTAAATGAGAACCTTTGAATTTAGA * * 7080234 TATGAAACTATAAAATTTATCGAATGT 62 TGTGAAACTATAAAATTTATCAAATGT * 7080261 GAATCTTTAAGGAGTTTTAAATGAAAATCTTTAAGTTTAAATGAGAACCTTTGAATTTAGATGTG 1 GAATCTTTAAGGAGTTTTAAATGAGAATCTTTAAGTTTAAATGAGAACCTTTGAATTTAGATGTG * 7080326 AAACTCTAAAATTTATCAAATGT 66 AAACTATAAAATTTATCAAATGT * 7080349 AAATCTTTAA 1 GAATCTTTAA 7080359 ACTTGAATGA Statistics Matches: 162, Mismatches: 24, Indels: 8 0.84 0.12 0.04 Matches are distributed among these distances: 88 84 0.52 89 2 0.01 90 1 0.01 91 2 0.01 92 73 0.45 ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.15, T:0.39 Consensus pattern (88 bp): GAATCTTTAAGGAGTTTTAAATGAGAATCTTTAAGTTTAAATGAGAACCTTTGAATTTAGATGTG AAACTATAAAATTTATCAAATGT Found at i:7080224 original size:24 final size:24 Alignment explanation
Indices: 7080163--7080218 Score: 94 Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 24 7080153 AAAATTTATC * 7080163 AAATGTGACTCTTTAAGGAGTTTT 1 AAATGTGACTCTTTAAAGAGTTTT * 7080187 GAATGTGACTCTTTAAAGAGTTTT 1 AAATGTGACTCTTTAAAGAGTTTT 7080211 AAATGTGA 1 AAATGTGA 7080219 GCCTTTGAAT Statistics Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 0 0.91 0.09 0.00 Matches are distributed among these distances: 24 29 1.00 ACGTcount: A:0.32, C:0.07, G:0.21, T:0.39 Consensus pattern (24 bp): AAATGTGACTCTTTAAAGAGTTTT Found at i:7080933 original size:43 final size:43 Alignment explanation
Indices: 7080848--7081090 Score: 254 Period size: 43 Copynumber: 5.6 Consensus size: 43 7080838 CATGATTGTT * * 7080848 GAGGAGCCTTATTTATTTTTTCAAAATTGTTGAACCTCTACTTA 1 GAGGAGCCTTATTTA-TTTTTCAAAGTTGTTGAGCCTCTACTTA * 7080892 GAGGAG-CTATATTTATTTTTCAAAGTTGTTGAGCCTTTACTTA 1 GAGGAGCCT-TATTTATTTTTCAAAGTTGTTGAGCCTCTACTTA * * * 7080935 GAAGAGCCTTATTTATTTTTCAATGTTGTTGAGCCTCTGCTTA 1 GAGGAGCCTTATTTATTTTTCAAAGTTGTTGAGCCTCTACTTA * ** * * * * 7080978 AAGGAGTATTATTTATTTTTCAAAGTCGTTAAGCCTTTGCTTA 1 GAGGAGCCTTATTTATTTTTCAAAGTTGTTGAGCCTCTACTTA * * * * * * * 7081021 GATGAGCCTTGTTAATTTTTTCAAAGTTATTCAGCCTCCATTTA 1 GAGGAGCCTTATTTA-TTTTTCAAAGTTGTTGAGCCTCTACTTA * * 7081065 AAGTAGCCTTATTTATTTTTCAAAGT 1 GAGGAGCCTTATTTATTTTTCAAAGT 7081091 CATTGAATCT Statistics Matches: 163, Mismatches: 33, Indels: 7 0.80 0.16 0.03 Matches are distributed among these distances: 43 118 0.72 44 45 0.28 ACGTcount: A:0.26, C:0.14, G:0.16, T:0.44 Consensus pattern (43 bp): GAGGAGCCTTATTTATTTTTCAAAGTTGTTGAGCCTCTACTTA Found at i:7080997 original size:86 final size:87 Alignment explanation
Indices: 7080851--7081091 Score: 297 Period size: 86 Copynumber: 2.8 Consensus size: 87 7080841 GATTGTTGAG * * * 7080851 GAGCCTTATTTATTTTTTCAAAATTGTTGAACCTCTACTTAGAGGAGCTA-TATTTATTTTTCAA 1 GAGCCTTATTTATTTTTTCAAAGTTGTTGAGCCTCTACTTAAAGGAG-TATTATTTATTTTTCAA * * 7080915 AGTTGTTGAGCCTTTACTTAGAA 65 AGTCGTTAAGCCTTTACTTAGAA * * 7080938 GAGCCTTATTTA-TTTTTCAATGTTGTTGAGCCTCTGCTTAAAGGAGTATTATTTATTTTTCAAA 1 GAGCCTTATTTATTTTTTCAAAGTTGTTGAGCCTCTACTTAAAGGAGTATTATTTATTTTTCAAA * * 7081002 GTCGTTAAGCCTTTGCTTAGAT 66 GTCGTTAAGCCTTTACTTAGAA * * * * * * * ** 7081024 GAGCCTTGTTAATTTTTTCAAAGTTATTCAGCCTCCATTTAAAGTAGCCTTATTTATTTTTCAAA 1 GAGCCTTATTTATTTTTTCAAAGTTGTTGAGCCTCTACTTAAAGGAGTATTATTTATTTTTCAAA 7081089 GTC 66 GTC 7081092 ATTGAATCTC Statistics Matches: 132, Mismatches: 20, Indels: 4 0.85 0.13 0.03 Matches are distributed among these distances: 85 2 0.02 86 72 0.55 87 58 0.44 ACGTcount: A:0.26, C:0.15, G:0.15, T:0.44 Consensus pattern (87 bp): GAGCCTTATTTATTTTTTCAAAGTTGTTGAGCCTCTACTTAAAGGAGTATTATTTATTTTTCAAA GTCGTTAAGCCTTTACTTAGAA Found at i:7081413 original size:19 final size:19 Alignment explanation
Indices: 7081369--7081413 Score: 54 Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19 7081359 AACTGTTTGA * * 7081369 TTGGATTGTAAAATTTGGG 1 TTGGATTGTAAAATTAGAG * * 7081388 TTAGATTGTAAAGTTAGAG 1 TTGGATTGTAAAATTAGAG 7081407 TTGGATT 1 TTGGATT 7081414 AAAAGTTTAA Statistics Matches: 21, Mismatches: 5, Indels: 0 0.81 0.19 0.00 Matches are distributed among these distances: 19 21 1.00 ACGTcount: A:0.29, C:0.00, G:0.29, T:0.42 Consensus pattern (19 bp): TTGGATTGTAAAATTAGAG Found at i:7082899 original size:51 final size:51 Alignment explanation
Indices: 7082821--7082920 Score: 123 Period size: 51 Copynumber: 2.0 Consensus size: 51 7082811 TTTTTTTTTT * 7082821 TTCTAAATAGACCCAAATGGTAGAAAATTTATG-AACAAAACTAGTAAAAAA 1 TTCTAAATAGACCCAAATGCTAGAAAATTTA-GAAACAAAACTAGTAAAAAA * * * * 7082872 TTCTAATTTGACCCAAATGCT-GAAAAATTTAGAAATAAAACTTGTAAAA 1 TTCTAAATAGACCCAAATGCTAG-AAAATTTAGAAACAAAACTAGTAAAA 7082921 TAAAAAATAA Statistics Matches: 42, Mismatches: 5, Indels: 4 0.82 0.10 0.08 Matches are distributed among these distances: 50 2 0.05 51 40 0.95 ACGTcount: A:0.50, C:0.12, G:0.11, T:0.27 Consensus pattern (51 bp): TTCTAAATAGACCCAAATGCTAGAAAATTTAGAAACAAAACTAGTAAAAAA Found at i:7083939 original size:14 final size:13 Alignment explanation
Indices: 7083920--7084036 Score: 94 Period size: 14 Copynumber: 8.8 Consensus size: 13 7083910 GGATTTCATG 7083920 TAGGGTTTTAAGTT 1 TAGGGTTTTAA-TT * 7083934 TAGGG-TTTCATT 1 TAGGGTTTTAATT * * 7083946 TA-GCTTTTCACTT 1 TAGGGTTTT-AATT * 7083959 TAAGGTTTTAATTT 1 TAGGGTTTTAA-TT * 7083973 TAAGGTTTTAATT 1 TAGGGTTTTAATT * * 7083986 TAGGGTTTCAGTTT 1 TAGGGTTTTA-ATT * 7084000 TAGGATTTTAATT 1 TAGGGTTTTAATT * 7084013 TAGGGTTTCAATT 1 TAGGGTTTTAATT 7084026 TCAGGGTTTTA 1 T-AGGGTTTTA 7084037 CAAATATTTA Statistics Matches: 82, Mismatches: 15, Indels: 12 0.75 0.14 0.11 Matches are distributed among these distances: 11 1 0.01 12 7 0.09 13 33 0.40 14 41 0.50 ACGTcount: A:0.22, C:0.06, G:0.21, T:0.51 Consensus pattern (13 bp): TAGGGTTTTAATT Found at i:7083987 original size:27 final size:27 Alignment explanation
Indices: 7083923--7084036 Score: 110 Period size: 27 Copynumber: 4.3 Consensus size: 27 7083913 TTTCATGTAG 7083923 GGTTTTAAGTTTAGGGTTTC-A-TTT-A 1 GGTTTTAA-TTTAGGGTTTCAATTTTAA * * * * 7083948 GCTTTTCACTTTAAGGTTTTAATTTTAA 1 GGTTTT-AATTTAGGGTTTCAATTTTAA * 7083976 GGTTTTAATTTAGGGTTTCAGTTTT-A 1 GGTTTTAATTTAGGGTTTCAATTTTAA * * 7084002 GGATTTTAATTTAGGGTTTCAATTTCAG 1 GG-TTTTAATTTAGGGTTTCAATTTTAA 7084030 GGTTTTA 1 GGTTTTA 7084037 CAAATATTTA Statistics Matches: 71, Mismatches: 12, Indels: 10 0.76 0.13 0.11 Matches are distributed among these distances: 25 14 0.20 26 5 0.07 27 44 0.62 28 8 0.11 ACGTcount: A:0.22, C:0.06, G:0.20, T:0.52 Consensus pattern (27 bp): GGTTTTAATTTAGGGTTTCAATTTTAA Found at i:7084020 original size:40 final size:40 Alignment explanation
Indices: 7083923--7084034 Score: 120 Period size: 40 Copynumber: 2.8 Consensus size: 40 7083913 TTTCATGTAG * ** * 7083923 GGTTTTAAGTTTAGGG-TTTCATTTAGCTTTTCACTTTAA 1 GGTTTTAAGTTTAGGGTTTTAATTTAGGGTTTCACTTTTA * * * 7083962 GGTTTTAATTTTAAGGTTTTAATTTAGGGTTTCAGTTTTA 1 GGTTTTAAGTTTAGGGTTTTAATTTAGGGTTTCACTTTTA * 7084002 GGATTTTAA-TTTAGGGTTTCAATTTCAGGGTTT 1 GG-TTTTAAGTTTAGGGTTTTAATTT-AGGGTTT 7084035 TACAAATATT Statistics Matches: 61, Mismatches: 9, Indels: 4 0.82 0.12 0.05 Matches are distributed among these distances: 39 14 0.23 40 34 0.56 41 13 0.21 ACGTcount: A:0.21, C:0.06, G:0.21, T:0.52 Consensus pattern (40 bp): GGTTTTAAGTTTAGGGTTTTAATTTAGGGTTTCACTTTTA Found at i:7084254 original size:11 final size:11 Alignment explanation
Indices: 7084238--7084267 Score: 51 Period size: 11 Copynumber: 2.7 Consensus size: 11 7084228 TATTATAATC 7084238 TATTATTTTTT 1 TATTATTTTTT 7084249 TATTATTTTTT 1 TATTATTTTTT * 7084260 TACTATTT 1 TATTATTT 7084268 AATAATTCCC Statistics Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0 0.95 0.05 0.00 Matches are distributed among these distances: 11 18 1.00 ACGTcount: A:0.20, C:0.03, G:0.00, T:0.77 Consensus pattern (11 bp): TATTATTTTTT Found at i:7086045 original size:16 final size:16 Alignment explanation
Indices: 7086026--7086073 Score: 62 Period size: 16 Copynumber: 3.0 Consensus size: 16 7086016 TTTATATGTA 7086026 TTTATATTTTTAATTT 1 TTTATATTTTTAATTT * 7086042 TTTAT-CTTTTATATTT 1 TTTATATTTTTA-ATTT * 7086058 TTTATATTTTTTATTT 1 TTTATATTTTTAATTT 7086074 ACCATGGCTA Statistics Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 4 0.79 0.09 0.12 Matches are distributed among these distances: 15 5 0.19 16 18 0.67 17 4 0.15 ACGTcount: A:0.21, C:0.02, G:0.00, T:0.77 Consensus pattern (16 bp): TTTATATTTTTAATTT Found at i:7086051 original size:9 final size:9 Alignment explanation
Indices: 7086016--7086071 Score: 57 Period size: 9 Copynumber: 6.6 Consensus size: 9 7086006 TATTGATGTA * 7086016 TTTATATGTA 1 TTTATAT-TT 7086026 TTTATA-TT 1 TTTATATTT 7086034 TTTA-A-TT 1 TTTATATTT * 7086041 TTT-TATCT 1 TTTATATTT 7086049 TTTATATTT 1 TTTATATTT 7086058 TTTATATTT 1 TTTATATTT 7086067 TTTAT 1 TTTAT 7086072 TTACCATGGC Statistics Matches: 40, Mismatches: 3, Indels: 7 0.80 0.06 0.14 Matches are distributed among these distances: 7 7 0.17 8 9 0.22 9 18 0.45 10 6 0.15 ACGTcount: A:0.23, C:0.02, G:0.02, T:0.73 Consensus pattern (9 bp): TTTATATTT Found at i:7086609 original size:22 final size:22 Alignment explanation
Indices: 7086562--7086634 Score: 58 Period size: 22 Copynumber: 3.3 Consensus size: 22 7086552 ATAAAATGAC * * * 7086562 AGCTAATCTGTGCTTGT-ATGCC 1 AGCTAATTTGAGCTT-TCATGCT 7086584 AGCTAATTTGAGCTTTCATGCT 1 AGCTAATTTGAGCTTTCATGCT * * * * 7086606 AGCTATTTTTAAGCTTACGTGCT 1 AGCTA-ATTTGAGCTTTCATGCT 7086629 AGCTAA 1 AGCTAA 7086635 ATTATGCTTA Statistics Matches: 41, Mismatches: 8, Indels: 4 0.77 0.15 0.08 Matches are distributed among these distances: 21 1 0.02 22 22 0.54 23 18 0.44 ACGTcount: A:0.23, C:0.19, G:0.19, T:0.38 Consensus pattern (22 bp): AGCTAATTTGAGCTTTCATGCT Found at i:7086716 original size:32 final size:32 Alignment explanation
Indices: 7086668--7086744 Score: 95 Period size: 32 Copynumber: 2.4 Consensus size: 32 7086658 GATAGTTATG * 7086668 CTGGACTTAAATTTTCATT-GGATGTCA-GTCAAA 1 CTGGGCTTAAA-TTTCATTAGG-TGTCAGGT-AAA * 7086701 CTGGGCTTAAATTTCATTAGGTGTCAGGTAAG 1 CTGGGCTTAAATTTCATTAGGTGTCAGGTAAA 7086733 CTGGGCTTAAAT 1 CTGGGCTTAAAT 7086745 GTTTATTGAA Statistics Matches: 40, Mismatches: 2, Indels: 5 0.85 0.04 0.11 Matches are distributed among these distances: 32 26 0.65 33 14 0.35 ACGTcount: A:0.27, C:0.14, G:0.23, T:0.35 Consensus pattern (32 bp): CTGGGCTTAAATTTCATTAGGTGTCAGGTAAA Found at i:7087290 original size:33 final size:33 Alignment explanation
Indices: 7086771--7087302 Score: 218 Period size: 33 Copynumber: 16.5 Consensus size: 33 7086761 CTGTCCTAGT * * * 7086771 TTAAATTTTCATTGGATGCCAACTAAAATGGGC 1 TTAAATTTTCATTGGGTGCCAACTAAACTAGGC * * * * 7086804 TTAAA---GCATTAGAG-GCCAAATAATA-TGGGC 1 TTAAATTTTCATT-GGGTGCCAACTAA-ACTAGGC * * * * * 7086834 TTAAATTTT-ATTGTGTACCAATTAAGCTGGGC 1 TTAAATTTTCATTGGGTGCCAACTAAACTAGGC * * * * * 7086866 TTAAATCTTCATTGAGTGCCAGCTACACTGGGC 1 TTAAATTTTCATTGGGTGCCAACTAAACTAGGC * * * * * * 7086899 TTAAATATTCATTAGGTGCTAGCTAGA-TTGAGC 1 TTAAATTTTCATTGGGTGCCAACTAAACTAG-GC * ** * * 7086932 TTAAATTTTCATTAGAAGCCAGCT-AA--AGGT 1 TTAAATTTTCATTGGGTGCCAACTAAACTAGGC ** * ** ** * 7086962 TTAAAACTTCATT-AGTGCCAGTTAATTTGGGC 1 TTAAATTTTCATTGGGTGCCAACTAAACTAGGC ** * * 7086994 TTAAAACTTCATTGGGTGCCAGCTAATCT-GAGC 1 TTAAATTTTCATTGGGTGCCAACTAAACTAG-GC * * * * 7087027 TTAAATTTTCACTGTGCGCCAACTAAGA-TGGGC 1 TTAAATTTTCATTGGGTGCCAACTAA-ACTAGGC * * * * 7087060 TTAAA-TTTCATTAGATGCTAGCTAAACTAGGC 1 TTAAATTTTCATTGGGTGCCAACTAAACTAGGC * ** 7087092 TTAAA-TTTCATTGGGTGCCAACGAAACTAAAC 1 TTAAATTTTCATTGGGTGCCAACTAAACTAGGC * * ** * * 7087124 TTAAATCTTCATTGAGTTTCAGCTAAATTAGGC 1 TTAAATTTTCATTGGGTGCCAACTAAACTAGGC * * * * * 7087157 TTAAATCTTCATTGAGTTCCAACTAGACAAGGC 1 TTAAATTTTCATTGGGTGCCAACTAAACTAGGC * * 7087190 GTAAATTTTCATTGGGTGCCAACTAAATTAGGC 1 TTAAATTTTCATTGGGTGCCAACTAAACTAGGC * * * * 7087223 TTAAAACTTT-ACT-GGTGCTAGA-TAATCTAGGC 1 TT-AAATTTTCATTGGGTGCCA-ACTAAACTAGGC * * * 7087255 TTAAATTTTCACTGGGTGCCAACCAAACTAAGC 1 TTAAATTTTCATTGGGTGCCAACTAAACTAGGC ** 7087288 TTAAAACTTCATTGG 1 TTAAATTTTCATTGG 7087303 TGTCAAATAA Statistics Matches: 378, Mismatches: 98, Indels: 46 0.72 0.19 0.09 Matches are distributed among these distances: 29 6 0.02 30 35 0.09 31 12 0.03 32 109 0.29 33 209 0.55 34 7 0.02 ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.18, T:0.33 Consensus pattern (33 bp): TTAAATTTTCATTGGGTGCCAACTAAACTAGGC Found at i:7087304 original size:65 final size:65 Alignment explanation
Indices: 7087186--7087326 Score: 176 Period size: 65 Copynumber: 2.2 Consensus size: 65 7087176 CAACTAGACA * * * * * * * 7087186 AGGCGTAAATTTTCATTGGGTGCCAACTAAATTAGGCTTAAAACTTTACTGGTG-CTAGATAATC 1 AGGCTTAAATTTTCACTGGGTGCCAACCAAACTAAGCTTAAAACTTCACTGGTGTC-AAATAATC 7087250 T 65 T * * 7087251 AGGCTTAAATTTTCACTGGGTGCCAACCAAACTAAGCTTAAAACTTCATTGGTGTCAAATAATTT 1 AGGCTTAAATTTTCACTGGGTGCCAACCAAACTAAGCTTAAAACTTCACTGGTGTCAAATAATCT * 7087316 GGGCTTAAATT 1 AGGCTTAAATT 7087327 CTTTCTCGAG Statistics Matches: 65, Mismatches: 10, Indels: 2 0.84 0.13 0.03 Matches are distributed among these distances: 65 64 0.98 66 1 0.02 ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.18, T:0.33 Consensus pattern (65 bp): AGGCTTAAATTTTCACTGGGTGCCAACCAAACTAAGCTTAAAACTTCACTGGTGTCAAATAATCT Found at i:7087323 original size:163 final size:162 Alignment explanation
Indices: 7086962--7087325 Score: 396 Period size: 163 Copynumber: 2.2 Consensus size: 162 7086952 AGCTAAAGGT * * * * * * * 7086962 TTAAAACTTCATTAGTGCCAGTTAATTTGGGCTTAAAACTTCATTGGGTGCCAGCTAATCTGAGC 1 TTAAAACTTCATTGGTGTCAGATAATTTGGGCTTAAATCTTCATTGAGTGCCAACTAATCAGAGC * * * * * 7087027 TTAAATTTTCACTGTGCGCCAACTAAGATGGGCTTAAATTTCATTAGATGCTAGCTAAACTAGGC 66 GTAAATTTTCACTGGGCGCCAACTAAGATAGGCTTAAATTTCACTAGATGCTAGATAAACTAGGC * * 7087092 TTAAATTTCATTGGGTGCCAACGAAACTAAAC 131 TTAAATTTCACTGGGTGCCAACCAAACTAAAC * * * * * * 7087124 TTAAATCTTCATTGAGTTTCAGCTAAATTAGGCTTAAATCTTCATTGAGTTCCAACTAGA-CA-A 1 TTAAAACTTCATTG-GTGTCAGATAATTTGGGCTTAAATCTTCATTGAGTGCCAACTA-ATCAGA * * * * 7087187 GGCGTAAATTTTCATTGGGTGCCAACTAA-ATTAGGCTTAAAACTTT-ACT-GGTGCTAGATAAT 64 -GCGTAAATTTTCACTGGGCGCCAACTAAGA-TAGGCTT-AAA-TTTCACTAGATGCTAGATAAA * 7087249 CTAGGCTTAAATTTTCACTGGGTGCCAACCAAACTAAGC 125 CTAGGCTTAAA-TTTCACTGGGTGCCAACCAAACTAAAC * 7087288 TTAAAACTTCATTGGTGTCAAATAATTTGGGCTTAAAT 1 TTAAAACTTCATTGGTGTCAGATAATTTGGGCTTAAAT 7087326 TCTTTCTCGA Statistics Matches: 165, Mismatches: 30, Indels: 13 0.79 0.14 0.06 Matches are distributed among these distances: 162 14 0.08 163 105 0.64 164 43 0.26 165 3 0.02 ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.18, T:0.33 Consensus pattern (162 bp): TTAAAACTTCATTGGTGTCAGATAATTTGGGCTTAAATCTTCATTGAGTGCCAACTAATCAGAGC GTAAATTTTCACTGGGCGCCAACTAAGATAGGCTTAAATTTCACTAGATGCTAGATAAACTAGGC TTAAATTTCACTGGGTGCCAACCAAACTAAAC Found at i:7094711 original size:26 final size:26 Alignment explanation
Indices: 7094682--7094734 Score: 81 Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26 7094672 CTGACCCTAA * 7094682 GATTTCATTTAGGGTTTT-ATGTTTAG 1 GATTTCATTTAGGATTTTAAT-TTTAG 7094708 GATTTCATTTAGGATTTTAATTTTAG 1 GATTTCATTTAGGATTTTAATTTTAG 7094734 G 1 G 7094735 GTCTTAATAT Statistics Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 2 0.89 0.04 0.07 Matches are distributed among these distances: 26 23 0.92 27 2 0.08 ACGTcount: A:0.23, C:0.04, G:0.21, T:0.53 Consensus pattern (26 bp): GATTTCATTTAGGATTTTAATTTTAG Found at i:7094720 original size:12 final size:12 Alignment explanation
Indices: 7094682--7094724 Score: 50 Period size: 12 Copynumber: 3.4 Consensus size: 12 7094672 CTGACCCTAA 7094682 GATTTCATTTAG 1 GATTTCATTTAG * * 7094694 GGTTTTATGTTTAG 1 GATTTCA--TTTAG 7094708 GATTTCATTTAG 1 GATTTCATTTAG 7094720 GATTT 1 GATTT 7094725 TAATTTTAGG Statistics Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 4 0.76 0.12 0.12 Matches are distributed among these distances: 12 15 0.60 14 10 0.40 ACGTcount: A:0.21, C:0.05, G:0.21, T:0.53 Consensus pattern (12 bp): GATTTCATTTAG Found at i:7096115 original size:14 final size:15 Alignment explanation
Indices: 7096096--7096131 Score: 56 Period size: 14 Copynumber: 2.5 Consensus size: 15 7096086 GTGCTCCCAT * 7096096 TTTTTTTTCTTC-TG 1 TTTTTTTTCTTCATA 7096110 TTTTTTTTCTTCATA 1 TTTTTTTTCTTCATA 7096125 TTTTTTT 1 TTTTTTT 7096132 GCCACTGCTT Statistics Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 1 0.91 0.05 0.05 Matches are distributed among these distances: 14 12 0.60 15 8 0.40 ACGTcount: A:0.06, C:0.11, G:0.03, T:0.81 Consensus pattern (15 bp): TTTTTTTTCTTCATA Found at i:7096921 original size:14 final size:14 Alignment explanation
Indices: 7096897--7096971 Score: 73 Period size: 14 Copynumber: 5.5 Consensus size: 14 7096887 GTCAAGCTCT 7096897 TTTTTAT-TATATA 1 TTTTTATGTATATA 7096910 TTTTTATGTATATA 1 TTTTTATGTATATA * * * * 7096924 TATATATTTAAATA 1 TTTTTATGTATATA * * 7096938 TTTTTATAT-TTTA 1 TTTTTATGTATATA * 7096951 TTTTTATGTCTATA 1 TTTTTATGTATATA 7096965 TTTTTAT 1 TTTTTAT 7096972 ATGTTTTTAT Statistics Matches: 49, Mismatches: 11, Indels: 3 0.78 0.17 0.05 Matches are distributed among these distances: 13 17 0.35 14 32 0.65 ACGTcount: A:0.29, C:0.01, G:0.03, T:0.67 Consensus pattern (14 bp): TTTTTATGTATATA Found at i:7096946 original size:8 final size:8 Alignment explanation
Indices: 7096935--7097018 Score: 66 Period size: 8 Copynumber: 10.0 Consensus size: 8 7096925 ATATATTTAA 7096935 ATATTTTT 1 ATATTTTT 7096943 ATA-TTTT 1 ATATTTTT * 7096950 ATTTTTATGT 1 ATATTT-T-T 7096960 CTATATTTTT 1 --ATATTTTT 7096970 ATATGTTTTT 1 ATA--TTTTT 7096980 ATATTTTT 1 ATATTTTT * 7096988 -TATTTGT 1 ATATTTTT 7096995 ATA-TTTT 1 ATATTTTT 7097002 ATATTTTTT 1 ATA-TTTTT 7097011 ATATTTTT 1 ATATTTTT 7097019 TTTATTATGG Statistics Matches: 62, Mismatches: 4, Indels: 20 0.72 0.05 0.23 Matches are distributed among these distances: 7 18 0.29 8 20 0.32 9 8 0.13 10 10 0.16 11 1 0.02 12 5 0.08 ACGTcount: A:0.23, C:0.01, G:0.04, T:0.73 Consensus pattern (8 bp): ATATTTTT Found at i:7096987 original size:32 final size:30 Alignment explanation
Indices: 7096949--7097018 Score: 95 Period size: 33 Copynumber: 2.2 Consensus size: 30 7096939 TTTTATATTT 7096949 TATTTTTATGTCTATATTTTTATATGTTTTTA 1 TATTTTTATGTCTATA-TTTTATAT-TTTTTA * * 7096981 TATTTTTTATTTGTATATTTTATATTTTTTA 1 TA-TTTTTATGTCTATATTTTATATTTTTTA 7097012 TATTTTT 1 TATTTTT 7097019 TTTATTATGG Statistics Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 4 0.85 0.05 0.10 Matches are distributed among these distances: 30 5 0.14 31 8 0.23 32 10 0.29 33 12 0.34 ACGTcount: A:0.21, C:0.01, G:0.04, T:0.73 Consensus pattern (30 bp): TATTTTTATGTCTATATTTTATATTTTTTA Found at i:7097013 original size:31 final size:33 Alignment explanation
Indices: 7096951--7097019 Score: 106 Period size: 31 Copynumber: 2.2 Consensus size: 33 7096941 TTATATTTTA 7096951 TTTTTATGTCTATATTTTTATATGTTTTTATAT 1 TTTTTATGTCTATATTTTTATATGTTTTTATAT * * 7096984 TTTTTATTTGTATA-TTTTATAT-TTTTTATAT 1 TTTTTATGTCTATATTTTTATATGTTTTTATAT 7097015 TTTTT 1 TTTTT 7097020 TTATTATGGC Statistics Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 2 0.89 0.05 0.05 Matches are distributed among these distances: 31 14 0.41 32 8 0.24 33 12 0.35 ACGTcount: A:0.20, C:0.01, G:0.04, T:0.74 Consensus pattern (33 bp): TTTTTATGTCTATATTTTTATATGTTTTTATAT Found at i:7100212 original size:11 final size:10 Alignment explanation
Indices: 7100181--7100212 Score: 55 Period size: 10 Copynumber: 3.1 Consensus size: 10 7100171 CAAGAAAAAA 7100181 AAAAGATTTG 1 AAAAGATTTG 7100191 AAAAGATTTG 1 AAAAGATTTG 7100201 AAAAGATGTTG 1 AAAAGAT-TTG 7100212 A 1 A 7100213 CACAATTGAT Statistics Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 1 0.95 0.00 0.05 Matches are distributed among these distances: 10 17 0.81 11 4 0.19 ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.22, T:0.28 Consensus pattern (10 bp): AAAAGATTTG Found at i:7103341 original size:15 final size:15 Alignment explanation
Indices: 7103321--7103350 Score: 51 Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15 7103311 CTAGGACCAT 7103321 GGCCTACTAAGGAAG 1 GGCCTACTAAGGAAG * 7103336 GGCCTAGTAAGGAAG 1 GGCCTACTAAGGAAG 7103351 ACAAATCCAA Statistics Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0 0.93 0.07 0.00 Matches are distributed among these distances: 15 14 1.00 ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.37, T:0.13 Consensus pattern (15 bp): GGCCTACTAAGGAAG Found at i:7109100 original size:52 final size:53 Alignment explanation
Indices: 7109009--7109111 Score: 165 Period size: 52 Copynumber: 2.0 Consensus size: 53 7108999 TTTTATTTAT 7109009 AAGTTTTGTTTCTAAATTTTCCACCATTTGGGTCTAATTTAGAAATATCTTAC 1 AAGTTTTGTTTCTAAATTTTCCACCATTTGGGTCTAATTTAGAAATATCTTAC * * 7109062 AAGTTTTGTTT-TTAATTTTTCACCATTTGGGT-TAAATTTAGAAATATCTT 1 AAGTTTTGTTTCTAAATTTTCCACCATTTGGGTCT-AATTTAGAAATATCTT 7109112 TCTTAGAATC Statistics Matches: 47, Mismatches: 2, Indels: 3 0.90 0.04 0.06 Matches are distributed among these distances: 51 1 0.02 52 35 0.74 53 11 0.23 ACGTcount: A:0.28, C:0.12, G:0.12, T:0.49 Consensus pattern (53 bp): AAGTTTTGTTTCTAAATTTTCCACCATTTGGGTCTAATTTAGAAATATCTTAC Found at i:7109809 original size:4 final size:4 Alignment explanation
Indices: 7109728--7109790 Score: 58 Period size: 4 Copynumber: 15.8 Consensus size: 4 7109718 ATATTTCCAA * * ** 7109728 AAAT AAAT AAAT -GAT AAAAT AAAT AAAT AAAT AAAC AACC AAACT -AAT 1 AAAT AAAT AAAT AAAT -AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAA-T AAAT 7109776 AAAT AAAT AAAT AAA 1 AAAT AAAT AAAT AAA 7109791 AGCAAACCAA Statistics Matches: 49, Mismatches: 6, Indels: 8 0.78 0.10 0.13 Matches are distributed among these distances: 3 3 0.06 4 44 0.90 5 2 0.04 ACGTcount: A:0.71, C:0.06, G:0.02, T:0.21 Consensus pattern (4 bp): AAAT Found at i:7112059 original size:24 final size:24 Alignment explanation
Indices: 7112029--7112074 Score: 67 Period size: 24 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24 7112019 AAAGAAAAAA 7112029 GAGTTTTTC-TCAAAGAAATATAAG 1 GAGTTTTTCATCAAA-AAATATAAG * 7112053 GAGTTTTTCATGAAAAAATATA 1 GAGTTTTTCATCAAAAAATATA 7112075 GAGATATGGC Statistics Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2 0.87 0.04 0.09 Matches are distributed among these distances: 24 16 0.80 25 4 0.20 ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.15, T:0.35 Consensus pattern (24 bp): GAGTTTTTCATCAAAAAATATAAG Found at i:7114093 original size:3 final size:3 Alignment explanation
Indices: 7114085--7114123 Score: 60 Period size: 3 Copynumber: 13.0 Consensus size: 3 7114075 ATAAAAGCAA * * 7114085 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAC AAT AAT AAC AAT AAT AAT 1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT 7114124 GATATTATAC Statistics Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 0 0.89 0.11 0.00 Matches are distributed among these distances: 3 32 1.00 ACGTcount: A:0.67, C:0.05, G:0.00, T:0.28 Consensus pattern (3 bp): AAT Found at i:7114880 original size:12 final size:12 Alignment explanation
Indices: 7114863--7114888 Score: 52 Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12 7114853 AAACAGCTTT 7114863 AAAAAAAGAAAA 1 AAAAAAAGAAAA 7114875 AAAAAAAGAAAA 1 AAAAAAAGAAAA 7114887 AA 1 AA 7114889 GAACAAAGGT Statistics Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 12 14 1.00 ACGTcount: A:0.92, C:0.00, G:0.08, T:0.00 Consensus pattern (12 bp): AAAAAAAGAAAA Found at i:7116147 original size:16 final size:16 Alignment explanation
Indices: 7116122--7116181 Score: 59 Period size: 17 Copynumber: 3.7 Consensus size: 16 7116112 TAAAAGAAAT 7116122 AAGAAAAGAAAAAAAG 1 AAGAAAAGAAAAAAAG * 7116138 AAGAACAGAAAAAAAAG 1 AAGAAAAG-AAAAAAAG * * 7116155 AATCAAAAGAAAGAAA- 1 AA-GAAAAGAAAAAAAG * 7116171 AAGAAATGAAA 1 AAGAAAAGAAA 7116182 TGAAATGAAT Statistics Matches: 36, Mismatches: 6, Indels: 5 0.77 0.13 0.11 Matches are distributed among these distances: 15 7 0.19 16 9 0.25 17 16 0.44 18 4 0.11 ACGTcount: A:0.77, C:0.03, G:0.17, T:0.03 Consensus pattern (16 bp): AAGAAAAGAAAAAAAG Found at i:7116151 original size:18 final size:18 Alignment explanation
Indices: 7116125--7116175 Score: 61 Period size: 17 Copynumber: 2.9 Consensus size: 18 7116115 AAGAAATAAG * 7116125 AAAAG-AAAAAAAGAA-G 1 AAAAGAAAAAAAAGAATC * 7116141 AACAGAAAAAAAAGAATC 1 AAAAGAAAAAAAAGAATC 7116159 AAAAGAAAGAAAAAGAA 1 AAAAGAAA-AAAAAGAA 7116176 ATGAAATGAA Statistics Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 3 0.83 0.09 0.09 Matches are distributed among these distances: 16 4 0.14 17 10 0.34 18 7 0.24 19 8 0.28 ACGTcount: A:0.78, C:0.04, G:0.16, T:0.02 Consensus pattern (18 bp): AAAAGAAAAAAAAGAATC Found at i:7116518 original size:8 final size:8 Alignment explanation
Indices: 7116487--7116534 Score: 51 Period size: 8 Copynumber: 5.9 Consensus size: 8 7116477 TGTAATAATT 7116487 AAAAAAAG 1 AAAAAAAG * 7116495 AAAGAAAG 1 AAAAAAAG * 7116503 AAAGAAAAC 1 AAA-AAAAG 7116512 AAAAAAAG 1 AAAAAAAG ** 7116520 AAAACTAG 1 AAAAAAAG 7116528 AAAAAAA 1 AAAAAAA 7116535 ATAAATTGTG Statistics Matches: 31, Mismatches: 8, Indels: 2 0.76 0.20 0.05 Matches are distributed among these distances: 8 25 0.81 9 6 0.19 ACGTcount: A:0.81, C:0.04, G:0.12, T:0.02 Consensus pattern (8 bp): AAAAAAAG Found at i:7116529 original size:25 final size:25 Alignment explanation
Indices: 7116487--7116535 Score: 64 Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25 7116477 TGTAATAATT * 7116487 AAAAAAAGAAAGAAAGAAAGAAAAC 1 AAAAAAAGAAAGAAAGAAAAAAAAC * 7116512 AAAAAAAGAAA-ACTAGAAAAAAAA 1 AAAAAAAGAAAGA-AAGAAAAAAAA 7116536 TAAATTGTGG Statistics Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2 0.84 0.08 0.08 Matches are distributed among these distances: 24 1 0.05 25 20 0.95 ACGTcount: A:0.82, C:0.04, G:0.12, T:0.02 Consensus pattern (25 bp): AAAAAAAGAAAGAAAGAAAAAAAAC Found at i:7116531 original size:13 final size:13 Alignment explanation
Indices: 7116487--7116524 Score: 51 Period size: 13 Copynumber: 3.0 Consensus size: 13 7116477 TGTAATAATT * 7116487 AAAAAAAG-AAAG 1 AAAAAAAGAAAAC * 7116499 AAAGAAAGAAAAC 1 AAAAAAAGAAAAC 7116512 AAAAAAAGAAAAC 1 AAAAAAAGAAAAC 7116525 TAGAAAAAAA Statistics Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 1 0.85 0.12 0.04 Matches are distributed among these distances: 12 7 0.32 13 15 0.68 ACGTcount: A:0.82, C:0.05, G:0.13, T:0.00 Consensus pattern (13 bp): AAAAAAAGAAAAC Found at i:7117679 original size:32 final size:32 Alignment explanation
Indices: 7117643--7117788 Score: 148 Period size: 33 Copynumber: 4.5 Consensus size: 32 7117633 GTTGACACAT ** * 7117643 AATGAAAATTTAAGCCCAGTTTAGCTAGCATC 1 AATGAAAATTTAAGCCCAAATTAGCTAGCACC * * * * 7117675 AATGAAAATTTAAGCCTAGATTAGTTGGCACC 1 AATGAAAATTTAAGCCCAAATTAGCTAGCACC * * * * 7117707 TAATGAAAAATTAAGCCCAAATTATCTGGCATC 1 -AATGAAAATTTAAGCCCAAATTAGCTAGCACC ** * 7117740 AATGAAAATTTTAAGTTCAAATTATCTAGCACC 1 AATGAAAA-TTTAAGCCCAAATTAGCTAGCACC 7117773 AATGAAAATTTAAGCC 1 AATGAAAATTTAAGCC 7117789 TAATTTGCTC Statistics Matches: 94, Mismatches: 18, Indels: 4 0.81 0.16 0.03 Matches are distributed among these distances: 32 41 0.44 33 53 0.56 ACGTcount: A:0.41, C:0.16, G:0.14, T:0.29 Consensus pattern (32 bp): AATGAAAATTTAAGCCCAAATTAGCTAGCACC Found at i:7117777 original size:65 final size:65 Alignment explanation
Indices: 7117642--7117788 Score: 174 Period size: 65 Copynumber: 2.3 Consensus size: 65 7117632 AGTTGACACA ** * * 7117642 TAATGAAAATTTAAGCCCAGTTTAGCTAGCATCAATGAAAATTTAAGCCTAGATTAGTTGGCACC 1 TAATGAAAATTTAAGCCCAAATTAGCTAGCATCAATGAAAATTTAAGCCTAAATTAGTTAGCACC * * * * 7117707 TAATGAAAAATTAAGCCCAAATTATCTGGCATCAATGAAAATTTTAAG-TTCAAATTA-TCTAGC 1 TAATGAAAATTTAAGCCCAAATTAGCTAGCATCAATGAAAA-TTTAAGCCT-AAATTAGT-TAGC 7117770 ACC 63 ACC 7117773 -AATGAAAATTTAAGCC 1 TAATGAAAATTTAAGCC 7117789 TAATTTGCTC Statistics Matches: 70, Mismatches: 9, Indels: 6 0.82 0.11 0.07 Matches are distributed among these distances: 65 53 0.76 66 17 0.24 ACGTcount: A:0.41, C:0.16, G:0.14, T:0.29 Consensus pattern (65 bp): TAATGAAAATTTAAGCCCAAATTAGCTAGCATCAATGAAAATTTAAGCCTAAATTAGTTAGCACC Found at i:7118012 original size:31 final size:31 Alignment explanation
Indices: 7117958--7118047 Score: 90 Period size: 31 Copynumber: 2.9 Consensus size: 31 7117948 GAGATTAGTG * * ** * 7117958 GTCACCTCACTTAACTTATGGTTCAATCCTA 1 GTCACCTCATTTAACCTGCGGTTCAATCATA * ** 7117989 GTCACTTCATTTGGCCTGCGGTTCAATCATA 1 GTCACCTCATTTAACCTGCGGTTCAATCATA * * 7118020 GTCACCTCGTTTAACTTGCGGTTCAATC 1 GTCACCTCATTTAACCTGCGGTTCAATC 7118048 TCGATCACTT Statistics Matches: 46, Mismatches: 13, Indels: 0 0.78 0.22 0.00 Matches are distributed among these distances: 31 46 1.00 ACGTcount: A:0.21, C:0.28, G:0.16, T:0.36 Consensus pattern (31 bp): GTCACCTCATTTAACCTGCGGTTCAATCATA Found at i:7118223 original size:31 final size:31 Alignment explanation
Indices: 7118195--7118260 Score: 105 Period size: 31 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31 7118185 TCGACTTGTG * 7118195 GTTTAATCTCGATCACATCATGCAACTTGCA 1 GTTTAATCCCGATCACATCATGCAACTTGCA * * 7118226 GTTTAGTCCCGATCACCTCATGCAACTTGCA 1 GTTTAATCCCGATCACATCATGCAACTTGCA 7118257 GTTT 1 GTTT 7118261 TTTCATGGGT Statistics Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 0 0.91 0.09 0.00 Matches are distributed among these distances: 31 32 1.00 ACGTcount: A:0.24, C:0.27, G:0.15, T:0.33 Consensus pattern (31 bp): GTTTAATCCCGATCACATCATGCAACTTGCA Found at i:7119607 original size:14 final size:14 Alignment explanation
Indices: 7119590--7119638 Score: 53 Period size: 14 Copynumber: 3.4 Consensus size: 14 7119580 ATCTTAGGAA * 7119590 AAAAAATAAACAAT 1 AAAAAATAAACAAC * 7119604 AAAAAAAAAACAAC 1 AAAAAATAAACAAC * * 7119618 AAACAATAAAAAAGC 1 AAAAAATAAACAA-C 7119633 AAAAAA 1 AAAAAA 7119639 AAAAAAAAAC Statistics Matches: 28, Mismatches: 6, Indels: 1 0.80 0.17 0.03 Matches are distributed among these distances: 14 22 0.79 15 6 0.21 ACGTcount: A:0.82, C:0.10, G:0.02, T:0.06 Consensus pattern (14 bp): AAAAAATAAACAAC Found at i:7119608 original size:17 final size:15 Alignment explanation
Indices: 7119588--7119646 Score: 64 Period size: 16 Copynumber: 3.8 Consensus size: 15 7119578 GCATCTTAGG * 7119588 AAAAAAAATAAACAA 1 AAAAAAAAAAAACAA 7119603 TAAAAAAAAAACAACAA 1 -AAAAAAAAAA-AACAA * * * 7119620 ACAATAAAAAAGCAA 1 AAAAAAAAAAAACAA 7119635 AAAAAAAAAAAA 1 AAAAAAAAAAAA 7119647 ACAACAAACA Statistics Matches: 35, Mismatches: 7, Indels: 3 0.78 0.16 0.07 Matches are distributed among these distances: 15 13 0.37 16 17 0.49 17 5 0.14 ACGTcount: A:0.85, C:0.08, G:0.02, T:0.05 Consensus pattern (15 bp): AAAAAAAAAAAACAA Found at i:7119621 original size:21 final size:20 Alignment explanation
Indices: 7119588--7119630 Score: 68 Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20 7119578 GCATCTTAGG * 7119588 AAAAAAAATAAACAATAAAA 1 AAAAAAAACAAACAATAAAA 7119608 AAAAAACAACAAACAATAAAA 1 AAAAAA-AACAAACAATAAAA 7119629 AA 1 AA 7119631 GCAAAAAAAA Statistics Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 1 0.91 0.04 0.04 Matches are distributed among these distances: 20 6 0.29 21 15 0.71 ACGTcount: A:0.84, C:0.09, G:0.00, T:0.07 Consensus pattern (20 bp): AAAAAAAACAAACAATAAAA Found at i:7121864 original size:16 final size:17 Alignment explanation
Indices: 7121836--7121869 Score: 52 Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17 7121826 TTCATGCTTT 7121836 AATTTACTTTTTTATAC 1 AATTTACTTTTTTATAC * 7121853 AATTTA-TTTTTTTTAC 1 AATTTACTTTTTTATAC 7121869 A 1 A 7121870 TCTTAAATTT Statistics Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1 0.89 0.06 0.06 Matches are distributed among these distances: 16 10 0.62 17 6 0.38 ACGTcount: A:0.29, C:0.09, G:0.00, T:0.62 Consensus pattern (17 bp): AATTTACTTTTTTATAC Found at i:7121940 original size:12 final size:12 Alignment explanation
Indices: 7121893--7121940 Score: 51 Period size: 12 Copynumber: 3.8 Consensus size: 12 7121883 CGAAAGCAAT * 7121893 AATAAAATAAAA 1 AATAAAATAATA * 7121905 AATCAAATAATAA 1 AATAAAATAAT-A 7121918 TAATAATAATAATA 1 -AATAA-AATAATA 7121932 AATAAAATA 1 AATAAAATA 7121941 TATATGTTAT Statistics Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 6 0.77 0.08 0.15 Matches are distributed among these distances: 12 13 0.43 13 6 0.20 14 5 0.17 15 6 0.20 ACGTcount: A:0.73, C:0.02, G:0.00, T:0.25 Consensus pattern (12 bp): AATAAAATAATA Found at i:7122060 original size:3 final size:3 Alignment explanation
Indices: 7122054--7122081 Score: 56 Period size: 3 Copynumber: 9.3 Consensus size: 3 7122044 AGAATTATTA 7122054 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT A 1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT A 7122082 TTTTTAGTGA Statistics Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 3 25 1.00 ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.00, T:0.32 Consensus pattern (3 bp): AAT Found at i:7125837 original size:59 final size:59 Alignment explanation
Indices: 7125676--7125845 Score: 191 Period size: 59 Copynumber: 2.9 Consensus size: 59 7125666 ATTTGGATTT * * * 7125676 TTTTTATTTTAAAAAAATTGATACTTTCAAATTTTTCTTAAAAATATTTTTTCTTCAAA 1 TTTTAATTTTAAAAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCTCAAAAATATTTTTTCTTCAAA * * * * * * ** 7125735 TTTTATTTTTAAAAAAAGTTGGTACTTCCAACTTTTCCACAAAAATGTTTTTT-TTTTAA 1 TTTTAATTTTAAAAAAA-TTGATACTTTCAACTTTTTCTCAAAAATATTTTTTCTTCAAA * * 7125794 TTTTAATTTTAACAAAAATTGAAACTTTCAACTTTTTCTC-AAAATACTTTTT 1 TTTTAATTTTAA-AAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCTCAAAAATATTTTTT 7125846 GGAAATTTTT Statistics Matches: 90, Mismatches: 19, Indels: 5 0.79 0.17 0.04 Matches are distributed among these distances: 58 10 0.11 59 47 0.52 60 33 0.37 ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.04, T:0.50 Consensus pattern (59 bp): TTTTAATTTTAAAAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCTCAAAAATATTTTTTCTTCAAA Found at i:7125871 original size:14 final size:15 Alignment explanation
Indices: 7125842--7125874 Score: 50 Period size: 14 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15 7125832 TCAAAATACT * 7125842 TTTTGGAAATTTTTA 1 TTTTAGAAATTTTTA 7125857 TTTTAGAAA-TTTTA 1 TTTTAGAAATTTTTA 7125871 TTTT 1 TTTT 7125875 CAAGAAAAAT Statistics Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1 0.89 0.05 0.05 Matches are distributed among these distances: 14 9 0.53 15 8 0.47 ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.09, T:0.64 Consensus pattern (15 bp): TTTTAGAAATTTTTA Found at i:7125928 original size:72 final size:72 Alignment explanation
Indices: 7125792--7125932 Score: 182 Period size: 72 Copynumber: 2.0 Consensus size: 72 7125782 TTTTTTTTTT * * 7125792 AATTTTAATTTTAACAAAAATTGAAACTTTCAACTTTTTCTCAAAATACTTTTTGGAAATTTTTA 1 AATTTTAATTTTAACAAAAATTGAAACTTTCAACTTTTTCTCAAAATACTTTTTGAAAAATTTTA 7125857 TTTTAGA 66 TTTTAGA * * 7125864 AATTTT-ATTTTCAAGAAAAATTGATACTTTCAA-TTTTTCCTCAAAAATA-TCTTTT-AAAAAT 1 AATTTTAATTTT-AACAAAAATTGAAACTTTCAACTTTTT-CTC-AAAATACT-TTTTGAAAAAT 7125925 TTTATTTT 62 TTTATTTT 7125933 CTTTCAACTT Statistics Matches: 61, Mismatches: 4, Indels: 8 0.84 0.05 0.11 Matches are distributed among these distances: 71 10 0.16 72 41 0.67 73 10 0.16 ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.04, T:0.48 Consensus pattern (72 bp): AATTTTAATTTTAACAAAAATTGAAACTTTCAACTTTTTCTCAAAATACTTTTTGAAAAATTTTA TTTTAGA Found at i:7126040 original size:61 final size:60 Alignment explanation
Indices: 7125933--7126073 Score: 180 Period size: 61 Copynumber: 2.4 Consensus size: 60 7125923 ATTTTATTTT 7125933 CTTTCAACTTTTCC-TC-AAAAATATTTTTAAAAAATTTTTATCTTC-AAGAAAAATTGATA 1 CTTTCAAC-TTTCCTTCAAAAAATATTTTTAAAAAATTTTTATCTTCAAAG-AAAATTGATA *** * * 7125992 CTTTCAACTTTCCTTCAAAAAATAATTTTTTTGAAATTTTTATTTTCAAAGGAAATTGATA 1 CTTTCAACTTTCCTTCAAAAAAT-ATTTTTAAAAAATTTTTATCTTCAAAGAAAATTGATA * 7126053 CTTTCAACTTTCCTTTAAAAA 1 CTTTCAACTTTCCTTCAAAAA 7126074 CGTATATATT Statistics Matches: 72, Mismatches: 6, Indels: 6 0.86 0.07 0.07 Matches are distributed among these distances: 58 5 0.07 59 10 0.14 60 6 0.08 61 48 0.67 62 3 0.04 ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.04, T:0.44 Consensus pattern (60 bp): CTTTCAACTTTCCTTCAAAAAATATTTTTAAAAAATTTTTATCTTCAAAGAAAATTGATA Found at i:7126090 original size:61 final size:61 Alignment explanation
Indices: 7125963--7126098 Score: 177 Period size: 61 Copynumber: 2.2 Consensus size: 61 7125953 ATATTTTTAA * * * 7125963 AAAATTTTTATCTTCAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTCCTTCAAAAAATAATTTTTTT 1 AAAATTTTTATTTTCAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTCCTTCAAAAAATAATATATTT * * * * 7126024 GAAATTTTTATTTTCAA-AGGAAATTGATACTTTCAACTTTCCTTTAAAAACGT-ATATATTT 1 AAAATTTTTATTTTCAAGA-AAAATTGATACTTTCAACTTTCCTTCAAAAA-ATAATATATTT 7126085 AAAATTTTTATTTT 1 AAAATTTTTATTTT 7126099 TGAAGAGATC Statistics Matches: 65, Mismatches: 8, Indels: 4 0.84 0.10 0.05 Matches are distributed among these distances: 60 1 0.02 61 63 0.97 62 1 0.02 ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.05, T:0.46 Consensus pattern (61 bp): AAAATTTTTATTTTCAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTCCTTCAAAAAATAATATATTT Found at i:7127008 original size:4 final size:4 Alignment explanation
Indices: 7126999--7127079 Score: 80 Period size: 4 Copynumber: 20.0 Consensus size: 4 7126989 TCTAAAGTCA 7126999 AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT -AAT -AAT -AAT AACAAT AAAAT AAAT 1 AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT -A-AAT -AAAT AAAT * 7127047 AAAT AAACC AAAT AAAT AAAT AACAT -AAT AAAT 1 AAAT AAA-T AAAT AAAT AAAT AA-AT AAAT AAAT 7127080 TAATTAATTA Statistics Matches: 69, Mismatches: 2, Indels: 12 0.83 0.02 0.14 Matches are distributed among these distances: 3 11 0.16 4 45 0.65 5 8 0.12 6 5 0.07 ACGTcount: A:0.72, C:0.05, G:0.00, T:0.23 Consensus pattern (4 bp): AAAT Found at i:7127352 original size:45 final size:45 Alignment explanation
Indices: 7127299--7127544 Score: 252 Period size: 44 Copynumber: 5.6 Consensus size: 45 7127289 AGAGGTTCAT * * * * * 7127299 AACTTTTTAGAGAATAAACAAAACTTCTCTAAACAGAGGCTCAAC 1 AACTTTTTAAAAAATAAACAAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAAC * * * * * 7127344 GACTTTTTAAAAAATAAATAAAGCTCATCTAATCAAAGGCTCAAT 1 AACTTTTTAAAAAATAAACAAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAAC ** * * 7127389 AAC-TTCAAAAAAATAAACAAAGCTCCTTTTATCAGAAGG-TCAAC 1 AACTTTTTAAAAAATAAACAAAGCTCCTCTAATCAG-AGGCTCAAC * * * 7127433 AAC--TTCAAAAAATAAACAAAGCTCCTCTAAACAGAGCCTCAAC 1 AACTTTTTAAAAAATAAACAAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAAC * 7127476 AAC-TTTTGAAAAATAAACAAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAAC 1 AACTTTTTAAAAAATAAACAAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAAC * ** 7127520 GAC-TTTGGAAAAATAAACAAAGCTC 1 AACTTTTTAAAAAATAAACAAAGCTC 7127545 TTCGACAATC Statistics Matches: 167, Mismatches: 31, Indels: 7 0.81 0.15 0.03 Matches are distributed among these distances: 42 2 0.01 43 34 0.20 44 91 0.54 45 40 0.24 ACGTcount: A:0.46, C:0.21, G:0.10, T:0.23 Consensus pattern (45 bp): AACTTTTTAAAAAATAAACAAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAAC Found at i:7127454 original size:87 final size:88 Alignment explanation
Indices: 7127311--7127544 Score: 265 Period size: 87 Copynumber: 2.7 Consensus size: 88 7127301 CTTTTTAGAG * * * * * * 7127311 AATAAACAAAACTTCTCTAAACAGAGGCTCAACGACTTTTTAAAAAATAAATAAAGCTCATCTAA 1 AATAAACAAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACAAC-TTTCAAAAAATAAACAAAGCTCATCTAA * * * 7127376 TCAAAGGCTCAATAACTTCAAAAA 65 ACAAAGCCTCAACAACTTCAAAAA * * * 7127400 AATAAACAAAGCTCCTTTTATCAGAAGG-TCAACAAC-TTCAAAAAATAAACAAAGCTCCTCTAA 1 AATAAACAAAGCTCCTCTAATCAG-AGGCTCAACAACTTTCAAAAAATAAACAAAGCTCATCTAA * *** 7127463 ACAGAGCCTCAACAACTTTTGAAA 65 ACAAAGCCTCAACAACTTCAAAAA * ** 7127487 AATAAACAAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGGAAAAATAAACAAAGCTC 1 AATAAACAAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACAACTTTCAAAAAATAAACAAAGCTC 7127545 TTCGACAATC Statistics Matches: 121, Mismatches: 21, Indels: 7 0.81 0.14 0.05 Matches are distributed among these distances: 86 3 0.02 87 70 0.58 88 19 0.16 89 26 0.21 90 3 0.02 ACGTcount: A:0.47, C:0.21, G:0.10, T:0.22 Consensus pattern (88 bp): AATAAACAAAGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACAACTTTCAAAAAATAAACAAAGCTCATCTAAA CAAAGCCTCAACAACTTCAAAAA Found at i:7127572 original size:131 final size:132 Alignment explanation
Indices: 7127311--7127549 Score: 320 Period size: 131 Copynumber: 1.8 Consensus size: 132 7127301 CTTTTTAGAG * * * * 7127311 AATAAACAAAACTTCTCTAAACAGAGGCTCAACGACTTTTTAAAAAATAAATAAAGCTCATCTAA 1 AATAAACAAAACTCCTCTAAACAGAGCCTCAACAACTTTTTAAAAAATAAACAAAGCTCATCTAA * ** * 7127376 TCAAAGGCTCAATAACTTCAAAAAAATAAACAAAGCTCCTTTTATCAGAAGGTCAACAACTTCAA 66 TCAAAGGCTCAACAACTTCAAAAAAATAAACAAAGCTCCTTCGATCAGAAGGTCAACAACGTCAA 7127441 AA 131 AA * * * 7127443 AATAAACAAAGCTCCTCTAAACAGAGCCTCAACAAC-TTTTGAAAAATAAACAAAGCTCCTCTAA 1 AATAAACAAAACTCCTCTAAACAGAGCCTCAACAACTTTTTAAAAAATAAACAAAGCTCATCTAA * * *** 7127507 TCAGAGGCTCAACGACTTTGGAAAAATAAACAAAGCT-CTTCGA 66 TCAAAGGCTCAACAACTTCAAAAAAATAAACAAAGCTCCTTCGA 7127550 CAATCATGTC Statistics Matches: 92, Mismatches: 15, Indels: 2 0.84 0.14 0.02 Matches are distributed among these distances: 130 4 0.04 131 56 0.61 132 32 0.35 ACGTcount: A:0.46, C:0.21, G:0.10, T:0.22 Consensus pattern (132 bp): AATAAACAAAACTCCTCTAAACAGAGCCTCAACAACTTTTTAAAAAATAAACAAAGCTCATCTAA TCAAAGGCTCAACAACTTCAAAAAAATAAACAAAGCTCCTTCGATCAGAAGGTCAACAACGTCAA AA Found at i:7128554 original size:10 final size:10 Alignment explanation
Indices: 7128534--7128571 Score: 62 Period size: 9 Copynumber: 4.0 Consensus size: 10 7128524 AGTCCTCTTC 7128534 TTTCATTTTT 1 TTTCATTTTT 7128544 TTT-ATTTTT 1 TTTCATTTTT 7128553 TTTCA-TTTT 1 TTTCATTTTT 7128562 TTTCATTTTT 1 TTTCATTTTT 7128572 CCTTTTTCAA Statistics Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 4 0.87 0.00 0.13 Matches are distributed among these distances: 9 18 0.69 10 8 0.31 ACGTcount: A:0.11, C:0.08, G:0.00, T:0.82 Consensus pattern (10 bp): TTTCATTTTT Found at i:7128558 original size:19 final size:19 Alignment explanation
Indices: 7128534--7128571 Score: 67 Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19 7128524 AGTCCTCTTC * 7128534 TTTCATTTTTTTTATTTTT 1 TTTCATTTTTTTCATTTTT 7128553 TTTCATTTTTTTCATTTTT 1 TTTCATTTTTTTCATTTTT 7128572 CCTTTTTCAA Statistics Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0 0.95 0.05 0.00 Matches are distributed among these distances: 19 18 1.00 ACGTcount: A:0.11, C:0.08, G:0.00, T:0.82 Consensus pattern (19 bp): TTTCATTTTTTTCATTTTT Found at i:7139161 original size:63 final size:59 Alignment explanation
Indices: 7139022--7139178 Score: 210 Period size: 63 Copynumber: 2.6 Consensus size: 59 7139012 TGCTTTTATA * 7139022 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTCTTT-TTAAAAATGTTTTTTTTTTAAATTTTATTTT 1 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACT-TTTCTTCAAAATGTTTTTTTTTTAAATTTTATTTT * * 7139081 TAA-AGAAAATTGGTACTTTCAACTTTTCTTCAAAATGTTTTTTTCTTTTGGAAATTTTATTTT 1 CAAGA-AAAATTGATACTTTCAACTTTTCTTCAAAATG-TTTTTT-TTTT--AAATTTTATTTT * 7139144 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAA 1 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCTTCAAAA 7139179 ACATTTTTTA Statistics Matches: 85, Mismatches: 6, Indels: 10 0.84 0.06 0.10 Matches are distributed among these distances: 58 4 0.05 59 28 0.33 60 6 0.07 61 4 0.05 63 42 0.49 64 1 0.01 ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.07, T:0.48 Consensus pattern (59 bp): CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCTTCAAAATGTTTTTTTTTTAAATTTTATTTT Found at i:7139217 original size:77 final size:78 Alignment explanation
Indices: 7139126--7139271 Score: 249 Period size: 77 Copynumber: 1.9 Consensus size: 78 7139116 TGTTTTTTTC * 7139126 TTTTGGAAATTTTATTTTCAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAACA-TTTTTTAA 1 TTTTAGAAATTTTATTTTCAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAACATTTTTTTAA 7139190 AATTGGAAATATT 66 AATTGGAAATATT * * * 7139203 TTTTAGAAATTTTATTTTCAAGAAAAATTGATACTTTCAATTTTTTCTCAAAAATATTTTTTTAA 1 TTTTAGAAATTTTATTTTCAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAACATTTTTTTAA 7139268 AATT 66 AATT 7139272 TTATTTTTAA Statistics Matches: 64, Mismatches: 4, Indels: 1 0.93 0.06 0.01 Matches are distributed among these distances: 77 52 0.81 78 12 0.19 ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.06, T:0.47 Consensus pattern (78 bp): TTTTAGAAATTTTATTTTCAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAACATTTTTTTAA AATTGGAAATATT Found at i:7139271 original size:58 final size:58 Alignment explanation
Indices: 7139196--7139381 Score: 218 Period size: 59 Copynumber: 3.2 Consensus size: 58 7139186 TTAAAATTGG * * * 7139196 AAATA-TTTTTTAGAAATTTTATTTTCAAGAAAAATTGATACTTTCAATTTTTTCTCAA 1 AAATATTTTTTTA-AAATTTTATTTTCAAGAAAAATTGACACTTTCAACTTTTACTCAA * * 7139254 AAATATTTTTTTAAAATTTTATTTTTAAG-AAAATTGACACTTTCAACTTTTAGTCAA 1 AAATATTTTTTTAAAATTTTATTTTCAAGAAAAATTGACACTTTCAACTTTTACTCAA * * * ** 7139311 AAATATTTTTTGGAAATTTTTACTTTCAA-AGAAAATTGACACTTTCAACTTTCCCTTC-A 1 AAATATTTTTT-TAAAATTTTATTTTCAAGA-AAAATTGACACTTTCAACTTTTAC-TCAA 7139370 AAATATTTTTTT 1 AAATATTTTTTT 7139382 TGTTTTATTT Statistics Matches: 110, Mismatches: 13, Indels: 10 0.83 0.10 0.08 Matches are distributed among these distances: 57 35 0.32 58 33 0.30 59 40 0.36 60 2 0.02 ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.05, T:0.47 Consensus pattern (58 bp): AAATATTTTTTTAAAATTTTATTTTCAAGAAAAATTGACACTTTCAACTTTTACTCAA Found at i:7142895 original size:7 final size:7 Alignment explanation
Indices: 7142885--7143030 Score: 62 Period size: 7 Copynumber: 21.6 Consensus size: 7 7142875 TTTAGGTTAA 7142885 GGTTTAG 1 GGTTTAG 7142892 GGTTT-G 1 GGTTTAG 7142898 AGGTTTA- 1 -GGTTTAG 7142905 -GTTTAG 1 GGTTTAG 7142911 GGTTTAAG 1 GGTTT-AG * 7142919 ATAGGTTTCG 1 ---GGTTTAG 7142929 GGTTTA- 1 GGTTTAG 7142935 GG-TTA- 1 GGTTTAG * 7142940 GGCTTAG 1 GGTTTAG 7142947 GG-TTA- 1 GGTTTAG * * 7142952 GATATAG 1 GGTTTAG 7142959 GG-TTAG 1 GGTTTAG * 7142965 GTTTTAG 1 GGTTTAG * 7142972 GTTTTAG 1 GGTTTAG 7142979 GG-TTAG 1 GGTTTAG * 7142985 GTTTTAG 1 GGTTTAG * 7142992 GTTTTAG 1 GGTTTAG 7142999 GGTTTAG 1 GGTTTAG * 7143006 GTTTTA- 1 GGTTTAG ** 7143012 ACTTTAG 1 GGTTTAG 7143019 GGTTTAG 1 GGTTTAG 7143026 TGGTT 1 -GGTT 7143031 GATTTTGGGT Statistics Matches: 108, Mismatches: 15, Indels: 31 0.70 0.10 0.20 Matches are distributed among these distances: 5 11 0.10 6 24 0.22 7 61 0.56 8 6 0.06 10 1 0.01 11 5 0.05 ACGTcount: A:0.18, C:0.02, G:0.35, T:0.45 Consensus pattern (7 bp): GGTTTAG Found at i:7142896 original size:37 final size:37 Alignment explanation
Indices: 7142848--7143024 Score: 95 Period size: 37 Copynumber: 4.9 Consensus size: 37 7142838 TTCAAGGTTT * ** * * 7142848 GGTTTATGGTTTAGGGTTTA-TTTAGTTTTTAGGTTAA 1 GGTTTAGGGTTTAGGGTTTAGTTTAGGGTTTAAGAT-A 7142885 GGTTTAGGGTTT-GAGGTTTAGTTTAGGGTTTAAGATA 1 GGTTTAGGGTTTAG-GGTTTAGTTTAGGGTTTAAGATA * * * 7142922 GGTTTCGGGTTTA-GG-TTAGGCTTAGGG-TTAGATATA 1 GGTTTAGGGTTTAGGGTTTA-GTTTAGGGTTTA-AGATA * * * * 7142958 GGGTTAGGTTTTAGGTTTTAGGGTTA-GGTTT----TA 1 GGTTTAGGGTTTAGGGTTTA-GTTTAGGGTTTAAGATA * * 7142991 GGTTTTAGGGTTTAGGTTTTAACTTTAGGGTTTA 1 GG-TTTAGGGTTTAGGGTTT-AGTTTAGGGTTTA 7143025 GTGGTTGATT Statistics Matches: 111, Mismatches: 17, Indels: 25 0.73 0.11 0.16 Matches are distributed among these distances: 33 4 0.04 34 18 0.16 35 12 0.11 36 24 0.22 37 32 0.29 38 21 0.19 ACGTcount: A:0.19, C:0.02, G:0.33, T:0.47 Consensus pattern (37 bp): GGTTTAGGGTTTAGGGTTTAGTTTAGGGTTTAAGATA Found at i:7142908 original size:19 final size:18 Alignment explanation
Indices: 7142842--7143025 Score: 80 Period size: 18 Copynumber: 10.1 Consensus size: 18 7142832 GTTAGGTTCA * * 7142842 AGGTTTGGTTTATGGTTT 1 AGGTTTAGTTTAGGGTTT ** 7142860 AGGGTTTA-TTTAGTTTTT 1 A-GGTTTAGTTTAGGGTTT * 7142878 AGGTTAAGGTTTAGGGTTT 1 AGGTTTA-GTTTAGGGTTT 7142897 GAGGTTTAGTTTAGGGTTT 1 -AGGTTTAGTTTAGGGTTT * * * 7142916 AAG-ATAGGTTTCGGGTTT 1 AGGTTTA-GTTTAGGGTTT * 7142934 AGG-TTAGGCTTAGGG-TT 1 AGGTTTA-GTTTAGGGTTT * * * * 7142951 AGATATAGGGTTAGGTTTT 1 AGGTTTA-GTTTAGGGTTT 7142970 AGG--T--TTTAGGG-TT 1 AGGTTTAGTTTAGGGTTT 7142983 AGGTTTTAGGTTTTAGGGTTT 1 AGG-TTTA-G-TTTAGGGTTT * 7143004 AGGTTTTAACTTTAGGGTTT 1 AGG-TTT-AGTTTAGGGTTT 7143024 AG 1 AG 7143026 TGGTTGATTT Statistics Matches: 127, Mismatches: 23, Indels: 30 0.71 0.13 0.17 Matches are distributed among these distances: 13 5 0.04 14 5 0.04 16 1 0.01 17 12 0.09 18 41 0.32 19 28 0.22 20 25 0.20 21 9 0.07 22 1 0.01 ACGTcount: A:0.18, C:0.02, G:0.33, T:0.47 Consensus pattern (18 bp): AGGTTTAGTTTAGGGTTT Found at i:7142959 original size:36 final size:35 Alignment explanation
Indices: 7142884--7142974 Score: 94 Period size: 36 Copynumber: 2.5 Consensus size: 35 7142874 TTTTAGGTTA * 7142884 AGGTTTAGGGTTTGAGGTTTAGTTTAGGGTTTAAGAT 1 AGGTTTAGGGTTT-AGG-TTAGCTTAGGGTTTAAGAT * * 7142921 AGGTTTCGGGTTTAGGTTAGGCTTAGGG-TTAGATAT 1 AGGTTTAGGGTTTAGGTTA-GCTTAGGGTTTA-AGAT * * 7142957 AGGGTTAGGTTTTAGGTT 1 AGGTTTAGGGTTTAGGTT 7142975 TTAGGGTTAG Statistics Matches: 46, Mismatches: 6, Indels: 5 0.81 0.11 0.09 Matches are distributed among these distances: 35 6 0.13 36 28 0.61 37 12 0.26 ACGTcount: A:0.20, C:0.02, G:0.36, T:0.42 Consensus pattern (35 bp): AGGTTTAGGGTTTAGGTTAGCTTAGGGTTTAAGAT Found at i:7142998 original size:14 final size:14 Alignment explanation
Indices: 7142961--7143011 Score: 77 Period size: 14 Copynumber: 3.7 Consensus size: 14 7142951 AGATATAGGG 7142961 TTAGGTTTTAGGTT 1 TTAGGTTTTAGGTT * 7142975 TTAGG-GTTAGGTT 1 TTAGGTTTTAGGTT * 7142988 TTAGGTTTTAGGGT 1 TTAGGTTTTAGGTT 7143002 TTAGGTTTTA 1 TTAGGTTTTA 7143012 ACTTTAGGGT Statistics Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 2 0.87 0.08 0.05 Matches are distributed among these distances: 13 12 0.36 14 21 0.64 ACGTcount: A:0.16, C:0.00, G:0.31, T:0.53 Consensus pattern (14 bp): TTAGGTTTTAGGTT Found at i:7143017 original size:27 final size:27 Alignment explanation
Indices: 7142961--7143030 Score: 70 Period size: 27 Copynumber: 2.6 Consensus size: 27 7142951 AGATATAGGG * ** 7142961 TTAGGTTTTAGGTTTTAGGGTTAGGTT 1 TTAGGTTTTAGGGTTTAGGGTTAGACT * 7142988 TTAGGTTTTAGGGTTTAGGTTTTA-ACT 1 TTAGGTTTTAGGGTTTAGG-GTTAGACT * 7143015 TTAGGGTTTAGTGGTT 1 TTAGGTTTTAG-GGTT 7143031 GATTTTGGGT Statistics Matches: 36, Mismatches: 5, Indels: 3 0.82 0.11 0.07 Matches are distributed among these distances: 27 29 0.81 28 7 0.19 ACGTcount: A:0.16, C:0.01, G:0.31, T:0.51 Consensus pattern (27 bp): TTAGGTTTTAGGGTTTAGGGTTAGACT Found at i:7143025 original size:20 final size:20 Alignment explanation
Indices: 7142956--7143011 Score: 103 Period size: 20 Copynumber: 2.8 Consensus size: 20 7142946 GGGTTAGATA 7142956 TAGGGTTAGGTTTTAGGTTT 1 TAGGGTTAGGTTTTAGGTTT 7142976 TAGGGTTAGGTTTTAGGTTT 1 TAGGGTTAGGTTTTAGGTTT 7142996 TAGGGTTTAGGTTTTA 1 TAGGG-TTAGGTTTTA 7143012 ACTTTAGGGT Statistics Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 1 0.97 0.00 0.03 Matches are distributed among these distances: 20 25 0.71 21 10 0.29 ACGTcount: A:0.16, C:0.00, G:0.34, T:0.50 Consensus pattern (20 bp): TAGGGTTAGGTTTTAGGTTT Found at i:7143063 original size:21 final size:21 Alignment explanation
Indices: 7143001--7143263 Score: 215 Period size: 20 Copynumber: 12.9 Consensus size: 21 7142991 GGTTTTAGGG * * * 7143001 TTTAGGTTTTAACTTTAGGG- 1 TTTAGGGTTTGACTTTGGGGT * 7143021 TTTAGTGG-TTGA-TTTTGGGT 1 TTTAG-GGTTTGACTTTGGGGT 7143041 TTTAGGGTTTGACTTTGGGGT 1 TTTAGGGTTTGACTTTGGGGT * * * 7143062 TTGAGGG-TTGA-TTATAGGTT 1 TTTAGGGTTTGACTT-TGGGGT * * ** 7143082 TTTTGGGATTTGACTTTAGGCC 1 TTTAGGG-TTTGACTTTGGGGT * * 7143104 TTTAGGGTTTGACTTT-GAGC 1 TTTAGGGTTTGACTTTGGGGT * * 7143124 TTTAGGGTTTGGCATTGGGG- 1 TTTAGGGTTTGACTTTGGGGT * ** 7143144 TTTAGGATTTGGTTTTGGGG- 1 TTTAGGGTTTGACTTTGGGGT * 7143164 TTTAAGGTTTGACTTTGGGGT 1 TTTAGGGTTTGACTTTGGGGT * 7143185 TTTAAGGTTTGACTTT-GGG- 1 TTTAGGGTTTGACTTTGGGGT * 7143204 TTTAGGGTTTGACTTT-AGGT 1 TTTAGGGTTTGACTTTGGGGT * 7143224 TTTAAGGTTTGACTTTGGGGT 1 TTTAGGGTTTGACTTTGGGGT * 7143245 TTTAGGATTTGACTTTGGG 1 TTTAGGGTTTGACTTTGGG 7143264 TTTAGTGTTT Statistics Matches: 201, Mismatches: 30, Indels: 23 0.79 0.12 0.09 Matches are distributed among these distances: 19 27 0.13 20 97 0.48 21 61 0.30 22 14 0.07 23 2 0.01 ACGTcount: A:0.14, C:0.05, G:0.33, T:0.48 Consensus pattern (21 bp): TTTAGGGTTTGACTTTGGGGT Found at i:7143266 original size:20 final size:19 Alignment explanation
Indices: 7143001--7143304 Score: 177 Period size: 20 Copynumber: 15.1 Consensus size: 19 7142991 GGTTTTAGGG * 7143001 TTTAGGTTTTAACTTTAGGG- 1 TTTAGG-TTTGACTTT-GGGT * * 7143021 TTTAGTGGTTGATTTTGGGT 1 TTTAG-GTTTGACTTTGGGT 7143041 TTTAGGGTTTGACTTTGGGGT 1 TTTA-GGTTTGACTTT-GGGT * * * 7143062 TTGAGGGTTGA-TTATAGGTTT 1 TTTAGGTTTGACTT-T-GG-GT * ** 7143083 TTTGGGATTTGACTTTAGGCC 1 TTTAGG-TTTGACTTT-GGGT * * 7143104 TTTAGGGTTTGACTTTGAGC 1 TTTA-GGTTTGACTTTGGGT * * * 7143124 TTTAGGGTTTGGCATTGGGG 1 TTTA-GGTTTGACTTTGGGT ** 7143144 TTTAGGATTTGGTTTTGGGGT 1 TTTAGG-TTTGACTTT-GGGT * 7143165 TTAAGGTTTGACTTTGGGGT 1 TTTAGGTTTGACTTT-GGGT 7143185 TTTAAGGTTTGACTTTGGG- 1 TTT-AGGTTTGACTTTGGGT * 7143204 TTTAGGGTTTGACTTTAGGT 1 TTTA-GGTTTGACTTTGGGT 7143224 TTTAAGGTTTGACTTTGGGGT 1 TTT-AGGTTTGACTTT-GGGT 7143245 TTTAGGATTTGACTTTGGG- 1 TTTAGG-TTTGACTTTGGGT * * 7143264 TTTAGTGTTTAACCTTGGG- 1 TTTAG-GTTTGACTTTGGGT * * 7143283 TTTAGACTTTGACTTTTGGT 1 TTTAG-GTTTGACTTTGGGT 7143303 TT 1 TT 7143305 CGGGTTTGAA Statistics Matches: 228, Mismatches: 37, Indels: 38 0.75 0.12 0.13 Matches are distributed among these distances: 18 1 0.00 19 52 0.23 20 101 0.44 21 62 0.27 22 10 0.04 23 2 0.01 ACGTcount: A:0.14, C:0.06, G:0.32, T:0.48 Consensus pattern (19 bp): TTTAGGTTTGACTTTGGGT Found at i:7143285 original size:60 final size:60 Alignment explanation
Indices: 7143158--7143285 Score: 195 Period size: 60 Copynumber: 2.1 Consensus size: 60 7143148 GGATTTGGTT * * * 7143158 TTGGGGTTTAAGGTTTGACTTTGGGGTTTTAAGGTTTGACTTTGGGTTTAGGGTTTGACT 1 TTGGGTTTTAAGGTTTGACTTTGGGGTTTTAAGGTTTGACTTTGGGTTTAGGGTTTAACC * * 7143218 TTAGGTTTTAAGGTTTGACTTTGGGGTTTT-AGGATTTGACTTTGGGTTTAGTGTTTAACC 1 TTGGGTTTTAAGGTTTGACTTTGGGGTTTTAAGG-TTTGACTTTGGGTTTAGGGTTTAACC 7143278 TTGGGTTT 1 TTGGGTTT 7143286 AGACTTTGAC Statistics Matches: 61, Mismatches: 6, Indels: 2 0.88 0.09 0.03 Matches are distributed among these distances: 59 3 0.05 60 58 0.95 ACGTcount: A:0.14, C:0.05, G:0.32, T:0.48 Consensus pattern (60 bp): TTGGGTTTTAAGGTTTGACTTTGGGGTTTTAAGGTTTGACTTTGGGTTTAGGGTTTAACC Found at i:7144303 original size:144 final size:140 Alignment explanation
Indices: 7144038--7144424 Score: 336 Period size: 144 Copynumber: 2.7 Consensus size: 140 7144028 GAGCTAAAAT * * ** * * 7144038 TTTTCGTGAAAATCTAACCTCAAAAAGGCTAAATTAGGAAAATACCCTTAAAGGGTATTTAGGTA 1 TTTTCATGAAAATC-AACCTCAAAAAGGC-AAATTAGAAAAATACCCCAAAAGGATATTTAGATA * * * * * 7144103 ATTTCACTTTTTTTAGGTATAATCAAGGTTTTCAACGCATCAAAATTCATGGAATAAT-TGTAAA 64 ATTTCACATTTATGAGGTACAATCAAAGTTTTCAACGCATCAAAATTCATGGAATAATAT-TAAA * * 7144167 GCATGATTTGAAG 128 ACATCATTTGAAG * 7144180 CTTTTCATGAAAAATCAACCTCGAAAAGGTCAAATTATGAAAAATACCCCAAAAGGATATTTTA- 1 -TTTTCATG-AAAATCAACCTCAAAAAGG-CAAATTA-GAAAAATACCCCAAAAGGATA-TTTAG * ** * 7144244 ATAATTTCAACATTTATGAGGTGCAATCAAAGTTTTCATTGCATCAAGATTCAT-GAATAATATT 61 ATAATTTC-ACATTTATGAGGTACAATCAAAGTTTTCAACGCATCAAAATTCATGGAATAATATT * 7144308 AAAACATCATTTGGAG 125 AAAACATCATTTGAAG * * * * ** ** 7144324 TTTGTCATGTAAAACCAACTTCAAAAATGCCAAATTACAAAAATACCCTTAAAGGGCATTTACG- 1 TTT-TCATG-AAAATCAACCTCAAAAA-GGCAAATTAGAAAAATACCCCAAAAGGATATTTA-GA * * 7144388 TAATTTCAC-TCTTATGAGATGCAATC-AAGATTTTCAA 62 TAATTTCACAT-TTATGAGGTACAATCAAAG-TTTTCAA 7144425 GTATCCAAAT Statistics Matches: 201, Mismatches: 31, Indels: 25 0.78 0.12 0.10 Matches are distributed among these distances: 141 4 0.02 142 26 0.13 143 51 0.25 144 78 0.39 145 42 0.21 ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.13, T:0.32 Consensus pattern (140 bp): TTTTCATGAAAATCAACCTCAAAAAGGCAAATTAGAAAAATACCCCAAAAGGATATTTAGATAAT TTCACATTTATGAGGTACAATCAAAGTTTTCAACGCATCAAAATTCATGGAATAATATTAAAACA TCATTTGAAG Found at i:7145856 original size:59 final size:59 Alignment explanation
Indices: 7145708--7145879 Score: 150 Period size: 61 Copynumber: 2.9 Consensus size: 59 7145698 ATCTTTATAA ** * * * * * * 7145708 CAAAAATTCACTTCAAGGGTCTTGATTATTTGATCTTGAATTGAATAAATATGTGCTTTAG 1 CAAAAATTCACTTCAAAAGTTTTGATGACTCGAGCTTGAATTGAATAAAT-T-TTCTTTAG * * ** * 7145769 TAGAAATTCACTTCAAGGGTTTTGATGACTCGAGCTTGAATTGAATAAATTTTTTTTAG 1 CAAAAATTCACTTCAAAAGTTTTGATGACTCGAGCTTGAATTGAATAAATTTTCTTTAG * * ** 7145828 CAAAAATTCACTTTAAAAGTATTT-ATGACTTGATATTGAATTGAAT-AATTTT 1 CAAAAATTCACTTCAAAAGT-TTTGATGACTCGAGCTTGAATTGAATAAATTTT 7145880 GGACCTAAAA Statistics Matches: 93, Mismatches: 17, Indels: 5 0.81 0.15 0.04 Matches are distributed among these distances: 58 6 0.06 59 40 0.43 60 4 0.04 61 43 0.46 ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.15, T:0.41 Consensus pattern (59 bp): CAAAAATTCACTTCAAAAGTTTTGATGACTCGAGCTTGAATTGAATAAATTTTCTTTAG Found at i:7146035 original size:28 final size:28 Alignment explanation
Indices: 7145984--7146037 Score: 74 Period size: 28 Copynumber: 1.9 Consensus size: 28 7145974 AATTTGATTC * 7145984 CAATATAGGGATTTTTAAACTTTGGTAT 1 CAATATAGGGATTTTGAAACTTTGGTAT * 7146012 CAATTTAGGGATTCTTGAAA-TTTGGT 1 CAATATAGGGATT-TTGAAACTTTGGT 7146038 CCTAATTTAC Statistics Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2 0.85 0.07 0.07 Matches are distributed among these distances: 28 18 0.78 29 5 0.22 ACGTcount: A:0.30, C:0.07, G:0.20, T:0.43 Consensus pattern (28 bp): CAATATAGGGATTTTGAAACTTTGGTAT Found at i:7146044 original size:28 final size:28 Alignment explanation
Indices: 7146012--7146080 Score: 77 Period size: 28 Copynumber: 2.5 Consensus size: 28 7146002 ACTTTGGTAT * * * 7146012 CAATTTAGGGATTCTTGAAATTTGGTCC 1 CAATTTAAGGATTCTTGAAACTTGATCC * * 7146040 TAATTTACA-AATTCTTGAAACTTGATCC 1 CAATTTA-AGGATTCTTGAAACTTGATCC 7146068 CAATTTAAGGATT 1 CAATTTAAGGATT 7146081 TATAAATCTT Statistics Matches: 32, Mismatches: 7, Indels: 4 0.74 0.16 0.09 Matches are distributed among these distances: 27 1 0.03 28 31 0.97 ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.14, T:0.39 Consensus pattern (28 bp): CAATTTAAGGATTCTTGAAACTTGATCC Found at i:7147309 original size:31 final size:31 Alignment explanation
Indices: 7147247--7147309 Score: 99 Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31 7147237 TTTAATTATT * ** 7147247 ACTTTAGTTTAAAGTGTATTTTATGTCTATA 1 ACTTCAGTTTAAAGTGTATTTTATGAATATA 7147278 ACTTCAGTTTAAAGTGTATTTTATGAATATA 1 ACTTCAGTTTAAAGTGTATTTTATGAATATA 7147309 A 1 A 7147310 GGAAGTTTAT Statistics Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 0 0.91 0.09 0.00 Matches are distributed among these distances: 31 29 1.00 ACGTcount: A:0.33, C:0.06, G:0.13, T:0.48 Consensus pattern (31 bp): ACTTCAGTTTAAAGTGTATTTTATGAATATA Found at i:7147685 original size:3 final size:3 Alignment explanation
Indices: 7147677--7147703 Score: 54 Period size: 3 Copynumber: 9.0 Consensus size: 3 7147667 TCACAACATA 7147677 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT 1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT 7147704 GCTTAAGCTT Statistics Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 3 24 1.00 ACGTcount: A:0.67, C:0.00, G:0.00, T:0.33 Consensus pattern (3 bp): AAT Found at i:7167453 original size:540 final size:533 Alignment explanation
Indices: 7166194--7170441 Score: 2832 Period size: 541 Copynumber: 7.9 Consensus size: 533 7166184 AATTCCTTAG * * * * * * 7166194 CTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTCCATACAAACATATTCAAAATAAAATAGTACTAG 1 CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA * * * ** * * * * * 7166259 TTTATTAATA-TTCAAAAATTGATAAATGAAAAAGCTAAAAAACAAATCTGTTTATC-AAATAAA 65 TTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-AA-G--AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACT-AG * * * ** * * * * 7166322 TTTAAATAGTTATGATTGCTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGA-TCTTTTGTTTTGTC 125 TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACT-TTTTGTTTAGTC * * * ** * 7166386 ATAAAATAATTATTTCTA-TTCAAATC-AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATGAATA 189 ATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATA-CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA * * * * * * * * * 7166449 TTATGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTC 252 TT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAATT * * * ** * * 7166514 AT-ATCCATTTGAACAACTATTTATTTGAAATCGTTAAAACCTTTTGGTTTGTCATAAAAC-A-- 316 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ATAAAATAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAAAAAATCTAATTTATTAACAT 189 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATAT * * * 7166981 TTAAAATTTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGAT 253 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATA-AT * * * 7167046 T-TGACTATTTGAACAATTTTTTATTTAAAGTCATTATAACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATT 315 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT * * * * * * 7167110 ATTTCAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATTATGCTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAA 379 ATTTTAGTTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA * * 7167175 TAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAGCTATTTTA-GAACCAGTTCAAATAGGTATGATAATTTGAA 444 TAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAA-CTATTTTACGAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAA * * 7167239 CAAATATCAATCTCAAATAGTTATGAT 507 CAATTATCTATCTCAAATAGTTATGAT ** * * * * 7167266 CTTTGTTTTCACATAAAATAATTATTTGTGATCATACAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAA 1 CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAA ** 7167331 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** ** * * 7168129 CTATATGAACAATGACATATTTGTAATTGTTACAACCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT 320 CTATTTGAACAATTATTTATTT-AAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTAATAAAACAATTATTT * * * * * * * * * 7168194 CAGCTCATACAAGCTTAT-TCAGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTTAAAGATTTATAA 383 TAGTTCATAAAAGCTTATCTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA * * * * * 7168258 GTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTA-TTTACCGAACTAGTTCAAATAATTAT-ATTTGTTTAAAC 447 GTAAGAGATTTA-AAAATAA-ACTATTTTA-CGAACCAGTTCAAATAGTTATGA-TTATTTGAAC * * * * 7168321 AATTATCTATTTCAATTTGTTATTA- 508 AATTATCTATCTCAAATAGTTATGAT * * * * * * * * 7168346 CTTT-TTTT-TCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTTTTTGAAATAAAATGATACTAA 1 CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATTCAAATAAAATAATACTAA * * * * * * * * * 7168409 TTTATTAACATCTAAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATCTGTTTACCAAACCATT 65 TTTAATAATATTTCAAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCGAACTAGT * * ** * * * * 7168474 TTAAATAATTTTGACTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATCGCTATAACTTTTTATTTTA-TCA 126 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GTTTGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTA * * * * * * * * * * 7181437 GTAATAATTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAATAGTTGTTTTATGACTAAAGAAAATG 312 GTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG * * * * * * * * * * 7181501 TTAGAAC-AGTTTAAAAAAGATAATTGTTCTAATTGTCTTAACTGTTTGAACTAGTTCAGCAAAC 376 TCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAT * * * * * * * 7181565 ACATTTATTTTTTAAATCTTTAATTAATTTTTGGAATACTATTAAATGAGTATTATTTTA-ATCT 440 AGATTTATTTTTTAAATCTCTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC- * * ** * * 7181629 GAATAAGCTTG-ATAAAAAGAAATAATTA 504 AAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTG * * * * * * 7181657 TTTTATGATAAAAT-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATAT 1 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT * * * * 7181721 TTGAAC-TGTTTCAATAAACTA-ATTTAGTTTTTAATTCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATA 66 TTGAACTTG-TTCAGTAAA-TATATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAATTTTTAAAATATTAATA * * * * * * * * * * 7181784 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* ** * * 7182191 GTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACTCCTTCG-AATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTA 1 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAC-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA * * * ** 7182255 TTTGAA-TATGTTTAGAAAATATATTTATTTTTTAAATTATTACTTATTAATTTTTGGAATATTA 65 TTTGAACT-TGTTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAA-TCTT--TTATTAATTTTTAAAATATTA * * * * * * ** 7182319 ATAAATTTGTATTATTTTAGTTGGAAAAAG-TTTGCATGAATAGAAATGATTGTTTTATGACAAA 126 ATAAATTAGTATTTTTTTATTTTGAATAAGCTTT-TATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAA * * * * * 7182383 ATAAAATGTCATAATGATTTGAAATGTAA-AATTGTTCAAATAGTTATAA-TATTTAAACTTGTT 189 ACAAAATGTCATAACGATTTGAAA--AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT * * * * * * * 7182446 CGGTAAATATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTGATAAATTAATAT 252 TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTAT * * * * * * * ** 7182511 TATTTTTTATT-TCGAATAAACCTATATGAAATA-ATATAATTGCTTTATGATGAAACAAAAGGT 316 TA--TTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT * * * * * * * 7182574 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* * * * ** 7182988 TTCGATAAACAGATTTGA-TTTTTAAATATCTTA-TTA--ATTTTTTAAATATTAATAAATTAAA 250 TTTGATAAATAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGT * * ** * * * 7183049 ATTATGTTATT-TCGAATAAGCTTGTGCGAATAGAAACAATTATTTTCTAACAAAACAAAAGGTC 314 ATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC * * * * * ** 7183113 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGCA-TTGGTCAAGCCAATAG 378 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC-AGTAAATAG * * * * * * 7183177 ATTCATTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTCGTAATATTAATAAATTAGCATTGTTTTATTT 442 ATTTATTTTTTAAAT-C--T-CTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT ** * * 7183242 TGAATAAGAC-TATATCAAT-AGAAACAATTG 503 CAAATAAG-CTTGTAT-GATCAGAAACAATTG * * * * * * * 7183272 TTTAATGACAAAATAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAG 1 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT * * * * 7183337 TTGAA-TTGGGTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAACA 66 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* * * * 7186115 CAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAA-AATTGCTCAAATTGTCATAACTATTAGAACTTGTTTG 190 CAAAATGTCATAACGATTTGAAA-AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG * * * 7186179 ATTAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAGATTAGTATTT 254 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTA-TT * * * * * * * * * 7186240 TTTTTATT-TCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACATATGGTCATA 317 ATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA * * * * * * * * * 7186304 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCAAAATTATTTGAGCTAGTT-AGGTACACAGAAT 381 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCA-GTAAATAGATT * * * * * * 7186368 AAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTCA-TTTTATTTTATTCCT 445 TATTTTTTAAATCTC-TA---ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCA ** * * 7186432 AATAAGCGAGTATGAAT-TGAAAAAAATTG 505 AATAAGCTTGTATG-ATCAG-AAACAATTG * ** * * * 7186461 TTTTATGATAAAATAAAAACTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT 1 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* * * * * * * * * * * 7181481 TTTTATGACTAAAGAAAATGTTAGAA-CAGTTTAAAAAAGATAATTGTTCTAATTGTCTTAACTG 1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA * * * * * * * 7181545 TTTGAACTAGTTC-AGCAAACACATTTATTTTTTAAATCT-TTAATTAATTTTTGGAATACTATT 65 TTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTAATTTTTGAAATATTAAT * * * * * * * 7181608 AAATGAGTATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTG-ATAAAAAGAAATAATTATTTTATGATAAAA- 128 AAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC * * * * * * * 7181670 TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGT-TTCA 192 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCG * * * * * ** 7181734 ATAAACTA-ATTTAGTTTTT-AA--TTCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATCAATATT 256 GTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTATATT * ** * * 7181794 ATTTT-TTTGAATAATTTTGCATATG--CAGAAACAATTA 319 ATTTTAATTGAATAAGCTTG--TATGAATAGAAACAATTG * * * * ** * * 7181831 TTTTATGAAAAAATAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGAAATGATTAT 1 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** * * * 7184995 TTAATCCAATTATGCTTGTATGAACA-AAACTATTG 322 TTAATTGAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG * * * * * 7185030 TTTTATAACAGAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAT 1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT * * * * * * * 7185094 TAGAACTTATTTGATAAATAGATTTATATTTTAAATCTATTATTAATTTTTGAAATATTAGTAGA 66 TTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA * * * * * * * * * * 7185159 TTAATATTTTTTTTATTTCAAACAAACTTGTATGAACAAAAACATTTATTTTATGATAAAACAAA 131 TTAGTA-TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA * * * * * * * 7185224 AGGTCACAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAAGTTGTTAGGTAA 195 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAA * * * * * * * * 7185289 ACAAAATTATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTCATTTTATTTT 260 ATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTTATATTATTTT * ** * * * 7185354 -ATTCCTAATAAGCGAGTATGAATTGAAAAAATTA 324 AATT--GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG * * * * 7185388 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* * * * * * * 7190171 AGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAGAAGCTTGTAT-AAGCT-GAAATAATTATTATATGACT 125 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA--TAGAAACAATTGTTTTATGACA * * * * * * * * * * ** 7190234 AAACGAAATGTTAGAATGATTTG-AATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTGGAACTGGT 188 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT * * * * * * * 7190298 TTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATC---T-CTCATTAATTTTTGGAGTATTATTAAA-TTAGT 253 TCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTA-T * * * 7190358 ATTATTTTTATCTGAATAGGCTTGTATG-ATA-AAAAATAGTTG 316 ATTATTTTAAT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-A-TTG * ** * * * * 7190400 TTTTTATGAGAAAACAAATA--TCATAACAATTTGAGATTA-ATATTTGTTCAAATATTCATAAT 1 -TTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC * *** * * * * * * 7190462 TATTTAAAGAAGTTCAAAAAAACAGCTTTAGTTTTAAAATCCCTTGCTTATTAATTTTTGAAATA 63 TATTTGAACTTGTTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAAT--C-T-CTTATTAATTTTTGAAATA * * * * * * * * * * 7190527 TTAATAGAGTCGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACT-GAAATAATTATTTTATAAC 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* * * * 7194145 TATAATATTAATAAATTTGCATTACTTATT-TTTG-AATAAGAC-TGTATGAATAGAAATAATTG 63 TA-AATATTAATAAATTTGTATTA-TT-TTATTCGAAATAAG-CTTGTATGACTAGAAAAAATTG * ** * 7194207 TTTTATGACAAAACAAATGGTCATAGTGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACT-T 124 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT * * * * * 7194271 ATTAAAC-TGCTT-TAGTAAATAGATTTATTTCTT-AA--TTCT-CTTATTAATTTTCAAAATGT 189 -TTGAACTTG-TTCGA-TAAACAGATTTATTT-TTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AAAATAT * * * * * * 7194330 TAATAAATT-AATATATTTTATTCTGAGCA-AA-CTTATTTGAACAAAAACATTTGTTTTATGAA 249 TAATAAATTAAAT-TATTTTATT-TCA-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAT * * * 7194392 AAAAC-AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC 311 AAAACTAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC * * ** * * * * 7194440 ATAATTATTTAAAC-TAGTTTGGCAATCAGAATTGTTTTTCAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTT 1 ATAACTATTTGAACTTA-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTT * * * * * * * * 7194503 CAAGTACTAAT-AATTTTTTTTATTTTATTCTAAATAAG-TTAGTAAGAACTA-AAAAATTTATT 64 -AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTT-GTATG-ACTAGAAAAAATTGTT ** *** * * * * * * 7194565 TTACAATTGAAGAGAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAG-CTTTAACTATT 126 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATT * * * * * * 7194629 TGAA-TTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTCATAATATTAT 190 TGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAA ** * * * * * * * * 7194693 TACGTTATCATTATTATATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAA- 252 TAAATTA-AATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAC ** 7194757 TAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT--A-AATTGTTCAAATAGTC 316 TAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC * 7194798 ATAACTATTTGAA-TTAGTTAT-ATAAACAAATTTATTTTTTTAAATC-CTTTACTTATTAATCT 1 ATAACTATTTGAACTTA-TT-TGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAAT-T * * * 7194860 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AGCCTTGTATGA-T-GAAAAACAATT 61 TTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCGAAATAAG-CTTGTATGACTAG-AAAA-AATT * ** * * * * * 7194922 GTTTTATGAAAAAACAAAATTTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGCTCAAAT-GACCATAATT 123 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAACT * * * * * 7194986 ATTTGAA-TTGATTCGATAAACTA-ATTTAAGTTTTAAATCTCTAACTAATCAATTTTTAAAATA 187 ATTTGAACTTG-TTCGATAAAC-AGATTT-ATTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAAAATA * * * 7195049 TTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACTAAACAA-AA-TGTTTTATGA 248 TTAATAAATTAA-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAA-AACAATTGTTTTATGA * * * * 7195112 TAAAA-TAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC 310 TAAAACTAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC * 7195161 ATAACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAAC-------------AAA-----T--TTATT--TTTTT- 1 ATAACTATTTGAACTTATTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA * * * * * * * 7195202 AGTGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCATGTATGAACTA-AAATAATTATTTT 65 AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATG-ACTAGAAAAAATTGTTTT * * * * * * * * * 7195265 ATGACTAAACAAAAGGCCAAAACAATTTGAAATAGATAATTTTTCTAATAGTCTTAACTATTTGC 128 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA * * * * * 7195330 A-TTGGTTC-AGTAAACACATTCATTTTTTAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTA 193 ACTT-GTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATA * * * * * * * * * ** 7195392 ATTTGGTAA-TATTTTA-GTCAGAATAAACTTATATGAATAGAAACAAATGTTTTAGGACCAAAC 254 AATT--AAATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAC * * * ** * 7195455 -AAAA-ATCATAACGATTTGTGATAGATAATTGTTCAAATAGTC 316 TAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC * * * * * 7195497 ATAACTATTTGAAC-TAGTTCGCTAAAAAGATTTAGTTTTTAAA--T-GT-CTTATTAATTTTTG 1 ATAACTATTTGAACTTA-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT- * ** * ** * * * 7195557 AAATAGTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTG-AATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT 64 AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGACTAGAAAAAATTGTTTT * * * ** * ** * * * * * 7195621 AAGACAAAACAAAATGTCTTAAAAATTTAAAATAGCTAATAGTTTAAATGGACATGACTATTTGA 128 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA * * * ** 7195686 ATTTGATC-AGTAAACAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTT 193 ACTTGTTCGA-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT 7195736 TAGAATANNN Statistics Matches: 1577, Mismatches: 315, Indels: 252 0.74 0.15 0.12 Matches are distributed among these distances: 335 3 0.00 336 61 0.04 337 71 0.05 338 103 0.07 339 14 0.01 340 2 0.00 342 5 0.00 344 1 0.00 349 6 0.00 351 1 0.00 352 5 0.00 354 7 0.00 355 8 0.01 356 212 0.13 357 151 0.10 358 72 0.05 359 45 0.03 360 212 0.13 361 171 0.11 362 371 0.24 363 53 0.03 364 3 0.00 ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42 Consensus pattern (359 bp): ATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA ATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGACTAGAAAAAATTGTTTTATG ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAAA TTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACTAAAAGGTTA TAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC Found at i:7194437 original size:16 final size:17 Alignment 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Indices: 7195049--7195357 Score: 365 Period size: 157 Copynumber: 2.0 Consensus size: 157 7195039 TTTTAAAATA * * * 7195049 TTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTTTATGAACTAAACA-AAATGTTTTATGA 1 TTAATAAAGTAATATTATTTTATTT-AGAATAAGCATGTATGAACTAAA-ATAAATATTTTATGA * * ** * * * 7195112 -TAAAATAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT 64 CT-AAACAAAAGGCCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T * * 7195176 T-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAGTG 127 TGGTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTTAGTG * * * * 7195206 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTAAAATAATTATTTTATGACT 1 TTAATAAAGTAATATTATTTTATTTAGAATAAGCATGTATGAACTAAAATAAATATTTTATGACT * * * * 7195271 AAACAAAAGGCCAAAACAATTTGAAATAGATAATTTTTCTAATAGTCTTAACTATTTGCATTGGT 66 AAACAAAAGGCCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGT * 7195336 TCAGTAAACACATTCATTTTTT 131 TCAGTAAACAAATTCATTTTTT 7195358 AATTTCTTAC Statistics Matches: 127, Mismatches: 21, Indels: 8 0.81 0.13 0.05 Matches are distributed among these distances: 156 4 0.03 157 122 0.96 158 1 0.01 ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42 Consensus pattern (157 bp): TTAATAAAGTAATATTATTTTATTTAGAATAAGCATGTATGAACTAAAATAAATATTTTATGACT AAACAAAAGGCCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGT TCAGTAAACAAATTCATTTTTTTAGTG Found at i:7197321 original size:10 final size:11 Alignment explanation
Indices: 7197305--7197348 Score: 56 Period size: 10 Copynumber: 4.1 Consensus size: 11 7197295 ATTTTGACTC 7197305 ATATTATTTTT 1 ATATTATTTTT 7197316 -TATTATTTTT 1 ATATTATTTTT 7197326 CATATTATTTTT 1 -ATATTATTTTT * 7197338 AT-TTATCTTT 1 ATATTATTTTT 7197348 A 1 A 7197349 AAATATTCAG Statistics Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 5 0.83 0.03 0.14 Matches are distributed among these distances: 10 18 0.60 11 2 0.07 12 10 0.33 ACGTcount: A:0.25, C:0.05, G:0.00, T:0.70 Consensus pattern (11 bp): ATATTATTTTT Found at i:7197333 original size:12 final size:12 Alignment explanation
Indices: 7197303--7197337 Score: 56 Period size: 12 Copynumber: 3.1 Consensus size: 12 7197293 AAATTTTGAC 7197303 TCATATTATTTT 1 TCATATTATTTT 7197315 T--TATTATTTT 1 TCATATTATTTT 7197325 TCATATTATTTT 1 TCATATTATTTT 7197337 T 1 T 7197338 ATTTATCTTT Statistics Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 4 0.84 0.00 0.16 Matches are distributed among these distances: 10 10 0.48 12 11 0.52 ACGTcount: A:0.23, C:0.06, G:0.00, T:0.71 Consensus pattern (12 bp): TCATATTATTTT Found at i:7197795 original size:3 final size:3 Alignment explanation
Indices: 7197787--7197837 Score: 93 Period size: 3 Copynumber: 16.7 Consensus size: 3 7197777 AAAAATATCT 7197787 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTTA TTA 1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA -TTA TTA 7197833 TTA TT 1 TTA TT 7197838 TACGATGGAA Statistics Matches: 47, Mismatches: 0, Indels: 2 0.96 0.00 0.04 Matches are distributed among these distances: 3 44 0.94 4 3 0.06 ACGTcount: A:0.31, C:0.00, G:0.00, T:0.69 Consensus pattern (3 bp): TTA Found at i:7200547 original size:228 final size:228 Alignment explanation
Indices: 7200150--7200604 Score: 901 Period size: 228 Copynumber: 2.0 Consensus size: 228 7200140 TAGCCTTGAA * 7200150 GTACAGCTCACTAGAATCTTGCATGAACCTAAAGAGTAAGCTGGTTGAATGCATGACATCTGGCA 1 GTACAGCTCACTAGAATCTTGCATGAAACTAAAGAGTAAGCTGGTTGAATGCATGACATCTGGCA 7200215 TTGTTGCTATCAAATATAGCAAGCATCCAATCAAATTCCTATATATAGAACCATCCACCTTGTCT 66 TTGTTGCTATCAAATATAGCAAGCATCCAATCAAATTCCTATATATAGAACCATCCACCTTGTCT 7200280 GCTCCATTTTCCTTAACCACCTTCTCATTTCGAATTAATGGAGTGTTGACTGGTTTGCAGTTTTT 131 GCTCCATTTTCCTTAACCACCTTCTCATTTCGAATTAATGGAGTGTTGACTGGTTTGCAGTTTTT 7200345 CATGCCAAACTTGATAAAAACTTCATTTGCATG 196 CATGCCAAACTTGATAAAAACTTCATTTGCATG 7200378 GTACAGCTCACTAGAATCTTGCATGAAACTAAAGAGTAAGCTGGTTGAATGCATGACATCTGGCA 1 GTACAGCTCACTAGAATCTTGCATGAAACTAAAGAGTAAGCTGGTTGAATGCATGACATCTGGCA 7200443 TTGTTGCTATCAAATATAGCAAGCATCCAATCAAATTCCTATATATAGAACCATCCACCTTGTCT 66 TTGTTGCTATCAAATATAGCAAGCATCCAATCAAATTCCTATATATAGAACCATCCACCTTGTCT 7200508 GCTCCATTTTCCTTAACCACCTTCTCATTTCGAATTAATGGAGTGTTGACTGGTTTGCAGTTTTT 131 GCTCCATTTTCCTTAACCACCTTCTCATTTCGAATTAATGGAGTGTTGACTGGTTTGCAGTTTTT 7200573 CATGCCAAACTTGATAAAAACTTCATTTGCAT 196 CATGCCAAACTTGATAAAAACTTCATTTGCAT 7200605 ATTTCTTTTG Statistics Matches: 226, Mismatches: 1, Indels: 0 1.00 0.00 0.00 Matches are distributed among these distances: 228 226 1.00 ACGTcount: A:0.30, C:0.22, G:0.16, T:0.33 Consensus pattern (228 bp): GTACAGCTCACTAGAATCTTGCATGAAACTAAAGAGTAAGCTGGTTGAATGCATGACATCTGGCA TTGTTGCTATCAAATATAGCAAGCATCCAATCAAATTCCTATATATAGAACCATCCACCTTGTCT GCTCCATTTTCCTTAACCACCTTCTCATTTCGAATTAATGGAGTGTTGACTGGTTTGCAGTTTTT CATGCCAAACTTGATAAAAACTTCATTTGCATG Found at i:7206695 original size:22 final size:22 Alignment explanation
Indices: 7206670--7206711 Score: 66 Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22 7206660 TTTAGTGTCA * 7206670 TTGATTTAGCTTTAAAGGAACT 1 TTGATCTAGCTTTAAAGGAACT * 7206692 TTGATCTATCTTTAAAGGAA 1 TTGATCTAGCTTTAAAGGAA 7206712 GTCAAGTTTA Statistics Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0 0.90 0.10 0.00 Matches are distributed among these distances: 22 18 1.00 ACGTcount: A:0.33, C:0.10, G:0.17, T:0.40 Consensus pattern (22 bp): TTGATCTAGCTTTAAAGGAACT Found at i:7208165 original size:21 final size:20 Alignment explanation
Indices: 7208139--7208183 Score: 63 Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20 7208129 CCAAAAATTA 7208139 TTTTTATTTAGAAATACTAAT 1 TTTTTATTTAGAAATA-TAAT ** 7208160 TTTTTATTTCTAAATATAAT 1 TTTTTATTTAGAAATATAAT 7208180 TTTT 1 TTTT 7208184 AAAAATTTTA Statistics Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 1 0.88 0.08 0.04 Matches are distributed among these distances: 20 8 0.36 21 14 0.64 ACGTcount: A:0.33, C:0.04, G:0.02, T:0.60 Consensus pattern (20 bp): TTTTTATTTAGAAATATAAT Found at i:7211805 original size:28 final size:28 Alignment explanation
Indices: 7211752--7211805 Score: 72 Period size: 28 Copynumber: 1.9 Consensus size: 28 7211742 TGCCCCAAAG * * 7211752 TCAAACTTAGTCAAACTAGATAAAAAAA 1 TCAAACTTAATCAAAATAGATAAAAAAA * * 7211780 TCAAACTTAATCAAAATTGATCAAAA 1 TCAAACTTAATCAAAATAGATAAAAA 7211806 TCGATCAAAG Statistics Matches: 22, Mismatches: 4, Indels: 0 0.85 0.15 0.00 Matches are distributed among these distances: 28 22 1.00 ACGTcount: A:0.56, C:0.15, G:0.06, T:0.24 Consensus pattern (28 bp): TCAAACTTAATCAAAATAGATAAAAAAA Found at i:7212669 original size:24 final size:24 Alignment explanation
Indices: 7212637--7212689 Score: 90 Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24 7212627 TCATCTCAGG * 7212637 GAGCTTGATCCAATGGTGAAAGAT 1 GAGCTTGATCAAATGGTGAAAGAT 7212661 GAGCTTGATCAAATGGTGAAAGAT 1 GAGCTTGATCAAATGGTGAAAGAT 7212685 G-GCTT 1 GAGCTT 7212690 CTTACAAAGA Statistics Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 1 0.93 0.03 0.03 Matches are distributed among these distances: 23 4 0.14 24 24 0.86 ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.30, T:0.26 Consensus pattern (24 bp): GAGCTTGATCAAATGGTGAAAGAT Done.