Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168026.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_28, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15507587
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Warning! 97000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 43 of 91
Found at i:7306427 original size:533 final size:525
Alignment explanation
Indices: 7305370--7306422 Score: 1186
Period size: 533 Copynumber: 2.0 Consensus size: 525
7305360 GAAATATTAC
* * *
7305370 TAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTACAAACTAAAACGATTGTTTTATGACAAGAC
1 TAAAGTAGTATTATTTTATTTAGAATAAACTTTTACAAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
7305435 AAATGGTCATAATTATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGCCATAATTATTCAAACTTGTTCAG
66 AAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAATTATTTAAATAACCATAATTATTCAAACTTGTTCAG
* * *
7305500 TAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCATCATTATTAACTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTA
131 TAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCATCATTATTAACTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATTA
* * * *
7305565 TTTTCTTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTACACGACTAAAGAAAAGGTCAGAAC
196 ATTTATTCCAAATAAGCTTG-AT-AACTG--A-AATTATT--A-GACTAAACAAAAGGTCAAAAC
* ** * **
7305630 AATTTAAAATTGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACACATTTAT
253 AATCTAAAATAAATAATTATCCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGACAAACACATTTAT
* * *
7305695 TTTTTGAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAATATTTTTATCTAAATAAGCT
318 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAATATTTTAATATAAATAAGCT
** * ** *
7305760 TGTATGATCAGAAATAATTATTTTATGAGAAAACAAATGTCAAAACAATTTAAGATTCATATTTA
383 TGTATGAAAAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAATGTCAAAACAATTTAAGATAAATAATTA
* * * * * * *
7305825 TTCAAATAGCCATAATTATTTGAATTGGTTTGGAAAACAATTTTAGTTTTTAAAAATCTTGCTTA
448 TTCAAATAGCCATAACTATATGAACTAGTTTAGAAAACAAATTTAGTTTTTAAAAATCTTGCATA
7305890 TTAATTTTCAAAA
513 TTAATTTTCAAAA
** * * *
7305903 TAAAGTAGTATTATTTTATTTCAG-ATAAGTTTTTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
1 TAAAGTAGTATTATTTTATTT-AGAATAAACTTTTACAAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* ** *
7305967 CAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAATTATTTAAATAATCA-AATCTATTTTAATTTGTT-
65 CAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAATTATTTAAATAACCATAAT-TATTCAAACTTGTTC
* * *
7306030 TGATAAACATATTTGTTTTTTAAAATCTCATGC-TTATTAA-TGTTTCGAATGTTAATAAATTAG
129 AG-TAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCAT-CATTATTAACT-TTTCGAATGTTAATAAATTAG
* * **
7306093 TATTAATTTATTCTAGATAAGCTTG-T-A-TG-AA-TA-T-GACTAAACAAAAGGTCAAAATGAT
191 TATTAATTTATTCCAAATAAGCTTGATAACTGAAATTATTAGACTAAACAAAAGGTCAAAACAAT
* * *
7306151 CTGAAATAAATAATTATCCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACGCATTTATTTT
256 CTAAAATAAATAATTATCCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGACAAACACATTTATTTT
* *
7306216 TTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAGC
321 TTAAATCTCTTA--T--TAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAATATTTTAATATAAATAAGC
* * * * * *
7306281 TTGTATGAAAAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAA-GATCATAATAATTTGATATAAATAAT
382 TTGTATGAAAAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAATG-TCAAAACAATTTAAGATAAATAAT
* * * * * * *
7306345 TGTTTAAATAGTCATAACTATATGAACTATTTTAGTAAATAAATTTAGTTTTT--AAAT-TT-CT
446 TATTCAAATAGCCATAACTATATGAACTAGTTTAGAAAACAAATTTAGTTTTTAAAAATCTTGCA
7306406 TATTAATTTTCAAAA
511 TATTAATTTTCAAAA
7306421 TA
1 TA
7306423 TTAATAGATT
Statistics
Matches: 441, Mismatches: 69, Indels: 35
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
518 106 0.24
519 2 0.00
520 5 0.01
521 1 0.00
522 136 0.31
523 2 0.00
524 2 0.00
528 2 0.00
529 1 0.00
531 1 0.00
532 5 0.01
533 176 0.40
534 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (525 bp):
TAAAGTAGTATTATTTTATTTAGAATAAACTTTTACAAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAATTATTTAAATAACCATAATTATTCAAACTTGTTCAG
TAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTCATCATTATTAACTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATTA
ATTTATTCCAAATAAGCTTGATAACTGAAATTATTAGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATCTAAA
ATAAATAATTATCCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGACAAACACATTTATTTTTTAAA
TCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAATATTTTAATATAAATAAGCTTGTATGAA
AAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAATGTCAAAACAATTTAAGATAAATAATTATTCAAATA
GCCATAACTATATGAACTAGTTTAGAAAACAAATTTAGTTTTTAAAAATCTTGCATATTAATTTT
CAAAA
Found at i:7306573 original size:522 final size:516
Alignment explanation
Indices: 7305642--7306646 Score: 1131
Period size: 522 Copynumber: 1.9 Consensus size: 516
7305632 TTTAAAATTG
* ** *
7305642 ATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACACATTTATTTTTTGAATCTC
1 ATAATTATCCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTC
* * **
7305707 TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAATATTTTTATCTAAATAAGCTTGTATGATCAGA
66 TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAATATTTTAATATAAATAAGCTTGTATGAAAAGA
* ** *
7305772 AATAATTATTTTATGAGAAAACAAATGTCAAAACAATTTAAGATTCATATTTATTCAAATAGCCA
131 AATAATTATTTTATGACAAAACAAATGTCAAAACAATTTAAGATAAATAATTATTCAAATAGCCA
* * * * * *
7305837 TAATTATTTGAATTGGTTTGGAAAACAATTTTAGTTTTTAAAAATCTTGCTTATTAATTTTCAAA
196 TAACTATATGAACTAGTTTAGAAAACAAATTTAGTTTTT-AAAATCTTGCTTATTAATTTTCAAA
* * *
7305902 ATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
260 ATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTCATAAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAA
* * * * * *
7305967 CAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAATTATTTAAATAATCAAATCTATTTTAATTTGTTTG
325 CAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGAAAATTATTCAAATAATCAAATCTATTTGAACTTATTAG
* * * * * * *
7306032 ATAAACATATTTGTTTTTTAAAATC-TCATGCTTATTAATGTTTC-GAATGTTAATAAATTAGTA
390 ATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTC-TACCTACTAA-CTTTCAGAATATTAATAAATTAGTA
* * *
7306095 TTAATTTATTCTAGATAAGCTTGTATGAATATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATCTGAAATAA
452 TTAATTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATCTGAAATAA
* *
7306160 ATAATTATCCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACGCATTTATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTATCCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTC
* *
7306225 TTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAA
66 TTA--T--TAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAATATTTTAATATAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * *
7306290 AAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAA-GATCATAATAATTTGATATAAATAATTGTTTAAAT
127 AAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAATG-TCAAAACAATTTAAGATAAATAATTATTCAAAT
* * * *
7306354 AGTCATAACTATATGAACTATTTTAGTAAATAAATTTAGTTTTT-AAAT-TT-CTTATTAATTTT
191 AGCCATAACTATATGAACTAGTTTAGAAAACAAATTTAGTTTTTAAAATCTTGCTTATTAATTTT
* * *
7306416 CAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA-TTCTGA-ATGATTTTGCATGAATAGAAACAATTGT
256 C-AAA-A-TAA-AG--TAGTATTATTTTATTTCAGATAAG-TTTT-CATAAATAGAAACAATTGT
* * *
7306479 TTTATAAC-AAA-AAAAGGTCATAACT-A-TTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATGGAT-ATGA-C
313 TTTATAACAAAACAAAAGGTCATAA-TGACTTT-AAATAGAAAATTATTCAAAT-AATCA-AATC
* * *
7306538 TATTTGGACTTATTCAG-TGAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACCTACTAACTTTCAGAGTA
374 TATTTGAACTTATT-AGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACCTACTAACTTTCAGAATA
* *
7306602 TTAATCAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATA
438 TTAATAAATTAGTATTAATTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATA
7306647 GAAACAATTG
Statistics
Matches: 403, Mismatches: 64, Indels: 37
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
518 75 0.19
519 5 0.01
520 10 0.02
521 62 0.15
522 198 0.49
523 17 0.04
524 36 0.09
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (516 bp):
ATAATTATCCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTC
TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAATATTTTAATATAAATAAGCTTGTATGAAAAGA
AATAATTATTTTATGACAAAACAAATGTCAAAACAATTTAAGATAAATAATTATTCAAATAGCCA
TAACTATATGAACTAGTTTAGAAAACAAATTTAGTTTTTAAAATCTTGCTTATTAATTTTCAAAA
TAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTCATAAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAC
AAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGAAAATTATTCAAATAATCAAATCTATTTGAACTTATTAGA
TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACCTACTAACTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTAA
TTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATCTGAAATAA
Found at i:7306805 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 7306207--7307197 Score: 854
Period size: 182 Copynumber: 5.6 Consensus size: 179
7306197 CGACAAACGC
* * ** * * *
7306207 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATA
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * *
7306272 TGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAA-TAATTTGA
66 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGA
* * * * * *
7306335 TATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATATGAACTATTTTAGTAAATAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTA-TTCAGTAAAT-A
* *
7306387 ATTTAGTTTTTAAA---TTT-CTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * ** * * *
7306447 CTGAATGATTTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATAAC-AAA-AAAAGGTCATAACTATTTGA
65 CCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGA
* * * *
7306510 AATAGAAAATTGTTCAAATGGAT-ATGACTATTTGGACTTATTCAGTGAACA-A
130 AATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTT-GAATTATTCAGT-AA-ATA
* * * * * *
7306562 ATTTATTTTTTAAATCTTCTACCTACTAA-CTTTCAGAGTATTAATCAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* *
7306626 CCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGA
65 CCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGA
* * * * * *
7306691 AATAAAAAAATTGTTCAAACAGTTATAACGATTTGAATTAGCTCAGTAAATA
130 AAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTA-TTCAGTAAATA
* * * *
7306743 GATTTACTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 -ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
7306808 TCAAATACGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAACTATTTGA
65 CCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGA
* *
7306873 AATAGATAATTATTCAAAGAGTCATAACTATTT-AA--A--C-----AT-
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTATTCAGTAAATA
* * *
7306912 ATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAAAAAATTTA-TATTATTTTACT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
7306975 CAAAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTATTTTAGGACAAAACAAAATG-CCATAACGATTTG
65 CCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACTATTTG
* * * * * * ** *
7307039 AAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTAAATTTGTTTGGTAAACA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTATTCAGTAAATA
*** * **
7307091 A-TT-TTTTTTAAATCTCCAACATATTAATTTTT-AGAATATTAATTGATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * *
7307153 ACAAACAAACTTGTATGAATAGAAAC-ATATGTTTTATGACAAAAC
65 CCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAAC
7307198 TAACTATTCG
Statistics
Matches: 658, Mismatches: 116, Indels: 76
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 120 0.18
168 20 0.03
170 2 0.00
175 67 0.10
176 72 0.11
177 18 0.03
178 76 0.12
179 68 0.10
180 19 0.03
181 55 0.08
182 137 0.21
183 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTATTCAGTAAATA
Found at i:7307040 original size:167 final size:168
Alignment explanation
Indices: 7306744--7307075 Score: 449
Period size: 167 Copynumber: 2.0 Consensus size: 168
7306734 CAGTAAATAG
* * *
7306744 ATTTACTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTACTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATCT
* * * * * * *
7306809 CAAATACGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAACTATTTGAA
66 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTAGGACAAAACAAAAGGCCATAACGATTTGAA
*
7306874 ATAGATAATTA-TTCAAA-GAGTCATAACTATTTAAACAT
131 ATAGATAA-TAGTTCAAATG-GACATAACTATTTAAACAT
*
7306912 ATTTATTTTTAAAA-TTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAAAAAATTTA-TATTATTTTA-C
1 ATTTACTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAAAAAA-TTAGTATTATTTTATC
* * *
7306974 TCAAAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTATTTTAGGACAAAACAAAATGCCATAACGATTTG
65 TC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTAGGACAAAACAAAAGGCCATAACGATTTG
*
7307039 AAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTAAA
129 AAATAGATAATAGTTCAAATGGACATAACTATTTAAA
7307076 TTTGTTTGGT
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 16, Indels: 9
0.85 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.03
167 123 0.85
168 17 0.12
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (168 bp):
ATTTACTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATCT
CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTAGGACAAAACAAAAGGCCATAACGATTTGAA
ATAGATAATAGTTCAAATGGACATAACTATTTAAACAT
Found at i:7307257 original size:137 final size:138
Alignment explanation
Indices: 7307090--7307486 Score: 478
Period size: 153 Copynumber: 2.8 Consensus size: 138
7307080 TTTGGTAAAC
** * * * * *
7307090 AATT-TTTTTTAAATCTCCAACATATTAATTTTTAGAATATTAATT-GATTAGTATTATTTTATT
1 AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTTGAATATT-ATTAAATTAGTATTATTTTAAT
** * *
7307153 ACAAACAAACTTGTATGAATAGAAACATATGTTTTATGACAAAA-CTAACTATTCGAACTGGTTT
65 ATGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACATATGTTTTATGACAAAACCTAACTATTCGAACTGGTTT
7307217 GGTAAATAT
130 GGTAAATAT
*
7307226 AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTTGAATATTATTAAATTCGTATTATTTTAATA
1 AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATA
7307291 TGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTAGAAACATATGTTTTATGACAAAACCTAACT
66 TGAATAAGCTTGTAT-----G----AA------TAGAAACATATGTTTTATGACAAAACCTAACT
7307356 ATTCGAACTGGTTTGGTAAATAT
116 ATTCGAACTGGTTTGGTAAATAT
*
7307379 AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTTGAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATA
1 AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATA
* *
7307444 TGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACA-ATTGTTTTATGATAAAA
66 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACATA-TGTTTTATGACAAAA
7307487 TAAAAATGAT
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 15, Indels: 36
0.82 0.05 0.13
Matches are distributed among these distances:
136 7 0.03
137 60 0.26
138 21 0.09
142 1 0.00
144 2 0.01
146 2 0.01
148 1 0.00
152 25 0.11
153 108 0.48
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (138 bp):
AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATA
TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACATATGTTTTATGACAAAACCTAACTATTCGAACTGGTTTG
GTAAATAT
Found at i:7307388 original size:153 final size:152
Alignment explanation
Indices: 7307172--7307478 Score: 596
Period size: 153 Copynumber: 2.0 Consensus size: 152
7307162 CTTGTATGAA
7307172 TAGAAACATATGTTTTATGACAAAACTAACTATTCGAACTGGTTTGGTAAATATAATTATTTTTT
1 TAGAAACATATGTTTTATGACAAAACTAACTATTCGAACTGGTTTGGTAAATATAATTATTTTTT
7307237 AAATCTCTTACTTACTAATTTTTTGAATATTATTAAATTCGTATTATTTTAATATGAATAAGCTT
66 AAATCTCTTACTTACTAATTTTTTGAATATTATTAAATTCGTATTATTTTAATATGAATAAGCTT
7307302 GTATGAAAAGAAACAATTGTTT
131 GTATGAAAAGAAACAATTGTTT
7307324 TAGAAACATATGTTTTATGACAAAACCTAACTATTCGAACTGGTTTGGTAAATATAATTATTTTT
1 TAGAAACATATGTTTTATGACAAAA-CTAACTATTCGAACTGGTTTGGTAAATATAATTATTTTT
*
7307389 TAAATCTCTTACTTACTAATTTTTTGAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATATGAATAAGCT
65 TAAATCTCTTACTTACTAATTTTTTGAATATTATTAAATTCGTATTATTTTAATATGAATAAGCT
7307454 TGTATGAAAAGAAACAATTGTTT
130 TGTATGAAAAGAAACAATTGTTT
7307477 TA
1 TA
7307479 TGATAAAATA
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 1, Indels: 1
0.99 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
152 25 0.16
153 128 0.84
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (152 bp):
TAGAAACATATGTTTTATGACAAAACTAACTATTCGAACTGGTTTGGTAAATATAATTATTTTTT
AAATCTCTTACTTACTAATTTTTTGAATATTATTAAATTCGTATTATTTTAATATGAATAAGCTT
GTATGAAAAGAAACAATTGTTT
Found at i:7307816 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 7307568--7309238 Score: 1253
Period size: 181 Copynumber: 9.3 Consensus size: 181
7307558 ATTTAGTTTT
* * * ** ** ** *
7307568 TATTAATTTTTAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTACATGAACAGAA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAA
* * * * * *
7307633 ACAATTGTTTTATGAGAAAATAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAACAATTGTTCAAATAGGCA
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
7307698 TGACTATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACC
131 TAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACC
* * *
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1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAA
* * * *
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* * * * * * * * * *
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129 CATAACTATTTGAACTTATTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACC
* * ** * * * *
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1 T-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGA
* * *
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* * * * *
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* *
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** * * * * *
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* * * * * * ** *
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128 TCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACC
* * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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1 T-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGA
* * * * * * * *
7308531 AATAATTCTTTTATTACAAAAGAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
7308596 ATGACTATTTGAACTTGTTCCGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTA-C
130 ATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACC
* * * *
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1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAA
*** * *
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66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTC
* * * * *
7308769 ATAACAATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATGTTTTACT
130 ATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACC
* * *
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1 TATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TA
* * * * * *
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63 GAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
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127 GTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATC-TTTTACC
* * * * *
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* * ** *
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65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** * * **
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* * * *
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*
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* * ** *
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* * * * * * * * * ***
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* * * ** * * *
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* * * ** *
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*
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* * *
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** * * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* *
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516 ATTTAAACTTATTCA
* * * *
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* * *
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* * * * *
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193 TAGTTTTT-AAA-TTTTTACTTATTAA
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TTTTTAAATTTTTACTTATTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAACTTGTA
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ATTTTTAATATAAATTTGTATTATTTTATTCGAAATAAACTTGTATGAACTAAAACATTTTGTTT
TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA
AACTTATTCA
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*
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* *
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* * *
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* *
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* * *
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*
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194 CAAATAAG
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AATAAGCTTATATGAACAG
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*
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CATAATTATTTGAAATAG
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* **
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * ** * * *
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* * ** * *
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* * ** * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * *** * * ** *
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* * ** * * *
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* *
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* *
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* * *
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** * * * *
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* ** * *
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* * * **
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*
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* * * *
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* * ** *
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*
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*
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CTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAAGTAATATTATTTCATTCCAAATAAGCTTGTATAAACAA
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TCATAACTATTTGAATAGGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAA
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ACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGACCATAAATATTTAAAC
CAATTCAGCAAACAAATTCACTTTTTAATATCTA
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*
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1 CAT
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*
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*
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** * * *
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** * * * **
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* * ** * * * *
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** * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * *
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*** * * * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * * *
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* * ** ** * * *
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* * * * ** *
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* * *
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* ** * * *
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* * * * * * * ** **
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* * * * * * * * *
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* * * * ** *
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* * * *** * *
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* ** * * * * *
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** * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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** * * ** * * *
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** * * *** *
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* ** * * * * * * *
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65 CTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
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* ** * * **
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* * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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64 ACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * * * *
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* * ** *** * ***
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** ** ** * * * * * * *
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54 GCTTGTATGAA-CTGA----AAA-AA--TTGT-TTTATGACAAAACAA------AAGGTCATAAC
** * * ** * **
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*
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* ** * *
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* * * * * * *
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* * * *
7321912 TTCCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATT-TATTT-TTCTAAATAAGCTTGTATGA
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTAT-TTTATTTTAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * * *
7321975 ACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTACAATGATTTCAAACT-CATAATTGTTCTA
64 ACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAA
* ** * * *
7322039 ATAATCT-TAACTATTTGAACTAATTTGGCAAATACATTTATTTTTTAAA--TC
128 ATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
** * * *
7322090 -T-CTTATTAATTTTCAAAATTTTATTAAATTAGTATTATTTT-TATTCAAATAAGCTTGTATG-
1 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTAT-TTTAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * ** *
7322151 A-TCAAAAATAGTT-TTTTATGATAAAA-TAAAGATCGTAACGATTTGAGATTTATATTTGTTCA
64 ACTGAAAAA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * ** *
7322213 AATAGTCATAACTACTTGAACTAGTTCA-GAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTC
127 AATAGTTATAACTATTTGAACTGGTT-AGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * ** * *
7322267 TTGA-ATAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAGATTTTATGA
1 TT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * **
7322331 A-TGAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAATGGCCAAAACGATTTTCAATAGATAATTGTTCGAA
64 ACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AA
* * ** * * * * *
7322395 ATAGTCATATCTATTTGAGTTTGTTCGGTAAACAGA--T-TTTTTTAAATCTT
128 ATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * **
7322445 TTGCTTATCAATTTTTTG-AATGTTAATAAATAAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA
1 TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGA
* * * * **
7322509 ACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTT-ATAATAGATAATTGTTCTT
64 ACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAA
* *
7322573 ATAGTCT-TAATTATTTGAATTGGTT
128 ATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTT
7322598 CAACAAAAAT
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TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAC
TGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
GTTATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
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Period size: 536 Copynumber: 2.3 Consensus size: 539
7317896 TTAGTTCAGT
* * * * * ** *
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* ** * * * * * **
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* * ** *
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* * *
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195 ATTTATTTTTTAAATCTATTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTACTTTATT---AA
* * * *
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257 CAAACTGATAT--A-AAAAACATTTCTTATATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * ** * *
7318222 ATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTAGGCAAACAAAATTATTTTTTCAAATCG
319 ATAATTATTAAAATAGCCATAATTATTTGAAATGATTAGGCAAACAAAATTATTTTTT-AAA-CG
* * * *
7318287 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGTTCCATTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGA
382 CTCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTCCATATTATTTTATTTTGAATAAACTAGTATGA
* * *
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447 ACTGAAAAAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTAAAATAGATAATTGTTCATA
*
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512 TAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTCGAC
* **
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1 AAACAAATTTAATTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTT
* * *
7318510 TATTCCAAATAAGCTTGCATGAACAT-AAATAATTGTTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACAA
66 TATTCCAAATAAGCTTGCATGAAC-TGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTTATAACAA
* *
7318574 TTTGAAGTATACCATTGTTCTATTGTTCAAATAGTCCTAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAG
130 TTTGAAGTATACCATTGTTCTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAG
*
7318639 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
195 ATTTATTTTTTAAA--TC-T-ATTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTACTTTATTA
* * * * ** *
7318703 TCAAA-TGAT-T-AAAAACATTTCTTATATGACCAAACAAAATGTGATAATGATTTGAAATCGAT
256 ACAAACTGATATAAAAAACATTTCTTATATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
** * * * *
7318765 GCTTATTAAAATGGCCATAATTATTTGAAATGATTCA-GTAAATAAATTTATTTTTT-AA-G-TC
321 AATTATTAAAATAGCCATAATTATTTGAAATGATT-AGGCAAACAAAATTATTTTTTAAACGCTC
** *
7318826 ACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAATT-TGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAC
385 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAATTCCATATTATTTTATTTTGAATAAACTAGTATGAAC
** *
7318889 TGAAACGATTGTTTAATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTAAAATAGATAATTGTTCATGT
449 TGAAAAAATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTAAAATAGATAATTGTTCATAT
* * * *
7318952 AGTCTTTAACTGTTTGAACTATTTCGAT
513 AGTC-TTAAATATTTGAACTAGTTCGAC
* *
7318980 AAACAAATTTATTTTTTAAATT-TCTTTGTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 AAACAAATTTA-ATTTT-AATTCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTAT
** * **
7319044 TTTATTCTTAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTTATAATG
64 TTTATTCCAAATAAGCTTGCATGAACTGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTTATAACA
7319109 ATTTGAA
129 ATTTGAA
7319116 ATAGGTAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (539 bp):
AAACAAATTTAATTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTT
TATTCCAAATAAGCTTGCATGAACTGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTTATAACAAT
TTGAAGTATACCATTGTTCTATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGA
TTTATTTTTTAAATCTATTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTACTTTATTAACAAA
CTGATATAAAAAACATTTCTTATATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA
TTAAAATAGCCATAATTATTTGAAATGATTAGGCAAACAAAATTATTTTTTAAACGCTCACTTAT
TAATTTTTGAAATATTAATAATTCCATATTATTTTATTTTGAATAAACTAGTATGAACTGAAAAA
ATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAA
ATATTTGAACTAGTTCGAC
Found at i:7319367 original size:174 final size:177
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Period size: 176 Copynumber: 2.9 Consensus size: 177
7319167 AATCTCCGAC
* * * * *
7319177 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTGTGTG-A-TGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAACTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTGA
*** * * * * * *
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66 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATATACAATTATTCAAATAGT
*
7319303 C-TATATTATTTGAATTTATTTAGTAAATAGATTCACTTTGTAAATCAT
130 CATA-ACTATTTGAATTTATTTAGTAAATAGATTCACTTTGTAAATCAT
* *
7319351 TTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTATTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAACTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTGA
* *
7319416 AACAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGTCATAATGATTTTAAATATACAATTATTCAAATAGTC
66 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATATACAATTATTCAAATAGTC
** * * * * *
7319481 ATAACTATTTGAATTTA-TTAAAAAACAGATTTATTTTTTAAAATGTCTT
131 ATAACTATTTGAATTTATTTAGTAAATAGATTCACTTTGT-AAA--TCAT
** * * * **** *
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* * * * * * *
7319595 CTGAAATAATAT-TGTTATAACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTTAAATA-AGCAATTGTTCAA
62 CTGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATATA-CAATTATTCAA
** * *
7319657 ATAGTCATAAGAATTT-AAGTTTGTTCAGTAAATAGATT
125 ATAGTCATAACTATTTGAA-TTTATTTAGTAAATAGATT
7319695 TATTTTTTTC
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 50, Indels: 23
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (177 bp):
TTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAACTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTGA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATATACAATTATTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAATTTATTTAGTAAATAGATTCACTTTGTAAATCAT
Found at i:7320623 original size:363 final size:357
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Indices: 7318174--7321364 Score: 1055
Period size: 362 Copynumber: 8.9 Consensus size: 357
7318164 ATATGAACAA
* * * * * * * *
7318174 AAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAGT
* * * * * * * * * * *
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66 AATAACTATTTAAATT-GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTTAAATCTCTTTCTTATT-ATTTT
* * * * * * *
7318303 TGAAATATTAAT-AGTTCCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAA-AATTG
129 TG-AATGTTAATAAATT--AGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-T-AAAACAATTA
* * * * * *
7318365 TTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAA-TATTTTGAAATAGATAATTGTTC-ATATAGTCTTAAA
189 TTTTATGA-ATAAACAAAAGGTTAAAACGA-TTTAAAATAGATAATTGTTCTA-ATAGTTTTAAC
* * ** *
7318427 TATTTGAACTGGTTCGACAAACAAATTTA-ATTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATAT
251 TATTTGAACTGGTTCG-TAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAA-TTTT-AAATAT
** * * ** *
7318491 TATTAGTTTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGC-ATGAACAT-
313 TATTAAATTAGTTTTATTTTATTTCGTATAAGCTT-CTATTAAC-TG
* * * * * * * * * * *
7318536 AAATAATTGTTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACCATTGTTCTATTGTT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAA--ATA--A----ACAATTATT
** * * * **
7318601 CAAATAGTCCTAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTAATTA
58 CAAATAGTAATAACTATTT-AAATTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTTAAATCTCTTTCTTA
* * * *
7318664 TTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T-CA-AA---TG-AT-TA-AAAACA
122 TT-ATTTTTGAATG-TTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAACA
* * * ** * * * * * * ** * ** * ***
7318720 TTTCTTATATGACCAAACAAAATGTGATAATGATTTGAAATCGATGCTTATTAAAATGGCCATAA
185 ATTATTTTATGAATAAACAAAAGGTTAAAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAA
* * * * *
7318785 TTATTTGAAATGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTT--AAGTC--ACTTATTAATTTTTAGAATA
250 CTATTTGAACTGGTTC-GTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAA-TTTTA-AATA
* * * * * * * *
7318846 TTAAT-AATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTG
312 TTATTAAATTAGTTTTATTTTATTTCGTATAAGCTTCTATTAACTG
* * * * * * * * **
7318891 AAACGATTGTTTAATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCATGTAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAGT
** * * * * * * *
7318955 CTTTAACTGTTTGAACTAT-TTCGATAAACAAATTTA--TTTTTTAAATTTCTTTGTTATTAATT
66 -AATAACTATTT-AAAT-TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTTAAATCTCTTTCTTATT-ATT
* * * * * *
7319017 TTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTTAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTAT
127 TTT-GAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTAT
* * * * * *
7319082 TTTAT-AATAGAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGGTAATTCTTC-AA-A----T-A--A-
190 TTTATGAATA-AACAAAAGGTTAAAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTAT
* * * * * * * ** *
7319136 --GAACTAGTTTGGTAAACAGAGTTCTTTTTCAAATCTCCGACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
254 TTGAACT-GGTTCGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAA-TTTT-AAATATTAT
* * * * * *
7319199 TAAACTAGTATTATTTTA-TTC-TAAATAGGCTTGT-GTGA-TG
316 TAAATTAGTTTTATTTTATTTCGT--ATAAGCTTCTATTAACTG
*** * * * * * * * * * * *
7319239 AAATTTTTGTTTTATGACAAAGCAAAAGTTCATAATGATTTGAATTATATAATTGTTGAAATGGC
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAG-
* * * ** * * * * *
7319304 T-AT-ATTATTTGAATTTATTTAGTAAATAGATTCA--CTTTGTAAATC-ATTTATTA--ATTTT
65 TAATAACTATTT-AAATTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTATTTT
* * * * ** * * *
7319362 TGAAATATTAAAAAATTATTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTT
129 TG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATTT
* * * * * * * * * * **
7319427 TATGACA-AAATAAAATGTCATAATGATTTTAAATATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
192 TATGA-ATAAACAAAAGGTTAAAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATTT
* ** *** * * *
7319491 GAATTTATTAAAAAACAGATTTATTTTTTAAAATGTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTATTA
256 GAACTGGTTCGTAAACAAATTTATTTTTTAAAA-CTCTTACTTATTAA-TTTT-AAATATTATTA
* * * * *
7319556 AATTAGTTTTTTTTTTTATTTTGCATAAGCTTTTATGAACTG
318 AATTAG--TTTTATTTTATTTCGTATAAGCTTCTATTAACTG
* * * *
7319598 AAATAA-TATTGTTATAACAAAAC-AAAGGTCATAACGATTTTAAATAAGCAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTATT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAG
* ** * * * *
7319661 TCATAAGAATTTAAGTTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTGATTT
65 TAATAACTATTTAA-ATTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTTAAATCTCTTTCTTATT-ATTT
* * * * ** ** ** * *
7319726 TTCAAATGTTAAGATATTAGGATTTTTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGTTTTGAAACAAATATT
128 TT-GAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATG-AATAAAACAATTATT
* * *
7319791 TTATGACTAAACAAAAGGTTAAAACAATTTAAAATAGATAATTATTCTAATA-TTTTAACTATTT
191 TTATGAATAAACAAAAGGTTAAAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATTT
* * * * * *
7319855 GACCAGGTTCGACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTAATTTT-AATATTATT
256 GAACTGGTTCG-TAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTA-T--TAATTTTAAATATTATT
** * * * *
7319919 AAATTAGTTTTATTTT-TAACCTAATAAACTTCTA-TGATTAG
317 AAATTAGTTTTATTTTATTTCGT-ATAAGCTTCTATTAACT-G
* * * * * * ** *
7319960 AAACGATTGTTTTACGACAAAACAAATA--TCATAACAATTTGAGATTGATAATTATTCAAATAG
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAG
* * * * * * * *
7320023 TTATAACTATTCAAATTGGTTTGATAAACAAATTT-TATGTTTTTAAATATCTTAT-TTATTAAT
65 TAATAACTATTTAAATT-GTTCGGTAAATAGATTTAT-TTTTTTTAAATCTCTT-TCTTATT-AT
* * * *
7320086 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TAATTTTATTTTGAATAAGCTTGTGTGATAAAAAACAATT
126 TTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAA-TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATT
** * * * * * * *** *
7320150 GCTTTAT-AACAAATAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATTATTGTTCGAATAGCCATAATTA
188 ATTTTATGAATAAACAAAAGGTTAAAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTA
* ** * * *
7320214 TTTTAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAAATATTA
253 TTTGAACT-GGTTCGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTT--AAATATTA
* * * * *
7320279 ATAAATTAGTGTTGTTTTATTTGGTATAAGCTTGTATTAACTG
315 TTAAATTAGTTTTATTTTATTTCGTATAAGCTTCTATTAACTG
* * * * *
7320322 AAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAATGATTTTAAAGAAACAATTATTCAAATAAT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAGT
* * *
7320387 AATAACTATTTGGACTTGTACGGTAAATAGATTTATTTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTACTTTT
66 AATAACTATTT-AAATTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTA-TTTT
*
7320452 TGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACTAAAACAATTATTTT
129 TGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATTTT
* * * * * *
7320517 ATGATTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTTTTAACCATATGA
193 ATGAATAAACAAAAGGTTAAAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATTTGA
* * *
7320582 ATTGGTTCAGTAAAGAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATACTATTAAA
258 ACTGGTTC-GTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAA-TTTT-AAATATTATTAAA
* * * * ** * * * *
7320647 TTTGTATTATTTTAATCCAAAGAAGCTTGTA-CAA--A
320 TTAGTTTTATTTTATTTCGTATAAGCTTCTATTAACTG
* * * * ** * * * *
7320682 AAAAAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATCATTCATATGGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAGT
** * * * * ** * ** *
7320746 CTTAACTATTTAAACTGGTTTGGCAATTAGATTTA--TTTTTTAGTTTTCTTAGTTACTAAGTTT
66 AATAACTATTTAAA-TTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTTAAATCTCTTTCTTA-TTA-TTT
** ** * * * * ** * * * *
7320809 GGGAATAAT-ATTAATTAGTATTATTTTATT-TCAAACAAAATAGTATGAACAGAACAAATTGTT
128 TTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAAAAC-AATTATT
* * * * ** * * ***
7320872 TGATGGA-AAACAAAAAGTTATAACGATTTGTAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTT
191 TTATGAATAAACAAAAGGTTAAAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATTT
* * * * * * * *
7320936 GAAATGGTTTAGTAAATATATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATA
256 GAACTGG-TTCGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAA-TTT-TAAATATTATTA
*** * * * * *
7321001 AATTAG---TATTTTATTTTAAACAAACTTATATAAAC-A
318 AATTAGTTTTATTTTATTTCGTATAAGCTTCTATTAACTG
* * * * * * * * * * * *
7321037 AAGAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAA
1 AA-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAG
* * * * * * * * *
7321102 TTATAATTATTTAAACTGGTTCGGTAAATAAAATTA--TCTTATAAATCTCTTACTTATAAATTT
65 TAATAACTATTTAAA-TTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTTAAATCTCTTTCTTAT-TATTT
* * * * ** * * *
7321165 TTAAAATATTAATAAATTAGT-TTCATTCTATTCCGAATAAGCTTGTATGGCCTGAAATAATTGT
128 TT-GAATGTTAATAAATTAGTATTAATT-TATTCTGAATAAGCTTGTAT-GAATAAAACAATTAT
* * * * ** * * * *
7321229 TTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAGCAATTCGAAATAGATAATTATTC-ATATAATCTTAACTG
190 TTTATGA-ATAAACAAAAGGTTAAAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCTA-ATAGTTTTAACTA
* * * ** * * * *
7321292 TTTGAA-TTGATCTGCAAATGAATTTATTTTTTAGATCTCTTAGTTATGAATTTTCAGAATATTA
253 TTTGAACTGGTTC-GTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTT-A-AATATTA
7321356 TTAAATTAG
315 TTAAATTAG
7321365 AATTATGTTA
Statistics
Matches: 2127, Mismatches: 566, Indels: 276
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
343 94 0.04
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAGT
AATAACTATTTAAATTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTATTTTTG
AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTATTTTATG
AATAAACAAAAGGTTAAAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACT
GGTTCGTAAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTAAATATTATTAAATTAGTT
TTATTTTATTTCGTATAAGCTTCTATTAACTG
Found at i:7321591 original size:66 final size:67
Alignment explanation
Indices: 7321521--7321654 Score: 182
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
7321511 AATTAGTATT
*
7321521 ATTTTATTTCAAATAAGCTTG-GATG-TAAAAAATAATTATTTAATGACAAAACAAAAAATAATA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTG-TGTTAAAAAACAATTATTTAATGACAAAACAAAAAATAATA
7321584 ACA
65 ACA
* * * * **
7321587 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTGTGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTAATAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTGTGTTAAAAAACAATTATTTAATGACAAAACAAAAAATAATAA
7321652 CA
66 CA
7321654 A
1 A
7321655 ATTGAAATAG
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 7, Indels: 3
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
66 23 0.39
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ACGTcount: A:0.48, C:0.08, G:0.11, T:0.33
Consensus pattern (67 bp):
ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTGTGTTAAAAAACAATTATTTAATGACAAAACAAAAAATAATAA
CA
Found at i:7321898 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 7321587--7322591 Score: 783
Period size: 181 Copynumber: 5.6 Consensus size: 178
7321577 AATAATAACA
* * * * * *
7321587 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTGTG-TTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTAATA
1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA
* ** * * * *
7321651 ACAAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCAGTAAACT-GATT
64 AC-GATTTTAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAAA-TAGATT
7321715 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAAGTAGTATT
126 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAAGTAGTATT
** * * *
7321768 ATTTTATTTTTGATAAACTTTTATGAATTGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA
1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA
* * * *
7321833 TGATTTTAAGTAGATAATTGTTCAAATAATCATAACAATTTAAACCTATTCGGTAAATAGATTTA
65 CGATTTTAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTATTCGGTAAATAGATTTA
* * * *
7321898 TTTTTTCAAATCTCTTCCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATT
128 TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAAGTAGTATT
* * * *
7321950 -TATTT-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTT-AC
1 AT-TTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCAT
* * * * * * * * *
7322012 AATGATTTCAA-ACTCATAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTAATTTGGCAAATACAT
63 AACGATTTTAATA--GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTCGGTAAATAGAT
* * * *
7322076 TTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATTTTATTAAATTAGTATT
125 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAAGTAGTATT
* * * * * * *
7322126 ATTTT-TATTCAAATAAGCTTGTATG-ATCAAA-AATAGTTTTTTATGATAAAA-TAAAGATCGT
1 ATTTTAT-TTTAAATAAGCTTGTATGAATGAAACAAT--TGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAT
* ** * * * * *
7322187 AACGATTTGAGATTTATATTTGTTCAAATAGTCATAACTACTTGAACTAGTTCAGAAAATAGCTT
63 AACGATTTTA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTCGGTAAATAGATT
* * * *
7322252 TAGTTTTTAAATCTCTTGA-ATAATAATTTT-TGAAATATTAATAAAGTAGTTTT
126 TATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTCT-AAATATTAATAAAGTAGTATT
** * * * * ** *
7322305 ATTTTATTTCGAATAAGATTTTATGAATGAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAATGGCCAAAAC
1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
* ** * *
7322370 GATTTTCAATAGATAATTGTTCGAAATAGTCATATCTATTTGAGTTTGTTCGGTAAACAGA--T-
66 GATTTT-AATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGA-ACTATTCGGTAAATAGATTTA
* * * * * *
7322432 TTTTTTAAATCTTTTGCTTATCAATTTTTTGAATGTTAATAAA-TAAGTATT
128 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAAGT-AGTATT
** * * *
7322483 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTT-AGA
1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATA
** * *
7322547 ACGATTTATAATAGATAATTGTTCTTATAGTCTTAATTATTTGAA
64 ACGATTT-TAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
7322592 TTGGTTCAAC
Statistics
Matches: 654, Mismatches: 132, Indels: 80
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 6 0.01
175 63 0.10
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ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
GATTTTAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTCGGTAAATAGATTTATTT
TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCTAAATATTAATAAAGTAGTATT
Found at i:7322994 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 7322618--7324098 Score: 1144
Period size: 181 Copynumber: 8.3 Consensus size: 180
7322608 ATTTAATTTT
* * * ** * *
7322618 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCCAAATAAGCTTTTATGAA-AAAAATCAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATG
* * ** * * * * * * *
7322682 ACAAAAAAAAAAAGATCATAACCATTTGAGATAGATACTTATTCAAATAGTTACAACTATTTGAA
65 AC--AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAA
** * * * * * *
7322747 CTGGTTTGGTAAACATATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTAAAA
128 CTTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTAGAA
* ** ** * * *
7322796 TATTAATAAATAAGTATTATTTTAGCCTGAATAATTTTGTAAGAATAGAAATAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
7322861 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATGGACATAACTATTTAAACCT
66 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTT
* * * *** *
7322925 ATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAGATCTCCCACCTATTAATTTTCAGAA
131 ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTT-AGAA
* * * * *
7322976 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTAAGAATAGAAACAATTATTTTATGG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
7323041 CAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAGCT
66 CAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACT
**
7323105 TGGTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC----------T----
130 TATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTAGAA
* * * * *
7323142 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGGTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * **
7323207 CAAAACAAAAGTTTATAACT-ATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTTATAATTATTGGAA-T
66 CAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACT
** * * * * *
7323270 GTGCTCAGA-AAATATATTTATTTTTTAAAT-TTCTACATAGTAATTTTTGGAA
130 -TATTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAA-TTTTAGAA
** * * * *
7323322 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTTTGAACATAAACAATTGTTTAATG
1 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* ** *
7323386 ACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACT
* * * * * *
7323451 TGTAT-GGTACACATATTCATTTTTTAAAT-TTCTTAC-TCATTAATTTTCTGAA
130 TAT-TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACAT-ATTAATTTT-AGAA
* * * * * *
7323503 TATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATAAACT-GATACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * * *
7323567 ACGAGACAAAATATCATAAAGATTTGAAAT-GAATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTAAAC
65 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAAC
* * * * * *
7323631 TTGTTCAATAAACATATTCA-TTTTTACAATTTTTTACATATTAATTGTTAAAA
129 TTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTA-AATCTTTTACATATTAATT-TTAGAA
* * * * ** * * * *
7323684 TATTAATAAATTAATAGTATTTCAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAAAAATAATTGTTTTATAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
** * * * * *
7323749 CAAAGGAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATTGTCATAATTATTTAAACTT
66 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTT
* **
7323814 ATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTATTTTAA
131 ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATT-TTAGAA
* * * *
7323865 TATTAATAAATTTGTATTACTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGCAAA-AATTATATTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTAT
* * *
7323928 GAC-AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
64 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAAC
* * * *
7323992 TTATTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTATTACTTATTAACTTTTAGAA
129 TTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAA-TTTTAGAA
* * * * * *
7324045 TTTTAATAAATTAGAATTATGTTATT-TCAAATAGGCTTGTATGAATATAAACAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
7324099 ATACTTTTGA
Statistics
Matches: 1039, Mismatches: 215, Indels: 96
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 6 0.01
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182 14 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTT
ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTAGAA
Found at i:7323234 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 7323213--7323264 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 18
7323203 ATGACAAAAC
*
7323213 AAAAGTTTATAACTATTT
1 AAAAGTTTATAATTATTT
**
7323231 AAAA-TAAATAATTATTT
1 AAAAGTTTATAATTATTT
7323248 AAATAG-TTATAATTATT
1 AAA-AGTTTATAATTATT
7323265 GGAATGTGCT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 5, Indels: 4
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 13 0.48
18 14 0.52
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.04, T:0.44
Consensus pattern (18 bp):
AAAAGTTTATAATTATTT
Found at i:7323291 original size:166 final size:165
Alignment explanation
Indices: 7322976--7323299 Score: 436
Period size: 166 Copynumber: 2.0 Consensus size: 165
7322966 ATTTTCAGAA
* * *
7322976 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTAAGAATAGAAACAATTATTTTATGG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTAAGAATAGAAACAATTAGTTTATGA
* * *
7323041 CAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAGCTT
66 CAAAACAAAAGATCATAACTATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTGAAGC-T
*
7323106 GGTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
130 GCTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * * * *
7323142 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGGTTTATGA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTAAGAATAGAAACAATTAGTTTATGA
* * * *
7323207 CAAAACAAAAGTTTATAACTATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTTATAATTATTGGAATG-
66 CAAAACAAAAGATCATAACTATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATT-GAA-GC
* *
7323271 TGCTCAGA-AAATATATTTATTTTTTAAAT
129 TGCTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAAT
7323300 TTCTACATAG
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 18, Indels: 6
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
166 132 0.96
167 4 0.03
168 1 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.06, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (165 bp):
TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTAAGAATAGAAACAATTAGTTTATGA
CAAAACAAAAGATCATAACTATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTGAAGCTG
CTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
Found at i:7324711 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 7324138--7329574 Score: 3522
Period size: 181 Copynumber: 30.4 Consensus size: 179
7324128 ACTAGTTTAG
* * * *
7324138 AAACAGATTTATTTTTTAATTCT-TACTTATTACTTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * * *
7324202 TATTCCAAACAAACTTATTTGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
65 TATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * ***
7324267 TTGAAATAGATAATTGTACCAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTCAAA
130 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGT
* * * * *
7324317 AAATAGAATTAGTTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGT-TTG
1 AAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTC-TACTT-ATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * ** *
7324380 TTTTATTCCGAATAAG-TTGGTAAGAACT-GAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAAGTCATA
62 TTTTATTTCGAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * *
7324443 ATGATTTGAAATA-A-AGATTGTTCATATAGCCTTAACTA-TTGAACTGGTTCGGT
125 ATGATTTGAAATAGATA-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGT
* * * * *
7324496 AAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * **
7324561 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTTATAACAA
64 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * *
7324626 TTTTAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCGGT
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*
7324677 AAACAGATTTAATTTTTAAATCTACTACTTATTAATTATT-GAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTACTTATTAATT-TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
7324741 TTTATTCCAAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTATTTTATGA-AAAATAAAAGTTCATAAT
63 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * * *
7324804 GATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTGAT
127 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGT
* ** * * * * * * *
7324857 AGAGTGAATTATATTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTA-AATATTAGTGAAGTAATATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-ACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
7324921 TTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACT-GAAATAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATG
64 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * ** ***
7324985 ATTTTAAATAGATAATTATTTAAGTAGTCATAACTATTTGAATTTTTTTTAT
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGT
* * * * *
7325037 AAAC---TTT-TTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
7325098 TTATCTT-GAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAACTATTTTATAAC-TAACTAAAAGGCCAAAA
64 TTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAA
*
7325160 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATGAACTA---G-A----TT-GGT
126 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAATTGGTTCGGT
* * * * ** *
7325206 AAACACATTT-TTTTTTAAATCTATACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAACAATATTT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * **
7325270 TATTCCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAAATATTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAACAAT
65 TATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * *
7325334 TTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCAGT
130 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGT
* * * * * *
7325384 AAAGAGATTTAGTTTTTAAA--TAT-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTACTATTATTT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * **
7325446 TA-TTCTGAATAATTTTGTATGAATAGCAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGA
65 TATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * * *
7325510 TTTAAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATATGAACTT-GTTCGAT
129 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGT
* * * *
7325561 AAACAGATTAACTTTTTAAGTCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
7325626 TTATTCCAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATTAAAA-AAAAGATCACAATG
64 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
7325690 ACTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGTCATAACAATTTAAACTT-GCTCAGT
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGT
* * * * *
7325742 AAACAGATTAATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAATGTTATTT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * * *
7325807 TATTTTGAATAAGCTTGTTTGAGTA-AAATAAATTGATTTACGATAAAAACAGATGGTCATAATG
65 TATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATG
* ***
7325871 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAA
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-GTTCGGT
* * * * *
7325923 AAATAGA--T-TTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATCAATAAATCTA-TATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAAT-TAGTATTATT
* * * ** *
7325984 TTA-TTC--ATAAGCTTGCATCAATAGAACCAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGT
64 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * * *
7326046 TTTGAAATAGATAATTTTTTAGATACTCGTAACTATTTGAATTTGTTCAGT
129 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGT
* *
7326097 AAACAGATTCATTTTTTTAATTCTCATACTCT-TTAATTTT-GAAATATTAATAAATTA-TCATT
1 AAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTC-TACT-TATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGT-ATT
* * * * *
7326159 ATTTTA-TTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCACA
61 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * ** * **
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125 ATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGT
* * * * * * *
7326278 AAATATAATTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTATCCA-AATATTAATAAATTAATATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTCTACTTATTAATT-T-TAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
7326342 TTTGA-TCCAAATAAGCTTGTGTGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACCAAAA-ATCATAA
63 TTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAA
** * * * * * **
7326405 CAATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACAATTTGAACTT-GTTCGAA
126 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGT
* * * * *
7326459 AAATATATTTATTTTTTAAATTTCTTATTTATTAATTTTATTAATATTAATAAATTTA-TATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTA-GAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
* * * ** ** *
7326523 TTTATTT-GAAATAAGCTTGTAT-ATTCA-AAATAAATTATTTTAT-ATTGAAACAAAAATTTAT
63 TTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAAT-AGAAA-CAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * *
7326584 GGTGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAATTATTTAAACTT-ATTCGAT
124 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGT
* * * * *
7326639 AAAC--A--TATTTTTTAAATCTTTTAATTAATAATTTTCAAAATATTAATAACTTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * *
7326700 TTATTTCTAATAAGCTTACATCAACT----A-AATT-TTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAATA
64 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
7326759 ATTTGAAATAGATAATTATGCAAATAGTCTTGACTATTT-AATCTAGTTCGGT
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGGTTCGGT
* * * * * **
7326811 AAATATATTTATTTTTTAATTTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAGCAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATT-TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* * ** * * * * * *
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64 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * * * * *
7326940 TTAGAATTAAATAATTGCTT-AAATATTCATAATTATTTGAACTGATTTGAT
129 TTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGT
* * * * *
7326991 AAA-TGATTTA-TTTTTAAA-ATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTATTT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * * * * *
7327052 TATTAT-GAATAAATTTATATGAACAAAAAC-ATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGA
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* * * *
7327115 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATGTT-AACTGGTTAGGT
129 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAATTGGTTCGGT
* * * * *
7327166 AAATAGATTTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTTA-TTTTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTAG-AATATTAAT-AAATTAGTATTAT
* * * * **
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* ** * * ***
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128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGT
* * * * * * * * * *
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
7327412 TTATTTGGAATAAACTTGCAAGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATGA
64 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * ** * * * *
7327589 TATTCCGGATAAGCTTGTGTG-ATCAAAAATAAAAGTTATATGAC-AAACACAAGGTAATAACGA
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* * * * * ** **
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129 TTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGT
* * *
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * *
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65 TATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAATG
* * * * **
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128 ATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGT
* * * * *
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* * * * * * * **
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61 ATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * **
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* * * ** * * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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125 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGT
* * * *
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** * * * * *
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63 TTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATA
* * * * * *
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125 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGT
* * * * * * * * *
7328422 AAATATATTTATTTTTTAAATATGTTATTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTTTT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTA-TTAT
* * * * *
7328487 TTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAATAGAAATAATTGATTTATGA-TAAA-AAAAGGTTATAATG
63 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * ** *
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* *
7328601 AAACAAATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAA-AGGTTAATAAATTAGTATTATT
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * *
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65 TATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * ** *
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* * * * * *
7328955 AAACAAATTTATGTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTGAAAATATTAAGAAATTTGTAGTAT
1 AAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
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* * * * * **
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126 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGT
* * * * *
7329136 AAATAGGTTTATTTGTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
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64 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * **** **
7329264 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT-GACCATAATTATTTGAACCAATTCAAT
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAATTGGTTCGGT
* * * *
7329316 AAACTA-ACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAGA-TAATATTA
1 AAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCT-ACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAA-ATTAGTATTA
* *
7329379 TTTTATTT-TAGATAAG-TTGCTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT
62 TTTTATTTCGA-ATAAGCTTG-TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
7329441 ATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTT-ATTTGGT
124 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGT
* * * * ** * * *
7329497 AAGCAAATTTATTTTTTTAAATTTGTTGTTTATTAATTTTTGAGTGTTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT-CTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
*
7329562 TTATTTCAAATAA
64 TTATTTCGAATAA
7329575 TTGTTCTAAG
Statistics
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169 9 0.00
170 42 0.01
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Consensus pattern (179 bp):
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TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGT
Found at i:7326270 original size:717 final size:714
Alignment explanation
Indices: 7324138--7329567 Score: 3613
Period size: 717 Copynumber: 7.6 Consensus size: 714
7324128 ACTAGTTTAG
* * * *
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* * * * *
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* * * * * * ** * *
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** * **
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* * * *
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255 AGCTT-GTATGAACTAAAAAAATTGATTTATGA-TA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * *
7324455 A-A-AGATTGTTCATATAGCCTTAACTA-TTGAACTGGTTCGGTAAAAAA-ATTTATTTTTTAAA
317 AGATA-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC---AAAAAATATAT-TTTTTTAAA
* * * * * * * *
7324516 TCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
377 T-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTTGCATAAGCTTGCA
* * * * * * *
7324581 TGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTTATAACAATTTTAAATATATAATTGTTC
439 TAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * *
7324646 AAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCT-ACTACTTATT
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* * ***
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* * * * * *
7324775 TTATTTTATGA-AAAA-TAAAAGTTCATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATA
631 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* *
7324837 ATTATTTGAAC-TGATTTGAT
695 ACTATTTGAACTTG-TTCGAT
* ** * * * * * *
7324857 AGAGTGAATTATATTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTA-AATATTAGTGAAGTAATATTATT
1 AAACAGATTTAT-TTTTAAATCT-TCACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATT
*** * * * * *
7324921 TTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACT-GAAATAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATG
64 TTATTTCAAATAAACTTTTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * ** * * *
7324985 ATTTTAAATAGATAATTATTTAAGTAGTCATAACTATTTGAATTTTTTTTA-TAAAC--TT-TTT
128 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT-AAACTTGTTCAGTAAACAATTAATT
* * * * * *
7325046 TTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATCTTGAATAA
192 TTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * * *
7325111 GCATGTATGAACTAAAACAACT-ATTT-T-ATAACTAACTAAAAGGCCAAAATGATTTGAAATAG
256 GCTTGTATGAACTAAAAAAATTGATTTATGATAA-AAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * *
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319 ATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTCAAA-AAATATATTTTTTTAAATTTTT
* * * * * * *
7325230 ACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAACAATATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATAAAT
382 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTTGC--ATAAGCTTGCATAAAT
* * * * * *
7325294 AGAAACAAATATTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATA
444 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
7325358 GTCATAATTATTTGAA-CTGATTCAGTAAAGAGATTTA-GTTTTTAA-AT-AT-CTTATTAATTT
509 GTCATAACTATTTGAATTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCATACTTATTAA-TT
* * ** * *
7325418 TTGAAATAGTAATAAATTACTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAA-TAGCAACAATTGT
572 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGT
* * *
7325482 TTTATGACAAAACAAAATA-TCATAATGATTT-AAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACT
635 TTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTGAAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACT
*
7325544 ATATGAACTTGTTCGAT
698 ATTTGAACTTGTTCGAT
* * *
7325561 AAACAGATTAACTTTTTAAGTCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTC-ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * *
7325626 TTATTCCAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATTAAAA-AAAAGATCACAATG
64 TTATTTCAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATG
* ** * *
7325690 ACTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGTCATAACAATTTAAACTTGCTCAGTAAACAGATTAATT
128 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACA-ATTAATT
* * * *
7325755 TTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAATGTTATTTTATTTTGAATAAG
192 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * *
7325820 CTTGTTTG-AGTAAAATAAATTGATTTACGATAAAAACAGATGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
257 CTTGTATGAACTAAAA-AAATTGATTTATGATAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* *
7325884 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAGATTTTTTTAAATTTTTACT
321 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAAAAAATATATTTTTTTAAATTTTTACT
** * * *
7325948 TATTAATTTTTGGAATATCAATAAATCTATATTATTTTA-TT-CATAAGCTTGCATCAATAGAAC
385 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT-TATATTATTTTATTTGCATAAGCTTGCATAAATAGAAA
** *** * * * * *
7326011 CAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTTTTTAGATACTCGT
449 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* *
7326076 AACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTTAATTCTCATACTCT-TTAATTTTGAA
514 AACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAA-TCTCATACT-TATTAATTTTGAA
* *
7326140 ATATTAATAAATTA-TCATTATTTTATTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATT
577 ATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATG
* * **
7326204 ACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAAAAAGATAATTATTCAAATAGTCATGGCTATTTGAAC
641 ACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* *
7326269 TTATTCAAT
706 TTGTTCGAT
* * * * * **
7326278 AAATATAATTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTATCCA-AATATTAATAAATTAATATTAT
1 AAACAGATTTA-TTTTTAAAT-CTTCACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * * *
7326342 TTTGA-TCCAAATAAGCTTGTGTGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACCAAAA-ATCATAA
63 TTT-ATTTCAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAA
** * * * * * * *
7326405 CAATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACAATTTGAACTTGTTC-GAAAAATATATTT
126 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCAG-TAAACA-ATTA
* * * *
7326469 ATTTTTTAAATTTCTTATTTATTAATTTTATTAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTTGAA
189 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG-A
* ** ** * ** *
7326533 ATAAGCTTGTAT--ATTCAAAATAAATT-ATTTTAT-ATTGAAACAAAAATTTATGGTGATTTCA
252 ATAAGCTTGTATGAACT-AAAA-AAATTGA-TTTATGATAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
7326594 AATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAATTATTTAAACTTATTCGATAAACATA-TTTTTTAAATC
314 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAATATATTTTTTTAAAT-
* * * * *
7326657 TTTTAATTAATAATTTTCAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTT-CTAATAAGCTTACAT
378 TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTGC--ATAAGCTTGCAT
* * * * *
7326721 CAACT----A-AATT-TTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATGC
440 -AAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * **
7326780 AAATAGTCTTGACTATTT-AATCTAGTTCGGTAAATATATTTA-TTTTTTAATTTTTTACTTATT
504 AAATAGTCATAACTATTTGAAT-TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCATACTTATT
** * * * *
7326843 AATTGTTGAAATATTAGCAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTAAATGAA-TGGAAACT
568 AATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTATATGAACT-AAAACA
* * * * * * * *
7326907 ATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAATAATTAG-AATTAAATAATTGCTT-AAATATTCAT
630 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCAT
* *
7326970 AATTATTTGAAC-TGATTTGAT
694 AACTATTTGAACTTG-TTCGAT
* *
7326991 AAA-TGATTTATTTTTAAAATC-T--CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGATTAATATTATT
1 AAACAGATTTATTTTT-AAATCTTCACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATT
* * * * *
7327051 TTATTAT-GAATAAA-TTTATATGAACAAAAAC-ATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT
64 TTATT-TCAAATAAACTTT-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
7327113 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATGTT-AACTGGTT-AGGTAAATAGATTT
127 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTAT-TTAAACTTGTTCA-GTAAACA-ATTA
* * * * **
7327176 TTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTTATTTTATTTTATTCCGAA
189 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAA
* * * * *
7327241 TAAGCTAGTATGAATTGAAAAAA-TCATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
253 TAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGA-TTTATGATAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* ** * * *
7327304 AAATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAAAAAATAAATTTATTTTTTAAAC
317 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAAAAAAT--ATAT-TTTTTTAAA-
* * * * * * * *
7327368 CTTTTAATTATTAATTTTTGAAATTTTATTAGATTAATATTATTTTATTTGGAATAAACTTGCA-
377 TTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTT-GCATAAGCTTGCAT
* * * * ** * * * *
7327432 AGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGTAGTATACAATTGTTC
440 A-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * ** ** * * *
7327497 AAATAGTTATAATTATTT-AAACTGATTTAGTAAGCAGGTTTA--TTTTT-ATATC--ACTTATT
504 AAATAGTCATAACTATTTGAATTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCATACTTATT
* * * * * * *
7327556 AATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGGATAAGCTTGTGTGATCAAAAATAA
568 AA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAA
** * * * * * * * * * *
7327621 AAGTTATATGAC-AAACACAAGGTAATAACGATTT-ACAATAGATAATTGTTGAAGTAGCCATAA
631 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* *
7327684 TTATTTGAACTAAT-TTAG-T
696 CTATTTGAACT--TGTTCGAT
* * *
7327703 AAACAAATTCACTTTTTAAA---TCACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
1 AAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTCACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * * * * *
7327765 TATTTCGAATAAGCTTGTAAGAACT-TAAATAATTATTTTATAACAAAAC-AAAGTGTCATAATG
65 TATTTCAAATAAACTTTTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAATG
* * * * * * * *
7327828 ATTTTAAATAACT-ATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTCAATTTGTTCAATAAACAATTTTATT
128 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAA--TTA-A
* * * ** * *
7327892 TTTTTTAAA-CTCTTGCTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGCATTATTCTATTTTGGAT
190 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * * *
7327956 AAGCCTT-AATGAATTGAAACAATAG-TCTTATG-TTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAAT
254 AAG-CTTGTATGAACTAAAAAAATTGAT-TTATGATAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * *
7328018 AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGACAAACAGATTTATTTTTTCAAAT
317 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT--CAAA-AAATATATTTTTTTAAAT
* ** * * *
7328083 ATTTTGCTTATTAATTTTTTCAATGTTAATAAATT-TGGATTATTTTATGATGAATAAGCTTG--
378 -TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAT--ATTATTTTAT-TTGCATAAGCTTGCA
* * * * * * *
7328145 TAAGATATGAAACAAATATTTTATGATTAAAA-AAAAGGGCAGAACAATTTGAAATAGATAACTA
439 TAA-ATA-GAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * *
7328209 TTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACATATTTGTTTTTTAAATCTCTTACTTA
501 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCATACTTA
* * * ** * * *
7328274 TCAATTTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCAAATAAGCTTCTATGATC-ATAAA
566 TTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCGAATAAGCTTATATGAACTA-AAA
* * * * *
7328338 CAATTATTTTATGACAAAACAAAGATGT--TAAAGATTTG-AAATTGATAATTGTTCAAATAGTC
628 CAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AAGTCATAATGATTTGAAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * *
7328400 A-AACTGTTTAAACTAGTTCGGT
692 ATAACTATTTGAACTTGTTCGAT
* * * * * * * * *
7328422 AAATATATTTATTTTTTAAATATGTTATTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAGATTAGTATTTT
1 AAACAGATTTA-TTTTTAAATCT-TCACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATA-TTA
* * * * * *
7328486 TTTTATTTCGAAT-AAGTTTGTATGAATAGAAATAATTGATTTATGA-TAAA-AAAAGGTTATAA
62 TTTTATTTCAAATAAACTTT-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * **
7328548 TGA-TTGAAATATACAATTAG-TCAAATAATTATAATTATTTGAACTAT-TTTGGTAAACAAATT
126 TGATTTGAAATAAATAATT-GTTCAAATAATCATAACTATTTAAACT-TGTTCAGTAAAC-AATT
* * ** *
7328610 TATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAA-AGGTTAATAAATTAGTATTATTTTATCCTA
188 AATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATA--TTAATAAATTAATATTATTTTATTTTG
* ** *
7328670 AATAAGCTTGTACG-A-TAAAAAACAATTG-TTATATGA-CCAAACAAAAGGTAATAATGATTTG
251 AATAAGCTTGTATGAACT-AAAAA-AATTGATT-TATGATAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * *** * *
7328731 AAATAGATAATTGTTGAAAT-GGCAATAATTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACAGATTCACTTTT
313 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCAAAAAATATATT---TTTT
* *
7328794 TAAA---TTACTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-CAAATAAGCT
373 TAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTGC--ATAAGCT
** * * * * * * *
7328855 TGTGTTAACT-GAAATAATTGTTTTATAACAGAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAAT
435 TG-CATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * *
7328919 TATTCAAATAGTCGTAACTATTTGAATTTATTTGGTAAACAAATTTATGTTTTTAAACTCTTGCT
499 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCATACT
* * * * * * *
7328984 TATTAATTTTGAAAATATTAAGAAATTTGTAGTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAA
564 TATTAATTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGAACTAAA
* * * * *
7329049 ACAATTGTTTTAAGTA-AAAACAAAAGGTCATAATGATTT-TAAATAAATAATTATTCAAATAAT
627 ACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* *
7329112 AATAACTATTTGAACTTGTTCAAT
691 CATAACTATTTGAACTTGTTCGAT
* * * *
7329136 AAATAGGTTTATTTGTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATT
1 AAACAGATTTATTT-TTAAATCTTC-ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATT
** * * * * *
7329201 TTATTTCAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGTTCATAACG
64 TTATTTCAAATAAACTTTTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *** *
7329264 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGACCATAATTATTTGAACCAATTCAATAAACTAACTT-AT
128 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAAC-AA-TTAAT
* * *
7329328 TTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAGA-TAATATTATTTTATTTT-AGA
191 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAA-ATTAATATTATTTTATTTTGA-A
* * * * * *
7329391 TAAG-TTGCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAAT
253 TAAGCTTG-TATGAACTAAAAAAATTGATTTATGATAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * *
7329454 AGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTATTTGGTAAGCAAATTTATTTTTTTAAAT
317 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT--CAA-AAAATATATTTTTTTAAAT
** * * *
7329519 TTGTTGTTTATTAATTTTT-GAGTGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
378 TT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT
7329568 CAAATAATTG
Statistics
Matches: 3687, Mismatches: 773, Indels: 498
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
702 2 0.00
703 66 0.02
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705 110 0.03
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710 11 0.00
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Consensus pattern (714 bp):
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AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
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TTTTTAAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTGCATAAGCTTGCATAAATAGAAACAATTGT
TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
TGAATTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAATCTCATACTTATTAATTTTGAAATATTAATA
AATTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
AAGTCATAATGATTTGAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT
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7324128 ACTAGTTTAG
* * ** *
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* * * * * * * * * *
7324201 TTATTCCAAACAAACTTATTTGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
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* * * * * * ** *** * *
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* * * **
7324331 TTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGT-TTGTTTTA-TTCCGAAT
191 TTTTAAA-CTCTTACTT-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAG-AT
* * * ** * * *
7324393 AAG-TTGGTAAGAACTGAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATA-
253 AAGCTT--TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG
* *** **
7324456 A-AGATTGTTCATATAGCCTTAACTA-TTGAACTGGTTCGGT
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* * * * * *
7324496 AAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAATTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTT-GCTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * *
7324560 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTT-ATAAC
64 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAATAATTGTTTTATGA-CAAA-AAAAAGTTCATAAC
* * * * ** *
7324624 AATTTTAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTAA
126 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAATTCGGTAAACA-ATTTAT
* * ** *
7324689 TTTTTAAA-TCTACTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
190 TTTTTAAACTCT--TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAGAT
* * * * *
7324753 AGGCTTATATG-A-TGAAAAACAATTATTTTATGA-AAAATAAAAGTTCATAATGATTTGAAATA
253 AAGCTT-TATGAACTG--AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA
* * ** * * * *
7324815 GATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTGAT
315 GATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTATTCGGT
* ** * * * ** * * * * * *
7324857 AGAGTGAATTATATTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAATATTAGTGAAGTAATATTATTT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
*** * * * *
7324922 TATTTTGGATAAGCTTTTAT-A-AACTGAAATAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATG
66 TATTTCAAATAAGCTTGTATGATAA---AAATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGTTCATAACG
* * * * * ** *** *
7324985 ATTTTAAATAGATAATTATTTAAGTAGTCATAACTATTTGAATTTTTTTTATAAAC--TTTTTTT
127 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAATTCGGTAAACAATTTATTT
** * ** * *
7325048 TTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATCTT-GAATAAG
192 TTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAG-ATAAG
* * * * * * * *
7325112 CATGTATGAACTAAAACAACTATTTTAT-A-ACTAACTAAAAGGCCAAAATGATTTGAAATAGAT
256 C-TTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATA-AAAC-AAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGAT
* *
7325175 AATTGTTCTAATAG---T--C-A--TGAACTAGATT-GGT
318 AATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACT-TATTCGGT
* * * * ** *
7325206 AAACACATTT-TTTTTTAAA--TCTATACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAACAATAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATTTCT-TGCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * *
7325268 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAAATATTTTAGGACAAAACAAAGATCATAACAA
64 TTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGTTCATAACGA
* * * * * * *
7325333 TTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTCAGTAAAGAGATTTAGTT
128 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAATTCGGTAAACA-ATTTATTT
* * * * * *
7325398 TTTAAA-T-AT-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTACTATTATTTTATTCT-GAATAAT
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* * * ** *
7325459 TTTGTATGAA-TAGCAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTAAAATAGATA
256 CTT-TATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATA
* * * * * *
7325523 ATAGTTCAAAT-GGACATGACTATATGAACTTGTTCGAT
319 ATTGTTCAAATAGTA-ATAACTATTTGAACTTATTCGGT
* * * **
7325561 AAACAGATTAACTTTTTAAGTCTTC-AACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * *
7325625 TTTATTCCAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATTAAAAAAAAGATCACAATG
64 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAATAATTGTTTTATGA-CAAAAAAAAGTTCATAACG
* * * * ** * *
7325690 ACTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGTCATAACAATTTAAACTT-GCTCAGTAAACAGATTAAT
127 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAATTCGGTAAACA-ATTTAT
* * * * *
7325754 TTTTTAAATATTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAATGTTATTTTATTTT-GAAT
190 TTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAG-AT
* * * * * * * * *
7325817 AAGCTTGTTTG-AGTAAAATAAATTGATTTACGATAAAAACAGATGGTCATAATGATTTGAAATA
253 AAGCTT-TATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA
* * * ***
7325881 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAA
315 GATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACT-TATTCGGT
* * *
7325923 AAATAGA--T-TTTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATCAATAAATCTA-TATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAAT-TAGTATTAT
* * * ** ** * *
7325983 TTTA-TTC--ATAAGCTTGCATCAATAGAACCAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATG
64 TTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGTTCATAACG
* * * * * * * ** * *
7326045 TTTTGAAATAGATAATTTTTTAGATACTCGTAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACAGATTCATT
127 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAATTCGGTAAACA-ATTTA-T
* * * * *
7326110 TTTTTAATTCTCATACTCT-TTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTA-TCATTATTTTA-TTCAAA
190 TTTTTAA-ACTCTTACT-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTAGA
* * * * * * *
7326171 TAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAAAAA
252 TAAGCTT-TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-TAAATA
* * ** **
7326236 GATAATTATTCAAATAGTCATGGCTATTTGAACTTATTCAAT
315 GATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTATTCGGT
* * * * *** *
7326278 AAATATAATTATTTTTTAAATATT-TTACTTATTAATTATCCAAATATTAATAAATTAATATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTGCTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
7326342 TTTGA-TCCAAATAAGCTTGTGTGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACCAAAA-ATCATAA
64 TTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAA--AAAAGTTCATAA
* * * * * * ** *
7326405 CAATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAACAATTTGAACTT-GTTCGAAAAATATATTT
125 CGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAATTCGGTAAACA-ATTT
* * * *
7326469 ATTTTTTAAATTTCTTATTTATTAA-TTTTATTAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGA
188 ATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTA
* * * * * * ** * ** *
7326532 AATAAGCTTGTAT--ATTCAAAATAAATTATTTTAT-ATTGAAACAAAAATTTATGGTGATTTCA
250 GATAAGCTT-TATGAACT-GAAA-CAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTA
* * * *
7326594 AATAGATAATTGTTCAAATA-TCATAATTATTTAAACTTATTCGAT
311 AATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTATTCGGT
** * ** *
7326639 AAAC--A--TATTTTTTAAATCTT-TTAATTAATAATTTTCAAAATATTAATAACTTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTGCTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * **
7326699 TTTATTTCTAATAAGC-T-TA-CAT-CAACTAAATT-TTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAATA
64 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAT-AATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGTTCATAACG
* * * * * * *
7326759 ATTTGAAATAGATAATTATGCAAATAGTCTTGACTATTT-AATCTAGTTCGGTAAATATATTTAT
127 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TAATTCGGTAAACA-ATTTAT
** * * * ** * **
7326823 TTTTTAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAGCAAATTAGTATTATTTTA-ATCCGAATA
190 TTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAG-ATA
* * * * * * * ** * *
7326887 AGCTTAAATGAA-TGGAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAATAATTAGAATTAAA
254 AGCTT-TATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGA
* * * * * *
7326951 TAATTGCTT-AAATATTCATAATTATTTGAACTGATTTGAT
317 TAATTG-TTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTATTCGGT
* * * *
7326991 AAA-TGATTTA-TTTTTAAA-ATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * *
7327051 TTATTAT-GAATAAATTTATATGA-ACAAAA-ACATTTTTTTATGACAAAACAAAA-TGTCATAA
65 TTATT-TCAAATAAGCTTGTATGATA-AAAATA-ATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGT-TCATAA
* * * * * ** * *
7327112 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATGTT-AACTGGTTAGGTAAATAGATTT
125 CGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAATTAATTCGGTAAACA-ATTT
* * * * **
7327176 TTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTTA-TTTTATTTTA-TTCCG
188 ATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTAG
* * * ** * *
7327239 AATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
251 -ATAAGCT-TTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAAT
* ** * ** * ***
7327304 AAATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAAA
314 AGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTT-ATTCGGT
* * * ** * * * *
7327347 AAATAAATTTATTTTTTAAACCTT-TTAATTATTAATTTTTGAAATTTTATTAGATTAATATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAA-TTTCTTGCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * *
7327411 TTTATTTGGAATAAACTTGCAAGA-ACAGAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTT-ATAA
64 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATA-A-AAATAATTGTTTTATGACA-AA-AAAAAGTTCATAA
* * * * * * * * * * ** * *
7327474 TGATTTGTAGTATACAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTAGTAAGCAGGTTTA
125 CGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAATTCGGTAAACA-ATTTA
* * * ***
7327539 -TTTTTATA-TC--ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGGATA
189 TTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATA
* * ** * ** * * * * *
7327600 AGCTTGTGTGATCAAAAATAAAAGTTATATGA-CAAACACAAGGTAATAACGA-TTTACAATAGA
254 AGCTT-TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTA-AATAGA
* * ** * * **
7327663 TAATTGTTGAAGTAGCCATAATTATTTGAACTAATTTAGT
317 TAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTATTCGGT
* * * *
7327703 AAACAAATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
7327764 TTATTTCGAATAAGCTTGTAAGA-ACTTAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAGTGTCATAATG
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* * * * ** **
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127 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAATTCGGTAAACAA-TTTA--
* * * * * * *
7327892 TTTTTTAAACTCTTGCTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGCATTATTCTATTTTGGATA
189 TTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATA
* * * * * *
7327957 AGCCTTAATGAATTGAAACAATAGTCTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAAT
254 AG-CTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGAT
* * * **
7328022 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGAC
318 AATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTATTCGGT
* * * *
7328061 AAACAGATTTATTTTTTCAAATATT-TTGCTTATTAATTTTTTCAATGTTAATAAATTTGGATTA
1 AAACAGATTTATTTTTT-AAAT-TTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * ** *
7328125 TTTTATGAT-GAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAAATATTTTATGATTAAAAAAAAGGGCAGAA
63 TTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGATA-AAAATAATTGTTTTATGA-CAAAAAAAAGTTCATAA
* * * * * * ** * *
7328189 CAATTTGAAATAGATAACTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACATATTTG
125 CGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAATTCGGTAAACA-ATTTA
* * * *** *
7328254 TTTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAA
189 TTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTAGA
* * * * * *
7328318 TAAGCTTCTATGATCAT-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATGT--TAAAGATTTGAAAT
252 TAAGCTT-TATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTTAAAT
* * * *
7328380 TGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTGTTTAAAC-TAGTTCGGT
314 AGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTA-TTCGGT
* * * * ** * * *
7328422 AAATATATTTATTTTTTAAATATGTTATTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTTTT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTA-TTAT
* * * * * * *
7328487 TTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAATAGAAATAATTGATTTATGATAAAAAAAGGTT-ATAATGA
64 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGTTCATAACGA
* * * * * * * *
7328551 -TTGAAATATACAATTAG-TCAAATAATTATAATTATTTGAACTATTTTGGTAAACAAATTTATT
128 TTTGAAATAAATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAATTCGGTAAAC-AATTTATT
* ** ** *
7328614 TTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAAGGTTAATAAATTAGTATTATTTTATCCTAAATAAG
191 TTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAAG
* ** * ** * *
7328676 CTTGTACGATA-AAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATA
256 CTT-TATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATA
* * * * *
7328740 ATTGTTGAAATGGCAATAATTATTTGAACTGATTCGGT
319 ATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTATTCGGT
* * *
7328778 AAACAGATTCACTTTTTAAATTACTTG----TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * *
7328839 TTATTTCAAATAAGCTTG--TGTTAACTGAAATAATTGTTTTATAACAGAACAAAAGGTCATAAC
65 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGATAA---AAATAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAGTTCATAAC
* * * * *
7328902 GATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCGTAACTATTTGAATTTATTTGGTAAACAAATTTAT
126 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAATTCGGTAAAC-AATTTAT
* * * * * *
7328967 GTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTGAAAATATTAAGAAATTTGTAGTATTTTATTTTGGATA
190 -TTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATA
* *
7329032 AGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTAAG-TAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAA
254 AGC-TTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGA
* * * **
7329096 TAATTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTCAAT
317 TAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTATTCGGT
* * * * * * * *
7329136 AAATAGGTTTATTTGTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATT
* *
7329201 TTATTTCAAATAGGCTTGTATGATGAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGTTCATAACGAT
65 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAT-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGTTCATAACGAT
* * ** ** *
7329266 TTGAAATAAATAATTGTTCAAAT-GACCATAATTATTTGAACCAATTCAATAAACTAACTTATTT
129 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAATTAATTCGGTAAAC-AATTTATTT
* * *
7329330 TTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAGA-TAATATTATTTTATTTTAGATAA
192 TTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTAGATAA
* *
7329394 G-TTGCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGAT
255 GCTT--TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGAT
* * *
7329458 AATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTATTTGGT
318 AATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTATTCGGT
* * * * * *
7329497 AAGCAAATTTATTTTTTTAAATTTGTTGTTTATTAATTTTTGAGTGTTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTA-TTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATT
7329562 TTATTTCAAATAA
65 TTATTTCAAATAA
7329575 TTGTTCTAAG
Statistics
Matches: 3970, Mismatches: 878, Indels: 459
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
346 6 0.00
347 159 0.04
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349 17 0.00
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364 60 0.02
365 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
AAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTCAAATAAGCTTGTATGATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGTTCATAACGATTT
GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAATTCGGTAAACAATTTATTTTTTA
AACTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTA
TGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTC
AAATAGTAATAACTATTTGAACTTATTCGGT
Found at i:7330768 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 7330305--7332163 Score: 643
Period size: 182 Copynumber: 10.4 Consensus size: 180
7330295 AAACTGCTTT
7330305 GGTAAACATATTTATTTTTTTTAAATCTTCTTCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATA
1 GGTAAACATATTTA-TTTTTTTAAATCTT-TTCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATA
* * * * * * * *
7330370 TTATTTTATTTTAAATAGGCTTGTAT-AATGAAAAACAATTGTTTAATGACAAGACAAAAGTTCT
64 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGACTG-AAAA-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
* **
7330434 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGACCATATTTATTTGAATCAATTC
127 TAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATGACCATAACTATTTGAATCAATTC
* * * * * *
7330488 GATAAAC-TGACTTA-TTTTTTAAATCTTTAACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATA
1 GGTAAACAT-ATTTATTTTTTTAAATCTTT-TCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATA
* * *
7330551 TTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT
64 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ACTGAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT
* * * ** **
7330616 ATTTATTCT-AAATATATAATTGCTCAAAT-AGTTATAACTATTTGAA-CTTGTTC
128 AATGATT-TGAAATAGATAATTGCTCAAATGA-CCATAACTATTTGAATC-AATTC
* * *
7330669 GGTAAACATATTTATTTTTTTAAAT-TTGTTGTTTATTAATTTTTTTAATGA-TAATAAATTAGT
1 GGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTT-TT-CTTATTAATTTTTTAAAT-ATTAATAAATTAAT
* * * *
7330732 ATTATTTTATTATGAATAAGCATGTATGAGCTG--AAAATTATTTTATGACT-AAACAAAAGGTT
63 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-CTGAAAAAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTC
* * ** ** * * ** ** *
7330794 AGAATGATTTAAAATAGATAATTATTTTAAT-AGTCTTAACTATTTGACCCGGTAC
126 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATGA-CCATAACTATTTGAATCAATTC
* * * * * * * **
7330849 GATAAGCACATTTA--TTTTTCAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT-ATTAATTGAGCA
1 GGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCT-TTTCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATT-AATA
* * * * * * * * * * **
7330911 ATATTTTACTCTAAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCAT
64 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGACT-GAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT
* ** * * * ***
7330976 AACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAA-CAGTCATAATTATTTGAACTTGCTT-
128 AA-TGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATGA-CCATAACTATTTGAA-TCAATTC
* * * * ** * *
7331029 GATAAACAAATTTAGTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAATTTATAT
1 GGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTT-CTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATAT
* * *
7331094 TATCTTA-TTTGAAATATA-CTTGCATGAAC--AAAACCAATTGTTCTT-TGACAAAACAAAAGG
65 TATTTTATTTTG-AATA-AGCTTGTATG-ACTGAAAA--AATTGTT-TTATGATAAAACAAAAGG
* * * * * ** *
7331154 TCATAAT-ATTTTGAAATAAATAATTGTTTAGAT-AGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTT
124 TCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGCTCAAATGA-CCATAACTATTTGAATC-AATTC
* * * * * * *
7331211 GGTAAATAGA-TTCTTTTTTT-AA----TTC-TCTT-AGTCTTT-AAT-TT--T-CA--AA-A-T
1 GGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATT
* ** * * * * *
7331259 ATTTTATTCTGAATAAATTTGTATGAAC-AAAAATAACTGTTTTATGGTAGAACAAAAGGTTATA
66 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ACTGAAAA-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA
** ** ** * *** *
7331323 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AGTTAAAACTATTTGAATTGGTTT
129 ATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATGA-CCATAACTATTTGAATCAATTC
* * * * * * *
7331375 AGCAAATAGA-TT-TTTTTTTAAATC---TCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATT
** * * * ** * *
7331435 ATTTTATTTCAAAAAAGCTTGTCT-ATTGGAAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTAATA
66 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGACT-GAAAA-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA
* * ** * * * *
7331499 ATGATTTAAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATGATTATTTGAA-CTAATTC
129 ATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATGACCATAACTATTTGAATC-AATTC
* * * * * *
7331551 AGTAAA-TTAGTTTA-TTTTTTAAATCTTTGACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATT
1 GGTAAACATA-TTTATTTTTTTAAATCTTT-TCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATA
* * * * * * * *
7331614 TTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAGAT-AAAATAATTGTTATATGACAAAACAAATGGTCG
64 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-CTGAAAA-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * **
7331678 TAATGATTTTAAATGGATAATTGTTGAAAT-AGTCATAATTATTTGAA-CTTGTTC
127 TAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATGA-CCATAACTATTTGAATC-AATTC
* * * * * * * * * *
7331732 AGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTGTTTGAATGTCAATAAATCAATAT
1 GGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCT-TTTCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATAT
** * ** * * * * * * *
7331797 TACCTTGTTTCAAATAAACTTGTATAAACTGAAACAATTATTATATGACT-AAACAAAATGTCAG
65 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-GACTGAAAAAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCAT
* ** * ** * * *
7331861 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT-AGTATTAATTATTTGAATTAGTTC
128 AATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATGACCA-TAACTATTTGAATCAATTC
** * * * * *
7331914 GACAAGTACA-A-CTA-TTTTTTAAATC---TCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTT
1 GGTAA--ACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATA
**** * * *
7331973 TTATTTT-TACCCAAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-ATAAAGATC
64 TTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGA-CTGAAAAAATTGTTTTATGATAAAACA-AAAGGTC
* * * * * * * * *** *
7332035 ATAACGATTTGATATTGATATTTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAATTGGTTT
126 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATGACCATAACTATTTGAATCAATTC
* ** * * * * *
7332090 GGAAAACAGCTTTA-GTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTAT
1 GGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCT-TTTCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATAT
*
7332154 CATTTTATTT
65 TATTTTATTT
7332164 CAGATAAGAT
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GGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTTCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATT
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7332145 AAGTAGTATC
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1 ATTTTATTTCAGATAAG
*
7332172 ATTTTATTTCGGATAAG
1 ATTTTATTTCAGATAAG
*
7332189 TTTTTAT
1 ATTTTAT
7332196 CAACTGAATA
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ATTTTATTTCAGATAAG
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7332192 TTATCAACTG
* * * * *
7332202 AATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATATGAAATAGATAATTGTTCAG
1 AATAGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATATGAAATAAATAATTGTTCAA
* * ** *
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*
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* * * ** * *
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65 AATAGAT-ATAACTATTTAAACTTACTCGGTAAATAGATTTA-TGTTTAAAATCTCCTACCTATT
*
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ATAGATATAACTATTTAAACTTACTCGGTAAATAGATTTATGTTTAAAATCTCCTACCTATTAAT
TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTGAATA
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7332485 TTACTTTTAA
* * *
7332495 AATTTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCA-AATATGCT
1 AATTATTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-AGAATAAGCT
* * * *
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127 AAAAATAGATATATTTTTT
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*
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7332756 ATAGATAACT
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AATTATTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTAGAATAAGCTTG
TCTGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAACATGTTCAAAAA
ATAGATATATTTTTT
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7332870 TTTCATGTTG
* * * * *
7332880 AAAC-AAAAGGTCATAAC-ATTTTGAAATAGATAATTATTC--A-AAT-ATGACTATTTGAACTT
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* * * * * ** * **
7332939 GTTAGATAAATATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAA
65 GTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AGTTTG
* * * * *
7333004 T-ATTATTTTAATAC-GAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATAACAAAA-AAAAAG
126 TCATTATTTT-ATTCTGAATAAACTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-
* * * * *
7333066 TCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCA-ATAAA
189 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TAGTT-AGGTAAA
* * * **
7333129 CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATAGTTGTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTT
252 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATAT-TAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * * * * * * * * *
7333192 AATTGAAATAACCTTATAT-AAGTAGAAAAAATTATTTTATGATAAAATAAAAAAGTTATAGCGA
315 ATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATA-TCATAACGA
* ** * * * * * * * *
7333256 TTTTAAATAGGCAATTGTTCAAATAGTCATAGCTAATTGAACTTGT-TTGATAAACAGATTCAGT
378 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTCGATAAACAAATTTATT
* * * *
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443 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAA
* * * * * * *
7333381 GCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTGTAACA
507 ACTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * * * *
7333414 AAA-TAAAAGGTCACAATGCTTAAAAATAGATAATTATACAAATAGTTATAACTATTT-ATACT-
1 AAACAAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGA-ACTA
* ** ** * * *
7333476 GGTCAAGCCAACAAATTTATTTTTTAAATCCATTATTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAATTA
65 GTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAAT-C--TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAGTTT
* * * * * * * *
7333540 G-CATTACTTTATT-TCAAATAAGAC-TATATCAATAGAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAT
125 GTCATTATTTTATTCT-GAATAA-ACTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-
** * * * * * *
7333602 GGTCATAATGATTTGAAATAAATAATT-TT-AAATTGTTATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAA
187 AATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAA
* *
7333665 CAGATTTATTTTTTAAATCTC---ATATTAA---TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
252 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * * * * *
7333724 TTCGAACT-AGATTATATCAAC--AAAAACATTCGTTTTACGATAAAACAAAATGTCATAATGAT
317 TTC-AAATAAGCTTATATGAACTGAAATA-ATT-ATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACGAT
* * ** * * * * * *
7333786 TTGAAATAAATAATTATTCATATAACCTTAACTATATGAATTTGT-TCAACAAACAAATTTATTT
379 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTCGATAAACAAATTTATTT
* * * * *
7333850 TTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTATAATATTATTATATTACTATTATTTT-ATTCTAAATAA
444 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-GAATAA
* * *
7333914 GCTTGTATGAAGATAAATAATTGTTCTATGACA
507 ACTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACA
* * * * * ** *
7333947 AAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATTGTAACTAGTTGAACTAG
1 AAACAAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAG
* * * *
7334011 TTTGGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAG
66 TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AGTTT-G
** * ** * *
7334076 T-ATTATTTTATTCTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTT
126 TCATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AT
* * * *
7334140 CATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAAT-GACCATAATTATTTGAACTAATTCTA-G-AAA
190 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAATTATTTGAACT-AGT-TAGGTAAA
* * *
7334202 CTAATTTATTTTTTAAATCTC-CAACT-TCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTT
252 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAA-TAT-T-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
*** * * * * ** *
7334265 TATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTAT----AAAGAAAAGGTCATAACAAT
314 TATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACGAT
* * * * * * *
7334326 TTTAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TCGGTAAATAGATTTATTT
379 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTCGATAAACAAATTTATTT
* * * * * * * *
7334390 TTCTAAATTTTTTACTGATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGATTAA
444 TT-TAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAA
* * * * *
7334455 GCATGTATGAAC-TAAAACAATTATTTTATGACT
507 ACTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTTTATGACA
** * * * * * *
7334488 AAAC-AAATTGTTAGAACTATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTGAACTAG
1 AAACAAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAG
* * * *
7334552 TTT-AGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-ATAACATTATTAGTTT-
66 TTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAGTTTG
* * * * ** * *
7334614 TACAATATTTTACTCTAAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAATAT
126 T-CATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAT
* * * * *
7334679 CATAATGATTTGAGATAGATAACTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAA
190 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAA
* * *
7334744 ATTTAGTTTTTAAATCTC-T--TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTT
255 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
* * * * * * * *
7334806 GAATAA-CTTTGTAT-AAATAAAAATAATTATTTTACGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGA
320 AAATAAGC-TTATATGAACT-GAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACGATTTGA
* * * * * * *
7334869 AATAGATAA-TAGTTCACAT-GAACATGACTATTTGAACTTG-CTCGATAAATAGAGTTATTTTT
383 AATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAGTCTCGATAAACAAATTTATTTTT
** * * *
7334931 TAAATCTCCAACTTATTGATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTAATTTTGAATAAAA
446 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA-TTCGAATAAAC
* * * *
7334995 TTTTATGAATATAAACAATTGTTTTGTGACAA
509 TTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGAC-A
* * **
7335027 AACGACAAAACAAAATAGCATAACGATTTAAAATAAATAATTCTTCAAATAATCATAAAGATTTG
1 AA--AC-AAA-AAAGT--CATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTG
*
7335092 AACTTGTTTGATAAA-AAATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCTT--AATATTAA
60 AACTAGTTTGATAAACAAA-TTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAA
* * * * **
7335154 -A-TTTGTC-TTATTTTATT-TGAAATAAGCCTGTATGAATAAAAA-AATCATTTTATGACAAAA
119 TAGTTTGTCATTATTTTATTCTG-AATAAACTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * *
7335214 CAAAAAGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGGCACAATTATTTAAACT-GTTTC
183 CAAAAA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAG-TTA
* * * **
7335278 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGCATT
246 GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAA-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATT
7335343 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-AATATAATT-TTTTAATGACAAAACAAAATATCAT
310 ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAA-ATAATTATTTT-ATGACAAAACAAAATATCAT
* * * * * * *
7335406 AACGATTTAAAATAGATATTTATTAAAATAGTCATGACTAGTTGATCTAGTCT-GATAAACATAT
373 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTCGATAAACAAAT
* * *
7335470 TTATTTTTT-AATTTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCG
438 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCG
* * * * *
7335534 AATAAACTTGAATGAACAGAAGTTATTGTTTTATAACA
502 AATAAACTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACA
* * * ** * * **
7335572 AAACAAAAAAGTCATAACAATTTGAAACAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCGG
1 AAACAAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAG
* * *
7335637 TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGTTTAGTCTT
66 TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGTTT-GTCAT
* * * * * *
7335701 TTTTTTATTCTGAACAAACTTATATAAACAAAAACATTTGTTTTATGGCAAAAGAAAAACTCATA
130 TATTTTATTCTGAATAAACTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-TCATA
* *
7335766 ATGATTTGAAATAG-TAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAAAATT
194 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTT
** * * * *
7335830 ATTTTTCGAATCTCTTACATATTAATATTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAA
259 ATTTTTTAAATCTCTTA-ATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAA
* * * *
7335895 TAAGC-TAGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAATAC---A-A--A-AGCGATTTGAAATA
323 TAAGCTTA-TATGAACTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACGATTTGAAATA
* ** * * * * * * *
7335952 GATAATTGTTCATGTAGTCTTAATTATTGGAA-TCAGTTTGGA-GAACAAATTTCTTTTTTAAAT
387 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTCTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * *
7336015 ATCTTAGTTCTTAATTTTCTAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAT
451 CTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAACTTGTAT
*
7336080 GAACAAAAATAATTGTTTTATGACA
515 GAACATAAATAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * * * * * *
7336105 GAA-TAAAAGGTTATAACGATTTAAAGTATACAATTATTCAAGTAGTCATAACTATTTAAATTGG
1 AAACAAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAG
* * * * * * * *
7336169 TTCGGTAAATAAATTTATTCTTTAAAACT-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGT-AT
66 TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AGTTTGTCAT
* *
7336232 TATTTTATT-TCGAATAAACTTGTATGATCAAAAA
130 TATTTTATTCT-GAATAAACTTGTATAAACAAAAA
7336266 TCATTTTTTA
Statistics
Matches: 2252, Mismatches: 465, Indels: 273
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Matches are distributed among these distances:
528 5 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (539 bp):
AAACAAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAG
TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGTTTGTCATT
ATTTTATTCTGAATAAACTTGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAAT
GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAATTTAT
TTTTTAAATCTCTTAATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAA
GCTTATATGAACTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACGATTTGAAATAGATA
ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTCTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
ACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAACTTGTATGAACAT
AAATAATTGTTTTATGACA
Found at i:7336239 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 7332880--7336265 Score: 1960
Period size: 181 Copynumber: 18.9 Consensus size: 176
7332870 TTTCATGTTG
* * * * *
7332880 AAACAAAAGGTCATAA-CATTTTGAAATAGATAATTATTC-AA-A-T-ATGACTATTTGAACTTG
1 AAACAAAAAGTCATAATGA-TTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG
* * * * * * ** *
7332940 TTAGATAAATATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAAT
64 TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * *
7333005 ATTATTTTAATACGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATAACA
125 ATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
* * *
7333057 AAA-AAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-
1 AAACAAAAAGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAG
** * *
7333120 TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAGTTGTTTG-AATATTAATAAATTTGT
64 TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA-A-TT-TTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * *
7333184 ATTATTTTAATT-GAAATAACCTTATAT-AAGTAGAAAA-AATTATTTTATGATA
125 ATTATTTTATTTCG-AATAAACTTGTATGAA-CA-AAAACAATTGTTTTATGACA
* * ** ** * * * * *
7333236 AAATAAAAAAGTTATAGCGATTTTAAATAGGCAATTGTTCAAATAGTCATAGCTAATTGAACTTG
1 AAA-CAAAAAGTCATAATGA-TTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG
* * * * * *
7333301 TTTGATAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTA
64 TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
7333366 TGTTATTTCGAATTAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTGTAACA
129 TTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * * *
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*
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ATATG
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* **
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* *
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TAATATAAATAATTAATATTATTAATTGATAATATTAA
Found at i:7364602 original size:13 final size:13
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Period size: 13 Copynumber: 4.5 Consensus size: 13
7364576 ATTATGATAA
7364586 TAATTAATATTAT
1 TAATTAATATTAT
*
7364599 TAATTAATATTTT
1 TAATTAATATTAT
7364612 ATAATTAAT-TTA-
1 -TAATTAATATTAT
*
7364624 TAATTTATATTAT
1 TAATTAATATTAT
*
7364637 AAATTA
1 TAATTA
7364643 TTAAATATAA
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Consensus pattern (13 bp):
TAATTAATATTAT
Found at i:7365511 original size:184 final size:183
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Indices: 7364764--7365613 Score: 596
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7364754 CTCCAACTTC
* * ** * * * * *
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* * * * * * **
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64 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATCGTTCAAATAGTGA
* * * * * *
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** ** * * * * *
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1 TTAATTTTAGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATGAA-TAGAA
* * * ** * * * *
7365002 ACAATTATTTT-TGACTAAACAAAA-GATCAGAATAATTTGGAATAAATAATTGTTCCAGTAGT-
64 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATCGTTCAAATAGTG
* * * *
7365064 -CTTAACTATTTGAACTGT-TTCAGA-AAACACATTTATT-TTTAAATC-CT---T-A
128 ACATAACTATTTAAACT-TACTC-GATAAACAAATTTATTATTTAAATCTCTAACTCA
* * * **
7365113 TTAATTTTTGAAATACTAATAAATTGGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAAC
1 TTAATTTTAGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAAC
* * * *
7365178 AATTATTCTATAATAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAA-CAGTTCAAAT-G-GAC
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATC-GTTCAAATAGTGAC
* * * * *
7365240 ATGACTATTTAAACTTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTA
130 ATAACTATTTAAACTTACTCGATAAACAAATTTATTATTTAAATCTCTAACTCA
* * *
7365294 TTAATTTTTAG-AATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTGTAAATAGAAA
1 TTAA-TTTTAGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAA
* ** * *
7365358 CAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAAATCATAAAGATTTGAAATATATAATCGTTCAAATAGTAGT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATCGTTCAAATAGT-G-
* * * * *
7365423 A-ATAACTATTTGAACTTGCTC-AGTAAATAAATTTATTATTTAAATCTTTTACTCA
128 ACATAACTATTTAAACTTACTCGA-TAAACAAATTTATTATTTAAATCTCTAACTCA
* * * * * * * *
7365478 TTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTTTGAATAGAAAT
1 TTAATTTTAGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAAC
* * **
7365543 AATTGGTTTATGACAAAACAAATTGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT--CA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATCGTTCAAATAGTGACA
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131 TAACTATT
7365614 GAATGTGTTC
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TTAATTTTAGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATCGTTCAAATAGTGACA
TAACTATTTAAACTTACTCGATAAACAAATTTATTATTTAAATCTCTAACTCA
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7366012 TTAATAACTT
7366022 AATATAAGTTAT-TATTTATA
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*
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1 AATATAAGTTATATATTTAT
7366062 TTATAAATAT
Statistics
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Consensus pattern (21 bp):
AATATAAGTTATATATTTATA
Found at i:7366074 original size:12 final size:12
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Indices: 7366034--7366080 Score: 51
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7366024 TATAAGTTAT
7366034 TATTTATAAATA
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* * *
7366046 TTAGTTATATATT
1 -TATTTATAAATA
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1 TATTTATAAATA
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1 TATTTATAAAT
7366081 CTCCTACTTA
Statistics
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Consensus pattern (12 bp):
TATTTATAAATA
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7366934 ATTTGATATA
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*
7366954 AAAATTATAACT
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1 AATTATAATT
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1 AAT
7366990 ACAATAATAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 4
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AATTATAATT
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Indices: 7366944--7367007 Score: 53
Period size: 17 Copynumber: 3.8 Consensus size: 17
7366934 ATTTGATATA
7366944 AATTATAATT-A-AAAT
1 AATTATAATTAATAAAT
* * *
7366959 TATAACTAATTAATAATT
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7366995 AA-TATAAGTTAAT
1 AATTATAA-TTAAT
7367008 TTATTATTTA
Statistics
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AATTATAATTAATAAAT
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Indices: 7368105--7368153 Score: 57
Period size: 17 Copynumber: 3.0 Consensus size: 16
7368095 ATAATGATTA
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7368154 ATAAATATTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 6
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TAATTAAATATATAAT
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Indices: 7368101--7368160 Score: 68
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7368091 TAAAATAATG
* *
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*
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*
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1 ATTATAATATATAATA
7368161 TTTATATTTT
Statistics
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ATTATAATATATAATAAATTAA
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Indices: 7368287--7368311 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
7368277 AATACAAATA
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1 AATCTAATTATT
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* * *
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*
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*
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*
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Done.