Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
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Warning! 139000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 190
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*
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAT
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ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGAC
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*
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* *
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1 TATAACTA-TTCAAATAGT
*
107785 -ATAATTATTCAAATAGT
1 TATAACTATTCAAATAGT
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1 TATAACTATT
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TATAACTATTCAAATAGT
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107549 GTTCATAATG
* * * *
107559 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACCATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACCATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATA
* ** * **
107624 TTTTAAATTTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTGGTATTATTTTATTTTGAATAA
66 TTTTAAATTTCTTACTCATTAATTGTTGGAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATTCAAATAA
* * * * * * *
107689 GCCTATATGAACCAATACAATTGTTTTATGGCTAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATATATA
131 GCCTATATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATA
107754 ATTATTCAAATAGTTATGAC
196 ATTATTCAAATAGTTATGAC
* * * *
107774 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTGTTCT-ATAAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACCATTTAAACTTGTT-TGATAAACAGATTTAT
* *
107838 -TTTTAAAATCTT-TTACTTATTAATTGTT-GAATTATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAA
65 ATTTT-AAAT-TTCTTACTCATTAATTGTTGGAA-TATTAATAAACTAATATTATTTTAATTCAA
* * * *
107900 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGTCCTAATGATTTGAAATA
127 ATAAGCCTATATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATA
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192 AATAATTATTCAAATAGT
107983 CATAATTATT
Statistics
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0.84 0.13 0.04
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214 7 0.04
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ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACCATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATA
TTTTAAATTTCTTACTCATTAATTGTTGGAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATTCAAATAA
GCCTATATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATA
ATTATTCAAATAGTTATGAC
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107764 TAGTTATGAC
* * * *
107774 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTGTTCT-ATAAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-TGATAAACAGATTTAT
*
107838 TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAATTATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATTCAAAT
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* * * *
107902 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAAGTCCTAATG
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* * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTA-T
* * * * * * *
108020 TTTTAAATCTTTTACTTTTTAGTTGTCTGAATACTAATAAATTTGTATTATTTTAATT-GAATAA
65 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAATTCAAAT-A
* * * * * *
108084 AG-TTGTTTGAATAAAAAAAATTATTTTATGACAAAGCAAAAGGTTATAGCG
128 AGCTTGTATGAATAAAAACAATT-GTTT-TGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* *
108135 ATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTAGT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTA-T
* * * * * * * *
108200 TTTTAAGTCTCTTACTTATTGATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGAATTGTGTT-ATTCCTAATC
65 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAATT-CAAATA
** **
108264 AGCTTGTACAAATGGAAACAATTGTTTTGCAACAAAACAAAAGGTCATAACG
128 AGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTG--ACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * ** ** ** * *
108316 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTGTACTGGTCAGGCCAATC-GATTCTT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT-TTGATAAACAGATT-TA
* * * *
108380 TTTTTAAAT-TCATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTACTTT-ATTCCGAA
64 TTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAATT-CAAA
* * * ** *
108443 TAAGATTGTATTAATAGAAACAACTAT-TTTCTGACAAAACAAATTGTCATAACT
126 TAAGCTTGTATGAATAAAAACAA-T-TGTTT-TGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * *
108497 ACTTGAAATAAATAATTGTTCAA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAA
108520 GTTGTTATAA
Statistics
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0.78 0.16 0.06
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179 7 0.02
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TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAATTCAAATAAGC
TTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAACG
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109957 CAAATCTATT
* *
109967 TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTTGAATGTTAATAAATTAGCATATTTTATTCTGAAT
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* * * * *
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65 AAGCTTGAATGATAAAAAACAATCATTATATAACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAA
* * * * * *
110097 TAATTGTTCAAATGGCCATATTTATTTTAACTGATTTGGTAAACGAATTTA
130 TAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAATGATTTAGTAAACAAATTCA
* * *
110148 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGATATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTGA-ATATTAATAAATTAGCA-TATTTTATTCTAAA
* * ** * * *
110212 TAAGCTTGAATGATAAAAAATATTTGTTATATAACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAC
64 TAAGCTTGAATGATAAAAAACAATCATTATATAACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAA
*
110277 ATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAATGATTTAGTAAACAAATTCA
129 ATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAATGATTTAGTAAACAAATTCA
*
110329 CTTTTTAAAT
1 TTTTTTAAAT
110339 TTTGAAATAT
Statistics
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0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
179 7 0.04
180 14 0.09
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110473 CTGTTTCGGC
* * * *
110483 AAATAGATTTATGTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAAATTAGTATTAT
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* ** * * * *** *
110547 TTAATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTG--AGTCAAATATTTTATAATGGAACAAAAGGTTATAA
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* *
110610 CGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATA-AGAACTGGTTTAGT
130 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTGAACTGGTTTAGT
110652 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
110717 TTATTCTGAATAAGCTTGTATG-A-TGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAACGTTCATAAT
66 TTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * *
110780 GATTTGAAATAGATAACTGTTAAAATGGGCATAATTATTTGAATTGATTCAGT
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* * * * * *
110833 AAATAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTATTATTATC
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * *
110894 TTATT-TCAAATAAGCTTTTAT-AA-T-TAAAACAATTGTTTTAT-AGCAAAACAAAAGGTCATT
66 TTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
110954 ACAATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTAAATTTGTTTAGA
129 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-TTG-AAC---------TGGTTTAGT
* * *
111009 AAACATATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTAT
1 AAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * *
111073 TTTGTTTTGTATAAGCTTTTATGAATTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
65 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
*
111136 CGATTTTAAATA-AGTAATTATTCAAATA
130 CGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATA
111164 GTCATAACTA
Statistics
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179 6 0.01
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GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTGAACTGGTTTAGT
Found at i:111058 original size:181 final size:178
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110635 ATAAGAACTG
* *
110645 GTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
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* * * * * *
110710 TATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAACGTT
66 TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTTTATAAT-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * * *
110774 CATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTAAAATGGGCATAATTATTTGAATT
129 CATAACGATTTTAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
* * * * * * *
110825 GATTCAGTAAATAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTA
1 G-TTTAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * *
110886 TTATTATCTTATTTCAAATAAGCTTTTATAATTAAAACAATTGTTTTAT-AGCAAAACAAAAGGT
65 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATAATTAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGT
* * * ** *
110950 CATTACAATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTAAATTT
129 CATAACGATTTTAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TT
* * *
111002 GTTTAGAAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTA
1 GTTTAGTAAACACATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * *
111066 GTATTATTTTGTTTTGTATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
65 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTAT-AATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* *
111131 CATAACGATTTTAAATAAGTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTT
129 CATAACGATTTTAAATAA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ATT
* * * * * *
111183 ATTTGGTAAACACATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATA
1 GTTTAGTAAACACATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
111243 TATCAAGATA
Statistics
Matches: 345, Mismatches: 59, Indels: 26
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
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TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATAATTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
TAACGATTTTAAATAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
Found at i:111804 original size:182 final size:182
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Indices: 111291--115329 Score: 1637
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111281 GGTCTTTGCA
* * * * *
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* * * * *
111353 TTTTTTAAATCT-TAGACTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAATTAATATTATTTTTATTTTGA
65 TTTTTAAAATCTCT-TACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGA
* * **
111417 ATAAGCTTGTATG-A-TAAAAAAAATCGTTTTATAACAAAACAAATCGTCATAATG
128 ATAAGCTTGTATGAACT-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *
111471 ATTTGAAATAAATAATTATT-TAA-ATGACCA-TAATTATTTTAACTGATTCGATAAACAAATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA-G-TCATTAACTATTTGAACTGATTCGATAAAC-AATTT
* * * **
111533 ATTTTTT-AAATCTATTACTTATCAATTTTAGAAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTT
63 ATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * * *
111597 ATAAGTTTGTATTAACTAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
128 ATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
111652 ATTTTAAATAGACAATTGTTCTAATAGTCATT-ACTATTTGAACTTATTTGATAAATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATTAACTATTTGAACTGATTCGATAAACA-ATTTAT
* * *
111716 TTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAA
65 TTTTTAAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * *
111780 TAAGCATGTATGAACTGAAACAATTGTCTTATGACTAAATA-AAAAGGTCATAATG
129 TAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * *
111835 ATTTGAAATATATATTTGTTTTAATAGTC-TTAACCATATGAACTGGTTCGATAAATAA--TA-T
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATTAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAATTTATT
* * * ***
111896 TTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTATTAAATTTA-TATTATTTTAATCCAAA
66 TTTTAAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAA
* *
111959 TAAGCTTTTATGAAC-AAAAAAATTGTTTTATGAC--AACAAAAGATCATAATG
129 TAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* *** * * ** **
112010 ATTTGAAATTGATAACCGTT-TATATAGT-TTTAACTATTTGAACT-AGTTAGGCAATTAGATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCTA-ATAGTCATTAACTATTTGAACTGA-TTCGATAAACA-ATTT
** * *
112072 ATTTTTTAATTTTCTTGGTTTTGAATCTTATACTAATTCTT-GAAATATTAATAAATTAGAATTA
63 ATTTTTTAA-AATC----TCTT--A-CTTAT--TAATT-TTAGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * *
112136 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG--TTGAAAAATAATTTTTTTATGACAAAACGAAAGGATATA
117 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-T-CA
*
112199 TCAATTTT
178 T-AA--TG
* * ** * * * ** * *
112207 ATTTCAAATAAGCCTATATGTTGAAAAAC-AATTGT-TTTATGACAAAATGAAAGGTAATAAT-G
1 ATTTGAAAT-AG---ATA-ATT---ATTCTAATAGTCATTA--ACTATTTG-AA-CTGAT--TCG
* * * * * * *
112269 ATTTGAAATAGA--TAATTGTTCAAATGGC-CATAATTATTTAAACTAATTTGGTAAACTGATTT
52 A--T-AAACA-ATTTATTTTTTAAAAT--CTCTTACTTA-TT-AA-T--TTTAG-AAA-T-A-TT
* ** * * * ** *
112331 ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAAG-TTGTATTATTTTATTTTGGATA
102 A----ATAAAT-TAGTATT-A-TTTT---ATTTTGAAT-AAGCTTGTATGA----A--CTAAAAA
* * ** * *
112394 AA--CTTTTATGAACTGAAAC-AATTGT-TTTATG
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**** * * * * *
112425 ACAAAACAAAAGTTAATAATTGTTCAAATAGTCA-TAGCTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAGA
1 ATTTGA-AATAG---ATAATTATTCTAATAGTCATTAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAACA-A
* * * ** *
112488 TTTATTTTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTTTCAAA-AGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTT
60 TTTATTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*** * * * * * * * * **
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* * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATTAACTATTTGAACTGATTCGATAAACA-ATTTAT
* * * * * * ***
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* * * * * **
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATTAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAAC-AATTTA
* * **
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* * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * ** **
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* * * * * * * *
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* * * * **
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* * * * *
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* * *
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* *
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* ** * * * * * * **
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* **
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* * * * * *
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* * *
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** * * * * *
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* * * ** * ** * * *
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* ** ** * ***
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* * * * * * * **
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* * *
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* * * *
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** * ** * *
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*** **
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* * * ****
114359 AA-TAGAAA-AATTTATTATATGACAAAATAAAAAGTTATAGTTGTTTGAAATAG
129 AACTA-AAACAATTT-TTTTATGACAAAA-CAAAAGTCATAACAATTTGAAATAG
* * *
114412 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGA-AAAACAGATTCATTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
*
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65 CTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATG
* * * *
114529 AA-TAGAAACAATTTTTTTGTGATAAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
129 AACTA-AAACAATTTTTTTATGA-CAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * *
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* * * * **
114646 -CATTACTTATTAA-TTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAGTAAGAC-TGG
64 TC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTAT
* * * * * *
114708 ATGAAC-ATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCCTAACAGTTTAAAATAA
126 ATGAACTA-AAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAG
* * ** * * *
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1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* ** ** * * * * *
114828 TTACTTCTTAATTTTCCAAATACAAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAC
66 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA
* * *
114893 CAAAAACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAG
131 CTAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAG
** * * *
114944 ATAATTGTTCAAATAGTTTTAACTATTTAAACTAGTT-AGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCA-GAAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
115008 CTTACTTATTAATTTTTAAAATACTAATAAAGTCA-TTTTATTTTATTTCGAATAAG-TTAGTAT
65 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TAT
* * * ** *
115071 G-ATTGAAAA-AATTGTTTTAT-A-AAAAGTAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAA
128 GAACT-AAAACAATTTTTTTATGACAAAA-CAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAG
* * * *
115123 ATAATTGTTC--ATA-TCTTAGCTATTTGAACT-GATTCAGCAAACAAATTTATTTTTTTAAATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGAAAACAGATTTA-TTTTTTAAATC
* * * * ** *
115184 TCTTAGTTATTAATTTTTGAAATTTTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AGACTTGTAT
64 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTATAT
* * * * * * *
115248 GAACAAAAATAATATTTTTAT-AGTAAAACAAAAGGTTATAACGATTT-AAAGTAT
128 GAACTAAAACAATTTTTTTATGA-CAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAA-TAG
*
115302 ACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
115330 AATCACTTAT
Statistics
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* **
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * *
112757 ATAATTATTTTATAACAAAACAAATA-TCATAACAATTT-AAGATTAG
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* * ** * * * * *
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1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
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* * * *
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* *
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* * * **
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* *
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* * ** * *
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1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * *
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* * * * * **
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129 AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* ** * * *
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* *** * ** ** * *
113412 TATTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATT
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
113645 ACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATTATTTGAAACAAATAATTGTTCAAA
130 ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * *
113710 TACTCATAACTATTTGTA-TGTGTTCATAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAAT
195 TAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCATAAAACAGATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAAT
* *
113773 TTTTTGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTAGAATAGGCTTATATGATGAAAAACAATT
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* **
113837 GTTTTTTGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
321 -TTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAG
* *
113878 ATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* ** *
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* * * * ** * *
114007 ACTGATACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAA
130 ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * *
114072 TAGTTATGACTATTTGAACTTGTCCGAT-AAACATATTTATTTTAAAATCTTTTGCTTAGTAATT
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* *** * *
114136 GTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCT-AATAAGCTTATAT-A--AAAAAC-A---
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*
114193 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAA
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* * * *** * *
114231 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTGTTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
114296 TTACGTATTAA-TTATATGAAAATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTGAAATAAGTTTGTATGA
66 TTACTTATTAATTTTTA-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
114360 ATAGAAA-AATT-TATTATATGACAAAATAAAAAGTTATAGTTG-TTTGAAATAGATAATTGTTC
130 ACAGAAACAATTGT-TT-TATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * *
114422 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGA-AAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
192 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCATAAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * *
114486 AATTTTTAGAATATTAAT--A-T-G--TTA---T-TTTGAATAAGCTTATATGAAT-AGAAACAA
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* * *
114540 TTTTTTTGTGATAAAA-AGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
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* * * *
114583 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGCA-TTGGTCAA-ACCAACAGATTCATTTTTTAAATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATA--AACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * *
114646 -CATTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAGTAAGAC-TGGA
64 TC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTA
* * * * * * *
114709 TGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCCTAA-CAGTTTAAAATAAATAATTGTT
127 TGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** * * * *
114773 AAAATAGTTATAACTAAGTGAACTAGTTTAGT-AAATAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTCTT
191 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-TAAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATT
*** ** * * * * *
114837 AATTTTCCAAATACAAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGACCAAAAACAT
255 AATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTATATGATCAAAAACA-
* * *
114902 TTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAG
318 ATTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAG
** * * * *
114944 ATAATTGTTCAAATAGTTTTAACTATTTAAACTAGTT-AGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
115008 CTTACTTATTAATTTTTAAAATACTAATAAAGTCA-TTTTATTTTATTTCGAATAAG-TTAGTAT
65 CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTAT
** * * *
115071 G-ATTGAAAAAATTGTTTTAT-A-AAAAGTAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTC
128 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * ** * *
115133 --ATA-TCTTAGCTATTTGAAC-TGATTCAGCAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTAGTTAT
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* * * * * *
115194 TAA-TTTTTGAAATTTTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AGACTTGTATGAACAAAAA
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* * * * * *
115257 TAATATTTTTAT-AGTAAAACAAAAGGTTATAACGATTT-AAAGTAT
316 CAAT-TTTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA-TAG
* * * **** *** **
115302 ACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAATCACTTATT-AAT-TTTTGAAAGA-TTAATAAAT-
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA--ACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATC
** * ** * ** *** * *
115363 TAGTA-TTATT--TTATTT-CAA-A-T-A-AGCTT-GTATGA-TAAAAAAC-AAT-TGC-TATAT
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** * * **** * * *
115415 GAACA-AAA-AAAAGTAATAATGATTTGA-AATA-G--ATAATG--TTGAAATGGCCATAATTAT
128 GAACAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG--ATAATT-G
* * * * * * * * *
115472 TTGAACTAATTTGTTA-AACAAATT-CACTT-TT--TGAATC--ACTTA---TT-AAT-T-TT--
189 TT---C-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCATAAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * **
115522 TGA--AA--TA-----TA--AATAAATTATTATTATTTAATTTTGAATAAGCTTGTATGAGCTGA
250 TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTATATGATCAAA
* * * * *
115576 AACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAA
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* ** * * ***
115623 ACT-ATTATTCAAATAGTTGTAATTATTTGAATTTGTTTGGTAAACA-ATTTTACTTTTTTAAA-
1 A-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGA-TTTA-TTTTTTAAAT
* *
115685 CTCTTGCTTATTAATTTTT-GAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTC-AATAAGCTT-T
63 CTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGT
* * ** * *
115747 AATGAACTGAAAGAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAAAGAATTGT
126 -ATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
** * *
115811 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATA-A-ATTTATTTTTTCAAATATTTTACT
190 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCATAAA-ACAGATTTA-TTTTT-AAATCTCTTACT
* * * * * *
115874 TATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTA-TTACGAATAAGCTTACAAGAT-ATG
251 TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTA--AATAAGCTTATATGATCA-A
* * * * * *
115937 AAACAAATATTTTATGACTAAAC-AAAGGTCAGAACGATTTGAAATAA
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* * ** * *** *
115984 ATAATTATTCTAATAGTTTTAACTCTTTGAA-TTGGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT
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* *
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* * * * * **
116110 GATCAGAAACAATTTTTTTATGATAAAAC-AAA-G-----AT--TTTAACAATTGATAATTGCCC
128 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTC
* * * * * *
116166 AAATAGTCATAACTATTT-AAATAGTTCGGTAAATA-A-ATTTATTTTTAAATTTGTTATTTATT
192 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-ATAAA-ACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATT
* *
116228 AA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATTAAAAACA
255 AATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTATATGATCAAAAACA
* * *
116292 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATCG
318 ATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAG
** * * * * * * *
116335 ATAATCATTCGAATGGCCATAATTATTT-AAATTGATTCAATAAACAGGTTTATTTTTTAAAATT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAGATTTATTTTTT-AAATC
* * * * ** *
116399 TTTTACTTATTAA--TTTAGGAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTCCATCTAAGCTTATA
64 TCTTACTTATTAATTTTTA-G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * * * * * * *
116462 TTAACTA-AAACATTTATTTTATGACAAATCACAAAGATTATAATGATTTTAAATAGACT-ATTA
127 TGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTG
* * * *
116525 TTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGTTCGGT-AAACAAATTTATTTTTTTAAA--TC-T-CT
189 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-ATAAAACAGATTTA--TTTTTAAATCTCTTACT
* * * * ** * * **
116585 TATTAA-TTTTTGAATGTCAATGAATT-GATATTAATTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTGA
251 TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATT-TAAATAAGCTTATATGATCAAA
* * * * * * * *
116648 AACAATTGTTTTATAACTAGACAAAAGGTTAGAACAATTAGAAATAC
314 AACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAG
* ** * * * *
116695 ATAAATTATTTTAATAGTCTTAACCATTTGAA-TTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--
1 AT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * *
116757 TC-T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTGTTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTAT
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* * ** * * *
116819 GACCA-AAACAATTATTTTACAACACAAGAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGATAAT
128 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
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Statistics
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Consensus pattern (359 bp):
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCATAAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTATATGATCAAAAACAATTTTTTA
TGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAG
Found at i:114864 original size:705 final size:703
Alignment explanation
Indices: 112440--116876 Score: 2389
Period size: 714 Copynumber: 6.3 Consensus size: 703
112430 ACAAAAGTTA
* * * * * *
112440 ATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTTGATA-AACAGATTTATTTTTTTAAATC
1 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG-GTCAAACAACAGATTCA-TTTTTTAAATC
* * * *
112504 TCTTGCATATTAATTTTTCA-AA-AGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAACAAG-CTTGT
63 -CTTACTTATTAATTTTT-AGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC-AATAAGAC-TGT
* * * *
112566 ATGAA-ATGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTT-AGAACAATTTGAAATAGATAATTA
123 ATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACAGTTTGAAATAGATAATTA
** * * * * * * * * *
112629 TTCTAATAATCT-TAACTATTTGTACTGATTTGA-CAAATACATTTATCTTTTGAATCACTTACT
186 TTAAAATAGT-TATAACTATTTGAACT-AGTTCAGTAAACAGATTTAT-TTTTAAATCTCTTACT
** * ** * ** ** *
112692 TATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTTATCAAAATCTACTTCTATGACCAAAA
248 T-TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCTAATAAACTTATAT-A-C--AA
* * * * * * * *
112757 ATAATTATTTTATAACAAAACAAATA-TCATAACAATTT-AAGATTAGTATTTGTTCAAATTGTT
308 A-AA-CATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA-ATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
112820 GTAACTATTTGCAC-TAGTTCA-GAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTT
370 ATAACTATTTGAACTTA-TT-AGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * *
112883 GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAACTA-AAACAATTT-TT
433 GAAA-ATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAA-TAGAAACAATTTGTT
* * * *
112946 TTATGACAAAACAAAAGGTTATAAAGAT-TTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTAT
496 TTATGACAAAATAAAAGGTCAT--AGATGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* *
113009 TTGAACTT-GTTCTA-TAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTC-TAGCTTATTAATTTTTTGAATG
559 TTGAACTTATTTC-AGAAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTA-CTTATTAA-TTTTT--A-G
* ** * * * *
113071 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACT
617 --AAT--ATTA--ATTATATTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATT-TTTTTTGA-T
* * *
113136 AAACAAAAA-GTCA-AGACAATTTGAAATAA
674 AAAAAAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAG
* * * * * *
113165 ATAATTG-TTCAATAGTCTTAACTAATTGAATTGGTTC-AGCAAGCATATTTATTTTTTAAAT-C
1 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGG-TCAAACAA-CAGATTCATTTTTTAAATCC
* * * * * * *
113227 TT--TTATTAATTTTTGGAATACTATTATATTAGTATTATTTTAATCGAAATATG-CTTGTATGA
64 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAATAAGAC-TGTATGA
* * * * * * * * *
113289 AAAGAAACAATTGTTCTATGACAAAA-TAAAGATCATAA-TGATTTGAGATAGATAATAATTCAA
127 ACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAG-TTTGAAATAGATAATTATTAAA
* * * * * * *
113352 ATAGTCATAACTATTTGGACTACTTCGGTAAGCAGATTTAGTTTTTCAATCTCTTA---TTAATA
191 ATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTTTAATT
* * * ** *
113414 TTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAATTTTGCATGA-ACAGAAACAATT
255 TTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCT-AATAAACTT--AT-ATAC--AAA-AA-C
* * * *
113477 ATTTTATGACAAAACAAAATA-T-ATAACCATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACC
312 ATTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * **
113540 ATTTGAGCTT-TCTCA-ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATT
376 ATTTGAACTTAT-T-AGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAAA
* * * * * *
113603 TTAATAAATTAATATTATTTTGTTTCAAACAAGCTTGTATGAACAGAAACAA-TTGGTTTATGAC
438 TTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTTGTTTTATGAC
* * * *
113667 AAAATAAAAGGTCATA-ATTATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGTA-TG
503 AAAATAAAAGGTCATAGA-TGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-
* * * * * *
113730 T-GTTCATAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATT
566 TATTTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA-T--T-AA-T
* * *
113793 TATATTATTTTATTTAGAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAAAA
626 TATATTA---T-TTT-GAATAAGCTTATATGAAT-AGAAACAATT-TTTTTTGATAAAA-AAAAA
*
113857 GGTCATAATGATTTGAAATAG
683 GGTCATAACGATTTGAAATAG
* * *
113878 ATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGTTCAATA-AACAGATTCATTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTCAA-ACAACAGATTCATTTTTTAAATC-
* * * * *
113942 CTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAATCTATATGA
63 CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAATAAGA-CTGTATGA
* * * *
114007 AC-TGATACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTA
127 ACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACAGTTTGAAATAGATAATTATTAA
* * * * * * * *
114070 AATAGTTATGACTATTTGAACTTG-TCCGATAAACATATTTATTTTAAAATCTTTTGCTTAGTAA
190 AATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTT-TTAA
* *
114134 TTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCTAATAAGCTTATATA-AAAAACA-TTTA
253 TTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCTAATAAACTTATATACAAAAACATTTTA
* *
114197 TGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTGTTTGAA
318 TGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
114262 CTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACGTATTAATTATATGAAAATTAATAAAT
383 CTTATTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAAATTAATAAAG
** * * * *
114327 TTGTATAATTTTATTTGAAATAAGTTTGTATGAATAGAAA-AATTTATTATATGACAAAATAAAA
447 TAATATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTTGTTTTATGACAAAATAAAA
* * * * *
114391 AGTTATAGTTGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGA-AAA
512 GGTCATAGATGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTCAGAAA
* * *
114455 ACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA-TATGTTATTTTGAATA
577 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATTATATTATTTTGAATA
114519 AGCTTATATGAATAGAAACAATTTTTTTGTGATAAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
642 AGCTTATATGAATAGAAACAATTTTTTT-TGATAAAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
*
114583 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGCATTGGTCAAACCAACAGATTCATTTTTTAAATCCA
1 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTCAAA-CAACAGATTCATTTTTTAAATCC-
* * * *
114648 TTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTCCAAGTAAGACTGGATGAA
64 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA-TAAGACTGTATGAA
* * * * *
114713 CATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCCTAACAGTTTAAAATAAATAATTGTTAAAAT
128 CATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAGTTTGAAATAGATAATTATTAAAAT
** * *
114778 AGTTATAACTAAGTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTT
193 AGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTT-TTAATTTT
* ** * * *
114843 CCAAATACAAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGACCAAAAACATTTTTTT
257 CAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCTAATAAACTTATAT-A-CAAAAACA----TTT
* * * ** *
114908 TATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTTAACTATTTA
316 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *
114973 AAC-TAGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAATACTAAT
381 AACTTA-TTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAAT--TAAT
* * * * * *
115036 AAAGTCATTTTATTTTATTTCGAATAAGTTAGTATG-ATTGAAA-AAATTGTTTTAT-A-AAAAG
443 AAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTTGTTTTATGACAAAA-
* * *
115097 TAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAAATAATTGTTC--ATA-TCTTAGCTATTTGAACTGA-TT
507 TAAAAGGTCATAGATG-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTT
* *
115157 CAGCAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-GAAATTTTATTAGATTAGT
571 CAGAAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AA---TATTA-A-T--T
* * * * * *
115221 ATTATTTTATTTTGAAT-AGACTTGTATGAACAAAAATAATATTTTTAT-AGTAAAACAAAAGGT
627 A-TA--TTATTTTGAATAAG-CTTATATGAATAGAAACAAT-TTTTTTTGA-TAAAAAAAAAGGT
* *
115284 TATAACGATTT-AAAGTAT
686 CATAACGATTTGAAA-TAG
* *
115302 ACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AA----T----C-AC---TT-A----TT-AA---TT
1 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTCAAACAACAGATTCATTTTTTAAATCCTT
* *
115345 --TT-TGAA-----AG---ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGATA
66 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGAC-TGTATGA-A
* * * * * * *
115398 -AAAAACAATTGCTATATGAACAAAA-AAAAG-TAATAA-TGATTTGAAATAGATAA-TGTTGAA
128 CATAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGTTCATAACAG-TTTGAAATAGATAATTATTAAA
* ** * * * * * * *
115458 ATGGCCATAATTATTTGAACTAATT-TGTTAAACAAATTCACTTTTTGAATCACTTA---TTAAT
191 ATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTTTAAT
** * * ** * * **
115519 TTTTGAAATATAAATAAATTATTATTA-TTTAATTTTGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAACAATT
254 TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCT-AATAAACTTATAT-A-CAAAAAC-A-T
* * * * ** *
115583 GATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACT-ATTATTCAAATAGTTGTAATT
314 --TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
115647 ATTTGAATTTGTTTGGTAAACA-ATTTTACTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATA
376 ATTTGAACTTATTAGGTAAATAGA-TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-A
* * * * *
115710 TTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTC-AATAAGCTTT-AATGAACT-GAAAGAA-TTGTTTTAT
438 TTAATAAAGTAATATTATTTTA-TTTCAAATAAG-TTTGTATGAA-TAGAAACAATTTGTTTTAT
** * *
115771 GTTAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTT-AAATAAAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
500 GACAAAATAAAAGGTCATAGATG-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * *
115834 CTTGTTT-GGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATATTTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAA
564 CTTATTTCAGAAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT--
* * * * * *
115898 ATTTGGATTATTTTATTACGAATAAGCTTACAAG-ATATGAAACAAATATTTTATGACT--AAAC
626 -TAT--ATTA--TT-TT--GAATAAGCTTATATGAATA-GAAAC-AATTTTTTTTGA-TAAAAAA
* *
115960 AAAGGTCAGAACGATTTGAAATAA
680 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* ** * *** * *
115984 ATAATTATTCT-AATAGTTTTAACTCTTTGAATTGGTTTGGTA-AACATATTTATTTTTTAAATC
1 ATAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAATTGG--TCAAACAACAGATTCATTTTTTAAATC
* * *
116047 TCTTACTTATTAATTTTTTA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATCAAATAAG-CTGTAT
63 -CTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCAATAAGACTGTAT
* * * * * * ****
116110 GATCAGAAACAATTTTTTTATGATAAAAC-AAAG---AT-----TTTAACAATTGATAATTGCCC
125 GAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAGTTTGA-AATAGATAATTATTA
* * * * * * * *
116166 AAATAGTCATAACTATTT-AAATAGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTAAATTTGTTATTTATTAA
189 AAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTT-TTAA
** * * * * * * *
116230 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATTAAAAACAATT
253 TTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCTAATAAAC-T-TAT-A-TACAAA-AA-C
* * ** ** * * * *
116295 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATCGATAATCATTCGAATGGCCATAATTA
312 ATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * **
116360 TTT-AAATTGATTCA-ATAAACAGGTTTATTTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTAGGAAATA
377 TTTGAACTT-ATT-AGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-A
* ** * * * *
116423 TTAATAAA-TCAATATTATTTTATTCCATCTAAGCTTATATTAACTA-AAAC-ATTTATTTTATG
438 TTAATAAAGT-AATATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAA-TAGAAACAATTTGTTTTATG
* * * * * * *
116485 AC-AAATCACAAAGATTATA-ATGATTTTAAATAGACT-ATTATTCAAATAATAATAACTATTTG
501 ACAAAAT-A-AAAGGTCATAGATG-TTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * *
116547 AACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAATGTCAAT
562 AACTTATTTCAGAAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA--T--AT
* * *
116606 GAATTGATATTAATTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAA-TTGTTTT-ATAACTAG
622 TAATT-ATATT-A-TT-TT--GAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTTTTTTTGATAA--A-
* * * * * *
116668 ACAAAAGGTTAGAACAATTAGAAATAC
677 AAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * * *
116695 ATAAATTATTTTAATAGTCTTAACCATTTGAATTGATTCAGTA-AACAAATTTATTTTTTAAAT-
1 AT-AATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-GTCA-AACAACAGATTCATTTTTTAAATC
* * *
116758 C-T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTGTTATTTTAATTCGAATAAG-CTTGTAT
63 CTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAATAAGAC-TGTAT
* * ** * * * *
116819 GACCA-AAACAATTATTTTACAACACAAGAAAAGGTCATAA-GGATTTGAAATAGATAAT
125 GAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAG-TTTGAAATAGATAAT
116877 GTCATAACAT
Statistics
Matches: 2934, Mismatches: 518, Indels: 529
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
677 2 0.00
678 11 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (703 bp):
ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTCAAACAACAGATTCATTTTTTAAATCCTT
ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAATAAGACTGTATGAACAT
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAGTTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGT
TATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTTTAATTTTCAAA
ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCTAATAAACTTATATACAAAAACATTTTATGACAAAA
CAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTAG
GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAATTAATAAAGTAATATTAT
TTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAGA
TGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTCAGAAAACAAATTTA
TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATTATATTATTTTGAATAAGCTTATAT
GAATAGAAACAATTTTTTTTGATAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
Found at i:115728 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 115334--116870 Score: 1167
Period size: 181 Copynumber: 8.6 Consensus size: 179
115324 CTATTTAATC
* *
115334 ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATA-
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-AC
** * * * * * * * * *
115398 AAAAACAATTGCTATATGAACAAAA-AAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATGTTGAAATG
65 TGAAACAATTGATTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATATTATTCAAATA
* * ** * * * * *
115461 GCCATAATTATTTGAACTAATTTGTTAAACAAATTCACTTTTTGAA-TC--
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTCTT
* * * * *
115509 ACTTATTAATTTTTGAAATATAAATAAATTATTATTATTTAATTTTGAATAAGCTTGTATGAGCT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
*
115574 GAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACTATTATTCAAATAG
66 GAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAA-TATTATTCAAATAG
** * * * * *
115639 TTGTAATTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAATTTTACTTTTTTAAACTCTT
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATTCTT
* *
115690 GCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTC-AATAAGCTT-TAATGAA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGT-ATGAA
* * ** * * *
115753 CTGAAAGAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAAAGAATTGTTCAAAT
64 CTGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAA-TATTATTCAAAT
* * *
115817 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATATTTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAAT-TCTT
* * * * ** *
115871 ACTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTACGAATAAGCTTACAAGATA
1 ACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-A
* * * *
115935 -TGAAACAAAT-ATTTTATGACTAAAC-AAAGGTCAGAACGATTTGAAATAAATAATTATTCTAA
64 CTGAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAT-ATTATTCAAA
** * * *
115997 TAGTTTTAACTCTTTGAA-TTGGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTT
127 TAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TCTT
* * * * *
116051 ACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAATCAAATAAGC-TGTATGATC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* ** * * ** * ***
116114 AGAAACAATTTTTTTATGATAAAAC-AAAGATTTTAAC-AATTG--AT--A-ATTGCCCAAATAG
65 TGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATATTATTCAAATAG
* * * *
116172 TCATAACTATTT-AAATAGTTCGGTAAATAAATTTA-TTTTTAAATTTGTT
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-TTCTT
* * *
116221 ATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* ** * *
116285 AAAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATCGATAATCATTCGAAT
66 -GAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAT-ATTATTCAAAT
* * * * ** ** *
116349 GGCCATAATTATTT-AAATTGATTCAATAAACAGGTTTATTTTTTAAAATTTTTT
128 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAA-TTCTT
** * * * * * *
116403 ACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATCAATATTATTTTA-TTCCATCTAAGCTTATATTAAC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * * *
116467 TAAAAC-ATTTATTTTATGACAAATCACAAAGATTATAATGATTTTAAATAGACTATTATTCAAA
65 TGAAACAATTGA-TTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATA-AATATTATTCAAA
* *
116531 TAATAATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-TC-T
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATTCTT
* * * * *
116583 -CTTATTAATTTTTG-AATGTCAATGAATT-GATATTAATTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * * * * **
116645 TGAAACAATTGTTTTATAACTAGACAAAAGGTTAGAACAATTAGAAATACATAAATTATTTTAAT
65 TGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-A-ATATTATTCAAAT
* * *
116710 AGTCTTAACCATTTGAA-TTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-TC-T
128 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTCTT
* * * *
116760 -CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTGTTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATG-ACC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
* ** * * *
116823 AAAACAATT-ATTTTACAACACAAGAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATA
66 GAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
116871 GATAATGTCA
Statistics
Matches: 1076, Mismatches: 230, Indels: 110
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 59 0.05
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173 4 0.00
174 7 0.01
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184 12 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACT
GAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATATTATTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTCTT
Found at i:116015 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 115334--116876 Score: 1312
Period size: 361 Copynumber: 4.3 Consensus size: 358
115324 CTATTTAATC
*
115334 ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATA-
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-TATGA-AC
* * * *
115398 AAAAACAATTGCTATATGA-ACAAA-AAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAA-TGTTGAAAT
64 AAAAACAATTGTTTTATGATA-AAACAAAAGGT-ATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * * *
115460 GGCCATAATTATTTGAACTAATTTGTTAAACAAATTCACTTTTT-GAA-TCACTTATTAATTTTT
126 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTACTTATTAATTTTT
* * * **
115523 GAAATATAAATAAATTAT-TATTATTTAATTTTGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAACAATTGA-T
191 GAAATATTAATAAATT-TGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATATGAAACAATT-ATT
* * * *
115586 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACT-ATTATTCAAATAGT-TGTAATTAT
254 TTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAAA-TAATTATTCTAATAGTCT-TAACTAT
**
115649 TTGAATTTG-TTTGGTAAACAATTTTACTTTTTTAAA-CTCTT
317 TTGAATTTGATTCAGTAAACAATTTTA-TTTTTTAAATCTCTT
* *
115690 GCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTC-AATAAGCTTTAATGAAC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTT-ATGAAC
** * * * *
115754 TGAAAGAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAATAAAGAATTGTTCAAATAG
64 AAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT-ATAATGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
115819 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATATTTTACTTATTAATTTT
128 TCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAA-A-TTTACTTATTAA-TTT
* * * ** * *
115884 TTG-AATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTACGAATAAGCTTACAAGATATGAAACAAATATT
189 TTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATATGAAACAATTATT
* * *
115948 TTATGACTAAAC-AAAGGTCAGAACGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTTTTAACTCTTT
254 TTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTT
* **
116012 GAA-TTGGTTTGGTAAAC-ATATTTATTTTTTAAATCTCTT
319 GAATTTGATTCAGTAAACAAT-TTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
116051 ACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAATCAAATAAGCTGTATGATCA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTTATGAACA
* * * * **
116115 GAAACAATTTTTTTATGATAAAAC-AAA-G-AT--T--TTAACAATTGATAATTGCCCAAATAGT
65 AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTATAATGATTTA-AATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
116173 CATAACTATTT-AAATAGTTCGGTAAATAAATTTA-TTTTTAAATTTGTTATTTATTAATTTTTG
129 CATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-AT-TTACTTATTAATTTTTG
* * *
116236 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAT-TAAAAACAATTATTTT
192 AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAT-GAAACAATTATTTT
* ** * * * * * *
116300 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATCGATAATCATTCGAATGGCCATAATTATTT-A
256 ATGACAAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGA
* * ** * *
116364 AATTGATTCAATAAACAGGTTTATTTTTTAAAATTTTTT
321 ATTTGATTCAGTAAACAATTTTATTTTTT-AAATCTCTT
** * * * ** * *
116403 ACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATCAATATTATTTTATTCCATCTAAGCTTATATTAACT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-TATGAACA
* * * * * *
116468 AAAACATTTATTTTATGACAAATCACAAAGATTATAATGATTTTAAATAGACT-ATTATTCAAAT
65 AAAACAATTGTTTTATGATAAAACA-AAAG-GTATAATGA-TTTAAATAGA-TAATTGTTCAAAT
* * * * *
116532 AATAATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTT
126 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
116596 G-AATGTCAATGAA-TTGATATTAATTTATTCCGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTT
191 GAAATATTAATAAATTTG-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-TGAAACAATTATT
* * * * * * * * *
116658 TTATAACTAGACAAAAGGTTAGAACAATTAGAAATACATAAATTATTTTAATAGTCTTAACCATT
254 TTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAAAT-AATTATTCTAATAGTCTTAACTATT
*
116723 TGAA-TTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T
318 TGAATTTGATTCAGTAAACAATTTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
116760 -CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTGTTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATG-ACC
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-TATGAACA
* ** * * * *
116823 AAAACAATTATTTTACAACACAAGAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGATAAT
65 AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT-ATAATGATTT-AAATAGATAAT
116877 GTCATAACAT
Statistics
Matches: 954, Mismatches: 181, Indels: 106
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
349 8 0.01
350 76 0.08
351 66 0.07
352 73 0.08
353 58 0.06
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358 4 0.00
359 7 0.01
360 124 0.13
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363 31 0.03
364 7 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTATGAACAA
AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTATAATGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTACTTATTAATTTTTGAAAT
ATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATATGAAACAATTATTTTATGAC
AAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTTG
ATTCAGTAAACAATTTTATTTTTTAAATCTCTT
Found at i:116704 original size:712 final size:708
Alignment explanation
Indices: 115511--116837 Score: 1635
Period size: 712 Copynumber: 1.9 Consensus size: 708
115501 TTTGAATCAC
* ** *
115511 TTATTAATTTTTGAAATATAAATAAATTATTATTATTTAATTTTGAATAAGCTTGTATGAGCTGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATAAATAAATTAGTATTATTTAATTTCAAATAAGCTTGTATGAGCTAA
* * **
115576 AACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAACTATTATTCAAATAGTT
66 AACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAACTATCATTCAAATAGCC
* * *** * * **
115641 GTAATTATTTGAATTTGTTTGGTAAACAATTTTACTTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTTGA
131 ATAATTATTTGAAATTGTTCAATAAACAAGTTTACTTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTAGGA
* * * * * *
115706 AATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAGCTTTAATGAACTGAAAGAATTGTTTTAT
196 AATATTAAGAAATCAATATTATTTTATTTCCAATAAGCTTTAATGAACTAAAACAATTATTTTAT
** * * * * *
115771 GTTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAATAAAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
261 GACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAATAAACAATTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACT
* * * *
115836 TGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATATTTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATT
326 TGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATATTCTACTTATTAATTTTTTGAATGTCAATAAATT
* *
115901 TGGATTATTTTATTACGAATAAGCTTACAAGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAGGT
391 TGGATTAATTTATTACGAATAAGCTTACAAGATATGAAACAAATATTTTATAACTAAACAAAGGT
* * * * **
115966 CAGAACGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTTTTAACTC-TTTGAATTGGTTTGGTAAACA
456 CAGAACAATTAGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAAC-CATTTGAATTGATTCAGTAAACA
* *
116030 TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAA
520 AATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTAA
* *
116095 -TCAAATAAGC-TGTATGATCAGAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAGATTTTAACAATTGAT
580 TTCAAATAAGCTTGTATGACCA-AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAGATTTTAACAATTGAT
116158 AATTGCCCAAATAGTCATAACTATTTAAATAGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTAAATTTGTTAT
644 AATTGCCCAAATAGTCATAACTATTTAAATAGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTAAATTTGTTAT
* * *
116223 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-TTAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATAAATAAATTAGTATTATTTAATTTCAAATAAGCTTGTATGAGCT-A
** * *
116287 AAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATCGA-TAATCATTCGAATG
65 AAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAACT-ATCATTCAAATA
* * *
116350 GCCATAATTATTT-AAATTGATTCAATAAACAGGTTTA-TTTTTTAAAATTTTTTACTTATTAAT
128 GCCATAATTATTTGAAATTG-TTCAATAAACAAGTTTACTTTTTT-AAA-CTCTTACTTATTAAT
* * * *
116413 TTAGGAAATATTAATAAATCAATATTATTTTA-TTCCATCTAAGC-TTATATTAACTAAAACATT
190 TTAGGAAATATTAAGAAATCAATATTATTTTATTTCCA-ATAAGCTTTA-ATGAACTAAAACAAT
* * * *
116476 TATTTTATGACAAATCACAAAGATTATAATGATTTTAAATAGACTATTATTCAAATAATAATAAC
253 TATTTTATGACAAAACA-AAAGATCATAATGA-TTTAAATAAACAATTATTCAAATAATAATAAC
*
116541 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-TAA-A-TCT-CTTATTAA-TTTTTGAATG
316 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATATTCTACTTATTAATTTTTTGAATG
* * * ** * * *
116601 TCAATGAA-TTGATATTAATTTATTCCGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATAA
381 TCAATAAATTTG-GATTAATTTATTACGAATAAGCTTACAAGATA-TGAAACAAATATTTTATAA
* * * *
116664 CTAGACAAAAGGTTAGAACAATTAGAAATACATAAATTATTTTAATAGTCTTAACCATTTGAATT
444 CTAAAC-AAAGGTCAGAACAATTAGAAATAAAT-AATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAATT
*
116729 GATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTGT
507 GATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTAT
*
116794 TATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGACCAAAACAATTATTTTA
572 TATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGACCAAAACAATTATTTTA
116838 CAACACAAGA
Statistics
Matches: 519, Mismatches: 79, Indels: 38
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
707 6 0.01
708 56 0.11
709 14 0.03
710 63 0.12
711 45 0.09
712 193 0.37
713 69 0.13
714 14 0.03
715 59 0.11
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (708 bp):
TTATTAATTTTTGAAATATAAATAAATTAGTATTATTTAATTTCAAATAAGCTTGTATGAGCTAA
AACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAACTATCATTCAAATAGCC
ATAATTATTTGAAATTGTTCAATAAACAAGTTTACTTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTAGGA
AATATTAAGAAATCAATATTATTTTATTTCCAATAAGCTTTAATGAACTAAAACAATTATTTTAT
GACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAATAAACAATTATTCAAATAATAATAACTATTTGAACT
TGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATATTCTACTTATTAATTTTTTGAATGTCAATAAATT
TGGATTAATTTATTACGAATAAGCTTACAAGATATGAAACAAATATTTTATAACTAAACAAAGGT
CAGAACAATTAGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAATTGATTCAGTAAACAA
ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCAAA
TAAGCTTGTATGACCAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAGATTTTAACAATTGATAATTGCC
CAAATAGTCATAACTATTTAAATAGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTAAATTTGTTAT
Found at i:118875 original size:14 final size:16
Alignment explanation
Indices: 118856--118888 Score: 52
Period size: 14 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
118846 GATAATGTAT
118856 AAAAACTA-AGA-TAA
1 AAAAACTACAGATTAA
118870 AAAAACTACAGATTAA
1 AAAAACTACAGATTAA
118886 AAA
1 AAA
118889 TAATAATAAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
14 8 0.47
15 3 0.18
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ACGTcount: A:0.70, C:0.09, G:0.06, T:0.15
Consensus pattern (16 bp):
AAAAACTACAGATTAA
Found at i:119341 original size:140 final size:140
Alignment explanation
Indices: 119088--119372 Score: 437
Period size: 140 Copynumber: 2.0 Consensus size: 140
119078 AATTGTGCAA
* *
119088 AAACATAGACAACCTATCATACCCGAGTCCAAATTATTCACCATTCTCTCTTTTTTTTAAGCATC
1 AAACATAGACAACCTATCATACCCGAGTACAAATTATTCACCATTCTCTCTTTTTTTTAAGCATA
* * *
119153 CTCAGATTTCTTAAATAACATTAAAACTCCTCTAAGTAGAGGCACACAACTTTTGAAAAATATAT
66 CTCAGATTTCTTAAATAACATAAAAACTCCTATAAGCAGAGGCACACAACTTTTG-AAAATATAT
119218 AAGGCTCCTCT
130 AAGGCTCCTCT
* * * * * *
119229 AAACATAGACAACTTATCATATCTGAGTACAGATTATTCACCATTCT-TTTTTTTTTTTAGCATA
1 AAACATAGACAACCTATCATACCCGAGTACAAATTATTCACCATTCTCTCTTTTTTTTAAGCATA
*
119293 CTCAGATTTCTTTAATAACATAAAAACTCCTATAAGCAGAGGCACACAACTTTTGAAAATATATA
66 CTCAGATTTCTTAAATAACATAAAAACTCCTATAAGCAGAGGCACACAACTTTTGAAAATATATA
*
119358 AGGCTCCTTT
131 AGGCTCCTCT
119368 AAACA
1 AAACA
119373 AAGGCTCAAT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 13, Indels: 2
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
139 24 0.18
140 65 0.50
141 42 0.32
ACGTcount: A:0.36, C:0.21, G:0.09, T:0.33
Consensus pattern (140 bp):
AAACATAGACAACCTATCATACCCGAGTACAAATTATTCACCATTCTCTCTTTTTTTTAAGCATA
CTCAGATTTCTTAAATAACATAAAAACTCCTATAAGCAGAGGCACACAACTTTTGAAAATATATA
AGGCTCCTCT
Found at i:119412 original size:44 final size:43
Alignment explanation
Indices: 119341--119597 Score: 228
Period size: 44 Copynumber: 5.9 Consensus size: 43
119331 GAGGCACACA
* * *
119341 ACTTTTGAAAATATATAAGGCTCCTTTAAACAAAGGCTCAATG
1 ACTTTTGAAAATAAATAAAGCTCCTCTAAACAAAGGCTCAATG
* * * * *
119384 ACTTTTGATAAATAAATAAAGCTTCTTTAAATAAAAGCTCAACG
1 ACTTTTGA-AAATAAATAAAGCTCCTCTAAACAAAGGCTCAATG
* * * * * * *
119428 ACTTTTGGTAAATAAATAAAGTTCCTCTAAATAGAGGTTTAATA
1 ACTTTT-GAAAATAAATAAAGCTCCTCTAAACAAAGGCTCAATG
** * * * * *
119472 ACTTCTAAAAAATAAAAAAAGCTCCTCTAAATAGAA-ACTTAACG
1 ACTT-TTGAAAATAAATAAAGCTCCTCTAAACA-AAGGCTCAATG
* * *
119516 ACTTTTAAAAAATAAATAAAGCTCCTTTAAACAAAAGCTCAATG
1 ACTTTT-GAAAATAAATAAAGCTCCTCTAAACAAAGGCTCAATG
119560 ACTTTTGGAAAATAAATAAAGCTCCTCTAAACAAAGGC
1 ACTTTT-GAAAATAAATAAAGCTCCTCTAAACAAAGGC
119598 CTTATGGATC
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 37, Indels: 11
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
43 11 0.06
44 157 0.92
45 3 0.02
ACGTcount: A:0.46, C:0.15, G:0.11, T:0.29
Consensus pattern (43 bp):
ACTTTTGAAAATAAATAAAGCTCCTCTAAACAAAGGCTCAATG
Found at i:119572 original size:88 final size:87
Alignment explanation
Indices: 119348--119590 Score: 272
Period size: 88 Copynumber: 2.8 Consensus size: 87
119338 ACAACTTTTG
* * * *
119348 AAAATATATAAGGCTCCTTTAAACAAAGGCTCAATGACTTTTGATAAATAAATAAAGCTTCTTTA
1 AAAATAAATAAAGCTCCTTTAAACAAAGGCTCAATGACTTTTGA-AAATAAATAAAGCTCCTCTA
**
119413 AATAAAAGCTCAACGACTTTTGG
65 AATAAAAGCTCAACGACTTTTAA
* * * * * * * * ** *
119436 TAAATAAATAAAGTTCCTCTAAATAGAGGTTTAATAACTTCTAAAAAATAAAAAAAGCTCCTCTA
1 AAAATAAATAAAGCTCCTTTAAACAAAGGCTCAATGACTT-TTGAAAATAAATAAAGCTCCTCTA
*
119501 AATAGAAA-CTTAACGACTTTTAA
65 AATA-AAAGCTCAACGACTTTTAA
*
119524 AAAATAAATAAAGCTCCTTTAAACAAAAGCTCAATGACTTTTGGAAAATAAATAAAGCTCCTCTA
1 AAAATAAATAAAGCTCCTTTAAACAAAGGCTCAATGACTTTT-GAAAATAAATAAAGCTCCTCTA
119589 AA
65 AA
119591 CAAAGGCCTT
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 30, Indels: 6
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
87 1 0.01
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ACGTcount: A:0.47, C:0.15, G:0.10, T:0.29
Consensus pattern (87 bp):
AAAATAAATAAAGCTCCTTTAAACAAAGGCTCAATGACTTTTGAAAATAAATAAAGCTCCTCTAA
ATAAAAGCTCAACGACTTTTAA
Found at i:119903 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 119857--119927 Score: 88
Period size: 33 Copynumber: 2.2 Consensus size: 33
119847 TCCTAAATTC
* **
119857 ATGCACTAGACATTCTTAAATACAATGCATACT
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** *
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* *
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* *
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* * * *
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*
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*
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*
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* **
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*
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* * * *
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* * *
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** *
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* * * * *
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*
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*
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* *
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* * * * *
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1 T
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ATAAAAAACTACAG
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1 AA
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AATAAAAATAA
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137382 GGTTATTGGG
* * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* ** * ** ** *
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* * * * * * *
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* ** *
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** * * * * * * *
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* * *
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* *
138057 TGAACTTGCTT-GGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATT
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** * * * * *
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1 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* * * *
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66 TTTTATGACAAAACAAAAGTTCAT-AATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
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* * ** * * *
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1 TTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATT
** * * * * *
138350 G-TTTATGGTAAAATAAAA-TGTCATAAAGATTTGAAATAGAAAATTGTTTAAATAGTCATAATT
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* * * * * *
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* * * *
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1 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATT
* ** * * * **
138530 ATTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGGCTA
65 GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * *
138595 TTTGAAGTTGTT-TGCTAAAC-ATATTTA-TTTTTAACATCTTTTACTTATTAAT
129 TTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAGATTTATTTTTTAA-ATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * *
138647 TGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAAT-GAAAACAACT
1 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAG-AAACAATT
* * * * * *
138711 ATTTTATAACAAAACAAAAATT--T-AT-TATG-AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATAT
65 GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
138771 TTGAACTTATTCAGTAAA-TAGATTTATTTTCTAAATCTTTTACTTCTTAAT
130 TTGAACTTGTTCAGTAAACAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* ** * * *
138822 TGTCT-AAATATTAATAAATTTTTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-ATT
1 T-TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTATATGAATAGAAACAAT
* ** *
138884 TCTTTTATGACAAAACAAAAGGTT--TAGCGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAAC
64 TGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATA-ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
138947 TATTTAAACTTGTT-TGATAAAC--GACTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
127 TATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * * * * ** *
139001 TTTCAGAATATTAATAAACTAGCATTA-TTTATTCCAAATAAGATTGTACAAATAGAAACAATTA
1 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTG
* * * * * * * *
139065 TTTTGTAACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAAAT-GTAACTA
66 TTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTA
* * * * ** *
139129 TTTGAACTAG-TCAAGCAAA-TAGATTCATTTTTTAAATCGGTTACTTATTCAT
129 TTTGAACTTGTTC-AGTAAACAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * *
139181 TTTTAAAATATTAACAAATTAGCATTACTTTA-TTCTAAATAAGAC-TATATCAATAGAAACAAT
1 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAG-CTTATATGAATAGAAACAAT
* * * * * ** *
139244 TGTTTTATGACAAAATAAATGATT-ATAAGGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTGTAAA
64 TGTTTTATGACAAAACAAAAG-TTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * **
139308 TAATTAAACTAGTTTGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAAT
127 TATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * * * * *
139358 TTTAAAAAAATTAAAAAATTAATATTATTTTATTTCGAACACA-CTTATTTGAAGAAAAACATTT
1 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTATATGAATAGAAACAATT
* * * * * *
139422 GTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAG-CCTTACTA
65 GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* ** * * *
139486 TTTGAACTGGTTTGGCAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAT
129 TTTGAACTTGTTCAGTAAACAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * * * * * *
139538 TTTCATAATATTATTAGATTAGTATTAATTTA-TTCTGAATAAACTTGA-ATGAACATAAATAAC
1 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTT-ATATGAATAGAAACAAT
* * * * *
139601 TGTTTTATGACAAAATGAAAAGTT-ATAACGATTTGAAATATATAATTGTTTAAACAGTCATAAC
64 TGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** * * **
139665 TATTTGAACAAGTTCTA-TCAACAA-ATTTATTTTTTGAATCTCCTACTTATTAA-
127 TATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * *
139718 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATT
1 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAAT-AGAAACAATT
* * * * * *
139782 GTTTTATGATAGAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAATTA
65 GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * *** * *
139847 TTTGAA-TCGATTC-GATAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTACAACTTCTCAAT
129 TTTGAACTTG-TTCAG-TAAACAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * *
139899 TTTTGATATATTAATAAAGTTA-TATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATT
1 TTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATT
* * * * * *
139963 GTTTTGTTATAAAACAAAACG-TCAAAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
65 GTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * *
140027 AGTTGAATTTGTTTAGTAAAC-AGATTTATTTTTT
128 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAGATTTATTTTTT
140061 GAATGTTAAT
Statistics
Matches: 1980, Mismatches: 403, Indels: 210
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 20 0.01
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TGAACTTGTTCAGTAAACAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
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137400 TACTATTAAT
** * * * *
137410 TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAAATAGTATGAACA-AAACCAATTATTTGATGACAAAATAA
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* * * * * *
137473 AAGGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCAAAACTATTTGAAA-TGGTT-TGG
64 AA-GTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTTGTTCTGA
** * * * * * *
137536 TAAGTAGATTTACTATTTAAATCTCCTACTGATTAATTTTCTAAATATGAATATATTAGTATTTT
127 TAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTA-TTA
* * * * * * *
137601 TTTTATTTCGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTATTTTTTG-ACAAA-ACAATGATCATAA
189 TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTATGGTA-AAACAAAATGATCATAA
* * * * * *
137664 CA-ATTTGCAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTCAATAAATAGATTT
253 -AGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGTAAATAGATTC
* * ** * *
137728 AATTTTTAAATCTCTTA-T-TAATTTTCAAAATATTAATTGATCAGTATTATTTTATTCTCAATA
317 ATTTTTTAAATCTCTTACTCTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
*** **
137791 ATTTTGCATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
382 AGCCTATATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * *
137855 TAATTATTCAAATGGACGTGATTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCC
447 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT--
* * * * * *
137920 TACCTATTAATTTCCAAATTTTAATAAATTAGTAATATTTTATTCCGAATAAACTTGTATGAAT-
509 TACTTATTAATTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAAT-AACTTATATGAATG
* *
137984 AGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTC
573 A-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGAT-ATTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
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* * * * * * *
138125 -TAGTGTTATTTTATTTCAAATATGTTTATAAGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAA
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* * * * * *
138189 GTTCATGACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGTTCAGA-AA
66 GTT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCTGATAA
* ** *
138253 ACAAGTTTATTTTTTGAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTT
130 ACAA-TTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTT
** ** * * * * *
138316 TATTTGGAATAAGCTTGCATGAACAGAAATAAATGTTTATGGTAAAATAAAATG-TCATAAAGAT
192 TATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTATGGTAAAACAAAATGATCATAAAGAT
* *
138380 TTGAAATAGAAAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAATTTG-TTCAGTAAATAGATTCATTT
257 TTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCAGTAAATAGATTCATTT
* *
138444 TTTAAATCTCTTACTCAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
321 TTTAAATCTCTTACTC--TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG
* * ** *
138509 CCTATATGAACT-GATACAATTATTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATA
384 CCTATATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* ** * *
138573 ATTATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAAGTTGTTTGCTAAACATATTTA-TTTTTAACATCTTTT
449 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG-TAAACAGATTTATTTTTTAA-ATC--TT
*
138637 ACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAATG
510 ACTTATTAATT-TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAA-CTTATATGAATG
* *
138702 AAAACAACTATTTTATAACAAAACAAAA-AT-TTATTATG-AATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
573 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATATTATT-TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
138764 TAAATATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTATTTTCTAAATCTTTTACTTCTTAATTGTCTAA
637 TAACTATTTGAACTTATT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCTAA
138829 ATATTAATAAA
701 ATATTAATAAA
** * * * *
138840 TTTTTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-ATTTCTTTTATGACAAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA
* *
138904 GGTT-TAGCGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTT-TGATAA
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* * * * *
138967 ACGACTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAACTAGCATTA-TTT
130 AC-AATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * ** * * * * *
139031 ATTCCAAATAAGATTGTACAAATAGAAACAATTATTT-T-GTAACAAAACAAAA-GGTCACAATG
193 ATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTATGGT---AAAACAAAATGATCATAAAG
* * * * * *
139093 ATTTGAAATA-AATAATTGTTCAAACAAAT-GTAACTATTTGAACT-AGTCAAGCAAATAGATTC
255 ATTTGAAATAGAA-AATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAATTGATTC-AGTAAATAGATTC
** * * * *
139155 ATTTTTTAAATCGGTTACT-TATTCATTTTTAAAATATTAACAAATTAGCATTACTTTATTCTAA
317 ATTTTTTAAATCTCTTACTCTA---ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
* * * * * * *
139219 ATAAGACTATATCAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAATGATTATAAGGATTTGAAAT
379 ATAAGCCTATATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * ** * * * * *
139283 AAATAATTGTTCAAATTGTTGTAAATAATTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
444 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * *
139348 -T-CTTATTAATTTTAAAAAAATTAAAAAATTAATATTATTTTATTTCGAACACACTTATTTGAA
508 TTACTTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATA-ACTTATATGAA
* * * * * * *
139411 -GAAAAACATTTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATA
571 TG-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-G--AT-ATTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
* * * * * *
139475 TAG-CCTTACTATTTGAACTGGT-TTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAT
631 TAGTCATAACTATTTGAACT--TATTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* *
139538 TTTC-ATAATATTATTAGA
694 TTTCTA-AATATTAATAAA
* * * * * * *
139556 TTAGTATTAATTTATTCTG-AATAAACTTGAATGAACATAAATAACTGTTTTATGACAAAATGAA
1 TTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAT-AA
* * * * ** *
139620 AAGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTTAAACAGTCATAACTATTTGAACAAGTTCT-ATC
64 AAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCTGATA
* *
139684 AACAAATTTATTTTTTGAATCTCCTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
129 AAC-AATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* ** * * * * * *
139749 ATTTCAAATAGGCTTATATGATGAAAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAA-GTTTATAATGAT
193 ATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATT-ATTTATGGTAAAACAAAATGATCATAAAGAT
* * * * * *
139813 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAATTATTTGAATCGATTC-GATAAACTA-ATTTATT
257 TTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAG-TAAA-TAGATTCATT
* * * * *
139876 TTTTAAATCTAC-AACTTCTCAATTTTTGATATATTAATAAAGTTA-TATTATTTTATTTTGGAT
320 TTTTAAATCT-CTTAC-TCT-AATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAAT
* * * * * * * * * *
139939 AAGCTTTTAT-AAATAGAAACAATTGTTTTGTTATAAAACAAAACGTCAAAACGATTTTAAATAG
381 AAGCCTATATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * *
140003 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAGTTGAATTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTT-GA----
446 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * *
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510 ACTTATTAATTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAAT-AACTTATATGAA-TG
* * * * * *
140112 -AAATAATTATTTTATGACTAAACAAAATGTTAAAATGATTTGGAAA-AGATAATTGTTCTAATA
573 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-G---ATATTATTT-GAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
140175 GTCTTAACTATTTAAAC-TAGTTCGGCAAACACATTTATCTTTTAAGTCTCTTATTTATTAA-TT
633 GTCATAACTATTTGAACTTA-TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* **
140238 T-TAGAATATTATTAGC
696 TCTA-AATATTAATAAA
* * * * * * *
140254 TT-GCAATATTTTGCTCTG-AATAAGTTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAA
1 TTAGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAA
* * * * * * * * * **
140316 AGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTAAAATAATCAAAACTATTTGAA-TCGGTCCAATA
65 AG-TTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCTGATA
* *
140380 AACAGATTTAGTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-AGTTATT
129 AACA-ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTA-TTATT
** ** * * * **
140440 TTA-TTCTAAATAATTTTGCATGGATAAAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAAGTG-TCATAA
191 TTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTT-ATGGTAAAACAAAA-TGATCATAA
* * * * * * *
140503 TGATTTGAAATAGATAATAGTTCAATTCGATGT-ATGACTATTTGAACTT-ATTTAGTAAACAGA
253 AGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAAT--A-GTCATAACTATTTGAA-TTGATTCAGTAAATAGA
* ** * * *
140566 TTAATTTTTTATGTCTCTAACTCATTAATTTTATAACA-A-TAATAAATTAGTATTATTTGATT-
314 TTCATTTTTTAAATCTCTTACTC--TAATTTT-TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * **
140628 TCAAATAAACTTGTAT-AGA-TAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTT
376 T-GAATAAGCCTATATGA-ACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * ** * *
140691 GAAATAAAT-ATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTCGCTCAGTAAACAAATTTATTTTTA
439 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGTAAACAGATTTATTTTTT
* * *** * * * * **
140755 AAATTTTTTATTTATTAATTTTTGGAATTTTAATGAATTAGTACTATTTTATTTTGAATAAGCTT
503 AAA--TCTTACTTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAA-CTT
* * * * * * * * *
140820 GTATGAACAGAAAACACTTGGTTTTATGACAAAACAAATGGTCACAATAATTTAAAATAGATAAT
564 ATATGAA-TGAAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAA-AG--A-TATTATTTGAAATAAATAAT
* * * ** ** * * *
140885 TGATCAAAAAGTCAAAACTATTTGAACGTGCTAAGAAAACATATTTATTTTTTAAA-ATTTTACT
623 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TTATTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
140949 TATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA
687 TATTAATTTTCT-AAATATTAATAAA
* * * *
140974 TGTA-TATTATTTTA--T----T---CTTGCATGGATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAA
1 T-TAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAA
* * * * * * * * *
141029 AGGTCATAA-TATTTTGAGATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCAG-T
65 A-GTTATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCTGAT
* * * * * *
141092 AAATAGA-TTCTTTTTTAAAT-T-CT-CTTATTAATTTTTTAATTGTTAATAGATTAGTATTATT
128 AAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * *** * * *
141153 TTACTTCAAATAAGCTTATA-AAAGCTAAAACAATTATTTTATTACAAAAGAAAA-GGTCATAAT
191 TTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-CAAAAACAATTA-TTTATGGTAAAACAAAATGATCATAAA
* * * * * * * *
141216 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTG-TTTAGCAAAGATATTTA
254 GATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCAGTAAATAGATTCA
* * * * **
141280 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTAATTC-GAA
318 TTTTTTAAATCTCTTAC-T-CTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAA
* * * * ** ** * *
141344 TAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAACTCATAACAAGTTAAAATA
380 TAAGCCTATATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* ** ** * * * *
141408 AATAATTGCTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTTGTTCGGTAAATAGATTT-GTTTTTAAATCT
445 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC-
* ** ** **
141472 TTTACTTCTTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTATATGA
508 -TTACTTATTAATT-TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAA-CTTATATGA
* * ** * * *
141537 ATAGAAAA-AATTATTTTATGACAATACAAAATTTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTTAA
570 AT-GAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA---GATA-TTATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* ** * * ** * * *
141601 ACAGTCATATTTATTTAAACTTGTTCATTAGATCA-ATTTATTTTTTAAATCTCTT--TTGTTAA
630 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-GGTA-AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * *
141663 TTTT-TGGATTATTGATAAA
693 TTTTCT-AAATATTAATAAA
* ** * * *
141682 TTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTATATGAACT-GAAATGATTTTTTTATGATAAAACAA
1 TTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * * *
141745 AAGCTCATAACAATTTG--AT---T--TAGTTC---GA-T-A-AACATATTT--A--T-TT-T--
64 AAG-TTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTAAACTTGTTCTGA
* * *
141789 T--A-AA---A--TTTT---T-T--TACTTATTAATTGTCAAAATTTTAATAAATTAATATTATT
127 TAAACAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * ** * *** * * *
141840 TTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATATGAACTATTATTTTATAACAGAACAAAA-AATCATAACG
191 TTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTA-TTTATGGTAAAACAAAATGATCATAAAG
* * * * * * * *
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255 ATTTGAAATAGAA-AATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCAGTAAATAGATTC
* * * * * * * *
141966 ATTTTTAAAATTTATTA-T-TACTTTTTGAAAA-ATTAATAGATTAGCATTATTTTATTCCGAAC
317 ATTTTTTAAATCTCTTACTCTAATTTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
* * * * * * *
142028 AAACTTATATGAA-AAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAG
381 AAGCCTATATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * *
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* * * ** *
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510 ACTTATTAATTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAA-CTTA-TATGAA-T
* * * * *
142197 GAAAA-AAATATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTCCATATA
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* * ** * * * * *
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* *
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697 CT-AAATATTAATAAA
* * * * *
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* * ** * ** * * *
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* * * *
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129 AACA-ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * * * * *
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192 TATTTCAAATAAGCTT-ATATGAACAAAAACAATTATT-TATGGTAAAACAAAATGATCATAAAG
* * * * * * * * * * * * *
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255 ATTTGAAATAGAA-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGTAAATAGATTCAT
** *
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* * * * *
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* * * * * * ** * * *
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** * * * *
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* * ** * * *
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* * * * **
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*
143027 AATTTT-TGAAATATCAATAAA
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* * *
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1 TTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* ** * * * * ***
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** * * * * * *
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128 AAA-CAATTTATTTTTTAAATCTCCT-ACTTATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAT
*** * * * * * * **
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* * * *
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* * **
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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505 A--TCTTACTTATTAATTTCAA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGAATAA-CTTAT
** * * *
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566 ATGAATGA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGAT-AT--T-ATTTGAAATAAATAATTGT
* * ** * * * * *
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626 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-GGTAAACA-GATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTT
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139888 AACTTCTCAA
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* * * *
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* * * *
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* *
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*
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1 TTTTT
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:141528 original size:180 final size:177
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140046 ACAGATTTAT
* * ** * * *** *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * ** * * * *
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* ** * * * *
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* * * *
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** * * *
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* * * * *
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62 TATTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT--A-GTCAT
* * * * * ** * * *
140538 GACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTAATTTTTTATGTCTCTAACTCATTAA
123 AAATATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATT-TTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * * * *
140594 TTTTATAACAATAATAAATTAGTATTATTTGATTTCAAATAAACTTGTAT-AGATAGAAGCAATT
1 TTTT-TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATT
* * * * * *
140658 GTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAAAT-ATTGTTCAAATAGTCATAATTA
63 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATA
* * * * * *
140722 TTTGAACTCGCTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAA
128 TTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * ** *
140773 TTTTTGGAATTTTAATGAATTAGTACTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAACACT
1 TTTTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAAT
* * * * * *
140838 TGGTTTTATGACAAAACAAATGGTCACAATAATTTAAAATAGATAATTGATCAAAAAGTCA-AAA
62 T-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAA
* * * * * *
140902 CTATTTGAACGTGCTAAGAAAACATATTTATTTTTTAAA-ATTTTACTTATTAA
126 -TATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * *
140955 TTTTTGAAATATTAATAAATGTA-TATTATTTTATTC---T-TGCATGGATAGAAC-----CAAT
1 TTTTT--AATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTAT-GAACAAAAACAAT
* * * * * *
141010 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAGATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACT
62 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAAT
* * * * *
141075 ATTTGAATTTATTCAGTAAATAGATTCTTTTTTAAA--TTCT-CTTATTAA
127 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * *
141123 TTTTTTAATTGTTAATAGATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGCTTATA-AAAGCTAAAACAAT
1 -TTTTTAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAAT
* * * * * *
141187 TATTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACT
62 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAAT
* * * *
141252 ATTTGAACTTGTTTAGCAAAGATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
127 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
** ** *
141304 TTATCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
1 TT-T-TTAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
** * * * * * *
141369 ATTTTATGACAAAACAAAAACTCATAACAAGTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAAAGA
63 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATA
* * * * *
141434 TTTGAATTTGTTCGGTAAATAGATTTGTTTTTAAATCTTTTACTTCTTAA
128 TTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * *
141484 TTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTATATGAATAGAAAA-AAT
1 TT-T-TTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAAT
* ** * *** * * * **
141548 TATTTTATGACAATACAAAATTTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAACAGTCATATTT
62 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAAT
* * * * *
141613 ATTTAAACTTGTTCATTAGATCA-ATTTATTTTTTAAATCTCTT--TTGTTAA
127 ATTTGAACTTGTTCAGTA-AACAGATTT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * * ** **
141663 TTTTTGGATTATTGATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATGATT
1 TTTTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
* * * *
141728 TTTTTATGATAAAACAAAAGCTCATAACAATTTGA
63 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGA
141763 TTTAGTTCGA
Statistics
Matches: 1185, Mismatches: 276, Indels: 133
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
168 27 0.02
169 11 0.01
170 9 0.01
171 71 0.06
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173 4 0.00
174 11 0.01
175 13 0.01
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183 109 0.09
184 15 0.01
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TTTTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATT
TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTT
GAACTTGTTCAGTAAACAGATTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
Found at i:141645 original size:361 final size:354
Alignment explanation
Indices: 140116--141757 Score: 827
Period size: 359 Copynumber: 4.6 Consensus size: 354
140106 GAATTGAAAT
* * * * * * * * * *
140116 AATTATTTTATGACTAAACAAAATGTTAAAATGATTTGGAAA-AGATAATTGTTCTAATAGTCTT
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-CAAATAGATAATTATTCAAACAGTCAT
* * ** * * * * * *
140180 AACTATTTAAACTAGTTCGGCAAACACATTTATCTTTTAAGTCTCTTATTTATTAATT-TTAGAA
65 GACTATTTAAACTTGTT-TACAAAGATATTTATTTTTTAAATCTC-T-TTTATTAATTATCAAAA
* ** ** ** * * * *
140244 TATTATTAGCTTGCAA-TATTTTGCTCTGAATAAGTTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
127 TATTAATAAATTAAAATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGA
* * * * * * ** * * * *
140308 CAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTAAAATAATCA-AAACTATTTGAATC
192 CAAAACAAAAGCTCATAACAAGTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAAA-GATTTGAATT
** * * * *
140371 GGTCCAATAAACAGATT-TAGTTTTTAAA-TCTCTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAG
256 TATTCAGTAAATAGATTCT--TTTTTAAATTCTCTTATTAATTTCTT-AATTATTAATAAATTAG
** * *
140433 -AGTTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGCATGGATA--AAAAC
318 TA-TTATTTTACTTC-AAATAAGCTT--AT-AAAAGCAAAAC
* * * * *
140471 AATTGTTTCATGACAAAACAAAAGTGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAATTCGATG
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTCAAATAGATAATTA-TTCAA-AC-A-G
* * * * * * ** * * *
140535 T-ATGACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAGATTAATTTTTTATGTCTCTAACTCATTAATT-TT
61 TCATGACTATTTAAACTTGTTTA-CAAAGATATTTATTTTTTAAATCTCT--TTTATTAATTATC
* * * ** * * * * * * * *
140598 ATAACAATAATAAATTAGTATTATTTGATT-TCAAATAAACTTGTAT-AGATAGAAGCAATTGTT
123 AAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTATATGA-ACAAAAACAATTATT
* * * * * **
140661 TTATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAAAT-ATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
186 TTATGACAAAACAAAAGCTCATAACAAGTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAAAGATTT
* *** * * * *
140725 GAACTCGCTCAGTAAACAAATT-TATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAATTT-TTGGAATT-TTA
251 GAATTTATTCAGTAAATAGATTCT-TTTTT-AAA--TTCT-CTTATTAATTTCTT--AATTATTA
* * * ** *
140787 ATGAATTAGTACTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAG-AAAAC
309 ATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGC-T-TAT-AAAAGCAAAAC
* * * * ** * *
140835 ACTTGGTTTTATGACAAAACAAATGGTCACAATAATTTAAAATAGATAATTGA-TCAAAAAGTCA
1 AATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATT-ATTCAAACAGTCA
** * * * * * * * **
140899 AAACTATTTGAACGTGCTAAGAAAACATATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGA
64 TGACTATTTAAACTTGTTTA-CAAAGATATTTATTTTTT-AAATCTCTT--TTATTAATTATCAA
* * * *
140962 AATATTAATAAATGT-ATATTATTTTATTCTTGCAT--G--GATA-GAAC-----CAATTGTTTT
125 AATATTAATAAAT-TAAAATTATTTTATTC-TGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTT
* * ** * * * * * * **
141016 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAGATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGA
188 ATGACAAAACAAAAGCTCATAACAAGTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAAAGATTTGA
* * *
141081 ATTTATTCAGTAAATAGATTCTTTTTTAAATTCTCTTATTAATTTTTTAATTGTTAATAGATTAG
253 ATTTATTCAGTAAATAGATTCTTTTTTAAATTCTCTTATTAATTTCTTAATTATTAATAAATTAG
141146 TATTATTTTACTTCAAATAAGCTTATAAAAGCTAAAAC
318 TATTATTTTACTTCAAATAAGCTTATAAAAGC-AAAAC
* * * * *
141184 AATTATTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATG
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATG
* *
141249 ACTATTTGAACTTGTTTAGCAAAGATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCAAAAT
66 ACTATTTAAACTTGTTTA-CAAAGATATTTATTTTTTAAATCTCTT--TTATTAATTATCAAAAT
*
141314 ATTAATAAATTAAAATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGA
128 ATTAATAAATTAAAATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGA
*
141378 CAAAACAAAAACTCATAACAAGTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTT
192 CAAAACAAAAGCTCATAACAAGTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTT
* * * * *
141443 GTTCGGTAAATAGATT-TGTTTTTAAATCTTTTACTTCTTAATTGTCTTAA-TATTAATAAATTT
257 ATTCAGTAAATAGATTCT-TTTTTAAA--TTCT-CTTATTAATT-TCTTAATTATTAATAAATTA
141506 GTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTATATGAATAG-AAAA-
317 GTATTATTTTACTTC-AAATAAGCTTATA--AA-AGCAAAAC
* ** * * * *
141545 AATTATTTTATGACAATACAAAATTTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTTAAACAGTCAT-
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATG
* * * * *** *
141609 ATTTATTTAAACTTG-TT-CATTAGATCAATTTATTTTTTAAATCTCTTTTGTTAATTTTTGGAT
66 A-CTATTTAAACTTGTTTACA-AAGAT--ATTTATTTTTTAAATCTCTTTTATTAATTATCAAAA
* ** ** ** *
141672 TATTGATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATGATTTTTTTATGA
127 TATTAATAAATTAAAATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGA
*
141737 TAAAACAAAAGCTCATAACAA
192 CAAAACAAAAGCTCATAACAA
141758 TTTGATTTAG
Statistics
Matches: 1013, Mismatches: 203, Indels: 138
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
347 9 0.01
348 89 0.09
349 50 0.05
350 43 0.04
351 5 0.00
352 2 0.00
353 48 0.05
354 43 0.04
355 26 0.03
356 21 0.02
357 2 0.00
358 158 0.16
359 168 0.17
360 33 0.03
361 136 0.13
362 68 0.07
363 47 0.05
364 44 0.04
365 20 0.02
366 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATG
ACTATTTAAACTTGTTTACAAAGATATTTATTTTTTAAATCTCTTTTATTAATTATCAAAATATT
AATAAATTAAAATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAA
ACAAAAGCTCATAACAAGTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTTATTC
AGTAAATAGATTCTTTTTTAAATTCTCTTATTAATTTCTTAATTATTAATAAATTAGTATTATTT
TACTTCAAATAAGCTTATAAAAGCAAAAC
Found at i:142439 original size:335 final size:331
Alignment explanation
Indices: 141821--142458 Score: 769
Period size: 331 Copynumber: 1.9 Consensus size: 331
141811 TGTCAAAATT
* * ** *
141821 TTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATATGAACTATTATTTTATAACA
1 TTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAAAAAGCTAGTATGAATATGAAAAAATATTTTATAACA
* * * * *
141886 GAACAAAAAATCATAACGATTTGAAGTAAAGAGTTGCCTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGT
66 AAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGCCTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAAT
* * * *
141951 TTAATAAATAGATTTATTTTTAAAATTTATTATTACTTTTTGAAAAATTAATAGATTAGCATTAT
131 TCAACAAATAAATTTATTTTTAAAATTTATTATTAATTTTTGAAAAATTAATAGATTAGCATTAT
*
142016 TTTATTCCGAACAAACTTATATGAAAAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
196 TTTATTCCGAACAAACTTATATGAAAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * *
142081 ACTTGAAATAGACAATTATTCAAATATTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAAATTTTTT
261 ACTTGAAATAGACAATAATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAAATTTTTT
142146 GATATA
326 GATATA
* * * * *
142152 TTAATAAATTCATTTTATTTTATTCTAAAAAAGCTAGTATGAAT-TGAAAAAAATATTTTATGAC
1 TTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAAAAAGCTAGTATGAATATG-AAAAAATATTTTATAAC
* * * * * * *
142216 AAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTCC-ATATAGTCTTAACTATTTGAACTA
65 AAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAAGAATTG-CCTAAATAGTCATAACTATTTAAACTA
* * * *
142280 ATTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTCAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAG
129 ATTCAACAAATAAATTTATTTTTAAAAT-T-T-A-TTATTAATTTTTGAAAAATTAATAGATTAG
* * * * * * * *
142345 TATTATTTTATTTCGAATAAGC-TAGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGT
190 CATTATTTTATTCCGAACAAACTTA-TATGAAAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * **
142409 TATAATGATTTGAAGTTTACAATAATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
254 CATAATGACTTGAAATAGACAATAATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
142459 AGTTCAATAA
Statistics
Matches: 253, Mismatches: 47, Indels: 10
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
330 2 0.01
331 123 0.49
332 3 0.01
333 1 0.00
334 3 0.01
335 121 0.48
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (331 bp):
TTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAAAAAGCTAGTATGAATATGAAAAAATATTTTATAACA
AAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGCCTAAATAGTCATAACTATTTAAACTAAT
TCAACAAATAAATTTATTTTTAAAATTTATTATTAATTTTTGAAAAATTAATAGATTAGCATTAT
TTTATTCCGAACAAACTTATATGAAAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
ACTTGAAATAGACAATAATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAATAAATTTTTT
GATATA
Found at i:142452 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 142141--143697 Score: 1164
Period size: 181 Copynumber: 8.7 Consensus size: 181
142131 GTAAATAAAT
* * * * * * *
142141 TTTTTGATATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTAAAAAAGCTAGTATGAATTGAAAAAA
1 TTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * * * * * *
142204 ATATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTCCATATAGTCTTAAC
64 TTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * *
142269 TATTTGAACTAATTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTCAGTTATTAA
129 TATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTCACTTATTAA
* * * *
142322 TTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAATAGAAATAATT
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* * * ** * **
142387 GTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATAATTCAAATAGTCATAACTA
66 ATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
142452 TTTGAAC-AGTTCAATAAACATATTTAATTTTTAAA--TCT--CTTATTAA
131 TTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTCACTTATTAA
* * * * * *
142498 TTTTTGAAAGATCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGAATG-TTCAAAAACAAT
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAAT
* * * * * * * * * *
142562 TGTTATATGATCAAACAAAAGATAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTGACATGGTCACAATT
65 TATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
142627 ATTTAAACTAATT-TAGTAAACATATTTACTTTTTAAAT-TACTTC-CTTATTAA
130 ATTTGAACTAGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-C-TCACTTATTAA
* * * *
142679 -TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAATTGAAACAATT
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* * * * *
142743 -TTTTAATGACAAAAC-AAAGGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAAC
66 ATTTT-ATGATAAAACAAAAGG-TTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * **
142806 TTTTTAAACTACTTCGACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGGTATTAA
129 TATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTCACTTATTAA
* * * * * *
142859 TTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAAAAGGCTTATATGAATTGAAACAAT
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-GCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * * *
142923 TATTTTATAACAGAACAAAAAAGTTATAACGATTTGGAATAAATGA---TT---AT--T-A-AA-
65 TATTTTATGATAAAAC-AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** *
142977 -ATAGGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-CTACTTATTAA
129 TATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTC-ACTTATTAA
* * * *
143029 TTTTTGAAATATCAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAGGCTTGTATGACA-AAAAACAA
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAA
* * * ** * *
143092 TTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTG-AAT-AGTAATTGTTCACTTGGCCATAA
64 TTATTTTATGATAAAACAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * *
143154 TTATTTGAACCAATTCGATAAATTGACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAA
128 CTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTCACTTATTAA
* * * * *
143208 TTTTTGAAATATTAATAAAGTAATGTTATTTTATTTTTG-ATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAA
1 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA
* * * * *
143271 TTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
64 TTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * ***
143336 TATTTGAACTTGTTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTTAATTTATTTTTTATTAA
129 TATTTGAACTAGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTCACTTATTAA
* * * *
143389 TTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCATGTATGAATTGAAAAAAA
1 -TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAA
* * * * * * * *
143453 TTATTTTATGACT-AAACAGAAGGTTAGAATAATTTGAAATAAATAATAGTTCTAATGGTCTTAT
64 TTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * *
143517 CTATTTGAACTAGTTTGACAAACACATTT-TTTTTAAAATCTCTTACTTATCAA
128 CTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTCACTTATTAA
* * * * * * * * *
143570 -TTTT-AACTATACTATTAATTTAGTAATATTTTACTCCGAATAAGCTTCTATAAACAGAAACAA
1 TTTTTGAA--ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * * * * *
143633 TTATTTTATGAAAAAAC-AAAGATCATAGTGATTTGAGATAGATAATTGTTTAAAGAGTCATAAC
64 TTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
143697 T
129 T
143698 GCTTGAACGT
Statistics
Matches: 1082, Mismatches: 239, Indels: 112
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 6 0.01
169 14 0.01
170 104 0.10
171 4 0.00
172 2 0.00
173 1 0.00
174 1 0.00
175 1 0.00
176 119 0.11
177 25 0.02
178 5 0.00
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TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
ATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
TTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTCACTTATTAA
Found at i:143239 original size:179 final size:181
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Period size: 179 Copynumber: 3.9 Consensus size: 181
142978 TAGGAACTAG
* * * * *
142988 TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAGT
1 TTCGATAAATAGACTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATCAATTTTTGAAATATCAATAAAGTAAT
*
143053 ATTATTTTATTCTAAATAGGCTTGTATG-ACAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTT
66 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
*
143116 CATAATGA-TTTGAATAG-TAATTGTTCACTTGGCCATAATTATTTGAACCAA
130 -ATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCACTTGGCCATAATTATTTGAACCAA
* *
143167 TTCGATAAATTGACTTATTTTTTAAATCT-CTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAA
1 TTCGATAAATAGACTTATTTTTTAAATCTCCT-ACTTATCAATTTTTGAAATATCAATAAAGTAA
* * ** * * * *
143231 TGTTATTTTATTTTTGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTT
65 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * ** * * * ***
143296 ATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
130 ATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCACTTGGCCATAATTATTTGAACCAA
* * * ** ** * * *
143348 TTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTTAATTTATTTTTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTA
1 TTCGA-TAAATAGACTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATCAA-TTTTTGAAATATCAATAAAGTA
* * * * * * *
143411 GTATTATTTTATT-TGGAATAAGCATGTATGAATTGAAAAA-AATTATTTTATGACTAAACAGAA
64 ATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA--CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * * * *
143474 GGTTAGAATAATTTGAAATAAATAATAGTTCTA-ATGGTC-TTATCTATTTGAACTAG
126 GGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTC-ACTTGGCCATAAT-TATTTGAACCAA
* * * * * * * **
143530 TTTGACAAACACA-TT-TTTTTTAAAATCTCTTACTTATCAA-TTTT-AACTATACTATTAATTT
1 TTCGATAAATAGACTTATTTTTT-AAATCTCCTACTTATCAATTTTTGAAATAT-C-AATAAAGT
* * * ** * * * * * *
143591 AGTAATATTTTACTCCGAATAAGCTTCTATAAACAGAAACAATTATTTTATGAAAAAAC-AAAGA
63 AATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * *
143655 TCATAGTGATTTGAGATAGATAATTGTT
128 TTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTT
143683 TAAAGAGTCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
178 2 0.00
179 144 0.36
180 38 0.09
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182 74 0.18
183 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
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TTCGATAAATAGACTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATCAATTTTTGAAATATCAATAAAGTAAT
ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTA
TAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCACTTGGCCATAATTATTTGAACCAA
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142132 TAAATAAATT
* * * * * * * * * * *
142142 TTTTGATATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCTAAAAAAGCTAGTATGAATTGAAAA-AAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACT-AAAACAATT
* * *
142206 ATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTCCATATAGTCTTAACTA
65 TTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTA
* * *
142271 TTTGAACTAATTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTCAGTTATTAA-TTTTTGAAATATT
130 TTTGAACTAATTCGACAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTAGTTATTAATTTTTTG-AATATT
* * * * * * *
142335 ATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGA
193 ATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAAAAGCTAGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAGA
* * **
142400 ACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATAATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAGTTCA
257 ACAAAAAGTTATAACGATTTGAA--TTACAATAATT--AATA-TCATAAC-ATAGGAACAGTTCA
*
142465 ATAAACATATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATCAATAAATTAGTATTATTTT
316 ATAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATCAATAAATTAGTATTATTTT
*
142530 ATTTCAAATAAGCTTGAATGTTCAAAAACAATTGTTATATGATCAAACAAAAGATAATAATGATT
381 ATTTCAAATAAGCTTGAATGTACAAAAACAATTGTTATATGATCAAACAAAAGATAATAATGATT
* * * * *
142595 TGAAATAAATAATTGTTGACATGGTCACAATTATTTAAACTAATTTAGTAAACATATTTACTTTT
446 TGAAATAAATAATTGTTCACATGGCCACAATTATTTAAACCAATTGAGTAAACATACTTACTTTT
** *
142660 TAAATTACTTCCTTATTAA
511 TAAATTACTAACTTATCAA
* * * * *
142679 TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAATTGAAACAATTT
1 TTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTT
* ** * *
142744 TTTAATGACAAAAC-AAAGGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTT
66 TTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTA
* * * **
142808 TTTAAACTACTTCGACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGGTATTAATTTTTAAAATATTA
130 TTTGAACTAATTCGACAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTAGTTATTAATTTTTTGAATATTA
*
142873 TTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAAAGGCTTA-TATGAATTGAAACAATTATTTTATAACAGA
194 TTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAAA-GC-TAGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAGA
* **
142937 ACAAAAAAGTTATAACGATTTGGAA-TA-AATGATT-AT-T-A-AA-ATAGGAACTAGTTCGGTA
257 AC-AAAAAGTTATAACGATTT-GAATTACAATAATTAATATCATAACATAGGAAC-AGTTCAATA
* * *
142995 AATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAGTATTATTT
319 AACAGATTTAATTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTTGAAAGATCAATAAATTAGTATTATTT
* * * * *
143060 TA-TTCTAAATAGGCTTGTATG-ACAAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGTTCATAAT
380 TATTTC-AAATAAGCTTGAATGTAC-AAAAACAATTGTTATATGATC-AAACAAAAGATAATAAT
* * * * *
143122 GATTTG-AAT-AGTAATTGTTCACTTGGCCATAATTATTTGAACCAATTCGA-TAAA-TTGACTT
442 GATTTGAAATAAATAATTGTTCACATGGCCACAATTATTTAAACCAATT-GAGTAAACAT-ACTT
*
143183 ATTTTTTAAATCT-CTAACTTATCAA
505 ACTTTTTAAAT-TACTAACTTATCAA
* * *
143208 TTTTTGAAATATTAATAAAGTAATGTTATTTTATTTTTG-ATAAGCTTTTATGAACTAAAACAAT
1 -TTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTA-TTTTGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAAT
* * * * * * *
143272 TTTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
64 TTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACT
** * * **
143337 ATTTGAACTTGTTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTTAATTTATTTTTTATTAATTTTTTGAATAT
129 ATTTGAACTAATTCGA-CAAATAGATTTATTTTTTAAATTT-TTAGTTATTAATTTTTTGAATAT
*
143401 TAATAAATTAGTATTATTTTATT
192 TATTAAATTAGTATTATTTTATT
143424 TGGAATAAGC
Statistics
Matches: 625, Mismatches: 97, Indels: 53
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
526 6 0.01
527 23 0.04
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (529 bp):
TTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTT
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTAT
TTGAACTAATTCGACAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTAGTTATTAATTTTTTGAATATTATT
AAATTAGTATTATTTTATTCCAAAAAGCTAGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAGAACAA
AAAGTTATAACGATTTGAATTACAATAATTAATATCATAACATAGGAACAGTTCAATAAACAGAT
TTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
AGCTTGAATGTACAAAAACAATTGTTATATGATCAAACAAAAGATAATAATGATTTGAAATAAAT
AATTGTTCACATGGCCACAATTATTTAAACCAATTGAGTAAACATACTTACTTTTTAAATTACTA
ACTTATCAA
Found at i:143496 original size:530 final size:529
Alignment explanation
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Period size: 530 Copynumber: 2.5 Consensus size: 529
142132 TAAATAAATT
* * * * * * * * * * *
142142 TTTTGATATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCTAAAAAAGCTAGTATGAATTGAAAA-AAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACT-AAAACAATT
* * *
142206 ATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTCCATATAGTCTTAACTA
65 TTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTA
* * *
142271 TTTGAACTAATTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTCAGTTATTAA-TTTTTGAAATATT
130 TTTGAACTAATTCGACAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTAGTTATTAATTTTTTG-AATATT
* * * *
142335 ATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGA-TAG
193 ATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-GTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACTAG
* **
142399 AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATAATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAGTTC
257 AACAAAAGGTTATAATGATTTGAA--ATA-AATAATT--AATA-TCATAAC-ATAGGAACAGTTC
*
142464 AATAAACATATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATCAATAAATTAGTATTATTT
315 AATAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATCAATAAATTAGTATTATTT
*
142529 TATTTCAAATAAGCTTGAATGTTCAAAAACAATTGTTATATGATCAAACAAAAGATAATAATGAT
380 TATTTCAAATAAGCTTGAATGTACAAAAACAATTGTTATATGATCAAACAAAAGATAATAATGAT
* * * * *
142594 TTGAAATAAATAATTGTTGACATGGTCACAATTATTTAAACTAATTTAGTAAACATATTTACTTT
445 TTGAAATAAATAATTGTTCACATGGCCACAATTATTTAAACCAATTGAGTAAACATACTTACTTT
** *
142659 TTAAATTACTTCCTTATTAA
510 TTAAATTACTAACTTATCAA
* * * * *
142679 TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAATTGAAACAATTT
1 TTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTT
* ** * *
142744 TTTAATGACAAAAC-AAAGGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTT
66 TTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTA
* * * **
142808 TTTAAACTACTTCGACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGGTATTAATTTTTAAAATATTA
130 TTTGAACTAATTCGACAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTAGTTATTAATTTTTTGAATATTA
* * * * *
142873 TTAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAAAAGGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATAAC-AG
194 TTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-GC-TGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACTAG
* * * * **
142936 AACAAAAAAGTTATAACGATTTGGAATAAATGATT-AT-T-A-AA-ATAGGAACTAGTTCGGTAA
257 AAC-AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTAATATCATAACATAGGAAC-AGTTCAATAA
* * *
142996 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAGTATTATTTT
320 ACAGATTTAATTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTTGAAAGATCAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * *
143061 A-TTCTAAATAGGCTTGTATG-ACAAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGTTCATAATG
381 ATTTC-AAATAAGCTTGAATGTAC-AAAAACAATTGTTATATGATC-AAACAAAAGATAATAATG
* * * * *
143123 ATTTG-AAT-AGTAATTGTTCACTTGGCCATAATTATTTGAACCAATTCGA-TAAA-TTGACTTA
443 ATTTGAAATAAATAATTGTTCACATGGCCACAATTATTTAAACCAATT-GAGTAAACAT-ACTTA
*
143184 TTTTTTAAATCT-CTAACTTATCAA
506 CTTTTTAAAT-TACTAACTTATCAA
* * *
143208 TTTTTGAAATATTAATAAAGTAATGTTATTTTATTTTTG-ATAAGCTTTTATGAACTAAAACAAT
1 -TTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTA-TTTTGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAAT
* * * * * * *
143272 TTTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
64 TTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACT
** * * **
143337 ATTTGAACTTGTTC-AGTAAATAGATTTATTTTTTTAATTTATTTTTTATTAATTTTTTGAATAT
129 ATTTGAACTAATTCGA-CAAATAGATTTATTTTTTAAATTT-TTAGTTATTAATTTTTTGAATAT
* *
143401 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCATGTATGAATTGAAAAAAATTATTTTATGACT
192 TATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC-TGTATGAATTG-AAAAAATTATTTTATGACT
* * *
143466 A-AACAGAAGGTTAGAATAATTTGAAATAAATAAT
255 AGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAAT
143500 AGTTCTAATG
Statistics
Matches: 682, Mismatches: 113, Indels: 59
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
526 6 0.01
527 23 0.03
528 3 0.00
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530 214 0.31
531 127 0.19
532 3 0.00
535 6 0.01
536 16 0.02
537 199 0.29
538 23 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (529 bp):
TTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAACTAAAACAATTT
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTAT
TTGAACTAATTCGACAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTAGTTATTAATTTTTTGAATATTATT
AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACTAGAACA
AAAGGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTAATATCATAACATAGGAACAGTTCAATAAACAGAT
TTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
AGCTTGAATGTACAAAAACAATTGTTATATGATCAAACAAAAGATAATAATGATTTGAAATAAAT
AATTGTTCACATGGCCACAATTATTTAAACCAATTGAGTAAACATACTTACTTTTTAAATTACTA
ACTTATCAA
Found at i:143831 original size:70 final size:71
Alignment explanation
Indices: 143700--143832 Score: 216
Period size: 70 Copynumber: 1.9 Consensus size: 71
143690 TCATAACTGC
*
143700 TTGAACGTGTTAAGAAAACATGTTTATTTTTTAAAATGTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTTA
1 TTGAACGTGTTAAGAAAACATCTTTATTTTTTAAAATGTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTTA
143765 AACTAT
66 AACTAT
* *
143771 TTGAATGTGTTAAGAAAACATCTTTA-TTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATT
1 TTGAACGTGTTAAGAAAACATCTTTATTTTTTAAAATGTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATT
143833 AATAAATGTA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 3, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (71 bp):
TTGAACGTGTTAAGAAAACATCTTTATTTTTTAAAATGTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTTA
AACTAT
Found at i:145409 original size:179 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 2.6 Consensus size: 180
144971 AATCGTTCTA
* * * * *
144981 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-AATTTATTGCAGTTCATACAAGCTTG-TTCAGAAT-AAACTAA
1 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA-TTGTTGCAGATCATACAAG--TGATTCAGAATAAAAATAA
* * * * *
145043 TACTAATTTACTAA-CTTTCAAAAAGTTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAAAATAAATCTGTTTAC
63 TACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-TTAATAA-TAAGAGA-TTT-AAAAAATAAAGCTATTTAC
* * * * *
145107 TGAACAAGTTCAAATAGATATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
124 TGAACAAGTTCAAATAGATATGACTATTTAAACAAATATCAATCTAAAATCATTATG
* * * * * *
145164 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTGCAGTTCATAAAAAGTTA-TCTGAA-ATAAAACAAT
1 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTGCAGATCAT-ACAAGTGATTCAGAATA-AAAATAAT
* * * **
145227 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAAC
64 ACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTACTGAAC
* * * *
145292 CAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATG
129 AAGTTCAAATAGATATGACTATTTAAACAAATATCAATCTAAAATCATTATG
* * * *
145344 A-TTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGTCGATTC-GAATAAAAATAATA
1 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTGCAGATCATACAAGT-GATTCAGAATAAAAATAATA
145407 CTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATACATAAGAGATTTAAAAAATAAA
65 CTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAA
145458 TGTGTGAAGG
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 37, Indels: 23
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 5 0.02
179 69 0.28
180 86 0.35
181 3 0.01
182 12 0.05
183 57 0.23
184 15 0.06
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.09, T:0.37
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ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTGCAGATCATACAAGTGATTCAGAATAAAAATAATAC
TAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAAGCTATTTACTGAACAA
GTTCAAATAGATATGACTATTTAAACAAATATCAATCTAAAATCATTATG
Found at i:145802 original size:178 final size:179
Alignment explanation
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145516 TTATGAGAAT
* * * * * * * *
145526 AATTATCTATTTCAAATCAATCT-AACCTTTTA-TTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATA
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGAA-C-TTTAGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTAATA
* * *** * * **
145589 CAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTGAAAA-ATTAA-TAAGAGATTT
64 AAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTGAAAACAATAAGTAAGAGACGT
* * *
145651 GAAAAAATAAA-TATGTTTA-CTGAATAAGTTCAAATATTTATAACTATTTAAAC
128 -AAAAAATAAATTA-GTTTATC-AAATAACTTCAAATAATTATAACTATTTAAAC
* *
145704 AATTATTTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTAATAAA
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTAATAAA
* *
145769 AGTTTATCCAAAATAAAATAATATTAGTTTATTAATAGTTTGAAAATCAATAAGTAAGAGACGTA
66 AGTTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAA-CAATAAGTAAGAGACGTA
* ** *
145834 AAAAATAAATTAGTTTATCAAATCACTTCAAATAATTATGGCTATTTGAAC
129 AAAAATAAATTAGTTTATCAAATAACTTCAAATAATTATAACTATTTAAAC
* ** * * *
145885 AATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTAGTTTTGTTATAAAACAATTATTT
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
145939 TTCAACATAC
Statistics
Matches: 190, Mismatches: 36, Indels: 15
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 4 0.02
178 75 0.39
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181 90 0.47
182 11 0.06
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTAATAAA
AGTTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAACAATAAGTAAGAGACGTAAA
AAATAAATTAGTTTATCAAATAACTTCAAATAATTATAACTATTTAAAC
Found at i:145976 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 145898--146035 Score: 231
Period size: 67 Copynumber: 2.1 Consensus size: 67
145888 TATCTATTTC
*
145898 AAATTGTTATTACCTTTAGTTTTGTTATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
1 AAATTGTTATTACCTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
145963 TA
66 TA
* * * *
145965 AAATTGTTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGAACATACAAGCTTATTTTAAA
1 AAATTGTTATTACCTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
146030 TA
66 TA
146032 AAAT
1 AAAT
146036 AATACTAATT
Statistics
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Consensus pattern (67 bp):
AAATTGTTATTACCTTTAGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA
TA
Found at i:146324 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 145984--147448 Score: 1048
Period size: 181 Copynumber: 8.2 Consensus size: 180
145974 TTACCTTTCG
* ** * **
145984 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGAACATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * **
146049 TAATA-TTTCAAGAA---CT-AGTATGAGATTCAAAAAATAGATTTGTTTA-CTGACCAGTTCAA
66 TAATATTTTGAA-AATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAA
** **
146108 ATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT
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* * * * *
146159 TATTCTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACAAAATT
1 T-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * *
146224 AATAATATTTTGAAAATTTATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTGCCAAACCAGTTCA
64 ATTAATATTTTGAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCA
* * * *
146288 AATAGTTAAGACTATATAAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTT
129 AATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
* * * * * * *
146340 GTTTAGTCATAAAGA-AATTATTTCA-GCTCATCCAAGTTTATTAGTAATAAAATAAAACTAATT
1 -TTTTGTCATAAA-ACAATTGTTT-ATGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* ** * * * *
146403 TTTTAATATTTCAAAAATTTAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAGGTT
63 TATTAATATTTTGAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCA-GTT
* * * * * **
146468 -AAATAATTATA-ACCATTTGAATAATTATATATTTCAAGTTGTTATAACCTTTT
127 CAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
* * * * * * *
146521 GTTCTATCATAAAACAATTTTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTGATCTA
1 -TTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * * *
146586 ATAAGATTTTGACAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCACTTCAA
65 TTAATATTTTGAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAA
* * * * * * *
146651 ATAGCTAAGGA-TGTATGAAGAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTT
130 ATAGTTAA-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
** * * * *
146702 ATTTTGTTGTAAAACAATT-TTTCA-GCTCTTACTAA-CTTATTCGAAATAAAATAA-AATAAAT
1 -TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATAC-AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACT-AAT
* * * * *
146763 TTATTAATA-TTTCAAAAATTAGTAATTAAGATATTTAAAAAATAATTCTGTTT---------GT
62 TTATTAATATTTTGAAAATTTA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGT
* * *
146818 T-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTT
126 TCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
* * * ** * * * *
146872 GTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATGAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTA
1 -TTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* *
146937 TTAATATTTT-AAAA-AT-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAA
65 TTAATATTTTGAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAA
* * * * * **
146998 TTAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCATTCG
130 ATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTT
* * * * * *
147050 TTTTGTTATAAAAACAATTGTTTTTGTTCATAC-ACTCTTATTCGGAA-AAAGTAATGCTAATTT
1 TTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGT-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * ** * ***
147113 ATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAGAAAATGTATCT-TTTGGCTTGACCA-TT
64 ATTAATATTTTGAAAATTTATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACCAAACCAGTT
* * * * *
147175 GCAAACT-GTTATGACTGTTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTT
127 -CAAA-TAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTT
* * * * * * * * *
147231 TTTTGTCACAATACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATTCAAAATAACATAATTCTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
** * * * * ** * *
147296 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAAATTTAAAAAA-AGAATCAGTTTACTGAACAAATTCAA
66 TAATATTTTGAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATCTGTTTACCAAACCAGTTCAA
***
147360 ATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTT
130 ATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
* * *
147411 GTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGTT
1 -TTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGTT
147449 GATTTCAAAT
Statistics
Matches: 1005, Mismatches: 224, Indels: 116
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 24 0.02
168 3 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTTTGAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAA
TAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
Found at i:146362 original size:424 final size:426
Alignment explanation
Indices: 145585--146362 Score: 973
Period size: 424 Copynumber: 1.8 Consensus size: 426
145575 TGTTTCAGTT
* *
145585 CATACAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAAGAGATT
1 CATACAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTCAAAAACTAATAAGAGATT
* * *
145650 TGAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATATTTATAACTATTTAAACAATTATTTATT
66 TCAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATATTTATAACTATTTAAACAATTATCTATT
145715 TAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTAATAAAAGTTTATCCAA
131 TAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTAATAAAAGTTTATCCAA
** ** * *
145780 AATAAAATAATATTAGTTTATTAATAGTTTGAAAATCAATAAGTAAGAGACGTAAAAAATAAATT
196 AATAAAATAATACAAAATTAATAATAGTTTGAAAATCAATAACTAAGAGACGTAAAAAATAAATT
* * * * * * **
145845 AGTTTATCAAATCACTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTA
261 AGTTTACCAAACCACTTCAAATAATTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTA
* *
145910 CCTTTAGTTTTGTTATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATTGTTAT
326 CCTTTAGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATTGTTAT
145975 TACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGAA
391 TACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGAA
* * * * *
146011 CATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAGAACTAGTATGAGA-
1 CATACAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTCAAAAACTAATAAGAGAT
* * * * *
146074 TTCAAAAAATAGATTTGTTTACTG-ACCAGTTCAAATAGTTT-TGACTATTTGAACAATTATCTA
65 TTCAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATA-TTTATAACTATTTAAACAATTATCTA
* ** * * *
146137 TTTCAAATTGTTAT-AACCTTTT-TATTCTGTCATAAAATAATTATTT-ATGTTCATATAAGTTT
129 TTTAAAATCATTATGAA-CTTTTGT-TT-TGTCATAAAACAATTATTTCA-GTTAATAAAAGTTT
* * * ** * *
146199 ATTCGAAATAAAATAATACAAAATTAATAATATTTTGAAAATTTATAACTAAGAGA-TTTAAAAA
190 ATCCAAAATAAAATAATACAAAATTAATAATAGTTTGAAAATCAATAACTAAGAGACGTAAAAAA
* * * *
146263 TAAATCT-GTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAAGAATTATCTATTTCAAATC
255 TAAAT-TAGTTTACCAAACCACTTCAAATAATTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATC
*
146327 ATTATTACCTTTTGTTTAGTCATAAAGA-AATTATTT
319 ATTATTACCTTTAGTTTAGTCATAAA-ACAATTATTT
146363 CAGCTCATCC
Statistics
Matches: 295, Mismatches: 49, Indels: 18
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
423 3 0.01
424 136 0.46
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (426 bp):
CATACAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTCAAAAACTAATAAGAGATT
TCAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATATTTATAACTATTTAAACAATTATCTATT
TAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTAATAAAAGTTTATCCAA
AATAAAATAATACAAAATTAATAATAGTTTGAAAATCAATAACTAAGAGACGTAAAAAATAAATT
AGTTTACCAAACCACTTCAAATAATTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTA
CCTTTAGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATTGTTAT
TACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGAA
Found at i:146482 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 146458--146496 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
146448 TCTATTTACC
146458 TAACCAGGTTAAATAATTA
1 TAACCA-GTTAAATAATTA
* *
146477 TAACCATTTGAATAATTA
1 TAACCAGTTAAATAATTA
146495 TA
1 TA
146497 TATTTCAAGT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 12 0.67
19 6 0.33
ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
TAACCAGTTAAATAATTA
Found at i:146772 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 146015--147044 Score: 969
Period size: 361 Copynumber: 2.9 Consensus size: 358
146005 TTTGAACATA
** * * * * *
146015 CAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAACT--AGTATGAGATTCA
1 CAAGCTTATTAGAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAGTAAGAGATTTA
* * * * * * *
146078 AAAAATAGATT-TGTTTACTGACCAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
65 AAAAATA-ATTCTATTTACTAACCAGTTCAAATAATTATAACCATTTGAACAATTATATATTTCA
* * * * *
146142 AATTGTTATAACCTTTTTATTCTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATATAAGTTTATTCGAAA
129 AATTGTTATAACCTTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * *
146207 TAAAATAATACAAAATTAATAATATTTTGAAAATTTATAACTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGT
194 TAAAATAATACAAAATTAATAAGATTTTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGT
* * *
146272 TTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCT
259 TTGCCAAACCACTTCAAATAGCTAAGACTATATAAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
*
146337 TTTGTTTAGTCATAAAGAAATTATTTCAGCTCATC
324 TTTATTTAGTCATAAAGAAATTATTTCAGCTCATC
* * *
146372 CAAGTTTATTAGTAATAAAATAAAACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTTAAAAGTAAGAGATT
1 CAAGCTTATTAGAAATAAAATAAAA-TAATTTATTAATATTTCAAAAA-TT-AAAGTAAGAGATT
*
146437 TAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAGGTT-AAATAATTATAACCATTTGAATAATTATATATT
63 TAAAAAATAATTCTATTTA-CTAACCA-GTTCAAATAATTATAACCATTTGAACAATTATATATT
* * *
146501 TCAAGTTGTTATAACC-TTTTGTTCTATCATAAAACAATTTTTTATGTTCATACAAGCTTATTCA
126 TCAAATTGTTATAACCTTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCA
** *
146565 AAATAAAATAATAC-TGATCTAATAAGATTTTGACAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAA
191 AAATAAAATAATACAAAAT-TAATAAGATTTTGAAAATTAATAACTAAAAGATTT-AAAAATAAA
* * * * *
146629 TTTGTTTGCCAAACCACTTCAAATAGCTAAGGA-TGTATGAAGAATTATCTATTTCAAATCGTTC
254 TCTGTTTGCCAAACCACTTCAAATAGCTAA-GACTATATAAAGAATTATCTATTTCAAATCATTA
* ** *
146693 TGACCTTTTATTTTGTTGTAAA-ACAATT-TTTCAGCTCTTAC
318 TGACCTTTTATTTAGTCATAAAGA-AATTATTTCAGCTCAT-C
* * * *
146734 TAA-CTTATTCGAAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAATTAAGATATT
1 CAAGCTTATTAGAAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTA--AAGTAAGAGATT
* * * *
146798 TAAAAAATAATTCT-GTT--T-----GTT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
63 TAAAAAATAATTCTATTTACTAACCAGTTCAAATAATTATAACCATTTGAACAATTATATATTTC
** * * * * ** * * ***
146854 AAATCATTATTACCTTTTGT-TT-TATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATGAGTTTGTTTGG
128 AAATTGTTATAACCTTTT-TATTCTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAA
** * * * * *
146917 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT-AAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC
192 AATAAAATAATACAAAATTAATAAGATTTTGAAAATTAATAACTAAAAGATTT-AAAAATAAATC
* * * * * * * * * *
146978 TATTTACCAAACCAGTTCAATTAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATG
256 TGTTTGCCAAACCACTTCAAATAGCTA-AGACTATATAAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATG
147042 ACC
320 ACC
147045 ATTCGTTTTG
Statistics
Matches: 559, Mismatches: 93, Indels: 52
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
346 1 0.00
347 71 0.13
348 5 0.01
350 3 0.01
351 97 0.17
352 6 0.01
353 1 0.00
356 1 0.00
357 40 0.07
358 1 0.00
359 1 0.00
360 10 0.02
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363 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
CAAGCTTATTAGAAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAGTAAGAGATTTAA
AAAATAATTCTATTTACTAACCAGTTCAAATAATTATAACCATTTGAACAATTATATATTTCAAA
TTGTTATAACCTTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA
AAATAATACAAAATTAATAAGATTTTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTT
GCCAAACCACTTCAAATAGCTAAGACTATATAAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
TATTTAGTCATAAAGAAATTATTTCAGCTCATC
Found at i:148931 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 147475--153746 Score: 3413
Period size: 180 Copynumber: 35.4 Consensus size: 177
147465 ATTGAATAAC
* * * * *
147475 TTCAAATACG-TATGACTATTTGAACAATTATTTGTTTCTAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
** ** * ** * * *
147539 ATAAAATGATTGTTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTGAATTTAAATAATATTAATTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTG-TTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * *
147604 TCATCAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
129 T-AAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACAAG
* * * * * **
147656 TTCAAATGGTAATAACTATTT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTCATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
147720 TAAAACAATTGTATT-AGTTTATATAGGCTTATTCAAAATAAAAT-A-AC----TTATTAATATC
66 TAAAACAATTGT-TTCA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * *
147778 CAAAATATTAATGAGTAAAACATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAATAAG
129 TAAAA-ATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACAAG
* * *
147830 TTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT-A
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
147894 TTAAAATAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTGC-GAATAAAATAATA-TAAATTGATTAGTA
66 -TAAAACAATTGTTT-CATTCATACAAGCTTATT-CAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * * * *
147957 TTCTAAAAATTAATAAGCAA-AAATTAAAAAATAAATATATTT-CTAAACACA-
127 TT-TAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACA-AG
* * * **
148008 TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATTG
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * ** *
148073 TAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTAGTCAGAATAAAACAACCCTAATTTATTAAAATTC
66 TAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * * * *
148138 AAAAAATTAATAAGTAA-AAGGTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCAAG
129 TAAAAATTAATAAGTAAGAA--TTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACAAG
* * * * ** * * *
148189 TTCAAATAGATATGACTATTTAAACAATTATTTATTTTAAATCGCTATGATCTTTCGTTTTGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * ** *
148254 TAAAACAATTATTTCTATTCATGTAAGTTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTC
66 TAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * ** * * *
148319 CAAAAATTAGT---TGGGAATTTAAAAATTAAATTTGTTTATCGAACAAG
129 TAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACAAG
* * * * * * * *
148366 TTTAAATAATCAT-ATCCATTTAAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTT
1 TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * ** * * *
148430 GTAAAACAGTTGTTTCTCTTTATACAAAATTGTTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * ***
148495 TCAAAAATTAATAAG--AG-ATTTAAAAACTATATCTGTTTACTAGATTGG
129 T-AAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATA-ATTTGTTTACCAAACAAG
* * *
148543 TTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATCGA-TATGATC-TTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* *** * * ** *
148606 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAGT-AAATAATGCTAAACTAATAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
148670 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGAAATATATTTACCGAACCAA-
129 -TAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAA-TAATTTGTTTACC-AAACAAG
* ** * * * *
148722 TTCAAATAGTTAAGACTATTACAACAATTATCTCTTTCAAATCATTCTGACTTTTTGTTTGGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
148787 TAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTT
66 TAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
148852 AGAAAATTAATAAGCAAGGAATTTTTTAAAAAT-ATTTGCTTACCAAACAAG
130 A-AAAATTAATAAGTAA-GAA--TTTAAAAAATAATTTGTTTACCAAACAAG
* * * * * *
148903 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGGCCTTTTG-CTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
148967 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATTAAATAATATTACA-TTGTTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATT
* * ** * ** * *
149031 TCAAAAATTGAGAAGTTGGCGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATC-AG
129 T-AAAAATTAATAAGTAAG-AATTTAAAAAAT-AATTTGTTTA-CCAAACAAG
* * * * ** *
149083 CTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAGTTATCTAATTCGTATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
149148 TCAAGCAATTGTTTTTCA-ACAAAGAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTG--TTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
149212 TCAAAAATTAATAAGTAGGAGA--T------T-ATTTGTTTACTAAGCCAA-
129 T-AAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAATTTGTTTACCAA-ACAAG
* * * * *
149254 TTCAAATATTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCATATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
149319 TAAAACATTTATTT-ATGTTTATTCAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATT
66 TAAAACAATTGTTTCA--TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** * *
149383 ATGAAAATTAATAACTGCGAGATATAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAA-
129 -TAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAAC-AAG
* * * * *** *
149435 TTCAAATAGTTAAGGCTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGGTATGACCTTTTTGTTTTGTT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTC
* * ** * * * * **
149500 GTAAAACAAATGTTTTTGTTCACATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATTTTAATTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTG-TTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
* *
149565 TTGAAAATTAATAAG--AG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAG
128 TTAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACAAG
* * * * * *
149613 TTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT-AACTATTT-TTTTGCC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTC
* * * * *
149676 ATAAAAAAATTGTTTCTATTGATACAATCTTATTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * ** *** *
149741 CTCAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAATCTATTGGCTTGACCAG
129 -TAAAAATTAATAAGTAA-GAATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACAAG
** * ** * *
149793 TGAAAATAGTTATTACTGGTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTAG-TTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTC
* * ** * * * * * *
149857 ACAAAACAATTGTTTCTGTTTGTATAAGCTTCTTTAGAATAAAAAAATTCTAATTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
149922 CAAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCAAACAAG
129 -TAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACAAG
* ** * *
149974 TTGAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTCCCTATTTC--ATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * *
150037 TAAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATA-TAAATTTATTAATAT
66 TAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* ** * * *
150100 TCAGGCAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTT-TTTATCAAATAAG
128 TTA-AAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAAT-AAT-TTGTTTACCAAACAAG
* * ** * *
150153 TTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTCGCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * *
150218 TAAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATA-TAAATTTATTAATAT
66 TAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* ** * *** *
150281 TCAGCAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTT-TTTATTGAATAAG
128 TTAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAAT-AAT-TTGTTTACCAAACAAG
* * * ** * *
150333 TTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
150398 TAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATCTTT
66 TAAAACAATTG-TTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATT
* * * * * *
150463 TGACAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAAAAAG
129 TAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACAAG
** * * * ** **
150514 TTCAAA-AGGCATAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
150578 TAAAACAATTGTATT-AGTTCATATAGGCATATTAAAAATAAAATAATACTAATATATTAATATT
66 TAAAACAATTGT-TTCA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * ** ** *
150642 CTAAAAATTAACAAG--A-CATTTAAAAAATGATTCCATTTTTCGAACAAG
129 -TAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAATT-TGTTTACCAAACAAG
* * * * ** *
150690 ATCAAATGGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTTAGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-GTC
* * ** * * * * * * * *
150754 ATACAAGC--TT-TATT-GTGAATA-AA-ATAATAT-AAATTTATTAATATTTCCAA--AATTAA
65 ATA-AAACAATTGT-TTCATTCATACAAGCTTAT-TCAAA-ATA-AAATAATACTAATTTATTAA
** * * * *
150810 TAAGTAAAAATTCAAAAAAT-A-AATTT---AT----TTTG--T---AAACATG
125 TATTTAAAAATT-AATAAGTAAGAATTTAAAAAATAATTTGTTTACCAAACAAG
**
150850 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACC-----TTCAGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTC
** ** * * ** *
150909 ATAATCCAATTGATCTTTGTTCGTACAAGCATATTTGAAATAAAATTATACTAATTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTG-T-TTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * **
150974 TAAAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGTAAG
128 T-TAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACAAG
* * * * *
151027 TTCAAATAGTTATCG-TTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATTATCTTTTGTTTTGT
1 TTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
151090 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAGATAATTCTAATTTATAAATAT
64 CATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
151155 TCTAAAAACTAATAGGTACGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
128 T-TAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACAAG
* * * * * * **
151208 TTTAAATAGTCATGTCCATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTCCTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * *
151273 TAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATGAAATAATACTAATCTATTAATTTTT
66 TAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * ** * *
151338 TGAAATTAATAAG--AG-ATTTAAAAACTAAATCCGGTTACTAAAACAAG
130 AAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAAT-AATTTGTTTAC-CAAACAAG
* * * *
151385 -TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
151448 TAAAACAATTATTTCTTTTCATACAAGCTTGTGT-GAATTAAAATAATACTAATTTACTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** *
151512 TCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTGAAAAATAAATGTGCCTACCAAACCAG
129 T-AAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACAAG
* * * * * ** * * * *
151564 TTGAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTTTCTATTTCAAATCGCTCT-AACATTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * *
151628 TAAAACAATTATTTCAATTTGTACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTC
66 TAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * * * * *
151693 AAAAAATTAATGAGCAAGCGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTTCCAAATAAG
129 TAAAAATTAATAAGTAAG-AATTT-AAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACAAG
* * *
151745 TT-AAATAGATT-TTACTATTTGAACAATTATATATAT-AAAGTCATTATGACC-TTTGTTTTGT
1 TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
151806 TACAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATAT-GAAATAAAATAATACTACTTTATTAATA
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* * ** *
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* ** * * **
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
151987 ATCAAACAATTGTTCCTTTTCATACAAGCTTATTTAGATTAACATAATACTAATTTAATAATATT
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* * * ** *
152052 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTATGCTGAACCAG
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* * * * * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
152168 ATAAAAAAATTATTTCAGTTCATACAATCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTA-TAACATT
65 ATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
152231 TGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG
129 T-AAAAATTAATAAGTAAGA-ATTT-AAAAAAT-AATTTGTTTACCAAACAAG
* * *
152284 TTCCAACATA-TT-TTACTATTTGAACAATTATCTATAT-AAAGTCATTATGGCCTTTTGTTTTG
1 TT-CAA-ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
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* * ** * **** *
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* * * * * * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ***
152529 TAAAACAATGGTTTCTATTCATACAAGCATATT-GGGATGAAAATAATACTAATTT-TATAATAT
66 TAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTAT-TAATA-
* ** ** **
152592 TTTAAAAA-T-A-AA-T--GTATTTACCAAACCA---G-TT--CAAATTA-
127 TTTAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAATTTGTTTACCAAACAAG
* * * * * *
152630 TT-AAGACTA-TTA-GAATAATT-ATC---TA--T-TTT-AAATCGTT-TGAGCTTTTTGTTTAG
1 TTCAA-A-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTG
* * * **** * * *
152683 TCATATAATAATTGTTTAAGTTCATACAAGCTTATTTGGCATAAAATAATGCTACTTTATTAACA
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* * **
152748 TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAG
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* * * * *
152803 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTATAA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * **
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *** * * *
153050 TAAAACAATTATTTCAGCTT-ATTCAAGCTTATTTGGAATAGAATAAAACTAATTTATTAACATT
66 TAAAACAATTGTTTCA--TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
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129 T-AAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAATT-TGTTTACCAAACAAG
* * * **
153162 TTCAAATA---AT--C-A--T-----A--A-CTATTTCAAATCATTATGGCATTTTCTTTTGAAA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** * * *
153211 TAAAACAATCGTTTCAATTTATATAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAGTTTGTTAATATTC
66 TAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
*** * ** * * * *
153276 TGTGAATTAATGAGTAAAAGAATGAAAAAAAGAATCTGTTTACTAAATAAG
129 TAAAAATTAATAAGT--AAGAATTTAAAAAATAATTTGTTTACCAAACAAG
* * *
153327 TTCAAAAAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAGAA-CATTATGACCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** * ***
153391 ATAAAACAATTGGTTCTATTCATGTAAGTTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * * *
153455 TGTAAAAA-T--TAA--AA-AA--T--AAATTCATTT-TTT---GAACATG
128 T-TAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAATTTGTTTACCAAACAAG
* * * * *
153492 TTTAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATATCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * *
153557 TAAACCAATTGTTTCTATTCATACAACCTTATT-TGAGTAAAATAATACTAATTTATT--TA-CT
66 TAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * *
153618 CAAAA--AATGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTATCGAGCGAG
130 AAAAATTAAT-AAGTAAGA-ATTTAAAAAAT--AATTTGTTTACCAAACAAG
* * ** * * *
153668 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTTTTTTGTAA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
**
153733 TAAATGAATTGTTT
66 TAAAACAATTGTTT
153747 TTATTTAACA
Statistics
Matches: 4710, Mismatches: 1084, Indels: 599
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Consensus pattern (177 bp):
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TAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
AAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAATTTGTTTACCAAACAAG
Found at i:150419 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 147475--150756 Score: 2146
Period size: 181 Copynumber: 18.4 Consensus size: 179
147465 ATTGAATAAC
* * * * * *
147475 TTCAAATACG-TATGACTATTTGAACAATTATTTGTTTCTAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTC
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147539 ATAAAATGATTGTTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTGAATTTAAATAATATTAATTTATTAATATT
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** * * *
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* * * * * * **
147656 TTCAAATGGTAATAACTATTT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTCATCA
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* * * * * * *
147720 TAAAACAATTG-TATTAGTTTATATAGGCTTA-TTC----AAAATAAAATAACTTATTAATATCC
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* * * * * * * *
147779 AAAATATTAATGAGTAAAACATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAATAAG
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* *
147830 TTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT-A
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* * * * * *
147894 TTAAAATAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTGCGAATAAAATAATATAAATTGATTAGTATT
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* * * * * *
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* * * * **
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* * * * * ** *
148073 TAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-GTCAGAATAAAACAACCCTAATTTATTAAAATT
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* * * * * * * *
148137 CAAAAAATTAATAAGTAAAAGGTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCAAG
129 C-AGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTATCAAACAAG
* * * * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * *
148254 TAAAACAATTATTTCTATTCATGTAAGTTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTC
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* * * * * *
148319 -CAAA--AATTAGT-TGGGAATTTAAAAATTAAAT-TTGTTTATCGAACAAG
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* * * * * * * * *
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* * * * * ** *
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65 ATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-
* * * * * ***
148494 TTCA-AAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAACTATATCTGTTTA-CTAGATTGG
127 TTCAGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTATC-AAACAAG
* * * *
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* * ** * * ** *
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* * * * * *
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130 -AGAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTATC-AAACAAG
* ** * * * * *
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* * * * *
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66 TAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATAT
* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ** * ** *
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* * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
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* ** * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** ** *
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** * ** * * *
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* * * ** * * * *
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* * * *
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* ** ** *
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** *
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* * *
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* * ** *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** *
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* * ** *
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* * * * * *
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* *
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** * * * * * * *
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** * * * * **
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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** * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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* *
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* * *** *
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** ** ** * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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**
151627 ATAAAACAATTATTTCAATTTGTACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT
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* * *
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* *
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*
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*
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* * *
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* * *
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* * **
152038 AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTATGCTGAACCA
194 AATTT-ATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGT-TACCAAACCA
* * * * * *
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* * *
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322 ATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT
** * *
152231 TGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCCAACATA-T
387 CAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTT-CAA-ATAGT
*
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*
152359 GTTTCAGTTCATAAAAACTTATAT-AA
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* **
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGC
* * * * * * *
152450 TATTTTTTGAACTAGTTCAAACAGTGATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCT-AATCGTTATG
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* * * * * * *
152514 ATCTTTGTTTTCTCATAAAACAATGGTTTCTATTCATACAAGCATAT-TGGGATGAAAATAATAC
130 ATCTTTATTTTC-CATAAAACAATTGTTCCTTTTCATACAAGCTTATGT-GAATTAAAATAATAC
*
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* * * *
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257 GTTCAAA-TAGTTAAGACTATTAGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTTTGAAC-TTTTGTTTAG
* * * ** * * *
152683 TCATATAATAATTGTTT-AAGTTCATACAAGCTTATTTGGCATAAAATAATGCTACTTTATTAAC
320 TCATAAAACAATTATTTCAA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAC
* * * * **
152747 ATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG
384 ATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * * *
152812 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTATAACAAAATAAT
449 TT-TTACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAAT
* * * * *
152877 TGTTTTC-GTGCATACAAGCTTATTCGA
513 TG-TTTCAATTCATAAAAACTTATTCAA
* * * *
152904 AATAAAATAATACTAATTTAGTAAAATTTCAAAAATTATTAAACTAAGAGATTTTAAAAA-TAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC-AAGAGA-TTTAAAAACTAAA
* * * * * * * * * * *
152968 TCTGTTTATCGAGCTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATTTAT-TTCAAATTGTTA
64 GCTATTTTTGGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCGTTA
* * * * *** * * *
153032 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTT-ATTCAAGCTTATTTGGAA-TAGAATA
128 TGATC-TTTATTTT-CCATAAAACAATT-GTTCCTTTTCATACAAGCTTATGT-GAATTAAAATA
* * * * * * * * * *
153095 AAACTAATTTATTAACATTTAAAAAATT--T-AA-AAGAGATCTAGAAAATAATTCTATTTATCG
189 ATACTAATTTA-TAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGT-GTTACCA
* * * * * *
153156 AACCATTTC-AA-A--TAA-TC-A-T-----AA----CTATTTCAAATCATTATG-GCATTTTCT
252 AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTTTGAAC-TTTTGT
* ** ** * * * * *
153204 TTTGAAATAAAACAATCGTTTCAATTTATATAAGCTTATT-TGAAGTAAAATAATACTAGTTTGT
316 TTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTAT
* **** * * * * * * *
153268 TAATATTCTGTGAATTAATGAGTAAAAGAATGAAAAAAA-GAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAA
380 TAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAA
* * * * * *
153332 AAAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAGAA-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
445 ATAGTT-TTACTATTTGAACAATTATCTATATCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAA
* * ** ** ***
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508 ACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATTCAA
153428 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTGT-AAAAA-T--TAA--AA-A-A--T--AAA-T---
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAA
* * * * * * * * *
153476 TC-ATTTTTTGAA-CATGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATATCAAATCATTC
64 GCTATTTTTGGAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTTAAATCGTTA
* * * * * * * * *
153539 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAACCTTATTTG-AGTAAAATAAT
128 TGATC-TTTATTTT-CCATAAAACAATTGTTCCTTTTCATACAAGCTTATGTGAATTAAAATAAT
* * * * * * * *
153603 ACTAATTTAT-TTA-CTC-AAAA--AATGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTATCGA
191 ACTAATTTATAATATTTCAAAAATTAAT-AAATAAGAGATTTAAAAAAT-AAATGT-GTTACCAA
* * * * * * * * *
153663 GCGAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATT-TATTTCAAATTGTTATGATCTTTTTTT
253 ACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATT-TTCTATTTCAAATCGTTTTGAACTTTTGTT
* * ** * ** * * * *
153727 TTGTAATAAATGAATTGTTTTTATTTA-ACAA-ATGTATTCATAATAAAATAATGAGTTGGAGAT
317 TAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCT-TATTCAGAATAAAATAAT-A-CT--A-AT
* * * * * * * * * * * ** * *
153790 TTA--AAGAAT-AAAGCTATTTACT--G-AATA-TTTTCAAATAGTCATATCCATTT---GAACT
376 TTATTAACATTCAAA--AAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAAT-AAATCTGTTTACCAAACA
** * * * * * *
153845 A-TT-ATTTA--TTT-CAAATTGCTATGA-AATTTTGT-TGTCATAA--A--AT-A-ATTGTT-T
438 AGTTCAAATAGTTTTACTATTTG--A--ACAATTATCTATATCA-AATCATTATGACCTT-TTGT
* ** ** * * * ** *
153896 TTAT-TCATACAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT-AA
497 TT-TGTCACA-AAACAATT--GTTTCAATTCATAAAAACTTATTCAA
* * * * * * *
153941 TAATTAAAA-AAT--TAA-TCAGTAAGAGATTT-AAAAAGTAAATTTGTTTACCAA-ATCATTTC
1 -AA-TAAAATAATACTAATTTA-TTA-ATATTTCAAAAA-TTAA-----TAAGCAAGA-GATTT-
* * *** * * * * * ** *
154000 AAATAGTTTTGACTATTTGAATAAT-TATA-TATTTCAAATCA-TTATAAC-ATTT--TCTTTTG
54 AAAAACTAAAG-CTATTT---T--TGGA-ACCAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTA
** * * * * * ** ** *
154059 TC-ATCAAACAATTACTTCTATTCATATATT-TTATTCAAAATAAAATAA-TACTAATTTAATAA
111 TCTATCTTA-AA-T-CGT-TA-TGATCT-TTATT-TTC--CATAAAACAATTGTTCCTTT--TCA
* * ** *** * **
154121 TATTCCAAAACTTA-AT-AACCAATAA-AAT--TAAAAAATAA-ATTT----AATTACTAAACCA
165 TA---C-AAGCTTATGTGAATTAA-AATAATACTAATTTATAATATTTCAAAAATTAATAAATAA
* * * ** ** * * * * * *
154176 GTCAAATAGTT-AAGAATATATGAATTA-TTATCAATTTCAAATCA-TTATGACCT-TTTG---T
225 G--AGAT--TTAAAAAATAAATGTGTTACCAAACCAGTTCAAAT-AGTTAAGA-CTATTAGAACA
* * *** * ** * * *
154234 TTTGTTATAAAACAAAT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-G-AATTAAAAGAA-TA---CAAA
284 ATT-TTCTATTTCAAATCGTTTTG---A-AC--TTTTGTTTAGTCA-TAAAACAATTATTTC-AA
* * * * * * * ** * ***
154292 TTTA-ATAA---TATT--GCA-AAAAT--TAATAA-GTA-AAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTT
340 TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAA--TGAGC
* * ** ** * * * *
154346 ACTGA-ACCTGTTAAAATAAT-TGTGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAAT-CTTTATGACC
403 A-AGAGA--T-TTAAAAAAATAAAT--CTGTTT-ACCAA--A-CAAGTTCAAATAGTTT-T-A-C
* * * * *
154408 TTTTTG-----TTTTGT-TAT-AAAACATT-TG--CTTTTG----A----------------TC-
455 TATTTGAACAATTATCTATATCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCA
* *
154442 A-T--T-AAAGCTTATTCTA
520 ATTCATAAAAACTTATTCAA
** * * *
154458 AATAAAATAATACTAACATATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGC
* * ** * * * * * *
154522 AATTTATCAAACCAGTTCGAATAGTTATGATTATTTGAACACTTATCAATCTCAAATTGTTATGA
66 TATTTTTGGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTTAAATCGTTATGA
* * ** * * *
154587 TCTTTATTTTCTAATAAAACAATTGTTTCTGATCTTAAAAGCTTACT-TG-GTTGAAAATAATAC
131 TCTTTATTTTC-CATAAAACAATTGTTCCTTTTCATACAAGCTTA-TGTGAATT-AAAATAATAC
** *
154650 TAATTTAATAATATTTC-AAAA--AAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACT
193 TAATTT-ATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG-TTACCAAACC
* * * *
154711 AGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATT-T-TTTTAAATCGTTCT-AACCTTTT-TTTA
256 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATT-TTCTATTTCAAATCGTTTTGAA-CTTTTGTTTA
* * * * * * *
154772 GTC--AAAATATTTGTTTCAAATAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-CTTAATATATTAA
319 GTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC-TAATTTATTAA
* * * * ***
154834 CATTC-AAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGCTT-AAAT
383 CATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG-TTCAAAT
* * * * * *
154897 CA-TTATGACTATTTGAACAATT-GCTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
447 -AGTT-TTACTATTTGAACAATTATC-TATATCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAA
* * *
154960 CAATTGTTT-AAGTTCATAAAATCATATCCAA
509 CAATTGTTTCAA-TTCATAAAAACTTATTCAA
* * *
154991 AATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTACA-AAGAAAGAGATTTAAAAAAATAA
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTA-ATAAGCAAGAGATTT-AAAAACTAA
** * * ** * * * * * *
155054 A--TATGTTTTCTAAACAAATTCAAATAGTTACAACTATTTTAATAATTGTATAT-TAAAAATCA
63 AGCTAT-TTTT-GGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCT-TAAATCG
* * * * * * * * *
155116 TTCTGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATT--TTAGTTCAAACAAGTTTAT-TCAAAATAA
125 TTATGATC-TTTATTTT-CCATAAAACAATTGTTCCTT--TTCATACAAGCTTATGT-GAATTAA
* * *** *
155178 AATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA-AAGTGATTTAAAAAGGGAATCTGTT
185 AATAATACTAATTTA-TAATATTTCAAAAATTAATAA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG-T
* * * * * * * * * * * *
155242 TACCGAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTATGAACTT
247 TACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTTTGAACTT
* * * * *
155307 TTGTTTTTGT--GAAAA-AACT-TTTC-A-TCATACAAGCCTATTCAGAATAAATTAATACTAAT
312 TTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
155366 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAAC---
376 TTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* ** * * * ** * ***
155426 --C----AGTTCT--TATTTGAGTAATTACCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTGT
440 TTCAAATAGTTTTACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAC
* * * *
155483 AAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAACTTATTCAA
505 AAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATTCAA
* ** *
155518 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAAT-AAG
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAACTAAAG
** * * ** **
155581 TCTATTTGTT-GAAGTAATTCAAATAGTTAAGACTACATGAACAATTATCTAT-TTCAAATCACT
65 -CTATTT-TTGGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCGTT
* * * ** * * *
155644 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATT--TTAGTTCATACAAGCTAAT-TCAAAATAAAA
127 ATGATC-TTTATTTT-CCATAAAACAATTGTTCCTT--TTCATACAAGCTTATGT-GAATTAAAA
* * * * *
155706 TGATACTAATTTATTAATATTT--TAAA--AATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATATGT-TTA
187 TAATACTAATTTA-TAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT-AA-ATGTGTTA
* ** * * *
155766 CCGAATTAGTTC-AA-A--T---A--ATT-----AA-TGTCT-TGTTC--AT--TTTT-ACCGTT
249 CCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTTTCTAT-TTCAAATCGTTTTGAACTTT
* * * * * *
155810 TGTTTGGTCATATAACAATTGTTTCTGAA--CATTCATGCTTATT-TG---AAAATAATACTAAT
313 TGTTTAGTCATAAAACAATTATTTC--AATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * * * **
155869 TTATTAATCTTTC-AAAAATTAATAAG-TA-AGACTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTAG
376 TTATTAA-CATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * * ** * *
155930 TTCATATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTAAACT-TCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTC
440 TTCAAATAGTT-TTACTATTTGAACAATTATCTA-TATCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *** * *
155994 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAA
503 ACAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATTCAA
* * * * * * *
156031 AATAAATTAATACTAATCTAATAATA-TTCTGAAAATTAATTA-CTAAGAGAATTAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAACTAAA
** * * * ** * * * * ** * *
156094 TTTGTTTGTCGAACTTGTTTAAATATTTAAGATTATAAGAACAATTATATAT-TTCAAATAGTTA
64 GCTATTTTTGGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCGTTA
* * * * * ** * *
156158 TGACCTTTTGTTTTGTCTTAAAATAAGTT-TTTTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGGAA-TAAA
128 TGATC-TTTATTTT-CCATAAAACAA-TTGTTCCTT---TTCATACAAGCTTATGT-GAATTAAA
* * * * * * * *
156221 ACAAAACAAATTTATTAGTATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTA
186 ATAATACTAATTTA-TAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG-TTA
* * * * * ** * * * *
156286 CC-TACCAGTTCAAATAATTATGA-TTTTTGAGTAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTT
249 CCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTTTGAACTTTT
* ** * * * * *
156348 GTTTTGTCATAAAACAAATGT-TTTTGA-TCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATACTAATC
314 GTTTAGTCATAAAAC-AAT-TATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
* * * *
156411 TACTAATATTTC-AAAAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAA-
377 TATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAG
* * * * * * * * * *
156469 TTCAAATAGTTATGAATATTTGAAGAAGTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTATTA
440 TTCAAATAGTT-TTACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** * *
156534 TAAGATAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATT-AGG
504 CAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATTCA-A
* ** * * * * *
156570 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAACTAAA--
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGC
**** * * * * *
156633 TAGCTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTA-CTTCAAATCGTTA
66 TA--TTTTTGGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCGTTA
* * * ** * * * *
156697 TAACCGTTTACTTTGT-CATAAAA-AATTATTTCAATTT-ATATAAGTTTAT-TCAAAATAAAAT
128 TGATC-TTTA-TTT-TCCATAAAACAATT-GTTCCTTTTCATACAAGCTTATGT-GAATTAAAAT
* * * * *
156758 AATACTAA-TTATTAATATTTCAAACATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACC
188 AATACTAATTTA-TAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGT-GTTACC
* * * * * * * * ***
156822 AAACAAGTTTAAATAATTATA-ACTATTTGAACAGTTATCTATTTGAAATTGAGAT-AACCTTTT
251 AAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTTTGAA-CTTTT
* * ** * * ** * **
156885 CTTTTGTCATAAATGATTTA-CTCTGTTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATAC-ATATTT
314 GTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA-ATTT
** * * * * *
156948 ATTAGTATT-AAGACAATTAATAAG-AA-ACTATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGT
378 ATTAACATTCAA-AAAATTAATGAGCAAGA-GATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGT
* * * * * * * ** * * *
157010 TCAAATCGTTATGACTATTTGAGCAGTTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTGTGTCAT
441 TCAAATAGTT-TTACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAC
*** * ***
157075 AAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGG
505 AAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATTCAA
* * ** * * * * *
157110 ACTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGAAAAAGACTTAAAAAATAAA--
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGC
* * *
157173 TATGTTTACT-GAACAAATTCAAATA-TTCATGACTATTTGAGA-AATTATCTAT-TTCAAATCA
66 TAT-TTT--TGGAACCAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGA-ACAATTATCTATCTT-AAATCG
* * * ** * ** * * *
157234 TTCT-AACATTTTCTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAACTTATTTG-ATGTAAA
125 TTATGATC--TTTATTTT-CCATAAAACAATTGTTCCTTTTCATACAAGCTTATGTGAAT-TAAA
* * * * * * * *
157297 ATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTT
186 ATAATACTAATTTA-TAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGT-GTTA
* * * * * ** * * *
157362 TCAGACAAGTACAAATAGTTATGACTATCTA-AACAATAATCTATTTCAAAACATTAT-AACTTT
249 CCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTTTGAAC-TT
* * ** *
157425 TTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTCTTTTCATGCAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAA
312 TTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-AA
* * * * * * * *
157488 TTTATAAATATTTC-AAAAATTAAT-AACTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCGAGCA
375 TTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAGC-AAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA
* * * * * * *
157550 AGTTCAAATAGTTATAACTATCTCAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATATTTTCTTTT
438 AGTTCAAATAGTT-TTACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATCATTATGAC--CTTTTGTTTT
*** * * ** *
157615 GTTGTAAAATAAATGTTTTTATTCATACAAAA-TTATTAAA
500 GTCACAAAACAATTGTTTCAATTCATA-AAAACTTATTCAA
* *
157655 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAACTGAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGC
**** * * * * * *
157716 TA-TTGACCAGACCACTTCAAATAGTTATGACAATTTGAATAATTATCTATCTCAAACCATTATG
66 TATTTTTGGA-ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTTAAATCGTTATG
* ** * * * * * *
157780 ATCTTTGTTTT-GTTATAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT-TCAAAGTAAAATATTGC
130 ATCTTTATTTTCCATA-AAACAATTGTTCCTTTTCATACAAGCTTATGT-GAATTAAAATAATAC
* * * * ****
157843 TAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGA-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAAC
193 T-AATTTATAATATTTCAAAAATTAATAA-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG-TTACCAAAC
* * ** * * *
157906 CGGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTACCTATATCAAATTGTTCT-ATACTTTTGTTTA
255 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTTTGA-ACTTTTGTTTA
* * * * * * * * *
157970 GTCATAAAATAATTGTTTTAGTGCATACATGCTTATTCAAAATAAAATGATACT-ATTCTTTTAA
319 GTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT-TATTAA
* * * * ** *
158034 CATTCAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTAAAAAAATAAATCAGTTTACTGAACAAATTCAAATA
383 CATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATA
** * * * * * * *
158099 -TTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT-ACTTTTTATTTTATAATAAAACAA
448 GTT-TTACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAA
* * * *
158162 TT-TCTTTAGTTCATAAACACTTATCCAA
512 TTGT-TTCAATTCATAAAAACTTATTCAA
* * * * *** * *
158190 AATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAA-T
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGC
* ** ** * * ** *
158254 TAGTTTATCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATTCAAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTAT
66 TA-TTTTTGGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCGTTAT
* * * * * * ** *
158318 GAACTTTTGTTTTGTCATATAACAATT-TT-TTTTGCATCATATAAGCCCAT-TCGAAATAAAAT
129 GATC-TTTATTTT-CCATAAAACAATTGTTCCTTT---TCATACAAGCTTATGT-GAATTAAAAT
* * * * * * * *
158380 AATTCTAATTTTTATTATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTACCGA
188 AATACTAATTTATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTACCAA
* * * * * * * * *
158445 ACCTA-TTGAAATAATCATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTTT-AACCTTTTGT
253 ACC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTTTGAA-CTTTTGT
** * * * * * ** *
158508 TTTCTCAAAAAATAATTATTT-AGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACCTAA
316 TTAGTCATAAAACAATTATTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * *
158572 CAATATT-ATGAAAATTAAT-AACTAATAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTC
380 TAACATTCA-AAAAATTAATGAGC-AAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTC
* * * * * **
158634 AAATAG-TTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTTGCA
443 AAATAGTTTTA--CTATTTGAACAATTATCTATATCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACA
* *** * ** *
158698 AAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAA
506 AAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATTCAA
* * *
158732 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAA--
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGC
*** * * * * * *
158791 TATGTTTACCAAACCAGTTCAATTAGTTAT-AATAATTTGAACCATTATTTATTTTAAATCATTA
66 TAT-TTT-TGGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATCTTAAATCGTTA
* * * ** * * ** *
158855 TGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTGATACACCCTTATTTGGAA-TAAAATAA
128 TGATC-TTTATTTT-CCATAAAACAATTGTTCCTTTTCATACAAGCTTATGT-GAATTAAAATAA
* * * ** * * * **
158919 TGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATGAATACATATCAGATTTAAAAAATGAATATGTTGGCTT
190 TACTAATTTA-TAATATTTC-AAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTT-ACCA
* * * * * * * * *
158983 GACCAATGCAAATAGTTATGA-T-TGTATGAACAATTATCTATTTCATATTGTTATGACCTTTTG
252 AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TA-GAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTTTGAACTTTTG
* * * * * ** * ** *
159046 TTTTGTTAGAAAATAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAGCATAATTCTAATTTAT
315 TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * ***
159111 TAATATTCTAAAAATTAA-GAAGTAAAATATTT-AAAAACTAAATCTGTTTATTGAACAAGTTCA
380 TAACATTCAAAAAATTAATG-AGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCA
* * * * * * * * * *
159174 AATAATTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAGTTACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
444 AATAGTT-TTACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAA
* * * * *
159239 ATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-A
508 ACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTA-TTCAA
* * * * * * *
159271 ATTCAAATAAAACAAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAG
** ** * * * *
159334 -TATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAA-TATTATTTAT-TTCAAATCATT
65 CTAT-TTT-TGGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCGTT
* * * * * * *
159396 ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTTGTTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAACAT
127 ATGA-TCTTTATTTT-CCATAAAACAATTGTTCCTT-TTCATACAAGCTTATGT-GAATTAAAAT
* * * * * * * * *
159459 AATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAGAAGTAAGATATTTAAAAACTGAATTTGTTTATC
188 AATACTAATTTA-TAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG-TTACC
* * * * ** ** * * *
159524 AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGTAATTACCTATTTCAATTCGCTAT-AACTTTTTG
251 AAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTTTGAAC-TTTTG
* * * * * * **
159588 TTTTGTCATAACATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-ATTAAAATAA-AAAAATTTA
315 TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
159651 TTAATATT-AAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
379 TTAACATTCAAAA-AATTAATGAGCAAGAGATTTAAAA
159688 TATTTTGATT
Statistics
Matches: 6316, Mismatches: 1468, Indels: 1186
0.70 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
496 5 0.00
497 10 0.00
498 12 0.00
499 19 0.00
500 20 0.00
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540 675 0.11
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Consensus pattern (539 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGC
TATTTTTGGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTTAAATCGTTATGA
TCTTTATTTTCCATAAAACAATTGTTCCTTTTCATACAAGCTTATGTGAATTAAAATAATACTAA
TTTATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTACCAAACCAGTTC
AAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTTTGAACTTTTGTTTAGTCATAA
AACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAA
AAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTACT
ATTTGAACAATTATCTATATCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCAA
TTCATAAAAACTTATTCAA
Found at i:153079 original size:182 final size:178
Alignment explanation
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152580 ATTTTATAAT
* * * * * *
152590 ATTTTAAAAATAAATGTATTTACCAAACCAGTTCAAATTATTAAGACTATTAGAATAATTATCTA
1 ATTTTAAAAATAAATCTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATT-GAACAATTATCTA
* * * * * * *
152655 TTTTAAATCGTT-TGAGCTTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTAAGTTCATACAAGCTTATT
64 TTTCAAATTGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTT-ATACAAGCTTATT
* * * *
152719 TGGCATAAAATAATGCTACTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAA
127 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC-AAAAATTAATAAACAAGAA
* * * *
152771 ATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
1 ATTT-TAAAAATAAATCTGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAATTAAGACTA-TTGAACAATTATCT
* * * * * * * *
152836 ATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTATAACAAAATAATTGTTTTC-GTGCATACAAGCTTAT
63 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTCAGT-TATACAAGCTTAT
* * * * * *
152900 TCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAAAATTTCAAAAATTATTAAACTAAGAG
126 TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAAC-AAGAA
* * *
152954 ATTTTAAAAATAAATCTGTTTATCGAGCTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATTTA
1 ATTTTAAAAATAAATCTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAATTAAGACTAT-TGAACAATTATCTA
* *
153019 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTTATTCAAGCTTATTT
64 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAG-TTATACAAGCTTATTT
* * * *
153084 GGAATAGAATAAAACTAATTTATTAACATTTAAAAAATT--T-AA-AAGAG
128 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAACAAGAA
* * * * *
153131 A-TCTAGAAAATAATTCTATTTATCGAACCATTTCAAATAA-T----C-A-T-----A--A-CTA
1 ATTTTA-AAAATAAATCTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTGAACAATTATCTA
** * * * ** * ** * *
153180 TTTCAAATCATTATGGCATTTTCTTTTGAAATAAAACAATCGTTTCAATTTATATAAGCTTATTT
64 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTATACAAGCTTATTT
* * * ***
153245 -GAAGTAAAATAATACTAGTTTGTTAATA-TTCTGTGAATTAATGAGTAA-AAG-A
128 GGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC-AAAAATTAAT-A--AACAAGAA
* * * * *
153297 A--TGAAAAAAAGAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAA-AAGTTATGACTATTAGAACAATTATC
1 ATTTTAAAAATA-AATCTGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAA-TTAAGACTATT-GAACAATTATC
* ** * ** ** *
153359 TATTTTAGAA-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATGTAAGTTT
62 TATTTCA-AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC-AGTT-ATACAAGCTT
* * *
153422 ATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTGT-AAAAATT-A-AAA-AATAA
124 ATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAACATT-TCAAAAATTAATAAACAAGAA
* * * * * * *
153474 A--TT---CAT---T-T-TTT--GAACATGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTAT
1 ATTTTAAAAATAAATCTGTTTACGAACAAGTTCAAATAATTAAGACTA-TTGAACAATTATCTAT
* ** * ** * *
153527 ATCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATACAACCTTATTT
65 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC-AGTT-ATACAAGCTTATTT
* * *
153591 -GAGTAAAATAATACTAATTTATTTAC---TCAAAAAATGAAGT-AA-AAG--
128 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC-AAAAATTAA-TAAACAAGAA
* * * * * *
153636 ATTTAAAAAATAAAATCTATTTATCGAGCGAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTT
1 ATTTTAAAAAT-AAATCTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAATTAAGACTA-TTGAACAATTATCT
* * * * * * *
153701 ATTTCAAATTGTTATGATCTTTTTTTTTGTAAT-AAATGAATTGTTTTTATTTA-ACAA-ATGTA
63 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATT-ATTTCAGTTATACAAGCT-TA
*** * * * ** ** *
153763 TTCATAATAAAATAATGAGTTGGAGATTTA--AAGA-AT--AAAGCT-ATTTAC-TGAA
125 TTTGGAATAAAATAAT-A-CT--A-ATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAACAAGAA
* * ** * ** *
153815 TATTTTCAAATAGTCATATCCATTT--GAACTA-TT-ATTTATTTCAA-ATTGCTA-TG-A-AAT
1 -ATTTT-AAA-AAT-AAATCTGTTTACGAACAAGTTCAAATAATT-AAGA---CTATTGAACAAT
* * * * * *
153872 T-T-TGTTGTCATAA----AAT-A-ATTGTT-TTTAT-TCAT-ACA-AATTA-TTCAGAATAAAA
58 TATCTATT-TCA-AATTGTTATGACCTT-TTGTTT-TGTCATAAAATAATTATTTCAG--TTATA
* * * * *** * *
153924 TAATACTAATTT---AT-TAATAAT--TAAAAAATTAATCA-GT-AAGAGATT--TAAA-AAGTA
117 CAA-GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CATTTCAA-AAATTAATAAACAAG-A
153978 A
178 A
** ** * ** * * **
153979 ATTTGT-TTACCAAATC-ATTT-C-AA-ATAGTTTTGACT-ATT-TGA--A-T-AATTAT-A--T
1 ATTT-TAAAAATAAATCTGTTTACGAACA-AG-TTCAAATAATTAAGACTATTGAACAATTATCT
** * * * * * * * **
154030 ATTTCAAATCATTATAACATTTTCTTTTGTCATCAAACAATTACTTCTA-TTCATA-TATTTTAT
63 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC-AGTT-ATACAAGCTTAT
*** * * * * * *
154093 TCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAATAA
126 TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAACAAGAA
* * * ** * * * * ** *
154146 AATTAAAAAATAAATTTAATTACTAAACCAG-TCAAATAGTTAAGAATATATGAATTATTATCAA
1 ATTTTAAAAATAAATCTGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAATTAAGACTAT-TGAACAATTATCTA
** * * *
154210 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAAATT-TTT-TGTTCATACAAGCTTATT
64 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTATTTCAGTT-ATACAAGCTTATT
* * * * * **
154273 T-GAATTAAAAGAATACAAATTTAATAATATTGCAAAAATTAATAAGTAA-AA
127 TGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAACAAGAA
* ** * ** * * *
154324 GATTTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCTGTTAAAATAATTGTGGCCATTTGAACAACTATCT
1 -ATTTTAAAAATAAATCTGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAATTAAGACTA-TTGAACAATTATCT
* * * * * *
154389 ATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTTGTTTTGTTATAAAACATTTGCTTT-TGATCATTA-AAGCT
63 ATTTCAAAT-TGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTCAG-TTA-TACAAGCT
* ** * ** *
154451 TATTCT-AAATAAAATAATACTAACATATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAG
123 TATT-TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAACAAGAA
* ** * * * * * * * *
154506 ATTTAAAAAATAAATCAATTTATCAAACCAGTTCGAATAGTTATGATTATTTGAACACTTATCAA
1 ATTTTAAAAATAAATCTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAATTAAGACTA-TTGAACAATTATCTA
* * * * * * * * * *
154571 TCTCAAATTGTTATGATC-TTTATTTTCTAATAAAACAATTGTTTCTGATCT-TAAAAGCTTACT
64 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAG-T-TATACAAGCTTATT
* * * * *
154634 TGG-TTGAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAA--AAT-AATAAGAG
127 TGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAACAAGAA
* * * * * * * * *
154682 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTAT-TT
1 ATTTTAAAAATAAATCTGTTT-ACGAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATT-GAACAATTATCTA
* * * * * * * * * *
154746 TTTTAAATCGTTCTAACCTTTT-TTTAGTC--AAAATATTTGTTTCAAATAATACAAGCTTATTC
64 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTATACAAGCTTATTT
** * *
154808 AAAATAAAATAAT-CTTAATATATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAA
128 GGAATAAAATAATAC-TAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAACAAGAA
* * * * * *
154858 ATTTGAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGCTT-AAATCATTATGACTATTTGAACAATT-GC
1 ATTT-TAAAAATAAATCTGTTTA-CGAACAAG-TTCAAATAATTAAGACTA-TTGAACAATTATC
* * * * * * * *
154921 TTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAAGTTCATAAAATCATA
62 -TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTT-ATACAAGCTTA
**** * * *
154986 TCCAAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTACA-AAGA-AAGAG
125 TTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAACATTTCAAAAATTA-ATAA-ACAAGAA
* * * * * * * * * *
155040 ATTTAAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACAAATTCAAATAGTTACA-ACTATTTTAATAATTGTA
1 ATTT-TAAAAATAAATCTGTTTAC-GAACAAGTTCAAATAATTA-AGACTA-TTGAACAATTATC
** ** * * * * * *
155104 TATTAAAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTAGTTCAAACAAGTTTAT
62 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTT-ATACAAGCTTAT
*** * * **
155169 TCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA-AAGTG
126 TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAA-ACAAGAA
** * * * *
155222 A-TTTAAAAAGGGAATCTGTTTACCGAATCAA-TTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATC
1 ATTTTAAAAA-TAAATCTGTTTA-CGAA-CAAGTTCAAATAATTAAGACTA-TTGAACAATTATC
* * * * * * *
155285 TTTTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTTGT--GAAAA-AACT-TTTCA-TCATACAAGCCTAT
62 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTATACAAGCTTAT
** * * **
155345 TCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AA
126 TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAACAAGAA
* * * * ** *
155397 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTC------TT---A-T-TTGAGTAATTACCTA
1 -ATTTTAAAAATAAATCTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTGAACAATTATCTA
* * ** * * * *
155451 TTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAACTTATTC
64 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTT-ATACAAGCTTATTT
** * * ** *
155516 AAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAAT-AACTAAGAG
128 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAAC-AAGAA
* * * ** * * *
155567 ATTTAAAAAATAAGTCTATTTGTTGAAGTAA-TTCAAATAGTTAAGACTACATGAACAATTATCT
1 ATTTTAAAAATAAATCTGTTT-ACGAA-CAAGTTCAAATAATTAAGACTA-TTGAACAATTATCT
*** * * * *
155631 ATTTCAAATCACTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTTAGTTCATACAAGCTAATT
63 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTT-ATACAAGCTTATT
*** * * *
155696 CAAAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT
127 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAAT
155735 AAGTAAGTGA
Statistics
Matches: 2201, Mismatches: 518, Indels: 490
0.69 0.16 0.15
Matches are distributed among these distances:
153 2 0.00
154 3 0.00
155 6 0.00
156 2 0.00
157 2 0.00
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Consensus pattern (178 bp):
ATTTTAAAAATAAATCTGTTTACGAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATTGAACAATTATCTATT
TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTATACAAGCTTATTTGGA
ATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAACAAGAA
Found at i:154560 original size:181 final size:179
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153809 ACTGAATATT
* * * * *** **
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1 TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
153881 ATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAA-ATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAAT
65 ATAAAACAATTGTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-AT
** * * * * * * *
153945 TAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTACCAAATCAT
128 TTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAG
* * * * * *
153997 TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATAACATTTTCTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** *
154062 TCAAACAATTACTTCT-ATTCATA-TATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
66 TAAAACAATT-GTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** * * * * *
154125 CCAAAACTTAATAACCAATAAAATTAAAAAATAAATTTAATTA-CTAAACCAG
129 TCAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACCAG
* * * ** * *
154177 -TCAAATAGTTAAGAATATATGAATTATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * * * *
154241 TAAAACAAATT-TTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAAGAATACAAATTTAATAATATTG
66 TAAAAC-AATTGTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * *
154305 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAACCTG
130 C-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACCAG
* * * * * * * *
154356 TTAAAATAATTGTGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTTGTTTTGTT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTC
* * **
154421 ATAAAACATTTGCTTTTGATCATTA-AAGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAACATATTAATAT
65 ATAAAACAATTG-TTTTGATCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*
154485 TTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCAAACCAG
128 TTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAG
* * * * * ** * * * *
154537 TTCGAATAGTTATGATTATTTGAACACTTATCAATCTCAAATTGTTATGATC-TTTATTTTCTAA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *** *
154601 TAAAACAATTGTTTCTGATCTTAAAAGCTTACTT--GGTTGAAAATAATACTAATTTAATAATAT
66 TAAAACAATTGTTT-TGATCATACAAGCTTA-TTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
154664 TTCAAAA--AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACTAG
128 TTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAG
** * * * * * * * *
154713 TTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTAT-TTTTTTAAATCGTTCTAACCTTTT-TTTAGTC-
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * * *
154775 -AAAATATTTGTTTCAAATAATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-CTTAATATATTAACA-T
66 TAAAACAATTGTTT-TGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATT
* * * * ** *
154837 TCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAG
129 TC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAG
* * *
154890 CTT-AAATCA-TTATGACTATTTGAACAATT-GCTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
1 -TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
154952 TCATAAAACAATTGTTTAAGTTCATAAAATCATATCCAAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAAT
63 TCATAAAACAATTGTTT-TGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * *
155016 ATTTCAAAAATTACA-AAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAACAAA
126 ATTTC-AAAATTA-ATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATC-AAACCAG
** * * * * ** * *
155072 TTCAAATAGTTACAACTATTTTAATAATTGTATATTAAAAATCATTCTGACCTTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
155137 TAAAACAATTATTTTAGTTCAAACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTT-GATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *** * * * * *
155202 CAAAAATTAATAAGAAAGTGATTTAAAAAGGGAATCTGTTTACCGAATCAA
130 C-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAG
* * * * * * *
155253 TTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTTGT-
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTC
* * * * * *
155317 -GAAAA-AA--CTTTTCATCATACAAGCCTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAATATTT
65 ATAAAACAATTGTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* *
155378 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAG
130 C-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAG
** * * ** * **
155429 TTC---------T---TATTTGAGTAATTACCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTG
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
155482 TAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTT-GATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * * ** ** *
155547 TGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAGTCTATTTGTTGAAGTAA
129 TCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAG
* ** *
155598 TTCAAATAGTTAAGACTACATGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * * *
155663 TAAAACAATCATTTTAGTTCATACAAGCTAATTCAAAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTT-GATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* *
155728 -TAAA--AATAAGTAAGTGATTTAAAAA
130 CAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
155753 GTGAATATGT
Statistics
Matches: 1376, Mismatches: 311, Indels: 139
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 6 0.00
164 32 0.02
165 4 0.00
166 2 0.00
167 1 0.00
168 4 0.00
169 81 0.06
170 3 0.00
172 6 0.00
173 45 0.03
174 1 0.00
175 21 0.02
176 151 0.11
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182 214 0.16
183 6 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAG
Found at i:154631 original size:361 final size:357
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Period size: 361 Copynumber: 2.2 Consensus size: 357
153909 TTATTCAGAA
* * *
153919 TAAAATAATACTAATTTATTAATAATTAAAAAATTAATCAGTAAGAGA-TTTAAAAAGTAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTAATAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAA-TAAATTT
* * * * * *
153983 GTTTACCAAATCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATAAC
64 GTTTACCAAATCATTTAAAATAATTGTGACCATTTGAACAACTATATATTTCAAATCATTATAAC
* * **
154048 ATTTTCTTTTGTCATCAAACAATTACTTCTATTCATATATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
129 ATTTTCTTTTGTCATAAAACAATTACTTCTATTCATAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
** * *
154113 TTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAATAAAATTAAAAAATAAATTTAATTACTAAACCAGT
194 CATAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATTCAATTACTAAACCAGT
* * * * *
154178 CAAATAGTTAAGAATATATGAATTATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATA
259 CAAATAGTTAAGAATATATGAATCATTATCAATCTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTCTAATA
* * *
154243 AAACAAATTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAT
324 AAACAAATTTTTTGATCATAAAAGCTTACTTG-AT
* * *
154278 TAAAAGAATACAAATTTAATAATATTGCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTAATAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATTTG
** * * * * *
154343 TTTACTGAA-CCTGTTAAAATAATTGTGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCTTTATGAC
65 TTTACCAAATCAT-TTAAAATAATTGTGACCATTTGAACAACTATATATTTCAAATCATTAT-AA
* * * * * * *
154407 CTTTTTGTTTTGTTATAAAACATTTGCTTTTGA-TCATTAAAGCTTATTCTAAATAAAATAATAC
128 CATTTTCTTTTGTCATAAAACAATTACTTCT-ATTCA-TAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * ** * *
154471 TAACATATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCAATTTA-TCAAA
191 TAACATAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATTCAA-TTACT-AAA
* * * * ** *
154533 CCAGTTCGAATAGTTATGATTATTTGAA-CACTTATCAATCTCAAATTGTTATGATC-TTTATTT
254 CCAG-TCAAATAGTTAAGAATATATGAATCA-TTATCAATCTCAAATCATTATGACCTTTTATTT
* *
154596 TCTAATAAAAC-AATTGTTTCTGATCTTAAAAGCTTACTTGGT
317 TCTAATAAAACAAATT-TTT-TGATCATAAAAGCTTACTTGAT
* *
154638 TGAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAA--AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGT
1 T-AAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATTT
154699 GTTT
64 GTTT
154703 GTCAAACTAG
Statistics
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATTTGT
TTACCAAATCATTTAAAATAATTGTGACCATTTGAACAACTATATATTTCAAATCATTATAACAT
TTTCTTTTGTCATAAAACAATTACTTCTATTCATAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACA
TAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATTCAATTACTAAACCAGTCA
AATAGTTAAGAATATATGAATCATTATCAATCTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTCTAATAAA
ACAAATTTTTTGATCATAAAAGCTTACTTGAT
Found at i:156152 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 155855--159687 Score: 2851
Period size: 181 Copynumber: 21.3 Consensus size: 180
155845 TGCTTATTTG
* *
155855 AAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGT-A-AGACTTAAAAAATAAATCTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * ** * * * ** *
155918 TTACCAAATTAGTTCATATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTAAACTTCAAATCATTATAACCT
65 TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
* *
155983 TTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
130 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * * * * * * *
156034 AAATTAATACTAATCTAATAATATTCTGAAAATTAATTACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* ** * * * * ** * *
156099 TTGTCGAACTTGTTTAAATATTTAAGATTATAAGAACAATTATATATTTCAAAT-AGTTATGACC
65 TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACC
* * * * ***
156163 TTTTGTTTTGTCTTAAAATAAGTTTTTTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGGAAT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTTG--TTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * * * * *
156218 AAAACAAAACAAATTTATTAGTATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
** * * * ** *
156283 TTA-CCTACCAGTTCAAATAATTATGA-TTTTTGAGTAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-
65 TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
* * * * * * *
156345 TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGATCATATAAGTTTGTTTAGAAT
130 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * *
156396 AAAATAATACTAATCTACTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * *
156457 TTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGAATATTTGAAGAAGTATTTATTTCAAATCATTATGACT
65 TTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * * * * * * * *
156521 TTTTGTTCTATTATAAGATAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATT-AGGATT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA-AAAT
* * * * * * *
156573 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAACTAAAT-AGC
1 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-
* * * * * * * * *
156637 TTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTACTTCAAATCGTTATAACC
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* ** * *** * * *
156702 GTTTACTTTGTCATAAAA-AATTATTTCAATTTATATAAGTTTATTCAAAAT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * * *
156753 AAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAACATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * * *
156817 TTACCAAACAAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAGTTATCTATTTGAAATTGA-GATAACC
65 TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAACC
* ** * * * ***
156881 TTTTCTTTTGTCAT-AAATGATT-TACTCTGTTCATACAAGTTTATTTTGAAT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* *
156932 AAAATAATAC-ATATTTATTAGTA-TTAAGACAATTAATAAG-AA-ACTATTTAAAAAAATAAAT
1 AAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAGA-GATTT-AAAAAATAAAT
* * * * * * * **
156993 CTATTTA-CTAAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAGCAGTTATTTATTTCAACTTGTTAT
61 CTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * *** *
157057 GACTTTTTGTTGTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGACT
125 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * * * * * *
157113 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGAAAAAGACTTAAAAAATAAATATGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* *
157178 TTA-CTGAACAAATTCAAATA-TTCATGACTATTTGAGA-AATTATCTATTTCAAATCATTCTAA
65 TTATC-GAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * * * ** * * ** **
157240 CATTTTCTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAACTTATTTGATGT
127 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * * *
157294 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * *
157359 TTTTC-AGACAAGTACAAATAGTTATGACTATCTAAACAATAATCTATTTCAAAACATTATAACT
65 TTATCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * *
157423 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTCTT-TTCATGCAAGCTTATTTC-GAAT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAAT
* * * *
157475 AAAATAATA-TAAATTTATAAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
1 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * *
157539 TTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTCAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACA
64 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-A-A
** * ** * * * ** *
157604 TATTTTCTTTTGTTGTAAAATAAATGTTTTTATTCATACAAAATTATTAAAAAT
127 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * *
157658 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTGAATCTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * * * *
157719 TGA-CCAGACCACTTCAAATAGTTATGACAATTTGAATAATTATCTATCTCAAACCATTATGATC
65 TTATCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * *
157783 -TTTGTTTTGTTAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAGT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * ** * * *
157833 AAAATATTGCTAAACTAATAATATTCT-AAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * ** * * * * * ** *
157897 TTGTTGAACCGGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTACCTATATCAAATTGTTCTATA-C
65 TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA-ACC
* * * * *
157961 TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTGCATACATGCTTATTCAAAAT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * * * ** * *
158013 AAAATGATACT-ATTCTTTTAACATTCAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTAAAAAAATAAATCA
1 AAAATAATACTAATT-TATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT
* * *
158077 GTTTA-CTGAACAAATTCAAATA-TTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT-A
63 GTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * * * * * *
158139 CTTTTTATTTTATAATAAAACAATT-TCTTTAGTTCATA-AACACTTATCCAAAAT
127 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTTGTTCATACAA-GCTTATTCAAAAT
* * * * **
158193 AAAATAATATTATTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-G
* ** * * **
158257 TTTATCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATTCAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-
64 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AAC
* * * * ** *
158321 CTTTTGTTTTGTCATATAACAATTTTTTTTGCATCATATAAGCCCATTCGAAAT
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG-TTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * * *
158375 AAAATAATTCTAATTT-TTATTATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTG-
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * *
158438 TTACCGAACCTA-TTGAAATAATCATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTTTAACC
65 TTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * * * ** *
158502 TTTTGTTTTCTCAAAAAATAATTATTTAGGTTCATATAAGCTTATTCAAAAT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
** ** * * * *
158554 AAAATAATACTAACCTAACAATATTATGAAAATTAATAACTAATAGATTTAAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
** * * * * * * * *
158619 TTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCT
65 TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
*** * * * *
158684 TTTGTTTTGTTGCAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAAT
130 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* *
158735 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * * *
158796 TTACCAAACCAGTTCAATTAGTTAT-AATAATTTGAACCATTATTTATTTTAAATCATTATGACC
65 TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * * * ** ***
158860 ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTGATACACCCTTATTTGGAAT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * ** * *
158912 AAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATGAATACA-TATCAGATTTAAAAAATGAATATG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
** * * * * * * * ** *
158976 TTGGCTTGACCAA-TGCAAATAGTTATGATTGTATGAACAATTATCTATTTCATATTGTTATGAC
64 TT-TATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * * *
159040 CTTTTGTTTTGTTAGAAAATAATTGTTTCTGTTTATACAAGCTTATTCAGAAT
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
** * * * * *
159093 AGCATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAGAAGTAAAATATTTAAAAACTAAATCTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * *
159158 TTATTGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAGTTACTATAACCT
65 TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
* * *
159223 TTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATT
130 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAAT
* * * * * *
159274 CAAATAAAACAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * *
159339 TTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAA-TATTATTTATTTCAAATCATTATGACTT
65 TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
159403 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
130 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * * * * * * *
159454 AACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAGAAGTAAGATATTTAAAAACTGAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * ** * * ** *
159519 TTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGTAATTACCTATTTCAATTCGCTATAACTT
65 TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
* * * *
159584 TTTGTTTTGTCATAACATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATT
130 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAAT
** * *
159635 AAAATAA-AAAAATTTATTAATATTAAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
159688 TATTTTGATT
Statistics
Matches: 2882, Mismatches: 660, Indels: 223
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Matches are distributed among these distances:
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TATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT
TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
Found at i:158293 original size:18 final size:18
Alignment explanation
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*
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*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (18 bp):
TTCAAATAATTATGCTAT
Found at i:158328 original size:361 final size:360
Alignment explanation
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155845 TGCTTATTTG
** * *
155855 AAAATAATACTAATTTATTAATC-TTTCAAAAATTAATAAGTAAG--ACTTAAAAAATAAATCTG
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* ** * * * * * * * * * *
155917 TTTACCAAATTAGTTCATATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTAAACTTCAAATCATTATAACC
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* * ** * * * *
155982 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAA
128 TTTTATTTTATCAAAAAACAATTATTTAGGTTCATATAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * ** * * ** * *
156047 TCTAATAATATTCTGAAAATTAATTACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACTTGT
193 CCTAACAATATTATAAAAATTAAGAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACTAGT
* * ** * * *
156112 TTAAATATTTAAGATTATA-AGAACAATTATATATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
258 TCAAATAATTAAGGCTATATA-AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAACTTTTGTTTAGTC
* * * * * ** ***
156175 TTAAAATAAGTTTTTTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGGAAT
321 ATAAAACAA-TTTTTTGTGCA-TCACA-TAGCCCATTCAAAAT
* * * ** * ** * * **
156218 AAAACAAAACAAATTTATTAGTATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGT
1 AAAATAATACTAATTT-TTAACATTTCAAAAATTAATAAACAAGAAATTTAAAAAATAAATCAG-
* * * * * * ** * * *
156283 TTACC-TACCAGTTCAAATAATTATGA-TTTTTGAGTAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-
64 TTACCGAACAAATTCAAATAATCAAGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCT
* * * * * ** * ** * ** * *
156345 TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGATCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATACTAAT
129 TTTATTTTATCAAAAAACAATTATTTAGGTTCATATAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAAC
* *
156410 CT-ACTAATATT-TCAAAAATT---AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAACCA
194 CTAAC-AATATTAT-AAAAATTAAGAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACTA
* * * ** * * * * *
156468 ATTCAAATAGTTATGAATATTTGAAGAAGTATTTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTTGTTCTA-
256 GTTCAAATAATTAAGGCTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTT-TAG
* * * * * ** * *
156531 TTATAAGATAATTGTTTCTGTTCAT-A-AAAGCTTATT-AGGATT
319 TCATAAAACAATT-TTT-TGTGCATCACATAGCCCATTCA-AAAT
* ** * ** * * *
156573 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAACTAAAT-AGC
1 AAAATAATACTAATTT-TTAACATTTCAAAAATTAATAAACAAGAAATTTAAAAAATAAATCAG-
* * * * * * * * *
156637 TTTACCAAACTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTACTTCAAATCGTTATAAC
64 -TTACCGAAC-AAATTCAAATAATCAAGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAAC
* * * * * * ** *
156701 CGTTTACTTTGTCATAAAA-AATTATTTCA-ATTTATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT
127 CTTTTATTTTATCAAAAAACAATTATTT-AGGTTCATATAAACTTATCCAAAATAAAATAATACT
* ** * * * *
156764 AA-TTATTAATATT-TCAAACATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA-TTTACCAAAC
191 AACCTAACAATATTAT-AAAAATTAAGAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAAC
* * * * * * * * * *
156826 AAGTTTAAATAATTATA-ACTATTTGAACAGTTATCTATTTGAAATTGA-GAT-AACCTTTTCTT
254 TAGTTCAAATAATTA-AGGCTATATAAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGAA-CTTTTGTT
* ** * * *** ***
156888 TTGTCAT-AAATGATTTACTCTGTTCAT-ACA-AGTTTATTTTGAAT
316 TAGTCATAAAACAATTT--TTTGTGCATCACATAGCCCATTCAAAAT
** **
156932 AAAATAATAC-ATATTTATTAGTA-TT-AAGACAATTAATAAGA-AA-CTATTTAAAAAAATAAA
1 AAAATAATACTA-ATTT-TTAACATTTCAA-A-AATTAATAA-ACAAGAAATTT-AAAAAATAAA
* ** * ** * * * * * * * **
156992 TCTATTTACTAAACAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAGCAGTTATTTATTTCAACTTGTTAT
60 TC-AGTTACCGAACAAATTCAAATAATCAAGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTAT
* * * * * * * ** **** *
157057 GACTTTTTGTTGTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-AAAGCTTATTTGGACTAAAATAAT
124 AACCTTTTATTTTATCAAAAAACAATTATTTAGGTTCATATAAA-CTTATCCAAAATAAAATAAT
* ** ** * * * * ** * * **
157121 ATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGAAAAAGACTTAAAAAATAAA-TATGTTTACTGA
188 ACTAACCTAACAATATTATAAAAATTAAGAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTACCAA
* * * * * * *
157185 ACAAATTCAAAT-ATTCATGACTATTTGAGA-AATTATCTATTTCAAATCATTCT-AACATTTTC
252 ACTAGTTCAAATAATT-AAGGCTATAT-AAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTT-
* * * * * * ** ** **
157247 TTTTA-TAATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT-ATA-AACTTATTTGATGT
313 GTTTAGTCATAAAACAATT-TTT-TGTGCATCACATAGCCCATTCAAAAT
* * * * ** * * *
157294 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTAT
1 AAAATAATACTAATTT-TTAACATTTCAAAAATTAATAAACAAGAAATTTAAAAAATAAATC-AG
** * * * * * * * * *
157359 TTTTC-AGACAAGTACAAATAGTTATGACTATCTAAACAATAATCTATTTCAAAA-CATTATAAC
64 TTACCGA-ACAAATTCAAATAATCAAGACTATTTGAACAATTATATATTT-AAAATCATTATAAC
* * * * * *** ** * * *
157422 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTCTTTTCATGCAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-T
127 CTTTTATTTTATCAAAAAACAATTATTTAGGTTCATATAAACTTA-TCCAAAATAAAATAATACT
** * * * *
157485 AAATTTATA-AATATT-TCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGA
191 -AACCTA-ACAATATTAT-AAAAATTAAGAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAA
* * * * * * * * *
157547 GCAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATCTCAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATATTTTC
252 ACTAGTTCAAATAATTA-AGGCTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-A-CTTTTG
* ** * * * **** *
157611 TTTTGTTGTAAAATAAATGTTTTTATTCAT-ACA-AAATTATTAAAAAT
314 TTTAGTCATAAAA-CAAT-TTTTTGTGCATCACATAGCCCATTCAAAAT
* * * *
157658 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAACTGAATCTA-
1 AAAATAATACTAATTT-TTAACATTTCAAAAATTAATAAACAAGAAATTTAAAAAATAAATC-AG
* * * * * * * * * * * * *
157718 TTGACC-AGACCACTTCAAATAGTTATGACAATTTGAATAATTATCTATCTCAAACCATTATGAT
64 TT-ACCGA-ACAAATTCAAATAATCAAGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAAC
* * * * * ** * * * * * *
157782 C-TTTGTTTTGT-TATAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATATTGCTA
127 CTTTTATTTTATCAAAAAACAATTATTTAGGTTCATATAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTA
* * * * ** * **** **
157845 AACTAATAATATTCT-AAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACCGG
192 ACCTAACAATATTATAAAAATTAAGAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACTAG
* * * * * ** *
157909 TTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAATAATTACCTATATCAAATTGTTCT-ATACTTTTGTTTAGT
257 TTCAAATAATTAAGGCTATATA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTAGT
* **
157972 CATAAAATAATTGTTTTAGTGCAT-ACAT-GCTTATTCAAAAT
320 CATAAAACAATT-TTTT-GTGCATCACATAGCCCATTCAAAAT
* *
158013 AAAATGATACTATTCTTTTAACA-TTCAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTAAAAAAATAAATCA
1 AAAATAATACTAAT-TTTTAACATTTC-AAAAATTAATAAACAAGAAATTT-AAAAAATAAATCA
* * *
158077 GTTTACTGAACAAATTCAAAT-ATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT-AC
63 G-TTACCGAACAAATTCAAATAATCAAGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAAC
* *
158140 TTTTTATTTTAT-AATAAAACAATTTCTTTA-GTTCATA-AACACTTATCCAAAATAAAATAATA
127 CTTTTATTTTATCAA-AAAACAA-TTATTTAGGTTCATATAA-ACTTATCCAAAATAAAATAATA
* *** ** * * ** *
158202 TTATTTTATTAATATT-TCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCAAA
189 CTAACCTAACAATATTAT-AAAAATTAAGAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAA
* *
158266 TTAGTTCAAATAATTATGGCTAT-TCAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTT
253 CTAGTTCAAATAATTAAGGCTATAT-AAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTT
* * * * *
158330 TGTCATATAACAATTTTTTTTGCATCATATAAGCCCATTCGAAAT
317 AGTCATAAAACAATTTTTTGTGCATCACAT-AGCCCATTCAAAAT
* ** * ** * * *
158375 AAAATAATTCTAATTTTTATTATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
1 AAAATAATACTAATTTTTAACATTTCAAAAATTAATAAACAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTT
** * * * * *
158440 ACCGAACCTATTGAAATAATCATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTTTAACCTTT
66 ACCGAACAAATTCAAATAATCAAGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTT
* * * * *
158505 TGTTTTCTCAAAAAATAATTATTTAGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACCT
131 TATTTTATCAAAAAACAATTATTTAGGTTCATATAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAACCT
* * * * *
158570 AACAATATTATGAAAATTAATAACTAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCA
196 AACAATATTATAAAAATTAAGAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACTAGTTCA
* * * * * * ***
158635 AATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTTGCAAA
261 AATAATTAAGGCTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTAGTCATAAA
* * ****
158700 ACAAATGTTTTTGTTCAT-ATA-AGTTTGTTCAAAAT
326 AC-AAT-TTTTTGTGCATCACATAGCCCATTCAAAAT
* * *
158735 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
1 AAAATAATACTAATTT-TTAACATTTCAAAAATTAATAA
158774 GAGATTTAAA
Statistics
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AAAATAATACTAATTTTTAACATTTCAAAAATTAATAAACAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTT
ACCGAACAAATTCAAATAATCAAGACTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATAACCTTT
TATTTTATCAAAAAACAATTATTTAGGTTCATATAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAACCT
AACAATATTATAAAAATTAAGAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACTAGTTCA
AATAATTAAGGCTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTAGTCATAAA
ACAATTTTTTGTGCATCACATAGCCCATTCAAAAT
Found at i:159735 original size:64 final size:64
Alignment explanation
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159622 GCTTATTTCA
* *
159632 ATTAAAATAAAAAAATTTATTAATATTAAAATAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAATATTTTG
1 ATTAAAATAAAAAAATTTATTAATATTAAAACAAGTAATAAGTAAAAGATTTTAAAATATTTTG
** *** *
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159753 ATAAATAGTT
Statistics
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ATTAAAATAAAAAAATTTATTAATATTAAAACAAGTAATAAGTAAAAGATTTTAAAATATTTTG
Found at i:159989 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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159947 AACAATTTCA
159957 AATAATTTTGACTATTTG
1 AATAATTTT-ACTATTTG
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159990 CAAATCATTA
Statistics
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AATAATTTTACTATTTG
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159687 ATATTTTGAT
* * *
159697 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAGTAATAAGTAAAATATTTTAAAAATAA-ATAG
1 TAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAATATA-
* * * * *
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* *** *
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* * * *
159876 TAAAATAACACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TTTAAAAATGAATGTA
1 TAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAT-AATATA
* **
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62 TTTACCAAACAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
160005 TTTTTTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCAAA
126 TTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTATCTATTCATACAAGCTTATTCCAAA
* * *
160056 TAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAATTTTAAAACTAAGTCTAT
1 TAAAATAATAT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAA-TATAT
* * *
160121 TT-CCTAAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATGATTATCTATTTCATAA--AGTTATGA
63 TTACC-AAACA-ATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTTTCTATTTCA-AATCA-TTATGA
* * *
160183 CCTTTTGTTTTATCAT-AAACTAA-TGTTTCTCTTCATACAA
124 CCTTTTGTTTTATTATAAAAC-AATTGTATCTATTCATACAA
160223 ATGTATTCGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAAAATAATATAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAATATATTTA
CCAAACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
TTTTATTATAAAACAATTGTATCTATTCATACAAGCTTATTCCAAA
Found at i:160073 original size:423 final size:424
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Indices: 159307--160110 Score: 1059
Period size: 423 Copynumber: 1.9 Consensus size: 424
159297 TTCAAAAAAT
* * * * * *
159307 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTT
1 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAATCATAACTATTT
* * ** * **
159372 GAATATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
66 AAATATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAGTTCAT
* ** *
159437 ACAAGCTTATTCAAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAGAAGTAAGATAT
131 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAGAAGTAAGAGAT
* * * *
159502 TTAAAAACTGAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGTAATTACCTATT
196 TTAAAAACTGAATGTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTACCTATT
* * * * * *
159567 TCAATTCGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAACATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA
261 TCAAATCACTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCA
* *
159632 ATTAAAATAAAAAAATTTATTAATA-TTAAAATAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAATATTTTG
326 AATAAAATAAAAAAATTTATTAATATTTAAAA-AATTAATAACTAAAA-ATTTTAAAATATTTTG
159695 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAG
389 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAG
* *
159731 TAATAAGTAAAATATTTTAAAAATAAATA-GTTTACCGAACAAATTCAAATAATCATAACTATTT
1 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAATCATAACTATTT
* *
159795 AAATAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATTATAAAGA-AATTGTATCAGTTC
66 AAAT-ATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAA-ACAATTGTATCAGTTC
*** * *
159859 -TATGGGCTTATTCGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATG-AGTAAGA
129 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA-GAAGTAAGA
* * **
159922 GATTTAAAAA-TGAATGTATTTACCAAACAATTTCAAATAATTTTGACTATTTGAATAATTTTCT
193 GATTTAAAAACTGAATGTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTACCT
* *
159986 ATTTCAAATCATTATGATA-TTTTT-TTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
258 ATTTCAAATCACTAT-A-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* *
160049 TTCCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAATTTTAAAA
321 TTCCAAATAAAATAA-AAAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAACTAAAAATTTTAAAA
160111 CTAAGTCTAT
Statistics
Matches: 326, Mismatches: 46, Indels: 17
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (424 bp):
TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAATCATAACTATTT
AAATATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAGTTCAT
ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAGAAGTAAGAGAT
TTAAAAACTGAATGTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTACCTATT
TCAAATCACTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCA
AATAAAATAAAAAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAACTAAAAATTTTAAAATATTTTGAT
TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAG
Found at i:160093 original size:180 final size:176
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Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 176
159687 ATATTTTGAT
** * *
159697 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAGTAATAAGTAAAATATTTTAAAAATAA-ATAG
1 TAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAATATA-
* * * * *
159761 TTTACCGAACAAATTCAAATAATCATAACTATTTAAATAATTATT-TATTTTAAATCATTATGAC
63 TTTACCAAAC-AATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATT-TTCTATTTCAAATCATTATGAC
* *** *
159825 CTTTTGTTTCATTATAAAGAAATTGTATCAGTTCTATGGGCTTATTCGAAA
126 ATTTTGTTTCATTATAAAGAAATTGTATCAGTTCTACAAGCTTATTCCAAA
* * * *
159876 TAAAATAACACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TTTAAAAATGAATGT
1 TAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAT-AATAT
* *
159939 ATTTACCAAACAATTTCAAATAATTTTGACTATTTGAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGAT
62 ATTTACCAAACAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGAC
* ** *
160004 ATTTTTTTTTGTTATAAA-ACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCCAAA
126 ATTTTGTTTCATTATAAAGA-AATTGTATC-AGTTC-TACAAGCTTATTCCAAA
* * *
160056 TAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAAATTTTAAAACTAAGTCTAT
1 TAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAA-TATAT
* * *
160121 TT-CCTAAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATGATTATCTATTTCATAA--AGTTATGA
64 TTACC-AAACA-ATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTTTCTATTTCA-AATCA-TTATGA
* * *
160183 CCTTTTGTTTTATCATAAA
125 CATTTTGTTTCATTATAAA
160202 CTAATGTTTC
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 40, Indels: 33
0.79 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
178 16 0.06
179 121 0.45
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181 6 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
TAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAATATATTT
ACCAAACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGACATTTT
GTTTCATTATAAAGAAATTGTATCAGTTCTACAAGCTTATTCCAAA
Found at i:160545 original size:181 final size:180
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Indices: 160238--160789 Score: 610
Period size: 181 Copynumber: 3.1 Consensus size: 180
160228 TTCGAAATTA
* * * ** *
160238 AAATAGTTATAACTATTTAAACAGTTACCTATTTTAAATCACTAT-ATCCTTTTGTTTTGTCACA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAGTTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
160302 AAATTATT-TTTTCTATTCATACAAACTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTA
65 AAATAATTATTTT-TATTCATACAAGCTTATTTAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
*
160366 GACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAGTTC
129 -ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTC
* * * *
160419 AATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** *
160484 AACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
66 AATAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTTAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AA
** * * *
160549 CAAGCAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATGTATTTA-CTGAACAAGTTC
130 CAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAATAAGTTC
** * * * **
160600 AAATAGGCATAAATATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCATCAT-A
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *** * * *
160664 AATAATTA-TATTAGTTCACGTAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
66 AATAATTATTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TA
* * * * * *
160728 AAAATTAATGAGTAAAAAATTTACAAAATAAATTTATTTATTGAATAAGTTC
129 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTC
160780 AAATAGTTAT
1 AAATAGTTAT
160790 GACATTTCAT
Statistics
Matches: 307, Mismatches: 57, Indels: 15
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 4 0.01
180 97 0.32
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAATAGTTATAACTATTTGAACAGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AATAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTTAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAC
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTC
Found at i:161060 original size:326 final size:325
Alignment explanation
Indices: 160451--161093 Score: 828
Period size: 326 Copynumber: 2.0 Consensus size: 325
160441 AATTATTTAT
* * *
160451 TTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATAGTTATGACTTTATGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
160516 GATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAAGCAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAAT
66 GAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAAGCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
160581 GTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGGCATAAATATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTATG
131 GTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGGCATAAATATTTAAAAAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
* * *
160646 ACCTTTTGTTTCATCATAAATAATTATATTAGTTCACGTAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
196 ACCTTTTGTTTCATCATAAATAATTATATTAGTTCACGCAAGCATATTCAAAATAAAATAATACT
160711 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-GAGTAAAAAATTTACAAAATAAATTTATTTATTGAATA
261 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAG-GTAAAAAATTTA-AAAATAAATTTATTTATTGAATA
160775 AG
324 AG
* * *
160777 TTCAAATAGTTATGACATTTCAT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
1 TTCAAATAGTTATGAC-TTT-ATGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT
* **
160841 TTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAATAA
64 TGGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAAGCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * ** * * *
160905 AT-TATTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAAAAATTATCTATTTTAAATAGTTA
129 ATGTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGGCATAAATATTTAAAAAATTATCTATTTCAAATAGTTA
* ** ** * * *
160969 TGATCTTTTGTTTTGTCATTATCTAATTGTTTCTA-TTCATGCAAGCATATTCAAAATAAAATAA
194 TGACCTTTTGTTTCATCA-TAAATAATTATAT-TAGTTCACGCAAGCATATTCAAAATAAAATAA
* ** * *
161033 TACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTAT
257 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAAAAAATTTAAAAATAAATTTATTTAT
161094 CAAACAATTC
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 41, Indels: 11
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
325 82 0.30
326 100 0.37
327 88 0.32
328 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (325 bp):
TTCAAATAGTTATGACTTTATGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
GAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAAGCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
GTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGGCATAAATATTTAAAAAATTATCTATTTCAAATAGTTATG
ACCTTTTGTTTCATCATAAATAATTATATTAGTTCACGCAAGCATATTCAAAATAAAATAATACT
AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAAAAAATTTAAAAATAAATTTATTTATTGAATAAG
Found at i:161082 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 160800--161622 Score: 660
Period size: 179 Copynumber: 4.6 Consensus size: 180
160790 GACATTTCAT
* * * ***
160800 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTA
1 TTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTA
* *
160864 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAATAAATTAT-TTTCTG-AACACGTTCA
65 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTCTGAAACA-ATTCA
* * * * *
160926 AATAGTTATGATTATTTAAAAAATTATCTATTTTAAATAGTTATGATCTTTTG
128 AATAGTTATGATTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCGTTATAATCTTTTG
* * * *
160979 TTTTGTCATTATCTAATTGTTTCTATTCATGCAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * ** * *
161044 TAATATTCTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCAAACAATTCAAAT
66 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTCTGAAACAATTCAAAT
* * * * *
161108 GGTTATG-TCTATTTGAATAGTTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTCTG
131 AGTTATGAT-TATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCGTTATAATCTTTTG
* * * * * *
161158 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTTTTAATGCAA-AATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTA
1 TTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTTTTCATACAAGCA-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
161222 TTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAATTTGCTTATC-GAAACAATTTA
65 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG-TT-TCTGAAACAATTCA
* * * * *
161282 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATCTCAAATCGTTATAAT-ATTTA
128 AATAGTTATGATTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCGTTATAATCTTTTG
* * * *** * *
161334 TTTTATCATAAAAC-AATTGTTTCTTTTCAAACAAGCTTATTTGGAATCAAATAACACTAATTTA
1 TTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
161398 ATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTG-AACTAGTTC
65 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTT-CTGAAAC-AATTC
* * * ** * * * * *
161462 AAATATTTAAGA-CAACTGAAAAAATT-TTCTATTCCAAATCATTCTGACCTTTTG
127 AAATAGTTATGATTATTTG-AAAAATTATT-TATTTCAAATCGTTATAATCTTTTG
* * * ** * * * * *
161516 TTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAA--TTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTGT
1 TTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
** * *
161579 TAACGTTC-AAACAATTAATGAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAAT
66 TAATATTCTAAA-AATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAAT
161623 ATATTTACCA
Statistics
Matches: 516, Mismatches: 103, Indels: 49
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 6 0.01
176 79 0.15
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178 4 0.01
179 216 0.42
180 80 0.16
181 51 0.10
182 26 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTCTGAAACAATTCAAAT
AGTTATGATTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCGTTATAATCTTTTG
Found at i:163406 original size:43 final size:43
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Indices: 163335--163537 Score: 219
Period size: 43 Copynumber: 4.7 Consensus size: 43
163325 ACAAATTAAA
* * *
163335 CTCCTCTTTACAGAGGC-AAACAAATTTAAATTAAGAAATAAG
1 CTCCTCTATACAGAGGCTAAACAACTTTAAATTAAGAAATGAG
* * *
163377 CTCATCTATACAGAGGTTAAACAACTTTAAACTAAGAAATGAG
1 CTCCTCTATACAGAGGCTAAACAACTTTAAATTAAGAAATGAG
* * * *
163420 CTCCTCTATGCAGAGGCTAAACAACTTTAAAATATGAAATGGG
1 CTCCTCTATACAGAGGCTAAACAACTTTAAATTAAGAAATGAG
* * * * * * *
163463 TTTCTCTATACAAAGACTAAATAACTGTAAAATTAAGAAATGGG
1 CTCCTCTATACAGAGGCTAAACAACT-TTAAATTAAGAAATGAG
* *
163507 CTCCTCTTTACAAAGGCTAAACAACTTTAAA
1 CTCCTCTATACAGAGGCTAAACAACTTTAAA
163538 AACTTTAAAT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 27, Indels: 3
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
42 14 0.11
43 83 0.63
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ACGTcount: A:0.42, C:0.17, G:0.13, T:0.27
Consensus pattern (43 bp):
CTCCTCTATACAGAGGCTAAACAACTTTAAATTAAGAAATGAG
Found at i:163527 original size:87 final size:86
Alignment explanation
Indices: 163335--163538 Score: 232
Period size: 87 Copynumber: 2.4 Consensus size: 86
163325 ACAAATTAAA
* * * **
163335 CTCCTCTTTACAGAGGC-AAACAAATTTAAATTAAGAAATAAGCTCATCTATACAGAGGTTAAAC
1 CTCCTCTTTACAGAGGCTAAACAACTTTAAAATAAGAAATAAGCTCATCTATACAAAGACTAAAC
*
163399 AACTTTAAACTAAGAAATGAG
66 AACTTAAAACTAAGAAATGAG
* * * ** *
163420 CTCCTCTATGCAGAGGCTAAACAACTTTAAAATATGAAATGGGTTTC-TCTATACAAAGACTAAA
1 CTCCTCTTTACAGAGGCTAAACAACTTTAAAATAAGAAATAAG-CTCATCTATACAAAGACTAAA
* * *
163484 TAACTGTAAAATTAAGAAATGGG
65 CAACT-TAAAACTAAGAAATGAG
*
163507 CTCCTCTTTACAAAGGCTAAACAACTTTAAAA
1 CTCCTCTTTACAGAGGCTAAACAACTTTAAAA
163539 ACTTTAAATA
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 18, Indels: 4
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
85 15 0.15
86 38 0.39
87 45 0.46
ACGTcount: A:0.43, C:0.17, G:0.13, T:0.27
Consensus pattern (86 bp):
CTCCTCTTTACAGAGGCTAAACAACTTTAAAATAAGAAATAAGCTCATCTATACAAAGACTAAAC
AACTTAAAACTAAGAAATGAG
Found at i:163948 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 163926--163979 Score: 54
Period size: 17 Copynumber: 3.1 Consensus size: 17
163916 CAAAATTTTT
163926 CAAATTTTTAGAGGTTC
1 CAAATTTTTAGAGGTTC
*** *
163943 CAAATTCACAAAGGTTC
1 CAAATTTTTAGAGGTTC
*
163960 CAAGTTTTGTAGAGGTTC
1 CAAATTTT-TAGAGGTTC
163978 CA
1 CA
163980 GATTCACAAG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 9, Indels: 1
0.73 0.24 0.03
Matches are distributed among these distances:
17 18 0.67
18 9 0.33
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (17 bp):
CAAATTTTTAGAGGTTC
Found at i:164143 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 164123--164164 Score: 57
Period size: 17 Copynumber: 2.5 Consensus size: 17
164113 TCAGGTTCTC
* *
164123 AAGAATTTCAAGTTTGA
1 AAGAATTTCAAATTCGA
*
164140 AAGAATTTCAAATTCGT
1 AAGAATTTCAAATTCGA
164157 AAGAATTT
1 AAGAATTT
164165 TAGGCTTGCA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 22 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
AAGAATTTCAAATTCGA
Found at i:164178 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 164123--164215 Score: 93
Period size: 34 Copynumber: 2.7 Consensus size: 34
164113 TCAGGTTCTC
* *
164123 AAGAATTTCAAGTTTGA-AAGAATTTCAA-ATTCGT
1 AAGAATTT-AAGGTTCACAAGAATTT-AATATTCGT
* * *
164157 AAGAATTTTAGGCTT-GCAAGAAGTTAATATTCGT
1 AAGAATTTAAGG-TTCACAAGAATTTAATATTCGT
164191 AAGAATTTAAGGTTCACAAGAATTT
1 AAGAATTTAAGGTTCACAAGAATTT
164216 TTAGATTTGC
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 7, Indels: 8
0.76 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
33 6 0.12
34 42 0.88
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (34 bp):
AAGAATTTAAGGTTCACAAGAATTTAATATTCGT
Found at i:164444 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 164384--164444 Score: 54
Period size: 24 Copynumber: 2.7 Consensus size: 23
164374 GCTCACCTCT
* *
164384 AAATTTCAAAGATTCTCATTTGAA
1 AAATTTCAAAGATTCCCATCT-AA
* *
164408 AAATTT-TAGGAATTCCCATCT-A
1 AAATTTCAAAG-ATTCCCATCTAA
164430 AAATTTCAAAGATTC
1 AAATTTCAAAGATTC
164445 TTATTCAAAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 6, Indels: 6
0.71 0.15 0.15
Matches are distributed among these distances:
22 11 0.38
23 4 0.14
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ACGTcount: A:0.41, C:0.15, G:0.08, T:0.36
Consensus pattern (23 bp):
AAATTTCAAAGATTCCCATCTAA
Found at i:164483 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 164384--164585 Score: 122
Period size: 46 Copynumber: 4.6 Consensus size: 46
164374 GCTCACCTCT
** * *
164384 AAATTTCAAAGATTCTCATTTGAAAAATTTTAGGAATTCCCATCTA
1 AAATTTCAAAGATTCTCATTCAAAAAATTTTAGGAATTCACATCCA
* *
164430 AAATTTCAAAGATTCTTATTCAAAAAATTTTA-GAGATTCATATCCA
1 AAATTTCAAAGATTCTCATTCAAAAAATTTTAGGA-ATTCACATCCA
** * * * ** * *
164476 AGGTTTCAAAGGTCCT-TTTTTAAAAACTTTACGG-CTT--CA--C-
1 AAATTTCAAAGATTCTCATTCAAAAAATTTTA-GGAATTCACATCCA
* *
164516 --A-TTCAAAGATTTTCATTCAAAAAAATTTTAAGG-TTTCACATCCA
1 AAATTTCAAAGATTCTCATTC-AAAAAATTTT-AGGAATTCACATCCA
*
164560 AAATTTCAAAGATTCTCATTCGAAAA
1 AAATTTCAAAGATTCTCATTCAAAAA
164586 GCTATTTTAA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 27, Indels: 28
0.68 0.16 0.16
Matches are distributed among these distances:
37 9 0.08
38 2 0.02
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40 1 0.01
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43 2 0.02
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ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (46 bp):
AAATTTCAAAGATTCTCATTCAAAAAATTTTAGGAATTCACATCCA
Found at i:165943 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 165907--165954 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 14
165897 ACCCCATCAA
*
165907 TTTCTTTTTCTTTT
1 TTTCTTTTTCATTT
*
165921 TTTTTTTTTCATTT
1 TTTCTTTTTCATTT
165935 TTTCCTTTTTATCATTT
1 TTT-C-TTTT-TCATTT
165952 TTT
1 TTT
165955 AAAAAAGATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 3
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
14 15 0.54
16 4 0.14
17 9 0.32
ACGTcount: A:0.06, C:0.12, G:0.00, T:0.81
Consensus pattern (14 bp):
TTTCTTTTTCATTT
Found at i:168362 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 168341--168381 Score: 82
Period size: 16 Copynumber: 2.6 Consensus size: 16
168331 TGCATGACAT
168341 TGAATGCAAAAATGTA
1 TGAATGCAAAAATGTA
168357 TGAATGCAAAAATGTA
1 TGAATGCAAAAATGTA
168373 TGAATGCAA
1 TGAATGCAA
168382 TGAAAAAGAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 25 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.20, T:0.24
Consensus pattern (16 bp):
TGAATGCAAAAATGTA
Found at i:171038 original size:182 final size:178
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Indices: 170730--171416 Score: 656
Period size: 182 Copynumber: 3.8 Consensus size: 178
170720 ATAGTTAAGA
* * * * *
170730 AATTATCTATTTAAAATCATT-TGGACTTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATAT
1 AATTATCTATTTAAAATCATTAT-GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATAG
* *
170794 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATT
64 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT-AT-AGTAAGAGATT
* *
170858 TGAAAAATTAAATCTATTTATCGAACAAGTTCATATAATTATGACTATTTAAAC
126 T-AAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAAC
*
170912 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAGA
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATAGA
*** * * *
170977 AGCTTATCCAAAACAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCAAAAATTATTCAGTAAGAGATTTA
65 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA-T-AGTAAGAGATTTA
* * * * *
171042 AAAAATAAATC-AGTTTA-CTAAATCAA-TTTAAATAATTATGGCAATTTGAAC
128 AAAAATAAATCTA-TTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAAC
* * * * *
171093 AACTATCTATTTCAAATCATTATTACGTTTTTTTTTTGTCATAAAACAATT-ATTT-TTCAATAT
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGAC-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTC-ATA-
* * *
171156 GCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAGAATTA-A-TAGGAGATTT
63 G-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAGTAAGAGATTT
* * * * *
171219 AAAAAATAAATCTATTTTTCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAAT
127 AAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAAC
* ** * * * * * *
171271 AATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTG-TTTATGCTCATAC
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATAG
* * * * * * *
171335 AAACTTATTTGGAATAAAATAATGCTAATTTAGTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
64 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AT-AGTAAGAGATTT
* *
171400 TAAAAATAAATCCATTT
127 AAAAAATAAATCTATTT
171417 GTTGAGCCAA
Statistics
Matches: 415, Mismatches: 68, Indels: 45
0.79 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 65 0.16
178 68 0.16
179 9 0.02
180 8 0.02
181 90 0.22
182 170 0.41
183 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATAGAA
GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAGTAAGAGATTTAAAA
AATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAAC
Found at i:171465 original size:359 final size:362
Alignment explanation
Indices: 170794--171468 Score: 795
Period size: 359 Copynumber: 1.9 Consensus size: 362
170784 CAATTCATAT
*
170794 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCAAAAAATTAATAAG--AGAGATTT
* *
170859 GAAAAATTAAATCTATTTATCGAACAAGTTCATATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT
64 GAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT
* * * * * *
170924 AAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAGAAGCTTATCCAAA
129 AAAATCATTATAACATTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTAGCTCATACAAACTTATCCAAA
* * * * * * * *
170989 ACAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCAAAAATTATTCAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA
194 ACAAAATAATACTAATTTAGTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA
* * * * * *
171054 GTTTACTAAATCAATTTAAATAATTATGGCAATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATTAC
259 GTTTACTAAACCAATTCAAACAATTAAGACAATATGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATTAC
171119 GTTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAATATGC
324 GTTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAATATGC
* *
171158 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAGAATTAAT-AG-GAGATTT-
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAAATTAATAAGAGAGATTTG
* * * * * *
171219 AAAAAATAAATCTATTTTTCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAATAATTATCTATTTT
65 AAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTA
** * * ****
171284 AAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTG-TTTATGCTCATACAAACTTATTTGGA
130 AAATCATTATAACATTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTA-GCTCATACAAACTTATCCAAA
* * *
171348 ATAAAATAATGCTAATTTAGTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAATAAATCC
194 ACAAAATAATACTAATTTAGTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-C
** * * ** * * * *
171413 A-TTTGTTGAGCCAATTCAAACGGTTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAAT
258 AGTTTACTAAACCAATTCAAACAATTAAGACAATATGAACAACTATCTATTTCAAAT
171469 TGTTATGACC
Statistics
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365 3 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (362 bp):
AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCAAAAAATTAATAAGAGAGATTTGA
AAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAA
AATCATTATAACATTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTAGCTCATACAAACTTATCCAAAAC
AAAATAATACTAATTTAGTAAAATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGT
TTACTAAACCAATTCAAACAATTAAGACAATATGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATTACGT
TTTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAATATGC
Found at i:173288 original size:180 final size:180
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Indices: 172949--173962 Score: 1076
Period size: 180 Copynumber: 5.6 Consensus size: 180
172939 TTAGTTTTTA
* ** * *
172949 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA
* * * * * *
173014 TTGTTTTACT-ACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATCGATAATAGTTTAAATAGACATGA
66 TTGTTTTA-TGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAA
* ** * * ***
173078 CTATTGGAGTTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATT
130 CTATTTGAACTTA-TTCGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * *
173130 AATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTCTATGAATAGAAACAA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA
* * * * *
173194 TTGTTTTATGACAACACAAAAAATCATAATGATTTGATATAAATAATTCTTTAAATAGTCATAAC
66 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAC
*
173259 TATTTGAACTCACTTCGTAAACCA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
131 TATTTGAACTTA-TTCGTAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * *
173310 AATTTTTGAAATTTTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA
* * * * * * *
173374 TTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGGTATGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAAC
66 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAC
* * *
173439 TATTTGAA-TGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAA-CTTTTACTTATT
131 TATTTGAACT-TATTC-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * *
173489 AATTTTTGGAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
* * * ** *
173553 ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCATTTAGTGATAA
65 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAA
* * *
173618 CTATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTCTACTCATT
130 CTATTTGAACTTATTCG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * * ** *
173670 AATTTTTGAAATATGAATAATTTAATATTCTTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGATACAA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA
* * ** * * * *
173735 TTGTTTTATGATAAAA-TAAAAGTCATAGCGATTTGAAATAGATAATTATCTAAATAGTTATTAC
66 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAC
* * * *
173799 TATTTAAACTTATAT-GATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTACT
131 TATTTGAACTTAT-TCG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * *
173850 AATTGTCGAAATATTAATAAATTAATAATATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
* * * ** * *
173914 ATTATTTTATGACAAAACATATAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATT
65 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
173963 ATTCAAATTA
Statistics
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0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTTATTCGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
Found at i:174867 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 174022--174941 Score: 547
Period size: 182 Copynumber: 5.1 Consensus size: 181
174012 AACAGATTTG
* * * * * * *
174022 AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTACGTCAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAA
1 AAATAAGCTTATATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATATGAA
* * * * * * *** *
174086 ATAGATAACTGTTCAAACAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAG-ATTCATTTTTTTA
65 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGATCAACAAACAGAATT-A-TTTTTTA
* * * * * * * * *
174150 AATATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGAATTATGTTATTTC
128 AATCTATTACTTATTAATTTATGGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTAATCC
* * * * * * ** *
174204 AAATAAGCTTGTACGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTACAATGATTTGAA
1 AAATAAGCTTATATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATATGAA
* * * * * * *
174268 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTGTTT-ACGCTAG-TCAAGCCAACAG-ATACATTTTCT
65 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTGGATCAA-CAAACAGAAT-TATTTTTT
* * * * * * ** * *
174330 AAATCCATTACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGCATTACATTATTCT
127 AAATCTATTACTTATTAATTTATGGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTAATCC
* * * * * * * * * * * * * * *
174385 GAATAAGATTGTGTGATCAAAAACAGTTGCTTTATAACAAAACAAATGGTCATAACGATTTAAAA
1 AAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATATGAAA
** * * * * * ***
174450 TAAATAATTACTCAAACAGTTATAACTAATTGAATTGGTTTGGCAAACA-AATTTATTTTTTAAA
66 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGATCAACAAACAGAA-TTATTTTTTAAA
* ** * * * **
174514 TGC-----CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTT
130 T-CTATTACTTATTAATTTATGGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTAATCC
* ** * * ** * *
174562 AAACAAATTTAAATGAACAAAAATGTTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAA
1 AAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATATGAAA
* * *
174627 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGATCGACAAACAGAATTATTTTTTTAAG
66 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGATCAACAAACAGAATTA-TTTTTTAAA
* * * * *
174692 TCTATTTCTTATTAAATTT-TTGAATGTTAAAAAATTAGTTTTATTTTATTCC
130 TCTATTACTTATT-AATTTATGGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTAATCC
* * * * *
174744 GAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTATACAGAAGGTTAA-AACAATATGAA
1 AAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TAATAACAATATGAA
* * * * * * *
174808 ATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TCGGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAA
65 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGATCAACAAACAGAATTATTTTTTAA
* * **
174872 ATCTCTTACTTATTAGTTTATGGAATATTTTAAAATTAGTATTATTTTAATCC
129 ATCTATTACTTATTAATTTATGGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTAATCC
*
174925 AAATATGCTTATATGAA
1 AAATAAGCTTATATGAA
174942 AAGAAACAAT
Statistics
Matches: 574, Mismatches: 144, Indels: 41
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
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180 4 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
AAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATATGAAA
TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGATCAACAAACAGAATTATTTTTTAAAT
CTATTACTTATTAATTTATGGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTAATCC
Found at i:175345 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 175040--178671 Score: 1645
Period size: 181 Copynumber: 20.5 Consensus size: 179
175030 TCTATTAATT
* ** **
175040 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* ** * * * *
175105 ACAAAACAAAGGGTCATAATGATTTGAAATAGGCAACTGTTAAAATAGACATGACTATTTAAACT
66 ACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* * **
175170 TGTTCGATAAGTAGATTTATTTTTTAAATACCCTACCTATTAATTTGCATA
130 TATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-CTTTACCTATTAATTTGCATA
* * *
175221 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATATAAATAATTATTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
** * *
175286 ACAAAACAAAAGAACATAAGTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAGCT
66 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* * * * * * *
175351 TACTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTCCTTATTAGTTTTTGGAT-
130 TATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACC-TATTA--ATTTGCATA
* ** * *
175403 -TATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGA-TTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTTAT
**
175465 GGTAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC----T--A-
65 GACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* *
175523 TTA---GA-AAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTG-A-A
129 TTATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACCTATTAA--TTTGCATA
* * * *
175570 ATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TT-AATATTAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTCT
1 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAA-A-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
* * *
175632 ATGACCAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
63 ATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
* * * *
175697 ACTTATTCAATAAAAAGATTTTATTTTTTAAATATTTTACCCATTAA-TTGTC-TAA
127 ACTTATTCGATAAATAGA-TTTATTTTTTAAAT-CTTTACCTATTAATTTG-CAT-A
* * * * * *
175752 ATATTAATAAATTTGTATAATTTTATTTGAAATAGGCTTGTATGATTAGAAAAAATTATTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* * * * * ** * *
175817 ATAAAACAAAAGGTTATAGAGATTTAAAATAGATAATTGTTTAGTTAGTCATAACTATTTGAATT
66 ACAAAACAAAAGGTCATA-ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* * * ** ****
175882 TGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGGA
130 TATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACCTATTAATTTGCATA
* * * * *
175933 ATATTAATAAAGTAGAAATATGTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATA-AAACAA--A----A-G
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
** * * * **
175989 ----GTCATAA---C---A-ATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTGATAACTATTTGCA-TT
66 ACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT
* ** * * * * ** *
176042 AGTTAAGCCAAGA-A-ATTCATTTTTTCAATCTATTACTTATTGATTTTTAGA
131 A-TT-CGATAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACCTATTAATTTGCATA
* ** * * * *
176093 ATATTAATAAAATAGTATCGTTTTATTTCGAATACGAC-TGTATGGACAGAAACAATTATTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* * * * * * * * *
176157 GATAAAACACATGATTATAATGATTTGAAATATG-TAATTGTTAAAATAGTTATAACTAATTGAA
65 GACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* * * * * * *
176221 C-TAGTTTG-TAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAA
128 CTTA-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACCTATTAATTTGCATA
* * * * * * *
176273 ATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATATGAATAAAAAC-ATCTATTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TATTTTAT
* * * * *
176337 GACAAAACAAACA--TCATAACGATTTGGAAA-AGATAATTGTTCAACTAGTTATAATTATTTGA
65 GACAAAACAAA-AGGTCATAA-TATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
** * ** ** *
176399 ACTGGCTTGGCA-AACATA-A-TTATTTTTTAAATCTGTTATTTATTAATTTTTAAA
127 ACT-TATTCG-ATAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACCTATTAATTTGCATA
* * ** * *
176453 ATATTAAT-AA--A-T-TTATTTTATTT--TATACG-TTAGTAACAACTA-AAAAAATTTTTTTA
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTATTTTA
** * * * * * * * * * *
176509 CAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAG-CTTTCATTGTTTGA
64 TGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTAA
* * * * * ** ** *
176573 AC-TAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTTTTAGA
127 ACTTA-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTTTACCTATTAATTTGCATA
* * * ** * * * * *
176627 ATATTATTACATTAGTATTATTTTTTTTTTTAATAAACTTGTACGAACAGAAATAATTGTTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* * * * * *
176692 GACATAAC-AAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAAC
65 GACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* *
176756 -TAGTTTCG-TAAACA-A---A-----T-AATCTCTTACTTATTAATTT--ATGAA
129 TTA--TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACCTATTAATTTGCAT--A
* * ** ** * * *
176798 ATATTAGTAAATCAAAATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-AT-GCAAAACAATTGTGTTA
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAATTATTTTA
* * * * * * *
176861 TGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAA
64 TGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* ** * * * *
176926 -TTGATTTGATAAACTA-ATTTATTTTGGAAATCTCTCACTTATCAATTTTGGA-A
128 CTT-ATTCGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACCTATTAA-TTTGCATA
* *** * *
176979 ATATTAATAAAGT-GATATTATTTTTATTTTGGATAAGCTT-T-T-ACATACGAAAATAATTGTT
1 ATATTAATAAATTAG-TATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATA-G-AAACAATTATT
* * * *
177040 TTATGATAAAATAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
61 TTATG--ACAA-AACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * * * *
177105 TTTGAATTTATTTGATAAACAAATTTGTTTTTTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAAAATTT---TG
122 TTTAAACTTATTCGATAAATAGA----TTTATTTTTTAAATCT-TTACCTATT--AATTTGCAT-
177167 A
179 A
* ** * **
177168 ATGTTAATAAATTAGTATTGCTATATTTTTAATAAG-TATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTA
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTA
* * * * *
177231 TGACTAAACAAAAGGTCA-AACTGATTTGAAATACATAATTGTTCTAATAATCTTAACTATTTAA
64 TGACAAAACAAAAGGTCATAA-T-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
* * * * * *
177295 AC-TAGTT-TAGGAAACACATTT-TATTTTTAAATCCTTA-TTAATT--TTTG-A-A
127 ACTTA-TTCGA-TAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCTTTACCT-ATTAATTTGCATA
* * * * ** * * * *
177344 ATAGTGATAAATTGGTATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTAC
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* * * * * * *
177408 GATAAAACAAAATGCCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTAAAC
65 GACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * ** * ** *
177473 TTAGTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGA
129 TTATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACCTATTAATTTGCATA
** * *
177525 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* * * * * *
177590 ACTAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAAT-GAATAATTGTTTGAACTAGCTCAGTAA--A--TA
66 ACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAG-ATAATTG-TTCAAATAG-TCA-TAACTATTTA
* * *** ** * * * * *
177650 GATTTATTTTTTAAAT-CTTTTACTTGTT-AA--TTT---T-TTGA---GTATT
126 AACTTATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACCTATTAATTTGCATA
** * **
177693 A-----ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGGTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* * * * *
177753 ACAAAACAAATA-GTCATAACGATTT-ACAATAGATAATTATTCAAATATTCATTACTATTTGAA
66 ACAAAACAAA-AGGTCATAA-TATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* * * * * * * *
177816 CATGTTCAGA-AAATAAATTTA-TTTTAAAATTTTTACTTATTAATTT-TAGGA
128 CTTATTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACCTATTAATTTGCA-TA
* * ** * *
177867 ATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAGCA-AAGCCAATTGTTTTA
1 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTATTTTA
* * * * *
177930 TGGCAAAAC-AAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAA
64 TGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* * * * * * * ****
177994 CTTGTTTGGTAAACAAATTCATTTTTTTAATTCTCTTA-CTCATTAATTTTTGGA
128 CTTATTCGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTACCT-ATTAATTTGCATA
* * *
178048 ATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACT-GAAACAATTATTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTAT
* * * * * *
178112 TATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGAAC
65 GACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * ** * * * * * *
178177 TTGTTCAATAAGCATATATACTTTTTAGATCTTTTACTTATTAA-TTGTCAAA
129 TTATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACCTATTAATTTG-CATA
* * * * * *
178229 ATATTAATAAAATAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTAT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* * ** *
178293 GACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATCGATAACCGTTCAAATAGTCATAA-TGATTTGAA
65 GACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTAAA
* * * * * * * *
178357 TTTATTTGGTATACAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCTTA
128 CTTATTCGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATC-TTTACCTATTAATTTG-CATA
*
178411 ATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTAT-ACATAGAAGA-AATTATTTT
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGA-ATAGAA-ACAATTATTTT
* * * * *
178473 ATGACAAAAC-AAATGCCTATAGCTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTTTTTA
63 ATGACAAAACAAAAGGTC-ATA-ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA
* * * ** * *
178537 AACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGA
126 AACTTATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACCTATTAATTTGCATA
* * * ** * * * * *
178592 ATACTAATAACTTAGTATTACTTTATTTTGAATAAGCTTATATTATTTGAAATAATT-TTTTATG
1 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
178656 ACAAAACAAAA-GTCAT
66 ACAAAACAAAAGGTCAT
178672 GACTATTTAA
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
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ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT
ATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACCTATTAATTTGCATA
Found at i:175868 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 175527--175943 Score: 446
Period size: 182 Copynumber: 2.3 Consensus size: 180
175517 TAACTATTAG
** * *
175527 AAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATT
1 AAAA-AGATTTATTTTTTAAATTTTTACCCATTAATTTCTGAAATATTAATAAATTTATATAATT
* * * * *
175592 TTATTAATATTAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTCTATGACCAAACAAAATGTCATAATGA
65 TTATTAATATTAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
*
175657 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAAT
130 TTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAAT
*
175708 AAAAAGATTTTATTTTTTAAATATTTTACCCATTAATTGTCT-AAATATTAATAAATTTGTATAA
1 AAAAAGA-TTTATTTTTTAAAT-TTTTACCCATTAATT-TCTGAAATATTAATAAATTTATATAA
* ** * * *
175772 TTTTATTTGAA-A-TAGGCTTGTATGATTAGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATA
63 TTTTA-TT-AATATTAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTCTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* ** * * **
175835 GA-GATTTAAAATAGATAATTGTTTAGTTAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGT
126 -ATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAAT
* * * *** * *
175890 AAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
1 AAAAAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACCCATTAATTTCTGAAATATTAATAAA
175944 GTAGAAATAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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183 6 0.03
184 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (180 bp):
AAAAAGATTTATTTTTTAAATTTTTACCCATTAATTTCTGAAATATTAATAAATTTATATAATTT
TATTAATATTAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
TTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAAT
Found at i:176097 original size:160 final size:160
Alignment explanation
Indices: 175813--176103 Score: 379
Period size: 160 Copynumber: 1.8 Consensus size: 160
175803 AAAATTATTT
* * **
175813 TATGATAAAACAAAAGGTTATAGAGATTTAAAATAGATAATTGTTTAGTTAGTCATAACTATTTG
1 TATGATAAAACAAAAGGTCATAGAAATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * * * * *
175878 AATTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA
66 AATTAGTTAAGCAAAGAAATTCATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
175943 AGTAGAAATATGTTATTTCGAATAAGCTTG
131 AGTAGAAATATGTTATTTCGAATAAGCTTG
* *
175973 TATGATAAAACAAAAGGTCATA-ACAATTTGAAATAGATAATT-TTTCAAATAGTGATAACTATT
1 TATGATAAAACAAAAGGTCATAGA-AATTTAAAATAGATAATTGTTT-AAATAGTCATAACTATT
* * * *
176036 TGCATTAGTTAAGCCAAGAAATTCATTTTTTCAATCTATTACTTATTGATTTTTAGAATATTAAT
64 TGAATTAGTTAAGCAAAGAAATTCATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
176101 AAA
129 AAA
176104 ATAGTATCGT
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 19, Indels: 4
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
159 4 0.04
160 106 0.96
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (160 bp):
TATGATAAAACAAAAGGTCATAGAAATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTG
AATTAGTTAAGCAAAGAAATTCATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
AGTAGAAATATGTTATTTCGAATAAGCTTG
Found at i:176622 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 176591--176623 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
176581 GACAAACAAA
*
176591 TTTATTTTTTAAATTT
1 TTTATTTATTAAATTT
176607 TTTATTTATT-AATTT
1 TTTATTTATTAAATTT
176622 TT
1 TT
176624 AGAATATTAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.00, T:0.76
Consensus pattern (16 bp):
TTTATTTATTAAATTT
Found at i:176650 original size:174 final size:173
Alignment explanation
Indices: 176338--176650 Score: 411
Period size: 174 Copynumber: 1.8 Consensus size: 173
176328 CTATTTTATG
* * * *
176338 ACAAAACAAACATCATAACGATTTGGAAAAGATAATTGTTCAACTAGTTATAATTATTTGAACTG
1 ACAAAACAAAAATCATAACGATTTGGAAAAAAGAATTGTTCAACTAGTTATAATTATTTGAACTA
*
176403 GCTTGGCAAACATAATTATTTTTTAAATCTGTTATTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA
66 GCTTGACAAACATAATTATTTTTTAAATCTGTTATTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA
*
176468 TTTTATTTTATACGTTAGTAACAACTAAAAAAATTTTTTTACA
131 TATTATTTTATACGTTAGTAACAACTAAAAAAATTTTTTTACA
* *
176511 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTT-GAAATAAAGAATTGTTCATA-TAGCTT-TCATTGTTTGA
1 ACAAAACAAAAA-TCATAACGATTTGGAAA-AAAGAATTGTTCA-ACTAG-TTATAATTATTTGA
* * * * * *
176573 ACTAGTTTGACAAACA-AATTTATTTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTTTTAGAATATTATTAC
62 ACTAGCTTGACAAACATAA-TTATTTTTTAAATCTGTTATTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
176637 A-TTAGTATTATTTT
126 ATTTA-TATTATTTT
176651 TTTTTTTAAT
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 14, Indels: 11
0.83 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
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174 97 0.81
175 3 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (173 bp):
ACAAAACAAAAATCATAACGATTTGGAAAAAAGAATTGTTCAACTAGTTATAATTATTTGAACTA
GCTTGACAAACATAATTATTTTTTAAATCTGTTATTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA
TATTATTTTATACGTTAGTAACAACTAAAAAAATTTTTTTACA
Found at i:177753 original size:163 final size:163
Alignment explanation
Indices: 177480--177777 Score: 472
Period size: 163 Copynumber: 1.8 Consensus size: 163
177470 AACTTAGTCG
177480 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
177545 TTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAATAAA-AGATCATAA
66 TTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATAG-TCATAA
177609 CAATTTGAAATGAATAATTGTTTGAACTAGCTCA
130 CAATTTGAAATGAATAATTGTTTGAACTAGCTCA
*** * * *
177643 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTGTTAATTTTTTGAGTATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
*
177708 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATAGTCATAAC
66 TTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATAGTCATAAC
*
177773 GATTT
131 AATTT
177778 ACAATAGATA
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 12, Indels: 2
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
163 120 0.98
164 2 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (163 bp):
GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATAGTCATAAC
AATTTGAAATGAATAATTGTTTGAACTAGCTCA
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Alignment explanation
Indices: 178128--178160 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
178118 ACAAAAGGTC
178128 ATAATAATTTGAAATAG
1 ATAATAATTTGAAATAG
*
178145 ATAATTATTT-AAATAG
1 ATAATAATTTGAAATAG
178161 TCATGACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
ATAATAATTTGAAATAG
Found at i:178416 original size:363 final size:356
Alignment explanation
Indices: 177651--178671 Score: 1085
Period size: 363 Copynumber: 2.8 Consensus size: 356
177641 CAGTAAATAG
* *
177651 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTGTTAATTTTTTGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * ** *
177716 TGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATAGTCATAACGATTT-A
65 CAAATAAGCTTGTATTAACTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAA-TATTTGA
* * * * *
177779 CAATAGATAATTATTCAAATATTCATTACTATTTGAACATGTTCAGA-AAATAAATTTATTTTAA
128 -AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACAAATTTATTTTTA
* *
177843 AAT-TTTTACTTATTAATTTTAGGAATATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTT
191 AATCTTTTACTTATTAATTTCA-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTG-AATAAGCTT
* * *** * * ** *
177906 GCATGAGCAAAGCCAATTGTTTTATGGCAAAACAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATAGT
254 GTATGAACAAAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAACAGT
*
177971 TCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
318 TCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAA
* * * * *
178010 ATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATATATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * *
178075 TCAAATAAGCTTATATTAACT-GAAACAATTATTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTG
64 TCAAATAAGCTTGTATTAACTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAT-ATTTG
* * * * *
178139 AAATAGATAATTATTTAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAGCATATATACTTTTTA
127 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTA
* * *
178204 GATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTG
191 AATCTTTTACTTATTAATT-TCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTG
* *
178269 TATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATCGATAACCGT
255 TATGAACAAAAATAATT-TTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAACAGT
* * *
178334 TCAAATAGTCATAA-TGATTTGAATTTATTTGGTATACAA
318 TCAAATAGCCATAACT-ATTTGAACTTATTTGGTAAACAA
*
178373 ATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-
1 ATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * *
178436 TTCAAAATAAGCTTGTA-T-ACATAGAAGA-AATTATTTTATGACAAAACAAATGCCTATAGCTA
63 TTC-AAATAAGCTTGTATTAAC-TAGAA-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTC-ATA-ATA
* * * * *
178498 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTTTTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTT
123 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTA-TT
* * * * * * *
178563 TTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATACTAATAACTTAGTATTACTTTATTTTGAATAAG
187 TTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAG
* * ****
178628 CTTATATTATTTGAAATAATTTTTTATGACAAAACAAAAGTCAT
251 CTTGTATGAACAAAAATAATTTTTTATGACAAAACAAAAGTCAT
178672 GACTATTTAA
Statistics
Matches: 552, Mismatches: 87, Indels: 44
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
359 11 0.02
360 142 0.26
361 20 0.04
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364 5 0.01
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (356 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
AAATAAGCTTGTATTAACTAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATATTTGAAAT
AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTAAATCT
TTTACTTATTAATTTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAA
CAAAAATAATTTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAACAGTTCAAATAG
CCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAA
Done.