Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 33276047
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Warning! 139000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 3 of 190
Found at i:179822 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 179385--181971 Score: 681
Period size: 181 Copynumber: 14.5 Consensus size: 176
179375 TTTTATAATT
*
179385 TCTTACTTATTAATTTTTGAATGATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
1 TCTT-CTTTTTAATTTTTGAAT-ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
* * ** * ** *
179450 -ATCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTCCAAATAGATAATTGTTGA
64 AAT-TAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT-TTAATGATTTTAAATAG-TAATTGTT-C
** * * * * *
179514 AATGGCCATAATTATTTAAACTAATTCAGTAAATAGAATCACTTTTTAAAAC
125 AATGATCATAACTATTTAAATTATTTCAGTAAACAGAATAACTTTTTAAAAC
* *
179566 ACTTCTTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
1 TCTTCTTT-TTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
*
179631 AACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCTTAATGATTTTAAATAGTCAATTGTTCAA
64 AATTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT-TTAATGATTTTAAATAGT-AATTGTTCAA
* * * **
179696 TGATCATAACTATTTGAATTTATTTGA-TAAACA-AATTAATTTTTTTTAAC
127 TGATCATAACTATTT-AAATTATTTCAGTAAACAGAA-TAACTTTTTAAAAC
* * * * *
179746 TCTTGCTTTTTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTATTATTATTTTATTGTGGATAAGCTTTTATG
1 TCTT-CTTTTTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
* * * *
179811 AATTGAAACAATTGTTTTATG-TCTAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAAATAATTTTTCA
64 AATTAAAACAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAGGTT-TAATGATTTTAAAT-AGTAATTGTTC-
* * * * **
179875 AAT-AGTCATAACTATTTAAACTTATTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATG
125 AATGA-TCATAACTATTTAAA-TTATTTCAGTAAACAGAATAACTTTTT-AAAAC
* * * * * * *** * * * *
179928 TTTTGCCTATTAATTTTTAAAATGTTATTAAATTTGGATTGTTTTATTCTAAATAAGCTTGTAAG
1 TCTT-CTTTTTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
* * * ** ** * *
179993 ATATTAAAA-AAATGTTTTATGACT-AAACAAATGATGAGAACAATTTCAAATAGATAATTATTC
64 A-ATTAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGT-TTAATGATTTTAAATAG-TAATTGTTC
* * ** * * * * * * * *
180056 TAGTGGTTTTAACTATTTGAATTGGTTTCA-CAAGCACATTTA-TTTTTTAAA-
125 -AATGATCATAACTATTTAAATT-ATTTCAGTAAACAGAATAACTTTTTAAAAC
* * * * * **** * *
180107 TC-TCTTATTACTTCTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGTTTCTATG
1 TCTTCTTTTTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATG
* * * * * * *
180170 -ATTAGAAACAATTGTCTTATGACAAATC-AAAGATCTTAATGATTTGAGATTGTAATTGTTCAA
64 AATTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT-TTAATGATTTTAAATAGTAATTGTTC-A
* * * * ** * * * *
180233 AT-AGTTATCACTATTTGAACTA---C-GATAAATGGATTTATTTTTTAAATC
126 ATGA-TCATAACTATTTAAATTATTTCAG-TAAACAGAATAACTTTTTAAAAC
* * * ** *
180281 TCTTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTATG
1 TCTT-CTTTTTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
* * * * * **
180346 -ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATGATCATTCA
64 AAT-TAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT-TTAATGATTTTAAATAG-TAATTGTTC-
* * * * * *
180409 AAT-AGTCATAATTATTTTAAATGA-TTC-GATAAATAGATTTA-TTTTTTAAA-
125 AATGA-TCATAACTA-TTTAAATTATTTCAG-TAAACAGAATAACTTTTTAAAAC
* * * * ** *
180459 T-TTCTTATTAA-TTTAGAAAATATTAATAACTTACTATTATTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTAT
1 TCTTCTTTTTAATTTTTG--AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTAT
* * * * * * * *
180521 TAATTGAAACAATTTTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACGAATTTAAATAGACAATTGTTCA
63 GAATTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTT-TAATGATTTTAAATAG-TAATTGTTC-
* * * * * ** *
180586 AAT-AGTCATAACTATTTGAACTTGA--TCGGTGAATAGATTTATTTTTTTAAATC
125 AATGA-TCATAACTATTT-AAATT-ATTTCAGTAAACAGA-ATAACTTTTTAAAAC
* * * ** * * * *
180639 TCTTTCTTTTCT-ATTATCTGAATGTTTATAAATTGGTATGAATTTATTCTGAACAAGCTTGTAT
1 TC-TTCTTTT-TAATT-TTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
180703 GAATTTAAACAATTGTTTTATAACT-AAACAAATA-GTCATAATGATTTGAATTAGATAATTATT
63 GAATTAAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAA-AGGT-TTAATGATTTTAAATAG-TAATTGTT
* * * * * * * * *
180766 CTAAT-AGTCTTAACCATTTGAACTGA-TTCGGTAAACA-AGTTTATTTTTTAAATC
124 C-AATGA-TCATAACTATTT-AAATTATTTCAGTAAACAGA-ATAACTTTTTAAAAC
* * * * ** *
180820 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTACTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTA-C
1 TCTT-CTTTTTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
* * * * * ***
180884 AAATAAAATAATTTTTTTATGAT-AAA-AAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAAGCATTCAT
64 AATTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT-TTAATGATTTTAAATAG-TAATTGTTCA-
* * ** * *** * * * ***
180946 AT-AGTCTTAACTATTTCAATTGGTTCAGCACTTAGATTTATTTTTTAATTT
126 ATGA-TCATAACTATTTAAATTATTTCAGTAAACAGAATAACTTTTTAAAAC
* * * * * * ** *
180997 TCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTGAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATG
1 TCTT-CTTTTTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * *
181062 AA-CAGAACCAATTGTTTGATGACAAAA-AGAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
64 AATTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTT-TAATGATTTTAAATAG-TAATTGTTC-
* ** * * * * *
181125 AAT-AGTCAAAACTATTTGAAATGGTTT-GGCAAGCA-AATTTACTTTTTAAATC
125 AATGA-TCATAACTATTT-AAATTATTTCAGTAAACAGAA-TAACTTTTTAAAAC
* ** * * * * * *
181177 TCTTATCGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATT
1 TCTTCT-TTTTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
** * * * * * *
181242 AACAAAAATATTTGTTTTATGA-CAAA-AAAA--TAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
64 AATTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT-TTAATGATTTTAAATAG-TAATTGTTC-A
* * * * ** * * * *
181303 AT-AGTTATAATTATTTGAACTGGTTCAGGAAATAGAATTA-TTTTCTAAATC
126 ATGA-TCATAACTATTTAAATTATTTCAGTAAACAGAATAACTTTT-TAAAAC
* * * * * * *
181354 TCTTACTTATAAATTTTTGACATATTAATAAATTAGT-TCATTCTATTTTGAATAAACTTCTATG
1 TCTT-CTTTTTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
** * * * ** * *
181418 AGCTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAT
64 AATTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT-TTAATGATTTTAAAT-AGTAATTGTTCA-
** * * ** * * * * *
181483 AT-AGTTTTAACTGTTTGAACTGGTTT-AGCAAATCA-ATTTATTTTTTAAATC
126 ATGA-TCATAACTATTT-AAATTATTTCAGTAAA-CAGAATAACTTTTTAAAAC
* * * ** * * * *** *
181534 TTTTAGTTATTAATCTTCAGAATATTACTAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATG
1 TCTT-CTTTTTAAT-TTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
* * * ** *
181599 AA-TAGAAATAAATGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATGACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
64 AATTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTT-TAATGATTTTAAATAG-TAATTGTTC-
* ** * * * **
181663 AAT-AGTCATAACTATTTAAACTGGTTCAATAAATAG-AT--TTTTTTTTAA-
125 AATGA-TCATAACTATTTAAATTATTTCAGTAAACAGAATAACTTTTTAAAAC
* * *
181711 TC-TCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-
1 TCTTCTTTTTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
* * * *
181774 -TTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTTTTC
65 ATT--AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTT--TAATGATTTTAAATAG-TAATTGTTC
* * * * * * * * * *
181837 AAAT-AGCTATAATTATTTGAACTGA-TTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAATC
125 -AATGATC-ATAACTATTT-AAATTATTTCAGTAAACAGAATAACTTTTTAAAAC
* * * * * * * * * *
181890 TTTTACTTATCAATTTTTAAAATATTACTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATACGCTTTTATG
1 TCTT-CTTTTTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
* *
181955 AACTAAATCAATTGTTT
64 AATTAAAACAATTGTTT
181972 ATTTTTAATT
Statistics
Matches: 1861, Mismatches: 423, Indels: 244
0.74 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.00
172 7 0.00
173 7 0.00
174 13 0.01
175 153 0.08
176 235 0.13
177 332 0.18
178 54 0.03
179 40 0.02
180 384 0.21
181 388 0.21
182 231 0.12
183 13 0.01
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (176 bp):
TCTTCTTTTTAATTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
TTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTTAATGATTTTAAATAGTAATTGTTCAATGAT
CATAACTATTTAAATTATTTCAGTAAACAGAATAACTTTTTAAAAC
Found at i:180952 original size:177 final size:179
Alignment explanation
Indices: 179330--181971 Score: 1734
Period size: 180 Copynumber: 14.8 Consensus size: 179
179320 TATACAACTG
* *
179330 TTCAAATAGT-TTAACTATTTCAA-TGGGTTCGGTAAAC-AGATTTA-TTTTTATAATTTCTTAC
1 TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACT-GGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTA-AATCTCTTAC
* * *
179391 TTATTAATTTTTG-AATGATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-GATCA
64 TTATTAATTTTTGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAAT--
* * ** *
179454 AAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTCCAAATAGATAATTG
126 AAAACAATTGTTTTATGA-CAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * * ** * * * * * *
179510 TTGAAATGGCCATAATTATTTAAACTAATTCAGTAAA-TAGAATCACTTTTTAAAACACTT-CTT
1 TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-T
* * *
179573 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAA
65 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-AAATAAA
* * * *
179638 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCTTAATGATTTTAAATAG-TCAATTG
129 ACAATTGTTTTATGA-CAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT-AATTA
* * ** * * * * * *
179691 TTC-AAT-GATCATAACTATTTGAATTTATTTGATAAAC-AAATTAATTTTTTTTAA-CTCTTGC
1 TTCAAATAG-TCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACTAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * *
179752 TTTTTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTATTATTATTTTATTGTGGATAAGCTTTTATGAATTGA
64 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-AAATAA
* * * * *
179817 AACAATTGTTTTATGTCTAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAAATAATTT
128 AACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * ** ** * * * *
179871 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTAGTAAA-TAGATTTATTTTTTCAAATGTTTTGCC
1 TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT
* * * * * * *
179935 TATTAATTTTTAAAATGTTATTAAATTTGGATTGTTTTATTCTAAATAAGCTTGTA-AGATATTA
65 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATA-A-A-TA
* * * * * ** *
179999 AAA-AAATGTTTTATGACTAAACAAATGATGAGAACAATTTCAAATAGATAATTA
127 AAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * ** * *
180053 TTCTAGTGGTTTTAACTATTTGAATTGGTTTC-ACAAGC-ACATTTATTTTTTAAATCTCTTA-T
1 TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGG-TTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * ** * * * *
180115 TACT--TCTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGTTTCTATGATTAGA
65 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATAAATA-A
* * * * * * *
180176 AACAATTGTCTTATGACAAATCAAAGATCTTAATGATTTGAGATTG-TAATTG
128 AACAATTGTTTTATGACAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * *
180228 TTCAAATAGT-TATCACTATTTGAAC---TACGATAAA-TGGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
1 TTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * *
180288 TATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTCTAT-GATCAA
65 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATAAAT--A
* * *
180351 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATGATCA
127 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * *
180405 TTCAAATAGTCATAATTATTTTAAATGATTCGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTT
1 TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * * *
180465 ATTAA-TTTAGAAAATATTAATAACTTACTATTATTTTATTC-CATCTAAGCTTGTATTAATTGA
66 ATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTA-TAAATAA
* * * * *
180528 AACAATTTTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACGAATTT-AAATAGACAATTG
128 AACAATTGTTTTATGACAAA--AAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTA
* * * * *
180582 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATCGGTGAA-TAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCT
1 TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACTAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * * * * * *
180646 T-TTCTATTATCTG-AATGTTTATAAATTGGTATGAATTTATTCTGAACAAGCTTGTATGAATTT
65 TATT-AATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-AAATA
* *
180709 AAACAATTGTTTTATAACTAAACAAATA-GTCATAATGATTTGAATTAGATAATTA
127 AAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * *
180764 TTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTGATTCGGTAAACAAG-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
1 TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * *
180828 ATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTACTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTACAAATAAAAT
66 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATAAAAC
* * **
180893 AATTTTTTTATGATAAAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAAGCA
131 AATTGTTTTATGACAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * * * **
180941 TTCATATAGTCTTAACTATTTCAATTGGTTCAG--CACTTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGT
1 TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAC-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * ** * * *
181004 TATTAAGTTTTGAAATATTATTGAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATGAACAGAA
65 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATA-AA
* * * *
181069 CCAATTGTTTGATGACAAAAAGAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTA
129 ACAATTGTTTTATGACAAAAA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
** * * * * * *
181121 TTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGCAAGC-AAATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TC
1 TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-
* * * * * *
181184 GATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACA-A
65 TATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTA-TAA-ATA
* * *
181247 AAATATTTGTTTTATGACAAAAAAA--TAATAATGATTTGAAATAGATAATTA
127 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * *
181298 TTCAAATAGT-TATAATTATTTGAACTGGTTCAGG-AAA-TAGAATTATTTTCTAAATCTCTTAC
1 TTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTC-GGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * **
181360 TTATAAATTTTTGACATATTAATAAATTAGT-TCATTCTATTTTGAATAAACTTCTATGAGCTAA
64 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-AAATAA
* ** * *
181424 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG
128 AACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * ** * * *
181478 TTCATATAGTTTTAACTGTTTGAACTGGTTTAGCAAA-TCA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTAGT
1 TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACT-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * ** * *
181541 TATTAA-TCTTCAGAATATTACTAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGA
65 TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATA-A
* * * * * ** *
181605 AATAAATGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATGACAATTTGAAATAGATAATTG
128 AACAATTGTTTTATGA-CAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * **
181659 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCAATAAA-TAGATTT-TTTTTT-AA--TC-T-CTT
1 TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * **
181717 ATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-GTTGAAAA
66 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAAT--AAA
* * *
181781 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTT
129 ACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * ** *
181834 TTCAAATAG-CTATAATTATTTGAACTGATTCAATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
1 TTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * * * * *
181897 TATCAATTTTTAAAATATTACTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATACGCTTTTATGAACTAAA
65 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-AAATAAA
*
181962 TCAATTGTTT
129 ACAATTGTTT
181972 ATTTTTAATT
Statistics
Matches: 1935, Mismatches: 412, Indels: 229
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.00
172 24 0.01
173 5 0.00
174 11 0.01
175 154 0.08
176 218 0.11
177 350 0.18
178 47 0.02
179 17 0.01
180 428 0.22
181 415 0.21
182 246 0.13
183 16 0.01
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATAAAAC
AATTGTTTTATGACAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
Found at i:181175 original size:357 final size:351
Alignment explanation
Indices: 179082--181937 Score: 1612
Period size: 357 Copynumber: 7.9 Consensus size: 351
179072 TAATAAATTG
* * * * * *
179082 AAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAA
1 AAAATAATTTTTTTATGA-TAAA-AAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * * * *
179146 TATTAACTATTTGAATTGATTCGGTAAACAAATTTATTATTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT
63 TCTTAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAATAGATTTATT-TTTTAAT-TCTT-CTTATTAA-TTTT
* * * * * ** * *
179211 GGAGTATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGAATGAACATAAATAATTGTTTT
124 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTT
* * * * * *
179276 ATGACAGAATA-AAAGGTTTATTTTTTAAATAATTGATTTTGAAGTATACAACTGTTCAAATAGT
188 ATGACA-AA-ACAAAGG--------TT--ATAA-CGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * *
179340 -TTAACTATTTCAA-TGGGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTATAATTTCTTACTTATTAATTTT
239 CATAACTATTTGAACT-GATTCAGCAAACAAATTTATTTTTTA-AATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * ** * *
179402 TGAATGATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-GAT
302 TAAAT-ATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATAAAT
* * * * ** * *
179452 CAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTCCAAATAGATAATTGTTGAAAT
1 --AAAATAATTTTTTTATGA-TAAA-AAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * ** * * * * **
179517 GGCCATAATTATTTAAACTAATTCAGTAAATAGAATCACTTTTTAAAACACTTCTTTATTAATTT
61 AGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAATAGATTTA-TTTTT-TAATTCTTC-TTATTAA-TT
* *
179582 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
122 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAC-AAAACAATTGTT
* * * *
179647 TTATGATAAAACAAAAGGTCT-TAATGATTTTAAATAG-TCAATTGTTC-AAT-GATCATAACTA
186 TTATGACAAAAC-AAAGGT-TATAACGATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAG-TCATAACTA
* * * * * * * *
179708 TTTGAATTTATT-TGATAAACAAATTAATTTTTTTTAA-CTCTTGCTTTTTAATTTTTGAAATAT
247 TTTGAACTGATTCAG-CAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATAT
** * ** * * *
179771 TAAGAAATTATTATTATTTTATTGTGGATAAGCTTTTATGAATT
309 TACTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATAT-AAAT
* * * * * * * *
179815 GAAACAATTGTTTTATGTCTAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAAATAATTTTTCAAATAG
1 AAAATAATTTTTTTATG-ATAAA-AAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* ** * * * *
179880 TCATAACTATTTAAACTTATTTAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATGTTTTGCCTATTAATTTT
63 TCTTAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAATAGATTTATTTTTT--AAT-TCTT-CTTATTAA-TTT
* * * * * * * * * * * *
179945 TAAAATGTTATTAAATTTGGATTGTTTTATTCTAAATAAGCTTGTAAGATATTAAAA-AAATGTT
123 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGA-A-CAAAACAATTGTT
* * * * * * * * * **
180009 TTATGACTAAACAAATGATGAGAACAATTTCAAATAGATAATTATTCTAGTGGTTTTAACTATTT
186 TTATGACAAAACAAA-GGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
180074 GAATTGGTTTCA-CAAGCACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTACTTCTTAGAATATTATT
250 GAACT-GATTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTACT
* * * * * *
180134 AAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGTTTCTATGATT
313 AAATTAGTATTATTTTAT-TCCGAATAAGCTTATATAAAT
* * * * * ** * * *
180173 AGAAACAATTGTCTTATGACAAATCAAAGATCTTAATGATTTGAGATTG-TAATTGTTCAAATAG
1 A-AAATAATTTTTTTATGATAAA-AAAAG-TAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * *
180237 T-TATCACTATTTGAAC---TAC-GATAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTT
63 TCT-TAACTATTTAAACTGGTTCAG-CAAATAGATTTATTTTTT-AAT-TCTT-CTTATTA-ATT
** * * *
180297 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTATGATCAAAAACAATTGTT
122 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAC-AAAACAATTGTT
* * * * * * *
180362 TTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATGATCATTCAAATAGTCATAATTATTTT
186 TTATGACAAAACAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * ** *
180427 AAATGATTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTAGAAAATATTAATA
251 AACTGATTCAG-CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTAAATATTACTA
* * * * *
180487 ACTTACTATTATTTTATTCC-ATCTAAGCTTGTATTAATT
314 AATTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGCTTATA-TAAAT
* * * * * * *
180526 GAAACAATTTTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACGAATTT-AAATAGACAATTGTTCAAATA
1 AAAATAATTTTTTTATGATAAA--AAAA-GTAATAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * ** *
180590 GTCATAACTATTTGAACTTGATCGGTGAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTT-TTCTATT
62 GTCTTAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAATAGATTTA-TTTTTT-AAT-TC-TTCTTATT-AATT
* * * * * * * * **
180654 ATCTG-AATGTTTATAAATTGGTATGAATTTATTCTGAACAAGCTTGTATGAATTTAAACAATTG
122 -T-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-CAAAACAATTG
* * * * * * * * *
180718 TTTTATAACTAAACAAATAGTCATAATGATTTGAATTAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCAT
184 TTTTATGACAAAACAAA-GGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
180783 TTGAACTGATTCGGTAAACAAGTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAT
248 TTGAACTGATTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAC
* * * *
180848 TAAATTACTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTACAAAT
312 TAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATAAAT
* ** *
180888 AAAATAATTTTTTTATGATAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAAGCATTCATATAGTCT
1 AAAATAATTTTTTTATGATAAAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT
* * ** *
180953 TAACTATTTCAATTGGTTCAGCACTTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAA
66 TAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAATAGATTTATTTTTTAA--TTCTT-CTTATTAA-TTTTGAA
* * * * * * * *
181018 ATATTATTGAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATGAACAGAACCAATTGTTTGATG
127 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATG
* *
181083 ACAAAA-AGAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAAT
191 ACAAAACA-AAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * * *
181147 GGTTTGGCAAGCAAATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TCGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATT
255 GATTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTT-TAAATATTACTAAATT
* ** * *
181211 ATTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACA-
318 AGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATA-TAA-AT
*
181246 AAAAT-ATTTGTTTTATGACAAAAAAA-TAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-
1 AAAATAATTT-TTTTATGATAAAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * *
181308 TATAATTATTTGAACTGGTTCAGGAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTG
65 T-TAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAATAGATTTATTTT-TTAAT-TCTT-CTTATTAA-TTTTG
* * * * * *
181373 ACATATTAATAAATTAGT-TCATTCTATTTTGAATAAACTTCTATGAGCTAAAATAATTGTTTTA
125 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTA
* * * * * ** *
181437 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTTTTAACTGTTTGAA
189 TGACAAAAC-AAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
181502 CTGGTTTAGCAAATC-AATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATCTTCAGAATATTACTAAA
253 CTGATTCAGCAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTACTAAA
* * *
181566 TTAGTTTTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAAT
316 TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATAAAT
* * * * ** *
181602 AGAAATAAATGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATGACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
1 A-AAATAATTTTTTTATGAT-AAA-AAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* **
181667 GTCATAACTATTTAAACTGGTTCAATAAATAGATTT-TTTTTTAA-TC-TCTTATTAATTCTTGA
62 GTCTTAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAATAGATTTATTTTTTAATTCTTCTTATTAATT-TTGA
* *
181729 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGTTGA-AAAACAATTGTTTTA
126 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATG--AACAAAACAATTGTTTTA
* * * *
181793 TGACAAAACAAAGGTTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTTTTCAAATAG-CTATAATTATTTGA
189 TGACAAAACAAAGGTT-ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGA
** ** * *
181857 ACTGATTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATCAATTTTTAAAATATTACTAAA
252 ACTGATTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTACTAAA
*
181922 GTAGTATTATTTTATT
316 TTAGTATTATTTTATT
181938 TTGGATACGC
Statistics
Matches: 1954, Mismatches: 420, Indels: 236
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
351 5 0.00
352 122 0.06
353 94 0.05
354 52 0.03
355 35 0.02
356 198 0.10
357 397 0.20
358 207 0.11
359 191 0.10
360 20 0.01
361 238 0.12
362 129 0.07
363 90 0.05
364 4 0.00
365 1 0.00
366 1 0.00
371 1 0.00
372 6 0.00
373 157 0.08
374 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (351 bp):
AAAATAATTTTTTTATGATAAAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT
TAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAATAGATTTATTTTTTAATTCTTCTTATTAATTTTGAAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCA
GCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTACTAAATTAGTATTAT
TTTATTCCGAATAAGCTTATATAAAT
Found at i:181304 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 181285--181317 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
181275 TAATGATTTG
181285 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGTATAATTATTC
181301 AAATAGTTATAATTATT
1 AAATAG-TATAATTATT
181318 TGAACTGGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGTATAATTATTC
Found at i:182701 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 181969--183358 Score: 766
Period size: 181 Copynumber: 7.8 Consensus size: 180
181959 AAATCAATTG
* * * * * * *
181969 TTTA-TTTTTAATTCTCTTATTTTTTAATTTTGAAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTC
1 TTTATTTTTTAAATCTATTA-TTATTATTTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * **
182033 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTA-AAAAATTTTGAA
65 GAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAACGATTTT-AA
* * * *
182097 ATATATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTGGTTC-GATAAATAAA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAG-TAAACAAA
* ** * * **
182149 TTTATTTTTTAGATCTCCTACTTGTAACAATTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
1 TTTATTTTTTAAATCTATTA-TTATTA-TTTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
182212 C---CAAA--TAT-TG---AAAAACAATTGTTTTATGA-A-AA-AAAAGTTCATAATGATTTAAA
64 CGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAACGATTTTAA
* * * * * * * *
182265 ATAAATAATTGCTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCAATAAACTGGTTTGGTAAA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAAC---------AAA
*** ** ** * * * *
182326 CAGAATTATTTTTTAAAT-TTTTTACTTATAAATTTCT-AAAATATTAATAAATTAGTTTTATTA
1 -TTTATT-TTTTAAATCTATTATTA-TTAT---TTT-TGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * *
182389 TA-TTCTAAATAAGCTTCTATGAGTTGAAAA-AATTATTTTATGACA-AAGC-AAGGGTCATAAC
59 TATTTC-GAATAAACTTGTATGA-ATAAAAACAATTATTTTATGACAGAA-CAAAAGGTCATAAC
* * * *
182450 -ATTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAACAAA
121 GATTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAA
* * * * *
182510 TTTATTTTTTAAATCTATTAGTTATTCATTTTTTG-AATTTTATTAGATTAGCATTATTTTATTT
1 TTTATTTTTTAAATCTATTA-TTATT-ATTTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * ** * * *
182574 TGAATAAACTTGTATGAATAAAAATAATTGCTTCATGACATAACAAAAGGTTATAACGA-TTTAA
64 CGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAACGATTTTAA
* * * * *
182638 AGTATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGCATTGGTTCAGTAAATAGA
129 A-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAA
* * * *
182691 TTTATTTTTTAAATCTCTTATTA--ATTTTT-GAAAGATAAATAAATTAGTAATATTTTATTTCG
1 TTTATTTTTTAAATCTATTATTATTATTTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * *
182753 AATAAACTTGTATGAAAAAAAATAATTATTTTATGACCGAACCAAAA-GTAATAACGATTTGAAA
66 AATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAGAA-CAAAAGGTCATAACGATTTTAAA
* * * * * * * * *
182817 TAGATAATTGTTAAAATGGTTATAATTATTTGCATTGATTTAGTAAATAGA
130 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAA
* * * *
182868 TTCACTTTTAAAATC-ACTA--ATTAATTTTTGG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
1 TTTATTTTTTAAATCTATTATTATT-ATTTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* ** ** * * *
182929 AAATATGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAA
65 GAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAA
* * ** *
182994 TAGACAATCGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACAAA
130 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAA
* * * * *
183045 TTTATTTTTTTAAACCT-TTGCTTATTAATTTTGGAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTATTT
1 TTTA-TTTTTTAAATCTATT-ATTATTATTTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * *
183109 TGAATAAGCTTTTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGTCAAAACTAAAGCTCATAATGATTTTA
64 CGAATAAACTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAACGATTTTA
* * * ** * *
183173 AATA-ATTAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTT-GTTTGGTAGACAGA
128 AATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAACAAA
* * * * * ** * * *
183226 TTTATTCTTTCAAATCTTTTGCTAATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTT
1 TTTATT-TTTTAAATCTATT-ATTATTATTTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
183291 CGAATAAGC-T-TATG-----AAACAAGTATTTTATGACTA-AACAAGAGGTCAGAACAATTTGA
64 CGAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGAC-AGAACAAAAGGTCATAACGATTTTA
183348 AATAGATAATT
128 AATAGATAATT
183359 TGAAATCACT
Statistics
Matches: 933, Mismatches: 211, Indels: 137
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
168 48 0.05
169 8 0.01
170 1 0.00
171 17 0.02
174 3 0.00
175 42 0.05
176 10 0.01
177 256 0.27
178 26 0.03
179 11 0.01
180 76 0.08
181 280 0.30
182 61 0.07
183 7 0.01
184 8 0.01
185 2 0.00
187 2 0.00
188 2 0.00
191 12 0.01
192 11 0.01
193 50 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTTATTTTTTAAATCTATTATTATTATTTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
AATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAA
Found at i:182809 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 182350--183358 Score: 728
Period size: 177 Copynumber: 5.7 Consensus size: 177
182340 AAATTTTTTA
* * * * * * * * * *
182350 CTTATAAATTTCTAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTATA-TTCTAAATAAGCTTCTATGAGTT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATAAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATGA-AT
* * *
182414 GAAAA-AATTATTTTATGACA-AAGC-AAGGGTCATAAC-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCATA
64 AAAAACAATTATTTTATGACAGAA-CAAAAGGTCATAACGATTTT-AAATAGATAATTGTTCAAA
* * *
182475 TAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
127 TAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * *
182526 ATTAGTTATTCATTTTTTG-AATTTTATTAGATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATG
1 CTTA-TTA---A-TTTTTGAAATATAAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATG
* ** * * * * *
182590 AATAAAAATAATTGCTTCATGACATAACAAAAGGTTATAACGA-TTTAAAGTATATAATTATTCA
61 AATAAAAACAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAA-TAGATAATTGTTCA
* * *
182654 AATAGTCATAACTATTTGCATTGGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
125 AATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * *
182707 CTTATTAATTTTTGAAAGATAAATAAATTAGTAATATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAAAAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATAAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAA
* * * * * *
182772 AAATAATTATTTTATGACCGAACCAAAA-GTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATGG
66 AAACAATTATTTTATGACAGAA-CAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * * * *
182836 TTATAATTATTTGCATTGATTTAGTAAATAGATTCACTTTTAAAATCA
130 TCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * ** **
182884 CTAATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAATTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATAAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAA
* * * * *
182949 AAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATCGTTCAAATAGT
66 AAACAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * *
183014 TGTAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAACCTTT
131 CATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAA--TCT
* * * * *
183064 GCTTATTAATTTTGGAAATATTAAA-AAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAAC
1 -CTTATTAATTTTTGAAATA-TAAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA-
* * * * * * *
183128 T-AAAACAATTGTTTTATGTCAAAACTAAAGCTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTATTCAAA
63 TAAAAACAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGA-TAATTGTTCAAA
* * ** * * *
183191 TAGTAATAACTATTTTAACTT-GTTTGGTAGACAGATTTATTCTTTCAAATCTTTT
127 TAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAACAAATTTATT-TTTTAAATC---T
* * * * * *
183246 GCTAATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTCGAATAAGC-T-TATG---
1 -CTTATTAATTTT-TGAAATATAAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAAT
* * * * *
183305 --AAACAAGTATTTTATGACTA-AACAAGAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATT
64 AAAAACAATTATTTTATGAC-AGAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATT
183359 TGAAATCACT
Statistics
Matches: 659, Mismatches: 143, Indels: 63
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 40 0.06
176 16 0.02
177 253 0.38
178 17 0.03
179 6 0.01
180 61 0.09
181 217 0.33
182 49 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATAAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAA
AAACAATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
Found at i:183718 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 183373--184167 Score: 599
Period size: 180 Copynumber: 4.4 Consensus size: 180
183363 ATCACTTATC
* * * * * *
183373 TATTAA-TTTTCACAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATT-GAATAAGCTTCTACGATTGG
1 TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAAT-G
** * ** * *
183436 AAACAATTGTTTTATGATTAAACAAAGA-TTTTAATGATTTGATATTA-ATAATTGTTCAAATAG
63 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTG-TAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * *
183499 TCATAATTAATTAACCTGGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTATTACT
127 TCATAAGTATTTAAACTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTATTACT
* **
183553 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATAAAAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGA-ATGAA
* * * *
183618 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGTAGTAGATAATCATTCAAATGGCCA
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGTAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * *
183683 TAAGTATTT-AACTGATTCAGTAAATAGAGTTATTTTTTAAATTTCA-TACT
130 TAAGTATTTAAACTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-ATTACT
* ** * *** * *
183733 TACTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCCGTCTAAGCTTGTATTAGCTGA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-CAAATAAGCTTGTATGA-ATGA
* * * * * ** * *
183797 AACAAATGCTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACAATTT-TAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGT-AATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
183861 AATAACTATTTAAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCT
128 CATAAGTATTTAAAC-TGATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTATTACT
* *
183915 TATTAATTTTCT-TAATATTAATAAATTAGTATTAATTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTG
1 TATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TG
** * * * * * * * **
183978 AAGTAGTTG-TTTATGACTAAGCAAAAGGTCATAACT-ATTTGCAATATATTATTATTTTAATAG
63 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGTAATAGATAATTATTCAAATAG
** * * * * * * *
184041 TTTTAAGCATTTGACCTAATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
127 TCATAAGTATTTAAACTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTATTACT
* * * * * * * **
184095 AATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATAAGAACAAAA
1 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATGAAA
184160 CAATTGTT
66 CAATTGTT
184168 CCACAATAAA
Statistics
Matches: 480, Mismatches: 114, Indels: 42
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 17 0.04
180 269 0.56
181 125 0.26
182 69 0.14
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATGAAA
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGTAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
AAGTATTTAAACTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTATTACT
Found at i:184113 original size:362 final size:361
Alignment explanation
Indices: 183483--184133 Score: 765
Period size: 362 Copynumber: 1.8 Consensus size: 361
183473 TTTGATATTA
* * * * *
183483 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAATTAACCTGGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTA
1 ATAATTGTTCAAATAATAATAACTAATTAAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTA
*
183548 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAT
66 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAT
* *
183613 AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGTAGTAGATAATCATTCAAAT
131 AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGCAATAGATAATCATTCAAAT
* * * * *
183678 GGCCATAAGTATTTAACTGATTCAGTAAATAGAGTTATTTTTTAAATTTCATACTTACTAATTTA
196 AGCCATAAGCATTTAACTAATTCAGTAAATAAAGTTATTTTTTAAATTTCATACTAACTAATTTA
* *
183743 GGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCGTCTAAGCTTGTATTAGCTGAAACAAATGCTT
261 GAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCCGTCTAAGCTTGTATTAGCTGAAACAAATGCTT
183808 TATGACAAATCAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAG
326 TATGACAAATCAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAG
* * * *
183844 ATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAATAATAACTAATTAAACTGGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCT
* * *
183909 CTTTCTTATTAATTTTCT-TAATATTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAAGCTTGTAT
65 ATTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTC-AAATAAGCTTGTAT
** ** * * * * * * *
183972 GA-ATTGAAGTAGTTG-TTTATGACTAAGCAAAAGGTCATAACT-ATTTGCAATATATTATTATT
128 GATA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGCAATAGATAATCATT
** *** * ** * * *
184034 TTAATAGTTTTAAGCATTTGACCTAATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTAAT
191 CAAATAGCCATAAGCATTT-AACTAATTCAGTAAATAAAGTTATTTTTTAAAT-TTCATACTAAC
** * *
184098 TAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGCATTATTTTA
254 TAATTTAGAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTA
184134 ATCCAAATAA
Statistics
Matches: 235, Mismatches: 48, Indels: 13
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
361 96 0.41
362 136 0.58
363 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (361 bp):
ATAATTGTTCAAATAATAATAACTAATTAAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTA
TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAT
AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGCAATAGATAATCATTCAAAT
AGCCATAAGCATTTAACTAATTCAGTAAATAAAGTTATTTTTTAAATTTCATACTAACTAATTTA
GAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCCGTCTAAGCTTGTATTAGCTGAAACAAATGCTT
TATGACAAATCAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAG
Found at i:184121 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 184069--184122 Score: 54
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
184059 ATTTGGTAAA
* * *
184069 TAAATTTATTTTTTAAATCTTT
1 TAAATTAATTTTTAAAATATTT
184091 TACTAATTAATTTTTAAAATATTAT
1 TA--AATTAATTTTTAAAATATT-T
184116 TAAATTA
1 TAAATTA
184123 GCATTATTTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 5
0.76 0.09 0.15
Matches are distributed among these distances:
22 2 0.08
23 5 0.19
24 16 0.62
25 3 0.12
ACGTcount: A:0.41, C:0.04, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (22 bp):
TAAATTAATTTTTAAAATATTT
Found at i:184536 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 184319--186279 Score: 1306
Period size: 181 Copynumber: 11.0 Consensus size: 181
184309 CTATTCAAAT
* * * * *
184319 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAAGTATTCAAATAGTCAAAATTATTTCTAA-TGGTTTA
1 AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACTGGTTTA
* * * *
184383 GCAAGCAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA
65 GCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
184448 TTTTATTTCCAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTAAGATAAAAT
130 TTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * *
184500 AAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAA-TATTTGAACTGGTTCAA
1 AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG
* * * * * *
184564 CAAATAGAATTATTTTCTATATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTAT
66 CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * **** * *
184629 TCTATGTCAAATAAGCTTCTATGAGTTGAAATAATTATTTTATGACAAAAC
131 TTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * * * * ** *
184680 AAAAGGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTAATTCAG
1 AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG
* * * *
184745 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTA
66 CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
184809 TTTTATTTCAAATAAACTTATATAAATAGAAACAATTGTTTTATGAGAGAAT
130 TTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * *
184861 AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCGAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
1 AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG
** *
184926 TTAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
66 CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * ***
184987 TTTGTTACGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
131 TTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * * * * * *** *
185038 AAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-CAATTCG
1 AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG
* * * *
185102 AAAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATT
66 -CAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
*** * * *
185166 ATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
129 ATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * ** *
185219 AAATGGTCATAATGCTTTTAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG
1 AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG
* * * * *
185284 TAAACAGATTTATTTTTCAAAATCTCATGCTTATTAATTTTGTG-AATGTTAATAAATTAGTATT
66 CAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
185348 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGA-ATGAACTAAAATAATTATTATATGACTAAAC
129 ATTTTATTTCAAATAAACTT-ATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
185401 AAAAAGTCAA-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAAATATTTGAACTGG-TTC
1 AAAAGGT-AATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTA
* * *
185464 GACAAACATATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAGTTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT
65 G-CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
185525 ATTTTTATTT-AAAGAAGCTCT-TATGATA-AAAAACAATTGTATTATGAGAAAAC
129 A-TTTTATTTCAAATAAACT-TATATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * * * * *
185578 -AAAGATCACAACGATTTGACATTA-ACATTTGTTGAAATAGTCATAACTATTGGAACTAGTTCA
1 AAAAGGTAATAATGATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTA
** * * * * *
185641 AAAAACA-ACTTTAGTTTTTAAA--T-GT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAACAAAGTAGTATT
65 GCAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * *
185701 ATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAT
129 ATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * * * * * *
185754 AAAAGGTCATAACAACTTTG-AATAGATAATTGTTTAAAATGGTCA-AATTTGTTTGAA-T-TTA
1 AAAAGGTAATAATGA-TTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGGT-
* * * * * **
185815 TTCGATAAACAGATATATTCTTTTAAATCTCTTAGTCATTAATTTTTTG-AATGCTAATAAATTA
62 TTAG-CAAACAGATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTA
** * * *** * *
185879 GTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATAAATTGAAATAATTATTTTATGACAAAAC
124 GTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * ** * * *
185937 AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTATTAATTTTAATTATTTGAACTAG-TTCG
1 AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG
* * * * * *
186001 ACAAAAAATATTTATTTTTAAAATCTCGTAC----TAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATT
66 -C-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
186062 ATTTTAATCCGAAA-AAGCCTGTATGAA-AAGAAACAACTGTTTTTTGAC--AA-
129 ATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * *** * * *
186112 AATA--TCATAACGATTTTTTATAGAT-ATTTTTCCAAATACTCATAACTATTTGAACT-ATTTC
1 AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-
* * * * * ** * *
186173 GGTAAATAGATTTATCTTTTAAA-AT-TT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAGTATT
64 AGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** * *
186235 ATTTTATTTTGAAT-AACTT-TGCATGAACAAAAATAACTGTTTTAT
129 ATTTTATTTCAAATAAACTTAT--ATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
186280 TTGAAATAGA
Statistics
Matches: 1391, Mismatches: 326, Indels: 134
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 1 0.00
171 2 0.00
172 26 0.02
173 84 0.06
174 3 0.00
175 15 0.01
176 131 0.09
177 227 0.16
178 92 0.07
179 17 0.01
180 141 0.10
181 364 0.26
182 179 0.13
183 103 0.07
184 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG
CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
Found at i:186619 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 186278--193609 Score: 3739
Period size: 181 Copynumber: 40.7 Consensus size: 181
186268 TAACTGTTTT
* * * * * * * **
186278 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTACC
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATT
** * * * * **
186343 TTTTAAATCTCCCACCTATTAA-TTTTCAGAATCTTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTTGAATA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * ** * *
186407 AACTTGTATGAATAGAAATGATTGTTTTATGACAAAACCAAAGATCATAACT-
130 AGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TG
* * * * * *
186459 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTTATAAGTATTTGAACTTGTTCGATAAATATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATT
* * * * * * * * *
186524 ATTTAAATTTTTTACATATTAGTTTTTTAAACATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAT
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * *
186589 GCTTTTATGAACAAAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-
131 GCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TG
* * ** *
186640 ATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACGAGTTTAGA-AAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACATATTTAT
* * * *
186704 TTTTAAAAT-TTTTAC---TT-A---TT--AATA--AAT---GTA-TATTATTTTATTTAAAATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * ** * **
186753 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA-GAAAAAATGAAAGGTTATAACA
130 AGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * *
186804 ATTTGAAATGGATAATTGTTCAAGTAGTCATAATTATTTGAGCTTGTTTGGTAAACAAATTCATA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATT
* * **
186869 TTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * * ** *
186934 ACTTATATGAACT-GATACAATTATTTTATGATGAAACAAAGGGTCATAATG
131 GCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
** * * * *
186985 ATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGTTGTTCGGTAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATT
** * * * * *
187050 TTAAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAGTATTAATAAATTAATATTATTTTGA-TTCGAATA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATA
* * *
187114 AGCTTGTTTGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAGAA-GCCATAATG
130 AGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAATG
* * * * * ***
187166 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATTACTATTTGAATTTATTCAATAAATGGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATT
* * * * *
187231 TTTTAAATCGCTTACTTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAA-TATTAATTATTTTAATTGAAAT
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCAAAT
* * * *
187294 AAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAATGGTTATAGTG
129 AAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
187347 ATTTGAAATAGGTAATTATGCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTAGT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATT
* * * * *
187412 TTTTAAAT-TACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAACA
66 TTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * *
187476 AGCTTGTATGAATAGAAACAGTTGTTTTATGACAAAACAAATA--TCATAACG
130 AGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATG
* * * * *** * * *
187527 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATTATAACTATTT-ATACTAG-TCAGGCCAAGAGATTCA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTC-GATAAACATATTTA
* * * * * **
187590 TTTTTTAAATCTGTTACTTATTAACTTTT-AGAATAATAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * *
187654 TAAGAC-TGTATCAATACAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATG
128 TAAG-CTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * ** * * * *
187708 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTCTTATAACTAATTGAA-TTGGTTTGGT-AA-ATAGTTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACATA-TTTA
** * * *
187770 TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAAC
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * *
187831 AA-ATATATATGAACAAAAA-TATTTTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATG
129 AAGCT-TGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
187882 ATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGGCTTAACTATTTGAA-TTGGTTC-AGCAAACAAATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAACATATTTA
* * * * ** *
187945 TTTTTTAAATCTCTTATTTATTAA-ATTTCATAATATTATTATGTTAGTATTATTTTAATTCAAA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * *
188009 TAAGCTTGTATG--T--ACATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACG
128 TAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * *
188059 ATTTG-AA-AGATAAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTC-AGTAAGCATATTTA
1 ATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACATATTTA
* * *
188121 TTTTTTAAATCTCCTACTT-TTGAATTTTTGAAATATTAATTAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * ** *
188185 TAGGCTTATATG-ATAAAGA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTTATAATG
128 TAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * ** * *
188237 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGCA-TTGATTTAATAAA-TTGGTTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAT-ATTTA
* * * * * * * ***
188300 CTTTTTAAATCT-TAACTTCTCAAATTTTT-AAATATTAATCAAGTAATATTATTTTATTTTTGA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * ** * *
188363 TAAGTTTTTATG-ATCTGAAACAA-T-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACG
128 TAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * ** * * * * *
188415 TTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTCAAACTTATTTGGTAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTA-T
* * * * *
188480 TTTTTAAAACATCTTGCTTATTAAGTTTTTG-AATGTTAATAAAATAGTATTATTTGATTTCAAA
65 TTTTTAAATC-TCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * *
188544 TAAGCATGTATGAACT-AAAACAATTATTTTATGACTAAGCAAAAGGTCAGAATG
128 TAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * ** * * * * * *
188598 ATTTGAAATAGATAATTTTTCTATTAATTTTAATTATTTGAACTAGTT-TAGCAACCACATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACATATTTAT
* * ** * * * *
188662 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTT-AGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTCA-CTCTAAA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAA
** * * * * * * *
188725 TAAGCTTACATGAATAGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAAC--TA-TTTA-AACT-
128 TAAGCTTGTATGAATA-A-A-A-ACAATTGTTT-TAT-GACAAAACAAAAGGTCATAA-TG
* * * * * * * * *
188781 AGTTTGGTAAATAGATTTAGTT-TTTAAAT-CTCTTATTAA-TTTTTCAA-ATATT-AATAAA-T
1 A-TTT-G-AAATAGA--TAATTGTTCAAATAGTC--A-TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA
* * * **
188840 TA-GTATTATTTT--AT-T-TTGA---A-TAA-TTTTG---TATGAATAAA-AACAATTATTTTA
58 TATTTATT-TTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
*** * ** * * * * * * * ** ** ** *
188891 CAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTTGAATG-GATATGATTATTTGA
121 TTTC-AAATAAGCT-T-GT-ATGA-AT-AAA-A-ACAATTGTTT-TATGACAAAACAAAAGGTCA
*
188955 -ACTTG
177 TA-ATG
* * * * ** * * * *
188960 -TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTC--AACT-TTT-AA-TTTTTAGAATATTAATAAA
1 ATTTG--AAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG-ATA--AACATA
** * * * * *
189019 TTAGTATTATTTT--A--T-TT-CGAATAAACTTGTATG-AATA-AAATAGATT--TATTTTTTT
60 TT--TATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTT
* * ** * *** ** * *
189074 TAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTTACAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATATACT
119 T-A---TTT-C-AAATAA-GCTT-GTATGAATA-AAA--ACAATTGTTTTA---TGACA-AAAC-
** *
189138 TTTATACATAGAAACA-ATTGG
168 ---A-A-A-AG-GTCATAAT-G
* ** * * * ** *
189159 TTTATGACAA-A-ATAAAAGCTCAAA-ATGAT-TTGAAATAGAT-AA-TTGTTCAAATCGTCATA
1 ATT-TGA-AATAGATAATTGTTCAAATA-G-TCAT-AACTATTTGAACTTGTTC-GA---T-A-A
*** * * * *
189218 AC-TATTTGAACGTGTTCAAAAAACAAAT-TTATATTTTTAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAA
55 ACATATTT--A--T-TTTTTAAATC---TCTTA-CTTATTAA---TT--TT-TGAA--------A
* * * * *
189281 TATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-ATCGAAATAAACTTGAATGAATAAAACCAATTG-TTTAT
97 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTAT
* * *
189343 TACAAAACAAGAGGTTATAATG
160 GACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
189365 TTTTGGAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTTATTCGGTAAACAGATTCT-T
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATT-TAT
* * * * * * * *
189428 TTTCTAATTCTTTTACTCATTAACTTTTGGAATATTAATAAATTAATATT-TTTTACTTCAAATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * * *
189492 AGCTTATATGAATTTAAAA-AATTGTTTTAATTACAAAAGAAAAGGTCATCATA
130 AGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
189545 ATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATATATGTAGT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATT
* * * * *
189609 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * ** * *
189674 GCTTTTATGAATAGAAACAACTGTTTTAACACAAAACAAAAAGTCATAATA
131 GCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
189725 ATTTGAAAT-GAATAATGGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGATT-GATAAATAGATTTA
1 ATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACATATTTA
* * * ** **
189788 TTTTTTAAAT-T-TT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATTTTAACTTA-TTCTGAT
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * *
189848 GAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTAAAATG
129 -AAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * *
189902 ATTTGAAATAGATAATTG-TCAAAATAGTCATCATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAATTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTAT
* *
189966 TTTTT-AA-GTCTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T-TTATTTTATTCCAAAT
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAAT
* * *
190025 AAGCTAGTATGAATTAAAAA-AACTTGTTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATG
129 AAGCTTGTATGAA-TAAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * ** *
190079 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAAATATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTA-T
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATT
* ** * * * *
190143 TTTTAATTCTCTTTGTTATTAATTTTGGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * * **
190208 GATTGTATAAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
131 GCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* ** * * * * *
190259 ATTTG-AGTTTACAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTC-AGTAAACAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACATATTTAT
* * * * * **
190322 TTTTTAAGTCTCTTACTTATTCATTTTTTAAAGATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTTGAATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * * * * * * **
190387 AGTTTGAAT-ATTTAAAAGAATTGTTATAGGACCAAACAAAAGGTAATAACA
130 AGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * ** * * * * * *
190438 ATTTCAAATAGATAATTGTTGATAGGGCCGTAATTATTTGAACTAGTT-TAGTAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACATATTTAT
* * * *
190502 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAGACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* ** * *
190567 AGCTTG-ACT-ATTAAAAAACAATCATTATATGACCAAACAAAAGG---TAATG
130 AGCTTGTA-TGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *
190616 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGCTTC-AGTAGACAAATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAACATATTTA
* * * *
190679 TTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTG-AATATTATTAAATTAGTA-TATTTTATTCCAAAT
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * * **
190742 AAGCTTATATGAAGT-GAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACA
129 AAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *
190795 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA---A-GA--A-TTG-A--T-TT-GGTAAACAAATTTGTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTT-AT
* *
190848 TTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTA-TTCTAAA
65 TTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAA
* *
190911 -AAGGCTTGTATG-ATGAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATG
128 TAA-GCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * *
190965 ATTTGAAATACATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTAAAC-CGATTTGATAAAC-TGACTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAT-ATTTA
* * * * ***
191028 GTTTTTAAATCTCTAACTTATCAA-TTTTGAAATATTGATAAATTAAG-ATTATTTTATTTTGGA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * *
191091 TAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATATTT
128 TAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * *
191145 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTCAAATTATTCAATAAATAGAATTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATT
* ** * * *
191210 TTTTAAAATTTCTTGTTTATTAATTTTTTG-AATGTAAATAAATTAGTATTATTTTATCTCAAAT
66 TTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * ** * * ***
191274 AAGCATGTATGAACT-AAAACAATTATTTCATGACTAAATGAAAGTTCAGAGCA
129 AAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * ** *
191327 ATTTGAAATGGATAATTGTTCTAATAGTC-TCAACTATTTGAACTAT-TT-GGCAAACAAATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACATATTTA
* ** * * * **
191389 TTTTTTTAAATTTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATT-ATAATTTAGTATTATTCTATTTTGAA
64 -TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * *
191453 TAAACTCGTACGAATAGAAACAATTGTTTTA-GAATAAAATAAAAGGTCATAA-G
128 TAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *** * * *
191506 AGTTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTCCCTCGGTAAATAGATTTAT
1 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTAT
* * *
191571 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AGAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAAT
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * **
191635 AAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACA
129 AAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
191688 ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATTACTATTTGAACGTGTTTAGA-AAATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACATATTTAT
* * * * * *
191752 TTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTACTATA-TTCAAAA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAA
* * * * * *
191814 TAAACATGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAG
128 TAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * ** * * *
191868 TTTTGAAATAGATAATTATTCAGGTAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-AGTGAACA-AATT-T
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACATATTTAT
* * * * *
191930 TTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGCAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * * *
191995 AGATTATATGAACAAAAATAATTGTTTTAATTACAAAAGAAAAGGTCATAATG
130 AGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * **
192048 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATAGGTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATT
* * * * *
192113 TTTTAAACCAT-TTACTTATTAATTATCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAAT
66 TTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAAT
* * * * * **
192176 AACCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAAGTCATCACA
129 AAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * *
192229 AGTTGAAATAAATAATTGCTCTAATAGTCATAACGATTTGAATTTGTTTGGTAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATT
* *
192294 TTTTAAATCTTTTACCTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATGT-GTATTATTTTA-TTCGAA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTC-AA
** * * * * * *
192355 ATGGGCTT-TGATGAATAGAAAA-TATTATTTTATGACGAGACAAAAGGTTATAGTG
127 ATAAGCTTGT-ATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * *
192410 ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAAAAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATT
*
192475 TTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTT-AGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
66 TTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * ** * * * *
192538 AAGTTTATAT-AATTGAAATAATTTTTTTTATGAC-AAA-AAAAGATACATAATA
129 AAGCTTGTATGAATAAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAATG
* * * * * * * *
192590 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATG
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATT
* * * ** *
192655 CTTTAAA-CTTTCTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCA-TTCGAAT
66 TTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAAT
* * * * * * * *
192718 AAGCTTGTATAAACAGAAATAATT-TTTTA-AATAGAACAAAAGGTCATAACG
129 AAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
192769 ATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGATT-GATAAATAGATTTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACATA-TTTA
* * * * ** *** *
192833 TTTTTTAAATATCTTA-TTAGT--TTTTT-AAATATCAATAAAATAGCCTTCCCTTA-TTCTGAA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAA
** * ** * * * * *
192893 TAAATTTATACAAACAAAAACATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACG
128 TAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
192947 ATTTGAAATAGATAATTGCTAAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-AAGTCAACATAATTA-
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACATATTTAT
* * * ** * *
193010 TTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAAGGAATT--CATTATTTTATTCCAAATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * **
193073 AGGTAGTATGATTTCAAAAA-ATACTTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATG
130 AGCTTGTATGA-AT-AAAAACA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* ** * * * * *
193128 ATTTGAAATAGATAATTG-TCATATA-TTTTAAATATTTGAA-TTGGTTCAACAAACAAACTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACATATTTAT
* * * * *
193190 TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAGATTAGTATTATTTT-TTT-TAAT
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * **
193252 AAGCTTGTATG-ATAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAATAACA
129 AAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATG
* ** * * * * * ** * *
193306 ATTTGAAGTTTACAATTGTCCCGAATA-CCTATAACTATTTGAACTAGTTTAATAAGCAGATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTA
* * *
193370 TTTTTTAAATCTCCTTACTTATTAATTCTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
64 TTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * * * * *
193435 TAAGCTTGAATG-TTCAAAAACGATTATTATATGACCAAACAAAAGGTAATGA-C
128 TAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * ** * * * ** * *
193488 ATTTGAAATAGATAATTATTGATAGGGCCATAATTATTTGACCTAATTCTGGTAAACAGA-TTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACATATTTAT
* *
193552 TTTTTAAAAT-TAACTTTCTT-TTAA-TTTTGAAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTAT
65 TTTTT-AAATCT--CTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
193610 GAAATGAAAA
Statistics
Matches: 5493, Mismatches: 1270, Indels: 776
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
163 3 0.00
164 72 0.01
165 44 0.01
166 2 0.00
167 11 0.00
168 30 0.01
169 26 0.00
170 70 0.01
171 4 0.00
172 10 0.00
173 17 0.00
174 71 0.01
175 52 0.01
176 314 0.06
177 373 0.07
178 404 0.07
179 468 0.09
180 1269 0.23
181 1514 0.28
182 325 0.06
183 94 0.02
184 55 0.01
185 26 0.00
186 15 0.00
187 16 0.00
188 22 0.00
189 5 0.00
190 9 0.00
191 1 0.00
193 6 0.00
194 3 0.00
195 1 0.00
196 5 0.00
197 7 0.00
198 5 0.00
199 5 0.00
200 10 0.00
201 14 0.00
202 2 0.00
203 4 0.00
204 6 0.00
205 14 0.00
206 22 0.00
207 6 0.00
209 1 0.00
210 1 0.00
212 3 0.00
214 8 0.00
215 1 0.00
216 2 0.00
217 5 0.00
218 4 0.00
219 1 0.00
220 3 0.00
221 6 0.00
222 2 0.00
223 5 0.00
224 1 0.00
227 3 0.00
228 6 0.00
229 8 0.00
230 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
GCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
Found at i:187481 original size:362 final size:356
Alignment explanation
Indices: 186278--196719 Score: 3132
Period size: 362 Copynumber: 29.3 Consensus size: 356
186268 TAACTGTTTT
* * * * * * * **
186278 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTACC
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATT
** * * * * * ***
186343 TTTTAAATCTCCCACCTATTAATTTTCAGAATCTTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTTGAATAA
66 TTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATAA
* * * ** * *
186408 ACTTGTATGAATAGAAATGATTGTTTTATGACAAAACCAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAAT
129 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAA-TGATTTGAAATAGAT
* * * * * * ** * ***
186472 AATTATTCAAACAGTTATAAGTATTTGAACTTG-TTCGATAAATATATTTATTATTTAAATTTTT
192 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAATCGCT
* * * * * * * * *
186536 TACATATTAGTTTTTTAAACATTAATAAATTAGT-GTTATTTTATTTCAAATATGCTTTTATGAA
256 TACTTATTA-ATTTCTAAATATTAATAAA-TATTAATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA
** * **
186600 CAAAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-
318 -TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TG
* * * ** ** * *
186640 ATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACGAGTTTAGAAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATT
* * * **
186705 TTTAAAATTTTTACTTATTAA----T-AA-A-T-GT--A-T---ATTATTTTATTTAAAATAAGC
66 TTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATAAGC
* * * * * * * ** *
186756 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA-GAAAAAATGAAAGGTTATAACAATTTGAAATGGATAAT
131 TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * **** *** * * *
186820 TGTTCAAGTAGTCATAATTATTTGAGCTTG-TTTGGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTAC
195 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ATTGATTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAATCGCTTAC
* * * * * *
186884 TCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACTG
259 TTATTAATTTCT-AAATATTAATAAA-TATTAATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TG
* ** *
186948 ATACAATTATTTTATGATGAAACAAAGGGTCATAATG
320 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
186985 ATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGTTGTTCGGTAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATT
** * * *
187050 TTAAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAGTATTAATAAATTA-ATATTATTTTGATT-CGAAT
66 TTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGA-ATTATTTT-ATTCCAAAT
* * *
187113 AAGCTTGTTTGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAGAAGCCATAATGATTTGAAATAAA
127 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * *
187178 TAATTGTTCAAATAGTCATTACTATTTGAATTTATTCAATAAATGGATTTATTTTTTAAATCGCT
191 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAATCGCT
*
187243 TACTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATATTAATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAAT
256 TACTTATTAATT-TCTAAATATTAATAAATATTAATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAAT
* * * *
187308 AGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTTATAGTG
319 -GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
187347 ATTTGAAATAGGTAATTATGCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTAGT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATT
* *
187412 TTTTAAATTACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAACAA
66 TTTTAAATT-CTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATAA
* * * *
187477 GCTTGTATGAATAGAAACAGTTGTTTTATGACAAAACAAATA-TCATAACGATTTGAAATAGATA
129 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * *
187541 ATTGTTCAAACAATTATAACTATTT-ATACT-AGTCAGGCCAA-GAGATTCATTTTTTAAATCTG
193 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ATTGATTCA-ACAAATG-GATTTATTTTTTAAATC-G
* *
187603 -TTACTTATTAACTTT-TAGAATAATAAT-AA-ATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGAC-TGT
254 CTTACTTATTAA-TTTCTA-AATATTAATAAATATTA--ATTATTTTA-TTTGAATAAG-CTTGT
* * * *
187663 ATCAATACAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATG
313 ATGAAT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* ** * * * * *
187708 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTCTTATAACTAATTGAA-TTGGTTTGGTAAA-TAGTTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTAT
** * * *
187771 TTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCGAACA
65 TTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTCCAAATA
* * * *
187832 A-ATATATATGAACAAAAA-TATTTTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAT
128 AGCT-TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * *** *
187895 AATTATTCATATAGGCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
192 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAATCGCTT
* * * **
187960 ATTTATTAAATTTC-ATAATATT-AT-TATGTTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATG-
257 ACTTATT-AATTTCTA-AATATTAATAAATATTA--ATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGA
* * * *
188021 -T-ACATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACG
317 ATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
188059 ATTTG-AA-AGATAAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAGTAAGCATATTTAT
1 ATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAT
* * *
188122 TTTTTAAATCTCCTACTT-TTGAATTTTTGAAATATTAATTAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
65 TTTTTAAAT-TCTTACTTATT-AATTTTTG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * * *
188186 AGGCTTATATG-ATAAAGA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTTATAATGATTTGAAATAAA
127 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * *
188249 TAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGCATTGATTTAATAAATTGG-TTTACTTTTTAAAT--C
191 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAACAAA-TGGATTTATTTTTTAAATCGC
* * * * * * *
188311 TTAACTTCTCAAATTTTTAAATATTAATCAAGTAAT-ATTATTTTATTTTTG-ATAAGTTTTTAT
255 TT-ACTTAT-TAATTTCTAAATATTAAT-AAATATTAATTATTTTA--TTTGAATAAGCTTGTAT
* * *
188374 GATCTGAAACAA-T-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACG
315 GA-ATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * ** * * * *
188415 TTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTCAAACTTATTTGGTAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-T
* * * * * * *
188480 TTTTTAAAACATCTTGCTTATTAAGTTTTTGAATGTTAATAAAATAGTATTATTTGATTTCAAAT
65 TTTTT-AAA-TTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * *
188545 AAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAGCAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGA
127 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * ** * * * * **** *
188610 TAATTTTTCTATTAATTTTAATTATTTGAACT-AGTTTAGCAACCACATTTATTTTTTAAATCTC
191 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAATCGC
* * * * * * **
188674 TTACTTATTAACTTT-TAGAATATT-ATTAGT-TTAGCAATATTTCACTCTAAATAAGCTTACAT
255 TTACTTATTAA-TTTCTA-AATATTAATAAATATTA--ATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
188736 GAATAGAGATAGATAATTGTT-T-A-AATAGTCATAA-CT-ATTTAAACT-
315 GAAT-GAAACA-ATTATT-TTATGACAA-A-ACAAAAGGTCA--T-AA-TG
* * * * ** *
188781 AGTTTGGTAAATAGATTTAGTT-TTTAAAT-CTC-T---TA-TT-AA-TTTTTCAAATATTAATA
1 A-TTT-G-AAATAGA--TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTA--AACA
* * *
188837 AATTAGTATTATTTT--ATT-TTGA---A-TAA-TTTTG--TATGAATAAA-AACAATTATTTTA
58 AATT--TATT-TTTTAAATTCTT-ACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTA
** * * * * * * * * * * ** ** *
188891 CAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATAGTTTGAATG-GATATGATTA-T-T
119 -TTC-CAA-ATAA-G-C-T--TG-TATGAACAAAAACAATTGTTT-TATGACAAAACAAAAGTCA
* * * * ** * * *
188952 TGAACTTG-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTC--AACT-TTT-AATT-TTTAGAATA
174 T-AA--TGATTTG--AAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATT-CAACA
** ** * * * *** * **
189011 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAATAGATTTATTTTTTTTA
232 --AATGGATT--TATT-TTTTAAATCG-CT-TAC-T-TATTAAT-TTCTA-A---A-TATTAATA
* * * ** * * * **
189076 ATCTTTTACTTATTAATT-TTTGGAATTTTTACAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATATACTTT
282 A-ATATTAATTATT--TTATTT-GAA----TA-AGCTT-GTATGA-ATGAAAC--AAT-TA-TTT
** *
189140 TAT-ACATAGAAACAATTGGT--TTATG
332 TATGAC--A-AAACAAAAGGTCATAATG
** ** * * ** *
189165 A--CAAAATA-A-AA--GCTCAAA-ATGAT-TTGAAATAGAT-AA-TTGTTCAAATCGTCATAAC
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-G-TCAT-AACTATTTGAACTTGTTC----GGT-A-AAC
* * ** ** * *
189220 -TATTTGAACGTGTTCAAAAAACAAATTTATATTTTTAATTTTT-ACTTATTAATTTTTAGAATA
57 AAATTT--A--TTTTTTAAATTC----TTA-CTTATTAATTTTTGA---A-T------------A
* * * * * * *
189283 TTAATAAATTTA-AATTATTTTAATCGAAATAAACTTGAATGAATAAAACCAATTG-TTTATTAC
97 TTAATAAA-TTAGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
189346 AAAACAAGAGGTTATAATGTTTTGGAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTT-
161 AAAACAA-AAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG
*** ** * * ** * *
189409 ATTCGGTAAACAGATTCT-TTTTCTAATTCTTTTACTCATTAACTTT-TGGAATATTAAT-AA-A
224 ATTCAACAAATGGATT-TATTTTTTAAATCGCTTACTTATTAA-TTTCT-AAATATTAATAAATA
* ** * * * * * *
189470 TTAATATTTTTTACTTCAAATAAGCTTATATGAATTTAAAAAATTGTTTTAATTACAAAAGAAAA
286 TTAAT-TATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTATTTT-ATGACAAAACAAAA
* *
189535 GGTCATCATA
347 GGTCATAATG
* * * * *
189545 ATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATATATGTAGT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATT
* * * * *
189609 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAA
66 TTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATAA
* * * * ** *
189674 GCTTTTATGAATAGAAACAACTGTTTTAACACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAAT-GAAT
129 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAG-AT
* * * * * *
189738 AATGGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGATT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAAT---T
192 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAATCGCT
* * * * *
189799 T-TTTATTAATTTTTGAAATATTAAT--AGATTAATT-TTAACTTATTCTG-ATGAAACTTATAT
256 TACTTATTAATTTCT-AAATATTAATAAATATTAATTATT---TTATT-TGAAT-AAGCTTGTAT
** * * * * *
189859 GAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTAAAATG
315 GAA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
189902 ATTTGAAATAGATAATT-GTCAAAATAGTCATCATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAA-TTA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-AATTTA
* * *
189965 TTTTTT-AAGTCTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-CATTTATTTTATTCCAAATA
64 TTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATA
* * * *
190026 AGCTAGTATGAATTAAAAA-AACTTGTTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
128 AGCTTGTATGAA-CAAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * ** *** * *
190090 ATAATTGTTCATATAATCTTAAATATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTC
190 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAATCGC
** * * * ** * *
190154 TTTGTTATTAATTT-TGGAAATATTATTAGATTAGT-ATTATTTTATTCCAAATAAGATTGTATA
255 TTACTTATTAATTTCT--AAATATTAATA-AATATTAATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATG
** * * * **
190217 AACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
316 AA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* ** * * * * * * *
190259 ATTTG-AGTTTACAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATT
* * * * * * ***
190323 TTTTAAGTCTCTTACTTATTCATTTTTTAAAGATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTTGAATAA
66 TTTTAAAT-TCTTACTTATT-AATTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATAA
* * *** * * * * * ** *
190388 GTTTGAAT-ATTTAAAAGAATTGTTATAGGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTCAAATAGATA
129 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * ** * * * * * ** *** *
190452 ATTGTTGATAGGGCCGTAATTATTTGAACT-AGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
193 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAATCGCTT
* * * * *
190516 ACTTATTAATTTTTAAAAGACTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGACTATTA
257 ACTTATTAATTTCT-AAATATTAATAAA-TATTAATTATTTTATTT-GAATAAGCTTG--TATGA
* * * *
190580 A-AAAACAATCATTATATGACCAAACAAAAGG---TAATG
317 ATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
190616 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGCTTCAGTAGACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTAT
* * * *
190680 TTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAATATTATTAAATTAGTA-TATTTTATTCCAAATAA
65 TTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATAA
* *** * * * * * **
190744 GCTTATATGAAGTGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATA
129 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * *
190809 ATTGTTCAAATA---A-GA--A-TTGATTTG-GTAAACAAAT---TTGT-TTTTTTAAATC-TTC
193 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAACAAATGGATT-TATTTTTTAAATCGCT-
* * * *
190861 TACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGT-AGTATTTTATTCT-AAAAAGGCTTGTATG-
256 TACTTATTAA-TTTCTAAATATTAATAAA-TATTAATTATTTTATT-TGAATAA-GCTTGTATGA
* *
190923 ATGAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATG
317 ATG-AAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * * * ** * *
190965 ATTTGAAATACATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTAAAC-CGATTTGATAAACTGACTTAG
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTAT
* * * ****
191029 TTTTTAAATCTCTAACTTATCAA-TTTTGAAATATTGATAAATTA-AGATTATTTTATTTTGGAT
65 TTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTCCAAAT
* ** * * * *
191092 AAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATATTTATTTTAAATAGA
127 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * **
191157 TAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTCAAATT-ATTCAATAAATAGAATTATTTTTTAAAATTT
191 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAATTGATTCAACAAATGGATTTATTTTTT-AAATCG
** * * * * * ** *
191221 CTTGTTTATTAATTTTTTGAATGTAAATAAATTAGT-ATTATTTTATCTCAAATAAGCATGTATG
254 CTTACTTATTAA-TTTCTAAATATTAATAAA-TATTAATTATTTTAT-TTGAATAAGCTTGTATG
* * * ** * * ***
191285 AACTAAAACAATTATTTCATGACTAAATGAAAGTTCAGAGCA
316 AA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * *
191327 ATTTGAAATGGATAATTGTTCTAATAGTC-TCAACTATTTGAACTAT-TT-GGCAAACAAATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAAATTTA
** * * * * ***
191389 TTTTTTTAAATTTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATT-ATAATTTAGTATTATTCTATTTTGAA
64 -TTTTTTAAA-TTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAA
* * * * * * *
191453 TAAACTCGTACGAATAGAAACAATTGTTTTA-GAATAAAATAAAAGGTCATAA-GAGTTTGAAAT
126 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAA-GTCATAATGA-TTTGAAAT
* * * * *** *** *
191516 AGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTCCCTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
188 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAATC
** * * * * *
191581 TTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAAT-TAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTAT
253 GCTTACTTATTAATTTCTA-AATATTAATAAATAT-TAATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTAT
** * **
191645 GAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACA
315 GAAT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * ** * * *
191688 ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATTACTATTTGAACGTGTTTAGAAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATT
* * * * *
191753 TTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AATTACTATATTCAAAATAA
66 TTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTATTCCAAATAA
* * * * * * * *
191817 ACATGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGTTTTGAAATAGATA
129 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATA
* ** *** ** * * *
191882 ATTATTCAGGTAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCAGTGAA-CAAATT-TTTTTTAATTCTCTT
193 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAATCGCTT
* * * * ** * *
191944 ACTCATTAATTTTTGCAATATTAATAAAT-TAATATTATTTTACTTCAAATAAGATTATATGAAC
257 ACTTATTAATTTCT-AAATATTAATAAATATTA-ATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-
** * * * *
192008 AAAAATAATTGTTTTAATTACAAAAGAAAAGGTCATAATG
318 TGAAACAATTATTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * **
192048 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATAGGTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATT
* * * **
192113 TTTTAAA-CCATTTACTTATTAATTATCGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAATT-TGAA
66 TTTTAAATTC--TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGA-ATTATTTT-ATTCCAAA
* * * ** * *
192175 TAACCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAAGTCATCACAAGTTGAAATAA
126 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * *
192240 ATAATTGCTCTAATAGTCATAACGATTTGAATTTGTTTGGTAA-ACAT--ATTTATTTTTTAAAT
190 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATT--CAACAAATGGATTTATTTTTTAAAT
** * * * * **
192302 CTTTTACCTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATGTGT-ATTATTTTATTCGAAATGGGCTT-TG
252 CGCTTACTTATTAATT-TCTAAATATTAATAAATAT-TAATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGT-
* * * *
192365 ATGAATAGAAA-ATATTATTTTATGACGAGACAAAAGGTTATAGTG
313 ATGAAT-GAAACA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * ** *
192410 ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAAAAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATT
* * *
192475 TTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTAGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
66 TTTTAAAT-TC-TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATA
* * *** * * *
192539 AGTTTATAT-AATTGAAATAATTTTTTTTATGAC-AAA-AAAAGATACATAATAATTTGAAATAG
128 AGCTTGTATGAACAAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAG-T-CATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * **
192601 ATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTG-ATCTAGTTTGGTAA-ACAT--ATTTATGCTTTAAA
190 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-T-GATT--CAACAAATGGATTTATTTTTTAAA
** * * *
192662 -CTTTCTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTCATTCGAATAAGCTTG
251 TCGCT-TACTTATTAATT-TCTAAATATTAATAAA-TATTAATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTG
* * * * * * *
192725 TATAAACAGAAATAATT-TTTTA-AATAGAACAAAAGGTCATAACG
312 TATGAA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* ** * * * * *
192769 ATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGATT-GATAAATAGATTTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACA-AATTTA
* * * * ** *** **
192833 TTTTTTAAATATCTTA-TTAGT--TTTTTAAATATCAATAAAATAGCCTTCCCTTATTCTGAATA
64 TTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATA
** * ** * * * *
192895 AATTTATACAAACAAAAACATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT
128 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * **
192960 AATTGCTAAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-AAGTCAACAT--AATTA-TTTTTAAATAT
192 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAA--CAA-ATGGATTTATTTTTTAAATCG
* * ** * ** * *
193021 TTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAA-GGA-ATTCATTATTTTATTCCAAATAAGGTAGTATGA
254 CTTACTTATTAA-TTTCTAAATATTAATAAATATTAATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGA
* * * **
193084 TTTCAAAAAATACTTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATG
317 -AT-GAAACA-A-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * ** * *** *
193128 ATTTGAAATAGATAATT-GTCATATA-TTTTAAATATTTGAA-TTGGTTCAACAAACAAACTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTAT
* * * * * **
193190 TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGATTAGTATTATTTT-TT-TTAATA
65 TTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATA
* * ** * **
193253 AGCTTGTATGATA-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAATAACAATTTGAAGTTT
128 AGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-G-TCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * ***
193317 ACAATTGTCCCGAATA-CCTATAACTATTTGAACT-AGTTTAATAAGCAGATTTATTTTTTAAAT
190 ATAATTGT-TCAAATAGTC-ATAACTATTTGAATTGA-TTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAAT
* * *
193380 CTCCTTACTTATTAA-TTCTTGAAAGATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG
252 C-GCTTACTTATTAATTTC-T-AAATATTAATAAA-TATTAATTATTTTATTT-GAATAAGCTTG
* * * * * * *
193443 AATGTTCAA--AAACGATTATTATATGACCAAACAAAAGGTAATGA-C
312 TATG---AATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * ** * * * ** *
193488 ATTTGAAATAGATAATTATTGATAGGGCCATAATTATTTGACCTAATTCTGGTAAACAGA-TTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAAATTTAT
* * *
193552 TTTTTAAAATTAACTTTCTT-TTAA-TTTTGAAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTA-T----
65 TTTTT-AAATT--CTTACTTATTAATTTTTG--AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAA
* * *
193610 -GAA------ATG----AAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATA
125 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * ** *
193663 GATAATTGTTC-AATGGTCTTAATTGTTTGAACT-ACTTCAACAAACAGATTTATTTTTCAAATC
189 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * *
193726 TCTTAGTTATTAATTT-TGGAATATTATTAAAGTAAT-ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAC
253 GCTTACTTATTAATTTCT-AAATATTAATAAA-TATTAATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTAT
* * * * *
193789 GAAATTGAAAGAATTA-TTTATAAC-AGACAAAATGTTATAAATG
315 G-AA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATG
* * * * * **
193832 ATTT----TGGA-AA-TA-T-ATAATTGT-TTAA--ATTGGAA-TTGGATCGGTAAAACCGATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGT-AAACAAATTT
* * * ***
193885 ATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAGTTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
63 ATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTA-ATTTTTG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAA
* * * ** *
193950 ATAGGCTTGTAT-AATGAAAAGCAATTGTTTTATG-C-AAACAAAAGTTTGTAATAATTTG-AAT
125 ATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAAT
* * * * * ** * * *
194011 ACATAATTGCTCAAATGGTCAT-ATTATTTGAACTGATTTGATAAATTGATTTA-TTTTTATATC
188 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAATC
* * ** * *
194074 TCTAACTTAGCAATTT-TGAAATATTAATAAAGTAAT-ATTATTTTATTTTAGATAAGCTT-TAT
253 GCTTACTTATTAATTTCT-AAATATTAATAAA-TATTAATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTAT
* * *
194136 GAATTGAAACAATTGTTTTTATG--AAAACAAAAGAGTCATATTT
315 GAA-TGAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAATG
* * * * * * *
194179 ATTTTATATAGATAATTGTT-GAATAGTCATAAACTACTTGAACTTATTCAGTAAACAGAA-TTA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-AATTTA
** * ** * * * * * *
194242 TTTTAAAAATTTTTTGTTATTAAATTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTGTTTTTTTTCAAATA
64 TTTTTTAAATTCTTACTTATT-AATTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATA
* ** * * **** * *
194307 AGC----ATG-ACTAAATGAA-AG-GTTA-GAACAATTTGAAA-TAAATAATTATTCT--AATA-
128 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGT-CATAATGATT-TGAAATAG
* * * * * * * * * *
194360 ATCTTACTATTTAAACTAGCTCAGTAAATACATTT--ATT--TT---TAAAT-CACTTACTTATT
190 A--TAATTGTTCAAA-TAG-TCA-TAACT--ATTTGAATTGATTCAACAAATGGATTTATTTTTT
* * * * * * * *
194417 -AAT---TT--TTA-GAATATTATTAAT-TT-AGAAATATT--TTA----CTCTGAATATGCCTG
248 AAATCGCTTACTTATTAAT-TTCTAAATATTAATAAATATTAATTATTTTATTTGAATAAGCTTG
* * **
194467 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAGCG
312 TATGAAT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
*** * *
194512 ATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTCA-TTGAA-TTGGTTTAATAAATAGATTT
1 ATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTT
* * ***
194574 AGTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTAAT
63 ATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAAT
** * * * * *
194636 AATTTTGTGTGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGCCATAATGATTTGAAATAGA
127 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * *** *
194701 TAATAGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTT-ATTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
191 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAATCGC
** * * * * * *
194765 CAACTTATTAATTTTTATAACATTAATAAATTAGT-GTTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGA
255 TTACTTATTAATTTCTA-AATATTAATAAA-TATTAATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGA
* * * *
194829 ATAGAAATAATCATTTTATGACCAAACAAAAGATCATAATG
317 AT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * ** * *
194870 ATTTGAATTAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTCGCTCAATAAGCAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATT
* * *
194935 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTCAAAATAA
66 TTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATAA
* * * * *
195000 GCTTTTAT-AGATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
129 GCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * ** **
195064 AATTGTTCAAGTAGTTATAACTATTTGAACATGTTTAGAAGACAT--ATTTATTTTAAAAAT-TT
192 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATT-CAACAAATGGATTTATTTTTTAAATCGC
* * * * * * **
195126 TTATTTATTAATTTTTGGAATATTAGTAAA-CTTATATTA-TTTATTTAAAATAAGCTTCCATGA
255 TTACTTATTAATTTCT-AAATATTAATAAATATTA-ATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGA
* * *
195189 ATAGAACCAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATG
317 AT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * ** * * * *
195230 TTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTT-AAATATGATCTATGAATAGATTCAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAAATTTAT
** * * * * **
195294 TTTAGAATTCTCTTACTCATTAATATTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTGAAATA
65 TTTTTAAAT-TCTTACTTATTAAT-TTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATA
* * *** * * * * * *
195358 AACTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATTACAAAATAAAAGGTGATAGTGATTTGAAATAAAT
128 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGAT
* ** ** **
195423 AATTAGTT-AAATAGTCATGACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTT
192 AATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAATCGC
* * * ** *
195486 TTACTTATTAATTGT-TGAAACAATAATAAAT-TAATATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATG
255 TTACTTATTAATT-TCT-AAATATTAATAAATATTA-ATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATG
* * * **
195549 AACAT-AAACAATTGTTTTATGATAAAATAAATA-GTCATAACA
316 -A-ATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATG
* * ** * *
195591 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAC---TT--ATAAACAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATT
* * * * *
195651 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCTCTTG-ATATTACTAAATTTGTATTATTTTAATT-TAAAT
66 TTTTAAAT-TCTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTT-ATTCCAAAT
* * ** * * * *
195714 AAACTTGTATGAATAGAAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTTATTTCAAATAG
127 AAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAG
* * *
195778 ATAA---TT---AT--T--TAA--ACTTG--TTGGATAC-AC-AA---ATTTATTTTTTAAATCT
190 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GATTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAATCG
* * * *
195824 CTTATTTATTAAATTT-TGAAATATTAATAACTTACT-ATTATTTTATTTTAAATAAGCTTAG-A
254 CTTACTTATT-AATTTCT-AAATATTAATAA-ATATTAATTATTTTA-TTTGAATAAGCTT-GTA
* * * **
195886 TGAACTGAAATAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACA
314 TGAA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * ** * *
195930 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAAGTAAAAAAAATTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATT
* * ** ** *
195995 TTTTAAATCCCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTGATTA
66 TTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGAATTATTTTATTCCAAATA
* * * ** ** *
196059 AACTAGTGTGAATTGAAAA-TTTTGTTTTATGACAAAAC--AA---A-AATGACTTGAAATAGAT
128 AGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* ** * * *** * *
196117 AATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTGAACTGATTCAACAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTT
192 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAATCGCTT
* * * * * * * * *
196182 AGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAGAT-TCATATTATTTTATTTTGATTAAGCTTATATG-AT
257 ACTTATTAATTTCT-AAATATTAATAAATATTA-ATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * *
196245 CAAA-AATAATTGTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATG
319 GAAACAATTATT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* ** * * * **
196283 A-TTCAAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGTAAACTGATTTA
1 ATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTA
* * * *
196346 TTTTTTAAA-T-TT-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTCATT-CATTAT
64 TTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCA-AAT
* ** * * * * *
196407 AAACTTGTATGATTAAAAACAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGTAATAGTGATTTAAAATAGA
127 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * *
196472 TAATTGTTGAAAT-GGC----C-A--T-AATT-ATTTAA-ACA--GATTTACTTTTTAAA-CTAC
191 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAATC-GC
* * * *
196523 TTACTTATTAATTT-TCAACATATTAATGAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATA
255 TTACTTATTAATTTCT-AA-ATATTAAT-AAATATTAATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATG
* * *
196586 AACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATA
316 AA-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * ** * *
196628 ATTTTAAATA-AGCAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAT
* * *
196692 TTCTTTTAACTCTTGCTTATTAATTTTT
65 TT-TTTAAATTCTTACTTATTAATTTTT
196720 AAAATATGGT
Statistics
Matches: 7590, Mismatches: 1793, Indels: 1407
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
329 7 0.00
330 36 0.00
331 1 0.00
332 5 0.00
333 74 0.01
334 54 0.01
335 50 0.01
336 14 0.00
337 34 0.00
338 26 0.00
339 139 0.02
340 20 0.00
341 16 0.00
342 36 0.00
343 110 0.01
344 124 0.02
345 333 0.04
346 171 0.02
347 72 0.01
348 131 0.02
349 234 0.03
350 160 0.02
351 75 0.01
352 31 0.00
353 153 0.02
354 237 0.03
355 335 0.04
356 344 0.05
357 494 0.07
358 299 0.04
359 524 0.07
360 576 0.08
361 1015 0.13
362 1030 0.14
363 170 0.02
364 56 0.01
365 26 0.00
366 7 0.00
367 12 0.00
368 4 0.00
369 14 0.00
370 9 0.00
371 5 0.00
372 1 0.00
373 11 0.00
374 10 0.00
375 10 0.00
376 5 0.00
377 9 0.00
378 9 0.00
379 11 0.00
380 13 0.00
381 22 0.00
382 11 0.00
383 16 0.00
384 22 0.00
385 16 0.00
386 9 0.00
387 2 0.00
388 5 0.00
389 7 0.00
390 6 0.00
391 3 0.00
392 4 0.00
393 1 0.00
395 3 0.00
396 6 0.00
397 4 0.00
398 2 0.00
399 2 0.00
400 1 0.00
401 8 0.00
402 2 0.00
403 13 0.00
404 14 0.00
405 15 0.00
406 18 0.00
407 7 0.00
408 2 0.00
409 1 0.00
411 3 0.00
412 2 0.00
413 10 0.00
414 10 0.00
415 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATT
TTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATAAGC
TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAACAAATGGATTTATTTTTTAAATCGCTTACTT
ATTAATTTCTAAATATTAATAAATATTAATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATGAAACAA
TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
Found at i:188157 original size:355 final size:356
Alignment explanation
Indices: 186720--196726 Score: 1930
Period size: 361 Copynumber: 28.0 Consensus size: 356
186710 AATTTTTACT
** * * * *
186720 TATTAATAAATGT-ATATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA-G
1 TATTAATAAAT-TAATATTATTTTATTCCAAACAAGCTTATATGAACA-AAA-AATTGTTTTATG
* * * * ** ** * * * * *
186783 AAAAAATGAAAGGTTATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAAGTAGTCATAATTATTTGAGCT
63 ACAAAA-CAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACTTAACTATTTGA-AT
** * * * * **
186848 T-GTTTGGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
126 TAGTTCAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTCAGAATATTAATAAATT
* * * * * * ** *
186912 AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACTGATACAATTATTTTATGATGAAACAAAGGG
191 AGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGTAC--A-ATAATTATTTTATGACAAAACAAATGG
* * * * *
186977 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGTTGTTCGGTAAACA
253 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACA
** ** * *
187042 TATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAG
318 TATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * *
187081 TATTAATAAATTAATATTATTTTGATT-CGAATAAGCTTGTTTGAACAAAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCCAAACAAGCTTATATGAAC-AAAA-AATTGTTTTATG
* *
187145 ACAAAACAAGAAGCCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATT-ACTATTTGAAT
63 ACAAAACAA-AAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGAC-TTAACTATTTGAA-
** *** * *
187209 TTA-TTCAATAAATGGATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATT-AATTGTCTA-AATATTAATAA
125 TTAGTTCAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATT-TC-AGAATATTAATAA
* * * *
187271 A-TATTAATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAA
188 ATTAGT-ATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATG--TA-CAATAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * ** *
187335 ATGGTTATAGTGATTTGAAATAGGTAATTATGCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATA
249 ATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTA
* * * *
187400 AACAAATTTAGTTTTTAAAT-TACTTACTTATTAATTTTTGGAA
314 AACATATTTATTTTTTAAATCT-CCTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * *
187443 TATTAATAAATTAGA-ATTATGTTATTCCAAACAAGCTTGTATGAATAGAAACAGTTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTCCAAACAAGCTTATATGAACA-AAA-AATTGTTTTATG
* * * *
187507 ACAAAACAAATA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACA-ATTATAACTATTT-ATA
63 ACAAAACAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACT-TAACTATTTGA-A
* * * * * * * *
187569 CTAG-TCAGGCCAAGAGATTCATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAACTTTTAGAATAATAATAAA
125 TTAGTTCA-GCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTCAGAATATTAATAAA
* * * * * * *
187633 TTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGAC-TGTATCAATACAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
189 TTAGTATTATTTTAATTTAAATAAG-CTTGTAT--GTAC-AATAATTATTTTATGACAAAACAAA
* ** * * * *
187697 TGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTCTTATAACTAATTGAATTGGTTTGGT-A
250 TGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAA
**
187761 A-ATAGTTTATTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTCAAAA
315 ACATA-TTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * *
187799 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAACAA-ATATATATGAACAAAAATATTTTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAGCT-TATATGAACAAAAA-ATTGTTTTATGA
* * * * *
187863 CAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGGCTTAACTATTTGAATTGG
64 CAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACTTAACTATTTGAATTAG
* * * * **
187928 TTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAAATTTCATAATATTATTATGTTAGT
129 TTCAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTCAGAATATTAATAAATTAGT
* * *
187993 ATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGTAC-ATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
194 ATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGTACAATAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAA
* * * * *
188057 CGATTTG-AA-AGATAAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAGTAAGCATATTT
259 TGATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACATATTT
188120 ATTTTTTAAATCTCCTACTT-TTGAATTTTTGAAA
323 ATTTTTTAAATCTCCTACTTATT-AATTTTTGAAA
* * * * *
188154 TATTAATTAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTATATGATA-AAGAAATTGTTTTATGAC
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAGCTTATATGA-ACAAAAAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
188218 AAAACAAAATTTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGCATT-G
65 AAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACTTAACTATTTGAATTAG
* ** **** * * * * * * * *
188282 ATTTAATAAATTGGTTTACTTTTTAAATCT-TAACTTCTCAAATTTTTA-AATATTAATCAAGTA
129 -TTCAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAA-TTTCAGAATATTAATAAATTA
* * ** * * * * *
188345 ATATTATTTTATTTTTGATAAGTTTTTATG-ATCTGAA-ACAAT-TTTTATGATAAAACAAAAGG
192 GTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGTA-C--AATA-ATTATTTTATGACAAAACAAATGG
* * * * ** ** * *
188407 TCATAACGTTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTCAAACTTATTTGGTAAATA
253 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACA
* * * *
188472 GATTTATTTTTTTAAAACATCTTGCTTATTAAGTTTTTG-AA
318 TATTTA-TTTTTTAAATC-TCCTACTTATTAA-TTTTTGAAA
* * * * * * * * *
188513 TGTTAATAAAATAGTATTATTTGATTTCAAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAGCTTATATGAAC-AAAA-AATTGTTTTATGA
* * * * * * * * * *
188578 CTAAGCAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCTATTA-ATTTTAATTATTTGAACT
64 CAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGA-CTTAACTATTTGAATT
* * * * * * * **
188642 AGTTTAGCAACCACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTAGAATATTATTAGTTTA
127 AGTTCAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTCAGAATATTAATAAATTA
* * * * * ** * * *
188707 GCAATATTTCACTCTAAATAAGCTTACATGAATAGAGATAGATAATTGTT-T-A-AATAGTCATA
192 GTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATG--TACA-ATA-ATTATT-TTATGACAA-A-ACA-A
** * * * * * * *
188769 ACTATTTA-AACT-AGTTTGGTAAATAGATTTAGTT-TTTAAAT-CTCTTATTAA-TTTTTCAAA
249 A-TGGTCATAA-TGA-TTT-G-AAATAGA--TAATTATTCAAATAGTC--A-TAACTATTTGAAC
* ** * * * *
188829 T-ATT-AATAAA-TTA-GTATTATTTT--AT-T--T--TGAATAA-TTTTG---
304 TGGTTCGGTAAACATATTTATT-TTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAA
* * ** * * *
188868 TATGAATAAA--AACAATTATTTTACAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAAT
1 TATTAATAAATTAA-TATTATTTTA-TTCCAAAC--AA-G-C-T--T-ATATGAACA-A-AAAAT
* * * * ** ** * * * * * *
188930 AGTTTGAATG-GATATGATTA-T-TTGAACTTG-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT---C
54 TGTTT-TATGACAAAACAAAAGTCAT-AA--TGATTTG--AAATA-AATAATTGTTCAAATAGAC
* ** ** * * *
188988 TTCAACT-TTT-AATT--TTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT--AT-T-TTATTTCGAATAAA
112 TT-AACTATTTGAATTAGTTCAGCAA-ACAAATTCATT--TTTTAAATCTCTTACTT--ATTAAA
* * * * ** * *
189044 CTTGT-ATGAATA-AAATAGATT--TATTTTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTT
171 -TT-TCA-GAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTAA---TTTA---AATAA-GCTT-G--TATG
* * ** * *
189105 TACAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATATACTTTTATACATAGAAACAATTGGTTTATGACAA
222 TAC-AA-TA--ATTATTTTA---TGACA-AAAC----A-A-ATGGTCATAA-T-GATT-TG---A
* * * * * * *
189169 AATAAAAGCTCAAAATGATTTGAAATAG--ATAA-T-TGTTCAAATCG-TC-AT-AAC-TATTTG
267 AAT---AG---ATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTGGTTCGGTAAACATATTT-
* * * *** ** * *
189226 AACGTGTTCAAAAAACAAATTTA-T-ATTTTT-AAT
323 -A-TTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * *** ** ** ** * *
189259 TTTTACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTAATCGAAATAAACTTG---
1 TATTAATAAATTAA-TATTATTTTATT-CCAAA-CAAGCTTATATGAA-C-AAA-AAA-TTGTTT
* * ** * ** *** ** * * ** *
189320 AATGAATAAAACCAATTGTTTATTACAAAACAAGAGGT-TATAATGTTTTGGAATAGA--TAATT
59 TATG-ACAAAA-CAAAAG-TCA-TA-ATGATTTGAAATAAATAAT-TGTTCAAATAGACTTAACT
* * * * * * * * * * ***
189382 A-TTCAAATAG-TCA--TAACTATTTAACTTATTCGGTAAACAGATTCTTTTTCTAATTCTTTTA
118 ATTTGAATTAGTTCAGCAAACAAATTCA-TT-TT---T-TA-A-A-TCTCTTACTTATTAAATT-
* * * * *
189443 CTCATTAACTTTTGGAATATTAATAAATTAATATT-TTTTACTTCAAATAAGCTTATATGAATTT
173 -TC---AG-------AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATG----T
* * * * * * *
189507 A-AAAAATTGTTTTAATTACAAAAGAAAAGGTCATCATAATTTGAAATAGATAATTATT-AAATA
223 ACAATAATTATTTT-ATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * ** *
189570 GTCATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATATATGTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
287 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTT
189635 TGAAA
352 TGAAA
* * * * * * * **
189640 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAACTGTTTTAACA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAGCTTATATGAACA-AAA-AATTGTTTTATGA
* * * * * * *
189705 CAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATGAATAATGGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
64 CAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACTTAACTATTTGAATTA
* * * * * ** *
189770 GATTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAAT-T-TT--TTATT-AATTTTTGAAATATTAATAGATT
128 G-TTCAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTCAG-AATATTAATAAATT
* * ** * * * * * * *
189829 AATTTTAACTT-ATTCT-GATGAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAA
191 AGTATTATTTTAATT-TAAAT-AAGCTTGTATGTAC-AATA-A-TTATTTTATGACAAAACAAAT
* * * * * * * *
189892 AGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATT-GTCAAAATAGTCATCATTATTTGAACTAGTTAGGTAA
251 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAA
* * * *
189956 ATAGAATTATTTTTTAAGTCT--T--TTATTAATTTTTGAAA
315 ACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAA
* * *
189994 TATTAATAAATTCAT-TTATTTTATTCCAAATAAGC-TAGTATGAATTAAAAAAACTTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAGCTTA-TATGAA--CAAAAAA-TTGTTTTAT
* * * * *
190057 AATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA-ATCTTAAATATTTGAA
62 GACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGA-CTTAACTATTTGAA
* * * * * ** ** * *
190121 CTGGTTCGGCAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTTGTTATT-AATTTTGGAAATATTATTAGA
125 TTAGTTCAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTCAG-AATATTAATAAA
* * ** *
190184 TTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGATTGTATAAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA
189 TTAGTATTATTTTAATT-TAAATAAGCTTGTATGTAC---AATAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * ** * ** * * * * * *
190248 AGGTTATAACAATTTG-AGTTTACAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAA
250 TGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAA
* * * * *
190312 ACAGATTTATTTTTTAAGTCTCTTACTTATTCATTTTTTAAA
315 ACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAA
* *** * * ** * * *
190354 GATTAATAAA-TAAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGAATATTTA-AAAGAATTGTTATAGG
1 TATTAATAAATTAA-TATTATTTTATTCCAAACAAGCTT--ATATGAACAAAAAATTGTTTTATG
* * ** * * * * ** * * * *
190417 ACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTGATAGGGCCGTAATTATTTGAACT
63 ACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACTTAACTATTTGAATT
* * * * * * * *
190482 AGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAGACTAATAAATTA
127 AGTTCAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTCAGAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
190547 GTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGACTAT-TAAAAAACAATCATTATATGACCAAACAAAAG
192 GTATTATTTTAATTT-AAATAAGCTTG--TATGT--ACAATAATTATTTTATGACAAAACAAATG
* * * * * *
190610 G---TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGCTTCAGTAGAC
252 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAC
* * * *
190672 AAATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTG-AA
317 ATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * *
190711 TATTATTAAATTAGTA-TATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAAGTGAAACAATTATTTTATAA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAGCTTATATGAA--CAAAAAATTGTTTTATGA
* * * ** * *
190775 TAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-A---GA--A-TTG-A-T-
64 CAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACTTAACTATTTGAATTA
* * ** * *
190830 -TT-GGTAAACAAATTTGTTTTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAAT
128 GTTCAGCAAACAAA-TTCATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAA-ATTTCAGAATATTAATAAAT
* * * *
190891 TAGTAGTATTTT-ATTCTAAA-AAGGCTTGTATGATGAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAA
190 TAGTATTATTTTAATT-TAAATAA-GCTTGTATG-T-ACAA-TAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * * * * * * *
190954 AGTTCATAATGATTTGAAATACATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTAAACCGATTTGATAA
250 TGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAA
* * *
191019 AC-TGACTTAGTTTTTAAATCT-CTAACTTATCAA-TTTTGAAA
315 ACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCCT-ACTTATTAATTTTTGAAA
* * **** * * *
191060 TATTGATAAATTAAGATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAGCTTATATGAAC--AAAAAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * *
191125 TAAAACAAAATGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTCAAATT
64 CAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACTTAACTATTT-GAATT
** * * ** * ** * *
191190 A-TTCAATAAATAGAATT-ATTTTTTAAAATTTCTTGTTTATTAATTTTTTGAATGTAAATAAAT
127 AGTTCAGCAAACA-AATTCATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAAATTTCAGAATATTAATAAAT
* * * * * **
191253 TAGTATTATTTT-ATCTCAAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTCATGACTAAATGAAA
190 TAGTATTATTTTAAT-TTAAATAAGCTTGTATG---TACAATAATTATTTTATGAC-AAAACAAA
* * *** * * * * * *
191317 -GTTCAGAGCAATTTGAAATGGATAATTGTTCTAATAGTC-TCAACTATTTGAACT-ATTTGGCA
250 TGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTGGTTCGGTA
* * * *
191379 AACAAATTTATTTTTTTAAATTTCCAACTTATTAATTTTTAAAA
314 AACATATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * *** * * ** * *
191423 TATT-ATAATTTAGTATTATTCTATTTTGAATAAACTCGTACGAATAGAAACAATTGTTTTA-GA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAGCTTATATGAACA-AAA-AATTGTTTTATG-
* * * * * *
191486 ATAAAATAAAAGGTCATAA-GAGTTTGAAATAGAA-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAA
63 ACAAAACAAAA-GTCATAATGA-TTTGAAATA-AATAATTGTTCAAATAGACTTAACTATTTGAA
* *** * * * * * * * * *
191549 CTCCCTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAAT
125 TTAGTTCAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTCAGAATATTAATAAAT
* * * * ** * *
191614 TAGAATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAA
190 TAGTATTATTTTAATTT-AAATAAGCTTGTATG--TA-CAATAATTATTTTATGACAAAACAAAT
** * * * ** *
191678 GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATTACTATTTGAAC-GTGTTTAGAAA
251 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTCGGTAA
* * * ** *
191742 ATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAA
315 ACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * ** * *
191783 TATTAATAAATTTAA-ATTACTATATTCAAAATAAACATGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTCCAAACAAGCTTATATGAACA-AA-AAATTGTTTTATG
* * * * ** * *
191847 ACAAAACAAAAGGTCATAAAGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGGTAGTCATAACTATTTGAACT
63 ACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACTTAACTATTTGAA-T
** * * **
191912 TA-TTCAGTGAACAAATT--TTTTTTAATTCTCTTACTCATT-AATTTTTGCAATATTAATAAAT
126 TAGTTCAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTCAG-AATATTAATAAAT
* * * * * * * * * *
191973 TAATATTATTTTACTTCAAATAAGATTATATGAACAAAAATAATTGTTTTAATTACAAAAGAAAA
190 TAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGTAC---AATAATTATTTT-ATGACAAAACAAAT
* * * *
192038 GGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAA
251 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA
** * * * *
192103 CATAGGTATTTTTTAAACCAT-TTACTTATTAATTATCGAAA
316 CATATTTATTTTTTAAATC-TCCTACTTATTAATTTTTGAAA
** * * *
192144 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAACCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCCAAACAAGCTTATATGAAC-AAAA-AATTGTTTTATG
* * ** * * * * * *
192208 TCAAAACAAAAAGTCATCACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCTAATAGTCATAACGATTTGAATT
63 ACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACTTAACTATTTGAATT
* ** * * * * * **
192273 TGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATT-AATTGTCTTAATATTAATAAATG
127 AGTTCAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATT-TCAGAATATTAATAAAT-
* ** * * * *
192337 T-GTATTATTTT-ATTCGAAATGGGCTT-TGATGAATAGAAAATATTATTTTATGACGAGACAAA
190 TAGTATTATTTTAATT-TAAATAAGCTTGT-ATG--TACAATA-ATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * * * * **
192399 AGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAA
250 TGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAA
* * * *
192464 AAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTT-AGAT
315 ACATATTTATTTTTTAAATCTC-CTACTTATTAATTTTTGA-AA
* * * * * * *
192506 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATAT-AATTGAAATAATTTTTTTTATG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAGCTTATATGAA--CAAA-AAATTGTTTTATG
* * * * * * *
192570 AC-AAA-AAAAGATACATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTG-AT
63 ACAAAACAAAAG-T-CATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACTTAACTATTTGAAT
** * * * ** * *
192632 CTAGTTTGGTAAACATATTTATGCTTTAAA-CTTTCTACTTATT-AATTATCAAAATATTAATAA
126 -TAGTTCAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAAATT-TCAGAATATTAATAA
* ** ** * * *
192695 ATTAGTATTATTTTCATTCGAATAAGCTTGTATAAACAGAAATAATT-TTTTA-AATAGAACAAA
188 ATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGTAC---AATAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * ** * * *
192758 AGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGATT-GATA
250 TGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTCGGTA
* * * * *
192822 AATAGATTTTATTTTTTAAA--T-AT-CTTATTAGTTTTTTAAA
314 AACATA-TTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAA
* * *** *** ** * ** ** *
192862 TATCAATAAAATAGCCTTCCCTTATTCTGAATAAATTTATACAAACAAAAACATTTGTTTTATAA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAGCTTATATGAACAAAAA-A-TTGTTTTATGA
* * * * * * * * * *
192927 CAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGCTAAAATAGTCATAATTATTTGAACTG
64 CAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACTTAACTATTTGAATTA
* * * * * **
192992 GTTAAGTC-AACATAATT-A-TTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTTA-AATATTAAGGAAT
128 GTTCAG-CAAACA-AATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-ATTTCAGAATATTAATAAAT
* * * * * * **
193053 T--CATTATTTT-ATTCCAAATAAGGTAGTATGATTTCAAAAAATACTTATTTTACAACAAAACA
190 TAGTATTATTTTAATT-TAAATAAGCTTGTATG---T---ACAATAATTATTTTATGACAAAACA
* * * ** * * ***
193115 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTCATATA-TTTTAAATATTTGAATTGGTTCAAC
248 AATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGT
* * * * *
193178 AAACAAACTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAA
313 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGA-AA
* * * ** * * *
193222 TATTATTAGATTAGTATTATTTT-TT-TTAATAAGCTTGTATGATAAAAAATAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAGCTTATATGA-ACAAAA-AATTGTTTTATGA
* ** * ** * * * *
193285 CAAAACAAAAGGTTAATAACAATTTGAAGTTTACAATTGTCCCGAATA-CCTATAACTATTTGAA
64 CAAAACAAAA-G-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGT-TCAAATAGACT-TAACTATTTGAA
* * ** * * * * * *
193349 CTAGTTTAATAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTCCTTACTTATTAATTCTTGA-AAGATTAATAA
125 TTAGTTCAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAAAT-TTCAGAATATTAATAA
* * * * * *
193413 ATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGAATGTTCAAAAACGATTATTATATGACCAAACAA
188 ATTAGTATTATTTTAATTT-AAATAAGCTTGTATGTAC-AATA--ATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * ** * * * **
193477 AAGGTAATGA-CATTTGAAATAGATAATTATTGATAGGGCCATAATTATTTGACCTAATTCTGGT
249 ATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-GGT
* * *
193541 AAACAGA-TTATTTTTTAAAAT-TAACTTTCTT-TTAA-TTTTGAAAA
313 AAACATATTTATTTTTT-AAATCT--CCTACTTATTAATTTTTG-AAA
* * * *
193585 TATTAATAAACTAGTATTATTTTA-T--------G---AAATG---AAAAAATTATTTTATGACA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAGCTTATATGAACAAAAAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * *
193635 AAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATGGTCTTAATTGTTTGAACTACT
66 AAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACTTAACTATTTGAATTAGT
* * * * * ** * * *
193699 TCAACAAACAGATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATT-AATTTTGGAATATTATTAAAGTAATA
130 TCAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTCAGAATATTAATAAATTAGTA
* * * *
193763 TTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTACGAAATTGA-AAGAATTA-TTTATAAC-AGACAAAAT-G
195 TTATTTTAATT-TAAATAAGCTTGTATG----T-ACAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAATGG
* * * * * * *
193823 TTATAAATGATTT----TGGA-AA-TA-T-ATAATTGT-TTAA--ATTGGAATTGGATCGGTAAA
253 TCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGT-AA
** *
193877 ACCGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAGTTTTTTGAAA
315 ACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTA-ATTTTTGAAA
* *** * * **
193920 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATAATGAA-AAGCAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAGC-T-TAT-ATGAACAAAAAATTGTTTTATG
** * * * * * * *
193984 -C-AAACAAAAGTTTGTAATAATTTG-AATACATAATTGCTCAAATGGTCAT-ATTATTTGAACT
63 ACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACTTAACTATTTGAA-T
* * * * *** * * * ** * * *
194045 GATTTGA-TAAATTGATTTA-TTTTTATATCTCTAACTTAGCAATTTTGA-AATATTAATAAAGT
126 TAGTTCAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTCAGAATATTAATAAATT
* * * * * *
194107 AATATTATTTTATTTTAGATAAGCTT-TATGAATTGA-AACAATTGTTTTTATG--AAAACAAAA
191 AGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATG---T-ACAATAATT-ATTTTATGACAAAACAAAT
* * * * * * * ** *
194168 GAGTCATATTTATTTTATATAGATAATTGTT-GAATAGTCATAAACTACTTGAACTTATTCAGTA
251 G-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTGGTTCGGTA
* * ** ** ** *
194232 AACAGAATTATTTTAAAAAT-TTTTTGTTATTAAATTTTT-TAA
314 AACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATT-AATTTTTGAAA
* * * * * * *
194274 TGTTAATAAATTAGTATTGTTTTTTTTCAAATAAGC----ATG-ACTAAATGAAA--G-GTTA-G
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAGCTTATATGAAC-AAA--AAATTGTTTTATG
**** * * * * * * * *
194330 AACAATTTGAAA-TAAATAATTATTCT--AATAATCTTACTATTTAAACTAG-C-T--C-A-GT-
63 -ACAAAACAAAAGT-CATAATGATT-TGAAATAA-ATAATTGTTCAAA-TAGACTTAACTATTTG
*** * * * *
194385 AA--A--T-A-CATTTA-------TTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAA
123 AATTAGTTCAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTCAGAATATTAATAA
* * * * * * * * * * *
194437 TTTAGAAATATTTTACTCTGAATATGCCTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
188 ATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATG--TA-CAATAATTATTTTATGACAAAACAAA
* ** * ***
194502 -GATCATAGCGATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTCA-TTGAATTGGTTTAAT
250 TGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTGGTTCGGT
* * *
194564 AAATAGATTTAGTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTTGAAA
313 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAA
* *** * ** * * * *
194604 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTAATAATTTTGTGTGAATAGAAACAATTTTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAGCTTATATGAACA-AAA-AATTGTTTTATGA
* * * * * * *
194669 CAAAACAAAATGCCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTT
64 CAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACTTAACTATTTGAA-TT
** * * ** * * * *
194734 A-TTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTATAACATTAATAAATTA
127 AGTTCAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTCAGAATATTAATAAATTA
* * * * * * * * * *
194798 GTGTTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAATAATCATTTTATGACCAAACAAAAGAT
192 GTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATG--TA-CAATAATTATTTTATGACAAAACAAATGGT
* * * * * * * ** * *
194863 CATAATGATTTGAATTAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTCGCTCAATAAGCAG
254 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAT
**
194928 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
319 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * *
194966 TTTTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTATAGATAGAAACAATTGGTTTATG
1 TATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTCCAAACAAGCTTATAT-GA-ACAAAAAATTGTTTTATG
* * * *
195030 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTAG-TTATAACTATTTGAA-
63 ACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACT-TAACTATTTGAAT
* * * * ** * * * ** *
195093 CATGTTTAG-AAGACATATTTATTTTAAAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAGTAAA
126 TA-GTTCAGCAA-ACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTCAGAATATTAATAAA
** * * *
195156 CTTA-TATTA-TTT-ATTTAAAATAAGCTTCCATGAATAGAACCAATTATTTTATGACAAAATAA
189 -TTAGTATTATTTTAATTT-AAATAAGCTTGTATG--TACAA-TAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * **
195218 AAGGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTT-AAATATGATCTAT
249 ATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTCGGT
* * * * ** * * * *
195282 GAATAGATTCATTTTAGAATTCTCTTACTCATTAATATTT-AGAA
313 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGA-AA
* ** * * * * * *
195326 TATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATTA
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAGCTTATATGAA--CAAAAAATTGTTTTATGA
* * * * * *
195390 CAAAATAAAAGGTGATAGTGATTTGAAATAAATAATTAGTT-AAATAGTCATGACTATTTGAACT
64 CAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATT-GTTCAAATAGACTTAACTATTTGAA-T
* * * * * * * * *
195454 T-GTTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGA-AACAATAATAAAT
126 TAGTTCAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAAT-TTCAGAATATTAATAAAT
* *** * * * * * * *
195517 TAATATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAATA
190 TAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGTAC---AATAATTATTTTATGACAAAACAAATG
** * * ** *
195582 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAC---TT--ATAAAC
252 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAC
* **
195642 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCTCTTG--A
317 ATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATT-T-TTGAAA
* ** * * * * * **
195682 TATTACTAAATTTGTATTATTTTAATT-TAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTATG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTCCAAACAAGCTTATATG-A-ACAAAAAATTGTTTTATG
* * * * * *
195746 ACAAAACAAAAGGTTATAGTTATTTCAAATAGATAA---TT---AT----TTAA--ACTTG--TT
63 ACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACTTAACTATTTGAATT
* * * * * *
195797 GGAT-A-C--ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAAATTT-TGAAATATTAATAACTT
127 AGTTCAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTCAG-AATATTAATAAATT
* * * * * *
195857 ACTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTAG-ATGAACTGAAATAATTTTTTTATGATAAAACAAAAG
191 AGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTT-GTATGTAC---AATAATTATTTTATGACAAAACAAATG
** * * ** *
195921 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAAGTAAAA
252 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAAC
* * *
195986 AAAATTATTTTTTAAATC-CCTTACATATTAATTTTTGAAA
317 ATATTTATTTTTTAAATCTCC-TACTTATTAATTTTTGAAA
* * ** ** * * * **
196026 TATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCTGATTAAAC-TAGTGTGAATTGAAAATTTTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAGCTTA-TATGAA--CAAAAAATTGTTTTATG
* * * ** * *
196090 ACAAAAC--AA---A-AATGACTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTGAACT-
63 ACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACTTAACTATTTGAATTA
* * * * ** ** * *
196148 GATTCAACAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAGATTC
128 G-TTCAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTCAGAATATTAATAAATT-
* * * * * * * * *
196213 A-TATTATTTTATTTTGATTAAGCTTATATG-ATCAAAAATAATTGTTATGATAGAACAAAAGGT
191 AGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGTA-CAATAATTATT-TTATGACAAAACAAATGGT
* * ** * * * * *
196276 TATAATGA-TTCAAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGTAAAC-
254 CATAATGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACA
196339 TGATTTATTTTTTAAAT-T--T-CTTATTAATTTTTGAAA
318 T-ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * * *
196375 GATTAATAAATTAGTATTATTTCATT-CATTATAAACTTGTATGATTA-AAAACAATTGTTATAT
1 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCA-AACAAGCTTATATGA--ACAAAA-AATTGTTTTAT
* * * * * * *
196438 GACTAAACAAAAGGTAATAGTGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAAT-GGC----C-A--T-AAT
62 GACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACTTAACTATTTGAAT
* * * * * *
196494 TA-TT---TAAACAGATTTACTTTTTAAA-CTACTTACTTATTAATTTTCA-ACATATTAATGAA
126 TAGTTCAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAAATTTCAGA-ATATTAATAAA
* * * ** * * * *
196553 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA
189 TTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGTAC---AATAATTATTTTATGACAAAACAAAT
* * * * ** * * *
196618 GGTCATAATAATTTTAAATA-AGCAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCAGTAA
251 GGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAA
* * * * *
196682 ACAAATTTATTTCTTTTAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTAAAA
315 ACATATTTATTT-TTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAA
196724 TAT
1 TAT
196727 GGTCATAATG
Statistics
Matches: 7183, Mismatches: 1767, Indels: 1404
0.69 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
329 7 0.00
330 36 0.01
331 1 0.00
332 26 0.00
333 96 0.01
334 48 0.01
335 47 0.01
336 10 0.00
337 31 0.00
338 25 0.00
339 147 0.02
340 6 0.00
341 1 0.00
342 25 0.00
343 126 0.02
344 109 0.02
345 132 0.02
346 124 0.02
347 56 0.01
348 112 0.02
349 226 0.03
350 154 0.02
351 61 0.01
352 32 0.00
353 138 0.02
354 241 0.03
355 356 0.05
356 348 0.05
357 525 0.07
358 312 0.04
359 476 0.07
360 527 0.07
361 1001 0.14
362 948 0.13
363 160 0.02
364 53 0.01
365 10 0.00
366 12 0.00
367 16 0.00
368 10 0.00
369 17 0.00
370 8 0.00
371 15 0.00
372 6 0.00
373 2 0.00
374 7 0.00
375 9 0.00
376 25 0.00
377 22 0.00
378 27 0.00
379 32 0.00
380 17 0.00
381 37 0.01
382 16 0.00
383 5 0.00
384 5 0.00
385 16 0.00
386 9 0.00
387 25 0.00
388 18 0.00
389 9 0.00
390 7 0.00
391 7 0.00
392 10 0.00
394 4 0.00
395 4 0.00
396 11 0.00
397 4 0.00
398 4 0.00
399 2 0.00
400 3 0.00
401 6 0.00
404 3 0.00
406 4 0.00
407 12 0.00
408 2 0.00
409 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAGCTTATATGAACAAAAAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACTTAACTATTTGAATTAGTT
CAGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTCAGAATATTAATAAATTAGTAT
TATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGTACAATAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATG
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACATATTTATT
TTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAA
Found at i:189622 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 189062--193803 Score: 2926
Period size: 180 Copynumber: 26.5 Consensus size: 180
189052 AATAAAATAG
* * * * * *
189062 ATTTATTTTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTTACAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * * * * * * * *
189127 CTGAATATA-CTTTTAT-ACATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGCTCAAAATGATTT
65 C-AAATA-AGCTTATATGA-ATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTT
* * ***
189190 GAAATAGATAATTGTTCAAATCGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACAA
127 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
189244 ATTTATATTTTT-AAT-TTTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTTAA-ATTATTTTA
1 ATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA-TTAATATTATTTTA
* * * * * **
189305 ATCGAAATAAACTTGA-ATGAA-T-AAAACCAATTG-TTTATTACAAAACAAGAGGTTATAATGT
63 TTC-AAATAAGCTT-ATATGAATTGAAAA--AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAA
* * * *
189366 TTTGGAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTTATTCGGTAAACAG
124 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
* * * * *
189422 ATTCT-TTTTCTAATTCTTTTACTCATTAACTTTTGGAATATTAATAAATTAATATT-TTTTACT
1 ATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-T
* * * *
189485 TCAAATAAGCTTATATGAATTTAAAAAATTGTTTTAATTACAAAAGAAAAGGTCATCATAATTTG
64 TCAAATAAGCTTATATGAATTGAAAAAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTG
* * * *
189550 AAATAGATAATTATT-AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAT
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
* * * * *
189602 ATGTAGTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATT
* * * * * ** *
189667 CGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAACTGTTTTAACACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAA
65 CAAATAAGCTTATATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAA
* * * * * *
189732 AT-GAATAATGGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGATT-GATAAATAG
130 ATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAA
* * **
189783 ATTTATTTTTTAAA--TTTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATTTTAACTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
** * * * * * *
189844 TGATGAAACTTATATGAA--CAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTAAAATGATTTG
66 AAAT-AAGCTTATATGAATTGAAAAA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTG
* * * * *
189907 AAATAGATAATTG-TCAAAATAGTCATCATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAGA
128 AAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-A
* *
189961 A-TTATTTTTTAAGTC--TT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCAT-TTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-
* * * *
190020 CAAATAAGC-TAGTATGAATTAAAAAAACTTGTTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
65 CAAATAAGCTTA-TATGAATTGAAAAAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTG
* * * * * *
190084 AAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAAATATTTGAACTGGTTCGGCAAACAA
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
* * * * * *
190137 ATTTA-TTTTTAATTCTCTTT-GTTATTAATTTTGGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * *** * *
190200 CCAAATAAGATTGTAT-AAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTG
65 -CAAATAAGCTTATATGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTG
* ** * * * * * *
190264 -AGTTTACAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAG
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
* * * * *
190316 ATTTATTTTTTAAGTCTCTTACTTATTCATTTTTTAAAGATTAATAAA-TAAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAA-TATTATTTTA-T
** * * * * * * *
190380 TTGAATAAGTTTGA-AT--ATTTAAAAGAATTGTTATAGGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTT
64 TCAAATAAGCTT-ATATGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTT
* * * ** * * * * **
190442 CAAATAGATAATTGTTGATAGGGCCGTAATTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAA
127 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
* * * * *
190496 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAGACTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TT
* * ** * * *
190561 CGAATAAGCTTGACTATTAA---AAAACAATCATTATATGACCAAACAAAAGG---TAATGATTT
65 CAAATAAGCTT-A-TATGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTT
* * * *
190620 GAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGCTTCAGTAGACAA
127 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAA
* * * * *
190674 ATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTG-AATATTATTAAATTAGTA-TATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-
* * * * * * * *
190737 CAAATAAGCTTATATGAAGTGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA
65 CAAATAAGCTTATATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAA
*
190802 ATAGATAATTGTTCAAATA---A-GA--A-TTG-A--T-TT-GGTAAACAA
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
* * * * *
190841 ATTTGTTTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATT
1 ATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * *
190906 CTAAA-AAGGCTTGTATG-A-TGAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATT
65 C-AAATAA-GCTTATATGAATTGAAAA--AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * * * * * * * * **
190968 TGAAATACATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTAAAC-CGATTTGATAAACTG
126 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAA
* * * * * * *
191023 ACTTAGTTTTTAAATCTCTAACTTATCAA-TTTTGAAATATTGATAAATTAAGATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TT
*** * * * * * * * *
191087 TGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATATTTATTTTAA
65 CAAATAAGCTTATATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAA
* * * * ** *
191152 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTCAAATTATTCAATAAATAGA
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-A
** * * *
191204 A-TTATTTTTTAAAAT-TTCTTGTTTATTAATTTTTTG-AATGTAAATAAATTAGTATTATTTTA
1 ATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
* * * * * * ** * * **
191266 TCTCAAATAAGCATGTATGAACT-AAAACAATTATTTCATGACTAAATGAAAGTTCAGAGCAATT
63 T-TCAAATAAGCTTATATGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * *
191330 TGAAATGGATAATTGTTCTAATAGTC-TCAACTATTTGAACTAT-TT-GGCAAACAA
126 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAA
** * * * *
191384 ATTTATTTTTTTAAAT-TTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATT-ATAATTTAGTATTATTCTAT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-
** * ** * * * * * * *
191447 TTTGAATAAACTCGTACGAATAGAAACAATTGTTTTA-GAATAAAATAAAAGGTCATAAGAGTTT
63 TTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAAAAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAATAATTT
* * * *** * *
191511 GAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTCCCTCGGTAAATAG
127 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
*
191565 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AGAATTTTAATAAATTAGA-ATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-ATATTATTTTA-
* * * * * *
191628 TTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
63 TTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTG
* * * ** * * *
191693 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATTACTATTTGAACGTGTTTAGAAAATAG
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
* * * *
191746 ATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAA-ATTACTATATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATT
* * ** * ** *
191809 CAAAATAAACATGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGTTTTG
65 C-AAATAAGCTTATATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA-ATTTG
* ** * * *
191873 AAATAGATAATTATTCAGGTAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTGAACAA
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
* * * *
191926 A-TT-TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGCAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TT
* ** * * *
191989 CAAATAAGATTATATGAA-CAAAAATAATTGTTTTAATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTG
65 CAAATAAGCTTATATGAATTGAAAA-AATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTG
* * * * *
192053 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAT
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
** * * * *
192106 AGGTATTTTTTAAACCATTTACTTATTAATTATCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATT
** * * ** * * * * *
192171 TGAATAACCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAAGTCATCACAAGTTGA
65 CAAATAAGCTTATATGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGA
* * * * * * *
192235 AATAAATAATTGCTCTAATAGTCATAACGATTTGAATTTGTTTGGTAAACAT
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
* *
192287 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATGT-GTATTATTTTA
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAAT-TAATATTATTTTA
** * * * * * * * *
192349 TTCGAAATGGGCTT-TGATGAATAGAAAATATTATTTTATGACGAGACAAAAGGTTATAGTGATT
63 TTC-AAATAAGCTTAT-ATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * * * * ** *
192413 TCAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAAAAA
126 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
* *
192468 ATTTATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTT-AGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-
* * * *
192531 TTCAAATAAGTTTATAT-AATTGAAATAATTTTTTTTATGAC-AAA-AAAAGATACATAATAATT
63 TTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAA-AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAATAATT
* * * * * * *
192593 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGATCTAGTTTGGTAAACAT
126 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
** * ** *
192648 ATTTATGCTTTAAA-CTTTCTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-AT
* * * ** * * * * **
192712 TCGAATAAGCTTGTATAAACAGAAATAATT-TTTTA-AATAGAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
64 TCAAATAAGCTTATATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGA
* * * * * *
192775 AATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGATT-GATAAATAGA
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACA-A
* * * * * * *** ***
192828 TTTTATTTTTTAAA---TAT-CTTATTAGTTTTTTAAATATCAATAAAATAGCCTTCCCTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
* ** * ** * * **
192889 TGAATAAATTTATA-CAA-ACAAAAACATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
66 -AAATAAGCTTATATGAATTGAAAAA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTG
* * * * ** *
192952 AAATAGATAATTGCTAAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAAGTCAACATA
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-A
* * ** *
193006 A-TTA-TTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAAGGAATT--CATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-
* * * * ** *
193067 CAAATAAG-GTAGTATGATTTCAAAAAATACTTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
65 CAAATAAGCTTA-TATGAATT-GAAAAA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* ** * ***
193131 TGAAATAGATAATTG-TCATATA-TTTTAAATATTTGAA-TTGGTTCAACAAACAA
126 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAA
* * * * * * *
193184 ACTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAGATTAGTATTATTTT-TT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
** * ** * *
193247 TTAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAATAACAATTTG
65 CAAATAAGCTTATATGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATAATTTG
* ** * * * * * *** * *
193311 AAGTTTACAATTGTCCCGAATA-CCTATAACTATTTGAACTAGTTTAATAAGCAG
128 AAATAGATAATTGT-TCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
* * * *
193365 ATTTATTTTTTAAATCTCCTTACTTATTAATTCTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-T
* * * * * * * *
193430 TCGAATAAGCTTGA-ATG--TTCAAAAACGATTATTATATGACCAAACAAAAGGTAATGA-CATT
64 TCAAATAAGCTT-ATATGAATTGAAAAA--ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * * ** * * * ** *
193491 TGAAATAGATAATTATTGATAGGGCCATAATTATTTGACCTAATTCTGGTAAACAG
126 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAA
* *
193547 A-TTATTTTTTAAAAT-TAACTTT-CTT-TTAA-TTTTGAAAATATTAATAAACTAGTATTA--T
1 ATTTATTTTTT-AAATCT---TTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * *
193605 T-TT---AT--G-----A--AA-TGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATT
61 TATTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATT
* * * * ** *** *
193656 TGAAATAGATAATTGTTC-AATGGTCTTAATTGTTTGAACTACTTCAACAAACAG
126 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
* * * * * *
193710 ATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTGGAATATTATTAAAGTAATATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
* * *
193774 TAAATAAGCTTGTACGAAATTGAAAGAATT
66 -AAATAAGCTTATATG-AATTGAAAAAATT
193804 ATTTATAACA
Statistics
Matches: 3597, Mismatches: 747, Indels: 434
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.00
162 20 0.01
163 20 0.01
164 56 0.02
165 21 0.01
166 6 0.00
167 12 0.00
168 32 0.01
169 23 0.01
170 69 0.02
171 2 0.00
172 4 0.00
173 2 0.00
174 13 0.00
175 17 0.00
176 125 0.03
177 295 0.08
178 268 0.07
179 406 0.11
180 1088 0.30
181 757 0.21
182 301 0.08
183 22 0.01
184 36 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
AAATAAGCTTATATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAA
TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
Found at i:190954 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 190670--190989 Score: 398
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 167
190660 GCTTCAGTAG
* * *
190670 ACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAATATTATTAAATTAGTATATTTTAT
1 ACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATATTTTAT
* *
190735 TCCAAATAAGCTTATATGAAGTGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTT-ATAACAATTT
66 TCCAAATAAGCTTATATGAAGTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAA-GTTCATAACAATTT
*
190799 GAAATAGATAATTGTTCAAATAAGAATTGATTTGGTAA
130 GAAATACATAATTGTTCAAATAAGAATTGATTTGGTAA
* *
190837 ACAAATTTGTTTTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTAGTATT
1 ACAAATTT-ATTTTTCAAATCTCT-TACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTA-TATT
* * * *
190901 TTATTCTAAA-AAGGCTTGTATG-A-TGAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA
62 TTATTCCAAATAA-GCTTATATGAAGTG-AAA-CAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAA
** *
190963 TGATTTGAAATACATAATTGTTGAAAT
124 CAATTTGAAATACATAATTGTTCAAAT
190990 GGCCATAATT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 15, Indels: 13
0.82 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 9 0.07
168 22 0.17
169 31 0.24
170 68 0.52
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (167 bp):
ACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATATTTTAT
TCCAAATAAGCTTATATGAAGTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTG
AAATACATAATTGTTCAAATAAGAATTGATTTGGTAA
Found at i:191898 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 189060--196726 Score: 4090
Period size: 361 Copynumber: 21.6 Consensus size: 358
189050 TGAATAAAAT
* * * * *
189060 AGATTTATTTTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTTACAAATTAGTATTATTTTA
1 AGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * *
189125 TTCTGAATATA-CTTTTAT-ACATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGCTCAAAATGAT
65 TTC-AAATA-AGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * *
189188 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATCGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACAAATTTATATT
127 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGAAAATAGATTTAT-TT
* * * *
189253 TTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTAATCGAAATAAA
190 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA-TTAAATTATTTTATTCTAAATAAG
* * * * *** *
189316 CTTGAATGAATA-AAACCAATTG-TTTATTACAAAACAAGAGGTTATAATGTTTTGGAATAGATA
253 CTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
* *
189379 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AACTTATTCGGTAAAC
317 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * * *
189420 AGATTCT-TTTTCTAATTCTTTTACTCATTAACTTTTGGAATATTAATAAATTAATATT-TTTTA
1 AGATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** * * * * *
189483 CTTCAAATAAGCTTATATGAATTTAAAAAATTGTTTTAATTACAAAAGAAAAGGTCATCATAATT
65 -TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * *
189548 TGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATATATGTAGTTTT
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGAAAATAGATTTA-TTTT
* * * **
189612 TAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCT
191 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCTAAATAAGCT
* * ** * *
189677 TTTATGAATAGAAACAACTGTTTTAACACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAAT-GAATAAT
255 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG-ATAAT
* * * * *
189741 GGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGATT-GATAAAT
319 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAC
* * * **
189781 AGATTTATTTTTTAAA--TTTT--TTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGATTAATTTTAACTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** * * * * * * * *
189841 TTCTGATGAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTAAAATGATTT
65 TTCAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * *
189906 GAAATAGATAATTG-TCAAAATAGTCATCATTATTTGAACTAGTT-AGGTAAATAGAATTATTTT
129 GAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCA-GAAAATAGATTTA-TTT
* * * *
189969 TTAAGTC--TT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTATTTTATTCCAAATAAGCT
190 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAATTATTTTATTCTAAATAAGCT
* * * * **
190030 AGTATGAATTA-AAAAAACTTGTTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
255 TGTATGAA-TAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * * *
190094 TTGTTCATATAATCTTAAATATTTGAACTGGTTCGGCAAAC
318 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * * *
190135 AAATTTA-TTTTTAATTCTCTTT-GTTATTAA-TTTTGGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTT
1 AGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * **
190197 ATTCCAAATAAGATTGTATAAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATT
64 ATT-CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* ** * * * * *
190262 TG-AGTTTACAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTT
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGAAAATAGATTTA-TTTT
* * * * * * * *
190326 TAAGTCTCTTACTTATTCATTTTTTAAAGATTAATAAA-TAAGTATTATTTTATTTTGAATAAGT
191 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAA--ATTATTTTATTCTAAATAAGC
* * * * * * * *
190390 TTGAAT-ATTTA-AAAGAATTGTTATAGGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTCAAATAGATAA
254 TTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * ** * * * * **
190453 TTGTTGATAGGGCCGTAATTATTTGAACTAGTTTAGTAAAC
318 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * *
190494 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAGACTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
* * ** * *
190559 TTCGAATAAGCTTGACTATTAA-A-AAACAATCATTATATGACCAAACAAAAGG---TAATGATT
65 TTCAAATAAGCTTG--TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * *
190619 TGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGCTTCAGTAGACAAATTTATTTTT
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCAGAAAATAGATTTATTTTT
* * * * *
190684 CAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTG-AATATTATTAAATT-AGTATATTTTATTCCAAATAAGCT
192 -AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAAT-TATTTTATTCTAAATAAGCT
* * * * * *
190747 TATATGAAGT-GAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAAT
255 TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
*
190811 TGTTCAAATA---A-GA--A-TTG-A--T-TT-GGTAAAC
319 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * *
190839 AAATTTGTTTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTAGTATTTT
1 AGATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
*
190903 ATTCTAAA-AAGGCTTGTATG-AT-GAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATG
64 ATTC-AAATAA-GCTTGTATGAATAG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * *
190965 ATTTGAAATACATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTAAACCGATT-TGATAAACT-GACTTA
125 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCAGA-AAA-TAGATTTA
* * * * * **
191028 GTTTTTAAATCTCTAACTTATCAA-TTTTGAAATATTGATAAATTAAGATTATTTTATTTTGGAT
187 -TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAA-ATTATTTTATTCTAAAT
* * * *** *
191092 AAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATATTTATTTTAAATAG
250 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * ** *
191156 ATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTCAAATTATTCAATAAAT
314 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* ** * * *
191201 AGAATTATTTTTTAAAAT-TTCTTGTTTATTAATTTTTTGAATGTAAATAAATTAGTATTATTTT
1 AGATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * ** * * ***
191265 ATCTCAAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTCATGACTAAATGAAAGTTCAGAGCAAT
64 AT-TCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * ** * * *
191329 TTGAAATGGATAATTGTTCTAATAGTC-TCAACTATTTGAACTATTTGGCAAACAAATTTATTTT
127 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTGTTCAGAAAATAGATTTA--TT
** * * * * * *
191393 TTTAAAT-TTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATT-ATAATTTAGTATTATTCTATTTTGAATAA
189 TTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCTAAATAA
* * * * * * * *
191456 ACTCGTACGAATAGAAACAATTGTTTTA-GAATAAAATAAAAGGTCATAAGAGTTTGAAATAGAA
252 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
* * *** *
191520 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTCCCTCGGTAAAT
316 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* *
191563 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
* * * **
191628 TTCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
65 TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * *
191693 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATTACTATTTGAACGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTAA
130 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGAAAATAGATTTATTTTT-A
* * * * * *
191758 AAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAAATTACTATATTCAAAATAAACATG
193 AATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTG
* * * *
191822 CATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGTTTTGAAATAGATAATTA
257 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTG
** * * *
191886 TTCAGGTAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTGAAC
321 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * *
191924 A-AATT-TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-GCAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
191986 CTTCAAATAAGATTATATGAACAAAAATAATTGTTTTAATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATT
65 -TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * *
192051 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATAGGTAT-TTT
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTC-AGAAA-ATAGATTTATTT
* * * * * *
192115 TTAAACCATTTACTTATTAATTATCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAC
190 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAA-ATTATTTT-ATTCTAAATAAG
* * * * * * *
192179 CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAAGTCATCACAAGTTGAAATAAATAA
253 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * *
192244 TTGCTCTAATAGTCATAACGATTTGAATTTGTTTGGTAAAC
318 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* *
192285 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATGT-GTATTATTT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAAT-TAGTATTATTT
** * * * * *
192347 TATTCGAAATGGGCTT-TGATGAATAGAAA-ATATTATTTTATGACGAGACAAAAGGTTATAGTG
63 TATTC-AAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
192410 ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAATTATTTAAACTTGTTCA-ATAAAAAAATTTAT
125 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGA-AAATAGATTTA-
* *
192474 TTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTT-AGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAA
187 TTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCT-AA
* * * * * * *
192536 ATAAGTTTATAT-AATTGAAATAATTTTTTTTATGAC-AAA-AAAAGATACATAATAATTTGAAA
248 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAACAATTTGAAA
* * * * * *
192598 TAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGATCTAGTTTGGTAAAC
311 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* ** * * *
192646 ATATTTATGCTTTAAA-CTTTCTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTC
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTT-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-
* * * * * * * *
192710 ATTCGAATAAGCTTGTATAAACAGAAATAATT-TTTTA-AATAGAACAAAAGGTCATAACGATTT
64 ATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * *
192773 GAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGATT--GATAAATAGATTTTATTT
129 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-G-TTCAGA-AAATAGA-TTTA-TT
* * * * * ** *** * *
192836 TTTAAA---TAT-CTTATTAGTTTTTTAAATATCAATAAAATAGCCTTCCCTTATTCTGAATAAA
189 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCTAAATAAG
* * ** * * * * * *
192897 TTTATACAAACAAAAACATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAA
253 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * ** *
192962 TTGCTAAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAAGTCAAC
318 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * ** *
193003 ATAATTA-TTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTTA-AATATTAAGGAATT--CATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * **
193064 TTCCAAATAAGGTAGTATGATTTCA-AAAAATACTTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATG
65 TT-CAAATAAGCTTGTATGA-AT-AGAAACA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* ** * * * * *
193128 ATTTGAAATAGATAATTG-TCATATA-TTTTAAATATTTGAATTGGTTCA-ACAAACAAACTTAT
125 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGA-AAATAGATTTA-
* * * * * * *
193190 TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAGATTAGTATTATTTT-TT-TTAAT
187 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCTAAAT
* * * * *
193252 AAGCTTGTATG-ATAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAATAACAATTTGAAGTT
250 AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTGAAATA
* * * * * * *** *
193316 TACAATTGTCCCGAATA-CCTATAACTATTTGAACTAGTTTAATAAGC
313 GATAATTGT-TCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * *
193363 AGATTTATTTTTTAAATCTCCTTACTTATTAATTCTT-GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTT
1 AGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * * * * *
193427 ATTTCGAATAAGCTTGAATG-TTCAAAAACGATTATTATATGACCAAACAAAAGGTAATGA-CAT
64 A-TTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * ** * * * * * * *
193490 TTGAAATAGATAATTATTGATAGGGCCATAATTATTTGACCTAATTCTGGTAAACAGA-TTATTT
127 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTC-AGAAAATAGATTTA-TT
* *
193554 TTTAAAAT-TAACTTT-CTT-TTAA-TTTTGAAAATATTAATAAACT--AGTA--TTATT-T---
189 TTT-AAATCT---TTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAAATTATTTTATTCTAAA
* * * **
193607 T-A---TG-A--AAT-GAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAG
249 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * ** ***
193664 ATAATTGTTC-AATGGTCTTAATTGTTTGAACTACTTCAACAAAC
314 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * * * *
193708 AGATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTGGAATATTATTAAAGTAATATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * *
193772 TCTAAATAAGCTTGTACGAAATTGAAAGAATT-ATTTATAAC-AGACAAAATGTTATAAATGATT
66 TC-AAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGA-T
* * ** * * * **
193835 TTGGAAATATATAATTGTTTAAAT--T--GGA--ATTGGATC-GGT---AAAACCGATTTATTTT
127 TT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCAGAAAATAGATTTA-TTT
** * * * * *
193890 TTAAATCTCCTACTTATTAGTTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGG
190 TTAAATCTTTTACTTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCTAAATAAG
* ** * *
193955 CTTGTAT-AAT-GAAAAGCAATTGTTTTATG-C-AAACAAAAGTTTGTAATAATTTG-AATACAT
253 CTTGTATGAATAG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
* * * * * *
194015 AATTGCTCAAATGGTCAT-ATTATTTGAAC-TGATTTGATAAAT
316 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAC
* * * * ** * * *
194057 TGATTTA-TTTTTATATCTCTAACTTAGCAATTTTGA-AATATTAATAAAGTAATATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
* * * * *
194120 TTTAGATAAGCTT-TATGAATTGAAACAATTGTTTTTATG--AAAACAAAAGAGTCATATTTATT
65 TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAATGATT
* * * * * * * *
194182 TTATATAGATAATTGTT-GAATAGTCATAAACTACTTGAACTTATTCAGTAAACAGAATTATTTT
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAAC-TGTTCAGAAAATAGATTTATTTT
* ** * * * * *
194246 AAAAAT-TTTTTGTTATTAAATTTTT-TAATGTTAATAAATTAGTATTGTTTT-TTTTCAAATAA
191 -TAAATCTTTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCT-AAATAA
* * * **** * **
194308 GCATG-ACTAAAT-G--A-AA--G-GTTA-GAACAATTTGAAA--T-A-AATAATTATTCTAATA
252 GCTTGTA-TGAATAGAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAACAA-T-TTGAAATA
* * * * *
194360 -ATCTTACTATTTAAACTAGCTCAGTAAATACATTT--A-TT-TT---TAAATC
313 GA--TAATTGTTCAAA-TAG-TCA-TAACT--ATTTGAACTTGTTCGGTAAA-C
* * * * * *
194406 --ACTTACTTATT-AAT-TTTTA--GAAT-ATTATT--AAT-TTAGA-AA--------TATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTA-ATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * **
194452 CTCTGAATATGCCTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAGCGATTT
65 TTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * *
194516 -AAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTCA-TTGAATTGGTTTA-ATAAATAGATTTAGTT
129 GAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACT-GTTCAGA-AAATAGATTTA-TT
* * * *
194578 TTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTAATAAT
189 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCTAAATAAG
* * * * * **
194639 TTTGTGTGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGCCATAATGATTTGAAATAGATAA
253 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * * * **
194704 TAGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTATTCAATAAAC
318 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* *** * * *
194745 ATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTATAACATTAATAAATTAGTGTTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
** * * * ** * *
194810 TTTGAATAAACTTATATGAATAGAAATAATCATTTTATGACCAAACAAAAGATCATAATGATTTG
65 TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * **
194875 AATTAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTCGCTCA-ATAAGCAGATTTATTTTTT
130 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGA-AAATAGATTTA-TTTTT
* *
194939 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTCAAAATAAGCTT
192 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCTAAATAAGCTT
* * *
195004 TTAT-AGATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
256 GTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * **
195068 GTTCAAGTAGTTATAACTATTTGAACATGTTTAG-AAGAC
320 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA-AC
* ** * * *
195107 ATATTTATTTTAAAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAGTAAACTTA-TATTA-TTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* ** * * * * *
195169 TTTAAAATAAGCTTCCATGAATAGAACCAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGTTTT
65 -TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * *
195234 GAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAAATATGATCTATG--AATAGATTCA-TTT
129 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTC-A-GAAAATAGATTTATTTT
* * * *
195296 TAGAATTCTCTTACTCATTAATATTT-AGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATT-TGAAATA
191 TA-AA-TCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCT-AAATA
* * * * * * * *** *
195358 AACTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATTACAAAATAAAAGGTGATAGTGATTTGAAATAAAT
251 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
* * *
195423 AATTAGTT-AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAT
316 AATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * * *
195466 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-GAAACAATAATAAATTAATATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-
* * * * * * * **
195530 ATCCGAATAAACTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAATA-GTCATAACAATT
64 ATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATT
* ** * *
195594 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAC--TT-A-TAAACAGATTTATTTTTT
128 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCAGAAAATAGATTTA-TTTTT
* ** *
195655 AAATCTTTTACTTATTAATTCTCTTG--ATATTACTAAATTTGTATTATTTTAATT-TAAATAAA
192 AAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAAATTATTTT-ATTCTAAATAAG
* ** *
195717 CTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGG----------TT---ATAG-TTA
253 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * *
195768 -T-TTCAAATAG--ATAATTATTTAAACTTGTT-GGATACAC
318 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG-TAAAC
* * * * * *
195805 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAAATTTT-GAAATATTAATAACTTACTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * **
195869 TTTTAAATAAGCTTAG-ATGAACT-GAAATAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAAT
65 -TTCAAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * *
195932 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAAGTAAAA-AAAATTATTT
127 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAG-AAAATAGATTTA-TT
** * ** * * *
195996 TTTAAATCCCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCTGATTAAA
189 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AAATTATTTTATTCTAAATAAG
* * * * *
196061 CTAGTGTGAATTGAAA-ATTTTGTTTTATGACAAAACAAAA----ATGAC---TTGAAATAGATA
253 CTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
* ** * ***
196118 ATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTGAAC-TGATTCAACAAAC
317 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAC
* * * * * * * *
196160 AAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAGATTCA-TATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTA
** * * * * * * *
196224 TTTTGATTAAGCTTATATG-ATCAAAAATAATTG--TTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGA-T
65 -TTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* ** * * ** *
196285 TCAAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGTAAACT-GATTTATTT
128 TGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAG-AAAATAGATTTA-TT
* * * *
196349 TTTAAA---TTT-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTCATTC-ATTATAA
189 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCTA-AATAA
* * * * * * *** *
196409 ACTTGTATGATTAAAAACAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGTAATAGTGATTTAAAATAGATA
252 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
* * *
196474 ATTGTTGAAAT-GGC----C-A--T-AA-TTATT---TAAAC
317 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
* * * *
196503 AGATTTACTTTTTAAA-CTACTTACTTATTAATTTTCA-ACATATTAATGAATTAGTATTATTTT
1 AGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * * * *
196566 ATTTTGAATAGGCTTGTATAAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATAAT
64 A-TTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * ** * * * *
196630 TTTAAATA-AGCAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACAAATTTATTT
127 TTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTCAGAAAATAGATTTA-TT
* * * *
196694 CTTTTAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATAT
189 -TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
196727 GGTCATAATG
Statistics
Matches: 5671, Mismatches: 1212, Indels: 859
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
329 7 0.00
330 39 0.01
331 6 0.00
332 4 0.00
333 74 0.01
334 50 0.01
335 33 0.01
336 9 0.00
337 14 0.00
338 15 0.00
339 166 0.03
340 21 0.00
341 24 0.00
342 32 0.01
343 135 0.02
344 118 0.02
345 152 0.03
346 133 0.02
347 58 0.01
348 116 0.02
349 225 0.04
350 132 0.02
351 19 0.00
352 21 0.00
353 140 0.02
354 158 0.03
355 125 0.02
356 250 0.04
357 428 0.08
358 358 0.06
359 559 0.10
360 541 0.10
361 732 0.13
362 626 0.11
363 118 0.02
364 27 0.00
365 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAAT
CTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG
AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC
Found at i:192630 original size:542 final size:537
Alignment explanation
Indices: 190846--192842 Score: 1489
Period size: 542 Copynumber: 3.7 Consensus size: 537
190836 AACAAATTTG
* ** * *
190846 TTTTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTA-TTCTA
1 TTTTTTTAAATCTCT-TACTCATTAATTTTTGCAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTC-A
* * ** ** * * *
190909 AA-AAGGCTTGTATGATGAAAAGCAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAA
64 AATAA-GATTATATGAACAAAAATAATTGTTTTAATGACAAAAGAAAAGATCATAATAATTTGAA
* * * * * * * * * * ** *
190972 ATACATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTAAAC-CGATTTGATAAAC-TGACTTAGTTTTTA
128 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAG-TTCGATAAACAT-AGGTATTTTTTA
* * * ** * * * *
191035 AATCTCTAACTTATCAATT-TTGAAATATTGATAAATTAAGATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT
191 AA-CTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTG
* * *** * * *
191099 TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGT
254 TATGAACAGAAACAATTGTTTTATG-TAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGC
* * * * * *** * ***
191164 TCAAATAGTCATAAGTATTTCAAATTATTCAATAAATAGAATTATTTTTTAAAATTTCTTGTTTA
318 TCTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATTT-TTACCTA
* * * * * * * *
191229 TTAATTTTTTGAATGTAAATAAAT-TAGTATTATTTTATCTC-AAATAAGCATGTATGAACTAAA
381 TTAA-TTTTTGAATATTAATAAATGTA-AATTACTATAT-TCAAAATAAACATGCATGAA-TAGA
* * ** * * * * * * * * *
191292 AC-AATTATTTCATGACTAAATGAAAGTTCAGAGCA-ATTTGAAATGGATAATTGTTCTAATAGT
442 ACAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-AAGATTTCAAATAGATAATTATTCAAACAAT
* * **
191355 C-TCAACTATTTGAAC-TATTTGGCAA-ACAAATTT
506 CAT-AACTATTTAAACTTA-TT--CAATAAAAAAAT
* ** * ** * * * * **
191388 ATTTTTTTAAATTTCCAACTTATTAATTTTTAAAATATT-ATAATTTAGTATTATTCTATTTTGA
1 -TTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGCAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAA
** * * * * * * * * *
191452 ATAA-ACTCGTACGAATAGAAACAATTGTTTT-A-GAATAAAATAAAAGGTCATAAGAGTTTGAA
65 ATAAGA-TTATATGAACAAAAATAATTGTTTTAATG-ACAAAAGAAAAGATCATAATAATTTGAA
* * * * *** * * * **
191514 ATAGAA-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTCCCTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAA
128 ATA-AATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTCGATAAACATAGGTATTTTTTAA
* * * * * *
191578 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATTTTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTT
192 A-CTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTG
* * *
191642 TATGAATAGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-
254 TATGAACAGAAACAATTGTTTTATG-TAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGC
* * * * * * *
191706 TTTAAATAGTCATTACTATTTGAACGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTAT
318 TCT-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACCTAT
* *
191771 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAAATTACTATATTCAAAATAAACATGCATGAATAGAACCA
382 TAATTTTT-GAATATTAATAAATGTAAATTACTATATTCAAAATAAACATGCATGAATAGAACAA
* * * *** *
191836 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGGTAGTCATAA
446 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTCAAATAGATAATTATTCAAACAATCATAA
* * * *
191901 CTATTTGAACTTATTCAGTGAACAAAT
511 CTATTTAAACTTATTCAATAAAAAAAT
*
191928 TTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGCAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAA
1 TTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGCAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAA
* * *
191993 TAAGATTATATGAACAAAAATAATTGTTTTAATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
66 TAAGATTATATGAACAAAAATAATTGTTTTAATGACAAAAGAAAAGATCATAATAATTTGAAATA
* *
192058 AATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATAGGTATTTTTTAAACCA
131 AATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTCGATAAACATAGGTATTTTTTAAA-CT
* *
192123 TTTACTTATTAATTATCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAACCTTGTATGA
195 TTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGA
* * * *
192188 ACAAAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAAGTCATCACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCTAA
259 ACAGAAACAATTGTTTTATGT-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCTAA
* * * *
192253 TAGTCATAACGATTTGAATTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATT
323 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACCTATTAATT
** * * * *** *
192318 GTCTT-AATATTAATAAATGTGTATTATTTTATTCGAAATGGGCTTTG-ATGAATAGAA-AATAT
387 -T-TTGAATATTAATAAATGTAAATTACTATATTCAAAATAAAC-ATGCATGAATAGAACAA-AT
* * * ** * *
192380 TATTTTATGACGAGACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAATT
448 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTCAAATAGATAATTATTCAAACAATCATAACT
*
192445 ATTTAAACTTGTTCAATAAAAAAATT
513 ATTTAAACTTATTCAATAAAAAAA-T
* * * *
192471 TATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTAG-ATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
1 T-TTTTTTAAATCTC-TTACTCATTAATTTTT-GCAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTC
* *** * *
192534 AAATAAGTTTATAT-AATTGAAATAATTTTTTTTATGAC-AAA-AAAAGATACATAATAATTTGA
63 AAATAAGATTATATGAACAAAAATAATTGTTTTAATGACAAAAGAAAAGAT-CATAATAATTTGA
* * * * * ** **
192596 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATGCTTTAA
127 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTCGATAAACATAGGTATTTTTTAA
* *
192661 ACTTTCTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCATTCGAATAAGCTTGT
192 ACTTT-TACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGT
* * ** * *
192726 ATAAACAGAAATAATT-TTTTAAATAGAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTC
255 ATGAACAGAAACAATTGTTTTATGTAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTC
* * * * *
192790 AAATAGTCATAATTATTTGAACTAGATTGATAAATAGATTTTATTTTTTAAAT
320 TAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAAT
192843 ATCTTATTAG
Statistics
Matches: 1173, Mismatches: 240, Indels: 84
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
539 33 0.03
540 126 0.11
541 353 0.30
542 404 0.34
543 187 0.16
544 66 0.06
545 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (537 bp):
TTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGCAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAA
TAAGATTATATGAACAAAAATAATTGTTTTAATGACAAAAGAAAAGATCATAATAATTTGAAATA
AATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTCGATAAACATAGGTATTTTTTAAACTT
TTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAAC
AGAAACAATTGTTTTATGTAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCTAATAG
TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACCTATTAATTTTTG
AATATTAATAAATGTAAATTACTATATTCAAAATAAACATGCATGAATAGAACAAATTATTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTCAAATAGATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTAAAC
TTATTCAATAAAAAAAT
Found at i:192843 original size:18 final size:20
Alignment explanation
Indices: 192820--192863 Score: 56
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 20
192810 ACTAGATTGA
192820 TAAATAGATT-TTA-TTTTT
1 TAAATAGATTATTAGTTTTT
**
192838 TAAATATCTTATTAGTTTTT
1 TAAATAGATTATTAGTTTTT
192858 TAAATA
1 TAAATA
192864 TCAATAAAAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
18 8 0.36
19 3 0.14
20 11 0.50
ACGTcount: A:0.36, C:0.02, G:0.05, T:0.57
Consensus pattern (20 bp):
TAAATAGATTATTAGTTTTT
Found at i:194812 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 194334--195783 Score: 1267
Period size: 181 Copynumber: 8.1 Consensus size: 180
194324 GGTTAGAACA
* * * * * * * * * * *
194334 ATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAATC-TTACTATTTAAACTAGCTCAGTAAATACATTTA-T
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATT
** * * * * * * * *
194397 TTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGAAATATTTTACTCTGAATAT
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAA
* * * * **
194462 GCCTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAGCG
130 ACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * *
194512 ATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTCA-TTGAA-TTGGTTTAATAAATAGATTT
1 ATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTT-GTTCAATAAACAGATTT
* *
194574 AGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTAA
63 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAA
** * * * *
194635 TAATTTTGTGTGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGCCATAATG
127 TAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
194689 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTATTCAATAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATT
*** * * *
194754 TTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTATAACATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAA
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAA
* * * * *
194819 ACTTATATGAATAGAAATAATCATTTTATGACCAAACAAAAGATCATAATG
130 ACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
194870 ATTTGAATTAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTCGCTCAATAAGCAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATT
* * **
194935 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTCAAAATAA
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAA
* * ** *
195000 GCTTTTAT-AGATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
130 ACTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
195051 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTAGTTATAACTATTTGAACATGTTTAGA-AGACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAACAGATTTAT
** * * * *
195115 TTTAAAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAGTAAACTTA-TATTA-TTTATTTAAAAT
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAAAT
* ** * * *
195177 AAGCTTCCATGAATAGAACCAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATG
128 AAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * *
195230 TTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTT-AAATATGATCTATGAATAGATTCAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAATAAACAGATTTAT
** * * * * *
195294 TTTAGAATTCTCTTACTCATTAATATTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTGAAATA
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA
* * * * * *
195358 AACTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATTACAAAATAAAAGGTGATAGTG
129 AACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
195410 ATTTGAAATAAATAATTAGTT-AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTAT
* * * * * ***
195474 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAACAATAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATA
65 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA
* * * * * **
195539 AACTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAATA-GTCATAACA
129 AACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATG
* **
195591 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAC---TT--ATAAACAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATT
* * * *
195651 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCTCTT-GATATTACTAAATTTGTATTATTTTAATTTAAATA
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA
* * * * *
195715 AACTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTT
129 AACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
*
195767 ATTTCAAATAGATAATT
1 ATTTGAAATAGATAATT
195784 ATTTAAACTT
Statistics
Matches: 1025, Mismatches: 213, Indels: 70
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 191 0.19
177 68 0.07
178 36 0.04
179 135 0.13
180 198 0.19
181 393 0.38
182 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATT
TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAA
CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
Found at i:195480 original size:540 final size:526
Alignment explanation
Indices: 194334--202965 Score: 1999
Period size: 540 Copynumber: 16.2 Consensus size: 526
194324 GGTTAGAACA
* * * * *
194334 ATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAATC-TTACTATTTAAACTAGCTCAGTAAATACATTTA-T
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGCTCAGTAAATAAATTTATT
* * * * * *
194397 TTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGAAATATTTTACTCTGAATA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTAATCAGAATA
* * * *
194461 TGCCTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAGCGATTT-AAGATAGA
130 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGA
* * * *
194524 TAATTATTCAAATAGTCATAACTCA-TTGAATTGGTTTAATAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC
194 TAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACT-GTTT-A-AAACAGATTTA-TTTTTAAATTTT
* * ** *
194586 T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTAATAATTTTGTGTGAAT
254 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTTAAATAAACTTGTATGAAT
* * ** * * * *
194650 AGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGCCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATG
317 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
* * ** *
194715 GACATGATTATTTGAACT-TATTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTT
382 G-CAT-A-TATTT-AAATATA-TC-AT-AATATA-TTA--TTTTAAATCTCTTACTTATTAATAT
* * * * *
194779 TTATAACATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTG-AATAAACTTATATGAATAGAAATAATCAT
437 TTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAACTTATATGAATTGAAATAATTAT
* *
194843 TTTATGACCAAACAAAAGATCATAATG
500 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * ** *
194870 ATTTGAATTAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTCGCTCAATAAGCAGATTTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGCTCAGTAAATAAATTTATT
* * * *
194935 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTCAAAATAA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAATCAGAATAA
* *
195000 GCTTTTAT-AGATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
131 GCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * *
195064 AATTGTTCAAGTAGTTATAACTATTTGAACATGTTTAGAAGACATATTTATTTTAAAAATTTTTA
195 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTA-AA-ACAGATTTATTTT-TAAATTTTTA
* * * **
195129 TTTATTAATTTTTGGAATATTAGTAAACTTATATTA-TTTATTTAAAATAAGCTTCCATGAATAG
256 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTT-AAATAAACTTGTATGAATAG
* *
195193 AACCAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGT
319 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG-
* *
195258 CATAACTATTTAAATATGATCTATGAATAGATTCATTTTAGAATTCTCTTACTCATTAATATTTA
383 CAT-A-TATTTAAATAT-ATC-AT-AATATATT-ATTTTA-AA-TCTCTTACTTATTAATATTTA
*
195323 GAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTATATGAATTGAAACAATTATTTTAT
440 GAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTATATGAATTGAAATAATTATTTTAT
* * * *
195388 TACAAAATAAAAGGTGATAGTG
505 GACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
195410 ATTTGAAATAAATAATTAGTT-AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATATATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGCTCAGTAAATAAATTTAT
* * * * *
195474 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAACAATAATAAATTA-ATATTATTTTAATCCGAAT
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTAATCAGAAT
* * * * * * *
195538 AAACTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAATA-GTCATAACAATTTGAAATAA
129 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAG
** *
195602 ATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACT-TAT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
193 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTAAAACAGATTTA-TTTTTAAAT-TTTTA
* *
195665 CTTATTAATTCTCTT-G-ATATTACTAAATTTGTATTATTTTAATTTAAATAAACTTGTATGAAT
256 CTTATTAATT-T-TTGGAATATTAATAAA-TTATATTATTTT-ATTTAAATAAACTTGTATGAAT
* * * * *
195728 AGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGT-TATTTCAAATAGATAATTATT-TAA-
317 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGT-TTTGAAATAGATAATTGTTCTAAT
* ** * * * *
195790 A-C-T-T-GTTGGATACA-CA-AATTTATT-TTTTAAATCTCTTATTTATTAA-ATTTTGAAATA
381 AGCATATATTTAAATATATCATAATATATTATTTTAAATCTCTTACTTATTAATATTTAG-AATA
* * * * * * *
195847 TTAATAACTTACTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTAGATGAACTGAAATAATTTTTTTATGATA
445 TTAATAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTATATGAATTGAAATAATTATTTTATGACA
**
195912 AAACAAAAGGTCATAACA
509 AAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * *
195930 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAAGTAAAAAAAATTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGCTCAGTAAATAAATTTATT
* * ** * * *
195995 TTTTAAATCCCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTGATTA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGAATTATTTTAATCAGAATA
* * * * * *
196059 AACTAGTGTGAATTGAAA-ATTTTGTTTTATGACAAAACAAAA----AT---GACTTGAAATAGA
130 AGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* ** * * * *
196116 TAATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTGAACTGATTCAACAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCT
194 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TT-TA-AAACAGATTTATTTTTAAATT-T-T
* * * * * * * *
196181 TAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAGATTCATATTATTTTATTTTGATTAAGCTTATATG-AT
254 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-ATATTATTTTA-TTTAAATAAACTTGTATGAAT
* * * * * * ** * *
196245 -CAAA-AATAATTGTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATG-ATTCAAAGTTTACAATTGTTCAAA
317 AGAAACAATTATT-TTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGTTTTGAAA-TAGATAATTGTTCTAA
* * **
196307 TAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTGGTAA-ACTGATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAAT
380 TAG-CAT-A-TATTT-AAATA-TATCATAATA-T-A-TTA--TTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * *
196367 -TTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTCA-TTCATTATAAACTTGTATG-ATTAAAAACAA
435 ATTTAG-AATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTGA-AATAAACTTATATGAATT-GAAATAA
* * * * *
196429 TTGTTATATGACTAAACAAAAGGTAATAGTG
496 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
196460 ATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTT-AA--A---CAG-------ATTTACT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGCTCAGTAAATAAATTTATT
* * * * **
196512 TTTTAAA-CTACTTACTTATTAA-TTTTCAACATATTAATGAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
66 TTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAA-ATATTAATAAATTAGAATTATTTTAATCAGAAT
* * * ** *
196575 AGGCTTGTATAAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATAATTTTAAATA-
129 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* ** * * * * *
196638 AGCAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTCTTTTAACT
193 A-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTTA--AAACAGATTTA-TT-TTTAAATT
* * ** ** * * ** *
196703 CTTGCTTATTAATTTTTAAAATA-TGGT-CA-TA-ATGATTTTAAATAAAT-AA-TTGT-TCAAA
252 TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTAAATAAACTTGTAT-GAA
* * * **** * * * *
196761 TAG--TC-ATTACTATTT-TGTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGG
316 TAGAAACAATTA-T-TTTATGACAAAACAAAAGGTTA-TAATGTTTTG-A----AATAGA--T-A
* * * * * * * ** **
196822 ATTGTTTTACTCTGAATAAACTTCTAAGATATGAAACA-AATATTTTATGACTAAAAAAAAGGTC
370 ATTGTTCTAAT-AGCATATA-TT-TAA-ATAT--ATCATAATATATTAT---T---TTAAATCTC
** * * * * * *
196886 AGAAC-GATTGGAAATATATA-ATTATT-CTAA-TAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAA-
423 -TTACTTATT---AATATTTAGAATATTAATAATTAGTATT-A-T-TTT--A-T--TT--GAAAT
* ** * ** *** ** * *
196946 ACACATT-TAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAACATTATAAAATTAGT-ATT
474 AAAC-TTATATGAATTGAAAT-AATTA-TT-TT-A-TGACAAAACA--A-AAGGTCA-TAATG
* * * * ** * * * * ** * *
197006 ATTTTTAACTGAATAA--GCTTCTATGATAAGAGACAATTGCTTTATAACAAAATGAAG-ATCAT
1 A-TTTGAAATAAATAATTG-TTC-A-AAT-AGTCATAACT-ATTTA-AACTAGCT-CAGTA-AAT
** * * ** * * * *
197068 AACGATTTGA-GATTGATAAT-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAA-CAG
57 AA--ATTT-ATTTTTTA-AATCTCTT-ACTTA-T--TAA-TTTTTGAAATA--TTAATAAATTAG
* * * * *
197130 ATTTATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAT-ACTTATATGAAACAATTGTTTTATGA
111 AATTATT--TTAATCAG-A--A--TAAGCTT-G--TATGA---ATA-GAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
197193 CAAAACAAATGGTCATAAGGATTTGAAATAGATAATCGTTCAAAT-GACCATAATTATTTTAACT
162 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACT
*
197257 GATTTAACAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA--TTTGGAAATATTAATAAATT
226 G-TTT-A-AAACAGATTTA-TTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTTGG-AATATTAATAAATT
* ** * ** * * *
197320 ATTATTATTTTATTCCATCTAAGCTCATATTAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAG
285 A-TATTATTTTATT-TAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * *
197384 GTTATAATGATTTT-AAATAGAGAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAA
347 GTTATAATG-TTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG-CAT-A-TATTTAAATAT-ATCA-T-AA
* * * * * * *
197448 TAGATTTATTTTTAAAATCTGTTTCTTATTAATTTTTACAA-ATGTTATAAATTAGTATTAATTT
405 TATA-TTA-TTTT-AAATCTCTTACTTATTAATATTTAGAATAT-TAAT-AATTAGTATTATTTT
* * * * * * * * *
197512 ATTTTG-AGT-AGCTTGTAT-AATTCAAACAATTATTTTATGACTAATCAAAAAGTCAGACA--
465 A-TTTGAAATAAACTTATATGAATTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATG
* * * * *
197571 ATTTGAAAT-AATTATTGTTCTAAATAGT-ATAACCA-TTGAACT-GATTC-GATACGAA-CAA-
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTAAACTAG-CTCAG-TA--AATAAAT
* * * *
197629 TAATTTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTT-AAA-A-TAATTAATTTA-ATAATATTTTAATC
61 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAAATTAGA-ATTATTTTAATC
* * * * **
197690 --AATAAG--TGTA-GAACA-AAAGAA----ATTA-AACAAAA-AAAAGGTCA-AAATATTTG-A
124 AGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * **
197741 ATAGAATAA-TATTCAATATAG-CAT-GCTATTTGAACAT-TATGTATTTA-A-ATTTATTTTT-
189 ATAG-ATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAAC-TGT-T-TA-AAACAGATTTATTTTTA
** * *** * * *
197799 TGTTTTT-CTTGGATATTAAGTTTCAAAAT-TTATTAAATTAAGCATTA-TTTATTTCGAATAAG
248 AATTTTTAC-T---TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-A-TATTATTTTATTT-AAATAA-
* * * * ** * * *
197861 A-TAGTATGAACA-TAACAATTGTTCGATGA-ACAAATAAAAGGTTATAAT-ATTTGAAATAAAT
305 ACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAGAT
* * * ** ** * * * * *
197922 AATTATTCAAATAG-TTAGGTTT-GGTA-A--ACAAT-TTTTTTTTTAAATCTCTCACTGATTAA
369 AATTGTTCTAATAGCATATATTTAAATATATCATAATATATTATTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * ** *
197981 TTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCG-AACAAACTTATATTAA-CAAAACAA
434 -TATTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAACTTATATGAATTGAAATAA
* * * *
198043 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAAG
496 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * *
198074 ATTTGGAATGGAA-AATTTTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGCTCGGTAAATAAAATTAT
1 ATTTGAAAT-AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGCTCAGTAAATAAATTTAT
* ** ** * * *
198138 TTTCTAAATCTCTTACTTACAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCTGAATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAATCAGAATA
* * * * * * *
198203 AGCTTGTATGAGCT-GGAATAATTGTTTTATGACAAAGCAGAAGGTCATAACAATTTGAAATAAA
130 AGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
** * * * * * * *
198267 TAATTGTTCTTATAGTCTTAATTGTTAGAACTAGTTCGACAAA-TGAATTTATTTTTTAAATCTC
194 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTT-TA-AAACAG-ATTTA-TTTTTAAAT-TT
* ** * * * *
198331 TTAGTTATTAATTTTTATAATATTACTAAATTAGTACTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA
253 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-TAAATAAACTTGTATGAA
* * * * * ***
198396 CAAAAATAATTGTTTTATGATAGAAA-AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAA
316 TAGAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCTAA
* *
198460 TAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TCGATAAATAGATTTAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAAT
380 TAG-CAT-A-TATTT-AAATA-TATC-AT-AATATA-TT-A-TTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * ** *
198520 -TCTTAAAATATTAGTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC--ATGTGTGTTGAAAAACAA
435 AT-TTAGAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTATATGAATTG--AAATAA
*
198582 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATTAACG
496 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATG
* * * * * * * *
198613 ATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAA-TTGATTTAGTAAA-AAGATTT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTAAACTAG-CTCAGTAAATAA-ATTT
* ** *
198675 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGGA-ATATTTATTTTTTTGTT
63 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-A-TTA----TTT-TA
* * * * * * *
198739 TTTAGAA-AAGCTTTTACGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACGAAACAAAAAGTCATAACAATT
121 ATCAGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * *
198802 TTAAAAATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGT-AAACAAATTTATTTT
185 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTT---TAAAACAGATTTA-TTT
* * * * * * * * *
198866 TTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-TAATGTTATTAAATGAGAGTTATTTTATTCCAAATAAG
245 TT-AAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATA-TTATTTTATT-TAAATAAA
* * ** * * **
198930 CTTATATGAACTA-AAACAATTATTATATGACTGAACAAAAGGTCATAGATAATTATTCTAATAG
306 CTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA-AT-GTT-TTGAAATAG
* * * * *** *
198994 TCTTAACTATT-TAA-A-C-TGGT-TCGGCAA-ACA-CAT--T-TATTA-TTTAAATCTCTTA-T
367 --ATAATTGTTCTAATAGCAT-ATAT-TTAAATATATCATAATATATTATTTTAAATCTCTTACT
* * * ** * * *
199047 TGA-T--T-TTTAAAATATTATTAAATTAGTGTTATTGTTA-TCCAAATAAGCTTGTATG-ATCA
428 T-ATTAATATTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATT-TTATTTGAAATAAACTTATATGAAT-T
* * * *
199106 AAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCACAATG
489 GAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * ** ** * * ** * * * * *
199143 ATTTCATATTGATGTTTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACT-GGTTTGGAAACAACTGTAGT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGCTCAGTAAATAAATTTATT
* * * * * * * *
199206 TTTTAAATCTTTTGCTTATTAGTTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTC-GGATA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTA-ATCAGAATA
* * * * * *
199270 AGTTTTTACGAACTA-AAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAG
130 AGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAG
* * * *
199333 ATAATTATTCAAATAATCA-AATCTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATC
193 ATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TGTTT--AAAACAGATTTA--TTTTTAAAT-
* * * * * * * * *
199397 TCTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTGTTCTGAATAAGCTTGTATG
251 TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-TAAATAAACTTGTATG
* * * * * *
199462 AACTA-AAATAA-TAGTTTTATGACCAAAGAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTC
314 AA-TAGAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *
199525 TAATAGTCTTAATTATTTGAACTAGT-TCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
377 TAATAG-CAT-A-TATTT-AAATA-TATC-A-TAATATA-TTA--TTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * ** *
199589 -A-A--T--ACTATT-A-AAGTAATATTATTTTAATATG-AATAAACTTGTATGAAAAGAAACAA
432 AATATTTAGAATATTAATAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAATAAACTTATATGAATTGAAATAA
* * * * * *
199645 TTGTTTTATGATAAAA-TAAAGATCGTAACG
496 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * * *
199675 ATTCGAGATAGATAATTATTTAAATAGTCATAGCTATATGAACT-GTTTC-GATAAACAAATTTA
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG-CTCAG-TAAATAAATTTA
* * * * * **
199738 GTTTTTAAATCTCTT-C---TTAATTTTTAAAATATTAATAGA-TAAATATTATTTT-TTTTGAA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTAATCAGAA
** * * *
199797 TAATTTTGCATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
128 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * * * * **
199862 ATCATTGTTCAAATGGACATGATTATATGAATTTGTTCAGTAAACA-ATTTTTTTTTAAATCTCC
193 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTTA--AAACAGATTTATTTTTAAAT-TTT
* ** *
199926 TACCTAATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA
254 TA-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT-AAATAAACTTGTATGAA
* ** * * *
199991 TACAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAAT-TATTTGAAAATAAATAATTATT-TA
316 TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGT-TTTG-AAATAGATAATTGTTCT-
* * ** * * *
200054 AACATTCATAACTATTTGAAACGTGCTCGATAA-ACGGTTTTATTTTTTAAGTCT-TTACTTTAT
378 AATA-GCAT-A-TATTT-AAATAT-ATC-ATAATA---TATTA--TTTTAAATCTCTTAC-TTAT
* * * * **
200117 TAA-ATTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAAATAACACTTGTATGAACAGAA
431 TAATATTTAG-AATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAA-ACTTATATGAATTGAA
* **
200181 ACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA--
492 ATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
** * * * * * * * *
200214 ATCTTTCACTAGATAATTATTCAAAATAGTCATAACTATTTGAACATA-TTCAGAAAAGAGATTT
1 AT-TTGAAATAAATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGCTCAGTAAATAAATTT
* * * * * **
200278 ATTTTTTAAAT-TATTACTTAAT-ATTTTTGGAAATACTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGG
63 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAA-TTAGAATTATTTTAATCAG
* * **
200340 AATAAGCTTGTAATGAACAGAAACAATTGTTTT-T----TAACAAAA----ATAA--A--TGCCA
126 AATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * *
200392 TAGCT-A--CTT--AA-A--C-T---TA-TT---CAG--T-AAACAAATTTACTTTTTAAATGTT
190 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTAAAACAGATTTA-TTTTTAAAT-TT
* * * ** *
200438 TTACTTATTAATTGTTT-GAATGTTAATAAATTTGTTTTATTTTAATAGAAATAAGCTTGTATGA
253 TTACTTATTAATT-TTTGGAATATTAATAAA-TTATATTATTTT-ATTTAAATAAACTTGTATGA
* * * * * * ** *
200502 ATAGAGAA-ATTTATTTTATAACAAAACAAAAGATTATAGTGATTTGAAATAGGTAATTACTCAA
315 ATAGA-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCTA
* * * * *
200566 ATAGTCATAACTATTTGAAGT-TGTTCGATAAACAAATTCAGTTTTTAAATATC--A--TATTAA
379 ATAG-CAT-A-TATTT-AAATAT-ATC-AT-AATATATT-A--TTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * * * *
200626 T-TTTTGAAATACTAATAAGTTAGAATTATGTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACAT-AAATA
434 TATTTAG-AATATTAATAA-TTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAACTTATATGAA-TTGAAATA
* *
200688 ATTA-TTTACTAACAAAACCAAAGGTCATAATG
495 ATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* ** * * * ** * * ** * *
200720 ATATGAGGTAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTACTTGTA-TTGGTCAAGCCAACAAATTCAT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGCTC-AGTAAATAAATTTAT
* * * *
200784 TTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTCATG--ATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCA-A
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT--TGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAAT-CAGA
** * * * **
200846 ATAAAATCGTATCAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAGTGGTCATAACGATTTGAAATA
127 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * *
200911 AATAATTGCTT-AAATTGTTATAACTAGTTGAATTGGTTTAGTAAATATATTTATTTTTTAAA--
192 GATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTA--AAACAGATTTA-TTTTTAAATT
* ** * * * *
200973 TCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAACAAACTTATATGA
252 TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-ATATTATTTT-ATTTAAATAAACTTGTATGA
* * * * ** * * *** * *
201037 ACAAAAACATTTTTTTTACAACAAGACAAAAGGTTGTAACAATTTAAAATAGATAATTATTC-AT
315 ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCTA-
* * * * * * * * *
201101 ATACCCTTAATTATTTGAACTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA
379 ATA-GCAT-A-TATTT-AA---ATATATC--A-TAATATATTATTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * *
201166 CT-TTCT-TAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAT-AAAT
434 -TATT-TAGAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAACTTATATGAA-TTGAAAT
* * **
201227 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
494 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * ** * ** *
201260 ATTTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAGATAGTTTTTTT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGCTCAGTAAATA-AATTTAT
* * * * * * *
201325 TTTTTAAATGTCCTACTCATTAATTTTTAAAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAATCAGAATA
* * * * * * *
201389 GGCTTATACG-AT-GAACAACAATTTTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAG
130 AGCTTGTATGAATAG-A-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * ***
201452 ATAATTGTTGAAAT-GACCATAATTATTTGAAC----T------GATTTATTTTTTAAATCTCCA
193 ATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGTTTAAAACAGATTTA-TTTTTAAAT-TTTT
* * * * ** * * *
201506 ACTTCTCAACTTTTGAAATATTAATAAAGTT-TATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATT
255 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTATATTATTTTA-TTTAAATAAACTTGTATGAATA
*** * * *
201570 GAAACAATTATTTTATTTTAAAACAAATGGTCATAACGATTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATG
318 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATG-TTTTGAAATAGATAATTGTTC-----
* * * * * * * * * *
201634 TTCAAATAGTCTTGATTATTTATATTTGTTCAGTAAACATTTTTTTTTAAATTTCTTGCTTAGTA
377 -T--AATAG-CAT-A-TATTTAAATAT-ATCA-T-AATATATTATTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * * *
201699 ATTTTTTGAATGTTAATAGAATAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCATGA-ATGAACTGAAACA
433 ATATTTAGAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAAC-TTATATGAATTGAAATA
* * * *
201762 ATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTTAGAATG
495 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * * * *
201794 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTTGTTCGGCAAACACATTTGTT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGCTCAGTAAATAAATTT-AT
* ** * * *
201859 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT-ATAATATTATTAGTTTA-ACAATATTTTACTCCGAA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTAATCAGAA
* * * * * *
201921 TAAGCTTATATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAG
128 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * * * *
201985 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACCGGTCTAGTAAACTGATTTAGTTTTTAAA--TC
193 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTTA--AAACAGATTTA-TTTTTAAATTTT
* * * ** *
202048 T-CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATAAAT
254 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTTAAATAAACTTGTATGAAT
* * * * * * * * *
202112 AAAAATAATTTTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
317 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
* *
202177 GTCATAACTATTTGAACTCAT-TCAGTAA-ATTGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-
382 G-CAT-A-TATTT-AAAT-ATATCA-TAATA-T-A-TTA--TTTTAAATCTCTTACTTATTAATA
* * * ** * ** ** **
202239 TTTTGAAAAATTAATAAATTTA-TATTCTTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACCGAACCAATT
436 TTTAG-AATATTAAT-AA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTATATGAATTGAAATAATT
** * **
202303 GCTTTATGAAAAAACAAAAAGGTCATTGTG
498 ATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * * * * *
202333 TTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTAGTTGAACTTA-TTTAGCAAACAGATTCT-
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGCTCAGTAAATAAATT-TA
* * * *
202396 TTTTTTAATTCTCTTGCTCATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAA-TATTTTACATCA-A
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-AATTATTTTA-ATCAGA
* * * * * * * **
202459 ATAAGCTTATATGAACT-TAAACAATTGTTTTACT-ATAAAAGAAATGGTTAGAATAATTTGAAA
127 ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
202522 TAGCTAATTACTT-AAATAGTCA-AGACTATTTTACCTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAA
190 TAGATAATT-GTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAAC-TGTT-TA-AAACAGATTTA-TTTTTAA
* * * * * *** **
202585 GTCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTTTTTTAATCCGAATACGCTTGT
249 AT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-ATATTATTTT-ATTTAAATAAACTTGT
* * * * * * * * *** * *
202650 ATGAACAAAAACTATTGTTTTATAACATAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCT
311 ATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
202715 CAAATAGTCATAACTATTAAAACTTGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATT
376 CTAATAG-CAT-A-TATTTAAA--TATATCAT-AATATA-TTA--TTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * **** *
202776 AAT-TTTTGAAATATTAACAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAGCAAAAACA
432 AATATTTAG-AATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTATATGAATTGAAATA
* *
202840 TTTGTTTTATGACAAAAC---A----A-AA-G
495 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * ** * * * *
202863 -TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGCA-TTGGTTAGGTAAATAGAA-TTG
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGCTCA-GTAAATA-AATTTA
* *
202925 TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
202966 TGTTAGCTTT
Statistics
Matches: 6043, Mismatches: 1390, Indels: 1333
0.69 0.16 0.15
Matches are distributed among these distances:
500 3 0.00
501 39 0.01
502 49 0.01
503 27 0.00
504 107 0.02
505 101 0.02
506 47 0.01
507 17 0.00
508 4 0.00
509 14 0.00
510 17 0.00
511 41 0.01
512 88 0.01
513 67 0.01
514 2 0.00
515 21 0.00
516 85 0.01
517 153 0.03
518 108 0.02
519 61 0.01
520 233 0.04
521 49 0.01
522 34 0.01
523 151 0.02
524 178 0.03
525 64 0.01
526 57 0.01
527 141 0.02
528 107 0.02
529 215 0.04
530 251 0.04
531 110 0.02
532 100 0.02
533 102 0.02
534 270 0.04
535 159 0.03
536 91 0.02
537 134 0.02
538 279 0.05
539 362 0.06
540 651 0.11
541 237 0.04
542 73 0.01
543 96 0.02
544 311 0.05
545 58 0.01
546 50 0.01
547 25 0.00
548 6 0.00
549 14 0.00
550 7 0.00
551 3 0.00
552 2 0.00
553 1 0.00
554 7 0.00
555 7 0.00
556 2 0.00
558 8 0.00
559 3 0.00
561 3 0.00
562 2 0.00
563 6 0.00
564 11 0.00
565 2 0.00
566 5 0.00
567 11 0.00
568 7 0.00
569 6 0.00
570 1 0.00
571 5 0.00
572 4 0.00
573 17 0.00
574 16 0.00
575 6 0.00
576 1 0.00
577 2 0.00
578 1 0.00
579 4 0.00
580 10 0.00
581 6 0.00
582 5 0.00
583 16 0.00
584 24 0.00
585 104 0.02
586 10 0.00
587 6 0.00
588 6 0.00
589 8 0.00
590 2 0.00
591 1 0.00
592 6 0.00
593 9 0.00
594 18 0.00
595 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (526 bp):
ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGCTCAGTAAATAAATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAATCAGAATAA
GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTAAAACAGATTTATTTTTAAATTTTTACTTAT
TAATTTTTGGAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAAT
TATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGCATATATT
TAAATATATCATAATATATTATTTTAAATCTCTTACTTATTAATATTTAGAATATTAATAATTAG
TATTATTTTATTTGAAATAAACTTATATGAATTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
ATAATG
Found at i:195917 original size:163 final size:163
Alignment explanation
Indices: 195644--195946 Score: 380
Period size: 163 Copynumber: 1.9 Consensus size: 163
195634 TTATAAACAG
* * * **
195644 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCTCTTGATATTACTAAATTTGTATTATTTTAATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATCTCTTGATATTAATAAATTACTATTATTTTAATT
* ***
195709 TAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTTATTTCAA
66 TAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAA
195774 ATAGATAATTATTTAAACTTGTTGGATACACAA
131 ATAGATAATTATTTAAACTTGTTGGATACACAA
* * *
195807 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAAAT-T-TTGAAATATTAATAACTTACTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATCTCTTG--ATATTAATAAATTACTATTATTTTAA
* * ** *
195870 TTTAAATAAGCTTAG-ATGAACT-GAAATAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATT
64 TTTAAATAAACTT-GTATGAA-TAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
*
195933 TGAAATAGATAATT
127 TCAAATAGATAATT
195947 GTTCAAATAG
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 18, Indels: 8
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
161 3 0.03
162 1 0.01
163 112 0.95
164 2 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (163 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATCTCTTGATATTAATAAATTACTATTATTTTAATT
TAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAA
ATAGATAATTATTTAAACTTGTTGGATACACAA
Found at i:196204 original size:174 final size:176
Alignment explanation
Indices: 194475--196396 Score: 647
Period size: 181 Copynumber: 10.9 Consensus size: 176
194465 TGTATGAATA
* * * *
194475 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAGCGATTTAAGATAGATAATTATTCAAATAG
1 GAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGAT-A-A-C-ATTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
194539 TCATAACTCA-TTGAATTGGTTTAA-TAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTT
61 TCATAAAT-ATTTGAACT-GATTAAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
194598 TTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTTAAT-AATTTTGTGTGAA-T
124 TTGAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTTTGATTAAACTTAG-ATGAACT
* * * *
194650 AGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGCCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATG
1 -GAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAA-G--ATAA-CA-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * **
194715 GACATGATTATTTGAACTTATTCAA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTT
60 GTCATAAATATTTGAACTGATT-AAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
194779 TT-ATAACATTAATAAATT-AGTGTTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAA-T
124 TTGA-AATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTTTGATTAAACTTAGATGAACT
** * * * *
194831 AGAAATAATCATTTTATGACCAAACAAAAGATCATAATGATTTGAATTAAATAATTGTTCAAATA
1 -GAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAG---ATAA-CA-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * *
194896 GTCATAACTATCTAAACTCGCTCAA-TAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
60 GTCATAAATATTTGAACT-GATTAAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * *** * * **
194960 TTGAAATTTTAATAAATT-AGAATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTAT-AGA-T
124 TTGAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTTTGATTAAACTTAGATGA-ACT
* ** *
195012 AGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTA
1 -GAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAA-G--ATAAC-A-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * ** * *
195077 GTTATAACTATTTGAACATG-TTTAG-AAGACATATTTATTTTAAAAAT-TTTTATTTATTAATT
60 GTCATAAATATTTGAAC-TGATTAAGCAA-ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * ** * * **
195139 TTTGGAATATTAGTAAACTT-ATATTA-TTTATTTAAAATAAGCTTCCATGAA-T
123 TTTGAAATATTAATAAA-TTCATATTATTTTATTTTGATTAAACTTAGATGAACT
** * * ** *
195191 AGAACCAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATA
1 -GAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAA-G--ATAA--CATTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * ** * * *
195256 GTCATAACTATTTAAATATGATCTATG--AATAGATTCATTTTAGAATTCTCTTACTCATTAATA
60 GTCATAAATATTTGAA-CTGAT-TAAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * *
195319 TTT-AGAATATTAAT-AATT-AGTATTATTTTA-TTTGAAATAAACTTATATGAATT
123 TTTGA-AATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTTTG-ATTAAACTTAGATGAACT
* * * * ** *
195372 GAAACAATTATTTTATTACAAAATAAAAGGTGATAGTGATTTGAAATAAATAATTAGTT-AAATA
1 GAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAA---GATA-ACA-TTGAAATAGATAATT-GTTCAAATA
* * * * * * * *
195436 GTCATGACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
60 GTCATAAATATTTGAAC-TGATTAAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * ** *
195500 TTGAAACAATAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAACTT-GTATGAACAT
124 TTGAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTTTGATTAAACTTAG-ATGAAC-T
* * * * *
195554 -AAACAATTGTTTTATGATAAAATAAATAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 GAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAA-AG--ATAAC-A-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
195618 TCATAAAGATTTGAAC---TT-A-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCTC
61 TCATAAATATTTGAACTGATTAAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-
* ** * * *
195678 TTG--ATATTACTAAATTTGTATTATTTTAATTTAAATAAACTT-GTATGAA-T
124 TTGAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTTTGATTAAACTTAG-ATGAACT
* ** ** * * *
195728 AGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTTATTTCAAATAGATAATTATTTAAACT
1 -GAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAA-G--ATA-ACA-TTGAAATAGATAATTGTTCAAA-T
* * * ** * * * *
195793 TGTTGGATACACAAATTT--A-TTTTTTA--AATC---TCTTATTTATTAAA--T-TT--TGA--
59 AG-T-CATA-A-ATATTTGAACTGATTAAGCAAACAAAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * *
195843 AA-TATT--AATA--ACT---TAC-TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTAGATGAACT
119 AATTTTTGAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTTTGATTAAACTTAGATGAACT
*
195892 GAAATAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 GAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAA-G--ATAAC-A-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
195957 TCATAATTATTTGAACTGGTTAAGTAAAAAAAATTATTTTTTAAATCCCTTACATATTAATTTTT
61 TCATAAATATTTGAACTGATTAAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * *
196022 GAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCTGATTAAAC-TAGTGTGAATT
126 GAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTTTGATTAAACTTAG-ATGAACT
* * * **
196073 GAAA-ATTTTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATGAC-TTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTT
1 GAAATAATTT-TTTTATGACAAAACAAAAGATAACATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
196135 AAATATTTGAACTGATTCAA-CAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGA
65 AAATATTTGAACTGATT-AAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * *
196199 ATATTATTAGATTCATATTATTTTATTTTGATTAAGCTTATATGATCA
129 ATATTAATAAATTCATATTATTTTATTTTGATTAAACTTAGATGAACT
* * * * * * ** *
196247 AAAATAA--TTGTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTCAAAGTTTACAATTGTTCAAATAG
1 GAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAA-G--ATAA-CATTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * **
196310 TCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGTAAACTGATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTT
61 TCATAAATATTTGAACTGA-TTAAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
*
196370 TGAAAGATTAATAAATT-AGTATTATTT
125 TGAAATATTAATAAATTCA-TATTATTT
196397 CATTCATTAT
Statistics
Matches: 1363, Mismatches: 270, Indels: 227
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
158 4 0.00
159 1 0.00
160 4 0.00
161 5 0.00
162 2 0.00
163 80 0.06
164 3 0.00
165 11 0.01
167 3 0.00
168 2 0.00
169 5 0.00
170 1 0.00
171 1 0.00
172 19 0.01
173 4 0.00
174 118 0.09
175 41 0.03
176 153 0.11
177 63 0.05
178 25 0.02
179 180 0.13
180 196 0.14
181 427 0.31
182 15 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
GAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGATAACATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
AATATTTGAACTGATTAAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
ATTAATAAATTCATATTATTTTATTTTGATTAAACTTAGATGAACT
Found at i:198329 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 197952--200372 Score: 856
Period size: 181 Copynumber: 13.5 Consensus size: 181
197942 TTGGTAAACA
* * * ** *
197952 ATTTTTTTTTTAAATCTCTCACTGATTAATTTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTAATT-TAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACAAATTTTTAT-AATATTAATAAATTAGTACT-ATTCTAT
* * * * * * * * *
198015 TTCGAACAAACTTATATTAAC-AAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAAGTAATAA-AGATT
64 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAAA-AAAAGGTCATAACA-ATT
* * * * * * * ** *
198077 TGGAATGGAA-AATT-TTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGCTCGGTAAATAA
127 TGAAAT-AAATAATTGTTCT-AATAGTCATAACTATTAGAACTAGTTCGACAAATAG
* * **
198132 AATTATTTTCTAAATCTCTTACTTACAAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACAAATTTTT-ATAATATTAATAAATTAGTACTATTCTATT
** * *** * *
198196 CTGAATAAGCTTGTATGAGCTGGAATAATTGTTTTATGACA-AAGCAGAAGGTCATAACAATTTG
65 CCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAA-AAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * *
198260 AAATAAATAATTGTTCTTATAGTCTTAATTGTTAGAACTAGTTCGACAAAT-G
129 AAATAAATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTAGAACTAGTTCGACAAATAG
* ** * *
198312 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTATAATATTACTAAATTAGTACTATTTTATT
1 -ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACAAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTACTATTCTATT
* *
198377 CCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAAAAAAAGGTTATAACAATTTGA
65 CCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAAAAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * *
198442 AATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAG
130 AATAAATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTAGAACTAGTTCGACAAATAG
* * * * * * * *
198494 ATTTAATTTTTAAATCTCTTA-TT---AATTCTTAAAATATTAGTATATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACAAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTACTATTCTATTC
* * *** * * *
198555 CAAATAAGCATGTGTGTTGAAAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGT-ATTAACGATTTG
66 CAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAAA-AAAAGGTCA-TAACAATTTG
* * * * * * * * *
198618 AAATAGATAGTTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAATTGATTTAGTA-AAA-AG
129 AAATAAATAATTGTTCTAATAGTC-ATAACTATTAGAACT-AGTTCG-ACAAATAG
* * * * * * * *
198671 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGA-AATATTAATAAAGGAATATTTATTTTTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-CAAATTTTTATAATATTAAT-AA--ATTA-GTACTATTC
* ** * * * * *
198735 TGTTTTTAGAA-AAGCTTTTACGAACTAAAACAATTGTTTTATGAC-GAAACAAAAAGTCATAAC
61 T-ATTCCA-AATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAAA-AAAAGGTCATAAC
* * * * * ** * *
198798 AATTTTAAA-AATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
123 AATTTGAAATAA-ATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTAGAACTAGTTCGACAAATAG
* ** * * * * *
198857 ATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-TAATGTTATTAAATGAG-AGTTATTTTAT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTACAAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTA-CTATTCTAT
* * * * * * *
198920 TCCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTATATGACTGAACAAAAGGTCAT----A---G
64 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAAAAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * *
198978 ------ATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTA-AACTGGTTCGGCAAACAC
129 AAATAAATAATTGTTCTAATAGTCATAACTA-TTAGAACTAGTTCGACAAATAG
* * * * ** *
199025 ATTTATTATTTAAATCTCTTA-TT---GATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTGTTATTGT-TAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACAAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTACTATTCTAT-T
* * * * * * ** *
199085 CCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAGATCACAATGATTTCA
65 CCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAAAAAAAGGTCATAACAATTTGA
* ** ** * * * * *
199149 TATTGATGTTTGTTCAAATAGTCATAACTATT-GAACTGGTTTG-GAAACA-
130 AATAAATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTAGAACTAGTTCGACAAATAG
* * * * ** * * * * *
199198 ACTGTAGTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAGTTTTTGA-AATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTAT
1 A-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACAAATTTTT-ATAATATTAATAAATTAGTACTATTCTAT
* ** * * * * *
199262 TTCGGATAAGTTTTTACGAACTAAAATAATTGTTTTATGATA-AAACAAAAGGTCATAACAACTT
64 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAAA-AAAAGGTCATAACAA-TT
* * * * * * * **
199326 T-AAATAGATAATTATTCAAATAATCA-AATCTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAG
127 TGAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCATAA-CTATTAGAACTAGTTCGACAAATAG
* * ** * * *
199380 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTT-TGAATGTTAATAAATTAGTATTAATT-TG
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTACAAATTTTTAT-AATATTAATAAATTAGTACT-ATTCTA
** * * * * * **
199443 TTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATAGTTTTATGACCA-AAGAAAAGGTTAAAATGATT
63 TTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA-CAGAAAAAAAGGTCATAACAATT
* * * * *
199507 TGAAATAGAA-AATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTCGACAAACAC
127 TGAAATA-AATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTAGAACTAGTTCGACAAATAG
* * * * * * * *
199562 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT----A----T-TAATACTATTAAAGTAATATTATTTTAATA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACAAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTACTATTCTATTC
** * * * * * * * *
199618 TGAATAAACTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGATA-AAATAAAGATCGTAACGATTCGA
66 CAAATAAGCTTGTATGAACAA-AAATAATTGTTTTATGACAGAAAAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * * *
199681 GATAGATAATTATT-TAAATAGTCATAGCTA-TATGAACT-GTTTCGATAAACAA
130 AATAAATAATTGTTCT-AATAGTCATAACTATTA-GAACTAG-TTCGACAAATAG
* * * * * * * *
199733 ATTTAGTTTTTAAATCTCTT-CTT---AATTTTTAAAATATTAATAGATAAATATTATT-TTTTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACAAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTACTATTCTATTC
** ** * * * **
199793 TGAATAATTTTGCATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
66 CAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * * * * * * *
199857 AATAGATCATTGTTCAAATGGACATGATTA-TATGAATTTGTTC-AGTAAACA-
130 AATAAATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTA-GAACTAGTTCGA-CAAATAG
* * * * * *
199908 ATTT-TTTTTTAAATCTCCTACCTA-ATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACA--AATTTTTATAATATTAATAAATTAGTACTATTCTAT
* * * * * * * ** **
199971 TTCGAATAAACTTGTATGAATACAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAATATCATAATTATTT
64 TCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAAA-AAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * * **
200035 GAAAATAAATAATTATT-TAAACATTCATAACTATTTGAAACGT-GCTCGATAAACGG
128 G-AAATAAATAATTGTTCT-AATAGTCATAACTATTAG-AAC-TAGTTCGACAAATAG
* * * * * * *
200091 TTTTATTTTTTAAGTCT-TTACTTTATTAAATTTTGA-AATATTAATAAACTAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TTA-CAAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTACTATTCTA-
* * * * *
200154 TTCAAAATAACACTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACA-AAACAAAAGGTCAT-A-AAT
63 TTCCAAATAA-GCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAAA-AAAAGGTCATAACAAT
** * * * * * *
200216 CTTTCACTAGATAATTATTCAAAATAGTCATAACTATTTGAACATA-TTCAGA-AAAGAG
126 -TTGAAATAAATAATTGTTC-TAATAGTCATAACTATTAGAAC-TAGTTC-GACAAATAG
* * * * *
200274 ATTTATTTTTTAAAT-TATTACTTA-ATATTTTTGGA-AATACTAATAAATTTA-TATTATTTTA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACAAATTTTT--ATAATATTAATAAA-TTAGTACTATTCTA
*** * *
200335 TTTGGAATAAGCTTGTAATGAACAGAAACAATTGTTTT
63 TTCCAAATAAGCTTGT-ATGAACAAAAATAATTGTTTT
200373 TTAACAAAAA
Statistics
Matches: 1743, Mismatches: 374, Indels: 247
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
163 16 0.01
164 57 0.03
166 2 0.00
167 10 0.01
168 46 0.03
169 2 0.00
170 7 0.00
171 75 0.04
172 49 0.03
173 3 0.00
174 33 0.02
175 58 0.03
176 96 0.06
177 136 0.08
178 71 0.04
179 67 0.04
180 151 0.09
181 360 0.21
182 189 0.11
183 87 0.05
184 51 0.03
185 58 0.03
186 102 0.06
187 17 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACAAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTACTATTCTATTC
CAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAA
ATAAATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTAGAACTAGTTCGACAAATAG
Found at i:199112 original size:164 final size:167
Alignment explanation
Indices: 198810--199124 Score: 408
Period size: 164 Copynumber: 1.9 Consensus size: 167
198800 TTTTAAAAAT
* * * * *
198810 ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCT
1 ATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTATTTCAAA-CT
* *
198875 CTTGCTTATTAATTTTTTAATGTTATTAAATGAGAGTTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAA
65 CTTGCTTATTAATTTTTAAATATTATTAAATGAGAGTTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAA
*
198940 CTAAAACAATTATTATATGACTGAACAAAAGGTCATAG
130 CAAAAACAATTATTATATGACTGAACAAAAGGTCATAG
* *
198978 ATAATTATTCTAATAGTCT-TAACTATTTAAACTGGTTCGGCAAACACATTTATTATTT-AAA-T
1 ATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTAAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTATTTCAAACT
* * * *
199040 C-T-CTTATTGATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTGTTATTGTTA-TCCAAATAAGCTTGTATG
65 CTTGCTTATTAATTTTT-AAATATTATTAAATGAGAGTTATT-TTATTCCAAATAAGCTTATATG
* *
199102 ATCAAAAACAATTATTTTATGAC
128 AACAAAAACAATTATTATATGAC
199125 AAAACAAAGA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 16, Indels: 10
0.83 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 12 0.09
164 58 0.45
165 5 0.04
167 3 0.02
168 49 0.38
169 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (167 bp):
ATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTATTTCAAACTC
TTGCTTATTAATTTTTAAATATTATTAAATGAGAGTTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAAC
AAAAACAATTATTATATGACTGAACAAAAGGTCATAG
Found at i:199436 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 198974--200381 Score: 974
Period size: 182 Copynumber: 7.9 Consensus size: 182
198964 ACAAAAGGTC
* * * * ** * *
198974 ATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAA-CTATTTAAACTGGTTCGGCAAACACATTTATTATTTAA
1 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATCTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAA
* ** * * * * *
199038 A--TC-T-CTTATTGATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTGTTATTGTTA-TCCAAATAAGCTTG
66 ATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCGAATAAACTTG
* * * * * *
199098 TATG-ATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCACAATGATTTCAT
130 TATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* ** * * * * * *
199150 ATTGATGTTTGTTCAAATAGTCATAA-CTA-TTGAACTGGTTTG-GAAACA-ACTGTAGTTTTTA
1 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATCTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA-TTTATTTTTTA
* * * * * * **
199211 AATCTTTTGCTTATT-AGTTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGATAAGTTT
65 AATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTT
* * * * **
199275 TTACGAACTA-AAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AA
129 GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAA
* * * *
199329 ATAGATAATTATTCAAATAATCA-AATCTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTA
1 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATCTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTA
* * * * * *
199393 AATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTT-GTTCTGAATAAGCTT
65 AATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTT
* * * * * *
199457 GTATGAACTA-AAATAATAGTTTTATGACCAAAGAAAAGGTTAAAATGATTTGAA
129 GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * *
199511 ATAGAAAATTGTTCTAATAGTCTTAAT-TATTTGAACTAGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAA
1 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATCTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * *
199575 ATCTCTTACTTATTAA-----T-ACTA-T--TAAAGTAATATTATTTTAATAT-GAATAAACTTG
66 ATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAACTTG
* * * * * * * *
199630 TATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA-TAAAGATCGTAACGATTCGAG
130 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * *
199682 ATAGATAATTATTTAAATAGTCAT-AGCTATATGAAC-TGTTTCGATAAACAAATTTAGTTTTTA
1 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATCTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
** * * * * **
199745 AATCTCTT-C---TTAATTTTTAAAATATTAATAGATAAATATTATTTT-TTTTGAATAATTTTG
65 AATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTG
* *
199805 CATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
130 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * *
199858 ATAGATCATTGTTCAAATGGACATGAT-TATATGAATTTGTTC-AGTAAACA-ATTT-TTTTTTA
1 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATCTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTA
* * **
199919 AATCTCCTACCTAATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTT
65 AATCTCTTA-CTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTT
* * ** *
199984 GTATGAATACAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAATTATTTGAAA
129 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG-AA
* * * * * * * *
200039 ATAAATAATTATTTAAACATTCATAA-CTATTTGAAACGTGCTCGATAAACGGTTTTATTTTTTA
1 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATCTATTTG-AACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * *
200103 AGTCT-TTACTTTATTAA-ATTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAAATAACA
65 AATCTCTTAC-TTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAA-A
* * **
200166 CTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA--ATCTTTCA
126 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT-TTGAA
* * * *
200222 CTAGATAATTATTCAAAATAGTCATAA-CTATTTGAACATATTCAGA-AAAGAGATTTATTTTTT
1 ATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAATCTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTT
* * * * * *
200285 AAAT-TATTACTTAAT-ATTTTTGGAAATACTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGC
64 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAC
* * *
200347 TTGTAATGAACAGAAACAATTGTTTTTTAACAAAA
127 TTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
200382 ATAAATGCCA
Statistics
Matches: 966, Mismatches: 204, Indels: 119
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
170 3 0.00
171 70 0.07
172 48 0.05
173 4 0.00
174 33 0.03
175 54 0.06
176 91 0.09
177 12 0.01
178 60 0.06
179 65 0.07
180 77 0.08
181 92 0.10
182 179 0.19
183 94 0.10
184 37 0.04
185 43 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATCTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAA
ATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGT
ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
Found at i:200048 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 200025--200075 Score: 61
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
200015 ACAAAATATC
200025 ATAATTATTTGAAA-ATAA
1 ATAATTATTTGAAACATAA
**
200043 ATAATTATTT-AAACATTC
1 ATAATTATTTGAAACATAA
*
200061 ATAACTATTTGAAAC
1 ATAATTATTTGAAAC
200076 GTGCTCGATA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 3
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
17 3 0.11
18 21 0.75
19 4 0.14
ACGTcount: A:0.49, C:0.08, G:0.04, T:0.39
Consensus pattern (19 bp):
ATAATTATTTGAAACATAA
Found at i:200433 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 200260--200527 Score: 321
Period size: 147 Copynumber: 1.8 Consensus size: 146
200250 TATTTGAACA
* * *
200260 TATTCAGAAAAGAGATTTATTTTTTAAAT-TATTACTTAAT-ATT-TTTGGAAATACTAATAAAT
1 TATTCAGAAAACAAATTTACTTTTTAAATGTATTACTTAATAATTGTTT-G-AATACTAATAAAT
* * *
200322 TTATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTAATGAACAGAAACAATTGT-TTTT-TAACAAAAATA
64 TTATATTATTTTAATAGAAATAAGCTTGT-ATGAACAGAAA-AATT-TATTTTATAACAAAAATA
200385 AATGCCATAGCTACTTAAACT
126 AATGCCATAGCTACTTAAACT
* * * **
200406 TATTCAGTAAACAAATTTACTTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTGTTTGAATGTTAATAAATTT
1 TATTCAGAAAACAAATTTACTTTTTAAATGTATTACTTAATAATTGTTTGAATACTAATAAATTT
* * * *
200471 GTTTTATTTTAATAGAAATAAGCTTGTATGAATAGAGAAATTTATTTTATAACAAAA
66 ATATTATTTTAATAGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAATTTATTTTATAACAAAA
200528 CAAAAGATTA
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 15, Indels: 10
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
144 1 0.01
145 8 0.08
146 42 0.41
147 44 0.43
148 4 0.04
149 3 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (146 bp):
TATTCAGAAAACAAATTTACTTTTTAAATGTATTACTTAATAATTGTTTGAATACTAATAAATTT
ATATTATTTTAATAGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAATTTATTTTATAACAAAAATAAATGC
CATAGCTACTTAAACT
Found at i:200442 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 200421--200454 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
200411 AGTAAACAAA
*
200421 TTTACTTTTTAAATGT
1 TTTACTTATTAAATGT
*
200437 TTTACTTATTAATTGT
1 TTTACTTATTAAATGT
200453 TT
1 TT
200455 GAATGTTAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 16 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.06, G:0.06, T:0.65
Consensus pattern (16 bp):
TTTACTTATTAAATGT
Found at i:201458 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 200411--202965 Score: 1277
Period size: 181 Copynumber: 14.3 Consensus size: 181
200401 AAACTTATTC
* * * * * * *
200411 AGTAAACAAATTTACTTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTGTTTG-AATGTTAATAAATTTGTTT
1 AGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
200475 TATTTTAAT-AGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAGAA-ATTTATTTTATAACAAAACAAAAGATT
65 TATTTTATTCTG-AATAAGCTTATATG-ATGA-ACAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG-TT
* * ** * *
200537 -ATAGTGATTTGAAATAGGTAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTTG-TT
126 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT
* * * * * * * *
200591 CGATAAACAAATTCAGTTTTTAAATATC--A--TATTAATTTTTGAAATACTAATAAGTTAGAAT
1 AG-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * * * *
200652 TATGTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACATA-AATAATT-ATTTACTAACAAAACCAAAGGTC
65 TATTTTATTCT-GAATAAGCTTATATGATGA-ACAACAATTGTTTTA-TAACAAAACAAAAGTTC
* ** * * * * * **
200714 ATAATGATATGAGGTAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTACTTGTATTGGTCA
127 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT
** * * * *
200769 AGCCAACAAATTCATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTCATG--ATATTAATAAATTAGCA
1 AGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT--TGAAATATTAATAAATTAGTA
* ** ** ** * ** *
200832 TTACTTTATTCCAAATAAAATCGTATCAAT-AGA-AACAATTGTTTTATAACAAAACAAGTGGTC
64 TTATTTTATTCTGAATAAGCTTATAT-GATGA-ACAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTC
* * * * * * *
200895 ATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATTGTTATAACTAGTTGAATTGGTTT
127 ATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT
* * *
200950 AGTAAATATATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATT
1 AGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * ** * * * * * *
201011 ATTTTAATATGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTTTTTTACAACAAGACAAAAGGTT-GTA
66 ATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGATGAACAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GTTCATA
** * * * ** * * *
201075 ACAATTTAAAATAGATAATTATTCATATACCCTTAATTATTTGAACTGGTTT
130 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT
* * * * *
201127 AGCAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAACTTTCTT--AATATTATTAGATTAGT
1 AGTAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTT-TTGAAATATTAATAAATTAGT
* * ** * *
201190 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATA-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
63 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGATGA-ACAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GTT
** * *
201254 -ATAACAATTTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT
126 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT
* * ** * * * * *
201309 GGTAGATAGTTTTTTTTTTTTAAATGTCCTACTCATTAATTTTTAAAATATTAA-AAATTAGTAT
1 AGTAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
201373 TATTTTATTCTGAATAGGCTTATACGATGAACAACAATTTTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATA
65 TATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGATGAACAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATA
* * *
201438 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GACCATAATTATTTGAAC-----T
130 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAGTTT
** * * *
201485 -G-------ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAACTTTTGAAATATTAATAAAGTT--TAT
1 AGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * * *** * *
201540 TATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTG-A-AACAATTATTTTATTTTAAAACAAATGGTCA
65 TATTTTATTCTGAATAAGCTTATATG-A-TGAACAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCA
* * *
201603 TAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT-GTTCA-AA-TAGTCTTGATTATTTA-TATT
128 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTA-T-TTGA--A-CTAGT-TT
* * * * * * *
201660 TGTTCAGTAAACATTT-TTTTTTAAATTTCTTGCTTAGTAATTTTTTG-AATGTTAATAGAA-TA
1 AG-TAAAT-AA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATA-AATTA
* * * *
201722 GTATTATTTTATT-TCGAATAAGCATGA-ATGAACTG-A-AACAATTATTTTATGACTAAACAAA
61 GTATTATTTTATTCT-GAATAAGC-TTATATG-A-TGAACAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AA
* * * * * * *
201783 AAGTT-AGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTTGTTC
121 AAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT
* * * * * * ** **
201843 GGCAAACACATTTGTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT-ATAATATTATTAGTTTAACA
1 AGTAAATAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTA
* * * ** * *
201906 ATATTTTACTCCGAATAAGCTTATATGAACATA-AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCA
64 TTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGATGA-ACAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCA
* * ** *
201969 TAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACCGGTCT
128 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT
* * *
202023 AGTAAACT-GATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
1 AGTAAA-TAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* ** * * * * * * *
202083 TATTTTATTTTGAATAATTTTGTATAAAT-AAAAATAATTTTTTTATGATAAAACAAAA-TGTCA
65 TATTTTATTCTGAATAAGCTTATAT-GATGAACAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGT-TCA
* *
202146 TAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCA-TTC
128 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTT
** * *
202200 AGTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTTA-TAT
1 AGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT
* ** ** * * *
202264 TCTTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGA--ACCGAACCAATTGCTTTATGAA-AAAACAAAAAGGT
65 TATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGATGAAC-AA-CAATTGTTTTAT-AACAAAAC-AAAAGTT
** * * * * *
202326 CATTGTGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTAGTTGAACTTA-TTT
126 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTT
* * * * * * * *
202382 AGCAAACAGATTCT-TTTTTTAATTCTCTTGCTCATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAA
1 AGTAAATAAATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
202446 TATTTTACATC-AAATAAGCTTATATGAACT-TA-AACAATTGTTTTACT-ATAAAAGAAATGGT
65 TATTTTA-TTCTGAATAAGCTTATATG-A-TGAACAACAATTGTTTTA-TAACAAAACAAA-AGT
* * * * * * *
202507 T-AGAATAATTTGAAATAGCTAATTACTT-AAATAGTCA-AGACTATTTTACCTTG-TT
125 TCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTAGTTT
* * * * * * *
202562 CGATAAACATATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTAT
1 AG-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * ** * * *
202627 TTTTTTAATCCGAATACGCTTGTATGAACAAAAACTATTGTTTTATAACATAACAAAAAG-TCAT
65 TATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGATGAACAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAAGTTCAT
** * * ** *
202691 AACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTAAAACTTGTTT
129 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT
* *
202744 -GATAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAACAGATTAGTAT
1 AG-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
202804 TATTTTATT-TCAAACAAACTTATATGA-GCAAAAACATTTGTTTTATGACAAAAC---A----A
65 TATTTTATTCT-GAATAAGCTTATATGATG-AACAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCA
* * * *
202860 -AA-G-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGCA-TTGGTT
128 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT
* * *
202910 AGGTAAATAGAA-TTGTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATA
1 A-GTAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
202966 TGTTAGCTTT
Statistics
Matches: 1829, Mismatches: 410, Indels: 281
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
166 8 0.00
167 170 0.09
168 8 0.00
169 9 0.00
170 2 0.00
171 23 0.01
173 1 0.00
175 12 0.01
176 76 0.04
177 379 0.21
178 15 0.01
179 19 0.01
180 92 0.05
181 539 0.29
182 323 0.18
183 20 0.01
184 5 0.00
185 27 0.01
186 87 0.05
187 10 0.01
188 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGATGAACAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAA
TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT
Found at i:204959 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 204606--213362 Score: 2894
Period size: 181 Copynumber: 48.6 Consensus size: 179
204596 TATTCCTAAC
* * * * * *
204606 AAGCTAGTATGAATTGAAAAAAAGTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACA-ATTTGAAATA
1 AAGCTTGTATGAA-TG-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATA
* * * * *
204670 AATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
63 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AATAT
* * * * * *
204735 CTTAGTTATTGATTTTTGAAATATTATTAGATTTGTGTTATTTTATTTTGAAT
127 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * * * *
204788 AAGCTTGTATGAATGGAAATAATTTTTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTATA
1 AAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAA
* ** * * * *
204853 CAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAACTATCT
65 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAA-TATCT
* * * ** *
204918 TATTTTTTAATTTTTGCACGATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTTGAAT
129 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * ** * * *
204969 AAGCTTGTTTG-ATCAAAAACAATTGTTATATGACCAAATAAAAGGTAATAAAGATTTGAAATAG
1 AAGCTTGTATGAAT--GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAA
* * * * * * *
205033 ATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCGCTAAACAGATTTACTTTTTGA-ATC
64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATATC
205096 --ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
128 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * *
205146 AAGCTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGCTCATAATGAATTT-AAATAC
1 AAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAG-ATTTGAAATAA
* * * *
205210 ATAATTATTCCAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAA-ACT
64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAATA-T
* * * * * *
205274 ATTGCTTATTATTTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGAC
127 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * *
205327 AAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATG-TCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAA
1 AAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAA
* * * *
205391 ATAATTATCCAAATAGTCATAACAATTTAAACTTGTTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTCAA-AT
64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTT-AATAT
* ** * * * *
205454 CTTTTGCTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTACTTTGAAT
127 C--TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * *
205509 AAACTTGTAAGATATGAAACAAATATTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAG
1 AAGCTTGTATGA-ATGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATA-
* * * ** * ** *
205573 AA-AATTATTCTAGTAGTTTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAA-AT
63 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATAT
* * * * * ****
205635 CTTTTAATAATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATAAGTACTATTTT-TAACCAAAT
127 C--TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAAT
* * ** * * * * *
205690 AAGCTT-TGTGATTAGAAATGATTGTTTTGTGAACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAG
1 AAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATG-ATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAA
** * * * * * * * * *
205754 ATAATCATTCAAATTGCCATAATTATTTTAA-TTGAATCAATAAGCAAATTTATTTTTAAAATTT
64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTT-TAATAT
* * * * **
205818 TTTATTTAATAA-TTTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTCT
127 CTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * * * * * * **
205871 AAACTTGTATTAGCTGAAATAATTGTTTTATGACAAATCAATATGTTATAACAAATTTTTAAT-A
1 AAGCTTGTATGA-ATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAA
*** * * * * * * *
205935 GGCA--GTTTAAATAAT-ATTAACTATTTAAACTTGTT-TAGTATATAGATTTATTTTTTTAAAT
64 ATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTA-TTTTTT-AAT
* ** * * * * *
205996 CTCTTTTTTCTTAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAAT
125 ATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * *
206050 AAGCTTGTATGAAAT-AAACAATTTTTTTATAACT-AAACAAAAGGTCAT-AACATTTGAAATAG
1 AAGCTTGTATG-AATGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAA
* * * *
206112 ATAATTTTTCTAATAGTC-TGAACCATTTGAA-TTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAA-AT
64 ATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATAT
* * * * **
206174 CTATTATTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTGAATTCAAAT
127 C--TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* ** * * * * * ** *
206229 AAGCTTGTA-CAAACAAATAA-T-TTTTATTAAAAAAAAAAAGTTTGTACA-ATTTGAAATTCAT
1 AAGCTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAA-T-A-
** * * * * * * ** *
206290 TTTTGATTATTCATATAGTC-T--TTATTTGAAC-CGTT-TATAATTAGATTTA-TTTTT-A-AT
63 -AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATAT
* * * * *
206347 GTTA--TA--AGTTTTTGAAATATTATTAAATTAGTAAT-TTTTATTTTAAAAT
127 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GAAT
** * ** * * * * * * * **
206396 AATAAATT-AAAAAAT-ATAATATTTGTTGTGATGCT-AAA-ATAA--TTATATACTTTTGAAAT
1 -A-AGCTTGTATGAATGA-AACAATTGTT-TTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAAT
** * * * * **
206455 AGTTTAATTATTC-AATAGTTAAAACTATTTG-A-TT-TATGGATAAAGCATTAA-TTAAATTTT
62 A-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TCGATAAA-CA--AATTTATTTTTT
* * * *
206515 -A-AT-GTAATTA-T-ATATTTT-AAA-ATTAATAAATTAATGTTATT-TTTTATTCTGAAC
122 AATATCTTACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATT-A-G-TATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * * * ** * * *
206569 AATCATTATATTACA-AAAACAATTATTATTATTGA-CAATCATTA-TTAATAATA-TTTTGAAA
1 AAGC-TTGTATGA-ATGAAACAATTGTT-TTA-TGATAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAA
* * * * * * ** *
206630 TATAA-AATTATTTCAAATAG-CTACAATTATTGTTGAAATAGCTC-ATAATATTAA--TATTTC
61 TA-AATAATT-GTTCAAATAGTC-ATAACTA-T-TTGAACTTGTTCGATAA-ACAAATTTATTTT
* * * * **
206690 ATAA-ATCTTATACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTA-TTCCAATT
120 TTAATATC-T-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-T
* * * * * * *
206751 AAGCTTGTAT-AAGCTAAAATAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAGTA
1 AAGCTTGTATGAA--TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATA
** * ** * *
206814 AATAATTGTTCGTATAGTCTTAACTATTTGAACAGGTTC-ATCAAATAGATTTATTTTTTAAATA
63 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT-AAACAAATTTATTTTTT-AATA
* * * * * *
206878 TCTTAGTTATTAATTTTAG-AATTTTACTAAATTAGTATTATTTAATTATGAAT
126 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * *
206931 AAGCTTTTTTGAACAT-AAACAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACA-ATTTGAAATA
1 AAGCTTGTATG-A-ATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATA
** * * * * * * *
206994 GGTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAA-ATC
63 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATATC
* * * *
207058 -T-CTTATTAATTATAGAAATGTTAATAAATTA-TGATTATTTTATTTCGAAT
128 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAAT
** * * * *
207108 AAATTTGTATG-CTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTAATAACA-ATTTGAAATA
1 AAGCTTGTATGAATG--AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATA
** * * * * * * * * * * * *
207171 GGTAGTTATTCCAATGGCCATAATTATTT-AAATGGATTCAATAAGCTAATTTATTTTTTAAATC
63 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AATA
* * * * *
207235 TCTTATTTATTAATATTT-AAACTATTAATAAAGTATTATTATTTTATTTTG-GT
126 TCTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * * * * *
207288 AAGCTTTTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTATATAGA
1 AAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAA
* * * * * *
207353 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTTTTCGATAAATAGATTTATTTTTTCAAAACTC
65 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AATA-TC
* * * *
207418 ATT-CTTGTTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
128 -TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* ** * ** * * ** * ** * *
207470 AAGCTTGTATGAACT--TAGTATTATTTTAT--TCTAA-ATAAGCTTGT-ATGAACTAAAACAAT
1 AAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAA-
* * * * * * * * * ** *
207529 TATTATATGACTAAACAAAAAGTCAGAACGATTTGAAATAGAT-AATTATTCTAATAGTCTCAAC
64 -ATAAT-TG--T--TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAAC-AA-A-T-T-TA-
* * * * * * * * * **
207593 TATTTGAAT-TGGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT--T-TTGA-AATA
116 TTTTTTAATAT--CTT-----ACTTATTAATTTTTGAAATAT-TAATAAATTAGTATT-ATTTTA
*
207653 TTATTAAAT
172 TT-TTGAAT
* ** * * * * * ** * * *
207662 TAG-TAT-TATTTCATCTAAATAA--GCTTGTATGATCAGACACAATTGT-TTTATGA---GAAA
1 AAGCT-TGTA-TGAAT-GAAACAATTG-TTTTATGATAAAACA-AAAGGTCATAAAGATTTGAAA
* * * * * * * **
207719 -ACA-AA--GATCATAAT-GAT-TTGA-GA-TTGATATTTGTTCAAATATCCATAA-TTATTTGA
61 TAAATAATTGTTCA-AATAG-TCATAACTATTTGA-ACTTGTTC-GATAAACA-AATTTATTT--
* * * * * * * * *
207775 ACTAGTTCAAAAAAC-AAC-T-TTAGTTTTT-AAATCTCTAGCT-TATT-G-ATT-TTTGAAATA
119 --T--TT--AATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT-TA-ATAAATTAGTATTATTT--TATT
*
207832 TTAATAT
174 TTGA-AT
* * * * * * * ** * *
207839 AGTAGCATTATTTTATTTTG-GATAAGT-TTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTCTGACAAAACA
1 A--AGC-TTGTATGA--ATGAAACAATTGTTTTATG-A-TAAAACAAAAG------GTC---A-T
* * ** * ** * * *
207902 AAAGGTCAT-AACGACTTCAAATAGATAATTCTTTAATAGTCA-AATCTATTCAAATTTGTTTGG
49 AAAGAT-TTGAA--A--T-AAATA-ATTGTTC--AAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGA
* * * * *
207965 TAAACAGATTTATTTTTTTAA-ATCTTTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATT
104 TAAACAAATTTA-TTTTTTAATATC--TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
*
208029 ATTTTATTTTGGAT
166 ATTTTATTTTGAAT
* * * * *
208043 AAGCTTGTATGACATG-AATAATTATTTTATGAT-TAACAAAAGATCA-AAATGATTTGAAATAG
1 AAGCTTGTATGA-ATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAA-GATTTGAAATAA
* * * * * * * * * *
208105 ATAAATATTCTAATAGTCTTAACTATTTGCACTGGTTTGAAAAACACATTTATTTTTTAAAATC-
64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATATCT
* * * ** * *** *
208169 T-CTTACTAATTTTTGGAATTTTCTTAAATTAGTATTATTTTAATCCCAGT
129 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
** * * * * * *
208219 AAGCTTGTATGAAAAAAAACAAATGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACA-ATTTGAGATAG
1 AAGCTTGTATG-AATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAA
* * * * * * * * *
208282 ATAATTATTCAAATATTAAGAACTGTTTGAAC-TGTTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAA-ATC
64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATATC
* * * *
208345 -T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTCTGGAT
128 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
** * * *
208395 AATTTTGTATGAATAGAAACAATTAG-TTTATGAGAAAACAAAGGGTCAT--A-ATTTGAAATAG
1 AAGCTTGTATGAAT-GAAACAATT-GTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAA
* * * * * * * *
208456 ATAATTGTTAAAATGGACATGACTATTTGAATTTGTTCGGTAAATATATTTATTTTTTAA-ATCT
64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATATCT
***
208520 CCTA-TCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCCAAAT
129 --TACT-TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * ** *
208572 AAGCTTGTATGAAT-ATTAACAATTGTTTGATGATGAAACAAAAGATCATAACTATGTGAAATAA
1 AAGCTTGTATGAATGA--AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAA
* * * * *
208636 ATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGATAAAC-AATTTATTTTTAAAATTTT
64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTT-TAATATC
* * * *
208700 TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTCGAAT
128 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
** * * * * *
208752 GTGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-GAGTATATGAAATAA
1 AAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAG-ATTTGAAATAA
* *
208816 ATAATTGTTCAAATCA-TCATAACTATTTGAACATGTTCAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAAAT
64 ATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAATAT
* * * **
208879 TTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTGTTTTATTTCAAAT
127 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * *
208932 AATCTTGTATGAACAT-AAACAATTATTTTATGATAAAA-GAAA-GTCATAATGATTCGAAATAG
1 AAGCTTGTATG-A-ATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAA
* ** * * * *
208994 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAATAAACAGA-TCATATTTTATATCTC
64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTA-ATATC
* * * * * * *
209058 TTACTCAATAATATTTGAAATATTAATCAATTATTATAATTTTATTTCGAAT
128 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * ** * *
209110 AAGCTTATATGAACT-AATGCAATTATTTTATGATGGAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
1 AAGCTTGTATGAA-TGAA-ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAA
* * * *** * *
209174 ATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAAGGTATTTA-TTTTAAAAATC
64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAATATC
* ** ** ****
209237 TTTTACTTATT-GTCATTGAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTAACCCGAAT
128 --TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
** * * * * * *
209290 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAAAGTCAGAATGATTTGAAATAAA
1 AAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAA
* * * ** *
209355 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATTTTTCTTTTTTAA-ATCTT
65 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATATC--
* * * *
209419 TTATTTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGTTCAA-
128 TTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT-TTGAAT
* * * * * * ** * * ****
209472 ATAGTCAT-AACT-ATTCAAATAA--GCTTGTATGATAAAAAGCAATTGTTTTATAATA-AAACA
1 A-AG-CTTGTA-TGAATGAAACAATTG-TTTTATGAT-AAAA-CAAAAG-GTCATAA-AGATTTG
* * * * * * * * * * **** *
209532 AAAGGT-CATAA-TGATTTGAAAT--TGATAATTGTTT-AAATGGCCATAGTTATTTTAATTGAT
58 AAA--TAAATAATTG--TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG--TTCGATAAACAAATTTAT
* * * * * * * *
209592 TATGTAAATAAAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGA-AATATTAATA-AATTT
117 T-TTTTAAT--ATCTTACTTATT-AAT-T-TT--TGA--AATATTA-ATAA-ATTAGTATTATTT
**
209654 GTATTATTCTAT
170 -TATT-TTGAAT
** * ** * ****
209666 -ATTTTGTAT-AAGCTTGTATTAACTAAAATGATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-A
1 AAGCTTGTATGAA---TGAAACAATTGTTTT-ATG----AT---AAAACAAAAGGTCATAA-AGA
* * * * * * * ****
209728 TTTTAAATAGACAATTGCTCAAATAGTGC-TAACTATTTGAATTTGTTTGGTAATTTGATTTATT
54 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATT
* * * * *
209792 TTTTAAAATCTTA-TTA--ATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAAT
118 TTTTAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* *
209850 AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTCTTATGACT-AAACAAAAGGTCA-AAACAATTTGAAATA
1 AAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAAA-GATTTGAAATA
* * * * * *
209913 GATAATTGTTCTAGTAGTCTTAACCATATGAA-TTGGTTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
63 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTT-AAT
** * * * *
209976 ATCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTTGTATTCTTTTA-ATTGAAT
125 ATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * **
210030 AAGCTTGTATGAA-CAAAAAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGA
1 AAGCTTGTATGAATGAAACAA-TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAA
** * * * ** * *
210094 TAATCATTCATATAGT-ATTAACTATTTGAACTAGTT-TAGTAATTAGATTTATTTTTTAATTTT
65 TAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAA-TAT
* * * * * * *
210157 TTTGA-TTATTAA-GTTTCAAACTATTATTAAATTAGTATTATTTAATTCTAAAT
127 CTT-ACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
** * * * * * * **
210210 AAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATTG
1 -AAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAA
** * * ** ** * *
210275 ATAATCATTCACATAGT-ATTGACTATTTGAACAGGTTCGATAATTAGATTTATTTTTTTAATTT
64 ATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAA-TA
* ** * * * * *
210339 TCCTGGTTATTAAGTTTTGAATTATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT
126 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
** * * * * * * * * *
210393 AAAATAGTATGAACAGAACCAATTATTTGATGACAAAACAAAAGATTATAACA-ATTTGAAATAG
1 AAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAA
* * * * ** * * *
210457 ATAATTATT-AAATAGTCA-AAGCTATTTGAAATGGTTTGGCAAACATATTTACTTTTTAAATCT
64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAATAT
* * ** *
210520 CTTACTAATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAC
127 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * ** * * ** * * *
210573 AAACTTATGTGAACAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAATAAT-AACATTTGAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAA
* * * * * * * * *
210637 TAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC-GGTTTGGTACATAC-AA-TTCTTCTTAAATCTC
65 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATA-A-ACAAATTTATTTTTTAATATC
* ** * * * ***
210699 TTCCTTAGAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAAT
128 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * * * * *
210751 AAAACTTGTATGAGCTGAAATAATTGCTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
1 -AAGCTTGTATGA-ATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAA
* * * * * * * * * * * *
210816 TTAATTATTCATATAGTCTTAATTGTTTAAACTAGTTC-AGCAAGCAGATTTATTTTTTAAATCT
64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTT-AATAT
* * ** * ***
210880 CTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
127 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
** * * ** * * * *
210933 AAATTTGTATGAAAAGAAATAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTTATAACA-ATTAGAAATAG
1 AAGCTTGTATG-AATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAA
* * * *
210997 ATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTTA-ATC-
64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATATCT
* * **
211060 T-CTTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
129 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * * * * * *
211110 AAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTATTTTATAACAAAACGAAAGGTAATAATGGTTTAAAATAG
1 AAGCTTGTATGAATG--AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAA
* * * * * * *
211174 ATAATTATTC-AAT-GCCATAATTATTTGAA--TGATTTGGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCT
64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AATAT
** *
211235 CTTACTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGAA-
127 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GAAT
* * * * * *
211288 AAGCTT-T-T--AT--AACAATTATTTTATGACAAGACAAAAGTTCATAACA-ATTTTAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAAA
* * * * * *
211346 TAATTGTTCAAATAATCGTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAA-ATCT
65 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AATATCT
* ** * * *
211410 CTAGCTTTTTAA-TTTCAAAATGTTAATAAATCAATATTATTTTATTTTGAAT
129 -TA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
** * * * * * * * * *
211462 AATTTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAGCCAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAA
* * ** * * *
211527 TAATTGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTAACTTTTTAA-ATCAC
65 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATAT--C
* **
211591 TGACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
128 TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* ** * * * * *
211643 AAGCTTGTATGAACTGAAACAATT-ATTTATGGCAAAACAAAAAGTCATAACGATTTTAAGTAGA
1 AAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAA
* * * * * * * * *
211707 CAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTTGTT-TAGTAAATAAACTTATTTTTTTA-ACCT
65 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAATATCT
* * *
211770 TGCTTATTAA-TTTTGTAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGAT
129 TACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * *
211821 AAGCTTTTAT-ATACTGAAACAATTATTTGATG-TCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTG-AAT
1 AAGCTTGTATGA-A-TGAAACAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAAAGA-TTTGAAAT
* * * * *
211883 AAATAATTATTCAAATTGTCAAAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAAGAGATTTTATTTTTTTCA
62 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACA-AATTTA-TTTTTT-A
* * * * * * * *
211947 AGTCTTTTGCTTATTAATTTTT-AAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCTAAAT
123 A-TATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * ** * * * *
212004 AAGCTTGTAAGATATGAAACAA--ATAAT-TGACT-AAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAG
1 AAGCTTGTATGA-ATGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAA
* * ** * * *
212065 ATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTC-A-ACAACACATTTATTTTTTAAATCT
64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATA-AACAAATTTATTTTTT-AATAT
* ****
212128 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAAT
127 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAAT
* * * * * * **
212181 AAGCTTTTATG-ATCAAGAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGATCTTAACGATTTGAGATTG
1 AAGCTTGTATGAAT-GA-AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAA
* * * *
212244 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AATATC
*
212309 TTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
128 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * *
212361 AAACTTATATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA-ATTTGAAATA
1 AAGCTTGTATGAAT--GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATA
* * * * * * *
212424 GATAATTATTCAAAT-GGCTATAATTATTTTAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT
63 AATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAT
* ** * *
212487 TTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-ATCT
125 ATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-AT
* * * * ** * * * **
212542 AAGCTTGTATTAACTGAAGCAATAGTTTTATGGTAAATTAAAAGGTTATAATGATTTTAAATGGA
1 AAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAA
* * * * *
212607 CAATTGTTCAAATAGTAATAACAATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTAGTTTTTTAA-ATCT
65 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAATATC-
* * ** * * *
212671 TTTTCTTATTATTTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTG-A-
128 -TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * *
212722 AA----G-A--ATTGAAACAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAA
** * * *
212779 TAATTGTTTTAATAGTCTTAACCATTTGAAC-TGATT-TAGTAAACAAATTTATTTTTTAA-ATC
65 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAATATC
* * * *
212841 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTATTTTAATCTGAAT
128 --TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
*** * * * * * * *
212895 AAAAGTGTATGAATAAAACAATTCTTTTTACGACAAAACTATAGGTCATAACA-ATTTGAAATAG
1 AAGCTTGTATGAATGAAACAATT-GTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAA
* * * * * ** * * * *
212959 ATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCCACAATTACATTTA-ATTTTAATTTTT
64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAA-TATC
** * ** ** * ***
213023 TTGGTTATTAA-GTTCCATAATATTTTTGAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
128 TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
** * ** * * * * * * *
213075 AAAATAGTACAAATAGAAGCAATTATTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATA-A
* * * * * * * * *
213140 A-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATATATTTACTTTTTAAATCTC
64 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAATATC
* ** *
213204 TTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAC
128 TTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * ** * * * * * *
213256 AAACTTATATTAACAAAAACAATGGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAA
* * * *
213321 TAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCGATAA
65 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAA
213363 GTTATAATTA
Statistics
Matches: 6441, Mismatches: 1597, Indels: 1075
0.71 0.18 0.12
Matches are distributed among these distances:
165 5 0.00
166 17 0.00
167 34 0.01
168 19 0.00
169 19 0.00
170 9 0.00
171 130 0.02
172 95 0.01
173 44 0.01
174 159 0.02
175 68 0.01
176 310 0.05
177 599 0.09
178 429 0.07
179 526 0.08
180 1337 0.21
181 1463 0.23
182 550 0.09
183 166 0.03
184 70 0.01
185 37 0.01
186 35 0.01
187 12 0.00
188 9 0.00
189 8 0.00
190 2 0.00
191 17 0.00
192 23 0.00
193 36 0.01
194 24 0.00
195 6 0.00
196 9 0.00
197 10 0.00
198 16 0.00
199 19 0.00
200 32 0.00
201 22 0.00
202 11 0.00
203 2 0.00
204 17 0.00
205 12 0.00
206 9 0.00
207 11 0.00
208 11 0.00
209 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AAGCTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATATCTTA
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
Found at i:205308 original size:358 final size:358
Alignment explanation
Indices: 204622--213362 Score: 4388
Period size: 358 Copynumber: 24.3 Consensus size: 358
204612 GTATGAATTG
* * * * * *
204622 AAAAA-AAGTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACA-ATTTGAAATAAATAATTGTTCATAT
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * *
204685 AGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTGATTT
65 AGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCACTTA-TTA---ATTT
* * * * * *
204750 TTGAAATATTATTAGATTTGTGTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TGGAAATAATTTT
126 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGT
* * * * * * * * *
204814 TTTATGATAGAATAAAAGGTTATAACG-ATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
190 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
** * * * * * * * * * * **
204878 TCAAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAACTATCTTATTTTTTAATTTTTGCACGATTAA
255 TTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * *
204943 TAAATTAGTATTATTTTACTTTGAATAAGCTTGTTTGATC
320 TAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * *
204983 AAAAACAATTGTTATATGACCAAATAAAAGGTAATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATA
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
205048 GCCATAATTATTTGAACTGATTCGCTAAACAGATTTACTTTTTGAATCACTTATTAATTTTTGAA
66 GTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAA
* *
205113 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATG
131 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
205178 ATAAAACAAAAGCTCATAATGAATTT-AAATACATAATTATTCCAATAGTCATAACTATTTGAAT
196 ACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
205242 TTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTATTGCTTATTATTTTTTGAAATATTAAGAAAT
261 TTGTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
** * * *
205306 TAGTATTATTTTATTTTGGACAAGCTTTTATGAAT
325 TAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAAC
** * * * * *
205341 TGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATCCAAATA
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * *
205406 GTCATAACAATTTAAACTTG-TTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAAT
66 GTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGA-TAAACAGATTTATTTTTT-AAATC----ACTTATTAAT
** * * * * * * *
205469 TTTTTTAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTACTTTGAATAAACTTGTAAGATA-TGAAACAAAT
124 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATT
* * * * * * **
205533 ATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAAAG-ATTTGAAATAGAAAATTATTCTAGTAGTTTTAACT
188 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
** * * * *
205597 ATTTGAA-TTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTAATAATTAATTTTT-AGAATA
253 ATTTGAACTT-GTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATA
* * * *** * **
205660 TTATTAAATAAGTACTATTTTTAACCAAATAAGCTT-TGTGATT
316 TTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAAC
* ** * * * *
205703 AGAAATGATTGTTTTGTGAACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT
1 AAAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * * * * * ***
205768 TGCCATAATTATTTTAATTGAATCAATAAGCAAATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTAATAATTT
65 AGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCACTTA-TTAAT--TTT
* ** * * * *
205833 AGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTCTAAACTTGTATTAGCTGAAATAATTGTT
127 TG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
* * * * ** ** ** * *
205898 TTATGACAAATCAATATGTTATAACAAATTTTTAATAG-GCAGT-TT-AAATAAT-ATTAACTAT
191 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTAT
* * * * ** * *
205959 TTAAACTTGTTT-AGTATATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTTTTCTTAATTTTTG-AATGTT
255 TTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
*
206022 AATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-
318 AATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
206063 ATAAACAATTTTTTTATAACTAAACAAAAGGTCAT-AACATTTGAAATAGATAATTTTTCTAATA
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
206127 GTC-TGAACCATTTGAATTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTATTATTTATTAATTT
66 GTCAT-AACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTT
* * * ** ** *
206191 TTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTGAATTCAAATAAGCTTGTACAAAC--AAATAA-T-TT
126 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
* * * * ** * ** * * *
206252 TTATTAAAAAAAAAAAGTTTGT-A-CAATTTGAAATTCATTTTTGATTATTCATATAGTC-T--T
191 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTGAAA-T-A--GATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* ** * * *
206312 TATTTGAAC-CGTTT-ATAATTAGATTTA-TTTTT-AA--TGTTA--TA--AGTTTTTGAAATAT
252 TATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * ** *
206367 TATTAAATTAGTAAT-TTTTATTTTAAAATAA---TAAATTAA-
317 TAATAAATTAGTATTATTTTA-TTT-AAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * ** *
206406 AAAATATAATAT-TTGTTGTGATGCTAAA-ATAA--TTATATACTTTTGAAATAGTTTAATTATT
1 AAAA-ACAAT-TGTT-TTATGA--CAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAG-ATAATTATT
* * * * * * * ** * *
206467 C-AATAGTTAAAACTATTTG-ATTTA-TGGATAAAGCATTAATTAAATTTT-AAT--GTAATTAT
60 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAA-CA-GATTTATTTTTTAAATCACTTATTA-
* * * * * **
206526 ATATTTT-AAA-ATTAATAAATTAATGTTATT-TTTTATTCTGAACAATCATTATAT-TACAAAA
122 AT-TTTTGAAATATTAATAAATT-A-G-TATTATTTTATTTTGAATAAGC-TTGTATGAACTGAA
* * ** * * * * *
206587 ACAATTATTATTATTGAC-AATCATTA-TTAATAAT-ATTTTGAAATATAAAATTATTTCAAATA
182 ACAATTGTT-TTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATA
* * * * * * ** ** *
206649 G-CTACAATTATTGTTGAAATAG-CTCATAATATTAA--TATTTCATAAATCT-TATACTTATAA
244 GTC-ATAACTA-T-TTGAACTTGTTTGATAA-ACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTA
* * * *
206709 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCAATTAAGCTTGTAT-AAGC
304 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAA-C
* * * * * * * * **
206765 TAAAATAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAGTAAATAATTGTTCGTAT
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * *
206829 AGTCTTAACTATTTGAACAGGTTC-ATCAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTAGTTATTAATT
65 AGTCATAACTATTTGAACTGATTCGAT-AAACAGATTTATTTTTT-AA-ATC--ACTTATTAATT
* * * * * * * *
206893 TTAG-AATTTTACTAAATTAGTATTATTTAATTATGAATAAGCTTTTTTGAACAT-AAACAATTA
125 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTG
* * * * *
206956 TTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAA-CAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTCATAACTA
189 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * * *
207020 TTTGAAATGGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTATAGAAATGTTA
254 TTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* ** ***
207081 ATAAATTA-TGATTATTTTATTTCGAATAAATTTGTATGCTG
319 ATAAATTAGT-ATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * *
207122 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTAATAACA-ATTTGAAATAGGTAGTTATTCCAAT
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * * *
207186 GGCCATAATTATTT-AAATGGATTCAATAAGCTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAAT
65 AGTCATAACTATTTGAACT-GATTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATT--T
* * * * * * *
207249 ATTTAAACTATTAATAAAGTATTATTATTTTATTTTG-GTAAGCTTTTATGAACTAAAAAAATTG
126 -TTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG
* * * * *
207313 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATG-ATTTTATATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTA
189 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
207377 TTTAAACTT-TTTCGATAAATAGATTTATTTTTTCAAAACTCATT-CTTGTTAATTTTTTG-AAT
254 TTTGAACTTGTTT-GATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTC-TTACTTATTAA-TTTTTGAAAT
*
207439 GTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC
315 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAAC
** ** * * * * ** * * * * * * * * **
207484 --TTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATT--ATTATATGACTAAA
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA--AAG-GT-CA-T-AAAGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * *
207544 CAAAAAGTCAGAACGATTTGAAATAGATAAT-TATTCTAATAGTCTCAACTATTTGAATTGGTTT
60 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GAT--TCGA---TAA-A----C-A-GATTT--ATT--TTT
* * * * * * * * * * * * *
207608 GGCAAA-CA--TATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA
108 --TAAATCACTTATTAATTTTTGAAA--TATTAATAA-ATTAGTATTATT-TT-ATTTTGAATAA
* * * * *
207670 --TT-TCATCTAAAT-AAGCTTGTATGATCAGACACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCAT
166 GCTTGT-AT-GAACTGAAAC----------------AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * ** * *
207730 AATG-ATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATA-TCCATAATTATTTGAACTAGTTCAAAAAACAAC
213 AATGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAA
* * * * *
207793 TTTAGTTTTTAAATCTC-TAGCTTATTGATTTTTGAAATATTAATATAGTAGCATTATTTTATTT
277 TTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
** * *
207857 TGGATAAGTTTTTATGAAC
340 TAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
207876 TAAAACAATTGTTTTCTGACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTCAAATAGATAATTCTT-TAATA
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
** * * * * *
207940 GTCA-AATCTATTCAAATTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAAT
66 GTCATAA-CTATTTGAA-CTGATTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATC----ACTTATTAAT
* * * *
208003 TTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTGTATG-ACATG-AATAATT
124 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATT
* ** * * * * *
208066 ATTTTATGA-TTAACAAAAGATCAAAATG-ATTTGAAATAGATAAATATTCTAATAGTCTTAACT
188 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
208129 ATTTGCACTGGTTTGAAAAACACATTTATTTTTTAAAATCTCTTAC----TAATTTTTGGAATTT
253 ATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
** *** * *
208190 TCTTAAATTAGTATTATTTTAATCCCAGTAAGCTTGTATGAAA
317 TAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * *
208233 AAAAACAAATGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACA-ATTTGAGATAGATAATTATTCAAAT
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * * * * *
208296 ATTAAGAACTGTTTGAACTGTTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAA
65 AGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGA
* * * **
208361 AATATTAATATATTAGTATTATTTTATTCTGGATAATTTTGTATGAA-TAGAAACAATTAG-TTT
130 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATT-GTTTT
* * * * * * *
208424 ATGAGAAAACAAAGGGTC---AT-AATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATGGACATGACTATTTG
193 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * *
208485 AATTTGTTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TCTATTAATTTTT-AGAATATTAAT
258 AACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGA-AATATTAAT
* *
208548 AAATTAGTATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT
321 AAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAAC
** * ** * ** * * * *
208586 ATTAACAATTGTTTGATGATGAAACAAAAGATCATAACTATGTGAAATAAATAATTGTTCAAACA
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * *
208651 GTCATAACTATTTGAACTTG-CTCGATAAACA-ATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTT
66 GTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA----TCACTTATTAATTT
* * * * ** * *
208714 TTAAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTCGAATGTGCTTGTATGAACAGAAACAATTATT
126 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
* * * * *
208779 TTATGACAAAACAAAAGGTCATGA-GTATATGAAATAAATAATTGTTCAAATCA-TCATAACTAT
191 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AGTCATAACTAT
* * *
208842 TTGAACATGTTCAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAAAT-T-TTGCTTATTAATTTTTGAAATATT
255 TTGAACTTGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* *
208904 AATAAATTTA-TATTGTTTTATTTCAAATAATCTTGTATGAAC
318 AATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
208946 ATAAACAATTATTTTATGATAAAA-GAAA-GTCATAATGATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATA
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* ** * * * * *
209009 GTCATAACTATTTGAACTTATTTAATAAACAGA-TCATATTTTATATCTCTTACTCAATAATATT
66 GTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCACTTA-T---TAATTTT
* * * * * * *
209073 TGAAATATTAATCAATTATTATAATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACT-AATGCAATTATT
127 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAA-ACAATTGTT
*** * * *
209137 TTATGATGGAACAAAAGGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATT
191 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* *** ** * * **
209201 TGAACTTG-TTCAGTAAAGGTATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATT-GTCATTGAAATATTAA
256 TGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
** ****
209264 TAAATTAAAATTATTTTAACCCGAATAAGCTTGTATGAAC
320 TAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
209304 AAAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAAAGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * ** * *
209369 GTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATTTTTCTTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTGT
66 GTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATT-T
* *
209434 CT-AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAATAAGCTT
126 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A-T-TT----T-G-------------AATAAGCTT
* * * *
209498 GTATG-A-TAAAAAGCAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATTGATAA
170 GTATGAACT-GAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTGAAATAGATAA
* * * * ** * *
209560 TTGTTTAAATGGCCATAGTTATTTTAA-TTGATTATG-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
233 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * ** *
209623 ACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTTGTATTATTCTATATTTTGTATAAGCTTGTATTAA
296 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-T-TA-TTTAAATAAGCTTGTATGAA
209688 C
358 C
* ** * * **
209689 TAAAATGA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTTAAATAGACAATTGCTCAAAT
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * ***
209752 AGTGC-TAACTATTTGAATTTG-TTTGGTAATTTGATTTATTTTTTAAA--ATCTTATTAATTTT
65 AGT-CATAACTATTTGAA-CTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCA-CTTATTAA-TTT
* * * *
209813 TTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTC
126 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
* ** * * * * * *
209877 TTATGACTAAACAAAAGGTCA-AAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAGTAGTCTTAACCATA
191 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * ** *
209941 TGAA-TTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAT
256 TGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * *
210005 TAAATTTGTATTCTTTTAATTGAATAAGCTTGTATGAAC
320 TAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * *
210044 AAAAA-ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATCATTCATATA
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * ** * ***
210108 GT-ATTAACTATTTGAACTAGTTTAG-TAATTAGATTTATTTTTTAATTTTTTTGATT-ATTAAG
66 GTCA-TAACTATTTGAACT-GATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCACTT-ATTAATT---
* * * * * ** * *
210170 TTTCAAACTATTATTAAATTAGTATTATTTAATTCTAAATAAAAATAGTATGAA-TAGAACCAAT
125 TTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGAACT-GAAACAAT
* * * * * *
210234 TGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAATG-ATTTGAAATTGATAATCATTCACATAGT-ATTGA
187 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAA
** * ** * * * * ** * *
210297 CTATTTGAACAGGTTCGATAATTAGATTTATTTTTTTAATTTTCCTGGTTATTAAGTTTTGAATT
251 CTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* ** *
210362 ATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAAATAGTATGAAC
315 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * *
210407 AGAACCAATTATTTGATGACAAAACAAAAGATTATAACA-ATTTGAAATAGATAATTATT-AAAT
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * ** * * *
210470 AGTCA-AAGCTATTTGAAATGGTTTGGCAAACATATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATT
65 AGTCATAA-CTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATT
* ** * * * * ** *
210534 TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATGTGAACAAAAACAATTTT
125 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * * *
210599 TTTATGACAAAACAAAA---AATAATAACATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTA
190 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * ** *
210661 TTTGAAC-GGTTTGGTACATAC-AA-TT-CTTCTTAAATCTCTTCCTTAGAAAATTTTGAAATAT
254 TTTGAACTTGTTTGATA-A-ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * *
210722 TAACAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAATAAAACTTGTATGAGC
317 TAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAAT-AAGCTTGTATGAAC
** * * * * * * *
210766 TGAAATAATTGCTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGTTAATTATTCATATA
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
210831 GTCTTAATTGTTTAAACT-AGTTC-AGCAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATT
66 GTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCACTTA--T-T-AATT
** * *** ** ** *
210894 TTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAATTTGTATGAAAAGAAATAATTGT
125 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
** * * * * *
210959 TTTACAACAAAACAAAAGGTTATAA-CAATTAGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTAT
190 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * *
211023 TTGAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAATCTCTTAC----TAATTCTTGAAATATTAA
255 TTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
***
211084 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTG
320 TAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
211124 AAAAACAATTATTTTATAACAAAACGAAAGGTAATAATGGTTTAAAATAGATAATTATTC-AAT-
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * *
211187 GCCATAATTATTTGAA-TGATTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
66 GTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTT
** * *
211250 TAAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGAA-AAGCTT-T-T--A-T--AACAATTAT
126 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * * * * *
211307 TTTATGACAAGACAAAAGTTCATAA-CAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCGTAACTAT
190 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * ** *
211371 TTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTC-TAGCTTTTTAA-TTTCAAAATGTT
255 TTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * ** *
211434 AATAAATCAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAAC
318 AATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
211476 AGAAACAATTATTTTATGACAAAGCCAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
211541 GACATGACTATTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTAACTTTTTAAATCACTGACTTATTAATTTT
66 GTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT--C--ACTTATTAA-TTT
** *
211606 TTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT-AT
126 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
* * * * * * *
211669 TTATGGCAAAACAAAAAGTCATAACG-ATTTTAAGTAGACAATTATTCAAATAGTCATAATTATT
191 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
211733 TGAATTTGTTT-AGTAAATAAACTTATTTTTTTAA-C-CTTGCTTATTAA-TTTTGTAAATATTA
256 TGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTA
* ** *
211794 AGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT-ATAC
319 ATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGA-AC
** * * * * *
211835 TGAAACAATTATTTGATGTCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTG-AATAAATAATTATTCAAAT
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * *
211899 TGTCAAAACTATTTGAACTTG-TTC-AGTAAAGAGATTTTATTTTTTTCAAGTCTTTTGCTTATT
65 AGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGA-TAAACAGA-TTTA-TTTTTT-AAATC----ACTTATT
* * * * * *
211962 AATTTTT-AAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACA
121 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACA
* ** * * * * **
212025 A--ATAAT-TGACTAAACAAAAGGTTAGAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTA
185 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * *
212086 ACTATTTGAACTAG-TTCA-ACAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
250 ACTATTTGAACTTGTTTGATA-AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* *** * *
212149 TATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCAAATAAGCTTTTATGATC
314 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * * *
212195 AAGAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGATCTTAACGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATA
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
212259 GTCATAACTATTTGATCTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT
66 GTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTT
* * * **
212324 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGATCAAAAACAATTGTTT
127 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTT
* * * *
212389 TATGACAAAACAAAAAGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCTATAATTATT
192 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATT
* * * **
212452 TTAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAA
256 TGAACTTG-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
** *
212516 TAAATTAGTATTATTTTATTCTATCTAAGCTTGTATTAAC
320 TAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAAC
** * * ** ** * * * * * *
212556 TGAAGCAATAGTTTTATGGTAAATTAAAAGGTTATAATGATTTTAAATGGACAATTGTTCAAATA
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * *
212621 GTAATAACAATTTGAACTTG-TTCAATAAACATATTTAGTTTTTTAAATCTTTTTCTTATTATTT
66 GTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATC----ACTTATTAATT
** * * * *
212685 TTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTG---AA------A-GAATTGAAACAATTGT
125 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * * * ** * *
212740 TTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACG-ATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACCAT
190 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
*
212804 TTGAAC-TGATTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
255 TTGAACTTG-TTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * ***
212867 ATTAAATTAGAATTATTTTAATCTGAATAAAAGTGTATGAA-
318 AATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
212908 TAAAACAATTCTTTTTACGACAAAACTATAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCATA
1 AAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * ** * *** *** *
212972 TAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCCACAATTACATTTAATTTTAATTTTTTTGGTTATTAA-GT
64 TAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTT-ATTTT--TTAAATCACTTATTAATTT
** ** * *** ** * * * * *
213036 TCCATAATATTTTTGAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTA-CAAATAGAAGCAATTA
126 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTG
* * * *
213100 TTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATG-ATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAACTA
189 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
213164 TTTGAAATGGTTTGGTAAATATATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATT
254 TTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATT
* * * *
213228 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAAC
318 AATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAAC
* * * *
213270 AAAAACAATGGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
1 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* *
213335 GTTATAATTATTTGAACT-AGTTCGATAA
66 GTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGATAA
213363 GTTATAATTA
Statistics
Matches: 6373, Mismatches: 1515, Indels: 984
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
338 15 0.00
339 6 0.00
340 17 0.00
341 14 0.00
342 13 0.00
343 16 0.00
344 24 0.00
345 70 0.01
346 39 0.01
347 14 0.00
348 97 0.02
349 14 0.00
350 12 0.00
351 92 0.01
352 165 0.03
353 299 0.05
354 146 0.02
355 283 0.04
356 119 0.02
357 489 0.08
358 981 0.15
359 462 0.07
360 615 0.10
361 743 0.12
362 498 0.08
363 425 0.07
364 81 0.01
365 16 0.00
366 4 0.00
367 4 0.00
368 3 0.00
369 1 0.00
371 1 0.00
373 5 0.00
374 1 0.00
375 21 0.00
376 16 0.00
377 25 0.00
378 30 0.00
379 42 0.01
380 19 0.00
381 7 0.00
382 104 0.02
383 25 0.00
384 84 0.01
385 27 0.00
387 1 0.00
389 8 0.00
390 16 0.00
391 15 0.00
392 51 0.01
393 64 0.01
394 28 0.00
395 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
GTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
AGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAAC
Found at i:206209 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 206157--206209 Score: 56
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
206147 TTCAATAAAC
* *
206157 AAATTTATTTTTTAAATCTATTATT
1 AAATTAATTTTTGAAA-CTATTATT
*
206182 -TATTAATTTTTGAAA-TATTATT
1 AAATTAATTTTTGAAACTATTATT
206204 AAATTA
1 AAATTA
206210 GTATTATTTG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 4
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
22 7 0.30
23 4 0.17
24 12 0.52
ACGTcount: A:0.40, C:0.02, G:0.02, T:0.57
Consensus pattern (24 bp):
AAATTAATTTTTGAAACTATTATT
Found at i:207042 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 206691--207483 Score: 580
Period size: 180 Copynumber: 4.4 Consensus size: 180
206681 TAATATTTCA
* * * * *
206691 TAAATCT-TATACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTC-CAATTAAG
1 TAAATCTCT-TACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAG
* * * * * *
206754 CTTGTAT-AAGC-TAAAATAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAGTAAAT
63 CTTGTATGAA-CAT-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
** * * *
206817 AATTGTTCGTATAGTCTTAACTATTTGAACAGGTTCA--TCAAATAGATTTATTTTT
126 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-AGGT-AAACAGATTTATTTTT
* * * * * *
206872 TAAATATCTTAGTTATTAATTTTAGAATTTTACTAAATTAGTATTATTTAATTATGAATAAGCTT
1 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
* * * * * * * *
206937 TTTTGAACATAAACAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGGTAATTA
66 GTATGAACATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* *
207002 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTAGGTAAATAGATTTATTTTT
131 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAGATTTATTTTT
* * *
207052 TAAA--TC-T-CTTATTAATTATAGAAATGTTAATAAATTA-TGATTATTTTATT-TCGAATAAA
1 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCT-GAATAAG
* *** * * * * * * *
207111 TTTGTATGCTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTAATAACAATTTGAAATAGGTAG
63 CTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * *
207176 TTATTCCAATGGCCATAATTATTT-AAATGGATTCA-ATAAGCTA-ATTTATTTTT
128 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TT-AGGTAAAC-AGATTTATTTTT
* * * * *
207229 TAAATCTCTTATTTATTAATATTTA-AACTATTAATAAAGTATTATTATTTTATTTTG-GTAAGC
1 TAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
* * * * * * *
207292 TTTTATGAAC-TAAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTATATAGATAA
64 TTGTATGAACAT-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * ** * * *
207356 TTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTTTTCGATAAATAGATTTATTTTT
128 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAGATTTATTTTT
* * * * *
207409 TCAAAACTCATT-CTTGTTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG
1 T-AAATCTC-TTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG
207473 CTTGTATGAAC
63 CTTGTATGAAC
207484 TTAGTATTAT
Statistics
Matches: 484, Mismatches: 99, Indels: 57
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 20 0.04
177 121 0.25
178 4 0.01
179 4 0.01
180 212 0.44
181 98 0.20
182 25 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
GTATGAACATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAGATTTATTTTT
Found at i:207495 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 207448--207520 Score: 146
Period size: 36 Copynumber: 2.0 Consensus size: 36
207438 TGTTAATAAA
207448 TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC
1 TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC
207484 TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC
1 TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC
207520 T
1 T
207521 AAAACAATTA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 37 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.11, T:0.48
Consensus pattern (36 bp):
TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC
Found at i:207495 original size:537 final size:532
Alignment explanation
Indices: 204606--233529 Score: 7610
Period size: 538 Copynumber: 53.5 Consensus size: 532
204596 TATTCCTAAC
* * * * * ** *
204606 AAGCTAGTATGAATTGAAAAAAAGTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACAATTTGAAATAA
1 AAGCTTGTATGAACT-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * *
204671 ATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * *
204736 TTAGTTATTGATTTTTGAAATATTATTAGATTTGTGTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
129 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * * *
204801 -TGGAAATAATTTTTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAA
193 CT---AACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
** * * * * *
204865 TAGTCATAACTATTCAAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAACTATCTTATTTTTTAATT
255 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA--ATC-T-CTTATTAATT
* ** * * * *
204930 TTTGCACGATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTT-GAATAAGCTTGTTTGATCAAAAACAATTG
316 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTA
* * * * * * *
204994 TTATATGACCAAATAAAAGGTAATAA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTA
380 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
** * *
205058 TTTGAACTGATTCGCTAAACAGATTTACTTTTTGAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTA
444 TTTGAACTG-TTCAATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
**
205119 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
506 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * *
205146 AAGCTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGCTCATAATGAATTT-AAATAC
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAG
* * * * *
205210 ATAATTATTCCAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CT
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCT
* * * * * * *
205274 ATTGCTTATTATTTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGACAAGCTTTTATGA
128 CTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
* * ** * * *
205339 ATTGAAACAATTGTTTTATG-TCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATCCAA
192 ACT--AACAATTATTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * ** *
205403 ATAGTCATAACAATTTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAA
254 ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATC---T-CTTATTAA
** * * * * * *
205468 TTTTTTTAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTACTTT-GAATAAACTTGTAAGATA-TGAAACAA
314 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAA
* * * * * * **
205531 ATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAGTAGTTTTAA
377 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* **** * * *
205595 CTATTTGAATTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTAATAATTAATTTTTAGAATA
441 CTATTTGAACT-GTTCAATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATA
* * * **
205660 TTATTAAATAAGTACTATTTT-TAACCAAAT
503 TTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAAT
* * ** * *
205690 AAGCTT-TGTG-ATTAGAAATGATTGTTTTGTGAACAAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATA
1 AAGCTTGTATGAACTA-AAAAAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
** * * * * * ** ** * * *
205753 GATAATCATTCAAATTGCCATAATTATTTTAA-TTGAATCAATAAGCAAATTTATTTTTAAAATT
64 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT--TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * ** *
205817 TTTTATTTAATAA-TTTAGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTCTAAACTTGTAT
127 TCTTACTTATTAATTTTTG--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * * * ** ** *
205881 TAGCTGAAATAATTGTTTTATGACAAATCAATATGTTATAACAAATTTTTAATAG-GCAGT-TT-
190 GAACT--AACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * *
205943 AAATAAT-ATTAACTATTTAAACTTGTTTAGTATATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTTTTCT
252 AAATAGTCA-TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTC----TTAT
* * * *
206007 TAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAA-ATAAAC
311 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * *
206069 AATTTTTTTATAACTAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTTTTCTAATAGTC-TG
375 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-
* * * *
206132 AACCATTTGAATTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTATTATTTATTAATTTTTGAAA
439 AACTATTTGAACTG-TTCAATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAA
* * *
206197 TATTATTAAATTAGTATTATTTGAATTCAAAT
501 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
** * * * * * **
206229 AAGCTTGTACAAAC--AAATAA-T-TTTTATTAAAAAAAAAAAGTTTGTACA--ATTTGAAATTC
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAA-T-
** * * * * ** *
206288 ATTTTTGATTATTCATATAGTC-T--TTATTTGAACCGTTT-ATAATTAGATTTA-TTTTT-AA-
63 A--GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * ***
206346 -TGTTA--TA--AGTTTTTGAAATATTATTAAATTAGTAAT-TTTTATTTTAAAATAATAAAT-T
126 CTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GAATAA-GCTTGT
** * * * * * *
206404 AAAAAATATA-ATATT-TGTTGTGATGCT-AAA-ATAA--TTATATAC-TTTTGAAATAGTTTAA
188 ATGAACTA-ACA-ATTAT-TT-T-ATGATAAAACAAAAGGTCATA-ACAATTTGAAATAG-ATAA
* * * * ** *
206462 TTATTC-AATAGTTAAAACTATTTG-A-T--TTATGGATAAAGCATTAATTAAATTTT-AA--TG
246 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-TGG-TAAA-CA-GATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * * *
206519 TAATTATATATTTT-AAA-ATTAATAAATTAATGTTATTTTTTATTCTGAACAATCATTATAT-T
307 TTATTA-AT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTC-GAATAAGC-TTGTATGA
* * ** * * * * * * *
206581 ACAAAAACAATTATTATTATTGAC-AATCATTA-TTAATAATATTTTGAAATATAAAATTATTTC
367 ACAGAAACAATTATT-TTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-GTTC
* * * * * **
206644 AAATAG-CTACAATTATTGTTGAAATAGCTC-AT-AA-TATTAATATTTCATAAATCT-TATACT
429 AAATAGTC-ATAACTA-T-TTGAACT-GTTCAATAAACAATT--TATTTTTTAAATCTCT-TACT
* * * * *
206704 TATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCAATT
487 TATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * ** * *
206751 AAGCTTGTAT-AAGCTAAAATAATTATTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAGTAA
1 AAGCTTGTATGAA-CTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
** * *** * *
206815 ATAATTGTTCGTATAGTCTTAACTATTTGAACAGGTTCATCAAATAGATTTATTTTTTAAATATC
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTGAT-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * * *
206880 TTAGTTATTAATTTTAGAATTTTACTAAATTAGTATTATTTAATTATGAATAAGCTTTTTTGAAC
129 TTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC
* * *
206945 ATAAACAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATA
194 -T-AACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
207010 GTCATAACTATTTGAAATGGTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTATAGAA
257 GTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAA
* ** *** * *
207075 ATGTTAATAAATTA-TGATTATTTTATTTCGAATAAATTTGTATGCTGAAAAACAATTGTTTTAT
322 ATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTAT
* * * * * * * * * *
207139 GACAAAACAAAATGTAATAACAATTTGAAATAGGTAGTTATTCCAATGGCCATAATTATTT-AAA
386 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
207203 TGGATTCAATAAGCTAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATATTTAAACTATTAATAAAG
451 T-G-TTCAATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA-TATTAATAAAT
* ***
207268 TATTATTATTTTATTT-TGGT
512 TAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * *
207288 AAGCTTTTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTATATAGA
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * *
207353 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTTTTCGATAAATAGATTTATTTTTTCAAAACTC
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTT-GATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTC
* * * *
207418 ATT-CTTGTTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA
129 -TTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
* ** ** ** * ** * * *
207482 ACTTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTATAT-GACTAA--A
192 ACTAACAATTATTTTATGAT-AA-AA-C--AAAAGGTC-ATAACAATT-TGAAATAGA-TAATTA
* * * * * ** *
207544 --CAAAAAGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTCAACTATTTGAATTGGTT
249 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-G---GTT-TGGTAA-A----C-A-GATTT--ATT--TT
* * * * * *
207607 TGGCAAA---CATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT
298 T--TAAATCTCTTATTAATTTTTGAAA-----TATTAA----T--AA-ATTAGT--ATTA-TTTT
* * * * * * *
207669 ATTTCATCTAAATAAGCTTGTATGATCAGACACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAAT
346 A-TT--TC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
207733 GATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATA-TCCATAATTATTTGAACTAGTTCAAAAAACAACTTTA
407 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACT-GTTCAATAAACAA-TTTA
* * * * * ***
207797 GTTTTTAAATCTC-TAGCTTATTGATTTTTGAAATATTAATATAGTAGCATTATTTTATTTTGGA
469 TTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
207861 T
532 T
* * * * * * *
207862 AAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTCTGACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTCAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * ** * * *
207927 TAATTCTT-TAATAGTCA-AATCTATTCAAATTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCT
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTT-TTTGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCT
* * * * * *
207990 TTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTGTATG-
128 CTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
* * * * ** * *
208054 ACATGAATAATTATTTTATGAT-TAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGATAAATATTCTAA
192 AC-T-AACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * ** * *
208118 TAGTCTTAACTATTTGCACTGGTTTGAAAAACACATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTAATTTTT
255 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTATTAATTTTT
* * ** * * * * * * * *
208183 GGAATTTTCTTAAATTAGTATTATTTTAATCCCAGTAAGCTTGTATGAAAAAAAACAAATGTTTT
319 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTT
* * * * * * * *
208248 ATGACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATATTAAGAACTGTTTGA
384 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
*** * *
208312 ACTGTTTTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATATA
449 ACTG-TTCAATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAA
**
208373 TTAGTATTATTTTA-TTCTGGAT
511 TTAGTATTATTTTATTTC-AAAT
** * * *
208395 AATTTTGTATGAA-TAGAAACAATTAG-TTTATGAGAAAACAAAGGGTCAT-A--ATTTGAAATA
1 AAGCTTGTATGAACTA-AAAAAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * *
208455 GATAATTGTTAAAATGGACATGACTATTTGAA-TTTGTTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAATC
64 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTT-TT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* ***
208519 TCCTA-TCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTGTAT
127 TCTTACT-TATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * * *
208582 GAATATTAACAATTGTTTGATGATGAAACAAAAGATCATAACTATGTGAAATAAATAATTGTTCA
190 G-A-ACTAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * * * * *
208647 AACAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGATAAACA-ATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAA
253 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAA
* * * **
208711 TTTTTAAAATATTAATAAAGTAGCATTATTTTATTTCGAATGTGCTTGTATGAACAGAAACAATT
314 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
* ** * *
208776 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGAGTATATGAAATAAATAATTGTTCAAATCA-TCATAACT
379 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACT
*
208840 ATTTGAACATGTTCAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAAAT-T-TTGCTTATTAATTTTTGAAATA
443 ATTTGAAC-TGTTCA-ATAAAC-AATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATA
*
208902 TTAATAAATTTA-TATTGTTTTATTTCAAAT
503 TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * *
208932 AATCTTGTATGAAC-ATAAACAATTATTTTATGATAAAA-GAAA-GTCATAATGATTCGAAATAG
1 AAGCTTGTATGAACTA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * *
208994 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAATAAACAGA-TCATATTTTATATCTC
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * * *
209058 TTACTCAATAATATTTGAAATATTAATCAATTATTATAATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA
129 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
** *
209123 CTAATGCAATTATTTTATGATGGAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
193 CTAA--CAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * ** * ** *
209188 AGTTATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-GGTATTTATTTTAAAAATCTTTTACTT-ATTGTC
256 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATT-T-
** *** *
209251 ATTGAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTAACCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAT
317 -TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTAT
* * * ** *
209316 TTTAAGACAAAACAAAAAGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
381 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* *** * * * * *
209381 TGAACTTATTTGGTAAACATTTTTCTTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTGTCTAAATATTAAT
446 TGAAC-TGTTCAATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAAT
*
209446 AAATTTGTATTATTTTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAAT
508 AAA--T-TAGTA--TT-A----T----T--T--T-A-T-TTCAAAT
* * *
209492 AAGCTTGTATG-A-TAAAAAGCAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATT
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAA--AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * ** * *
209555 GATAATTGTTTAAATGGCCATAGTTATTTTAA-TTGATTATG-TAAATAAATTTATTTTTTAAAT
64 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT--TT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * *
209618 CTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTTGTATTATTCTATATTTTGTATAAGCTTGT
126 CTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATT-T-TATTTTGAATAAGCTTGT
* * * * * **
209683 ATTAACTAA-AATGATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGCT
188 ATGAACTAACAAT--TATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * *** *
209747 CAAATAGTGC-TAACTATTTGAATTTGTTTGGTAATTTGATTTATTTTTTAAA-ATCTTATTAAT
251 CAAATAGT-CATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-
* * *
209810 TTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT
314 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
* * * * * * * *
209874 GTCTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAGTAGTCTTAACCA
379 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
209939 TATGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTA
444 TTTGAACT-GTTCAATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTA
* * * * *
210004 TTAAATTTGTATTCTTTTAATT-GAAT
506 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* *
210030 AAGCTTGTATGAAC-AAAAAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGA
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
** * * * * *
210094 TAATCATTCATATAGT-ATTAACTATTTGAACTAGTTT-AGTAATTAGATTTATTTTTTAATTTT
66 TAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACT-TTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * ** * * * * ** *
210157 TTTGA-TTATTAAGTTTCAAACTATTATTAAATTAGTATTATTTAATTCTAAATAAAAATAGTAT
128 CTT-ACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTAT
* * * * ** * *
210221 GAA-TAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATTGATAATCATTC
190 GAACT--AA-CAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * ** * *
210285 ACATAGT-ATTGACTATTTGAACAGGTTCGATAATTAGATTTATTTTTTTAATTTTCCTGGTTAT
252 AAATAGTCA-TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAA--AT-CT-CTTAT
* * * * ** * *
210349 TAAGTTTTGAATTATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAAATAGTATGAACAGAACC
311 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * *
210413 AATTATTTGATGACAAAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCA-A
375 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* **** * *
210476 AGCTATTTGAAATGGTTTGGCAAACATATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTTAAA
440 A-CTATTTGAACT-GTTCAATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAA
*
210541 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAC
501 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * ** * *
210573 AAACTTATGTGAAC-AAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAATAATAA-CATTTGAAATAG
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * ** * * * * * *
210636 ATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACGGTTTGGTACATACAATT-CTTCTTAAATCTCT
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* ** * * * *** * *
210700 TCCTTAGAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAATAAAACTTGTATGAG
130 TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGAA
* ** * * * * * *
210765 CTGAAATAATTGCTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGTTAATTATTCATAT
193 CT--AACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * ** * *
210830 AGTCTTAATTGTTTAAACTAGTTCAGCAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTT
256 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA--T-T-AATTT
** * * * ** * * *
210895 TCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAATTTGTATGAAAAGAAATAATTGTT
317 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATT
** * * *
210960 TTACAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTAGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTT
382 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* *
211025 GAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTTAATCTCTTAC----TAATTCTTGAAATATTAATA
447 GAACT-GTTCAATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATA
211086 AATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
509 AATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * *
211110 AAGCTTGTATG--TTGAAAAACAATTATTTTATAACAAAACGAAAGGTAATAATGGTTTAAAATA
1 AAGCTTGTATGAACT-AAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * *
211173 GATAATTATTC-AAT-GCCATAATTATTTGAA-TGATTTGGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATC
64 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATC
** *
211234 TCTTACTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGAA-AAGCTT-T-T
127 TCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GAATAAGCTTGTAT
* * * * *
211296 --A-TAACAATTATTTTATGACAAGACAAAAGTTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAA
190 GAACTAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * *
211358 TAATCGTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTAGCTTTTTAA-
255 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAA--TCT--CTTATTAAT
** * * * * ** *
211422 TTTCAAAATGTTAATAAATCAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTA
315 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTA
* * ** * * *
211487 TTTTATGACAAAGCCAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATGACTAT
380 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * * *
211552 TTGAACTAATTCGGTAAACAAATTAACTTTTTAAATCACTGACTTATTAATTTTTTGAATATTAA
445 TTGAACT-GTTCAATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAA
211617 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
507 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * * *
211643 AAGCTTGTATGAACTGAAACAATT-ATTTATGGCAAAACAAAAAGTCATAACGATTTTAAGTAGA
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * *
211707 CAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTTGTTTAGTAAATAAACTTATTTTTTTAA-C-C
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTT-TTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
211769 TTGCTTATTAATTTTGTAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT-AT
129 TTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-
* * *
211833 ACTGAAACAATTATTTGATG-TCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTG-AATAAATAATTATTCA
192 ACT--AACAATTATTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * ** * *
211896 AATTGTCAAAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAGAGATTTTATTTTTTTCAAGTCTTTTGCTTAT
253 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGA-TTTA-TTTTTT-AAATC---T-CTTAT
* * * * * *
211961 TAATTTTT-AAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAA
311 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAA
** * * * ** * * **
212023 CAA--ATAAT-TGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTT
374 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
*
212085 AACTATTTGAACTAGTTCAA-CAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
439 AACTATTTGAACT-GTTCAATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAA
* **
212149 TATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAAT
501 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAAT
* * * * * * * * *
212181 AAGCTTTTATGATC-AAGAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGATCTTAACGATTTGAGATTG
1 AAGCTTGTATGAACTAA-AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * ** * *
212244 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTGGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * *
212309 TTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAT
129 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-
** * * *
212374 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
192 -ACTAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * *
212439 -GGCTATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATT
256 AGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATT
** * * * * *
212503 TAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTATCTAAGCTTGTATTAACTGAAGCAA-TA
316 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTA
** ** * ** * * * * *
212566 GTTTTATGGTAAATTAAAAGGTTATAATGATTTTAAATGGACAATTGTTCAAATAGTAATAACAA
380 -TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
212631 TTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTAGTTTTTTAAATCTTTTTCTTATTATTTTTTTTAATGTT
444 TTTGAAC-TGTTCAATAAACA-ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTTAAATATT
* * *
212696 AATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAAAG
505 AATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAAT
* * * *
212725 AA--TTG-A--AAC------AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
** * * * * * *
212779 TAATTGTTTTAATAGTCTTAACCATTTGAACTGATTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * ***
212843 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTATTTTAATCTGAATAAAAGTGTATGAA
129 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * *
212908 -TAAAACAATTCTTTTTACGACAAAACTATAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATA
193 CT--AACAATT-ATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* **** ** * ** * * *
212972 TAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCCACAATTACATTTAATTTTAATT-TTTTTGGTTATTAA-G
255 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTT-ATTTT--TTAAATCT-CTTATTAATT
** ** * * * ** * ** * *
213035 TTCCATAATATTTTTGAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTACAAATAGAAGCAATTA
316 TTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTA
* * * ** * *
213100 TTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
380 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* *** * * *
213165 TTGAAATGGTTTGGTAAATATATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAAATATTAA
445 TTGAACT-GTTCAATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAA
*
213230 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAC
507 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * *
213256 AAACTTATATTAAC-AAAAACAATGGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAG
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * *
213320 ATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAGTTATA-ATTATATTTTTGT-T
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTGATAA---ATAGATT-TATTTTT-TAA
* * * * ** ** * * ** * * *
213383 TTGTCAAATT-GTTATGACCTTTT-CTTTTGTCATAAA--AAAATTATTTCA-ATTCATATAAGC
124 ATCTC---TTACTTATTAATTTTTGAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGC
* * * * * * * * *
213443 --GTAT--TC-AA-AA-TA----A-AATAATAC-TAA-GTTATTAATATTTTGAAA-A-TTAATA
184 TTGTATGAACTAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCA-TAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * ** * * ** * *
213492 ATT--AAGAGAT-TTAA-AAAATGAATTTGTTTACCT-ATCAAGTTTAAATAATTATCTACTTGA
248 ATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTTT-GGTAAAC-AGATT---T-ATT-T-T--TT-A
* * * * * * * *
213552 AATCTC-TA-TAACCTTTTG--CTTTGTCATAAAAT-G-ATT-TTTTCTGTTC-ATACAAGGTTA
301 AATCTCTTATTAA-TTTTTGAAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGA-ATAAGCTT-
* * * * * * * * *
213609 TTTTGAATA-AAATAATATAAATTTATTAATATTAAGACAATTAA--TAAGTAAAAGATTT-AAA
361 GTATGAACAGAAACAAT-T-ATTTTA-TGACA--AA-ACAA--AAGGTCA-TAACA-ATTTGAAA
* * * * * *
213670 -AAATAAATCTGTTTAATGAACAAGTTCA-AATTATTAT-AACTATT---TGAACAA-TTATTTT
416 TAGAT-AAT-TG-TTCA--AA-TAG-TCATAACTATT-TGAACTGTTCAATAAACAATTTA-TTT
* * * * * ** * * * *
213728 TTTCAAAT-TGTTA-TGACTT-GTTGTTT---T-GTCATAAA--ACAATTGTTTCT-GTTCATAC
472 TTT-AAATCTCTTACTTA-TTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTTCAAAT
* * * * * ** * * *
213783 AAGTTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTA-ATATTTTGACAATTTATAGG-CA-AAAGA
1 AAGCTTGTATGAACTAAAA-AA-ATTGTTTTATGACA-A----AACAA---A-AGGTCATAATGA
* * *
213845 TTT--ATTA-AT-A-TGCTTACCAAACAAGTTCA-AA-TAGTTATG-ACTATTTG---AATA-A-
55 TTTGAAATAGATAATTG-TT--CAAA-TAG-TCATAACTA-TT-TGAACTTTTTGATAAATAGAT
* *
213897 TTATCTTTTTCAAATCAT-TGTGACCTT-TT-GTTTTAT-AATA--AA-ACAA-TAGT-TTCAAT
113 TTAT-TTTTT-AAATC-TCT-T-A-CTTATTAATTTT-TGAATATTAATA-AATTAGTATT-ATT
* * * * * *
213953 TTA---T--ATAACCTTATTTGAAATAA-AATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAAAG
169 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAACAAT--TA-T--TTT-AT--GA-T-AAAACA--AAAG
* * * * * * * * * *
214012 AGT-AAAAGAA-TT-AAAAAAATGAATCTGCTAACTAAACAAGT-TTAAATAGTTATG-ACT-AT
222 -GTCATAACAATTTGAAATAGAT-AAT-T-AT-TC-AAA-TAGTCATAACTA-TT-TGAACTGGT
* * * * * * **** *
214071 TT-G--AACA-ATTATATATTTCAAAAC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAA-ACAATTGGT
278 TTGGTAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTATTA-ATTTT-TGAAAT-ATTAATA-AATTAGT
* * * * ** * * * * * ** *
214130 -TCTA-TTCA-TGC-ATGCTTATTTTGAATAAATAGTATAA-ATTTATTAATATTCCAAAA-ATT
338 AT-TATTTTATTTCGA--ATAAGCTTGTATGAACAG-A-AACAATTATT-TTATGACAAAACA-A
* * * *
214189 AA--TCCGTAA-AATTTTAGAAAATA-A-AGCTATGTTCTGAACATA-T-TTAAATAGTTATG-A
396 AAGGT-CATAACAA-TTT-G-AAATAGATA-AT-TGTTC--AA-ATAGTCATAACTA-TT-TGAA
* * * * ** *
214246 -T-TATC--TGAACAA-TTATCTATTTCAAAT-TATTA-TGA-CCATTTGTT---T-TGTCATAA
450 CTGT-TCAATAAACAATTTAT-T-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTAAATAT-TAATAA
** * **
214299 ACCA--ATTATTTCT-GTTCAAGG
510 ATTAGTATTATTT-TATTTCAAAT
* * * ** * ** * * * *
214320 AAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTA-ATATTCCAAAA--TTAAAAAGATGT-AA
1 AAGCTTGTAT-GAACTAAAA-AA-ATTGTTTTATGACA-A-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * *
214380 AGA-ATGA--GTTCAAATAGTTATGACTATTTGTACAATTATTT-ATTTCAAATCGTTATGATCT
61 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-A-ACTT-TTTGA--T-AAA----TA-GA---
* * * * * *
214441 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAAT
112 TTTATTTT-T--TAAATC---TCTTAC--TT-AT-TAA--TT-TTT-GAAT--ATTAATA--AA-
* * ** * ** *
214506 TTATTATTATTCTAAAAATT-AATAAG-TTG-AAGATTTAAAAAATTAATCTGTT-T-ACTAAAC
158 TTAGTATTATT-T-TATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-AACAATT-AT-T-TTATGA-T-AA-
** * * * * * * *
214566 AAGTTCAAATA-GTCATCTCCATTTG-AAT-TATTATCTATTTCAATTTGTTATGAC-ATTT---
214 AA---CAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT-TA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
214624 -TGTTTTGTCATAAAACA-A-TT-GTTTCT--AT-TCATGCA-AAATTATTT-AGAATA-AAAT-
273 CTGGTTTG--GT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-T-TATTAATT-TTTGA-AATATTAATA
* * * * * * * *
214678 AA-T-GCTAATTATTACTATTTC-AA-AA-ATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTTTT-T-A
331 AATTAG-T-ATTATT-TTATTTCGAATAAGCTT-GTATGA-A--CAGAAAC-AATTATTTTATGA
* * * * * * * * * *
214736 CTAAACCAGTTTAAATCGTTATTACTATTT-AAACA-ATTATCTATTTCAAATCA-TCATGA-TC
388 C-AAAACA----AAA-GGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT-T-GTTCAAAT-AGTCATAACTA
*** * * * * * * * * * *
214797 TTTGTTTTATTC-AT--ACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAA
444 TTTGAACTGTTCAATAAACAA-TTTATTT---TTTAAAT-CT-CTTACTTATTAAT-TTTTAAAT
* ** * * * * *
214859 AATAATAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAT
502 ATTAAT-AA-A-TT--AGTATTATTTTATTT-CAAAT
* ** * * ** ******* * * **
214896 CCAA--TT-CAACAAGTCTATTAGAACAATT-ATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTG-TTAT
1 --AAGCTTGTATGAA--CTA--A-AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-T
** * ** *
214956 -AAA-A-A-AATTGTTTCAGTTCATGT-AT-ACT-TATTCAA---AAT-A-AAATA-ATACTAAT
58 GAAATAGATAATTG-TTCAAAT-A-GTCATAACTAT-TTGAACTTTTTGATAAATAGAT--TTAT
* * *** **** * * * * * * *****
215008 TTATTAACAT-TC-AAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAAT-TTGTTTAACAAACA
117 TTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAAT--TTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * * * ** *** * ***
215070 AGTTCAA-ATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTAT-TTAAAATCATTATAACCT-TTTATT
178 A--T-AAGCTTG-TATGA--A-CT-AACAATTATTTTATGATAAAA-CAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * ** **** **
215131 TTATCATAAAATAATTGTT---TTAGTTCATAAAAGCTTATCCGTAA-TAAAATAATAAATCAG-
234 TGA-AAT-AGATAATTATTCAAATAG-TCAT--AA-C-TATTTG-AACTGGTTTGGTAAA-CAGA
*** * * * *** * ** * * ** *
215191 TTTATTGAATCAAT-TC-AAATAACCATGGCCAT-TTGAAT-AATTA-T-CTATTTCAAATCGTT
290 TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-A
* * * * ** * * *** *
215250 ATGAA-CTTTTGTCTTGTAATA-AAACAATTGTTTT-TCATC-TTAC--TA-GCCTATTTGAA-A
353 AT-AAGC--TTGT-ATG-AACAGAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTC-ATAACAATT
* * * * * * * * *
215307 TAATAATA-CTAATTTAGTTCAAA-AATCAATAAGTA---GGAGTTTTAAAATATA-AATTTA--
411 TGA-AATAGATAA-TT-GTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGTT-CAATAAACAATTTATT
*** * * * * * * * * * **
215364 -TTTACCCCAC-CAGTT-TAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTA-TA-TATTTCAATTTCTT
471 TTTTAAATCTCTTACTTATTAAT--TTTTAAATA-TT-AATAAATTAGTATTATTT-TATTTCAA
215423 AT
531 AT
* * * * * *
215425 AACCTTTGT-TCTATCATAAAATAATTATTTTTTTTAT-ACAAGTTTATTCAAAA--T-A-AATA
1 AAGC-TTGTAT-GAAC-TAAAA-AA--A-TTGTTTTATGACAA----A-ACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * * * * *
215484 ATACT-AATGTA-ATAA-TATTCAGAAAATTAATAACTA--AG-AC-ATTTAAAAAATAAATTTG
54 AT-TTGAA-ATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTGATAAATAGATTTA
* * * ** * * * *
215542 TTTGTTGAA-CTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATCTTTTATTTTAAATT-GTTATGA
116 TTTTTTAAATCT-CTT-ACTTA-TTAA---TTTTTG---AA--TATTA--ATAAATTAG-TAT--
** * ** * *
215605 TATTTTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTCA-GTTCTTACTAACTTA-TTTA-GA-ACATA-AAA
165 TATTTTATTTTG------AATAAGCTTGT-ATGAACTAAC-AA-TTATTTTATGATA-AAACAAA
* * * ** * ***
215665 A----A-AA-AATTT-TATTA-AT-A-T-TTCAAA-A---ATTA--ATTTGTAAGAGATTTAAAA
220 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTGGTTTGGTA
* ** * * * * *
215713 AATA-ATTT-TGTTTGCCAAA-CTAGTTCAAATAA-TTATG-ACTATTTGAAT-AATTA-T-CTA
284 AACAGATTTAT-TTT-TTAAATCT-CTT--ATTAATTTTTGAAATA-TT-AATAAATTAGTATTA
* ** * * * * * * * * *
215770 TTTCAAGTC-ATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAA-TGTTTT-TGTTC--AA-ATAAGT
342 TTTTATTTCGA--ATAAGC--TTG-TATGAACA-GAAACAATTATTTTATG-ACAAAACAAAAGG
** * * * *** *
215828 TTGT-TCGGAA--TAAAATA-AT-ATTAGTT----TA-T--TAA-TATTTTAAAAATT-AATAAG
400 TCATAAC--AATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCAATAAA
*** * *** * * * * * * * *
215879 CAAGAGAGTTAAAAAATAAATC-TGCTTACTAGA---TT-AGT-TCAATTAGTTA-TA--A--CT
462 CAATTTATTTTTTAAAT--CTCTTACTTATTA-ATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* *
215933 ATTT-GAAC
524 ATTTCAAAT
** * ** * * *
215941 AATTTTTTAT-TTC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA-GTAATAAAGATTTGGAATAG
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * * * *
216002 ACAATTATTCAAATAGTTATAATTTTTTGAACTAGTTAGGTAAATAAAATTATTTTTTAAATCTC
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *** * *
216067 TTACTTATAAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCAAATAAGGTTGTATGAG
129 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * **
216132 CTTAAATAATTGTTTTATGA-AAAAGCAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCTTA
193 C-T-AACAATTATTTTATGATAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * ** * **
216196 TAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCGACAAA-TGAATTTATTTTAAAAATCTCTTAGTTATTAAT
255 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAAT
* * * * * *
216260 TTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCTAATAAGATTCTATGAACAGAAA-ATTT
315 TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
* * * ** *
216323 GTTTTATGATAGAACAAAAGGAT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTAATAAAATAGTCATAACT
379 ATTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
216387 ATTTGAACCGGTTTAGTAAATAGATTTAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATT
443 ATTTGAA-CTGTTCAATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATT
*
216448 -GTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
505 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* **** *
216475 AAGCATGTATGTTGAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * *
216540 TAGTTGTTCAAAT-GGCCTAATTATTTGAA-TTGATTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT--TTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * ** * * *
216602 CTTACTTATTACTTTTAGAATATTAATAAAGGAGTATTATTTTTTTTTTGGAA-AAGCTTTTATA
128 CTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTT-GAATAAGCTTGTATG
* * * * * * *
216666 AACTAAAACAATTGTTTTATGAAAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAAAATATAATTATTCAA
191 AACT--AACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * *
216731 ATAATCATAACTATTCGAACT-ATTTCGATAAACAAATTTATTTTTTCAAACCTCTTGCTTATTA
254 ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-GGTAAACAGATTTATTTTTT-AAA--TC-T-CTTATTA
* * * * * *
216795 ATTTTTTG-AATGTTATTAAATTAGCATTATTTTA-TTCTAAATAAGTTTATATGAACTA-AAAC
313 A-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAAC
* * * * * * *
216857 AATTATTATATGACTAAACAAAATGTCGA-AACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAACAGTCTT
375 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
*
216921 AACTATTTGAACTGGTTCAATAAGTAC-ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCATA
439 AACTATTTGAACT-GTTCAATAA--ACAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-A
* *
216981 ATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAAT
500 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAAT
** * * ** * * *
217014 AAGCTTGTATGGTC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTATAACAATTTCATATTG
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * ** * * * *
217077 ATATTTATTCAAATAGTCATAACTA-TTGAGCTGGTTCAAAAACA-ACTTTAGTTTTTAAATCTC
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTGATAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * *
217140 TTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTT-AGATAAGTTTTTATGA
129 TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGA
* * * * * *
217204 ACTAAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAA
192 ACT--AACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * ** * *
217268 ATATTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGGTTTATTTTTTTAAATTTCTTACCTATTA
254 ATAGTCATAA-CTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTA
* * * * *
217332 ATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAAGCTTGCATGAACTA-AAAT
313 A-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAAC
* ** * * *** ** *
217394 AATTGTTTTATGACTCAAGAAAAAGTTGGAATGATTTGAAATA-AGTAATTGTTC-AATAGTCTT
375 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
217457 AATTATTTGAACTAGTTCCACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA----T-ACT
439 AACTATTTGAACT-GTTCAATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAT
* *
217517 A-T--TAAATTAGTATTATTTTA-ATCTGAAT
502 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAT
* * * * * * *
217545 AAACTTGTATGAA--AAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA-GATAGATCATAACGATTTGAGATA
1 AAGCTTGTATGAACTAA-AAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * *
217607 GATAATTATTCAAATAGTTATAACTAATTAAACTGTTTTGGTAGTCGTAACTA-ATTAAACTGTT
64 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTT-G-A----TAAATAGATT----TATT
* *** * *
217671 TCAGTAGTCGTAACTAGT-TTTTAAATCTCTTATTAATTTCCAAAATTATTAATAGATTAGTATC
118 T---T--T--TAA--A-TCTCTT--A---CTTATTAATTT-TTGAA-TATTAATAAATTAGTATT
* ** ** * * * * * *
217735 GTGTTT-TTCAGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTACGATAAAATAAAAGATCATA
166 AT-TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC--TAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * * * *
217799 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGATTATATGCAA-TTGTTTGGTAAATA-A--
228 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTGGTTTGGTAAACAGATT
* * * *
217860 AATTTTTTAAAATGTCCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATTAATTAGTATTATCTTA-TTC
292 TATTTTTT-AAA--T-CT-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * *
217923 TGAA-AAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAGATCATAACTATTTGAA
351 -GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * * * *
217987 AAAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAAATTGCTCAATAAACATATTTATTTTTTAAG
415 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTGTTCAATAAACA-ATTTATTTTTTAAA
* * * * * *
218052 TTTTTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTACTATTATTTTATTTCAAAT
478 TCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * * *
218108 ACA-CTTGTATGAGC-AGGAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACT-CTTTCAATT
1 A-AGCTTGTATGAACTA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAAT
*
218170 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAAT
63 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T-TTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* *
218234 -TATTAC-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-TTTTGGAAAAAGCTTGT
126 CTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTT-GAATAAGCTTGT
* * * * * * ** * * **
218295 ATGAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGCCATAACGGTTTGAAATATAAAATGGTT
188 ATGAAC--TAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * *
218360 CAAATAGTCATAACTATCTT-AACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATCAT
251 CAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-AT
* * * * * *
218424 TAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTGATAA-
311 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGA-AAC
** * * ** * * * * ** *
218488 AATTGCTTGATGATAAAA-AAAATATCATTACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATTGTG
375 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
** * * * * * *
218552 ACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATAATTA-TTTATAGAATCTTTTACTTATTAATTGTCAGAT
440 ACTATTTGAAC-TGTTCAATAAACA-ATTTATTTTTTA-AATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AA
* * * *
218616 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAAT
501 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * **
218648 TAGCTTGCATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAAAT-ATAATGATTT-ACAAT
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGA-AAT
* * * * * * *
218710 AAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTATTTGATAAACAAATCTACTTTTTAAATC
63 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * *
218775 TTTTACTTATTAATTATTTGAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTA
127 TCTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTA
* * * * * * *
218838 TGAA-TAGAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTACAGCGATTTGAAATATG-TAATTAT
189 TGAACT---AACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-GATAATTAT
* * * *** * * * *
218901 TCAAACAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAACTGATTTAGTTTTGAAATATCTTATTAAT
250 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAT
* * * * * * * * *
218966 TTTTGAAATACTAATAAATTGGAATGATATTATTTCAAATAAGTTTGTAGGAACAAAAACAATTA
315 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTA
* * * * * * * * *
219031 TTTTCTAACAAAACCAAAGGTCATAACGACTCGAAATAGATAATGGCTCAAA-CGATCATAACTA
380 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTA
* * * ** * * * * * *
219095 TTTGCATTGGT-AAGGCCAATAGATTCATTTTTTAAGTCTGTTATTTATTAATTTTCATAATATT
444 TTTGAACTGTTCAA--TAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATT
** * *
219159 AATAAATTAACATTACTTTATTCCAAAT
505 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * *
219187 AAGAC-TGTATCAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAATGGTCATAAAGATTTGAAATA
1 AAG-CTTGTATGAACTA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* *
219250 AATAATTGTTC-AA-A---ATAA--A-TTGAA-TTGGTTT-AGTAAATAGATTCATTTTTTAAA-
64 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT--TTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * ** *
219304 -TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAACAAAATTATAT
126 CTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* * * ** * * *
219366 GAACAAAAACATTTTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACGAA-TTAAAATAGATAGTTATTCA
190 GAACTAACA-ATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * * *
219430 TATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTTGGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA
253 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAA
* * * * * * *
219495 TTTTCT-TAATATTATTAGATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGGTTGTATGAATATAAATAA
314 TTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA
* * * * * *
219558 TTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAAC
377 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** *** * * * * *
219623 TAATTGAACTGGTTCGGTAGAAGGTTTTGTTTTTTAAATTTCCTACTCATTAATTTTTGAAATAC
442 TATTTGAACT-GTTCAATA-AACAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATAT
* * *
219688 TGA-AAATTAGTATTACTTTATTATGAAA-
504 TAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAAT
* * * * *
219716 AGGCTTATACG-A-TGAACAAAAATTGTTTTATGACAAAACAGAAGTTCATAATGATTTGAAATA
1 AAGCTTGTATGAACT-AA-AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * ** *
219779 GATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCAATAAATTGATTTATTTTTTAAATCT
64 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
** * * * * * * * * * *
219844 CCAACTTCTCAACTTTTGATATGTTAATAAAATAATATAATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGA
128 CTTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
* * ** *
219909 ACTGAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAA
192 ACT--AACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA---TT---A
* * * * * * * * *
219974 TGTTCAAATAGTCTTGACTATTTGAATTCGTTCGGTAAATAAACTTA-TTTTTAATTTCTTGCTT
249 --TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAA-ATC-T-CTT
* * * *
220038 ATTAATTTTTTG-AATGTTAATAGAA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTGA
309 ATTAA-TTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * *
220101 AACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
372 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ***
220166 TTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTAG
437 ATAACTATTTGAACT-GTTCAATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-
* * * * * *
220226 AATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAAT
499 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * ** *
220260 AAGCTTATATAAAC-AAAAACAATTGCTTTACGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATAG
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* ** ** * *
220323 ATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCCAGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * **
220386 -T-CTTATTAACTTTTGAAGTATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTAT-AA
129 TTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * ** ** * * *
220447 ATAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGGAATAAATAATTGTTCAAA
193 CT---AACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * *** ** * *
220512 TAATCATAACT-TTTAAACTCACTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAATT
255 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATT
* * *
220576 TTTGGAAA-ATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAATC-GAACCAA
316 TTT-GAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAA
* * *** * * * *
220637 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTATGTTTTGAAATAGATAACTATTTAGATAGTCATAAC
377 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
220702 TATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTCT-TTGTTTAATTCTTTTACTCT-TTAATTTTTGGAAT
442 TATTTGAAC-TGTTCAATAAACA-ATT-TATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTT-AAAT
* * **
220765 ATTAATCAATTAATATTATTTTACATCAAAT
502 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * *
220796 AAACTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTACT-AC-AAA-AAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAG
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
** * * * *
220858 ATAATTACTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTAATAAACATATTTATTTTTTAAATCAT
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-T
*** * * * * *
220923 -TTACTTATTAATTATCCAAATATTAATAAATAAATATTATTTTAATTCGAATATGCTTGTATGA
128 CTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
* * ** * * ** * ** *
220987 ACAAAAACAATTGTTTTAAAAAAAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCTA
192 AC--TAACAATTATTTT-ATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * * * *
221052 ATAGTCATAAATATTAGAACTTGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTATTATTTATTTTT
254 ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT
* * * * * * * * *
221117 AAAATATTAGTAGATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACA-AAAAAATTGTTTT
319 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTT
** *
221181 AT------------GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
384 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
221234 ATTGGTT-AGGTAAACAAAATTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAG
449 ACT-GTTCA-ATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAA
* * * *
221294 ATTCA-TTTTATGTTATTCCTAAT
510 ATT-AGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * *
221317 AAACTAGTATGAATTGAAAAAAATT-TTTTAAGACAAAATAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAG
1 AAGCTTGTATGAACT-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * *
221381 ATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAA-TTGGTTCGAGAAACATATTTATTTTTAAAATCT
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT--TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
221445 CTAAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAGCTTGTATGA
128 CTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * * *
221510 ACAGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAATGGTTATAACAATTTGAAGTATATAATTGTTCAAA
192 AC--TAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* ** * * * * * *
221575 TAGTCATAATTATTCAAACAGGTTCGATAGATAAATTTATTTTTTTAAAATATCTTACTTATTAA
255 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTT--AA-ATC-T-CTTATTAA
* * *
221640 TTTTTGGGAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTAT-AATTAAAAACA
314 TTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACA
* * * ** * * *
221702 ATTGTTATATGACCAAACAAAAGG-CAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATA
376 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * * *
221766 ATTATTTGAATTGATTCGCTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTTAAAT
440 ACTATTTGAACTG-TTCAATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAAT
*
221831 ATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAAT
502 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
** * * * *
221862 AAGCTTGTACAAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-AAATAGA
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * *
221926 CAATTGTTCCAATAGTCATAACTATTTGAATTTTTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTA
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTGA-TAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTC
* * * *
221990 TTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTT-TATTTGGATAAGCTTTTATGA
129 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGA
* * * **
222054 ACTGAAACAATTGTTTTAT-CTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAA
192 ACT--AACAATTATTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * *
222118 AGAGTTATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATATTCTGCTTATTAA
254 ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT--AA-A-TCT-CTTATTAA
* * * * * *
222183 TTTTTTAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTT-TATTCAGAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACA
314 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTC-GAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACA
* * * * * * **
222246 AATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-GAAAAATTATTCTAATAGTTTTA
376 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATA
* **** * * * *
222310 ACTATTTGAACTAATTTGGCAAACACATTTCTTTTTGAAATCTCTTACTTGTTAATTTTCAGAAT
440 ACTATTTGAACT-GTTCAATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAT
* *
222375 ATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAATCAAAT
502 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAAT
* * * * *
222406 AAGCTTATATG-ATTAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAACAAAAGGTTC-TAATAATTTGAAAT
1 AAGCTTGTATGAACTA-AAAAAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAAT
* * * * *** * * *
222469 AGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTTAACTGAGTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATT
63 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * ** * ** * *
222534 TTTTACTTAATAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCT-TCTAAGCTCGCAC
127 TCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAGCTTGTA-
* * * ** * * *
222598 T-AGCTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGAT-ATAATGATTTTAAATAGACAATTGTT
189 TGAACT--AACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * *
222661 CAAATAAT-ATTAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTA
251 CAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAA--TC--TCTTA
* * *
222725 TTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACTA-A
310 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAC-AGA
* * ** * * *
222787 AACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTTTTCTAATAGTC
372 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** *
222852 TTAACCATTTGAACTGATTTGATAAACGAATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGA
437 ATAACTATTTGAACTG-TTCAATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-A
* * * *
222917 AATATTATTATATTAGTATTATTTGAATTCAAAT
499 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * ** *
222951 AAGCTTGTACGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATTGA
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * ** * * *** *
223015 TTATAGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCATGAATTAGATTTATTTTTTTCTTTTCT
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTGAT-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
** * * * ** ** *
223080 TGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAAATAT-TATAAA
130 TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGAA
* * * * *** * *
223144 CAAAATCAATTGTTTGATGATAAAATAAAAGG-CTATAATGTTTTGAAACAGTTAATTATTCAAA
193 C-TAA-CAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * *
223208 TAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTGATAAGCAGATTTATATTTTAAATCTCTTATTGATTAATT
255 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC---TT-ATTAATT
* * * * * * *
223273 TCTT-AAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATGTCGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTA
316 T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTA
* * * * * * *
223337 TTTTAAGAC-AAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTACAATTAT
380 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
223401 TTGAACTAGTTCAATATATAGAA-TTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTA
445 TTGAACT-GTTCAATA-A-ACAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * *
223465 ATAAATTAGCT-TTATTCTATTCCAATT
506 ATAAATTAG-TATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * **
223492 AAGCTTGTATGAGCTAAAATAATTGTTTTATAACAAAATAAATGGTCATAACAATTTGAAATA-A
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * ** * *
223556 GTAACTGTTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATCA-ATTTATTTTTTAAATAT
66 -TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTGA-TAAAT-AGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * *
223620 CTTAGTTATTGATTTTTAAAATTTTACTAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGA
128 CTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
* * * * * ** **
223685 A-TAGAAACAATTGTTTTAT-AGT---TC----GGT-ATAACTATTTGAAATGGTTAGGTAAACA
192 ACT---AACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
* ** * * ** * * *
223740 AATTTATATTTTAAATCTCTTATTAA-TTCTTAAAAT-GTTAACAAATTATAATTATTTT--ATT
253 AA--TA-GTCAT-AA-CTATT-TGAACTGGTT----TGGTAAACAGATT-T-ATT-TTTTAAATC
* * ** * * * * ** * **** *
223801 TC-GAATAA-GCTTG-TATGTTGAA-AAA-CA--ATTGTTTTA-TGAGAAAACAAAAGGTAATAA
305 TCTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AGCTTGT-ATGA
* * * * * * *
223858 TACTTTGAAATAGA-TAGTCGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAAAGG--AT-TCAA---AAAAC
367 -AC--AGAAACA-ATTA-T--TT--TAT-GACA-AA--A--CAAAAGGTCATAACAATTTGAAA-
* * * * * * * * * ** *
223916 T-GATTTATTTTTTAAAT-CTC-TCACT-TATT-AATTTTTTAA-AAATTAATAAAGTATTATT-
416 TAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTGTTCAATAAA-CAATTTA-T-TTTTTA
* * * * ** *
223974 -AT-T-TTATTTTGGTTAATCTTTTATGAACTA--AAAAAATT-GT-TTAATGGA---AAAAT
476 AATCTCTTA-CTT-ATTAAT-TTTTA--AA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* ** * * * * * ** * * * ** * * **
224027 AAAACGTCATAATGATTTTAGTTAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC--TATTTGA-ACTTTTT
1 -AAGC-TTGT-ATGA----ACTAAAAAAATTGTT-TTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * *
224089 TATAAATAGATTTATTTTTTCAAAACTCATGCTTATTAA-TTTTTCGAA--TGTTAATAAATTAG
57 T-GAAATAGA--TAATTGTTC-AAA-T-A-G-TCA-TAACTATTT-GAACTTTTTGATAAA-TAG
* ** *
224151 -TATTATTTTATTCCAAATAAGCTCGTATGAACTGAAAGAATTATTATATAACTAAACAAAAGGT
111 AT-TTATTTT-TT--AAAT---CTC-T-T--ACT-TATTAATT-TT-T-GAA-T-------A--T
* * * * * *
224215 CAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTT-AACTATTTGAATTGGT-TCAACAAAC
151 TAATA-AA--T----TAG-T-ATTATT-T--TA-TTTTGAA-TA--AG-CTT-GTATGAACTAAC
* * **** * * ** * * ** *
224278 ACATTTATTTTTTAAATCTTTCATTAA-TTTTTGGAA-TATTATTAAATTAGTATTTTGTTATCC
198 A-A-TTATTTTAT-GATAAAACA-AAAGGTCAT--AACAATT-TGAAA-TAG-A--TAATTATTC
* * * * * *** *
224341 AAATAAG-CTTGTA-TGATTAG-ACATAGTTGTTTTATGAGAAAACAAAGATCATAGCGATTT-G
252 AAAT-AGTCAT-AACT-ATTTGAAC-T-G--G--TT-TG-GTAAAC--AGAT-TTA-TTTTTTAA
* * * * * ** * * *
224402 A-GT-TGA-T-ATTTGTTCAAATATTTAT-AACTA-T-TTGA-ACTAGTTCAAAATATAACATTA
302 ATCTCTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTC-GAATA-AGC-TT-
* * ***** * ** * ** * **
224459 GTTTTCTAATCTCTTGCTTATTAATTTT-TGA-AATATTAATAGAGT-AGTATTAGTTT-ATTTC
361 G-TAT-GAA-CAGAAAC-AATT-ATTTTATGACAA-AACAAAAG-GTCA-TAACAATTTGAAAT-
* * * * * * *** ** * * ***
224520 GGATAAGTT-TTTATGA-ACTGA-AACAATTGTTTTCT-AACAA-AAAAAAGTCATAACGACTTT
417 AGATAA-TTGTTCA-AATAGTCATAACTATT-TGAACTGTTCAATAAACAA-T--TTA-TTTTTT
* * * * * **
224580 AAATAGATAATT-GTTCAATAGTCAAATCTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-TAG-ATT-TATTT-
475 AAAT--CT-CTTACTT--AT--T--AAT-T-TTT-AA-ATATT-AATAAATTAGTATTAT-TTTA
224640 TTTCAAATCTTTT
525 TTTCAAA-----T
** * * * * * * * *
224653 ACTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAACTTAATATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCAAAACG
1 A---A--GCTTGTATGAA--CTAA-AA---AA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * ** * * * *
224718 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAACATATTTATT
54 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTGA-TAAATAGATTTA-T
* * ** * ***
224783 TTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATTTTCTTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATA
117 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
** * * * * * *
224848 AGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGAT
181 AGCTTGTATG--AACTAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
* * * * * *** *
224912 AATTGTTTAAATAG-CAATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTT-TATTTTTAAATCTC
244 AATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTC
* * * *
224975 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAAA
307 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGA
** * * * ** *
225040 AACAATTGGTCTATGACAAAACAACAGGTCATGAGTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATCA-T
372 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGT
* * *
225104 CATAACTATTTGAACGTGTTCAGA-AAATAAATTTATTTTTT-AATCTTTTGCTTATTAATTTTT
436 CATAACTATTTGAAC-TGTTCA-ATAAA-CAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
225167 ATAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAGAAT
498 A-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCA-AAT
* * * * * *
225203 AAGCTTCTATGAAC-ATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGCTTTGAAATAA
1 AAGCTTGTATGAACTA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* *
225267 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTT-AGTAAATAGA-TTATATTTTAAATCT
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * * *
225330 CTTACTCAATAATTTTTGAAATATTAATCAATTACTATTATCTTATTTCGAATAAGCCTATATGA
128 CTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
* * *
225395 ACTAATATAATTATTTTATGAT-GAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
192 ACT-A-ACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * ** * *
225459 TAGTTATGAGTATTTGAACTTGTTCCGTAAATATG-TTTATTTTTAAAATCTTTTCCTTATTAAT
255 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACA-GATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAAT
* ** ** *** * *
225523 TGTCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTAACCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAGC-ATT
315 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATT
* * * * *** *
225587 GTTTAATAACAAAACAAAACGTCATAGTGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
379 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* *** * * * * *
225652 TTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTCTTTTTTAAAAT-TTTTATTTATTAATTGTCTGAATATT
444 TTTGAAC-TGTTCAATAAACA-ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATT
*
225716 AATAAATTTA-TATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT-GAAT
505 AATAAA-TTAGTA---TT---AT--T--T---TATTTCAAAT
* * * * *
225756 AAGCTTGTATGATC-AAAAATAGTT-TCTTTATAATAAAACCAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAA-AATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * * *
225819 GATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTTTG-TAAACAAATTTATTTTTTAGA--
64 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC
** * **
225881 TCTTACTTATTAATTTGAGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCCATATAAGCTTGTAT
127 TCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTAT
* * * * * * **
225945 TAACTAAAACAA-TGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAAAAATTTTAAATAGACAATTGCTC
190 GAACT--AACAATTATTTTATGATAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * **
226009 AAATACT-ACTAACTATTTGAACTTGTTCGGTGAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATA
252 AAATAGTCA-TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAT-
* * * * * ** *
226073 TTTTG-AATGTTAATAAATTAGCATTAATTTA-TTCTAAATAAGCTTGGATGAATTGAAATAATT
315 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
* * * * * * **
226136 -TTCTTATGACTAAACAAAATGTTC-GAACAATTTGAAAAAGATAATTGTTCTAGTAGTTTTAAC
379 ATT-TTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * *
226199 CATATGAATTGGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTTAATCT-TTCACTTTTTAATTTTCAAAATA
442 TATTTGAACT-GTTCAATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTT-TAAATA
* ** *
226263 TTATTAAATTTTTATTATTTTAATTT-GAAT
503 TTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAAT
* * * * * ** * *
226293 AAGTTTGTTTGAAC-AAAAAATTTGTTTTTATGACAAAACAAATGGTCACAACAATTTCAAAATT
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-GAAATA
** * * *** * * * * *
226357 GATAATCATTCATATAGT-ATTGACTATTTGAACTGGATCAGCAATTA-AGTTCATTTTTTAATT
64 GATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTTTTGA-TAAATAGA-TTTATTTTTTAAAT
* ** *** * * * ** *
226420 TTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTATTATTATTTAATTTTGAATAAAATAGTAT
126 CTCTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * *
226485 GAA-TAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAATTGATAATCATTC
190 GAACT--AA-CAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
* * ** ** * * * *
226549 ATATAGT-ATTGACTATTTGAACTGGTTCAGTAATTAGATTTGTTTTCATAATTTTCTTGGTTAT
252 AAATAGTCA-TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTT-TTAA--ATC-T-CTTAT
* ** * * * ** * *
226613 TAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAA-AAAAACC
311 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-C
* * * * * * *
226677 AATTGTATGATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATCTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAA
375 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* *** * * *
226742 ACTATTTGAAATGATTTGGTAAAAAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAAT
440 ACTATTTGAACTG-TTCAAT-AAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAAT
* ** *
226807 ATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAAC
502 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
** * * * * *
226838 AAATTTATGTGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAA-CATTAGAAAAAG
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * *
226900 ATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTCT-AGTAAATAGAATTCTTTTTTAAATCT
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * * * * *
226964 CTTCCTTATAAAATTTTGAAATGTTAACAAATTAGTTTTATTTTATTCTAAATAAACTTGTACGA
128 CTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
* * ** * * * * * *
227029 GCTGAAATAATTGCTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGTTAATTGTTCACA
192 ACT--AACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * * * *
227094 TAGTCTTAATTTTTTGAACTAGTTTAGCAAGCAGAGTT-TTTTTAAAATCTCTTAGTTATCAATT
255 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA--T-T-AATT
** * * ** * * * * *
227158 TTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAATTTGCATGAGCATAAATAATTG
316 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTA
** * * *
227222 TTTTACAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCAAAACTAT
380 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
227287 TTGAATTGTTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTCTTGAAAAATTAA
445 TTGAACTG-TTCAATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAA
*
227348 TAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAT
507 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * *
227374 AAGCTTGTATG--TTGAAAAACAATTATTATATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATA
1 AAGCTTGTATGAACT-AAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * *
227437 GATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTTATCTAATTTGTTAAACTA-ATTTATTGTTTAAATC
64 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATC
** * * *
227501 T-TTAACTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT
127 TCTT-ACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * ** *
227565 GAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCA
190 GAACT--AACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * *
227630 AATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTA-TTTTCAAATCTCCAACTTATTAA
253 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT----CTTATTAA
* * * * * ** * * *
227694 TATTT-AGAATGTCAATAAATCAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGCATGAAAAGAATCAA
314 TTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA
* * * ** * * * *
227757 TTGTTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGAT
377 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
*** * * * * *
227822 TATTTGAACTGATTTGGTAAACAAATTAACTTTTTAAATCACTTACTTATAAATTTTTGGAATAT
442 TATTTGAACTG-TTCAATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATAT
**
227887 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
504 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * *
227916 AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTTAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * ** * * * *
227981 CAATTATTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTATTTGGTAAATAAACTTA-TTTTTAAA-CTCT
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * * *
228044 TGCTTATTAATTTTGTAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGAA-AAGTTTCTATAAA
130 TACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GAATAAGCTTGTATGAA
* * * ** * *
228108 TTGAAACAATTCTTTAATG-TCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAA
193 CT--AACAATTATTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * *
228172 TTGTCATAACTCTTTGAACTTGTTCGGTAAAGAAATTTATTTATTCAAATCTTTTGCTTATTAAT
255 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTT-TTTAAATC---T-CTTATTAA-
* * * * *
228237 TTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAA
314 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAA
* * * ** * * * ** **
228299 ATATTTT-TGACAAAACAAAAGGTTAAAACGGTTAGAAATAGTTAATTATTTTAATAGTGTTAAC
377 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** *
228363 TATTTGAATTGGTTCAAT-GACACATTTATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTTGTAATAT
442 TATTTGAACT-GTTCAATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATAT
* * **
228427 TATTAAATTCGTATTAGTTTTA-ACCAAAT
504 TAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAAT
* * * * * * ** ** * * *
228456 AAGCTTCTACGATC-AAGAACAATTGTTTTATGACCAAAC-AAAGATTTTAACAATATGAGATTG
1 AAGCTTGTATGAACTAA-AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * *
228519 ATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * *
228582 -T-CTTATTAATTTTTGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAA-
129 TTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * * * *
228644 TAGAAACATTGTTTTATGACAAAATAAACGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
194 TA-ACA-ATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* *** *
228709 GTCATAACTATCTGAACTCACTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTT
257 GTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTT
* * * * * **
228774 TGGAAT-TATAATAAATTAGAATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTGG
318 TGAAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTAT
* * * * * *
228837 TTTATGAAAAAAAAAGAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATTGTCATAACTAT
381 TTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** * *
228902 TTGAGCATGTTTAGCAAACATATTT-TTTTTTTAAT-TTTTA-TTCATTAATTTTTAGAATATTA
445 TTGAAC-TGTTCAATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTA-AATATTA
* ** *
228964 GT-AATTTTTATTATTTTATTTGAAAT
506 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
** * ** * * * * * * *
228990 AAGCTTCCATGAA-TGGAACCAATTATTTTATGATAAAATAAAAAGTTATAATGTTTTGAAATAA
1 AAGCTTGTATGAACT-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * *
229054 ATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTCT-ATGAATAGATTCATTTTTTAATTC
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-T-TT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* ** * * *
229117 TCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATA
127 TCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
* * * * * ** *
229182 AACTAAAACAATCATTTTATTACAAAATAAAAGGTCACAATGATTTGAAAT-GAATATTTAGTT-
191 AACT--AACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG-ATAATTA-TTC
* ** ** * * * * *
229245 AAATAGTCATGACTATTTGAACTTATCCGATAAATATATTTGTTTTTTGAATCTTTTACTTATTA
252 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTA
* * * * * * * * * *
229310 ATTGTCGAAACACTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTAAGAATAGAAACAAT
313 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT
* * * * * *
229375 TGTTTTATGGCAAAACAAATA-GTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTATTCAAATAGTCATAAA
378 TATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* *** * * *
229439 AATTTGAACTTGTTTGGTAAACTGATTTA--TTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCTT-AATA
442 TATTTGAAC-TGTTCAATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAAATA
* * * *
229501 TTACTAAATTTGTATTATTGTA-ATCGAAAT
503 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAT
** * ** *
229531 AAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAAAAAAGATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAA
1 AAGCTTGTATGAACT---AAAAAAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * *
229595 TAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTCGGTAAATAGATTCA-TTTTTAAAT
62 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * *
229659 CTCTTAATTATTAAATTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTT-TTTTGAATAAGCTTAG-A
126 CTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTA
* * * *
229722 TAAACCTAAATAAGTT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-GT
189 TGAA-CT-AACAA-TTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * *
229785 CTAAATAGTCATAATTATTTGAACGGGTTAGGTAAGCAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATAT
251 C-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-T---TAT
* ** * * * * * * **
229850 TAATCTTCAAAACATTAATGAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTGATTAAG-TCAGTACGAATTGAA
311 TAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCT-TGTATGAACAGAA
* * * * * * *
229912 AAAATTATTTTATGAAAAAATAAAA----ATGAC---TTGAAATGGATAATTGTTCATATAGTCT
373 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * * * *
229970 TAAATATTTGAATTTGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTATTTATTAGTTTTTGGA
438 TAACTATTTGAA-CTGTTCAATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AA
** * * *
230035 ATATTGTTAGATTAATATTATTTTACTTCAAAT
500 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * *
230068 AAGCTTATATG-A-TAAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGATTATAATGATTTGAAGTT
1 AAGCTTGTATGAACT-AAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * *
230131 TACAAATATTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTATTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCT
64 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
230196 TTTACTT-TTAATTTTTGAAAGATCAATAAATTAGTATTATTTTATTCATT--ATAAACTTGTAT
128 CTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT--TTGAATAAGCTTGTAT
* * * * * *** * * * *
230258 GATCAAAAGCAATTGTTATATGACT-AAACAAAAGGTAATAGTGA-TTAAAATAGATACTTTTTA
190 GAAC-TAA-CAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * * *
230321 AAAT-GGCTATAATTATTTGAATTGATTCGGCAAATAGATTTACTTTTTAAATTACTTACTTATT
252 AAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-T-C-T-CTTATT
* * *
230385 AA-TTTTCAACATATTAATAAATTAGTA-T-TTTT-TTT--AATAAGCTTGTATAAACTGAAACA
312 AATTTTTGAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
* * * *
230444 ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCGAATAGTCATA
376 ATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
230509 ACTATTTAAATTTGTTTAATAAACAATTTATTTCTTTTAA-CTATTACTTATTAATTTTTAAAAT
440 ACTATTTGAA-CTGTTCAATAAACAATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAT
* * * *
230573 ATTAAGAAATTTGTATTAATTTATTT-AGGAT
502 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AAT
* * * * * * *
230604 AAGCTTTTCTGGACTAAAATAATTGCTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAA
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
*
230668 ATAATTGTTCAAATAG---T--C-A-TT--AC-----------T--A--T-TTTTTCAAATC-CT
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-
* * * * * * ** * * *
230707 TTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTAGTTTACTCGGAATAAACTTCTAAGAT
129 TTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-
* * * * * * * *
230772 A-TGAAACAAATATTTTATGACT-AAACAAAATGTTAGAACGATTGGAACTAGATAATTATTCTA
192 ACT--AACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
** * * * * * * *
230835 ATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACACATTTGTTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTC
254 ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT
* ** * * * *
230900 AAAATATT-ATAAAATTAGTATTATTTT-TAACCGATTAAGCTTCTATGATAAAAAAACAATTAT
319 GAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTAT
* * * ** * * * *
230963 TTTATGACAAAA-TAAAGATCTTAATGATTTGACATTGATAATTATTCAAATAGTCATAACCATT
381 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * *** * *
231027 TAAACCGATTTGGTAAATAGATTTATTTATTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
446 TGAACTG-TTCAATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAAT
231088 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
508 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * *
231113 AAGCTTGTATGATC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAACGATCATAATGATTTG-AATAG
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* ** * * * * * * * *
231176 GTAATCATTCAAATAGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTC
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
** * * *
231241 TTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-ATCTAAGCTTGTATTA
129 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGA
* * * ** * * * * *
231305 ACTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATGGACATTTGTTCAAA
192 ACT--AACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * ** ** * * ***
231370 TAGTAATAACTATTTGAATTTATTCAGTAAATAGCTTT-TTTAAAAAATCTTTTTCTTATTAATT
255 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC----TCTTATTAATT
* * * * * *
231434 TTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAAGCTTATACGAATTA-AAACAATT
316 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATT
* * * * * * * * * * *
231497 -GTTT-TGACTAATCAAAAAGTCAAAACGATTTGAAACAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCA
379 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * *
231560 ATTAAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTA
444 TTTGAACTG-TTCAATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * *
231625 TTAAATTAGTATTATTTTA-ATCAAAAC
506 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAT
* ** ** * * * *
231652 AAGCTTGTACGAAC-AAATCAATTGCCTTACGACAAAAGAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGA
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * * ** * * * * *
231716 TAATCGTTCATATAG-CTTAGCTATTTGAGCTGGTTAGGCAATTAAATTTATTTTTTTAATTTTA
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTC
** *** * * ** *
231780 TTGGTTATTAAGTTAAGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAGTATGAA
129 TTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* ** * * * *
231845 CATAACCAATTGTTCAATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
193 C-TAA-CAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * *
231910 AGTCAAAACTATTTGGAA-TGGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAGTCTCTTATTGATTAATT
256 AGTCATAACTATTT-GAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC---TT-ATTAATT
* * * ** * * * * *
231974 TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAAATTATATTAAAAAAAACAATTGT
316 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTAT
* * * * * * * * *
232039 TTTATGACATAACAAAAAGTAATAAAAATTTGGAATAGACAATTATTCAAATAGTTATAATTATT
381 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
232104 TGAACTAGTTCGATAAATAAAATTA-TTTTTAAATCTCTTA--TA--AATTTTTGAAATGTTAAT
446 TGAACT-GTTCAATAAA-CAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAAT
* **
232164 AAATTAGCT-TTATTCTATTTTGAAT
508 AAATTAG-TATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * ** * *
232189 AAGCTTCTATGAGCTGAGATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTCGAAATAAA
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* **** * * * * * * *
232254 AAATTGTTTTTGTAGTCTTAACTATTCGAACTAATTCGACAAA-CGAATTTATTTTTAAAATCTC
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTGATAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * *
232318 TTAGTTATTAATTTCTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATCAGCTTGTAT-AA
129 TTACTTATTAATTT-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * * ** * *
232382 ATAGAAATAATTATTTTATGACAGAACAAATTGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
193 CT---AACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * *
232447 TAATCATAACTATTAGAACTGATTTGGTAAATATATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTG
255 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTG
* * * ** * * * *** * **
232512 AAATATTAGTAAATTAGTATTATTTCATGTAAAATTAGCATGTAAGTTGAAAAACAATTGCTTTA
320 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTA
* * * *
232577 TGACAAAAC-AAAGG--GT---AA--T-AAATAG----TTGTTCAAAT-GGCTTAATTATTTGAA
385 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * ** * *
232628 TTGATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAACTTTCGAAATATTAATAGAG
450 CTG-TTCAATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAAT
* * **
232693 GAGTATTATTTTTTTTGGAA-
512 TAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * *
232713 AAGCATT-TATGAATTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAAAAT
1 AAGC-TTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * *
232777 ATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCT
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTGA-TAAATAGATTTATTTTTT-AAATCT
* * * * * ** *
232842 CTTGCTTTTTAATTTTTTGAGTGTTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGA
128 CTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
* ** * * * *
232907 ACTAAAACAATTATTATATGACT-AAACAAAATATCAAAACGATTTGAAATAAATAATTATTCTA
192 ACT--AACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * *
232971 ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTT
254 ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT
* * * * *
233035 CATAATATT-ATAAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTG
319 GA-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTA
* ** ** * * * *
233097 TTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTCCATATTGATATTTGTTCAAATTGTCATAACTA-
380 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** *
233160 TTGAACTGGTTCGA-AAGCTGTTT-TGGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTA
445 TTGAACT-GTTCAATAAACAATTTAT--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * * * *
233223 GTAAAGTATTATTATTTTATTTTAGAT
506 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * *
233250 AAGTTTTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTTAAGA-AAAAGGTTAAAACGATTTGAAATA
1 AAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGAC--AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * ** * *
233314 GATAATTGTTCTAATAGGCTTAATTATTTGAACTAGTTCCATAAACACATTTATTTTTTAAATCT
64 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
233379 CTTACTTATTAA----T-ACTA-T--TAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATGAA
128 CTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG--
* * * ** * * *
233436 AAGTAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAGT
191 AACTAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* **
233500 AGTCATAACTATTTTAACTATTTTGGTAAA
256 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAA
233530 AAAATTTTAA
Statistics
Matches: 21125, Mismatches: 5188, Indels: 4155
0.69 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
492 1 0.00
493 12 0.00
494 9 0.00
495 4 0.00
496 4 0.00
499 8 0.00
500 1 0.00
501 10 0.00
502 6 0.00
503 7 0.00
504 6 0.00
505 4 0.00
506 6 0.00
507 27 0.00
508 49 0.00
509 100 0.00
510 34 0.00
511 74 0.00
512 152 0.01
513 49 0.00
514 39 0.00
515 20 0.00
516 22 0.00
517 41 0.00
518 10 0.00
519 15 0.00
520 63 0.00
521 128 0.01
522 183 0.01
523 183 0.01
524 174 0.01
525 384 0.02
526 169 0.01
527 191 0.01
528 182 0.01
529 468 0.02
530 335 0.02
531 387 0.02
532 196 0.01
533 522 0.02
534 911 0.04
535 665 0.03
536 894 0.04
537 1568 0.07
538 1978 0.09
539 1248 0.06
540 1706 0.08
541 1057 0.05
542 1414 0.07
543 741 0.04
544 837 0.04
545 554 0.03
546 269 0.01
547 54 0.00
548 192 0.01
549 194 0.01
550 75 0.00
551 65 0.00
552 93 0.00
553 238 0.01
554 147 0.01
555 42 0.00
556 57 0.00
557 118 0.01
558 51 0.00
559 36 0.00
560 218 0.01
561 22 0.00
562 78 0.00
563 114 0.01
564 158 0.01
565 68 0.00
566 44 0.00
567 24 0.00
568 25 0.00
569 25 0.00
570 33 0.00
571 25 0.00
572 25 0.00
573 193 0.01
574 140 0.01
575 7 0.00
576 5 0.00
577 14 0.00
578 24 0.00
579 25 0.00
580 11 0.00
581 4 0.00
582 3 0.00
583 9 0.00
584 10 0.00
585 6 0.00
586 5 0.00
587 22 0.00
588 5 0.00
589 8 0.00
590 3 0.00
591 6 0.00
593 1 0.00
594 6 0.00
595 2 0.00
596 5 0.00
597 10 0.00
598 10 0.00
599 6 0.00
600 6 0.00
601 6 0.00
602 17 0.00
603 24 0.00
604 26 0.00
605 9 0.00
606 10 0.00
607 4 0.00
608 7 0.00
609 4 0.00
611 3 0.00
612 2 0.00
613 5 0.00
614 3 0.00
615 5 0.00
616 10 0.00
617 3 0.00
618 3 0.00
619 8 0.00
620 3 0.00
621 3 0.00
623 10 0.00
624 6 0.00
625 12 0.00
626 12 0.00
627 2 0.00
628 6 0.00
629 14 0.00
630 4 0.00
631 16 0.00
632 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (532 bp):
AAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
ACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA
ACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAA
AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTC
AATAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCAAAT
Found at i:208775 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 207484--213362 Score: 3683
Period size: 180 Copynumber: 32.7 Consensus size: 180
207474 TTGTATGAAC
* * *
207484 TTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTATATGACTAAACAA
1 TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * *
207547 AAAGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTC-TCAACTATTTGAA-TTGGTTTGG
64 AAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTT-GTTCGA
* *
207610 CAAACATATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA
127 TAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * *
207661 TTAGTATTATTTCATCT-AAATAAGCTTGTATGATCAGACACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * *
207724 GATCATAA-TGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATA-TCCATAATTATTTGAACTAGTTCAAAA
66 GGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTTGTTCGATA
* * * *
207787 AACAACTTTAGTTTTTAAATC-TCTAGCTTATTGATTTTTGAAATATTAATATA
129 AACAA-TTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * *** * * *
207840 GTAGCATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTCTGACAAAACAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * ** * * *
207904 AGGTCATAACGACTTCAAATAGATAATTCTT-TAATAGTCA-AATCTATTCAAATTTGTTTGGTA
65 AGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGATA
* * * *
207967 AACAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAA
129 AACA-ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
*** * * **
208021 TTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTGTATG-ACATG-AATAATTATTTTATGA-TTAACAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * * * *
208083 AGATCA-AAATGATTTGAAATAGATAAATATTCTAATAGTCTTAACTATTTGCACTGGTTTGAAA
65 AGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATA
* * * **
208147 AACACATTTATTTTTTAAAATC---T-CTTACTAATTTTTGGAATTTTCTTAAA
129 AACA-ATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * * * *
208197 TTAGTATTATTTTAATCCCAGTAAGCTTGTATGAAAAAAAACAAATGTTTTATGACAAAA-TAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * * * *
208261 GATCATAACAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATATTAAGAACTGTTTGAAC-TGTTTTGGTAA
66 GGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAA
* * *
208325 ACAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATATA
130 ACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
** ** * *
208373 TTAGTATTATTTTA-TTCTGGATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTAG-TTTATGAGAAAACAA
1 TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * *
208436 AGGGTCAT-A--ATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATGGACATGACTATTTGAATTTGTTCGGTA
64 AAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATA
* **
208498 AATATATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAA
129 AACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA
* * ** * **
208551 TTAGTATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATATTAACAATTGTTTGATGATGAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * *
208615 GATCATAACTATGTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGATAAA
66 GGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAA
* * *
208680 CAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
131 CAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * ** *
208730 GTAGCATTATTTTATTTCGAATGTGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * *
208795 GGTCATGAGTATATGAAATAAATAATTGTTCAAATCA-TCATAACTATTTGAACATGTTCAGA-A
66 GGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATA
* *
208858 AACAAATTTATTTTTTAAA-ATTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
129 AAC-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * *
208910 TTTA-TATTGTTTTATTTCAAATAATCTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGATAAAA-GAA
1 -TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * **
208973 A-GTCATAA-TGATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAATA
65 AGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATA
* * * * * * * *
209036 AACAGA-TCATATTTTATATCTCTTACTCAATAATATTTGAAATATTAATCAA
129 AACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * ** * ***
209088 TTATTATAATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTA-ATGCAATTATTTTATGATGGAACAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * *
209152 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTC-AGTA
65 AGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TA
** ** * **
209216 AAGGTATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATT-GTCATTGAAATATTAATAAA
129 AA-CAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
** *** * * * *
209268 TTAAAATTATTTTAACCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * *
209333 AGTCAGAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAA
66 GGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAA
* * * *
209397 ACATTTTTCTTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTGTCT-AAATATTAATAAA
130 ACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAA
* * * * * *
209449 TTTGTATTATTTTAATTGTTCAAAT-AG--T-CAT-AACTATTCAAATAA--GCTTGTATGATAA
1 TTAGTATTATTTT-A-T-TTCAAATAAGCTTGTATGAAC-A--GAAACAATTG-TTTTATGA-CA
** * * **** * * * * *
209507 AAAGCAATTGTTTTATAA-TAAAACAAA-AGGTCATAA-TGATTTGAAAT--TGATAATTGTTTA
58 AAA-CAAAAG-GTCATAACTATTTGAAATA-G--ATAATTG--TTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *** ** * * *
209567 AATGGCCATAGTTATTTTAATTGATTATGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
116 AA----C-TTGTT-CGATAA---ACAAT-TTAT---------TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
*
209632 TTTTAGAAATATTAATAAA
162 TTTTTGAAATATTAATAAA
* *** * **
209651 TTTGTATTATTCTATATTTTGTATAAGCTTGTATTAACTA-AAATGA-TGTTTTATGACAAAACA
1 TTAGTATTATT-T-TATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
209714 AAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATAGTGC-TAACTATTTGAATTTGTTTGG
63 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTTGTTCGA
*** * *
209778 TAATTTGATTTATTTTTTAAAATC--TTA-TTA--ATTTTTTG-AATGTTAATAAA
127 TAA-ACAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * *
209828 TTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTCTTATGACTAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * *
209893 GGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAGTAGTCTTAACCATATGAA-TTGGTTC-AGTA
66 GGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGA-TA
* * ** *
209956 AACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAA
129 AAC-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * *
210009 TTTGTATTCTTTTAATT-GAATAAGCTTGTATGAACA-AAA-AATTTGTTTTATGACAAAACAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAA
* ** * * *
210071 AGGTCATAA-TGATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGT-ATTAACTATTTGAACTAGTT-TAG
65 AGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCGA-
** * * * * *
210133 TAATTAGATTTATTTTTTAATTTTTTTGA-TTATTAA-GTTTCAAACTATTATTAAA
127 TAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTT-ACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAA
* ** * * * *
210188 TTAGTATTA-TTTAATTCTAAATAAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAA
1 TTAGTATTATTTTATTTC-AAAT-AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * ** * * **
210252 AAGGTTATAA-TGATTTGAAATTGATAATCATTCACATAGT-ATTGACTATTTGAACAGGTTCGA
64 AAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCGA
** * ** * * *
210315 TAATTAGATTTATTTTTTTAAT-TTTCCTGGTTATTAAGTTTTGAATTATTATTAAA
127 TAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTT--TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
** * * * *
210371 TTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAAATAGTATGAACAGAACCAATTATTTGATGACAAAACAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * **
210435 AGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCA-AAGCTATTTGAAATGGTTTGGCA
65 AGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGATA
* * * *
210498 AACATATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTTAAATATTAATAAA
129 AACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * *
210551 TTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATGTGAACAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
** * * * * * *
210616 AATAATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC-GGTTTGGTACA
66 GGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATA-A
* * * * ** * *
210679 TACAA-TT-CTTCTTAAATCTCTTCCTTAGAAAATTTTGAAATATTAACAAA
130 -ACAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * * * * *
210729 TTAGTTTTATTTTATTCCAAATAAAACTTGTATGAGCTGAAATAATTGCTTTATAACAAAATAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * * * *
210794 AGGTCATAACGATTTGAAATAGTTAATTATTCATATAGTCTTAATTGTTTAAACTAGTTC-AGCA
65 AGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TA
* * * * ** *
210858 AGCAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTAAA
129 AACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* ** * * **
210911 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAATTTGTATGAAAAGAAATAATTGTTTTACAACAAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * *
210976 GGTTATAACAATTAGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAA
66 GGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAA
* * *
211041 CAAATTTATTTTTTTAATC---T-CTTACTAATTCTTGAAATATTAATAAA
131 C-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
*** * * * *
211088 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTATTTTATAACAAAACGAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * *
211153 GGTAATAA-TGGTTTAAAATAGATAATTATTC-AAT-GCCATAATTATTTGAA--TGATTTGGTA
66 GGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATA
* **
211213 AACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAA
129 AAC-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* ** * * *
211266 GTAGTATTATTTTATTTTGGAA-AAGCTT-T-T----A-TAACAATTATTTTATGACAAGACAAA
1 TTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * *
211323 AGTTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCGTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAA
65 AGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAA
* * * ** *
211388 ATAGATTTATTTTTTCAAATC-TCTAGCTTTTTAA-TTTCAAAATGTTAATAAA
130 ACA-ATTTATTTTTT-AAATCTTTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * ** ** * * * *
211440 TCAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAGCCAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * ** *
211505 GGTCATAA-TGACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACTAATTCGGTAA
66 GGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAA
* * ** *
211569 ACAAATTAACTTTTTAAATCACTGACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAA
130 AC-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA
* * *
211621 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT-ATTTATGGCAAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * * *
211685 AGTCATAACGATTTTAAGTAGACAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTTGTT-TAGTAA
66 GGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAA
* * * * * *
211749 ATAAACTTATTTTTTTAA-C-CTTGCTTATTAA-TTTTGTAAATATTAAGAAA
130 A-CAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAA
*** * * * * *
211799 TTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT-ATACTGAAACAATTATTTGATGTCAAAACAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * *
211863 AGGTCATAACGATTTTG-AATAAATAATTATTCAAATTGTCAAAACTATTTGAACTTGTTC-AGT
65 AGGTCATAACTA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-T
* * * *
211926 AAAGAGATTTTATTTTTTTCAAGTCTTTTGCTTATTAATTTTT-AAATGTTAATAAA
128 AAACA-A-TTTA-TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * ** *
211982 TTTGGATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAA--ATAAT-TGACTAAACAA
1 TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * ** *
212042 AAGGTTAGAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTC-A-
64 AAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT
* *
212104 ACAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA
128 A-AACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
** * * *
212159 TTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTTTATGATCA-AGAACAATTGTTTTATGATAAAAC-A
1 TTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * *
212221 AAGATCTTAACGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTGGTTCAATA
64 AAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATA
* *
212286 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
129 AAC-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
** * * * *
212339 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * *
212404 AGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCTATAATTATTTTAAC-TGATTTGGTA
66 GGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCGATA
**
212467 AACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAA
129 AAC-AATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
** * * * * ** **
212520 TTAGTATTATTTTA-TTCTATCTAAGCTTGTATTAACTGAAGCAATAGTTTTATGGTAAATTAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * *
212584 AGGTTATAA-TGATTTTAAATGGACAATTGTTCAAATAGTAATAACAATTTGAACTTGTTCAATA
65 AGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATA
* * ** *
212648 AACATATTTAGTTTTTTAAATCTTTTTCTTATTATTTTTTTTAATGTTAATAAA
129 AACA-ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* ** *
212702 TTAGTATTAATTTA-TTC---TGAA------A-GAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * ** * * *
212756 AGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACCATTTGAAC-TGATT-TAGT
65 AGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGA-T
*
212819 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA
128 AAAC-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * * * *
212873 TTAGAATTATTTTAATCTGAATAAAAG--TGTATGAATA-AAACAATTCTTTTTACGACAAAACT
1 TTAGTATTATTTT-ATTTCAA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
212935 ATAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCCAC
63 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT
* * * ** * ** ** *
213000 AATTAC-ATTTA-ATTTTAATTTTTTTGGTTATTAA-GTTCCATAATATTTTTGAA
128 AA--ACAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA
* ** * ** * * * * *
213053 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTACAAATAGAAGCAATTATTTGATGACAAAATAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * *
213118 GGTTATAA-TGATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGGTAA
66 GGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAA
* * * *
213182 ATATATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAA
130 ACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA
* * * * * *
213234 TTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATGGTTTTATGACAAAACAAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * *
213299 AGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCGATAA
66 GGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAA
213363 GTTATAATTA
Statistics
Matches: 4460, Mismatches: 965, Indels: 550
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 98 0.02
172 83 0.02
173 23 0.01
174 134 0.03
175 128 0.03
176 269 0.06
177 333 0.07
178 358 0.08
179 452 0.10
180 1087 0.24
181 894 0.20
182 302 0.07
183 98 0.02
184 45 0.01
185 8 0.00
186 6 0.00
188 1 0.00
189 3 0.00
190 4 0.00
191 2 0.00
192 4 0.00
193 2 0.00
194 4 0.00
195 4 0.00
198 5 0.00
199 3 0.00
200 17 0.00
201 14 0.00
202 55 0.01
203 14 0.00
204 3 0.00
205 2 0.00
206 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
GGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAA
CAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
Found at i:209633 original size:202 final size:202
Alignment explanation
Indices: 209287--209661 Score: 488
Period size: 202 Copynumber: 1.9 Consensus size: 202
209277 TTTTAACCCG
209287 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAAAGTCAGAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAAAGTCAGAATGATTTGAAAT
* ** *
209352 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATTTTTCTTTTTTAAATC
66 AAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* * **
209417 TTTTATTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGTTCAAATAGTCATAA
131 TCTTACTTATTAATTGTAGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGTTCAAATAGTCATAA
209482 CTATTCA
196 CTATTCA
* * * * *
209489 AATAAGCTTGTATGATA-AAAAGCAATTGTTTTATA-ATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
1 AATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTATTTTA-AGACAAAACAAAAAGTCAGAATGATTTGAA
** * * ** * *
209552 ATTGATAATTGTTTAAATGGCCATAGTTATTTTAA-TTGATTAT-GTAAATAAATTTATTTTTTA
64 ATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTT-ATT-TGGTAAACAAATTTATTTTTTA
*
209615 AATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTTGTATTATT
127 AATCTCTTACTTATTAATTGTAGAAATATTAATAAATTTGTATTATT
209662 CTATATTTTG
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 22, Indels: 8
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
201 2 0.01
202 142 0.97
203 3 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (202 bp):
AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAAAGTCAGAATGATTTGAAAT
AAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
TCTTACTTATTAATTGTAGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTCA
Found at i:211993 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 207484--213357 Score: 3676
Period size: 361 Copynumber: 16.3 Consensus size: 357
207474 TTGTATGAAC
* * * *
207484 TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTATTATATGACTAAACAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * ** *
207548 AAGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTC-TCAACTATTTGAA-TTGGTTTGGC
66 AGGTCATAACGATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTT-GTTCAGT
* *
207611 AAACATATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATT
128 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * * **
207672 TCATCT-AAATAAGCTTGTATGATCAGACACAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGA
192 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * * * * ** * * *
207735 TTTGAGATTGATATTTGTTCAAATA-TCCATAATTATTTGAACTAGTTCAAAAAACAACTTTAGT
256 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTAAATAAATTTATT
* *
207799 TTTTAAAT-CTCTAGCTTATTGATTTTTGAAATATTAATATA
319 TTTTAAATCCT-TA-CTTATT-AATTTTGAAATATTAATAAA
* * ** * * * * *
207840 GTAGCATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTCTGACAAAACAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
** * * ** * **
207904 AGGTCATAACGACTTCAAATAGATAATTCTT-TAATAGTCA-AATCTATTCAAATTTGTTTGGTA
66 AGGTCATAACGA-TTTGAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAGTA
* *
207967 AACAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATT
129 AACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATT
*** * * ** * * **
208032 TTATTTTGGATAAGCTTGTATG-ACATG-AATAATTATTTTATGA-TTAACAAAAGATCAAAATG
192 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAAC-TGAAACAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * *
208094 ATTTGAAATAGATAAATATTCTAATAGTCTTAACTATTTGCACTGGTTT-G-AAAAACACATTTA
255 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGTTTAGTAAATA-A-ATTTA
* * * **
208157 TTTTTTAAAATCTCTTAC-TA--ATTTTTGGAATTTTCTTAAA
317 TTTTTT-AAATC-CTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAA
* *** * *** * * *
208197 TTAGTATTATTTTAATCCCAGTAAGCTTGTATGA-AAAAAAACAAATGTTTTATGACAAAA-TAA
1 TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * **
208260 AGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATATTAAGAACTGTTTGAAC-TGTTTTGGTA
66 AGGTCATAACGATTTGA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTA
* *
208324 AACAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATATATTAGTATTATTT
129 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** ** * *
208385 TA-TTCTGGATAATTTTGTATGAA-TAGAAACAATTAGTTTATGAGAAAACAAAGGGTCAT---A
193 TATTTC-AAATAAACTTGTATGAACT-GAAACAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * ** *
208445 ATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATGGACATGACTATTTGAATTTGTTCGGTAAATATATTTATT
255 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTAAATAAATTTATT
* *
208510 TTTTAAATCTCCTA-TCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
319 TTTTAAATC-CTTACT-TATTAATTTTGA-AATATTAATAAA
** * * * **
208551 TTAGTATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA-T-TAACAATTGTTTGATGATGAAACAA
1 TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATG-ATACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * *
208613 AAGATCATAACTATGTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTGCTC-GAT
65 AAGGTCATAACGATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-T
* * * * *
208677 AAACA-ATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGCATTATT
128 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATT
* *** * * **
208741 TTATTTCGAATGTGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGAGTA
192 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * * * *
208806 TATGAAATAAATAATTGTTCAAATCA-TCATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAACAAATTTATT
256 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTAAATAAATTTATT
* *
208870 TTTTAAAAT-TTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
319 TTTT-AAATCCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA
* * * * *
208910 TTTA-TATTGTTTTATTTCAAATAATCTTGTATGA-ACAT-AAACAATTATTTTATGATAAAA-G
1 -TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATAC-TGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * *
208971 AAA-GTCATAATGATTCGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAAT
64 AAAGGTCATAACGATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * * * * * * * * *
209035 AAACAGA-TCATATTTTATATCTCTTACTCAATAATATTTGAAATATTAATCAATTATTATAATT
128 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAAT-TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *** *
209099 TTATTTCGAATAAGCTTATATGAACT-AATGCAATTATTTTATGATGGAACAAAAGGTCATAACG
192 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTGAA-ACAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * ***
209163 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAGGTATTTATT
255 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTAAATAAATTTATT
** * * *
209228 TTAAAAATCTTTTACTTATT-GTCATTGAAATATTAATAAA
319 TTTTAAATC-CTTACTTATTAAT-TTTGAAATATTAATAAA
** ***** ** *
209268 TTAAAATTATTTTAACCCGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * **
209332 AAGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAA
66 AGGTCATAACGATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAA
** * ** * *
209397 ACATTTTTCTTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTT
130 ACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* *
209462 AATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TCAAAT-AAGCTTGTATGATAAAAAGCAATTGTTTTATAA
194 -A-T-TTC-AA-A-T-A-AACT-TGT---ATGAA-C-----TG----AAA-CAATT-ATTTATGA
* ** * * * * ** *
209525 TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTTAAATGGCCATAGTTATTTTAATTG
235 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG
*
209590 ATTATGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAA
300 TTTA-GTAAATAAATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAA
* ** * * ** *
209651 TTTGTATTATTCTATATTTTGTATAAGCTTGTATTA-ACTAAAATGA-TGTTTTATGACAAAACA
1 TTAGTATTATT-T-TATTTTAAATAAGCTTGTATGATACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * ** * **
209714 AAAGGTCATAACAATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATAGTGC-TAACTATTTGAATTTGTTTGG
64 AAAGGTCATAACGA-TTTGAATAGATAATTATTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTTGTTCAG
*** * * * *
209778 TAATTTGATTTATTTTTTAAA----AT-CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAA
127 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
209838 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTCTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACA
191 TTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTAT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * *
209903 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAGTAGTCTTAACCATATGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTATT
255 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTAGTAAATAAATTTATT
* * *
209968 TTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAA
319 TTTTAAAT-CCTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAA
* * * * * *
210009 TTTGTATTCTTTTA-ATTGAATAAGCTTGTATGA-AC--AAAAAATTTGTTTTATGACAAAACAA
1 TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATACTGAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * *
210070 AAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGT-ATTAACTATTTGAACTAGTTTAGT
65 AAGGTCATAACGATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCAGT
** * * * * * *
210134 AATTAGATTTATTTTTTAATTTTTTTGATTATTAAGTTTCAAACTATTATTAAATTAGTATTA-T
128 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTAAA-TATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
210198 TTAATTCTAAATAAAAATAGTATGAA-TAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAA
192 TTATTTC-AAAT-AAACTTGTATGAACT-GAAACAATTATTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * ** * * ** * * * *
210262 TGATTTGAAATTGATAATCATTCACATAGT-ATTGACTATTTGAACAGGTTCGATAATTAGATTT
253 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAATTGTTTAG-TAAATAAATTT
* ** * *
210326 ATTTTTTTAATTTTCC-TGGTTATTAAGTTTTGAATTATTATTAAA
316 A-TTTTTTAA--ATCCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA
* ** * * * *
210371 TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAAATAGTATGA-ACAGAACCAATTATTTGATGACAAAACAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * ** *
210435 AGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCA-AAGCTATTTGAAATGGTTTGGCA
66 AGGTCATAACGATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * * * *
210498 AACATATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
129 AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * ** * ** *
210563 TATTTCAAACAAACTTATGTGAACAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAATAATAAC-AT
193 TATTTCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAA-TTATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * ** * * * *
210627 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACGGTTTGGTACATACAA-TT-CTTC
257 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTAGTAAATA-AATTTATTTT
* ** *
210690 TTAAATCTCTTCCTTAGAAAATTTTGAAATATTAACAAA
321 TTAAATC-CTTACTTA-TTAATTTTGAAATATTAATAAA
* ** * * * ** * *
210729 TTAGTTTTATTTTATTCCAAATAAAACTTGTATGA-GCTGAAATAATTGCTTTATAACAAAATAA
1 TTAGTATTATTTTATTTTAAAT-AAGCTTGTATGATACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * *
210793 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGTTAATTATTCATATAGTCTTAATTGTTTAAACTAGTTCAGCA
65 AAGGTCATAACGATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * * * *
210858 AGCAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATGAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATT
129 AACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTGCTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * ** * * ** *
210922 TTATTCCAAATAAATTTGTATGAAAAGAAATAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTTATAACAA
192 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * * * *
210987 TTAGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTT
256 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTAAATAAATTTATTT
* *
211052 TTTTAAT-C-T-CTTACTAATTCTTGAAATATTAATAAA
320 TTTAAATCCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAA
* * *
211088 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-T--TGAAAAACAATTATTTTATAACAAAACG
1 TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATACTG--AAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * * **
211150 AAAGGTAATAATGGTTTAAAATAGATAATTATTC-AAT-GCCATAATTATTTGAA--TGATTTGG
64 AAAGGTCATAACGATTT-GAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAG
* * * *
211211 TAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAAGTAGTATTA
127 TAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * *
211275 TTTTATTTTGGAA-AAGCTT-T-T--A-T--AACAATTATTTTATGACAAGACAAAAGTTCATAA
190 TTTTA-TTTCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
211332 CAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCGTAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA
253 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTAAATAAATTTA
* ** *
211397 TTTTTTCAAAT-CTCTAGCTTTTTAATTTCAAAATGTTAATAAA
317 TTTTTT-AAATCCT-TA-CTTATTAATTTTGAAATATTAATAAA
* * * ** * * * *
211440 TCAATATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGA-ACAGAAACAATTATTTTATGACAAAGCCAA
1 TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * ** *
211504 AGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACTAATTCGGTAA
66 AGGTCATAACGATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAA
* * * ** *
211569 ACAAATTAACTTTTTAAATC-ACTGACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
130 ACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTG-CTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * *
211633 TATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTATGGCAAAACAAAAAGTCATAACGATT
193 TATTTCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * *
211698 TTAAGTAGACAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTTGTTTAGTAAATAAACTTATTTTT
258 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTT
* * *
211763 TTAA-CCTTGCTTATTAATTTTGTAAATATTAAGAAA
322 TAAATCCTTACTTATTAATTTTG-AAATATTAATAAA
** * * *
211799 TTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT-ATACTGAAACAATTATTTGATGTCAAAACAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * *
211863 AGGTCATAACGATTTTGAATAAATAATTATTCAAATTGTCAAAACTATTTGAACTTGTTCAGTAA
66 AGGTCATAACGA-TTTGAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAA
* * * * *
211928 AGAGATTTTATTTTTTTCAAGTCTTTTGCTTATTAATTTTTAAATGTTAATAAATTTGGATTATT
130 ACAGA-TTTA-TTTTTT-AAATCTTTTGCTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * **
211993 TTA-TTCTAAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATA-AT-TGACTAAACAAAAGGTTAGAATG
192 TTATTTC-AAATAAACTTGTATGA-ACTGAAACAATTATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * ** * * * *
212054 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCA--ACAACACATTTAT
255 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAGTA-AATAAATTTAT
*
212117 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA
318 TTTTTAAATC-CTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA
*** * * * *
212159 TTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTTTATGAT-C-AAGAACAATTGTTTTATGATAAAAC-
1 TTAGTATTATTTTAT-TTTAAATAAGCTTGTATGATACTGA-AACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
212220 AAAGATCTTAACGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTGGTTCAAT
64 AAAGGTCATAACGATTTGA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * **
212285 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
128 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * ** * *
212350 TTATTTTGAATAAACTTATATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAA
192 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * * * * *
212415 TTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCTATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAAATTTATT
256 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAATTG-TTTAGTAAATAAATTTATT
* *
212479 TTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAA
319 TTTTAAA-TCCTTACTTATTAATTT-TGAAATATTAATAAA
* ** * * ** **
212520 TTAGTATTATTTTATTCTATCTAAGCTTGTATTA-ACTGAAGCAA-TAGTTTTATGGTAAATTAA
1 TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATACTGAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * * *
212583 AAGGTTATAATGATTTTAAATGGACAATTGTTCAAATAGTAATAACAATTTGAACTTGTTCAATA
65 AAGGTCATAACGA-TTTGAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
* * * * * *
212648 AACATATTTAGTTTTTTAAATCTTTTTCTTATTATTTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTAAT
129 AACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTGCTTATTA-ATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
212713 TTA-TTC---TGAA-----A-GAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGA
192 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
** * * * *
212768 TTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACCATTTGAACTGATTTAGTAAACAAATTTATTT
256 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTTAGTAAATAAATTTATTT
* *
212833 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA
320 TTTAAATC-CTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA
* * * * *** * * * *
212873 TTAGAATTATTTTAATCTGAATAAAAGTGTATGA-A-TAAAACAATTCTTTTTACGACAAAACTA
1 TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATACTGAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAA
* * * * * * *
212936 TAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCCA-C
65 AAGGTCATAACGATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-CAGT
** * * * * * * ** ** *
213000 AATTACATTTA-ATTTTAATTTTTTTGGTTATTAAGTTCCATAATATTTTTGAATTAGTATTATT
128 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * **
213064 TTATTCCAAATAAAATAGTA-CAAATAGAAGCAATTATTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATG
192 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAACT-GAAACAATTATTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * *
213128 ATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATATATTTACT
255 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGTTTAGTAAATAAATTTATT
* *
213193 TTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAA
319 TTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAATAAA
* * * * * ** **
213234 TTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTA-ACAAAAACAATGGTTTTATGACAAAACAAA
1 TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * *
213298 AAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTC
66 AGGTCATAACGATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
213358 GATAAGTTAT
Statistics
Matches: 4322, Mismatches: 945, Indels: 498
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
348 86 0.02
349 4 0.00
350 12 0.00
351 92 0.02
352 152 0.04
353 299 0.07
354 118 0.03
355 266 0.06
356 173 0.04
357 240 0.06
358 529 0.12
359 408 0.09
360 579 0.13
361 660 0.15
362 185 0.04
363 154 0.04
364 66 0.02
365 5 0.00
366 1 0.00
367 1 0.00
368 4 0.00
369 6 0.00
370 2 0.00
371 6 0.00
372 4 0.00
373 1 0.00
374 1 0.00
375 1 0.00
376 3 0.00
377 2 0.00
378 1 0.00
379 31 0.01
380 3 0.00
381 5 0.00
382 93 0.02
383 23 0.01
384 79 0.02
385 27 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGATACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
AGGTCATAACGATTTGAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA
CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TTCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAA
TCCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAA
Found at i:213335 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 213314--213346 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
213304 TAACGATTTG
213314 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGTATAATTATTC
213330 AAATAGTTATAATTATT
1 AAATAG-TATAATTATT
213347 TGAACTAGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGTATAATTATTC
Found at i:213969 original size:176 final size:178
Alignment explanation
Indices: 213688--214190 Score: 455
Period size: 176 Copynumber: 2.8 Consensus size: 178
213678 CTGTTTAATG
* * **
213688 AACAAGTTCAAATTA-TTATAACTATTTGAACAATTATTTTTTTCAAATTGTTATGA-CTTGTTG
1 AACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATATTTTTCAAATCATTATGACCTT-TTG
* * * ** ** * * * *
213751 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAT
64 TTTTATAATAAAACAATAGTTTCAATTCATACAACCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAA
** * * * * * *
213816 TAATATTTTGACAATTTATAG-GCAAAAG-ATT-TATTAATATGCTTACCA
129 TAATA-TTCAAAAAATTAAAGAGCAAAAGAATTAAATGAATATGCTAACCA
* * *
213864 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTTTTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATTTTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* *
213929 TTATAATAAAACAATAGTTTCAATTTATATAACCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATA
66 TTATAATAAAACAATAGTTTCAATTCATACAACCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATA
* * *
213994 ATATTCAAAAAATTAAAGAGTAAAAGAATTAAAAAAATGAATCTGCTAACTA
131 ATATTCAAAAAATTAAAGAGCAAAAGAATT----AAATGAATATGCTAACCA
* * *
214046 AACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATTTTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * ** * *
214111 TTGTCATTAAACAATTGGTTCTATTCATGCATGCTTATTTTG-AAT-AAATAGTA-TAAATTTAT
66 TTATAATAAAACAATAGTTTCAATTCATACAACCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTAA
*
214173 TAATATTCCAAAAATTAA
129 TAATATTCAAAAAATTAA
214191 TCCGTAAAAT
Statistics
Matches: 266, Mismatches: 50, Indels: 17
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 12 0.05
176 113 0.42
177 6 0.02
180 1 0.00
181 30 0.11
182 100 0.38
183 4 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATTTTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
TTATAATAAAACAATAGTTTCAATTCATACAACCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATA
ATATTCAAAAAATTAAAGAGCAAAAGAATTAAATGAATATGCTAACCA
Found at i:214106 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 213538--214370 Score: 587
Period size: 181 Copynumber: 4.6 Consensus size: 179
213528 AAGTTTAAAT
* * * * ** ** *
213538 AATTATCTACTTGAAATC-TCTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTATTCATAC
*
213602 AAGGTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATA-AGTAAAAG
65 AAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAA-A-AATTAA-ACAGTAAAA-
* * ** * * * * * *
213663 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTAATGAACAAGTTCAAATTA-TTATAACTATTTGAAC
124 AATTAGAAAATAAAGATATGTACTAAACAAGTTTAAA-TAGTTATGACTATTTGAAC
* * ** * *
213719 AATTATTTTTTTCAAATTGTTATGA-CTTGTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTATTCATAC
* * * * * * * * * * *
213783 AAGTTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTTATA-GGCAAAAGATT
65 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTCAAAAATTAAACAGTAAAAAATT
* * * * *
213847 ----TAT-TA-ATATGCTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
128 AGAAAATAAAGATATG--TACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
213895 AATTATCTTTTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATAGTTTCAATTTATATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACA
* * *
213960 ACCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAAAGAGTAAAAGAATTA
66 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAAACAGTAAAA-AATTA
* *
214025 -AAAA-AATGAATCTGCTAACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC
129 GAAAATAAAG-ATATG-T-ACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
214077 AATTATATATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGGTTCTATTCATGCA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACA
* * * * **
214142 TGCTTATTTTG-AAT-AAATAGTA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATCCGTAAAATTTT
66 AGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAAACAGTAAAAAATT
* * * * *
214204 AGAAAATAAAGCTATGTTCTGAACATA-TTTAAATAGTTATGATTATCTGAAC
128 AGAAAATAAAGATATGTACTAAACA-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
214256 AATTATCTATTTCAAATTATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTA-TTTCTGTTCA-AG
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATA-
* *
214319 GAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAAA
64 CAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAAA
214371 AAGATGTAAA
Statistics
Matches: 514, Mismatches: 105, Indels: 68
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.01
175 10 0.02
176 116 0.23
177 6 0.01
178 3 0.01
179 97 0.19
180 38 0.07
181 127 0.25
182 105 0.20
183 7 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACA
AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAAACAGTAAAAAATTAGA
AAATAAAGATATGTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC
Found at i:214359 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 213538--214794 Score: 897
Period size: 357 Copynumber: 3.6 Consensus size: 355
213528 AAGTTTAAAT
* * * * * ** *
213538 AATTATCTACTTGAAATC-TCTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCAT-TATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATAC
* *
213602 AAGGTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGAT
65 AAGCTTA-TTTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAA-AAAATTAA-AAGTAAAAGAT
* * * * *
213665 TTAAAAAATAAATCTGTTTAATGAACAAGTTCAAATTATTATAACTATTTGAACAATTATTTTTT
126 TAAAAAAATAAATCTGTCTAATAAACAAGTTCAAATTATTATAACTATTTGAACAATTATATATT
*** * * *
213730 TCAAATTGTTATGACTTGTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGG
191 TCAAAACATTATGACTTGTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTGG
* * *** * * * ** *
213795 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTTATAGGCAAAAGATTTATTAATATGCTT
256 AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATACGCAAAAGATTTAAAAATAAGCTT
* *
213860 ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
321 ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAC
* * * * * ** * *
213895 AATTATCTTTTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAA-TAGTTTCAATTTATAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCTGTTCATAC
* *
213959 AACCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAAAGAGTAAAAGAATT
65 AAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAA-AGTAAAAG-ATT
* * *
214024 AAAAAAATGAATCTG-CTAACTAAACAAGTTTAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATATAT
127 AAAAAAATAAATCTGTCTAA-TAAACAAGTTCAAATTA-TTATAACTATTTGAACAATTATATAT
* * *
214087 TTCAAAACATTATGACCTT-TTGTTTTGTCATTAAACAATTGGTTCTATTCATGCATGCTTATTT
190 TTCAAAACATTATGA-CTTGTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * * *
214151 TGAAT-AAATAGTATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATCCGTAAAA-TTTTAGAAAATAAA
254 GGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATACGCAAAAGATTTA-AAAAT-AA
* ** * *
214214 GCTATGTTCTGAACATA-TTTAAATAGTTATGATTATCTGAAC
317 GC--T-TACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAC
* * *
214256 AATTATCTATTTCAAATTATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTGTTCA-AGG
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATA-C
*
214320 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-CAAAATT---A--AAAAGA-T--
65 AAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAAAGTAAAAGATTAA
* * ** * * *
214376 ----GTAAA---G---AAT----GAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGTACAATTATTTATTTCA
129 AAAAATAAATCTGTCTAATAAACAAGTTCAAATTATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCA
* * ** *
214427 AATCGTTATGATCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAA
194 AAACATTATGA-CTTGTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAA
* * * ***
214491 TAAAATAATACT-AATTTATTATTATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCT
258 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATACGCAAAAGATTT-AAAAA-TAA---
* * * ** * * *
214555 GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATCTCCATTTGAAT
317 GCTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAC
* * ** * * *
214594 TATTATCTATTTCAATTTGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATAC
** * * * *
214658 AAAATTATTTAGAATAAAATAATGCTAA-TTATTACTATTTC-AAAAATT--AA-TAAGAGATTT
65 AAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAAAAGTAAAAGATTA
* * * * * * ** * * *
214718 AAAAACTAAATCTTTTTACTAAACCAGTTTAAATCGTTATTACTATTTAAACAATTATCTATTTC
128 AAAAAATAAATCTGTCTAATAAACAAGTTCAAATTATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTC
* *
214783 AAATCATCATGA
193 AAAACATTATGA
214795 TCTTTGTTTT
Statistics
Matches: 713, Mismatches: 136, Indels: 102
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
336 90 0.13
337 46 0.06
338 120 0.17
339 4 0.01
340 6 0.01
341 4 0.01
343 1 0.00
346 3 0.00
347 4 0.01
352 1 0.00
353 3 0.00
354 5 0.01
356 11 0.02
357 176 0.25
358 112 0.16
359 3 0.00
360 8 0.01
361 112 0.16
362 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACA
AGCTTATTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAAAGTAAAAGATTAAAA
AAATAAATCTGTCTAATAAACAAGTTCAAATTATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAA
ACATTATGACTTGTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAA
AATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATACGCAAAAGATTTAAAAATAAGCTTACCAA
ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAC
Found at i:215772 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 215740--215772 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
215730 AACTAGTTCA
215740 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
215758 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
215773 CAAGTCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:215976 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 215938--215978 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
215928 TAACTATTTG
**
215938 AACAATTTTTTATTTCAAA
1 AACAATTTTTTATGACAAA
215957 AACAATTGTTTTATGACAAA
1 AACAATT-TTTTATGACAAA
215977 AA
1 AA
215979 AAAGTAATAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.37
20 12 0.63
ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.05, T:0.39
Consensus pattern (19 bp):
AACAATTTTTTATGACAAA
Found at i:216954 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 215955--223703 Score: 4165
Period size: 181 Copynumber: 43.1 Consensus size: 181
215945 TTTTATTTCA
* * *
215955 AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA-GTAATAA-AGATTTGGAATAGACAATTATTCAAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * * * *
216017 GTTATAATTTTTTGAACTAGTT-AGGTAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAATT
65 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCA-ATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * *
216080 TTTGAAATGTTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCAAATAAGGTTGTATGAGCT
129 TTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
* * * * **
216134 TAAATAATTGTTTTATGA-AAAAGCAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCTTATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * ** *
216198 GTCTTAACTATTTAAACTAGTTCGACAAATGA-ATTTATTTTAAAAATCTCTTAGTTATTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAA-CACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
216262 TTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCT-AATAAGATTCTATGAAC-
129 TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTAAATAAGTTTGTATGAACT
* * * * *
216314 AGAAA-ATTTGTTTTATGATAGAACAAAAGGAT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTAATAAAAT
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * *
216377 AGTCATAACTATTTGAACCGGTTTAGTAAATAGATTTAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TT
64 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** ****
216437 CTTGAAATATT-GTAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCATGTATGTTGA
129 TTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGTTTGTATGAACT
* * ** * *
216490 AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAAT-G
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * * *
216554 GCCTAATTATTTGAATTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ACTTTT
66 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* ** * * * *
216618 AGAATATTAATAAAGGAGTATTATTTTTTTTTTGGAA-AAGCTTT-TATAAACT
131 TGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCT-AAATAAG-TTTGTATGAACT
* * * * * * *
216670 AAAACAATTGTTTTATGAAAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAAAATATAATTATTCAAATAA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* ** * * * *
216735 TCATAACTATTCGAACTATTTCGATAAACAAATTTATTTTTTCAAACCTCTTGCTTATTAATTTT
66 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
216800 TTGAATGTTATTAAATTAGCATTATTTTATTCTAAATAAGTTTATATGAACT
130 TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
* * * * * *
216852 AAAACAATTATTATATGACTAAACAAAATGTCGA-AACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAACA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* **
216916 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAATAAGTACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT
65 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * ** *
216977 CAT-AATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATGGTCA
130 -TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAGTTTGTATGAACT
* * * * * *
217029 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTATAACAATTTCATATTGATATTTATTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * *
217093 TCATAACTA-TTGAGCTGGTTCAA-AAACA-ACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
66 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * * * *
217155 TAAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGTTTTTATGAACT
130 TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
* * * * * *
217207 AAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * ** * *
217271 TTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGGTTTATTTTTTTAAATTTCTTACCTATTAATT
65 GTCATAA-CTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * *
217335 TTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGCATGAACT
128 TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
* ** * * *** ** *
217389 AAAATAATTGTTTTATGACTCAAGAAAAAGTTGGAATGATTTGAAATA-AGTAATTGTTC-AATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATA
* * * * *
217452 GTCTTAATTATTTGAACTAGTTCCACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA----
65 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * ** *
217513 -T-ACTA-T--TAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATGAA-A
130 TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
* * * * * *
217559 AGAAACAATTGTTTTATGATAAAA-GATAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATA
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *** ** * * * ** * * *
217623 GTTATAACTAATTAAACTGTTTTGGT--AGTC-GTAACTAATTAAA-CTGTTTCAGTAGTCGTAA
65 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TTA-T--TAA
* * * * *** ** * * * ***
217684 CTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATT--TCCAAAATTATTAATAGATTAGTATCGTGT-TTTTC-
126 -T--TTTTTGAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTAAATAAGT-T--TGTATGAACT
* * ** * * * *
217744 AGAATAATT-TTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTACGATAAAATAAAAGATCATAATGATTTGA
1 AAAACAATTGTTTTATG-ACA-AAACAA-------AAGGT--CATAACA-AT--T--TGA----A
* * * * * * * *** * *
217808 A-ATAGATAATTGTTCAAATGGACATGATTATATGCAA-TTGTTTGGTAAATA-A--AATTTTTT
46 ATA--GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTT
* * * * * * *
217868 AAAATGTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATTAATTAGTATTATCTTATTCTGAAA-AA-C
108 -AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGT
217931 TTGTATGAA-T
171 TTGTATGAACT
* * * * * * *
217941 AGAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAGATCATAACTATTTGAAAAAAATAATTATTCAAACA
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * * * *
218006 ATCATAACTATTTGAAATTGCTCAATAAACATATTTATTTTTTAAGTTTTTTAGTTATTAATTTT
65 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
218071 TGGAATATTAATAAACTACTATTATTTTATT-TCAAATACA-CTTGTATGAGC-
130 TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATA-AGTTTGTATGAACT
* * * ** * * *
218122 AGGAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACTCTTTCAATTAGATAATTGTTCAAATA
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * *
218187 GTCATAACTATTTGAACAT-GTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAAT-TATTAC-TATTAA-T
65 GTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCA-ATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* *
218247 TTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-TTTTGGAAA-AAGCTTGTATGAAC-
128 TTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT--AAATAAGTTTGTATGAACT
* * * ** * * **
218301 AGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGCCATAACGGTTTGAAATATAAAATGGTTCAAATA
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* ** * * * * *
218366 GTCATAACTATCTT-AACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATCATTAATTT
65 GTCATAACTAT-TTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** *
218430 TTTAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATT-TCAAATAAGCCTATATGAACT
129 TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGTTTGTATGAACT
* * * * ** * *
218483 GATAA-AATTGCTTGATGATAAAA-AAAATATCATTACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAACA
1 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* ** * * ** * * * * *
218546 ATTGTGACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATAATTA-TTTATAGAATCTTTTACTTATTAATTG
65 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTA-AATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * ** * * *
218610 TCAGATTATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATTAGCTTGCATGAA-T
129 TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
* ** ** * *
218662 AAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAAAT-ATAATGATTT-ACAATAAATAATTGTTCAAA
1 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGA-AATAGATAATTATTCAAA
* * ** ** * * * *
218725 TAATCATAACTATTTAAACTTATTTGATAAACAAATCTACTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
63 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * *
218790 ATTTGAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAA-T
128 TTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
* * * * * * * *
218843 AGAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTACAGCGATTTGAAATATG-TAATTATTCAAAC
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-GATAATTATTCAAAT
* * ** * * *
218907 AGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAATAAACTGATTTAGTTTTGAAA--T-AT-CTTATTAA-TT
64 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
218967 TTTGAAATACTAATAAATTGGAATGATATTATT-TCAAATAAGTTTGTAGGAACA
129 TTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGTTTGTATGAACT
* * * * * * * *** *
219021 AAAACAATTATTTTCTAACAAAACCAAAGGTCATAACGACTCGAAATAGATAATGGCTCAAA-CG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * ** * * * * * *
219085 ATCATAACTATTTGCATTGG-T-AAGGCCAATAGATTCATTTTTTAAGTCTGTTATTTATTAATT
66 -TCATAACTATTTGAACTGGTTCAA--TAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* ** * * ** *
219148 TTCAT-AATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCCAAATAAGACTGTATCAA-T
128 TT-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
* * * *
219201 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACTAATGGTCATAA-AGATTTGAAATAAATAATTGTTC-AA-
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * *
219263 A---ATAA--A-TTGAATTGGTTTAGTAAATAGATTCATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTT
64 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * * * ** * *
219318 TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAACAAAATTATATGAACA
129 TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
* ** * * *
219371 AAAAC-ATTTTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACGAA-TTAAAATAGATAGTTATTCATATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * ** * *
219434 GTCTTAACTATTTGAACTGATTTGGA-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAACTG-GTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
219498 TCTT-AATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGGTTGTATGAA-T
129 T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
* * * * * *
219550 ATAAATAATTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTTATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATA
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * ** *** * * * *
219615 ATCATAACTAATTGAACTGGTTCGGTAGAA-GGTTTTGTTTTTTAAATTTCCTACTCATTAA-TT
65 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATA-AACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
219678 TTTGAAATACTGA-AAATTAGTATTACTTTATTATGAAA-AGGCTTATACG-ATGAAC-
129 TTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAG-TT-T--GTATGAACT
* * ** * *
219733 -AAA-AATTGTTTTATGACAAAACAGAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * *** ** * * *
219796 CCATAATTATTTGAACTGATTCAATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAA-CTTT
66 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * ** *
219860 TGATATGTTAATAAAATAATATAATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACT
131 TGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
* * * ** *
219912 GAAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGT
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA---TT---A--T
* * * * ** * * * * *
219977 TCAAATAGTCTTGACTATTTGAATTCGTTCGGTAAATAAACTTA-TTTTT-AATTTCTTGCTTAT
58 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * **
220040 TAATTTTTTGAATGTTAATAGAA-TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACT
123 TAATTTTTTGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
* * * * *
220099 GAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* ***
220164 TCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTT
66 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * * * * *
220224 AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTATATAAACA
131 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
* * * * **
220275 AAAACAATTGCTTTACGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGCTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * *
220339 TCATAACTATTTGAACTGGTCCAGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-CTTT
66 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* *
220399 TGAAGTATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTAT-AAAT
131 TGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
* ** ** * * *
220449 AAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGGAATAAATAATTGTTCAAATA
1 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * *** * * * * *
220514 ATCATAACT-TTTAAACTCACTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAATTTT
65 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
220578 TGGAAAATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAA-T
130 TTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
* * * *** * * *
220629 CGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTATGTTTTGAAATAGATAACTATTTAGATA
1 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
** * * * * *
220694 GTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTCT-TTGTTTAATTCTTTTACTCT-TTAATT
65 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATT-TATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATT
* * * * ** *
220757 TTTGGAATATTAATCAATTAATATTATTTTACATC-AAATAAACTTATATGAACT
128 TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
* * * *
220811 GAAACAATTGTTTTACT-AC-AAA-AAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATA
1 AAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
220873 GTCATGACTATTTGAACTTGTTTAATAAACATATTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTA
65 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTT
*** * * * * * *
220937 TCCAAATATTAATAAATAAATATTATTTTAATTC-GAATATGCTTGTATGAACA
129 TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
** * * ** * ** *
220990 AAAACAATTGTTTTAAAAAAAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCTAATA
1 AAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * ** * * *
221055 GTCATAAATATTAGAACTTGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-TA-TTATTTATTTT
65 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * * ** *
221116 TAAAATATTAGTAGATTAGCATTATTTTATT-TCAAATAAACTTATATGAAC-
130 TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGTTTGTATGAACT
* ** *
221167 AAAAAAATTGTTTTAT------------GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * *
221220 TCATAATTATTTGAATTGGTT-AGGTAAACAAAATTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTT
66 TCATAACTATTTGAACTGGTTCA-ATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * * ** * *
221280 TCAAATATTAATAGATTCA-TTTTATGTTATTCCT-AATAAACTAGTATGAATT
130 TTGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-CTAAATAAGTTTGTATGAACT
* * * * * * *
221332 GAAAAAAATT-TTTTAAGACAAAATAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA
1 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * * * *
221396 GTCTTAATTATTTGAATTGGTTCGAGAAACATATTTATTTTTAAAATCTCTAAGTTATTAA-TTT
65 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
221460 TTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-
130 TTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
* * * * * * *
221512 AGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAATGGTTATAACAATTTGAAGTATATAATTGTTCAAATA
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* ** * * * * * *
221577 GTCATAATTATTCAAACAGGTTCGATAGATAAATTTATTTTTTTAAAATATCTTACTTATTAATT
65 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * *
221642 TTTGGGAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTAT-AATT
128 TTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
* * ** * * *
221695 AAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGG-CAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGACAT
1 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * ** * * * * *
221759 AGCCATAATTATTTGAATTGATTCGCTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTT
64 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * ** *
221824 TTTAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTACAAATT
129 TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGTTTGTATGAACT
* * * * * *
221877 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-AAATAGACAATTGTTCCAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* ** * * * * *
221941 TCATAACTATTTGAATTTTTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTATTGCTTATTAA-TTT
66 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* **
222004 TTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTTATT-TGGATAAGCTTT-TATGAACT
130 TTG-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTAAATAAG-TTTGTATGAACT
* ** * ** *
222057 GAAACAATTGTTTTATCTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAAGAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * *
222122 TTATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATAT-TCTGCTTATTAATTT
66 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTT-AAATCTCT-TACTTATTAATTT
* * * * * *
222186 TTTAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTTATTC-AGAATAAGCTTGTAAGATA-T
129 TTTGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTA-AATAAGTTTGTATGA-ACT
* * * * * * *
222240 GAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-GAAAAATTATTCTAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG-ATAATTATTCAAATA
** ** **** * * *
222304 GTTTTAACTATTTGAACTAATTTGGCAAACACATTTCTTTTTGAAATCTCTTACTTGTTAATTTT
65 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
** * * * * *
222369 CAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATC-AAATAAGCTTATATG-ATT
130 TTGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
* *
222420 AGAAACAATTGTTTTATGATAAAAACAAAAGGTTC-TAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
1 A-AAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * * *
222484 TGGTCATAATTATTTTAACTGAG-TCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAATAA-
63 TAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
** * ** * * * *
222547 TTTAGGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCT-TCTAAGCTCGCACT-AGCT
127 TTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGTTTGTA-TGAACT
* * * ** * * *
222603 GAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGAT-ATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * ** * * *
222667 AT-ATTAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATT
65 GTCA-TAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * *
222731 TTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT
128 TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
* * * ** * * *
222785 AAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTTTTCTAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * ** *
222850 TCTTAACCATTTGAACTGATTTGATAAACGA-ATTTATTTTTTAAATCCCTTACTTATTAA-TTT
66 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAAC-ACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
222913 TTGAAATATTATTATATTAGTATTATTTGAATTC-AAATAAGCTTGTACGAAC-
130 TTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
* * * *
222965 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATTGATTA-TAGTTCATATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATA
* * ** * *** * ** *
223029 GTCTTAACTATTTGAACTGATTC-ATGAATTAGATTTATTTTTTTCTTTTCTTGGTTATTAA-GT
65 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCAAT-AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
223092 TTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATT-TCAAATAAAATAT-TATAAAC-
129 TTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAAT-AAGTTTGTATGAACT
* * * *** * *
223145 AAAATCAATTGTTTGATGATAAAATAAAAGG-CTATAATGTTTTGAAACAGTTAATTATTCAAAT
1 AAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * ** * * *
223209 AGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTGATAAGCAGATTTATATTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATT
64 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATT
* * * * * * * *
223273 TCTTAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATGTCGAACA-AA-CTTATATTAACA
128 TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAA-ATAAGTTTGTATGAACT
* * * * * *
223327 AAAACAATTATTTTAAGAC-AAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * * * *
223391 TTACAATTATTTGAACTAGTTCAATATATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTA-TAAATTTT
66 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
223455 TGAAATATTAATAAATTAGCT-TTATTCTATTCCAATTAAGCTTGTATGAGCT
131 TG-AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
* * * * * * * *
223507 AAAATAATTGTTTTATAACAAAATAAATGGTCATAACAATTTGAAATA-AGTAACTGTTTATATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATA
* * * * *
223571 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATCA-ATTTATTTTTTAAATATCTTAGTTATTGATTT
65 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAA-CACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * * *
223635 TTAAAATTTTACTAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAA-T
129 TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
223687 AGAAACAATTGTTTTAT
1 A-AAACAATTGTTTTAT
223704 AGTTCGGTAT
Statistics
Matches: 5857, Mismatches: 1352, Indels: 720
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 120 0.02
165 6 0.00
166 10 0.00
167 5 0.00
168 50 0.01
169 56 0.01
170 28 0.00
171 76 0.01
173 32 0.01
174 21 0.00
175 262 0.04
176 247 0.04
177 291 0.05
178 185 0.03
179 451 0.08
180 1097 0.19
181 1599 0.27
182 733 0.13
183 283 0.05
184 27 0.00
185 7 0.00
186 4 0.00
187 98 0.02
188 17 0.00
189 32 0.01
190 4 0.00
193 3 0.00
195 4 0.00
196 5 0.00
197 7 0.00
198 11 0.00
199 13 0.00
200 13 0.00
201 9 0.00
202 1 0.00
203 4 0.00
204 1 0.00
205 34 0.01
206 7 0.00
207 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAACT
Found at i:217490 original size:718 final size:715
Alignment explanation
Indices: 215955--217513 Score: 1601
Period size: 718 Copynumber: 2.2 Consensus size: 715
215945 TTTTATTTCA
* * * * * * * * *
215955 AAAACAATTGTTTTATG-ACAAA-AAAAAGTAATAAAGATTTGGAATAGACAATTATTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGAAAAAAGAAAAAGTCAGAACGATTTGAAAAATATAATTATTCAAATAA
* * * * **** * * *
216018 TTATAATTTTTTGAACTAGTTAGGTAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAATTTT
66 TCATAACTATTCGAACTAGTTCCACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
** * * * * * *
216082 TGAAATGTTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCAAATAAGGTTGTATGAGCTTAAATAATTGTTT
131 TGAAATGTTAATAAATTAGCATTATTCTATTCCAAATAAGGTTATATGAACTAAAACAATTATTA
* * *
216147 TATGAAAAAGCAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCTTATAGTCTTAACTATTTA
196 TATGAAAAAGCAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCTAACAGTCTTAACTATTTA
* *
216212 AACTAGTTCGACAAATGAATTTATTTTAAAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAA
261 AACTAGTTCAACAAATGAATTTATTTTAAAAATCTC-T--TTATTAATTTTCAGAATATTACTAA
* * * * *
216277 ATTAGTATTATTTTATTCCTAATAAGATTCTATGAACAGAAAATTTGTTTTATGATAGAACAAAA
323 ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGATTCTATGAACAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * *
216342 GGATATAACAATTTGAAATAGATAATTAATAAAATAGTCATAACTATTTGAACCGGTTTAGTAAA
388 GGATATAACAATTTCAAATAGATAATTAATAAAATAGTCATAACTATTTGAACCGGTTCAGAAAA
* * *
216407 TAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTGTAAATTAGTATTATTTTATTTCA
453 CAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTAAAATATTGTAAAGTAGTATTATTTTATTTCA
*** *
216472 AATAAGCATGTATGTTGAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAAT
518 AATAAGCATGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAAT
* * * *
216537 AGATAGTTGTTCAAATGGCCTAATTATTTGAATTGATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
583 AGATAATTGTTCAAATAGCCAAATTATTTGAATTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * **
216602 CTTACTTATTACTTTTAGAATATTAATAAAGGAGTATTATTTTTTTTTTGGAAAAGCTTTTATAA
648 CTTACCTATTACTTTTAGAATATTAATAAAGGAGTATTATATTTATTCTGAAAAAGCTTGCATAA
216667 ACT
713 ACT
* * * *
216670 AAAACAATTGTTTTATGAAAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAAAATATAATTATTCAAATAA
1 AAAACAATTGTTTTATGAAAAAAGAAAAAGTCAGAACGATTTGAAAAATATAATTATTCAAATAA
* * * * *
216735 TCATAACTATTCGAACTATTTCGATAAACAAATTTATTTTTTCAAACCTCTTGCTTATTAATTTT
66 TCATAACTATTCGAACTAGTTCCACAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
216800 TTG-AATGTTATTAAATTAGCATTATTTTATTCTAAATAAGTTTATATGAACTAAAACAATTATT
130 TTGAAATGTTAATAAATTAGCATTATTCTATTCCAAATAAGGTTATATGAACTAAAACAATTATT
* * *
216864 ATATGACTAAA-CAAAATGTCGA-AACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAACAGTCTTAACTAT
195 ATATGA-AAAAGCAAAAGGTC-ATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCTAACAGTCTTAACTAT
* * * * ** * *
216927 TTGAACTGGTTCAATAAGT-ACATTTATTTTTTAAATCTC-TTATTAATTTTCATAATATTATTA
258 TTAAACTAGTTCAACAAATGA-ATTTATTTTAAAAATCTCTTTATTAATTTTCAGAATATTACTA
* * **
216990 AATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATGGTCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-
322 AATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGATTCTATGAACAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
217053 AAA-GATTATAACAATTTCATATTGATATTTATTCAAATAGTCATAACTA-TTGAGCTGGTTCA-
385 AAAGGA-TATAACAATTTCAAATAGATAATTAATAAAATAGTCATAACTATTTGAACCGGTTCAG
* *
217115 AAAACA-ACTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAGTAAAGTAGTATTA
449 AAAACAGA-TTTAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTAAAATATT-GTAAAGTAGTATTA
* * ** * * * * *
217179 TTTTATTTTAGATAAGTTTTTATGAACTAAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAT
508 TTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAT
** **
217244 GACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATATTCAAATCTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGGTTT
573 GA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCAAAT-TATTTGAA-TTGATTCAGTAAACAAATTT
* * * * **
217307 ATTTTTTTAAATTTCTTACCTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTA-ATTTATTCT-
635 A-TTTTTTAAATCTCTTACCTATT-ACTTTTAGAATATTAATAAAGGAGTATTATATTTATTCTG
*
217370 AAATAAGCTTGCATGAACT
698 AAA-AAGCTTGCATAAACT
* *** ** * * *
217389 AAAATAATTGTTTTATGACTCAAGAAAAAGTTGGAATGATTTGAAATAA-GTAATTGTTC-AATA
1 AAAACAATTGTTTTATGAAAAAAGAAAAAGTCAGAACGATTTGAAA-AATATAATTATTCAAATA
* * * * *
217452 GTCTTAATTATTTGAACTAGTTCCACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
65 ATCATAACTATTCGAACTAGTTCCACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
217514 ACTATTAAAT
Statistics
Matches: 689, Mismatches: 132, Indels: 44
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
711 1 0.00
712 16 0.02
713 13 0.02
714 98 0.14
715 34 0.05
716 23 0.03
717 173 0.25
718 208 0.30
719 97 0.14
720 26 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (715 bp):
AAAACAATTGTTTTATGAAAAAAGAAAAAGTCAGAACGATTTGAAAAATATAATTATTCAAATAA
TCATAACTATTCGAACTAGTTCCACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
TGAAATGTTAATAAATTAGCATTATTCTATTCCAAATAAGGTTATATGAACTAAAACAATTATTA
TATGAAAAAGCAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCTAACAGTCTTAACTATTTA
AACTAGTTCAACAAATGAATTTATTTTAAAAATCTCTTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATT
AGTATTATTTTATTCCAAATAAGATTCTATGAACAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGA
TATAACAATTTCAAATAGATAATTAATAAAATAGTCATAACTATTTGAACCGGTTCAGAAAACAG
ATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTAAAATATTGTAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAAT
AAGCATGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGA
TAATTGTTCAAATAGCCAAATTATTTGAATTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
ACCTATTACTTTTAGAATATTAATAAAGGAGTATTATATTTATTCTGAAAAAGCTTGCATAAACT
Found at i:217659 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 217627--217686 Score: 102
Period size: 27 Copynumber: 2.2 Consensus size: 27
217617 CAAATAGTTA
**
217627 TAACTAATTAAACTGTTTTGGTAGTCG
1 TAACTAATTAAACTGTTTCAGTAGTCG
217654 TAACTAATTAAACTGTTTCAGTAGTCG
1 TAACTAATTAAACTGTTTCAGTAGTCG
217681 TAACTA
1 TAACTA
217687 GTTTTTAAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 31 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (27 bp):
TAACTAATTAAACTGTTTCAGTAGTCG
Found at i:218985 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 218946--218985 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
218936 ACTGATTTAG
* *
218946 TTTTGAAATATCTTATTAAT
1 TTTTGAAATATCTAATAAAT
218966 TTTTGAAATA-CTAATAAAT
1 TTTTGAAATATCTAATAAAT
218985 T
1 T
218986 GGAATGATAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 8 0.44
20 10 0.56
ACGTcount: A:0.40, C:0.05, G:0.05, T:0.50
Consensus pattern (20 bp):
TTTTGAAATATCTAATAAAT
Found at i:220235 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 220213--220248 Score: 56
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
220203 TTTAAATCTC
220213 TTATTAATTTTAG-AATA
1 TTATTAA-TTTAGCAATA
220230 TTATTAATTTAGCAATA
1 TTATTAATTTAGCAATA
220247 TT
1 TT
220249 TTACTCCAAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.28
17 13 0.72
ACGTcount: A:0.39, C:0.03, G:0.06, T:0.53
Consensus pattern (17 bp):
TTATTAATTTAGCAATA
Found at i:221320 original size:164 final size:165
Alignment explanation
Indices: 221020--221478 Score: 437
Period size: 164 Copynumber: 2.7 Consensus size: 165
221010 AAAACAAAAA
* * * * * * *
221020 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCTAATAGTCATAAATATTAGAACTT-GTTTGATAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTAGGTAAA
* * * * * *
221084 TAAATTTATTTTTTAAATCTATTATTTATTTTTAAAATATTAGTAGATTAGCATTATTTTATTTC
65 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATTA-CATTATGTTATTCC
221149 AAATAAACTTA-TATGAA-CAAAAAAATTGTTTT-AT-G
129 AAATAAAC-TAGTATGAATCAAAAAAATT-TTTTAATAG
221184 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAAC
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAAC
* *
221249 AAAATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAGATT-CATTTTATGTTATTCC
66 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATTACA--TTATGTTATTCC
* *
221313 TAATAAACTAGTATGAATTGAAAAAAATTTTTTAAGACAAAATAAAAG
129 AAATAAACTAGTATGAA-TCAAAAAAATTTTTT-------AAT---AG
* * * * *
221361 GTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAATTGGTTCGAG-AAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAG-GTAAA
* * * *
221425 CATATTTATTTTTAAAATCTCTAAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTA
65 CAAATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATTA
221479 GTATTATTTT
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 27, Indels: 30
0.81 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
162 2 0.01
163 4 0.02
164 120 0.49
165 4 0.02
166 9 0.04
173 2 0.01
177 76 0.31
178 1 0.00
181 26 0.11
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (165 bp):
GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAAC
AAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATTACATTATGTTATTCCAA
ATAAACTAGTATGAATCAAAAAAATTTTTTAATAG
Found at i:221865 original size:364 final size:361
Alignment explanation
Indices: 221183--223703 Score: 2000
Period size: 361 Copynumber: 7.0 Consensus size: 361
221173 ATTGTTTTAT
* * ** * *
221183 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAA
1 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAGGTTCGATAAA
* * * * * *
221248 CAAAATTA-TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAGATTCA-TTTTATGT
66 TAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTT
* * * * * * * *
221307 TATTCCT-AATAAACTAGTATGAATTGAAAAAAATT-TTTTAAGACAAAATAAAAGGTGATAACG
130 TATT--TAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
221370 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAATTGGTTCGAGAAACATATTTATT
192 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCG-TAAACAGATTTATT
* * * * * * * **
221435 TTTAAAATCTCTAAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAA
256 TTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * *
221500 GCTTGTATGAACAGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAT
321 GCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * ** *
221541 GGTTATAACAATTTGAAGTATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTCAAACAGGTTCGATAGA
1 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAGGTTCGATAAA
* *
221606 TAAATTTATTTTTTTAAAATATCTTACTTATTAATTTTTGGGAA-ATTAATAAATTAGTATTATT
66 TAAATTTATTTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * *
221670 TTATTATGAATAAGCTTGTAT-AATTAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGG-CAATAAT
129 TTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAAT
* * * * * * * *
221733 GATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTTGAATTGATTCGCTAAATAGATTCAC
191 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCG-TAAACAGATTTAT
* *
221798 TTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATA
255 TTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
** ** * *
221863 AGCTTGTACAAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
320 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * *** **
221905 GGTCATAACGATTT-AAATAGACAATTGTTCCAATAGTCATAACTATTTGAA-TTTTTTTAGTAA
1 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAGGTTCGA-TAA
* * * *
221968 ACAAATTTATTTTTTTAAA-CTATTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTT
65 ATAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TT
** * * ** **
222032 TTATTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATCTCAAAACAAAAGGTCATAACAAT
129 TTATTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * *
222097 TTGAAATAAATAATTGCTCAAAGAGTTATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTT
194 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGTAAACAGATTTATTTT
* * * * * *
222162 TTCAAAT-ATTCTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTT-TATTCAGAAT
258 TT-AAATCACT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCA-AAT
* * * *
222225 AAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAA
319 AAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * * ** * * **
222268 GGTCATAACGATTTGAAAT-GAAAAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTA-ATTTGGCA
1 GGTCATAACGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-AGGTTCGATA
* * * * * * *
222331 AACACATTT-CTTTTTGAAATCTCTTACTTGTTAA-TTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTAT
64 AATAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-
* * * * *
222394 TTTTAATCAAATAAGCTTATATG-ATTAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAACAAAAGGTTC-TA
127 TTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGG-TCATA
* * * * * *
222457 ATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTTAACTGAGTCAGTAAACAGATTT
189 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTC-GTAAACAGATTT
*** * ** * ***
222522 ATTTTTTAAATTTTTTACTTAATAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTCTTC
253 ATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * *
222587 TAAGCTCGCACT-AGCTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAA
318 TAAGCTTGTA-TGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * * * ** *
222631 GGAT-ATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAAT-ATTAACTATTTGAACTTGTTCGGTA
1 GG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACAGGTTCGATA
* * * *
222694 AATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAA
64 AATAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
222758 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCATAATG
128 TTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
222823 ATTTGAAGTAGATAATTTTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTGATTTGATAAAC-GAATTTAT
192 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCG-TAAACAG-ATTTAT
* * * * *
222887 TTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAGTATTATTTGAATTCAAATA
255 TTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * *
222952 AGCTTGTACGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAA
320 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * *
222993 GGTCATAACAATTTGAAATTGATTATAGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTC-ATGAA
1 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAGGTTCGAT-AA
* * ** * ** * * *
223057 TTAGATTTATTTTTTT-CTTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTT
65 ATAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * * * *
223121 TATTTCAAATAAAATAT-TATAAAC-AAAATCAATTGTTTGATGATAAAATAAAAGG-CTATAAT
130 TATTT-AAATAAGCT-TGTATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAAT
* * * * * * * * * *
223183 GTTTTGAAACAGTTAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTGATAAGCAGATTTAT
191 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCG-TAAACAGATTTAT
* * * * *
223248 ATTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTCTT-AAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATGTCGAA
255 TTTTTAAATCACTTACTT-ATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * *
223311 CAAACTTATATTAACAAAAACAATTATTTTAAGAC-AAACAAAA
318 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * *
223354 AGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTACAATTATTTGAACTA-GTTCAATAT
1 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-AGGTTCGATAA
* *
223418 ATAGAA-TTA-TTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGCT-TTAT
65 ATA-AATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTAT
* * * * * * * * **
223480 TCTATTCCAATTAAGCTTGTATGAGCTAAAATAATTGTTTTATAACAAAATAAATGGTCATAACA
128 TTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
223545 ATTTGAAATA-AGTAACTGTTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATCA-ATTTA
192 ATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTC-GTAAA-CAGATTTA
* * * * * *
223608 TTTTTTAAAT-ATCTTAGTTATTGATTTTTAAAATTTTACTAAATTAGTATTATTTTATTAT-GA
254 TTTTTTAAATCA-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAA
* *
223671 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
317 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTAT
223704 AGTTCGGTAT
Statistics
Matches: 1716, Mismatches: 370, Indels: 151
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
358 59 0.03
359 6 0.00
360 27 0.02
361 561 0.33
362 193 0.11
363 346 0.20
364 438 0.26
365 80 0.05
366 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAGGTTCGATAAA
TAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGTAAACAGATTTATTTTTTA
AATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
TATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
Found at i:223404 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 221187--223472 Score: 1068
Period size: 364 Copynumber: 6.3 Consensus size: 360
221177 TTTTATGGTC
* * * * * * *
221187 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACAAA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-GTTCGGTAAATAGA
* * * * *
221252 ATTA-TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAAT-TTTTCAAATATTAATAGATTCAT-TTTATGTTAT
65 TTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATGTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTAAT-TTAT
* * * * * * * * * *
221310 TCCT-AATAAACTAGTATGAATTGAAAAAAATT-TTTTA-AGACAAAATAAAAGGTGATAACGAT
128 T-CTAAATAAAATTGTATAAACT-AAAACAATTATTTGATA-ACTAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * ** ** * * * * *
221372 TTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAATTGGTTCGAGAAAC-ATATTTAT-T
190 TTGAAACAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACCATTTAAAATGATTTGATAAACGA-ATTTATAT
* * * * * * ** *
221435 TTTAAAATCTCTAAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTG-TTTTGAATA
254 TTT-AAATCCCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTGAATTCAAACA
* * * * * ** *
221499 AGCTTGTATGAACAGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAATGGTT
317 AACTTATACGAACA-AAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAAGTA
* * * * * ** * * * *
221545 ATAACAATTTGAAGTATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTCAAACAGGTTCGATAGATAAA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TGTTCGGTAAATAGA
* * * *
221610 TTTATTTTTTTAAAATATCTTACTTATTAAT-TTTTGGGAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTA
65 TTTATTTTTTT-AAATCTCTTGCTTATTAATGTTTT--GAATATTAATAAATTAATATTAATTTA
* * ** * * * *
221673 TTATGAATAAGCTTGTAT-AATTAAAAACAATTGTTAT-ATGACCAAACAAAAGG-CAATAATGA
127 TTCTAAATAAAATTGTATAAACT-AAAACAATTATT-TGATAACTAAACAAAAGGTC-ATAATGA
* * * * * * ** * * * * * *
221735 TTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTTGAATTGATTCGCTAAA-TAGATTCACT
189 TTTGAAACAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACCATTTAAAATGATTTGATAAACGA-ATTTA-T
* * * * * *
221799 -TTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATA
252 ATTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTGAATTCAAACA
* * * ** * * * *
221863 AGCTTGTACAAATTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
317 AACTTATACGAA-CAAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAAGTA
* * * * * ** * *
221909 ATAACGATTT-AAATAGACAATTGTTCCAATAGTCATAACTATTTGAATTTTTTTAGTAAACAAA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-CTGTTCGGTAAATAGA
* * * *
221973 TTTATTTTTTTAAA-CTATTGCTTATTAAT-TTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTTAT
65 TTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATGTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTA-ATTTAT
** ** * * * * * ** * **
222036 T-TGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATCTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
128 TCTAAATAAAATTGTATAAACTAAAACAATTATTTGATAACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * ** * * * * * *
222100 AAATAAATAATTGCTCAAAGAGTTATAACTATTTAAACTTG-TTT-AGTAAAC-AGATTTATTTT
193 AAACAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACCATTTAAA-ATGATTTGA-TAAACGA-ATTTATATT
** * * * * * ** *
222162 TTCAAAT-ATTCTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTTATTCAGAATA
255 TT-AAATCCCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTGAATTCA-AACA
* * * ** * * *
222226 AGCTTGTAAGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTC
317 AACTTATACGA-ACAAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAAGTA
* * * * * * * * *
222272 ATAACGATTTGAAAT-GAAAAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAATTTGGCAAACAC
1 ATAACGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-GTTCGGTAAATAG
* * * * * * * *
222336 ATTT-CTTTTTGAAATCTCTTACTTGTTAAT-TTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA
64 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATGTTT-TGAATATTAATAAATTAATATTA-ATTTA
* ** * * * *
222399 ATC-AAATAAGCTTATAT-GATTAGAAACAATTGTTTTATGATAA--AAACAAAAGGTTC-TAAT
127 TTCTAAATAAAATTGTATAAACTA-AAACAA-T-TATT-TGATAACTAAACAAAAGG-TCATAAT
* * * * ** * * * *
222459 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTTAACTGA-GTCAGTAAAC-AGATTT
187 GATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACCATTTAAAATGATTTGA-TAAACGA-ATTT
* *** * ** * * * **
222522 ATTTTTTAAATTTTTTACTTAATAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTC-TT
250 ATATTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTGAATTCAAA
* *** * * * *
222586 CTAAGCTCGCACTAGCTGAAACAATTATTTTATGACAAATC-AAAAGGA
315 C-AAACTTATACGAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAA-CAAAAAGTA
* * * *
222634 TATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATA-ATATTAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATA
1 -ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA-TAACTATTTGAAC-TGTTCGGTAAATA
* * * *
222698 GATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTAT
63 GATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATGTTTTGAATATTAATAAATTAATATTAATTTAT
** * *
222763 TCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
128 TCTAAATAAAATTGTATAAACTAAAACAATTATTTGATAACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
** * * ** * * *
222828 AAGTAGATAATTTTTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTGATTTGATAAACGAATTTATTTTTTA
193 AAACAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACCATTTAAAATGATTTGATAAACGAATTTATATTTTA
* * * * *
222893 AATCCCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAGTATTATTTGAATTCAAATAAGCTTG
258 AATCCCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTGAATTCAAACAAACTTA
* *
222958 TACGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAA-AGAAAAGGTC
323 TACGAACAAAACAATTATTTTATGACAAACA-AAAA-GTA
* * * * * * *
222997 ATAACAATTTGAAATTGATTATAGTTCATATAGTCT-TAACTATTTGAACTGATTC-ATGAATTA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTG-TTCGGT-AAATA
** * * * *
223060 GATTTATTTTTTT-CTTTTCTTGGTTATTAA-GTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTA
63 GATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATGTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTAATTTA
* * *
223123 TT-TCAAATAAAATAT-TATAAAC-AAAATCAATTGTTTGATGA-TAAAATAAAAGG-CTATAAT
127 TTCT-AAATAAAAT-TGTATAAACTAAAA-CAATTATTTGATAACT-AAACAAAAGGTC-ATAAT
* * * * *
223183 GTTTTGAAACAGTTAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTGATAAGC-AGATTTA
187 GATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACCATTTAAAATGATTTGATAAACGA-ATTTA
* * * *
223247 TATTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTCTT-AAATATTAATAAATTAGTGTTATTT-TATGTCG
251 TATTTTAAATCCCTTACTT-ATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTGAAT-TCA
** *
223309 AACAAACTTATATTAACAAAAACAATTATTTTAAGACAAACAAAAAGTA
313 AACAAACTTATACGAAC-AAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAAGTA
* * ** *
223358 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTACAATTATTTGAACTAGTTCAATATATAGA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-GTTCGGTAAATAGA
* * * *
223423 ATTA-TTTTCTAAATCTCTTACTTATAAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTA
65 TTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATGTTTTG-AATATTAATAAATTA
223473 GCTTTATTCT
Statistics
Matches: 1531, Mismatches: 309, Indels: 173
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
358 55 0.04
359 7 0.00
360 30 0.02
361 399 0.26
362 188 0.12
363 338 0.22
364 417 0.27
365 89 0.06
366 5 0.00
367 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGTTCGGTAAATAGAT
TTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATGTTTTGAATATTAATAAATTAATATTAATTTATTCT
AAATAAAATTGTATAAACTAAAACAATTATTTGATAACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
CAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACCATTTAAAATGATTTGATAAACGAATTTATATTTTAAAT
CCCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTGAATTCAAACAAACTTATAC
GAACAAAACAATTATTTTATGACAAACAAAAAGTA
Found at i:223809 original size:134 final size:136
Alignment explanation
Indices: 223575--223837 Score: 335
Period size: 134 Copynumber: 1.9 Consensus size: 136
223565 TATATAGTCT
* * *
223575 TAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATCAATTTATTTTTTAAATATCTTAGTTATTGATTTTTAAA
1 TAACTATTTGAAATGGTTCAGTAAATCAATTTATATTTTAAATATCTTAGTTA-T-ATTCTTAAA
* *
223640 ATTTTACTAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTAT
64 ATTTAACTAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTAT
223704 AGTTCGGTA
128 AGTTCGGTA
*
223713 TAACTATTTGAAATGGTT-AGGTAAA-CAAATTTATATTTTAAATCTCTTA-TTA-ATTCTTAAA
1 TAACTATTTGAAATGGTTCA-GTAAATC-AATTTATATTTTAAATATCTTAGTTATATTCTTAAA
*
223774 ATGTTAAC-AAATTA-TAATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTT
64 AT-TTAACTAAATTAGT-ATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTT
223836 AT
126 AT
223838 GAGAAAACAA
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 7, Indels: 16
0.83 0.05 0.12
Matches are distributed among these distances:
133 3 0.03
134 58 0.52
135 4 0.04
137 5 0.04
138 42 0.38
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (136 bp):
TAACTATTTGAAATGGTTCAGTAAATCAATTTATATTTTAAATATCTTAGTTATATTCTTAAAAT
TTAACTAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATAGT
TCGGTA
Found at i:224182 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 223917--224695 Score: 515
Period size: 181 Copynumber: 4.4 Consensus size: 179
223907 TCAAAAAACT
* ** * * * *
223917 GATTTATTTTTT-AAATCTCTCACTTATTAATTTTTTAAAAATTAATAAAGTATTATTATTTTAT
1 GATTTATTTTTTCAAAACTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
***** * * *
223981 TTTGGTTAATCTTTTATGAACTAAAAAAATTGTTTAATGGAA-AAATAAAACGTCATAATGATTT
65 TCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTAAT-GAACAAA-AAAA-GTCATAACGATTT
* ** **
224045 TAGTTAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTTATAAATA
127 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATA
* *
224097 GATTTATTTTTTCAAAACTCATGCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 GATTTATTTTTTCAAAACTCTTGCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
224162 TCCAAATAAGCTCGTATGAACTGAAAGAATT-ATTATAT-AACTAAACAAAAGGTCAAAACAATT
65 TCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTA-ATGAAC-AAA-AAAA-GTCATAACGATT
* ** * *
224225 TGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAACAAACA
126 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAATAAATA
* * *
224279 CATTTATTTTTT--AAA-TCTT--TCATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATT-TTGTTA
1 GATTTATTTTTTCAAAACTCTTGCTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTA
* * * * * * *
224338 -TCCAAATAAGCTTGTATG-ATTAGACATAGTTGTTTTATGAGA-AAACAAAGATCATAGCGATT
64 TTCCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAAAAATTGTTTAATGA-ACAAAAAAAG-TCATAACGATT
* * * * * * *
224400 TG-AGTTGATATTTGTTCAAATATTTATAACTATTTGAACTAGTTCAA-AATATA
126 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAA-ATA
* * * * * * *
224453 -ACATTA-GTTTTCTAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGAGTAGTATTAGTTTA
1 GA-TTTATTTTTTCAAAACTCTTGCTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** * * * * **
224516 TTTCGGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTCT-AACAAAAAAAAGTCATAACGACTTT
64 TTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTAATGAAC-AAAAAAAGTCATAACGA-TTT
* **
224580 -AAATAGATAATTGTTC-AATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCGGTAAATA
127 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAATAAATA
* * * * * * *
224631 GATTTATTTTTTCAAATCTTTTACTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAACTTAATATTATTTTAT
1 GATTTATTTTTTCAAAACTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
224696 GACTAAACAA
Statistics
Matches: 462, Mismatches: 103, Indels: 69
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
173 7 0.02
174 41 0.09
175 18 0.04
176 33 0.07
177 40 0.09
178 68 0.15
179 95 0.21
180 33 0.07
181 109 0.24
182 18 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (179 bp):
GATTTATTTTTTCAAAACTCTTGCTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
CCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTGTTTAATGAACAAAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATA
Found at i:224833 original size:144 final size:142
Alignment explanation
Indices: 224562--224838 Score: 342
Period size: 144 Copynumber: 1.9 Consensus size: 142
224552 TCTAACAAAA
* * * * *
224562 AAAAGTCATAACGACTTTAAATAGATAATTGTTCAATAGTCAAATCTATTTGAACTTGTTCGGTA
1 AAAAGTCAAAACGACTTTAAATAGATAATTATTCAATAGTCAAATCTATTTGAACTGGTTCAGCA
* * * * *
224627 AATAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTACTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAACTTAATATTATT
66 AACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTCACTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAATATTATT
224692 TTATGACTAAAC
131 TTATGACTAAAC
*
224704 AAAAGATCAAAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAA-CTATTTGAACTGGTTC
1 AAAAG-TCAAAACGACTTT-AAATAGATAATTATTC-AATAGTC-AAATCTATTTGAACTGGTTC
* * * * ** *
224767 AGCAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATTTTCTTAAATTAGTAT
62 AGCAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTCACTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAATAT
224832 TATTTTA
127 TATTTTA
224839 ATCCAAATAA
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 18, Indels: 6
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
142 8 0.07
143 23 0.20
144 80 0.71
145 2 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (142 bp):
AAAAGTCAAAACGACTTTAAATAGATAATTATTCAATAGTCAAATCTATTTGAACTGGTTCAGCA
AACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTCACTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAATATTATT
TTATGACTAAAC
Found at i:226468 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 226248--226737 Score: 603
Period size: 182 Copynumber: 2.7 Consensus size: 182
226238 CTTTCACTTT
* * ** * *
226248 TTAATTTTCAAAATATTATTAAATTTTTATTATTTTAATTTGAATAAGTTTGTTTGAACA-AA-A
1 TTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTATTATTATTTTAATTTGAATAAAATAGTATGAACAGAACA
* *
226311 AATTTGTTTTTATGACAAAACAAATGGTCACAACAATTTCAAAATTGATAATCATTCATATAGTA
66 AA-TTG-TTTGATGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTT-AAAATTGATAATCATTCATATAGTA
*
226376 TTGACTATTTGAACTGGATCAGCAATTA-AGTTCATTTT-TTAATTTTCTTGGTTA
128 TTGACTATTTGAACTGGATCAGCAATTAGA-TTCATTTTCATAATTTTCTTGGTTA
*
226430 TTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTATTATTA-TTTAATTTTGAATAAAATAGTATGAATAGAAC
1 TTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTATTATTATTTTAA-TTTGAATAAAATAGTATGAACAGAAC
* * * * * *
226494 CAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGTATT
65 AAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTAAAATTGATAATCATTCATATAGTATT
* * **
226559 GACTATTTGAACTGGTTCAGTAATTAGATTTGTTTTCATAATTTTCTTGGTTA
130 GACTATTTGAACTGGATCAGCAATTAGATTCATTTTCATAATTTTCTTGGTTA
* * * * *
226612 TTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAAAAAAACC
1 TTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTATTATTATTTTAATTTGAATAAAATAGTATGAACAGAACA
* * * * * * * *
226677 AATTGTATGATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATCTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
66 AATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTAAAATTGATAATCATTCATATAGT
226738 CAAAACTATT
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 31, Indels: 12
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
181 61 0.23
182 199 0.73
183 9 0.03
184 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
TTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTATTATTATTTTAATTTGAATAAAATAGTATGAACAGAACA
AATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTAAAATTGATAATCATTCATATAGTATTG
ACTATTTGAACTGGATCAGCAATTAGATTCATTTTCATAATTTTCTTGGTTA
Found at i:226873 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 224690--230695 Score: 3367
Period size: 181 Copynumber: 33.4 Consensus size: 179
224680 CTTAATATTA
* * * * *
224690 TTTTATGACTAAACAAAAGATCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * * * *
224755 TTGAACTGGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATTTTC
66 TTGAACTGATTTGGTAAACAAATTTA--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * *** * * *
224820 TTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTG
128 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTG
* * * * * * *
224872 TTTTATGAGAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAG-CAATAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTA
* *** *
224935 TTTAAACTTG-TTCAATAAACATATTTTATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATT
65 TTTGAAC-TGATTTGGTAAACA-AATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATT
* ** ** * *
224995 AATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
127 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTG
* * * * * *
225048 GTCTATGACAAAACAACAGGTCATGA-GTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATCA-TCATAACT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AGTCATAACT
** * * * * *
225111 ATTTGAACGTG-TTCAGAAAATAAATTTATTTTTTAATCTTTTGCTTATTAATTTTTATAATATT
64 ATTTGAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATT
** * * * *
225175 AATAAATTTA-TATTATTTTATTCAGAATAAGCTTCTATGAACATAAACAATTA
127 AATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTG
* * * * *
225228 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGCTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
225293 TTAAACTTATTTAGTAAATAGA-TTATATTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTTTGAAATATTAA
66 TTGAACTGATTTGGTAAACAAATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAA
* * * * * * * * *
225357 TCAATTACTATTATCTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACTA-ATATAATTA
129 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAAC-AGAAACAATTG
** * * *
225408 TTTTATGA-TGAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGAGTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
** * ** * * **
225472 TTGAACTTG-TTCCGTAAATATGTTTATTTTTAAAATCTTTTCCTTATTAATTGTCAAAATATTA
66 TTGAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTA
** ***** * * *
225536 ATAAATTAAAATTATTTTAACCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAGC-ATTG
128 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAA-CAATTG
* * * ** * *
225588 TTTAATAACAAAACAAAACGTCATAGTGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
225653 TTGAACTTATTTGGTAAACATATTTCTTTTTTAAAAT-TTTTATTTATTAATTGTCTGAATATTA
66 TTGAACTGATTTGGTAAACAAATTT-ATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTA
* * * * * * *
225717 ATAAATTTA-TATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAATAGTT-
128 ATAAA-TTAGTA---TT---AT--T--TTA-T-TTTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTG
* * * * * * * *
225780 TCTTTATAATAAAACCAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATGGCCATAATTA
1 T-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * **
225845 TTTTAACTAATTTTGTAAACAAATTTATTTTTTAGA--TCTTACTTATTAATTTGAGAAATATTA
65 TTTGAACTGATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTAAATATTA
* ** * * *
225908 ATAAATTTGTATTATTTTA-TTCCATATAAGCTTGTATTAACTA-AAACAA-TG
128 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAACTTATATGAAC-AGAAACAATTG
** * * ** *
225959 TTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAAAAATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATACT-ACTAACT
1 TTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACT
* * *** * * *
226023 ATTTGAACTTG-TTCGGTGAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAAT-A-TTTTGAATGTT
64 ATTTGAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATT
* * * * * ** ** *
226084 AATAAATTAGCATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGGATGAATTGAAATAATT-
127 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTG
* * * * * * * * ** *
226136 TTCTTATGACTAAACAAAATGTTC-GAACAATTTGAAAAAGATAATTGTTCTAGTAGTTTTAACC
1 TT-TTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
226200 ATATGAATTG-GTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTTAATCT-TTCACTTTTTAATTTTCAAAATA
64 ATTTGAACTGATTTG-GTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTT-TAAATA
* ** * ** * *
226263 TTATTAAATTTTTATTATTTTAATTTGAATAAGTTTGTTTGAACA-AAA-AATTTG
125 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAA-TTG
* * * * * * * *
226317 TTTTTATGACAAAACAAATGGTCACAACAATTTCAAAATTGATAATCATTCATATAGT-ATTGAC
1 -TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAAC
** * ** * * * * ** **
226381 TATTTGAACTGGA-TCAGCAATTAAGTTCATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATA
63 TATTTGAACT-GATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATA
* * * * * *
226445 TTATTAAATTATTATTATTTAATTTTGAATAAA-ATAGTATGAATAGAACCAATTG
125 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTA-TATGAACAGAAACAATTG
* * * ** * * * *
226500 TTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGT-ATTGACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTA
* ** ** * * * * ** **
226564 TTTGAACTGGTTCAGTAATTAGATTTGTTTTCATAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATT
65 TTTGAACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTT--TAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATT
* * * *
226629 ATTAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAA-ATAGTATGAA-AAAAACCAATTG
127 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTA-TATGAACAGAAA-CAATTG
* * * * * *
226682 TATGATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATCTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
226747 TTGAAATGATTTGGTAAAAAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAA
66 TTGAACTGATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAA
* * * * *
226812 TCAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAATTTATGTGAACAAAAACAATTG
129 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTG
* * * * *
226863 TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAC-ATTAGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
226926 TTGAACT-AGTCTAGTAAATAGAATTCT-TTTTTAAATCTCTTCCTTATAAAATTTTGAAATGTT
66 TTGAACTGA-TTTGGTAAACA-AATT-TATTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTTAAATATT
* * * * * * * * *
226989 AACAAATTAGTTTTATTTTATTCTAAATAAACTTGTACGAGCTGAAATAATTG
127 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTG
* * * * * * * *
227042 CTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGTTAATTGTTCACATAGTCTTAATTTT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * *
227107 TTGAACT-AGTTTAGCAAGCAGAGTTT-TTTTAAAATCTCTTAGTTATCAATTTTCAAAATATTA
66 TTGAACTGA-TTTGGTAAACA-AATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTA
* * * * ** * * *
227170 TTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGCATGAGCATAAATAATTG
128 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTG
** * * * * *
227222 TTTTACAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCAAAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
227287 TTGAATTG-TTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTCTTGAAAAATTA
66 TTGAACTGATTT-GGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTA
* * * *** * *
227347 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTA
128 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTG
* * * * * *
227399 TTATATGACAAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
227464 TTTATCTAATTTGTTAAACTAATTTATTGTTTAAATCT-TTAACTTATTAATTTTAAAAATATTA
66 TTGAACTGATTTGGTAAACAAATTTATT-TTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTT-TAAATATTA
* * * * ** *
227528 ATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTA
128 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTG
* * * * *
227580 TTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * ** * * *
227645 TTGAACTTG-TTTAGTAAACAGATTTATTTTCAAATCTCCAACTTATTAATATTTAGAATGTCAA
66 TTGAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAA
* * * ** ** * *
227709 TAAATCAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAAAAGAATCAATTG
129 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTG
* * * * * * * *
227760 TTTTATGACAAAAGAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
227825 TTGAACTGATTTGGTAAACAAATTAACTTTTTAAATCACTTACTTATAAATTTTTGGAATATTAA
66 TTGAACTGATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAA
* * * *
227890 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTA
129 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTG
* * * **
227941 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTTGTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
228006 TTGAATTTATTTGGTAAATAAACTTATTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTGTAAATATTAAG
66 TTGAACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAAT
** * * ** *
228070 AAATTAGTATTATTTTATTTTGGAA-AAGTTTCTATAAATTGAAACAATTC
130 AAATTAGTATTATTTTATTTT-GAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTG
* * * * * * *
228120 TTTAATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATTGTCATAACTCT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
228185 TTGAACTTG-TTCGGTAAAGAAATTTATTTATTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTT
66 TTGAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTATTT-TT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATT
* * * * * * * * *
228249 AATAAATTTGGATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATA
127 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGA-ACAGAAACAATTG
* * * * * ** **
228302 TTTT-TGACAAAACAAAAGGTTAAAACGGTTAGAAATAGTTAATTATTTTAATAGTGTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * *** * * ** * *
228366 TTGAATTGGTTCAAT-GACACATTTATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTTGTAATATTAT
66 TTGAACTGATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAA
* **** * * * *
228430 TAAATTCGTATTAGTTTTA-ACCAAATAAGCTTCTACGATCA-AGAACAATTG
129 TAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGA-AACAATTG
* * ** * * * * * *
228481 TTTTATGACCAAAC-AAAGATTTTAACAATATGAGATTGATAATTGTTCAAATAATCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
228545 TTGAACT-AGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAA-ATTA
66 TTGAACTGA-TTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
*
228604 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAAC-ATTG
128 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTG
* * * * * *
228655 TTTTATGACAAAATAAACGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
228720 CTGAACTCACTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGGAAT-TATA
66 TTGAACTGATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATAT-TA
* * * * * *
228784 ATAAATTAGAATTATTTTATTATGAATAAGCTTTTATAAATAGAAACAATTG
128 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTG
* * * * * * *
228836 GTTTATGAAAAAAAAAGAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATTGTCATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
228901 TTTGAGCATG-TTTAGCAAACATATTTTTTTTTTAAT-TTTTA-TTCATTAATTTTTAGAATATT
65 TTTGAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTA-AATATT
* ** * ** ** * *
228963 AGT-AATTTTTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTCCATGAATGGAACCAATTA
127 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTATATGAACAGAAACAATTG
* * * * * * * * *
229015 TTTTATGATAAAATAAAAAGTTATAATGTTTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
229080 TTGAA-T-ATGTT-CTATGAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATAT
66 TTGAACTGAT-TTGGTA--AACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATAT
** * **
229142 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATAAACTA-AAACAATCA
126 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAAC-AGAAACAATTG
* * * * * *
229196 TTTTATTACAAAATAAAAGGTCACAATGATTTGAAAT-GAATATTTAGTT-AAATAGTCATGACT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG-ATAATTA-TTCAAATAGTCATAACT
* ** * * * * * * ** * *
229259 ATTTGAACTTATCCGATAAATATATTTGTTTTTTGAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAACACT
64 ATTTGAACTGATTTGGTAAACAAATTT-ATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATT
* * *** * * * *
229324 AATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTAAGAATAGAAACAATTG
127 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTG
* * * * **
229377 TTTTATGGCAAAACAAATA-GTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAAA
1 TTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
** * *
229441 TTTGAACTTG-TTTGGTAAACTGATTTA-TTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATT
65 TTTGAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAAATATT
* * * * * * * * * **
229503 ACTAAATTTGTATTATTGTA-ATCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAAAAG
127 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTATATGAACAG--AAACAATTG
* * * * *
229558 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTA
1 -TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * *
229623 TTTAAACTTATTCGGTAAATAGATTCATTTTTAAATCTCTTAATTATTAAATTTTGAAATATTAA
65 TTTGAACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTAAATATTAA
* * * * ** *
229688 TAACTTAGTATTATTTT-TTTTGAATAAGCTTAGATAAACCTAAATAAGTT-
129 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAA-TTG
* * *
229738 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-GTCTAAATAGTCATAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTA
* * * * * * ** *
229802 TTTGAACGGGTTAGGTAAGCAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATCTTCAAAACATTA
65 TTTGAACTGATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTAAATATTA
* * * * * * * ** * *
229867 ATGAATTCA-TTTTATTTTATTCTG-ATTAAGTCAGTACGAATTGAAAAAATTA
128 ATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTA-TATGAACAGAAACAATTG
* * * * * * * *
229919 TTTTATGA-AAAA-ATAA----A-AATGACTTGAAATGGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * * * *
229977 TTGAATTTG-TTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTATTTATTAGTTTTTGGAATATTG
66 TTGAA-CTGATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * * * ** * * *
230041 TTAGATTAATATTATTTTACTTCAAATAAGCTTATATGATA-AAAAATAATTG
128 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGA-ACAGAAACAATTG
* * * * * * ** * * *
230093 TTTTATGATAGAACAAAAGATTATAATGATTTGAAGTTTACAAATATTCAAATAGCCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
230158 TTGAA-TTATTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTT-TTAATTTTTGAAAGATCA
66 TTGAACTGA-TTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* *
230221 ATAAATTAGTATTATTTTATTCATT--ATAAACTTGTATGATCA-AAAGCAATTG
128 ATAAATTAGTATTATTTTATT--TTGAATAAACTTATATGAACAGAAA-CAATTG
* * * ** * * * * * *
230273 TTATATGACTAAACAAAAGGTAATAGTGA-TTAAAATAGATACTTTTTAAAAT-GGCTATAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTA
* * * * * *
230336 TTTGAATTGATTCGGCAAATAGATTTACTTTTTAAAT-TACTTACTTATTAATTTTCAACATATT
65 TTTGAACTGATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTAA-ATATT
* * * * *
230400 AATAAATTAG---TATTTT-TTTT-AATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTA
127 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTG
* * * *
230448 TTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCGAATAGTCATAACTA
1 TTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * ** * *
230513 TTTAAATTTG-TTTAATAAAC-AATTTATTTCTTTTAA-CTATTACTTATTAATTTTTAAAATAT
65 TTTGAA-CTGATTTGGTAAACAAATTTA-TT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATAT
* * * * * * * * * *
230575 TAAGAAATTTGTATTAATTTATTTAGGATAAGCTTTTCTGGACTA-AAATAATTG
126 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAAC-AGAAACAATTG
* * * * * *
230629 CTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATTACTA
1 TTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
230693 TTT
65 TTT
230696 TTTCAAATCC
Statistics
Matches: 4543, Mismatches: 1050, Indels: 464
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.00
174 129 0.03
175 143 0.03
176 171 0.04
177 337 0.07
178 121 0.03
179 821 0.18
180 958 0.21
181 1120 0.25
182 519 0.11
183 69 0.02
184 8 0.00
185 2 0.00
187 2 0.00
188 2 0.00
189 1 0.00
190 3 0.00
191 29 0.01
192 3 0.00
193 102 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATA
AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAACAATTG
Found at i:227860 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 224690--233536 Score: 5201
Period size: 360 Copynumber: 24.8 Consensus size: 359
224680 CTTAATATTA
* * * * *
224690 TTTTATGACTAAACAAAAGATCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * *
224755 TTGAACTGGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATTTTC
66 TTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTA
* * * *
224820 TTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * *
224885 -TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAG-CAATAATTATTTAAACTTG-TT
194 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAAC-TGATT
*** * ** *
224947 CAATAAACATATTTTATTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATT
257 TGGTAAACA-AATTTATTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
** * ***
225009 ATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
321 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTG
* * * * * *
225048 GTCTATGACAAAACAACAGGTCATGA-GTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATCA-TCATAACT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AGTCATAACT
* * * * * * * *
225111 ATTTGAACGTGTTCAGAAAATAAATTTATTTTTT-AATCTTTTGCTTATTAATTTTTATAATATT
64 ATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATT
* * * *
225175 AATAAATTTA-TATTATTTTATTC-AGAATAAGCTTCTATGAACATAAACAATTATTTTATGACA
128 AATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTA-AATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
225238 AAACAAAAAGTCATAATGCTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTAT
191 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGAT
* * * * * ** * *
225303 TTAGTAAATAGA-TTATATTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTTTGAAATATTAATCAATTACTA
256 TTGGTAAACAAATTTAT-TTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * *
225367 TTATCTTATTTCGAATAAGCCTATATGAACT-AATATAATTA
319 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAA-ACAATTG
** * * *
225408 TTTTATGA-TGAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGAGTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
** * * * * * *
225472 TTGAACTTGTTCCGTAAATATG-TTTATTTTTAAAATCTTTTCCTTATTAATTGTCAAAATATTA
66 TTGAACTTGTTTAGTAAACA-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAGAATATTA
** ** * * *
225536 ATAAATTAAAATTATTTTAACCCAAATAAGCTTGTATGAACAA-AAAGC-ATTGTTTAATAACAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAA-CAATTGTTTTATGACAA
* ** * *
225599 AACAAAACGTCATAGTGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT
192 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT
* * * * * **
225664 TGGTAAACATATTTCTTTTTTAAAATTTTTATTTATTAATTGTCTGAATATTAATAAATTTA-TA
257 TGGTAAACAAATTT-ATTTTT-AAATCTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGTA
* * *
225728 TTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAAGCTTGTATG-A-TCAAA-AATAGTT
319 ---TT---AT--T--TTA-T-TTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAAT--TG
* * * * * * * *
225780 TCTTTATAATAAAACCAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATGGCCATAATTA
1 T-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* ** * * * *
225845 TTTTAACTAATTTTGTAAACAAATTTATTTTTTAGA--TCTTACTTATTAATTTGAGAAATATTA
65 TTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTA
* * * * *
225908 ATAAATTTGTATTATTTTATTCCATATAAGCTTGTATTAACTA-AAACAA-TGTTTTATGACAAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
** * * * *
225971 ACAAAAAGGTCATAAAAATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATACT-ACTAACTATTTGAACTTG-
193 AC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAAC-TGA
* * *** ** * *
226034 TTCGGTGAATTGATTTATTTTTTAAATC--T-CTTATTAATATTT-TGAATGTTAATAAATTAGC
255 TTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTACTTATTAAT-TTTCAAAATATTAATAAATTAGT
* * * * *
226095 ATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGGATGAATTGAAATAATT-
318 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTG
* * * * * * * * ** *
226136 TTCTTATGACTAAACAAAATGTTC-GAACAATTTGAAAAAGATAATTGTTCTAGTAGTTTTAACC
1 TT-TTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
226200 ATATGAA-TTGGTTGAGTAAACAAATTTATTTTTTTAATCT-TTCACTTTTTAATTTTCAAAATA
64 ATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTT-AGAATA
* ** * * * *
226263 TTATTAAATTTTTATTATTTTAATT-TGAATAAGTTTGTTTGAACAA-AAA-ATTTGTTTTTATG
126 TTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTG-TTTTATG
* * * * * ** * *
226325 ACAAAACAAATGGTCACAACAATTTCAAAATTGATAATCATTCATATAGT-ATTGACTATTTGAA
188 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAA
** * ** * * * * ** * *
226389 CTGGA-TCAGCAATTAAGTTCATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAA
251 CT-GATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA
* * ** * * *
226453 TTATTATTATTTAATTTTGAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTG
313 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTG
* * * ** * * * *
226500 TTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATAATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGT-ATTGACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTA
* * ** * * * * ** * *
226564 TTTGAACTGGTTCAGTAATTAGATTTGTTTTCATAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATT
65 TTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATT
* * * * ** * * *
226629 ATTAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAAAA-AAACCAATTGTATGATGACAA
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAA-CAATTGTTTTATGACAA
* * * * * *
226693 AACAAAAGGTTATAACAATCTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGATT
192 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT
* * * *
226758 TGGTAAAAAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATCAATTAGTAT
257 TGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTAT
* ** * * ***
226823 TATTTTATTTTGAACAAATTTATGTGAACAAAAACAATTG
320 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTG
* * * * *
226863 TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAC-ATTAGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * *
226926 TTGAACTAGTCTAGTAAATAGAATTCTTTTTTAAATCTCTTCCTTATAAAATTTT-GAAATGTTA
66 TTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTAG-AATATTA
* * * * *** * *
226990 ACAAATTAGTTTTATTTTATTCTAAATAAACTTGTACGAGCTGAAATAATTGCTTTATGACAAAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * *
227055 TAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGTTAATTGTTCACATAGTCTTAATTTTTTGAACT-AGTTT
194 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTT
* * * * * * * *
227119 AGCAAGCAGAGTTT-TTTTAAAATCTCTTAGTTATCAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATT
258 GGTAAACA-AATTTATTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * *
227183 ATTTTATTCTAAATAAATTTGCATGAGCA-T-AAATAATTG
321 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA--ATTGAAACAATTG
** * * * * *
227222 TTTTACAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCAAAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
227287 TTGAA-TTGTTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATT--CTTGA-AAAATTAA
66 TTGAACTTGTTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAA
* ** * *
227348 TAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGTTGAA-AAACAATTATTATATGACAAAA
130 TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG-AAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * *
227412 TAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTTATCTAATTTG
194 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTG
* * * *
227477 TTAAACTAATTTATTGTTTAAATCTTTAACTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAAGTAGTATTA
259 GTAAACAAATTTATT-TTTAAATCTTT-ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
227542 TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTA
322 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTG
* * * * *
227580 TTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * *
227645 TTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTA-TTTTCAAATCTCCAACTTATTAATATTTAGAATGTCAA
66 TTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTAGAATATTAA
* ** * * *
227709 TAAATCAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAAAAGAATCAATTGTTTTATGACAAAAG
130 TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
227774 AAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTGATTTGG
195 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGG
* * * ***
227839 TAAACAAATTAACTTTTTAAATCACTTACTTATAAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
260 TAAACAAATTTA-TTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *
227904 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTA
323 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTG
* * * **
227941 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTTGTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
228006 TTGAATTTATTTGGTAAATAAACTTA-TTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTT-GTAAATATTA
66 TTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG--AATATTA
* * * * * * * * *
228068 AGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGAA-AAGTTTCTAT-AAATTGAAACAATTCTTTAATGTCAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * *
228131 AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATTGTCATAACTCTTTGAACTTG-T
192 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGAT
* * * *** * * *
228195 TCGGTAAAGAAATTTATTTATTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGG
256 TTGGTAAACAAATTTATTT-TT-AAATC-TTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGT
* * * *
228260 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAAG-ATATGAAACAAATA
318 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTG
* * * * * ** **
228302 TTTT-TGACAAAACAAAAGGTTAAAACGGTTAGAAATAGTTAATTATTTTAATAGTGTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * ** *
228366 TTGAA-TTGGTTCAAT-GACACATTTATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTTGTAATATTA
66 TTGAACTT-GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTA
* * * * * * * *
228429 TTAAATTCGTATTAGTTTTA-ACCAAATAAGCTTCTACGATCAAG-AACAATTGTTTTATGACCA
129 ATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-AAAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* ** * * * * *
228492 AAC-AAAGATTTTAACAATATGAGATTGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACT-AGT
192 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-T
* * * **
228555 TTGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTGAAA-ATTAATAAATTAGTAT
256 TTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
228616 TATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAAC-ATTG
320 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTG
* * * * * *
228655 TTTTATGACAAAATAAACGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* *** * * * * *
228720 CTGAACTCACTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGGAAT-TATA
66 TTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATAT-TA
* * * * * *
228784 ATAAATTAGAATTATTTTATTATGAATAAGCTTTTAT-AAATAGAAACAATTGGTTTATGAAAAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * *
228848 AAAAGAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATTGTCATAACTATTTGAGCATG-T
193 ACAA-AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGAT
* * * * * * * * * **
228912 TTAGCAAACATATTTTTTTTTTAATTTTTA-TTCATTAATTTTTAGAATATTAGT-AATTTTTAT
256 TTGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTACTT-ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * *
228975 TATTTTA-TTTGAAATAAGCTTCCATGAATGGAACCAATTA
320 TATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTG
* * * * * * * * *
229015 TTTTATGATAAAATAAAAAGTTATAATGTTTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
229080 TTGAA-TATGTTCTA-TGAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATT
66 TTGAACT-TGTT-TAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATT
* * ** *
229143 AATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTATAT-AAACTA-AAACAATCATTTTATTAC
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAA--AGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
229205 AAAATAAAAGGTCACAATGATTTGAAAT-GAATATTTAGTT-AAATAGTCATGACTATTTGAACT
190 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG-ATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * * * * * * * *
229268 TATCCGATAAATATATTTGTTTTTTGAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAACACTAATAAATTA
253 GATTTGGTAAACAAATTT-ATTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA
* * *** * *
229333 ATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTAAGAATAGAAACAATTG
316 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTG
* * * * **
229377 TTTTATGGCAAAACAAATA-GTCATAACAATTTGAAAAAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAAA
1 TTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
229441 TTTGAACTTGTTTGGTAAACTGATTTA--TTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCT-TAATATT
65 TTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TAGAATATT
* * * * * * * **
229503 ACTAAATTTGTATTATTGTAATCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAAAAGATTTTATGAC
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-A-AGAAACAATTG-TTTTATGAC
* * * * * * * *
229568 AAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTA
190 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * * * * *
229633 TTCGGTAAATAGATTCATTTTTAAATCTCTTAATTATTAAATTTT-GAAATATTAATAACTTAGT
255 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCT-TTACTTATT-AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGT
* * *
229697 ATTATTTT-TTTTGAATAAGCTTAG-ATAAACCT-AAATAAGTT-
318 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAA-TTGAAACAA-TTG
* * *
229738 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-GTCTAAATAGTCATAATTA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTA
* * * * * * * * *
229802 TTTGAAC-GGGTTAGGTAAGCAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATCTTCAAAACATT
65 TTTGAACTTGTTTA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTAGAATATT
* * * * * * ** * *
229866 AATGAATTCA-TTTTATTTTATTCTGATTAAG-TCAGTACGAATTGAAAAAATTATTTTATGA-A
128 AATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCT-TGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * *
229928 AAA-ATAA----A-AATGACTTGAAATGGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAATTTG-
191 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGA
** * * * * *** ** * *
229986 TTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTATTTATTAGTTTTTGGAATATTGTTAGATTAAT
255 TTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGT
* ** * ** *
230051 ATTATTTTACTTCAAATAAGCTTATATG-ATAAAAAATAATTG
318 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTG
* * * * * * ** * * *
230093 TTTTATGATAGAACAAAAGATTATAATGATTTGAAGTTTACAAATATTCAAATAGCCATAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * *
230158 TTGAA-TTATTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTT-TTAATTTTTGAAAGATCA
66 TTGAACTT-GTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTA
* * * * * *
230221 ATAAATTAGTATTATTTTATTC-ATTATAAACTTGTATGATCAA-AAGCAATTGTTATATGACTA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-AATAAGCTTGTATGA-AAAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* ** * * * * * * *
230284 AACAAAAGGTAATAGTGA-TTAAAATAGATACTTTTTAAAAT-GGCTATAATTATTTGAATTGAT
192 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGAT
* * * * *
230347 TCGGCAAATAGATTTACTTTTTAAAT-TACTTACTTATTAATTTTCAACATATTAATAAATTAG-
256 TTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCT--TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGT
* * *
230410 --TATTTT-TTTT-AATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTA
318 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTG
* * * *
230448 TTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCGAATAGTCATAACTA
1 TTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
230513 TTTAAATTTGTTTAATAAACA-ATTTATTTCTTTTAA-CTATTACTTATTAATTTTTAAAATATT
65 TTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAATATT
* * * * * * ** * *
230576 AAGAAATTTGTATTAATTTATT-TAGGATAAGCTTTTCTGGACTA-AAATAATTGCTTTAT-ATC
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-AATAAGCTTGTAT-GAAAAGAAACAATTGTTTTATGA-C
* * * *
230638 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATTACTA--T----T--
190 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * *** * * *
230695 TTT--T---C-AA---A----T---CCTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGAT
255 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * * * * *
230744 TAGTTTACTCGGAATAAACTTCTAAG-ATATGAAACAAATA
320 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTG
* * * * * * * **
230784 TTTTATGACTAAACAAAATGTTAGAACGATTGGAACTAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * *
230849 TTGAACTAGTTCGGCAAACACATTTGTTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTTTCAAAATATT-A
66 TTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAA
* ** * * * *
230909 TAAAATTAGTATTATTTT-TAACCGATTAAGCTTCTATGATAAAAAAACAATTATTTTATGACAA
130 T-AAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGA-AAAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * * * *
230973 AA-TAAAGATCTTAATGATTTGACATTGATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTAAACCGATT
192 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT
* * **
231037 TGGTAAATAGATTTATTTATTAAATC--T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
257 TGGTAAACAAATTTATTT-TTAAATCTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATT
** **
231099 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTG
321 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTG
* * * * * * *
231138 TTTTATGACAAAACAAACGATCATAATGATTTG-AATAGGTAATCATTCAAATAGCCATAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
231202 TTTAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTAGGAAATATT
66 TTGAACTTG-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTA-G-AATATT
** * ** *
231265 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTATCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTATTTTATGACAAA
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * * * * * *
231330 TCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATGGACATTTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATTTATTC
193 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTT
* * ** ** *
231395 AGTAAATAGCTTT-TTTAAAAAATCTTTTTCTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAGTAT
258 GGTAAACAAATTTATTT-TTAAATC-TTTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
231458 TAATTTATTCTAAATAAGCTTATACGAATTAAAACAATTG
320 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTG
* * * * * * * * *
231498 -TTT-TGACTAATCAAAAAGTCAAAACGATTTGAAACAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCAA
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
231561 TTAAAC-TGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTA
66 TTGAACTTG-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTA
* * * * * * * ** *
231625 TTAAATTAGTATTATTTTAATCAAAACAAGCTTGTACGAACA-AATCAATTGCCTTACGACAAAA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * * * * *
231689 GAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAG-CTTAGCTATTTGAGCTGGTTAG
194 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTG
* ** * * * *
231753 GCAATTAAATTTATTTTTTTAAT-TTTATTGGTTATTAA-GTT-AAGGAATATTATTAAATTAGT
259 GTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTA---CTTATTAATTTTCAA--AATATTAATAAATTAGT
* ** * * *
231815 ATTATTTTATTTCGAATAAAATAGTATGAACAT-AACCAATTG
318 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAACAATTG
** * * * * *
231857 TTCAATGACAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
231922 TTGGAA-TGGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAGTCTCTTA-TTGATTAATTTTTTA-AATAT
66 TT-GAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAA--TTTTAGAATAT
* ** * * *
231984 TAATAAATTAGTATTAATTTATT-TCAAATAAAATTATATTAAAAAAAACAATTGTTTTATGACA
127 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * ** * * * * *
232048 TAACAAAAAGTAATAAAAATTTGGAATAGACAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACT-AG
191 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-
* * * * * ** *
232112 TTCGATAAATAAAATTATTTTTAAATC--T-CTTATAAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGCT-
255 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAG-TA
* * ** * * *
232173 TTATTCTATTTTGAATAAGCTTCTATGAGCTGAGATAATTA
319 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTG
* * * * * **** *
232214 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTCGAAATAAAAAATTGTTTTTGTAGTCTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * *
232279 TCGAAC-TAATTCGACAAAC-GAATTTATTTTTAAAATCTCTTAGTTATTAATTTCTAGAATATT
66 TTGAACTTGTTTAG-TAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TAGAATATT
* * * * *
232342 ACTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATCAGCTTGTAT-AAATAGAAATAATTATTTTATGACAG
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAA
** * * * *
232406 AACAAATTGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTAGAACTGATT
192 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT
* * * *
232471 TGGTAAATATATTTAATTTTTAAATC--T-CTTATTAATTCTT-GAAATATTAGTAAATTAGTAT
257 TGGTAAACAAATTT-ATTTTTAAATCTTTACTTATTAATT-TTCAAAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * * *
232532 TATTTCATGTAAAATTAGCATGTA--AGTTGAAAAACAATTG
320 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTG--AAACAATTG
* * * * * *
232572 CTTTATGACAAAAC-AAAGG--GT-A--A--T-AAATAG----TTGTTCAAAT-GGCTTAATTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
232623 TTGAA-TTGATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAACTTTCGAAATATTA
66 TTGAACTTG-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTA
* ** * * * *
232687 ATAGAGGAGTATTATTTT-TTTTGGAA-AAGCATT-TATGAATTA-AAACAATTATTTTATGACA
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGC-TTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
232748 AAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAAAATATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTG-
191 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGA
** * * *** * * *
232812 TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTTTTAATTTTTTGAGTGTTATTAAATTAG
255 TTTGGTAAACAAATTTA-TTTTT-AAATCT-TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAG
** * * * *
232877 TATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTA
317 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTG
* * ** * * * *
232920 TTATATGACTAAACAAAATATCAAAACGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTAT
1 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
232985 TTGAACTGGTTTAGTAAATACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCATAATATT-A
66 TTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAA
*
233045 TAAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATGATAAA-AAACAATTGTTTTATGACAA
130 T-AAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGA-AAAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * ** * * * * *
233108 AAC-AAAGATCATAATGATTCCATATTGATATTTGTTCAAATTGTCATAACTA-TTGAACTG-GT
192 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATT
* *** * * ** * * *
233170 TCG-AAAGCTGTTTTGGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTATTA
257 TGGTAAA-CAAATTT-ATTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * *
233234 TTATTTTATTTT-AGATAAGTTTTTATGAACTAAAATAATTG
319 TTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTG
* * * * * * * *
233275 TTTTATGACTTAAGA-AAAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGGCTTAATT
1 TTTTATGAC--AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * *
233339 ATTTGAACTAGTTCCA-TAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA---T--ACTA-T
64 ATTTGAACTTGTT-TAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATT
* * * * *
233397 --TAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATGAAAAGTAACAATTGTTTTATGATAAA
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * *
233460 AC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTTAACT-ATTT
193 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TT
*
233523 TGGTAAAAAAATTT
257 TGGTAAACAAATTT
233537 TAAAACAATT
Statistics
Matches: 6525, Mismatches: 1584, Indels: 765
0.74 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
331 35 0.01
332 75 0.01
333 18 0.00
334 7 0.00
335 61 0.01
336 46 0.01
340 4 0.00
342 2 0.00
343 96 0.01
344 81 0.01
345 8 0.00
346 1 0.00
347 3 0.00
348 60 0.01
349 11 0.00
350 5 0.00
351 96 0.01
352 10 0.00
353 126 0.02
354 285 0.04
355 334 0.05
356 463 0.07
357 685 0.10
358 537 0.08
359 578 0.09
360 987 0.15
361 839 0.13
362 292 0.04
363 407 0.06
364 83 0.01
365 11 0.00
367 5 0.00
368 22 0.00
369 3 0.00
370 3 0.00
371 26 0.00
372 127 0.02
373 22 0.00
374 71 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGT
AAACAAATTTATTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTG
Found at i:231302 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 230808--233536 Score: 1593
Period size: 181 Copynumber: 15.4 Consensus size: 179
230798 AAAATGTTAG
* * * ** * *
230808 AACGATTGGAACTAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACT-AGTTCGGCAAACACAT
1 AACGATTTGAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGGTAAACAAAT
* ** *
230872 TTGTTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTTTCAAAATATT-ATAAAATTAGTATTATTTT-TAAC
64 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAT-TC
** * * * * * *
230931 CGATTAAGCTTCTATGATAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAGATCTT
127 TAAATAAGCTTGTATGAT-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCAT
* * * * * * * * *
230985 AATGATTTGACATTGATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTAAACCGATTTGGTAAATAGATT
1 AACGATTTGA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATT
*
231050 TATTTATTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCA
65 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-A
231110 AATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAACGATCAT
129 AATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GATCAT
* * ** * * * *
231162 AATGATTTGAATAGGTAATCATTCAAATAGCCATAATTATTTTAACTGATTTGGTAAACAAATTT
1 AACGATTTGAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTT
* ** **
231227 ATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTATC
66 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA
* * ** * * * *
231292 TAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTAT
131 TAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT
* * * * * * * * * * **
231342 AATGATTTTAAATGGACATTTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATTTATTCAGTAAATAGCTT
1 AACGA-TTTGAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATT
*** * * * *
231407 T-TTTAAAAAATCTTTTTCTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAA
65 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
* * * * * * *
231471 ATAAGCTTATACGAAT-TAAAACAATTG-TTT-TGACTAATCAAAAAGTCAA
130 ATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCAT
* * * * * * * **
231520 AACGATTTGAAACAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCAATTAAACTGATTCAATAAACAAATT
1 AACGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATT
* * * *
231585 TATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCAAA
65 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
* * * * ** * * * *
231650 ACAAGCTTGTACGAAC-AAATCAATTGCCTTACGACAAAAGAAAAAGTCAA
130 ATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCAT
* * * * * * * * * **
231700 AATGATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAG-CTTAGCTATTTGAGCTGGTTAGGCAATTAAATT
1 AACGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATT
* * * ** * ** * *
231764 TATTTTTTTAATTTTATTGGTTATTAAGTTAAGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-TC
65 TA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-
* ** * * * * ** * * *
231828 GAATAAAATAGTATGAACATAACCAATTGTTCAATGACAAAATAAAAGGTTAT
128 AAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGATCAT
* * * * * *
231881 AACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGGAA-TGGTTTGGTAAACAAAT
1 AACGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACTGATTCGGTAAACAAAT
* * * *
231945 TTACTTTTTAAGTCTCTTA-TTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATT-T
64 TTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
** * * ** * * *
232008 CAAATAAAATTATATTAAAAAAAACAATTGTTTTATGACATAACAAAAAGTAAT
128 -AAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCAT
** * * * * * * *
232062 AAAAATTTGGAATAGACAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACT-AGTTCGATAAATAAAA
1 AACGATTT-GAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGGTAAACAAAT
* * *
232126 TTA-TTTTTAAATCTCTTA--TA--AATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGCT-TTATTCTATTTT
64 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCT
* * * ** * * * *
232185 GAATAAGCTTCTATGAGCTGAGATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
128 AAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT
* * * * **** * * * ** *
232238 AACAATTCGAAATAAAAAATTGTTTTTGTAGTCTTAACTATTCGAACTAATTCGACAAACGAATT
1 AACGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATT
* * * *
232303 TATTTTTAAAATCTCTTAGTTATTAATTTCT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTA
65 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* * * * * * *
232367 AATCAGCTTGTATAAAT-AGAAATAATTATTTTATGACAGAACAAATTG-TTAT
129 AATAAGCTTGTAT-GATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA--GATCAT
* * * * * *
232419 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTAGAACTGATTTGGTAAATATATT
1 AACGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATT
* * * * *
232484 TAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTCATGT-AA
65 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTA
* * * * * *
232544 AATTAGCATGTAAGTTGAAAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAG-----
129 AATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCAT
* * * * * * * * *
232590 ---G--GT-AATAAATAGTTGTTCAAAT-GGCTTAATTATTTGAATTGATTCAGTAAACATATTT
1 AACGATTTGAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTT
* * * * ** * *
232648 ATTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAACTTTCGAAATATTAATAGAGGAGTATTATTTT-TTTTGGA
66 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AA
* * *
232712 A-AAGCATT-TATGAAT-TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
130 ATAAGC-TTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT
* * * * * *
232762 AACGATTTTAAAAATATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTG-TTCAGTAAACAAAT
1 AACGA-TTTGAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCGGTAAACAAAT
* * * * *
232826 TTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTTTTAATTTTTTG-AGTGTTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
64 TTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * * * * * *
232890 CGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTATATGACTAAACAAAATATCAA
127 TAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCAT
* * * * * ** * *
232944 AACGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATACATT
1 AACGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATT
*
233009 TATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTCATAATATT-ATAAAATTAGTATTATTTT-TATC
65 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAT-TC
* *
233067 CAAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCAT
127 TAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCAT
* ** * * * * ***
233120 AATGATTCCATATTGATATTTGTTCAAATTGTCATAACTA-TTGAACTGGTTC-G-AAAGCTGTT
1 AACGATTTGA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAA-CAAAT
** * * * * *
233182 TTGGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTATTATTATTTTATTTTA
64 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* * * * * * * * *
233247 GATAAGTTTTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACTTAAGAA-AAAGGTTAA
129 AATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGAC--AA-AACAAAGATCAT
* * * * ** *
233300 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGGCTTAATTATTTGAACT-AGTTCCATAAACACAT
1 AACGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGGTAAACAAAT
* * *
233364 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA----T--ACTA-T--TAAATTAGTATTATTTTAATCTG
64 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* *
233420 AATAAACTTGTATGA--AAAGTAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGATCAT
129 AATAAGCTTGTATGATCAAA--AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCAT
* * * * *
233471 AATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTTAACT-ATTTTGGTAAAAAAAT
1 AACGATTTGA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGGTAAACAAAT
233535 TT
64 TT
233537 TAAAACAATT
Statistics
Matches: 1964, Mismatches: 479, Indels: 224
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 36 0.02
164 17 0.01
165 3 0.00
166 31 0.02
167 39 0.02
170 3 0.00
171 61 0.03
173 48 0.02
174 13 0.01
175 22 0.01
176 233 0.12
177 277 0.14
178 137 0.07
179 123 0.06
180 353 0.18
181 407 0.21
182 156 0.08
183 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AACGATTTGAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACAAATTT
ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA
TAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCAT
Found at i:232936 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 232602--233518 Score: 702
Period size: 182 Copynumber: 5.2 Consensus size: 179
232592 TAATAAATAG
* * * * * *
232602 TTGTTCAAAT-GGCTTAATTATTTGAATTGATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * ** * **
232666 TTGTTAACTTTCGAAATATTAATAGAGGAGTATTATTTTTTTTGGAA-AAGCATT-TATGAATTA
66 TTATTAATTTTTG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGC-TTGTATGAA-TA
* * * * *
232729 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAAAATATAA
128 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAAAAGATAA
* * * * *
232781 TTCTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTG
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACACATTTATTTTTT-AAATCTCTTA
* * * *
232846 CTTTTTAATTTTTTGAGTGTTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTA
65 CTTATTAA-TTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * *
232911 AAACAATTATTATATGACTAAACAAAATATCAAAACGATTTGAAATAA-ATAA
128 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAA-AAGATAA
* * * * *
232963 TTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATACATTTATTTTTTAAA--TC-T-C
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * *
233024 TTATTAATTTTCAT-AATATTATAAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATGATAA
66 TTATTAATTTT--TGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT-TCCGAATAAGCTTGTATGA-AT
* * ** * ** *
233087 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTCCATATTGATAT
127 AAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAAAAGATAA
* *** ** *
233139 TTGTTCAAATTGTCATAACTA-TTGAACTGGTTC-G-AAAGCTGTTTTGGTTTTTAAATCTCTTG
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAA-CACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * ** * *
233201 CTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTATTATTATTTTATT-TTAGATAAGTTTTTATGAACT
65 CTTATTAATTTTTG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGCTTGTATGAA-T
* * * * *
233265 AAAATAATTGTTTTATGACTTAAGA-AAAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGATAA
127 AAAACAATTGTTTTATGAC-TAA-ACAAAAGATCATAACGATTTGAAAAAGATAA
* * * * *
233319 TTGTTCTAATAGGCTTAATTATTTGAACTAGTTCCA-TAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-CAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * *
233383 C---TT-A---TT-AATACTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATGAA-AAG
65 CTTATTAATTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAA-
* * *
233439 TAACAATTGTTTTATGA-TAAA-ACAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAA
129 -AACAATTGTTTTATGACTAAACA-AAAGATCATAACGATTTGAAAAAGATAA
* *
233490 TTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTTAACT
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
233519 ATTTTGGTAA
Statistics
Matches: 586, Mismatches: 120, Indels: 72
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.00
171 51 0.09
173 53 0.09
174 14 0.02
175 13 0.02
176 43 0.07
177 70 0.12
178 68 0.12
179 16 0.03
180 71 0.12
181 55 0.09
182 125 0.21
183 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
TTATTAATTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAAAA
CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAAAAGATAA
Found at i:233496 original size:351 final size:354
Alignment explanation
Indices: 232728--233512 Score: 899
Period size: 351 Copynumber: 2.2 Consensus size: 354
232718 TTTATGAATT
* * * * * * *
232728 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAAAATATAATTCTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
232793 TCATAACTATTTTAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTTTTAATTTT
65 TCATAACTA-TTGAACTGGTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
* * * * *
232858 TTGAGTGTTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTA
129 TTGAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTA
* *
232923 TATGACTAAACAAAATATCAAAACGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTG
194 TATGACTAAACAAAAGATCAAAACGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGGCTTAACTATTTG
* * * *
232988 AACTGGTTTAGTAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCATAATATTATAAAATTA
259 AACTAGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA--TT-ATAATACTATAAAATTA
* *
233053 GTATTATTTTTATCCAAATAAGCTTGTATGATAA
321 GTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGATAA
* * * * *
233087 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTCCATATTGATATTTGTTCAAATTGT
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
*** *
233152 CATAACTATTGAACTGGTTC-G-AAAGCTGTTTTGGTTTTT-AAATCTCTTGCTTATTAA-TTTT
66 CATAACTATTGAACTGGTTCAGTAAA-CAAATTTAGTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
* * * * * *
233213 TGAAATATTAGTAAAGTATTATTATTTTATTTTAG-ATAAGTTTTTATGAACTAAAATAATTGTT
130 TG-AATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATT
* * * * * *
233277 TTATGACTTAAGA-AAAAGGTTAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGGCTTAATTAT
193 ATATGAC-TAA-ACAAAAGATCAAAACGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGGCTTAACTAT
*
233341 TTGAACTAGTTCCA-TAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-A-T-TAATACTATTAAAT
256 TTGAACTAGTT-CAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATTATAATACTATAAAAT
**
233402 TAGTATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATGA-AA
319 TAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGATAA
* * * * *
233437 AGTAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAGTAG
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAG
233502 TCATAACTATT
65 TCATAACTATT
233513 TTAACTATTT
Statistics
Matches: 361, Mismatches: 57, Indels: 24
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
350 3 0.01
351 106 0.29
353 1 0.00
354 6 0.02
355 72 0.20
356 98 0.27
357 14 0.04
358 38 0.11
359 23 0.06
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (354 bp):
AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTGAACTGGTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTT
GAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTATA
TGACTAAACAAAAGATCAAAACGATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGGCTTAACTATTTGAA
CTAGTTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTATAATACTATAAAATTAGTATT
ATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGATAA
Found at i:233629 original size:101 final size:100
Alignment explanation
Indices: 233440--233630 Score: 242
Period size: 101 Copynumber: 1.9 Consensus size: 100
233430 TATGAAAAGT
* * * * * *
233440 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAGTAGTCA
1 AACAATTATTTTATGAAAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* *
233505 TAACTATTTTAACTATTTTGGTAAAAAAATTTTAA
66 TAACTATTTGAACTATTTCGGTAAAAAAATTTTAA
* *
233540 AACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACT-ATTATTCAAATAGT
1 AACAATTATTTTATGAAAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAAA-TAATTATTCAAATAGT
*
233604 CATAACTATTTGAATTGA-TTCGGTAAA
64 CATAACTATTTGAACT-ATTTCGGTAAA
233631 TAAACTTATT
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 11, Indels: 5
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
100 20 0.26
101 55 0.71
102 2 0.03
ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (100 bp):
AACAATTATTTTATGAAAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTATTTCGGTAAAAAAATTTTAA
Found at i:233926 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 233539--234369 Score: 644
Period size: 180 Copynumber: 4.6 Consensus size: 182
233529 AAAAATTTTA
* * * * *
233539 AAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACT-ATTATTCAAATAG
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGA-TAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
233603 TCATAACTATTTGAA-TTGATTCGGTAAATAAACTTATTTTTTAAAAC-TCTATCTTATTAAGTT
65 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAGAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAATTT
* * ** *
233666 TGTAAATATTAGGAAATTAGTG-TTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAA-A-C-TG
128 TTTGAATATTAATAAATTAG-GATTATTTTATTTTGAATAAGC--TTATAAGATCATG
* * * * * *
233720 AAACAATTCTTTGATGTCAAAACAAAATATCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATTGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
233785 CATAATTATTTGAACTTGTTGGGTAAAGAGATTAATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAGAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * *
233850 TGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTTTGGATAAGCTTGTAAGAT-ATG
130 TGAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATAAGATCATG
* * * * *
233902 AAACAAATATTTT-TGACTAAACAAAATGAT-AGAATGA-TTAGAAATAGATAATTATTCTAATA
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTA-AAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * * * * * * *
233964 ATTTTAACTATTTAAACTGGCTC--AACAACACATTTATTTTTTAAAT-TTCCTACTTATTAATT
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA-AAGAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATT
* * * * **** * * *
234026 TTTGGAATATTATTAAACTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTATGATCAAG
127 TTTTGAATATTAATAAATTAGGATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTATAAGATCATG
* * * * * * * *
234082 -AACAGTTGTTTTAAGACAAAAC-AAAGATCTTAATGATTTTAGATTGATAATTGTTCAAATGGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * ** *
234145 GATAACTATTT-AATCTTGTCCAAT-AAGCAGATTTATTTATTAAATCTTTTACTTATTAA-TTT
66 CATAACTATTTGAA-CTTGTTCGGTAAAG-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * *
234207 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGATCA-A
129 TTG-AATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATAAGATCATG
* *
234261 AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
234325 CATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAAAATTATTTTTTAAAT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAGAGATTTATTTTTTAAAT
234370 AAAATAAAAT
Statistics
Matches: 504, Mismatches: 118, Indels: 57
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 8 0.02
179 111 0.22
180 175 0.35
181 143 0.28
182 65 0.13
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAGAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTT
GAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATAAGATCATG
Found at i:235225 original size:175 final size:173
Alignment explanation
Indices: 234674--235227 Score: 512
Period size: 175 Copynumber: 3.1 Consensus size: 173
234664 TGTTTTTGTT
* * *
234674 CATACAAGCGTATTCAAAATAAAATGATACTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA
1 CATACAAGCTTATT--AAATAAAATAATACTA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AA
* * * * * * *
234739 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC--A-AGTTCAACTAGTTATAACTGTTTGAATAATTATTTA
60 GATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * *
234801 TTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATT
125 TTTCAAATCA-TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-A
* * * * *
234851 CACACAAGTTTATTAAA-AAAAAAATACTGATTTATTAACA-CTCTAAAAATTAATAAGCAAGAA
1 CATACAAGCTTATTAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-AAG--
* * * *
234914 ATTTGAAAAAATAAATCTTTTTGCTAAACAAGTTGAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCT
61 ATTT-AAAAAATAAATCTATTTGCCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
234979 ATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-TAG
124 ATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAA
* * * *
235028 TATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATGCTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGAT
1 CATACAAGCTTAT--TAAATAAAATAATACTA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAT
* * * * * *
235092 TTAAAAAATAAATCAATTTGCCAAATCAGATCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATGATCTATT
63 TTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * *
235157 TCAAATCATTATTACCTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTGCCAA
127 TCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTAA
235205 CATACAAGCTTATTAAATAAAAT
1 CATACAAGCTTATTAAATAAAAT
235228 TGTTATTACC
Statistics
Matches: 304, Mismatches: 55, Indels: 38
0.77 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
172 3 0.01
173 1 0.00
174 35 0.12
175 118 0.39
176 5 0.02
177 33 0.11
178 4 0.01
179 71 0.23
180 32 0.11
181 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (173 bp):
CATACAAGCTTATTAAATAAAATAATACTATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTA
AAAAATAAATCTATTTGCCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAA
Found at i:235270 original size:65 final size:67
Alignment explanation
Indices: 235165--235292 Score: 224
Period size: 65 Copynumber: 1.9 Consensus size: 67
235155 TTTCAAATCA
235165 TTATTACCTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTGCCAACATACAAGCTTA-TT-AAATAAAAT
1 TTATTACCTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTGCCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
235228 TG
66 TG
* *
235230 TTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAA
1 TTATTACCTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTGCCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAA
235293 TTAATACTAA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 2, Indels: 2
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
65 50 0.85
66 2 0.03
67 7 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (67 bp):
TTATTACCTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTGCCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
TG
Found at i:236025 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 235377--237095 Score: 692
Period size: 181 Copynumber: 9.4 Consensus size: 178
235367 AATAGTTATG
* * * ** * *
235377 ACCAATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTATTATAACCTTCTGTTC
1 ACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTT
* * *
235442 TATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAATTTATTC--AAAAAA-AATACTAATTTAATAAT
66 TGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATTTTATTCAAAAAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * *
235504 GTCTAAAAATTCATAACTAAAAGATTTAAAATAAATAAATTTGTTTGCCAA
131 ATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AA-AAATAAATCTATTTACCAA
* * * *
235555 ACCAATTCAAATAGTTAAGACTGTATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
1 ACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTT
* * * * *
235620 TGTCATAAAACAATTATTTC-AGCTCATACAAGTTTTATTCGGAATAAAATAAAACTAATTTGTT
66 TGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAA-TTTTATTC-AAAAAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * * ***
235684 AGTATTTCAAAATTTTATAAGGAAGACATTTTTTAAAA-AATTCTATTTATTGA
128 AATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAAATAAATCTATTTACCAA
* * * * *
235737 ACCAATTCAAATAATTATAAATA-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACTTTTTTGTT
1 ACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-CTTTTGTT
* * * * * *
235801 TTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAAATTATTA
65 TTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATTTTATTCAAAA-AAAATAATACTAATTTATTA
*
235866 ATATTTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAA
129 ATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTACCAA
* * * *
235918 ATCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAACCTTTTGTTT
1 ACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTT
* * ** * * *
235983 TTTCATTAAACAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTCAAAAATAATAATTA-TGGCCATTTCA
66 TGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATTTTATTCAAAAAAAATAA-TACT---AATTT-A
* ** * * ** *** * * * * *
236047 ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAATTTGTTTTGTTATAAAAGAATTATTTTTGATCATT
126 TTAA-TA--T-TTAAAAAT--TAAT-A-AGTAAGAGAT-TTA-AAAATAAATCTATTT-ACCA--
*
236112 C
178 A
** * * * * *** * *
236113 ATGATTATTGGAAATAAAATAAT-ACTAATTT---T--TTA-ATATTTCAAAAAATAATAA-GTA
1 ACCA--ATT-CAAAT--AGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCT-
*** **** * * * * * * * *
236170 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
59 TTTG-TTT-TGTCATAAAAC-AATTAT---TTCTATTCATACAATT-T---TA-TTCAA-AA--A
* * * * * *
236235 AAATAATACAAATTTATTAATATTCAGAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAAGAAATCCATT
110 AAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATT
*
236300 CACCAA
173 TACCAA
* * * * * * * * *
236306 A-TAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTACTTCAAATCATTATGACTTTTTATT
1 ACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTT
* * * * ** * ** *
236370 TTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTA
65 TTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATTTTATTCA-AAAAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * *
236435 ATATTTTGATAATTAGTAAGTAAAATATTTTTAAAATAAATATGTTTACCAA
129 ATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATCTATTTACCAA
* * * * *
236487 A-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTT
1 ACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTT
* * * * * * *** * * *
236551 TCGTCA-AAAATAATTGTAT-TAGTTCTTATAGCCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTGAAT
65 TTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAATTTTATTCAAAA-AAAATAATACTAATTTATT
** * *
236614 AATATTCTAAAAATTTTTGAA-TAAGAGATTTAAAATATGAATCTGTTTACCAA
128 AATATT-TAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAA-ATAAATCTATTTACCAA
* * * * * * * *
236667 A-CAATTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATCATTTATGTCAAGTCATTATGACATTTTGTT
1 ACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTT
* * * ** * *
236731 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCCAAAGAAAATAATA-TAAATTCATT
65 TTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATTTTATT-CAAAAAAAATAATACT-AATTTATT
* * * * * ****
236795 AATATTT-CAAATTAATAAG-AAAAAATTTAAAAATCAAATTTGTTTTTTGA
128 AATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAT-AAATCTATTTACCAA
* * * * *
236845 A-CATGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTCATAACCTTTTGTT
1 ACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTT
* * * * * * ***
236909 TTTTCATTAACCAATTTTTTTTGTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
65 TTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATTTTATTCAAAA-AAAATAATACTAATTTATTA
* * *
236974 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATC-ATTTACC-G
129 ATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATCTATTTACCAA
* * * * * * * * *
237024 AGCAAGTT-TAA-A--TATGGCTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTT
1 ACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTT
*
237085 TTGTGATAAAA
65 TTGTCATAAAA
237096 TACTAATTTA
Statistics
Matches: 1139, Mismatches: 312, Indels: 182
0.70 0.19 0.11
Matches are distributed among these distances:
176 49 0.04
177 7 0.01
178 207 0.18
179 34 0.03
180 162 0.14
181 312 0.27
182 115 0.10
183 24 0.02
184 22 0.02
185 2 0.00
186 3 0.00
187 6 0.01
188 17 0.01
189 5 0.00
190 5 0.00
191 10 0.01
192 16 0.01
193 15 0.01
194 27 0.02
195 13 0.01
196 17 0.01
197 10 0.01
198 5 0.00
199 6 0.01
200 18 0.02
201 6 0.01
203 2 0.00
204 6 0.01
205 8 0.01
206 2 0.00
207 2 0.00
208 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
ACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTT
TGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAATTTTATTCAAAAAAAATAATACTAATTTATTAAT
ATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCAA
Found at i:236315 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 236127--236340 Score: 315
Period size: 106 Copynumber: 2.0 Consensus size: 106
236117 TTATTGGAAA
* * * * *
236127 TAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
1 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAACATTTAAAAAAGAAATCCA
* *
236192 TTTATCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
66 TTCACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
*
236233 TAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAGAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAAGAAATCC
1 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCA-AAAAATAATAAGTAAAACATTTAAAAAAGAAATCC
*
236297 ATTCACCAAAT-AAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAAT
65 ATTCACCAAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
236339 TA
1 TA
236341 TTTACTTCAA
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 9, Indels: 4
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
105 6 0.06
106 91 0.94
ACGTcount: A:0.51, C:0.08, G:0.06, T:0.35
Consensus pattern (106 bp):
TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAACATTTAAAAAAGAAATCCA
TTCACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
Found at i:237233 original size:139 final size:135
Alignment explanation
Indices: 236959--237234 Score: 317
Period size: 139 Copynumber: 2.0 Consensus size: 135
236949 AAAATAAAAT
236959 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCATTTACCG
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCATTTACCG
* * * * * *
237024 AGCAAGTTTAAATATGGCTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGT
66 AACAAGTTTAAATATGGCTGTTTGAACAATCATCTATTTCAAATAGTTATGACCTATAGTTTTGT
*
237089 GATAA
131 CATAA
* ** *
237094 AATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGA-TTTAAAAAGTAAAT-ATTTTT
1 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAA-TAAATCA--TTT
* * **
237156 ATCGAACAAGTTTAAATA-GTCTGTTCATTTGAACAATCATCTATTTCAAATCTTTATGACCTAT
62 ACCGAACAAGTTTAAATATGGCTG----TTTGAACAATCATCTATTTCAAATAGTTATGACCTAT
237220 AGTTTTGTCATAA
123 AGTTTTGTCATAA
237233 AA
1 AA
237235 CAATTGTTTA
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 15, Indels: 12
0.81 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
134 12 0.10
135 43 0.36
136 19 0.16
139 44 0.37
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (135 bp):
AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCATTTACCG
AACAAGTTTAAATATGGCTGTTTGAACAATCATCTATTTCAAATAGTTATGACCTATAGTTTTGT
CATAA
Found at i:238467 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 237094--242436 Score: 3552
Period size: 181 Copynumber: 29.8 Consensus size: 181
237084 TTTGTGATAA
* * * * *
237094 AATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAGTAAATATTTTTA-
1 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * *
237157 TCGAA-CAAGTTTAAATAG-TCTG-TTCATTTGAACAATCATCTATTTCAAATCTTTATGACCTA
65 T-GAACCAA-TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * **
237219 TAGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTATGTTCATGCAAAATTATTCAGAATAAAAT
127 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * ** * * *
237274 AATACTGATATATTGATATTTTGAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACC
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
** * * *
237335 GAAATAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCTTTATGATC-TTTA
66 GAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * ** *
237398 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-TTTCATACAAGCTCATTTGGATTAAAAT
130 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * * * * *
237450 AATACCAATTTAATAAAATTCCAAATATTAGTAAGTACGAGATTTAAAAAATAAATGTACTTGT-
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TT-TA
* * * * * * * * * *
237514 C-AAACCATTTCAAGTACTTAAGCCTATTGGAACAATTATCTA-TTCAAATCGTTCTAACCTTTT
64 CTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * *
237577 GTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTAATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
129 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * * * * *
237630 AATATTAA-TTATTAACA-TTCAAAAAATTAATTAGCAAAAGATCTAAAAGAATAAATATGTTTA
1 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AATAAATCTATTTA
** * * * * * * *
237693 CCCAA-TAAGTTGAAATCGATT-TGATTATTTGAATAATCATCTATTT-AAAGCCATTATGACCT
64 CTGAACCAA-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCT
* * * * * *
237755 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATTA-AAACTTATTCAAAATAATAT
126 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCA-TACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
*** * * *
237811 AATACTACCCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGA-TTAAAAAATGAAAGCTGTTT-T
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTAC
* * * * * * * *
237870 TCAAACCAGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTT
65 T-GAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * *
237934 GTTTTCTCATAAAAGAGTTGTTTCTA-ATCATACAAGCTTATTCA-AATAAAAAT
129 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAAT
* * * **
237987 AATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAAATTAATAAGT----GATTT-AAAAATAAATGTGTTTGT
1 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * ** * *
238046 TGAACTAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAATAATTATCTATTTTGAATCATTCTAACCTTTTG
65 TGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * *
238111 TTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGC---TT-AGAATAAAAT
130 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * * * * * *
238159 AATATTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATCAGCATGAGATTTGAAAAATAAATGTGTCTAC
1 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * *
238223 -CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTT
65 TGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * *
238287 ATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAAT
129 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * *
238340 AATACTACTTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTAAT
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * * * ** *
238405 GAATCAATTCAAATAATTAGGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGT
66 GAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * **** *
238470 GTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATT-TGAA-ACATAAT
131 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA-A-AAT
* * *
238521 AATCCTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATT
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* *** * *
238582 GAACC-ATTACAAATAGTTATGA-TCATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATTGCTATAACTTTTT
66 GAACCAATT-CAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * ** *
238644 ATTGTATCACAAAACAATTGTTTCTA-TTTATATAAGCTTATTTGGAGTAAAAT
129 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * * *
238697 AATAGTAATTTAGTAA-AATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAACCCATTTAC
1 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
** * * * * * * * **
238761 CAAACCAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTCT
65 TGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-T
* * * * * * *
238825 ATTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTCTTC-GAAATATAAT
129 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAAT
* * * * * *
238878 AAAACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGGTTTAGAAAATAATTCTATTTACA
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-
* * * * ** * * *
238943 T-TACCAGTTCAAATAATAAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTG
65 TGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * * *
239007 ATTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTAATATAAGTTTGTTC-GAAATAAAAT
130 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAAT
* * * **
239059 AATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAA-T-AGAGATTTAAAAAGTAAATTTGCTTAC
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
** * * * * * * * * * *
239122 CAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATCTAAATAATTAGCTGTTTCAAATCATTATAAGCTTTTA
65 TGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * ** * *
239187 TTTTGTCATCAAACAATTGTATCT-GTTCATATTA-TTTCATTCAAAATAAAAT
130 TTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTAGTTCATACAAGCTT-ATTCAGAATAAAAT
* * * ** * * * * * * *
239239 AATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAA-AAAATTAAAAAATAAGTTTAATTGCC
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * ** * * * * *
239303 GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAAG-GCAATAATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTCT
66 GAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* ** *
239367 TTTGTCATAAAACAATTATTTT-GTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAAT
131 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
** * * *
239417 AATACTAATTTAACAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTTAAAAAATAAATTTATTTACC
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * * * * * * * * * *
239479 AAATCAGTTTAAATGGTTAAGACAATTAGAA-AATT-TGTTTTGATCAAATCGTTTTGACTTTTT
66 GAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT--TCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * *
239542 GTTTAGTTATAAAACAATTGTTTCAATTCATGCAAGCTTATTTAGAAT-AAAT
129 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * *
239594 GAATACTAACTTATTAACA-TTCAAAAAATGAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTT
1 -AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTT
* * * * * * * *
239658 ATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACATT
63 ACTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * * *
239722 TTGATTTGTCTTAAAACAATTGTTTCATTTAATACAAGCTTAGAT-AGAATAAAAT
127 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAAT
** * * * * * * *
239777 AATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTATTAAGTAACAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACC
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * * * * * **
239842 G-TCTTAGTTAAAATAATTAAGGCAATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
66 GAAC-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * **
239906 TTTTGTCATAAAA-TATTTTTTTTGATCATATAAGCTTATT-TGTTTAAAAAT
130 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAAT
* * * * *
239957 AATACTAATTTAATAATA-CTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGC
1 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
** * * * ** * * * *
240021 CAAACCAGTTCAAATACTAAAAACTATTAGAATAATTTTCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTG
65 TGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * **
240086 TTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCTTACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
130 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * *
240138 AATTCAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTA
1 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA
* * * * ** **
240202 -TAGAA-CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCACCATGAATTT
64 CT-GAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * ** * * *
240265 TTTTTTTGCCATAAAAAAATTGTTTTAGTTCCCAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
127 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * * * * *
240320 AATTCTAACTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCATGAG-TTT-AAAAATAAATTTGTTTACC
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* ** * * ** * **
240383 GAACAAATTCAAATAGTTACT-ACTATTAAAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATTATGTTTTG
66 GAACCAATTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * ** *
240447 TTTTGTTATAAAATAATTGTTACAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
130 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * * *
240499 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACC
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * * *
240564 AAATCAATTCAAATACTTATGACCATTTTG-ACAATTTTCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTG
66 GAACCAATTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * *
240628 TTTGGTCATATAATAATTGTTTTTGATGATACAAGCTTATTCAGAATAAAAC
130 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * * *
240680 AACACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAAT-AGTGAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATT
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * * * *
240744 GAATCAATTGAAATAGTTATGGCTATTTCAACAA-T-TGTATATCAAATCATTATAACCTTTTGT
66 GAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * *
240807 TATATCATAAAA-AAGTTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA-ATATAAAAT
131 TTTGTCATAAAACAA-TTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAGA-ATAAAAT
* * * * *
240858 AATACTAATATAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTCA-T
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * * * ** *
240922 CAAACCAGTTCAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATGACATTTTG
66 -GAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * *
240987 TTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCAATTCACACTAGCTTATT-AGGAATAAAAT
130 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCA-GAATAAAAT
* * * *
241039 AA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATAAATAATTAAGAGATTTAAAAGAATAATTCTATTTA
1 AATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AATAAATCTATTTA
* * *
241103 CCT-AACCAGA-TCAAATCA-TTATGACTATTTGAACAAGTATCTATTTCAAATCATTA-AAACT
64 -CTGAACCA-ATTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* ** * * * *
241164 TTTCATTTTGTCAT-AAACAAAAGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTAGAA-AAAA-
126 TTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * *
241218 AATACTAATCTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAAATAAATCTGTTTA-
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * * * *
241278 TCAAAACAATTTAAATGGTTATCACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTT
65 T-GAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * * *
241343 TTTTTGTTATATAATAATAGTTTTTGTTCATACAAG-TACATTCGGATTAAAAT
129 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCT-TATTCAGAATAAAAT
* ** * * * * *
241396 AATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTCAACAATAAATATATTTAC-
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * ** * * * * *
241460 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTTAAATCATTCTGACTTTTTA
66 GAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * *
241525 TTTTGTAATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTGTT-TGATGTAAAAT
130 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGA-ATAAAAT
* * * * * * *
241577 AATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AGGCTAAGAGAATTAAAAAA-GAATATGTTTAT
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * ** *
241640 TGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACT-TTCTAAATAATTAT-TGATTTCAAAAGATAATGACCTT
65 TGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * ** *
241702 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TTGATGCAAGCTTATTTTGAATAAAAG
127 TTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * *
241757 AATA-TAAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAGATTT-AAAAATATATCTATTTAC
1 AATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * *
241820 CGAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATGTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATGTTG
65 TGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
** * * ** *
241885 TTTTGTTGTAAAACAATTATTTT-GTTTATACAAAATTATTCAAAATAAAAT
130 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * *
241936 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAACATAAATTTGTTTA-T
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
* * * * *
241996 CAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGA--TATTT
66 -GAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTT
* * * * * * *
242059 GTTTTATCATAAAATAATTGTATCT-GTTCATGCAAGGTTATTCGGAGTAAAAT
129 GTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* ** * * * * *
242112 -GTAGCTAAACTATCAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTCAAAAATAAATCTATTTGC
1 AATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * *
242175 TGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAGTTATCTATTTCAAATCATTCTGACATTTTG
65 TGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* *** * ** * *
242240 TTTAGTCATAAAATGGTTGTTTCAGTTCATACTTGCTTATCCAAAATAAAAT
130 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* ** * * *
242292 AATACT-ATTCTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAACAAGAAATTAAAAAAATAAATCTATTTG
1 AATACTAATT-TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * *
242355 CTGAACAAATTCAAATAGTCAAGTCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTGTGGCCTTTT
64 CTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * *
242420 ATTTTATAATAAAACAA
129 GTTTTGTCATAAAACAA
242437 AAAAATAATA
Statistics
Matches: 4019, Mismatches: 949, Indels: 389
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 37 0.01
173 6 0.00
174 2 0.00
175 174 0.04
176 466 0.12
177 289 0.07
178 241 0.06
179 455 0.11
180 856 0.21
181 1106 0.28
182 362 0.09
183 20 0.00
184 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
GAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
Found at i:238892 original size:538 final size:535
Alignment explanation
Indices: 237094--247219 Score: 5136
Period size: 541 Copynumber: 18.9 Consensus size: 535
237084 TTTGTGATAA
** * * *
237094 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAGTAAATATT-TTTAT
1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTATTTAC
* * * * * * * * *
237158 CGAACAAGTTTAAATAGTCT--G-TTCATTTGAACAATCATCTATTTCAAATCTTTATGACCTAT
65 CAAACAAGTTCAAATAGT-TAAGACT-ATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTT
* * * ** *
237220 AGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATGCAAAATTATTC-AGAATAAAATAATACTGAT
128 A-TTTTGTCATAAAATAATTATTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAAT
* * ** * * *
237283 ATATTGATATTTTGAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACCGAAA-TAAT
190 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAACCAAT
* * * * *
237343 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCTTTATGATCTTTAT-TTT-GTC
254 TCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATTACCTTT-TGTTTAGTC
* ** * ** * * *
237405 ATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTCATTTGGATTAAAATAATACCAATTTAATAAAAT
317 ATAAAACAATTATTT-TTCAACATACAAGCTTATTT-GAAAAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * ** * ** * * *
237469 TCCAAATATTAGTAAGTACGAGATTTAAAAAATAAATGTACTTGTCAAACCATTTCAAGTACTTA
380 TTCAAA-A--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-CAATTCAAATAGTTA
* * * * * * * * * *
237534 AGCCTATTGGAACAATTATCTA-TTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTAT
440 TGACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
* * *
237598 TTCAATTAATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT
504 TTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * * * * *
237630 AATATTAA-TTATTAACATTCAAAAAATTAATTAGC-AAAAGATCTAAAAGAATAAATATGTTTA
1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA-TAACTAAGAGATTTAAAA-AATAAATTTATTTA
* * * * * * * * *
237693 CCCAATAAGTTGAAATCGATT-TGATTATTTGAATAATCATCTATTT-AAAGCCATTATGACCTT
64 CCAAACAAGTTCAAATAG-TTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGA-CTT
* * * * * * * * **
237756 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATTA-AAACTTATTCAAAATAATATAATACTACC
126 TTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCA-TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * * ** *
237820 CTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGA-TTAAAAAATGAAAGCTGTTTTTCAAACCAGT
190 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACCAAACCAAT
* * * * * * * **
237880 TCAAATAGTTATA-AATATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCA
254 TCAAATAATTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTAGTCA
* * * * ** *
237943 TAAAAGAGTTGTTTCT-AATCATACAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATA-T
318 TAAAACAATTATTTTTCAA-CATACAAGCTTATTTGAA-AAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
238006 TCAAAAAATTAATAAGTGATTT-AAAAATAAATGTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGAA
381 TC-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAC-AATTCAAATAGTTATGAC
* ** * * * * * *
238070 TATTAGAATAATTATCTATTTTGAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTC-
444 TATTTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
*
238134 AGTTCATATAAGC---TT-AGAATAAAAT
508 A-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * * * * * *
238159 AATATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATCAGC-ATGAGATTTGAAAAATAAATGTGTCTAC
1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAC
* * * *
238223 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTA
65 CAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTA
* * * * * * * *
238288 TTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTAT
129 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *** *
238353 TAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTAATGAATCAATTCAAA
194 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAA
* * * * **
238418 TAATTAGGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTGTT-GTCATAAAA
259 TAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGT-TTAGTCATAAAA
* * *
238482 CAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAACATAATAATCCTAATTTATTAATATTTCAAGA
323 CAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* *
238547 ATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACCATTACAAATAGTTATGA-TCATTTG
387 ATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAATT-CAAATAGTTATGACT-ATTTG
*** * * * *
238611 AATATTATCTATTTCAAATTGCTATAACTTTTTATTGTATCACAAAACAATTGTTTCTATTTATA
450 AATATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* ** *
238676 TAAGCTTATTTGGAGTAAAAT
515 CAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * ***
238697 AATAGTAATTTAGTAAAATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAACCCATTTACC
1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACC
* * * * **
238762 AAACCAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTCTAT
66 AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTT-TAT
* * * *
238827 TTTGTCATAAAATAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTCTTCGAAATATAATAAAACTAATTTATT
130 TTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * *
238892 AATATTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGGTTTAGAAAATAATTCTATTTA-CATTACCAGTTCAAA
195 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA-AACCAATTCAAA
* * * *
238956 TAATAAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGATTT-GTCATAAAA
259 TAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTG-TTTAGTCATAAAA
* ** * * * * *
239020 AAATTATTTTTGTTA-ATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAA
323 CAATTATTTTT-CAACATACAAGCTTATTTGAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * *** * *
239084 AATTAATCAATAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGCTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTAT
386 AATTAAT--A-AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * *
239149 CTAAATAATTAGCTGTTTCAAATCATTATAAGC-TTTTATTTTGTCATCAAACAATTGTATCTGT
447 TTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
** * *
239213 TCATATTA-TTTCATTCAAAATAAAAT
510 TCATACAAGCTT-ATTCAGAATAAAAT
* * * * * * * * *
239239 AATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAA-AAAATTAAAAAATAAGTTTAATTGCC
1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACC
* * * ** * * *
239303 GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAAG-GCAATAATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTCT
66 AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTAT
* * * * * **
239367 TTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAAC
130 TTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
239431 AATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAATCAGTTTAAAT
195 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAAT
** * * * * * * *
239493 GGTTAAGACAATTAGAA-AATT-TGTTTTGATCAAATCGTT-TTGACTTTTTGTTTAGTTATAAA
260 AATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATT--TCAAATCATTATT-ACCTTTTGTTTAGTCATAAA
* * * * *
239555 ACAA-T-TGTTTCAATTCATGCAAGCTTATTT-AGAATAAATGAATACTAACTTATTAACA-TTC
322 ACAATTATTTTTCAA--CATACAAGCTTATTTGA-AAAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTC
* *
239616 AAAAAATGAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
383 -AAAAAT---TAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAA-TTCAAATAGTTAT
* * * * * * * *
239681 TATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACATTTTGA-TTTGTCTTAAAACAATTGT
441 GACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
* *
239745 TTC-ATTTAATACAAGCTTAGAT-AGAATAAAAT
504 TTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAAT
* * * * * *
239777 AATACTAATTTATTAATATTTCCT--AAATTATTAAGTAACAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTA
1 AATACTAATTTATTAATA-TT-CTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA
** * * * * * * *
239840 CC-GTCTTAGTTAAAATAATTAAGGCAATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
64 CCAAAC-AAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTT
* * ** * * * **
239904 TGTTTTGTCATAAAAT-ATTTTTTTTGATCATATAAGCTTATTTG-TTTAAAAATAATACTAATT
127 TATTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATT
* * * * * *
239967 TAATAATA-CTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAGTT
191 TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATT
* * * * * * * *
240031 CAAATACTAAAAACTATTAGAATAATTTTCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTAGTCATA
255 CAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTAGTCATA
* * * * * * *
240096 AAA-TATT-TGTTTCATATCTTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCAAATTTATTAACA-TT
320 AAACAATTATTTTTCA-A-CATACAAGCTTATTT-GAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
240158 CAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATAGAACAAGTTTAAATAGTTA
382 C-AAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAA-TTCAAATAGTTA
* * ** * * *
240223 TGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCACCATGAA-TTTTTTTTTTGCCATAAAAAAATTG
440 TGACTATTTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
** * * *
240287 TTT-TAGTTCCCAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
503 TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * *
240320 AATTCTAACTTCTTAATATT-TCAAAAATTAATAAGC-ATGAG-TTT-AAAAATAAATTTGTTTA
1 AATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA
* * ** * * * * ** * *
240381 CCGAACAAATTCAAATAGTTACTACTAT-TAAAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATTATGTTT
64 CCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATAT-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTT
* * * * *
240445 TGTTTTGTTATAAAATAATTGTTACAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
127 TATTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
240510 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACCAAATCAATTCA
192 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCA
* * * * * *
240575 AATACTTATGACCATTTTG-ACAATTTTCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATAT
257 AATAATTAAGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTAGTCATAA
* * * ** * * * * *
240639 AATAATTGTTTTTGATGATACAAGCTTATTCAGAATAAAACAACACTAATTTATTAATCTTTCAA
321 AACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATT-TGAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * *
240704 AAATTAATAGTGAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATCAATTGAAATAGTTATGGCTA
385 AAATTAATA---AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * * * *
240769 TTTCAACAAT-TGTATATCAAATCATTATAACCTTTTGTTATATCATAAAA-AAGTTATTTCTAT
446 TTTGAATATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTAT
240832 TCATACAAGCTTATTCA-ATATAAAAT
510 TCATACAAGCTTATTCAGA-ATAAAAT
* * * *
240858 AATACTAATATAATAATATT-TCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTCAT
1 AATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAC
* * * * ** *
240922 CAAACCAGTTCAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATGACATTTTG
65 CAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTA
* * * * * * *
240987 TTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCACACTAGCTTATTAGGAATAAAATAA-AATGAATTTA
129 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTA
* * * *
241051 TTAATATTTCAAAAATAAATAATTAAGAGATTTAAAAGAATAATTCTATTTACCTAACCAGA-TC
193 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AATAAATCTATTTACCAAACCA-ATTC
* * * * * * *
241115 AAATCATTATGACTATTTGAACAAGTATCTATTTCAAATCATTA-AAACTTTTCATTTTGTCAT-
256 AAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTT-GTTTAGTCATA
* *** * * * *
241178 AAACAA-AAGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTT-AGAAAAAA-AATACTAATCTACTAATATTTC
320 AAACAATTA-TTTTTCAACATACAAGCTTATTTGA-AAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* ** * * *
241240 AAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAACAATTTAAATGGTTATCACTA
383 AAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTAT-TGAACAATTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * * * *
241305 TTTGAGCA-ATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTTTTTTGTTATATAATAATAGTTTTTG
446 TTTGA--ATATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * *
241369 TTCATACAAG-TACATTCGGATTAAAAT
509 TTCATACAAGCT-TATTCAGAATAAAAT
* * * * * * * * *
241396 AATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTCAACAATAAATATATTTACC
1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACC
* * * * * *
241461 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTTAAATCATTCTGACTTTTTAT
66 AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTAT
* * * * * ** *
241526 TTTGTAATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTGTTTGATGTAAAATAATATTAATTTATT
130 TTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *** *
241591 AATATTTCAAAAATTAA-AGGCTAAGAGAATTAAAAAA-GAATATGTTTATTGAA-TAAGTTCAA
195 AATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAA
* * * * ** * * *
241653 ATAGTTATGACT-TTCTAAATAATTAT-TGATTTCAAAAGATAATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
258 ATAATTAAGACTATT-TGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTAGTCATAA
** * ** * * * *
241716 AACAATTGGTTCT-ATTGATGCAAGCTTATTTTGAATAAAAGAATA-TAAGTTTATTAATATTCC
321 AACAATTATTTTTCA-ACATACAAGCTTA-TTTGAAAAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTC
* * * ** *
241779 AAAAATTAATAAATAAAAGATTT-AAAAATATATCTATTTACCGAACGAGTTCAAATAGTTATGA
383 AAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAC-AATTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * ** *
241843 CTATGTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATGTTGTTTTGTTGTAAAACAATTATTT-
443 CTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * ** *
241907 TGTTTATACAAAATTATTCAAAATAAAAT
507 TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * *
241936 AATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAACATAAATTTGTTTAT
1 AATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAC
* * * * *
241996 CAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TATTTG
65 CAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTA
* * * * * * * * * **
242060 TTTTATCATAAAATAATTGTATCTGTTCATGCAAGGTTATTCGGAGTAAAAT-GTAGCTAAACTA
129 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-CTAATTTA
* * * * * **
242124 TCAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTCAAAAATAAATCTATTTGCTGAACCAATTCAA
193 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAA
* * * * * *
242188 ATAGTTAAGACTATTAGAACAGTTATCTATTTCAAATCATTCTGACATTTTGTTTAGTCAT--AA
258 ATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
** * ** *** *
242251 -AATGGTTGTTTCAGTTCATACTTGCTTATCCAAAATAAAATAATACT-ATTCTATTAACA-TTC
323 CAATTATT-TTTCA--ACATACAAGCTTATTTGAAA-AAAATAATACTAATT-TATTAATATTTC
* * * ** * *
242313 AAAAAATTAATAAACAAGAAATTAAAAAAATAAATCTATTTGCTGAACAAATTCAAATAGTCAAG
383 -AAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAC-AATTCAAATAGTTATG
* * * * ** *
242378 TCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTGTGGCCTTTTA--TT-T--T------A------
442 ACTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
242426 -TA---ATA-AA----A--CA-AA-AAAAT
506 CTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * * * ** * * *
242443 AATATTACTTTATTAATATTTTAGAAATTAAGAAGTTGGAGATTTTAAAAATAAATTTGTTTATC
1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACC
* * * * * * *
242508 AAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAAAAATTACCTATTTCAAATCATTATGAACTTTT-
66 AAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTA
* ** ** * * * *
242571 GTTTGTCATAAAACT--TT-TTT-TTTTTGTATAAGCCTCTTC-AGAATAAAATAATAGTAATTT
129 TTTTGTCATAAAA-TAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTT
* * * * * ** *
242631 -TTAATATGTC-AAAATTAA-AGAGTAGGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACCAGTTC
192 ATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTC
* * ** *
242693 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAAT-ATTACAACCTTTTGTTTTGTCATA
256 AAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATTACCTTTTGTTTAGTCATA
* *** * * * * *
242757 AAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTATG
320 AAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATT-TGAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TC
* * * ** * * * **
242822 AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAATTAAGGT
383 AAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-CAATTCAAATAGTTATGAC
* * * * ** * ** * *
242887 TATATGAATAATTATCCATTTTAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTTGTAAAACAAATGTTTTT
444 TATTTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * *
242952 CTTTATATAAGTTTGTTC-GAAATAAAAT
508 ATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAAT
* * * * * *
242980 AATACTAATCTACTAATATGTC-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTATAA
1 AATACTAATTTATTAATAT-TCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAC
* * * * * * ** *
243040 CAAACCAA-TTTAAATAGTTATGATTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATTGTTAAGACTTTTT
65 CAAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTT
* * * * * * * *
243104 GTTTTGTTATAAAACAA-TAGTTT-ATATTCATACAAGCATATTCGGATTAAAATAATATTAATT
128 ATTTTGTCATAAAATAATTA-TTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* ** * * * * ***
243167 TATTGATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAA-CAAGTT
191 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TT
* ** ** * ** *
243231 CAAATAATCATTACTATTTGAGTAATTATCTATTTCAAATTATT-TTGACCTTTT-TATTTTTTA
255 CAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATT-ACCTTTTGT-TTAGTCA
* * * * **
243294 GTAAAATAA-T-TGTTTCAGCTCATATAAGCTTATTTGATGTAAAATAATACTAATTTATTAATA
318 -TAAAACAATTATTTTTCA--ACATACAAGCTTATTTGA-AAAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
243357 TTTCAAAAATTGATGTGTAAAAGAATTAAAAAA-AGAATCTATTTACTAAATAAGTTTAAATAGT
379 TTTCAAAAATT-A---ATAAGAGATTTAAAAAATA-AATCTGTTTATTGAACAA-TTCAAATAGT
* * * * * * *
243421 TATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATAATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
438 TATGACTATTTGAA-TATTATCTATTTC-AAATCATTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
* * * * *
243485 TGGTTCTGTTGATGCAAGCTTATTTTA-AATAAAAT
501 TGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAAT
* * * *
243520 AATA-TAAATTTATTAATAATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-
1 AATACT-AATTTATTAAT-ATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA
* * * * * *
243582 -------A--TCGAATA--T--GACTATTTGAACAATTATTTTATTTCAAATTATTATGATATTT
64 CCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGA-CTTT
** * * * ** *
243634 TATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTA-TTAATACAAAATTA-TCTAAAATAAAATAATACTAAT
127 TATTTTGTCATAAAATAATT-ATTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * *
243697 TTATTCATATTTC-AAAA--ACTAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTACCAGACTAATT
190 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATT
* * * * ** * * *
243758 CAAATAGTTATA-TCTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCAT
255 CAAATAATTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTAGTCAT
* * * * * * * * ** *
243821 AAGACAATT-GTTTCCATTCATACAAGCTTA-TTCAAAGTAAAATATTGCAAAACTAATAATA-T
319 AAAACAATTATTTTTCA-ACATACAAGCTTATTTGAAA--AAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** * *
243883 TCTAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAA
381 TC-AAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-CAATTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
243948 GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTT
441 GACTATTTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ** * * *
244013 TC-AGTTGATACGTGCTTATCCAAAAGAAAAT
505 TCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* ** * * *
244044 AATACT-ATTCTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGC-AAGAAATTTTAAAAA-AAATCTATTTA
1 AATACTAATT-TATTAATATTCTAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA
* * * * * * * * *
244106 CCGAACAAATTAAAATAGTAAAGTCTATTTGAACAATTATGTATTTAAAATCATTATGACCTTTT
64 CCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTT
** * * * * * * * * * *
244171 GCTTTATAATAAAACAATTGTTTTTAGTTCATAAAAGCTTATGCAAAATAAAATAATATTATTTT
128 ATTTTGTCATAAAATAATT-ATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
** ** ** **
244236 ATTAATATTTCAAATTTTGAA-AAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATTAAATTAATT
192 ATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACCAATT
* * * * ** * *
244299 CAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CAGTTA-CAAATTTTTTATTTGTCA
255 CAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATTACCTTTTGT-TTAGTCA
* * * * * * *
244362 TAAAACAATTGTTTTTCATCGTATAAGCCTATTGGAATAAAATAATACTAATTT-TTAATATTTC
318 TAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * *
244426 AAAAATTAATGAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATAA
383 AAAAATTAAT-A--AG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-CAATTCAAATAGTTATGA
* * ** * * * *
244491 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTA
443 CTATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * ** *
244556 TGTTAATACAAGCTTATTTGGAATAAAGT
507 TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* ** * * * * *
244585 AATACTAATCTAAAAATATTATGAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACC
* ** * ** *
244650 TAAC-AGTTCAAATAGTTAAGGGTATATGAATAATTATCTATTTTTAAATTGTTATGACCTTTTG
66 AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGA-CTTTTA
** * * ** * ** * * * *
244714 TTTTGTTGTAAAAAAAATATTTTTGTTTATTTAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTAT
129 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
244779 TAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTAAAAAAATAAGTCTTTTTACTAAACCAATTCAAT
194 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAA
* * * * * *
244840 TAGTTATA-ACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-CTATTATTCCCATTTGTTTTGTCATAAA
259 TAATTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATTACCTTTTGTTTAGTCATAAA
* * ** * * * * * *
244903 ACAATTGTTTCT-ATTGATAAAATCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTAATTAATA-TTCTA
322 ACAATTATTTTTCA-ACATACAAGCTTATTT-GAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A
* * * * *
244966 AAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTG-TTAGCTTGACCAGTGCAAATAATTATGA
384 AAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA--TTGAACAATTCAAATAGTTATGA
* * * * *
245030 C-AGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAC--CTT-TTTTGTTATAAAATAATTGTTT
443 CTA-TTTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
245091 CTATTCGTACAAGCTTATTCATAACAATAT
506 CTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * * * *
245121 AATTCTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-ACGGCAA-ATATTTAAAAACTAAATCTATTTA
1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAC--TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA
* * ** * * * * ** *
245184 TCGAACAAGTTCAAATAACTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAATTCGCTATAACATTTT
64 CCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTT
* * * * * * *
245249 GTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-ATCATACAAGGTTATTTC-AATTAAAATAAAACAAATT
128 ATTTTGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATT
* * * ** *
245312 TATCAATA-TTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-TAAG
191 TATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-
* * * * ** * *
245375 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTTGTTATGACTTTTTGTTCTA-T
253 TTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATTACCTTTTGTT-TAGT
***** ** ** * *
245439 CATAAAACAATTATTTTTTGTTTGTACAAATTTATTTGGATTAAAATAATATTATTTTATTAA-A
316 CATAAAACAATTA-TTTTTCAACATACAAGCTTATTT-GAAAAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * *** * * *
245503 TTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAGTGGTC
379 TTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAA-TTCAAATAGTT
* * * ** * * * * ** * *
245568 ATAAGTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTCTTGTTTCATCATGAAGCAATTG
439 ATGACTATTTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
* * * *
245633 TATC-AGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAAT
503 TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * *
245666 -ATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTGAATCTAGTTAC
1 AATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAC
** * * * * * *
245729 TGAACAAGTTCATATAGTTATGACTATTTGAATAATTTTATATTTCAAATCGTTATGACATTTT-
65 CAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTA
* * ** * * * *
245793 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGGTCATACAAGTTTATT-GCAAATAAAATAA-AATAAAGTT
129 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCG-AAATAAAATAATACT-AATTT
* * * * * ** *
245856 ATTAGTA-TTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAATATAAATTTATTTTCTGAA-CACGTT
192 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCA-ATT
** * * * * *
245918 CAAATGGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGATATGACATTTTATTTTGTCA
255 CAAATAATTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATTACCTTTTGTTTAGTCA
* *** * * ** * *
245981 T-AAACTAATTGTTTTTGTTCATATAAGCATATTCAAAACAAAATAATACTACTTTAATAATA-T
318 TAAAAC-AATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** * *
246044 TCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGCAAGTTTAAATAGTTA
381 TC-AAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAA-TTCAAATAGTTA
* * * *
246109 TGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
440 TGACTATTTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACT-TTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* *
246172 GTTTCTATTCATACAAGTTTATTC-GTAATTAAAT
502 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAAT
* * * ** * *
246206 AATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAAGATGTTTATC
1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACC
* * * * * * * * * * **
246271 GAACATGTT-AATATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACATTTTA
66 AAACAAGTTCAA-ATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTA
** ** * * * * * *
246335 TTTTGTCATAAAGCAATTATTTTTGTTCGTGCAA-ATTTTTC-AAA-AAAGATAATACTGATCTA
129 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA-ATAATACTAATTTA
** * * *
246397 TTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACCAAAACAATTCAC
193 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAA
* * * * * *
246458 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTAT-TTTA-TCATAAA
258 ATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTT-TGTTTAGTCATAAA
* ** * * * * **
246521 ACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCCTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATGGTATTAT-A
322 ACAATTATTT-TTCAACATACAAGCTTATTTGAA-AAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCA
* * ** * * *
246584 AAATTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGAT
384 AAA---ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-CAATTCAAATAGTTATGAC
* * ** * * * * * *
246649 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTCTTTAGTCATAAAACAATTATTT-T
444 TATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * *
246713 AGTTCATACAAGTTTATTCACAATAAATT
508 A-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * *
246742 AATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGC-AAGAGATTTAAAAACAAATAAATCTATT
1 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AACTAAGAGATTT--AAA-AAATAAATTTATT
* * * * * * *
246806 TACCAAACAAGTTCAAATAAATT-CGACTCTTTGAACAATTATTTATTT-AAAGTCGTTATGACC
62 TACCAAACAAGTTCAAAT-AGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGA-C
* * * * * ** * * *
246869 TTCTATTTTATCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAATTTATTCAAAACAAAATAATACTAC
124 TTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
** * * * **** * *
246934 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAACAGGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACTAGT
189 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAAT
* * * * * * * * * *
246999 TCAAATAGTTATGACAATTCGAACAAATATCAATCTCAAACCATTATGA--TATTTGTTTTGTCA
254 TCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCT-TTTGTTTAGTCA
* * * * * *
247062 TAAAACAATTGTTTCT-AATCACACAATCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATT
318 TAAAACAATTATTTTTCAA-CATACAAGCTTATTT-GAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** * * *
247126 CCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGGTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACT
381 TCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACT
* * *
247191 ATTAGAATAATTATATATTTCAAAACATT
445 ATTTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCATT
247220 CTGAGCTACT
Statistics
Matches: 7462, Mismatches: 1654, Indels: 943
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
506 1 0.00
507 221 0.03
508 42 0.01
509 13 0.00
510 14 0.00
511 85 0.01
512 8 0.00
513 1 0.00
515 2 0.00
516 3 0.00
518 1 0.00
519 1 0.00
523 21 0.00
524 146 0.02
525 44 0.01
526 14 0.00
527 71 0.01
528 14 0.00
529 150 0.02
530 59 0.01
531 78 0.01
532 63 0.01
533 197 0.03
534 206 0.03
535 272 0.04
536 807 0.11
537 591 0.08
538 882 0.12
539 465 0.06
540 788 0.11
541 963 0.13
542 508 0.07
543 399 0.05
544 160 0.02
545 170 0.02
546 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (535 bp):
AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACC
AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTATT
TTGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATA
ATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAA
TTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATATT
ATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
TATTCAGAATAAAAT
Found at i:239191 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 237094--242409 Score: 3346
Period size: 361 Copynumber: 14.8 Consensus size: 359
237084 TTTGTGATAA
* * * * *
237094 AATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAGTAAATATTTTTAT
1 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-
* * * * * * * * * *
237158 C-GAACAAGTTTAAATAG-TCTG-TTCATTTGAACAATCATCTATTTCAAATCTTTATGACCTAT
64 CATAACCAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTT
* * * * * * ** * *
237220 AGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATGCAAAATTATTC-AGAATAAAATAATACTGATA
128 TGATTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATT
* ** * * * *
237284 TATTGATATTTTGAAAATTAATAA-A-AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACCGAAA-TAATTCA
192 TATTAATATTTCAAAAATTAATAATAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AAACCAGTTCA
* * *
237346 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCTTTATGA-TCTTTATTTTGTCATAA
256 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACT-TTTGTTTTGTCATAA
* ** * * * *
237409 AACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTCATTTGGATTAAAAT
319 AATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * * * * *
237450 AATACCAATTTAATAAAATTCCAAATATTAGTAAGTACGAGATTTAAAAAATAAATGTACTTGT-
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TT-TA
* * * * * * * * *
237514 CA-AACCATTTCAAGTACTTAAGCCTATTGGAACAATTATCTA-TTCAAATCGTTCTAACCTTTT
64 CATAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTT
* *** * * *
237577 G-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTAATACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATATTAA-T
129 GATTT-GTCATAAAAAAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATT
* * * * * **
237639 TATTAACA-TTCAAAAAATTAATTAGCA-AAAGATCTAAAAGAATAAATATGTTTACCCAATAAG
192 TATTAATATTTC-AAAAATTAA-TA--ATAGAGATTTAAAA-AATAAATTTGTTTACCAAACCAG
* * * * * *
237702 TTGAAATCGATT-TGATTATTTGAATAATCATCTATTT-AAAGCCATTATGACCTTTTGTTTTAT
252 TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGA-CTTTTGTTTTGT
* * * * *
237765 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATTA-AAACTTATTCAAAATAATAT
314 CATAAAATAATTGTTTCAGTTCA-TACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
*** * * *
237811 AATACTACCCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGA-TTAAAAAATGAAAGCTGTTTTT
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCT-ATTTA
* * * * * * *
237871 CA-AACCAGTTCAAATAGTTATAAATATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA-TCTTT
64 CATAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTT
* * * * * * **
237934 GTTTTCTCATAAAAGAGTTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTC-AAATAAAAATAATACTAATTT
129 GATTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTT
* * * **** *
237998 AATAATA-TTCAAAAAATTAAT-A-AGTGATTT-AAAAATAAATGTGTTTGTTGAACTAGTTCAA
193 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAATAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAA
* * * ** * * * *
238059 ATAGTTAAGAATATTAGAATAATTATCTATTTTGAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATATAA
257 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAA
*
238124 TAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTA---G-AATAAAAT
321 TAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * * * * * *
238159 AATATTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATCAGCATGAGATTTGAAAAATAAATGTGTCTAC
1 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-
* * * * * *
238223 CA-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTT
64 CATAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTT
* * * * * * *
238287 -ATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTT
129 GA-TTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* *** *** * *
238351 ATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTAATGAATCAATTCA
193 ATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCA
* * * * * * ** * *
238416 AATAATTAGGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTGTTGTCATAAA
256 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
238481 ACAATTATTTTTCA--ACATACAAGCTTATTTGAAACATAAT
320 ATAA-T-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * *
238521 AATCCTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-T
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACA
* ***
238581 TGAACCA-TTACAAATAGTTATGA-TCATTTGAA-TATTATCTATTTCAAATTGCTATAACTTTT
66 T-AACCAGTT-CAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTT
* * * * * * * * * * * *
238643 T-ATTGTATCACAAAACAATTGTTTCTATTTATATAAGCTTATTTGGAGTAAAATAATAGTAATT
128 TGATT-TGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* * ****
238707 TAGTAA-AATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAACCCATTTACCAAACCAGTT
192 TATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-T-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTT
* * * * * ** *
238771 CAAACAGTTAAGATTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTCTATTTTGTCATA
254 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTT-TGTTTTGTCATA
* * * *
238836 AAATAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTCTTCGAAATATAAT
318 AAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * * *
238878 AAAACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGGTTTAGAAAATAATTCTATTTACA
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACA
* * * ** * *
238943 TTACCAGTTCAAATAATAAAAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGA
66 TAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGA
* * * *
239008 TTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
131 TTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
239073 AATATTTAAAAAATTAATCAATAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGCTTACCAAACCATTTCAAATA
196 AATATTTCAAAAATTAAT-AATAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATA
* * * * * * * * *
239138 GTTTTGACTATCTAAATAATTAGCTGTTTCAAATCATTATAAGCTTTTATTTTGTCATCAAACAA
260 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * ** * *
239203 TTGTATCTGTTCATATTA-TTTCATTCAAAATAAAAT
324 TTGTTTCAGTTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAAT
* * * ** * * * * * * *
239239 AATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAA-AAAATTAAAAAATAAGTTTAATTGCC
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACA
* * ** * * * **
239303 GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAAG-GCAATAATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTCT
66 TAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGA
* * * * **
239367 TTTGTCATAAAACAATTA-TTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAAC
131 TTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
239431 AATATTTCAAAAATTAAT-A-AGAGATTTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAATCAGTTTAAATG
196 AATATTTCAAAAATTAATAATAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATA
* * * * * * * * * *
239494 GTTAAGACAATTAGAA-AATT-TGTTTTGATCAAATCGTTTTGACTTTTTGTTTAGTTATAAAAC
260 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT--TCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * *
239557 AATTGTTTCAATTCATGCAAGCTTATT-TAGAAT-AAAT
322 AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAAT
* * * *
239594 GAATACTAACTTATTAACA-TTCAAAAAATGAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTT
1 -AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTT
* * * * * * * *
239658 A-TTGAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACATT
63 ACAT-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTT
* * * * * * *
239722 TTGATTTGTCTTAAAACAATTGTTTCAT-TTAATACAAGCTTAGATAG-AATAAAATAATACTAA
127 TTGATTTGTCATAAAAAAATTATTT-TTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAA
** * * * * ** *
239785 TTTATTAATATTTCCTAAATTATTAAGTAACAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACC-GTCTTAG
190 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC-CAG
* * * * * *
239849 TTAAAATAATTAAGGCAATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
252 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
* ** * * * **
239914 TAAAAT-ATTTTTTTTGATCATATAAGCTTATTTG-TTTAAAAAT
316 TAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAAT
* * * * *
239957 AATACTAATTTAATAATA-CTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGC
1 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-A
* * ** * * * * * *
240021 CA-AACCAGTTCAAATACTAAAAACTATTAGAATAATTTTCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTT
64 CATAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTT
* ** * * * * *
240085 G-TTTAGTCAT-AAAATATT-TGTTTCATATCTTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCAAAT
129 GATTT-GTCATAAAAAAATTAT-TTTTGT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * * *
240147 TTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTA-TAGAACAA
191 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA--TAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCA-AACCA
* * * ** * * *
240210 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCACCATGAATTTTTTTTTTGCC
251 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTGTTTTGTC
* * ** * * *
240275 ATAAAAAAATTGTTTTAGTTCCCAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
315 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * * * * *
240320 AATTCTAACTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCATGAG-TTT-AAAAATAAATTTGTTTACC
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACA
* * * ** * * ** *
240383 GAACAAATTCAAATAGTTACT-ACTATTAAAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATTA-TGTTTT
66 TAACCAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACT-TTTT
* * * * *** *
240446 GTTTTGTTATAAAATAATTGTTACAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
129 GATTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
240511 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACCAAATCAATTCAA
194 TTAATATTTCAAAAATTAATAA-T-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAA
* * * * * * *
240576 ATACTTATGACCATTTTG-ACAATTTTCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATA
257 ATAGTTATGACTA-TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAA
** * * *
240640 ATAATTGTTTTTGATGATACAAGCTTATTC-AGAATAAAAC
320 ATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAAT
* * * * * *
240680 AACACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAAT-AGTGAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-T
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACA
* * * * * * * *
240743 TGAATCAATTGAAATAGTTATGGCTATTTCAACAA-T-TGTATATCAAATCATTATAACCTTTTG
66 T-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTG
* * * * *
240806 -TTATATCATAAAAAAGTTATTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AATATAAAATAATACTAATAT
130 ATT-TGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAA-ATAAAATAATACTAATTT
* * * *
240869 AATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTCATCAAACCAGTTCA
193 ATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCA
* * * * * **
240934 AATAGCTAAGACTATATGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
256 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
240999 ATAATTTTTTCAATTCACACTAGCTTATTAGGAATAAAAT
320 ATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * *
241039 AA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATAAATAATTAAGAGATTTAAAAGAATAATTCTATTTA
1 AATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AATAAATCTATTTA
* * * *
241103 CCTAACCAGATCAAATCA-TTATGACTATTTGAACAAGTATCTATTTCAAATCATTAAAAC-TTT
64 CATAACCAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTT
* * * * *
241166 TCATTTTGTCATAAACAAAA--GTTTTTGTTCATATAAGTTTATT-TAGAA-AAAA-AATACTAA
128 TGA-TTTGTCATAAA-AAAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
241226 TCTACTAATATTTCAAAAATTAAT-A-AGTGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAACAATT
190 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTT
* * * ** * * * *
241289 TAAATGGTTATCACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTTTTTTGTTATA
254 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATA
* * ** * * *
241354 TAATAATAGTTTTTGTTCATACAAG-TACATTCGGATTAAAAT
318 AAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT-TATTCGAAATAAAAT
* ** * * * * *
241396 AATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTCAACAATAAATATATTTACC
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-C
* ** * * * *
241461 A-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTTAAATCATTCTGACTTTTT-
65 ATAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTG
* * ** * * * ** *
241524 ATTTTGTAATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTGTTTGATGTAAAATAATATTAATTTA
130 A-TTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *** **
241589 TTAATATTTCAAAAATTAA-AGGCTAAGAGAATTAAAAAA-GAATATGTTTATTGAATAAGTTCA
194 TTAATATTTCAAAAATTAATA--AT-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCA
* ** *
241652 AATAGTTATGACT-TTCTAAATAATTAT-TGATTTCAAAAGATAATGACCTTTTGTTTTGTCATA
256 AATAGTTATGACTATT-TGAATAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
241715 AAACAATTGGTTCTA-TTGATGCAAGCTTATTTTG-AATAAAAG
318 AAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAAT
* * * *
241757 AATA-TAAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAGATTT-AAAAATATATCTATTTAC
1 AATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
** * * * * * *
241820 CGAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATGTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATGTTG
65 ATAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTG
* ** * * ** *
241885 TTTTGTTGTAAAACAATTA-TTTTGTTTATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
130 ATTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
241949 TAATATTTCAAAAATTAAT-A-AGAGATTTAAAACATAAATTTGTTTATCAAACTAGTTCAAATA
195 TAATATTTCAAAAATTAATAATAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATA
* *
242012 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TATTTGTTTTATCATAAAATAA
260 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * * *
242076 TTGTATCTGTTCATGCAAGGTTATTCGGAGTAAAAT
324 TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* ** * * * * *
242112 -GTAGCTAAACTATCAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTCAAAAATAAATCTATTTGC
1 AATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * *
242175 -TGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAGTTATCTATTTCAAATCATTCTGACATTTT
65 AT-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTT
*** * ** ** * *
242239 G-TTTAGTCATAAAATGGTTGTTTCAGTTCATACTTGCTTATCCAAAATAAAATAATACT-ATTC
129 GATTT-GTCATAAAAAAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT-
* * * * * * * ** * *
242302 TATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAACAAGAAATTAAAAAAATAAATCTATTTGCTGAACAAATT
192 TATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AA-TAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTT
* * * * *
242366 CAAATAGTCAAGTCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATT
254 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
242410 GTGGCCTTTT
Statistics
Matches: 3838, Mismatches: 926, Indels: 388
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
347 3 0.00
348 25 0.01
349 1 0.00
351 8 0.00
352 147 0.04
353 77 0.02
354 51 0.01
355 189 0.05
356 440 0.11
357 508 0.13
358 280 0.07
359 420 0.11
360 490 0.13
361 696 0.18
362 308 0.08
363 176 0.05
364 15 0.00
365 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (359 bp):
AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACA
TAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGA
TTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTCAAAAATTAATAATAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAG
TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
Found at i:239272 original size:899 final size:894
Alignment explanation
Indices: 238075--241282 Score: 1972
Period size: 899 Copynumber: 3.6 Consensus size: 894
238065 AAGAATATTA
** * * * * ** * *
238075 GAATAATTATCTATTTTGAATCATTCTAACCTTTTG-TTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTTC
1 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGATTT-GTCATA-AAAAATTATTTTTGATA
* * *
238139 ATATAAGCTTA---GAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATCAGCAT-GAG
64 ATATAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCA--ATAGAG
* * * *
238200 ATTTGAAAAATAAATGTGTCTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAA
127 ATTT-AAAAATAAATGTGT-TACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTAGCAA
* *
238265 TTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCC
190 TTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTCTAGTTCATAAAAACTTATCC
* * ** * *
238330 AAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-
255 AAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCCAAAATTAATAACCAA-AAAATTAAAAAATAAG
* * * * ** **
238394 ATCAATTTAATGAATCAATTCAAATAATTAGGGCCATTTGAACAACT-ATCTATTTCAAATTGTT
319 ATCAA-TTAACGAACCAATTCAAATAATTAAGACCATAAG-ACAA-TAATCTATTTCAAATCATT
* * * *
238458 ATTACCTTTTGTGTTGTCATAAAACAATTATTTT-TCAACATACAAGCTTATTTGAAACATAATA
381 ATAACATTTTCTGTTGTCATAAAACAATTATTTTGT--ACATACAAGCTTATTTGAAACAAAATA
* ** * ***
238522 ATCCTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAC
444 ATACTAATTTAACAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
* * * *
238586 CA-TTACAAATAGTTATGATC-ATTTGAATATTATCTATT-TCAAATTGCTATAACTTTTTATTG
509 CAGTT-CAAATAGTTAAGA-CAATTAGAAAATT-TCTATTATCAAATCGCTATAACTTTTTATT-
* * * * * * *
238648 TA-TCACAAAACAATTGTTTCTATTTATATAAGCTTATTTGGAGTAAAAT-AATAGTAATTTAGT
570 TAGTCACAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAATGAATACTAACTTAGT
* * * *
238711 AAAATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAAATAAACCCATTTACCAAACCAGTTCAAA
634 AAAATTCAAAAAATGAATAACAAAGAGATTTAAAAAAATAAACCCATTTACCAAACAAGTTCAAA
* * * * *
238775 CAGTTAAGATTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTCT-ATTTTGTCATAAA
699 CAGTTAAGATTATATGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACATTT-TGA-TTTGTCATAAA
* * * * * *
238838 ATAATTATTTCAGCTCATACAAGCTT-CTTCGAAATATAATAAAACTAATTTATTAATATTTTAA
762 ACAATTATTTCAGCTAATACAAGCTTACATAG-AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * *
238902 AAATT-TATAAGTAA-GAGGTTTAGAAAAT-AATTCTATTTACATTAC-CAGTTCAAATAATAAA
826 AAATTAT-TAAGTAACAAAGTTTA-AAAATAAATT-TATTTACAGT-CTCAGTTAAAATAATAAA
*
238963 AACTATTT
887 AACAATTT
* * *
238971 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGATTTGTCATAAAAAAATTATTTTTGTTAA
1 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGATTTGTCAT-AAAAAATTATTTTTGATAA
* *
239036 TATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAATAGAGAT
65 TATAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAATAGAGAT
* * * **
239101 TTAAAAAGTAAATTTGCTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATCTAAATAATTAGCTGTT
129 TTAAAAA-TAAATGTG-TTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTAGCAATT
* * * * ** * *
239166 TCAAATCATTATAAGCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGTATCT-GTTCAT-ATTATTTCATTC
192 TAAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGT-TCTAGTTCATAAAAACTT-ATCC
239229 AAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCCAAAACTTAATAACCAAAAAATTAAAAAATAAG
255 AAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCCAAAA-TTAATAACCAAAAAATTAAAAAATAAG
* * ** * * * *
239293 TTTAATTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAAGGCAATAATCTATTTCAAATCATTATA
319 ATCAATTAACGAACCAATTCAAATAATTAAGACCATAAGACAATAATCTATTTCAAATCATTATA
* * * **
239358 ACATTTTCTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACT
384 ACATTTTCTGTTGTCATAAAACAATTATTTTGTACATACAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACT
* *
239423 AATTTAACAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAATCAGTT
449 AATTTAACAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTT
* * * * * * * * * *
239488 TAAATGGTTAAGACAATTAGAAAATTTGTTTTGATCAAATCGTTTTGACTTTTTGTTTAGTTATA
514 CAAATAGTTAAGACAATTAGAAAATTTCTATT-ATCAAATCGCTATAACTTTTTATTTAGTCACA
* * *
239553 AAACAATTGTTTCAATTCATGCAAGCTTATTTAGAATAAATGAATACTAACTTATTAACATTCAA
578 AAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATGAATACTAACTTAGTAAAATTCAA
* * * *** * **
239618 AAAATGAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATTA
643 AAAATGAATAACAAAGAGATTTAAAAAAATAAACCCATTTACCAAACAAGTTCAAACAGTTAAGA
* * * *
239683 TTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACATTTTGATTTGTCTTAAAACAATTGTTTC
708 TTATATGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACATTTTGATTTGTCATAAAACAATTATTTC
** * * **
239748 ATTTAATACAAGCTTAGATAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTATTAAGT
773 AGCTAATACAAGCTTACATAGAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGT
* * * * * **
239813 AACAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCGTCTTAGTTAAAATAATTAAGGCAATTT
838 AACAAAGTTTAAAAATAAATTTATTTACAGTCTCAGTTAAAATAATAAAAACAATTT
* * * * *
239870 GAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTTTTTTGATCAT
1 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGATTTGTCATAAAAAATTATTTTTGATAAT
* ** * *
239935 ATAAGCTTATTTGTTTAAAAATAATACTAATTTAATAATACTCT-AAAAATTAAT-AAGTAAGAG
66 ATAAGCTTATTCGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAAATTAATCAA-T-AGAG
* * * ** ** *
239998 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATACTAAAAACTAT-TAGAATAATTTTCT
127 ATTT-AAAAATAAATGTG-TTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATCTA-AATAATTAGCA
* * * * * * * * * *
240062 ATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTT-TCA-TATCTTACAAGCTTA
189 ATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTCT-AGT-TCATAAAAACTTA
**** * * * * * * *
240125 TTTGGAATAAAATAATTCAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAA
252 TCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-CAAAATTAATAACCAAAA-AATT-AAAAA
* * * * * ** * * * *
240189 ATAA-ATCTATTTATA-GAA-CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAA
314 ATAAGATC-AATTA-ACGAACCAA-TTCAAATAATTAAGACCATAAG-ACAATAATCTATTTCAA
** * * * * * * * ** * *** *
240251 ATCACCATGAA-TTTTTTTTTTGCCATAAAAAAATTGTTTTAGTTCCCAAAAGCTTATCCAAAAT
375 ATCATTAT-AACATTTTCTGTTGTCATAAAACAATTATTTT-GTACATACAAGCTTATTTGAAAC
* * *** * * *
240315 AAAATAATTCTAACTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCATGAGTTT-AAAAATAAATTTGTT
438 AAAATAATACTAATTTAACAATATTTCAAAAATTAATAAG-A-GATTTTAAAAAATAAATCTATT
* * * ** * * * * * *
240379 TACCGAACAAATTCAAATAGTTACTACTATTAAAACAATTGTCTATT-TAAAATTGTTATTA-TG
501 TACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACAATTAGAA-AATT-TCTATTATCAAATCGCTATAACT-
* * * * * * * * *
240442 TTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTACAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-AATACTA
563 TTTTATTTAGTCACAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAATGAATACTA
* * * * ** * * * ****
240506 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAGTGAATTTGTTTACCAAATC
627 ACTTAGTAA-AATTCAAAAAATGAATAACAAAGAGATTTAAAAAAATAAACCCATTTACCAAA-C
* * * ** * * * * * *
240569 AA-TTCAAATACTTATGACCATTTTG-ACAATTTTCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTG-TTT
690 AAGTTCAAACAGTTAAGATTA-TATGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACATTTTGATTT
* * * ** * * * * *
240631 GGTCATATAATAATTGTTTTTGATGATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAACAACACTAATTTATTA
754 -GTCATAAAACAATTATTTCAGCTAATACAAGCTTACAT-AGAATAAAATAAAACTAATTTATTA
* * * * * * * ** ** * *
240695 ATCTTTCAAAAATTAAT-AGTGAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATCAATTGAAAT
817 ATATTTCAAAAATTATTAAGTAACAAAGTTT-AAAAATAAATTTATTTACAGTCTCAGTTAAAAT
* * *** *
240758 AGTTATGGCTATTT
881 AATAAAAACAATTT
* * * * * * *
240772 CAACAA-T-TGTATATCAAATCATTATAACCTTTTG-TTATATCATAAAAAAGTTATTTCT-ATT
1 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGATT-TGTCATAAAAAA-TTATTTTTGA-T
* * * * * *
240833 CATACAAGCTTATTCAATATAAAATAATACTAATATAATAATATTTCAAAAATTAAT-AACTAAG
63 AATATAAGCTTATTCGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAA-T-AG
* * * * * * * * *
240897 AGATTTAAAAAATAAATTTATTCATCAAACCAGTTCAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTATC
125 AGATTT-AAAAATAAATGTGTT-ACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTAGC
* * ** * * * * * * * ** *
240962 CATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCAATTCACACTAGCTTA
188 AATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTCT-AGTTCATAAAAACTTA
* * * * * * ** * *
241026 T-TAGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATAAATAATTAAGAGATTTAAAAG
252 TCCA-AAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCCAAAATTAATAACCAA-AAAATTAAAA-
* * * * * * * **
241089 AATAA-TTCTATTTACCTAACCAGA-TCAAATCATTATGACTATTTGAACAAGT-ATCTATTTCA
313 AATAAGATC-AATTAACGAACCA-ATTCAAATAATTAAGACCATAAG-ACAA-TAATCTATTTCA
* * * * * * *
241151 AATCATTAAAAC-TTTTCATTTTGTCATAAACAAAAGT-TTTTGTTCATATAAGTTTATTT-AGA
374 AATCATTATAACATTTTC-TGTTGTCATAAA-ACAATTATTTTGTACATACAAGCTTATTTGA-A
* * * *
241213 A-AAAA-AATACTAATCT-ACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAAATAAATCTGT
436 ACAAAATAATACTAATTTAAC-AATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTAT
*
241275 TTATCAAA
500 TTACCAAA
241283 ACAATTTAAA
Statistics
Matches: 1842, Mismatches: 385, Indels: 169
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
896 122 0.07
897 124 0.07
898 240 0.13
899 476 0.26
900 141 0.08
901 300 0.16
902 106 0.06
903 176 0.10
904 137 0.07
905 16 0.01
906 4 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (894 bp):
GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGATTTGTCATAAAAAATTATTTTTGATAAT
ATAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAATAGAGATTT
AAAAATAAATGTGTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTAGCAATTTAAA
ATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTCTAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATA
AAATAATACTAATTTAATAATATTTCCAAAATTAATAACCAAAAAATTAAAAAATAAGATCAATT
AACGAACCAATTCAAATAATTAAGACCATAAGACAATAATCTATTTCAAATCATTATAACATTTT
CTGTTGTCATAAAACAATTATTTTGTACATACAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACTAATTTAA
CAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAG
TTAAGACAATTAGAAAATTTCTATTATCAAATCGCTATAACTTTTTATTTAGTCACAAAACAATT
GTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATGAATACTAACTTAGTAAAATTCAAAAAATGAA
TAACAAAGAGATTTAAAAAAATAAACCCATTTACCAAACAAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGA
ACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACATTTTGATTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTAATA
CAAGCTTACATAGAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAACAAAGT
TTAAAAATAAATTTATTTACAGTCTCAGTTAAAATAATAAAAACAATTT
Found at i:242872 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 242438--247272 Score: 3115
Period size: 181 Copynumber: 27.0 Consensus size: 180
242428 ATAAAACAAA
* * * * ** * *
242438 AAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAGAAATTAAGAAGTTGGAGATTTTAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * * *
242503 TTATCAAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAAAAATTACCTATTTC-AAATCATTATGAAC
65 TTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACC
* ** * * *
242567 TTTTG-TTTGTCATAAAAC--TT-TTTTTTTTTGTATAAGCCTCTTCAGAAT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* * * * * *
242615 AAAATAATAGTAATTT-TTAATATGTCAAAATTAA-AGAGTAGGAGATTTAAAAAATGAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * **
242678 TTA-CTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAATATTACAACC
65 TTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACC
* *
242742 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* * * * *
242794 AAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * ** * * * *
242859 TTGTCAAACCAGTTCAAATAATTAAGGTTATATGAATAATTATCCATTT-TAAATCATTATGACC
65 TTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACC
* ** * * * * * *
242923 ATTTGTTTTGTTGTAAAACAAATGTTTTTCTTTATATAAGTTTGTTC-GAAAT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AAT
* * *
242975 AAAATAATACTAATCTACTAATATGTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * ** * * * * *
243036 ATAACAAACCAATTTAAATAGTTATGATTATTTGAGTAATTATTTATTTCAAATTGTTAAGACTT
65 TTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCT
* * * * * * *
243101 TTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTATATTCATACAAGCATATTCGGATT
130 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* * * * * *
243152 AAAATAATATTAATTTATTGATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * ** * *
243217 TTATTGAACAAGTTCAAATAATCATTACTATTTGAGTAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACCT
65 TTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCT
* * * ** * * * *
243282 TTT-TATTTTTTAGTAAAATAATTGTTTCAGCTCATATAAGCTTATT-TGATGT
130 TTTGT-TTTGTCA-TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGA-AT
* ** * * *
243334 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTGATGTGTAAAAGAATTAAAAAA-AGAATCTA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATCTG
* ** * * * * *
243398 TTTA-CTAAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAATATAATCAC
64 TTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGAC
* * * * *
243462 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTGATGCAAGCTTATTTTA-AAT
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAAT
*
243515 AAAATAATA-TAAATTTATTAATAATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
1 AAAATAATACT-AATTTATTAAT-ATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * *
243579 TTTAT-----C-G-----A-A--TATGACTATTTGAACAATTATTTTATTTCAAATTATTATGAT
64 TTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAAATATTATGAC
* * * * * ** *
243630 ATTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTATTAATACAAAATTA-TCTAAAAT
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AGAAT
* * * * *
243683 AAAATAATACTAATTTATTCATATTTCAAAA--ACTAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * * * * *
243745 TA-CCAGACTAATTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC
66 TATCGA-ACCAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACC
* ***
243808 -TTTGTTTTGTCATAAGACAATTGTTTCCATTCATACAAGCTTATTCA-AAGT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-T
* * * ** * * * *
243859 AAAATATTGCAAAACTAATAATATTCT-AAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * *
243923 TT-GCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTAACC
65 TTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACC
* * ** * ** * * *
243987 TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTGATACGTGCTTATCCAAAAG
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* * * * * *
244039 AAAATAATACT-ATTCTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAA-AAATCTA
1 AAAATAATACTAATT-TATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * *
244102 TTTACCGAACAAATTAAAATAGTAAAGTCTATTTGAACAATTATGTATTT-AAAATCATTATGAC
64 TTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAC
* * * * * *
244166 CTTTTGCTTTATAATAAAACAATTGTTTTTAGTTCATAAAAGCTTATGCAAAAT
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-GTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* * ** **
244220 AAAATAATATTATTTTATTAATATTTCAAATTTTGAA-AAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-
** ** * * * * * *
244283 GTTTATTAAATTAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAACA-GTTA-CA
63 GTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-ATATTATGA
** * ** * * * *
244346 AATTTTTTATTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCGTATAAGCCTATT-GGAAT
127 CCTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* *
244400 AAAATAATACTAATTT-TTAATATTTCAAAAATTAATGAGT-AGAAGATTTAAAAAATAAATCTT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * *
244463 TTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACT
64 TTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACC
* * * * **
244528 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTAATACAAGCTTATTTGGAAT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* * ** * * * *
244580 AAAGTAATACTAATCTAAAAATATTATGAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * ** * * * * *
244645 TTATCTAA-CAGTTCAAATAGTTAAGGGTATATGAATAATTATCTATTTTTAAATTGTTATGACC
65 TTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAAATATTATGACC
** * * * * ** * * *
244709 TTTTGTTTTGTTGTAAAAAAAATATTTTTGTTTATTTAAGTTTGTTCAAAAT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* * * *
244761 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTAAAAAAATAAGTCTTT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * **
244822 TTA-CTAAACCAATTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAACTATTATTCCC
65 TTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACC
* * * * * * **
244886 ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTGATAAAATCTTATTTGGAAT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* * * * *
244938 AAAGTAATGCTAATTAATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATGAATCTG-
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * *
245002 TTAGCTTG-ACCAGTGCAAATAATTATGAC-AGTTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCATTTTG
65 TTA--TCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATG
* * * * * * *
245064 ACC--TT-TTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATTCATAAC
126 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* * * * * * * * *
245116 AATATAATTCTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATACGGCAA-ATATTTAAAAACTAAATCTA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* ** * * * ** *
245180 TTTATCGAACAAGTTCAAATAACTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTC-AATTCGCTATAAC
64 TTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAC
* * ** * *
245244 ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTAATCATACAAGGTTATTTCA-ATT
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAAT
* * * * *
245297 AAAATAAAACAAATTTATCAATATTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA-AATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTG
** * * * *
245362 TTTA-CTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTTGTTATGA
64 TTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-ATATTATGA
* * * * ** ** ** *
245426 CTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTTGTTTGTACAAATTTATTTGGATT
127 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* * * * * * *
245481 AAAATAATATTATTTTATTAA-ATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * * * * * *
245545 TTACCAAACAAGTTCAAGTGGTCATAAGTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT
65 TTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCT
* ** * * * ** * * *
245610 CTTGTTTCATCATGAAGCAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCAAAAT
130 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* *
245661 AAAAT-ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTGAATCTAG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-G
* * * * * *
245725 -TTA-CTGAACAAGTTCATATAGTTATGACTATTTGAATAATTTTATATTTC-AAATCGTTATGA
64 TTTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGA
* * *
245787 CATTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGGTCATACAAGTTTATTGCA-AAT
127 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-CAGAAT
* * * * * * * *
245840 AAAATAA-AATAAAGTTATTAGTATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAATATAAATTTA
1 AAAATAATACT-AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * *
245903 TTT-TCTGAA-CACGTTCAAATGGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATAGATATG
64 TTTATC-GAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATA-TTATG
* * * * * *
245965 ACATTTTATTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTTTGTTCATATAAGCATATTCAAAAC
126 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* * * * *
246020 AAAATAATACTACTTTAATAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * *
246085 TTACCGAGCAAGTTTAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTC-AAATAGTTATGATC
65 TTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATA-TTATGACC
* * *
246149 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTC-GTAAT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AAT
* * * **
246201 TAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAAGATGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * *
246266 TTATCGAA-CATGTT-AATATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGAC
65 TTATCGAACCA-GTTCAA-ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGAC
* * * * * * * *
246329 ATTTTATTTTGTCATAAAGCAATTATTTTTGTTCGTGCAA-ATTTTTCA-AA-
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* * * * *
246379 AAAGATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTA
1 AAA-ATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * *
246440 TTTACCAAAACAATTCACATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTC-AAATCGTTATGAT
64 TTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAC
* * *
246504 C-TTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCCTATTC-GAATT
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-T
* ** * *
246556 AAAATAATACTAATTTAATGGTATTATAAAATTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * *
246621 TT-GCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACC
65 TTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACC
* * * * * *
246685 TTTTCTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGTTTATTCACAAT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* * * * *
246737 AAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAACAAATAAATC
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAA-AAATAAATC
* * * * * * * * * *
246802 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAAATT-CGACTCTTTGAACAATTATTTATTT-AAAGTCGTTAT
62 TGTTTATCGAACCAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTAT
* * * * *** * ** * *
246865 GACCTTCTATTTTATCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAATTTATTCAAAAC
125 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* ** * * * *
246921 AAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAACAGGAGATTTAAAAACTAAAGCTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * * * **
246986 TTTTTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACAATTCGAACAAATATCAATCTCAAACCATTATGA--T
65 TTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCT
* ** * * * *
247049 ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCACACAATCTTATT-TGGAT
130 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* * *
247100 AAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG
1 -AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * * *
247161 TTTGGT-GAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAAACATTCTGAG
64 TTT-ATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGAC
** * ** * ** *
247225 CTACTGTTTAGTCATATGATAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTATTC
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC
247273 TATTTACTAA
Statistics
Matches: 3632, Mismatches: 843, Indels: 365
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 25 0.01
165 4 0.00
166 1 0.00
167 27 0.01
168 73 0.02
169 2 0.00
170 1 0.00
174 35 0.01
175 160 0.04
176 177 0.05
177 306 0.08
178 201 0.06
179 402 0.11
180 587 0.16
181 1040 0.29
182 352 0.10
183 60 0.02
184 171 0.05
185 8 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
TATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCTT
TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
Found at i:243700 original size:168 final size:163
Alignment explanation
Indices: 243421--243746 Score: 368
Period size: 168 Copynumber: 2.0 Consensus size: 163
243411 TTTAAATAGT
* *
243421 TATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAATATAATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
1 TATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAATATAATCACATTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * * ** * * *
243486 GGTTCTGTTGATGCAAGCTTATTTTAAATAAAATAATATAAATTTATTAATAATTT-AAAAATTA
66 GGTTCTATTAATACAAAATTATCTAAAATAAAATAATATAAATTTATTAAT-ATTTCAAAAACTA
*
243550 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA
130 ATAAG----AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA
* * * * * * * *
243588 TATGACTATTTGAACAATTATTTTATTTCAAATTATTATGATATTTTATTTTGTCATAAAGCAAT
1 TATGACTATCTAAACAATTA-TCTATTTCAAAATATAATCACATTTTATTTTGTCATAAAACAAT
* * *
243653 TGTTTTTATTAATACAAAATTATCTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTCATATTTCAAAAACT
65 TGGTTCTATTAATACAAAATTATCTAAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAACT
*
243717 AATAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTA
129 AATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
243747 CCAGACTAAT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 23, Indels: 9
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 22 0.17
167 22 0.17
168 88 0.66
169 1 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (163 bp):
TATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAATATAATCACATTTTATTTTGTCATAAAACAATT
GGTTCTATTAATACAAAATTATCTAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAACTAA
TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA
Found at i:247723 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 247271--248850 Score: 1279
Period size: 181 Copynumber: 8.8 Consensus size: 178
247261 ACAAACTTAT
* * * * * * * * *
247271 TCTATTTACTAAATTAGTTCAAATAATTATGCCCATTTGAACAACTATCTATATCAAATCGTTAT
1 TCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * ** * *
247336 TACCTTTTGTTTTGTCATCAAATAATTGTTTTTCAAT-GTGCAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
66 GA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* * * *
247400 ACTAATTTGTTAATATTTCAAGAA-T--TAATAAGATATTTAAAAATTAAA
129 ACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
* *
247448 TCTATTTACAAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
1 TCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-
* * * * * *
247513 TAACTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTATTGTTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAAT
65 TGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* * *
247578 ACTAATTTAGTAATATTCTGAAAATTAATAACTAATA-ATTTAAAAAATAAA
129 ACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
247629 T-TAGTTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTA
1 TCTA-TTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* * * ** * * * * *
247693 TGATCTTTTGTTTTGTCAAAAAAAAATTATTTCAGCTCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAAA
65 TGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* *
247758 ACTAATTTATTAATATTTAAAAATT--TTATAAGAGATTTAAAAAATAAT
129 ACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
247806 TCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTAAACAATTGTTTATTTCAAATCT-TT
1 TCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTT
* * * *
247869 ATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCGTTAATATAAG-TTCACTT-GAAATAAAAA
64 ATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-A-TTCGAAAT-AAAA
* * *
247932 TAATACTAATTTATTAGTATTTAAAAAATTAATCAATAAGAGAATTAAAAAGTAAA
125 TAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * ** * * *
247988 TCTATTTA-CAATCCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTAT
1 TCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * * * ** *
248052 AACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTCATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATA
66 GA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
* * * * * *
248117 ATAATTTAGTAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAA
130 CTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * ** *
248168 TCTAATTGCCTAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAATGATTATCTATTTGAAATTGTTAT
1 TCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * ** * * ** *
248233 CACTTTTTCTTTTTGTCGTATGACAATT-ATTTTGTTCATACTAGCTTATTCTTATTAAAATAAT
66 GAC-TTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* * *
248297 ACTAATTTAATAACATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTTAAAAAATAAA
129 ACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * *
248349 TTTGTTTACTAAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTCT
1 TCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
** *
248414 GACTTTT-TCTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAATTAA
66 GACTTTTGT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAA
* * *
248477 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAA
128 TACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * * * * * * ** * * * *
248531 TTTGTGTATCGAACAAATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATCGTTAT
1 TCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * * * * *
248596 AACCTTTTGATTTGTCATAAGATAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAAAT-GGAATAAAATAAT
66 GA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAAT
* ** * * *
248660 ATTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAAAAATATAAAAAAATAAA
129 ACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAA-TAAGAGAT-TTAAAAAATAAA
* * * * * * *
248713 TCTATTTATCAAA-TCAGTTAAAATAATTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTA
1 TCTATTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* * * * * *
248777 TGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGGTCGTTCAAGCTTATTTGAAATAAGATAAT
65 TG-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
248842 ACTAATTTA
129 ACTAATTTA
248851 CTGAACTAGT
Statistics
Matches: 1127, Mismatches: 229, Indels: 89
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 7 0.01
177 184 0.16
178 77 0.07
179 21 0.02
180 122 0.11
181 408 0.36
182 296 0.26
183 12 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
GACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
Found at i:248013 original size:358 final size:358
Alignment explanation
Indices: 247271--248850 Score: 1358
Period size: 358 Copynumber: 4.4 Consensus size: 358
247261 ACAAACTTAT
* * * * * * * * *
247271 TCTATTTACTAAATTAGTTCAAATAATTATGCCCATTTGAACAACTATCTATATCAAATCGTTAT
1 TCTATTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTAT
* * * * *
247336 TACCTTTTGTTTTGTCATCAAATAATTGTTT---TTCAATGTGCAAGCTTATTCGAAATAAAATA
66 GA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTC-A--TACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * *
247398 ATACTAATTTGTTAATATTTCAAGAA-T-TAA-TAAGATATTTAAAAATTAAATCTATTTACAAA
127 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA
* *
247460 ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTAAC-TTTTGTT
192 ACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATT-ACTTTTTGTT
* * * * * *
247524 CTATCATAAAATAATTATTTATTGTTCATAC-AAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAG
256 TTGTCATAAAACAATTA-TT-TTGTTAATACTAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
247588 TAATATTCTGAAAATTAATAACTAATA-ATTTAAAAAATAAA
318 TAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAA
* * * * * * *
247629 T-TAGTTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTA
1 TCTA-TTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTA
* * * * * * *
247693 TGATCTTTTGTTTTGTCAAAAAAAAATTATTTCAGCTCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAAA
65 TGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* *
247758 ACTAATTTATTAATATTT-AAAAATT-TTA-TAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAAC
129 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
* * *
247820 TAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTGTTTATTTCAAATCT-TTATTACTTTTTGTTTT
194 TAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATTACTTTTTGTTTT
*
247884 GTCATAAAACAATTGTTTTCGTTAATA-TAAG-TTCACTTGAAATAAAAATAATACTAATTTATT
258 GTCATAAAACAATTATTTT-GTTAATACTAAGCTT-A-TTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATT
* *
247947 AGTATTTAAAAAATTAATCAA-TAAGAGAATTAAAAAGTAAA
319 AATATTT-AAAAATTAAT-AAGTAAGAGAATTAAAAAATAAA
* ** *
247988 TCTATTTA-C-AATCCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTA
1 TCTATTTACCAAAT-CAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTA
* * * * * * **
248051 TAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTCATACTATTTTATTTGAAATAAAATAAT
65 TGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * * * * * *
248116 AATAATTTAGTAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCCTAA
129 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
* ** * * *
248181 CTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATAAATGATTATCTATTTGAAATTGTTATCACTTTTTCTTT
193 CTAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTT-GTT
* ** * ** * *
248245 TTGTCGTATGACAATTATTTTGTTCATACT-AGCTTATTCTTATTAAAATAATACTAATTTAATA
256 TTGTCATAAAACAATTATTTTGTTAATACTAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* **
248309 ACATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTTAAAAAATAAA
320 ATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAA
* * * * * * *
248349 TTTGTTTACTAAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTCT
1 TCTATTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTAT
* *
248414 GACTTTT-TCTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAATTAA
66 GACTTTTGT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAA
* ** * * * *
248477 TACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTGTATC
128 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT-ATAACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACC
* * * * * * * * * * * *
248541 GAACAAATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGA
190 AAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGT
* * * * * *
248606 TTTGTCATAAGATAATTGTTTTAGTTAATAC-AAGCTTAAATGGAATAAAATAATATTAATTTAT
255 TTTGTCATAAAACAATTATTTT-GTTAATACTAAGCTT-ATTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
** *
248670 TAATATTTCCTAAATTAATAAGTAA-AAAATATAAAAAAATAAA
318 TAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAAT-T-AAAAAATAAA
* * * * * * * *
248713 TCTATTTATCAAATCAGTTAAAATAATTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAT
1 TCTATTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTAT
* ** * * * *
248778 GAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGGTCGTTCAAGCTTATTTGAAATAAGATAATA
66 G-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
248843 CTAATTTA
130 CTAATTTA
248851 CTGAACTAGT
Statistics
Matches: 977, Mismatches: 199, Indels: 86
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
356 4 0.00
357 27 0.03
358 356 0.36
359 26 0.03
360 6 0.01
361 75 0.08
362 224 0.23
363 136 0.14
364 111 0.11
365 11 0.01
366 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
TCTATTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTAT
GACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTA
GTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTATTTTGTTAATACTAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAA
Found at i:249676 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 249098--250480 Score: 1040
Period size: 181 Copynumber: 7.7 Consensus size: 181
249088 TTTCATATCT
* * * *
249098 TACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAT-CCAATTTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAA
1 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * *
249161 CATTGAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AAGTTCAAAGAGTTATGATTATTTGAACAATTATT
64 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * ** *
249225 TATTTAAAATCATTATGACCTTTCAT-TTTGAT-ACAAAACAATTGTTTCAGTTTA
128 TATTTCAAATCATTATGACCTTT--TGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
* * * * ** *
249279 TAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGCAAGAG-
1 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* *** * *
249343 TTAAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACAAATTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTA-
66 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** *
249406 TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCAGTTTA
131 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
* * * *
249457 TACAAGCTTATTCAAAATAAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGTG
1 TACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * *
249522 ATTTAAAAAATGAATTTGTTTATCGAA-TCAATTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCT
65 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACT-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
249586 ATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTAGGTCATATAACAATTGTTTTTGATCA
129 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
* * * ** *
249639 TACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTCGTAAGGAAGAGA
1 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * * * *
249704 TTTCAAAAATAAAATTGTTTGCCAAACCAGCTT-AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTGTATA
66 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* ** * * * *
249768 CTTCAAATTGTTATAACCTTTT-ATTGTGTCATAAAACAATTTTTTTCTATTCA
130 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTG-GTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCA
* * * *
249821 TACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAACACTAATCTAATAATA-TTCTAAAAATTAAT-AGCTAAG
1 TACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAG
* * ** * * * * *
249883 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCTAACTAGCTCAAATAGTTAAGAGTGTATAAACAATTATC
63 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * **
249948 TATTTCAAAT-A--AT----TTTTGTTTTATCATAAAATAATT-TTTTCAATTCA
128 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCA
*** * ** * *
249995 TGTTAGCTTTTTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAG
1 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * * *
250059 ATTTGAAAAATAATTTTGTTTACCTAACTAGTTCAAATAATTCTGACTATTTAAATAATTATCTA
65 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * *
250124 TTTCAAATCATTATGTCCCTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATATGTTTTTGTTCA
130 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAAT-TGTTTTTGTTCA
* * *
250176 TATAAGTTTATTCAGAAT-AAATAATACT-ATTCTATTGA-ATTTCAAAAATTAAT-AG---GAG
1 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * * * *
250234 ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACTAGTT-AAATAATTATGTCTACTTGAGCAATTATTTA
65 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
250298 TTTCAAATTATTACGACTTTTTGTTCT-CTTATAAAACAA-TGTTTCTGTTCA
130 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TGGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
* * ** * * ** * *
250349 TGCAAGCATATTTGGATTAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-AAA
1 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * *
250413 TTTTTAAAAATAAATATGTTTACC-AATCTAGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATC
66 -TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CTA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
250476 TATTT
128 TATTT
250481 TAGTTCATAC
Statistics
Matches: 962, Mismatches: 193, Indels: 95
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 24 0.02
174 182 0.19
175 70 0.07
176 5 0.01
177 6 0.01
178 61 0.06
179 110 0.11
180 93 0.10
181 236 0.25
182 175 0.18
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
Found at i:250126 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 250090--250137 Score: 53
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 17
250080 ACCTAACTAG
*
250090 TTCAAATAATTCTGACTAT
1 TTCAAATAATTAT--CTAT
250109 TT-AAATAATTATCTAT
1 TTCAAATAATTATCTAT
*
250125 TTCAAATCATTAT
1 TTCAAATAATTAT
250138 GTCCCTTTGT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.23
17 9 0.35
18 9 0.35
19 2 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
TTCAAATAATTATCTAT
Found at i:250983 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 250478--253401 Score: 1995
Period size: 181 Copynumber: 16.2 Consensus size: 181
250468 TAATTATCTA
* *
250478 TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAATTTAA
1 TTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* ** * * ** * * * *
250542 TAAGTAAGTGATTTAAAAGGTCAATCTATTTCCCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGGCCATGTCA
64 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAACGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * ** * * **
250606 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTTGTTTCATCATATAAGAATTGCC
128 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-AT
* * * * * *
250662 TTTGA-GCAGT-CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAGTTAAT
1 TTTTATTCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * *
250725 --G--AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTCAAC
65 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * *
250786 AATTGTAAACTTT-AAATCGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTAT
130 AATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * * *
250838 TTTTATTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATA
1 TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
** * * ** * * ** *
250903 ACCAAGAGAATTAAAAAATAAATTTTTTTGTCGAACCAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAACA
66 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
250968 ATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGGTT-T
131 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTAT
* * * * * *
251019 TGTTGAATTCATACTAGCTTTGTTGGAATAAAATAAAATAA-AATAAAATTATTAATATTTCAAA
1 T-TT-TATTCATACAAGC-TTATT----CAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAA
* * * * *
251083 AA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AGTTATATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACT
58 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTAACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * *
251143 ATTTAAACAATTATATATTTTAAATTAG-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGT
122 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * * *
251203 TTTTATTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAGTAATACTAATGTATTAATATTTCAAAAA-T--TA
1 TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * *** * * *
251265 A-TAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTATTAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTT-AAGT
66 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-C
* * * *
251328 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGAT-ATGAAACAA-TAGT
130 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTA-T
* * * * * * * *
251380 TTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTGAGATAATATTAATTTATTAATATTT-AGACAATTAAT
1 TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT
* * * * * * * * * *
251444 AAGTAAAAAATTT-TAAAATAAATATGTTT-ACTGAACTAGATCAAATAATCATGATTATTTGAA
65 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * *
251507 TAATTATCCATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAAGAATT-G
129 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * * * * *
251559 TTTCAGTTCATATAAGCTTATTCACAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCACAAATCAAT
1 TTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * *
251624 AA-TAAAGAGATTTAAAAAATGAGTCTATTT-ACTGAACAA-ATCTAAATAATTATGACTATTTG
65 AAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAAC-GAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTG
* * *** * * *
251686 AACAATTATTTATTTGAAATAAATATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTTT
127 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * *** *
251741 TTTTGTTCATCCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAA
1 TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAA
* * * * *
251804 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATCA-TTAT-AGCTATTTG
64 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAACGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGA-CTATTTG
* * * * *
251867 AGCAATTATTTATTTCAAGTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
127 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * * * * * ** *
251922 TTCTATTCATACAAGTTTTTTCATATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGACAATTAATA
1 TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * *
251987 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACTGAATAAGTTCAAACAGTCATAACTATTTAAAC
66 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
252051 AATTATCTATTTTAAATCATTATGACC-TTTCTTTTGTAATAAAACACTT-T
130 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
** * * *
252101 TTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAGATAATACTTATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAA
1 TTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
* * * * * * *
252165 TGAGTAAGAGAATTAAAAAA-AGAATATATTT-ACTAAAAAGTTTAAATAGTTATGATTATTT-A
64 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATTTATTTAACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * *
252227 AAAAGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAACCAAATGT
128 ACAA-TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * *
252282 TTCTATTCATAAAAGCCTT-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAAT
1 TTTTATTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * * * *
252346 AAGTAAAATATTGAAAAAGT-AATATGTTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAAT
65 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
252409 AATTAT-TAATTTCAAATTGTTATGATCATTTGTTTTGTCATCAAACACTTGT
130 AATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * ** *
252461 ATCTATTCATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTAT-AAAAATTAAT
1 TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT
** * * * * *
252525 AAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTCAT-ATTCATTTGAA
65 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAA
* * * * ** ** * *
252589 CTATTATCTATCTCAAATCATAATGATATTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTGT
129 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * ** * * * ** *
252642 TTCTATTCATGCAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTT---TGA-TAATT
1 TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * *
252703 AGTAAGAGACTT-AAAAATGAAATCTA-TTAACTGAA-ATAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
66 AGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTTATTTAAC-GAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * *
252765 ACAATTATCTATCTCAAATCTTTATGATC-TCT-ATTTGTCAAAAAACAATT-T
128 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * * * * *
252816 TTTCTTTTCATACAAGCTTATTC-AATTAAAAGAATACTAATTTAATAACATTCCAAAAATTAGT
1 TTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * ** * * * * *
252880 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAAC
65 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * ** *
252945 AACTATATATTTTAAATCGTTTTAAGATTTTGTTTAGTCGA-AAAACAATTA-
130 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTAT
* * * * * * * * *
252996 TTTCAGTTCACACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTGAAATATTTAT
1 TTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * *
253061 GAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCTAACAAGTTAAAATAAATT-TGACTATTTGA
65 AAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTAACGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGA
* * * * *
253125 ATAATTATCTGTTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGT
128 ACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
** * ** ** *
253179 TTCAATTCATAAAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
1 TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * ** ** * * * *
253244 AGCAAAAGATTTAAAAAGTAGAGCTATTTTTCTAAACCACTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC
66 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
253309 AAATATCAATCTT-AAATCGTTATGATC-TTTATTTTCTTATAAAACAATTAT
130 AATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
*
253360 TTTTGA-TCATACAAGCTTAATC-AAATAAAAATAATACTAATT
1 TTTT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATT
253402 GATATTGTCA
Statistics
Matches: 2155, Mismatches: 483, Indels: 207
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 25 0.01
175 28 0.01
176 23 0.01
177 298 0.14
178 145 0.07
179 194 0.09
180 392 0.18
181 644 0.30
182 241 0.11
183 30 0.01
184 97 0.05
185 5 0.00
187 3 0.00
188 30 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
Found at i:251274 original size:542 final size:532
Alignment explanation
Indices: 250673--253245 Score: 1801
Period size: 542 Copynumber: 4.8 Consensus size: 532
250663 TTGAGCAGTC
* * * * *
250673 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATCTTTCAAAAGTTAATGAG-AGATTTAAA
1 AAGCTT-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAA
* * *
250737 AAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTCAACAATTGTAAACTTT-AA
65 AAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATTAA-TTTCAA
* * * *
250801 ATCGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATGCAAGTTTATTCAAAATA
129 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATA
* * ** *
250866 AAATAACACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGAATTAAAAAATAAAT-TTTT
194 AAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTT
** * * * * *
250930 TTGTCGAACCAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCT
258 TACT-GAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCT
* * * * *
250995 TTTGTTTTGTCATAAAATAGGTTTTGTTGAATTCATACTAGCTTTGTTGGAATAAAATAAAATAA
322 TTTATTTTGTCATAAAACA-ATTTT-TTCAGTTCATACTAGCTTT-TT-GAATAAAATAAAATAA
* *
251060 AATAAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAGTTATATTTACCTAACTA
383 ACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAG-TATATTTA-CTAAC-A
*
251125 GTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTTAAATTAGTATGACCTTTTGTTTTGTC
443 GTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATTAGTATGACCTTTTGTTTTGTC
* *
251190 ATAAAATAAATGTTTTTATTCATAT
508 ATAAAACAAATGTTTTTATTCATAA
* * *
251215 AAGTTTGTTCAAAATAAAGTAATACTAATGTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAAA
1 AAGCTT-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAA
* * * ** * *
251279 AAATAATTTTGTTTATTAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTT-AAGTAATTATTTATTTCAA
65 AAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAA-CAATTATTAATTTCAA
* * * * * * * * *
251343 ATCATTATGACTTTTTGTTTTGAT-ATGAAACAA-TAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAT
129 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTA-TTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAA
* * * * * * **
251406 TGAGATAATATTAATTTATTAATATTTAGACAATTAATAAGTAA-AAAATTTTAAAATAAATATG
192 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * *
251470 TTTACTGAACTAGATCAAATAATCATGATTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCGTTATGACT
256 TTTACTGAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACC
* * * * *
251535 TTTTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAGTTCATA-TAAGCTTATT---CACAATAAAATAATA
321 TTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAGTTCATACT-AGCTTTTTGAATAAAATAAAATAA-A
* * *
251596 CTAATTTATTAATAATCCACAAATCAATAATAAAGAGATTTAAAAAATGAGTCTATTTACTGAAC
384 CTAATTTATTAAT-ATTCA-AAA--ATTAAT-AAGAGATTTAAAAAAT-AGTATATTTACT-AAC
** * * * * * *
251661 AAATCTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTGAAATAAATATAACCTTTTGTTTTG
442 AGTTC-AAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATTAGTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * **
251726 TCATAAAAGAATTTTTTTTGTTCATCC
506 TCATAAAACAAATGTTTTTATTCATAA
*** *
251753 AAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGAT
1 AAGCTT-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG---AAGAT
* * *
251816 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAAGTTCAAATCA-TTAT-AGCTATTTGAGCAATTATTT
60 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT-AGTTCAAAT-AGTTATGA-ATATTTGAACAATTATTA
* * * *
251878 ATTTCAAGTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTTTT
122 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATT
* * * * * * *
251943 CATATTAAAATAATATTAATTT-ATAAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
187 CAAAATAAAATAATACTAATTTAAT-AATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATA
* * * * *
252007 AATATGTTTACTGAATAAGTTCAAACAGTCATAACTATTTAAACAATTATCTATTTTAAATCATT
250 AATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTT
* * * * * *
252072 ATGACC-TTTCTTTTGTAATAAAACACTTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAGTAAGAT--
315 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAGTTCATACTAGCTT-TTTGAA-TAAAATAA
* *
252134 AAT--ACTTATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-AGAATATATTT
378 AATAAACTAATTTATTAATATTC-AAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAG--TATATTT
* * * * * *
252196 ACTAAAAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTAAA-AAGTTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTT
436 ACT-AACAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAA-TTATATATTTCAAATTAG-TATGACCTT
* * *
252259 TGGTTTTGTCATAAACCAAATGTTTCTATTCATAA
498 TTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATAA
* * *
252294 AAGCCTTTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTG
1 AAG-CTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAT-TT-
* * * * * * * * *
252359 AAAAAGT-AATATGTTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAATAATTATTAATTTC
62 AAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATTAATTTC
* * * * * * * *
252422 AAATTGTTATGATCATTTGTTTTGTCATCAAACACTTGTATCTATTCATACAATTTTATTCAAAA
127 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAA
* * ** * * *
252487 TAAAATAATACTAATTTATTAGTATTATAAAAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTA
192 TAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * *
252552 TTTA-TCGAATAAGTTCAAATAGTCAT-ATTCATTTGAACTATTATCTATCTCAAATCATAATGA
256 TTTACT-GAACAAGTTCAAATAATCATAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGA
** * ** * * * * ** *
252615 TATTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTGTTTCTA-TTCATGCAAAATTATTCAGAATAAAAT--AAT
319 CCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTC-AGTTCATACTAGCTT-TT-TGAATAAAATAAAAT
* * ** * * * * * *
252677 --ACTGATCTATTAATATTTTGATAATTAGTAAGAGACTT-AAAAATGAAATCTATTAACTGAAA
381 AAACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT--AGTATATTTACT--AA
* * * * * * * * * *
252739 TAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCT-TTATGATC-TCT-ATTT
441 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAAT-TAGTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
252801 GTCAAAAAAC-AATTTTTTCTTTTCATAC
505 GTCATAAAACAAATGTTTT-TATTCATAA
* * * * * *
252829 AAGCTTATTC-AATTAAAAGAATACTAATTTAATAACATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTT
1 AAGCTT-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-AGATTT
* * * * * * * *
252893 AAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAACTA-TATATTT
62 AAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATTA-ATTT
* * * ** * * * *
252957 TAAATCGTTTTAAGATTTTGTTTAGTCGA-AAAACAATTATTTC-AGTTCACACAAGCTTATTTA
126 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCA
* * * * * * * *
253020 GAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTGAAATATTTATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAA
189 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAATT-AAAAAATAAA
* * * * * * *
253085 TTTGTTTACCT-AACAAGTTAAAATAAAT-TTGACTATTTGAATAATTATCT-GTTTAAAGTTGT
252 TATGTTTA-CTGAACAAGTTCAAAT-AATCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAA-TCGT
* * * * ** **
253147 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCAATTCATAAAAAATTATTTG----AAATAA
314 TATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAGTTCATACTAGCTT-TTTGAATAAAATAA
*
253208 AATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
378 AATAA-ACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG
253246 CAAAAGATTT
Statistics
Matches: 1607, Mismatches: 333, Indels: 187
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
532 4 0.00
534 80 0.05
535 66 0.04
536 132 0.08
537 169 0.11
538 155 0.10
539 201 0.13
540 92 0.06
541 212 0.13
542 409 0.25
543 81 0.05
545 3 0.00
547 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (532 bp):
AAGCTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAA
AATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATTAATTTCAAAT
CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAA
ATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTTTAC
TGAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTA
TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAGTTCATACTAGCTTTTTGAATAAAATAAAATAAACTAATTT
ATTAATATTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAGTATATTTACTAACAGTTCAAATAATTA
TGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATTAGTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGT
TTTTATTCATAA
Found at i:251639 original size:361 final size:354
Alignment explanation
Indices: 250672--253401 Score: 1471
Period size: 361 Copynumber: 7.6 Consensus size: 354
250662 TTTGAGCAGT
* * * * *
250672 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATCTTTCA-A-AAGTTAAT--G--AGAGA
1 CAAGCTTATT-TGAATAAGATAATATTAATTTATTAATATTT-AGACAA-TTAATAAGTAAAAAA
* * * * * * **
250731 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTCAACAATTGTAAAC
63 TTT-AAAAATAAATATATTTACTAAA-TAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA-
* * * * * ** *
250796 TTT-AAATCGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATGCAAGTTTATTC
125 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATATAAGCTT-TTC
* * * * * ** * *
250860 AAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGAATTAAAAAATAA-
189 -AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCACAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAT
* ** * * * * * * *
250924 ATTTTTTTGTCGAACCAGTTCAAATATTTA-AAACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATCGTT
253 A-TGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGAA-TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATT
* * * *
250988 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGGTTTTGTTGAATTCATA
315 ATGA-CTTTTGTTTTGTAATAAAACA-ATTTTTTTG--TTCATA
* * * * *
251032 CTAGCTT-TGTTGGAATAAAATAAAATAAAATAAAATTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG--
1 CAAGCTTAT-TT-GAATAAGAT--AAT---ATTAATTTATTAATATTT-AGACAATTAATAAGTA
* ** * *
251093 --AGATTTAAAAAATAGTTATATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTA
58 AAAAATTT-AAAAATAAATATATTTA-CTAAATAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * *
251156 TATATTTTAAATTAG-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTATTCATATAAGTT
121 TCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATATAAGCT
* * * *
251220 TGTTCAAAATAAAGTAATACTAATGTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAA
185 T-TTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCACAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* * * *
251281 ATAATTTTGTTTATTAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTT-AAGTAATTATTTATTTCAAAT
248 ATAA-TATGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAA-CAATTATTTATTTCAAAT
* *
251345 CATTATGACTTTTTGTTTTG-ATATGAAACAATAGTTTTTGTTCATA
311 CATTATGAC-TTTTGTTTTGTA-ATAAAACAAT-TTTTTTGTTCATA
* *
251391 CAAGCTTATTTAGATTGAGATAATATTAATTTATTAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAAATT
1 CAAGCTTATTT-GAATAAGATAATATTAATTTATTAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAAATT
* * * * * * * *
251456 TTAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAATCATGATTATTTGAATAATTATCCATTTC
65 TAAAAATAAATATATTTACT-AAATAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
251521 AAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCACA
129 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTA-TTCATATAAGCTT-TTCA-A
* * * *
251585 ATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCACAAATCAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATGAGTC
191 ATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCACAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAAT-AATA
* ** * * * * * *
251649 TATTTACTGAAC-AAATCTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTGAAATAAATATA
254 TGTTTACTGAACTAGTTC-AAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG
* * *
251713 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTTTTTTTGTTCATC
318 A-CTTTTGTTTTGTAATAAAACAA-TTTTTTTGTTCATA
* ** * *
251752 CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATT
1 CAAGCTTA-TTTGAATAAGATAATATTAATTTATTAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAAATT
* * * * *
251817 TAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATCATTAT-AGCTATTTGAGCAATTATTTATT
65 T-AAAAATAAATATATTTACTAAAT-AGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * *
251881 TCAAGTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTTTTCAT
127 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATATAAG-CTTTTCA-
* * * * *
251946 ATTAAAATAATATTAATTTATAAATATTTTGAC-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
190 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-ATTCACAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAT
* * * * *
252010 ATGTTTACTGAA-TAAGTTCAAACAGTCAT-AACTATTTAAACAATTATCTATTTTAAATCATTA
253 ATGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGAA-TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTA
* * *
252073 TGACCTTTCTTTTGTAATAAAACACTTTTTTTAGTTCATA
316 TGACTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTTTTTT-GTTCATA
* * *
252113 CAAGCTTATTTGAAGTAAGATAATACTT-ATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATGAGTAAGAGA
1 CAAGCTTATTTGAA-TAAGATAATA-TTAATTTATTAATATT-TAGACAATTAATAAGTAA-AAA
* * * * * *
252176 A-TTAAAAAAAGAATATATTTACTAAAAAGTTTAAATAGTTATGATTATTT-AAAAAGTTATCTA
62 ATTTAAAAATA-AATATATTTACTAAATAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA-TTATCTA
* * *
252239 TTTCAAATCGTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAACCAAATGTTTCTATTCATAAAAGCCTTTTC
125 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATATAAG-CTTTTC
* * * *
252304 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTGAAAAAGTAA
189 -AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAA-TTCACAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * **
252368 TATGTTTA-TCGAGCAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAATAATTATTAATTTCAAATTGTTA
252 TATGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTA
* * * * * * *
252431 TGATCATTTGTTTTGTCATCAAACACTTGTATCTATTCATA
316 TGA-CTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT-TTTTTGTTCATA
** ** * * * * *** *
252472 CAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTATA-AAAATTAATAAGTTTGAGAT
1 CAAGCTTATT-TGAATAAGATAATATTAATTTATTAATATT-TAGACAATTAATAAGTAAAAAAT
* * * * * *
252536 TTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAATAAGTTCAAATAGTCAT-ATTCATTTGAACTATTATCTA
64 TT-AAAAATAAATATATTTACT-AAAT-AGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTA
* * * ** ** * * ** **
252599 TCTCAAATCATAATGATATTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTC
125 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATATAAGCTT-TTC
* * *** * * *
252664 AGAATAAAATAATACTGATCTATTAAT-ATT--TTGA-TAATTAGTAAGAGACTT-AAAAATGAA
189 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCACAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AA
* * * * *
252724 -ATCTATTAACTGAAATAGTTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCTT
252 TATGT-TT-ACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGAA-TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCAT
* * *
252787 TATGA-TCTCT-ATTTGTCAA-AAAACAATTTTTTCTTTTCATA
314 TATGACT-TTTGTTTTGT-AATAAAACAATTTTTT-TGTTCATA
* * * * * * * * * * *
252828 CAAGCTTA-TTCAATTAAAAGAATACTAATTTAATAACATTCCA-AAAATTAGTAAGTAAGAGAT
1 CAAGCTTATTTGAA-TAAGATAATATTAATTTATTAATATT-TAGACAATTAATAAGTAAAAAAT
* * * * * * * * * * *
252891 TTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAACTATATATT
64 TT-AAAAATAAATATATTTACTAAA-TAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * ** * * * * * *
252956 TTAAATCGTTTTAAGATTTTGTTTAGTCGA-AAAACAATTATTTC-AGTTCACACAAGCTTATTT
127 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAAATGTTTCTA-TTCATATAAGCTT-TTC
* * * * * * *
253019 AGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTGA-AATATTTATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATA
189 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTCACAA-ATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAAT-
* * * * * * * * *
253083 AATTTGTTTACCT-AACAAGTTAAAATAAATT-TGACTATTTGAATAATTATCTGTTT-AAAGTT
250 AATATGTTTA-CTGAACTAGTTCAAAT-AGTTATGAATATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TC
* * * ***
253145 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTCAATTCATA
312 ATTATGA-CTTTTGTTTTGTAATAAAACAATT-TTTTTGTTCATA
* ** * * * * * *
253190 AAAAATTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGCAAAAGAT
1 CAAGCTTATTTG-AATAAGATAATATTAATTTATTAATATTT-AGACAATTAATAAGTAAAAAAT
* * * * * * * *
253254 TTAAAAAGTAGAGCTAT-TTTTCTAAACCACTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAA
64 TTAAAAA-TA-A-ATATATTTACTAAA-TAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * * *
253318 TCTT-AAATCGTTATGATC-TTTATTTTCTTATAAAACAATTATTTTTGA-TCATACAAGCTTAA
125 T-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCT-ATTCATATAAGCTT-T
253380 TCAAATAAAAATAATACTAATT
187 TCAAAT-AAAATAATACTAATT
253402 GATATTGTCA
Statistics
Matches: 1854, Mismatches: 394, Indels: 241
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
353 1 0.00
354 30 0.02
355 164 0.09
356 52 0.03
357 157 0.08
358 68 0.04
359 159 0.09
360 308 0.17
361 330 0.18
362 243 0.13
363 110 0.06
364 54 0.03
365 170 0.09
366 7 0.00
367 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
CAAGCTTATTTGAATAAGATAATATTAATTTATTAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAAATTT
AAAAATAAATATATTTACTAAATAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATATAAGCTTTTCAAATAAA
ATAATACTAATTTATTAATAATTCACAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATATGTTTAC
TGAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTGT
TTTGTAATAAAACAATTTTTTTGTTCATA
Found at i:252352 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 252327--252369 Score: 61
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
252317 ACTAATTTAT
*
252327 TAAAAT-TTCAAAAATTAATAAG
1 TAAAATATTCAAAAAGTAATAAG
*
252349 TAAAATATTGAAAAAGTAATA
1 TAAAATATTCAAAAAGTAATA
252370 TGTTTATCGA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
22 6 0.33
23 12 0.67
ACGTcount: A:0.60, C:0.02, G:0.07, T:0.30
Consensus pattern (23 bp):
TAAAATATTCAAAAAGTAATAAG
Found at i:253945 original size:58 final size:57
Alignment explanation
Indices: 253880--254099 Score: 282
Period size: 58 Copynumber: 3.8 Consensus size: 57
253870 TGCTTTTGTA
* *
253880 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAATA-TTTTTTAGAAACTTTAATTTT
1 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCAAAAATATTTTTTTAAAAAC-TT-ATTTT
* *
253938 GAAG-AAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTTGAAAAAACTTATTTC
1 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCC-CAAAAATATTTTTTT--AAAAACTTATTTT
*
253997 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCTTCAAAAATATTTTTTTAAAAACTTATTTT
1 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTC-CCAAAAATATTTTTTTAAAAACTTATTTT
* * * *
254055 CAAGGAAAATTCATACTTTCAACTTTTCCTTAAAAACATTTTTTT
1 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCC-CAAAAATATTTTTTT
254100 TGAATTTATT
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 12, Indels: 14
0.85 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
57 24 0.17
58 61 0.43
59 13 0.09
60 40 0.28
61 5 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.05, T:0.42
Consensus pattern (57 bp):
CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCAAAAATATTTTTTTAAAAACTTATTTT
Found at i:254054 original size:117 final size:118
Alignment explanation
Indices: 253880--254099 Score: 338
Period size: 118 Copynumber: 1.9 Consensus size: 118
253870 TGCTTTTGTA
* * *
253880 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAATATTTTTTAGAAACTTTAATTTTGAA-GAA
1 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCAAAAATATTTTTTAAAAACTTTAATTTTCAAGGAA
* *
253944 AATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTTGAAAAAACTTATTTC
66 AATTCATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAACATTTTTTTGAAAAAACTTATTTC
*
253997 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCTTCAAAAATATTTTTTTAAAAAC-TT-ATTTTCAAGG
1 CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTC-CCAAAAATA-TTTTTTAAAAACTTTAATTTTCAAGG
*
254060 AAAATTCATACTTTCAACTTTTCCTTAAAAACATTTTTTT
64 AAAATTCATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAACATTTTTTT
254100 TGAATTTATT
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 7, Indels: 5
0.89 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
117 35 0.38
118 47 0.51
119 11 0.12
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.05, T:0.42
Consensus pattern (118 bp):
CAAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCAAAAATATTTTTTAAAAACTTTAATTTTCAAGGAA
AATTCATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAACATTTTTTTGAAAAAACTTATTTC
Found at i:254137 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 254127--254191 Score: 85
Period size: 5 Copynumber: 12.4 Consensus size: 5
254117 AATAATAACA
* *
254127 AAAAT AAAAT AGAAT AAAAAT AAAGAA AAAAT AAAAAT AAAAT AAAAT
1 AAAAT AAAAT AAAAT -AAAAT AAA-AT AAAAT -AAAAT AAAAT AAAAT
254175 AAAAT AAAAT AAAAT AA
1 AAAAT AAAAT AAAAT AA
254192 TACTAAACAA
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 4, Indels: 6
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
5 40 0.75
6 13 0.25
ACGTcount: A:0.80, C:0.00, G:0.03, T:0.17
Consensus pattern (5 bp):
AAAAT
Found at i:254167 original size:33 final size:31
Alignment explanation
Indices: 254126--254191 Score: 96
Period size: 33 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31
254116 AAATAATAAC
*
254126 AAAAATAAAATAGAATAAAAATAAAGAAAAAAT
1 AAAAATAAAATAAAAT-AAAATAAA-AAAAAAT
*
254159 AAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAAAT
1 AAAAATAAAATAAAATAAAATAAAAAAAAAT
254190 AA
1 AA
254192 TACTAAACAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 2
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
31 8 0.26
32 8 0.26
33 15 0.48
ACGTcount: A:0.80, C:0.00, G:0.03, T:0.17
Consensus pattern (31 bp):
AAAAATAAAATAAAATAAAATAAAAAAAAAT
Found at i:254600 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 254576--254625 Score: 66
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
254566 ATTTTGGAAA
254576 TTTTCGTCAAAATCT-AAGT
1 TTTTCGTCAAAAT-TGAAGT
* *
254595 TTTTCGTCGAAATTGGAGT
1 TTTTCGTCAAAATTGAAGT
254614 TTTTCGTCAAAA
1 TTTTCGTCAAAA
254626 GTTCATCGAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 2
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
18 1 0.04
19 26 0.96
ACGTcount: A:0.28, C:0.14, G:0.16, T:0.42
Consensus pattern (19 bp):
TTTTCGTCAAAATTGAAGT
Found at i:255145 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 255108--255302 Score: 94
Period size: 4 Copynumber: 50.5 Consensus size: 4
255098 AATTAAAAGA
* * * *
255108 AAAT AATT AGAT AAAT AAA- AATAT TAAT AGAT AAAT -AAT -AAT -AAT
1 AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AA-AT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT
* * *
255153 -AAT -AAT AGAT AAAT -AAT -AAT ATAT AAAT AGAT AAAT -AAT -AAT
1 AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT
* * * * *
255195 AGAT AAAT AGAT AAAT -AAT AAAT ACAT ATAT ATAAT -AAT ATAT AAAT
1 AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT A-AAT AAAT AAAT AAAT
* *
255242 AGAT AAAT -AAT AAAT AAAAT AAAT ATATAT TAAT AAAT AGTAAT -AAT
1 AAAT AAAT AAAT AAAT -AAAT AAAT A-A-AT AAAT AAAT A--AAT AAAT
*
255289 AAAT AAAT ACAT AA
1 AAAT AAAT AAAT AA
255303 GGTACAAAAA
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 29, Indels: 30
0.71 0.14 0.15
Matches are distributed among these distances:
3 41 0.28
4 92 0.63
5 9 0.06
6 5 0.03
ACGTcount: A:0.64, C:0.01, G:0.04, T:0.31
Consensus pattern (4 bp):
AAAT
Found at i:255149 original size:14 final size:13
Alignment explanation
Indices: 255121--255294 Score: 126
Period size: 14 Copynumber: 12.7 Consensus size: 13
255111 TAATTAGATA
*
255121 AATAAA-AATATT
1 AATAAATAATAAT
*
255133 AATAGATAAATAAT
1 AATAAAT-AATAAT
255147 AAT-AATAATAAT
1 AATAAATAATAAT
255159 AGATAAATAATAAT
1 A-ATAAATAATAAT
255173 ATATAAATAGATAAAT
1 A-ATAAATA-AT-AAT
255189 AAT-AATAGATAAAT
1 AATAAATA-AT-AAT
255203 AGATAAATAATAAAT
1 A-ATAAATAAT-AAT
255218 ACATATATATAATAAT
1 A-ATA-A-ATAATAAT
255234 ATATAAATAGATAAAT
1 A-ATAAATA-AT-AAT
255250 AATAAATAA-AAT
1 AATAAATAATAAT
* *
255262 AA-ATAT-ATATT
1 AATAAATAATAAT
*
255273 AATAAATAGTAAT
1 AATAAATAATAAT
255286 AATAAATAA
1 AATAAATAA
255295 ATACATAAGG
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 12, Indels: 29
0.77 0.07 0.16
Matches are distributed among these distances:
10 1 0.01
11 7 0.05
12 20 0.15
13 15 0.11
14 41 0.30
15 26 0.19
16 20 0.15
17 5 0.04
ACGTcount: A:0.64, C:0.01, G:0.04, T:0.31
Consensus pattern (13 bp):
AATAAATAATAAT
Found at i:255190 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 255108--255290 Score: 157
Period size: 37 Copynumber: 4.7 Consensus size: 39
255098 AATTAAAAGA
* *
255108 AAATAATTAGATAAATA-A-AAATATTAATAGATAAATAAT
1 AAATAA-TA-ATAAATAGATAAATAATAATATATAAATAAT
255147 -AATAATAAT-AATAGATAAATAATAATATATAAATAGAT
1 AAATAATAATAAATAGATAAATAATAATATATAAATA-AT
* * * * *
255185 AAATAATAATAGATAAATAGATAAATAATAAATACATATAT
1 AAATAATAATAAATAGATAAAT-AATAATATATAAATA-AT
255226 ATAATAATATATAAATAGATAAATAATAA-ATA-AAATAAAT
1 A-AATAATA-ATAAATAGATAAATAATAATATATAAAT-AAT
* *
255266 ATATATTAATAAATAG-T-AATAATAA
1 AAATAATAATAAATAGATAAATAATAA
255291 ATAAATACAT
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 15, Indels: 21
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
35 4 0.03
36 11 0.09
37 20 0.17
38 15 0.12
39 14 0.12
40 14 0.12
41 19 0.16
42 12 0.10
43 11 0.09
ACGTcount: A:0.64, C:0.01, G:0.04, T:0.31
Consensus pattern (39 bp):
AAATAATAATAAATAGATAAATAATAATATATAAATAAT
Found at i:255230 original size:61 final size:59
Alignment explanation
Indices: 255109--255287 Score: 204
Period size: 61 Copynumber: 3.0 Consensus size: 59
255099 ATTAAAAGAA
* *
255109 AATAATTAGATAAATA-A-AAATATTAATAGATAAATAATAATAAT-AATAATAGATAAAT
1 AATAA-TATATAAATAGATAAATAATAATAGATAAATAATAATAATAAATAATA-ATAAAT
*
255167 AATAATATATAAATAGATAAATAATAATAGATAAATAGATAAATAATAAATACAT-ATATAT
1 AATAATATATAAATAGATAAATAATAATAGATAAATA-AT-AATAATAAATA-ATAATAAAT
* * *
255228 AATAATATATAAATAGATAAATAATAAATAAAATAAATATATATTAATAAATAGTAATAA
1 AATAATATATAAATAGATAAATAAT-AAT-AGATAAATA-ATAATAATAAATAATAATAA
255288 TAAATAAATA
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 8, Indels: 14
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
57 9 0.09
58 6 0.06
59 18 0.17
60 2 0.02
61 37 0.36
62 20 0.19
63 12 0.12
ACGTcount: A:0.64, C:0.01, G:0.04, T:0.31
Consensus pattern (59 bp):
AATAATATATAAATAGATAAATAATAATAGATAAATAATAATAATAAATAATAATAAAT
Found at i:255679 original size:43 final size:49
Alignment explanation
Indices: 255616--255735 Score: 164
Period size: 43 Copynumber: 2.6 Consensus size: 49
255606 AAATAAATGG
*
255616 CTCTTCTAATCAGAGGCTCAATCGACTTTG-AAAAT-AAT-AACGAAGCT
1 CTCTTCTAATC-GAGGCTCAATCGACTTTGTAAAATAAATAAACAAAGCT
*
255663 C-C-TCTCATC-AGGCTCAATCGACTTTGTAAAATAAATAAACAAAGCT
1 CTCTTCTAATCGAGGCTCAATCGACTTTGTAAAATAAATAAACAAAGCT
255709 CTCTTCTAATCGAGGCTCAAT-GACTTT
1 CTCTTCTAATCGAGGCTCAATCGACTTT
255736 TGGAAAGTAA
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 3, Indels: 11
0.82 0.04 0.14
Matches are distributed among these distances:
43 17 0.27
44 5 0.08
45 9 0.14
46 10 0.16
47 2 0.03
48 12 0.19
49 9 0.14
ACGTcount: A:0.34, C:0.23, G:0.13, T:0.29
Consensus pattern (49 bp):
CTCTTCTAATCGAGGCTCAATCGACTTTGTAAAATAAATAAACAAAGCT
Found at i:264035 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 264011--264041 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
264001 TGTTAAGTGT
*
264011 AATGAGTGAGAATGC
1 AATGAATGAGAATGC
264026 AATGAATGAGAATGC
1 AATGAATGAGAATGC
264041 A
1 A
264042 TGTATGCAAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 15 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.06, G:0.29, T:0.19
Consensus pattern (15 bp):
AATGAATGAGAATGC
Found at i:265588 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 265275--265748 Score: 479
Period size: 181 Copynumber: 2.6 Consensus size: 180
265265 NNNNNNNNNG
* * * * * *
265275 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATACTT-TTTTTTAATTCTCTTACTCATTA
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG-AAA-AAATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* ** * * * *
265339 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAATACGCTTATATGAACTGAAATAAT
63 ATTGTCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAT
* * * ** * * * *
265404 TATTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATGATTATTCAA
128 TATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACTCAA
* *
265457 ATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAATAAT
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAA-ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* *
265522 TGTCAAAATTTTAATAAATTAAAATTATTTTAATTCGAATAAGCTTATATGAACAT-AAACAATT
65 TGTCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAAC-TGAAACAATT
*
265586 ATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAA
129 ATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACTCAA
* * ** * *
265638 ATAGTCATAACGATTTGAACTCGTTC-AGTAAATAGCTTTATTTTTTCAGTCTTTTACTTATTAA
1 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAAATA--TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* ** * * ***
265702 TTCTCTTAATCTTAATAACTTTGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTT
64 TTGTCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTAATTC-AAATAAGCTT
265749 GTATTATTTG
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 44, Indels: 13
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 4 0.02
180 15 0.06
181 200 0.83
182 23 0.10
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAAAATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
GTCAAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTAT
TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACTCAA
Found at i:266574 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 265890--267793 Score: 735
Period size: 182 Copynumber: 10.3 Consensus size: 180
265880 GCCAAACTAG
* * *
265890 TTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * *
265955 TAAAACAATTA-TTTCAGTTCATACATGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAACTTATTAA-AAT
66 TAAAACAA-TAGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
266018 TCAAAAAATTAATAAGCAAGAGAGTTAAAAAAATAAATATATTTATTAAACAA
130 TC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAAT-TGTTTCTAAAACAA
* ** * * * *
266071 GCTCAAATAAATATGACTATTTA-AATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTA
1 -TTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTG
* * * * * * *
266135 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATGCTATTTTTTTAATA
63 TCATAAAACAATAGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
266200 TTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGA-TTTAAAAACTAAAACTACT-TTTC-AAACCAG
128 TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAAT-AAA-T--TGTTTCTAAAACAA
* * * * * * ** *
266254 TTCAAATAGCTATA-ACCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATATTTT-TTTTGCC
1 TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * ** *
266317 ATAAAAAAATTGCTT-ATGATT-ATATAAGCTTATTC-GGATAAAAATAATACTAATTTAATAAT
65 ATAAAACAATAGTTTCA-G-TTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
** * *
266379 ATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAATCAA
127 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAAT-TGTTT-CTAAAACAA
* * * * *
266435 TTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTGGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
266500 TAAAATAATAGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TT
66 TAAAACAATAGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* **
266564 CAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTG-TT-TACCGACAA
131 C-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAATTGTTTCTA-AAACAA
** * * * * ** * ** *
266614 GTTCAAATAGTTATTATTATTTGAAAAATTATTTATTT-AAAGTTGTTATAAAATTTTGTTTTAT
1 -TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
266678 CATAAAACAATTA-TTTCAGTTCATAAAATCTTATCCAAAATAAAA-AATACTACTTT-TTAAAT
64 CATAAAACAA-TAGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT-AAT
* * * * **
266740 ATTTCAAAAATTAGTAAG-TA-ATA-TTTAAAAAATAAATTAGTTTACTAAATCGG
127 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAATT-GTTT-CTAAAACAA
* * * * * * * * * * ** *
266793 TTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATATAGTTCAATTCGTTATTTCTTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * * * *
266858 TAAAACAATTGTTCTTCA--ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATCATTATTACCTTTCATT-T
66 TAAAACAATAG-T-TTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-AATACTA-ATTT-ATTAA
* * * * * * * * *
266920 TGTCATAAAACAATTATTTTTCAA-CATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTATTA
126 TAT-TTCAAA-AATTA---AT-AAGC--AAGAG---ATTT-TAA-AAAATAAAT-T-GTTT-CT-
*
266984 ATATCTCAAGAA
174 A-A----AACAA
* * * *
266996 TT-AGCAATGGATTTAA-A-AATTA-AATCTATTTGCCAAACTAGTTT-AAAT-AGTTTGAAATT
1 TTCA--AAT--AGTTAAGACTATTAGAA-C-AATT----ATCTA-TTTCAAATCA--TT---A-T
** * ** ** *
267055 GTTATAATCTTT-TATTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAA
49 G--A-CCT-TTTGT-TT-TGTCATAAAACAATAGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* ** * * * **
267119 ATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTCATAA-CTA-AGATACTTAAAAAATAAATCCATT
108 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGAT-TTTAAAAAATAAAT-TGTT
** * *
267182 TGCCGAACCAG
171 T-CTAAAACAA
** *
267193 TTCAAACGGTTAAGACTA-TATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTGTTTTG-
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGT
* * * * * *
267256 CTATAAAACAATTA-TTTTAGCTT-ATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAAATAATTTGTTAA
64 C-ATAAAACAA-TAGTTTCAG-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
267319 TATTTCAAAATTTTATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT-AGTT-TTACTTACCAAACCAG
126 TATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAATTGTTTC-TA--AAA-CAA
* * * * * *
267375 TTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTATTTTGTC
1 TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** * * * * *
267439 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATGAAGTAATACTAATTTATTAATATT
65 ATAAAACAATAGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
267504 T-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTT-AAAAGTAAATCTATTTACCAAACCAT
130 TCA-AAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAAT-TGTTT-CTAAAACAA
** * * * *
267556 TTCAAATAGTTTTGACTATTTGTAATAATTATCTATTTCAAAT--GTATAACCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTATTAG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * ** * *
267619 ATCAAATAATTGGTCTT-A-TTCATACTATTTTATTCGAAATGAAAA-AATACTAATTTAATAAT
65 ATAAAACAA-TAGT-TTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * ** * * *
267681 ATTCCAAAACTTAATAA-CTA-AGATAATTAAAAATATATATAATTGCTGAACCAA
127 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGAT-TTTAAAAA-ATAAATTGTTTCTAAAACAA
* * * * *
267735 TTGAAATAGTTAAGACTATATA-AACGATTATCAATTTGAAATCTTTATGACCTTTTGTT
1 TTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
267794 CATACAAGCT
Statistics
Matches: 1278, Mismatches: 312, Indels: 266
0.69 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
176 14 0.01
177 4 0.00
178 102 0.08
179 69 0.05
180 266 0.21
181 194 0.15
182 314 0.25
183 109 0.09
184 17 0.01
185 2 0.00
186 2 0.00
187 3 0.00
189 1 0.00
190 6 0.00
191 8 0.01
192 1 0.00
193 1 0.00
194 6 0.00
195 8 0.01
196 12 0.01
197 13 0.01
198 2 0.00
199 1 0.00
201 1 0.00
202 1 0.00
203 9 0.01
204 15 0.01
205 7 0.01
206 5 0.00
208 2 0.00
209 7 0.01
210 4 0.00
211 3 0.00
212 1 0.00
213 1 0.00
214 1 0.00
215 4 0.00
216 5 0.00
217 10 0.01
218 11 0.01
219 36 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATAGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAATTGTTTCTAAAACAA
Found at i:266723 original size:363 final size:362
Alignment explanation
Indices: 265942--266776 Score: 815
Period size: 362 Copynumber: 2.3 Consensus size: 362
265932 CATTCTGACC
*
265942 TTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCAT-ACATGCTTATTCGGAATAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAT-CTTATTC-GAATAAAATAATACT
* * * * *
266005 AACTTATTAA-AATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGAGTTAAAAAAATAAATATATTTATTAAAC
63 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATATTTATGAAAC
* * *
266069 AAGCTCAAATAAATATGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTGTTTT
126 AAGCTCAAATAAATAAGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTTGTTTG
* * * * *
266134 ATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATGCTATTTTTTTAAT
191 ATCATAAAACAATAGTTTCAATTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAC
* * * *
266199 ATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAACTACTTTTCAAACCAGTTCAAATAGC
256 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAACTACTTTACAAACAAGTTCAAATAGC
* *
266264 TATAACCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATA
321 TATAACCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATAAAA
** * ** * * *
266306 TTTT-TTTTGCCATAAAAAAATTGCTT-ATGATT-ATATAAGCTTATTCGGATAAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCA-G-TTCATAAAATCTTATTCGAAT-AAAATAATACT
* * * * * *
266368 AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAATC
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATATTT-ATGAAAC
* *** * *
266433 AA-TTCAAATGGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACC-TTTTGTTT
126 AAGCTCAAATAAATAAGACTATTTA-AATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTTGTTT
* * * * **
266495 GGTCATAAAATAATAGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
190 GATCATAAAACAATAGTTTCAATTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** **
266560 CA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAAT-AAA-TTGTTTACCGACAAGTTCAAAT
255 CATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAAACTACTTTACAAACAAGTTCAAAT
* * ** ** * **
266622 AGTTATTATTATTTGAA-AAATTATTTAT-TTAAAGTTGTTATAAAA
318 AGCTATAACCATTTGAACAAA-TATCAATCTCAAA-TCATTATAAAA
* * *
266667 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAATCTTATCCAAAATAAAA-AATACTAC
1 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAATCTTATTC-GAATAAAATAATACTAA
* *
266731 TTT-TTAAATATTTCAAAAATTAGTAAGT-A-ATATTTAAAAAATAAAT
65 TTTATT-AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
266777 TAGTTTACTA
Statistics
Matches: 379, Mismatches: 75, Indels: 40
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
358 14 0.04
359 2 0.01
360 9 0.02
361 80 0.21
362 128 0.34
363 126 0.33
364 20 0.05
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (362 bp):
TTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAATCTTATTCGAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATGAAACAAGCT
CAAATAAATAAGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTTGTTTGATCAT
AAAACAATAGTTTCAATTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTC
AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAACTACTTTACAAACAAGTTCAAATAGCTATAA
CCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATAAAA
Found at i:267562 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 267056--269214 Score: 657
Period size: 177 Copynumber: 11.8 Consensus size: 181
267046 TTTGAAATTG
* * *
267056 TTATAA-TCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAA
1 TTATAACT-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAA
* * * * * * *
267120 TAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTCATAACTAAGATACTTAAAAAATAAATCCATTTGC
65 TAATACTAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* ** *
267185 CGAACCAGTTCAAACGGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCA
130 CAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* *
267237 TTATAACCTTTTTGTTTTG-CTATAAAACAATTA-TTTTAGCTT-ATACAAGTTTATTCAGAATA
1 TTATAA-CTTTTTATTTTGTC-ATAAAACAATTATTTTTA--TTCATACAAGTTTATTCAAAATA
* * ** * * ** * *
267299 AAATAAAAATAATTTGTTAATATTTCA-AAATTTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAGTTTTAC
62 AAATAATACTAATTTAATAATATTT-AGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* *
267363 TTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCA
126 TTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
267419 TTATTACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATGAAGT
1 TTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
* * * *
267484 AATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTTAAAAGTAAATCTATTTACC
66 AATACTAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
* * * *
267549 AAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGTAATAATTATCTATTTCAAAT--
131 AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * ** * * * *
267599 GTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAATAATTGGTCTTATTCATACTATTTTATTCGAAATGAAAA
1 TTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTCAAAAT-AAAA
* * * * * * * * *
267664 -AATACTAATTTAATAATATTCCA-AAACTTAATAACTAAGATAATT-AAAAATATATATAATTG
65 TAATACTAATTTAATAATATT-TAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
** * * * * * * * *
267726 CTGAACCAATTGAAATAGTTA-AGACTATATAAACGATTATCAATTTGAAATCT
129 CCAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
267779 TTATGAC--CTT-TTGT-TCATACAAGC--TTATTCGGATTAAAATAATACAAAATTTTTATTCT
1 TTATAACTTTTTATTTTGTCATA-AAACAATTATT----TT-TATTCATAC--AA-GTTTATTC-
*** ** ** * * * * * *
267838 GTCATAAAATAAATTTTTTGTTTGCACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACAAATTTAATAATA
56 AAAATAAAAT-AA-TACTAATTT-AATAA---TATTTAGA--AAATTAAT---AA-GTAA-GAGA
* * * * * * * ** * *
267903 TTTCAAAAATTAA--TAATTA--AGA-GATTTTAAA-AAATA-AATTTATTTATCGAACCAGTTC
108 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAA-CTA-TT-T-GAA-CAATT-
* * ** *
267961 ATATGGTTTTGACT-A
167 ATCT-ATTTCAAATCA
* ** * * *
267976 TTAGAAC-AATTATCTATT-TC--AAATCATTCTGACCTTTTCCTTAGTCATAAAACAATTGTTT
1 TTATAACTTTTTAT-T-TTGTCATAAAACAAT-T-A---TTT--TTATTCAT---ACAA--GTTT
* * * *
268037 CAATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAA-ATTCA-AAATTTTAATAA
52 --ATTC--A-AA----A-T-AAAAT-AA-TACTA---ATTTAATAATATTTAGAAA-ATTAATAA
* ** * * * * *
268100 GTAAGAGATTTAAAAAAAAAATCTATTTACGGAA-TAGGTTTAAATAGTTGTTACTATTTAAACA
100 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCA-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACA
* *
268164 ATTATCTATTTAAAATCT
164 ATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * ** *
268182 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTAATACAAGGTTATAT-GGAATAAG
1 TTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA-TTCATACAAGTTTAT-TCAAAATAAA
* * * ** * * *
268245 ATAATATTCATTTATTAATATTTCTAAAA-T--TAA-TAAGAGATGTAAAAAATAAATTTGTTTA
64 ATAATACTAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* ** * * ** * **
268306 CTAAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
129 CCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
268359 TTATGACCTTTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTTT-TATCAGACAAGCTTACTT-GAAATAAA
1 TTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTAT-TCATACAAGTTTA-TTCAAAATAAA
* * * *
268422 ATAACACTAATTTATTAATATTTCA-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT
64 ATAATACTAATTTAATAATATTT-AGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * * * * *
268482 ATCGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATGTATTTCAAATCG
128 ACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
268536 TT-TGA-TCTTTT-TTTAGTCATAAAA-TATT-TGTTTCATATCATACAAGCTTATTCAAAA-AA
1 TTATAACT-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTAT-TTTTAT-TCATACAAGTTTATTCAAAATAA
* * * * * * * * *
268595 CAAT--TGC-AATATATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTCAAAAAAATAAATCTAT
63 -AATAATACTAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTAT
* ** * ** * **
268657 TTACCGAATAAGCTT-AAATAATTATGGCTATTTGAACAATTA-CTTATTTAAAATTG
126 TTACCAAACCAG-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCA
* * * * * *
268713 TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATAAAAGCTTTATCCAAAATAAA
1 TTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA-TTCATACAAG-TTTATTCAAAATAAA
* * * * *
268777 ATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTT
64 ATAATACTAATTTAATAATATTT-AGAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * * * * * * * *
268841 T-CTAAACAAATTTAAATAGTTATGACTTTTTAAATAATTTTATATTTAAAATAA
127 TACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
268895 TTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTA-TTTTAGTTCGTACAAGCTTATTTGAAATAAAA
1 TTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA-TTCATACAAGTTTA-TTCAAA-ATAA
* * *** * * * *
268959 TAATAATAATAATTTATTAATATTCCTAAAATTAATAAGCAAGTGATTTAAAAAATGAATCTGTT
63 -AATAATACTAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
** * * ** * * *
269024 TACTGAATCAGTTCAAATAATTATGCCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCA
127 TACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ** * ***
269079 ATATGAA-GTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATGTAAGCTTATTTGGAATAAA
1 TTAT-AACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-ATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAA
* * * * *
269142 ATAGTACTAATTTATTAATATTTCA-AAATTTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT
64 ATAATACTAATTTAATAATATTT-AGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
*
269206 ACCGAACCA
128 ACCAAACCA
269215 AATCCTATTT
Statistics
Matches: 1471, Mismatches: 368, Indels: 278
0.69 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.00
172 16 0.01
173 3 0.00
174 10 0.01
175 37 0.03
176 19 0.01
177 262 0.18
178 37 0.03
179 59 0.04
180 122 0.08
181 201 0.14
182 253 0.17
183 87 0.06
184 119 0.08
185 11 0.01
186 7 0.00
187 4 0.00
189 1 0.00
190 5 0.00
191 2 0.00
192 12 0.01
193 7 0.00
194 4 0.00
195 5 0.00
196 14 0.01
197 12 0.01
198 21 0.01
199 2 0.00
200 5 0.00
201 8 0.01
202 7 0.00
203 3 0.00
204 4 0.00
205 23 0.02
206 19 0.01
207 16 0.01
208 8 0.01
209 5 0.00
210 12 0.01
211 5 0.00
212 6 0.00
213 1 0.00
214 11 0.01
216 2 0.00
217 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAT
AATACTAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
AAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:268385 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 267863--269199 Score: 1020
Period size: 177 Copynumber: 7.4 Consensus size: 177
267853 TTTTGTTTGC
* * * * *
267863 ACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGAT
1 ACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--GA-AGA-
* * ** * ** * *
267928 TTTAAAAAATAAATTTATTTA-TCGAACCAGTTCATATGGTTTTGACTATTAGAACAATTATCTA
61 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* ** * ** * * *
267992 TTTCAAATCATTCTGACCTTTTCCTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
125 TTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
* * * *
268045 ACAAGTTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAA-A-TTCAAAATTTTAATAAGTAAGAGA
1 ACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAATAAG--A-AGA
* * * * * * * * *
268108 TTTAAAAAAAAAATCTATTTACGGAATAGGTTTAAATAGTTGTTACTATTTAAACAATTATCTAT
61 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* *
268173 TTAAAATCT-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAAT
126 TTAAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
* * * * * * *
268225 ACAAGGTTATATGGAATAAGATAATATTCATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAG-AGATGTA
1 ACAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTA
* * * * * * *
268289 AAAAATAAATTTGTTTACTAAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCA
65 AAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
* * * * *
268354 AATTGTTATGACCTTTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTT-TTATCAG
130 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCAT
*
268402 ACAAGCTTACTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTA
1 ACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTA
* * ** * * *
268466 AAAAATAAATGTGTTTA-TCGAACT-AGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATGTATTT
65 AAAAATAAATCTGTTTACT-GAA-TAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * *
268529 CAAATCGTT-TGATCTTTT-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCAT
128 AAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCAT
* * * * *
268577 ACAAGCTTATTCAAA-AAACA-ATTGC-AATATATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGA
1 ACAAGCTTATTGAAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG---AAGA
* * * *
268638 TTCAAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAGCTT-AAATAATTATGGCTATTTGAACAATTA-CT
61 TT-TAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAG-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC-
*
268701 TATTTAAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
123 TATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
* ** *
268756 AAAAGCTTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAA
1 ACAAGC-TTAT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AAGA
* * * * * * * * * * *
268821 TTTTAAAAAATAAATATGTTT-CTAAACAAATTTAAATAGTTATGACTTTTTAAATAATTTTATA
61 -TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA
** * * * *
268885 TTTAAAATAATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTAGTTCGT
125 TTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
* * *
268938 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATAATTTATTAATATTCCTAAAATTAATAAGCAAGT
1 ACAAGCTTA-TTGAAAT--AA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AA--
* * * * * *
269003 GATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAATCAGTTCAAATAATTATGCCCATTTCAATAATTATCT
59 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* *** ** ***
269068 ATTTCAAATCAATATGAAGTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCAT
124 ATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
** * * *
269122 GTAAGCTTATTTGGAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAGGAGAT
1 ACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A--AGAT
269187 TTAAAAAATAAAT
62 TTAAAAAATAAAT
269200 TTATTTACCG
Statistics
Matches: 920, Mismatches: 188, Indels: 95
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 3 0.00
172 23 0.03
173 5 0.01
174 6 0.01
175 31 0.03
176 17 0.02
177 257 0.28
178 11 0.01
179 29 0.03
180 133 0.14
181 85 0.09
182 127 0.14
183 65 0.07
184 128 0.14
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
ACAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTAA
AAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
ATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
Found at i:268874 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 268851--268906 Score: 62
Period size: 18 Copynumber: 3.2 Consensus size: 18
268841 TCTAAACAAA
*
268851 TTTAAATAGTTATGACTT
1 TTTAAATAATTATGACTT
*
268869 TTTAAATAATT-TTA-TAT
1 TTTAAATAATTATGACT-T
*
268886 TTAAAATAATTATGACTT
1 TTTAAATAATTATGACTT
268904 TTT
1 TTT
268907 GTTTTATCAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 6
0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 1 0.03
17 13 0.43
18 15 0.50
19 1 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.04, G:0.05, T:0.54
Consensus pattern (18 bp):
TTTAAATAATTATGACTT
Found at i:270055 original size:357 final size:351
Alignment explanation
Indices: 269425--270700 Score: 1048
Period size: 357 Copynumber: 3.6 Consensus size: 351
269415 GGTCATCATA
* * * * * * *
269425 ATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATATATGTAGT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAAT-TATT
* * * *
269489 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAA
65 TTTTAAGTC--TTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
** * * * *
269554 GCTTTTATGAA-TAGAAACAACTGTTTTA-ACACAAAACAAAAAGTCATAATAATTCGAAAT-GA
127 GCTAGTATGAATTA-AAACAATTGTTTTATA-ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG-
* * * * * * * * *
269616 ATAATGGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGATTGATAAATAGATTTATTTTTAA-AT-TT
189 ATAATTGTTCAAATAATCATAAATATTTGAACT-GGTTGGTAAACAAATTTATTTTTAATCTCTT
* * **
269679 TTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATTTTAACTTATTCTGATGAAACTTATATGAACAA
253 TTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAT-AAACTTATAT-AACAA
*
269744 AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTAAAATG
316 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTT-AAATG
* * *
269781 ATTTGAAATAGATAATTG-TCAAAATAGTCATCATTATTTGAACTAGTT-AGGTAAATAGAATTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCA-GTAAACA-AATTA
269844 TTTTTTAAGTCTT-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T-TTATTTTATTCCAAATAA
63 TTTTTTAAGTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAA
* * **
269906 GCTAGTATGAATTAAAAAAACTTGTTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
127 GCTAGTATGAATTAAAACAA-TTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
* * *
269971 AATTGTTCATATAATCTTAAATATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTAATTCTCTTT
191 AATTGTTCAAATAATCATAAATATTTGAACTGGTT-GGTAAACAAATTTATTTTTAA-TCTCTTT
* * ** *
270036 GTTATTAATTTTGGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGA-TTGTATAAACA
254 -TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATT-CTGATAA-ACTTATAT-AACA
* * **
270100 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
315 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTA-AATG
* ** * * * *
270138 ATTTG-AGTTTACAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACA-AATTATT
* * * * ***
270202 TTTTAAGTCTCTTACTTATTCATTTTTTAAAGATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTTGAATAA
65 TTTTAAG--TCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
* * * * * * ** * * *
270267 GTTTGAAT-ATTTAAAAGAATTGTTATAGGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTCAAATAGATA
127 GCTAGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
* * **** * * * *
270331 ATTGTTGATAGGGCCGTAATTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
192 ATTGTTCAAATAATCATAAATATTTGAACT-GGTTGGTAAACAAATTTA-TTTTT-AATCTCTT-
* * * * * * *
270396 CTTATTAATTTTTAAAAGACTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGACTATTA-
253 TTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCT-G-ATAAACTT-A-TATAAC
** * * *
270459 AAAAACAATCATTATATGACCAAAC-AAAAGGT-AATG
314 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTAAATG
* * *
270495 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACT-GCTTCAGTAGACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAACAAA-TTAT
* * *
270559 TTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTG-AATATTATTAAATTAGTA-TATTTTATTCCAAATA
64 TTTT-TAA-GTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * * * *
270622 AGCTTA-TATGAAGTGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGA
126 AGC-TAGTATGAATTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
270686 TAATTGTTCAAATAA
190 TAATTGTTCAAATAA
270701 GAAATGATTT
Statistics
Matches: 731, Mismatches: 148, Indels: 81
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
352 33 0.05
353 107 0.15
354 3 0.00
355 4 0.01
356 91 0.12
357 204 0.28
358 74 0.10
359 79 0.11
360 110 0.15
361 23 0.03
362 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (351 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTATTT
TTTAAGTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTA
GTATGAATTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
TTCAAATAATCATAAATATTTGAACTGGTTGGTAAACAAATTTATTTTTAATCTCTTTTTATTAA
TTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGATAAACTTATATAACAAAAACAATTGT
TTTATGACAAAACAAAAAGTTAAATG
Found at i:270130 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 269326--270699 Score: 1097
Period size: 180 Copynumber: 7.7 Consensus size: 181
269316 TCTTTTACTC
* * * * * * *
269326 ATTAACTTTTGGAATATTAATAAATTAATATT-TTTTACTT-CAAGTAAGCTTATATGAATTTAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTAT-AAATAAA
* * * *
269389 AA-AATTGTTTTAATTACAAAAGAAAAGGTCATCATAATTTGAAATAGATAATTATT-AAATAGT
64 AACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
269452 CATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATATATGTAGTTTTTAAATCT-TTTACTT
128 CATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTT
* * * * * *
269506 ATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAATAAAAA
* ** * * * *
269571 CAACTGTTTTAACACAAAACAAAAAGTCATAATAATTCGAAAT-GAATAATGGCTCAAATAGTCA
66 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *
269635 TAACTATTTGAACTAGATT-GATAAATAGATTTA-TTTTTAAA--T-TTT-TT
130 TAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTT
* * * ** ** * * * *
269682 ATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATTTTAACTTATT-CTGATGAAACTTATATGAACAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AAGCTTGTATAAATAAAA
* * * * *
269746 ACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTG-TCAAAATAGTC
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTC
* * * * *
269810 ATCATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTT-AA-GTC-TT-TT
129 ATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTT
* *
269859 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T-TTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT-AAATAAA
* * * * *
269922 AA-AACTTGTTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAAT
64 AACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
269986 CTTAAATATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTTGTT
128 CATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTT
* * * * *
270039 ATTAATTTTGGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGATTGTATAAACAAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAATAAAAA
* * * * ** * *
270104 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTG-AGTTTACAATTGTTCAAATAATCAT
66 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
270168 AATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAGTCTCTTACTT
131 AACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTT
* * * * *** * * * *
270219 ATTCATTTTTTAAAGATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGAAT-ATTTAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAATAAAAA
* * * * * * * * * ** * *
270283 GAATTGTTATAGGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTGATAGGGCCGT
66 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** *
270348 AATTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
131 AACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTT
* * * * * *
270399 ATTAATTTTTAAAAGACTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG-ACT-ATTAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA-TAAAT-AAA
** * * * *
270462 AACAATCATTATATGACCAAACAAAAGG---TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTC
64 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * **
270524 TTAACTATTTGAACT-GCTTCAGTAGACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAGTT
129 ATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTT
* * * *
270577 ATTAATTTTTG-AATATTATTAAATTAGTA-TATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAAGT-GAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT-AAATAAAA
* * * * * *
270639 ACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
270700 AGAAATGATT
Statistics
Matches: 972, Mismatches: 184, Indels: 77
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 7 0.01
176 192 0.20
177 139 0.14
178 93 0.10
179 117 0.12
180 311 0.32
181 111 0.11
182 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAATAAAAA
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
AACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTT
Found at i:271128 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 270717--274100 Score: 1030
Period size: 181 Copynumber: 18.9 Consensus size: 178
270707 ATTTGGTAAG
* * * * * * *
270717 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATG--ATTTGAAATACATAATTGTTGAAATGGCC
1 CAATTG-TTTATGATAAAATAAAAGGTCA-AA-GCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** * * * * * * *
270780 ATAATTATTTAAACCGATTCGATAAACT-GACTTAGTTTTT-AAATCTCTAACTTATCAATTTTG
63 ATAACTATTTAAA-TTATTCAATAAA-TAGAATTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT
* *** *
270843 A-AATATTGATAAATTAAG-ATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-GAAA
125 AGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TGTATGAA-TAGAAA
* * * *** *
270897 CAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
1 CAATTG-TTTATGATAAAATAAAAGGTCAAAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* **
270962 AAGTATTTCAAATTATTCAATAAATAGAATTATTTTTTAAAATTTCTTGTTTATTAATTTTT-GA
65 AACTATTT-AAATTATTCAATAAATAGAATTATTTTTTAAAATTT-TTACTTATTAATTTTTAGA
* * *
271026 ATGTAAATAAATTAGTATTATTTTATCTCAAATAAGCATGTATGAACTA-AAA
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TGTATGAA-TAGAAA
* * * * * *
271078 CAATTATTTCATGACT-AAATGAAAGTTCAGAGCAATTTGAAATGGATAATTGTTCTAATAGTC-
1 CAATTGTTT-ATGA-TAAAATAAAAGGTCAAAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * **** * * **
271141 TCAACTATTTGAACTATTTGGCAAACA-AATTTATTTTTTTAAATTTCCAACTTATTAATTTTTA
64 T-AACTATTTAAATTATTCAATAAATAGAA-TTATTTTTTAAAATTT-TTACTTATTAATTTTTA
* * ** * *
271205 AAATATT-AT-AATATAGTATTATTCTATTTTGAATAAACTCGTACGAATAGAAA
126 GAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-GTATGAATAGAAA
* *
271258 CAATTGTTT-TAGAATAAAATAAAAGGTCATAAG-AGTTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTC
1 CAATTGTTTAT-G-ATAAAATAAAAGGTCA-AAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* *** ** *
271321 ATAACTATCTAAACTCCCTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
63 ATAACTATTTAAA-TTATTCAATAAATAGAATTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTA
* * * *
271385 GAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAACAAGCTTTTATGAATAGAAA
126 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TGTATGAATAGAAA
* *
271439 CAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
1 CAATT-GTTTATGATAAAATAAAAGGTCA-AAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * * * *
271503 TTACTATTTGAACGTGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGG
64 TAACTATTT-AAATTATTCA-ATAAATAGAATTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * * *
271567 AATATTAATAAATTTA-AATTACTATA-TTCAAAATAAACATGCATGAATAGAAC
127 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGC-TGTATGAATAGAAA
* * * * **
271620 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA--AGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGGTAGTC
1 CAATTG-TTTATGATAAAATAAAAGGTCA-AAGCA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
271683 ATAACTATTTGAACTTATTCAGTGAACA-AA-T-TTTTTT--AATTCTCTTACTCATTAATTTTT
63 ATAACTATTT-AAATTATTCAATAAATAGAATTATTTTTTAAAATT-T-TTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
271743 -GCAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAATAAGATTATATGAACAAAAA
125 AG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTGTATGAATAGAAA
* * * * * *
271798 TAATTGTTTTAATTACAAAAGAAAAGGTCATAATG--ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
1 CAATTG-TTT-ATGATAAAATAAAAGGTCA-AA-GCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * ** * *
271861 CATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATAGGTATTTTTT-AAATCATTTACTTATTAA-TTAT
62 CATAACTATTT-AAATTATTCAATAAATAGAATTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
271924 CGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAACCTTGTATGAACAAAAA
125 AG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGC-TGTATGAATAGAAA
* * * * * * *
271980 CAATTGTTTTATG-TCAAAACAAAAAGTCATCA-CAAGTTGAAATAAATAATTGCTCTAATAGTC
1 CAATTG-TTTATGAT-AAAATAAAAGGTCA-AAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *** * * * *
272043 ATAACGATTTGAATTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACCTATTAATTGTCT
63 ATAACTATTT-AAATTATTCAATAAATAGAATTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATT-T-T
** *
272107 T--AATATTAATAAATGT-GTATTATTTTA-TTCGAAATGGGCTTTGATGAATAGAAA
124 TAGAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTGT-ATGAATAGAAA
* ** * * * * ** * * * *
272161 -ATATTATTTTATGACGAGACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAAAAGATAATTGTTCAAACAATCA
1 CA-ATT-GTTTATGATAAAATAAAAGGTCAAAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *
272225 TAATTATTTAAACTTGTTCAATAAA-AAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTTA-TTATTAATTTTT
64 TAACTATTTAAA-TTATTCAATAAATAGAA-TTATTTTTTAAAAT-T-TTTACTTATTAATTTTT
* * * *
272287 AGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TTTATATAATTGAAA
125 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTGTAT-GAATAGAAA
* * * * * *
272341 TAATTTTTTTTATGA-CAAA-AAAAGATACATAA-TAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
1 CAA--TTGTTTATGATAAAATAAAAGGT-CA-AAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *** * * * ** * * * *
272403 CATGATTATTT-GATCTAGTTTGGTAAACATATTTATGCTTTAAACTTTCTACTTATTAATTATC
62 CATAACTATTTAAAT-TA-TTCAATAAATAGAATTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTT
* * * *
272467 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCA-TTCGAATAAGCTTGTATAAACAGAAA
125 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGC-TGTATGAATAGAAA
* * * * * * * *
272522 TAATTTTTTA-AATAGAACAAAAGGTCATAA-CGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCAT
1 CAATTGTTTATGATAAAATAAAAGGTCA-AAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
272585 AATTATTTGAACTAGATT-GATAAATAGATTTTATTTTTT-AAA--TAT-CTTATTAATTTTTTA
65 AACTATTT-AAAT-TATTCAATAAATAGA-ATTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAA-TTTTTA
* * ** *** * * * * * *
272645 -AATATCAATAAAATAGCCTTCCCTTA-TTCTGAATAA-ATTTATACAAACAAAAA
126 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTGTAT--GAATAGAAA
* * * * * * * *
272698 CATTTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAA-CGATTTGAAATAGATAATTGCTAAAATAGTCA
1 CAATTG-TTTATGATAAAATAAAAGGTCA-AAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * * *
272762 TAATTATTTGAACTGGTT-AAGTCAACATAATTATTTTTT-AAATATTTTACTTATTAATTTTTT
64 TAACTATTT-AAATTATTCAA-TAAATAGAATTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTT
** * * *
272825 A-AATATTAAGGAATTCA-T-TTATTTTATTCCAAATAAGGTAGTATGATTTCA-AAA
125 AGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-GTATGA-AT-AGAAA
* * ** * * *
272879 AATACTTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATG--ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA-
1 CA-A-TT-GTTTATGATAAAATAAAAGGTCA-AA-GCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
272941 TTATTAAATATTTGAATTGGTTCAACAAACA-AACTTATTTTTT--AATTCTCTTAGTTATTAAT
61 TCA-TAACTATTTAAATT-ATTCAATAAATAGAA-TTATTTTTTAAAATT-T-TTACTTATTAAT
* * ** *
273003 TTTTAGAATATTATTAGATTAGTATTATTTT-TTTTTAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAA
121 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TGTATGAAT-AGAAA
* * * * * ** * * * *
273061 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-CAATTTGAAGTTTACAATTGTCCGAATA-CCT
1 CAATTG-TTTATGATAAAATAAAAGGTCA-AAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-
* * * ** * *
273124 ATAACTATTTGAACTAGTTTAATAAGCAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-
63 ATAACTATTTAAATTA-TTCAATAAATAGAATTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTA
* * * * *
273187 GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATG-TTCAAAAA
126 G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TGTATGAAT-AGAAA
* ** * * * * * ** *
273242 CAATTATTATATGACCAAACAAAAGGT-AATG-ACATTTGAAATAGATAATTATTGATAGGGCCA
1 CAATTGTT-TATGATAAAATAAAAGGTCAAAGCA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * *** * * *
273305 TAATTATTTGACCTAATTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATTACTTT-CTTTTTAATTTTT-
64 TAACTATTT-AAATTATTCAATAAATAGAATTATTTTTTAAAATT--TTTACTTATTAATTTTTA
* *
273367 GAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTA--T----GAA-----ATGAA-A-AAA
126 G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTGTATGAATAGAAA
** * * * * *
273408 TTA-T-TTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATG--ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATGGTCT
1 CAATTGTTTATGATAAAATAAAAGGTCA-AA-GCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * * * * *
273469 TAATTGTTTGAACTACTTCAACAAACAGATTTA-TTTTTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGG
64 TAACTATTTAAATTA-TTCAATAAATAGAATTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAG
* * * *
273533 AATATTATTAAAGTAATATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAA
127 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGC-TGTATGAATAGAAA
* * * * * * * * * *
273586 GAATTATTTTATAACAGAACAAAATGTTATAATG--ATTTGAAATATATAATTGTTTAAAT--T-
1 CAATT-GTTTATGATAAAATAAAAGGTCA-AA-GCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
** ** ** ** * ** *
273646 -GGA--A-TT---GGA-TCGGTAAACCGATTTATTTTTT-AAATCTCCTACTTATTAGTTTTT-G
63 ATAACTATTTAAATTATTCAATAAATAGAATTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAG
** *
273701 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTAT-AAT-GAAAA
127 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TGTATGAATAG-AAA
* * * ** * * * *
273754 GCAATTGTTTTATG-CAAAACAAAAGTTTGTAA-TAATTTGAAATACATAATTGCTCAAATGGTC
1 -CAATTG-TTTATGATAAAATAAAAG-GTCAAAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * ** * * * * * **
273817 ATAATTATTTGAACTGATTTGATAAATTGATTTA-TTTTT-ATATCTCTAACTTAGCAATTTTT-
63 ATAACTATTT-AAATTATTCAATAAATAGAATTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * *
273879 GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAATTGAAA
126 G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TGTATGAATAGAAA
* * *** * * *
273934 CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTATATAGATAATTGTTGAAATAGTCAT
1 CAATTG-TTTATGATAAAATAAAAGGTCAAAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * ** *
273999 AACTACTTGAACTTATTCAGTAAACAGAATTATTTTTAAAAATTTTTTGTTTATTAAATTTTT-T
65 AACTA-TTTAAATTATTCAATAAATAGAATTATTTTTTAAAA-TTTTTACTTATT-AATTTTTAG
* * *
274063 AATGTTAATAAATTAGTATTGTTTTTTTTCAAATAAGC
127 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
274101 ATGACTAAAT
Statistics
Matches: 2473, Mismatches: 529, Indels: 402
0.73 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
163 25 0.01
164 87 0.04
165 5 0.00
166 5 0.00
167 2 0.00
168 43 0.02
169 77 0.03
170 10 0.00
171 1 0.00
172 1 0.00
174 9 0.00
175 6 0.00
176 52 0.02
177 32 0.01
178 138 0.06
179 244 0.10
180 658 0.27
181 775 0.31
182 169 0.07
183 123 0.05
184 11 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
CAATTGTTTATGATAAAATAAAAGGTCAAAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTAAATTATTCAATAAATAGAATTATTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTGTATGAATAGAAA
Found at i:271409 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 270717--272047 Score: 977
Period size: 361 Copynumber: 3.7 Consensus size: 360
270707 ATTTGGTAAG
* * * * ** * * * *
270717 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATACATAATTGTTGAAATGGCCAT
1 CAATTGATTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT
* * * ** * * * *
270782 AATTATTTAAACCG-A-TTCGATAAACTGACTTA-GTTTTTAAATCTCTAACTTATCAA-TTTTG
66 AACTATTTGAA-CGTATTTAGA-AAACAAATTTATTTTTTTAAATTTCTAACTTATTAATTTTTG
* * * * *
270843 AAATATTGATAA-ATTAAGATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTT
129 AAATATTAATAATA-T-AGATTATTATATTTTGAATAAAC-TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTT
* * * * *
270906 TATGATAAAACAAAATGTCATATTTA-TTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTT
190 TATGATAAAACAAAAGGTCATA--AAGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCT
* * **
270970 CAAATTATTCAATAAATAGAATTATTTTTTAAAATTTCTTGTTTATTAATTTTTGAATGTAAATA
253 CAAATCACTCAATAAATAGAATTATTTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAATGTAAATA
* *
271035 AATTAGTATTATTTTATCTCAAATAAGCATGTATGAACTA-AAA
318 AATTAGAATTATTTTATCTCAAACAAGCATGTATGAA-TAGAAA
** * * *
271078 CAATT-ATTTCATGACT-AAATGAAAGTTCAGAGCAATTTGAAATGGATAATTGTTCT-AATAGT
1 CAATTGATTT-ATGA-TAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGT
* * *
271140 C-TCAACTATTTGAAC-TATTTGGCAAACAAATTTATTTTTTTAAATTTCCAACTTATTAATTTT
63 CAT-AACTATTTGAACGTATTTAGAAAACAAATTTATTTTTTTAAATTTCTAACTTATTAATTTT
* * *
271203 TAAAATATT-ATAATATAGTATTATTCTATTTTGAATAAACTCGTACGAATAGAAACAATTGTTT
127 TGAAATATTAATAATATAG-ATTATTATATTTTGAATAAACT-GTATGAATAGAAACAATTGTTT
* *
271267 TA-GAATAAAATAAAAGGTCATAAGAGTTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCT
190 TATG-ATAAAACAAAAGGTCATAA-AGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCT
* ** * * *
271331 -AAACTCCCTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAGAATTTTA
253 CAAA-TCACTCAATAAATAGAATTATTTTTTAAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTT-GAATGTAA
* * *
271393 ATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAACAAGCTTTTATGAATAGAAA
315 ATAAATTAGAATTATTTTATCTCAAACAAGCATGTATGAATAGAAA
* *
271439 CAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT
1 CAATTGATTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT
* * * * * * *
271504 TACTATTTGAACGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAATTT-TTACTTATTAATTTTTGGA
66 AACTATTTGAACGTATTTAGAAAACAAATTTATTTTTTTAAATTTCTAACTTATTAATTTTTGAA
* * * *** * *
271568 ATATTAATAAATTTAAATTACTATATTCAAAATAAACATGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATG
131 ATATTAAT-AATATAGATTATTATATTTTGAATAAAC-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * *
271633 ACAAAACAAAAGGTCATAAAGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGGTAGTCATAACTATTTGAACT
194 ATAAAACAAAAGGTCATAAAG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTCAAAT
* * * * * * * *
271698 TATTCAGTGAACA-AA-T-TTTTTT--AATTCTCTTACTCATTAATTTTTGCAATATTAATAAAT
258 CACTCAATAAATAGAATTATTTTTTAAAATT-TCTTACTTATTAATTTTTG-AATGTAAATAAAT
* * * *
271758 TA-ATATTATTTTA-CTTCAAATAAG-ATTATATGAACAAAAA
321 TAGA-ATTATTTTATC-TCAAACAAGCA-TGTATGAATAGAAA
* * * * * * ** * * *
271798 TAATTGTTTTAATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
1 CAATTGATTT-ATGATAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
* * * ** *
271863 TGACTATTTGAAC-T-TGTTCGATAAACATAGGTA-TTTTTTAAATCATT-T-ACTTATTAATTA
65 TAACTATTTGAACGTAT-TTAGA-AAACAAATTTATTTTTTTAAAT--TTCTAACTTATTAATTT
* * * * * * *
271923 TCGAAATATTAATAA-ATTAATATTATTTTAATTTGAATAACCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
126 TTGAAATATTAATAATA-T-AGATTATTATATTTTGAATAAAC-TGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * *
271987 TTTATG-TCAAAACAAAAAGTCATCACAAG-TTGAAATAAATAATTGCTCTAATAGTCATAAC
188 TTTATGAT-AAAACAAAAGGTCAT-A-AAGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
272048 GATTTGAATT
Statistics
Matches: 779, Mismatches: 145, Indels: 93
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
357 1 0.00
358 7 0.01
359 88 0.11
360 211 0.27
361 321 0.41
362 142 0.18
363 9 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
CAATTGATTTATGATAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT
AACTATTTGAACGTATTTAGAAAACAAATTTATTTTTTTAAATTTCTAACTTATTAATTTTTGAA
ATATTAATAATATAGATTATTATATTTTGAATAAACTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAT
AAAACAAAAGGTCATAAAGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTCAAATCAC
TCAATAAATAGAATTATTTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGAATGTAAATAAATTAGAA
TTATTTTATCTCAAACAAGCATGTATGAATAGAAA
Found at i:272628 original size:18 final size:20
Alignment explanation
Indices: 272605--272648 Score: 56
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 20
272595 ACTAGATTGA
272605 TAAATAGATT-TT-ATTTTT
1 TAAATAGATTATTAATTTTT
**
272623 TAAATATCTTATTAATTTTT
1 TAAATAGATTATTAATTTTT
272643 TAAATA
1 TAAATA
272649 TCAATAAAAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
18 8 0.36
19 2 0.09
20 12 0.55
ACGTcount: A:0.39, C:0.02, G:0.02, T:0.57
Consensus pattern (20 bp):
TAAATAGATTATTAATTTTT
Found at i:273528 original size:164 final size:163
Alignment explanation
Indices: 273238--273559 Score: 380
Period size: 164 Copynumber: 2.0 Consensus size: 163
273228 TGAATGTTCA
* *
273238 AAAACAATTATTATATGACCAAACAAAAGGTAATGACATTTGAAATAGATAATTATTGATAGGGC
1 AAAACAATTATTATATGACAAAACAAAAGGTAATGA-ATTTGAAATAGATAATTATTCATAGGGC
* **** * * *
273303 CATAATTATTTGACCTAATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTACTTTCTTTTTAATTTTTG
65 CATAATTATTTGAACTAATTCAACAAACAGATTTATTTTTCAAATTACTTACTTATTAATTTTTG
*
273368 AAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATGAAATG
130 AAATATTAATAAACTAATATTATTTTATGAAATG
* * *
273402 AAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATG
1 AAAACAATTATTATATGACAAAACAAAAGGT---AATGAATTTGAAATAGATAATTATTCATAGG
* * * * *
273465 GTCTTAATTGTTTGAACTACTTCAACAAACAGATTTATTTTTCAAATCT-CTTAGTTATTAATTT
63 GCCATAATTATTTGAACTAATTCAACAAACAGATTTATTTTTCAAAT-TACTTACTTATTAATTT
* * *
273529 TTGGAATATTATTAAAGTAATATTATTTTAT
127 TTGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAT
273560 TCTAAATAAG
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 22, Indels: 8
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
163 24 0.18
164 103 0.78
165 1 0.01
166 4 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (163 bp):
AAAACAATTATTATATGACAAAACAAAAGGTAATGAATTTGAAATAGATAATTATTCATAGGGCC
ATAATTATTTGAACTAATTCAACAAACAGATTTATTTTTCAAATTACTTACTTATTAATTTTTGA
AATATTAATAAACTAATATTATTTTATGAAATG
Found at i:274034 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 273695--274036 Score: 404
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 179
273685 TACTTATTAG
* * *
273695 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATAATGAAAAGCAATT
1 TTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAATGAAAAGCAATT
* ** * * *
273760 GTTTTATGCAAAACAAAAGTTTGTAATAATTTGAAATACATAATTGCTCAAATGGTCATAATTAT
66 GTTTTATGCAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATACATAATTGCTCAAATAGTCATAACTAC
* ** *
273825 TTGAACTGATTTGATAAATTGATTTATTTTTATATCTCTAACTTAGCAA
131 TTGAACTGATTAGATAAACAGAATTATTTTTATATCTCTAACTTAGCAA
*
273874 TTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTT-AGATAAGCTTTTATGAATTG-AAA-CA
1 TTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTAT-AA-TGAAAAGCA
* * * * * * * *
273936 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTATATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAA
63 ATTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATACATAATTGCTCAAATAGTCATAA
*
274001 CTACTTGAACTTATTCAG-TAAACAGAATTATTTTTA
127 CTACTTGAACTGATT-AGATAAACAGAATTATTTTTA
274037 AAAATTTTTT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 23, Indels: 9
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.01
179 58 0.43
180 73 0.54
181 3 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
TTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAATGAAAAGCAATT
GTTTTATGCAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATACATAATTGCTCAAATAGTCATAACTAC
TTGAACTGATTAGATAAACAGAATTATTTTTATATCTCTAACTTAGCAA
Found at i:275007 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 274125--280197 Score: 1641
Period size: 181 Copynumber: 33.9 Consensus size: 179
274115 GGTTAGAACA
* * * * * * * * * * *
274125 ATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAATCTTAACTATTTAAACTAGCTCAGTAAATACATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-AAACAGATTTA-T
** * * * * * *
274190 TTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGAAATATTTTACTCT-GAAT
64 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAAAT
** * * * *
274253 ATGCCTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAGCG
127 AAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * *
274305 ATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTCA-TTGAA-TTGGTTTAATAAATAGATTT
1 ATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTT-GTTT-AGAAACAGATTT
**
274367 AGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTAA
62 A-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAA
** * * * *
274428 TAATTTTGTGTGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGCCATAACG
126 TAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * *
274482 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTATTCAATAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TAGAAACAGATTTA-T
*** * * **
274547 TTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-ATAACATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATA
64 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATA
* * * * * *
274611 AACTTATATGAATAGAAATAATCATTTTATGACCAAACAAAAGATCATAATG
128 AACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * *
274663 ATTTGAATTAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTCGCTCA-ATAAGCAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AA-CAGATTTA-
* * *
274727 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTCAAAATA
63 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATA
* * **
274792 AGCTTTTAT-AGATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
128 AACTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * *
274844 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTAGTTATAACTATTTGAACATGTTTAGAAGACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAA-ACAGATTTATT
* * * *
274909 TTAAAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAGTAAACTTA-TATTATTTTATTTAAAATA
65 TT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTAAAATA
* ** * * * *
274972 AGCTTCCATGAATAGAACCAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATG
128 AACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
275024 TTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTT-AAATATGATCTATG-AATAGATTCA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TG-TTTA-GAAACAGATTTA
* * * *
275087 -TTTTAGAATTCTCTTACTCATTAATATTT-AGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTGAA
63 TTTTTA-AA-TCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAA
* * * * * **
275149 ATAAACTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATTACAAAATAAAAGGTGATAGTG
125 ATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
275204 ATTTGAAATAAATAATTAGTT-AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-AAACAGATTTA-
* * * * * ***
275268 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAACAATAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATA
63 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATA
* * * * * *
275333 AACTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAATA-GTCATAACA
128 AACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACG
* ** *
275385 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAC----TTATAAACAGATTTATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAACAGATTTATTT
*
275446 TTAAATCTTTTACTTATTAATTCTCTTG--ATATTACTAAATT-GTATTATTTTAATTT-AAATA
66 TTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAAATA
* * * ***
275507 AACTTGTATG-ATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTT
128 AACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
275558 ATTTCAAATAGATAATTATTTAAACTTGTTGGATACACAAATTT--A-TT-TTT----A-A-A--
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAG-T-CATA-AC-TATTTGAACTTGTTTAGAAACAGATT
* * * * *
275611 T-CTCTT--A---TTTA-TTA--AA-TTTTGAAATATTAATAACTTACTATTATTTTATTTTAAA
61 TATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAA
* * * *
275666 TAAGCTTAG-ATGAACT-GAAATAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACA
126 TAAACTT-GTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
275719 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAAGTAAAAAAAAATTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG--AAACAGATTTA-
** * * * *
275784 TTTTTAAATCCCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTA-TTTATTCT-GAT
63 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TAAAA
* * * * *
275846 TAAACTAGTGTGAATTTGAAA-ATTTTGTTTTATGACAAAACAAAA----AT---G
126 TAAACTTGTATGAA-TAGAAACA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * ** * * * *
275894 ACTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTGAAC-TGATTCAACAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TT-TAGAAACAGATTTA-
* * * * * * * ** *
275958 TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAGATTCA-TATTATTTTATTTTGATT
63 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTAAAAT
* * * * * * * *
276022 AAGCTTATATG-AT-CAAA-AATAATTGTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATG
127 AAACTTGTATGAATAGAAACAATTATT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* ** * * *
276073 A-TTCAAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGTAAACTGATTTA
1 ATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAG-AAACAGATTTA
* * * **
276136 TTTTTTAAA---TTT-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTCATTCATTAT
63 -TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAAT
* * * * * * **
276197 AAACTTGTATGATTAAAAACAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGTAATAGTG
127 AAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * *
276250 ATTTAAAATAGATAATTGTTGAAAT-GGC----C-A--T-AA-TTATTT--AAACAGATTTACTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAACAGATTTA-TT
* * * **
276303 TTTAAA-CTACTTACTTATTAA-TTTTCAACATATTAATGAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
65 TTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATA
** * * **
276366 GGCTTGTATAAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
128 AACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * ** * * *
276418 ATTTTAAATA-AGCAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-AAACAGATTTA-
* * * * ** * * **
276482 TTCTTTTAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATA-TGGT-CA-TA--ATGATTTTAAAT-AAAT
63 TT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAAT
* * * * **** * * **
276540 -AA-TTGT-TCAAATAG--TC-ATTACTATTT-TGTCAAATCTTTTGCTTATTAATT
127 AAACTTGTAT-GAATAGAAACAATTA-T-TTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACG
* * * ** * * * * * * * *
276590 TTTTGAATGTTA-ATAAAT-TT-GGATTGT-TTTACTCTGAATAAACTTCTAAGATATGAAACA-
1 ATTTGAA--ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT--TTGAACTTGT---TTA-GAAACAG
* * *** *** * ** * * * *
276650 A-ATA-TTTTATGA-CTAAAAAAAAGGTCAGAACGATTGGAAATATATAAT-TATT-CTAATAGT
58 ATTTATTTTTA-AATCTTTTACTTA--T--TAA-TTTTTGAAATAT-TAATAAATTAGTATTA-T
** ** * * * * * * * *** **
276710 TTTAACT-ATTTGAACTAGT-TCGGCA-A-ACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
115 TTTATTTAAAATAAACTTGTAT--GAATAGAAACAATTATTTTAT-GA-C-AAAAC--A--AAAG
* * *
276771 TTTAAAAC-
171 GTCATAACG
* * * * * *** * *
276779 ATTATAAAATTAGTATTATTTTTAACTGAATAAGCTTCTATGA-TAAGAGACAATTGCTTTA-TA
1 ATT-TGAAA-TAG-ATAATTGTT--C-AAAT-AG--TC-ATAACTATTTGA-ACTTG-TTTAGAA
* * * *** * * * * * * * * * *
276842 ACAAAATGAAGATCATAA-CGATTTGAGATTGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
54 ACAGATTTATTTTTA-AATC--TTTTA-CTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAA--ATTAGTAT
* * * * ** ** * *
276905 TAGTTTGA--T-AAACAGA-TT-TATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATATACTTATA
112 TA-TTTTATTTAAAATAAACTTGTATGAATAGAA--ACAATTATTTTATGAC-AA-A-AC-AAAA
*
276964 --TGA-AAC-
170 GGTCATAACG
* *** * ** * ** * *
276970 AATTGTTTTATGACAA---AACAAATGGTCATAAGGATTTGAAATAGATAATCGTTCA-AATGAC
1 ATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG--A-A-CT--T-GTTTAGAA--A-
* * * * * * * * * * * *
277031 CATAATTA-TTTTAACTGATTTAACAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTGG
55 CAGATTTATTTTTAAAT-CTTTTAC---T-TATTAATTTTTGAAA--TATTA---ATAAATTAGT
** * * * * ** ** * * * * *
277095 AAAATATTA-ATAAATTATTATTA-TTTTATTCCATCTAAGC--TCATATTA--ACTGAAACAAT
110 ATTATTTTATTTAAA--A-TA-AACTTGTA-TGAATAGAAACAATTATTTTATGAC-AAAACAAA
* * * * *
277154 TGTTTTATGACAA
169 AG-GTCATAAC-G
*** * *
277167 ATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGAGAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATTTGTT
1 ATTTGAA----AT-A-GA---T-AA-------TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * *
277232 CAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTGTTT-CTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAG
49 TAG-AAACAGATTTA--TTTTT-AAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* ** * * ** * * *
277296 TATTAATTTATTTTGAGTAAGCTTGTAT-AATCTCAAACAATTATTTTATGACTAATCAAAAAGT
109 TATTATTTTATTTAAAATAAACTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* *
277360 CAGAACA
173 CATAACG
* * * * * *
277367 ATTTGAAATAGATTATTGTTCTAATAGT-ATAACCAATTGAAC-TGATTCGACGAACA-ACTTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA--AACAGA-TTTA
* * * *
277429 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCAAAAT
63 -TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAAT
* * * * *** ** * * *
277494 AAGCTTGTACGAACA-AAACAAATGCCTTACAACAAAAAAAAAAGGTCAAAATG
127 AAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACG
** * * * ** *
277547 ATTTGAAATAGATAATCATTCATATAG-CATAGCTATTTGAAC-TGGTTAGGCAATTAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-G-AAACAGATTTAT
* * *** * ** * * * **
277610 TTTTTAATTTTCTTGGATATTAAGTTTCAAAATTTTATTAAATTAGCATTATTTTATTTCGAATA
64 TTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATA
* * * * * ** * * **
277675 AGA-TAGTATGAACATAACCAATTGTTCGATGACAAAATAAAAGGTTATAATA
128 A-ACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * ** *
277727 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT--T-A-GGTTTG-----G--T--AAACA-ATTTTTTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAACAGA-TTTATT
* * * * * ** *
277778 TTTAAATCTCTCACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCGAACAAA
65 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAA
* * * * * * *
277843 CTTATATTAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAAG
130 CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * * ** * * *
277892 ATTTGGAATGGAAAATTTTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGCTCGGTAAATAAAATTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-AAACAGATTTATT
* ** * * *
277957 TTCTAAATCTCTTACTTACAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCT-GAATA
65 TT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAAATA
* * * * * * * *
278021 AGCTTGTATGAGCT-GGAATAATTGTTTTATGACAAAGCAGAAGGTCATAACA
128 AACTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * ** * * * * * *
278073 ATTTGAAATAAATAATTATTCTTATAGTCTTAATTGTTAGAACTAG-TTCGACAA-ATGAATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGA-AACA-G-ATTTA
* * * * **
278136 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-ATAATATTACTAAATTAGTACTATTTTATTCCAAA
63 -TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAA
* * * * * * * *
278200 TAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAAA-AAAAGGTTATAACA
126 TAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACG
* * * * *
278254 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTAAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TAGAAACAGATTT-AT
* * * * * *
278319 TTTCAAATC---T-CTTATTAATTCTTAAAATATTAGTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
64 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAA
* * * * *
278380 GCATGTGTG-TTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATTAACG
129 ACTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACG
* * * *
278431 ATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAA-TTGATTTAGTAAAAAGATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTTAG-AAACAGATTTA
* * * * * *
278494 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGGAATATTTATTTTTTTGTTTT
63 -TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AA--ATTA-GTA-TTATTT-TATT
* * * * * * *
278559 TAGAA-AAGCTTTTACGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
121 TAAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * ** *
278617 ATTTTAAAAATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-AAACAGATTTA-T
* * * * * **
278682 TTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTG-AATGTTATTAAATGAG-AGTTATTTTATTCCAAAT
64 TTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTAAAAT
* * * **
278745 AAGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTATATGACTGAACAAAAGGTCAT-A-G
127 AAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * ** *
278796 A--T--AAT---T-A---TTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGGCAAACACATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-AAACAGATTTATT
* * * * **
278850 ATTTAAATC---T-CTTATTGATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTGTTATTGTTA-TCCAAATA
65 -TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTAAAATA
* * * * *
278910 AGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCACAATG
128 AACTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * ** * *
278961 ATTTCATATTGATGTTTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAA-TTGGTTTGGAAACA-ACTGTAG
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGAAACAGA-TTTA-
* * * * ***
279023 TTTTTAAATCTTTTGCTTATTAGTTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGATA
63 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATA
** * * * * * *
279088 AGTTTTTACGAACTA-AAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACA
128 AACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * *
279140 ACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAATCA-AATCTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA
1 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTAG-AAACAGATTTA
* * * * * * *
279203 TTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTGTTCT-GA
63 --TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAA
* * * * * * *
279266 ATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAA-TAGTTTTATGACCAAAGAAAAGGTTAAAATG
125 ATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * *
279321 ATTTGAAATAGAAAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTCGACAAACACATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TAGAAACAGATTTA-T
* * * * * * *
279386 TTTTAAATCTCTTACTTATTAA----T--ACTA-T--TAAAGTAATATTATTTAATAT-GAATAA
64 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAA
* * * * *
279441 ACTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA-TAAAGATCATAACG
129 ACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * *
279491 ATTCGAGATAGATAATTATTTAAATAGTCATAGCTATATGAAC-TGTTTCGATAAACAAATTTAG
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT--AGAAACAGATTTA-
* * * * * **
279555 TTTTTAAATC---T-CTTCTTAATTTTTAAAATATTAATAGATAAATATTATTTT-TTTTGAATA
63 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATA
** * * * *
279615 ATTTTGCATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
128 AACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * *
279667 ATTTGAAATAGATCATTGTTCAAATGGACATGATTATATGAATTTGTTCAGTAAACA-ATTTTTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-AAACAGATTTATT
** * * **
279731 TTTAAATCTCCTACCTAATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
65 TTTAAATCTTTTA-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATA
* ** **
279795 AACTTGTATGAATACAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAATT
128 AACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * ** * * *
279847 ATTTGAAATAAATAATTATTTAAACATTCATAACTATTTGAACGTGCTCGATAAACGGTTTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGAAACAGATTTA-T
* * * *
279912 TTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATAC
64 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAA
* * *
279977 ACTTGTATGAACAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT
129 ACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * * * * *
280028 CTTTCAATTAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATATTCAAAAAAGAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TAGAAACAGATTTA-T
* * * * **
280093 TTTTAAAT-TATTACTTAATAATTTTTGGAATACTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATA
64 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTAAAATA
* * * * * *
280156 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTTTAACAAAATAAAA
128 AACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
280198 TGCCATAGCT
Statistics
Matches: 4367, Mismatches: 1103, Indels: 846
0.69 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
156 4 0.00
157 1 0.00
158 7 0.00
159 3 0.00
160 20 0.00
161 67 0.02
162 10 0.00
163 25 0.01
164 80 0.02
165 57 0.01
166 58 0.01
167 39 0.01
168 142 0.03
169 15 0.00
170 78 0.02
171 60 0.01
172 66 0.02
173 68 0.02
174 119 0.03
175 221 0.05
176 187 0.04
177 261 0.06
178 113 0.03
179 170 0.04
180 836 0.19
181 1043 0.24
182 124 0.03
183 29 0.01
184 8 0.00
185 12 0.00
186 110 0.03
187 38 0.01
188 9 0.00
189 17 0.00
190 8 0.00
191 21 0.00
192 14 0.00
193 3 0.00
194 11 0.00
195 15 0.00
196 22 0.01
197 24 0.01
198 13 0.00
199 19 0.00
200 17 0.00
201 14 0.00
202 22 0.01
203 4 0.00
205 4 0.00
206 2 0.00
207 12 0.00
208 6 0.00
209 6 0.00
210 1 0.00
211 8 0.00
212 6 0.00
213 1 0.00
214 1 0.00
216 16 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAACAGATTTATTT
TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAAC
TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
Found at i:275290 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 274125--276516 Score: 1509
Period size: 361 Copynumber: 6.8 Consensus size: 358
274115 GGTTAGAACA
* * * * * * * * *
274125 ATTTGAAATAAATAATTA-TTCTAATAATCTTAACTATTTAAACTAGCTCAGTAAATACATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTAT
* * * * * * *
274189 TTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGAAATATTTTACTCTGAATA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAACATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATA
** * * * * *
274254 TGCCTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGATCATAGCGATTT-AAGATAGA
130 AACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAA-ATAAA
* * * * *
274317 TAATTATTCAAATAGTCATAACTCA-TTGAATTGGTTTAATAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC
194 TAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTAAATTGATCT-AT-AACAGATTTA-TTTTTAAATCTC
* ** *
274379 -T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTAATAATTTTGTGTGAA
255 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAACTTGTATGAA
* * *
274442 TAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGCCATAACG
319 TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
274482 ATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTATTCAATAAACATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTAT
** * *
274546 TTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTATAACATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAACATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATA
* * * * * * *
274611 AACTTATATGAATAGAAATAATCATTTTATGACCAAACAAAAGATCATAATGATTTGAATTAAAT
130 AACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAAT
* * * * *
274676 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAACTCGCTCAATAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
195 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTGATCTATAA-CAGATTTA-TTTTTAAATCTCTT
* * * * *
274741 ACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTAT-AGAT
257 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAACTTGTATGA-AT
**
274805 AGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
320 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * *
274844 ATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAGTAGTTATAACTATTTGAACATGTTTAG-AAGACATATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAA-ACATATTTA
** * * * * * *
274907 TTTTAAAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAGTAAACTTA-TATTATTTTATTTAAAA
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAACATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-GAA
* ** * * * * * *
274970 TAAGCTTCCATGAATAGAACCAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAG
128 TAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATAA
* * *
275035 ATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAAATATGATCTATGAATAGATTCA-TTTTAGAATTCT
193 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAT-TGATCTAT-AACAGATTTATTTTTA-AA-TCT
* * *
275099 CTTACTCATTAATATTT-AGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAACTTATATG
254 CTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAACTTGTATG
* * * * **
275162 AATTGAAACAATTATTTTATTACAAAATAAAAGGTGATAGTG
317 AATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * *
275204 ATTTGAAATAAATAATTAGTT-AAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTAT
* * * * **
275268 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-GAAACAATAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAAT
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AACATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAT
* * * * *
275332 AAACTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAATAG-TCATAACAATTTGAAATAA
129 AAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAA-AGATCATAACGATTTGAAATAA
** * *
275396 ATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTT-A--TA-AACAGATTTATTTTTAAATCTTTT
193 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGATCTATAACAGATTTATTTTTAAATCTCTT
*
275457 ACTTATTAATTCTCTTG--ATATTACTAAATT-GTATTATTTTAATTTAAATAAACTTGTATG-A
257 ACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAACTTGTATGAA
* *
275518 TAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAA-G-------G
319 TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
275550 --TT---ATAG----TTATTTCAAATAG--ATAATTATTTAAACTTGTT-GGATACACAAATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTA
* * * * * *
275603 -TTTTTAAATCTCTTATTTATTAAATTTT-GAAATATTAATAACTTACTATTATTTTATTTTAAA
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AACATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAA
* * * * * *
275666 TAAGCTTAG-ATGAACT-GAAATAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
128 TAAACTT-GTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * *
275728 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGT-TAAGTAAAAAAAAATTATTTTTTAAA
191 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATCT-A-T--AACAGATTTA-TTTTTAAA
* * * * * *
275792 TCCCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTA-TTTATTCTGATTAAACTAGT
251 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TAAATAAACTTGT
* * * *
275855 GTGAATTTGAAA-ATTTTGTTTTATGACAAAACAAAA----AT---G
314 ATGAA-TAGAAACA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * ** * ** *
275894 ACTTGAAATAGATAATT-GTTCATATAGTTTTAAATATTTGAAC-TGATTCAACAAACAAATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTTA
* * * * * * * *
275957 TTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAGATTCA-TATTATTTTATTTTGAT
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAACATTAATAAATT-AGTATTATTTTA-TTTGAA
* * * * * * * * * * *
276021 TAAGCTTATATG-AT-CAAA-AATAATTGTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGA-TTCAAAGT
128 TAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATT-TTATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAA-T
** * * * * *
276082 TTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-AGTTTGGTAAACTGATTTATTTTTTAAA-
191 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGA-TCT-AT-AACAGATTTA-TTTTTAAAT
* * * *
276145 -T-TT-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTCATTCATTATAAACTTGTAT
252 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTA-AATAAACTTGTAT
* * * * * * **
276207 GATTAAAAACAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGTAATAGTG
316 GAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
* * * * * *
276250 ATTTAAAATAGATAATT-GTTGAAAT-GGC----C-A--T-AA-TTATT---TAAACAGATTTAC
1 ATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTAT
* * *
276301 TTTTTAAA-CTACTTACTTATTAATTTTCA-ACATATTAATGAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
66 TTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTAGA-ACATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAA
** * * * * ** *
276364 TAGGCTTGTATAAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTTAAATA
128 TAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATA
** ** * * * *
276428 AGCAATTGTTCAAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTC-AGTAAACAAATTTATTTCTTTTAA-
192 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGATCTA-T-AACAGATTTA-TT-TTTAAAT
* *
276491 CTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATAT
252 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
276517 GGTCATAATG
Statistics
Matches: 1611, Mismatches: 315, Indels: 226
0.75 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
333 4 0.00
334 61 0.04
335 70 0.04
336 27 0.02
337 5 0.00
338 6 0.00
339 3 0.00
340 11 0.01
341 52 0.03
342 10 0.01
343 90 0.06
344 4 0.00
345 66 0.04
346 24 0.01
347 4 0.00
348 4 0.00
349 76 0.05
350 20 0.01
352 11 0.01
353 34 0.02
354 106 0.07
355 107 0.07
356 45 0.03
357 138 0.09
358 62 0.04
359 10 0.01
360 132 0.08
361 275 0.17
362 153 0.09
363 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
ATTTGAAATAGATAATTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTAT
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAA
ACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATA
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGATCTATAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTT
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAACTTGTATGAATAGAAAC
AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
Found at i:275697 original size:161 final size:160
Alignment explanation
Indices: 275438--275735 Score: 363
Period size: 161 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
275428 TTATAAACAG
* * * *
275438 ATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCTCTTGATATTACTAAATTGTATTATTTTAATTTA
1 ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATCTCTTGATATTAATAAATTCTATTATTTTAATTTA
* ***
275503 AATAAACTTGTATGATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTTATTTCAAATA
66 AATAAACTTGTATGATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATA
275568 GATAATTATTTAAACTTGTTGGATACACAA
131 GATAATTATTTAAACTTGTTGGATACACAA
* * *
275598 ATTTATTTTTAAATCTCTTATTTATTAAAT-T-TTGAAATATTAATAACTTACTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATCTCTTG--ATATTAATAAATT-CTATTATTTTAAT
* * * *
275661 TTAAATAAGCTTAG-ATGA-ACTGAAATAAT-TTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
63 TTAAATAAACTT-GTATGATA--GAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
*
275723 GAAATAGATAATT
125 CAAATAGATAATT
275736 GTTCAAATAG
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 16, Indels: 11
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
158 3 0.03
159 1 0.01
160 39 0.34
161 65 0.56
162 8 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (160 bp):
ATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATCTCTTGATATTAATAAATTCTATTATTTTAATTTA
AATAAACTTGTATGATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATA
GATAATTATTTAAACTTGTTGGATACACAA
Found at i:277355 original size:183 final size:181
Alignment explanation
Indices: 276923--277485 Score: 463
Period size: 183 Copynumber: 3.1 Consensus size: 181
276913 TAAACAGATT
* * *
276923 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT---TCGAA--T-ATACTTATA-TGAAACAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTCATA-TTA-ACTCAAACAATTATTTTAT
* ** * ** * * ** ** * *
276981 GACAAAACAAATGGTCATAAGGATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATGACCATAATTATTTTAAC
64 GACAAATCAAAAAGTCAGAACAATTTGAAATAGAGAATTGTTCAAAT-AGTATAACCAATTGAAC
** * **
277046 TGATTTAAC-AAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTGGAAAA
128 TGATTCGACGAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * *
277099 TATTAATAAATTATTATTATTTTATTCCATCTAAGCTCATATTAACTGAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTCATATTAACTCAAACAATTATTTTATGA
* * * ** * * * *
277164 CAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGAGAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATTT
66 CAAATCAAAAAGTCAGAACAATTTGAAATAGAGAATTGTTCAAATAGT-ATAACCAATTGAA-CT
* * *
277229 G-TTC-A-GTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTGTTTCTTATTAATTTTTCAAA
129 GATTCGACG-AAATAGATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * ** * **
277282 TGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGA-GTAAGCTTGTA-TAATCTCAAACAATTATTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATCTAAGCTCATATTAA-CTCAAACAATTATTTTAT
* ** *
277345 GACTAATCAAAAAGTCAGAACAATTTGAAATAGATTATTGTTCTAATAGTATAACCAATTGAACT
64 GACAAATCAAAAAGTCAGAACAATTTGAAATAGAGAATTGTTCAAATAGTATAACCAATTGAACT
* *
277410 GATTCGACGAACA-A-CTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
129 GATTCGACGAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
*
277462 TATTATTAAATTAGTATTATTTTA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA
277486 ATCAAAATAA
Statistics
Matches: 317, Mismatches: 51, Indels: 34
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 25 0.08
179 4 0.01
180 48 0.15
181 93 0.29
182 32 0.10
183 110 0.35
184 5 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTCATATTAACTCAAACAATTATTTTATGA
CAAATCAAAAAGTCAGAACAATTTGAAATAGAGAATTGTTCAAATAGTATAACCAATTGAACTGA
TTCGACGAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
Found at i:278908 original size:164 final size:167
Alignment explanation
Indices: 278628--278942 Score: 408
Period size: 164 Copynumber: 1.9 Consensus size: 167
278618 TTTTAAAAAT
* * * * *
278628 ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCT
1 ATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTATTTCAAA-CT
* *
278693 CTTGCTTATTAATTTTTGAATGTTATTAAATGAGAGTTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAA
65 CTTGCTTATTAATTTTTAAATATTATTAAATGAGAGTTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAA
*
278758 CTAAAACAATTATTATATGACTGAACAAAAGGTCATAG
130 CAAAAACAATTATTATATGACTGAACAAAAGGTCATAG
* *
278796 ATAATTATTCTAATAGTCT-TAACTATTTAAACTGGTTCGGCAAACACATTTATTATTT-AAA-T
1 ATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTAAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTATTTCAAACT
* * * *
278858 C-T-CTTATTGATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTGTTATTGTTA-TCCAAATAAGCTTGTATG
65 CTTGCTTATTAATTTTT-AAATATTATTAAATGAGAGTTATT-TTATTCCAAATAAGCTTATATG
* *
278920 ATCAAAAACAATTATTTTATGAC
128 AACAAAAACAATTATTATATGAC
278943 AAAACAAAGA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 16, Indels: 10
0.83 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 12 0.09
164 58 0.45
165 5 0.04
167 3 0.02
168 49 0.38
169 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (167 bp):
ATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTGGTTCGGCAAACAAATTTATTATTTCAAACTC
TTGCTTATTAATTTTTAAATATTATTAAATGAGAGTTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAAC
AAAAACAATTATTATATGACTGAACAAAAGGTCATAG
Found at i:279271 original size:523 final size:517
Alignment explanation
Indices: 277942--279836 Score: 1543
Period size: 523 Copynumber: 3.6 Consensus size: 517
277932 AACTAGCTCG
* * ** * * *
277942 GTAAATAAAATTA-TTTTCTAAATCTCTTACTTACAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTT
1 GTAAACAAATTTAGTTTT-TAAATCTCTT-CTTA-TTATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATT
* * * * * * * ** * *
278006 ATTCTATTCTGAATAAGCTTGTATGAGCTGGAATAATTGTTTTATGACAAAGCAGAAGGTCATAA
63 ATT-TTTTTTGGATAAGTTTTTACGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * ** * * * * * ** *
278071 CAATTTGAAATAAATAATTATTCTTATAGTCTTAAT-TGTTAGAACTAGTTCGACAAATGAATTT
127 CAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATCTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-CAATTT
* * * * * **
278135 A-TTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAATTTTTATAATATTACTAAATTAGTACTATTTTATTCCA
190 ATTTTTTTAAATCTCTT-GCTAATTAATTTTT-GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
* * * *
278198 AATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAAA-AAAAGGTTATAACAATTTGAAA
253 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGG----------TT-AAA
* * * * *
278262 TAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTAATTTTCAAAT
306 TAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACACATTT-ATTTTTAAAT
* * * * * * *
278327 CTCTTATTAATTCTTAAAATATTAGTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTGTGTTG
370 CTCTTATT-ATT-TTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TACAAATAAGCTTGTATGATA
* *
278392 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATTAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAAT
432 AAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCA-TAACGATTTCAAATAGAT-GTTGTTCAAAT
* * *
278456 -GGCTATAATTATTTGAATTGATTTA
494 AGTC-ATAACTA-TTGAATTGGTTTA
* * *
278481 GTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGGAATATT
1 GTAAACAA-ATTTAGTTTTTAAATCTCTT-CTTATT-ATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATA-T
* * * * *
278545 TATTTTTTTGTTTTTAGAAAAGCTTTTACGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
62 TA----TTT-TTTTTGGATAAGTTTTTACGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * *
278610 CATAACAATTTTAAAAATATAATTGTTCAAATAGTTATAA-CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
122 CATAACAA-TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATCTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-
* * * *
278674 AATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAATGTTATTAAATGAG-AGTTATTTTAT
185 AATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTAATTAATTTTTGAATGTTAATAAATTAGTA-TTATTTTAT
** * * ** *
278738 TCCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTATATGACTGAACAAAAGG-T-CATAGATAAT
249 TCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAATAGATAAT
* * * *
278801 TATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGGCAAACACATTTATTATTTAAATCTCTTATT
314 TGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACACATTTATT-TTTAAATCTCTTATT
* * *
278866 GATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTGTTATTGTTATCCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAA
378 -A-TTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATT-TTATACAAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAA
* * * *
278931 TTATTTTATGACAAAACAAAGATCACAATGATTTCATATTGATGTTTGTTCAAATAGTCATAACT
440 TTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTCAAATAGATG-TTGTTCAAATAGTCATAACT
278996 ATTGAATTGGTTT-
504 ATTGAATTGGTTTA
* * * * * *
279009 GGAAACAACTGTAGTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAGTTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTA
1 GTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTT-CTTATTA-TTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTA
* *
279074 TTTTATTTCGGATAAGTTTTTACGAACTAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAC
64 TTTT-TTTTGGATAAGTTTTTACGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * *
279139 AACTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATCA-AATCTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA
128 AA-TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATCTATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-ATTTA
* * *
279203 TTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTGTTCTGAAT
191 TTTTTTTAAATCTCTTGCTAATTAATTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
* * *
279268 AAGCTTGTATGAACTAAAATAA-TAGTTTTATGACCAAAGAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAG
256 AAGCTTGTATGAACTAAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAGGTT-AAAT-A---G--AT--
*
279332 AAAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTC
311 --AATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACACATTTA-TTTTTAAATCTC
* * * * ** *
279397 TTACTTA--TT--AATACTATTAAAGTAATATTATTTAATATGAATAAACTTGTATGA-AAAGAA
373 TTA-TTATTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATACAAATAAGCTTGTATGATAAA-AA
* * * * * * *
279457 ACAATTGTTTTATGATAAAATAAAGATCATAACGA-TTCGAGATAGATAATTATTTAAATAGTCA
436 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTC-AAATAGAT-GTTGTTCAAATAGTCA
* * *
279521 TAGCTATATGAACT-GTTTC
499 TAACTAT-TGAATTGGTTTA
* *
279540 GATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTCTTA--ATTTTTAAAATATTAATAGA-TAAATATTA
1 G-TAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTCTTATTATTTTTGAAATATTAATAAAGT-AATATTA
* * *
279602 TTTTTTTTGAATAA-TTTTGCATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
64 TTTTTTTTGGATAAGTTTT-TACGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * * *
279665 TGATTTGAAATAGATCATTGTTCAAATGGA-CATGAT-TATATGAATTTGTTCAGTAAACAA-TT
127 CAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAAT-AATCATAATCTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAATTT
** * *
279727 -TTTTTTTAAATCTCCTACCTAATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TC
190 ATTTTTTTAAATCT-CTTGCTAATTAATTTT-TGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-
*
279790 GAATAAACTTGTATGAA-TACAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
252 GAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
279837 TATCATAATT
Statistics
Matches: 1116, Mismatches: 179, Indels: 135
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
522 6 0.01
523 198 0.18
524 15 0.01
525 18 0.02
526 75 0.07
527 93 0.08
528 76 0.07
529 20 0.02
530 116 0.10
531 159 0.14
532 30 0.03
533 3 0.00
536 59 0.05
537 4 0.00
538 2 0.00
539 45 0.04
540 7 0.01
543 4 0.00
544 157 0.14
545 29 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (517 bp):
GTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTCTTATTATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATT
TTTTTTGGATAAGTTTTTACGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
TTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATCTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAATTTATTTTT
TTAAATCTCTTGCTAATTAATTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCT
TGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAATAGATAATTGTTCTAATAGT
CTTAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACACATTTATTTTTAAATCTCTTATTATTTTAAAATATT
ATTAAATTAGTATTATTTTATACAAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTATGACAAAA
CAAAGATCATAACGATTTCAAATAGATGTTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAATTGGTTTA
Found at i:279887 original size:526 final size:529
Alignment explanation
Indices: 278037--280070 Score: 1293
Period size: 523 Copynumber: 3.8 Consensus size: 529
278027 TATGAGCTGG
* * * ** *
278037 AATAATTGTTTTATGACAAAGCAGAAGGTCATAACAA-TTTGAAATAAATAATTATTCTTATAGT
1 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAAT
* * * * *
278101 CTTAAT-TGT-TAGAACTAGTTC-G-ACAA-ATGAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA-GTTATTA
65 C-AAATCTATAT-GAACTTGTTCAGTA-AACA-G-ATTTATTTTTTTAAATCTC-TACCTAATTA
* * * * * ** * * *
278159 ATTTTTATAATATTACTAAATTAGTACTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAAT
124 A-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTGTTCTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAAT
* * * * * ** * * *
278224 TGTTTTATGATAGAAA-AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAAC
188 AGTTTTATGACA-AAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAACAGTCATAAC
* * * * * *
278288 TATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTAATTTTCAAATCTCTTA-TTAATTCTTAA-AATATTA
252 TATTTGAACT-GTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-A---TTAATACTATTA
* * * * * * * * * *
278351 GTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTGTGTTGAAAAACAATTATTTTATGACAAAA
312 --A-AGTAATATTATTGTAATACAAATAAACTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * * * * * * * *
278416 CAAAAGGT-ATTAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAATTGATT
374 C-AAAGATCA-CAACGATTTCAGATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTA-TTGAACTGGTT
* * * * ** * *
278479 TAGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGGAATA
435 T-GGAAACAA-ATGTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTA-TAGTTTTTAAAATATTAATAAAGTAATA
* *
278543 TTTATTTTTTTGTTTTTAGAA-AAGCTTTT-ACGAACTAA
497 -TTA----TTT-TATTTCGAATAAG-TTTTCACGAACTAA
* * * * * * * *
278581 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTTAAAAATATAATTGTTCAAATAGTT
1 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATC
* * * * ** * *
278646 ATAA-CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
66 A-AATCTATATGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTACCTAATTAATTTTA
* * * * * ** * * *
278710 GAATGTTATTAAATGAG-AGTTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTA-TTA
130 GAATATTAATAAATTAGTA-TTAATTTGTTCTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAA-TAGTTT
** * * * *
278773 TATGACTGAACAAAAGGTC---AT-A---G--AT----AATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTA
193 TATGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAACAGTCATAACTATTTG
* * * *
278825 AACTGGTTCGGCAAACACATTTATTATTTAAATCTCTTA-TTGATTTTTAAAATATTATTAAATT
258 AACT-GTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-A---TT--AATACTATTAAAGT
* * * * * *
278889 AGTGTTATTGTTATCCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGAT
316 AATATTATTGTAATACAAATAAACTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGAT
* * * ** * * *
278954 CACAATGATTTCATATTGATGTTTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAATTGGTTTGGAAACAACT
381 CACAACGATTTCAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTGAACTGGTTTGGAAACAAAT
* * * *
279019 GTAGTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAGTTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTCG
446 GTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTA-TAGTTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCG
* *
279084 GATAAGTTTTTACGAACTAA
510 AATAAGTTTTCACGAACTAA
*
279104 AATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAACTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATC
1 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATC
* ** * ** * *
279169 AAATCTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTG
66 AAATCTATATGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTACCTAATTAATTTTAG
* * *
279234 AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTGTTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATAGTTTTAT
131 AATATTAATAAATTAGTATTAATTTGTTCTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATAGTTTTAT
* * * * * * * *
279299 GACCAAAGAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGAAC
196 GACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAACAGTCATAACTATTTGAAC
279364 TAGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATACTATTAAAGTAATATTATT
261 T-GTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATACTATTAAAGTAATATTATT
** * * * *
279429 -TAATATGAATAAACTTGTATGA-AAAGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAGATCATAACGA
325 GTAATACAAATAAACTTGTATGATAAA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCACAACGA
* * * *
279492 -TTCGAGATAGATAATTATTTAAATAGTCATAGCTATATGAACT-GTTTCGATAAACAAATTTAG
389 TTTC-AGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT-TGAACTGGTTT-G-GAAACAAATGTAG
* *
279555 TTTTTAAATCTCTT-CTTA-A-TTTTTAAAATATTAATAGA-TAAATATTATTTT-TTTTGAATA
450 TTTTTAAATCTCTTGCTTATAGTTTTTAAAATATTAATAAAGT-AATATTATTTTATTTCGAATA
*
279615 A-TTTTGCATGAA-TAGA
514 AGTTTT-CACGAACTA-A
** * * *
279631 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATCATTGTTCAAATGGA
1 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTATTCAAAT-AA
* *
279695 -CATGAT-TATATGAATTTGTTCAGTAAACA-A-TT-TTTTTTTAAATCTCCTACCTAATTAATT
64 TCA-AATCTATATGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCT-CTACCTAATTAATT
* *
279755 TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAACTTGTATGAA-TACAAACAATT
127 TT-AGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTGTTCT-GAATAAACTTGTATGAACTA-AAACAA-T
* * * *
279818 A-TTTTATGACAAAACAAAATATCATAATTATTTGAAATA-AATAATTATT-TAAACATTCATAA
188 AGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGAA-AATTATTCT-AACAGTCATAA
* * *** * * *
279880 CTATTTGAACGTGCTCGATAAACGGTTTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
251 CTATTTGAAC-TGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA----T--ACTA
* * * * * * * *
279945 TTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATACACTTGTATGA-ACAGAAACAATTAGTTTATGAC
309 -T--TAAAGTAATATTATTGTAATACAAATAAACTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGAC
* * **
280009 AAAACAAAAGGTCATAACTCTTTCA-ATTAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
370 AAAAC-AAAGATCACAACGATTTCAGA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTGAAC
280071 ATATTCAAAA
Statistics
Matches: 1212, Mismatches: 207, Indels: 149
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
522 14 0.01
523 191 0.16
524 14 0.01
525 21 0.02
526 148 0.12
527 93 0.08
528 77 0.06
529 19 0.02
530 114 0.09
531 147 0.12
532 29 0.02
533 5 0.00
534 6 0.00
535 15 0.01
536 99 0.08
537 47 0.04
538 4 0.00
540 1 0.00
541 1 0.00
543 3 0.00
544 135 0.11
545 27 0.02
546 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (529 bp):
AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTTAAATAGATAATTATTCAAATAATC
AAATCTATATGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTACCTAATTAATTTTAG
AATATTAATAAATTAGTATTAATTTGTTCTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATAGTTTTAT
GACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAACAGTCATAACTATTTGAAC
TGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATACTATTAAAGTAATATTATTG
TAATACAAATAAACTTGTATGATAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCACAACGATT
TCAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTGAACTGGTTTGGAAACAAATGTAGTTTTTA
AATCTCTTGCTTATAGTTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGTTTTC
ACGAACTAA
Found at i:280253 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 280232--280265 Score: 50
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
280222 AGTAAACAAA
*
280232 TTTACTTTTTAAATGT
1 TTTACTTATTAAATGT
*
280248 TTTACTTATTAATTGT
1 TTTACTTATTAAATGT
280264 TT
1 TT
280266 GAATGTTAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 16 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.06, G:0.06, T:0.65
Consensus pattern (16 bp):
TTTACTTATTAAATGT
Found at i:280938 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 280252--281298 Score: 613
Period size: 177 Copynumber: 5.9 Consensus size: 176
280242 AAATGTTTTA
* * * * * * *
280252 CTTATTAATTGTTT-GAATGTTAATAAATTTGTTTTATTTTAATA-GAAATAAGCTTGTATGAAT
1 CTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATG-AATAAGCTTATATGAAC
* * * * *** * * **
280315 AGAGA-AATTTATTCTATAACAAAACAAAAGATTATAGTGATTTGAAATAGGTAATTACTCAAAT
64 AAAAACAATTT-TTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * * *
280379 AGTCATAACTATTTGAAGTTG-TTCGATAAACAAATTCAGTTTTTAAATAT
128 A-CCATAATTATTTGAACTGGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * *
280429 CATATTAATTTTTGAAATACTAATAAGTTAGAATTATGTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACA
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTATATGAACA
* * * * * ** * * ** *
280493 TAAATAA-TTATTTACTAACAAAACCAAAGGTCATAATGATATGAGGTAGATAATTGTTCAAACA
65 AAAACAATTTTTTTA-TAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * ** ** * * *
280557 GTCATAACTACTTGTATTGGTCAAGCCAACAAATTCATTTTTTAAATCTGTT
129 -CCATAATTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T
* ** * * *** ** ** * *
280609 ACTTATTAATTTTCATGATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAAATCGTATCAATA
1 -CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTATATGAACA
* * ** * * * *
280674 GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAGTGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATT
65 AAAACAATTTTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTG-TTCAAA-T
*** * * *
280738 GTTATAACTAGTTGAATTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
128 ACCATAATTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
280787 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATATGAACAAACTTATATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTATATGAACAA
* * * * * *
280852 AAACATTTTTTTTACAACAAGACAAAAGGTTGTAACAATTTAAAATAGATAATTATTCATATACC
66 AAACAATTTTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA-C
* * * *
280917 CTTAATTATTTGAACTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
130 CATAATTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
280964 CTAGTTATTAACTTTCTT--AATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
1 C---TTATTAA-TTT-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTATATG
* * * * *
281027 AACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATATATAATTGTTCAA
61 AACAAAAACAATTTTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * *
281092 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAGATAGTTTTTTTTTTTAAATGTCCT
126 ATA-CCATAATTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--T-CT
* * * * **
281147 ACTCATTAATTTTTAAAATATTAA-AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTTATACGATGA
1 -CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTATATGAACA
* ** * *
281211 ACAACAATTTTTTTATAACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATG
65 AAAACAATTTTTTTATAACAAAACAAAAGGTT-ATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAAT-
*
281275 ACCATAATTATTTGAACTGATTTA
128 ACCATAATTATTTGAACTGGTTTA
281299 TTTTTTAAAT
Statistics
Matches: 668, Mismatches: 173, Indels: 55
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 9 0.01
177 256 0.38
178 5 0.01
179 5 0.01
180 239 0.36
181 141 0.21
182 10 0.01
183 2 0.00
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTATATGAACAA
AAACAATTTTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATACC
ATAATTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
Found at i:281059 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 280332--281298 Score: 485
Period size: 180 Copynumber: 5.4 Consensus size: 176
280322 TTTATTCTAT
* *** * * * ** *
280332 AACAAAACAAAAGATTATAGTGATTTGAAATAGGTAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAAG
1 AACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATACCCATAACTATTTGAAC
* * * * * * * * *
280397 TTG-TTCGATAAACAAATTCAGTTTTTAAATATCATATTAATTTTTGAAATACTAATAAGTTAGA
66 TGGTTTAG-CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTA-A
* * * * * * * *
280461 -ATTATGTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATT-ATTTAC
128 TATTATTTTAATAT-GAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTAC
* * ** * * ** * * ** * *
280508 TAACAAAACCAAAGGTCATAATGATATGAGGTAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTACTTGTA
1 -AACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATACCCATAACTATTTGAA
* ** * * * *
280573 TTGGTCAAGCCAACAAATTCATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTCATGATATTAATAAAT
65 CTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAAT
** * * *** * * ** * * * *
280638 TAGCATTACTTTATTCCAAATAAAATCGTATCAATAGAAACAATTGTTTTAT
125 TAATATTATTTTAATATGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTAC
** * * * * * **** *
280690 AACAAAACAAGTGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATTGTTATAACTAGTTGAA
1 AACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATT-ATTCAAATACCCATAACTATTTGAA
* * * *
280754 TTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAAT
65 CTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAAT
* *
280819 ATTATTTTAATATGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTTTTTTAC
129 ATTATTTTAATATGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTAC
* * * * *
280867 AACAAGACAAAAGGTTGTAACAATTTAAAATAGATAATTATTCATATACCCTTAATTATTTGAAC
1 AACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATACCCATAACTATTTGAAC
* *
280932 TGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAGTTATTAACTTTCTT-AATATTATTAGATT
66 TGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC---TTATTAA-TTT-TTAAATATTAATAAATT
* * * * * * * * *
280996 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTAT
126 AATATTATTTTAATATGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTAC
* * * **
281047 GACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
1 AACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATACCCATAACTATTTGAAC
* * * * * ** * *
281112 TAGTTTGGTAGATAGTTTTTTTTTTTAAATGTCCTACTCATTAATTTTTAAAATATTAA-AAATT
66 TGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT
* * * * ** * ** * * *
281176 AGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTTATACGATGAACAACAATTTTTTTAT
126 AATATTATTTTAATATGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTAC
** * * * *
281227 AACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGA-CCATAATTATTTGA
1 AACAAAACAAAAGGTT-ATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT-ACCCATAACTATTTGA
*
281290 ACTGATTTA
64 ACTGGTTTA
281299 TTTTTTAAAT
Statistics
Matches: 606, Mismatches: 159, Indels: 47
0.75 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.00
177 205 0.34
178 3 0.00
179 5 0.01
180 240 0.40
181 138 0.23
182 10 0.02
183 2 0.00
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATACCCATAACTATTTGAAC
TGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAATAT
TATTTTAATATGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTAC
Found at i:281801 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 281710--281801 Score: 77
Period size: 30 Copynumber: 3.1 Consensus size: 30
281700 TTTTAGAAAG
281710 CTTATTTTCAAGGAAAATTGATACTTTCAA
1 CTTATTTTCAAGGAAAATTGATACTTTCAA
* ** *
281740 CTT-TTCCTCAA--AAAA-T-ATTTTTTTGAAAA
1 CTTATT-TTCAAGGAAAATTGA-TACTTT--CAA
281769 CTTATTTTCAAGGAAAATTGATACTTTCAA
1 CTTATTTTCAAGGAAAATTGATACTTTCAA
281799 CTT
1 CTT
281802 TTTCTTAAAA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 8, Indels: 18
0.63 0.11 0.25
Matches are distributed among these distances:
26 1 0.02
27 5 0.11
28 4 0.09
29 11 0.24
30 14 0.31
31 4 0.09
32 5 0.11
33 1 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (30 bp):
CTTATTTTCAAGGAAAATTGATACTTTCAA
Found at i:281821 original size:60 final size:59
Alignment explanation
Indices: 281677--281826 Score: 241
Period size: 59 Copynumber: 2.6 Consensus size: 59
281667 TTTTAAATCT
* *
281677 TTTCAACTTTTCC-C-AAAAATATTTTTTAGAAAGCTTATTTTCAAGGAAAATTGATAC
1 TTTCAACTTTTCCTCAAAAAATATTTTTTTGAAAACTTATTTTCAAGGAAAATTGATAC
281734 TTTCAACTTTTCCTCAAAAAATATTTTTTTGAAAACTTATTTTCAAGGAAAATTGATAC
1 TTTCAACTTTTCCTCAAAAAATATTTTTTTGAAAACTTATTTTCAAGGAAAATTGATAC
* *
281793 TTTCAACTTTTTCTTAAAAATATATTTTTTTGAA
1 TTTCAACTTTTCCTCAAAAA-ATATTTTTTTGAA
281827 TTTATTTAAA
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 4, Indels: 3
0.92 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
57 13 0.15
58 1 0.01
59 59 0.69
60 13 0.15
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.07, T:0.45
Consensus pattern (59 bp):
TTTCAACTTTTCCTCAAAAAATATTTTTTTGAAAACTTATTTTCAAGGAAAATTGATAC
Found at i:281908 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 281894--281933 Score: 53
Period size: 5 Copynumber: 7.4 Consensus size: 5
281884 AAAGAAGCAA
281894 AAAAT AAAAAT AAAAAT AAAAAT AAAAT AAAAT AAAAT AA
1 AAAAT -AAAAT -AAAAT -AAAAT AAAAT AAAAT AAAAT AA
281934 TACTAAACAA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 1
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
5 17 0.50
6 17 0.50
ACGTcount: A:0.82, C:0.00, G:0.00, T:0.17
Consensus pattern (5 bp):
AAAAT
Found at i:281910 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 281838--282005 Score: 75
Period size: 12 Copynumber: 13.8 Consensus size: 12
281828 TTATTTAAAG
* *
281838 AAAATAATAACA
1 AAAATAAAAATA
281850 AAAAT-AAAAT-
1 AAAATAAAAATA
*
281860 AGAATAAAAATA
1 AAAATAAAAATA
281872 AAGGAA-AAAAATA
1 AA--AATAAAAATA
*
281885 AAGAAGCAAAAAATA
1 AA-AA--TAAAAATA
281900 AAAATAAAAATA
1 AAAATAAAAATA
281912 AAAAT-AAAAT-
1 AAAATAAAAATA
281922 AAAAT-AAAATA
1 AAAATAAAAATA
* * *
281933 ATACTAAACAATTCT
1 AAAATAAA-AA-T-A
*
281948 AATATAATAAATA
1 AAAATAA-AAATA
*
281961 ATAATAATAAATA
1 AAAATAA-AAATA
*
281974 AATAA-ATAAATA
1 AA-AATAAAAATA
281986 AACAA-AAAAATA
1 AA-AATAAAAATA
281998 AAAA-AAAA
1 AAAATAAAA
282006 CCTGGGAACG
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 18, Indels: 29
0.73 0.11 0.17
Matches are distributed among these distances:
10 14 0.11
11 22 0.18
12 40 0.32
13 24 0.19
14 8 0.06
15 15 0.12
16 1 0.01
ACGTcount: A:0.75, C:0.04, G:0.03, T:0.18
Consensus pattern (12 bp):
AAAATAAAAATA
Done.