Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168043.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_295, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 37850
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Found at i:511 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 101--1243 Score: 906
Period size: 180 Copynumber: 6.4 Consensus size: 181
91 TCCTATTTGG
* * * ** ** **
101 ACAATTATCTATTTTC-AATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTGTAAAATTATTGTTTCAGTTCAT
1 ACAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
* ** * * * *
165 ATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAACTAATAACTAAGAGAT
65 ACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * *
230 TTAAAAAATAAATCTGTTT-GCCAA-AAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGA
130 TTAAAAAATAAATCTGTTTAGCGAATCAGTTCAAATAATTATGACTATATGA
* * * * * * **
280 ATAATTATCTCTTTGAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA
* **
345 GAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGTTATT
66 CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * *
409 TAACAAGTGAATCTATTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGGCTATGTCA
131 TAAAAAATAAATCTGTTTAGCGAATCAGTTCAAATAATTATGACTATATGA
* * * ** *
460 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTGTTTGAACATT
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA
** * *
525 CAATTTTA-TTCGAAAATAAAATAATACTAATTTTATTAATATTCTAAAAA-T-ACAAGTAAG-T
66 CAAGCTTATTTC--AAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * *
586 A-TTAAACAAGTGAATCTGTTTATCGAATCAATTCAAATAATTATGGCTATGTCA
128 ATTTAAA-AAATAAATCTGTTTAGCGAATCAGTTCAAATAATTATGACTATATGA
* * * * ** *
640 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTTATATAACAATTGTGTTTGAACATT
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA
** *
705 CAATTTTA-TTCGAAA-ATAAATAATACTAATTTATTAATCTTC-AAAAA-T--TAA-TAAGAGA
66 CAAGCTTATTTC-AAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * *** * *
763 TTT-AAAAATAAATTTGTTTA-CTG-ATCCAATTCAAATAGCAATAACTATTTGA
129 TTTAAAAAATAAATCTGTTTAGC-GAAT-CAGTTCAAATAATTATGACTATATGA
* ** * * * *
815 ACAATTGTAAACTTT-AGATTGTTATAATCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTATTTTTTTGTTC
1 ACAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTTTGTTC
* * * *
878 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT-TCAAAAATTAATAACTAAGA
63 ATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * *
942 GAATTAAAAAATAAATTTGTTT-GCCAAACTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGA
127 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGCGAATC-AGTTCAAATAATTATGACTATATGA
* * * *
997 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-CAACTAAGTTTTTTTTAATTC
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AA-TTGTTTTT-GTTC
** *
1061 ATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATGAA-A-TGAATTTTTTAATATT-TCAAAAATTAATAA-TA
63 ATACA-AGCTTATTTCAAATAAAAT-AATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
1121 AGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAA-CTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGA
124 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGCGAATC-AGTTCAAATAATTATGACTATATGA
** * * *
1179 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTCTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATA
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA
1244 TAATATTTTG
Statistics
Matches: 800, Mismatches: 128, Indels: 71
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 16 0.02
175 61 0.08
176 47 0.06
177 16 0.02
178 79 0.10
179 79 0.10
180 210 0.26
181 27 0.03
182 177 0.22
183 86 0.11
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA
CAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
TAAAAAATAAATCTGTTTAGCGAATCAGTTCAAATAATTATGACTATATGA
Found at i:1367 original size:143 final size:143
Alignment explanation
Indices: 1116--1376 Score: 371
Period size: 143 Copynumber: 1.8 Consensus size: 143
1106 CAAAAATTAA
* * *
1116 TAATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAAC
1 TAATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAACTAGCTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
*
1181 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTCTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATA
66 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTCTCTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATA
1246 ATATTTTGAATAT
131 ATATTTTGAATAT
* * * *
1259 TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTATCAAACTAGCTCAAATAGTTTTGACTATTTGAG
1 TAATAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCAAACTAGCTCAAATAATTATGACTATTTGAA
* * * * * * *
1323 CAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAACAATTGTT
65 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTCTCTCATAAAACAAATGTT
1377 CATATATGCT
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 15, Indels: 2
0.86 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
143 98 0.96
144 4 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (143 bp):
TAATAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAACTAGCTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTCTCTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATA
ATATTTTGAATAT
Found at i:1689 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1652--1692 Score: 57
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
1642 TACGAAAAAA
*
1652 ATTTAAATAATTATGACT
1 ATTTGAATAATTAT-ACT
1670 ATTTGAATAATTAT-CT
1 ATTTGAATAATTATACT
1686 ATTTGAA
1 ATTTGAA
1693 ATTGCTATAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.41
18 13 0.59
ACGTcount: A:0.41, C:0.05, G:0.07, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATTTGAATAATTATACT
Found at i:1721 original size:182 final size:177
Alignment explanation
Indices: 1268--4146 Score: 958
Period size: 181 Copynumber: 16.0 Consensus size: 177
1258 TTAATAAGAG
* * * * * * ** ** *
1268 ATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACTAGCTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTA
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * *
1333 TTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAACAATTG-TTCATA-T-AT----GCTTATT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATATTCATACAAGCTTATT
* * * *
1391 CGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATT--GATAAGTAAA
131 TGAA-TAAAATAAT-CTAATTTATTAATA-ATCAAAAATTAAAATAA--AAA
* ** * * * * *
1441 ATTTAAAAAACAAATATG-TTACTGAACTAGATCAAATAATCATGATTTTTTGAATAATCATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * *
1505 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTCAT-TTCATATAAGCTTATT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATATTCATACAAGCTTATT
* *
1569 TGTAATAAAATAATGCTGATTTATTAGTAATCCAAAAATTAATAATAAAGAA
131 TG-AATAAAATAAT-CTAATTTATTAATAAT-CAAAAATTAA-AATAAA-AA
* * * * * * * *
1621 ATTTAAAAATATGAATCTATTTACGAAAAAAATTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCT
1 ATTTAAAAA-ATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCT
* *** * * * * *
1686 ATTTGAAATTGCTATAACTTTTTCTTTTGTCATAAAAGAATTTTTTC-TATTCATACAATCTTAT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATATTCATACAAGCTTAT
* * * * * *
1750 TTCAAATAATATAAATCAAATTTATTAAT-ATTAAGACAGTTAAAAATGTAAAAG
130 TT-GAATAAAAT-AATCTAATTTATTAATAATCAA-A-AATT-AAAA--TAAAAA
* * * * *
1804 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATTATTATGACTGTTT--ATGCAATTATT
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAAT--AATTATC
* ** * * *
1867 TATTTCAACTTGTTATG-CCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATACAAGTTT
64 TATTTCAAATCATTATGACC-TTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATATTCATACAAGCTT
* * * * * * *
1930 ATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCGATAATTAAAGTAAAAA
128 ATT-TGAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATA-ATCAAAAATTAAAATAAAAA
*
1983 TTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * *
2048 TTTCAAGTCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATATAAGTTTATT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATATTCATACAAGCTTATT
* * *
2112 TGAAGTAAAATATTAT-TAATTTATTAATATTGCAAAAATTAATGACTAAGAGA
131 TGAA-TAAAATA--ATCTAATTTATTAATAAT-CAAAAATTAA--AATAA-AAA
* * * * * * * * * *
2165 A-CTAAAAAA-AGAATTTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAA-CATTATCT
1 ATTTAAAAAATA-AATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * * * ** * *
2227 ATTTTAAAAT-ATTATGAACAATTATCTATT-T--TAAAATATTATGACCTTTGGTTTTGC-CAC
65 A-TTTCAAATCATTATG-AC-CTTTTCTTTTGTCATAAAACAAT-TG---TTTCATATT-CATAC
* * ** * * * * * * *
2287 AAAACAATTGGTTTTG--T-TCATGCAGCTTATTTTGAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATT
122 -AAGC--TT--ATTTGAATAAAAT-AATC-TAATTT--AT-TAATAA-TCAAA--AATTAA-AAT
* *
2349 CTAGAA
173 -AAAAA
* ** * * * *
2355 A-TTAATAAGAAAAAATAT-TTT-CTGAACACGTTCTAATAATTATGACTATTTAAATAATTATC
1 ATTTAA-AA-AATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATC
* * * ** * * * ** * *
2417 TATTTTAAATTA-TAAGATTTTTGTTTTTTTGTTAT-AAACTAATTGTTT-TTGCTCATAAAAAC
64 TATTTCAAATCATTATGA-CCTT-TTCTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCATATTCATACAAGC
* *
2479 TTATTCAGAATCAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG
126 TTATT-TGAAT-AAAATAAT-CTAATTTATTAATAA-TC-AAAAATTAA-AA-TAAAAA
* * *** * * * * *
2537 ATTTAAAAAGTAAATCTGTTTAATGAGCAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * *
2602 TTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT-AAATAATTGTTTC-TATTCATACAAGTTTATT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATATTCATACAAGCTTATT
** * * ** *
2665 CAAAATAAAATAATATTAATTTA-TATATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAG
131 -TGAATAAAATAAT-CTAATTTATTA-ATAATC-AAAAATTAA-AA-TAAAAA
* * ** ** * * *
2717 ATTTAAAAAATAAATATATTTGCTGAACAAGTTCAAATAGCCATGTCCATTTGAACT-ATAATCT
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAA-TAATTATCT
* ** * ** * * **
2781 ATTTCAAATTATTATGATATTTTATTTTGTTGTAAAATAATTGTTT--TATTTATACAAAATTAT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATATTCATACAAGCTTAT
** * * * *
2844 TCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATT--AATAACAG
130 T-TGAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATA-ATCAAAAATTAAAATAAAAA
* * * * * * * * * *
2893 ATTTAAAAACTAAATCTTTTTACCAAACGAGTTTAAATAGTTATGACTGTTTCAATAATTATTTA
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * * * *
2958 TCTCAAAT-AGTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACATTTATTTC-TATTCATGCAAGCTTGTT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATATTCATACAAGCTTATT
** ** * * *
3020 CAAAGTAAAATAATACTAAACTAATAATATTAT-AAAAATT--AATAAGAG
131 TGAA-TAAAATAAT-CTAATTTATTAATA--ATCAAAAATTAAAATAAAAA
* * * * * * * *
3068 ATTT--AAAATAAATATATTTGCCGAACCAGTT-ATACATAGTTAAGACTATTAGAATATATTAT
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCA-A-ATAATCATGACTATTTGAATA-ATTAT
* * * * * * **
3130 CTATTTCAAAACATTCTAAACCTTTTTTTTTGTCATAAAA-ATTTTTTTTTTAGTTCATACAAGC
63 CTATTTCAAATCATTAT-GACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATA-TTCATACAAGC
* * * * *
3194 TAATTTGAAATAAAATAATATAATTTTATTAACATTCAGAAAATTAATAAGCAAGAAA
126 TTATTTG-AATAAAATAATCTAA-TTTATTAATAATCA-AAAATTAA-AA-TAA-AAA
* * * * * * *
3252 TTTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAA-TAATCATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * * *
3317 ATTTAAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTTATCATAAAACAATTATTTCA-GTTCAATA-AAACT
65 ATTTCAAATCATTATGACC-TTTT-CTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATATTC-ATACAAGCT
*** * * * * * * *** *
3380 TATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTACTATTTCAAAATTTGAGAAGTTGGAG
127 TAT-TTGAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATA-ATCAAAAATT-A-AAATAAAAA
* * * * * *
3436 ATTTAAAAAATAAATCA-GTTT-CTTGAATCAA-TTCAAATAATTATAACCATTTGAACAATTAT
1 ATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTAC--CAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTAT
* ** * * * * * *
3498 CTATTTCAAATCGTTACAAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT-TTCATT-ACACAAGTT
63 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-ATTCATACAAGCT
* * *
3561 TATTCAT-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA
127 TATT--TGAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATA-ATCAAAAATTAA-AA-TA-AAAA
* ** * * * * * *
3618 A-TTAAAAAATAAATATAG-TTATCGGACTAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATAT
1 ATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCT
** * * ** * *
3681 ATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTATTT-ATGTTCATACAAGCTTAT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATATTCATACAAGCTTAT
* * * * *
3745 TTGGAATAAAATAATACTAATCTAATAAT-ATCATGAAAATCAATAACTAAGAG
130 TT-GAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATAATCA--AAAATTAA-AA-TAAAAA
* **** * * * * * * *
3798 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAAC-CGATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAGTAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAG-TTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCT
** * * * * * * * * *
3862 ATTT-TGATCCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTT-TTGTTCATATAAGTTTG
65 ATTTCAAAT-CATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATATTCATACAAGCTTA
* * * * * * *
3925 TTCTAAATACAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATT--AATAAGAG
129 TT-TGAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATA-ATCAAAAATTAAAATAAAAA
* * * * * * *
3975 ATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-TTCAAGTAGTTATAACAATTTGAATAATTATT
1 ATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATC
* * ** * * *
4039 TATTTCAAATCACTATGACCATTAGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTC-TATTGATA-TAGTCTT
64 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATATTCATACAAG-CTT
* * * *
4102 ATTTGGATTAAAGTAATGCTAATTTATTGATATTCAAAAAATTAA
128 ATTT-GAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATAATC-AAAAATTAA
4147 TAAGTAACAT
Statistics
Matches: 2050, Mismatches: 487, Indels: 331
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
172 70 0.03
173 43 0.02
174 42 0.02
175 72 0.04
176 62 0.03
177 28 0.01
178 178 0.09
179 195 0.10
180 212 0.10
181 440 0.21
182 270 0.13
183 116 0.06
184 51 0.02
185 71 0.03
186 71 0.03
187 21 0.01
188 8 0.00
189 17 0.01
190 47 0.02
191 21 0.01
192 11 0.01
193 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTA
TTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATATTCATACAAGCTTATT
TGAATAAAATAATCTAATTTATTAATAATCAAAAATTAAAATAAAAA
Found at i:2252 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 2215--2270 Score: 103
Period size: 27 Copynumber: 2.1 Consensus size: 26
2205 TATGACTATC
2215 TGAACATTATCTATTTTAAAATATTA
1 TGAACATTATCTATTTTAAAATATTA
2241 TGAACAATTATCTATTTTAAAATATTA
1 TGAAC-ATTATCTATTTTAAAATATTA
2268 TGA
1 TGA
2271 CCTTTGGTTT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 1
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
26 5 0.17
27 24 0.83
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.05, T:0.45
Consensus pattern (26 bp):
TGAACATTATCTATTTTAAAATATTA
Found at i:2421 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2389--2426 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
2379 AACACGTTCT
2389 AATAATTATGACTA-TTTA
1 AATAATTAT-ACTATTTTA
2407 AATAATTAT-CTATTTTA
1 AATAATTATACTATTTTA
2424 AAT
1 AAT
2427 TATAAGATTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.16
17 7 0.37
18 9 0.47
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.03, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTATACTATTTTA
Found at i:2699 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 2377--4173 Score: 1189
Period size: 181 Copynumber: 10.0 Consensus size: 181
2367 AAATATTTTC
* * * * * * *
2377 TGAACACGTTCTAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTTAAAT--TATAAGA-TTTTT
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGT-TATGACCTTTT
* * ** * * *
2439 GTTTTTTTGTTAT-AAACTAATTGTTTTTGCTCATAAAAACTTATTCAGAATCAAAATAATACTA
65 G---TTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTA
* *
2503 ATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTTAA
125 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAA
* * * * *
2560 TGAGCAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTG
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * *
2625 TTTTGTCAT-AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTA-
66 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
** * * **
2688 TATATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATAAATATATTTGC
131 TA-ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAA
** * * * ** **
2740 TGAACAAGTTCAAATAGCCATGTCCATTTGAACT-ATAATCTATTTCAAATTATTATGATATTTT
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* ** * * ** *
2804 ATTTTGTTGTAAAATAATTGTTT-TATTTATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTA
65 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
2868 TTAATATT-TCAAAAA-T--TAA-TAACAGATTTAAAAACTAAATCTTTTTAC
130 TTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAA
** * * * * * * * *
2916 CAAACGAGTTTAAATAGTTATGACTGTTTCAATAATTATTTATCTCAAATAG-TATGATC-TTTG
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * ** *
2979 TTTTGTCATAAAACATTTATTTCTATTCATGCAAGCTTGTTCAAAGTAAAATAATACTAAACTAA
66 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * **
3044 TAATATTATAAAAATTAATAAG----AGATTT--AAAATAAATATATTTGC
131 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAA
* * * * * * * *
3089 CGAACCAGTT-ATACATAGTTAAGACTATTAGAATATATTATCTATTTCAAAACATTCTAAACCT
1 TGAACAAGTTCA-A-ATAGTTATGACTATTTGAATA-ATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GACCT
* * * * * **
3153 TTTTTTTTGTCATAAAA-ATTTTTTTTTTAGTTCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAATA-TA
62 TTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * *
3216 ATTTTATTAACATTC-AGAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTTTAAAAAATAAATCTATTT-A
125 A-TTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTAA
* * * *
3274 TCAAACAAGTTCAAATTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTT
1 T-GAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TT
* * * * *
3339 TTGTTTTTATCATAAAACAATTATTTC-AGTTCAATA-AAACTTATCCAAAATAAAATAATATTA
63 TTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC-ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * *** * **
3402 CTTTATTACTATT-TCAAAATTTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTCT
125 ATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAA
* * * * ** *
3459 TGAATCAA-TTCAAATAATTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACAAACTTTT
1 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * *
3523 GTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTCATT-ACACAAGTTTATTCATAATAAAATAATACTAATTT
65 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
** * *
3587 ATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATAG-TT-A
129 ATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTAA
* * * * * * * *
3639 TCGGACTAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAATCTTTT
1 T-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * *** *
3704 GGTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTA
65 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * **
3769 ATAATA-TCATGAAAATCAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGT
130 TTAATATTC-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAA
* * * * * **
3821 TGAAC-CGATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAGTAATTATCTATTT-TGATCCGTTATGACCTTT
1 TGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-CGTTATGACCTTT
* * * * * * * * * *
3884 TGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCTAAATACAATAATATTAATTT
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* *
3949 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTAC
129 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTAA
** * * * * ** * *
3999 CAAACCAA-TTCAAGTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCACTATGACCATTA
1 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * *** * * *
4063 GTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTCTATTGATA-TAGTCTTATTTGGATTAAAGTAATGCTAATTT
65 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
4127 ATTGATATTCAAAAAATTAATAAGTAACATATTTCAAAAATGAATCT
129 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
4174 ATTAGCCTGA
Statistics
Matches: 1260, Mismatches: 285, Indels: 140
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 22 0.02
174 37 0.03
175 70 0.06
176 61 0.05
177 14 0.01
178 153 0.12
179 52 0.04
180 175 0.14
181 386 0.31
182 27 0.02
183 82 0.07
184 38 0.03
185 78 0.06
186 62 0.05
187 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAA
Found at i:3801 original size:362 final size:362
Alignment explanation
Indices: 1396--4090 Score: 1319
Period size: 362 Copynumber: 7.4 Consensus size: 362
1386 TTATTCGAAT
* * * * *
1396 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTGATAAGTAA-A-ATTTAAAAAACAAATAT-
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * * * * * *
1458 GTTA-CTGAACTAGATCAAATAATCATGATTTTTTGAATAATCATCTATTTCAAATCATTATGAC
66 GTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAT
* * * * *** *
1522 CTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTCAT-TTCATATAAGCTTATTTGTAATAAAATAATGCT
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-ATATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
1586 GATTTATTAGTAATCCA-AAAATTAATAA-TAAAGAAATTTAAAAATATGAATCTATTTAC-GAA
194 AATCTAATAAT-AT-CATAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAA-ATAAATATATTTGCTG-A
** * * * * * * *** * *
1648 AAAAATTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATTGCTA-TAACTTTTTCTT
254 ACCAATTCAAATAGTTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACAAAC-TTTTGTT
*
1712 TTGTCATAAAAGAATT-TTTTCTA-TTCATACAA-TCTTATTTCA-AA
318 TTGTCATAAAACAATTGTTTT-TAGTTCATACAAGT-TTA-TTCATAA
* * * * * *
1756 TAATATAA-ATCAAATTTATTAATA-TT-AAGACAGTTAAAAATGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 TAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAA-GTAAGAGAATTAAAAAATAAA
* * * * * *
1818 T-TTGTTTACCAAACAAGTTCAAATTA-TTATGACTGTTT-ATGCAATTATTTATTTCAACTTGT
62 TCTAG-TTATCAAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATTTATTTCAAATCGT
* * * * * *
1880 TATG-CCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGTTTATTCAGATTAAAAT
124 TATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * *
1944 AATATTAATTTATTAATATTTCGAT--AATT-A-AAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATATGTTT
188 AATACTAATCTAATAATA--TC-ATAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATATTT
* * * * * * * * * ** *
2004 AC-CAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTT
249 GCTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACAAACTT
* * * *
2068 TTCTTTTGTAATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATATAAGTTTATT--TGAA
313 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCAT-AA
* * * * * * *
2116 GTAAAATATTATTAATTTATTAATATTGCAAAAATTAATGACTAAGAGAACTAAAAAA-AGAATT
1 -TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATA-AATC
* * * *
2180 TATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACATTATCTATTTTAAAATATTATGAA
64 TAGTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA--AT-TA--TT----TATT-T---
* * * * * * * *
2245 CAATTATCTATTTTAAAATATTATGACCTTTGGTTTTGCCACAAAACAATTGGTTT-TGTTCATG
116 CAA--ATC-----------GTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTATATTCATA
*** * * *
2309 C-AGCTTATTTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTC-TAGAAA-T--TAA-T-A-AG-
167 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATCTAATAATA-TCATA-AAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * *
2364 ------AAA-AAATAT-TTT-CTGAA-CACGTTCTAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTA
229 TTTAAAAAATAAATATATTTGCTGAACCA-ATTCAAATAGTTAAGACCATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * **
2419 TTTTAAATTA-TA-AGATTTTTGTTTTTTTGTTAT-AAACTAATTGTTTTT-GCTCATAAAAACT
293 TTTCAAATCATTACAAACTTTTG---TTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTAGTTCATACAAGTT
*
2480 TATTCAGAA
354 TATTCATAA
* * * *
2489 TCAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATC
1 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATC
*
2553 T-GTT-T-AATGAGCAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTA
64 TAGTTATCAA--A-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTA
* * * *
2615 TGATCTTTTGTTTTGTCAT-AAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAT
126 TGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * *
2679 ATTAAT-TTATATATATTC-TAAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCT
191 ACTAATCTAATA-ATA-TCAT-AAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATATATTTGCT
** * * * * * * *
2741 GAA-CAAGTTCAAATAGCCATGTCCATTTGAACTATAATCTATTTCAAATTATTATGATA-TTTT
252 GAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-CAAACTTTT
* ** * * ** *
2804 ATTTTGTTGTAAAATAATTG-TTTTA-TTTATACAAAATTATTCAAAA
315 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCATAA
* * * * *
2850 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAACAGATTTAAAAACTAAATCTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * * *
2911 TTTACCAAACGAGTTTAAATAGTTATGACTGTTTCAATAATTATTTATCTCAAATAG-TATGATC
66 GTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATC
* * * * *
2975 -TTTGTTTTGTCATAAAACATTTATTTCTATTCATGCAAGCTTGTTCAAAGTAAAATAATACTAA
131 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
3039 ACTAATAATATTATAAAA--ATTAA-TAAGAGATTT--AAAATAAATATATTTGCCGAACCAGTT
196 TCTAATAATATCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCTGAACCAATT
* * * * *
3099 -ATACATAGTTAAGACTATTAGAATATATTATCTATTTCAAAACATT-CTAAACCTTTTTTTTTG
261 CA-A-ATAGTTAAGACCATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTAC-AAA-CTTTTGTTTTG
* * * * *
3162 TCATAAAA-ATTTTTTTTTTAGTTCATACAAGCTAATTTGA-AA
321 TCATAAAACA-ATTGTTTTTAGTTCATACAAGTTTA-TTCATAA
* *
3204 TAAAATAATA-TAATTTTATTAACA-TTCAGAAAATTAATAAGCAAGA-AATTTTAAAAAATAAA
1 TAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGAA--TTAAAAAATAAA
* * * *
3266 TCTATTTATCAAACAAGTTCAAATTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTA
62 TCTAGTTATCAAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTA
* * * * *
3331 TGACCTTTTTGTTTTTATCATAAAACAATTATTTCA-GTTCAATA-AAACTTATCCAAAATAAAA
126 TGATC-TTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTATTT-ATATTC-ATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * * * * ** *
3394 TAATATTACTTTATTACTATTTCA-AAATTTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTT
187 TAATACTAATCTAATA--ATATCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATATTT
* * *
3457 -CTTGAATCAATTCAAATAATTATA-ACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTACAAACT
249 GC-TGAACCAATTCAAATAGTTA-AGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACAAACT
* *
3520 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTCA-TT-ACACAAGTTTATTCATAA
312 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-AGTTCATACAAGTTTATTCATAA
* *
3570 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATATA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTA
** * * * * * * *
3635 GTTATCGGACTAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAATC
66 GTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATC
* * ***
3700 TTTTGGTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
131 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
3765 TCTAATAATATCATGAAAATCAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACCGAT
196 TCTAATAATATCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCTGAACCAAT
* * * ** ** * ** *
3830 TCAAATAGTTAAGGCTATATGAGTAATTATCTATTT-TGATCCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
260 TCAAATAGTTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-CATTACAAACTTTTGTTTTGTCA
* * * *
3894 TAAAACAAATATTTTT-GTTCATATAAGTTTGTTC-TAAA
324 TAAAACAATTGTTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCAT-AA
* * * *
3932 TACAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT-AAAAAATAAATCT
* * * * * **
3993 -GTTTACCAAACCAA-TTCAAGTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCACTATG
65 AG-TTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * *
4056 ACCATTAGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTCTATT
128 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATT
4091 GATATAGTCT
Statistics
Matches: 1812, Mismatches: 348, Indels: 351
0.72 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
345 4 0.00
346 17 0.01
347 49 0.03
348 5 0.00
349 23 0.01
350 20 0.01
351 26 0.01
352 22 0.01
353 14 0.01
354 53 0.03
355 57 0.03
356 65 0.04
357 10 0.01
358 17 0.01
359 126 0.07
360 147 0.08
361 167 0.09
362 229 0.13
363 80 0.04
364 198 0.11
365 48 0.03
366 50 0.03
367 37 0.02
368 33 0.02
369 25 0.01
370 27 0.01
371 50 0.03
372 38 0.02
373 87 0.05
374 4 0.00
375 1 0.00
382 3 0.00
383 1 0.00
384 8 0.00
385 32 0.02
386 33 0.02
387 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (362 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTA
GTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
TCTAATAATATCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCTGAACCAATT
CAAATAGTTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTACAAACTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCATAA
Found at i:4512 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 4240--4819 Score: 528
Period size: 176 Copynumber: 3.2 Consensus size: 176
4230 TTAATAGTCA
* * * * *
4240 AAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTATAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAACTTGTATGACT-GAAATAATTATTTTA
* * * * *
4305 TGAA-AAATCAAAAGGTTATAACAAATTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAA
65 T-AACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGA
*** *
4369 ACCGGTTCGATAAGTAATATTATTTTTTAAATCTC-TA-TAAATTTTTG
129 ACTAATTCGATAA-AAATATTATTTTTTAAATCTCGTACTAAATTTTTG
* * * * *
4416 AAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTACAAGTAAACTTGGATGAGCTGAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAACTTGTATGA-CTGAAATAATTATTTTA
* * *
4481 TAACAAAACCAAAGGTTATAACAATTTGAAATAATAAATAATTATTCATATAGTTTTAACTATTT
65 TAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT-AT--ATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTT
* * *
4546 GAACTATTTCAAGA-AACAAAT-TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTTG
127 GAACTAATTC--GATAA-AAATATTATTTTTTAAATCTCGTA-CTA--AA-TTTTTG
* * * * * * * *
4601 -AATGTTATTAATTTAGTATTATCTTATTTCAAATAAATTTATATGAACAGAAATAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAACTTGTATG-ACTGAAATAATTATTTTA
* * * * * * *
4665 TGACAGAATAAAAAGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
65 TAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * * *
4730 CTTATTC-AGTAAAAAAATTTATTTTTTGAATCTCGTACT-AATTCTGG
130 CTAATTCGA-TAAAAATA-TTATTTTTTAAATCTCGTACTAAATTTTTG
* *
4777 AAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAACTTGT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAACTTGT
4820 GTGTTCAAAA
Statistics
Matches: 324, Mismatches: 61, Indels: 37
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.01
176 83 0.26
177 40 0.12
178 1 0.00
179 49 0.15
180 10 0.03
181 52 0.16
182 2 0.01
183 1 0.00
184 77 0.24
185 7 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAACTTGTATGACTGAAATAATTATTTTAT
AACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
TAATTCGATAAAAATATTATTTTTTAAATCTCGTACTAAATTTTTG
Found at i:4750 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 4199--4819 Score: 557
Period size: 181 Copynumber: 3.5 Consensus size: 177
4189 ACAAATAGTT
** ***
4199 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATAGTCAAAATATTATTAGATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA-TAATTTTTTGAATATTATTA-ATTAGTATTATT
* *
4264 TTATTAT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGA-AAAATCAAAAGGTTATAAC
64 TTATT-TCAAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAAT-AAAAGGTTATAAC
* * * * * * **
4327 AAATTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACCGGTTC-G
127 AATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-CTATTCAG
** * * *
4378 ATAAGTAATATTATTTTTTAAATCTC-TA--TA-AA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTA
1 A-AACAAAT-TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATAATTTTTTG-AATATT-ATTAATTAGTATTA
* * * * * * * **
4438 TTTTATTACAAGTAAACTTGGATGAGCTGAAATAATTGTTTTATAACAAAACCAAAGGTTATAAC
62 TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAAC
* *
4503 AATTTGAAATAATAAATAATTATTCATATAGTTTTAACTATTTGAACTATTTCAAG
127 AATTT--AA-AATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTA-TTC-AG
* *
4559 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTTGAATGTTATTAATTTAGTATTATC
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT-AATTTTTTGAATATTATTAA-TTAGTATTATT
* * * *
4624 TTATTTCAAATAAATTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAGAATAAAAAGTTATAACAA
64 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAA
* *
4689 TTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAG
129 TTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TATTCAG
* * * * * *
4739 TAAAAAAATTTATTTTTTGAATCTC---G-TACTAA-TTCTGGAAATATTAATAAATTAGTATTG
1 -AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA-TAATTTTTTG-AATATT-ATTAATTAGTATTA
4799 TTTTATTTCAAATAAACTTGT
62 TTTTATTTCAAATAAACTTGT
4820 GTGTTCAAAA
Statistics
Matches: 353, Mismatches: 65, Indels: 50
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 72 0.20
177 42 0.12
178 10 0.03
179 50 0.14
180 16 0.05
181 76 0.22
182 6 0.02
183 4 0.01
184 70 0.20
185 6 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (177 bp):
AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATAATTTTTTGAATATTATTAATTAGTATTATTTT
ATTTCAAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATT
TAAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTATTCAG
Found at i:5295 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 4992--5345 Score: 473
Period size: 180 Copynumber: 2.0 Consensus size: 181
4982 TTTCAAAATA
*** * *
4992 TTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACA
1 TTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACA
* * * * * *
5057 AAACAAAAGTTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAGCTATTTGAACTT-G
66 AAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAATTATAACTATTTGAA-TTCA
* *
5121 TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAAAG
130 TTCAGTAAACACATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAAAG
* * * * *
5174 TTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTCAAAT-AGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACT
1 TTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACA
*
5238 AAACAAAAG-TCAAAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAATCT-TAACTATTTGAATTCA
66 AAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAAT-TATAACTATTTGAATTCA
*
5301 TTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
130 TTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
5346 CAAAATATTT
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 20, Indels: 7
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 23 0.15
180 63 0.42
181 39 0.26
182 25 0.17
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (181 bp):
TTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACA
AAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAATTATAACTATTTGAATTCAT
TCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAAAG
Found at i:5582 original size:179 final size:176
Alignment explanation
Indices: 4861--5602 Score: 604
Period size: 179 Copynumber: 4.1 Consensus size: 176
4851 GAAAAGTACT
* * * * **
4861 AACAATTTTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAACGATTTGAAATAAATAATGGTT-TAAATA-T
1 AACAATTGTTTTATGACAAAAT-AAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGT
* * * * ** *
4924 CCACAATTATTTAAATTGATTCAGTAAACTAATTTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTTTTAATTTT
63 -CATAACTATTTGAATT-CTTCAGTAAAC-AGCTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** *
4985 CAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTATGAACTGA
125 TGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTT-TTTT-GATAAGCTTTTATGAACTGA
* * * *
5039 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
1 AACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTC
* * * *
5104 ATAGCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTT
64 ATAACTATTTGAA-TTCTTCAGTAAACAGCTTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTT
* * * * * *
5169 GAAA-GTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTCAAATAGCTTGTATGAACTGA
126 GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTTTTTGATA-AGCTTTTATGAACTGA
* * * * *
5220 AATAATTATTTTATGACTAAACA-AAAGTCAAAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAATC
1 AACAATTGTTTTATGAC-AAA-ATAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTC
* * **
5284 TTAACTATTTGAATTCATTCGGTAAACA-CATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA
64 ATAACTATTTGAATTC-TTCAGTAAACAGC-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
** * * *** * * *
5348 AAATATTTTTAAATTAGTTTTATTTTTCCCGAATCAGCTTATATG-ATTAGA
127 AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTTTTTG-ATAAGCTTTTATGAACT-GA
* * * *
5399 AACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCTAATAGTCA
1 AACAATTGTTTTATGACAAAATAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCA
* * * ** * * * * *
5464 TAACTACTGGAATTTCTTTAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTCCTTAATGATTTTTGAA
65 TAACTATTTGAA-TTCTTCAGTAAACAGCTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * *
5529 ATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTTGATAAGTTTTTATTAACTGA
129 ATATTAATAAAGTAGTATTATTTT-TTTTGATAAGCTTTTATGAACTGA
*
5578 AACAATTGTTTTGTGACAAAATAAA
1 AACAATTGTTTTATGACAAAATAAA
5603 AGGTTAAAAC
Statistics
Matches: 446, Mismatches: 93, Indels: 49
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 13 0.03
178 87 0.20
179 196 0.44
180 74 0.17
181 38 0.09
182 30 0.07
183 8 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (176 bp):
AACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCAT
AACTATTTGAATTCTTCAGTAAACAGCTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
ATTAATAAAGTAGTATTATTTTTTTTGATAAGCTTTTATGAACTGA
Found at i:6205 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 5695--6217 Score: 527
Period size: 180 Copynumber: 2.9 Consensus size: 179
5685 ATGTTTGCCT
* * * * * * *
5695 AACCAGTTCAAACAATTATAATTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTG-T
1 AACCAGTGCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * ** * *
5759 TTAGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATAATAATTTATT
66 TTA-TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCGTATAAGCTTATT-TGAATAAAGTAATACTAATTTATT
* * * *
5824 AATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATTTATTTACTA
129 AATATTTTGAAAATCAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATCTATTGACTA
* * * * * * *
5875 AACCAGTTCAATTAGTTATAACTATATGAACAATCATTTATTTCAAATCATTACGACCATTTGTT
1 AACCAGTGCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * *
5940 TTGTCATAAAACAATT-ATTCTGTTCGTAT-AGTCTAATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATT
66 TTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCGTATAAG-CTTATTT-GAATAAAGTAATACTAATTTATT
* * *
6003 AATATTTTGAAAA-CGGATAAGTAACAAATTTAAAGAATGAAA-CTATTGGCCT-
129 AATATTTTGAAAATC-AATAAGTAAGAAATTTAAA-AAT-AAATCTATT-GACTA
* *
6055 AACTAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
1 AACCAGTGCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
6120 TTATCACAAAATAATTGTTTCTATTCGTATAAGCTTATTTGAATAACGTAATTCTATTTTATTAA
66 TTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCGTATAAGCTTATTTGAATAAAGTAATACTAATTTATTAA
** *
6185 TATTCAGAAAATCAATAAGTAAGAGATTTAAAA
131 TATTTTGAAAATCAATAAGTAAGAAATTTAAAA
6218 CATTTTTTCC
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 55, Indels: 21
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.01
179 62 0.22
180 186 0.67
181 26 0.09
182 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AACCAGTGCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
TTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCGTATAAGCTTATTTGAATAAAGTAATACTAATTTATTAA
TATTTTGAAAATCAATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATCTATTGACTA
Found at i:6332 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 6309--6347 Score: 51
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
6299 AGAGATTTAA
*
6309 AAAATAATTATGACCATTTT
1 AAAATAATAATGACC-TTTT
*
6329 AAAATCATAATGACCTTTT
1 AAAATAATAATGACCTTTT
6348 GTTTTATAAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 4 0.24
20 13 0.76
ACGTcount: A:0.44, C:0.13, G:0.05, T:0.38
Consensus pattern (19 bp):
AAAATAATAATGACCTTTT
Found at i:6695 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 6338--9525 Score: 1427
Period size: 181 Copynumber: 17.5 Consensus size: 179
6328 TAAAATCATA
* * * * * * ***
6338 ATGACCTTTTGTTTTATAATAAAAAAATTATTTCAGTACATAAAAGGTTATAAAAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCA-T-CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * * *
6403 TATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGT-TGAAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTATC
64 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATC
* * * ** * * * *
6466 GAATCAGTTCAAATAATTGTGGCCATCTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
127 GAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* ** * * *
6519 ATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTTTCATCATTTAAGCCTATTTGGAATAAAGTAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT--TTTTCATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * *
6584 TACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGCGA
64 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGA
* * * ** * *
6649 ACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTAGATACTTCAAATCGTA
129 ACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
** * * * **
6700 AT-AATTTTTGGTTTTATAATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
1 ATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATT-TTT-TCATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * * **
6764 ATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTGTTTGCC
63 ATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC
* * * * * ** * *
6827 AAACCAATTCAAGTAG-TA-AAGGCTATATGAATGACTATCTATTTCAAATCATT
127 GAACCAGTTCAAATAGTTATAA--CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
*** * * * * *
6880 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTGGTTCATATAAGTTTGTTCGGAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TTTTTCATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * ** * * *
6945 TATTAAATTATTAATATTT-TGAAATT-AT---TAAGAGATTT--AAAATATATATGTTTACCAA
64 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGA
* * * * *
7003 ACCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTATTTTC-AATCGTT
129 ACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTT
* * * * * * * * *
7054 ATAACCAATAT-TTTTGTTATAAAACAATTGTCTCTATTGATGCAATCTTATTTGAAATAAAATA
1 ATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * ***
7118 ATGCTAATTTATTAAT-GTTCTAAAAACTAATAAGTAATG-GATTTAAAAAATGAATATGTTGGC
63 ATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * *
7181 CTG-ACCAATGCAAACAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATT
126 C-GAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * ** **
7235 ATGACCTTTT-TATTTAATC-TGAAAACAAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAGCA
1 ATGACCTTTTGT-TTT-GTCAT-AAAAC-AATTTTTTCA-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * *
7298 TAATTCTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTAT
61 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * * * *
7363 TGAACAAGTACAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTA-CTTATTTCAAATTGCT
126 CGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATC-TATTTCAAATCGTT
* * * *
7417 AT-AGCCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATGTTTTCTATCCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATA
1 ATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC-AT-CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * * * *
7480 ATACAAATTTATTAATA-TTCAGATAATGAATAAGTAAAAGACTTAAAAAATAACTATGTTTACC
63 ATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC
* ** * * * * * * * *
7544 AAATAAATCCAAAAAATTATGACTATTTAAATAAATATTTATTTCAAATCGTT
127 GAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* ** *
7597 ATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAAT
1 ATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTTTTCATCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAAT
* * * ** * * * * *
7661 ACTATTAATTTATTAACATTTTGATAATTAATAAGTAACAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATT
62 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC
* * * *
7726 G-ACCAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
127 GAACC-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
** * * * *
7779 ATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTATATCAGCTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCA--TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * ** *
7844 TACTAATTTATTAATATTTCAAACATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTACTTACCAG
64 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-G
* * *
7909 AGA--AGTTTAAATAGTTATAACTATATAAACAATT-TCTTATTCCAAATCGTT
128 A-ACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATC-TATTTCAAATCGTT
** * * * ** *
7960 ATGATATTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGCTTATGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT--TTTTCATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * *
8025 TA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAATAAATAT-TTTTTTG
64 TACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCG
* * * **
8086 -AGCACGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATAATT
128 AACCA-GTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * *
8138 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTGTTTTGTATGAAT
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC-A-TCATACAAGC---TT-ATTTG-A--AA-
* * ** * * * * *
8203 CTCAAATCATAATGATTAATTTA-TAAAATTTATGCAAGCGTATCAATCTATTCATAGACTTT--
56 -T-AAA--ATAAT-ACTAATTTATTAATA-TT-T-CAA--AAATTAAT-AAGTAAGAGA-TTTAA
** * * *** * ** * * * * *
8265 -GTATGAATCT-CAAATCATAATGATTTGAGATAGTTATGACTACTTTATTAA-AATT-TCAAAA
109 AAAATAAATATGTTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATAACTA-TTTA--AACAATTATC--TA
*
8326 TTT--AATAGTT
168 TTTCAAATCGTT
* * *
8336 ATGA-CTATTTGAACAAATATCAATCTCA-AATCATTATGATATTTGTTTTC-TCATAAAACAAT
1 ATGACCT-TTTG------T-T--TTGTCATAA--A--A-CA-A-TT-TTTTCATCAT---ACAA-
* * * * * *** * * * *
8398 TG-TTTTTTTATCATAAAAGCTTAT-TTGGAGAAAAAATACTAATTT-AATAATATTTCAAAAAT
44 -GCTTATTTGA-AATAAAA--TAATACT--A-ATTTATTAAT-ATTTCAA-AA-A-TT-AATAAG
* * * * *
8460 TAGTGAGATTT-AAACATATATATGTATT-TGCCAAACCAGCTCAAATAGTTA-AGACTA-TTAG
97 TA-AGAGATTTAAAAAATAAATATGT-TTAT--CGAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTA-
*
8521 AATAATTATCTATTTCAAATCGTT
156 AACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * * * *
8545 CTAACCTTTT-TTTAGTCCTATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAGAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCA--TCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATA
* * * * * *
8608 ATACTAATTTATTAACATTCCAAAATTTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAGATAAATTTGTTTA-C
63 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATC
* * * * * *
8672 TGAACAAGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TGATTTAAAATCATT
127 -GAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTT
* *** *
8726 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCA--TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * *
8790 ATACTACTTTATTATTATTTCAAAAGTTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-C
63 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTATC
** * ** * * * * * * *
8853 TGAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATTTGTTTCAATTTGTT
127 -GAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * *
8907 ATTACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTTTCAACATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTTTTCATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * *
8972 TATTAATTTACTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGA
64 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGA
* * * *
9033 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCATATTGTT
129 ACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * *
9084 ATAACATTTTGTTCTATAATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * *
9149 TACTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAGT-AGCTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TCATTT-G
64 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTAT
* * * * * * *
9210 CTGAACCAATTCAAATAGTTA-AGACTATATGAATAATTATTTATCTCAAATTGTT
126 C-GAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * *
9265 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCACCATACAAGCTTATTCGAAATAAAGTAAAA
1 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * * * *
9330 CTAATTTTAATTAATATTT--AAAATT--T-A-CAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTA-CTA
66 CTAA-TTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-G
* * * * * *
9388 AACCAGTTCAAATAATTATAATTATTTGAACAAGTATCTCTTTCAAATCATT
128 AACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* ** * ** * * * * *
9440 ATTTATTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATACAGTTTGTTTAAAATAAAAT
1 A-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTTTTCATCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAAT
*
9505 AATACTAATTTATTAAAATTT
62 AATACTAATTTATTAATATTT
9526 ATTAAGCCAG
Statistics
Matches: 2271, Mismatches: 547, Indels: 382
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
172 2 0.00
173 9 0.00
174 94 0.04
175 92 0.04
176 35 0.02
177 148 0.07
178 93 0.04
179 104 0.05
180 245 0.11
181 787 0.35
182 352 0.15
183 40 0.02
184 5 0.00
185 7 0.00
186 6 0.00
187 2 0.00
188 6 0.00
189 1 0.00
190 18 0.01
191 11 0.00
192 9 0.00
193 5 0.00
194 1 0.00
195 10 0.00
196 11 0.00
197 18 0.01
198 23 0.01
199 9 0.00
200 7 0.00
201 1 0.00
202 1 0.00
204 4 0.00
205 4 0.00
206 16 0.01
207 19 0.01
208 17 0.01
209 16 0.01
210 19 0.01
211 10 0.00
212 3 0.00
213 2 0.00
214 8 0.00
216 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
CAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
Found at i:9412 original size:539 final size:533
Alignment explanation
Indices: 8377--9406 Score: 1217
Period size: 539 Copynumber: 1.9 Consensus size: 533
8367 CATTATGATA
* * * * *
8377 TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTTTATCATAAAAGCTTATTTGGAGAAAAAATACTAATT
1 TTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTTTTCAACATAAAAGCTTATTTGAAGAAAAAATACTAATT
* * *
8442 TAATAATATTTCAAAAATTAGTGAGATTTAAACATATATATGTATTTGCCAAACCAGCTCAAATA
66 TAATAATATTTCAAAAATTAATGAGATTTAAAAATAAATATGTATTTG-C-AACCAGCTCAAATA
* * * ** * *
8507 GTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTTTTAGTCCTATAATAAT
129 GTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTTTTAGTAATAAAACAAT
* * *
8572 TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAGAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAATTTA
194 TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAACATTCCAAAAATTA
* ** * *
8637 ATAAGCAAGAGATTTGAAAAGATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAAAAGTTATGACTATTTG
259 ATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTCATTTACTGAACAAGTTCAAAAAGTTAAGACTATATG
* *
8702 AACAATTATTGATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
324 AACAATTATTGATCTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG-CCAT
* * *
8767 AAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATTTCAAAAGTTAATAATTAAGAGAT
388 AAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAAAACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTT-ATAATCAAGAGAT
* *
8832 TTAAAAAATAAATTAGTTTACTGAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATTTGTT
452 TTAAAAAATAAATTAGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATTTGTT
8897 TCAATTTGTTATTACCT
517 TCAATTTGTTATTACCT
* * * *
8914 TTTGTTTTATCACAAAACAATTG-TTTTTCAACATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATATTAA
1 TTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTTTTCAACATAAAAGCTTATTTG-AAGAAAA-AATACTAA
* * * *
8978 TTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTG-AACCAGTTCA
64 TTTAATAATATTTCAAAAATTAAT--GAGATTT-AAAAATAAATATGTAT-TTGCAACCAGCTCA
* * * *
9042 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCATATTGTTATAACATTTTGTTCTA-TAATAA
125 AATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTT-TT-TAGTAATAA
** * *
9106 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTA
188 AACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAACATTCCA
* * *
9170 AAAATTAGT-AGCTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTCATTTGCTGAACCAA-TTCAAATAGTTAA
252 AAAATTAATAAGC-AAGAGATTTGAAAAAATAAATTCATTTACTGAA-CAAGTTCAAAAAGTTAA
* * * **
9232 GACTATATGAATAATTATTTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
315 GACTATATGAACAATTATTGATCTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
9296 TTCA-CCATACAAGCTTATTCGAAATAAAGTAAAACTAATTTTAATTAATATTT-AAAA-TT-T-
380 TT-AGCCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAAAACT-ACTTT-ATTAATATTTCAAAAGTTATA
* * *
9356 A-CAAGAGATTTAGAAAATAATTCTA-TTTACTAAACCAGTTCAAATAATTAT
442 ATCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTAT
9407 AATTATTTGA
Statistics
Matches: 415, Mismatches: 63, Indels: 34
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
533 41 0.10
534 3 0.01
535 1 0.00
536 20 0.05
537 53 0.13
538 41 0.10
539 152 0.37
540 86 0.21
541 15 0.04
542 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (533 bp):
TTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTTTTCAACATAAAAGCTTATTTGAAGAAAAAATACTAATT
TAATAATATTTCAAAAATTAATGAGATTTAAAAATAAATATGTATTTGCAACCAGCTCAAATAGT
TAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTTTTAGTAATAAAACAATTG
TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAACATTCCAAAAATTAAT
AAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTCATTTACTGAACAAGTTCAAAAAGTTAAGACTATATGAA
CAATTATTGATCTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCCATAAA
AGCTTATCCAAAAGAAAATAAAACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTATAATCAAGAGATTTAA
AAAATAAATTAGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATTTGTTTCAA
TTTGTTATTACCT
Found at i:9503 original size:358 final size:351
Alignment explanation
Indices: 8329--9525 Score: 1028
Period size: 358 Copynumber: 3.4 Consensus size: 351
8319 TTCAAAATTT
* * * * * * *
8329 AATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATA-TTTGTTTTCTCATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAA
* ** * *
8393 ACAATTGTTTTTTTATCATAAAAGCTTATTT-GGAGAAAA-AATACTAATTTAATAATATTTCAA
66 ACAATTGTTTTTGT-TCAT-AAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTCAA
* * * * ** * *
8456 AAA-T--T-AGT--GAGATTTAAACATATATATGTA-TTTGCCAAACCAGCTCAAATAGTTAAGA
129 AAATTAATAACTAAGAGATTTAAA-AAATAAAT-TAGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGA
* * * * * * * *
8514 CTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTT-TTTAGTCCTATAATAATTGTTTC
192 CTATT-GAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC
* * *
8578 AGTTCATACAAGCTTATTC-AGAATAGAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAATTTAATAAG
256 A--ACATACAAGCTTATTCGA-AATA-AATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAA-TT--T-A-
*
8642 CAAGAGATTT-GAAAAGATAAATT-TGTTTACTGAACAAGTTCA
311 CAAGAGATTTAG-AAA-AT-AATTCTGTTTACTGAACCAGTTCA
* * *
8684 AA-AAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TGATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AATAA-TTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATA
* ** * * * *
8747 AAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTATTATTTCA
64 AAACAATTGTTTTTGTTCAT-AAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTCA
* * * * * *
8812 AAAGTTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTGAATAAGTTCAAATAATTATGGC
128 AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGAC
* * * * * * * *
8877 CATTTGAACAACTATTTGTTTCAATTTGTTATTACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTTT
193 TA-TTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTTTT
* * * * * * *
8942 CAACATATAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAG
255 CAACATACAAGCTTATTCGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTT--AAAATTTACAAGAG
* * *
9007 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTCA
317 ATTTAGAAAATAATTCTGTTTACTGAACCAGTTCA
* * ** * * *
9042 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCATATTGTTATAACATTTTGTTCTATAATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAA
* * **
9107 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCTAA
66 ACAATTGTTTTTGTTCATA-AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTC-AA
* * *
9171 AAATTAGTAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCA-TTTGCTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGA
129 AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-AGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGA
* *
9234 CTATATGAATAATTATTTATCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC
192 CTAT-TGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC
* *
9299 ACCATACAAGCTTATTCGAAATAAAGTAAAACTAATTTTAATTAATATTTAAAATTTACAAGAGA
256 AACATACAAGCTTATTCGAAATAAA-TAATACTAA-TTT-ATTAATATTTAAAATTTACAAGAGA
* *
9364 TTTAGAAAATAATTCTATTTACTAAACCAGTTCA
318 TTTAGAAAATAATTCTGTTTACTGAACCAGTTCA
* * * * * ** *
9398 AATAATTATAATTATTTGAACAAGTATCTCTTTCAAATCATTATTTATTTTTTATTTTGTCATAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TAACATTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
9463 AACAATTGTTTTTGTTAATATACAGTTTGTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTT
65 AACAATTGTTTTTGTTCATA-A-AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTT
9526 ATTAAGCCAG
Statistics
Matches: 669, Mismatches: 138, Indels: 66
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
354 1 0.00
355 55 0.08
356 141 0.21
357 67 0.10
358 254 0.38
359 19 0.03
360 2 0.00
361 4 0.01
362 54 0.08
363 59 0.09
364 7 0.01
365 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (351 bp):
AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTTTGTTCATAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTTCAAAA
ATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTAT
TGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAACAT
ACAAGCTTATTCGAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAATTTACAAGAGATTTAGAAA
ATAATTCTGTTTACTGAACCAGTTCA
Found at i:9930 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 9540--11929 Score: 1770
Period size: 181 Copynumber: 13.3 Consensus size: 180
9530 AGCCAGTAAA
*** * ** * * * *
9540 AAAT-GTTATGACTATTTGGGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * *
9604 AACAATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAGTAATACCAATTTATTAATATTTCAA
66 AACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
* * * * * * * * *
9669 CAATGAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATC
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
* * * *
9720 AAATAGTCATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * ** * *
9785 AAAAATCATTTTGATTCAAATGAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGA
66 AACAATTGTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA
* * * * * *
9850 AAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAACAAACAAATTT
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
* * ** * *** * * * *
9901 AAATAATTATGATTATTTGAACCATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTAGTTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
9966 AATGATTTTTTTTCTATTCATAGAAGTTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAAGTCATTAATA-T
66 AA-CA-ATTGTTT-TATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * * * * *
10028 TAAAACAATTAATAAGTAAAAGATCTAAGAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTC
126 TTAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
** * * * *
10084 AAATCTTTATGA-TAATTTGAACAGTTATTTATTTC-AA--A-T-TG---TTTTGTTTTGTCCTA
1 AAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
10140 AAACAATTGTTTATGTTTATACAAGCTTATTC-AGATTAAAAAAATATTATTTTATTAATATTTC
65 AAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* *
10204 AACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-CATGTTTATCGAACAAGTTC
128 AA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTACCGAACAAGTTC
* * * * * *
10257 AAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
10322 AACAATTGTTTTAGTTCATATAAGC-TATTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
66 AACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * * * **
10386 AAAA-TAATAAGTAAGAGAATAAAAAAATTAATCTATTTATCGAACATCTTC
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
* * * * * *
10437 AAATAGTTATGATTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-TTGTTTGTTTTGTTATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTT-TTTGTTTTGTCATA
* *
10501 AAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATATTCG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT
65 AAACAATT-GTTTTATTCATACAAGC-T-TATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * * * *** *
10564 TCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTTTTGAACATGTTC
126 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
* * * ** * **
10618 AAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTGAAATTGTTAGGAGC-TTTTGTTTCATCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * * **
10682 AACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGTTTATTTGGAATAAAATGATACTAATTTATTAAAATTCCA
65 AAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * *
10747 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTC
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
* ** *
10799 AAATAGTTATGACTCTTCAAATAATTAT-TGATTTCAAATCATTTTGA-TCTTTTGTTTTGTCAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTCAT
** * * *
10862 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATAAATATTCT
64 AAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
** * * *
10927 AAAAATTAATAAGTTGGAGATTTTGAAAAAATAAATCTGTCTACCGGACAAGTTT
128 AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
* * * * * *
10982 AAAGAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
** * ** *
11047 AATGATTGTTTCTATTAATACAAAATTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG
66 AACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * *
11111 TAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAGAATTAAATCTGTTTATCGAACCAA-TTC
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTC
* * * *
11159 AAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
11223 AACAATTGCTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAAGTAAAATATTACTAAATTAATAATATTCTA
66 AACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * ** *
11287 AAAAATAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATGAGTTTACCAAACCAA-TTC
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTC
* ** * * * * * *
11340 AAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * **
11405 AACAATTATTTTAGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACT-TTCAA
66 AACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTTA
* * * * *
11469 AAAATTAATGAGCAAGAGATTAAATAAAATAAATCTATTTATC-AACAAGTTC
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
* * * * * * *
11521 AAATA-TATTTGACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAGTCGTTATGACTTTTTATTTTATCATA
1 AAATAGT-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
11584 AAACAATTGTTTCATTTCATAAAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTTCA
65 AAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* * * * *
11649 AAAATTAATAAGCAAGAGATTT--AAACTAAAGT-TGTTTTCTGAACTAGTTC
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCGAACAAGTTC
* * * * * * *
11699 AAATAGTTATAACTATTTGAACAGA-TATCAATCTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTCTTATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
11762 ACATAATTATTTCTAATCATACAAGCTTATTC--AATAAAAATAATACTAATTTA-AAATATTCC
65 AAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-T
* * * * * * *
11824 CAACAATTAGT--G-AA-AGATTT-AAAAATAAATATATTTGCCAAACCAA-TTC
127 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTC
* * * * * * *
11873 AAATAGCTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTT
11930 AGTTCATACA
Statistics
Matches: 1758, Mismatches: 374, Indels: 161
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 4 0.00
173 112 0.06
174 65 0.04
175 28 0.02
176 71 0.04
177 102 0.06
178 78 0.04
179 29 0.02
180 275 0.16
181 626 0.36
182 118 0.07
183 244 0.14
184 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
Found at i:10836 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 10796--10849 Score: 60
Period size: 17 Copynumber: 3.1 Consensus size: 18
10786 ACCGAGCGAG
*
10796 TTCAAATAGTTA-TGACTC
1 TTCAAATAATTATTGA-TC
10814 TTCAAATAATTATTGAT-
1 TTCAAATAATTATTGATC
*
10831 TTCAAATCATT-TTGATC
1 TTCAAATAATTATTGATC
10848 TT
1 TT
10850 TTGTTTTGTC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 5
0.82 0.05 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.16
17 12 0.38
18 12 0.38
19 3 0.09
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.07, T:0.46
Consensus pattern (18 bp):
TTCAAATAATTATTGATC
Found at i:11457 original size:358 final size:353
Alignment explanation
Indices: 9540--12792 Score: 2133
Period size: 358 Copynumber: 9.1 Consensus size: 353
9530 AGCCAGTAAA
** * ** * * *
9540 AAAT-GTTATGACTATTTGGGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TATCATAA
* * *** * * * *
9604 AACAA-TAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAGTAATACCAATTTATTAATATTTCA
65 AACAATTA-TTTCTATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * * * * * * *
9668 ACAATGAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGA-TCAAATAGTCATGA
129 A-AA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCA-ATTCAAATACTTATGA
* * * * * * **
9732 TTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTT
189 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* ** * ** **
9797 GATTCAAATGAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATT
253 G-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* * *
9862 AAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAACAAACAAATTT
316 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AATTC
* * * * *** * *
9901 AAATAATTATGATTATTTGAACCATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTAGTTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTA-TCATAA
* * * * * * * *
9966 AATGATTTTTTTTCTATTCATAGAAGTTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAAGTCATTAATATT
65 AA-CA-ATTATTTCTATTCATACAAGATTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * * * *
10029 -AAAACAATTAATAAGTAAAAGATCTAAGAAATAAATCTATTTA-CCAAACAAGTTCAAAT-CTT
126 CCAAA-AATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAA-TTCAAATAC-T
* * *
10091 TATGA-TAATTTGAACAGTTATTTATTTC-AA--A-T-TG-T-TTTGTTTTGTCCTAAAACAATT
184 TATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * *
10148 GTTTATGTTTATACAAGCTTATTCAGATTAAAAAAATATTATTTTATTAATATTTCAACAAA-TA
248 GTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTA
* *
10212 ATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAA-CATGTTTATCGAACAAGTTC
310 ATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTACCAAACAA-TTC
* * * * * * * * *
10257 AAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGTAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTATCATAA
* * *
10322 AACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTATT-TT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
65 AACAATTATTTCTA-TTCATACAAG--ATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * *
10384 TAAAAATAATAAGTAAGAGAATAAAAAAATTAATCTATTTATCGAA-CATCTTCAAATAGTTATG
127 CAAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCA-ATTCAAATACTTATG
* * * * * *
10448 ATTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGATTGTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGGTT
188 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT
* * * *
10513 CTATTCATGCAAGCTTATATTCGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
251 TTGTTCATACAAGC-T-TATTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * **** *
10577 AGTAAA-A-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTTTGAACATGTTC
313 AG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-ATTC
* * * * ** * *
10618 AAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTGAAATTGTTAGGAGCTTTTGTTTCATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-ATCATAA
* * * * * *** * *
10683 ACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGTTTATTTGGAATAAAATGATACTAATTTATTAAAATTCCAA
65 AACAATTATTTCTATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * *
10748 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACT
130 AAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATACTTATGACT
* ** * *
10813 CTTCAAATAATTAT-TGATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
191 ATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T
* ** * * *
10877 ATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATAAATA-TTCTAAAAATTAATAAGT
253 GTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGA
** * ** *
10941 TGGAGATTTTGAAAAAATAAATCTGTCTACCGGACAAGTTT
316 AAGAGA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTC
* * * ** *
10982 AAAGAGTCATGTCTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTATCATAA
** * * * * ****
11047 AATGATTGTTTCTATTAATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGT
65 AACAATTATTTCTATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * *
11112 AAATTAATAAGAGATTTAAGAATTAAATCTGTTTATCGAACCAATTCAAATACTTATGACTATTT
130 AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATACTTATGACTATTT
* * *
11177 GAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGCTTTTGTTCAT
195 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCAT
* * * *
11242 ACAAGCTTATTCAAAGTAAAATATTACTAAATTAATAATA-TTCTAAAAAATAATAAGAAAGAGA
259 ACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGA
**
11306 TTTAAAAAAATAAATGAGTTTACCAAACCAATTC
322 TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAATTC
* ** * * *
11340 AAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTTACCTTTTATTTAGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTA-TCATAA
* *
11405 AACAATTATTT-TAGTTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACT-TTCA
65 AACAATTATTTCTA-TTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCC
* *
11468 AAAAATTAATGAGCAAGAGATTAAATAAAATAAATCTATTTATC-AA-CAAGTTCAAATA-TATT
128 AAAAATTAAT----AAGAGATTTAA-AAAATAAATCTATTTATCGAACCAA-TTCAAATACT-TA
* * * * * *
11530 TGACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAGTCGTTATGACTTTTTATTTTATCATAAAACAATTGT
186 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
11594 TTCAT-TTCATAAAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAACATTTCAAAAATTAAT
250 TT--TGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * ** *
11658 AAGCAAGAGATTT--AAACTAAAGT-TGTTTTCTGAACTAGTTC
312 AAGAAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCAAAC-AATTC
* * * *
11699 AAATAGTTATAACTATTTGAACAGA-TATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTT-TCTTAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTATC--AT
* * * * * *
11761 AACATAATTATTTCTAATCATACAAGCTTATTCAATA-AAAATAATACTAATTTA-AAATATTCC
63 AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-C
* * * ** * *
11824 CAACAATTAGTGAA-AGATTT-AAAAATAAATATATTTGCCAAACCAATTCAAATAGC-TAAGAC
127 CAAAAATTAAT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATA-CTTATGAC
* * * * ** *
11886 TATTAGAATAATTATATATTTCAAATC------A---------T-TC-T-AACCTTTTGTTTAGT
190 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGT
** * * *
11933 TCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAACA-TTCCAAAATTAATAAGCAAG
255 TCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAG
* * *
11996 AGATTTGAAAATATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTC
319 AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAA-TTC
* * * *
12033 AAAGAGTTATTACTATTTGAACAATTATCGATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTATCATAA
* * * * * * * * *
12098 AACAATTATTT-TAGTTCACAAAAGCTTATTCAAAAGAAAATAGTGCTACTTTATTATTATTTCG
65 AACAATTATTTCTA-TTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCC
* *
12162 AAAGTTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-CTGAA-TAAGTTCAAATAATTA
128 AAA---AATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATC-GAACCAA-TTCAAATACTTA
* * * * * ** * *
12223 TGGCCATTTGAACAACTATCTGTTTCATATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
186 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* ** *
12288 TTT-TCAACATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACAAATATTTCAAAATTTAAT
250 TTTGT--TCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* *
12352 AAG--AG-G-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAAATC
312 AAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAATTC
** * * * *
12391 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTCTATAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TATCATAA
* * * *
12456 AACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTGA
65 AACAATTATTTCTATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-CA
* * * * *
12521 AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGTCGAACCAATTCAAACAATTATGACT
129 AAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATACTTATGACT
* * * * * * * **
12586 ATATGAACAATTATTTATCTCAAAT-TTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTACTTCAG
191 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTG
* * * * *
12650 CTCATACAAGCTTATTCGAAATAGAGTAGA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATT--T-ATAA
254 TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAA
* * * * *
12711 A-AGATTTAGAAAATAATTTTATTTACCAAACCAGTTC
317 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAATTC
*
12748 AAATAATTAT-A--ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
12793 ACCAGAGTGT
Statistics
Matches: 2288, Mismatches: 434, Indels: 347
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
331 25 0.01
332 21 0.01
333 18 0.01
334 73 0.03
335 35 0.02
336 19 0.01
337 9 0.00
338 2 0.00
339 4 0.00
340 14 0.01
341 46 0.02
347 2 0.00
351 15 0.01
352 33 0.01
353 65 0.03
354 83 0.04
355 12 0.01
356 155 0.07
357 165 0.07
358 371 0.16
359 158 0.07
360 102 0.04
361 252 0.11
362 332 0.15
363 56 0.02
364 215 0.09
365 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (353 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTATCATAAA
ACAATTATTTCTATTCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAATTCAAATACTTATGACTATTTG
AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATAC
AAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTA
AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAATTC
Found at i:12458 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 11934--12792 Score: 767
Period size: 181 Copynumber: 4.8 Consensus size: 177
11924 TTGTTTAGTT
* * * * *
11934 CATACAAGCTTATTTGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAATTAATAAGCAAGAG
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATT--TAA-TAAGAG
* * * * *
11998 ATTTGAAAATATAAATTTGTTTACTAAA-CAAGTTCAAAGAGTTATTACTATTTGAACAATTATC
63 ATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
* * ** *
12062 GATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTAGT-TCA
126 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTT--TCACA
* * * * * * *
12116 CA-A-AAGCTTATTCAAAAGAAAATAGTGCTACTTTATTATTATTTCGAAAGTTAATAAGTAAGA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATT--TAA-TAAGA
* ** * * * *
12179 GATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATC
62 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
12243 TGTTTCATATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-A
126 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTTCACA
* ** *
12295 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACAAATATTTCAAAATTTAATAAGAGGTT
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAGATT
* *
12360 TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAAATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
66 TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * **
12425 CAAATTGTTATAACATTTTATTCTATAATAAAACAA-TTATTTCTATT
131 CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTC-ACA
* *
12472 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAATT--TAA-TAAGA
*** ** * * * *
12537 GATTTAAAAAATAAATCCATTTGTCGAACCAATTCAAACAATTATGACTATATGAACAATTATTT
62 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** *
12602 ATCTCAAATT-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTACTTCAGCT
127 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTCA-CA
* * * *
12652 CATACAAGCTTATTCGAAATAGAGTAGA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTT-ATAAAAGA
1 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTTAATAAGAGA
* * * *
12715 TTTAGAAAATAATTTTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTAT-A--ATTTGAACAATTATCTAT
64 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
**
12777 TTCAAATCATTATGAC
129 TTCAAATTGTTATGAC
12793 ACCAGAGTGT
Statistics
Matches: 558, Mismatches: 103, Indels: 40
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
173 22 0.04
174 7 0.01
175 6 0.01
176 42 0.08
177 132 0.24
178 13 0.02
179 6 0.01
180 96 0.17
181 212 0.38
182 22 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.12, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (177 bp):
CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAGATT
TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTCACA
Found at i:15021 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 14667--17107 Score: 1393
Period size: 181 Copynumber: 13.7 Consensus size: 179
14657 TACTACCCAA
* * **
14667 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAATTAGCCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA
1 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA
* * *
14732 TTTTTTAAATCTTTTAACTATTAATTGTCTT-AGTATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCAAA
66 TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
* * ** *
14794 ATAAACTTGTATGAA-TAGAAAAAATCTTTTGGTGACAAAACAAAAGGTTATAG
128 ATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAAT-TTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAG
* * * * * * * * *
14847 CGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATATATTCA
1 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA
* * * *
14912 TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTAATAACTTAGTAATATTTTATTTCAAAC
66 TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* ** * * * *
14977 CAGCTAATACGAACTAAAATAATTTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAA
130 AAGCTTGTATGAACTAAAATAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAG
* * * * ** *** *
15027 CAATTTTCAAATAAATACTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATTTTGTTCAATAAACATATTT
1 CAA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTT
** ** * * * *
15092 ATTTTAAAAAAATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCTAA
65 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
* * * * * * * * * * **
15156 ATAAGCTTTTACGAGCAAAAATTATGGTTTTGTAATAGAACAAAAAATCATAAG
128 ATAAGCTTGTATGAACTAAAATAAT-TTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AG
* * * * * *
15210 -AATTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTTGAA-ATGATTTGATAAACAGATTT
1 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAAATTT
* * **
15273 ATTTTTTTAAA--TC-T-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTGTTTTGA
65 A-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * *
15334 ACAAACTTATGTGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAG
128 ATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAG
* * *
15387 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGTTTAGGTAAACATAA-T
1 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GGTAAACA-AATT
15450 TATTTTTTAAATCTCTTACA-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA--ATT-TTGTT-TTT
64 TATTTTTTAAATCTCTTA-ATTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTATT-TTATTT
* * *
15510 CAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC--AA----AT-G
125 CAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAG
* * * * * *
15560 -AATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGG-CAATAAATTTA
1 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA
* * * * * *
15623 TATTTT-AATCT-TTAATTATTAATTTTAAGAATATT-TTCATATTAGTATTGTTTTATTTTGAA
66 TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT-TGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTA-TTTCAA
* * *
15685 ATAAGCTTGTATGAAC-AGAAATAATTTTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAA
128 ATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAA-TTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAG
** * * * * * * * *
15738 TGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAA-AAAATT-
1 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA
* * * * * **
15801 TTTTTAAAATCTCTTACTTATTATTTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAAT
66 TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * ** * * *
15866 AAACATATATG-A-TAAAAATCAATTGTTACATGACCAAACAAAAGGTAATAA
130 AAGCTTGTATGAACT-AAAAT-AATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAG
* * * * * * * * * *
15917 CGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGTCATAATTATTTGAAC-TGAATCGGTAAATAGATTC
1 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAAATTT
** * * ** * * ** *
15981 ACCTTTTAAA--TC--ACTCATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAC
65 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * *
16042 TAAGTTTGTATGAATTCAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
129 TAAGCTTGTATGAACTAAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAG
* * * * * * * *
16094 C-ATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATGGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGATAAACAAATTTA
1 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA
* *** * ***
16158 --TTTTAAA-CACTCGGTTATTAATTTTTGAATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGAT
66 TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * ** *
16220 AAGCTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAA
130 AAGC-TTGTATGAACTAAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAG
* * * * * * * *
16272 TAATTTTAAATAAATAATTATTTAAATCGTCATCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA
1 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA
* **
16337 TTTCTTCAAATCAT-TTCCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTAG-ATTATTTTA-TTCT
66 TTT-TTTAAATC-TCTTAATTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-
* * * * * * * * *
16399 GAATAAGCTT-T-TAAAATATGAAACAAATATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAA
126 AAATAAGCTTGTATGAACTA--AAA-TAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAG
** * * * * ** * * * * ** *
16454 TGATTTGAAATAGATATTTATTCTAATAGTTTTAACTATTTTAAATTGACTCGACAAACACATTT
1 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAAATTT
* * * * *
16519 ATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAATCGA
65 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAA
* * * * * *
16583 ATAAGCTTCTATGATC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAA
128 ATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAG
* * ** * * *
16635 CGATTTGAGATTGATAATTGTTC-AATCAATCATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACATATT
1 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAAATT
* **
16698 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
64 TATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* *** * *
16763 ATAAGTTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
128 ATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAG
* ** * * * ** * *
16816 CAATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-GGCTATAATTATTTTAACTAATTCGATAAACAAA-TT
1 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTT
* ** * * ***
16879 -TTTCTT--A---CTT-ATTATT--TTAGT-AAGTATTAATAAATTAGTATTATTGTATTCCTTC
65 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * ** * *
16934 TAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTGTGACAAATTAAAAGGTTATAA
129 TAAGCTTGTATGAACTAAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAG
** * * * * **
16986 TGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTCATAAACAAA--T-
1 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA
* ** * *
17048 TTTTTTAGATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTT
66 TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
17108 TTAGATCTCT
Statistics
Matches: 1762, Mismatches: 391, Indels: 218
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 30 0.02
170 125 0.07
171 36 0.02
172 63 0.04
173 12 0.01
174 15 0.01
175 6 0.00
176 51 0.03
177 132 0.07
178 206 0.12
179 221 0.13
180 299 0.17
181 325 0.18
182 168 0.10
183 56 0.03
184 14 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA
TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
AGCTTGTATGAACTAAAATAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAG
Found at i:15415 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 15394--15426 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
15384 TAGCAATTTG
15394 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
15410 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
15427 TGAACTGTTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:16545 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15263--16840 Score: 500
Period size: 179 Copynumber: 8.8 Consensus size: 180
15253 ATGATTTGAT
* * *
15263 AAACAGATTTATTTTTTTAA-ATC-TA-TTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTAT
1 AAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * ** * ** * * * *
15324 TTTGTTTTGAACAAACTTATGTGAA-CAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGC
65 TTTATTCTGAATAAGCTTCT-AAAATCAGAAACAAATATTTTATGACAAAAC-AAAGATCAAAAC
* * * * ** * **
15388 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AGTCATAATTATTTGAACTGTTTAGGT
128 GATTTGAAATAGATAATTATTC-AATCAATCATAACTATTTAAACTGACTCGAC
* * * *
15441 AAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTCA--ATT-
1 AAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTA
* * ** * * * * *
15502 TTGTTTTTC-AAATAAGCTAGTATGAAT-TGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC-AA-AT---G
64 TT-TTATTCTGAATAAGCTTCTA-AAATCAGAAACAAA-TATTTTATGACAAAACAAAGATCAAA
* * * * * * *
15560 A--ATTTGAAATAGATAATTGTTCATAT-AGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTTGGC
126 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCA-ATCAATCATAACTATTTAAACTGA-CTCGAC
* * * ** * * *
15613 AATA-A-ATTTATATTTT-AATCT-TTAATTATTAATTTTAAGAATATT-TTCATATTAGTATTG
1 AA-ACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAAT-AAATTAGTATTA
* * * * * * * * * *
15673 TTTTATTTTGAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAATAATTTTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATA
64 TTTTATTCTG-AATAAGCTTCTA-AAATCAGAAACAAATATTTTATGACAAAAC-AAAGATCAAA
* * * * * * * * **
15737 ATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAAT-AGTTATAACTATTTAAACT-AGTTCGGT
126 ACGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATCAATCATAACTATTTAAACTGA-CTCGAC
* * * * * *
15792 AAA-AAAATT-TTTTTAAAATCTCTTACTTATT-ATTTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTAT
1 AAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** * * * ** * *
15854 TTTATTTTGAATAAACATATATGAT-AAAAATCAATTGTTACATGACCAAACAAAAGGT-AATAA
65 TTTATTCTGAATAAGCTTCTAAAATCAGAAA-CAAATATTTTATGACAAAAC-AAAGATCAA-AA
* * ** * * * **
15917 CGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GGTCATAATTATTTGAACTGAATCGGT
127 CGATTTGAAATAGATAATTATT-CAATCAATCATAACTATTTAAACTGACTCGAC
* * * ** * *** * *
15971 AAATAGATTCACCTTTT-AA-ATC--ACTCATTAATTTTCAAAATAGTAATAAATTTGTATTATT
1 AAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * *
16032 TTATTTTGACTAAGTTTGTATGAATTC--AAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
66 TTATTCTGAATAAGCTTCTA--AAATCAGAAACAAATATTTTATGACAAAAC-AAAGATCAAAAC
* * ** ** ** * *
16095 -ATTTTAAATAGACAATTGCTCAAAT-GGTCATAACTATTTGAATTTG-TTCGAT
128 GATTTGAAATAGATAATTATTC-AATCAATCATAACTATTT-AAACTGACTCGAC
* * *** *
16147 AAACAAATTTA--TTTTAAACA-CTCGGTTATTAA-TTTTTGAATTATTAAGAAATTAGTATTAT
1 AAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * ** * *
16208 TTTATTTTGGATAAGCTTTTTATGAA-CTGAAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAA
65 TTTATTCTGAATAAGC-TTCTA-AAATCAGAAACAAATATTTTATGACAAAAC-AAAGATCAAAA
** * * * * * * * * **
16272 TAATTTTAAATAAATAATTATTTAAATC-GTCATCACTATTTGAACTTG-TTTGGT
127 CGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAATCAATCATAACTATTTAAAC-TGACTCGAC
* * * *
16326 AAATAGATTTATTTCTTCAAATCAT-TTCCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTAG-ATT
1 AAACACATTTATTT-TTTAAAT-ATCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATT
* *
16389 ATTTTATTCTGAATAAGCTTTTAAAAT-ATGAAACAAATATTTTATGACTAAATA-AAAGGTCAA
63 ATTTTATTCTGAATAAGCTTCTAAAATCA-GAAACAAATATTTTATGAC-AAA-ACAAAGATCAA
* * * ** *
16452 AATGATTTGAAATAGATATTTATTCTAAT-AGTTTTAACTATTTTAAATTGACTCGAC
125 AACGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATCAATCATAACTA-TTTAAACTGACTCGAC
* *
16509 AAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATT
1 AAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA-T
* ** * * **
16574 TTTAATC-GAATAAGCTTCTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAACGA
65 TTTATTCTGAATAAGCTTCTAAAATCAGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAGATCAAAACGA
* * * * * **
16638 TTTGAGATTGATAATTGTTCAATCAATCATAACTATTTGAACTGATTCGGT
130 TTTGAAATAGATAATTATTCAATCAATCATAACTATTTAAACTGACTCGAC
* *
16689 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * ** * * * * * * * *
16753 TTTATTTTGAATAAGTTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
65 TTTATTCTGAATAAGCTTCTAAAATCAGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAGA-TCAAAACG
*
16818 ATTTGAAATAGATAATCATTCAA
129 ATTTGAAATAGATAATTATTCAA
16841 ATGGCTATAA
Statistics
Matches: 1077, Mismatches: 240, Indels: 163
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 19 0.02
170 16 0.01
171 26 0.02
172 67 0.06
173 3 0.00
174 5 0.00
175 3 0.00
176 52 0.05
177 107 0.10
178 76 0.07
179 212 0.20
180 174 0.16
181 103 0.10
182 132 0.12
183 67 0.06
184 13 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTCTGAATAAGCTTCTAAAATCAGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAGATCAAAACGAT
TTGAAATAGATAATTATTCAATCAATCATAACTATTTAAACTGACTCGAC
Found at i:16853 original size:899 final size:875
Alignment explanation
Indices: 15224--17108 Score: 1958
Period size: 899 Copynumber: 2.1 Consensus size: 875
15214 TAAAATAAAT
* * * * *
15224 AATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTTGAAATGATTTGATAAACAGATTTATTTTTTTAA-A-TCT
1 AATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGATAAACAAATTTA--TTTTAAACACTCT
* * *
15287 ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTGTTTTGAACAAACTTATGTGAACAA
64 ATTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAA
* * *
15352 AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
128 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * *
15417 CATAATTATTTGAACTGTTTAGGTAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTG
193 CATAACTATTTGAACTGTTTAGGTAAACAGAATTATTTTTCAAATCTCTTACATATTAATTTTTG
* * *
15482 AAATATTAATAAATTCAATTTTGTTTTTCAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAAATTGTTTTAT
258 AAATATTAATAAATTCAATTTTGTTATTCAAATAAGCTAGTATAAATTGAAAAAAATTATTTTAT
* * * * *
15547 GACAAAACAAATGAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGG
323 GACAAAACAAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAAATAGCTCGA
* *
15612 CAATAAATTTATATTTTAATCTTTAATTATTAATTTTAAGAATATTTTCATATTAGTATTGTTTT
388 CAATAAATTTATATTTTAATATTTAATTATTAATTTTAAGAATATTTTCAAATTAGTATTGTTTT
* * * * * * * *
15677 ATTTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTTTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAATGAT
453 ATATCGAAATAAGCTTCTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACGAT
* *
15742 TTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAAAAAATTTTTTTA
518 TTGAAGTATACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAAAAAATTTTTTTA
*
15807 AAATCTCTTACTTATTATTTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACAT
583 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACAT
* * * **
15872 ATATGATAAAAATCAATTGTTACATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTG
648 ATATGATAAAAATCAATTGTTACATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATCA
* * * *
15937 TTGAAATGGTCATAATTATTTGAACTGAA-TCGGTAAATAGATTCACCTTT-TAAATCACTCATT
713 TTCAAATGGTCATAATTATTTGAACT-AATTCGATAAACAAATT----TTTCT---T-ACTCATT
* * * *
16000 AATTTTCA-AAATAGTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TTGACTAAGTTTGTATGAATTCAAAC
769 -ATTTT-AGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTGTATTCTT--CTAAGCTTGTATGAACTCAAAC
16063 AATTACTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTTAAATAGAC
830 AATTACTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATCATTTTAAATAGAC
* **
16108 AATTGCTCAAATGGTCATAACTATTTGAATTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTAAACACTCGG
1 AATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCGATAAACAAATTTATTTTAAACACTCTA
* * * * * **
16172 TTATTAATTTTTGAATTATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTATGAACTG
65 TTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAAC-TTATATGAACAA
** * * * *
16237 AAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAAATAATTATTTAAATCGT
128 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
16302 CATCACTATTTGAACTTGTTT-GGTAAATAGATTTATTTCTTCAAATCAT-TTCCTTATTAATTT
193 CATAACTATTTGAAC-TGTTTAGGTAAACAGAATTATTT-TTCAAATC-TCTTACATATTAA-TT
* * ** *
16365 TTTG-AATATTAATAAATTTAGATTATT-TTATTCTGAATAAGCTTTTA-AAATATGAAACAAA-
254 TTTGAAATATTAATAAATTCA-ATT-TTGTTATTC-AAATAAGCTAGTATAAAT-TGAAAAAAAT
* *
16426 TATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAATG-ATTTGAAATAGATATTTATTC-TAATAGTTTTAA
315 TATTTTATGAC-----AAAA---C-AAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCAT-ATAGTCTTAA
* * * * *
16489 CTATTTTAAATTGACTCGACAA-ACACATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAA
370 CTATTTGAAATAG-CTCGACAATA-A-ATTTATATTTT-AATAT-TTAATTATTAATTTTAAGAA
* *
16553 TATTATT-AAATTAGTATTATTTT-TAATCG-AATAAGCTTCTATGATCAGAAACAATTGTTTTA
430 TATT-TTCAAATTAGTATTGTTTTAT-ATCGAAATAAGCTTCTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
*
16615 TGACAAAAC-AAAGATCT-TAACGATTTG-AG-ATTGATAATTGTTC-AATCAATCATAACTATT
493 TGACAAAACAAAAGAT-TATAACGATTTGAAGTA-T-ACAATTGTTCAAAT-AATCATAACTATT
* * * * * *
16675 TGAACT-GATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGATATTAA
554 TAAACTAG-TTCGGTAAA-AAAATT-TTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAA
* *** * **
16739 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGATGAAAAAT-AATTGTTTTATGACAAAA
616 TAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACATATATGAT-AAAAATCAATTGTTACATGACAAAA
* *
16803 CAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGG-CTATAATTATTTTAACTAATTC
680 CAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGTC-ATAATTATTTGAACTAATTC
* * *
16867 GATAAACAAATTTTTCTTACTTATTATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTGTATTCCT
744 GATAAACAAATTTTTCTTACTCATTATTTTAG-AAATAGTAATAAATTAGTATTATTGTATT-CT
* * ** * ** * *
16932 TCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTGTGACAAATTAAAAGGTTATAATGATTTTAAAT
807 TCTAAGCTTGTATGAACTCAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATCATTTTAAAT
16997 AGAC
872 AGAC
* * * * * *
17001 AATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTC-ATAAACAAATTT-TTTTAGATCTCTTT
1 AATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCGATAAACAAATTTATTTTA-AACACTCT
* * *
17064 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTT
64 ATTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
17109 TAGATCTCTT
Statistics
Matches: 829, Mismatches: 123, Indels: 89
0.80 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
882 6 0.01
883 3 0.00
884 87 0.10
885 93 0.11
886 36 0.04
887 28 0.03
888 20 0.02
890 1 0.00
891 5 0.01
892 83 0.10
893 91 0.11
894 14 0.02
895 44 0.05
896 19 0.02
897 58 0.07
898 50 0.06
899 183 0.22
900 8 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (875 bp):
AATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGATAAACAAATTTATTTTAAACACTCTAT
TATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAA
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
AACTATTTGAACTGTTTAGGTAAACAGAATTATTTTTCAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTCAATTTTGTTATTCAAATAAGCTAGTATAAATTGAAAAAAATTATTTTATGAC
AAAACAAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAAATAGCTCGACAA
TAAATTTATATTTTAATATTTAATTATTAATTTTAAGAATATTTTCAAATTAGTATTGTTTTATA
TCGAAATAAGCTTCTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTG
AAGTATACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAAAAAATTTTTTTAAAA
TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAACATATA
TGATAAAAATCAATTGTTACATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATCATTC
AAATGGTCATAATTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTTTCTTACTCATTATTTTAGAAATA
GTAATAAATTAGTATTATTGTATTCTTCTAAGCTTGTATGAACTCAAACAATTACTTTATGACAA
AACAAAAGGTCATAATCATTTTAAATAGAC
Found at i:17099 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 17066--17168 Score: 88
Period size: 29 Copynumber: 3.6 Consensus size: 29
17056 ATCTCTTTCT
17066 TATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAG
1 TATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAG
* *** **
17095 TATTAATTTATT---T-TTAGATCTCTTTCT
1 TATTAATTTTTTGAATGTTA-AT-AAATTAG
17122 TATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAG
1 TATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAG
17151 TATTAATTTATTTTGAAT
1 TATTAA-TT-TTTTGAAT
17169 AAGCTTGTAT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 12, Indels: 14
0.68 0.15 0.17
Matches are distributed among these distances:
25 3 0.06
26 3 0.06
27 13 0.24
29 19 0.35
30 5 0.09
31 11 0.20
ACGTcount: A:0.33, C:0.03, G:0.08, T:0.56
Consensus pattern (29 bp):
TATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAG
Found at i:17110 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 17049--17164 Score: 232
Period size: 56 Copynumber: 2.1 Consensus size: 56
17039 TAAACAAATT
17049 TTTTTAGATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA
1 TTTTTAGATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA
17105 TTTTTAGATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA
1 TTTTTAGATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA
17161 TTTT
1 TTTT
17165 GAATAAGCTT
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
56 60 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.05, G:0.07, T:0.59
Consensus pattern (56 bp):
TTTTTAGATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA
Found at i:17353 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 17099--18352 Score: 1034
Period size: 182 Copynumber: 7.0 Consensus size: 181
17089 AATTAGTATT
* * * * *
17099 AATTTA-TTTTTAGATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTAT
1 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *
17162 TTTGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTC
65 TTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * *
17227 AAATAGATAACTATTCTAATAATCTTAACCATTTGAACTAATTCGA-TAAACA
130 AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTT-GAGTAAACA
* * *
17279 AATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAAT
1 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
*** * *
17344 CAAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAC-ATTGTTTTACGA-TAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTT
66 TTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACT-AAA-CAAAAGGTCATAATGATTT
* * * **
17406 GAAACAGATAATCATTC-ATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTG-GTAATTA
129 GAAATAGATAATTATTCTA-ATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTGAGTAAACA
* * * ** * *
17459 GATTTATTTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAA-GTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA
1 AATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
17523 TTTTGAATAAAG-TAGTATGAAC-AAGACCAATTGTTTGATTAC-AGAATAAAAAGTTATAATGA
64 TTTTGAAT-AAGCTTGTATGAACTAA-AACAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTCATAATGA
* ** * * * * *
17585 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTAGTAAATA
126 TTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTGAGTAAACA
* ** *
17641 GATTTACATTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTTTGAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTA
1 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * ***
17705 TTTCGAATAAACTTATATGAAC-AGAAAAAATTGTCTTATGA-TAGAACAAAAGGTTATAGCAAT
64 TTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * *
17768 ATGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTATACA
127 TTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTGAGTAAACA
* * * *
17823 GATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATT
1 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * ** * **
17884 TGGAATAAGCTTCTAT--ATTGAAAAGCAATTGTTTTGTGAGAAAACAAAAGGTAATAACAATTT
66 TTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAA-CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * ** *
17947 AAAATAGATAGTTATT-TAAATGGCCATAATTATTTGAACTAACAT-AGTAAACT
129 GAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTGAGTAAACA
* * * *
18000 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATACAGTAGTATTATTTTATT
1 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
18065 TTGGATAAGTTTTTGTGAACTAAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAATGATTTTA
66 TTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * *
18129 AATTGATAATTATTC-AGATAGT-TATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACA
131 AATAGATAATTATTCTA-ATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTGAGTAAACA
* * *
18180 AAGTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATGTTATTAAATTAGTTTTATTTTA
1 AATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * * *
18244 TTCCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAGAATAATTT
64 TTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* *
18309 GAAATTA-AAAATTATTCTAATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTT
129 GAAA-TAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTT
18353 CAACAAACAC
Statistics
Matches: 860, Mismatches: 168, Indels: 90
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 3 0.00
177 128 0.15
178 8 0.01
179 22 0.03
180 157 0.18
181 256 0.30
182 263 0.31
183 22 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
TTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
AATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTGAGTAAACA
Found at i:18807 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 18657--19320 Score: 502
Period size: 177 Copynumber: 3.7 Consensus size: 176
18647 CGGTAAATAG
** * *
18657 ATTTTTTTTTAAATCTCTTACTCATTATATTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTACTTTATTCT
1 ATTTTTTTTTAAATCTCTTACTCATTA-ATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * ** *
18722 GAATAAGCTTGTATAAATTA-AAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAA
65 GAATAAGCTTGTATAAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAA
* * * * * * * *
18786 ACATAAAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTAGAACTAGTTTGGCAAACA
129 ATAGATAATTATTC-AATAGTC-AAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * ** ** * * *
18836 CTTTTTTTTT-AATCTCTTGCTTTTTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATCATTTTAATCT
1 ATTTTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * ** * * *
18900 AAATAAGTTTGTATGAAA-AGAAACAATTGTTTTATGATGAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAG
65 GAATAAGCTTGTAT-AAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAA
* * *
18963 ATAGATAATTCTTCACATAGTCAAAACTATTTAAAC-TGTTTCTGTAAACAA
129 ATAGATAATTATTCA-ATAGTC-AAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAC-A
* * *
19014 ATTTAGTTTTTAAATCTCTTA--C--TAATTTTCAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * * * * * * * * *
19075 TGAATAATTTTGCATGAACAAAAATAATTTTTTTGTTAAAAAATAAAAAGTCATAATGATTTGAA
64 TGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAA
* * * * * * *
19140 ATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTTTTTGAACTTGTTTGGTAAATA
129 ATAGATAATTATTC-AATAGTCA-AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
* * *
19190 ATTTTATTTTTAAATCTCCTAC-CTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAATAGCATTATTTTATT
1 ATTTT-TTTTTAAATCTCTTACTC-ATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * *
19254 CTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAAATCATAATTATTTGA
63 CTGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTGA
19319 AA
128 AA
19321 AAAAATAATT
Statistics
Matches: 379, Mismatches: 87, Indels: 37
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 6 0.02
176 78 0.21
177 103 0.27
178 80 0.21
179 17 0.04
180 95 0.25
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
ATTTTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
AATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAAT
AGATAATTATTCAATAGTCAAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
Found at i:19063 original size:176 final size:178
Alignment explanation
Indices: 18501--19360 Score: 542
Period size: 180 Copynumber: 4.8 Consensus size: 178
18491 ACTTGCTTTT
** * * * * * **
18501 TAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTTTTTTTTATT-TCAGATAATTTTTTATGAATTGAA
1 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTA--TTATTTTATTCTGA-ATAAATTTGTATGAAAAGAA
* ** * * * * * *
18565 ACAATTGTTTTATGTCAAAATAAAAGGTC-TAACGACTTT-AAATAAATAATTATTCCAATAGTC
63 ACAATTATTTTATGAAAAAATAAAAAGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGAC
** * * * * * * *
18628 AAATTTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTTTTTTTAAATCTCTTACTCAT
127 AAAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCCT-CT-AC
** * * **
18682 TATATTTT-TGAATGTTAATAAATTAGTATTACTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-AAATTA-AA
1 TA-ATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAATTTGTATGAAA--AGAA
* ** * * * * * * * * * *
18744 ATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAACATAAAATTATTCTAATAGTCT
63 ACAATTATTTTATGAAAAAATAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGACA
* * * * * * **
18809 TAACTA-TTAGAACTAGTTTGGCAAAC-ACTTT-TTTTTTAATCTCTTGCTTTT
128 AAACTATTTA-AACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCCT-C-TAC
*** * * * * *
18860 TAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATCATTTTAATCTAAATAAGTTTGTATGAAAAGAAACA
1 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAATTTGTATGAAAAGAAACA
* ** * * * *
18925 ATTGTTTTATGATGAAATAAAGA-TCATAATGATTTGAGATAGATAATTCTTCACATAGTCAAAA
66 ATTATTTTATGAAAAAATAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGACAAAA
*
18989 CTATTTAAAC-TGTTTCTGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCT-CT-TAC
131 CTATTTAAACTTGTTT-GGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCCTCTAC
* * * * *
19036 TAATTTTCAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAA-AAAT
1 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAATTTGTATGAA-AAGAAAC
* * * * * **
19100 AATTTTTTTGTTAAAAAATAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATG
65 AATTATTTTATGAAAAAATAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGACAAA
* * * * *
19165 ACTTTTTGAACTTGTTTGGTAAATAATTTTATTTTTAAATCTCCTACCTAT
130 ACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCCT--CTAC
* * * *
19216 TAATTTTCAAAATATTAATAAAATAGCATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACA
1 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAATTTGTATGAAAAGAAACA
* * * * * * * * *
19281 ATTATTTTACGACAAAACAAAAAATCATAATTATTTGAAAAAAAATAATTGTTCAAATAGGTATA
66 ATTATTTTATGAAAAAATAAAAAGTCATAATGATTTG-AAATAGATAATTCTTCAAATA-G-ACA
19346 AAACTATTTAAACTT
128 AAACTATTTAAACTT
19361 ACTATTTGAA
Statistics
Matches: 526, Mismatches: 126, Indels: 52
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 83 0.16
177 105 0.20
178 90 0.17
179 57 0.11
180 136 0.26
181 36 0.07
182 6 0.01
183 13 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAATTTGTATGAAAAGAAACA
ATTATTTTATGAAAAAATAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGACAAAA
CTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCCTCTAC
Found at i:19386 original size:50 final size:51
Alignment explanation
Indices: 19312--19413 Score: 197
Period size: 50 Copynumber: 2.0 Consensus size: 51
19302 AAATCATAAT
19312 TATTTGAAAAAAAATAATTGTTCAAATAGGTATAAAACTATTTAAACTTAC
1 TATTTGAAAAAAAATAATTGTTCAAATAGGTATAAAACTATTTAAACTTAC
19363 TATTTG-AAAAAAATAATTGTTCAAATAGGTATAAAACTATTTAAACTTAC
1 TATTTGAAAAAAAATAATTGTTCAAATAGGTATAAAACTATTTAAACTTAC
19413 T
1 T
19414 CAGTAAATAG
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 0, Indels: 1
0.98 0.00 0.02
Matches are distributed among these distances:
50 45 0.88
51 6 0.12
ACGTcount: A:0.48, C:0.08, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (51 bp):
TATTTGAAAAAAAATAATTGTTCAAATAGGTATAAAACTATTTAAACTTAC
Found at i:20002 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 19364--20271 Score: 741
Period size: 181 Copynumber: 5.1 Consensus size: 178
19354 TAAACTTACT
* * * * * *
19364 ATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATAGGTAT-AAAACTATTTAAACTTACTCAGTAAATAGATTT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA---ATCATAACTATTTGAACTTA-TTAGTAAATAAATTT
* *
19428 ATTTTTTAAA---AT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACT-AGTATTATTTTATTTCGAA
62 ATTTTTGAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TAAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * * *
19488 TACGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACT
126 TAAGCCTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAACG
* * * * * * * *
19542 ATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAGAAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATT-AGTAAATAAATTTATT
* * * *
19607 TTTAAAATTTTTTCTTATTAATTTTTTGGAATATTAATAATTAA-TGTTATTTTATTT-GCAATA
65 TTTGAAATTTTTACTTATTAA-TTTTTGGAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTCG-AATA
* * * * *
19670 AACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGTCATAATG
128 AGCCTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACG
* * * * *
19721 ATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAATCATAACAATTCGAACTTGTTTAGTAAATAAATTCATT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTT-ATTAGTAAATAAATTTATT
* **
19786 TTTGAAATTTCTTGCCCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTCGAATAA
65 TTTGAAATTT-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * ** *
19851 GCCTACATGAATTGATACAATTTTTTTATGATGAAACAAAAGGTCACAACG
129 GCCTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACG
* * * * * * *
19902 ATTTGAAATAGATAATTATTCCAATAATTACAACTATTTGAACTTATTAGGTAAACATATTTGTT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTA-GTAAATAAATTTATT
* * * * * * * *
19967 TTCGAAATCTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAA-TATTACTCTAATCCAAATA
65 TTTGAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TAAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * **
20031 AG-CTTCTATG-A-ACAAA-AACTATTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAAAA
128 AGCCTGC-ATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAG-GTCATAACG
* * * * * * * *
20080 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATTTATTCGGTAAATAAAGTTGTT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATT-AGTAAATAAATTTATT
* ** *
20145 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTT-GAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAAT
65 TTTGAAAT-TTTTACTTATTAATT-TTTGGAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTCG-AAT
* * * * *
20208 AAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTCTGACAAAACAAAAGGTTAT-ACG
127 AAGCCTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACG
20260 CAATTTGAAATA
1 --ATTTGAAATA
20272 GGTAATCGCT
Statistics
Matches: 585, Mismatches: 115, Indels: 56
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 35 0.06
177 5 0.01
178 150 0.26
179 98 0.17
180 126 0.22
181 151 0.26
182 18 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTAGTAAATAAATTTATTT
TTGAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
CTGCATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACG
Found at i:20249 original size:359 final size:357
Alignment explanation
Indices: 19364--20253 Score: 922
Period size: 360 Copynumber: 2.5 Consensus size: 357
19354 TAAACTTACT
* * * *
19364 ATTTGAAAA-AAATAATTGTTCAAATAGGTATAAAACTATTTAAACTTACTCAGTAAATAGATTT
1 ATTT-AAAATAAATAATTGTTCAAATA-GT-CAAAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATA-AATT
* *
19428 ATTTTTTAAA---ATCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAATA
62 ATTTTTTAAATTTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * *
19490 CGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACTATTTGAAATACAT
127 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATACAT
* * * * * * *
19555 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTT
192 AATTATTCAAATAATCACAACTATTTAAACATATTCAGAAAACAGATTTATTTTCAAAATTTTTA
* * * * * * * * *
19620 CTTATTAATTTTTTGGAATATTAATAATTAATGTTATTTTATTTGCAATAAACTTGTATGAATAG
257 CTTATTAATTTATTGAAATATTAATAATTAATATTACTCTATATCCAATAAACTTCTATGAATAC
* * **
19685 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGTCATAATG
322 AAACAACTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAAAA
* * * * * * * * *
19721 ATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAATCATAACAATTCGAACTTGTTTAGTAAATAAATTCATT
1 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAAATT-ATT
* ** *
19786 TTTGAAATTTCTTGCCCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTCGAATAA
65 TTTTAAATTT-TT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* ** * * * ** *
19851 GCCTACATGAATTGATACAATTTTTTTATGATGAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATA
128 GCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATACATA
* * * * * * * *
19916 ATTATTCCAATAATTACAACTATTTGAACTTATT-AGGTAAACATATTTGTTTTCGAAATCTTTT
193 ATTATTCAAATAATCACAACTATTTAAACATATTCA-GAAAACAGATTTATTTTCAAAAT-TTTT
*
19980 ACTTATTAA-TTATTGAAATATTAATAAATTAATATTACTCTA-ATCCAAATAAGCTTCTATG-A
256 ACTTATTAATTTATTGAAATATTAAT-AATTAATATTACTCTATATCC-AATAAACTTCTATGAA
20042 -ACAAA-AACTATTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAAAA
319 TACAAACAACTATTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAAAA
* * *
20080 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATTTATTCGGTAAATAAAGTTGTT
1 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAAA-TTATT
* *
20145 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTT-GAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAAT
65 TTTTAAAT-TTTT-CTTATTAATT-TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AAT
* *
20208 AAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTCTGACAAAACAAAAGGT
126 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
20254 TATACGCAAT
Statistics
Matches: 426, Mismatches: 91, Indels: 30
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
354 3 0.01
355 30 0.07
356 4 0.01
357 19 0.04
358 22 0.05
359 146 0.34
360 165 0.39
361 37 0.09
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAAATTATTT
TTTAAATTTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATACATAATT
ATTCAAATAATCACAACTATTTAAACATATTCAGAAAACAGATTTATTTTCAAAATTTTTACTTA
TTAATTTATTGAAATATTAATAATTAATATTACTCTATATCCAATAAACTTCTATGAATACAAAC
AACTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAAAA
Found at i:20309 original size:154 final size:153
Alignment explanation
Indices: 20140--20446 Score: 578
Period size: 154 Copynumber: 2.0 Consensus size: 153
20130 GTAAATAAAG
20140 TTGTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGA
1 TTGTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGA
*
20205 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTCTGACAAAACAAAAGGTTATACGCAATTTGAAA
66 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA-GCAATTTGAAA
20270 TAGGTAATCGCTCAAATAGTCATA
130 TAGGTAATCGCTCAAATAGTCATA
20294 TTGTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGA
1 TTGTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGA
20359 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAAT
66 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAAT
* *
20424 AGGTAATCGCTTAAATGGTCATA
131 AGGTAATCGCTCAAATAGTCATA
20447 ATTATTTGAA
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 3, Indels: 1
0.97 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
153 33 0.22
154 117 0.78
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (153 bp):
TTGTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGA
AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAAT
AGGTAATCGCTCAAATAGTCATA
Found at i:20522 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 20297--21774 Score: 1075
Period size: 181 Copynumber: 8.2 Consensus size: 178
20287 AGTCATATTG
* * ** *
20297 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAAATTAATAAATTAATATTATTTTATTTG-AAT
* * * *
20362 AAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGG
64 AAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA
* * * *
20427 TAATCGCTT-AAATGGTCATAATTATTTGAATTTATTCGATAAACAAATTCA
129 TAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTATTCGATAAACAAATTTA
* * * ** **
20478 GTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAAATTAATAAATTAAAATTAAGTTATTCCAAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAAATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAAT
* * * * * * * * * *
20543 AAGCTTGTAGGAACAGAAACAATTGCTTTGTTACAGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGA
64 AAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGA
* * * ** * ** * * *
20608 TATTTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGCATTGGTCAAGCCAATAGATTCA
129 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTATTCGA-TAAACAAATTTA
* * * * * *
20659 TTTTTTAAGTC-CATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATAACATTACTTTATTCTGCA
1 TTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTT-GAAAATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAA
* * * * * *
20723 TAAGATTGTATCAATAGAAAAAATTGTTTTATGAAAAAACAAATA-GTCATAATGATTAGAAATA
63 TAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTTATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * **
20787 AATAATTGTTCAAAT--T-TTTA-TAATTGAACTGATTTGGTAAATTAATTTA
127 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTATTCGATAAACAAATTTA
* *
20836 TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAAC
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-ATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAAT
* * * * ** * *
20897 AAACTTATATGAACA-AAAATATTTGTTTTACCACAAAACAAAAAGGTCATAACCATTTGAAATA
64 AAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * * **
20961 GATAATTATTCATATAGCCTTCACTAATTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTA
127 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-ATTCGATAAACAAATTTA
* * * * * *
21014 CTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAT-AATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTGAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT--TGAAAATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAA
* * * ** * * *
21078 TAAGTTTGTATGAACATAAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTAT
63 TAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAG
* * * * *
21143 ATAATTGCTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTA
128 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTA-TTCGATAAACAAATTTA
* * * *
21195 TTTTTTAAATCTCCTACTCAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-ATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAAT
* * * * **
21260 AGGCTTATATG-ATGAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGTTCATAATAATTTGAAATA
64 AAGCTTGTATGAAT-AGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACGATTTGAAATA
* * * * ** * ***
21323 GATAATTGTTCAAATTGCCATAATTATTTAAACTGGTTTGATAAATTGATTTA
127 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTATTCGATAAACAAATTTA
* ** * *
21376 TTTTTTCAATCTCCAACTTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGGAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-ATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAAT
* * * * * * * * * *
21441 AAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTATGTTATTATAAAACAAAATGTTAGAATGATTTTAAATAG
64 AAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAG
* * *
21505 ATAATTGTTCAAAT-GTCCTAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTA
128 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTATTCGATAAACAAATTTA
* * * * * * *
21556 TTTTTTAAAATTTTTTTCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAAATAGTAGTATTTTATTTCGAA
1 TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAAATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAA
* * * * *
21621 TAAGCATGTATTAACTA-AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATA
63 TAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
* * * ** *
21685 GATAATTGTTCTAATAGTCTTGACTATTTGAATTAGTTCGGCAAACATATTTA
127 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTA-TTCGATAAACAAATTTA
* * *
21738 TTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAATTA
21775 TTAGTTTAGC
Statistics
Matches: 1020, Mismatches: 236, Indels: 83
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
172 6 0.01
173 65 0.06
174 32 0.03
176 1 0.00
177 25 0.02
178 33 0.03
179 2 0.00
180 69 0.07
181 660 0.65
182 120 0.12
183 6 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAA
GCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATA
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTATTCGATAAACAAATTTA
Found at i:20585 original size:335 final size:333
Alignment explanation
Indices: 19957--20585 Score: 761
Period size: 335 Copynumber: 1.9 Consensus size: 333
19947 ATTAGGTAAA
19957 CATATTTGTTTTCGAAATCTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAATATTACTCTA
1 CATATTTGTTTTCGAAATCTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAATATTACTCTA
*
20022 ATCCAAATAAGCTTCTATGAACAAAAACTATTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAAAAATTTAAA
66 ATCCAAATAAGCTTCTATGAAAAAAAACTATTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAAAAATTTAAA
* * *
20087 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATTTATTCGGTAAATAAAGTTGTTTTTTAAA
131 ATAAATAATCGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATTTATTCGATAAACAAAGTTGTTTTTTAAA
* *** ** *
20152 TCTTTTACTTATTAATTGTTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTA
196 TCTTTTACTTATTAATTGTTTGAAAATTAATAAATTAAAATTAAGTTAATTCAAATAAGCTTGTA
* * *
20217 TGAATAGAAAAAATTATTTTCTGACAAAACAAAAGGTTATACGCAATTTGAAATAGGTAATCGCT
261 GGAACAGAAAAAATTACTTTCTGACAAAACAAAAGGTTATACGCAATTTGAAATAGGTAATCGCT
20282 CAAATAGT
326 CAAATAGT
** * ** * *
20290 CATA-TTGTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTT
1 CATATTTGTTTTCGAAATCTTTTACTTATTAATT-ATTGAAATATTAATAAATTAATATTACTCT
** * * * **
20353 AATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTTATAGCAAT
65 AATCCAAATAAGCTTCTATG-A-A-AAAAAACTATTTTATGACAAAACAAAGA-GTCATAAAAAT
* ** * * *
20417 TTGAAATAGGTAATCGCTT-AAATGGTCATAATTATTTGAATTTATTCGATAAACAAA-TTCAG-
126 TTAAAATAAATAATCG-TTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATTTATTCGATAAACAAAGTT--GT
20479 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGGAAAATTAATAAATTAAAATTAAGTT-ATTCCAAA
188 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTT-GAAAATTAATAAATTAAAATTAAGTTAATT-CAAA
* * * * *
20542 TAAGCTTGTAGGAACAGAAACAATTGCTTTGTTACAGAACAAAA
251 TAAGCTTGTAGGAACAGAAAAAATTACTTTCTGACAAAACAAAA
20586 AGTCATAATG
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 39, Indels: 18
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
332 65 0.26
333 8 0.03
334 10 0.04
335 161 0.65
336 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (333 bp):
CATATTTGTTTTCGAAATCTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAATATTACTCTA
ATCCAAATAAGCTTCTATGAAAAAAAACTATTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAAAAATTTAAA
ATAAATAATCGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATTTATTCGATAAACAAAGTTGTTTTTTAAA
TCTTTTACTTATTAATTGTTTGAAAATTAATAAATTAAAATTAAGTTAATTCAAATAAGCTTGTA
GGAACAGAAAAAATTACTTTCTGACAAAACAAAAGGTTATACGCAATTTGAAATAGGTAATCGCT
CAAATAGT
Found at i:22781 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 21883--24720 Score: 1313
Period size: 181 Copynumber: 15.7 Consensus size: 179
21873 ATAGATTTAG
* * * * * * ****
21883 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTT-TGAAATATTAGTAAAGTAGTGTTATTTTATTTTGGAT
1 TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * *
21947 AAGTTTTTAT-AAGCTAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATA
65 AAGCTTATATGAA-C-AAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATA
* ** *
22010 GATAATTGTTCAAATACTCA-AATCTATTTG---TTCTTA-GTAAACA-AATTTATT
126 GATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTAGTTAGGTCAACAGAA-TTA-T
* * * * **
22061 TTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAT
1 TTTTTAAATCTCCTACTTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * * * *
22125 ATGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGCCTAAACAAAATGTCAGAATGATTTGAAATTGA
65 AAGCTTATATGAAC-AAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * *
22190 TAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTTGG-CAAACATATTTAT
128 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTC-AACAGAATTAT
** * * * * *
22242 TATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTAATCTAAA
1 T-TTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * * *
22306 TAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAG
64 TAAGCTTATATGAACA-AAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * *** * * *
22370 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-GTTTTCTTGAACAGATTTAG
127 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGGTCAACAGAATTAT
* * *
22423 TTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTCTAAATA
1 TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * ** *
22484 A--TT-T-TGAATGACAAGTTTGTTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATA
66 AGCTTATATGAA-CAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * *
22544 ATTTTTCAAACA-TACATGACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAATAGATTTAT
130 ATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTAGTT-AGGTCAACAGAATTAT
* *
22594 TTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACA
1 TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA-T
* * * * * *
22659 AAACTTATATGAACAAAAACATTTTTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAACAATTTTAAAGAGAT
65 AAGCTTATATGAACAAAAA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * *
22724 AATTGTTCAAAAAATCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTCAAC-GAAATTAT
129 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTCAACAG-AATTAT
* * * *
22775 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAA
1 TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAA
* * ** * *
22838 TAAGC-TAGTATAAATTGAAAATTTTGTTTTATGTCAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
64 TAAGCTTA-TATGAA--CAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * *
22902 GATAATTGGTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGG-CAAAAAAATTTAT
126 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTCAACAGAA-TTAT
* * * * ** * * ***
22956 TTTTTAAATCACTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
1 TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * * * * * *
23021 AGC-TAGTATGGACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAAGTTATAACGATTTCAAGTATA
66 AGCTTA-TATGAAC-AAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * * *
23085 CAATTGTTTAAATAGTCAAAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAACA-AATTTTAT
128 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTCAACAGAA--TTAT
* * * * * * * *** *
23138 TTTTTAAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAAAAGATTAACAAATTAGTATTTTTTTATTTTGATT
1 TTTTT-AAATCTCCTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * * *
23203 AAACTTGTATGATAAAAAGAAATTGTTATATGAC-CAACAAAAGCTAATAACGATTTGAAATAGA
65 AAGCTTATATGA-ACAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
** * * * * * * * * *
23267 TAATTACTGAAATGGCCATAATTATTTGAGCTGATTTA-GTAAACA-TATTCAC
128 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTAGGTCAACAGAATT-AT
* * ***
23319 TTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
1 TTTTTAAATC-TCCTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * * *
23383 AAGCTTGTATGAATTGATACAAA-TGTTTTATGACCAAAGAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAG
65 AAGCTTATATGAA--CA-AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * *
23447 ATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAATTTA-TTTGGTAAACA-AATTTAT
127 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTAGGTCAACAGAA-TTAT
** * * * * * ***
23499 AGTTTAAAACTCTTCCTTATTAATTTT-TGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATT-TGGA
1 TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAA
* * * * * *
23562 TAAGATTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGAT-ATAATGATTTTAAATA
64 TAAGCTTATATGAAC--AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * *
23626 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTTGCTT-GATAAACATATTTTTTTT
126 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGGTCAACAGA---ATTAT
** * ** * * * *
23682 TTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTA-AA-GCTAATAAATTTGGATTATTTTATTCTAGA
1 TTTTT-AAATCTCCTACTTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * * * *
23745 TAAGCTTGTAAGATATGAAACAAA-TATTTTATGACTAAAA-AAAATGTCAAAACGATTTGAAAT
64 TAAGCTTATATGA-A-CAAA-AAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * ** * * * * *
23808 AGATAATTATTCCAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTT-CGACAAACACAATTGT
125 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTC-AACAGAATTAT
* * * * *
23863 ATTTTAAA--T-CT-CTTGTTAATTTT-TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAA
1 TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAA
* * * * * * * *
23922 TAAGCTTCTAAGACCAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCTTAACAATTT-AAGATT
64 TAAGCTTATATGAAC-AAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATA
* * ** * * *
23985 GATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTCGTAAATAGATTTAT
126 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTCAACAGAATTAT
* * * *
24039 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAA-ATATAA-AAATTTAGTATTATTTATGTTCGAA
1 TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTCAGAATAT-TAATAAA-TTAGTATTATTT-TATTCCAA
* * * *
24101 TTAA-CTTTTATTGATA-AAAATAATT-TTTTATGACGAAACAAAAATGTCATAACTGATTTGAA
63 ATAAGCTTATA-TGA-ACAAAA-AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAC-GATTTGAA
* * * * * * * * * * *
24163 ATCGATAATCGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAA-TTGATTCGCGTAAACATACTTTAT
123 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAG-GTCAACAGA-ATTAT
* **
24222 TTTTAAAAAAT-TTTTACTTATTAA-TTT-AGGAAATATTTAATAACATTAGTTATTATTTTATT
1 TTTT--TAAATCTCCTACTTATTAATTTTCA-G-AATA-TTAATAA-ATTAG-TATTATTTTATT
** * * * * * ** *
24284 CCATCTAAAC-TAGTATTAACTGAACAATT-ATTTATGACAAGTCAAAAGATTGT-AAAACGATT
59 CCAAATAAGCTTA-TATGAAC-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG---GTCATAACGATT
* * * * * * * ** *
24346 CT-AAATTGACAATTGTTCACATA-T-ATAAC-ATTTAAATTTGTTTCA-GTAAATGGATTTA-
119 -TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TT-AGGTCAACAGAATTAT
* * * * * * **
24404 TTTTTAAATCTCTTTCTTAGTAATTTT-TGAATTGTTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAA
1 TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTCAGAA-T-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * * * *
24468 TAGAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATA
64 TA-AGCTTATATGAAC-AAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * *
24533 GATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACT-GATTCGAT-AATCA-AATTTAT
126 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTAGGTCAA-CAGAA-TTAT
* * * * * * * * **
24587 TTTTCAGATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTATTATTATTTTAATCTGAATA
1 TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * ** * * * *
24652 AACTTGTGCGTACATAATAATTGTTTTACGATAAAAC-AAAGAGTCATAACGATTTGAAATAGAT
66 AGCTTATATGAACA-AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGAT
24716 AATTG
129 AATTG
24721 CTATATGACA
Statistics
Matches: 2062, Mismatches: 443, Indels: 308
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.00
171 79 0.04
172 7 0.00
173 3 0.00
174 4 0.00
175 51 0.02
176 126 0.06
177 48 0.02
178 140 0.07
179 73 0.04
180 382 0.19
181 534 0.26
182 233 0.11
183 212 0.10
184 64 0.03
185 19 0.01
186 9 0.00
187 52 0.03
188 19 0.01
189 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
AGCTTATATGAACAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTAGGTCAACAGAATTAT
Found at i:23723 original size:363 final size:357
Alignment explanation
Indices: 21877--24720 Score: 1825
Period size: 363 Copynumber: 7.9 Consensus size: 357
21867 TGGTAAATAG
* * * * * *
21877 ATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTGTTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * *
21942 TGGATAAGTTTTTAT-AAGCTAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAACTTTA
66 TGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTA
* * *
22006 AATAGATAATTGTTCAAATACTCAAATCTATTTG---TTCTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAA-CTATTTGAATTTTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAA
* * * * * *
22068 ATCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATATGCTTGT
193 AACTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGATTGT
* * * * * * * *
22133 ATGAACTAAAATAATTGTTTTATGCCTAAACAAAATGTCAGAATGATTTGAAATTGATAATTGTT
256 ATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * *
22198 CTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTAGTTTGGCAAACAT-
320 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G-TTGACAAACATA
* * * *
22236 ATTTATTATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTAAT
1 ATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
22301 CTAAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTG
65 CTGAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTT
* * * ** * * *
22364 AGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGTTTTCTTGAACAGATTTAGTTTTT-
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTG-AATTTTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
** *
22428 AAA-TC-TCTTATTAATTTTCAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTCTAAAT-A-ATT-T
192 AAACTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGATTGT
* * *
22488 -TGAATG--ACAAGTTTGTTTTATG-AAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTTT
256 ATGAATGAAACAA--TTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * *
22549 TCAAACA-TACATGACTATTTGAACTTGTT--CAATAAATA
319 TCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTTGTTGACAA-ACATA
* * *
22587 GATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 -ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * * *
22651 TCCAAACAAAACTTATATGAACAAAAAC-ATTTTTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAACAATTT
64 TCTGAA-TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * ** * *
22715 TAAAGAGATAATTGTTCAAAAAATCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTCAACGAAA-TTATTTTT
128 TAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAA-TTTTTTGGTAAAC-AAATTTATTTTT
* * * * *
22779 TAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGC
190 TAAAACTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TAAATAAGA
* * * *
22843 TAGTATAAATTGAAA-ATTTTGTTTTATGTCAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
252 TTGTATGAA-TGAAACA-ATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * *
22907 TTGGTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAA-AAA
315 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GACAAACATA
* * * * * * *
22950 ATTTATTTTTTAAATCACTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * * *
23015 TGAATAAGCTAGTATGGACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAAGTTATAACGATTTCAA
66 TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAA
* * * * * *
23080 GTATACAATTGTTTAAATAGTCAAAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAACAAATTTTATTTTTTAA
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGTC-AAACTATTTGAATT-TTTTGGTAAACAAA-TTTATTTTTTAA
* * * * * * *
23145 AATCTCTTATTTATTAATTTTTAAAAGATTAACAAATTAGTATTTTTTTATTTTGATTAA-ACTT
193 AA-CTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGA-TT
* * * * * * *
23209 GTATG-ATAAAAAGAAATTGTTATATGAC-CAACAAAAGCTAATAACGATTTGAAATAGATAATT
254 GTATGAAT-GAAA-CAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
** * * * * * * *
23272 ACTGAAATGGCCATAATTATTTGAGC-TGATTTAGTAAACAT-
317 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGA-CAAACATA
* * **
23313 ATTCACTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* *** * * * *
23377 TTGAATAAGCTTGTATGAATTGATACAAATGTTTTATGACCAAAGAAAAGGTCATAACAATTTTA
65 CTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTA
**
23442 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAACTATTTGAATTTATTTGGTAAACAAATTTATAGTTTAAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAACTATTTGAATTT-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
* ** *
23507 ACTCTTCCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATTTGGATAAGATTTTA
194 ACTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGATTGTA
* * *
23572 TGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGAT-ATAATGATTTTAAATAAATAATTGTT
257 TGAA-TGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
*
23636 CAAATAGTCATAACTATTT-AACTTGCTTGATAAACATA
320 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGACAAACATA
* * * * ** * *
23674 TTTTTTTTTTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAA-GCTAATAAATTTGGATTATTTTA
1 --ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** * * * * *
23738 TTCT-AGATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAAA-AAAATGTCAAAACGA
63 TTCTGA-ATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * ** ** * **
23800 TTTGAAATAGATAATTATTCCAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACACAATTGTA-
125 TTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCAAACTATTTGAA-TTTTTTGGTAAACA-AATT-TAT
* * ***
23864 -TTTT-AAA-TC-TCTTGTTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCAAATAA
186 TTTTTAAAACTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTAAATAA
* * * * ** * * * *
23925 GCTTCTAAGACCA-AAAACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCTTAACAATTT-AAGATTGA
250 GATTGTATGA--ATGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGA
* * * *
23987 TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-TCGTAA-ATA
312 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGAC-AAACATA
*
24032 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TAA-AAATTTAGTATTATTTATG
1 -ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTT-TA
* * * * * *
24095 TTC-GAATTAA-CTTTTATTG-ATAAAAATAATT-TTTTATGACGAAACAAAAATGTCATAACTG
63 TTCTGAA-TAAGCTTGTA-TGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAC-A
* * * * * * * * * *
24156 ATTTGAAATCGATAATCGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAATTGATTCGCGTAAACATACTTTA
124 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAATT-TTTTG-GTAAACA-AATTTA
* * * ** *
24221 TTTTTAAAAAATTTTTACTTATTAATTTAGGAAATATTTAATAACATTAGTTATTATTTTATTCC
185 TTTTT-TAAAACTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATA-TTAATAA-ATTAG-TATTATTTTATT-T
** * * * * ** *
24286 ATCTAA-ACTAGTATTAACTG-AACAATT-ATTTATGACAAGTCAAAAGATTGT-AAAACGATTC
244 AAATAAGA-TTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAG---GTCATAACGATT-
* * * * * * *
24347 T-AAATTGACAATTGTTCACATA-T-ATAAC-ATTTAAATTTGTT-TCAGTAA-ATGG
303 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGACA--AACAT-A
* * * * *
24399 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTTCTTAGTAATTTTTGAATTGTTTAATAAATTAGTATTAATTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * ** *
24463 CTGAATAGAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTG
65 CTGAATA-AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTT
* * * ** * * * *
24528 AAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTGATTCGATAATCAAATTTATTTTTCA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-AAACTATTTGAA-TTTTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * * * *
24593 GATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTATTATTATTTTAATCTGAATAA-ACTT
192 AAACTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGA-TT
** * *
24657 GTGCGTACAT--AATAATTGTTTTACGAT-AAAAC-AAAGAGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
254 GTATG-A-ATGAAACAATTGTTTTATG-TCAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAA
24718 TTG
315 TTG
24721 CTATATGACA
Statistics
Matches: 1934, Mismatches: 415, Indels: 271
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
349 3 0.00
350 8 0.00
351 72 0.04
352 129 0.07
353 19 0.01
354 9 0.00
355 15 0.01
356 106 0.05
357 60 0.03
358 56 0.03
359 102 0.05
360 254 0.13
361 137 0.07
362 229 0.12
363 320 0.17
364 148 0.08
365 80 0.04
366 47 0.02
367 73 0.04
368 50 0.03
369 17 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAACTATTTGAATTTTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAAC
TCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGATTGTATGAA
TGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
GTCATAACTATTTGAACTTGTTGACAAACATA
Found at i:25774 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 25270--27187 Score: 1509
Period size: 180 Copynumber: 10.7 Consensus size: 180
25260 AGCGTATCCA
* * * * *
25270 AAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATT-TCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * * *
25333 TTAGTTTATCAAATTAGTTCAAAAAATTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
65 TTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* *
25398 GAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTC
130 -AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
25449 GATATAAAATTTTATATAATGCTAATTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAA
1 -AAATAAAA---TA-AT-A--CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * *
25514 AAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAA
58 AAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * *
25579 TTATTATAACCTTTTGTTATGTTATAGAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTC
123 TCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
25637 GAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGGTTTAAAAAATAAA
1 -AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * * * *
25702 TGTATTTGCCAAACCAGTTTAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATCGTTAT
65 TTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* ** * *
25767 TACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAATT-TTTTTAGTTCATAGTAA-CTTATTC
130 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATA-CAAGCTTATTC
* * * * *
25818 AGAATAAAATAA-AGCAAATTTGTTAATATT-TCAAAAATTAGTAAGTACGGGATTTAAAAAATA
1 A-AATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* *
25881 ACTTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
63 AATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* ** * * * * *
25946 ATTACCTTTTGTTTCATCATAAAACAACTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTG
128 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTC
* * * * * * *
26000 AAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TTAAAATAAAAAAATAAGAGATTTAAAATATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** *
26064 TTGTTTACTAAACCAATTCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAATTGTGAT
66 TTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTAT
* * * * **
26128 GACCATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATACACTCTTATTC
130 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
26179 AGAATAAAGTAATGCTACTTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATGA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAA
* * * * *
26243 ATTTGTTGGA-C--A--AGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
64 ATTTGTT-TACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * *
26303 ATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATCTA
128 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTAT-TC
* * * *
26357 AAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATGAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * ***
26421 TTATTTACCAAAGAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTATCTATATCAAATTGCTATA
66 TTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* *
26486 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTT
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTA-TTC
* * * * * *
26537 AAATAAAATAATACAAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAA-AAGT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
26600 TT-TCTGAGC--A-C-ATTCAAAAAATTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAAT-AGTTA
66 TTGT-TTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTA
* * * * * *
26659 TGACCTTTTGTTTTGCCAT-AAACAATTTGTTTCTATCCATACAAGCATATTTG
129 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTC
* * * *
26712 AAATAAAATAATACTAGTTTATTAACT-TTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
26776 TCTATTTACC-GAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAAC-A--AT-TATTT---AT--TTA
65 TTTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * *
26831 TGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGTTTATTTG
129 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTC
* * * * *
26884 GAATAAAA-AATACTAATTTATTATTATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * *
26948 CTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTAT
66 TTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * ** **
27012 AACATTTTCTTTTGTCATTAAACAATAGGTTTTGTTTGTGA-AAAATT-TTC
130 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT-ACAAGCTTATTC
* * * *
27062 AAAATAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAA
1 -AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
** ** * * * *
27123 TTTGTTTATGGAAA-CGGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCCATCTCAAATCCTTA
65 TTTGTTTA-CCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
27187 T
129 T
27188 GATCTTTATT
Statistics
Matches: 1396, Mismatches: 278, Indels: 132
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 78 0.06
172 52 0.04
173 6 0.00
174 10 0.01
175 122 0.09
176 99 0.07
177 141 0.10
178 12 0.01
179 28 0.02
180 342 0.24
181 338 0.24
182 13 0.01
183 3 0.00
184 4 0.00
185 3 0.00
187 2 0.00
188 141 0.10
189 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
TTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTC
Found at i:26139 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 25271--27170 Score: 1240
Period size: 181 Copynumber: 10.6 Consensus size: 179
25261 GCGTATCCAA
* * * * *
25271 AATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * ** * * * ** * * *
25335 AGTTTATCAAATTAGTTCAAAAAATTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
65 TGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTA
* * ** * ** *
25400 ACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTCG
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTAG
* * *
25450 ATATAAAATTTTATATAATGCTAATTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAA
1 A-ATAAAA---TA-AT-A--CTAATTTATTAATATTTT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * *
25515 AATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
57 AATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
* * * * * * * *
25580 TATTATAACCTTTTGTTATGTTATAGAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCG
122 CATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTAG
* * * * *
25638 AAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGGTTTAAAAAATAAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * *
25703 GTATTTGCCAAACCAGTTTAAATAGCTA-AGACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATCGTTAT
64 TTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT
** * *
25767 TACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAATT-TTTTTAGTTCATAGTAA-CTTATTCAG
128 TACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-GTTCATA-TAAGTTTATT-AG
* * * * * * *
25820 AATAAAATAA-AGCAAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTACGGGATTTAAAAAATAACT
1 AATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * *
25884 TTGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATT
64 TTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATT
** * *
25949 ACCTTTTGTTTCATCATAAAACAACTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTG
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTAG
* * * * *
26000 AAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAATAAAAAAATAAGAGATTTAAAATATAAATT
1 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * ** * *
26065 TGTTTACTAAACCAATTCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAATTGTGATG
65 TGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTA-TTTCAAATCATTATT
* * * * * *
26129 ACCATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATA-CACTCTTATTCAG
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGT-TTATT-AG
* * * * * *
26181 AATAAAGTAATGCTACTTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATGAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
26245 TTGTTGGA-C--A--AGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
64 TTGTT-TACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * * *
26305 GACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATCTAA
128 TACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTAT-TAG
* * ** *
26358 AATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATGAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* ** * * * * *** *
26422 TATTTACCAAAGAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTATCTATATCAAATTGCTATAA
65 TGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTA
* * * *
26487 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTA-
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATATAAG-TT-TATTAG
* * ** * * *
26538 AATAAAATAATACAAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAA-AAGTT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * *
26601 T-TCTGAGC--A-C-ATTCAAAAAATTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAAT-AGTTAT
65 TGT-TTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTAT
* * * * * * ** *
26660 GACCTTTTGTTTTGCCAT-AAACAATTTGTTTCTATCCATACAAGCATATTTG
128 TACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTAG
* ** * *
26712 AAATAAAATAATACTAGTTTATTAACT-TTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATT-TTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
26776 TCTATTTACC-GAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTA-TT----T-ATGA
63 TTTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTA
* * * * *
26834 -T--CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGTTTATTTGG
127 TTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTA-TTAG
* * * *
26885 AATAAAA-AATACTAATTTATTATTATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
** ** * * * *
26949 TGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATA
65 TGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATT
* * * * * ** * * * *
27013 ACATTTTCTTTTGTCATTAAACAATAGGTTTTGTTTGTGAAAAATTT-TCAA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT-ATAAGTTTATTAG
* * * *
27064 AATAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
** ** * *
27126 GTTTATGGAAA-CGGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAT
66 GTTTA-CCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
27171 CCATCTCAAA
Statistics
Matches: 1370, Mismatches: 278, Indels: 149
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 85 0.06
172 43 0.03
173 12 0.01
174 6 0.00
175 112 0.08
176 89 0.06
177 138 0.10
178 6 0.00
179 32 0.02
180 324 0.24
181 355 0.26
182 14 0.01
183 3 0.00
184 4 0.00
185 3 0.00
188 138 0.10
189 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
GTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTAG
Found at i:26381 original size:357 final size:355
Alignment explanation
Indices: 25270--27170 Score: 1413
Period size: 357 Copynumber: 5.3 Consensus size: 355
25260 AGCGTATCCA
* * * * * *
25270 AAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAA-
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * ** * *
25333 TTAGTTTATCAAATTAGTTCAAAAAATTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT-TA
66 TTA-TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAAT--TGTA
* * * * *
25397 TGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTC-GATATAAAATT
127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAC-ATCTTATTCAGA-ATAAAA--
* * * * * *
25460 TTATATAATGCTAATTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAAATAAATCTG
187 -TA-AT-A--CAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTACG-GATTTAAAAAAT-AATTTG
* * * * *
25525 T-TTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTATTATAAC
245 TCTGAC--CAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * * * * *
25589 CTTTTGTTATGTTATAGAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCG
307 CTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * ** * *
25638 AAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGGTTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
25703 GTATTTGCCAAACCAGTTTAAATAGCTA-AGACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATCGTTAT
66 TTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTA-TTTAAATTG-TAT
* ** * * * *
25767 TACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAATT-TTTTTAGTTCATAGTAACTTATTCAGAATAAAATAA-
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CATCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * *
25830 AGCAAATTTGTTAATATT-TCAAAAATTAGTAAGTACGGGATTTAAAAAATAACTTTGT-TTACC
191 A-CAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAC-GGATTTAAAAAATAA-TTTGTCTGACC
* * *
25893 AAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGT
252 --A-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * *
25958 TTCATCATAAAACAACTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTG
314 TTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * ** * * * *
26000 AAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TTAAAATAAAAAAATAAGAGATTTAAAATATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
26064 TTGTTTACTAAACCAATTCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTTAAATTGTGATG
66 TTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTA-TTTAAATTGT-ATG
* * * *
26129 ACCATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATACACTCTTATTCAGAATAAAGTAATGC
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-TCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * *
26194 TACTTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATTTGT-TGGA-CA-A
193 AAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-ACGGATTTAAAAAAT-AATTTGTCT-GACCACA
* * *
26256 GTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATC
255 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATC
* *
26321 ACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATCTA
320 ACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * *
26357 AAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATGAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * * *
26421 TTATTTACCAAAGAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTATCTATATCAAATTGCTATA
66 TTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTAT-TTAAATTG-TATG
* * * *
26486 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTA-AATAAAATAATA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-ATCTTA-TTCAGAATAAAATAATA
* * *** * *
26550 CAAATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAA-AGTTT-TCTGAGCACA-
192 CAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTACGGA-TTTAAAAAATAATTTGTCTGACCACAG
* * * *
26612 TTCAAAAAATTATGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTT-GC
256 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATC
* *
26675 -CATAAACAATTTGTTTCTATCCATACAAGCATATTTG
320 ACA-AAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * *
26712 AAATAAAATAATACTAGTTTATTAACT-TTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
26776 TCTATTTACC-GAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTT--A-TG-AT-
65 TTTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTAAATTGTATG
* **
26835 --CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGT-TTATTTGGAATAAAA-AATA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-A-TCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * * * * *
26896 CTAATTTATTATTATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
192 CAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTACG-GATTTAAAAAAT-AAT-T-TGT-CTGACC
* * * * * *
26961 A-AGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATAACATTTTCTTTT
252 ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* ** * * ** ** **
27025 GTCATTAAACAATAGGTTT-TGTTTGTGA-AAAATT-TTCA
317 ATCACAAAACAAT-TGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTTG
* * ** *
27063 AAATAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** ** * *
27124 TTGTTTATGGAAA-CGGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAT
66 TTATTTA-CCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT
27171 CCATCTCAAA
Statistics
Matches: 1245, Mismatches: 230, Indels: 137
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
346 43 0.03
347 100 0.08
348 6 0.00
349 2 0.00
350 5 0.00
351 33 0.03
352 65 0.05
353 16 0.01
354 11 0.01
355 135 0.11
356 53 0.04
357 256 0.21
358 24 0.02
359 1 0.00
360 2 0.00
361 170 0.14
362 173 0.14
363 3 0.00
365 1 0.00
366 2 0.00
367 1 0.00
368 18 0.01
369 118 0.09
370 7 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
TTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTAAATTGTATGAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACATCTTATTCAGAATAAAATAATACAAA
TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTACGGATTTAAAAAATAATTTGTCTGACCACAGTTCAA
ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAA
CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
Found at i:27504 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 27486--27515 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
27476 TGACCCAAAT
27486 TCACCATCAACACAA
1 TCACCATCAACACAA
*
27501 TCACCTTCAACACAA
1 TCACCATCAACACAA
27516 GATTTGGATT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.40, G:0.00, T:0.17
Consensus pattern (15 bp):
TCACCATCAACACAA
Found at i:28352 original size:203 final size:199
Alignment explanation
Indices: 27749--28364 Score: 589
Period size: 200 Copynumber: 3.1 Consensus size: 199
27739 TTAATGATGT
* * * * * * *
27749 TAATTGTGTCACTAATACTGTGACAATTTATCTTTCATTAC-TA-ATAT--AATTTTATCATTTA
1 TAATTATGTCACAAATACTGTAACGATTTACCTTTCATCACAAACATATCAAATTTTATCATTTA
* * * * * *
27810 TTTAGTGATGATTAAATCATTTAATGAC-TTTTTTTTTATATATATAGCTAATG-AATCTAATGT
66 TTTTGTGATGATTATAGCCTTTAATGACGTTTTTCTTTATA-A-ATAGCTAATGAAAACTAATGT
* * *
27873 CACAAAAAAAGCATAAGGTGACATTTGATTTTATTATGACATTTGACATTATCTTACAATAATTT
129 CACAAAAAAAGCATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCA-TT
*
27938 GTGACAA
193 GTGACGA
* * * * * ** * * * *
27945 TAATTGTGTCACCAATATTGTGACGATTTATCTTTTGTCACTAATATATTAGATTTTATCATTTA
1 TAATTATGTCACAAATACTGTAACGATTTACCTTTCATCACAAACATATCAAATTTTATCATTTA
* * * * * * ** *
28010 TGTTGTGATGGTTATAGCCTTCAATGATGTTTTTCTTCATAAATAACTAACAAAAACTAACGTCA
66 TTTTGTGATGATTATAGCCTTTAATGACGTTTTTCTTTATAAATAGCTAATGAAAACTAATGTCA
* ** * * * *
28075 TAAAAAAAGCATAAGGTGATGTGTAATTTTATTGTCACATTTGACAATATCTTATAATCATTGGT
131 CAAAAAAAGCATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCATT-GT
*
28140 GATGA
195 GACGA
*
28145 TAATTATGTCACAAATACTGTAATGATTTACCTTTCATCACAAACATATCAAATTTTATCATTTA
1 TAATTATGTCACAAATACTGTAACGATTTACCTTTCATCACAAACATATCAAATTTTATCATTTA
** * * * *
28210 TTTTGTGACAACTATAGCCTTTAATGACGTTTTTGTTTATAAATAGTTGATGAAAACTAATGTCA
66 TTTTGTGATGATTATAGCCTTTAATGACGTTTTTCTTTATAAATAGCTAATGAAAACTAATGTCA
* * *
28275 CAAAAATTAACGCATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTCATAATAGACATTATCTTACAATCATT
131 CAAAAA--AA-GCATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCATT
28340 GAT-AGCGA
193 G-TGA-CGA
* *
28348 TAATTTTGTCACTAATA
1 TAATTATGTCACAAATA
28365 TATTAGGTTT
Statistics
Matches: 333, Mismatches: 75, Indels: 17
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
196 35 0.11
197 1 0.00
198 4 0.01
199 9 0.03
200 207 0.62
201 10 0.03
202 4 0.01
203 63 0.19
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (199 bp):
TAATTATGTCACAAATACTGTAACGATTTACCTTTCATCACAAACATATCAAATTTTATCATTTA
TTTTGTGATGATTATAGCCTTTAATGACGTTTTTCTTTATAAATAGCTAATGAAAACTAATGTCA
CAAAAAAAGCATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCATTGTG
ACGA
Found at i:29269 original size:178 final size:180
Alignment explanation
Indices: 29008--29341 Score: 426
Period size: 177 Copynumber: 1.9 Consensus size: 180
28998 AATTAGTTTA
* ** * *
29008 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTGTTACCTATTAGTTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTA
1 GTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TTGTTACCTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTA
** * *
29073 TTTTATTTTGACTAAGCTTGTATGATAA-AAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTTATA
65 TTTTATTTCCACTAAGCTTGTAT--TAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATA
*
29137 ATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTG
128 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTG
*
29190 GTAAATAGATTTATTTTTTAAA-T-TT-CTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTAT
1 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATTGTTACCTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTAT
* ** * * *
29252 TTTA-TTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAAC
66 TTTATTTCCA-CTAAGCTTGTATTAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAAC
* *
29316 AATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT
130 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
29342 AATAATAATA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 19, Indels: 9
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.02
177 57 0.44
178 46 0.35
179 2 0.02
180 1 0.01
182 22 0.17
ACGTcount: A:0.40, C:0.05, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (180 bp):
GTAAATAGATTTATTTTTTAAATTGTTACCTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTAT
TTTATTTCCACTAAGCTTGTATTAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAACA
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTG
Found at i:30818 original size:487 final size:487
Alignment explanation
Indices: 28899--32327 Score: 5912
Period size: 488 Copynumber: 7.0 Consensus size: 487
28889 TGGAATATTA
*
28899 TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATTG-TTTTATGACAAAACAAAGATTTTATCAAATTG
1 TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAA-TGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAAATTG
* * ** * *
28963 AGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTAGAATTAGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTA
65 AGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTA
* *
29028 AATTTGTTACCTATTAGTTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCTTG
130 AATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
*
29093 TATGATAAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTA
195 TATGAT-AAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTA
*
29158 TTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAA
259 TTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAA
29223 TTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATT
324 TTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATT
*
29288 ATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAA
389 ATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAA
*
29353 CTATTTGAACTTACTCAGCAAACAGATTTATTTT
454 CTATTTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTT
* *
29387 TAAAATTAGTATTATTTTTAATCGAATAATGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAAATTGA
1 TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAAATTGA
29452 GATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAA
66 GATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAA
*
29517 ATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGT
131 ATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
29582 ATGATAAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTAT
196 ATGAT-AAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTAT
* * * *
29647 TCAAATGGTCGTAATTATTTTAACTGA-TTGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAAT
260 TCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAAT
*
29711 TTAGGAAATATTAACAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGC----ATTAATTGAAATAATTA
325 TTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTA
*
29772 TTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAAC
390 TTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAAC
*
29837 TATTTGAACTTGCTCAGTAAACAGATTTATTTT
455 TATTTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTT
*
29870 TAAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTAGAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAGAT
1 TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAAT-A--A-T-G--------ATTTTATGACAAAACAAAGAT
29935 TTTAACAAATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAG
53 TTTAACAAATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAG
30000 ATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTG-AATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTT
118 ATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTT
*
30064 TGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAC-ATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTCAA
183 TGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAA
* *
30128 ATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACATGATTTCGTAAACAGATTTATTTTTAAA
248 ATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAAC-TGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
*
30193 ATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTTAATATTATTTTATTCCATTTAAAACTTGTAT
312 ATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTCCATTT-AAGCTTGTAT
*
30258 TAATTGAAATAATTATTTTATGAC-AATTAAAAATGTTATAACGA-TTTAAATTGATAATTGTTC
375 TAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATT-AAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTC
* *
30321 AAATAATAATAATAACTATTTAAACTTGCTCAGCAAATAGATTTATTTT
439 AAATAATAATAATAACTATTTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTT
* *
30370 TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTCTATGACAAAATAAAGATTTTAACAAATTGA
1 TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAAATTGA
*
30435 GATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTATTTA
66 GATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTG-AATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTA
30500 AATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
130 AATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
30565 TATGAT-AAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTAT
195 TATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTAT
* * *
30629 TCAAATGGCCATAATTATTTTAACTCATTTGGTAAACAAATTTATTTTTGAAATTTCTTATTAAT
260 TCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAAT
*
30694 TTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTACTAATTGAAATAATTA
325 TTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTA
*
30759 TTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAAC
390 TTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAAC
* *
30824 TATTTAAACTTGCTCAGCAAACAAATTTATTTT
455 TATTTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTT
* *
30857 TTAAAATTAGTATTATTTTTAACCAAATAATGATTTTATTACAAAACAAAGATTTTAACAAATTG
1 TT-AAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAAATTG
30922 AGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTA
65 AGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTA
30987 AATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
130 AATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
31052 TATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTAT
195 TATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTAT
* *
31117 TCAAATGGCCGTAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAAT
260 TCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAAT
31182 TTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTA
325 TTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTA
*
31247 TTTTATGACAAATTAAAATGTTAGAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAAT
390 TTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTC--A-AATAATAATAAT
*
31312 AACTATTTGAACTTGCTCAGCAAACAAATTTATTTT
452 AACTATTTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTT
*
31348 TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTTTATGACAAAATAAAGATTTTAACAAATTGA
1 TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAAATTGA
* *
31413 GATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTAAATTGGTTCGATAAACAGATTTATTGTTTAA
66 GATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAA
31478 ATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
131 ATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
31543 ATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATT
196 ATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATT
*
31608 CAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATT
261 CAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATT
*
31673 TAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTATTTGAAATAATTAT
326 TAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTAT
*
31738 TTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCGAATAATAATAATAACT
391 TTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACT
* *
31803 ATTTGAACTTGCTTAGCAAATAGATTTATTTTT
456 ATTTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTTA-TTTT
*
31836 TTAAATTAGTTTTATTTTTAACCGAATAATGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAAATTGA
1 TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAAATTGA
* *
31901 GATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTTAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATTGTTTAA
66 GATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAA
* * *
31966 ATTTATTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTT-TTTTTAATAAGCTTGC
131 ATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
*
32030 ATGATAAAAAAAAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATT
196 ATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATT
* * *
32095 CAAACGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATTTCTTATTAATT
261 CAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATT
32160 TAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTA-
326 TAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTAT
* *
32224 TTTATGAACAAATTAAAATGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGCTCAAATAATAATAATAAC
391 TTTATG-ACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAAC
*
32289 TATTTGAACTTGCTCAGCAAAGAGATTTATTTT
455 TATTTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTT
32322 TTAAAT
1 TTAAAT
32328 CTCTTTCTTA
Statistics
Matches: 2810, Mismatches: 96, Indels: 72
0.94 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
483 139 0.05
484 1 0.00
486 63 0.02
487 666 0.24
488 882 0.31
489 121 0.04
490 427 0.15
491 49 0.02
493 72 0.03
494 10 0.00
495 97 0.03
496 144 0.05
497 4 0.00
499 1 0.00
500 94 0.03
501 40 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (487 bp):
TTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAAATTGA
GATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAA
ATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
ATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATT
CAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATT
TAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTAT
TTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACT
ATTTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTT
Found at i:31286 original size:177 final size:179
Alignment explanation
Indices: 30966--31299 Score: 390
Period size: 177 Copynumber: 1.9 Consensus size: 179
30956 GAATTGGTTC
** * *
30966 GGTAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATT
1 GGTAAACAGATTTATTGTTTAAA-TTGTTACCTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATT
** * * *
31031 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAA
65 ATTTTATTTCCAATAAGCTTGTAT-ATAAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAGAA
*
31096 TAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCGTAATTATTTTAACTGATTT
129 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCGTAATTATTTTAACTGATTT
* * *
31147 GGTAAACATATTTATTTTTTAAA-T-TT-CTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTA
1 GGTAAACAGATTTATTGTTTAAATTGTTACCTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * * *
31209 TTTTA-TTCCATTTAAGCTTGTAT-TAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTAGA
66 TTTTATTTCCA-ATAAGCTTGTATATAA--AAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAGA
* * *
31272 ACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT
128 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
31300 AATAATAATA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 22, Indels: 10
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.02
176 3 0.02
177 98 0.77
178 2 0.02
179 1 0.01
181 21 0.16
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (179 bp):
GGTAAACAGATTTATTGTTTAAATTGTTACCTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTA
TTTTATTTCCAATAAGCTTGTATATAAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAGAACA
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCGTAATTATTTTAACTGATTT
Found at i:31601 original size:978 final size:975
Alignment explanation
Indices: 28901--32327 Score: 5928
Period size: 978 Copynumber: 3.5 Consensus size: 975
28891 GAATATTATT
* *
28901 AAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATTG-TTTTATGACAAAACAAAGATTTTATCAAATTGAG
1 AAATTAGTATTATTTTTAACCAAATAA-TGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAAATTGAG
* * ** * *
28965 ATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTAGAATTAGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
65 ATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAA
* *
29030 TTTGTTACCTATTAGTTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAGCTTGTA
130 TTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
*
29095 TGATAAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATT
195 TGAT-AAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATT
*
29160 CAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATT
259 CAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATT
29225 TAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTAT
324 TAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTAT
*
29290 TTTATGACAAATTAAAATGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACT
389 TTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACT
* * *
29355 ATTTGAACTTACTCAGCAAACAGATTTATTTTTAAAATTAGTATTATTTTTAATCGAATAATGAT
454 ATTTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGAT
*
29420 TTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAAATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTT
519 TTTATGACAAAATAAAGATTTTAACAAATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTT
*
29485 GAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATC
584 AAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATC
*
29550 AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATA
649 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAT-AAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATA
* * *
29615 AAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCGTAATTATTTTAACTGA-TTGGC
713 AAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGT
*
29679 AAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAACAAATTAATATTATTTTAT
778 AAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
29744 TCCATTTAAGC----ATTAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACAATTTT
843 TCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACAATTTT
*
29805 AAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAACAGATTTA-TTT
908 AAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTT
29869 TTA
973 TTA
*
29872 AAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTAGAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAGATTT
1 AAATTAGTATTATTTTTAACC--A-AAT-AAT-G--------ATTTTATGACAAAACAAAGATTT
29937 TAACAAATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGAT
53 TAACAAATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGAT
30002 TTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTG-AATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTG
118 TTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTG
*
30066 AATAAGCTTGTATGATAAAAAAC-ATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTCAAAT
183 AATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAAT
* *
30130 AGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACATGATTTCGTAAACAGATTTATTTTTAAAAT
248 AGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAAC-TGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
*
30195 TTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTTAATATTATTTTATTCCATTTAAAACTTGTATTA
312 TTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTCCATTT-AAGCTTGTATTA
*
30260 ATTGAAATAATTATTTTATGAC-AATTAAAAATGTTATAACGA-TTTAAATTGATAATTGTTCAA
375 ATTGAAATAATTATTTTATGACAAATT-AAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAA
* *
30323 ATAATAATAATAACTATTTAAACTTGCTCAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATTAGTATTATTTT
439 ATAATAATAATAACTATTTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATTAGTATTATTTT
*
30388 TAACCGAATAATGATTCTATGACAAAATAAAGATTTTAACAAATTGAGATTTATAATTGTTTAAC
504 TAACCGAATAATGATTTTATGACAAAATAAAGATTTTAACAAATTGAGATTTATAATTGTTTAAC
*
30453 TAGTCATAACTATTTGAAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTATTTAAATTTGTTACCTATTAAT
569 TAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAAT
30518 TTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAT-AAAAACAATTG
633 TTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTG
30582 TTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTAT
698 TTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTAT
* * * *
30647 TTTAACTCATTTGGTAAACAAATTTATTTTTGAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAA
763 TTTAACTGATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAA
*
30712 TTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTACTAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAA
828 TTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAA
*
30777 TGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTAAACTTGCTCAGC
893 TGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTGAACTTGCTCAGC
*
30842 AAACAAATTTATTTTTTA
958 AAACAGATTTATTTTTTA
*
30860 AAATTAGTATTATTTTTAACCAAATAATGATTTTATTACAAAACAAAGATTTTAACAAATTGAGA
1 AAATTAGTATTATTTTTAACCAAATAATGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAAATTGAGA
30925 TTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAAT
66 TTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAAT
30990 TTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
131 TTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
31055 GATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCA
196 GATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCA
* *
31120 AATGGCCGTAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTA
261 AATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTA
31185 GGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTATTT
326 GGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTATTT
*
31250 TATGACAAATTAAAATGTTAGAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAATAAC
391 TATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTC--A-AATAATAATAATAAC
*
31315 TATTTGAACTTGCTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGA
453 TATTTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGA
31380 TTTTATGACAAAATAAAGATTTTAACAAATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATT
518 TTTTATGACAAAATAAAGATTTTAACAAATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATT
*
31445 TAAATTGGTTCGATAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAAT
583 TAAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAAT
31510 CAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATA
648 CAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATA
31575 AAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGT
713 AAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGT
31640 AAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
778 AAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* *
31705 TCCATTTAAGCTTGTATTATTTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTT
843 TCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACAATTTT
* * *
31770 AAATAGATAATTGTTCGAATAATAATAATAACTATTTGAACTTGCTTAGCAAATAGATTTATTTT
908 AAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTT
*
31835 TTT
973 TTA
* *
31838 AAATTAGTTTTATTTTTAACCGAATAATGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAAATTGAGA
1 AAATTAGTATTATTTTTAACCAAATAATGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAAATTGAGA
* *
31903 TTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTTAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATTGTTTAAAT
66 TTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAAT
* * *
31968 TTATTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTT-TTTTTAATAAGCTTGCAT
131 TTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
*
32032 GATAAAAAAAAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCA
196 GATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * *
32097 AACGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTA
261 AATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTA
32162 GGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTA-TT
326 GGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTATTT
* *
32226 TATGAACAAATTAAAATGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGCTCAAATAATAATAATAACTA
391 TATG-ACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTA
*
32291 TTTGAACTTGCTCAGCAAAGAGATTTATTTTTTAAAT
455 TTTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAAT
32328 CTCTTTCTTA
Statistics
Matches: 2334, Mismatches: 88, Indels: 65
0.94 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
971 21 0.01
974 103 0.04
975 167 0.07
976 116 0.05
977 416 0.18
978 588 0.25
981 73 0.03
982 145 0.06
983 307 0.13
984 260 0.11
985 3 0.00
986 1 0.00
987 107 0.05
988 27 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (975 bp):
AAATTAGTATTATTTTTAACCAAATAATGATTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAAATTGAGA
TTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAAT
TTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
GATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCA
AATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTA
GGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTATTT
TATGACAAATTAAAATGTTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTAT
TTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAATGATTT
TATGACAAAATAAAGATTTTAACAAATTGAGATTTATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTAA
ATTGGTTCGGTAAACAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAA
TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTGTGACAAAATAAAA
GGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAA
TAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCC
ATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAACAATTTTAAA
TAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTTATTTTTTA
Found at i:32896 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 32467--33082 Score: 405
Period size: 182 Copynumber: 3.4 Consensus size: 179
32457 TATTATTCTT
* * *
32467 AACTATTTGAAA-TGATTTAGTAA-AGAAATTTATTTTTAAATCT-CTTACTTATT-AG-TTTGA
1 AACTATTTGAAATTG-TTTGGTAATAG--ATTTATTTTTAAATCTCCTTAATGATTAAGTTTTGA
* * * * * * ** ** *
32527 AATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAATTCGAGATAAGCTTGTACAAACAAAATTATTGTTTTA
63 AATATTAAT-AAATTAGCATTATTTTATTTC-AAACAAAC-TATAGTAACAAAACAATTGTTTGA
* * ** * * * * * ***
32591 CGACAAAA-AAAGAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATCACT-CATATAGTCTT
125 TGACAAAACAAAAAAATAATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TGCAAATAGTAAA
* * * * ** *
32645 AACTATTTG-AATTGGTTTGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTATGTTTATTAAGTTTTGA
1 AACTATTTGAAATT-GTTTGGTAA-TAGATTTATTTTTAAATCTCCT-TAATGATTAAGTTTTGA
* * *
32709 AATATTATTAAATTTGCATTATTTTATTTCAAATGAAA-TAGT-GTAA-ATAGAACCAATTGTTT
63 AATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAA-CAAACTA-TAGTAACA-A-AA-CAATTGTTT
* *** **
32771 GATGACAAAATAAAAGGTTAA-AATGATTTGAAATAGATAATTATGCAAATAGTAAA
123 GATGACAAAACAAAAAAATAATAACAATTTGAAATAGATAATTATGCAAATAGTAAA
* *
32827 AACTATTTGAAATTGTTTGGTAAGTAGATTTACTTTTTAAATCTCCTTAATGATTAATTTTTTAA
1 AACTATTTGAAATTGTTTGGTAA-TAGATTTA-TTTTTAAATCTCCTTAATGATTAAGTTTTGAA
* * * *
32892 ATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCGAACAAACTTATAGTAACAAAACAATTGTTTTATGA
64 ATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAACAAAC-TATAGTAACAAAACAATTGTTTGATGA
* * *
32957 CAAAACAAAAAAATAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTGCAAATAGTTAT
128 CAAAACAAAAAAATAATAACAATTTGAAATAGATAATTATGCAAATAGTAAA
* * * * * * * ** *
33009 AATTATCTTGAACTGGTTTTGTAATAGAATTATTTTCTAAATC-CCTTACTTAAAAATTTTTGAA
1 AACTAT-TTGAAATTGTTTGGTAATAGATTTATTTT-TAAATCTCCTTAATGATTAAGTTTTGAA
33073 ATATTAATAA
64 ATATTAATAA
33083 TTTAATTTTA
Statistics
Matches: 346, Mismatches: 67, Indels: 47
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
177 2 0.01
178 30 0.09
179 4 0.01
180 12 0.03
181 66 0.19
182 188 0.54
183 43 0.12
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AACTATTTGAAATTGTTTGGTAATAGATTTATTTTTAAATCTCCTTAATGATTAAGTTTTGAAAT
ATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAACAAACTATAGTAACAAAACAATTGTTTGATGACAA
AACAAAAAAATAATAACAATTTGAAATAGATAATTATGCAAATAGTAAA
Found at i:33471 original size:175 final size:175
Alignment explanation
Indices: 33290--34635 Score: 399
Period size: 178 Copynumber: 7.6 Consensus size: 175
33280 TATTTCGAAT
* * * *
33290 AAGCTTGTTATCAGCAAAA-ATTTGTTTTATGATAGAACAAAGGTTATAAAAATTCGAAATAGAT
1 AAGCTTGTTATCAGCAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGTAATAAAAATT-AAAATAGAT
* *
33354 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGTTTAACAAATTGATTTGTTTTTTTAAATTTC-T
65 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGTTTAACAAACTGA-TT-TATTTTTAAATTTCTT
* *
33418 -TATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTGTATATAAAAA
128 CTATTAATTCTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTGTATATAAAAA
* * *
33465 AAGCTTG-TA-CATTG-AAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATA
1 AAGCTTGTTATCA--GCAAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGGTAATAA-AAATTAAAATA
** * * * * * * * ** *
33527 GATAGCTATTTAAATGGCCATGATTATTTGAATTGATTCGATAAACTGATTTATTTTTAAATTTC
62 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTG-TTTAACAAACTGATTTATTTTTAAATTTC
* * * *** *
33592 TTTCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGAT
126 -TTCTATTAATTCTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTGTATATAAAAA
* * * * * * *
33643 AAG-AT-TTATGAACTAAAACAATTGTTTTATCATAAAACAAATGGTCATAATGAATTTAAATAG
1 AAGCTTGTTATCAGC-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA-GGTAATAA-AAATTAAAATAG
* * *** *
33706 ATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAT-ATTTATTTTCTCAAATC
63 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTAACAAAC-TGATTTATTTT-T-AAATT
* * * * * * * *
33770 TCATGCCTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAGATTAGTATTATT-TATTCTGAATA
124 TC-T-TCTATTAA-TTCTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTGTA-TATAAAAA
* *** ** * * ** * *
33824 AA-CTTG-TATGATTGAAATGATT-ATCTAT-A-AACTAA-AAAGGTCAA-ATGATTTGAAATAG
1 AAGCTTGTTATCAGCAAAACAATTGTTTTATGATAA--AACAAAGGT-AATAAAAATTAAAATAG
* * * * * * ** ** *
33882 ATAACTATTCTAATGGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC
63 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTG-TTTAACAAACTGATTTA-TTTTTAAATTTC
* * * * ** *
33947 -T-TATTAATT-TT-AGAATATCAGTAAATTAGTATTATT-TTTATTTGAAT
126 TTCTATTAATTCTTGA-AATATTAATAAAGTAGTATTATTGTATA-TAAAAA
* * * * * *
33994 AAGCTTGTATGATC-G-AAAACAATTGTTTTATGAGAAAA-AAGAGAGATCATAATGATTTGAGA
1 AAGCTTGT-T-ATCAGCAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAA-AG-G-TAATAA-AAATTAAAA
* * * * * * * * *
34056 TTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTGGTTCAAAAAACAGCTTCAGTTTTTAAAT
60 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTAACAAACTGATTTA-TTTTTAAAT
* * * * *** *
34121 CTCTTGCTTATTACTT-TTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGAT
123 TTCTT-C-TATTAATTCTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTGTATATAAAAA
* * * * * * * * *
34175 AAG-TTTTTATGAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAACTTTAAACAG
1 AAGCTTGTTATCAGC-AAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGGTAATAA-AAATTAAAATAG
* ** *
34239 ATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTGTTTGGCAAACGGATTTATTTTTTTAAAAT
63 ATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTT-AAATTGTTTAACAAACTGATTTA--TTTTT-AAAT
* * * * * * * * ** *
34303 GTATTGCTCATTACTTTTTCG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
123 TTCTT-CT-ATTAATTCTT-GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTGTATATAAAAA
* * * * * * * * *
34358 AAGCTTG-TATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAA-AACGATTTGAAATA
1 AAGCTTGTTATCAGC-AAAACAATTGTTTTATGA-TAAA-ACAAAGGTAATAA-AAATTAAAATA
* * * * * * * *
34421 GATAATTATTCTAATAGTCTTAACTACTTGAACTAGTTTGACAAA-TACATTTATTTTTTAAATT
62 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTAAATTGTTTAACAAACT-GATTTA-TTTTTAAATT
* * * * * * * * *
34485 TCTTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTTAATTAGTATTATTTTA-ATCCAAAT
124 TCTT-C-TATTAATTCTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTGTATAT-AAAAA
* * * * * * * * * *
34539 AAGCTTG-TATGAAG-GAAACAATTGTTTTTTGACAAAATAAAGATCATAAAGATTTAGATAGAT
1 AAGCTTGTTAT-CAGCAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGTAATAAAAATTAAAATAGAT
* * *
34602 AAGTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA-TGTTT
65 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGTTT
34636 TGGTAAATAG
Statistics
Matches: 886, Mismatches: 212, Indels: 145
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 26 0.03
171 10 0.01
172 6 0.01
173 11 0.01
174 11 0.01
175 52 0.06
176 97 0.11
177 87 0.10
178 163 0.18
179 20 0.02
180 87 0.10
181 153 0.17
182 35 0.04
183 108 0.12
184 16 0.02
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (175 bp):
AAGCTTGTTATCAGCAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGTAATAAAAATTAAAATAGATA
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGTTTAACAAACTGATTTATTTTTAAATTTCTTCTA
TTAATTCTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTGTATATAAAAA
Found at i:33909 original size:176 final size:171
Alignment explanation
Indices: 33685--34011 Score: 401
Period size: 176 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
33675 TAAAACAAAT
* * * *
33685 GGTCATAATGAATTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAA
1 GGTCATAATGAATTTAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGGCAA
* * * * *
33749 ACATATTTATTTTCTCAAATCTCATGCCTATTAATTTTTTGAATGTTAATAGATTAGTATTA-TT
65 ACACATTTATTTT-TCAAATCTC-T---TATTAA-TTTTAGAATATCAATAAATTAGTATTATTT
*
33813 TATTCTGAATAAACTTGTATGATTGAAATGATTATCTATAAACTAAAAA
124 TATT-TGAATAAACTTGTATGATCGAAATGATTATCTATAAACTAAAAA
* *
33862 GGTCA-AATG-ATTTGAAATAGATAACTATTCTAATGGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAA
1 GGTCATAATGAATTT-AAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAA
* *
33925 ACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAGAATATCAGTAAATTAGTATTATTTTTATTT
65 ACACATTTATTTTTCAAATCTCTTATTAATTTTAGAATATCAATAAATTAGTATTA-TTTTATTT
*
33990 GAATAAGCTTGTATGATCGAAA
129 GAATAAACTTGTATGATCGAAA
34012 ACAATTGTTT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 15, Indels: 14
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 22 0.17
171 27 0.21
172 6 0.05
174 1 0.01
175 14 0.11
176 56 0.43
177 5 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (171 bp):
GGTCATAATGAATTTAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAA
CACATTTATTTTTCAAATCTCTTATTAATTTTAGAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA
ATAAACTTGTATGATCGAAATGATTATCTATAAACTAAAAA
Found at i:34244 original size:533 final size:537
Alignment explanation
Indices: 33580--37781 Score: 1579
Period size: 540 Copynumber: 7.9 Consensus size: 537
33570 AACTGATTTA
* * * *
33580 TTTTTAAATTTCTTTCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAA
1 TTTTTAAATCTCTTGCTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGATAA
* * *
33645 GATTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATCATAAAACAAATGGTCATAATGAATTTAAATAGATAA
66 GATTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTAAACAGATAA
* * * * *
33710 TTGTTGAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTCTCAAATCTCA
131 TTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTCTAAAATCT-A
* *
33773 -TGC-CTATTAATTTTTTGAATGTTAATAGATTAGTATTA-TTTATTCTGAATAAACTTGTATG-
194 TTGCTC-ATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGA
* * * * *
33834 ATTGAAATGA-TTATCT-A-TAAACTAAAAAGGTCAAATGATTTGAAATAGATAACTATTCTAAT
258 ACTGAAATAATTTATATGACTAAAC-AAAAAGGTAAAACGATTTGAAATAGATAACTATTCTAAT
* * * *
33896 GGTCATAACTATTTGAACT-GATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAA-TT
322 AGTCATAACTACTTGAACTAG-TTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATTCTTACTTACTAATTT
* *** *
33956 TTAGAATATCAGTAAATTAGTATTATTTTTATTTGAATAAGCTTGTATGATCGAAAACAATTGTT
386 TTAGAATATCAGTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA-AGAAAACAATTGTT
* * * ** *
34021 TTATGAGAAAAAAGAGAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATT
450 TTATGACAAAAAA-A-AGATCATAAAGATTT-AGATAGATAAGTGTTCAAATAGTCATAAATATT
34086 TGAAGTGGTTCAAAAAACAGCTTCAG
512 TGAAGTGGTTCAAAAAACAGCTTCAG
34112 TTTTTAAATCTCTTGCTTATT-ACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGATA
1 TTTTTAAATCTCTTGC-TATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGATA
* * *
34176 AGTTTTTATGAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-AACTTTAAACAGA
65 AG-ATTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAATGAA-TTTAAACAGA
* * *
34240 TAATTGTTCAAATAGTCAAATCTATTTCAACTTGTTTGGCAAACGGATTTATTTTTTTAAAATGT
128 TAATTGTTCAAATAGTCAAATCTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTCTAAAATCT
* * *
34305 ATTGCTCATTACTTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
193 ATTGCTCATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGA
* * *
34370 ACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAA
258 ACTGAAATAA-T-TTATATGACTAAACAAAAAGGTAAAACGATTTGAAATAGATAACTATTCTAA
* *
34435 TAGTCTTAACTACTTGAACTAGTTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTACTAATT
321 TAGTCATAACTACTTGAACTAGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAA-TTCTTACTTACTAATT
* * * * *
34500 TTTGGAATATTATTTAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAGGAAACAATTGTT
385 TTTAGAATATCAGTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAGAAAACAATTGTT
* *
34565 TTTTGACAAAATAAAGATCATAAAGATTTAGATAGATAAGTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGA
450 TTATGACAAAAAAAAGATCATAAAGATTTAGATAGATAAGTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGA
* **** * * **
34630 A-TGTTTTGGTAAATAGATTTTG
515 AGTGGTTCAAAAAACAGCTTCAG
** * * * *
34652 TTTTTAAATCTCTT--T-TTAA-TTATCAAAATCTTAATATA-TAAGTATTA-TTTATTTTGAAT
1 TTTTTAAATCTCTTGCTATTAACTT-TTGAAATATTAATAAAGT-AGTATTATTTTATTTCGGAT
* * * * *
34711 AA-TTTTGCATGAAC-AGAAACAATTATTTTA-CGACAAAACAATATGTCATTATG-ATTTGAAA
64 AAGATTT--ATGAACTA-AAACAATTGTTTTATC-ACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTT-AAA
* * * * * **
34772 TAGATAATAG-TCAAATGGACATGA-CTATTT-AACTTGTTTTGATAAAACA-ATTTATTTTT-T
124 CAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTG-TTTG-GCAAACAGATTTATTTTTCT
** * * ** * *
34832 -AAATCTCA-AACTTATTAATTTTTAGTAATACATAATAAATTAGTTTTATTTTATT-TCAAATA
186 AAAATCT-ATTGCTCATTAATTTTTCG-AAT-GTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATA
* * * * * * *
34894 AA-TTGTATGAA-TAGAAACAATTTTTTTATGA-AAAAC-AAAAGATCATAACGATTTAAAATAA
247 AACTTGTATGAACT-GAAATAA--TTTATATGACTAAACAAAAAGGT-AAAACGATTTGAAATAG
* * * * * * * ** * * *
34955 ATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGCTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTT
308 ATAACTATTCTAATAGTCATAACTACTTGAACTAGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAAT-TC
* ** * * * * * * * * * **
35020 TTACTTATTAATTTTGGGAATTTTAATAAATTTGTAATATTTT-ATGTCAAAAAAGGGTTTTACA
372 TTACTTACTAATTTTTAGAATATCAGTAAATTAGTATTATTTTAAT-CCAAATAA-GCTTGTATG
* * * * *
35084 AATAGAAACAATTGGTTTATGACCAAAAAAAAG-TCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTCTTCA
435 AAGA-AAACAATTGTTTTATGA-CAAAAAAAAGATCATAA-AGATTT-AGATAGATAAGTGTTCA
* * * ** * *
35147 AATAGTTATAACTATTTGAACGT-GTTCAGAAAACATATTTAT
496 AATAGTCATAAATATTTGAA-GTGGTTCAAAAAACAGCTTCAG
** * * * * * ** **
35189 TTTTTAAAAT-T-TAACTTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTTA-AAAGATTTTATTTCAAA
1 TTTTT-AAATCTCTTGC-TATTAACTTTTGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTTCGGA
* * * * * *
35251 TAAGCTTGTATGAA-TAGAACCAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAATG-TTTTGAAA
63 TAAGATT-TATGAACTA-AAACAATTGTTTTATCACAAAAC-AAAAGGTCATAATGAATTT-AAA
* * * * * * * * * *
35314 TAGATAATTATTCAGATAATCAAAAACTATTTGAACTTATTCGGTAAAC--ATATATTTTAT-T-
124 CAGATAATTGTTCAAATAGTC-AAATCTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTT-TCTA
* * * * * * * *
35375 TAAT-T-CT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTC-AAATAAGCT
187 AAATCTATTGCTCATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAACT
* * * * * * *
35436 TATATGAACTGAAACAAGTGTTTTATTAC-AAA-AGAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
251 TGTATGAACTGAAATAA-T-TTATATGACTAAACA-AAAAGGT-AAAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * ** * * * *
35499 TTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTA-TTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
312 CTATTCTAATAGTCATAACTACTTG-AACTAGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAAT-TCTTA
* * * * * * * * *
35563 CTTATTAATTGTCAAAATATTTA-CAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACA
375 CTTACTAATTTTTAGAATA-TCAGTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAGA
* * * * * * * * **
35627 TAAATAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAATCATAACA-AGTTGAAATAAATAATTACTCAAATA
439 -AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAA-AGA-TTTAGATAGATAAGTGTTCAAATA
** * ** * ** * * *
35691 GTCATAACGATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTAT
500 GTCATAAATATTTGAAGTGGTTCAAAAAACAGCTTCAG
* * * * *
35729 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCT-TAATATTAACAAATTTA-TATTATTTTATTT-GA
1 TTTTTAAATCTCTTGC-TATTAACTT-T-TGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTTCG-
* * * * * *
35790 AATAAGCTTGGATGAAC-AAAA-AATT-TTTTTTTACAAAACAAAAGGT--T-ATGCTATTTCAA
61 GATAAGATT-TATGAACTAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAATG-AATTT-AA
* * * * * * *
35849 ATAGATAATTATTCAAA-CGATCATAAT-TATTT-AAATATGTTTAGTAAACAGATTCATTTTT-
123 ACAGATAATTGTTCAAATAG-TCA-AATCTATTTCAACT-TGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTC
* ** * * * * * *
35910 T-AAATCTCTTTATTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
185 TAAAATCTATTGCTCATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAC
* * * * *
35974 TTATATGAATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAA
250 TTGTATGAACTGAAATAA-T-TTATATGACTAAACAAAAAGGT-AAAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * ** ** * * * *
36038 TTATTCAAATAGTCATGATTATTTGGTCTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTGAC
312 CTATTCTAATAGTCATAACTACTTGAACTAGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATTCTT-AC
* * * * * * *
36103 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
376 TTACTAATTTTTAGAATATCAGTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAGA-A
* * * * * *
36168 AACAATT-TTTTATAATAGAACAAAAAG-TCATAACGATTTAAATAAATAATTGCTT-AAATAGT
440 AACAATTGTTTTATGACA-AA-AAAAAGATCATAAAGATTTAGATAGATAAGTG-TTCAAATAGT
* * * ** ** * * * * *
36230 CATAACTATTTAAACTAATTTGATAAATAGATTTAT
502 CATAAATATTTGAAGTGGTTCAAAAAACAGCTTCAG
* * * * *
36266 TTTTTAAATCAC-T--TATTAATTTTTGAAATATTAAT-AGGCTATTATTACTTTATTTC-G---
1 TTTTTAAATCTCTTGCTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAG-TAGTATTATTTTATTTCGGATA
* * ** * * * * *
36323 A-A--CA--AACCAAAATGATTAG--GTA-AACAAAACAAAAGGTCATAA-GGATTTGAAATATA
65 AGATTTATGAACTAAAACAATT-GTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTT-AAACAGA
* * * * * * *
36379 TAATTCTTCAAATAGTCATAAT-TATTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAATTATTTTT-TAAATAT
128 TAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTCTAAA-AT
* * * * * *
36442 CT-TAT--TCATT-ATTTATT-GAAATATTAGTAAATTCA-TTTTATTTTATTC-AAATAAGCTA
191 CTAT-TGCTCATTAATTT-TTCG-AATGTTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAACTT
* * * * * *
36500 GTATGAATTCAAACAAACCTCTTTTATGACAAAAC-AAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAA
252 GTATGAACTGAAA-TAA--T-TTATATGACTAAACAAAAAGGT-AAAACGATTTGAAATAGATAA
* * ** * * * * * ** * *
36563 TTGTTC-ATATAGTTTTAAATATTTGAACTGGCTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTA
312 CTATTCTA-ATAGTCATAACTACTTGAACTAGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAAT-TCTTA
* * * * * * * * * * * *
36627 GTTATTAACTTTTGGAATATTATTAGATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAA
375 CTTACTAATTTTTAGAATATCAGTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-GA
* * * * * * *
36692 AAATAATTGTTTTATGACCAAACCAAAAGGTTATAACGATTT-GA-AGTTTACAATTGTTCAAAT
439 AAACAATTGTTTTATGA-CAAA-AAAAAGATCATAAAGATTTAGATAG---ATAAGTGTTCAAAT
* * * **** * * * *
36755 AGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGTAAATAGATTTAT
499 AGTCATAAATATTTGAAGTGGTTCAAAAAACAGCTTCAG
* * * * * *
36794 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAATA
1 TTTTTAAATCTCTTGC-TATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGATA
* * * ** * * * * *
36859 AGCTTGTATGAATTGAAATGATTGTTTTATGATAAAACAAAAAAGTCATAACG-ATTTGAAAATA
65 AGATT-TATGAACTAAAACAATTGTTTTATCACAAAAC-AAAAGGTCATAATGAATTT--AAACA
* ** * *
36923 TATAATTGTTC---T-G---AA-C-----C-AC---TTCAGCAAACATATTTA--TTTCTTAAAT
126 GATAATTGTTCAAATAGTCAAATCTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTCTAAAAT
* * * * * * * *
36969 CTCTTAG-TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTAT
191 CTATT-GCTCATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAACTTGT
* * * * * * * * *
37032 ATAAACTGAAACAA-TTATTTTACACTAGAGC-GAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGAT-A--A
254 ATGAACTGAAATAATTTA-TAT-GACTA-AACAAAAAGG-TAAAACGATTTGAAATAGATAACTA
* * * ** * * *
37092 -T-T-GT--TCA-AA-TA--GGAACTGGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTA
315 TTCTAATAGTCATAACTACTTGAACTAGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTA
* * * * * *
37148 -TAAATGTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AGGTGTGTATGATA-AA
379 CT-AATTTTTAG-AATATCAGTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCT-TGTATGA-AGAA
** * * * * *
37209 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACA-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGC
440 AACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAA-AGATTT-AGATAGATAAGTGTTCAAATAGT
* **** ** * *
37273 CATAATTATTTGAACCAATTTGATAAACTAACTT-A-
502 CATAAATATTTGAAGTGGTTCAAAAAAC-AGCTTCAG
** * * * **
37308 TTTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAAT
1 TTTT-TAAATCTCTTGC-TATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGAT
* * ** * * * * * * * *
37373 AAGCTTTTATGAATTGGAATAATGGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGA
64 AAG-ATTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTAAACAGA
* * * * ** * * **
37438 TAATTATTCAAACAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAATTTC
128 TAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTCTAAAATC
* * * * *
37502 T-TATG-T-ATTAATTTTAT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCATAT
192 TAT-TGCTCATTAATTTT-TCGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAACTTGT
* * * * * * *
37562 ATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACTAAA-TAAAAGGTTAAAACAATTTAAAAATAGATAATTG
254 ATGAACTGAAATAA-T-TTATATGACTAAACAAAAAGG-TAAAACGATTT-GAAATAGATAACTA
* * * * * *
37626 TTCTGATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTT-ATCAAACACATTTATATTTTAAA-TC-T-CTTA
315 TTCTAATAGTCATAACTACTTGAACTAGTTTGA-CAAACACATTTATTTTTTAAATTCTTACTTA
* * * * * * ** ** * * *
37687 TTAATTTTAAAAATATTATTAATTTACCAAAATTTTACTCCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAC
379 CTAATTTTTAGAATATCAGTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-GAAAAC
* *
37752 AATTGCTTTATGACAAAACAAAGATCATAA
443 AATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAA
37782 TAATTTGAAT
Statistics
Matches: 2911, Mismatches: 524, Indels: 463
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
513 14 0.00
514 14 0.00
515 142 0.05
516 26 0.01
517 82 0.03
518 2 0.00
519 2 0.00
520 2 0.00
521 4 0.00
523 4 0.00
524 43 0.01
525 220 0.08
526 48 0.02
527 33 0.01
528 67 0.02
529 63 0.02
530 114 0.04
531 17 0.01
532 123 0.04
533 260 0.09
534 97 0.03
535 125 0.04
536 154 0.05
537 115 0.04
538 79 0.03
539 332 0.11
540 343 0.12
541 147 0.05
542 66 0.02
543 48 0.02
544 45 0.02
545 64 0.02
546 16 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (537 bp):
TTTTTAAATCTCTTGCTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGATAA
GATTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTAAACAGATAA
TTGTTCAAATAGTCAAATCTATTTCAACTTGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTCTAAAATCTATT
GCTCATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACT
GAAATAATTTATATGACTAAACAAAAAGGTAAAACGATTTGAAATAGATAACTATTCTAATAGTC
ATAACTACTTGAACTAGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATTCTTACTTACTAATTTTTAGA
ATATCAGTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAGAAAACAATTGTTTTATGA
CAAAAAAAAGATCATAAAGATTTAGATAGATAAGTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAGTGGT
TCAAAAAACAGCTTCAG
Found at i:34299 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 31906--36933 Score: 3181
Period size: 181 Copynumber: 28.1 Consensus size: 180
31896 ATTGAGATTT
* * * * * * *
31906 ATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTTAA-TTGGTTCGGTAAACAAATTTATTGTTTAAATTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * ** *
31970 ATTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTT-TTTTTAATAAGCTTGCATGA
65 CTTACTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
** * * * *
32034 TA-AAAAAAAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAG
129 -ACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* ** * * * * * *
32086 ATAATTATTCAAACGGCCATAATTATTTTAAC-TGATTTGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
** * * * *
32150 CTTA-TTA--ATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCATTTAAGCTTGTATTA
65 CTTACTTATTATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGA
* * ** * * *
32211 A-TTGAAATAATT-ATTTATGAACAAATTAAAATGTTATAATGATTTTAAATAG
129 ACTT-AAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * ** * *
32263 ATAATTGCTCAAATAATAATAATAACTATTTGAACTTGCTCAGCAAAGAGATTTATTTTTTAAAT
1 ATAATTGTTC--A-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
32328 CTCTTTCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTGTTAATTTA-TTCTGAATAAGCTTGTA
63 CTCTTACTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTA
* * * * ** * *
32392 TGAAATTAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAGTAT
126 TGAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * * * *
32447 ATCATTATTCTATTATTCTTAACTATTTGAA-ATGATTTAGTAAAGAAATTTA-TTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * **
32510 CTTACTTATTA-GTTTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAATTCGAGATAAGCTTGTACA
65 CTTACTTATTATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATG
* ** * * *
32573 AAC-AAAATTATTGTTTTACGACAAAA-AAAGAGGTCATAACGATTTAAAATAG
128 AACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAG
*** * * * ** * *
32625 ATAATCACTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
** * * * * * * * *
32689 CTATGTTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTTGCATTATTTTATTTCAAATGAA-ATAGTGT
65 CT-TACTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTAT
* * * * *
32753 -AA-ATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAG
127 GAACTTA-AA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * ** *
32807 ATAATTATGCAAATAGTAAAAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAGTAGATTTACTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-
* * * * * * *
32872 CTTAATGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTTCGAACAAACTTATA-GT
65 CTTACTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-
* ** * **
32936 AAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAATAATAACAATTTGAAATAG
128 AACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * * *
32989 ATAATTGTGCAAATAGTTATAATTATCTTGAACTGGTTTTGT-AATAGAATTATTTTCTAAATCC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
** * * * *
33053 CTTACTTAAAAATTTTTGAAATATTAATAATTTAATTTTATTCTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
65 CTTACTT-ATTATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * ** * * * ** *
33118 GCTGAAGTAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGTTTATAACAATTTGAAATAA
129 ACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * ** *
33170 ATAATTGTTCATATAGTCCTTCACTGTTTTGAACTGGATCGACAAA-TGAATTTTATTTTTTAAA
1 ATAATTGTTCAAATAGT-CATAACT-ATTTGAACTTGTTTGGTAAACAG-A-TTTATTTTTTAAA
* * * *
33234 TCT-TATAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAACTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
62 TCTCT-TACTTATT-ATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
* * * * * ** *
33297 TTATCAGC--AAA-AATTTGTTTTATGATAGAAC-AAAGGTTATAAAAATTCGAAATAG
124 -TATGAACTTAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* *** ** * *
33352 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGTTTAACAAATTGATTTGTTTTTTTAAATTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCT
* * * * ** * *
33416 CTTA-TTA--ATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTGTATATAAAAAAAGCTTGTA--CA
65 CTTACTTATTATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
33476 -TTGAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAG
130 CTT--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
** * * * * * * * * * *
33528 ATAGCTATTTAAATGGCCATGATTATTTGAA-TTGATTCGATAAACTGATTTA-TTTTTAAATTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
33591 CTTTC-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGATT-TATGA
65 CTTACTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * *
33654 ACTAAAACAATTGTTTTATCATAAAACAAATGGTCATAATGAATTT-AAATAG
129 ACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAG
* * *
33706 ATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTCTCAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTT-TTAAATCT
* * * * * *
33771 CATGCCTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAGATTAGTATTA-TTTA-TTCTGAATAAACTTGTAT
65 CTTACTTATT-A-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTAT
** * * *
33833 G-A-TTGAAATGATT-ATCTAT-A-AACTA-AAAAGGTCA-AATGATTTGAAATAG
127 GAACTT-AAACAATTGTTTTATGACAA-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * *
33882 ATAACTATTCTAATGGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * *
33946 CTTA-TTA--ATTTTAG-AATATCAGTAAATTAGTATTATTTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGA
65 CTTACTTATTATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* ** * * * *
34006 TCGAAAACAATTGTTTTATGAGAAAA-AAGAGAGATCATAATGATTTGAGATTG
129 ACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-A-AGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * **** * * *
34059 ATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTGGTTCAAAAAACAGCTTCAGTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * *
34124 TTGCTTATTACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGATAAGTTTTTATGAAC
66 TTACTTATTATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* *
34189 TTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAACTTT-AAACAG
131 TTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAG
* * *
34239 ATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTCAACTTGTTTGGCAAACGGATTTATTTTTTTAAAAT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTT-AAAT
* * * * * *
34303 GTATTGCTCATTACTTTTTCG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
63 CTCTTACTTATTA-TTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA
* * * * * * *
34367 TGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAAAACGATTTGAAATAG
126 TGAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * ** * * *
34422 ATAATTATTCTAATAGTCTTAACTACTTGAACTAGTTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATTTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
34487 TTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTTAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA
66 TTACTTA-TTATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
** * * * * *
34552 -GGAAACAATTGTTTTTTGACAAAA-TAAAGATCATAAAGATTT-AGATAG
130 CTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * *
34600 ATAAGTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA--TGTTTTGGTAAATAGATTT-TGTTTTTAAATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATC
* * ** * * * * ** *
34662 TCTT--TT-TAATTATCAAAATCTTAATATATAAGTATTA-TTTATTTTGAATAATTTTGCATGA
64 TCTTACTTATTATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
** * * * * *
34723 ACAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAATATGTCATTATGATTTGAAATAG
129 ACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * *
34775 ATAATAG-TCAAATGGACATGACTATTT-AACTTGTTTTGATAAAACA-ATTTATTTTTTAAATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGT-AAACAGATTTATTTTTTAAATC
** * * * * *
34837 TCAAACTTATTAATTTTTAGTAATACATAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAA-ATTGTA
64 TCTTACTTATT-ATTTTT-GAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA
* * * * * *
34901 TGAA-TAGAAACAATTTTTTTATGA-AAAACAAAAGATCATAACGATTTAAAATAA
126 TGAACT-TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * *
34955 ATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGCTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * * * * * *
35020 TTACTTATTAATTTTGGGAATTTTAATAAATTTGTAATATTTTATGTCAAAAAAGGGTTTTA-CA
66 TTACTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-GCTTGTATGA
* * * **
35084 AATAGAAACAATTGGTTTATGACCAAAA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAG
129 ACT-TAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * ** * *
35136 ATAATTCTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAAAT-T
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCT
* * * * ** *
35200 -TAACTTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTTA-AAAGATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
65 CTTACTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * *
35263 AA--TAGAACCAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAG
128 AACTTA-AA-CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * * *
35317 ATAATTATTCAGATAATCAAAAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATATT-TTATTTAATTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGAT-TTATTTTTTAAATC
* * * * *
35381 TCTTA-TTA--ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGA
64 TCTTACTTATTATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
35443 ACTGAAACAAGTGTTTTATTACAAAAGAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAG
129 ACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * *** * * *
35495 ATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTATTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATCTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* ** * * * * * * *
35560 TTACTTATTAATTGTCAAAATATTTACAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAA
66 TTACTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * ** ** * *
35625 CATAAATAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAATCATAACAAGTTGAAATAA
130 CTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
** * * * *
35676 ATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* *
35741 TTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAACAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGGA
66 TTACTTATT-ATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTA
* * * * ** *
35802 TGAAC--AAAAAATT-TTTTTTTACAAAACAAAAGGTTATGCT-ATTTCAAATAG
126 TGAACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * *
35853 ATAATTATTCAAA-CGATCATAATTATTT-AAATATGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATC
1 ATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * *
35916 TCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATAT
64 TC-TTACTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
* * * *
35980 GAA-TTGAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAG
127 GAACTT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * ** * *** * * *
36034 ATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGGTCTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAAAT-TT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* ** * * *
36098 TTGACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA
66 TT-ACTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * *
36163 A-TAGAAACAATT-TTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACGATTT-AAATAA
129 ACT-TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* ** * * *
36213 ATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCA
1 ATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
*** * *
36277 CTTA-TTA--ATTTTTGAAATATTAATAGGCTATTATTACTTTATTTCG---AA-C----A--AA
65 CTTACTTATTATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
** ** * * * *
36329 CCAAAATGATTAG--GTA-AACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAT
130 CTTAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * *
36378 ATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
36443 TTA-TTCATTATTTATTGAAATATTAGTAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCAAATAAGCTAGTATG
66 TTACTT-ATTATTT-TTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG
* * *
36505 AA-TTCAAACAAACCTCTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAG
128 AACTT-AAAC-AA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* ** * * * * * *
36559 ATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTGAACTGGCTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAATTCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * * *
36624 TTAGTTATTAACTTTTGGAATATTATTAGATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
66 TTACTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
** * * * * * **
36689 CAAAAATAATTGTTTTATGACCAAACCAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTTT
130 CTTAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* *
36741 ACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* *
36805 CTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
65 CTTACTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
** * * * *
36870 A-TTGAAATGATTGTTTTATGATAAAACAAAAAAGTCATAACGATTTGAAAATAT
129 ACTT-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTG-AAATAG
36924 ATAATTGTTC
1 ATAATTGTTC
36934 TGAACCACTT
Statistics
Matches: 3778, Mismatches: 852, Indels: 433
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 24 0.01
165 73 0.02
166 1 0.00
167 1 0.00
168 7 0.00
169 22 0.01
170 23 0.01
171 18 0.00
172 31 0.01
173 50 0.01
174 36 0.01
175 156 0.04
176 162 0.04
177 319 0.08
178 334 0.09
179 266 0.07
180 400 0.11
181 928 0.25
182 583 0.15
183 190 0.05
184 139 0.04
185 15 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
TTACTTATTATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
TTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
Found at i:35407 original size:359 final size:359
Alignment explanation
Indices: 34879--36048 Score: 871
Period size: 359 Copynumber: 3.3 Consensus size: 359
34869 AATTAGTTTT
*
34879 ATTTTATTTCAAATAAATTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATGAAAAACAAAAGATCATAACG
1 ATTTTATTTCAAATAAATTGTATGAATAGAAACAATTCTTTTATGAAAAACAAAAGATCATAACG
* * * * *
34944 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTTGCTTGGTAAATAAATTTATT
66 ATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCAAAAATATTTGAACTTGATTGGTAAATAAATATATT
* * * *
35009 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGGAATTTTAATAAATTTGTAATATTTTA-TGTCAAAAA
131 TTTTAAA-CTTCTACTTATTAATTTTGGGAATATTAATAAATTAGTAATATCTTACT-TCAAAAA
* * *
35073 AGGGTTTTA-CAAATAGAAACAATTGGTTTATGACCAAAA-AAA-AGTCATAACAATTTGAAATA
194 A-GCTTATATCAAAT-GAAACAAGTGGTTTATGA-CAAAAGAAAGAGTCATAACAATTTGAAATA
* * * *
35135 GATAATTCTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGTTCAGA-AAACATATTTATTTTTTAAA-A
256 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTATTCA-ATAAACATATTTATTTTTTAAATA
35198 TTTAACTTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTTAAAAG
320 TTTAACTTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTTAAAAG
* * * *
35238 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAACCAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATA
1 ATTTTATTTCAAATAA-ATTGTATGAATAGAAACAATTCTTTTATGA-AAAAC-AAAAGATCATA
* * * * * *
35303 ATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAATCAAAAACTATTTGAACTT-ATTCGGT-AA-ACAT
63 ACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCAAAAA-TATTTGAACTTGATT-GGTAAATAAAT
* * *
35365 ATATTTTATTTAA-TTCT-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCA
126 ATATTTT-TTAAACTTCTACTTATTAATTTTGGGAATATTAATAAATTAGTAATATCTTACTTCA
* * * * * * **
35428 AATAAGCTTATATGAACTGAAACAAGTGTTTTATTACAAAAGAAAGGGTCATAATGATTTGAAAT
190 AAAAAGCTTATATCAAATGAAACAAGTGGTTTATGACAAAAGAAAGAGTCATAACAATTTGAAAT
* * * *
35493 AGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTATTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATC
255 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTATTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATA
* * *** * * * **
35558 TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTACAAA-TTAATATT
320 TTTAACTTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTTAA-AAG
* * * * * * * * *
35598 ATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACATAAATAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAATCATAA
1 ATTTTATTTCAAATAAA-TTGTATGAATAGAAACAATTCTTTTATGA-AAAACAAAAGATCATAA
* * * * * * ** * * * *
35663 CAAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTT-ATTTAGTAAACAGATTT
64 CGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCAAAAATATTTGAACTTGA-TTGGTAAATAAATAT
* * *** * * * * *
35727 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAACAAATTTA-TATTATTTTATTTGAA
128 ATTTTTTAAA-CTTCTACTTATTAATTTTGGGAATATTAATAAA-TTAGTAATATCTTACTTCAA
* ** * ** * * * * * * *
35791 ATAAGCTTGGATGAACA--AAA-AA-TTTTTTTTTACAAAACAAA-AGGTTAT-GCTATTTCAAA
191 AAAAGCTTATATCAA-ATGAAACAAGTGGTTTATGACAAAAGAAAGA-GTCATAACAATTTGAAA
* * * * * *
35850 TAGATAATTATTCAAA-CGATCATAATTATTT-AAA-TATGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTA
254 TAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAAGTA--TTCAATAAACATATTTATTTTTTA
* * * **
35912 AATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAA-TTAGTATT
316 AATAT-TTAACTTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTTA-AAAG
** * * * *
35956 ATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATA
1 ATTTTATTTCAAATAA-ATTGTATGAATAGAAACAATTCTTTTATGA-AAAACAAAAGA-TCATA
* *
36020 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
63 ACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATA
36049 GTCATGATTA
Statistics
Matches: 648, Mismatches: 133, Indels: 61
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
356 2 0.00
357 10 0.02
358 193 0.30
359 203 0.31
360 109 0.17
361 20 0.03
362 94 0.15
363 17 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
ATTTTATTTCAAATAAATTGTATGAATAGAAACAATTCTTTTATGAAAAACAAAAGATCATAACG
ATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATCAAAAATATTTGAACTTGATTGGTAAATAAATATATT
TTTTAAACTTCTACTTATTAATTTTGGGAATATTAATAAATTAGTAATATCTTACTTCAAAAAAG
CTTATATCAAATGAAACAAGTGGTTTATGACAAAAGAAAGAGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTATTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATATTTAAC
TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTTAAAAG
Found at i:35910 original size:358 final size:360
Alignment explanation
Indices: 35397--36283 Score: 846
Period size: 358 Copynumber: 2.5 Consensus size: 360
35387 TAATTTTTGG
* * * * ** * * *
35397 AATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAGTGTTTTAT
1 AATATTAACAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGGATGAACAGAAACAA-TTTTTTTT
* * * ** * * *
35462 TACAAAAGAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAA
65 TACAAAACAAAAGGTTATGCT-ATTTCAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCATAACTATTTGAAA
* * * *
35527 TTATTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTACAAAT
129 TTATTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTGTCAAAATATTAACAAAT
* *
35591 TAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTCTATAACAAAACAAAA
193 TAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTATATGAA-ATGAAATAATTCTTCTATAACAAAACAAAA
* *
35655 AATCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTA-TTTAGTAA
257 AATCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAAC-TAGTTCAATAA
* **
35719 ACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT-ACTTATTAATTGTCTT
321 ACAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTGACTTATTAATTGTCAA
* **
35759 AATATTAACAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGGATGAACA-AAA-AATTTTTTTT
1 AATATTAACAAA-TTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGGATGAACAGAAACAATTTTTTTT
*
35821 TACAAAACAAAAGGTTATGCTATTTCAAATAGATAATTATTCAAACGA-TCATAATTATTT-AAA
65 TACAAAACAAAAGGTTATGCTATTTCAAATAGATAATTATTCAAA-GAGTCATAACTATTTGAAA
* * * * *** * *
35884 TATGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTATTATTAATTTTTGGATTATTAATAAAT
129 T-TATTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTATTATTAATTGTCAAAATATTAACAAAT
* * *** * * * *
35949 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAAA
193 TAATATTATTTTAATCCAAATAAACTTATATGAAATGAAATAATTCTTCTATAACAAAACAAAAA
* * * * * * ** **
36014 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGGTCTAGTTCAATAAAC
258 ATCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTAGTTCAATAAAC
*
36079 ATATTTATTTTTAAAATTTTTGACTTATTAATTGTCAA
323 AGATTTATTTTTAAAATTTTTGACTTATTAATTGTCAA
* * * * *
36117 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTATA
1 AATATTAACAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGGATGAACAGAAACAATTTTTTTTT
* * * * * * * * *
36182 ATAGAACAAAAAGTCATAACGATTT-AAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTT-AAA
66 ACAAAACAAAAGGTTAT-GCTATTTCAAATAGATAATT-ATTCAAAGAGTCATAACTATTTGAAA
* ** * * *
36244 CTAATTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCAC-TTATTA
129 -TTATTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTATTA
36284 ATTTTTGAAA
Statistics
Matches: 428, Mismatches: 83, Indels: 31
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
357 14 0.03
358 248 0.58
359 37 0.09
360 77 0.18
361 11 0.03
362 38 0.09
363 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
AATATTAACAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGGATGAACAGAAACAATTTTTTTTT
ACAAAACAAAAGGTTATGCTATTTCAAATAGATAATTATTCAAAGAGTCATAACTATTTGAAATT
ATTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTATTATTAATTGTCAAAATATTAACAAATTAA
TATTATTTTAATCCAAATAAACTTATATGAAATGAAATAATTCTTCTATAACAAAACAAAAAATC
ATAACAAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTAGTTCAATAAACAGA
TTTATTTTTAAAATTTTTGACTTATTAATTGTCAA
Found at i:36075 original size:539 final size:534
Alignment explanation
Indices: 31919--37790 Score: 2537
Period size: 539 Copynumber: 11.0 Consensus size: 534
31909 ATTGTTTAAC
* * ** * * *
31919 TAGTCATAACTATTTTAA-TTGGTTCGGTAAACAAATTTATTGTTTAAAT-TTATTACCTATTAA
1 TAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA
* ** * *
31982 TTT-TTGAAATATTAATCAA-TTAGTATTATTTT-TTTTTAATAAGCTTGCATGATAAAAAAAAA
64 TTTCTT--AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGA-ACAGAAAAA
* * * * * ** *
32044 TTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAACGGCCATAAT
125 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACGATCATAAC
* * *
32109 TATTTTAAC-TGATTTGGTAAACAAAATTATTTTTTAAAT-T-TCTTATTAA-TTTAGGAAATAT
190 TA-TTTAACTTG-TTTAGTAAAC--AATTATTTTTTAAATCTCTATTATTAATTTTTGG-AATAT
* * ** * * * * *
32170 TAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAATAATT-ATTTATGAACA
250 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATG-ACA
** * * * * ** * *
32234 AATTAAAATGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGCTCAAATAATAATAATAACTATTTGAACT
314 AAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC--A-AATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ** * * * ** * *
32299 TGCTCAGCAAAGAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATT
376 AGTTCAATAAATATATTTATTTTTTAAAT-T-TTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTATAAATT
* * * ** * * * *
32363 AGTGTTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-ATTAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAA
439 AGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATAAC-AAAAAAAAA
* * * * * * ** * *
32427 GTCAAAACAATTTGAAGTATATCATTATTCTAT
502 ATCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAA
* * * * * * * *
32460 TATTCTTAACTATTTGAAATGATTTAGTAAAGAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
** * * * ** *
32524 T-GAAATATT-ATGAAA-TTAGTATTATTTTAATTCGAGATAAGCTTGTACAAACA-AAATTATT
66 TCTTAATATTAAT-AAATTTA-TATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAGAAA-AATT
* * * * * * * *
32585 GTTTTACGACAAAA-AAAGAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATCACTCATATA-G-TCTTAA
127 ATTTTATGACAAAACAAA-AGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-A-ACGATCATAA
* * * * * * * *
32647 CTATTTGAA-TTGGTTTGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTATGTTTATTAAGTTTTGAAA
189 CTATTT-AACTT-GTTTAGTAA--ACAATTATTTTTTAAATCTCTA---TTATTAATTTTTGGAA
* * * * * *
32711 TATTATTAAATTTGCATTATTTTATTTCAAATGAA----ATAGTGTAAATAGAACCAATTGTTTG
247 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGCTTATA-TG-AACT-GAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
32772 ATGACAAAATAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATGCAAATAGTAAAAACTATTTGA
308 ATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *** * * * * * * * ** *
32837 AATTGTTTGGTAAGTAGATTTACTTTTTAAATCTCCTTAATGATTAATTTTTTAAATATTAATAA
373 ACTAGTTCAATAAATATATTTATTTTTTAAAT-T-TTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTATAA
* * * * * * * *
32902 ATTAGTATTGTTTTATTTCGAACAAACTTATA-GTAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
436 ATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATAAC-AAA-AA
* * *
32965 AAAAATAATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TGCAAA
498 AAAAATCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCT-CAAA
* * ** * * * * ** **
33002 TAGTTATAATTATCTTGAACTGGTTTTGT-AATAGAATTATTTTCTAAATCCCTTACTTAAAAAT
1 TAGTCATAACTAT-TTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * *
33066 TT-TTGAAATATTAAT-AATTTAATTTTATTCTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAGCTGAAGTAA
65 TTCTT--AATATTAATAAATTT-ATATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAACAGAA-AAA
* * * ** * * *
33128 TTGTTTTATGTCAAAACAAAAGTTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATA-G-TCCTT
125 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-A-ACGAT-CAT
* * ** * * * * *
33191 CACTGTTTTGAAC-TGGATCGACAAATGAATTTTATTTTTTAAATCTTATAGTTATTAATTTTTA
187 AACT-ATTT-AACTTGTTTAG-TAAA-CAA--TTATTTTTTAAATC-TCTA-TTATTAATTTTTG
* * * * * * *
33255 GAATATTACTAAACTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT-T-ATCAGCAAA-AATTTGTTT
244 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTG-AAACAA-TTGTTT
* * * * ** * *
33317 TATGATAGAAC-AAAGGTTATAAAAATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-
307 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * ** *
33380 AAATTGTTTAACAAAT-TGATTTGTTTTTTTAAA--TTT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATA
372 AACTAGTTCAATAAATAT-ATTT-ATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTATA
* * * * * * * *
33441 AATTAGTATTGTTGTATAT--AAAAAAAGCTTGTA--CATTGAAAATAATTGTTTTATGATAAAA
435 AATTAGTATTATTTTA-ATCCAAATAAA-CTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATAACAAAA
** * ** * * * ** ** *
33502 CAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAGCTATTTAAA
497 -AAAAAATCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAA
* * * * * * *
33541 TGGCCATGATTATTTGAA-TTGA-TTCGATAAACTGATTTA-TTTTTAAAT-TTCTTTC-TATTA
1 TAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTA
* * * *
33601 ATTT-TTGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTTTG-GATAAGATT-TATGAACTA-AAA
63 ATTTCTT--AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGCATGAAC-AGAAA
* * * * * * * *
33661 CAATTGTTTTATCATAAAACAAATGGTCATAATGAATTT-AAATAGATAATTGTTGAAA-TAGTC
123 -AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAACGA-TC
* *
33724 ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTCTCAAATCTC-ATGCCTATTAATTTTT
185 ATAACTATTT-AACTTGTTTAGTAAACA-A-TTATTTT-TTAAATCTCTAT---TATTAATTTTT
* * * * * * * ** * *
33788 TGAATGTTAATAGATTAGTATTA-TTTA-TTCTGAATAAACTTGTATG-ATTGAAATGATT-ATC
243 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTT
* * * *
33849 TAT----AAACTAAAAAGGTCA-AATGATTTGAAATAGATAACTATTCTAATGGTCATAACTATT
307 TATGACAAAAC-AAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
**** * * * * * *
33909 TGAACT-GATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATT-TTAGAATA-TCAG
370 TGAACTAG-TTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTA-
* *** * * * *
33968 TAAATTAGTATTATTTTTATTTGAATAAGCTTGTATG-ATCGAAAACAATTGTTTTATGAGAAAA
433 TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATAACAAAA
* ** * * ** * *
34032 AAGAGAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAA
497 AA-A-AAATCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAA
* ** * ** * * * * * *
34072 TAGTCATAACTATTTGAAGTGGTTCAAAAAACAGCTTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTACTT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * ** **
34137 T-TGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTTCG-GATAAGTTTTTATGAACTTAAACAATT
66 TCT-TAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAACAGAAA-AATT
* * * * * *
34199 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAACTTT-AAACAGATAATTGTTCAAA-TAGTCA-AAT
127 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAACGA-TCATAA-
* * * * * * *
34261 CTATTTCAACTTGTTTGGCAAACGGATTTATTTTTTTAAA-ATGTATTGCTCATTACTTTTTCGA
189 CTATTT-AACTTGTTTAGTAAAC--AATTA-TTTTTTAAATCTCTA-T--T-ATTAATTTTTGGA
* ** * *
34325 ATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATG
246 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
34390 ACTAAACAAAAAGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTACTTGAACT
311 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * * *** *
34455 AGTTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTACTAATTTTTGGAATA-TTATTTAATT
376 AGTTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTGTCAAAATATTTA-TAAATT
* * * * * *
34519 AGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-GGAAACAATTGTTTTTTGACAAAATAAAGAT
439 AGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAAT
* * * * *
34583 CAT-A-AAGATTTAGATAGATAAGTGTTCAAA
504 CATAACAAG-TTGAAATAAATAATTGCTCAAA
* * * *
34613 TAGTCATAAATATTTGAA-TGT-TTTGGTAAATAGATTT-TGTTTTTAAATC---T-CTTTTTAA
1 TAGTCATAACTATTTGAACT-TATTTAGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
** * * * **
34671 TTATCAAAATCTTAATATA-TAAGTATTA-TTTATTTTG-AATAATTTTGCATGAACAGAAACAA
64 TT-TCTTAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGCATGAACAGAAA-AA
* * * * * * * *
34733 TTATTTTACGACAAAACAATATGTCATTATGATTTGAAATAGATAA-TAGTCAAATGGA-CATGA
125 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-CGATCATAA
* * *
34796 CTATTTAACTTGTTTTGATAAAACAATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGTAAT
189 CTATTTAACTTGTTTAG-T-AAACAA-TTATTTTTTAAATCTC-TA-TTATTAATTTTT-GGAAT
* * * * *
34861 ACATAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAA-ATTGTATGAA-TAGAAACAATTTTTTTATG
248 A-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATG
* * * *
34924 A-AAAAC-AAAAGATCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAC
311 ACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * ***
34987 TTGCTT-GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGGAAT-TTTAATAAA
375 TAG-TTCAATAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTT-ATAAA
* * * * * ** * * *
35050 TTTGTAATATTTT-ATGTCAAA-AAAGGGTTTTACAAATAGAAACAATTGGTTTATGACCAAAAA
437 TTAGTATTATTTTAAT-CCAAATAAA--CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAAA
* * *
35113 AAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-CTTCAAA
499 AAAATCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGC-TCAAA
* * * * * * * *
35149 TAGTTATAACTATTTGAACGTGTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAA-ATTTAACTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * ** * * * * *
35213 T-TTGGATTATTAATAAATTTAAAAGATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAACCAATTC
66 TCTT--AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAGAA-AAATTA
* * ** *
35277 TTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAATCAAAAACT
128 TTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACGATC-ATAACT
* ** * *
35342 ATTTGAACTTATTCGGTAAAC-ATATATTTTATTTAAT-TCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAA
191 ATTT-AACTTGTTTAGTAAACAAT-TATTTT-TTAAATCTCTATTATTAATTTTTGGAATATTAA
* * * * *
35405 TAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAGTGTTTTATTACAAAAG
253 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * * *
35470 AAAGGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTA-TTCA
318 AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTAGTTCA
* *
35534 ATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTACAAATTAATATTA
382 ATAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTATAAATTAGTATTA
* * * *
35599 TTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAACATAAATAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAATCATAAC
446 TTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAA-AAAAAATCATAAC
*
35664 AAGTTGAAATAAATAATTACTCAAA
510 AAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAA
*
35689 TAGTCATAACGATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* *
35754 GTCTTAATATTAACAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGGATGAACA-AAAAATT-TT
66 -TCTTAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAGAAAAATTATT
* * ** * *
35817 TTTTTACAAAACAAAAGGTTATGCT-ATTTCAAATAGATAATTATTCAAACGATCATAATTATTT
130 TTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACGATCATAACTATTT
* *
35881 AAATATGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTATTATTAATTTTTGGATTATTAATA
195 AACT-TGTTTAGTAAACA-ATT-ATTTTTTAAATCTC--TATTATTAATTTTTGGAATATTAATA
** * * *
35946 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAACAA
255 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * **
36011 AAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGGTCTAGTTCAATA
320 AAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATA
* * *
36076 AACATATTTATTTTTAAAATTTTTGACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
385 AATATATTTATTTTTTAAATTTTT-ACTTATTAATTGTCAAAATATTTATAAATTAGTATTATTT
* * * * *
36141 TAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACGA-
449 TAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACA-AAAAAAAAATCATAACAAG
* *
36204 TTTAAATAAATAATTGCTTAAA
513 TTGAAATAAATAATTGCTCAAA
* * *
36226 TAGTCATAACTATTTAAACTAATTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
*** *
36286 TT-TTGAAATATTAAT-AGGCTATTATTACTTTATTTCGAACA-AA-C---CA--AA-ATG----
65 TTCTT--AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAA-ATAAGCTTGCATGAACA-GAAAA
** * * * * * *
36337 ATTA-GGTA-AACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATATATAATTCTTCAAA-TAGTCATA
124 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACGA-TCATA
* * * * *
36399 ATTATTTGAACTAG-TTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATATCTTATTCATT-ATTTATTGAA
188 ACTATTT-AACTTGTTTA-GT-AA-ACAATTATTTTTTAAATCTC-TATT-ATTAATTT-TTGGA
* * * * * *
36462 ATATTAGTAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCAAATAAGC-TAGTATGAATTCAAACAAACCTCTTT
246 ATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAACTGAAAC-AA-TTGTTT
* * ** *
36524 TATGACAAAAC-AAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTG
307 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * ** * * * ***
36588 AACTGGCTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AATTCTCTTAGTTATTAACTT-TTGGAATA-TTAT
372 AACTAGTTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATT-T-TTACTTATTAA-TTGTCAAAATATTTA-
* * * * * * * *
36650 TAGATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACCAAAC
433 TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-AACAAA-
* ** * * * * ** * *
36715 CAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAA
496 AAAAAAATCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAA
* * *
36754 TAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * ** *
36818 TT-TTGAAAGATTAATAAA-TTAGTTTTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATTGAAATGA
65 TTCTT--AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAACAGAAA-AA
* * * * * * * *
36880 TTGTTTTATGATAAAACAAAAAAGTCATAACGATTTGAAAATATATAATTGTTCTGAAC---C--
125 TTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTATAATGATTTG-AAATAGATAATTATTC-AAACGATCAT
* *
36940 -AC---TT--C------AGCAAACATATTTATTTCTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAAT
187 AACTATTTAACTTGTTTAGTAAACA-A-TTATTTTTTAAATCTC-TA-TTATTAATTTTTGGAAT
* * * *
36993 ATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTGAAACAATTATTTTA-CAC
248 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
37057 TAGAGCGAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG------------GAACTG
313 -AAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * ** * ** *
37110 GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTA-TAAATGTTTGAAATATTAATAAATTA
377 GTTCAATAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTG-TCAAAATATTTATAAATTA
* * ** * * **
37174 GTATTATTTTATTTCAAAT-AGGTGTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATT
440 GTATTATTTTAATCCAAATAAACT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAA-AAAAAA
* *
37237 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
503 TCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAA
* * * ** * * * * *
37269 TGGCCATAATTATTTGAACCAATTT-GATAAACTA-ACTTATTTTGTAAATCTCTAACTTATCAA
1 TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAG-TAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * ** ** *
37332 TTT-TTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATTGGAATAAT
64 TTTCTT--AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAA-CAGAAAAAT
** * * * * *
37396 GGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTATTCAAAC-AGTCATAAC
126 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACGA-TCATAAC
* * * *
37460 TATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAATTTCTTATGTATTAATTTTAT-AAAT
190 TATTT-AACTTGTTTAG-TAAAC-AA-TTATTTTTTAAATCTC-TAT-TATTAATTTT-TGGAAT
* * * *
37523 GTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTGAAAAAATTATTTTATGAC
248 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * ** * * *
37588 TAAATAAAAGGTTAAAACAATTTAAAAATAGATAATTGTTCTGATAGTCTTAACTATTTGAATTG
313 AAAACAAAAAGTCATAACGATTT-GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * * * * * * *
37653 GTT-TATCAAACACATTTATATTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTAAAAATA-TTATTAATTTA
377 GTTCAAT-AAATATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTA-TAAATTA
** ** * * * * * * * *
37713 CCAAAATTTTACTCCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAGATC
440 GTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAATC
* *
37778 ATAATAATTTGAA
505 ATAACAAGTTGAA
37791 TTGGTTCAAT
Statistics
Matches: 4183, Mismatches: 826, Indels: 646
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
512 3 0.00
513 14 0.00
514 15 0.00
515 145 0.03
516 30 0.01
517 68 0.02
518 7 0.00
519 1 0.00
521 2 0.00
523 2 0.00
524 56 0.01
525 206 0.05
526 37 0.01
527 25 0.01
528 80 0.02
529 115 0.03
530 228 0.05
531 101 0.02
532 114 0.03
533 288 0.07
534 152 0.04
535 125 0.03
536 202 0.05
537 182 0.04
538 126 0.03
539 459 0.11
540 439 0.10
541 260 0.06
542 143 0.03
543 85 0.02
544 156 0.04
545 198 0.05
546 51 0.01
547 51 0.01
548 13 0.00
549 3 0.00
550 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (534 bp):
TAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
TCTTAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAGAAAAATTATTT
TATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACGATCATAACTATTTA
ACTTGTTTAGTAAACAATTATTTTTTAAATCTCTATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC
ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAATATA
TTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTAATCCA
AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAAAAAAATCATAACAAGTTGAAATA
AATAATTGCTCAAA
Found at i:36688 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 36346--36933 Score: 659
Period size: 182 Copynumber: 3.2 Consensus size: 180
36336 GATTAGGTAA
* * *
36346 ACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATATATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACT
* *
36411 AGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATATCTTATTCATT-ATTTATTGAAATATTAGTAAAT
66 AGTTAGGTAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTATT-ATTAATTT-TTGAAATATTAATAAAT
* * *
36474 TCA-TTTTATTTTA-TTCAAATAAGCTAGTATGAATTCAAACAAACCTCTTTTATG
128 T-AGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTCAAA-AAA-TTGTTTTATG
* * **
36528 ACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACT
* * * * * * * * *
36592 GGCTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAACTTTTGGAATATTATTAGATTA
66 AGTTAGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* *
36657 GTGTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA--CAAAAATAATTGTTTTATG
130 GTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTC-AAAA-AATTGTTTTATG
* * * * * * *
36708 ACCAAACCAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
1 A-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAC
* * *
36773 TAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATT
65 TAGTTAGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * **
36838 AGTTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATGATTGTTTTATG
129 AGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTCAAAAAATTGTTTTATG
* *
36890 ATAAAACAAAAAAGTCATAACGATTTGAAAATATATAATTGTTC
1 ACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTG-AAATATATAATTGTTC
36934 TGAACCACTT
Statistics
Matches: 335, Mismatches: 58, Indels: 25
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
180 14 0.04
181 117 0.35
182 188 0.56
183 16 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACT
AGTTAGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
TTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTCAAAAAATTGTTTTATG
Found at i:37173 original size:169 final size:166
Alignment explanation
Indices: 36781--37265 Score: 475
Period size: 166 Copynumber: 2.9 Consensus size: 166
36771 ATTAGTTTGG
* * *
36781 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTTTTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** * *
36846 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATGATTGTTTTATGATAAAACAAAAAAGTCATAAC
66 TTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTGAAACAATTATTTTATCATAAAACAAAAAAGTCATAAC
* * *
36911 GATTTGAAAATATATAATTGTTCTGAACCACTTCAG
131 AATTTGAAAATAGATAATTGTTCTGAACCACTTCAA
* * * * * *
36947 CAAACATATTTATTTCTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
37012 TTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTGAAACAATTATTTTA-CACTAGAGC-GAAAGGTTATAA
66 TTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTGAAACAATTATTTTATCA-TAAAACAAAAAAGTCATAA
***
37075 CAATTT-AAAATAGATAATTGTTCAAATAGGAACTGGTTCAA
130 CAATTTGAAAATAGATAATTGTTC---T--GAACCACTTCAA
* * *
37116 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATGTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * **
37181 TTTATTTCAAAT-AGGTGTGTATGATAA---AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAATTTCAT
66 TTTATTTCAAATAAGCT-TATAT-A-AACTGAAACAATTATTTTATCATAAAACAAAAAAGTCAT
*
37241 AACAATTTG-AAATAAATAATTGTTC
128 AACAATTTGAAAATAGATAATTGTTC
37266 AAATGGCCAT
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 49, Indels: 20
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
164 16 0.06
165 15 0.06
166 95 0.37
167 1 0.00
168 48 0.19
169 81 0.31
170 1 0.00
171 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (166 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCAAATAAGCTTATATAAACTGAAACAATTATTTTATCATAAAACAAAAAAGTCATAAC
AATTTGAAAATAGATAATTGTTCTGAACCACTTCAA
Found at i:37530 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 37104--37790 Score: 530
Period size: 181 Copynumber: 3.8 Consensus size: 180
37094 GTTCAAATAG
* * * * *
37104 GAACTGGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATGTTTGAAATATTAATA
1 GAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAT-TTTTAAATATTAATA
* * *
37169 AATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AGGTGTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
65 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TATATGAATAAAAACAATGGTTTTATGACAAAACA
** * ** *
37232 AAATTTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT
129 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGCCATAACTATTT
* * * * * * * *
37284 GAACCAATTTGATAAACTAACTTATTTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATA
1 GAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTT-AAATATTAATA
* * * *** * *
37349 AAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATTGGAATAATGGTTTTATGATAAAACAA
65 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATGGTTTTATGACAAAACAA
*** * * *
37414 AAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTT
130 AAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGCCATAACTATTT
* * * * *
37465 GAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAATTTCTTA-TGTATTAATTTTATAAATGTTAAT
1 GAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATAAATTTT-TAAATATTAAT
* * ** * *
37529 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTGAAAA-AATTATTTTATGACTAAAT
64 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAAAAACAATGGTTTTATGACAAAAC
* * * * * ** * * *
37593 AAAAGGTTAAAACAATTTAAAAATAGATAATTGTTCTGATAGTCTTAACTATTT
128 AAAAGGTCATAACAATTT-GAAATAAATAATTATTCAAACAGCCATAACTATTT
* * * * * * *
37647 GAATTGGTT-TATCAAACACATTTATATTTTAAATCTCTTA--T-T-AATTTTAAAAATATTATT
1 GAACTAGTTCGAT-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTT-TAAATATTAAT
* ** ** * * * * * *
37707 AATTTACCAAAATTTTACTCCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGCTTTATGACAAAAC-
64 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATGGTTTTATGACAAAACA
* *
37771 AAAGATCATAATAATTTGAA
129 AAAGGTCATAACAATTTGAA
37791 TTGGTTCAAT
Statistics
Matches: 398, Mismatches: 100, Indels: 22
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.01
177 18 0.05
178 58 0.15
179 4 0.01
180 77 0.19
181 176 0.44
182 63 0.16
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
GAACTAGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATGGTTTTATGACAAAACAAA
AGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGCCATAACTATTT
Done.