genome.fa.s216.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168041.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_293, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  38274

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
423--482	26	2.3	26	77	8	68	36	1	5	56	1.31
1181--1213	18	1.9	17	88	11	50	48	6	9	36	1.60
1151--1433	139	2.0	143	82	7	346	40	9	8	41	1.68
1603--1643	14	2.8	15	85	3	57	51	0	2	46	1.14
1603--1657	29	1.9	28	81	3	65	45	0	1	52	1.11
1672--1709	20	1.9	19	89	5	58	55	5	7	31	1.51
1899--2422	180	2.9	178	75	8	458	42	8	8	40	1.66
2480--2609	65	2.0	67	85	8	178	35	16	6	41	1.75
2673--2744	19	3.9	19	75	7	51	38	12	6	41	1.70
4575--4630	18	3.2	18	75	12	62	35	8	7	48	1.62
4245--5831	181	8.7	175	72	12	664	43	9	7	39	1.67
4246--5831	360	4.4	357	75	9	1233	43	9	7	39	1.67
4494--5546	551	1.9	555	80	7	1246	42	9	7	39	1.66
6007--6070	24	2.8	24	84	13	73	46	0	0	53	1.00
6160--6228	18	3.7	18	72	14	59	49	4	0	46	1.21
6303--6339	18	2.1	18	90	10	58	56	5	0	37	1.22
7588--7636	26	2.0	25	88	8	73	20	20	8	51	1.73
8265--8328	20	3.0	21	82	12	78	50	0	0	50	1.00
8271--8333	15	4.4	15	84	7	78	52	0	0	47	1.00
8407--8470	15	4.3	15	75	16	62	42	0	0	57	0.98
8409--8457	21	2.4	20	86	3	62	40	0	0	59	0.98
8409--8460	20	2.6	21	84	6	72	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8418--8479	31	2.0	32	81	15	76	45	0	0	54	0.99
8780--8816	19	1.9	19	88	0	56	40	13	10	35	1.80
11634--11667	13	2.6	13	85	0	50	58	2	0	38	1.13
11652--11700	26	1.9	25	84	12	64	55	4	2	38	1.31
12041--12093	21	2.6	22	80	14	60	37	1	5	54	1.35
12219--12277	31	1.9	31	83	10	77	44	3	1	50	1.28
12378--12402	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
12584--12624	19	2.2	19	86	0	55	46	0	4	48	1.23
12737--12802	3	21.3	3	77	11	62	39	0	3	57	1.14
12737--12802	28	2.4	28	82	10	82	39	0	3	57	1.14
12831--12917	20	4.0	22	72	17	67	47	1	3	48	1.26
13069--13108	19	2.1	19	85	0	53	42	0	7	50	1.30
13202--13247	16	2.8	18	78	18	55	50	2	2	45	1.26
13234--13292	11	5.1	11	76	17	57	50	0	3	45	1.18
13239--13307	25	2.7	26	84	8	81	53	0	2	43	1.15
13628--13675	25	1.9	25	83	8	62	50	2	2	45	1.25
15058--15469	177	2.3	180	81	3	431	40	8	10	40	1.69
16376--17046	181	3.7	178	77	6	562	39	7	9	43	1.64
16565--17044	180	2.7	180	77	3	410	40	6	10	42	1.65
17024--17077	26	2.1	24	83	16	65	48	1	3	46	1.30
17125--17170	23	2.0	24	86	4	67	50	2	0	47	1.13
17210--17250	19	2.2	19	91	4	66	43	0	2	53	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17593--17638	22	2.1	21	84	4	56	52	0	0	47	1.00
17869--17908	19	2.2	18	86	13	55	55	0	0	45	0.99
19006--19090	44	1.9	44	95	4	154	40	0	5	54	1.25
19007--19063	29	2.0	29	86	6	82	38	0	7	54	1.28
19532--19578	23	2.0	23	87	0	67	51	2	2	44	1.25
19772--19835	13	4.6	14	79	11	69	46	0	0	53	1.00
19784--19839	22	2.5	22	85	2	67	51	0	0	48	1.00
19786--19842	25	2.3	24	79	8	69	52	0	0	47	1.00
20002--20047	21	2.1	22	88	4	67	60	0	2	36	1.09
20352--20437	20	4.0	21	73	23	65	50	1	0	48	1.08
20368--20463	16	5.8	16	71	18	63	48	0	1	50	1.07
20380--20481	20	5.2	20	70	18	72	48	0	0	50	1.14
20379--20481	10	10.6	10	74	19	60	47	0	0	50	1.14
20380--20497	39	3.2	35	76	17	114	49	1	0	48	1.17
20379--20534	77	2.0	76	81	8	183	47	1	1	50	1.17
20864--20913	17	2.9	17	80	13	57	48	0	2	50	1.12
20868--20920	18	3.0	18	78	8	56	49	0	1	49	1.12
20992--21074	27	3.2	27	79	15	86	50	2	2	44	1.28
22413--22483	19	3.2	23	69	25	71	45	1	5	47	1.35
22398--22486	43	2.1	42	88	10	130	48	2	4	44	1.35
22424--22491	23	3.1	21	72	24	61	50	1	5	42	1.35
23543--23590	19	2.5	20	76	13	55	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23941--23984	17	2.6	18	82	7	56	56	0	0	43	0.99
24386--24450	26	2.3	29	84	10	82	49	1	1	47	1.20
24512--24574	21	3.0	21	73	13	58	46	0	0	53	1.00
24573--24625	19	2.7	20	82	8	65	41	0	3	54	1.18
24908--24957	23	2.1	25	85	7	68	46	2	0	52	1.12
25851--25912	11	5.5	12	76	16	53	51	1	0	46	1.10
25871--25917	22	2.1	22	81	18	53	44	2	0	53	1.12
26261--26338	10	7.9	10	72	13	63	46	0	3	50	1.20
27136--27470	180	1.9	178	80	9	396	40	8	10	39	1.71
27627--27664	11	3.7	11	83	16	55	44	0	0	55	0.99
30323--30989	180	3.7	179	78	4	563	41	9	7	41	1.68
31170--31226	29	2.0	28	90	10	89	45	0	1	52	1.11
31296--31340	16	2.9	15	90	6	63	57	0	0	42	0.98
31734--31787	25	2.2	24	80	6	65	55	1	1	40	1.21
31944--31995	23	2.2	24	80	16	65	46	11	3	38	1.59
32161--32215	27	2.0	27	86	6	76	45	3	3	47	1.38
32212--32251	13	3.1	14	82	17	59	47	0	0	52	1.00
32208--32252	20	2.2	20	88	7	65	44	0	0	55	0.99
32350--32406	18	3.1	18	82	5	60	47	1	1	49	1.22
32377--32425	16	3.0	16	78	3	53	51	0	4	44	1.20
32477--33553	181	6.0	181	73	8	738	42	9	7	40	1.66
33677--33711	16	2.2	16	89	0	52	54	2	0	42	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33841--33916	7	10.4	8	71	18	51	46	1	0	52	1.08
33876--33922	21	2.3	20	85	3	58	46	2	0	51	1.13
34000--34055	27	2.1	27	83	12	71	37	0	5	57	1.22
34549--35162	181	3.4	175	77	8	571	38	8	10	42	1.69
35475--35887	180	2.3	180	79	7	462	41	10	7	40	1.67
36202--36260	19	3.1	19	78	4	64	47	0	0	52	1.00
36943--36973	16	1.9	16	93	0	53	51	3	6	38	1.44
36999--37042	22	2.0	22	82	8	54	45	2	2	50	1.27
37135--37192	26	2.3	25	83	13	75	46	0	1	51	1.11
37166--37194	14	2.0	15	93	6	51	44	0	6	48	1.29
37153--37276	13	9.8	13	68	18	57	44	3	4	48	1.37
37439--37939	181	2.8	177	78	6	495	42	9	6	41	1.64

Tables:   1

The End!