Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168037.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_29, whole genome shotgun sequence
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Warning! 50000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 74
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386 TTGTGCAGTG
* * *
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* * * *
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*
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AAAATAAAATAA
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627 TTATTTAAAG
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*
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674 AAAATAAAAATAAAAT
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* *
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*
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AAAATAAAAATAAAAT
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627 TTATTTAAAG
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*
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674 AAAATAAAAAT
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*
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AAAATAAAAAT
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1733 TATATAAAAT
* * *
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1826 TATATATATA
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AATAAA
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1691 TAAATACTCA
* *
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*
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* *
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* ** * *
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** * * *
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* * * * *
2024 AGAACTATTTAAACTTGTTTGGTAGACTAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTC
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* * *
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** * * *
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** * * *
2207 GGCTATTTGGACTT-TTTGGGTAAAC-ATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTT
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* * * * **
2258 ATT-ATTTGAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTATGAACAAA
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* ** * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * *
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* **** *
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* ** * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * * ***
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* * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* ** * * * *
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* * * ** * * *
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* ** * *
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* * * * * *
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1 ATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAA
* * * * * * * * * * * *
4094 ATAAATGTTTTAGGATAAA-ACAAAGATCATACCAATTTCAGATAAATAATCGTTCAAATAGTTA
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* * *
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* * * ** * *
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* * * * * ** * * * * **
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* * * *
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* ** * * *
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* * **
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4694 ATAATTATTT-AAATATGTTCAGAAAATTGATTTATTTTTTAAAT-T-TTAAATT
127 ATAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTT
* * * *
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1 ATTAA-TTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACTGA
** * * * *
4808 AACCAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCGTAATATTTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
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* * * * *
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126 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACTAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT-T
* * * *
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1 ATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACTGAA
* * * ** * * *
4992 ACAATTATTTTATTACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAATCA
64 ACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
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128 TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * **
5109 ATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAA
1 ATTAATTT-T-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGA
* * * ** *
5172 AAAAATTGTTTTTTGACAAAACAAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
63 AACAATTATTTTATGAC-AAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** *
5237 CATAACGATTCAAACTTGTTTGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
126 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * *
5291 ATTAATAGTTT-CAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAACAG
1 ATTAAT--TTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * *
5353 AAA-AAGTCATTTTATAACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTCT-AAATAGATAATTGTTTAAATA
62 AAACAA-TTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
5416 GTCATAATTATTTAAACTTGTTTGATAAACAAATTCATTTTTGAAATCTCTTAAC-T
124 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTT
* * * * *
5472 ATTAATTTTCATAATATTAATAACA-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACTAAA
1 ATTAATTTT-AGAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAA
* * ** * *
5536 ATAATT-TTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
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* * ** * ** *
5600 TTACAATTTGATGTAGTTTAATAAAC-ATATTTATTTTTTAAGAT-TTTTACTT
128 TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTAA-ATCTCTTACTT
* * * * *
5652 ATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAGATTGTATGAA-TAGA
1 ATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT-GA
* * * * * ** * * *
5715 AACTATTGTTTTATAACAAAACAAAA-ATCCGTAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAGATAGT
63 AACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGGT-CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* *
5779 CATAACTATTTGAAC-TGCTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTT
126 CATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * *
5829 ATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTAT-TGAACAT-AA
1 ATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-TGAA
** * ** *
5892 ACCTTTGTTTTATGACAAACAAAATATTTATAACAATTTGAAATAGATAATT
64 ACAATTATTTTATGACAAACAAAA-GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
5944 TTAAATCTCT
Statistics
Matches: 3051, Mismatches: 618, Indels: 401
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
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164 4 0.00
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185 6 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
AATTATTTTATGACAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
Found at i:4039 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 4016--4055 Score: 55
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
4006 AGACACATCT
*
4016 ATTTTTA-AATCCTTATTA
1 ATTTTTAGAATAC-TATTA
4034 ATTTTTAGAATACTATTA
1 ATTTTTAGAATACTATTA
4052 ATTT
1 ATTT
4056 AGTAGTATTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.35, C:0.07, G:0.03, T:0.55
Consensus pattern (18 bp):
ATTTTTAGAATACTATTA
Found at i:4589 original size:890 final size:884
Alignment explanation
Indices: 1896--5887 Score: 2475
Period size: 890 Copynumber: 4.5 Consensus size: 884
1886 GGTGTCTACA
* ** * *
1896 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATATCCGTGTATGAAC-AG
1 ATTAA-TTTTAAAATATTAATAAA--TAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTTTATGAACTA-
* * * * * *
1958 AAACAATCGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
61 AAATAAT-TTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
2023 AAGAACTATTT-AAACTTGTTTGGTAGACTA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTT
125 CATAACTATTTGAAA-TTGTTTGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTT
* * *
2085 TAGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACTGATAC-AATTAT
187 TA-GAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT-GAATAAGCATGTATGAACTGAAACTAATTAT
** * ** * * * **
2149 TTTAAAATC-AAAC-AAATGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGGCTA
249 TTTATGA-CAAAACAAAAT--TCGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTA
* ** * * * * *
2212 TTTGGACTTTTTGGGTAA-ACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTT-ATTATTTGAGGAAATAT
311 TTTGAACTGCTT-AGAAAGACACA-TTATTTTT-AAATCTCTTA-TTAATT-TTTGA--ATATAT
* * * * ** *
2275 TAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAAC---AA-AAATAATTTT-TTA-T
369 TAAT---TTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAAT-ATTTTAGGACA
* ** * * * * **
2334 AAA-AAAAA-TCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTTT
429 AAACAAAAAGTCACAACAATTTCAAATAAATAATCATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGAT
* * * * * *
2397 TCGATAAAC--A--TA---TTTATAT-T-TT--TAATTGTTT--AAATATTAATAAACTT-GTGT
494 TCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTGAAAATAGTAATAAA-TTAATAT
* * * * ** *
2448 TATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGAAAAAAC-AAAAGGTTA
558 TATTTTAATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAAAATCA
* * * * * ** * ** **
2511 TAGCAATTTGAAATAGATAA-ATGAT-AAATAGTCATAACTATTTTAACTTGTTCAACAAATAGA
622 TAACAATTTCAAATAAATAATA-GTTCAAACAAACATAACGATTCAAACTTGTTCAGTAAATAGA
* ** *
2574 TTCATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAGCTAGA-ATTATGTTATT
686 TTAATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATT
* * * * * * ** *
2637 -TCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGATTTGTGA-AAACACAAAAAATTATAACGATTT
748 CT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGAGCATAA-AATTT
* * * * * ** * *
2700 GAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATA-AATATT--TGT-ATTGGGCAAACTAACAAATTCATT
810 AAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCACATAAT-TTAAACTCATT--G-ATA--AACAAATTTATT
* *
2761 TTTGAAATTCATT-AGTT
869 TTT-AAA-TCTTTAACTT
* * * *
2778 ATTAATCTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGAC-TGTATG-ACTAGA
1 ATTAAT-TTTAAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTTTATGAACTA-A
* * * ** * * *
2841 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATAATCTGAAATAAAATAATTGTTCAAATAGT
62 AATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * * *
2906 TA-AACTAATTGAACTGGTTTAATAAACAAATTTATTTTTTAACTCTCTTACTTATTAATTTTCA
125 CATAACTATTTGAAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * *** * *
2970 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATTTGAAAAAAAAAC-ATTTGTTT
189 GAATATTAATAAATT-ATATTATTTTA-TTTGAATAAGCATGTATG-AACTGAAACTAATTATTT
* * ** * * * * *
3034 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATATGAAATCGATAATTATT-TAAATAGTCATAATTTTTT
251 TATGACAAAACAAAA-TTCGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGTCATAACTATTT
* * * *
3098 GAACTGGTTCGACAA-ACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTGTTGATTATTTTTGAA-ATATTAAT
314 GAACTGCTTAGA-AAGAC-ACATTA-TTTTTAAATCTCTTATT-A--ATTTTTGAATATATTAAT
* * * * * **
3161 AGATTTGTTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTAAGAACT-AAAAAAATTATTTTATGATTAAA
373 ---TTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTA-TATGAACTGAAACAAA-TATTTTAGGACAAAA
* * * * * ** * ** * * *
3224 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATGTGAACTGGTTC-
432 CAAAAAGTCACAACAATTTCAAATAAATAATCATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGATTCG
* * * * * * * *
3288 A-AATA-A-ATTTA---TTGAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCACAATATTATTACATTAGTATT
497 ATAA-ACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATT-A-TTTGAAAATAGTAATAAATTAATATT
* * * * * * * ** *
3347 ATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTACGAACAGAAATAATTGTTTAATGACAGAACACACAAGGTTA
559 ATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACA-AAAAAATCA
* * * * * ** ** ** * * *
3411 TAACAATTTGAAATATATAATTGCTCAAATAGTCATAACCTTTTGAAC-TGATTCGGTAAACAAA
622 TAACAATTTCAAATAAATAATAGTTCAAACAAACATAACGATTCAAACTTG-TTCAGTAAATAGA
* * *
3475 TTTA-TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATT-T
686 TTAATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT
* * ** *
3538 CGAATAGGTTTGTATG-AT-GAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACATTTAAA
750 -GAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAGCATAAAATTTAAA
* * * * * * * * ***
3601 ATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAATTGATTTATTTTTTAAA
813 ATAGATAATTGTTTAAATAGTCA-CATAATTTAAACTCATT-GATAAACAAATTTA-TTTTTAAA
**
3666 TCTCCAACTT
875 TCTTTAACTT
* * * *
3676 ATCAAATTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT-AAGCTAAA
1 AT-TAATTTTAAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAA-CTAAA
* * * * *
3740 ACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAAC-AGTTTTAAATAGATAATTGTTCATATAGTC
63 ATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
3804 ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-TATTTCTTGCTTATTAATTTTTTG
126 ATAACTATTTGAAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTTAG
** * *
3868 AATGCTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATATATGAACTGAAA-TAATTATTTTA
190 AATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTTGAATAAGCATGTATGAACTGAAACTAATTATTTTA
* * * *
3932 TGACTAAACAAAAGGTTAG-AATGATTTGAAACAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGA
253 TGACAAAACAAAA--TTCGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGA
* *
3996 ACTG-TTCGACAGACACATCTATTTTTAAATC-CTTATTAATTTTTAGAATACTATTAATTTAGT
316 ACTGCTTAGAAAGACACAT-TATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT-GAATA-TATTAATTTAGT
* * * * * *
4059 AGTATTTTACTTTGAATAAGCTTCTATGAA-TAGAAATAAATGTTTTAGGATAAAACAAAGA-TC
378 ATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAAATATTTTAGGACAAAACAAAAAGTC
* * * * * * * *
4122 ATACCAATTTCAGATAAATAATCGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAAGAGA
441 ACAACAATTTCAAATAAATAATCATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGA
* *
4187 TTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TTAATT-TTTG-AAATAGTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTAT
506 TTTAGTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTATTTGAAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTAATT-T
** ** * * * *
4248 GAATAATTTTGTATGAGTAAAAATAATTGTTTTACGATAAAA-TAAAATATCATAACAATTTCAA
569 GAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAAAATCATAACAATTTCAA
* * * * **
4312 ATAGATAATAGTTCCAACAAACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTAATTTTTTAAA
634 ATAAATAATAGTTCAAACAAACATAACGATTCAAACTTGTTCAGTAAATAGATTAATTTTTTAAA
* * * *
4377 TCTTCAACTTATTAATTTTTAGAACATTAATAAATTAATATTATTATATTCTGAATAAACTTGTA
699 TCTTCTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTA
* *
4442 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAGCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTT
763 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAGCATAA-AATTTAAAATAGATAATTGTTT
* * * *
4507 AAATAGTCACATCAATTTAAAGTCACTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAATGTTTTACTT
827 AAATAGTCACAT-AATTTAAACTCA-TTGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTAACTT
** *
4567 ATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTT-TGAA-AAGA
1 ATTAATTTTAAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTT-TTATGAACTA-A
* * * * *
4629 AATAATTCATTTAAGACAAAGCAAATA-GTCATAACGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGT
62 AATAATT-TTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** * *
4693 CATAATTATTT-AAATATGTTCAGA-AAATTGATTTATTTTTTAAATTTTAAATTATTAATTTTT
125 CATAACTATTTGAAAT-TGTT-TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
4756 GGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCCTGCATGAAC-AAAACCAATTATTT
188 AGAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTG-AATAAGCATGTATGAACTGAAACTAATTATTT
* *
4820 TATGACAAAACAAAATATCGTAAT-ATTTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
251 TATGACAAAACAAAAT-TCGTAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTT
* ** * *
4884 GAACTTGTTTAGTAAATTGATTCATT-TTTTTAATTCTCTTACTCTTTAATTTTTGGAATATTAA
314 GAAC-TGCTTAG-AAA--GACACATTATTTTTAAATCTCTTA----TTAATTTTT-GAATA-TAT
* * * * **
4948 TAAATTAGTATTATTTTATTTAACATAAGTTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAAC
369 TAATTTAGTATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTATATGAACTGAAACAAATATTTTAGGACAAAAC
** * ** * * **
5013 AAAAAGTCACAATGATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAATCATGACTATTTGAACTTCTTCGA
433 AAAAAGTCACAACAATTTCAAATAAATAATCATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGATTCGA
* * * *
5078 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTAT
498 TAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTG--AAAATAGTAATAAATTAATATTAT
**
5143 TTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTGTTTTTTGACAAAACAAAAAAATCATAAC
561 TTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAAAATCATAAC
* * * ** ** *
5208 AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTCAAACTTGTTTGGTAAATAGATTTAT
626 AATTTCAAATAAATAATAGTTCAAACAAACATAACGATTCAAACTTGTTCAGTAAATAGATTAAT
* * * * **
5273 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATAGTTTCAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATA
691 TTTTTAAATCTTCTACTTATTAAT-TTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATA
* ** * * *
5338 AGCTTGTATGAACAGAAA-AAGTCATTTTATAACAAAACAAAA-AGTTATAGCAATTCT-AAATA
755 AGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGAG-CATA-AAATT-TAAAATA
* * ** *
5400 GATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGATAAACAAATTCATTTTTGAAATCT
816 GATAATTGTTTAAATAGTCA-CATAATTTAAAC-TCATTGATAAACAAATTTATTTTT-AAATCT
5465 CTTAAC-T
878 -TTAACTT
* *
5472 ATTAATTTTCATAATATTAATAACATAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TTTATATGAACTAAA
1 ATTAATTTT-AAAATATTAATAA-ATAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTT-TATGAACTAAA
* * *
5536 ATAATTTTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
63 ATAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * ** * * * *
5601 TACAATTTGATGTAGTTTAATAAACATATTTATTTTTTAAGATTTTTACTTATTAATTTTTAAAA
128 AACTATTTGAAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAA-ATTTTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * *
5666 TTTTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAG-ATTGTATGAA-TAGAAACT-ATTGTTTTA
192 TATTAATAAATT-ATATTATTTT-ATTTGAATAAGCA-TGTATGAACT-GAAACTAATTATTTTA
* * *
5728 TAACAAAACAAAAATCCGTAATGATTTGAAATAAATAATTGTT-TAGATAGTCATAACTATTTGA
253 TGACAAAAC-AAAATTCGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTA-ATAGTCATAACTATTTGA
* *
5792 ACTGCTTTGATAA-ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAA-ATATTAATAGATT
316 ACTGCTTAGA-AAGACACA-TTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAATATATTAAT---TT
* *
5855 AGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTAT-TGAAC
375 AGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTATATGAAC
5888 ATAAACCTTT
Statistics
Matches: 2467, Mismatches: 472, Indels: 324
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
881 10 0.00
882 197 0.08
883 109 0.04
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (884 bp):
ATTAATTTTAAAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAACTAAAATA
ATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAAATTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
AATAAATTATATTATTTTATTTGAATAAGCATGTATGAACTGAAACTAATTATTTTATGACAAAA
CAAAATTCGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGCTTAGA
AAGACACATTATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAATATATTAATTTAGTATTATTTTATTTG
AATAAGCTTATATGAACTGAAACAAATATTTTAGGACAAAACAAAAAGTCACAACAATTTCAAAT
AAATAATCATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATC
TCTTACTTATTATTTGAAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAA
CAAAAAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAAAATCATAACAATTTCAAATAAATAATAGTTCAAA
CAAACATAACGATTCAAACTTGTTCAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATT
TTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
TTATGACAAAACAAAAGAGCATAAAATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCACATAATTTAA
ACTCATTGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTAACTT
Found at i:5415 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 5394--5431 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
5384 ATAGCAATTC
*
5394 TAAATAG-ATAATTGTT
1 TAAATAGCATAATTATT
5410 TAAATAGTCATAATTATT
1 TAAATAG-CATAATTATT
5428 TAAA
1 TAAA
5432 CTTGTTTGAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.37
18 12 0.63
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
TAAATAGCATAATTATT
Found at i:6450 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 6241--6993 Score: 644
Period size: 181 Copynumber: 4.2 Consensus size: 178
6231 TCGGTAAACC
* * * *
6241 GATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 GATTTA-TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTA-TAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
* * *
6306 CT-ATCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGAC-AAATCAAAAGGTTATAATGATTT
64 CTGA-ATAAGCTTGTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAT-AAAAGGTCATAATGATTT
* * * * ** * *
6369 TAGATAGATAATTCTTAAAATAATAATAATTATTTGAACTTGTTCAGCAAATA
127 GAAATAGATAATTATTAAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTC-GCAAATA
* * * * * *
6422 GATTTATTTTTTTAATCTCTTTCTTATTAATTTTTCAAATGTTAGTAAATTAGTATTAATTTATT
1 GATTTA-TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTAT-AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
* * ** * ** * *
6487 CTAAATAAGCTTGTATGAGCTGAAACAAATG-TTT-TGACTCAATAAAAGGTCAAAACGATTTGA
64 CTGAATAAGCTTGTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGA
** * * * *
6550 AATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTCGATAAACA
129 AATAGATAATTATTAAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCG-CAAATA
* * * *
6601 -AGTTTATTTTTAAATCTCATGCTTAATAATTTTTAAAATATTTTTAAATTAGTATTATTTTAAT
1 GA-TTTATTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTAT-AAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-AT
* * * *
6665 T-TGAATAAGCTTGTACAAA-TAAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTG
63 TCTGAATAAGCTTGTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTG
** * * * * *
6728 AAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTGGGCAATTA
128 AAATAGATAATTATTAAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTT-CGCAAATA
* * *
6780 GATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCA-AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
1 GATTTA-TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTT-ATAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * * * ** * *
6844 TTTGAATAAAATAGTATAAATAGAACCAATTGTTTGCTAACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTG
63 TCTGAATAAGCTTGTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTG
** * * *
6909 AAATAGATAATTATTAAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTTGGCAAGTA
128 AAATAGATAATTATTAAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTCGCAAATA
* * *
6961 GATTTA--CTTAAATCTCTTACTGATTAATTTATA
1 GATTTATTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTATA
6994 TTAACAAAAA
Statistics
Matches: 457, Mismatches: 98, Indels: 38
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 13 0.03
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179 130 0.28
180 65 0.14
181 165 0.36
182 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
GATTTATTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTATAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCT
GAATAAGCTTGTATAAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
TAGATAATTATTAAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGCAAATA
Found at i:6715 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 6530--6932 Score: 461
Period size: 180 Copynumber: 2.2 Consensus size: 181
6520 TTGACTCAAT
* * *
6530 AAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTCGA
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATT-GA
* * * *
6595 TAAACAAG-TTTA-TTTTTAAATCTCATGCTTAATAATTTTTAAAATATTTTTAAATTAGTATTA
65 GAAACAAGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTAATAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTA
** * * *
6658 TTTTAATTTGAATAAGCTTGTACAAATA-AAACAATTGTTTTATTACAAAAG
130 TTTTAATTTGAATAAAATAGTACAAATAGAAACAATTGTTTGATAACAAAAG
** * * * ** *
6709 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTGGG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTGAG
* ** * * * * *
6774 CAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTAT
66 AAACAAGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTAATAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTAT
* * * * *
6839 TTTATTTTGAATAAAATAGTATAAATAGAACCAATTGTTTGCTAACAAAAT
131 TTTAATTTGAATAAAATAGTACAAATAGAAACAATTGTTTGATAACAAAAG
* *
6890 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTC
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTC
6933 AAAACTATTT
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 38, Indels: 4
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
178 5 0.03
179 56 0.31
180 66 0.36
181 56 0.31
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTGAG
AAACAAGATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTAATAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTAT
TTTAATTTGAATAAAATAGTACAAATAGAAACAATTGTTTGATAACAAAAG
Found at i:6976 original size:358 final size:357
Alignment explanation
Indices: 6277--6948 Score: 737
Period size: 358 Copynumber: 1.9 Consensus size: 357
6267 TTAATTTAGG
* * * *
6277 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTATCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTATATAAGCTTGTATCAAATAAAACAATTGTTTTA
* * * * *
6342 TGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAGATAGATAATTCTTAAAATAATAATAATTATTTGAA
66 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTAAAATAATAATAACTATTTGAA
* * * *
6407 CTTGTTCAGCAAATAGATTTATTTTTTTAATCTCTTTCTTATTAATTTTTCAAATGTTAGTAAAT
131 CTGGTTCAGCAAATAGATTTATTTTTTTAATCTCTTGCTTATTAATGTTTCAAATATTAGTAAAT
** * ** * **
6472 TAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAGCTGAAACAAATGTTTTGACTCAATAAAAGGT
196 TAGTATTAATTTATTCTAAATAAAATAGTATGAAATGAAACAAATGTTTTAACAAAATAAAAGGT
** ** *
6537 CAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTCGATAAACAA
261 CAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTCAAAACCATTTGAAATAATT--ATAAACAA
**
6602 GTTTATTTTTAAATCTCATGCTTAATAATTTTTA
324 GTAGATTTTTAAATCTCATGCTTAATAATTTTTA
**
6636 AAATATTTTTAAATTAGTATTATTTTAATT-TGA-ATAAGCTTGTA-CAAATAAAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCT-ATATAAGCTTGTATCAAATAAAACAATTGTTT
* * * * * **
6698 TATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TCGTTCATATAGTCTTAACTATTT
64 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTC-TTAAAATAATAATAACTATTT
** * * * *
6762 GAACTGGTTGGGCAATTAGATTTA-TTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAA-GTTTCAAAATATTAT
128 GAACTGGTTCAGCAAATAGATTTATTTTTTTAA-TCTCTTGCTTATTAATGTTTC-AAATATTAG
* * * * *
6825 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTAT-AAATAGAACCAATTGTTTGCTAACAAAA
191 TAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAAATAGTATGAAAT-GAAACAAATGTTT--TAACAAAA
* * * *
6889 TAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTCAAAACTATTTGAAATA
253 TAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTCAAAACCATTTGAAATA
6949 GTTTGGCAAG
Statistics
Matches: 255, Mismatches: 50, Indels: 15
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
357 16 0.06
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ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTATATAAGCTTGTATCAAATAAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTAAAATAATAATAACTATTTGAA
CTGGTTCAGCAAATAGATTTATTTTTTTAATCTCTTGCTTATTAATGTTTCAAATATTAGTAAAT
TAGTATTAATTTATTCTAAATAAAATAGTATGAAATGAAACAAATGTTTTAACAAAATAAAAGGT
CAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTCAAAACCATTTGAAATAATTATAAACAAGT
AGATTTTTAAATCTCATGCTTAATAATTTTTA
Found at i:7507 original size:179 final size:176
Alignment explanation
Indices: 6996--7527 Score: 522
Period size: 179 Copynumber: 3.0 Consensus size: 176
6986 AATTTATATT
* * ** *
6996 AACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTC
1 AACAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * * *
7060 AAATAGTTAGAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAATTT
64 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTT
* * * *
7125 TAGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTCAAATAAGCTTGTATG
129 T-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATA
*** * * *
7174 AGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAT
1 AACAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
7239 ATAGTCTTAGCTATTTGAACTGGTTT-GACAAACAT-ATTCATTTTTTAAATCTTAGTTATTAAT
66 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-CAAA-TTGATTTATTTTTTAAATC-T-CTTATTAAT
* * * *
7302 TTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTTTATA
127 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATA
* *
7353 AACAGAAACAAATT-TTTATAATAGA-AAAA-AAAAGAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTA
1 AACAGAAA-AAATTGTTT-T-AT-GACAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* *
7415 TTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATTGATTTATTTTTTAAATGTCTTATTAA
61 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA
7480 TTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAGA-AAGCTTG
126 TT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA-ATAAGCTTG
7528 CATGTTGAAA
Statistics
Matches: 283, Mismatches: 54, Indels: 33
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 65 0.23
178 25 0.09
179 96 0.34
180 19 0.07
181 74 0.26
182 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
AACAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTG
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATA
Found at i:7567 original size:133 final size:133
Alignment explanation
Indices: 7399--7647 Score: 358
Period size: 133 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
7389 TTATAACAAT
* * * *
7399 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTT-AGCAAATTGATTTATTT
1 TTGAAATAAATAATTACTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-CAAATAGATTTAATT
** *
7463 TTTAAATGTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAGAAAGCTTG
65 TTTAAATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAGAAAGCTTG
7528 CATG
130 CATG
* * *
7532 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGT-ATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTAATT
1 TTGAAATAAATAATTACTCAAATA-ATCATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAATAGATTTAATT
* *
7596 TTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATT
65 TTTAAATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATT
7648 CCGAACAAAC
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 12, Indels: 4
0.86 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
133 100 0.98
134 2 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.09, T:0.45
Consensus pattern (133 bp):
TTGAAATAAATAATTACTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAATAGATTTAATTT
TTAAATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAGAAAGCTTGC
ATG
Found at i:7686 original size:491 final size:484
Alignment explanation
Indices: 6685--7814 Score: 1107
Period size: 491 Copynumber: 2.3 Consensus size: 484
6675 TTGTACAAAT
* * *
6685 AAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG
* * ** * * * * *
6750 TCTTAACTATTTGAACTGGTTGGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTC
66 TCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACA-AATTATTTTTTAA--ATCTTAGTTATTAATTTTT
* * * *
6815 AAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATAAATAGAACCAATTGTTTG
128 AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATAAACAGAACAAATTGTTTG
* * ** *
6880 CTAACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTCAAAACTATTTGA
193 ATAACAAAAAAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAATCAAAACTATTTGA
* * * * *
6945 AATAGTTTGGCAAGTAGATTTACTTAAATCTCTTACTGATTAATTTATATTAACAAAAACAATTG
258 AATAGTTTAGCAAATAGATTTACTTAAATCTCTTACTAATTAATTAATATTAACAAAAACAATTA
* * * * *
7010 TTTTATGACAAAACAAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTTAGAATTA
323 TTTTAT----AAACAAAAAAGT-ATAATGA-TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTAGAACTA
*
7075 TTTGAACTAGTTCAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAATTTTAGAAATATTAATAA
382 TTTGAACTAGTTCAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCACTTATAAATTTTAGAAATATTAATAA
* * * * * ***
7140 ATTAATTTTATTCTATTTCAAATAAGCTTGTATGAGTT
447 ATTAATATTATTCTATTCCAAACAAACTTATATGAACA
* * ** *
7178 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG
* *
7243 TCTTAGCTATTTGAACTGGTTTGACAAACATATTCATTTTTTAAATCTTAGTTATTAATTTTTAG
66 TCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACAAATT-ATTTTTTAAATCTTAGTTATTAATTTTTAG
** **
7308 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATAAACAGAAACAAATT-TTT-A
130 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATAAACAG-AACAAATTGTTTGA
* * *
7371 TAATAGAAAAAAAAAGAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTT
194 T-A-ACAAAAAAAAAG-GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAATCAAAACTATTT
* * * * * * *
7436 GAACTAGTTTAGCAAATTGATTTATTTTTTAAATGTCTTATTAATT-CTTGAAATATTAATAAAT
256 GAAATAGTTTAGCAAATAGATTTA---CTTAAATCTCTTACTAATTAATT--AATATTAACAAA-
* ** ** * * *
7500 TAGTATTATTTTAT-TTCAAGAAAGCT-TGCATG-TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTATA
315 AACAATTATTTTATAAACAAAAAAG-TAT-AATGATTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTAGA
* * * *
7562 ACTATTTGAACTAGTT-TGATAAATAGATTTAATTTT-TAAATCACTTATTAATTTTTGAAATAT
378 ACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAATAGAATT-ATTTTCTAAATCACTTATAAATTTTAGAAATAT
* * *
7625 TAATATATTAGTATTACTT-TATTCCGAACAAACTTATATGAACA
441 TAATAAATTAATATTA-TTCTATTCCAAACAAACTTATATGAACA
* ** * *
7669 AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAATTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-ATTA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATA-TA
* * * *
7733 GTCATAATTATTTGAACTGG--TAACGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
65 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGAC--AAACA-AATTATTTTTTAAA--TCTTAGTTATTAATT
*
7796 TTT-GAAATATTAATAAATT
125 TTTAG-AATATTATTAAATT
7815 CATTTTATTT
Statistics
Matches: 521, Mismatches: 93, Indels: 46
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
489 3 0.01
490 3 0.01
491 252 0.48
492 31 0.06
493 194 0.37
494 1 0.00
495 2 0.00
496 15 0.03
497 10 0.02
498 10 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (484 bp):
AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG
TCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACAAATTATTTTTTAAATCTTAGTTATTAATTTTTAGA
ATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATAAACAGAACAAATTGTTTGATA
ACAAAAAAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAATCAAAACTATTTGAAAT
AGTTTAGCAAATAGATTTACTTAAATCTCTTACTAATTAATTAATATTAACAAAAACAATTATTT
TATAAACAAAAAAGTATAATGATTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTAGAACTATTTGAACTA
GTTCAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCACTTATAAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATT
ATTCTATTCCAAACAAACTTATATGAACA
Found at i:7896 original size:184 final size:178
Alignment explanation
Indices: 7604--11543 Score: 729
Period size: 180 Copynumber: 21.9 Consensus size: 178
7594 TTTTTAAATC
* * * * * * * * *
7604 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTCCGAACAAACTTA-TATGAAC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAATGTTATTTTATTCCAAATAAAC-TAGTATCAAT
* * * *
7668 AAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAATTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAATTA
65 AAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA-TA
*
7733 GTCATAATTATTTGAACTGGTAACGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTT
129 GTCATAAATATTTGAACTGGT-A-GTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTT
* * *
7785 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTC-ATTTTATTTTGTTCCAAATAATCTAGTATCAAT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TCAATGTTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATCAA-
* * * *
7849 TAAAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATTGATTTGAAATAGATAATTATTCTA
64 T-AAAAAAAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * *
7914 TAGTCTTAAATATTTGAACTGGT-TTGACAA-AGAAATTTATTTTTTAATTCTCTT
127 TAGTCATAAATATTTGAACTGGTAGT-A-AACAG-AA-TTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * ** *
7968 AGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATCAATGTTATTTTATTCCAAATAAACTTTTATGAATA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAATGTTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATCAATA
* * ** * * * ** *
8033 AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTGTAACGATTTCAAGTTTATAATTGTTCAAATAG
66 AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAG
* * *
8098 TCA-AAACTATTTGAACTAAGTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAA--TC-T
130 TCATAAA-TATTTGAACT-GGT-AGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * * * * **
8146 -CTTATTAATTTTTTAAAGATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGA-TTG-AACTTT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAATGTTATTTTATTCCAAATAA-ACTAGTATCAAT
* * * ** * * *
8208 CAAATAAAATTGTTATATGATGAAGCAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGACAT
65 -AAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AT
* * * * * * * * *
8273 GGCCATAATTATTTGAA-TAGATTTGACAAATAG-ATTCACTTTTTAAA--GC--
128 AGTCATAAATATTTGAACT-G-GTAG-TAAACAGAATT-ATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * * *
8322 ACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAATGTTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATCAA-T
* ** * * * * ** * *
8386 -GAAATGATTGTTCTATGACAAAATC-AAAGGTCAT-A-G-TTCT---AT-GGCAA-GA--CAAA
65 AAAAAAAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAAGTAATAATGATT-TGAAATAGATAATTATTCAAT
** * * * * ** ** *
8439 AGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATTGTCATATAGTGTTAACTGTTATAA-CTACTT
128 A-GTCATAAATATTTG-AACTGGT-A--GT-AAACAGAATTATTTTTTA-AATCT-CTT
** * * * * * * * *** * *
8497 CAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTAGTTATTAATTTTTAGAATATT---ATTAAATTA
1 ------ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA--AATCAA-TGTTATTTTATTCCAAATAAACTA
* * ***** * * *
8558 GTATTATTTTATTTTGAA-TATGCTTATATGAACTAAAACATTATTTTATAACATAACAATAGGT
57 GTATCA--ATAAAAAAAATTAT--TT-TATG-AC-AAAACA--A----A-AA-GTAATAAT-GAT
* * * * * * *
8622 TATAGCAATTGA-AA-TAGAT-AATTGT--TCAAATA---GAAACCGATTTAGTAAATA-AATTT
106 T-T-GAAATAGATAATTA-TTCAATAGTCAT-AAATATTTG-AACTG--GTAGTAAACAGAA-TT
8678 ATTTTTTAAATCTCTT
163 ATTTTTTAAATCTCTT
* * * * ** *
8694 ATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTA-TAT-GAT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAATGTTATTTTATTCCAAATAAAC-TAGTATCAAT
* * * * * *
8757 GAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-GAAAAGTTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAA-
65 -AAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAT
* * * * * * * * *
8820 ATGGC-TACAATTATTTTAA-TCGATTTGATAAACTGACTTAATTTTTAAATATCTA
128 A-GTCATA-AA-TATTTGAACT-G-GTAG-TAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * * *
8875 ACTCATCAATTTTTGAAATTTTAGTAAAAT-AATATTATTTTA-TCTCAAATAAGCT-TTTTCAA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATCAATGTTATTTTATTC-CAAATAAACTAGTATCAA
* * * * * * * * *
8937 -ACTGAAACAATTATTTTATGATAAAAC-AAAAGTTTATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTTA
64 TA--AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TAATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTC
* * * * * * *
9000 AATCGTCATAACTATTTAAATTTGTTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAAATTTCTT
125 AATAGTCATAAATATTTGAA-CTG-GTAGTAAACAGAA-TTATTTTTT-AAATCTCTT
* * * * * * * * * * * * *
9057 -GTGTATTGATGTTCT-ACATGTTAATAAATTAGTATCATGTTATTTCAAATAAGC-ATGTATGA
1 ACT-TATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATCAATGTTATTTTATTCCAAATAAACTA-GTATCA
* * * * * * *
9119 GCT-AAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGGTTTGAAATAGATAACTATTCTA
63 -ATAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-A
* * * * *
9183 ATAGTCTTAACTATTT-AAGCTGGTTGTATAAGCATATTTATTTTTTAAA--TC-T
126 ATAGTCATAAATATTTGAA-CTGGTAGTA-AA-CAGAATTATTTTTTAAATCTCTT
** * * ** * * *
9235 -CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAA---TATTTTACTCTGAATAAGCTAGTGTGA
1 ACTTATTAATTTTT-GAA-A-TATTAATAAATCAATGTTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATCA
* * * * * * * * *
9296 ATAGAAACAATTGTTTTATGACACAACGAAGA-TCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAA
63 ATAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AA
* * * * * * *
9360 TACTCATAACTATTTGAATTAGTTTGATAAATAG-ATTTTGTTTTTAAA--TC-T
127 TAGTCATAAATATTTGAACT-GGTAG-TAAACAGAATTAT-TTTTTAAATCTCTT
* * * * ** *** * *
9411 -CTTATTGATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAGTTTTGTATGAATA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAATGTTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATCAATA
* * * * * ** *
9475 GAAACAATTGTTTGATGATAAAACAAAGTGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAAT
66 AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAA-TGATTTGAAATAGATAATTA-TTC-AAT
* * ** * * * **
9538 GGAT-ATGACCATTTGAACTTGTTTTGTGAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCCA
128 AG-TCATAAATATTTGAAC-TG-GTAGTAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * ** * *
9591 ACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAATTTTTGTGAAT
1 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATCAATGTTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATCAAT
** * * * ** *
9655 GGAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAATA-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
65 AAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAT
* * ** * * *
9719 AGACATAACTATTTGAACTCCTAGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTT
128 AGTCATAAATATTTGAACTGGTA-GTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTT
*** * * * *** * * * ** * *
9771 ACTTATTAATTTTTGGTCTCTTAAGAAATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAACA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAATGTTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATCAATA
* * ** * *
9836 GAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAAG-ATATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAAT
66 AAAAAAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAAGTA-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAT
* * ** * * * *
9899 AGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACATACTTATTTTTAAAAT-TTTT
128 AGTCATAAATATTTGAAC-TGGT-AGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTT
** * ** * * * *
9951 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAATGTTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATCAA-T
* ** * * * ** * * *
10016 -GAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGCCATAATGTTTTG-AA-AGATAATTGTTTAAATA
65 AAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAATA
* * * * * *
10078 GTCATAACTATTTAAACATGTTCGGTAAACA-TATTCATTTTTTAATTCTCTT
129 GTCATAAATATTTGAAC-TGGT-AGTAAACAGAATT-ATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * *
10130 ACTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCTTA-TAT-AAG
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAATGTTATTTTATTCCAAATAAAC-TAGTATCAA-
** * * * * * * * * *
10192 TTGAAATAATTGTTTTACT-ACAAAACAAAAGGTCACAATAATTTAAAATAAACAATTATTCAAA
64 TAAAAAAAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AA
* * * ** ** * * *
10256 TAGTCATGACTATTTGAATTTATTCAAAAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTT
127 TAGTCATAAATATTTGAA-CTGGT-AGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * * *
10309 ACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAATA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAATGTTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATCAATA
* * * * ** * *
10374 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAG
66 AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAATA-
* * * ** * * *
10439 GT-ATAAAGATTTGAACTTGTTCGGCGAACATATTTATTTTTTAAATCTTTT
129 GTCATAAATATTTGAAC-TGGT-AGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTT
*** * ** * * *
10490 ACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAATAAGCTTGTATGAA
1 ACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATCAATGTTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATCAA
* * * * *** * * *
10553 TAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTAAAAT
64 TAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-CAAT
* * * * * *
10618 AGTCACAATTATTTAAACTTGTTTAGTAAATA-TATTCATTTTTTAAATCTCTT
128 AGTCATAAATATTTGAAC-TG-GTAGTAAACAGAATT-ATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * *** * *
10671 AATTATTAATTTTTGAAATATCAATAACTTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTA-TATGAAC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAATGTTATTTTATTCCAAATAAAC-TAGTATCAA-
* * * * * ** * *
10734 T-AAAATAATTTTTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATATTTATTCAAAT
64 TAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAT
* * * * * * * ** *
10798 AGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAACATATTTACTTTTGAAAAT-TTTT
128 AGTCATAAATATTTGAACT-GGT-AGTAAACAGAATTA-TTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *** ** * *
10851 ACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAAGTTTGTATAAATA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAATGTTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATCAATA
* ** * * * * * **
10916 GAAACTATTATTTTATAACAGAAA-AAAAA-TCATAATAATTTCAAATAAATAATTGCTCAAATA
66 AAAAAAATTATTTTATGACA-AAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATA
* * * * * *
10979 GTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTCTAAA--TC-T
129 GTCATAAATATTTGAACTG--GTAGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * ** ** * *
11028 -CTGATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTATTCTGAGCAAACTTA-TATAAAC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAATGTTATTTTATTCCAAATAAAC-TAGTATCAAT
* * * *
11091 AAAAATATTTATTTTATGACAATATA-AAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
65 AAAAAAAATTATTTTATGACAA-A-ACAAAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-A
* * * * *
11155 ATAGTCATAATTATTTGAACTGATTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATGTTTT
126 ATAGTCATAAATATTTGAACTG-GTA-GTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTT
* ** * * * * *
11210 ACATATTAAAATTTGAAATATTAATAAATTCATTTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAAT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TCAATGTTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATCAAT
* * * *
11275 TAAAAAAA-TAGTTTTATGACAAAAC--AAA--AA-CA--ATTTGAAATAGATAATTGTTAATAT
65 AAAAAAAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AT
* * * ** **
11332 AGTCTTAATTATTAGAACTAATTTAACAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTT
128 AGTCATAAATATTTGAACT--GGTAGTAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * * * * * * * *
11385 AGTTATTAA-TTTTCAAATATTATTATATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTGTATGAACA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAATGTTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATCAATA
* * * * * * * * * *
11449 AAAATAATTTTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTTGAATAG
66 AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAATAG
* * *
11514 TCATAATTATTTAAATTGGTTCAGTAAACA
130 TCATAAATATTTGAACTGG-T-AGTAAACA
11544 TCTTTTATTA
Statistics
Matches: 2830, Mismatches: 685, Indels: 489
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 13 0.00
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169 1 0.00
170 14 0.00
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178 156 0.06
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204 3 0.00
205 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCAATGTTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATCAATA
AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAATAGT
CATAAATATTTGAACTGGTAGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTT
Found at i:9815 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 8663--11544 Score: 2078
Period size: 180 Copynumber: 16.1 Consensus size: 180
8653 AGAAACCGAT
* * * *
8663 TTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
1 TTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * *
8728 TTATTTTATTCCAAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCA
66 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * *
8792 TAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCTACAATTATTTTAA-TCG
130 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * * * * * *
8842 ATTTGATAAAC-TGACTTAATTTTTAAATATCTAACTCATCAATTTTTGAAATTTTAGTAAAATA
1 -TTAG-TAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * *
8906 ATATTATTTTATCTCAAATAAGCTT-TTTCAA-ACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAG
63 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA--GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * *** * * * * * *
8969 TTTATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATCGTCATAACTATTTAAATTTG
126 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * *
9024 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-TTCTT-GTGTATTGATGTTCT-ACATGTTAATAAAT
1 -TTAGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACT-TATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * * *
9086 TAGTATCATGTTATTTCAAATAAGCATGTATGAGCTA-AAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAA
61 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * *** * * * *
9150 GGTTAGAATGGTTTGAAATAGATAACTATTCTAATAGTCTTAACTATTT-AAGCTGG
125 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTG
* *
9206 TT-GTATAAGCATATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTA
1 TTAGTA-AA-CATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
* * * * * * * * *
9265 GCAATATTTTA-CTCTGAATAAGCTAGTGTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACACAAC-GAAGA
63 GTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
** * * *
9328 TCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAA-TTAG
127 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G
* * * *
9382 TTTGATAAATAGATTT-TGTTTTTAAATC---T-CTTATTGATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
1 TTAG-TAAACATATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * *
9442 TATTATTTTA-TTCTGAAT-AGTTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTGATGATAAAAC-AAAGT
64 TATTATTTTATTTC-GAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-
* * * *
9504 GTCATAACTATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGAT-ATGACCATTTGAACTTG
126 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG
* * * ***
9559 TTTTGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAG
1 -TTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG
* ** * * * * **
9623 TATTATTTTATTTCAAATAAATTTTTGTGAATGGAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAATATC
64 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * *
9688 ATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAAC-TC
129 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* *** * * *
9739 CTAGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGTCTCTTAAGAAATTAGC
1 TTA-GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * *
9804 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAAGAT
65 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTTATGACAAAAC-AAAAGGT
* * *
9868 -ATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTG
128 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** * *
9920 TTCAAAAAACATACTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-
1 TT-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAG
* * * * *
9983 TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAACT-GAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAATG
64 TATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* *** * * * *
10046 CCATAATGTTTTG-AA-AGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACATG
127 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * * *
10098 TTCGGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAAT
1 TT-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * *
10162 ATTATTTTATTTC-AGATAAGCTTATAT-AAGTTGAAATAATTGTTTTACT-ACAAAACAAAAGG
65 ATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * *
10224 TCACAATAATTTAAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTA
127 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** * *
10278 TTCAAAAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAAT
1 TT-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * *
10342 ATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
65 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * **
10407 TAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGGT-ATAAAGATTTGAACTTG
130 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTTG
* ** *
10458 TTCGGCGAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTT
1 TT-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTA
* * *
10521 GTATTATTTTA-TTAGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGG
63 GTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * *
10585 TTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCACAATTATTTAAACTTG
127 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
10639 TTTAGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATCAATAACTTAGT
1 -TTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * *
10704 ATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTA-AAATAATTTTTTTATGACAAAACCAAAGGTC
65 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *
10767 ATAACAATTTCAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAG
129 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* ** *
10819 TTCAATAAACATATTTACTTTTGAAAAT-TTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAG
1 TT-AGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
10883 TATTATTTTAATAT-GAATAAGTTTGTATAAATAGAAACTATTATTTTATAACAGAAA-AAAA-A
64 TATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGG
* * * ** *
10945 TCATAATAATTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTT
127 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TG
* * * * * *
11000 TTGGTAAATAGATTTATTTTCTAAATC---T-CTGATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTA
1 TTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* ** * * * * * * * *
11061 TTTTTTTA-TTCTGAGCAAACTTATATAAACAAAAATATTTATTTTATGACAATATAAAAAAGGT
66 TTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAA-A-ACAAAAGGT
** * *
11125 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TG
128 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * **
11177 ATTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATGTTTTACATATTAAAATTTGAAATATTAATAAATTCA
1 -TTA-GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-A
* * * * *
11242 TTTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTA-AAA-AAATAGTTTTATGACAAAAC--AA-
63 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAG
* * * *
11302 ---A-AACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AATATAGTCTTAATTATTAGAACTAAT-
126 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACT--TG
** * * * * * *
11354 TTAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCAAATATTATTATATTAGTA
1 TTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * *
11418 TTATTTTGTTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTTTTTTATGACAGAACAAAAGGTTAT
66 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * ** * *
11483 AATGATTTGAAGTATACAATTGTTTGAATAGTCATAATTATTT-AAATTGG
131 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G
11533 TTCAGTAAACAT
1 TT-AGTAAACAT
11545 CTTTTATTAA
Statistics
Matches: 2145, Mismatches: 437, Indels: 240
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 43 0.02
174 22 0.01
175 78 0.04
176 212 0.10
177 129 0.06
178 145 0.07
179 126 0.06
180 634 0.30
181 537 0.25
182 144 0.07
183 36 0.02
184 34 0.02
185 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
Found at i:9897 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 7532--16267 Score: 2841
Period size: 358 Copynumber: 24.1 Consensus size: 361
7522 AGCTTGCATG
* ** * * * * *
7532 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGT-ATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTAATT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACATATTTATTT
* * * * *
7596 TTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTCCGAACAAA
65 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG
* * * * * * * ** *
7657 CTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAA-TTAATAATGATTTGAAATAGATA
130 CTTTTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTCAAATAGATA
* * * * * * *
7721 ATTATTCAATTAGTCATAATTATTTGAAC-TGGTAACGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTT
195 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAACATATTTATTTTTTAAA--TCTT
* * * * * * *
7785 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTGTTCCAAATAATCTAGTATCAAT
257 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-
* * * * ***
7849 TAAAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATTGAT
320 T-AGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT
* * * * * ** * *
7893 TTGAAATAGATAATTATTC-TATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTTGACAAAGAAATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACATATTTATTTT
* * * * * * * * * * * *
7957 TTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATCAATGTTATTTTATTCCAAATAAAC
66 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
* * * ** * * **
8022 TTTTATGAATAAAAATAATT-ATTTTATGACAAAACAAAATG-TTGTAACGATTTCAAGTTTATA
131 TTTTATGAATAGAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTCAAATAGATA
* * *
8085 ATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAAG-TCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATC-T-C
195 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTAC
* * * * * * *
8147 TTATTAATTTTTTAAAGATTAGTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGATTGAACT--TTC
259 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTA-TGAAT-
* * ** * * * **
8209 A-AATAAAATTGTTATATGATGAAGCAAAAGGTAATAATGAT
321 AGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT
* * * * * * ** * * * *
8250 TTGAAATAGATAATTATTGACATGGCCATAATTATTTGAA-TAGATTTGACAAATAGATTCACTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGGTAAACATATTTATTT
* *
8314 TTTAAAGC----ACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTTCGAATAAG
65 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG
* ** * ** **
8374 CTTGTATGAACT-GAAATGATTG-TTCTATGACAAAATCAAAGGTCATAGTTCTATGGCAA-GAC
130 CTTTTATGAA-TAGAAACAATTGATT-TATGACAAAA-CAAA----A-AGATC-ATAACAATTTC
** *
8436 AAA-AGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATTGTCAT-A-TAGTGTT-AAC-TG-TTA-TAACTA
186 AAATA-G--AT-A--A-TTG-TTC--A-AATAGTCATAACTA-T-TTGAACTTGTTTAGTAA--A
* *** ** * *
8494 CTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTA
236 C---A-TATTTATTTTT------TAAATC--TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
* * * * * * * *
8558 GTATTATTTTATTTTGAATATGCTTATATGAACTA-AAAC-ATTATTTTATAACATAACAATAGG
288 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA
* *
8621 TTATAGCAA-
352 TCATAACAAT
* * * *
8630 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--A-AAC----CG-A-T--TTA-GTAAATAAATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACATATTTATTTT
* * * * *
8683 TTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGC
66 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
* * * * * * *
8748 TTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-GAAAAGTTCATAACGATTTAAAATAGATA
131 TTTTATGAAT-AGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTCAAATAGATA
* * * * * * * *
8811 ATTATTCAAAT-GGCTACAATTATTTTAA-TCGATTT-GATAAAC-TGACTTAATTTTTAAATAT
195 ATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTTAG-TAAACAT-A-TTTATTTTTTAA-AT
* * * * * * * * * * *
8872 CTAACTCATCAATTTTTGAAATTTTAGTAAAATAATATTATTTTATCTCAAATAAGCTT-TTTCA
254 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * ***
8936 A-ACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTTATATTTAT
319 ATA--GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT
* * * * * * * * *
8980 TTTAAATAGATAATTGTTTAAATCGTCATAACTATTTAAATTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACATATTTATTTT
* * * * * * * *
9045 TTAAAAT-TTCTT-GTGTATTGATGTTCT-ACATGTTAATAAATTAGTATCATGTTATTTCAAAT
66 TT-AAATCTT-TTACT-TATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * * * * *** *
9107 AAGCATGTATGAGCTA-AAAAAATT-ATTTTATGACTAAAC-AAAAGGTTAGAATGGTTTGAAAT
127 AAGCTTTTATGA-ATAGAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTCAAAT
* * * * * *
9169 AGATAACTATTCTAATAGTCTTAACTATTT-AAGCTGGTTGTA-TAAGCATATTTATTTTTTAAA
190 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTT-TAGTAAACATATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *
9232 TC-T-CTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTA-CTCTGAATAAGCTAGTG
253 TCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTA
* * **
9293 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACACAAC-GAAGATCATAATGAT
316 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT
* * * * * * * *
9338 TTGAGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAATTAGTTTGATAAATAGATTT-TGTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACATATTTAT-TT
*
9402 TTTAAATC---T-CTTATTGATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAAT-A
65 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAA
* * ** * *
9461 GTTTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTGATGATAAAACAAAGTG-TCATAACTATTTGAAATAG
129 GCTTT-TATGAATAGAAACAATTGATTT-ATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTCAAATAG
* * * * * * *
9524 ATAATAGTTCAAATGGAT-ATGACCATTTGAACTTGTTTTGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCT
192 ATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT
* * ** * *
9588 CCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAATTTTTGTG
256 --TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * * *
9652 AATGGAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAAT
318 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT
* * **
9696 TTGAAATAAATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACT-CCTAGGTAAACATATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACATATTTATTTT
*** * * *
9760 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGTCTCTTAAGAAATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAGC
66 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
* * *
9825 TTTTATGAACAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGAT-ATAACAATTTGAAGTAGATAA
131 TTTTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTCAAATAGATAA
* * ** * * *
9889 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACATACTTATTTTTAAAATTTTTACT
196 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAA-TCTTACT
*
9954 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAACT-
260 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * ***
10016 GAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAATG-CCATAATGTT
322 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACAAT
* * * * *
10056 TTG-AA-AGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAAC-ATGTTCGGTAAACATATTCATTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTAGGTAAACATATTTATTT
* * * * *
10118 TTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AGATAA
65 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAA
* * * * * * * * *
10181 GCTTATAT-AAGTTGAAATAATTGTTTTACT-ACAAAAC-AAAAGGTCACAATAATTTAAAATAA
129 GCTTTTATGAA-TAGAAACAATTGATTTA-TGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTCAAATAG
* * * * * * **
10243 ACAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTATTCAAAAAACATATTTA-TTTTTAAATCTT
192 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATC--
* * * * *
10307 TTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAA
255 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
10372 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACAAT
320 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAAT
* * ** * * **
10414 TTGAAATAAATAATTATTTAAATAGGT-ATAAAGATTTGAACTTGTTCGGCGAACATATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACATATTTATTT
* *
10478 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTAGAAAT
65 TTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AAT
* * * * * *
10540 AAGCTTGTATGAATAGAAA-AAATCATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTATAGCAATTTCAAATA
127 AAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTCAAATA
* * * * * *
10603 GATAATTGTTAAAATAGTCACAATTATTTAAACTTGTTTAGTAAATATATTCATTTTTTAAATCT
191 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAA--T
* * * * *
10668 CTTAATTATTAATTTTTGAAATATCAATAACTTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCTTATATGA
254 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * *
10732 ACTA-AAATAATTTTTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAACAAT
319 A-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT
* * * * *
10775 TTCAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCA-ATAAACATATTTACTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACATATTTA-TT
** * *
10839 TTGAAAAT-TTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATAT-GAATA
64 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATA
* * * * *
10902 AG-TTTGTATAAATAGAAACTATT-ATTTTATAACAGAA-AAAAA-ATCATAATAATTTCAAATA
128 AGCTTT-TATGAATAGAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTCAAATA
* * * * * *
10963 AATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTCTAAATC
191 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATC
* * * ** * * *
11027 -T-CTGATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTA-TTCTGAGCAAACTTATATAA
255 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * **
11089 ACAAAAATATTTATTTTATGACAATATAAAAAAGGTCATAATGAT
319 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAA-A-ACAAAAGATCATAACAAT
* * * *
11134 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GATTAGGTAAACAAAATTATTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGGTAAACATATTTATTT
* * ** * * *
11198 TTTAAATGTTTTACATATTAAAATTTGAAATATTAATAAATTCATTTTTATTTTATTCCGAATAA
65 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAA
** * * * *
11263 GCTAGTATGAATTA-AAAAAATAGTTTTATGACAAAAC----A-A--A-AACAATTTGAAATAGA
129 GCTTTTATGAA-TAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTCAAATAGA
* * * ** ** *
11319 TAATTGTT-AATATAGTCTTAATTATTAGAACTAATTTAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
193 TAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAA--TC
* * * * * *
11383 TTAGTTATTAA-TTTTCAAATATTATTATATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTGTATGAA
255 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * **
11447 CAAAAATAATTTTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATGAT
320 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT
* * * * ** * *
11489 TTGAAGTATACAATTGTTTGAATAGTCATAATTATTT-AA--A-TT-GGT--TCAGTA---A---
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACA-TATTTATTT
* * * *
11541 ---ACATC--TT--TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-
65 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG
* * * * * * ** * *
11598 ATTTGTATG-ATAAAAAACAATTG-TTATATAACCAAAC-AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAC
130 CTTT-TATGAAT-AGAAACAATTGATT-TATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTCAAATAG
* * * * * * * * * * * *
11660 ATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTAAAC-TGATATGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATC-
192 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
11723 T-CTTAGTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAAC
256 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-
* * * * *
11787 T-GAAACAATTATTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
320 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT
** * * * * * * * *
11828 TTTCAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAAAAAAATTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACATATTTA-TTT
* * * * * * *
11893 TTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAAGTAGTACTATTTTATTTTGGATAAG
65 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG
* * * * ** *
11957 CTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT-ATTAAAAC-AAAAGGTTATAATGATTTTAAATCA-
130 CTTTTATGAA-TAGAAACAATTGATTTATGA-CAAAACAAAAAGATCATAACAATTTCAAAT-AG
* * * * * * *
12018 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTAAACTTGTTCAGTGAATAGATTTATTTTTTCAAACCT
192 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTT-AAATC-
* * * *
12083 TTAGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTAA
255 TTA-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
12146 G-ATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGT-AAAAAATGAT
317 GAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA--AT
* * * * * * * *
12192 TTGAAATAGATAATTATTCTAATAG-CTTTAACTATTTAAACTGGTTCA-GCAAATACATTTATA
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAGTT-AGGTAAACATATTTATT
* * * * * *
12255 TTATAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATATTTAATT-GAATA
64 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCGAATA
* * * * * * *
12319 ACCTTCTATG-ATCA-AAATCAATT-ATTTTATTACAAAAC--AAAGATCTTAACGATTTGATAT
128 AGCTTTTATGAAT-AGAAA-CAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTCAAAT
* * * * * * ** * * *
12379 TGATAATT-TTC--TTGGTTATTAA--GTTTCAAAAT-ATTATTAAA-TTAGTATTATTTATTCC
190 AGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATA-T-TTATTT-TT--
* * ** * * * * ***
12437 AAATAAAATAGTATGAACATAACCAATTGTTTGATGACA-AAATAAA--AG-GTTATAACGATTT
249 ---T-AAAT-CT-T--AC-TTATTAATT-TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTT
* * * * *
12498 -GAA-ATAGATAAT-TATCCAAATAGTCCAAAACTATTGAAATGGTTTGGTAAACAAATTTACTT
302 CGAATA-AGCT--TGTAT--GAATAG----AAACAATTG---T--TTT-AT-GACAAA---AC--
** * * *
12560 TTTTAA-ATCTCTTACTA-
346 --AAAAGATC-ATAACAAT
*** * ** * * ** * * **
12577 TT--AATTTCTAA-TATTGATAAATTAGT-ATTATTTTATTTGAACAAACTTATATTAACAAAAC
1 TTGAAATAGATAATTATT--CAAA-TAGTCA-TA-ACTATTTGAAC-TAGTTAGGTAAACATATT
* * **** ** * * ** *
12638 AATTGTTTT-TATGACAAAAAAAGTATTAATGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTTATA
60 TATT-TTTTAAAT--C-TTTTACTTATTAAT-TTTTGAAATA-TTAATAAATT--AGTA-TTAT-
* * * * * * **** * *
12701 ATTATTT-G--T-A-CTGGTT-TG-GTA-ATAGAATT-ATTT-T--CTAAATCTCTTA-CTTATA
115 TTTATTTCGAATAAGCT-TTTATGAATAGAAACAATTGATTTATGAC-AAAACAAAAAGATCATA
* * * * ** * ** * ****
12753 A-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTGTTCCGAATGCGCT-TGTATGAGCTAAAAT
178 ACA-ATTTCAAATA--GAT-AATT-G-TTCAAATAG-T-C--AT-AACTAT-T-TGAACTTGTTT
* ** ** * * * * * * *
12816 AG-AAGTCATA-ACACTTTGAATAAATAATT-GTTCA-TACAGTCTT-AACTATTTGAACAAA-A
230 AGTAA-ACATATTTA-TTT-TTTAAAT-CTTACTT-ATTA-ATTTTTGAAATA-TT-AATAAATT
*** * ** * ** *
12875 AG--TTATAACAATTT-GAAATAA-ATAAATGT-T-AATA-AATTATATTATTTTATTTC--GA-
287 AGTATTAT-TTTATTTCG-AATAAGCT---TGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAAC
* * ** **
12930 ATAAGTTTGTATGAA-
346 AAAAGATCATAACAAT
* * * * * * ** **
12945 TTGAAACA-ATTATTATATGATTAAACAAATGGTTA-AAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTA
1 TTGAAATAGA-TA--AT-T-ATT---CAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAGTTAGGTAAAC--
* ** * * * * * *
13008 ATAGTTTTAATTATTCGAA-CTGGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTATTATTAATTTT
55 ATA--TTT-ATTTTTTAAATCT--TT-----TACTTATTAATTTTTGAAA--TATTAATAA--AT
*
13072 TAGAATATTATTAAATTATTATTTTATCCAAATAAGC----ATG-ATCAGAAACAATT-ATTTTA
106 TAG-----TATT--ATT-TTA--TT-T-CGAATAAGCTTTTATGAAT-AGAAACAATTGA-TTTA
* * ** * * *
13131 AGAGAAAAC--AAAGATCATAATGATTTGAGAAT-GATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTT-
157 TGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTCA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
13192 AAATTGATTCA--AAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-ATTAG
221 AACTTG-TTTAGTAAACATA--TTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * *** *
13254 TAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGATAAGCTTCTATGACT-GAAACAATTATTTTATG-TGGAAG
281 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * *
13317 AAAAGGTTGTAATGACT
346 AAAAGATCATAA-CAAT
* * * * * *
13334 TT-AAATAGTTAGATTCATTGTTCAAATAGTCA-AATTTATTTAAACTTA-TTCGATAAACAGAT
1 TTGAAATAGATA-ATT-A---TTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TAGTTAGGTAAACATAT
* * *
13396 TTATTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTGTTT
59 TTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * ** * * * *
13460 TGAATAAACTTGTT-TGAATTGAAATAATTGCTTTATGATTAAACAAAATG-TTAGAACAATTTG
122 CGAATAAGCTT-TTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTC
* ** *
13523 AAATAGATAATTGTTCTAATAGTGTTAACTATTTGAA-TTGGTTTAGCAAACATATTTATTTTTT
186 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACATATTTATTTTTT
* * * *
13587 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTATTAAACTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGGT
250 AAATC--TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCT
* * *
13651 TGTATTAAAAGAAACAATTGTTTTAT-A-AAAAAATAAAGATCATAACAAT
312 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGATCATAACAAT
* * * ** * *
13700 TTGAGATAGATAA-TAGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCA-AAAAATAGATTTA-
1 TTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TT-AGGTAAACATATTTAT
* ** * * * *
13761 GTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATTATTTTA-TTCTAA-A
63 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * *
13820 TA--TTTTGCATAAATAGAAACAATTGTTTTATTAACAAAAC-AAAAGGTCATAACAACTTGAAA
128 -AGCTTTT--ATGAATAGAAACAATTGATTTA-TGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTCAAA
* * * * * * *
13882 TAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTAATAAACAAATTTATGTTTTAAAT
189 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *
13947 CTCCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAGTAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAACTTGTA
254 CT--TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA
* *
14011 TGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTAT
316 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT
* * * ** * *
14057 TTGAAATAAATACTTGTTCATGTAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTA-GTAAAGC-GATTTATT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGGTAAA-CATATTTA-T
* * * *
14120 TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTTCGAAT
63 TTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * *
14185 ACA-CATGTT-TGAATAGAAATAATTGGTTTATAACAAAACAAAAAG-TCATAACTATTTGAAAT
127 A-AGC-TTTTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTCAAAT
* * * * * *
14247 AAATAATTATTTAACTAATAATAACTATTTGAA-TGTGTTTTATGACAAAAATCTTAACTATTTG
190 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TG-TTTA-G----------TAA--A----
* * *
14311 AACTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAA
236 CA-TA-TTT---------A----TTTTTTAAAT--CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * * *
14376 ATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTGGTGTGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
284 ATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* *
14440 AA-AGCATAACGAT
348 AAGATCATAACAAT
* * * *
14453 TT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT-GTTTCA-GTAAATAGATTTAG
1 TTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TT-AGGTAAACATATTTAT
** * * *
14515 TTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
63 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * ** * *
14576 A--TTTTGCATGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAAC-AAAATATCATAATGATTTGAAACA
128 AGCTTTT--ATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTCAAATA
* * * * * ** * *
14638 GATAATTATTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCT
191 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT
* ** * * *
14703 CCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTATGTG
256 --TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * *
14767 AATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACTAT
318 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT
* * * * * **
14811 TTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTACG--CGGTAAACGGATTTATT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TA-GTTAGGTAAACATATTTATT
* * *
14874 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATA
64 TTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * * * * * *
14939 TGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAAC-AAAAGGTCATGACTATTTGAAATAGA
128 AGCTTTTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTCAAATAGA
** * * * * *
15003 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCAGAAAATAGATTTA-TTTTTAAATTTTT
193 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAA-TCTT
* * *
15067 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAATATAAGCTTGTATGAA
257 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAA
* * * * **
15130 CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
320 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT
* * * * * * * *
15172 TTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTTCGGTTAATAAATTCATTTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACATATTTATTTT
* * **
15237 TTAAATCTCTTT-CTCATTAATTTTT-AGAGTATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTTAAATAA
66 TTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * ** * * *
15299 GCCTATGTGAA-ATGATACAATTG-TTTATGATGAAAC-AAAAGGTCATAACAAATTGAAATAGA
129 GCTTTTATGAATA-GAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTCAAATAGA
* * * * * * * *
15361 TTATTATTCAAATAATTATAAACTATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTTA-TTTTAAAATCTT
193 TAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATC-T
* * * * **
15425 ATACTTATT-AGTTTTCAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAACT-GAATAAGCTTGTATGAA
256 -TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * **
15488 -CGAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGAT
320 TAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT
* * * *
15530 TTGAAATAAATATTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTA-GT-AACAAATTTATTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTAGGTAAACATATTTATTT
* * * * * *
15593 TTCAAATCTTTTGCTTATTAATTATCTG-AATGA-TAATAACTTTGTATTATTTTAATT-GAAAT
65 TTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AAT
* * * * * * * ** *
15655 AAGCTTATAAGAATAGCAAA-AATT-ATTTTATGATAAAA-TAAAAGGTTATGATGATTTGAAAT
127 AAGCTTTTATGAATAG-AAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTCAAAT
* * * * *
15717 AGGTAATTGCTCAAATAGTGATAACTATTTAAACTTGTTT-GATAAACA-ATTTCAGTTTTTAAA
190 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACATATTT-A-TTTTTTAA
* * * * *
15780 TATCTTATTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGAATTATGTTA-TTCTAAATAAGCTTGT
252 -ATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGT
* **
15843 ATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGAC-AAACAAAA-AGTCATAATGAT
315 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAAT
* * * * ** * *
15889 TTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTGGTCAGGCCAACAGATTCA----
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACATATTTATTTT
* * * * * * *
15950 TT--A-----T--TTA--AA--TCTG-TATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAAA
66 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAG
* * * * * * * * *
16001 C-TGTATCAATAGAAATAATTG-TTTAATGACAAAAC-AAATGGTCATAAAAATATGAAATAAAT
130 CTTTTATGAATAGAAACAATTGATTT-ATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTCAAATAGAT
* * * * * * *
16063 AATTGTTTAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATC-T-C
194 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTAC
* * * * ** * *
16125 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTAAACAAAATTATATGAACA-
259 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAG
* **
16188 AAAC-ATTCATTTTATGACAAAACAAAAG-TACATAATTAT
323 AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGAT-CATAACAAT
* * *
16227 TTGAAATGGATAATTATTCATATAG-CTTTAACTATTTGAAC
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAAC
16268 GTTTCAACAA
Statistics
Matches: 6299, Mismatches: 1436, Indels: 1303
0.70 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
333 1 0.00
334 5 0.00
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341 8 0.00
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402 3 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTAAACATATTTATTTT
TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
TTTTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTCAAATAGATAA
TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTACTT
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAAT
Found at i:10517 original size:899 final size:899
Alignment explanation
Indices: 9411--11477 Score: 2138
Period size: 899 Copynumber: 2.3 Consensus size: 899
9401 TTTTAAATCT
* * * * *
9411 CTTATTGATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT-AGTTTTGTATGAATA
1 CTTATT-AATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAG-CTTGTATAAATA
* * ** * *
9475 GAAACAATTGTTTGATGATAAAACAAAGTGTCATAACTATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGG
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATGG
* * ** *
9540 ATATGACCATTTGAACTTGTTTTGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT
129 ATATAAACATTTGAACTTGTTCGGCGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT
* * * * * *
9605 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAATTTTTGTGAATGGAAACAA-CTATTT
194 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATC-ATTT
* * * * *
9669 TATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTG
257 TATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAAATAATTATTAAAATAGACACAACTATTTA
* * * *** * *
9734 AAC-T-CCTAGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGTCTCTTAAGA
322 AACTTGCCTA-GTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATCAAGA
*
9797 AATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAAC-AGAAACAATTGATTTATGACAAAACA
386 AATTAGCATTA-TTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGATTTATGACAAAAC-
* * *
9861 AAAAGAT-ATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-GTTCA
448 AAAAGATCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCA
* *
9924 AAAAACATACTTA-TTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATT
512 AAAAACATACTTACTTTTGAAAATTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAA-TTAGTATT
* * * * * *
9987 ATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGCATGAACT-GAACCAATTGTTTTATGACA-AAATAAAATGCCA
576 ATTTTAATATG-AATAAGCTTGCAT-AAATAGAAACAATTATTTTATAACAGAAAAAAAAT--CA
* ** * * * *
10049 TAAT-GTTTTGAA-AGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACATG-TTCGGTAAACATA
637 TAATAATTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGTTTCGGTAAACAGA
* * *
10111 TTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-T
701 TTCATTTTCTAA--ATC-T-CTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT
**** * *
10174 CAG-ATAAGCTTATATAAGTTGAAATAATTGTTTTACT-ACAA-A-ACAAAAGGTCACAATAATT
762 CAGCA-AA-CTTATATAAACAAAAATAATTATTTTA-TGACAATATAAAAAAGGTCACAATAATT
* * * * *
10235 TAAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTATTCA-AAAAACATATTTA-TTT
824 TAAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT-AGAAAAACAAAATTATTTT
10298 TTAAATCTTTTA
888 TTAAATCTTTTA
*
10310 CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAATAG
1 CTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATAAATAG
*
10375 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTA-TTTAAATAG
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAAT-G
* * ***
10439 G-TATAAAGATTTGAACTTGTTCGGCGAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
128 GATATAAACATTTGAACTTGTTCGGCGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATT-T
* * *
10503 CTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATT
192 -TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATCATT
* * * * * * *
10567 TTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCACAATTATTT
256 TTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAAATAATTATTAAAATAGACACAACTATTT
** * *
10632 AAACTTGTTTAGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATCAATA
321 AAACTTGCCTAGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATCAAGA
* * * * ** *
10697 ACTTAGTATTATTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTTTTTTATGACAAAACCAA
386 AATTAGCATTATTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAA
* * * * *
10762 AGGTCATAACAATTTCAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAA
451 AGATCATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAA
*
10827 ACATATTTACTTTTGAAAATTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
516 ACATACTTACTTTTGAAAATTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * *
10892 AATATGAATAAGTTTGTATAAATAGAAACTATTATTTTATAACAGAAAAAAAATCATAATAATTT
581 AATATGAATAAGCTTGCATAAATAGAAACAATTATTTTATAACAGAAAAAAAATCATAATAATTT
* * * *
10957 CAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTCT
646 CAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGTTTCGGTAAACAGATTCATTTTCT
* * * * *
11022 AAATCTCTGATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTATTCTGAGCAAACTTATAT
711 AAATCTCTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTCAGCAAACTTATAT
* * * * * * *
11087 AAACAAAAATATTTATTTTATGACAATATAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
776 AAACAAAAATAATTATTTTATGACAATATAAAAAAGGTCACAATAATTTAAAATAAACAATTATT
* ** *
11152 CAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATGTTTTA
841 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTAGAAAAACAAAATTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * *
11211 CATATTAAAATTTGAAATATTAATAAATTCATTTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATT
1 CTTATT-AATTTTGAAATATTAATAAATT-AATATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAT-AAAT
* * * *
11276 A-AAAAAATAGTTTTATGACAAAAC---AA---A-AACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AATAT
63 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATAGTTCAA-AT
* * ** * ** *** * ** *
11332 AG-TCTTAATTATTAGAACTAATTTAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT
127 GGAT-ATAAACATTTGAACTTGTTCGGCGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATT
* * * * * * * **
11396 TTCAAATATTATTATATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAATAATTTT
191 TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAACTTGTATGAATAGAAAA-AATCAT
*
11460 TTTATGACAGAACAAAAG
255 TTTATGACAAAACAAAAG
11478 GTTATAATGA
Statistics
Matches: 971, Mismatches: 161, Indels: 77
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
893 5 0.01
894 69 0.07
895 69 0.07
896 1 0.00
897 8 0.01
898 65 0.07
899 388 0.40
900 209 0.22
901 103 0.11
902 50 0.05
903 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (899 bp):
CTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATAAATAGA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATGGAT
ATAAACATTTGAACTTGTTCGGCGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTATG
ACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAAATAATTATTAAAATAGACACAACTATTTAAACT
TGCCTAGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATCAAGAAATTA
GCATTATTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGATC
ATAACAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACATA
CTTACTTTTGAAAATTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATAT
GAATAAGCTTGCATAAATAGAAACAATTATTTTATAACAGAAAAAAAATCATAATAATTTCAAAT
AAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGTTTCGGTAAACAGATTCATTTTCTAAATC
TCTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTCAGCAAACTTATATAAACA
AAAATAATTATTTTATGACAATATAAAAAAGGTCACAATAATTTAAAATAAACAATTATTCAAAT
AGTCATAACTATTTGAACTGATTAGAAAAACAAAATTATTTTTTAAATCTTTTA
Found at i:11176 original size:179 final size:176
Alignment explanation
Indices: 8662--12299 Score: 1201
Period size: 181 Copynumber: 20.3 Consensus size: 176
8652 TAGAAACCGA
* *
8662 TTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
1 TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGT
* *** * * ** * * * * *
8727 ATTATTTTATTCCAAATAGGCTTATATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCA
61 ATTTTTTTATTATGAATAAGCTTATATAAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCA
** * * * * * * *
8792 TAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCTACAATTATTTTAA-TCGA
126 TAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT-GT
* * * * * * *
8843 TTT-GATAAAC-TGACTTAATTTTTAAATATCTAACTCATCAATTTTTGAAATTTTAGTAAAATA
1 TTTAG-TAAACAT-A-TTTATTTTTTAA-ATCT--CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTA
* * * ** * * * *
8906 ATATTATTTTATCTCA--AATAAGCTT-TTTCAAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAA
59 GTATTTTTTTAT-T-ATGAATAAGCTTATAT-AAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAAAAAAA
* * * * * * * * *
8968 GTTTATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATCGTCATAACTATTT-AAATTT
121 GGTCATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT
* * * * * * *
9023 GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTCTTGTGT-ATTGATGTTCTACATGTTAATAAATT
1 -TTTAGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTTAT-TAATT--T-TT-GAAATATTAAT-AATT
** * * * * * * * * *
9087 AGTATCATGTTATT-TCAAATAAGCATGTATGAGCTAAAAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAA
58 AGTATTTTTTTATTAT-GAATAAGCTTATATAAAC-AAAAATATTTATTTTATGACAAAAAAAAA
* * ** * * * * *
9150 GGTTAGAATGGTTTGAAATAGATAACTATTCTAATAGTCTTAACTATTT-AAGCTGGT
121 GGTCATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CT-GT
* * * * *
9207 TGTA-TAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAAT
1 TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAA-TTAGTATT
* * * * * * * * * * * ** *
9270 ATTTTACTCTGAATAAGC-TAGTGTGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-ACAACGAAGATCATA
64 TTTTTATTATGAATAAGCTTA-TATAAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATA
* * * * *
9333 ATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAATTAGT
128 ATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GT
* * * *
9383 TTGA-TAAATAGATTT-TGTTTTTAAATCTCTTATTGATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 TTTAGTAAACATATTTAT-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATT
* * * * * * * * * * * * *
9446 ATTTTATTCTGAAT-AGTTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTGATGA-TAAAACAAAGTGTCAT
64 TTTTTATTATGAATAAG-CTTATATAAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAAAAAAAG-GTCAT
* * * * *
9509 AACT-ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGAT-ATGACCATTTGAACTTGT
127 AA-TAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC-TGT
* *
9560 TTT-GTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAG
1 TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT----CTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT-AATTAG
* * ** * * * *** * ** * **
9623 TATTATTTTATT-TCAAATAAATTTTTGTGAATGGAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAATAT
60 TATTTTTTTATTAT-GAATAAGCTTATATAAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAAAAAAAGGT
* * * * *
9687 CATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAAC--T
124 CATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT
** *** * *
9738 CCTAGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGTCTCTTAAGAAATTAG
1 TTTA-GTAAACATATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAATTAG
* * * * *
9803 CATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTTTATGAACAGAAACA-ATTGA-TTTATGACAAAACAAAAA
60 TATTTTTTTATTAT-GAATAAGCTTATATAAACA-AAA-ATATTTATTTTATGACAAAA-AAAAA
* * * *
9865 GAT-ATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-GT
121 GGTCATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT
* ** * * *
9919 GTTCAAAAAACATACTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-
1 -TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AA-TTAG
* ** * ** ** * * * * *
9983 TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGCATGAACTGAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAATGC
60 TATTTTTTTATTATG-AATAAGCTTATATAAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAAAAAAAGGT
* ** * *
10047 CATAAT-GTTTTGAA-AGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACATG-
124 CATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGT
** * * * *
10098 TTCGGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAAT
1 TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGT
* * **** * * *
10162 ATTATTTTATT-TCAGATAAGCTTATATAAGTTGAAATAATTGTTTTACT-ACAAAACAAAAGGT
61 ATTTTTTTATTATGA-ATAAGCTTATATAAACAAAAATATTTATTTTA-TGACAAAAAAAAAGGT
* * * * * *
10225 CACAATAATTTAAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-T-T
124 CATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT
** *
10276 TATTCAAAAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTA
1 T-TT-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTA
* * * ** * * * * * *
10340 ATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-G
59 GTATTTTTTTATTATGAATAAGCTTATATAAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAA-AAAAAGG
* * * * * **
10404 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGGT-ATAAAGATTTGAACT-T
123 TCATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTGT
** **
10457 GTTCGGCGAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATT
1 -TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAAT-AATT
* * * * * *
10520 TGTATTATTTTATTA-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAA-A-TCATTTTATGACAAAACAAA
58 AGTATTTTTTTATTATG-AATAAGCTTATAT-AA-ACAAAAATATTTATTTTATGACAAAAAAAA
* ** * * * *
10582 AGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCACAATTATTTAAACT-T
120 AGGTCATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT
* * *
10638 GTTTAGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATCAATAACTTAG
1 -TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-TTAG
* * * * **
10703 TA-TTATTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTT-TTTTATGACAAAACCAAAGGT
60 TATTTTTTTATTATGAATAAGCTTATATAAACAAAAAT-ATTTATTTTATGACAAAAAAAAAGGT
* * * * *
10766 CATAACAATTTCAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAG-
124 CATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GT
* * ** * *
10819 TTCAATAAACATATTTACTTTTGAAAATTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGT
1 TTTAGTAAACATATTTA-TTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGT
* * * * * * *
10884 ATTATTTTAATATGAATAAGTTTGTATAAATAGAAACTA-TTATTTTATAACAGAAAAAAAA--T
61 ATTTTTTTATTATGAATAAGCTTATATAAACA-AAAATATTTATTTTATGACA-AAAAAAAAGGT
* *
10946 CATAATAATTTCAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT
124 CATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT
* * * * *
10999 TTTGGTAAATAGATTTATTTTCTAAATCTCTGATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTT
1 TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTAGTATTT
* ** *
11064 TTTTATTCTGAGCAAACTTATATAAACAAAAATATTTATTTTATGACAATATAAAAAAGGTCATA
65 TTTTATTATGAATAAGCTTATATAAACAAAAATATTTATTTTATGACAA-A-AAAAAAGGTCATA
* * *
11129 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTG-
128 ATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT
* * * * * **
11177 ATTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATGTTTTACATATTAAAATTTGAAATATTAATAAATTCA
1 TTTA-GTAAACATATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATT-A
* ** ** *
11242 -TTTTTATTTTATTCCGAATAAGC-TAGTATGAATTAAAAA-A-ATAGTTTTATGACAAAACAAA
59 GTATTT-TTTTATTATGAATAAGCTTA-TAT-AAACAAAAATATTTA-TTTTATGACAAAA-AAA
* * * * **
11303 AA---C-----AATTTGAAATAGATAATTGTT-AATATAGTCTTAATTATTAGAACTAA
119 AAGGTCATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTGT
** * * * *
11353 TTTAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAATATTATTATATTAGTA
1 TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTGAAATATTAATA-ATTAGTA
* * * * * * * *
11418 TTATTTTGTT-TCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTT-TTTTATGACAGAACAAAAGGTT
62 TTTTTTTATTAT-GAATAAGCTTATATAAACAAAAAT-ATTTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTC
* * * * * ** * * * *
11481 ATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTTGAATAGTCATAATTATTTAAATTGG
125 ATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT
* * * *
11533 TTCAGTAAAC---------------ATCTTTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTA
1 TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTT
*** ** * * * * * * * * * *
11583 TTTTATTCCAAATAAATTTGTATGATA-AAAAACAATTGTTATATAACCAAACAAAAGGTAATAA
65 TTTTATTATGAATAAGCTTATAT-AAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAA
* * * * * * * * * *
11647 TGATTTGAAATACATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTAAACTGA
129 TAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT
* * * * * * * * **
11695 TATGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTTAGTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATCA
1 TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTT
* * * ** * * * * *
11760 TTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAAC
65 TTTTATTATGAATAAGCTTATATAAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAA-
* * * *
11825 GATTTTC-AATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTT
129 TAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT
* * * * * *
11871 GTTTGGTAAAAAAAATTATTTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAAGTAG
1 -TTTAGTAAACATATTTA-TTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAATTAG
* * * * * * ** * * * * *
11936 TACTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTAT-ATTAAAACAAAAGGT
60 TATTTTTTTATTATGAATAAGCTTATATAAACAAAAATATTTATTTTATGA-CAAAAAAAAAGGT
* * * * *
12000 TATAATGATTTTAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTTAAACT-T
124 CATAATAATTTCAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT
* * * * * *
12052 GTTCAGTGAATAGATTTATTTTTTCAAACCTTTAGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATT
1 -TTTAGTAAACATATTTATTTTTT-AAA--TCT--CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAT-AATT
* * * * * * * * ** * *
12116 TGGATTATTTTATTCA-GAATAAGCTTGTA-AGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAA
58 AGTATTTTTTTATT-ATGAATAAGCTTATATAAACA-AAAATATTTATTTTATGACAAAAAAAAA
* * * * * * * * *
12179 GGTAAAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG-CTTTAACTATTTAAACTGG
121 GGT-CATAATAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGT
* * * * * * *
12236 TTCAGCAAATACATTTATATTATAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTATTAAATTAG
1 TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA--T--TAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAG
12300 CATTATATTT
Statistics
Matches: 2671, Mismatches: 567, Indels: 437
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
161 3 0.00
162 111 0.04
163 2 0.00
164 3 0.00
165 7 0.00
171 3 0.00
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185 8 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTAGTATTTT
TTTATTATGAATAAGCTTATATAAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATA
ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT
Found at i:11597 original size:162 final size:161
Alignment explanation
Indices: 11387--11690 Score: 380
Period size: 162 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
11377 AATCTCTTAG
* * * * * *
11387 TTATTAATTTTCAAATATTATTATATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAA
1 TTATTAATTTTCAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGATA-AAA
* * * * * * * *
11451 AATAATTTTTTTATGA-CAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTTG-AATAG
65 AACAATTGTTATATAACCA-AACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATACACAATT-ATTGAAATAG
*
11514 TCATAATTATTTAAATTGGTTCAGTAAACATCTT
128 CCATAATTATTTAAATTGGTTCAGTAAACATCTT
* *
11548 TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAATTTGTATGATAAAA
1 TTATTAA-TTTTCAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGATAAAA
* *
11613 AACAATTGTTATATAACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATACATAATTATTGAAATGGCC
65 AACAATTGTTATATAACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATACACAATTATTGAAATAGCC
11678 ATAATTATTTAAA
130 ATAATTATTTAAA
11691 CTGATATGGT
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 19, Indels: 7
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
161 10 0.08
162 107 0.89
163 3 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (161 bp):
TTATTAATTTTCAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGATAAAAA
ACAATTGTTATATAACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATACACAATTATTGAAATAGCCA
TAATTATTTAAATTGGTTCAGTAAACATCTT
Found at i:13603 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13135--15926 Score: 1449
Period size: 181 Copynumber: 15.3 Consensus size: 180
13125 ATTTTAAGAG
* ** * * *
13135 AAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAGAAT-GATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAATTG
1 AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG
* * * * * * * * *
13198 ATTCAAAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAAATTAGTAAAGTAG
65 -TTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * * **
13262 TATTATTTTATTTCGGATAAGCTTCTATGACT-GAAACAATTATTTTAT-GT
129 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTTTGAATAGAAATAATTGTTTTATAAC
** * * ** * * * * * *
13312 GGAAGAAAAGGTTGTAATGACTTTAAATAGTTAGATTCATTGTTCAAATAGTCA-AATTTATTTA
1 AAAACAAAAAGTCATAA-CAATTTGAA-A--TAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTG
* ** * * *
13376 AACTTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATA
60 AA-TTGTTTAATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
* * * * *
13441 AATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAACTTGTTTGAATTGAAATAATTGCTTTATGAT
123 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTTTGAATAGAAATAATTGTTTTATAAC
* * * * * **
13499 TAAACAAAATGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTGTTAACTATTTGAATTGG
1 AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-G
** * * *
13564 TTTAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GTAATATTATTAAACTAG
65 TTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAG
* ** * *
13628 TATTATTTTAATTTGAATAAGGTTGTATT-AAAAGAAACAATTGTTTTATAA-
129 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTGT-TTGAATAGAAATAATTGTTTTATAAC
* * * *
13679 AAAA-ATAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATAGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAATTG
1 AAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG
* * * * * * * * *
13743 ATTCAAAAAATAGATTTA-GTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAA
65 -TTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
* * ** ** * *
13803 TATTATTTTATTCTAAAT-ATTTTGCATAAATAGAAACAATTGTTTTATTAAC
129 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTTTGAATAGAAATAATTGTTTTA-TAAC
* * * * * *
13855 AAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTG
1 AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG
* * ** * *
13920 TTTAATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAGTAAATTAGT
65 TTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT
* *** * *
13985 ATTCTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGAC
130 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTTTGAATAGAAATAATTGTTTTATAAC
* * * **
14036 AAAAC-AAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATACTTGTTCATGTAGTCATAACTATTTGAACTT
1 AAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TT
* * * * *
14100 GCTTAGTAAAGC-GATTTATTTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAAC
64 GTTTAATAAA-CAGATTTA-TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * * *
14164 TAGCATTATTTTATTTCGAATACACATGTTTGAATAGAAATAATTGGTTTATAAC
126 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTTTGAATAGAAATAATTGTTTTATAAC
* * * * * * *
14219 AAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTTAACTAATAATAACTATTTGAATGTG
1 AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TG
* * * * * ** *
14284 TTTTATGACAA-AAATCTTAACTATTTGAA-CTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTA-AATCT
65 TTTAAT-A-AACAGAT-TT-ATTTTTTAAATCT--TTT-----ACTTA-TTAATTTTTAGAA--T
* * * * * *** * * * * ** * *
14346 CTTACT-TATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTA-TTATTTTAATCTAAATAAGCTGGTGT
116 ATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TTGAA-TA-AACTTGTTTGAATAGAAATAA--TTGTTT
* * *
14409 GAAAAGA
175 TATAA-C
* * * * * *
14416 AACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGCATAACGATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGCC
1 AA-AA------CA--A-AAAGTCATAA-C---A--ATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
14480 ATAACTATTTGAACTGTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAA
49 ATAACTATTTGAATTGTTT-AATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG
* * ** ** * * *
14541 AATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGCTTTAT
113 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTTTGAATAGAAATAATTGTTTTAT
*
14606 GAC
178 AAC
** * * * * * *
14609 AAAACAAAATA-TCATAATGATTTGAAACAGATAATTATTCAAATGGACATGATTATTTGAACTT
1 AAAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TT
*** * * ** *
14673 GTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
64 GTTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
14738 TATTATTTTATTTTAAATAAACTTATGTGAATAGAAACAATTGCTTTATGAC
129 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTTTGAATAGAAATAATTGTTTTATAAC
* * * * *
14790 AAAA-TAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT
1 AAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TT
****** * * *
14854 ACGCGGTAAACGGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTAATAAAATA
64 GTTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTA
** ** * * * * * * *
14919 GTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGAT
128 GTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTTTGAATAGAAATAATTGTTTTATAAC
* * * *
14972 AAAACAAAAGGTCATGACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTG
1 AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTG
* * * *
15037 TTCAGA-AAATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTA
65 TTTA-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTA
* * * * * * *
15099 -TATTATTTTA--TTCAATATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGAC
128 GTATTATTTTATTTTGAATA-AA-CTTGTTTGAATAGAAATAATTGTTTTATAAC
* ** * *
15151 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTG
1 AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG
*** * * * * * *
15216 TTCGGTTAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTT-CTCATTAATTTTTAGAGTATTAATAAATTAG
65 TTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * * *
15280 TA-TATTTTATTTTAAATAAGCCTATGTGAA-ATGATACAATTG-TTTATGAT
129 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTTTGAATA-GAAATAATTGTTTTATAAC
* * * * * * * *
15330 GAAACAAAAGGTCATAACAAATTGAAATAGATTATTATTCAAATAATTATAAACTATTTAAACTT
1 AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAA-TT
* * * * * * * *
15395 GTTCAATAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTATACTTATTAGTTTTCA-AATATTAATAAACTAA
64 GTTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
** * * * * **
15458 TATTATTTTA-ACTGAATAAGCTTGTATGAA-CGAAAACAATTGTTTTATGGC
129 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTTTGAATAG-AAATAATTGTTTTATAAC
* ** * * * *
15509 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATATTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
1 AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG
* * * * * * *
15574 TTTAGT-AACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTATCT-GAATGA-TAATAACTTT
65 TTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAGAAT-ATTAATAAATTA
* * * ** * * *
15636 GTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTATAAGAATAGCAAA-AATTATTTTATGAT
128 GTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTGTTTGAATAG-AAATAATTGTTTTATAAC
* * * * ** * * * *
15689 AAAATAAAAGGTTATGATGATTTGAAATAGGTAATTGCTCAAATAGTGATAACTATTTAAACTTG
1 AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG
* * * * *
15754 TTTGATAAACA-ATTTCAGTTTTTAAATATCTTATTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAG
65 TTTAATAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * * *
15817 AATTATGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGAC
129 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTTTGAATAGAAATAATTGTTTTATAAC
** * *
15869 -AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTG
1 AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
15927 CACTGGTCAG
Statistics
Matches: 2020, Mismatches: 471, Indels: 246
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 22 0.01
175 41 0.02
176 60 0.03
177 91 0.05
178 90 0.04
179 346 0.17
180 279 0.14
181 401 0.20
182 202 0.10
183 186 0.09
184 40 0.02
185 50 0.02
186 21 0.01
187 12 0.01
190 5 0.00
191 10 0.00
192 14 0.01
193 5 0.00
194 20 0.01
195 1 0.00
196 18 0.01
197 6 0.00
198 16 0.01
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200 4 0.00
204 1 0.00
206 2 0.00
207 7 0.00
208 1 0.00
210 7 0.00
211 5 0.00
212 11 0.01
213 34 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGT
TTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTTTGAATAAACTTGTTTGAATAGAAATAATTGTTTTATAAC
Found at i:14023 original size:537 final size:536
Alignment explanation
Indices: 12903--14185 Score: 1242
Period size: 537 Copynumber: 2.4 Consensus size: 536
12893 TAAATAAATG
** *
12903 TTAATAAATTA-TATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAATTGAAACAATT-ATTATATGAT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATTGAAATAATTGATT-TATGAT
** * * * * *
12966 TAAAC-AAATGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAATTATTCGAACTG
65 TAAACAAAAT-GTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTG
**
13030 GTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATC---TA-TTATTAATTTTTAGAATATTATTAAA-T--
129 GTTTAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTATTAAACTAG
*** * * **
13088 TATTATTTTATCCAAATAAGCATGATCAGAAACAATTATTTTAAGAGAAAACAAAGATCATAATG
193 TATTATTTTATTTGAATAAGCATGATAAGAAACAATTATTTTAAGAAAAAACAAAGATCATAACA
* * * * *
13153 ATTTGAGAATGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATTCAAAAAATAGTTTTAGT
258 ATTTGAGAATGATAATAGTTCAAAAAGTCATAACTATTTAAATTGATTCAAAAAATAGATTTAGT
* * **
13218 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGATAAG
323 TTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTCAAAATTAGTAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAG
* * ** * ** ** * *
13283 CTTCTATGACTGAAACAATTATTTTATGTGGAAGAAAAGGTTGTAATGACTTTAAATAGTTAGAT
387 CTTCTATAAATGAAACAATTATTTTATGTAAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATAGAT
* * * * * *
13348 TCATTGTTCAAATAGTCAAATTTATTTAAACTTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTT
452 TCA-T-TTCAAATAGACAAATCTATTTAAACTTATTCAATAAACAAATTTATTGTTTTAAATCTC
* * * * *
13413 TTGCTTATTAATTTTTTGAATG
515 CTACCTATTAATTTTTAGAATA
* * * *
13435 TTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAACTTGTTTGAATTGAAATAATTGCTTTATGATT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATTGAAATAATTGATTTATGATT
* *
13500 AAACAAAATGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTGTTAACTATTTGAATTGGT
66 AAACAAAATGTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGT
13565 TTAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTATTAAACTAGTA
131 TTAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTATTAAACTAGTA
** * *
13630 TTATTTTAATTTGAATAAGGTTGTATTAAAAGAAACAATTGTTTTATA-AAAAAATAAAGATCAT
195 TTATTTT-ATTTGAATAAGCATG-A-T--AAGAAACAATTATTTTA-AGAAAAAACAAAGATCAT
*
13694 AACAATTTGAG-ATAGATAATAGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAAAAAATAGAT
254 AACAATTTGAGAAT-GATAATAGTTCAAAAAGTCATAACTATTTAAATTGATTCAAAAAATAGAT
*
13758 TTAG-TTTTAAA-TC-T-CTTATTAA-TTTTCAAAA-TATTAATAGATAAATATTATTTTA-TTC
318 TTAGTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTCAAAATTAGTAA-AG-T-AATATTATTTTATTTC
** *
13816 TAAAT-ATTTTGC-ATAAATAGAAACAATTGTTTTAT-TAACAAAACAAAAGGTCATAACAACTT
380 -AAATAAGCTT-CTATAAAT-GAAACAATTATTTTATGT---AAAACAAAAGGTCATAACAACTT
* * * * *
13878 GAAATAGATA-ATT-A-TTCAAATGGACATGA-CTATTTGAACTTGTTTAATAAACAAATTTA-T
439 GAAATAGATAGATTCATTTCAAATAGACA-AATCTATTTAAACTTATTCAATAAACAAATTTATT
13938 GTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATA
503 GTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * * **
13972 TTAGTAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATTGAAATAATTGATTTATGATT
* * * * * * *
14037 AAACAAAA-GATCATAACTATTTGAAATAAATACTTGTTC-ATGTAGTCATAACTATTTGAACTT
66 AAACAAAATG-TTAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTA-ATAGTCTTAACTATTTGAA-TT
* * * * *
14100 -GCTTAGTAAAGC-GATTTATTTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAA
128 GGTTTAGCAAA-CATATTTA-TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTATTAAA
*
14163 CTAGCATTATTTTATTTCGAATA
189 CTAGTATTATTTTATTT-GAATA
14186 CACATGTTTG
Statistics
Matches: 621, Mismatches: 94, Indels: 65
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
532 11 0.02
533 120 0.19
534 6 0.01
536 5 0.01
537 167 0.27
538 53 0.09
539 61 0.10
540 30 0.05
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542 6 0.01
543 25 0.04
544 9 0.01
545 86 0.14
546 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (536 bp):
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATTGAAATAATTGATTTATGATT
AAACAAAATGTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGT
TTAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTATTAAACTAGTAT
TATTTTATTTGAATAAGCATGATAAGAAACAATTATTTTAAGAAAAAACAAAGATCATAACAATT
TGAGAATGATAATAGTTCAAAAAGTCATAACTATTTAAATTGATTCAAAAAATAGATTTAGTTTT
TAAACTCTTACTTATTAATTTTTCAAAATTAGTAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTC
TATAAATGAAACAATTATTTTATGTAAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATAGATTCAT
TTCAAATAGACAAATCTATTTAAACTTATTCAATAAACAAATTTATTGTTTTAAATCTCCTACCT
ATTAATTTTTAGAATA
Found at i:15157 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 14323--15926 Score: 1425
Period size: 179 Copynumber: 8.9 Consensus size: 180
14313 CTAGTTTGGC
* * * *
14323 AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
14388 TTAATCTAAATAAGCTGGTGTGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAG-CATAACG
66 TTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * *
14451 ATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTG-AACTGTTTCAGT
129 ATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG-TTCAGA
* * * * * *
14503 AAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAGATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
** ** * * * **
14564 TTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGA
66 TTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * * * *
14629 TTTGAAACAGATAATTATTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTCGGT
130 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCAGA
* * ** *
14680 AAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * *
14745 TTATTTTAAATAAACTTATGTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACT-
66 TTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TG
* * * * * *** * *
14809 ATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTACGCGGT
129 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCAGA
* * *
14861 AAACGGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
14926 TTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATGACT
65 TTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AAT
* *
14991 -ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCAGA
128 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCAGA
* * *
15043 AAATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTA-TATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
*
15105 TTTATTCAATATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
65 TTTATTCAA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
15170 ATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTTCGGT
129 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCAGA
* * * * * *
15222 TAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTT-CTCATTAATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTA-TAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * ** *
15285 TTTATTTTAAATAAGCCTATGTGAA-ATGATACAATTG-TTTATGATGAAACAAAAGGTCATAAC
65 TTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
15348 AAATTGAAATAGATTATTATTCAAATAATTATAAACTATTT-AAACTTGTTCA-A
128 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAAA-TTGTTCAGA
* * * * * * *
15401 TAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTATACTTATTAGTTTTCA-AATATTAATAAACTAATATTAT
1 -AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
15464 TTTA-ACTGAATAAGCTTGTATGAACGAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATG
65 TTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
15528 ATTTGAAATAAATATTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAG-
129 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCAGA
* * * * * * *
15579 TAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTATCT-GAATGA-TAATAACTTTGTATTA
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAGAAT-ATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * * *
15642 TTTTAATTGAAATAAGCTTATAAGAATAGCAAA-AATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATGA
64 TTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* ** * *
15706 TGATTTGAAATAGGTAATTGCTCAAATAGTGATAACTATTT-AAACTTGTT-TGA
127 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TTGTTCAGA
* * * * *
15759 TAAACA-ATTTCAGTTTTTAAATATCTTATTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTA
1 -AAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
15822 TGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGAC-AAACAAAAAGTCATAAT
64 TTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
*
15886 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTG
128 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
15927 CACTGGTCAG
Statistics
Matches: 1149, Mismatches: 228, Indels: 94
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 74 0.06
177 73 0.06
178 84 0.07
179 338 0.29
180 226 0.20
181 220 0.19
182 133 0.12
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCAGA
Found at i:15733 original size:538 final size:535
Alignment explanation
Indices: 14323--15925 Score: 1706
Period size: 538 Copynumber: 3.0 Consensus size: 535
14313 CTAGTTTGGC
* *
14323 AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATT
1 AAACACATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATT
* * * * *
14388 TTAATCTAAATAAGCTGGTGTGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAG-CATAACG
65 TTAA-CTAAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
*
14451 ATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGTTTCAGTAAATAGATTTAG
128 ATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTCAGTAAATAGATTTA-
** * * *
14515 TTTTTAAATC---TCTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTG-AATA
190 TTTTTAAATCTTTTCTTATTAA-TTTCTGAATATTAATA-ATTTGTATTATTTTA-ATTGAAATA
** * ** ** *
14576 ATTTTGCATGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAACAGAT
252 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * *
14641 AATTATTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTCGG-TAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCC
317 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTTAA-CAAATTCATTTTTTAAATCTCT
* *
14705 TAC-CTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTATGTGAA
381 TTCTC-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATGTGAA
** * * * * * *
14769 TAGAAACAATTGCTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATGATTGTTCAAAT
445 TAGAAACAATTG-TTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * **
14834 AGTTATAACTATTTGAACTTACGCGGT
509 AATTATAACTATTTAAACTTACGCAAT
** **
14861 AAACGGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTAT
1 AAACACATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTAT
** * * * *
14926 TTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATGACT
64 TTTAACT-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AAT
* * * *
14991 -ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCAGAAAATAGATTTAT
127 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTTTTCAGTAAATAGATTTAT
* * * *
15055 TTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTATATTATTTT-ATTCAATATA
191 TTTTAAATCTTTT-CTTATTAATTTCT-GAATATTAA-TAATTTGTATTATTTTAATTGAA-ATA
*
15118 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
252 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * *
15183 AATTTTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTTCGGTTAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTT
317 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTTAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTT
* *
15248 TCTCATTAATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTTAAATAAGCCTATGTGAA-A
382 TCTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATGTGAATA
* * *
15311 TGATACAATTGTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAAATTGAAATAGATTATTATTCAAATAA
447 -GAAACAATTGTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAA
***
15376 TTATAAACTATTTAAACTTGTTCAAT
511 TTAT-AACTATTTAAACTTACGCAAT
* * * * * *
15402 AAACATATTTA-TTTTAAAATCTTATACTTATT-AGTTTTCAAATATTAATAAACTAATATTATT
1 AAACACATTTATTTTTTAAATCTT-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATT
* * *
15465 TTAACTGAATAAGCTTGTATGAACGAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGAT
65 TTAACTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * *
15530 TTGAAATAAATATTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAACA-A-ATTTATTT
130 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTCAGTAA-ATAGATTTATTT
15593 TTCAAATCTTTTGCTTATTAATTATCTGAATGA-TAATAACTTTGTATTATTTTAATTGAAATAA
193 TT-AAATCTTTT-CTTATTAATT-TCTGAAT-ATTAATAA-TTTGTATTATTTTAATTGAAATAA
* * * * * * * *
15657 GCTTATAAGAATAGCAAA-AATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATGATGATTTGAAATAGGT
253 GCTTGTATGAACAG-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
** * * * * * * * *
15721 AATTGCTCAAATAGTGATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAATTTCAGTTTTTAAATATCTT
317 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTTAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *
15786 AT-TTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT
382 -TCTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATGTGAAT
* ** *
15849 AGAAACAATTGTTT-TG-TGACAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAC
446 AGAAACAATTGTTTATGATG--AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* *
15912 AGTCATAACTATTT
509 AATTATAACTATTT
15926 GCACTGGTCA
Statistics
Matches: 892, Mismatches: 137, Indels: 73
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
536 17 0.02
537 129 0.14
538 285 0.32
539 94 0.11
540 124 0.14
541 70 0.08
542 168 0.19
543 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (535 bp):
AAACACATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTT
TAACTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTCAGTAAATAGATTTATTTTTA
AATCTTTTCTTATTAATTTCTGAATATTAATAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTAT
GAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTTAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAA
TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATGTGAATAGAAACAATT
GTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATTATAACTAT
TTAAACTTACGCAAT
Found at i:16121 original size:162 final size:162
Alignment explanation
Indices: 15802--16132 Score: 355
Period size: 163 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
15792 TAATTTTAGA
* * * **
15802 ATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTG
1 ATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAACTTGTATCAATAGAAACAATTGTTTAATG
** * * * * *
15867 ACAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTG
66 ACAAACAAAAAGTCATAAAAATATGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTAATTGAACTA
* * *
15932 GTCAGGCCAACAGATTCATTATTTAAATCTGT
131 GTCAGGCAAACAAATTCATTATTTAAATCTCT
* *
15964 ATATTAATAAATTAGCATTACT-TTATTCCAAATAAAAC-TGTATCAATAGAAATAATTGTTTAA
1 ATATTAATAAATTAGAATTA-TGTTATTCCAAAT-AAACTTGTATCAATAGAAACAATTGTTTAA
** * * ** *
16027 TGACAAAACAAATGGTCATAAAAATATGAAATAAATAATTGTTTAAATTGTTATAACTAATTGAA
64 TGAC-AAACAAAAAGTCATAAAAATATGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTAATTGAA
** * *
16092 CTAGTTTGGTAAACAAATTTATT-TTTAAATCTCT
128 CTAGTCAGGCAAACAAATTCATTATTTAAATCTCT
16126 -TATTAAT
1 ATATTAAT
16133 TTTTAAAATA
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 28, Indels: 7
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
161 7 0.05
162 64 0.46
163 67 0.49
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (162 bp):
ATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAACTTGTATCAATAGAAACAATTGTTTAATG
ACAAACAAAAAGTCATAAAAATATGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTAATTGAACTA
GTCAGGCAAACAAATTCATTATTTAAATCTCT
Found at i:17189 original size:175 final size:172
Alignment explanation
Indices: 16600--17452 Score: 489
Period size: 180 Copynumber: 4.8 Consensus size: 172
16590 CCAAATTTTC
* * * *
16600 AATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT-TATGAA-ATGAAAC
1 AATTTTTAAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCT-AATAA-CTTTGTATGAATA-GAAAC
* * * * * * * * * *
16663 AATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAA-ATGATAATTGTTCAAATAGTTAT
62 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT-ACAATTTGAAATA-GATAATTATTTAAATACTCAT
* *** * * * * *
16727 AATTATTTAAACTTGTTTGGTTAATAGATTTATGTTTTTAAATTGCTTGCTTTTT
124 AACTATTTAAACTCACTAGGTAAACAAATTTA--TTTTTAAA-T-C-T-CTTATT
* * * * * * *
16782 AATTTCCT-AAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCGAATAAGTATGTATGAATTGAAACA
1 AATTT-TTAAAATATTAAT-AAATTATATTATTTTA-TTCTAATAACTTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * *
16846 ATT-ATTTATAACTAAATA-AAAGGTCAGA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGTCT
63 ATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAAGATCATACA--ATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATACTCA
* *** ** * *
16907 TAACTATTTGAACTGGTTCA-ACAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
123 TAACTATTTAAACTCACT-AGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTA--T-T
* ** * * * * *
16961 AAATTTTTAAAATATTATTAGTTTAACAATATTTTACTCCGAATAAGTTTGTAT-AGATAGAAAC
1 -AATTTTTAAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTA-TTCTAATAACTTTGTATGA-ATAGAAAC
* *
17025 AATTGTTTAATGACAAAACAAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTATTTAAATACTCATAA
62 AATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATA-CAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATACTCATAA
*
17090 CTATTTAAACT-ATCT-GGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATT
126 CTATTTAAACTCA-CTAGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTATT
*
17137 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAA
1 AATTTTTAAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCT-AATAACTTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * * *
17202 TTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAAAATTTAAAAAAAAATAATTATTTAAATATTCATAA
64 TTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT-ACAATTT-GAAATAGATAATTATTTAAATACTCATAA
* * *
17267 CTATTTGAACTCACTAGTTAAACAAATTTATTTTTTAATCTTTTACTTATT
126 CTATTTAAACTCACTAGGTAAACAAATTTATTTTTAAATC---T-CTTATT
* ** * *
17318 TATTTTTGGAATTTTAATAAA-T-TATTATTTTATTCTAATAAGCTTT-TATGAATAAAAACAAT
1 AATTTTTAAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTCTAATAA-CTTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * *
17380 TGTTTTATGGCAAAACAAAAAGTCAT-CATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGC-CATAA
65 TGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATACA--ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATA-CTCATAA
17443 CTATTTAAAC
126 CTATTTAAAC
17453 GTGTTCAAAA
Statistics
Matches: 536, Mismatches: 92, Indels: 92
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.01
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183 7 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (172 bp):
AATTTTTAAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTCTAATAACTTTGTATGAATAGAAACAATT
GTTTTATGACAAAACAAAGATCATACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATACTCATAACTATT
TAAACTCACTAGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTATT
Found at i:19837 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 19420--19893 Score: 524
Period size: 181 Copynumber: 2.6 Consensus size: 179
19410 CTATTAATTT
* * *
19420 AAATTCATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGGCAAAACA
1 AAATTAATATTATTTTATTTG-AATAAGCTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGGCAAAACA
* * * *
19485 AAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAAACTTGTTTAATA
65 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTAAACTTGTTCAATA
* ** *
19550 AATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATAGTAAT
130 AACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATAGTAAC
* * * * *** * ***
19600 AAATTAGTAATATTTTATTTCGCATAAGCCTA-AATGAATTGAGACAATTATTTTATGATGAAAC
1 AAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAG-CTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGGCAAAAC
* * * *
19664 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTTATTACTATTTGAACTTGTTCGA
64 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTA-TTAAACTTGTTCAA
* * * * * *
19729 TAAACATATTTATTTTTTATATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAC
128 TAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATAGTAAC
* *
19781 AAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGGCAAAACA
1 AAATTAATATTATTTT-ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGGCAAAACA
* * * * *
19846 AAAGGTCATAA-AAATTGAAA-A-ATAATTGTTCAAATAATCATAACTATT
65 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATT
19894 TGAAATTATT
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 52, Indels: 13
0.78 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
177 2 0.01
178 20 0.08
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
AAATTAATATTATTTTATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGGCAAAACAA
AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTAAACTTGTTCAATAA
ACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATAGTAAC
Found at i:20014 original size:120 final size:116
Alignment explanation
Indices: 19798--20017 Score: 298
Period size: 117 Copynumber: 1.9 Consensus size: 116
19788 TATTATTTTA
* *
19798 ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAAAAATTG
1 ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTG
* *
19863 AAAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAATTATTTAGTTAATAG
66 AAAAATAATTGTTCAAACAACCATAACTATTTGAAATTATTTAGTTAATAG
* * * * *
19914 ATTTGAGATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTCTATGACAATACAAAAGGTTATAGCAAA
1 ATTTGA-ATAAGCTAGTATGAACA-AAAATAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATA-AAAA
*
19978 TTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGCCATAACTATTTGAA
63 TTGAAA-A-ATAATTGTTCAAACAACCATAACTATTTGAA
20018 CTTGTTCAAT
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 10, Indels: 6
0.85 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
116 6 0.07
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119 1 0.01
120 28 0.31
ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (116 bp):
ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTG
AAAAATAATTGTTCAAACAACCATAACTATTTGAAATTATTTAGTTAATAG
Found at i:20559 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 20514--20560 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
20504 GGTAATAACA
20514 ATTTGAAATAG-ATAATT
1 ATTTGAAATAGTATAATT
* *
20531 -GTTCAAATAGTCATAATT
1 ATTTGAAATAGT-ATAATT
20549 ATTTGAAATAGT
1 ATTTGAAATAGT
20561 TTTGCAAACA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 4
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.35
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19 9 0.39
ACGTcount: A:0.43, C:0.04, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
ATTTGAAATAGTATAATT
Found at i:21341 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 20806--24682 Score: 2567
Period size: 181 Copynumber: 21.7 Consensus size: 180
20796 TATAAGCCTG
* * * * * * * *
20806 AGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATTTGTTTATTGAAA-AAGTTTAATTAGTTATGACTATCTAAA
1 AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * ** * *
20870 TAATTATCTATTTCAAAACA-ATATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTTTGTTCATG
64 CAATTATCTATTTCAAATCATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATA
** *
20934 CAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAAATTCTGAAAATTAATA
129 CAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAATTAATA
* * *** * *
20988 AGTAA-AAATTTAAAACATAAATGAATTT-TCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTCGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * ** * * * * *
21051 AATTATCTATTTCCAATCA-TTATAACAATTTATTTTGTTATAAACCAATTGTTTCTATTCATAC
65 AATTATCTATTTCAAATCATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATAC
*
21115 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATA
130 AAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATA
* * * * * * *
21168 AATAAAAGATTTAAATAATAAATCTATTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
21233 GTTATATATTTCAAATCATTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATACA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACA
* ** * **
21298 AGTTTATGTGGAATAAAATAATACTTATTTATTTTTATTCTAAAATTAATA
131 AGCTTAT-TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATA
* * * * * * * *
21349 AGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
21414 GTTATCTA-TTCAAAT--TGTTATGACATTTTTTTTTGTCGTAAAATAGTT-TTTTCTATTCATA
66 ATTATCTATTTCAAATCAT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TATTCATA
** * * * *
21475 CAAAATTATTTAGAATAAAATAATTAC-AATTTATTACTATTTTGAAAATCAAT-
129 CAAGCTTA-TTAAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATA
* * * * * * * *
21528 -G---GGGATTT-AAAAATAAATGTGCTT-TCTAAACCATTTCAAATAGATAAGACTATTAGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * * * * **
21587 AATTATCTATTCCAAAATTGTTT-TGATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCATA
65 AATTATCTATTTC-AAATCATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATA
* * * **
21651 CATGCTTATTCAAAATATAATAATACTAATTTATTAACATTAAGAAAATTAATA
129 CAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAATTAATA
* * * * * ** *
21705 AG--A-A-ATTT--AAAA-AAATTTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTCAAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * * *
21763 ATTATCTATTTAAAATCA-TTATGACATTTTATTTTATCATAAAATAACTA-TTTCAGTACACAA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA-TTCATAC
* * * * * *
21826 AAGTTTATCTGATATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
130 AAGCTTAT-TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATA
* * * ** * * * *
21879 AGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTGTCAAATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
21944 ATTATCTATTTCAAATCA-TTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATAC
66 ATTATCTATTTCAAATCATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-ATTCATAC
* * * * *
22007 AAGCTTATTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAAATTAATC
130 AAGCTTATT-AAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC-TAAAATTAATA
* * * * * * *
22062 AGT-A-AGATTTAAAAAGTTAATATGTTTA-CTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * ** * * *
22124 AATTATATATTTCAAAT--TGTTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAATGATTATTTCTGTTCACA
65 AATTATCTATTTCAAATCAT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATA
* * * *
22187 CAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATA
129 CAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATA
* * * * * * * * *
22241 ACTAAGAGACTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGGCTATATGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
22305 -ATT-TCTTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTTTGTCGTAAAA-ACTT-TTTTCAATTCTT
65 AATTATC-TATTTCAAATCATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TATTCAT
* * * *
22365 AGTAA-TTTATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATT-TCAAATCTCAATA
128 A-CAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAT-T-AATA
* * ** * * * * *
22419 AGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGCCTAACCAGTTCAAATAATTATGGCTATTTAAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
22484 ATTATCTATTGCAAATC-TTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCATATA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACA
* * ** * * * *
22548 AGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGTAAATTAAGA
131 AGCTT-ATTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATA
* * * * * *
22600 AGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACTAGTTTAATTAGTTATAACTATTTCAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
22664 AATTA---ATTTC-AATCA-TTATGACTATTTTTTTTTGTGATAAAAACAATTATTTCTGTTTAT
65 AATTATCTATTTCAAATCATTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTATTTTTATTCAT
* * * * **
22724 A-TAGTCTTATTAGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAGCTAATA
128 ACAAG-CTTATTA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATA
* * ** ** * * * *
22779 AGTAACG-GATTTGAAGAATGAAA-CTG-TTGGCTTGACCAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGA
1 AGTAA-GAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * *
22841 ACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATAACC-TTCGTTTTATCACAAAACAATTGA-TTCTATTCG
63 ACAATTATCTATTTCAAATCATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTTATTCA
** * * *
22903 TACAAGCTTATTTGAATAACATAATTCTATTTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
127 TACAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATA
* * * *
22958 AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTAT-AAAT-GATTATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGT-TCAAATAG-TTATGACTATTTGAA
** * ** *
23021 CAATTATCTATTTCAAATC-GCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAATTTCTATTCATA
64 CAATTATCTATTTCAAATCATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATA
* * *
23085 CAAGCTTATTTCAAATAAAAT--TACATAAATTTATTAAT-GTGTAGACACA-TAATA
129 CAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATAC-T-AATTTATTAATATTCTA-A-A-ATTAATA
* * *
23139 AGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAAAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
23202 ATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACTTTTTG-TTTGTCATGAAACAATTGTTTTTCTTCATACA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACA
* * * * * *
23265 AGCCTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAACTAATA
131 AGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATA
* * * * ** * * *
23317 AGTAAAATATTT-TAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * ** *
23381 ATTATTTGTTTCAAATC-GTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCAATTCATATA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACA
* * *
23445 GGCTTATTCAAAATAAAAT-ATCACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATT
131 AGCTTATT-AAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATA
* * *
23497 GGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCTGTTTA-CTAAACAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * *
23561 TAATTATCTATTTCAAA--ATGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAGATAA-T-TGTTTGTTCAT
64 CAATTATCTATTTCAAATCAT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCAT
* * *
23622 ACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT--TAAATTATTAATATTCCAAAATTTAATA
128 ACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA-TTAATA
* * * * *
23675 AGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTATTT-TCTAAACATA-TTCAAATAGTTCTAACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * * * *
23737 TAATTATCTATTTCAAAT-AGTTAAGACTTTTTG-TTTGTGATAAACCAATTGTTTCTATCCATA
64 CAATTATCTATTTCAAATCATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATA
* * * *
23800 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAATATTACTA
129 CAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA-ATTAATA
* ** ** * * * * *
23854 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAGTAAGCTCAAATAAG-TATTAATGTTTAAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
23918 AATTTTTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATAC
65 AATTATCTATTTCAAATCATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATAC
* * * *
23982 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-A---CTTAATATTTTGCAAATTAATA
130 AAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATA
* * * * * * *
24031 GGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAACTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
24096 ATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATAC-
66 ATTATCTATTTCAAATCATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACA
* * * *
24159 AGAATTATTCAAAATAAAATAACACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-
131 AG-CTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATA
* * * * *
24211 --T-AGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACTGAACCAA-TTCATATAGTTATGACTATTTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * *
24272 AATTATCTATCTCAAAT--TGTAATGATC-TTTATTTTGACATACAACAATTGTTTCTT-TTCAC
65 AATTATCTATTTCAAATCAT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTATTCAT
* ** * * * * *
24333 ATAAGCTTATTCGATTAAAATGATAATAATTTAATAAT-TTTTGAAAATTAATA
128 ACAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATA
* * * ** * *
24386 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCAAACTAGTTTTAATAGTTAAGACTATTAGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
24451 ATTATCTATTTCAAATCATTT-TAACCTTTT-TTTAGTTATAAAATAATTA-TTTCAGTTCATAC
66 ATTATCTATTTCAAATCATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA-TTCATAC
* *
24513 AAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACT-A--TATTAACATT-TGAAAATTAATAA
130 AAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAAT-A
* * * ** * * *
24562 AGCAACAGATTTAAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAATTTCAATTAGATATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * *
24627 TAATTATCTATATAAAAT-TTTTTTAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATGTATTT
64 CAATTATCTATTTCAAATCATTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TATTT
24683 GCTAAACCAA
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AGCTTATTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATA
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
20870 TAATTATCTATTTCAAAACAATATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTT-TGTTCATG
64 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCTATTCATA
* * *
20934 CAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAAAATTCT-GAAAATTAATAAGTAAAAATT
128 CAAGCTTATTTCAAATAAAAT-A-ATAAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATAAGTAAAGATT
* ** * * *
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* * * * * * *
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*
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* * * * * * *
21168 AATAAAAGATTTAAATAATAAATCTATTTA-TCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
21232 AGTTATATATTTCAAATCATTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATAC
65 AATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAC
* * ** * ** *
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129 AAGCTTATTTCAAATAAAATAATA--AATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATAAG-TAAAGATT
* * * * * ***
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190 TAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTT
** * * * * * ** **
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* *
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* * * * * * *
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1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * * * * * *
21587 AATTATCTATTCCAAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCATAC
65 AATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAC
* * * *
21652 ATGCTTA-TTCAAAATATAATAATACTAATTTATTAACATTAAGAAAATTAATAAG--AA-ATTT
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* * * * *
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191 AAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTATTT
* * * * * * * * * * *
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255 CAAATCATTATGAC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCT-A-TTCATACAAGCTTATTTG
* **
21837 ATATAAAATAATAT-TACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
317 A-ATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* * * ** * * * *
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1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
21943 AATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATAC
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATAC
* * * *
22007 AAGCTTA-TTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAAATTAATCAGT-AAGAT
129 AAGCTTATTTC-AAAT-AAAATAATA--AATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATAAGTAAAGAT
* * * * * * * * *
22070 TTAAAAAGTTAATATGTTTA-CTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATATAT
189 TTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT
** * * * ** * * *
22134 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAATGATT-ATTTCTGTTCACACAAGTTTATTT
253 TTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGA-TTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * *
22198 GAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATA
316 G-AATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* * * * * * * * *
22241 ACTAAGAGACTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGGCTATATGAAC-
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
22305 ATT-TCTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCGTAAAA-ACTTTTTTCAATTCTTAGT
66 ATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATA-C
* * *
22368 AA-TTTA-TTCAAAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTT--CAAATCTCAATAAGTAAGAGAT
129 AAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-AATTTATTAATATTTAGAAAAT-T-AATAAGTAA-AGAT
* * * ** * * * *
22429 TTAAAAAATAATTATGTTTGCCTAACCAGTTCAAATAATTATGGCTATTT-AAACAATTATCTAT
189 TTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTAT
* * * * * * * *
22493 TGCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-ATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTT
253 TTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGA-TTCTATTCATACAAGCTTATTT
* *
22557 GGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTTGTAAATTAAGA
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* * * * * *
22600 AGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTTAATTAGTTATAACTATTTCAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
22665 ATTA---ATTTC-AATCATTATGACTATTTTTTTTTGTGATAAAAACAATTATTTCTGTTTATA-
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTATTTCTATTCATAC
* ** * * * ** *
22725 TAGTCTTATTAGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAGCTAATAAGTAACGGATT
129 AAG-CTTATTTCAAATAAAATAAT--AAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAA-AGATT
* * * ** ** * * * * * *
22790 TGAAGAATGAAA-CT-GTTGGCTTGACCAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTAT
190 TAAAAAAT-AAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTAT
* * * * *
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253 TTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * *
22918 ATAACATAATTCTATTTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
318 ATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* * **
22958 AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTAT-AAAT-GATTATGACTATTTGAA
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** * **
23021 CAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAATTTCTATTCATAC
64 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAC
* * *
23086 AAGCTTATTTCAAATAAAATTACATAAATTTATTAATGTGTAGACACA-TAATAAGTAAAGATTT
129 AAGCTTATTTCAAATAAAA-TA-ATAAATTTATTAATATTTAGA-AAATTAATAAGTAAAGATTT
* *
23150 AAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAAAAATTATTTATTTC
191 AAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTC
* * * * * * *
23214 AAAT-AGTTATGA-CTTTTTGTTTGTCATGAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTATTCAGA
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* * *
23277 TTAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTTAAAAACTAATA
318 ATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* * * * * * * * *
23317 AGTAAAATATTT-TAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * * *
23381 ATTATTTGTTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCAATTCATATAG
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAA
* **
23446 GCTTA-TTCAAAATAAAAT-ATCACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATTGGTAAGAGATTT
131 GCTTATTTC-AAATAAAATAAT-A--AATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAA-AGATTT
* * * *
23509 AAAAAAATGAATCTGTTTA-CTAAACAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
191 -AAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATT
* * *
23573 TCAAA--ATGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAGATAATTG-TT-TGTTCATACAAGCTTATTT
254 TCAAATCAT--TATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * **
23634 CAAATAAAATAA-T-TAAATTATTAATA-TTCCAAAATTTAATA
316 -GAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTTGAAAA-TTAATA
* * * * * * *
23675 AGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTATTTTCTAAACATA-TTCAAATAGTTCTAACTATTTGAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
23738 AATTATCTATTTCAAAT-AGTTAAGACTTTTTG-TTTGTGATAAACCAATTGTTTCTATCCATAC
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* * * * *
23801 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCA-AATATTACTAAGTAAAAGATT
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* ** ** * * * * * *
23865 TAAAAAATAAATCTGTTTATTGAGTAAGCTCAAATAAG-TATTAATGTTT-AAACAATTTTTTAT
190 TAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCTAT
* * *
23928 TTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTCTATTCATACAAGTTTATT
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** * * *
23991 CAAAATAAAATAATACT-A---CTTAATATTTTGCAAATTAATA
315 -TGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* * * * * * *
24031 GGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAACTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
24096 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATAC-A
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAA
* * * *
24160 GAATTA-TTCAAAATAAAATAACACTGATTTATTAATATTTTA-AAAATTAAT---TAGAGATTT
131 G-CTTATTTC-AAATAAAATAATA--AATTTATTAATA-TTTAGAAAATTAATAAGTAAAGATTT
* * * * * *
24220 AAAAAGTAAATCTATTTACTGAACCAA-TTCATATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCT
191 AAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTT
** * * * * * * * * * * *
24284 CAAATTGTAATGATCTTTATTTTGACATACAACAATTGTTTCTTTTCACATAAGCTTATTCGATT
255 CAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAT
* ** *
24349 AAAATGATAATAATTTAATAAT-TTTTGAAAATTAATA
320 AAAATAATTCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* * * ** * *
24386 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GTCAAACTAGTTTTAATAGTTAAGACTATTAGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
24450 AATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTT-TTTAGTTATAAAATAATTATTTC-AGTTCATAC
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATAC
* * * * *
24513 AAGCTTATTTGAAAT-AAATAAT-ACTATATTAACATTT-GAAAATTAATAAAGCAACAGATTTA
129 AAGCTTATTTCAAATAAAATAATAAATTTATTAATATTTAGAAAATTAAT-AAGTAA-AGATTT-
** * * * * *
24575 AAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAATTTCAATTAGATATGACTATTTGAATAATTATCTATAT
191 -AAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTT
* ** * * *
24640 AAAATTTTTTTAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
255 CAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAAT
24677 GTATTTGCTA
Statistics
Matches: 2754, Mismatches: 599, Indels: 317
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
348 5 0.00
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GCTTATTTCAAATAAAATAATAAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAA
ATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATC
ATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATA
ATTCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
Found at i:24872 original size:16 final size:17
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1 AATAATTATACTATTT
24873 AAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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AATAATTATACTATTTG
Found at i:25061 original size:181 final size:181
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24819 TTTGTTTACC
* * * * *
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* * *** * *
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*
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* * * * *
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* * *
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Statistics
Matches: 123, Mismatches: 21, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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TCTATCATAAAACAATTATTTATTGTCATAAAAGCCAATCCAAAATAAAATAATAGTAATTTATA
AATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAACAGTTTATT
Found at i:25727 original size:181 final size:181
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25452 AAATTAATAC
* * ** ** * **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * * **
25708 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAAATTATTTTA-GTTAATATAAAAT
66 CTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAA-TAGTTTATGTTCATACAAGCT
* * ** * * *
25772 TATTCAAAATAAAATAATACTAAGCTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAA
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* * * * * * *
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1 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * ** * *
25889 CTATTTGAAATTGCTATAACGTTCTGTTTTGTCA-ATAAATGAT-TTTTTTGTTCATACAAGCTT
66 CTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATAGTTTATGTTCATACAAGCTT
* * *
25952 ATTTC-GATTAAAATAATA-TAAATATATTAATA-TTAAGACACTTAATAAGTAA
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* * * **
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1 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
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** * * * *
26134 TTCAGATT-AAATAATTTTAATTGATTAATATTTCTACAAATAATGAGTAA
131 TTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA
* * *
26184 AAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATCTGAACAATTA
1 AAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
*** * * * *
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* ** * * * *
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* *
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* * * *** * *
26380 TAAG--TAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
1 -AAGATTTAAAA---AATAAATAT----GTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * * *
26443 ACAATTATATATTTTAGATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATA
58 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTATGTTCAT-
** * * * * *
26508 ACAA-CTTATTTGGA-AAAAATAATAGTAATTTATTAAAATTCCAA-ACATTAATTAGTAA
122 ACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACA-ATTAATAAGTAA
* * * * *** * * *
26566 AAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTAT
1 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * **
26631 TTATGTCAAATCGTTATGA-TCTTTTG-TTTGTTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATACAATTT
66 CTATTTCAAATTGTTATGACT-TTTTGTTTTG-TCATAAAACAATAGTTTATGTTCATACAAGCT
* * * * * **
26694 TATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATA-TTAAAAAAGTTAATAAGTTGG
129 TATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAA-TTAATAAG-TAA
* * * * * * *
26748 AA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTAT
1 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * * **
26812 CTATTTTAAATCGTTTTGACTTTTTCTTTTTTCATAAAATAATAGTTTCTGTTAATGCAAAATTA
66 CTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTATGTTCATACAAGCTTA
* * * * *
26877 TTCATATTAAAATAATATTGATCTATTAATACTTTGAA-AATTAATAAG---
131 TTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAACAATTAATAAGTAA
* * * *** * * * *
26925 -ACATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTTAAA-ACAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAATAATTA
1 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * ** * ** * *
26988 TCTATCTCAAAATGTTATGA-TCTTTATATCATCATAAAACAATTGTTCCTTTTCATACAAGTTT
65 TCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTATGTTCATACAAGCTT
* * *
27052 ATTCAGATTAAAATAATA-TCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
130 ATTCAGATTAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA
* * * * ** * * * *
27104 GAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCGGAGCT-AGTTTAAATAGTTAAGACTGTTAGAACAATTA
1 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-CAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* ** * * * *
27168 TTTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGAT-ATAAAACAATTA-TTTCA-GTTCATACAAG
65 TCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTG-TCATAAAACAA-TAGTTT-ATGTTCATACAAG
* * * *
27230 CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAA-ACATTAACGAA-TAA
127 CTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACA-ATTAA-TAAGTAA
* * ** * * *
27285 GAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAA-AAGTTAAAAAATA-TT-TGACTTTTTAAACAA
1 AAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTA-CCAAATAAGTT--CAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * ** * *
27347 TCATTCTAATTACTTAGAGTCGTTATGAGC--TTCATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-GTTC
62 TTA-TCT-ATT--TCA-AATTGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTT-ATGTTC
* * * * * * *
27409 ATAAAAACTTA-TCTAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTGAA-AA-T--TAAG-AA
120 ATACAAGCTTATTC-AGATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAACAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
27467 GAGATTTAAAAACTAAAACTAT-TTTTCGAACCT-A-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAAA
1 AAGATTTAAAAAAT-AAA-TATGTTTACCAA-ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* ** * * * * * *
27529 TAT-TAATCTCAAATCATTATGA--TTTTGTTTTCTCATAAAAAAATTGTTTTTGATCATCCAAG
63 TATCT-ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTATGTTCATACAAG
* * * *
27591 CTTATGT-AGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG---
127 CTTAT-TCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA
* * * * * * * *
27643 -AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGAGTATTAGAATAATTA
1 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
27706 TCTATTTTAAATTGTTCTGACCTATTGTTTAT-TCATATAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGC
65 TCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATAGTTTAT-GTTCATACAAGC
* * *
27769 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT
128 TTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
27806 ATTTATTTCA
Statistics
Matches: 1642, Mismatches: 402, Indels: 242
0.72 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 13 0.01
175 114 0.07
176 82 0.05
177 125 0.08
178 12 0.01
179 83 0.05
180 257 0.16
181 483 0.29
182 175 0.11
183 18 0.01
184 20 0.01
185 14 0.01
186 66 0.04
187 26 0.02
188 8 0.00
189 5 0.00
192 1 0.00
193 6 0.00
194 9 0.01
195 8 0.00
196 7 0.00
197 14 0.01
198 10 0.01
200 31 0.02
201 53 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
CTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTATGTTCATACAAGCTTA
TTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA
Found at i:26325 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 26284--26326 Score: 61
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
26274 TTGTTTTGTA
*
26284 ATAAAACAATTGTTTTCATTC
1 ATAAAACAATTGTTCTCATTC
26305 ATAAAACAATTGGTTCT-ATTC
1 ATAAAACAATT-GTTCTCATTC
26326 A
1 A
26327 ACAAGCTTAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.80
22 4 0.20
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
ATAAAACAATTGTTCTCATTC
Found at i:26447 original size:201 final size:202
Alignment explanation
Indices: 26100--26498 Score: 511
Period size: 201 Copynumber: 2.0 Consensus size: 202
26090 TTTTATTTTG
* * * * * *
26100 TCATAAAGCAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCAGATTAAATAATTTTAATTGATTAATAT
1 TCATAAAACAATTGGTTCTATTCAAACAAGCTTATTCAGATAAAACAATATAAATTGATTAATAT
* * * *
26165 TTCTACAAATAATGAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTC
66 TTCCAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTC
* *
26230 ATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTGTGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT
131 ATGACTATCTGAACAATTATATATTTCAAAACATTATGACC-TTTTGTTTTGTAATAAAACAATT
26295 GTTTTCAT
195 GTTTTCAT
*
26303 TCATAAAACAATTGGTTCTATTC-AACAAGCTTATTTC-GAATAAAACAATATAAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTGGTTCTATTCAAACAAGCTTA-TTCAG-ATAAAACAATATAAATTGATTAAT
** *
26366 A-TTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAAATAAATATGTTTTTTAAACACGTTCAAATA
64 ATTTCCAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATA
* * * * * * * *
26428 GTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAGATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAA
128 GTCATGACTATCTGAACAATTATATATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAA
26493 TTGTTT
193 TTGTTT
26499 CTGTTCATAA
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 24, Indels: 9
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
200 25 0.15
201 67 0.40
202 22 0.13
203 55 0.33
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (202 bp):
TCATAAAACAATTGGTTCTATTCAAACAAGCTTATTCAGATAAAACAATATAAATTGATTAATAT
TTCCAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTC
ATGACTATCTGAACAATTATATATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTG
TTTTCAT
Found at i:26699 original size:562 final size:561
Alignment explanation
Indices: 25797--26817 Score: 1224
Period size: 562 Copynumber: 1.8 Consensus size: 561
25787 AATACTAAGC
* * * * * *
25797 TATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACGAACAAGTTTA
1 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACAAACAAGTTCA
* * *
25862 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACGTTCTGTTTTGTCAATAA
66 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTGAAATCGCTATAACCTTCTGTTTTGTCAATAA
** * * *
25927 ATGATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCGATTAAAATAATATAAATATATTAATATTAAGACA
131 ACAATTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCGATAAAAATAATATAAATATATTAAAATTAAGACA
* * * * * ** *
25992 CTTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATATTTTTATCAAATAAGTTCAAATCTTTATGACTAT
196 CTTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * * * *
26057 TTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATT
261 TTAAACAATTATTTATGTCAAATCGTTATGACTTTTTATTGTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * ** * * *
26122 CAAACAAGCTTATTC-AGATTAAATAATTTTAA-TTGATTAATATTTCTACAAA-TAATGAG-TA
326 CAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTT-ATTAATA-TT-AAAAAAGTAATAAGTTA
* * * *
26183 AAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATCTGAACAATT
388 AAA-ATTT-AAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATCTGAACAATT
26248 ATCTATTTCAAAACATTGTGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTCATTCATAAAACA
451 ATCTATTTCAAAACATTGTGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTCATTCATAAAACA
26313 ATTGGTTCTATTCAACAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATT
516 ATTGGTTCTATTCAACAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATT
** *
26359 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTAAACACGTTC
1 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATG-TTTACAAACAAGTTC
* * * * * *
26423 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAGATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATA
65 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTGAAATCGCTATAACCTTCTGTTTTGTCAATA
* *
26487 AACCAATTGTTTCTGTTCATAACAA-CTTATTTGGA-AAAAATAATAGT-AATTTATTAAAATTC
130 AA-CAATT-TTTCTGTTCAT-ACAAGCTTATTTCGATAAAAATAATA-TAAATATATTAAAATT-
* * * * *
26549 CAA-ACA-TTAATTAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTA
190 -AAGACACTTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
*
26612 TAACTATTTAAATAATTATTTATGTCAAATCGTTATGATCTTTTGT-TTGT-TCATAAAACAATT
254 TAACTATTTAAACAATTATTTATGTCAAATCGTTATGA-CTTTT-TATTGTGTCATAAAACAATT
**
26675 GTTTCTATT-AATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTAAAAAAGTTA
317 GTTTCTATTCAA-ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTAAAAAAG-TA
** * * *
26739 ATAAGTTGGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGA
380 ATAAGTTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATCTGA
*
26804 ACTATTATCTATTT
445 ACAATTATCTATTT
26818 TAAATCGTTT
Statistics
Matches: 380, Mismatches: 64, Indels: 30
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
561 28 0.07
562 279 0.73
563 61 0.16
564 12 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (561 bp):
TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACAAACAAGTTCA
AATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTGAAATCGCTATAACCTTCTGTTTTGTCAATAA
ACAATTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCGATAAAAATAATATAAATATATTAAAATTAAGACA
CTTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAT
TTAAACAATTATTTATGTCAAATCGTTATGACTTTTTATTGTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
CAAACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTAAAAAAGTAATAAGTTAAAA
ATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATCTGAACAATTATCTA
TTTCAAAACATTGTGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTCATTCATAAAACAATTGG
TTCTATTCAACAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATT
Found at i:27208 original size:538 final size:538
Alignment explanation
Indices: 26389--27806 Score: 1385
Period size: 538 Copynumber: 2.6 Consensus size: 538
26379 ATAAGTAAAA
* * *
26389 ATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATA
1 ATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTTAAACA-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT-TA
* * * * * * * *
26454 TTTTAGATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATAACAA-CTTATT
64 TCTCAAATCGTTATGATC-TTT-ATTTCTCATAAAACAATTG-TTCTTTTCAT-ACAAGCTTA-T
* * * * * * *
26518 TGGA-AAAAATAATAGT-AATTTATTAAAATTCCAAACATTAATTAGTAAAAGAATTAAAAAATA
124 TAGATAAAAATAATA-TCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * *
26581 AATCTATTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTA-AATAATTATTTATGTCAAATCG
188 AATGTGTTTGCCGAGCCAGTTCAAATAGTTA-AGACTA-TTAGAATAATTATTTATTTCAAATCG
* * * **
26644 TTATGATCTTTTGTTT-GTTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTAATACAATTTTATTCAAAATAAA
251 TTCTGACCTTTTGTTTAGTTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * * **
26707 ATAATACTAACTTATTAATA-TTAAAAAAGTTAA-TAAGTTGGAAATTT-AAAAAATAAATCTAT
316 ATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAA-TTAACGAA-TAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTAT
* * * * * *
26769 TTA-CCAAACAAGTT-CAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTA-TCT-ATT-TTA-AATCGTTT
379 TTATCCAAA-AAGTTAAAAATA-T-ATGACCATTTAAACAATCATTCTAATTATTAGAATCGTTA
* * * * *
26828 TGA-CTTTTTC-TTTTTTCATAAAATAATAGTTTCTGTTAATGCAAAA-TTAT-TCATATTAAAA
441 TGAGC---TTCATTTTGTCATAAAATAATAGTTTCAGTTAAT-AAAAACTTATCT-AAAATAAAA
*
26889 TAATATTGA-TCTATTAATACTTTGAAAATTAATAAGAC
501 TAATATT-ACTCTATTAATACTTTGAAAATTAAGAAGAC
* * *
26927 ATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTTAAAACAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAATAATTATCTA
1 ATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTT-AAACAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT-TA
* *
26992 TCTCAAAAT-GTTATGATCTTTATATCATCATAAAACAATTGTTCCTTTTCATACAAGTTTATTC
64 TCTC-AAATCGTTATGATCTTTATTTC-TCATAAAACAATTGTT-CTTTTCATACAAGCTTATT-
*
27056 AGATTAAAATAATATCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
125 AGATAAAAATAATATCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
27121 TGTGTTTGCGGAGCTAGTTTAAATAGTTAAGACTGTTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTCT
190 TGTGTTTGCCGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCT
* * * *
27186 AACCTTTTGTTTAGAT-ATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
255 GACCTTTTGTTTAGTTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * **
27249 TACTAATTTATTAACATTTGAAACATTAACGAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATTG
320 TACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAACGAATAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCC
* ** *
27314 AAAAAGTTAAAAAATATTTGACTTTTTAAACAATCATTCTAATTACTTAGAGTCGTTATGAGCTT
385 AAAAAGTT-AAAAATATATGACCATTTAAACAATCATTCTAATTA-TTAGAATCGTTATGAGCTT
* * *
27379 CATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATATTACTTT
448 CATTTTGTCATAAAATAATAGTTTCAGTTAATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATATTACTCT
* *
27444 ATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGAG
513 ATTAATACTTTGAAAATTAAGAAGAC
* * * * *
27470 ATTTAAAAACTAAAACTATTTTTCGAACCTA-TTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAAATATT
1 ATTTAAAAACTAAATCTGTTTTT-TAAAC-AGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATT
* * * *
27533 AATCTCAAATCATTATGAT-TTTGTTTTCTCATAAAAAAATTGTT-TTTGATCATCCAAGCTTAT
63 -ATCTCAAATCGTTATGATCTTT-ATTTCTCATAAAACAATTGTTCTTT--TCATACAAGCTTAT
27596 GTAGATAAAAATAATA-CTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
124 -TAGATAAAAATAATATC-AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
** * * * * * *
27656 AAATGTGTTTGCTAAACCAATTCAAATAGTTAAGAGTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATTGT
187 AAATGTGTTTGCCGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGT
* * *
27721 TCTGACCTATTGTTTA-TTCATATAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
252 TCTGACCTTTTGTTTAGTTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
27784 TAATACTAATTTATTAACATTTA
317 TAATACTAATTTATTAACATTTA
27807 TTTATTTCAA
Statistics
Matches: 728, Mismatches: 112, Indels: 80
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
536 10 0.01
537 35 0.05
538 381 0.52
539 55 0.08
540 10 0.01
541 10 0.01
542 78 0.11
543 137 0.19
544 11 0.02
545 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (538 bp):
ATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTTAAACAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTATC
TCAAATCGTTATGATCTTTATTTCTCATAAAACAATTGTTCTTTTCATACAAGCTTATTAGATAA
AAATAATATCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTT
TGCCGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTGACCTT
TTGTTTAGTTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAACATTTAAAAAATTAACGAATAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCCAAAAAG
TTAAAAATATATGACCATTTAAACAATCATTCTAATTATTAGAATCGTTATGAGCTTCATTTTGT
CATAAAATAATAGTTTCAGTTAATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATATTACTCTATTAATAC
TTTGAAAATTAAGAAGAC
Found at i:27237 original size:357 final size:360
Alignment explanation
Indices: 26303--27309 Score: 785
Period size: 357 Copynumber: 2.8 Consensus size: 360
26293 TTGTTTTCAT
* * * * * *
26303 TCATAAAACAATTGGTT-CTATTCA-ACAAGCTTATTTC-GAATAAAACAATA-TAAATTTATTA
1 TCATAAAACAATT-GTTCCTATTAATACAAGTTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AACTTAATA
* * * *** *
26364 ATATTCCAAAAA-TTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTAAACACGTTCAAAT
63 ATATT-AAAAAAGTTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAT
* * * * * * * * * * * *
26427 AGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAGATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAACC
127 AGTCAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTT-CTTTGATCATAAAAC
* * * * ** * * * **
26491 AATTGTTTCTGTTCATA-ACAACTTATTTGGAA-AAAATAATAGTAATTTATTAAAATTCCAAAC
191 AATAGTTTCAGTTAATACA-AAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAACATTTGAAAC
* * * * **** * *
26554 ATTAATTAGTAAAAGAATT-AAAAAATAAATCT-ATTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATAACT
255 ATTAA--A-TAAGACATTTAAAAAAATAAATCTGTTTTTTAAAAC-AGTTCAAATAATTATAACT
* * * * **
26617 ATTTAAATAATTATTTATGTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTGT
316 ATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTATATCA
* * *
26662 TCATAAAACAATTGTTTCTATTAATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTCCTATTAATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTAATAATA
**
26727 TTAAAAAAGTTAATAAGTTGGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTC
66 TTAAAAAAGTTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * * ** *
26792 ATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTTAAATCGTTTTGACTTTTTCTTTTTTCATAAAATAATAG
131 AAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTCTTTGATCATAAAACAATAG
* * * * * * *
26857 TTTCTGTTAATGCAAAATTATTCATATTAAAATAATATTGATCTATTAATACTTTGAAA-ATT-A
196 TTTCAGTTAATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAACA-TTTGAAACATTAA
*
26920 ATAAGACATTT-AAAAACTAAATCTGTTTTTTAAAACAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAATA
260 ATAAGACATTTAAAAAAATAAATCTGTTTTTTAAAACAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAATA
26984 ATTATCTATCTCAAAAT-GTTATGATC-TTTATATCA
325 ATTATCTATCTC-AAATCGTTATGATCTTTTATATCA
* * * * *
27019 TCATAAAACAATTGTTCCTTTTCATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATA-TCAATTTAATAAT
1 TCATAAAACAATTGTTCCTATTAATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-AACTTAATAAT
* * * * * ** * * *
27083 ATTCCAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCGGAGCTAGTTTAAATAG
65 ATT-AAAAAAGTTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* ** * *
27147 TTAAGACTGTTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGAT-ATAAAACAA
129 TCAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTCTTT-GATCATAAAACAA
* ** *
27211 TTA-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAACAT
193 -TAGTTTCAGTTAATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAACATTTGAAACAT
*
27275 TAACGAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTT
257 T-A--AATAAGACATTTAAAAAAATAAATCTGTTT
27310 ATTGAAAAAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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363 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (360 bp):
TCATAAAACAATTGTTCCTATTAATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTAATAATA
TTAAAAAAGTTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTC
AAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTCTTTGATCATAAAACAATAG
TTTCAGTTAATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAACATTTGAAACATTAAA
TAAGACATTTAAAAAAATAAATCTGTTTTTTAAAACAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAATAA
TTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTTATATCA
Found at i:28380 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 27834--31907 Score: 734
Period size: 181 Copynumber: 23.0 Consensus size: 178
27824 TGACCATTTG
* * * * * * * * * *
27834 TTCAAACAATTAAGACTATATGAACAGTTATTTATTTCAAATTGTTAAGACTTTTTGTTTTGGCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** *
27899 TAAAACAATTGTTTTGGTTAAG-ATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
66 TAAAACAATTGTTTT-GTT-AGTATAAGTTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* *
27962 TTAGCAAATTAAT-TCGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTATATCA-T
129 TTA-AAAATTAATAAC-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTACTA-AT-AGT
** * * * * * * *
28015 TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTATTTCGTAA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
28080 TCAAACAATTGGTTCTGTTCA-TACT-ATTTTATT-TGAAATATAATAATGCTAATTTGATAATA
66 TAAAACAATT-GTTTTGTT-AGTA-TAAGTTTATTCTG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * * * *
28142 TTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAA-AAATCTAATTGT-CTAACTAG-
127 TTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT--TT-TACTAA-TAGT
* * *
28195 TTCAAATAGTTAAGACTATATAAATGATTATCTATGTT-AAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
28259 GTAAAACAATTGTTTTGTTTGTATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTT
65 ATAAAACAATTGTTTTGTTAGTATAAGTTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
*
28324 TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTACTGAATTGT
130 TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTT-TTACT-AATAGT
* * * * *
28374 TTCAAATGGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATATA-AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
** * * * * * **
28438 ATAAAACAATTGTTCCAGTTTA-TACAAGCTTATT-TAGAATAAATTAATAATAATTTATTAGCA
65 ATAAAACAATTGTT-TTG-TTAGTATAAGTTTATTCT-GAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
** * ** * * * * *
28501 TTCAAAAAATTAATGAGAAAGATATTTTAAAAAATAAGTTTGTTTACCATTAG-
127 TTTTAAAAATTAATAACTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCT-TTTACTAATAGT
* * * * * * ** ***
28554 ----AATAATT--GTCTAT-TTAA-AATTGT-TA--T--AA-CTTTTTGA---TTTGTCATAAAA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
**** * * * * * ** * * *
28602 T-AATTGTTTA---AGTTAATACAAGCTTAGTT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTGATATCT
66 TAAAACAATTGTTTTGTTAGTATAAGTTTA-TTCTGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT-T
* * * * * * *
28662 CCT-AAAA-TAATAA-GAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAATCA-A
129 -TTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTACT-AAT-AGT
* * * * * * *
28712 TT-AAAGTAATTATG-GTCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTAAGACCTTTT-TTTTGT
1 TTCAAA-TAGTTAAGACT-ATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
28774 CATAAAATAATTGTTTT-TGACCATACAAGCTTATT-T-AA-AAAA-AAAATTAATTTATTAATA
64 CATAAAACAATTGTTTTGTTA--GTATAAGTTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * * * * * * * *
28834 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGATGTAAAAAACAAATATGTTTATCAAACCA-A
127 TTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTA-CTAA-TAGT
* * * * * * * *
28888 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAGTCTCAAATTGTTAAGATC-TTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * ** *
28951 ATAAAACAATTATTTCTGATCA-TAGAAGCTTATTC-GGTTAAAAATAATATTAATTTAATAATA
65 ATAAAACAATTGTTT-TG-TTAGTATAAGTTTATTCTGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATA
* * * * *
29014 TTTCAAAAA--ATTAA-TAAGAGATTT-AAAAAGAAAT-TTATTAATCGAACCAG-
127 TTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTT-TT-A-CTAA-TAGT
* * * * * * * * *
29064 TTCAAAGAGTTAAAACTATA-GAATAA-TATGTATTTTAAATCATTCT-AACTTTTGTTGTAGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TTGTC
* * *
29126 ATAAAA-TA-TG-TTTGTTTCA-TATCTTACA-TCTTATT-TGGAATCAAATAAT-CCAATTTGA
65 ATAAAACAATTGTTTTG-TT-AGTA---TA-AGT-TTATTCT-GAATAAAATAATACTAATTT-A
* * * * * ** * *
29184 TTAAAAGTTTGAAAAATTAATAAGC-AAAATATTT-AAAAATAAATCACTTAC-GATA-A
121 ATAATA-TTTTAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTACTAATAGT
* * * * * * *
29240 ATC-AATAGTTAATGA-TGATTTGAAGAA-TAACTA-TTAAAATCATTATGACCCTTTTG-TTTG
1 TTCAAATAGTTAA-GACT-ATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTG
* * * * * ** **
29300 ACAT-AAACCA-TGTTTCAGTTCA-TA-ATAG-GTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAA
63 TCATAAAACAATTGTTT-TGTT-AGTATA-AGTTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTAATAA
* * * * * **
29360 TA-TTTCAAAATTAATAAC-AA-AGTTGTTAAAAAAAATAAAT-ATTTACCAAAACAAA
125 TATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGAT-TT--AAAAAATAAATCTTTTA-C-TAATAGT
* * * * *** ** *
29415 TTCAAATA-TTATGAC-ATTTAAAACAATTGTCTATCGAAAATCGTTATGACCTTTCATTTTCTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATAT-AAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * ** *
29478 ACAAAACAATTGTTTCAGTTCA-TACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTGTTT-TGTT-AGTATAAGTTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
** * * * * * *
29542 TTCGAAAACTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTCAATCTATTTACCAAGTCAG-
128 TTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTACTAA-T-AGT
* * * * * * * * *
29595 TTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTTGTTTGGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTC
* * * *
29660 ATATAATAATTGTTTTGATT-GTATAAGTTTATTCAT-AATAAAATAATACTAATTTATTAATCT
65 ATAAAACAATTGTTTTG-TTAGTATAAGTTTATTC-TGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * * * *
29723 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTACAAAATAAATATGTTTACCAAATTAG-
128 TTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTA-CTAA-TAGT
* * * * * * * * ** * * *
29776 TTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTATCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
29841 TAAAACAATTATTTTTGTTCA-TCTAAGCTGT-TT-TGAAATAAAATAATACTAATATAATAATA
66 TAAAACAATT-GTTTTGTT-AGTATAAG-TTTATTCTG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATA
** * ** *
29903 TTCCAAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAAAAT-TGTCTGCCAAACTAG-
127 TTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCT-T-TTACTAA-TAGT
* * * * *
29957 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTAACTATTTTAAA---TTAT----TTTTGTTTTGCCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * * *
30015 TAAAACAATT-TTTACAATTCA-TA-ATAGCTTATT-TAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAA
66 TAAAACAATTGTTT--TGTT-AGTATA-AGTTTATTCT-GAATAAAATAATACT-AATTTAATAA
* ** * * * * * * *
30075 TATTTCAAAAATTAATATGTAAAAGGTTTAAAAAGTAATTATGTTTACCTAACCA-A
125 TATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTA-CTAA-TAGT
* * * * * * **
30131 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTTG
1 TTCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * * *
30196 TAAAATAAATAT-TTTTGTTTA-TATAAGTTTGTTCAAAATAAAAAAAATACTAATCTATTAATA
66 TAAAA-CAAT-TGTTTTG-TTAGTATAAGTTTATTCTGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATA
* * * *
30259 TTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACCAG-
127 TTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTA-CTAA-TAGT
* * ** * * * * * **
30309 TTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTT-ATCTACC
1 TTCAAATAGTTA-AGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
30372 A-AATAATAATAGTTTCTATTCA-TACAAGCTTATT-TGGATTAAAATAATACTAATTTATTAAT
65 ATAA-AACAATTGTTT-TGTT-AGTATAAGTTTATTCT-GAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
* * * * * ** * * *
30434 ATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTTAAAATAAATATATTTACCAA-ACT
126 ATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTACTAATAGT
* * * * * * * * * *
30487 TGATCAAATAGTCATGACTATGTGAATAAATATCAATTTCAAACCATATATGATCTTTT-CTTTG
1 T--TCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGT-TATGACCTTTTGTTTTG
* ** * *
30551 TCATAAAA-AATATGTTTCAGTTCA-TATAAAATTA-TC-GAAATAAAGTAATACT-ATGTTATT
63 TCATAAAACAAT-TGTTT-TGTT-AGTATAAGTTTATTCTG-AATAAAATAATACTAAT-TTAAT
* * * * * * *
30611 AATATTTTGAAAATTAATAATTAATAGATTTAAAAAATGAATATATTTACCGAACAAGT
123 AATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTA-CTAA-TAGT
* * * * * * * * ** * *
30670 CT-AAATAATTATA-ATTATTTCAACAATTATCTGTTTTGAAATCACTATAACC-TTTGCTTTGT
1 TTCAAATAGTTA-AGACTATATAAATAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
30732 CATAAAA-AGATT-TTTTTTATATTTATACAAGCTTATT-TCAAATAAAATAATAC---------
64 CATAAAACA-ATTGTTTTGT-TA-GTAT--AAGTTTATTCT-GAATAAAATAATACTAATTTAAT
* * * * *
30785 AA-A-TTT-ACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTTATCGAACAAG-
123 AATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATC--TTTTA-CTAA-TAGT
** * * * * * * * * *
30840 TTCAAATTTTTATGAACTATTTGAACAATTTTTTATTT-AAATTGTTCTGACTTTTTG-TTTGTC
1 TTCAAATAGTTAAG-ACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
30903 ATAAAACAATTGTTTT-TAATTATATAGCTTATAT-AGAATTAAATAATATTAATTTTATTAATA
65 ATAAAACAATTGTTTTGTTAGTATA-AGTTTAT-TCTGAATAAAATAATACTAA-TTTAATAATA
* * * * * * *
30966 TTTCAATAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATTGAACAAG-
127 TTTTAA-AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTACT-AA-TAGT
* * * * *
31020 TTCAAATAGTCATGACTAT-TCAAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACCATTTT-TTTTG-
1 TTCAAATAGTTAAGACTATAT-AAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGT
** * ** *
31082 CAATAAAATGATTGTTTCAAAT-TTA-TATAAGTTTTCTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
64 C-ATAAAACAATTGTTT----TGTTAGTATAAG-TTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTAAT
* * * * * * * * *
31145 AATATTTCAAAAATTAGTGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTAACGAACA-T
123 AATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT-AA-ATCTTTTACTAATAGT
* * * * * *
31202 GTTCAAATAGTTATGACTATCT-GACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGT
1 -TTCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
31265 GATAAAAC-ATTAG-TTTGTTCATGCA-AAGCTTATT-TGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTA
64 CATAAAACAATT-GTTTTGTT-A-GTATAAGTTTATTCTG-AATAAAATAATACT-AATTTAATA
* * * * * * *
31325 ATATTTCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACG-
124 ATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTACT-AATA-GT
* * * * *
31381 TTCAAATAGTTATA-ACTATCTGAA-GATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTTGTTTTGT
1 TTCAAATAGTTA-AGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGT
* * ** * *
31444 CATCAAATTA-AATTGTTTCTATTCA-TAAAAGCCTATTCAGAATAAAAATAATACTAATTTATT
64 CAT-AAA--ACAATTGTTT-TGTT-AGTATAAGTTTATTCTGAAT-AAAATAATACTAATTTAAT
* ** * * *
31507 AAAATTCCAAAAATTATTATA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAGCA-AGT
123 AATATTTTAAAAATTAATA-ACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTACT-A--ATAGT
* * * * * *
31566 TT--AA-A--T-AGACTATTTGAAACAATTAATTTATTTCAAATTGTTATTATCTTTTGTTTTGT
1 TTCAAATAGTTAAGACTATAT-AAATAATT-ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
*** * * * * *
31625 CATAAAACAATTGTTCCATTCA-TACAATTTTATTC-GAAACAAAATAATACTAATATATTAATA
64 CATAAAACAATTGTTTTGTT-AGTATAAGTTTATTCTG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * ** * *
31688 TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTT-AAAAATAAAT-TTGTTGATCGAACAAG-
127 TTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTT-TT-A-CTAA-TAGT
* * ** * * * * **
31741 TTCAAATAGTCATGTTTATTTGAACT-ATCATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATAT-AAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** ** **
31805 ATAAAACAATTGTTTCTATTCA-TACAAAATTATTAAG-A-AAAATAATACTAATTTTTTAATAT
65 ATAAAACAATTGTTT-TGTT-AGTATAAGTTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* *
31867 TTTCAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTA
128 TTT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TTTA
31908 TCAACCAGTT
Statistics
Matches: 2959, Mismatches: 626, Indels: 621
0.70 0.15 0.15
Matches are distributed among these distances:
156 20 0.01
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160 1 0.00
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186 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TTCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTTGTTAGTATAAGTTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTT
AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTACTAATAGT
Found at i:31698 original size:177 final size:175
Alignment explanation
Indices: 30793--31883 Score: 533
Period size: 179 Copynumber: 6.1 Consensus size: 175
30783 ACAAATTTAC
* *
30793 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGT-TTTATCGAACAAGTTCAAATTTTTATG-AA
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAAT-T-TATTGATCGAACAAGTTCAAA----TA-GCAT
** * ** *
30856 CTATTTGAACAATTTTTTATTT-AAATTGTTCTGACT-TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTT
59 CTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCATTATGA-TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
** * ** *
30918 TTAATT-ATA-TAGCTTA-TATAGAATTAAATAATATTAATTTTATTAATATT-TCAATA
122 TCCATTCATACAAAATTATTA-AGAA--AAATAATACTAA-TTTATTAATATTCT-AA-A
** *
30974 AA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTT-ATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACT
1 AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAAT-TTATTGATCGAACAAGTTCAAATAG-CAT--CT
** * * * * * **
31037 ATTCAAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACCATTTT-TTTTG-CAATAAAATGATTGTTTC
61 ATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCATTATGA-TATTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTC
* * * ** * *
31100 AAATTTATATAAGTTTTCTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAA
124 -CATTCATACAA-AATTATT-AAGA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAA
* * * * * * * * * * *
31156 AATTAGTGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTAACGAACATGTTCAAATAGTTATGACTA
1 AATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAATAAATTTATTGATCGAACAAGTTCAAATAG-CAT--CTA
* * *
31221 TCTG-ACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGA-ACTTTTGTTTTGTGATAAAAC-ATTAGTTT-
62 TTTGAACAATAATCTATTTC-AAATCATTATGATA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTC
* * *
31281 -GTTCATGCAAAGCTTATTTGAA-ATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-TCAAA
124 CATTCATACAAA-ATTA-TT-AAGA-AAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAA
* * * * * * *
31335 ATTTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTT-TTCTAAACACGTTCAAATAGTTATAACT
1 AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTATTGATC-GAACAAGTTCAAATAG-CAT--CT
* * * *
31398 ATCTGAA-GATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCT-TTTTGTTTTGTCATCAAATTA-AATTGT
61 ATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCATTATGA--TATTTTGTTTTGTCAT-AAA--ACAATTGT
* ** * * *
31460 TTCTATTCATA-AAAGCCTATTCAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAA
121 TTCCATTCATACAAA-ATTATT---AAGAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
* * * *
31518 AATTATTATA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-CTGAGCAAGTTTAAATAG-A-CTAT
1 AATTAATA-AGTAAAAGATTT-AAAAATAAATTTATTGATC-GAACAAGTTCAAATAGCATCTAT
* ** * *
31579 TTGAAACAATTAATTTATTTCAAATTGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCCA
63 TTG-AACAA-TAATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCA
** *
31643 TTCATACAATTTTATTCGAA-ACAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAA
126 TTCATACAAAATTATT--AAGA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
*** * *
31695 AATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAATAAATTTGTTGATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTTTAT
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTTATTGATCGAACAAGTTCAAATAG-CA--TCTAT
* * *
31760 TTGAACTATCATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
63 TTGAACAATAATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCATT
* *
31825 CATACAAAATTATTAAGAAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTTCAAA
128 CATACAAAATTATTAAGAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAA
*
31874 AATTAGTAAG
1 AATTAATAAG
31884 AGATTTAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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186 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATTTATTGATCGAACAAGTTCAAATAGCATCTATTTG
AACAATAATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCATTCAT
ACAAAATTATTAAGAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
Found at i:31703 original size:360 final size:357
Alignment explanation
Indices: 28795--31880 Score: 1010
Period size: 362 Copynumber: 8.7 Consensus size: 357
28785 TGTTTTTGAC
* * *
28795 CATAC-AAGCTTATT-TAAA-AAAAAAAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGG
1 CATACAAAGCTTATTCGAAACAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A
* * * * *
28856 GATGTAAAAAACAAATATGTTTATC-AAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
65 AATTTAAAAAATAAATATG-TTATCTGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTA-TTGAACAATTAT
* ** * * * *
28919 -TAGTCTCAAATTGTTAAGA--TCTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTATTTCTGA-TCATAGAAG
127 CTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATA-AATTGTTTCT-ATTCATAAAAG
* *** * * * * * *
28979 CTTATTCGGTTAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAA--A-TTAATAAGAG-ATTTAA
189 ATTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAGTGAATAAAAGAATTAAA
* * * * ** * * * *
29040 AAAGAAATTTA-TTAATCGAACCAGTTCAAAGAGTTAAAACTAT-AGA-ATAATATGTATTT-TA
254 AAATAAATATATTTAA-CGAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATCTGACA-ATTATCTATTTCAA
* * * *
29101 AATCATTCT-AACTTTTGTTGTAGTCATAAAATATGTTTGTTTCATAT
316 AAT-ATTATGAACTTTTGTT-TTGTCATAAAACA--TTAG-TTCAT-T
* * * * ** * * *
29148 CTTAC--ATCTTATTTGGAATC-AAATAATCCAATTTGATTAAAAGTTTGAAAAATTAATAAGCA
1 CATACAAAGCTTA-TTCGAAACAAAATAATATAATTT-ATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTA
* * *
29210 AAATATTT-AAAAATAAATCA-CTTA-C-GATA-AA--TC-AATAGTTAATGA-TGATTTGAAGA
63 AAA-ATTTAAAAAATAAAT-ATGTTATCTGA-ACAAGTTCAAATAG-TCATGACT-A-TTGAACA
* * * * **
29266 A-TAACTA-TTAAAATCATTATGACCCTTTTG-TTTGACATAAA-CCA-TGTTTC-AGTTCATAA
122 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATAAATTGTTTCTA-TTCATAA
* * * * * * * **
29325 TAG-GTATCCAAA-ATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTC-AAAATTAAT-AA-CAAAGTTG
186 AAGATTATTCAAATA-AAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAGTGAATAAAAG-AA
* * * * * * * *
29385 TTAAAAAA-AATAAATATTTACCAAAACAAATTCAAATATTATGAC-ATTTAAAACAATTGTCTA
249 TTAAAAAATAA-ATATATTTAAC-GAACAAGTTCAAATAGTATGACTATCT--GACAATTATCTA
* * ** * *
29448 --TCGAAAATCGTTATGACCTTTCATTTTCTCACAAAACAATT-GTTTCAGTT
310 TTTC-AAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTAG-TTCA-TT
* * * * * *
29498 CATAC-AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAACTAATAATTAAG
1 CATACAAAGCTTATTCGAAACAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-
** * * * * * * * * *
29562 TGATTTAAAAAGTCAATCTAT-TTA-C-CAAGTC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAAT
64 AAATTTAAAAAAT-AA-ATATGTTATCTGAA--CAAGTTCAAATAGTCATGACTA-TTGAACAAT
* * * *
29623 TATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTTGTTTGGTCATATAAT-AATTGTTT-TGATT-GTATA
124 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATA-AATAAATTGTTTCT-ATTCATAAA
* ** * * *
29685 AGTTTATTCATAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATT
187 AGATTATTCA-AATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAGTGAA-TAAAAGAAT
* * * * ** * * * * *
29748 TACAAAATAAATATGTTTACCAAATTAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTT
250 TAAAAAATAAATATATTTAACGAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATCTG-ACAATTATCTATTT
* * * * **
29813 CAAATTATTAT-AACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTT
313 CAAAATATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTA-GTTCATT
* * * * * * *
29860 CAT-CTAAGCTGT-TTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAT
1 CATACAAAGCT-TATTCGAAACAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-
* * * * * *
29923 GAGATTTAAAAAATAAA-A--TTGTCTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAAT
63 AAAATTTAAAAAATAAATATGTTATCTG---AACAAGTTCAAATAGTCATGACTAT-TGAACAAT
* * * * *
29985 TAACTATTT-TAA--A-T-T-A--TTTTTGTTTTGCCATAAA-ACAATT-TTTACAATTCATAAT
124 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATA-AATTGTTT-CTATTCATAAA
* * * * * * **
30040 AGCTTATTTAGAAT-AAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-ATGTAAAAGGT
187 AGATTATTCA-AATAAAAATAATACT-AATTTATTAAAATTTCAAAAATTAGTGA-ATAAAAGAA
* * * * * * *
30102 TTAAAAAGTAATTATGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
249 TTAAAAAATAAATATATTTAACGAA-CAAGTTCAAAT-AGTATGACTATCTG-ACAATTATCTAT
* * ** * * * **
30166 TTC-AAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATATTTTTGTT
311 TTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA-CATTA-GTTCATT
* * * * * * * *
30215 TATA-TAAGTTTGTTCAAAATAAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---
1 CATACAAAGCTTATTCGAAA-CAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * **
30276 AGATTTAAAAAATAAATTTAT-TTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGGAATTA
64 AAATTTAAAAAATAAA--TATGTTATCTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTA-TTGAACAATTA
* ** * * * ** * * * *
30339 TTTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTT-ATCTACCAAATAAT-AATAGTTTCTATTCATACAAGC
126 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATA-AATAAATTGTTTCTATTCATAAAAGA
*** * * ** * * **
30401 TTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAAT-AAGTAAAA-AATTTTT
190 TTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAGTGAA-TAAAAGAA-TTAA
* * ** * * * * *
30464 AAAATAAATATATTTACCAAACTTGATCAAATAGTCATGACTATGTGAATAAATATCAATTTCAA
253 AAAATAAATATATTTAACGAACAAGTTCAAATAGT-ATGACTATCTG-ACAATTATCTATTTCAA
* * *
30529 ACCATA-TATGATCTTTT-CTTTGTCATAAAA-AATATGTTTCAGTT
316 A--ATATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACATTA-G-TTCA-TT
* * * * ** *
30573 CATATAAA-ATTA-TCGAAATAAAGTAATACT-ATGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAA
1 CATACAAAGCTTATTCGAAACAAAATAATA-TAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
30635 TAGATTTAAAAAATGAATATAT-TTA-CCGAACAAG-TCTAAATAATTATAATTATTTCAACAAT
64 -AAATTTAAAAAAT-AA-ATATGTTATCTGAACAAGTTC-AAATAGTCATGACTA-TTGAACAAT
* * * * * * * *
30697 TATCTGTTTTGAAATCACTATAACC--TTTGCTTTGTCATAAA-AAGATTTTTTTTATATTTATA
124 TATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATAA-A--TTGTTTCTATTCATA
* * * * *
30759 CAAGCTTATTTCAAAT-AAAATAATAC-AA-AT-TTACAA-TT----AA-TA---AGTAAAAG-A
185 AAAGATTA-TTCAAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAGTGAATAAAAGAA
* * * * ** * * *
30810 TTTAAAAATAAATCTGTTTTATCGAACAAGTTCAAATTTTTATGAACTATTTGAACAATTTTTTA
249 TTAAAAAATAAATAT-ATTTAACGAACAAGTTCAAA-TAGTATG-ACTATCTG-ACAATTATCTA
* * * *
30875 TTT-AAATTGTTCTG-ACTTTT-TGTTTGTCATAAAACAATT-GTT-TTT
310 TTTCAAAATATTATGAACTTTTGT-TTTGTCATAAAAC-ATTAGTTCATT
* * * * **
30920 AATTATATAGCTTATATAG-AATTAAATAATATTAATTTTATTAATATTTCAATAAA-TAATAAG
1 CA-TACAAAGCTTAT-TCGAAACAAAATAATA-TAA-TTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAG
* *
30983 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTAT-TGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTCAAATAA
61 TAAAA-ATTTAAAAAATAAATATG-TTATCTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATT-GAACAA
* * * * * *
31047 TTATCTATTTTAAATCATTGTGACCATTTT-TTTTG-CAATAAA-ATGATTGTTTCAAATTTATA
123 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTC-ATAAATA-AATTGTTTC-TATTCATA
* * * * * *
31109 TAAGTTTTCTTCAAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTGAGTAAGAGA
185 AAAG-ATTATTCAAATA-AAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAGTGAATAAAAGA
* * *
31173 ATTAAAAAATGAATATGTTTAACGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGACAATTATCTATT
248 ATTAAAAAATAAATATATTTAACGAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATCTGACAATTATCTATT
* **
31238 TCAAAATATTATGAACTTTTGTTTTGTGATAAAACATTAGTTTGTT
312 TCAAAATATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACATTAGTTCATT
* * * *
31284 CATGCAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAA
1 CATACAAAGCTTATTCGAAACAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * *
31349 AATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATAACTATCTGAA-GATTATCT
65 AATTTAAAAAATAAATATGTTATCTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTAT-TGAACAATTATCT
* **
31413 ATTTCAAGTCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATCAAATTAAATTGTTTCTATTCATAAAAGCCT
129 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCAT-AAA-TAAATTGTTTCTATTCATAAAAGATT
* * *
31478 ATTCAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTA-TTATATAAAAGATTTAAAA
192 ATTCA-AATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAGTGA-ATAAAAGAATTAAAA
* * * * *
31542 AATAAATTTATTT-ACTGAGCAAGTT-TAA-A-TA-GACTATTTGAAACAATTAATTTATTTCAA
255 AATAAATATATTTAAC-GAACAAGTTCAAATAGTATGACTATCTG--ACAATT-ATCTATTTCAA
* * * *
31602 ATTGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTCCATT
316 AATATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTAGTT-CATT
** * *
31645 CATAC-AATTTTATTCGAAACAAAATAATACTAATATATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTG
1 CATACAAAGCTTATTCGAAACAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TA
* * * ** * *
31708 GAGATTT-AAAAATAAATTTGTTGATC-GAACAAGTTCAAATAGTCATGTTTATTTGAACTATCA
63 AAAATTTAAAAAATAAATATGTT-ATCTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTA-TTGAACAATTA
31771 TCTATTTCAAATCATTATGA--TATTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCTATTCATACAAA
126 TCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTTGTTTTGTCATAAATA-AATTGTTTCTATTCATA-AAA
* * *
31833 -ATTATT--AAGAAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTTCAAAAATTAGT
188 GATTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTTCAAAAATTAGT
31881 AAGAGATTTA
Statistics
Matches: 2074, Mismatches: 440, Indels: 434
0.70 0.15 0.15
Matches are distributed among these distances:
347 9 0.00
348 36 0.02
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364 24 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
CATACAAAGCTTATTCGAAACAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA
ATTTAAAAAATAAATATGTTATCTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTGAACAATTATCTAT
TTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATAAATTGTTTCTATTCATAAAAGATTATTC
AAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAGTGAATAAAAGAATTAAAAAATAAA
TATATTTAACGAACAAGTTCAAATAGTATGACTATCTGACAATTATCTATTTCAAAATATTATGA
ACTTTTGTTTTGTCATAAAACATTAGTTCATT
Found at i:32063 original size:143 final size:139
Alignment explanation
Indices: 31776--32075 Score: 320
Period size: 140 Copynumber: 2.1 Consensus size: 139
31766 TATCATCTAT
* *
31776 TTCAAATCA-TTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTA
1 TTCAAAT-AGTTAAGAT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATCATTA
* ** * * *
31840 AGAAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTTCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGT
64 AGAAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
*
31905 TTATCAACCAG
129 TTATCAACCAA
* * * * **
31916 TTCAAATTGTTAAGATTTTTGTTTTGTCATAGATACAATTGTTTTTTTTCATACAAGCTCATTTG
1 TTCAAATAGTTAAGATTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATCA-TT-
* * *
31981 GAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCT-AAAAATAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAATAAAT
63 AAGAAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTCAAAAAT--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
*
32044 ATG-TTGTCGAACCAA
125 ATGTTTATC-AACCAA
32059 TTCAAATAGTTAAGATT
1 TTCAAATAGTTAAGATT
32076 ATTAGAGCAA
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 20, Indels: 13
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
139 15 0.11
140 36 0.27
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143 36 0.27
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (139 bp):
TTCAAATAGTTAAGATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATCATTAAG
AAAAATAATACTAAATTAATAATATTCTCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
ATCAACCAA
Found at i:32251 original size:183 final size:179
Alignment explanation
Indices: 31932--32363 Score: 409
Period size: 183 Copynumber: 2.4 Consensus size: 179
31922 TTGTTAAGAT
* * * * * * * *
31932 TTTTGTTTTGTCATAGATACAATTGTTTTT-TTTCATACAAGCTCATTTGGAGTAAAATATTACT
1 TTTTGTTTAGTCATAAAAACAATTGTTTTTAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * * * *
31996 AAATTAATAATATTCTAAAAATAATAAGTAAGAGATTAAAAAATAAATATGTTGTCGAACCAATT
66 AATTTATTAACATTCTAAAAATAATAAGCAAGAAATTAAAAAATAAATATGTTGACGAACCAATT
* **
32061 CAAATAGTTAAGA-TTATTAGAGCAATTATCTATTT-AAATCGTTATG-ACC
131 CAAATAGTTAAGACTT-TTAGAACAATTATCTATTTAAAAT--AAATGTACC
* *
32110 TTTTGTTTAGTCATAAAAATAATTGTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAATAATAC
1 TTTTGTTTAGTCATAAAAACAATTGTTTTTAATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATAC
*
32175 TAATTTATTAACATT-TAGAAAATTAATACA-CAAGAAATTTTAAAAAATAAATATGTT-ACGGA
65 TAATTTATTAACATTCTA-AAAA-TAATA-AGCAAGAAA--TTAAAAAATAAATATGTTGACGAA
** * * * *
32237 GTAAGTTTAAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATCTATTTAAAATAAATGTACC
125 CCAA-TTCAAATAGTTAAGACTTTTAGAACAATTATCTATTTAAAATAAATGTACC
* * * * *
32293 ATTGGTTTA-TCAT-AAAACAATTG-TTTCAATTCATAAAAG-TTATCTGAAATAAAATAATACT
1 TTTTGTTTAGTCATAAAAACAATTGTTTTTAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
*
32354 ATTTTATTAA
66 AATTTATTAA
32364 TAGTTCAAAA
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 33, Indels: 22
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 46 0.22
179 31 0.15
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181 19 0.09
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TTTTGTTTAGTCATAAAAACAATTGTTTTTAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
AATTTATTAACATTCTAAAAATAATAAGCAAGAAATTAAAAAATAAATATGTTGACGAACCAATT
CAAATAGTTAAGACTTTTAGAACAATTATCTATTTAAAATAAATGTACC
Found at i:33108 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 32600--33516 Score: 653
Period size: 180 Copynumber: 5.2 Consensus size: 177
32590 ATATTAGTTC
* * * * * * *
32600 CTATTTGAAC-ATTATCTACTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTCTATTATAAAATAATT-TTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-TTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTATTTT
* * **
32663 CAGTTCATATAAGCATATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAA
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* * * ** * * *
32727 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTTGAAGCAGTTTAAACAATTAAGA
125 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAGTTTAAATAATTATGA
* * *
32780 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AATTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTT-
** * * * * * *
32845 AGTTCATA-ATGCTTGTTCAAAATTAAATAATATTAA-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
63 TTTTCATACAAGTTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * * *
32908 AAGTGATTTAAAAAATAAATCT-TTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGG
127 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAGTTTAAATAATTATGA
* * ** * **
32958 CCATTTCAACAATTATCTATTTCAAAAATTGTTATTATGTTTTGTTTGTCATGTAACAATTATTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTC--AAATCATTATAAT-TTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTT
* *
33023 TTTATCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT-TAAAAATTTAATAA
63 TTT-TCATACAAGTTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAA-TTAATAA
* * *
33087 GTATA-AGATTTAACAAATAAATCTATTTATCAAATTAGTTTAAATAATTATAA
125 GTA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAGTTTAAATAATTATGA
* * * * *
33140 CTATTTGAATAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTGTGTTATGTCATAAAACAATTATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-TTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTATTTT
* * * * *
33205 TGTTCATACAAGTTTATTCAAATAAAATAATAGTAATATAATAATATTCTAAAAATTAATGACTG
64 T-TTCATACAAGTTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* ** * * * * *
33270 AGAGATTT-AAAAATAAATTTATTTGCCAAA-CTA-ATTCAGTAGTTAAGA
128 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATC-AGTTTAAATAATTATGA
* ** *
33318 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATC--GCT--TTTAT-TTTGTCATAAAACAAATTATCTAT
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* ** *
33378 TTCAATTCATACTAGCGTATTCAGAATAAAAT-A-A--AA-TTAAT-AT-TT-TAGAAATTAATA
63 TT---TTCATACAAGTTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * * * * *
33435 TGTAA-AGGATTTAAACAATAATTTTGTTTACTTAACT-AGTTCAAATAATTATGA
124 AGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAATCAGTTTAAATAATTATGA
*
33489 ATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
33517 GTTTATGACC
Statistics
Matches: 588, Mismatches: 116, Indels: 75
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 17 0.03
170 16 0.03
171 50 0.09
172 12 0.02
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175 1 0.00
176 17 0.03
177 8 0.01
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179 88 0.15
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181 122 0.21
182 49 0.08
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Consensus pattern (177 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAATTTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTTTTT
TCATACAAGTTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA
GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAGTTTAAATAATTATGA
Found at i:35568 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 34815--36744 Score: 1440
Period size: 181 Copynumber: 10.7 Consensus size: 179
34805 GCATATCCAA
* * * * *
34815 AATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * * **
34879 AGTTTATCAAATTAGTTCAAAAAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
66 TGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * *
34944 ACTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTATTTTTC-ATT-ATACAAGCCTATTCG
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
34994 ATATAAAATTTTATAATACTAATTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAAA
1 A-AT-AAA----ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * *
35059 TAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTA
60 TAAATTTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
* * * * * * **
35124 TTATAACCTTTTGTTATGTTATAGAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATAAG
124 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
35180 AAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAAAGGTTTAAAAAATAAA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * *
35244 TGTATTTGCCAAACCAGTTTAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAA-TGTTAT
64 TTTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * * * * *
35308 TACATTTTGTTTTGTCGTAAAATAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAA-CTTATTCAG
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATT-TG
* * * * *
35361 AATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGGGATTTAAAAAATAACTT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* *
35426 TGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTA
66 TGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
** * * * * * *
35491 CCTTTTGTTTCATCATAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTATTTG
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* ** * * *
35541 AAGTAAAATAATATTAATTTA-TAATATTTTGAAAATAAAAAAAATAA-AGATTTAAAAATATAA
1 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-AT-A
* * * * *
35604 AATTTGTTTACTAAACCA-TTCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAATTGT
62 AATTTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTGT
* * * * *
35667 GAATGA-CATTTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTCAG
125 -TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATT-TG
* * * * * *
35723 AACAAAGTAATGCTACTTTATTAACA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACGA-ATTTAAAAAATGAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * **
35786 TTTGTTGGA-C--A-AGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGCATAATTATTTATTTCAAATCATTAT
64 TTTGTT-TACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * **
35847 GACCTTTTGTTTTAAT-ACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATCTAA
128 GACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTG
* * * *
35900 AATAAGATAATTCTAATTTATTAATA-TTCGAAACATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * ** *
35964 TTATTTACCGAATA-AGTTCAAATTGTTGTGACTATTTGAACAAGTATCTATACCAAATTGCTAT
65 TTGTTTACC-AA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * *
36028 AACTTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTA
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTG
* * *
36081 AATAAAATAATAC-AATTTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATT-AAAAA-AAAT
1 AATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
36141 TT-CTGAGC--ACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA
65 TTGTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * *
36202 CCTTTTGTTTTGCCAT-AAACAAATTGTTTCTATTCATACAACCATATTTG
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
36252 AAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * ** * * * * * *
36317 CTATTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACGCTTGTTTTTTTAAAATAGATATG
65 TTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * *
36382 ATCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGTTTATTTGG
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-G
* * * * *
36434 AATAAAA-AATACTATTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
** * * ** *
36498 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG-TTCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATA
66 TGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * ** *
36562 ACATTTTCTTTTGTCATTAAACAATTGTTGT-TGTTTGTGAAAAAG-TT-TTTAG
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTATTCAT--ACAAGCTTATTT-G
* * * *
36614 AATAAAATAATGCTGATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
** * * * * *
36675 TGTTTATGGAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCCATCTCAAATCGTTATGA
66 TGTTTA-CCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
*
36740 TCTTT
130 CCTTT
36745 ATCTACACTT
Statistics
Matches: 1386, Mismatches: 294, Indels: 144
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 7 0.01
172 119 0.09
173 3 0.00
174 3 0.00
175 5 0.00
176 19 0.01
177 206 0.15
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179 13 0.01
180 311 0.22
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183 1 0.00
184 5 0.00
185 13 0.01
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187 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
TGTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
Found at i:36237 original size:353 final size:355
Alignment explanation
Indices: 34813--36716 Score: 1251
Period size: 361 Copynumber: 5.3 Consensus size: 355
34803 AAGCATATCC
* * * * *
34813 AAAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTTC-AAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCGAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* ** * * * * * * * *
34876 A-TTAGTTTATCAAATTAGTTCAAAAAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCAT
64 ATTTA-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTATTTATACT-AAAT--T
* * *
34939 -TATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAACTATTTTTC-ATT-ATACAAGCCTATTC-GATATA
125 GTATG-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGA-AT-
* ** * *
34999 AAATTTTATAATACTAA-TTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAAATAAA
185 AAA----ATAATAC-AATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAAT-AA
* * *
35063 TCTGTTTA-CTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTATTA
243 TTTGTTGAGC---AC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TATTA
* * * * * * *
35127 TAACCTTTTGTTATGTTATAGAAC-AATTATTTCTATTCATACAAGTTTA-TA
303 TGACCTTTTGTTTTGTCATACAACAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * * *
35178 AGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAAAGGTTTAAAAAATAA
1 A-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * * **
35243 ATGTATTTGCCAAACCAGTTTAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAA-TGTTA
64 ATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTATTTATACTAAATTG-TA
* * * * * * *
35307 TTACATTTTGTTTTGTCGTAAAATAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAA-CTTATTCAGAATAAAATA
128 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* * * * * * *
35370 AAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGGGATTTAAAAAATAACTTTGTTTACCA
191 ATACAATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-GAATTTAAAAAATAA-TTTGTTGAGC-
* * * *
35435 AATCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTT
253 -A-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTT
** * * * * * *
35500 TCATCATAAAACAAA-TGTTTTTGTTTATATAAGTTTATTT
315 TTGTCATACAACAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * * * **
35540 GAAGTAAAATAATATTAATTTA-TAATATTTTGAAAA-TAAAAAAAATAAAGATTTAAAAATATA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCGAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAA-AT-
* * * * * * * *
35603 AAATTTGTTTACTAAACCA-TTCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACT-TTAAATTG
62 AAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTATTTA-TACTAAATTG
* * * *
35666 TGAATGAC-ATTTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTCAGAACAAA
126 T--ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCAGAATAAA
* * * * * *
35729 GTAATGCTACTTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAACGAATTTAAAAAATGAATTTGTTG-
188 ATAATACAATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-GAATTTAAAAAAT-AATTTGTTGA
* * * *
35793 G-ACAAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGCATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-
251 GCAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGT
* * *
35856 TTT-TAATACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATCT
314 TTTGTCATACAACA-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * *
35898 AAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCGAAACATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCGAAA-ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
35963 TTTATTTACCGAATAAGTTCAAATTGTTGTGACTATTTGAACAAGTATCTATACCAAATTGCTAT
65 TTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTATTTATACTAAATTG-TAT
* * * *
36028 AACTTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTA-AATAAAATAAT
129 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAAT
* * *
36092 ACAATTTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTAAAAAA-AATTT-CTGAGCACA-T
193 ACAATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAATTTGTTGAGCACAGT
*
36153 TCAAATAGTTATGACTATTTG-ATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGCCA
258 TCAAATAGTTATGACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *
36217 TA-AACAAATTGTTTCTATTCATACAACCATATTT
321 TACAACAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * *
36251 GAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * ** * * *
36316 TCTATTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACGCTTGTTTTTTTA--AAATAGAT
65 TTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA--CAAGTATTTATACTAAATTG-T
* * * **
36379 ATGA-TCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGTTTATTTGGAATAAAA-A
127 ATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* ** * * * *
36442 ATACTATTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTG
191 ATACAATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAAT-AATTTGTTGA--G
* * * * * * *
36507 AACAAGTTCAAATAGTTATG-TTCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATAACATTTTCT
252 CAC-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGT
* ** *
36571 TTTGTCATTA-AAC-AATTGTTGT-TGTTTGTGAAAAAG-TT-TTT
314 TTTGTCA-TACAACAAATTGTT-TCTATTCAT--ACAAGCTTATTT
* * * ** *
36612 AGAATAAAATAATGCTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* ** * *
36673 TTTGTTTATGGAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
65 TTTATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
36717 TTATCCATCT
Statistics
Matches: 1224, Mismatches: 240, Indels: 160
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
352 39 0.03
353 218 0.18
354 26 0.02
355 13 0.01
356 21 0.02
357 70 0.06
358 202 0.17
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360 36 0.03
361 287 0.23
362 122 0.10
363 17 0.01
364 3 0.00
365 9 0.01
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367 72 0.06
368 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
TTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTATTTATACTAAATTGTATGA
CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACA
ATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAATTTGTTGAGCACAGTTCA
AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATACAA
CAAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
Found at i:36995 original size:27 final size:25
Alignment explanation
Indices: 36940--36992 Score: 61
Period size: 30 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
36930 ATGGATTAGT
36940 TTGTATTTTATATTTGTTTTGATCTTA
1 TTGTATTTTATATTTGTTTTGA--TTA
36967 TTGTATATATTATGATTTGTTTTGAT
1 TTGTAT-T-TTAT-ATTTGTTTTGAT
36993 ATTTGCTATT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 5
0.82 0.00 0.18
Matches are distributed among these distances:
27 6 0.26
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TTGTATTTTATATTTGTTTTGATTA
Found at i:37056 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 37038--37067 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
37028 TGACCCAAAT
37038 TCACCATCAACACAA
1 TCACCATCAACACAA
*
37053 TCACCTTCAACACAA
1 TCACCATCAACACAA
37068 GATTTGGATT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.40, G:0.00, T:0.17
Consensus pattern (15 bp):
TCACCATCAACACAA
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Alignment explanation
Indices: 37440--37474 Score: 52
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37430 AAAACATAAG
**
37440 GTGACATTTGATTTTATT
1 GTGACATTTGACATTATT
37458 GTGACATTTGACATTAT
1 GTGACATTTGACATTAT
37475 CTTACAATAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
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Consensus pattern (18 bp):
GTGACATTTGACATTATT
Found at i:37946 original size:203 final size:198
Alignment explanation
Indices: 37301--38066 Score: 649
Period size: 200 Copynumber: 3.8 Consensus size: 198
37291 TTAATGATGT
* * * * *
37301 TAATTGTGTCACTAATACTGTGACGATTTA--TCTT-TCATTACTA-A-TATAATTTTATCA-TT
1 TAATTATGTCACAAATACTGTGACGATTTACCTTTTGTCAATAATATATTA-AATTTTATCATTT
* ** * * * * *
37360 ATTTAGTGATGATTA-AATCATTTAATG-CCTTTTTTTTATATATATAGCTAATG-AATCTAATG
65 ATTTTGTGACAATTATAA-CCTTCAATGACGTTTTTTTTATA-A-ATAGCTAATGAAAACTAACG
* * *
37422 TCACAAAAAAAACATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTGACATTTGACATTATCTTACAATAATT
127 TCACAAAAAAAGCATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCA-T
*
37487 TGTGACAA
191 TGTGACGA
* * * * * * *
37495 TAATTGTGTCACCATTATTGTGACGATTTATCTTTTGTCAGTAATATATTACATTTTATCATTTA
1 TAATTATGTCACAAATACTGTGACGATTTACCTTTTGTCAATAATATATTAAATTTTATCATTTA
*** * * * * **
37560 TTTTGTGATGGTTATAACCTTCAATGATGTTTTTCTTCATAACTAACTAACAAAAACTAACGTCA
66 TTTTGTGACAATTATAACCTTCAATGACGTTTTT-TTTATAAATAGCTAATGAAAACTAACGTCA
* * * * * *
37625 TAAAAAAAGCATAAGGTGATATGTAATTTTATTGTCACATTTGACAATATCTTATAATCATTGGT
130 CAAAAAAAGCATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCATT-GT
*
37690 GATGA
194 GACGA
* * * ** *
37695 TAATTATGCCACAAATACTATAACGATTTACCTTTCATCACA-AATATATCAAATTTTATCATTT
1 TAATTATGTCACAAATACTGTGACGATTTACCTTTTGTCA-ATAATATATTAAATTTTATCATTT
* * * *
37759 ATTTTGTGACAATTATAACCTTTAATGACGTTTTTGTTTATAAATAGTTGATGAAAACTAATGTC
65 ATTTTGTGACAATTATAACCTTCAATGACGTTTTT-TTTATAAATAGCTAATGAAAACTAACGTC
* * * *
37824 ACAAAAATTAACGCTTAAGGTGACGTTTGATTTTATTGTCACAATAGACATTATCTTACAATCAT
129 ACAAAAA--AA-GCATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCAT
37889 TGAT-AGCGA
191 TG-TGA-CGA
* * * * ** *
37898 TAATTTTGTCACTAATACTGTGATGATTCACCTTTTGTCAATAATATATTAGGTTTTCTCATTT-
1 TAATTATGTCACAAATACTGTGACGATTTACCTTTTGTCAATAATATATTAAATTTTATCATTTA
* * * * *
37962 TTCTGTGACAAATATAGCCTTCAATGAC-TTTTTTTTCCATAAATAGCTGATGAAAACTAACATC
66 TTTTGTGACAATTATAACCTTCAATGACGTTTTTTTT--ATAAATAGCTAATGAAAACTAACGTC
** * *
38026 ACAAAAAATATATATAAGGTGACATTTTATTTTATCGTCAC
129 ACAAAAAA-A-GCATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTCAC
38067 GGTAGATTCA
Statistics
Matches: 455, Mismatches: 96, Indels: 35
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
194 27 0.06
196 3 0.01
197 7 0.02
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199 32 0.07
200 185 0.41
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203 97 0.21
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (198 bp):
TAATTATGTCACAAATACTGTGACGATTTACCTTTTGTCAATAATATATTAAATTTTATCATTTA
TTTTGTGACAATTATAACCTTCAATGACGTTTTTTTTATAAATAGCTAATGAAAACTAACGTCAC
AAAAAAAGCATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCATTGTGA
CGA
Found at i:39160 original size:175 final size:180
Alignment explanation
Indices: 38765--39131 Score: 405
Period size: 175 Copynumber: 2.1 Consensus size: 180
38755 ATAATAATAA
* * * * * * *
38765 TAACTATTTGAACTTG-CTCAACAAACATATTT-TTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTA
1 TAACTATTTGAA-ATGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TGTTGA
* * * **
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* * * *
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1 TAACTATTTGAAATGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATGTTGAAA
* * *
39008 TATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAATC-CAATAAGCTTCTA-CAAACAAAATAATTGTTTTATG
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* * *
39070 AC-AAA-AGAGAGGTCATAACAATTTGAAA-TAAATAATCACTC-ATATAGTCT
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39132 TTAGTTCAGT
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TAACTATTTGAAATGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATGTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTAATTTAATCTAAATAAGCTTCTATCAAACAAAACAATTGTTTTATGA
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Found at i:39434 original size:181 final size:181
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* * * ** * * *
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** * * * * * * *
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* ** **
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128 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTGGCAAAC
* ** * * *
38435 AAATACATTTTTTTAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTA-TTT-T
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * *
38494 TAAGCAAATAAAG-TTCTATGATCA-AAAGCAATTGTTTTATGACAAAATAACAA-GTCATAATG
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* * * * * * *
38556 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAAC
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* ** *
38612 AAATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * ** * ** * * * *
38672 TTCCATTTAAGC-TGTATTAATTGAAACAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGCTTT
66 TTTGA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * ** ***
38736 TAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTGAACTTGCTCAACAAAC
130 GAAATAGATAATTATTC--A-AATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTGGCAAAC
* * * *
38791 ATATTT-TTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
38855 TCTAAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAACGATTT
66 TTTGAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * ****
38919 -AAAGTATATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAATGATTCAATAAAC
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* *
38971 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-A--GTTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTA
* ** * ** * * * **
39032 -ATCCAATAAGCTTCTACAAACA-AAATAATTGTTTTATGACAAAA-GAGAGGTCATAACAATTT
65 TTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * ** * **
39094 GAAATAAATAATCACTCATATAGTCTTAACTATTTG-AATTAGTTCAGTAATT
130 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTA-TTTGGCAAAC
* * * ** * * * * *
39146 AGATTTATTTTTTAATTTTTTTGGTTATTAAGTTTTCAAATATTATTAAATTTGCATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * ** * *
39211 TTCGAATGAA-ATAGTATAAATAGAAGGAATT-TTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATT
66 TTTGAAT-AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * ***
39274 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAAAAATTATTTGAAATTATTTGGCATGT
129 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTGGCAAAC
* * * *
39327 AGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAGTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
39392 TTTGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA-ATAATAATGATTTG
66 TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * * *
39455 AAATAGATAATTGTGT-AATTAGTTATAATTATTTGAACTGATTTTGTAAAT
131 AAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTGGCAAAC
* * * * * *
39506 AGAATTATTTTCTAAATC-C---CTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
39567 TTTAAATAAGCTTGTATGAGCTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAATAATTT
66 TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * * * * *
39631 GAAATAAATAATTGTTCATATAATCTTAACTGTTTGAACTGGA-TCGACAAA-
130 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-TATTTGGCAAAC
* * * * * *
39682 TGAATTTATTTTTCAAGTCT-TATAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTATTATTATTT
1 AG-ATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* ** * * * **
39745 TATTCTGAATAAGCTTGTATGAGTAGAAA-AATTGTTTTATGATAGAAC-AAAGGTTATAAAAAT
63 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * ** *
39808 TTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGTCATAACTATTT-AAATTGATTTAACAAAT
128 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-ATTTGGCAAAC
* * *
39862 TGATTTGTTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *** * * * * *
39923 TTAGAAAAAGCTCGTATGTTGA-AAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATAATTTA
66 TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * **
39987 AAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATGATTATTT-AAACTTATTCGATAAAC
131 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TTATTTGGCAAAC
* * * * *
40038 TGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
40103 TTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTTTGATAAAACAAATGGTCATAACGATTT
66 TTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * *
40167 TAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
130 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTGGCAAAC
* * * * * *
40219 AGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCCTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 AGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * ** ** * * ** * *
40284 TTCTGAATAAACTTGTATGAATTGAAATGATTATTATAT-A-ATTA-AAAAGGTTAAAATGATTT
65 TTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * *
40346 AAAATAGATAAATATTCTAATAGTCGTAACTATTT-AAATTGATTTGGCAAAC
130 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-ATTTGGCAAAC
* * * *
40398 ACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTAG-AATATTATTAAATTAATATTATTTTA-
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
40457 TTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAAAAGAAAGATCATAATGATTT
66 TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * ** ***
40522 GAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCACAACTATTTG-AAGTGGTTCAAAGAAC
130 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTGGCA-AAC
* * * * * *
40574 AGCTTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATT-ACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA-
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * ** * *
40637 TTTCAGATAAGTTTTTAT-AACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGACTT
66 TTTGA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TT
* * * * * *
40701 T-AAACAGATAATTGTTCAAATAGTTA-AATCTATTTCAACTTGTTTGGCAAAC
129 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAATTATTTGGCAAAC
* * * * * * *
40753 AGATTTATTTTTTTTAAATGTATTGCTCATTACTTTTTCG-AATGTTAATAAATTAATATTATTT
1 AGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * *
40817 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAAAATGA
63 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * * * *
40881 TTTCAAATAGATCATTATTCTAATAGTCTTAACTACTTG-AACTAGTTTGACAAAT
127 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTA-TTTGGCAAAC
* * * * * * *
40936 ACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTTAATTAGTATTATTTTAA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*** * * * *
41001 TCCAAATAAGCTTGTATGAA-AGGAAACAATTGTTTTTTGACAAAA-TAAAGATCATAAAGATTT
66 TTTGAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * *
41064 GAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTG---GT-TTTGGCAAAT
130 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTGGCAAAC
* ** * * *
41112 AGATTT-TGTTTTTAAATCTC-T--TT-TTAATTATCAAAATCTTAATATATAAGTATTATTTTA
1 AGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * * * * *
41172 TTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAATATGTCATTATGATTG
65 TTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * *
41237 GAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
130 GAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTGGCAAAC
* ** * * *
41289 AAATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAACTTTT-AGAATACTAATAAATTAGTTTTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** ** ** * * * *
41353 TTTCAAATAAAATTGTATGATTAGAAACAGTTGTTTTACGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTT
65 TTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * ** * *
41418 AAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAAT
130 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTGGCAAAC
* * * * * *
41470 AAATTTATTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTTGTATTATTTTA
1 AGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
*** * * * ** * * * * **
41535 TGTCAAAAAAAGGTTTTACAAATAGAAATAATCGGTTTATGACCAAAA-AAAAGGTCATAACAAT
65 T-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* ** * ** *
41599 TTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAAC
128 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTGGCAAAC
* * * * *
41653 ATATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTTA-AAATATTTT
1 AGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT
* * * *
41715 A-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAATGT
64 ATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGA
* * * * ** * *
41779 TTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAATCATAACTATTTGAACTTATTCCGTAAAT
127 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTGGCAAAC
* * * * * *
41834 ATATATT-TTATTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTA
1 AGAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** * * * *
41898 CTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAGTGTTTTATTG-CAAAA-GAAAGCGTCATAATGAT
65 TTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAG-GTCATAATGAT
* ** * *
41961 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTATTCAGTAAAT
128 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTGGCAAAC
* * * ** * * * *
42015 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTACAAATTAATATTATTTTAA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * ** ** *
42080 TCTGAATAAACTTGTATGAACATAAATAATTGTTCTATAACAAAATAAAAAATCATAACAAGTTG
66 TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * *
42145 AAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAATTTGTTTAGCAAAC
131 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTGGCAAAC
* * * *
42196 AAATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAACAAATTTA-TATTATTT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTT
* * * * * * * * * **
42257 TA-GTTGAAATAAGCTTGGACGAAC--AAATATTTTTTTTTTTACAAAACAAAAGGTTATGCT-A
63 TATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * *
42318 TTTCAAATAGATAATTATTCAAAT-GATCATAATTATTT-AAATATGTTTAGTAAAT
127 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAAT-TATTTGGCAAAC
* * * *
42373 AGATTCATTTTTTAAATATCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** * * * *
42437 TTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTT
65 TTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * ****
42502 GAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGATTATTTG--GTCTAGTTCAATAAAC
130 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-TA-TTTGGCAAAC
* * * * **
42554 ATATTTATTTTTAAAAT-TTTTGACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* *** * * * * *
42618 ATCCAAATGAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAATGATTT
65 TTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* ** * * * ** *
42683 -AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTT-AAACTAGCTTGATAAAT
130 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTA-TTTGGCAAAC
** * * *
42734 AGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCGACTATTATTACTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * *
42795 TTCG---AA-C----A--AACCA-AAATGATTAG--CTA-AACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
66 TTTGAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * *
42846 TGAAATATATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTG-AACTAGTTAGGTAAAT
129 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTA-TTTGGCAAAC
* * * * * * * *
42899 ATAATTATTTTTTAAATATCTTATTTATTATTTTTTGAAAAATTAGTAAATTCA-TTTTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTA
*** * ** * *** * * *
42963 TTCCAAATAGGCTACTATAAATTCAAACAAACCTCTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGAT
65 TTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC-AA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * ** * ** * **
43027 TTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTG-AATTGGCTCGAAAAAC
128 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-ATTTGGCAAAC
* * * * * * *
43081 AAATTTCTTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAACTTTTGGAATA-T--T--ATTAG-A-T-TTTCA-
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
43137 ----AATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAACGATTTG
66 TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* ** * * * * *
43198 AAGTTTACAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTAGTTTGGTAAAT
131 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTA-TTTGGCAAAC
* *
43249 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGT-TT-TTTTTT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * **
43312 TTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATC-ATTTTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATT
66 TTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
*
43376 TGAAATATATAATT
129 TGAAATAGATAATT
43390 GTTCTGAACC
Statistics
Matches: 3833, Mismatches: 918, Indels: 405
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTGGCAAAC
Found at i:40180 original size:536 final size:535
Alignment explanation
Indices: 38517--42528 Score: 1873
Period size: 536 Copynumber: 7.5 Consensus size: 535
38507 TTCTATGATC
* * * * *
38517 AAAAGCAATTGTTTTATGACAAAATAACA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
1 AAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAA-ATGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
38581 GGCCATAATTATTTTAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TT-T-CTTATTAA--
64 AGTCTTAACTATTTGAACTTG-TTTGGCAAACAGATTTATTTTTCAAATCTTATGCTTATTAATT
* * * * * *
38639 TTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-CATTTAAGC-TGTATTAATTGAAACAAT
128 TTTA-G-AATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAATAAT
* * * * * * * * * * *
38702 TATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGCTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATA
190 TGTTTTATGATAAA--CAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTC---TAATAGTCATA
* * ** * * *
38767 ACTATTTGAACTTG-CTCAACAAACATATTT-TTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTAAA
250 ACTATTT-AAATTGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAA----TTTCTTATTAA-TTTTGAAA
* * *
38830 TATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGA--AATGAAACAATTGTTTTA
309 TATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAA-AAGCTCGTATGATCAA--AAACAATTGTTTTA
* * ** * * * * * **
38892 TGACTAAACAA-AAAG-TCAA-AACGATTTAAAGTATATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTT
370 TGA-GAAAAAAGAAAGAT-AATAATAATTTAAAATAGATAGTTATTCAAATAGCCACAACTATTT
* * * * **
38954 GAAA-TGATTCAATA-AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT--TAGTTGAAATATT-AT
433 -AAACTGATTCAA-AGAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATAATTTTTGAAATATTAAT
* * ** * **
39014 GAAATTAGTATTATTTTAATCCA-ATAAGCTTCTACAAAC-
496 -AAAATAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACT
* * * * * * *** *
39053 AAAATAATTGTTTTATGACAAAAGAGA-GGTCATAACAATTTGAAATAAATAATCACTCATATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * ** * * * * *
39117 TCTTAACTATTTGAA-TTAGTTCAGTAATTAGATTTATTTTTTAATTTTTTTGGTTATTAAGTTT
66 TCTTAACTATTTGAACTT-GTTTGGCAAACAGATTTATTTTTCAAATCTTATGCTTATTAA-TTT
* * * *** * * * **
39181 TCA-AATATTATTAAATTTGCATTATTTTATT-TCGAATGAA-ATAGTATAAATAGAAGGAATT-
129 TTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-GAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAATAATTG
* * * * * * * *
39242 TTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAAAAATTA
192 TTTT-ATGA-TAAA-CAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTA
* ** * * * *
39307 TTTGAAATT-ATTTGGCATGTAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATT
254 TTT-AAATTGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAA-TTTTGAAATATT
* * ** * * *
39371 AATAAATTAGTATTAGTTTATTTTGAACAAA-CTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGA-CA
313 ATTAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAA-AAAGCTCGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGAGAA
* * * * * ** * * *
39434 AAAA-AAA-ATAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTGT-AATTAGTTATAATTATTTGAACTGA
376 AAAAGAAAGATAATAATAATTTAAAATAGATAGTTAT-TCAAATAGCCACAACTATTTAAACTGA
*** * *
39496 TTTTGTA-AATAGAATT-A-TTTTCTAAATC-C---CTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATT
440 -TTCAAAGAACAG-ATTCAGTTTT-TAAATCTCTTGCTTAT-AATTTTTGAAATATTAATAAAAT
* * * * * *
39554 AATTTTATTCTATTTTAAATAAGCTTGTATGAGCT
501 AGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACT
* * * * ** * * * *
39589 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
39654 TCTTAACTGTTTGAACTGGATCGACAAA-TGAATTTATTTTTCAAGTCTTATAG-TTATTAATTT
66 TCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAG-ATTTATTTTTCAAATCTTAT-GCTTATTAATTT
* * * *
39717 TTAGAATATTACTAAATTATTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAGTAGAAA-AATTGTT
129 TTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTT
* * * *
39781 TTATGATAGAACAAAGGTTATAAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGTCATAACTATTT
194 TTATGATA-AACAAAGGTTA-AAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTT
* ** * *
39845 AAATTGATTTAACAAATTGATTTGTTTTTTAAATTTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATT
257 AAATTGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATT-TTGAAATATTATTAAATT
** * * *
39910 AGTATTATTTTATTTAGAAAAAGCTCGTATG-TTGAAAACAATTTTTTTATGATAAAACA-AAAG
321 AGTATTATTTTATTT-GAAAAAGCTCGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAAAAGAAAG
* * * ** * * *
39973 GTAATAATAATTTAAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATGATTATTTAAACTTATTCGATA-AA
385 ATAATAATAATTTAAAATAGATAGTTATTCAAATAGCCACAACTATTTAAACTGATTC-AAAGAA
* * * *
40037 CTGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTA
449 CAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTA-TAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTA
*
40102 TTTTGGATAAGCTTTTATGAACT
513 TTTTAGATAAGCTTTTATGAACT
* * *
40125 AAAACAATTGTTTTTTGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
40190 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCCTATTAATTTT
66 TCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTT-TCAAATCTTATGCTTATTAA-TTT
* * * * *
40255 TTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATTGAAATGATTATT
129 TTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTT
* * * * *
40319 ATATAATTAA-AAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAAATATTCTAATAGTCGTAACTATTTAA
194 TTATGATAAACAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTAA
* * * *
40383 ATTGATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT-AGAATATTATTAAATTAA
259 ATTGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTGA-AATATTATTAAATTAG
* * *
40447 TATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAAAAGAAAGATC
323 TATTATTTTATTTGAAAAAGCTCGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAAAAGAAAGATA
* * * * * * * * * * *
40512 ATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAAGTGGTTCAAAGAACAGC
388 ATAATAATTTAAAATAGATAGTTATTCAAATAGCCACAACTATTTAAACTGATTCAAAGAACAGA
* * * *
40577 TTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCA
453 TTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTA
*
40642 GATAAGTTTTTAT-AACT
518 GATAAGCTTTTATGAACT
* * *
40659 TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAACGACTTTAAACAGATAATTGTTCAAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
40723 GT-TAAATCTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTTTAAAT-GTATTGCTCATTAC
65 GTCTTAA-CTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAGATTTA--TTTTTCAAATCTTA-TGCTTATTAA
* *
40786 TTTTTCGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAAT
126 TTTTTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAAT
* * * *
40850 TGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAAAATGATTTCAAATAGATCATTATTCTAATAGTCTTAACT
190 TGTTTTATGA-TAAAC-AAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACT
* * * *
40915 ACTTGAACT-AGTTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTACTAATTTTTGGAATAT
253 ATTTAAATTGA-TTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTA--T--TAA-TTTTGAAATAT
* * ** * *
40979 TATTTAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA--AAGGAAACAATTGTTTT-T-TG
312 TATTAAATTAGTATTATTTTATTTGAAA-AAGCTCGTATGATCAA--AAACAATTGTTTTATGAG
* * * * * * * * * * **
41040 ACAAAATAAAGATCATAA-AGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTT--GGT
374 AAAAAAGAAAGATAATAATA-ATTTAAAATAGATAGTTATTCAAATAGCCACAACTATTTAAACT
* *** * ** * ** * *
41102 -TTTGGCA-AATAGATTTTGTTTTTAAATCTCTT--TT-TAATTATCAAAATCTTAAT-ATATAA
438 GATTCAAAGAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATAATTTTTGAAATATTAATAAAAT-A
41161 GTATTATTTTATTTT-GAATAA--TTTTGCATGAA-T
502 GTATTATTTTATTTTAG-ATAAGCTTTT--ATGAACT
* * * * ** *
41194 AGAAACAATTATTTTACGACAAAACAATAT-GTCATTATGATTGGAAATAGATAATAGTTCAAAT
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-ATGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * ** *
41258 AGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAACTT
64 AGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTCAAATCTTATGCTTATTAATTT
** * * * ** * * *
41323 TTAGAATACTAATAAATTAGTTTTATTTTATT-TCAAATAAAATTGTATGATTAGAAACAGTTGT
129 TTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGT
* * * * * * * *
41387 TTTACGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
193 TTTATG-ATAAAC-AAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATT
* * ** * * *
41452 TGAACTTG-CTTGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGGAATTTTA
256 T-AAATTGATTTGACAAATACATTTA-TTTTTTAAA---TTT-CTTATTAA-TTTTGAAATATTA
* * ** * ** ** * * * * **
41516 ATAAATTTGTATTATTTTATGTCAAAAAAAGGTTTTACAAAT-AGAAATAATCGGTTTATGACCA
314 TTAAATTAGTATTATTTTAT-T-TGAAAAAGCTCGTA-TGATCAAAAACAATTGTTTTATGAGAA
* * * * * * * * *
41580 AAAA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTG-
376 AAAAGAAAGATAATAATAATTTAAAATAGATAGTTATTCAAATAGCCACAACTATTTAAAC-TGA
* * * * * * *
41643 TTCAGAA-AACATATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTT
440 TTCA-AAGAACAGATTCAGTTTTT-AAATCTCTTGCTTA-TAATTTTTGAAATATTAATAAA-AT
* * * * *
41705 A-AAATATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-T
501 AGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACT
* * * * *
41738 AGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAATG-TTTTGAAATAGATAATTGTTCAGA
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAACGATTTT-AAATAGATAATTGTTCAAA
* * * ** * * * * * *
41802 TAATCATAACTATTTGAACTTATTCCGTAAATATATATT-TTATTT-AATTCTCT-TACTCATTA
63 TAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAGAT-TTATT-TTTCAAATCT-TATGCTTATTA
* * * * * * *
41864 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTC-AAATAAGCTTATATGAACT-GAAACA
125 ATTTTTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATA
* * * * * * *
41927 AGTGTTTTATTGCA-AAAGAAAGCGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATG
188 ATTGTTTTA-TG-ATAAACAAAG-GTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATA
* * * **
41991 ACTATTTGAAATT-A-TTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAA
250 ACTATTT-AAATTGATTTGA-CAAATACATTTATTTTTTAAA---TTT-CTTATTAATT-TTGAA
* * * * * * * *
42054 ATATT-TACAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAA-CTTGTATGAACATAAATAATTGTTCTA
308 ATATTAT-TAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAA-AAAGCTCGTATGATCAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * * * * *
42117 TAACAAAATAA-AAA-ATCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTG
370 TGAGAAAA-AAGAAAGATAATAATAATTTAAAATAGATAGTTATTCAAATAGCCACAACTATTT-
** * * * * * * * *
42180 AATTTG-TTTAGCA-AACAAATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTA
433 AAACTGATTCA-AAGAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTA-TAATT-T-TTGAAATATTA
* * * * * ** *
42240 ACAAATTTA-TATTATTTTAGTTGAAATAAGCTTGGACGAAC-
494 ATAAA-ATAGTATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACT
* * * * * * * * * * *
42281 -AAATATTTTTTTTTTTACAAAACAAAAGGTTAT-GCTATTTCAAATAGATAATTATTCAAAT-G
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
42343 ATCATAATTATTT-AAATATGTTTAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATATCTT-T-ATTATTAAT
66 -TCTTAACTATTTGAACT-TGTTTGGCAAACAGATTTA-TTTTTCAA-ATCTTATGCTTATTAAT
* * * * * * * *
42405 TTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTC
127 TTTTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTG
* * * * * *
42470 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGTCAT
192 TTTTATGA-TAAAC-AAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCAT
42529 GATTATTTGG
Statistics
Matches: 2753, Mismatches: 552, Indels: 339
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
530 25 0.01
531 61 0.02
532 54 0.02
533 15 0.01
534 343 0.12
535 413 0.15
536 482 0.18
537 309 0.11
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540 33 0.01
541 37 0.01
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545 191 0.07
546 14 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (535 bp):
AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
TCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTCAAATCTTATGCTTATTAATTTTT
AGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTT
ATGATAAACAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTAAAT
TGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTGAAATATTATTAAATTAGTAT
TATTTTATTTGAAAAAGCTCGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAAAAGAAAGATAATA
ATAATTTAAAATAGATAGTTATTCAAATAGCCACAACTATTTAAACTGATTCAAAGAACAGATTC
AGTTTTTAAATCTCTTGCTTATAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTAGAT
AAGCTTTTATGAACT
Found at i:40799 original size:535 final size:533
Alignment explanation
Indices: 38517--51989 Score: 1787
Period size: 542 Copynumber: 25.5 Consensus size: 533
38507 TTCTATGATC
* * * * *
38517 AAAAGCAATTGTTTTATGACAAAATAACA-AGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAA
1 AAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAA-ATGGTCATAACGACTTT-AAACAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * *
38580 TGGCCATAATTATTTTAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTT-TTAAAT-T--T-CTTATTAA
63 TAGTCATAACTATTTCAACTTG-TTTGGCAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCCTATTAA
* * * * *
38639 --TTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-CATTTAAGC-TGTATTAATTGAAACA
127 TTTTTA-G-AATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAATTGAAATA
* * * * * * * * * *
38700 ATTATTTTATGACAAAT-TAAAATGTTATAACGCTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATA
189 ATTA--TTAT-A-TAATCAAAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTC---TAATAGTC
* * ** * *
38764 ATAACTATTTGAACTTG-CTCAACAAACATATTT-TTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTT
247 ATAACTATTT-AAATTGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAA--TC--TCTTATTAA--TTTT
* * * *
38827 AAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-AATGAAACAATTGTTTT
305 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGATAA--AAACAATTGTTTT
* * * * * * * * * *
38891 ATGACTAAACAAAAAG-TCAAAACGATTT-AAAGTATATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTT
367 ATGA-GAAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAGA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTT
* * * * * * *
38954 GAAATGATTC-AATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TTA--GTTGAAATATT-AT
430 GAACTGATTCGAA-AAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAGTAACTTTTGAAATATTAAT
* * * * **
39014 GAAATTAGTATTATTTTAATCCA-ATAAGCTTCTACAAAC-
494 -AAAATAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACT
* * * * * * *** *
39053 AAAATAATTGTTTTATGACAAAAGAGA-GGTCATAAC-AATTTGAAATAAATAATCACTCATATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGACTTT-AAACAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * ** * * * ** **
39116 GTCTTAACTATTTGAA-TTAGTTCAGTAATTAGATTTATTTT-TTAATTTTTTTGGTTATTAAGT
65 GTCATAACTATTTCAACTT-GTTTGGCAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCCTATTAA-T
* * * *** * * * * **
39179 TTTCA-AATATTATTAAATTTGCATTATTTTATT-TCGAATGAA-ATAGTATAAATAGAAGGAAT
128 TTTTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-GAAT-AAGCTTGTATGAATTGAAATAAT
* ** * * * * * *
39241 T-TTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAAAAAT
191 TATTAT-AT-A-ATCA-AAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAAC
* ** * * *
39305 TATTTGAAATT-ATTTGGCATGTAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATA
252 TATTT-AAATTGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAA--TTTTGAATA
* * * * * * * *
39369 TTAATAAATTAGTATTAGTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGA-C
310 TTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTA-TGATAAAAACAATTGTTTTATGAGA
* * * * *
39433 AAAAAAAA-ATAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTGT-AATTAGTTATAATTATTTGAACTGA
373 AAAAAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGA
* * * * *
39496 TTTTG-TAAATAGAATT-A-TTTTCTAAATC-C---CTTA-TAAATTTTTGAAATATTAATAAAT
437 -TTCGAAAAACAG-ATTCAGTTTT-TAAATCTCTTGCTTAGT-AACTTTTGAAATATTAATAAAA
* * * * * * *
39553 TAATTTTATTCTATTTTAAATAAGCTTGTATGAGCT
498 TAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACT
* * * * * * * * *
39589 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAA-TAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGACTTT-AAACAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * * * * *
39653 ATCTTAACTGTTTGAACTGGATCGACAAA-TGAATTTATTTT-TCAAGTCTTATAG-TTATTAAT
65 GTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAG-ATTTATTTTCTCAAATCTCAT-GCCTATTAAT
* * * * * *
39715 TTTTAGAATATTACTAAATTATTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAGTAGAAA-AATTG
128 TTTTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTA
* * * * * * *
39779 TTTTATGATAGAACAAAGGTTATAAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGTCATAACTAT
193 TTATATAAT-CAA-AAAGGTTA-AAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTAT
* ** * * *
39843 TTAAATTGATTTAACAAATTGATTTGTTTTTTAAATTTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAA
255 TTAAATTGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT-TTG-AATATTATTAAA
* * * * * * *
39908 TTAGTATTATTTTATTTAGAAAAAGCTCGTATGTTGAAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAAG
318 TTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAAAAAAAG
* * * * * * * * * * * * * * *
39973 GTAATAATAATTTAAAATAGATAGTTATTTAAATGGCCATGATTATTTAAACTTATTCGATAAAC
382 ATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGATTCGAAAAAC
* * * * *
40038 TGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAT
447 AGATTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAGTAACTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAT
**
40103 TTTGGATAAGCTTTTATGAACT
512 TTCAGATAAGCTTTTATGAACT
* * * * *
40125 AAAACAATTGTTTTTTGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGACTTTAAACAGATAATTGTTCAAATAG
* *
40190 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCCTATTAATTTT
66 TCATAACTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCCTATTAA-TTT
* * *
40255 TTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATTGAAATGATTATT
130 TTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTATT
* * *
40319 ATATAATTAAAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAAATATTCTAATAGTCGTAACTATTTAAA
195 ATATAATCAAAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTAAA
* * *
40384 TTGATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAGAATATTATTAAATTAATA
260 TTGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTT-GAATATTATTAAATTAGTA
40449 TTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAAAAGAAAGATCAT
324 TTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAT-AAAAACAATTGTTTTATGAGAAAAAA-AAAGATCAT
* * * * * * *
40514 AATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAAGTGGTTC-AAAGAACAGCT
387 AATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGATTCGAAA-AACAGAT
* *
40578 TCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTA-TTACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCA
451 TCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAGTAACTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCA
*
40642 GATAAGTTTTTAT-AACT
516 GATAAGCTTTTATGAACT
*
40659 TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAACGACTTTAAACAGATAATTGTTCAAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAACGACTTTAAACAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
40723 GTTA-AATCTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTTTAAATGT-ATTG-CTCATTA
65 GTCATAA-CTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTA-TTTTCTCAAATCTCA-TGCCT-ATTA
* * * * *
40785 CTTTTTCGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAAT
126 ATTTTTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAA-
* * * * *
40850 TGTTTTATGACTAAACAAAAA-GTTAAAATGATTTCAAATAGATCATTATTCTAATAGTCTTAAC
190 T-TATTAT-A-TAATCAAAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAAC
* * * *
40914 TACTTGAACT-AGTTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTACTAATTTTTGGAATA
252 TATTTAAATTGA-TTTGACAAATACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTT-GAATA
* *** *
40978 TTATTTAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA-AAGGAAACAATTGTTTTTTGA-
310 TTATTAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGATAA--AAACAATTGTTTTATGAG
* * * *
41041 CAAAATAAAGATCATAAAGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTG----GT
372 AAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGA
* ** * ** ** * *
41102 TTTGGCAAATAGATTTTGTTTTTAAATCTCTT--TT--TAA-TTATCAAAATCTTAAT-ATATAA
437 TTCGAAAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAGTAACTT-TTGAAATATTAATAAAAT-A
*
41161 GTATTATTTTATTT-TGAATAA--TTTTGCATGAA-T
500 GTATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTTT--ATGAACT
* * * * * * *
41194 AGAAACAATTATTTTACGACAAAACAATAT-GTCATTATGA-TTGGAAATAGATAATAGTTCAAA
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-ATGGTCATAACGACTT-TAAACAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * ** * *
41257 TAGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTT-TTAAATCTCAAACTTATTAAC
63 TAGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCCTATTAAT
** * * * ** * *
41321 TTTTAGAATACTAATAAATTAGTTTTATTTTATT-TCAAATAAAATTGTATG-ATTAGAAACAGT
128 TTTTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATT-GAAATAAT
* * * ** * * * * * *
41384 TGTTTTACGAAAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
191 TATTATA--TAATCA-AAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACT
* * ** * *
41449 ATTTGAACTTG-CTTGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGGAATT
253 ATTT-AAATTGATTTGACAAATACATTTA-TTTTTTAAATC---T-CTTATTAA-TTTT-GAATA
* * ** * * * ** * * * * *
41513 TTAATAAATTTGTATTATTTTATGTCAAAAAAAGGTTTTACAAATAGAAATAATCGGTTTATGAC
310 TTATTAAATTAGTATTATTTTAT-T-TGAATAAGCTTGTA-TGATAAAAACAATTGTTTTATGAG
* * ** * * *
41578 CAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTG
372 AAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAC-TG
* * * * * * * * *
41643 -TTC-AGAAAACATATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATT
436 ATTCGA-AAAACAGATTCAGTTTTT-AAATCTCTTGCTTAGTAACTTTTGAAATATTAATAAA-A
* * * * *
41704 TA-AAATATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-T
498 TAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACT
* * * * * * *
41738 AGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAATG-TTTTGAAATAGATAATTGTTCAGA
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAACGACTTT-AAACAGATAATTGTTCAAA
* * * ** * * * * **
41802 TAATCATAACTATTTGAACTTATTCCGTAAATATATATT-TTATT-T-AATTCTC-TTACTCATT
63 TAGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGAT-TTATT-TTCTCAAATCTCATGCCT-ATT
* * * * * * * *
41863 AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTC-AAATAAGCTTATATGAACTGAAACA
125 AATTTTTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATA
* * * * *
41927 AGTGTTTTAT-TGCAA--AAGAAAGCGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
189 A-T-TATTATAT--AATCAA-AAAG-GTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCA
* * * * *
41989 TGACTATTTGAAATT-A-TTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCA
248 TAACTATTT-AAATTGATTTGA-CAAATACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATT-T-T
* * * * * * *
42052 AAATATT-TACAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATGA-ACATAAATAATTGTTC
305 GAATATTAT-TAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGATA-A-AAACAATTGTTT
* * ** * * * ** **
42115 TATAACAAAATAAAAA-ATCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTT
366 TATGAGAAAA-AAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTT
* * * * * * * * * * * *
42179 GAATTTGTTTAG-CAAACAAATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAA-TTGTCT-TAATATTA
430 GAA-CTGATTCGAAAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAGTAACTT-T-TGAAATATTA
* * * * * ** *
42240 ACAAATTTA-TATTATTTTAGTTGAAATAAGCTTGGACGAAC-
492 ATAAA-ATAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACT
* * * * * * * * * * *
42281 -AAATATTTTTTTTTTTACAAAACAAAAGGTTAT-GCTA-TTTCAAATAGATAATTATTCAAAT-
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGACTTT-AAACAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * * ***
42342 GATCATAATTATTT-AAATATGTTTAGTAAATAGATTCATTTT-TTAAATATCTTTATTATTAAT
65 G-TCATAACTATTTCAACT-TGTTTGGCAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCCTATTAAT
* * * * * *
42405 TTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTC
128 TTTTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAA-T-
* * * * * * * * *
42470 TTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGTCATGATT
191 TATTAT-A-TAATCAAAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCATAACT
** ** * * * * * **
42533 ATTT-GGTCT-AGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTGACTTATTAATTGTCAAAATA
253 ATTTAAAT-TGA-TTTGACAAATACATTTATTTTTTAAA--TCT--CTTATTAATT-T-TGAATA
* *** * * * *
42596 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATGAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACA
310 TTATTAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGAGA
* * * * *
42661 GAACAAAAAG-TCATAATGATTT-AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCA-AAACTATTTAAACTA
373 -AAAAAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAA-TATTTGAACT-
* * * * * * * * ** *
42723 GCTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCGACTA
435 GATTCGAAAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAGTAACTTTTGAAATATTAATAAAATA
* * *
42783 TTATTACTTTATTTC-G--AA-C----A--AACC
500 GTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACT
** * * * * * * *
42807 AAAATGATTAG--CTA-AACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATATATAATTCTTCAAAT
1 AAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGACTTT-AAACAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * * * * *
42868 AGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATATAATTATTTTTTAAATATCTTAT--TTATT-AT
64 AGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTCTCAA-ATCTCATGCCTATTAAT
* ** * * * ** * ** * * *
42930 TTTTTGAAAAATTAGTAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAGGCTACTATAAATTCAAACAAAC
128 TTTTAG-AATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAA-TAA-
* * * * * * * * * **
42995 CTCTTTTATGACAA--AACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC-ATATAGTTTTA
190 -T-TATTAT-ATAATCAA-AAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTA-ATAGTCATA
* * ** * * * * * *
43057 AATATTTGAATTGGCTCGAAAAACAAATTTCTTTTTTAATTCTCTTAGTT-A--TT-AACT-TT-
250 ACTATTTAAATTGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATTTTGAA-TATTA
** * ** ** * * * * **
43116 TGGAA-TATTATTAGATT-TTCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAACC
313 TTAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAAA
* * * ** * * * * *
43179 AAAAGGTTATAACGATTTGA-AGTTTACAACTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTT
377 AAAAGATCATAATGATTTGAGA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGA-TTC
** * * * * * * * *
43242 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGT-TT
440 GAAAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAGTAACTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATT
* * *
43306 TTTTTTTTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT
505 ATTTTATTTCAG-ATAAGCTTTTATGAACT
* * * ** * * *
43335 GAAATC-ATTTTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAAC-AATTTGAAATATATAATTGTTC---T
1 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGACTTT-AAACAGATAATTGTTCAAAT
** * *
43395 -G----AAC-----C-AC---TTCAGCAAACAGATTTA-TTTCTTAAATCTCTTAG-CTATTAAT
64 AGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCAT-GCCTATTAAT
* * * * * * *
43444 TTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATT
128 TTTTAG-AATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATT
* * ** * * *
43508 ATTTTATAAT-AGAGCGAAAGGTTATAACAACTTGAAATAGAT-A--A--CT-GT--TCA-AAC-
192 ATTATATAATCA-A---AAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACT
* ** * * * * * *
43562 A--GAAACCGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTTCTTATAAATGTTTGAAATATT
253 ATTTAAATTGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAA--T-C-TCTTATTAAT-TTTG-AATATT
* * * * *
43625 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA-ATAGGTGTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATAACAA
312 ATTAAATTAGTATTATTTTATTTGAATA-AGCT-TGTATGAT-AAAAACAATTGTTTTATGAGAA
* ** ** * * * * * **
43689 AACAAAATTTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAACCAAT
374 AAAAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAAATATTTGAACTGAT
* * ** ** * *
43753 TTGATAAAGTGACTT-A-TTTTGTAAATCTCTAACTTA-TCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTA
438 TCGAAAAACAGA-TTCAGTTTT-TAAATCTCTTGCTTAGT-AACTTTTGAAATATTAATAAAATA
* * *
43815 ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATT
500 GTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACT
** * * * * *** * * * *
43849 GGAATAATGGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCGAATAA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGACTTTAAACAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * * * * * *
43914 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTTAATTTCTTAT--TTACTAATTT
66 TCATAACTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTCTCAA-ATCTCATGCCTATTAATTT
* * * * * *
43977 TCTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCATATATGAACTGAAAAAATTA
130 T-TAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTA
* * * * ** * * * *
44040 TTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTGATAGTCTTAACTAT
193 TTATAT-AAT-CA-AAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTAT
* * * * *
44105 TTGAATTGGTTTGTCAAATACATTTATATTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTATT-AA
255 TTAAATTGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTT-GAATATTATTAAA
** * * * * * * *
44169 TTCACCAATATTTTACTTCGAAACAATTGCTT-TATGAT-AAAACAA-AG----ATCA-TAATAA
318 TT-AGTATTATTTTA-TTTG-AATAA--GCTTGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAAAA
*** * * * * * * *
44226 TTTGA--AT--TG-GTTCA-ATAAACAGATTAGTTTTTAAAT-CTCTTATTAAAT-TTTGAAAT-
378 AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATA-ATT-G--TTCAAATAGTC--A-TAAATATTTGAACTG
** * * * * *
44282 ATT---AAAA-A-ATT-AGTATTATTTTAT-T-TTG---AATAA-TTTT---TTATGAAT-CAAC
436 ATTCGAAAAACAGATTCAGT-TT-TTAAATCTCTTGCTTAGTAACTTTTGAAATATTAATAAAAT
* ** * * ** * *
44331 A--ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCAT-AACAATTT
499 AGTATTATTTTATTTC-AGATAAGCTTTTATGAAC----T
* * * * * * * * *
44368 GAAACAAATG--ATA-GTTCAAATAGATAT-GACTATTTGAACTTA-TTTGATTAACAGATTTAT
1 AAAACAATTGTTTTATG-ACAAA-ACAAATGGTC-A--T-AAC-GACTTT-A--AACAGA-TAAT
* * * * * * * * ** * * *
44428 TTTTC-AAT-CTC-CAACT-TATT-AA-TT-TCTAG-AATATTA-A-TAAATTAGT-ATTATTTT
55 TGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTCAACTTGTTTGGCAA-A-CAGATTTATTTTCTCA-AATCTC
* ** * * * * * * * ** *
44482 ATTTCAAATAAAATTGTATG-A-G-T-AGAAA--CA-ATTGTTTTA---TGACA-AAAC--AAAA
116 A-TGCCTATTAATTTTTA-GAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTAT
* *
44534 G-ATT---ATAATGATT-TGA-AAT-AAATAA--TT---AT---TT-AAATAGTCATAACTATT-
178 GAATTGAAATAATTATTAT-ATAATCAAA-AAGGTTAAAATGATTTAAAATAG--ATAATTATTC
* * *** * *** * *
44582 TAA-ACTCTCTCAA-TAAACAAATTTATTTTTTAAAT--A-TT-TTATTT-AA-----TAAT-A-
239 TAATAGTC-AT-AACTATTTAAATTGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAT
* * * * ** * * * *
44633 TTGGAATTTTAATAAATTAGTATAATTTTATTCCAAATAACCTTTTATGAACAAAAACAATTGAT
302 TTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTT
* * * * * * *
44698 TTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTAAAATAGATAATTCTTCAAATAG--ACAATTATT
365 TTATGAGAAAA-AAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATT
* * * * * * * * *
44760 TTAACCTG-CTCGAAAAACATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAA
429 TGAA-CTGATTCGAAAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAGTAACTTTTGAAATATTAA
* * **
44822 TAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAAC-
493 TAAA-ATAGTATTATTTTATTTC-AGATAAGCTTTTATGAACT
* * * * * * * * **
44862 ATAACCAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTAATAAAG-TTTTAAAATAGATAATTGTTCGGAT
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGACTTT-AAACAGATAATTGTTCAAAT
* * * * ** * * * * **
44926 AGTCATAACTATTTGAACATATTCGATAAATAAATTTATTTT-TTAATTCTC-TTACTCATTAAT
64 AGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCCT-ATTAAT
* * * * * * * *
44989 TTTT-GAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTATATGAACTGAAACAAT
128 TTTTAG-AATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAA-
* * * * * ** *
45052 TGTTTTATTATAA-AACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTAAAATAGTCATGAC
190 T-TATTA-TATAATCA-AAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAAC
* ** * * *
45116 TATTTGAACTTG-TTCAAAAAATATATTTATTTTTTATATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATA
252 TATTT-AAATTGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATT-TTG-AATA
* * * * * *
45180 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGA-C
310 TTATTAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGAGA
* ** * * *
45244 AAAACAAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAAATATTTGAACTTG
373 AAAAAAAAGA-TCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAC-TG
* ** * * * * * *
45309 -TTTGGTAAACATATT--TTCTTTTAAATCTTTTGCTTATTAA-TTGTCT-TAATATTAATAAAT
436 ATTCGAAAAACAGATTCAGT-TTTTAAATCTCTTGCTTAGTAACTT-T-TGAAATATTAATAAAA
*
45369 TAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTTTATGAAC-
498 TAGTATTATTTTATTTC-AGATAAGCTTTTATGAACT
* ** ** * * * * *
45404 AGAAAAAATCATTTTAAAACAAAACAAATAGTTAT-A-GTAGTTTCAAATAGATAAATTGTTGAA
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACG-ACTTT-AAACAGAT-AATTGTTCAA
* * * ** * * * * ***
45467 ATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAACA-ATTCATTTT-TTAAATCTCCTAATTATTAA
62 ATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCCTATTAA
* * * * * *
45530 TTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATT
127 TTTTTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATT
* * ** * * * * * * **
45595 TTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGAT-ATGAATTCAAATAATCACGACT
192 ATTATAT-A-ATCA-AAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAAT-TATTCTAATAGTCATAACT
* *
45659 ATTT--ATT--TTT-----A-A-A---ATTTTTT--A---GTTATTAATTATTGAAATATTAATA
253 ATTTAAATTGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT-TTG-AATATTATTA
** * * *
45705 AATTAGTATTATTTTAATCCGAACAAGCTTGTATGAATAAAAACTATTATTTTAT-A-ACAAAAA
316 AATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGAGA-AAAAA
** * * * * * * * * *
45768 AAAG-TCATAACAATTTGAAAGAAATAATTGCTCAAATTGTCATAACTATTTGAAGTGGTTCGAT
378 AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGATTCGAA
* * * * * * *
45832 AAACAGATTTATTTCTTTAAA-C-C-T-CTTATTAATTTTTG-AATATTAGTAGATTAGT-TT-T
443 AAACAGATTCAGTT-TTTAAATCTCTTGCTTAGTAACTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTAT
* * * * *
45890 TTT-TTCCAAACAAACTTATATGAA-T
507 TTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACT
* * * * *
45915 AAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTTTTCAAAT
1 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGACTTT-AAACAGATAATTGTTCAAAT
* * * ** * * * * * * *
45979 ATTCATAATTA-TTGAA-TTAGTTAAGTAAACAAAATTATTTT-TTAAATC-CTTTACATATTAA
64 AGTCATAACTATTTCAACTT-GTTTGGCAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTC-ATGCCTATTAA
* * * * * * *
46040 TTTCTATAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAA-ATTT
127 TTTTTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATT
* * * * * *
46104 GCTT-TATGA-C-AAAA---TAAAAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTC-ATATAATCTTAACTA
192 -ATTATATAATCAAAAAGGTTAAAA-TGATTTAAAATAGATAATTATTCTA-ATAGTCATAACTA
** * * * *
46162 TTGGAATT-AGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATT
254 TTTAAATTGATTTGA-CAAATACATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAA-TTTT-GAATATT
* * * * * * *
46226 ATTATATTAGTATTGTTTTATTTGAATAAACTTGTACGA-ACATAAATAATTGTTTTATGACAGA
312 ATTAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGATA-A-AAACAATTGTTTTATGAGAAA
* * * * * * * * * * * *
46290 ACACAAGGTTAGAATGATTTGA-AGTATACAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTAATT
375 AAAAAAGATCATAATGATTTGAGA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGATT
* * * * * * * * * *
46354 TGATAAATAGATTTA-TTTGTTAAATCT-TATACTTATTAAATTTTTAAAGATTAATAAATTAGT
439 CGAAAAACAGATTCAGTTT-TTAAATCTCT-TGCTTAGTAACTTTTGAAATATTAATAAAATAGT
* * * *
46417 ATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTATGATA-A
502 ATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTTTATGA-ACT
* ** * * * * *
46449 AAAATAATTGTTACATGAC-AAACAAAAT-GTAATAACAATTTTTAAAATAGATAATTGTTGAAA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAACGA-CTTT-AAACAGATAATTGTTCAAA
* * * * * ** * * * * *
46512 TGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTTGGTAAATGGATTTATTTT-TTAAATCACTTACTTATTAA
63 TAGTCATAACTATTTCAACTTG-TTTGGCAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCCTATTAA
* * * * * * * *
46575 TTTTCAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTAATTTTGAACAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT
127 TTTTTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAA-T
* * * * * * * * * *
46639 GTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTC-ATATAGTCTTAAT
191 -TATTAT-A-TAATCAAAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTA-ATAGTCATAAC
* * * * *
46702 TGTTTAAACTGCTTTGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATAT
252 TATTTAAATTGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAA-TTTTG-AATAT
* * * *
46767 TATTAAATTAGTATTATTTAATTCTGAATATA-CTTATATGA-ACTGAAA-AATTGTTTTATGAT
311 TATTAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATA-AGCTTGTATGATA--AAAACAATTGTTTTATGAG
* * * * * * * * *
46829 AAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGGTGATAGTTCAAAT-GAACATGACTATTTGAACT
372 AAAA-AAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAAATATTTGAAC-
* * * * *** * * *
46892 TG-TTC-AATCAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATATA
434 TGATTCGAA-AAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAGTAACTTTTGA-AATATTAATAAA
* * * ** *
46954 TTAGTATTATTTTGTTT-TGAATAAAATTGTATGAA-T
497 ATAGTATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTTTATGAACT
* * * * * * * * *
46990 AGAACAATTGTTTTATTGACAAAAGAAAAGATAATAAC-AATTTGAGATAAATAATTGTTCAAAT
1 AAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAATGGTCATAACGACTTT-AAACAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * * *
47054 AGTCATAACTATTTAAACTTGCTCGGTAAATAAATTTATTTT-T-AAATCT-TTTCTTTAATAAT
64 AGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGC-CTATTAAT
* * * * * * * *
47116 TTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTATTTTTTTCTAAATAGGCTTTTATGAATAGAAACAA
128 TTTTAGAATGTTAATAAATTA--A-TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAA
* * * * * * * * *
47181 TTAATTTTTGACAAAACAAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAA
190 TT-A-TTAT-A-TAATCAAAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAA
* ** * * *
47246 CTATTCGAACGTG-TTT-ATAAA-ACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
251 CTATT-TAAATTGATTTGACAAATAC--ATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAA-TTTTG-AA
* * *
47308 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGA-ACAAAACCAATTGTTTTAT
308 TATTATTAAA-TTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGATA-AAAA-CAATTGTTTTAT
* * * * * * * *
47371 CACAAAACAAATGTTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
369 GAGAAAAAAAAAGATCATAATGA-TTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA
** * * * * * * * * *
47434 CATG-TTCGGTAATCATATTCATTTTTTAATTCT-TTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
433 C-TGATTCGAAAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAGTAACTTTTGAAATATTAATAAA
* * * *
47497 TTGGTATTATTTTATTT-TGAATAAAC--TTAT--A-T
497 ATAGTATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTTTATGAACT
* * * * * **
47529 ---A-AA------T-TG---AAACAAAAGGTCACAATGA-TTTAAAATAGATAATTATTTGAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGACTTT-AAACAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * * * ** * *
47579 GTCATGACTATTTGAACTCGTTCAGTAAGCATATTTATTTT-TTAAATCTTTTACTTATT-ATTT
65 GTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCCTATTAATTT
** * * ** *
47642 ATT-GAAATACTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-ATATAAGCTTATAT-AATCAAAAACAAT
130 -TTAG-AATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAAT-TGAAATAA-
* * * * * * * * * * *
47704 TGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAATAATTTAAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAAA
190 T-TATTAT-A-TAATCAAAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAAC
* * ** * * * * *
47768 GATTTGAATTTG-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCTT-TTACTTATT--A-ATT-GT
252 TATTT-AAATTGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT-TTGAATATTATT
* * * ** * *
47825 AAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGTTTGTATAAATATAAAA-AATCCATTTTATGACAGAA
315 AAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTAT-GATA-AAAACAAT-TGTTTTATGAGAAAA
* * * * * * * * *
47889 CAAAAGGTTATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTTATGATTATTT-ACACTTG-TT
376 AAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGA-AC-TGATT
** * * * ** * * *
47952 CGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAACATAGTA
439 CGAAAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAGTAACTTTT-GAAATATTAATAAAATAGTA
* * *
48016 TT-CTTTATTTC-GAATAA-TTTTATATGAATT
503 TTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTT-TATGAACT
* * * * * * * * * *
48046 GAAATATATTTTTTTATGACAAAAGAAAAGATCATAACG-GTTTGAAATAGATATTTATTCAAAT
1 AAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGACTTT-AAACAGATAATTGTTCAAAT
* * * * ** * * * * * ** * *
48110 AGGCATGACTATTTGATCAAGTTTGGTAAATATATTTA-TTT-TAAACATTTTTTACTTATTAAT
64 AGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTCTCAA-ATCTCATGCCTATTAAT
* * * * * ** *
48173 TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACT-ATT
128 TTTTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAA-TAATT
* * ** * * ** * *
48237 ATTTTATGATAGAT-AAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTTATAACT
192 A--TTAT-ATA-ATCAAAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACT
* * * * *
48300 ATTTGAATTGGTTAT-ATAAATAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
253 ATTTAAATTGATT-TGACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTG-AATATTATT
* * * * * * * * * * ** * *
48363 AGATTAGTATTTTTTTTATTTTGAACAAACTTATATAAACAAAAATATTTATTTTACAACAAAAC
315 AAATTAGTA-TTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTAT-GATAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAAA
* * * * * * *
48428 AAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGG
377 AAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGATTCGA
* * * * * * * * *
48493 TAAACATAATT-ACTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTT
442 AAAACA-GATTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAGTAACTTTTGAAATATTAATAAAAT-AGTATT
* * *
48556 ATTTTA-TTCTAAATAAGCTATTATGAATT
505 ATTTTATTTC-AGATAAGCTTTTATGAACT
* * * *
48585 GAAAA-AATTGTTTTATGGCAAAAC-AA-----A-AAC-AATTTAAAATAGATAATTGTTCATAT
1 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGACTTT-AAACAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * * * * *
48641 AGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGACAGATAAATTTATTTT-TTAAATCGCTTAG-TTTTTAAT
64 AGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCAT-GCCTATTAAT
* * * * ** * * * * * ***
48704 TTTTGGAATATTATTATATTGGTATAATTTTATT-TCAAAACAACTTGGATGAACAAAAATAATT
128 TTTTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATA-AGCTTGTATGAATTGAAATAATT
* * * * * * * **
48768 GTTTTATTA-C-AGAA---CAAAA-G-GTTATAAT-GAT--TTGA-AGT-ATAGTCATAACTATT
192 ATTATATAATCAAAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATT-ATTCTAATAGTCATAACTATT
* * * ** *** * * *
48821 TTAACTAATTTGGTAAACGGATTTATTTTATAAATCTCTTACTTATTAATCTTTGAAAGATTAAT
256 TAAATTGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAAT-TTTG-AATATTATT
** * * * * * ** *
48886 AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAATTTATATAATCAAAACAATTATTATATGACCAAACAA
315 AAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAAAAA
* * * * * * * * * *
48951 AAGGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGACTTCG-T
379 AAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGA-TTCGAA
* * * * ** * ** * *
49015 AAACATATTGACTTTTTAAATCACTTAATTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
443 AAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAGTAACTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATT
* * * *
49080 TTATTT-TGTATAAACTTGTATGAACC
508 TTATTTCAG-ATAAGCTTTTATGAACT
* * * * * * * ** * * *
49106 GAAACAATTATTTTGTGACAAAATGAAA-GGTCAGAATGATTTTCGATAGACAATTGTTTAAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAATGGTCATAACGACTTTAAACAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * **
49170 GTCATAACTATTTGAATTTGTTT-GCTAAAAAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGTTTATTAATT
65 GTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGC-AAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCCTATTAA-T
* * * * * * *
49233 TTTTA-AATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTAT-TATGAACTGAAACAATT
128 TTTTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCT-TGTATGAATTGAAATAA-T
* * * * * * * * * *
49296 GTTTTATGTCAA-AACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATA-ATTAATTCTTCAAATAGTTATAAC
191 -TATTATAT-AATCA-AAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGA-TAATTATTCTAATAGTCATAAC
* ** * ** * *
49359 TATTTGAATTTG-TCCGATAAATGGATTTATTTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTCAA-A
252 TATTT-AAATTGATTTGACAAATACATTTATTTTTT--AA-A-TCT-CTTATTAA-TTTTGAATA
* ** * * * * *
49422 TTTCAATAAATTGAG-ATTATTTTATTCCAAATAAGCATGTAAGATATGAAACAAATATTTTATG
310 -TT-ATTAAATT-AGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGATA-AAAACAATTGTTTTATG
** * * * * * * * * * ** *
49486 ACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGGTAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACT
370 AGAAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACT
* * * * * * * *
49551 AGTTTGGCAAATAA-A-TTTC-TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATAATATTAAA
435 -GATTCG-AAA-AACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAGTAACTTTTGAAATATTAATAAA
* * ** * * *
49609 TTAATATTATTTT-TAACCGATAAGCTTCTATGATA-A
497 ATAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGA-ACT
* * * * * *
49645 AAAATAATTGTTTTATGAAAAAACAAA-GATCTTAAC-AATTTGAGACTA-ATAATTGTTCAAAT
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGACTTT-AAAC-AGATAATTGTTCAAAT
* ** * * * * * *
49707 AGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGATAAACATATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTACTAAT
64 AGTCATAACTATTTCAACTT-GTTTGGCAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCCTATTAAT
* * * * ** *
49770 TTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-GTCAAAAACAAT
128 TTTTAG-AATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAATAAT
* ** * * * * * * *
49833 TATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-GACCATAATT
191 TATTATAT-A-ATCAAAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAG-TCATAACT
** * * * * *
49897 ACTTT-AATTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTATTATTATTTTAGGAGATATT
253 A-TTTAAATTGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTA--ATTTT--GA-ATATT
* * * * *
49961 AATAAATTAATATTATTTTATTTCAACTAAGCCTGTAT--TAACTTAAACAATTATTTTATG-GC
312 ATTAAATTAGTATTATTTTATTTGAA-TAAGCTTGTATGATAA---AAACAATTGTTTTATGAG-
* * ** * * * * *
50023 AAATCAAAAAG-TTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAAT-G--GTAAACA----AAC--
372 AAA-AAAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTG
* * * * * * * ** *
50078 -TT----------ATT---TTTTAAAATATCTTTCTCATTAATTTTTTG-GATGCTAATAAATTA
436 ATTCGAAAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAGTAA-CTTTTGAAATATTAATAAAATA
* * * *
50128 TTATTAATTTATTT-TGAATAAGCTTGTATGAACT
500 GTATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTTTATGAACT
* * * * * * * *
50162 AGAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGA-TTTCAAATAGATAATTATTCTAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGACTTT-AAACAGATAATTGTTCAAATA
* * * *** ** * * * * * *
50226 GTCTTAACCATTTGAACCAATTCAG-TAACAAATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTT
65 GTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCCTATTAATTT
* * * * * * *
50289 TTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATC---A-AA--TT-TAT---TT----T-ATGA-C
130 TTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTATT
* * * ** * * *
50338 A-A-AA--GAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATCATT-TATATAGTCTTAACTATTTGA
195 ATATAATCAAAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTA-ATAGTCATAACTATTTAA
* * * * * * *
50398 ACTGGTTCGACAATTAGA-TT-TTTTTTAAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTAGAATATTATCAA
259 ATTGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAA---TC-T-CTTATTAA-TTTT-GAATATTATTAA
* ** * * * *
50461 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTAT--TAACAGAACCAATTGTTTGATTACAAAATA
317 ATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGATAA-A-AA-CAATTGTTTTATGAGAAAA-A
* * * * * *
50524 AAAAG-TTACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AAACT-TATTGAAATAATTC
377 AAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAA-TAT-TTGAACTGATTC
* * * * ** * * *
50586 -AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACGAATTAA-TTTTCTAAATATTAATAAATTAGTA
440 GA-AAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAGTAACTTTT-GAAATATTAATAAAATAGTA
** * * * * *
50649 TTATTTTATTTTGGATAAACTTATCTTAACC
503 TTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACT
* * * * * * * *
50680 AAAACAATTGTTTTATGCCAAAATAAAAGGTCTTAAC-AATTTGAAATAAATAATTGTTCATATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGACTTT-AAACAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** *
50744 G---T--C---TT-AA-TTGTTTGACCAAA-AG-GTCA---TAAC-AA--T--TG---A--AATA
65 GTCATAACTATTTCAACTTGTTTG-GCAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCCTATTAATT
** * * * *
50784 AATA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAATTAAAATAATTG
129 TTTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTA
* * * * * * * *
50847 TTATATGAATGAACAATAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATACTCTTAACAAT
193 TTATAT-AATCAA-AA-AGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTAT
* * ** * *
50912 TTGAATTGGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCCTATTAATTTTTTGAATATTATTAAA
255 TTAAATTGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA--TTTTGAATATTATTAAA
* * * *
50977 TTAGTATTATTTTTATCT-ACATAAGCTTGGATGATCAAAAACAATTATTTTATGAG-AAAACAA
318 TTAGTATTA-TTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAT-AAAAACAATTGTTTTATGAGAAAAAAAA
* * * * *
51040 AGATCATAATGATTAGATATTGAT-ATTGGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGAAA
380 AGATCATAATGATTTGAGATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGATTCGAAA
* * ** ** * * *
51104 AACAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTCTTAA-TTTTCAAAATATTAATAAAGTAATATT-TT
444 AACAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAGTAACTTTT-GAAATATTAATAAAATAGTATTATT
*
51167 TTATTTCAGATAAGTTTTTATGAACT
508 TTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACT
* * * ** * * * *
51193 GAAACAATTGATTTATGATAAAATGAA-GCTCATAACGACTTTAAGTAATTAGAATGATTGTTTA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGACTTT-A--AA-CAG-ATAATTGTTCA
* * * *** * * * **
51257 AAAAGTCA-AATCTTTTTTAACTT-TTTCAATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTC-TTACTCA
61 AATAGTCATAA-CTATTTCAACTTGTTT-GGCAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCCT-A
* * * *
51319 TTAATGTTTCA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
123 TTAAT-TTTTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAA
* * * * * * * *
51383 TAATTGTTTTAT-ATCTAAACAAAAGATTAAAATGATTTGAAATATATAATTGTTCTAACAGTCT
187 TAATTATTATATAATC---A-AAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCA
* * * * *
51447 TAACTATTTGAACT-AGCTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
248 TAACTATTTAAATTGA-TTTGACAAATACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTG-
* *
51511 AATATTATTAAATTGGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGA-AAAGGAACAATTGTTTTA
306 AATATTATTAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGATAAA--AACAATTGTTTTA
* * * * * * *
51575 TGACG--AAATAAAGATCATAACGTTTTGAGATAGATAATTATTCAAATGGTTATAACTATTTGA
368 TGA-GAAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGA
* * * * * * *
51638 ACTGTTTC-AAAAATTATATTTAGTTTTTAAA--T-GT-CTTATTAA-TTTTCAAAATATTAAT-
432 ACTGATTCGAAAAA-CAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAGTAACTTTT-GAAATATTAATA
* * * * * *
51696 AGATCAATATTATTTTAATATGA-ATAA--TTTTGCATCAACA
495 AAAT-AGTATTATTTT-ATTTCAGATAAGCTTTT--ATGAACT
* ** * * *
51736 AAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAAGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATAGTTCAAATG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGACTTT-AAACAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * * * * *
51799 GACATGACTATTTGGACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTT-TTAAATCTCCA-ACTTATTAATT
65 GTCATAACTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTCTCAAATCT-CATGCCTATTAATT
** * * * * ** * * *
51862 TTTTTAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATTAATAGAAACAATTAT
129 TTTAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTAT
* * * * * * * * *
51927 TTTATGAA-CAAACAAAAGATCATAATGATTTGACATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTA
194 TATAT-AATC--A-AAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTA
51990 GGGCTGTAAA
Statistics
Matches: 9822, Mismatches: 2152, Indels: 1925
0.71 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
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477 4 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (533 bp):
AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGACTTTAAACAGATAATTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTCTCAAATCTCATGCCTATTAATTTT
TAGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTATTA
TATAATCAAAAAGGTTAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTAAAT
TGATTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTGAATATTATTAAATTAGTATT
ATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAAAAAAAGATCATAATG
ATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGATTCGAAAAACAGATTCAGT
TTTTAAATCTCTTGCTTAGTAACTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAGATAA
GCTTTTATGAACT
Found at i:43633 original size:169 final size:164
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Period size: 164 Copynumber: 2.4 Consensus size: 164
43233 AATTAGTTTG
* * *
43243 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGT-TTT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
43307 TTTTTTTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATCATTTTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAAC
66 TTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAAATCATTATTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAAC
* * * *
43372 AATTTGAAATATATAATTGTTCTGAACCACTTCA
131 AACTTGAAATAGATAACTGTTCAGAACCACTTCA
* * *
43406 GCAAACAGATTTATTTCTTAAATCTCTTAGC-TATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
43470 ATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAAA-CAATTATTTTATAATAGAGCGAAAGGTTATA
65 ATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAAATC-ATTATTTTATAATAAAACAAAAAGTCATA
**
43534 ACAACTTGAAATAGATAACTGTTCAAACAGAAACCGGTTC-
129 ACAACTTGAAATAGATAACTGTT----CAG-AACCACTTCA
* *
43574 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTT-CTTATAAATGTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
1 G-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
43638 TATTTTATT
64 TATTTTATT
43647 TCAAATAGGT
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 27, Indels: 16
0.83 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
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GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAAATCATTATTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAAC
AACTTGAAATAGATAACTGTTCAGAACCACTTCA
Found at i:43706 original size:169 final size:168
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Period size: 169 Copynumber: 2.9 Consensus size: 168
43233 AATTAGTTTG
* * *
43243 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGT-TTT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
43307 TTTTTTTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATC-ATTTTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAA
66 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAATTCATAA
* *
43371 CAATTTGAAATATATAATTGTT----CTGAACCACTTCA
130 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGAACCACTTCA
* * *
43406 GCAAACAGATTTATTTCTTAAATCTCTTAGC-TATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT
1 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * * **
43470 ATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAATAGAGCGAAAGGTT-ATA
65 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAATAAAAC-AAAAATTCATA
* * * **
43534 ACAACTTGAAATAGATAACTGTTCAAACAGAAACCGGTTC-
129 ACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAG-AACCACTTCA
* *
43574 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTT-CTTATAAATGTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
1 G-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
43638 TATTTTATTTCAAAT-AGGTGTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATTTCAT
64 TATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAATTCAT
*
43702 AACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAA
128 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
43730 TGGCTATAAT
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 47, Indels: 22
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
163 57 0.22
164 64 0.24
165 4 0.02
168 12 0.05
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAATTCATAAC
AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGAACCACTTCA
Found at i:44148 original size:181 final size:180
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Indices: 43574--44148 Score: 459
Period size: 181 Copynumber: 3.2 Consensus size: 180
43564 AAACCGGTTC
* * * * * *
43574 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTT-CTTATAAATGTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
1 GATAAACACATTTA-TTTTTAAATCT-CTTATTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATAT
* ** * * * * * **
43638 TATTTTATTTCAAATAGGTGTGTATGATC-AAAAACAATTG-TTTTATAACAAAACAAAATTTCA
64 TATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTGAAAA-AA-TGATTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
* * * * ** * ***
43701 TAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAACCAATTT
127 GAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAATC-ATAACTATTTGAACTTGTTT
*** * * *
43755 GATAAAGTGACTTATTTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATT
1 GATAAACACATTTATTTT-TAAATCTCTTATTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATT
* * * * * * * *
43820 ATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATTGGAATAATGGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAT
65 ATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTGAAAAAATGATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAA
** *
43885 TTATTTTAAATAGATAATTGTTCGAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTT
130 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTT
* * * * * *
43936 GATAAACATATTTATTTTTTTAATTTCTTATTTA-CTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTA
1 GATAAACACATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTTATC-AATTTT-TGAAATATTAATAAAGTAATA
* * *
43999 TTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACT-AAATAAAAGGTTA
63 TTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTGAAAAAATGATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCA
* *
44063 GAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTG-ATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTT
127 GAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-GAATAATCATAACTATTTGAACTT-GTTT
*
44117 G-TCAAATACATTTATATTTTAAATCTCTTATT
1 GAT-AAACACATTTAT-TTTTAAATCTCTTATT
44149 AATTTTTAAA
Statistics
Matches: 317, Mismatches: 64, Indels: 26
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
180 13 0.04
181 294 0.93
182 10 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
GATAAACACATTTATTTTTAAATCTCTTATTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTA
TTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTGAAAAAATGATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAAC
AATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTT
Found at i:45069 original size:181 final size:181
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Indices: 44217--50066 Score: 3494
Period size: 181 Copynumber: 33.0 Consensus size: 181
44207 AAAACAAAGA
* * *
44217 TCATAA-TAATTTGAA-TTGGTTCAATAAACAGA-TTAGTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AA-TT
1 TCATAACT-ATTTGAACTT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** * *
44275 TTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTTTATGAA-T-CAACAATTGTT
64 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
* * * * *
44338 TTATGACAAAACAAAATGTCATAACA-ATTTGAAACAAATGATAGTTCAAATAG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * ** *
44391 AT-ATGACTATTTGAACTTATTTGATTAACAGATTTA-TTTTTCAATCTCCAACTTATTAATTTC
1 -TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* ** *
44454 T-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATG-AGTAGAAACAATTGT
65 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGT
* * * * * *
44517 TTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAG
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
44571 TCATAACTATTTAAACTCT-CTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTATTTAATAA-TAT
1 TCATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * ** *
44634 TGGAATTTTAATAAATTAGTATAATTTTATTCCAAATAACCTTTTATGAACAAAAACAATTGATT
65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTT
* * * *
44699 TATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTCTTCAAATAG
130 TATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
44751 --ACAATTATTTTAACCTGCTCGAAAAACATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
44812 TAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAACAT-AACCAATTAT
66 GAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTGT
* * * * **
44874 TTTATGAAAAAACAAAAGGTAATAAAGTTTTAAAATAGATAATTGTTCGGATAG
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
44928 TCATAACTATTTGAACATATTCGATAAATAAATTTATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * *
44993 GAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACTGAAACAATTGTTTT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
45058 ATTATAAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTAAAATAG
131 ATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
45109 TCATGACTATTTGAACTTGTTCAAAAAATATATTTATTTTTTATATCTTTTACTTATTAATTGTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * ** *
45174 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
*
45239 ATGACAAAAC-AAAGAGTCATAACA-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
131 ATGACAAAACAAAAG-GTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
45290 TCAAAAATATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTT-TCTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTGTC
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-
* * * **
45354 TT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTTTATGAACAGAAAAAATCAT
64 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
** * * * *
45416 TTTAAAACAAAACAAATA-GTTATAGTAG-TTTCAAATAGATAAATTGTTGAAATAG
128 TTTATGACAAAACAAA-AGGTCATA-AAGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAG
* * * * * *
45471 TTATAATTATTTAAACTTGTTC-AGTAAAC-AATTCATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
45534 TGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTTTTT
65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTT
* *
45599 TATGACAAAACAAAAGGTTATAATA-ATTTGAAATAGAT-A-TGAATTCAAATAA
130 TATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTG--TTCAAATAG
** * * * * *
45651 TCACGACTATTT--A-TT-TT---T----AAA---ATTTTTT-AGT-TATTAATTATTGAAATAT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTT
* * * * * *
45700 T--AA------TAAATTAGTATTATTTTAATCCGAACAAGCTTGTATGAA-TAAAAACTATTATT
65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTT
* * * * *
45756 TTATAACAAAA-AAAA-GTCATAACA-ATTTGAAAGAAATAATTGCTCAAATTG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
45807 TCATAACTATTTGAAGTGGTTCGATAAACAGATTTATTTCTTTAAA-C-C-T-CTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * *
45868 TG-AATATTAGTAGATTAGT-TT-TTTT-TTCCAAACAAACTTATATGAA-TAAAAACATTTGTT
65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTT
* * *
45928 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAT
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
45981 TCATAATTA-TTGAA-TTAGTT-AAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATC-CTTTACATATTAATT
1 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATT
* * * * *
46042 TCT-ATAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAA-ATT
63 TTTGA-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAAT
* * * *
46103 TGCTTTATGACAAAATAAAA-G---T---GATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAA
125 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
46153 TCTTAACTATTGGAA-TTAGTTC-AGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * *
46216 TT-AGAATATTATTATATTAGTATTGTTTTATTT-GAATAAACTTGTACGAACAT-AAATAATTG
64 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTG
* * * * * * * * *
46278 TTTTATGACAGAACACAAGGTTAGAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAG
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * * * *
46333 TTATAATTATTTAAACTAATTTGATAAATAGATTTATTTGTTAAATCT-TATACTTATTAAATTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATT-AATTT
* * ** *
46397 TT-AAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTATGATA-AAAAATAATTG
64 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTG
** * * * * *
46459 TTACATGAC-AAACAAAATGTAATAACA-ATTTTTAAAATAGATAATTGTTGAAATGG
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGA--TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *** *
46515 CCATAATTATTTGAAC-TGATTTGGTAAATGGATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAA-TTT
1 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
46578 TCAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTAATTTTGAACAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
65 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
* * * *
46642 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
46695 TCTTAATTGTTTAAAC-TGCTTTGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * *
46759 TGAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTAATTCTGAATATA-CTTATATGAACTGAAA-AATTGT
65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATA-AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * * * *
46821 TTTATGATAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGGTGATAGTTCAAAT-G
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * **
46874 AACATGACTATTTGAACTTGTTCAATCAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTT
1 -TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * **
46939 T-AGAATATTAATATATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAAATTGTATGAA-T-AGAACAATTGT
65 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGA-AACAATTGT
* * * * *
47001 TTTATTGACAAAAGAAAAGATAATAACA-ATTTGAGATAAATAATTGTTCAAATAG
128 TTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
47056 TCATAACTATTTAAACTTGCTCGGTAAATAAATTTA-TTTTTAAATCT-TTTCTTTAATAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAATTTT
* * * * * *
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65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTA-T-TTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATT
* * * *
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126 -GTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
47240 TCATAACTATTCGAACGTGTT-TATAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * *
47303 TGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAAC-AAAACCAATTGT
65 TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGT
* * * *
47366 TTTATCACAAAACAAATGTTCATAATA-TTTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAG
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
47419 TTATAACTATTTGAACATGTTCGGTAATCATATTCATTTTTTAATTCT-TTACTCATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * *
47483 GGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAAATTGAAACAA------A
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
47542 AGGTC---AC-AATGAT-TTAAA-A--T-AGATA-ATTA-T-TTGAA-TAG
131 ATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
47580 TCATGACTATTTGAACTCGTTC-AGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTA
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-
* * * * * **
47643 TTGAAATACTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTATATAAGCTTATAT-AATCAAAAACAATTG
64 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAA-CTGAAACAATTG
* * * *
47706 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATA-ATTTAAAATAAAAAATTGTTCAAATAG
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * *
47761 TCATAAAGATTTGAATTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA---TT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * **
47823 G---TA--AAT---TT-GTATTATTTTATTT-GAAATAAGTTTGTAT-AAATATAAAAAATCCAT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAAT-TGT
* * * * *
47877 TTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAG
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
47931 TTATGATTATTT-ACACTTGTTCGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGA-ACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * ** * * * *
47995 CAAAATATTAATAACA-TAGTATT-CTTTATTTCGAATAATTTTATATGAATTGAAATATATTTT
65 TGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA-ATTGT
* * * * * *
48058 TTTATGACAAAAGAAAAGATCATAACGGTTTGAAATAGATATTTATTCAAATAG
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * * * * * * *
48112 GCATGACTATTTGATCAAGTTTGGTAAATATATTTA-TTTTAAACATTTTTTACTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * * * *
48176 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACTATTATT
65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTT
* * * **
48240 TTATGATAGATA-AAAA-GTCATAACA-ATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAG
129 TTATGACA-AAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** *
48292 TTATAACTATTTGAA-TTGGTTATATAAATAAATTTA-TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * ** * * *
48351 TGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTTATTTTGAACAAACTTATATAAACAAAAATATTTATT
65 TGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
** *
48416 TTACAACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
48469 TCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACATAA-TTACTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
48533 TGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTAAATAAGCTAT-TATGAATTGAAAAAATTG
65 TGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCT-TGTATGAACTGAAACAATTG
* * * *
48595 TTTTATGGCAAAAC-AAA----A-ACA-ATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAG
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
48643 TCTTAACTATTTGAACTAGTTTGACAGATAAATTTATTTTTTAAATCGCTTAGTTTTTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * * ** *
48708 GGAATATTATTATATTGGTATAATTTTATTTC-AAAACAACTTGGATGAACAAAAATAATTGTTT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTT
* * * * * * *
48772 TATTACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATAGTCATAACTATTTTAACTAATTTGG
130 TATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAA--ATAG--ATAA-T-TGTT--C-AA-ATAG
* * * * *
48834 T-A-AACGGATTT--A-TT-TT--ATAAATC---TCTTACTTATT-AA--TCTT--TGA--AA-G
1 TCATAAC-TATTTGAACTTGTTCGATAAA-CAAAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* ** * *
48880 ATT--AA------TAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAATTTATAT-AA-TCAAAACAATT
63 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATT
* * * * * * * * *
48934 ATTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTATTGAAATGG
126 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
48990 CCATAATTATTTGAAC-TGACTTCG-TAAACATATTGACTTTTTAAATCACTTAATTATTAGTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTG--TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * *
49053 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGTATAAACTTGTATGAACCGAAACAATTATT
64 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
* ** * * *** * *
49118 TTGTGACAAAATGAAAGGTCAGAATGATTTTCGATAGACAATTGTTTAAATAG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * **
49171 TCATAACTATTTGAATTTGTTTGCTAAAAAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTGTTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
49235 TTAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTAT-TATGAACTGAAACAATTGTT
65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAACTGAAACAATTGTT
* * *
49299 TTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATA-ATTTTAAATA-ATTAATTCTTCAAATAG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAG
* * * *** * * *
49352 TTATAACTATTTGAATTTGTCCGATAAATGGATTTATTTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
49417 TCAAAT-TTCAATAAATTGAG-ATTATTTTATTCCAAATAAGCATGTAAGATA-TGAAACAAATA
65 TGAAATATT-AATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTG
* * * * * * * *
49479 TTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGGTAATTATTCTAATAG
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * ** * *
49534 TTTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATAAATTTCTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * ** * ** *
49595 GAAATAATATTAAATTAATATTATTTT-TAACCG-ATAAGCTTCTATGATA-AAAAATAATTGTT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTT
* * * *
49657 TTATGAAAAAAC-AAAGATCTTAACA-ATTTGAGACTA-ATAATTGTTCAAATAG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
49709 TCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* ** ** *
49773 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGTCAAAAACAATTATTT
65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTT
* **
49838 TATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-G
130 TATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
49888 ACCATAATTACTTT-AA-TTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTA-TTATT-ATT
1 -TCATAACTA-TTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * *
49949 TTAGGAGATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AACTAAGCCTGTATTAACTTAAACAATT
63 TT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT
* * * * * * *
50013 ATTTTATGGCAAATCAAAAAGTTATAACA-ATTTTAAATAGACAATTGTTCAAAT
126 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
50067 GGTAAACAAA
Statistics
Matches: 4401, Mismatches: 942, Indels: 659
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
156 37 0.01
157 13 0.00
158 55 0.01
159 3 0.00
160 5 0.00
161 51 0.01
162 62 0.01
163 9 0.00
164 16 0.00
165 13 0.00
166 50 0.01
167 34 0.01
168 14 0.00
169 43 0.01
170 105 0.02
171 6 0.00
172 102 0.02
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174 201 0.05
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176 106 0.02
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179 280 0.06
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183 39 0.01
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187 4 0.00
188 1 0.00
189 4 0.00
190 5 0.00
191 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
Found at i:50423 original size:157 final size:157
Alignment explanation
Indices: 50172--50475 Score: 364
Period size: 157 Copynumber: 1.9 Consensus size: 157
50162 AGAACAATTG
* ** * *
50172 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATCATTCTAATAGTCTTAACCAT
* *
50237 TTGAACCAATTCAGTAACAAATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAT
66 TTGAACCAATTCAGCAACAAA-TTATTTTTTAAATTCTCTTACTTATTAAGTTTTAAAATATTAT
*
50301 TAAATTAGTATTATTTTAATCAAATTTA
130 CAAATTAGTATTATTTTAATCAAATTTA
* * *
50329 TTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATCATT-TATATAGTCTTAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATCATTCTA-ATAGTCTTAACCA
*** * * * ** *
50393 TTTGAACTGGTTC-GACAATTAGATT-TTTTTTAAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTAGAATATT
65 TTTGAACCAATTCAG-CAA-CAAATTATTTTTTAAATTCTCTTACTTATTAAGTTTTAAAATATT
50456 ATCAAATTAGTATTATTTTA
128 ATCAAATTAGTATTATTTTA
50476 TTTCAAATAA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 20, Indels: 8
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
156 12 0.10
157 109 0.89
158 2 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (157 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTAAAATAGATAATCATTCTAATAGTCTTAACCAT
TTGAACCAATTCAGCAACAAATTATTTTTTAAATTCTCTTACTTATTAAGTTTTAAAATATTATC
AAATTAGTATTATTTTAATCAAATTTA
Found at i:51929 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 50787--51989 Score: 817
Period size: 176 Copynumber: 6.7 Consensus size: 180
50777 TGAAATAAAT
* * * * *
50787 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTA-AAATAATTGTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTT
* * * * ** * *
50850 TATGA-ATGAACAATAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATACTCTTAACAATTT
64 TATGACA--AACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTT
** * * * *
50914 GAA-TTGGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTC---C-TATTAATTTTTT
127 GAACTT-GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * *
50964 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCT-ACATAAGCTTGGATG-ATCAAAAACAATTATTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGA-ATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTT
* * * * * * *
51027 TATGAGAAA-ACAAAGATCATAATGATTAGATATTGAT-ATTGGTTCAAATAGTCATAACTATTT
64 TATGACAAACA-AAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATGGTCATAACTATTT
* * * * * * * * *
51090 GAACTGGTTCGAAAAACAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTCTTAATTTTCA
127 GAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * *
51144 AAATATTAATAAAGTAATATT-TTTT-ATTTCAGATAAGTTTTTATGAACT-GAAACAATTGA-T
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATT-ATT
* * * * * * * **
51205 TTATGATAAA-ATGAAGCTCATAACGACTTTAAGTAATTAGAATGATTGTTTAAAAAGTCA-AAT
63 TTATGACAAACA-AAAGATCATAACGA-TTT--G-AAATAG-ATAATTATTCAAATGGTCATAA-
* * * * * *
51268 CTTTTTTAACTT-TTTCAATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATGTTTC
121 CTATTTGAACTTGTTT-GATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * *
51329 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTT
* * * * * * ** *
51393 AT-ATCTAAACAAAAGATTAAAATGATTTGAAATATATAATTGTTCTAACAGTCTTAACTATTTG
65 ATGA-C-AAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTTG
* * * * * * *
51457 AACTAGCTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
128 AACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * *
51510 AAATATTATTAAATTGGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGGAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * * *
51575 TGACGAAA-TAAAGATCATAACGTTTTGAGATAGATAATTATTCAAATGGTTATAACTATTTGAA
66 TGAC-AAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
51639 C-TGTTTCAAAAATTATATTTAGTTTTTAAA--T-GT-CTTATTAATTTTCA
130 CTTGTTTGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * ** * * * *
51686 AAATATTAATAGATCAATATTATTTTAATATGAATAATTTTGCATCAACAAAAACAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * *
51751 TGACAAACAAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTGG
66 TGACAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATGGTCATAACTATTTGA
* ** *
51814 ACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTT
129 ACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * ** *
51866 TAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATTAATAGAAACAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * * * *
51931 TGAACAAACAAAAGATCATAATGATTTGACATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTA
66 TG-ACAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTA
51990 GGGCTGTAAA
Statistics
Matches: 796, Mismatches: 183, Indels: 90
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 11 0.01
176 197 0.25
177 59 0.07
178 9 0.01
179 51 0.06
180 154 0.19
181 133 0.17
182 38 0.05
183 14 0.02
184 33 0.04
185 45 0.06
186 35 0.04
187 16 0.02
188 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
TGACAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTTGAAC
TTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
Found at i:52762 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 52405--53720 Score: 1126
Period size: 181 Copynumber: 7.3 Consensus size: 181
52395 TTTACACCCC
* * *** * *
52405 TAGTTATAACTATTTAAACTCACTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * *
52469 TTTAGAATTTTAATAAA-TTACTATTATTTTATGCCAAATAA-ATTGTTATGAACAGAAACAATT
66 TTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTG-TATGAACAGAAACAATT
* * * *
52532 GGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATCT-AAACTATATAGTTGTTCAAA
129 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAA
* * **
52585 TAGTCATAATTATTTGAA-TGCGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * * *
52648 TTTTGGAATATTAATAAATTTATATTGTTTTATTCAAAATAACCTTGCATAAATAGAACCAATTG
65 TTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTG
* * * * * *
52713 TTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAACAGATAATTGTTCAGA
130 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * ** * * * * * *
52765 TAGTCATAACTATTTGAACATATTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
*
52830 TTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAAC-GAAAACAAT
66 TTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAAT
* * * *
52892 TGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
128 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
52946 TAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAGCATGTTTATTTTTTAAAATCTTTAACTTATT-AT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * ** * *
53010 TTCTAGAAATATTAATCAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATT
65 TTTTAG-AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
* * * * * * * *
53075 GCTTCATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAA
129 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
** * * *
53128 TAGTCATAAAGATTTGAACTTATTC-GATAAAAATATTTATTTTTTAAATCCTTTACTTATTAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* *
53192 TGTCTT--AATATTAATATATTTATATTATTTTAATCAAAATAAGCTTGTATGAACCA-AAA-AA
65 T-T-TTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAA
** * * * *
53253 -TCATTTATTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAA
127 TTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * *
53308 TAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCTGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
** *** ** * * * *
53373 TTTAGAATATTAAT-AGCTTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATTAACTGAAATAAATT
66 TTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATT
* * * *
53437 -TTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAA
129 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * ** * * * *
53489 AAGTCATAACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAACT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * * * * * *
53554 ATTA-AAAATTTAATAAA-TTAGTATAATTTTAATCCAAATGAGCTTATATGAACATAAACTATT
66 TTTAGAATA-TTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
* * * * * **
53617 GTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTACTCAAA
129 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * *
53670 TAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTTAATAAACATATTTAATTTTTAAATCT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT
53721 CATATTAATT
Statistics
Matches: 906, Mismatches: 197, Indels: 65
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.00
179 10 0.01
180 305 0.34
181 437 0.48
182 146 0.16
183 5 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
TTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGT
TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
Found at i:53476 original size:543 final size:540
Alignment explanation
Indices: 52430--53744 Score: 1478
Period size: 543 Copynumber: 2.4 Consensus size: 540
52420 AAACTCACTC
* * * *
52430 AGTAAATAGATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTACTATT
1 AGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAAATTTAATAAATTAATATT
* * *
52494 ATTTT-ATGCCAAATAA-ATTGTTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
65 ATTTTAAT-CCAAATAAGCTTGTT-TGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
* * * * * * ** *
52557 AACGATCTAAACTATATAGTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATGCGTTCAAAAAACATATT
128 AACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATGCATTCAAAAAACATATT
* * *
52622 TATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTGTTTTATTCAAAA
193 TATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATCAAAA
* * ** * * *** *
52687 TAACCTTGCATAAATAGAACCAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAACAG
257 TAACCTTGCATAAACAGAACAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAACAG
* * * *
52752 ATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATATTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTC
322 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATATTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTC
*
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* * *
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* *
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517 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTT
* * * *
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1 AGTAAACATATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTT-TAGAAAT-TTAATAAATTAATA
** * * *
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* *
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*
53163 TTTATTTTTTAAATCCTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATATATTTATATTATTTTAATC
191 TTTATTTTTTAAAT-CTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATC
* * * * *
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* * * *
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316 AAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATATT-TGGTAAACAGATTCATTTTTT
* ** ** **
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380 AAATCTCTTAATCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * *
53418 ATATTAACTGAAATA-AATT-TTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATT
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*
53481 TATTCAAAAAGTCATAACTATTTGATCTAGTTT
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* * * * * * *
53514 GGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAACTATTAAAAATTTAATAAATTAGTATA
1 AGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAAATTTAATAAATTAATATT
* * * * * * *
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65 ATTTTAATCCAAATAAGCTTGTTTGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* ** * * * *
53644 CAATTTAAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTG-GTTTAATAAACATATTT
130 CAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAA-TGCATTCAAAAAACATATTT
* *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * **
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * ***
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* * * *
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* * * * * * * * *
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1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
** * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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*
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* * * * * *
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* ** *
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* * **
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* * * * *
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1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** * * ** **
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * ***
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* * * * * * ** *
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* ** *
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* * * * * * * **
56753 TTATTTGAACTGGTT-AGGCAAACATAATTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTGAGATTTGAAAT
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* * * * * * *
56817 ATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTTGAATAA-ATTACTAAGAATTGAAAAAAA
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-GTATGAA-T-AGAAACA
* * * * * * * * *
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1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * * *
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1 ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
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* * *
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* * * * * *
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1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
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* * * * ** * * * ** *
57358 AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATATCGGATAAATTTTTTTGCATTTAAATA
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* * * * * * * * * *
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1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * *
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* * * * *
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* * * ** * * * ** * *
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1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * * **
57650 CTATTTAAAATGGTT-TGGAAAGCACATTTA-TTTTTAAATC-C---C-CATTGATTTTCAAAAT
66 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * **
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130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * ** * * *
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1 A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * *
57824 ACTATTTGAACTTGTTC-GATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AGA
65 ACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-A
* * * *
57887 ATAATAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCCACATAAACTTGTATGAATAGAAACA
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* * * * * *
57941 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAACTATTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * *
58006 CTATTTGAACTTGCTC-GATAAATAGATTTATTATTTAAATATTTTATTTATTAATTTTAGAAAT
66 CTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* *
58070 ATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
130 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * ** ** *
58122 ATTGGTTTATAACAAAA-AAATTGTTTTAA-TGATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
58185 ACTATTTGAACGTGTTTAG-AAA-ATGTATTTATGTTTTAAAT-TTTTACTTAATAATTTTT-AG
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* * *
58246 AATTTTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCA
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* * * * * ***
58301 ATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCAT-ATTGTTTTGAAATAGATAATTATTTTGATAGTCATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
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Statistics
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Found at i:56205 original size:360 final size:358
Alignment explanation
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54529 TAGCAAATAC
* * * * * *
54539 ATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCA-AAATAATTTTATATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
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* * * * * * * *
54603 TCTAATTGAAATTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTGTTGCTTTATTAATTTTTCA
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* * * *
54668 AATGTTAAT--A-TAGTATTATTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-G-AAATAATTATTTTA
126 AATATTAATAAATTAGTAAT-TTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAT-ATTGTTTTA
* * * *
54728 TGACTAAA-AAAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCT-TAACTATTTGA
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* * * * * * *
54791 ACTAGTT-TGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAAATTATTAA
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* * * *
54854 ATTAGTATCATTTTAAT-CGAATAAGCTTATGTGAA-AAGAAACA
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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128 TATTAATAAATTAGTA--ATTTTA-TTTGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAAAT-ATTGTTTTAT
* ** * *
55085 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAAG
188 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
* * * * * *** *
55150 TTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGCAAAATATTAATAAAAG
253 TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAAT
* * ** * *
55215 TACTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACA
317 TAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACA
* * * * * * * *
55257 ATTATTTTATGACAAAAC-GAAAGATCATAACAATTTGAAATAAAAAATTGTTTAAATAGTAATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* ** * * *
55321 CCTATTT-AAGCTTACTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAGTAATATT-TGGA
65 ACTATTTGAA-CTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTCT-AA
* * * *
55384 ATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGGATAGAAACA-ATTGGTTTAT
127 ATATTAATAAATTAGTA--ATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-ATATTGTTTTAT
* * * * *
55448 --CATGAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAGAACTATTTGAA
188 GACA-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * * * * * *
55511 -TGTATTCAGAAAATAAATTTCTTTTTT-AAT-TTTTACGTATTAAATTTTGGAATATTAATAAA
252 CT-TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* *
55573 -T-ATAATTATTTT-ATTCGAAATAAGCTTGTATG-A-ACAAACA
316 TTAAT-ATTATTTTAATCCG-AATAAGCTTGTATGAATAAAAACA
* * * * * *
55613 ATTATCTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AGTAATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAATCATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* ** *
55677 ACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAGATTCATTTTTTTAAATCTCTTACCAATTAATTTTCAAA
65 ACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTCTAA
* * * * ** *
55741 ATATT--T-AGTGA-T-ATTTTATTTCGAATAAGCCT-TATGAATTGATGCA-ATTATTTTATGA
127 ATATTAATAAATTAGTAATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGA-AAATATTGTTTTATGA
* ** * *
55799 CAAAACAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTT
190 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT
* * *
55864 GTTCAGTAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAA
255 GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAA
* *
55928 TATTATTTTAATCCGAATAGGCTTGTATGAAGAAAAACA
320 TATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACA
* *
55967 ATTGTTTCATGACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA-AA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * *
56031 CTATTTGAACTTATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCTACAT
66 CTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-T-TCTAAAT
*
56095 ATTAATAAATTTATGTAATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAATTTTGTTTTATGAC
129 ATTAATAAA-TTA-GTAATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAATATTGTTTTATGAC
* * * * * *
56160 AAAAGAAAAGGTTATAGCGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-ATACTT
191 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA-ACTT
* *
56224 GTTC-GATAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAAAT
255 GTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT-AAAT
** * * * * * *
56287 GGA-ATTATGTT-ATTCAAATAAGCTTGTACGAATAGAATCA
317 TAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACA
* * * * * * * * *
56327 ATTGTTTTGTGATAAAACAGAAGGTTATAA-TGATTTGAAACAGATAATTGTTTAAACAGTCATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * ** * * * *
56391 ACTATTTGTA-TTAG-TCAAGCCAACAG-TTTCATTCTTTAAATCTGTTACTTATTAGCTTTCAA
65 ACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTCTA
* * * * * * *
56453 AATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCTAAT-CGAC-TATATAAACAG-AAATAGTTGTTTT
126 AATATTAATAAATTAG--TAATTTTATTT-GAATAAG-CTTGTATGAATAGAAAATA-TTGTTTT
* * * * * * *
56515 ATCACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGTTATAACTAATTAA
186 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* * * * * * ***
56580 ACTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTCACTTCTTAATTTACAAAATATTAATAAA
251 ACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * **
56645 TTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAGCAAAAACA
316 TTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACA
* * ** * *
56688 TTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * ** * * * *
56753 TTATTTGAACTGGTTAGGCAAACATAATTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTGAGATTT-GAAAT
66 CTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-A-ATTTCTAAAT
* * * * * * * * *
56817 ATTAATAAATTATTTTATTTTATTTTGAATAA-ATTACTAAGAATTGAAAAAAAAAT-TTTTACG
129 ATTAATAAATTA-GTAATTTTA-TTTGAATAAGCTT-GTATGAA-T-AGAAAATATTGTTTTATG
* * * * * * *
56880 ACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAAATGTTCATATAGCCT-TAACTATTTGAAC
189 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAAC
* * * * * * * *
56944 TAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTCTTAGTCATTAATTTTT-AGAATATTATTACAT
253 TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAT
** * * * * * *
57008 TGGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTGTGAATAGAAATA
317 TAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACA
** * * * * *
57050 ATCATTTTATGAGATAACAAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
57115 ACTATTT-AAATTGGTTCGGTAAACAGATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
65 ACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTCT-AAA
* * *
57179 TATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-AT-GAAAAACAATTATTTTAT
128 TATTAATAAATTAGTA--ATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAA-TATTGTTTTAT
* * * * * ** * *
57242 GACAAAAGAAAAGTTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAAC
188 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
* * * *
57307 TAAT-TTGA-TAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAA
253 T--TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * ** * * * ** *
57370 GTAATATTATTTTATAT-CGGATAAATTTTTTTGCATTTAAATA
316 TTAATATTATTTTA-ATCCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACA
* * * * * * * * *
57413 GTTATTTTATGATAAAATAAAATGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGTCTTAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * *
57478 CTATTTGAACTTATTTGATAAATA-A--T-TTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTCTTAAA-
66 CTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTC-TAAAT
* * * * * *
57534 GTTAATAAATTAGTATTTTATATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAACA-ATTATTTTTTGAC
129 ATTAATAAATTAGTAATTT-TA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-ATATTGTTTTATGAC
* ** * * * ** * * * *
57598 TAAACAAAATATCAAAACAATTTGGAATAGATAATTGTTTTAATAGTCT-TATCTATTTAAAATG
191 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTT
* * * * * ** * *
57662 GTT-TGGAAAGCACATTTA-TTTTTAAATC-C---C-CATTGATTTTCAAAATAGTAATAAATTG
255 GTTCAGTAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * **
57720 GTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAAA-A
319 ATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACA
* * * * * * * * * * *
57760 TTTATTTTACGACAAAACGAAATGTCATAACAATTTGAAATAGACAA-CAGTTCAAATGGACATG
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATA
* * * *
57824 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAAT
65 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTCTA-AAT
* * ** *
57889 AATAATAAATTAGTATTAATTTATTCCACATAAACTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGA
129 ATTAATAAATTAGTA--ATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAA-ATATTGTTTTATGA
* * * * * *
57953 TAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATATATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
190 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT
* * * * * * * *
58018 GCTC-GATAAATAGATTTATTATTTAAATATTTTATTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTA
255 GTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
** * ** *
58082 GCATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
319 ATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACA
* * ** ** * *
58122 ATTGGTTTATAACAAAA-AAATTGTTTTAA-TGATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
58185 ACTATTTGAACGTGTTTAGA-AAA-TGTATTTATGTTTTAAAT-TTTTACTTAATAATTTTTAGA
65 ACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTCTA-A
* * * * *
58247 ATTTTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCA-ATTATTTT
127 ATATTAATAAA-TTAGTA--ATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAA--ATATTGTTTT
* ** * * *** * *
58309 ATGACAAAACAAATGGTCATATTGTTTTGAAATAGATAATTATTTTGATAGTCATAACTAATTGA
186 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* * *
58374 ACTTTTTCAGTAAACAAATTCATTTTTTTTAATTCTCTTACT
251 ACTTGTTCAGTAAACAAATT--TATTTTTTAAATCTCTTACT
58416 CTTGCTTATA
Statistics
Matches: 2755, Mismatches: 597, Indels: 330
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
346 2 0.00
347 115 0.04
348 5 0.00
349 21 0.01
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364 31 0.01
365 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTCTAAATAT
TAATAAATTAGTAATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAATATTGTTTTATGACAAAAC
AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCAG
TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
TTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACA
Found at i:59067 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 58668--59284 Score: 572
Period size: 180 Copynumber: 3.4 Consensus size: 181
58658 GCAGAACTAT
* * *
58668 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATTACCCTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCA
* * * * *
58733 TAAGACAAATGTTTTTGTTCATATAAGT-TTGTTCAGAATAAAGTAATATTAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-CAGTCTTATTCAGAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATT
* *
58797 TCAAAAATTAATACGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCACTTGCCAAACCAG
130 TCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATCCACTTGCCAAACCAG
* * * * * ** *
58849 TTCAATTAGTTATAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATAATTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCA
*
58914 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAGTCTTATTCA-AATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAGTCTTATTCAGAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTT
** * * ** ** *
58978 TGAAATTTAATAAGTAACAGATTTAGAAAATGTAT-CTGTTGGCCAGACCAG
131 CAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATCCACTT-GCCAAACCAG
* * * * *
59029 TAT-AAATAATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTTTGTTTTGTC
1 T-TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTC
* * * ** * * *
59093 ACAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATTTGGAATAACA-TTATTCGAATTTATTAATA
65 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC-AGTCTTATTCAGAATAA-AGTAATACTAATTTATTAATA
* * ** * **** *
59156 TTCCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATGAATTTATTTATTGAACAAG
128 TTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATCCACTTGCCAAACCAG
* * * * ** * * *
59206 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTTGTTATAACCTTTTGTATTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCA
59271 TAAAACAATT-TTTT
66 TAAAACAATTGTTTT
59285 CTATTTCATA
Statistics
Matches: 351, Mismatches: 77, Indels: 21
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 4 0.01
177 80 0.23
178 2 0.01
179 3 0.01
180 143 0.41
181 118 0.34
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAGTCTTATTCAGAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATCCACTTGCCAAACCAG
Found at i:59937 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 59307--63079 Score: 2881
Period size: 180 Copynumber: 21.1 Consensus size: 178
59297 AGCTTATCTC
* * * * **
59307 AAATCTATTTACTGAATAA-TGTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTG
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ** *
59371 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAGTAGCTTATTCAAATTAAAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAAT
* **
59436 AATATTAATTTGTTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATATT--AAAA-
129 AATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-AT-TTAAAAAAT
* ** * * * *
59486 AAATATGTTTACCAAACAGGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
** * * * * * *
59551 TATGACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCGAAAAAAAAAA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG---AATAAAA
* * * *
59616 TAATACTAACTTATTACTATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAT
128 TAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAAT
* * * *
59669 GAATCTATTTACTAAACAAGTTC-AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * *
59733 TATGACCTTTTGTTTTGGCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTCGAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATA
* * * * *
59798 ATGTGAATTTACTAATAATTCAAAGATTAATAAGTAAAAATATAAAAAAT
130 ATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAT
* * ** *
59848 AAATATATTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
1 AAATCTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ** * * *
59912 TGATAACTTTTTGGTTTACCATAAAACAATTGTTTTTATTCGTAAAAGCTTA-TCAGAATAAAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAAT
* *
59976 -A-ATAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAAT
129 AATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAAT
* *** * * * * * *
60024 AAATTTGTTTACCT-AGTGAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAATAATTATTTATTTTAAATCG
1 AAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* **
60088 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAAT
* * * *
60153 ATTACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACT
129 AATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAT
* * * * * **
60201 AAATTTGTTTACT-AGACAA-TTCAAATAGCTATGAGTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTG
1 AAATCTGTTTACTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
60264 GTATGATC-TTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTTTA-TCTATACAAACTTATTCAGAGTAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATACAAGCTTATTC-GAATAAAA
* * ** * * *
60327 TATTGCTAAACTAATAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
128 TAAT-ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAAT
* * * *
60380 AAA-CATATTGT-C-GAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATC
1 AAATC-TGTT-TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *
60442 ATTTTGACATTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATATATA-CTTATTCGAAATAAA
64 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTCG-AATAAA
* * * * *
60506 ATAATATTATTTTATTAACA-TTCAGAAAATTGATAAGCAAGCAATTTAAAAACAT
127 ATAATA-TAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAA-AT
* ** * * * *
60561 AAATCTGTTAACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC-ATTTTAAAATCG
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCA
* * * *
60625 TTATGACC-TTT-TTTTATCATAAAATAATTGTTTC-ATTTCATA-AAGCTTATCCAAAATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAA
* * * ** *
60686 TAACATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAA-AATTTGGAAATTTAAAACAT
128 TAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAA-GTAAAAATTTAAAAAAT
** * * * * *
60739 AAATCAATTTATTCAATCGA-TTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
1 AAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
60803 TTTTGAACTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATGCAAGCCTATTTAGAATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAA
* * *
60867 AAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TT-----AT
128 TAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAAT
* * * * *
60914 ---T-TGTTTACTGAACCAA-TTAAAATAATTATGCCTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTCA
1 AAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
60974 TTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTATGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAAT
* * * * * * *
61039 AATATTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAATTATGAGATTT-GAAAAT
129 AATA-TAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAAT
* * ** * ** * * * *
61090 AAATTTATTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAATAATTATCCATTTCAAATAAT
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * * * *
61155 TAT-ATACTTTTGTCTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAAT
66 TATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCGAATAAAAT
* *
61219 AATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAAT
129 AATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAT
* * * * * * *
61267 AAATTTGTTTAC-GAAACTAGTTCAATTAGTTAT-AATAATTTAAACAATTATTTATTTCATATC
1 AAATCTGTTTACTG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *
61330 GTTATGACCATTTGTTTTGTCAT-AAATAATTATCTCTATTGATAC-AGTCTTATTTGGAATAAA
64 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTA-TTCGAATAAA
* * * * *
61393 GTAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAACATATTTAAATAAT
127 ATAAT-ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAAT
* ** * * * * * **
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1 AAATCTGTT-TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * **
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* * * **
61576 ATAATTCTAATTTATCAATA-TTCTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAACCT
127 ATAA-TATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAAT
* * * * *
61630 AAATTTGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCAC
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * *
61695 CATAACCTTTTATTTTATCATAAAATAATT-TTTGCTATTCTTATAAGCTTATTTC-AGTTAAAA
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* * * *
61758 TAATACAAAGTTATT-ATCA-TTCAAACAATTAATAAGCAAAAGATTCAAAAAAT
128 TAATA-TAATTTATTAAT-ATTTCAAA-AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAAT
** * * * *
61811 AAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATTTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * *
61876 TATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATA
* * * * *
61941 ATATTAGTTTATTAATATTAT-GACAATTAATAAGTATAAGATTTTAAAAAT
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* * * * * * * ***
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1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
** * * * **
62057 TATGACCTTTTGTTTCATCATAAAA-AATTGTATC-ATTTCATATAGGCTTATTTAAAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAAT
* * *
62120 AATACTAATTTATTAATA-CTCTAAAAATTAATGAGAAAGAAATTTAAAAAAT
129 AATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAAT
* * * * *
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1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
62237 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATATTGAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCGAATAAAATA
*
62302 ATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAT
130 ATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAT
* ** *
62352 AAATCTATTTTTTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AG
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-
* * * * * * *
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* *
62480 TAATACTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
128 TAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAAT
*** * *
62533 AAATCTGTTTACTGCGTAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAA-TATTTATTTCAAAT-AG
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-
** * ** *
62596 TTATGATTTTTTGTTTTGTCA-AAAAGCAATTGTTTCTATTC-TCATAATTTTATTCAAAATAAA
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* * *
62659 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAT
127 ATAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * *
62713 GAATTTGCTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGTCTATTTGAATAATTATCTGTTTCAAATCGT
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * ** *
62778 TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTCTATTCTTGCAAAATTATTCAAAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATA
* * ** * *
62843 ATACTAATCTACTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACT
130 ATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAT
* * *
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1 AAATCTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATC
* * * ** * * *
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64 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAA
* * *
63017 TAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
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*
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1 AAATCTGTTT
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Statistics
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TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAA
TATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAT
Found at i:61068 original size:171 final size:171
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60752 CAATCGATTC
* * *
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* * * * * *
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* **
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** * * *
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* * *
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Statistics
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AACAATTGTTTTTCATCATACAAACCTATTCAAAATAAAAAAATACTAATCTAATAATATTTCAA
AAATTAATAAGTAGGAGATTATTTGTTTACTGAACCAATTA
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60905 GGAGATTATT
* * * * * *
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* * * *
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* * * * ** * *
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* ** * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
61223 TTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATT
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* * * * * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * * * *
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** * * * * * **
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* * * * **
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* * * ** *
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* * * ** *
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* * * * * **
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* * * *
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** * * * *
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1 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
** * *
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* * * * *
61945 TAGTTTATTAATATT-ATGACAATTAATAAGTATAAGATTTTAAAAATAAATA
130 TAATTTATTAATATTCA--AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * ***
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1 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* ** * * *
62062 CCTTTTGTTTCATCATAAAA-AATTGTATCAT-TTCATATAGGCTTATTTAAAATAAAATAATAC
66 CCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGT-TTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
* * * *
62125 TAATTTATTAATACTCTAAAAATTAATGAG-AAAGAAATTTAAAAAATGAATC
130 TAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATC
* * * *
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1 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * *
62242 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATATT-GAATAAAATAATA-
66 CCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TTCAAATAAAATAATAC
62305 TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATC
130 T-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * *
62357 TATTTTTTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTCATG
1 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATG
* ** *
62421 ACCTGTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAG-TGTATTTGAAATAAAATAATA
65 ACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCT-TATTTCAAATAAAATAATA
*
62485 CTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
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*** * *
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1 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATG
** * * * * * **
62601 ATTTTTTGTTTTGTCA-AAAAGCAATTGTTTCTATTC-TCATAATTTTA-TTCAAAATAAAATAA
65 ACCTTTTGTTTTATCATAAAA-TAATTGTTTTTGTTCAT-ACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAA
* ** * *
62663 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATGAATT
127 TACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * *
62718 TGCTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGTCTATTTGAATAATTATCTGTTTCAAATCGTTATGA
1 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * * * **
62783 TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTCTATTCTTGCAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATAC
66 CCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAC
* * ** *
62847 TAATCTACTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATC
130 TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * *
62895 TATCTACTGAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTT-AAATCATTAT
1 TGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTAT
* * * * ** * *
62958 G-CTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTTGTACCAGCTTATTT-AGATTAAAATAA
64 GACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAA
* * * *
63020 TACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
127 TACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * * * ** *
63075 TGTTTGCCAAACTAGCTCAGATAGTTAAGACTATTTTGTCATA-AAACA-C-A-TTCAAATAGTT
1 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTG--A-ACAATTATCTATTTC-AA-A-TC
* ** * * * *
63136 ATTATTAGTTAAACAATTATTTATTTCA-AATAGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAACCAAT
59 ATTA-T-G---ACCTTTTGTTT-TATCATAA-A---AT-A-ATTGT-TTTTGTTCAT--A-CAA-
* * *
63199 TGTTTCTGTTCAAACATGTGTATTCGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTCATATTCCAAAAATTA
107 -G---C--TT-----A----T-TTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTA
*
63264 ATAAGTAAAAGTTTTTAAAAAATAAATC
154 ATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATC
* * **** * *
63292 TATTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACCGGATGAACAAGTATTTATTTCAAAT-AGTTATG
1 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATG
* * * * * * * ** *
63356 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAGAATAC
65 ACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
* * * *
63421 TAATTTACTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGAAGATTTAAAAAATAAATT
130 TAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * **
63473 TGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAGTTGTTATGA
1 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * * ** *
63538 CCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTTATGCAAAATTATTT-AGAATAAAATAATAT
66 CCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATAC
* * ** *
63602 TTATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAACTAAATC
130 TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * * *
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1 TGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
63713 ATCTTTAT-TTTT-TTATAAAACAATTGTTTCTT-TTAATACAACCTTA-TTCAAATTAAAATAA
65 ACCTTT-TGTTTTATCATAAAATAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAA
* * *
63774 TACTAGTTTAATAATATTACAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
127 TACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * ** * ** * *
63829 TGTTTGCTAAACCAA-TTCAAATAGTTAACACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTA
1 TGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * ** * *** * * *
63893 ACATTTTGTTTAATCATAAAGCAATTATTTCAATTCAAACAAGTTTA-TTCAGAACAAAATAATA
65 ACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA
* *
63957 CTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATC
129 CTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATC
* * * * *
64011 TGTTTA-TCGAATAAGTTTAAATAAATT-TGACTATTTGAACAATCAATCTAACTATTTAAAGTC
1 TGTTTACT-GAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCT-A-T-TTCAAA-TC
* * ** * ** * * *
64074 ATTACGACCTTTTCTTCCA-CATACAATAATTGTTTCAGCTCATAGAAGCTTA-TCCGAAATAAA
59 ATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAA
* * * * *
64137 ATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAAC
123 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * *
64196 TATTTTTTGAATCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATC-ATTCTCAAATCATTAT
1 TGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTAT
* * * * * * **
64259 GATC-TTTGTTTTCTCTTAAAATAATTG--TTT-CTAAT-CATGCTTATTT-GGATAAAAT-A-A
64 GACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
* *
64316 -TAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAAATAAATA
129 CTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * * *
64364 TGTTTGCCGAACCAGTTCGAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAA
1 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * ** * *
64429 CCATTTGTTTAATCATATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTA-TTCGAAATAAAATAATAT
66 CCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAC
64493 TAATTTATTAA
130 TAATTTATTAA
64504 CATTTATTTA
Statistics
Matches: 2662, Mismatches: 570, Indels: 357
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
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AATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
Found at i:62245 original size:361 final size:361
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* * ** *
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* * *
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129 AATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAAGAT-TTAAAAAATAAATTTGTTTAC
** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* ** *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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* **
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* * * *** * * * * * *
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1 AAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * **
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66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATA
* * *
60154 TTACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACT-A
130 ATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGA
* * * * * * *
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195 -ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * * ** *
60278 TTGTCATTAAACAATTGTTT-TTA-TCTATACAAACTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAACTAA
259 TTATCATAAAACAATTGTTTCATATTC-ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
*
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323 TAATATTTTAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAT
* * *
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1 AAATC-TATT-TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * *** *
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64 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA-AGCTTATTCG-AATAAA
* * * * * *
60506 ATAATATTATTTTATTAACA-TTCAGAAAATTGATAAG-CAAGCAATTTAAAAACATAAATCTGT
127 ATAATATTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAAG--ATTTAAAAA-ATAAATTTGT
* ** * * *
60569 TAACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC-ATTTTAAAATCGTTATGACC
188 TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACC
* * * *
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252 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCATATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * **** * *
60694 CTTTATTAATATTTCAAAAATTGAA-AATTTGGAAATTTAAAACAT
317 ATTTATTAATATTTTAAAAATT-AATAAGAAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
60739 AAATCAATTTATTC-AATCGA-TTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
1 AAATCTATTTA-CCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * ** * * *
60802 ATTTTGAACTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTTCATCATGCAAGCCTATTTAGAATAAAA
64 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAA
* * * *
60867 AAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA--T------T--ATTTGTTTAC
128 TAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * * * *
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192 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * * * *
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256 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCATATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * ** * *
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321 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAT
* *** * ** * * * *
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1 AAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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194 -AACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * *** * *
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257 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCATATTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * *
61406 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAACATATTTAAATAAT
321 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * * * **
61447 GAATCTGTTGGCCTG-ACCAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
1 AAATCTATTTACC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
61511 TTATGACCTTTTTTATTTTGTCACAAAACAATT-TTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAC
65 TTATGACC--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAA
* * * * **
61575 CATAAT-TCTAATTTATCAATATTCTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAACCTAAATTTGTT
126 AATAATAT-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * *** *
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189 TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * * ** *
61704 TTATTTTATCATAAAATAATT-TTTGC-TATTCTTATAAGCTTATTTC-AGTTAAAATAATACAA
254 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-CATATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTA
* * *
61766 AGTTATT-ATCA-TTCAAACAATTAATAAGCAAA-AGATTCAAAAAAT
317 ATTTATTAAT-ATTTTAAA-AATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
61811 AAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATTTATTTCAAATCAT
1 AAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* *
61876 TATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATA
* * * * * *
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130 ATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTG
* * * * * * * *
62006 AACAAGTTTAAATATTTATAATTATTTGAATAATAATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTT
194 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * *
62071 TCATCATAAAA-AATTGTATCAT-TTCATATAGGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATT
259 TTATCATAAAACAATTGTTTCATATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
62134 AATACTCTAAAAATTAATGAGAAAGAAATTTAAAAAAT
324 AATATTTTAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAT
* * *
62172 GAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCAT
1 AAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * *
62237 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATATTGAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TCGAATAAAATA
* ** * * * **
62302 ATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGA
130 ATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGA
* * * *
62367 ACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTCATGACCTGTTGTTT
195 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * ** *
62432 TATCATAAACCAATTGTTT-TTGTTCATACAAG-TGTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATT
260 TATCATAAAACAATTGTTTCATATTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
**
62495 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAAT
324 AATATTTTAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAAT
* * *** * *
62533 AAATCTGTTTACTGCGTAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAA-TATTTATTTCAAAT-AG
1 AAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-
** * * * ** *
62596 TTATGATTTTTTGTTTTGTCA-AAAAGCAATTGTTTCTATTC-TCATAATTTTATTCAAAATAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTTTGTTCAT-ACAAGCTTATTC-GAATAAA
* * * * * *
62659 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATGAATTTGCTTA
127 ATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * * *
62724 CCGAACAAGTTCAAATAATCATGTCTATTTGAATAATTATCTGTTTCAAATCGTTATGATCTTTT
191 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * ** *
62789 GTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTC-TATTCTTGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCT
256 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCATATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * *
62853 ACTAATATTTTGAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAACT
321 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAT
* * *
62890 AAATCTATCTACTGAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTT-AAATC
1 AAATCTATTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATC
* * ** * * *
62953 ATTATG-CTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTTGTACCAGCTTATTTAGATTAAA
64 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAA
* * * *
63016 ATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTG
127 ATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
** * * * * ** * *
63081 CCAAACTAGCTCAGATAGTTAAGACTATTTTGTCATA-AAACA-C-A-TTCAAATAGTTATTA--
191 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTG--A-ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* ** * * ** * **
63140 -TTAG--TTA--A-ACAATTATTTATTTCAAATAGTT-ATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAACCA
252 TTTTGTTTTATCATA-AAACAATTGTTTC--ATA-TTCAT-A-C--AAGCTTAT-TCA-AAATAA
* ** * * * * * ** * ** ** ***
63197 ATTGTTTCT-GTTCA-AACATGTGTATTCGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTCATATTCCAA-
307 AATAATACTAATTTATTA-ATAT-T-TTAAAAAT-TAATAA-GAAAG-AGATT--TA-AAAAAT
* * * ** * * * * *
63258 AAAT-TA-ATA-AGTAA-AAGTTTTTAAA-AAATA-AATCTATTT--AC--TGAGCAAGTTCAAA
1 AAATCTATTTACCG-AACAAG--TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
*** * * * * *
63313 T-AGTTATGACCGGATGAACAAGTATTTAT-TTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATA-A
62 TCA-TTATGACC---T---TTTGT-TTTGTCATAAAACA-AT-TG-T-TTTTG---T-TCATACA
* * * *
63375 AACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAGAATACTAATTTACTAATATTCTAA
111 AGC--TTA-TTCGA---ATA-AA----A--T--AAT------AT--TAATTTATTAATATTTTAA
* * * * * *
63440 AAATTAATAGGTAGAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCC
153 AAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
63505 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC-T
217 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAT
* * ** * * * * * *
63569 ATTTATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTTATCTATTAATATTTTGAAAATTAAT----A
282 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAA
*
63630 AGAGATTT-AAAACT
347 AGAGATTTAAAAAAT
*** * * * *
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1 AAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
63708 TTATGATCTTTAT-TTTT-TTATAAAACAATTGTTTCTT-TTAATACAACCTTATTCAAATTAAA
65 TTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAA
* * * ** * *
63770 ATAATACTAGTTTAATAATATTACAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTG
127 ATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* ** * * * * *
63835 CTAAACCAA-TTCAAATAGTTAACACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACATTT
191 CTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * * * *
63899 TGTTTAATCATAAAGCAATTATTTCA-ATTCAAACAAGTTTATTCAGAACAAAATAATACTAATT
255 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCATATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* **
63963 TATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAA-AGATTTAAAAAAAT
320 TATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTT-AAAAAAT
* * * * * * *
64006 AAATCTGTTTATCGAATAAGTTTAAATAAATT-TGACTATTTGAACAATCAATCTAACTATTTAA
1 AAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCT-A-T-TTCAA
* * *** * * ** * * *
64070 AGTCATTACGACCTTTT-CTTCCACATACAATAATTGTTTCAGCTCATAGAAGCTTATCCGAAAT
61 A-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCG-AAT
* * * * * ** *
64134 AAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAACTAT
124 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGT
** * * * * *
64199 TTTTTGAATCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATC-ATTCTCAAATCATTATGAT
188 TTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCGTTATGAC
* * * * ***
64262 C-TTTGTTTTCTCTTAAAATAATTGTTTC-TA---AT-CATGCTTATT-TGGATAAAAT-A-A-T
251 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCATATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * *
64317 AATTTAATAATATTCTAAAAATTAAT----AATAGATTTAAAAAAT
316 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * *
64359 AAATATGTTTGCCGAACCAGTTCGAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
1 AAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * ** * * ** *
64424 TTTAACCATTTGTTTAATCATATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATA
*
64489 ATATTAATTTATTAACATTT
130 ATATTAATTTATTAATATTT
64509 ATTTATTTCA
Statistics
Matches: 3738, Mismatches: 844, Indels: 529
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (361 bp):
AAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAA
TATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA
CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
ATCATAAAACAATTGTTTCATATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
TATTTTAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAT
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63141 TAGTTAAACA
* * * * * *
63151 ATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCAAAC-A
1 ATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCT-TTTATACAA
** * * * ** *
63215 TGTGTATTCGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTCATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGTTTTT
65 AAT-TATTC-AAATAAAATAATACTA-TTTAATAATATTATAAAAATTAATAAG---AAG-ATTT
* * *** *
63280 AAAAAATAAATCTATTTACTG-AGCAAGTTCAAATAGTTATGACCGGATGAACA
123 AAAAAATAAATCTATTTATTGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACT
* * * * *
63333 AGTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCT-TTTATACAA
** ** * * *
63398 GTTTATTTGGAATAAAAGAATACTAATTTACTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGAAGATTTAA
65 AATTA-TTCAAATAAAATAATACT-ATTTAATAATATTATAAAAATTAATA---AGAAGATTTAA
* * * *
63463 AAAATAAATTTGTTTATT-AAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAA-T
125 AAAATAAATCTATTTATTGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACT
* * * *
63513 AATTATCTATTTCAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTTATGCA
1 -ATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCT-TTTATACA
* * * * * *
63578 AAATTATTTAGAATAAAATAATATTTATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-AGATTT-AAA
64 AAATTATTCA-AATAAAATAATA-CTATTTAATAATATTATAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAA
* * * **
63641 ACTAAATCTATTTTTTGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTTTTTGAACT
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* *
63690 ATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTAT-TTTT-TTATAAAACAATTGTTTCTTTTAATACA
1 ATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTT-TGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTTTT-ATACA
** *
63753 ACCTTATTCAAATTAAAATAATACTAGTTTAATAATATTACAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
64 AAATTATTCAAA-TAAAATAATACTA-TTTAATAATATTATAAAAATTAATAAG---AAGATTTA
* * ** ** * * *
63818 AAAAATAAATATGTTTGCT-AAACCAA-TTCAAATAGTTAACACTATTAGAACA
124 AAAAATAAATCTATTTATTGAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACT
* * * ** * * * * * *
63870 ATTATCTATTTCAAATTGTTCT-AACATTTTGTTTAATCATAAAGCAATTATTTCAATTCAAACA
1 ATTATCTATTTCAAATAGTTATGATC-TTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC-TTTTATACA
** * * *
63934 AGTTTATTCAGAACAAAATAATACTAATTTATTAACATTCA-AAAAATTAATAAGCAAAAGATTT
64 AAATTATTCA-AATAAAATAATACT-ATTTAATAATATT-ATAAAAATTAATAAG---AAGATTT
* * * * * *
63998 AAAAAAATAAATCTGTTTATCG-AATAAGTTTAAATAAATT-TGACTATTTGAACAAT
123 -AAAAAATAAATCTATTTATTGAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACCATTTGAAC--T
* * * * **** * * ** *
64054 CAATCTAACTATTT-AAAGTCA-TTACGACCTTTT-CTTCCACATACAATAATTGTTTCAGCTCA
1 --AT-TATCTATTTCAAA-T-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTC-TTTTA
* ** * *
64116 TAGAAGCTTATCCGAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAG
60 TACAAAATTATTC-AAATAAAATAATACTA-TTTAATAATATTAT-AAAAATTAATAAG--A-AG
* * * * * * * *
64180 ATTTAAAAACTAAAACTATTTTTTGAATCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTAAACA
119 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACT
* * * *
64237 AATATC-ATTCTCAAATCA-TTATGATC-TTTGTTTTCTCT-TAAAATAATTGTTTC--TAAT-C
1 ATTATCTATT-TCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGT-TATAAAACAATTGTTTCTTTTATAC
*** *** * *
64295 ATGCTTATTTGGATAAAATAATA--ATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAA-TAGATTTAAAAA
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64357 ATAAAT
128 ATAAAT
64363 ATGTTTGCCG
Statistics
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ATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTTTTATACAAA
ATTATTCAAATAAAATAATACTATTTAATAATATTATAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATA
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Found at i:63912 original size:935 final size:932
Alignment explanation
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*
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* * * * *
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** *
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* ** * * * *
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196 CCAGATGAACAAGTATCTATTTCAAATAGTCATGACCTGTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTC
* * * *
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**** * *
62517 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGCGTAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATA
326 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACAATA
* ** **
62582 TTTATTTCAAATAGTTATGATTTTTTGTTTTGTCAAAAAGCAATTGTTTCTATTCTCATAATTTT
391 TCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAGCAATTGTTTCTATTCTCATAAAATT
*
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456 ATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCTAAAAATTAATA-G-AGGAGATTTAAAAAA
* * * * * *
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519 TAAATCTACTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCG
* ** *
62777 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTCTATTCTTGCAAAATTATTCAAAATAAAAT
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* *** * *
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* * ** * * * * **
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* ** *** * * ** *
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** * * *
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909 AAGACTATTTTGTCATAAAACACA
* *
63125 TTCAAATAGTTATTATTAGTT-AAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGT
1 TTCAAATAGTTATGACTAGTTGAAA-AATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
63188 CATAAACCAATTGTTTCTGTTCAAACATG-TGTAT-TCGAAATAAAATAATGCT-AGTTTATTCA
64 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCAAACAAGCT-TATATCG-AATAAAATAAT-ATAAATTTATTAA
* *
63250 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGTTTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGCAAGTTCAAATA
126 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA--ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATA
* * * * * *
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189 GTTATGACCAGATGAACAAGTATCTATTTCAAATAGTCATGACCTGTTGTTTTATCATAAAACAA
* * *
63380 TTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAGAATACTAATTTACTAATATTCTAAAAATT
254 TTATTTCTATTCATACAAGTGTATTTGAAATAAAAGAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATT
* * * * **
63445 AATAGGTAGAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTG
319 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATAACCATTTG
* * * *
63510 AATAATTATCTATTTCAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAA-CAATTGTTTCTATT-T
384 AACAA-TATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-AAAAGCAATTGTTTCTATTCT
* * * * * *
63573 -ATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTTATCTATTAATATTTTGAAAATTAATA-A-GAGA
447 CAT--AAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCTAAAAATTAATAGAGGAGA
* * *** * * *
63635 TTT-AAAACTAAATCTATTTTTTGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTTTTTGAACT-ATTATCT
510 TTTAAAAAATAAATCTACTTACCGAA-CAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAA-TAATTATCT
* * **
63697 ATCTCAAATCGTTATGATCTTTAT-TTTT-TTATAAAACAATTGTTTCTTTTAATACAACCTTAT
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* * *
63760 TCAAATTAAAATAATACTAGTTTAATAATATTACAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
637 TCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTACAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATA
* * * **
63825 AATATGTTTGCT-AAACCAATTCAAATAGTTAACACTATTAGAACAATTATCTAT-TTCAAATTG
698 AATATATCTACTGAAA-CAATTCAAATAGTTAACACTATTAGAACAATTATCTATCTT-AAATCA
* * * *
63888 TTCTAACATTTTGTTTAATCATAAAGCAATTATTTCAATTCAAACAAGTTTATTCAGAACAAAAT
761 TTAT-ACATTTTATTTAATCATAAAACAATTATTTCAATTCAAACAAGCTTATTCAGAACAAAAT
*
63953 AATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTT
825 AATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTT
64016 ATCGAATAAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (932 bp):
TTCAAATAGTTATGACTAGTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTGTTCAAACAAGCTTATATCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTC
CAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
CCAGATGAACAAGTATCTATTTCAAATAGTCATGACCTGTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTC
TATTCATACAAGTGTATTTGAAATAAAAGAATACTAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACAATA
TCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAGCAATTGTTTCTATTCTCATAAAATT
ATTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCTAAAAATTAATAGAGGAGATTTAAAAAATA
AATCTACTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTT
ATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATACAAAATTATTCAAAATAAAATAA
TACTAATCTAATAATATTACAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATATCTACTGAAACA
ATTCAAATAGTTAACACTATTAGAACAATTATCTATCTTAAATCATTATACATTTTATTTAATCA
TAAAACAATTATTTCAATTCAAACAAGCTTATTCAGAACAAAATAATACTAATTTAATAACATTC
AAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACTAGCTCAGATAGTTAA
GACTATTTTGTCATAAAACACA
Found at i:63954 original size:356 final size:357
Alignment explanation
Indices: 63281--63956 Score: 788
Period size: 356 Copynumber: 1.9 Consensus size: 357
63271 AAAGTTTTTA
* *
63281 AAAAATAAATCTATTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACCGGATGAACAAGTATTTATTTCA
1 AAAAATAAATCTATTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACCGGATGAACAAGTATCTATCTCA
* ** **
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66 AATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTAATACAACCTTATTTCAAAT
* * * *
63411 AAAAGAATACTAATTTACTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGAAGATTTAAAAAATAAATTTGT
131 AAAAGAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
* *** * * * * *
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196 TTACTAAACAAGTTCAAATAGTCAACACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACAT
** * * * * ** * *
63541 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTTATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTTAT
261 TTTGTTTAATCATAAAACAATTATTTCAATTCAAACAAAATTATTCAGAACAAAATAATATTTAT
63606 CTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTT
326 CTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTT
* ** * **** * *
63638 AAAACTAAATCTATTTTTTGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTTTTTGAACTATTATCTATCTC
1 AAAAATAAATCTATTTACTG-AGCAAGTTCAAATAGTTATGACCGGATGAACAAGTATCTATCTC
* * * *
63702 AAATCGTTATGATCTTTAT-TTTT-TTATAAAACAATTGTTTCTTTTAATACAACCTTA-TTCAA
65 AAATAGTTATGATCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTAATACAACCTTATTTCAA
* *
63764 ATTAAAATAATACTAGTTTAATAATATTAC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
129 A-TAAAAGAATACTAATTTAATAATATT-CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
63828 ATGTTTGCTAAACCAA-TTCAAATAGTTAACACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCT
192 ATGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTCAACACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* **
63892 AACATTTTGTTTAATCATAAAGCAATTATTTCAATTCAAACAAGTTTATTCAGAACAAAATAATA
256 AACATTTTGTTTAATCATAAAACAATTATTTCAATTCAAACAAAATTATTCAGAACAAAATAATA
63957 CTAATTTATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
AAAAATAAATCTATTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACCGGATGAACAAGTATCTATCTCA
AATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTAATACAACCTTATTTCAAAT
AAAAGAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
TTACTAAACAAGTTCAAATAGTCAACACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACAT
TTTGTTTAATCATAAAACAATTATTTCAATTCAAACAAAATTATTCAGAACAAAATAATATTTAT
CTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTT
Found at i:65725 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 65703--65774 Score: 82
Period size: 15 Copynumber: 5.1 Consensus size: 15
65693 TAAGAGATTT
65703 AAAACAGTGAGCAAA
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*
65718 AGAACAGTGAGCAAA
1 AAAACAGTGAGCAAA
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1 AAAACAGTGAGCAAA
* *
65745 --AACAGAGAACAAA
1 AAAACAGTGAGCAAA
65758 AAAACAGTGAGCAAA
1 AAAACAGTGAGCAAA
65773 AA
1 AA
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Statistics
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AAAACAGTGAGCAAA
Found at i:65748 original size:25 final size:25
Alignment explanation
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* *
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65745 AACAGAGAACAAAAAAACAGTGAGC
1 AACAGAGAACAAAAAAACAGTGAGC
65770 AA
1 AA
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Statistics
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AACAGAGAACAAAAAAACAGTGAGC
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66433 TTTCTTTTAA
66443 TTTATTTATTGGTTTG
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1 TTTATTTATTGTTTG
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1 TTTATTTATT
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Statistics
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TTTATTTATTGTTTG
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66424 CCAAGTTTTT
* * * *
66434 TTCTTTTAATTTATTTATTGGTTTGTTTATTTA
1 TTCTTTTTATTTATTGATTGGTTTATTTATATA
*
66467 TTTTTTTTATTTATTAGATTAGGTTTATTTA-ATA
1 TTCTTTTTATTTATT-GATT-GGTTTATTTATATA
66501 TTCTTTTTAT
1 TTCTTTTTAT
66511 CTTTATTTTA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 6, Indels: 3
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TTCTTTTTATTTATTGATTGGTTTATTTATATA
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*
66514 TATTTTATTTTT
1 T-TTTTA-TCTT
*
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1 T-TTTTATCTT
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1 TT-TTTATCTT
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1 TTTTTAT
66573 TATTCTATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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66494 TTTAATATTC
* * * *
66504 TTTTTA TCTTTA -TTTTA TTTTTA TTTTTA TTTTT- GTTTTA CTTTTC
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*
66550 TTTTCTT TTTTTA TTTTT- TTTATTA TT
1 TTTT-TA TTTTTA TTTTTA TTT-TTA TT
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Statistics
Matches: 54, Mismatches: 8, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (6 bp):
TTTTTA
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Indices: 66504--66536 Score: 57
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66494 TTTAATATTC
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*
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* ***
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*
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** * *
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* *
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* * * * *
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* *
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* *
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* * * *
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1 TTTTTA TTTT
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*
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* * *
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*
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*
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**
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* * * *
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*
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* *
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* *
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* ** * * *
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*
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*
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**
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* * *
75095 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTCT
64 TTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* *
75159 TCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA
128 TCATACAAAATTATTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
* * * * * * * * **
75211 ATTAAT---TAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTACTGAATC-AGTTCAAATAATTATGATTA-
1 ATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCT-ATTA-TTAAACAAATTCAAATAGTTATGACCAT
* * * * * *
75271 CTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTAT-TTTT-TCATAAAACAATTGTTTCTT
64 TTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGA-CATTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
75333 TTCATA
127 TTCATA
75339 TAAGCTTATT
Statistics
Matches: 417, Mismatches: 61, Indels: 29
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 25 0.06
176 33 0.08
177 40 0.10
178 3 0.01
180 13 0.03
181 296 0.71
182 7 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTATTAAACAAATTCAAATAGTTATGACCATTT
GAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
TACAAAATTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
Found at i:75445 original size:153 final size:153
Alignment explanation
Indices: 75251--75531 Score: 363
Period size: 154 Copynumber: 1.8 Consensus size: 153
75241 TTACTGAATC
* * * *
75251 AGTTCAAATAATTATGATTACTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTAT-TTT-T
1 AGTTCAAATAATTAAGACTACTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-CATTT-TGTTTAG
* ** * * *
75313 TCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTATTTCG-ATTAAGATAATACTAATTTAATAAT
64 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
75377 AAAAAATAAATGTGTTTTGTCGATCT
128 AAAAAATAAATGTGTTTTGTCGATCT
* * * *
75403 AGTTGAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACATTTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAATTAAGACTACT-GAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACATTTTGTTTAGT
*
75468 CATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 CATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
75532 TTCAAAAAAT
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 15, Indels: 8
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
152 20 0.18
153 33 0.30
154 56 0.51
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (153 bp):
AGTTCAAATAATTAAGACTACTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTC
ATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAAA
AAATAAATGTGTTTTGTCGATCT
Found at i:76227 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 75403--76456 Score: 884
Period size: 181 Copynumber: 5.8 Consensus size: 180
75393 TTGTCGATCT
* * * * * * * * *
75403 AGTTGAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTG-ACATTTTGTTTAG
1 AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTACTTAAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTG
* * *
75467 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
65 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*
75531 A-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTCAAAAAAATTAATATGTTTACCTAACA
129 ATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT--AAAAAA-TAATATGTTTACCAAACA
* * *
75586 AGTTCAAATAGATATAACCATTTGAACAATTATCTACTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTACTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGT
** ** * * *
75651 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAATTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTCATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
75716 TTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTAT-TTT-CCAAACC
131 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAT-AA--TATGTTTACCAAACA
* * * * ** *
75767 AGTTCAAATAGTTATGATCATTTGAACAAATATC-AATCTCAAATCGCTATGATC-TTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTACT-TAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG
* * * * * * * *
75830 TCATAAAAAAAACTATTTC-TTATCATATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAA
65 TCAT-AAAACAATTGTTTCAAT-TCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
75894 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAA-ACGTGTTTACCGAATC-
128 TATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAATA--TGTTTACC-AAACA
* * * * * * * * * * * * *
75948 ATTTCAAGTGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAACCATTCT-AACCTTTTATTTAG
1 AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTACTTAAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTG
* * * *
76012 TCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAGTAAAATAATACTAATTTATTAACA
65 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
76077 -TTCAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAATTATGTTTACCAAACA
130 TTTCA-AAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAA-TATGTTTACCAAACA
* * ** * * *
76130 AGCTCAAATAGTTATTATTATTTGAACATTTAGCTACTTAAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTACTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGT
* ** * * *
76195 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATTCTACTTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
76260 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAA-ACTAGTTTATCGAATC-
131 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAATA-T-GTTTA-CCAAACA
* * * * * ** * * * *
76311 AGTTCAAATAATTATGGCCACTTGAACAATTAT-AAATTATAAATTGTTATTACCTTTTATTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTACTTA-AAATCATTATGAACTTTTGTTTTG
* * * *
76375 TCATAAAACAATTATTTTTCAA--CATACAAGATTATTT-GAAATAAAACAATACTAATTTATTA
65 TCATAAAACAA-T-TGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* *
76437 ATATTTCAAGAATTAGTAAG
127 ATATTTCAAAAATTAATAAG
76457 ACATCTAAAA
Statistics
Matches: 693, Mismatches: 146, Indels: 66
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
179 2 0.00
180 32 0.05
181 352 0.51
182 160 0.23
183 141 0.20
184 5 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (180 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTACTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAATATGTTTACCAAACA
Found at i:76368 original size:363 final size:361
Alignment explanation
Indices: 75457--76456 Score: 992
Period size: 363 Copynumber: 2.8 Consensus size: 361
75447 CATTCTGACA
* *
75457 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * *
75522 TTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTCAAAAAAATTAA-TATGTTTACCTAA-
66 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAACTA-GTTTACCGAAT
* * * * *
75584 CAAGTTCAAATAGA-TATAACCATTTGAACAATTATCTACTTA-AAATCATTATGACCTTTTGTT
127 C-AGTTCAAATA-ATTATGACCA-TTGAACAATTAT-AAATTATAAATCATTATAACCTTTTATT
* * ** * * *
75647 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-AAAATTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTCATT
188 TAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGA-TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
75711 AATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTCCAAACCAGTTCAAAT
252 AACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTTCCAAACAAGCTCAAAT
* * * *
75776 AGTTATGATCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGCTATGATC
317 AGTTATGATCATTTGAACAAATAGCAATCTAAAATCACTATGAAC
* * * * * *
75821 -TTTGTTTTGTCATAAAAAAAACTATTTC-TTATCATATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTATTTCAGT-TCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * *
75884 AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAACGT-GTTTACCGAATC
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAC-TAGTTTACCGAATC
* * ** * * * ** * *
75948 ATTTCAAGTGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATT-TCAAACCATTCTAACCTTTTATTTAG
128 AGTTCAAATAATTATGACCATT-GAACAATTATAAATTAT-AAATCATTATAACCTTTTATTTAG
* * *
76012 TCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAGTAAAATAATACTAATTTATTAACA
191 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA
*
76077 -TTCAGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAAT-AA-TTATGTTTACCAAACAAGCTCAAAT
256 TTTCA-AAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAAGCTAT-TTT-CCAAACAAGCTCAAAT
* * ** * * *
76139 AGTTATTATTATTTGAACATTTAGCTA-CTTAAAATTATTATGAAC
317 AGTTATGATCATTTGAACAAATAGCAATC-TAAAATCACTATGAAC
* *** * *
76184 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATTCTAC
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* *
76249 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAAACTAGTTTATCGAATCAGT
66 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAGTTTACCGAATCAGT
* ** *
76314 TCAAATAATTATGGCCACTTGAACAATTATAAATTATAAATTGTTATTACCTTTTATTTTA-TCA
131 TCAAATAATTATGACCA-TTGAACAATTATAAATTATAAATCATTATAACCTTTTA-TTTAGTCA
* * *
76378 TAAAACAATTATTTTTCAA--CATACAAGATTATTT-GAAATAAAACAATACTAATTTATTAATA
194 TAAAACAA-T-TGTTTCAATTCATACAAGATTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAACA
* *
76440 TTTCAAGAATTAGTAAG
256 TTTCAAAAATTAATAAG
76457 ACATCTAAAA
Statistics
Matches: 515, Mismatches: 95, Indels: 53
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
361 11 0.02
362 139 0.27
363 256 0.50
364 99 0.19
365 10 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (361 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACTAGTTTACCGAATCAGT
TCAAATAATTATGACCATTGAACAATTATAAATTATAAATCATTATAACCTTTTATTTAGTCATA
AAACAATTGTTTCAATTCATACAAGATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCA
AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTTCCAAACAAGCTCAAATAGTTATGAT
CATTTGAACAAATAGCAATCTAAAATCACTATGAAC
Found at i:76443 original size:544 final size:545
Alignment explanation
Indices: 75414--76456 Score: 1454
Period size: 544 Copynumber: 1.9 Consensus size: 545
75404 GTTGAAATAA
* * *
75414 TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAAT
1 TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACCATTCTAACATTTTATTTAGTCATAAAACAAT
* *
75479 TATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTA
66 TATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTA
* *
75544 ATAAGCAAGAGATTTCAAAAAAATTAATATGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGATATAACCATTT
131 ATAAGCAAGAGATTTCAAAAAAATTAATATGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGATATAACCATTT
* *
75609 GAACAATTATCTACTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCA
196 GAACAATTAGCTACTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCA
* *
75674 TAAAAATTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTCATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGA
261 TAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGA
* * * * *
75739 TTTAAAAACTAAAGCTATTTTCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGATCATTTGAACAAATATCAAT
326 TTTAAAAAATAAAGCTATTTTCCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCACTTGAACAAATATAAAT
* * * * * *
75804 CTCAAATCGCTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAAAAAACTATTTCTTATCATATAAGCTTATTTG
391 CTCAAATCGCTATGACCTTTATTTTATCATAAAAAAAACTATTTCTTAACATACAAGATTATTTG
* * *
75869 GATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAAC
456 AAATAAAACAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAAC
75934 GTGTTTACCGAATCATTTCAAGTGG
521 GTGTTTACCGAATCATTTCAAGTGG
* * *
75959 TTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAACCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAAT
1 TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACCATTCTAACATTTTATTTAGTCATAAAACAAT
* * *
76024 TGTTTCAATTCATACAAGCTTATTT-AGAGTAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAGAAAATT
66 TATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATT
* * * **
76088 AATAAGCAAGAGATTT-GAAAAAA-TAATTATGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGTTATTATTAT
130 AATAAGCAAGAGATTTCAAAAAAATTAA-TATGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGATATAACCAT
* * *
76151 TTGAACATTTAGCTACTTAAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT
194 TTGAACAATTAGCTACTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATT
* * * *
76216 CATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATTCTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
259 CATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGA
* * * * *
76281 GGTTTAAAAAATAAA-CTAGTTTAT-CGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCACTTGAACAATTAT
324 GATTTAAAAAATAAAGCTA-TTT-TCCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCACTTGAACAAATAT
* * * * * *
76344 AAAT-TATAAATTGTTATTACCTTTTATTTTATCAT-AAAACAATTATTT-TTCAACATACAAGA
387 AAATCT-CAAATCGCTATGACC-TTTATTTTATCATAAAAAAAACTATTTCTT-AACATACAAGA
* * *
76406 TTATTTGAAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGTAAG
449 TTATTTGAAATAAAACAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG
76457 ACATCTAAAA
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 57, Indels: 15
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
543 9 0.02
544 281 0.65
545 144 0.33
ACGTcount: A:0.43, C:0.12, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (545 bp):
TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACCATTCTAACATTTTATTTAGTCATAAAACAAT
TATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTA
ATAAGCAAGAGATTTCAAAAAAATTAATATGTTTACCAAACAAGCTCAAATAGATATAACCATTT
GAACAATTAGCTACTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCA
TAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGA
TTTAAAAAATAAAGCTATTTTCCAAACCAGTTCAAATAATTATGACCACTTGAACAAATATAAAT
CTCAAATCGCTATGACCTTTATTTTATCATAAAAAAAACTATTTCTTAACATACAAGATTATTTG
AAATAAAACAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAAC
GTGTTTACCGAATCATTTCAAGTGG
Found at i:77102 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 76469--78016 Score: 778
Period size: 181 Copynumber: 8.6 Consensus size: 180
76459 ATCTAAAAAT
* * * * * ** **
76469 AAATAG-TTATGACTATTTCAACAACTATGTATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGATTATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATA
*
76533 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTA
66 AAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TA
* * ** * *
76598 -AAAATTCATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATCCGTTTGCTAAACCAATTC
130 GAAAATTAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCATTTC
* * * * * * *
76650 AAACAG-TTAAGACTATATAAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGATTATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATA
* * * ** *
76714 AAACAATTATTTCAGCTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTT-C
66 AAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAG
* * *
76778 AAAATT--TATAAGAGATTTAAAAAATAATACTATTTACCGAATCAGTTATTATA--ATTATA
131 AAAATTAATATAAGAGATTTAAAAAAT-A-A--ATTT---G--T---TTACTAAACCATT-TC
* * * *
76837 AAATA-ATTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGATTATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
76901 AAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
66 AAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTA
* *
76965 GAAAATTAATCAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTACTAAACCATTTC
130 GAAAATTAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCATTTC
*
77018 AAATAGATT-TGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATC
1 AAATAGATTATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATA
* ** * * * * *
77082 AAATAATTGGTTCGGTTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTTTG
66 AAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAG
* * * * * * ** * * *
77147 AAACTTAATAACCAAAAAAATTAAAAGATAAATCTAATTGT-C-GAACGAGTTC
131 AAAATTAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTT-TACTAAACCATTTC
* * * *
77199 AAATAG-TTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGAGC-ATTTGTTTTGTCA
1 AAATAGATTATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT-AACTTTTTGTTTTGTCA
* * * * **
77261 TAAAACAATT-TTT-TGTTCGTACAAGCTTA-TTCGAATTAAAAGAATAAAAATTTAATAATATT
64 TAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* * *
77323 T-CAAAATTAATAAGTAAGAGA--TCAAAAA-AAA-TTGTTTA-TCGAACCAGTTT-
128 TAGAAAATTAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACCA-TTTC
* * * * ** * * *
77373 ATAT-GATTAAT-ACTAT-TAGAACAATTATCGATTCCAAATTGTTTTAA-TCCTTTGTTTTATC
1 AAATAGATT-ATGACTATAT-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACT-TTTTGTTTTGTC
* * ** * * * * * *
77434 ATAAAAGTAATTGTTTCAATTTATACAAGCTTA-CTCGAAATAAATTAATACTAATTT-ATGAAC
63 ATAAAA-CAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTAAT-AAT
* * * * * * * ** *
77497 ATTCAAAAAATTAAAAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTACCAAAAAAGTTC
125 ATTTAGAAAATT-AATA-TAAGAGATTTAA-AAAATAAATTTGTTTACTAAACCATTTC
* * * * * * *** * * *
77556 AAATAG-TTATAATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTTTCATA
1 AAATAGATTATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
77620 GAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGTTTATATGGAATAAAATAATAC--A---AAT-TTA-TT--
66 AAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAG
* * ** *
77676 --AA-TAA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAATTAATT-
131 AAAATTAATATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACCATTTC
* * * * * *** ** * *
77721 ATATA-ATTATGGCAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCATTTATTTTGTTATA
1 AAATAGATTATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
77785 AAACAATTATTTTTTTATCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
66 AAACAATTATTTCTGT-TCATACAAGTTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
* * *
77849 CA-AAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GTCAAACCAGTTT-
129 -AGAAAATTAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACCA-TTTC
** * * * ** * * * *
77903 AAATAG-TTAAAACTATAAGAATAATTATCCATTTTAAATTGTTCTAACATATT-TTTAGTCATA
1 AAATAGATTATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
77966 AAATATTTGTTTCAT-ATCATACAAGCTTATTTAGAACAAAATAATCCTAAT
66 AAACAATTATTTC-TGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAAT
78017 ACATTAGCAT
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AAAATTAATATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCATTTC
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*
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*
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1 TT
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* *
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ATTT
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*
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*
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TATTTTTTT
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*
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* * *
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*
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TTTTAT
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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1 A
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* * *
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*
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*
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* *
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* *
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** * * * * * *
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*
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83971 ATGATTGTCA
* * *
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* *
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* * **
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84491 TTTCTCTTCA
* *
84501 TTTTAT TTTTAT TTTT-T TATTT-T TTGTAT TTTACAT TTTTA- TTTTAT
1 TTTTAT TTTTAT TTTTAT T-TTTAT TTTTAT TTT-TAT TTTTAT TTTTAT
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1 TTTTAT TTTTAT T
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Done.