Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
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* * * *
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* * * * *
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19830781 GAGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGCCAT
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19830944 ----T----TTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATGAAAAAACAAACA-GTTATAGC-GTTTGA
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19831128 ATGAATAGAAACAATTGTTCTGTGATAAAATATAAGGTCAT
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** * * * *
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1 AATGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAAA
* ** * * *
19831950 TTTATTTTTTATATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTACTATTATTTTATATT
64 TTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TC
* * * * ** *
19832015 GAATAGGCTTGTATG-AT-GAAAAGTAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATATGA
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* * * * * * ** *
19832078 CATAAATAATTCTTCAAATTGCCATAATTATTTGAACTAATTCGATAAACTA-ATTTATTTTTTA
190 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-AGATTT-TTTTTTA
* * * * ** *
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* * ** *
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* * * *
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1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAAT
* * * *
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* * * * ** * * *
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* * * ** *
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* * **
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* * * **
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* * * * * * * * *
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1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATT
* * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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255 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTA
* * * * * **
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319 TGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * *
19832969 ACCGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAACAAA
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* * * *
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* * * * * * * *
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* *** * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATT
* * * * *
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* * ** *
19833459 ATGAGTTTGTATGAGCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAA-TT----T-
129 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * *
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* * * * * * *
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*
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* * ** *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* ** * * * *
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** * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * *
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* * *
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* *
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* * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
19835049 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTT
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*
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AATAATTATACTATTTG
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* * *
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* * *
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*
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* **
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* *
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* *
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Matches are distributed among these distances:
277 246 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (277 bp):
TTCTTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTATTCAAACAATTAAGACTATATGAGCAATTATTTAT
TTCAAAGTGCTATGACTTAAATTTCAGCTCATACAAGCGTATTCGGAATAGAATAAAACTAATTT
ATTAAAATTTAAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTACCAAACTAGTTCA
AATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTATTTGTTTTGTCATAAA
ACAAATAGTAATAATGA
Found at i:19836817 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19836492--19837120 Score: 572
Period size: 179 Copynumber: 3.5 Consensus size: 180
19836482 CTTAGTAAAC
* * *
19836492 ATTT-TTTTTTTCATATTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATACATTAATATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTTAATATTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT
* * *
19836556 CA-AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTTGTTTACGATAAAATAAAAGGTCATAACTATATGA
66 -AGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTT-TTTATGATAAAATAAAAGGTCATAAATATATGA
* * ** *
19836620 AATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAA-TGGTTTCAGA-AAATAG
129 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTGG-TTC-GATAAACAG
19836672 ATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-ATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTTAATATTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT
* *
19836735 AGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTA-AAATGATTTGA
66 AGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAAAT-ATATGA
* * *
19836799 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTGTTCGATGAACGG
129 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTGGTTCGATAAACAG
* * ** **
19836851 ATTCA-TTTTTTAAAATCTCTTACTTGCTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATGCTA
1 ATTTATTTTTTTAATAT-T-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA
* * * * ** *
19836914 TTTAGAATAAGCCTATATGAACT-GATACAATTGTTTTATAAGGAAACAAAAGGTCATAACA-AT
63 TTTAGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATT-TTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAA-ATAT
* ** * * * * * *
19836977 TTGAAATGTATAA-TATTCAAATAGCTC-TAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAT
125 ATGAAATAAATAATTATTCAAATAG-TCATAACTAATTGAACTGGTTCGATAAACAG
** * ** * * *
19837032 ATTTA-TTTTAAAATCTTTTAC---TTAATTGGTAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTTAATATTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT
* * * *
19837093 CGAATAAGCTTTTATGAAGAAAAACAAT
66 AGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
19837121 AGACAACAAC
Statistics
Matches: 373, Mismatches: 59, Indels: 38
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 49 0.13
177 3 0.01
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
ATTTATTTTTTTAATATTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT
AGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAAATATATGAAA
TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTGGTTCGATAAACAG
Found at i:19837584 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 19837279--19837670 Score: 480
Period size: 181 Copynumber: 2.2 Consensus size: 181
19837269 ATATAATCCA
* * * * *
19837279 AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATATGTTTAGCAAATA
1 AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * *
19837344 AGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAACTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGA
65 AATTCAAATAATTATGACTATTTAAATAACTATCTATTAAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGA
* * * * *
19837409 CATAAAATAATTTTTTCAGTTCATAAAAGCTTGTCCAAAATAAAATAATACT
130 CACAAAACAATTGTTTCAGGTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT
* * * *
19837461 AATTTATTAATATCTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAATTTTTTTTACCAAACA
1 AATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * *
19837525 AATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTAAAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGT
65 AATTCAAATAATTATGACTATTTAAATAACTATCTATTAAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGA
* * * *** * *
19837590 TACAAAACAATTGTTTCAGGTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATGATATT
130 CACAAAACAATTGTTTCAGGTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT
19837642 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
1 AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAG
19837671 TGATTTAAAA
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 30, Indels: 5
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
180 1 0.01
181 147 0.83
182 30 0.17
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
AATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAA
ATTCAAATAATTATGACTATTTAAATAACTATCTATTAAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGAC
ACAAAACAATTGTTTCAGGTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT
Found at i:19837778 original size:177 final size:178
Alignment explanation
Indices: 19837319--19837848 Score: 534
Period size: 181 Copynumber: 3.0 Consensus size: 178
19837309 AAAAGATTTG
* * * * *
19837319 AAAAAATAAATATGTTTAGCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAACTATTTATTTA
1 AAAAAATAATTCTATTTAGCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTA
* * * * * * * * ***
19837384 AAATCATTATGACCTTTTGTTT-TGACATAAAATAATTTTTTCAGTTCATAAAAGCTTGTCCAAA
66 AAATCATTATAACCTTTTGTTTGT-TCAT-AAACAATTATTTCAGATCATACAAGTTTATTTGAA
* *
19837448 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TCTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTA
129 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC-CAAAAATTAATAAG--TGAGTTTA
* * * * * * *
19837500 AAAAAATAATTTTTTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTAA
1 AAAAAATAATTCTATTTAGCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTA
* * *
19837565 AAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTTACA-AAACAATTGTTTCAGGTCATACAAGTTTATTTGAA
66 AAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTT-CATAAACAATTATTTCAGATCATACAAGTTTATTTGAA
*
19837629 ATAAAATGATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGA-TTT-
129 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGAGTTTA
* * * * *
19837677 AAAAAGTGAA-TCTATTTAGCAAGTTAGTTCAAATAATTATGGCTATTTTAATAATTATCTATTT
1 AAAAAAT-AATTCTATTTAGCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTT
** * * ** *
19837741 GGAATCATTATTACCATTTGTTTGTTCATATAACAATTATTTTTGATCACACAAGTTTATTCTG-
65 AAAATCATTATAACCTTTTGTTTGTTCATA-AACAATTATTTCAGATCATACAAGTTTATT-TGA
* *
19837805 AATAAAATAATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGT
128 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
19837849 AAGAGATATT
Statistics
Matches: 291, Mismatches: 50, Indels: 20
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.01
176 7 0.02
177 130 0.45
178 7 0.02
179 2 0.01
181 135 0.46
182 5 0.02
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAAAAATAATTCTATTTAGCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTA
AAATCATTATAACCTTTTGTTTGTTCATAAACAATTATTTCAGATCATACAAGTTTATTTGAAAT
AAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGAGTTTA
Found at i:19837994 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 19837971--19838036 Score: 91
Period size: 3 Copynumber: 22.7 Consensus size: 3
19837961 GCTTATTTGA
* *
19837971 AAT AA- AAT AAT ACT AAT -AT AAT AAT AAT AAT AAC AAT AAT AAT AAT
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
*
19838017 AAC AAT AAT AAT AAT AAT AA
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AA
19838037 GTGATTTAAA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 6, Indels: 4
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
2 4 0.07
3 51 0.93
ACGTcount: A:0.67, C:0.05, G:0.00, T:0.29
Consensus pattern (3 bp):
AAT
Found at i:19839086 original size:178 final size:176
Alignment explanation
Indices: 19838669--19839267 Score: 559
Period size: 180 Copynumber: 3.4 Consensus size: 176
19838659 TTAGAGGTAC
* * * * **
19838669 ACAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTGGTTCGATAAATTGATTTA-TTTTTTAAATCT
1 ACAATTATGCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAATC-
* *
19838733 TACTTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATA
64 -ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-A
** * * * ** * * * *
19838798 AAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAACAATGATTTGAAATAG
127 CTAAAACAATTATTTTAT-AATAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAG
* * * * **
19838849 ATAATTATTG-AAAT-GACAATAATTATTTGAATTGATTCGGTAAA-AAAATTAACTTTTTAAAT
1 ACAATTA-TGCAAATAGTC-ATAACTATTTGAATTG-TTCGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAAT
*
19838911 CACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
63 CACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
* *
19838976 TGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATGG
128 TAAAACAATTATTTTATAATA-AACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAG
** *
19839026 ACAATTATGCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAACTG
1 ACAATTATGCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAA---
** ** * * *** *
19839091 TTGCTTATTAATTTTCAAAATATTAA-GAATTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTT-TAATAA
62 TCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT-ATGA
* *
19839154 ACTAAAACAATTATTTTAT-GTCAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAA
126 ACTAAAACAATTATTTTATAAT--AAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAG
* * * *
19839206 ATAATTGTTCAAA-AGTCATAACTATTTGAACTT-TTCGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATC
1 ACAATTATGCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAATC
19839268 TTTTGCTTAT
Statistics
Matches: 345, Mismatches: 59, Indels: 35
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 4 0.01
177 65 0.19
178 101 0.29
179 29 0.08
180 122 0.35
181 23 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
ACAATTATGCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAATCAC
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAA
AACAATTATTTTATAATAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAG
Found at i:19840025 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19839614--19841155 Score: 859
Period size: 181 Copynumber: 8.6 Consensus size: 180
19839604 ATATGCCTTG
* * * * * * *
19839614 AAATCATTATAACTTTTTATTTTGTCATATAACAATTATTTTTTA-TCATACAAGTTTATTTGGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA--ATTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAA
* * * * * * * *
19839678 ATAAAATAACA-GTAATCTAATAATATTCCAAAAATCAATAACTAAGAGAATTAGAAAATAAAT-
64 ATAAAATAAAATG-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * *** * * * * *
19839741 TTTTTGCCAAATTGGTTCAAATATTTAAGACTATATAAACAAGTATCTATTTC
128 TATTTACCTAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
19839794 AAATCATTATGACCCTTT-TTTTGTCATCAAATAAGTTTTTTAGAATTCATACTAGCTTATTTGG
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATTTTTT---ATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * *
19839858 AATAAAATAAAATGAATTTATTAAAATTTCAAAGATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTT
63 AATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * *
19839923 TGTTTACCTAATCAATTCAAATAATTATTACAATTTGAACAATTATCTATTTC
128 TATTTACCTAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * *
19839976 AAATTGTTATGACCTATTATTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTT-AGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAAT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA-A
* * * *
19840040 ATAAAATAATA-GTAATCTATTAGTATATCAAAAATTAATAAGT----GATTT-AAAAATAAATC
64 ATAAAATAAAATG-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * *
19840099 TATTTA-TTAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATTTATTTC
128 TATTTACCTAATC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTC
* * * * * * * **
19840152 AAATCATTATGA-CTTGTTGTTCTGTTATAAAACAATTATTTTTTA-ACATGCAAACTTCTTCAA
1 AAATCATTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAATAA--ATTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * * * * *
19840215 AATAAAATAATATTAATTTTTTAATATTTGAAGAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATT
63 AATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * *
19840276 TGTTT-GTTGATCCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
128 TATTTACCTAAT-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * *
19840329 AAATTTTTATAACCCTTTTGTTCTATCATAAAA-AAATTAATTTTGTTCATACAAGCTTATTTGA
1 AAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATT--TTTTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * * ** * *
19840393 AATTAAATAATACT-AATCTAGTAATATTTTGAAAATTAATAACT-A-AGATTTAAAAAATGAAT
63 AATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * ** * * *
19840455 CCATTTGCCGAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATATGAATAATTATTTATTTC
127 CTATTTACCTAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
19840509 AAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAGTATTTCAGCTCATACAAGCTCATTTGAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * * *
19840574 TAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAAAACTTTATAAGTAAGAGATTTAGAAACTAATTCTA
65 TAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * *
19840639 TTTATCGAACCAATTAAAATAATTATAACTATTTGAACAATTGTCTATTTC
130 TTTACCTAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * * * * **
19840690 AAATCGGTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAAT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * *
19840755 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAAAGATTTAAAAAGTAAATCT
65 TAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * *
19840819 ACTTA-CTAAACTATTTCAAATAGTT-TTAATATTTAAATAATTATCTATTTC
129 ATTTACCTAATC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * ** ** *
19840870 AAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATTAAA-CAATTGGTTTTCTTAATATTATTTTA-TTCAG
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATT--TTTTATTCATACAAGCTTATTTGA-
* * * * ** * ** * * *
19840933 AATAAAATATTACT-AATTTAATAATGTTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTGAAAAATAAAT
63 AATAAAATA-AAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
19840997 CTAATTGCCCAA-CTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACGATTATGTATTTC
127 CTATTTACCTAATC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
19841051 AAATCGTTAGGACATTTTTCTTTTGTCGTAAAA-CAATTATATTT-TTCGTACAAGCTTATTCGA
1 AAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATT-T-TTTATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * *
19841114 ATTAAAATAATACT-AATTTAATAATGTTT-AAAAATTTAATAA
63 AATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAA
19841156 AACAATTGTT
Statistics
Matches: 1049, Mismatches: 258, Indels: 109
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 3 0.00
175 12 0.01
176 112 0.11
177 85 0.08
178 61 0.06
179 89 0.08
180 220 0.21
181 360 0.34
182 85 0.08
183 16 0.02
184 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT
AAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
TTACCTAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
Found at i:19840541 original size:357 final size:353
Alignment explanation
Indices: 19839901--19840879 Score: 790
Period size: 357 Copynumber: 2.7 Consensus size: 353
19839891 GATTAATAAG
* *
19839901 TAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAATCAATTCAAATAATTATTACAATTTGAACAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAATCAATTCAAATAATTATGACAATTTGAACAAT
* * * * *
19839966 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTATTATTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTATTCATATAAGT
66 TATCTATTTCAAATTGTTATAACCTATTATTCTATCATAAAATAAATGTTTTTATTCATACAAGC
* * * * *
19840031 TTGTTTAGAATAAAATAATAGTAATCTATTAGTATATCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAATAA
131 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTAGTAATATATCAAAAATTAATAACTGATTTAAAAATAA
* ** * ** *
19840096 ATCTATTTATTAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAGCAATTATTTATTTCAAATCATTA
196 ATCCATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATTGAAGCAATTATTTATTTCAAATCATTA
* *
19840161 TGACTTGTTGTTCTGTTATAAAACAATTATTTTTTAACATGCAAACTTCTTCAAAATAAAATAAT
261 TGACTTGTTGTTCTGTCATAAAACAAGTATTTTTTAACATGCAAACTTCTTCAAAATAAAATAAT
19840226 ATTAATTTTTTAATATTTGAAGAATTAA
326 ATTAATTTTTTAATATTTGAAGAATTAA
* ** * * * *
19840254 TAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GTTGATCCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAAT-CAATTCAAATAATTATGACAATTTGAACAA
* * * *
19840318 TTATCTATTTCAAATTTTTATAACCCTTTTGTTCTATCATAAAA-AAAT-TAATTTTGTTCATAC
65 TTATCTATTTCAAATTGTTATAA-CCTATTATTCTATCATAAAATAAATGT--TTTTATTCATAC
* * **
19840381 AAGCTTATTT-GAAATTAAATAATACTAATCTAGTAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGATTTA
127 AAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATCTAGTAATATATCAAAAATTAATAACT--GATTT-
* * * * * *
19840445 AAAAATGAATCCATTTGCCGAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATATGAA-TAATTATTTATTTC
188 AAAAATAAATCCATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAAACTAT-TGAAGCAATTATTTATTTC
* * ***** * * **
19840509 AAATTATTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAAGTATTTCAGCTCATACAAGC-TCATTTGA
252 AAATCATTATGA-CTTGTTGTTCTGTCATAAAACAAGTATTTTTTAACATGCAAACTTC-TTCAA
* * * *
19840572 AATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAA-AACTTTATAA
315 AATAAAATAATATTAATTTTTTAATATTTGAAGAA---T-TAA
* * * * * * * * *
19840614 GTAAGAGATTTAGAAACT-AATTCTATTTATCGAACCAATTAAAATAATTATAACTATTTGAACA
1 -TAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCTAATCAATTCAAATAATTATGACAATTTGAACA
* * * * * * * * * * * * *
19840678 ATTGTCTATTTCAAATCGGTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATATAA
64 ATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTATTATTCTATCATAAAATAAATGTTTTTATTCATACAA
* * * * * * * * **
19840743 GTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAAAGATTTAA
129 GCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTAGTAATATATCAAAAATT-A--A-TAACTGATTTAA
* * * * * ** * ** *
19840808 AAAGTAAATCTACTTACTAAACTATTTCAAATAGTTTTAA-TATTTAAATAATTATCTATTTCAA
190 AAA-TAAATCCATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATTGAAGCAATTATTTATTTCAA
19840872 ATCATTAT
254 ATCATTAT
19840880 AACCTTTTAT
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TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAATCAATTCAAATAATTATGACAATTTGAACAAT
TATCTATTTCAAATTGTTATAACCTATTATTCTATCATAAAATAAATGTTTTTATTCATACAAGC
TTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTAGTAATATATCAAAAATTAATAACTGATTTAAAAATAA
ATCCATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATTGAAGCAATTATTTATTTCAAATCATTA
TGACTTGTTGTTCTGTCATAAAACAAGTATTTTTTAACATGCAAACTTCTTCAAAATAAAATAAT
ATTAATTTTTTAATATTTGAAGAATTAA
Found at i:19840873 original size:17 final size:18
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19840818 TACTTACTAA
* *
19840828 ACTATTTCAAATAGTTTT
1 ACTATTTCAAATAATTAT
*
19840846 AATATTT-AAATAATTAT
1 ACTATTTCAAATAATTAT
*
19840863 -CTATTTCAAATCATTAT
1 ACTATTTCAAATAATTAT
19840880 A
1 A
19840881 ACCTTTTATT
Statistics
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Consensus pattern (18 bp):
ACTATTTCAAATAATTAT
Found at i:19841019 original size:180 final size:180
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Indices: 19840668--19841155 Score: 412
Period size: 180 Copynumber: 2.7 Consensus size: 180
19840658 TAATTATAAC
* * * * * * * * *
19840668 TATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATCGGTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT
1 TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCAGTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGGTTTT
* * * * **
19840733 GTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTA
66 CTTAATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAACCA
* * * * *
19840798 AAAGATTTAAAAAGTAAATCTACTTACTAAACTATTTCAAATAGTTTTAA
131 AAAAATTGAAAAAGTAAATCTAATTACCAAACTAGTTCAAATAGTTTTAA
* * *
19840848 TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATTAAACAATTGGTTTT
1 TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCAGTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGGTTTT
* * * * * ** *
19840913 CTTAATATTATTTTATTCAGAATAAAATATTACTAATTTAATAATGTTTTGAAACTTAATAACCA
66 CTTAATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAACCA
* * *
19840978 AGAAAATTGAAAAA-TAAATCTAATTGCCCAACTAGTTCAAATAG-TTAAGA
131 A-AAAATTGAAAAAGTAAATCTAATTACCAAACTAGTTCAAATAGTTTTA-A
* * * * * * * * *
19841028 CTATATGAACGATTATGTATTTCAAATC-GT-TAGGACATTTTTCTTTTGTCGTAAAACAATT-A
1 -TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCAGTATA--AC-CTTTTATTTTATCATAAAACAATTGG
** * * * * * *
19841090 TATTT-TTCGTACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATGTTTAAAAATTTAAT
62 T-TTTCTTAATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAAT
19841154 AA
126 AA
19841156 AACAATTGTT
Statistics
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCAGTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGGTTTT
CTTAATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAACCA
AAAAATTGAAAAAGTAAATCTAATTACCAAACTAGTTCAAATAGTTTTAA
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Period size: 181 Copynumber: 6.5 Consensus size: 181
19841142 TAAAAATTTA
* * * * * * *
19841152 ATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAGTACTAATTTACTAACA-
1 ATAAAACAATTGTTT-ATGATCATACAAGCTTAATTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * * * * *
19841215 TTCTGAAAATTAAAAAGAAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTA-CTGAA-TAAGTTCAAATTG
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* * * * ** ** * *
19841277 TTATTATTATTTTAACAATTGGCTATTT-AAATTTGTTATAACATTTTGA-TTTGTC
127 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTT-ATTTTGTC
* * * *
19841332 ATAAAACAATTGTTTCA-GTTAATACAAGCTTAAATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
1 ATAAAACAATTGTTT-ATGATCATACAAGCTTAATTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
** * * * * * *
19841396 TTCCTAAATTAATAAGTAATAAATTTAAAAAATAAACCTGTTTA-CTGAATTAGTTAAAATAATT
65 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACTAGTTCAAATAGTT
* * * *
19841460 ATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTT-TTATTGTC
129 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATT-TTGTC
* * * * * * *
19841513 ATAAAACAATTGTTTTTGGTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTGATTAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTATGATCATACAAGCTTAATTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* * * ** *
19841578 TCAAAAATTAATAAATAAAAAATTTAAACAATAAATCTATTTATCGAACCGGTTCAAGTAGTTAT
66 TCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTAT
* * ** *
19841643 GATTATTTGAATAATTATCAATCTT-AAATCATTAAAACCTTTTATTTTGTT
131 GACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTC
* * * * *
19841694 ATAAAACAATTATTTATAATCATAAAAGCTT-ATTCGATTAAAAATAATACTAATTTAATAATA-
1 ATAAAACAATTGTTTATGATCATACAAGCTTAATTGGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * * * * *
19841757 TTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACTAATTCAAATAGTT
65 TTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTT
** * * * * *
19841822 AAAACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATTGC-TT-TGATCTTTTGTTTAGTC
129 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-T-CATTATGACCTTTTATTTTGTC
* * * * * * * *
19841875 ATAAAATATTTGTTTCAT-ATCTTACAAACTTATTTGAAATAAAATAAT-CTAAATTTATTAACA
1 ATAAAACAATTGTTT-ATGATCATACAAGCTTAATTGGAATAAAATAATACT-AATTTAATAATA
* *
19841938 -TTCGAAAAATTAATAAGCAA-AAGATTTAAAAAAATGAATCTATTTATCGAA-TAAGTTCAAAT
64 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCGAACT-AGTTCAAAT
* * *
19842000 AGTTATTGAACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTATAACATTTTATTTTGTC
125 AGTTA-TG-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTC
* * * * * * * * *
19842059 ATCAAACATTTGGTTCTGTTAATACTA-TTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
1 ATAAAACAATTGTTTATGATCATACAAGCTTAATT-GGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
** * ** * * ** *
19842123 TTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCCAACTAGTTCAAATAGTTA
65 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTA
* * ** * *
19842188 AGACTATATGAACGATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTTCTTTTGTC
130 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTATTTTGTC
* * * * * *
19842241 GTAAAACAATTGTATT-T-TTCGTACAAGCTT-ATTCGGATTAAAATAATACTAATCTAACAATA
1 ATAAAACAATTGT-TTATGATCATACAAGCTTAATT-GGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
*
19842303 TTTAAAAAATTAATAAGTAAG
64 TTTCAAAAATTAATAAGTAAG
19842324 TGATTGTTTC
Statistics
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0.77 0.17 0.07
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Consensus pattern (181 bp):
ATAAAACAATTGTTTATGATCATACAAGCTTAATTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
TCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTAT
GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTC
Found at i:19842137 original size:365 final size:356
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Indices: 19841152--19842293 Score: 1038
Period size: 362 Copynumber: 3.1 Consensus size: 356
19841142 TAAAAATTTA
* * *
19841152 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAATTAGTACTAATTTACTAACAT
1 ATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAAT-CTAATTTATTAACAT
* * *
19841216 TCTG-AAAATTAAAAAGAAAGAGATTTAAAAAATAATCTGTTTA-CTGAATAAGTTCAAATTGTT
63 TC-GAAAAATTAATAAGAAA-AGATTTAAAAAATAATCTATTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTT
* * ** * **
19841279 ATT-ATTATTTTAACAATTGGCTATTTAAATTTGTTATAACATTTTGA-TTTGTCATAAAACAAT
125 ATTGATTATTTGAATAATTATCTACTTAAA-TCATTATAACATTTT-ATTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
19841342 TGTTTCAGTTAATACAAGCTTAAAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATT
188 TGTTTCTGTTAATACAA-CTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT--TAAATT
* * * * * * * * * *
19841406 AATAAGTAATAAATTTAAAAAATAAACCTGTTT-ACTGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTT
250 AATAAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTGAC-GAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA
*
19841470 GAATGATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTTATTGTC
314 GAATGATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTTATAGTC
* * * *
19841513 ATAAAACAATTGTTT-TTGGTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTGATTAATAT
1 ATAAAACAATTGTTTCAT--TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-CTAATTTATTAACA-
* * * *** *
19841577 TTC-AAAAATTAATAAATAAAAAATTTAAACAATAAATCTATTTATCGAACCGGTTCAAGTAGTT
62 TTCGAAAAATTAAT-AAGAAAAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTT
* * * *
19841641 A-TGATTATTTGAATAATTATCAATCTTAAATCATTAAAACCTTTTATTTTGTTATAAAACAATT
125 ATTGATTATTTGAATAATTATCTA-CTTAAATCATTATAACATTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * ** * * * *
19841705 ATTTATAATCATAAAAGC-TTATTC-GATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATT
189 GTTTCTGTTAATACAA-CTTTATTCGGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATT-T-TAAATT
* * * * *
19841768 AATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACTAATTCAAATAGTTAAAACTATTAG
250 AATAAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTGACGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAG
* * * *
19841833 AATAATTATATATTTCAAATTGCTT-TGATCTTTTGTT-TAGTC
315 AATGATTATCTATTTCAAATT-ATTATGACCTTTT-TTATAGTC
* * * *
19841875 ATAAAATATTTGTTTCATATCTTACAAACTTATTTGAAATAAAATAATCTAAATTTATTAACATT
1 ATAAAACAATTGTTTCAT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATCT-AATTTATTAACATT
19841940 CGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATGAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTA
64 CGAAAAATTAATAAG-AAAAGATTT-AAAAAAT-AATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTA
* * *
19842005 TTGAACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTATAACATTTTATTTTGTCATCAAACATTT
126 TTG-ATTATTTGAATAATTATCTACTT-AAATCATTATAACATTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * *
19842070 GGTTCTGTTAATACTATTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAA
189 GTTTCTGTTAATACAACTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTT-AAA-TTAA
** * ** * *
19842135 TAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCCAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TATGA
252 TAAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTGACGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA-GA
* * * * *
19842199 ACGATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTTCTTTTGTC
316 ATGATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTT-TATAGTC
* * * * * *
19842241 GTAAAACAATTGTATT-TTTCGTACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAAT
1 ATAAAACAATTGT-TTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-CTAAT
19842294 CTAACAATAT
Statistics
Matches: 622, Mismatches: 124, Indels: 66
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Matches are distributed among these distances:
359 1 0.00
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
ATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATCTAATTTATTAACATTCG
AAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATTGAT
TATTTGAATAATTATCTACTTAAATCATTATAACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
TTAATACAACTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAATTAATAAATAAGA
AATTTAAAAAATAAATCTGTTTGACGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATGATTATCT
ATTTCAAATTATTATGACCTTTTTTATAGTC
Found at i:19843590 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 19842351--19846273 Score: 2419
Period size: 181 Copynumber: 21.9 Consensus size: 179
19842341 TTCTTAAGTT
* * * * * * *
19842351 ATAAAACAATTGTTTCAG-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAGTACTAATTTACTAACA-T
1 ATAAAATAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** *
19842414 TCTAAAAATTAAAAAGAAAGAGATTT-AAAAAT-AATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATTGTTA
65 TC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC-AGTTCAAATAGTTA
** * * * * * * *
19842477 TTATTATTTTAACAA-T-T-TATTT-AAATTCGTTATAACATTTTGATTTGTC
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** * ** *
19842526 ATAAAATAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAGACGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
1 ATAAAATAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * * * * * * *
19842591 TCCTAAATTAATGAGTTATAAATTTTAAAAAATAAA-CATGTTTACTGAATTAGCTAAAATAATT
65 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATC-TGTTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTT
* * * ** * * *
19842655 ATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTT-TTATTGTC
127 AAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTT-TTATC
* * * * * *
19842708 ATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAAAATTAATTGATTAAT-T
1 ATAAAATAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * * **
19842771 TTCAAAAATTAATAAATAACAAATTTAAACAATAAATCTATTTATCGAACCGGTTCAAGGAGTTA
64 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTTA
* * * * ** * * *
19842836 TGATTATTTGAACAATTATCAATCTT-AAATCATTAAAACCTTTTATTTTGTT
128 AGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTATC
* * * * *
19842888 ATAAAACAATT-ATTTGTAATCATAAAAGCTTATTC-GATTAAAAATAATACTAATTTAATAATA
1 ATAAAATAATTGTTTTGT--TCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA
* **
19842951 -TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACTAGTTCAAATAGT
63 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC-AGTTCAAATAGT
* * * * * **
19843015 TAAAACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATTGCTT-TGATATTTTG-TTTAGTC
126 TAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT-ATTATGACCTTTTGTTTTA-TC
* ** * * * * *
19843069 ATAAAATATTTGTTTCATATCTTACAAACTTATT-TGAAATAAAATAAT-TTAAGTTTATTAACA
1 ATAAAATAATTGTTTTGT-TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAA-TTTATTAATA
* * ** * * *
19843132 -TTCGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAACGAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAG
63 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAGTTCAAATAG
* * * * ** * * * * *
19843196 -TATTGAACTATTTAAATAATTATCTACTTCAAATCGTTATAACATTTTATTTTGTT
125 TTA-AG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTATC
* * * ** * *
19843252 ATCAAACAATTGGTTTTGTTAATA-ATATTTTATT-GGTAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
1 ATAAAATAATT-GTTTTGTTCATACA-AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * * * ** ** * *
19843315 TTTCAAAACTTAATAACCATGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGTCGAACAAATTCAATTAGTT
63 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC-AGTTCAAATAGTT
* * * * *
19843380 AAGACTATATGAACGATTCTTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATC
127 AAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTATC
* * ** * * * *
19843433 GTAAAACAATTGTTTTGTTTGTACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAGTT
1 ATAAAATAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
19843498 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATGGTTAAG
66 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTTAAG
** * ** * * *
19843563 AAAATTAT-AACAATTATCTACTTCAAATCGTTTTAACCTTTT-ATTTAGTC
130 ACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTA-TC
* * * * *
19843613 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATATTAAATTATTAACA-T
1 ATAAAATAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
19843677 TCAAAAAATTAATAAGAAATAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAATTTTAAATAGTT
65 TC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTT
** * * * ** * *
19843742 ATTACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAATCTTAAAACCTTTTGGTTTGTC
127 AAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTATC
* *
19843794 ATAAAATAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA
1 ATAAAATAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * *
19843857 --TGAAGACAATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATC
63 TTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC-AGTTCAAAT-
* * * * * *
19843919 A-TTATGACTATTTGAGCAATTA-CTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTC
123 AGTTAAGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTATC
* ** * **
19843975 ATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAATTTATTC-GGATCAAAATAATTTTAATTTATTAATAT
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * *
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** * * ** * ** *
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**
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* * *
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* * *
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*
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* * *
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*
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*
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* *
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* * * *
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TTAT
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* * *
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* *
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* * ** *
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* *
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*
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19884101 AAATTCTTAG
* * * * *
19884111 TGGTGATATCCAAGTATTAAAGTGTGA-ATTTCATTTTCTTAGTGATGATATCCAAGACATTTTC
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65 AAAATTAATCGA
* * *
19884187 TGGTGATATTCAAATATTAAAGTATGAGATGCATTTTCTTGGGGGTGATAGCCAAGACATTTTCA
1 TGGTGATATCCAAATATTAAAGTATGAGATGCATTTTCTTAGGGATGATAGCCAAGACATTTTCA
* *
19884252 AAATCACTC-A
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AAATTAATCGA
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19884411 GTACGAGTTA
* * * *
19884421 CATTTTCTTGGTAGTGATATCCAAGACATTTTGAAAAACAATCGATGGTGATATCCGAGTTTAAA
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*
19884503 CATTTTCTTGGTGGTGACATCCAAGACATTTTCAAAATCAATCGATGGTGATATCCAAGTTTAAA
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* *
19884568 GTTTGAATTTGCATTTG
66 GTTTAAATTTGCACTTG
* *
19884585 CATTCTCTCGGTGGTGA
1 CATTTTCTTGGTGGTGA
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19884173 TCAAAATTAA
* * * *
19884183 TCGATGGTGATATTCAAATATTAAAGTATGAGATGCATTTTCTTGGGGGTGATAGCCAAGACATT
1 TCGATGGTGATATCCAAATATTAAAGTACGAGATACATTTTCTTGGGAGTGATAGCCAAGACATT
* * *
19884248 TTCAAAATCACTCAGTGGTGATATCCGAGTTTAAAGTTTGAATTTGCACTTAAATTTTCTTGGTG
66 TTCAAAAACAATCAGTGGTGATATCCGAGTTTAAAGTTTAAATTTGCACTTAAATTTTCTTGGTG
* * * *
19884313 GTGAAATCCAAGACATTTTCTAAATCACTTGGTGGTGATATCTGAGTATTAAAAAAAAGTCATTT
131 GTGAAATCCAAGACATTTTCAAAATCAATCGATGGTGATATCTGAGTATTAAAAAAAAGTCATTT
19884378 GCATCTTC
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* * * * *
19884386 TCGATGGTGATATCCGAGTATTAAAGTACGAGTTACATTTTCTTGGTAGTGATATCCAAGACATT
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* **
19884451 TTGAAAAACAATC-GATGGTGATATCCGAGTTTAAAGTTTAAATTTGCACTTGCATTTTCTTGGT
66 TTCAAAAACAATCAG-TGGTGATATCCGAGTTTAAAGTTTAAATTTGCACTTAAATTTTCTTGGT
*
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GCATCTTC
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* * *
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* * *
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**
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * **
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* *
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*
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* * *
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* *
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* * * ** * *
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* * * *
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* * * *
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**
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* *
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*
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1 ATTTTTAAATATATT
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* * * *
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*
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* * *
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**** ** * *
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*
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* * * * *
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*
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* * * *
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**** * *
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*
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* *
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* * *
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**
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* *
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* *
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TTAAAATTTATTTAAATTAAAAT
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TATAAATTAAAATTTTT
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TTAATAAGTAAAATATGT
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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129 G
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TTTCTTGGTAAGGTTTTCCTTTCCTTTTTAGACTAGGTTTGTTCTATTTTATTTTTTCCTTTATT
AAAAGACCTCTATTTTTTTGTAGCTTCCCCCATTTTAAAACTCTCCACCGACCCCTTTGACTTGT
CCTTTAAGTTTTTCTATTCCTCT
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* *
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* * * * * *
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*
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*
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66 GACTCAACTGAGTCATTAATGACAG-CAAATATAGAAGCCAATCAAGACGAAGCTAGACTAGAAT
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* *
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1 A-AAAAATAA
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AAAAAATAATATTTAAAAAATTTTAA
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TATTAATTATAAT
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TGAAAGTCTTGCAAATT
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*
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*
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1 TTTATATTTTA
*
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*
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TTTATATTTTA
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*
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TTTTATTTTATTTATTTATGG
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*
19929535 TTTTATTTATTTATGGTTTTATT
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*
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1 TTTTA
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*
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*
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*
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*
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* *
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TTAATAAAAAAATTAATATAAAAA
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*
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1 AAATTAATAA
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**
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*
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**
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*
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*
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* *
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*
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* *
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* * *
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* * *
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*
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*
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* * * * * *
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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* * *
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* *
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*
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*
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*
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* *
19947575 AAACAATTTACCACATAATTAATCACATCAAGCACCGATAACAACTTCACAAATAATATCCAAAT
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*
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* * *
19947704 AAATAAAGTATGAAAAACGACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGGTTTTTATGC
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*
19947769 CCATAATTGTTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACTTACACGTA
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*
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19947961 TATTTTAAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATCGTTTTCAGAGCAAAAACATAAAATTTCCA-TTCAA
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*
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* *
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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* * * *
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* * * * * *
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** * * * *
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*
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* *
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* * *
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* *
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* * * * * *
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*
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*
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* *
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* * *
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** *
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** * * *
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* *
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* * * *
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*
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** * * * *
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* *
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* * * *
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* *
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19954012 ATGTAATTTC
Statistics
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TTACACGTAACGCTATGAAAAATTAAAACCGACGCAAGTTTTTTACTTTGTT
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326 CGACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAACCGTGCGAATGGTTTTTACGCCCATAATTGCTCAGAAA
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* *
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19949042 AATCACATCAAACAACTTCACAAATTG
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*
19949069 ATATCCAAATATCAAGATCATTCATATG-------TGAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTAT
1 ATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATCCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTAT
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66 CTAAAAGCAAAATGAGTATGAAAAACGACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAACCGTGCGAATGGT
*
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*
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*
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326 GCTTTTCATATTTTAAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATCGTTTTCAGAGCAAAACATAAAATTTCC
*
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391 ATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGCAAACTGCTAGAGCAATTTACCACATAATT
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456 AATCACATCAAACAACTTCACAAATG
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1 ATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATCCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTAT
19949607 CTAAAAGCAAAATGAGTATTGAAAAACGACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAACCGTGCGAATGG
66 CTAAAAGCAAAATGAGTA-TGAAAAACGACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAACCGTGCGAATGG
19949672 TTTTTACGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAAC
130 TTTTTACGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAAC
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324 ATGCTTTTCATATTTTAAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATCGTTTTCAGAGCAAAACATAAAATTT
*
19949932 CCATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCTCCCCTGCAAACTGCTAAAGCAATTTACCACATA
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1 ATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATCCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTAT
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66 CTAAAAGCAAAATGAGTATGAAAAACGACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAACCGTGCGAATGGT
*
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131 TTTTACGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACT
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196 TACACGTAACGCTATGAAAAATTAAAACCGACGCAAGTTTTTTACTTTGTTTCTTTGTTTGAGAA
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*
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*
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456 AATCACATCAAACAACTTCACAAATG
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1 ATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATCCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTAT
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66 CTAAAAGCAAAATGAGTATGAAAAACGACGAAAAATTAAAATCG-TGCAATAACCGTGCGAATGG
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130 TTTTTACGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAAC
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195 TTACACGTAACGCTATGAAAAATTAAAACCGACGCAAGTTTTTTACTTTGTTTCTTTGTTTGAGA
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*
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390 CATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGCAAACTGCTAGAGCAATTTACCACATAAT
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455 TAATCACATCAAACAACTTCACAAATG
19950988 ATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATCCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTAT
1 ATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATCCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTAT
*
19951053 CTAAAAGCAAAATGAGTATGAAAAACAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAACCGTGCGAATGGT
66 CTAAAAGCAAAATGAGTATGAAAAACGACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAACCGTGCGAATGGT
*
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326 GCTTTTCATATTTTAAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATCGTTTTCAGAGCAAAACATAAAATTTCC
19951378 ATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCTCCCCCTGCAAACTGCTAGAGCAATTTACCACATA
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*
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66 CTAAAAGCAAAATGAGTATGAAAAACGACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAACCGTGCGAATGGT
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*
19951731 AAGTTTAAAAACGTTGGATTCAAGATATTCAAGTTCATTTCCATTTAAAAACCCGCCAAAACAAT
261 AAGTTTAAAAACGTTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCCGCCAAAACAAT
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326 GCTTTTCATATTTTAAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATCGTTTTCAGAGCAAAACATAAAATTTCC
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391 ATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGCAAACTGCTAGAGCAATTTACCACATAATT
*
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66 CTAAAAGCAAAATGAGTATGAAAAACGACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAACCGTGCGAATGGT
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*
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* * * *
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66 CTAAAAGCAAAATGAGTATGAAAAACGACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAACCGTGCGAATGGT
* * *
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* * * * ** *
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* * * *
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* *
19952747 ATGC-TTTCATA-TTT-AAAGCTTCACTCCAGTGAAAATCGTTTTCAAAGCAAAACAT-AAA---
324 ATGCTTTTCATATTTTAAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATCGTTTTCAGAGCAAAACATAAAATTT
* *
19952805 --ATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGCAAACTGCTAAAACAATTTACCACATAA
389 CCATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGCAAACTGCTAGAGCAATTTACCACATAA
*
19952868 TTAATCACATCAAACAACTTGACAAATG
454 TTAATCACATCAAACAACTTCACAAATG
* *
19952896 ATATCCAAATATCAAAATCATTCATATGTAATCCCTCAACATCCTCAGAGTACCTAAAAATGTAT
1 ATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATCCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTAT
* * * * * *
19952961 CTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAAATTAAAATGGTACAATAATCGTGCGTATGGT
66 CTAAAAGCAAAATGAGTATGAAAAACGACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAACCGTGCGAATGGT
*
19953026 TTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACT
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*
19953091 TACACGTAATGCTATGAAAAATTAAAACCGACGCAAG-TTTTTACTTTGTTTCTTTGTTTGAG-A
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* *
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325 TGCTTTTCATATTTTAAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATCGTTTTCAGAGCAAAACATAAAATTTC
* * *
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**
19953367 ATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATCCCTCAACATATTCAGAGCACCTAAAAATGTAT
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* ** *
19953432 CTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAATAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGGT
66 CTAAAAGCAAAATGAGTATGAAAAACGACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAACCGTGCGAATGGT
* *
19953497 TTTTATGTCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACT
131 TTTTACGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACT
*
19953562 TACACGTAACGCTATGAAAAATTAAAACCGACGCAAG-TTTTTACTTTATTTCTTTGTTTGAG-A
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* * *
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261 AAGTTTAAAAACGTTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCCGCCAAAACAAT
* * *
19953689 GC-TTTCACA-TTTCAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATCGTTTTCAAAGCAAAACATAAAATTT-C
326 GCTTTTCATATTTTAAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATCGTTTTCAGAGCAAAACATAAAATTTCC
** * * *
19953751 A----AAAA-GATTAGGCTTCGAGTGCTCCCTTTGCAAACTGCTAAAACAATTTACCACGTAATT
391 ATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGCAAACTGCTAGAGCAATTTACCACATAATT
*
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* *
19953837 ATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAGCATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTAT
1 ATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATCCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTAT
* * * *
19953902 CTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATAGT
66 CTAAAAGCAAAATGAGTATGAAAAACGACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAACCGTGCGAATGGT
* *
19953967 TTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTGTGATG-TTTTAAGC
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (481 bp):
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ATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGCAAACTGCTAGAGCAATTTACCACATAATT
AATCACATCAAACAACTTCACAAATG
Found at i:19954133 original size:150 final size:150
Alignment explanation
Indices: 19953862--19954461 Score: 1110
Period size: 150 Copynumber: 4.0 Consensus size: 150
19953852 GATCATTCAT
*
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*
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*
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* *
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*
19954142 CAAAGTGTGATGTTTTAAGC
131 CAAAGTCTGATGTTTTAAGC
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19954292 CAAAGTCTGATGTTTTAAGC
131 CAAAGTCTGATGTTTTAAGC
* *
19954312 ATGTAATTCCTCAATATCCTCAGAGCACGTAAAAATGTATCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAA
1 ATGTAATTCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAA
* *
19954377 CAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATCGTTTTTATGCCCATAATAGCTCAGAAA
66 CAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGGTTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAA
19954442 CAAAGTCTGATGTTTTAAGC
131 CAAAGTCTGATGTTTTAAGC
19954462 TCTAAAATCC
Statistics
Matches: 439, Mismatches: 11, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
150 439 1.00
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Consensus pattern (150 bp):
ATGTAATTCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAA
CAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGGTTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAA
CAAAGTCTGATGTTTTAAGC
Found at i:19954705 original size:919 final size:925
Alignment explanation
Indices: 19947151--19956246 Score: 9197
Period size: 962 Copynumber: 9.6 Consensus size: 925
19947141 ATACTTCACA
19947151 AATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGT
1 AATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATTCCTC-AACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGT
* *
19947216 GTCTAAAAGCAAAATAAAGTATGAAAAACGACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAAT
65 ATCTAAAAGCAAAAT-AAGTATGAAAAACAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAAT
*
19947281 GGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAA
129 GGTTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTAAGCT-CAAAAT-CTTTCTAA
* ** * ** * * **
19947346 CTTACACGTAACACTATGAAAAATTAAGAACCGACGCAAGTTTTTACTTTGT----TTG---G-G
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* * * ** * *
19947403 AAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCCGCCAAAACAAT
255 AAAGATTAAAACATTCGATGCAAGATATTCAAATTCATTTCCATCCAAAAATCCGCCAAAACAAA
* * * *
19947468 GCTTTCATATTTTAAAGCTTGACTTGACTCAGTGAAAATCGTTTTCAAAGCAAAACATAAAATTT
320 GCTTGCATATTTTAAAGCTTAAC-T--C-CA-TCAAAATC--TCTCAAAGC-AAACATAAAATTT
* * * *** * **** * * *
19947533 CAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCCTGCAAACTGCTGAAACAATTTACCACATAATTAAT
377 CAAAAGAAATAAGCTTCGAAAAC-ACAAAATGAAAACTGC--AAATAATGTACCACATAATT-AT
* *
19947598 CACATCAAGCACCGATAACAACTTCACAAATAATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAA-T
438 CACAT-------C-A-AACAACTTCAC-AAGAATA-CCAAATATCAAGATCATT-ACATGTAATT
* *
19947662 CCTCAAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTGTCTAAAAGCAAAATAAAGTATGAAAAACGACGA
491 CCTC-AACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAAAT-AAGTATGAAAAACAACGA
*
19947727 AAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGGTTTTTATGCCCATAATTGTTCAGAAACAAAGT
554 AAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGGTTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGT
19947792 CTGATGTTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACTTACACGTAACACTATGAAAAATTAAAACCGA
619 CTGATG-TTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACTTACACGTAACACTATGAAAAATTAAAACCGA
* *
19947857 CGCAAGTTTTTACTTTGTTTCTTTG-TTGAGAAAGTTTAAAAACGTTGGATTCAAGATATTCAAA
683 CGCAAGTTTTTACTTTGTTTCTTTGTTTGAGAAAGTTT-AAAACATTGGATTCAAGATATTGAAA
19947921 TTCATTTCCATTTAAAAACCCGCCAAAACAATGCTTTTCATATTTTAAAAGCTTGACTCCAGTGA
747 TTCATTTCCATTTAAAAACCCGCCAAAACAATGC-TTTCATATTTT-AAAGCTTGACTCCAGTGA
*
19947986 AAATCGTTTTCAGAGCAAAAACATAAAATTTCCATTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCC
810 AAATCGTTTTCAAAGC-AAAACATAAAA--T---TTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCC
* * *
19948051 TGCAAACTGCTAGAGCAATTTACCACATAATTAATCACATCAAACAACTTCACAAAT
869 TGCAAACTGCTAAAACAATTTACCACATAATTAATCACATCAAACAACTTTACAAAT
*
19948108 GATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAA-TCCTC-A-ATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTA
1 AATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTA
* * *
19948170 TCTAAAAGCAAAATGAGTATGAAAAACGACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAACCGTGCGAATGG
66 TCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGG
*
19948235 TTTTTACGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAAC
131 TTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATG-TTTTAAGCT-CAAAAT-CTTTCTAAC
* * ** * ** * * ****** ***
19948300 TTACACGTAACGCTATGAAAAATTAAAACCGACGCAAGTTTTTTACTTTGTTTCTTTGTTTGAGA
193 ATACACGTAACACTATGAAAAATTAAAACAAAAGCAAG--AATAACTATGTAAAAACGAACGAG-
* * * * ** *
19948365 AAAGTTTAAAAACGTTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCCGCCAAAACAA
255 AAAGATT-AAAACATTCGATGCAAGATATTCAAATTCATTTCCATCCAAAAATCCGCCAAAACAA
* * * * * *
19948430 TGCTTTTCATATTTTAAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATCGTTTTCAGAGCAAAACATAAAATTTC
319 AGC-TTGCATATTTT-AAAGCTTAACTCCA-TCAAAATC--TCTCAAAGC-AAACAT-AAA----
* * * *** * **** * ** *
19948495 CATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCTCCCCCTGCAAACTGCTAGAGCAATTTACCACAT
373 -ATTTCAAAAGAAATAAGCTTCGA---AAACACAAAATGAAAACTGC-A-AATAATGTACCACAT
* *
19948560 AATTAATCACATCAAACAACTTCACAA-ATGATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATCC
432 AATT-ATCACATCAAACAACTTCACAAGA--ATA-CCAAATATCAAGATCATT-ACATGTAATTC
* *
19948624 CTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAAATGAGTATGAAAAACGACGAAAA
492 CTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAA
* *
19948689 ATTAAAATCGTGCAATAACCGTGCGAATGGTTTTTACGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTG
557 ATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGGTTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTG
* *
19948754 ATGTTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACGTACACGTAACGCTATGAAAAATTAAAACCGACGC
622 ATG-TTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACTTACACGTAACACTATGAAAAATTAAAACCGACGC
* * *
19948819 AAGTTTTTTACTTTGTTTCTTTGTTTGAGAAAAGTTAAAAACGTTGGATTCAAGATATTCAAATT
686 AAG-TTTTTACTTTGTTTCTTTGTTTGAG-AAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTGAAATT
19948884 CATTTCCATTT-AAAACCCGCCAAAACAATGCTTTTCATATTTTAAAAGCTTGACTCCAGTGAAA
749 CATTTCCATTTAAAAACCCGCCAAAACAATGC-TTTCATATTTT-AAAGCTTGACTCCAGTGAAA
*
19948948 ATCGTTTTCAGAGCAAAACATAAAATTTCCATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCT-
812 ATCGTTTTCAAAGCAAAACAT-AAA-----ATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTG
* * *
19949012 CCAACTGCTAAAGCAATTTACCACATAATTAATCACATCAAACAACTTCACAAATT
871 CAAACTGCTAAAACAATTTACCACATAATTAATCACATCAAACAACTTTACAAA-T
* *
19949068 GATATCCAAATATCAAGATCATTCATATG-------TGAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTA
1 AATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTA
* * *
19949126 TCTAAAAGCAAAATGAGTATGAAAAACGACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAACCGTGCGAATGG
66 TCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGG
*
19949191 TTTTTACGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAAC
131 TTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATG-TTTTAAGCT-CAAAAT-CTTTCTAAC
* * ** * ** * * ****** ***
19949256 GTACACGTAACGCTATGAAAAATTAAAACCGACGCAAGTTTTTTACTTTGTTTCTTTGTTTGAGA
193 ATACACGTAACACTATGAAAAATTAAAACAAAAGCAAG--AATAACTATGTAAAAACGAACGAG-
* * * * ** *
19949321 AAAGTTTGAAAACGTTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTCCAT-TTAAAACCCGCCAAAACAA
255 AAAGATT-AAAACATTCGATGCAAGATATTCAAATTCATTTCCATCCAAAAATCCGCCAAAACAA
* * * * * *
19949385 TGCTTTTCATATTTTAAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATCATTTTCAGAGCAAAACATAAAATTTC
319 AGC-TTGCATATTTT-AAAGCTTAACTCCA-TCAAAATC--TCTCAAAGC-AAACAT-AAA----
* * * *** * **** * ** *
19949450 CATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCTCCCTGCAAACTGCTAGAGCAATTTACCACATAAT
373 -ATTTCAAAAGAAATAAGCTTCGAAAACACAAAATGAAAACTGC-A-AATAATGTACCACATAAT
* *
19949515 TAATCACATCAAACAACTTCACAA-ATGATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATCCCTC
435 T-ATCACATCAAACAACTTCACAAGA--ATA-CCAAATATCAAGATCATT-ACATGTAATTCCTC
* *
19949579 AACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAAATGAGTATTGAAAAACGACGAAAAAT
495 AACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAAATAAGTA-TGAAAAACAACGAAAAAT
* *
19949644 TAAAATCGTGCAATAACCGTGCGAATGGTTTTTACGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGAT
559 TAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGGTTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGAT
*
19949709 GTTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACGTTACACGTAACGCTATGAAAAATTAAAACCGACGCA
624 G-TTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAAC-TTACACGTAACACTATGAAAAATTAAAACCGACGCA
* *
19949774 AGTTTTTTACTTTGTTTCTTTGTTTGAGAAAAGTTTAAAAACGTTGGATTCAAGATATTCAAATT
687 AG-TTTTTACTTTGTTTCTTTGTTTGAG-AAAGTTT-AAAACATTGGATTCAAGATATTGAAATT
19949839 CATTTCCATTTAAAAACCCGCCAAAACAATGCTTTTCATATTTTAAAAGCTTGACTCCAGTGAAA
749 CATTTCCATTTAAAAACCCGCCAAAACAATGC-TTTCATATTTT-AAAGCTTGACTCCAGTGAAA
*
19949904 ATCGTTTTCAGAGCAAAACATAAAATTTCCATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCTCCCCT
812 ATCGTTTTCAAAGCAAAACAT-AAA-----ATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTC-CCCCT
* *
19949969 GCAAACTGCTAAAGCAATTTACCACATAATTAATCACATCAAACAACTTCACAAAT
870 GCAAACTGCTAAAACAATTTACCACATAATTAATCACATCAAACAACTTTACAAAT
* *
19950025 GATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATCCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTA
1 AATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTA
* * *
19950090 TCTAAAAGCAAAATGAGTATGAAAAACGACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAACCGTGCGAATGG
66 TCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGG
*
19950155 TTTTTACGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAAC
131 TTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATG-TTTTAAGCT-CAAAAT-CTTTCTAAC
* * ** * ** * * ****** ***
19950220 GTACACGTAACGCTATGAAAAATTAAAACCGACGCAAGTTTTTTACTTTGTTTCTTTGTTTGAGA
193 ATACACGTAACACTATGAAAAATTAAAACAAAAGCAAG--AATAACTATGTAAAAACGAACGAG-
* * * * ** *
19950285 AAAGTTTAAAAACGTTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCCGCCAAAACAA
255 AAAGATT-AAAACATTCGATGCAAGATATTCAAATTCATTTCCATCCAAAAATCCGCCAAAACAA
* * * * * *
19950350 TGCTTTTCATATTTTAAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATCGTTTTCAGAGCAAAACATAAAATTTC
319 AGC-TTGCATATTTT-AAAGCTTAACTCCA-TCAAAATC--TCTCAAAGC-AAACAT-AAA----
* * *** * **** * ** *
19950415 CATTTCAAAAGAATTAGGC-TCGAGTGCTCCCCCTGCAAACTGCTAGAGCAATTTACCACATAAT
373 -ATTTCAAAAGAAATAAGCTTCGAAAACACAAAATGAAAACTGC-A-AATAATGTACCACATAAT
* *
19950479 TGATCACATCAAACAACTTCACAA-ATGATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATCCCTC
435 T-ATCACATCAAACAACTTCACAAGA--ATA-CCAAATATCAAGATCATT-ACATGTAATTCCTC
* *
19950543 AACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAAATGAGTATGAAAAACGACGAAAAATT
495 AACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAAATT
* *
19950608 AAAATCGTTGCAATAACCGTGCGAATGGTTTTTACGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGAT
560 AAAATCG-TGCAATAATCGTGCGAATGGTTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGAT
*
19950673 GTTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACTTACACGTAACGCTATGAAAAATTAAAACCGACGCAA
624 G-TTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACTTACACGTAACACTATGAAAAATTAAAACCGACGCAA
* *
19950738 GTTTTTTACTTTGTTTCTTTGTTTGAGAAAAGTTTAAAAACGTTGGATTCAAGATATTCAAATTC
688 G-TTTTTACTTTGTTTCTTTGTTTGAG-AAAGTTT-AAAACATTGGATTCAAGATATTGAAATTC
*
19950803 ATTTCCATTTAAAAACCCGCCAAAACAATGCTTTTCATAATTTAAAAGCTTGACTCCAGTGAAAA
750 ATTTCCATTTAAAAACCCGCCAAAACAATGC-TTTCAT-ATTTTAAAGCTTGACTCCAGTGAAAA
*
19950868 TCGTTTTCAGAGCAAAACATAAAATTTCCATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGC
813 TCGTTTTCAAAGCAAAACAT-AAA-----ATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGC
* * *
19950933 AAACTGCTAGAGCAATTTACCACATAATTAATCACATCAAACAACTTCACAAAT
872 AAACTGCTAAAACAATTTACCACATAATTAATCACATCAAACAACTTTACAAAT
* *
19950987 GATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATCCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTA
1 AATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTA
* *
19951052 TCTAAAAGCAAAATGAGTATGAAAAACAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAACCGTGCGAATGG
66 TCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGG
**
19951117 TTTTTGCGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAAC
131 TTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATG-TTTTAAGCT-CAAAAT-CTTTCTAAC
* * ** * ** * * ****** ***
19951182 TTACACGTAACGCTATGAAAAATTAAAACCGACGCAAGTTTTTTACTTTGTTTCTTTGTTTGAGA
193 ATACACGTAACACTATGAAAAATTAAAACAAAAGCAAG--AATAACTATGTAAAAACGAACGAG-
* * * * ** *
19951247 AAAGTTTAAAAACGTTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCCGCCAAAACAA
255 AAAGATT-AAAACATTCGATGCAAGATATTCAAATTCATTTCCATCCAAAAATCCGCCAAAACAA
* * * * * *
19951312 TGCTTTTCATATTTTAAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATCGTTTTCAGAGCAAAACATAAAATTTC
319 AGC-TTGCATATTTT-AAAGCTTAACTCCA-TCAAAATC--TCTCAAAGC-AAACAT-AAA----
* * * *** * **** * ** *
19951377 CATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCTCCCCCTGCAAACTGCTAGAGCAATTTACCACAT
373 -ATTTCAAAAGAAATAAGCTTCGA---AAACACAAAATGAAAACTGC-A-AATAATGTACCACAT
* *
19951442 AATTGATCACATCAAACAACTTCACAA-ATGATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATCC
432 AATT-ATCACATCAAACAACTTCACAAGA--ATA-CCAAATATCAAGATCATT-ACATGTAATTC
* *
19951506 CTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAAATGAGTATGAAAAACGACGAAAA
492 CTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAA
* *
19951571 ATTAAAATCGTGCAATAACCGTGCGAATGGTTTTTACGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTG
557 ATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGGTTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTG
*
19951636 ATGTTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACTTACACGTAACGCTATG-AAAATTAAAACCGACGC
622 ATG-TTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACTTACACGTAACACTATGAAAAATTAAAACCGACGC
* * *
19951700 AAGTTTTTTACTTTGTTTCTTTGTTTGAGAAAAGTTTAAAAACGTTGGATTCAAGATATTCAAGT
686 AAG-TTTTTACTTTGTTTCTTTGTTTGAG-AAAGTTT-AAAACATTGGATTCAAGATATTGAAAT
19951765 TCATTTCCATTTAAAAACCCGCCAAAACAATGCTTTCATATTTTAAAAGCTTGACTCCAGTGAAA
748 TCATTTCCATTTAAAAACCCGCCAAAACAATGCTTTCATATTTT-AAAGCTTGACTCCAGTGAAA
*
19951830 ATCGTTTTCAGAGCAAAACATAAAATTTCCATTTCAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGC
812 ATCGTTTTCAAAGCAAAACATAAAATTT-CA----AAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGC
* * * *
19951895 AAACTGCTAGAGCAATTTACCACATAATTGATCACATCAAACAACTTCACAAAT
872 AAACTGCTAAAACAATTTACCACATAATTAATCACATCAAACAACTTTACAAAT
* *
19951949 GATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATCCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTA
1 AATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTA
* * *
19952014 TCTAAAAGCAAAATGAGTATGAAAAACGACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAACCGTGCGAATGG
66 TCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGG
* * *
19952079 TTTTTACGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTTAAGCTCCAAATCCTTTCTAACT
131 TTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATG-TTTTAAGCTCAAAAT-CTTTCTAACA
* ** * ** * * ****** ***
19952144 TACACGTAACGCTATGAAAAATTAAAACCGACGCAAGTTTTTTACTTTGTTTCTTTGTTTGAGAA
194 TACACGTAACACTATGAAAAATTAAAACAAAAGCAAG--AATAACTATGTAAAAACGAACGAG-A
* * * * ** *
19952209 AAGTTTAAAAACGTTGGATTCAAGATATTTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCCGCCAAAACAA
256 AAGATT-AAAACATTCGATGCAAGATA-TTCAAATTCATTTCCATCCAAAAATCCGCCAAAACAA
* * * * * * *
19952274 TGCTTTTCATATTTTAAAAGCTTGACTCTAGTGAAAATCGTTTTCAGAGCAAAACATAAAATTTC
319 AGC-TTGCATATTTT-AAAGCTTAACTCCA-TCAAAATC--TCTCAAAGC-AAACATAAAA--T-
* * * *** * **** * ** *
19952339 CATTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGCAAACTGCTAGAGCAATTTACCACATAATT
375 --TTCAAAAGAAATAAGCTTCGAAAACACAAAATGAAAACTGC-A-AATAATGTACCACATAATT
* *
19952404 AATCACATCAAACAACTTCACAA-ATGATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATCCCTCA
436 -ATCACATCAAACAACTTCACAAGA--ATA-CCAAATATCAAGATCATT-ACATGTAATTCCTCA
19952468 ACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAAATTA
496 ACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAAATTA
* * *
19952533 TAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGTTTTTTCTGCCCATAATTGCTC-GAAACAAAGTCTGAT-T
561 AAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGGTTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATGT
* * * ** * *
19952596 TCTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAATTTACACATAACAGAACGAAGAATTAAAACCGACGCAAGTT
626 TTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACTTACACGTAACACTATGAAAAATTAAAACCGACGCAAGTT
** * * *
19952661 TTTACTTTGTTTCCCTGTTTAAGAAAGTTTAAAACATTGGACTAAAGATATTGAAATTCATTTCC
691 TTTACTTTGTTTCTTTGTTTGAGAAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTGAAATTCATTTCC
*
19952726 ATTTAAAAACCCGCCAAAACAATGCTTTCATA-TTTAAAGCTTCACTCCAGTGAAAATCGTTTTC
756 ATTTAAAAACCCGCCAAAACAATGCTTTCATATTTTAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATCGTTTTC
19952790 AAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGCAAACTGCTAAAACA
821 AAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGCAAACTGCTAAAACA
*
19952855 ATTTACCACATAATTAATCACATCAAACAACTTGACAAAT
886 ATTTACCACATAATTAATCACATCAAACAACTTTACAAAT
* * * *
19952895 GATATCCAAATATCAAAATCATTCATATGTAATCCCTCAACATCCTCAGAGTACCTAAAAATGTA
1 AATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTA
* * *
19952960 TCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAAATTAAAATGGTACAATAATCGTGCGTATGG
66 TCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGG
19953025 TTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAAC
131 TTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATG-TTTTAAGCT-CAAAAT-CTTTCTAAC
* ** ** * ** * * ****** ***
19953090 TTACACGTAATGCTATGAAAAATTAAAACCGACGCAAGTTTTTACTTTGTTTCTTTGTTTGAGAA
193 ATACACGTAACACTATGAAAAATTAAAACAAAAGCAAG-AATAACTATGTAAAAACGAACGAGAA
* * * * ** * *
19953155 AGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCAAGTTCATTTCCATTTAAAAACCCGCCAAAAACAATG
257 AGATTAAAACATTCGATGCAAGATATTCAAATTCATTTCCATCCAAAAATCCGCC-AAAACAAAG
* * * * * *
19953220 TTTTCATATTTTAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATCGTTTTCAGAGCAAAACATAAAATTTCAAAA
321 CTTGCATATTTTAAAGCTTAACTCCA-TCAAAATC--TCTCAAAGC-AAACATAAAATTTCAAAA
* * * *** * **** * * *
19953285 GGATTAGGCTTCGAGTGCTCCTCCTGCAAACTGCTAAAACAATTTACCACATAATTAATCACATC
382 GAAATAAGCTTCGAAAACACAAAATGAAAACTGC--AAATAATGTACCACATAATT-ATCACATC
* * **
19953350 AAACAACTTCACAA-ATGATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATCCCTCAACATATTCA
444 AAACAACTTCACAAGA--ATA-CCAAATATCAAGATCATT-ACATGTAATTCCTCAACATCCTCA
*
19953414 GAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAATAACGAAAAATTAAAATCGTGC
505 GAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAAATTAAAATCGTGC
*
19953479 AATAATCGTGCGAATGGTTTTTATGTCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTTAAGCT
570 AATAATCGTGCGAATGGTTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATG-TTTTAAGCT
*
19953544 CCAAAATCCTTTCTAACTTACACGTAACGCTATGAAAAATTAAAACCGACGCAAGTTTTTACTTT
634 CCAAAATCCTTTCTAACTTACACGTAACACTATGAAAAATTAAAACCGACGCAAGTTTTTACTTT
* *
19953609 ATTTCTTTGTTTGAGAAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTGAAATTCATTTTCATTTAAAA
699 GTTTCTTTGTTTGAGAAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTGAAATTCATTTCCATTTAAAA
* *
19953674 ACCCGCCAAAACAATGCTTTCACATTTCAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATCGTTTTCAAAGCAAA
764 ACCCGCCAAAACAATGCTTTCATATTTTAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATCGTTTTCAAAGCAAA
* **
19953739 ACATAAAATTTCAAAAAGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCTTTGCAAACTGCTAAAACAATTTACCA
829 ACATAAAATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGCAAACTGCTAAAACAATTTACCA
*
19953804 CGTAATTAATCACATCAAACAACTTTACAAAT
894 CATAATTAATCACATCAAACAACTTTACAAAT
* *
19953836 GATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAGCATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTA
1 AATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTA
*
19953901 TCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATAG
66 TCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGG
* **
19953966 TTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTGTGATGTTTTAAGCAT-GTAA--TTTCTCAACA
131 TTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTAAGC-TCAAAATCTTTCT-AACA
* * * * * * *
19954028 TCCTCAG-AGCAC-CT-AAAAA-TATATCTAAAAGCAA-AATAAGTATG-AAAAAC-AACGA-AA
194 TACAC-GTAACACTATGAAAAATTAAAAC-AAAAGCAAGAATAACTATGTAAAAACGAACGAGAA
* * ** ** * * *
19954085 A-ATT-AAA-A-TCG-TGCAATA-ATCGTGCGAA-TGGTTTTTATGCCCATAAT-TGCTCAGAAA
257 AGATTAAAACATTCGATGCAAGATAT--T-CAAATTCATTTCCAT-CCAAAAATCCGC-CA-AAA
* * * * *
19954142 CAAAG-TGTG-ATGTTTT-AAGCATGTAATTCC-TCAACATC-CTCAGAGC--ACCTAAAAATGT
316 CAAAGCT-TGCATATTTTAAAGC-T-TAACTCCATCAAAATCTCTCAAAGCAAACAT-AAAAT-T
* * *
19954200 ATCTAAAAGCAAAATAAG-TAT-GAAAAACAACGAAAAATTAAAATCGTGC-AATAATCGTGCGA
376 -TC-AAAAG--AAATAAGCT-TCG-AAAAC-AC--AAAATGAAAA-C-TGCAAATAAT-GTACCA
** ** ** * * * * **
19954262 -ATGGTT-T-TTATGCCCATAA-TTGCTC-AGAA-A-CAAA-GTC-TGATGTTTTAAGCATGTAA
429 CATAATTATCACAT-CAAACAACTT-CACAAGAATACCAAATATCAAGAT-CATT-A-CATGTAA
* *
19954318 TTCCTCAATATCCTCAGAGCACGTAAAAATGTATCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGA
489 TTCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGA
* *
19954383 AAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATCGTTTTTATGCCCATAATAGCTCAGAAACAAAGT
554 AAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGGTTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGT
*
19954448 CTGATGTTTTAAGCTCTAAAATCCTTTCTAACTTACACGTAACACTATGAAAAATTAAAACCGAC
619 CTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACTTACACGTAACACTATGAAAAATTAAAACCGAC
* *
19954513 GCAAGTTTTTACTTTGTTTCTTCGTTTGAGAAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCAAATT
684 GCAAGTTTTTACTTTGTTTCTTTGTTTGAGAAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTGAAATT
*
19954578 CATTTCCATTTAAAAACCCGCCAAAACAATGCTTTCATATTTTAAAGCTTGACTCAAGTGAAAAT
749 CATTTCCATTTAAAAACCCGCCAAAACAATGCTTTCATATTTTAAAGCTTGACTCCAGTGAAAAT
19954643 CGTTTTCAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGCAAACTGC
814 CGTTTTCAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGCAAACTGC
* *
19954708 TAAAACAATTTACCACATAATTAATCACATCAAACAACTTCAAAAAT
879 TAAAACAATTTACCACATAATTAATCACATCAAACAACTTTACAAAT
* *
19954755 AATATCTAAATATCAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCCTCAGTGCACCTAAAAATGTA
1 AATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTA
*
19954820 TCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAAATTAAAATTGTGCAATAATCGTGCGAATGG
66 TCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGG
* *
19954885 TTTTTATGCCCATAATTGCTCAAAAACAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACT
131 TTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTAAGCT-CAAAAT-CTTTCTAACA
** * ** * * ***** ***
19954950 TACACGTAACACTATGAAAAATTAAAACCGACGCAAGTTTTTACTTTGTTTCTTCGTTTGAGAAA
194 TACACGTAACACTATGAAAAATTAAAACAAAAGCAAG-AATAACTATGTAAAAACGAACGAGAAA
* * * ** *
19955015 GTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAATCCGCCAAAACAATGCT
258 GATTAAAACATTCGATGCAAGATATTCAAATTCATTTCCATCCAAAAATCCGCCAAAACAAAGCT
* * * *
19955080 TGCATATTTTAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATCGTTTTCAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGG
323 TGCATATTTTAAAGCTTAACTCCA-TCAAAATC--TCTCAAAGC-AAACATAAAATTTCAAAAGA
* * *** * **** * *
19955145 ATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGCAAACTGCTAAAATAATTTACCACATAATTAATCACATCAA
384 AATAAGCTTCGAAAACACAAAATGAAAACTGC--AAATAATGTACCACATAATT-ATCACATCAA
* *
19955210 ACAACTTCACAAATAATATCCAAATATCAAGATCATTATATGTAATTCCTCAACATCCTCAGAGC
446 ACAACTTCAC-AAGAATA-CCAAATATCAAGATCATTACATGTAATTCCTCAACATCCTCAGAGC
19955275 ACCTAAAAATGTATCTAAAAGC-AAATAAGTATGAAAAACAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATA
509 ACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATA
* * *
19955339 ATCGTGTGAATGGTTTTTCTGCCCATAATTGTTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCCAAA
574 ATCGTGCGAATGGTTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCCAAA
19955404 ATCCTTTCTAACTTACACGTAACACTATGAAAAATTAAAACCGACGCAAGTTTTTACTTTGTTTC
639 ATCCTTTCTAACTTACACGTAACACTATGAAAAATTAAAACCGACGCAAGTTTTTACTTTGTTTC
*
19955469 TTTGTTTGAGAAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTGAAATTCATTTCCATTTAAAAATCCG
704 TTTGTTTGAGAAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTGAAATTCATTTCCATTTAAAAACCCG
*
19955534 TCAAAACAATGCTTTCATATTTTAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATCGTTTTCAAAGCAAAACATA
769 CCAAAACAATGCTTTCATATTTTAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATCGTTTTCAAAGCAAAACATA
*
19955599 AAATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGCAAACTGCTAAAACAATTTACTACATAA
834 AAATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGCAAACTGCTAAAACAATTTACCACATAA
*
19955664 TTAATCACATCAAGCACCGATAACAACTT-CAAAAT
899 TTAATCACATCAA--A-C---AAC--TTTAC-AAAT
* * *
19955699 AATATTCAAATATGAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCGTCAGAGCACCTAAAAATGTA
1 AATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTA
* * * * * *
19955764 CCTAAAAGC-AAATAAATATGGAAAACAAAGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATTGTGCGAGTGG
66 TCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGG
* * * *
19955828 TTTTTATGCCCAGAATTGTTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCTAAAATCCTTTGTAACT
131 TTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTAAGCTC-AAAAT-CTTTCTAACA
* * * * * ***** *** *
19955893 TACACGTAACACTATCAAAAATTAAAACCAATGCAA-ATTTTA-TCATGCT-TCTTTGTTTGAGT
194 TACACGTAACACTATGAAAAATTAAAACAAAAGCAAGA-ATAACT-ATG-TAAAAACGAACGAGA
* * ** ** * *
19955955 AAGTTTAAAACATTGGATTTAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAA-CCTGTCAAAACAAT
256 AAGATTAAAACATTCGATGCAAGATATTCAAATTCATTTCCATCCAAAAATCC-GCCAAAACAAA
* * * * *
19956019 GCTTTCATATTTTAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATAATTTTCAAAGCAAAACATAAAATTTCAAA
320 GCTTGCATATTTTAAAGCTTAACTCCA-TCAAAAT--CTCTCAAAGC-AAACATAAAATTTCAAA
* * * *** * **** * * *
19956084 AGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGTAAACTGCTAAAACAATTTACCACATAATTAATCACAT
381 AGAAATAAGCTTCGAAAACACAAAATGAAAACTGC--AAATAATGTACCACATAATT-ATCACAT
* * * * *
19956149 CAAGCACCGATAACAACTTCACAAATAATATTCAAATATTAAGATCATTCATATGTAATTTCTCA
443 -------C-A-AACAACTTCAC-AAGAATA-CCAAATATCAAGATCATT-ACATGTAATTCCTCA
*
19956214 ATATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAA
496 ACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAA
19956247 ATATTGGATT
Statistics
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Consensus pattern (925 bp):
AATATCCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTA
TCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGG
TTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCAAAATCTTTCTAACATA
CACGTAACACTATGAAAAATTAAAACAAAAGCAAGAATAACTATGTAAAAACGAACGAGAAAGAT
TAAAACATTCGATGCAAGATATTCAAATTCATTTCCATCCAAAAATCCGCCAAAACAAAGCTTGC
ATATTTTAAAGCTTAACTCCATCAAAATCTCTCAAAGCAAACATAAAATTTCAAAAGAAATAAGC
TTCGAAAACACAAAATGAAAACTGCAAATAATGTACCACATAATTATCACATCAAACAACTTCAC
AAGAATACCAAATATCAAGATCATTACATGTAATTCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGT
ATCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATG
GTTTTTATGCCCATAATTGCTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAAC
TTACACGTAACACTATGAAAAATTAAAACCGACGCAAGTTTTTACTTTGTTTCTTTGTTTGAGAA
AGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTGAAATTCATTTCCATTTAAAAACCCGCCAAAACAATGC
TTTCATATTTTAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATCGTTTTCAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAG
GATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGCAAACTGCTAAAACAATTTACCACATAATTAATCACATCA
AACAACTTTACAAAT
Found at i:19955592 original size:936 final size:941
Alignment explanation
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19954302 TGTTTTAAGC
*
19954312 ATGTAATTCCTCAATATCCTCAGAGCACGTAAAAATGTATCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAA
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*
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131 CAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACTTACACGTAACACTATGAAAAATTAAA
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391 AACTGCTAAAACAATTTACCACATAATTAATCACATACGATAACAACTTC-AAAATAATATTC-A
* *
19954763 AATATCAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCCTCAGTGCACCTAAAAATGTATCTAAAAG
454 AATATCAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTACCTAAAAG
* * *
19954828 CAAAATAAGTATGAAAAACAACGAAAAATTAAAATTGTGCAATAATCGTGCGAATGGTTTTTATG
519 C-AAATAAATATGAAAAACAAAGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGGTTTTTATG
*
19954893 CCCATAATTGCTCAAAAACAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACTTACACGTA
583 CCCAGAATTGCTCAAAAACAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACTTACACGTA
* * * * *
19954958 ACACTATGAAAAATTAAAACCGACGCAAGTTTT-TACTTTGTTTCTTCGTTTGAGAAAGTTTAAA
648 ACACTATCAAAAATTAAAACCAACGCAAATTTTAT-C-ATGCTTCTTCGTTTGAGAAAGTTTAAA
19955022 ACATTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAATCC-GCCAAAACAATGCTTGCATA
711 ACATTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAA-CCTGCCAAAACAATGCTTGCATA
**
19955086 TTTTAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATCGTTTTCAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGGATTAGG
775 TTTTAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATAATTTTCAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGGATTAGG
*
19955151 CTTCGAGTGCTCCCCCTGCAAACTGCTAAAATAATTTACCACATAATTAATCACAT-C-A-AACA
840 CTTCGAGTGCTCCCCCTGCAAACTGCTAAAACAATTTACCACATAATTAATCACATACGATAACA
19955213 ACTTCACAAATAATATCCAAATATCAAGATCATT-AT
905 ACTTCACAAATAATATCCAAATATCAAGATCATTCAT
*
19955249 ATGTAATTCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGC-AAATAAGTATGAAAAA
1 ATGTAATTCCTCAATATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAA
* * * * *
19955313 CAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGTGAATGGTTTTTCTGCCCATAATTGTTCAGAAA
66 CAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATCGTTTTTATGCCCATAATAGCTCAGAAA
19955378 CAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACTTACACGTAACACTATGAAAAATTAAA
131 CAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACTTACACGTAACACTATGAAAAATTAAA
*
19955443 ACCGACGCAAGTTTTTACTTTGTTTCTTTGTTTGAGAAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATT
196 ACCGACGCAAGTTTTTACTTTGTTTCTTCGTTTGAGAAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATT
* * * *
19955508 GAAATTCATTTCCATTTAAAAATCCGTCAAAACAATGCTTTCATATTTTAAAGCTTGACTCCAGT
261 CAAATTCATTTCCATTTAAAAACCCGCCAAAACAATGCTTTCATATTTTAAAGCTTGACTCAAGT
19955573 GAAAATCGTTTTCAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGCA
326 GAAAATCGTTTTCAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGCA
*
19955638 AACTGCTAAAACAATTTACTACATAATTAATCACATCAAGCACCGATAACAACTTCAAAATAATA
391 AACTGCTAAAACAATTTACCACATAATTAATCACAT-----A-CGATAACAACTTCAAAATAATA
* *
19955703 TTCAAATATGAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCGTCAGAGCACCTAAAAATGTACCTA
450 TTCAAATATCAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTACCTA
* * *
19955768 AAAGCAAATAAATATGGAAAACAAAGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATTGTGCGAGTGGTTTTT
515 AAAGCAAATAAATATGAAAAACAAAGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGGTTTTT
* * * *
19955833 ATGCCCAGAATTGTTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCTAAAATCCTTTGTAACTTACAC
580 ATGCCCAGAATTGCTCAAAAACAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACTTACAC
* * *
19955898 GTAACACTATCAAAAATTAAAACCAATGCAAATTTTATCATGCTTCTTTGTTTGAGTAAGTTTAA
645 GTAACACTATCAAAAATTAAAACCAACGCAAATTTTATCATGCTTCTTCGTTTGAGAAAGTTTAA
* * *
19955963 AACATTGGATTTAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCTGTCAAAACAATGCTTTCATA
710 AACATTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCTGCCAAAACAATGCTTGCATA
19956028 TTTTAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATAATTTTCAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGGATTAGG
775 TTTTAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATAATTTTCAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGGATTAGG
*
19956093 CTTCGAGTGCTCCCCCTGTAAACTGCTAAAACAATTTACCACATAATTAATCACATCAAGCACCG
840 CTTCGAGTGCTCCCCCTGCAAACTGCTAAAACAATTTACCACATAATTAATCACAT-----A-CG
* *
19956158 ATAACAACTTCACAAATAATATTCAAATATTAAGATCATTCAT
899 ATAACAACTTCACAAATAATATCCAAATATCAAGATCATTCAT
*
19956201 ATGTAATTTCTCAATATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAA
1 ATGTAATTCCTCAATATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAA
19956247 ATATTGGATT
Statistics
Matches: 928, Mismatches: 48, Indels: 29
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
936 365 0.39
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ACGTcount: A:0.40, C:0.18, G:0.11, T:0.30
Consensus pattern (941 bp):
ATGTAATTCCTCAATATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAAATAAGTATGAAAAA
CAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATCGTTTTTATGCCCATAATAGCTCAGAAA
CAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACTTACACGTAACACTATGAAAAATTAAA
ACCGACGCAAGTTTTTACTTTGTTTCTTCGTTTGAGAAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATT
CAAATTCATTTCCATTTAAAAACCCGCCAAAACAATGCTTTCATATTTTAAAGCTTGACTCAAGT
GAAAATCGTTTTCAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGCA
AACTGCTAAAACAATTTACCACATAATTAATCACATACGATAACAACTTCAAAATAATATTCAAA
TATCAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCCTCAGAGCACCTAAAAATGTACCTAAAAGCA
AATAAATATGAAAAACAAAGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATCGTGCGAATGGTTTTTATGCCC
AGAATTGCTCAAAAACAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCCAAAATCCTTTCTAACTTACACGTAACA
CTATCAAAAATTAAAACCAACGCAAATTTTATCATGCTTCTTCGTTTGAGAAAGTTTAAAACATT
GGATTCAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCTGCCAAAACAATGCTTGCATATTTTAA
AGCTTGACTCCAGTGAAAATAATTTTCAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGGATTAGGCTTCGA
GTGCTCCCCCTGCAAACTGCTAAAACAATTTACCACATAATTAATCACATACGATAACAACTTCA
CAAATAATATCCAAATATCAAGATCATTCAT
Found at i:19956482 original size:283 final size:283
Alignment explanation
Indices: 19955961--19956530 Score: 829
Period size: 283 Copynumber: 2.0 Consensus size: 283
19955951 GAGTAAGTTT
*
19955961 AAAACATTGGATTTAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCTGTCAAAACAATGCTTTCA
1 AAAACATTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCTGTCAAAACAATGCTTTCA
* * *
19956026 TATTTTAAAGCTTGACTCCAGTGAAAATAATTTTCAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGGATTA
66 TATTTTAAAGCTTGACTCAAGTGAAAATAATTTTCAAAGCAAAACAGAAAATTTCAAAAGCATTA
** * *
19956091 GGCTTCGAGTGCTCCCCCTGTAAACTGCTAAAACAATTTACCACATAATTAATCACATCAAGCAC
131 GGCTTCGAGTGCTCCCCCTACAAACTGCTAAAACAATTTAACACACAATTAATCACATCAAGCAC
* * * * *
19956156 CGATAACAACTTCACAAATAATATTCAAATATTAAGATCATTCATATGTAATTTCTCAA-TATCC
196 CAATAACAACTTCACAAATAACATCCAAATATGAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACT-TCC
19956220 TCAGAGCACCTAAAAATGTATCTA
260 TCAGAGCACCTAAAAATGTATCTA
* * * *
19956244 AAAATATTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTTCATTTAAAAACTTGGT-AAAACATTGCTTTC
1 AAAACATTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCT-GTCAAAACAATGCTTTC
** *
19956308 ATATTTTAAAGCTTGACTCAAGTGAAAATCGTTTTTAAAGCAAAACAGAAAATTTCAAAAGCATT
65 ATATTTTAAAGCTTGACTCAAGTGAAAATAATTTTCAAAGCAAAACAGAAAATTTCAAAAGCATT
** * *
19956373 AGGCTTCGAGTGCTCTTCTTACAAACTGCTAAAACAATTTAAGACACAATTAATCACATCAAGCA
130 AGGCTTCGAGTGCTCCCCCTACAAACTGCTAAAACAATTTAACACACAATTAATCACATCAAGCA
* * * *
19956438 CCAATAACAACTTCTCAAATAGCATCCAGATATGAAGGTCATTCATATGTAATTCCTCAACTTCC
195 CCAATAACAACTTCACAAATAACATCCAAATATGAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACTTCC
* * *
19956503 TTAGAGCGCCTAGAAATGTATCTA
260 TCAGAGCACCTAAAAATGTATCTA
19956527 AAAA
1 AAAA
19956531 AAAATAAGTA
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 31, Indels: 4
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
283 251 0.99
284 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.19, G:0.10, T:0.31
Consensus pattern (283 bp):
AAAACATTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCTGTCAAAACAATGCTTTCA
TATTTTAAAGCTTGACTCAAGTGAAAATAATTTTCAAAGCAAAACAGAAAATTTCAAAAGCATTA
GGCTTCGAGTGCTCCCCCTACAAACTGCTAAAACAATTTAACACACAATTAATCACATCAAGCAC
CAATAACAACTTCACAAATAACATCCAAATATGAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACTTCCT
CAGAGCACCTAAAAATGTATCTA
Found at i:19957045 original size:759 final size:756
Alignment explanation
Indices: 19955495--19956929 Score: 2052
Period size: 758 Copynumber: 1.9 Consensus size: 756
19955485 TAAAACATTG
* **
19955495 GATTCAAGATATTGAAATTCAT-TTCCATTTAAAAA-TCCGTCAAAACAATGCTTTCATATTTTA
1 GATTCAAGATATTAAAATTCATCTT-CATTTAAAAACTTGGT-AAAACAATGCTTTCATATTTTA
* * *
19955558 AAGCTTGACTCCAGTGAAAATCGTTTTCAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGGATTAGGCTTCG
64 AAGCTTGACTCAAGTGAAAATCGTTTTCAAAGCAAAACAGAAAATTTCAAAAGCATTAGGCTTCG
* ** * *
19955623 AGTGCTCCCCCTGCAAACTGCTAAAACAATTTACTACATAATTAATCACATCAAGCACCGATAAC
129 AGTGCTCCCCCTACAAACTGCTAAAACAATTTAAGACACAATTAATCACATCAAGCACCAATAAC
* * *
19955688 AACTTCAAAATAATATTCAAATATGAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCGTCAGAGCAC
194 AACTTCAAAATAACATCCAAATATGAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCCTCAGAGCAC
**
19955753 CTAAAAATGTACCTAAAAGCAAATAAATATGGAAAACAAAGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATT
259 CTAAAAATGTACCTAAAAAAAAATAAATATGGAAAACAAAGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATT
* *
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*
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*
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* * *
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* *
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* * ** * * * *
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*** * * *
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* * *
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*
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** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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259 CTAAAAATGTACCTAAAAAAAAATAAATATGGAAA-ACAAAGAAAAATTAAAATCGTGCAATAAT
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** * * * * * *
19956641 CCTTTTATATAACTTATGCTTAACACTATGAAAAATTAAAACTAATGCAAGTTTTAT-GTGTTTC
388 CC--TT-TATAACTTACACGTAACACTATCAAAAATTAAAACCAATGCAAATTTTATCATGCTTC
* *
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* * *
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* * * *
19956834 AAAATTTCAAAAGCATTAGGTTTCGAGTGCTCCCCTTTGTAAACTGCTAAAATAATTTAGCACAC
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*
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TGCTCCCCCTACAAACTGCTAAAACAATTTAAGACACAATTAATCACATCAAGCACCAATAACAA
CTTCAAAATAACATCCAAATATGAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCCTCAGAGCACCT
AAAAATGTACCTAAAAAAAAATAAATATGGAAAACAAAGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATTGT
GCGAATGGTTTTTATGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTAAGCTCTAAAATCCT
TTATAACTTACACGTAACACTATCAAAAATTAAAACCAATGCAAATTTTATCATGCTTCTTTGTT
TGAGTAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTCCATTTAAAAACCTGTCAAAA
CAATGCTCTCATATTTTAAAGCTTGACTCAAATGAAAATAATTTTCAAAGCAAAACATAAAATTT
CAAAAGCATTAGGCTTCGAGTGCTCCCCCTGTAAACTGCTAAAACAATTTACCACACAATTAATC
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19957096 GCTTATTCAA
19957106 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT A
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AAT
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* * * * * **
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** *
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ATTTCAATAATTATACT
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* * * * *
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* * * * * ***
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* * * * * * ** * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* * *
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** * ** * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 TATATAAG-CTTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAA-
* * * * * * * *
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63 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTAT
* * * * * *
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* * * * ** ** * * **
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* * * * * * *
19958777 GATTTAAAAATTTAATCTATTTACCTAA-CAACTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
65 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATC
* * * *
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* * **
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* * * * * * * * *
19958955 AATATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-TAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTA
63 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTA
* * * * * * *
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* * * * * * * *
19959074 TCATACAAGC--ATTTAGATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTACCAATTAATAAGTAAA
1 T-ATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTGA-AAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * * * * * * *
19959137 ATATTT-TAAAATAAATATGCTTACTGAAA--AAGTTTAAGTAGTCATAAATATTTGAATAATTA
64 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGC-CAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTA
* * ** * * * **
19959199 TTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAATCAATTGTATCAGTTC
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* * * * **
19959254 -ATATAAGCTTATTGTA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACGAGTAAG
1 TATATAAGCTTATT-CAGAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTT-GAAAATTAATAAGTAAG
* * ** * * * * *
19959317 AAATTTCAAAAAATGAATTTGTTTATCGAA-TAAGTTCAATTAGTTATGACTATTTGAATAATTA
64 AGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTA
* * * * ** * *
19959381 TCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTTATTTTCTCATAGCATAATTGTTTTTGTTC
127 TCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTC
* * * * *
19959437 -ATACAAGCTTATTCCA-AATAAAAT--AATTACATTTGTTTATATTTAAAAAATTAATAAGTAA
1 TATATAAGCTTATT-CAGAATAAAATAAAACTA-ATTTATTAATATTT-GAAAATTAATAAGTAA
* * * ** * * * *
19959498 AAAATTAAAAAAAATAAATTTGCTTT-CTGAACCCATTC-AATAGTTATGACTATTTAAATAATT
63 GAGATT-TAAAAAATAAATTTG-TTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATT
* * * * * *
19959561 ATCTATTTCAAATAGTTATGGCCTTTTGTTTTGTTATAAACCAATTGTTTCTGTTC
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* * * ** *
19959617 -ATAAAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA
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* * ** * * *
19959680 ATATTTAAAAATTAAATTTGTTTATC-GAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
64 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTAT
* * ** * * *
19959744 TTATTTCAAATAGTTATG-CTCTTTTGTTTTGTCATAAAGTAATTGTTTCTATTC
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* * * * *
19959798 -ATACAAGTTTATTCTA-AATAAAATCATACTAATTTATTAATATTCT-ACAAATTAATAGGT-A
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* * * * *
19959859 GAAGATTTAAAAAAGAAATTAGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATA-TTCAT-ATCCACT-TGAACA
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* ** * * * *
19959920 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTTAAAAAAAATTGTTTCTATTC
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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** * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * *
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* * * * * **
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* * * * * * *
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** ** * * * ** *
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* * *
19960466 ATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGATC
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * * ** *
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* * * * * *
19960762 GATTTAAAAAATAAATTCGTTTGCCTAACCACTTCAAATAGTTA-AAGTTGTATGAACAATTATC
65 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTATGA-CTATATGAACAATTATC
* * *
19960826 TATTTCAAATCAG-TATGACCTTTT-TATTGTGTCATAAAATAA--ATTTTCAGCTC
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** * * *
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* * * * * * * * *
19960942 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAATAATTAT
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* * * * * * * *
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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19978988 T
1 T
19978989 CTTTATCCTT
Statistics
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Consensus pattern (26 bp):
TATTTTCTAATTAGTTTCCATATTTA
Found at i:19985291 original size:21 final size:22
Alignment explanation
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19985245 GTATTTTTAT
*
19985255 TTAAATTATTAAAATT-TAAAA
1 TTAAATTAATAAAATTCTAAAA
*
19985276 TTAAATTAATATAATTCTAAA
1 TTAAATTAATAAAATTCTAAA
19985297 TTATTTGAAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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22 4 0.22
ACGTcount: A:0.55, C:0.02, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (22 bp):
TTAAATTAATAAAATTCTAAAA
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Alignment explanation
Indices: 19986980--19987033 Score: 63
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19986970 TCTTTTATCC
19986980 CTTTTTCTTACCCTCACCGTTCTT
1 CTTTTTCTTACCCTCACC-TT-TT
* *
19987004 CTTTTTCTTGCCTTCACCTTTT
1 CTTTTTCTTACCCTCACCTTTT
*
19987026 TTTTTTCT
1 CTTTTTCT
19987034 CATTTTTCTT
Statistics
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0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
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CTTTTTCTTACCCTCACCTTTT
Found at i:19987056 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 19987024--19987072 Score: 73
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19987014 CCTTCACCTT
*
19987024 TTTTTTTTC-TCATTTTTCTTTTTC
1 TTTTTTTTCTTC-TGTTTCTTTTTC
19987048 TTTTTTTTCTTCTGTTTCTTTTTC
1 TTTTTTTTCTTCTGTTTCTTTTTC
19987072 T
1 T
19987073 CAGCCATAAG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 2
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24 21 0.91
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TTTTTTTTCTTCTGTTTCTTTTTC
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Alignment explanation
Indices: 19989177--19989218 Score: 57
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19989167 ATAAGTTGAG
19989177 GATGATAAGGAT
1 GATGATAAGGAT
* **
19989189 GATGATGATTAT
1 GATGATAAGGAT
19989201 GATGATAAGGAT
1 GATGATAAGGAT
19989213 GATGAT
1 GATGAT
19989219 GCTGAGATAG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 6, Indels: 0
0.80 0.20 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 24 1.00
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Consensus pattern (12 bp):
GATGATAAGGAT
Done.